ES2748005T3

ES2748005T3 - Método para predecir la respuesta a agentes terapéuticos de cáncer de mama y método de tratamiento de cáncer de mama

Info

Publication number: ES2748005T3
Application number: ES15831013T
Authority: ES
Inventors: Amy Peterson; Hirdesh Uppal
Original assignee: Medivation Prostate Therapeutics LLC
Current assignee: Medivation Prostate Therapeutics LLC
Priority date: 2014-12-12
Filing date: 2015-12-08
Publication date: 2020-03-12
Anticipated expiration: 2035-12-08
Also published as: CA2970469A1; SG11201704425TA; US11952634B2; IL252587A0; CN107109488A; EP3230471B1; US10196693B2; ZA201703904B; EP3230471A1; JP6735277B2; AU2015360767A1; US20160168646A1; US20190169697A1; RU2017120330A3; EP3604556A1; JP2018504892A; KR20170095306A; BR112017012142A2; MX2017007707A; US20220056541A1

Abstract

Un método de evaluación de un tratamiento para cáncer de mama triple negativo cuyo tratamiento comprende el uso de un inhibidor de receptor androgénico, comprendiendo el método ensayar una muestra biológica obtenida a partir de un sujeto para determinar si la muestra biológica obtenida a partir del sujeto se clasifica como subtipo de tipo basal u otro subtipo mediante: (a) la detección de la expresión del conjunto de genes intrínsecos enumerados en la Tabla 1; (b) la determinación de la puntuación del clasificador centroide basal de la muestra a partir de la expresión del conjunto de genes intrínsecos enumerados en la Tabla 1; (c) la determinación de la puntuación del clasificador centroide luminal A de la muestra a partir de la expresión del conjunto de genes intrínsecos enumerados en la Tabla 1; y (d) el cálculo de la puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado a partir de la puntuación del clasificador centroide basal y la puntuación del clasificador centroide luminal A según la siguiente ecuación: puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado= -0,25 x puntuación del clasificador centroide basal + 0,27 x puntuación del clasificador centroide luminal A en el que si la puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado es mayor de -0,3, el tratamiento de cáncer de mama que comprende un inhibidor de receptor androgénico es más probable que sea eficaz en el sujeto que si la puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado es menor o igual a -0,3; y en el que la muestra biológica se selecciona del grupo consistente en una célula, tejido y fluido corporal y en el que la muestra biológica comprende tejido o células de mama.

Description

DESCRIPCIÓN

Método para predecir la respuesta a agentes terapéuticos de cáncer de mama y método de tratamiento de cáncer de mama

Listado de secuencias

La presente solicitud contiene un listado de secuencias que se ha remitido en formato ASCII por la EFS-Web y se incorpora por la presente como referencia en su totalidad. Dicha copia ASCII, creada el 12-04-2015, se denomina 212181_0001_00_WO_SeqListing_ST25 y es de 262.467 bytes de tamaño.

Campo de la invención

El campo se refiere a la terapia de cáncer de mama.

Antecedentes de la invención

El cáncer de mama es considerado una enfermedad genéticamente heterogénea y biológicamente diversa. Se ha mostrado que las diferencias clínicas y fenotípicas reconocidas hace tiempo se correlacionan con diferencias en la expresión génica. Estudios anteriores de tumores de mama han identificado cinco subtipos distintos de carcinomas de mama que están asociados a diferentes resultados clínicos: luminal A (receptor de estrógeno (ER)+); luminal B (ER+); con sobreexpresión de HER2; de tipo mama normal y de tipo basal. Véanse Perou et al. Nature, 406(6797): 747-52 (2000); Sorlie et al. PNAS, 98(19): 10869-74 (2001).

El análisis de la biopsia de cáncer de mama y de especímenes quirúrgicos incluye típicamente la valoración de receptores nucleares y de superficie celular (ER, PgR y HER2), la amplificación génica de HER2 (si el análisis de HER2 por inmunohistoquímica (IHQ) no es definitivo) y otras pruebas de pronóstico tales como invasión de microvasos y marcadores de proliferación. Las terapias endocrinas que se orientan a rutas de señalización de ER para enfermedad ER+ y las terapias orientadas a HER2 para enfermedad HER2+ desempeñan un papel crítico en el tratamiento de la mayoría de pacientes con cáncer de mama. Sin embargo, se han hecho pocos progresos en la identificación de terapias orientadas eficaces para pacientes cuya enfermedad carezca de estos receptores, concretamente, los cánceres de mama denominados “triples negativos” o “CMTN”, y la quimioterapia citotóxica no selectiva sigue siendo la opción terapéutica primaria.

El receptor androgénico (AR) es el receptor de hormona nuclear más comúnmente expresado en cáncer de mama, aunque su papel funcional en la iniciación o activación de malignidad todavía no es bien entendido. En un estudio de 3093 cánceres de mama, se observó expresión de AR (10 % o más de tinción nuclear por IHQ) en un 77 % de los tumores de mama invasivos y por todos los fenotipos moleculares (Collins et al., Mod Pathol 2011; 24(7): 924-931). Sin embargo, los niveles de receptor androgénico no se valoran rutinariamente, puesto que no se ha mostrado que predigan las respuestas a las terapias usadas actualmente.

El uso de inhibidores de AR se ha propuesto como parte de un régimen terapéutico para el tratamiento de cáncer de mama. Véase, p. ej., Garay y Park, Am. J. Cancer Res. 2012; 2(4): 434-445. Se ha generado interés recientemente en el tratamiento de CMTN. La falta de expresión de los tres de receptor estrogénico, receptor de progesterona y HER2 predice falta de respuesta a las terapias orientadas endocrinas disponibles (tamoxifeno, inhibidores de aromatasa) y anti-HER2 (trastuzumab). De un 10 a un 35 % de tales tumores de CMTN expresan receptor androgénico (Ogawa et al., Int J. Clin, Oncol. 2008; 13: 431435). Las terapias orientadas a AR pueden probar ser un tratamiento valioso para una gran proporción de cánceres de mama, incluyendo cánceres de mama triples negativos. Traina et al (37th Annual San Antonio Breast Cancer Symposium, número de publicación P5-19-09) discute un estudio de fase 2 de un inhibidor de receptor androgénico en CMTN AR+ avanzado. Mrklic et al (Acta Histochemica, vol. 115, n.° 4, 1 de mayo de 2013, D0I:10.1016/j.acthis.2012.09.006) divulga un estudio de inmunotinción de receptor androgénico en CMTN. Fioretti et al (Journal of Molecular Endocrinology, vol. 52, n.° 3, 27 de mayo de 2014, DOI: 10.1530/JME-14-0030) discute el papel del receptor androgénico en CMTN e identifica que el CMTN es dependiente de la señalización androgénica para el crecimiento. El artículo de Garth Sundem en www.coloradocancerblogs.org ("Study shows antiandrogen receptor therapy for triple negative breast cancer may benefit more than just high-androgen receptor tumors") discute un estudio que demuestra que los inhibidores del receptor androgénico pueden ser útiles en el tratamiento de subtipos de CMTN con baja expresión de receptor androgénico. El documento WO2013/066440 divulga el uso de inhibidores de receptor androgénico en el tratamiento de una serie de subtipos de CMTN.

A pesar del interés en la inhibición de la señalización de receptor androgénico como modalidad para el tratamiento de cáncer de mama, y en el tratamiento de CMTN en particular, sigue habiendo la necesidad de predecir si un paciente individual será sensible por adelantado a la terapia. Una prueba para predecir la probabilidad de si un paciente particular responderá o no a una terapia que inhibe la señalización de receptor androgénico, y de pacientes de CMTN en particular, sería una herramienta valiosa en la planificación del tratamiento de pacientes.

Compendio de la invención

En una realización, se proporciona un método de evaluación de un tratamiento para cáncer de mama triple negativo cuyo tratamiento comprende el uso de un inhibidor de receptor androgénico, comprendiendo el método ensayar una muestra biológica obtenida a partir de un sujeto para determinar si la muestra biológica obtenida a partir del sujeto se clasifica como subtipo de tipo basal u otro subtipo mediante:

(a) la detección de la expresión del conjunto de genes intrínsecos enumerados en la Tabla 1.

(b) la determinación de la puntuación del clasificador centroide basal de la muestra a partir de la expresión del conjunto de genes intrínsecos enumerados en la Tabla 1;

(c) la determinación de la puntuación del clasificador centroide luminal A de la muestra a partir de la expresión del conjunto de genes intrínsecos enumerados en la Tabla 1; y

(d) el cálculo de la puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado a partir de la puntuación del clasificador centroide basal y la puntuación del clasificador centroide luminal A según la siguiente ecuación:

puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado= -0,25 x puntuación del clasificador centroide basal 0,27 x puntuación del clasificador centroide luminal A

en el que si la puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado es mayor de -0,3, el tratamiento de cáncer de mama que comprende un inhibidor de receptor androgénico es más probable que sea eficaz en el sujeto que si la puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado es menor o igual a -0,3; y en el que la muestra biológica se selecciona del grupo consistente en una célula, tejido y fluido corporal y en el que la muestra biológica comprende tejido o células de mama.

Se divulga en la presente memoria un método de cribado de la probabilidad de eficacia de un tratamiento para cáncer de mama triple negativo que comprende un inhibidor de receptor androgénico en un sujeto necesitado de tal tratamiento. El método comprende:

ensayar una muestra biológica obtenida a partir del sujeto para determinar si la muestra biológica se clasifica como subtipo de tipo basal u otro subtipo; y

en el que si la muestra biológica se clasifica como distinto de un subtipo de tipo basal, el tratamiento de cáncer de mama que comprende un inhibidor de receptor androgénico es más probable que sea eficaz que si la muestra se clasificara como subtipo de tipo basal.

Se divulga en la presente memoria un método de clasificación de una muestra biológica a partir de un sujeto como indicador de la probabilidad de eficacia de un tratamiento del paciente por cáncer de mama triple negativo, comprendiendo dicho tratamiento un inhibidor de receptor androgénico, comprendiendo el método:

en el que la muestra biológica clasificada como distinta de subtipo de tipo basal indica que el tratamiento de cáncer de mama que comprende un inhibidor de receptor androgénico es más probable que sea eficaz que si la muestra se clasificara como subtipo de tipo basal.

En ciertas realizaciones de los métodos de cribado y clasificación (colectivamente, “ los métodos anteriormente mencionados”), se efectúa el ensayo de la muestra biológica para determinar si la muestra biológica se clasifica como subtipo de tipo basal u otro subtipo mediante la detección de la expresión del conjunto de genes intrínsecos enumerados en la Tabla 1.

En ciertas realizaciones de los métodos anteriormente mencionados, se determina la puntuación del clasificador centroide basal de la muestra a partir de la expresión del conjunto de genes intrínsecos enumerados en la Tabla 1.

Según la presente divulgación, si la puntuación del clasificador centroide basal es menor o igual a 0,9, se determina que el tratamiento de cáncer de mama que comprende un inhibidor de receptor androgénico es probablemente más eficaz en el tratamiento del sujeto que si la puntuación del clasificador centroide basal es mayor de 0,9. Según la presente divulgación, si la puntuación del clasificador centroide basal es menor o igual a 0,6, se determina que el tratamiento de cáncer de mama que comprende un inhibidor de receptor androgénico es probablemente más eficaz en el tratamiento del sujeto que si la puntuación del clasificador centroide basal es mayor de 0,6. Según la presente divulgación, si la puntuación del clasificador centroide basal está en el intervalo de 0,2 a 0,8, el tratamiento de cáncer de mama que comprende un inhibidor de receptor androgénico es probable que sea eficaz en el tratamiento del sujeto. En otra realización, si la puntuación del clasificador centroide basal está en el intervalo de 0,4 a 0,7, el tratamiento de cáncer de mama que comprende un inhibidor de receptor androgénico es probable que sea eficaz en el tratamiento del sujeto.

En ciertas realizaciones de los métodos anteriormente mencionados, se determinan la puntuación del clasificador centroide basal y la puntuación del clasificador centroide luminal A de la muestra a partir de la expresión del conjunto de genes intrínsecos enumerados en la Tabla 1. El método comprende calcular una puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado a partir de la puntuación del clasificador centroide basal y la puntuación del clasificador centroide luminal A según la siguiente ecuación:

puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado= -0,25(puntuación del clasificador centroide basal) 0,27(puntuación del clasificador centroide luminal A)

en la que si la puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado es mayor de -0,3, el tratamiento de cáncer de mama que comprende un inhibidor de receptor androgénico es más probable que sea eficaz en el sujeto que si la puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado es menor o igual a -0,3. En otra realización, si la puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado es mayor de -0,2, el tratamiento de cáncer de mama que comprende un inhibidor de receptor androgénico es más probable que sea eficaz en el sujeto que si la puntuación del clasificador basal y luminal A ponderada es menor o igual a -0,2. En otra realización, si la puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado es mayor de -0,25, el tratamiento de cáncer de mama que comprende un inhibidor de receptor androgénico es más probable que sea eficaz en el sujeto que si la puntuación de clasificador basal y luminal A ponderado es menor o igual a -0,25.

Según la presente divulgación, la ecuación para determinar la puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado puede tomar la forma:

puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado= -0,2468275(puntuación del clasificador centroide basal)

0,2667110 (puntuación del clasificador centroide luminal A)

En ciertas realizaciones de los métodos anteriormente mencionados, el cáncer de mama se caracteriza por la presencia de células tumorales positivas de receptor androgénico.

En ciertas realizaciones de los métodos anteriormente mencionados, se selecciona la muestra biológica del grupo consistente en una célula, tejido y fluido corporal. En ciertas realizaciones, el fluido corporal se selecciona del grupo consistente en sangre, linfa, orina, saliva, fluido de lavado ductal y aspirado de pezón. En algunas realizaciones, el tejido se obtiene a partir de una biopsia.

En cualquiera de los métodos anteriormente mencionados, puede llevarse a cabo un ensayo para determinar el estado de receptor androgénico de las células de la muestra, concretamente AR positivo frente a AR negativo.

Se divulga en la presente memoria un método de tratamiento de cáncer de mama triple negativo en un sujeto, teniendo dicho sujeto un cáncer de mama que comprende células de cáncer de mama que se han clasificado como distintas del subtipo de tipo basal, comprendiendo dicho método administrar un tratamiento de cáncer de mama al sujeto que comprende un inhibidor de receptor androgénico, tratando así el cáncer de mama triple negativo en el sujeto.

Según la presente divulgación del método de tratamiento, las células de cáncer de mama del sujeto se caracterizan por una puntuación del clasificador centroide basal menor o igual a 0,9, determinada a partir de la expresión de dichas células del conjunto de genes intrínsecos enumerados en la Tabla 1. En otra realización del método de tratamiento, las células de cáncer de mama del sujeto se caracterizan por una puntuación del clasificador centroide basal menor o igual a 0,6. En otra realización del método de tratamiento, las células de cáncer de mama del sujeto se caracterizan por una puntuación del clasificador centroide basal en el intervalo de 0,2 a 0,8. En otra realización del método de tratamiento, las células de cáncer de mama del sujeto se caracterizan por una puntuación del clasificador centroide basal en el intervalo de 0,4 a 0,7.

Según la presente divulgación del método de tratamiento, las células de cáncer de mama del sujeto se caracterizan por una puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado mayor de -0,3. En otra realización del método de tratamiento, las células de cáncer de mama del sujeto se caracterizan por una puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado mayor de -0,2. En otra realización del método de tratamiento, las células de cáncer de mama del sujeto se caracterizan por una puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado mayor de -0,25.

En una realización, se proporciona un inhibidor de receptor androgénico para uso en el tratamiento de un cáncer de mama triple negativo en un sujeto, teniendo dicho sujeto un cáncer de mama que comprende células de cáncer de mama que se han clasificado como distintas del subtipo de tipo basal, y en el que las células de cáncer de mama del sujeto se caracterizan por una puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado mayor de -0,3 según la fórmula:

en la que dicha puntuación del clasificador centroide basal y dicha puntuación del clasificador centroide luminal A se determinan para las células de cáncer de mama del sujeto a partir de la expresión por dichas células del conjunto de genes intrínsecos enumerados en la Tabla 1.

Se divulga en la presente memoria un agente terapéutico para terapia de cáncer de mama triple negativo o tratamiento para uso en un sujeto necesitado de ello, en el que dicho agente es un inhibidor de receptor androgénico, que comprende: (a) ensayar una muestra biológica del sujeto para determinar si la muestra biológica se clasifica como subtipo de tipo basal u otro subtipo; y (b) administrar dicho agente al sujeto si la muestra biológica se clasifica como distinta de subtipo de tipo basal.

Se divulga en la presente memoria un inhibidor de receptor androgénico para uso en el tratamiento de un cáncer de mama triple negativo en un sujeto, en el que se ha ensayado una muestra biológica del sujeto para determinar si la muestra se clasifica como subtipo de tipo basal u otro subtipo.

Se divulga en la presente memoria un método de tratamiento de cáncer de mama triple negativo en un sujeto necesitado de dicho tratamiento que comprende: (a) ensayar la muestra biológica para determinar si la muestra biológica se clasifica como subtipo de tipo basal u otro subtipo; y (b) si la muestra biológica se clasifica como distinta de subtipo de tipo basal, administrar un tratamiento de cáncer de mama al sujeto que comprende un inhibidor de receptor androgénico, tratando así el cáncer de mama en el sujeto.

En ciertas realizaciones de los inhibidores de receptor androgénico anteriormente mencionados para uso en tratamiento, se efectúa el ensayo de la muestra biológica para determinar si la muestra biológica se clasifica como subtipo de tipo basal u otro subtipo detectando la expresión de los genes intrínsecos enumerados en la Tabla 1.

Según la presente divulgación de los métodos de tratamiento, tratamientos e inhibidores de receptor androgénico anteriormente mencionados para uso en tratamiento, ensayar la muestra biológica comprende determinar la puntuación del clasificador centroide basal de la muestra a partir de la expresión del conjunto de genes intrínsecos enumerados en la Tabla 1, en los que se administra el tratamiento de cáncer de mama si la puntuación del clasificador centroide basal es menor o igual a 0,9. En una realización, se administra el tratamiento de cáncer de mama si la puntuación del clasificador centroide basal es menor o igual a 0,6. En una realización, se administra el tratamiento de cáncer de mama si la puntuación del clasificador centroide basal está en el intervalo de 0,2 a 0,8. En otra realización, se administra el tratamiento de cáncer de mama si la puntuación del clasificador centroide basal está en el intervalo de 0,4 a 0,7.

En ciertas realizaciones de los inhibidores de receptor androgénico anteriormente mencionados para uso en tratamiento, ensayar la muestra biológica comprende determinar la puntuación del clasificador centroide basal y la puntuación del clasificador centroide luminal A de la muestra a partir de la expresión del conjunto de genes intrínsecos enumerados en la Tabla 1, y calcular la puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado, en las que se administra el tratamiento de cáncer de mama al sujeto si la puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado es mayor de -0,3. En una realización, se administra el tratamiento de cáncer de mama si la puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado es mayor de -0,2. En otra realización, se administra el tratamiento de cáncer de mama si la puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado es mayor de -0,25.

En ciertas realizaciones de los inhibidores de receptor androgénico para uso en tratamiento, el cáncer de mama del sujeto se caracteriza adicionalmente por la presencia de células tumorales positivas de receptor androgénico.

En realizaciones de los inhibidores de receptor androgénico mencionados anteriormente para uso en tratamiento, se selecciona el inhibidor de receptor androgénico del grupo consistente en enzalutamida, bicalutamida, flutamida, nilutamida, ARN509, ketoconazol, acetato de abiraterona, VN/124-1 (TOK-001), orteronel (TAK-700), finasterida, galeterona, acetato de ciproterona, andarina y combinaciones de los mismos. La lista de inhibidores de receptor androgénico es ejemplar y no se pretende que sea limitante.

En ciertas realizaciones, el inhibidor de receptor androgénico es enzalutamida. En una de tales realizaciones, la enzalutamida se administra por vía oral una vez al día a una dosis de 160 mg. En algunas realizaciones, se administra enzalutamida como una sola cápsula que comprende 160 mg de enzalutamida. En otras realizaciones, se administra enzalutamida como 4 cápsulas, comprendiendo cada cápsula 40 mg de enzalutamida.

En realizaciones de los inhibidores de receptor androgénico mencionados anteriormente para uso en tratamiento, el tratamiento de cáncer de mama que comprende un inhibidor de receptor androgénico comprende adicionalmente uno o más de otros agentes anticancerosos que no son un inhibidor de receptor androgénico. Tales otros agentes anticancerosos que no son inhibidores de receptor androgénico pueden seleccionarse del grupo consistente en ciclofosfamida, fluorouracilo, 5-fluorouracilo, metotrexato, tiotepa, carboplatino, cisplatino, taxanos, paclitaxel, paclitaxel unido a proteína, docetaxel, vinorelbina, tamoxifeno, raloxifeno, toremifeno, fulvestrant, gemcitabina, irinotecán, ixabepilona, temozolmida, topotecán, vincristina, vinblastina, eribulina, mutamicina, capecitabina, anastrozol, exemestano, letrozol, leuprolida, abarélix, buserelina, goserelina, acetato de megestrol, risedronato, pamidronato, ibandronato, alendronato, denosumab, zoledronato, trastuzumab, Tykerb o bevacizumab, y combinaciones de los mismos. La lista de otros agentes anticancerosos es ejemplar y no se pretende que sea limitante.

En una realización, el agente anticanceroso no inhibidor de AR es paclitaxel. Se divulga también en la presente memoria que el inhibidor de AR es enzalutamida y el agente anticanceroso no inhibidor de AR es paclitaxel.

Según la presente divulgación, el método de tratamiento comprende una etapa de ensayo del sujeto para determinar si el sujeto tiene un cáncer de mama que comprende células de cáncer de mama que sean distintas del subtipo de tipo basal.

Según la presente divulgación, el método de tratamiento comprende una etapa de ensayo del sujeto para determinar la puntuación del clasificador centroide basal de células de cáncer de mama del sujeto.

Según la presente divulgación, el método de tratamiento comprende una etapa de ensayo del sujeto para determinar la puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado de células de cáncer de mama del sujeto.

En algunas realizaciones de los inhibidores de receptor androgénico anteriormente mencionados para uso en tratamiento, el sujeto ha recibido 0 o 1 rondas de tratamiento anterior con un agente anticanceroso distinto de un inhibidor de receptor androgénico para el tratamiento de cáncer de mama triple negativo.

Según la presente divulgación de los métodos de cribado, métodos de clasificación, métodos de tratamiento, tratamientos e inhibidores de receptor androgénico anteriormente mencionados para uso en tratamiento, la muestra biológica puede seleccionarse del grupo consistente en una célula, tejido y fluido corporal. En ciertas realizaciones, el fluido corporal se selecciona del grupo consistente en sangre, linfa, orina, saliva, fluido de lavado ductal y aspirado de pezón. En algunas realizaciones, el tejido se obtiene a partir de una biopsia.

Según la presente divulgación de los métodos de cribado, métodos de clasificación, métodos de tratamiento, tratamientos e inhibidores de receptor androgénico anteriormente mencionados para uso en tratamiento, puede llevarse a cabo un ensayo para determinar el estado de receptor androgénico de las células de la muestra, concretamente AR-positivo frente a AR-negativo.

Como se prevé en la presente invención con respecto a las composiciones divulgadas de materiales y métodos, en un aspecto las realizaciones de la invención comprenden los componentes y/o etapas divulgados en la presente memoria. En otro aspecto, las realizaciones de la invención consisten esencialmente en los componentes y/o etapas divulgados en la presente memoria. En aún otro aspecto, las realizaciones de la invención consisten en los componentes y/o etapas divulgados en la presente memoria.

Definiciones

Los artículos “un” y “una” se usan en la presente memoria para hacer referencia a uno o más de uno (concretamente al menos uno) de los objetos gramaticales del artículo. A modo de ejemplo, “un elemento” significa un elemento o más de un elemento.

“Aproximadamente” se entenderá por especialistas en la materia y variará en cierta medida dependiendo del contexto en que se use. Como se usa en la presente memoria, “aproximadamente” pretende englobar variaciones de ±20 % o ±10 %, más preferiblemente ±5 %, incluso más preferiblemente ±1% y todavía más preferiblemente ±0,1 %.

“ Inhibidor de receptor androgénico” significa un compuesto o molécula que inhibe directa o indirectamente la ruta de señalización del receptor androgénico (AR). En una realización, los inhibidores directos del receptor AR incluyen enzalutamida, bicalutamida (Casodex), flutamida, nilutamida, ARN509 y similares. En otra realización, los inhibidores indirectos de AR incluyen inhibidores de Cyp 17 tales como ketoconazol, acetato de abiraterona, VN/124-1 (TOK-001), orteronel (TAK-700) y similares. En otra realización, los inhibidores de AR incluyen finasterida, galeterona, acetato de ciproterona y andarina y similares.

Se entiende por “detectar la expresión” determinar la cantidad o presencia de un transcrito de ARN o su producto de expresión de un gen intrínseco.

“Inhibir” u otras formas de inhibición significa obstaculizar o restringir una característica particular. Se entiende que esto es típicamente en relación con algún patrón o valor esperado, en otras palabras, es relativo, pero esto no es siempre necesario para el patrón o valor relativo.

Como se usa de principio a fin, se entiende por un “sujeto” un individuo, típicamente un mamífero o ave. Los mamíferos pueden incluir, por ejemplo, animales domesticados (p. ej., gato o perro), ganado (p. ej., ganado vacuno, caballos, cerdos, ovejas, cabras, etc.), animales de laboratorio (p. ej., ratón, conejo, rata, conejillo de Indias etc.) y primates. Preferiblemente, el mamífero es un ser humano.

“Cáncer de mama triple negativo” o “CMTN” hace referencia a cualquier cáncer de mama que no exprese los genes de receptor estrogénico (ER), receptor de progesterona (PR) y Her2/neu. El término incluye CMTN epiteliales primarios así como CMTN que están implicados con otros tumores. El cáncer puede incluir un carcinoma triple negativo de mama, carcinoma ductal de mama, carcinoma lobular de mama, carcinoma indiferenciado de mama, cistosarcoma filoides de mama, angiosarcoma de mama y linfoma primario de mama. Los CMTN pueden incluir también cualquier etapa de cáncer de mama triple negativo, y pueden incluir neoplasias de mama que tienen heterogeneidad histológica y ultraestructural (p. ej., tipos celulares mixtos).

“Un tratamiento de CMTN que comprende inhibidor de receptor androgénico” es un tratamiento de CMTN que incluye la administración de un inhibidor de receptor androgénico. El tratamiento puede incluir otros agentes anticancerosos o quimioterapéuticos.

Un sujeto “necesitado de” tratamiento por CMTN es un sujeto que tiene CMTN o que presenta uno o más síntomas de CMTN o un sujeto que tiene un riesgo aumentado de desarrollar CMTN respecto a la población en general. Preferiblemente, un sujeto “necesitado de” tratamiento por CMTN es un sujeto que está aquejado de CMTN.

Como se usa en la presente memoria, “cantidad terapéuticamente eficaz” o “dosis terapéuticamente eficaz” hace referencia a un agente, compuesto, material o composición que contiene un compuesto que es al menos suficiente para producir un efecto terapéutico. Una cantidad eficaz es la cantidad de un agente terapéutico necesaria para prevenir, curar, mejorar, detener o detener parcialmente un síntoma de una enfermedad o trastorno.

“Tratar” o “tratamiento” no significa una cura completa. Significa que se reducen los síntomas de la enfermedad subyacente y/o que se reducen uno o más de las causas o mecanismos celulares, fisiológicos o bioquímicos subyacentes que causan los síntomas. Se entiende que reducido, como se usa en este contexto, significa respecto al estado de la enfermedad, incluyendo el estado molecular de la enfermedad, no solo el estado fisiológico de la enfermedad.

Descripción de las Figuras

La Fig. 1 es un gráfico de los resultados de algunos de los pacientes inscritos en el periodo de precribado o cribado de un ensayo clínico que evalúa enzalutamida en pacientes cuyo CMTN expresaba también AR. “Diagnóstico - ” representa pacientes que tienen el subtipo de tipo basal, determinado por la clasificación del subtipo de cáncer de mama génico PAM50. "Diagnóstico " representa los pacientes con subtipos Her2, LumA, LumB o normal. Se puntuaron los pacientes como “que responde” o “que no responde” a la terapia de enzalutamida según los criterios expuestos en el Ejemplo 1.

Las Fig. 2A y 2B son gráficos de los resultados del mismo ensayo clínico de CMTN en que se correlacionaban las puntuaciones del clasificador de expresión génica del paciente para el subtipo de tipo basal con la respuesta del paciente. Se aplicó un umbral de corte de 0,2 para la puntuación del clasificador centroide basal. “Diagnóstico ” representa pacientes cuyas muestras satisfacían la firma de pronóstico indicada que comprende el umbral de corte indicado. “Diagnóstico - ” representa pacientes cuyas muestras no satisfacían el umbral de corte indicado. Los pacientes se puntuaron como “que responde” o “que no responde” a la terapia de enzalutamida según los criterios expuestos en el Ejemplo 1.

Las Fig. 3A y 3B son gráficos de resultados del mismo ensayo clínico de CMTN en que se correlacionaban las puntuaciones de clasificador de expresión génica para el subtipo de tipo basal con la respuesta del paciente. Se aplicó un umbral de corte de 0,3 para la puntuación del clasificador de centroide basal. “Diagnóstico ” representa pacientes cuyas muestras satisfacían la firma de pronóstico indicada que comprende el umbral de corte indicado. "Diagnóstico -" representa pacientes cuyas muestras no satisfacían el umbral de corte indicado. Los pacientes se puntuaron como “que responde” o “que no responde” a la terapia de enzalutamida según los criterios expuestos en el Ejemplo 1.

Las Fig. 4A y 4B son gráficos de resultados del mismo ensayo clínico de CMTN en que se correlacionaban las puntuaciones de clasificador de expresión génica para el subtipo de tipo basal con la respuesta del paciente. Se aplicó un umbral de corte de 0,4 para la puntuación del clasificador centroide basal. “Diagnóstico ” representa pacientes cuyas muestras satisfacían la firma de pronóstico indicada que comprende el umbral de corte indicado. "Diagnóstico -" representa pacientes cuyas muestras no satisfacían el umbral de corte indicado. Los pacientes se puntuaron como “que responde” o “que no responde” a la terapia de enzalutamida según los criterios expuestos en el Ejemplo 1.

Las Fig. 5A y 5B son gráficos de resultados del mismo ensayo clínico de CMTN en que se correlacionaban las puntuaciones de clasificador de expresión génica para el subtipo de tipo basal con la respuesta del paciente. Se aplicó un umbral de corte de 0,5 para la puntuación del clasificador centroide basal. “Diagnóstico ” representa pacientes cuyas muestras satisfacían la firma de pronóstico indicada que comprende el umbral de corte indicado. "Diagnóstico -" representa pacientes cuyas muestras no satisfacían el umbral de corte indicado. Los pacientes se puntuaron como “que responde” o “que no responde” a la terapia de enzalutamida según los criterios expuestos en el Ejemplo 1.

Las Fig. 6A y 6B son gráficos de resultados del mismo ensayo clínico de CMTN en que se correlacionaban las puntuaciones de clasificador de expresión génica para el subtipo de tipo basal con la respuesta del paciente. Se aplicó un umbral de corte de 0,6 para la puntuación del clasificador centroide basal. “Diagnóstico ” representa pacientes cuyas muestras satisfacían la firma de pronóstico indicada que comprende el umbral de corte indicado. "Diagnóstico -" representa pacientes cuyas muestras no satisfacían el umbral de corte indicado. Los pacientes se puntuaron como “que responde” o “que no responde” a la terapia de enzalutamida según los criterios expuestos en el Ejemplo 1.

Las Fig. 7A y 7B son gráficos de resultados del mismo ensayo clínico de CMTN en que se correlacionaban las puntuaciones de clasificador de expresión génica para el subtipo de tipo basal con la respuesta del paciente. Se aplicó un umbral de corte de 0,65 para la puntuación del clasificador centroide basal. “Diagnóstico ” representa pacientes cuyas muestras satisfacían la firma de pronóstico indicada que comprende el umbral de corte indicado. "Diagnóstico -" representa pacientes cuyas muestras no satisfacían el umbral de corte indicado. Los pacientes se puntuaron como “que responde” o “que no responde” a la terapia de enzalutamida según los criterios expuestos en el Ejemplo 1.

Las Fig. 8A y 8B son gráficos de resultados del mismo ensayo clínico de CMTN en que se correlacionaban las puntuaciones de clasificador de expresión génica para el subtipo de tipo basal con la respuesta del paciente. Se aplicó un umbral de corte de 0,7 para la puntuación del clasificador centroide basal. “Diagnóstico ” representa pacientes cuyas muestras satisfacían la firma de pronóstico indicada que comprende el umbral de corte indicado. "Diagnóstico -" representa pacientes cuyas muestras no satisfacían el umbral de corte indicado. Los pacientes se puntuaron como “que responde” o “que no responde” a la terapia de enzalutamida según los criterios expuestos en el Ejemplo 1.

Las Fig. 9A y 9B son gráficos de resultados del mismo ensayo clínico de CMTN en que se correlacionaban las puntuaciones de clasificador de expresión génica para el subtipo de tipo basal con la respuesta del paciente. Se aplicó un umbral de corte de 0,8 para la puntuación del clasificador centroide basal. “Diagnóstico ” representa pacientes cuyas muestras satisfacían la firma de pronóstico indicada que comprende el umbral de corte indicado. "Diagnóstico -" representa pacientes cuyas muestras no satisfacían el umbral de corte indicado. Los pacientes se puntuaron como “que responde” o “que no responde” a la terapia de enzalutamida según los criterios expuestos en el Ejemplo 1.

Las Fig. 10A y 10B son gráficos de resultados del mismo ensayo clínico de CMTN en que se correlacionaban las puntuaciones de clasificador de expresión génica para el subtipo de tipo basal con la respuesta del paciente. Se aplicó un umbral de corte de 0,9 para la puntuación del clasificador centroide basal. “Diagnóstico ” representa pacientes cuyas muestras satisfacían la firma de pronóstico indicada que comprende el umbral de corte indicado. "Diagnóstico -" representa pacientes cuyas muestras no satisfacían el umbral de corte indicado. Los pacientes se puntuaron como “que responde” o “que no responde” a la terapia de enzalutamida según los criterios expuestos en el Ejemplo 1.

La Fig. 11 comprende una representación de la respuesta a enzalutamida de diversos subgrupos de pacientes tratados con enzalutamida en el ensayo clínico. La respuesta se muestra en términos de tasa de beneficio clínico a > 24 semanas (CBR24). Los subgrupos incluyen los pacientes con intención de tratar (ITT); pacientes evaluables; pacientes con tejido de tumor de mama que tenía tinción por AR > 10 % (IHQ AR >=10 %); pacientes cuyo tejido de tumor de mama se clasificaba como subtipo de tipo no basal por el clasificador de subtipos PAM50 (PAM50 no basal); pacientes cuyos tumores se clasificaban como subtipo de tipo basal (PAM50 basal) y muestras de pacientes analizadas aplicando los cortes indicados de <0,6, > 0,6, <0,7, > 0,7, <0,75 y > 0,75 a partir de las puntuaciones del clasificador centroide basal. "DX -" significa pacientes cuyas muestras no satisfacían el umbral de corte indicado. "DX " significa pacientes cuyas muestras satisfacían el umbral de corte indicado. Se muestran también en la Fig. 11 los datos para los criterios combinados IHQ AR >=10 % y DX+ <0,6.

La Fig. 12 es una representación adicional de la respuesta a enzalutamida de diversos subgrupos de pacientes tratados con enzalutamida en el ensayo clínico. La respuesta se muestra en términos de tasa de beneficio clínico a > 24 semanas (CBR24). Los subgrupos incluyen pacientes con intención de tratar (ITT); pacientes evaluables; pacientes con tejido de tumor de mama que tenía tinción por AR > 10 % (IHQ AR >=10 %) y pacientes en que se administra la terapia de enzalutamida como primera terapia (1a línea) o segunda (2a línea). Los subgrupos incluyen además un subgrupo de muestras de pacientes analizadas aplicando un corte de <0,6 a las puntuaciones del clasificador centroide basal ("DX novedoso+") y un subgrupo que comprende muestras de la terapia de 1a y 2a línea, aplicando el corte de <0,6 a las puntuaciones del clasificador centroide basal.

La Fig. 13 es una gráfica de Kaplan-Meier que muestra la mediana de la supervivencia libre de progresión (SLP) de pacientes tratados con enzalutamida en función del tiempo. Las curvas corresponden a pacientes que se identificó que satisfacían la condición de firma de pronóstico novedosa de una puntuación del clasificador centroide basal de <0,6 ("DX novedoso Pos") frente a pacientes que no satisfacían la definición ("DX novedoso Neg").

Las Fig. 14A-14D comprenden los resultados de respuestas de pacientes en el ensayo clínico del fármaco enzalutamida para el tratamiento de CMTN. Se llevó a cabo el análisis de expresión génica en muestras de tumor de mama del paciente usando el conjunto génico intrínseco PAM50 de la Tabla 1. Se evaluó para cada muestra la correlación por rangos de Spearman con el centroide de expresión génica de tipo basal y se asignó como la “puntuación del clasificador centroide basal”. Se evaluó para cada muestra la correlación por rangos de Spearman con el centroide de expresión génica luminal A y se asignó como la “puntuación del clasificador luminal A”. Se determinó la puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado de las muestras de pacientes a partir de la siguiente fórmula:

0,2667110(puntuación del clasificador centroide luminal A)

Se analizaron los datos de respuesta/no respuesta a enzalutamida usando cortes de puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado de >-0,2 (Fig. 14A), >-0,25 (Fig. 14B), >-0,3 (Fig. 14C) y >-0,35 (Fig. 14D). Los datos se exponen en las Figuras 14A-14D. En cada figura, “Diagnóstico ” representa pacientes cuyas muestras satisfacían la firma de pronóstico indicada que comprende el umbral de corte indicado. "Diagnóstico -" representa pacientes cuyas muestras no satisfacían el umbral de corte indicado. Se puntuaron los pacientes como “que responden” o “que no responden” a la terapia de enzalutamida según los criterios expuestos en el Ejemplo 1.

La Fig. 15 comprende una representación de la respuesta a enzalutamida de diversos subgrupos de pacientes tratados con enzalutamida en el ensayo clínico. Se muestra la respuesta en términos de tasa de beneficio clínico a > 24 semanas (CBR24). Los subgrupos incluyen pacientes con intención de tratar (ITT); pacientes evaluables; pacientes cuyo tejido tumoral de mama se clasificaba como subtipo de tipo no basal por el clasificador de subtipos PAM50 (PAM50 no basal); pacientes cuyos tumores se clasificaban como de subtipo de tipo basal (PAM50 basal) y pacientes cuyas muestras de tejido tumoral de mama se analizaron aplicando los cortes indicados de >-0,2, >-0,25, >-0,3 y >-0,35 a la puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado ."PR-AR DX -" significa pacientes cuyas muestras no satisfacían el umbral de corte indicado. "PR-AR DX " significa pacientes cuyas muestras satisfacían el umbral de corte indicado. Se muestran también los datos de respuesta (aplicando un corte de puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado de >-0,25) para muestras de pacientes en el estudio que reciben terapia de enzalutamida después de haber recibido de 0 a 1 terapias anteriores para tratamiento de CMTN con un fármaco distinto de un inhibidor de receptor androgénico ("y 0-1 terapias anteriores)” o después de haber recibido 2 o más terapias anteriores para tratamiento de CMTN con un fármaco distinto de un inhibidor de receptor androgénico ("y >= 2 terapias anteriores").

La Fig. 16 es una gráfica de Kaplan-Meier que muestra la supervivencia libre de progresión de pacientes tratados con enzalutamida en función del tiempo hasta 56 semanas. Las curvas corresponden a pacientes que se identificó que satisfacían la condición de firma de una puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado mayor de -0,2 ("PR-AR DX+: > -0,2", curva superior) frente a una puntuación del clasificador menor o igual a -0,2 ^{( " P R - A r}DX-: <= -0,2", curva inferior).

La Fig. 17 es una gráfica de Kaplan-Meier que muestra la supervivencia libre de progresión de pacientes tratados con enzalutamida en función del tiempo hasta 56 semanas. Las curvas corresponden a pacientes que se identificó que satisfacían la condición de firma de una puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado mayor de -0,25 ("PR-AR DX+: > -0,25", curva superior) frente a una puntuación del clasificador menor o igual a -0,25 ("PR-AR DX-: <= -0,25", curva inferior).

La Fig. 18 es una gráfica de Kaplan-Meier que muestra la supervivencia libre de progresión de pacientes tratados con enzalutamida en función del tiempo hasta 56 semanas. Las curvas corresponden a pacientes que se identificó que satisfacían la condición de firma de una puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado mayor de -0,3 ("PR-AR DX+: > -0,3", curva superior) frente a una puntuación del clasificador menor o igual a -0,30 ^{( " P R - A r}DX-: <= -0,3", curva inferior).

La Fig. 19 es una gráfica de Kaplan-Meier que muestra la supervivencia libre de progresión de pacientes tratados con enzalutamida en función del tiempo hasta 56 semanas. Las curvas corresponden a pacientes que se identificó que satisfacían la condición de firma de una puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado mayor de -0,35 ("PR-AR DX+: > -0,35", curva superior) frene a una puntuación del clasificador menor o igual a -0,35 ("PR-AR DX-: <= -0,35", curva inferior).

La Fig. 20 es una gráfica de Kaplan-Meier que muestra la supervivencia libre de progresión de pacientes tratados con enzalutamida después de recibir de 0 a 1 terapias anteriores para el tratamiento de CMTN con un fármaco distinto de un inhibidor de receptor androgénico. Las curvas corresponden a pacientes que se identificó que satisfacían la condición de firma de una puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado mayor de -0,25 ("PR-AR DX+: > -0,25", curva superior) frente a una puntuación del clasificador menor o igual a -0,25 ("PR-AR DX-: <= -0,25", curva inferior).

Las Fig. 21A y 21B comprenden gráficos del efecto de la firma de pronóstico novedosa utilizando un corte de puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado de >-0,25 como predicción de respuesta a la terapia con inhibidor de AR en pacientes que reciben 0 o 1 (0-1 líneas anteriores) o 2 o más (2+ líneas anteriores) de terapias anteriores para el tratamiento de CMTN con un fármaco distinto de un inhibidor de receptor androgénico. Los 56 pacientes de la Fig. 21B se identificó que satisfacían la condición de firma de una puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado mayor de -0,25. Los 62 pacientes de estudio identificados por una puntuación de clasificador menor o igual a -0,25 se identifican en la Fig. 21A. Cada barra en las figuras representa un solo paciente. Las barras de paciente marcadas con un triángulo (“activa”) son activas en el estudio. Las barras de paciente marcadas con una estrella significan respuesta completa (RC) o respuesta parcial (RP).

Las Fig. 22A y 22B comprenden gráficas de Kaplan-Meier que muestran respectivamente la mediana de la supervivencia libre de progresión (SLPm) y supervivencia general (SGm) de pacientes tratados con enzalutamida en función del tiempo. Las curvas corresponden a pacientes que se identificó que satisfacían la condición de firma de una puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado mayor de -0,25 ("PR-AR DX+", curvas superiores) frente a una puntuación de clasificador menor o igual a -0,25 ("PR-AR DX-", curvas inferiores). Fig. 22A: SLPm= 16,1 semanas para pacientes que satisfacen la condición de firma; SLPm= 8,1 semanas para pacientes que no satisfacen la condición de firma. Fig. ^{2 2 b :}SGm= NAT (no alcanzado todavía) a las 84 semanas para pacientes que satisfacen la condición de firma; SGm= 32,1 semanas para pacientes que no satisfacen la condición de firma.

La Fig. 23 es una gráfica de Kaplan-Meier que muestra la supervivencia libre de progresión de pacientes tratados con enzalutamida después de recibir de 0 a 1 terapias anteriores para tratamiento de CMTN con un fármaco distinto de un inhibidor de receptor androgénico. Las curvas corresponden a pacientes que se identificó que satisfacían la condición de firma de una puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado mayor de -0,25 ("PR-AR DX+: > -0,25", curva superior) frente a una puntuación de clasificador menor o igual a -0,25 ("PR-AR DX-: <= -0,25", curva inferior). Los datos representan una continuación del estudio de la Fig. 20, llevado más allá del intervalo de 56 semanas de la Fig. 20 a 64 semanas en la Fig. 23. En la Fig. 23, SLPm= 40,4 semanas para pacientes que satisfacen la condición de firma; SLPm= 8,9 semanas para pacientes que no satisfacen la condición de firma. "NAT" significa “no alcanzado todavía” en la declaración de intervalo de confianza del 95 % (IC) para los datos representados por pacientes que satisfacen la condición de firma en la Fig. 23.

Las Fig. 24A, 24B y 24C muestran la viabilidad de las estirpes celulares de CMTN BT549, MDA-MB-436 y MDA-MB-453, respectivamente, cuando se tratan con las concentraciones indicadas de enzalutamida (Enza), paclitaxel (PTX) o combinaciones de los mismos. Se presentan los valores medios para cada estirpe celular (n= 5).

Las Fig. 25A y 25B muestran el crecimiento de tumores inducido en ratones NOD-SCID trasplantados con células de la estirpe celular de CMTN MDA-MB-453 después de (i) sonda oral (PO) con enzalutamida (Enza) a 3 mg/kg/día (n= 10), (ii) paclitaxel (PTX) a 6 mg/kg QMWF (IP) (n= 7) o (iii) la combinación de (i) y (ii) (n= 10). Se midió el volumen tumoral los días indicados en la Fig. 25A. Los puntos de datos en la Fig. 25A representan el volumen tumoral medio para cada grupo, y las barras de error reflejan el EEM de los datos. Los pesos tumorales de la Fig. 25B se determinaron el día 35.

Descripción detallada de la invención

La presente divulgación proporciona un método de tratar CMTN en sujetos aquejados de CMTN en que las células de cáncer de mama del sujeto aquejado de CMTN se caracterizan por una puntuación derivada de la expresión por esas células de cierto conjunto de genes intrínsecos descritos más particularmente a continuación. La presente divulgación proporciona también un método de valoración de si se recomienda un tratamiento de CMTN que comprende un inhibidor de AR (será probablemente eficaz) para administración como curso de terapia para un paciente aquejado de CMTN. Por tanto, la presente invención proporciona en una realización un método de evaluación de un tratamiento para cáncer de mama triple negativo que comprende el uso de un inhibidor de receptor androgénico, comprendiendo el método ensayar una muestra biológica obtenida a partir de un sujeto para determinar si la muestra biológica obtenida del sujeto se clasifica como subtipo de tipo basal u otro subtipo. Si la muestra biológica se clasifica como distinta de un subtipo de tipo basal, es más probable que sea eficaz el tratamiento de cáncer de mama que comprende un inhibidor de receptor androgénico que si la muestra se clasificara como subtipo de tipo basal. Por tanto, la presente invención proporciona en una realización un inhibidor de receptor androgénico para uso en el tratamiento de cáncer de mama triple negativo en un sujeto que tiene un cáncer que comprende células de cáncer de mama que se han clasificado anteriormente como distintas del subtipo de tipo basal.

La presente divulgación proporciona un método de tratamiento de CMTN mediante la determinación de si un paciente de CMTN debería recibir un tratamiento que incluye terapia con inhibidor de AR, y administración entonces del tratamiento con inhibidor de ARN óptimo al paciente basándose en esta determinación. Aunque los estudios referidos en la presente memoria se realizaron en muestras de pacientes que comprenden tejido tumoral que se tiñe positivamente por inmunohistoquímica (IHQ) por el receptor AR, el alcance de la presente invención no está así limitado al tratamiento y pronóstico de CMTN ^{A r ( ) .}

Los estudios de tumores de mama basados en análisis génico intrínseco han identificado cinco subtipos distintos de carcinomas de mama: Luminal A (LumA), Luminal B (LumB), enriquecido en HER2 (Her-2-E), de tipo basal y de tipo normal (Perou et al. Nature, 406(6797): 747-52 (2000); Sorlie et al. PNAS, 98(19): 10869-74 (2001)). Puede hacerse referencia al subtipo enriquecido en HER2 en la presente memoria como "HER2", entendiéndose que este último significa también el subtipo enriquecido en HER2. Puede hacerse referencia al subtipo de tipo basal en la presente memoria como “basal”, entendiéndose que este último significa también el subtipo de tipo basal. Una muestra o célula de cáncer de mama se “clasifica” por tanto asignando la célula o muestra a un subtipo anteriormente mencionado. Una muestra o célula de cáncer de mama puede considerarse también “clasificada” en términos negativos, concretamente una célula o muestra puede clasificarse como “no basal” o “distinta de basal” tras la determinación de que la célula o muestra es de subtipo LumA, LumB, HER2 o de tipo normal.

Se ha encontrado inesperadamente que la presencia del subtipo de tipo basal es indicativa de la probabilidad de no respuesta clínica en CMTN al tratamiento con un inhibidor de AR. Se ha encontrado que una puntuación del clasificador centroide basal menor o igual a 0,9 es indicativa de probabilidad de respuesta clínica a un inhibidor de AR. Se ha encontrado también inesperadamente que una puntuación ponderada determinada empíricamente basada en el análisis del subtipo de tipo basal y luminal A realizado en muestras biológicas de pacientes de CMTN es indicativa de probabilidad de respuesta clínica al tratamiento con un inhibidor de AR. Por tanto, en una realización, se efectúa por tanto un ensayo en una muestra biológica de un paciente que padece CMTN para determinar el subtipo de cáncer de mama. En otra realización, se efectúa un ensayo en una muestra biológica de un paciente que padece CMTN para determinar la puntuación del clasificador centroide basal, o tanto la puntuación del clasificador centroide basal como la puntuación del clasificador luminal A.

El ensayo para determinar si la muestra biológica se clasifica como un subtipo distinto del subtipo de tipo basal puede comprender un ensayo para determinar la presencia de un subtipo de tipo basal; un resultado negativo indica un subtipo no basal. Puede utilizarse con este fin cualquier ensayo capaz de identificar la presencia de un subtipo de tipo basal. Habiéndose revelado que aproximadamente un 70-90 % de los carcinomas triples negativos son carcinomas de mama de tipo basal (Bertucci et al., Int. J. Cáncer 2008, 123, 236-240; Wang et al., Eur. J. Clin. Invest. 2008, 38, 438-446), el fenotipo triple negativo se ha usado como sustituto de subtipo de tipo basal. Sin embargo, estudios han mostrado que los tumores de mama triple negativos y de tipo basal no son sinónimos. Véase, p. ej., Choo y Nielsen, Cancers 2010, 2, 1040-1065. Por tanto, debe tenerse cuidado al seleccionar un ensayo para identificar el subtipo de tipo basal.

Recientemente, se ha anunciado un ensayo para subtipo de tipo basal que se basa en el siguiente perfil, que se ha encontrado que es característico del subtipo de tipo basal: negativo de ER, negativo de HER2 y positivo de citoqueratina 5/6 y/o HER1. Se ha propuesto por tanto un panel de cuatro anticuerpos (ER, HER1, HER2 y citoqueratina 5/6) como perfil inmunohistoquímico para identificar los tumores de tipo basal de mama (Nielsen et al., Clinical Cancer Research 2014; 10: 5367-5374).

Se efectúa el análisis de subtipo de tipo basal y luminal A mediante un ensayo de expresión génica que utiliza la expresión de genes intrínsecos como genes clasificadores para la clasificación de cáncer de mama. Los genes intrínsecos, como se describe en Perou et al. (2000) Nature 406: 747-752, se seleccionan estadísticamente por tener una baja variación de expresión entre duplicados de muestra biológica del mismo individuo y una alta variación de expresión entre muestras de diferentes individuos. La presente invención utiliza el ensayo de expresión génica PAM50 (Parker et al. J Clin Oncol., 27(8): 1160-7 (2009) y la publicación de solicitud de patente de EE. UU. n.° 2011/0145176). El ensayo de expresión génica PAM50 puede usarse para identificar subtipos intrínsecos de cáncer de mama (luminal A, luminal B, enriquecido en HER2, de tipo basal y de tipo normal) a partir de muestras biológicas estándares, tales como tejido tumoral embebido en parafina fijado con formalina. El clasificador de expresión génica PAM50 es un método de predicción basado en centroide supervisado para clasificar cánceres de mama en uno de los cinco subtipos moleculares anteriormente citados usando una firma génica de 50 genes.

Como se describe en Parker et al. y en la publicación de solicitud de patente de EE. UU. n.° 2011/0145176, así como en la publicación de solicitud de patente de EE. UU. n.° 2013/0004482, el método de ensayo de expresión génica PAM50 utiliza un algoritmo supervisado para clasificar las muestras de sujetos según el subtipo intrínseco de cáncer de mama. Este algoritmo, al que se hace referencia como “modelo de clasificación PAM50” o “clasificador PAM50” está basado en el perfil de expresión génica de un subconjunto definido de 50 genes intrínsecos que se ha identificado que clasifican los subtipos intrínsecos de cáncer de mama. Se proporciona el subconjunto de genes, junto con cebadores específicos para su detección, en la Tabla 1 de la publicación de solicitud de patente de ^{e E .}UU. n.° 2013/0004482 y reproducida a continuación como Tabla 1 de esta divulgación. Se exponen secuencias seleccionadas de los mismos 50 genes intrínsecos en la Tabla 2 siguiente.

Se efectúa la detección y estimación de la expresión del conjunto de 50 genes que predicen el subtipo de la Tabla 1 mediante cualquier medio adecuado.

El clasificador de expresión génica PAM50 funciona usando un algoritmo de predicción supervisado desarrollado basándose en los perfiles de muestras prototípicas seleccionadas objetivamente para “entrenamiento” del algoritmo. Se seleccionan las muestras y se subtipan usando un conjunto génico intrínseco ampliado según los métodos divulgados en la publicación de patente de EE. UU. n.° 2009/0299640. Después de estratificar las muestras de entrenamiento según el subtipo, se usa un algoritmo de predicción basado en centroide para construir centroides para cada subtipo molecular basándose en el perfil de expresión del conjunto génico intrínseco descrito en la Tabla 1. El centroide es la expresión génica media para cada gen en cada subtipo (o “clase”) dividida entre la desviación estándar dentro de la clase para ese gen. La clasificación del centroide más cercano toma el perfil de expresión génica de una nueva muestra y lo compara con cada uno de estos centroides de clase. Se realiza la predicción de subtipo calculando la correlación por rangos de Spearman de cada caso de prueba con los cinco centroides de los subtipos de PAM50, y asignando una muestra a un subtipo basándose en el centroide más cercano.

Según la presente divulgación, que no implica necesariamente asignar la muestra del paciente a un subtipo de PAM50, se determina la correlación por rangos de Spearman con el centroide de expresión génica de tipo basal. Se asigna la correlación por rangos de Spearman entre la muestra y el centroide de tipo basal como la “puntuación del clasificador centroide basal”. Se determina la correlación por rangos de Spearman con el centroide génico de luminal A. Se asigna la correlación por rangos de Spearman entre la muestra y el centroide luminal A como la “puntuación del clasificador centroide luminal A”. Son conocidos por los especialistas en la materia métodos para utilizar la firma basada en PAM50 para proporcionar una puntuación del clasificador centroide basal y una puntuación del clasificador centroide luminal A. Véanse, por ejemplo, la publicación de patente de EE. UU. n.° 2009/0299640; Parker et al., J Clin. Oncol., 27(8): 1160-7 (2009) y la publicación de solicitud de patente de EE. UU. n.° 2011/0145176. Véase también, por ejemplo, Prat et al., British Journal of Cancer, (2014) 111, 1532-1541.

Se ha encontrado, como se demuestra por el ensayo clínico de pacientes de CMTN tratados con el inhibidor de AR enzalutamida, que una puntuación del clasificador centroide basal menor o igual a 0,9 es indicativa de probabilidad de respuesta clínica a un inhibidor de AR. En algunas realizaciones, se usan puntuaciones del clasificador centroide basal menores o iguales a 0,9, de 0,2 a 0,8, de 0,4 a 0,7 para predecir la probabilidad de respuesta clínica a un inhibidor de AR. En una realización, se usa una puntuación del clasificador centroide basal menor o igual a 0,6 para predecir la probabilidad de respuesta clínica a un inhibidor de AR.

Se ha encontrado también que la puntuación del clasificador centroide basal y la puntuación del clasificador centroide luminal A, cuando se combinan sujetas a ciertos factores de ponderación definidos empíricamente, proporciona una puntuación ("puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado”) que puede usarse para predecir adicionalmente la sensibilidad a la terapia de inhibidor de receptor androgénico en un paciente de CMTN individual. Se determina la puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado a partir de la siguiente ecuación:

En algunas realizaciones, la ecuación para determinar la puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado toma la forma de:

0,2667110(puntuación del clasificador centroide luminal A)

Como se demuestra por el ensayo clínico de pacientes de CMTN tratados con el inhibidor de AR enzalutamida, si la puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado es mayor de -0,3, el paciente se identifica como probablemente sensible a terapia con inhibidor de AR. Como alternativa, si la puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado es mayor de -0,2, el paciente puede identificarse también como probablemente sensible a terapia con inhibidor de AR. Se obtiene una precisión aumentada seleccionando -0,25 como corte para predecir la sensibilidad a terapia con inhibidor de AR. Por tanto, en una realización preferida, si la puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado es mayor de -0,25, el paciente se identifica como probablemente sensible a terapia con inhibidor de AR. Si el paciente de CMTN se identifica mediante la determinación de la puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado como probablemente sensible a terapia con inhibidor de AR para CMTN, puede administrarse entonces una terapia de inhibidor de AR apropiada para tratar la afección de CMTN en el paciente.

Se ilustra la utilidad de la puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado para predecir la respuesta del paciente a terapia con inhibidor de AR en las Fig. 14A-14D y en la Fig. 15. Las figuras comprenden una representación de la respuesta a enzalutamida de diversos subgrupos de pacientes de CMTN tratados con enzalutamida en el ensayo clínico. La sensibilidad del paciente a terapia de enzalutamida se correlacionaba con la puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado, aplicando una serie de cortes de >-0,2 (Fig. 14A), >-0,25 (Fig. 14B), >-0,3 (Fig. 14C) y >-0,35 (Fig. 14D) a la puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado. "Diagnóstico -" en las Fig. 14A-D y "PR-AR DX -" en la Fig. 15 significan pacientes cuyas muestras no satisfacían el umbral de corte de la puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado indicado. "Diagnóstico " en las Fig. 14A-14D y "PR-AR DX " en la Fig. 15 significan pacientes cuyas muestras no satisfacían el umbral de corte indicado. Como resulta evidente por la consideración de los datos, una puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado mayor de -0,25 proporcionaba el máximo nivel de precisión en la predicción de la sensibilidad del paciente de CMTN a terapia de enzalutamida, con los criterios de mayor de -0,2 o mayor de -0,3 proporcionando también resultados aceptables.

Se ilustra adicionalmente la correlación entre la respuesta del paciente y la puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado en la gráfica de Kaplan-Meier de las Fig. 16-19, que muestran la supervivencia libre de progresión de pacientes de CMTN tratados con enzalutamida en función del tiempo hasta 56 semanas. Las curvas en la Fig. 16 corresponden a pacientes que se identificó que satisfacían la condición de firma de una puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado mayor de -0,2 ("PR-AR DX+: > -0,2", curva superior) frente a una puntuación de clasificador menor o igual a -0,2 ("PR-AR DX-: <= -0,2", curva inferior). Las Fig. 17, 18 y 19 son similares a la Fig. 16, donde se imponían las condiciones de firma de mayor de -0,25 (Fig. 17), mayor de -0,3 (Fig. 18) y mayor de -0,35 (Fig. 19). Puede apreciarse que la magnitud de la separación vertical entre las curvas respectivas en cada gráfica individual es una medida de la precisión de la correlación entre la puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado y la supervivencia libre de progresión. Con esta base, puede apreciarse adicionalmente por una comparación de las Fig. 16-19 que aplicar el criterio de una puntuación del clasificador basal y luminal A mayor de -0,25 (Fig. 17) proporciona la máxima precisión en la correlación de la puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado con la sensibilidad del paciente de CMTN a terapia de enzalutamida, con los criterios de mayor de -0,2 (Fig. 16) o mayor de -0,3 (Fig. 18) proporcionando también resultados aceptables.

Se encontró también que la puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado novedoso como predicción de la sensibilidad a terapia de inhibidor de AR para CMTN consigue incluso mayor precisión en pacientes que no han recibido terapia anterior por CMTN o que han recibido no más de una ronda de terapia anterior de CMTN. Como puede apreciarse por una comparación de la Fig. 20 y la Fig. 17, imponer el criterio de una puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado mayor de -0,25 en el grupo de pacientes de 0 a 1 terapias previas (Fig. 20) frente al grupo mayor de todos los pacientes de ensayo (Fig. 17) daba como resultado una precisión aumentada en la identificación de pacientes sensibles a terapia de enzalutamida, como se evidencia por la mayor separación vertical entre las curvas en la Fig. 20, frente a la separación vertical de las curvas en la Fig. 17. Se observa adicionalmente la tendencia en la Fig. 23, en que se muestra el tiempo de supervivencia libre de progresión en los sujetos de estudio de la Fig. 20 más allá de las 56 semanas de la Fig. 20, hasta 64 semanas en la Fig. 23.

Este resultado se ilustra también en las Fig. 21A y 21B, que muestran la extensión del tiempo de tratamiento sin progresión de la enfermedad (supervivencia libre de progresión) para 56 pacientes que se identificó que satisfacían la condición de firma de una puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado mayor de -0,25 (Fig. 21B) frente a 62 pacientes identificados por una puntuación del clasificador menor o igual a -0,25 (Fig. 21A). Cada barra representa un paciente. Los pacientes recibieron 0 o 1 terapia de CMTN antes del tratamiento de enzalutamida (0-1 líneas anteriores) con un fármaco distinto de un inhibidor de receptor androgénico, o 2 o más terapias anteriores (2+ terapias anteriores) con un fármaco distinto de un inhibidor de receptor androgénico. Las barras de paciente marcadas con un triángulo (“activa”) están activas en el estudio. Las barras de paciente marcadas con una estrella significan respuesta completa (RC) o respuesta parcial (RP). El mejor tiempo de tratamiento sin progresión de la enfermedad es evidente en pacientes que responden que recibieron una o ninguna líneas de terapia anteriores (Fig. 21B).

Se ilustra adicionalmente la correlación entre la respuesta del paciente y la puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado en las gráficas de Kaplan-Meier de las Fig. 22A y 22B, que comparan los criterios de valoración de la mediana de la supervivencia libre de progresión (SLPm) (Fig. 22A) y la mediana de la supervivencia global (SGm) (Fig. 22B) de pacientes de estudio. Las curvas de las Fig. 22A y 22B corresponden a pacientes que se identificó que satisfacían la condición de firma de una puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado mayor de -0,25 ("PR-AR DX+", curvas superiores) frente a una puntuación del clasificador menor o igual a -0,25 ("PR-AR DX-", curvas inferiores). Los resultados muestran por tanto que la puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado mayor de -0,25 se correlaciona con la supervivencia global, además de con la supervivencia libre de progresión. Los pacientes que no satisfacen la condición de firma de pronóstico se caracterizaron por una mediana de la supervivencia libre de progresión de 8,1 semanas y una mediana de la supervivencia global de 32,1 semanas. En contraposición, los pacientes que satisfacen la condición de firma de pronóstico se caracterizaron por una mediana de la supervivencia libre de progresión de 16,1 semanas y una mediana de la supervivencia global no alcanzada todavía (SGm NAT) a las 84 semanas.

Detección de la expresión génica

Como primera etapa en la determinación de la puntuación del clasificador centroide basal o de la puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado de un paciente de CMTN, se lleva a cabo la detección de expresión génica de los genes del conjunto génico intrínseco de la Tabla 1 en muestras de pacientes mediante cualquier método para determinar la cantidad o presencia de un transcrito de ARN o su producto de expresión de un gen intrínseco. Se describen tales métodos en las publicaciones de solicitud de patente de EE. UU. n.° 2009/0299640 y 2013/0004482. Incluyen, por ejemplo, medios, métodos basados en análisis de hibridación de polinucleótidos, métodos basados en la secuenciación de polinucleótidos, métodos de inmunohistoquímica y métodos basados en proteómica. Los métodos detectan en general productos de expresión (p. ej., ARNm) de los genes intrínsecos enumerados en la Tabla 1.

Puede utilizarse la secuenciación de ARN como método para ensayar la expresión génica en una realización. El ensayo para expresión génica del conjunto génico intrínseco puede efectuarse también mediante otras tecnologías usadas para evaluar la expresión/cuantificación génica incluyendo, pero sin limitación, PCR instantánea, micromatrices, expresión génica microfluídica y secuenciación génica orientada. Tales métodos incluyen, por ejemplo, análisis de hibridación de polinucleótidos, métodos basados en la secuenciación de polinucleótidos, métodos de inmunohistoquímica y métodos basados en proteómica. Pueden usarse métodos basados en PCR, tales como PCR de transcripción inversa (RT-PCR) (Weis et al., TIG 8: 263-64, 1992) y métodos basados en matrices tales como micromatrices (Schena et al., Science 270: 467-70, 1995).

Los métodos generales para extracción de ARN son bien conocidos en la materia y se divulgan en libros de texto estándares de biología molecular, incluyendo Ausubel et al., ed., Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, Nueva York 1987-1999. Se divulgan métodos para la extracción de ARN de tejidos embebidos en parafina, por ejemplo, en Rupp y Locker, Lab Invest. 56: A67, (1987) y De Andres et al., Biotechniques 18: 42-44, (1995). El ARN aislado puede usarse en ensayos de hibridación o amplificación que incluyen, pero sin limitación, análisis de PCR y matrices de sondas. La determinación del nivel de producto de expresión génica intrínseca en una muestra puede implicar también amplificación de ácido nucleico, por ejemplo por RT-PCR (patente de EE. UU. n.° 4.683.202), reacción en cadena de ligasa, replicación de secuencia autosostenida, amplificación transcripcional, replicación de círculo rodante y otros métodos que utilizan el método de amplificación de ácido nucleico seguido de la detección de las moléculas amplificadas usando técnicas bien conocidas por los especialistas en la materia.

Las micromatrices pueden usarse para la elaboración de perfiles de expresión. Cada matriz incluye un patrón reproducible de sondas de captura enlazadas con un soporte sólido. Se hibrida ARN o ADN marcado con sondas complementarias en la matriz y se detectan entonces por barrido láser. Se determinan las intensidades de hibridación para cada sonda en la matriz y se convierten en un valor cuantitativo que representa los niveles de expresión génica relativa. Véanse, por ejemplo, las patentes de EE. UU. n.° 6.040.138, 5.800.992 y 6.020.135, 6.033.860 y 6.344.316. Las matrices de oligonucleótidos de alta densidad son particularmente útiles para determinar el perfil de expresión génica para un gran número de ARN en una muestra.

El ARN total para análisis del conjunto génico intrínseco puede aislarse a partir de una muestra biológica, tal como un tumor. Si la fuente de ARN es un tumor primario, puede extraerse ARN (p. ej., ARNm), por ejemplo, a partir de muestras de tejido congeladas o embebidas en parafina archivadas y fijadas (p. ej., fijadas con formalina) (p. ej., muestras de tejido con aguja gruesa guiadas por patólogo).

Análisis génico y procesamiento de datos

Los datos de expresión génica de muestras de pacientes del conjunto génico intrínseco pueden preprocesarse mediante técnicas conocidas para conseguir alineamiento de datos de secuencia, normalización de datos y centrado medio de datos, por ejemplo. Los métodos de normalización incluyen, por ejemplo, (i) normalización global que usa todos los genes en la matriz; (ii) normalización de genes constitutivos que usa genes constitutivos/invariantes expresados constantemente y (iii) normalización de los controles internos que usa una cantidad conocida de genes de control exógenos añadidos durante la hibridación (Quackenbush Nat. Genet. 32 (Supl.), 496-501 (2002)). Las estimaciones del recuento génico pueden normalizarse también a un cuartil fijado, tal como un cuartil superior fijado. Las estimaciones de expresión génica normalizada resultantes pueden ajustarse entonces de tal modo que la mediana del valor de expresión de cada gen sea equivalente a la mediana de un subconjunto conocido, tal como un subconjunto génico de pacientes de CMTN.

Los datos de expresión de muestras de pacientes para procesamiento por el clasificador PAM50 pueden preprocesarse primero mediante técnicas de alineamiento y centrado de datos. Los datos de secuencia de ARN se alinean primero con la secuencia genómica humana (Homo sapiens) hg 19 (https://genome.ucsc.edu/cgibin/hgGateway?db=hg19) (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/GCF_000001405.25/) usando, por ejemplo, MapSplice (Nucleic Acids Res. Oct. de 2010; 38(18): e178. doi: 10.1093/nar/gkq622). Los recuentos del nivel génico y de isoformas pueden estimarse, por ejemplo, usando sec. de ARN por esperanza-maximización (RSEM) (http://deweylab.biostat.wisc.edu/rsem/). Las estimaciones del recuento génico se normalizan a un cuartil superior fijado. Las estimaciones de expresión génica normalizada resultantes pueden ajustarse entonces de tal modo que la mediana del valor de expresión de cada gen sea equivalente a la mediana del subconjunto triple negativo de los datos de sec. de ARN TCGA reseñados en "Comprehensive Molecular Portraits of Human Breast Tumors", The Cancer Genome Atlas Network, Nature 490, 61-70 (4 de octubre de 2012) (http://www.nature.com/nature/journal/v490/n7418/full/nature11412.html).

Después del preprocesamiento, se procesan los datos de expresión de muestras de pacientes de la matriz génica PAM50 según las técnicas conocidas para procesamiento de datos del conjunto génico intrínseco. Se describen con detalle las instrucciones completas para el procesamiento de datos de expresión génica de muestras de pacientes a partir del conjunto génico intrínseco PAM50 en al menos los siguientes documentos, y no se detallarán en la presente memoria excepto a modo de compendio: Parker et al. J Clin Oncol., 27(8): 1160-7 (2009); publicación de solicitud de patente de ^{e E .}UU. n.° 2011/0145176 y publicación de solicitud de patente de EE. UU. n.° 2013/0004482. (La publicación de solicitud de patente de EE. UU. n.° 2013/0004482 describe la aplicación del clasificador PAM50 para cribar la posible sensibilidad de sujetos de cáncer de mama a terapia de antraciclina basándose, entre otros, en la clasificación del tumor del paciente en el subtipo HER2 por el clasificador PAM50). Se determina la correlación por rangos de Spearman con el centroide de expresión génica de tipo basal. Se asigna la correlación por rangos de Spearman entre la muestra y el centroide de tipo basal como la puntuación del clasificador centroide basal. Se determina la correlación por rangos de Spearman con el centroide de expresión génica de luminal A. Se asigna la correlación por rangos de Spearman entre la muestra y el centroide luminal A como la puntuación del clasificador centroide luminal A. Se insertan entonces la puntuación del clasificador centroide basal y la puntuación del clasificador centroide luminal A así determinadas en la ecuación

puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado= -0,25(puntuación del clasificador centroide basal) 0,27

(puntuación del clasificador centroide luminal A)

para proporcionar la puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado para la muestra de paciente.

Muestras

Las muestras para análisis de la clasificación de subtipo intrínseco pueden comprender una muestra biológica que comprende una célula o tejido canceroso, tal como una muestra de tejido de mama o una muestra de tejido de tumor de mama primario. En algunas realizaciones, la muestra biológica comprende tejido o células de mama. Se entiende por “muestra biológica” cualquier muestreo de células, tejidos o fluidos corporales en que pueda detectarse la expresión de un gen intrínseco. Los ejemplos de tales muestras biológicas incluyen, pero sin limitación, biopsias y frotis. Los fluidos corporales útiles en la presente divulgación incluyen sangre, linfa, orina, saliva, aspirados de pezón, fluido de lavado ductal, fluidos ginecológicos o cualquier otra secreción corporal o derivado de la misma. La sangre puede incluir sangre completa, plasma, suero o cualquier derivado de sangre. En algunas realizaciones, la muestra biológica incluye células de mama, y puede comprender particularmente tejido de mama de una biopsia, tal como una muestra de tejido de tumor de mama. Las muestras biológicas pueden obtenerse a partir de un sujeto mediante una variedad de técnicas que incluyen, por ejemplo, raspando o frotando una zona, usando una aguja para aspirar células o fluidos corporales o retirando una muestra de tejido (concretamente, biopsia). Los métodos para recoger diversas muestras biológicas son bien conocidos en la materia. En algunas realizaciones, se obtiene una muestra de tejido de mama, por ejemplo, por biopsia de aspiración de aguja fina, biopsia de aguja gruesa o biopsia excisional. En otra realización, se obtiene fluido por lavado ductal. Se inserta un catéter fino en la abertura natural del conducto mamario. Se infunde entonces una solución salina a través del catéter para aclarar el conducto, lo que libera células del revestimiento del conducto. Se extrae la solución que contiene las células liberadas a través del catéter y se biopsia. Pueden aplicarse soluciones fijantes y de tinción a las células o tejidos para conservar el espécimen y para facilitar el examen. En una realización, la muestra biológica es una muestra de tejido de mama embebida en parafina fijada con formalina, particularmente una muestra de tumor de mama primario. En diversas realizaciones, se obtiene la muestra de tejido de una muestra de tejido con aguja gruesa guiada por patólogo.

Agentes terapéuticos

Los inhibidores de receptor androgénico inhiben directa o indirectamente la ruta de señalización del receptor androgénico (AR). En una realización, los inhibidores directos del receptor AR incluyen enzalutamida, bicalutamida (Casodex), flutamida, nilutamida, ARN509 y similares. En otra realización, los inhibidores indirectos de AR incluyen inhibidores de Cyp 17 tales como ketoconazol, acetato de abiraterona, VN/124-1 (TOK-001), orteronel (TAK-700) y similares. En otra realización, los inhibidores de AR incluyen finasterida, galeterona, acetato de ciproterona y andarina, y similares. El inhibidor de receptor antigénico puede dar como resultado la inhibición completa o parcial de la actividad biológica del receptor androgénico.

En una realización preferida, el inhibidor de AR es enzalutamida (Xtandi®), que tiene el nombre sistemático (IUPAC) 4-(3-(4-ciano-3-(trifluorometil)fenil)-5,5-dimetil-4-oxo-2-tioxoimidazolidin-1-il)-2-fluoro-N-metilbenzamida, que se une directamente al receptor androgénico (AR) y tiene tres sitios de actividad. Inhibe la unión de andrógenos al AR, inhibe la translocación nuclear del AR e inhibe la unión a ADN mediada por AR.

En ciertas realizaciones, el tratamiento de cáncer de mama que comprende un inhibidor de receptor androgénico comprende adicionalmente uno o más de otros agentes anticancerosos que no son inhibidores de receptor androgénico. Tales agentes anticancerosos no inhibidores de AR que pueden administrarse también a pacientes junto con terapia inhibidora de AR incluyen, por ejemplo, ciclofosfamida, fluorouracilo (o 5-fluorouracilo o 5-FU), metotrexato, tiotepa, carboplatino, cisplatino, taxanos, paclitaxel, paclitaxel unido a proteína, docetaxel, vinorelbina, tamoxifeno, raloxifeno, toremifeno, fulvestrant, gemcitabina, irinotecán, ixabepilona, temozolmida, topotecán, vincristina, vinblastina, eribulina, mutamicina, capecitabina, anastrozol, exemestano, letrozol, leuprolida, abarélix, buserelina, goserelina, acetato de megestrol, risedronato, pamidronato, ibandronato, alendronato, denosumab, zoledronato, trastuzumab, Tykerb o bevacizumab, o combinaciones de los mismos.

En una realización, el agente anticanceroso no inhibidor de AR es paclitaxel. En una realización, el inhibidor de AR es enzalutamida y el agente anticanceroso no inhibidor de AR es paclitaxel. Como se describe de aquí en adelante, se ha encontrado que la combinación de enzalutamida y paclitaxel da como resultado una citotoxicidad potenciada en células tumorales que son positivas del marcador de pronóstico consistente en una puntuación del clasificador basal luminal A ponderado mayor de -0,25.

Se administra una cantidad terapéuticamente eficaz de uno o más inhibidores de AR al sujeto según la presente invención para tratar CMTN utilizando regímenes de dosificación y tratamiento que se emplean típicamente cuando se administran inhibidores de AR en el tratamiento del cáncer. El inhibidor de AR puede administrarse en los tratamientos de cáncer de mama descritos en la presente memoria mediante las rutas por las que se administran típicamente tales agentes. Es un régimen representativo de uno de tales inhibidores de AR, enzalutamida, de 160 mg/día por vía oral una vez al día. La forma de dosificación puede comprender, por ejemplo, una cápsula. La dosis diaria puede administrarse, por ejemplo, en forma de una cápsula que comprende 160 mg de enzalutamida. En otra realización, se administran cuatro cápsulas, comprendiendo cada una 40 mg de enzalutamida. Pueden utilizarse dosis menores o mayores. Los agentes no inhibidores de AR se administran según dosificaciones y regímenes de tratamiento bien conocidos para tales agentes, como se usan en el tratamiento de cáncer de mama.

Tabla 1 - Lista de genes intrínsecos de PAM50

Tabla 2 - Secuencias de genes intrínsecos de PAM50

La práctica de la invención se ilustra por los siguientes ejemplos no limitantes.

Ejemplos

Ejemplo 1

Protocolo de estudio clínico

Se realizó un ensayo clínico para determinar el beneficio clínico del tratamiento de enzalutamida en pacientes cuyos tumores son positivos de receptor androgénico (AR+) y triples negativos. En este estudio, AR+ se define como cualquier tinción de AR nuclear por inmunohistoquímica (IHQ) y CMTN se define como < 1 % de tinción por IHQ para receptor estrogénico (ER) y receptor de progesterona (PgR), 0 o 1+ por IHQ para receptor de factor de crecimiento epidérmico 2 (HER2), o negativo de amplificación de HER2 por hibridación in situ (ISH) para enfermedad IHQ 2+. Se llevó a cabo la tinción de AR por IHQ con dos anticuerpos diferentes, cada uno de los cuales se optimizaron individualmente en tejido de cáncer de mama. Se administró enzalutamida (160 mg/día) como cuatro cápsulas de gelatina blanda de 40 mg por vía oral una vez al día con o sin alimento. Los pacientes recibían enzalutamida hasta documentar la progresión de la enfermedad según los criterios de evaluación de respuesta en tumores sólidos versión 1.1 (RECIST 1.1), a menos que el tratamiento se suspendiera debido a otras razones especificadas en el protocolo de ensayo. Los periodos de estudio incluían precribado (los pacientes podían firmar el consentimiento para remitir un tejido a ensayo para expresión de AR en cualquier momento del transcurso de su enfermedad); cribado (28 días antes de la primera dosis del fármaco de ensayo); tratamiento (día 1 hasta suspensión); seguimiento de seguridad (aproximadamente 30 días después de la última dosis del fármaco de estudio o antes de la iniciación de un nuevo tratamiento antitumoral, lo que ocurra primero); y seguimiento a largo plazo (valoración de terapias de cáncer de mama posteriores y estado de supervivencia cada 3 a 6 meses después de la suspensión del tratamiento). Se determinó la respuesta objetiva- respuesta completa (RC) o respuesta parcial (RP) por los investigadores según los RECIST 1.1.

El ensayo era un estudio de Simon de 2 etapas donde se requería un beneficio mínimo en una población de pacientes predefinida antes de ampliar el estudio a un tamaño mayor. En la etapa 1, se inscribieron 42 pacientes en el estudio para obtener los 26 pacientes evaluables predefinidos. Se observó en la etapa 1 el beneficio clínico requerido para proseguir a la etapa 2 y se inscribieron 76 pacientes adicionales para un total de 118 pacientes globales. Se excluyeron los pacientes que recibían tratamiento anterior con un inhibidor de la señalización del receptor androgénico que tenían metástasis en el sistema nervioso central (SNC); no había límite al número de terapias anteriores, y los pacientes con enfermedad mensurable en el paciente o enfermedad mensurable no solo en hueso eran elegibles. Se definió la tasa de beneficio clínico a las 16 semanas (CBR16) como la proporción de pacientes evaluables con mejor respuesta de remisión completa (RC), respuesta parcial (RP) o enfermedad estable (EE) > 16 semanas (CBR16). Se valoró también la tasa de beneficio clínico a > 24 semanas (CBR16).

En la etapa 1, se inscribieron 42 pacientes para conseguir 26 pacientes evaluables (n= 26). Los pacientes evaluables eran aquellos que tenían tanto tinción de AR en > 10 % del tumor como al menos 1 valoración tumoral posbasal. Se definió la población con intención de tratar (ITT) (n= 42 en la etapa 1) como todos los pacientes inscritos que tenían CMTN AR+ valorado de forma centralizada y recibían al menos 1 dosis de fármaco de estudio. 26 (62 %) de los 42 pacientes de ITT eran evaluables, mientras que 16 de 42 eran no evaluables. De los 16 que no satisfacían los criterios de evaluables, 10 tenían una expresión de AR por debajo de 10 %; 6 tenían una expresión de AR >10 % pero no tenían una valoración posbasal (se descubrió que 2 tenían metástasis del SNC poco después de la entrada en el estudio y se retiraron del tratamiento antes de tener una valoración tumoral posbasal). Más de un 50 % de los pacientes recibieron enzalutamida como su primera o segunda línea de terapia, mientras que >30 % tenían > 3 regímenes anteriores antes de recibir enzalutamida.

Análisis de la expresión génica intrínseca

Se obtuvieron tumores de mama humanos de pacientes de CMTN a partir del estudio clínico anteriormente mencionado de enzalutamida, un antagonista de AR. Se tiñó el tejido de cáncer de mama de paciente por expresión de AR. Se graduó la tinción de paciente por un patólogo tanto por intensidad de tinción (3+, 2+ y 1+) como por porcentaje de células tumorales teñidas como se da en el procedimiento operativo estándar. Se evaluó la tinción de AR tanto en núcleo como en citoplasma.

Los datos de sec. de ARN utilizados en este estudio se preprocesaron como sigue. Se alinearon los datos de sec. de ARN con la secuencia del genoma humano (Homo sapiens) hg19 del Human Genome Browser - hg19 Assembly creado por el Genome Bioinformatics Group de UC Santa Cruz (https://genome.ucsc.edu/cgibin/hgGateway?db=hg19) (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/GCF_000001405.25/) usando MapSplice (Nucleic Acids Res. 2010 Oct; 38(18): e178. doi: 10.1093/nar/gkq622). Se estimaron los recuentos de nivel génico y de isoformas usando sec. de ARN por esperanza-maximización (RSEM) (ht¡p://dewevlab.biostat.w¡sc.edu/rsem/). Se normalizaron las estimaciones de recuento génico a un cuartil superior fijado. Se ajustaron las estimaciones de expresión génica normalizada resultante de tal modo que la mediana del valor de expresión de cada gen fuera equivalente a la mediana del subconjunto triple negativo de los datos de sec. de ARN de CMTN reseñados en "Comprehensive Molecular Portraits of Human Breast Tumors", The Cancer Genome Atlas Network, Nature 490, 61 70 (4 de octubre de 2012) (http://www.nature.com/nature/joumal/v490/n7418/full/nature11412.html).

Se efectuó la clasificación de subtipo intrínseco en los grupos LumA, LumB, Basal, HER2 y Normal usando el modelo de clasificación PAM50 como se describe en Parker et al. J Clin Oncol., 27(8): 1160-7 (2009). Se llevó a cabo la clasificación de subtipo intrínseco en datos genómicos obtenidos de secuenciación de ARN de ARN obtenido a partir de tejido embebido en parafina fijado con formalina recogido de tumores de mama de sujetos. Se preprocesaron los datos como se indica anteriormente. Se efectuó la clasificación de subtipo en un conjunto de “entrenamiento y prueba” y un conjunto adicional de “validación”. El conjunto de entrenamiento y prueba consistía en 122 muestras de pacientes de las que 42 pacientes eran de la población precribada pero no inscrita en el estudio y 80 muestras de pacientes eran de la población inscrita en el estudio clínico. El conjunto de validación consistía en 55 muestras de pacientes que tenían 15 pacientes de la población precribada no inscritos en el estudio y 40 muestras de la población inscrita.

Se analizaron los datos según métodos conocidos para analizar datos del conjunto génico intrínseco PAM50, como se describe por Parker et al., supra. Esencialmente, se llevó a cabo la detección y estimación de la expresión del conjunto de 50 genes de predicción de subtipo de la Tabla 1 a partir de muestras tumorales de pacientes. Se analizó el perfil de expresión del conjunto de 50 genes de predicción de subtipo por el método descrito que proporciona clasificaciones de subtipo de tipo Basal, HER2, LumA, LumB y Normal. Se calculó la correlación por rangos de Spearman para cada muestra y el centroide de PAM50. Se usaron estos valores como estimaciones continuas de distancia a o similitud de una muestra con cada centroide. Se asignó el subtipo de cada muestra como el centroide más cercano (mayor correlación positiva). Se usaron las medidas subyacentes de correlación con cada subtipo para clasificar una muestra como uno de 4 subtipos tumorales (de tipo basal, HER2, LumA y LumB) o de tipo normal.

Adicionalmente, se evaluó la correlación por rangos de Spearman con el centroide de expresión génica de tipo basal. Se asignó la correlación por rangos de Spearman entre la muestra y el centroide de tipo basal como la “puntuación del clasificador centroide basal”. Se evaluó la correlación por rangos de Spearman con el centroide de expresión génica luminal A. Se asignó la correlación por rangos de Spearman entre la muestra y el centroide luminal A como la “puntuación del clasificador luminal A”.

En la población de pacientes inscritos (intención de tratamiento (ITT)), el subtipo de tipo basal se correlacionaba generalmente con falta de respuesta a terapia de enzalutamida, mientras que la existencia de uno de los otros subtipos se correlacionaba generalmente con respuesta a terapia de enzalutamida. Véase la Fig. 1, en la que "Diagnóstico -" representa los pacientes de subtipo de tipo basal y “Diagnóstico ” representa los pacientes con subtipos Her2, LumA, LumB o normal. Por tanto, un resultado del clasificador de expresión génica PAM50 que indica un tipo de tumor de tipo basal es un marcador para predecir la sensibilidad a terapia de enzalutamida en CMTN.

Ejemplo 2

Se analizaron adicionalmente los resultados del estudio clínico del Ejemplo 1 utilizando las puntuaciones del clasificador centroide basal de paciente. Se evaluaron los datos de respuesta terapéutica imponiendo una serie de umbrales de corte a la puntuación del clasificador centroide basal. Se analizaron los datos de respuesta/no respuesta a enzalutamida usando cortes de puntuación del clasificador centroide basal de 0,2, 0,3, 0,4, 0,5, 0,6, 0,65, 0,7, 0,8 y 0,9. Se representan los datos en las Figuras 2A/B a 10A/B. En cada figura, “Diagnóstico " representa pacientes cuyas muestras satisfacían la firma de pronóstico indicada que comprende el umbral de corte indicado, “Diagnóstico -“ representa pacientes cuyas muestras no satisfacían el umbral de corte indicado.

Como se muestra en las Figuras 2A/B-10A/B, una puntuación del clasificador centroide basal diana de 0,6 o menos para definir pacientes Dx+ y Dx- se correlacionaba mejor con respuesta a terapia de enzalutamida, mientras que definir Dx+ y Dx- basándose en puntuaciones de 0,2 a 0,9 enriquecía el valor predictivo algo menos. Por tanto, definir la población que respondía y que no respondía por una puntuación de corte del centroide basal que está en el intervalo de 0,2-0,9 es una base adicional para predecir la sensibilidad a terapia de enzalutamida en CMTN, siendo una realización preferida una puntuación del clasificador centroide basal de la muestra de 0,6 o menos para un marcador para predecir la sensibilidad. Como se muestra en la Figura 6A, definir Dx+ y Dx- de acuerdo con una puntuación del clasificador centroide basal relativa de 0,6 daba como resultado una predicción que procuraba una gran población diagnóstico , con la mayoría que respondía en la población diagnóstico y los que no respondían nada en la población diagnóstico -.

Ejemplo 3

Se analizan adicionalmente y se resumen en la Fig. 11 los resultados del estudio clínico del Ejemplo 1, que muestran la respuesta de diversos subgrupos de pacientes a terapia de enzalutamida en términos de tasa de beneficio clínico a > 24 semanas (CBR24). Los subgrupos incluyen todos los pacientes con intención de tratar (ITT); pacientes evaluables; pacientes con tejido de tumor de mama que tenía tinción de AR > 10 % (IHQ AR >=10 %); pacientes cuyo tejido de tumor de mama se clasificaba como subtipo de tipo no basal por el clasificador de subtipos PAM50 (PAM50 no basal); pacientes cuyos tumores se clasificaban como subtipo de tipo basal (PAM50 basal) y muestras de pacientes analizadas aplicando los cortes indicados de <0,6, > 0,6, <0,7, > 0,7, <0,75 > 0,75 a la puntuación del clasificador centroide basal. "DX -" significa pacientes cuyas muestras no satisfacían el umbral de corte indicado. "DX " significa pacientes cuyas muestras satisfacían el umbral de corte indicado. Se muestran también en la Fig. 11 los datos para las muestras que satisfacen los criterios combinados IHQ AR >=10 % y DX+ <0,6, es decir, la muestra satisfacía los criterios de (i) tinción por AR de más de un 10 % y (ii) una puntuación del clasificador centroide basal de expresión génica de PAM50 de 0,6 o menos.

Ejemplo 4

Se analizan adicionalmente y se resumen en la Fig. 12 los resultados del estudio clínico del Ejemplo 1, que muestran la respuesta de diversos subgrupos de pacientes a terapia de enzalutamida en términos de tasa de beneficio clínico a > 24 semanas (CBR24). Los subgrupos incluyen todos los pacientes con intención de tratar (ITT); pacientes evaluables; pacientes con tejido de tumor de mama que tiene tinción por AR > 10 % (IHQ AR >=10 %) y pacientes en que la terapia de enzalutamida es la única (1a línea) o segunda (2a línea) terapia. Los subgrupos incluyen adicionalmente el subgrupo de muestras de pacientes analizadas aplicando un corte de puntuación del clasificador centroide basal <0,6 ("DX novedoso+"), y un subgrupo que comprende muestras de terapia de 1a y 2a línea, aplicando el corte de <0,6. Una CBR de un 42 % usando la puntuación del clasificador centroide basal de <0,6 (y de 60 % cuando se usa en un grupo que comprende tanto pacientes de 1a como de 2a línea) supera los referentes típicos para predecir sensibilidad a terapia en CMTN y está a la par de la capacidad predictiva de modelos usados para predecir la respuesta a terapia de agentes hormonales en cáncer de mama ER+/PgR+.

Ejemplo 5

Se ilustra adicionalmente en la Fig. 13 el efecto de la firma de pronóstico novedosa que utiliza una puntuación del clasificador centroide basal de <0,6 como predicción de la respuesta a la terapia de inhibidor de AR con respecto al tiempo de supervivencia libre de progresión hasta 56 semanas. Los resultados demuestran una supervivencia libre de progresión prolongada en pacientes que se identificó que satisfacían la condición de firma de pronóstico novedosa de una puntuación de clasificador centroide basal de <0,6 ("DX novedoso Pos") frente a pacientes que tienen una puntuación de distancia >0,6 ("DX novedoso Neg").

Ejemplo 6

Se analizaron adicionalmente los resultados del estudio clínico del Ejemplo 1 utilizando las puntuaciones del clasificador centroide basal y el clasificador luminal A del paciente. Se analizaron las puntuaciones de clasificador y los datos de respuesta. Como resultado del análisis, se ideó empíricamente una puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado que predecía la sensibilidad a terapia de inhibidor de receptor androgénico en el ensayo clínico. Se determinó la puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado de muestras de pacientes a partir de la siguiente fórmula:

puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado= -0,2468275(puntuación del clasificador centroide) 0,2667l10(puntuación del clasificador centroide basal)

Se evaluaron entonces los datos de respuesta terapéutica imponiendo una serie de umbrales de corte a la puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado. Específicamente, se analizaron los datos de respuesta/no respuesta a enzalutamida usando cortes de puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado mayor de -0,2, mayor de -0,25, mayor de -0,3 y mayor de -0,35. Los datos se exponen en las Fig. 14A (> -0,2), 14B (> -0,25), 14C (> -0,3) y 14D (> -0,35). En cada figura, “Diagnóstico " representa pacientes cuyas muestras satisfacían la firma de pronóstico indicada que comprende el umbral de corte indicado. “Diagnóstico - ” representa pacientes cuyas muestras no satisfacían el umbral de corte indicado.

Como se muestra en las Figuras 14A-14D, seleccionar un criterio de clasificador basal y luminal A ponderado mayor de x, con x en el intervalo de -0,2 a -0,3, se correlacionaba mejor con la respuesta a terapia de enzalutamida, siendo óptimo el criterio de una puntuación mayor de -0,25. Por tanto, definir la población que responde y que no responde basándose en una puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado que es mayor de -0,2, o mayor de -0,3, es una base para predecir la sensibilidad a terapia de enzalutamida en CMTN, siendo una puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado de más de -0,25 una realización preferida de un criterio para predecir la sensibilidad.

Ejemplo 7

Se analizan adicionalmente y se resumen en la Fig. 15 los resultados del estudio clínico del Ejemplo 1, que muestra la respuesta de diversos subgrupos de pacientes a terapia de enzalutamida en términos de tasa de beneficio clínico a > 24 semanas (CBR24). Los subgrupos incluyen todos los pacientes con intención de tratar (ITT); pacientes evaluables; pacientes cuyas muestras de tejido de tumor de mama se analizaron aplicando los cortes indicados de >-0,2, >-0,25, >-0,3 y >-0,35 a la puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado. "PR-AR DX -" significa pacientes cuyas muestras no satisfacían el umbral de corte indicado. "PR-AR DX " significa pacientes cuyas muestras no satisfacían el umbral de corte indicado. Por tanto, por ejemplo, "PR-AR DX > -0,25" indica los pacientes cuyas muestras satisfacían el criterio de un clasificador basal y luminal A ponderado mayor de -0,25.

También se muestran en la Fig. 15 datos para muestras de pacientes en el estudio que reciben terapia de enzalutamida (i) después de haber recibido 0 o 1 terapias anteriores para tratamiento de CMTN con un fármaco distinto de un inhibidor de receptor androgénico ("y 0-1 terapias anteriores") o (ii) después de haber recibido dos o más terapias anteriores para tratamiento de CMTN con un fármaco distinto de un inhibidor de receptor androgénico ("y >= 2 terapias anteriores"). Se aplicó un corte de puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado de >-0,25 a estas muestras de pacientes.

Ejemplo 8

Se ilustra adicionalmente en la Fig. 16 el efecto de la firma de pronóstico novedosa que utiliza un corte de puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado de >-0,2 como predicción de respuesta a terapia con inhibidor de AR con respecto al tiempo de supervivencia libre de progresión hasta 56 semanas. Los resultados demuestran una supervivencia libre de progresión prolongada en pacientes que se identificó que satisfacían la condición de firma de pronóstico de una puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado mayor de -0,2 ("PR-AR DX+: > -0,2", curva superior) frente a una puntuación de clasificador menor o igual a -0,2 ("PR-AR DX-: <= -0,2", curva inferior).

Ejemplo 9

Se ilustra adicionalmente en la Fig. 17 el efecto de la firma de pronóstico novedosa que utiliza un corte de puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado de >-0,25 como predicción de respuesta a terapia de inhibidor de AR con respecto al tiempo de supervivencia libre de progresión hasta 56 semanas. Los resultados demuestran una supervivencia libre de progresión prolongada en pacientes que se identificó que satisfacían la condición de firma de pronóstico de una puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado mayor de -0,25 ("PR-AR DX+: > -0,25", curva superior) frente a menor o igual a -0,25 ("PR-AR DX-: <= -0,25", curva inferior).

Ejemplo 10

Se ilustra adicionalmente en la Fig. 18 el efecto de la firma de pronóstico novedosa que utiliza un corte de puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado de >-0,3 como predicción de respuesta a terapia de inhibidor de AR con respecto al tiempo de supervivencia libre de progresión hasta 56 semanas. Los resultados demuestran una supervivencia libre de progresión prolongada en pacientes que se identificó que satisfacían la condición de firma de pronóstico de una puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado mayor de -0,3 ("PR-AR DX+: > -0,3", curva superior) frente a menor o igual a -0,3 ("PR-AR DX-: <= -0,3", curva inferior).

Ejemplo 11

Se ilustra adicionalmente en la Fig. 19 el efecto de la firma de pronóstico novedosa que utiliza un corte de puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado de >-0,35 como predicción de respuesta a terapia de inhibidor de AR con respecto al tiempo de supervivencia libre de progresión hasta 56 semanas. Los resultados demuestran una supervivencia libre de progresión prolongada en pacientes que se identificó que satisfacían la condición de firma de pronóstico de una puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado mayor de -0,35 ("PR-AR DX+: > -0,35", curva superior) frente a menor o igual a -0,35 ("PR-AR DX-: <= -0,35", curva inferior).

Ejemplo 12

Se ilustra adicionalmente en la Fig. 20 el efecto de la firma de pronóstico novedosa que utiliza un corte de puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado de >-0,25 como indicador de respuesta a terapia de inhibidor de AR con respecto al tiempo de supervivencia libre de progresión hasta 56 semanas en pacientes que reciben de 0 a 1 terapias anteriores para tratamiento de CMTN con un fármaco distinto de un inhibidor de receptor androgénico. Los resultados demuestran una supervivencia libre de progresión prolongada en pacientes que se identificó que satisfacían la condición de firma de pronóstico de una puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado mayor de -0,25 ("PR-AR DX+: > -0,25", curva superior) frente a menor o igual a -0,25 ("PR-AR DX-: <= -0,25", curva inferior). Puede apreciarse por la comparación de las Fig. 17 y 20 que el corte de -0,25 era capaz de identificar una duración mayor de la supervivencia libre de progresión que caracterizaba el grupo de 0 a 1 terapias anteriores (Fig. 20) frente a la duración menor de la supervivencia libre de progresión que caracterizaba la población de todos los pacientes de estudio (Fig. 17).

Se ilustra adicionalmente en la Fig. 23 el efecto de la firma de pronóstico novedosa que utiliza un corte de puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado de >-0,25 como predicción de respuesta a terapia de inhibidor de AR en pacientes que reciben de 0 a 1 terapias anteriores para tratamiento de CMTN con un fármaco distinto de un inhibidor de receptor androgénico. La Fig. 23 es similar a la Fig. 20, excepto porque el tiempo de supervivencia libre de progresión en el estudio se determina más allá de las 56 semanas de la Fig. 20 a 64 semanas en la Fig. 23.

Ejemplo 13

Se ilustra adicionalmente en las Fig. 21A y 21B el efecto de la firma de pronóstico novedosa que utiliza un corte de puntuación del clasificador basal y luminal A de >-0,25 como predicción de respuesta a terapia de inhibidor de AR con respecto al tiempo de tratamiento sin progresión de pacientes que reciben 0 o 1 (0-1 línea anteriores), o 2 o más (2+ líneas anteriores) terapias anteriores para tratamiento de CMTN con un fármaco distinto de un inhibidor de receptor androgénico. Los 56 pacientes que se identificó que satisfacían la condición de firma de una puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado mayor de -0,25 se representan en la Fig. 21B. Los 62 pacientes de estudio identificados por una puntuación de clasificador menor o igual a -0,25 se identifican en la Fig. 21A. Cada barra en las figuras representa un solo paciente. El mejor tiempo de tratamiento sin progresión de enfermedad es evidente en pacientes que responden que recibieron 1 o ninguna línea de terapia anteriores (Fig. 21B). Las barras de paciente marcadas con un triángulo (“Activa”) son activas en el estudio. Las barras de paciente marcadas con una estrella significan respuesta completa (RC) o respuesta parcial (RP).

Ejemplo 14

Se ilustra adicionalmente en las Fig. 22A y 22B el efecto de la firma de pronóstico novedosa que utiliza un corte de puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado >-0,25 como predicción de respuesta a terapia de inhibidor de AR con respecto al tiempo de supervivencia libre de progresión hasta 64 semanas (Fig. 22A) y la supervivencia global hasta 84 semanas (Fig. 22B). Los resultados de la Fig. 22A demuestran una supervivencia libre de progresión prolongada en pacientes que se identificó que satisfacían la condición de firma de pronóstico de una puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado mayor de -0,25 ("PR-AR DX+: > -0,25", curva superior) frente a menor o igual a -0,25 ("PR-AR DX-: <= -0,25", curva inferior). Los resultados de la Fig. 22B demuestran una supervivencia global prolongada en pacientes que se identificó que satisfacían la condición de firma de pronóstico de una puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado mayor de -0,25 ("PR-AR DX+: > -0,25", curva superior) frente a menor o igual a -0,25 ("PR-AR DX-: <= -0,25", curva inferior). Los pacientes que no satisfacían la condición de firma de pronóstico se caracterizaban por una mediana de la supervivencia libre de progresión de 8,1 semanas y una mediana de la supervivencia global de 32,1 semanas. En contraposición, los pacientes que satisfacían la condición de firma de pronóstico se caracterizaban por una mediana de la supervivencia libre de progresión de 16,1 semanas y una mediana de la supervivencia global aún no alcanzada a las 84 semanas.

Ejemplo 15

Se ha reseñado un ensayo clínico de fase II del antagonista de receptor androgénico bicalutamida. Ayca et al., "Phase II Trial of Bicalutamide in Patients with Androgen Receptor Positive, Hormone Receptor Negative Metastatic Breast Cancer", Clin Cáncer Res 19: 5505-5512 (1 de octubre de 2013). Se diseñó el ensayo para estudiar el efecto de la bicalutamida en el tratamiento de cáncer de mama metastático que es positivo de AR, negativo de receptor estrogénico (ER) y negativo de receptor de progesterona (PgR).

Brevemente, como se describe por Ayca et al., se ensayó AR de forma centralizada en tumores de 452 pacientes con cáncer de mama avanzado negativo de ER/negativo de PgR por inmunohistoquímica (IHQ) (> 10 % de tinción nuclear se consideraba positivo). Véase Ayca et al., pág. 5506 para los criterios de elegibilidad adicionales. Si el sitio primario o metastásico era positivo, los pacientes eran elegibles para recibir el antagonista de AR bicalutamida a una dosis de 150 mg al día. Se trataron 28 pacientes en el estudio. Se administraron por vía oral 150 mg de bicalutamida en un programa diario continuo. Se trataron los pacientes hasta progresión de la enfermedad o eventos adversos inaceptables. Se concedieron un máximo de 2 reducciones de dosis por toxicidad de grado > 3 (100 y 50 mg). Se permitió un máximo de 2 semanas para retrasos tratamiento debidos a toxicidad. Dos pacientes que iniciaron la bicalutamida se retiraron del estudio, dejando 26 participantes del estudio con cáncer de mama metastásico AR(+) ER/PgR(-). 5 pacientes tenían enfermedad estable >6 meses (número de ciclos completados: 6, 8, 10+, 13, 57+) como su mejor respuesta al tratamiento. No había respuesta completa ni parcial confirmadas, procurando una tasa de beneficio clínico de un 19 % (IC del 95 %, 7 %-39 %) en la población diana (n= 26). En un análisis de intención de tratar, se observó una CBR de 18 % (IC del 95 %, 6 %-37 %). Véase Ayca et al., pág. 5507.

Se determinó que 21 de los 26 pacientes de estudio tratados con bicalutamida eran también negativos de HER-2, concretamente 21 pacientes tenían cánceres de mama que eran triples negativos (Her-2(-), ER (-) y PgR(-)). Después del estudio, se sometieron muestras de tumor de paciente de los 21 pacientes de CMTN que recibieron terapia de bicalutamida a clasificación de subtipo intrínseco en los grupos Luminal A, Luminal B, tipo basal, enriquecido en HER2 y tipo normal usando el modelo de clasificación PAM50. Se enumera cada puntuación de subtipo para cada muestra en la Tabla 3. Se expone también en la Tabla 3 la puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado de cada muestra. Basándose en los resultados obtenidos en el Ejemplo 6 del ensayo clínico del antagonista de receptor AR enzalutamida, una puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado mayor de -0,25 ("PR-AR DX > -0,25") indica que es más probable que tales pacientes respondan al tratamiento de bicalutamida que los pacientes con una puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado menor o igual a -0,25. 8 pacientes satisfacían este criterio, y se designan en la Tabla 3 por tener un pronóstico probablemente positivo ("POS") en el tratamiento de bicalutamida. Cada una de las 21 muestras de paciente exhibía un nivel de confianza de 1, excepto por la muestra n.° 16, que tenía un nivel de confianza de 0,99.

Tabla 3

Ejemplo 16

El siguiente estudio demuestra el efecto antitumoral potenciado de la combinación de enzalutamida más paclitaxel en células positivas del marcador de pronóstico de puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado mayor de -0,25.

Se seleccionaron para estudio las estirpes celulares de cáncer de mama triples negativas BT549, MDA-MB-436 y MDA-MB-453. Se descargaron conjuntos de datos de ARN mensajero para las estirpes celulares de la base de datos Cancer Cell Line Encyclopedia (CCLE). Se determinó la puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado para cada estirpe celular a partir de los conjuntos de datos descargados. Aplicando una puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado >-0,25 como marcador de pronóstico para sensibilidad a terapia de inhibidor de AR, se determinó que MDA-MB-453, pero no BT549 ni MDA-MB-436, satisfacía este criterio.

Se mantuvieron las células en medios de crecimiento suplementados con FBS al 10 %. Se efectuaron ensayos de viabilidad en FBS al 10 % y se midió por el reactivo CellTiter-Glo según el protocolo del fabricante (Promega). Para determinar los efectos moleculares de enzalutamida sola o en combinación con paclitaxel sobre la señalización de receptor androgénico, se sembraron células (BT549, MDA-MB-436 o MDA-MB-453) el día 1 en FBS al 10 %. Se trataron las células con enzalutamida o paclitaxel o la combinación en suero tratado con carbón al 2 % y se estimularon con DHT 10 nM durante 4 horas. Se aisló el fraccionamiento celular para las fracciones citosólica y nuclear. Se determinaron los niveles de expresión de proteína usando un método de transferencia Western. Se muestra la CI 50 para enzalutamida o paclitaxel para cada estirpe celular en la Tabla 4. Se presentan los valores medios para cada estirpe celular (n= 3). Las células MDA-MB-453 positivas de marcador de pronóstico exhibían mayor sensibilidad a enzalutamida en comparación con las células BT549 y MDA-MB-463 negativas de marcador de pronóstico.

Tabla 4

Se midió la viabilidad de las células en presencia de concentraciones de enzalutamida (Enza) y paclitaxel (PTX) en las Fig. 24A-C. Se presentan los valores medios para cada estirpe celular (n= 5). En la estirpe celular MDA-MB-453 positiva de marcador de pronóstico, la combinación de enzalutamida más paclitaxel daba como resultado una citotoxicidad potenciada. Véase la Fig. 24C.

Ejemplo 17

Para generar un modelo de xenoinjerto de ratón, se inyectaron en ratones NOD-SCID hembra de 5 a 6 semanas de edad ortotópicamente en la glándula mamaria 6,0 x 106 células MDA-MB-453. Se implantaron DHT (10,5 mg en un granulado de liberación de 60 días) o granulados de control en los animales. Cuando el tamaño tumoral alcanzó ~100 mm3, se trataron los ratones por (i) sonda nasogástrica oral (PO) con enzalutamida ("Enza") a 3 mg/kg/día (n= 10), (ii) paclitaxel ("PTX") a 6 mg/kg de QMWF (IP) (n= 7) o (iii) la combinación de (i) y (ii) (n= 10). Se trató un grupo de control de ratones (n= 8) con vehículo (solución de Methocel al 0,5 %). Se midió el tamaño tumoral por calibre. Se determinaron los pesos tumorales el día 35. Se muestran los resultados en la Fig. 25A (volumen tumoral frente al tiempo) y la Fig. 25B (peso tumoral). Los puntos de datos en la Fig. 25A representan el volumen tumoral medio para cada grupo, y las barras de error reflejan el EEM de los datos. Se usó la prueba t de Student para calcular los valores de p: Fig. 25A: control frente a enzalutamida, 0,007; control frente a paclitaxel, 0,0007; enzalutamida frente a enzalutamida más paclitaxel, 0,074; paclitaxel frente a enzalutamida más paclitaxel, 0,013. Fig. 25B: control frente a enzalutamida, 0,001; control frente a paclitaxel, 0,0001; enzalutamida frente a enzalutamida más paclitaxel, 0,08; paclitaxel frente a enzalutamida más paclitaxel, 0,017. Los datos demuestran que la combinación de enzalutamida más paclitaxel da como resultado un efecto antitumoral potenciado en comparación con cualquier fármaco solo.

Se seleccionaron tumores representativos de cada grupo tratado para efectuar la inmunohistoquímica contra AR, Ki67 o p-AKT. La tinción por inmunohistoquímica para fosforilación de Ki67 o AKT se reducía significativamente en los tumores de enzalutamida más paclitaxel en comparación con el grupo tratado con enzalutamida o paclitaxel solos (datos no mostrados).

Un especialista en la materia apreciará fácilmente que la presente invención está bien adaptada para llevar a cabo los objetos y obtener los fines y ventajas mencionados, así como los inherentes a la misma.

Claims

REIVINDICACIONES

1. Un método de evaluación de un tratamiento para cáncer de mama triple negativo cuyo tratamiento comprende el uso de un inhibidor de receptor androgénico, comprendiendo el método ensayar una muestra biológica obtenida a partir de un sujeto para determinar si la muestra biológica obtenida a partir del sujeto se clasifica como subtipo de tipo basal u otro subtipo mediante:

(a) la detección de la expresión del conjunto de genes intrínsecos enumerados en la Tabla 1;

2. El método según la reivindicación 1, en el que si la puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado es mayor de -0,25, es más probable que el tratamiento de cáncer de mama que comprende un inhibidor de receptor androgénico sea eficaz en el sujeto que si la puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado es menor o igual a -0,25.

3. El método según la reivindicación 1, en el que si la puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado es mayor de -0,2, es más probable que el tratamiento de cáncer de mama que comprende un inhibidor de receptor androgénico sea eficaz en el sujeto que si la puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado es menor o igual a -0,2.

4. El método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3, en el que el cáncer de mama del sujeto se caracteriza por la presencia de células tumorales positivas de receptor androgénico.

5. El método según la reivindicación 1, en el que la muestra biológica es tejido cuyo tejido se obtiene a partir de una biopsia.

6. El método según la reivindicación 1, en el que la muestra biológica es fluido corporal, en que dicho fluido corporal se selecciona del grupo consistente en sangre, linfa, orina, saliva, fluido de lavado ductal y aspirado de pezón.

7. Un inhibidor de receptor androgénico para uso en el tratamiento de cáncer de mama triple negativo en un sujeto, teniendo dicho sujeto un cáncer de mama que comprende células cancerosas que se han clasificado como distintas del subtipo de tipo basal, y en el que las células de cáncer de mama del sujeto se caracterizan por una puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado mayor de -0,3 según la fórmula:

puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado= -0,25 x puntuación del clasificador centroide basal 0,27 x puntuación del clasificador centroide luminal A,

en el que dicha puntuación del clasificador centroide basal y dicha puntuación del clasificador centroide luminal A se determinan para las células de cáncer de mama del sujeto a partir de la expresión por dichas células del conjunto de genes intrínsecos enumerados en la Tabla 1.

8. Un inhibidor de receptor androgénico para uso según la reivindicación 7, en el que las células de cáncer de mama del sujeto se caracterizan por una puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado mayor de -0,2.

9. Un inhibidor de receptor androgénico según la reivindicación 7, en el que las células de cáncer de mama del sujeto se caracterizan por una puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado mayor de -0,25.

10. Un inhibidor de receptor androgénico para uso según cualquiera de las reivindicaciones 7 a 9, en el que el cáncer de mama del sujeto se caracteriza por la presencia de células tumorales positivas de receptor androgénico.

11. Un inhibidor de receptor androgénico para uso según cualquiera de las reivindicaciones 7 a 10, en el que el inhibidor de receptor androgénico se selecciona del grupo consistente en enzalutamida, bicalutamida, flutamida, nilutamida, ARN509, ketoconazol, acetato de abiraterona, VN/124-1 (TOK- 001), orteronel (TAK-700), finasterida, galeterona, acetato de ciproterona, andarina y combinaciones de los mismos.

12. Un inhibidor de receptor androgénico para uso según la reivindicación 11, en el que el inhibidor de receptor androgénico es enzalutamida.

13. Un inhibidor de receptor androgénico para uso según la reivindicación 12, en el que la se administra por vía oral enzalutamida una vez al día a una dosis de 160 mg.

14. Un inhibidor de receptor androgénico para uso según la reivindicación 13, en el que se administra enzalutamida en forma de una sola cápsula que comprende 160 mg de enzalutamida.

15. Un inhibidor de receptor androgénico para uso según la reivindicación 13, en el que se administra enzalutamida como cuatro cápsulas, comprendiendo cada cápsula 40 mg de enzalutamida.

16. Un inhibidor de receptor androgénico para uso según cualquiera de las reivindicaciones 7 a 15, en el que el tratamiento de cáncer de mama que comprende un inhibidor de receptor androgénico comprende adicionalmente uno o más de otros agentes anticancerosos que no son un inhibidor de receptor androgénico.

17. Un inhibidor de receptor androgénico para uso según la reivindicación 16, en el que el otro agente anticanceroso que no es un inhibidor de receptor androgénico se selecciona del grupo consistente en ciclofosfamida, fluorouracilo, 5-fluorouracilo, metotrexato, tiotepa, carboplatino, cisplatino, taxanos, paclitaxel, paclitaxel unido a proteína, docetaxel, vinorelbina, tamoxifeno, raloxifeno, toremifeno, fulvestrant, gemcitabina, irinotecán, ixabepilona, temozolmida, topotecán, vincristina, vinblastina, eribulina, mutamicina, capecitabina, anastrozol, exemestano, letrozol, leuprolida, abarélix, buserelina, goserelina, acetato de megestrol, risedronato, pamidronato, ibandronato, alendronato, denosumab, zoledronato, trastuzumab, Tykerb o bevacizumab, y combinaciones de los mismos.

18. Un inhibidor de receptor androgénico para uso según la reivindicación 17, en el que el otro agente anticanceroso que no es un inhibidor de receptor androgénico es paclitaxel.

19. Un inhibidor de receptor androgénico para uso según cualquiera de las reivindicaciones 7 a 9, que comprende adicionalmente una etapa de ensayo del sujeto para determinar la puntuación del clasificador basal y luminal A ponderado de células de cáncer de mama del sujeto.

20. Un inhibidor de receptor androgénico para uso según la reivindicación 19, en el que las células de cáncer de mama del sujeto son de una muestra biológica, seleccionándose dicha muestra biológica del grupo consistente en célula, tejido y fluido corporal.

21. Un inhibidor de receptor androgénico para uso según la reivindicación 20, en el que la muestra biológica es fluido corporal, seleccionándose dicho fluido corporal del grupo consistente en sangre, linfa, orina, saliva, fluido de lavado ductal y aspirado de pezón.

22. Un inhibidor de receptor androgénico para uso según la reivindicación 20, en el que la muestra biológica es tejido, obteniéndose dicho tejido a partir de una biopsia.

23. Un inhibidor de receptor androgénico para uso según cualquiera de las reivindicaciones 7 a 9, en el que el sujeto ha recibido 0 o 1 rondas de tratamiento anterior con un agente anticanceroso distinto de un inhibidor de receptor androgénico, para tratamiento de cáncer de mama triple negativo.