JP6735277B2 - 乳癌療法剤に対する反応を予測するための方法および乳癌の処置の方法 - Google Patents

Description

関連出願への相互参照
[0001] 本出願は、以下の米国仮出願の利益を主張し、その全開示が、参照により本明細書に援用される：２０１４年１２月１２日に出願された第６２／０９１，１９５号；２０１５年４月３日に出願された第６２／１４２，５０４号；および２０１５年５月２７日に出願された第６２／１６７，１１０号。

配列リスト
[0002] 本出願は、ＡＳＣＩＩフォーマットでＥＦＳ−Ｗｅｂにより提出された配列リストを含有し、それは、参照によりそのまま本明細書に援用される。１２／０４／２０１５に作成された前記のＡＳＣＩＩコピーは、２１２１８１＿０００１＿００＿ＷＯ＿ＳｅｑＬｉｓｔｉｎｇ＿ＳＴ２５と名付けられており、２６２，４６７バイトの大きさである。

発明の分野
[0003] 分野は、乳癌療法に関する。

[0004] 乳癌は、遺伝的に不均質であり生物学的に多様な疾患であると考えられている。長く認識されている臨床的および表現型的な違いは、遺伝子発現における違いと相関することが示されている。以前の乳房腫瘍の研究は、異なる臨床転帰と関係する乳癌の５種類の異なる亜型を同定している：ルミナルＡ（エストロゲン受容体（ＥＲ）＋）；ルミナルＢ（ＥＲ＋）；ＨＥＲ２過剰発現；正常乳房様；および基底様。Perou et al. Nature, 406(6797):747-52 (2000); Sorlie et al. PNAS, 98(19):10869-74 (2001)を参照。

[0005] 乳癌生検および手術標本の分析は、典型的には核および細胞表面受容体（ＥＲ、ＰｇＲ、およびＨＥＲ２）、ＨＥＲ２の遺伝子増幅（免疫組織化学（ＩＨＣ）によるＨＥＲ２分析が決定的でない場合）、ならびに他の予後試験、例えば微小血管浸潤および増殖マーカーの評価を含む。ＥＲ＋疾患に関するＥＲシグナル伝達経路を標的とする内分泌療法およびＨＥＲ２＋疾患に関するＨＥＲ２標的化療法は、乳癌を有するほとんどの患者の処置において重要な役割を果たす。しかし、疾患がこれらの受容体を欠いている、すなわち、いわゆる“トリプルネガティブ”乳癌または“ＴＮＢＣ”の患者に関しては、有効な標的化療法の同定においてほとんど進歩がなされておらず、非選択的細胞毒性化学療法が、主な療法選択肢のままである。

[0006] アンドロゲン受容体（ＡＲ）は、乳癌における最も一般的に発現されている核ホルモン受容体であるが、悪性病変の開始または駆動におけるその機能的な役割は、まだ十分に理解されていない。３０９３の乳癌の研究において、ＡＲの発現（ＩＨＣによる１０％以上の核の染色）が、浸潤性乳房腫瘍の７７％において、そして全ての分子表現型にわたって観察された(Collins et al., Mod Pathol 2011; 24(7):924-931)。しかし、アンドロゲン受容体のレベルは、それらが現在用いられている療法に対する反応を予測することが示されていないため、ルーチン的には評価されていない。

[0007] ＡＲ阻害剤の使用は、乳癌の処置のための療法計画の一部として提案されてきた。例えば、Garay and Park, Am. J. Cancer Res. 2012; 2(4):434-445を参照。最近、ＴＮＢＣの処置において関心が生じている。エストロゲン受容体、プロゲステロン受容体およびＨＥＲ２の３種類全ての発現の欠如は、利用可能な内分泌標的化療法（タモキシフェン、アロマターゼ阻害剤）および抗ＨＥＲ２標的化療法（トラスツズマブ）に対する無反応を予測する。そのようなＴＮＢＣ腫瘍の１０〜３５％は、アンドロゲン受容体を発現している(Ogawa et al., Int J. Clin, Oncol. 2008;13:431435)。ＡＲ標的化療法は、トリプルネガティブ乳癌を含む乳癌の大きな割合に関する価値のある処置であることが、判明し得る。

[0008] 乳癌の処置に関する、そして特にＴＮＢＣの処置における治療法（ｍｏｄａｌｉｔｙ）としてのアンドロゲン受容体シグナル伝達阻害における関心にもかかわらず、療法に先立って個々の患者が反応性であろうかどうかを予測する必要性が残っている。個々の患者（特にＴＮＢＣ患者）がアンドロゲン受容体シグナル伝達を阻害する療法に反応するであろうか否かの可能性を予測するための試験は、患者の処置の計画において価値のある手段であろう。

Perou et al. Nature, 406(6797):747-52 (2000) Sorlie et al. PNAS, 98(19):10869-74 (2001) Collins et al., Mod Pathol 2011; 24(7):924-931 Garay and Park, Am. J. Cancer Res. 2012; 2(4):434-445 Ogawa et al., Int J. Clin, Oncol. 2008;13:431435

[0009] 一態様において、アンドロゲン受容体阻害剤の使用を含むトリプルネガティブ乳癌に関する処置をスクリーニングする方法が提供され、その方法は、対象から得られた生物学的試料をアッセイしてその対象から得られた生物学的試料が基底様亜型として分類されるかまたは他の亜型として分類されるかを決定することを含む。その生物学的試料が基底様亜型以外として分類される場合、アンドロゲン受容体阻害剤を含む乳癌処置は、その試料が基底様亜型として分類された場合よりも、有効である可能性がより高い。

[0010] アンドロゲン受容体阻害剤を含むトリプルネガティブ乳癌に関する処置のそのような処置を必要とする対象における有効性の可能性に関するスクリーニングの方法も、提供される。その方法は、以下の工程を含む：
対象から得られた生物学的試料をアッセイして、その生物学的試料が基底様亜型として分類されるかまたは別の亜型として分類されるかを決定する；そして
ここにおいて、その生物学的試料が基底様亜型以外として分類された場合、アンドロゲン受容体阻害剤を含む乳癌処置は、その試料が基底様亜型として分類された場合よりも、有効である可能性がより高い。

[0011] 対象からの生物学的試料をトリプルネガティブ乳癌に関するその患者の処置の有効性の可能性の指標として分類する方法も、提供され、前記の処置は、アンドロゲン受容体阻害剤を含み、その方法は、以下の工程を含む：
対象から得られた生物学的試料をアッセイして、その生物学的試料が基底様亜型として分類されるかまたは別の亜型として分類されるかを決定する；そして
ここにおいて、基底様亜型以外として分類された生物学的試料は、アンドロゲン受容体阻害剤を含む乳癌処置が、その試料が基底様亜型として分類された場合よりも有効である可能性がより高いことを示す。

[0012] スクリーニングおよび分類法（まとめて“前記の方法”）の特定の態様において、生物学的試料をアッセイしてその生物学的試料が基底様亜型として分類されるかまたは別の亜型として分類されるかを決定することは、表１において列挙されている内在性遺伝子のセットの発現を検出することにより実施される。

[0013] 前記の方法の特定の態様において、試料の基底重心分類器スコア（Ｂａｓａｌ Ｃｅｎｔｒｏｉｄ ｃｌａｓｓｉｆｉｅｒ ｓｃｏｒｅ）は、表１において列挙されている内在性遺伝子のセットの発現から決定される。

[0014] 前記の方法の一態様において、基底重心分類器スコアが０．９以下である場合、アンドロゲン受容体阻害剤を含む乳癌処置は、基底重心分類器スコアが０．９より大きい場合よりも、その対象の処置において有効である可能性がより高いことが決定される。別の態様において、基底重心分類器スコアが０．６以下である場合、アンドロゲン受容体阻害剤を含む乳癌処置は、基底重心分類器スコアが０．６より大きい場合よりも、その対象の処置において有効である可能性がより高いことが決定される。別の態様において、基底重心分類器スコアが０．２〜０．８の範囲にある場合、アンドロゲン受容体阻害剤を含む乳癌処置は、その対象の処置において有効である可能性が高い。別の態様において、基底重心分類器スコアが０．４〜０．７の範囲にある場合、アンドロゲン受容体阻害剤を含む乳癌処置は、その対象の処置において有効である可能性が高い。

[0015] 前記の方法の特定の態様において、試料の基底重心分類器スコアおよびルミナルＡ重心分類器スコアは、表１において列挙されている内在性遺伝子のセットの発現から決定される。その方法は、さらに、次の方程式に従って基底重心分類器スコアおよびルミナルＡ重心分類器スコアから加重された（Ｗｅｉｇｈｔｅｄ）基底およびルミナルＡ分類器スコアを計算することを含む：
加重された基底およびルミナルＡ分類器スコア＝
−０．２５（基底重心分類器スコア）＋０．２７（ルミナルＡ重心分類器スコア）
ここにおいて、加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアが−０．３より大きい場合、アンドロゲン受容体阻害剤を含む乳癌処置は、加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアが−０．３以下である場合よりも、その対象において有効である可能性がより高い。別の態様において、加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアが−０．２より大きい場合、アンドロゲン受容体阻害剤を含む乳癌処置は、加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアが−０．２以下である場合よりも、その対象において有効である可能性がより高い。別の態様において、加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアが−０．２５より大きい場合、アンドロゲン受容体阻害剤を含む乳癌処置は、加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアが−０．２５以下である場合よりも、その対象において有効である可能性がより高い。

[0016] ある態様において、加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアを決定するための方程式は、次の形をとる：
加重された基底およびルミナルＡ分類器スコア＝−０．２４６８２７５（基底重心分類器スコア）＋０．２６６７１１０（ルミナルＡ重心分類器スコア）
[0017] 前記の方法の特定の態様において、乳癌は、アンドロゲン受容体陽性腫瘍細胞の存在により特性付けられる。

[0018] 前記の方法の特定の態様において、生物学的試料は、細胞、組織および体液からなる群から選択される。特定の態様において、体液は、血液、リンパ液、尿、唾液、乳管洗浄細胞診からの流体および乳頭吸引液からなる群から選択される。ある態様において、組織は、生検から得られる。

[0019] 前記の方法の全てにおいて、試料の細胞のアンドロゲン受容体の状態、すなわちＡＲ陽性対ＡＲ陰性を決定するためのアッセイが、実施されることができる。
[0020] 対象においてトリプルネガティブ乳癌を処置する方法も提供され、前記の対象は、基底様亜型以外として分類されている乳癌細胞を含む乳癌を有し、前記の方法は、対象にアンドロゲン受容体阻害剤を含む乳癌処置を施し、それにより対象においてトリプルネガティブ乳癌を処置することを含む。

[0021] 処置法の一態様において、対象の乳癌細胞は、表１において列挙されている内在性遺伝子のセットの前記の細胞による発現から決定された０．９以下の基底重心分類器スコアにより特性付けられる。処置法の別の態様において、対象の乳癌細胞は、０．６以下の基底重心分類器スコアにより特性付けられる。処置法の別の態様において、対象の乳癌細胞は、０．２〜０．８の範囲の基底重心分類器スコアにより特性付けられる。処置法の別の態様において、対象の乳癌細胞は、０．４〜０．７の範囲の基底重心分類器スコアにより特性付けられる。

[0022] 処置法の別の態様において、対象の乳癌細胞は、−０．３より大きい加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアにより特性付けられる。処置法の別の態様において、対象の乳癌細胞は、−０．２より大きい加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアにより特性付けられる。処置法の別の態様において、対象の乳癌細胞は、−０．２５より大きい加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアにより特性付けられる。

[0023] それを必要とする対象におけるトリプルネガティブ乳癌の処置における使用のためのアンドロゲン受容体阻害剤を含むトリプルネガティブ乳癌処置も提供され、ここで、前記の処置の方法は、以下の工程を含む：（ａ）対象からの生物学的試料をアッセイしてその生物学的試料が基底様亜型として分類されるかまたは別の亜型として分類されるかを決定し；そして（ｂ）生物学的試料が基底様亜型以外として分類された場合、前記のトリプルネガティブ乳癌処置を対象に施す。

[0024] それを必要とする対象における使用のためのトリプルネガティブ乳癌療法または処置のための療法剤も提供され、ここで、前記の薬剤は、アンドロゲン受容体阻害剤であり、前記の療法または処置は、以下の工程を含む：（ａ）対象からの生物学的試料をアッセイしてその生物学的試料が基底様亜型として分類されるかまたは別の亜型として分類されるかを決定し；そして（ｂ）生物学的試料が基底様亜型以外として分類された場合、前記の薬剤を対象に投与する。

[0025] 対象におけるトリプルネガティブ乳癌の処置における使用のためのアンドロゲン受容体阻害剤も提供され、ここで、対象からの生物学的試料は、試料が基底様亜型以外として分類されるかまたは別の亜型として分類されるかを決定するためにアッセイされている。

[0026] そのような処置を必要とする対象においてトリプルネガティブ乳癌を処置する方法であって、以下の工程を含む方法も、提供される：（ａ）生物学的試料をアッセイして、生物学的試料が基底様亜型以外として分類されるかまたは別の亜型として分類されるかを決定し；そして（ｂ）生物学的試料が基底様亜型以外として分類された場合、アンドロゲン受容体阻害剤を含む乳癌処置を対象に施し、それにより対象における乳癌を処置する。

[0027] 前記の処置の方法、処置、および処置における使用のためのアンドロゲン受容体阻害剤の特定の態様において、生物学的試料が基底様亜型以外として分類されるかまたは別の亜型として分類されるかを決定するための生物学的試料のアッセイは、表１において列挙されている内在性遺伝子の発現を検出することにより実施される。

[0028] 前記の処置の方法、処置、および処置における使用のためのアンドロゲン受容体阻害剤の特定の態様において、生物学的試料のアッセイは、表１において列挙されている内在性遺伝子のセットの発現から試料の基底重心分類器スコアを決定することを含む、ここにおいて、乳癌処置は、基底重心分類器スコアが０．９以下である場合に施される。一態様において、乳癌処置は、基底重心分類器スコアが０．６以下である場合に施される。一態様において、乳癌処置は、基底重心分類器スコアが０．２〜０．８の範囲である場合に施される。別の態様において、乳癌処置は、基底重心分類器スコアが０．４〜０．７の範囲である場合に施される。

[0029] 前記の処置の方法、処置、および処置における使用のためのアンドロゲン受容体阻害剤の特定の態様において、生物学的試料のアッセイは、表１において列挙されている内在性遺伝子のセットの発現から試料の基底重心分類器スコアおよびルミナルＡ重心分類器スコアを決定し、加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアを計算することを含む、ここにおいて、乳癌処置は、加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアが−０．３より大きい場合に施される。一態様において、乳癌処置は、加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアが−０．２より大きい場合に施される。別の態様において、乳癌処置は、加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアが−０．２５より大きい場合に施される。

[0030] 前記の処置の方法、処置、および処置における使用のためのアンドロゲン受容体阻害剤の特定の態様において、対象の乳癌は、さらに、アンドロゲン受容体陽性腫瘍細胞の存在により特性付けられる。

[0031] 前記の処置の方法、処置、および処置における使用のためのアンドロゲン受容体阻害剤の態様において、アンドロゲン受容体阻害剤は、エンザルタミド、ビカルタミド、フルタミド、ニルタミド、ＡＲＮ５０９、ケトコナゾール、酢酸アビラテロン、ＶＮ／１２４−１（ＴＯＫ−００１）、オルテロネル（ｏｒｔｅｒｏｎｅｌ）（ＴＡＫ−７００）、フィナステリド、ガレテロン（ｇａｌｅｔｅｒｏｎｅ）、酢酸シプロテロン、アンダリン（ａｎｄａｒｉｎｅ）およびそれらの組み合わせからなる群から選択される。アンドロゲン受容体阻害剤のリストは、典型的なものであり、限定的であることは意味されていない。

[0032] 特定の態様において、アンドロゲン受容体阻害剤は、エンザルタミドである。あるそのような態様において、エンザルタミドは、１日１回１６０ｍｇの用量で経口投与される。ある態様において、エンザルタミドは、１６０ｍｇのエンザルタミドを含む単一のカプセルとして投与される。他の態様において、エンザルタミドは、４個のカプセルとして投与され、それぞれのカプセルが、４０ｍｇのエンザルタミドを含む。

[0033] 前記の処置の方法、処置、および処置における使用のためのアンドロゲン受容体阻害剤の態様において、アンドロゲン受容体阻害剤を含む乳癌処置は、さらに、アンドロゲン受容体阻害剤ではない１種類以上の他の抗癌剤を含む。アンドロゲン受容体阻害剤ではないそのような他の抗癌剤は、シクロホスファミド、フルオロウラシル、５−フルオロウラシル、メトトレキサート、チオテパ、カルボプラチン、シスプラチン、タキサン類、パクリタキセル、タンパク質結合パクリタキセル、ドセタキセル、ビノレルビン、タモキシフェン、ラロキシフェン、トレミフェン、フルベストラント、ゲムシタビン、イリノテカン、イキサベピロン、テモゾロミド（ｔｅｍｏｚｏｌｍｉｄｅ）、トポテカン、ビンクリスチン、ビンブラスチン、エリブリン、ムタマイシン（ｍｕｔａｍｙｃｉｎ）、カペシタビン、アナストロゾール、エキセメスタン、レトロゾール、ロイプロリド、アバレリクス、ブセレリン（ｂｕｓｅｒｅｌｉｎ）、ゴセレリン、酢酸メゲストロール、リセドロネート、パミドロネート、イバンドロネート、アレンドロネート、デノスマブ、ゾレドロネート、トラスツズマブ、タイケルブまたはベバシズマブ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択されることができる。他の抗癌剤のリストは、典型的なものであり、限定的であることは意味されていない。

[0034] 一態様において、非ＡＲ阻害剤抗癌剤は、パクリタキセルである。別の態様において、ＡＲ阻害剤は、エンザルタミドであり、非ＡＲ阻害剤抗癌剤は、パクリタキセルである。

[0035] 特定の態様において、処置法は、対象を試験してその対象が基底様亜型以外である乳癌細胞を含む乳癌を有するかどうかを決定する工程を含む。
[0036] 特定の態様において、処置法は、対象を試験してその対象の乳癌細胞の基底重心分類器スコアを決定する工程を含む。

[0037] 特定の態様において、処置法は、対象を試験してその対象の乳癌細胞の加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアを決定する工程を含む。
[0038] 前記の処置の方法、処置、および処置における使用のためのアンドロゲン受容体阻害剤のある態様において、対象は、トリプルネガティブ乳癌の処置のためのアンドロゲン受容体阻害剤以外の抗癌剤を用いたゼロまたは１ラウンドの先行する処置を受けている。

[0039] 前記のスクリーニング法、分類法、処置法、処置、および処置における使用のためのアンドロゲン受容体阻害剤の態様において、生物学的試料は、細胞、組織および体液からなる群から選択されることができる。特定の態様において、体液は、血液、リンパ液、尿、唾液、乳管洗浄細胞診からの流体および乳頭吸引液からなる群から選択される。ある態様において、組織は、生検から得られる。

[0040] 前記のスクリーニング法、分類法、処置法、処置、および処置における使用のためのアンドロゲン受容体阻害剤の全てにおいて、試料の細胞のアンドロゲン受容体の状態、すなわちＡＲ陽性対ＡＲ陰性を決定するためのアッセイが、実施されることができる。

[0041] 開示された組成物および方法に関して本明細書において思い描かれているように、一側面において、本発明の態様は、本明細書で開示される構成要素および／または工程を含む。別の側面において、本発明の態様は、本質的に本明細書で開示される構成要素および／または工程からなる。さらに別の側面において、本発明の態様は、本明細書で開示される構成要素および／または工程からなる。

定義
[0042] 冠詞“ａ”および“ａｎ”は、本明細書において、その冠詞の文法上の目的語の１つを、または１つ以上を（すなわち少なくとも１つを）指すために用いられている。例として、“要素（ａｎ ｅｌｅｍｅｎｔ）”は、１つの要素または１つより多くの要素を意味する。

[0043] “約”は、当業者により理解されていると考えられ、それが用いられる文脈に応じてある程度変動するであろう。本明細書で用いられる際、“約”は、±２０％または±１０％、より好ましくは±５％、さらにもっと好ましくは±１％、そしてさらにもっと好ましくは±０．１％の変動を包含することが意味されている。

[0044] “アンドロゲン受容体阻害剤”は、アンドロゲン受容体（ＡＲ）シグナル伝達経路を直接または間接的に阻害する化合物または分子を意味する。一態様において、ＡＲ受容体の直接的な阻害剤は、エンザルタミド、ビカルタミド（Ｃａｓｏｄｅｘ）、フルタミド、ニルタミド、ＡＲＮ５０９等を含む。別の態様において、ＡＲの間接的な阻害剤は、Ｃｙｐ１７阻害剤、例えばケトコナゾール、酢酸アビラテロン、ＶＮ／１２４−１（ＴＯＫ−００１）、オルテロネル（ｏｒｔｅｒｏｎｅｌ）（ＴＡＫ−７００）等を含む。別の態様において、ＡＲ阻害剤は、フィナステリド、ガレテロン、酢酸シプロテロンおよびアンダリン等を含む。

[0045] “発現を検出すること”により、内在性遺伝子のＲＮＡ転写産物またはその発現産物の量または存在を決定することが、意図されている。
[0046] “阻害する”または阻害するの他の形態により、特定の特徴を妨げる、または抑制することが意味される。これは、典型的にはある標準値または期待値に関し、換言すれば、それは、相対的であるが、それは、標準値または相対値は常に必要であるわけではないということは、理解されている。

[0047] 全体を通して用いられているように、“対象”により、個体、典型的には哺乳類または家禽が意味される。哺乳類は、例えば、飼い慣らされた動物（例えばネコまたはイヌ）、家畜（例えばウシ、ウマ、ブタ、ヒツジ、ヤギ等）、実験動物（例えばマウス、ウサギ、ラット、モルモット等）および霊長類を含むことができる。好ましくは、哺乳類は、ヒトである。

[0048] “トリプルネガティブ乳癌”または“ＴＮＢＣ”は、エストロゲン受容体（ＥＲ）、プロゲステロン受容体（ＰＲ）およびＨｅｒ２／ｎｅｕに関する遺伝子を発現していないあらゆる乳癌を指す。その用語は、原発性上皮性ＴＮＢＣ、ならびに他の腫瘍と関わっているＴＮＢＣを含む。その癌は、乳房のトリプルネガティブ癌、乳房の腺管癌、乳房の小葉癌、乳房の未分化癌、乳房の葉状嚢胞肉腫、乳房の血管肉腫、乳房の原発性リンパ腫を含み得る。ＴＮＢＣは、トリプルネガティブ乳癌のあらゆる病期を含むこともでき、組織学的および超微細構造的（ｕｌｔｒａｓｔｒｕｃｔｕａｌ）不均一性（例えば混合された細胞型）を有する乳房新生物を含むことができる。

[0049] “アンドロゲン受容体阻害剤を含むＴＮＢＣ処置”は、アンドロゲン受容体阻害剤の投与を含むＴＮＢＣ処置である。その処置は、他の抗癌剤または化学療法剤を含むことができる。

[0050] ＴＮＢＣに関する処置“を必要とする”対象は、ＴＮＢＣを有する、もしくはＴＮＢＣの１以上の症状を示している対象、または一般集団と比較してＴＮＢＣを発現する増大したリスクを有する対象である。好ましくは、ＴＮＢＣに関する処置を“必要とする”対象は、ＴＮＢＣで苦しんでいる対象である。

[0051] 本明細書で用いられる際、“療法上有効量”または“療法上有効用量”は、少なくとも療法的作用をもたらすために十分である薬剤、化合物、物質、または化合物を含有する組成物を指す。有効量は、疾患または障害の症状を予防する、治療する、改善する、停止させる、または部分的に停止させるために必要な療法剤の量である。

[0052] “処置すること”または“処置”は、完全な治癒を意味しない。それは、基礎となる疾患の症状が低減していること、および／または症状を引き起こしている基礎となる細胞性の、生理学的な、もしくは生化学的な原因もしくは機序の１以上が低減していることを意味する。この文脈において用いられる場合の“低減している”は、疾患の生理学的状態に限らず、疾患の分子状態も含め、疾患の状態に関する低減を意味する。

[0053] 図１は、ＴＮＢＣがＡＲも発現していた患者においてエンザルタミドを評価する臨床試験のプレスクリーニングまたはスクリーニング期間のどちらかに登録された患者の一部からの結果のグラフである。“診断−”は、ＰＡＭ５０遺伝子乳癌亜型分類により決定される基底様亜型を有する患者を表す。“診断＋”は、Ｈｅｒ２、ＬｕｍＡ、ＬｕｍＢまたは正常亜型を有する患者を表す。患者は、実施例１において述べられた基準に従ってエンザルタミド療法に対する“反応者”または“非反応者”として採点された。 [0054] 図２Ａおよび２Ｂは、同じＴＮＢＣ臨床試験の結果のグラフであり、ここで、基底様亜型に関する患者の遺伝子発現分類器スコアは、患者の反応と相関していた。患者の基底重心分類器スコアに関する０．２の閾値カットオフが、適用された。“診断＋”は、試料が示された（ｉｎｄｉｃｔｅｄ）閾値カットオフを含む示された予後サイン（ｐｒｏｇｎｏｓｔｉｃ ｓｉｇｎａｔｕｒｅ）を満たした患者を表す。“診断−”は、試料が示された閾値カットオフを満たさなかった患者を表す。患者は、実施例１において述べられた基準に従ってエンザルタミド療法に対する“反応者”または“非反応者”として採点された。 [0055] 図３Ａおよび３Ｂは、同じＴＮＢＣ臨床試験の結果のグラフであり、ここで、基底様亜型に関する患者の遺伝子発現分類器スコアは、患者の反応と相関していた。患者の基底重心分類器スコアに関する０．３の閾値カットオフが、適用された。“診断＋”は、試料が示された（ｉｎｄｉｃｔｅｄ）閾値カットオフを含む示された予後サインを満たした患者を表す。“診断−”は、試料が示された閾値カットオフを満たさなかった患者を表す。患者は、実施例１において述べられた基準に従ってエンザルタミド療法に対する“反応者”または“非反応者”として採点された。 [0056] 図４Ａおよび４Ｂは、同じＴＮＢＣ臨床試験の結果のグラフであり、ここで、基底様亜型に関する患者の遺伝子発現分類器スコアは、患者の反応と相関していた。患者の基底重心分類器スコアに関する０．４の閾値カットオフが、適用された。“診断＋”は、試料が示された（ｉｎｄｉｃｔｅｄ）閾値カットオフを含む示された予後サインを満たした患者を表す。“診断−”は、試料が示された閾値カットオフを満たさなかった患者を表す。患者は、実施例１において述べられた基準に従ってエンザルタミド療法に対する“反応者”または“非反応者”として採点された。 [0057] 図５Ａおよび５Ｂは、同じＴＮＢＣ臨床試験の結果のグラフであり、ここで、基底様亜型に関する患者の遺伝子発現分類器スコアは、患者の反応と相関していた。患者の基底重心分類器スコアに関する０．５の閾値カットオフが、適用された。“診断＋”は、試料が示された（ｉｎｄｉｃｔｅｄ）閾値カットオフを含む示された予後サインを満たした患者を表す。“診断−”は、試料が示された閾値カットオフを満たさなかった患者を表す。患者は、実施例１において述べられた基準に従ってエンザルタミド療法に対する“反応者”または“非反応者”として採点された。 [0058] 図６Ａおよび６Ｂは、同じＴＮＢＣ臨床試験の結果のグラフであり、ここで、基底様亜型に関する患者の遺伝子発現分類器スコアは、患者の反応と相関していた。患者の基底重心分類器スコアに関する０．６の閾値カットオフが、適用された。“診断＋”は、試料が示された（ｉｎｄｉｃｔｅｄ）閾値カットオフを含む示された予後サインを満たした患者を表す。“診断−”は、試料が示された閾値カットオフを満たさなかった患者を表す。患者は、実施例１において述べられた基準に従ってエンザルタミド療法に対する“反応者”または“非反応者”として採点された。 [0059] 図７Ａおよび７Ｂは、同じＴＮＢＣ臨床試験の結果のグラフであり、ここで、基底様亜型に関する患者の遺伝子発現分類器スコアは、患者の反応と相関していた。患者の基底重心分類器スコアに関する０．６５の閾値カットオフが、適用された。“診断＋”は、試料が示された（ｉｎｄｉｃｔｅｄ）閾値カットオフを含む示された予後サインを満たした患者を表す。“診断−”は、試料が示された閾値カットオフを満たさなかった患者を表す。患者は、実施例１において述べられた基準に従ってエンザルタミド療法に対する“反応者”または“非反応者”として採点された。 [0060] 図８Ａおよび８Ｂは、同じＴＮＢＣ臨床試験の結果のグラフであり、ここで、基底様亜型に関する患者の遺伝子発現分類器スコアは、患者の反応と相関していた。患者の基底重心分類器スコアに関する０．７の閾値カットオフが、適用された。“診断＋”は、試料が示された（ｉｎｄｉｃｔｅｄ）閾値カットオフを含む示された予後サインを満たした患者を表す。“診断−”は、試料が示された閾値カットオフを満たさなかった患者を表す。患者は、実施例１において述べられた基準に従ってエンザルタミド療法に対する“反応者”または“非反応者”として採点された。 [0061] 図９Ａおよび９Ｂは、同じＴＮＢＣ臨床試験の結果のグラフであり、ここで、基底様亜型に関する患者の遺伝子発現分類器スコアは、患者の反応と相関していた。患者の基底重心分類器スコアに関する０．８の閾値カットオフが、適用された。“診断＋”は、試料が示された（ｉｎｄｉｃｔｅｄ）閾値カットオフを含む示された予後サインを満たした患者を表す。“診断−”は、試料が示された閾値カットオフを満たさなかった患者を表す。患者は、実施例１において述べられた基準に従ってエンザルタミド療法に対する“反応者”または“非反応者”として採点された。 [0062] 図１０Ａおよび１０Ｂは、同じＴＮＢＣ臨床試験の結果のグラフであり、ここで、基底様亜型に関する患者の遺伝子発現分類器スコアは、患者の反応と相関していた。患者の基底重心分類器スコアに関する０．９の閾値カットオフが、適用された。“診断＋”は、試料が示された（ｉｎｄｉｃｔｅｄ）閾値カットオフを含む示された予後サインを満たした患者を表す。“診断−”は、試料が示された閾値カットオフを満たさなかった患者を表す。患者は、実施例１において述べられた基準に従ってエンザルタミド療法に対する“反応者”または“非反応者”として採点された。 [0063] 図１１は、臨床試験においてエンザルタミドで処置された様々な患者の部分群のエンザルタミドへの反応の図示を含む。反応は、２４週間以上の時点での臨床的有用率（Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｂｅｎｅｆｉｔ Ｒａｔｅ）（ＣＢＲ２４）に関して示されている。部分群は、治療企図（ＩＴＴ）患者；評価可能な患者；ＡＲ染色１０％以上であった乳房腫瘍組織を有する患者（ＩＨＣ ＡＲ＞＝１０％）；乳房腫瘍組織がＰＡＭ５０亜型分類器により非基底様亜型として分類された患者（ＰＡＭ５０ 非基底）；腫瘍が基底様亜型として分類された患者（ＰＡＭ５０ 基底）；ならびに患者の基底重心分類器スコアから＜０．６、≧０．６、＜０．７、≧０．７、＜０．７５および≧０．７５の示されたカットオフを適用することにより分析された患者試料を含む。“ＤＸ−”は、試料が示された閾値カットオフを満たさなかった患者を示す。“ＤＸ＋”は、試料が示された閾値カットオフを満たした患者を示す。図１１において、ＩＨＣ ＡＲ＞＝１０％およびＤＸ＋＜０．６の組み合わせた基準に関するデータも示されている。 [0064] 図１２は、臨床試験においてエンザルタミドで処置された様々な患者の部分群のエンザルタミドに対する反応のさらなる図示である。反応は、２４週間以上の時点での臨床的有用率（ＣＢＲ２４）に関して示されている。部分群は、治療企図（ＩＴＴ）患者；評価可能な患者；１０％以上のＡＲ染色であった乳房腫瘍組織を有する患者（ＩＨＣ ＡＲ＞＝１０％）；およびエンザルタミド療法が療法の最初（第１選択）または２番目（第２選択）として施されている患者を含む。部分群は、さらに、基底重心分類器スコアに対して０．６未満のカットオフを適用することにより分析された患者試料の部分群（“新規ＤＸ＋”）、ならびに基底重心分類器スコアに対して０．６未満のカットオフを適用した第１および第２選択療法からの試料を含む部分群を含む。 [0065] 図１３は、エンザルタミドで処置された患者の無増悪生存中央値（ＭＰＳ）を時間の関数として示すカプラン・マイヤープロットである。曲線は、０．６未満の基底重心分類器スコアの新規予後サイン条件を満たすものとして同定された患者（“新規ＤＸ Ｐｏｓ”）対その定義を満たさなかった患者（“新規ＤＸ Ｎｅｇ”）に対応する。 [0066] 図１４Ａ〜１４Ｄは、ＴＮＢＣの処置に関する薬物エンザルタミドの臨床試験における患者の反応の結果を含む。遺伝子発現分析が、表１のＰＡＭ５０内在性遺伝子セットを用いて患者の乳房腫瘍試料に対して実施された。基底様遺伝子発現重心に対するスピアマンの順位相関が、それぞれの試料に関して評価され、“基底重心分類器スコア”として割り当てられた。ルミナルＡ遺伝子発現重心に対するスピアマンの順位相関が、それぞれの試料に関して評価され、“ルミナルＡ分類器スコア”として割り当てられた。患者試料の加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアが、次の式から決定された： 加重された基底およびルミナルＡ分類器スコア＝−０．２４６８２７５（基底重心分類器スコア）＋０．２６６７１１０（ルミナルＡ重心分類器スコア）。

エンザルタミド反応／無反応データは、以下の加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアカットオフを用いて分析された：＞−０．２（図１４Ａ）、＞−０．２５（図１４Ｂ）、＞−０．３（図１４Ｃ）および＞−０．３５（図１４Ｄ）。そのデータは、図１４Ａ〜１４Ｄにおいて示されている。それぞれの図において、“診断＋”は、試料が示された（ｉｎｄｉｃｔｅｄ）閾値カットオフを含む示された予後サインを満たした患者を表す。“診断−”は、試料が示された閾値カットオフを満たさなかった患者を表す。患者は、実施例１において述べられた基準に従ってエンザルタミド療法に対する“反応者”または“非反応者”として採点された。
[0066] 図１４Ａ〜１４Ｄは、ＴＮＢＣの処置に関する薬物エンザルタミドの臨床試験における患者の反応の結果を含む。遺伝子発現分析が、表１のＰＡＭ５０内在性遺伝子セットを用いて患者の乳房腫瘍試料に対して実施された。基底様遺伝子発現重心に対するスピアマンの順位相関が、それぞれの試料に関して評価され、“基底重心分類器スコア”として割り当てられた。ルミナルＡ遺伝子発現重心に対するスピアマンの順位相関が、それぞれの試料に関して評価され、“ルミナルＡ分類器スコア”として割り当てられた。患者試料の加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアが、次の式から決定された： 加重された基底およびルミナルＡ分類器スコア＝−０．２４６８２７５（基底重心分類器スコア）＋０．２６６７１１０（ルミナルＡ重心分類器スコア）。

エンザルタミド反応／無反応データは、以下の加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアカットオフを用いて分析された：＞−０．２（図１４Ａ）、＞−０．２５（図１４Ｂ）、＞−０．３（図１４Ｃ）および＞−０．３５（図１４Ｄ）。そのデータは、図１４Ａ〜１４Ｄにおいて示されている。それぞれの図において、“診断＋”は、試料が示された（ｉｎｄｉｃｔｅｄ）閾値カットオフを含む示された予後サインを満たした患者を表す。“診断−”は、試料が示された閾値カットオフを満たさなかった患者を表す。患者は、実施例１において述べられた基準に従ってエンザルタミド療法に対する“反応者”または“非反応者”として採点された。
[0067] 図１５は、臨床試験においてエンザルタミドで処置された様々な患者の部分群のエンザルタミドへの反応の図示を含む。反応は、２４週間以上の時点での臨床的有用率（ＣＢＲ２４）に関して示されている。部分群は、治療企図（ＩＴＴ）患者；評価可能な患者；乳房腫瘍組織がＰＡＭ５０亜型分類器により非基底様亜型として分類された患者（ＰＡＭ５０ 非基底）；腫瘍が基底様亜型として分類された患者（ＰＡＭ５０ 基底）；ならびに乳房腫瘍組織試料が加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアに対して＞−０．２、＞−０．２５、＞−０．３、および＞−０．３５の示されたカットオフを適用することにより分析された患者を含む。“ＰＲ−ＡＲ ＤＸ−”は、試料が試料が示された閾値カットオフを満たさなかった患者を示す。“ＰＲ−ＡＲ ＤＸ＋”は、試料が示された閾値カットオフを満たした患者を示す。アンドロゲン受容体阻害剤以外の薬物によるＴＮＢＣの処置のための０〜１回の先行する療法を受けた後（“および０〜１回の先行する療法”）またはアンドロゲン受容体阻害剤以外の薬物によるＴＮＢＣの処置のための２回以上の先行する療法を受けた後（“および２回以上の先行する療法”）にエンザルタミド療法を受ける試験における患者からの試料に関する反応データ（＞−０．２５の加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアカットオフを適用）も、示されている。 [0068] 図１６は、エンザルタミドで処置された患者の無増悪生存を５６週間までの時間の関数として示すカプラン・マイヤープロットである。曲線は、−０．２より大きい加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアのサイン条件を満たすものとして同定された患者（“ＰＲ−ＡＲ ＤＸ＋：＞−０．２”、上の曲線）対−０．２以下の分類器スコアのサイン条件を満たすものとして同定された患者（“ＰＲ−ＡＲ ＤＸ−：＜＝−０．２”、下の曲線）に対応する。 [0069] 図１７は、エンザルタミドで処置された患者の無増悪生存を５６週間までの時間の関数として示すカプラン・マイヤープロットである。曲線は、−０．２５より大きい加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアのサイン条件を満たすものとして同定された患者（“ＰＲ−ＡＲ ＤＸ＋：＞−０．２５”、上の曲線）対−０．２５以下の分類器スコアのサイン条件を満たすものとして同定された患者（“ＰＲ−ＡＲ ＤＸ−：＜＝−０．２５”、下の曲線）に対応する。 [0070] 図１８は、エンザルタミドで処置された患者の無増悪生存を５６週間までの時間の関数として示すカプラン・マイヤープロットである。曲線は、−０．３より大きい加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアのサイン条件を満たすものとして同定された患者（“ＰＲ−ＡＲ ＤＸ＋：＞−０．３”、上の曲線）対−０．３以下の分類器スコアのサイン条件を満たすものとして同定された患者（“ＰＲ−ＡＲ ＤＸ−：＜＝−０．３”、下の曲線）に対応する。 [0071] 図１９は、エンザルタミドで処置された患者の無増悪生存を５６週間までの時間の関数として示すカプラン・マイヤープロットである。曲線は、−０．３５より大きい加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアのサイン条件を満たすものとして同定された患者（“ＰＲ−ＡＲ ＤＸ＋：＞−０．３５”、上の曲線）対−０．３５以下の分類器スコアのサイン条件を満たすものとして同定された患者（“ＰＲ−ＡＲ ＤＸ−：＜＝−０．３５”、下の曲線）に対応する。 [0072] 図２０は、アンドロゲン受容体阻害剤以外の薬物によるＴＮＢＣの処置のための０〜１回の先行する療法を受けた後にエンザルタミドで処置された患者の無増悪生存を示すカプラン・マイヤープロットである。曲線は、−０．２５より大きい加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアのサイン条件を満たすものとして同定された患者（“ＰＲ−ＡＲ ＤＸ＋：＞−０．２５”、上の曲線）対−０．２５以下の分類器スコアのサイン条件を満たすものとして同定された患者（“ＰＲ−ＡＲ ＤＸ−：＜＝−０．２５”、下の曲線）に対応する。 [0073] 図２１Ａおよび２１Ｂは、アンドロゲン受容体阻害剤以外の薬物によるＴＮＢＣの処置のための０〜１回（０〜１先行ライン（Ｐｒｉｏｒ Ｌｉｎｅｓ））または２回以上（２＋先行ライン）の先行する療法を受けている患者におけるＡＲ阻害剤療法に対する反応の予測因子としての＞−０．２５の加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアのカットオフを利用する新規の予後サインの作用のグラフを含む。図２１Ｂの５６人の患者は、−０．２５より大きい加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアのサイン条件を満たすものとして同定された。−０．２５以下の分類器スコアにより同定された６２人の試験患者が、図２１Ａにおいて同定されている。図中のそれぞれの棒は、１人の患者を表す。三角形（“有効”）で印を付けられた患者の棒は、試験において有効である。星で印を付けられた患者の棒は、完全な反応（ＣＲ）または部分的な反応（ＰＲ）を示す。 [0074] 図２２Ａおよび２２Ｂは、それぞれエンザルタミドで処置された患者の無増悪生存中央値（図２２Ａ）（ｍＰＦＳ）および全生存中央値（ｍＯＳ）を時間の関数として示すカプラン・マイヤープロットを含む。曲線は、−０．２５より大きい加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアのサイン条件を満たすものとして同定された患者（“ＰＲ−ＡＲ ＤＸ＋”、上の曲線）対−０．２５以下の分類器スコアのサイン条件を満たすものとして同定された患者（“ＰＲ−ＡＲ ＤＸ−”、下の曲線）に対応する。図２２Ａ：サイン条件を満たしている患者に関してｍＰＦＳ＝１６．１週間；サイン条件を満たしていない患者に関してｍＰＦＳ＝８．１週間。図２２Ｂ：サイン条件を満たしている患者に関してｍＯＳ＝８４週目の時点でＮＹＲ（まだ達していない）；サイン条件を満たしていない患者に関してｍＯＳ＝３２．１週間。 [0075] 図２３は、アンドロゲン受容体阻害剤以外の薬物によるＴＮＢＣの処置のための０〜１回の先行する療法を受けた後にエンザルタミドで処置された患者の無増悪生存を示すカプラン・マイヤープロットである。曲線は、−０．２５より大きい加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアのサイン条件を満たすものとして同定された患者（“ＰＲ−ＡＲ ＤＸ＋：＞−０．２５”、上の曲線）対−０．２５以下の分類器スコアのサイン条件を満たすものとして同定された患者（“ＰＲ−ＡＲ ＤＸ−：＜＝−０．２５”、下の曲線）に対応する。データは、図２０の試験の継続に相当し、図２３では図２０の５６週間の期間を超えて６４週間まで取られた。図２３において、サイン条件を満たしている患者に関してｍＰＦＳ＝４０．４週間；サイン条件を満たしていない患者に関してｍＰＦＳ＝８．９週間。“ＮＹＲ”は、図２３におけるサイン条件を満たしている患者により表されるデータに関する９５％信頼区間（ＣＩ）の記載において、“まだ達していない”を意味する。 [0076] 図２４Ａ、２４Ｂおよび２４Ｃは、それぞれ示された濃度のエンザルタミド（Ｅｎｚａ）、パクリタキセル（ＰＴＸ）またはそれらの組み合わせで処置された際のＴＮＢＣ細胞株ＢＰ５４９、ＭＤＡ−ＭＢ−４３６およびＭＤＡ−ＭＢ−４５３の生存可能性を示す。平均値が、それぞれの株（ｎ＝５）に関して示されている。 [0076] 図２４Ａ、２４Ｂおよび２４Ｃは、それぞれ示された濃度のエンザルタミド（Ｅｎｚａ）、パクリタキセル（ＰＴＸ）またはそれらの組み合わせで処置された際のＴＮＢＣ細胞株ＢＰ５４９、ＭＤＡ−ＭＢ−４３６およびＭＤＡ−ＭＢ−４５３の生存可能性を示す。平均値が、それぞれの株（ｎ＝５）に関して示されている。 [0076] 図２４Ａ、２４Ｂおよび２４Ｃは、それぞれ示された濃度のエンザルタミド（Ｅｎｚａ）、パクリタキセル（ＰＴＸ）またはそれらの組み合わせで処置された際のＴＮＢＣ細胞株ＢＰ５４９、ＭＤＡ−ＭＢ−４３６およびＭＤＡ−ＭＢ−４５３の生存可能性を示す。平均値が、それぞれの株（ｎ＝５）に関して示されている。 [0077] 図２５Ａおよび２５Ｂは、（ｉ）３ｍｇ／ｋｇ／日のエンザルタミド（Ｅｎｚａ）の経口強制摂取（ＰＯ）（ｎ＝１０）、（ｉｉ）６ｍｇ／ｋｇ ＱＭＷＦ（ＩＰ）のパクリタキセル（ＰＴＸ）（ｎ＝７）、または（ｉｉｉ）（ｉ）および（ｉｉ）の組み合わせ（ｎ＝１０）の後ＴＮＢＣ細胞株ＭＤＡ−ＭＢ−４５３の細胞を移植されたＮＯＤ−ＳＣＩＤマウスにおいて誘導された腫瘍の成長を示す。腫瘍体積は、図２５Ａにおいて示された日に測定された。図２５Ａにおけるデータの点は、それぞれの群に関する平均腫瘍体積を表し、エラーバーは、データのＳＥＭを反映している。図２５Ｂにおける腫瘍重量は、３５日目に決定された。 [0077] 図２５Ａおよび２５Ｂは、（ｉ）３ｍｇ／ｋｇ／日のエンザルタミド（Ｅｎｚａ）の経口強制摂取（ＰＯ）（ｎ＝１０）、（ｉｉ）６ｍｇ／ｋｇ ＱＭＷＦ（ＩＰ）のパクリタキセル（ＰＴＸ）（ｎ＝７）、または（ｉｉｉ）（ｉ）および（ｉｉ）の組み合わせ（ｎ＝１０）の後ＴＮＢＣ細胞株ＭＤＡ−ＭＢ−４５３の細胞を移植されたＮＯＤ−ＳＣＩＤマウスにおいて誘導された腫瘍の成長を示す。腫瘍体積は、図２５Ａにおいて示された日に測定された。図２５Ａにおけるデータの点は、それぞれの群に関する平均腫瘍体積を表し、エラーバーは、データのＳＥＭを反映している。図２５Ｂにおける腫瘍重量は、３５日目に決定された。

[0078] 本発明は、ＴＮＢＣで苦しんでいる対象においてＴＮＢＣを処置する方法を提供し、ここで、ＴＮＢＣで苦しんでいる対象の乳癌細胞は、下記でより詳細に記載される内在性遺伝子の特定のセットのそれらの細胞による発現に由来する点数により特性付けられる。本発明は、ＴＮＢＣで苦しんでいる患者に関する療法の過程としての投与に関してＡＲ阻害剤を含むＴＮＢＣ処置が推奨される（有効である可能性が高いと考えられる）かどうかを評価する方法も提供する。従って、本発明は、一態様において、アンドロゲン受容体阻害剤の使用を含むトリプルネガティブ乳癌に関する処置を評価する方法を提供し、その方法は、対象から得られた生物学的試料をアッセイしてその対象から得られた生物学的試料が基底様亜型として分類されるかまたは他の亜型として分類されるかを決定することを含む。生物学的試料が基底様亜型以外として分類される場合、アンドロゲン受容体阻害剤を含む乳癌処置は、その試料が基底様亜型として分類された場合よりも、有効である可能性がより高い。従って、本発明は、一態様において、以前に基底様亜型以外として分類された乳癌細胞を含む癌を有する対象においてトリプルネガティブ乳癌を処置する方法を提供する。その方法は、アンドロゲン受容体阻害剤を含む乳癌処置を対象に施し、それにより対象においてトリプルネガティブ乳癌を処置することを含む。

[0079] 本発明は、さらに、ＴＮＢＣ患者がＡＲ阻害剤療法を含む処置を受けるべきかどうかを決定し、次いでその決定に基づいて最適なＡＲ阻害剤処置をその患者に施すことによりＴＮＢＣを処置する方法を提供する。本明細書で参照される試験は、免疫組織化学（ＩＨＣ）によりＡＲ受容体に関して陽性である腫瘍組織染色を含む患者試料に対して実施されたが、本発明の範囲は、ＡＲ（＋）ＴＮＢＣの処置および予後に限定されない。

[0080] 内在性遺伝子分析に基づく乳房腫瘍の研究は、乳癌の５種類の異なる亜型を同定している：ルミナルＡ（ＬｕｍＡ）、ルミナルＢ（ＬｕｍＢ）、ＨＥＲ２富化（Ｈｅｒ−２−Ｅ）、基底様、および正常様(Perou et al. Nature, 406(6797):747-52 (2000); Sorlie et al. PNAS, 98(19):10869-74 (2001))。ＨＥＲ２富化亜型は、本明細書において“ＨＥＲ２”により言及される可能性があり、後者は、ＨＥＲ２富化亜型も意味することは、理解されている。基底様亜型は、本明細書において“基底”と呼ばれる可能性もあり、後者は、基底様亜型も意味することは、理解されている。従って、乳癌試料または細胞は、細胞または試料を前記の亜型に割り当てることにより“分類される”。乳癌試料または細胞は、否定的な用語で“分類される”と考えられることもでき、すなわち、細胞または試料は、その細胞または試料がＬｕｍＡ、ＬｕｍＢ、ＨＥＲ２、または正常様亜型のものであると決定されたら、“非基底”または“基底以外”と分類されることができる。

[0081] 我々は、意外にも、基底様亜型の存在がＴＮＢＣにおけるＡＲ阻害剤を用いた処置に対する臨床的無反応の可能性を示していることを見出している。我々は、０．９以下の基底重心分類器スコアはＡＲ阻害剤に対する臨床的反応の可能性を示していることを見出している。我々は、意外にも、ＴＮＢＣ患者からの生物学的試料に対して実施された基底様およびルミナルＡ亜型分析に基づく実験的に決定された加重されたスコアは、ＡＲ阻害剤を用いた処置に対する臨床的反応の可能性を示していることも、見出している。従って、一態様において、アッセイが、乳癌亜型を決定するために、ＴＮＢＣを患っている患者からの生物学的試料に対してそのように実施される。別の態様において、アッセイが、基底重心分類器スコア、または基底重心分類器スコアおよびルミナルＡ分類器スコアの両方を決定するために、ＴＮＢＣを患っている患者からの生物学的試料に対して実施される。

[0082] 生物学的試料が基底様亜型以外の亜型として分類されるかどうかを決定するためのアッセイは、基底様亜型の存在を決定するためのアッセイを含むことができ；否定的な結果は、非基底亜型を示す。基底様亜型の存在を同定することができるあらゆるアッセイが、この目的のために利用されることができる。トリプルネガティブ癌のおおよそ７０〜９０％が、基底様乳癌であることが明らかになり(Bertucci et al., Int. J. Cancer 2008, 123, 236-240; Wang et al,. Eur. J. Clin. Invest. 2008, 38, 438-446)、トリプルネガティブ表現型は、基底様亜型に関する代用として用いられてきた。しかし、研究は、トリプルネガティブおよび基底様乳房腫瘍は同義ではないことを示している。例えば、Choo and Nielsen, Cancers 2010, 2, 1040-1065を参照。従って、基底様亜型を同定するためのアッセイの選択において注意が払われなければならない。

[0083] 最近、基底様亜型に特徴的であることが分かっている以下のプロフィールに頼る基底様亜型に関するアッセイが、発表された：ＥＲ陰性、ＨＥＲ２陰性、ならびにサイトケラチン５／６および／またはＨＥＲ１陽性。従って、４種類の抗体のパネル（ＥＲ、ＨＥＲ１、ＨＥＲ２、およびサイトケラチン５／６）が、乳房基底様腫瘍を同定するための免疫組織化学的プロフィールとして提案されている(Nielsen et al., Clinical Cancer Research 2014; 10:5367-5374)。

[0084] 基底様およびルミナルＡ亜型分析は、内在性遺伝子の発現を乳癌分類のための分類器遺伝子として利用する遺伝子発現アッセイの手段により実施される。Perou et al. (2000) Nature 406:747-752において記載されているような内在性遺伝子が、同じ個人からの生物学的試料の複製の間での発現における低い変動および異なる個人からの試料にわたる発現における高い変動を有するように、統計学的に選択される。本発明は、ＰＡＭ５０遺伝子発現アッセイ(Parker et al. J Clin Oncol., 27(8):1160-7 (2009)および米国特許出願公開第２０１１／０１４５１７６号、両方とも参照によりそのまま本明細書に援用される）を利用する。ＰＡＭ５０遺伝子発現アッセイは、乳癌の内在性亜型（ルミナルＡ、ルミナルＢ、ＨＥＲ２富化、基底様、および正常様）を標準的な生物学的試料、例えばホルマリン固定されパラフィン包理された腫瘍組織から同定するために用いられることができる。ＰＡＭ５０遺伝子発現分類器は、乳癌を５０遺伝子の内在性遺伝子サインを用いて５種類の前記の分子亜型の１つに分類するための、監督された重心ベースの予測法である。

[0085] Parker et al.において、そして米国特許出願公開第２０１１／０１４５１７６号において、ならびに米国特許出願公開第２０１３／０００４４８２号において記載されているように、ＰＡＭ５０遺伝子発現アッセイ法は、監督されたアルゴリズムを利用して対象の試料を乳癌の内因性亜型に従って分類する。本明細書において“ＰＡＭ５０分類モデル”または“ＰＡＭ５０分類器”と呼ばれるこのアルゴリズムは、乳癌の内因性亜型を分類するために同定された５０の内在性遺伝子の定められた部分集合の遺伝子発現プロフィールに基づく。遺伝子の部分集合は、それらの検出に特異的なプライマーと共に、米国特許出願公開第２０１３／０００４４８２号の表１において提供されており、下記で本開示の表１として再現されている。同じ５０の内在性遺伝子の選択配列が、下記の表２において示されている。公開第２０１３／０００４４８２号の全開示が、参照により本明細書に援用される。

[0086] 表１の５０種類の亜型予測遺伝子のセットの発現の検出および推定は、あらゆる適切な手段により実施される。
[0087] ＰＡＭ５０遺伝子発現分類器は、アルゴリズムを“訓練する”ための客観的に選択された原型試料のプロフィールに基づいて開発された監督された予測アルゴリズムを用いることにより作動する。試料は、拡張された内在性遺伝子のセットを米国特許公開第２００９／０２９９６４０号において開示されている方法に従って用いて選択および亜型分類され、その全開示は、参照により本明細書に援用される。訓練試料を亜型に従って階層化した後、重心ベースの予測アルゴリズムが、表１において記載されている内在性遺伝子のセットの発現プロフィールに基づいてそれぞれの分子亜型に関する重心を構築するために用いられる。重心は、それぞれの亜型（または“クラス”）におけるそれぞれの遺伝子に関する平均遺伝子発現をその遺伝子に関するクラス内での標準偏差で割ったものである。最も近い重心分類は、新規の試料の遺伝子発現プロフィールを受け取り、それをこれらのクラスの重心のそれぞれに対して比較する。亜型予測は、それぞれの試験事例のＰＡＭ５０亜型の５つの重心に対するスピアマンの順位相関を計算し、試料を最も近い重心に基づいて亜型に割り当てることにより行われる。

[0088] 患者試料をＰＡＭ５０亜型に割り当てることを必ずしも含まない一態様によれば、基底様遺伝子発現重心に対するスピアマンの順位相関が、決定される。試料および基底様重心の間のスピアマンの順位相関は、“基底重心分類器スコア”として割り当てられる。ルミナルＡ遺伝子発現重心に対するスピアマンの順位相関が、決定される。試料およびルミナルＡ重心の間のスピアマンの順位相関は、“ルミナルＡ重心分類器スコア”として割り当てられる。ＰＡＭ５０ベースのサインを利用して基底重心分類器スコアおよびルミナルＡ重心分類器スコアを提供するための方法は、当業者に既知である。例えば、米国特許出願公開第２００９／０２９９６４０号；Parker et al., J Clin. Oncol., 27(8):1160-7 (2009)；米国特許出願公開第２０１１／０１４５１７６号を参照。例えば、参照により本明細書に援用されるPrat et al., British Journal of Cancer, (2014) 111, 1532-1541も参照。

[0089] 我々は、ＡＲ阻害剤エンザルタミドにより処置されたＴＮＢＣ患者の臨床試験により実証されたように、０．９以下の基底重心分類器スコアはＡＲ阻害剤への臨床的反応の可能性を示していることを見出している。ある態様において、０．９以下、０．２〜０．８、０．４〜０．７の基底重心分類器スコアが、ＡＲ阻害剤に対する臨床的反応の可能性を予測するために用いられる。一態様において、０．６以下の基底重心分類器スコアが、ＡＲ阻害剤に対する臨床的反応の可能性を予測するために用いられる。

[0090] 我々は、さらに、基底重心分類器スコアおよびルミナルＡ重心分類器スコアは、特定の実験的に定められた重み係数に対して組み合わせた際に、個々のＴＮＢＣ患者におけるアンドロゲン受容体阻害剤療法に対する反応性をさらに予測するために用いられることができるスコア（“加重された基底およびルミナルＡ分類器スコア”）を提供することを、見出している。加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアは、次の方程式から決定される：
加重された基底およびルミナルＡ分類器スコア＝
−０．２５（基底重心分類器スコア）＋０．２７（ルミナルＡ重心分類器スコア）。

[0091] ある態様において、加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアを決定するための方程式は、次の形をとる：
加重された基底およびルミナルＡ分類器スコア＝−０．２４６８２７５（基底重心分類器スコア）＋０．２６６７１１０（ルミナルＡ重心分類器スコア）。

[0092] ＡＲ阻害剤エンザルタミドで処置されたＴＮＢＣ患者の臨床試験により実証されたように、加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアが−０．３より大きい場合、患者は、ＡＲ阻害剤療法に反応する可能性が高い患者として同定される。あるいは、加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアが−０．２より大きい場合、患者は、やはりＡＲ阻害剤療法に反応する可能性が高い患者として同定されることができる。−０．２５をＡＲ阻害剤療法に対する反応性を予測するためのカットオフとして選択することにより、増大した正確さが得られる。従って、好ましい態様において、加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアが−０．２５より大きい場合、患者は、ＡＲ阻害剤療法に反応する可能性が高い患者として同定される。ＴＮＢＣ患者が、加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアの決定により、ＴＮＢＣに関するＡＲ阻害剤療法に反応する可能性が高い患者として同定された場合、適切なＡＲ阻害剤療法が、その患者におけるＴＮＢＣの状態を処置するために施されることができる。

[0093] ＡＲ阻害剤療法に対する患者の反応を予測するための加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアの有用性が、図１４Ａ〜１４Ｄおよび図１５において図説されている。その図は、臨床試験においてエンザルタミドで処置された様々なＴＮＢＣ患者の部分群のエンザルタミドに対する反応の図示を含む。エンザルタミド療法に対する患者の反応性は、加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアと相関していた（加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアに＞−０．２（図１４Ａ）、＞−０．２５（図１４Ｂ）、＞−０．３（図１４Ｃ）、および＞−０．３５（図１４Ｄ）の一連のカットオフを適用）。図１４Ａ〜Ｄにおける“診断−”および図１５における“ＰＲ−ＡＲ ＤＸ−”は、試料が示された加重された基底およびルミナルＡ分類器スコア閾値カットオフを満たさなかった患者を示す。図１４Ａ〜Ｄにおける“診断＋”および図１５における“ＰＲ−ＡＲ ＤＸ＋”は、試料が示された閾値カットオフを満たした患者を示す。データの考察から明らかであるように、−０．２５より大きい加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアは、ＴＮＢＣ患者のエンザルタミド療法に対する反応性の予測において最高レベルの正確さを提供し、−０．２より大きい、または−０．３より大きい、の基準も、許容可能な結果を提供した。

[0094] 患者の反応ならびに加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアの間の相関は、さらに、エンザルタミドで処置されたＴＮＢＣ患者の無増悪生存を５６週間までの時間の関数として示す図１６〜１９のカプラン・マイヤープロットにおいて図説されている。図１６における曲線は、−０．２より大きい加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアのサイン条件を満たすものとして同定された患者（“ＰＲ−ＡＲ ＤＸ＋：＞−０．２”、上の曲線）対−０．２以下の分類器スコアのサイン条件を満たすものとして同定された患者（“ＰＲ−ＡＲ ＤＸ−：＜＝−０．２”、下の曲線）に対応する。図１７、１８および１９は、図１６に類似しており、ここで、−０．２５より大きい（図１７）、−０．３より大きい（図１８）、および−０．３５より大きい（図１９）のサイン条件が課せられた。それぞれの個々のプロット上のそれぞれの曲線の間の垂直方向分離の大きさは、患者の加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアならびに無増悪生存の間の相関の正確さの尺度であることが、理解されることができる。これに基づいて、さらに、図１６〜１９の比較から、−０．２５より大きい加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアの基準の適用（図１７）は、加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアのＴＮＢＣ患者のエンザルタミド療法への反応性に対する相関における最高の正確さを提供し、−０．２より大きい（図１６）または−０．３より大きい（図１８）の基準も、許容可能な結果をもたらしたことが、理解されることができる。

[0095] ＴＮＢＣに関するＡＲ阻害剤療法への反応性の予測因子としての新規の加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアは、先行するＴＮＢＣ療法を受けなかった患者または１ラウンドより多くない先行するＴＮＢＣ療法を受けている患者のどちらにおいてもさらに大きい正確さを達成することも分かった。図２０および図１７の比較から理解されることができるように、０〜１回の先行する療法の患者群（図２０）対全ての試験患者のより大きい群（図１７）において−０．２５より大きい加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアの基準を課すことは、図１７における曲線の間の垂直方向分離に対する図２０における曲線の間のより大きい垂直方向分離により明らかであるように、結果としてエンザルタミド療法に反応する患者の同定において増大した正確さをもたらした。その傾向は、さらに図２３においても観察され、ここで、図２０の試験対象における無増悪生存時間は、図２０における５６週間を超えて、図２３では６４週間までであることが、示されている。

[0096] この結果は、図２１Ａおよび２１Ｂにおいても図説されており、それは、−０．２５より大きい加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアのサイン条件を満たすものとして同定された５６人の患者（図２１Ｂ）対−０．２５以下の分類器スコアにより同定された６２人の患者（図２１Ａ）に関する疾患の進行のない処置における時間の長さ（無増悪生存）を示している。それぞれの棒は、患者を表す。患者は、エンザルタミド処置の前にアンドロゲン受容体阻害剤以外の薬物による０または１回の先行するＴＮＢＣ療法を受けた（０〜１先行ライン）か、またはアンドロゲン受容体阻害剤以外の薬物による２回以上の先行する療法を受けた（２＋先行ライン）かのどちらかであった。三角形（“有効”）で印を付けられている患者の棒は、試験において有効である。星で印を付けられている患者の棒は、完全な反応（ＣＲ）または部分的な反応（ＰＲ）を示す。疾患の進行のない処置における時間の最高値（ｂｅｓｔ ｔｉｍｅ）は、１回の療法の先行ラインを受けたかまたは療法の先行ラインを受けていない反応者の患者において明らかである（図２１Ｂ）。

[0097] 患者の反応および加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアの間の相関は、図２２Ａおよび２２Ｂのカプラン・マイヤープロットにおいてさらに図説されており、それは、試験患者の無増悪生存中央値（ｍＰＦＳ）（図２２Ａ）および全生存中央値（ｍＯＳ）（図２２Ｂ）のエンドポイントを比較している。図２２Ａおよび２２Ｂにおける曲線は、−０．２５より大きい加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアのサイン条件を満たすものとして同定された患者（“ＰＲ−ＡＲ ＤＸ＋”、上の曲線）対−０．２５以下の分類器スコアのサイン条件を満たすものとして同定された患者（“ＰＲ−ＡＲ ＤＸ−”、下の曲線）に対応する。従って、結果は、−０．２５より大きい加重された基底およびルミナルＡ分類器のスコアは無増悪生存に加えて全生存と相関していることを、示している。予後サイン条件を満たさない患者は、８．１週間の無増悪生存中央値および３２．１週間の全生存中央値により特性付けられた。対照的に、予後サイン条件を満たしている患者は、１６．１週間の無増悪生存中央値および８４週目の時点でまだ達していない全生存中央値（ｍＯＳ ＮＹＲ）により特性付けられた。

遺伝子発現検出
[0098] ＴＮＢＣ患者の基底重心分類器スコアまたは加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアの決定における第１工程として、表１の内在性遺伝子セットの遺伝子の遺伝子発現検出が、患者の試料に対して、内在性遺伝子のＲＮＡ転写産物またはその発現産物の量または存在を検出するためのあらゆる方法により実施される。そのような方法は、本明細書に参照により援用される米国特許出願公開第２００９／０２９９６４０号および第２０１３／０００４４８２号において記載されている。それらは、例えば、ポリヌクレオチドのハイブリダイゼーション分析に基づく手段、方法、ポリヌクレオチドの配列決定に基づく方法、免疫組織化学の方法、およびプロテオミクスベースの方法を含む。その方法は、一般に、表１において列挙されている内在性遺伝子の発現産物（例えばｍＲＮＡ）を検出する。

[0099] 遺伝子発現をアッセイするための方法としてのＲＮＡ配列決定が、一態様において利用されることができる。内在性遺伝子セットの遺伝子発現に関するアッセイは、リアルタイムＰＣＲ、マイクロアレイ、マイクロ流体遺伝子発現、および標的化遺伝子配列決定を含むがそれらに限定されない遺伝子発現／定量化を評価するために用いられる他の技術により実施されることもできる。そのような方法は、例えば、ポリヌクレオチドのハイブリダイゼーション分析、ポリヌクレオチドの配列決定に基づく方法、免疫組織化学的方法、およびプロテオミクスベースの方法を含む。ＰＣＲベースの方法、例えば逆転写ＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）(Weis et al., TIG 8:263-64, 1992)、およびアレイベースの方法、例えばマイクロアレイ(Schena et al., Science 270:467-70, 1995)が、用いられることができる。

[00100] ＲＮＡ抽出のための一般的な方法は、当該技術で周知であり、Ausubel et al.編集, Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, New York 1987-1999を含む分子生物学の標準的な教本において開示されている。パラフィン包埋された組織からのＲＮＡ抽出のための方法は、例えば、Rupp and Locker, Lab Invest. 56:A67, (1987);およびDe Andres et al., Biotechniques 18:42-44, (1995)において開示されている。単離されたＲＮＡは、ＰＣＲ分析およびプローブアレイを含むがそれらに限定されないハイブリダイゼーションまたは増幅アッセイにおいて用いられることができる。試料における内在性遺伝子の発現産物のレベルの決定は、例えばＲＴ−ＰＣＲ（米国特許第４，６８３，２０２号）、リガーゼ連鎖反応、自家持続配列複製法、転写増幅、ローリングサークル複製、および核酸増幅法を利用する他の方法による核酸増幅、続いて当業者に周知の技法を用いる増幅された分子の検出も含むことができる。

[00101] マイクロアレイは、発現プロファイリングのために用いられることができる。それぞれのアレイは、固体支持体に結合した捕捉プローブの再現性のあるパターンを含む。標識されたＲＮＡまたはＤＮＡが、アレイ上の相補的プローブにハイブリダイズし、次いでレーザー走査により検出される。アレイ上のそれぞれのプローブに関するハイブリダイゼーション強度が検出され、相対的遺伝子発現レベルを表す定量値に変換される。例えば、米国特許第６，０４０，１３８号、第５，８００，９９２号および第６，０２０，１３５号、第６，０３３，８６０号、および第６，３４４，３１６号を参照。高密度オリゴヌクレオチドアレイは、試料中の多数のＲＮＡに関する遺伝子発現プロフィールを決定するために特に有用である。

[00102] 内在性遺伝子セットの分析のための総ＲＮＡは、生物学的試料、例えば腫瘍から単離されることができる。ＲＮＡの源が原発腫瘍である場合、ＲＮＡ（例えばｍＲＮＡ）は、例えば凍結された、または保管されたパラフィン包理および固定された（例えばホルマリン固定された）組織試料（例えば病理学者に手引きされた組織コア試料）から抽出されることができる。

遺伝子分析およびデータ処理
[00103] 内在性遺伝子セットからの患者試料の遺伝子発現データは、例えば配列データのアラインメント、データの正規化およびデータの平均センタリングを達成するために、既知の技法により前処理されることができる。正規化の方法は、例えば以下の方法を含む：（ｉ）アレイ上の全ての遺伝子を用いる包括的正規化；（ｉｉ）一定して発現されているハウスキーピング／インバリアント遺伝子を用いるハウスクリーニング遺伝子正規化；および（ｉｉｉ）ハイブリダイゼーションの間に添加された既知の量の外来性の対照遺伝子を用いる内部対照正規化(Quackenbush Nat. Genet. 32 (補遺), 496-501 (2002))。遺伝子計数の推定値は、一定の四分位値、例えば一定の上位四分位値に対して正規化されることもできる。結果として得られる正規化された遺伝子発現の推定値は、次いで、それぞれの遺伝子の発現値の中央値が既知の部分集合、例えばＴＮＢＣ患者からの遺伝子の部分集合の中央値と同等であるように調節されることができる。

[00104] 一態様によれば、ＰＡＭ５０分類器による処理のための患者試料の発現データは、まずアラインメントおよびデータセンタリング技法により前処理される。ＲＮＡ配列データは、まずヒト（ホモ・サピエンス）ゲノム配列ｈｇ１９(https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway?db=hg19) (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/GCF_000001405.25/)に対して例えばＭａｐＳｐｌｉｃｅ(Nucleic Acids Res. 2010 Oct;38(18):e178. doi: 10.1093/nar/gkq622)を用いてアラインメントされる。遺伝子およびイソ型のレベル計数は、例えば期待値最大化によるＲＮＡ−Ｓｅｑ（ＲＳＥＭ）(http://deweylab.biostat.wisc.edu/rsem/)を用いて推定されることができる。遺伝子計数の推定値は、一定の上位四分位値に対して正規化される。次いで、結果として得られた正規化された遺伝子発現の推定値は、それぞれの遺伝子の発現値の中央値が“Comprehensive Molecular Portraits of Human Breast Tumors”The Cancer Genome Atlas Network, Nature 490, 61-70 (October 4, 2012) (http://www.nature.com/nature/journal/v490/n7418/full/nature11412.html)において報告されたＴＣＧＡ ＲＮＡ−Ｓｅｑデータのトリプルネガティブ部分集合の中央値と同等であるように調節されることができる。

[00105] 前処理後、ＰＡＭ５０遺伝子アレイからの患者試料の発現データは、内在性遺伝子セットデータを処理するための既知の技法に従って処理される。ＰＡＭ５０内在性遺伝子セットからの患者試料の遺伝子発現データの処理に関する完全な指示が、少なくとも以下において詳細に記載されており、本明細書では要約としてを除いて詳述されないであろう：Parker et al. J Clin Oncol., 27(8):1160-7 (2009)；米国特許出願公開第２０１１／０１４５１７６号；および米国特許出願公開第２０１３／０００４４８２号。（米国特許出願公開第２０１３／０００４４８２号は、特にＰＡＭ５０分類器による患者の腫瘍のＨＥＲ２亜型への分類に頼って乳癌の対象のアントラサイクリン療法への可能性のある反応性をスクリーニングするためのＰＡＭ５０分類器の適用を記載している。）基底様遺伝子発現重心に対するスピアマンの順位相関が、決定される。試料および基底様重心の間のスピアマンの順位相関が、基底重心分類器スコアとして割り当てられる。ルミナルＡ遺伝子発現重心に対するスピアマンの順位相関が、決定される。試料およびルミナルＡ重心の間のスピアマンの順位相関が、ルミナルＡ重心分類器スコアとして割り当てられる。次いで、そのように決定された基底重心分類器スコアおよびルミナルＡ重心分類器スコアが、次の方程式：
加重された基底およびルミナルＡ分類器スコア＝
−０．２５（基底重心分類器スコア）＋０．２７（ルミナルＡ重心分類器スコア）
中に挿入されて、患者の試料に関する加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアを提供する。

試料
[00106] 内在性亜型分類の分析のための試料は、癌細胞または組織、例えば乳房組織試料または原発性乳房腫瘍組織試料を含む生物学的試料を含むことができる。ある態様において、生物学的試料は、乳房組織または細胞を含む。“生物学的試料”により、内在性遺伝子の発現が検出されることができる細胞、組織、または体液のあらゆる採取試料（ｓａｍｐｌｉｎｇ）が意図されている。そのような生物学的試料の例は、生検およびスメアを含むが、それらに限定されない。本開示において有用な体液は、血液、リンパ液、尿、唾液、乳頭吸引液、乳管洗浄細胞診からの流体、婦人科学的流体、もしくはあらゆる他の体分泌物またはそれらの派生物を含む。血液は、全血、血漿、血清、または血液のあらゆる派生物を含むことができる。ある態様において、生物学的試料は、乳房細胞を含み、特に、生検からの乳房組織、例えば乳房腫瘍組織試料を含むことができる。生物学的試料は、対象から、例えば領域を擦り取る、もしくは綿棒で拭くことによる技法、針を用いて細胞もしくは体液を吸引することによる技法、または組織試料を取り出すことによる技法（すなわち生検）を含む様々な技法により得られることができる。様々な生物学的試料を収集するための方法は、当該技術で周知である。ある態様において、乳房組織試料は、例えば微細針吸引生検、コア針生検、または摘出生検により得られる。別の態様において、流体は、乳管洗浄細胞診により得られる。細いカテーテルが、乳管の自然な開口部中に挿入される。次いで、生理食塩水溶液が、管をすすぐためにカテーテルを通して注入され、それは管の内張り（ｌｉｎｉｎｇ）から細胞を解す。解れた細胞を含有する溶液は、カテーテルを通して引き出され、生検を受ける。固定および染色溶液が、標本を保存するために、そして試験を促進するために、細胞または組織に適用されることができる。一態様において、生物学的試料は、ホルマリン固定され、パラフィン包理された乳房組織試料、特に原発乳房腫瘍試料である。様々な態様において、組織試料は、病理学者に手引きされた組織コア試料から得られる。

療法剤
[00107] アンドロゲン受容体阻害剤は、アンドロゲン受容体（ＡＲ）シグナル伝達経路を直接または間接的に阻害する。一態様において、ＡＲ受容体の直接的な阻害剤は、エンザルタミド、ビカルタミド（Ｃａｓｏｄｅｘ）、フルタミド、ニルタミド、ＡＲＮ５０９等を含む。別の態様において、ＡＲ受容体の間接的な阻害剤は、Ｃｙｐ１７阻害剤、例えばケトコナゾール、酢酸アビラテロン、ＶＮ／１２４−１（ＴＯＫ−００１）、オルテロネル（ｏｒｔｅｒｏｎｅｌ）（ＴＡＫ−７００）等を含む。別の態様において、ＡＲ阻害剤は、フィナステリド、ガレテロン、酢酸シプロテロン、およびアンダリン等を含む。アンドロゲン受容体阻害剤は、結果としてアンドロゲン受容体の生物学的活性の完全または部分的な阻害をもたらし得る。

[00108] 好ましい態様において、ＡＲ阻害剤は、エンザルタミド（Ｘｔａｎｄｉ（登録商標））であり、それは、系統（ＩＵＰＡＣ）名４−（３−（４−シアノ−３−（トリフルオロメチル）フェニル）−５，５−ジメチル−４−オキソ−２−チオキソイミダゾリジン−１−イル）−２−フルオロ−Ｎ−メチルベンズアミドを有し、アンドロゲン受容体（ＡＲ）に直接結合し、３つの活性部位を有する。それは、アンドロゲン類のＡＲへの結合を阻害し、ＡＲの核移行を阻害し、そしてＡＲに媒介されるＤＮＡ結合を阻害する。

[00109] 特定の態様において、アンドロゲン受容体阻害剤を含む乳癌処置は、さらに、アンドロゲン受容体阻害剤ではない１種類以上の他の抗癌剤を含む。ＡＲ阻害剤療法と合わせて患者に投与されることもできるそのような非ＡＲ阻害剤抗癌剤は、例えば、シクロホスファミド、フルオロウラシル（または５−フルオロウラシルもしくは５−ＦＵ）、メトトレキサート、チオテパ、カルボプラチン、シスプラチン、タキサン類、パクリタキセル、タンパク質結合パクリタキセル、ドセタキセル、ビノレルビン、タモキシフェン、ラロキシフェン、トレミフェン、フルベストラント、ゲムシタビン、イリノテカン、イキサベピロン、テモゾロミド（ｔｅｍｏｚｏｌｍｉｄｅ）、トポテカン、ビンクリスチン、ビンブラスチン、エリブリン、ムタマイシン（ｍｕｔａｍｙｃｉｎ）、カペシタビン、アナストロゾール、エキセメスタン、レトロゾール、ロイプロリド、アバレリクス、ブセレリン（ｂｕｓｅｒｅｌｉｎ）、ゴセレリン、酢酸メゲストロール、リセドロネート、パミドロネート、イバンドロネート、アレンドロネート、デノスマブ、ゾレドロネート、トラスツズマブ、タイケルブもしくはベバシズマブ、またはそれらの組み合わせを含む。

[00110] 一態様において、非ＡＲ阻害剤抗癌剤は、パクリタキセルである。一態様において、ＡＲ阻害剤は、エンザルタミドであり、かつ非ＡＲ阻害剤抗癌剤は、パクリタキセルである。本明細書において以下で記載されるように、エンザルタミドおよびパクリタキセルの組み合わせは、結果として、−０．２５より大きい加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアからなる予後マーカーに関して陽性である腫瘍細胞におて高められた細胞毒性をもたらすことが分かっている。

[00111] １種類以上のＡＲ阻害剤の療法上有効量が、ＡＲ阻害剤を癌の処置において投与する際に典型的に用いられる投与および処置計画を利用して、ＴＮＢＣを処置するために、本発明に従って対象に投与される。ＡＲ阻害剤は、本明細書で記載される乳癌処置において、そのような薬剤が典型的に投与される経路により投与されることができる。１つのそのようなＡＲ阻害剤であるエンザルタミドに関する代表的な計画は、１日１回経口で１６０ｍｇ／日である。剤形は、例えばカプセルを含むことができる。１日量は、例えば１６０ｍｇのエンザルタミドを含むカプセルの形態で投与されることができる。別の態様において、それぞれが４０ｍｇのエンザルタミドを含む４個のカプセルが、投与される。より低い、またはより高い用量が、利用されることができる。非ＡＲ阻害剤である薬剤は、乳癌の処置において用いられるような薬剤に関する周知の投与量および処置計画に従って投与される。

[00112] 本発明の実施は、以下の限定的でない実施例により説明される。

実施例１
臨床試験プロトコル
[00113] 腫瘍がアンドロゲン受容体陽性（ＡＲ＋）かつトリプルネガティブである患者におけるエンザルタミド処置の臨床的有用性を決定するために、臨床試験が実施された。この試験では、ＡＲ＋は、免疫組織化学（ＩＨＣ）によるあらゆる核ＡＲ染色として定義されており、ＴＮＢＣは、エストロゲン受容体（ＥＲ）およびプロゲステロン受容体（ＰｇＲ）に関するＩＨＣによる１％未満の染色、ヒト上皮成長因子受容体２（ＨＥＲ２）に関するＩＨＣによる０もしくは１＋、または２＋ＩＨＣ疾患に関するインサイチュハイブリダイゼーション（ＩＳＨ）によるＨＥＲ２増幅に関する陰性として定義されている。ＡＲ染色は、それぞれが個々に乳癌組織に対して最適化された２種類の異なる抗体を用いるＩＨＣにより実施された。エンザルタミド（１６０ｍｇ／日）は、４個の４０ｍｇ軟ゼラチンカプセルとして、１日１回、食物と共に、または食物を伴わずに経口投与された。患者は、処置が試験プロトコルにおいて明記されている他の理由により中止されない限り、固形腫瘍における反応評価基準（Ｒｅｓｐｏｎｓｅ Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ Ｃｒｉｔｅｒｉａ ｉｎ Ｓｏｌｉｄ Ｔｕｍｏｒｓ）バージョン１．１（ＲＥＣＩＳＴ １．１）に従う疾患進行が実証されるまで、エンザルタミドを与えられた。試験期間は、プレスクリーニング（患者は、彼らの疾患の過程におけるあらゆる時点においてＡＲ発現に関する試験のために組織を提出するという同意に署名することができた）；スクリーニング（試験薬物の最初の用量の前の２８日間）；処置（１日目〜中止まで）；安全性の追跡（試験薬物の最後の用量後または新規の抗腫瘍処置の開始前（いずれか早い方）のおおよそ３０日間）；および長期の追跡（処置の中止後３〜６ヵ月ごとの、その後の乳癌療法および生存状態の評価）を含んでいた。客観的反応−完全な反応（ＣＲ）または部分的な反応（ＰＲ）が、研究者によりＲＥＣＩＳＴ １．１に従って決定された。

[00114] 試験は、サイモンの２ステージ試験であり、ここで、試験をより大きい規模へと拡張する前に、最低限の有用性が、予め定められた患者集団において要求された。ステージ１において、４２人の患者が、予め定められた２６人の評価可能な患者を得るために試験に登録された。ステージ２に進むための必要な臨床的有用性が、ステージ１において観察され、追加の７６人の患者が、全体で合計１１８人の患者に関して登録された。アンドロゲン受容体シグナル伝達阻害剤を用いた先行する処置を受けており、中枢神経系（ＣＮＳ）転移を有していた患者は、除外された；先行する療法の数に対する制限は存在せず、患者が測定可能な疾患または骨のみの測定不能な疾患を有する患者は、適格であった。１６週間における臨床的有用率（ＣＢＲ１６）は、完全緩解（ＣＲ）の最高の反応、部分的反応（ＰＲ）または安定疾患（ＳＤ）≧１６週間（ＣＢＲ１６）を有する評価可能な患者の割合として定義された。２４週間以上の臨床的有用率（ＣＢＲ１６）も、評価された。

[00115] ステージ１において、４２人の患者が、２６人の評価可能な患者（ｎ＝２６）を得るために登録された。評価可能な患者は、腫瘍の１０％以上におけるＡＲ染色および少なくとも１回のポストベースライン腫瘍評価の両方を有する患者であった。治療企図（ＩＴＴ）集団（ステージ１におけるｎ＝４２）は、中心的に評価されたＡＲ＋ ＴＮＢＣを有し、少なくとも１用量の試験薬物を与えられた全ての登録された患者として定義された。４２人のＩＴＴ患者の内の２６人（６２％）は、評価可能であり、一方で４２人の内の１６人は、評価可能ではなかった。評価可能に関する基準を満たさなかった１６人の内で、１０人は、１０％未満のＡＲ発現を有し；６人は、１０％以上のＡＲ発現を有していたがポストベースライン評価を有していなかった（２人は、試験登録の直後にＣＮＳ転移を有することが発見され、ポストベースライン腫瘍評価を有する前に処置から撤退した）。患者の５０％より多くは、エンザルタミドを彼らの療法の第１または第２選択として与えられ、一方で３０％より多くは、エンザルタミドを与えられる前に３回以上の先行する計画を有していた。

内在性遺伝子発現分析
[00116] ＴＮＢＣ患者からのヒト乳房腫瘍は、ＡＲ拮抗薬であるエンザルタミドの前記の臨床試験から得られた。患者の乳癌組織は、ＡＲ発現に関して染色された。患者の染色は、病理学者により、標準的な操作手順において与えられるように染色された腫瘍細胞の染色強度（３＋、２＋および１＋）ならびに百分率の両方において等級を付けられた。ＡＲ染色は、核および細胞質の両方において評価された。

[00117] この試験において利用されたＲＮＡ−ｓｅｑデータは、以下のように前処理された。ＲＮＡ−ｓｅｑデータは、ＵＣ Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚのゲノム生物情報学グループにより作成されたヒトゲノムブラウザー（Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｏｍｅ Ｂｒｏｗｓｅｒ）−ｈｇ１９アセンブリー(https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway?db=hg19)(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/GCF_000001405.25/)からのヒト（ホモ・サピエンス）ゲノム配列ｈｇ１９に対して、ＭａｐＳｐｌｉｃｅ(Nucleic Acids Res. 2010 Oct;38(18):e178. doi: 10.1093/nar/gkq622)を用いてアラインメントされた。遺伝子およびイソ型のレベル計数は、期待値最大化によるＲＮＡ−ｓｅｑ（ＲＳＥＭ）(http://deweylab.biostat.wisc.edu/rsem/)を用いて推定された。遺伝子計数の推定値は、一定の上位四分位値に対して正規化された。結果として得られた正規化された遺伝子発現の推定値は、それぞれの遺伝子の発現値の中央値が“Comprehensive Molecular Portraits of Human Breast Tumors”The Cancer Genome Atlas Network, Nature 490, 61-70 (October 4, 2012) (http://www.nature.com/nature/journal/v490/n7418/full/nature11412.html)において報告されたＴＣＧＡ ＲＮＡ−Ｓｅｑデータのトリプルネガティブ部分集合の中央値と同等であるように調節された。

[00118] 内在性亜型分類が、ＬｕｍＡ、ＬｕｍＢ、基底、ＨＥＲ２および正常群に入るように、Parker et al. J Clin Oncol., 27(8):1160-7 (2009)において記載されているようなＰＡＭ５０分類モデルを用いて実施された。内在性亜型分類は、ホルマリン固定されパラフィン包理された患者の乳房腫瘍から収集された組織から得られたＲＮＡのＲＮＡ配列決定から得られた。そのデータは、上記で示されたように前処理された。亜型分類は、“訓練および試験”セットおよびさらなる“検証”セットに対して実施された。訓練および試験セットは、１２２人の患者の試料からなり、その内の４２人の患者は、プレスクリーニングされた集団由来であるが試験に登録されず、８０人の患者の試料は、臨床試験における登録された集団由来であった。検証セットは、５５人の患者の試料からなり、それは、プレスクリーニングされた集団由来であり試験に登録されなかった１５人の患者および登録された集団由来の４０の試料を有していた。

[00119] データは、Parker et al.（上記）により記載されたようなＰＡＭ５０内在性遺伝子セットデータを分析するための既知の方法に従って分析された。本質的には、患者の腫瘍試料からの表１の５０の亜型予測因子遺伝子のセットの発現の検出および推定が、実施された。基底様、ＨＥＲ２、ＬｕｍＡ、ＬｕｍＢおよび正常亜型分類を提供する記載された方法による５０の亜型予測因子遺伝子のセットの発現プロフィールが、分析された。スピアマン相関が、それぞれの試料およびＰＡＭ５０重心に関して計算された。これらの値は、試料のそれぞれの重心に対する距離または類似性の連続的な推定値として用いられた。それぞれの試料の亜型は、最も近い（最も大きい正の相関）重心として割り当てられた。それぞれの亜型に対する相関の基礎となる尺度が、試料を４種類の腫瘍亜型（基底様、ＨＥＲ２、ＬｕｍＡおよびＬｕｍＢ）または正常様の１つとして分類するために用いられた。

[00120] さらに、基底様遺伝子発現重心に対するスピアマンの順位相関が、評価された。試料および基底様重心の間のスピアマンの順位相関は、“基底重心分類器スコア”として割り当てられた。ルミナルＡ遺伝子発現重心に対するスピアマンの順位相関が、評価された。試料およびルミナルＡ重心の間のスピアマンの順位相関は、“ルミナルＡ分類器スコア”として割り当てられた。

[00121] 登録された患者（治療企図（ＩＴＴ）集団）において、基底様亜型は、一般にエンザルタミド療法に対する無反応と相関しており、一方で、他の亜型の１つの存在は、一般にエンザルタミド療法への反応と相関していた。図１を参照、ここで、“診断−”は、基底様亜型の患者を表し、“診断＋”は、Ｈｅｒ２、ＬｕｍＡ、ＬｕｍＢまたは正常亜型を有する患者を表す。従って、非基底様腫瘍型を示すＰＡＭ５０遺伝子発現分類器の結果は、ＴＮＢＣにおけるエンザルタミド療法への反応性を予測するためのマーカーである。

実施例２
実施例１の臨床試験の結果は、患者の基底重心分類器スコアを利用してさらに分析された。療法反応データは、一連の閾値カットオフを基底重心分類器スコアに課して評価された。エンザルタミド反応／無反応データは、０．２、０．３、０．４、０．５、０．６、０．６５、０．７、０．８および０．９の基底重心分類器スコアカットオフを用いて分析された。そのデータは、図２Ａ／Ｂ〜１０Ａ／Ｂにおいて示されている。それぞれの図において、“診断＋”は、試料が示された閾値カットオフを含む示された予後サインを満たした患者を表す。“診断−”は、試料が示された閾値カットオフを満たさなかった患者を表す。

[00122] 図２Ａ／Ｂ〜１０Ａ／Ｂにおいて示されているように、Ｄｘ＋およびＤｘ−患者の定義に関する０．６以下の標的基底重心分類器スコアは、エンザルタミド療法に対する反応と最もよく相関し、一方で０．２〜０．９のスコアに基づくＤｘ＋およびＤｘ−の定義は、いくらか低く予測値を富化した。従って、反応者および非反応者の集団を０．２〜０．９の範囲である基底重心分類器カットオフスコアに基づいて定義することは、ＴＮＢＣにおけるエンザルタミド療法への反応性を予測するためのさらなる基礎であり、０．６以下の試料の基底重心分類器スコアは、反応性を予測するためのマーカーに関する好ましい態様である。図６Ａにおいて示されているように、Ｄｘ＋およびＤｘ−を０．６の相対的基底重心分類器スコアに従って定めることは、結果として診断＋集団中のほとんどの反応者および診断−集団中の高い無反応者を有する大きい診断＋集団を生じる予測をもたらした。

実施例３
[00123] 実施例１の臨床試験の結果は、図１１においてさらに分析および要約されており、それは、様々な患者の部分群のエンザルタミド療法への反応を、２４週間以上の時点での臨床的有用率（ＣＢＲ２４）に関して示している。部分群は、全ての治療企図（ＩＴＴ）患者；評価可能な患者；ＡＲ染色１０％以上であった乳房腫瘍組織を有する患者（ＩＨＣ ＡＲ＞＝１０％）；乳房腫瘍組織がＰＡＭ５０亜型分類器により非基底様亜型として分類された患者（ＰＡＭ５０ 非基底）；腫瘍が基底様亜型として分類された患者（ＰＡＭ５０ 基底）；ならびに基底重心分類器スコアに対して＜０．６、≧０．６、＜０．７、≧０．７、＜０．７５、≧０．７５の示されたカットオフを適用することにより分析された患者試料を含む。“ＤＸ−”は、試料が示された閾値カットオフを満たさなかった患者を示す。“ＤＸ＋”は、試料が示された閾値カットオフを満たした患者を示す。図１１において、ＩＨＣ ＡＲ＞＝１０％およびＤＸ＋＜０．６の組み合わせた基準を満たす試料、すなわち（ｉ）１０％より多くのＡＲに関する染色および（ｉｉ）０．６以下のＰＡＭ５０遺伝子発現基底重心分類器スコアの基準を満たした試料に関するデータも示されている。

実施例４
[00124] 実施例１の臨床試験の結果は、図１２においてさらに分析および要約されており、それは、様々な患者の部分群のエンザルタミド療法に対する反応を、２４週間以上の時点での臨床的有用率（ＣＢＲ２４）に関して示している。部分群は、治療企図（ＩＴＴ）患者；評価可能な患者；１０％以上のＡＲ染色であった乳房腫瘍組織を有する患者（ＩＨＣ ＡＲ＞＝１０％）；およびエンザルタミド療法が唯一（第１選択）または２番目（第２選択）の療法である患者を含む。部分群は、さらに、０．６未満の基底重心分類器スコアカットオフを適用することにより分析された患者試料の部分群（“新規ＤＸ＋”）および０．６未満のカットオフを適用した第１および第２選択療法からの試料を含む部分群を含む。０．６未満の予後的基底重心分類器スコアを用いる４２％（ならびに第１選択および第２選択の患者の両方を含む群において用いられた場合は６０％）のＣＢＲは、ＴＮＢＣにおける療法への反応性を予測するための典型的な基準を超えており、ＥＲ＋／ＰｇＲ＋乳癌におけるホルモン性薬剤療法への反応を予測するために用いられるモデルの予測能力と同等である。

実施例５
[00125] ＡＲ阻害剤療法に対する反応の予測因子としての０．６未満の基底重心分類器スコアを利用する新規の予後サインの作用が、５６週間までの患者の無増悪生存時間に関する図１３においてさらに図説されている。その結果は、０．６以上の距離のスコアを有する患者（“新規ＤＸ Ｎｅｇ”）に対する０．６未満の基底重心分類器スコアの新規予後サイン条件を満たすものとして同定された患者（“新規ＤＸ Ｐｏｓ”）における延長された無増悪生存を実証している。

実施例６
[00126] 実施例１の臨床試験の結果は、さらに、患者の基底重心分類器およびルミナルＡ分類器スコアを利用して分析された。分類器スコアおよび反応データが、分析された。分析の結果として、臨床試験におけるアンドロゲン受容体阻害剤療法に対する反応性を予測する加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアが、実験的に考案された。患者試料の加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアは、次の式から決定された：
加重された基底およびルミナルＡ分類器スコア＝−０．２４６８２７５（基底重心分類器スコア）＋０．２６６７１１０（ルミナルＡ重心分類器スコア）。

[00127] 次いで、療法反応データは、一連の閾値カットオフを加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアに課して評価された。具体的には、エンザルタミド反応／無反応データは、以下の加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアのカットオフを用いて分析された：−０．２より大きい、−０．２５より大きい、−０．３より大きい、および−０．３５より大きい。データは、図１４Ａ（＞−０．２）、１４Ｂ（＞−０．２５）、１４Ｃ（＞−０．３）、および１４Ｄ（＞−０．３５）において示されている。それぞれの図において、“診断＋”は、試料が示された閾値カットオフを含む示された予後サインを満たした患者を表す。“診断−”は、試料が示された閾値カットオフを満たさなかった患者を表す。

[00128] 図１４Ａ〜１４Ｄにおいて示されているように、ｘより大きい加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアの基準（ｘは−０．２〜−０．３の範囲）が、エンザルタミド療法への反応と最もよく相関し、−０．２５より大きいスコアの基準が最適であった。従って、反応者および無反応者の集団を、−０．２より大きい、または−０．３より大きい加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアに基づいて定めることは、ＴＮＢＣにおけるエンザルタミド療法への反応性を予測するための基礎であり、−０．２５より大きい加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアは、反応性を予測するための基準の好ましい態様である。

実施例７
[00129] 実施例１の臨床試験の結果は、図１５においてさらに分析および要約されており、それは、様々な患者の部分群のエンザルタミド療法に対する反応を、２４週間以上の時点での臨床的有用率（ＣＢＲ２４）に関して示している。部分群は、治療企図（ＩＴＴ）患者；評価可能な患者；乳房腫瘍組織試料が加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアに対して＞−０．２、＞−０．２５、＞−０．３、および＞−０．３５の示されたカットオフを適用することにより分析された患者を含む。“ＰＲ−ＡＲ ＤＸ−”は、試料が示された閾値カットオフを満たさなかった患者を示す。“ＰＲ−ＡＲ ＤＸ＋”は、試料が示された閾値カットオフを満たした患者を示す。従って、例えば、“ＰＲ−ＡＲ ＤＸ＋＞−０．２５”は、試料が−０．２５より大きい加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアの基準を満たした患者を示す。

[00130] （ｉ）アンドロゲン受容体阻害剤以外の薬物によるＴＮＢＣの処置のための０〜１回の先行する療法を受けた後（“および０〜１回の先行する療法”）または（ｉｉ）アンドロゲン受容体阻害剤以外の薬物によるＴＮＢＣの処置のための２回以上の先行する療法を受けた後（“および２回以上の先行する療法”）にエンザルタミド療法を受ける試験における患者からの試料に関するデータも、図１５において示されている。＞−０．２５の加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアのカットオフが、これらの患者試料に適用された。

実施例８
[00131] ＞−０．２の加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアのカットオフをＡＲ阻害剤療法への反応の予測因子として利用する新規の予後サインの作用が、図１６において、５６週間までの患者の無増悪生存時間に関してさらに図説されている。その結果は、−０．２以下の分類器スコアの予後サイン条件を満たすものとして同定された患者（“ＰＲ−ＡＲ ＤＸ−：＜＝−０．２”、下の曲線）に対する−０．２より大きい加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアの予後サイン条件を満たすものとして同定された患者（“ＰＲ−ＡＲ ＤＸ＋：＞−０．２”、上の曲線）における延長された無増悪生存を実証している。

実施例９
[00132] ＞−０．２５の加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアのカットオフをＡＲ阻害剤療法への反応の予測因子として利用する新規の予後サインの作用が、図１７において、５６週間までの患者の無増悪生存時間に関してさらに図説されている。その結果は、−０．２５以下の加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアの予後サイン条件を満たすものとして同定された患者（“ＰＲ−ＡＲ ＤＸ−：＜＝−０．２５”、下の曲線）に対する−０．２５より大きい加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアの予後サイン条件を満たすものとして同定された患者（“ＰＲ−ＡＲ ＤＸ＋：＞−０．２５”、上の曲線）における延長された無増悪生存を実証している。

実施例１０
[00133] ＞−０．３の加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアのカットオフをＡＲ阻害剤療法への反応の予測因子として利用する新規の予後サインの作用が、図１８において、５６週間までの患者の無増悪生存時間に関してさらに図説されている。その結果は、−０．３以下の分類器スコアの予後サイン条件を満たすものとして同定された患者（“ＰＲ−ＡＲ ＤＸ−：＜＝−０．３”、下の曲線）に対する−０．３より大きい加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアの予後サイン条件を満たすものとして同定された患者（“ＰＲ−ＡＲ ＤＸ＋：＞−０．３”、上の曲線）における延長された無増悪生存を実証している。

実施例１１
[00134] ＞−０．３５の加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアのカットオフをＡＲ阻害剤療法への反応の予測因子として利用する新規の予後サインの作用が、図１９において、５６週間までの患者の無増悪生存時間に関してさらに図説されている。その結果は、−０．３５以下の加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアの予後サイン条件を満たすものとして同定された患者（“ＰＲ−ＡＲ ＤＸ−：＜＝−０．３５”、下の曲線）に対する−０．３５より大きい加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアの予後サイン条件を満たすものとして同定された患者（“ＰＲ−ＡＲ ＤＸ＋：＞−０．３５”、上の曲線）における延長された無増悪生存を実証している。

実施例１２
[00135] −０．２５より大きい加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアカットオフをＡＲ阻害剤療法への反応の予測因子として利用する新規の予後サインの作用が、図２０において、アンドロゲン受容体阻害剤以外の薬物によるＴＮＢＣの処置のための０〜１回の先行する療法を受けている患者における５６週間までの患者の無増悪生存時間に関して、さらに図説されている。その結果は、−０．２５以下の加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアの予後サイン条件を満たすものとして同定された患者（“ＰＲ−ＡＲ ＤＸ−：＜＝−０．２５”、下の曲線）に対する−０．２５より大きい加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアの予後サイン条件を満たすものとして同定された患者（“ＰＲ−ＡＲ ＤＸ＋：＞−０．２５”、上の曲線）における延長された無増悪生存を実証している。図１７および２０の比較から、−０．２５のカットオフは、全試験患者の集団を特性づける無増悪生存のより短い期間（図１７）に対する０〜１回の先行する療法の群を特性づける無増悪生存のより長い期間（図２０）を同定することができたことが、理解されることができる。

[00136] −０．２５より大きい加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアカットオフをアンドロゲン受容体阻害剤以外の薬物によるＴＮＢＣの処置のための０〜１回の先行する療法を受けた患者におけるＡＲ阻害剤療法への反応の予測因子として利用する新規の予後サインの作用が、図２３においてさらに示されている。図２３は、試験における無増悪生存時間が図２３では図２０における５６週間を超えて６４週間まで決定されていることを除いて、図２０と類似している。

実施例１３
[00137] −０．２５より大きい加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアカットオフをＡＲ阻害剤療法への反応の予測因子として利用する新規の予後サインの作用が、図２１Ａおよび２１Ｂにおいて、アンドロゲン受容体阻害剤以外の薬物によるＴＮＢＣの処置のための０〜１回（０〜１先行ライン）または２回以上（２＋先行ライン）の先行する療法を受けている患者の進行のない処置における時間に関してさらに図説されている。−０．２５より大きい加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアのサイン条件を満たすものとして同定された５６人の患者が、図２１Ｂにおいて表わされている。−０．２５以下の分類器スコアにより同定された６２人の試験患者が、図２１Ａにおいて同定されている。図中のそれぞれの棒は、１人の患者を表す。疾患の進行のない処置における時間の最高値は、１回の療法の先行ラインを受けたかまたは療法の先行ラインを受けていない反応者の患者において明らかである（図２１Ｂ）。三角形（“有効”）で印を付けられた患者の棒は、試験において有効である。星で印を付けられた患者の棒は、完全な反応（ＣＲ）または部分的な反応（ＰＲ）を示す。

実施例１４
[00138] −０．２５より大きい加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアカットオフをＡＲ阻害剤療法への反応の予測因子として利用する新規の予後サインの作用が、さらに図２２Ａおよび２２Ｂにおいて、６４週間までの患者の無増悪生存時間（図２２Ａ）および８４週間までの全生存（図２２Ｂ）に関して図説されている。図２２Ａの結果は、−０．２５以下の加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアの予後サイン条件を満たすものとして同定された患者（“ＰＲ−ＡＲ ＤＸ−：＜＝−０．２５”、下の曲線）に対する−０．２５より大きい加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアの予後サイン条件を満たすものとして同定された患者（“ＰＲ−ＡＲ ＤＸ＋：＞−０．２５”、上の曲線）における延長された無増悪生存を実証している。図２２Ｂの結果は、−０．２５以下の加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアの予後サイン条件を満たすものとして同定された患者（“ＰＲ−ＡＲ ＤＸ−：＜＝−０．２５”、下の曲線）に対する−０．２５より大きい加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアの予後サイン条件を満たすものとして同定された患者（“ＰＲ−ＡＲ ＤＸ＋：＞−０．２５”、上の曲線）における延長された全生存を実証している。予後サイン条件を満たさない患者は、８．１週間の無増悪生存中央値および３２．１週間の全生存中央値により特性付けられた。対照的に、予後サイン条件を満たしている患者は、１６．１週間の無増悪生存中央値および８４週目の時点でまだ達していない全生存中央値により特性付けられた。

実施例１５
[00139] アンドロゲン受容体拮抗薬ビカルタミドの第ＩＩ相臨床試験が、報告されている。Ayca et al., “Phase II Trial of Bicalutamide in Patients with Androgen Receptor Positive, Hormone Receptor Negative Metastatic Breast Cancer”, Clin Cancer Res 19: 5505-5512 (October 1, 2013)。その試験は、ＡＲ陽性、エストロゲン受容体（ＥＲ）陰性、およびプロゲステロン受容体（ＰｇＲ)陰性である転移性乳癌の処置におけるビカルタミドの作用を試験するように設計された。

[00140] 簡潔には、Ａｙｃａらにより記載されたように、ＥＲ陰性／ＰｇＲ陰性進行乳癌を有する４５２人の患者からの腫瘍が、ＡＲに関して免疫組織化学（ＩＨＣ）により中心的に試験された（１０％より多い核染色が陽性と考えられた）。追加の適格基準に関してAyca et al., p. 5506を参照。原発部位または転移部位のどちらかが陽性であった場合、患者は、ＡＲ拮抗薬ビカルタミドを１日１５０ｍｇの用量で与えられるために適格であった。２８人の患者が、試験において処置された。ビカルタミド１５０ｍｇが、連続する毎日のスケジュールにおいて経口投与された。患者は、疾患の進行または許容できない有害事象まで処置された。患者は、疾患進行または許容できない有害事象まで処置された。グレード３以上の毒性に関する最大２用量の低減が、許容された（１００および５０ｍｇ）。最大２週間が、毒性による処置の遅延に関して許容された。ビカルタミドを開始した２人の患者が、試験から外され、ＡＲ（＋） ＥＲ／ＰｇＲ（−）転移性乳癌を有する２６人の試験候補者が残った。５人の患者は、６ヶ月間より長い安定疾患（完了したサイクルの数：６、８、１０＋、１３、５７＋）を彼らの処置に対する最高の反応として有していた。標的集団（ｎ＝２６）において１９％（９５％ＣＩ、７〜３９％）の臨床的有用率をもたらす確証された完全または部分的反応は存在しなかった。治療企図分析において、１８％（９５％ＣＩ、６％〜３７％）のＣＢＲが観察された。Ayca et al., p. 5507を参照。

[00141] ２６人のビカルタミドで処置された試験患者は、ＨＥＲ−２陰性でもあることが決定され、すなわち、２１人の患者は、トリプルネガティブ（Ｈｅｒ−２（−）、ＥＲ（−）およびＰｇＲ（−））である乳癌を有していた。試験後に、ビカルタミド療法を受けた２１人のＴＮＢＣ患者からの患者の腫瘍試料が、ＰＡＭ５０分類モデルを用いたルミナルＡ、ルミナルＢ、基底様、ＨＥＲ２富化および正常様群への内在性亜型分類を施された。それぞれの試料に関するそれぞれの亜型スコアが、表３において列挙されている。表３において、それぞれの試料の加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアも示されている。実施例６においてＡＲ受容体拮抗薬エンザルタミドの臨床試験から得られた結果に基づいて、−０．２５より大きい加重された基底およびルミナルＡ分類器スコア（“ＰＲ−ＡＲ ＤＸ＋＞−０．２５”）は、そのような患者が−０．２５以下の加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアを有する患者よりもビカルタミド処置に応答する可能性がより高いことを示している。８人の患者が、この基準を満たし、表３においてビカルタミド処置における有望である可能性の高い（“ＰＯＳ”)予後を有するものとして示されている。２１人の患者の試料のそれぞれは、０．９９の信頼水準を有していた試料番号１６を除いて、１の信頼水準を示した。

実施例１６
[00142] 以下の試験は、−０．２５より大きい加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアの予後マーカーに関して陽性の細胞におけるエンザルタミド＋パクリタキセルの組み合わせの高められた抗腫瘍作用を実証している。

[00143] トリプルネガティブ乳癌細胞株ＢＴ５４９、ＭＤＡ−ＭＢ−４３６、ＭＤＡ−ＭＢ−４５３が、試験のために選択された。その細胞株に関するメッセンジャーＲＮＡデータセットは、Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ Ｌｉｎｅ Ｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａ（ＣＣＬＥ）のデータベースからダウンロードされた。それぞれの細胞株に関する加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアは、そのダウンロードされたデータセットから決定された。−０．２５より大きい加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアをＡＲ阻害剤療法への反応性に関する予後マーカーとして適用して、ＭＤＡ−ＭＢ−４５３はこの基準を満たすが、ＢＴ５４９およびＭＤＡ−ＭＢ−４３６は満たさないことが決定された。

[00144] 細胞は、１０％ＦＢＳを補った成長培地中で維持された。生存度アッセイは、１０％ＦＢＳ中で実施され、ＣｅｌｌＴｉｔｅｒ−Ｇｌｏ試薬により製造業者のプロトコル（Ｐｒｏｍｅｇａ）に従って測定された。エンザルタミドの単独またはパクリタキセルとの組み合わせでのアンドロゲン受容体シグナル伝達に対する分子作用を決定するため、細胞（ＢＴ５４９、ＭＤＡ−ＭＢ−４３６またはＭＤＡ−ＭＢ−４５３）を、１日目に１０％ＦＢＳ中でまいた。細胞は、エンザルタミドまたはパクリタキセルまたは組み合わせにより２％木炭除去処理済み血清（ｃｈａｒｃｏａｌ−ｓｔｒｉｐｐｅｄ ｓｅｒｕｍ）中で処理され、１０ｎＭ ＤＨＴで４時間刺激された。細胞の分画は、細胞質および核画分に関して分離された。タンパク質発現レベルが、ウェスタンブロッティング法を用いて決定された。それぞれの細胞株に関するエンザルタミドまたはパクリタキセルに関するＩＣ_５０が、表４において示されている。平均値が、それぞれの細胞株に関して示されている（ｎ＝３）。予後マーカー陽性のＭＤＡ−ＭＢ−４５３細胞は、予後マーカー陰性のＢＴ５４９およびＭＤＡ−ＭＢ−４６３細胞と比較してエンザルタミドに対するより大きい感受性を示した。

[00145] 細胞の生存度が、図２４Ａ〜Ｃにおける濃度のエンザルタミド（Ｅｎｚａ）およびパクリタキセル（ＰＴＸ）の存在下で測定された。平均値が、それぞれの細胞株に関して示されている（ｎ＝５）。予後マーカー陽性のＭＤＡ−ＭＢ−４５３細胞株において、エンザルタミド＋パクリタキセルの組み合わせは、結果として高められた細胞毒性をもたらした。図２４Ｃ参照。

実施例１７
[00146] マウス異種移植モデルを生成するため、５〜６週齢のメスのＮＯＤ−ＳＣＩＤマウスが、乳腺中に６．０×１０^６個のＭＤＡ−ＭＢ−４５３細胞を同所的に注入された。ＤＨＴ（６０日放出植込錠中１０．５ｍｇ）または対照の植込錠が、動物中に移植された。腫瘍サイズが約１００ｍｍ^３に達した際に、マウスは、（ｉ）３ｍｇ／ｋｇ／日のエンザルタミド（“Ｅｎｚａ”）の経口強制摂取（ＰＯ）（ｎ＝１０）、（ｉｉ）６ｍｇ／ｋｇ ＱＭＷＦ（ＩＰ）のパクリタキセル（“ＰＴＸ”）（ｎ＝７）、または（ｉｉｉ）（ｉ）および（ｉｉ）の組み合わせ（ｎ＝１０）により処置された。対照群のマウス（ｎ＝８）は、ビヒクル（０．５％Ｍｅｔｈｏｃｅｌ溶液）で処理された。腫瘍の大きさが、カリパスにより測定された。腫瘍の重量が、３５日目に決定された。結果が、図２５Ａ（腫瘍体積対時間）および図２５Ｂ（腫瘍重量）において示されている。図２５Ａにおけるデータの点は、それぞれの群に関する平均腫瘍体積を表し、エラーバーは、データのＳＥＭを反映している。スチューデントのＴ検定が、ｐ値を計算するために用いられた：図２５Ａ：対照対エンザルタミド、０．００７；対照対パクリタキセル、０．０００７；エンザルタミド対エンザルタミド＋パクリタキセル、０．０７４；パクリタキセル対エンザルタミド＋パクリタキセル、０．０１３；図２５Ｂ：対照対エンザルタミド、０．００１；対照対パクリタキセル、０．０００１；エンザルタミド対エンザルタミド＋パクリタキセル、０．０８；パクリタキセル対エンザルタミド＋パクリタキセル、０．０１７。そのデータは、エンザルタミド＋パクリタキセルの組み合わせは、結果としてどちらかの薬物単独と比較して高められた抗腫瘍作用をもたらすことを実証している。

[00147] それぞれの処置群からの代表的な腫瘍が、ＡＲ、Ｋｉ６７またはｐ−ＡＫＴに対する免疫組織化学を実施するために選択された。Ｋｉ６７またはＡＫＴのリン酸化に関する免疫組織化学染色は、エンザルタミド＋パクリタキセルの腫瘍において、エンザルタミドまたはパクリタキセル単独で処置された群と比較して有意に低減した（データは示されていない）。

[00148] 本明細書で引用されたそれぞれの、および全ての特許、特許出願、および刊行物の開示は、参照により本明細書にそのまま援用される。当業者は、本発明が、対象を実施し、言及された目的および利点ならびにそれに本来備わる目的および利点を得るために十分に適合していることを、容易に理解するであろう。本発明は、特定の態様を参照して開示されたが、本発明の他の態様およびバリエーションが本発明の実施において用いられる真の精神および範囲から逸脱することなく当業者により考案されることができることは、明らかである。添付された特許請求の範囲は、全てのそのような態様および均等なバリエーションを含むように解釈されることが、意図されている。
非限定的に、本発明は、以下の態様を含む。
［態様１］ アンドロゲン受容体阻害剤の使用を含むトリプルネガティブ乳癌に関する処置をスクリーニングする方法であって、対象から得られた生物学的試料をアッセイして該対象から得られた該生物学的試料が基底様亜型として分類されるかまたは他の亜型として分類されるかを決定することを含む、前記方法。
［態様２］ 態様１に記載の方法であって、該生物学的試料が基底様亜型として分類されるかまたは他の亜型として分類されるかを決定するための該生物学的試料のアッセイが、表１において列挙されている内在性遺伝子のセットの発現を検出することにより実施される、前記方法。
［態様３］ 態様２に記載の方法であって、以下の工程：
（ａ）該試料の基底重心分類器スコアを表１において列挙されている内在性遺伝子のセットの発現から決定し；
（ｂ）該試料のルミナルＡ重心分類器スコアを表１において列挙されている内在性遺伝子のセットの発現から決定し；そして
（ｃ）加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアを、該基底重心分類器スコアおよび該ルミナルＡ重心分類器スコアから、次の方程式に従って計算する
加重された基底およびルミナルＡ分類器スコア＝
−０．２５（基底重心分類器スコア）＋０．２７（ルミナルＡ重心分類器スコア）；
を含む、ここにおいて、該加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアが−０．３より大きい場合、アンドロゲン受容体阻害剤を含む該乳癌処置は、該加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアが−０．３以下である場合よりも該対象において有効である可能性がより高い、前記方法。
［態様４］ 態様３に記載の方法であって、該加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアが−０．２より大きい場合、アンドロゲン受容体阻害剤を含む該乳癌処置は、該加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアが−０．２以下である場合よりも該対象において有効である可能性がより高い、前記方法。
［態様５］ 態様４に記載の方法であって、該加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアが−０．２５より大きい場合、アンドロゲン受容体阻害剤を含む該乳癌処置は、該加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアが−０．２５以下である場合よりも該対象において有効である可能性がより高い、前記方法。
［態様６］ 態様２に記載の方法であって、該試料の基底重心分類器スコアを表１において列挙されている内在性遺伝子のセットの発現から決定することを含む、ここにおいて、該基底重心分類器スコアが０．９以下である場合、アンドロゲン受容体阻害剤を含む該乳癌処置は、該基底重心分類器スコアが０．９より大きい場合よりも該対象の処置において有効である可能性がより高い、前記方法。
［態様７］ 態様６に記載の方法であって、該基底重心分類器スコアが０．６以下である場合、アンドロゲン受容体阻害剤を含む該乳癌処置は、該対象の処置において有効である可能性が高い、前記方法。
［態様８］ 態様６に記載の方法であって、該基底重心分類器スコアが０．２〜０．８の範囲である場合、アンドロゲン受容体阻害剤を含む該乳癌処置は、該対象の処置において有効である可能性が高い、前記方法。
［態様９］ 態様８に記載の方法であって、該基底重心分類器スコアが０．４〜０．７の範囲である場合、アンドロゲン受容体阻害剤を含む該乳癌処置は、該対象の処置において有効である可能性が高い、前記方法。
［態様１０］ 態様１〜９のいずれかに記載の方法であって、該対象の乳癌が、アンドロゲン受容体陽性腫瘍細胞の存在により特性付けられる、前記方法。
［態様１１］ 態様１〜１０のいずれかに記載の方法であって、該生物学的試料が、細胞、組織および体液からなる群から選択される、前記方法。
［態様１２］ 態様１１に記載の方法であって、該生物学的試料が、乳房組織または細胞を含む、前記方法。
［態様１３］ 態様１１に記載の方法であって、該組織が、生検から得られる、前記方法。
［態様１４］ 態様１１に記載の方法であって、該体液が、血液、リンパ液、尿、唾液、乳管洗浄細胞診からの流体および乳頭吸引液からなる群から選択される、前記方法。
［態様１５］ 対象におけるトリプルネガティブ乳癌の処置における使用のためのアンドロゲン受容体阻害剤であって、該対象からの生物学的試料が、該試料が基底様亜型として分類されるかまたは別の亜型として分類されるかを決定するためにアッセイされているアンドロゲン受容体阻害剤。
［態様１６］ 態様１５に記載の阻害剤の使用であって、該生物学的試料が基底様亜型として分類されるかまたは別の亜型として分類されるかを決定するための該生物学的試料のアッセイが、表１において列挙されている内在性遺伝子の発現を検出することにより実施される、前記阻害剤の使用。
［態様１７］ 態様１６に記載の阻害剤の使用であって、該試料の基底重心分類器スコアおよびルミナルＡ重心分類器スコアを表１において列挙されている内在性遺伝子のセットの発現から決定することならびに加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアを該基底重心分類器スコアおよび該ルミナルＡ重心分類器スコアから次の方程式：
加重された基底およびルミナルＡ分類器スコア＝
−０．２５（基底重心分類器スコア）＋０．２７（ルミナルＡ重心分類器スコア）
に従って計算することを含む、ここにおいて、該加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアが−０．３より大きい場合、該乳癌処置が該対象に施される、前記阻害剤の使用。
［態様１８］ 態様１７に記載の阻害剤の使用であって、該加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアが−０．２より大きい場合、該乳癌処置が施される、前記阻害剤の使用。
［態様１９］ 態様１８に記載の阻害剤の使用であって、該加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアが−０．２５より大きい場合、該乳癌処置が施される、前記阻害剤の使用。
［態様２０］ 態様１６に記載の阻害剤の使用であって、該試料の基底重心分類器スコアを表１において列挙されている内在性遺伝子のセットの発現から決定することを含む、ここにおいて、該基底重心分類器スコアが０．９以下である場合、該乳癌処置が施される、前記阻害剤の使用。
［態様２１］ 態様２０に記載の阻害剤の使用であって、該基底重心分類器スコアが０．６以下である場合、該乳癌処置が施される、前記阻害剤の使用。
［態様２２］ 態様２０に記載の阻害剤の使用であって、該基底重心分類器スコアが０．２〜０．８の範囲である場合、該乳癌処置が施される、前記阻害剤の使用。
［態様２３］ 態様２２に記載の阻害剤の使用であって、該基底重心分類器スコアが０．４〜０．７の範囲である場合、該乳癌処置が施される、前記阻害剤の使用。
［態様２４］ 態様１５〜２３のいずれかに記載の阻害剤の使用であって、該対象の乳癌が、アンドロゲン受容体陽性腫瘍細胞の存在により特性付けられる、前記阻害剤の使用。
［態様２５］ 態様１５〜２４のいずれかに記載の阻害剤の使用であって、該アンドロゲン受容体阻害剤が、エンザルタミド、ビカルタミド、フルタミド、ニルタミド、ＡＲＮ５０９、ケトコナゾール、酢酸アビラテロン、ＶＮ／１２４−１（ＴＯＫ−００１）、オルテロネル（ｏｒｔｅｒｏｎｅｌ）（ＴＡＫ−７００）、フィナステリド、ガレテロン（ｇａｌｅｔｅｒｏｎｅ）、酢酸シプロテロン、アンダリン（ａｎｄａｒｉｎｅ）およびそれらの組み合わせからなる群から選択される、前記阻害剤の使用。
［態様２６］ 態様２５に記載の阻害剤の使用であって、該アンドロゲン受容体阻害剤が、エンザルタミドである、前記阻害剤の使用。
［態様２７］ 態様２６に記載の阻害剤の使用であって、該エンザルタミドが、１日１回１６０ｍｇの用量で経口投与される、前記阻害剤の使用。
［態様２８］ 態様２７に記載の阻害剤の使用であって、該エンザルタミドが、１６０ｍｇのエンザルタミドを含む単一のカプセルとして投与される、前記阻害剤の使用。
［態様２９］ 態様２７に記載の阻害剤の使用であって、該エンザルタミドが、４個のカプセルとして投与され、それぞれのカプセルが、４０ｍｇのエンザルタミドを含む、前記阻害剤の使用。
［態様３０］ 態様１５〜２９のいずれかに記載の阻害剤の使用であって、アンドロゲン受容体阻害剤を含む乳癌処置が、さらにアンドロゲン受容体阻害剤ではない１種類以上の他の抗癌剤を含む、前記阻害剤の使用。
［態様３１］ 態様３０に記載の阻害剤の使用であって、アンドロゲン受容体阻害剤ではない該１種類以上の他の抗癌剤が、シクロホスファミド、フルオロウラシル、５−フルオロウラシル、メトトレキサート、チオテパ、カルボプラチン、シスプラチン、タキサン類、パクリタキセル、タンパク質結合パクリタキセル、ドセタキセル、ビノレルビン、タモキシフェン、ラロキシフェン、トレミフェン、フルベストラント、ゲムシタビン、イリノテカン、イキサベピロン、テモゾロミド（ｔｅｍｏｚｏｌｍｉｄｅ）、トポテカン、ビンクリスチン、ビンブラスチン、エリブリン、ムタマイシン（ｍｕｔａｍｙｃｉｎ）、カペシタビン、カペシタビン、アナストロゾール、エキセメスタン、レトロゾール、ロイプロリド、アバレリクス、ブセレリン（ｂｕｓｅｒｌｉｎ）、ゴセレリン、酢酸メゲストロール、リセドロネート、パミドロネート、イバンドロネート、アレンドロネート、デノスマブ、ゾレドロネート、トラスツズマブ、タイケルブまたはベバシズマブ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される、前記阻害剤の使用。
［態様３２］ 態様３１に記載の使用であって、アンドロゲン受容体阻害剤ではない該他の抗癌剤が、パクリタキセルである前記使用。
［態様３３］ 態様１５〜３２のいずれかに記載の阻害剤の使用であって、該生物学的試料が、細胞、組織および体液からなる群から選択される、前記阻害剤の使用。
［態様３４］ 態様３３に記載の阻害剤の使用であって、該生物学的試料が、乳房組織または細胞を含む、前記阻害剤の使用。
［態様３５］ 態様３３に記載の阻害剤の使用であって、該組織が、生検から得られる、前記阻害剤の使用。
［態様３６］ 態様３３に記載の阻害剤の使用であって、該体液が、血液、リンパ液、尿、唾液、乳管洗浄細胞診からの流体および乳頭吸引液からなる群から選択される、前記阻害剤の使用。
［態様３７］ 対象においてトリプルネガティブ乳癌を処置する方法であって、前記の対象が、基底様亜型以外として分類されている乳癌細胞を含む乳癌を有し、前記の方法が、該対象にアンドロゲン受容体阻害剤を含む乳癌処置を施し、それにより該対象におけるトリプルネガティブ乳癌を処置することを含む、前記方法。
［態様３８］ 態様３７に記載の方法であって、該対象の乳癌細胞が、次の式：
加重された基底およびルミナルＡ分類器スコア＝
−０．２５（基底重心分類器スコア）＋０．２７（ルミナルＡ重心分類器スコア）
に従う−０．３より大きい加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアにより特性付けられる、ここにおいて、前記の基底重心分類器スコアおよび前記のルミナルＡ重心分類器スコアが、該対象の乳癌細胞に関して、表１において列挙されている内在性遺伝子のセットの前記の細胞による発現から決定される、前記方法。
［態様３９］ 態様３８に記載の方法であって、該対象の乳癌細胞が、−０．２より大きい加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアにより特性付けられる、前記方法。
［態様４０］ 態様３９に記載の方法であって、該対象の乳癌細胞が、−０．２５より大きい加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアにより特性付けられる、前記方法。
［態様４１］ 態様３７に記載の方法であって、該対象の乳癌細胞が、表１において列挙されている内在性遺伝子のセットの前記の細胞による発現から決定される０．９以下の基底重心分類器スコアにより特性付けられる、前記方法。
［態様４２］ 態様４１に記載の方法であって、該対象の乳癌細胞が、０．６以下の基底重心分類器スコアにより特性付けられる、前記方法。
［態様４３］ 態様４１に記載の方法であって、該対象の乳癌細胞が、０．２〜０．８の範囲である基底重心分類器スコアにより特性付けられる、前記方法。
［態様４４］ 態様４３に記載の方法であって、該対象の乳癌細胞が、０．４〜０．７の範囲である基底重心分類器スコアにより特性付けられる、前記方法。
［態様４５］ 態様３７〜４４のいずれかに記載の方法であって、該対象の乳癌が、アンドロゲン受容体陽性腫瘍細胞の存在により特性付けられる、前記方法。
［態様４６］ 態様３７〜４５のいずれかに記載の方法であって、該アンドロゲン受容体阻害剤が、エンザルタミド、ビカルタミド、フルタミド、ニルタミド、ＡＲＮ５０９、ケトコナゾール、酢酸アビラテロン、ＶＮ／１２４−１（ＴＯＫ−００１）、オルテロネル（ｏｒｔｅｒｏｎｅｌ）（ＴＡＫ−７００）、フィナステリド、ガレテロン（ｇａｌｅｔｅｒｏｎｅ）、酢酸シプロテロン、アンダリン（ａｎｄａｒｉｎｅ）およびそれらの組み合わせからなる群から選択される、前記方法。
［態様４７］ 態様４６に記載の方法であって、該アンドロゲン受容体阻害剤が、エンザルタミドである、前記方法。
［態様４８］ 態様４７に記載の方法であって、該エンザルタミドが、１日１回１６０ｍｇの用量で経口投与される、前記方法。
［態様４９］ 態様４８に記載の方法であって、該エンザルタミドが、１６０ｍｇのエンザルタミドを含む単一のカプセルとして投与される、前記方法。
［態様５０］ 態様４８に記載の方法であって、該エンザルタミドが、４個のカプセルとして投与され、それぞれのカプセルが、４０ｍｇのエンザルタミドを含む、前記方法。
［態様５１］ 態様３７〜５０のいずれかに記載の方法であって、アンドロゲン受容体阻害剤を含む乳癌処置が、さらにアンドロゲン受容体阻害剤ではない１種類以上の他の抗癌剤を含む、前記方法。
［態様５２］ 態様５１に記載の方法であって、アンドロゲン受容体阻害剤ではない該他の抗癌剤が、シクロホスファミド、フルオロウラシル、５−フルオロウラシル、メトトレキサート、チオテパ、カルボプラチン、シスプラチン、タキサン類、パクリタキセル、タンパク質結合パクリタキセル、ドセタキセル、ビノレルビン、タモキシフェン、ラロキシフェン、トレミフェン、フルベストラント、ゲムシタビン、イリノテカン、イキサベピロン、テモゾロミド（ｔｅｍｏｚｏｌｍｉｄｅ）、トポテカン、ビンクリスチン、ビンブラスチン、エリブリン、ムタマイシン（ｍｕｔａｍｙｃｉｎ）、カペシタビン、カペシタビン、アナストロゾール、エキセメスタン、レトロゾール、ロイプロリド、アバレリクス、ブセレリン（ｂｕｓｅｒｌｉｎ）、ゴセレリン、酢酸メゲストロール、リセドロネート、パミドロネート、イバンドロネート、アレンドロネート、デノスマブ、ゾレドロネート、トラスツズマブ、タイケルブまたはベバシズマブ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される、前記方法。
［態様５３］ 態様５２に記載の方法であって、アンドロゲン受容体阻害剤ではない該他の抗癌剤が、パクリタキセルである、前記方法。
［態様５４］ 態様３７に記載の方法であって、さらに、該対象が基底様亜型以外である乳癌細胞を含む乳癌を有するかどうかを決定するために該対象を試験する工程を含む、前記方法。
［態様５５］ 態様３８〜４０のいずれかに記載の方法であって、さらに、該対象を試験して該対象の乳癌細胞の加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアを決定する工程を含む、前記方法。
［態様５６］ 態様４１〜４４のいずれかに記載の方法であって、さらに、該対象を試験して該対象の乳癌細胞の基底重心分類器スコアを決定する工程を含む、前記方法。
［態様５７］ 態様４０に記載の方法であって、該対象が、トリプルネガティブ乳癌の処置のためのアンドロゲン受容体阻害剤以外の抗癌剤を用いた０または１ラウンドの先行する処置を受けている、前記方法。
［態様５８］ そのような処置を必要とする対象においてトリプルネガティブ乳癌を処置する方法であって、以下の工程：
（ａ）該対象からの生物学的試料を提供し；
（ｂ）該生物学的試料をアッセイして該生物学的試料が基底様亜型として分類されるかまたは別の亜型として分類されるかを決定し；そして
（ｃ）該生物学的試料が基底様亜型以外として分類された場合、該対象にアンドロゲン受容体阻害剤を含む乳癌処置を施し、それにより該対象において該乳癌を処置する；
ことを含む、前記方法。
［態様５９］ 態様５８に記載の方法であって、該生物学的試料が基底様亜型として分類されるかまたは他の亜型として分類されるかを決定するための該生物学的試料のアッセイが、表１において列挙されている内在性遺伝子の発現を検出することにより実施される、前記方法。
［態様６０］ 態様５９に記載の方法であって、以下の工程：
（ａ）該試料の基底重心分類器スコアおよびルミナルＡ重心分類器スコアを表１において列挙されている内在性遺伝子のセットの発現から決定し；そして
（ｂ）加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアを、該基底重心分類器スコアおよび該ルミナルＡ重心分類器スコアから、次の方程式に従って計算する：
加重された基底およびルミナルＡ分類器スコア＝
−０．２５（基底重心分類器スコア）＋０．２７（ルミナルＡ重心分類器スコア）；
を含む、ここにおいて該加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアが−０．３より大きい場合、該乳癌処置が該対象に施される、前記方法。
［態様６１］ 態様６０に記載の方法であって、該加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアが−０．２より大きい場合、該乳癌処置が施される、前記方法。
［態様６２］ 態様６１に記載の方法であって、該加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアが−０．２５より大きい場合、該乳癌処置が施される、前記方法。
［態様６３］ 態様５９に記載の方法であって、該試料の基底重心分類器スコアを表１において列挙されている内在性遺伝子のセットの発現から決定することを含む、ここにおいて、該基底重心分類器スコアが０．９以下である場合、該乳癌処置が施される、前記方法。
［態様６４］ 態様６３に記載の方法であって、該基底重心分類器スコアが０．６以下である場合、該乳癌処置が施される、前記方法。
［態様６５］ 態様６３に記載の方法であって、該基底重心分類器スコアが０．２〜０．８の範囲である場合、乳癌処置が該対象に施される、前記方法。
［態様６６］ 態様６５に記載の方法であって、該基底重心分類器スコアが０．４〜０．７の範囲である場合、乳癌処置が該対象に施される、前記方法。
［態様６７］ 態様５８〜６６のいずれかに記載の方法であって、該対象の乳癌が、アンドロゲン受容体陽性腫瘍細胞の存在により特性付けられる、前記方法。
［態様６８］ 態様５８〜６７のいずれかに記載の方法であって、該アンドロゲン受容体阻害剤が、エンザルタミド、ビカルタミド、フルタミド、ニルタミド、ＡＲＮ５０９、ケトコナゾール、酢酸アビラテロン、ＶＮ／１２４−１（ＴＯＫ−００１）、オルテロネル（ｏｒｔｅｒｏｎｅｌ）（ＴＡＫ−７００）、フィナステリド、ガレテロン（ｇａｌｅｔｅｒｏｎｅ）、酢酸シプロテロン、アンダリン（ａｎｄａｒｉｎｅ）およびそれらの組み合わせからなる群から選択される、前記方法。
［態様６９］ 態様６８に記載の方法であって、該アンドロゲン受容体阻害剤が、エンザルタミドである、前記方法。
［態様７０］ 態様６９に記載の方法であって、該エンザルタミドが、１日１回１６０ｍｇの用量で経口投与される、前記方法。
［態様７１］ 態様７０に記載の方法であって、該エンザルタミドが、１６０ｍｇのエンザルタミドを含む単一のカプセルとして投与される、前記方法。
［態様７２］ 態様７０に記載の方法であって、該エンザルタミドが、４個のカプセルとして投与され、それぞれのカプセルが、４０ｍｇのエンザルタミドを含む方法。
［態様７３］ 態様５８〜７２のいずれかに記載の方法であって、アンドロゲン受容体阻害剤を含む乳癌処置が、さらにアンドロゲン受容体阻害剤ではない１種類以上の他の抗癌剤を含む、前記方法。
［態様７４］ 態様７３に記載の方法であって、アンドロゲン受容体阻害剤ではない該他の抗癌剤が、シクロホスファミド、フルオロウラシル、５−フルオロウラシル、メトトレキサート、チオテパ、カルボプラチン、シスプラチン、タキサン類、パクリタキセル、タンパク質結合パクリタキセル、ドセタキセル、ビノレルビン、タモキシフェン、ラロキシフェン、トレミフェン、フルベストラント、ゲムシタビン、イリノテカン、イキサベピロン、テモゾロミド（ｔｅｍｏｚｏｌｍｉｄｅ）、トポテカン、ビンクリスチン、ビンブラスチン、エリブリン、ムタマイシン（ｍｕｔａｍｙｃｉｎ）、カペシタビン、カペシタビン、アナストロゾール、エキセメスタン、レトロゾール、ロイプロリド、アバレリクス、ブセレリン（ｂｕｓｅｒｌｉｎ）、ゴセレリン、酢酸メゲストロール、リセドロネート、パミドロネート、イバンドロネート、アレンドロネート、デノスマブ、ゾレドロネート、トラスツズマブ、タイケルブまたはベバシズマブ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される、前記方法。
［態様７５］ 態様７４に記載の方法であって、アンドロゲン受容体阻害剤ではない該他の抗癌剤が、パクリタキセルである、前記方法。
［態様７６］ 態様５８〜７５のいずれかに記載の方法であって、該生物学的試料が、細胞、組織および体液からなる群から選択される、前記方法。
［態様７７］ 態様７６に記載の方法であって、該生物学的試料が、乳房組織または細胞を含む、前記方法。
［態様７８］ 態様７７に記載の方法であって、該組織が、生検から得られる、前記方法。
［態様７９］ 態様７７に記載の方法であって、該体液が、血液、リンパ液、尿、唾液、乳管洗浄細胞診からの流体および乳頭吸引液からなる群から選択される、前記方法。
［態様８０］ 態様６２に記載の方法であって、該対象が、トリプルネガティブ乳癌の処置のためのアンドロゲン受容体阻害剤以外の抗癌剤を用いた０または１ラウンドの先行する処置を受けている、前記方法。

Claims (21)

1. トリプルネガティブ乳癌に関する処置を評価する方法であって、
   該処置はアンドロゲン受容体阻害剤の使用を含み、ここにおいて、該アンドロゲン受容体阻害剤が、エンザルタミドであり、
   該方法は、対象から得られた生物学的試料をアッセイし、該対象から得られた該生物学的試料が基底様亜型として分類されるかまたは他の亜型として分類されるかを、
   （ａ）表１において列挙されている内在性遺伝子のセットの発現を検出し；
   （ｂ）該試料の基底重心分類器スコアを表１において列挙されている内在性遺伝子のセットの発現から決定し；
   （ｃ）該試料のルミナルＡ重心分類器スコアを表１において列挙されている内在性遺伝子のセットの発現から決定し；そして
   （ｄ）加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアを、該基底重心分類器スコアおよび該ルミナルＡ重心分類器スコアから、次の方程式に従って計算する
   加重された基底およびルミナルＡ分類器スコア＝
   −０．２５（基底重心分類器スコア）＋０．２７（ルミナルＡ重心分類器スコア）、
   ことによって決定する。ことを含む、
   ここにおいて、該加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアが−０．３より大きい場合、アンドロゲン受容体阻害剤を含む該乳癌処置は、該加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアが−０．３以下である場合よりも該対象において有効である可能性がより高く、そして、
   該生物学的試料が、細胞、組織および体液からなる群から選択され、そして、該生物学的試料が、乳房組織または細胞を含む、
   前記方法。
2. 該加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアが−０．２５より大きい場合、アンドロゲン受容体阻害剤を含む該乳癌処置は、該加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアが−０．２５以下である場合よりも該対象において有効である可能性がより高い、請求項１に記載の方法。
3. 該加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアが−０．２より大きい場合、アンドロゲン受容体阻害剤を含む該乳癌処置は、該加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアが−０．２以下である場合よりも該対象において有効である可能性がより高い、請求項１に記載の方法。
4. 該対象の乳癌が、アンドロゲン受容体陽性腫瘍細胞の存在により特性付けられる、請求項１−３のいずれか１項に記載の方法。
5. 該組織が、生検から得られる、請求項１に記載の方法。
6. 該体液が、血液、リンパ液、尿、唾液、乳管洗浄細胞診からの流体および乳頭吸引液からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
7. アンドロゲン受容体阻害剤を含む、対象におけるトリプルネガティブ乳癌を処置するための療法剤であって、ここにおいて、該アンドロゲン受容体阻害剤が、エンザルタミドであり、
   該対象が、基底様亜型以外として分類された乳癌細胞を含む乳癌を有し、そして、
   ここにおいて、該対象の乳癌細胞は、次の式：
   加重された基底およびルミナルＡ分類器スコア＝
   −０．２５（基底重心分類器スコア）＋０．２７（ルミナルＡ重心分類器スコア）、
   に従って、−０．３より大きい加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアによって特性付けられる、ここにおいて、該基底重分類器スコア及び該ルミナルＡ重心分類器スコアは、該対象の乳癌細胞に関して、表１において列挙されている内在性遺伝子セットの該細胞による発現から決定される、
   前記療法剤。
8. 対象の乳癌細胞が、−０．２より大きい加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアによって特性付けられる、請求項７に記載の療法剤。
9. 対象の乳癌細胞が、−０．２５より大きい加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアによって特性付けられる、請求項７に記載の療法剤。
10. 該対象の乳癌が、アンドロゲン受容体陽性腫瘍細胞の存在により特性付けられる、請求項７−９のいずれか１項に記載の療法剤。
11. 該エンザルタミドが、１日１回１６０ｍｇの用量で経口投与される、請求項７−１０のいずれか１項に記載の療法剤。
12. 該エンザルタミドが、１６０ｍｇのエンザルタミドを含む単一のカプセルとして投与される、請求項１１に記載の療法剤。
13. 該エンザルタミドが、４個のカプセルとして投与され、それぞれのカプセルが、４０ｍｇのエンザルタミドを含む、請求項１１に記載の療法剤。
14. アンドロゲン受容体阻害剤を含む乳癌処置が、さらにアンドロゲン受容体阻害剤ではない１種類以上の他の抗癌剤を含む、請求項７−１３のいずれか１項に記載の療法剤。
15. アンドロゲン受容体阻害剤ではない該他の抗癌剤が、シクロホスファミド、フルオロウラシル、５−フルオロウラシル、メトトレキサート、チオテパ、カルボプラチン、シスプラチン、タキサン類、パクリタキセル、タンパク質結合パクリタキセル、ドセタキセル、ビノレルビン、タモキシフェン、ラロキシフェン、トレミフェン、フルベストラント、ゲムシタビン、イリノテカン、イキサベピロン、テモゾロミド（ｔｅｍｏｚｏｌｍｉｄｅ）、トポテカン、ビンクリスチン、ビンブラスチン、エリブリン、ムタマイシン（ｍｕｔａｍｙｃｉｎ）、カペシタビン、アナストロゾール、エキセメスタン、レトロゾール、ロイプロリド、アバレリクス、ブセレリン（ｂｕｓｅｒｅｌｉｎ）、ゴセレリン、酢酸メゲストロール、リセドロネート、パミドロネート、イバンドロネート、アレンドロネート、デノスマブ、ゾレドロネート、トラスツズマブ、タイケルブまたはベバシズマブ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項１４に記載の療法剤。
16. アンドロゲン受容体阻害剤ではない該他の抗癌剤が、パクリタキセルである、請求項１５に記載の療法剤。
17. 該処置が、さらに、該対象を試験して該対象の乳癌細胞の加重された基底およびルミナルＡ分類器スコアを決定する工程を含む、請求項７−９のいずれか１項に記載の療法剤。
18. 該対象が、トリプルネガティブ乳癌の処置のためのアンドロゲン受容体阻害剤以外の抗癌剤を用いた０または１ラウンドの先行する処置を受けている、請求項７−９のいずれか１項に記載の療法剤。
19. 該対象の乳癌細胞が生物学的試料に由来し、該生物学的試料が、細胞、組織および体液からなる群から選択される、請求項１７に記載の療法剤。
20. 該生物学的試料が体液であり、体液が、血液、リンパ液、尿、唾液、乳管洗浄細胞診からの流体および乳頭吸引液からなる群から選択される、請求項１９に記載の療法剤。
21. 該生物学的試料が組織であり、組織が生検から得られる、請求項１９も記載の療法剤。