TW202023556A - 以mapk路徑抑制劑治療腺癌 - Google Patents
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Abstract
本發明提供用於鑑別及/或治療患有癌症(諸如腺癌)之個體的方法及系統,該個體更可能對用MAPK路徑抑制劑治療有反應。
Description
MAPK路徑(亦稱為RAS/RAF/MEK/ERK路徑)藉由轉送來自配體結合之細胞表面受體酪胺酸激酶(receptor tyrosine kinase;RTK) (諸如ErbB (例如,EGFR、Her-2等)、VEGF、PDGF及FGF受體酪胺酸激酶)的胞外信號而在調節細胞過程中起主要作用。RTK之活化觸發一系列磷酸化事件,以RAS活化開始,繼而為RAF之募集及活化。活化RAF接著使MAP激酶激酶(MEK) 1/2磷酸化,其接著使ERK 1/2磷酸化。藉由MEK進行之ERK磷酸化對於ERK1發生於Y204及T202上且對於ERK2發生於Y185及T183上(Ahn等人,Methods in Enzymology 2001
, 332, 417-431)。磷酸化之ERK二聚化且易位至細胞核並在該細胞核中累積(Khokhlatchev等人,Cell 1998
, 93, 605-615)。在細胞核中,ERK涉及若干重要細胞功能,包括(但不限於)核轉運、信號轉導、DNA修復、核小體組裝及易位,以及mRNA加工及轉譯(Ahn等人,Molecular Cell 2000
, 6, 1343-1354)。ERK2使多種調節蛋白磷酸化,該等調節蛋白包括蛋白激酶RSK90及MAPKAP2 (Bjorbaek等人,1995
,J . Biol . Chem .
270, 18848;Rouse等人,1994
,Cell
78, 1027)及轉錄因子,諸如ATF2、ELK-1、c-FOS及c-MYC (Raingeaud等人,1996
,Mol . Cell Biol .
16, 1247;Chen等人,1993
,Proc . Natl . Acad . Sci . U . S . A .
90, 10952;Oliver等人,1995
,Proc . Soc . Exp . Biol . Med .
210, 162)。
大量研究展示,蛋白激酶在MAPK路徑中之基因突變及/或過度表現引起增殖性疾病(諸如癌症)中之不受控細胞增殖及腫瘤形成。舉例而言,一些癌症含有由於生長因子之連續產生而引起此路徑之連續活化的突變。其他突變可在去活化經活化GTP結合之RAS複合物時產生缺陷,再次引起MAPK路徑之活化。在50%之結腸癌及>90%之胰臟癌以及許多其他類型之癌症中發現突變的致癌形式之RAS (Kohl et al., Science 1993, 260, 1834-1837)。最近,已在不只惡性黑色素瘤(60%)、甲狀腺癌(大於40%)及結腸直腸癌中鑑別出bRAF突變。此等bRAF突變引起組成性活性MAPK路徑級聯。對原發性腫瘤樣品及細胞株之研究亦展示MAPK路徑在胰臟癌、結腸癌、肺癌、卵巢癌及腎癌中之組成性或過度活化(Hoshino, R.等人, Oncogene 1999, 18, 813-822)。此外,ERK2已展示在乳癌細胞之負生長控制中起作用(Frey及Mulder,1997
,Cancer Res .
57, 628),且已報導ERK2在人類乳癌中之超表現(Sivaraman等人,1997
,J Clin . Invest .
99, 1478)。活化ERK2亦牽涉內皮素刺激之氣管平滑肌細胞之增殖,表明此激酶在哮喘中的作用(Whelchel等人,1997
,Am . J . Respir . Cell Mol . Biol .
16, 589)。鑒於MAPK路徑中已牽涉廣泛範圍之病症(包括(但不限於)癌症)的多個上游(例如,RAS、RAF)及下游(例如,ATF2、c-FOS、c-MYC)信號傳導蛋白質,MAPK路徑已顯現為藥物開發之主要目標。
癌症為人類死亡之第二大原因。在世界範圍內,每年有數百萬人因癌症而死。僅在美國,癌症每年造成遠超五十萬人之死亡,其中每年診斷出約170萬新病例(不包括基底細胞及鱗狀細胞皮膚癌)。腺癌(ADC)為組織學上不同的由上皮組織中之腺體結構形成的癌症形式。某些療法已知在一些患者群體中比其他療法更有效。理解此等藥物反應性亞型對於患者及健康護理專業人員至關重要,以便避免對治療進行試誤法(trial and error approach)。
因此,迫切需要一種基於患者群體對特定治療(包括用MAPK路徑抑制劑進行治療)之所預測敏感性或抗性將患者分層為各群體的方法。本發明經由評定指示會對用MAPK路徑抑制劑治療具有反應之患者群體的生物標記而在此項技術中解決此需求。相較於試誤法,此提供更及時且侵蝕性的治療。本文中之組合物及方法可用於治療視MAPK路徑之活性而定的疾病,諸如癌症。較佳地,癌症為腺癌,諸如肺腺癌。
在某些態樣中,本發明提供一種治療有需要之個體之癌症的方法,其中該癌症展現KRAS突變且其中該癌症過度表現CCND1,該方法包含向個體投與有效劑量之促分裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase;MAPK)路徑抑制劑。在一些實施例中,該方法包含(a)評定該癌症中CCND1之過度表現;(b)評定該癌症中KRAS突變之存在;及(c)若測定存在該CCND1過度表現及該KRAS突變兩者,則向該個體投與該MAPK路徑抑制劑。
在某些態樣中,本發明提供一種治療患有癌症之個體之方法,其中該癌症展現KRAS突變,該方法包含:(a)評定該癌症中CCND1之過度表現;及(b)若發現存在該CCND1過度表現,則向該個體投與有效劑量之MAPK路徑抑制劑。
在實踐本發明方法中之任一者時,該過度表現可藉由以下來評定:(a)偵測mRNA之含量;(b)偵測由mRNA之反轉錄產生的cDNA之含量;(c)偵測多肽之含量;(d)偵測無細胞DNA之含量;或(e)核酸擴增分析、雜交分析、測序,或其組合。過度表現係由癌症中CCND1的表現量高於CCND1之參考表現量來表徵。
在實踐本發明方法中之任一者時,該KRAS突變可藉由以下來測定:測序、聚合酶鏈反應(polymerase chain reaction;PCR)、DNA微陣列、質譜分析(mass spectrometry;MS)、單核苷酸多態性(single nucleotide polymorphism;SNP)分析、變性高效液相層析(denaturing high-performance liquid chromatography;DHPLC)或限制性片段長度多態性(restriction fragment length polymorphism;RFLP)分析。在一些實施例中,KRAS突變藉由測序或PCR來測定。
在某些態樣中,本發明提供一種評定患有癌症之個體對用MAPK路徑抑制劑治療展現臨床上有益反應之可能性的方法,該方法包含:(a)評定CCND1在包含來自癌細胞之基因組、轉錄組及/或蛋白質組材料之生物樣品中的表現圖譜;(b)針對KRAS突變之存在評估該生物樣品;及(c)使用電腦系統基於該表現圖譜及KRAS突變狀態計算MAPK路徑抑制劑反應性之加權機率。在一些實施例中,方法進一步包含:若該加權機率對應於基線機率的至少1.5倍,則將該個體指定為具有對用MAPK路徑抑制劑治療展現臨床上有益反應的高機率,其中該基線機率表示在獲得(c)之加權機率之前該個體將對用該MAPK路徑抑制劑治療展現臨床上有益反應的可能性。該方法可進一步包含向接收者傳輸關於可能性之資訊。在一些實施例中,該方法進一步包含基於該加權機率提供建議。該建議可包含用MAPK路徑抑制劑治療該個體。在一些實施例中,本文所描述之方法進一步包含基於該加權機率選擇治療。在一些實施例中,該方法進一步包含:若將該個體指定為具有展現出臨床上有益反應的高機率,則向該個體投與該MAPK路徑抑制劑。
在某些態樣中,本發明提供一種對個體之癌症狀態進行分類之方法,其包含:(a)自該個體獲得生物樣品,該樣品包含來自該個體之癌細胞的基因組、轉錄組及/或蛋白質組材料;(b)評定(1) CCND1在該樣品中之總表現量,及(2) KRAS突變在該樣品中之有或無;(c)基於該總表現量與參考量之間的比較生成表現圖譜,其中可自具有已知癌症狀態之不同個體的參考樣品得出該參考量;(d)基於該表現圖譜及該KRAS突變之有或無對(a)之該個體之該癌症狀態進行分類。若該總表現量大於該參考量,則可將該癌症分類為可能對用MAPK路徑抑制劑治療敏感,其中該參考量係指示對該MAPK路徑抑制劑具有低敏感性。在一些實施例中,將該不同個體之該已知癌症狀態分類為對MAPK路徑抑制劑具有抗性或對MAPK路徑抑制劑敏感。在一些實施例中,該分類步驟包括使用電腦系統基於該表現圖譜計算該個體對用MAPK路徑抑制劑治療之反應的可能性,其中該可能性針對該總表現量相對於該參考量中之每一倍增加經向上調節,其中該參考量係指示對該MAPK路徑抑制劑具有低敏感性。在一些實施例中,該方法進一步包含製備包含該個體對用該MAPK路徑抑制劑治療之反應的該可能性之預測的報告。
在實踐本發明方法中之任一者時,該參考量可表示CCND1在複數個癌症樣品中之平均總表現量。本文所描述之生物樣品可為組織切片或腫瘤切片。
在實踐本發明方法中之任一者時,可使用來自該個體之核酸或蛋白質進行該評定。在一些實施例中,使用來自該個體之核酸或蛋白質進行該評估。在一些實施例中,該癌症為腺癌,諸如肺腺癌。在一些實施例中,該癌症為非小細胞肺癌。
在某些態樣中,本發明提供一種用MAPK路徑抑制劑下調複數個肺腺癌細胞中之MAPK信號傳導輸出的方法,其中該複數個細胞中之至少一個細胞展現KRAS突變,該方法包含:(a)在包含來自個體之核酸之生物樣品中評定CCND1之總表現量;及(b)若該總表現量大於參考量,則向該複數個細胞投與有效劑量之該MAPK路徑抑制劑,其中該參考量指示對該MAPK路徑抑制劑具有低敏感性。
在實踐本發明方法中之任一者時,該MAPK路徑抑制劑可為MEK抑制劑。在一些實施例中,該MEK抑制劑選自考比替尼(cobimetinib)、曲美替尼(trametinib)、畢尼替尼(binimetinib)、司美替尼(selumetinib)、HL-085、安奎諾爾(antroquinonol)、E-6201、瑞法美替尼(refametinib)、鹽酸皮馬瑟替(pimasertib hydrochloride)、CKI-27、WX-554、CIP-137401、SHR-7390、索拉非尼(sorafenib)、SRX-2626、PD-0325901、ATR-002、ATR-004、ATR-005、ATR-006、CS-3006、FCN-159、EDV-2209、GDC-0623、TAK-733、E-6201、RG-7167、AZD-8330、PD-184352、GSK-2091976A、AS-703988、BI-847325、JTP-70902、CZ-775、RO-5068760、RDEA-436、MEK-300、AD-GL0001、SL-327、ATR-001、PD-98059、RO-4987655、RO-4927350及AS-703026。在一些實施例中,該MEK抑制劑選自考比替尼、曲美替尼、畢尼替尼及司美替尼。在一些實施例中,該MEK抑制劑為曲美替尼。在一些實施例中,該MEK抑制劑選自: 。
在實踐本發明方法中之任一者時,該MAPK路徑抑制劑可為pan-RAF抑制劑。在一些實施例中,該pan-RAF抑制劑選自LY3009120、LXH254、CCT3833及AZ628。在一些實施例中,該pan-RAF抑制劑選自LY3009120及LXH254。
在實踐本發明方法中之任一者時,該MAPK路徑抑制劑可為ERK抑制劑。在一些實施例中,該ERK抑制劑選自優立替尼(ulixertinib)、RG7842、GDC-0994、CC-90003、ASN-007、AMO-01、KO-947、AEZS-134、AEZS-131、AEZS-140、AEZS-136、AEZS-132、D-87503、KIN-2118、RB-1、RB-3、SCH-772984、MK-8353、SCH-900353、FR-180204、IDN-5491、三甲氧基苯甲酸貫葉金絲桃素(hyperforin trimethoxybenzoate)、ERK1-2067、ERK1-23211、ERK1-624、LY3214996、AZ6197、ASTX029及LTT462。在一些實施例中,該ERK抑制劑選自優立替尼、GDC-0994、SCH-772984及MK-8353。在一些實施例中,該ERK抑制劑選自由以下組成之群: 。
視情況,該ERK抑制劑為式I化合物:(式I),
其中:為;
X1
為C=O、C=S、SO、SO2
或PO2 -
;Y為CR5
;W為N或C;
X2
為NR1
或CR1
R1
'且X3
為空、CR3
R3
'或C=O;或X2
-X3
為R1
C=CR3
或R1
C=N或N=CR3
或NR12
-CR11
=CR3
;
X4
為N或CR4
;X5
為N或C;X6
為N或C;X7
為O、N、NR72
或CR71
;X8
為O、N、NR82
或CR81
;X9
為O、N、NR22
或CR21
;X10
為O、N、NR92
或CR91
;
R1
為-C1 - 10
烷基、-C2 - 10
烯基、-C2 - 10
炔基、-C1 - 10
雜烷基、-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜芳基、-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
烷基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
烷基-C1 - 10
雜芳基、-C1 - 10
烷基-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
烷基-C1 - 10
雜環基、-C2 - 10
烯基-C3 - 10
芳基、-C2 - 10
烯基-C1 - 10
雜芳基、-C2 - 10
烯基-C3 - 10
環烷基、-C2 - 10
烯基-C1 - 10
雜環基、-C2 - 10
炔基-C3 - 10
芳基、-C2 - 10
炔基-C1 - 10
雜芳基、-C2 - 10
炔基-C3 - 10
環烷基、-C2 - 10
炔基-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
雜烷基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜烷基-C1 - 10
雜芳基、-C1 - 10
雜烷基-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
雜烷基-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
烷氧基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
烷氧基-C1 - 10
雜芳基、-C1 - 10
烷氧基-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
烷氧基-C1 - 10
雜環基、-C3 - 10
芳基-C1 - 10
烷基、-C3 - 10
芳基-C2 - 10
烯基、-C3 - 10
芳基-C2 - 10
炔基、-C3 - 10
芳基-C3 - 10
雜芳基、-C3 - 10
芳基-C3 - 10
環烷基、-C3 - 10
芳基-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
雜芳基-C1 - 10
烷基、-C1 - 10
雜芳基-C2 - 10
烯基、-C1 - 10
雜芳基-C2 - 10
炔基、-C3 - 10
雜芳基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜芳基-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
雜芳基-C1 - 10
雜環基、-C3 - 10
環烷基-C1 - 10
烷基、-C3 - 10
環烷基-C2 - 10
烯基、-C3 - 10
環烷基-C2 - 10
炔基、-C3 - 10
環烷基-C3 - 10
芳基、-C3 - 10
環烷基-C1 - 10
雜芳基、-C3 - 10
環烷基-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
雜環基-C1 - 10
烷基、-C1 - 10
雜環基-C2 - 10
烯基、-C1 - 10
雜環基-C2 - 10
炔基、-C1 - 10
雜環基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜環基-C1 - 10
雜芳基或-C1 - 10
雜環基-C3 - 10
環烷基,其中之每一者未經取代或經一或多個獨立R10
或R11
取代基取代;
R1
'為氫、-C1 - 10
烷基、-C2 - 10
烯基、-C2 - 10
炔基、-C1 - 10
雜烷基、-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜芳基、-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
烷基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
烷基-C1 - 10
雜芳基、-C1 - 10
烷基-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
烷基-C1 - 10
雜環基、-C2 - 10
烯基-C3 - 10
芳基、-C2 - 10
烯基-C1 - 10
雜芳基、-C2 - 10
烯基-C3 - 10
環烷基、-C2 - 10
烯基-C1 - 10
雜環基、-C2 - 10
炔基-C3 - 10
芳基、-C2 - 10
炔基-C1 - 10
雜芳基、-C2 - 10
炔基-C3 - 10
環烷基、-C2 - 10
炔基-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
雜烷基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜烷基-C1 - 10
雜芳基、-C1 - 10
雜烷基-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
雜烷基-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
烷氧基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
烷氧基-C1 - 10
雜芳基、-C1 - 10
烷氧基-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
烷氧基-C1 - 10
雜環基、-C3 - 10
芳基-C1 - 10
烷基、-C3 - 10
芳基-C2 - 10
烯基、-C3 - 10
芳基-C2 - 10
炔基、-C3 - 10
芳基-C3 - 10
雜芳基、-C3 - 10
芳基-C3 - 10
環烷基、-C3 - 10
芳基-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
雜芳基-C1 - 10
烷基、-C1 - 10
雜芳基-C2 - 10
烯基、-C1 - 10
雜芳基-C2 - 10
炔基、-C3 - 10
雜芳基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜芳基-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
雜芳基-C1 - 10
雜環基、-C3 - 10
環烷基-C1 - 10
烷基、-C3 - 10
環烷基-C2 - 10
烯基、-C3 - 10
環烷基-C2 - 10
炔基、-C3 - 10
環烷基-C3 - 10
芳基、-C3 - 10
環烷基-C1 - 10
雜芳基、-C3 - 10
環烷基-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
雜環基-C1 - 10
烷基、-C1 - 10
雜環基-C2 - 10
烯基、-C1 - 10
雜環基-C2 - 10
炔基、-C1 - 10
雜環基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜環基-C1 - 10
雜芳基或-C1 - 10
雜環基-C3 - 10
環烷基,其中之每一者未經取代或經一或多個獨立R10
或R11
取代基取代;
R21
為氫、鹵素、-OH、-CF3
、-OCF3
、-OR31
、-NR31
R32
、-C(O)R31
、-CO2
R31
、-C(=O)NR31
、-NO2
、-CN、-S(O)0-2
R31
、-SO2
NR31
R32
、-NR31
C(=O)R32
、-NR31
C(=O)OR32
、-NR31
C(=O)NR32
R33
、-NR31
S(O)0-2
R32
、-C(=S)OR31
、-C(=O)SR31
、-NR31
C(=NR32
)NR32
R33
、-NR31
C(=NR32
)OR33
、-NR31
C(=NR32
)SR33
、-OC(=O)OR33
、-OC(=O)NR31
R32
、-OC(=O)SR31
、-SC(=O)SR31
、-P(O)OR31
OR32
、-SC(=O)NR31
R32
、-L-C1 - 10
烷基、-L-C2 - 10
烯基、-L-C2 - 10
炔基、-L-C1 - 10
雜烷基、-L-C3 - 10
芳基、-L-C1 - 10
雜芳基、-L-C3 - 10
環烷基、-L-C1 - 10
雜環基、-L-C1 - 10
烷基-C3 - 10
芳基、-L-C1 - 10
烷基-C1 - 10
雜芳基、-L-C1 - 10
烷基-C3 - 10
環烷基、-L-C1 - 10
烷基-C1 - 10
雜環基、-L-C2 - 10
烯基-C3 - 10
芳基、-L-C2 - 10
烯基-C1 - 10
雜芳基、-L-C2 - 10
烯基-C3 - 10
環烷基、-L-C2 - 10
烯基-C1 - 10
雜環基、-L-C2 - 10
炔基-C3 - 10
芳基、-L-C2 - 10
炔基-C1 - 10
雜芳基、-L-C2 - 10
炔基-C3 - 10
環烷基、-L-C2 - 10
炔基-C1 - 10
雜環基、-L-C1 - 10
雜烷基-C3 - 10
芳基、-L-C1 - 10
雜烷基-C1 - 10
雜芳基、-L-C1 - 10
雜烷基-C3 - 10
環烷基、-L-C1 - 10
雜烷基-C1 - 10
雜環基、-L-C1 - 10
烷氧基-C3 - 10
芳基、-L-C1 - 10
烷氧基-C1 - 10
雜芳基、-L-C1 - 10
烷氧基-C3 - 10
環烷基、-L-C1 - 10
烷氧基-C1 - 10
雜環基、-L-C3 - 10
芳基-C1 - 10
烷基、-L-C3 - 10
芳基-C2 - 10
烯基、-L-C3 - 10
芳基-C2 - 10
炔基、-L-C3 - 10
芳基-C1 - 10
雜芳基、-L-C3 - 10
芳基-C3 - 10
環烷基、-L-C3 - 10
芳基-C1 - 10
雜環基、-L-C1 - 10
雜芳基-C1 - 10
烷基、-L-C1 - 10
雜芳基-C2 - 10
烯基、-L-C1 - 10
雜芳基-C2 - 10
炔基、-L-C1 - 10
雜芳基-C3 - 10
芳基、-L-C1 - 10
雜芳基-C3 - 10
環烷基、-L-C1 - 10
雜芳基-C1 - 10
雜環基、-L-C3 - 10
環烷基-C1 - 10
烷基、-L-C3 - 10
環烷基-C2 - 10
烯基、-L-C3 - 10
環烷基-C2 - 10
炔基、-L-C3 - 10
環烷基-C3 - 10
芳基、-L-C3 - 10
環烷基-C1 - 10
雜芳基、-L-C3 - 10
環烷基-C1 - 10
雜環基、-L-C1 - 10
雜環基-C1 - 10
烷基、-L-C1 - 10
雜環基-C2 - 10
烯基、-L-C1 - 10
雜環基-C2 - 10
炔基、-L-C1 - 10
雜環基-C3 - 10
芳基、-L-C1 - 10
雜環基-C1 - 10
雜芳基或-L-C1 - 10
雜環基-C3 - 10
環烷基,其中之每一者未經取代或經一或多個獨立R12
取代基取代;
R22
為氫、-OH、-CF3
、-C(O)R31
、-CO2
R31
、-C(=O)NR31
、-S(O)0-2
R31
、-C(=S)OR31
、-C(=O)SR31
、-L-C1 - 10
烷基、-L-C2 - 10
烯基、-L-C2 - 10
炔基、-L-C1 - 10
雜烷基、-L-C3 - 10
芳基、-L-C1 - 10
雜芳基、-L-C3 - 10
環烷基、-L-C1 - 10
雜環基、-L-C1 - 10
烷基-C3 - 10
芳基、-L-C1 - 10
烷基-C1 - 10
雜芳基、-L-C1 - 10
烷基-C3 - 10
環烷基、-L-C1 - 10
烷基-C1 - 10
雜環基、-L-C2 - 10
烯基-C3 - 10
芳基、-L-C2 - 10
烯基-C1 - 10
雜芳基、-L-C2 - 10
烯基-C3 - 10
環烷基、-L-C2 - 10
烯基-C1 - 10
雜環基、-L-C2 - 10
炔基-C3 - 10
芳基、-L-C2 - 10
炔基-C1 - 10
雜芳基、-L-C2 - 10
炔基-C3 - 10
環烷基、-L-C2 - 10
炔基-C1 - 10
雜環基、-L-C1 - 10
雜烷基-C3 - 10
芳基、-L-C1 - 10
雜烷基-C1 - 10
雜芳基、-L-C1 - 10
雜烷基-C3 - 10
環烷基、-L-C1 - 10
雜烷基-C1 - 10
雜環基、-L-C1 - 10
烷氧基-C3 - 10
芳基、-L-C1 - 10
烷氧基-C1 - 10
雜芳基、-L-C1 - 10
烷氧基-C3 - 10
環烷基、-L-C1 - 10
烷氧基-C1 - 10
雜環基、-L-C3 - 10
芳基-C1 - 10
烷基、-L-C3 - 10
芳基-C2 - 10
烯基、-L-C3 - 10
芳基-C2 - 10
炔基、-L-C3 - 10
芳基-C1 - 10
雜芳基、-L-C3 - 10
芳基-C3 - 10
環烷基、-L-C3 - 10
芳基-C1 - 10
雜環基、-L-C1 - 10
雜芳基-C1 - 10
烷基、-L-C1 - 10
雜芳基-C2 - 10
烯基、-L-C1 - 10
雜芳基-C2 - 10
炔基、-L-C1 - 10
雜芳基-C3 - 10
芳基、-L-C1 - 10
雜芳基-C3 - 10
環烷基、-L-C1 - 10
雜芳基-C1 - 10
雜環基、-L-C3 - 10
環烷基-C1 - 10
烷基、-L-C3 - 10
環烷基-C2 - 10
烯基、-L-C3 - 10
環烷基-C2 - 10
炔基、-L-C3 - 10
環烷基-C3 - 10
芳基、-L-C3 - 10
環烷基-C1 - 10
雜芳基、-L-C3 - 10
環烷基-C1 - 10
雜環基、-L-C1 - 10
雜環基-C1 - 10
烷基、-L-C1 - 10
雜環基-C2 - 10
烯基、-L-C1 - 10
雜環基-C2 - 10
炔基、-L-C1 - 10
雜環基-C3 - 10
芳基、-L-C1 - 10
雜環基-C1 - 10
雜芳基或-L-C1 - 10
雜環基-C3 - 10
環烷基,其中之每一者未經取代或經一或多個獨立R12
取代基取代;
L為鍵、-O-、-N(R31
)-、-S(O)0-2
-、-C(=O)-、-C(=O)O-、-OC(=O)-、-C(=O)N(R31
)-、-N(R31
)C(=O)-、-NR31
C(=O)O-、-NR31
C(=O)NR32
-、-NR31
S(O)0-2
-、-S(O)0-2
N(R31
)-、-C(=S)O-、-C(=O)S-、-NR31
C(=NR32
)NR32
-、-NR31
C(=NR32
)O-、-NR31
C(=NR32
)S-、-OC(=O)O-、-OC(=O)NR31
-、-OC(=O)S-、-SC(=O)S-、-P(O)OR31
O-、-SC(=O)NR31
-;
R3
、R3
'及R4
中之每一者獨立地為氫、鹵素、-OH、-CF3
、-OCF3
、-OR31
、-NR31
R32
、-C(O)R31
、-CO2
R31
、-C(=O)NR31
、-NO2
、-CN、-S(O)0-2
R31
、-SO2
NR31
R32
、-NR31
C(=O)R32
、-NR31
C(=O)OR32
、-NR31
C(=O)NR32
R33
、-NR31
S(O)0-2
R32
、-C(=S)OR31
、-C(=O)SR31
、-NR31
C(=NR32
)NR32
R33
、-NR31
C(=NR32
)OR33
、-NR31
C(=NR32
)SR33
、-OC(=O)OR33
、-OC(=O)NR31
R32
、-OC(=O)SR31
、-SC(=O)SR31
、-P(O)OR31
OR32
、-SC(=O)NR31
R32
、-C1 - 10
烷基、-C2 - 10
烯基、-C2 - 10
炔基、-C1 - 10
雜烷基、-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜芳基、-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
烷基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
烷基-C1 - 10
雜芳基、-C1 - 10
烷基-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
烷基-C1 - 10
雜環基、-C2 - 10
烯基-C3 - 10
芳基、-C2 - 10
烯基-C1 - 10
雜芳基、-C2 - 10
烯基-C3 - 10
環烷基、-C2 - 10
烯基-C1 - 10
雜環基、-C2 - 10
炔基-C3 - 10
芳基、-C2 - 10
炔基-C1 - 10
雜芳基、-C2 - 10
炔基-C3 - 10
環烷基、-C2 - 10
炔基-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
雜烷基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜烷基-C1 - 10
雜芳基、-C1 - 10
雜烷基-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
雜烷基-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
烷氧基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
烷氧基-C1 - 10
雜芳基、-C1 - 10
烷氧基-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
烷氧基-C1 - 10
雜環基、-C3 - 10
芳基-C1 - 10
烷基、-C3 - 10
芳基-C2 - 10
烯基、-C3 - 10
芳基-C2 - 10
炔基、-C3 - 10
芳基-C3 - 10
雜芳基、-C3 - 10
芳基-C3 - 10
環烷基、-C3 - 10
芳基-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
雜芳基-C1 - 10
烷基、-C1 - 10
雜芳基-C2 - 10
烯基、-C1 - 10
雜芳基-C2 - 10
炔基、-C3 - 10
雜芳基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜芳基-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
雜芳基-C1 - 10
雜環基、-C3 - 10
環烷基-C1 - 10
烷基、-C3 - 10
環烷基-C2 - 10
烯基、-C3 - 10
環烷基-C2 - 10
炔基、-C3 - 10
環烷基-C3 - 10
芳基、-C3 - 10
環烷基-C1 - 10
雜芳基、-C3 - 10
環烷基-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
雜環基-C1 - 10
烷基、-C1 - 10
雜環基-C2 - 10
烯基、-C1 - 10
雜環基-C2 - 10
炔基、-C1 - 10
雜環基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜環基-C1 - 10
雜芳基或-C1 - 10
雜環基-C3 - 10
環烷基,其中之每一者未經取代或經一或多個獨立R13
取代基取代;或R3
'為-OR6
、-NR6
R34
、-S(O)0-2
R6
、-C(=O)R6
、-C(=O)OR6
、-OC(=O)R6
、-C(=O)N(R34
)R6
、或-N(R34
)C(=O)R6
,其中R6
與R34
一起可視情況形成雜環;或R3
'為-OR6
、-NR6
R34
、-S(O)0-2
R6
、-C(=O)R6
、-C(=O)OR6
、-OC(=O)R6
、-C(=O)N(R34
)R6
,或-N(R34
)C(=O)R6
,其中R6
與R34
一起可視情況形成雜環;
R5
、R71
、R81
及R91
中之每一者獨立地為氫、鹵素、-C1 - 10
烷基、-C2 - 10
烯基、-C2 - 10
炔基、-C1 - 10
雜烷基、-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜芳基、-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
雜環基、-OH、-CF3
、-OCF3
、-OR31
、-NR31
R32
、-C(O)R31
、-CO2
R31
、-C(=O)NR31
、-NO2
、-CN、-S(O)0-2
R31
、-SO2
NR31
R32
、-NR31
C(=O)R32
、-NR31
C(=O)OR32
、-NR31
C(=O)NR32
R33
、-NR31
S(O)0-2
R32
、-C(=S)OR31
、-C(=O)SR31
、-NR31
C(=NR32
)NR32
R33
、-NR31
C(=NR32
)OR33
、-NR31
C(=NR32
)SR33
、-OC(=O)OR33
、-OC(=O)NR31
R32
、-OC(=O)SR31
、-SC(=O)SR31
、-P(O)OR31
OR32
,或-SC(=O)NR31
NR32
;
R6
為氫、-C1 - 10
烷基、-C2 - 10
烯基、-C2 - 10
炔基、-C1 - 10
雜烷基、-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜芳基、-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
烷基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
烷基-C1 - 10
雜芳基、-C1 - 10
烷基-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
烷基-C1 - 10
雜環基、-C2 - 10
烯基-C3 - 10
芳基、-C2 - 10
烯基-C1 - 10
雜芳基、-C2 - 10
烯基-C3 - 10
環烷基、-C2 - 10
烯基-C1 - 10
雜環基、-C2 - 10
炔基-C3 - 10
芳基、-C2 - 10
炔基-C1 - 10
雜芳基、-C2 - 10
炔基-C3 - 10
環烷基、-C2 - 10
炔基-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
雜烷基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜烷基-C1 - 10
雜芳基、-C1 - 10
雜烷基-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
雜烷基-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
烷氧基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
烷氧基-C1 - 10
雜芳基、-C1 - 10
烷氧基-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
烷氧基-C1 - 10
雜環基、-C3 - 10
芳基-C1 - 10
烷基、-C3 - 10
芳基-C2 - 10
烯基、-C3 - 10
芳基-C2 - 10
炔基、-C3 - 10
芳基-C3 - 10
雜芳基、-C3 - 10
芳基-C3 - 10
環烷基、-C3 - 10
芳基-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
雜芳基-C1 - 10
烷基、-C1 - 10
雜芳基-C2 - 10
烯基、-C1 - 10
雜芳基-C2 - 10
炔基、-C3 - 10
雜芳基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜芳基-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
雜芳基-C1 - 10
雜環基、-C3 - 10
環烷基-C1 - 10
烷基、-C3 - 10
環烷基-C2 - 10
烯基、-C3 - 10
環烷基-C2 - 10
炔基、-C3 - 10
環烷基-C3 - 10
芳基、-C3 - 10
環烷基-C1 - 10
雜芳基、-C3 - 10
環烷基-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
雜環基-C1 - 10
烷基、-C1 - 10
雜環基-C2 - 10
烯基、-C1 - 10
雜環基-C2 - 10
炔基、-C1 - 10
雜環基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜環基-C1 - 10
雜芳基或-C1 - 10
雜環基-C3 - 10
環烷基,其中之每一者未經取代或經一或多個獨立R14
或R15
取代基取代;
R72
、R82
及R92
中之每一者獨立地為氫、-C1 - 10
烷基、-C2 - 10
烯基、-C2 - 10
炔基、-C1 - 10
雜烷基、-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜芳基、-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
雜環基、-OH、-CF3
、-C(O)R31
、-CO2
R31
、-C(=O)NR31
、-S(O)0-2
R31
、-C(=S)OR31
、-C(=O)SR31
;
R10
及R14
中之每一者獨立地為-C1 - 10
烷基、-C2 - 10
烯基、-C2 - 10
炔基、-C1 - 10
雜烷基、-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜芳基、-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
雜環基,視情況經一或多個獨立R11
取代基取代;
R11
、R12
、R13
及R15
中之每一者獨立地為氫、鹵素、-C1 - 10
烷基、-C2 - 10
烯基、-C2 - 10
炔基、-C1 - 10
雜烷基、-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜芳基、-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
雜環基、-OH、-CF3
、-OCF3
、-OR31
、-NR31
R32
、-C(O)R31
、-CO2
R31
、-C(=O)NR31
、-NO2
、-CN、-S(O)0-2
R31
、-SO2
NR31
R32
、-NR31
C(=O)R32
、-NR31
C(=O)OR32
、-NR31
C(=O)NR32
R33
、-NR31
S(O)0-2
R32
、-C(=S)OR31
、-C(=O)SR31
、-NR31
C(=NR32
)NR32
R33
、-NR31
C(=NR32
)OR33
、-NR31
C(=NR32
)SR33
、-OC(=O)OR33
、-OC(=O)NR31
R32
、-OC(=O)SR31
、-SC(=O)SR31
、-P(O)OR31
OR32
,或-SC(=O)NR31
NR32
;
R31
、R32
、R33
及R34
中之每一者獨立地為氫、鹵素、-C1 - 10
烷基、-C2 - 10
烯基、-C2 - 10
炔基、-C1 - 10
雜烷基、-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜芳基、-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
雜環基,或其中R31
與R32
一起形成雜環;
其中環A包含一或多個選自N、O或S之雜原子;且
其中若X7
為O或X2
-X3
為R1
C=CR3
,則環A包含至少兩個選自N、O或S之雜原子;且
其中若X2
-X3
為R1
C=N,則X7
或X9
中之至少一者不為N。
在一些實施例中,對於式(I)或(I-A)化合物:
R1
為3員至6員雜環基、-C1 - 10
烷基-(3員至6員雜環基)、-(3員至6員雜環基)-C1 - 10
烷基、-(3員至6員雜環基)-C3 - 10
芳基或-(3員至6員雜環基)-C1 - 10
雜芳基,其中之每一者未經取代或經一或多個獨立R10
或R11
取代基取代;
R21
為-L-C3 - 10
芳基或-L-C1 - 10
雜芳基,其中之每一者未經取代或經一或多個獨立R12
取代基取代;
L為鍵或-N(R31
)-;
R72
為氫;
R10
中之每一者獨立地為-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜芳基或-C1 - 10
雜環基,視情況經一或多個獨立R11
取代基取代;
R11
及R12
中之每一者獨立地為鹵素、-C1 - 10
烷基、-OH、-CF3
或-OR31
;且R31
中之每一者獨立地為氫或-C1 - 10
烷基。
在實踐本發明方法中之任一者時,該MAPK路徑抑制劑可選自考比替尼、曲美替尼、畢尼替尼、司美替尼、優立替尼、GDC-0994、SCH-772984及MK-8353。
在一些實施例中,本發明之方法進一步包含向該個體投與第二治療劑。在某些態樣中,本發明提供一種治療有需要之個體之腺癌的方法,其包含向該個體投與MAPK路徑抑制劑及第二治療劑。在一些實施例中,第二治療劑為CDK4/6抑制劑。在一些實施例中,第二治療劑選自:帕泊昔布(palbociclib)、瑞博昔布(ribociclib)、阿貝力布(abemaciclib)、米西西尼(milciclib)、阿昔迪布(alvocidib)、瑞沙托維(lerociclib)、曲拉西尼(trilaciclib)、SHR-6390、PF-06873600、沃魯昔布(voruciclib)、FLX-925、ON-123300、BPI-16350、VS2-370、FCN-437c、BPI-1178、IIIM-290、TQB-3616、BEBT-209、SRX-3177、GZ-38-1、IIIM-985、吡羅西尼(birociclib)、CGP-82996、PD-171851、R-547、PAN-1215、NSC-625987、星形孢菌素(staurosporine)、G1T28-1、G1T30-1、棉纖維素(gossypin)、AT-7519、P-276-00、AG-024322、PD-0183812及INOC-005。在一些實施例中,第二治療劑選自帕泊昔布、瑞博昔布、阿貝力布、米西西尼、阿昔迪布、瑞沙托維、曲拉西尼、SHR-6390、PF-06873600、沃魯昔布及FLX-925。在一些實施例中,第二治療劑選自帕泊昔布、瑞博昔布及阿貝力布。
參考文獻併入
本說明書中所提及之所有公開案、專利及專利申請案均以引用之方式併入本文中,其引用的程度如各單獨之公開案、專利或專利申請案經特定及單獨地指示以引用之方式併入一般。
交叉參考
本申請案主張2018年8月27日申請之美國臨時申請案第62/723,368號及2018年12月17日申請之美國臨時申請案第62/780,707號之權益,其中之每一者以全文引用之方式併入本文中。
除非另外定義,否則本文所用之所有技術及科學術語具有與熟習本發明所屬技術者通常所理解相同之含義。
如本文所用,「約」當提及可量測值(諸如量、持續時間及其類似值)時意欲涵蓋規定數或值之± 10%的變化。
術語「聚核苷酸」、「核苷酸」、「核苷酸序列」、「核酸」及「寡核苷酸」可互換地使用。其指任何長度之核苷酸(去氧核糖核苷酸或核糖核苷酸)之聚合物形式,或其類似物。聚核苷酸可具有任何三維結構,且可進行任何已知或未知的功能。以下為聚核苷酸之非限制性實例:基因或基因片斷之編碼或非編碼區、自聯結分析定義之基因座、外顯子、內含子、信使RNA (mRNA)、轉移RNA、核糖體RNA、核糖核酸酶、cDNA、重組聚核苷酸、分支聚核苷酸、質體、載體、任何序列之經分離DNA、任何序列之經分離RNA、核酸探針、引子、無細胞DNA (cfDNA)及循環腫瘤DNA (ctDNA)。聚核苷酸可包含經修飾核苷酸,諸如甲基化核苷酸及核苷酸類似物。若存在,可在聚合物組裝之前或之後賦予核苷酸結構之修飾。核苷酸之序列可間雜有非核苷酸組分。聚合後可進一步修飾聚核苷酸,諸如與標記組分結合。
「核苷酸探針」或「探針」係指用於在雜交反應中偵測或鑑別其相應目標聚核苷酸之聚核苷酸。
「雜交」係指一或多種聚核苷酸反應以形成經由核苷酸殘基之鹼基之間的氫鍵而穩定化的複合物之反應。氫鍵可藉由沃森-克里克(Watson-Crick)鹼基配對、胡格斯坦(Hoogstein)結合或以任何其他序列特異性方式進行。複合物可包含兩股形成雙螺旋體結構、三股或多於三股形成多股複合物、單個自雜交股或其任何組合。雜交反應可構成諸如起始PCR反應或藉由核糖核酸酶酶促裂解聚核苷酸之較廣泛方法中之步驟。
如本文所用,「表現」係指藉由其將聚核苷酸轉錄為mRNA之過程及/或藉由其將經轉錄mRNA(亦稱為「轉錄物」)隨後轉譯為肽、多肽或蛋白質之過程。轉錄物及所編碼之多肽統稱為「基因產物」。若聚核苷酸衍生自基因組DNA,則表現可包括真核細胞中mRNA之拼接。CCND1基因之表現量(level of expression) (或可替代地,「表現量(expression level)」)可例如藉由測定CCND1聚核苷酸、多肽及/或基因產物之含量來測定。
如應用於個體中之核苷酸序列(例如,基因)或多肽序列,「有差異地表現」或「差異性表現」係指自核苷酸序列轉錄及/或轉譯之mRNA或由核苷酸序列編碼之蛋白質產物的差異產生。與參考樣品之表現量(亦即,參考量)相比,有差異地表現之序列可過度表現或不足表現。如本文所用,過度表現為表現之增加,且通常超過參考樣品中所偵測表現之至少1.25倍、或者至少1.5倍、或者至少2倍、或者至少3倍、或者至少4倍、或者至少10倍。如本文所用,不足表現為表現之降低,且通常低於參考樣品中所偵測表現之至少1.25倍、或者至少1.5倍、或者至少2倍、或者至少3倍、或者至少4倍、或者至少10倍。表現不足亦涵蓋當與參考樣品相比時不存在特定序列之表現,如測試個體中不存在可偵測表現所證明。
「信號轉導」為將刺激性或抑制性信號傳遞至細胞中及細胞內以誘發細胞內反應之過程。分子可經由與相同路徑或相關路徑之下游分子直接或間接相互作用來介導其信號傳導效應。舉例而言,MAPK信號傳導可涉及大量下游分子,包括(但不限於)以下蛋白質中之一或多者:RAS、RAF、MEK、EGFR、ERK1、CCND1、KRAS、ERK2及HRAS。
術語「多肽」、「肽」及「蛋白質」在本文中可互換地使用以指任何長度之胺基酸之聚合物。聚合物可為直鏈或分支鏈,其可包含經修飾之胺基酸,且其可間雜有非胺基酸。術語亦涵蓋已經修飾之胺基酸聚合物;例如,二硫鍵形成、醣基化、脂質化、乙醯化、磷酸化或任何其他操縱,諸如與標記組分結合。如本文所用,術語「胺基酸」係指天然及/或非天然或合成胺基酸,包括甘胺酸及D或L光學異構體,及胺基酸類似物及肽模擬物。
術語「生物標記」及「標記」在本文中可互換地使用以指與另一種表型狀態(例如,患有對MAPK路徑抑制劑具有低敏感性之腺癌)相比有差異地存在於取自具有一種表型狀態(例如,患有對MAPK路徑抑制劑敏感之腺癌)之個體的樣品中的分子。若不同組中生物標記之平均或中值表現量經計算為統計顯著,則生物標記有差異地存在於不同表型狀態之間。統計顯著性之常見測試包括例如t測試、ANOVA、Kruskal-Wallis、Wilcoxon、Mann-Whitney及優勢率。單獨或組合之生物標記可提供個體屬於一種表型狀態或另一種表型狀態之相對風險的量度。因此,其適用作疾病(診斷學)、藥物治療有效性(治療診斷學)及藥物毒性之標記。本文所描述之聚核苷酸及多肽可用作本文所描述之某些癌症的生物標記。
「參考樣品」係出於比較目的在實驗中使用之替代性樣品或個體。
術語「參考量」係指用以評估測試含量之對照含量。在一些實例中,參考量可為對照。舉例而言,當生物標記之表現量低於參考量時,生物標記可視為不足表現。參考量可藉由複數種方法測定,其限制條件為所得參考量準確地提供生物標記含量高於該生物標記含量存在第一組個體,該第一組個體具有與具有低於參考量之生物標記含量的第二組患者不同的對用MAPK路徑抑制劑治療展現臨床上有益反應的機率。參考量可例如藉由量測來自與待測試癌細胞之組織相同之組織的腫瘤或非腫瘤癌細胞中生物標記之表現量來確定。在一些實例中,參考量可為活體外測定之生物標記含量。參考量可藉由比較患有相同癌症之個體群體中的生物標記之含量來確定。單獨的兩組或多於兩組個體可藉由鑑別具有相同或相似生物標記含量之組群體子組來確定。參考量之確定可隨後基於區別此等單獨的組之含量而進行。參考量可為同等地適用於每一個體之單個數值,或參考量可根據特定個體亞群而變化。舉例而言,對於相同癌症較年長之男性可具有與較年輕之男性不同的參考量,且對於相同癌症女性可能具有與男性不同的參考量。此外,參考量可為對於各個體獨立地確定之某一含量。舉例而言,參考量可為個體之癌細胞中之生物標記含量相對於同一個體之正常細胞中之生物標記含量的比率。在一些實施例中,參考量係獲自由患有癌症之個體群體統計取樣的基因表現之數值範圍。患有癌症之個體對用MAPK路徑抑制劑治療之敏感性可為已知的。在某些實施例中,藉由將基因表現與在相對穩定含量下表現於相同細胞環境中之對照基因(例如,管家基因,諸如肌動蛋白)進行比較得出參考量。與參考量之比較可為定性評定或定量測定。
術語「測定」、「量測」、「評估」、「評定」、「分析(assaying)」、「測試」及「分析(analyzing)」在本文中可互換地使用以指任何形式之量測,且包括測定分析物是否存在(例如,偵測)。此等術語可包括定量及/或定性測定兩者。評定可為相對或絕對的。相對量可為例如高、中或低的。絕對量可反映信號之量測強度或將此信號強度轉譯為另一定量格式(諸如微克/毫升)。「偵測……之存在」可包括測定所存在某物之量以及測定其是否存在。
如本文所用,「藥劑」或「生物學活性劑」係指生物學、醫藥或化學化合物或其他部分。非限制性實例包括簡單或複雜的有機或無機分子、肽、蛋白質、寡核苷酸、抗體、抗體衍生物、抗體片段、維生素衍生物、碳水化合物、毒素或化學治療化合物。可合成各種化合物,例如小分子及寡聚物(例如,寡肽及寡核苷酸),及基於各種核心結構的合成有機化合物。另外,各種天然來源可提供化合物以供篩選,諸如植物或動物提取物及類似物。熟練技術人員可容易認識到,關於本發明之藥劑之結構性質不存在限制。
術語「拮抗劑」及「抑制劑」可互換地使用,且其係指具有無論藉由抑制目標蛋白之活性或表現來抑制目標蛋白或路徑(例如,MAPK)之生物功能之能力的化合物。因此,術語「拮抗劑」及「抑制劑」係在目標蛋白之生物學作用之情形下定義。儘管本文中之較佳拮抗劑與目標特異性相互作用(例如,結合至目標),但藉由與目標蛋白作為成員的信號轉導路徑中之其他成員相互作用來抑制目標蛋白生物活性的化合物亦特別包括於此定義內。藉由拮抗劑抑制之較佳生物活性與腺癌(諸如非小細胞肺癌)之發展、生長或擴散相關。
術語「細胞增殖」係指細胞數目因分裂而發生變化的一種現象。此術語亦涵蓋細胞形態根據增殖信號發生變化(例如,尺寸增加)的細胞生長。
術語「共投藥」、「與……組合投藥」及其文法等效物涵蓋向個體投與兩種或多於兩種藥劑以使得藥劑及/或其代謝物均同時存在於個體中。共投藥包括以各別組合物同時投藥、各別組合物在不同時間投藥,或以兩種藥劑均存在於其中的組合物投藥。
術語「有效量」或「治療有效量」係指本文所描述之化合物足以實現預期應用(包括(但不限於)如下文所定義之疾病治療)的量。治療有效量可視預期應用(活體外或活體內)、或待治療之個體及疾病病況(例如,個體之體重及年齡、疾病病況之嚴重程度)、投藥方式及其類似因素而變化,其可容易地由一般熟習此項技術者確定。術語亦適用於誘導目標細胞發生特定反應(例如,血小板黏著及/或細胞遷移之減少)的劑量。特定劑量將視以下而變化:所選特定化合物、所依循之給藥方案、其是否與其他化合物組合投藥、投藥時序、其所投藥之組織及載運其之實體遞送系統。
如本文所用,術語「治療(treatment/treating)」、「緩和」及「改善」可互換地使用。此等術語係指獲得有益或所要結果(包括(但不限於)治療益處及/或預防益處)之方法。治療益處意謂根除或改善待治療之潛在病症(例如,腺癌)。此外,藉由根除或改善與潛在病症相關之一或多種生理症狀以使得在患者中觀測到改善來達成治療益處,儘管患者仍可罹患潛在病症。為獲得預防益處,可將醫藥組合物投與至處於患上特定疾病之風險下的患者或報導疾病之一或多種生理症狀但可尚未作出此疾病之診斷的患者。
如本文所用,「治療效應」涵蓋如上文所描述之治療益處及/或預防益處。預防作用包括延遲或消除疾病或病況之出現、延遲或消除疾病或病況之症狀發作、減緩、阻止或逆轉疾病或病況之進展,或其任何組合。
在應用於生物活性劑時,術語「選擇性抑制」或「選擇性地抑制」係指與偏離目標信號傳導活性相比,藥劑經由與目標直接或間接相互作用而選擇性地降低目標信號傳導活性的能力。
術語「個體」包括(但不限於)任何年齡組之人類(例如,兒童個體(例如,嬰兒、幼兒或青年)或成年個體(例如,青少年、中青年或老年人))及/或其他靈長類動物(例如,食蟹獼猴或恆河猴);哺乳動物,包括商業相關哺乳動物,諸如牛、豬、馬、綿羊、山羊、貓及/或狗;及/或禽類,包括商業相關禽類,諸如雞、鴨、鵝、鵪鶉及/或火雞。本文所描述之方法可適用於人類治療及獸醫應用。在一些實施例中,患者為哺乳動物,且在一些實施例中,患者為人類。
「放射療法」或「放射治療」意謂使用執業醫生已知之常規方法及組合物使患者暴露於輻射發射體,諸如發射α粒子之放射性核苷酸(例如,錒及釷放射性核素)、低線性能量轉移(linear energy transfer;LET)輻射發射體(例如,β發射體)、轉換電子發射體(例如,鍶-89及釤-153-EDTMP)或高能輻射(包括(但不限於) x射線、γ射線及中子)。
術語「活體內」係指發生於個體體內之事件。
術語「活體外」係指發生於個體體外之事件。舉例而言,活體外分析涵蓋個體體外之任何分析操作。活體外分析涵蓋基於細胞之分析,其中使用存活或死亡細胞。活體外分析亦涵蓋無細胞分析,其中不使用完整細胞。
在應用於生物活性劑時,「MAPK路徑活性」係指藥劑調節由Ras、Raf、MEK及/或ERK介導之信號轉導的能力。舉例而言,MAPK路徑活性之調節藉由來自MAPK路徑之信號傳導輸出之變化來證明。
如本文所用,術語「抑制MAPK路徑活性」係指減緩、降低、改變以及完全消除及/或阻止MAPK路徑活性。
本發明人已發現在腺癌細胞中有差異地表現之某些基因,該腺癌細胞對用MAPK路徑抑制劑(諸如本文所描述之化合物)進行之療法敏感。更具體言之,本發明係關於促分裂原活化蛋白激酶(MAPK)路徑之抑制劑對治療腺癌(諸如肺腺癌)之用途。本文描述使用關於基因及/或基因表現產物之表現狀態之資訊來鑑別將可能對用MAPK路徑抑制劑進行之療法有反應之腺癌細胞的方法,以及鑑別患有預測對用MAPK路徑抑制劑治療展現出臨床上有益反應之腺癌之個體的方法。特定言之,一或多個基因之過度表現可指示對用MAPK路徑抑制劑進行之療法的敏感性。某些突變之存在可進一步指示對用MAPK路徑抑制劑進行之療法的敏感性。描述某些基於DNA及RNA之生物標記來鑑別更可能對MAPK路徑抑制顯示穩定治療反應之腺癌的用途。
在某些態樣中,本發明提供一種治療有需要之個體之癌症的方法,其中該癌症展現KRAS突變且其中該癌症過度表現CCND1。在一些實施例中,方法包含向個體投與有效劑量之促分裂原活化蛋白激酶(MAPK)路徑抑制劑。在一些實施例中,方法包含(a)評定癌症中CCND1之過度表現;(b)皮釘癌症中KRAS突變之存在;及(c)若測定存在CCND1過度表現及KRAS突變兩者,則向個體投與MAPK路徑抑制劑。步驟(a)及(b)可以任一次序進行。
在某些態樣中,本發明提供一種治療患有癌症之個體之方法,其中該癌症展現KRAS突變,該方法包含(a)評定癌症中CCND1之過度表現;及(b)若發現存在過度表現CCND1,則向個體投與有效劑量之MAPK路徑抑制劑。若發現不存在CCND1之過度表現,則可向個體應用替代療法,諸如化學療法、免疫療法、放射療法或手術。
在某些態樣中,本發明提供一種用MAPK路徑抑制劑下調複數個肺腺癌細胞中之MAPK信號傳導輸出的方法,其中複數個細胞中之至少一個細胞展現KRAS突變。在一些實施例中,方法包含(a)在包含來自個體之核酸的生物樣品中評定CCND1之總表現量;及(b)若總表現量大於參考量,則向複數個細胞投與有效劑量之MAPK路徑抑制劑,其中參考量指示對MAPK路徑抑制劑具有低敏感性。
在某些態樣中,本發明提供一種對個體之癌症狀態進行分類之方法。在一些實施例中,方法包含(a)自個體獲得生物樣品,樣品包含來自個體之癌細胞之基因組、轉錄組及/或蛋白質組材料;(b)評定(1) CCND1在樣品中之總表現量,及(2) KRAS突變在樣品中之有或無;(c)基於總表現量與參考量之間的比較生成表現圖譜,其中可自具有已知癌症狀態之不同個體的參考樣品得出參考量;及(d)基於表現圖譜及KRAS突變之有或無對(a)之個體之癌症狀態進行分類。若總表現量大於參考量,則可將癌症分類為可能對用MAPK路徑抑制劑治療敏感,其中參考量指示對MAPK路徑抑制劑具有低敏感性。在一些實施例中,將不同個體之已知癌症狀態分類為對MAPK路徑抑制劑具有抗性或對MAPK路徑抑制劑敏感。在一些實施例中,分類步驟包括使用電腦系統基於表現圖譜計算個體對用MAPK路徑抑制劑治療之反應之可能性,其中可能性對於總表現量相對於參考量中之每一倍增加經向上調節,其中參考量指示對MAPK路徑抑制劑具有低敏感性。視情況,方法進一步包含製備包含個體對用MAPK路徑抑制劑治療之反應的可能性之預測的報告。
在某些態樣中,本發明提供一種評定患有癌症之個體對用MAPK路徑抑制劑治療展現臨床上有益反應之可能性的方法,該方法包含:(a)評定CCND1在包含來自癌細胞之基因組、轉錄組及/或蛋白質組材料之生物樣品中的表現圖譜;(b)針對KRAS突變之存在評估生物樣品;及(c)使用電腦系統基於表現圖譜及KRAS突變狀態計算MAPK路徑抑制劑反應性之加權機率。在一些實施例中,方法進一步包含:若加權機率對應於基線機率的至少1.5倍,則將個體指定為具有對用MAPK路徑抑制劑治療展現臨床上有益反應的高機率,其中基線機率表示在獲得(c)之加權機率之前個體將對用MAPK路徑抑制劑治療展現臨床上有益反應的可能性。在一些實施例中,方法進一步包含向接收者傳輸關於可能性之資訊。在一些實施例中,方法進一步包含基於加權機率提供建議。建議可包含用MAPK路徑抑制劑治療個體,或替代地,中斷療法,或投與化學療法、免疫療法、放射療法或手術中之一或多者。在一些實施例中,方法進一步包含基於加權機率選擇治療。在一些實施例中,方法進一步包含基於加權機率向個體投與MAPK路徑抑制劑。在一些實施例中,若將個體指定為具有展現出臨床上有益反應的高機率,則方法進一步包含向個體投與MAPK路徑抑制劑。
在一些實施例中,表現量藉由以下評定:(a)偵測mRNA之含量;(b)偵測由mRNA之反轉錄產生的cDNA之含量;(c)偵測多肽之含量;(d)偵測無細胞DNA之含量;及/或(e)核酸擴增分析、雜交分析、測序,或其組合。在一些實施例中,KRAS突變之有或無藉由以下來測定:測序、聚合酶鏈反應(PCR)、DNA微陣列、質譜分析(MS)、單核苷酸多態性(SNP)分析、變性高效液相層析(DHPLC)或限制性片段長度多態性(RFLP)分析。較佳地,KRAS突變之有或無藉由測序或PCR來測定。
具有大於CCND1之參考量的CCND1之總表現量的癌症(諸如腺癌)可比具有小於CCND1之參考量的CCND1之總表現量的癌症更可能對用MAPK路徑抑制劑治療有反應。CCND1之參考量可藉由評定CCND1在來自患有癌症的之展現對用MAPK路徑抑制劑治療之低敏感性之一或多個個體的生物樣品中的總表現量來獲得。在一些實例中,參考量為CCND1在複數個癌症樣品中的平均總表現量。複數個癌症樣品可包含至少5、10、20、30、40或至少50個樣品。CCND1之過度表現可由癌症中的高於CCND1之參考表現量的CCND1之表現量來表徵。
可將CCND1之總表現量與CCND1之參考量進行比較以計算MAPK路徑抑制劑反應性之加權機率。視情況,計算MAPK路徑抑制劑反應性之加權機率包含評定CCND1之總表現量及KRAS突變狀態兩者。視情況,藉由電腦系統進行計算。本發明之任何方法可進一步包含:若加權機率對應於基線機率的至少1.5倍、至少2倍、至少3倍、至少4倍、至少5倍、至少6倍、至少7倍、至少8倍、至少9倍、至少10倍、至少15倍或至少20倍(諸如至少2倍),則將患有癌症之個體指定為具有對用MAPK路徑抑制劑治療展現臨床上有益反應的高機率,其中基線機率表示在獲得加權機率之前個體將對用MAPK路徑抑制劑治療展現臨床上有益反應之可能性。
本文所描述的用於定性或定量多肽及/或聚核苷酸之表現的方法提供可尤其與病理病況、疾病素因、治療監測、風險分級等等相關的資訊。在一些實施例中,本發明之方法尤其適用於診斷病況、評估MAPK路徑抑制劑是否將具有所要效應(亦即預測對MAPK路徑抑制劑之反應性)及測定預後。本發明方法可用於最佳化治療方案。在此上下文中,本文所揭示的生物標記之表現圖譜之評估可用於獲得關於利用MAPK路徑抑制劑之組織樣品之治療潛力的資訊。
在一些實施例中,本發明提供基於基因或基因產物之表現圖譜評定患有癌症(尤其腺癌)之個體將對用MAPK路徑抑制劑治療展現臨床上有益反應之可能性的方法。「表現圖譜」係指至少一種生物標記(諸如CCND1)之表現模式,其在多個樣品中重現且反映彼等樣品之共有特性,諸如組織類型、對用MAPK路徑抑制劑治療之反應或細胞中特定生物過程或路徑之活化。此外,表現圖譜比藉由將樣品隨機指定至兩組所可能達成更準確地在共有該共同特性之樣品與不共有該共同特性之樣品之間進行區分。表現圖譜可用於預測未知狀態之樣品是否共有該共同特性。預期生物標記含量與典型圖譜之間有一定變化,但表現量與典型圖譜之總體類似性使得統計上不大可能在不共用表現圖譜所反映之共同特性之樣品中碰巧觀測到類似性。可基於來自測試個體之樣品中之生物標記(諸如CCND1)之總表現量與對應參考量之間的比較生成表現圖譜。
在一些實施例中,在本發明之方法中使用表現圖譜以評定對用MAPK路徑抑制劑治療之反應的可能性。當CCND1過度表現時,可將反應之可能性向上調節。在一些實施例中,當CCND1過低表現時,可將反應之可能性向下調節。不足或過度表現之量值可用於使調節之量加權至反應之可能性。類似地,當KRAS突變在癌症中存在時,可將反應之可能性向上調節,或當KRAS突變在癌症中缺失時,可將反應之可能性向下調節。
在一些實施例中,本發明之方法提供參考量,高於該參考量時,生物標記(諸如CCND1)必須經表現以考慮用於評定對用MAPK路徑抑制劑治療之反應的可能性。相對於考慮用於調節反應之可能性的參考量,生物標記可高或低至少1.1倍、至少1.2倍、至少1.3倍、至少1.4倍、至少1.5倍、至少2.0倍、至少2.25倍、至少2.5倍、至少2.75倍、至少3.0倍、至少3.5倍、至少4.0倍、至少5.0或甚至至少10倍地有差異地表現。在一些實施例中,參考量為獲自由患有對用MAPK路徑抑制劑治療具有低敏感性之癌症之個體群體統計取樣的生物標記表現之數值範圍。在一些實施例中,參考量為獲自由患有對用MAPK路徑抑制劑治療具有抗性之癌症之個體群體統計取樣的生物標記表現之數值範圍。參考量可為獲自由患有癌症(例如,與測試個體相同之癌症)之個體群體統計取樣的生物標記表現之數值範圍。在一些實施例中,藉由將敏感性及抗性群體進行比較得出參考量。
在實踐本發明方法中之任一者時,若個體之癌症展現CCND1過度表現及KRAS突變兩者,則可向個體投與MAPK路徑抑制劑。
某些實施例涵蓋人類個體,諸如已診斷為患有癌症(諸如腺癌)或處於患上或患有癌症(諸如腺癌)之風險下的個體。某些其他實施例涵蓋非人類個體,例如非人類靈長類動物,諸如獼猴、黑猩猩、大猩猩、黑長尾猴、紅毛猩猩、狒狒或其他非人類靈長類動物,包括此項技術已知可為臨床前模型之此等非人類個體。某些其他實施例涵蓋為哺乳動物之非人類個體,例如小鼠、大鼠、兔、豬、綿羊、馬、牛、山羊、沙鼠、倉鼠、天竺鼠或其他哺乳動物。亦涵蓋其他實施例,其中個體或生物來源可為非哺乳動物脊椎動物,例如另一高級脊椎動物,或禽類、兩棲動物或爬行動物屬,或另一個體或生物來源。在本發明之某些實施例中,利用轉殖基因動物。轉殖基因動物為非人類動物,其中動物之一或多個細胞包括為非內源(亦即異源)且以染色體外元件形式存在於其細胞之部分中或穩定整合至其生殖系DNA中(亦即其細胞中之大部分或所有之基因組序列中)的核酸。
可根據本發明之方法分析及/或治療任何癌症。本文所描述之方法在分析及/或治療腺癌時尤其有效。例示性腺癌包括食道、胰臟、前列腺、子宮頸、胃、乳房、結腸及肺之腺癌。在一些實施例中,癌症為肺腺癌,諸如非小細胞肺癌。在一些實施例中,癌症為非小細胞肺腺癌。在一些實施例中,癌症為選自肺腺癌、食道腺癌及胰臟腺癌之腺癌。在一些實施例中,癌症選自肺癌、食道癌、子宮頸癌、頭頸癌、膀胱癌、胃癌及胰臟癌。在一些實施例中,癌症選自乳癌、胰臟癌、肺癌、甲狀腺癌、精原細胞瘤、黑素瘤、膀胱癌、肝癌、腎癌、骨髓發育不良症候群、急性骨髓性白血病及結腸直腸癌。較佳地,癌症為肺腺癌。在一些實施例中,肺腺癌選自鱗腺癌、腺泡腺癌、乳頭狀腺癌、微乳頭狀腺癌、固體腺癌、創傷性黏液腺癌、混合創傷性黏液及非黏液腺癌、膠體腺癌、胎兒腺癌、腸腺癌、微創腺癌、創傷前病變、非典型腺瘤增生及原位腺癌。在一些實施例中,腺癌為非小細胞肺癌。
典型地,個體之樣品(例如,生物樣品)包含癌細胞或癌前細胞。生物樣品可為組織樣品。樣品可為固體生物樣品,例如組織切片或腫瘤切片。切片可為固定的、石蠟包埋的、新鮮的或冷凍的。樣品可藉由任何適合方式獲得,該等方式包括(但不限於)針抽吸、細針抽吸、芯針活組織檢查、真空輔助活組織檢查、大芯活組織檢查、切取活組織檢查、切除活組織檢查、鑽孔活組織檢查、剃削活組織檢查、皮膚活組織檢查及靜脈穿刺。樣品可來源於細針、芯針或其他類型之活組織檢查,或可包含循環腫瘤細胞。在一些實例中,樣品包含無細胞DNA (cfDNA)。生物樣品可為全血或血漿樣品。樣品可針對其內含物直接進行分析,或可經加工以純化其一或多種內含物以用於分析。直接分析樣品之方法為此項技術中已知且包括(但不限於)質譜分析及組織學染色程序。在一些實施例中,自樣品中純化一或多種組分以用於偵測MAPK路徑抑制劑反應之生物標記。在一些實施例中,樣品之經純化組分為蛋白質(例如,總蛋白、細胞質蛋白或膜蛋白)。在一些實施例中,樣品之經純化組分為核酸,諸如DNA (例如,基因組DNA、cDNA、ctDNA或cfDNA)或RNA (例如,總RNA或mRNA)。在一些實施例中,核酸來自癌細胞,諸如腺癌細胞。
提取、純化及擴增核酸之方法為此項技術中已知。舉例而言,核酸可藉由用苯酚、苯酚/氯仿/異戊醇或類似調配物(包括TRIzol及TriReagent)有機提取而純化。提取技術之其他非限制性實例包括:有機提取繼之以乙醇沈澱,例如使用苯酚/氯仿有機試劑(Ausubel等人, 1993),使用或不使用自動核酸提取器,例如購自Applied Biosystems (Foster City,Calif)之341型DNA提取器;固相吸收方法(美國專利第5,234,809號;Walsh等人, 1991);及鹽誘導之核酸沈澱方法(Miller等人, 1988),此等沈澱方法通常稱為「鹽析(salting-out)」方法。核酸分離及/或純化之另一實例包括使用核酸可特異性或非特異性與其結合的磁性粒子,繼而使用磁體分離珠粒,且洗滌及溶離來自珠粒之核酸(參見例如美國專利第5,705,628號)。在一些實施例中,以上分離方法可在酶消化步驟之前進行以幫助自樣品消除非所要之蛋白質,例如用蛋白酶K或其他類似蛋白酶消化。參見例如美國專利第7,001,724號。必要時,可將RNase抑制劑添加至溶解緩衝液。對於某些細胞或樣品類型,可能需要將蛋白質變性/消化步驟添加至方案。純化方法可定向於分離DNA、RNA或兩者。當DNA及RNA兩者一起在提取程序期間或之後分離時,可利用其他步驟將一或兩者與其他單獨地純化。亦可生成經提取核酸之亞級分,例如藉由大小、序列或其他物理或化學特徵純化。除初始核酸分離步驟之外,可在本發明之方法中在任何步驟之後進行核酸純化,以便移除過量或非所要之試劑、反應物或產物。
在一些實施例中,樣品聚核苷酸片段化為一或多個特定大小範圍之片段化DNA分子群體。在一些實施例中,片段由起始DNA之約或至少約1、10、100、1000、10000、100000、300000、500000個或更多個基因組等效物生成。片段化可藉由此項技術中已知之方法實現,該等方法包括化學、酶促及機械片段化。在一些實施例中,片段之平均長度為約10至約10,000個核苷酸。在一些實施例中,片段之平均長度為約50至約2,000個核苷酸。在一些實施例中,片段之平均或中值長度為約10-2,500、10-1,000、10-800、10-500、50-500、50-250、50-150或100-2,500個核苷酸。在一些實施例中,藉由使樣品聚核苷酸經歷聲學音波處理以機械方式實現片段化。在一些實施例中,片段化包含用一或多種酶在適用於一或多種酶之條件下處理樣品聚核苷酸以生成雙股核酸斷裂。適用於生成聚核苷酸片段的酶之實例包括序列特異性及非序列特異性核酸酶。核酸酶之非限制性實例包括DNase I、片段化酶、限制性核酸內切酶、其變異體及其組合。舉例而言,用DNase I消化可在不存在Mg++
下且在存在Mn++
下誘導DNA之隨機雙股斷裂。在一些實施例中,片段化包含用一或多種限制性核酸內切酶處理樣品聚核苷酸。片段化可產生具有5'突出物、3'突出物、鈍端或其組合之片段。在一些實施例中,諸如當片段化包含使用一或多種限制性核酸內切酶時,樣品聚核苷酸之裂解留下具有可預測序列之突出物。在一些實施例中,方法包括經由標準方法(諸如管柱純化或自瓊脂糖凝膠分離)對片段大小選擇之步驟。
在一些實施例中,使來自個體樣品之一或多種聚核苷酸擴增。一般而言,擴增包含以模板依賴性方式生成所有或一部分聚核苷酸之一或多個複本。擴增可為引子依賴性或引子非依賴性。當引子依賴性時,可將擴增定向至樣品或其部分中之一或多種特異性聚核苷酸,諸如一或多個區(例如,約或多於約1、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、75、100、200、500個或更多個區),各區包含一或多個所關注之序列,且長度為約、小於約或大於約1、5、10、25、50、100、150、200、250、350、500、1000、2000個或更多個核苷酸。擴增可為線性或非線性(例如,指數)。擴增可包含定向溫度變化,或可為等溫的。用於使目標聚核苷酸引子定向擴增之方法為此項技術中已知,且包括(但不限於)基於聚合酶鏈反應(PCR)之方法。對藉由PCR擴增目標序列有利的條件為此項技術中已知,可在方法之多個步驟中經最佳化,且視反應要素之特徵而定,諸如目標類型、目標濃度、欲擴增之序列長度、目標及/或一或多種引子之序列、引子長度、引子濃度、所用聚合酶、反應體積、一或多種要素與一或多種其他要素之比率,其中一些或全部可經改變。一般而言,PCR涉及以下步驟:使待擴增目標變性(若雙股),使一或多種引子雜交至目標,及藉由DNA聚合酶延伸引子,重複(或「循環」)該等步驟以便擴增目標序列。此方法中之步驟可出於各種結果而經最佳化,諸如增加產率、減少混充產物之形成及/或增加或降低引子黏接之特異性。最佳化方法為此項技術中所熟知且包括對擴增反應中之要素的類型或量及/或方法中給定步驟之條件(諸如具體步驟之溫度、具體步驟之持續時間及/或循環數目)進行調節。在一些實施例中,擴增反應包含至少5、10、15、20、25、30、35、50個或更多個循環。在一些實施例中,擴增反應包含不超過5、10、15、20、25、35、50個或更多個循環。循環可含有任意數目之步驟,諸如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個或更多個步驟。步驟可包含適用於實現既定步驟(包括(但不限於)引子黏接、引子延伸及股變性)之目的的任何溫度或溫度梯度。步驟可具有任何持續時間,包括(但不限於)約、小於約或大於約1、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、70、80、90、100、120、180、240、300、360、420、480、540、600秒或更多秒,包括無限直至人為中斷。包含不同步驟之任何數目的循環可按任何次序組合。在一些實施例中,包含不同步驟之不同循環經組合以使得組合中之循環總數為約、小於約或大於約5、10、15、20、25、30、35、50個或更多個循環。
可藉由任何適當之方法來評定諸如CCND1之生物標記之總表現量。生物標記之表現量可藉由以下來評定:偵測自生物標記轉錄之mRNA之含量;藉由偵測由自生物標記轉錄之mRNA之反轉錄產生的cDNA之含量;藉由偵測由生物標記編碼之多肽之含量;或藉由核酸擴增分析、雜交分析、測序或其組合。亦可諸如藉由諸如藉由細胞分析量測對基因或基因轉錄物活性之表型指示的效應而間接地測定目標基因或基因轉錄物之調節。偵測基因表現產物之方法為此項技術中已知,其實例在本文中描述。此等方法可以逐個樣品進行,或針對高通量分析進行修改,例如使用Affymetrix™ U133微陣列晶片。
視情況,評定基因(諸如CCND1)之總表現量包含形成複數種複合物,各複合物包含在基因之表現產物與雜交至基因之表現產物的核酸探針之間的關聯。核酸探針可包含第一核酸複合物,其中複合物包含(i)能夠結合至目標核酸之第一目標特異性序列;(ii)第一標記連接區,其與第一目標特異性序列不重疊,包含雜交至第一核酸分子之第一DNA序列,該第一核酸分子連接至一或多個發射構成第一信號之光的可偵測標記;(iii)第二標記連接區,其與第一目標特異性序列及第一標記連接區不重疊,包含雜交至第二核酸分子之第二DNA序列,該第二核酸分子連接至一或多個發射構成第二信號之光的可偵測標記;及(iv)能夠選擇性結合至受質之第一部分。視情況,核酸探針進一步包含第二核酸複合物,第二複合物包含(i)能夠結合至目標核酸之第二目標特異性序列,其中第一目標特異性序列與第二目標特異性序列結合至目標核酸之不同區;及(ii)能夠選擇性結合至受質之第二部分。在一些實施例中,第一核酸分子包含至少一個與其他標記連接區不重疊之額外連接區。至少一個額外標記連接區可包含雜交至核酸分子之DNA序列,該核酸分子連接至至少一個發射光之可偵測標記。至少一個額外標記連接區可包含雜交至核酸分子之DNA序列,該核酸分子不連接至發射光之可偵測標記。在一些實施例中,第一及第二核酸分子各包含四個或多於四個胺基烯丙基修飾之UTP核苷酸,其中一或多個螢光團標記連接至各胺基烯丙基修飾之UTP核苷酸。第一部分及/或第二部分可各自獨立地選自生物素、地高辛(digoxigenin)、FITC、抗生物素蛋白、抗生蛋白鏈菌素、抗地高辛(antidigoxigenin)及抗FITC。
在一較佳實施例中,nCounter®分析系統用於偵測基因表現。nCounter®分析系統之基礎為分配至待分析之各核酸目標的唯一碼(參見例如,WO2008/0124847;美國專利第8,415,102號;及Geiss等人, Nature Biotechnology2008
26(3): 317-325,其內容各自以全文引用之方式併入本文中)。該碼由對於待分析之各目標產生唯一條形碼之有序的一系列有色螢光斑點構成。一對核酸探針(捕捉探針及攜有螢光條形碼之報導子探針)經設計以用於本文所描述之各DNA或RNA目標。此系統在本文中亦稱為奈米報導子碼系統。亦參見WO2016/085841、WO2016/081740、WO2016/022559及美國公開案第2013/0017971號、第2013/0230851號及第2014/0154681號,其各自以引用之方式併入本文中。
核酸偵測可涉及使用雜交反應,諸如在目標核酸與寡核苷酸探針或引子之間(例如,核酸雜交分析)。在一些實施例中,將寡核苷酸探針固定於受質上。受質包括(但不限於)陣列、微陣列、多孔盤之孔及珠粒(例如,非磁性、磁性、順磁性、疏水性及親水性珠粒)。適用作受質之材料之實例包括(但不限於)硝化纖維素、玻璃、矽及多種基因陣列。較佳之雜交分析在高密度基因晶片上進行,如美國專利第5,445,934號中所描述。
基因之表現量可經由以下方式測定:使核酸樣品暴露於探針修飾之晶片。較佳在擴增步驟期間例如用螢光標籤標記經提取核酸。在適當嚴格含量下對經標記樣品執行雜交。可使用偵測裝置定量地量測探針-核酸雜交程度。參見美國專利第5,578,832號及第5,631,734號。
替代地,基因複本數、轉錄或轉譯中之任一者可使用已知技術測定。舉例而言,諸如PCR之擴增方法可為有用的。PCR之通用程序教示於MacPherson等人, PCR: A Practical Approach, (IRL Press at Oxford University Press (1991))中。憑經驗確定用於各應用反應之PCR條件。多種參數影響反應之成效。其中有黏接溫度及時間、延伸時間、Mg2+
及/或ATP濃度、pH值、及引子、模板及脫氧核糖核苷酸之相對濃度。在擴增之後,可藉由瓊脂糖凝膠電泳,隨後用溴化乙錠染色及紫外線照射進行目測來偵測所得DNA片段。
可藉由偵測一或多個連接至樣品核酸之標記來偵測雜交核酸。可藉由熟習此項技術者熟知之多種方式中的任一者併入標記。然而,在一個實施例中,在樣品核酸之製備中在擴增步驟期間同時併入標記。因此,舉例而言,用經標記引子或經標記核苷酸進行之聚合酶鏈反應(PCR)將提供經標記擴增產物。在一單獨實施例中,如上文所描述使用經標記核苷酸(例如,經螢光素標記之UTP及/或CTP)之轉錄擴增將標記併入至經轉錄核酸中。
替代地,可將標記直接添加至原始核酸樣品(例如,mRNA、polyA、cDNA等)或在擴增完成之後添加至擴增產物。將標記連接至核酸之方式為熟習此項技術者所熟知,且包括例如藉由核酸激酶化進行之切口轉譯或末端標記(例如,用經標記RNA)且隨後使連接樣品核酸之核酸連接子連接(接合)至標記(例如,螢光團)。
適合可偵測標記可包括可藉由光譜學、光化學、生物化學、免疫化學、電學、光學或化學方式偵測之任何組合物。適用標記包括例如用於用經標記抗生蛋白鏈菌素結合物染色之生物素、磁性珠粒(例如,Dynabeads™)、螢光染料(例如,螢光素、德克薩斯紅(Texas red)、若丹明、綠色螢光蛋白及類似物)、放射性標記(例如,3H、125I、35S、14C或32P)、酶(例如,辣根過氧化酶、鹼性磷酸酶及ELISA中常用之其他酶)及諸如膠體金或有色玻璃或塑膠(例如,聚苯乙烯、聚丙烯、乳膠等)珠粒之量熱標記。教示此等標記之用途的專利包括美國專利第3,817,837號、第3,850,752號、第3,939,350號、第3,996,345號、第4,277,437號、第4,275,149號及第4,366,241號。
標記之偵測為熟習此項技術者所熟知。因此,舉例而言,放射性標記可使用照相底片或閃爍計數器偵測。螢光標記可使用光偵測器偵測發射之光來偵測。典型地藉由向酶提供受質及偵測由酶對受質作用產生之反應產物來偵測酶標記。可藉由簡單地觀測有色標記來偵測量熱標記。
可使用微陣列在生物樣品中偵測生物標記(例如,CCND1)。亦可使用微陣列技術鑑別或證實差異性基因表現。因此,可使用微陣列技術在新鮮或固定組織中量測表現圖譜。在此方法中,將所關注聚核苷酸序列(包括cDNA及寡核苷酸)塗鋪或陣列化於微晶片受質上。接著使陣列化之序列與來自所關注細胞或組織之特定DNA探針雜交。mRNA之來源典型地為自生物樣品分離之總RNA,且相應正常組織或細胞株可用以確定差異性表現。
在微陣列技術之一特定實施例中,將cDNA純系之PCR擴增之插入以緻密陣列施加至受質。較佳將至少10,000個核苷酸序列施加至受質。以各10,000個元件固定於微晶片上的微陣列化之基因適用於在嚴格條件下雜交。可藉由反轉錄自所關注組織提取之RNA經由併入螢光核苷酸來產生經螢光標記之cDNA探針。施加至晶片上的標記之cDNA探針與陣列上之各DNA斑點特異性雜交。在嚴格洗滌以移除非特異性結合之探針之後,藉由裝置(諸如共焦雷射顯微術)或藉由另一種偵測方法(諸如CCD攝影機)掃描微陣列晶片。對各陣列化之元件之雜交的定量允許評定相應mRNA豐度。使用雙色螢光,由兩種RNA來源生成的單獨標記之cDNA探針與陣列逐對雜交。從而同時測定來自對應於各指定基因之兩種來源的轉錄物之相對豐度。可藉由市售設備按照製造商之方案執行微陣列分析。
生物標記可使用qRT-PCR在生物樣品中偵測,其可用於比較不同樣品群體中、正常及腫瘤組織中、在進行或不進行藥物治療下之mRNA含量;表徵基因表現之模式;在緊密相關之mRNA之間進行區別;及分析RNA結構。藉由RT-PCR進行基因表現圖譜分析之第一步驟為自生物樣品提取RNA,繼而將RNA模板反轉錄為cDNA且藉由PCR反應擴增。視表現圖譜分析之目標而定,反轉錄反應步驟通常使用特異性引子、隨機六聚體或寡聚-dT引子來引發。兩種常用之反轉錄酶為禽類骨髓母細胞瘤病毒反轉錄酶(AMV-RT)及莫洛尼鼠白血病病毒反轉錄酶(MLV-RT)。
儘管PCR步驟可使用多種熱穩定DNA依賴性DNA聚合酶,但其典型地利用Taq DNA聚合酶,其具有5'-3'核酸酶活性但不具有3'-5'校正核酸內切酶活性。因此,TaqMan™ PCR典型地利用Taq或Tth聚合酶水解結合至其目標擴增子之雜交探針的5'-核酸酶活性,但可使用具有等效5'核酸酶活性之任何酶。使用兩個寡核苷酸引子生成PCR反應特有之擴增子。第三寡核苷酸或探針經設計以偵測位於兩個PCR引子之間的核苷酸序列。探針為Taq DNA聚合酶不可延伸的,且經報導子螢光染料及淬滅螢光染料標記。當兩種染料在探針上緊密靠在一起時,來自報導子染料的任何雷射誘導之發射經淬滅染料淬滅。在擴增反應期間,Taq DNA聚合酶以模板依賴性方式裂解探針。所得探針片段在溶液中解離,且來自釋放之報導子染料的信號沒有第二螢光團之淬滅作用。一個報導染料子分子釋放用於各合成之新分子,且偵測未淬滅之報導子染料提供定量解釋資料之基礎。
亦可藉由檢查蛋白質表現或生物標記之蛋白質產物,例如使用適合蛋白質分析來確定生物標記(例如,CCND1)之差異性表現。測定蛋白質含量涉及量測選擇性識別且結合至測試樣品中生物標記之多肽之抗體之間發生的任何免疫特異性結合之量,且將其與參考樣品中至少一種生物標記之免疫特異性結合之量進行比較。當與參考表現量相比較時,生物標記之蛋白質表現之量可增加或減少。
多種技術在此項技術中可用於蛋白質分析。其包括(但不限於)放射免疫分析、酶聯免疫吸附分析 (enzyme linked immunosorbent assay;ELISA)、「夾心」免疫分析、免疫放射分析、原位免疫分析(使用例如膠體金、酶或放射性同位素標記)、西方墨點分析、免疫沈澱分析、免疫螢光分析、流式細胞量測術、免疫組織化學、共焦顯微法、酶分析、表面電漿共振及PAGE-SDS。
本發明提供用於在生物樣品中偵測生物標記(諸如CCND1)之方法。可用於本發明之適用分析物捕捉劑包括(但不限於)抗體,諸如含粗血清之抗體、純化抗體、單株抗體、多株抗體、合成抗體、抗體片段(例如,Fab片段);抗體相互作用劑,諸如蛋白A、碳水化合物結合蛋白及其他相互作用物;蛋白質相互作用物(例如,抗生物素蛋白及其衍生物);肽;及小化學實體,諸如酶受質、輔因子、金屬離子/螯合物及半抗原。抗體可經修飾或化學處理以最佳結合至目標或固體表面(例如,生物晶片及管柱)。
在一些實施例中,生物標記可使用免疫分析在生物樣品中偵測。免疫分析為使用特異性結合於抗原或識別抗原(例如,蛋白質或肽上之位點,生物標記目標)之抗體的分析。方法包括以下步驟:使生物樣品與抗體接觸且使抗體與樣品中之抗原形成複合物,洗滌樣品,且用偵測試劑偵測抗體-抗原複合物。在一個實施例中,識別生物標記之抗體可為市售的。在另一實施例中,識別生物標記之抗體可藉由已知抗體產生方法生成。
替代地,樣品中之生物標記可使用間接分析偵測,其中例如,第二經標記抗體用於偵測結合之生物標記特異性抗體。例示性可偵測標記包括磁性珠粒(例如,DYNABEADS™)、螢光染料、放射性標記、酶(例如,辣根過氧化酶、鹼性磷酸酶及常用之其他酶)及量熱標記(諸如膠體金或有色玻璃或塑膠珠粒)。樣品中之生物標記可使用競爭或抑制分析及/或在競爭或抑制分析中偵測,其中例如,將結合於標記之獨特抗原決定基的單株抗體與混合物同時培育。
使用免疫分析偵測抗原之條件將視所用特定抗體而定。此外,培育時間將視分析形式、生物標記、溶液體積、濃度及類似因素而定。一般而言,免疫分析將在室溫下進行,但其可視所用抗體而在一系列溫度(諸如10℃至40℃)內執行。
此項技術中已知存在各種類型之免疫分析,其作為起始基礎可用於調整用於偵測本發明之生物標記(例如,CCND1)之分析。適用之分析可包括例如酶免疫分析(EIA),諸如酶聯結免疫吸附劑分析(ELISA)。此等方法存在許多變化形式,但彼等變化形式係基於類似想法。舉例而言,若抗原可結合於固體支撐物或表面,則該抗原可藉由使其與特異性抗體反應來偵測,且抗體可藉由使其與二級抗體反應或藉由將標記直接併入初級抗體中來定量。替代地,抗體可結合於固體表面及所添加之抗原。識別抗原上之獨特抗原決定基的第二抗體可接著添加且進行偵測。此常稱為『夾心分析(sandwich assay)』且常可用於避免高背景或非特異性反應之問題。此等類型之分析足夠敏感且可再現以量測生物樣品中抗原之低濃度。
鄰位連接分析(Proximity ligation assay;PLA)為此項技術中已知用於偵測本發明之生物標記的另一類型之免疫分析。如本文所用,術語「鄰位連接分析」或「PLA」係指利用所謂的PLA探針(經DNA寡核苷酸修飾之親和性試劑(諸如抗體))以用於偵測及報導蛋白質在溶液中或在原位之存在的免疫分析。當兩個PLA探針結合相同或兩個相互作用的目標分子時,所連接之寡核苷酸緊密鄰近。鄰位連接分析可經調整以偵測本文所揭示之生物標記。
免疫分析可用於確定樣品中生物標記之有或無以及測定樣品中生物標記之量。量測抗體-生物標記複合物之量或存在的方法包括(但不限於)螢光、發光、化學發光、吸光度、反射率、透射率、雙折射率或折射率(例如,表面電漿共振、橢圓偏振測量法、共振鏡法、光柵耦合器波導法或干涉量測術)。一般而言,此等試劑用於光學偵測方法,諸如各種形式之顯微術、成像方法及非成像方法。電化學方法包括伏安法及安培法。射頻方法包括多極共振光譜法。
生物晶片可設計成具有固定核酸分子、全長蛋白、抗體、親和抗體(經工程改造以模擬單株抗體之小分子)、適體(基於核酸之配體)或化學化合物。晶片可經設計以在一個晶片上偵測多種大分子類型。舉例而言,晶片可經設計以在一個晶片上偵測核酸分子、蛋白質及代謝物。生物晶片用於且經設計以同時分析單個樣品中之一組生物標記,從而產生此等生物標記之個體圖譜。使用生物晶片使得執行多個分析,從而降低所需之總體加工時間及樣品量。
蛋白微陣列為可用於本發明之特定類型的生物晶片。晶片由支撐表面(諸如玻璃載片、硝化纖維素膜、珠粒或微量滴定盤)組成,捕捉蛋白陣列以陣列形式結合於該支撐表面至固體表面上。蛋白陣列偵測方法必須給出高信號及低背景。將典型地經螢光染料標記之偵測探針分子添加至陣列。探針與固定蛋白質之間的任何反應發射螢光信號,該螢光信號由雷射掃描器讀取。此等蛋白微陣列快速,自動化,且向診斷性測試提供高度的蛋白質生物標記讀出敏感性。然而,熟習此項技術者即刻理解,有多種偵測方法可用於此技術。
本發明提供使用質譜分析偵測生物標記。質譜分析(MS)為量測帶電粒子之質荷比的分析技術。其主要用於測定樣品或分子之元素組成,及闡明分子(諸如肽及其他化學化合物)之化學結構。MS藉由電離化學化合物以生成帶電分子或分子片段及量測其質荷比來起作用。MS儀器典型地由三個模組組成:(1)離子源,其可將氣相樣品分子轉化為離子(或在電噴霧電離之情況下,使存在於溶液中之離子移動至氣相中);(2)質量分析儀,其藉由施加電磁場將離子按其質量分類;及(3)偵測器,其量測指示量之值且因此提供資料以便計算所存在的各離子之豐度。
待用於本發明之適合質譜分析方法包括(但不限於)以下中之一或多者:電噴霧電離質譜分析(ESI-MS)、ESI-MS/MS、ESI-MS/(MS)n
、基質輔助雷射脫附電離飛行時間質譜分析(MALDI-TOF-MS)、表面增強雷射脫附/電離飛行時間質譜分析(SELDI-TOF-MS)、串聯液相層析-質譜分析(LC-MS/MS)質譜分析、矽上脫附/電離(desorption/ionization on silicon;DIOS)、次級離子質譜分析(secondary ion mass spectrometry;SIMS)、四極飛行時間(quadrupole time-of-flight;Q-TOF)、大氣壓化學電離質譜分析(APCI-MS)、APCI-MS/MS、APCI-(MS)、大氣壓光電離質譜分析(APPI-MS)、APPI-MS/MS及APPI-(MS)n
、四極質譜分析、傅立葉變換質譜分析(Fourier transform mass spectrometry;FTMS)及離子阱質譜分析,其中n為大於零之整數。
為了增加對樣品之潛在蛋白質組研究的理解,LC-MS常用於解析複雜混合物之組分。LC-MS方法通常涉及蛋白酶消化及變性(通常涉及蛋白酶(諸如胰蛋白酶)、使三級結構變性之變性劑(例如,脲)及使半胱胺酸殘基封端之碘乙醯胺),繼而為肽質量指紋識別進行之LC-MS或LC-MS/MS (串聯MS)以得到個別肽之序列。LC-MS/MS最常用於對肽質量即使使用高解析度質譜儀亦可會重疊之複雜樣品進行蛋白質組分析。可首先將複雜生物流體樣人類血清之樣品在SDS-PAGE凝膠或HPLC-SCX上分離,且接著在LC-MS/MS中運行,使得可鑑別超過1000種蛋白質。
在一些應用中,可將HPLC及UHPLC耦接至質譜儀。多種其他肽及蛋白質分離技術可在質譜分析之前進行。可用於自基質背景分離所要分析物(例如,肽或蛋白質)之一些例示性分離技術包括(但不限於)對蛋白質或肽之逆相液相層析(RP-LC)、離線液相層析(LC)、1維凝膠分離、2維凝膠分離、強陽離子交換(Strong Cation Exchange;SCX)層析、強陰離子交換(Strong Anion Exchange;SAX)層析、弱陽離子交換(Weak Cation Exchange;WCX)及弱陰離子交換(Weak Anion Exchange;WAX)。可在質譜分析之前使用以上技術中之一或多者。
本發明之方法部分地基於Ras之突變狀態與MAPK路徑抑制之臨床益處相關聯的發現。具體言之,個體之癌症之KRAS突變狀態可用於預測個體對用MAPK路徑抑制劑治療之反應性。因此,基於癌症中Ras之突變狀態,本發明提供評定患有癌症之個體對用MAPK路徑抑制劑治療展現臨床上有益反應之可能性的方法、用MAPK路徑抑制劑治療個體之癌症的方法、將癌症對用MAPK路徑抑制劑治療之敏感性進行分類的方法以及用有效劑量之MAPK路徑抑制劑下調癌細胞中之MAPK信號傳導輸出的方法。
在某些態樣中,本文提供一種基於KRAS之突變狀態治療個體之癌症的方法。在一些實施例中,本發明提供一種治療有需要之個體之癌症的方法,其中該癌症展現KRAS突變且其中該癌症過度表現CCND1。在一些實施例中,方法包含向個體投與有效劑量之促分裂原活化蛋白激酶(MAPK)路徑抑制劑。在一些實施例中,方法包含(a)針對CCND1之過度表現評定癌症;(b)針對KRAS突變之存在評估癌症;其中步驟(a)及(b)可以任一次序執行;及(c)若測定存在CCND1過度表現及KRAS突變兩者,則向個體投與MAPK路徑抑制劑。在一些實施例中,樣品經測定具有除野生型KRAS以外之KRAS。
KRAS突變可包括選自G12、G13及Q61之密碼子處的突變。在一些實施例中,KRAS突變包括選自G12C、G12D、G12A、G12V、G12S、G12F、G12R、G12N、G13C、G13D、G13R、G13S、G13N、Q61K、Q61H、Q61L、Q61P、Q61R及A146V之突變。在一些實施例中,樣品經測定在KRAS之G12、G13及Q61處具有至少一個胺基酸取代。在一些實施例中,樣品經測定不具有野生型KRAS。
在一些實施例中,本文所描述之方法包含在開始治療之前測定KRAS突變在來自個體之樣品中之有或無。展現出KRAS突變之腫瘤或癌症更可能對用MAPK路徑抑制劑之治療有反應。在一些實施例中,基於KRAS突變之存在,針對MAPK路徑抑制劑治療選擇患者。在一些實施例中,基於癌症或腫瘤對CCND1之過度表現來進一步選擇患者。可以核酸或蛋白質含量偵測KRAS之突變狀態。在一些實施例中,藉由分析自樣品獲得之核酸來測定KRAS突變狀態。在一些實施例中,藉由分析自樣品獲得之蛋白質來測定KRAS突變狀態。
在本文提供之方法中有用的技術包括使用放射性同位素或螢光團標記之探針的原位雜交(Stoler, Clin. Lab. Med. 12:215-36 (1990));聚合酶鏈反應(PCR);及定量南方墨點法、點漬墨法及用於定量個別基因之其他技術。在一些實施例中,選擇用於基因擴增評估之探針或引子具有極高特異性以避免偵測密切相關之同源基因。替代地,可採用可識別特異性雙螺旋體,包括DNA雙螺旋體、RNA雙螺旋體及DNA-RNA混合雙螺旋體或DNA-蛋白質雙螺旋體的抗體。抗體又可經標記且可進行分析,其中雙螺旋體結合於表面,使得在表面上形成雙螺旋體時,可偵測結合於雙螺旋體之抗體的存在。
在一些實施例中,藉由分析自樣品獲得之核酸來測定KRAS突變狀態。核酸可為來自個體之mRNA或基因組DNA分子。藉由分析核酸測定KRAS突變狀態之方法包括測序、聚合酶鏈反應(PCR)、DNA微陣列、質譜分析(MS)、單核苷酸多態性(SNP)分析、變性高效液相層析(DHPLC)及限制性片段長度多態性(RFLP)分析。在一些實施例中,使用標準測序方法,包括例如桑格測序(Sanger sequencing)或下一代測序(next generation sequencing;NGS)來測定KRAS突變狀態。在一些實施例中,使用MS測定KRAS突變狀態。
在一些實施例中,本發明之方法包括藉由PCR擴增來自樣品之KRAS核酸來測定KRAS突變之有或無。舉例而言,可使用之PCR技術及引子對為熟習此項技術者已知(例如,Chang等人, Clinical Biochemistry, 43 (2010),296-301;WO2015144184)。舉例而言,多重PCR可用於用外顯子2及3之兩對通用引子來擴增KRAS基因外顯子2之密碼子12及13及外顯子3之密碼子61。
在多重PCR擴增之後,可使用PCR-M™清除系統(Viogenebiotek Co., Sunnyvale, Calif., USA)來純化產物以移除引子及未併入之脫氧核苷酸三磷酸。接著可在1%瓊脂糖凝膠上在0.5× TBE中半定量所純化DNA且藉由用溴化乙錠染色目測。產物可接著使用Chang等人, Clinical Biochemistry 43 (2010), 296-301中所揭示之引子經受引子延伸分析。
可在含有1.5 μL純化之PCR產物及含有AmpliTaq® DNA聚合酶及螢光標記之雙脫氧核苷酸三磷酸(ddNTP) (RGG標記之雙脫氧腺苷三磷酸、TAMRA標記之雙脫氧胞苷三磷酸、ROX標記之雙脫氧胸苷三磷酸及R1 10標記之雙脫氧鳥苷三磷酸)之4 μL ABI PRISM SNaPshot多重套組(Applied Biosystems, Foster City, Calif.)的反應物中採用針對密碼子12、13或61的各種濃度之探針(例如,0.03-0.6 μΜ)。接著可使各10 μL混合物經受25個單鹼基延伸循環,該等循環由在96℃下10秒之變性步驟及在55℃下35秒之引子黏接及延伸組成。在循環延伸之後,接著可將未併入之螢光ddNTP與1 μL蝦鹼性磷酸酶(United States Biochemical Co.,Cleveland,USA)一起在37℃下培育1小時,隨後在75℃下保持15分鐘使酶失活。引子延伸反應產物接著可藉由毛細管電泳平台上進行之自動毛細管電泳來解析(例如,可將14 μL Hi-DiTM
甲醯胺(Applied Biosystems)及0.28 μL GeneScanTM
-120LIZ®大小標準(Applied Biosystems)添加至6 μL引子延伸產物)。所有樣品接著可例如在ABI Prism 310 DNA基因分析儀(Applied Biosystems)上,根據製造商之說明書使用GeneScan™ 3.1 (Applied Biosystems)來分析。
可藉由擴增來自腫瘤樣品之KRAS核酸且對所擴增核酸進行測序來評定KRAS突變之有或無。因此,KRAS核酸可使用如上文所描述之引子來擴增且進行測序。舉例而言,KRAS核酸可藉由如上文所描述之PCR來擴增,且隨後使用例如用於測序之TOPO TA選殖套組(Invitrogen)進行次選殖。
在實踐本發明方法中之任一者時,可藉由熟習此項技術者已知之任何方法自腫瘤樣品獲得KRAS核酸。舉例而言,可使用商購套組,諸如Qlamp DNA微型套組或RNeasy微型套組(Qiagen,Hilden,Germany)自腫瘤樣品分離基因組DNA或mRNA。自生物樣品分離之核酸可選自基因組DNA、總RNA、mRNA或poly(A)+mRNA。舉例而言,若mRNA已自生物樣品分離,則mRNA可根據此項技術中已知之技術用於cDNA合成,諸如商購cDNA合成套組(例如,Superscript® III第一股合成套組)中提供之彼等。cDNA可接著藉由適合方法(諸如PCR)進一步擴增,且隨後經受測序,諸如桑格測序或焦磷酸測序,以測定核苷酸序列,較佳KRAS基因之密碼子12及/或13之核苷酸序列。替代地,可將PCR產物次選殖至TA TOPO選殖載體中以用於測序。KRAS突變之有或無亦可藉由其他方法測定,包括單核苷酸引子延伸(single nucleotide primer extension;SNPE) (PLoS One, 2013, 8(8):e72239);DNA微陣列、質譜分析(MS) (例如,基質輔助雷射脫附/電離飛行時間(MALDI-TOF)質譜)、單核苷酸多態性(SNP)分析、變性高效液相層析(DHPLC)或限制性片段長度多態性(RFLP)分析。
在一些實施例中,單核苷酸多態性(SNP)分析用於測定樣品中之KRAS突變狀態。SNP分析可遵循製造商提供之等位基因鑑別分析方案在來自Applied Biosystems之HT7900上執行。亦可藉由DHPLC或RFLP來測定KRAS突變狀態。
在一些實施例中,藉由分析自生物樣品獲得之蛋白質來測定KRAS突變狀態。可藉由多種免疫組織化學(IHC)方法或此項技術中已知之其他免疫分析方法來偵測突變之KRAS蛋白質。組織切片之IHC染色已表明為評定或偵測樣品中蛋白質之存在的可靠方法。免疫組織化學技術利用抗體探測及可視化細胞抗原,其一般藉由發色或螢光方法原位達成。因此,可使用特異性目標突變KRAS之抗體或抗血清,較佳多株抗血清,且最佳單株抗體來偵測表現。可藉由例如用放射性標記、螢光標記、半抗原標記(諸如生物素)或酶(諸如辣根過氧化酶或鹼性磷酸酶)直接標記抗體本身來偵測抗體。替代地,未標記之初級抗體可與對該初級抗體具有特異性的經標記之二級抗體(包含抗血清、多株抗血清或單株抗體)結合使用。可利用市售免疫組織化學套組。用於載片製備及IHC加工之自動化系統可為市售的(例如,Ventana® BenchMark XT系統)。
偵測KRAS突變之分析包括非競爭性分析,諸如夾心分析及競爭性分析。通常可使用諸如ELISA分析之分析。ELISA分析可用於分析廣泛多種組織及樣品,包括血液、血漿、血清或骨髓。
許多免疫分析技術為可用的,諸如描述於美國專利第4,016,043號、第4,424,279號及第4,018,653號中之彼等技術,其中之每一者以全文引用之方式併入本文中。此等技術包括非競爭性類型之單點及兩點「夾心」分析兩者,以及傳統競爭性結合分析。此等分析亦包括標記抗體與目標突變KRAS蛋白質之直接結合。夾心分析技術存在多種變化形式。舉例而言,在典型的正向分析中,將未經標記之抗體固定於固體受質上,且使待測試之樣品與經結合分子接觸。在培育適合時間段,即足以允許形成抗體-抗原複合物之時間段之後,接著添加用能夠產生可偵測信號之報導子分子標記的對抗原具有特異性之第二抗體且培育,給予足夠的時間以形成抗體-抗原-經標記抗體之另一複合物。洗掉任何未反應之物質,且藉由觀察由報導子分子產生之信號來測定抗原之存在。結果可藉由簡單觀察可見信號定性,或可藉由與對照樣品相比較進行定量。
正向分析之變化形式包括同時分析,其中將樣品與經標記抗體同時添加至經結合抗體。在典型正向夾心分析中,將對突變KRAS蛋白質具有特異性之第一抗體共價或被動地結合於固體表面。固體表面可為玻璃或聚合物,最常用之聚合物為纖維素、聚丙烯醯胺、耐綸、聚苯乙烯、聚氯乙烯或聚丙烯。固體支撐物可呈管、珠粒、微孔盤之盤或適於進行免疫分析之任何其他表面的形式。可將待測試樣品之等分試樣添加至固相複合物,且在適合條件下培育足夠的時間以允許存在於抗體中之次單元之結合。在培育期之後,抗體次單元固相經洗滌、乾燥且與對突變KRAS蛋白質之部分具有特異性的第二抗體一起培育。將第二抗體連接至報導子分子,該報導子分子用於指示第二抗體與突變KRAS蛋白質之結合。
在一些實施例中,流式細胞量測術(FACS)可用於使用抗體與目標突變KRAS來偵測突變KRAS。流式細胞儀偵測且報導螢光染料標記之抗體之強度,其指示突變KRAS之存在。亦可藉由染色所滲透細胞來觀察非螢光細胞質蛋白質。染色劑可為能夠結合於某些分子之螢光化合物,或結合所選分子的經螢光染料標記之抗體。
替代地,生物樣品中之突變KRAS可經固定且暴露於突變特異性抗體,該突變特異性抗體可經或可不經報導子分子標記。視突變KRAS之量及報導子分子信號之強度而定,可藉由用抗體直接標記來偵測所結合之突變KRAS。替代地,使對第一抗體具有特異性之第二標記抗體暴露於KRAS-第一抗體複合物,以形成KRAS-第一抗體-第二抗體三元複合物。藉由經標記之報導子分子發射的信號來偵測複合物。
在酶免疫分析之情況下,一般藉助於戊二醛或高碘酸鹽使酶與第二抗體結合。然而,應容易認識到,存在熟習此項技術者容易使用的廣泛多種不同結合技術。常用酶包括辣根過氧化酶、葡萄糖氧化酶、β-半乳糖苷酶及鹼性磷酸酶,且其他如本文所論述。通常選擇在藉由相應酶水解後產生可偵測之顏色變化的結合特定酶所用之受質。適合酶之實例包括鹼性磷酸酶及過氧化酶。亦可採用螢光受質,由此得到螢光產物而非上文提及之發色受質。在所有情況下,將酶標記之抗體添加至第一抗體-分子標記複合物,使其結合,且接著洗掉過量試劑。接著將含有適當受質之溶液添加至抗體-抗原-抗體複合物。受質將與連接至第二抗體之酶反應,得到定性之目測信號,其通常可進一步以分光光度法定量,以得到存在於樣品中之突變KRAS蛋白質之量的指示。替代地,可使螢光化合物,諸如螢光素及若丹明,與抗體化學偶合,而不改變其結合能力。當在特定波長之光照射下活化時,螢光染料標記之抗體吸附光能,誘導分子之可激發性狀態,隨後發射可用光學顯微鏡目測偵測之特徵性顏色的光。如同EIA,允許經螢光標記之抗體結合於第一抗體-分子標記複合物。在洗掉未結合試劑之後,接著使殘留三元複合物暴露於適當波長之光,其中觀察到的螢光指示所關注分子標記之存在。
在一些實施例中,評定及/或報導對用MAPK路徑抑制劑治療之反應的可能性的一或多個步驟係藉助於處理器進行,諸如利用執行包含於電腦可讀媒體中之指令的電腦系統。在一個態樣中,本發明提供一種用於評定患有癌症(諸如腺癌)之個體對用MAPK路徑抑制劑治療展現臨床上有益反應之可能性的系統。在一個實施例中,系統包含(a)經組態以儲存關於以下資訊之記憶體單元:(i) CCND1之總表現量及(ii)包含來自腺癌細胞之基因組、轉錄組及/或蛋白質組材料之生物樣品中的KRAS突變狀態。在一些實施例中,系統進一步包含(b)一或多個單獨或組合之處理器,其經程式化以:(1)基於總表現量及KRAS突變狀態測定MAPK路徑抑制劑反應性之加權機率;及(2)若加權機率對應於基線機率的至少1.5倍,則將個體指定為具有對用MAPK路徑抑制劑治療展現臨床上有益反應的高機率,其中基線機率表示在獲得(b)(1)之加權機率之前個體將對用MAPK路徑抑制劑治療展現臨床上有益反應之可能性。
本文所提供之方法可進一步包括測定各個體生物標記(諸如CCND1)之參考表現量。在一些實施例中,生物標記之參考表現量為來自健康個體之樣品中的生物標記之表現量,或來自一或多個健康個體之多個樣品中的生物標記之平均或中值表現量。在一些實施例中,生物標記之參考表現量為來自2、3、5、10、15、20、30、40、50個或更多個健康個體之樣品中的生物標記之平均表現量。在一些實施例中,生物標記之參考表現量為來自2、3、5、10、15、20、30、40、50個或更多個健康個體之樣品中的生物標記之中值表現量。在一些實施例中,CCND1之參考表現量為來自健康個體之樣品中的CCND1之表現量,或來自一或多個健康個體之多個樣品中的CCND1之平均或中值表現量。
在一些實施例中,生物標記(諸如CCND1)之參考表現量可基於來自先前臨床試驗之資料之統計分析來測定,包括患者組之結果,即患者對用MAPK路徑抑制劑治療之反應性,以及患者組之生物標記之表現量。當用於預測患者對特定治療之反應性或對用於特定治療之患者分層時,此項技術中熟知測定一或多種生物標記之參考量(亦稱為「截止值」)的多種統計方法。
一種方法包括分析本文中所鑑別的區分反應者與無反應者之生物標記的基因表現圖譜以測定一或多種生物標記之參考表現量。反應者與無反應者之間的比較可使用曼-惠特尼U測試(Mann-Whitney U-test)、卡方測試(Chi-square test)或費舍爾精準測試(Fisher's Exact test)執行。描述性統計分析及比較可使用SigmaStat軟體(Systat Software, Inc., San Jose, Calif., USA)執行。
在一些實施例中,可採用分類與回歸樹(CART)分析以測定參考量。CART分析係基於二元遞歸分區演算法且允許發現利用諸如多元線性回歸之較傳統方法可無法顯而易見的複合物預測變數相互作用。二元遞歸分區係指以下分析:1)二元,意謂存在兩個可能之結果變數,即「反應者」及「無反應者」,其作用係將患者分成2組;2)遞歸,意謂分析可執行多次;及3)分區,意謂整個資料集可分成部分。此分析亦具有排除效能較差之預測變量的能力。分類樹可使用Salford預測建模器v6.6 (Salford Systems, San Diego, Calif., USA)建構。
可將用於預測癌症患者對用MAPK路徑抑制劑治療之反應性的基因表現圖譜之圖示縮影成可自動讀取之媒體,諸如電腦可讀媒體(磁性、光學及類似者)。圖示可進一步包含用於評定此等媒體中之基因表現圖譜的指令。基因表現圖譜可以數位方式記錄,使得其可與來自其他患者樣品之基因表現資料進行比較。叢集演算法,諸如併入於「OMNIVIZ」及「TREE VIEW」電腦程式中之演算法,可幫助觀測此資料。
接收者操作員特徵(ROC)分析可用於測定參考表現量或測試個體基因之總體預測值。ROC分析之審查可見於Søreide, K. Journal of Clinical Pathology2009
,62
, 1-5,其以全文引用之方式併入本文中。
參考量可由訓練集之ROC曲線測定以保證高靈敏度及高特異性。留一交叉驗證(leave-one-out cross validation;LOOCV)測試可用於確認足夠生物標記包括於預測子中。記錄下基於不同基因數目之『留出(left-out)』樣品的反應得分。可基於錯分類錯誤率、靈敏度、特異性、量測兩個所預測組之卡普蘭-邁耶曲線(Kaplan-Meier curve)之分離的p值來評定具有不同基因數目之預測子之效能。
可使用最先由Geman等人(2004)引入之最高得分對(Top Scoring Pair;TSP)演算法。本質上,演算法基於事件頻率之絕對差值(Dij)對所有基因對(基因i及j)評級,其中在C1至C2類中,樣品中基因i之表現值高於基因j。在存在多個最高得分對(皆共有相同Dij)之情況下,藉由量測基因表現量在一對基因內自一類向另一類發生反轉之量級的第二等級得分來選擇最高對。在所有樣品中絕對Dij>2倍之頻率最高的最高對將選擇作為候選對。接著可利用獨立測試資料集評定候選對。可在訓練資料集中進行留一交叉驗證(LOOCV)以評估如何進行演算法。可基於錯分類錯誤率最大值評定預測子之效能。所有統計分析可使用R (R Development Core Team,2006)執行。
適用於測定參考量之方法及統計工具之審查可見於James Westgard博士, Basic Methods Validation, 第3版(2008),其以全文引用之方式併入本文中。
臨床可報導範圍(Clinically reportable range;CRR)為一種方法可量測的分析物值之範圍,允許試樣稀釋、濃縮,或用於擴大直接分析量測範圍之其他預處理。如Westgard博士之Basic Methods Validation中所提供,待執行之實驗通常稱為「線性實驗」,不過在技術上不需要方法提供線性反應,除非正使用兩點校準。此範圍亦可稱為方法之「線性範圍」、「分析範圍」或「工作範圍」。
藉由檢查線性圖來評定可報導範圍。檢查可涉及人工地繪製穿過點之線性部分的最佳直線,繪製穿過所有點之點-至-點線,隨後與最佳直線進行比較,或擬合穿過在線性範圍中之點的回歸線。一些指導原則中建議更複雜之統計計算,諸如用於評估分析方法之線性的臨床實驗室標準協會(Clinical Laboratory Standards Institute;CLSI) EP-6方案。普遍接受的為,可報導範圍可利用「目測」評定來充分測定,亦即,藉由人工地繪製與系列中之最低點擬合的最佳直線。臨床實驗室標準協會(CLSI)建議最少至少4種,較佳5種不同之濃度含量。可使用超過5種,尤其在需要使可報導範圍之上限最大化時,但5種含量為便利的且通常足夠的。
典型地藉由分析自謹慎地滿足所定義準則之個體獲得的試樣(參考樣品組)來確定參考區間。諸如國際臨床化學聯合會(International Federation of Clinical Chemistry;IFCC)專家組關於參考值之理論及CLSI之彼等者的方案描繪全面的系統性程序,該等程序謹慎地使用所選參考樣品組來確定參考區間。此等方案通常使用各組(或子組)最少120個需要表徵之參考個體。
CLSI批准之指南C28-A2描述實驗室驗證已確立之參考區間向單個實驗室轉移的不同方法,其包括(1)神聖審判(divine judgment),其中實驗室簡單地審查所提交之資訊且主觀地驗證參考區間適用於採用實驗室之患者群體及測試方法;(2)用20個樣品進行驗證,其中藉由收集及分析來自代表參考樣品群體之20個個體的樣本來進行實驗驗證;(3)用60個樣品進行估計,其中藉由收集及分析來自代表參考樣品群體之60個個體的樣本來進行實驗驗證,且使用比較兩個群體之平均值及標準差的統計公式來估計實際參考區間,且將其與所要求或所報導區間進行比較;及(4)根據比較方法進行計算,其中吾人可基於觀察到的方法偏差及所使用的分析方法之間所證實之數學關係來調整或校正所要求或所報導的參考區間。
在某些態樣中,本發明提供一種(a)測定CCND1之參考表現量及(b)向患有癌症之個體投與治療有效量之MAPK路徑抑制劑的方法,其中該癌症展現KRAS突變且其中癌症中CCND1之表現量高於參考表現量。在一些實施例中,本發明提供一種(a)測定CCND1之參考mRNA含量及(b)向患有癌症之個體投與治療有效量之MAPK路徑抑制劑的方法,其中該癌症展現KRAS突變且其中癌症中CCND1之mRNA含量高於參考mRNA含量。在一些實施例中,本發明提供一種(a)測定CCND1之參考蛋白含量及(b)向患有癌症之個體投與治療有效量之MAPK路徑抑制劑的方法,其中該癌症展現KRAS突變且其中癌症中CCND1之蛋白含量高於參考蛋白含量。
在一些實施例中,處理器或計算演算法可有助於評定患有癌症(諸如腺癌)之個體對用MAPK路徑抑制劑治療展現臨床上有益反應之可能性。舉例而言,本文所描述之方法或系統之一或多個步驟可在硬體中實施。替代地,一或多個步驟可在儲存於例如一或多個記憶體或其他電腦可讀媒體中且在一或多個處理器上實施的軟體中實施。如所已知,處理器可與一或多個控制器、計算單元及/或電腦系統之其他單元相關聯,或視需要植入韌體中。若在軟體中實施,則可將常式儲存於任何電腦可讀記憶體中,諸如RAM、ROM、快閃記憶體、磁碟、雷射磁碟、遠端伺服器(例如,雲端)或其他儲存媒體,如此外所已知。同樣,此軟體可經由任何已知遞送方法遞送至計算裝置,該遞送方法包括例如經通信通道,諸如電話線、網際網路、無線連接等;或經由可傳送媒體,諸如電腦可讀磁碟、快閃驅動器等。各個步驟可以各個區塊、操作、工具、模組及技術形式實施,該等區塊、操作、工具、模組及技術又可在硬體、韌體、軟體或硬體、韌體及/或軟體之任何組合中實施。當在硬體中實施時,區塊、操作、技術等中之一些或全部可在例如自定義積體電路(integrated circuit;IC)、特殊應用積體電路(application specific integrated circuit;ASIC)、場可程式化邏輯陣列(field programmable logic array;FPGA)、可程式化邏輯陣列(programmable logic array;PLA)等中實施。電腦系統可涉及以下中之一或多者:樣品收集、樣品加工、資料分析、表現圖譜評定、加權機率計算、基線機率計算、加權機率與參考量及/或對照樣品之比較、個體之絕對或增加機率之測定、報導生成及對接收者之報導結果。
在本發明之實施例中可使用主從式關係的資料庫架構。主從式架構為網路上之各電腦或進程係用戶端或伺服器之網路架構。伺服器電腦為專用於管理磁碟驅動器(檔案伺服器)、印表機(列印伺服器)或網路訊務(網路伺服器)之典型地強大的電腦。用戶端電腦包括個人電腦(personal computer;PC)、使用者於其上運作應用程序的工作站或行動計算裝置(例如,平板電腦或智慧型電話),以及如本文所揭示之實例輸出裝置。用戶端電腦可依靠伺服器電腦獲取資源,諸如檔案、裝置及甚至處理功率。在本發明之一些實施例中,伺服器電腦處理所有的資料庫功能。用戶端電腦可具有處理所有前端資料管理之軟體且亦可自使用者接收資料輸入。
在一些實施例中,藉由網路連接將電腦系統連接至分析系統。電腦系統可理解為可自媒體讀取指令之邏輯設備及/或可視情況連接至具有固接媒體之伺服器的網路埠。系統可包括CPU、磁碟驅動器、視情況選用之輸入裝置(諸如鍵盤及/或滑鼠)及視情況選用之監視器。資料通信可在本機或遠端位置經由伺服器之指定通信媒體來實現。通信媒體可包括傳輸及/或接收資料之任何構件。舉例而言,通信媒體可為網路連接、無線連接或網際網路連接。此類連接可提供優於全球資訊網之通信。在一些實施例中,實體報導生成且遞送至接收者。
在一些實施例中,提供一種以電腦可執行軟體編碼之電腦可讀媒體,其包括用於使電腦執行與所鑑別之生物標記相關之功能的指令。該電腦系統可視所要完成之評估之類型而包括此等程式碼或電腦可執行軟體之任何組合。系統可具有用於計算MAPK路徑抑制劑反應性之加權機率及視情況用於基於複數個加權機率計算彙總機率的程式碼。在一些實施例中,若腺癌細胞(1)過度表現CCND1或(2)展現KRAS突變,則MAPK路徑抑制劑反應性之加權機率增加。若腺癌細胞(1)過低表現CCND1或(2)不展現KRAS突變,則MAPK路徑抑制劑反應性之加權機率可降低。系統亦可具有用於以下中之一或多者的程式碼:如本文所描述進行、分析、組織或報導結果。系統亦可具有用於生成報導之程式碼。在一些實施例中,若加權機率對應於至少約0.55、至少約0.6、至少約0.65、至少約0.7、至少約0.75、至少約0.8、至少約0.85、至少約0.9、至少約0.95或至少約0.99,則可將測試個體指定為具有對用MAPK路徑抑制劑治療展現臨床上有益反應之高機率。在一些實施例中,若加權機率對應於小於約0.45、小於約0.4、小於約0.35、小於約0.3、小於約0.25、小於約0.2、小於約0.15、小於約0.1、小於約0.05、小於約0.01,則可將測試個體指定為具有對用MAPK路徑抑制劑治療展現臨床上有益反應之低機率。
系統可進一步包含用於將加權機率與基線機率、臨限值及/或參考量進行比較且基於是否超過基線機率、臨限值或參考量指定基線機率之倍數的程式碼。評定加權機率、臨限值或參考量可與至少一種建議有關。超過加權機率、臨限值或參考量可與用MAPK路徑抑制劑治療之建議有關。在一些實施例中,基線機率表示患有癌症(諸如腺癌)之個體對用MAPK路徑抑制劑治療展現臨床上有益反應之平均機率,無論在一般情況中或對於特定群體。在一些實施例中,基線機率表示特定個體在應用本發明之方法來測定測試後風險之前將對用MAPK路徑抑制劑治療展現臨床上有益反應的預先測試可能性。超過基線機率之加權機率可對應於基線機率之規定倍數,無論個體之預先測試基線如何。在一些實施例中,若加權機率對應於基線機率的約或至少約1.1倍、1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、1.8倍、2倍、2.5倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、25倍、50倍或100倍,則可將測試個體指定為具有對用MAPK路徑抑制劑治療展現臨床上有益反應的高機率。在一些實施例中,若加權機率對應於基線機率的約或小於約0.9倍、0.8倍、0.7倍、0.6倍、0.5倍、0.4倍、0.3倍、0.2倍、0.1倍、0.05倍、0.01倍,則可將測試個體指定為具有對用MAPK路徑抑制劑治療展現臨床上有益反應的低機率。
在執行計算之後,處理器可諸如自計算提供輸出回至例如輸入裝置或儲存單元、至相同或不同電腦系統之另一儲存單元、或至輸出裝置。處理器之輸出可由資料顯示器顯示。資料顯示器可為顯示螢幕(例如,監視器或數位裝置上之螢幕)、列印輸出、資料信號(例如,封包)、警報(例如,閃光或聲音)、圖形使用者介面(例如,網頁)或任何上述者之組合。在一實施例中,輸出經由網路(例如,無線網路)傳輸至輸出裝置。使用者可使用輸出裝置自處理資料之電腦系統接收輸出。在使用者已接收輸出之後,使用者可確定作用過程,或可執行作用過程,當使用者為醫學人員時該作用過程諸如醫學治療。在一些實施例中,輸出裝置與輸入裝置為相同裝置。實例輸出裝置包括(但不限於)電話、無線電話、行動電話、PDA、平板電腦、快閃記憶體驅動器、光源、聲音生成器、傳真機、電腦、電腦監視器、印表機、iPod及網頁。使用者台站可與印表機或顯示監視器通信以輸出由伺服器處理之資訊。
可預想,涉及本發明之資料可經網路或連接傳輸以便由接收者接收及/或檢視。接收者可為(但不限於):個體;報導所涉及之個體;健康照護提供者、管理者、其他健康照護專業人員或其他護理人;腫瘤學家;遺傳顧問;執行及/或安排生物標記表現分析之人或實體;或用於儲存此等報導之本機或遠端系統(例如,「雲端計算」架構之伺服器或其他系統)。在一個實施例中,電腦可讀媒體包括適用於傳輸生物樣品之分析(諸如一或多種生物標記之分析)之結果的媒體。媒體可包括關於個體之一或多個生物標記表現量或擴增狀態、患有對用MAPK路徑抑制劑治療敏感之癌症之機率(諸如基線機率之倍數)及/或個體之治療計劃的結果,其中此結果係使用本文所描述之方法得出。
在一些實施例中,若將個體指定為具有對用MAPK路徑抑制劑治療具有有益反應的「高機率」,則警示個體或第三方(例如,健康照護提供者、健康照護管理者、其他健康專業人員或其他護理人)。所生成之分析可由醫學專業人員(諸如管理醫生或有執照醫師)或其他第三方檢視及進一步分析。醫學專業人員或其他第三方可與個體會見以討論結果、進行分析及報導。所提供之資訊可包括建議,諸如治療(例如,用MAPK路徑抑制劑或替代療法)。
在一些實施例中,方法進一步包含基於對患有腺癌之個體對用MAPK路徑抑制劑治療將展現臨床上有益反應的可能性之評定(諸如指定為具有高機率)來提供治療之建議。建議可形成基於生物標記表現或KRAS突變狀態生成的報導之部分,或可基於此報導由接收者作出。建議可就個體而言及/或對於第三方(諸如健康照護提供者、健康照護管理者、其他健康專業人員或其他護理人)用於進一步作用。建議可包括(但不限於)用MAPK路徑抑制劑治療;持續監測個體;可進一步表徵癌症之篩選檢查或實驗室測試;不為MAPK路徑抑制劑之一或多個治療劑之處方及/或投藥;停止療法;及用替代療法治療,例如化學療法、免疫療法、放射療法或手術。
在一些實施例中,本發明提供一種對個體之腺癌狀態進行分類之方法。可基於來自個體之生物樣品之表現圖譜對個體之狀態進行分類。可將癌症狀態分類為可能對用MAPK路徑抑制劑治療敏感或可能對用MAPK路徑抑制劑治療具有抗性。可能敏感分類可分配至具有(1)過度表現CCND1及(2) KRAS突變的腺癌。「可能具有抗性」分類可分配至(1)具有CCND1之過低表現及/或(2)缺乏KRAS突變的腺癌。
在一些實施例中,本發明之方法提供參考量,高於該參考量時,CCND1必須經表現以考慮用於評定對用MAPK路徑抑制劑治療之反應的可能性。相對於考慮用於調節反應之可能性的參考量,CCND1可高至少1.1倍、至少1.2倍、至少1.3倍、至少1.4倍、至少1.5倍、至少2.0倍、至少2.25倍、至少2.5倍、至少2.75倍、至少3.0倍、至少3.5倍、至少4.0倍、至少5.0或甚至至少高於10倍地有差異地表現。在一些實施例中,參考量為獲自患有對用MAPK路徑抑制劑治療具有低敏感性(諸如抗性)之腺癌之個體群體統計取樣的CCND1表現之數值範圍。在一些實施例中,參考量獲自患有對用MAPK路徑抑制劑治療敏感之癌症之個體群體統計取樣的CCND1表現之數值範圍。參考量可為獲自患有癌症(例如,與測試個體相同之癌症)之個體群體統計取樣的CCND1表現之數值範圍。在一些實施例中,藉由將敏感性及抗性群體進行比較得出參考量。如本文所用,對MAPK路徑抑制劑之低敏感性係指在用MAPK路徑抑制劑治療之後進展的疾病病況。在一些實例中,對MAPK路徑抑制劑之低敏感性的特徵在於在用MAPK路徑抑制劑治療後腫瘤生長抑制小於60%,視情況小於80%。對用MAPK路徑抑制劑治療有反應的疾病病況為對用MAPK路徑抑制劑治療之反應展現治療上有益反應的疾病病況,諸如腫瘤之消退或穩定。在一些實例中,大於80%之腫瘤生長抑制指示對用MAPK路徑抑制劑治療之反應。
所公開的用於評估用MAPK路徑抑制劑治療之準則(諸如實體腫瘤反應評估準則(Response Evaluation Criteria in Solid Tumor;RECIST)準則)可用於評估實體腫瘤。根據RECIST準則,完全反應(complete response;CR)由所有目標病變消失證明;部分反應(partial response;PR)由目標病變之最長直徑(LD)之總和的至少30%減小證明,將基線LD總和視為參考;穩定疾病(stable disease;SD)由既不充分收縮使得對於PR合格亦不充分增加使得對於PD合格證明,將自治療開始時之最小LD總和視為參考;且進展性疾病(progressive disease;PD)由目標病變之LD之總和的至少20%增加證明,將自治療開始或出現一或多個新病變時記錄之最小LD總和視為參考。在一些實例中,若根據RECIST準則分類為對用MAPK路徑抑制劑治療有反應之CR、PR或SD,則將疾病病況分類為對用MAPK路徑抑制劑治療有反應。可藉由RECIST準則將對治療具有抗性之疾病病況分類為PD。
在另一實施例中,本發明提供一種治療癌症病況(諸如腺癌)之方法,其包含投與有效劑量之MAPK路徑抑制劑。MAPK路徑抑制劑可在以下中之一或多者中有效:抑制癌細胞增殖、抑制癌細胞侵襲或轉移、殺死癌細胞、增加癌細胞對用第二抗腫瘤劑治療之敏感性以及降低與癌細胞之存在相關的症狀之嚴重性或發生率。在一些實施例中,該方法包含向癌細胞投與治療有效量之MAPK路徑抑制劑。在一些實施例中,投藥在活體外進行。在其他實施例中,投藥在活體內進行。
適合用於本發明方法之MAPK路徑抑制劑可選自各種類型之分子。舉例而言,MAPK路徑抑制劑可為生物或化學化合物,諸如簡單或複雜有機或無機分子、肽、肽模擬物、蛋白質(例如,抗體)、脂質體或聚核苷酸(例如,小干擾RNA、微RNA、反義、適體、核糖核酸酶或三螺旋)。適用於本發明方法的一些例示性類別之化學化合物詳述於以下部分中。用於本發明之MAPK路徑抑制劑可為此項技術中已知之任何MAPK路徑抑制劑,且可包括在向個體投與時引起個體中MAPK路徑之任何部分之抑制的任何化學實體。視情況,用於治療腺癌之MAPK路徑抑制劑為小分子。如本文所用,術語「小分子」係指低分子量有機化合物,諸如分子量小於800 g/mol之化合物。
MAPK路徑抑制劑可抑制MAPK路徑之任何組分。舉例而言,MAPK路徑抑制劑可選自Ras抑制劑、Raf抑制劑、MEK抑制劑及ERK抑制劑。在一些實施例中,MAPK路徑抑制劑為Ras抑制劑。在一些實施例中,MAPK路徑抑制劑為Raf抑制劑。在一些實施例中,MAPK路徑抑制劑為MEK抑制劑。在一些實施例中,MAPK路徑抑制劑為ERK抑制劑。在一些實施例中,MAPK路徑抑制劑選自MEK抑制劑及ERK抑制劑。
如本文所用,術語「Ras抑制劑」係指能夠完全或部分降低或抑制Ras信號傳導活性之化合物。抑制可在轉錄含量下有效,例如藉由預防或降低或抑制Ras信號傳導路徑之關鍵成員(諸如H-Ras、K-Ras及/或N-Ras mRNA)之mRNA合成。在一些實例中,該Ras抑制劑抑制H-Ras、K-Ras或N-Ras GTP酶活性中之一或多者。Ras抑制可藉由多種機制來達成,該等機制包括(但不限於)直接結合於H-Ras、K-Ras或N-Ras,或抑制Ras基因之表現。Ras路徑之任何組分為根據本發明的用於抑制之潛在治療目標。抑制之機制可在基因含量(例如,干擾轉錄或轉譯)下或在蛋白質含量(例如,結合、競爭)下。例示性Ras抑制劑包括(但不限於)洛那法尼(lonafarnib)、MRTX-849及AMG510。例示性Ras抑制劑及其合成已描述於WO 97/23478、WO 98/57959及WO 97/40006中,其揭示內容以引用之方式併入本文中。
如本文所用,術語「Raf抑制劑」係指能夠完全或部分降低或抑制Raf信號傳導活性之化合物。抑制可在轉錄含量下有效,例如藉由預防或降低或抑制Raf信號傳導路徑之關鍵成員(諸如A-Raf、B-Raf及/或c-Raf mRNA)之mRNA合成。在一些實例中,該Raf抑制劑抑制A-Raf、B-Raf或c-Raf激酶活性中之一或多者。Raf抑制可藉由多種機制來達成,該等機制包括(但不限於)直接結合於A-Raf、B-Raf或c-Raf,或抑制Raf基因之表現。Raf路徑之任何組分係根據本發明用於抑制之潛在治療目標。抑制之機制可在基因含量(例如,干擾轉錄或轉譯)下或在蛋白質含量(例如,結合、競爭)下。較佳地,Raf抑制劑為含pan-RAF之抑制劑,諸如LY3009120、LXH254、CCT3833或AZ628。在一些實施例中,pan-RAF抑制劑選自LY3009120及LXH254。例示性pan-RAF抑制劑及其合成已描述於WO 2013/134243、WO 2014/151616、WO 2009/077766及WO 2006/024834中,其揭示內容以引用之方式併入本文中。
如本文所用,術語「MEK抑制劑」係指能夠完全或部分降低或抑制MEK信號傳導活性之化合物。抑制可在轉錄含量下有效,例如藉由預防或降低或抑制MEK信號傳導路徑之關鍵成員(諸如MEK1、MEK2、ERK1及/或ERK2 mRNA)之mRNA合成。在一些實例中,該MEK抑制劑抑制MEK1、MEK2、ERK1或ERK2激酶活性中之一或多者。MEK抑制可藉由多種機制來達成,該等機制包括(但不限於)直接結合於MEK1或MEK2,或抑制MEK基因之表現。
MEK路徑之任何組分為根據本發明的用於抑制之潛在治療目標。抑制之機制可在基因含量(例如,干擾轉錄或轉譯)下或在蛋白質含量(例如,結合、競爭)下。歸因於其彙聚功能,預期MEK1/2或ERK1/2之特異性抑制有效地截斷廣泛多種的上游促有絲分裂信號。較佳地,MEK抑制劑為在基因含量或蛋白質含量下作用於MEK1/2的特異性抑制劑。可根據本發明使用任一種或兩種方法。舉例而言,可利用干擾MEK1及/或MEK2之表現或螯合細胞之細胞質中之MEK1及/或MEK2從而防止核易位的抑制劑。
例示性MEK抑制劑包括(但不限於)考比替尼、曲美替尼、畢尼替尼、司美替尼、HL-085、安奎諾爾、E-6201、瑞法美替尼、鹽酸皮馬瑟替、CKI-27、WX-554、CIP-137401、SHR-7390、索拉非尼、SRX-2626、PD-0325901、ATR-002、ATR-004、ATR-005、ATR-006、CS-3006、FCN-159、EDV-2209、GDC-0623、TAK-733、E-6201、RG-7167、AZD-8330、PD-184352、GSK-2091976A、AS-703988、BI-847325、JTP-70902、CZ-775、RO-5068760、RDEA-436、MEK-300、AD-GL0001、SL-327、ATR-001、PD-98059、RO-4987655、RO-4927350及AS-703026。較佳地,MEK抑制劑選自考比替尼、曲美替尼、畢尼替尼及司美替尼。在一些實施例中,MEK抑制劑為曲美替尼。例示性MEK抑制劑及其合成已描述於WO 2007/044515 (考比替尼)、WO 2005/121142 (曲美替尼)及WO 2003/077914 (畢尼替尼及司美替尼)中,其揭示內容以引用之方式併入本文中。
可根據本發明使用的MEK抑制劑之實例包括(但不限於) MEK1/2抑制劑,諸如PD98059、PD184352、U0126 (分別為Dudley D. T.等人, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1995, 92:7686-7689;Sepolt-Leopold J. S.等人, Nat. Med., 1999, 5:810-816;及Favata M. F.等人, J. Biol. Chem., 273:18623-18632)。具有MEK抑制活性之一系列3-氰基-4-(苯氧基苯胺基)喹啉亦已由Wyeth-Ayerst研發(Zhang N.等人, Bioorg. Med. Chem. Lett., 2000, 10:2825-2828)。若干對MEK具有抑制活性之二羥基苯甲酸內酯已自微生物提取物分離。舉例而言,自真菌培養液FC2506分離之RO 09-2210及自莖點黴屬種之有機提取物純化之L-783,277 (ATCC 74403)與ATP競爭,且MEK1抑制為可逆的(Williams D. H.等人, Biochemistry, 1998, 37:9579-9585;及Zhao A.等人, J. Antibiot., 1999, 52:1086-1094)。咪唑鎓反式咪唑二甲基亞碸-四氯釕酸鹽(NAMI-A)為MEK磷酸化之含釕抑制劑(Pintus G.等人, Eur. J. Biochem. , 2002, 269:5861-5870)。在一些實例中,MEK抑制劑選自由以下組成之群:曲美替尼、BVD-523 (優立替尼)、FR 180204、MK-8353 (SCH900353)、普列波汀(pluripotin)、SCH772984、VX-11e (ERK-11e;TCS ERK 11e)、SL327、金絲桃毒(hypericin)、普萘洛爾(purvalanol)、PD173074、GW5074、BAY 43-9006、AG99、CAY10561、ISIS 5132、芹菜素(apigenin)、SP600125、SU4984、SB203580、PD169316、KO947、GDC0994及AG1478。其他抑制劑包括(但不限於)色酮及黃酮型抑制劑;PD 98059 (Runden E等人, J Neurosci 1998, 18(18)7296-305);PD0325901 (Pfizer);司美替尼,選擇性MEK抑制劑(AstraZeneca/Array BioPharma,亦稱為AZD6244);ARRY-438162 (Array BioPharma);PD198306 (Pfizer);PD0325901 (Pfizer);AZD8330 (AstraZeneca/Array Biopharma,亦稱為ARRY-424704);PD 184352 (Pfizer,亦稱為CI-1040);PD 184161 (Pfizer);α-[胺基[(4-胺基苯基)硫基]亞甲基]-2-(三氟甲基)苯乙腈(SL327);l,4-二胺-2,3-二氰基-l,4-雙(2-胺基苯硫基)丁二烯;U0126 (Kohno & Pouyssegur (2003) Prog. Cell. Cyc. Res. 5: 219-224);GW 5074 (Santa Cruz Biotechnology);BAY 43-9006 (Bayer, Sorafenib);RO 09-2210 (Roche, Williams等人, Biochemistry. 1998年6月30日;37(26):9579-85);FR 180204 (Ohori, M.等人(2005) Biochem. Biophys. Res. Comm. 336: 357-363);3-(2-胺基乙基)-5-))4-乙氧基苯基)亞甲基)-2,4-噻唑啶二酮(PKI-ERK-005) (Chen, F.等人(2006) Bioorg. Med. Chem. 16:6281-6288. 171. Hancock, CN.等人(2005) J. Med. Chem. 48: 4586-4595);CAY10561 (CAS 933786-58-4;Cayman Chemical);GSK 1120212;RDEA119 (Ardea Biosciences);XL518;及ARRY-704 (AstraZeneca)。
可根據本發明使用的MAPK路徑抑制劑之進一步實例包括(但不限於) Raf-1抑制劑,諸如GW5074、BAY 43-9006及ISIS 5132 (分別為Lackey, K.等人, Bioorg. Med. Chem. Lett. , 2000, 10:223-226;Lyons, J. F.等人, Endocrine-related Cancer, 2001, 8:219-225;及Monia, B. P.等人, Nat. Med., 1996, 2(6):668-675);及MEK1/2抑制劑,諸如PD98059、PD184352、U0126 (分別為Dudley D. T.等人, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1995, 92:7686-7689;Sepolt-Leopold J. S.等人, Nat. Med., 1999,5:810-816;及Favata M. F.等人, J. Biol. Chem., 273:18623-18632)。具有MEK抑制活性之一系列3-氰基-4-(苯氧基苯胺基)喹啉亦已由Wyeth-Ayerst研發(Zhang N.等人, Bioorg. Med. Chem. Lett., 2000, 10:2825-2828)。若干對MEK具有抑制活性之二羥基苯甲酸內酯已自微生物提取物分離。舉例而言,自真菌培養液FC2506分離之RO 09-2210及自莖點黴屬種之有機提取物純化之L-783,277 (ATCC 74403)與ATP競爭,且MEK1抑制為可逆的(Williams D. H.等人, Biochemistry, 1998, 37:9579-9585;及Zhao A.等人, J. Antibiot., 1999, 52:1086-1094)。咪唑鎓反式咪唑二甲基亞碸-四氯釕酸鹽(NAMI-A)為MEK磷酸化之含釕抑制劑,ERK之上游活化劑(Pintus G.等人, Eur. J. Biochem., 2002, 269:5861-5870)。在一些實例中,ERK抑制劑選自由以下組成之群:BVD-523、FR 180204、MK-8353 (SCH900353)、普列波汀、SCH772984、VX-11e (ERK-11e;TCS ERK 11e)、SL327、金絲桃毒、普萘洛爾、PD173074、GW5074、BAY 43-9006、AG99、CAY10561、ISIS 5132、芹菜素、SP600125、SU4984、SB203580、PD169316、KO947、GDC0994及AG1478。其他抑制劑包括(但不限於)色酮及黃酮型抑制劑;PD 98059 (Runden E等人, J Neurosci 1998, 18(18)7296-305);PD0325901 (Pfizer);司美替尼,選擇性MEK抑制劑(AstraZeneca/Array BioPharma,亦稱為AZD6244);ARRY-438162 (Array BioPharma);PD198306 (Pfizer);PD0325901 (Pfizer);AZD8330 (AstraZeneca/Array Biopharma,亦稱為ARRY-424704);PD 184352 (Pfizer,亦稱為CI-1040);PD 184161 (Pfizer);α-[胺基[(4-胺基苯基)硫基]亞甲基]-2-(三氟甲基)苯乙腈(SL327);l,4-二胺-2,3-二氰基-l,4-雙(2-胺基苯硫基)丁二烯;U0126 (Kohno & Pouyssegur (2003) Prog. Cell. Cyc. Res. 5: 219-224);GW 5074 (Santa Cruz Biotechnology);BAY 43-9006 (Bayer, Sorafenib);RO 09-2210 (Roche, Williams等人, Biochemistry. 1998年6月30日;37(26):9579-85);FR 1 80204 (Ohori, M.等人(2005) Biochem. Biophys. Res. Comm. 336: 357-363);3-(2-胺基乙基)-5-))4-乙氧基苯基)亞甲基)-2,4-噻唑啶二酮(PKI-ERK-005) (Chen, F.等人(2006) Bioorg. Med. Chem. 16:6281-6288. 171. Hancock, CN.等人(2005) J. Med. Chem. 48: 4586-4595);CAY10561 (CAS 933786-58-4;Cayman Chemical);GSK 120212;RDEA1 19 (Ardea Biosciences);XL518;及ARRY-704 (AstraZeneca)。
如本文所用,術語「ERK抑制劑」係指能夠完全或部分降低或抑制ERK信號傳導活性之化合物。抑制可在轉錄含量下有效,例如藉由預防或降低或抑制ERK信號傳導路徑之關鍵成員(諸如MEK1、MEK2、ERK1及/或ERK2 mRNA)之mRNA合成。在一些實例中,該ERK抑制劑抑制MEK1、MEK2、ERK1或ERK2激酶活性中之一或多者。ERK抑制可藉由多種機制來達成,該等機制包括(但不限於)直接結合於ERK1或ERK2、直接結合於MEK1或MEK2,或抑制ERK或MEK基因之表現。
ERK路徑之任何組分為根據本發明的用於抑制之潛在治療目標。抑制之機制可在基因含量(例如,干擾轉錄或轉譯)下或在蛋白質含量(例如,結合、競爭)下。歸因於其彙聚功能,預期MEK1/2或ERK1/2之特異性抑制有效地截斷廣泛多種的上游促有絲分裂信號。較佳地,ERK抑制劑為在基因含量或蛋白質含量下作用於ERK1/2的特異性抑制劑。可根據本發明使用任一種或兩種方法。舉例而言,可利用干擾ERK1及/或ERK2之表現或螯合細胞之細胞質中之ERK1及/或ERK2從而防止核易位的抑制劑。
例示性ERK抑制劑包括(但不限於)優立替尼、RG7842、GDC-0994、CC-90003、ASN-007、AMO-01、KO-947、AEZS-134、AEZS-131、AEZS-140、AEZS-136、AEZS-132、D-87503、KIN-2118、RB-1、RB-3、SCH-772984、MK-8353、SCH-900353、FR-180204、IDN-5491、三甲氧基苯甲酸貫葉金絲桃素、ERK1-2067、ERK1-23211、ERK1-624、LY3214996、AZ6197、ASTX029及LTT462。在一些實施例中,ERK抑制劑選自優立替尼、GDC-0994、SCH-772984及MK-8353。在一些實施例中,ERK抑制劑選自優立替尼、GDC-0994、SCH-772984、MK-8353及KO-947。在一些實施例中,ERK抑制劑選自SCH772984、GDC-0994、CC-90003、BVD-523 (優立替尼)及KO-947。較佳地,ERK抑制劑為KO-947。例示性ERK抑制劑及其合成已描述於WO 2005/113541 (優立替尼)、WO 2013/130976 (GDC-0994)、WO 2007/070398 (SCH-772984)、WO 2009/105500 (MK-8353)及WO 2015/051341 (KO-947)中,其揭示內容以引用之方式併入本文中。
其他MAPK路徑抑制劑及其合成已描述於US 5,525,625、US 2003/0060469、US 2004/0048861、US 2004/0082631、WO 98/43960、WO 99/01426、WO 00/41505、WO 00/42002、WO 00/42003、WO 00/41994、WO 00/42022、WO 00/42029、WO 00/68201、WO 01/68619、WO 02/06213、WO 03/077855及WO 2005/23251中。視情況,MAPK路徑抑制劑選自由以下組成之群:司美替尼、U0126、PD98059、PD0325901、AZD8330 (ARRY-42704)、CI-1040 (PD 184352)及PD318088。較佳地,MAPK路徑抑制劑為描述於WO/2015051341中之ERK抑制劑,其揭示內容以引用之方式併入本文中。
在某些實施例中,本發明提供一種ERK抑制劑,其為式I化合物:;
其中:為;
X1
為C=O、C=S、SO、SO2
或PO2 -
;Y為CR5
;W為N或C;
X2
為NR1
或CR1
R1
'且X3
為空、CR3
R3
'或C=O;或X2
-X3
為R1
C=CR3
或R1
C=N或N=CR3
或NR12
-CR11
=CR3
;
X4
為N或CR4
;X5
為N或C;X6
為N或C;X7
為O、N、NR72
或CR71
;X8
為O、N、NR82
或CR81
;X9
為O、N、NR22
或CR21
;X10
為O、N、NR92
或CR91
;
R1
為-C1 - 10
烷基、-C2 - 10
烯基、-C2 - 10
炔基、-C1 - 10
雜烷基、-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜芳基、-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
烷基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
烷基-C1 - 10
雜芳基、-C1 - 10
烷基-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
烷基-C1 - 10
雜環基、-C2 - 10
烯基-C3 - 10
芳基、-C2 - 10
烯基-C1 - 10
雜芳基、-C2 - 10
烯基-C3 - 10
環烷基、-C2 - 10
烯基-C1 - 10
雜環基、-C2 - 10
炔基-C3 - 10
芳基、-C2 - 10
炔基-C1 - 10
雜芳基、-C2 - 10
炔基-C3 - 10
環烷基、-C2 - 10
炔基-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
雜烷基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜烷基-C1 - 10
雜芳基、-C1 - 10
雜烷基-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
雜烷基-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
烷氧基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
烷氧基-C1 - 10
雜芳基、-C1 - 10
烷氧基-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
烷氧基-C1 - 10
雜環基、-C3 - 10
芳基-C1 - 10
烷基、-C3 - 10
芳基-C2 - 10
烯基、-C3 - 10
芳基-C2 - 10
炔基、-C3 - 10
芳基-C3 - 10
雜芳基、-C3 - 10
芳基-C3 - 10
環烷基、-C3 - 10
芳基-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
雜芳基-C1 - 10
烷基、-C1 - 10
雜芳基-C2 - 10
烯基、-C1 - 10
雜芳基-C2 - 10
炔基、-C3 - 10
雜芳基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜芳基-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
雜芳基-C1 - 10
雜環基、-C3 - 10
環烷基-C1 - 10
烷基、-C3 - 10
環烷基-C2 - 10
烯基、-C3 - 10
環烷基-C2 - 10
炔基、-C3 - 10
環烷基-C3 - 10
芳基、-C3 - 10
環烷基-C1 - 10
雜芳基、-C3 - 10
環烷基-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
雜環基-C1 - 10
烷基、-C1 - 10
雜環基-C2 - 10
烯基、-C1 - 10
雜環基-C2 - 10
炔基、-C1 - 10
雜環基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜環基-C1 - 10
雜芳基或-C1 - 10
雜環基-C3 - 10
環烷基,其中之每一者未經取代或經一或多個獨立R10
或R11
取代基取代;
R1
'為氫、-C1 - 10
烷基、-C2 - 10
烯基、-C2 - 10
炔基、-C1 - 10
雜烷基、-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜芳基、-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
烷基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
烷基-C1 - 10
雜芳基、-C1 - 10
烷基-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
烷基-C1 - 10
雜環基、-C2 - 10
烯基-C3 - 10
芳基、-C2 - 10
烯基-C1 - 10
雜芳基、-C2 - 10
烯基-C3 - 10
環烷基、-C2 - 10
烯基-C1 - 10
雜環基、-C2 - 10
炔基-C3 - 10
芳基、-C2 - 10
炔基-C1 - 10
雜芳基、-C2 - 10
炔基-C3 - 10
環烷基、-C2 - 10
炔基-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
雜烷基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜烷基-C1 - 10
雜芳基、-C1 - 10
雜烷基-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
雜烷基-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
烷氧基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
烷氧基-C1 - 10
雜芳基、-C1 - 10
烷氧基-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
烷氧基-C1 - 10
雜環基、-C3 - 10
芳基-C1 - 10
烷基、-C3 - 10
芳基-C2 - 10
烯基、-C3 - 10
芳基-C2 - 10
炔基、-C3 - 10
芳基-C3 - 10
雜芳基、-C3 - 10
芳基-C3 - 10
環烷基、-C3 - 10
芳基-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
雜芳基-C1 - 10
烷基、-C1 - 10
雜芳基-C2 - 10
烯基、-C1 - 10
雜芳基-C2 - 10
炔基、-C3 - 10
雜芳基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜芳基-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
雜芳基-C1 - 10
雜環基、-C3 - 10
環烷基-C1 - 10
烷基、-C3 - 10
環烷基-C2 - 10
烯基、-C3 - 10
環烷基-C2 - 10
炔基、-C3 - 10
環烷基-C3 - 10
芳基、-C3 - 10
環烷基-C1 - 10
雜芳基、-C3 - 10
環烷基-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
雜環基-C1 - 10
烷基、-C1 - 10
雜環基-C2 - 10
烯基、-C1 - 10
雜環基-C2 - 10
炔基、-C1 - 10
雜環基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜環基-C1 - 10
雜芳基或-C1 - 10
雜環基-C3 - 10
環烷基,其中之每一者未經取代或經一或多個獨立R10
或R11
取代基取代;
R21
為氫、鹵素、-OH、-CF3
、-OCF3
、-OR31
、-NR31
R32
、-C(O)R31
、-CO2
R31
、-C(=O)NR31
、-NO2
、-CN、-S(O)0-2
R31
、-SO2
NR31
R32
、-NR31
C(=O)R32
、-NR31
C(=O)OR32
、-NR31
C(=O)NR32
R33
、-NR31
S(O)0-2
R32
、-C(=S)OR31
、-C(=O)SR31
、-NR31
C(=NR32
)NR32
R33
、-NR31
C(=NR32
)OR33
、-NR31
C(=NR32
)SR33
、-OC(=O)OR33
、-OC(=O)NR31
R32
、-OC(=O)SR31
、-SC(=O)SR31
、-P(O)OR31
OR32
、-SC(=O)NR31
R32
、-L-C1 - 10
烷基、-L-C2 - 10
烯基、-L-C2 - 10
炔基、-L-C1 - 10
雜烷基、-L-C3 - 10
芳基、-L-C1 - 10
雜芳基、-L-C3 - 10
環烷基、-L-C1 - 10
雜環基、-L-C1 - 10
烷基-C3 - 10
芳基、-L-C1 - 10
烷基-C1 - 10
雜芳基、-L-C1 - 10
烷基-C3 - 10
環烷基、-L-C1 - 10
烷基-C1 - 10
雜環基、-L-C2 - 10
烯基-C3 - 10
芳基、-L-C2 - 10
烯基-C1 - 10
雜芳基、-L-C2 - 10
烯基-C3 - 10
環烷基、-L-C2 - 10
烯基-C1 - 10
雜環基、-L-C2 - 10
炔基-C3 - 10
芳基、-L-C2 - 10
炔基-C1 - 10
雜芳基、-L-C2 - 10
炔基-C3 - 10
環烷基、-L-C2 - 10
炔基-C1 - 10
雜環基、-L-C1 - 10
雜烷基-C3 - 10
芳基、-L-C1 - 10
雜烷基-C1 - 10
雜芳基、-L-C1 - 10
雜烷基-C3 - 10
環烷基、-L-C1 - 10
雜烷基-C1 - 10
雜環基、-L-C1 - 10
烷氧基-C3 - 10
芳基、-L-C1 - 10
烷氧基-C1 - 10
雜芳基、-L-C1 - 10
烷氧基-C3 - 10
環烷基、-L-C1 - 10
烷氧基-C1 - 10
雜環基、-L-C3 - 10
芳基-C1 - 10
烷基、-L-C3 - 10
芳基-C2 - 10
烯基、-L-C3 - 10
芳基-C2 - 10
炔基、-L-C3 - 10
芳基-C1 - 10
雜芳基、-L-C3 - 10
芳基-C3 - 10
環烷基、-L-C3 - 10
芳基-C1 - 10
雜環基、-L-C1 - 10
雜芳基-C1 - 10
烷基、-L-C1 - 10
雜芳基-C2 - 10
烯基、-L-C1 - 10
雜芳基-C2 - 10
炔基、-L-C1 - 10
雜芳基-C3 - 10
芳基、-L-C1 - 10
雜芳基-C3 - 10
環烷基、-L-C1 - 10
雜芳基-C1 - 10
雜環基、-L-C3 - 10
環烷基-C1 - 10
烷基、-L-C3 - 10
環烷基-C2 - 10
烯基、-L-C3 - 10
環烷基-C2 - 10
炔基、-L-C3 - 10
環烷基-C3 - 10
芳基、-L-C3 - 10
環烷基-C1 - 10
雜芳基、-L-C3 - 10
環烷基-C1 - 10
雜環基、-L-C1 - 10
雜環基-C1 - 10
烷基、-L-C1 - 10
雜環基-C2 - 10
烯基、-L-C1 - 10
雜環基-C2 - 10
炔基、-L-C1 - 10
雜環基-C3 - 10
芳基、-L-C1 - 10
雜環基-C1 - 10
雜芳基或-L-C1 - 10
雜環基-C3 - 10
環烷基,其中之每一者未經取代或經一或多個獨立R12
取代基取代;
R22
為氫、-OH、-CF3
、-C(O)R31
、-CO2
R31
、-C(=O)NR31
、-S(O)0-2
R31
、-C(=S)OR31
、-C(=O)SR31
、-L-C1 - 10
烷基、-L-C2 - 10
烯基、-L-C2 - 10
炔基、-L-C1 - 10
雜烷基、-L-C3 - 10
芳基、-L-C1 - 10
雜芳基、-L-C3 - 10
環烷基、-L-C1 - 10
雜環基、-L-C1 - 10
烷基-C3 - 10
芳基、-L-C1 - 10
烷基-C1 - 10
雜芳基、-L-C1 - 10
烷基-C3 - 10
環烷基、-L-C1 - 10
烷基-C1 - 10
雜環基、-L-C2 - 10
烯基-C3 - 10
芳基、-L-C2 - 10
烯基-C1 - 10
雜芳基、-L-C2 - 10
烯基-C3 - 10
環烷基、-L-C2 - 10
烯基-C1 - 10
雜環基、-L-C2 - 10
炔基-C3 - 10
芳基、-L-C2 - 10
炔基-C1 - 10
雜芳基、-L-C2 - 10
炔基-C3 - 10
環烷基、-L-C2 - 10
炔基-C1 - 10
雜環基、-L-C1 - 10
雜烷基-C3 - 10
芳基、-L-C1 - 10
雜烷基-C1 - 10
雜芳基、-L-C1 - 10
雜烷基-C3 - 10
環烷基、-L-C1 - 10
雜烷基-C1 - 10
雜環基、-L-C1 - 10
烷氧基-C3 - 10
芳基、-L-C1 - 10
烷氧基-C1 - 10
雜芳基、-L-C1 - 10
烷氧基-C3 - 10
環烷基、-L-C1 - 10
烷氧基-C1 - 10
雜環基、-L-C3 - 10
芳基-C1 - 10
烷基、-L-C3 - 10
芳基-C2 - 10
烯基、-L-C3 - 10
芳基-C2 - 10
炔基、-L-C3 - 10
芳基-C1 - 10
雜芳基、-L-C3 - 10
芳基-C3 - 10
環烷基、-L-C3 - 10
芳基-C1 - 10
雜環基、-L-C1 - 10
雜芳基-C1 - 10
烷基、-L-C1 - 10
雜芳基-C2 - 10
烯基、-L-C1 - 10
雜芳基-C2 - 10
炔基、-L-C1 - 10
雜芳基-C3 - 10
芳基、-L-C1 - 10
雜芳基-C3 - 10
環烷基、-L-C1 - 10
雜芳基-C1 - 10
雜環基、-L-C3 - 10
環烷基-C1 - 10
烷基、-L-C3 - 10
環烷基-C2 - 10
烯基、-L-C3 - 10
環烷基-C2 - 10
炔基、-L-C3 - 10
環烷基-C3 - 10
芳基、-L-C3 - 10
環烷基-C1 - 10
雜芳基、-L-C3 - 10
環烷基-C1 - 10
雜環基、-L-C1 - 10
雜環基-C1 - 10
烷基、-L-C1 - 10
雜環基-C2 - 10
烯基、-L-C1 - 10
雜環基-C2 - 10
炔基、-L-C1 - 10
雜環基-C3 - 10
芳基、-L-C1 - 10
雜環基-C1 - 10
雜芳基或-L-C1 - 10
雜環基-C3 - 10
環烷基,其中之每一者未經取代或經一或多個獨立R12
取代基取代;
L為鍵、-O-、-N(R31
)-、-S(O)0-2
-、-C(=O)-、-C(=O)O-、-OC(=O)-、-C(=O)N(R31
)-、-N(R31
)C(=O)-、-NR31
C(=O)O-、-NR31
C(=O)NR32
-、-NR31
S(O)0-2
-、-S(O)0-2
N(R31
)-、-C(=S)O-、-C(=O)S-、-NR31
C(=NR32
)NR32
-、-NR31
C(=NR32
)O-、-NR31
C(=NR32
)S-、-OC(=O)O-、-OC(=O)NR31
-、-OC(=O)S-、-SC(=O)S-、-P(O)OR31
O-、-SC(=O)NR31
-;
R3
、R3
'及R4
中之每一者獨立地為氫、鹵素、-OH、-CF3
、-OCF3
、-OR31
、-NR31
R32
、-C(O)R31
、-CO2
R31
、-C(=O)NR31
、-NO2
、-CN、-S(O)0-2
R31
、-SO2
NR31
R32
、-NR31
C(=O)R32
、-NR31
C(=O)OR32
、-NR31
C(=O)NR32
R33
、-NR31
S(O)0-2
R32
、-C(=S)OR31
、-C(=O)SR31
、-NR31
C(=NR32
)NR32
R33
、-NR31
C(=NR32
)OR33
、-NR31
C(=NR32
)SR33
、-OC(=O)OR33
、-OC(=O)NR31
R32
、-OC(=O)SR31
、-SC(=O)SR31
、-P(O)OR31
OR32
、-SC(=O)NR31
R32
、-C1 - 10
烷基、-C2 - 10
烯基、-C2 - 10
炔基、-C1 - 10
雜烷基、-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜芳基、-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
烷基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
烷基-C1 - 10
雜芳基、-C1 - 10
烷基-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
烷基-C1 - 10
雜環基、-C2 - 10
烯基-C3 - 10
芳基、-C2 - 10
烯基-C1 - 10
雜芳基、-C2 - 10
烯基-C3 - 10
環烷基、-C2 - 10
烯基-C1 - 10
雜環基、-C2 - 10
炔基-C3 - 10
芳基、-C2 - 10
炔基-C1 - 10
雜芳基、-C2 - 10
炔基-C3 - 10
環烷基、-C2 - 10
炔基-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
雜烷基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜烷基-C1 - 10
雜芳基、-C1 - 10
雜烷基-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
雜烷基-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
烷氧基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
烷氧基-C1 - 10
雜芳基、-C1 - 10
烷氧基-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
烷氧基-C1 - 10
雜環基、-C3 - 10
芳基-C1 - 10
烷基、-C3 - 10
芳基-C2 - 10
烯基、-C3 - 10
芳基-C2 - 10
炔基、-C3 - 10
芳基-C3 - 10
雜芳基、-C3 - 10
芳基-C3 - 10
環烷基、-C3 - 10
芳基-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
雜芳基-C1 - 10
烷基、-C1 - 10
雜芳基-C2 - 10
烯基、-C1 - 10
雜芳基-C2 - 10
炔基、-C3 - 10
雜芳基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜芳基-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
雜芳基-C1 - 10
雜環基、-C3 - 10
環烷基-C1 - 10
烷基、-C3 - 10
環烷基-C2 - 10
烯基、-C3 - 10
環烷基-C2 - 10
炔基、-C3 - 10
環烷基-C3 - 10
芳基、-C3 - 10
環烷基-C1 - 10
雜芳基、-C3 - 10
環烷基-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
雜環基-C1 - 10
烷基、-C1 - 10
雜環基-C2 - 10
烯基、-C1 - 10
雜環基-C2 - 10
炔基、-C1 - 10
雜環基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜環基-C1 - 10
雜芳基或-C1 - 10
雜環基-C3 - 10
環烷基,其中之每一者未經取代或經一或多個獨立R13
取代基取代;或R3
'為-OR6
、-NR6
R34
、-S(O)0-2
R6
、-C(=O)R6
、-C(=O)OR6
、-OC(=O)R6
、-C(=O)N(R34
)R6
、或-N(R34
)C(=O)R6
,其中R6
與R34
一起可視情況形成雜環;或R3
'為-OR6
、-NR6
R34
、-S(O)0-2
R6
、-C(=O)R6
、-C(=O)OR6
、-OC(=O)R6
、-C(=O)N(R34
)R6
,或-N(R34
)C(=O)R6
,其中R6
與R34
一起可視情況形成雜環;
R5
、R71
、R81
及R91
中之每一者獨立地為氫、鹵素、-C1 - 10
烷基、-C2 - 10
烯基、-C2 - 10
炔基、-C1 - 10
雜烷基、-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜芳基、-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
雜環基、-OH、-CF3
、-OCF3
、-OR31
、-NR31
R32
、-C(O)R31
、-CO2
R31
、-C(=O)NR31
、-NO2
、-CN、-S(O)0-2
R31
、-SO2
NR31
R32
、-NR31
C(=O)R32
、-NR31
C(=O)OR32
、-NR31
C(=O)NR32
R33
、-NR31
S(O)0-2
R32
、-C(=S)OR31
、-C(=O)SR31
、-NR31
C(=NR32
)NR32
R33
、-NR31
C(=NR32
)OR33
、-NR31
C(=NR32
)SR33
、-OC(=O)OR33
、-OC(=O)NR31
R32
、-OC(=O)SR31
、-SC(=O)SR31
、-P(O)OR31
OR32
或-SC(=O)NR31
NR32
;
R6
為氫、-C1 - 10
烷基、-C2 - 10
烯基、-C2 - 10
炔基、-C1 - 10
雜烷基、-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜芳基、-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
烷基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
烷基-C1 - 10
雜芳基、-C1 - 10
烷基-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
烷基-C1 - 10
雜環基、-C2 - 10
烯基-C3 - 10
芳基、-C2 - 10
烯基-C1 - 10
雜芳基、-C2 - 10
烯基-C3 - 10
環烷基、-C2 - 10
烯基-C1 - 10
雜環基、-C2 - 10
炔基-C3 - 10
芳基、-C2 - 10
炔基-C1 - 10
雜芳基、-C2 - 10
炔基-C3 - 10
環烷基、-C2 - 10
炔基-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
雜烷基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜烷基-C1 - 10
雜芳基、-C1 - 10
雜烷基-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
雜烷基-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
烷氧基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
烷氧基-C1 - 10
雜芳基、-C1 - 10
烷氧基-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
烷氧基-C1 - 10
雜環基、-C3 - 10
芳基-C1 - 10
烷基、-C3 - 10
芳基-C2 - 10
烯基、-C3 - 10
芳基-C2 - 10
炔基、-C3 - 10
芳基-C3 - 10
雜芳基、-C3 - 10
芳基-C3 - 10
環烷基、-C3 - 10
芳基-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
雜芳基-C1 - 10
烷基、-C1 - 10
雜芳基-C2 - 10
烯基、-C1 - 10
雜芳基-C2 - 10
炔基、-C3 - 10
雜芳基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜芳基-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
雜芳基-C1 - 10
雜環基、-C3 - 10
環烷基-C1 - 10
烷基、-C3 - 10
環烷基-C2 - 10
烯基、-C3 - 10
環烷基-C2 - 10
炔基、-C3 - 10
環烷基-C3 - 10
芳基、-C3 - 10
環烷基-C1 - 10
雜芳基、-C3 - 10
環烷基-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
雜環基-C1 - 10
烷基、-C1 - 10
雜環基-C2 - 10
烯基、-C1 - 10
雜環基-C2 - 10
炔基、-C1 - 10
雜環基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜環基-C1 - 10
雜芳基或-C1 - 10
雜環基-C3 - 10
環烷基,其中之每一者未經取代或經一或多個獨立R14
或R15
取代基取代;
R72
、R82
及R92
中之每一者獨立地為氫、-C1 - 10
烷基、-C2 - 10
烯基、-C2 - 10
炔基、-C1 - 10
雜烷基、-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜芳基、-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
雜環基、-OH、-CF3
、-C(O)R31
、-CO2
R31
、-C(=O)NR31
、-S(O)0-2
R31
、-C(=S)OR31
、-C(=O)SR31
;
R10
及R14
中之每一者獨立地為-C1 - 10
烷基、-C2 - 10
烯基、-C2 - 10
炔基、-C1 - 10
雜烷基、-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜芳基、-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
雜環基,視情況經一或多個獨立R11
取代基取代;
R11
、R12
、R13
及R15
中之每一者獨立地為氫、鹵素、-C1 - 10
烷基、-C2 - 10
烯基、-C2 - 10
炔基、-C1 - 10
雜烷基、-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜芳基、-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
雜環基、-OH、-CF3
、-OCF3
、-OR31
、-NR31
R32
、-C(O)R31
、-CO2
R31
、-C(=O)NR31
、-NO2
、-CN、-S(O)0-2
R31
、-SO2
NR31
R32
、-NR31
C(=O)R32
、-NR31
C(=O)OR32
、-NR31
C(=O)NR32
R33
、-NR31
S(O)0-2
R32
、-C(=S)OR31
、-C(=O)SR31
、-NR31
C(=NR32
)NR32
R33
、-NR31
C(=NR32
)OR33
、-NR31
C(=NR32
)SR33
、-OC(=O)OR33
、-OC(=O)NR31
R32
、-OC(=O)SR31
、-SC(=O)SR31
、-P(O)OR31
OR32
或-SC(=O)NR31
NR32
;
R31
、R32
、R33
及R34
中之每一者獨立地為氫、鹵素、-C1 - 10
烷基、-C2 - 10
烯基、-C2 - 10
炔基、-C1 - 10
雜烷基、-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜芳基、-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
雜環基,或其中R31
與R32
一起形成雜環;
其中環A包含一或多個選自N、O或S之雜原子;且
其中若X7
為O或X2
-X3
為R1
C=CR3
,則環A包含至少兩個選自N、O或S之雜原子;且
其中若X2
-X3
為R1
C=N,則X7
或X9
中之至少一者不為N。
在式I之一些實施例中,X1
為C=O,X2
為NR1
或CR1
R1
',且X3
為CR3
R3
'。在一些實施例中,X1
為C=O,X2
為NR1
,且X3
為C=O。在一些實施例中,W為C,Y為CR5
,X4
為CR4
,X5
為C且X6
為C。在一些實施例中,X7
為NH,X8
為N且X9
為CR21
。在一些實施例中,X7
為CR71
,X8
為N且X9
為NR22
。在一些實施例中,X1
為C=O,X2
為NR1
或CR1
R1
',X3
為CR3
R3
',W為C,Y為CR5
,X4
為N或CR4
,X5
為N或C,X6
為C,X7
為NR72
或CR71
,X8
為N,且X9
為NR22
或CR21
。在一些實施例中,X1
為C=O,X2
為NR1
,X3
為CR3
R3
',W為C,Y為CR5
,X4
為CR4
,X5
為C,X6
為C,X7
為NR72
,X8
為N,且X9
為CR21
。
在式I之一些實施例中,X1
為C=O,X2
為NR1
或CR1
R1
',X3
為CR3
R3
'或C=O,W為C,Y為CR5
,X4
為N或CR4
,X5
為N或C,X6
為C,X7
為N或NR72
或CR71
,X8
為N或CR81
,X9
為NR22
或CR21
,且X10
為N或CR91
;
R1
為-C1 - 10
烷基、-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜芳基、-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
烷基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
烷基-C1 - 10
雜芳基、-C1 - 10
烷基-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
烷基-C1 - 10
雜環基、-C3 - 10
環烷基-C1 - 10
烷基、-C3 - 10
環烷基-C3 - 10
芳基、-C3 - 10
環烷基-C1 - 10
雜芳基、-C3 - 10
環烷基-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
雜環基-C1 - 10
烷基、-C1 - 10
雜環基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜環基-C1 - 10
雜芳基或-C1 - 10
雜環基-C3 - 10
環烷基,其中之每一者未經取代或經一或多個獨立R10
或R11
取代基取代;
R1
'為氫、-C1 - 10
烷基、-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜芳基、-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
烷基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
烷基-C1 - 10
雜芳基、-C1 - 10
烷基-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
烷基-C1 - 10
雜環基、-C3 - 10
環烷基-C1 - 10
烷基、-C3 - 10
環烷基-C3 - 10
芳基、-C3 - 10
環烷基-C1 - 10
雜芳基、-C3 - 10
環烷基-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
雜環基-C1 - 10
烷基、-C1 - 10
雜環基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜環基-C1 - 10
雜芳基或-C1 - 10
雜環基-C3 - 10
環烷基,其中之每一者未經取代或經一或多個獨立R10
或R11
取代基取代;
R21
為鹵素、-OH、-CF3
、-OCF3
、-OR31
、-NR31
R32
、-C(O)R31
、-CO2
R31
、-C(=O)NR31
、-NO2
、-CN、-S(O)0-2
R31
、-NR31
C(=O)R32
、-L-C1 - 10
烷基、-L-C2 - 10
烯基、-L-C2 - 10
炔基、-L-C1 - 10
雜烷基、-L-C3 - 10
芳基、-L-C1 - 10
雜芳基、-L-C3 - 10
環烷基或-L-C1 - 10
雜環基,其中之每一者未經取代或經一或多個獨立R12
取代基取代;
R22
為-OH、-CF3
、-C(O)R31
、-CO2
R31
、-C(=O)NR31
、-S(O)0-2
R31
、-L-C1 - 10
烷基、-L-C2 - 10
烯基、-L-C2 - 10
炔基、-L-C1 - 10
雜烷基、-L-C3 - 10
芳基、-L-C1 - 10
雜芳基、-L-C3 - 10
環烷基或-L-C1 - 10
雜環基,其中之每一者未經取代或經一或多個獨立R12
取代基取代;
L為鍵、-O-、-N(R31
)-、-S(O)0-2
-、-C(=O)-、-C(=O)O-、-OC(=O)-、-C(=O)N(R31
)-、-N(R31
)C(=O)-、-NR31
C(=O)O-、-NR31
C(=O)NR32
-、-NR31
S(O)0-2
-或-S(O)0-2
N(R31
)-;
R3
、R3
'及R4
中之每一者獨立地為氫、鹵素、-OH、-CF3
、-OCF3
、-OR31
、-NR31
R32
、-C(O)R31
、-CO2
R31
、-C(=O)NR31
、-NO2
、-CN、-S(O)0-2
R31
、-C1 - 10
烷基、-C2 - 10
烯基、-C2 - 10
炔基、-L-C1 - 10
雜烷基、-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜芳基、-C3 - 10
環烷基或-C1 - 10
雜環基,其中之每一者未經取代或經一或多個獨立R13
取代基取代;或R3
'為-OR6
、-NR6
R34
、-S(O)0-2
R6
、-C(=O)R6
、-C(=O)OR6
、-OC(=O)R6
、-C(=O)N(R34
)R6
或-N(R34
)C(=O)R6
,其中R6
與R34
一起可視情況形成雜環;
R5
、R71
及R81
中之每一者獨立地為氫、鹵素、-C1 - 10
烷基、-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜芳基、-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
雜環基、-OH、-CF3
、-OCF3
、-OR31
、-NR31
R32
、-C(O)R31
、-CO2
R31
、-C(=O)NR31
、-NO2
、-CN、-S(O)0-2
R31
或-NR31
C(=O)R32
;
R6
為-C1 - 10
烷基、-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜芳基、-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
烷基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
烷基-C1 - 10
雜芳基、-C1 - 10
烷基-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
烷基-C1 - 10
雜環基、-C3 - 10
環烷基-C1 - 10
烷基、-C3 - 10
環烷基-C3 - 10
芳基、-C3 - 10
環烷基-C1 - 10
雜芳基、-C3 - 10
環烷基-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
雜環基-C1 - 10
烷基、-C1 - 10
雜環基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜環基-C1 - 10
雜芳基或-C1 - 10
雜環基-C3 - 10
環烷基,其中之每一者未經取代或經一或多個獨立R14
或R15
取代基取代;
R72
為氫、-C1 - 10
烷基、-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜芳基、-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
雜環基、-OH、-CF3
、-C(O)R31
、-CO2
R31
、-C(=O)NR31
或-S(O)0-2
R31
;
R10
及R14
中之每一者獨立地為-C1 - 10
烷基、-C2 - 10
烯基、-C2 - 10
炔基、-C1 - 10
雜烷基、-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜芳基、-C3 - 10
環烷基或-C1 - 10
雜環基,視情況經一或多個獨立R11
取代基取代;
R11
、R12
、R13
及R15
中之每一者獨立地為氫、鹵素、-C1 - 10
烷基、-C3 - 10
芳基、-C3 - 10
環烷基、-OH、-CF3
、-OCF3
、-OR31
、-NR31
R32
、-C(O)R31
、-CO2
R31
、-C(=O)NR31
、-NO2
、-CN、-S(O)0-2
R31
或-NR31
C(=O)R32
;
R31
、R32
及R34
中之每一者獨立地為氫、-C1 - 10
烷基、-C3 - 10
芳基或-C3 - 10
環烷基,或其中R31
與R32
一起形成雜環;且
其中環A包含一或多個選自N、O或S之雜原子。
在式I之一些實施例中,X1
為C=O,X2
為NR1
或CR1
R1
',X3
為CR3
R3
',W為C,Y為CR5
,X4
為N或CR4
,X5
為N或C,X6
為C,X7
為NR72
或CR71
,X8
為N,X9
為NR21
或CR21
,且X10
為N或CR91
;
R1
為-C1 - 10
烷基、-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
烷基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
烷基-C1 - 10
雜芳基、-C1 - 10
烷基-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
烷基-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
雜環基-C1 - 10
烷基或-C1 - 10
雜環基-C3 - 10
芳基,其中之每一者未經取代或經一或多個獨立R10
或R11
取代基取代;
R1
'為氫、-C1 - 10
烷基、-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
烷基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
烷基-C1 - 10
雜芳基、-C1 - 10
烷基-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
烷基-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
雜環基-C1 - 10
烷基或-C1 - 10
雜環基-C3 - 10
芳基,其中之每一者未經取代或經一或多個獨立R10
或R11
取代基取代;
R21
為鹵素、-OH、-CF3
、-OCF3
、-OR31
、-NR31
R32
、-C(O)R31
、-CO2
R31
、-C(=O)NR31
、-NO2
、-CN、-S(O)0-2
R31
、-NR31
C(=O)R32
、-L-C1 - 10
烷基、-L-C3 - 10
芳基、-L-C1 - 10
雜芳基、-L-C3 - 10
環烷基或-L-C1 - 10
雜環基,其中之每一者未經取代或經一或多個獨立R12
取代基取代;
R22
為-OH、-CF3
、-C(O)R31
、-CO2
R31
、-C(=O)NR31
、-S(O)0-2
R31
、-L-C1 - 10
烷基、-L-C3 - 10
芳基、-L-C1 - 10
雜芳基、-L-C3 - 10
環烷基,或-L-C1 - 10
雜環基,其中之每一者未經取代或經一或多個獨立R12
取代基取代;
L為鍵、-O-、-N(R31
)-、-S(O)0-2
-、-C(=O)-、-C(=O)O-、-OC(=O)-、-C(=O)N(R31
)-或-N(R31
)C(=O)-;
R3
、R3
'及R4
中之每一者獨立地為氫、鹵素、-OH、-CF3
、-OCF3
、-OR31
、-NR31
R32
、-C(O)R31
、-CO2
R31
、-C(=O)NR31
、-NO2
、-CN、-S(O)0-2
R31
、-C1 - 10
烷基、-C2 - 10
烯基或-C2 - 10
炔基,其中之每一者未經取代或經一或多個獨立R13
取代基取代;或R3
'為-OR6
、-NR6
R34
、-C(=O)N(R34
)R6
或-N(R34
)C(=O)R6
,其中R6
與R34
一起可視情況形成雜環;
R5
及R71
中之每一者獨立地為氫、鹵素、-C1 - 10
烷基、-C3 - 10
芳基、-C3 - 10
環烷基、-OH、-CF3
、-OR31
、-NR31
R32
、-C(O)R31
、-CO2
R31
、-C(=O)NR31
、-NO2
、-CN、-S(O)0-2
R31
或-NR31
C(=O)R32
;
R6
為-C1 - 10
烷基、-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
烷基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
烷基-C1 - 10
雜芳基、-C1 - 10
烷基-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
烷基-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
雜環基-C1 - 10
烷基或-C1 - 10
雜環基-C3 - 10
芳基,其中之每一者未經取代或經一或多個獨立R14
或R15
取代基取代;
R72
為氫、-C1 - 10
烷基、-C3 - 10
芳基、-C3 - 10
環烷基、-OH、-CF3
、-C(O)R31
、-CO2
R31
、-C(=O)NR31
或-S(O)0-2
R31
;
R10
及R14
中之每一者獨立地為-C1 - 10
烷基、-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜芳基、-C3 - 10
環烷基或-C1 - 10
雜環基,視情況經一或多個獨立R11
取代基取代;
R11
、R12
、R13
及R15
中之每一者獨立地為氫、鹵素、-C1 - 10
烷基、-OH、-CF3
、-OR31
、-NR31
R32
、-C(O)R31
、-CO2
R31
、-C(=O)NR31
、-NO2
、-CN、-S(O)0-2
R31
或-NR31
C(=O)R32
;
R31
、R32
及R34
中之每一者獨立地為氫或-C1 - 10
烷基,或其中R31
與R32
一起形成雜環;且
其中環A包含一或多個選自N、O或S之雜原子。
在式I之一些實施例中,X1
為C=O,X2
為NR1
,X3
為CR3
R3
',W為C,Y為CR5
,X4
為CR4
,X5
為C,X6
為C,X7
為NR72
,X8
為N,X9
為CR21
,且X10
為N或CR91
;
R1
為-C1 - 10
烷基、-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
烷基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜環基-C1 - 10
烷基或-C1 - 10
雜環基-C3 - 10
芳基,其中之每一者未經取代或經一或多個獨立R10
或R11
取代基取代;
R21
為鹵素、-OH、-CF3
、-OR31
、-NR31
R32
、-C(O)R31
、-CO2
R31
、-C(=O)NR31
、-NO2
、-CN、-L-C1 - 10
烷基、-L-C3 - 10
芳基、-L-C1 - 10
雜芳基、-L-C3 - 10
環烷基或-L-C1 - 10
雜環基,其中之每一者未經取代或經一或多個獨立R12
取代基取代;
L為鍵、-N(R31
)-、-C(=O)N(R31
)-或-N(R31
)C(=O)-;
R3
、R3
'及R4
中之每一者獨立地為氫、鹵素、-OH、-CF3
、-OCF3
、-OR31
、-NR31
R32
、-NO2
、-CN、-S(O)0-2
R31
、-C1 - 10
烷基、-C2 - 10
烯基或-C2 - 10
炔基;或R3
'為-OR6
、-NR6
R34
、-C(=O)N(R34
)R6
或-N(R34
)C(=O)R6
,其中R6
與R34
一起可視情況形成雜環;
R5
為氫、鹵素或-C1 - 10
烷基;
R6
為-C1 - 10
烷基、-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
烷基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜環基-C1 - 10
烷基或-C1 - 10
雜環基-C3 - 10
芳基,其中之每一者未經取代或經一或多個獨立R14
或R15
取代基取代;
R72
為氫、-C1 - 10
烷基、-OH、-CF3
、-C(O)R31
、-CO2
R31
、-C(=O)NR31
或-S(O)0-2
R31
;
R10
及R14
中之每一者獨立地為-C1 - 10
烷基、-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜芳基或-C1 - 10
雜環基,視情況經一或多個獨立R11
取代基取代;
R11
、R12
及R15
中之每一者獨立地為氫、鹵素、-C1 - 10
烷基、-OH、-CF3
、-OR3
、-NR31
R32
、-NO2
、-CN或-S(O)0-2
R31
;
R31
、R32
及R34
中之每一者獨立地為氫或-C1 - 10
烷基,或其中R31
與R32
一起形成雜環;且
其中環A包含一或多個選自N、O或S之雜原子。
在式I之一些實施例中,X1
為C=O,X2
為NR1
,X3
為CR3
R3
',W為C,Y為CR5
,X4
為CR4
,X5
為C,X6
為C,X7
為NR72
,X8
為N,X9
為CR21
,且X10
為N;
R1
為-C1 - 10
烷基、-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
烷基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜環基-C1 - 10
烷基或-C1 - 10
雜環基-C3 - 10
芳基,其中之每一者未經取代或經一或多個獨立R10
或R11
取代基取代;
R21
為鹵素、-CN、-L-C1 - 10
烷基、-L-C3 - 10
芳基、-L-C1 - 10
雜芳基、-L-C3 - 10
環烷基或-L-C1 - 10
雜環基,其中之每一者未經取代或經一或多個獨立R12
取代基取代;
L為鍵、-N(R31
)-或-C(=O)N(R31
)-;或R3
為-OR6
或-NR6
R34
,其中R6
與R34
一起可視情況形成雜環;
R3
、R3
'及R4
中之每一者獨立地為氫、鹵素、-OH、-CF3
或-C1-10
烷基;或R3
'為-OR6
或-NR6
R34
,其中R6
與R34
一起可視情況形成雜環;
R5
為氫;
R6
為-C1 - 10
烷基、-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
烷基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜環基-C1 - 10
烷基或-C1 - 10
雜環基-C3 - 10
芳基,其中之每一者未經取代或經一或多個獨立R14
或R15
取代基取代;
R72
為氫、-C1 - 10
烷基、-OH、-CF3
、-C(O)R31
、-CO2
R31
、-C(=O)NR31
或-S(O)0-2
R31
;
R10
及R14
中之每一者獨立地為-C1 - 10
烷基、-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜芳基或-C1 - 10
雜環基,視情況經一或多個獨立R11
取代基取代;
R11
、R12
及R15
中之每一者獨立地為氫、鹵素、-C1 - 10
烷基、-OH或-CF3
;
R31
及R34
中之每一者獨立地為氫或-C1 - 10
烷基;且
其中環A包含一或多個選自N、O或S之雜原子。
在式I-A之一些實施例中,R1
為-C1 - 10
烷基、-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜芳基、-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
烷基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
烷基-C1 - 10
雜芳基、-C1 - 10
烷基-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
烷基-C1 - 10
雜環基、-C3 - 10
環烷基-C1 - 10
烷基、-C3 - 10
環烷基-C3 - 10
芳基、-C3 - 10
環烷基-C1 - 10
雜芳基、-C3 - 10
環烷基-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
雜環基-C1 - 10
烷基、-C1 - 10
雜環基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜環基-C1 - 10
雜芳基或-C1 - 10
雜環基-C3 - 10
環烷基,其中之每一者未經取代或經一或多個獨立R10
或R11
取代基取代。在一些實施例中,R1
為-C1 - 10
烷基、-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
烷基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
烷基-C1 - 10
雜芳基、-C1 - 10
烷基-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
烷基-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
雜環基-C1 - 10
烷基或-C1 - 10
雜環基-C3 - 10
芳基,其中之每一者未經取代或經一或多個獨立R10
或R11
取代基取代。在一些實施例中,R1
為-C1 - 10
烷基、-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
烷基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜環基-C1 - 10
烷基或-C1 - 10
雜環基-C3 - 10
芳基,其中之每一者未經取代或經一或多個獨立R10
或R11
取代基取代。在一些實施例中,R1
為-C1 - 10
雜環基-C1 - 10
烷基,其未經取代或經一或多個獨立R10
或R11
取代基取代。
在式I-A之一些實施例中,R21
為氫、鹵素、-OH、-CF3
、-OCF3
、-OR31
、-NR31
R32
、-C(O)R31
、-CO2
R31
、-C(=O)NR31
、-NO2
、-CN、-S(O)0-2
R31
、-NR31
C(=O)R32
、-L-C1 - 10
烷基、-L-C2 - 10
烯基、-L-C2 - 10
炔基、-L-C1 - 10
雜烷基、-L-C3 - 10
芳基、-L-C1 - 10
雜芳基、-L-C3 - 10
環烷基或-L-C1 - 10
雜環基,其中之每一者未經取代或經一或多個獨立R12
取代基取代。在一些實施例中,R21
為鹵素、-OH、-CF3
、-OCF3
、-OR31
、-NR31
R32
、-C(O)R31
、-CO2
R31
、-C(=O)NR31
、-NO2
、-CN、-S(O)0-2
R31
、-NR31
C(=O)R32
、-L-C1 - 10
烷基、-L-C3 - 10
芳基、-L-C1 - 10
雜芳基、-L-C3 - 10
環烷基或-L-C1 - 10
雜環基,其中之每一者未經取代或經一或多個獨立R12
取代基取代。在一些實施例中,R21
為鹵素、-OH、-CF3
、-OR31
、-NR31
R32
、-C(O)R31
、-CO2
R31
、-C(=O)NR31
、-NO2
、-CN、-L-C1 - 10
烷基、-L-C3 - 10
芳基、-L-C1 - 10
雜芳基、-L-C3 - 10
環烷基或-L-C1 - 10
雜環基,其中之每一者未經取代或經一或多個獨立R12
取代基取代。在一些實施例中,R21
為鹵素、-CN、-L-C1 - 10
烷基、-L-C3 - 10
芳基、-L-C1 - 10
雜芳基、-L-C3 - 10
環烷基或-L-C1 - 10
雜環基,其中之每一者未經取代或經一或多個獨立R12
取代基取代。
在式I-A之一些實施例中,R21
為未經取代或經一或多個獨立R12
取代基取代之-L-C1 - 10
雜芳基;其中R21
之C1 - 10
雜芳基包含一或多個氮原子;當存在時,各R12
取代基獨立地選自由以下組成之群:-C1 - 10
烷基、-C2 - 10
烯基、-C2 - 10
炔基、-C1 - 10
雜烷基、-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜芳基、-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
雜環基、-OH、-CF3
、-OCF3
、-OR31
;其中各R31
獨立地為氫或-C1 - 10
烷基;L為鍵;且R1
為-C1 - 10
烷基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
烷基-C1 - 10
雜芳基、-C1 - 10
雜環基-C1 - 10
烷基或-C1 - 10
雜環基-C3 - 10
芳基,其未經取代或經一或多個獨立R10
或R11
取代基取代。
在式I-A之一些實施例中,R21
為未經取代或經一或多個獨立R12
取代基取代之-L-C1 - 10
雜芳基;其中R21
之C1 - 10
雜芳基包含一或多個氮原子;當存在時,各R12
取代基獨立地選自由以下組成之群:-C1 - 10
烷基、-C2 - 10
烯基、-C2 - 10
炔基、-C1 - 10
雜烷基、-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜芳基、-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
雜環基、-OH、-CF3
、-OCF3
、-OR31
;其中各R31
獨立地為氫或-C1 - 10
烷基;L為鍵;且R1
為,其未經取代或經一或多個獨立R10
或R11
取代基取代。
在式I-A之一些實施例中,R21
為未經取代或經一或多個獨立R12
取代基取代之-L-C1 - 10
雜芳基;其中R21
之C1 - 10
雜芳基包含一或多個氮原子;當存在時,各R12
取代基獨立地選自由以下組成之群:-C1 - 10
烷基、-C2 - 10
烯基、-C2 - 10
炔基、-C1 - 10
雜烷基、-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜芳基、-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
雜環基、-OH、-CF3
、-OCF3
、-OR31
;其中各R31
獨立地為氫或-C1 - 10
烷基;L為鍵;且R1
為,其未經取代或經一或多個獨立R10
或R11
取代基取代。
在式I-A之一些實施例中,R21
為未經取代或經一或多個獨立R12
取代基取代之-L-C1 - 10
雜芳基;其中R21
之C1 - 10
雜芳基包含一或多個氮原子;當存在時,各R12
取代基獨立地選自由以下組成之群:-C1 - 10
烷基、-C2 - 10
烯基、-C2 - 10
炔基、-C1 - 10
雜烷基、-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜芳基、-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
雜環基、-OH、-CF3
、-OCF3
、-OR31
;其中各R31
獨立地為氫或-C1 - 10
烷基;L為鍵;且R1
為,其未經取代或經一或多個獨立R10
或R11
取代基取代。
在式I-A之一些實施例中,R21
為未經取代或經一或多個獨立R12
取代基取代之-L-C1 - 10
雜芳基;R21
之C1 - 10
雜芳基選自由以下組成之群:吡唑基、吡啶基、吡嗪基、嘧啶基及噠嗪基;當存在時,各R12
取代基獨立地選自由以下組成之群:-Me、-Et、-i
-Pr、-n
-Pr、OH、-OMe、-OEt、-OPr;L為鍵;及R1
為-C1 - 10
烷基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
烷基-C1 - 10
雜芳基、-C1 - 10
雜環基-C1 - 10
烷基或-C1 - 10
雜環基-C3 - 10
芳基,其未經取代或經一或多個獨立R10
或R11
取代基取代。
在式I-A之一些實施例中,R21
為未經取代或經一或多個獨立R12
取代基取代之-L-C1 - 10
雜芳基;R21
之C1 - 10
雜芳基選自由以下組成之群:吡唑基、吡啶基、吡嗪基、嘧啶基及噠嗪基;當存在時,各R12
取代基獨立地選自由以下組成之群:-Me、-Et、-i
-Pr、-n
-Pr、OH、-OMe、-OEt、-OPr;L為鍵;且R1
為,其未經取代或經一或多個獨立R10
或R11
取代基取代。
在式I-A之一些實施例中,R21
為未經取代或經一或多個獨立R12
取代基取代之-L-C1 - 10
雜芳基;R21
之C1 - 10
雜芳基選自由以下組成之群:吡唑基、吡啶基、吡嗪基、嘧啶基及噠嗪基;當存在時,各R12
取代基獨立地選自由以下組成之群:-Me、-Et、-i
-Pr、-n
-Pr、OH、-OMe、-OEt、-OPr;L為鍵;且R1
為,其未經取代或經一或多個獨立R10
或R11
取代基取代。
在式I-A之一些實施例中,R21
為未經取代或經一或多個獨立R12
取代基取代之-L-C1 - 10
雜芳基;R21
之C1 - 10
雜芳基選自由以下組成之群:吡唑基、吡啶基、吡嗪基、嘧啶基及噠嗪基;當存在時,各R12
取代基獨立地選自由以下組成之群:-Me、-Et、-i
-Pr、-n
-Pr、OH、-OMe、-OEt、-OPr;L為鍵;且R1
為,其未經取代或經一或多個獨立R10
或R11
取代基取代。
在式I-A之一些實施例中,L為鍵、-O-、-N(R31
)-、-S(O)0-2
-、-C(=O)-、-C(=O)O-、-OC(=O)-、-C(=O)N(R31
)-、-N(R31
)C(=O)-、-NR31
C(=O)O-、-NR31
C(=O)NR32
-、-NR31
S(O)0-2
-或-S(O)0-2
N(R31
)-。在一些實施例中,L為鍵、-O-、-N(R31
)-、-S(O)0-2
-、-C(=O)-、-C(=O)O-、-OC(=O)-、-C(=O)N(R31
)-或-N(R31
)C(=O)-。在一些實施例中,L為鍵、-N(R31
)-、-C(=O)N(R31
)-或-N(R31
)C(=O)-。在一些實施例中,L為鍵、-N(R31
)-或-C(=O)N(R31
)-。
在式I-A之一些實施例中,R72
為氫、-C1 - 10
烷基、-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜芳基、-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
雜環基、-OH、-CF3
、-C(O)R31
、-CO2
R31
、-C(=O)NR31
或-S(O)0-2
R31
。在一些實施例中,R72
獨立地為氫、-C1 - 10
烷基、-C3 - 10
芳基、-C3 - 10
環烷基、-C(O)R31
、-CO2
R31
、-C(=O)NR31
或-S(O)0-2
R31
。在一些實施例中,R72
獨立地為氫或-C1 - 10
烷基。在一些實施例中,R72
獨立地為氫。
在式I-A之一些實施例中,R10
中之每一者獨立地為-C1 - 10
烷基、-C2 - 10
烯基、-C2 - 10
炔基、-C1 - 10
雜烷基、-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜芳基、-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
雜環基,視情況經一或多個獨立R11
取代基取代。在一些實施例中,R10
中之每一者獨立地為-C1 - 10
烷基、-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜芳基、-C3 - 10
環烷基或-C1 - 10
雜環基,視情況經一或多個獨立R11
取代基取代。在一些實施例中,R10
中之每一者獨立地為-C1 - 10
烷基、-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜芳基或-C1 - 10
雜環基,視情況經一或多個獨立R11
取代基取代。
在式I-A之一些實施例中,R11
、R12
及R13
中之每一者獨立地為氫、鹵素、-C1 - 10
烷基、-C3 - 10
芳基、-C3 - 10
環烷基、-OH、-CF3
、-OCF3
、-OR31
、-NR31
R32
、-C(O)R31
、-CO2
R31
、-C(=O)NR31
、-NO2
、-CN、-S(O)0-2
R31
或-NR31
C(=O)R32
。在一些實施例中,R11
、R12
及R13
中之每一者獨立地為氫、鹵素、-C1 - 10
烷基、-OH、-CF3
、-OR31
、-NR31
R32
、-C(O)R31
、-CO2
R31
、-C(=O)NR31
、-NO2
、-CN、-S(O)0-2
R31
或-NR31
C(=O)R32
。在一些實施例中,R11
、R12
及R13
中之每一者獨立地為氫、鹵素、-C1 - 10
烷基、-OH、-CF3
、-OR3
、-NR31
R32
、-NO2
、-CN或-S(O)0-2
R31
。在一些實施例中,R11
、R12
及R13
中之每一者獨立地為氫、鹵素、-C1 - 10
烷基、-OH或-CF3
。
在式I-A之一些實施例中,R31
、R32
及R33
中之每一者獨立地為氫、鹵素、-C1 - 10
烷基、-C2 - 10
烯基、-C2 - 10
炔基、-C1 - 10
雜烷基、-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜芳基、-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
雜環基,或其中R31
與R32
一起形成雜環。在一些實施例中,R31
、R32
及R33
中之每一者獨立地為氫、-C1 - 10
烷基、-C3 - 10
芳基或-C3 - 10
環烷基,或其中R31
與R32
一起形成雜環。在一些實施例中,R31
、R32
及R33
中之每一者獨立地為氫或-C1 - 10
烷基,或其中R31
與R32
一起形成雜環。在一些實施例中,R31
、R32
及R33
中之每一者獨立地為氫或-C1 - 10
烷基。
在式I-A之一些實施例中,
R1
為-C1 - 10
烷基、-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜芳基、-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
烷基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
烷基-C1 - 10
雜芳基、-C1 - 10
烷基-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
烷基-C1 - 10
雜環基、-C3 - 10
環烷基-C1 - 10
烷基、-C3 - 10
環烷基-C3 - 10
芳基、-C3 - 10
環烷基-C1 - 10
雜芳基、-C3 - 10
環烷基-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
雜環基-C1 - 10
烷基、-C1 - 10
雜環基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜環基-C1 - 10
雜芳基或-C1 - 10
雜環基-C3 - 10
環烷基,其中之每一者未經取代或經一或多個獨立R10
或R11
取代基取代;
R21
為氫、鹵素、-OH、-CF3
、-OCF3
、-OR31
、-NR31
R32
、-C(O)R31
、-CO2
R31
、-C(=O)NR31
、-NO2
、-CN、-S(O)0-2
R31
、-NR31
C(=O)R32
、-L-C1 - 10
烷基、-L-C2 - 10
烯基、-L-C2 - 10
炔基、-L-C3 - 10
芳基、-L-C1 - 10
雜芳基、-L-C3 - 10
環烷基或-L-C1 - 10
雜環基,其中之每一者未經取代或經一或多個獨立R12
取代基取代;
L為鍵、-O-、-N(R31
)-、-S(O)0-2
-、-C(=O)-、-C(=O)O-、-OC(=O)-、-C(=O)N(R31
)-、-N(R31
)C(=O)-、-NR31
C(=O)O-、-NR31
C(=O)NR32
-、-NR31
S(O)0-2
-或-S(O)0-2
N(R31
)-;
R72
為氫、-C1 - 10
烷基、-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜芳基、-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
雜環基、-OH、-CF3
、-C(O)R31
、-CO2
R31
、-C(=O)NR31
或-S(O)0-2
R31
;
R10
中之每一者獨立地為-C1 - 10
烷基、-C2 - 10
烯基、-C2 - 10
炔基、-C1 - 10
雜烷基、-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜芳基、-C3 - 10
環烷基或-C1 - 10
雜環基,視情況經一或多個獨立R11
取代基取代;
R11
、R12
及R13
中之每一者獨立地為氫、鹵素、-C1 - 10
烷基、-C3 - 10
芳基、-C3 - 10
環烷基、-OH、-CF3
、-OCF3
、-OR31
、-NR31
R32
、-C(O)R31
、-CO2
R31
、-C(=O)NR31
、-NO2
、-CN、-S(O)0-2
R31
或-NR31
C(=O)R32
;及
R31
及R32
中之每一者獨立地為氫、-C1 - 10
烷基、-C3 - 10
芳基或-C3 - 10
環烷基,或其中R31
與R32
一起形成雜環。
在式I-A之一些實施例中,
R1
為-C1 - 10
烷基、-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
烷基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
烷基-C1 - 10
雜芳基、-C1 - 10
烷基-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
烷基-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
雜環基-C1 - 10
烷基或-C1 - 10
雜環基-C3 - 10
芳基,其中之每一者未經取代或經一或多個獨立R10
或R11
取代基取代;
R21
為鹵素、-OH、-CF3
、-OCF3
、-OR31
、-NR31
R32
、-C(O)R31
、-CO2
R31
、-C(=O)NR31
、-NO2
、-CN、-S(O)0-2
R31
、-NR31
C(=O)R32
、-L-C1 - 10
烷基、-L-C3 - 10
芳基、-L-C1 - 10
雜芳基、-L-C3 - 10
環烷基或-L-C1 - 10
雜環基,其中之每一者未經取代或經一或多個獨立R12
取代基取代;
L為鍵、-O-、-N(R31
)-、-S(O)0-2
-、-C(=O)-、-C(=O)O-、-OC(=O)-、-C(=O)N(R31
)-或-N(R31
)C(=O)-;
R72
為氫、-C1 - 10
烷基、-C3 - 10
芳基、-C3 - 10
環烷基、-C(O)R31
、-CO2
R31
、-C(=O)NR31
、-S(O)0-2
R31
;
R10
為-C1 - 10
烷基、-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜芳基、-C3 - 10
環烷基或-C1 - 10
雜環基,視情況經一或多個獨立R11
取代基取代;
R11
、R12
及R13
中之每一者獨立地為氫、鹵素、-C1 - 10
烷基、-OH、-CF3
、-OR31
、-NR31
R32
、-C(O)R31
、-CO2
R31
、-C(=O)NR31
、-NO2
、-CN、-S(O)0-2
R31
或-NR31
C(=O)R32
;及
R31
及R32
中之每一者獨立地為氫或-C1 - 10
烷基,或其中R31
與R32
一起形成雜環。
在式I-A之一些實施例中,
R1
為-C1 - 10
烷基、-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
烷基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
烷基-C1 - 10
雜芳基、-C1 - 10
烷基-C3 - 10
環烷基、-C1 - 10
烷基-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
雜環基-C1 - 10
烷基或-C1 - 10
雜環基-C3 - 10
芳基,其中之每一者未經取代或經一或多個獨立R10
或R11
取代基取代;
R21
為鹵素、-OH、-CF3
、-OCF3
、-OR31
、-NR31
R32
、-C(O)R31
、-CO2
R31
、-C(=O)NR31
、-NO2
、-CN、-S(O)0-2
R31
、-NR31
C(=O)R32
、-L-C1 - 10
烷基、-L-C3 - 10
芳基、-L-C1 - 10
雜芳基、-L-C3 - 10
環烷基或-L-C1 - 10
雜環基,其中之每一者未經取代或經一或多個獨立R12
取代基取代;
L為鍵、-O-、-N(R31
)-、-S(O)0-2
-、-C(=O)-、-C(=O)O-、-OC(=O)-、-C(=O)N(R31
)-或-N(R31
)C(=O)-;
R72
為氫或-C1 - 10
烷基;
R10
中之每一者獨立地為-C1 - 10
烷基、-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜芳基、-C3 - 10
環烷基或-C1 - 10
雜環基,視情況經一或多個獨立R11
取代基取代;
R11
及R12
中之每一者獨立地為氫、鹵素、-C1 - 10
烷基、-OH、-CF3
、-OR31
、-NR31
R32
、-C(O)R31
、-CO2
R31
、-C(=O)NR31
、-NO2
、-CN、-S(O)0-2
R31
或-NR31
C(=O)R32
;及
R31
及R32
中之每一者獨立地為氫或-C1 - 10
烷基。
在式I-A之一些實施例中,
R1
為-C1 - 10
烷基、-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
烷基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜環基-C1 - 10
烷基或-C1 - 10
雜環基-C3 - 10
芳基,其中之每一者未經取代或經一或多個獨立R10
或R11
取代基取代;
R21
為鹵素、-CN、-L-C1 - 10
烷基、-L-C3 - 10
芳基、-L-C1 - 10
雜芳基、-L-C3 - 10
環烷基或-L-C1 - 10
雜環基,其中之每一者未經取代或經一或多個獨立R12
取代基取代;
L為鍵、-N(R31
)-或-C(=O)N(R31
)-;
R72
為氫;
R10
中之每一者獨立地為-C1 - 10
烷基、-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜芳基或-C1 - 10
雜環基,視情況經一或多個獨立R11
取代基取代;
R11
及R12
中之每一者獨立地為氫、鹵素、-C1 - 10
烷基、-OH、-CF3
、-OR31
或-CN;及
R31
中之每一者獨立地為氫或-C1 - 10
烷基。
在式I-A之一些實施例中,
R1
為-C1 - 10
烷基、-C1 - 10
烷基-C3 - 10
芳基或-C1 - 10
雜環基-C1 - 10
烷基,其中之每一者未經取代或經一或多個獨立R10
或R11
取代基取代;
R21
為-L-C3 - 10
芳基或-L-C1 - 10
雜芳基,其中之每一者未經取代或經一或多個獨立R12
取代基取代;
L為鍵或-N(R31
)-;
R72
為氫;
R10
中之每一者獨立地為-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
雜芳基或-C1 - 10
雜環基,視情況經一或多個獨立R11
取代基取代;
R11
及R12
中之每一者獨立地為鹵素、-C1 - 10
烷基、-OH、-CF3
或-OR31
;及
R31
中之每一者獨立地為氫或-C1 - 10
烷基。
在式I-A之一些實施例中,
R1
為-C1 - 10
雜環基-C1 - 10
烷基,其未經取代或經一或多個獨立R11
取代基取代;
R21
選自由以下組成之群的吡啶基:2-吡啶基、3-吡啶基及4-吡啶基,其未經取代或經一或多個獨立R12
取代基取代;
L為鍵;
R72
為氫;
R11
及R12
中之每一者獨立地為鹵素、-C1 - 10
烷基、-CF3
或-OR31
;及
R31
中之每一者獨立地為氫或-C1 - 10
烷基。
在某些實施例中,對於式I或I-A之化合物,R1
為-C1 - 10
雜環基-C1 - 10
烷基,其未經取代。在一些實施例中,R1
為-C1 - 10
雜環基-C1 - 10
烷基,其經一或多個獨立R10
取代基取代。在一些實施例中,R1
為-C1 - 10
雜環基-C1 - 10
烷基,其經一或多個獨立R11
取代基取代。在一些實施例中,R1
為-C1 - 10
雜環基-C1 - 10
烷基,其經一或多個獨立R10
或R11
取代基取代。在一些實施例中,R10
及R11
選自芳基,諸如苯基。
在某些實施例中,對於式I或I-A之化合物,R1
為-C1 - 10
烷基、-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
烷基-C3 - 10
雜環基、-C1 - 10
烷基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
烷基-C1 - 10
雜芳基、-C1 - 10
雜環基-C1 - 10
烷基或-C1 - 10
雜環基-C3 - 10
芳基,其未經取代或經一或多個獨立R10
或R11
取代基取代。在其他實施例中,R1
為-C1 - 10
烷基、-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
烷基-C3 - 10
雜環基、-C1 - 10
烷基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
烷基-C1 - 10
雜芳基、-C1 - 10
雜環基-C1 - 10
烷基或-C1 - 10
雜環基-C3 - 10
芳基,其未經取代或經一或多個獨立R10
或R11
取代基取代。在另外其他實施例中,R1
為-C1 - 10
烷基-C3 - 10
芳基、-C1 - 10
烷基-C1 - 10
雜芳基、-C1 - 10
雜環基-C1 - 10
烷基或-C1 - 10
雜環基-C3 - 10
芳基,其未經取代或經一或多個獨立R10
或R11
取代基取代。在另外其他實施例中,R1
為-C1 - 10
烷基-C3 - 10
芳基或-C1 - 10
雜環基-C3 - 10
芳基,其未經取代或經一或多個獨立R10
或R11
取代基取代。在其他實施例中,其中R1
為,其未經取代或經一或多個獨立R10
或R11
取代基取代。在一些實施例中, R1
為-C1 - 10
雜環基、-C1 - 10
雜環基-C1 - 10
烷基或-C1 - 10
雜環基-C3 - 10
芳基,其未經取代或經一或多個獨立R10
或R11
取代基取代。在一些實施例中,R1
為,其未經取代或經一或多個獨立R10
或R11
取代基取代。
本發明之化合物亦包括彼等化合物之結晶及非晶形式、醫藥學上可接受之鹽及具有相同類型之活性的此等化合物之活性代謝物,包括例如化合物之多晶型物、假多晶型物、溶劑合物、水合物、非溶劑化多晶型物(包括無水物)、構形多晶型物及非晶形式,以及其混合物。
本文所描述之化合物可展現其天然同位素豐度,或可人工富集原子數目相同但原子質量或質量數與自然界中主要發現之原子質量或質量數不同的特定同位素中之一或多種原子。本發明化合物之所有同位素變體無論是否具放射性均涵蓋於本發明之範疇內。舉例而言,氫具有三種天然存在之同位素,表示為1
H (氕)、2
H (氘)及3
H (氚)。氕為自然界中氫之最充足同位素。氘之富集可提供某些治療優勢,諸如增加活體內半衰期及/或暴露,或可提供適用於研究藥物消除及代謝之活體內途徑的化合物。同位素富集之化合物可藉由熟習此項技術者熟知的習知技術製備。
「異構體」為具有相同分子式之不同化合物。「立體異構體」為僅在原子於空間中之排列方式方面不同的異構體。「對映異構體」為一對立體異構體,其為彼此不可重疊之鏡像。一對對映異構體之1:1混合物為「外消旋」混合物。術語「(±)」用以在適當時指示外消旋混合物。「非對映異構體(diastereoisomer/diastereomer)」為具有至少兩個不對稱原子但不為彼此之鏡像的立體異構體。根據Cahn-lngold-Prelog R-S系統指定絕對立體化學。當化合物為純對映異構體時,各對掌性碳處之立體化學可由R或S指定。絕對組態未知之解析化合物可視其在鈉D線之波長處旋轉平面偏振光的方向(右旋或左旋)而指定為(+)或(-)。某些本文所描述之化合物含有一或多個不對稱中心,且因此可產生對映異構體、非對映異構體及其他立體異構形式,其不對稱中心可根據絕對立體化學定義為(R)-或(S)-。本發明之化學實體、醫藥組合物及方法意謂包括所有此等可能之立體異構體,包括外消旋混合物、光學純形式、非對映異構體之混合物及中間混合物。光學活性(R)-及(S)-異構體可使用對掌性合成組元或對掌性試劑製備,或使用習知技術解析。化合物之光學活性可經由任何適合方法分析,該方法包括(但不限於)對掌性層析及旋光測定法,且可判定一種立體異構體相比於另一異構體之主導程度。
具有碳-碳雙鍵或碳-氮雙鍵之化學實體可以Z
-或E
-形式(或順-或反式-形式)存在。此外,一些化學實體可以各種互變異構形式存在。除非另外規定,否則本文所描述之化學實體亦意欲包括所有Z
-、E
-及互變異構形式。
術語「鹽」或「醫藥學上可接受之鹽」係指衍生自此項技術中熟知的多種有機及無機相對離子之鹽。醫藥學上可接受之酸加成鹽可由無機酸及有機酸形成。可自其衍生鹽之無機酸包括例如鹽酸、氫溴酸、硫酸、硝酸、磷酸及類似者。可自其衍生鹽之有機酸包括例如乙酸、丙酸、乙醇酸、丙酮酸、草酸、順丁烯二酸、丙二酸、丁二酸、反丁烯二酸、酒石酸、檸檬酸、苯甲酸、肉桂酸、杏仁酸、甲磺酸、乙磺酸、對甲苯磺酸、水楊酸及類似者。醫藥學上可接受之鹼加成鹽可由無機鹼及有機鹼形成。可自其衍生鹽之無機鹼包括例如鈉、鉀、鋰、銨、鈣、鎂、鐵、鋅、銅、錳、鋁及類似者。可自其衍生鹽之有機鹼包括例如一級胺、二級胺及三級胺、經取代之胺(包括天然存在的經取代之胺)、環胺、鹼性離子交換樹脂及類似者,特定言之,諸如異丙胺、三甲胺、二乙胺、三乙胺、三丙胺及乙醇胺。在一些實施例中,醫藥學上可接受之鹼加成鹽選自銨鹽、鉀鹽、鈉鹽、鈣鹽及鎂鹽。
「視情況(Optional/optionally)」意謂隨後描述之事件或情形可能發生或可能不發生,且該描述包括事件或情形發生之情況及不發生之情況。舉例而言,「視情況經取代之芳基」意謂芳基可經取代或可未經取代且該描述包括經取代之芳基及不具有取代基之芳基兩者。
「醫藥學上可接受之載劑、稀釋劑或賦形劑」包括(但不限於)任何佐劑、載劑、賦形劑、滑動劑、甜味劑、稀釋劑、防腐劑、染料、著色劑、風味增強劑、界面活性劑、濕潤劑、分散劑、懸浮劑、穩定劑、等張劑、溶劑或乳化劑,其已經美國食品與藥物管理局(the United States Food and Drug Administration)批准為對用於人類或家畜中係可接受的。
上文針對各種變數所描述之基團的任何組合涵蓋於本文中。在整個說明書中,可選擇基團及其取代基以提供穩定部分及化合物。
本文所描述之化學實體可根據本文中之一或多種說明性流程及/或此項技術中已知之技術合成,例如,如PCT/US2014/059197中所描述,該案之揭示內容以引用之方式併入本文中。本文所使用之材料為市售的或由此項技術中通常已知的合成方法製備。
本發明提供一種抑制MAPK路徑成員在細胞中之活性的方法,其包含使細胞與有效量的本文所揭示之一或多種化合物接觸。激酶活性之抑制可藉由此項技術中已知的廣泛多種方式來評定及展現。非限制性實例包括(a)免疫墨點及用抗體進行之免疫沈澱,該等抗體諸如識別磷酸化蛋白質之抗磷酸酪胺酸、抗磷絲胺酸或抗磷酸蘇胺酸抗體;(b)使用特異性識別激酶受質之特定磷酸化形式的抗體(例如抗磷酸化ERK);(c)細胞增殖分析,諸如(但不限於)氚化胸苷攝取分析、BrdU (5'-溴-2'-脫氧尿苷)攝取(由Calibochem出售之套組)、MTS攝取(由Promega出售之套組)、MTT攝取(由Cayman Chemical出售之套組)、CyQUANT®染料攝取(由Invitrogen出售)。
與其他相關酶相比較,亦可藉由目標基因之表現量、其下游信號傳導基因(例如,藉由RT-PCR)或目標蛋白之表現量(例如,藉由免疫細胞化學、免疫組織化學、西方墨點)來測定選擇性抑制。
在一些實施例中,本發明方法之實踐涉及在活體外進行之接觸步驟。在其他實施例中,接觸步驟在活體內進行。
上文展示之任何化合物可在抑制分析(諸如MEK或ERK抑制分析)中展示約1 pM與25 µM (IC50)之間的生物活性。
在一些實施例中,一或多種本發明之化合物可特異性結合於ERK (MAPK)激酶或選自由以下組成之群的蛋白激酶:Ras、Raf、JNK、ErbB-1 (EGFR)、Her2 (ErbB-2)、Her 3 (ErbB-3)、Her 4 (ErbB-4)、MAP2K1 (MEK1)、MAP2K2 (MEK2)、MAP2K3 (MEK3)、MAP2K4 (MEK4)、MAP2K5 (MEK5)、MAP2K6 (MEK6)、MAP2K7 (MEK7)、CDK1、CDK2、CDK3、CDK4、CDK5、CDK6、CDK7、CDK8、CDK9、CDK11,及所附表及圖中列出之任何其他蛋白激酶,以及其任何功能性突變體。
在一些實施例中,本發明之化合物對於MAPK路徑之目標成員的IC50為小於約1 µM、小於約100 nM、小於約50 nM、小於約10 nM、小於1 nM或甚至小於約0.5 nM。在一些實施例中,本發明之化合物對於MAPK路徑之目標成員的IC50為小於約1 µM、小於約100 nM、小於約50 nM、小於約10 nM、小於1 nM或甚至小於約0.5 nM。在一些實施例中,一或多種本發明之化合物展現雙結合特異性且能夠以小於約1 µM、小於約100 nM、小於約50 nM、小於約10 nM、小於1 nM或甚至小於約0.5 nM之IC50值抑制ERK激酶(例如,ERK-1激酶、ERK-2激酶等)以及蛋白激酶(例如,Ras、Raf、Her-2、MEK1等)。在一些實施例中,一或多種本發明之化合物可能夠抑制參與Ras-Raf-MEK-ERK路徑(MAPK路徑)之激酶,包括例如Ras、Raf、JNK、ErbB-1 (EGFR)、Her2 (ErbB-2)、Her3 (ErbB-3)、Her4 (ErbB-4)、MAP2K1 (MEK1)、MAP2K2 (MEK2)、MAP2K3 (MEK3)、MAP2K4 (MEK4)、MAP2K5 (MEK5)、MAP2K6 (MEK6)、MAP2K7 (MEK7)、CDK1、CDK2、CDK3、CDK4、CDK5、CDK6、CDK7、CDK8、CDK9、CDK11,及其功能性突變體。在一些實施例中,激酶為Ras、Raf、JNK、ErbB-1 (EGFR)、Her2 (ErbB-2)、MAP2K1 (MEK1)、CDK1、CDK2、CDK3、CDK4、CDK5、CDK6,或本文之表及圖中列出之任何其他激酶。
在再一實施例中,相對於一或多種蛋白激酶,包括(但不限於)絲胺酸/蘇胺酸激酶(諸如DNA-PK及mTor),本發明之化合物選擇性地抑制ERK、MEK、Ras或Raf活性。此選擇性抑制可由例如與參考蛋白激酶之值相比可為1/2、1/3rd
、1/4th
、1/5th
、1/7th
、1/10th
、1/20th
、1/25th
、1/50th
、1/100th
、1/200th
、1/300th
、1/400th
、1/500th
、1/1000th
、1/2000th
或更低的本發明化合物之IC50值來證明。在一些情況下,本發明之化合物缺乏與除ERK、MEK、Ras或Raf以外的至少約100、200、300種或更多種蛋白激酶的實質交叉反應性。可藉由例如在本發明之化合物以1 µM、5 µM、10 µM或更高之濃度施加至蛋白激酶時保留至少50%、60%、70%、80%、90%或更高之激酶活性來證明缺乏與其他非MAPK路徑蛋白的實質交叉反應性。
在一些實施例中,一或多種本發明之化合物以約100 nM、50 nM、10 nM、5 nM、100 pM、10 pM或甚至1 pM或更低之IC50值選擇性地抑制ERK、MEK、Ras或Raf活性,如活體外激酶分析中所確定。
在一些實施例中,一或多種本發明之化合物能夠經由一或多種本文所揭示之蛋白激酶或脂質激酶抑制及/或以其他方式調節細胞信號轉導。舉例而言,一或多種本發明之化合物能夠抑制或調節信號轉導路徑之輸出。既定路徑之信號傳導轉導之輸出可藉由所關注路徑中信號傳導分子的磷酸化、去磷酸化、片段化、還原、氧化之含量來量測。在另一特定實施例中,路徑之輸出可為細胞或表型輸出(例如,調節/抑制細胞增殖、細胞死亡、細胞凋亡、自體吞噬、吞噬作用、細胞週期進程、轉移、細胞侵襲、血管生成、血管形成、泛素化、轉譯、轉錄、蛋白質運輸、粒線體功能、高爾基體功能、內質網網狀功能等)。在一些實施例中,一或多種本發明之化合物能夠例如導致細胞凋亡、導致細胞週期停滯、抑制細胞增殖、抑制腫瘤生長、抑制血管生成、抑制血管形成、抑制轉移及/或抑制細胞侵襲。
在一些實施例中,一或多種本發明之化合物導致該細胞之細胞凋亡或細胞週期停滯。藉由本發明化合物,細胞週期可停滯於G0/G1期、S期及/或G2/M期。
在一些實施例中,一或多種本發明之化合物(包括(但不限於)以上列出之化合物)能夠抑制細胞增殖。舉例而言,在一些情況下,一或多種本發明之化合物可抑制具有廣泛範圍之基因組成的腫瘤細胞或腫瘤細胞株之增殖。在一些情況下,本發明之化合物可抑制活體外或活體內模型(諸如異種移植小鼠模型)中之NSCLC細胞增殖。在一些情況下,活體外培養之NSCLC細胞增殖可由一或多種本發明之化合物以小於100 nM、75 nM、50 nM、25 nM、15 nM、10 nM、5 nM、3 nM、2 nM、1 nM、0.5 nM、0.1 nM或更低之IC50抑制。
在一些實施例中,如藉由活體外分析或活體內模型(例如,使用個體之腫瘤細胞生成異種移植模型)所展示,來源於個體(例如,癌症患者)的原發性腫瘤之增殖可由本發明之化合物抑制。在一些情況下,原發性腫瘤細胞株增殖可由一或多種本發明之化合物以小於100 nM、75 nM、50 nM、25 nM、15 nM、10 nM、5 nM、3 nM、2 nM、1 nM、0.5 nM、0.1 nM或甚至更低之IC50抑制。在一些情況下,本發明之化合物對於抑制一組10、20、30、40、50、100種或更多種原發性腫瘤細胞之平均IC50可為約200 nM、100 nM、75 nM、50 nM、25 nM、15 nM、10 nM、5 nM、3 nM、2 nM、1 nM、0.5 nM、0.1 nM或甚至更低。可由本發明之化合物抑制之腫瘤細胞包括(但不限於)腺癌,諸如肺腺癌。
在一些實施例中,本發明之化合物有效阻斷細胞中之細胞增殖信號。在一些情況下,如藉由對蛋白質之磷酸化(諸如FOXO1 (在T24/3a T32處磷酸化)、GSK3β (在S9處磷酸化)、PRAS40 (在T246處磷酸化)或MAPK磷酸化)進行西方墨點分析所證明,細胞增殖信號傳導可由一或多種本發明之化合物抑制。在一些情況下,本發明之化合物可抑制信號傳導蛋白質之磷酸化且抑制含有此等信號傳導蛋白質但對現有化學治療劑具有抗性之細胞的增殖,該等現有化學治療劑包括(但不限於)雷帕黴素(rapamycin)、格列衛(Gleevec)、達沙替尼(dasatinib)、烷基化劑、抗代謝物、蒽環黴素、植物鹼、拓樸異構酶抑制劑及本文所揭示之其他抗腫瘤劑。
在一些實施例中,一或多種本發明之化合物可引起細胞週期停滯。在一些情況下,用一或多種本發明之化合物處理的細胞可停滯或耗時更久前進至一或多個細胞週期階段(諸如G0/G1、S或G2/M)。舉例而言,用一或多種本發明之化合物處理的細胞可停滯或耗時更久前進至G0/G1細胞週期階段。在一些情況下,用一或多種本發明之化合物處理的約35%、40%、50%、55%、60%、65%、70%或更多之細胞可在G0/G1細胞週期階段中。在一些情況下,回應於用本發明之化合物處理而展現G0/G1細胞週期階段之細胞週期停滯的細胞為腫瘤細胞或快速分裂細胞。在一些情況下,與小紅莓(doxorubicin)相比,本發明之化合物影響相當或更大程度之G0/G1停滯。
本發明進一步提供藉由使MAPK路徑之成員與有效量的本發明化合物接觸來調節MAPK路徑活性的方法。調節可為抑制或活化激酶活性。在一些實施例中,本發明提供抑制激酶活性之方法,其藉由使激酶與有效量的本發明化合物在溶液中接觸來進行。在一些實施例中,本發明提供抑制激酶活性之方法,其藉由接觸表現所關注激酶之細胞、組織、器官來進行。在一些實施例中,本發明提供抑制個體(包括(但不限於)嚙齒動物及哺乳動物(例如,人類))中之激酶活性的方法,其藉由向個體投與有效量的本發明化合物來進行。在一些實施例中,抑制百分比超過25%、30%、40%、50%、60%、70%、80%或90%。
在一些實施例中,激酶選自由以下組成之群:ERK,包括諸如ERK1及ERK2之不同同功異型物;Ras;Raf;JNK;ErbB-1 (EGFR);Her2 (ErbB-2);Her 3 (ErbB-3);Her 4 (ErbB-4);MAP2K1 (MEK1);MAP2K2 (MEK2);MAP2K3 (MEK3);MAP2K4 (MEK4);MAP2K5 (MEK5);MAP2K6 (MEK6);MAP2K7 (MEK7);CDK1;CDK2;CDK3;CDK4;CDK5;CDK6;CDK7;CDK8;CDK9;CDK11。
本發明進一步提供調節MAPK路徑活性之方法,其藉由使MAPK路徑之成員與足以調節MAPK路徑活性之一定量的本發明化合物接觸來進行。調節可為抑制或活化MAPK路徑活性。在一些實施例中,本發明提供抑制MAPK路徑之成員的方法,其藉由使成員與足以抑制成員之活性之一定量的本發明化合物接觸來進行。在一些實施例中,本發明提供抑制溶液中之MAPK路徑活性的方法,其藉由使該溶液與足以抑制MAPK路徑在該溶液中之活性之一定量的本發明化合物接觸來進行。在一些實施例中,本發明提供抑制細胞中之MAPK路徑活性之方法,其藉由使該細胞與足以抑制MAPK路徑在該細胞中之活性之一定量的本發明化合物接觸來進行。在一些實施例中,本發明提供抑制組織中之MAPK路徑活性的方法,其藉由使該組織與足以抑制MAPK路徑在該組織中之活性之一定量的本發明化合物接觸來進行。在一些實施例中,本發明提供抑制動物中之MAPK路徑活性的方法,其藉由使該動物與足以抑制MAPK路徑在該動物中之活性之一定量的本發明化合物接觸來進行。在一些實施例中,本發明提供抑制哺乳動物中之MAPK路徑活性的方法,其藉由使該哺乳動物與足以抑制MAPK路徑在該哺乳動物中之活性之一定量的本發明化合物接觸來進行。在一些實施例中,本發明提供抑制人類中之MAPK路徑活性的方法,其藉由使該人類與足以抑制MAPK路徑在該人類中之活性之一定量的本發明化合物接觸來進行。本發明提供治療需要此治療之個體中的由MAPK路徑活性介導之疾病的方法。
在一些實施例中,本發明之方法提供有效劑量之MAPK路徑抑制劑。如本文所定義,有效劑量係指足以實現預期應用(包括(但不限於)疾病治療)的量。本發明方法中亦涵蓋使用低於治療量之MAPK路徑抑制劑治療預期疾病病況。
所投與的MAPK路徑抑制劑之量可視預期應用(活體外或活體內)或個體及正治療之疾病病況而變化,例如個體之體重及年齡、疾病病況之嚴重性、投藥方式及類似者,其可由一般熟習此項技術者容易地確定。
可監測正用MAPK路徑抑制劑治療之個體以確定治療之有效性,且治療方案可基於個體對治療之生理反應而進行調整。舉例而言,若MAPK路徑抑制之生物效應之抑制高於或低於臨限值,則可分別降低或增加給藥量或頻率。若確定療法有效,則該等方法可進一步包含繼續療法。若確定療法有效,則該等方法可包含維持、漸減、減少或停止療法中化合物之投與量。若確定其無效,則該等方法可包含增加療法中化合物之投與量。替代地,若確定其無效,則該等方法可包含停止療法。在一些實施例中,若生物效應之抑制高於或低於臨限值,諸如缺乏反應或不良反應,則停止用MAPK路徑抑制劑進行治療。生物效應可為多種生理指示中任一者之變化。
治療有效性(或替代地,「治療功效」或「臨床上有益反應」)係基於治療癌症之效應量測。一般而言,本發明方法關於治療癌症(良性抑或惡性)之治療功效可藉由方法及組合物促進腫瘤細胞增殖之抑制、腫瘤血管形成之抑制、腫瘤細胞之根除、腫瘤生長速率之降低、及/或至少一個腫瘤之大小之減小的程度來量測。本文論述在測定治療功效中考慮之若干參數。對於特定情況恰當之參數組合可由臨床醫生確立。本發明方法在治療癌症(例如,減小腫瘤大小或根除癌細胞)中之進展可使用任何適合方法來確定,該方法諸如當前臨床用於追蹤腫瘤大小及癌症進展之彼等方法。用於評估所揭示方法及組合物對癌症治療的主要功效參數較佳為腫瘤大小之減小。腫瘤大小可使用任何適合技術得出,該技術諸如量測尺寸,或使用可用電腦軟體(諸如Wake Forest University開發的實現腫瘤體積準確估算之FreeFlight軟體)估算腫瘤體積。腫瘤大小可藉由使用例如CT、超音波、SPECT、螺旋CT、MRI、攝影及其類似方式進行腫瘤觀測來測定。在完成治療週期後以手術方式切除腫瘤之實施例中,腫瘤組織之存在及腫瘤大小可藉由對待切除之組織進行大體分析及/或藉由對切除之組織進行病理分析來測定。
臨床醫生可在確定患有癌症之個體是否展現臨床上有益反應時考慮如本文所描述之若干參數。在一些合乎需要的實施例中,腫瘤生長由於本發明方法及組合物而穩定(亦即,一或多個腫瘤之大小增加不超過1%、5%、10%、15%或20%,及/或不轉移)。在一些實施例中,腫瘤穩定至少約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12週或更多週。在一些實施例中,腫瘤穩定至少約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12個月或更多個月。在一些實施例中,腫瘤穩定至少約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10年或更多年。較佳地,本發明方法將腫瘤之大小減小至少約5% (例如,至少約10%、15%、20%或25%)。更佳地,將腫瘤大小減小至少約30% (例如,至少約35%、40%、45%、50%、55%、60%或65%)。甚至更佳地,將腫瘤大小減小至少約70% (例如,至少約75%、80%、85%、90%或95%)。最佳地,將腫瘤完全消除或減小低於偵測含量。在一些實施例中,個體在治療之後保持無腫瘤(例如,處於緩解中)持續至少約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12週或更多週。在一些實施例中,個體在治療之後保持無腫瘤持續至少約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12個月或更多個月。在一些實施例中,個體在治療之後保持無腫瘤持續至少約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10年或更多年。
在一些實施例中,所揭示方法在減小腫瘤大小中之功效可藉由在完成治療週期之後量測以手術方式切除之腫瘤之壞死(亦即死亡)組織之百分比來測定。在一些其他實施例中,若所切除組織之壞死百分比大於約20% (例如,至少約30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%或100%)、更佳約90%或更大(例如,約90%、95%或100%),則治療為治療上有效。最佳地,所切除組織之壞死百分比為100%,亦即,腫瘤組織不存在或不可偵測。
所揭示方法之功效可藉由多種次級參數測定。次級參數之實例包括(但不限於):偵測新腫瘤、偵測腫瘤抗原或標記、活組織檢查、手術降階(亦即使腫瘤之手術階段自不可切除轉換為可切除)、PET掃描、存活、無疾病進展之存活、疾病進展之時間、生活品質評定(諸如臨床益處反應評定)及其類似者,其均可針對人類中之癌症之整體進展(或消退)。活組織檢查尤其適用於偵測組織內癌細胞之根除。放射性免疫偵測(RAID)用於使用由腫瘤產生及/或與腫瘤相關的標記(抗原) (「腫瘤標記」或「腫瘤相關抗原」)之血清含量對腫瘤定位及分階,且可適用作治療前診斷性預測、復發之治療後診斷性指示及治療功效之治療後指示。可作為治療功效之指示評估的腫瘤標記或腫瘤相關抗原之實例包括(但不限於):癌胚抗原(CEA)、前列腺特異性抗原(PSA)、紅血球生成素(EPO)、CA-125、CA19-9、神經節苷脂分子(例如,GM2、GD2及GD3)、MART-1、熱休克蛋白(例如,gp96)、唾液酸基Tn (STn)、酪胺酸酶、MUC-1、HER-2/neu、c-erb-B2、KSA、PSMA、p53、RAS、EGF-R、VEGF、MAGE及gp100。其他腫瘤相關抗原為此項技術中已知的。RAID技術與內視鏡偵測系統組合亦可高效地將小腫瘤與周圍組織區分(參見例如美國專利第4,932,412號)。
在額外合乎需要的實施例中,根據所揭示方法對人類患者之癌症的治療係由以下結果中之一或多者證明:(a)腫瘤之完全消失(亦即完全反應),(b)與治療之前的腫瘤大小相比,在完成治療週期後至少四週腫瘤大小之約25%至約50%減小,(c)與治療週期之前的腫瘤大小相比,在完成治療週期後至少四週腫瘤大小之至少約50%減小,及(d)與在治療週期之前的腫瘤相關抗原含量相比,在完成治療週期後約4-12週時特定腫瘤相關抗原含量之至少2%降低(例如,約5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%或90%降低)。雖然腫瘤相關抗原含量之至少2%降低為較佳的,但腫瘤相關抗原含量之任何降低均為本發明方法治療患者癌症之證據。
關於生活品質評定(諸如臨床益處反應準則),根據本發明的治療之治療益處可在疼痛強度、鎮痛劑消耗及/或卡諾夫斯基效能量表(Karnofsky Performance Scale)得分方面證明。替代地或另外,對人類患者之癌症的治療由以下證明:(a)與在治療之前由患者報導之疼痛強度相比,諸如在完成治療後12週中之任何連續四週時期由患者報導之疼痛強度之至少50%降低(例如,至少60%、70%、80%、90%或100%降低),(b)與在治療之前由患者報導之鎮痛劑消耗相比,諸如在完成治療後12週中之任何連續四週時期由患者報導之鎮痛劑消耗之至少50%降低(例如,至少60%、70%、80%、90%或100%降低),及/或(c)與在治療週期之前由患者報導之卡諾夫斯基效能量表得分相比,諸如在完成治療週期後12週中之任何連續四週時期由患者報導之卡諾夫斯基效能量表得分之至少20點增加(例如,至少30點、50點、70點或90點增加)。
在一些實施例中,腫瘤大小由於本發明方法較佳在不在個體中引起顯著不良事件之情況下減小。不良事件藉由國家癌症研究所(National Cancer Institute;NCI)之癌症療法評價方案(Cancer Therapy Evaluation Program;CTEP)分類或「分級」,0級表示最小不良副作用且4級表示最嚴重不良事件。理想地,所揭示方法與最小不良事件相關,例如, 0級、1級或2級不良事件,如由CTEP/NCI所分級。然而,如本文所論述,減小腫瘤大小儘管較佳但並不為所需,因為即使根除腫瘤細胞,腫瘤之實際大小亦可能不會收縮。根除癌細胞足以實現治療效應。同樣,腫瘤大小之任何減小足以實現治療效應。
對人類之各種癌症之偵測、監測及評級進一步描述於Cancer Facts and Figures 2001, American Cancer Society, New York, N.Y.及國際專利申請案WO 01/24684中。因此,臨床醫生可使用標準測試來測定本發明方法之各種實施例在治療癌症中之功效。然而,除了腫瘤大小及擴散之外,臨床醫生亦可在治療功效評估中考慮患者之生活品質及存活。
在一些實施例中,本發明提供一種醫藥組合物,其包含經調配用於向有需要之個體投與的一定量之MAPK路徑抑制劑。在一些實施例中,醫藥組合物包含在約0.0001-500 g、0.001-250 g、0.01-100 g、0.1-50 g或1-10 g之間的MAPK路徑抑制劑。在一些實施例中,醫藥組合物包含約或超過約0.0001 g、0.001 g、0.01 g、0.1、0.5 g、1 g、2 g、3 g、4 g、5 g、6 g、7 g、8 g、9 g、10 g、15 g、20 g、25 g、50 g、100 g、200 g、250 g、300 g、350 g、400 g、450 g、500 g或更多之MAPK路徑抑制劑。在一些實施例中,醫藥組合物在單次劑量中包含在0.001-2 g之間的MAPK路徑抑制劑。在一些實施例中,治療量可為在約0.001-0.1 g之間的MAPK路徑抑制劑的量。在一些實施例中,治療量可為在約0.01-30 g之間的MAPK路徑抑制劑的量。在一些實施例中,治療量可為在約0.45 mg/kg/週至230.4 mg/kg/週之間的MAPK路徑抑制劑的量。在一些實施例中,MAPK路徑抑制劑以每週靜脈內輸注一次之方式提供。較佳地,MAPK路徑抑制劑以每週靜脈內輸注一次之方式以約0.45 mg/kg/週至約1000 mg/kg/週,諸如約10 mg/kg/週至約50 mg/kg/週之劑量提供。在一些實施例中,MAPK路徑抑制劑以每週靜脈內輸注一次之方式以約5 mg/kg/週、約10 mg/kg/週、約20 mg/kg/週、約30 mg/kg/週、約40 mg/kg/週或約50 mg/kg/週,諸如約20 mg/kg/週之劑量提供。
在一些實施例中,MAPK路徑抑制劑可作為治療方案之部分投與,該治療方案包含與MAPK路徑抑制劑同時或依次投與一或多種第二藥劑(例如,1、2、3、4、5或更多種第二藥劑)。當依次投與時,可在一或多種第二藥劑之前或之後投與MAPK路徑抑制劑。當同時投與時,可藉由相同途徑(例如,注射至相同位置;同時經口服用錠劑)、藉由不同途徑(例如,在接受靜脈內輸注時經口服用錠劑)或作為相同組合之部分(例如,包含MAPK路徑抑制劑及一或多種第二藥劑之溶液)來投與MAPK路徑抑制劑及一或多種第二藥劑。在一些實施例中,MAPK路徑抑制劑與抗EGFR療法組合投藥。
在某些態樣中,本文所描述之方法進一步包含向個體投與第二治療劑。本發明提供用於組合療法之方法,其中已知調節其他路徑之藥劑,或同一路徑之其他組分,或甚至目標酶之重疊集合與本發明之化合物或其醫藥學上可接受之鹽、酯、前藥、溶劑合物、水合物或衍生物組合使用。在一些實施例中,此療法包括(但不限於)一或多種本發明之化合物與化學治療劑、治療性抗體及/或放射治療之組合,以提供協同或附加治療效應。
在某些態樣中,本發明提供一種治療有需要之個體之腺癌的方法,其包含向該個體投與MAPK路徑抑制劑及第二治療劑。較佳地,第二治療劑為CDK4/6抑制劑,諸如帕泊昔布、瑞博昔布、阿貝力布、米西西尼、阿昔迪布、瑞沙托維、曲拉西尼、SHR-6390、PF-06873600、沃魯昔布、FLX-925、ON-123300、BPI-16350、VS2-370、FCN-437c、BPI-1178、IIIM-290、TQB-3616、BEBT-209、SRX-3177、GZ-38-1、IIIM-985、吡羅西尼、CGP-82996、PD-171851、R-547、PAN-1215、NSC-625987、星形孢菌素、G1T28-1、G1T30-1、棉纖維素、AT-7519、P-276-00、AG-024322、PD-0183812或INOC-005。在一些實施例中,第二治療劑選自帕泊昔布、瑞博昔布、阿貝力布、米西西尼、阿昔迪布、瑞沙托維、曲拉西尼、SHR-6390、PF-06873600、沃魯昔布及FLX-925。在一些實施例中,第二治療劑選自帕泊昔布、瑞博昔布及阿貝力布。例示性CDK4/6抑制劑及其合成已描述於WO 2003/062236 (帕泊昔布)、WO 2010/020675 (瑞博昔布)及US 2010/0160340 (阿貝力布)中,其揭示內容以引用之方式併入本文中。
在一些實施例中,本發明提供用於抑制個體中之異常細胞生長的方法及醫藥組合物,其包含一定量的本發明化合物或其醫藥學上可接受之鹽、酯、前藥、溶劑合物、水合物或衍生物,以及一定量的第二治療劑,諸如抗癌劑。許多化學治療劑目前在此項技術中已知且可與本發明之化合物組合使用。在一些實施例中,化學治療劑選自由以下組成之群:有絲分裂抑制劑、烷基化劑、抗代謝物、嵌入抗生素、生長因子抑制劑、細胞週期抑制劑、酶、拓樸異構酶抑制劑、生物反應調節劑、抗激素、血管生成抑制劑及抗雄激素。
非限制性實例為化學治療劑、細胞毒性劑及非肽小分子(諸如Gleevec® (甲磺酸伊馬替尼(Imatinib Mesylate))、Velcade® (硼替佐米(bortezomib))、康士得(Casodex ) (比卡魯胺(bicalutamide))、Iressa® (吉非替尼(gefitinib))及阿德力黴素(Adriamycin))以及大量化學治療劑。化學治療劑之非限制性實例包括烷基化劑,諸如噻替派(thiotepa)及環磷醯胺(CYTOXANTM
);磺酸烷酯,諸如白消安(busulfan)、英丙舒凡(improsulfan)及哌泊舒凡(piposulfan);氮丙啶,諸如苯唑多巴(benzodopa)、卡波醌(carboquone)、米特多巴(meturedopa)及尤利多巴(uredopa);伸乙亞胺及甲基三聚氰胺,包括六甲蜜胺、三伸乙基三聚氰胺、三伸乙基磷醯胺、三伸乙基硫代磷醯胺及三羥甲基三聚氰胺;氮芥(nitrogen mustard),諸如苯丁酸氮芥(chlorambucil)、萘氮芥(chlornaphazine)、氯磷醯胺、雌莫司汀(estramustine)、異環磷醯胺、甲氮芥(mechlorethamine)、鹽酸氧化甲氮芥(mechlorethamine oxide hydrochloride)、美法侖(melphalan)、新恩比興(novembichin)、苯芥膽甾醇(phenesterine)、潑尼莫司汀(prednimustine)、曲洛磷胺(trofosfamide)、尿嘧啶芥(uracil mustard);亞硝基脲,諸如卡莫司汀(carmustine)、氯脲菌素(chlorozotocin)、福莫司汀(fotemustine)、洛莫司汀(lomustine)、尼莫司汀(nimustine)、雷諾莫司汀(ranimustine);抗生素,諸如阿克拉黴素(aclacinomysins)、放線菌素(actinomycin)、安麯黴素(authramycin)、偶氮絲胺酸(azaserine)、博來黴素(bleomycins)、放線菌素C (cactinomycin)、卡奇黴素(calicheamicin)、卡拉比辛(carabicin)、洋紅黴素(carminomycin)、嗜癌菌素(carzinophilin)、Casodex™、色黴素(chromomycins)、更生黴素(dactinomycin)、道諾黴素(daunorubicin)、地托比星(detorubicin)、6-重氮-5-側氧基-L-正白胺酸、多柔比星(doxorubicin)、表柔比星(epirubicin)、依索比星(esorubicin)、艾達比星(idarubicin)、麻西羅黴素(marcellomycin)、絲裂黴素(mitomycins)、黴酚酸(mycophenolic acid)、諾加黴素(nogalamycin)、橄欖黴素(olivomycins)、培洛黴素(peplomycin)、潑非黴素(potfiromycin)、嘌呤黴素(puromycin)、三鐵阿黴素(quelamycin)、羅多比星(rodorubicin)、鏈黑黴素(streptonigrin)、鏈脲菌素(streptozocin)、殺結核菌素(tubercidin)、烏苯美司(ubenimex)、淨司他丁(zinostatin)、佐柔比星(zorubicin);抗代謝物,諸如甲胺喋呤及5-氟尿嘧啶(5-FU);葉酸類似物,諸如迪諾特寧(denopterin)、甲胺喋呤、蝶羅呤(pteropterin)、曲美沙特(trimetrexate);嘌呤類似物,諸如氟達拉濱(fludarabine)、6-巰基嘌呤、噻咪嘌呤、硫鳥嘌呤;嘧啶類似物,諸如安西他濱(ancitabine)、阿紮胞苷(azacitidine)、6-氮雜尿苷、卡莫氟(carmofur)、阿糖胞苷(cytarabine)、雙脫氧尿苷、脫氧氟尿苷、依諾他濱(enocitabine)、氟尿苷(floxuridine);雄激素,諸如卡魯睾酮(calusterone)、丙酸屈他雄酮(dromostanolone propionate)、環硫雄醇(epitiostanol)、美雄烷(mepitiostane)、睾內酯(testolactone);抗腎上腺素,諸如胺魯米特(aminoglutethimide)、米托坦(mitotane)、曲洛司坦(trilostane);葉酸補充劑,諸如亞葉酸;醋葡醛內酯;醛磷醯胺糖苷;胺基乙醯丙酸;安吖啶(amsacrine);貝斯布西(bestrabucil);比生群(bisantrene);依達曲沙(edatraxate);得弗伐胺(defofamine);地美可辛(demecolcine);地吖醌(diaziquone);依氟鳥胺酸(elfomithine);依利醋銨(elliptinium acetate);依託格魯(etoglucid);硝酸鎵;羥基脲;磨菇多糖(lentinan);氯尼達明(lonidamine);米托胍腙(mitoguazone);米托蒽醌(mitoxantrone);莫哌達醇(mopidamol);尼曲吖啶(nitracrine);噴司他丁(pentostatin);苯來美特(phenamet);吡柔比星(pirarubicin);鬼臼酸(podophyllinic acid);2-乙基醯肼;丙卡巴肼(procarbazine);PSK.R™;雷佐生(razoxane);西索菲蘭(sizofiran);鍺螺胺(spirogermanium);細交鏈孢菌酮酸(tenuazonic acid);三亞胺醌(triaziquone);2,2',2''-三氯三乙胺;尿烷(urethan);長春地辛(vindesine);達卡巴嗪(dacarbazine);甘露醇氮芥(mannomustine);二溴甘露醇(mitobronitol);二溴衛矛醇(mitolactol);哌泊溴烷(pipobroman);加西托星(gacytosine);阿拉伯糖苷(arabinoside) (「Ara-C」);環磷醯胺;噻替派;紫杉烷,例如太平洋紫杉醇(paclitaxel) (TAXOL™, Bristol-Myers Squibb Oncology, Princeton, N. J.)及多烯紫杉醇(docetaxel) (TAXOTERE™, Rhone-Poulenc Rorer, Antony, France);視黃酸;埃斯波黴素(esperamicin);卡培他濱(capecitabine);及以上中之任一者之醫藥學上可接受之鹽、酸或衍生物。作為適合的化學治療細胞調節劑,亦包括用於調節或抑制激素對腫瘤之作用的抗激素藥劑,諸如抗雌激素,包括例如他莫昔芬(tamoxifen) (Nolvadex™)、雷諾昔酚(raloxifene)、芳香酶抑制性4(5)-咪唑、4-羥基他莫昔芬、曲沃昔芬(trioxifene)、雷洛昔芬(keoxifene)、LY 117018、奧那司酮(onapristone)及托瑞米芬(toremifene) (法樂通(Fareston));及抗雄激素,諸如氟他胺(flutamide)、尼魯胺(nilutamide)、比卡魯胺、亮丙立德(leuprolide)及戈舍瑞林(goserelin);苯丁酸氮芥;吉西他濱(gemcitabine);6-硫代鳥嘌呤;巰嘌呤;甲胺喋呤;鉑類似物,諸如順鉑及卡鉑;長春鹼(vinblastine);鉑;依託泊苷(etoposide) (VP-16);異環磷醯胺;絲裂黴素C;米托蒽醌;長春新鹼(vincristine);長春瑞賓(vinorelbine);溫諾平(navelbine);諾凡特龍(novantrone);替尼泊苷(teniposide);柔紅黴素(daunomycin);胺基喋呤(aminopterin);希羅達(xeloda);伊班膦酸鹽(ibandronate);喜樹鹼-11 (CPT-11);拓樸異構酶抑制劑RFS 2000;二氟甲基鳥胺酸(DMFO)。必要時,本發明之化合物或醫藥組合物可與通常開處之抗癌藥組合使用,該等抗癌藥諸如Herceptin®、Avastin®、Erbitux®、Rituxan®、Taxol®、Arimidex®、Taxotere®、ABVD、AVICINE、阿巴伏單抗(Abagovomab)、吖啶甲醯胺(Acridine carboxamide)、阿德木單抗(Adecatumumab)、17-N-烯丙基胺基-17-去甲氧基格爾德黴素、艾法雷啶(Alpharadin)、阿昔迪布(Alvocidib)、3-胺基吡啶-2-甲醛硫半卡巴腙、胺萘非特(Amonafide)、蒽二酮(Anthracenedione)、抗CD22免疫毒素、抗贅生性藥(Antineoplastic)、抗腫瘤發生藥草(Antitumorigenic herb)、阿帕茲醌(Apaziquone)、阿替莫德(Atiprimod)、硫唑嘌呤(Azathioprine)、貝洛替康(Belotecan)、苯達莫司汀(Bendamustine)、BIBW 2992、比立考達(Biricodar)、布洛利辛(Brostallicin)、苔蘚蟲素(Bryostatin)、丁硫胺酸磺醯亞胺(Buthionine sulfoximine)、CBV (化學療法)、花萼海綿誘癌素(Calyculin)、細胞週期非特異性抗贅生性藥劑、西妥昔單抗(cetuximab)、順鉑、二氯乙酸、海綿內酯(Discodermolide)、依沙蘆星(Elsamitrucin)、依諾他濱、埃博黴素(Epothilone)、艾瑞布林(Eribulin)、埃羅替尼(erlotinib)、依維莫司(Everolimus)、依喜替康(Exatecan)、依昔舒林(Exisulind)、氟魯吉喏(Ferruginol)、佛羅得辛(Forodesine)、磷雌酚(Fosfestrol)、吉西他濱、ICE化學療法方案、IT-101、伊美克(Imexon)、咪喹莫特(Imiquimod)、吲哚并咔唑、伊洛福芬(Irofulven)、拉尼喹達(Laniquidar)、拉洛他賽(Larotaxel)、來那度胺(Lenalidomide)、胺甲硫蒽酮(Lucanthone)、勒托替康(Lurtotecan)、馬磷醯胺(Mafosfamide)、米托唑胺(Mitozolomide)、萘氧啶(Nafoxidine)、奈達鉑(Nedaplatin)、奧拉帕尼(Olaparib)、奧他賽(Ortataxel)、PAC-1、帕泊昔布、木瓜(Pawpaw)、匹克生瓊(Pixantrone)、蛋白酶體抑制劑、蝴蝶黴素(Rebeccamycin)、雷西莫特(Resiquimod)、魯比替康(Rubitecan)、SN-38、鹽孢菌素A (Salinosporamide A)、沙帕他濱(Sapacitabine)、斯坦佛V (Stanford V)、苦馬豆素(Swainsonine)、他拉泊芬(Talaporfin)、塔利奎達(Tariquidar)、替加氟-尿嘧啶(Tegafur-uracil)、特莫多(Temodar)、替司他賽(Tesetaxel)、四硝酸三鉑、參(2-氯乙基)胺、曲沙他濱(Troxacitabine)、烏拉莫司汀(Uramustine)、瓦迪美占(Vadimezan)、長春氟寧(Vinflunine)、ZD6126及唑蘇達(Zosuquidar)。
在某些實施例中,本發明提供治療有需要之個體之腺癌的方法,其包含向該個體投與MAPK路徑抑制劑及第二治療劑。在實踐本發明方法中之任一者時,第二治療劑可選自吉西他濱、順鉑、EGFR抑制劑及CDK抑制劑。在一些實施例中,第二治療劑選自吉西他濱、順鉑、西妥昔單抗、埃羅替尼及帕泊昔布。在一些實施例中,第二治療劑選自吉西他濱、順鉑、西妥昔單抗。在一些實施例中,第二治療劑為EGFR抑制劑,諸如西妥昔單抗或埃羅替尼。在一些實施例中,第二治療劑為CDK抑制劑,較佳CDK4/6抑制劑,諸如帕泊昔布。在一些實施例中,第二治療劑選自吉西他濱、順鉑、西妥昔單抗,其中腺癌為肺腺癌。在一些實施例中,第二治療劑為西妥昔單抗,其中腺癌為肺腺癌。在一些實施例中,第二治療劑為腺癌,為肺腺癌。
在實踐本發明方法中之任一者時,第二治療劑可選自奧希替尼(osimertinib)、奧莫替尼(olmutinib)、鹽酸埃克替尼(icotinib hydrochloride)、阿法替尼(afatinib)、耐昔妥珠單抗(necitumumab)、拉帕替尼(lapatinib)、帕妥珠單抗(pertuzumab)、凡德他尼(vandetanib)、BV-NSCLC-001、尼妥珠單抗(nimotuzumab)、帕尼單抗(panitumumab)、埃羅替尼、吉非替尼、西妥昔單抗、布加替尼(brigatinib)、甲磺酸納闊替尼(naquotinib mesylate)、抗EGFR抗體、德帕土西珠單抗馬佛多坦(depatuxizumab mafodotin)、特色瓦替尼(tesevatinib)、達可替尼(dacomitinib)、來那替尼(neratinib)、抗EGFR CART細胞療法、PF-06747775、AP-32788、AZD-3759、納紮替尼(nazartinib)、恩替諾特(entinostat)+埃羅替尼、甲苯磺酸艾力替尼(allitinib tosylate)、溴化他索替尼(tarloxotinib bromide)、S-222611、馬來酸吡咯替尼(pyrroltinib maleate)、波齊奧替尼(poziotinib)、第二代西妥昔單抗、RXDX-105、弗妥昔單抗(futuximab)、塞里班土單抗(seribantumab)、瓦尼替尼(varlitinib)、鹽酸埃克替尼(icotinib hydrochloride)、SYN-004 (Synermore Biologics)、抗EGFR CAR-T療法、德瓦魯單抗(durvalumab)+奧希替尼、LY-3164530、曲美單抗(tremelimumab)+吉非替尼、德瓦魯單抗+吉非替尼、GC-1118、JNJ-61186372、哌羅替尼(Pirotinib)、SKLB-1028、PB-357、BGB-283、SCT-200、QLNC-120、TAS-121、Hemay-020、Hemay-022、席栗替尼(theliatinib)、NRC-2694-A、琥珀酸依吡替尼(epitinib succinate)、MM-151、鹽酸西莫替尼(simotinib hydrochloride)、德帕土西珠單抗、AFM-24、HTI-1511、EGFR/Axl雙重抑制劑、RC-68、EGFRvIII CAR T細胞療法、UBP-1215、LL-067、前體T細胞接合雙特異性靶向CD3及EGFR、YH-25448、SKLB-287、AFM-22 (Affimed)、AK-568、帕尼單抗生物類似藥、RJS-013、RJS-012、重組EGF/CRM-197疫苗、重組全人類抗EGFR mAb、尼妥珠單抗生物類藥、EGFR-靶向siRNA治療、抗EGFR重組Fc工程改造之IgA2m抗體、蘋果酸賽羅替尼(sirotinib malate)、抗EGFR靶向mAb、抗EGFR/抗CD3雙特異性抗體、α-c-Met/EGFR-0286雙特異性抗體藥物共軛物、小分子治療劑、HLX-07、JHL-1189、KN-023、帕尼單抗生物類似藥、抗EGFR單株抗體、FV-225、EGFR T790M抑制劑(Beta Pharma)、西妥昔單抗生物類似藥、MP-0274、EGFR T790M抑制劑(Genentech/Argenta)、STI-A020X、KL-ON113、來那替尼、18F-阿法替尼、PMIP、DBPR-112、SKI-O-751、PTZ-09、雙特異性抗Her3 Zy體(Zyngenia)、SHR-1258、G5-7、雙特異性辛替恩(Janssen)、AG-321、卡哈利德F (kahalalide F)、E-10C、JRP-980、JRP-890、MED-1007、LA22-MMC、NT-004、NT-113、Sym-013、抗Her-2/抗Ang2 mAb (Zyngenia)、MT-062、曲妥珠單抗生物類似藥、AFM-21、NT-219、ANG-MAB (AngioChem)、ISU-101及VRCTC-310。在一些實施例中,第二治療劑選自奧希替尼、奧莫替尼、鹽酸埃克替尼、阿法替尼、耐昔妥珠單抗、拉帕替尼、帕妥珠單抗、凡德他尼、BV-NSCLC-001、尼妥珠單抗、帕尼單抗、埃羅替尼、吉非替尼、西妥昔單抗、布加替尼、甲磺酸納闊替尼、抗EGFR抗體、德帕土西珠單抗馬佛多坦、特色瓦替尼、達可替尼、來那替尼、抗EGFR CART細胞療法、PF-06747775、AP-32788、AZD-3759、納紮替尼、恩替諾特+埃羅替尼、甲苯磺酸艾力替尼、溴化他索替尼、S-222611、馬來酸吡咯替尼、波齊奧替尼、第二代西妥昔單抗、RXDX-105、弗妥昔單抗、塞里班土單抗及瓦尼替尼。在一些實施例中,第二治療劑選自帕泊昔布、阿貝力布、瑞博昔布、G1T-28、AT-7519、阿昔迪布、FLX-925、G1T-38、GZ-38-1、ON-123300及沃魯昔布。在一些實施例中,第二治療劑選自帕泊昔布、阿貝力布、瑞博昔布、G1T-28、AT-7519及阿昔迪布。在一些實施例中,第二治療劑選自帕泊昔布、奧希替尼、奧莫替尼、鹽酸埃克替尼、阿法替尼、耐昔妥珠單抗、拉帕替尼、帕妥珠單抗、凡德他尼、BV-NSCLC-001、尼妥珠單抗、帕尼單抗、埃羅替尼、吉非替尼及西妥昔單抗。
本發明進一步係關於一種使用本文所提供之化合物或醫藥組合物以及放射療法在哺乳動物中抑制異常細胞生長或治療過度增生性病症的方法。此項技術中已知投與放射療法之技術,且此等技術可用於本文所描述之組合療法。可如本文所描述確定在此組合療法中投與本發明化合物。
放射療法可經由以下若干方法中之一者或方法之組合投藥,該等方法包括(但不限於)外射束療法、內放射療法、植入物放射、立體定向放射外科手術、全身性放射療法、放射療法及永久或暫時間質性近接療法。如本文所用,術語「近接療法」係指藉由在或靠近腫瘤或其他增生性組織疾病部位插入體內之空間圍束放射性材料所遞送的放射療法。該術語意欲(但不限於)包括暴露於放射性同位素(例如,At-211、I-131、I-125、Y-90、Re-186、Re-188、Sm-153、Bi-212、P-32,及Lu之放射性同位素)。適用作本發明之細胞調節劑之輻射源包括固體及液體兩者。作為非限制性實例,輻射源可為放射性核素,諸如作為固體源之I-125、I-131、Yb-169、Ir-192、作為固體源之I-125,或發射光子、β粒子、γ輻射或其他治療射線之其他放射性核素。放射性材料亦可為由任何放射性核素溶液(例如,I-125或I-131之溶液)製得之流體,或可使用含有固體放射性核素(諸如Au-198、Y-90)之小粒子的適合流體之漿料產生放射性流體。此外,放射性核素可包含於凝膠或放射性微球中。
在不受任何理論限制的情況下,本發明之化合物可使得異常細胞對放射治療較敏感以用於殺死及/或抑制此等細胞生長之目的。因此,本發明另外關於一種使哺乳動物之異常細胞對放射治療敏感的方法,其包含向該哺乳動物投與一定量之本發明化合物或其醫藥學上可接受之鹽、酯、前藥、溶劑合物、水合物或衍生物,該量有效使異常細胞對放射治療敏感。此方法中化合物、鹽或溶劑合物之量可根據確定本文所描述之此等化合物之有效量的方式來確定。
本發明之化合物或醫藥組合物可與一定量之一或多種選自抗血管生成劑、信號轉導抑制劑、抗增生劑、糖酵解抑制劑或自體吞噬抑制劑之物質組合使用。
抗血管生成劑,諸如MMP-2 (基質金屬蛋白酶2)抑制劑、MMP-9 (基質金屬蛋白酶9)抑制劑及COX-11 (環加氧酶11)抑制劑,可結合本文所描述之本發明化合物及醫藥組合物使用。抗血管生成劑包括例如雷帕黴素、坦羅莫司(temsirolimus) (CCI-779)、依維莫司(everolimus) (RAD001)、索拉非尼、舒尼替尼(sunitinib)及貝伐單抗(bevacizumab)。適用COX-II抑制劑之實例包括CELEBREX™ (阿萊昔布(alecoxib))、伐地昔布(valdecoxib)及羅非昔布(rofecoxib)。適用基質金屬蛋白酶抑制劑之實例描述於WO 96/33172 (1996年10月24日公開)、WO 96/27583 (1996年3月7日公開)、歐洲專利申請案第97304971.1號(1997年7月8日申請)、歐洲專利申請案第99308617.2號(1999年10月29日申請)、WO 98/07697 (1998年2月26日公開)、WO 98/03516 (1998年1月29日公開)、WO 98/34918 (1998年8月13日公開)、WO 98/34915 (1998年8月13日公開)、WO 98/33768 (1998年8月6日公開), WO 98/30566 (1998年7月16日公開)、歐洲專利公開案606,046 (1994年7月13日公開)、歐洲專利公開案931,788 (1999年7月28日公開)、WO 90/05719 (1990年5月31日公開)、WO 99/52910 (1999年10月21日公開)、WO 99/52889 (1999年10月21日公開)、WO 99/29667 (1999年6月17日公開)、PCT國際申請案第PCT/IB98/01113號(1998年7月21日申請)、歐洲專利申請案第99302232.1號(1999年3月25日申請)、大不列顛專利申請案第9912961.1號(1999年6月3日申請)、美國臨時申請案第60/148,464號(1999年8月12日申請)、美國專利第5,863,949號(1999年1月26日頒佈)、美國專利第5,861,510號(1999年1月19日頒佈)及歐洲專利公開案780,386 (1997年6月25日公開)中,該等文獻均以全文引用之方式併入本文中。較佳的MMP-2及MMP-9抑制劑為具有極小或無抑制MMP-1之活性的彼等物。更佳為相對於其他基質金屬蛋白酶(亦即MAP-1、MMP-3、MMP-4、MMP-5、MMP-6、MMP-7、MMP-8、MMP-10、MMP-11、MMP-12及MMP-13)選擇性抑制MMP-2及/或AMP-9之抑制劑。適用於本發明之MMP抑制劑之一些特定實例為AG-3340、RO 32-3555及RS 13-0830。
自體吞噬抑制劑包括(但不限於)氯喹(chloroquine)、3-甲基腺嘌呤、羥氯喹(hydroxychloroquine) (Plaquenil™)、巴弗洛黴素(bafilomycin) A1、5-胺基-4-咪唑甲醯胺核苷(AICAR)、岡田井酸(okadaic acid)、抑制2A型或1型蛋白質磷酸酶之自體吞噬抑制性藻類毒素、cAMP類似物,及提高cAMP含量的藥物,諸如腺苷、LY204002、N6-巰基嘌呤核苷及長春鹼。另外,亦可使用抑制蛋白質表現的反義或siRNA,其包括(但不限於) ATG5 (其涉及自體吞噬)。
本發明化合物之投與可藉由實現化合物向作用位點之遞送的任何方法實現。有效量之本發明化合物可藉由可接受的投與具有類似效用之藥劑之模式中的任一者以單次或多次劑量投與,該等模式包括經直腸、經頰、鼻內及透皮途徑、藉由動脈內注射、靜脈內、腹膜內、非經腸、肌肉內、皮下、經口、局部、以吸入劑形式、或經由浸漬或塗佈裝置(諸如支架)、例如或動脈插入之圓柱形聚合物。較佳地,靜脈內或經口投與MAPK路徑抑制劑。
所投與之化合物之量將視所治療之哺乳動物、病症或病況之嚴重性、投與速率、化合物之配置及處方醫師之判斷而定。然而,以單次或分次劑量形式,有效劑量在約0.001至約100 mg/kg體重/天、較佳約1至約35 mg/kg/天之範圍內。對於70 kg人類,此將相當於約0.05至7 g/天、較佳約0.05至約2.5 g/天。在一些情況下,低於前述範圍之下限的劑量含量可已完全足夠,而在其他情況下,仍可採用更大劑量而不產生任何有害副作用,例如藉由將此等更大劑量分為若干小劑量以供貫穿全天投藥。
當與第二治療劑組合使用時,MAPK路徑抑制劑可以與作為單一療法投藥時該藥劑之有效量相同的劑量投藥。在一些實施例中,MAPK路徑抑制劑以低於治療量與第二治療劑(諸如CDK抑制劑)組合投藥。藥劑之低於治療量為小於藥劑之有效量的量。舉例而言,當與第二治療劑組合投藥時,MAPK路徑抑制劑可以小於有效量之90%,諸如小於有效量之80%、小於70%、小於60%、小於50%、小於40%、小於30%、小於20%或小於10%的量投藥。在一些實施例中,低於治療量之第二治療劑與MAPK路徑抑制劑組合投藥。在一些實施例中,投與低於治療量之MAPK路徑抑制劑及第二治療劑兩者。當與第二治療劑(諸如CDK抑制劑)組合使用時,本文所描述之MAPK路徑抑制劑(諸如表3中提供之化合物)預期產生協同效應。在一些實施例中,當投藥低於治療量之MAPK路徑抑制劑時,協同效應更明顯。組合之個別組分(儘管一或多者以低於治療量存在)在預期應用中協同地產生有效作用及/或減少副作用。
在一些實施例中,本發明之化合物係以單次劑量投藥。典型地,此投與將藉由注射進行,例如靜脈內注射,以便快速引入藥劑。然而,適當時可使用其他途徑。單次劑量之本發明化合物亦可用於治療急性病況。
在一些實施例中,本發明之化合物係以多次劑量投藥。給藥可為每天約一次、兩次、三次、四次、五次、六次或超過六次。給藥可為約一月一次、每兩週一次、一週一次或每隔一天一次。在另一實施例中,本發明化合物與另一藥劑一起投藥,約每天一次至約每天6次。在另一實施例中,本發明化合物及藥劑之投藥持續少於約7天。在又另一實施例中,投藥持續超過約6、10、14、28天、兩個月、六個月或一年。在一些情況下,只要需要,達成且維持連續給藥。
只要需要,則可持續投與本發明之藥劑。在一些實施例中,投與本發明之藥劑持續超過1、2、3、4、5、6、7、14或28天。在一些實施例中,投與本發明之藥劑持續少於28、14、7、6、5、4、3、2或1天。在一些實施例中,在正在進行的基礎上長期投與本發明之藥劑,例如對於慢性效果之治療。
當本發明化合物以包含一或多種藥劑之組合物形式投與且藥劑之半衰期短於本發明化合物時,可相應地調節藥劑及本發明化合物之單位劑型。
本文所描述之化合物可視治療之病況而與本文所揭示之其他藥劑或其他適合藥劑組合使用。因此,在一些實施例中,一或多種本發明化合物將與如上文所描述之其他藥劑共同投藥。在一些實施例中,其他藥劑為抗癌劑。當用於組合療法中時,本文所描述之化合物可與第二藥劑同時或分開投藥。組合投藥可包括兩種藥劑以同一劑型同時投藥、以各別劑型同時投藥或分開投藥。亦即,本文所描述之化合物及上文所述藥劑中之任一者可一起調配於同一劑型中且同時投藥。替代地,本發明之化合物及上文所描述之藥劑中之任一者可同時投藥,其中兩種藥劑存在於各別調配物中。在另一替代方案中,可投與本發明之化合物,緊隨其後且投與上文所描述之藥劑中之任一者,或反之亦然。在分開投藥方案中,本發明化合物及上文所描述之藥劑中之任一者可相隔幾分鐘或相隔幾小時或相隔幾天投藥。
以下實例係為了說明本發明之各種實施例之目的而給出且不意欲以任何方式限制本發明。本發明實例以及本文所描述之方法及組合物目前代表較佳實施例係例示性的,且不意欲作為對本發明範疇之限制。熟習此項技術者將想到涵蓋在本發明之精神內的如由申請專利範圍之範疇所限定的其中之變化及其他用途。實例
實例 1
:KRAS 突變 NSCLC 腺癌之患者來源之異種移植模型中的功效研究。
將來自接種有原發性人類NSCLC組織之儲備小鼠的腫瘤片段(直徑為2-4 mm)皮下接種至BALB/C裸小鼠中。當平均腫瘤大小達至約200 mm3
時,將小鼠分組。用媒劑或化合物A (式I-A之MAPK路徑抑制劑且提供於表3中)以圖 1
中指示之劑量治療動物。每週兩次使用測徑規以兩個尺寸量測腫瘤體積,體積使用式V = 0.5(a×b)2
以mm3
(平均值+/- SEM)表示,其中a及b分別為腫瘤之長及短直徑。以相同方式用媒劑或化合物A治療總共61隻攜有NSCLC患者來源之異種移植(PDX)腫瘤之動物。圖 4
中呈現用MAPK路徑抑制劑治療的說明KRAS突變NSCLC-ADC模型各自腫瘤生長百分比之瀑布圖。圖 1
中展示對用MAPK路徑抑制劑治療有反應的四個模型實例。
實例 2
:KRAS 突變 NSCLC 腺癌中之基因表現之分析
。在實例 1
中測試之腺癌模型組中評估若干基因標籤。分析結果呈現於圖6
中,其展示僅CCND1之過度表現預測對用MAPK路徑抑制劑治療之反應(對於腫瘤生長抑制(TGI)>100%及≥80%兩者)。
圖 2
呈現在用化合物A治療後顯示>100%之腫瘤生長抑制之模型的接收者操作員特徵(ROC)分析,使用CCND1之每千鹼基百萬之片段數(FPKM)作為標準。當應用150 FKPM之統計顯著截止值時,24個樣品中之8個經預測對用MAPK路徑抑制劑治療敏感。
圖 3
呈現相同ROC分析,但針對在用化合物A治療後顯示≥80%之腫瘤生長抑制的模型。在應用150 FKPM截止值之情況下,24個樣品中之13個經預測對用MAPK路徑抑制劑治療敏感。
圖 5
說明用化合物A治療之各模型之腫瘤生長百分比,其中基於CCND1 150 FKPM截止值將模型分層為兩組。如左側圖中所示,經預測對用MAPK路徑抑制劑治療敏感的31個模型中之21個在用MAPK路徑抑制劑治療後顯示至少80%腫瘤生長抑制(亦即68%之疾病控制速率)。相比之下,經預測對用MAPK路徑抑制劑治療具有抗性的30個模型中之僅4個在用化合物A治療後顯示至少80%腫瘤生長抑制(亦即13%之疾病控制速率)。如圖 4
中所展示,未經選擇之群體顯示僅40%之疾病控制速率。因此,選擇具有過度表現CCND1之KRAS突變腺癌以供用MAPK路徑抑制劑治療之個體代表一種更有效地治療此亞群之有前景的方法。
圖 7
概述一系列KRAS突變NSCLC-ADC樣品之IHC得分(CCND1陽性%)且說明在KRAS突變NSCLC腺癌臨床活組織檢查樣本中CCND1之表現存在動態範圍以使用此標準進行患者選擇。
實例 3
:KRAS 突變 NSCLC 腺癌之患者來源之異種移植模型中的功效研究
。遵循實例 1
中概述之一般程序。簡言之,將來自接種有原發性人類NSCLC組織之儲備小鼠的腫瘤片段(直徑為2-4 mm)皮下接種至BALB/C裸小鼠中。當平均腫瘤大小達至約200 mm3
時,將小鼠分組。用媒劑、考比替尼、曲美替尼、畢尼替尼、司美替尼、優立替尼、GDC-0994、SCH-772984、MK-8353或化合物A (式I-A之MAPK路徑抑制劑且提供於表3中)治療動物。每週兩次使用測徑規以兩個尺寸量測腫瘤體積,體積使用式V = 0.5(a×b)2
以mm3
(平均值+/- SEM)表示,其中a及b分別為腫瘤之長及短直徑。預期過度表現CCND1之模型(諸如具有150 FKPM CCND1之彼等模型)顯示對用各MAPK路徑抑制劑治療之敏感性。
實例 4
:CCND1 - 高 KRAS 突變 NSCLC 腺癌之基於細胞之模型中的功效研究
。使人類CCND1-高KRAS突變NSCLC腺癌細胞株生長至匯合,用腫瘤細胞培養基(DMEM + 10% FBS或IMDM + 20% FBS)洗滌,且以5,000-10,000個細胞/孔接種於90 µL腫瘤細胞培養基中。向各孔中添加考比替尼、曲美替尼、畢尼替尼、司美替尼、優立替尼、GDC-0994、SCH-772984、MK-8353、化合物A (式I-A之MAPK路徑抑制劑且提供於表3中)或媒劑。將盤在37℃及5% CO2
下培育72小時。將100 µL體積之CellTiter-Glo®試劑添加至各孔,且將盤在回轉式震盪器上混合2分鐘。在量測各孔之發光信號之前,使盤在室溫下靜置20分鐘。計算各細胞株的各化合物之IC50
值。預期經測試MAPK路徑抑制劑中之每一者強效地抑制CCND1-高KRAS突變NSCLC腺癌細胞株之增殖。
實例 5
:組合治療在 KRAS 突變 NSCLC 腺癌之患者來源之異種移植模型中的功效研究
。遵循實例 1
中概述之一般程序。簡言之,將來自接種有原發性人類NSCLC組織之儲備小鼠的腫瘤片段(直徑為2-4 mm)皮下接種至BALB/C裸小鼠中。當平均腫瘤大小達至約200 mm3
時,將小鼠分組。用媒劑、化合物A (式I-A之MAPK路徑抑制劑且提供於表3中)或化合物A與CDK4/6抑制劑(諸如帕泊昔布)組合治療動物。實驗測試之額外組降低化合物A之劑量含量(例如,最大耐受劑量之50%)。每週兩次使用測徑規以兩個尺寸量測腫瘤體積,體積使用式V = 0.5(a×b)2
以mm3
(平均值+/- SEM)表示,其中a及b分別為腫瘤之長及短直徑。預期化合物A及帕泊昔布之組合在治療KRAS突變NSCLC腺癌模型產生協同效應。
實例 6
:組合治療在 CCND1 - 高 KRAS 突變 NSCLC 腺癌之患者來源之異種移植模型中的功效研究
。遵循實例 1
中概述之一般程序。簡言之,將來自接種有原發性人類NSCLC組織之儲備小鼠的腫瘤片段(直徑為2-4 mm)皮下接種至BALB/C裸小鼠中。當平均腫瘤大小達至約200 mm3
時,將小鼠分組。用媒劑;或考比替尼、曲美替尼、畢尼替尼、司美替尼、優立替尼、GDC-0994、SCH-772984、MK-8353 (單獨或與CDK4/6抑制劑(諸如帕泊昔布或玻瑪西林(ademaciclib))組合)治療動物。每週兩次使用測徑規以兩個尺寸量測腫瘤體積,體積使用式V = 0.5(a×b)2
以mm3
(平均值+/- SEM)表示,其中a及b分別為腫瘤之長及短直徑。預期MAPK路徑抑制劑與CDK4/6抑制劑之組合在治療CCND1-高KRAS突變NSCLC腺癌模型中產生協同效應。
實例 7
:組合治療在 CCND1 - 高 KRAS 突變 NSCLC 腺癌之基於細胞之模型中的功效研究
。使人類CCND1-高KRAS突變NSCLC腺癌細胞株生長至匯合,用腫瘤細胞培養基(DMEM + 10% FBS或IMDM + 20% FBS)洗滌,且以5,000-10,000個細胞/孔接種於90 µL腫瘤細胞培養基中。向各孔中添加考比替尼、曲美替尼、畢尼替尼、司美替尼、優立替尼、GDC-0994、SCH-772984、MK-8353 (單獨或與CDK4/6抑制劑(諸如帕泊昔布或玻瑪西林)組合),或媒劑。將盤在37℃及5% CO2
下培育72小時。將100 µL體積之CellTiter-Glo®試劑添加至各孔,且將盤在回轉式震盪器上混合2分鐘。在量測各孔之發光信號之前,使盤在室溫下靜置20分鐘。計算各細胞株的各化合物之IC50
值。預期MAPK路徑抑制劑及CDK4/6抑制劑之組合在治療CCND1-高KRAS突變NSCLC腺癌基於細胞之模型中產生協同效應。
實例 8
:具有 CDKN2A 之差異性 表現之 KRAS 突變 NSCLC 腺癌之患者來源之異種移植模型中的功效研究
。遵循實例 1
中概述之一般程序。簡言之,將來自接種有原發性人類NSCLC組織之儲備小鼠的腫瘤片段(直徑為2-4 mm)皮下接種至BALB/C裸小鼠中。當平均腫瘤大小達至約200 mm3
時,將小鼠分組。用媒劑或化合物A (式I-A之MAPK路徑抑制劑且提供於表3中) (單獨或與帕泊昔布組合)治療動物。每週兩次使用測徑規以兩個尺寸量測腫瘤體積,體積使用式V = 0.5(a×b)2
以mm3
(平均值+/- SEM)表示,其中a及b分別為腫瘤之長及短直徑。預期CDKN2A表現係對用MAPK路徑抑制劑治療之敏感性的預測子。
實例 9
:ERK 之抑制分析
。使用Z'-LYTE激酶分析套組(Life Technologies)用Ser/Thr 3肽受質(Life Technologies)根據製造商之說明書來測定本文所揭示之化合物對ERK活性的抑制。用0.47 ng/μL之ERK2酶(Life Technologies)濃度在100 μM ATP (大致為ERK2之ATPK m
)下運行分析。一式兩份地以3倍連續稀釋測定化合物之IC50值。將化合物首先以1:3稀釋於100% DMSO中在100×所要濃度下稀釋,且接著進一步於20 mM HEPES緩衝液(Invitrogen)中稀釋(1:25)以在添加至酶溶液之前製備4×溶液。分析中之最終DMSO濃度為1%。最終反應體積在384孔盤中為20微升/孔。以384孔盤形式(20微升/孔)進行激酶反應持續1小時,繼而執行分析發育反應(1小時)。一或多種本文所揭示之化合物在於此分析中測試時展現出小於10 nM之IC50。所選化合物之結果呈現於表 3
中。表 3
:所選化合物之活體外Erk2 IC50資料(+++表示50 nM至250 nM,且++++表示小於50 nM)。
實例 10
:腫瘤細胞株增殖分析
。根據此項技術中已知的標準程序測定一或多種本發明化合物抑制腫瘤細胞株增殖之能力。舉例而言,進行活體外細胞增殖分析以量測活細胞之代謝活性。使A375細胞(ATCC)生長至接近80%匯合,使其胰蛋白酶化,且以1500個細胞/孔在100微升/孔之體積下接種於含完全生長培養基(含10% FBS之DMEM或含10% FBS之RPMI)之96孔盤中。將細胞在37℃下在5% CO2
下培育兩小時以使其附著至盤。將化合物首先以1:3稀釋於100% DMSO中在250×所要濃度下稀釋,且接著進一步於10% DMEM生長培養基中稀釋(1:50)。將所稀釋化合物添加至細胞盤(對於5×稀釋,25 µL),且將細胞與化合物(含0.4% DMSO之10% FBS DMEM)一起在37℃下在5% CO2
下培育96小時。細胞對照孔僅添加有媒劑(含0.4% DMSO之10% FBS DMEM或10% FBS RPMI)。一式兩份地測試化合物之各濃度。在96小時化合物處理之後,將CellTiter Glo試劑(Promega)在1:5稀釋下添加至細胞盤之各孔,且將細胞盤置放於室溫下30分鐘。使用Tecan盤讀取器測定孔之發光。表 3
中呈現之各化合物當於此分析中測試時在A375細胞(ATCC)中展現出250 nM或更小之IC50。
實例 11
:組合治療在 CCND1 - 高 KRAS 突變 NSCLC 腺癌之患者來源之異種移植模型中的功效研究
。遵循實例 1
中概述之一般程序。簡言之,將來自接種有原發性人類NSCLC組織之儲備小鼠的腫瘤片段(直徑為2-4 mm)皮下接種至BALB/C裸小鼠中。當平均腫瘤大小達至約200 mm3
時,將小鼠分組。用媒劑、化合物A (式I-A之MAPK路徑抑制劑且提供於表3中)、帕泊昔布或化合物A與帕泊昔布組合治療動物。化合物A以125 mg/kg QW之劑量進行投藥。帕泊昔布以70 mg/kg QD之劑量,按5次給藥,2次停藥時程進行投藥。每週兩次使用測徑規以兩個尺寸量測腫瘤體積,體積使用式V = 0.5(a×b)2
以mm3
(平均值+/- SEM)表示,其中a及b分別為腫瘤之長及短直徑。以相同方式用媒劑、化合物A、帕泊昔布或化合物A與帕泊昔布組合治療總共三種NSCLC患者來源之異種移植模型,如圖 8
中所呈現。在研究持續時間內,經治療動物之體重描繪於圖 9
中。當以低於治療量劑量與CDK4/6抑制劑組合投藥時,MAPK路徑抑制劑(例如,式I-A之化合物A)在治療所有三個模型中產生明顯的協同效應。
實例 12
:單一藥劑在 11q13 - 擴增之食道鱗狀 - 細胞癌瘤之患者來源之異種移植模型中的比較功效研究
。將來自接種有原發性人類ESCC組織之儲備小鼠的腫瘤片段(直徑為2-3 mm)皮下接種至BALB/C裸小鼠中。當平均腫瘤大小達至約250-300 mm3
時,將小鼠分組。用媒劑、化合物A (式I-A之MAPK抑制劑且提供於表3中)、GDC-0994或曲美替尼治療動物。化合物A以175 mg/kg QW之劑量或以350 mg/kg QW之劑量進行投藥。GDC-0994以100 mg/kg QD之劑量進行投藥。曲美替尼以1 mg/kg QD之劑量進行投藥。每週兩次使用測徑規以兩個尺寸量測腫瘤體積,體積使用式V = 0.5(a×b)2
以mm3
(平均值+/- SEM)表示,其中a及b分別為腫瘤之長及短直徑。在研究持續時間內,經治療動物之腫瘤體積描繪於圖 10
中。與媒劑相比,化合物A在減少腫瘤體積中顯示明顯的單一藥劑功效。
實例 13
:單一藥劑在 11q13 - 擴增之頭頸部鱗狀 - 細胞癌瘤之患者來源之異種移植模型中的比較功效研究
。遵循實例 12
中概述之一般程序。簡言之,將來自接種有原發性人類HNSCC組織之儲備小鼠的腫瘤片段(直徑為2-3 mm)皮下接種至BALB/C裸小鼠中。當平均腫瘤大小達至約250-300 mm3
時,將小鼠分組。用媒劑、化合物A (式I-A之MAPK抑制劑且提供於表3中)、GDC-0994或曲美替尼治療動物。化合物A以175 mg/kg QW之劑量或350 mg/kg QW之劑量進行投藥。GDC-0994以100 mg/kg QD之劑量進行投藥。曲美替尼以1 mg/kg QD之劑量進行投藥。每週兩次使用測徑規以兩個尺寸量測腫瘤體積,體積使用式V = 0.5(a×b)2
以mm3
(平均值+/- SEM)表示,其中a及b分別為腫瘤之長及短直徑。在研究持續時間內,經治療動物之腫瘤體積描繪於圖 11
中。與媒劑相比,化合物A在減少腫瘤體積中顯示明顯的單一藥劑功效。
實例 14
:單一藥劑在具有 11q13 - 擴增之肺鱗狀 - 細胞癌瘤之患者來源之異種移植模型中之比較功效研究
。遵循實例 12
中概述之一般程序。簡言之,將來自接種有原發性人類LSCC組織之儲備小鼠的腫瘤片段(直徑為2-3 mm)皮下接種至BALB/C裸小鼠中。當平均腫瘤大小達至約250-300 mm3
時,將小鼠分組。用媒劑、化合物A (式I-A之MAPK抑制劑且提供於表3中)、GDC-0994或曲美替尼治療動物。化合物A以175 mg/kg QW之劑量或350 mg/kg QW之劑量進行投藥。GDC-0994以100 mg/kg QD之劑量進行投藥。曲美替尼以1 mg/kg QD之劑量進行投藥。每週兩次使用測徑規以兩個尺寸量測腫瘤體積,體積使用式V = 0.5(a×b)2
以mm3
(平均值+/- SEM)表示,其中a及b分別為腫瘤之長及短直徑。在研究持續時間內,經治療動物之腫瘤體積描繪於圖 12
中。與媒劑相比,化合物A在減少腫瘤體積中顯示明顯的單一藥劑功效。
實例 15
:單一藥劑在 KRAS - 突變型 CCND1 - 過度表現之非小細胞肺癌之患者來源之異種移植模型中之比較功效研究
。使用KRAS-突變型CCND1-過度表現之非小細胞肺癌細胞株進行兩個比較功效研究,一個利用LU11786細胞且另一個利用LU11692細胞。根據相同程序進行兩歌研究,該程序為如下。將低溫保存之腫瘤細胞解凍且皮下接種至刮毛之NOD-SCID小鼠中。當平均腫瘤大小達至約250-350 mm3
時,將小鼠分組。用媒劑、化合物A (式I-A之MAPK抑制劑且提供於表3中)、GDC-0994、BVD-523或曲美替尼治療動物。化合物A以300 mg/kg QW之劑量進行投藥。GDC-0994以100 mg/kg QD之劑量進行投藥。BVD-523 (優立替尼)以50 mg/kg BID之劑量進行投藥。曲美替尼以1 mg/kg QD之劑量進行投藥。每週兩次使用測徑規以兩個尺寸量測腫瘤體積,體積使用式V = 0.5(a×b)2
以mm3
(平均值+/- SEM)表示,其中a及b分別為腫瘤之長及短直徑。對於使用LU11786腫瘤細胞之研究,在研究持續時間內經治療動物之腫瘤體積描繪於圖 13
中。對於使用LU11692腫瘤細胞之研究,在研究持續時間內經治療動物之腫瘤體積描繪於圖 14
中。與媒劑相比,化合物A在減少腫瘤體積中顯示明顯的單一藥劑功效。
雖然已在本文中展示且描述本發明之較佳實施例,但對於熟習此項技術者應顯而易見,此等實施例僅以舉例方式提供。熟習此項技術者現將在不背離本發明之情況下想到許多變化、改變及取代。應理解,本文所描述之本發明實施例之各種替代方案可用於實踐本發明。以下申請專利範圍意欲限定本發明之範疇,且由此涵蓋此等申請專利範圍及其等效物之範疇內的方法及結構。
本發明之新穎特性在隨附申請專利範圍中細緻闡述。將參考闡述利用本發明原理之說明性實施例及其隨附圖式的以下詳細描述來獲得對本發明之特性及優勢之更佳理解:
圖 1
描繪在用MAPK路徑抑制劑治療後四組KRAS突變非小細胞肺腺癌(NSCLC-ADC)模型之腫瘤體積。所描繪模型中之每一者展現CCND1之過度表現。圖中針對各組提供特異性KRAS突變。
圖 2
呈現在用MAPK路徑抑制劑治療後顯示大於100%之腫瘤生長抑制的KRAS突變NSCLC-ADC模型之接收者操作員特徵(receiver operator characteristic;ROC)分析,使用CCND1之每千鹼基百萬之片段數(fragments per kilobase million;FPKM)作為標準。
圖 3
呈現在用MAPK路徑抑制劑治療後顯示大於或等於80%之腫瘤生長抑制的KRAS突變NSCLC-ADC模型之ROC分析,使用CCND1之FKPM作為標準。
圖 4
說明用MAPK路徑抑制劑治療之KRAS突變NSCLC-ADC模型的腫瘤生長百分比。
圖 5
說明用MAPK路徑抑制劑治療之KRAS突變NSCLC-ADC模型的腫瘤生長百分比,其中基於CCND1表現量將模型分層為兩組。
圖 6
展示CCND1、CDK6、EGFR、KRAS及TOPO-2之ROC分析之比較。
圖 7
概述一系列KRAS突變NSCLC-ADC樣品之IHC得分(CCND1陽性%)。
圖 8
描繪用媒劑(黑色正方形)、MAPK路徑抑制劑(黑色圓形)、CDK4/6抑制劑(空心三角形)或MAPK路徑抑制劑及CDK4/6抑制劑(空心菱形)治療的KRAS突變NSCLC-ADC模型之腫瘤體積。
圖 9
描繪在研究期間內用媒劑(黑色正方形)、MAPK路徑抑制劑(黑色圓形)、CDK4/6抑制劑(空心三角形)或MAPK路徑抑制劑及CDK4/6抑制劑(空心菱形)治療的KRAS突變NSCLC-ADC鼠類模型之體重。
圖 10
描繪MAPK路徑抑制劑、GDC-0994及曲美替尼在使用患者來源之11q13-擴增之ES0136食道鱗狀細胞癌瘤細胞產生的鼠類異種移植模型中之比較功效資料。
圖 11
描繪MAPK路徑抑制劑、GDC-0994及曲美替尼在使用患者來源之11q13-擴增之HN2195頭頸部鱗狀細胞癌瘤細胞產生的鼠類異種移植模型中之比較功效資料。
圖 12
描繪MAPK路徑抑制劑、GDC-0994及曲美替尼在使用患者來源之11q13-擴增之LU6429肺鱗狀細胞癌瘤細胞產生的鼠類異種移植模型中之比較功效資料。
圖 13
描繪MAPK路徑抑制劑、GDC-0994、BVD-523 (優立替尼)及曲美替尼在使用患者來源之KRAS-突變型CCND1-過度表現之LU11786肺鱗狀細胞癌瘤細胞產生的鼠類異種移植模型中之比較功效資料。
圖 14
描繪MAPK路徑抑制劑、GDC-0994、BVD-523 (優立替尼)及曲美替尼在使用患者來源之KRAS-突變型CCND1-過度表現之LU11692肺鱗狀細胞癌瘤細胞產生的鼠類異種移植模型中之比較功效資料。
Claims (51)
- 一種治療有需要個體之癌症的方法,其中該癌症展現KRAS突變且其中該癌症過度表現CCND1,該方法包含向該個體投與有效劑量之促分裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase;MAPK)路徑抑制劑。
- 如請求項1之方法,其包含: (a) 評定該癌症中CCND1之過度表現; (b) 評定該癌症KRAS突變之存在;及 (c) 若測定存在該CCND1過度表現及該KRAS突變兩者,則向該個體投與該MAPK路徑抑制劑。
- 一種治療患有癌症個體之方法,其中該癌症展現KRAS突變,該方法包含: (a) 評定該癌症中CCND1之過度表現;及 (b) 若發現存在該CCND1過度表現,則向該個體投與有效劑量之MAPK路徑抑制劑。
- 如請求項1至3中任一項之方法,其中該過度表現藉由以下評定: (a) 偵測mRNA之含量; (b) 偵測由mRNA之反轉錄產生的cDNA之含量; (c) 偵測多肽之含量; (d) 偵測無細胞DNA之含量;或 (e) 核酸擴增分析、雜交分析、測序,或其組合。
- 如請求項1至4中任一項之方法,其中該過度表現係經以下表徵:該癌症中CCND1的表現量高於CCND1之參考表現量。
- 如請求項1至5中任一項之方法,其中該KRAS突變藉由以下來測定:測序、聚合酶鏈反應(polymerase chain reaction;PCR)、DNA微陣列、質譜分析(mass spectrometry;MS)、單核苷酸多態性(single nucleotide polymorphism;SNP)分析、變性高效液相層析(denaturing high-performance liquid chromatography;DHPLC)或限制性片段長度多態性(restriction fragment length polymorphism;RFLP)分析。
- 如請求項6之方法,其中該KRAS突變藉由測序或PCR來測定。
- 一種評定患有癌症個體對用MAPK路徑抑制劑治療展現臨床上有益反應之可能性的方法,該方法包含: (a) 評定來自癌細胞之生物樣品(包括基因組、轉錄組及/或蛋白質組材料)中的CCND1的表現圖譜; (b) 評估該生物樣品中KRAS突變之存在;及 (c) 基於該表現圖譜及KRAS突變狀態,使用電腦系統計算MAPK路徑抑制劑反應性之加權機率。
- 如請求項8之方法,其進一步包含:若該加權機率對應於基線機率的至少1.5倍,則該個體指定為具有對用該MAPK路徑抑制劑治療展現臨床上有益反應的高機率,其中該基線機率表示在獲得(c)之加權機率之前,該個體對用該MAPK路徑抑制劑治療展現臨床上有益反應的可能性。
- 如請求項9之方法,其進一步包含向接收者傳輸關於該可能性之資訊。
- 如請求項8至10中任一項之方法,其進一步包含基於該加權機率提供建議。
- 如請求項11之方法,其中該建議包含用MAPK路徑抑制劑治療該個體。
- 如請求項8至12中任一項之方法,其進一步包含基於該加權機率選擇治療。
- 如請求項8至13中任一項之方法,其進一步包含:若該個體指定為具有展現出臨床上有益反應的高機率,則向該個體投與該MAPK路徑抑制劑。
- 一種對個體之癌症狀態進行分類之方法,其包含: (a) 自該個體獲得生物樣品,該樣品包含來自該個體癌細胞的基因組、轉錄組及/或蛋白質組材料; (b) 評定(1)在該樣品中CCND1之總表現量,及(2)該樣品中KRAS突變之有或無; (c) 基於該總表現量與參考量之間的比較產生表現圖譜,其中該參考量係可導論自具有已知癌症狀態之不同個體的參考樣本; (d) 基於該表現圖譜及該KRAS突變之有或無,對(a)之該個體之該癌症狀態進行分類。
- 如請求項15之方法,其中若該總表現量大於該參考量,則該癌症分類為可能對用MAPK路徑抑制劑治療敏感,其中該參考量係指示對該MAPK路徑抑制劑具有低敏感性。
- 如請求項15或16之方法,其中該不同個體之該已知癌症狀態分類為對MAPK路徑抑制劑具有抗性或對MAPK路徑抑制劑敏感。
- 如請求項15至17中任一項之方法,其中該分類步驟包括使用電腦系統基於該表現圖譜計算該個體對用MAPK路徑抑制劑治療之反應的可能性,其中該可能性係針對該總表現量相對於該參考量中之每增加一倍往上調整,其中該參考量係指示對該MAPK路徑抑制劑具有低敏感性。
- 如請求項18之方法,其進一步包含製備報告,該報告包含該個體對用該MAPK路徑抑制劑治療之反應的該可能性之預測。
- 如請求項5或15至19中任一項之方法,其中該參考量表示在複數個癌症樣品中CCND1之平均總表現量。
- 如請求項8至19中任一項之方法,其中該生物樣品為組織切片。
- 如請求項8至19中任一項之方法,其中該生物樣品為腫瘤切片。
- 如請求項2至22中任一項之方法,其中該評定係使用來自該個體之核酸或蛋白質進行。
- 如請求項2至23中任一項之方法,其中該評估係使用來自該個體之核酸或蛋白質進行。
- 如前述請求項中任一項之方法,其中該癌症為腺癌。
- 如請求項25之方法,其中該癌症為肺腺癌。
- 如請求項25之方法,其中該癌症為非小細胞肺癌。
- 一種用MAPK路徑抑制劑下調複數個肺腺癌細胞中之MAPK信號傳導輸出的方法,其中該複數個細胞中之至少一個細胞展現KRAS突變,該方法包含: (a) 評定來自個體生物樣品(包括核酸)中CCND1之總表現量;及 (b) 若該總表現量大於參考量,則向該複數個細胞投與有效劑量之該MAPK路徑抑制劑,其中該參考量係指示對該MAPK路徑抑制劑具有低敏感性。
- 如請求項1至28中任一項之方法,其中該MAPK路徑抑制劑為MEK抑制劑。
- 如請求項29之方法,其中該MEK抑制劑選自:考比替尼(cobimetinib)、曲美替尼(trametinib)、畢尼替尼(binimetinib)、司美替尼(selumetinib)、HL-085、安奎諾爾(antroquinonol)、E-6201、瑞法美替尼(refametinib)、鹽酸皮馬瑟替(pimasertib hydrochloride)、CKI-27、WX-554、CIP-137401、SHR-7390、索拉非尼(sorafenib)、SRX-2626、PD-0325901、ATR-002、ATR-004、ATR-005、ATR-006、CS-3006、FCN-159、EDV-2209、GDC-0623、TAK-733、E-6201、RG-7167、AZD-8330、PD-184352、GSK-2091976A、AS-703988、BI-847325、JTP-70902、CZ-775、RO-5068760、RDEA-436、MEK-300、AD-GL0001、SL-327、ATR-001、PD-98059、RO-4987655、RO-4927350及AS-703026。
- 如請求項30之方法,其中該MEK抑制劑選自考比替尼、曲美替尼、畢尼替尼及司美替尼。
- 如請求項31之方法,其中該MEK抑制劑為曲美替尼。
- 如請求項1至28中任一項之方法,其中該MAPK路徑抑制劑為pan-RAF抑制劑。
- 如請求項34之方法,其中該pan-RAF抑制劑選自LY3009120、LXH254、CCT3833及AZ628。
- 如請求項35之方法,其中該pan-RAF抑制劑選自LY3009120及LXH254。
- 如請求項1至28中任一項之方法,其中該MAPK路徑抑制劑為ERK抑制劑。
- 如請求項37之方法,其中該ERK抑制劑選自:優立替尼(ulixertinib)、RG7842、GDC-0994、CC-90003、ASN-007、AMO-01、KO-947、AEZS-134、AEZS-131、AEZS-140、AEZS-136、AEZS-132、D-87503、KIN-2118、RB-1、RB-3、SCH-772984、MK-8353、SCH-900353、FR-180204、IDN-5491、三甲氧基苯甲酸貫葉金絲桃素(hyperforin trimethoxybenzoate)、ERK1-2067、ERK1-23211、ERK1-624、LY3214996、AZ6197、ASTX029及LTT462。
- 如請求項38之方法,其中該ERK抑制劑選自優立替尼、GDC-0994、SCH-772984及MK-8353。
- 如請求項37之方法,其中該ERK抑制劑為式I化合物:(式I), 其中:為; X1 為C=O、C=S、SO、SO2 或PO2 - ;Y為CR5 ;W為N或C; X2 為NR1 或CR1 R1 '且X3 為空、CR3 R3 '或C=O;或X2 -X3 為R1 C=CR3 或R1 C=N或N=CR3 或NR12 -CR11 =CR3 ; X4 為N或CR4 ;X5 為N或C;X6 為N或C;X7 為O、N、NR72 或CR71 ;X8 為O、N、NR82 或CR81 ;X9 為O、N、NR22 或CR21 ;X10 為O、N、NR92 或CR91 ; R1 為-C1 - 10 烷基、-C2 - 10 烯基、-C2 - 10 炔基、-C1 - 10 雜烷基、-C3 - 10 芳基、-C1 - 10 雜芳基、-C3 - 10 環烷基、-C1 - 10 雜環基、-C1 - 10 烷基-C3 - 10 芳基、-C1 - 10 烷基-C1 - 10 雜芳基、-C1 - 10 烷基-C3 - 10 環烷基、-C1 - 10 烷基-C1 - 10 雜環基、-C2 - 10 烯基-C3 - 10 芳基、-C2 - 10 烯基-C1 - 10 雜芳基、-C2 - 10 烯基-C3 - 10 環烷基、-C2 - 10 烯基-C1 - 10 雜環基、-C2 - 10 炔基-C3 - 10 芳基、-C2 - 10 炔基-C1 - 10 雜芳基、-C2 - 10 炔基-C3 - 10 環烷基、-C2 - 10 炔基-C1 - 10 雜環基、-C1 - 10 雜烷基-C3 - 10 芳基、-C1 - 10 雜烷基-C1 - 10 雜芳基、-C1 - 10 雜烷基-C3 - 10 環烷基、-C1 - 10 雜烷基-C1 - 10 雜環基、-C1 - 10 烷氧基-C3 - 10 芳基、-C1 - 10 烷氧基-C1 - 10 雜芳基、-C1 - 10 烷氧基-C3 - 10 環烷基、-C1 - 10 烷氧基-C1 - 10 雜環基、-C3 - 10 芳基-C1 - 10 烷基、-C3 - 10 芳基-C2 - 10 烯基、-C3 - 10 芳基-C2 - 10 炔基、-C3 - 10 芳基-C3 - 10 雜芳基、-C3 - 10 芳基-C3 - 10 環烷基、-C3 - 10 芳基-C1 - 10 雜環基、-C1 - 10 雜芳基-C1 - 10 烷基、-C1 - 10 雜芳基-C2 - 10 烯基、-C1 - 10 雜芳基-C2 - 10 炔基、-C3 - 10 雜芳基-C3 - 10 芳基、-C1 - 10 雜芳基-C3 - 10 環烷基、-C1 - 10 雜芳基-C1 - 10 雜環基、-C3 - 10 環烷基-C1 - 10 烷基、-C3 - 10 環烷基-C2 - 10 烯基、-C3 - 10 環烷基-C2 - 10 炔基、-C3 - 10 環烷基-C3 - 10 芳基、-C3 - 10 環烷基-C1 - 10 雜芳基、-C3 - 10 環烷基-C1 - 10 雜環基、-C1 - 10 雜環基-C1 - 10 烷基、-C1 - 10 雜環基-C2 - 10 烯基、-C1 - 10 雜環基-C2 - 10 炔基、-C1 - 10 雜環基-C3 - 10 芳基、-C1 - 10 雜環基-C1 - 10 雜芳基或-C1 - 10 雜環基-C3 - 10 環烷基,其中之每一者未經取代或經一或多個獨立R10 或R11 取代基取代; R1 '為氫、-C1 - 10 烷基、-C2 - 10 烯基、-C2 - 10 炔基、-C1 - 10 雜烷基、-C3 - 10 芳基、-C1 - 10 雜芳基、-C3 - 10 環烷基、-C1 - 10 雜環基、-C1 - 10 烷基-C3 - 10 芳基、-C1 - 10 烷基-C1 - 10 雜芳基、-C1 - 10 烷基-C3 - 10 環烷基、-C1 - 10 烷基-C1 - 10 雜環基、-C2 - 10 烯基-C3 - 10 芳基、-C2 - 10 烯基-C1 - 10 雜芳基、-C2 - 10 烯基-C3 - 10 環烷基、-C2 - 10 烯基-C1 - 10 雜環基、-C2 - 10 炔基-C3 - 10 芳基、-C2 - 10 炔基-C1 - 10 雜芳基、-C2 - 10 炔基-C3 - 10 環烷基、-C2 - 10 炔基-C1 - 10 雜環基、-C1 - 10 雜烷基-C3 - 10 芳基、-C1 - 10 雜烷基-C1 - 10 雜芳基、-C1 - 10 雜烷基-C3 - 10 環烷基、-C1 - 10 雜烷基-C1 - 10 雜環基、-C1 - 10 烷氧基-C3 - 10 芳基、-C1 - 10 烷氧基-C1 - 10 雜芳基、-C1 - 10 烷氧基-C3 - 10 環烷基、-C1 - 10 烷氧基-C1 - 10 雜環基、-C3 - 10 芳基-C1 - 10 烷基、-C3 - 10 芳基-C2 - 10 烯基、-C3 - 10 芳基-C2 - 10 炔基、-C3 - 10 芳基-C3 - 10 雜芳基、-C3 - 10 芳基-C3 - 10 環烷基、-C3 - 10 芳基-C1 - 10 雜環基、-C1 - 10 雜芳基-C1 - 10 烷基、-C1 - 10 雜芳基-C2 - 10 烯基、-C1 - 10 雜芳基-C2 - 10 炔基、-C3 - 10 雜芳基-C3 - 10 芳基、-C1 - 10 雜芳基-C3 - 10 環烷基、-C1 - 10 雜芳基-C1 - 10 雜環基、-C3 - 10 環烷基-C1 - 10 烷基、-C3 - 10 環烷基-C2 - 10 烯基、-C3 - 10 環烷基-C2 - 10 炔基、-C3 - 10 環烷基-C3 - 10 芳基、-C3 - 10 環烷基-C1 - 10 雜芳基、-C3 - 10 環烷基-C1 - 10 雜環基、-C1 - 10 雜環基-C1 - 10 烷基、-C1 - 10 雜環基-C2 - 10 烯基、-C1 - 10 雜環基-C2 - 10 炔基、-C1 - 10 雜環基-C3 - 10 芳基、-C1 - 10 雜環基-C1 - 10 雜芳基或-C1 - 10 雜環基-C3 - 10 環烷基,其中之每一者未經取代或經一或多個獨立R10 或R11 取代基取代; R21 為氫、鹵素、-OH、-CF3 、-OCF3 、-OR31 、-NR31 R32 、-C(O)R31 、-CO2 R31 、-C(=O)NR31 、-NO2 、-CN、-S(O)0-2 R31 、-SO2 NR31 R32 、-NR31 C(=O)R32 、-NR31 C(=O)OR32 、-NR31 C(=O)NR32 R33 、-NR31 S(O)0-2 R32 、-C(=S)OR31 、-C(=O)SR31 、-NR31 C(=NR32 )NR32 R33 、-NR31 C(=NR32 )OR33 、-NR31 C(=NR32 )SR33 、-OC(=O)OR33 、-OC(=O)NR31 R32 、-OC(=O)SR31 、-SC(=O)SR31 、-P(O)OR31 OR32 、-SC(=O)NR31 R32 、-L-C1 - 10 烷基、-L-C2 - 10 烯基、-L-C2 - 10 炔基、-L-C1 - 10 雜烷基、-L-C3 - 10 芳基、-L-C1 - 10 雜芳基、-L-C3 - 10 環烷基、-L-C1 - 10 雜環基、-L-C1 - 10 烷基-C3 - 10 芳基、-L-C1 - 10 烷基-C1 - 10 雜芳基、-L-C1 - 10 烷基-C3 - 10 環烷基、-L-C1 - 10 烷基-C1 - 10 雜環基、-L-C2 - 10 烯基-C3 - 10 芳基、-L-C2 - 10 烯基-C1 - 10 雜芳基、-L-C2 - 10 烯基-C3 - 10 環烷基、-L-C2 - 10 烯基-C1 - 10 雜環基、-L-C2 - 10 炔基-C3 - 10 芳基、-L-C2 - 10 炔基-C1 - 10 雜芳基、-L-C2 - 10 炔基-C3 - 10 環烷基、-L-C2 - 10 炔基-C1 - 10 雜環基、-L-C1 - 10 雜烷基-C3 - 10 芳基、-L-C1 - 10 雜烷基-C1 - 10 雜芳基、-L-C1 - 10 雜烷基-C3 - 10 環烷基、-L-C1 - 10 雜烷基-C1 - 10 雜環基、-L-C1 - 10 烷氧基-C3 - 10 芳基、-L-C1 - 10 烷氧基-C1 - 10 雜芳基、-L-C1 - 10 烷氧基-C3 - 10 環烷基、-L-C1 - 10 烷氧基-C1 - 10 雜環基、-L-C3 - 10 芳基-C1 - 10 烷基、-L-C3 - 10 芳基-C2 - 10 烯基、-L-C3 - 10 芳基-C2 - 10 炔基、-L-C3 - 10 芳基-C1 - 10 雜芳基、-L-C3 - 10 芳基-C3 - 10 環烷基、-L-C3 - 10 芳基-C1 - 10 雜環基、-L-C1 - 10 雜芳基-C1 - 10 烷基、-L-C1 - 10 雜芳基-C2 - 10 烯基、-L-C1 - 10 雜芳基-C2 - 10 炔基、-L-C1 - 10 雜芳基-C3 - 10 芳基、-L-C1 - 10 雜芳基-C3 - 10 環烷基、-L-C1 - 10 雜芳基-C1 - 10 雜環基、-L-C3 - 10 環烷基-C1 - 10 烷基、-L-C3 - 10 環烷基-C2 - 10 烯基、-L-C3 - 10 環烷基-C2 - 10 炔基、-L-C3 - 10 環烷基-C3 - 10 芳基、-L-C3 - 10 環烷基-C1 - 10 雜芳基、-L-C3 - 10 環烷基-C1 - 10 雜環基、-L-C1 - 10 雜環基-C1 - 10 烷基、-L-C1 - 10 雜環基-C2 - 10 烯基、-L-C1 - 10 雜環基-C2 - 10 炔基、-L-C1 - 10 雜環基-C3 - 10 芳基、-L-C1 - 10 雜環基-C1 - 10 雜芳基或-L-C1 - 10 雜環基-C3 - 10 環烷基,其中之每一者未經取代或經一或多個獨立R12 取代基取代; R22 為氫、-OH、-CF3 、-C(O)R31 、-CO2 R31 、-C(=O)NR31 、-S(O)0-2 R31 、-C(=S)OR31 、-C(=O)SR31 、-L-C1 - 10 烷基、-L-C2 - 10 烯基、-L-C2 - 10 炔基、-L-C1 - 10 雜烷基、-L-C3 - 10 芳基、-L-C1 - 10 雜芳基、-L-C3 - 10 環烷基、-L-C1 - 10 雜環基、-L-C1 - 10 烷基-C3 - 10 芳基、-L-C1 - 10 烷基-C1 - 10 雜芳基、-L-C1 - 10 烷基-C3 - 10 環烷基、-L-C1 - 10 烷基-C1 - 10 雜環基、-L-C2 - 10 烯基-C3 - 10 芳基、-L-C2 - 10 烯基-C1 - 10 雜芳基、-L-C2 - 10 烯基-C3 - 10 環烷基、-L-C2 - 10 烯基-C1 - 10 雜環基、-L-C2 - 10 炔基-C3 - 10 芳基、-L-C2 - 10 炔基-C1 - 10 雜芳基、-L-C2 - 10 炔基-C3 - 10 環烷基、-L-C2 - 10 炔基-C1 - 10 雜環基、-L-C1 - 10 雜烷基-C3 - 10 芳基、-L-C1 - 10 雜烷基-C1 - 10 雜芳基、-L-C1 - 10 雜烷基-C3 - 10 環烷基、-L-C1 - 10 雜烷基-C1 - 10 雜環基、-L-C1 - 10 烷氧基-C3 - 10 芳基、-L-C1 - 10 烷氧基-C1 - 10 雜芳基、-L-C1 - 10 烷氧基-C3 - 10 環烷基、-L-C1 - 10 烷氧基-C1 - 10 雜環基、-L-C3 - 10 芳基-C1 - 10 烷基、-L-C3 - 10 芳基-C2 - 10 烯基、-L-C3 - 10 芳基-C2 - 10 炔基、-L-C3 - 10 芳基-C1 - 10 雜芳基、-L-C3 - 10 芳基-C3 - 10 環烷基、-L-C3 - 10 芳基-C1 - 10 雜環基、-L-C1 - 10 雜芳基-C1 - 10 烷基、-L-C1 - 10 雜芳基-C2 - 10 烯基、-L-C1 - 10 雜芳基-C2 - 10 炔基、-L-C1 - 10 雜芳基-C3 - 10 芳基、-L-C1 - 10 雜芳基-C3 - 10 環烷基、-L-C1 - 10 雜芳基-C1 - 10 雜環基、-L-C3 - 10 環烷基-C1 - 10 烷基、-L-C3 - 10 環烷基-C2 - 10 烯基、-L-C3 - 10 環烷基-C2 - 10 炔基、-L-C3 - 10 環烷基-C3 - 10 芳基、-L-C3 - 10 環烷基-C1 - 10 雜芳基、-L-C3 - 10 環烷基-C1 - 10 雜環基、-L-C1 - 10 雜環基-C1 - 10 烷基、-L-C1 - 10 雜環基-C2 - 10 烯基、-L-C1 - 10 雜環基-C2 - 10 炔基、-L-C1 - 10 雜環基-C3 - 10 芳基、-L-C1 - 10 雜環基-C1 - 10 雜芳基或-L-C1 - 10 雜環基-C3 - 10 環烷基,其中之每一者未經取代或經一或多個獨立R12 取代基取代; L為鍵、-O-、-N(R31 )-、-S(O)0-2 -、-C(=O)-、-C(=O)O-、-OC(=O)-、-C(=O)N(R31 )-、-N(R31 )C(=O)-、-NR31 C(=O)O-、-NR31 C(=O)NR32 -、-NR31 S(O)0-2 -、-S(O)0-2 N(R31 )-、-C(=S)O-、-C(=O)S-、-NR31 C(=NR32 )NR32 -、-NR31 C(=NR32 )O-、-NR31 C(=NR32 )S-、-OC(=O)O-、-OC(=O)NR31 -、-OC(=O)S-、-SC(=O)S-、-P(O)OR31 O-、-SC(=O)NR31 -; R3 、R3 '及R4 中之每一者獨立地為氫、鹵素、-OH、-CF3 、-OCF3 、-OR31 、-NR31 R32 、-C(O)R31 、-CO2 R31 、-C(=O)NR31 、-NO2 、-CN、-S(O)0-2 R31 、-SO2 NR31 R32 、-NR31 C(=O)R32 、-NR31 C(=O)OR32 、-NR31 C(=O)NR32 R33 、-NR31 S(O)0-2 R32 、-C(=S)OR31 、-C(=O)SR31 、-NR31 C(=NR32 )NR32 R33 、-NR31 C(=NR32 )OR33 、-NR31 C(=NR32 )SR33 、-OC(=O)OR33 、-OC(=O)NR31 R32 、-OC(=O)SR31 、-SC(=O)SR31 、-P(O)OR31 OR32 、-SC(=O)NR31 R32 、-C1 - 10 烷基、-C2 - 10 烯基、-C2 - 10 炔基、-C1 - 10 雜烷基、-C3 - 10 芳基、-C1 - 10 雜芳基、-C3 - 10 環烷基、-C1 - 10 雜環基、-C1 - 10 烷基-C3 - 10 芳基、-C1 - 10 烷基-C1 - 10 雜芳基、-C1 - 10 烷基-C3 - 10 環烷基、-C1 - 10 烷基-C1 - 10 雜環基、-C2 - 10 烯基-C3 - 10 芳基、-C2 - 10 烯基-C1 - 10 雜芳基、-C2 - 10 烯基-C3 - 10 環烷基、-C2 - 10 烯基-C1 - 10 雜環基、-C2 - 10 炔基-C3 - 10 芳基、-C2 - 10 炔基-C1 - 10 雜芳基、-C2 - 10 炔基-C3 - 10 環烷基、-C2 - 10 炔基-C1 - 10 雜環基、-C1 - 10 雜烷基-C3 - 10 芳基、-C1 - 10 雜烷基-C1 - 10 雜芳基、-C1 - 10 雜烷基-C3 - 10 環烷基、-C1 - 10 雜烷基-C1 - 10 雜環基、-C1 - 10 烷氧基-C3 - 10 芳基、-C1 - 10 烷氧基-C1 - 10 雜芳基、-C1 - 10 烷氧基-C3 - 10 環烷基、-C1 - 10 烷氧基-C1 - 10 雜環基、-C3 - 10 芳基-C1 - 10 烷基、-C3 - 10 芳基-C2 - 10 烯基、-C3 - 10 芳基-C2 - 10 炔基、-C3 - 10 芳基-C3 - 10 雜芳基、-C3 - 10 芳基-C3 - 10 環烷基、-C3 - 10 芳基-C1 - 10 雜環基、-C1 - 10 雜芳基-C1 - 10 烷基、-C1 - 10 雜芳基-C2 - 10 烯基、-C1 - 10 雜芳基-C2 - 10 炔基、-C3 - 10 雜芳基-C3 - 10 芳基、-C1 - 10 雜芳基-C3 - 10 環烷基、-C1 - 10 雜芳基-C1 - 10 雜環基、-C3 - 10 環烷基-C1 - 10 烷基、-C3 - 10 環烷基-C2 - 10 烯基、-C3 - 10 環烷基-C2 - 10 炔基、-C3 - 10 環烷基-C3 - 10 芳基、-C3 - 10 環烷基-C1 - 10 雜芳基、-C3 - 10 環烷基-C1 - 10 雜環基、-C1 - 10 雜環基-C1 - 10 烷基、-C1 - 10 雜環基-C2 - 10 烯基、-C1 - 10 雜環基-C2 - 10 炔基、-C1 - 10 雜環基-C3 - 10 芳基、-C1 - 10 雜環基-C1 - 10 雜芳基或-C1 - 10 雜環基-C3 - 10 環烷基,其中之每一者未經取代或經一或多個獨立R13 取代基取代;或R3 '為-OR6 、-NR6 R34 、-S(O)0-2 R6 、-C(=O)R6 、-C(=O)OR6 、-OC(=O)R6 、-C(=O)N(R34 )R6 或-N(R34 )C(=O)R6 ,其中R6 與R34 一起可視情況形成雜環;或R3 '為-OR6 、-NR6 R34 、-S(O)0-2 R6 、-C(=O)R6 、-C(=O)OR6 、-OC(=O)R6 、-C(=O)N(R34 )R6 或-N(R34 )C(=O)R6 ,其中R6 與R34 一起可視情況形成雜環; R5 、R71 、R81 及R91 中之每一者獨立地為氫、鹵素、-C1 - 10 烷基、-C2 - 10 烯基、-C2 - 10 炔基、-C1 - 10 雜烷基、-C3 - 10 芳基、-C1 - 10 雜芳基、-C3 - 10 環烷基、-C1 - 10 雜環基、-OH、-CF3 、-OCF3 、-OR31 、-NR31 R32 、-C(O)R31 、-CO2 R31 、-C(=O)NR31 、-NO2 、-CN、-S(O)0-2 R31 、-SO2 NR31 R32 、-NR31 C(=O)R32 、-NR31 C(=O)OR32 、-NR31 C(=O)NR32 R33 、-NR31 S(O)0-2 R32 、-C(=S)OR31 、-C(=O)SR31 、-NR31 C(=NR32 )NR32 R33 、-NR31 C(=NR32 )OR33 、-NR31 C(=NR32 )SR33 、-OC(=O)OR33 、-OC(=O)NR31 R32 、-OC(=O)SR31 、-SC(=O)SR31 、-P(O)OR31 OR32 或-SC(=O)NR31 NR32 ; R6 為氫、-C1 - 10 烷基、-C2 - 10 烯基、-C2 - 10 炔基、-C1 - 10 雜烷基、-C3 - 10 芳基、-C1 - 10 雜芳基、-C3 - 10 環烷基、-C1 - 10 雜環基、-C1 - 10 烷基-C3 - 10 芳基、-C1 - 10 烷基-C1 - 10 雜芳基、-C1 - 10 烷基-C3 - 10 環烷基、-C1 - 10 烷基-C1 - 10 雜環基、-C2 - 10 烯基-C3 - 10 芳基、-C2 - 10 烯基-C1 - 10 雜芳基、-C2 - 10 烯基-C3 - 10 環烷基、-C2 - 10 烯基-C1 - 10 雜環基、-C2 - 10 炔基-C3 - 10 芳基、-C2 - 10 炔基-C1 - 10 雜芳基、-C2 - 10 炔基-C3 - 10 環烷基、-C2 - 10 炔基-C1 - 10 雜環基、-C1 - 10 雜烷基-C3 - 10 芳基、-C1 - 10 雜烷基-C1 - 10 雜芳基、-C1 - 10 雜烷基-C3 - 10 環烷基、-C1 - 10 雜烷基-C1 - 10 雜環基、-C1 - 10 烷氧基-C3 - 10 芳基、-C1 - 10 烷氧基-C1 - 10 雜芳基、-C1 - 10 烷氧基-C3 - 10 環烷基、-C1 - 10 烷氧基-C1 - 10 雜環基、-C3 - 10 芳基-C1 - 10 烷基、-C3 - 10 芳基-C2 - 10 烯基、-C3 - 10 芳基-C2 - 10 炔基、-C3 - 10 芳基-C3 - 10 雜芳基、-C3 - 10 芳基-C3 - 10 環烷基、-C3 - 10 芳基-C1 - 10 雜環基、-C1 - 10 雜芳基-C1 - 10 烷基、-C1 - 10 雜芳基-C2 - 10 烯基、-C1 - 10 雜芳基-C2 - 10 炔基、-C3 - 10 雜芳基-C3 - 10 芳基、-C1 - 10 雜芳基-C3 - 10 環烷基、-C1 - 10 雜芳基-C1 - 10 雜環基、-C3 - 10 環烷基-C1 - 10 烷基、-C3 - 10 環烷基-C2 - 10 烯基、-C3 - 10 環烷基-C2 - 10 炔基、-C3 - 10 環烷基-C3 - 10 芳基、-C3 - 10 環烷基-C1 - 10 雜芳基、-C3 - 10 環烷基-C1 - 10 雜環基、-C1 - 10 雜環基-C1 - 10 烷基、-C1 - 10 雜環基-C2 - 10 烯基、-C1 - 10 雜環基-C2 - 10 炔基、-C1 - 10 雜環基-C3 - 10 芳基、-C1 - 10 雜環基-C1 - 10 雜芳基或-C1 - 10 雜環基-C3 - 10 環烷基,其中之每一者未經取代或經一或多個獨立R14 或R15 取代基取代; R72 、R82 及R92 中之每一者獨立地為氫、-C1 - 10 烷基、-C2 - 10 烯基、-C2 - 10 炔基、-C1 - 10 雜烷基、-C3 - 10 芳基、-C1 - 10 雜芳基、-C3 - 10 環烷基、-C1 - 10 雜環基、-OH、-CF3 、-C(O)R31 、-CO2 R31 、-C(=O)NR31 、-S(O)0-2 R31 、-C(=S)OR31 、-C(=O)SR31 ; R10 及R14 中之每一者獨立地為-C1 - 10 烷基、-C2 - 10 烯基、-C2 - 10 炔基、-C1 - 10 雜烷基、-C3 - 10 芳基、-C1 - 10 雜芳基、-C3 - 10 環烷基、-C1 - 10 雜環基,視情況經一或多個獨立R11 取代基取代; R11 、R12 、R13 及R15 中之每一者獨立地為氫、鹵素、-C1 - 10 烷基、-C2 - 10 烯基、-C2 - 10 炔基、-C1 - 10 雜烷基、-C3 - 10 芳基、-C1 - 10 雜芳基、-C3 - 10 環烷基、-C1 - 10 雜環基、-OH、-CF3 、-OCF3 、-OR31 、-NR31 R32 、-C(O)R31 、-CO2 R31 、-C(=O)NR31 、-NO2 、-CN、-S(O)0-2 R31 、-SO2 NR31 R32 、-NR31 C(=O)R32 、-NR31 C(=O)OR32 、-NR31 C(=O)NR32 R33 、-NR31 S(O)0-2 R32 、-C(=S)OR31 、-C(=O)SR31 、-NR31 C(=NR32 )NR32 R33 、-NR31 C(=NR32 )OR33 、-NR31 C(=NR32 )SR33 、-OC(=O)OR33 、-OC(=O)NR31 R32 、-OC(=O)SR31 、-SC(=O)SR31 、-P(O)OR31 OR32 或-SC(=O)NR31 NR32 ; R31 、R32 、R33 及R34 中之每一者獨立地為氫、鹵素、-C1 - 10 烷基、-C2 - 10 烯基、-C2 - 10 炔基、-C1 - 10 雜烷基、-C3 - 10 芳基、-C1 - 10 雜芳基、-C3 - 10 環烷基、-C1 - 10 雜環基,或其中R31 與R32 一起形成雜環; 其中環A包含一或多個選自N、O或S之雜原子;且 其中若X7 為O或X2 -X3 為R1 C=CR3 ,則環A包含至少兩個選自N、O或S之雜原子;且 其中若X2 -X3 為R1 C=N,則X7 或X9 中之至少一者不為N。
- 如請求項41或42之方法,其中: R1 為3員至6員雜環基、-C1 - 10 烷基-(3員至6員雜環基)、-(3員至6員雜環基)-C1 - 10 烷基、-(3員至6員雜環基)-C3 - 10 芳基或-(3員至6員雜環基)-C1 - 10 雜芳基,其中之每一者未經取代或經一或多個獨立R10 或R11 取代基取代; R21 為-L-C3 - 10 芳基或-L-C1 - 10 雜芳基,其中之每一者未經取代或經一或多個獨立R12 取代基取代; L為鍵或-N(R31 )-; R72 為氫; R10 中之每一者獨立地為-C3 - 10 芳基、-C1 - 10 雜芳基或-C1 - 10 雜環基,視情況經一或多個獨立R11 取代基取代; R11 及R12 中之每一者獨立地為鹵素、-C1 - 10 烷基、-OH、-CF3 或-OR31 ;且R31 中之每一者獨立地為氫或-C1 - 10 烷基。
- 如請求項1至28中任一項之方法,其中該MAPK路徑抑制劑選自考比替尼、曲美替尼、畢尼替尼、司美替尼、優立替尼、GDC-0994、SCH-772984及MK-8353。
- 如請求項1至7或14至45中任一項之方法,其進一步包含向該個體投與第二治療劑。
- 一種治療有需要個體之腺癌的方法,其包含向該個體投與MAPK路徑抑制劑及第二治療劑。
- 如請求項46或47之方法,其中該第二治療劑為CDK4/6抑制劑。
- 如請求項48之方法,其中該第二治療劑選自:帕泊昔布(palbociclib)、瑞博昔布(ribociclib)、阿貝力布(abemaciclib)、米西西尼(milciclib)、阿昔迪布(alvocidib)、瑞沙托維(lerociclib)、曲拉西尼(trilaciclib)、SHR-6390、PF-06873600、沃魯昔布(voruciclib)、FLX-925、ON-123300、BPI-16350、VS2-370、FCN-437c、BPI-1178、IIIM-290、TQB-3616、BEBT-209、SRX-3177、GZ-38-1、IIIM-985、吡羅西尼(birociclib)、CGP-82996、PD-171851、R-547、PAN-1215、NSC-625987、星形孢菌素(staurosporine)、G1T28-1、G1T30-1、棉纖維素(gossypin)、AT-7519、P-276-00、AG-024322、PD-0183812及INOC-005。
- 如請求項49之方法,其中該第二治療劑選自帕泊昔布、瑞博昔布、阿貝力布、米西西尼、阿昔迪布、瑞沙托維、曲拉西尼、SHR-6390、PF-06873600、沃魯昔布及FLX-925。
- 如請求項49之方法,其中該第二治療劑選自帕泊昔布、瑞博昔布及阿貝力布。
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