JP6976854B2 - 機械的にかみ合った複合体 - Google Patents

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Description

モノクローナル抗体（ｍＡｂ）はその特異性と有利な薬物動態学的・薬力学的性質により、その治療効力を増強するために強力な細胞毒素又は生物材料で修飾したり、疾患を撮像するために放射性核種で修飾することに多大な労力が払われている。
これらの方法は親ｍＡｂの利用可能な化学的性質により制限されており、及び／又は広範なタンパク質操作が必要である。本願に記載する新規組成物及び方法はこれらの欠点及び当分野における他の欠点を解消するものである。
１態様では、機械的にかみ合った複合体を提供する。前記複合体は抗原結合性断片（Ｆａｂ）ドメインと機械的にかみ合った化合物を含む。前記Ｆａｂドメインは、前記ＦａｂドメインのＶＨ、ＶＬ、ＣＨ１及びＣＬ領域のアミノ酸残基により画成された中心空洞の内側に空孔を含み、前記中心空洞は非ＣＤＲ結合部位を含む。前記化合物は化学的リンカーを介して立体障害性の化学的部分と結合したＦａｂ結合性部分を含み、前記Ｆａｂ結合性部分は前記非ＣＤＲ結合部位と結合しており、前記化学的リンカーは前記空孔を通り抜け、前記立体障害性の化学的部分と前記空孔を画成するアミノ酸の間に立体障害が生じ、それによって、前記化合物と前記Ｆａｂを機械的にかみ合わせる。
１態様では、式：
Ｒ３−Ｘ０−Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４−Ｘ５−Ｘ６−Ｘ７−Ｘ８−Ｘ９−Ｘ１０−Ｘ１１−Ｘ１２−Ｒ４（ＶＩＩ）
の化合物を提供する。式（ＶＩＩ）中、Ｘ０はＳｅｒ又は存在しない。Ｘ１はＣｙｓ、Ｓｅｒ、Ｇｌｙ、 β−アラニン、ジアミノプロピオン酸、β−アジドアラニン又は存在しない。Ｘ２はＧｌｎ又は存在しない。Ｘ３はＰｈｅ、Ｔｙｒ、β，β’−ジフェニル−Ａｌａ、Ｈｉｓ、Ａｓｐ、２−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、３−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、４−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、Ａｓｎ、Ｇｌｎ、修飾Ｐｈｅ、水和性のカルボニル含有残基又はボロン酸含有残基である。Ｘ４はＡｓｐ又はＡｓｎである。Ｘ５はＬｅｕ、β，β’−ジフェニル−Ａｌａ、Ｐｈｅ、Ｔｒｐ、Ｔｙｒ；フェニルアラニン、トリプトファンもしくはチロシンの非天然型アナログ；水和性のカルボニル含有残基又はボロン酸含有残基である。Ｘ６はＳｅｒ又はＣｙｓである。Ｘ７はＴｈｒ、Ｓｅｒ又はＣｙｓである。Ｘ８は式−Ｌ１Ａ−Ｌ１−Ｒ２の側鎖を含むアミノ酸であり、前記式中、Ｌ１Ａは結合、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ−、−Ｓ（Ｏ）２ＮＨ−、−ＮＨ−、−ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨ−、置換もしくは非置換のアルキレン、置換もしくは非置換のヘテロアルキレン、置換もしくは非置換のシクロアルキレン、置換もしくは非置換のヘテロシクロアルキレン、置換もしくは非置換のアリーレン又は置換もしくは非置換のヘテロアリーレンである。Ｘ９はＡｒｇ又はＡｌａである。Ｘ１０はＬｅｕ、Ｇｌｎ、Ｇｌｕ、β，β’−ジフェニル−Ａｌａ、Ｐｈｅ、Ｔｒｐ、Ｔｙｒ；フェニルアラニン、トリプトファンもしくはチロシンの非天然型アナログ；水和性のカルボニル含有残基；又はボロン酸含有残基である。Ｘ１１はＬｙｓ又はＡｒｇである。Ｘ１２はＣｙｓ、Ｇｌｙ、７−アミノヘプタン酸、β−アラニン、ジアミノプロピオン酸、プロパルギルグリシン、イソアスパラギン酸又は存在しない。Ｌ１は化学的リンカーである。Ｒ２は立体障害性の化学的部分である。Ｒ３及びＲ４は独立して存在しないか、−Ｌ２−Ｒ５又は任意選択により−Ｌ２−Ｒ５で置換されたアミノ酸ペプチド配列であり、前記式中、Ｌ２は共有結合性又は非共有結合性リンカーであり、Ｒ５は治療薬、診断薬又は検出可能な薬剤であり、Ｘ１とＸ１２は任意選択により一緒になって環状ペプチジル部分を形成する。
別の態様では、式：
Ｒ３−Ｘ０−Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４−Ｘ５−Ｘ６−Ｘ７−Ｘ８−Ｘ９−Ｘ１０−Ｘ１１−Ｘ１２−Ｒ４（ＶＩＩＩ）
を有する化合物を提供する。式（ＶＩＩＩ）中、Ｘ０はＳｅｒ又は存在しない。Ｘ１はＣｙｓ、Ｓｅｒ、Ｇｌｙ、β−アラニン、ジアミノプロピオン酸、β−アジドアラニン又は存在しない。Ｘ２はＧｌｎ又は存在しない。Ｘ３はＰｈｅ、Ｔｙｒ、β，β’−ジフェニル−Ａｌａ、Ｈｉｓ、Ａｓｐ、２−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、３−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、４−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、Ａｓｎ、Ｇｌｎ、修飾Ｐｈｅ、水和性のカルボニル含有残基又はボロン酸含有残基である。Ｘ４はＡｓｐ又はＡｓｎである。Ｘ５はＬｅｕ、β，β’−ジフェニル−Ａｌａ、Ｐｈｅ、Ｔｒｐ、Ｔｙｒ；フェニルアラニン、トリプトファンもしくはチロシンの非天然型アナログ；水和性のカルボニル含有残基又はボロン酸含有残基である。Ｘ６はＳｅｒ又はＣｙｓである。Ｘ７はＴｈｒ、Ｓｅｒ又はＣｙｓである。Ｘ８は式−Ｌ１Ａ−Ｌ１−Ｒ６の側鎖を含むアミノ酸であり、前記式中、Ｌ１Ａは結合、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ−、−Ｓ（Ｏ）２ＮＨ−、−ＮＨ−、−ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨ−、置換もしくは非置換のアルキレン、置換もしくは非置換のヘテロアルキレン、置換もしくは非置換のシクロアルキレン、置換もしくは非置換のヘテロシクロアルキレン、置換もしくは非置換のアリーレン又は置換もしくは非置換のヘテロアリーレンである。Ｘ９はＡｒｇ又はＡｌａである。Ｘ１０はＬｅｕ、Ｇｌｎ、Ｇｌｕ、β，β’−ジフェニル−Ａｌａ、Ｐｈｅ、Ｔｒｐ、Ｔｙｒ；フェニルアラニン、トリプトファンもしくはチロシンの非天然型アナログ；水和性のカルボニル含有残基又はボロン酸含有残基である。Ｘ１１はＬｙｓ又はＡｒｇであり、Ｘ１２はＣｙｓ、Ｇｌｙ、７−アミノヘプタン酸、β−アラニン、ジアミノプロピオン酸、プロパルギルグリシン、イソアスパラギン酸又は存在しない。Ｌ１は化学的リンカーである。Ｒ３及びＲ４は独立して存在しないか、−Ｌ２−Ｒ５又は任意選択により−Ｌ２−Ｒ５で置換されたアミノ酸ペプチド配列であり、前記式中、Ｌ２は共有結合性又は非共有結合性リンカーであり、Ｒ５は治療薬、診断薬又は検出可能な薬剤である。Ｒ６はクリックケミストリー反応性官能基であり、Ｘ１とＸ１２は任意選択により一緒になって環状ペプチジル部分を形成する。
１態様では、抗原の結合方法を提供する。前記方法は本願（実施形態を含む）に記載する機械的にかみ合った複合体と抗原を接触させる工程と、前記Ｆａｂを前記抗原と結合させる工程を含む。
別の態様では、機械的にかみ合った複合体の形成方法を提供する。前記方法は相補的なクリックケミストリー反応性官能基を含む立体障害性の化学的部分と本願に記載する化合物を接触させる工程を含む。前記相補的なクリックケミストリー反応性官能基を前記クリックケミストリー反応性官能基と反応させることにより、前記立体障害性の化学的部分と前記化合物の間に化学的リンカーを形成し、前記化学的リンカーは前記空孔を通り抜け、前記立体障害性の化学的部分と前記空孔を画成するアミノ酸の間に立体障害が生じ、それによって、前記化合物と前記Ｆａｂを機械的にかみ合わせる。
別の態様では、機械的にかみ合った複合体の形成方法を提供する。前記方法は化合物を立体障害性の化学的部分と接触させる工程を含む。前記立体障害性の化学的部分は相補的なクリックケミストリー反応性官能基を含み、前記化合物はクリックケミストリー反応性官能基と結合したＦａｂ結合性部分を含む。前記Ｆａｂ結合性部分をＦａｂドメインの非ＣＤＲ結合部位と結合させ、前記Ｆａｂドメインは前記ＦａｂドメインのＶＨ、ＶＬ、ＣＨ１及びＣＬ領域のアミノ酸残基により画成された中心空洞の内側に空孔を含み、前記中心空洞は前記非ＣＤＲ結合部位を含む。前記相補的なクリックケミストリー反応性官能基を前記クリックケミストリー反応性官能基と反応させることにより、化学的リンカーを介して前記Ｆａｂ結合性部分と結合した立体障害性の化学的部分を含むコンジュゲートを形成し、前記化学的リンカーは前記空孔を通り抜け、前記立体障害性の化学的部分と前記空孔を画成するアミノ酸の間に立体障害が生じ、それによって、前記化合物と前記Ｆａｂを機械的にかみ合わせる。
機械的結合形成の模式図。反応条件：Ｉ８３Ｅ Ｆａｂ又はＩｇＧ濃度１００μＭ；５−ジフェニル−８−Ａｒｇ−（ＰＥＧ）−Ｎ３濃度１５０μＭ（Ｆａｂの場合）又は３００μＭ（ＩｇＧの場合）；Ａｌｅｘａ６４７−ＤＩＢＯ（ジフェニルシクロオクチン）濃度３００μＭ（Ｆａｂの場合）又は８００μＭ（ＩｇＧの場合）。 図２Ａ〜２Ｅ：固定化したメディトープ使用可能（ｍｅｄｉｔｏｐｅ−ｅｎａｂｌｅｄ）抗体変異体と結合するメディトープペプチド変異体のＳＰＲセンソグラムと結晶構造。図２Ａ）トラスツズマブｍｅｍＡｂと結合したメディトープの全体図。図２Ｂ）元のトラスツズマブｍｅｍＡｂと結合した元のメディトープのＬｅｕ５の拡大図。図２Ｃ）元のトラスツズマブｍｅｍＡｂと結合する長い５−ジフェニルアラニンメディトープの拡大図。図２Ｄ）元のトラスツズマブｍｅｍＡｂの軽鎖におけるＩ８３の拡大図。図２Ｅ）Ｉ８３をグルタミン酸に突然変異させ、メディトープのＡｒｇ９と並置させたもの。いずれも３７℃で取得した対応する表面プラズモン共鳴トレースを示す。メディトープのＬｅｕ５を５−ジフェニルアラニンで置換えることにより親和性の約２５倍の増加（上段左から右、即ち図２Ａ、Ｂ、Ｃ）を確認することができる。Ｉ８３をグルタミン酸に突然変異させた場合も約２５倍の増加（左上段から下段、即ち図２Ａ、Ｄ、Ｅ）が認められる。合算すると、全体の親和性は１１６０倍に増加する。 図２Ａ〜２Ｅ：固定化したメディトープ使用可能抗体変異体と結合するメディトープペプチド変異体のＳＰＲセンソグラムと結晶構造。図２Ａ）トラスツズマブｍｅｍＡｂと結合したメディトープの全体図。図２Ｂ）元のトラスツズマブｍｅｍＡｂと結合した元のメディトープのＬｅｕ５の拡大図。図２Ｃ）元のトラスツズマブｍｅｍＡｂと結合する長い５−ジフェニルアラニンメディトープの拡大図。図２Ｄ）元のトラスツズマブｍｅｍＡｂの軽鎖におけるＩ８３の拡大図。図２Ｅ）Ｉ８３をグルタミン酸に突然変異させ、メディトープのＡｒｇ９と並置させたもの。いずれも３７℃で取得した対応する表面プラズモン共鳴トレースを示す。メディトープのＬｅｕ５を５−ジフェニルアラニンで置換えることにより親和性の約２５倍の増加（上段左から右、即ち図２Ａ、Ｂ、Ｃ）を確認することができる。Ｉ８３をグルタミン酸に突然変異させた場合も約２５倍の増加（左上段から下段、即ち図２Ａ、Ｄ、Ｅ）が認められる。合算すると、全体の親和性は１１６０倍に増加する。 図２Ａ〜２Ｅ：固定化したメディトープ使用可能抗体変異体と結合するメディトープペプチド変異体のＳＰＲセンソグラムと結晶構造。図２Ａ）トラスツズマブｍｅｍＡｂと結合したメディトープの全体図。図２Ｂ）元のトラスツズマブｍｅｍＡｂと結合した元のメディトープのＬｅｕ５の拡大図。図２Ｃ）元のトラスツズマブｍｅｍＡｂと結合する長い５−ジフェニルアラニンメディトープの拡大図。図２Ｄ）元のトラスツズマブｍｅｍＡｂの軽鎖におけるＩ８３の拡大図。図２Ｅ）Ｉ８３をグルタミン酸に突然変異させ、メディトープのＡｒｇ９と並置させたもの。いずれも３７℃で取得した対応する表面プラズモン共鳴トレースを示す。メディトープのＬｅｕ５を５−ジフェニルアラニンで置換えることにより親和性の約２５倍の増加（上段左から右、即ち図２Ａ、Ｂ、Ｃ）を確認することができる。Ｉ８３をグルタミン酸に突然変異させた場合も約２５倍の増加（左上段から下段、即ち図２Ａ、Ｄ、Ｅ）が認められる。合算すると、全体の親和性は１１６０倍に増加する。 図２Ａ〜２Ｅ：固定化したメディトープ使用可能抗体変異体と結合するメディトープペプチド変異体のＳＰＲセンソグラムと結晶構造。図２Ａ）トラスツズマブｍｅｍＡｂと結合したメディトープの全体図。図２Ｂ）元のトラスツズマブｍｅｍＡｂと結合した元のメディトープのＬｅｕ５の拡大図。図２Ｃ）元のトラスツズマブｍｅｍＡｂと結合する長い５−ジフェニルアラニンメディトープの拡大図。図２Ｄ）元のトラスツズマブｍｅｍＡｂの軽鎖におけるＩ８３の拡大図。図２Ｅ）Ｉ８３をグルタミン酸に突然変異させ、メディトープのＡｒｇ９と並置させたもの。いずれも３７℃で取得した対応する表面プラズモン共鳴トレースを示す。メディトープのＬｅｕ５を５−ジフェニルアラニンで置換えることにより親和性の約２５倍の増加（上段左から右、即ち図２Ａ、Ｂ、Ｃ）を確認することができる。Ｉ８３をグルタミン酸に突然変異させた場合も約２５倍の増加（左上段から下段、即ち図２Ａ、Ｄ、Ｅ）が認められる。合算すると、全体の親和性は１１６０倍に増加する。 図２Ａ〜２Ｅ：固定化したメディトープ使用可能抗体変異体と結合するメディトープペプチド変異体のＳＰＲセンソグラムと結晶構造。図２Ａ）トラスツズマブｍｅｍＡｂと結合したメディトープの全体図。図２Ｂ）元のトラスツズマブｍｅｍＡｂと結合した元のメディトープのＬｅｕ５の拡大図。図２Ｃ）元のトラスツズマブｍｅｍＡｂと結合する長い５−ジフェニルアラニンメディトープの拡大図。図２Ｄ）元のトラスツズマブｍｅｍＡｂの軽鎖におけるＩ８３の拡大図。図２Ｅ）Ｉ８３をグルタミン酸に突然変異させ、メディトープのＡｒｇ９と並置させたもの。いずれも３７℃で取得した対応する表面プラズモン共鳴トレースを示す。メディトープのＬｅｕ５を５−ジフェニルアラニンで置換えることにより親和性の約２５倍の増加（上段左から右、即ち図２Ａ、Ｂ、Ｃ）を確認することができる。Ｉ８３をグルタミン酸に突然変異させた場合も約２５倍の増加（左上段から下段、即ち図２Ａ、Ｄ、Ｅ）が認められる。合算すると、全体の親和性は１１６０倍に増加する。 図３Ａ〜３Ｆ：図３Ａ〜図３Ｅ。機械的にかみ合ったメディトープの模式図。「無限の」親和性の非共有結合型メディトープ−Ｆａｂ複合体を有効に作製するために銅フリーのクリックケミストリーを使用した。具体的には、アルギニン８のグアニジニウム基をｆａｂ「空孔」の反対側の空洞に部分的に暴露する。Ａｒｇ８の改変によりアジドを空孔に通した。こうすると、歪みシクロオクチンであるＤＩＢＯ−Ａｌｅｘａｆｌｕｏｒがアジドと反応して環化するための十分な「スペース」が得られる。かみ合ったメディトープを確立し、今や本発明の多数の用途を予見することがことが可能である。例えば、種々の細胞毒素（Ｒ１で示す）をクリッカブルメディトープにコンジュゲートすることができる。同様に、造影剤、細胞毒素、生物材料（Ｒ２で示す）を含む他の官能基もＤＩＢＯにコンジュゲートすることができる。種々のメンバーを混合すると、ユニークな組み合わせが得られよう。例えば、Ｒ１のメンバー１０個とＲ２のメンバー１０個が存在する場合には、１００個のユニークなかみ合ったＦａｂ組み合わせを作製することが可能である。図３Ｆ：アジドメディトープは高親和性で結合する。改変されたメディトープがＩ８３Ｅ−トラスツズマブｍｅｍＡｂ（オンチップ）と高親和性で結合することを実証するためにＳＰＲを使用した。 図３Ａ〜３Ｆ：図３Ａ〜図３Ｅ。機械的にかみ合ったメディトープの模式図。「無限の」親和性の非共有結合型メディトープ−Ｆａｂ複合体を有効に作製するために銅フリーのクリックケミストリーを使用した。具体的には、アルギニン８のグアニジニウム基をｆａｂ「空孔」の反対側の空洞に部分的に暴露する。Ａｒｇ８の改変によりアジドを空孔に通した。こうすると、歪みシクロオクチンであるＤＩＢＯ−Ａｌｅｘａｆｌｕｏｒがアジドと反応して環化するための十分な「スペース」が得られる。かみ合ったメディトープを確立し、今や本発明の多数の用途を予見することがことが可能である。例えば、種々の細胞毒素（Ｒ１で示す）をクリッカブルメディトープにコンジュゲートすることができる。同様に、造影剤、細胞毒素、生物材料（Ｒ２で示す）を含む他の官能基もＤＩＢＯにコンジュゲートすることができる。種々のメンバーを混合すると、ユニークな組み合わせが得られよう。例えば、Ｒ１のメンバー１０個とＲ２のメンバー１０個が存在する場合には、１００個のユニークなかみ合ったＦａｂ組み合わせを作製することが可能である。図３Ｆ：アジドメディトープは高親和性で結合する。改変されたメディトープがＩ８３Ｅ−トラスツズマブｍｅｍＡｂ（オンチップ）と高親和性で結合することを実証するためにＳＰＲを使用した。 図３Ａ〜３Ｆ：図３Ａ〜図３Ｅ。機械的にかみ合ったメディトープの模式図。「無限の」親和性の非共有結合型メディトープ−Ｆａｂ複合体を有効に作製するために銅フリーのクリックケミストリーを使用した。具体的には、アルギニン８のグアニジニウム基をｆａｂ「空孔」の反対側の空洞に部分的に暴露する。Ａｒｇ８の改変によりアジドを空孔に通した。こうすると、歪みシクロオクチンであるＤＩＢＯ−Ａｌｅｘａｆｌｕｏｒがアジドと反応して環化するための十分な「スペース」が得られる。かみ合ったメディトープを確立し、今や本発明の多数の用途を予見することがことが可能である。例えば、種々の細胞毒素（Ｒ１で示す）をクリッカブルメディトープにコンジュゲートすることができる。同様に、造影剤、細胞毒素、生物材料（Ｒ２で示す）を含む他の官能基もＤＩＢＯにコンジュゲートすることができる。種々のメンバーを混合すると、ユニークな組み合わせが得られよう。例えば、Ｒ１のメンバー１０個とＲ２のメンバー１０個が存在する場合には、１００個のユニークなかみ合ったＦａｂ組み合わせを作製することが可能である。図３Ｆ：アジドメディトープは高親和性で結合する。改変されたメディトープがＩ８３Ｅ−トラスツズマブｍｅｍＡｂ（オンチップ）と高親和性で結合することを実証するためにＳＰＲを使用した。 図３Ａ〜３Ｆ：図３Ａ〜図３Ｅ。機械的にかみ合ったメディトープの模式図。「無限の」親和性の非共有結合型メディトープ−Ｆａｂ複合体を有効に作製するために銅フリーのクリックケミストリーを使用した。具体的には、アルギニン８のグアニジニウム基をｆａｂ「空孔」の反対側の空洞に部分的に暴露する。Ａｒｇ８の改変によりアジドを空孔に通した。こうすると、歪みシクロオクチンであるＤＩＢＯ−Ａｌｅｘａｆｌｕｏｒがアジドと反応して環化するための十分な「スペース」が得られる。かみ合ったメディトープを確立し、今や本発明の多数の用途を予見することがことが可能である。例えば、種々の細胞毒素（Ｒ１で示す）をクリッカブルメディトープにコンジュゲートすることができる。同様に、造影剤、細胞毒素、生物材料（Ｒ２で示す）を含む他の官能基もＤＩＢＯにコンジュゲートすることができる。種々のメンバーを混合すると、ユニークな組み合わせが得られよう。例えば、Ｒ１のメンバー１０個とＲ２のメンバー１０個が存在する場合には、１００個のユニークなかみ合ったＦａｂ組み合わせを作製することが可能である。図３Ｆ：アジドメディトープは高親和性で結合する。改変されたメディトープがＩ８３Ｅ−トラスツズマブｍｅｍＡｂ（オンチップ）と高親和性で結合することを実証するためにＳＰＲを使用した。 図３Ａ〜３Ｆ：図３Ａ〜図３Ｅ。機械的にかみ合ったメディトープの模式図。「無限の」親和性の非共有結合型メディトープ−Ｆａｂ複合体を有効に作製するために銅フリーのクリックケミストリーを使用した。具体的には、アルギニン８のグアニジニウム基をｆａｂ「空孔」の反対側の空洞に部分的に暴露する。Ａｒｇ８の改変によりアジドを空孔に通した。こうすると、歪みシクロオクチンであるＤＩＢＯ−Ａｌｅｘａｆｌｕｏｒがアジドと反応して環化するための十分な「スペース」が得られる。かみ合ったメディトープを確立し、今や本発明の多数の用途を予見することがことが可能である。例えば、種々の細胞毒素（Ｒ１で示す）をクリッカブルメディトープにコンジュゲートすることができる。同様に、造影剤、細胞毒素、生物材料（Ｒ２で示す）を含む他の官能基もＤＩＢＯにコンジュゲートすることができる。種々のメンバーを混合すると、ユニークな組み合わせが得られよう。例えば、Ｒ１のメンバー１０個とＲ２のメンバー１０個が存在する場合には、１００個のユニークなかみ合ったＦａｂ組み合わせを作製することが可能である。図３Ｆ：アジドメディトープは高親和性で結合する。改変されたメディトープがＩ８３Ｅ−トラスツズマブｍｅｍＡｂ（オンチップ）と高親和性で結合することを実証するためにＳＰＲを使用した。 図３Ａ〜３Ｆ：図３Ａ〜図３Ｅ。機械的にかみ合ったメディトープの模式図。「無限の」親和性の非共有結合型メディトープ−Ｆａｂ複合体を有効に作製するために銅フリーのクリックケミストリーを使用した。具体的には、アルギニン８のグアニジニウム基をｆａｂ「空孔」の反対側の空洞に部分的に暴露する。Ａｒｇ８の改変によりアジドを空孔に通した。こうすると、歪みシクロオクチンであるＤＩＢＯ−Ａｌｅｘａｆｌｕｏｒがアジドと反応して環化するための十分な「スペース」が得られる。かみ合ったメディトープを確立し、今や本発明の多数の用途を予見することがことが可能である。例えば、種々の細胞毒素（Ｒ１で示す）をクリッカブルメディトープにコンジュゲートすることができる。同様に、造影剤、細胞毒素、生物材料（Ｒ２で示す）を含む他の官能基もＤＩＢＯにコンジュゲートすることができる。種々のメンバーを混合すると、ユニークな組み合わせが得られよう。例えば、Ｒ１のメンバー１０個とＲ２のメンバー１０個が存在する場合には、１００個のユニークなかみ合ったＦａｂ組み合わせを作製することが可能である。図３Ｆ：アジドメディトープは高親和性で結合する。改変されたメディトープがＩ８３Ｅ−トラスツズマブｍｅｍＡｂ（オンチップ）と高親和性で結合することを実証するためにＳＰＲを使用した。 長い８−アジド−５−ジフェニルメディトープに結合したＩ８３ＥトラスツズマブｍｅｍＡｂの結晶構造。左図は（Ｘ線構造によると）ｍＡｂの反対側からＡｒｇのグアニジニウム基（丸印）に接触可能であることを示す。右図はＦａｂ空孔を通って延びる８−アジド−ＰＥＧ−アルギニンの拡大図を示す。アジド基に目印を付ける。 Ｉ８３ＥトラスツズマブＦａｂをアジドメディトープとＡｌｅｘａ６４７−ＤＩＢＯに接触させた。メディトープ使用可能トラスツズマブＦａｂを８−アジド−５−ジフェニルアラニンメディトープとほぼ化学量論的な濃度で混合した。次にＡｌｅｘａｆｌｕｏｒ ６４７−ＤＩＢＯを溶液に加え、２時間まで反応させた。次に混合液をサイズ排除クロマトグラフィーカラムにアプライし、２８０ｎｍ（タンパク質）と６５０ｎｍ（Ａｌｅｘａｆｌｕｏｒ ６４７）の吸光度を同時にモニターした。Ａｌｅｘａｆｌｕｏｒ ６４７シグナルはＩｇＧと同時に移動し、Ａｌｅｘａｆｌｕｏｒ ６４７−ＤＩＢＯがメディトープアジド基と反応したことを示した。 Ｉ８３Ｅ ＩｇＧをＡｌｅｘａ６４７−ＤＩＢＯと接触させた。メディトープ使用可能トラスツズマブを８−アジド−５−ジフェニルアラニンメディトープとほぼ化学量論的な濃度で混合した。次にＡｌｅｘａｆｌｕｏｒ ６４７−ＤＩＢＯを溶液に加え、２時間まで反応させた。次に混合液をサイズ排除クロマトグラフィーカラムにアプライし、２８０ｎｍ（タンパク質）と６４７ｎｍ（Ａｌｅｘａｆｌｕｏｒ ６４７）の吸光度を同時にモニターした。注目すべき点として、Ａｌｅｘａｆｌｕｏｒ ６４７シグナルはＩｇＧと同時に移動し、Ａｌｅｘａｆｌｕｏｒ ６４７−ＤＩＢＯがメディトープアジド基と反応して機械的結合を形成したことを示した。 Ｉ８３ＥトラスツズマブｍｅＦａｂをＤＩＢＰ−ＰＥＧ３０ＫＤａｌと接触させた。メディトープ使用可能トラスツズマブを８−アジド−５−ジフェニルアラニンメディトープとほぼ化学量論的な濃度で混合した。次にＤＩＢＯ−ＰＥＧ３０Ｋを溶液に加え、２時間まで反応させた。次に混合液をサイズ排除クロマトグラフィーカラムにアプライし、２８０ｎｍ（タンパク質）と３９０ｎｍ（未反応ＤＩＢＯ−ＰＥＧ３０Ｋのマーカー）の吸光度を同時にモニターした。３０ｋＤａ ＰＥＧをＦａｂ（約５０ｋＤａ）に加えると、質量は約８０ｋＤａとなる。Ｆａｂよりも先に溶出する新しいピークが認められ、８０ｋＤａのタンパク質に一致する（上段トレース）。未反応Ｆａｂ（２番目のピーク）は対照Ｆａｂ（中段トレース）と同一体積で溶出する。下段トレースは未反応ＤＩＢＯ−ＰＥＧ３０Ｋが存在しないことを示す。 メディトープ使用可能抗ＣＤ３ ＩｇＧをＤＩＢＯ−Ａｌｅｘａｆｌｕｏｒ ６４７と接触させた。親抗ＣＤ３（ＵＣＨＴ１）ｍＡｂをメディトープ使用可能にし（ｍｅｄｉｔｏｐｅ−ｅｎａｂｌｅｄ）、発現させ、精製した。８−アジド−５−ジフェニルアラニンメディトープを抗ＣＤ３ ｍｅｍＡｂにほぼ化学量論的な濃度で加えた。次にＡｌｅｘａｆｌｕｏｒ ６４７−ＤＩＢＯを溶液に加え、２時間まで反応させた。次に混合液をサイズ排除クロマトグラフィーカラムにアプライし、２８０ｎｍ（タンパク質）と６４７ｎｍ（Ａｌｅｘａｆｌｕｏｒ ６４７）の吸光度を同時にモニターした。Ａｌｅｘａｆｌｕｏｒ ６４７シグナルはＩｇＧと同時に移動し、Ａｌｅｘａｆｌｕｏｒ ６４７−ＤＩＢＯがメディトープアジド基と反応したことを示した。 図９Ａ〜９Ｃ：機械的にかみ合ったメディトープは抗原結合に影響を与えない。２５℃で固定化ＨＥＲ２に対するｍｅｍＡｂトラスツズマブＦａｂ変異体Ｉ８３Ｆ（図９Ａ）、Ｉ８３Ｅ（図９Ｂ）及びＩ８３Ｅ：ｒｉｖｅｔｏｐｅ／ＰＥＧ３０Ｋ（図９Ｃ）の結合相互作用を比較するＳＰＲセンソグラム。ＫＤ計算値は夫々１９０±１００ｐＭ、４４±１．０ｐＭ及び２２０±５０ｐＭである。 図９Ａ〜９Ｃ：機械的にかみ合ったメディトープは抗原結合に影響を与えない。２５℃で固定化ＨＥＲ２に対するｍｅｍＡｂトラスツズマブＦａｂ変異体Ｉ８３Ｆ（図９Ａ）、Ｉ８３Ｅ（図９Ｂ）及びＩ８３Ｅ：ｒｉｖｅｔｏｐｅ／ＰＥＧ３０Ｋ（図９Ｃ）の結合相互作用を比較するＳＰＲセンソグラム。ＫＤ計算値は夫々１９０±１００ｐＭ、４４±１．０ｐＭ及び２２０±５０ｐＭである。 図９Ａ〜９Ｃ：機械的にかみ合ったメディトープは抗原結合に影響を与えない。２５℃で固定化ＨＥＲ２に対するｍｅｍＡｂトラスツズマブＦａｂ変異体Ｉ８３Ｆ（図９Ａ）、Ｉ８３Ｅ（図９Ｂ）及びＩ８３Ｅ：ｒｉｖｅｔｏｐｅ／ＰＥＧ３０Ｋ（図９Ｃ）の結合相互作用を比較するＳＰＲセンソグラム。ＫＤ計算値は夫々１９０±１００ｐＭ、４４±１．０ｐＭ及び２２０±５０ｐＭである。 トラスツズマブｍｅｍＡｂのサイトメトリー解析。メディトープ使用可能トラスツズマブ（Ｉ８３Ｅ−別称ｖ２）を８−アジド−５−ジフェニルアラニンメディトープとほぼ化学量論的な濃度で混合した。次にＡｌｅｘａｆｌｕｏｒ ６４７−ＤＩＢＯを溶液に加え、２時間反応させた。次に機械的にかみ合ったトラスツズマブｍｅｍＡｂをＨｅｒ２陽性ＢＴ４７４細胞に１ｎＭ、１０ｎＭ及び１００ｎＭの濃度で加えた。次に細胞をフローサイトメトリーにより解析した。対照として、Ａｌｅｘａｆｌｕｏｒ ６４７を付加した（リジンにコンジュゲートした）長い５−ジフェニルメディトープをトラスツズマブに飽和濃度で加え、細胞に加え、かみ合った結合と同様に解析した。第２の対照として、ｍｅｍＡｂに直接コンジュゲートしたＡｌｅｘａｆｌｕｏｒ ６４７を細胞に加え、かみ合った結合と同様に解析した。 抗ＣＤ３ ｍｅｍＡｂのサイトメトリー解析。メディトープ使用可能ＣＤ３（ＵＣＨＴ１による）を８−アジド−５−ジフェニルアラニンメディトープとほぼ化学量論的な濃度で混合した。次にＡｌｅｘａｆｌｕｏｒ ６４７−ＤＩＢＯを溶液に加え、２時間反応させた。次に機械的にかみ合った抗ＣＤ３ ｍｅｍＡｂを精製ヒトＴ細胞に１ｎＭ、１０ｎＭ及び１００ｎＭの濃度で加えた。次に細胞をフローサイトメトリーにより解析した。対照として、Ａｌｅｘａｆｌｕｏｒ ６４７を付加した（リジンにコンジュゲートした）長い５−ジフェニルメディトープを抗ＣＤ３ ｍｅｍＡｂに飽和濃度で加え、細胞に加え、かみ合った結合と同様に解析した。 メディトープ使用可能ペルツズマブＩｇＧの細胞試験。親抗Ｈｅｒ２（ペルツズマブ）ｍＡｂをメディトープ使用可能にし、発現させ、精製した。８−アジド−５−ジフェニルアラニンメディトープを抗ＣＤ３ ｍｅｍＡｂにほぼ化学量論的な濃度で加えた。次にＡｌｅｘａｆｌｕｏｒ ６４７−ＤＩＢＯを溶液に加え、２時間反応させた。次に機械的にかみ合ったペルツズマブｍｅｍＡｂをＨｅｒ２陽性ＢＴ４７４細胞に１ｎＭ、１０ｎＭ及び１００ｎＭの濃度で加えた。次に細胞をフローサイトメトリーにより解析した。対照として、Ａｌｅｘａｆｌｕｏｒ ６４７を付加した（リジンにコンジュゲートした）長い５−ジフェニルメディトープをペルツズマブに飽和濃度で加え、細胞に加え、かみ合った結合と同様に解析した。 （Ｉ８３Ｅでなく）１３Ｍをもつ抗ＣＥＡ（Ｍ５Ａ）ｍｅｍＡｂをＬＳ１７４Ｔ細胞で試験した。元の１３の突然変異をコードするメディトープ使用可能抗ＣＥＡを８−アジド−５−ジフェニルアラニンメディトープとほぼ化学量論的な濃度で混合した。次にＡｌｅｘａｆｌｕｏｒ ６４７−ＤＩＢＯを溶液に加え、２時間反応させた。次に機械的にかみ合った抗ＣＥＡ ｍｅｍＡｂをＣＥＡ陽性ＬＳ１７４Ｔ細胞に１ｎＭ、１０ｎＭ及び１００ｎＭの濃度で加えた。次に細胞をフローサイトメトリーにより解析した。対照として、Ａｌｅｘａｆｌｕｏｒ ６４７を付加した（リジンにコンジュゲートした）長い５−ジフェニルメディトープを抗ＣＥＡ ｍｅｍＡｂに飽和濃度で加え、細胞に加え、かみ合った結合と同様に解析した。 １ｎＭ、１０ｎＭ又は１００ｎＭの濃度のＭ５Ａ １３ＭをＬＳ１７４Ｔ細胞で試験した。元の１３の突然変異をコードするメディトープ使用可能抗ＣＥＡを８−アジド−５−ジフェニルアラニンメディトープとほぼ化学量論的な濃度で混合した。次にＡｌｅｘａｆｌｕｏｒ ６４７−ＤＩＢＯを溶液に加え、２時間反応させた。次に機械的にかみ合った抗ＣＥＡ ｍｅｍＡｂをＣＥＡ陽性ＬＳ１７４細胞に１ｎＭ、１０ｎＭ及び１００ｎＭの濃度で加えた。次に細胞をフローサイトメトリーにより解析した。対照として、Ａｌｅｘａｆｌｕｏｒ ６４７を付加した（リジンにコンジュゲートした）長い５−ジフェニルメディトープを抗ＣＥＡ ｍｅｍＡｂに飽和濃度で加え、細胞に加え、かみ合った結合と同様に解析した。 図１５Ａ〜１５Ｄ：ＤＩＢＯ−ＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ ６４７の質量分析。図１５Ａ：分子量計算値１１６０．３。図１５Ｂ：８−アジド−５−ジフェニルメディトープの質量分析。分子量計算値２１３３．０．図１５Ｃ：８−アジド−５−ジフェニルメディトープとＤＩＢＯ−ＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ ６４７のコンジュゲートの質量分析。分子量計算値３２９３．３。図１５Ｄ上段：メディトープ使用可能トラスツズマブＩｇＧに加えたかみ合った８−アジド−５−ジフェニルメディトープ−ＤＩＢＯ−ＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ ６４７。図１５Ｄ下段：メディトープ使用可能トラスツズマブＩｇＧの質量分析。上段図には、未反応ＩｇＧに対して約３．２ｋＤａ及び６．５ｋＤａシフトした２つの新たなピークを確認することができ、かみ合ったメディトープ２分子に対応する。 図１５Ａ〜１５Ｄ：ＤＩＢＯ−ＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ ６４７の質量分析。図１５Ａ：分子量計算値１１６０．３。図１５Ｂ：８−アジド−５−ジフェニルメディトープの質量分析。分子量計算値２１３３．０．図１５Ｃ：８−アジド−５−ジフェニルメディトープとＤＩＢＯ−ＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ ６４７のコンジュゲートの質量分析。分子量計算値３２９３．３。図１５Ｄ上段：メディトープ使用可能トラスツズマブＩｇＧに加えたかみ合った８−アジド−５−ジフェニルメディトープ−ＤＩＢＯ−ＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ ６４７。図１５Ｄ下段：メディトープ使用可能トラスツズマブＩｇＧの質量分析。上段図には、未反応ＩｇＧに対して約３．２ｋＤａ及び６．５ｋＤａシフトした２つの新たなピークを確認することができ、かみ合ったメディトープ２分子に対応する。 図１５Ａ〜１５Ｄ：ＤＩＢＯ−ＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ ６４７の質量分析。図１５Ａ：分子量計算値１１６０．３。図１５Ｂ：８−アジド−５−ジフェニルメディトープの質量分析。分子量計算値２１３３．０．図１５Ｃ：８−アジド−５−ジフェニルメディトープとＤＩＢＯ−ＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ ６４７のコンジュゲートの質量分析。分子量計算値３２９３．３。図１５Ｄ上段：メディトープ使用可能トラスツズマブＩｇＧに加えたかみ合った８−アジド−５−ジフェニルメディトープ−ＤＩＢＯ−ＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ ６４７。図１５Ｄ下段：メディトープ使用可能トラスツズマブＩｇＧの質量分析。上段図には、未反応ＩｇＧに対して約３．２ｋＤａ及び６．５ｋＤａシフトした２つの新たなピークを確認することができ、かみ合ったメディトープ２分子に対応する。 図１５Ａ〜１５Ｄ：ＤＩＢＯ−ＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ ６４７の質量分析。図１５Ａ：分子量計算値１１６０．３。図１５Ｂ：８−アジド−５−ジフェニルメディトープの質量分析。分子量計算値２１３３．０．図１５Ｃ：８−アジド−５−ジフェニルメディトープとＤＩＢＯ−ＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ ６４７のコンジュゲートの質量分析。分子量計算値３２９３．３。図１５Ｄ上段：メディトープ使用可能トラスツズマブＩｇＧに加えたかみ合った８−アジド−５−ジフェニルメディトープ−ＤＩＢＯ−ＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ ６４７。図１５Ｄ下段：メディトープ使用可能トラスツズマブＩｇＧの質量分析。上段図には、未反応ＩｇＧに対して約３．２ｋＤａ及び６．５ｋＤａシフトした２つの新たなピークを確認することができ、かみ合ったメディトープ２分子に対応する。 安定性試験。かみ合ったメディトープ−ｍｅｍＡｂトラスツズマブバージョン２、ＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ ６４７−５−ジフェニルメディトープで飽和させたｍｅｍＡｂトラスツズマブバージョン２、又はＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ ６４７をコンジュゲートしたｍｅｍＡｂトラスツズマブバージョン２を３７℃にて１日間、３日間又は１０日間保温した。次に、保温した試料の活性をＦＡＣＳにより試験した。トリプシン処理したＢＴ４７４細胞（１回の処理当たり細胞数約百万個）を、０．３％ＢＳＡ−ＰＢＳ１００μＬ中１００ｎＭの各処理済み試料と３０分間室温にて混合した後、細胞をＢＳＡバッファーで２回洗浄し、その後、ＣｙＡｎ（ＴＭ）ＡＤＰ Ａｎａｌｙｚｅｒ（Ｂｅｃｋｍａｎ Ｃｏｕｌｔｅｒ）で測定し、データをＦｌｏｗｊｏソフトウェアで解析した。 図１７Ａ〜１７Ｂ：イメージング試験。図１７Ａ：高親和性メディトープ（ボルト）をＡｌｅｘａｆｌｕｏｒ ６４７アルキン（ナット）に連結し、尾静脈注射から４８時間後に腫瘍をもつ動物（左及び中央）ともたない動物（右）の撮像に使用した。図１７Ｂ：８日後に主要臓器を摘出し、撮像した。フルオロフォアは腫瘍に蓄積し、残留した。肝臓、腎臓又は脾臓ではフルオロフォアの存在を検出できなかった。 図１７Ａ〜１７Ｂ：イメージング試験。図１７Ａ：高親和性メディトープ（ボルト）をＡｌｅｘａｆｌｕｏｒ ６４７アルキン（ナット）に連結し、尾静脈注射から４８時間後に腫瘍をもつ動物（左及び中央）ともたない動物（右）の撮像に使用した。図１７Ｂ：８日後に主要臓器を摘出し、撮像した。フルオロフォアは腫瘍に蓄積し、残留した。肝臓、腎臓又は脾臓ではフルオロフォアの存在を検出できなかった。 Ｆａｂドメインと、空孔を含む中心空洞の模式図。 図１８に示した空孔を含む内側空洞の拡大図。 分子ダンベルのイラスト。出願人らはメディトープ使用可能Ｆａｂを単離し、アジドメディトープをＦａｂに付加した後、ビスペプチドＤＢＣＯを付加した（化学量論的割合１：１：１／２）。 ２本のＦａｂアーム間の距離を特に制御するために、出願人らはペプチドに着目した。ペプチドは容易に合成又は生合成することができ、合成の間に正確な長さに制御することができる。更に、官能基（例えばＤＢＣＯ）をリジンのアミンにカップリングすることは十分に記載され、理解されている。ＰＯＣ用に、２個のリジンを含む短いペプチド配列を合成した。Ｎ末端アミドが修飾されないようにするために、ペプチドをアセチル化した。左上に表示したペプチドのマススペクトルを示す。 図２１に記載した化合物のＨＬＰＣトレース。条件：２０分で５→６５％バッファーＢ、バッファーＡ：０．１％ＴＦＡ水溶液；バッファーＢ：０．１％ＴＦＡ ＣＡＮ溶液。 分離したＦａｂとメディトープコンジュゲートのＬＣ／ＭＳ。 本願に記載する機械的にかみ合った連結複合体の、デコンボリューション後のネイティブ質量分析。 各末端に２種類の色素を付加したアジドメディトープが生成されたことを示す質量分析。精製産物：Ｚ＝３、予測値１３５２．８３４９、実測値：１３５２．８６３４。 ｍｅｍＡｂへのＤＯＴＡと造影剤の付加。８−アジドメディトープとメディトープ使用可能トラスツズマブＦａｂに結合したアジドの結晶構造（サーフェスレンダリングによる画像）。このアジドメディトープはＡｒｇ８のグアニジニウム基間にエチレングリコール３単位をもつ。アジドメディトープのＮ末端とＣ末端に１個、２個又はそれ以上のリジンを付加することができる。ここでは、Ｎ末端に１個とＣ末端に１個のリジンを有するものをモデル化する。コンジュゲート化シクロオクチンとしてＤＢＣＯ−ＤＯＴＡ（右側）もモデル化（及びエネルギー最小化）する。ｍｅｍＡｂへの付加に先立ち、ＤＯＴＡを種々のリジン−アジドメディトープボルト又はアミン−シクロオクチンナットに加え、均質になるまで精製するであろう。ｍｅｍＡｂに対する８−アジドメディトープの親和性は２５℃で数十ｐＭを上回るため、各反応材料濃度１μＭでｍｅｍＡｂ上のメディトープ結合部位の９９％超が占有されるであろう。 マスキングペプチド部分と治療薬部分（吹き出し記号により示す）を含むメディトープ使用可能ｍＡｂ。 ＤＢＣＯ修飾マスキングペプチド（配列番号２０）のＨＰＬＣ。 マスキング−ＤＩＢＯの質量分析。
定義
本願には本発明の種々の実施形態と態様を提示・記載するが、当業者に自明の通り、このような実施形態と態様は例示に過ぎない。本発明から逸脱しない限り、多数の変形、変更及び代用が当業者に想到されよう。当然のことながら、本願に記載する発明の実施形態の種々の代替形態も本発明の実施に利用できる。
本願に使用するセクション見出しは構成上の目的に過ぎず、記載する主題を制限するものと解釈すべきではない。本願に引用する全文献又は文献の抜粋（限定されないが、特許、特許出願、論文、成書、マニュアル及び条約など）は特にその開示内容全体をあらゆる目的で本願に援用する。
本願で使用する略語は化学及び生化学分野におけるそれらの従来の意味である。本願に記載する化学構造及び化学式は化学分野で公知の化学的価数の標準規則に従って作成される。
置換基群をそれらの従来の化学式により明記し、左から右に向かって記載する場合には、右から左に向かって記載した構造における化学的に同一の置換基も同様に包含し、例えば−ＣＨ２Ｏ−は−ＯＣＨ２−と等価である。
単独又は別の置換基の一部としての「アルキル」なる用語は、特に指定しない限り、直鎖（即ち非分岐）又は分岐鎖非環状炭素鎖（又は炭素）又はその組み合わせを意味し、完全飽和、一価不飽和又は多価不飽和のいずれでもよく、二価基と多価基を挙げることができ、これらは指定炭素原子数を有する（即ちＣ１−Ｃ１０は炭素数１〜１０を意味する）。飽和炭化水素基の例としては、限定されないが、メチル、エチル、ｎ−プロピル、イソプロピル、ｎ−ブチル、ｔ−ブチル、イソブチル、ｓｅｃ−ブチル、（シクロヘキシル）メチル、そのホモログ及び異性体（例えば、ｎ−ペンチル、ｎ−ヘキシル、ｎ−ヘプチル、ｎ−オクチル等）が挙げられる。不飽和アルキル基とは、１個以上の二重結合又は三重結合をもつものである。不飽和アルキル基の例としては、限定されないが、ビニル、２−プロペニル、クロチル、２−イソペンテニル、２−（ブタジエニル）、２，４−ペンタジエニル、３−（１，４−ペンタジエニル）、エチニル、１−プロピニル、３−プロピニル、３−ブチニルと、高級ホモログ及び異性体が挙げられる。アルコキシとはアルキルが酸素リンカー（−Ｏ−）を介して分子の残余に結合したものである。アルキル部分はアルケニル部分でもよい。アルキル部分はアルキニル部分でもよい。アルキル部分は完全に飽和されていてもよい。
単独又は別の置換基の一部としての「アルキレン」なる用語は、特に指定しない限り、アルキルから誘導される二価基を意味し、限定されないが、−ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ２−が挙げられる。一般的に、アルキル（又はアルキレン）基は炭素原子数１〜２４であり、本発明では、炭素原子数が１０以下のこのような基が好ましい。「低級アルキル」又は「低級アルキレン」とは一般に炭素原子数８以下の短鎖アルキル又はアルキレン基を意味する。単独又は別の置換基の一部としての「アルケニレン」なる用語は、特に指定しない限り、アルケンから誘導される二価基を意味する。
単独又は別の用語と組み合わせた「ヘテロアルキル」なる用語は、特に指定しない限り、少なくとも１個の炭素原子と少なくとも１個のヘテロ原子（例えばＯ、Ｎ、Ｐ、Ｓｉ又はＳ）を含む安定な非環状の直鎖もしくは分岐鎖又はその組み合わせを意味し、窒素原子及び硫黄原子は任意選択により酸化されていてもよく、窒素ヘテロ原子は任意選択により四級化されていてもよい。ヘテロ原子Ｏ、Ｎ、Ｐ、Ｓ及びＳｉはヘテロアルキル基のいずれかの内部位置に配置してもよいし、アルキル基が分子の残余に結合されている位置に配置してもよい。例としては、限定されないが、−ＣＨ２−ＣＨ２−Ｏ−ＣＨ３、−ＣＨ２−ＣＨ２−ＮＨ−ＣＨ３、−ＣＨ２−ＣＨ２−Ｎ（ＣＨ３）−ＣＨ３、−ＣＨ２−Ｓ−ＣＨ２−ＣＨ３、−ＣＨ２−ＣＨ２−Ｓ（Ｏ）−ＣＨ３、−ＣＨ２−ＣＨ２−Ｓ（Ｏ）２−ＣＨ３、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｏ−ＣＨ３、−Ｓｉ（ＣＨ３）３、−ＣＨ２−ＣＨ＝Ｎ−ＯＣＨ３、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｎ（ＣＨ３）−ＣＨ３、−Ｏ−ＣＨ３、−Ｏ−ＣＨ２−ＣＨ３及び−ＣＮが挙げられる。例えば、−ＣＨ２−ＮＨ−ＯＣＨ３や−ＣＨ２−Ｏ−Ｓｉ（ＣＨ３）３のように、２個又は３個までのヘテロ原子が連続していてもよい。ヘテロアルキル部分は１個のヘテロ原子（例えば、Ｏ、Ｎ、Ｓ、Ｓｉ又はＰ）を含むことができる。ヘテロアルキル部分は２個の任意選択により異なるヘテロ原子（例えば、Ｏ、Ｎ、Ｓ、Ｓｉ又はＰ）を含むことができる。ヘテロアルキル部分は３個の任意選択により異なるヘテロ原子（例えば、Ｏ、Ｎ、Ｓ、Ｓｉ又はＰ）を含むことができる。ヘテロアルキル部分は４個の任意選択により異なるヘテロ原子（例えば、Ｏ、Ｎ、Ｓ、Ｓｉ又はＰ）を含むことができる。ヘテロアルキル部分は５個の任意選択により異なるヘテロ原子（例えば、Ｏ、Ｎ、Ｓ、Ｓｉ又はＰ）を含むことができる。ヘテロアルキル部分は８個までの任意選択により異なるヘテロ原子（例えば、Ｏ、Ｎ、Ｓ、Ｓｉ又はＰ）を含むことができる。
同様に、単独又は別の置換基の一部としての「ヘテロアルキレン」なる用語は、特に指定しない限り、ヘテロアルキルから誘導される二価基を意味し、限定されないが、−ＣＨ２−ＣＨ２−Ｓ−ＣＨ２−ＣＨ２−と−ＣＨ２−Ｓ−ＣＨ２−ＣＨ２−ＮＨ−ＣＨ２−が挙げられる。ヘテロアルキレン基では、ヘテロ原子が鎖末端の一方又は両方を占めることもできる（例えばアルキレンオキシ、アルキレンジオキシ、アルキレンアミノ、アルキレンジアミノ等）。更に、アルキレン連結基とヘテロアルキレン連結基では、連結基の式を記載する方向が連結基の向きを意味するものではない。例えば、式−Ｃ（Ｏ）２Ｒ’−は−Ｃ（Ｏ）２Ｒ’−と−Ｒ’Ｃ（Ｏ）２−の両方を表す。上記のように、本願で使用するヘテロアルキル基は−Ｃ（Ｏ）Ｒ’、−Ｃ（Ｏ）ＮＲ’、−ＮＲ’Ｒ”、−ＯＲ’、−ＳＲ’及び／又は−ＳＯ２Ｒ’にように、ヘテロ原子を介して分子の残余に結合されたこれらの基を含む。「ヘテロアルキル」の後に−ＮＲ’Ｒ”等の特定のヘテロアルキル基を表記する場合には、当然のことながら、ヘテロアルキル及び−ＮＲ’Ｒ”なる用語は重複ではなく又は相互に排他的でもない。むしろ、このような特定のヘテロアルキル基は明瞭さを増すために表記されている。従って、「ヘテロアルキル」なる用語は本願では−ＮＲ’Ｒ”等の特定のヘテロアルキル基を排除するものと解釈すべきではない。
単独又は他の用語と組み合わせた「シクロアルキル」及び「ヘテロシクロアルキル」なる用語は、特に指定しない限り、夫々非芳香環状の「アルキル」及び「ヘテロアルキル」を意味し、炭素の全原子価が非水素原子との結合に使用される場合もあるので、環を構成する炭素は必ずしも水素と結合している必要はない。更に、ヘテロシクロアルキルでは、複素環が分子の残余と結合している位置にヘテロ原子を配置することができる。シクロアルキルの例としては限定されないが、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロヘキシル、１−シクロヘキセニル、３−シクロヘキセニル、シクロヘプチル、３−ヒドロキシシクロブタ−３−エニル−１，２，ジオン、１Ｈ−１，２，４−トリアゾリル−５（４Ｈ）−オン、４Ｈ−１，２，４−トリアゾリル等が挙げられる。ヘテロシクロアルキルの例としては、限定されないが、１−（１，２，５，６−テトラヒドロピリジル）、１−ピペリジニル、２−ピペリジニル、３−ピペリジニル、４−モルホリニル、３−モルホリニル、テトラヒドロフラン−２−イル、テトラヒドロフラン−３−イル、テトラヒドロチエン−２−イル、テトラヒドロチエン−３−イル、１−ピペラジニル、２−ピペラジニル等が挙げられる。単独又は別の置換基の一部としての「シクロアルキレン」及び「ヘテロシクロアルキレン」とは、夫々シクロアルキル及びヘテロシクロアルキルから誘導される二価基を意味する。ヘテロシクロアルキル部分は１個の環ヘテロ原子（例えば、Ｏ、Ｎ、Ｓ、Ｓｉ又はＰ）を含むことができる。ヘテロシクロアルキル部分は２個の任意選択により異なる環ヘテロ原子（例えば、Ｏ、Ｎ、Ｓ、Ｓｉ又はＰ）を含むことができる。ヘテロシクロアルキル部分は３個の任意選択により異なる環ヘテロ原子（例えば、Ｏ、Ｎ、Ｓ、Ｓｉ又はＰ）を含むことができる。ヘテロシクロアルキル部分は４個の任意選択により異なる環ヘテロ原子（例えば、Ｏ、Ｎ、Ｓ、Ｓｉ又はＰ）を含むことができる。ヘテロシクロアルキル部分は５個の任意選択により異なる環ヘテロ原子（例えば、Ｏ、Ｎ、Ｓ、Ｓｉ又はＰ）を含むことができる。ヘテロシクロアルキル部分は８個までの任意選択により異なる環ヘテロ原子（例えば、Ｏ、Ｎ、Ｓ、Ｓｉ又はＰ）を含むことができる。
単独又は別の置換基の一部としての「ハロ」又は「ハロゲン」なる用語は、特に指定しない限り、フッ素原子、塩素原子、臭素原子又はヨウ素原子を意味する。また、「ハロアルキル」等の用語はモノハロアルキルとポリハロアルキルを含めた意味である。例えば、「ハロ（Ｃ１−Ｃ４）アルキル」なる用語は、限定されないが、フルオロメチル、ジフルオロメチル、トリフルオロメチル、２，２，２−トリフルオロエチル、４−クロロブチル、３−ブロモプロピル等を含む。
「アシル」なる用語は、特に指定しない限り、−Ｃ（Ｏ）Ｒを意味し、式中、Ｒは置換もしくは非置換のアルキル、置換もしくは非置換のシクロアルキル、置換もしくは非置換のヘテロアルキル、置換もしくは非置換のヘテロシクロアルキル、置換もしくは非置換のアリール又は置換もしくは非置換のヘテロアリールである。
「アリール」なる用語は、特に指定しない限り、多価不飽和芳香族炭化水素置換基を意味し、単環でもよいし、相互に縮合（即ち縮合環アリール）又は共有結合した多環でもよい（好ましくは１〜３環）。縮合環アリールとは、複数の環が相互に縮合しており、縮合環の少なくとも１個がアリール環であるものを意味する。「ヘテロアリール」なる用語はＮ、Ｏ又はＳ等の少なくとも１個のヘテロ原子を含むアリール基（又は環）を意味し、前記窒素原子及び硫黄原子は任意選択により酸化されており、窒素原子は任意選択により四級化されている。従って、「ヘテロアリール」なる用語は縮合環ヘテロアリール基（即ち、複数の環が相互に縮合しており、縮合環の少なくとも１個が複素芳香環であるもの）を含む。５，６−縮合環ヘテロアリーレンとは、２個の環が相互に縮合しており、一方の環が５員環であり、他方の環が６員環であり、少なくとも一方の環がヘテロアリール環であるものを意味する。同様に、６，６−縮合環ヘテロアリーレンとは、２個の環が相互に縮合しており、一方の環が６員環であり、他方の環が６員環であり、少なくとも一方の環がヘテロアリール環であるものを意味する。更に、６，５−縮合環ヘテロアリーレンとは、２個の環が相互に縮合しており、一方の環が６員環であり、他方の環が５員環であり、少なくとも一方の環がヘテロアリール環であるものを意味する。ヘテロアリール基は炭素又はヘテロ原子を介して分子の残余と結合することができる。アリール基とヘテロアリール基の非限定的な例としては、フェニル、１−ナフチル、２−ナフチル、４−ビフェニル、１−ピロリル、２−ピロリル、３−ピロリル、３−ピラゾリル、２−イミダゾリル、４−イミダゾリル、ピラジニル、２−オキサゾリル、４−オキサゾリル、２−フェニル−４−オキサゾリル、５−オキサゾリル、３−イソオキサゾリル、４−イソオキサゾリル、５−イソオキサゾリル、２−チアゾリル、４−チアゾリル、５−チアゾリル、２−フリル、３−フリル、２−チエニル、３−チエニル、２−ピリジル、３−ピリジル、４−ピリジル、２−ピリミジル、４−ピリミジル、５−ベンゾチアゾリル、プリニル、２−ベンゾイミダゾリル、５−インドリル、１−イソキノリル、５−イソキノリル、２−キノキサリニル、５−キノキサリニル、３−キノリル及び６−キノリルが挙げられる。上記のアリール環系及びヘテロアリール環系の各々の置換基は以下に記載する許容可能な置換基の群から選択される。単独又は別の置換基の一部としての「アリーレン」及び「ヘテロアリーレン」とは、夫々アリール及びヘテロアリールから誘導される二価基を意味する。アリール基とヘテロアリール基の非限定的な例としては、ピリジニル、ピリミジニル、チオフェニル、チエニル、フラニル、インドリル、ベンゾオキサジアゾリル、ベンゾジオキソリル、ベンゾジオキサニル、チアナフタニル、ピロロピリジニル、インダゾリル、キノリニル、キノキサリニル、ピリドピラジニル、キナゾリノニル、ベンゾイソオキサゾリル、イミダゾピリジニル、ベンゾフラニル、ベンゾチエニル、ベンゾチオフェニル、フェニル、ナフチル、ビフェニル、ピロリル、ピラゾリル、イミダゾリル、ピラジニル、オキサゾリル、イソオキサゾリル、チアゾリル、フリルチエニル、ピリジル、ピリミジル、ベンゾチアゾリル、プリニル、ベンゾイミダゾリル、イソキノリル、チアジアゾリル、オキサジアゾリル、ピロリル、ジアゾリル、トリアゾリル、テトラゾリル、ベンゾチアジアゾリル、イソチアゾリル、ピラゾロピリミジニル、ピロロピリミジニル、ベンゾトリアゾリル、ベンゾオキサゾリル又はキノリルが挙げられる。上記例は置換されていてもよいし、置換されていなくてもよく、上記各ヘテロアリールの例の二価基はヘテロアリーレンの非限定的な例である。ヘテロアリール部分は１個の環ヘテロ原子（例えば、Ｏ、Ｎ又はＳ）を含むことができる。ヘテロアリール部分は２個の任意選択により異なる環ヘテロ原子（例えば、Ｏ、Ｎ又はＳ）を含むことができる。ヘテロアリール部分は３個の任意選択により異なる環ヘテロ原子（例えば、Ｏ、Ｎ又はＳ）を含むことができる。ヘテロアリール部分は４個の任意選択により異なる環ヘテロ原子（例えば、Ｏ、Ｎ又はＳ）を含むことができる。ヘテロアリール部分は５個の任意選択により異なる環ヘテロ原子（例えば、Ｏ、Ｎ又はＳ）を含むことができる。アリール部分は単環でもよい。アリール部分は２個の任意選択により異なる環を含むことができる。アリール部分は３個の任意選択により異なる環を含むことができる。アリール部分は４個の任意選択により異なる環を含むことができる。ヘテロアリール部分は単環でもよい。ヘテロアリール部分は２個の任意選択により異なる環を含むことができる。ヘテロアリール部分は３個の任意選択により異なる環を含むことができる。ヘテロアリール部分は４個の任意選択により異なる環を含むことができる。ヘテロアリール部分は５個の任意選択により異なる環を含むことができる。
縮合環ヘテロシクロアルキルアリールとはアリールがヘテロシクロアルキルに縮合したものである。縮合環ヘテロシクロアルキルヘテロアリールとはヘテロアリールがヘテロシクロアルキルに縮合したものである。縮合環ヘテロシクロアルキルシクロアルキルとはヘテロシクロアルキルがシクロアルキルに縮合したものである。縮合環ヘテロシクロアルキルヘテロシクロアルキルとはヘテロシクロアルキルが別のヘテロシクロアルキルに縮合したものである。縮合環ヘテロシクロアルキルアリール、縮合環ヘテロシクロアルキルヘテロアリール、縮合環ヘテロシクロアルキルシクロアルキル又は縮合環ヘテロシクロアルキルヘテロシクロアルキルは、各々独立して置換されていなくてもよいし、本願に記載する置換基の１種以上で置換されていてもよい。
本願で使用する「オキソ」なる用語は炭素原子と二重結合した酸素を意味する。
本願で使用する「アルキルスルホニル」なる用語は式−Ｓ（Ｏ２）−Ｒ’を有する部分を意味し、式中、Ｒ’は上記に定義したような置換又は非置換のアルキル基である。Ｒ’は指定炭素数とすることができる（例えば「Ｃ１−Ｃ４アルキルスルホニル」）。
上記用語の各々（例えば「アルキル」、「ヘテロアルキル」、「シクロアルキル」、「ヘテロシクロアルキル」、「アリール」及び「ヘテロアリール」）は指定する基の置換形と非置換形の両方を含む。各種基の好ましい置換基を以下に挙げる。
アルキル基とヘテロアルキル基（アルキレン、アルケニル、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニル、アルキニル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアルケニル及びヘテロシクロアルケニルと呼ばれることが多い基を含む）の置換基は、限定されないが、−ＯＲ’、＝Ｏ、＝ＮＲ’、＝Ｎ−ＯＲ’、−ＮＲ’Ｒ”、−ＳＲ’、−ハロゲン、−ＳｉＲ’Ｒ”Ｒ”’、−ＯＣ（Ｏ）Ｒ’、−Ｃ（Ｏ）Ｒ’、−ＣＯ２Ｒ’、−ＣＯＮＲ’Ｒ”、−ＯＣ（Ｏ）ＮＲ’Ｒ”、−ＮＲ”Ｃ（Ｏ）Ｒ’、−ＮＲ’−Ｃ（Ｏ）ＮＲ”Ｒ”’、−ＮＲ”Ｃ（Ｏ）２Ｒ’、−ＮＲ−Ｃ（ＮＲ’Ｒ”）＝ＮＲ”’、−Ｓ（Ｏ）Ｒ’、−Ｓ（Ｏ）２Ｒ’、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ）（’Ｒ”−ＮＲＳＯ２Ｒ’）、−ＣＮ及び−ＮＯ２から選択される種々の基の１種以上とすることができ、０〜（２ｍ’＋１）（但し、ｍ’はこのような基における合計炭素原子数である。）の範囲の数で存在する。Ｒ’、Ｒ”、Ｒ”’及びＲ””は各々独立して水素、置換もしくは非置換のヘテロアルキル基、置換もしくは非置換のシクロアルキル基、置換もしくは非置換のヘテロシクロアルキル基、置換もしくは非置換のアリール基（例えば、１〜３個のハロゲンで置換されたアリール基）、置換もしくは非置換のアルキル基、アルコキシ基、チオアルコキシ基もしくはアリールアルキル基を意味することが好ましい。本発明の化合物が２個以上のＲ基を含むとき、例えば、Ｒ基は各々独立して、Ｒ’基、Ｒ”基、Ｒ”’基及びＲ””基の２以上が存在する場合のこれらの基の各々と同様に選択される。Ｒ’及びＲ”が同一の窒素原子に結合しているとき、これらの基はこの窒素原子と一緒になって４員、５員、６員又は７員環を形成することができる。例えば、−ＮＲ’Ｒ”としては、限定されないが、１−ピロリジニルと４−モルホリニルが挙げられる。置換基に関する以上の記載から当業者に自明の通り、「アルキル」なる用語はハロアルキル（例えば、−ＣＦ３及び−ＣＨ２ＣＦ３）やアシル（例えば、−Ｃ（Ｏ）ＣＨ３、−Ｃ（Ｏ）ＣＦ３、−Ｃ（Ｏ）ＣＨ２ＯＣＨ３等）のように、炭素原子が水素基以外の基と結合した基を含めた意味である。
アルキル基について記載した置換基と同様に、アリール基とヘテロアリール基の置換基も多様であり、ゼロから芳香環系上の合計未結合原子価数までの数で存在し、例えば、−ＯＲ’、−ＮＲ’Ｒ”、−ＳＲ’、−ハロゲン、−ＳｉＲ’Ｒ”Ｒ”’、−ＯＣ（Ｏ）Ｒ’、−Ｃ（Ｏ）Ｒ’、−ＣＯ２Ｒ’、−ＣＯＮＲ’Ｒ”、−ＯＣ（Ｏ）ＮＲ’Ｒ”、−ＮＲ”Ｃ（Ｏ）Ｒ’、−ＮＲ’−Ｃ（Ｏ）ＮＲ”Ｒ”’、ＮＲ”Ｃ（Ｏ）２Ｒ’、ＮＲＣ（ＮＲ’Ｒ”）＝ＮＲ”’、Ｓ（Ｏ）Ｒ’、−Ｓ（Ｏ）２Ｒ’、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）（Ｒ”、−ＮＲＳＯ２Ｒ’）、−ＣＮ、−ＮＯ２、−Ｒ’、−Ｎ３、−ＣＨ（Ｐｈ）２、フルオロ（Ｃ１−Ｃ４）アルコキシ及びフルオロ（Ｃ１−Ｃ４）アルキルから選択され、但し、Ｒ’、Ｒ”、Ｒ”’及びＲ””は独立して水素、置換又は非置換のアルキル、置換又は非置換のヘテロアルキル、置換又は非置換のシクロアルキル、置換又は非置換のヘテロシクロアルキル、置換又は非置換のアリール、及び置換又は非置換のヘテロアリールから選択されることが好ましい。本発明の化合物が２個以上のＲ基を含むとき、例えば、Ｒ基は各々独立して、Ｒ’基、Ｒ”基、Ｒ”’基及びＲ””基の２以上が存在する場合のこれらの基の各々と同様に選択される。
ある部分がＲ置換基で置換されているとき、この基を「Ｒ置換されている」と言うことができる。ある部分がＲ置換されているとき、この部分は少なくとも１個のＲ置換基で置換されており、各Ｒ置換基は任意選択により異なる。例えば、本願に記載するある部分がＲ１Ａ置換されているか又は非置換のアルキルである場合には、複数のＲ１Ａ置換基がアルキル部分に結合していてもよく、各Ｒ１Ａ置換基は任意選択により異なる。Ｒ置換された部分が複数のＲ置換基により置換されている場合、本願ではＲ’、Ｒ”等のプライム記号（’）を使用して各Ｒ置換基を区別することができる。例えば、ある部分がＲ１Ａ置換されているか又は非置換のアルキルであり、この部分が複数のＲ１Ａ置換基で置換されている場合には、これらの複数のＲ１Ａ置換基をＲ１Ａ’、Ｒ１Ａ”、Ｒ１Ａ”’等として区別することができる。所定の実施形態において、Ｒ置換基数は３である。所定の実施形態において、Ｒ置換基数は２である。
２個以上の置換基は任意選択により結合し、アリール基、ヘテロアリール基、シクロアルキル基又はヘテロシクロアルキル基を形成してもよい。このような所謂環形成置換基は、必ずしもそうでない場合もあるが、一般的には環状基本構造に結合している。１実施形態において、環形成置換基は基本構造の隣接メンバーに結合している。例えば、環状基本構造の隣接メンバーに結合した２個の環形成置換基は縮合環構造を形成する。別の実施形態において、環形成置換基は基本構造の単一メンバーに結合している。例えば、環状基本構造の単一メンバーに結合した２個の環形成置換基はスピロ環構造を形成する。更に別の実施形態において、環形成置換基は基本構造の非隣接メンバーに結合している。
アリール環又はヘテロアリール環の隣接する原子上の置換基の２個は任意選択により式−Ｔ−Ｃ（Ｏ）−（ＣＲＲ’）ｑ−Ｕ−の環を形成してもよく、前記式中、Ｔ及びＵは独立して−ＮＲ−、−Ｏ−、−ＣＲＲ’−又は単結合であり、ｑは０〜３の整数である。あるいは、アリール環又はヘテロアリール環の隣接する原子上の置換基の２個を任意選択により式−Ａ−（ＣＨ２）ｒ−Ｂ−の置換基で置換えてもよく、前記式中、Ａ及びＢは独立して−ＣＲＲ’−、−Ｏ−、−ＮＲ−、−Ｓ−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２ＮＲ’−又は単結合であり、ｒは１〜４の整数である。こうして形成される新しい環の単結合の１個を任意選択により二重結合で置換えてもよい。あるいは、アリール環又はヘテロアリール環の隣接する原子上の置換基の２個を任意選択により式−（ＣＲＲ’）ｓ−Ｘ’−（Ｃ”Ｒ”Ｒ”’）ｄ−の置換基で置換えてもよく、前記式中、変数ｓ及びｄは独立して０〜３の整数であり、Ｘ’は−Ｏ−、−ＮＲ’−、−Ｓ−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−又は−Ｓ（Ｏ）２ＮＲ’−である。置換基Ｒ、Ｒ’、Ｒ”及びＲ”’は独立して水素、置換又は非置換のアルキル、置換又は非置換のヘテロアルキル、置換又は非置換のシクロアルキル、置換又は非置換のヘテロシクロアルキル、置換又は非置換のアリール及び置換又は非置換のヘテロアリールから選択されることが好ましい。
本願で使用する「ヘテロ原子」又は「環ヘテロ原子」なる用語は酸素（Ｏ）、窒素（Ｎ）、硫黄（Ｓ）、リン（Ｐ）及びケイ素（Ｓｉ）を含む意味である。
本願で使用する「置換基群」とは、以下の部分から選択される基を意味する。
（Ａ）オキソ、ハロゲン、−ＣＦ３、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＯＮＨ２、−ＮＯ２、−ＳＨ、−ＳＯ２Ｃｌ、−ＳＯ３Ｈ、−ＳＯ４Ｈ、−ＳＯ２ＮＨ２、-ＮＨＮＨ２、-ＯＮＨ２、-ＮＨＣ＝（Ｏ）ＮＨＮＨ２、-ＮＨＣ＝（Ｏ）ＮＨ２、−ＮＨＳＯ２Ｈ、−ＮＨＣ＝（Ｏ）Ｈ、−ＮＨＣ（Ｏ）−ＯＨ、−ＮＨＯＨ、−ＯＣＦ３、−ＯＣＨＦ２、非置換のアルキル、非置換のヘテロアルキル、非置換のシクロアルキル、非置換のヘテロシクロアルキル、非置換のアリール、非置換のヘテロアリール。
（Ｂ）（ｉ）オキソ、ハロゲン、−ＣＦ３、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＯＮＨ２、−ＮＯ２、−ＳＨ、−ＳＯ２Ｃｌ、−ＳＯ３Ｈ、−ＳＯ４Ｈ、−ＳＯ２ＮＨ２、-ＮＨＮＨ２、-ＯＮＨ２、-ＮＨＣ＝（Ｏ）ＮＨＮＨ２、-ＮＨＣ＝（Ｏ）ＮＨ２、−ＮＨＳＯ２Ｈ、−ＮＨＣ＝（Ｏ）Ｈ、−ＮＨＣ（Ｏ）−ＯＨ、−ＮＨＯＨ、−ＯＣＦ３、−ＯＣＨＦ２、非置換のアルキル、非置換のヘテロアルキル、非置換のシクロアルキル、非置換のヘテロシクロアルキル、非置換のアリール、非置換のヘテロアリール、
（ｉｉ）（ａ）オキソ、ハロゲン、−ＣＦ３、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＯＮＨ２、−ＮＯ２、−ＳＨ、−ＳＯ２Ｃｌ、−ＳＯ３Ｈ、−ＳＯ４Ｈ、−ＳＯ２ＮＨ２、-ＮＨＮＨ２、-ＯＮＨ２、-ＮＨＣ＝（Ｏ）ＮＨＮＨ２、-ＮＨＣ＝（Ｏ）ＮＨ２、−ＮＨＳＯ２Ｈ、−ＮＨＣ＝（Ｏ）Ｈ、−ＮＨＣ（Ｏ）−ＯＨ、−ＮＨＯＨ、−ＯＣＦ３、−ＯＣＨＦ２、非置換のアルキル、非置換のヘテロアルキル、非置換のシクロアルキル、非置換のヘテロシクロアルキル、非置換のアリール、非置換のヘテロアリール、
（ｂ）オキソ、ハロゲン、−ＣＦ３、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＯＮＨ２、−ＮＯ２、−ＳＨ、−ＳＯ２Ｃｌ、−ＳＯ３Ｈ、−ＳＯ４Ｈ、−ＳＯ２ＮＨ２、-ＮＨＮＨ２、-ＯＮＨ２、-ＮＨＣ＝（Ｏ）ＮＨＮＨ２、-ＮＨＣ＝（Ｏ）ＮＨ２、−ＮＨＳＯ２Ｈ、−ＮＨＣ＝（Ｏ）Ｈ、−ＮＨＣ（Ｏ）−ＯＨ、−ＮＨＯＨ、−ＯＣＦ３、−ＯＣＨＦ２、非置換のアルキル、非置換のヘテロアルキル、非置換のシクロアルキル、非置換のヘテロシクロアルキル、非置換のアリール、非置換のヘテロアリールから選択される少なくとも１個の置換基で置換されたアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、ヘテロアリール
から選択される少なくとも１個の置換基で置換されたアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、ヘテロアリール
から選択される少なくとも１個の置換基で置換されたアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、ヘテロアリール。
本願で使用する「サイズ限定置換基」又は「サイズ限定置換基群」とは、「置換基群」について上記に記載した全置換基から選択される基を意味し、置換又は非置換のアルキルは各々置換又は非置換のＣ１−Ｃ２０アルキルであり、置換又は非置換のヘテロアルキルは各々置換又は非置換の２〜２０員ヘテロアルキルであり、置換又は非置換のシクロアルキルは各々置換又は非置換のＣ３−Ｃ８シクロアルキルであり、置換又は非置換のヘテロシクロアルキルは各々置換又は非置換の３〜８員ヘテロシクロアルキルであり、置換又は非置換のアリールは各々置換又は非置換のＣ６−Ｃ１０アリールであり、置換又は非置換のヘテロアリールは各々置換又は非置換の５〜１０員ヘテロアリールである。
本願で使用する「低級置換基」又は「低級置換基群」とは、「置換基群」について上記に記載した全置換基から選択される基を意味し、置換又は非置換のアルキルは各々置換又は非置換のＣ１−Ｃ８アルキルであり、置換又は非置換のヘテロアルキルは各々置換又は非置換の２〜８員ヘテロアルキルであり、置換又は非置換のシクロアルキルは各々置換又は非置換のＣ３−Ｃ７シクロアルキルであり、置換又は非置換のヘテロシクロアルキルは各々置換又は非置換の３〜７員ヘテロシクロアルキルであり、置換又は非置換のアリールは各々置換又は非置換のＣ６−Ｃ１０アリールであり、置換又は非置換のヘテロアリールは各々置換又は非置換の５〜９員ヘテロアリールである。
所定の実施形態において、本願の化合物中に記載する置換の各基は少なくとも１種の置換基群で置換されている。より具体的には、所定の実施形態において、本願の化合物中に記載する置換のアルキル、置換のヘテロアルキル、置換のシクロアルキル、置換のヘテロシクロアルキル、置換のアリール、置換のヘテロアリール、置換のアルキレン、置換のヘテロアルキレン、置換のシクロアルキレン、置換のヘテロシクロアルキレン、置換のアリーレン、及び／又は置換のヘテロアリーレンは各々少なくとも１種の置換基群で置換されている。他の実施形態において、これらの基の少なくとも１個又は全部は少なくとも１種のサイズ限定置換基群で置換されている。他の実施形態において、これらの基の少なくとも１個又は全部は少なくとも１種の低級置換基群で置換されている。
本願の化合物の他の実施形態において、置換もしくは非置換のアルキルは各々置換もしくは非置換のＣ１−Ｃ２０アルキルとすることができ、置換もしくは非置換のヘテロアルキルは各々置換もしくは非置換の２〜２０員ヘテロアルキルであり、置換もしくは非置換のシクロアルキルは各々置換もしくは非置換のＣ３−Ｃ８シクロアルキルであり、置換もしくは非置換のヘテロシクロアルキルは各々置換もしくは非置換の３〜８員ヘテロシクロアルキルであり、置換もしくは非置換のアリールは各々置換もしくは非置換のＣ６−Ｃ１０アリールであり、及び／又は置換もしくは非置換のヘテロアリールは各々置換もしくは非置換の５〜１０員ヘテロアリールである。本願の化合物の所定の実施形態において、置換もしくは非置換のアルキレンは各々置換もしくは非置換のＣ１−Ｃ２０アルキレンであり、置換もしくは非置換のヘテロアルキレンは各々置換もしくは非置換の２〜２０員ヘテロアルキレンであり、置換もしくは非置換のシクロアルキレンは各々置換もしくは非置換のＣ３−Ｃ８シクロアルキレンであり、置換もしくは非置換のヘテロシクロアルキレンは各々置換もしくは非置換の３〜８員ヘテロシクロアルキレンであり、置換もしくは非置換のアリーレンは各々置換もしくは非置換のＣ６−Ｃ１０アリーレンであり、及び／又は置換もしくは非置換のヘテロアリーレンは各々置換もしくは非置換の５〜１０員ヘテロアリーレンである。
所定の実施形態において、置換もしくは非置換のアルキルは各々置換もしくは非置換のＣ１−Ｃ８アルキルであり、置換もしくは非置換のヘテロアルキルは各々置換もしくは非置換の２〜８員ヘテロアルキルであり、置換もしくは非置換のシクロアルキルは各々置換もしくは非置換のＣ３−Ｃ７シクロアルキルであり、置換もしくは非置換のヘテロシクロアルキルは各々置換もしくは非置換の３〜７員ヘテロシクロアルキルであり、置換もしくは非置換のアリールは各々置換もしくは非置換のＣ６−Ｃ１０アリールであり、及び／又は置換もしくは非置換のヘテロアリールは各々置換もしくは非置換の５〜９員ヘテロアリールである。所定の実施形態において、置換もしくは非置換のアルキレンは各々置換もしくは非置換のＣ１−Ｃ８アルキレンであり、置換もしくは非置換のヘテロアルキレンは各々置換もしくは非置換の２〜８員ヘテロアルキレンであり、置換もしくは非置換のシクロアルキレンは各々置換もしくは非置換のＣ３−Ｃ７シクロアルキレンであり、置換もしくは非置換のヘテロシクロアルキレンは各々置換もしくは非置換の３〜７員ヘテロシクロアルキレンであり、置換もしくは非置換のアリーレンは各々置換もしくは非置換のＣ６−Ｃ１０アリーレンであり、及び／又は置換もしくは非置換のヘテロアリーレンは各々置換もしくは非置換の５〜９員ヘテロアリーレンである。所定の実施形態において、前記化合物は下記実施例のセクション、図面又は表に記載する化学種である。
本願で使用する「コンジュゲート」なる用語は原子間又は分子間の会合を意味する。会合は直接でも間接でもよい。例えば、核酸とタンパク質との間のコンジュゲートは例えば共有結合により直接とすることもできるし、例えば非共有結合（例えば静電相互作用（例えばイオン結合、水素結合、ハロゲン結合）、ファンデルワールス相互作用（例えば双極子−双極子、双極子誘起双極子、ロンドン分散）、環スタッキング（π作用）、疎水性相互作用等）により間接とすることもできる。複数の実施形態において、コンジュゲートはコンジュゲートケミストリーを使用して形成され、限定されないが、求核置換反応（例えばアミン及びアルコールとハロゲン化アシル、活性エステルとの反応）、求電子置換反応（例えばエナミン反応）、並びに炭素−炭素及び炭素−ヘテロ原子多重結合への付加（例えばマイケル反応、ディールス・アルダー付加反応）が挙げられる。これら及び他の有用な反応は例えば、Ｍａｒｃｈ，ＡＤＶＡＮＣＥＤ ＯＲＧＡＮＩＣ ＣＨＥＭＩＳＴＲＹ，３ｒｄ Ｅｄ．，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９８５；Ｈｅｒｍａｎｓｏｎ，ＢＩＯＣＯＮＪＵＧＡＴＥ ＴＥＣＨＮＩＱＵＥＳ，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，１９９６；及びＦｅｅｎｅｙ ｅｔ ａｌ．，ＭＯＤＩＦＩＣＡＴＩＯＮ ＯＦ ＰＲＯＴＥＩＮＳ；Ａｄｖａｎｃｅｓ ｉｎ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ Ｓｅｒｉｅｓ，Ｖｏｌ．１９８，Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｓｏｃｉｅｔｙ，Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ，Ｄ．Ｃ．，１９８２に記載されている。複数の実施形態において、微粒子は微粒子の成分と固体支持体の成分との間の非共有結合性化学反応を介して固体支持体に非共有結合されている。他の実施形態において、前記微粒子は本願に記載するような１個以上の反応性部分、例えば共有結合性反応性部分（例えばアミン反応性部分）を含む。他の実施形態において、前記微粒子は本願に記載するような１個以上の反応性部分、例えば共有結合性反応性部分（例えばアミン反応性部分）をもつリンカーを含む。
本願でコンジュゲートケミストリー（当分野で公知の「クリックケミストリー」を含む）に使用される有用な反応性部分又は官能基としては、例えば以下のものが挙げられる。
（ａ）カルボキシル基と種々のその誘導体（限定されないが、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミドエステル、Ｎ−ヒドロキシベンゾトリアゾールエステル、酸ハロゲン化物、アシルイミダゾール、チオエステル、ｐ−ニトロフェニルエステル、アルキル、アルケニル、アルキニル及び芳香族エステル）；
（ｂ）エステル、エーテル、アルデヒド等に変換可能なヒドロキシル基
（ｃ）ハロゲン化物を後で例えばアミン、カルボン酸アニオン、チオールアニオン、カルバニオン又はアルコキシドイオン等の求核性基で置換することにより、ハロゲン原子の位置に新しい基の共有結合を生じることが可能なハロアルキル基；
（ｄ）ディールス・アルダー反応に関与することが可能なジエノフィル基（例えばマレイミド基）；
（ｅ）例えばイミン、ヒドラゾン、セミカルバゾンもしくはオキシム等のカルボニル誘導体の形成を介して、又はグリニャール付加反応やアルキルリチウム付加反応等のメカニズムを介してその後の誘導体化が可能となるようなアルデヒド基又はケトン基；
（ｆ）例えばスルホンアミドを形成するためにその後のアミンとの反応に使用されるハロゲン化スルホニル基；
（ｇ）ジスルフィドに変換可能、ハロゲン化アシルと反応可能又は金等の金属と結合可能なチオール基；
（ｈ）例えばアシル化、アルキル化又は酸化することが可能なアミン基又はスルフヒドリル基；
（ｉ）例えば環化付加反応、アシル化、マイケル付加反応等を受けることが可能なアルケン類；
（ｊ）例えばアミン及びヒドロキシル化合物と反応することが可能なエポキシド；
（ｋ）ホスホロアミダイト及び核酸合成で有用な他の標準的な官能基；
（ｌ）金属ケイ素酸化物結合；
（ｍ）例えばリン酸ジエステル結合を形成するための反応性リン基（例えばホスフィン）との金属結合；並びに
（ｎ）スルホン類（例えばビニルスルホン）。
コンジュゲート（「クリック」）ケミストリーを使用して低分子単位を結合することによる組成物の化学合成は当分野で周知であり、例えばＨ．Ｃ．Ｋｏｌｂ，Ｍ．Ｇ．Ｆｉｎｎ ａｎｄ Ｋ．Ｂ．Ｓｈａｒｐｌｅｓｓ（（２００１）．“Ｃｌｉｃｋ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ：Ｄｉｖｅｒｓｅ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｆｕｎｃｔｉｏｎ ｆｒｏｍ ａ Ｆｅｗ Ｇｏｏｄ Ｒｅａｃｔｉｏｎｓ”．Ａｎｇｅｗａｎｄｔｅ Ｃｈｅｍｉｅ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｅｄｉｔｉｏｎ ４０（１１）：２００４−２０２１）；Ｒ．Ａ．Ｅｖａｎｓ（（２００７）．“Ｔｈｅ Ｒｉｓｅ ｏｆ Ａｚｉｄｅ−Ａｌｋｙｎｅ １，３−Ｄｉｐｏｌａｒ ’Ｃｌｉｃｋ’ Ｃｙｃｌｏａｄｄｉｔｉｏｎ ａｎｄ ｉｔｓ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ ｔｏ Ｐｏｌｙｍｅｒ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｓｕｒｆａｃｅ Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎ”．Ａｕｓｔｒａｌｉａｎ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ６０（６）：３８４−３９５）；Ｗ．Ｃ．Ｇｕｉｄａ ｅｔ ａｌ．Ｍｅｄ．Ｒｅｓ．Ｒｅｖ．ｐ ３ １９９６；Ｓｐｉｔｅｒｉ，Ｃｈｒｉｓｔｉａｎ ａｎｄ Ｍｏｓｅｓ，Ｊｏｈｎ Ｅ．（（２０１０）．“Ｃｏｐｐｅｒ−Ｃａｔａｌｙｚｅｄ Ａｚｉｄｅ−Ａｌｋｙｎｅ Ｃｙｃｌｏａｄｄｉｔｉｏｎ：Ｒｅｇｉｏｓｅｌｅｃｔｉｖｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｏｆ １，４，５−Ｔｒｉｓｕｂｓｔｉｔｕｔｅｄ １，２，３−Ｔｒｉａｚｏｌｅｓ”．Ａｎｇｅｗａｎｄｔｅ Ｃｈｅｍｉｅ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｅｄｉｔｉｏｎ ４９（１）：３１−３３）；Ｈｏｙｌｅ，Ｃｈａｒｌｅｓ Ｅ．ａｎｄ Ｂｏｗｍａｎ，Ｃｈｒｉｓｔｏｐｈｅｒ Ｎ．（（２０１０）．“Ｔｈｉｏｌ−Ｅｎｅ Ｃｌｉｃｋ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ”．Ａｎｇｅｗａｎｄｔｅ Ｃｈｅｍｉｅ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｅｄｉｔｉｏｎ ４９（９）：１５４０−１５７３）；Ｂｌａｃｋｍａｎ，Ｍｅｌｉｓｓａ Ｌ．ａｎｄ Ｒｏｙｚｅｎ，Ｍａｋｓｉｍ ａｎｄ Ｆｏｘ，Ｊｏｓｅｐｈ Ｍ．（（２００８）．“Ｔｅｔｒａｚｉｎｅ Ｌｉｇａｔｉｏｎ：Ｆａｓｔ Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｉｏｎ Ｂａｓｅｄ ｏｎ Ｉｎｖｅｒｓｅ−Ｅｌｅｃｔｒｏｎ−Ｄｅｍａｎｄ Ｄｉｅｌｓ−Ａｌｄｅｒ Ｒｅａｃｔｉｖｉｔｙ”．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｔｈｅ Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｓｏｃｉｅｔｙ １３０（４１）：１３５１８−１３５１９）；Ｄｅｖａｒａｊ，Ｎｅａｌ Ｋ．ａｎｄ Ｗｅｉｓｓｌｅｄｅｒ，Ｒａｌｐｈ ａｎｄ Ｈｉｌｄｅｒｂｒａｎｄ，Ｓｃｏｔｔ Ａ．（（２００８）．“Ｔｅｔｒａｚｉｎｅ Ｂａｓｅｄ Ｃｙｃｌｏａｄｄｉｔｉｏｎｓ：Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ ｔｏ Ｐｒｅｔａｒｇｅｔｅｄ Ｌｉｖｅ Ｃｅｌｌ Ｌａｂｅｌｉｎｇ”．Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ １９（１２）：２２９７−２２９９）；Ｓｔｏｃｋｍａｎｎ，Ｈｅｎｎｉｎｇ；Ｎｅｖｅｓ，Ａｎｄｒｅ；Ｓｔａｉｒｓ，Ｓｈａｕｎ；Ｂｒｉｎｄｌｅ，Ｋｅｖｉｎ；Ｌｅｅｐｅｒ，Ｆｉｎｉａｎ（（２０１１）．“Ｅｘｐｌｏｒｉｎｇ ｉｓｏｎｉｔｒｉｌｅ−ｂａｓｅｄ ｃｌｉｃｋ ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ｆｏｒ ｌｉｇａｔｉｏｎ ｗｉｔｈ ｂｉｏｍｏｌｅｃｕｌｅｓ”．Ｏｒｇａｎｉｃ ＆ Ｂｉｏｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ）に記載されており、いずれもその開示内容全体をあらゆる目的で本願に援用する。
本願に記載するタンパク質又は核酸の化学的安定性に関与すること又は妨害することのないように、反応性官能基を選択することができる。例えば、核酸はビニルスルホン又は他の反応性部分（例えばマレイミド）を含むことができる。任意選択により、核酸は式−Ｓ−Ｓ−Ｒを有する反応性部分を含むことができる。Ｒは例えば保護基とすることができる。任意選択により、Ｒはヘキサノールである。本願で使用するヘキサノールなる用語は式Ｃ６Ｈ１３ＯＨを有する化合物を含み、１−ヘキサノール、２−ヘキサノール、３−ヘキサノール、２−メチル−１−ペンタノール、３−メチル−１−ペンタノール、４−メチル−１−ペンタノール、２−メチル−２−ペンタノール、３−メチル−２−ペンタノール、４−メチル−２−ペンタノール、２−メチル−３−ペンタノール、３−メチル−３−ペンタノール、２，２−ジメチル−１−ブタノール、２，３−ジメチル−１−ブタノール、３，３−ジメチル−１−ブタノール、２，３−ジメチル−２−ブタノール、３，３−ジメチル−２−ブタノール及び２−エチル−１−ブタノールが挙げられる。任意選択により、Ｒは１−ヘキサノールである。
本願で使用する「約」なる用語は指定値を含む数値範囲であって、当業者が指定値と妥当に同等であるとみなすような範囲を意味する。複数の実施形態において、「約」なる用語は当分野で一般に許容される測定法を使用して標準偏差以内であることを意味する。複数の実施形態において、約とは指定値の±１０％の範囲を意味する。複数の実施形態において、約とは指定値を意味する。
本願で使用する不定冠詞は１以上であることを意味する。更に、本願で使用する「〜で置換されている」なる表現は指定した基が名称を挙げた全置換基の１種以上で置換されていてもよいことを意味する。例えば、アルキル基やヘテロアリール基等の基が「非置換のＣ１−Ｃ２０アルキル又は非置換の２〜２０員ヘテロアルキルで置換されでいる」場合には、この基は１個以上の非置換のＣ１−Ｃ２０アルキル及び／又は１個以上の非置換の２〜２０員ヘテロアルキルを含むことができる。更に、ある部分がＲ置換基で置換されている場合、この基を「Ｒ置換されている」と言う場合もある。ある部分がＲ置換されている場合、この部分は少なくとも１個のＲ置換基で置換されており、Ｒ置換基は各々任意選択により異なる。
記号：
Figure 0006976854
 は分子又は化学式の残余に対する化学的部分の結合点を表す。
本発明の化合物に関する記載は当業者に公知の化学結合の原則により制限される。従って、ある基が多数の置換基の１種以上で置換されていてもよい場合、このような置換は化学結合の原則に従うと共に、本来的に不安定ではない化合物及び／又は周囲条件（水性、中性及び数種の公知の生理的条件）下で不安定になり易いことが当分野に通常の知識をもつ者に知られているものではない化合物を生じるように選択される。例えば、当業者に公知の化学結合の原則に従い、環ヘテロ原子を介して分子の残余にヘテロシクロアルキル又はヘテロアリールを結合することにより、本来的に不安定な化合物を回避する。
本願に記載する「ＣＴＬＡ−４」又は「ＣＴＬＡ−４タンパク質」なる用語は細胞傷害性Ｔリンパ球関連タンパク質４（ＣＴＬＡ−４）の組換え形態もしくは天然に存在する形態又はＣＴＬＡ−４タンパク質活性を（例えばＣＴＬＡ−４に比較して活性を少なくとも５０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は１００％以内に）維持するその変異体もしくはホモログのいずれかを含む。所定の態様において、前記変異体又はホモログは天然に存在するＣＴＬＡ−４ポリペプチドに比較して全長配列又は配列の一部（例えば連続する５０、１００、１５０又は２００アミノ酸部分）にわたって少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は１００％のアミノ酸配列一致度をもつ。複数の実施形態において、ＣＴＬＡ−４はＮＣＢＩ配列リファレンスＧＩ：８３７００２３１により識別されるようなタンパク質又はそのホモログもしくは機能的断片である。
本願に記載する「ＥＧＦＲ」又は「ＥＧＦＲタンパク質」なる用語は上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）の組換え形態もしくは天然に存在する形態又はＥＧＦＲ活性を（例えばＥＧＦＲに比較して活性を少なくとも５０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は１００％以内に）維持するその変異体もしくはホモログのいずれかを含む。所定の態様において、前記変異体又はホモログは天然に存在するＥＧＦＲに比較して全長配列又は配列の一部（例えば連続する５０、１００、１５０又は２００アミノ酸部分）にわたって少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は１００％のアミノ酸配列一致度をもつ。複数の実施形態において、ＥＧＦＲはＮＣＢＩ配列リファレンスＧＩ：２９７２５６０９により識別されるようなタンパク質又はそのホモログもしくは機能的断片である。
特に指定しない限り、本願で使用する科学技術用語は当分野に通常の知識をもつ者に一般に理解されている通りの意味である。例えばＳｉｎｇｌｅｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，ＤＩＣＴＩＯＮＡＲＹ ＯＦ ＭＩＣＲＯＢＩＯＬＯＧＹ ＡＮＤ ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ ＢＩＯＬＯＧＹ ２ｎｄ ｅｄ．，Ｊ．Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ（Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，ＮＹ １９９４）；Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ ＣＬＯＮＩＮＧ，Ａ ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ ＭＡＮＵＡＬ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇｓ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇｓ Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ １９８９）参照。本発明の実施には、本願に記載するものと同様又は均等なあらゆる方法、装置及び材料を使用することができる。以下の定義は本願で頻用する所定の用語を理解し易くすることを目的とし、本開示の範囲を制限するものでない。
「生物試料」又は「試料」とは対象又は患者から採取される材料又はそれに由来する材料を意味する。生物試料は生検及びオートプシー試料等の組織切片と、組織検査目的に採取される凍結切片を含む。このような試料としては、血液及び血液画分又は血液製剤（例えば血清、血漿、血小板、赤血球等）等の体液、痰、組織、培養細胞（例えば一次培養物、外植片及び形質転換細胞）、糞便、尿、滑液、結合組織、滑膜組織、滑膜細胞、線維芽細胞様滑膜細胞、マクロファージ様滑膜細胞、免疫細胞、造血細胞、線維芽細胞、マクロファージ、Ｔ細胞等が挙げられる。生物試料は一般的に霊長類（例えばチンパンジーやヒト）、ウシ、イヌ、ネコ、齧歯類（例えばモルモット、ラット、マウス、ウサギ）等の哺乳動物、鳥類、爬虫類又は魚類等の真核生物から得られる。
本願で使用する「細胞」とは代謝又はそのゲノムＤＮＡを保存もしくは複製するために十分な他の機能を行う細胞を意味する。細胞は当分野で周知の方法により同定することができ、例えば無傷の膜の存在、特定の色素による染色、子孫生産能、又は配偶子の場合には第２の配偶子と結合して生存可能な子孫を生産する能力が挙げられる。細胞としては、原核細胞と真核細胞が挙げられる。原核細胞としては、限定されないが、細菌が挙げられる。真核細胞としては、限定されないが、酵母細胞と、植物及び動物、例えば哺乳動物、昆虫（例えばハスモンヨトウ）に由来する細胞、及びヒト細胞が挙げられる。細胞は天然に非接着性であるか、又は例えばトリプシン処理により表面に接着しないように処理されているときに有用であると思われる。
「ポリペプチド」、「ペプチド」及び「タンパク質」なる用語は、アミノ酸残基のポリマーを意味するよう本願では同義に使用され、前記ポリマーは任意選択によりアミノ酸から構成されない部分にコンジュゲートされていてもよい。この用語は１個以上のアミノ酸残基が対応する天然に存在するアミノ酸の人工的な化学的ミメティックであるアミノ酸ポリマーと、天然に存在するアミノ酸ポリマーと、天然に存在しないアミノ酸ポリマーに適用される。「融合タンパク質」とは、単一の部分として組換え発現される２個以上の別個のタンパク質配列をコードするキメラタンパク質を意味する。
「ペプチジル」及び「ペプチジル部分」なる用語は分子の残余と結合したペプチド（例えば−Ｌ１−Ｒ２）を意味する。ペプチジル部分はペプチジル部分を分子（例えば本願に記載する化合物）の残余と結合するために使用される化学的リンカー（例えばＬ１Ａ、Ｌ３）で置換されていてもよい。ペプチジル部分は更に、別の化学的部分（例えばＲ３及び／又はＲ４）で置換されていてもよい。ペプチジル部分は更に、別の機械的にかみ合った複合体又はマスキングペプチド部分で置換されていてもよい。
「標識」又は「検出可能な部分」とは、分光学的手段、光化学的手段、生化学的手段、免疫化学的手段、化学的手段又は他の物理的手段により検出可能な組成物である。例えば、有用な標識としては、３２Ｐ、蛍光色素、高電子密度試薬、（例えばＥＬＩＳＡで一般に使用されているような）酵素、ビオチン、ジゴキシゲニンないしハプテン及び例えば標的ペプチドに特異的に反応性のペプチド又は抗体に放射性標識を組込むことにより検出可能にすることができるタンパク質又は他の化学種が挙げられる。抗体を標識にコンジュゲートするのに適した当分野で公知のあらゆる方法を利用することができ、例えばＨｅｒｍａｎｓｏｎ，Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ １９９６，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏに記載されている方法を使用する。
「標識タンパク質又はポリペプチド」とは、標識タンパク質又はポリペプチドに結合した標識の存在を検出することにより標識タンパク質又はポリペプチドの存在を検出できるように、リンカーもしくは化学結合を介して標識に共有結合したもの、又はイオン結合、ファンデルワールス結合、静電結合もしくは水素結合を介して標識に非共有的に結合したものである。あるいは、１対の結合パートナーの一方が他方（例えばビオチン、ストレプトアビジン）と結合する高親和性相互作用を使用する方法により、同一の結果を得ることもできる。
「アミノ酸」なる用語は、天然に存在するアミノ酸及び合成アミノ酸と、天然に存在するアミノ酸と同様に機能するアミノ酸アナログ及びアミノ酸ミメティックを意味する。天然に存在するアミノ酸は遺伝暗号によりコードされるアミノ酸と、後から修飾されたアミノ酸（例えばヒドロキシプロリン、γ−カルボキシグルタミン酸及びＯ−ホスホセリン）である。アミノ酸アナログとは、天然に存在するアミノ酸と同一の基本化学構造をもつ化合物、即ち、α炭素が水素、カルボキシル基、アミノ基及びＲ基に結合したもの（例えばホモセリン、ノルロイシン、メチオニンスルホキシド、メチオニンメチルスルホニウム）を意味する。このようなアナログは修飾Ｒ基（例えばノルロイシン）又は修飾ペプチド主鎖をもつが、天然に存在するアミノ酸と同一の基本化学構造を維持する。アミノ酸ミメティックとは、アミノ酸の一般化学構造とは異なる構造をもつが、天然に存在するアミノ酸と同様に機能する化合物を意味する。
本願ではアミノ酸をそれらの一般に知られている三文字表記で記載する場合もあるし、ＩＵＰＡＣ−ＩＵＢ生化学命名法委員会（Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ Ｎｏｍｅｎｃｌａｔｕｒｅ Ｃｏｍｍｉｓｓｉｏｎ）により推奨されている一文字表記で記載する場合もある。ヌクレオチドも同様にそれらの一般に認められている一文字コードで記載する場合がある。
アミノ酸「位置」又はヌクレオチド塩基「位置」は、参照配列における各アミノ酸（又はヌクレオチド塩基）の位置に基づいて、Ｎ末端（又は５’末端）から順次識別する番号により表す。最適なアラインメントを決定する際に考慮することができる欠失、挿入、切断、融合等により、一般に、単純にＮ末端から数えることにより決定した試験配列中のアミノ酸残基番号は必ずしも参照配列におけるその対応する位置の番号と同一ではなくなる。例えば、ある変異体が整列対象の参照配列に対して欠失をもつ場合には、欠失位置における参照配列中の位置に対応するアミノ酸はその変異体に存在しなくなる。整列対象の参照配列に対する挿入がある場合には、この挿入は参照配列におけるアミノ酸位置番号に対応しなくなる。切断又は融合の場合には、対応する配列中のどのアミノ酸にも対応しないアミノ酸範囲が、参照配列又は整列させた配列のいずれかにおいて存在する可能性がある。
指定のアミノ酸配列又はポリヌクレオチド配列のナンバリングに関して使用する場合に「〜を基準にした番号」又は「〜に対応する」なる用語は、この指定のアミノ酸配列又はポリヌクレオチド配列を特定の参照配列と比較した場合の参照配列の残基の番号を意味する。あるタンパク質におけるアミノ酸残基は、この残基が指定残基と同一の必須構造位置をそのタンパク質内で占めるときにこの指定残基に「対応する」。例えば、選択された抗体（又はＦａｂドメイン）における選択された残基は、この選択された残基がＫａｂａｔによる４０位の軽鎖トレオニンと同一の必須空間又は他の構造関係を占めるときに、Ｋａｂａｔによる４０位の軽鎖トレオニンに対応する。所定の実施形態では、選択されたタンパク質を抗体（又はＦａｂドメイン）の軽鎖と最大限に相同となるように整列させる場合、整列させた選択タンパク質においてトレオニン４０と並ぶ位置をトレオニン４０に対応すると言う。一次配列アラインメントではなく、三次元構造アラインメント（例えば、選択されたタンパク質の構造をＫａｂａｔによる４０位の軽鎖トレオニンと最大限に対応するように整列させ、構造全体を比較する）を使用することもできる。この場合には、構造モデルにおけるトレオニン４０と同一の必須位置を占めるアミノ酸をトレオニン４０残基に対応すると言う。
「保存的修飾変異体」はアミノ酸配列と核酸配列の両方に適用される。特定の核酸配列に関して、保存的修飾変異体とは、同一又は本質的に同一のアミノ酸配列をコードする核酸を意味し、あるいは核酸がアミノ酸配列をコードしない場合には、本質的に同一の配列を意味する。遺伝暗号の縮重により、多数の機能的に同一の核酸配列が任意の指定アミノ酸残基をコードする。例えば、コドンＧＣＡ、ＧＣＣ、ＧＣＧ及びＧＣＵはいずれもアミノ酸アラニンをコードする。従って、アラニンが１つのコドンにより指定される全ての位置において、コードされるポリペプチドを変えずに、対応する上記コドンのいずれかにこのコドンを変えることができる。このような核酸変異は「サイレント変異」であり、保存的修飾変異の１種である。ポリペプチドをコードする本願の全核酸配列はこの核酸の全ての可能なサイレント変異も記載する。当業者に自明の通り、機能的に同一の分子が得られるように、（通常ではメチオニンの唯一のコドンであるＡＵＧと、通常ではトリプトファンの唯一のコドンであるＴＧＧを除く）核酸の各コドンを修飾することができる。従って、ポリペプチドをコードする核酸の各サイレント変異は記載する各配列において実際のプローブ配列を基準にしているのではなく、発現産物を基準にしているものと暗黙に了解される。
アミノ酸配列については、当業者に自明の通り、核酸、ペプチド、ポリペプチド又はタンパク質の配列に対する個々の置換、欠失又は付加のうちで、コードされる配列における単一アミノ酸又は低百分率のアミノ酸を改変、付加又は欠失させるものが「保存的修飾変異体」であり、改変の結果としてアミノ酸は化学的に類似するアミノ酸で置換される。機能的に類似するアミノ酸を示す保存的置換表は当分野で周知である。このような保存的修飾変異体は本発明の多形変異体、種間ホモログ及び対立遺伝子に加えられ、これらを除外しない。
以下の８グループは相互に保存的置換であるアミノ酸を各々含む：１）アラニン（Ａ）、グリシン（Ｇ）；２）アスパラギン酸（Ｄ）、グルタミン酸（Ｅ）；３）アスパラギン（Ｎ）、グルタミン（Ｑ）；４）アルギニン（Ｒ）、リジン（Ｋ）；５）イソロイシン（Ｉ）、ロイシン（Ｌ）、メチオニン（Ｍ）、バリン（Ｖ）；６）フェニルアラニン（Ｆ）、チロシン（Ｙ）、トリプトファン（Ｗ）；７）セリン（Ｓ）、トレオニン（Ｔ）；及び８）システイン（Ｃ）、メチオニン（Ｍ）（例えばＣｒｅｉｇｈｔｏｎ，Ｐｒｏｔｅｉｎｓ（１９８４）参照）。
「核酸」とは、デオキシリボヌクレオチド又はリボヌクレオチドと１本鎖又は２本鎖形態のそのポリマー、及びその相補鎖を意味する。「ポリヌクレオチド」なる用語はヌクレオチドの直鎖状配列を意味する。「ヌクレオチド」なる用語は一般的にポリヌクレオチドの構成単位、即ちモノマーを意味する。ヌクレオチドはリボヌクレオチド、デオキシリボヌクレオチド又はその修飾形とすることができる。本願で想定されるポリヌクレオチドの例としては、１本鎖及び２本鎖ＤＮＡ、１本鎖及び２本鎖ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡを含む）、並びに１本鎖及び２本鎖ＤＮＡと１本鎖及び２本鎖ＲＮＡを混合したハイブリッド分子が挙げられる。本願で使用する核酸とは、天然に存在する核酸と同一の基本化学構造をもつ核酸も意味する。このようなアナログは修飾糖鎖及び／又は修飾環置換基をもつが、天然に存在する核酸と同一の基本化学構造を維持する。核酸ミメティックとは、核酸の一般化学構造とは異なる構造をもつが、天然に存在する核酸と同様に機能する化合物を意味する。このようなアナログの例としては、限定されないが、ホスホロチオエート、ホスホロアミデート、メチルホスホネート、キラルメチルホスホネート、２−Ｏ−メチルリボヌクレオチド及びペプチド核酸（ＰＮＡ）が挙げられる。
「配列一致度の百分率」は２つの最適に整列させた配列を比較領域にわたって比較することにより決定され、比較領域におけるポリヌクレオチド配列又はポリペプチド配列の部分は２つの配列の最適なアラインメントのために、（付加又は欠失を含まない）参照配列に比較して付加又は欠失（即ちギャップ）を含むことができる。百分率は、両方の配列で同一の核酸塩基又はアミノ酸残基が存在する位置数を求めてマッチした位置数を得、マッチした位置数を比較領域内の合計位置数で割り、得られた結果に１００をかけて配列一致度百分率を得ることにより計算される。
２つ以上の核酸配列又はポリペプチド配列に関して「一致」又は「一致度」百分率なる用語は、比較領域にわたって、又は以下の配列比較アルゴリズムの１種を使用するかもしくは手動アラインメントと目視検査により測定した指定領域にわたって、最大限に対応するように比較しそして整列させたときに、同一であるか、又は指定百分率のアミノ酸残基もしくはヌクレオチドが同一である（即ち指定領域、例えば本発明の全長ポリペプチド配列又は本発明のポリペプチドの個々の領域の一致度が６０％、任意選択により一致度が６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９８％又は９９％である）２つ以上の配列もしくは部分配列を意味する。この場合、このような配列を「実質的に一致する」と言う。この定義は試験配列の相補鎖にも適用される。任意選択により、一致は少なくとも約５０ヌクレオチド長の領域、又はより好ましくは１００〜５００もしくは１０００ヌクレオチド長以上の領域にわたって存在する。本発明は配列番号１〜２０のいずれかに実質的に一致するポリペプチドを含む。
配列比較には、一般的にある配列を参照配列とし、これに試験配列を比較する。配列比較アルゴリズムを使用する場合には、試験配列と参照配列をコンピューターに入力し、必要に応じて部分配列座標を指定し、配列アルゴリズムプログラムパラメーターを指定する。デフォルトプログラムパラメーターを使用することもできるし、代替パラメーターを指定することもできる。こうすると、配列比較アルゴリズムはプログラムパラメーターに基づいて参照配列に対する試験配列の配列一致度百分率を計算する。
本願で使用する「比較領域（ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ ｗｉｎｄｏｗ）」とは、例えば全長配列又は２０〜６００、約５０〜約２００、もしくは約１００〜約１５０アミノ酸もしくはヌクレオチドから構成される群から選択される連続位置数のいずれか１個のセグメントを意味し、そのセグメントにおいて、ある配列と同一連続位置数の参照配列を最適に配列させた後に、これらの２つの配列を比較することができる。比較のための配列アラインメント法は当分野で周知である。比較のための配列の最適なアラインメントは例えばＳｍｉｔｈ ａｎｄ Ｗａｔｅｒｍａｎ（１９７０）Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．２：４８２ｃのローカルホモロジーアルゴリズム、Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ ａｎｄ Ｗｕｎｓｃｈ（１９７０）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４８：４４３のホモロジーアラインメントアルゴリズム、Ｐｅａｒｓｏｎ ａｎｄ Ｌｉｐｍａｎ（１９８８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８５：２４４４の類似性検索法、これらのアルゴリズムのコンピューター実行（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｓｏｆｔｗａｒｅ Ｐａｃｋａｇｅ，Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ，５７５ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｄｒ．，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩのＧＡＰ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＦＡＳＴＡ及びＴＦＡＳＴＡ）、又は手動アラインメントと目視検査（例えばＡｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（１９９５ ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔ）参照）により実施することができる。
配列一致度及び配列類似度の百分率を求めるのに適したアルゴリズムの１例は、Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．（１９７７）Ｎｕｃ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５：３３８９−３４０２とＡｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．（１９９０）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３−４１０に夫々記載されているＢＬＡＳＴアルゴリズム及びＢＬＡＳＴ ２．０アルゴリズムである。ＢＬＡＳＴ解析を実施するためのソフトウェアは国立バイオテクノロジー情報センター（Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ）（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／）から公的に入手可能である。このアルゴリズムは先ず、データベース配列中の同一長のワードと整列させた場合に所定の正値の閾値スコアＴとマッチするか又はこれを満足するクエリ配列中の長さＷの短いワードを同定することにより高スコア配列対（ＨＳＰ）を同定することを含む。Ｔを隣接ワードスコア閾値と言う（Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，前出）。これらの初期隣接ワードヒットをシード（ｓｅｅｄ）として、これらのワードを含むもっと長いＨＳＰを見出すために検索を開始する。次に、累積アラインメントスコアを増加できる範囲内でワードヒットを各配列に沿って両方向に延長する。ヌクレオチド配列では、パラメーターＭ（１対のマッチする残基のリワードスコア、常に＞０）及びＮ（ミスマッチ残基のペナルティースコア、常に＜０）を使用して累積スコアを計算する。アミノ酸配列では、スコアリングマトリックスを使用して累積スコアを計算する。累積アラインメントスコアがその最大到達値から量Ｘだけ減少するとき、又は累積スコアが１カ所以上の負のスコアの残基アラインメントの累積によりゼロ以下になるとき、又はどちらかの配列の末端に達したときに各方向のワードヒットの延長を停止する。ＢＬＡＳＴアルゴリズムパラメーターＷ、Ｔ及びＸはアラインメントの感度と速度を決定する。ＢＬＡＳＴＮプログラム（ヌクレオチド配列用）はワード長（Ｗ）１１、期待値（Ｅ）１０、Ｍ＝５、Ｎ＝−４及び両鎖の比較をデフォルトとして使用する。アミノ酸配列用として、ＢＬＡＳＴＰプログラムはワード長（Ｗ）３、期待値（Ｅ）１０、及びＢＬＯＳＵＭ６２スコアリングマトリクッス（Ｈｅｎｉｋｏｆｆ ａｎｄ Ｈｅｎｉｋｏｆｆ（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８９：１０９１５参照）、アラインメント（Ｂ）５０、期待値（Ｅ）１０、Ｍ＝５、Ｎ＝−４及び両鎖の比較をデフォルトとして使用する。
ＢＬＡＳＴアルゴリズムは２つの配列間の類似性の統計解析も実施する（例えばＫａｒｌｉｎ ａｎｄ Ａｌｔｓｃｈｕｌ（１９９３）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９０：５８７３−５７８７参照）。ＢＬＡＳＴアルゴリズムにより提供される類似性の１つの尺度は、２つのヌクレオチド配列又はアミノ酸配列の間に偶然にマッチが起こる確率の指標を提供する最小合計確率（Ｐ（Ｎ））である。例えば、試験核酸を参照核酸と比較した場合の最小合計確率が約０．２未満、より好ましくは約０．０１未満、最も好ましくは約０．００１未満である場合に、核酸は参照配列に類似しているとみなす。
２つの核酸配列又はポリペプチドが実質的に一致していると判断する１つの指標は、下記のように、第１の核酸によりコードされるポリペプチドが第２の核酸によりコードされるポリペプチドに対する抗体に対して免疫学的に交差反応性であることである。即ち、例えば２つのペプチドの相違が保存的置換のみである場合に、ポリペプチドは一般的に第２のポリペプチドと実質的に一致する。２つの核酸配列が実質的に一致していると判断する別の指標は、これらの２分子又はそれらの相補鎖が以下に記載するようなストリンジェント条件下で相互にハイブリダイズすることである。２つの核酸配列が実質的に一致していると判断する更に別の指標は、配列を増幅させるために同一のプライマーを使用できることである。
「調節」、「調節する」又は「モジュレーター」なる用語はその単純な通常の意味に従って使用し、１種以上の性質を変化又は変更させる行為を意味する。「モジュレーター」とは標的分子のレベル又は標的分子の機能又は分子の標的の物理的状態を増減させる組成物を意味する。「調節」とは１種以上の性質を変化又は変更させるプロセスを意味する。例えば、生体標的に及ぼすモジュレーターの作用について適用する場合、「調節する」とは生体標的の性質もしくは機能又は生体標的の量を増減することにより変化させることを意味する。
タンパク質と阻害薬（例えば拮抗薬）の相互作用に関して本願で定義する「阻害」、「阻害する」、「阻害用」等の用語はタンパク質の活性又は機能を阻害薬の不在下におけるタンパク質の活性又は機能に比較してマイナスに変化させる（例えば低下させる）ことを意味する。複数の実施形態において、阻害とは疾患又は疾患の症状の軽減を意味する。従って、複数の実施形態において、阻害は刺激を部分的もしくは完全に阻止すること、活性化を低減、防止もしくは遅延させること、又はシグナル伝達もしくは酵素活性もしくはタンパク質の量を不活性化、減感もしくはダウンレギュレートさせることを少なくとも一部に含む。
タンパク質とアクチベーター（例えば作動薬）の相互作用に関して本願で定義する「活性化」、「活性化させる」、「活性化用」等の用語はタンパク質の活性又は機能をアクチベーター（例えば本願に記載する組成物）の不在下におけるタンパク質の活性又は機能に比較してプラスに変化させる（例えば増加させる）ことを意味する。従って、複数の実施形態において、活性化は刺激を部分的もしくは完全に増加すること、活性化を強化もしくは可能にすること、又はシグナル伝達もしくは酵素活性もしくは疾患で減少しているタンパク質の量を活性化、増感もしくはアップレギュレートさせることを少なくとも一部に含み得る。
例えば細胞、核酸、タンパク質又はベクターに関して使用する場合の「組換え」なる用語は、前記細胞、核酸、タンパク質又はベクターが実験室での手法により改変されているか又はその結果であることを意味する。従って、例えば、組換えタンパク質は実験室での手法により作製されたタンパク質を含む。組換えタンパク質はそのタンパク質の天然（非組換え）形態には存在しないアミノ酸残基を含むことができ、あるいは修飾（例えば標識）されたアミノ酸残基を含むことができる。
核酸の部分に関して使用する場合の「異種」なる用語はこの核酸が自然界では相互に同一の関係で存在しない２個以上の部分配列を含むことを意味する。例えば、新規な機能的核酸を形成するように配置された無関係の遺伝子に由来する２個以上の配列（例えばある起源に由来するプロモーターと、別の起源に由来するコーディング領域）をもつ核酸が一般的に組換え生産される。同様に、異種タンパク質とは、このタンパク質が自然界では相互に同一の関係で存在しない２個以上の部分配列を含むことを意味する（例えば融合）。
「抗体」とは、抗原と特異的に結合し、これを認識する免疫グロブリン遺伝子に由来するフレームワーク領域を含むポリペプチド又はその断片を意味する。認識される免疫グロブリン遺伝子としては、κ、λ、α、γ、δ、ε及びμ定常領域遺伝子と、無数の免疫グロブリン可変領域遺伝子が挙げられる。軽鎖はκ又はλとして分類される。重鎖はγ、μ、α、δ又はεとして分類され、夫々免疫グロブリンクラスＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＤ及びＩｇＥを規定する。一般的に、抗体の抗原結合領域は結合の特異性と親和性を決定するのに重要な役割を果たす。所定の実施形態において、抗体又は抗体断片はヒト、マウス、ラット、ハムスター、ラクダ等を含む種々の生物に由来することができる。本発明の抗体は抗体の所望の機能（例えばグリコシル化、発現、抗原認識、エフェクター機能、抗原結合、特異性等）を改善又は調節するように１カ所以上のアミノ酸位置において修飾又は突然変異された抗体を含むことができる。
抗体は入り組んだ内部構造をもつ大きい複雑な分子（分子量約１５０，０００又は約１３２０アミノ酸）である。天然の抗体分子は２対の同一のポリペプチド鎖を含み、各対は軽鎖１本と重鎖１本をもつ。各軽鎖及び重鎖は標的抗原との結合に関与する可変（「Ｖ」）領域と、免疫系の他の成分と相互作用する定常（「Ｃ」）領域の２領域から構成される。軽鎖及び重鎖の可変領域は三次元空間で一緒になり、抗原（例えば細胞の表面の受容体）と結合する可変領域を形成する。軽鎖又は重鎖の各可変領域の内側には相補性決定領域（「ＣＤＲ」）と呼ばれる３個の短いセグメント（平均１０アミノ酸長）が存在する。抗体可変領域の６個のＣＤＲ（軽鎖に３個と重鎖に３個）は三次元空間で一緒に折り畳まれ、標的抗原と結合する実際の抗体結合部位を形成する。ＣＤＲの位置と長さはＫａｂａｔ，Ｅ．ｅｔ ａｌ．，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，Ｕ．Ｓ．Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｈｕｍａｎ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ，１９８３，１９８７により正確に定義されている。ＣＤＲに含まれない可変領域の部分はフレームワーク（「ＦＲ」）と呼ばれ、ＣＤＲの環境を形成する。
代表的な免疫グロブリン（抗体）構造単位は四量体を含む。各四量体は同一の２対のポリペプチド鎖から構成され、各対は「軽」鎖（約２５ｋＤ）１本と「重」鎖（約５０〜７０ｋＤ）１本を有する。各鎖のＮ末端は主に抗原認識に関与する約１００〜１１０又はそれ以上のアミノ酸の可変領域を規定する。軽鎖可変領域（ＶＬ）及び重鎖可変領域（ＶＨ）なる用語は夫々これらの軽鎖と重鎖を意味する。Ｆｃ（即ち結晶性領域断片）は免疫グロブリンの「基部」ないし「尾部」であり、一般的に抗体の分類に応じて２又は３個の定常領域を提供する２本の重鎖から構成される。特定のタンパク質と結合することにより、Ｆｃ領域は各抗体が所定の抗原に適した免疫反応を生じるようにする。Ｆｃ領域はＦｃ受容体等の種々の細胞受容体や補体タンパク質等の他の免疫分子とも結合する。
抗体は例えば無傷の免疫グロブリンとして、又は種々のペプチダーゼによる消化により生成される多数の十分に特性解析された断片として存在する。従って、例えば、ペプシンはヒンジ領域のジスルフィド結合の下の抗体を消化してＦ（ａｂ）’２を生じる。これは、ジスルフィド結合によりＶＨ−ＣＨ１と結合した軽鎖であるＦａｂの、二量体である。穏やかな条件下でＦ（ａｂ）’２を還元し、ヒンジ領域のジスルフィド結合を壊すことにより、Ｆ（ａｂ）’２二量体をＦａｂ’単量体に変換することができる。Ｆａｂ’単量体は本質的にヒンジ領域の一部をもつ抗原結合性部分である（Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（Ｐａｕｌ ｅｄ．，３ｄ ｅｄ．１９９３）参照）。種々の抗体断片が無傷の抗体の消化の観点から定義されるが、当業者に自明の通り、このような断片は化学的に又は組換えＤＮＡ法を使用することによりｄｅ ｎｏｖｏ合成することができる。従って、本願で使用する抗体なる用語は、全長抗体の修飾により作製された抗体断片、又は組換えＤＮＡ法を使用してｄｅ ｎｏｖｏ合成されたもの（例えば１本鎖Ｆｖ）、又はファージディスプレイライブラリー（例えばＭｃＣａｆｆｅｒｔｙ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ ３４８：５５２−５５４（１９９０）参照）を使用して同定されたものも含む。
１本鎖可変断片（ｓｃＦｖ）は、一般的に、１０〜約２５アミノ酸の短いリンカーペプチドで連結された免疫グロブリンの重鎖可変領域（ＶＨ）と軽鎖可変領域（ＶＬ）の融合タンパク質である。リンカーは通常では柔軟性のためにグリシンリッチとすることができ、可溶性のためにセリン又はトレオニンリッチとすることができる。リンカーはＶＨのＮ末端をＶＬのＣ末端と連結するか、又はＶＬのＮ末端をＶＨのＣ末端と連結することができる。
ｍＡｂのエピトープとは、ｍＡｂが結合するその抗原の領域である。２種の抗体は各々、もう一方の抗体と抗原との結合をそれぞれ競合的に阻害（阻止）する場合に、同一エピトープ又はオーバーラップするエピトープと結合する。即ち、競合結合アッセイで測定した場合に一方の抗体が１倍、５倍、１０倍、２０倍又は１００倍過剰であると、他方の結合を少なくとも３０％、好ましくは５０％、７５％、９０％又は９９％阻害する（例えばＪｕｎｇｈａｎｓ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．５０：１４９５，１９９０参照）。あるいは、２種の抗体のうち一方の抗体の結合を減少又は消失させる、抗原における本質的に全ての突然変異が、他方の結合も減少又は消失させる場合に、これらの抗体は同一のエピトープをもつ。２種の抗体のうち一方の抗体の結合を減少又は消失させるなんらかのアミノ酸突然変異が他方の結合を減少又は消失させる場合に、これらの抗体はオーバーラップするエピトープをもつ。
本発明の好適な抗体（例えば組換え抗体、モノクローナル抗体又はポリクローナル抗体）を作製し、本発明に従って使用するためには、当分野で公知の多数の技術を使用することができる（例えばＫｏｈｌｅｒ ＆ Ｍｉｌｓｔｅｉｎ，Ｎａｔｕｒｅ ２５６：４９５−４９７（１９７５）；Ｋｏｚｂｏｒ ｅｔ ａｌ．，Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ Ｔｏｄａｙ ４：７２（１９８３）；Ｃｏｌｅ ｅｔ ａｌ．，Ｐｐ．７７−９６ ｉｎ Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ａｎｄ Ｃａｎｃｅｒ Ｔｈｅｒａｐｙ，Ａｌａｎ Ｒ．Ｌｉｓｓ，Ｉｎｃ．（１９８５）；Ｃｏｌｉｇａｎ，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（１９９１）；Ｈａｒｌｏｗ ＆ Ｌａｎｅ，Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（１９８８）；及びＧｏｄｉｎｇ，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ（２ｄ ｅｄ．１９８６）参照）。着目抗体の重鎖と軽鎖をコードする遺伝子を細胞からクローニングすることができ、例えばモノクローナル抗体をコードする遺伝子をハイブリドーマからクローニングし、組換えモノクローナル抗体を作製するために使用することができる。モノクローナル抗体の重鎖と軽鎖をコードする遺伝子ライブラリーをハイブリドーマ又は形質細胞から作製することもできる。重鎖及び軽鎖の遺伝子産物のランダムな組み合わせにより、抗原特異性の異なる抗体の大きなプールが得られる（例えばＫｕｂｙ，Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（３ｒｄ ｅｄ．１９９７）参照）。本発明のポリペプチドに対する抗体を作製するように、１本鎖抗体又は組換え抗体の作製技術（米国特許第４，９４６，７７８号、米国特許第４，８１６，５６７号）を応用することができる。また、ヒト化抗体又はヒト抗体を発現させるためにトランスジェニックマウスや、他の哺乳動物等の他の生物を使用してもよい（例えば米国特許第５，５４５，８０７号、５，５４５，８０６号、５，５６９，８２５号、５，６２５，１２６号、５，６３３，４２５号、５，６６１，０１６号、Ｍａｒｋｓ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １０：７７９−７８３（１９９２）；Ｌｏｎｂｅｒｇ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ ３６８：８５６−８５９（１９９４）；Ｍｏｒｒｉｓｏｎ，Ｎａｔｕｒｅ ３６８：８１２−１３（１９９４）；Ｆｉｓｈｗｉｌｄ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １４：８４５−５１（１９９６）；Ｎｅｕｂｅｒｇｅｒ，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １４：８２６（１９９６）；及びＬｏｎｂｅｒｇ ＆ Ｈｕｓｚａｒ，Ｉｎｔｅｒｎ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３：６５−９３（１９９５）参照）。あるいは、選択された抗原と特異的に結合する抗体及びヘテロマーＦａｂ断片を同定するためにファージディスプレイ技術を使用することができる（例えばＭｃＣａｆｆｅｒｔｙ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ ３４８：５５２−５５４（１９９０）；Ｍａｒｋｓ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １０：７７９−７８３（１９９２）参照）。抗体を二重特異性にすることもでき、即ち２種の異なる抗原を認識できるようにすることもできる（例えばＷＯ９３／０８８２９，Ｔｒａｕｎｅｃｋｅｒ ｅｔ ａｌ．，ＥＭＢＯ Ｊ．１０：３６５５−３６５９（１９９１）；及びＳｕｒｅｓｈ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ １２１：２１０（１９８６）参照）。抗体はヘテロコンジュゲート（例えば２種の共有結合した抗体又は免疫毒素）とすることもできる（例えば米国特許第４，６７６，９８０号、ＷＯ９１／００３６０；ＷＯ９２／２００３７３；及びＥＰ０３０８９参照）。
非ヒト抗体のヒト化又は霊長類化の方法は当分野で周知である（例えば米国特許第４，８１６，５６７号、５，５３０，１０１号、５，８５９，２０５号、５，５８５，０８９号、５，６９３，７６１号、５，６９３，７６２号、５，７７７，０８５号、６，１８０，３７０号、６，２１０，６７１号及び６，３２９，５１１号、ＷＯ８７／０２６７１；ＥＰ特許出願０１７３４９４；Ｊｏｎｅｓ ｅｔ ａｌ．（１９８６）Ｎａｔｕｒｅ ３２１：５２２；及びＶｅｒｈｏｙｅｎ ｅｔ ａｌ．（１９８８）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２３９：１５３４参照）。ヒト化抗体は更に、例えばＷｉｎｔｅｒ ａｎｄ Ｍｉｌｓｔｅｉｎ（１９９１）Ｎａｔｕｒｅ ３４９：２９３に記載されている。一般に、ヒト化抗体は非ヒト起源に由来する１個以上のアミノ酸残基を導入したものである。これらの非ヒトアミノ酸残基は一般的にインポート可変領域に由来するので、インポート残基と呼ばれることが多い。ヒト化は齧歯類ＣＤＲ又はＣＤＲ配列をヒト抗体の対応する配列に置換えることにより本質的にＷｉｎｔｅｒらの方法に従って実施することができる（例えばＭｏｒｒｉｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，ＰＮＡＳ ＵＳＡ，８１：６８５１−６８５５（１９８４），Ｊｏｎｅｓ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ ３２１：５２２−５２５（１９８６）；Ｒｉｅｃｈｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ ３３２：３２３−３２７（１９８８）；Ｍｏｒｒｉｓｏｎ ａｎｄ Ｏｉ，Ａｄｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，４４：６５−９２（１９８８），Ｖｅｒｈｏｅｙｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２３９：１５３４−１５３６（１９８８）及びＰｒｅｓｔａ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．２：５９３−５９６（１９９２），Ｐａｄｌａｎ，Ｍｏｌｅｃ．Ｉｍｍｕｎ．，２８：４８９−４９８（１９９１）；Ｐａｄｌａｎ，Ｍｏｌｅｃ．Ｉｍｍｕｎ．，３１（３）：１６９−２１７（１９９４）参照）。従って、このようなヒト化抗体はキメラ抗体（米国特許第４，８１６，５６７号）であり、無傷のヒト可変領域よりも実質的に少ない部分が非ヒト種に由来する対応する配列で置換されている。実際に、ヒト化抗体は一般的に、一部のＣＤＲ残基及び場合により一部のＦＲ残基を、齧歯類抗体における類似の位置からの残基で置換えたヒト抗体である。例えば、合成により、又は適切なｃＤＮＡセグメントとゲノムＤＮＡセグメントを組み合わせることにより、ヒト化免疫グロブリンフレームワーク領域をコードする第１の配列と、所望の免疫グロブリン相補性決定領域をコードする第２の配列を含むポリヌクレオチドを作製することができる。ヒト定常領域ＤＮＡ配列は周知の手順に従って種々のヒト細胞から単離することができる。
「キメラ抗体」とは、（ａ）抗原結合部位（可変領域）が別のもしくは改変された類、エフェクター機能及び／もしくは種の定常領域、又はキメラ抗体に新たな特性を付与する完全に別の分子（例えば酵素、毒素、ホルモン、成長因子、薬物等）と連結されるように、定常領域又はその一部が改変、置換又は交換された抗体分子、あるいは（ｂ）可変領域又はその一部が別の又は改変された抗原特異性をもつ可変領域に改変、置換又は交換された抗体分子である。本発明の好ましい抗体及び本発明に従って使用するのに好ましい抗体としては、ヒト化モノクローナル抗体及び／又はキメラモノクローナル抗体が挙げられる。
本願に記載する「治療用抗体」とは癌、自己免疫疾患、移植拒絶反応、心血管疾患又は本願に記載するもの等の他の疾患もしくは病態を治療するために使用される任意の抗体又はその機能的断片を意味する。治療用抗体の非限定的な例としては、マウス抗体、マウス化キメラ抗体もしくはヒト化キメラ抗体、又はヒト抗体が挙げられ、限定されないが、Ｅｒｂｉｔｕｘ（セツキシマブ）、ＲｅｏＰｒｏ（アブシキシマブ）、Ｓｉｍｕｌｅｃｔ（バシリキシマブ）、Ｒｅｍｉｃａｄｅ（インフリキシマブ）、Ｏｒｔｈｏｃｌｏｎｅ ＯＫＴ３（ムロモナブ−ＣＤ３）、Ｒｉｔｕｘａｎ（リツキシマブ）、Ｂｅｘｘａｒ（トシツモマブ）、Ｈｕｍｉｒａ（アダリムマブ）、Ｃａｍｐａｔｈ（アレムツズマブ）、Ｓｉｍｕｌｅｃｔ（バシリキシマブ）、Ａｖａｓｔｉｎ（ベバシズマブ）、Ｃｉｍｚｉａ（セルトリズマブペゴル）、Ｚｅｎａｐａｘ（ダクリズマブ）、Ｓｏｌｉｒｉｓ（エクリズマブ）、Ｒａｐｔｉｖａ（エファリズマブ）、Ｍｙｌｏｔａｒｇ（ゲムツズマブ）、Ｚｅｖａｌｉｎ（イブリツモマブチウキセタン）、Ｔｙｓａｂｒｉ（ナタリズマブ）、Ｘｏｌａｉｒ（オマリズマブ）、Ｓｙｎａｇｉｓ（パリビズマブ）、Ｖｅｃｔｉｂｉｘ（パニツムマブ）、Ｌｕｃｅｎｔｉｓ（ラニビズマブ）及びハーセプチン（トラスツズマブ）が挙げられる。
治療薬を抗体にコンジュゲートする技術は周知である（例えばＡｒｎｏｎ ｅｔ ａｌ．，“Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ Ｆｏｒ Ｉｍｍｕｎｏｔａｒｇｅｔｉｎｇ Ｏｆ Ｄｒｕｇｓ Ｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｔｈｅｒａｐｙ”，ｉｎ Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ Ａｎｄ Ｃａｎｃｅｒ Ｔｈｅｒａｐｙ，Ｒｅｉｓｆｅｌｄ ｅｔ ａｌ．（ｅｄｓ．），ｐｐ．２４３−５６（Ａｌａｎ Ｒ．Ｌｉｓｓ，Ｉｎｃ．１９８５）；Ｈｅｌｌｓｔｒｏｍ ｅｔ ａｌ．，“Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ Ｆｏｒ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ”ｉｎ Ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ（２ｎｄ Ｅｄ．），Ｒｏｂｉｎｓｏｎ ｅｔ ａｌ．（ｅｄｓ．），ｐｐ．６２３−５３（Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｋｋｅｒ，Ｉｎｃ．１９８７）；Ｔｈｏｒｐｅ，“Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｃａｒｒｉｅｒｓ Ｏｆ Ｃｙｔｏｔｏｘｉｃ Ａｇｅｎｔｓ Ｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｔｈｅｒａｐｙ：Ａ Ｒｅｖｉｅｗ” ｉｎ Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ‘８４：Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ａｎｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，Ｐｉｎｃｈｅｒａ ｅｔ ａｌ．（ｅｄｓ．），ｐｐ．４７５−５０６（１９８５）；及びＴｈｏｒｐｅ ｅｔ ａｌ．，“Ｔｈｅ Ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ Ａｎｄ Ｃｙｔｏｔｏｘｉｃ Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ Ｏｆ Ａｎｔｉｂｏｄｙ−Ｔｏｘｉｎ Ｃｏｎｊｕｇａｔｅｓ”，Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｒｅｖ．，６２：１１９−５８（１９８２）参照）。本願で使用する「抗体−薬物コンジュゲート」ないし「ＡＤＣ」とは、抗体とコンジュゲートさせるか又はさもなければ共有結合させた治療薬を意味する。本願に記載する「治療薬」とは、癌等の疾患の治療又は予防に有用な組成物である。
タンパク質又はペプチドについて記載する場合に、抗体と「特異的に（又は選択的に）結合する」又は「特異的に（又は選択的に）免疫反応性である」なる表現は、多くの場合にはタンパク質及び他の生物材料の不均質集団中における前記タンパク質の存在を判定する要因である結合反応を意味する。即ち、指定されたイムノアッセイ条件下で、指定抗体はバックグウンドの少なくとも２倍、より一般的にはバックグウンドの１０〜１００倍の強さで特定のタンパク質と結合する。このような条件下で抗体と特異的に結合するには、一般的に特定のタンパク質に対するその特異性について選択された抗体が必要である。例えば、選択された抗原に対して特異的に免疫反応性であるが、他のタンパク質に対してはそうでない抗体のサブセットのみを得るためには、ポリクローナル抗体を選択することができる。この選択は他の分子と交差反応する抗体を除外することにより行うことができる。特定のタンパク質に対して特異的に免疫反応性である抗体を選択するためには、種々のイムノアッセイフォーマットを使用することができる。例えば、あるタンパク質に対して特異的に免疫反応性である抗体を選択するために固相ＥＬＩＳＡイムノアッセイが日常的に使用されている（特異的免疫反応性を判定するために使用することができるイムノアッセイフォーマット及び条件に関する記載については、例えばＨａｒｌｏｗ ＆ Ｌａｎｅ，Ｕｓｉｎｇ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（１９９８）参照）。
「リガンド」とは、受容体と結合することが可能な物質（例えばポリペプチド又は他の分子）を意味する。
「接触させる」とはその単純な通常の意味に従って使用し、少なくとも２種類の別個の化学種（例えば生体分子又は細胞を含有する化合物）を相互に反応、相互作用又は物理的に接触させるために十分に接近させるプロセスを意味する。なお、得られる反応生成物は添加した試薬間の反応から直接生成することもできるし、添加した試薬の１種以上から反応混合物中で中間体を生成し、この中間体から反応生成物を生成することもできる。
「接触させる」なる用語は２種類の化学種を反応、相互作用又は物理的に接触させることを含むことができ、前記２種類の化学種は例えば本願に記載するような化合物及び立体障害性の化学的部分とすることができる。複数の実施形態において、接触させるとは、例えば本願に記載する化合物を立体障害性の化学的部分と相互作用させることを含む。
「対照」試料又は値とは、試験試料との比較のために基準として、通常では既知の基準として利用される試料を意味する。例えば、試験条件（例えば試験化合物の存在下）から試験試料を採取し、既知条件（例えば試験化合物の不在下（陰性対照）又は既知化合物の存在下（陽性対照））からの試料と比較することができる。対照は、多数の試験又は結果から集めた平均値を表すこともできる。当業者に自明の通り、任意数のパラメーターの評価のために対照を設計することができる。例えば、薬理学的データ（例えば半減期）又は治療尺度（例えば副作用の比較）に基づいて治療効果を比較するように対照を考案することができる。当業者は与えられた状況でどの対照が有用であるかを理解し、対照値との比較に基づいてデータを解析することができよう。対照はデータの有意性を判定するためにも有用である。例えば、所与のパラメーターの数値が複数の対照で非常に多様である場合には、試験試料における変動は有意とみなされない。
「患者」又は「〜を必要とする対象」なる用語は本願に記載する組成物又は医薬組成物の投与により治療することができる疾患又は病態に罹患しているか又は罹患し易い生体を意味する。非限定的な例としては、ヒト、他の哺乳動物、ウシ、ラット、マウス、イヌ、サル、ヤギ、ヒツジ、乳牛、シカ及び他の非哺乳動物が挙げられる。所定の実施形態において、患者はヒトである。
「疾患」又は「病態」なる用語は本願に記載する化合物、医薬組成物又は方法で治療することが可能な患者又は対象の身体状態又は健康状態を意味する。複数の実施形態において、前記疾患は癌（例えば肺癌、卵巣癌、骨肉腫、膀胱癌、子宮頸癌、肝臓癌、腎臓癌、皮膚癌（例えばメルケル細胞癌）、精巣癌、白血病、リンパ腫、頭頸部癌、大腸癌、前立腺癌、膵臓癌、メラノーマ、乳癌、神経芽腫）である。
「治療する」又は「治療」なる用語は、傷害、疾患、病状又は病態の治療又は改善の成功の何らかの徴候を意味し、症状の軽減、緩和、抑制や、傷害、病状又は病態を患者が耐え易いようにすること、変性又は衰弱の速度を遅らせること、最終変性点の衰弱の程度を抑えること、患者の肉体的又は精神的健康状態を改善すること等の何らかの客観的又は主観的パラメーターが挙げられる。症状の治療又は改善は客観的又は主観的パラメーターに基づいて判断することができ、理学的検査、神経心理学的検査及び／又は精神鑑定の結果が挙げられる。「治療する」なる用語とその活用形は傷害、病状、病態又は疾患の予防を含む。複数の実施形態において、「治療する」とは癌の治療を意味する。
「有効量」とは、ある化合物がその化合物の不在下に比較して指定目的を達成するため（例えば投与効果を得るため、疾患を治療するため、酵素活性を低下させるため、酵素活性を増加させるため、シグナル伝達経路を抑制するため、又は疾患もしくは病態の１種以上の症状を抑制するため）に十分な量である。「治療有効量」の１例は疾患の１種以上の症状の治療、予防又は抑制に寄与するために十分な量であり、「治療有効量」と言うこともできる。１種以上の症状の「抑制」（及びこの用語の文法的等価形）とは症状の重度もしくは頻度の低下、又は症状の解消を意味する。厳密な量は治療目的により異なり、当業者は公知技術を使用して確定することができよう（例えばＬｉｅｂｅｒｍａｎ，Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｄｏｓａｇｅ Ｆｏｒｍｓ（ｖｏｌｓ．１−３，１９９２）；Ｌｌｏｙｄ，Ｔｈｅ Ａｒｔ，Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｃｏｍｐｏｕｎｄｉｎｇ（１９９９）；Ｐｉｃｋａｒ，Ｄｏｓａｇｅ Ｃａｌｃｕｌａｔｉｏｎｓ（１９９９）；及びＲｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ，２０ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ，２００３，Ｇｅｎｎａｒｏ，Ｅｄ．，Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ，Ｗｉｌｌｉａｍｓ ＆ Ｗｉｌｋｉｎｓ参照）。
本願で使用する「癌」なる用語は哺乳動物に認められる全種の癌、新生物又は悪性腫瘍を意味し、白血病、リンパ腫、メラノーマ、神経内分泌腫瘍、癌腫及び肉腫が挙げられる。本願に記載する化合物、医薬組成物又は方法で治療することができる代表的な癌としては、リンパ腫、肉腫、膀胱癌、骨癌、脳腫瘍、子宮頸癌、結腸癌、食道癌、胃癌、頭頸部癌、腎臓癌、骨髄腫、甲状腺癌、白血病、前立腺癌、乳癌（例えばトリプルネガティブ、ＥＲ陽性、ＥＲ陰性、化学療法耐性、ハーセプチン耐性、ＨＥＲ２陽性、ドキソルビシン耐性、タモキシフェン耐性、乳管癌、小葉癌、原発性、転移性）、卵巣癌、膵臓癌、肝臓癌（例えば肝細胞癌）、肺癌（例えば非小細胞肺癌、扁平上皮肺癌、腺癌、大細胞肺癌、小細胞肺癌、カルチノイド、肉腫）、多形膠芽腫、神経膠腫、メラノーマ、前立腺癌、去勢抵抗性前立腺癌、乳癌、トリプルネガティブ乳癌、膠芽腫、卵巣癌、肺癌、扁平上皮癌（例えば頭部、頸部又は食道）、大腸癌、白血病、急性骨髄性白血病、リンパ腫、Ｂ細胞リンパ腫又は多発性骨髄腫が挙げられる。その他の例としては、甲状腺癌、内分泌系癌、脳腫瘍、乳癌、子宮頸癌、結腸癌、頭頸部癌、食道癌、肝臓癌、腎臓癌、肺癌、非小細胞肺癌、メラノーマ、中皮腫、卵巣癌、肉腫、胃癌、子宮癌、髄芽腫、ホジキン病、非ホジキンリンパ腫、多発性骨髄腫、神経芽腫、神経膠腫、多形膠芽腫、卵巣癌、横紋筋肉腫、原発性血小板増多症、原発性マクログロブリン血症、原発性脳腫瘍、癌、悪性膵臓インスリノーマ、悪性カルチノイド、膀胱癌、前悪性皮膚病変、精巣癌、リンパ腫、甲状腺癌、神経芽腫、食道癌、尿路生殖器癌、悪性高カルシウム血症、子宮内膜癌、副腎皮質癌、膵臓内分泌もしくは外分泌新生物、甲状腺髄様癌、甲状腺髄様癌腫、メラノーマ、大腸癌、甲状腺乳頭癌、肝細胞癌、乳頭パジェット病、葉状腫瘍、小葉癌、乳管癌、膵星細胞癌、肝星細胞癌又は前立腺癌が挙げられる。
「白血病」なる用語は広義には血液形成臓器の進行性の悪性疾患を意味し、一般に血液及び骨髄における白血球とその前駆細胞の異常な増殖と発生を特徴とする。白血病は一般に、（１）疾患の持続期間と特徴、即ち急性であるか又は慢性であるか；（２）患部細胞の種類、即ち骨髄性（骨髄原性）、リンパ性（リンパ原性）又は単球性のいずれであるか；及び（３）血液中の異常細胞数の増加の有無、即ち白血病性であるか又は非白血病性（亜白血病性）であるかに基づいて臨床的に分類される。本願に記載する化合物、医薬組成物又は方法で治療することができる代表的な白血病としては、例えば、急性非リンパ球性白血病、慢性リンパ球性白血病、急性顆粒球性白血病、慢性顆粒球性白血病、急性前骨髄球性白血病、成人Ｔ細胞白血病、非白血病性白血病、白血球増加性白血病、好塩基球性白血病、芽球性白血病、牛白血病、慢性骨髄球性白血病、皮膚白血病、胎児性白血病、好酸球性白血病、グロス白血病、ヘアリー細胞白血病、血球母細胞性白血病（ｈｅｍｏｂｌａｓｔｉｃ ｌｅｕｋｅｍｉａ，ｈｅｍｏｃｙｔｏｂｌａｓｔｉｃ ｌｅｕｋｅｍｉａ）、組織球性白血病、幹細胞性白血病、急性単球性白血病、白血球減少性白血病、リンパ系白血病、リンパ芽球性白血病、リンパ球性白血病、リンパ原性白血病、リンパ性白血病、リンパ肉腫細胞性白血病、肥満細胞性白血病、巨核球性白血病、小骨髄芽球性白血病、単球性白血病、骨髄芽球性白血病、骨髄球性白血病、骨髄顆粒球性白血病、骨髄単球性白血病、ネーゲリ型白血病、形質細胞性白血病、多発性骨髄腫、形質細胞性白血病、前骨髄球性白血病、リーデル（Ｒｉｅｄｅｒ）細胞性白血病、シリング型白血病、幹細胞性白血病、亜白血病性白血病又は未分化細胞性白血病が挙げられる。
「肉腫」なる用語は一般に胚性結合組織様の物質からなる腫瘍を意味し、一般に細繊維状物質又は均質物質にぎっしり詰め込まれた細胞から構成される。本願に記載する化合物、医薬組成物又は方法で治療することができる肉腫としては、軟骨肉腫、線維肉腫、リンパ肉腫、黒色肉腫、粘液肉腫、骨肉腫、アバーネシー肉腫、脂肪肉腫（ａｄｉｐｏｓｅ ｓａｒｃｏｍａ，ｌｉｐｏｓａｒｃｏｍａ）、胞巣状軟部肉腫、エナメル上皮線維肉腫、ブドウ状肉腫、緑色腫、絨毛癌、胎児性肉腫、ウィルムス腫瘍、子宮内膜肉腫、間質肉腫、ユーイング肉腫、筋膜肉腫、線維芽細胞肉腫、巨細胞肉腫、顆粒球肉腫、ホジキン肉腫、特発性多発性色素性出血性肉腫、免疫芽球性Ｂ細胞肉腫、リンパ腫、免疫芽球性Ｔ細胞肉腫、イェンセン肉腫、カポジ肉腫、クッパー細胞肉腫、血管肉腫、白血性悪性リンパ腫、悪性間葉系肉腫、骨膜性肉腫、網状赤血球性肉腫、ラウス肉腫、漿液性嚢胞肉腫、滑膜肉腫又は血管拡張性肉腫が挙げられる。
「メラノーマ」なる用語は皮膚及び他の臓器のメラニン細胞系から発生する腫瘍を意味するものとみなす。本願に記載する化合物、医薬組成物又は方法で治療することができるメラノーマとしては、例えば末端黒子型メラノーマ、無色素性メラノーマ、良性若年性メラノーマ、クラウドマンメラノーマ、Ｓ９１メラノーマ、ハーディング・パッシーメラノーマ、若年性メラノーマ、悪性黒子型メラノーマ、悪性メラノーマ、結節型メラノーマ、爪甲下メラノーマ又は表在拡大型メラノーマが挙げられる。
「癌腫」なる用語は上皮細胞からなり、周囲組織に浸潤して転移を生じる傾向のある悪性の新たな増殖を意味する。本願に記載する化合物、医薬組成物又は方法で治療することができる代表的な癌腫としては、例えば甲状腺髄様癌、家族性甲状腺髄様癌、腺房細胞癌（ａｃｉｎａｒ ｃａｒｃｉｎｏｍａ，ａｃｉｎｏｕｓ ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、腺様嚢胞癌（ａｄｅｎｏｃｙｓｔｉｃ ｃａｒｃｉｎｏｍａ，ａｄｅｎｏｉｄ ｃｙｓｔｉｃ ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、腺癌、副腎皮質癌、肺胞上皮癌（ａｌｖｅｏｌａｒ ｃａｒｃｉｎｏｍａ，ａｌｖｅｏｌａｒ ｃｅｌｌ ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、基底細胞癌（ｂａｓａｌ ｃｅｌｌ ｃａｒｃｉｎｏｍａ，ｃａｒｃｉｎｏｍａ ｂａｓｏｃｅｌｌｕｌａｒｅ）、類基底細胞癌、基底細胞癌と扁平上皮癌の併発、細気管支肺胞上皮癌（ｂｒｏｎｃｈｉｏａｌｖｅｏｌａｒ ｃａｒｃｉｎｏｍａ，ｂｒｏｎｃｈｉｏｌａｒ ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、気管支原性癌、脳回状癌、胆管細胞癌、絨毛癌、コロイド癌、コメド癌、子宮体癌、篩状癌、鎧状癌、皮膚癌、円柱細胞癌（ｃｙｌｉｎｄｒｉｃａｌ ｃａｒｃｉｎｏｍａ，ｃｙｌｉｎｄｒｉｃａｌ ｃｅｌｌ ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、腺管癌、乳管癌、硬癌、胎児性癌、脳様癌、類表皮癌、腺上皮癌、外向発育型癌、潰瘍癌、線維性癌、膠様癌（ｇｅｌａｔｉｎｉｆｏｒｍ ｃａｒｃｉｎｏｍａ，ｇｅｌａｔｉｎｏｕｓ ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、巨細胞癌（ｇｉａｎｔ ｃｅｌｌ ｃａｒｃｉｎｏｍａ，ｃａｒｃｉｎｏｍａ ｇｉｇａｎｔｏｃｅｌｌｕｌａｒｅ）、腺癌、顆粒膜細胞癌、毛母癌、血液様癌、肝細胞癌、ヒュルトレ細胞癌、硝子様癌、副腎様癌、幼児型胎児性癌、非浸潤癌、表皮内癌、上皮内癌、Ｋｒｏｍｐｅｃｈｅｒ癌、クルチツキー細胞癌、大細胞癌、レンズ状癌（ｌｅｎｔｉｃｕｌａｒ ｃａｒｃｉｎｏｍａ，ｃａｒｃｉｎｏｍａ ｌｅｎｔｉｃｕｌａｒｅ）、脂肪腫様癌、小葉癌、リンパ上皮癌、髄様癌（ｃａｒｃｉｎｏｍａ ｍｅｄｕｌｌａｒｅ，ｍｅｄｕｌｌａｒｙ ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、メラニン性癌、軟性癌、粘液癌（ｍｕｃｉｎｏｕｓ ｃａｒｃｉｎｏｍａ，ｃａｒｃｉｎｏｍａ ｍｕｃｉｐａｒｕｍ）、粘液細胞性癌、粘表皮癌、粘液癌（ｃａｒｃｉｎｏｍａ ｍｕｃｏｓｕｍ，ｍｕｃｏｕｓ ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、粘液腫様癌、上咽頭癌、燕麦細胞癌、骨化性癌、骨様癌、乳頭状癌、門脈周囲癌、前浸潤癌、有棘細胞癌、粥状癌、腎細胞癌、予備細胞癌，肉腫様癌、シュナイダー癌、スキルス性癌、陰嚢癌、印環細胞癌、単純癌、小細胞癌、ジャガイモ状癌、スフェロイド様細胞癌、紡錘細胞癌、海綿状癌、扁平上皮癌（ｓｑｕａｍｏｕｓ ｃａｒｃｉｎｏｍａ，ｓｑｕａｍｏｕｓ ｃｅｌｌ ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、数珠状癌、血管拡張性癌（ｃａｒｃｉｎｏｍａ ｔｅｌａｎｇｉｅｃｔａｔｉｃｕｍ，ｃａｒｃｉｎｏｍａ ｔｅｌａｎｇｉｅｃｔｏｄｅｓ）、移行上皮癌、結節癌（ｃａｒｃｉｎｏｍａ ｔｕｂｅｒｏｓｕｍ，ｔｕｂｅｒｏｕｓ ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、管状癌、疣贅状癌又は絨毛癌が挙げられる。
本願で使用する「転移」、「転移性」及び「転移性癌」は同義に使用することができ、ある臓器又は別の非隣接臓器もしくは身体部分から増殖性疾患又は障害（例えば癌）が広がることを意味する。癌は原発部位（例えば乳房）で発生し、この部位を原発性腫瘍（例えば原発性乳癌）と言う。原発性腫瘍又は原発部位の一部の癌細胞は、局所領域内の周囲の正常な組織に浸透・浸潤する能力及び／又はリンパ系もしくは血管系の壁を透過し、この系を通って体内の他の部位や組織まで循環する能力を獲得する。原発性腫瘍の癌細胞から形成される第２の臨床的に検出可能な腫瘍を転移性腫瘍又は二次性腫瘍と言う。癌細胞が転移する場合、転移性腫瘍とその細胞は元の腫瘍の細胞に類似すると予想される。即ち、肺癌が乳房に転移する場合には、乳房の部位の二次性腫瘍は異常な乳房細胞ではなく、異常な肺細胞から構成される。この乳房における二次性腫瘍を転移性肺癌と言う。即ち、転移性癌なる用語は対象が原発性腫瘍を現在又は過去にもつと共に１個以上の二次性腫瘍をもつ疾患を意味する。非転移性癌又は非転移性癌をもつ対象なる用語は、対象が原発性腫瘍をもつが、１個以上の二次性腫瘍をもたない疾患を意味する。例えば、転移性肺癌とは原発性肺腫瘍又はその病歴と、第２の１カ所以上の場所（例えば乳房）に１個以上の二次性腫瘍をもつ対象における疾患を意味する。
「抗癌剤」とはその単純な通常の意味に従って使用し、抗新生物性即ち細胞の成長又は増殖を抑制する能力をもつ組成物（例えば化合物、薬物、拮抗薬、阻害薬、モジュレーター）を意味する。複数の実施形態において、抗癌剤は化学療法剤である。複数の実施形態において、抗癌剤は癌治療法で有用であることが本願で確認された薬剤である。複数の実施形態において、抗癌剤はＦＤＡ又は米国以外の国の同様の監察機関により癌治療用に承認された薬剤である。
疾患（例えば糖尿病、癌（例えば前立腺癌、腎臓癌、転移性癌、メラノーマ、去勢抵抗性前立腺癌、乳癌、トリプルネガティブ乳癌、膠芽腫、卵巣癌、肺癌、扁平上皮癌（例えば頭部、頸部又は食道）、大腸癌、白血病、急性骨髄性白血病、リンパ腫、Ｂ細胞リンパ腫又は多発性骨髄腫））に関連する物質又は物質活性もしくは物質機能に関して「付随する」又は「〜に付随する」なる用語は、この疾患（例えば肺癌、卵巣癌、骨肉腫、膀胱癌、子宮頸癌、肝臓癌、腎臓癌、皮膚癌（例えばメルケル細胞癌）、精巣癌、白血病、リンパ腫、頭頸部癌、大腸癌、前立腺癌、膵臓癌、メラノーマ、乳癌、神経芽腫）又は疾患の症状が（完全又は部分的に）その物質又は物質活性もしくは物質機能に起因することを意味する。
「化学療法剤」又は「化学療法薬」とはその単純な通常の意味に従って使用し、抗新生物性即ち細胞の成長又は増殖を抑制する能力をもつ化学組成物又は化合物を意味する。
本願で使用する「異常」なる用語は正常と異なることを意味する。酵素活性について説明するために使用する場合に、異常とは正常対照又は正常な非疾患対照試料の平均よりも高いか又は低い活性を意味する。異常な活性とは、疾患をもたらす活性の量を表す場合もあり、（例えば本願に記載するような方法を使用することにより）異常な活性を正常又は疾患に関連しない量に戻すと、疾患又は１種以上の疾患症状が緩和される。
「医薬的に許容される添加剤」及び「医薬的に許容される担体」とは、対象への有効成分の投与と吸収を助け、患者に重大な有害毒性作用を生じずに本発明の組成物に配合することができる物質を意味する。医薬的に許容される添加剤の非限定的な例としては、水、ＮａＣｌ、生理的塩類溶液、乳酸リンゲル液、標準ショ糖、標準ブドウ糖、結合剤、充填剤、崩壊剤、滑沢剤、コーティング剤、甘味剤、着香剤、塩類溶液（例えばリンゲル液）、アルコール類、油類、ゼラチン、炭水化物（例えばラクトース、アミロース又はデンプン）、脂肪酸エステル、ヒドロキシメチルセルロース、ポリビニルピロリドン、及び着色剤等が挙げられる。このような調合剤を滅菌し、所望により、本発明の化合物と有害な反応を生じない助剤（例えば滑沢剤、防腐剤、安定剤、湿潤剤、乳化剤、浸透圧を変化させるための塩類、緩衝剤、着色剤及び／又は芳香性物質等）と混合することができる。当業者に自明の通り、他の医薬的に許容される添加剤も本発明で有用である。
「調合剤」なる用語は担体として封入剤を使用し、有効成分を他の担体の存在下又は不在下で担体により包囲し、一体化させてカプセル剤とした活性化合物の製剤を含むものとする。同様に、カシェ剤とロゼンジ剤も含む。錠剤、散剤、カプセル剤、丸剤、カシェ剤及びロゼンジ剤は経口投与に適した固体剤形として使用することができる。
本願で使用する「投与する」なる用語は対象への経口投与、坐剤としての投与、局所接触投与、静脈内投与、非経口投与、腹腔内投与、筋肉内投与、病変内投与、髄腔内投与、鼻腔内投与もしくは皮下投与、又は遅延放出デバイス（例えば小型浸透圧ポンプ）の移植を意味する。投与は非経口及び経粘膜（例えば口腔、舌下、口蓋、歯肉、鼻孔、経膣、経直腸又は経皮）を含めたあらゆる経路とする。非経口投与としては、例えば静脈内、筋肉内、細動脈内、皮内、皮下、腹腔内、心室内及び頭蓋内が挙げられる。他の送達方式としては、限定されないが、リポソーム製剤、静脈内輸液、経皮パッチ等の使用が挙げられる。
「併用投与する」とは、本願に記載する組成物を１種以上の他の治療薬の投与と同時に、その直前に又は直後に投与することを意味する。本発明の化合物は患者に単独投与することもできるし、併用投与することもできる。併用投与とは化合物（２種以上の化合物又は薬剤）を個々に又は組み合わせて、同時又は順次に投与することを意味する。従って、所望により、（例えば代謝機能低下を抑制するために）調合剤を他の有効物質と併用することもできる。
本願に開示する組成物は、アプリケータースティック、溶液剤、懸濁剤、乳剤、ジェル剤、クリーム、軟膏、ペースト、ゼリー、塗布剤、散剤及びエアゾールとして製剤化し、局所経路により経皮投与することができる。経口調合剤としては、患者が摂取するのに適した錠剤、丸剤、散剤、糖衣錠、カプセル剤、液剤、ロゼンジ剤、カシェ剤、ジェル剤、シロップ剤、スラリー、懸濁剤等が挙げられる。固体形態調合剤としては、散剤、錠剤、丸剤、カプセル剤、カシェ剤、坐剤及び分散性顆粒剤が挙げられる。液体形態の調合剤としては、溶液剤、懸濁剤及び乳剤（例えば水又は水／プロピレングリコール溶液）が挙げられる。本発明の組成物に更に徐放性及び／又は快適さを提供するための成分を添加してもよい。このような成分としては高分子量アニオン性ムコミメティックポリマー、ゲル化多糖類及び微粉状薬物担体基剤が挙げられる。これらの成分は米国特許第４，９１１，９２０号、５，４０３，８４１号、５，２１２，１６２号及び４，８６１，７６０号により詳細に記載されている。これらの特許の開示内容全体をあらゆる目的で本願に援用する。本願に開示する組成物は体内に遅延放出するようにマイクロスフェアとして送達することもできる。例えば、マイクロスフェアは薬物を収容したマイクロスフェアを皮内注射してゆっくりと皮下放出させることにより投与することができ（Ｒａｏ，Ｊ．Ｂｉｏｍａｔｅｒ Ｓｃｉ．Ｐｏｌｙｍ．Ｅｄ．７：６２３−６４５，１９９５参照）、あるいは生分解性注射用ジェル製剤（例えばＧａｏ Ｐｈａｒｍ．Ｒｅｓ．１２：８５７−８６３，１９９５参照）として、又は経口投与用マイクロスフェア（例えばＥｙｌｅｓ，Ｊ．Ｐｈａｒｍ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．４９：６６９−６７４，１９９７参照）として投与することができる。別の実施形態において、本発明の組成物の製剤は細胞膜と融合するか又は細胞内に取り込まれるリポソームを使用することにより、即ち細胞の表面膜タンパク質受容体と結合してエンドサイトーシスを生じる受容体リガンドをリポソームに付加して利用することにより送達することができる。リポソームを使用することにより、特に標的細胞に特異的な受容体リガンドをリポソーム表面に持たせた場合又は他の方法で特定の臓器に対して優先的に向けられるようにした場合には、標的細胞への本発明の組成物のインビボ送達に特化することができる（例えばＡｌ−Ｍｕｈａｍｍｅｄ，Ｊ．Ｍｉｃｒｏｅｎｃａｐｓｕｌ．１３：２９３−３０６，１９９６；Ｃｈｏｎｎ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．６：６９８−７０８，１９９５；Ｏｓｔｒｏ，Ａｍ．Ｊ．Ｈｏｓｐ．Ｐｈａｒｍ．４６：１５７６−１５８７，１９８９参照）。組成物はナノ粒子として送達することもできる。
医薬組成物は治療有効量、即ちその所期目的を達成するために有効な量の有効成分（例えば実施形態及び実施例を含めて本願に記載する化合物）を含有する組成物を含むことができる。特定の用途に有効な実際の量は、とりわけ治療する病態により異なる。疾患の治療方法で投与する場合、このような組成物は所望の結果（例えば標的分子の活性の調節、及び／又は疾患症状の抑制、解消もしくは進行遅延）を達成するために有効な量の有効成分を含有する。
哺乳動物に投与する投与量及び頻度（単回又は複数回投与）は、例えば、該哺乳動物が別の疾患を罹患しているか否かと、その投与経路、被投与者の体格、年齢、性別、健康状態、体重、体格指数及び食餌；治療する疾患の症状の性質と程度；同時治療の種類；並びに治療する疾患の合併症又は他の健康関連問題を含む種々の因子に応じて変えることができる。本願出願人の発明の方法及び化合物と他の治療レジメン又は治療剤を併用することができる。設定された投与量（例えば頻度と期間）の調節と操作は当業者が十分に実施し得る範囲内である。
本願に記載するあらゆる化合物の治療有効量は先ず細胞培養アッセイから決定することができる。目標濃度は本願に記載する方法又は当分野で公知の方法を使用して測定した場合に本願に記載する方法を達成することが可能な活性化合物の濃度となろう。
当分野で周知のように、動物モデルから人体用の治療有効量を決定することもできる。例えば、動物で有効であることが分かっている濃度となるように人体用の用量を処方することができる。上記のように、化合物の有効性をモニターし、投与量を上方又は下方に調節することにより人体用の投与量を調節することができる。上記方法及び他の方法に基づいて人体で最大の効力を達成するように用量を調節することは通常の知識をもつ当業者が十分に可能である。
投与量は患者の必要性と利用する化合物に応じて変えることができる。本発明に関して、患者に投与される用量は時間の経過と共に患者に有益な治療反応を生じるために十分な量とすべきである。用量のサイズは、何らかの有害な副作用の存在、性質及び程度によっても左右されよう。特定の状況に適した投与量の決定は医師の技量の範囲内である。一般に、化合物の最適用量よりも少ない低用量で治療を開始する。その後、状況下で最適な効果に達するまで投与量を少量ずつ増加させる。投与量と投与間隔は投与される化合物の濃度が治療する特定の臨床徴候に有効となるように個々に調節することができる。こうして、個人の疾患状態の重度に見合った治療レジメンが提供されよう。
複合体
本願は、とりわけ、体内部位又は細胞に薬剤（例えば造影剤、治療薬及び／又は診断薬）を送達するために有用な組成物と方法を提供する。本願に記載する組成物は、限定されないが、機能化モノクローナル抗体（ｍＡｂ）又は抗体断片を含み、立体障害性分子（立体障害性の化学的部分）と連結したＦａｂ結合性分子（Ｆａｂ結合性部分）を（例えば非共有結合を介して）前記抗体又は抗体断片と機械的にかみ合わせたものである。所定の実施形態において、立体障害性分子はＦａｂ結合性分子と抗体又は抗体断片のＦａｂ領域との間の結合親和性の増大を提供する。Ｆａｂ結合性分子と立体障害性分子を連結するリンカーはコンジュゲート（例えば「クリック」）ケミストリーにより形成されたリンカーとすることができる。多様な診断薬及び治療薬の部分とその組み合わせをＦａｂ結合性分子及び／又は立体障害性の化学的部分にコンジュゲートすることができるので、高度に安定な及び／又は多目的な薬物送達及び／又は診断用組成物が得られる。
１態様では、機械的にかみ合った複合体を提供する。前記複合体は抗原結合性断片（Ｆａｂ）ドメインと機械的にかみ合った化合物を含む。前記Ｆａｂドメインは前記ＦａｂドメインのＶＨ、ＶＬ、ＣＨ１及びＣＬ領域のアミノ酸残基により画成された中心空洞の内側に空孔を含み、前記中心空洞は非ＣＤＲ結合部位を含む。前記化合物は化学的リンカーを介して立体障害性の化学的部分と結合したＦａｂ結合性部分を含み、前記Ｆａｂ結合性部分は前記非ＣＤＲ結合部位と結合しており、前記化学的リンカーは前記空孔を通り抜け、前記立体障害性の化学的部分と前記空孔を画成するアミノ酸の間に立体障害が生じ、それによって、前記化合物と前記Ｆａｂを機械的にかみ合わせる。
本願に記載する「機械的にかみ合った複合体」なる用語はそれらのトポロジーを少なくとも一因として連結された分子の複合体を意味する。分子レベルにおいて、２個以上の別個の成分を機械的にかみ合わせることは、これらの２個以上の別個の成分の解離を有意に低下させる非共有結合的な機械的手段により達成することができる。前記機械的手段は（例えば立体障害性の化学的部分を使用することにより）立体障害により達成される。従って、かみ合った分子は結合した分子を構成する共有結合を有意に歪めることなく分離することができない。機械的にかみ合った分子アーキテクチャーの例としては、カテナン、ロタキサン、分子ノット及び分子ボロメアン・リングが挙げられる。複数の実施形態において、前記機械的にかみ合った複合体は、Ｆａｂドメインと、化学的リンカー（例えば−Ｌ１−）を介して立体障害性の化学的部分（例えば置換又は非置換の−Ｒ２）に結合したＦａｂ結合性部分（例えばペプチジル部分）とを含む。
本願に記載する「抗原結合性断片（Ｆａｂ）ドメイン」とは、抗原と結合する抗体上の領域である。上述したように、Ｆａｂドメインは一般に重鎖及び軽鎖の各々１個の定常領域と１個の可変領域（夫々ＶＬ、ＶＨ、ＣＬ及びＣＨ１）から構成される。パラトープないし抗原結合部位はＦａｂドメインのＮ末端に形成される。Ｆａｂドメインの２個の可変領域は一般的に抗原上のエピトープと結合する。複数の実施形態において、Ｆａｂドメインは抗体の一部を形成する。複数の実施形態において、Ｆａｂドメインは治療用抗体の一部を形成する。
Ｆａｂの三次元構造に関して「中心空洞」とは、重鎖及び軽鎖の可変領域と定常領域の一部により画成され、空洞の内側の空孔を画成するアミノ酸を含むＦａｂの内側空洞を意味する。従って、中心空洞は夫々ＶＨ、ＶＬ、ＣＨ１及びＣＬ領域の残基により画成され、抗原結合部位を含まない。複数の実施形態において、中心空洞は、実施形態を含む本願に記載する化合物と相互作用することが可能なアミノ酸残基により画成される。複数の実施形態において、中心空洞を画成する（例えば形成する）アミノ酸残基はＫａｂａｔによる４０位に対応する位置の残基、Ｋａｂａｔによる４１位に対応する位置の残基、又はＫａｂａｔによる８５位に対応する位置の残基を含む。複数の実施形態において、中心空洞を画成する（例えば形成する）アミノ酸残基はＫａｂａｔによる８３位に対応する位置の残基を含む。複数の実施形態において、中心空洞を画成するアミノ酸残基はＫａｂａｔによる８５位に対応する位置の残基を含む。複数の実施形態において、中心空洞を画成するアミノ酸残基はその開示内容全体をあらゆる目的で本願に援用する米国出願公開ＵＳ２０１２０３０１４００Ａ１に記載されているようなペプチド結合部位を形成する残基を含む。複数の実施形態において、空孔を含む中心空洞は例えば図１９に示すような構造又はそれに類似する構造をもつ。複数の実施形態において、空孔はＫａｂａｔによるＧｌｎ３８位、Ｔｈｒ４０位、Ｇｌｎ４１位、Ｇｌｙ４２位、Ｓｅｒ４３位、Ａｓｐ８５位、Ｔｙｒ８７位、Ｌｙｓ１０３位、Ｖａｌ１６３位、Ｔｈｒ１６４位又はＧｌｕ１６５位に対応する位置の軽鎖残基により画成（例えば形成）される。複数の実施形態において、空孔はＫａｂａｔによるＧｌｎ３８位に対応する位置の軽鎖残基により画成（例えば形成）される。複数の実施形態において、空孔はＫａｂａｔによるＴｈｒ４０位に対応する位置の軽鎖残基により画成（例えば形成）される。複数の実施形態において、空孔はＫａｂａｔによるＧｌｎ４１位に対応する位置の軽鎖残基により画成（例えば形成）される。複数の実施形態において、空孔はＫａｂａｔによるＧｌｙ４２位に対応する位置の軽鎖残基により画成（例えば形成）される。複数の実施形態において、空孔はＫａｂａｔによるＳｅｒ４３位に対応する位置の軽鎖残基により画成（例えば形成）される。複数の実施形態において、空孔はＫａｂａｔによるＡｓｐ８５位に対応する位置の軽鎖残基により画成（例えば形成）される。複数の実施形態において、空孔はＫａｂａｔによるＴｙｒ８７位に対応する位置の軽鎖残基により画成（例えば形成）される。複数の実施形態において、空孔はＫａｂａｔによるＬｙｓ１０３位に対応する位置の軽鎖残基により画成（例えば形成）される。複数の実施形態において、空孔はＫａｂａｔによるＶａｌ１６３位に対応する位置の軽鎖残基により画成（例えば形成）される。複数の実施形態において、空孔はＫａｂａｔによるＴｈｒ１６４位に対応する位置の軽鎖残基により画成（例えば形成）される。複数の実施形態において、空孔はＫａｂａｔによるＧｌｕ１６５位に対応する位置の軽鎖残基により画成（例えば形成）される。本願に記載する「軽鎖残基」とは抗体又は抗体断片の軽鎖の一部を形成する残基を意味する。
複数の実施形態において、空孔はＫａｂａｔによるＧｌｎ３９位、Ｐｒｏ４０位、Ｔｈｒ９１位、Ａｌａ９２位、Ｉｌｅ９３位、Ｔｙｒ９５位、Ｇｌｎ１１２位、Ｌｅｕ１１５位、Ｇｌｕ１５５位、Ｐｒｏ１５６位、Ｐｒｏ１７４位、Ａｌａ１７５位又はＴｙｒ１８３位に対応する位置の重鎖残基により画成（例えば形成）される。複数の実施形態において、空孔はＫａｂａｔによるＧｌｎ３９位に対応する位置の重鎖残基により画成（例えば形成）される。複数の実施形態において、空孔はＫａｂａｔによる位に対応する位置の重鎖残基により画成（例えば形成）される。複数の実施形態において、空孔はＫａｂａｔによるＰｒｏ４０位に対応する位置の重鎖残基により画成（例えば形成）される。複数の実施形態において、空孔はＫａｂａｔによるＴｈｒ９１位に対応する位置の重鎖残基により画成（例えば形成）される。複数の実施形態において、空孔はＫａｂａｔによるＡｌａ９２位に対応する位置の重鎖残基により画成（例えば形成）される。複数の実施形態において、空孔はＫａｂａｔによるＩｌｅ９３位に対応する位置の重鎖残基により画成（例えば形成）される。複数の実施形態において、空孔はＫａｂａｔによるＴｙｒ９５位に対応する位置の重鎖残基により画成（例えば形成）される。複数の実施形態において、空孔はＫａｂａｔによるＧｌｎ１１２位に対応する位置の重鎖残基により画成（例えば形成）される。複数の実施形態において、空孔はＫａｂａｔによるＬｅｕ１１５位に対応する位置の重鎖残基により画成（例えば形成）される。複数の実施形態において、空孔はＫａｂａｔによるＧｌｕ１５５位に対応する位置の重鎖残基により画成（例えば形成）される。複数の実施形態において、空孔はＫａｂａｔによるＰｒｏ１５６位に対応する位置の重鎖残基により画成（例えば形成）される。複数の実施形態において、空孔はＫａｂａｔによるＰｒｏ１７４位に対応する位置の重鎖残基により画成（例えば形成）される。複数の実施形態において、空孔はＫａｂａｔによるＡｌａ１７５位に対応する位置の重鎖残基により画成（例えば形成）される。複数の実施形態において、空孔はＫａｂａｔによるＴｙｒ１８３位に対応する位置の重鎖残基により画成（例えば形成）される。本願に記載する「重鎖残基」とは抗体又は抗体断片の重鎖の一部を形成する残基を意味する。
本願に記載する中心空洞に含まれる「非ＣＤＲ結合部位」とは、重鎖のＣＤＲ残基と軽鎖のＣＤＲ残基を含まないＦａｂドメインの内側の結合部位である。複数の実施形態において、非ＣＤＲ結合部位は重鎖のＦＲ残基と軽鎖のＦＲ残基を含む。複数の実施形態において、非ＣＤＲ結合部位はＫａｂａｔによる４０位に対応する位置の残基、Ｋａｂａｔによる４１位に対応する位置の残基、又はＫａｂａｔによる８５位に対応する位置の残基を含む。複数の実施形態において、非ＣＤＲ結合部位はＫａｂａｔによる８３位に対応する位置の残基を含む。複数の実施形態において、非ＣＤＲ結合部位はＫａｂａｔによる８５位に対応する位置の残基を含む。複数の実施形態において、非ＣＤＲ結合部位はＫａｂａｔによる８３位に対応する位置にイソロイシンからグルタミン酸への突然変異を含む。複数の実施形態において、非ＣＤＲ結合部位を形成する残基はその開示内容全体をあらゆる目的で本願に援用する米国出願公開ＵＳ２０１２０３０１４００Ａ１に記載されている通りである。
本願に記載する非ＣＤＲ結合部位は、化学的リンカーを介して立体障害性の化学的部分に結合したＦａｂ結合性部分を含む化合物と、結合することが可能である。本願に記載するＦａｂ結合性部分はペプチド、低分子、アプタマー、核酸分子、ペプチボディ及び／又は非ＣＤＲ結合部位と結合することが可能な他の任意の物質とすることができる。複数の実施形態において、Ｆａｂ結合性部分はペプチドである。複数の実施形態において、Ｆａｂ結合性部分は低分子である。複数の実施形態において、Ｆａｂ結合性部分はアプタマーである。複数の実施形態において、Ｆａｂ結合性部分は核酸分子である。複数の実施形態において、Ｆａｂ結合性部分はペプチボディである。本願に記載する「ペプチボディ」とは、（共有結合性又は非共有結合性リンカーを介して）抗体のＦＣドメインと結合したペプチド部分を意味する。複数の実施形態において、Ｆａｂ結合性部分は非ＣＤＲ結合部位と結合する。複数の実施形態において、Ｆａｂ結合性部分は置換されたペプチジル部分を含む。複数の実施形態において、Ｆａｂ結合性部分は置換されたペプチジル部分である。
Ｆａｂ結合性部分は化学的リンカー（例えば−Ｌ１−）を介して立体障害性の化学的部分と結合している。本願に記載する化学的リンカー（例えば独立して−Ｌ１Ａ−、−Ｌ１−、−Ｌ２−及び−Ｌ３−）は共有結合性又は非共有結合性リンカーとすることができる。複数の実施形態において、前記化学的リンカーは共有結合性リンカーである。本願に記載する化学的リンカーは第２の化学反応性官能基と反応して共有結合性リンカーを形成する化学反応性官能基の残基（ｒｅｍｎａｎｔ）を含むことができる。従って、本願に記載する化学的リンカー（例えば独立して−Ｌ１Ａ−、−Ｌ１−、−Ｌ２−及び−Ｌ３−）は２個の反応性基（部分）、例えば、本願に記載するような共有結合性反応性基（例えばアルキン、チオール、アジド、マレイミド）を反応させることにより形成されたリンカーを含むことができる。複数の実施形態において、前記化学的リンカーは１，３−トリアゾールリンカーである（即ち１，３−トリアゾレンリンカー部分を含むリンカーであって、前記リンカーは更に任意選択により（置換又は非置換の）アルキレン、（置換又は非置換の）ヘテロアルキレン、（置換又は非置換の）シクロアルキレン、（置換又は非置換の）ヘテロシクロアルキレン、（置換又は非置換の）アリーレン、（置換又は非置換の）ヘテロアリーレン、アミド（−Ｃ（Ｏ）ＮＨ−）、エステル（−Ｃ（Ｏ）Ｏ−）、スルホンアミド（−ＳＯ２ＮＨ−）等とその組み合わせを含んでいてもよい）。本願に記載するリンカーは、本願に記載する複合体の組成物と適合可能な当分野で周知の方法を適用して、Ｆａｂ結合性部分又は立体障害性の化学的部分と共有結合させることができる。本願に記載するリンカーは、例えばＦａｂ結合性部分又は立体障害性の化学的部分との結合点に反応性基のコンジュゲート産物を含むことができる。従って、本願に記載するリンカーは多価とすることができ、及び／又はコンジュゲートケミストリー技術により形成することができる。本願に記載する組成物及び方法に有用なリンカーの非限定的な例はアルキレン基（置換もしくは非置換のアルキレン基、置換もしくは非置換のヘテロアルキレン基、置換もしくは非置換のシクロアルキレン基、置換もしくは非置換のヘテロシクロアルキレン基、置換もしくは非置換のアリーレン基、置換もしくは非置換のヘテロアリーレン基（置換もしくは非置換のアルキレン基及び置換もしくは非置換のヘテロアルキレン基を含む）、アミド基（−Ｃ（Ｏ）ＮＨ−）、エステル基（−Ｃ（Ｏ）Ｏ−）、スルホンアミド基（−ＳＯ２ＮＨ−）、アミン基（−ＮＨ−）、エポキシエン基、スルホン基（−Ｓ（Ｏ）−又は−ＳＯ２−）、エーテル基（−Ｏ−）又はエチレングリコール又はその誘導体もしくは組み合わせを含むリンカーである。
複数の実施形態において、本願に記載する化学的リンカーはプロテアーゼ切断部位を含む切断可能なペプチドリンカーであるか又はこのようなリンカーを含む。本願で使用する「切断部位」とは、本願に記載するリンカーの一部の切断のための認識可能部位を意味する。従って、実施形態を含む本願に記載するような切断可能なペプチドリンカーの配列には切断部位が存在する場合がある。複数の実施形態において、前記切断部位は切断剤（例えばペプチジル配列）により認識されて切断されるアミノ酸配列である。代表的な切断剤としては、タンパク質、酵素、ＤＮＡザイム、ＲＮＡザイム、金属、酸及び塩基が挙げられる。複数の実施形態において、前記プロテアーゼ切断部位は腫瘍関連プロテアーゼ切断部位である。本願に記載する「腫瘍関連プロテアーゼ切断部位」とは、その発現が腫瘍細胞又はその腫瘍細胞環境に特異的であるプロテアーゼにより認識されるアミノ酸配列である。複数の実施形態において、前記プロテアーゼ切断部位はマトリックスメタロプロテアーゼ（ＭＭＰ）切断部位、ディスインテグリン・メタロプロテアーゼドメイン含有（ＡＤＡＭ）メタロプロテアーゼ切断部位、前立腺特異抗原（ＰＳＡ）プロテアーゼ切断部位、ウロキナーゼ型プラスミノーゲンアクチベーター（ｕＰＡ）プロテアーゼ切断部位、膜型セリンプロテアーゼ１（ＭＴ−ＳＰ１）プロテアーゼ切断部位又はレグマインプロテアーゼ切断部位である。複数の実施形態において、前記マトリックスメタロプロテアーゼ（ＭＭＰ）切断部位はＭＭＰ９切断部位、ＭＭＰ１３切断部位又はＭＭＰ２切断部位である。複数の実施形態において、前記ディスインテグリン・メタロプロテアーゼドメイン含有（ＡＤＡＭ）メタロプロテアーゼ切断部位はＡＤＡＭ９メタロプロテアーゼ切断部位、ＡＤＡＭ１０メタロプロテアーゼ切断部位又はＡＤＡＭ１７メタロプロテアーゼ切断部位である。
本願に記載する化学的リンカー（例えば独立して−Ｌ１Ａ−、−Ｌ１−、−Ｌ２−及び−Ｌ３−）は結合、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ−、−Ｓ（Ｏ）２ＮＨ−、−ＮＨ−、−ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨ−、置換もしくは非置換のアルキレン、置換もしくは非置換のヘテロアルキレン、置換もしくは非置換のシクロアルキレン、置換もしくは非置換のヘテロシクロアルキレン、置換もしくは非置換のアリーレン又は置換もしくは非置換のヘテロアリーレンとすることができる。複数の実施形態において、前記化学的リンカーは結合、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ−、−Ｓ（Ｏ）２ＮＨ−、−ＮＨ−、−ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨ−、非置換のアルキレン、非置換のヘテロアルキレン、非置換のシクロアルキレン、非置換のヘテロシクロアルキレン、非置換のアリーレン又は非置換のヘテロアリーレンである。前記化学的リンカーは非置換のＣ１−Ｃ２０（例えばＣ１−Ｃ６）アルキレン、非置換の２〜２０員（例えば２〜６員）ヘテロアルキレン、非置換のＣ３−Ｃ８（例えばＣ５−Ｃ７）シクロアルキレン、非置換の３〜８員（例えば３〜６員）ヘテロシクロアルキレン、非置換のＣ５−Ｃ１０（例えばＣ５−Ｃ６）アリーレン又は非置換の５〜１０員（例えば５〜６員）ヘテロアリーレンとすることができる。複数の実施形態において、前記化学的リンカーは−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ−、−Ｓ（Ｏ）２ＮＨ−、−ＮＨ−又は−ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨ−である。
複数の実施形態において、前記化学的リンカーは−ＯＨ、オキソ、−ＳＨ、−ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ２、−ＣＮ、置換もしくは非置換のアルキル、置換もしくは非置換のヘテロアルキル、置換もしくは非置換のシクロアルキル、置換もしくは非置換のヘテロシクロアルキル、置換もしくは非置換のアリール又は置換もしくは非置換のヘテロアリールで置換されている。複数の実施形態において、前記化学的リンカーはＲ１４置換アルキレン、Ｒ１４置換ヘテロアルキレン、Ｒ１４置換シクロアルキレン、Ｒ１４置換ヘテロシクロアルキレン、Ｒ１４置換アリーレン又はＲ１４置換ヘテロアリーレンである。前記化学的リンカーはＲ１４置換Ｃ１−Ｃ２０（例えばＣ１−Ｃ６）アルキレン、Ｒ１４置換２〜２０員（例えば２〜６員）ヘテロアルキレン、Ｒ１４置換Ｃ３−Ｃ８（例えばＣ５−Ｃ７）シクロアルキレン、Ｒ１４置換３〜８員（例えば３〜６員）ヘテロシクロアルキレン、Ｒ１４置換Ｃ５−Ｃ１０（例えばＣ５−Ｃ６）アリーレン又はＲ１４置換５〜１０員（例えば５〜６員）ヘテロアリーレンとすることができる。
Ｒ１４は−ＯＨ、オキソ、−ＳＨ、−ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ２、−ＣＮ、Ｒ１５置換もしくは非置換のアルキル、Ｒ１５置換もしくは非置換のヘテロアルキル、Ｒ１５置換もしくは非置換のシクロアルキル、Ｒ１５置換もしくは非置換のヘテロシクロアルキル、Ｒ１５置換もしくは非置換のアリール又はＲ１５置換もしくは非置換のヘテロアリールである。複数の実施形態において、Ｒ１４はＲ１５置換もしくは非置換のＣ１−Ｃ２０（例えばＣ１−Ｃ６）アルキル、Ｒ１５置換もしくは非置換の２〜２０員（例えば２〜６員）ヘテロアルキル、Ｒ１５置換もしくは非置換のＣ３−Ｃ８（例えばＣ５−Ｃ７）シクロアルキル、Ｒ１５置換もしくは非置換の３〜８員（例えば３〜６員）ヘテロシクロアルキル、Ｒ１５置換もしくは非置換のＣ５−Ｃ１０（例えばＣ５−Ｃ６）アリール又はＲ１５置換もしくは非置換の５〜１０員（例えば５〜６員）ヘテロアリールである。複数の実施形態において、Ｒ１４は−ＯＨ、オキソ、−ＳＨ、−ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ２、−ＣＮ、非置換のアルキル、非置換のヘテロアルキル、非置換のシクロアルキル、非置換のヘテロシクロアルキル、非置換のアリール又は非置換のヘテロアリールである。
Ｒ１５は−ＯＨ、オキソ、−ＳＨ、−ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ２、−ＣＮ、Ｒ１６置換もしくは非置換のアルキル、Ｒ１６置換もしくは非置換のヘテロアルキル、Ｒ１６置換もしくは非置換のシクロアルキル、Ｒ１６置換もしくは非置換のヘテロシクロアルキル、Ｒ１６置換もしくは非置換のアリール又はＲ１６置換もしくは非置換のヘテロアリールである。複数の実施形態において、Ｒ１５はＲ１６置換もしくは非置換のＣ１−Ｃ２０（例えばＣ１−Ｃ６）アルキル、Ｒ１６置換もしくは非置換の２〜２０員（例えば２〜６員）ヘテロアルキル、Ｒ１６置換もしくは非置換のＣ３−Ｃ８（例えばＣ５−Ｃ７）シクロアルキル、Ｒ１６置換もしくは非置換の３〜８員（例えば３〜６員）ヘテロシクロアルキル、Ｒ１６置換もしくは非置換のＣ５−Ｃ１０（例えばＣ５−Ｃ６）アリール、又はＲ１６置換もしくは非置換の５〜１０員（例えば５〜６員）ヘテロアリールである。複数の実施形態において、Ｒ１５は−ＯＨ、オキソ、−ＳＨ、−ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ２、−ＣＮ、非置換のアルキル、非置換のヘテロアルキル、非置換のシクロアルキル、非置換のヘテロシクロアルキル、非置換のアリール又は非置換のヘテロアリールである。
Ｒ１６は−ＯＨ、オキソ、−ＳＨ、−ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ２、−ＣＮ、Ｒ１７置換もしくは非置換のアルキル、Ｒ１７置換もしくは非置換のヘテロアルキル、Ｒ１７置換もしくは非置換のシクロアルキル、Ｒ１７置換もしくは非置換のヘテロシクロアルキル、Ｒ１７置換もしくは非置換のアリール又はＲ１７置換もしくは非置換のヘテロアリールである。複数の実施形態において、Ｒ１６はＲ１７置換もしくは非置換のＣ１−Ｃ２０（例えばＣ１−Ｃ６）アルキル、Ｒ１７置換もしくは非置換の２〜２０員（例えば２〜６員）ヘテロアルキル、Ｒ１７置換もしくは非置換のＣ３−Ｃ８（例えばＣ５−Ｃ７）シクロアルキル、Ｒ１７置換もしくは非置換の３〜８員（例えば３〜６員）ヘテロシクロアルキル、Ｒ１７置換もしくは非置換のＣ５−Ｃ１０（例えばＣ５−Ｃ６）アリール又はＲ１７置換もしくは非置換の５〜１０員（例えば５〜６員）ヘテロアリールである。複数の実施形態において、Ｒ１６は−ＯＨ、オキソ、−ＳＨ、−ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ２、−ＣＮ、非置換のアルキル、非置換のヘテロアルキル、非置換のシクロアルキル、非置換のヘテロシクロアルキル、非置換のアリール又は非置換のヘテロアリールである。
Ｒ１７は−ＯＨ、オキソ、−ＳＨ、−ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ２、−ＣＮ、Ｒ１８置換もしくは非置換のアルキル、Ｒ１８置換もしくは非置換のヘテロアルキル、Ｒ１８置換もしくは非置換のシクロアルキル、Ｒ１８置換もしくは非置換のヘテロシクロアルキル、Ｒ１８置換もしくは非置換のアリール又はＲ１８置換もしくは非置換のヘテロアリールである。複数の実施形態において、Ｒ１７はＲ１８置換もしくは非置換のＣ１−Ｃ２０（例えばＣ１−Ｃ６）アルキル、Ｒ１８置換もしくは非置換の２〜２０員（例えば２〜６員）ヘテロアルキル、Ｒ１８置換もしくは非置換のＣ３−Ｃ８（例えばＣ５−Ｃ７）シクロアルキル、Ｒ１８置換もしくは非置換の３〜８員（例えば３〜６員）ヘテロシクロアルキル、Ｒ１８置換もしくは非置換のＣ５−Ｃ１０（例えばＣ５−Ｃ６）アリール又はＲ１８置換もしくは非置換の５〜１０員（例えば５〜６員）ヘテロアリールである。複数の実施形態において、Ｒ１７は−ＯＨ、オキソ、−ＳＨ、−ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ２、−ＣＮ、非置換のアルキル、非置換のヘテロアルキル、非置換のシクロアルキル、非置換のヘテロシクロアルキル、非置換のアリール又は非置換のヘテロアリールである。
Ｒ１８は−ＯＨ、オキソ、−ＳＨ、−ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ２、−ＣＮ、非置換のアルキル、非置換のヘテロアルキル、非置換のシクロアルキル、非置換のヘテロシクロアルキル、非置換のアリール又は非置換のヘテロアリールである。複数の実施形態において、Ｒ１８は非置換のＣ１−Ｃ２０（例えばＣ１−Ｃ６）アルキル、非置換の２〜２０員（例えば２〜６員）ヘテロアルキル、非置換のＣ３−Ｃ８（例えばＣ５−Ｃ７）シクロアルキル、非置換の３〜８員（例えば３〜６員）ヘテロシクロアルキル、非置換のＣ５−Ｃ１０（例えばＣ５−Ｃ６）アリール又は非置換の５〜１０員（例えば５〜６員）ヘテロアリールである。
所定の実施形態において、本願に記載するような化合物はＲ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、Ｒ７、Ｒ８、Ｒ９、Ｒ１０、Ｒ１１、Ｒ１２、Ｒ１３、Ｒ１４、Ｒ１５、Ｒ１６、Ｒ１７、Ｒ１８、Ｒ１９、Ｒ２０、Ｒ２１及び／又は他の変数（例えばＬ１、Ｌ１Ａ、Ｌ２、Ｌ３）の複数の例を含むことができる。このような実施形態において、各変数は任意選択により相互に異なっていてもよく、各基をより明瞭に区別するために適切に呼称することができる。例えば、各Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、Ｒ７、Ｒ８、Ｒ９、Ｒ１０、Ｒ１１、Ｒ１２、Ｒ１３、Ｒ１４、Ｒ１５、Ｒ１６、Ｒ１７、Ｒ１８、Ｒ１９、Ｒ２０及び／又はＲ２１が異なる場合には、これらの基を例えば夫々Ｒ１．１、Ｒ１．２、Ｒ１．３、Ｒ１．４、Ｒ１．５、Ｒ１．６、Ｒ２．１、Ｒ２．２、Ｒ２．３、Ｒ２．４、Ｒ２．５、Ｒ２．６、Ｒ３．１、Ｒ３．２、Ｒ３．３、Ｒ３．４、Ｒ３．５、Ｒ３．６、Ｒ４．１、Ｒ４．２、Ｒ４．３、Ｒ４．４、Ｒ４．５、Ｒ４．６、Ｒ５．１、Ｒ５．２、Ｒ５．３、Ｒ５．４、Ｒ５．５、Ｒ５．６、Ｒ６．１、Ｒ６．２、Ｒ６．３、Ｒ６．４、Ｒ６．５、Ｒ６．６、Ｒ７．１、Ｒ７．２、Ｒ７．３、Ｒ７．４、Ｒ７．５、Ｒ７．６、Ｒ８．１、Ｒ８．２、Ｒ８．３、Ｒ８．４、Ｒ８．５、Ｒ８．６、Ｒ９．１、Ｒ９．２、Ｒ９．３、Ｒ９．４、Ｒ９．５、Ｒ９．６、Ｒ１０．１、Ｒ１０．２、Ｒ１０．３、Ｒ１０．４、Ｒ１０．５、Ｒ１０．６、Ｒ１１．１、Ｒ１１．２、Ｒ１１．３、Ｒ１１．４、Ｒ１１．５、Ｒ１１．６、Ｒ１２．１、Ｒ１２．２、Ｒ１２．３、Ｒ１２．４、Ｒ１２．５、Ｒ１２．６、Ｒ１３．１、Ｒ１３．２、Ｒ１３．３、Ｒ１３．４、Ｒ１３．５、Ｒ１３．６、Ｒ１４．１、Ｒ１４．２、Ｒ１４．３、Ｒ１４．４、Ｒ１４．５、Ｒ１４．６、Ｒ１５．１、Ｒ１５．２、Ｒ１５．３、Ｒ１５．４、Ｒ１５．５、Ｒ１５．６、Ｒ１６．１、Ｒ１６．２、Ｒ１６．３、Ｒ１６．４、Ｒ１６．５、Ｒ１６．６、Ｒ１７．１、Ｒ１７．２、Ｒ１７．３、Ｒ１７．４、Ｒ１７．５、Ｒ１７．６、Ｒ１８．１、Ｒ１８．２、Ｒ１８．３、Ｒ１８．４、Ｒ１８．５、Ｒ１８．６、Ｒ１９．１、Ｒ１９．２、Ｒ１９．３、Ｒ１９．４、Ｒ１９．５、Ｒ１９．６、Ｒ２０．１、Ｒ２０．２、Ｒ２０．３、Ｒ２０．４、Ｒ２０．５、Ｒ２０．６、Ｒ２１．１、Ｒ２１．２、Ｒ２１．３、Ｒ２１．４、Ｒ２１．５又はＲ２１．６と呼称することができ、Ｒ１．１、Ｒ１．２、Ｒ１．３、Ｒ１．４、Ｒ１．５、Ｒ１．６はＲ１の定義に従い、Ｒ２．１、Ｒ２．２、Ｒ２．３、Ｒ２．４、Ｒ２．５、Ｒ２．６はＲ２の定義に従い、Ｒ３．１、Ｒ３．２、Ｒ３．３、Ｒ３．４、Ｒ３．５、Ｒ３．６はＲ３の定義に従い、Ｒ４．１、Ｒ４．２、Ｒ４．３、Ｒ４．４、Ｒ４．５、Ｒ４．６はＲ４の定義に従い、Ｒ５．１、Ｒ５．２、Ｒ５．３、Ｒ５．４、Ｒ５．５、Ｒ５．６はＲ５の定義に従い、Ｒ６．１、Ｒ６．２、Ｒ６．３、Ｒ６．４、Ｒ６．５、Ｒ６．６はＲ６の定義に従い、Ｒ７．１、Ｒ７．２、Ｒ７．３、Ｒ７．４、Ｒ７．５、Ｒ７．６はＲ７の定義に従い、Ｒ８．１、Ｒ８．２、Ｒ８．３、Ｒ８．４、Ｒ８．５、Ｒ８．６はＲ８の定義に従い、Ｒ９．１、Ｒ９．２、Ｒ９．３、Ｒ９．４、Ｒ９．５、Ｒ９．６はＲ９の定義に従い、Ｒ１０．１、Ｒ１０．２、Ｒ１０．３、Ｒ１０．４、Ｒ１０．５、Ｒ１０．６はＲ１０の定義に従い、Ｒ１１．１、Ｒ１１．２、Ｒ１１．３、Ｒ１１．４、Ｒ１１．５、Ｒ１１．６はＲ１１の定義に従い、Ｒ１２．１、Ｒ１２．２、Ｒ１２．３、Ｒ１２．４、Ｒ１２．５、Ｒ１２．６はＲ１２の定義に従い、Ｒ１３．１、Ｒ１３．２、Ｒ１３．３、Ｒ１３．４、Ｒ１３．５、Ｒ１３．６はＲ１３の定義に従い、Ｒ１４．１、Ｒ１４．２、Ｒ１４．３、Ｒ１４．４、Ｒ１４．５、Ｒ１４．６はＲ１４の定義に従い、Ｒ１５．１、Ｒ１５．２、Ｒ１５．３、Ｒ１５．４、Ｒ１５．５、Ｒ１５．６はＲ１５の定義に従い、Ｒ１６．１、Ｒ１６．２、Ｒ１６．３、Ｒ１６．４、Ｒ１６．５、Ｒ１６．６はＲ１６の定義に従い、Ｒ１７．１、Ｒ１７．２、Ｒ１７．３、Ｒ１７．４、Ｒ１７．５、Ｒ１７．６はＲ１７の定義に従い、Ｒ１８．１、Ｒ１８．２、Ｒ１８．３、Ｒ１８．４、Ｒ１８．５、Ｒ１８．６はＲ１８の定義に従い、Ｒ１９．１、Ｒ１９．２、Ｒ１９．３、Ｒ１９．４、Ｒ１９．５、Ｒ１９．６はＲ１９の定義に従い、Ｒ２０．１、Ｒ２０．２、Ｒ２０．３、Ｒ２０．４、Ｒ２０．５、Ｒ２０．６はＲ２０の定義に従い、及び／又はＲ２１．１、Ｒ２１．２、Ｒ２１．３、Ｒ２１．４、Ｒ２１．５もしくはＲ２１．６はＲ２１の定義に従う。Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、Ｒ７、Ｒ８、Ｒ９、Ｒ１０、Ｒ１１、Ｒ１２、Ｒ１３、Ｒ１４、Ｒ１５、Ｒ１６、Ｒ１７、Ｒ１８、Ｒ１９、Ｒ２０、Ｒ２１の定義内で使用される変数及び／又は他の変数（例えばＬ１、Ｌ１Ａ、Ｌ２、Ｌ３、Ｌ３Ａ、Ｌ３Ｂ、Ｌ３Ｃ、Ｌ３Ｄ）が複数回出現し、夫々異なる場合も、同様に各基をより明瞭に区別するために適切に呼称することができる。所定の実施形態において、前記化合物は本願（例えば１つの態様、実施形態、実施例、請求項、表、スキーム、図面又は図表）に記載する化合物である。
複数の実施形態において、前記化学的リンカーは共有結合性リンカー、非共有結合性リンカー、ペプチドリンカー（ペプチド部分を含むリンカー）、切断可能なペプチドリンカー、置換もしくは非置換のアルキレン、置換もしくは非置換のヘテロアルキレン、置換もしくは非置換のシクロアルキレン、置換もしくは非置換のヘテロシクロアルキレン、置換もしくは非置換のアリーレン又は置換もしくは非置換のヘテロアリーレン又は任意のその組み合わせである。従って、本願に記載する化学的リンカーは複数の化学的部分を含むことができ、前記複数の部分は各々化学的に相違する。複数の実施形態において、前記化学的リンカーはペプチドリンカーを介して第１の置換又は非置換のヘテロアルキレン（例えば置換又は非置換のポリエチレングリコール）を第２の置換又は非置換のヘテロアルキレン（例えば置換又は非置換のポリエチレングリコール）に連結したものである。
複数の実施形態において、前記化学的リンカーは置換もしくは非置換のポリエチレングリコールもしくはその誘導体であるか又はこのようなポリエチレングリコールもしくはその誘導体を含む。複数の実施形態において、前記化学的リンカーは置換のポリエチレングリコール又はその誘導体である。複数の実施形態において、前記化学的リンカーは非置換のポリエチレングリコール又はその誘導体である。
Ｆａｂ結合性部分が非ＣＤＲ結合部位に結合すると、化学的リンカーはＦａｂドメインの空孔を通り抜け、立体障害性の化学的部分と反応することができる。本願に記載する立体障害性の化学的部分はＦａｂドメインの一部を形成する空孔を通り抜けることに対する立体障害を受ける部分である。立体障害性の化学的部分と、Ｆａｂ空孔を画成するアミノ酸の間に立体障害が生じ、それによって、機械的なかみ合いが助長される。即ち、立体障害性の化学的部分は立体障害（「プラグ」）を生じるために十分なサイズ、寸法又は体積であるため、立体障害性の化学的部分がＦａｂ結合性部分と結合しているＦａｂドメインの側に向かって空孔を通り抜ける能力を著しく低下（例えば阻害又は防止）する。複数の実施形態において、立体障害性の化学的部分が通り抜けることができる空孔の最大直径（例えば結晶構造によりアミノ酸残基からアミノ酸残基まで測定した空孔の両端間の最長距離）は立体障害性の化学的部分（本願ではＲ２とも言う）の最長寸法（例えば直径）よりも短い。複数の実施形態において、前記空孔（例えば結晶構造で測定した場合の空孔の最大直径）は約３〜約１０Åのサイズ（例えば長さ、直径）である。複数の実施形態において、立体障害性の化学的部分の最長寸法は約３〜約１０Åのサイズである。例えば、空孔のサイズ（例えば結晶構造又は直径で測定した空孔の最大直径）が８Åである場合、立体障害性の化学的部分は約８Å超のサイズである（即ち最長寸法は約８Å超のサイズである）。立体障害性の化学的部分と化合物の残余との結合は一般的にクリックケミストリーを使用して達成される。複数の実施形態では、反応させようとする化学的リンカーに存在するコンジュゲート（クリック）ケミストリー反応性基と反応する化学反応性官能基（例えばアルキン）が立体障害性の化学的部分に存在する。複数の実施形態において、立体障害性の化学的部分の化学反応性官能基はアルキンであり、リンカー（例えばＬ１）の化学反応性官能基はアジドである。
複数の実施形態において、前記立体障害性の化学的部分は置換もしくは非置換のアルキル、置換もしくは非置換のヘテロアルキル、置換もしくは非置換のシクロアルキル、置換もしくは非置換のヘテロシクロアルキル、置換もしくは非置換のアリール又は置換もしくは非置換のヘテロアリールである。複数の実施形態において、前記立体障害性の化学的部分は置換もしくは非置換のジフェニルである。即ち、複数の実施形態において、Ｒ２は置換もしくは非置換のアルキル、置換もしくは非置換のヘテロアルキル、置換もしくは非置換のシクロアルキル、置換もしくは非置換のヘテロシクロアルキル、置換もしくは非置換のアリール又は置換もしくは非置換のヘテロアリールである。
複数の実施形態において、Ｒ２はＲ１９置換もしくは非置換のアルキル、Ｒ１９置換もしくは非置換のヘテロアルキル、Ｒ１９置換もしくは非置換のシクロアルキル、Ｒ１９置換もしくは非置換のヘテロシクロアルキル、Ｒ１９置換もしくは非置換のアリール又はＲ１９置換もしくは非置換のヘテロアリールである。Ｒ２はＲ１９置換もしくは非置換のＣ１−Ｃ２０（例えばＣ１−Ｃ６）アルキル、Ｒ１９置換もしくは非置換の２〜２０員（例えば２〜６員）ヘテロアルキル、Ｒ１９置換もしくは非置換のＣ３−Ｃ８（例えばＣ５−Ｃ７）シクロアルキル、Ｒ１９置換もしくは非置換の３〜８員（例えば３〜６員）ヘテロシクロアルキル、Ｒ１９置換もしくは非置換のＣ５−Ｃ１０（例えばＣ５−Ｃ６）アリール又はＲ１９置換もしくは非置換の５〜１０員（例えば５〜６員）ヘテロアリールとすることができる。複数の実施形態において、Ｒ２は非置換のアルキル、非置換のヘテロアルキル、非置換のシクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、非置換のアリール又は非置換のヘテロアリールである。
Ｒ１９はハロゲン、＝Ｏ（オキソ）、−ＣＦ３、−ＣＮ、−ＣＣｌ３、−ＣＯＯＨ、−ＣＨ２ＣＯＯＨ、−ＣＯＮＨ２、−ＯＨ、−ＳＨ、−ＳＯ２Ｃｌ、−ＳＯ３Ｈ、−ＳＯ４Ｈ、−ＳＯ２ＮＨ２、−ＮＯ２、−ＮＨ２、−ＮＨＮＨ２、−ＯＮＨ２、−ＮＨＣ＝（Ｏ）ＮＨＮＨ２、Ｒ２０置換もしくは非置換のアルキル、Ｒ２０置換もしくは非置換のヘテロアルキル、Ｒ２０置換もしくは非置換のシクロアルキル、Ｒ２０置換もしくは非置換のヘテロシクロアルキル、Ｒ２０置換もしくは非置換のアリール又はＲ２０置換もしくは非置換のヘテロアリールである。Ｒ１９はＲ２０置換もしくは非置換のＣ１−Ｃ２０（例えばＣ１−Ｃ６）アルキル、Ｒ２０置換もしくは非置換の２〜２０員（例えば２〜６員）ヘテロアルキル、Ｒ２０置換もしくは非置換のＣ３−Ｃ８（例えばＣ５−Ｃ７）シクロアルキル、Ｒ２０置換もしくは非置換の３〜８員（例えば３〜６員）ヘテロシクロアルキル、Ｒ２０置換もしくは非置換のＣ５−Ｃ１０（例えばＣ５−Ｃ６）アリール又はＲ２０置換もしくは非置換の５〜１０員（例えば５〜６員）ヘテロアリールとすることができる。複数の実施形態において、Ｒ１９は非置換のアルキル、非置換のヘテロアルキル、非置換のシクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、非置換のアリール又は非置換のヘテロアリールである。
Ｒ２０はハロゲン、＝Ｏ（オキソ）、−ＣＦ３、−ＣＮ、−ＣＣｌ３、−ＣＯＯＨ、−ＣＨ２ＣＯＯＨ、−ＣＯＮＨ２、−ＯＨ、−ＳＨ、−ＳＯ２Ｃｌ、−ＳＯ３Ｈ、−ＳＯ４Ｈ、−ＳＯ２ＮＨ２、−ＮＯ２、−ＮＨ２、−ＮＨＮＨ２、−ＯＮＨ２、−ＮＨＣ＝（Ｏ）ＮＨＮＨ２、Ｒ２１置換もしくは非置換のアルキル、Ｒ２１置換もしくは非置換のヘテロアルキル、Ｒ２１置換もしくは非置換のシクロアルキル、Ｒ２１置換もしくは非置換のヘテロシクロアルキル、Ｒ２１置換もしくは非置換のアリール又はＲ２１置換もしくは非置換のヘテロアリールである。Ｒ２０はＲ２１置換もしくは非置換のＣ１−Ｃ２０（例えばＣ１−Ｃ６）アルキル、Ｒ２１置換もしくは非置換の２〜２０員（例えば２〜６員）ヘテロアルキル、Ｒ２１置換もしくは非置換のＣ３−Ｃ８（例えば、Ｃ５−Ｃ７）シクロアルキル、Ｒ２１置換もしくは非置換の３〜８員（例えば、３〜６員）ヘテロシクロアルキル、Ｒ２１置換もしくは非置換のＣ５−Ｃ１０（例えばＣ５−Ｃ６）アリール又はＲ２１置換もしくは非置換の５〜１０員（例えば５〜６員）ヘテロアリールとすることができる。複数の実施形態において、Ｒ２０は非置換のアルキル、非置換のヘテロアルキル、非置換のシクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、非置換のアリール又は非置換のヘテロアリールである。
Ｒ２１はハロゲン、＝Ｏ（オキソ）、−ＣＦ３、−ＣＮ、−ＣＣｌ３、−ＣＯＯＨ、−ＣＨ２ＣＯＯＨ、−ＣＯＮＨ２、−ＯＨ、−ＳＨ、−ＳＯ２Ｃｌ、−ＳＯ３Ｈ、−ＳＯ４Ｈ、−ＳＯ２ＮＨ２、−ＮＯ２、−ＮＨ２、−ＮＨＮＨ２、−ＯＮＨ２、−ＮＨＣ＝（Ｏ）ＮＨＮＨ２、非置換のアルキル、非置換のヘテロアルキル、非置換のシクロアルキル、非置換のヘテロシクロアルキル、非置換のアリール又は非置換のヘテロアリールである。複数の実施形態において、Ｒ２１は非置換のＣ１−Ｃ２０（例えばＣ１−Ｃ６）アルキル、非置換の２〜２０員（例えば２〜６員）ヘテロアルキル、非置換のＣ３−Ｃ８（例えばＣ５−Ｃ７）シクロアルキル、非置換の３〜８員（例えば３〜６員）ヘテロシクロアルキル、非置換のＣ５−Ｃ１０（例えばＣ５−Ｃ６）アリール又は非置換の５〜１０員（例えば５〜６員）ヘテロアリールとすることができる。
立体障害性の化学的部分は非ＣＤＲ結合部位と結合又は相互作用してもよいし、しなくてもよい。複数の実施形態において、立体障害性の化学的部分は非ＣＤＲ結合部位と結合又は相互作用しない。
本願に記載する複合体は治療薬、診断薬又は検出可能な薬剤（本願では検出可能な薬剤とも言う）を含むことができる。治療薬、診断薬又は検出可能な薬剤（本願ではＲ５とも言う）は、実施形態を含む本願に記載する立体障害性の化学的部分（本願ではＲ２とも言う）及び／又はＦａｂ結合ドメイン（本願ではＲ１とも言う）と、非共有結合性又は共有結合性リンカー（本願ではＬ２とも言う）を介して結合させることができる。複数の実施形態では、非共有結合性又は共有結合性リンカーである化学的リンカーＬ２を介してＲ５を立体障害性の化学的部分と結合させる。複数の実施形態において、Ｌ２は共有結合性リンカーである。本願に記載するＬ２は第２の化学反応性官能基と反応して共有結合性リンカーを形成する化学反応性官能基の残基（ｒｅｍｎａｎｔ）を含むことができる。複数の実施形態において、Ｌ２は結合、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ−、−Ｓ（Ｏ）２ＮＨ−、−ＮＨ−、−ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨ−、非置換のアルキレン、非置換のヘテロアルキレン、非置換のシクロアルキレン、非置換のヘテロシクロアルキレン、非置換のアリーレン又は非置換のヘテロアリーレンである。複数の実施形態において、Ｒ２は置換又は非置換のジフェニルであり、Ｌ２は−Ｏ−又は置換もしくは非置換のヘテロアルキル（例えば非置換の２〜５員ヘテロアルキル）であり、Ｒ５は検出可能な部分（例えばＡＬＥＸＡｆｌｕｏｒ）である（例えば図１）。
複数の実施形態では、非共有結合性又は共有結合性リンカーである化学的リンカーＬ２を介してＲ５をＦａｂ結合ドメインと結合させる。所定の態様において、リンカーＬ２は本願に記載するような共有結合性リンカーとすることができ、コンジュゲート（例えば「クリック」）ケミストリーにより形成することができる。リンカーＬ２は更に本願に記載するような切断可能なペプチドリンカーでもよい。治療薬、診断薬又は検出可能な薬剤が、実施形態を含む本願に記載する複合体の一部を（例えば共有結合により）形成する場合には、治療薬、診断薬又は検出可能な薬剤を「化合物部分」（例えば治療薬部分、造影剤部分、検出可能部分）と言うこともできる。所定の態様において、実施形態を含む本願に記載する複合体は、標的型癌治療薬送達及び／又は分子イメージングのための非常に特異的かつ効率的な手段を提供することができる。
複数の実施形態において、前記複合体はリンカーＬ２を介して前記複合体と共有結合した治療薬部分（本願ではＲ５とも言う）を含むことができる。複数の実施形態において、Ｒ５は治療薬部分である。複数の実施形態において、Ｒ５は共有結合性リンカーＬ２を介してＦａｂ結合ドメインと連結されている。複数の実施形態において、Ｒ５は共有結合性リンカーＬ２を介して立体障害性の化学的部分と連結されている。本願に記載する「治療薬部分」なる用語はその単純な通常の意味に従って使用し、治療を必要とする対象に投与したときに治療効果（例えば治療するべきそもそもの障害の予防、解消、改善）をもつ一価化合物を意味する。本願に記載する治療薬部分としては、限定されないが、ペプチド、タンパク質、核酸、核酸アナログ、低分子、抗体、酵素、プロドラッグ、細胞毒性薬（例えば毒素）が挙げられ、細胞毒性薬としては、限定されないが、リシン、ドキソルビシン、ダウノルビシン、タキソール、臭化エチジウム、マイトマイシン、エトポシド、テノポシド、ビンクリスチン、ビンブラスチン、コルヒチン、ジヒドロキシアントラセンジオン、アクチノマイシンＤ、ジフテリア毒素、緑膿菌エキソトキシン（ＰＥ）Ａ、ＰＥ４０、アブリン及びグルココルチコイドが挙げられる。複数の実施形態において、前記治療薬部分は本願に記載するような抗癌剤又は化学療法薬である。複数の実施形態において、前記治療薬部分は核酸部分、ペプチド部分又は低分子薬部分である。複数の実施形態において、前記治療薬部分は核酸部分である。複数の実施形態において、前記治療薬部分は抗体部分である。複数の実施形態において、前記治療薬部分はペプチド部分である。複数の実施形態において、前記治療薬部分は低分子薬部分である。複数の実施形態において、前記治療薬部分はヌクレアーゼである。複数の実施形態において、前記治療薬部分は免疫賦活薬である。複数の実施形態において、前記治療薬部分は毒素である。複数の実施形態において、前記治療薬部分はヌクレアーゼである。複数の実施形態において、前記治療薬部分はアウリスタチンである。複数の実施形態において、前記治療薬部分はメルタンシンである。
本願に記載する複合体は造影剤又は検出可能な部分を含むことができる。複数の実施形態において、Ｒ５は検出可能な部分である。複数の実施形態において、Ｒ５は共有結合性リンカーＬ２を介してＦａｂ結合ドメインと連結されている。複数の実施形態において、Ｒ５は共有結合性リンカーＬ２を介して立体障害性の化学的部分と連結されている。本願に記載する「造影剤又は検出可能な部分」とは、分光学的手段、光化学的手段、生化学的手段、免疫化学的手段、化学的手段又は他の物理的手段により検出可能な一価化合物である。複数の実施形態において、前記造影剤部分はＦａｂ結合ドメインと共有結合している。複数の実施形態において、前記造影剤部分は立体障害性の化学的部分と共有結合している。代表的な造影剤部分は限定されないが、３２Ｐ、放射性核種、陽電子放出同位体、蛍光色素、フルオロフォア、抗体、生物発光分子、化学発光分子、光活性分子、金属、高電子密度試薬、（例えばＥＬＩＳＡで一般に使用されているような）酵素、磁気造影剤、量子ドット、ナノ粒子、ビオチン、ジゴキシゲニン、ハプテン及び例えば標的ペプチドに特異的に反応性のペプチド又は抗体に放射性標識を組込むことにより検出可能にすることができるタンパク質又は他の化学種である。抗体を前記部分にコンジュゲートする方法として当分野で公知のあらゆる方法を利用することができ、例えばＨｅｒｍａｎｓｏｎ，Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ １９９６，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏに記載されている方法を使用する。代表的なフルオロフォアとしては、フルオレセイン、ローダミン、ＧＦＰ、クマリン、ＦＩＴＣ、ＡＬＥＸＡｆｌｕｏｒ、Ｃｙ３、Ｃｙ５、ＢＯＤＩＰＹ及びシアニン色素が挙げられる。代表的な放射性核種としては、フッ素１８、ガリウム６８及び銅６４が挙げられる。代表的な磁気造影剤としては、ガドリニウム、酸化鉄及び鉄、白金並びにマンガンが挙げられる。複数の実施形態において、前記造影剤部分は生物発光分子である。複数の実施形態において、前記造影剤部分は光活性分子である。複数の実施形態において、前記造影剤部分は金属である。複数の実施形態において、前記造影剤部分はナノ粒子である。
１実施形態において、前記化合物は構造：
Figure 0006976854
 を有する。
相互に連結された複合体
本願に記載するように、立体障害性の化学的部分（本願ではＲ２とも言う）は置換されていてもよいし、置換されていなくてもよい。複数の実施形態において、Ｒ２は別の化学的部分に対する化学的リンカー（本願ではＬ３と言う）で置換されている。Ｌ３は本願に記載するような化学的リンカーである。複数の実施形態において、Ｌ３は結合、共有結合性リンカー、非共有結合性リンカー、ペプチドリンカー、切断可能なペプチドリンカー、置換もしくは非置換のアルキレン、置換もしくは非置換のヘテロアルキレン、置換もしくは非置換のシクロアルキレン、置換もしくは非置換のヘテロシクロアルキレン、置換もしくは非置換のアリーレン又は置換もしくは非置換のヘテロアリーレンあるいはその任意の組み合わせである。複数の実施形態において、Ｌ３は−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ−、−Ｓ（Ｏ）２ＮＨ−、−ＮＨ−、−ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨ−、置換もしくは非置換のアルキレン、置換もしくは非置換のヘテロアルキレン、置換もしくは非置換のシクロアルキレン、置換もしくは非置換のヘテロシクロアルキレン、置換もしくは非置換のアリーレン又は置換もしくは非置換のヘテロアリーレンである。複数の実施形態において、Ｌ３はペプチドリンカーであるか又はペプチドリンカーを含む。複数の実施形態において、Ｌ３は切断可能なペプチドリンカーであるか又は切断可能なペプチドリンカーを含む。複数の実施形態において、Ｌ３は立体障害性の化学的部分に別の化学的部分を連結する。複数の実施形態において、Ｌ３は前記ペプチジル部分に別の化学的部分を連結する。即ち、複数の実施形態において、Ｌ３はＲ２に別の化学的部分を連結する。複数の実施形態において、Ｌ３はＲ１に別の化学的部分を連結する。複数の実施形態において、Ｌ３はＲ３又はＲ４に別の化学的部分を連結する。前記別の化学的部分は、本願に記載するような第２の機械的にかみ合った複合体又はマスキングペプチド部分とすることができる。
相互に連結された機械的にかみ合った複合体
化学的部分が第２の機械的にかみ合った複合体である場合には、化学的リンカーＬ３は第１の機械的にかみ合った複合体を第２の機械的にかみ合った複合体と連結することができる。従って、複数の実施形態では、複数の機械的にかみ合った複合体を含む組成物を提供する。前記複数の複合体は本願に記載するような化学的リンカー（例えばＬ３）を介して相互に共有結合した第１の機械的にかみ合った複合体と第２の機械的にかみ合った複合体を含むことができる。従って、１態様では、相互に連結された機械的にかみ合った複合体を提供する。前記相互に連結された機械的にかみ合った複合体は、実施形態を含む本願に記載するような第１の機械的にかみ合った複合体を、化学的リンカーを介して、実施形態を含む本願に記載するような第２の機械的にかみ合った複合体と結合したものである。
複数の実施形態において、前記化学的リンカーは第１の機械的にかみ合った複合体の立体障害性の化学的部分を第２の機械的にかみ合った複合体の立体障害性の化学的部分と結合する（例えば図３Ｂ）。複数の実施形態において、相互に連結された機械的にかみ合った複合体は式：
Ｒ１−Ｌ１−Ｒ２−Ｌ３−Ｒ２．１−Ｌ１．１−Ｒ１．１（Ｉ）
を有する。
式（Ｉ）中、Ｒ１、Ｌ１、Ｒ２は本願に定義する通りであり、Ｌ３は本願に定義するような化学的リンカーであり、Ｒ１．１は第２の機械的にかみ合った複合体のペプチジル部分であり、Ｌ１．１は第２の機械的にかみ合った複合体の化学的リンカーであり、Ｒ２．１は第２の機械的にかみ合った複合体の立体障害性の化学基である。本願に記載するように、本願に記載する分子は例えば、Ｒ１、Ｌ１及びＲ２の複数の例を含むことができ、各変数は任意選択により相互に異なっていてもよく、各基をより明瞭に区別するために適切に呼称することができる。従って、例えば、Ｒ１、Ｌ１及びＲ２が別に出現する場合には、本願ではＲ２．１−Ｌ１．１−Ｒ１．１と呼称する。複数の実施形態において、Ｌ３は共有結合性リンカーである。複数の実施形態において、Ｌ３は結合、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ−、−Ｓ（Ｏ）２ＮＨ−、−ＮＨ−、−ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨ−、置換もしくは非置換のアルキレン、置換もしくは非置換のヘテロアルキレン、置換もしくは非置換のシクロアルキレン、置換もしくは非置換のヘテロシクロアルキレン、置換もしくは非置換のアリーレン又は置換もしくは非置換のヘテロアリーレンである。複数の実施形態において、Ｌ３は置換又は非置換のヘテロアルキレンである。複数の実施形態において、Ｌ３は置換もしくは非置換のポリエチレングリコールであるか又は置換もしくは非置換のポリエチレングリコールを含む。複数の実施形態において、Ｌ３は式：
Figure 0006976854
 を有しており、式中、Ｌ３の右側の結合点はＲ２．１と結合し、Ｌ３の左側の結合点はＲ２と結合する。
複数の実施形態において、Ｌ３はリンカーの組み合わせ（即ち少なくとも２個のリンカー）を含む化学的リンカーである。従って、複数の実施形態において、Ｌ３は式：
−Ｌ３Ａ−Ｌ３Ｂ−Ｌ３Ｃ−（ＩＩ）
を有する。式（ＩＩ）中、Ｌ３Ａ、Ｌ３Ｂ及び３Ｃは独立して結合、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ−、−Ｓ（Ｏ）２ＮＨ−、−ＮＨ−、−ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨ−、置換もしくは非置換のアルキレン、置換もしくは非置換のヘテロアルキレン、置換もしくは非置換のシクロアルキレン、置換もしくは非置換のヘテロシクロアルキレン、置換もしくは非置換のアリーレン、置換もしくは非置換のヘテロアリーレン、ペプチドリンカー又は切断可能なペプチドリンカーである。複数の実施形態において、Ｌ３Ａ、Ｌ３Ｂ及び３Ｃは独立して置換もしくは非置換のアルキレン、置換もしくは非置換のヘテロアルキレン、置換もしくは非置換のシクロアルキレン、置換もしくは非置換のヘテロシクロアルキレン、置換もしくは非置換のアリーレン又は置換もしくは非置換のヘテロアリーレンである。複数の実施形態において、Ｌ３Ａ、Ｌ３Ｂ及び３Ｃは独立して置換もしくは非置換のヘテロアルキレンである。複数の実施形態において、Ｌ３Ａ、Ｌ３Ｂ及び３Ｃは独立してペプチドリンカーである。複数の実施形態において、Ｌ３Ａ、Ｌ３Ｂ及び３Ｃは独立して切断可能なペプチドリンカーである。複数の実施形態において、Ｌ３Ｃは切断可能なペプチドリンカーである。複数の実施形態において、Ｌ３Ｃは修飾アミノ酸残基を含む。複数の実施形態において、Ｌ３Ｃは修飾リジン残基を含む。複数の実施形態において、Ｌ３Ｃはアセチル化リジン残基を含む。複数の実施形態において、Ｌ３Ｃは配列番号１６の配列（ＫＳＡＤＡＳＫ）を含む。
複数の実施形態において、Ｌ３は式：
−Ｌ３Ａ．１−Ｌ３Ｂ．１−Ｌ３Ｃ．１−Ｌ３Ｂ．２−Ｌ３Ａ．２−（ＩＩＡ）
を有する。式中、Ｌ３Ａ．１、Ｌ３Ｂ．１、Ｌ３Ｃ．１、Ｌ３Ａ．２、Ｌ３Ｂ．２及びＬ３Ｃ．２は独立して結合、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ−、−Ｓ（Ｏ）２ＮＨ−、−ＮＨ−、−ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨ−、置換もしくは非置換のアルキレン、置換もしくは非置換のヘテロアルキレン、置換もしくは非置換のシクロアルキレン、置換もしくは非置換のヘテロシクロアルキレン、置換もしくは非置換のアリーレン、置換もしくは非置換のヘテロアリーレン、ペプチドリンカー又は切断可能なペプチドリンカーである。複数の実施形態において、Ｌ３Ａ．１、Ｌ３Ｂ．１、Ｌ３Ｃ．１、Ｌ３Ａ．２、Ｌ３Ｂ．２及びＬ３Ｃ．２は独立して置換又は非置換の（例えば２〜３０員）ヘテロアルキレンである。複数の実施形態において、Ｌ３Ａ．１、Ｌ３Ｂ．１、Ｌ３Ｃ．１、Ｌ３Ａ．２、Ｌ３Ｂ．２及びＬ３Ｃ．２は独立してペプチドリンカーである。複数の実施形態において、Ｌ３Ａ．１、Ｌ３Ｂ．１、Ｌ３Ｃ．１、Ｌ３Ａ．２、Ｌ３Ｂ．２及びＬ３Ｃ．２は独立して切断可能なペプチドリンカーである。複数の実施形態において、Ｌ３Ａ．１及びＬ３Ａ．２は独立して：
Figure 0006976854
 である。式（ＩＩＢ）中、Ｌ３Ａ．１の右側の結合点はＬ３Ｂ．１と結合し、Ｌ３Ａ．１の左側の結合点はＲ２と結合する。式（ＩＩＢ）中、Ｌ３Ａ．２の右側の結合点はＲ２．１と結合し、Ｌ３Ａ．２の左側の結合点はＬ３Ｂ．２と結合する。
複数の実施形態において、Ｌ３Ｂ．１及びＬ３Ｂ．２は独立して−Ｃ（Ｏ）ＮＨ−である。複数の実施形態において、Ｌ３Ｃ．１及びＬ３Ｃ．２は独立してペプチドリンカーである。複数の実施形態において、Ｌ３Ｃ．１及びＬ３Ｃ．２は独立して配列番号１６の配列（ＫＳＡＤＡＳＫ）を含む。１実施形態において、Ｌ３Ａ．１及びＬ３Ａ．２は式（ＩＩＢ）の構造をもち、Ｌ３Ｂ．１及びＬ３Ｂ．２は−Ｃ（Ｏ）ＮＨ−であり、Ｌ３Ｃ．１は配列番号１６のペプチドリンカーであり、Ｌ３Ｃ．２は結合である。
複数の実施形態において、前記化学的リンカーは第１の機械的にかみ合った複合体のＦａｂ結合ドメインを第２の機械的にかみ合った複合体のＦａｂ結合ドメインと結合する（例えば図３Ｃ）。複数の実施形態において、前記相互に連結された機械的にかみ合った複合体は式：
Ｒ２−Ｌ１−Ｒ１−Ｌ３−Ｒ１．１−Ｌ１．１−Ｒ２．１（ＩＩＩ）
を有する。
式（ＩＩＩ）中、Ｒ１、Ｌ１、Ｒ２、Ｌ３、Ｒ１．１、Ｌ１．１、Ｒ２．１は本願に記載する通りである。例えば、Ｌ３は化学的リンカーであり、Ｒ１は第１の機械的にかみ合った複合体のペプチジル部分であり、Ｌ１は第１の機械的にかみ合った複合体の化学的リンカーであり、Ｒ２は第１の機械的にかみ合った複合体の立体障害性の化学的部分であり、Ｒ１．１は第２の機械的にかみ合った複合体のペプチジル部分であり、Ｌ１．１は第２の機械的にかみ合った複合体の化学的リンカーであり、Ｒ２．１は第１の機械的にかみ合った複合体の立体障害性の化学的部分である。
複数の実施形態において、第１の化学的リンカー（例えばＬ３）は第１の機械的にかみ合った複合体のＦａｂ結合ドメインを第２の機械的にかみ合った複合体のＦａｂ結合ドメインと結合し、第２の化学的リンカー（例えばＬ３．１）は第２の機械的にかみ合った複合体の立体障害性の化学的部分を第３の機械的にかみ合った複合体の立体障害性の化学的部分と結合し、第３の化学的リンカー（例えばＬ３．２）は第３の機械的にかみ合った複合体のＦａｂ結合ドメインを第４の機械的にかみ合った複合体のＦａｂ結合ドメインと結合する（例えば図３Ｄ）。従って、複数の実施形態において、前記相互に連結された機械的にかみ合った複合体は式：
Ｒ２−Ｌ１−Ｒ１−Ｌ３−Ｒ１．１−Ｌ１．１−Ｒ２．１−Ｌ３．１−Ｒ２．２−Ｌ１．２−Ｒ１．２−Ｌ３．２−Ｒ１．３−Ｌ１．３−Ｒ２．３（ＩＶ）
を有する。
式（ＩＶ）中、Ｒ１、Ｌ１、Ｒ２、Ｌ３、Ｌ３．１、Ｌ３．２、Ｒ１．１、Ｌ１．１、Ｒ２．１、Ｒ１．２、Ｌ１．２、Ｒ２．２、Ｒ１．３、Ｌ１．３及びＲ２．３は本願に記載する通りである。例えば、Ｌ３、Ｌ３．１及びＬ３．２は化学的リンカーであり、Ｒ１、Ｒ１．１、Ｒ１．２及びＲ１．３は夫々第１、第２、第３及び第４の機械的にかみ合った複合体のペプチジル部分であり、Ｒ２、Ｒ２．１、Ｒ２．２及びＲ２．３は夫々第１、第２、第３及び第４の機械的にかみ合った複合体の立体障害性の化学的部分であり、Ｌ１、Ｌ１．１、Ｌ１．２及びＬ１．３は夫々第１、第２、第３及び第４の機械的にかみ合った複合体の化学的リンカーである。
連結されたマスキングペプチド部分
本願に記載するように、立体障害性の化学的部分又はペプチジル部分は別の化学的部分に対する化学的リンカーで置換されていてもよい。複数の実施形態において、前記別の化学的部分はマスキングペプチド部分である。従って、１態様では、連結された機械的にかみ合った複合体を提供する。前記連結された機械的にかみ合った複合体は、実施形態を含む本願に記載するような機械的にかみ合った複合体を化学的リンカーを介してマスキングペプチド部分と結合したものである。本願に記載する「マスキングペプチド部分」はマスキングペプチドを含む置換又は非置換のポリペプチドである。
複数の実施形態において、前記化学的リンカーは、機械的にかみ合った複合体の立体障害性の化学的部分（本願ではＲ２とも言う）をマスキングペプチド部分と結合する。複数の実施形態において、前記化学的リンカーは、機械的にかみ合った複合体のペプチジル部分（本願ではＲ１とも言う）をマスキングペプチド部分と結合する。複数の実施形態において、前記相互に連結された機械的にかみ合った複合体は式：
Ｒ１−Ｌ１−Ｒ２−Ｌ３−ＭＰ（Ｖ）
を有する。式（Ｖ）中、Ｒ１、Ｌ１、Ｒ２、Ｌ３は本願に記載する通りであり、ＭＰは本願に記載するマスキングペプチド部分である。従って、複数の実施形態において、Ｌ３は置換又は非置換のヘテロアルキレンである。複数の実施形態において、Ｌ３は式（ＩＩＢ）の構造を有する。複数の実施形態において、Ｌ３はリンカーの組み合わせ（即ち少なくとも２個のリンカー）を含む化学的リンカーである。従って、複数の実施形態において、Ｌ３は式：
−Ｌ３Ａ−Ｌ３Ｂ−Ｌ３Ｃ−Ｌ３Ｄ−（ＶＩ）
を有する。式（ＶＩ）中、Ｌ３Ａ、Ｌ３Ｂ、Ｌ３Ｃ及びＬ３Ｄは独立して結合、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ−、−Ｓ（Ｏ）２ＮＨ−、−ＮＨ−、−ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨ−、置換もしくは非置換のアルキレン、置換もしくは非置換のヘテロアルキレン、置換もしくは非置換のシクロアルキレン、置換もしくは非置換のヘテロシクロアルキレン、置換もしくは非置換のアリーレン、置換もしくは非置換のヘテロアリーレン、ペプチドリンカー又は切断可能なペプチドリンカーである。複数の実施形態において、Ｌ３Ａは機械的にかみ合った複合体のＲ２と結合し、Ｌ３Ｄはマスキングペプチド部分と結合する。複数の実施形態において、Ｌ３Ａ、Ｌ３Ｂ、Ｌ３Ｃ及びＬ３Ｄは独立して置換又は非置換のヘテロアルキレンである。複数の実施形態において、Ｌ３Ａは式（ＩＩＢ）の構造をもつ。複数の実施形態において、Ｌ３Ｂ、Ｌ３Ｃ及びＬ３Ｄは独立してペプチドリンカーである。複数の実施形態において、Ｌ３Ｂ、Ｌ３Ｃ及びＬ３Ｄは独立して切断可能なペプチドリンカーである。複数の実施形態において、Ｌ３Ｂは配列番号１７の配列（ＳＳＧＴＧＧＳＧＳＧＫ）を含む。複数の実施形態において、Ｌ３Ｃは配列番号１８の配列（ＳＧＲＳＤＮＨＧ）を含む。複数の実施形態において、Ｌ３Ｄは配列番号１９の配列（ＧＳＳＧＧＳＧＧＳＧＧＳＧＬ）を含む。複数の実施形態において、前記マスキングペプチド部分は配列番号２０の配列（ＱＧＱＳＧＱＣＩＳＰＲＧＣＰＤＧＰＹＶＭＹＧＳＳＧＧＳＧＧＳＧＧＳＧＬＳＧＲＳＤＮＨＧＳＳＧＴＧＧＳＧＳＧＫ）を含む。
本願に記載する「マスキングペプチド」とは、Ｆａｂドメインのパラトープないし抗原結合部位と結合することが可能であるか又は前記部位に対して他の方法で親和性を示すことが可能であるペプチドを意味する。抗原結合部位（パラトープ）と非共有的に結合している場合、マスキングペプチドはパラトープの活性又はそのコグネイト受容体もしくはタンパク質（例えばＥＧＦＲ、ＣＴＬＡ−４）との結合を阻害（例えば抑制）又は他の方法で妨害（マスク）する。マスキングペプチドはパラトープの活性又はその抗原との結合を妨害するために十分な親和性をパラトープに対して示す。パラトープとその抗原との結合の程度を測定する方法は当分野で周知である。
複数の実施形態において、前記マスキングペプチドは少なくとも４アミノ酸長である。複数の実施形態において、前記マスキングペプチドは環状ペプチドである。複数の実施形態において、環化したペプチドは１２量体である。マスキングペプチドが環化したペプチドである場合に、前記環化したペプチドは２個のシステインアミノ酸残基を連結するジスルフィド結合により形成される。所定の実施形態において、前記システインアミノ酸残基は末端システインである（即ち、マスキングペプチドのＮ末端及び／又はＣ末端に位置する）。複数の実施形態において、ジスルフィド結合はＮ末端システインをＣ末端システインと連結する。
複数の実施形態において、前記マスキングペプチドは配列番号１（ＱＧＱＳＧＱＣＩＳＰＲＧＣＰＤＧＰＹＶＭＹ）に対して約９０％の相同度を有する配列を含む。複数の実施形態において、前記配列は配列番号１に対して少なくとも９０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号１に対して少なくとも８０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号１に対して少なくとも７０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号１に対して少なくとも６０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号１である。複数の実施形態において、前記配列は配列番号１に対して約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は１００％の相同度を有する。
複数の実施形態において、前記マスキングペプチドは配列番号２に対して約９０％の相同度を有する配列を含む。複数の実施形態において、前記配列は配列番号２に対して少なくとも９０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号２に対して少なくとも８０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号２に対して少なくとも７０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号２に対して少なくとも６０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号２である。複数の実施形態において、前記配列は配列番号２に対して約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は１００％の相同度を有する。
複数の実施形態において、前記マスキングペプチドは配列番号３に対して約９０％の相同度を有する配列を含む。複数の実施形態において、前記配列は配列番号３に対して少なくとも９０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号３に対して少なくとも８０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号３に対して少なくとも７０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号３に対して少なくとも６０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号３である。複数の実施形態において、前記配列は配列番号３に対して約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は１００％の相同度を有する。
複数の実施形態において、前記マスキングペプチドは配列番号４に対して約９０％の相同度を有する配列を含む。複数の実施形態において、前記配列は配列番号４に対して少なくとも９０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号４に対して少なくとも８０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号４に対して少なくとも７０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号３に対して少なくとも６０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号４である。複数の実施形態において、前記配列は配列番号４に対して約７０％，７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は１００％の相同度を有する。
複数の実施形態において、前記マスキングペプチドは配列番号４に対して約９０％の相同度を有する配列を含む。複数の実施形態において、前記配列は配列番号５に対して少なくとも９０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号５に対して少なくとも８０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号５に対して少なくとも７０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号５に対して少なくとも６０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号５である。複数の実施形態において、前記配列は配列番号５に対して約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は１００％の相同度を有する。
複数の実施形態において、前記マスキングペプチドは配列番号６に対して約９０％の相同度を有する配列を含む。複数の実施形態において、前記配列は配列番号６に対して少なくとも９０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号６に対して少なくとも８０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号６に対して少なくとも７０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号７に対して少なくとも６０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号６である。複数の実施形態において、前記配列は配列番号６に対して約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は１００％の相同度を有する。
複数の実施形態において、前記マスキングペプチドは配列番号７に対して約９０％の相同度を有する配列を含む。複数の実施形態において、前記配列は配列番号７に対して少なくとも９０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号７に対して少なくとも８０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号７に対して少なくとも７０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号７に対して少なくとも６０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号７である。複数の実施形態において、前記配列は配列番号７に対して約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は１００％の相同度を有する。
複数の実施形態において、前記マスキングペプチドは配列番号８に対して約９０％の相同度を有する配列を含む。複数の実施形態において、前記配列は配列番号８に対して少なくとも９０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号８に対して少なくとも８０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号８に対して少なくとも７０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号８に対して少なくとも６０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号８である。複数の実施形態において、前記配列は配列番号８に対して約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は１００％の相同度を有する。
複数の実施形態において、前記マスキングペプチドは配列番号９に対して約９０％の相同度を有する配列を含む。複数の実施形態において、前記配列は配列番号９に対して少なくとも９０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号９に対して少なくとも８０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号９に対して少なくとも７０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号９に対して少なくとも６０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号９である。複数の実施形態において、前記配列は配列番号９に対して約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は１００％の相同度を有する。
複数の実施形態において、前記マスキングペプチドは配列番号１０に対して約９０％の相同度を有する配列を含む。複数の実施形態において、前記配列は配列番号１０に対して少なくとも９０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号１０に対して少なくとも８０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号１０に対して少なくとも７０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号１０に対して少なくとも６０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号１０である。複数の実施形態において、前記配列は配列番号１０に対して約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は１００％の相同度を有する。
複数の実施形態において、前記マスキングペプチドは配列番号１１に対して約９０％の相同度を有する配列を含む。複数の実施形態において、前記配列は配列番号１１に対して少なくとも９０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号１１に対して少なくとも８０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号１１に対して少なくとも７０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号１１に対して少なくとも６０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号１１である。複数の実施形態において、前記配列は配列番号１１に対して約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は１００％の相同度を有する。
複数の実施形態において、前記マスキングペプチドは配列番号１２に対して約９０％の相同度を有する配列を含む。複数の実施形態において、前記配列は配列番号１２に対して少なくとも９０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号１２に対して少なくとも８０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号１２に対して少なくとも７０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号１２に対して少なくとも６０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号１２である。複数の実施形態において、前記配列は配列番号１２に対して約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は１００％の相同度を有する。
複数の実施形態において、前記マスキングペプチドは配列番号１３に対して約９０％の相同度を有する配列を含む。複数の実施形態において、前記配列は配列番号１３に対して少なくとも９０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号１３に対して少なくとも８０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号１３に対して少なくとも７０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号１３に対して少なくとも６０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号１３である。複数の実施形態において、前記配列は配列番号１３に対して約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は１００％の相同度を有する。
複数の実施形態において、前記マスキングペプチドは配列番号１４に対して約９０％の相同度を有する配列を含む。複数の実施形態において、前記配列は配列番号１４に対して少なくとも９０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号１４に対して少なくとも８０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号１４に対して少なくとも７０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号１４に対して少なくとも６０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号１４である。複数の実施形態において、前記配列は配列番号１４に対して約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は１００％の相同度を有する。
複数の実施形態において、前記マスキングペプチドは配列番号１５に対して約９０％の相同度を有する配列を含む。複数の実施形態において、前記配列は配列番号１５に対して少なくとも９０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号１５に対して少なくとも８０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号１５に対して少なくとも７０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号１５に対して少なくとも６０％の相同度を有する。複数の実施形態において、前記配列は配列番号１５である。複数の実施形態において、前記配列は配列番号１５に対して約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は１００％の相同度を有する。
複数の実施形態において、前記マスキングペプチドは表１に記載するペプチドのいずれかである。
Figure 0006976854
複数の実施形態において、非ＣＤＲ結合部位はフレームワーク領域アミノ酸残基を含むペプチド結合部位であり、Ｆａｂ結合性部分はペプチジル部分である。複数の実施形態において、ペプチジル部分はその開示内容全体をあらゆる目的で本願に援用する米国出願公開ＵＳ２０１２０３０１４００Ａ１に記載されているような部分である。
複数の実施形態において、前記ペプチジル部分は１０μＭ未満のＫＤで前記ペプチド結合部位と結合する。複数の実施形態において、前記ペプチジル部分は９μＭ未満のＫＤで前記ペプチド結合部位と結合する。複数の実施形態において、前記ペプチジル部分は８μＭ未満のＫＤで前記ペプチド結合部位と結合する。複数の実施形態において、前記ペプチジル部分は７μＭ未満のＫＤで前記ペプチド結合部位と結合する。複数の実施形態において、前記ペプチジル部分は６μＭ未満のＫＤで前記ペプチド結合部位と結合する。複数の実施形態において、前記ペプチジル部分は５μＭ未満のＫＤで前記ペプチド結合部位と結合する。複数の実施形態において、前記ペプチジル部分は４μＭ未満のＫＤで前記ペプチド結合部位と結合する。複数の実施形態において、前記ペプチジル部分は３μＭ未満のＫＤで前記ペプチド結合部位と結合する。複数の実施形態において、前記ペプチジル部分は２μＭ未満のＫＤで前記ペプチド結合部位と結合する。複数の実施形態において、前記ペプチジル部分は１μＭ未満のＫＤで前記ペプチド結合部位と結合する。複数の実施形態において、前記ペプチジル部分は０．５μＭ未満のＫＤで前記ペプチド結合部位と結合する。複数の実施形態において、前記ペプチジル部分は１００ｎＭ未満のＫＤで前記ペプチド結合部位と結合する。複数の実施形態において、前記ペプチジル部分は９０ｎＭ未満のＫＤで前記ペプチド結合部位と結合する。複数の実施形態において、前記ペプチジル部分は８０ｎＭ未満のＫＤで前記ペプチド結合部位と結合する。複数の実施形態において、前記ペプチジル部分は７０ｎＭ未満のＫＤで前記ペプチド結合部位と結合する。複数の実施形態において、前記ペプチジル部分は６０ｎＭ未満のＫＤで前記ペプチド結合部位と結合する。複数の実施形態において、前記ペプチジル部分は５０ｎＭ未満のＫＤで前記ペプチド結合部位と結合する。複数の実施形態において、前記ペプチジル部分は１０ｎＭ未満のＫＤで前記ペプチド結合部位と結合する。複数の実施形態において、前記ペプチジル部分は１ｎＭ未満のＫＤで前記ペプチド結合部位と結合する。
複数の実施形態において、前記ペプチジル部分は２００秒超のτ１／２で前記ペプチド結合部位と結合する。複数の実施形態において、前記ペプチジル部分は５００秒超のτ１／２で前記ペプチド結合部位と結合する。複数の実施形態において、前記ペプチジル部分は１０００秒超のτ１／２で前記ペプチド結合部位と結合する。複数の実施形態において、前記ペプチジル部分は２０００秒超のτ１／２で前記ペプチド結合部位と結合する。複数の実施形態において、前記化合物と前記Ｆａｂは４０００秒超のτ１／２で相互に結合する。複数の実施形態において、前記化合物と前記Ｆａｂは４５００秒超のτ１／２で相互に結合する。
複数の実施形態において、前記化合物は治療薬、診断薬又は検出可能な薬剤とコンジュゲートされている。複数の実施形態において、前記Ｆａｂ結合性部分は治療薬、診断薬又は検出可能な薬剤とコンジュゲートされている。
複数の実施形態において、前記化合物は式Ｒ１−Ｌ１−Ｒ２を有しており、式中、Ｒ１はペプチジル部分であり、Ｌ１は長さ約５Å〜約１５Åの化学的リンカーであり、Ｒ２は最長結合長距離が少なくとも８Åである立体障害性の化学的部分である。
複数の実施形態において、前記化学的リンカーは共有結合性リンカーである。複数の実施形態において、前記化学的リンカーは置換もしくは非置換のアルキレン、置換もしくは非置換のヘテロアルキレン、置換もしくは非置換のシクロアルキレン、置換もしくは非置換のヘテロシクロアルキレン、置換もしくは非置換のアリーレン又は置換もしくは非置換のヘテロアリーレンである。複数の実施形態において、前記化学的リンカーはＰＥＧリンカーである。複数の実施形態において、前記化学的リンカーは炭化水素リンカーである。複数の実施形態において、前記化学的リンカーは切断可能なペプチドリンカーである。
複数の実施形態において、Ｒ１は、
Ｒ３−Ｘ０−Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４−Ｘ５−Ｘ６−Ｘ７−Ｘ８−Ｘ９−Ｘ１０−Ｘ１１−Ｘ１２−Ｒ４
であり、式中、Ｘ０はＳｅｒ又は存在せず；Ｘ１はＣｙｓ、Ｓｅｒ、Ｇｌｙ、β−アラニン、ジアミノプロピオン酸、β−アジドアラニン又は存在せず；Ｘ２はＧｌｎ又は存在せず；Ｘ３はＰｈｅ、Ｔｙｒ、β，β’−ジフェニル−Ａｌａ、Ｈｉｓ、Ａｓｐ、２−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、３−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、４−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、Ａｓｎ、Ｇｌｎ、修飾Ｐｈｅ、水和性のカルボニル含有残基又はボロン酸含有残基であり；Ｘ４はＡｓｐ又はＡｓｎであり；Ｘ５はＬｅｕ、β，β’−ジフェニル−Ａｌａ、Ｐｈｅ、Ｔｒｐ、Ｔｙｒ；フェニルアラニン、トリプトファンもしくはチロシンの非天然型アナログ；水和性のカルボニル含有残基又はボロン酸含有残基であり；Ｘ６はＳｅｒ又はＣｙｓであり；Ｘ７はＴｈｒ、Ｓｅｒ又はＣｙｓであり；Ｘ８は式−Ｌ１Ａ−Ｌ１−Ｒ２の側鎖を含むアミノ酸であり、前記式中、Ｌ１Ａは結合、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ−、−Ｓ（Ｏ）２ＮＨ−、−ＮＨ−、−ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨ−、置換もしくは非置換のアルキレン、置換もしくは非置換のヘテロアルキレン、置換もしくは非置換のシクロアルキレン、置換もしくは非置換のヘテロシクロアルキレン、置換もしくは非置換のアリーレン又は置換もしくは非置換のヘテロアリーレンであり；Ｘ９はＡｒｇ又はＡｌａであり；Ｘ１０はＬｅｕ、Ｇｌｎ、Ｇｌｕ、β，β’−ジフェニル−Ａｌａ、Ｐｈｅ、Ｔｒｐ、Ｔｙｒ；フェニルアラニン、トリプトファンもしくはチロシンの非天然型アナログ；水和性のカルボニル含有残基又はボロン酸含有残基であり；Ｘ１１はＬｙｓ又はＡｒｇであり；Ｘ１２はＣｙｓ、Ｇｌｙ、７−アミノヘプタン酸、β−アラニン、ジアミノプロピオン酸、プロパルギルグリシン、イソアスパラギン酸又は存在せず；Ｒ３及びＲ４は独立して存在しないか、−Ｌ２−Ｒ５又は任意選択により−Ｌ２−Ｒ５で置換されたアミノ酸ペプチド配列であり、前記式中、Ｌ２は共有結合性又は非共有結合性リンカーであり、Ｒ５は治療薬、診断薬又は検出可能な薬剤であり；Ｘ１とＸ１２は任意選択により一緒になって環状ペプチジル部分を形成する。Ｌ２及びＬ１は本願に定義するような化学的リンカーとすることができる。従って、Ｌ２及びＬ１は共有結合性リンカーとすることができる。Ｌ２及びＬ１は２個の反応性基（部分）、例えば本願に記載するような共有結合性反応性基（例えばアルキン、チオール、アジド、マレイミド）を反応させることにより形成されるリンカーを含むことができる。Ｌ２及びＬ１は本願に記載するような切断可能なペプチドリンカーとすることができる。
複数の実施形態において、Ｘ１及びＸ２はＣｙｓであり、ジスルフィド結合を介して一緒になり、環状ペプチジル部分を形成する。例えばインビボ安定性を改善するためや、その後のコンジュゲーションケミストリーに備えて化学選択的制御を可能にするために、ペプチド部分の種々の環化方法を使用することができる。所定の実施形態において、環化ストラテジーは（非環状ペプチドの末端残基間の）ｈｅａｄ−ｔｏ−ｔａｉｌ（ｈｅａｄ−ｔａｉｌ）ラクタム環化及び／又は他の残基間のラクタム結合を含むラクタム環化ストラテジーである。ラクタム形成は種々のサイズと結合方式のラクタム環を生じるようにグリシン、β−Ａｌａ及び／又は７−アミノヘプタン酸等の残基を非環状ペプチド環化前駆体に組込むことにより実施することもできる。「クリック」ケミストリーやオレフィンメタセシス等の他の環化ストラテジーも使用することができる。このようなペプチド及びペプチドミメティック環化方法は当分野で周知である。
複数の実施形態において、Ｘ０は存在しない。複数の実施形態において、Ｘ２はＧｌｎである。複数の実施形態において、Ｘ５はβ，β’−ジフェニル−Ａｌａである。複数の実施形態において、Ｌ１Ａは−（ＣＨ２）３−ＮＨ（Ｎ）−ＮＨ−である。複数の実施形態において、Ｒ３及びＲ４は独立して存在しないか、−Ｌ２−Ｒ５、又は任意選択により−Ｌ２−Ｒ５で置換された１〜１００アミノ酸ペプチド配列であり、前記式中、Ｌ２は共有結合性又は非共有結合性リンカーであり、Ｒ５は治療薬、診断薬又は検出可能な薬剤である。複数の実施形態において、Ｒ３は−Ｌ２−Ｒ５又は任意選択により−Ｌ２−Ｒ５で置換されたアミノ酸ペプチド配列であり、Ｒ４は存在しない。複数の実施形態において、Ｒ３は任意選択により−Ｌ２−Ｒ５で置換された３アミノ酸ペプチド配列である。複数の実施形態において、Ｒ３は任意選択により−Ｌ２−Ｒ５で置換されたＬｙｓ−Ｇｌｙ−Ｇｌｙ−である。
複数の実施形態において、前記非ＣＤＲ結合部位はＫａｂａｔナンバリングによる前記Ｆａｂの軽鎖の８位、９位、１０位、３８位、３９位、４０位、４１位、４２位、４３位、４４位、４５位、８２位、８３位、８４位、８５位、８６位、８７位、９９位、１００位、１０１位、１０２位、１０３位、１０４位、１０５位、１４２位、１６２位、１６３位、１６４位、１６５位、１６６位、１６７位、１６８位及び１７３位と、重鎖の６位、９位、３８位、３９位、４０位、４１位、４２位、４３位、４４位、４５位、８４位、８６位、８７位、８８位、８９位、９０位、９１位、１０３位、１０４位、１０５位、１０６位、１０７位、１０８位、１１１位、１１０位、１４７位、１５０位、１５１位、１５２位、１７３位、１７４位、１７５位、１７６位、１７７位、１８５位、１８６位及び１８７位のアミノ酸により形成される。複数の実施形態において、前記ＦａｂはＫａｂａｔナンバリングによる８３位にＧｌｕを含む。複数の実施形態において、前記ＦａｂはＫａｂａｔナンバリングによる４０位にＴｈｒ又はＳｅｒを含む。複数の実施形態において、前記ＦａｂはＫａｂａｔナンバリングによる４１位にＡｓｎを含む。複数の実施形態において、前記ＦａｂはＫａｂａｔナンバリングによる８５位にＡｓｐ又はＡｓｎを含む。
化合物
本願は抗体又は抗体断片のＦａｂドメインと結合し、本願に記載する立体障害性の化学的部分と化学的にかみ合うことが可能なペプチド化合物を提供する。１態様では、式：
Ｒ３−Ｘ０−Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４−Ｘ５−Ｘ６−Ｘ７−Ｘ８−Ｘ９−Ｘ１０−Ｘ１１−Ｘ１２−Ｒ４（ＶＩＩ）
の化合物を提供する。式（ＶＩＩ）中、Ｘ０はＳｅｒ又は存在しない。Ｘ１はＣｙｓ、Ｓｅｒ、Ｇｌｙ、β−アラニン、ジアミノプロピオン酸、β−アジドアラニン又は存在しない。Ｘ２はＧｌｎ又は存在しない。Ｘ３はＰｈｅ、Ｔｙｒ、β，β’−ジフェニル−Ａｌａ、Ｈｉｓ、Ａｓｐ、２−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、３−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、４−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、Ａｓｎ、Ｇｌｎ、修飾Ｐｈｅ、水和性のカルボニル含有残基又はボロン酸含有残基である。Ｘ４はＡｓｐ又はＡｓｎである。Ｘ５はＬｅｕ、β，β’−ジフェニル−Ａｌａ、Ｐｈｅ、Ｔｒｐ、Ｔｙｒ；フェニルアラニン、トリプトファンもしくはチロシンの非天然型アナログ；水和性のカルボニル含有残基又はボロン酸含有残基である。Ｘ６はＳｅｒ又はＣｙｓである。Ｘ７はＴｈｒ、Ｓｅｒ又はＣｙｓである。Ｘ８は式−Ｌ１Ａ−Ｌ１−Ｒ２の側鎖を含むアミノ酸であり、前記式中、Ｌ１Ａは結合、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ−、−Ｓ（Ｏ）２ＮＨ−、−ＮＨ−、−ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨ−、置換もしくは非置換のアルキレン、置換もしくは非置換のヘテロアルキレン、置換もしくは非置換のシクロアルキレン、置換もしくは非置換のヘテロシクロアルキレン、置換もしくは非置換のアリーレン又は置換もしくは非置換のヘテロアリーレンである。Ｘ９はＡｒｇ又はＡｌａである。Ｘ１０はＬｅｕ、Ｇｌｎ、Ｇｌｕ、β，β’−ジフェニル−Ａｌａ、Ｐｈｅ、Ｔｒｐ、Ｔｙｒ；フェニルアラニン、トリプトファンもしくはチロシンの非天然型アナログ；水和性のカルボニル含有残基又はボロン酸含有残基である。Ｘ１１はＬｙｓ又はＡｒｇである。Ｘ１２はＣｙｓ、Ｇｌｙ、７−アミノヘプタン酸、β−アラニン、ジアミノプロピオン酸、プロパルギルグリシン、イソアスパラギン酸又は存在しない。Ｌ１は化学的リンカー（共有結合性又は非共有結合性リンカー）である。本願に記載するＬ１は第２の化学反応性官能基と反応して共有結合性リンカーを形成する化学反応性官能基の残基（ｒｅｍｎａｎｔ）を含むことができる。複数の実施形態において、Ｌ１は結合、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ−、−Ｓ（Ｏ）２ＮＨ−、−ＮＨ−、−ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨ−、非置換のアルキレン、非置換のヘテロアルキレン、非置換のシクロアルキレン、非置換のヘテロシクロアルキレン、非置換のアリーレン又は非置換のヘテロアリーレンである。Ｒ２は立体障害性の化学的部分である。Ｒ３及びＲ４は独立して存在しないか、−Ｌ２−Ｒ５又は任意選択により−Ｌ２−Ｒ５で置換されたアミノ酸ペプチド配列であり、前記式中、Ｌ２は共有結合性又は非共有結合性リンカー（化学的リンカー）であり、Ｒ５は治療薬、診断薬又は検出可能な薬剤であり、Ｘ１とＸ１２は任意選択により一緒になって環状ペプチジル部分を形成する。上記のように、Ｌ２及びＬ１は本願に定義するような化学的リンカーとすることができる。従って、Ｌ２及びＬ１は共有結合性リンカーとすることができる。Ｌ２及びＬ１は第２の化学反応性官能基と反応して共有結合性リンカーを形成するために化学反応性官能基を含むことができる。Ｌ２及びＬ１は２個の反応性基（部分）、例えば本願に記載するような共有結合性反応性基（例えばアルキン、チオール、アジド、マレイミド）を反応させることにより形成されるリンカーを含むことができる。Ｌ２及びＬ１は本願に記載するような切断可能なペプチドリンカーとすることができる。
複数の実施形態において、前記立体障害性の化学的部分（本願ではＲ２とも言う）はＬ１と直交するように結合している。従って、立体障害性の化学的部分とＬ１は直角を形成することができる。複数の実施形態において、Ｌ１は長さ約５Å〜約１５Åである。複数の実施形態において、Ｌ１は長さ約５Å〜約１４Åである。複数の実施形態において、Ｌ１は長さ約５Å〜約１３Åである。複数の実施形態において、Ｌ１は長さ約５Å〜約１２Åである。複数の実施形態において、Ｌ１は長さ約５Å〜約１１Åである。複数の実施形態において、Ｌ１は長さ約５Å〜約１０Åである。複数の実施形態において、Ｌ１は長さ約５Å〜約９Åである。複数の実施形態において、Ｌ１は長さ約５Å〜約８Åである。複数の実施形態において、Ｌ１は長さ約５Å〜約７Åである。複数の実施形態において、Ｌ１は長さ約５Å〜約６Åである。複数の実施形態において、Ｌ１は長さ約５Å〜約１５Åである。複数の実施形態において、Ｌ１は長さ約５Å、６Å、７Å、８Å、９Å、１０Å、１１Å、１２Å、１３Å、１４Å又は１５Åである。複数の実施形態において、Ｌ１は少なくとも約５Åの長さである。複数の実施形態において、Ｌ１は長さ約１５Å未満である。
複数の実施形態において、Ｒ２は最長結合長距離が少なくとも８Åである立体障害性の化学的部分である。複数の実施形態において、最長結合長距離は約８Åである。複数の実施形態において、最長結合長距離は約９Åである。複数の実施形態において、最長結合長距離は約１０Åである。複数の実施形態において、最長結合長距離は約１１Åである。複数の実施形態において、最長結合長距離は約１２Åである。複数の実施形態において、最長結合長距離は約１３Åである。複数の実施形態において、最長結合長距離は約１４Åである。複数の実施形態において、最長結合長距離は約１５Åである。
複数の実施形態において、Ｒ３及びＲ４は−Ｌ２−Ｒ５であり、前記式中、Ｌ２は共有結合性又は非共有結合性リンカーであり、Ｒ５は治療薬である。複数の実施形態において、Ｒ３及びＲ４は−Ｌ２−Ｒ５であり、前記式中、Ｌ２は共有結合性又は非共有結合性リンカーであり、Ｒ５は診断薬である。複数の実施形態において、Ｒ３及びＲ４は−Ｌ２−Ｒ５であり、前記式中、Ｌ２は共有結合性又は非共有結合性リンカーであり、Ｒ５は検出可能な薬剤であり、Ｘ１とＸ１２は任意選択により一緒になって環状ペプチジル部分を形成する。
複数の実施形態において、前記化合物は式：
Figure 0006976854
 を有する。
式（ＶＩＩＡ）中、Ｒ７は水素、Ｒ７Ａ置換アリール又は非置換のアリールであり、Ｒ７Ａは水素、ハロゲン又は非置換のＣ１−４アルキルである。Ｒ７’は水素、Ｒ７Ａ’置換アリール又は非置換のアリールであり、Ｒ７Ａ’は水素、ハロゲン又は非置換のＣ１−４アルキルである。Ｒ８はＲ８Ａ置換又は非置換のＣ１−８アルキルである。Ｒ８Ａはオキソ、アセタール、ケタール、−Ｂ（ＯＨ）２、ボロン酸エステル、リン酸エステル、オルトエステル、−ＣＯ２Ｃ１−４アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｒ８Ａ’、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ２Ｒ８Ａ’、−ＣＯ２Ｈ、−ＣＯＮＨ２又はＲ８Ｂ置換もしくは非置換のアリールであり、Ｒ８Ｂは−ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ又はヨードであり、Ｒ８Ａ’は置換又は非置換のＣ１−４アルキルである。Ｒ９は−Ｌ９’ＯＨ又は−Ｌ９’ＳＨであり、前記式中、Ｌ９’は置換又は非置換のＣ１−４アルキレン（例えば非置換のＣ１−４アルキレン）である。Ｒ１０は−Ｌ１０’ＯＨ又は−Ｌ１０’ＳＨであり、前記式中、Ｌ１０’は置換又は非置換のＣ１−４アルキル（例えば非置換のＣ１−４アルキレン）である。記号ｍは０、１、２、３、４又は５である。
式（ＶＩＩＡ）中、Ｒ１１は−ＯＨ、−ＮＲａＲｂ、−Ｎ（Ｒｃ）Ｃ（Ｏ）Ｒｅ又は−Ｎ（Ｒｃ）Ｃ（＝ＮＲｄ）Ｒｅである。ＲａはＨである。ＲｂはＨ又は任意選択によりオキソ基、アセタール基、ケタール基、−Ｂ（ＯＨ）２基、−ＳＨ基、ボロン酸エステル基、リン酸エステル基、オルトエステル基、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ基、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ１−４アルキル基、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ２Ｃ１−４アルキル基、−ＣＯ２Ｈ基もしくはＣＯ２Ｃ１−４アルキル基から構成される群から選択される１個以上の置換基で置換されたＣ１−８アルキルである。ＲｃはＨ、Ｃ１−８アルキル、Ｃ３−８シクロアルキル、分岐鎖アルキル又はアリールである。ＲｄはＨ又は各々任意選択により−Ｎ３基、−ＮＨ２基、−ＯＨ基、−ＳＨ基、ハロゲン基、オキソ基、アセタール基、ケタール基、−Ｂ（ＯＨ）２基、ボロン酸エステル基、リン酸エステル基、オルトエステル基、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ基、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ１−４アルキル基、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ２Ｃ１−４アルキル基、−ＣＯ２Ｈ基及び−ＣＯ２Ｃ１−４アルキル基から構成される群から選択される１個以上の置換基で置換されたＣ１−８アルキル基、Ｃ２−８アルケニル基、Ｃ２−８アルキニル基、Ｃ３−８シクロアルキル基、分岐鎖アルキル基もしくはアリール基である。ＲｅはＨ；−ＮＨＲｄ；又は各々任意選択により−Ｎ３基、−ＮＨ２基、−ＯＨ基、−ＳＨ基、オキソ基、Ｃ２−４アセタール基、Ｃ２−４ケタール基、−Ｂ（ＯＨ）２基、ボロン酸エステル基、リン酸エステル基、オルトエステル基、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ基、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ１−４アルキル基、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ２Ｃ１−４アルキル基及び−ＣＯ２Ｃ１−４アルキル基から構成される群から選択される１個以上の置換基で置換されたＣ１−１２アルキル基、Ｃ３−８シクロアルキル基、Ｃ２−１２アルケニル基、Ｃ２−８アルキニル基もしくはアリール基である。
式（ＶＩＩＡ）中、Ｒ１２は置換又は非置換のＣ１−４アルキルである。Ｒ１３はＲ１３Ａ置換又は非置換のＣ１−８アルキルであり、Ｒ１３Ａはオキソ基、アセタール基、ケタール基、−Ｂ（ＯＨ）２基、ボロン酸エステル基、リン酸エステル基、オルトエステル基、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ基、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ１−４アルキル基、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ２Ｃ１−４アルキル基、−ＣＯ２Ｃ１−４アルキル基、−ＣＯ２Ｈ基、−ＣＯＮＨ２基、Ｒ１３Ｂ置換もしくは非置換のフェニル基、Ｒ１３Ｂ置換もしくは非置換のナフチル基、Ｒ１３Ｂ置換もしくは非置換のイミダゾリル基、又はＲ１３Ｂ置換もしくは非置換のインドリル基であり、Ｒ１３Ｂは−ＯＨ又はハロゲンである。記号ｎは０又は１である。記号ｐは０又は１である。
式（ＶＩＩＡ）中、ＸはＲｘ置換もしくは非置換のＣ１−８アルキレン、Ｒｘ置換もしくは非置換のＣ２−８アルケニレンであり、Ｒｘはオキソ、−Ｃ（Ｏ）−、−ＮＨ２、−ＮＨＣ（Ｏ）−又は−ＮＨＣ（Ｏ）Ｒｙであり、アルキレンの１個の炭素は任意選択により−Ｃ（Ｏ）ＮＨ−、５員ヘテロアリーレン又は−Ｓ−Ｓ−で置換されており、Ｒｙは−Ｃ１−４アルキル、−ＣＨ（Ｒｚ）Ｃ（Ｏ）−又は−ＣＨ（Ｒｚ）ＣＯ２Ｈであり、Ｒｚは−Ｈ又はＲｚ’置換もしくは非置換の−Ｃ１−４アルキルであり、Ｒｚ’は−ＯＨ、−ＳＨ又はＮＨ２である。式（ＶＩＩ）又は（ＶＩＩＡ）は全ての適切な医薬的に許容される塩を含む。所定の実施形態において、Ｘは
Figure 0006976854
 である。
式（ＶＩＩＢ）中、＊＊は式（ＶＩＩＡ）でＸに結合したグルタミンとの結合点を表し、＊＊＊は式（ＶＩＩＡ）でＸとリジンに結合した窒素との結合点を表す。記号：
Figure 0006976854
 は夫々Ｒ３及びＲ４とのＸの結合点を表す。
複数の実施形態において、Ｒ８Ａはフェニル、ナフチル、イミダゾリル又はインドリルである。
複数の実施形態において、Ｒ１１はオキソ基、アセタール基、ケタール基、−Ｂ（ＯＨ）２基、ボロン酸エステル基、−ＳＨ基、−ＯＨ基、リン酸エステル基、オルトエステル基、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ基、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ１−４アルキル基、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ２Ｃ１−４アルキル基又は−ＣＯ２Ｃ１−４アルキル基で置換されたＣ１−１２アルキルである。
複数の実施形態において、Ｘは本願に記載するようなメディトープ環化ストラテジーのいずれかにより得られるリンカーである。
複数の実施形態において、前記化合物は式：
Figure 0006976854
 の構造を有する。式（ＶＩＩＣ）中、Ｒ３、Ｒ４、Ｒ９、Ｒ１０、Ｒ１１、Ｒ１２及びＲ１３は本願に記載するように定義される。Ｒ９は−Ｌ９’ＯＨ又は−Ｌ９’ＳＨであり、前記式中、Ｌ９は置換又は非置換のＣ１−４アルキレン（例えば非置換のＣ１−４アルキレン）である。Ｒ１０は−Ｌ１０’ＯＨ又は−Ｌ１０’ＳＨであり、前記式中、Ｌ１０は置換又は非置換のＣ１−４アルキル（例えば非置換のＣ１−４アルキレン）である。記号ｍは０、１、２、３、４又は５である。例えば、Ｒ９は−ＣＯＨであり、Ｒ１０は−Ｃ（ＣＨ３）ＯＨであり、Ｒ１１は−Ｌ１Ａ−Ｌ１−Ｒ２であり、前記式中、Ｒ２は立体障害性の化学的部分であり、Ｒ１２は−ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ２ＮＨＣ（ＮＨ２）ＮＨ２ ＋であり、Ｒ１３は−ＣＨ２ＣＨ２（ＣＨ３）ＣＨ３である。
複数の実施形態において、前記化合物は式：
Figure 0006976854
 の構造を有する。式（ＶＩＩＤ）中、Ｒ３、Ｒ４、Ｒ９、Ｒ１０、Ｒ１２及びＲ１３は本願に記載するように定義される。例えば、Ｒ９は−ＣＯＨであり、Ｒ１０は−Ｃ（ＣＨ３）ＯＨであり、Ｒ１２は−ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ２ＮＨＣ（ＮＨ２）ＮＨ２ ＋であり、Ｒ１３は−ＣＨ２ＣＨ２（ＣＨ３）ＣＨ３である。
別の態様では、式：
Ｒ３−Ｘ０−Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４−Ｘ５−Ｘ６−Ｘ７−Ｘ８−Ｘ９−Ｘ１０−Ｘ１１−Ｘ１２−Ｒ４（ＶＩＩＩ）
を有する化合物を提供する。式（ＶＩＩＩ）中、Ｘ０はＳｅｒ又は存在しない。Ｘ１はＣｙｓ、Ｓｅｒ、Ｇｌｙ、β−アラニン、ジアミノプロピオン酸、β−アジドアラニン又は存在しない。Ｘ２はＧｌｎ又は存在しない。Ｘ３はＰｈｅ、Ｔｙｒ、β，β’−ジフェニル−Ａｌａ、Ｈｉｓ、Ａｓｐ、２−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、３−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、４−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、Ａｓｎ、Ｇｌｎ、修飾Ｐｈｅ、水和性のカルボニル含有残基又はボロン酸含有残基である。Ｘ４はＡｓｐ又はＡｓｎである。Ｘ５はＬｅｕ、β，β’−ジフェニル−Ａｌａ、Ｐｈｅ、Ｔｒｐ、Ｔｙｒ；フェニルアラニン、トリプトファンもしくはチロシンの非天然型アナログ；水和性のカルボニル含有残基又はボロン酸含有残基である。Ｘ６はＳｅｒ又はＣｙｓである。Ｘ７はＴｈｒ、Ｓｅｒ又はＣｙｓである。Ｘ８は式−Ｌ１Ａ−Ｌ１−Ｒ６の側鎖を含むアミノ酸であり、前記式中、Ｌ１Ａは結合、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ−、−Ｓ（Ｏ）２ＮＨ−、−ＮＨ−、−ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨ−、置換もしくは非置換のアルキレン、置換もしくは非置換のヘテロアルキレン、置換もしくは非置換のシクロアルキレン、置換もしくは非置換のヘテロシクロアルキレン、置換もしくは非置換のアリーレン又は置換もしくは非置換のヘテロアリーレンである。Ｘ９はＡｒｇ又はＡｌａである。Ｘ１０はＬｅｕ、Ｇｌｎ、Ｇｌｕ、β，β’−ジフェニル−Ａｌａ、Ｐｈｅ、Ｔｒｐ、Ｔｙｒ；フェニルアラニン、トリプトファンもしくはチロシンの非天然型アナログ；水和性のカルボニル含有残基又はボロン酸含有残基である。Ｘ１１はＬｙｓ又はＡｒｇであり、Ｘ１２はＣｙｓ、Ｇｌｙ、７−アミノヘプタン酸、β−アラニン、ジアミノプロピオン酸、プロパルギルグリシン、イソアスパラギン酸又は存在しない。Ｒ３及びＲ４は独立して存在しないか、−Ｌ２−Ｒ５又は任意選択により−Ｌ２−Ｒ５で置換されたアミノ酸ペプチド配列であり、前記式中、Ｌ２は共有結合性又は非共有結合性リンカーであり、Ｒ５は治療薬、診断薬又は検出可能な薬剤である。Ｒ６はクリックケミストリー反応性官能基であり、Ｘ１とＸ１２は任意選択により一緒になって環状ペプチジル部分を形成する。
複数の実施形態において、前記化合物は式：
Figure 0006976854
 の構造を有する。
式（ＶＩＩＩＡ）中、Ｒ３、Ｒ４、Ｒ９、Ｒ１０、Ｒ１２及びＲ１３は本願に記載するように定義される。例えば、Ｒ６はアジド、アルキン、チオール又はマレイミド反応性官能基であり、Ｒ９は−ＣＯＨであり、Ｒ１０は−Ｃ（ＣＨ３）ＯＨであり、Ｒ１２は−ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ２ＮＨＣ（ＮＨ２）ＮＨ２ ＋であり、Ｒ１３は−ＣＨ２ＣＨ２（ＣＨ３）ＣＨ３である。従って、複数の実施形態において、Ｒ６は−Ｎ３又は−ＳＨである。
複数の実施形態において、前記化合物は抗原結合性断片（Ｆａｂ）ドメインと結合している。複数の実施形態において、前記Ｆａｂドメインは前記ＦａｂドメインのＶＨ、ＶＬ、ＣＨ１及びＣＬ領域のアミノ酸残基により画成（例えば形成された）中心空洞の内側に空孔を含み、前記中心空洞は非ＣＤＲ結合部位を含み、前記化合物は前記非ＣＤＲ結合部位と結合している。
方法
１態様では、抗原の結合方法を提供する。前記方法は、実施形態を含む本願に記載する機械的にかみ合った複合体と抗原を接触させる工程と、前記Ｆａｂを前記抗原と結合させる工程を含む。
別の態様では、機械的にかみ合った複合体の形成方法を提供する。前記方法は、相補的なクリックケミストリー反応性官能基を含む立体障害性の化学的部分と本願に記載する化合物を接触させる工程を含む。前記クリックケミストリー反応性官能基と前記相補的なクリックケミストリー反応性官能基を反応させることにより、前記立体障害性の化学的部分と前記化合物の間に化学的リンカーを形成し、前記化学的リンカーは前記空孔を通り抜け、前記立体障害性の化学的部分と前記空孔を画成するアミノ酸の間に立体障害が生じ、それによって、前記化合物と前記Ｆａｂを機械的にかみ合わせる。
別の態様では、機械的にかみ合った複合体の形成方法を提供する。前記方法は、化合物を立体障害性の化学的部分と接触させる工程を含む。前記立体障害性の化学的部分は相補的なクリックケミストリー反応性官能基を含み、前記化合物はクリックケミストリー反応性基と結合したＦａｂ結合性部分を含む。前記Ｆａｂ結合性部分をＦａｂドメインの非ＣＤＲ結合部位と結合させ、前記Ｆａｂドメインは前記ＦａｂドメインのＶＨ、ＶＬ、ＣＨ１及びＣＬ領域のアミノ酸残基により画成された中心空洞の内側に空孔を含み、前記中心空洞は前記非ＣＤＲ結合部位を含む。前記クリックケミストリー反応性官能基と前記相補的なクリックケミストリー反応性官能基を反応させることにより、化学的リンカーを介して前記Ｆａｂ結合性部分と連結した立体障害性の化学的部分を含むコンジュゲートを形成し、前記化学的リンカーは前記空孔を通り抜け、前記立体障害性の化学的部分と前記空孔を画成するアミノ酸の間に立体障害が生じ、それによって、前記化合物と前記Ｆａｂを機械的にかみ合わせる。
［実施例１］
セツキシマブのＦａｂアームの内側にユニークなペプチド結合部位が発見されたことから、モノクローナル抗体（ｍＡｂ）を効率的に機能化させるための非共有結合的アプローチを開発しようと試みた。ペプチド−Ｆａｂ相互作用の親和性を高めるために、構造的及び生物物理学的方法を使用して非天然アミノ酸をペプチドに導入し、Ｆａｂ内に特異的な突然変異を形成し、高親和性ペプチド−Ｆａｂ複合体を得た。高親和性複合体の構造によると、Ｆａｂの反対側からペプチドのアルギニン８のグアニジニウム窒素（ＮＨ１／２）に接触可能であることが分かった。アルギニン８を使用して短いポリエチレンリンカーと末端アジドを含むように改変したペプチドを作製した。この改変型ペプチドをＦａｂと結合させ、銅フリーのクリックケミストリーを使用してかみ合った機械的結合を形成した。
銅フリーのクリックケミストリーを使用し、Ａｌｅｘａｆｌｕｏｒ ６４７をトラスツズマブに連結し、機械的な非共有結合を形成した（図３Ａ、図４）。ＳＥＣと質量分析の結果、かみ合った複合体の効率的な形成が実証された。複合体は３７℃で１０日間以上安定していることも実証された（図１６）。最後に、かみ合ったＡｌｅｘａｆｌｕｏｒ ６４７−トラスツズマブＩｇＧ１は動物実験でＨｅｒ２陽性腫瘍異種移植片をイメージングできることが実証された。更に、造影剤色素は投与から８日後に腫瘍に止まっていた（図１７Ａ、図１７Ｂ）。これらのデータを総合すると、メディトープ使用可能ｍＡｂに共有結合様の親和性で特異的且つ迅速に官能基を付加できると思われる。これらの結果によると、例えば誘導体化メディトープとクリッカブル「立体プラグ」の組み合わせにより、１００通りのユニークなｍＡｂ薬物コンジュゲートを迅速に作製することが可能であると思われる。例えば、１０種類のユニークな細胞毒素を８−アジドメディトープに加え、１０種類の異なる細胞毒素（又は造影剤）をクリッカブル立体プラグに加え、１００通りのユニークな組み合わせが得られると思われる。「メディトープ」なる用語は本願に記載するようなＦａｂ結合性部分を意味する。従って、複数の実施形態において、メディトープはペプチジル部分である。
出願人らは既に軽鎖と重鎖により形成される空孔内にユニークなペプチド結合部位を発見している（Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ Ｕ Ｓ Ａ．２０１３ Ｏｃｔ ２２；１１０（４３）：１７４５６−６１；Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ａｎｄ ｇｒａｆｔｉｎｇ ｏｆ ａ ｕｎｉｑｕｅ ｐｅｐｔｉｄｅ−ｂｉｎｄｉｎｇ ｓｉｔｅ ｉｎ ｔｈｅ Ｆａｂ ｆｒａｍｅｗｏｒｋ ｏｆ ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ．Ｄｏｎａｌｄｓｏｎ ＪＭ１，Ｚｅｒ Ｃ，Ａｖｅｒｙ ＫＮ，Ｂｚｙｍｅｋ ＫＰ，Ｈｏｒｎｅ ＤＡ，Ｗｉｌｌｉａｍｓ ＪＣ）。出願人らはこの部位を画成する残基がセツキシマブに固有であり、ヒトｍＡｂには存在しないことを示した。出願人らはＨｅｒ２＋癌を治療するために使用されるヒトｍＡｂであるトラスツズマブにこの部位をグラフトできることを実証した。回折試験と結合試験により、出願人らはこの部位のグラフトが構造を変化させず、抗原結合に及ぼす効果を親ｍＡｂから区別できないことを示した。従って、潜在的にカーゴを結合するためのみならず、プレターゲットイメージング等の新興治療技術用としても、この部位をユニークな受容体として使用することができよう。
出願人らは、メディトープ複合体の構造において、Ｆａｂ空孔の反対側から側鎖残基Ａｒｇ８及びＳｅｒ６に部分的に接触可能であることを確認した。この接触可能性により、側鎖が空孔を通り抜けて反対側に反応性基を暴露し、改変型メディトープに立体障害性基を化学的に結合できるように、メディトープのどちらかの位置に非天然アミノ酸を導入できる見込みとなった。解離を防ぐために機械的結合を形成した（Ｔｏｐ Ｃｕｒｒ Ｃｈｅｍ．２０１２；３２３：１９−７２；Ｔｈｅ ｍｅｃｈａｎｉｃａｌ ｂｏｎｄ：ａ ｗｏｒｋ ｏｆ ａｒｔ．Ｂｒｕｎｓ ＣＪ，Ｓｔｏｄｄａｒｔ ＪＦ）。これを実施するために、Ｆａｂを飽和させると共に複合体の一部として改変後のメディトープと立体阻害性基の間に反応が生じるように、元のメディトープ−Ｆａｂ複合体の親和性と半減期であるＫＤ≒１０００ｎＭとτ１／２≒１６秒（３７℃）を変更した。
親和性はメディトープ、Ｆａｂ又はその両方の改変により改善することができた。先ず、多数の非天然アミノ酸をメディトープの内部の種々の位置に導入した。これは、側鎖とＤ−アミノ酸に分岐鎖アミノ酸、ハロゲンを導入し、埋没表面積を増やし、新たな水素結合を導入（追加）することにより行った。これらの広範な構造−活性試験の結果、Ｌｅｕ５をジフェニルアラニンで置換すると、メディトープ使用可能トラスツズマブＦａｂに対するメディトープの親和性が有意に増加することが分かった。生理的温度（３７℃）において、ＳＰＲ測定によると、親和性は１０００ｎＭから４１ｎＭへと改善されるが、半減期は短く、τ１／２≒６０秒である。２．５５ÅとＲ／ＲＦｒｅｅ＝１７．２／２１．９まで改善されたこの複合体の結晶構造によると、ジフェニルアラニンのフェニル環がＬｅｕ１１５をまたがっており、埋没表面積は８８３Å２から９９５Å２まで１１２Å２増加している。メディトープ又はＦａｂに他の有意な構造変化は認められなかった（アポ構造に比較して０．６８Å）。
次に、Ｆａｂドメインを改変した。複合体の元の構造によると、メディトープのＡｒｇ９に異常な回転異性体が認められ、部分的に埋没した空洞にグアニジニウム基が認められた。出願人らは、この空洞への負電荷の導入の結果として有利な埋没荷電−荷電相互作用を生じるのではないかと仮定した。そこで、突然変異を起こし、改変型メディトープ使用可能ｍＡｂを作製し、Ｆａｂを単離し、親和性を測定した。３７℃において、元の構造を使用したＳＰＲ測定によると、親和性は１０００ｎＭから３８ｎＭへと著しく改善していることが判明した。更に、解離速度は明らかに低下し、ＫＯｆｆ＝２．５×１０−３ｓ−１となり、半減期は長くなり、τ１／２≒２８０秒となった。元のメディトープをＩ８３Ｅ Ｆａｂに結合したもの（１．７８ÅとＲ／ＲＦｒｅｅ＝１５．９／１９．７％まで改善されたもの）の回折試験の結果、有利な結合の形成が検証された。ＦａｂのＧｌｕ８３のカルボキシルからメディトープのＡｒｇ８のＮＨ１までの距離は２．８Åである。上記と同様に、点突然変異の外側では、複合体に有意な変化はなかった。
個々の改善を踏まえ、親和性を測定し、５−ジフェニルメディトープとＥ８３置換トラスツズマブＦａｂの複合体の結晶構造を解明した。この場合も３７℃で行ったＳＰＲ測定によると、この組み合わせはτ１／２≒２４００秒という長い半減期で強く結合する（ＫＤ＝０．８６ｎＭ）ことが判明した。実際に、この組み合わせは相加効果又は相乗効果がある（Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ Ｕ Ｓ Ａ．１９８１ Ｊｕｌ；７８（７）：４０４６−５０．Ｏｎ ｔｈｅ ａｔｔｒｉｂｕｔｉｏｎ ａｎｄ ａｄｄｉｔｉｖｉｔｙ ｏｆ ｂｉｎｄｉｎｇ ｅｎｅｒｇｉｅｓ．Ｊｅｎｃｋｓ ＷＰ）。親和性の増加は約１１６０倍（１０００ｎＭ／０．８６ｎＭ）であり、ここで親和性の個々の増加は各々約２５倍（１０００ｎＭ／４０ｎＭ）であり、又は二乗すると６２５倍である。上記と同様に、１．８１ÅとＲ／ＲＦｒｅｅ＝１６．３／１９．１％まで改善されたこの複合体の構造は、元の構造又は他の置換構造と大差ない。
反応性基をＦａｂ空孔に通して機械的結合を形成し、Ａｒｇ８のグアニジニウム基に焦点を絞った。先ず、メディトープを環化するために使用した１位と１２位のシステインの置換も含めてチオールを付加しようと試みた。クリックケミストリーも検討した。構造データによると、ｚｚケミストリーにより２個のエチレングリコールで挟まれたアジドが導入された。ＳＰＲ試験の結果、８−アジド−５−ジフェニルメディトープはＫＤ＝２．１ｎＭという同等の親和性でありながら、τ１／２≒５０００秒という長い半減期でＥ８３メディトープ使用可能トラスツズマブＦａｂと結合していることが判明した。機械的結合を形成するために、８−アジド−５−ジフェニルメディトープをＥ８３改変トラスツズマブＦａｂと１：１の化学量論的割合で混合し、銅フリーのクリックケミストリーを使用し、蛍光標識した歪みアルキンであるＡｌｅｘａｆｌｕｏｒ ６４７−ＤＩＢＯとメディトープを連結した。サイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ）を使用した処、色素とＦａｂの同時溶出が認められ、機械的結合の形成が判明した。質量分析により、機械的結合が形成されたことを更に検証した。連結したメディトープ−Ｆａｂ複合体を未反応ＦａｂからＳＥＣにより区別するために、Ａｌｅｘａｆｌｕｏｒ ６４７−ＤＩＢＯの代わりに３０ｋＤａｌ ＰＥＧ−ＤＩＢＯを使用した。どちらの化学種も容易に分離された。ＳＰＲにより、３０ｋＤａｌ ＰＥＧを連結したメディトープ−Ｆａｂは親Ｆａｂと同等の親和性で抗原と結合することが実証された。
連結したメディトープ−ｍＡｂを生体系での送達に使用できるか否かを調べるために、動物イメージング試験を実施した。先ず、別の２種類の抗体として抗ＣＥＡ ｍＡｂ（Ｍ５Ａ）と抗ＣＤ３ ｍＡｂ（ＵＣＨＴ１）をメディトープ使用可能にした。上記と同様に、これらのメディトープ使用可能ｍＡｂのどちらにもＡｌｅｘａｆｌｕｏｒ ６４７−ＤＩＢＯを使用した機械的結合の形成が実証された。次に、かみ合ったＡｌｅｘａｆｌｕｏｒ ６４７−メディトープ−ｍＡｂがそれらの夫々の抗原を発現する細胞株と結合することがサイトメトリー解析により判明した。過剰の５−ジフェニルメディトープの存在下において、かみ合ったＡｌｅｘａｆｌｕｏｒ ６４７−メディトープ−トラスツズマブｍＡｂ複合体が３７℃で１０日間以上無傷のままであることも実証された。最後に、ＢＴ４７４異種移植片腫瘍をもつＮＧＳマウスに、かみ合ったＡｌｅｘａｆｌｕｏｒ ６４７−メディトープ−トラスツズマブｍＡｂを尾静脈注射により導入した。注射から２４時間後と４８時間後に動物を撮像した処、Ａｌｅｘａｆｌｕｏｒ ６４７−メディトープ−トラスツズマブｍＡｂ複合体は主に腫瘍に存在し、程度は低いが、肝臓にも存在することが分かった。８日後に臓器を摘出し、撮像した。強い蛍光シグナルが腫瘍に検出された。肝臓、腎臓又は脾臓からはシグナルが全く検出されなかった。
メディトープ−Ｆａｂ相互作用の構造解析を使用し、アジド基がＦａｂの空孔を通り抜けられるように相互作用の親和性と半減期を有意に増加させると共に、クリックケミストリーにより機械的結合を形成した。かみ合った複合体は安定しており、抗原結合は変化していないことが分かった。Ａｌｅｘａｆｌｕｏｒ ６４７と機械的結合を形成し、動物における腫瘍異種移植片を撮像することにより、この相互作用が有用であることを実証した。ＰＥＧを含む他の部分もかみ合うことも分かった。これらの試験を総合すると、Ｆａｂに官能基を「スナップ」止めするように導入できることが明らかであり、メディトープと、一連の細胞毒素、生物材料及び造影剤を持たせた鍵穴部分とをミックスアンドマッチさせることによりｍＡｂのユニークな組み合わせを迅速に作成する可能性が開ける。
［実施例２］
２個のかみ合った薬物コンジュゲートの作製
８−アジドメディトープの遊離のリジンにアウリスタチンとメルタンシンを個々にコンジュゲートし、コンジュゲートをメディトープ使用可能トラスツズマブにかみ合わせ、ＢＴ４７４及びＳＫＢＲ３細胞株を使用してかみ合った細胞毒素の細胞増殖阻害／死滅を特性解析する。細胞増殖阻害をＴ−ＤＭ１（トラスツズマブエムタンシン）と直接比較する。次に、動物における腫瘍増殖阻害を試験する。
イメージング及び放射線免疫療法用のかみ合ったＤＯＴＡの作製
ＤＯＴＡをＤＩＢＯ（ジベンゾシクロオクチン）に直接コンジュゲート化し、８−アジドメディトープを介してＤＯＴＡ−ＤＩＢＯをメディトープ使用可能抗ＣＥＡ ｍＡｂにかみ合わせる。ＤＯＴＡを６４Ｃｕで標識し、免疫不全マウスにおけるＬＳ−１７４Ｔ異種移植片又はＣ５７Ｂｌ．ＣＥＡトランスジェニックマウスにおけるＭＣ３８．ＣＥＡ同系腫瘍の撮像に使用する。ＤＯＴＡに直接コンジュゲートした抗ＣＥＡとこれらの画像を比較する。これに成功するならば、６７Ｃｕ又は他の放射性核種（９０Ｙ又は１７７Ｌｕ）を治療に使用することが可能になるであろう。また、ＤＯＴＡ−ＤＩＢＯをアウリスタチン／メルタンシンメディトープと組み合わせ、動物腫瘍異種移植片における細胞毒素の送達を撮像する。更に、このアプローチは、種々の形態の癌の治療用に連結することができる細胞毒素、生物材料及びｓｉＲＮＡのレパートリーを拡大する可能性を開くであろう。
ネイキッドｍＡｂに耐性である腫瘍を有効に死滅させるための機能化ｍＡｂ及びｍＡｂ断片。本願に記載する組成物と方法は癌をより有効に治療するために細胞毒素又は生物材料の組み合わせを迅速に作製及び同定するための手段を提供する。細胞毒素、造影剤及び他の生物材料をメディトープ使用可能ｍＡｂに迅速且つ効率的にかみ合わせることができるならば、抗体修飾分野における抜本的な転換となる。現在、一般的に抗体−薬物コンジュゲートは既存の残基（システイン、リジン又はグリカン）による化学的修飾により作製されており、あるいは非天然アミノ酸の導入が必要である。目的のｍＡｂをメディトープ使用可能にしなければならないが、出願人らは複数のｍＡｂを使用して、この方法が簡単であり、抗原親和性又はｍＡｂ安定性に殆ど又は全く影響がないことを示した。更に、一旦使用可能にすると、（溶出に使用されるプロテインＡ／Ｌ／Ｇカラムと高ＰＨに頼らずに）メディトープ部位を使用してｍＡｂを精製することができる。上記のように、プレターゲットイメージングに使用することもできるし、インターナリゼーションを強化するために多価メディトープと併用することもできる。最後に、２個以上の別個の部分を同一のｍＡｂにコンジュゲートできることは、腫瘍進行を促進する２つの独自の経路を同時に標的とするユニークな能力を与え、相乗的に作用する毒物の組み合わせを迅速に同定する可能性を提供する。
［実施例３］
イメージング用メディトープの作製：出願人らは２種類の高親和性アジドメディトープを作製した。一方はエチレングリコール２単位、他方はエチレングリコール３単位を使用して、アジド基をアルギニンのグアニジニウムと架橋させる（図２６）。出願人らはどちらもＤＩＢＯ−Ａｌｅｘａｆｌｕｏｒ ６４７を使用して（ＳＥＣを使用した精製後のＵＶに基づき）７３％の収率で同等に反応性であることを確認した。今後の実験で、出願人らはｍｅｍＡｂ濃度を１μＭとしてアジドメディトープを抗ＣＥＡ ｍｅｍＡｂと１．１対１の化学量論的割合で混合する。種々のバッファー条件及び種々の温度でＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ ６４７を過剰（１．２倍、２倍及び３倍）に加える。出願人らはタンパク質濃度を蛍光シグナルと比較することにより反応の効率をモニターする。未反応のメディトープを抗ＣＥＡ ｍｅｍＡｂから取り除くために、高親和性メディトープとコンジュゲート化したビーズの存在下で溶液を３７℃まで加熱する。未反応のメディトープが解離し、遊離のｍｅｍＡｂが固体支持体に吸収されるであろう。溶液をサイズ分画し、残りの反応材料と副生物を分離する。出願人らは機械的結合の形成を確実にするために質量分析法も使用する。
出願人らは種々の歪みアナログも利用するであろう。これらの例としては、ＤＢＣＯ、ＢＡＲＡＣ、ＢＣＮ及び他の歪みアルキンが挙げられる（Ｊｅｗｅｔｔ，Ｊ．Ｃ．，ａｎｄ Ｂｅｒｔｏｚｚｉ，Ｃ．Ｒ．２０１０．Ｃｕ−ｆｒｅｅ ｃｌｉｃｋ ｃｙｃｌｏａｄｄｉｔｉｏｎ ｒｅａｃｔｉｏｎｓ ｉｎ ｃｈｅｍｉｃａｌ ｂｉｏｌｏｇｙ．Ｃｈｅｍ Ｓｏｃ Ｒｅｖ ３９：１２７２−１２７９；Ｇｏｒｄｏｎ，Ｃ．Ｇ．，Ｍａｃｋｅｙ，Ｊ．Ｌ．，Ｊｅｗｅｔｔ，Ｊ．Ｃ．，Ｓｌｅｔｔｅｎ，Ｅ．Ｍ．，Ｈｏｕｋ，Ｋ．Ｎ．，ａｎｄ Ｂｅｒｔｏｚｚｉ，Ｃ．Ｒ．２０１２．Ｒｅａｃｔｉｖｉｔｙ ｏｆ ｂｉａｒｙｌａｚａｃｙｃｌｏｏｃｔｙｎｏｎｅｓ ｉｎ ｃｏｐｐｅｒ−ｆｒｅｅ ｃｌｉｃｋ ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ．Ｊ Ａｍ Ｃｈｅｍ Ｓｏｃ １３４：９１９９−９２０８）。数種のアナログが市販されている（Ｃｌｉｃｋ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ Ｔｏｏｌｓ）。市販品以外も公開文献に従って合成されよう（Ｊｅｗｅｔｔ，Ｊ．Ｃ．，ａｎｄ Ｂｅｒｔｏｚｚｉ，Ｃ．Ｒ．２０１０．Ｃｕ−ｆｒｅｅ ｃｌｉｃｋ ｃｙｃｌｏａｄｄｉｔｉｏｎ ｒｅａｃｔｉｏｎｓ ｉｎ ｃｈｅｍｉｃａｌ ｂｉｏｌｏｇｙ．Ｃｈｅｍ Ｓｏｃ Ｒｅｖ ３９：１２７２−１２７９）。出願人らはこれらの歪みシクロオクチンにＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ ６４７をコンジュゲートする。出願人らは更にアジドを更に溶媒中に「押し」出すためにエチレングリコールを更に付加する。
出願人らはＮ及び／又はＣ末端に更にリジンを付加する高親和性のアジドメディトープを更に合成する（及びＮ末端をアセチル化する）。ＮＨＳケミストリーによりＤＯＴＡ又はテトラジン基をリジンアミンに付加する。ＤＯＴＡを６４Ｃｕ標識に使用し、テトラジンを１８Ｆ標識に使用する。ＤＯＴＡ及びテトラジンＮＨＳエステルはいずれも市販されている（Ｍａｃｒｏｃｙｃｌｉｃｓ，Ｃｌｉｃｋ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ Ｔｏｏｌｓ）。出願人らは更に最適な歪みシクロオクチン基にＤＯＴＡとメチルテトラジンをコンジュゲートする。こうして、ＤＯＴＡ又はテトラジン部分のいずれかを介して複数の放射性核種を付けた標識抗体を迅速に作製することが可能になろう。例えば、出願人らは２個のＤＯＴＡ部分（例えば各Ｆａｂアームに１個ずつ）、４個のＤＯＴＡ部分、６個、８個又はそれ以上のＤＯＴＡを付加する（図２６参照）。
［実施例４］
多数のモノクローナル抗体は腫瘍抗原と共に、程度は低いが、健康な組織で発現される他の疾患関連抗原も標識とする。抗体を全身投与すると、重度の副作用を生じる可能性がある。例えば、抗ＥＧＦＲ ｍＡｂであるセツキシマブは重度の皮膚発疹を生じる可能性があり、トラスツズマブは心筋症を生じる可能性があり、イピリムマブは大腸炎と下垂体炎を生じる可能性がある上に、場合により致命的となり得る敗血症を誘発する可能性があり、抗ＰＤ１ ｍＡｂは１型糖尿病を誘発する可能性がある。これらの副作用を軽減又は解消すると共に、治療濃度域を改善するために、出願人らは本願に記載する機械的にかみ合ったメディトープの技術を使用して、腫瘍で活性化されるマスクを作製する。具体的には、所定のｍＡｂのＣＤＲと結合して抗原結合を立体的に妨害するペプチドを容易に同定することができる。これらのペプチドを親抗体の軽鎖又は重鎖のＮ末端に融合することができると同時に、マスキングペプチドをメディトープに付加し、メディトープをメディトープ使用可能ｍＡｂに機械的にかみ合わせることも可能である（図２７）。
実施形態
実施形態１．抗原結合性断片（Ｆａｂ）ドメインと機械的にかみ合った化合物を含む、機械的にかみ合った複合体であって、前記Ｆａｂドメインは、前記ＦａｂドメインのＶＨ、ＶＬ、ＣＨ１及びＣＬ領域のアミノ酸残基により画成された中心空洞の内側に空孔を含み、前記中心空洞は、非ＣＤＲ結合部位を含み、前記化合物は、化学的リンカーを介して立体障害性の化学的部分と結合したＦａｂ結合性部分を含み、前記Ｆａｂ結合性部分は、前記非ＣＤＲ結合部位と結合しており、前記化学的リンカーは前記空孔を通り抜け、前記立体障害性の化学的部分と前記空孔を画成するアミノ酸の間に立体障害が生じ、それによって、前記化合物と前記Ｆａｂを機械的にかみ合わせた、複合体。
実施形態２．前記非ＣＤＲ結合部位が、フレームワーク領域アミノ酸残基を含むペプチド結合部位であり、前記Ｆａｂ結合性部分がペプチジル部分である、実施形態１に記載の機械的にかみ合った複合体。
実施形態３．前記ペプチジル部分が、１００ｎＭ未満のＫＤで前記ペプチド結合部位と結合する、実施形態２に記載の機械的にかみ合った複合体。
実施形態４．前記ペプチジル部分が、５０ｎＭ未満のＫＤで前記ペプチド結合部位と結合する、実施形態２に記載の機械的にかみ合った複合体。
実施形態５．前記ペプチジル部分が、１０ｎＭ未満のＫＤで前記ペプチド結合部位と結合する、実施形態２に記載の機械的にかみ合った複合体。
実施形態６．前記ペプチジル部分が、１ｎＭ未満のＫＤで前記ペプチド結合部位と結合する、実施形態２に記載の機械的にかみ合った複合体。
実施形態７．前記ペプチジル部分が、２００秒超のτ１／２で前記ペプチド結合部位と結合する、実施形態２から６のいずれか一項に記載の機械的にかみ合った複合体。
実施形態８．前記ペプチジル部分が、５００秒超のτ１／２で前記ペプチド結合部位と結合する、実施形態２から６のいずれか一項に記載の機械的にかみ合った複合体。
実施形態９．前記ペプチジル部分が、１０００秒超のτ１／２で前記ペプチド結合部位と結合する、実施形態２から６のいずれか一項に記載の機械的にかみ合った複合体。
実施形態１０．前記ペプチジル部分が、２０００秒超のτ１／２で前記ペプチド結合部位と結合する、実施形態２から６のいずれか一項に記載の機械的にかみ合った複合体。
実施形態１１．前記化合物と前記Ｆａｂが、４０００秒超のτ１／２で相互に結合している、実施形態１から１０のいずれか一項に記載の機械的にかみ合った複合体。
実施形態１２．前記化合物と前記Ｆａｂが、４５００秒超のτ１／２で相互に結合している、実施形態１から１０のいずれか一項に記載の機械的にかみ合った複合体。
実施形態１３．前記化合物が、治療薬、診断薬又は検出可能な薬剤を含む、実施形態１に記載の機械的にかみ合った複合体。
実施形態１４．前記Ｆａｂ結合性部分が、治療薬、診断薬又は検出可能な薬剤にコンジュゲートされている、実施形態１に記載の機械的にかみ合った複合体。
実施形態１５．前記化合物が、式：Ｒ１−Ｌ１−Ｒ２を有しており、式中、Ｒ１は前記ペプチジル部分であり、Ｌ１は長さ約５Å〜約１５Åの前記化学的リンカーであり、Ｒ２は最長結合長距離が少なくとも１０Åである前記立体障害性の化学的部分である、実施形態１から１４のいずれか一項に記載の機械的にかみ合った複合体。
実施形態１６．前記化学的リンカーが、共有結合性リンカーである、実施形態１から１５のいずれか一項に記載の機械的にかみ合った複合体。
実施形態１７．前記化学的リンカーが、置換もしくは非置換のアルキレン、置換もしくは非置換のヘテロアルキレン、置換もしくは非置換のシクロアルキレン、置換もしくは非置換のヘテロシクロアルキレン、置換もしくは非置換のアリーレン又は置換もしくは非置換のヘテロアリーレンである、実施形態１から１５のいずれか一項に記載の機械的にかみ合った複合体。
実施形態１８．前記化学的リンカーが、ＰＥＧリンカーである、実施形態１から１５のいずれか一項に記載の機械的にかみ合った複合体。
実施形態１９．Ｒ１が、
Ｒ３−Ｘ０−Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４−Ｘ５−Ｘ６−Ｘ７−Ｘ８−Ｘ９−Ｘ１０−Ｘ１１−Ｘ１２−Ｒ４
であり、式中、Ｘ０は、Ｓｅｒ又は存在せず；Ｘ１は、Ｃｙｓ、Ｓｅｒ、Ｇｌｙ、β−アラニン、ジアミノプロピオン酸、β−アジドアラニン又は存在せず；Ｘ２は、Ｇｌｎ又は存在せず；Ｘ３は、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、β，β’−ジフェニル−Ａｌａ、Ｈｉｓ、Ａｓｐ、２−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、３−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、４−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、Ａｓｎ、Ｇｌｎ、修飾Ｐｈｅ、水和性のカルボニル含有残基、又はボロン酸含有残基であり；Ｘ４は、Ａｓｐ又はＡｓｎであり；Ｘ５は、Ｌｅｕ、β，β’−ジフェニル−Ａｌａ、Ｐｈｅ、Ｔｒｐ、Ｔｙｒ；フェニルアラニン、トリプトファンもしくはチロシンの非天然型アナログ；水和性のカルボニル含有残基又はボロン酸含有残基であり；Ｘ６は、Ｓｅｒ又はＣｙｓであり；Ｘ７は、Ｔｈｒ、Ｓｅｒ又はＣｙｓであり；Ｘ８は、式−Ｌ１Ａ−Ｌ１−Ｒ２の側鎖を含むアミノ酸であり、前記式中、Ｌ１Ａは置換もしくは非置換のアルキレン、置換もしくは非置換のヘテロアルキレン、置換もしくは非置換のシクロアルキレン、置換もしくは非置換のヘテロシクロアルキレン、置換もしくは非置換のアリーレン又は置換もしくは非置換のヘテロアリーレンであり；Ｘ９は、Ａｒｇ又はＡｌａであり；Ｘ１０は、Ｌｅｕ、Ｇｌｎ、Ｇｌｕ、β，β’−ジフェニル−Ａｌａ、Ｐｈｅ、Ｔｒｐ、Ｔｙｒ；フェニルアラニン、トリプトファンもしくはチロシンの非天然型アナログ；水和性のカルボニル含有残基又はボロン酸含有残基であり；Ｘ１１は、Ｌｙｓ又はＡｒｇであり；Ｘ１２は、Ｃｙｓ、Ｇｌｙ、７−アミノヘプタン酸、β−アラニン、ジアミノプロピオン酸、プロパルギルグリシン、イソアスパラギン酸又は存在せず；Ｒ３及びＲ４は、独立して存在しないか、−Ｌ２−Ｒ５、又は任意選択により−Ｌ２−Ｒ５で置換されたアミノ酸ペプチド配列であり、前記式中、Ｌ２は、共有結合性又は非共有結合性リンカーであり、Ｒ５は、治療薬、診断薬又は検出可能な薬剤であり；Ｘ１とＸ１２は、任意選択により一緒になって環状ペプチジル部分を形成する、実施形態１５に記載の機械的にかみ合った複合体。
実施形態２０．Ｘ１及びＸ２が、Ｃｙｓであり、ジスルフィド結合を介して一緒になり、環状ペプチジル部分を形成する、実施形態１９に記載の機械的にかみ合った複合体。
実施形態２１．Ｘ０が存在しない、実施形態１９に記載の機械的にかみ合った複合体。
実施形態２２．Ｘ２がＧｌｎである、実施形態１９に記載の機械的にかみ合った複合体。
実施形態２３．Ｘ５がβ，β’−ジフェニル−Ａｌａである、実施形態１９に記載の機械的にかみ合った複合体。
実施形態２４．Ｌ１Ａが−（ＣＨ２）３−ＮＨ（Ｎ）−ＮＨ−である、実施形態１９に記載の機械的にかみ合った複合体。
実施形態２５．Ｒ３及びＲ４が、独立して、存在しないか、−Ｌ２−Ｒ５又は任意選択により−Ｌ２−Ｒ５で置換された１〜１００アミノ酸ペプチド配列であり、前記式中、Ｌ２は、共有結合性又は非共有結合性リンカーであり、Ｒ５は、治療薬、診断薬又は検出可能な薬剤である、実施形態１９に記載の機械的にかみ合った複合体。
実施形態２６．Ｒ３が、−Ｌ２−Ｒ５又は任意選択により−Ｌ２−Ｒ５で置換されたアミノ酸ペプチド配列であり、Ｒ４が存在しない、実施形態１９に記載の機械的にかみ合った複合体。
実施形態２７．Ｒ３が、任意選択により−Ｌ２−Ｒ５で置換された３アミノ酸ペプチド配列である、実施形態１９に記載の機械的にかみ合った複合体。
実施形態２８．Ｒ３が、任意選択により−Ｌ２−Ｒ５で置換されたＬｙｓ−Ｇｌｙ−Ｇｌｙ−である、実施形態１９に記載の機械的にかみ合った複合体。
実施形態２９．前記非ＣＤＲ結合部位が、Ｋａｂａｔナンバリングによる前記Ｆａｂの軽鎖の８位、９位、１０位、３８位、３９位、４０位、４１位、４２位、４３位、４４位、４５位、８２位、８３位、８４位、８５位、８６位、８７位、９９位、１００位、１０１位、１０２位、１０３位、１０４位、１０５位、１４２位、１６２位、１６３位、１６４位、１６５位、１６６位、１６７位、１６８位及び１７３位と、重鎖の６位、９位、３８位、３９位、４０位、４１位、４２位、４３位、４４位、４５位、８４位、８６位、８７位、８８位、８９位、９０位、９１位、１０３位、１０４位、１０５位、１０６位、１０７位、１０８位、１１１位、１１０位、１４７位、１５０位、１５１位、１５２位、１７３位、１７４位、１７５位、１７６位、１７７位、１８５位、１８６位及び１８７位のアミノ酸により形成される、実施形態１から２８のいずれか一項に記載の機械的にかみ合った複合体。
実施形態３０．前記Ｆａｂが、Ｋａｂａｔナンバリングによる８３位にＧｌｕを含む、実施形態１から２９のいずれか一項に記載の機械的にかみ合った複合体。
実施形態３１．前記Ｆａｂが、Ｋａｂａｔナンバリングによる４０位にＴｈｒ又はＳｅｒを含む、実施形態１から３０のいずれか一項に記載の機械的にかみ合った複合体。
実施形態３２．前記Ｆａｂが、Ｋａｂａｔナンバリングによる４１位にＡｓｎを含む、実施形態１から３１のいずれか一項に記載の機械的にかみ合った複合体。
実施形態３３．前記Ｆａｂが、Ｋａｂａｔナンバリングによる８５位にＡｓｐ又はＡｓｎを含む、実施形態１から３２のいずれか一項に記載の機械的にかみ合った複合体。
実施形態３４．抗原の結合方法であって、実施形態１から３３のいずれか一項に記載の機械的にかみ合った複合体と抗原を接触させる工程と、前記Ｆａｂを前記抗原と結合させる工程とを含む、方法。
実施形態３５．式：
Ｒ３−Ｘ０−Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４−Ｘ５−Ｘ６−Ｘ７−Ｘ８−Ｘ９−Ｘ１０−Ｘ１１−Ｘ１２−Ｒ４
を有する化合物であって、式中、Ｘ０は、Ｓｅｒ又は存在せず；Ｘ１は、Ｃｙｓ、Ｓｅｒ、Ｇｌｙ、β−アラニン、ジアミノプロピオン酸、β−アジドアラニン又は存在せず；Ｘ２は、Ｇｌｎ又は存在せず；Ｘ３は、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、β，β’−ジフェニル−Ａｌａ、Ｈｉｓ、Ａｓｐ、２−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、３−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、４−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、Ａｓｎ、Ｇｌｎ、修飾Ｐｈｅ、水和性のカルボニル含有残基又はボロン酸含有残基であり；Ｘ４は、Ａｓｐ又はＡｓｎであり；Ｘ５は、Ｌｅｕ、β，β’−ジフェニル−Ａｌａ、Ｐｈｅ、Ｔｒｐ、Ｔｙｒ；フェニルアラニン、トリプトファンもしくはチロシンの非天然型アナログ；水和性のカルボニル含有残基、又はボロン酸含有残基であり；Ｘ６は、Ｓｅｒ又はＣｙｓであり；Ｘ７は、Ｔｈｒ、Ｓｅｒ又はＣｙｓであり；Ｘ８は、式−Ｌ１Ａ−Ｌ１−Ｒ２の側鎖を含むアミノ酸であり、前記式中、Ｌ１Ａは、置換もしくは非置換のアルキレン、置換もしくは非置換のヘテロアルキレン、置換もしくは非置換のシクロアルキレン、置換もしくは非置換のヘテロシクロアルキレン、置換もしくは非置換のアリーレン、又は置換もしくは非置換のヘテロアリーレンであり；Ｘ９は、Ａｒｇ又はＡｌａであり；Ｘ１０は、Ｌｅｕ、Ｇｌｎ、Ｇｌｕ、β，β’−ジフェニル−Ａｌａ、Ｐｈｅ、Ｔｒｐ、Ｔｙｒ；フェニルアラニン、トリプトファンもしくはチロシンの非天然型アナログ；水和性のカルボニル含有残基、又はボロン酸含有残基であり；Ｘ１１は、Ｌｙｓ又はＡｒｇであり；Ｘ１２は、Ｃｙｓ、Ｇｌｙ、７−アミノヘプタン酸、β−アラニン、ジアミノプロピオン酸、プロパルギルグリシン、イソアスパラギン酸、又は存在せず；Ｌ１は、長さ約５Å〜約１５Å以上の化学的リンカーであり；Ｒ２は、最長結合長距離が少なくとも８Åである立体障害性の化学的部分であり；Ｒ３及びＲ４は、独立して、存在しないか、−Ｌ２−Ｒ５、又は任意選択により−Ｌ２−Ｒ５で置換されたアミノ酸ペプチド配列であり、前記式中、Ｌ２は、共有結合性又は非共有結合性リンカーであり、Ｒ５は、治療薬、診断薬又は検出可能な薬剤であり；Ｘ１とＸ１２は、任意選択により一緒になって環状ペプチジル部分を形成する、化合物。
実施形態３６．式：
Ｒ３−Ｘ０−Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４−Ｘ５−Ｘ６−Ｘ７−Ｘ８−Ｘ９−Ｘ１０−Ｘ１１−Ｘ１２−Ｒ４
を有する化合物であって、式中、Ｘ０は、Ｓｅｒ又は存在せず；Ｘ１は、Ｃｙｓ、Ｓｅｒ、Ｇｌｙ、β−アラニン、ジアミノプロピオン酸、β−アジドアラニン又は存在せず；Ｘ２は、Ｇｌｎ又は存在せず；Ｘ３は、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、β，β’−ジフェニル−Ａｌａ、Ｈｉｓ、Ａｓｐ、２−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、３−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、４−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、Ａｓｎ、Ｇｌｎ、修飾Ｐｈｅ、水和性のカルボニル含有残基又はボロン酸含有残基であり；Ｘ４は、Ａｓｐ又はＡｓｎであり；Ｘ５は、Ｌｅｕ、β，β’−ジフェニル−Ａｌａ、Ｐｈｅ、Ｔｒｐ、Ｔｙｒ；フェニルアラニン、トリプトファンもしくはチロシンの非天然型アナログ；水和性のカルボニル含有残基、又はボロン酸含有残基であり；Ｘ６は、Ｓｅｒ又はＣｙｓであり；Ｘ７は、Ｔｈｒ、Ｓｅｒ又はＣｙｓであり；Ｘ８は、式−Ｌ１Ａ−Ｌ１−Ｒ６の側鎖を含むアミノ酸であり、前記式中、Ｌ１Ａは、置換もしくは非置換のアルキレン、置換もしくは非置換のヘテロアルキレン、置換もしくは非置換のシクロアルキレン、置換もしくは非置換のヘテロシクロアルキレン、置換もしくは非置換のアリーレン、又は置換もしくは非置換のヘテロアリーレンであり；Ｘ９は、Ａｒｇ又はＡｌａであり；Ｘ１０は、Ｌｅｕ、Ｇｌｎ、Ｇｌｕ、β，β’−ジフェニル−Ａｌａ、Ｐｈｅ、Ｔｒｐ、Ｔｙｒ；フェニルアラニン、トリプトファンもしくはチロシンの非天然型アナログ；水和性のカルボニル含有残基、又はボロン酸含有残基であり；Ｘ１１は、Ｌｙｓ又はＡｒｇであり；Ｘ１２は、Ｃｙｓ、Ｇｌｙ、７−アミノヘプタン酸、β−アラニン、ジアミノプロピオン酸、プロパルギルグリシン、イソアスパラギン酸又は存在せず；Ｒ３及びＲ４は、独立して、存在しないか、−Ｌ２−Ｒ５、又は任意選択により−Ｌ２−Ｒ５で置換されたアミノ酸ペプチド配列であり、前記式中、Ｌ２は、共有結合性又は非共有結合性リンカーであり、Ｒ５は、治療薬、診断薬又は検出可能な薬剤であり；Ｒ６は、クリックケミストリー反応性官能基であり；Ｘ１とＸ１２は、任意選択により一緒になって環状ペプチジル部分を形成する、化合物。
実施形態３７．Ｒ６が、−Ｎ３又は−ＳＨである、実施形態３６に記載の化合物。
実施形態３８．前記化合物が、抗原結合性断片（Ｆａｂ）ドメインと結合している、実施形態３６に記載の化合物。
実施形態３９．前記Ｆａｂドメインが、前記ＦａｂドメインのＶＨ、ＶＬ、ＣＨ１及びＣＬ領域のアミノ酸残基により画成された中心空洞の内側に空孔を含み、前記中心空洞は、非ＣＤＲ結合部位を含み、前記化合物は、前記非ＣＤＲ結合部位と結合している、実施形態３８に記載の化合物。
実施形態４０．機械的にかみ合った複合体の形成方法であって、相補的なクリックケミストリー反応性官能基を含む立体障害性の化学的部分と、実施形態３９に記載の化合物を接触させる工程と；前記相補的なクリックケミストリー反応性官能基を、前記クリックケミストリー反応性官能基と反応させることにより、前記立体障害性の化学的部分と前記化合物の間に化学的リンカーを形成する工程とを含み、前記化学的リンカーは前記空孔を通り抜け、前記立体障害性の化学的部分と前記空孔を画成するアミノ酸の間に立体障害が生じ、それによって前記化合物と前記Ｆａｂを機械的にかみ合わせる、方法。
実施形態４１．機械的にかみ合った複合体の形成方法であって、化合物を立体障害性の化学的部分と接触させる工程と、ここで、前記立体障害性の化学的部分は、相補的なクリックケミストリー反応性官能基を含み、前記化合物は、クリックケミストリー反応性基と結合したＦａｂ結合性部分を含み、前記Ｆａｂ結合性部分は、Ｆａｂドメインの非ＣＤＲ結合部位と結合されており、前記Ｆａｂドメインは、前記ＦａｂドメインのＶＨ、ＶＬ、ＣＨ１及びＣＬ領域のアミノ酸残基により画成された中心空洞の内側に空孔を含み、前記中心空洞は、前記非ＣＤＲ結合部位を含み；前記相補的なクリックケミストリー反応性官能基を前記クリックケミストリー反応性官能基と反応させることにより、化学的リンカーを介して前記Ｆａｂ結合性部分と連結された立体障害性の化学的部分を含むコンジュゲートを形成する工程とを含み、前記化学的リンカーは、前記空孔を通り抜け、前記立体障害性の化学的部分と前記空孔を画成するアミノ酸の間に立体障害が生じ、それによって前記化合物と前記Ｆａｂを機械的にかみ合わせる、方法。

Claims (38)

  1. 抗原結合性断片（Ｆａｂ）ドメインと機械的にかみ合った化合物を含む、機械的にかみ合った複合体であって、
    前記Ｆａｂドメインは、前記ＦａｂドメインのＶＨ、ＶＬ、ＣＨ１及びＣＬ領域のアミノ酸残基により画成された中心空洞の内側に空孔を含み、前記中心空洞は、非ＣＤＲ結合部位を含み、
    前記化合物は、化学的リンカーを介して立体障害性の化学的部分と結合したＦａｂ結合性部分を含み、
    前記Ｆａｂ結合性部分は、前記非ＣＤＲ結合部位と結合しており、前記化学的リンカーは、前記空孔を通り抜け、前記立体障害性の化学的部分と前記空孔を画成するアミノ酸の間に立体障害が生じ、それによって前記化合物と前記Ｆａｂを機械的にかみ合わせた、複合体。
  2. 前記非ＣＤＲ結合部位が、フレームワーク領域アミノ酸残基を含むペプチド結合部位であり、前記Ｆａｂ結合性部分がペプチジル部分である、請求項１に記載の機械的にかみ合った複合体。
  3. 前記ペプチジル部分が、１００ｎＭ未満のＫＤで前記ペプチド結合部位と結合する、請求項２に記載の機械的にかみ合った複合体。
  4. 前記ペプチジル部分が、５０ｎＭ未満のＫＤで前記ペプチド結合部位と結合する、請求項２に記載の機械的にかみ合った複合体。
  5. 前記ペプチジル部分が、１０ｎＭ未満のＫＤで前記ペプチド結合部位と結合する、請求項２に記載の機械的にかみ合った複合体。
  6. 前記ペプチジル部分が、１ｎＭ未満のＫＤで前記ペプチド結合部位と結合する、請求項２に記載の機械的にかみ合った複合体。
  7. 前記ペプチジル部分が、２００秒超のτ１／２で前記ペプチド結合部位と結合する、請求項２〜６のいずれか一項に記載の機械的にかみ合った複合体。
  8. 前記ペプチジル部分が、５００秒超のτ１／２で前記ペプチド結合部位と結合する、請求項２〜６のいずれか一項に記載の機械的にかみ合った複合体。
  9. 前記ペプチジル部分が、１０００秒超のτ１／２で前記ペプチド結合部位と結合する、請求項２〜６のいずれか一項に記載の機械的にかみ合った複合体。
  10. 前記ペプチジル部分が、２０００秒超のτ１／２で前記ペプチド結合部位と結合する、請求項２〜６のいずれか一項に記載の機械的にかみ合った複合体。
  11. 前記化合物と前記Ｆａｂが、４０００秒超のτ１／２で相互に結合している、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の機械的にかみ合った複合体。
  12. 前記化合物と前記Ｆａｂが、４５００秒超のτ１／２で相互に結合している、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の機械的にかみ合った複合体。
  13. 前記化合物が、治療薬、診断薬又は検出可能な薬剤を含む、請求項１に記載の機械的にかみ合った複合体。
  14. 前記Ｆａｂ結合性部分が、治療薬、診断薬又は検出可能な薬剤にコンジュゲートされている、請求項１に記載の機械的にかみ合った複合体。
  15. 前記化合物が、式：
    Ｒ１−Ｌ１−Ｒ２
    を有しており、式中、
    Ｒ１は、前記ペプチジル部分であり；
    Ｌ１は、長さ約５Å〜約１５Åの前記化学的リンカーであり；
    Ｒ２は、最長結合長距離が少なくとも１０Åである前記立体障害性の化学的部分である
    請求項１〜１４のいずれか一項に記載の機械的にかみ合った複合体。
  16. 前記化学的リンカーが、共有結合性リンカーである、請求項１〜１５のいずれか一項に記載の機械的にかみ合った複合体。
  17. 前記化学的リンカーが、置換もしくは非置換のアルキレン、置換もしくは非置換のヘテロアルキレン、置換もしくは非置換のシクロアルキレン、置換もしくは非置換のヘテロシクロアルキレン、置換もしくは非置換のアリーレン又は置換もしくは非置換のヘテロアリーレンである、請求項１〜１５のいずれか一項に記載の機械的にかみ合った複合体。
  18. 前記化学的リンカーが、ＰＥＧリンカーである、請求項１〜１５のいずれか一項に記載の機械的にかみ合った複合体。
  19. Ｒ１が、
    Ｒ３−Ｘ０−Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４−Ｘ５−Ｘ６−Ｘ７−Ｘ８−Ｘ９−Ｘ１０−Ｘ１１−Ｘ１２−Ｒ４
    であり、式中、
    Ｘ０は、Ｓｅｒ又は存在せず；
    Ｘ１は、Ｃｙｓ、Ｓｅｒ、Ｇｌｙ、
    β−アラニン、ジアミノプロピオン酸、β−アジドアラニン又は存在せず；
    Ｘ２は、Ｇｌｎ又は存在せず；
    Ｘ３は、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、β，β’−ジフェニル−Ａｌａ、Ｈｉｓ、Ａｓｐ、２−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、３−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、４−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、Ａｓｎ、Ｇｌｎ、修飾Ｐｈｅ、水和性のカルボニル含有残基、又はボロン酸含有残基であり；
    Ｘ４は、Ａｓｐ又はＡｓｎであり；
    Ｘ５は、Ｌｅｕ、β，β’−ジフェニル−Ａｌａ、Ｐｈｅ、Ｔｒｐ、Ｔｙｒ；フェニルアラニン、トリプトファンもしくはチロシンの非天然型アナログ；水和性のカルボニル含有残基又はボロン酸含有残基であり；
    Ｘ６は、Ｓｅｒ又はＣｙｓであり；
    Ｘ７は、Ｔｈｒ、Ｓｅｒ又はＣｙｓであり；
    Ｘ８は、式−Ｌ１Ａ−Ｌ１−Ｒ２の側鎖を含むアミノ酸であり、前記式中、Ｌ１Ａは置換もしくは非置換のアルキレン、置換もしくは非置換のヘテロアルキレン、置換もしくは非置換のシクロアルキレン、置換もしくは非置換のヘテロシクロアルキレン、置換もしくは非置換のアリーレン、又は置換もしくは非置換のヘテロアリーレンであり；
    Ｘ９は、Ａｒｇ又はＡｌａであり；
    Ｘ１０は、Ｌｅｕ、Ｇｌｎ、Ｇｌｕ、β，β’−ジフェニル−Ａｌａ、Ｐｈｅ、Ｔｒｐ、Ｔｙｒ；フェニルアラニン、トリプトファンもしくはチロシンの非天然型アナログ；水和性のカルボニル含有残基、又はボロン酸含有残基であり；
    Ｘ１１は、Ｌｙｓ又はＡｒｇであり；
    Ｘ１２は、Ｃｙｓ、Ｇｌｙ、７−アミノヘプタン酸、β−アラニン、ジアミノプロピオン酸、プロパルギルグリシン、イソアスパラギン酸又は存在せず；
    Ｒ３及びＲ４は、独立して、存在しないか、−Ｌ２−Ｒ５、アミノ酸ペプチド配列、又は−Ｌ２−Ｒ５で置換されたアミノ酸ペプチド配列であり、前記式中、Ｌ２は、共有結合性又は非共有結合性リンカーであり、Ｒ５は、治療薬、診断薬又は検出可能な薬剤である
    請求項１５に記載の機械的にかみ合った複合体。
  20. Ｘ１とＸ１２は、一緒になって環状ペプチジル部分を形成する、請求項１９に記載の機械的にかみ合った複合体。
  21. Ｘ１及びＸ１２が、Ｃｙｓであり、ジスルフィド結合を介して一緒になり、環状ペプチジル部分を形成する、請求項１９又は２０に記載の機械的にかみ合った複合体。
  22. Ｘ０が存在しない、請求項１９又は２０に記載の機械的にかみ合った複合体。
  23. Ｘ２がＧｌｎである、請求項１９又は２０に記載の機械的にかみ合った複合体。
  24. Ｘ５が、β，β’−ジフェニル−Ａｌａである、請求項１９又は２０に記載の機械的にかみ合った複合体。
  25. Ｌ１Ａが、−（ＣＨ２）３−ＮＨ（Ｎ）−ＮＨ−である、請求項１９又は２０に記載の機械的にかみ合った複合体。
  26. Ｒ３及びＲ４が、独立して、存在しないか、−Ｌ２−Ｒ５、１〜１００アミノ酸ペプチド配列、又は−Ｌ２−Ｒ５で置換された１〜１００アミノ酸ペプチド配列であり、前記式中、Ｌ２は、共有結合性又は非共有結合性リンカーであり、Ｒ５は、治療薬、診断薬又は検出可能な薬剤である、請求項１９又は２０に記載の機械的にかみ合った複合体。
  27. Ｒ３が、−Ｌ２−Ｒ５、アミノ酸ペプチド配列、又は−Ｌ２−Ｒ５で置換されたアミノ酸ペプチド配列であり、Ｒ４が存在しない、請求項１９又は２０に記載の機械的にかみ合った複合体。
  28. Ｒ３が、３アミノ酸ペプチド配列又は−Ｌ２−Ｒ５で置換された３アミノ酸ペプチド配列である、請求項１９又は２０に記載の機械的にかみ合った複合体。
  29. Ｒ３が、Ｌｙｓ−Ｇｌｙ−Ｇｌｙ−又は−Ｌ２−Ｒ５で置換されたＬｙｓ−Ｇｌｙ−Ｇｌｙ−である、請求項１９又は２０に記載の機械的にかみ合った複合体。
  30. 前記非ＣＤＲ結合部位が、Ｋａｂａｔナンバリングによる前記Ｆａｂの軽鎖の８位、９位、１０位、３８位、３９位、４０位、４１位、４２位、４３位、４４位、４５位、８２位、８３位、８４位、８５位、８６位、８７位、９９位、１００位、１０１位、１０２位、１０３位、１０４位、１０５位、１４２位、１６２位、１６３位、１６４位、１６５位、１６６位、１６７位、１６８位及び１７３位と、重鎖の６位、９位、３８位、３９位、４０位、４１位、４２位、４３位、４４位、４５位、８４位、８６位、８７位、８８位、８９位、９０位、９１位、１０３位、１０４位、１０５位、１０６位、１０７位、１０８位、１１１位、１１０位、１４７位、１５０位、１５１位、１５２位、１７３位、１７４位、１７５位、１７６位、１７７位、１８５位、１８６位及び１８７位のアミノ酸により形成される、請求項１〜２９のいずれか一項に記載の機械的にかみ合った複合体。
  31. 前記Ｆａｂが、Ｋａｂａｔナンバリングによる８３位にＧｌｕを含む、請求項１〜３０のいずれか一項に記載の機械的にかみ合った複合体。
  32. 前記Ｆａｂが、Ｋａｂａｔナンバリングによる４０位にＴｈｒ又はＳｅｒを含む、請求項１〜３１のいずれか一項に記載の機械的にかみ合った複合体。
  33. 前記Ｆａｂが、Ｋａｂａｔナンバリングによる４１位にＡｓｎを含む、請求項１〜３２のいずれか一項に記載の機械的にかみ合った複合体。
  34. 前記Ｆａｂが、Ｋａｂａｔナンバリングによる８５位にＡｓｐ又はＡｓｎを含む、請求項１〜３３のいずれか一項に記載の機械的にかみ合った複合体。
  35. 抗原の結合方法であって、請求項１〜３４のいずれか一項に記載の機械的にかみ合った複合体と抗原を接触させる工程と、前記Ｆａｂを前記抗原と結合させる工程とを含む、方法。
  36. 機械的にかみ合った複合体の形成方法であって、
    （ｉ）相補的なクリックケミストリー反応性官能基を含む立体障害性の化学的部分と、化合物を接触させる工程と、
    ここで、前記化合物は、式：
    Ｒ３−Ｘ０−Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４−Ｘ５−Ｘ６−Ｘ７−Ｘ８−Ｘ９−Ｘ１０−Ｘ１１−Ｘ１２−Ｒ４
    を有する化合物であって、式中、
    Ｘ０は、Ｓｅｒ又は存在せず；
    Ｘ１は、Ｃｙｓ、Ｓｅｒ、Ｇｌｙ、
    β−アラニン、ジアミノプロピオン酸、β−アジドアラニン、又は存在せず；
    Ｘ２は、Ｇｌｎ、又は存在せず；
    Ｘ３は、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、β，β’−ジフェニル−Ａｌａ、Ｈｉｓ、Ａｓｐ、２−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、３−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、４−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、Ａｓｎ、Ｇｌｎ、修飾Ｐｈｅ、水和性のカルボニル含有残基、又はボロン酸含有残基であり；
    Ｘ４は、Ａｓｐ又はＡｓｎであり；
    Ｘ５は、Ｌｅｕ、β，β’−ジフェニル−Ａｌａ、Ｐｈｅ、Ｔｒｐ、Ｔｙｒ；フェニルアラニン、トリプトファンもしくはチロシンの非天然型アナログ；水和性のカルボニル含有残基、又はボロン酸含有残基であり；
    Ｘ６は、Ｓｅｒ又はＣｙｓであり；
    Ｘ７は、Ｔｈｒ、Ｓｅｒ又はＣｙｓであり；
    Ｘ８は、式−Ｌ１Ａ−Ｌ１−Ｒ６の側鎖を含むアミノ酸であり、前記式中、Ｌ１Ａは、置換もしくは非置換のアルキレン、置換もしくは非置換のヘテロアルキレン、置換もしくは非置換のシクロアルキレン、置換もしくは非置換のヘテロシクロアルキレン、置換もしくは非置換のアリーレン、又は置換もしくは非置換のヘテロアリーレンであり；
    Ｘ９は、Ａｒｇ又はＡｌａであり；
    Ｘ１０は、Ｌｅｕ、Ｇｌｎ、Ｇｌｕ、β，β’−ジフェニル−Ａｌａ、Ｐｈｅ、Ｔｒｐ、Ｔｙｒ；フェニルアラニン、トリプトファンもしくはチロシンの非天然型アナログ、水和性のカルボニル含有残基、又はボロン酸含有残基であり；
    Ｘ１１は、Ｌｙｓ又はＡｒｇであり；
    Ｘ１２は、Ｃｙｓ、Ｇｌｙ、７−アミノヘプタン酸、β−アラニン、ジアミノプロピオン酸、プロパルギルグリシン、イソアスパラギン酸、又は存在せず；
    Ｌ１は、長さ約５Å〜約１５Å以上の化学的リンカーであり；
    Ｒ３及びＲ４は、独立して、存在しないか、−Ｌ２−Ｒ５、アミノ酸ペプチド配列、又は−Ｌ２−Ｒ５で置換されたアミノ酸ペプチド配列であり、前記式中、Ｌ２は、共有結合性又は非共有結合性リンカーであり、Ｒ５は治療薬、診断薬又は検出可能な薬剤であり；
    Ｒ６は、クリックケミストリー反応性官能基である、化合物であって、
    前記化合物は、抗原結合性断片（Ｆａｂ）ドメインと結合し、前記Ｆａｂドメインは、前記ＦａｂドメインのＶＨ、ＶＬ、ＣＨ１及びＣＬ領域のアミノ酸残基により画成された中心空洞の内側に空孔を含み、前記中心空洞は、非ＣＤＲ結合部位を含み、前記化合物は、前記非ＣＤＲ結合部位と結合している、
    （ｉｉ）前記相補的なクリックケミストリー反応性官能基を、前記クリックケミストリー反応性官能基と反応させることにより、前記立体障害性の化学的部分と前記化合物の間に化学的リンカーを形成する工程と
    を含み、前記化学的リンカーは前記空孔を通り抜け、前記立体障害性の化学的部分と前記空孔を画成するアミノ酸の間に立体障害が生じ、それによって前記化合物と前記Ｆａｂを機械的にかみ合わせる、方法。
  37. Ｘ１とＸ１２は、一緒になって環状ペプチジル部分を形成する、請求項３６に記載の方法。
  38. 機械的にかみ合った複合体の形成方法であって、
    （ｉ）化合物を立体障害性の化学的部分と接触させる工程と、ここで、前記立体障害性の化学的部分は、相補的なクリックケミストリー反応性官能基を含み、前記化合物は、クリックケミストリー反応性基と結合したＦａｂ結合性部分を含み、前記Ｆａｂ結合性部分は、Ｆａｂドメインの非ＣＤＲ結合部位と結合されており、前記Ｆａｂドメインは、前記ＦａｂドメインのＶＨ、ＶＬ、ＣＨ１及びＣＬ領域のアミノ酸残基により画成された中心空洞の内側に空孔を含み、前記中心空洞は、前記非ＣＤＲ結合部位を含み；
    前記相補的なクリックケミストリー反応性官能基を前記クリックケミストリー反応性官能基と反応させることにより、化学的リンカーを介して前記Ｆａｂ結合性部分と連結された立体障害性の化学的部分を含むコンジュゲートを形成する工程と
    を含み、前記化学的リンカーは、前記空孔を通り抜け、前記立体障害性の化学的部分と前記空孔を画成するアミノ酸の間に立体障害が生じ、それによって前記化合物と前記Ｆａｂを機械的にかみ合わせる方法。
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