JP6798988B2 - 完全型免疫グロブリン形態の細胞質浸透能を有する抗体を利用して細胞内活性化されたrasを抑制する方法及びその利用 - Google Patents

完全型免疫グロブリン形態の細胞質浸透能を有する抗体を利用して細胞内活性化されたrasを抑制する方法及びその利用 Download PDF

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Description

本発明は、完全型免疫グロブリン(immunoglobulin)形態の細胞質浸透能を有する抗体を利用して細胞内活性化された(GTPが結合された)RASを抑制する方法に関する。
また、本発明は、完全型免疫グロブリン(immunoglobulin)形態の抗体が細胞質に浸透して細胞質内活性化されたRASと結合することを誘導する重鎖可変領域(VH)及びこれを含む抗体に関する。
また、本発明は、前記抗体を利用して癌または腫瘍細胞の成長を抑制させる方法及び癌または腫瘍を治療する方法に関する。
また、本発明は、細胞質内RASに特異的に結合する重鎖可変領域のスクリーニング方法に関する。
また、本発明は、前記抗体に融合された、ペプチド、タンパク質、小分子薬物、ナノ粒子及びリポソームからなる群から選択された生体活性分子に関する。
また、本発明は、前記抗体、またはこれに融合されるペプチド、タンパク質、小分子薬物、ナノ粒子及びリポソームからなる群から選択された生体活性分子を含む、癌の予防、治療または診断用組成物に関する。
また、本発明は、前記軽鎖可変領域及び抗体をコードするポリヌクレオチドに関する。
完全型免疫グロブリン(immunoglobulin)形態の抗体は、重鎖(heavy chain、50kDa)タンパク質二つと、軽鎖(light chain、25kDa)タンパク質二つで作られたY字形の非常に安定した構造(分子量、150kDa)を形成している。抗体の軽鎖と重鎖は、アミノ酸配列が抗体毎にそれぞれ異なる可変領域(variable region)とアミノ酸配列が同じ不変領域(constant region)に分けられていて、重鎖不変領域には、CH1、hinge、CH2、CH3ドメインが存在して、軽鎖不変領域には、CκまたはCλドメインが存在する。抗体の重鎖および軽鎖可変領域の中には、抗体毎にアミノ酸配列が特に異なる部分があるが、抗原と結合する部位を構成しているため相補性決定領域(complementarity determining regions,CDRs)とも呼ばれる。抗体の立体構造を調べると、これらのCDRsは、抗体の表面で輪(loop)の形状をしていて、輪の下にはこれを構造的に支持するFR(framework region)が存在する。重鎖と軽鎖には、それぞれ3個ずつ輪構造が存在して、これらの6個の輪地域の構造は互いに合わせて抗原と直接的に接触している。抗体の重鎖不変領域(Fc)は、FcRn(neonatal Fc receptor)との結合を介して血液内長い半減期を保障して、この特により小分子薬物とは異なり体内で長時間持続することができる。またFcγR(Fc gamma receptor)等との結合を介して抗体−依存性細胞毒性(antibody−dependent cellular cytotoxicity)および補体−依存性細胞毒性(complement−dependent cellular cytotoxicity)を介して標識物質を過発現する細胞に対する特異的細胞死滅誘導が可能である。近年、ヒトの様々な疾病に対する治療目的でいくつかの種で開発された抗体の場合、免疫原性を克服するために、ヒト抗体FR(framework)(framework)でCDR−graftingする方法など、多様なヒト化方法を介して向上した治療効果が期待できる。
既存抗体は、大きいサイズと親水性特徴により、生きている細胞の内部に直接浸透はできない。従って、既存の多くの抗体は、細胞外に分泌されたタンパク質または細胞膜タンパク質を特異的に標的している(Kim SJ et al.,2005)。一般的抗体と高分子バイオ医薬品は、疏水性である細胞膜通過が不可能で、細胞質内部の多様な疾病関連物質と結合および阻害できない限界がある。一般に、細胞の生長、特異的抑制などのような機序の研究のための実験で使用される細胞の内部物質と特異的結合する商業的抗体は、生きている細胞に対して直接処理できず、細胞の内部物質と結合するためには、両親媒性グリコシドであるサポニン(saponin)を利用した細胞膜透過化(permeabilization)過程を介して細胞膜に穿孔を形成するための前処理過程が必ず必要である。低分子物質、核酸またはナノ粒子などの場合、種々の試薬、電気穿孔法または熱衝撃などの方法を使用して生きている細胞の内部に輸送が可能であるが、タンパク質および抗体の場合、前記した大部分の試薬と実験条件などが、固有な3次構造に悪影響を及ぼして活性を消失し得る。細胞の内部タンパク質を特異的結合して、活性を阻害する細胞内抗体(intracellular antibody,intrabody)が開発されているが、これも生きている細胞の細胞膜を浸透する活性がなく遺伝子治療(gene therapy)用途でだけ適用が可能で、今後応用の可能性が非常に制限される(Manikandan J et al.,2007)。
前記の通り、完全型免疫グロブリン(immunoglobulin)抗体を含む様々な形態の抗体切片、組換えタンパク質など高分子物質とは反対に小分子物質の場合、小さいサイズと疏水性(hydrophobic)の特徴を利用して、効果的に生きている細胞の内部に浸透が容易である。しかし、小分子薬物は、細胞の内部の多様な疾病関連物質に対して特異的結合をするために標的物質表面に疏水性ポケット(hydrophobic pocket)が必要で、このような疏水性ポケットを有する標的物質は、細胞の内部の全体疾患関連物質の約10%内外であるため、多くの細胞の内部の病原性タンパク質を特異的に標的することができない(Imai K et al.,2006)。
癌を含む様々な疾患で細胞内タンパク質−タンパク質相互作用(protein−protein interaction,PPI)に重要な役割をする酵素または転写、信号伝達関連の様々なタンパク質の突然変異および非正常的過発現する現象が発生する。特に、このようなタンパク質中広いかつ扁平な表面を介して構造複合性相互作用を成している疾患関連物質に対しては前述した通り小分子薬物による特異的阻害が難しい(Blundell et al.,2006)。一例で、現在効果的な治療物質がない細胞質重要腫瘍関連因子中一つであるRASは、細胞膜受容体を介して細胞の外部の信号を細胞内信号伝達体系に伝達する分子的スイッチ(molecular switch)役割をして、ヒト癌の約30%、主に大腸癌とすい臓癌で細胞内に発癌関連突然変異体による常時活性化していて、このような発癌関連突然変異は、既存の坑癌治療に対する強い耐性を与えて主要な腫瘍関連因子として知られている(Scheffzek K et al.,1997)。
現在技術的限界を克服するために、タンパク質−タンパク質相互作用を効果的に阻害できる抗体切片または組換えタンパク質のような高分子物質を生きている細胞の内部に浸透能を与えるための様々な研究が行われたが、塩基性アミノ酸配列および疏水性(hydrophobic)、両親媒性(amphipathic)の特性を有するタンパク質透過ドメイン(Protein Transduction Domain,PTD)が、生きている細胞に対して細胞浸透能を有することが明らかになり(Leena N et al.,2007)、これを利用した細胞の内部特定タンパク質を認識するために、透過ドメインを遺伝工学的に様々な形態の抗体切片と融合する試みが多く行われた。しかし、融合タンパク質の場合、ほとんどの動物細胞で分泌されないか、ほんの少量だけ上澄み液として流出して(NaKajima O et al.,2004)、アルギニンが豊富なタンパク質透過ドメインとの融合タンパク質は、宿主のプリンプロテアーゼ(Furin protease)に脆弱である生産的問題を有している(Chauhan A et al.,2007)。また、融合タンパク質の細胞の内部に浸透効率が良くないため治療用抗体への開発が難しい問題がある(Falnes P et al.,2001)。発現問題を克服するために、タンパク質を精製した後、細胞透過ドメインを化学的共有結合またはビオチン−ストレプトアビジン(biotin−streptavidin)等の結合等を介して融合する研究が進行されているが、該当タンパク質の構造に変形を招いている。
その他一部自己抗体を利用した研究で抗体および単鎖可変領域(scFv)抗体切片がエンドサイトーシスを介して細胞の内部に浸透が可能であるとの報告がある。自己抗体(autoantibody)は、自己免疫疾患を有するヒトとマウスで主に発見される抗−DNA抗体(anti−DNA antibody)であり、この中の一部は生きている細胞に対して細胞の内部に浸透する特性を有する(Michael R et al.,1995;Michael P et al.,1996;Jeske Zack D et al.,1996)。現在まで報告された細胞浸透自己抗体は、多くは細胞の内部に流入した後に核に位置して、核で活性を示す特定タンパク質との融合を介して効果をみるための研究が盛んに行われている(Weisbart et al.,2012)。しかし、自己抗体を利用した生きている細胞に対する細胞浸透は、最終的に核に位置して細胞の内部の細胞質にある様々な疾患関連物質を特異的結合および活性を阻害できない限界を有している。
自然界高分子物質中、細胞の内部に浸透する特性を有する代表物質としてウイルス(HIV、HSV)、毒素(コレラ毒素、ジフテリア毒素)がある。これらは、能動的細胞の内部輸送機序であるエンドサイトーシス(Endocytosis)により細胞内に浸透すると知られている。このようなエンドサイトーシスは、大きく三つの経路に分類されて、リガンド結合による受容体のエンドサイトーシスに関与するclathrinによる内胞作用またはコレラ毒素などのような一部毒素で確認されるcaveolaeによる内胞作用、デキストリン、エボラウイルスなどで確認されるmacropinocytosisがある。Clathrinとcaveolaeが関与する内胞作用は、主に膜に分布する受容体が特定リガンドと結合しながら始まる。Clathrinは、細胞膜内側表面に位置するが、物質が受容体と結合するとclathrinタンパク質が繊維質の殻を作って小胞を形成して小胞が細胞質中に移動することになる。Caveolaeは、caveolin−1タンパク質が作用して、オリゴマーを形成しながらcaveosomeという安定した構造の小胞を作って、細胞質中に移動することになる。Macropinocytosisは、細胞膜の一部分が突出して物質を覆いmacropinosomeを形成して細胞質中に移動することになる(Gerber et al.,2013)。このようなエンドサイトーシス経路を介して細胞質浸透した物質は、追加的なエンドソーム脱出機序がない場合、多くは、リソソーム経路を介して分解される。
前記のようなリソソーム経路を介して分解されることを避けるために、ウイルス、毒素などはエンドソーム(endosome)で細胞質に脱出する機序を有している。いまだにエンドソーム脱出機序(endosomal escape)については明らかになっていないが、現在までエンドソーム脱出機序に対する仮説は、大きく三つがある。最初の仮説は、エンドソーム膜に穴を形成する機序であり、エンドソーム膜に陽イオン両親媒性ペプチド(Cationic amphiphilic peptides)のような物質が負電荷の細胞二重脂質膜に結合して内部応力(internal stress)または内膜収縮を起こして結果的に円筒形の穴(barrel−stave pore)またはドーナツ型の通路(toroidal channel)を形成するものであり(Jenssen et al.,2006)、二番目の仮説は、陽子スポンジ効果によってエンドソームが裂ける機序で陽子化アミン基(protonated amine group)によってアミン基を有する物質が高い緩衝効果を介してエンドソームの浸透圧増加でエンドソーム膜が崩壊され得るというものである(Lin and Engbersen,2008)。三番目は、中性で親水性コイル形を維持するが、エンドソームのような酸性では、疏水性螺旋形構造に変形される特定モチーフがエンドソーム膜との融合を介してエンドソームを脱出する仮説がある(Horth et al.,1991)。しかし、前記仮説で現在まで自然界に存在する様々な物質に対するエンドソーム脱出機序を証明するための研究結果が不足している。
従って、本発明者は、重鎖可変領域(VH)ライブラリーを構築を介して活性化されたRASに対して特異的結合能を有する重鎖可変領域(VH)を選別して、これを前記細胞の内部に浸透および細胞質に分布する特徴を有するヒト化軽鎖可変領域(VL)を有する軽鎖と同時発現して完全型免疫グロブリン形態の抗体を構築することによって、生きている細胞の内部に浸透して細胞質にある活性化されたRASに特異的に結合する完全型免疫グロブリン形態の抗−RAS細胞質浸透抗体を製作した。
また、本発明者は、生きている細胞の内部に浸透および細胞質に分布する完全型免疫グロブリン形態の抗体を探し出するために、細胞の内部に浸透および細胞質に分布するヒト化軽鎖可変領域(VL)単一ドメインを開発した。また、安定した完全型免疫グロブリン形態の単クローン性抗体構築のため、細胞質浸透能を有する軽鎖可変領域単一ドメイン(VL)抗体切片を様々なヒト重鎖可変領域(VH)と相互作用結合が容易でありかつ細胞の内部に浸透および細胞質に分布する活性を維持するように改良して、細胞の内部に浸透および細胞質に分布する完全型免疫グロブリン形態の単クローン性抗体(Cytotransmab)を開発した。
さらに、本発明者は、前記抗−RAS細胞質浸透単一クローン抗体が、多様なRAS突然変異依存的癌細胞株の内部に浸透して、細胞質にあるRAS突然変異特異的中和による細胞生長阻害を示すことを確認して、前記抗体が、腫瘍組織特異性を与えるためのペプチドを融合した形態でも細胞質浸透および活性化されたRAS中和能に対する悪影響なしに、RAS突然変異依存的腫瘍で活性化されたRASを特異的抑制させる活性を発揮することを確認して本発明を完成するに至った。
従って、本発明の一様態は、完全型免疫グロブリン(immunoglobulin)形態の細胞質浸透能を有する抗体を利用して細胞内活性化された(GTPが結合された)RASを抑制する方法を提供することを目的とする。
また、本発明の一様態は、完全型免疫グロブリン(immunoglobulin)形態の抗体が細胞質に浸透して細胞質内活性化されたRASと結合することを誘導する重鎖可変領域(VH)及びこれを含む抗体を提供することを目的とする。
また、本発明の一様態は、前記抗体を利用して癌または腫瘍細胞の成長を抑制させる方法及び癌または腫瘍を治療する方法を提供することを目的とする。
また、本発明の一様態は、細胞質内RASに特異的に結合する重鎖可変領域のスクリーニング方法を提供することを目的とする。
また、本発明の一様態は、前記抗体に融合された、ペプチド、タンパク質、小分子薬物、ナノ粒子及びリポソームからなる群から選択された生体活性分子を提供することを目的とする。
また、本発明の一様態は、前記抗体、またはこれに融合されるペプチド、タンパク質、小分子薬物、ナノ粒子及びリポソームからなる群から選択された生体活性分子を含む、癌の予防、治療または診断用組成物を提供することを目的とする。
また、本発明の一様態は、前記重鎖可変領域または抗体をコードするポリヌクレオチドに関する。
前記目的を達成するために本発明は、生きている細胞にエンドサイトーシス(endocytosis)及びエンドソーム脱出(endosome escape)介して能動的に細胞質に浸透する完全型免疫グロブリン(immunoglobulin)形態の細胞質浸透能を有する抗体を利用して、細胞内活性化されたRASを抑制する方法であって、前記抗体は、細胞質内活性化されたRASに特異的に結合するものである、方法を提供する。
以下本発明を詳細に説明する。
本発明の前記方法、完全型免疫グロブリン(immunoglobulin)形態の抗体が細胞質に浸透して細胞質内活性化されたRASと結合することを誘導する重鎖可変領域(VH)によって細胞内活性化されたRASを抑制させる。
完全型免疫グロブリン(immunoglobulin)形態の抗体に生きている細胞膜をエンドサイトーシスを介して浸透後、エンドソーム脱出して細胞質に位置するように誘導できる軽鎖可変領域(VL)によって、完全型免疫グロブリン(immunoglobulin)形態の抗体が細胞膜に浸透して細胞質に位置することができる。
すなわち、本発明の前記方法は、抗体が細胞質を透過して細胞質に位置している活性化された(GTPが結合された)腫瘍関連因子RASに特異的結合及び活性を阻害するように誘導する方法を提供する。
前記抗体は、キメラ、ヒト、またはヒト化された抗体であってもよい。
また、前記抗体は、IgG、IgM、IgA、IgDまたはIgEであってもよく、例えばIgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgM、IgE、IgA1、IgA5、またはIgDタイプであってもよく、最も好ましくはIgGタイプのクローン性抗体であってもよい。
完全型免疫グロブリン形態の抗体は、二つの全長(full length)軽鎖および二つの全長重鎖を有する構造であり、それぞれの軽鎖は、重鎖とジスルフィド結合(disulfide bond,SS−bond)によって連結され、抗体の不変領域は、重鎖不変領域と軽鎖不変領域に分けられ、重鎖不変領域は、ガンマ(γ)、ミュー(μ)、アルファ(α)、デルタ(δ)及びイプシロン(ε)タイプを有して、サブクラスとしてガンマ1(γ1)、ガンマ2(γ2)、ガンマ3(γ3)、ガンマ4(γ4)、アルファ1(α1)およびアルファ2(α2)を有する。軽鎖の不変領域はカッパ(κ)およびラムダ(λ)タイプを有する。
「重鎖(heavy chain)」とは、抗原に特異性を与えるために十分な可変領域配列を有するアミノ酸配列を含む可変領域ドメインVHおよび三つの不変領域ドメインCH1、CH2、およびCH3を含む全長重鎖およびそれの断片を共に含む意味で解釈される。また、用語「軽鎖(light chain)」とは、抗原に特異性を与えるための十分な可変領域配列を有するアミノ酸配列を含む可変領域ドメインVLおよび不変領域ドメインCLを含む全長軽鎖およびその断片を共に含む意味で解釈される。
本発明の一具体例で、前記抗体は、細胞質内活性化されたRASを標的にして特異的に結合するものであってもよい。前記活性化されたRASは、GTPが結合された腫瘍関連因子であって、前記RASは突然変異形態であってもよい。前記RASの突然変異は、疾患と関係する様々な形態でその種類に制限がないが、例えば、KRas、HRas、NRasの12番Glycine、13番Glycine、61番glutamine残基の置換された突然変異であってもよい。
前記のような完全型免疫グロブリン(immunoglobulin)形態の抗体と細胞内活性化されたRASとの結合は、細胞質内の活性化されたRASに特異的に結合する重鎖可変領域(VH)によるものである。
本発明の一様態で、細胞質内の活性化されたRASに特異的に結合する前記重鎖可変領域(VH)は、
配列番号8、11、14、17、20、23および26からなる群から選択されたアミノ酸配列からなるCDR1またはこれと相同性が90%以上である配列;
配列番号9、12、15、18、21、24および27からなる群から選択されたアミノ酸配列からなるCDR1またはこれと相同性が90%以上である配列;及び
配列番号10、13、16、19、22、25および28からなる群から選択されたアミノ酸配列からなるCDR3またはこれと相同性が90%以上である配列を含んでもよい。
前記配列番号の配列情報は下記のとおりである。
本発明の一具体例で、本発明の重鎖可変領域は、配列番号8のCDR1、配列番号9のCDR2、及び配列番号10のCDR3を含むものであってもよい。
本発明の一具体例で、本発明の重鎖可変領域は、配列番号11のCDR1、配列番号12のCDR2、及び配列番号13のCDR3を含むものであってもよい。
本発明の一具体例で、本発明の重鎖可変領域は、配列番号14のCDR1、配列番号15のCDR2、及び配列番号16のCDR3を含むものであってもよい。
本発明の一具体例で、本発明の重鎖可変領域は、配列番号17のCDR1、配列番号18のCDR2、及び配列番号19のCDR3を含むものであってもよい。
本発明の一具体例で、本発明の重鎖可変領域は、配列番号20のCDR1、配列番号21のCDR2、及び配列番号22のCDR3を含むものであってもよい。
本発明の一具体例で、本発明の重鎖可変領域は、配列番号23のCDR1、配列番号24のCDR2、及び配列番号25のCDR3を含むものであってもよい。
本発明の一具体例で、本発明の重鎖可変領域は、配列番号26のCDR1、配列番号27のCDR2、及び配列番号28のCDR3を含むものであってもよい。
また、本発明の好ましい具体例で、前記重鎖可変領域は、配列番号1〜7からなる群から選択されたアミノ酸配列からなるものであってもよい。
前記配列番号の配列情報は下記のとおりである。
前記RASに特異的に結合および阻害する重鎖可変領域は、下記のような方法によってスクリーニングした。
本発明の一具体例では、構築されたヒト重鎖可変領域(VH)と重鎖不変領域(CH1)が融合している状態でCDR1、CDR2、CDR3地域に計18個の残基に対して人為的な突然変異が誘導されたライブラリーを利用して選別した。
また、本発明の一具体例では、前記ヒト重鎖可変領域(VH)と重鎖不変領域(CH1)が融合しているライブラリーを利用して細胞質浸透ヒト化軽鎖可変領域(VL)と結合された状態でも活性化された(GTPが結合された)RASに対して特異的に結合が可能な重鎖可変領域を選別した。
本発明の一具体例では、標的分子として活性化された(GTPが結合された)RAS突然変異体であるKRas G12Dを使用した。本発明の一具体例において、発癌関連RAS突然変異は主に12番、13番、61番残基で発生して、12番、13番残基は、RASタンパク質のP−loopに位置していて、RASタンパク質と結合しているGTPを加水分解して非活性化された形態でタンパク質構造変化を誘導するGAP(GTPase−activating protein)の結合に影響を与える。また、61番残基は、GAPの加水分解活性部位と結合してGTP加水分解を防ぐ役割をするので、様々な発癌関連RAS突然変異は、RAS G12D突然変異と信号伝達に関連した地域(Switch I、Switch II)が同じであるため、KRas G12D突然変異に限定されない。
また、前記一具体例において、NRas、HRasは、KRasとGドメインと呼ばれる触媒ドメイン(catalytic domain)1番から165番残基までの類似度が85%以上であり、この中で下位信号物質と結合する部位Switch I(32番〜38番)、Switch II(59番〜67番)ドメインは100%一致する。但し、165番から189番までのC−末端超可変形部位は、15%の類似度を有しているが、構造的に下位信号伝達に影響を与えないので、標的分子で使用した活性化したKRas G12Dに限定されない。
本発明の一具体例において、酵母細胞表面発現システムを利用して重鎖可変領域(VH)と重鎖不変領域(CH1)が発現した状態で活性化された(GTPが結合された)RASに対して初期選別以後、細胞質浸透軽鎖可変領域(VL)と軽鎖不変領域(CL)を含む軽鎖を発現および分泌する酵母と酵母接合を介してこの結合されたFab形態で選別した。
本発明の一具体例で、前記抗体、は生きている細胞に能動的に浸透することができ、このような細胞浸透能は、エンドサイトーシスを介して細胞内に浸透した後、エンドソーム脱出によるものであってもよい。
前記のような細胞質浸透能は、抗体が細胞質浸透能を有する軽鎖可変領域(VL)を含むことによって発揮することができる。
本発明の一具体例で、前記軽鎖可変領域は、
配列番号32、35および38からなる群から選択されたアミノ酸配列からなるCDR1またはこれと相同性が90%以上である配列;及び
配列番号34,27および40からなる群から選択されたアミノ酸配列からなるCDR3またはこれと相同性が90%以上である配列を含んでもよい。
前記配列番号の配列情報は下記のとおりである。
また、前記一具体例において、前記軽鎖可変領域は、配列番号33、36および39からなる群から選択されたアミノ酸配列からなるCDR2またはこれと相同性が90%以上である配列をさらに含んでもよい。
本発明の一具体例で、前記軽鎖可変領域は、配列番号32のCDR1、配列番号33のCDR2、および配列番号34のCDR3を含んでもよい。
また、本発明の他の具体例で、前記軽鎖可変領域は、配列番号35のCDR1、配列番号36のCDR2、および配列番号37のCDR3を含んでもよい。
また、本発明の他の様態で、前記軽鎖可変領域は、配列番号380のCDR1、配列番号39のCDR2、および配列番号40のCDR3を含んでもよい。
本発明の一様態で、前記軽鎖可変領域は、軽鎖可変領域のN末端から2番目および4番目のアミノ酸がそれぞれロイシン(leucine,L)およびメチオニン(Methionine,M)で置き換えられたものであってもよい。
これはFR(framework)に位置しているCDR構造決定部位(Vernier zone)に含まれる残基中細胞質浸透能が保存されたCDR構造を得るために重要な2番目、4番目の残基を置換させたものである。
また、本発明の一様態で、前記軽鎖可変領域は、軽鎖可変領域のN末端から9、10、13、17、19、21、22、42、45、58、60、79、および85番目のアミノ酸がそれぞれセリン(serine,S)、セリン(serine,S)、アラニン(Alanine,A)、バリン(Valine,V)、アスパラギン酸(aspartic acid,D)、バリン(Valine,V)、イソロイシン(Isoleucine,I)、トレオニン(Threonine,T)、リジン(Lysine,K)、リジン(Lysine,K)、バリン(Valine,V)、セリン(serine,S)、グルタミン(Glutamine,Q)およびトレオニン(Threonine,T)で置き換えられたものであってもよい。
これは、FDA承認後、市場に販売されているヒト化治療用抗体中、安定性が非常に高くVH3小グループの重鎖可変領域とVκ1小グループの軽鎖可変領域からなるTrastuzumab(Herceptin)の軽鎖可変領域との配列分析を介して計14個の残基に差があることを確認してこれを置き換えたものである。
また、本発明の他の様態で、前記軽鎖可変領域は、軽鎖可変領域のN末端から89番目および91番目のアミノ酸がそれぞれグルタミン(Glutamine,Q)およびチロシン(Tyrosine,Y)で置き換えられたものであってもよい。
これは、ヒト抗体可変領域間のインターフェース(VH−VL interface)分析を介して、既存細胞質浸透軽鎖可変領域のマウス由来CDR3に位置した2個の残基が差があることを確認してこれを置き換えたものである。
本発明の好ましい様態で、前記軽鎖可変領域は、配列番号29、30、および31からなる群から選択されたアミノ酸配列からなるものであってもよい。
前記配列番号の配列情報は下記のとおりである。
但し、本明細書で提供する配列番号に明示されたすべての残基番号は、Kabat番号を使用した(Kabat EA et al.,1991)。
本発明の一具体例で、前記抗体と細胞質内活性化されたRASの結合は、B−Raf、C−RafまたはPI3Kと活性化されたRASの結合を抑制するものであってもよい。
本発明の一様態で、完全型免疫グロブリン(immunoglobulin)形態の抗体が細胞質に浸透して細胞質内活性化されたRASと結合することを誘導する重鎖可変領域(VH)を提供する。
前記重鎖可変領域(VH)は、
配列番号8、11、14、17、20、23および26からなる群から選択されたアミノ酸配列からなるCDR1またはこれと相同性が90%以上である配列;
配列番号9、12、15、18、21、24および27からなる群から選択されたアミノ酸配列からなるCDR1またはこれと相同性が90%以上である配列;及び
配列番号10、13、16、19、22、25および28からなる群から選択されたアミノ酸配列からなるCDR3またはこれと相同性が90%以上である配列を含んでもよい。
また、本発明の一具体例で、前記重鎖可変領域は、配列番号1〜7からなる群から選択されたアミノ酸配列からなるものであってもよい。
また、本発明の一様態は、前記重鎖可変領域(VH)を含む抗体を提供する。
また、本発明の一様態で、前記抗体は、生きている細胞に能動的に浸透して細胞質内活性化されたRASに特異的に結合するものであってもよい。
前記抗体は、キメラ、ヒト、またはヒト化された抗体であってもよい。
また、本発明の一具体例で、前記抗体は、IgG、IgM、IgA、IgDおよびIgEからなる群から選択されたものであってもよい。
また、抗体は、細胞質浸透能を有する軽鎖可変領域(VL)をさらに含んでもよい。前記細胞浸透能は、エンドサイトーシスを介して細胞内に浸透した後、エンドソーム脱出によるものであってもよい。
本発明の一具体例で、前記軽鎖可変領域は、
配列番号32、35および38からなる群から選択されたアミノ酸配列からなるCDR1またはこれと相同性が90%以上である配列;及び
配列番号34,27および40からなる群から選択されたアミノ酸配列からなるCDR3またはこれと相同性が90%以上である配列を含んでもよい。
本発明の一具体例で、前記軽鎖可変領域は、軽鎖可変領域のN末端から2番目および4番目のアミノ酸がそれぞれロイシン(leucine,L)およびメチオニン(Methionine,M)で置き換えられたものであってもよい。
本発明の他の具体例で、前記軽鎖可変領域は、軽鎖可変領域のN末端から9、10、13、17、19、21、22、42、45、58、60、79、および85番目のアミノ酸がそれぞれセリン(serine,S)、セリン(serine,S)、アラニン(Alanine,A)、バリン(Valine,V)、アスパラギン酸(aspartic acid,D)、バリン(Valine,V)、イソロイシン(Isoleucine,I)、トレオニン(Threonine,T)、リジン(Lysine,K)、リジン(Lysine,K)、バリン(Valine,V)、セリン(serine,S)、グルタミン(Glutamine,Q)およびトレオニン(Threonine,T)で置き換えられたものであってもよい。
また、本発明の他の具体例で、前記軽鎖可変領域は、軽鎖可変領域のN末端から89番目および91番目のアミノ酸がそれぞれグルタミン(Glutamine,Q)およびチロシン(Tyrosine,Y)で置き換えられたものであってもよい。
本発明の好ましい具体例で、前記軽鎖可変領域は、配列番号29、30、および31からなる群から選択されたアミノ酸配列からなるものであってもよい。
本発明の一様態は、癌または腫瘍細胞の成長を抑制させる方法であって、前記方法は、個体内細胞を細胞質内活性化されたRASに特異的に結合する抗体に露出させる工程を含むものである、方法を提供する。
また、本発明の一様態は、癌または腫瘍を治療する方法であって、前記方法は、個体に薬学的に有効な量の細胞質内活性化されたRASに特異的に結合する抗体を投与する工程を含むものである、方法を提供する。
前記細胞質内活性化されたRASに特異的に結合する抗体は、生きている細胞の内部に浸透して細胞質に位置している活性化された(GTPが結合された)RASを特異的認知が可能な抗体であって、生きている細胞の内部の細胞質に位置している活性化された(GTPが結合された)RASを標的及びその活性を阻害することができる。これにより、本発明に係る抗体の重鎖可変領域、これを含む抗体は、既存の様々な腫瘍治療剤の主な薬物抵抗性関連因子であるRAS突然変異を選択的阻害が可能であるところ、癌または腫瘍細胞の成長を抑制させて、癌または腫瘍を治療することができる。
また、本発明の一様態は、細胞質内RASに特異的に結合する重鎖可変領域のスクリーニング方法を提供する。
前記方法は(1)GTPが結合されたRASに結合できる重鎖可変領域ライブラリーを酵母表面発現システムを利用して発現する工程;
(2)GTPが結合されたRASと前記ライブラリーを結合させる工程;及び
(3)前記GTPが結合されたRASと前記ライブラリーとの結合の親和度を測定する工程を含む。
また、本発明一様態は、前記抗体に融合されたペプチド、タンパク質、小分子薬物、ナノ粒子およびリポソームからなる群から選択された生体活性分子を提供する。
前記タンパク質は、抗体、抗体の断片、免疫グロブリン、ペプチド、酵素、成長因子(growth factor)、サイトカイン(cytokine)、転写因子、毒素、抗原性ペプチド、ホルモン、運搬タンパク質、運動機能タンパク質、受容体、シグナル(signaling)タンパク質、貯蔵タンパク質、膜タンパク質、膜貫通(transmembrane)タンパク質、内部(internal)タンパク質、外部(external)タンパク質、分泌タンパク質、ウイルスタンパク質、糖タンパク質、切断されたタンパク質、タンパク質複合体、または化学的に改質されたタンパク質等であってもよい。
本発明の具体的な実施例では、細胞質浸透を介して活性化された(GTPと結合する)RASを特異的結合および阻害する完全型免疫グロブリン形態抗体の軽鎖可変領域のN−末端に配列番号41からなるRGD4Cまたは配列番号42からなるRGD10ペプチドを融合した形態を提供する。前記本発明の一具体例において、軽鎖可変領域N−末端とRGD4Cペプチドは(GS)連結子(linker)で融合して、RGD10ペプチドは(GS)連結子(linker)で融合することが好ましいが、これに制限されない。
本発明において、小分子薬物は、約1000ダルトン未満の分子量を有して疾病の治療剤として活性度を有する有機化合物、無機化合物または有機金属化合物を示すもので、本願で広範囲に使用される。本願で小分子薬物は、オリゴペプチドおよび約1000ダルトン未満の分子量を有するその他のバイオ分子(biomolecule)を含む。
本発明において、ナノ粒子(nanoparticle)は、直径1〜1000nm大きさを有する物質からなる粒子を意味し、前記ナノ粒子は、金属ナノ粒子、金属ナノ粒子コアおよび前記コアを囲む金属シェルで構成される金属/金属コアシェル複合体、金属ナノ粒子コアおよび前記コアを囲む非金属シェルで構成される金属/非金属コアシェルまたは非金属ナノ粒子コアおよび前記コアを囲む金属シェルで構成される非金属/金属コアシェル複合体であってもよい。一具体例によると、前記金属は、金、銀、銅、アルミニウム、ニッケル、パラジウム、白金、磁性鉄およびその酸化物から選択されるものであってもよいが、これに限定せず、前記非金属は、シリカ、ポリスチレン、ラテックスおよびアクリレート系列の物質から選択されてもよいが、これに限定しない。
本発明において、リポソームは、自己自ら会合できる、水性内部区画を囲む一つ以上の脂質二重層膜で構成される。リポソームは、膜タイプおよびその大きさによって特定することができる。小さいユニラメラ小胞(SUV)は単一膜を有して20nm〜50nmの直径を有することができる。大きいユニラメラ小胞(LUV)は、50nm以上の直径を有することができる。オリゴラメラ大きい小胞およびマルチラメラ大きい小胞は、多重、一般に同心円、膜層を有して直径が100nm以上であってもよい。多くの非同心円膜を有するリポソーム、すなわちより大きい小胞内で含まれた多くの小さい小胞は、マルチ小胞性小胞(multivesicular vesicle)という。
本発明において、「融合」とは、機能または構造が異なるか同じ二つの分子を一体化するもので、前記タンパク質、小分子薬物、ナノ粒子またはリポソームに前記腫瘍浸透性ペプチドが結合できるいずれの物理、化学的または生物学的方法による融合であってもよい。前記融合は、好ましくは連結子ペプチド(linker peptide)によって行われ、この連結子ペプチドは、本発明の抗体軽鎖可変領域、抗体、またはこれの切片の様々な位置で前記生体活性分子との融合を中継することができる。
また、本発明は、前記抗体、またはこれに融合されたペプチド、タンパク質、小分子薬物、ナノ粒子およびリポソームからなる群から選択された生体活性分子を含む癌の予防または治療用薬学的組成物を提供する。
前記癌は、扁平上皮細胞癌、小細胞肺癌、非小細胞肺癌、肺の腺癌、肺の扁平上皮癌、腹膜癌、皮膚癌、皮膚または眼内黒色腫、直腸癌、肛門付近癌、食道癌、小腸癌、内分泌腺癌、副甲状腺癌、副腎癌、軟組織肉腫、尿道癌、慢性または急性白血病、リンパ球リンパ腫、肝細胞癌、胃癌、すい臓癌、膠芽腫、頸癌、卵巣癌、肝臓癌、膀胱癌、肝腫瘍、乳癌、結腸癌、大腸癌、子宮内膜または子宮癌、唾液腺癌、腎臓癌、肝臓癌、前立腺癌、外陰癌、甲状腺癌、肝臓癌、および頭頸部癌からなる群から選択されるものであってもよい。
前記組成物は、癌の予防または治療用薬学的組成物で製造されている場合、前記組成物は、薬学的に許容される担体を含むことができる。前記組成物に含まれる薬学的に許容される担体は、製剤時に通常利用されるものとして、ラクトース、デキストロース、スクロース、ソルビトール、マンニトール、デンプン、アカシアゴム、リン酸カルシウム、アルギネート、ゼラチン、ケイ酸カルシウム、微結晶性セルロース、ポリビニルピロリドン、セルロース、水、シロップ、メチルセルロース、メチルヒドロキシベンゾエート、プロピルヒドロキシベンゾエート、タルク、ステアリン酸マグネシウム、およびミネラルオイルなどを含むが、これに限定されない。前記薬学的組成物は、前記成分以外に潤滑剤、湿潤剤、甘味料、香味剤、乳化剤、懸濁剤、保存剤などをさらに含むことができる。
前記癌の予防または治療用薬学的組成物は、経口または非経口で投与することができる。非経口投与の場合には、静脈内注入、皮下注入、筋肉注入、腹腔注入、内皮投与、局所投与、鼻内投与、肺内投与および直腸内投与などで投与することができる。経口投与時、タンパク質またはペプチドは消化されるため、経口用組成物は、活性薬剤をコーティングしたり、胃腸からの分解から保護されるように剤形化されるべきである。また、前記組成物は、活性物質が標的細胞に移動することができる任意の装置によって投与することができる。
前記癌の予防または治療用薬学的組成物の適切な投与量は、製剤化方法、投与方式、患者の年齢、体重、性、病的状態、食べ物、投与時間、投与経路、排泄速度および反応感応性のような要因によって多様に処方されることができる。前記組成物の好ましい投与量は、成人基準で0.001〜100mg/kg範囲内である。用語「薬学的有効量」とは、癌を予防または治療するのに、または血管新生による疾患の予防または治療するのに十分な量を意味する。
前記組成物は、当該当業者が容易に実施できる方法に従って、薬学的に許容される担体および/または賦形剤を利用して製剤化することによって単位容量形態で製造されたり、または多用量容器内に取り込んで製造できる。この時、剤形はオイルまたは水性媒質中の溶液、懸濁液、シロップ剤または乳剤形態やエキス剤、散剤、粉末剤、顆粒剤、錠剤またはカプセル剤形態であってもよく、分散剤または安定化剤を追加的に含むことができる。また、前記組成物は、個別治療剤として投与したり、他の治療剤と併用して投与されることができ、従来の治療剤とは順次または同時に投与されることができる。一方、前記組成物は、抗体また、抗原結合断片含むので、免疫リポソームで剤形化されることができる。抗体を含むリポソームは、当業界に広く知られた方法により製造されることができる。前記免疫リポソームは、ホスファチジルコリン、コレステロールおよびポリエチレングルリコル−誘導体化されたホスファチジルエタノールアミンを含む脂質組成物として逆相蒸発法によって製造されることができる。例えば、抗体のFab’断片はジスルフィド−交換反応を介してリポソームに接合されることができる。ドキソルビシンのような化学治療剤が追加でリポソーム内に含まれることができる。
また、本発明は、前記抗体、またはこれに融合された、ペプチド、タンパク質、小分子薬物、ナノ粒子およびリポソームからなる群から選択された生体活性分子を含む、癌の診断用組成物を提供する。
本明細書で使用された用語「診断」とは、病態生理の存在または特徴を確認することを意味する。本発明での診断は、癌の発病の有無および経過を確認するものである。
前記完全型免疫グロブリン形態の抗体およびこれの切片は、映像を介して癌を診断するために分子映像用蛍光体と結合することができる。
前記分子映像用蛍光体は、蛍光を発生させるあらゆる物質をいい、赤色や近赤外線(near−infrared)の蛍光を発光することが好ましく、量子収得量(quantaum yield)が高い蛍光体がより好ましいが、これに限定されない。
前記分子映像用蛍光体は、前記完全型免疫グロブリン形態の抗体およびこれの切片に特異的に結合する腫瘍浸透性ペプチドと結合できる蛍光体、蛍光タンパク質または、その他映像用物質が好ましいがこれに限定されない。
蛍光体は、フルオレセイン(fluorescein)、ボディピー(BODYPY)、テトラメチルローダミン(Tetramethylrhodamine)、アレクサ(Alexa)、シアニン(Cyanine)、アロフィコシアニン(allophycocyanin)またはこれらの誘導体が好ましいが、これに限定されない。
蛍光タンパク質は、Dronpaタンパク質、蛍光発色遺伝子(EGFP)、赤色蛍光プロテイン(red fluorescent protein,DsRFP)、近赤外線蛍光を示すシアニン蛍光体であるCy5.5またはその他蛍光タンパク質が好ましいがこれに限定されない。
その他映像用物質は、酸化鉄、放射性同位元素などが好ましいが、これに限定されず、MR、PETのような映像装備に応用されることができる。
また、本発明は、前記軽鎖可変領域またはこれを含む抗体またはこれの切片をコードするポリヌクレオチドを提供する。
前記「ポリヌクレオチド(polynucleotide)」とは、一本鎖または二本鎖形態で存在するデオキシリボヌクレオチドまたはリボヌクレオチドの重合体である。RNAゲノム配列、DNA(gDNAおよびcDNA)およびこれから転写されるRNA配列を包括して、特に言及しない限り天然のポリヌクレオチドの類似体を含む。
前記ポリヌクレオチドは、前述した軽鎖可変領域をコードするヌクレオチド配列だけでなく、その配列に相補的な(complementary)配列も含む。前記相補的な配列は完ぺきに相補的な配列だけでなく、実質的に相補的な配列も含む。これは当業界に公示された苛酷条件(stringent conditions)下で、例えば、配列番号1〜3中いずれか一つのアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列と混成化できる配列を意味する。
また、前記ポリヌクレオチドは変形されることができる。前記変形は、ヌクレオチドの追加、欠失または非保存的置換または保存的置換を含む。前記アミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドは、前記ヌクレオチド配列に対して実質的な同一性を示すヌクレオチド配列も含むものと解釈される。前記の実質的な同一性は、前記ヌクレオチド配列と任意の他の配列を最大限対応するようにアラインメントして、当業界で通常利用されるアルゴリズムを利用してアラインメントされた配列を分析した場合に、最小80%の相同性、最小90%の相同性または最小95%の相同性を示す配列であってもよい。
また、本発明の一様態は、前記生きている細胞の内部に浸透して細胞質に分布する完全型免疫グロブリン形態の抗体を利用して細胞質浸透を介して細胞質に位置している活性化された(GTPが結合された)腫瘍関連因子RASに特異的結合および活性を阻害する完全型免疫グロブリン形態の抗体の製造方法を提供することができる。
前記一様態具体例において、活性化された(GTPが結合された)RAS特異的結合能を有している重鎖可変領域(VH)を利用した動物細胞の内部に浸透して細胞質に分布して細胞質に位置している活性化された(GTPが結合された)RASと特異的結合する完全型免疫グロブリン形態の抗体は下記のような方法で製造されることができる:
(1)活性化された(GTPが結合された)RASと特異的結合するヒト重鎖可変領域(VH)と重鎖不変領域(CH1−hinge−CH2−CH3)が含まれた核酸(nucleic acides)をクローニングした重鎖発現ベクターを製造する工程;
(2)前記製造された重鎖発現ベクターと細胞質浸透能を有する軽鎖可変領域を含む軽鎖発現ベクターをタンパク質発現用動物細胞に同時形質転換して生きている細胞の内部に浸透および細胞質分布して活性化された(GTPが結合された)RASを特異的認知する完全型免疫グロブリン形態の抗体を発現する工程;および
(3)前記発現された活性化された(GTPが結合された)RASを特異的認知する細胞質浸透能を有する完全型免疫グロブリン形態の抗体を精製、回収する工程。
本発明で使用する用語「ベクター(vector)」とは、宿主細胞で目的遺伝子を発現させるための手段を意味する。例えば、プラスミドベクター、コスミドベクターおよびバクテリオファージベクター、アデノウイルスベクター、レトロウイルスベクターおよびアデノ−関連ウイルスベクターのようなウイルスベクターを含む。前記組換えベクターとして使用できるベクターは、当業界でたびたび使用されるプラスミド(例えば、pSC101、pGV1106M、pACYC177、ColE1、pKT230、pME290、pBR322、pUC8/9、pUC6、pBD9、pHC79、pIJ61、pLAFR1、pHV14、pGEXシリーズ、pETシリーズおよびpUC19等)、ファージ(例えば、λgt4λB、λ−Charon、λΔz1およびM13等)またはウイルス(例えば、CMV、SV40等)を操作して製作されることができる。
前記組換えベクターで本発明で提供する軽鎖可変領域、および軽鎖不変領域(CL)、重鎖可変領域(VH)および重鎖不変領域(CH1−hinge−CH2−CH3)は、プロモーターに作動的に連結されることができる。用語「作動的に連結された(operatively linked)」とは、ヌクレオチド発現調節配列(例えば、プロモーター配列)と他のヌクレオチド配列との間の機能的な結合を意味する。従って、これによって前記調節配列は、前記他のヌクレオチド配列の転写および/または、解読を調節することができる。
前記組換えベクターは、典型的にクローニングのためのベクターまたは発現のためのベクターとして構築されることができる。前記発現用ベクターは、当業界で植物、動物または微生物で外来のタンパク質を発現するのに使用される通常のものを使用することができる。前記組換えベクターは、当業界に公示された様々な方法を介して構築できる。
前記組換えベクターは、原核細胞または真核細胞を宿主にして構築されることができる。例えば、使用されるベクターが発現ベクターで、原核細胞を宿主とする場合には、転写を進行させることができる強力なプロモーター(例えば、pLλプロモーター、trpプロモーター、lacプロモーター、tacプロモーター、T7プロモーターなど)、解読の開始のためのリボソーム結合部位および転写/解読終結配列を含むことが一般的である。ベクターが、真核細胞を宿主とする場合には、ベクターに含まれる真核細胞で作動する複製原点は、f1複製原点、SV40複製原点、pMB1複製原点、アデノ複製原点、AAV複製原点、CMV複製原点およびBBV複製原点などを含むか、これに限定されない。また、ほ乳動物細胞のゲノムから由来したプロモーター(例えば、メタロチオネインプロモーター)またはほ乳動物ウイルスから由来したプロモーター(例えば、アデノウイルス後期プロモーター、ワクシニアウイルス7.5Kプロモーター、SV40プロモーター、サイトメガロウイルス(CMV)プロモーターおよびHSVのtkプロモーター)が利用でき、転写終結配列としてポリアデニル化配列を一般的に有する。
本発明のさらに他の様態は、前記組換えベクターで形質転換された宿主細胞を提供することができる。
宿主細胞は、当業界に公示されたいずれの宿主細胞も利用することができ、原核細胞では、例えば、E.coli JM109、E.coli BL21、E.coli RR1、E.coli LE392、E.coli B、E.coli X 1776、E.coli W3110、バチルス・サブチルスおよびバチルス・チューリンゲンシスのようなバチルス属菌株、そしてサルモネラ・ティフィムリウム、セラチア・マルセッセンスおよび種々のシュードモナス種のような腸内菌と菌株などがあって、ベクターを真核細胞に形質転換させる場合には宿主細胞として、酵母(Saccharomyce cerevisiae)、昆虫細胞、植物細胞および動物細胞、例えば、SP2/0、CHO(Chinese hamster ovary)K1、CHO DG44、PER.C6、W138、BHK、COS−7、293、HepG2、Huh7、3T3、RINおよびMDCK細胞株などが利用されることができる。
前記組換えベクターの宿主細胞内への挿入は、当業界に広く知られた挿入方法を使用することができる。前記運搬方法は、例えば、宿主細胞が原核細胞である場合、CaCl方法または、電気穿孔方法などが使用でき、宿主細胞が真核細胞である場合には、微細注入法、カルシウムホスフェート沈殿法、電気穿孔法、リポソーム−媒介形質感染法および遺伝子ボンバードメントなどを使用することができるが、これに限定しない。E.coliなどの微生物を利用する場合、生産性は動物細胞などに比べて高い方であるが、糖化(glycosylation)の問題によってインタクト(intact)なIg形態の抗体生産には適さないが、FabおよびFvのような抗原結合断片の生産には使用されることができる。
前記形質転換された宿主細胞を選別する方法は、選択標識によって発現する表現型を利用して、当業界に広く知られた方法により容易に実施することができる。例えば、前記選択標識が特定抗生剤耐性遺伝子である場合には、前記抗生剤が含まれた培地で形質転換体を培養することによって形質転換体を容易に選別することができる。
本発明で提供する完全型免疫グロブリン(immunoglobulin)形態の細胞質浸透能を有する抗体を利用して細胞内活性化されたRASを抑制する方法は、前記抗体が生きている細胞の内部に浸透して細胞質に位置している活性化された(GTPが結合された)RASを特異的認知が可能な抗体によって達成され、これにより生きている細胞の内部細胞質に位置している活性化された(GTPが結合された)RASを標的及びその活性を阻害することができる。
また、本発明で提供する前記抗体の軽鎖可変領域またはこれを含む抗体は、特別な外部タンパク質伝達システムなしに生きている細胞の内部にエンドサイトーシス(endocytosis)およびエンドソーム脱出(endosome escape)過程を介して浸透して細胞質に分布することができる。特に、本発明で提供する抗体の軽鎖可変領域は、様々なヒト重鎖可変領域(VH)との相互作用結合が容易でありかつ細胞質浸透を介して細胞質に残留可能な特性を有して、前記軽鎖可変領域を含む完全IgG形態の単一クローン抗体は、細胞の内部浸透及び細胞質に分布して、細胞に非特異的細胞毒性を示さない。
本発明に係る抗体の重鎖可変領域、これを含む抗体は、既存の様々な腫瘍治療剤の主な薬物抵抗性関連因子であるRAS突然変異を選択的阻害が可能でかつ既存治療剤との並行治療を介して効果的な坑癌活性を期待することができる。本発明に係る細胞質浸透完全型免疫グロブリン形態の抗体を利用して、ヒト抗体の重鎖可変領域(VH)が有する抗原高特異性及び高親和度に影響を与えずに細胞の内部に浸透及び細胞質に残留する特性を付与できて、これにより現状の小分子薬物を利用した疾病治療に標的物質として分類されている細胞質内に存在しながら、タンパク質とタンパク質との間に広くて平たい表面を介して構造複合性相互作用をなしている腫瘍及び疾患関連因子に対する治療及び診断に高い効果を期待することができる。
細胞質浸透能だけ保有しているイムノグロブリン形態の抗体cytotransmabの重鎖可変領域(VH)をGTPが結合されたKRasに特異的結合する重鎖可変領域(VH)で置き換えた細胞浸透及び細胞内分布するGTPが結合されたRasに特異的に結合する単一クローン抗体(抗−Ras・GTP iMab:internalizing & interfering monoclonal antibody)を利用してRas突然変異細胞に対する特異的な細胞毒性を誘導する戦略に対する模式図。 細胞質浸透能だけ保有しているCytotransmabの重鎖可変領域(VH)をGTPが結合されたKRasに特異的結合する重鎖可変領域(VH)で置換を介して抗−Ras・GTP iMab構築を説明した模式図。 GTPが結合されたKRas G12Dタンパク質に対してだけ特異的に高親和度を有するヒト化抗体の重鎖可変領域単一ドメインを得るためのライブラリー選別戦略を示した模式図。 前述されたGTPが結合されたKRas G12Dに特異的高親和度を得るための選別過程工程別GTPが結合されたKRas G12D単独条件及びGDPが結合されたKRas G12Dとの競合条件での結合能をフローサイトメトリーで分析した資料。 マウス由来軽鎖可変領域単一ドメインであるm3D8 VLから、ヒト化抗体重鎖可変領域と安定した結合となるように改良した細胞質浸透ヒト化軽鎖可変領域単一ドメインhT3 VLまでの改良過程に利用されたクローンを含む配列分析資料。 m3D8 VLとヒト化軽鎖可変領域単一ドメインhT0 VL、これの突然変異体hT2 VL、hT3 VLのWAMモデリングを利用したモデル構造を構造重なり(superimposing)方法を利用して比較した図。 軽鎖可変領域単一ドメインの細胞質浸透能を共焦点顕微鏡(confocal microscopy)で観察した結果。 軽鎖可変領域単一ドメインの細胞質浸透メカニズムを検証するために、共焦点顕微鏡で観察した結果。 軽鎖可変領域単一ドメインの細胞質浸透メカニズムを検証するために、共焦点顕微鏡で観察した結果。 追加的にヒト抗体重鎖可変領域と最適化された結合を介して安定的cytotransmab構築のための可変領域間のインターフェース残基を分析した結果。 cytotransmab構築のために細胞浸透能がない軽鎖可変領域を細胞質浸透能を有するヒト化軽鎖可変領域で置き換える方法に対する全般的な模式図。 細胞質浸透能を有する軽鎖可変領域hT4 VLで軽鎖可変領域が置き換えられたcytotransmabの細胞質浸透能を検証するために、様々な細胞株で精製されたcytotransmab処理後、1〜2個の細胞に焦点を合わせて共焦点顕微鏡で観察した結果。 前記図9Aの共焦点顕微鏡観察を介した細胞質浸透能検証実験で細胞浸透効率を確認するために、レンズ倍率を低くして多数の細胞に対する細胞質浸透能を確認した結果。 HeLaとPANC−1細胞株でcytotransmabを処理して細胞成長阻害程度をin vitroで評価してグラフで図式化したものである。 HeLaとPANC−1細胞株でcytotransmabを処理して細胞成長阻害程度をin vitroで確認した写真を示したものである。 抗−Ras・GTP iMab RT4の精製後、還元性または非還元性の条件で12%SDS−PAGEを介して分析したものである。 野生性KRas及びKRas突然変異体KRas G12D、KRas G12V、KRas G13DのGTPが結合された形態とGDPが結合された形態での親和度を測定するためのELISAを行った結果。 SPR(BIACORE 2000)(GE healthcare)を利用してGTPが結合された形態のKRas G12Dに対する抗−Ras・GTP iMab RT4の親和度分析結果を示す。 抗−Ras・GTP iMab RT4の細胞質浸透能を確認するために共焦点顕微鏡で観察した結果。 NIH3T3、NIH3T3 KRas G12V、NIH3T3 HRas G12V細胞株で抗−Rasで3、NIH3T RT4を処理して細胞成長阻害程度をin vitroで評価した結果。 NIH3T3 HRas G12V細胞株で非付着性細胞成長阻害を評価した結果。 抗−RasでT3 HRas RT4と細胞内活性化したHRas G12V突然変異との重なりの可否を共焦点顕微鏡で確認した結果。 抗−RasでのG12Vsと細胞内GTPが結合されたKRas G12V突然変異との重なりの可否を共焦点顕微鏡で確認した結果。 HCT116、PANC−1細胞株でRGD−TMab4とRGD−RT4を処理して細胞成長阻害程度をin vitroで評価した結果。 HCT116細胞株を異種移植したマウスでRGDが融合された抗−Ras・GTP iMab RT4の腫瘍成長抑制効果を確認した実験結果。 RGDが融合された抗−Ras・GTP iMab RT4の非特異的副作用を確認するためにマウスの体重を測定したグラフ。 RT4の親和度を改良するためのヒト重鎖可変領域ライブラリー構築戦略を示した図面。 デザインされたライブラリーをPCR法を利用して構築及び制限酵素NheI、ApaI処理された重鎖単一鎖酵母表面発現ベクター(pYDS−H)相同接合方法を介して酵母細胞に形質転換する方法を示す模式図。 前述されたライブラリー選別過程を介してGTPが結合されたKRas G12Dに特異的富化(enrichment)を確認するため、各工程別ライブラリー発現酵母に対してGTPが結合されたKRas G12D及びGDPが結合されたKRas G12Dとの結合能をフローサイトメトリーで分析した資料。 前記3種のライブラリーを介して選別された個別クローン配列分析資料。 親和度が改良された抗−RAS・GTP iMabは精製後、還元性または非還元性条件で12%SDS−PAGEを介して分析したものである。 抗−Ras・GTP iMabの重鎖可変領域を親和度が向上されたRas・GTP特異的な重鎖可変領域に取り替えた後、細胞浸透能を有するか確認するために共焦点顕微鏡で観察した結果。 KRas G12DのGTPが結合された形態とGDPが結合された形態での親和度が改良された抗−Ras・GTP iMabの親和度を測定するためのELISA実行結果。 前記ELISA基盤結合能分析を介して選定されたRT11を様々なRas突然変異に対してGTPが結合されたRas高特異的結合能をELISAを介して分析した。 SPR(BIACORE 2000)(GE healthcare)を利用してKRas G12DにGTPが結合形態に対する抗−Ras・GTP iMab RT11の親和度分析結果を示す。 最も高い濃度(1000nM)のGTPまたはGDPが結合されたKRas G12Dに対するRT11の結合能をSPRを利用して分析したsensorgram。 抗−Ras・GTP iMab RT11が細胞内KRasと結合する効果タンパク質(effector molecule)であるRafとの結合を阻害できるのか競合的ELISAを介して確認した結果。 親和度が向上された抗−Ras・GTP iMabの様々な腫瘍細胞に細胞浸透能を有するのか確認するために共焦点顕微鏡で観察した結果。 親和度が向上した抗−Ras・GTP iMabの細胞質残留能を細胞膜非透過自己消光蛍光物質であるcalcein(sigma)を利用して共焦点顕微鏡で観察した結果。 様々なRas野生型及びRas突然変異細胞株で抗−Ras・GTP iMab RT11を処理して細胞成長阻害程度をin vitroで評価した結果。 それぞれの細胞を偏光顕微鏡を介して細胞密度を確認した写真。 RT11と細胞内活性化されたKRas G12V突然変異との重なりの可否を共焦点顕微鏡で確認した結果。 RT11と細胞内活性化されたRASとの結合の可否を免疫沈降法で確認した結果。 RT11のRas・GTPと効果タンパク質との間の結合抑制の可否を免疫沈降法で確認した結果。 前記構築されたRGD10ペプチドが融合された形態のRT11(RGD10−RT11)のGTPが結合された形態とGDPが結合された形態の様々なRas突然変異に対する結合能を測定したELISA結果。 Colo320DM、HCT116、PANC−1、SW480、DLD−1細胞株でRGD10−TMab4とRGD10−RT11を処理して細胞成長阻害程度をin vitroで評価した結果。 RGD10−TMab4とRGD10−RT11が細胞表面のintegrin ανβ3に特異的に結合するのか確認した結果。 RGD10−RT11と細胞内活性化されたKRas G12V突然変異との重なりの可否を共焦点顕微鏡で確認した結果。
以下、本発明を実施例を挙げて詳述する。しかし、これらの実施例は例示的に説明するためのものであり、本発明の範囲がこれらの実施例に限定されない。
実施例1.高多様性ヒトVHライブラリーを介したGTPが結合されたKRas特異的結合する重鎖可変領域(VH)選別
図1は、細胞質浸透能だけ保有しているIgGフォーマットcytotransmabの重鎖可変領域(VH)をGTPが結合されたKRasに特異的結合する重鎖可変領域(VH)で置き換えた細胞浸透及び細胞内分布するGTPが結合されたRasに特異的に結合する単一クローン抗体(抗−Ras・GTP iMab:internalizing & interfering monoclonal antibody)を利用して、Ras突然変異細胞に対する特異的な細胞毒性を誘導する戦略に対する模式図である。
図2は、細胞質浸透能だけ保有している完全IgGフォーマットCytotransmabの重鎖可変領域(VH)をGTPが結合されたKRasに特異的結合する重鎖可変領域(VH)で置換を介して抗−Ras・GTP iMab構築を説明した模式図である。
前記の項−Ras・GTP iMabに導入するためのGTPが結合されたKRas特異的に結合する安定したヒト化重鎖可変領域単一ドメイン(VH)抗体切片を選別するために以前の研究を介して構築された酵母発現VHライブラリーを使用した(Baek and Kim,2014)。
具体的に使用したライブラリーのFR(framework)は、従来抗体で最も普遍的に使用されたV遺伝子であるIGHV3−23*04,J4を使用していて、CDR3の長さは9個の残基を有するライブラリーを使用した。前記ライブラリーの構築および酵母表面発現方法は、すでに発表した論文で詳しく記述されている(Baek and Kim,2014)。
実施例2.GTPが結合されたKRas G12Dタンパク質準備
ライブラリー選別および親和度分析のためのGTPが結合されたKRas G12D抗原を準備するために、大腸菌で発現精製した過程は、すでに発表した論文で詳しく記述されている(Tanaka T et al.,2007)。
具体的には、野生性KRasと突然変異頻度が高い順で三つの突然変異KRas G12D、KRas G12V、KRas G13DのCAAXモチーフを含む1番〜188番をコードするDNAを大腸菌発現ベクターであるpGEX−3Xベクターに制限酵素BamHI/EcoRIを使用してクローニングした。この時、発現ベクターはT7プロモーター−GST−KRasを有するようにデザインした。すべてのKRas突然変異はoverlap PCR手法を利用して突然変異を誘導して、前記技術方法を使用して発現ベクターを構築して、pGEX−3X−KRasベクターを大腸菌に電気穿孔法を利用して形質転換して選択培地で選別した。選別された大腸菌をLB培地で100μg/mlのアンピシリン抗生剤存在下に37℃で600nmでの吸光度0.6まで培養後、タンパク質発現のために0.1mM IPTGを添加した後、30℃で5時間をさらに培養した。以後、遠心分離機を利用して大腸菌を集めた後、超音波を利用して(SONICS)大腸菌を粉砕した。遠心分離機を使用して大腸菌粉砕物を除去した上澄み液のみを得てGSTタグがあるタンパク質を特異的に精製するGlutathione樹脂(Clontech)を使用して精製した。Glutathione樹脂を洗浄するために、洗浄バッファー(140mM NaCl、2.7mM KCl、10mM NaHPO、1.8mM KHPO、1mM EDTA、2mM MgCl pH7.4)(SIGMA)で50ml洗浄後、湧出バッファー(50mM Tris−HCl pH8.0、10mM還元されたglutathione、1mM DTT、2mM MgCl)(SIGMA)を利用してタンパク質を湧出した。湧出されたタンパク質は、透析法を利用して保存バッファー(50mM Tris−HCl pH8.0、1mM DTT、2mM MgCl)(SIGMA)でバッファーを変えた。精製されたタンパク質は、280nm波長で吸光度と吸光係数を利用して定量した。SDS−PAGE分析を介して約98%以上の純度を確認した。
以後、KRasタンパク質にGTPλS(Millipore)またはGDP(Millipore)基質を結合させるために、KRasと基質の分子比率を1:20にして反応バッファー(50mM Tris−HCl pH8.0、1mM DTT、5mM MgCl、15mM EDTA)(SIGMA)で30℃で30分反応させた後、反応を止めるために60mM MgClを添加した後−80℃で保管する。
実施例3.GTPが結合されたKRas G12Dに特異的重鎖可変領域(VH)選別
図3は、GTPが結合されたKRas G12Dタンパク質に対してだけ特異的に高親和度を有するヒト化抗体重鎖可変領域単一ドメインを得るためのライブラリー選別戦略を示した模式図である。
具体的には、実施例14で精製したGTPが結合されたKRas G12Dをビオチン化させた後(EZ−LINKTM Sulfo−NHS−LC−Biotinylation kit(Pierce Inc.,USA))酵母細胞表面に発現した重鎖可変領域ライブラリーと常温で1時間反応させた。ビオチン化されたGTPが結合されたKRas G12Dと反応した酵母細胞表面に重鎖可変領域ライブラリーをストレプトアビジン(Streptavidin)(EZ−LINKTM Sulfo−NHS−LC−Biotinylation kit Pierce Inc.,USA))と4℃で20分間反応させた後、MACS(magnetic activated cell sorting)を利用してGTPが結合されたKRAS G12Dに高親和度を有する重鎖可変領域を発現する酵母を浮遊化した(enrichment)。選別されたライブラリーを発現する酵母を選択培地で培養およびSG−CAA+URA(20g/L Galactose、6.7g/L Yeast nitrogen base without amino acids、5.4g/L NaHPO、8.6g/L NaHPO、5g/L casamino acids、0.2mg/L Uracil)(SIGMA)培地でタンパク質発現を誘導した後、GTPが結合されたKRas G12D単独またはGTPが結合されたKRas G12Dより10倍高い濃度のビオチン化されずにGDPと結合されたKRas G12D抗原を競合的にライブラリーが発現した酵母と1時間常温で反応させた後、PEが接合されたストレプトアビジン(Streptavidin−R−phycoerythrin conjugate,SA−PE)(Invitrogen)と反応して、FACS(Fluorescence activated cell sorting)(FACS Caliber)(BD biosciences)を介して浮遊化を確認した。FACS分析を介して次の選別条件選定以後、前記と同様の条件で浮遊化されたライブラリーを発現する酵母に抗原を結合させた後、FACS ariaII機器を使用して浮遊化させた。1次MACS、1次FACS選別を介して浮遊化されたヒト化重鎖可変鎖ライブラリーは、細胞質浸透軽鎖単一鎖(hT4 VL)を分泌する酵母と酵母接合してFab形態で酵母表面に発現させた後、2次FACS、3次FACS選別過程を進めた。
具体的に重鎖可変領域(VH)ライブラリーと接合させる細胞質浸透軽鎖可変領域(VL)を分泌する酵母を構築するために、軽鎖可変領域酵母分泌ベクターであるpYDS−Kに細胞質浸透能があるhT4 VLをコードするDNAを制限酵素NheIとBsiWIを使用してクローニングしたpYDS−K−hT4 VLを電気穿孔法で接合αタイプ(mating αtype)の酵母接合菌株であるYVH10菌株に形質転換して選択培地SD−CAA+Trp(20g/L Glucose、6.7g/L Yeast nitrogen base without amino acids、5.4g/L NaHPO、8.6g/L NaHPO、5g/L casamino acids、0.4mg/L tryptophan)(SIGMA)で選別培養した酵母と酵母接合した。
具体的に酵母接合の場合、600nmで吸光度が1である時、1X10の酵母がある。培養された酵母中GTPが結合されたKRas G12Dに選別された重鎖可変領域ライブラリーが発現した酵母とhT4 VLを含んでいる酵母をそれぞれ1.5X10ずつ混ぜて、YPD(20g/L Dextrose、20g/L peptone、10g/L yeast extract、14.7g/L sodium citrate、4.29g/L citric acid、pH4.5)(SIGMA)で3回洗浄後、YPD 100μlで再浮遊(resuspension)して、YPDプレート上に広がらないようにドロップした後、乾燥して6時間30℃で培養する。以後、YPD培地で乾燥された酵母塗抹部位を3回洗浄後、最終酵母濃度1×10以下になるべく選択培地SD−CAA培地で30℃、24時間培養して接合された酵母だけ選別する。選別された酵母に対してSG−CAA培地でヒト化抗体Fab断片発現を誘導してGTPが結合されたKRas G12D 100nM濃度でGDPが結合されたKRas G12D 100倍競合して2、3次FACSを介して浮遊化した。
図4は、前述されたGTPが結合されたKRas G12Dに特異的高親和度を得るための選別過程工程別GTPが結合されたKRas G12D単独条件およびGDPが結合されたKRas G12Dとの競合条件での結合能をフローサイトメトリーで分析した資料である。これにより、重鎖可変領域(VH)依存的にGTPが結合されたKRas G12Dに特異的結合が可能なライブラリー選別が可能であることを確認した。
前記のような高速選別を介して、GTPが結合されたKRas G12Dタンパク質に高親和度および特異性を有するライブラリーで個別クローン分析を介して最終的にRT4クローンが選別された。
実施例4.細胞質浸透ヒト化軽鎖可変領域(VL)単一ドメイン開発論理
図5は、cytotransmabと命名した細胞浸透を介して、細胞質に位置する完全IgG形態の単一クローン抗体の概念を示した模式図であり、これを具現するために、ヒト化抗体軽鎖可変領域の細胞質浸透能を理解するために、既存マウス由来軽鎖可変領域単一ドメインm3D8 VLの細胞質浸透性と軽鎖可変領域断片に属するCDRの相関に対する研究を参照した(Lee et al.,2013)。
図5Aは、マウス由来軽鎖可変領域単一ドメインであるm3D8 VLから、ヒト化抗体重鎖可変領域と安定した結合となるように改良した細胞質浸透ヒト化軽鎖可変領域単一ドメインhT3 VLまでの改良過程に利用されたクローンを含む配列分析資料である。
具体的には、マウス由来軽鎖可変領域単一ドメインであるm3D8 VLとこれをCDR−grafting技術を利用してヒト化させたhT0 VLの細胞質浸透性を比較を介して、軽鎖可変領域(VL)のCDR1配列が保存されるにも関わらず細胞質浸透能を失った特性を確認した。
そこで、ヒト化抗体軽鎖可変領域単一ドメインの細胞質浸透能を復元するために、CDR1の構造をm3D8 VLの構造と類似するように改良するために、軽鎖可変領域FR(framework)でCDR構造決定部位(Vernier zone)を比較分析した。その結果、2番、4番残基が、マウス由来細胞質浸透能を有するm3D8 VLと差があることを確認した。特に2番、4番残基は、Vernizer zoneでありながらCDR1構造に大きい影響を及ぼすUpper core役割をしているので、hT0 VLに復帰突然変異を介してm3D8 VLと類似するCDR1構造を誘導したhT2 VLを開発した(図5A参照)。
以後、安定したcytotransmab構築のために、様々なヒト抗体重鎖可変領域と相補的に安定した結合をなして、細胞質浸透能を保存する軽鎖可変領域を開発しようと安定した抗体中高い割合を占めているVH3とVκ1小グループ間の対を模写するために、VH3とVκ1小グループを有していながら非常に安定したヒト化治療用単一クローン抗体Trastuzumab(Herceptin)の軽鎖可変領域FR(framework)とhT2 VLのFR(framework)を比較分析して差がある14個の残基をTrastuzumab(Herceptin)の軽鎖可変領域FR(framework)配列で突然変異させて、hT3 VLを開発した(図5A参照)。
図5Bは、m3D8 VLとヒト化軽鎖可変領域単一ドメインhT0 VL、これの突然変異体hT2 VL、hT3 VLのWAMモデリングを利用したモデル構造を構造重なり(superimposing)方法を利用して比較した図である。前述内容のように、hT0 VLの2番、4番残基復帰突然変異を介して、m3D8 VLとのCDR1地域構造的差が減ることを確認した。
実施例5.細胞質浸透能を有するヒト化軽鎖可変領域(VL)単一ドメイン発現および精製
前記実施例4でデザインされたhT2VL、hT3VLの実際の細胞質浸透能を比較するために、ヒト化軽鎖可変領域(VL)単一ドメインを精製した。
具体的には、細胞質浸透能を有する軽鎖可変領域単一ドメインN−末端にPho AシグナルペプチドとC−末端にprotein Aタグが含まれたpIg20ベクターでNheI/BamHI制限酵素を利用してクローニングして、タンパク質発現用大腸菌であるBL21(DE3)plysEに電気穿孔法を利用して形質転換した。100ug/mlアンピシリンが含まれたLBA培地で180rpm、37℃条件で吸光度600nmで0.6〜0.8まで培養した後、終濃度0.5mM IPTG(Isoprophyβ−D−1−thiogalactopyronoside)処理後23℃で20時間発現した。発現後高速遠心分離機を利用して8,000rpmで30分間遠心分離して上澄み液を取った後、IgGセファロース樹脂(GE Healthcare)と反応させた。TBS(Tris−HCl、137mM NaCl、2.7mM KCl、pH7.4)50mlを利用して樹脂洗浄をした後、5mM NHAc、pH5.0バッファー5mlに追加的洗浄した。以後、0.1M HAc、pH3.0バッファーで樹脂でタンパク質を湧出して、透析方法を利用してTBS、pH7.4でバッファーを取り替えて、BCA(bicinchoninic acid(Pierce))分析方法を介してタンパク質濃度測定およびSDS−PAGEを介してタンパク質の純度を確認した。
実施例6.細胞質浸透ヒト化軽鎖可変領域(VL)単一ドメインの細胞質浸透能と細胞浸透機序検証
図6Aは、軽鎖可変領域単一ドメインの細胞質浸透能を共焦点顕微鏡(confocal microscopy)で観察した結果である。
具体的には、m3D8 VL、hT0 VL、hT2 VL、hT3 VLの細胞質浸透能を検証するために、24ウェルプレートにカバースリップを入れて各ウェル当たり5x10個のHeLa細胞株を10%FBS(Fetal bovine Serum)が含まれた培地0.5mlに入れて12時間5%CO、37℃条件で培養した。細胞が安定化されると、各ウェルに新しい培地0.5mlにm3D8 VL、hT0 VL、hT2 VLまたはhT3 VLを10μM処理して37℃、5%CO条件で6時間培養した。以後、培地を除去してPBSで洗浄した後、弱酸性溶液(200mM glycine、150mM NaCl pH2.5)で細胞表面についたタンパク質を除去して、PBS洗浄後、4%パラホルムアルデヒド添加後、25℃条件で10分間細胞を固定した。PBSで洗浄して、PBSに0.1%サポニン、0.1%アジド化ナトリウム、1%BSAが添加されている緩衝液で25℃、10分間培養して細胞膜に穴を形成する過程を経た。再びPBSで洗浄後、非特異的結合を抑制するために、PBSに2%BSAが添加された緩衝液で25℃で1時間反応させた。軽鎖可変領域単一ドメインのProtein Aタグを認知するRabbit−IgG(Sigma)を処理して25℃で2時間染色して、PBSで3回洗浄後、赤色蛍光(TRITC)が連結された抗Rabbit抗体(sigma)を処理して25℃で1時間反応させた。最後にHoechst33342を利用して核を染色(青色蛍光)して共焦点顕微鏡で観察した。hT0 VLを除いたm3D8 VL、hT2 VL、hT3 VL共に細胞質浸透能を確認した。
図6Bは、軽鎖可変領域単一ドメインの細胞質浸透メカニズムを検証するために、共焦点顕微鏡で観察した結果である。
具体的には、図6AのようにHeLa細胞株を準備して細胞が安定化されると、各ウェルに新しい培地0.5mlにm3D8 VL、hT2 VLまたはhT3 VL 10μMと緑色蛍光を帯びるAlexa Fluor 488−transferrin(TF、緑色蛍光)、FITC−cholera toxin B(Ctx−B、緑色蛍光)またはOregon green−dextran(Dextran、緑色蛍光)10ug/mlで希釈して2時間37℃、5%CO条件で培養した。以後、軽鎖可変領域単一ドメイン染色方法は図6Aのとおりである。図6Bに示された通り、軽鎖可変領域単一ドメイン共にcholera toxin−Bと重なることによって、Caveolaeによって細胞質浸透することを確認した。
実施例7.ヒト抗体重鎖可変領域と相互作用結合が容易な細胞質浸透ヒト化軽鎖可変領域(VL)単一ドメイン開発
図7Aは、hT3 VLの様々なヒト抗体重鎖可変領域に対して適用可能の有無を確認するために既存のヒト抗体Adalimumab(Humira)とヒト化抗体Bevacizumab(Avastin)の軽鎖可変領域(VL)とアミノ酸配列を分析した結果である。
具体的には、重鎖、鎖可変領域間の結合による関与するインターフェース(VH−VL nterface)残基を分析した結果、VLドメインのCDR3に位置している89番目リジン(Lysine,K)、91番目セリン(Serine,S)がヒト抗体で89番目グルタミン(Glutamine,Q)、91番目チロシン(Tyrosine,Y)で一致することを確認した。
前記残基に対する改良戦略を構築するために、インターフェース(VH−VL interface)残基重鎖可変領域および軽鎖可変領域のCDRに対する影響をさらに具体的に分析した。
図7Bは、追加的にヒト抗体重鎖可変領域と最適化された結合を介して安定的cytotransmab構築のための可変領域間のインターフェース残基を分析した結果である。
具体的には、既存文献を介してヒト抗体可変領域間のインターフェース残基位置および反対側可変領域に位置した特定インターフェース残基と結合頻度、インターフェース残基のヒト抗体での使用頻度を資料を根拠に、hT3 VLとFDAに承認された治療用抗体Bevacizumab(Avastin)、Adalimumab(Humira)の重鎖、軽鎖可変領域間のインターフェースを分析した(Vargas−Madrazo and Paz−Garcia,2003)。分析結果、hT3 VLのマウス由来CDRで可変領域間の結合に関与するCDR3に含まれた89番、91番残基がヒト抗体使用頻度が高い地域であり、重鎖可変領域(VH)のCDR3の構造に影響を与え得ることを確認した。この二つの残基をヒト抗体で使用頻度が高いアミノ酸で突然変異してヒト抗体重鎖可変領域と最適化された結合ができるhT4 VLを開発した。
下記の表1と2は、デザインされた細胞質浸透能を有するヒト抗体軽鎖可変領域配列を示す。表1は、ヒト抗体軽鎖可変領域全体配列をKabatナンバリングに合うように示した表であり、表2は、前記表1の抗体配列でCDR配列だけ別に表記した内容である。
実施例8.細胞質浸透ヒト化軽鎖可変領域(VL)置換を介したcytotransmab開発および発現精製
図8は、cytotransmab構築のために細胞浸透能がない軽鎖可変領域を細胞質浸透能を有するヒト化軽鎖可変領域を置き換える方法に対する全般的な模式図である。
具体的には、完全型免疫グロブリン形態の単一クローン抗体形態で生産するための重鎖発現ベクターを構築するために、5’末端に分泌シグノルペプチドをコードするDNAが融合した種々の抗体の重鎖可変領域(Bevacizumab VH、Adalimumab VH、ヒト化hT0 VH)と重鎖不変領域(CH1−hinge−CH2−CH3)を含む重鎖をコードするDNAをそれぞれpcDNA3.4(Invitrogen)ベクターにNotI/HindIIIでクローニングした。また、軽鎖を発現するベクターを構築するために、5’末端に分泌シグノルペプチドをコードするDNAが融合した細胞質浸透軽鎖可変領域(hT4 VL)またはモデル抗体の軽鎖可変領域(Bevacizumab VL、Adalimumab VL)と軽鎖不変領域(CL)を含む軽鎖をコードするDNAをそれぞれpcDNA3.4(Invitrogen)ベクターにNotI/HindIIIでクローニングした。
前記軽鎖、重鎖発現ベクターを一時的トランスフェクション(transient transfection)を利用してタンパク質を発現および精製して収率を比較した。振とうフラスコで、無血清FreeStyle 293発現培地(Invitrogen)で浮遊成長するHEK293−F細胞(Invitrogen)をプラスミドおよびポリエチレンイミン(Polyethylenimine,PEI)(Polyscience)の混合物でトランスフェクションした。振とうフラスコ(Corning)に200mLトランスフェクション時、HEK293−F細胞を2.0×10細胞/mlの密度で培地100mlに播種して、150rpm、8%COで培養した。それぞれの単一クローン抗体を生産するために、適する重鎖と軽鎖プラスミドを10ml FreeStyle 293発現培地(Invitrogen)に重鎖125μg、軽鎖125μgの計250μg(2.5μg/ml)で希釈して、PEI 750μg(7.5μg/ml)を希釈した10mlの培地と混合して室温で10分間反応させた。その後、反応させた混合培地を先の100mlで播種した細胞に入れて4時間150rpm、8%COで培養後、残りの100mlのFreeStyle293発現培地を追加して6日間培養した。標準プロトコルを参照して採取した細胞培養上澄み液からタンパク質を精製した。タンパク質Aセファロースカラム(Protein A Sepharose column)(GE healthcare)に抗体を適用してPBS(pH7.4)で洗浄した。0.1Mグリシン緩衝液を利用してpH3.0で抗体を溶離したた後、1M Tris緩衝液を利用してサンプルを直ちに中和した。溶離した抗体分画は、透析方法を介してPBS(pH7.4)で緩衝液を取り替えて濃縮を進めた。精製されたタンパク質は、280nm波長で吸光度と吸光係数を利用して定量した。
下記の表3は、精製されたcytotransmabおよび単一クローン抗体の培養体積1リッター当り生産されるタンパク質の収率を示す。3回行って得られた結果を統計処理して、±は標準偏差値を示す。得られたタンパク質の収率は、ヒト重鎖可変領域(VH)と相互作用結合し易くするために改良されたhT4 VLを含んだcytotransmabの場合、野生型単一クローン抗体と大差はなかった。
これを介して、インターフェース残基を追加的に改良したヒト化軽鎖可変領域(hT4 VL)が、ヒト化抗体重鎖可変領域と最適化された結合を介して安定した発現および精製が可能であることを確認した。
実施例9.Cytotransmabの細胞毒性評価
図9Aは、細胞質浸透能を有する軽鎖可変領域hT4 VLで軽鎖可変領域が置き換えられたcytotransmabの細胞質浸透能を検証するために、様々な細胞株で1〜2個の細胞に焦点を合わせて共焦点顕微鏡で観察した結果である。
具体的には、24ウェルプレートに各ウェル当たり5x10個のHeLa、PANC−1、HT29、MCF−7細胞を10%FBSが含まれた培地0.5mlに入れて12時間5%CO、37℃条件で培養した。細胞が安定化されると、各ウェルに新しい培地0.5mlにTMab4、Adalimumab(Humira)、Bevacizumab(Avastin)、HuT4、AvaT4 1μMで希釈して6時間37℃、5%CO条件で培養した。以後、培地を除去してPBSで洗浄した後、弱酸性溶液(200mM glycine、150mM NaCl pH2.5)で細胞表面についたタンパク質を除去した。PBS洗浄後、4%パラホルムアルデヒド添加後、25℃条件で10分間細胞を固定した。以後、PBSで洗浄して、PBSに0.1%サポニン、0.1%アジド化ナトリウム、1%BSAが添加されている緩衝液で25℃、10分間培養して細胞膜に穴を形成する過程を経た。再びPBSで洗浄後、非特異的結合を抑制するためにPBSに2%BSAが添加された緩衝液で25℃で1時間反応させた。次に、FITC(緑色蛍光)が結合されているヒトFcを特異的に認知する抗体(Sigma)で25℃で1.5時間染色して、Hoechst33342を利用して核を染色(青色蛍光)して共焦点顕微鏡で観察した。細胞外部分泌タンパク質を標的するIgG形態の単一クローン抗体AdalimumabとBevacizumabとは異なってTMab4、HuT4とAvaT4は、細胞の内部で緑色蛍光が観察された。
図9Bは、前記図9Aの共焦点顕微鏡観察を介した細胞質浸透能検証実験で細胞浸透効率を確認するために、レンズ倍率を低くして多数の細胞に対する細胞質浸透能を確認した結果である。
細胞質浸透能を有するヒト化軽鎖可変領域が導入されたcytotransmabの場合、すべての細胞で細胞質浸透を介して細胞質に分布することを確認した。
実施例10.Cytotransmabの細胞毒性評価
前記実施例9で細胞質浸透能を有しているcytotransmabがIn vitro上で、細胞毒性を有するかを確認するために、HeLa、PANC−1細胞株にTMab4、HuT4、Adalimumab、AvaT4、Bevacizumabを処理して細胞成長阻害程度をMTT assay(sigma)を介して確認した。
具体的には、96ウェルプレートにウェル当たり1x10個の細胞(HeLa、PANC−1)をそれぞれ10%FBSが含まれた培地0.1mlに希釈して12時間、37℃、5%CO条件で培養した。以後、1μMのTMab4、HuT4、Adalimumab、AvaT4、Bevacizumabを20時間または44時間処理した後、MTT溶液(1mg/ml PBS)20ulを添加して、さらに4時間培養した。形成されたホルマザン(formazan)を200ulのDMSO(Dimethyl Sulfoxide)で溶解させて、吸光度計で595nmで吸光度を測定することによって細胞生存率を求めた。
図10Aは、HeLaとPANC−1細胞株でcytotransmabを処理して細胞成長阻害程度をin vitroで評価してグラフで図式化したものである。図10Bは、HeLaとPANC−1細胞株でcytotransmabを処理して細胞成長阻害程度をin vitroで確認した写真を示したものである。図10A、および図10Bに示されたとおり、すべての抗体が細胞毒性を示さないことを確認した。
実施例11.抗−Ras・GTP iMab発現、精製及びKRas突然変異との親和度分析
細胞浸透及び細胞質に位置する特性を有するcytotransmabの重鎖可変領域(VH)を前記実施例3で選別されたRT4 VHで置き換えて細胞浸透を介して細胞内GTPが結合されたRasを特異的に標的が可能な抗−Ras・GTP iMab構築及び動物細胞で発現した。
具体的には、完全型免疫グロブリン形態の単一クローン抗体形態で生産するための重鎖発現ベクターを構築するために、5’末端に分泌シグナルペプチドをコードするDNAが融合されたRT11重鎖可変領域(RT11 VH)と重鎖不変領域(CH1−hinge−CH2−CH3)を含む重鎖をコードするDNAをそれぞれpcDNA3.4(Invitrogen)ベクターにNotI/HindIIIでクローニングした。また、軽鎖を発現するベクターを構築するために、5’末端に分泌シグナルペプチドをコードするDNAが融合された細胞質浸透軽鎖可変領域(hT4 VL)と軽鎖不変領域(CL)を含む軽鎖をコードするDNAをそれぞれpcDNA3.4(Invitrogen)ベクターにNotI/HindIIIでクローニングした。
前記軽鎖、重鎖発現ベクターを一時的トランスフェクション(transient transfection)を利用して、タンパク質を発現及び精製して収率を比較した。振とうフラスコで、無血清FreeStyle293発現培地(Invitrogen)で浮遊成長するHEK293−F細胞(Invitrogen)をプラスミド及びポリエチレンイミン(Polyethylenimine,PEI)(Polyscience)の混合物でトランスフェクションした。振とうフラスコ(Corning)に200mLトランスフェクション時、HEK293−F細胞を2.0×10細胞/mlの密度で培地100mlに播種して、150rpm、8%COで培養した。それぞれの単一クローン抗体を生産するために、適した重鎖と軽鎖プラスミドを10ml FreeStyle293発現培地(Invitrogen)に重鎖125μg、軽鎖125μgの計250μg(2.5μg/ml)で希釈して、PEI750μg(7.5μg/ml)を希釈した10mlの培地と混合して室温で10分間反応させた。その後、反応させた混合培地を先に100mlで播種した細胞に入れて4時間150rpm、8%COで培養後、残りの100mlのFreeStyle293発現培地を追加して6日間培養した。標準プロトコルを参照して採取した細胞培養上澄み液からタンパク質を精製した。タンパク質Aセファロースカラム(Protein A Sepharose column)(GE healthcare)に抗体を適用してPBS(pH7.4)で洗浄した。0.1Mグリシン緩衝液を利用してpH3.0で抗体を溶離した後、1M Tris緩衝液を利用してサンプルを直ちに中和した。溶離した抗体分画は、透析方法を介してPBS(pH7.4)で緩衝液を取り替えて濃縮を進めた。精製されたタンパク質は、280nm波長で吸光度と吸光係数を利用して定量した。
図11は、抗−Ras・GTP iMab RT4の精製後、還元性または非還元性条件で12%SDS−PAGEを介して分析したものである。
具体的には、非還元性条件で約150kDaの分子量を確認して、還元性条件で重鎖50kDaの分子量および軽鎖25kDaの分子量が示された。これは、発現精製された抗−Ras・GTP iMabが、非共有結合を除去した溶液状態で単一体で存在して、非自然的ジスルフィド結合を介して二重体またはオリゴマーを形成しないことを示している。
図12は、野生性KRasおよびKRas突然変異体KRas G12D、KRas G12V、KRas G13DのGTPが結合された形態とGDPが結合された形態での親和度を測定するためのELISAを行った結果である。
具体的に標的分子GTPが結合されたKRas突然変異とGDPが結合されたKRas突然変異を96ウェルEIA/RIAプレート(COSTAR Corning)に1時間37℃で結合させた後、0.1%TBST(0.1%Tween20、pH7.4、137mM NaCl、12mM Tris、2.7mM KCl、5mM MgCl)(SIGMA)で10分間3回洗浄した。4%TBSB(4%BSA、pH7.4、137mM NaCl、12mM Tris、2.7mM KCl、10mM MgCl)(SIGMA)で1時間結合した後、0.1%TBSTで10分間3回洗浄した。以後、抗−Ras・GTP iMab RT4(およびRas結合能がなく細胞質浸透能だけあるcytotransmab TMab4)を4%TBSBで希釈して100nM濃度に結合させた後、0.1%PBSTで10分間3回洗浄した。標識抗体でヤギ由来APが接合された抗−ヒト抗体(alkaline phosphatase−conjugated anti−human mAb)(SIGMA)で結合させる。pNPP(p−nitrophenyl palmitate)(SIGMA)で反応させて405nm吸光度を定量した。
抗−Ras・GTP iMab RT4のGTPが結合されたKRas G12Dに対する結合力をさらに定量的に分析するために、SPR(Surface plasmon resonance)を行った。Biacore2000機器(GE healthcare)を利用した。
具体的には、抗−Ras・GTP iMab RT4を10mM Na−アセテート緩衝液(pH4.0)に希釈してCM5センサーチップ(GE healthcare)に約1100response units(RU)固定化した。Tris緩衝液(20mM Tris−HCl、pH8.0、100mM NaCl、5mM MgCl、0.005%Tween20)を30μl/min流速で分析して、GTPが結合されたKRas G12Dを1000nMで62.5nMの濃度で分析した。結合、解離分析後、CM5チップの再生(regeneration)は、緩衝液(10mM NaOH、1M NaCl、pH10.0)を30μl/minの流速で1.5分間流して行われた。結合3分、解離3分で得られた各センソグラム(sensorgram)は、空白セル(Blank cell)と比較して正常化(normalization)および削減(Subtraction)して親和度を計算した。
図13は、SPR(BIACORE2000)(GE healthcare)を利用してKRAS G12DにGTPが結合形態に対する抗−Ras・GTP iMab RT4の親和度分析結果を示す。
実施例12.抗−Ras・GTP iMab RT4の細胞質浸透性確認
図14は、抗−Ras・GTP iMab RT4の細胞質浸透能を確認するために、共焦点顕微鏡で観察した結果である。KRas突然変異を有する細胞株(PANC−1、HCT116)とKRas野生型を種々の細胞株を(HT29、HeLa)で抗−Ras・GTP iMab RT4の細胞浸透能を観察した。
具体的には、それぞれの細胞株を24ウェルプレートに各ウェル当たり5x10個で10%FBSが含まれた培地0.5mlに入れて12時間5%CO、37℃の条件で培養した。細胞が安定化されると、各ウェルに新しい培地0.5mlにTMab4、RT4を1μMで希釈して6時間37℃、5%CO条件で培養した。以後、培地を除去してPBSで洗浄した後、弱酸性溶液(200mM glycine、150mM NaCl pH2.5)で細胞表面についたタンパク質を除去した。PBS洗浄後、4%パラホルムアルデヒド添加後、25℃条件で10分間細胞を固定した。以後、PBSで洗浄して、PBSに0.1%サポニン、0.1%アジド化ナトリウム、1%BSAが添加されている緩衝液で25℃、10分間培養して細胞膜に穴を形成する過程を経た。再びPBSで洗浄後、非特異的結合を抑制するためにPBSに2%BSAが添加された緩衝液で25℃で1時間反応させた。次に、FITC(緑色蛍光)が結合されているヒトFcを特異的に認知する抗体(Sigma)で25℃で1.5時間染色して、Hoechst33342を利用して核を染色(青色蛍光)して共焦点顕微鏡で観察した。抗−Ras・GTP iMabが、細胞内蛍光が観察されることから、cytotransmabでGTPと結合されたKRasに特異的結合する重鎖可変領域と置き換えた以後にも、細胞質浸透性を失わないことを確認した。
実施例13.抗−Ras・GTP iMab RT4の細胞毒性評価
(1)抗−Ras・GTP iMabの付着性細胞成長抑制評価
図15は、NIH3T3、NIH3T3 KRas G12V、NIH3T3 HRas G12V細胞株で抗−Ras・GTP iMab RT4を処理して細胞成長阻害程度をin vitroで評価した結果である。
具体的には、抗−Ras・GTP iMabがIn vitro上で、KRas突然変異依存的細胞株に特異的な毒性を有するのか確認するために、野生性KRasであるマウス繊維細胞株であるNIH3T3とRas突然変異を人為的に過発現させたNIH3T3 KRas G12V、NIH3T3 HRas G12V突然変異細胞株、そしてKRas G13D突然変異ヒトすい臓癌細胞株であるPANC−1にTMab4、RT4 1μMをそれぞれ処理して付着性細胞成長阻害程度を評価した。
具体的には、24ウェルプレートにウェル当たり2x10個の細胞NIH3T3、PANC−1をそれぞれ10%FBSが含まれた培地0.5mlに希釈して12時間、37℃、5%CO条件で培養した。以後、1μMのTMab4、RT4を72時間ずつ2回処理して計144時間観察した後、生きている細胞の個数を計数して細胞の成長程度を比較した。
図15に示された通り、TMab4では毒性を示さない反面、RT4はKRas突然変異細胞株(NIH3T3 KRas G12V、NIH3T3 HRas G12V)だけで細胞成長を抑制して、NIH3T3細胞株では毒性を示さなかった。また、KRas G13D突然変異であるPANC−1細胞株で細胞成長阻害を確認した結果として、TMab4は毒性がない反面、RT4は細胞成長抑制を示した。
(2)抗−Ras・GTP iMab RT4の非付着性細胞成長抑制評価
図16は、NIH3T3 HRas G12V細胞株で非付着性細胞成長阻害を評価した結果である。
具体的には、抗−Ras・GTP iMabがKRas突然変異細胞株で非付着性細胞成長阻害を引き起こすのか確認するために、NIH3T3 HRas G12V突然変異細胞株でコロニー形成能を測定(colony formation assay)をした。具体的に、まず2x DMEM培地と0.5mlと1%アガロース溶液0.5mlを混ぜて12ウェルプレートにプルーティングして0.5%アガロースゲルで固めた。以後2x DMEM培地0.4ml、0.7%agarose0.5ml、NIH3T3 HRas G12V細胞株1x10個0.05mlをPBS、TMab4、RT4、Lonafarnib(20μM)0.05mlと混ぜて0.5%アガロースゲル上にプレーティングして固めた。その後、3日間隔で計21日間、1x DMEM培地0.5mlにPBS、TMab4、RT4、Lonafarnib1μMで0.35%アガロースゲル上に処理した。21日にNBT(nitro−blue tetrazolium)溶液で細胞を染色した後、コロニー数を計数した。
前記付着性細胞成長阻害実験結果と同様に、RT4はコロニー形成が抑制した反面、TMab4ではコロニー形成抑制を示さなかった。
前記結果から、抗−Ras・GTP iMab RT4は、細胞質にあるRas突然変異に特異的に結合して付着性および非付着性細胞成長を抑制することを確認した。
実施例14.抗−Ras・GTP iMab RT4の細胞内GTPが結合されたKRasと特異的結合確認
図17は、抗−Ras・GTP iMab RT4と細胞内活性化したHRas G12V突然変異との重なりの可否を共焦点顕微鏡で確認した結果である。図18は、抗−Ras・GTP iMabと細胞内GTPが結合されたKRas G12V突然変異との重なりの可否を共焦点顕微鏡で確認した結果である。
具体的には、24ウェルプレートにfibronectin(sigma)をコーティングした後、mCherry(赤色蛍光)HRas G12V、mCherry(赤色蛍光)KRas G12Vが発現するNIH3T3細胞株をそれぞれウェル当たり2x10個を0.5mlに希釈して12時間、37℃、5%CO条件で培養した後、TMab4、RT4 2μMを処理して37℃、12時間培養した。以後、培地を除去してPBSで洗浄した後、弱酸性溶液(200mM glycine、150mM NaCl pH2.5)で細胞表面についたタンパク質を除去した。PBS洗浄後、4%パラホルムアルデヒド添加後、25℃条件で10分間細胞を固定した。以後、PBSで洗浄して、PBSに0.1%サポニン、0.1%アジド化ナトリウム、1%BSAが添加されている緩衝液で25℃、10分間培養して細胞膜に穴を形成する過程を経た。再びPBSで洗浄後、非特異的結合を抑制するためにPBSに2%BSAが添加された緩衝液で25℃で1時間反応させた。次に、FITC(緑色蛍光)が結合されているヒトFcを特異的に認知する抗体(Sigma)で25℃で1.5時間染色して、Hoechst33342を利用して核を染色(青色蛍光)して共焦点顕微鏡で観察した。
図17と18に示されたとおり、赤色蛍光の活性化されたRasが位置する細胞内膜の部分に緑色蛍光のRT4が重なった反面、TMabは重ならなかった。
前記実験結果により、細胞内のGTPが結合されたRasと抗−Ras・GTP iMab RT4が特異的に結合することを確認した。
実施例15.RGDが融合した抗−Ras・GTP iMab RT4の細胞毒性評価
In vivo実験のためには、腫瘍組織特異性を与える必要がある。既存cytotransmabの場合、細胞表面にHSPGと結合して、その他のいかなる腫瘍組織特異性を有しないため、in vivo実験で腫瘍に対する特異的生長阻害ができない可能性が高い。これを改善するために、新生血管細胞および様々な腫瘍で過発現されるインテグリン(Integrin αvβ3)に特異性を有するRGD4Cペプチド(CDCRGDCFC、配列番号41)を軽鎖N−末端にGGGGS1個のリンカーを使用して遺伝工学的に融合した。RGD4Cペプチドの場合、既存RGDペプチドよりも高い親和度を有していて、遺伝工学的融合が可能で、N−末端に融合時にもRGDペプチドの特定構造を維持できる特徴がある(Koivunen E et al.,1995)。
図19は、HCT116、PANC−1細胞株でRGD−TMab4とRGD−RT4を処理して細胞成長阻害程度をin vitroで評価した結果である。
In vitro上で、RGD−TMab4とRGD−RT4自体が細胞毒性を有するのか確認するために、KRas G13D突然変異を有しているヒト大腸癌細胞株であるHCT116とKRas G12D突然変異を有しているヒトすい臓癌細胞株であるPANC−1にRGD−TMab4とRGD−RT4をそれぞれ処理して細胞成長阻害程度を評価した。
具体的には、24ウェルプレートにウェル当たり5x10個の細胞HCT116、PANC−1をそれぞれ10%FBSが含まれた培地0.5mlに希釈して12時間、37℃、5%CO条件で培養した。以後、1μMのRGD−TMab4、RGD−RT4を72時間ずつ2回処理して計144時間観察した後、生きている細胞の個数を計数して細胞の成長程度を比較した。
図19に示されたとおり、RGD−TMab4は、HCT116とPANC−1細胞株でそれぞれ約20%、15%RGD−RT4はそれぞれ約40%、50%程度細胞成長を抑制した。既存研究でRGD4Cペプチドの場合、インテグリンαvβ5に対してインテグリンαvβ3と比較した時、約3倍程度親和度が低いが、インテグリンαvβ3は、主に新生血管細胞に過発現して、インテグリンαvβ5は、種々の腫瘍細胞で発現して、RGD4Cペプチドは、HCT116、PANC−1細胞株のαvβ5と結合して細胞付着を阻害する活性を示す(Cao L et al.,2008)。
これにより、RGD4Cペプチドが融合したTMab4の場合、細胞毒性を示すとは確認し難い。追加的にRGD−TMab4とRGD−RT4を比較した時、RGDペプチドが結合されていても、Ras特異的細胞成長を抑制する可能性があることを間接的に確認した。
実施例16.RGDが融合した抗−Ras・GTP iMabの腫瘍成長阻害確認
図20Aは、HCT116細胞株を異種移植したマウスでRGDが融合した抗−Ras・GTP iMab RT4の腫瘍成長抑制効果を確認した実験結果である。図20Bは、RGDが融合した抗−Ras・GTP iMab RT4の非特異的副作用を確認するためにマウスの体重を測定したグラフである。
具体的には、前記実施例15のIn vitro結果を基に、In vivo上でRGD−RT4の腫瘍成長阻害を確認するために、Balb/cヌードマウスにKRas G13D突然変異ヒト大腸癌細胞株であるHCT116をマウス当たり5x10個の細胞を皮下注射で注入させて、約6日後腫瘍の体積が約50mm程度になった時、それぞれPBS、RGD−TMab4、RGD−RT4を20mg/kgで静脈注射した。2日間隔で計9回静脈注射して、キャリパー(Caliper)を利用して18日間腫瘍体積を測定した。
図20Aに示されたとおり、対照群であるPBSに比べてRGD−TMab4とRGD−RT4は、癌細胞の成長を抑制して、RGD−TMab4よりRGD−RT4の方がより効果的に腫瘍成長を抑制することを確認した。また、図20Bに示されたとおり、RGD−RT4実験群マウスの体重の変化がないことを確認して、これにより、他の毒性はないことを確認した。
実施例17.抗−Ras・GTP iMab RT4の親和度改良のためのライブラリー構築及び選別
抗−Ras・GTP iMab RT4の場合、Ras特異的生物学的活性を示すが、SPR分析を介して得た親和度が約110nM水準でIgGフォーマット抗体であるにもかかわらず抗原に対する親和度が非常に低い。これを克服して低い濃度でも生物学的活性を向上させるために親和度改良が必要である。
図21Aは、RT4の親和度を改良するためのヒト重鎖可変領域ライブラリー構築戦略を示した図面である。親和度を改良するために、抗原結合に重要な役割をするCDR3(95番〜100a番)の長さを6個(ライブラリー6)、7個(ライブラリー7)、9個(ライブラリー9)と多様に付与して、すべてのアミノ酸をコードできる縮重コドン(NNK)を使用した。また、親和度改良及びRT4の抗原結合部位を保存するために、溶媒接近性が容易なCDR1(31番〜33番残基)とCDR2(50番、52番〜56番残基)に対しては、既存RT4配列を50%確率で保存できるspikedオリゴマーを使用した。これは、それぞれ残基に対するアミノ酸をコードする3個のヌクレオチドでそれぞれ野生型ヌクレオチドを79%維持して残りのヌクレオチド比率を7%でプライマーをデザインすることによってPCR過程で野生型アミノ酸が50%が維持されるようにする技術である。
図21Bは、デザインされたライブラリーをPCR法を利用して構築及び制限酵素NheI、ApaI処理された重鎖単一鎖酵母表面発現ベクター(pYDS−H)相同接合方法を介して酵母細胞に形質転換する方法を示す模式図である。
具体的に、デザインされたライブラリーコードするDNAは、PCR法を利用して増幅後、エタノール沈殿法を使用して濃縮した。相同性接合(Homologous recombination)のためのpYDS−H重鎖単一鎖酵母表面発現ベクターは、NheIとApaI制限酵素を処理して、及びアガロースゲル抽出法を利用して精製及びエタノール沈殿法を利用して濃縮した。それぞれライブラリーコードDNA12μgに対して制限酵素処理された5μgベクターを酵母表面発現用接合Aタイプ(Mating type A)酵母JAR200に電気穿孔法で形質転換して(Baek D.S and Kim Y.S,2014;Lorenzo B et al.,2010)、階段式希薄(serial dilution)を介して選択培地SD−CAA+URA(20g/L Glucose、6.7g/L Yeast nitrogen base without amino acids、5.4g/L Na2HPO、8.6g/L NaHPO、5g/L casamino acids、0.2mg/L Uracil)で育ったコロニーの数を測定してライブラリーの大きさを確認した。
それぞれのライブラリー選別方法は、実施例3及び図4と同様の方法で重鎖可変領域単独発現酵母ライブラリーを利用してGTPが結合されたKRas G12Dに対して100nMの抗原濃度で1次MACS以後、酵母接合を介してFab形態ライブラリーに対して1、2、3次FACS選別時にはビオチン化されなかったGDPが結合されたKRas G12Dと競合結合を介してGTPが結合されたKRas G12D特異的クローンを選別した。
図22は、前述されたライブラリー選別過程を介してGTPが結合されたKRas G12Dに特異的富化(enrichment)を確認するため、代表的にブラリー6(CDR3長さが6個残基からなるライブラリー)の各工程別ライブラリー発現酵母に対してGTPが結合されたKRas G12D及びGDPが結合されたKRas G12Dとの結合能をフローサイトメトリーで分析した資料である。これにより選別されたライブラリーは、GTPが結合されたKRas G12Dに特異的に結合して、鋳型として使用したRT4より高い結合能を確認した。
図23は、前記3種のライブラリーを介して選別された個別クローン配列分析資料であり、ライブラリーを介して突然変異を誘導したCDR領域の残基だけ突然変異になることを確認した。
下記の表4はRT4を含みRT4を鋳型にした親和度改良ライブラリーから選別された個別クローンのヒト抗体の重鎖可変領域(VH)配列であり、下記の表5は前記選別されたRas・GTP特異的重鎖可変領域(VH)のCDR1、2及び3の配列である。
実施例18.親和度改良された抗−Ras・GTP iMabの発現及び精製
前記実施例11のようにライブラリー選別を介して、Ras・GTPに向上した親和度を有する重鎖可変領域と重鎖不変領域(CH1−hinge−CH2−CH3)が含まれた重鎖を動物発現ベクターにクローニングして、細胞質浸透ヒト化軽鎖発現ベクターとHEK293Fタンパク質発現細胞に同時に一時的トランスフェクション(transient transfection)して、抗−Ras・GTP iMabを発現して、前記実施例11と同様に精製した。
図24は、親和度が改良された抗−RAS・GTP iMabは精製後、還元性または非還元性条件で12%SDS−PAGEを介して分析したものである。
具体的には、実施例11のように非還元性条件で約150kDaの分子量を確認して、還元性条件で重鎖50kDaの分子量及び軽鎖25kDaの分子量を示した。これは発現精製された抗−RAS・GTP iMabが溶液状態で単一体で存在して、非自然的ジスルフィド結合を介して二重体またはオリゴマーを形成しないことを確認した。
実施例19.親和度改良された抗Ras・GTP iMabの細胞浸透能確認
図25は、抗−Ras・GTP iMabの重鎖可変領域を親和度が向上されたRas・GTP特異的な重鎖可変領域に取り替えた後、細胞浸透能を有するか確認するために共焦点顕微鏡で観察した結果である。
具体的には、HeLa細胞株を24ウェルプレートに各ウェル当たり5×10個で10%FBSが含まれた培地0.5mlに入れて12時間5%CO、37℃条件で培養した。細胞が安定化されると、各ウェルに新しい培地0.5mlにTMab4、RT11、RT13、RT14、RT15、RT16、そしてRT17をそれぞれ1:17に希釈して6時間37℃、5%CO条件で培養した。以後の過程は、前記実施例14のRT4染色過程と同様に進めた。親和度向上された抗−Ras・GTP iMabであるRT11、RT13、RT14、RT15、RT16そしてRT17の細胞内蛍光が観察できることから、細胞浸透能を有することを確認した。
実施例20.親和度改良された抗−Ras・GTP iMabのGTPが結合されたRas特異的結合能分析
図26Aは、KRas G12DのGTPが結合された形態とGDPが結合された形態での親和度が改良された抗−Ras・GTP iMabの親和度を測定するためのELISA実行結果である。
具体的に、前記実施例11と同様の方法で標的分子GTPが結合されたKRas G12DとGDPが結合されたKRas G12Dを96ウェルEIA/RIAプレート(COSTAR Corning)に1時間37℃で結合させた後、0.1%TBST(0.1%Tween20、pH7.4、137mM NaCl、12mM Tris、2.7mM KCl、5mM MgCl)(SIGMA)で10分間3回洗浄する。4%TBSB(4%BSA、pH7.4、137mM NaCl、12mM Tris、2.7mM KCl、10mM MgCl)(SIGMA)で1時間結合した後、0.1%TBSTで10分間3回洗浄する。以後、抗−Ras・GTP iMabを4%TBSBで希釈して濃度別に結合させた後、0.1%TBSTで10分間3回洗浄する。標識抗体でヤギ由来HRPが接合された抗−ヒト抗体(HRP−conjugated anti−human mAb)(SIGMA)に結合させる。Ultra TMB−ELISA基質混濁液(Thermo scientific)を使用して反応させた後、450nm吸光度を定量した。
図26Aに示されたとおり、親和度改良された抗−Ras・GTP iMabの中からGTPが結合されたKRas G12Dに特異的に高い親和度を示すクローンとしてRT11を選定した。
図26Bは、前記ELISA基盤結合能分析を介して選定されたRT11を様々なRas突然変異に対してGTPが結合されたRas高特異的結合能をELISAを介して分析した。
具体的に、前記親和度が改良された抗−Ras・GTP iMab結合能分析に使用した同様のELISA法を使用してGTPまたはGDPが結合された野生型KRas、KRas G12D、KRas G12V、KRas G13D、野生型HRas、HRas G12Vに対する結合能を確認した。
図26Bにしめされたとおり、抗−Ras・GTP iMab RT11は様々な突然変異Rasに対してGTPが結合された形態だけで結合することを確認した。
実施例21.KRas G12Dに対する抗−Ras・GTP iMab RT11結合能定量分析
抗−Ras・GTP iMab RT11のGTPが結合されたKRas G12Dに対する定量的結合能を分析するため、SPR(Surface plasmon resonance)を行った。Biacore2000機器(GE healthcare)を利用した。
図27Aは、SPR(BIACORE2000)(GE healthcare)を利用してKRas G12DにGTPが結合形態に対する抗−Ras・GTP iMab RT11の親和度分析結果を示す。
図27Bは、最も高い濃度(1000nM)のGTPまたはGDPが結合されたKRas G12Dに対するRT11の結合能をSPRを利用して分析したsensorgramである。
具体的には、前記実施例11と同様の方法で抗−Ras・GTP iMab RT11をCM5センサーチップ(GE healthcare)に約1100response units(RU)固定化した。Tris緩衝液(20mM Tris−HCl、pH8.0、100mM NaCl、5mM MgCl、0.005%Tween20)を300mM Tr流速で分析して、GTPまたはGDPが結合されたKRas G12Dを1000nMで62.5nMの濃度で分析した。
前記結果を介してRT11が高い親和度(12.9nM)でGTPが結合されたKRas G12Dに高特異的に結合することを確認した。
実施例22.抗−Ras・GTP iMab RT11によるGTP結合KRasとRaf結合阻害能分析
図28は、抗−Ras・GTP iMab RT11が細胞内KRasと結合する効果タンパク質(effector molecule)であるRafとの結合を阻害できるのか競合的ELISAを介して確認した結果である。
具体的には、効果タンパク質cRaf(NM_002880.2)のRas結合部位(RBD:1−149)断片を大腸菌発現ベクターpGEX−3Xに制限酵素BamHI/EcoRIを使用してクローニングした後、前記実施例2と同様の方法で発現精製した。以後、精製されたcRaf−RBDを96ウェルEIA/RIAプルート(COSTAR Corning)に1時間37℃で結合させた後、0.1%TBST(0.1%Tween20、pH7.4、137mM NaCl、12mM Tris、2.7mM KCl、5mM MgCl)(SIGMA)で10分間3回洗浄する。4%TBSB(4%BSA、pH7.4、137mM NaCl、12mM Tris、2.7mM KCl、10mM MgCl)(SIGMA)で1時間結合した後、0.1%TBSTで10分間3回洗浄する。以後、1μMビオチン化されたGTP結合KRas G12Dと1μM〜5.64pMまでの様々な濃度の抗−Ras・GTP iMab RT11を4%TBSBで希釈して濃度別に結合させた後、0.1%TBSTで10分間3回洗浄する。標識抗体でヤギ由来APが接合された抗‐ヒト抗体(alkaline phosphatase−conjugated anti−human mAb)(SIGMA)に結合させる。pNPP(p−nitrophenyl palmitate)(SIGMA)で反応させて405nm吸光度を定量した。
図28に示されたとおり抗−Ras・GTP iMab RT11は、効果タンパク質cRafとの結合阻害能(IC50=35nM)を示すことを確認した。
実施例23.抗−Ras・GTP iMab RT11の多様な腫瘍細胞浸透能確認
図29は、親和度が向上された抗−Ras・GTP iMabの様々な腫瘍細胞に細胞浸透能を有するのか確認するために共焦点顕微鏡で観察した結果である。
多様な腫瘍細胞株としては、ヒト大腸癌細胞株であるSW480(KRasG12V突然変異)、PANC−1(KRas G12D突然変異)、DLD−1(KRas G13D突然変異)、HCT116(KRas G13D突然変異)とヒト繊維肉腫細胞株であるHT1080(NRas Q61L突然変異)をRas突然変異細胞株で使用し、Ras野生型細胞株としてヒト乳癌細胞株であるMCF7、ヒト大腸癌細胞株であるHT29、CaCo2、Colo320DM細胞株を使用した。
具体的には、上述の多様なRas突然変異及びRas野生型細胞株を24ウェルプレートに各ウェル当たり5x10個で10%FBSが含まれた培地0.5mlに入れて12時間5%CO、37℃条件で培養した。細胞が安定化されると、各ウェルに新しい培地0.5mlにTMab4、RT11をそれぞれ2μMで希釈して12時間37℃、5%CO条件で培養した。以後の過程は、前記実施例14のRT4染色過程と同様に行われた。親和度向上された抗−Ras・GTP iMabであるRT11は、多様な腫瘍細胞内蛍光が観察できることから、TMab4と同様に多様な腫瘍細胞株に細胞浸透能を有することを確認した。
実施例24.抗−Ras・GTP iMab RT11の細胞質残留能確認
図30は、親和度が向上した抗−Ras・GTP iMabの細胞質残留能を細胞膜非透過自己消光蛍光物質であるcalcein(sigma)を利用して共焦点顕微鏡で観察した結果である。
具体的には、HCT116細胞株を24ウェルプレートにウェル当たり5x10個で10%FBSが含まれた培地0.5mlに希釈して12時間、37℃、5%CO条件で培養した。以後、1μMのTMab4とRT4を4時間処理した後、Calcein 100μMと共に2時間さらに処理した。以後、培地を除去してPBSで洗浄した後、弱酸性溶液(200mM glycine、150mM NaCl pH2.5)で細胞表面に付いたcalceinを除去した。PBS洗浄後、4%パラホルムアルデヒド添加後、25℃条件で10分間細胞を固定した。以後、PBSで洗浄して、Hoechst33342を利用して核を染色(青色蛍光)して共焦点顕微鏡で観察した。図30に示されたとおおり、抗−Ras・GTP iMabであるRT11とcytotransmabであるTMab4二つとも、細胞質全体にcalcein蛍光が観察できることを確認した。一方、PBSでは小胞(vesicle)状の蛍光だけ観察された。前記結果により、抗−Ras・GTP iMab RT11が細胞質に残留することを確認した。
実施例25.抗−Ras・GTP iMab RT11の細胞毒性評価
図31は、様々なRas野生型及びRas突然変異細胞株で抗−Ras・GTP iMab RT11を処理して細胞成長阻害程度をin vitroで評価した結果であり、図32は、それぞれの細胞を偏光顕微鏡を介して細胞密度を確認した写真である。
具体的には、抗−Ras・GTP iMab RT11がIn vitro上で、Ras突然変異依存的細胞株に特異的な毒性を有するのか確認するために、Ras野生型細胞株でマウス繊維細胞株であるNIH3T3とヒト大腸癌細胞株であるColo320DMを利用して、マウスNIH3T3 KRas G12V突然変異細胞株、ヒト大腸癌細胞株であるHCT116(KRas G13D)、SW480(KRas G12V)、DLD−1(KRas G13D)、ヒトすい臓癌細胞株であるPANC−1(KRas G12D)を利用して、細胞成長阻害程度を評価した。
具体的には、前記細胞株を24ウェルプレートにウェル当たり2〜5x10個で10%FBSが含まれた培地0.5mlに希釈して12時間、37℃、5%CO条件で培養した。以後、各ウェルをTMab4及びRT11で各々72時間ずつ2回処理して計144時間観察した後、生きている細胞の個数を計数して細胞の成長程度を比較した。
図31、32に示された通り、TMab4では毒性を示さない反面、RT11はRas突然変異細胞株(NIH3T3 KRas G12V、HCT116、PANC−1、SW480、DLD−1)でだけ細胞成長を抑制して、Ras野生型細胞株(NIH3T3、Colo320DM)では毒性を示さなかった。
実施例26.抗−Ras・GTP iMab RT11の細胞内の活性化されたRASと特異的結合及び効果タンパク質結合抑制陵確認
(1)抗−Ras・GTP iMab RT11の細胞内のRas・GTPと特異的結合確認
図33は、RT11と細胞内活性化されたKRas G12V突然変異との重なりの可否を共焦点顕微鏡で確認した結果である。
具体的には、24ウェルプレートにfibronectin(sigma)をコーティングした後、mCherry(赤色蛍光)KRas G12Vが発現されるNIH3T3細胞株をそれぞれウェル当たり2×10個を0.5mlに希釈して12時間、37℃、5%CO条件で培養した後、TMab4とRT11それぞれ2μMを処理して37℃、12時間培養した。以後、前記実施例14と同様の条件で染色して共焦点顕微鏡で観察した。
図33に示されたとおり、赤色蛍光の活性化されたRASが位置する細胞内膜の部分に緑色蛍光のRT11が重なった反面、TMabは重ならなかった。
図34は、RT11と細胞内活性化されたRASとの結合の可否を免疫沈降法で確認した結果である。
具体的には、100mmプレートにKRas G12V突然変異が発現されるNIH3T3細胞株とHCT116細胞株をそれぞれウェル当たり2×10個を10mlに希釈して12時間、37℃、5%CO条件で培養した後、TMab4とRT11それぞれ2μMを処理して37℃、12時間培養した。以後、細胞溶解バッファー(25mM Tris−Cl pH7.4、150mM NaCl、1%NP−40、10mM MgCl2、10%glycerol、protease inhibitors)を利用して細胞を溶解させた後、細胞残骸物を沈殿させて除去する。以後、細胞溶解物にProtein A/Gアガロースを添加して2時間反応させた後、抗体を沈降させる。以後、抗KRas抗体(santa cruz)とHuman Fc抗体(sigma)を利用してウェスタンブロットを行った。
図34に示されたとおり、RT11でだけKRasが観察された反面、TMab4とPBSでは観察されなかった。
前記実験結果から細胞内の活性化されたRASとRT11が特異的に結合することを確認した。
(2)抗−Ras・GTP iMab RT11のRas・GTPと効果タンパク質(effector molecule)間結合抑制確認
図35A及び図35Bは、RT11のRas・GTPと効果タンパク質との間の結合抑制の可否を免疫沈降法で確認した結果である。
具体的には、100mmプレートにKRas G12V突然変異が発現されるNIH3T3細胞株とHCT116細胞株をそれぞれウェル当たり2x10個を10mlに希釈して12時間、37℃、5%CO条件で培養した後、TMab4とRT11それぞれ2μMを処理して37℃、12時間培養した。以後、細胞溶解バッファー(25mM Tris−Cl pH7.4、150mM NaCl、1%NP−40、10mM MgCl、10%GLYCEROL、protease inhibitors)を利用して細胞を溶解させた後、細胞残骸物を沈殿させて除去する。以後、KRas G12V突然変異細胞溶解物には抗HA抗体(Covance)を2時間反応させた後、Protein A/G agaroseを利用して抗HA抗体を沈降させる。HCT116細胞溶解物にはRaf−1 RBD agarose(Millipore)を添加して2時間反応させた後沈降させる。以後、抗B−Raf、C−Raf、PI3K、KRas抗体(santa cruz)とHuman Fc抗体(sigma)を利用してウェスタンブロットを行った。
図35Aに示されたとおり、抗−Ras・GTP iMab RT11でだけ効果タンパク質であるB−Raf、C−RafとRas・GTP間の結合が抑制されたことを確認した反面、TMab4では結合が抑制されないことを確認した。図35Bにも同様に抗−Ras・GTP iMabであるRT11でだけ効果タンパク質であるC−RafとRas・GTP間の結合が抑制されたことを確認した反面、TMab4では結合が抑制されないことを確認した。
前記実験結果からRT11が細胞内のRas・GTPと特異的に結合して効果タンパク質であるB−Raf、C−Rafとの結合を抑制することを確認した。
実施例27.RGD10ペプチドが融合された抗−Ras・GTP iMab RT11構築及びRas・GTPと結合能分析
前記実施例15のように抗−Ras・GTP iMab RT11は細胞表面のHSPGと結合を介して細胞質浸透が行われるため、in vivo実験のために組織特異性を付与する必要があって、これのために新生血管細胞及び多様な腫瘍から過発現されるインテグリン(Integrin αvβ3)に特異性を有するRGD10ペプチド(DGARYCRGDCFDG、配列番号42)を軽鎖N−末端にGGGGSGGGGS計10個の残基からなるリンカーを使用して遺伝工学的に融合した。RGD10ペプチドの場合、既存RT4と融合したRGD4Cペプチドと比較してインテグリンに対する親和度が類似して、ペプチド内のジスルフィド結合が1個であり、抗体N−末端に融合がRGD4Cより容易であると予想され抗−Ras・GTP iMab RT11に遺伝工学的に融合した。
図36は、前記構築されたRGD10ペプチドが融合された形態のRT11(RGD10−RT11)のGTPが結合された形態とGDPが結合された形態の様々なRas突然変異に対する結合能を測定したELISA結果である。
具体的に、前記実施例11と同様の方法で標的分子GTPが結合されたKRas G12DとGDPが結合されたRasを96ウェルEIA/RIAプレート(COSTAR Corning)に1時間37℃で結合させた後、0.1%TBST(0.1%Tween20、pH7.4、137mM NaCl、12mM Tris、2.7mM KCl、5mM MgCl)(SIGMA)で10分間3回洗浄する。4%TBSB(4%BSA、pH7.4、137mM NaCl、12mM Tris、2.7mM KCl、10mM MgCl)(SIGMA)で1時間結合した後、0.1%TBSTで10分間3回洗浄する。以後、iMabを4%TBSBで希釈して10nM濃度で結合させた後、0.1%TBSTで10分間3回洗浄する。標識抗体でヤギ由来HRPが接合された抗‐ヒト抗体(HRP−conjugated anti−human mAb)(SIGMA)に結合させる。Ultra TMB−ELISA基質混濁液(Thermo scientific)を使用して反応させた後、450nm吸光度を定量した。
図36に示されたとおり、RT11とRGD10ペプチドが融合されたRGD10−RT11がGTPが結合されたRas突然変異に対して同様の結合力を示すことを確認した。
実施例28.RGD10が融合された抗−Ras・GTP iMab RT11の細胞毒性評価
図37及び図38は、Colo320DM、HCT116、PANC−1、SW480、DLD−1細胞株でRGD10−TMab4とRGD10−RT11を処理して細胞成長阻害程度をin vitroで評価した結果である。
In vitro上で、RGD10−TMab4とRGD−RT11自体が細胞毒性を有するのか確認するために、Ras野生型細胞株でヒト大腸癌細胞株であるColo320DMを利用して、ヒト大腸癌細胞株であるHCT116(KRas G13D)、SW480(KRas G12V)、DLD−1(KRas G13D)、ヒトすい臓癌細胞株であるPANC−1(KRas G12D)を利用して細胞成長阻害程度を評価した。
具体的には、24ウェルプレートにウェル当たり5×10個の細胞をそれぞれ10%FBSが含まれた培地0.5mlに希釈して12時間、37℃、5%CO条件で培養した。以後、1μMのRGD10−TMab4、RGD10−RT11を72時間ずつ二回処理して計144時間観察した後、生きている細胞の個数を計数して細胞の成長程度を比較した。
図37に示されたとおり、RGD10−TMab4とRGD10−RT11を比較した時、KRas突然変異細胞株(HCT116、SW480、DLD−1、PANC−1)で8〜12%程度の細胞成長差を示す反面、Ras野生型細胞株では細胞成長差を示さなかった。従って、RGD10−TMab4とRGD10−RT11を比較した時、RGD10ペプチドが結合されていても、Ras特異的細胞成長を抑制する可能性があることを確認した。
実施例29.RGD10が融合された抗−Ras・GTP iMab RT11のintegrin ανβ3特異的結合確認
図39は、RGD10−TMab4とRGD10−RT11が細胞表面のintegrin ανβ3に特異的に結合するのか確認した結果である。
具体的には、K562細胞株とK562 integrin ανβ3過発現細胞株2×10個を1.5mlに移した後、洗浄バッファー(pH7.4 PBS、2%FBS)で2回洗浄する。TMab4、RGD10−TMab4、RGD10−RT11 100nMとHeparin 300IU/ml(sigma)を混ぜた後、4℃で1時間細胞と反応させる。洗浄バッファーで2回洗浄した後、Alexa488(緑色蛍光)が結合されているヒトIgGを特異的に認知する抗体(Invitrogen)で4℃で1時間染色して洗浄バッファーで2回洗浄した後、FACSを利用して分析した。
図39に示されたとおり、TMab4とは異なってRGD10−TMAb4、RGD10−RT11はK562 integrin ανβ3細胞に特異的に結合することを確認した。これにより、RGD10ペプチドがintegrin ανβ3に特異的に結合することを確認した。
実施例30.抗−Ras・GTP iMab RT11の細胞内のRas・GTPと特異的結合確認
図40は、RGD10−RT11と細胞内活性化されたKRas G12V突然変異との重なりの可否を共焦点顕微鏡で確認した結果である。
具体的には、24ウェルプレートにfibronectin(sigma)をコーティングした後、mCherry(赤色蛍光)KRas G12Vが発現されるNIH3T3細胞株をそれぞれウェル当たり2×10個を0.5mlに希釈して12時間、37℃、5%CO条件で培養した後、RGD10−TMab4とRGD10−RT11それぞれ1μMを処理して37℃、12時間培養した。以後、前記実施例14と同様の条件で染色して共焦点顕微鏡で観察した。
図40に示されたとおり、赤色蛍光の活性化されたRASが位置する細胞内膜の部分に緑色蛍光のRGD10−RT11が重なる一方、RGD10−TMabは重ならなかった。前記実験結果から細胞内の活性化されたRASとRGD10−RT11が特異的に結合することを確認した。

Claims (8)

  1. 細胞を透過しそして細胞質に位置する能力及び細胞質内で特異的に活性化RASに結合する能力を有する完全型免疫グロブリンタイプの抗体であって、
    前記抗体は、細胞質内で特異的に活性化RASに結合する重鎖可変領域(VH)、及び生細胞を透過し、細胞質に位置する能力を有する軽鎖可変領域を(VL)を含み、
    前記重鎖可変領域(VH)は、
    配列番号8のアミノ酸配列を含むCDR1、配列番号9のアミノ酸配列を含むCDR2、及び配列番号10のアミノ酸配列を含むCDR3;
    配列番号11のアミノ酸配列を含むCDR1、配列番号12のアミノ酸配列を含むCDR2、及び配列番号13のアミノ酸配列を含むCDR3;
    配列番号14のアミノ酸配列を含むCDR1、配列番号15のアミノ酸配列を含むCDR2、及び配列番号16のアミノ酸配列を含むCDR3;
    配列番号17のアミノ酸配列を含むCDR1、配列番号18のアミノ酸配列を含むCDR2、及び配列番号19のアミノ酸配列を含むCDR3;
    配列番号20のアミノ酸配列を含むCDR1、配列番号21のアミノ酸配列を含むCDR2、及び配列番号22のアミノ酸配列を含むCDR3;
    配列番号23のアミノ酸配列を含むCDR1、配列番号24のアミノ酸配列を含むCDR2、及び配列番号25のアミノ酸配列を含むCDR3;又は
    配列番号26のアミノ酸配列を含むCDR1、配列番号27のアミノ酸配列を含むCDR2、及び配列番号28のアミノ酸配列を含むCDR3;を含み、
    そして前記軽鎖可変領域(VL)は、
    配列番号29、30、及び31からなる群から選択されたアミノ酸配列を含む、
    前記抗体。
  2. 前記抗体は、生細胞に能動的に浸透して細胞質で活性化RASに特異的に結合する請求項1に記載の抗体。
  3. 前記軽鎖可変領域(VL)が、エンドサイトーシスを受け、そしてその後にエンドソームを脱出することによって、生細胞を透過しそして細胞質に位置する、請求項1に記載の抗体。
  4. 前記重鎖可変領域は、配列番号1〜7からなる群から選択されたアミノ酸配列を含む請求項1に記載の抗体。
  5. 前記抗体が、ペプチド、タンパク質、小分子薬物、ナノ粒子及びリポソームからなる群から選択された生体活性分子に融合した、請求項1〜4のいずれか一項に記載の抗体。
  6. 前記ペプチドが、配列番号41で表されるアミノ酸配列を含むRGD4C、又は配列番号42で表されるアミノ酸配列を含むRGD10である、請求項5に記載の抗体。
  7. 癌又は腫瘍の治療又は予防方法に使用するための、請求項1〜6のいずれか一項に記載の抗体。
  8. 請求項1〜4のいずれか一項に記載の抗体をコードするポリヌクレオチド。
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