JP6827067B2 - ループス腎炎の検出またはそのリスクを予測する方法およびその応用 - Google Patents
ループス腎炎の検出またはそのリスクを予測する方法およびその応用 Download PDFInfo
- Publication number
- JP6827067B2 JP6827067B2 JP2019064613A JP2019064613A JP6827067B2 JP 6827067 B2 JP6827067 B2 JP 6827067B2 JP 2019064613 A JP2019064613 A JP 2019064613A JP 2019064613 A JP2019064613 A JP 2019064613A JP 6827067 B2 JP6827067 B2 JP 6827067B2
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- mirna
- lupus nephritis
- risk
- sample
- expression level
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/118—Prognosis of disease development
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/178—Oligonucleotides characterized by their use miRNA, siRNA or ncRNA
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Pathology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Description
本出願は、2018年4月23日に出願された米国特許出願番号第62/661449号の利益を主張し、その開示全体は、参照により本明細書に組み込まれる。
この検出方法は、ループス腎炎またはループス腎炎の疑いのある患者の試験サンプルから全RNAを単離すること、全RNA中のmiRNA−146a〜5p、miRNA−125a〜5p、およびmiRNA−221〜3pの内の1つまたは複数のmiRNA発現レベルを決定すること、およびmiRNAの発現レベルがループス腎炎のない試験サンプル中の対応するmiRNAの発現レベルより低い場合、個体はループス腎炎を罹患またはループス腎炎を罹患するリスクがあると判断することを含む。
前記治療薬候補が前記ループス腎炎を罹患する1つまたは複数の細胞に接触した後の前記少なくとも1つのmiRNAの発現レベルが、前記治療薬候補が前記ループス腎炎を罹患する1つまたは複数の細胞に接触する前の前記少なくとも1つのmiRNAの発現レベルより増加する場合、前記治療薬候補がループス腎炎の治療に有効であることを判断する。
本発明はまた、ループス腎炎を検出またはループス腎炎を罹患するリスクを予測するためのキットを提供する。そのキットは、試験サンプル中の少なくとも1つのmiRNAの発現レベルを測定する薬剤を含み、前記少なくとも1つのmiRNAは、miRNA−146a−5p、miRNA−125a−5p、およびmiRNA−221−3pからなる群から選択される。前記試験サンプル中の少なくとも1つのmiRNAの発現レベルループス腎炎を罹患していない対象から取得したサンプルの対応するmiRNAの発現レベルより低い場合、前記対象がループス腎炎を罹患または罹患するリスクがあると判断する。
78人を募集する時点で補体レベルおよび抗二重DNAレベルを収集し、その後定期的に収集した。また、さらなる分析のために、人口統計学的データ、生化学的データ、尿タンパク質レベル、および赤血球沈降速度などの様々な臨床バイオマーカーも収集した。
全血を血漿と血球(すなわち、白血球と赤血球)に分離するために、2500rpm(150×g)で20分間の遠心分離を使用した。白血球を赤血球(RBC)から分離するために、4.5%のデキストランを介して、1:5の比で沈降によって白血球を赤血球から分離した。次に、Ficoll−Paque(Amersham Pharmacia Biotech)密度勾配遠心法を用いて1500rpmで30分間遠心分離して、白血球を多形核細胞(olymorphonuclear cell, PMN)と単核細胞(MNC)に分離した。さらに、回収した単核細胞をDirect−zol TM RNA MiniPrepキット(ZYMO RESEARCH)で処理して全RNAを抽出した後、NGSおよび/またはqPCR分析を行った。
マイクロRNAの発現量(abundances)を検証するためのインスタントqPCR
発明者はTaqMan TMマイクロRNA逆転写キット(Applied Biosystems)を用いてcDNAを調製する。各反応には末梢血単核球(PBMC)からの20ngの全RNAが必要。逆転写反応は、製造元の指示に従ってVeriti 96ウェルサーモサイクラー(Applied Biosystems)を用いて行った。次に、逆転写産物を用いてqPCR反応を行い、7500リアルタイムPCRシステム(Applied Biosystems)およびUNGフリーのTaqMan Universal PCR Master Mix II(Applied Biosystems)を用いて定量RT−PCRを行った。リアルタイムPCRサイクル条件は、95℃で10分間、続いて95℃で15秒間の40サイクルであり、最後に60℃で1分間キープする。マイクロRNA発現の存在量を、ΔCt値を用いて決定し、そして小核小体RNA U6を内因性対照として用いた。サンプル中のU6、RNU24、RNU44、およびRNU48のCt値を事前に測定し、それぞれ標準偏差は0.77、1.05、1.21、および0.81を計算した。したがって、現在の研究では、U6が最小の変化が測定された内部標準遺伝子である。
この研究における全てのデータは、平均値±標準誤差(SD)または中央値(四分位範囲)として表される。必要に応じて、カイ二乗検定(Chi−square test)またはフィッシャーの直接確率検定(Fisher’s exact test)を使用してカテゴリカル変数を比較する。2つのグループ間の連続変数は、スチューデントのt検定を使用して比較される。p<0.05の場合、変数は統計的に有意であると見なされる。全ての統計分析計算は、SASソフトウェアスイート、バージョン9.1(2002、SAS Statistical Institute、ノースカロライナ州)を用いて行った。
第一部分の研究は、狼瘡コントロール(LC)患者6名およびループス腎炎(LN)患者6名からなる。以下の基準により、その患者はSLEと診断された:患者は、リウマチ外来診療所で6ヶ月以上観察され、SLEの診断基準は1997年に改訂された1982年のアメリカリウマチ学会(ACR)のSLE分類基準に基づいており、SLE疾患活性の臨床評価はSLE疾患活動性指数(SLEDAI)に基づいている。
6名のLC患者および6名のLN患者(性別および年齢が一致した)から収集したMNCのRNA試料を、LCおよびLNの2つのRNA遺伝子プールを生成するために3つのLNおよび3つのLCを均一に組み合わせた。TruSeq(登録商標)Small RNA(Illumina)サンプル調製プロトコールに従って生成した遺伝子プールを調製し、Illumina MiSeqプラットフォームを使用してシークエンシングした。如Kuo HC, Hsieh KS, Ming−Huey Guo M, Weng KP, Ger LP, Chan WC, Li SC. Next−generation sequencing identifies micro−RNA−based biomarker panel for Kawasaki disease. J Allergy Clin Immunol. 2016; 138: 1227−30. doi: 10.1016/j.jaci.2016.04.050に示されるように、生成された生データを、miRSeq分析を用いて分析し、全体的な配列決定の質を評価し、そしてマイクロRNA発現プロファイルを決定する。発明者はループス腎炎グループと狼瘡コントロールグループとの間の商数(quotient)を0.8から1.2の間に維持し、そして41個の標的miRNAを同定した(表2を参照)。
臨床的白血球、好中球、リンパ球、およびクレアチニンレベルは、mir−146a−5pと有意に関連している(表4を参照、すべてp<0.05)。これら4つの臨床マーカーは、ループス腎炎を有する狼瘡患者とループス腎炎を有しない狼瘡患者との間で有意に異なる6つのマーカーから派生したものである(表4参照、すべてp<0.05)。mir−146a−5pと、アルブミンレベルおよび尿中タンパク質/クレアチニン比には相関しておらず(表4)、すなわち、mir−146a−5pは、アルブミンおよび尿中タンパク質/クレアチニン比のレベルが変化する前にマーカーの役割として変化することを示す(表4)。
LN患者が治療を受けた後、LN患者のmir−125a−5pは有意に上昇し(p<0.05)、そしてmir−146a−5pの上昇は統計的有意性に非常に近くなっている(n=8、p=0.053)。
この研究では、リアルタイムPCRを使用して、標的miRNAレベルを断面的に確認することにより、SMAD4、ZNF652、EIF5A2、TRAF6、ETS1、およびIRAK1を含むいくつかの標的がmir−125a−5p、mir−146a−5pとmir−221−3pに抑制されることを確認した。
Claims (5)
- ループス腎炎の検出またはその罹患リスクを予測する方法であって、
(A)ループス腎炎の罹患が疑われる対象からサンプルを取得し、体外試験により前記サンプルのmiRNA−146a−5pおよびmiRNA−125a−5pの発現レベルを測定するステップと、
(B)前記サンプルの前記miRNA−146a−5pおよび前記miRNA−125a−5pの発現レベルがループス腎炎を罹患していない対象から取得したサンプルの対応するmiRNAの発現レベルより低い場合、前記ループス腎炎の罹患が疑われる対象がループス腎炎を罹患または罹患するリスクが有ることを判断するステップと、を含む、ことを特徴とする、ループス腎炎の検出またはその罹患リスクを予測する方法。 - 前記測定ステップは、miRNA−221−3pの発現レベルを測定することをさらに含むことを特徴とする、請求項1に記載のループス腎炎の検出またはその罹患リスクを予測する方法。
- 前記miRNAの発現レベルは、リアルタイムPCR法によって測定することを特徴とする、請求項1または2に記載のループス腎炎の検出またはその罹患リスクを予測する方法。
- 前記miRNAの発現レベルは、前記miRNAに特定されるオリゴヌクレオチドプローブによって測定することを特徴とする、請求項1〜3のいずれか1項に記載のループス腎炎の検出またはその罹患リスクを予測する方法。
- 前記サンプルは、生物検体、血液、血漿、血清、リンパ液、骨髄、唾液またはそれらの組み合わせからなる群から選択されることを特徴とする、請求項1〜4のいずれか1項に記載のループス腎炎の検出またはその罹患リスクを予測する方法。
Applications Claiming Priority (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US201862661499P | 2018-04-23 | 2018-04-23 | |
US62/661,499 | 2018-04-23 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2019187413A JP2019187413A (ja) | 2019-10-31 |
JP6827067B2 true JP6827067B2 (ja) | 2021-02-10 |
Family
ID=68284906
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2019064613A Active JP6827067B2 (ja) | 2018-04-23 | 2019-03-28 | ループス腎炎の検出またはそのリスクを予測する方法およびその応用 |
Country Status (3)
Country | Link |
---|---|
JP (1) | JP6827067B2 (ja) |
CN (1) | CN110387411A (ja) |
TW (1) | TWI698640B (ja) |
Families Citing this family (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN111986814B (zh) * | 2020-08-21 | 2024-01-16 | 南通大学 | 一种红斑狼疮患者的狼疮性肾炎预测模型的建模方法 |
CN114613510A (zh) * | 2022-03-08 | 2022-06-10 | 深圳市第二人民医院(深圳市转化医学研究院) | 一种狼疮性肾炎患者肾小球微血栓形成的模型构建方法 |
Family Cites Families (13)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US8669235B2 (en) * | 2006-03-23 | 2014-03-11 | California Institute Of Technology | Modulation of innate immunity receptors' signaling by microRNAs miR-146a and miR-146b |
CN101376910B (zh) * | 2007-08-27 | 2012-01-11 | 中国科学院上海生命科学研究院 | 微小rna基因在系统性红斑狼疮疾病诊断和治疗中的作用 |
JP5667180B2 (ja) * | 2009-07-01 | 2015-02-12 | イオン メディックス インコーポレイテッド | 哺乳類の有核細胞に由来するマイクロベシクル及びその用途 |
WO2011019074A1 (ja) * | 2009-08-12 | 2011-02-17 | 協和発酵キリン株式会社 | 細胞または臓器の線維化を制御する核酸 |
TWI542690B (zh) * | 2010-05-12 | 2016-07-21 | 再生醫學Tx有限責任公司 | 生物活性腎細胞 |
JP2014527036A (ja) * | 2011-06-27 | 2014-10-09 | ザ ジャクソン ラボラトリー | 癌および自己免疫疾患の処置のための方法および組成物 |
CN103882118A (zh) * | 2014-02-13 | 2014-06-25 | 绍兴市人民医院 | 用于检测前列腺癌的miRNAs |
WO2015174798A1 (ko) * | 2014-05-15 | 2015-11-19 | 한국생명공학연구원 | 근육노화 진단 및 치료를 위한 마이크로rna |
JP2016079159A (ja) * | 2014-10-22 | 2016-05-16 | 国立大学法人京都大学 | オステオポンチン産生抑制剤 |
JP6531987B2 (ja) * | 2015-10-01 | 2019-06-19 | 国立大学法人名古屋大学 | 腎疾患診断のためのエクソソーム回収法 |
KR20190064562A (ko) * | 2016-07-08 | 2019-06-10 | 메타스타트, 아이앤씨. | Mena 단백질 이소형 키나제를 표적화하는 항암 요법을 위한 방법 및 조성물 |
US20180057883A1 (en) * | 2016-08-31 | 2018-03-01 | The Children's Hospital Of Philadelphia | Compositions and Methods for the Diagnosis and Treatment of Lupus Nephritis |
CN110709702A (zh) * | 2017-03-24 | 2020-01-17 | 豪夫迈·罗氏有限公司 | 治疗自身免疫性疾病和炎性疾病的方法 |
-
2019
- 2019-03-26 TW TW108110422A patent/TWI698640B/zh not_active IP Right Cessation
- 2019-03-28 JP JP2019064613A patent/JP6827067B2/ja active Active
- 2019-04-02 CN CN201910260245.0A patent/CN110387411A/zh active Pending
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
TWI698640B (zh) | 2020-07-11 |
TW201944070A (zh) | 2019-11-16 |
JP2019187413A (ja) | 2019-10-31 |
CN110387411A (zh) | 2019-10-29 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
TWI580788B (zh) | 用於檢測川崎病的方法及套組 | |
TWI682034B (zh) | 用於評估子宮內膜癌的發展風險或診斷子宮內膜癌的方法 | |
JP6827067B2 (ja) | ループス腎炎の検出またはそのリスクを予測する方法およびその応用 | |
WO2018220185A1 (en) | Novel circular rna biomarkers for heart failure | |
KR101828125B1 (ko) | 다발성 경화증에서의 진단 miRNA 프로파일 | |
EP3873487A2 (en) | A quantitative algorithm for endometriosis | |
JP6784673B2 (ja) | 膵臓がんに冒された患者の生存予後を判断する方法 | |
US11851708B2 (en) | Diagnosis and treatment of psoriatic arthritis | |
US20150045243A1 (en) | Mirnas as non-invasive biomarkers for diagnosis | |
US20160068914A1 (en) | Plasma cell disorders | |
EP2716767A1 (en) | Method for determining the prognosis of pancreatic cancer | |
TW202305146A (zh) | 利用微小核醣核酸檢測合併乾癬性關節炎及僵直性脊椎炎之血清陰性關節炎風險與發炎性腸炎引起的相關性背痛風險的方法及其應用 | |
US11655507B2 (en) | Method for diagnosing Parkinson's disease using nasal mucus, composition therefore, and kit comprising the same | |
KR102553088B1 (ko) | 막성사구체신염 진단용 바이오마커 조성물 및 이의 용도 | |
Hsu et al. | Liquid Biopsies with Circulating miRNAs, Circulating Tumor Cells, and Cell-Free Circulating Tumor DNA in Head and Neck Cancer | |
CN116287180A (zh) | 检测标志物的试剂在制备用于诊断哮喘的试剂盒中的应用 | |
KR20200002237A (ko) | 비만 진단을 위한 마이크로RNA let-7a 또는 let-7f 바이오마커 및 이의 용도 | |
WO2016113742A1 (en) | CIRCULATING miR-10b AND/OR miR-21 AS MARKERS FOR RESPONSE TO ANTIANGIOGENIC TREATMENT IN BRAIN CANCER PATIENTS |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20190718 |
|
A977 | Report on retrieval |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A971007 Effective date: 20200424 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20200519 |
|
A521 | Written amendment |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20200817 |
|
A521 | Written amendment |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A821 Effective date: 20200817 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20210112 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20210118 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 6827067 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |