JP6561061B2 - NOTCH 1特異的なsiRNA分子 - Google Patents

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Description

本発明は、二本鎖構造を含む核酸分子、疾患の治療および/または予防のための方法での使用のための二本鎖構造を含む核酸分子、癌細胞の薬物感受性を回復させる方法での使用のための二本鎖構造を含む核酸分子、薬物の製造のための二本鎖構造を含む核酸分子の使用、癌細胞の薬物感受性を回復させるための薬剤の製造での二本鎖構造を含む核酸分子の使用、二本鎖構造を含む核酸分子を含むナノエマルション、疾患の治療および/または予防のための方法での使用のためのナノエマルション、癌細胞の薬物感受性を回復させる方法での使用のためのナノエマルション、薬物の製造のためのナノエマルション構造の使用、癌細胞の薬物感受性を回復させるための薬剤の製造でのナノエマルションの使用、二本鎖構造を含む核酸分子を含む医薬組成物、疾患の治療および/または予防のための方法での使用のための医薬組成物、癌細胞の薬物感受性を回復させるための方法での使用のための医薬組成物、二本鎖構造を含む核酸分子の投与を含む疾患の治療および/または予防のための方法、二本鎖構造を含む核酸分子の投与を含む癌細胞の薬物感受性を回復させるための方法、二本鎖構造を含む核酸分子を含むキット、疾患の治療および/または予防の方法での使用のためのキット、癌細胞の薬物感受性を回復させるための方法での使用のためのキット、ナノエマルションを含むキット、疾患の治療および/または予防の方法での使用のためのキット、および、癌細胞の薬物感受性を回復させるための方法での使用のためのキットに関する。
Notch 1は、1型膜貫通タンパク質としても分類される1回膜貫通受容体をコードする遺伝子である。ヒトNotch 1は、Ellisen LW et al.により最初に記載された(Ellisen LW et al.,cell 66(4),649−661(1991))。Notch 1は、Notchファミリーのメンバーである。このファミリーのメンバーは、多数の上皮増殖因子様(EGF)リピートからなる細胞外ドメイン、および、多数の異なるドメイン型からなる細胞内ドメインを含む、構造特性を共有する。Notchファミリーメンバーは、細胞運命決定を制御することにより、様々な発生プロセスにおける役割を果たす。Notchシグナル伝達網は、物理的に隣接する細胞間の相互作用を制御する、進化的に保存された細胞間シグナル伝達経路である。Notch 1およびその翻訳産物は、多くの腫瘍体において、新薬の開発につながるような(drugable)標的を構成する。ヒトNotch 1のcDNAのヌクレオチド配列を含む配列情報は、例えば、GenBankエントリーNM_017617.3から検索され得る。
当分野において、インビトロおよびインビボでNotch 1の発現レベルをサイレンシングまたはノックダウンする手段に関する現在進行中の必要性が存在し、Notch 1遺伝子の発現を低減させることにより、より具体的には、Notch 1をコードするmRNAの翻訳を低減させることにより、治療または予防することのできる、疾患の治療のためのsiRNAの使用を含む。そのように治療することのできる疾患の1つのグループは、様々な腫瘍疾患および癌である。
したがって、本発明に潜在する課題は、Notch 1をサイレンシングまたはノックダウンするための方法、および、より好ましくは、インビトロおよびインビボでNotch 1の発現レベルをサイレンシングまたはノックダウンするための方法の提供である。本発明に潜在するさらなる課題は、疾患(より好ましくは、Notch 1遺伝子の発現を低減させることにより、より具体的には、Notch 1をコードするmRNAの翻訳を低減させることにより、治療または予防することのできる疾患)の治療のための方法、および、そのような方法において有用な手段の提供である。また、本課題に潜在するさらなる課題は、癌細胞の薬物感受性を回復させるための方法、および、そのような方法において有用な手段の提供である。最後に、本発明に潜在する課題は、癌の治療での補助療法のための方法、および、そのような方法において有用な手段の提供である。
本発明に潜在するこれらおよび他の課題は、添付の独立請求項の要旨により解決される。好ましい実施態様は、添付の従属請求項から得ることができる。
特定の実施態様は、以下に示す実施態様を含む説明を考慮して当業者に明らかになるであろう。以下に示す実施態様は、本発明に潜在する上記および他の課題を同様に解決する。
実施態様1:二本鎖構造を含む核酸分子であって、
二本鎖構造は、第一の鎖および第二の鎖により形成され、
第一の鎖は、連続したヌクレオチドの第一のストレッチを含み、第二の鎖は、連続したヌクレオチドの第二のストレッチを含み、
連続したヌクレオチドの第一のストレッチは、
a)以下と少なくとも63%同一であるヌクレオチド配列
(i)ヌクレオチド配列5’ ACGAGCUGGACCACUGGUC 3’(配列番号1)または
(ii)ヌクレオチド配列5’ CGAGCUGGACCACUGGU 3’(配列番号8);または、
b)以下の少なくともひと続きの8または9ヌクレオチドを含むヌクレオチド配列
(i)ヌクレオチド配列5’ ACGAGCUGGACCACUGGUC 3’(配列番号1)または
(ii)ヌクレオチド配列5’ CGAGCUGGACCACUGGU 3’(配列番号8)
を含み、
核酸分子は、遺伝子の翻訳後サイレンシングを起こすことが可能である。
実施態様2:実施態様1の核酸分子であって、遺伝子の翻訳後サイレンシングは、RNA干渉である。
実施態様3:実施態様1から2のいずれか1つの核酸分子であって、遺伝子は、Notch 1、好ましくはヒトNotch 1である。
実施態様4:実施態様1から3のいずれか1つの核酸分子であって、核酸分子は、好ましくは細胞内で、遺伝子をコードするmRNAまたは前記mRNAの前駆体を分解することが可能である。
実施態様5:実施態様4の核酸分子であって、mRNAのcDNAのヌクレオチド配列は、GenBankエントリーNM_017617.3から利用可能である。
実施態様6:実施態様1から5のいずれか1つの核酸分子であって、cDNAは、配列番号2のヌクレオチド配列からなる。
実施態様7:実施態様1から6のいずれか1つの核酸分子であって、連続したヌクレオチドの第二のストレッチは、連続したヌクレオチドの第一のストレッチの一部と少なくとも部分的に相補である。
実施態様8:実施態様1から7のいずれか1つの核酸分子であって、連続したヌクレオチドの第二のストレッチは、連続したヌクレオチドの第一のストレッチと少なくとも部分的に相補である。
実施態様9:実施態様1から8のいずれか1つの核酸分子であって、連続したヌクレオチドの第一のストレッチは、13〜29個のヌクレオチド、好ましくは17〜25個、または19〜25個のヌクレオチド、より好ましくは19〜23個のヌクレオチドを含む。
実施態様10:実施態様1〜9のいずれか1つの核酸分子であって、連続したヌクレオチドの第二のストレッチは、13〜29個のヌクレオチド、好ましくは17〜25個、または19〜25個のヌクレオチド、より好ましくは19〜23個のヌクレオチドを含む。
実施態様11:実施態様1から10のいずれか1つの核酸分子であって、連続したヌクレオチドの第一のストレッチおよび連続したヌクレオチドの第二のストレッチは、13〜29個のヌクレオチド、好ましくは17〜25個、または19〜25個のヌクレオチド、より好ましくは19〜23個のヌクレオチドを含む。
実施態様12:実施態様9から11のいずれか1つの核酸分子であって、ヌクレオチドは、連続したヌクレオチドである。
実施態様13:実施態様1から12のいずれか1つの核酸分子であって、第一の鎖は、連続したヌクレオチドの第一のストレッチからなる。
実施態様14:実施態様1から13のいずれか1つの核酸分子であって、第二の鎖は、連続したヌクレオチドの第二のストレッチからなる。
実施態様15:実施態様1から14のいずれか1つの核酸分子であって、第一の鎖は、連続したヌクレオチドの第一のストレッチからなり、第二の鎖は、連続したヌクレオチドの第二のストレッチからなる。
実施態様16:実施態様1から14のいずれか1つの核酸分子であって、二本鎖構造は、13〜29個の塩基対、好ましくは16〜27個、または19〜25個の塩基対、より好ましくは19〜23個の塩基対を含む。
実施態様17:実施態様1から16のいずれか1つの核酸分子であって、連続したヌクレオチドの第一のストレッチは、
(i)ヌクレオチド配列5’ ACGAGCUGGACCACUGGUC 3’(配列番号1)または
(ii)ヌクレオチド配列5’ CGAGCUGGACCACUGGU 3’(配列番号8)を含む。
実施態様18:実施態様1から17のいずれか1つの核酸分子であって、連続したヌクレオチドの第二のストレッチは、
(i)ヌクレオチド配列5’ GACCAGUGGUCCAGCUCGU 3’(配列番号3)または
(ii)ヌクレオチド配列5’ ACCAGUGGUCCAGCUCG 3’(配列番号9)を含む。
実施態様19:実施態様17から18のいずれか1つの核酸分子であって、連続したヌクレオチドの第一のストレッチは、
(i)ヌクレオチド配列5’ ACGAGCUGGACCACUGGUC 3’(配列番号1)または
(ii)ヌクレオチド配列5’ CGAGCUGGACCACUGGU 3’(配列番号8)を含み、
連続したヌクレオチドの第二のストレッチは、
(i)ヌクレオチド配列5’ GACCAGUGGUCCAGCUCGU 3’(配列番号3)または
(ii)ヌクレオチド配列5’ ACCAGUGGUCCAGCUCG 3’(配列番号9)を含む。
実施態様20:実施態様1から19のいずれか1つの核酸分子であって、核酸分子は、少なくとも一方の末端が平滑末端である。
実施態様21:実施態様20の核酸分子であって、核酸分子は、第一の鎖の5’末端および第二の鎖の3’末端により定義される末端が、平滑末端である。
実施態様22:実施態様20の核酸分子であって、核酸分子は、第一の鎖の3’末端および第二の鎖の5’末端により定義される末端が、平滑末端である。
実施態様23:実施態様20から22のいずれか1つの核酸分子であって、核酸分子は、第一の鎖の5’末端および第二の鎖の3’末端により定義される末端、および、第一の鎖の3’末端および第二の鎖の5’末端により定義される末端が、平滑末端である。
実施態様24:実施態様1から19のいずれか1つの核酸分子であって、核酸分子は、少なくとも片方の末端が突出している。
実施態様25:実施態様24の核酸分子であって、核酸分子は、第一の鎖の5’末端および第二の鎖の3’末端により定義される末端が、突出している。
実施態様26:実施態様25の核酸分子であって、突出は、5’突出である。
実施態様27:実施態様25の核酸分子であって、突出は、3’突出である。
実施態様28:実施態様24の核酸分子であって、核酸分子は、第一の鎖の3’末端および第二の鎖の5’末端により定義される末端が突出している。
実施態様29:実施態様28の核酸分子であって、突出は、5’突出である。
実施態様30:実施態様28の核酸分子であって、突出は、3’突出である。
実施態様31:実施態様24の核酸分子であって、核酸分子は、第一の鎖の5’末端および第二の鎖の3’末端により定義される末端、および、第一の鎖の3’末端および第二の鎖の5’末端により定義される末端が突出している。
実施態様32:実施態様31の核酸分子であって、突出は、5’突出である。
実施態様33:実施態様32の核酸分子であって、突出は、3’突出である。
実施態様34:実施態様24から33のいずれか1つの核酸分子であって、突出は、1、2、3、4または5個のヌクレオチドからなる。
実施態様35:実施態様34の核酸分子であって、突出は、2個のヌクレオチドからなる。
実施態様36:実施態様34から35のいずれか1つの核酸分子であって、ヌクレオチドは、dTである。
実施態様37:実施態様1から19および実施態様24から36のいずれか1つの核酸分子であって、連続したヌクレオチドの第一のストレッチは、
(i)ヌクレオチド配列5’ ACGAGCUGGACCACUGGUCdTdT 3’(配列番号4)または
(ii)ヌクレオチド配列5’ CGAGCUGGACCACUGGUdTdT 3’(配列番号10)を含む。
実施態様38:実施態様1から19および実施態様24から37のいずれか1つの核酸分子であって、連続したヌクレオチドの第二のストレッチは、
(i)ヌクレオチド配列5’ GACCAGUGGUCCAGCUCGUdTdT 3’(配列番号5)または
(ii)ヌクレオチド配列5’ ACCAGUGGUCCAGCUCGdTdT 3’(配列番号11)を含む。
実施態様39:実施態様37から38のいずれか1つの核酸分子であって、
連続したヌクレオチドの第一のストレッチは、
(i)ヌクレオチド配列5’ ACGAGCUGGACCACUGGUCdTdT 3’(配列番号4)または
(i)ヌクレオチド配列5’ CGAGCUGGACCACUGGUdTdT 3’(配列番号10)を含み、
連続したヌクレオチドの第二のストレッチは、
(i)ヌクレオチド配列5’ GACCAGUGGUCCAGCUCGUdTdT 3’(配列番号5)または
(Ii)ヌクレオチド配列5’ ACCAGUGGUCCAGCUCGdTdT 3’(配列番号11)を含む。
実施態様40:実施態様1から39のいずれか1つの核酸分子であって、第一の鎖および第二の鎖は、互いに共有結合していて、好ましくは、第一の鎖の3’末端は、第二の鎖の5’末端に共有結合している。
実施態様41:実施態様1から40のいずれか1つの核酸分子であって、連続したヌクレオチドの第一のストレッチを形成する1つまたは複数のヌクレオチドは、修飾されている。
実施態様42:実施態様1から41のいずれか1つの核酸分子であって、連続したヌクレオチドの第二のストレッチを形成する1つまたは複数のヌクレオチドは、修飾されている。
実施態様43:実施態様41および42のいずれか1つの核酸分子であって、連続したヌクレオチドの第一のストレッチを形成する1つまたは複数のヌクレオチドは修飾されていて、および、連続したヌクレオチドの第二のストレッチを形成する1つまたは複数のヌクレオチドは、修飾されている。
実施態様44:実施態様1から43のいずれか1つの核酸分子であって、第一の鎖を形成する1つまたは複数のヌクレオチドは、修飾されている。
実施態様45:実施態様1から44のいずれか1つの核酸分子であって、第二の鎖を形成する1つまたは複数のヌクレオチドは、修飾されている。
実施態様46:実施態様44から45のいずれか1つの核酸分子であって、第一の鎖を形成する1つまたは複数のヌクレオチドは修飾されていて、および、第二の鎖を形成する1つまたは複数のヌクレオチドは修飾されている。
実施態様47:実施態様41から46のいずれか1つの核酸分子であって、1つまたは複数のヌクレオチドの修飾は、1つまたは複数のヌクレオチドの糖部分の修飾および/または1つまたは複数のヌクレオチドのリン酸部分の修飾である。
実施態様48:実施態様47の核酸分子であって、糖部分の修飾は、2’O−メチルおよび2’−Fを含む群から選択される。
実施態様49:実施態様47から48のいずれか1つの核酸分子であって、リン酸部分の修飾は、ホスホロチオエート結合が、2個のヌクレオチドの間で形成されるものである。
実施態様50:実施態様41から43および実施態様47から49のいずれか1つの核酸分子であって、1つまたは複数のヌクレオチドは、ストレッチ内の位置に応じて修飾されている。
実施態様51:実施態様50の核酸分子であって、第一および/または第二のストレッチの長さ全体またはそれらの一部にわたり、ストレッチの偶数位におけるヌクレオチドが修飾されている。
実施態様52:実施態様50および51のいずれか1つの核酸分子であって、第一および/または第二のストレッチの長さ全体またはそれらの一部にわたり、ストレッチの奇数位におけるヌクレオチドが修飾されている。
実施態様53:実施態様51から52のいずれか1つの核酸分子であって、第一および/または第二のストレッチの長さ全体またはそれらの一部にわたり、ストレッチの偶数位におけるヌクレオチドが修飾され、第一および/または第二のストレッチの長さ全体またはそれらの一部にわたり、ストレッチの偶数位におけるヌクレオチドが修飾され、ここで、偶数位におけるヌクレオチド(単数または複数)の修飾は、奇数位におけるヌクレオチド(単数または複数)の修飾とは異なる。
実施態様54:実施態様51から53のいずれか1つの核酸分子であって、(a)偶数位におけるヌクレオチド(単数または複数)の修飾が2’−O−メチル修飾であって奇数位におけるヌクレオチド(単数または複数)の修飾が2’−F修飾であるか、または、(b)奇数位におけるヌクレオチド(単数または複数)の修飾が2’−O−メチル修飾であって偶数位におけるヌクレオチド(単数または複数)の修飾が2’−F修飾である。
実施態様55:実施態様44から50のいずれか1つの核酸分子であって、1つまたは複数のヌクレオチドは、鎖内の位置に応じて修飾されている。
実施態様56:実施態様55の核酸分子であって、第一および/または第二の鎖の長さ全体またはそれらの一部にわたり、鎖の偶数位におけるヌクレオチドが修飾されている。
実施態様57:実施態様55および56のいずれか1つの核酸分子であって、第一および/または第二の鎖の長さ全体またはそれらの一部にわたり、鎖の奇数位におけるヌクレオチドが修飾されている。
実施態様58:実施態様56から57のいずれか1つの核酸分子であって、第一および/または第二の鎖の長さ全体またはそれらの一部にわたり、鎖の偶数位におけるヌクレオチドが修飾され、第一および/または第二の鎖の長さ全体またはそれらの一部にわたり、鎖の偶数位におけるヌクレオチドが修飾され、ここで、偶数位におけるヌクレオチド(単数または複数)の修飾は、鎖の奇数位におけるヌクレオチド(単数または複数)の修飾とは異なる。
実施態様59:実施態様56から58のいずれか1つの核酸分子であって、(a)偶数位におけるヌクレオチド(単数または複数)の修飾が2’−O−メチル修飾であって奇数位におけるヌクレオチド(単数または複数)の修飾が2’−F修飾であるか、または、(b)奇数位におけるヌクレオチド(単数または複数)の修飾が2’−O−メチル修飾であって偶数位におけるヌクレオチド(単数または複数)の修飾が2’−F修飾である。
実施態様60:実施態様41から54のいずれか1つの核酸分子であって、第一のストレッチは、5’末端に、少なくとも1個、好ましくは2個ヌクレオチドを含み、前記の少なくとも1個のヌクレオチドは、2’−F修飾されている。
実施態様61:実施態様60の核酸分子であって、前記の少なくとも1個のヌクレオチドの後に、すぐに続く(5’−>3’の方向)ヌクレオチドおよびそれに続く1つおきのヌクレオチド(every subsequent second nucleotide)は、第一のストレッチの長さ全体またはその一部にわたり、2’O−メチル修飾されたヌクレオチドである。
実施態様62:実施態様60および61のいずれか1つの核酸分子であって、前記の少なくとも1個のヌクレオチドの後に始まる、第二の続く(5’−>3’の方向)ヌクレオチドおよびそれに続く1つおきのヌクレオチドは、第一のストレッチの長さ全体またはその一部にわたり、2’−F修飾されたヌクレオチドである。
実施態様63:実施態様41から55および実施態様60から62のいずれか1つの核酸分子であって、第二のストレッチは、5’末端に、少なくとも1個、好ましくは2個のヌクレオチドを含み、前記の少なくとも1個のヌクレオチドは、2’−O−メチル修飾されている。
実施態様64:実施態様63の核酸分子であって、前記の少なくとも1個のヌクレオチドの後に、すぐに続く(5’−>3’の方向)ヌクレオチドおよびそれに続く1つおきのヌクレオチドは、第二のストレッチの長さ全体またはその一部にわたり、2’−F修飾されたヌクレオチドである。
実施態様65:実施態様63および64のいずれか1つの核酸分子であって、前記の少なくとも1個のヌクレオチドの後に始まる、第二の続く(5’−>3’の方向)ヌクレオチドおよびそれに続く1つおきのヌクレオチドは、第一のストレッチの長さ全体またはその一部にわたり、2’−O−メチル修飾されたヌクレオチドである。
実施態様66:実施態様60から65のいずれか1つの核酸分子であって、第一のストレッチは、5’末端に、少なくとも1個、好ましくは2個のヌクレオチドを含み、前記の少なくとも1個のヌクレオチドは2’−F修飾され、ここで、前記の少なくとも1個のヌクレオチドの後に始まる、第二の続く(5’−>3’の方向)ヌクレオチドおよびそれに続く1つおきのヌクレオチドは、第一のストレッチの長さ全体またはその一部にわたり、2’−F修飾されたヌクレオチドであり、第二のストレッチは、5’末端に、少なくとも1個、好ましくは2個のヌクレオチドを含み、前記の少なくとも1個のヌクレオチドは2’−O−メチル修飾され、ここで、前記の少なくとも1個のヌクレオチドの後に始まる、第二の続く(5’−>3’の方向)ヌクレオチドおよびそれに続く1つおきのヌクレオチドは、第一のストレッチの長さ全体またはその一部にわたり、2’−O−メチル修飾されたヌクレオチドである。
実施態様67:実施態様60から66のいずれか1つの核酸分子であって、第一のストレッチは、その3’末端に2個のdTヌクレオチドを含み、第二のストレッチは、その3’末端に2個のdTヌクレオチドを含み、ここで、2個のdTヌクレオチドは、ホスホロチオエート結合を介して共有結合している。
実施態様68:実施態様41から49および実施態様55から59のいずれか1つの核酸分子であって、第一の鎖は、5’末端に、少なくとも1個、好ましくは2個のヌクレオチドを含み、前記の少なくとも1個のヌクレオチドは、2’−F修飾されている。
実施態様69:実施態様68の核酸分子であって、前記の少なくとも1個のヌクレオチドの後に、すぐに続く(5’−>3’の方向)ヌクレオチドおよびそれに続く1つおきのヌクレオチドは、第一の鎖の長さ全体またはその一部にわたり、2’O−メチル修飾されたヌクレオチドである。
実施態様70:実施態様68および69のいずれか1つの核酸分子であって、前記の少なくとも1個のヌクレオチドの後に始まる、第二の続く(5’−>3’の方向)ヌクレオチドおよびそれに続く1つおきのヌクレオチドは、第一の鎖の長さ全体またはその一部にわたり、2’−F修飾されたヌクレオチドである。
実施態様71:実施態様41から49、実施態様55から59および実施態様68から70のいずれか1つの核酸分子であって、第二の鎖は、5’末端に、少なくとも1個、好ましくは2個のヌクレオチドを含み、前記の少なくとも1個のヌクレオチドは、2’−O−メチル修飾されている。
実施態様72:実施態様71の核酸分子であって、前記の少なくとも1個のヌクレオチドの後に、すぐに続く(5’−>3’の方向)ヌクレオチドおよびそれに続く1つおきのヌクレオチドは、第二の鎖の長さ全体またはその一部にわたり、2’−F修飾されたヌクレオチドである。
実施態様73:実施態様71および72のいずれか1つの核酸分子であって、前記の少なくとも1個のヌクレオチドの後に始まる、第二の続く(5’−>3’の方向)ヌクレオチドおよびそれに続く1つおきのヌクレオチドは、第一の鎖の長さ全体またはその一部にわたり、2’−O−メチル修飾されたヌクレオチドである。
実施態様74:実施態様68から73のいずれか1つの核酸分子であって、第一の鎖は、5’末端に、少なくとも1個、好ましくは2個のヌクレオチドを含み、前記の少なくとも1個のヌクレオチドは2’−F修飾され、前記の少なくとも1個のヌクレオチドの後に始まる、第二の後に続く(5’−>3’の方向)ヌクレオチドおよびそれに続く1つおきのヌクレオチドは、第一の鎖の長さ全体またはその一部にわたり、2’−F修飾されたヌクレオチドであり、第二の鎖は、5’末端に、少なくとも1個、好ましくは2個のヌクレオチドを含み、前記の少なくとも1個のヌクレオチドは2’−O−メチル修飾され、前記の少なくとも1個のヌクレオチドの後に始まる、第二の続く(5’−>3’の方向)ヌクレオチドおよびそれに続く1つおきのヌクレオチドは、第一の鎖の長さ全体またはその一部にわたり、2’−O−メチル修飾されたヌクレオチドである。
実施態様75:実施態様68から74のいずれか1つの核酸分子であって、第一の鎖は、その3’末端に2個のdTヌクレオチドを含み、第二の鎖は、その3’末端に2個のdTヌクレオチドを含み、ここで、2個のdTヌクレオチドは、ホスホロチオエート結合を介して共有結合している。
実施態様76:実施態様1から75のいずれか1つの核酸分子であって、
ヌクレオチド配列5’ ACGAGCUGGACCACUGGUC 3’(配列番号1)は、以下のように修飾され:
5’ ac 3’(配列番号6)、および
ヌクレオチド配列5’ CGAGCUGGACCACUGGU 3’(配列番号8)は、以下のように修飾され:
5’ cg 3’(配列番号13)、
ここで、小さいヌクレオチドは、ヌクレオチドが、2’−F修飾されていることを示し、下線のヌクレオチドは、ヌクレオチドが、2’−O−メチル修飾されていることを示す。
実施態様77:実施態様1から76のいずれか1つの核酸分子であって、
ヌクレオチド配列5’ GACCAGUGGUCCAGCUCGU 3’(配列番号3)は、以下のように修飾され、
5’ GAu 3’(配列番号7)、
ヌクレオチド配列5’ ACCAGUGGUCCAGCUCG 3’(配列番号9)は、以下のように修飾され、
5’ ACg 3’(配列番号14)、
ここで、小さいヌクレオチドは、ヌクレオチドが2’−F修飾されていることを示し、下線のヌクレオチドは、ヌクレオチドが2’−O−メチル修飾されていることを示す。
実施態様78:実施態様1から77のいずれか1つの核酸分子であって、連続したヌクレオチドの第一のストレッチは、以下のヌクレオチド配列を含み:
5’ ac 3’(配列番号6)または
5’ cg 3’(配列番号13)、
ここで、小さいヌクレオチドは、ヌクレオチドが2’−F修飾されていることを示し、下線のヌクレオチドは、ヌクレオチドが2’−O−メチル修飾されていることを示す。
実施態様79:実施態様1から78のいずれか1つの核酸分子であって、連続したヌクレオチドの第二のストレッチは、以下のヌクレオチド配列を含み:
5’ GAu 3’(配列番号7)または
5’ ACg 3’(配列番号14)、
ここで、小さいヌクレオチドは、ヌクレオチドが2’−F修飾されていることを示し、下線のヌクレオチドは、ヌクレオチドが2’−O−メチル修飾されていることを示す。
実施態様80:実施態様1から79のいずれか1つの核酸分子であって、
a)連続したヌクレオチドの第一のストレッチは、以下のヌクレオチド配列を含み:
5’ ac 3’(配列番号6)、および
連続したヌクレオチドの第二のストレッチは、以下のヌクレオチド配列を含む:
5’ GAu 3’(配列番号7)、または、
b)連続したヌクレオチドの第一のストレッチは、以下のヌクレオチド配列を含み:
5’ cg 3’(配列番号13)、および
連続したヌクレオチドの第二のストレッチは、以下のヌクレオチド配列を含む:
5’ GAu 3’(配列番号7)、または、
c)連続したヌクレオチドの第一のストレッチは、以下のヌクレオチド配列を含み:
5’ ac 3’(配列番号6)、および
連続したヌクレオチドの第二のストレッチは、以下のヌクレオチド配列を含む:
5’ ACg 3’(配列番号14)、または、
d)連続したヌクレオチドの第一のストレッチは、以下のヌクレオチド配列を含み:
5’ cg 3’(配列番号13)、および
連続したヌクレオチドの第二のストレッチは、以下のヌクレオチド配列を含む:
5’ ACg 3’(配列番号14)
ここで、小さいヌクレオチドは、ヌクレオチドが2’−F修飾されていることを示し、下線のヌクレオチドは、ヌクレオチドが2’−O−メチル修飾されていることを示す。
実施態様81:実施態様1から80のいずれか1つの核酸分子であって、核酸分子は、
a)以下のヌクレオチド配列を含む連続したヌクレオチドの第一のストレッチ:
5’ ac 3’(配列番号6)、および
以下のヌクレオチド配列を含む連続したヌクレオチドの第二のストレッチ:
5’ GAu 3’(配列番号7)、または、
b)以下のヌクレオチド配列を含む連続したヌクレオチドの第一のストレッチ:
5’ cg 3’(配列番号13)、および
以下のヌクレオチド配列を含む連続したヌクレオチドの第二のストレッチ:
5’ GAu 3’(配列番号7)、または、
c)以下のヌクレオチド配列を含む連続したヌクレオチドの第一のストレッチ:
5’ ac 3’(配列番号6)、および
以下のヌクレオチド配列を含む連続したヌクレオチドの第二のストレッチ:
5’ ACg 3’(配列番号14)、または、
d)以下のヌクレオチド配列を含む連続したヌクレオチドの第一のストレッチ:
5’ cg 3’(配列番号13)、および
以下のヌクレオチド配列を含む連続したヌクレオチドの第二のストレッチ:
5’ ACg 3’(配列番号14)、
からなり、
ここで、小さいヌクレオチドは、ヌクレオチドが2’−F修飾されていることを示し、下線のヌクレオチドは、ヌクレオチドが2’−O−メチル修飾されていることを示す。
実施態様82:実施態様1から81のいずれか1つの核酸分子であって、核酸分子は、
a)以下のヌクレオチド配列を含む連続したヌクレオチドの第一のストレッチ:
5’ ac 3’(配列番号6)、および
以下のヌクレオチド配列を含む連続したヌクレオチドの第二のストレッチ:
5’ GAu 3’(配列番号7)、または、
b)以下のヌクレオチド配列を含む連続したヌクレオチドの第一のストレッチ:
5’ cg 3’(配列番号13)、および
以下のヌクレオチド配列を含む連続したヌクレオチドの第二のストレッチ:
5’ GAu 3’(配列番号7)、または、
c)以下のヌクレオチド配列を含む連続したヌクレオチドの第一のストレッチ:
5’ ac 3’(配列番号6)、および
以下のヌクレオチド配列を含む連続したヌクレオチドの第二のストレッチ:
5’ ACg 3’(配列番号14)、または、
d)以下のヌクレオチド配列を含む連続したヌクレオチドの第一のストレッチ:
5’ cg 3’(配列番号13)、および
以下のヌクレオチド配列を含む連続したヌクレオチドの第二のストレッチ:
5’ ACg 3’(配列番号14)、
からなり、
ここで、小さいヌクレオチドは、ヌクレオチドが2’−F修飾されていることを示し、下線のヌクレオチドは、ヌクレオチドが2’−O−メチル修飾されていることを示す。
実施態様83:実施態様1から81のいずれか1つの核酸分子であって、核酸分子は、
a)以下のヌクレオチド配列を含む連続したヌクレオチドの第一のストレッチ:
5’ acdTsdT 3’(配列番号69)、および
以下のヌクレオチド配列を含む連続したヌクレオチドの第二のストレッチ:
5’ GAudTsdT 3’(配列番号70)、または、
b)以下のヌクレオチド配列を含む連続したヌクレオチドの第一のストレッチ:
5’ cgdTsdT 3’(配列番号71)、および
以下のヌクレオチド配列を含む連続したヌクレオチドの第二のストレッチ:
5’ GAudTsdT 3’(配列番号70)、または、
c)以下のヌクレオチド配列を含む連続したヌクレオチドの第一のストレッチ:
5’ acdTsdT 3’(配列番号69)、および
以下のヌクレオチド配列を含む連続したヌクレオチドの第二のストレッチ:
5’ ACgdTsdT 3’(配列番号72)、または、
d)以下のヌクレオチド配列を含む連続したヌクレオチドの第一のストレッチ:
5’ cgdTsdT 3’(配列番号71)、および
以下のヌクレオチド配列を含む連続したヌクレオチドの第二のストレッチ:
5’ ACgdTsdT 3’(配列番号72)、
からなり、
ここで、小さいヌクレオチドは、ヌクレオチドが2’−F修飾されていることを示し、下線のヌクレオチドは、ヌクレオチドが2’−O−メチル修飾されていることを示し、および
dTsdTは、3’末端に、2個のdTからなるジヌクレオチドが付いていることを示し、ここで、前記の2個のdTは、ホスホロチオエート結合を介して共有結合している。
実施態様84:実施態様1から83のいずれか1つの核酸分子であって、疾患の治療および/または予防のための方法での使用のための、核酸分子。
実施態様85:実施態様84の核酸分子であって、疾患は、Notch 1遺伝子の発現を低減させることにより、より具体的には、Notch 1をコードするmRNAの翻訳を低減させることにより、治療することのできる疾患である。
実施態様86:実施態様84から85のいずれか1つの核酸分子であって、疾患は、食道癌、口腔扁平上皮癌、頭頸部癌、舌癌、白血病、腎細胞癌、胃癌、結腸腺癌、子宮内膜癌/子宮体部、子宮頸癌/子宮頸部、肝内胆管癌、肝細胞癌腫、骨肉腫、膀胱癌、悪性メラノーマ、甲状腺癌、肺腺癌、前立腺癌、乳癌、卵巣癌、膵癌およびグリオーマを含む群から選択される。
実施態様87:実施態様84から86のいずれか1つの核酸分子であって、前記方法は、薬学的に活性の薬剤の投与をさらに含む。
実施態様88:実施態様87の核酸分子であって、薬学的に活性の薬剤は、細胞増殖抑制剤である。
実施態様89:実施態様88の核酸分子であって、薬学的に活性の薬剤は、ゲムシタビン、ドセタキセル、シスプラチン(cisplaint)、オキサリプラチン、5−フルオロウラシル、イリノテカン、パクリタキセル、デキサメタゾンおよびテモゾロミドを含む群から選択される。
実施態様90:実施態様1から83のいずれか1つの核酸分子であって、癌細胞の薬物感受性を回復させるための方法での使用のための、核酸分子。
実施態様91:実施態様90の核酸分子であって、薬物感受性は、NF−κBカスケードが仲介および/または関与する薬物感受性である。
実施態様92:実施態様1から83のいずれか1つの核酸分子の使用であって、疾患の治療および/または予防のための薬物の製造のための、使用。
実施態様93:実施態様92の使用であって、疾患は、Notch 1遺伝子の発現を低減させることにより、より具体的には、Notch 1をコードするmRNAの翻訳を低減させることにより、治療することのできる疾患である。
実施態様94:実施態様92から93のいずれか1つの使用であって、疾患は、食道癌、口腔扁平上皮癌、頭頸部癌、舌癌、白血病、腎細胞癌、胃癌、結腸腺癌、子宮内膜癌/子宮体部、子宮頸癌/子宮頸部、肝内胆管癌、肝細胞癌腫、骨肉腫、膀胱癌、悪性メラノーマ、甲状腺癌、肺腺癌、前立腺癌、乳癌、卵巣癌、膵癌およびグリオーマを含む群から選択される。
実施態様95:実施態様92から94のいずれか1つの使用であって、薬物は、さらなる薬学的に活性の薬剤とともに投与するための薬剤である。
実施態様96:実施態様95の使用であって、薬学的に活性の薬剤は、細胞増殖抑制剤である。
実施態様97:実施態様96の使用であって、薬学的に活性の薬剤は、ゲムシタビン、ドセタキセル、シスプラチン(cisplaint)、オキサリプラチン、5−フルオロウラシル、イリノテカン、パクリタキセル、デキサメタゾンおよびテモゾロミドを含む群から選択される。
実施態様98:実施態様1から83のいずれか1つの核酸分子の使用であって、癌細胞の薬物感受性を回復させるための薬剤の製造での、使用。
実施態様99:実施態様98の使用であって、薬物感受性は、NF−κBカスケードが仲介および/または関与する薬物感受性である。
実施態様100:不連続相および連続的な水相および実施態様1から83のいずれか1つに係る核酸分子を含む、ナノエマルション。
実施態様101:実施態様100のナノエマルションであって、不連続相は、パーフルオロカーボン相を含む。
実施態様102:実施態様1から101のいずれか1つのナノエマルションであって、ナノエマルションは、エンドサイトーシス増強面(好ましくはエンドサイトーシス増強成分を含むエンドサイトーシス増強面)を含み、エンドサイトーシス増強成分は、エンドサイトーシスを介したナノエマルションまたはナノエマルションの粒子の細胞取り込みを誘導する、少なくとも1つの化合物を含む群から選択される。
実施態様103:実施態様100から102のいずれか1つのナノエマルションであって、疾患の治療および/または予防での使用のための、ナノエマルション。
実施態様104:実施態様100から102のいずれか1つのナノエマルションであって、癌細胞の薬物感受性を回復させるための方法での使用のための、ナノエマルション。
実施態様105:実施態様100から102のいずれか1つのナノエマルションの使用であって、疾患の治療および/または予防のための薬物の製造のための、使用。
実施態様106:実施態様100から102のいずれか1つのナノエマルションの使用であって、癌細胞の薬物感受性を回復させるための薬剤の製造での、使用。
実施態様107:実施態様1から83のいずれか1つの核酸分子および/または実施態様100から102のいずれか1つのナノエマルション、および薬学的に許容できる賦形剤を含む、医薬組成物。
実施態様108:実施態様107の医薬組成物であって、疾患の治療および/または予防での使用のための、医薬組成物。
実施態様109:実施態様107の医薬組成物であって、癌細胞の薬物感受性を回復させるための方法での使用のための、医薬組成物。
実施態様110:疾患の治療および/または予防のための方法であって、当該方法は、実施態様1から83のいずれか1つの核酸、実施態様100から102のいずれか1つのナノエマルション、および/または実施態様107の医薬組成物の、対象への投与を含む。
実施態様111:癌細胞の薬物感受性を回復させるための方法であって、当該方法は、実施態様1から83のいずれか1つの核酸、実施態様100から102のいずれか1つのエマルション、および/または実施態様107の医薬組成物の、対象への投与を含み、対象は癌を患っていて、癌の細胞は薬剤抵抗性である。
様々なsiRNAを用いたC4−2細胞のトランスフェクション時のNotch 1の相対的発現を示すダイアグラムである。 各siRNAに関するIC50値の決定を可能にする、個々のsiRNAの濃度の関数として残っている相対的なNotch 1のmRNA発現を示す、様々なsiRNAに関するダイアグラムである。 図3Aおよび図3Bは、10nM、1nmおよび0.1nMの濃度における、その未修飾、中間または完全修飾の形態でのsiRNA XD−00404(図3A)またはXD−00409(図3B)に対する、C4−2細胞の曝露時の、相対的なNotch 1のmRNA発現を示すダイアグラムである。 PANC−1細胞を用いた異種移植片マウスモデルでの、腫瘍体積の相対的増加(%±SEMとして示される)を示すダイアグラムである。 コントロール、ゲムシタビン、または、本発明のsiRNAを含むナノ担体とゲムシタビンの組み合わせを用いた、動物モデルの治療時の、転移がない、数個の転移を有する、および単一の転移を有する、PANC−1同所性腫瘍モデルにおける動物の数を示すダイアグラムである。
本発明者らは、驚くべきことに、二本鎖構造を含む核酸分子
(ここで、二本鎖構造は、第一の鎖および第二の鎖により形成され、
第一の鎖は連続したヌクレオチドの第一のストレッチを含み、第二の鎖は連続したヌクレオチドの第二のストレッチを含み、
連続したヌクレオチドの第一のストレッチは、
a)以下と少なくとも63%同一であるヌクレオチド配列
(i)ヌクレオチド配列5’ ACGAGCUGGACCACUGGUC 3’(配列番号1)または
(ii)ヌクレオチド配列5’ CGAGCUGGACCACUGGU 3’(配列番号8);または、
b)以下の少なくともひと続きの8または9ヌクレオチドを含むヌクレオチド配列
(i)ヌクレオチド配列5’ ACGAGCUGGACCACUGGUC 3’(配列番号1)または
(ii)ヌクレオチド配列5’ CGAGCUGGACCACUGGU 3’(配列番号8)を含む)
は、遺伝子の翻訳後サイレンシングおよび特にRNA干渉を起こすことが可能であることを見いだした。この核酸は(その実施態様の全てを含む)、本明細書において、本発明の核酸分子と呼ぶ。
本発明の核酸分子は低分子干渉RNA(siRNA)であることは、本発明の範囲内である。そのようなsiRNAは、本発明の核酸分子の特に好ましい実施態様である。一実施態様では、siRNAは、Notch 1の発現されたRNA転写産物(本明細書において「標的核酸」と呼ばれることがある)に向けられる。本明細書において好ましく用いられる用語「サイレンス」および「ノックダウン」は、遺伝子発現を言及する場合、遺伝子発現の低減を意味する。本発明は、さらに、本発明の核酸分子を作成するためのプロセスに関する。
本発明の一実施態様では、標的核酸は、哺乳類Notch 1遺伝子から発現されるRNAである。一実施態様では、標的核酸は、マウスNotch 1から発現されるRNAである。別の実施態様では、標的核酸は、ヒトNotch 1から発現されるRNAである。別の実施態様では、標的核酸は、ヒトNotch 1のmRNAである。別の実施態様では、標的核酸は、ヒトNotch 1のhnRNAである。別の実施態様では、標的核酸は、配列番号12の配列を含むmRNAである。
本発明の一実施態様では、核酸分子は、二本鎖構造を形成していない。そのような実施態様では、核酸分子は、個々に存在し得る2つの別個の一本鎖により(すなわち、二本鎖構造が形成されないように非ハイブリッド状態で)、または、ハイブリッド形状(RNA干渉を仲介または誘発するために必要な二本鎖構造とは異なる二本鎖構造が形成される)のいずれかで、形成されている。あるいは、二本鎖構造を形成する核酸分子は、一本鎖核酸分子であり、ここで、核酸分子は、二本鎖構造が形成されるように、または、RNA干渉を仲介または誘発するために必要な二本鎖構造とは異なる二本鎖構造が形成されるように、それ自体では折り返されていない。より好ましい実施態様では、二本鎖構造は、インビボの条件下で、より具体的には、対象、好ましくは哺乳類または哺乳類の細胞への、核酸分子の投与の際に、形成される。
本発明のsiRNAは、Notch 1の発現を阻害するために適切である。本発明に係るsiRNAは、したがって、RNA干渉応答を誘発するために適切であり、哺乳類の細胞におけるNotch 1のmRNAの低減をもたらす。本発明に係るsiRNAは、mRNAレベルで遺伝子発現を低減させることによりNotch 1タンパク質の発現を低減させるのにさらに適切である。
siRNA設計:本発明のsiRNAは、核酸の2本の鎖を含み、第一の鎖は、アンチセンス鎖とも呼ばれ、連続したヌクレオチドの第一のストレッチ(アンチセンスストレッチとも呼ばれる)を含み、第二の鎖は、センス鎖とも呼ばれ、連続したヌクレオチドの第二のストレッチ(センスストレッチとも呼ばれる)を含む。核酸は通常、リボヌクレオチドまたは修飾リボヌクレオチドからなるが;核酸は、本明細書に記載のデオキシヌクレオチド(DNA)を含んでよい。siRNAは、アンチセンス鎖またはアンチセンスストレッチの全てまたは一部、および、センス鎖またはセンスストレッチの全部または一部により形成される、二本鎖核酸部分または二重領域をさらに含む。そのような二本鎖核酸部分または二重領域は、本明細書において二本鎖構造とも呼ぶ。センス鎖またはアンチセンスストレッチと二重領域を形成する、アンチセンス鎖の部分またはアンチセンスストレッチの部分は、アンチセンス鎖二重領域またはアンチセンスストレッチ領域、または単純に、アンチセンス二重領域であり、アンチセンス鎖またはアンチセンスストレッチと二重領域を形成するセンス鎖の部分またはセンスストレッチの部分は、センス鎖二重領域であり、センスストレッチ二重領域、または単純に、センス二重領域である。二重領域は、アンチセンス鎖またはアンチセンスストレッチとセンス鎖またはセンスストレッチとの間に形成される最初の塩基対で始まり、アンチセンス鎖またはアンチセンスストレッチとセンス鎖またはセンスストレッチとの間に形成される最後の塩基対で終わるように含めて定義される。二重領域のいずれか側のsiRNAの部分は、隣接領域である。アンチセンス二重領域のいずれか側のアンチセンス鎖の部分またはアンチセンスストレッチの部分は、アンチセンス隣接領域である。アンチセンス二重領域に対するアンチセンス鎖またはアンチセンスストレッチの5’の部分は、アンチセンス5’隣接領域である。アンチセンス二重領域に対するアンチセンス鎖またはアンチセンスストレッチの5’の部分は、アンチセンス3’隣接領域である。センス二重領域のいずれか側のセンス鎖の部分またはセンスストレッチの部分は、センス隣接領域である。センス二重領域に対するセンス鎖またはセンスストレッチの5’の部分は、センス5’隣接領域である。センス二重領域に対するセンスストレッチの部分またはセンス鎖の5’の部分は、センス3’隣接領域である。
同一性:一実施態様では、一のヌクレオチド配列の、別のヌクレオチド配列に対する同一性は、当該一のヌクレオチド配列と当該他のヌクレオチド配列の両方の間に、どれくらい多くのヌクレオチドが共有されているかについての示度である。同一性は、当該他のヌクレオチド配列のヌクレオチドの合計数に対する、当該他のヌクレオチド配列と共有する当該一の配列のヌクレオチドの数の比率として表される。同一性の最大値は100%である。一方では、当該一のヌクレオチド配列および当該他のヌクレオチド配列の長さ、および、当該一のヌクレオチド配列と当該他のヌクレオチド配列との間で共有されるヌクレオチドの数に依存して、同一性は常に整数ではないことが、当業者により理解されよう。そのように計算される比率が整数でない場合、同一性は、それにもかかわらず、好ましくは、計算された比率にできるだけ近くなり技術的意義をなす整数として示される。本発明によれば、同一性は、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%または100%であってよい。
相補性:本発明によれば、アンチセンス二重領域およびセンス二重領域は、完全に相補であってよく、および、互いに対して少なくとも部分的に相補である。そのような相補性は、ワトソンクリック塩基対合(すなわち、A:UおよびG:C塩基対合)に基づく。特に、本発明の核酸分子およびsiRNAの長さに応じて、アンチセンスおよびセンス二重領域の間の塩基相補性の観点から完全な一致は必ずしも必要ではないが、アンチセンスおよびセンス鎖は、生理学的条件下でハイブリダイズすることが可能でなければならない。
一実施態様では、アンチセンス鎖とセンス鎖との間の相補性は完全であり、すなわち、いずれの鎖にも、ヌクレオチドの不一致または付加/削除されたヌクレオチドはない。
一実施態様では、アンチセンスストレッチとセンスストレッチとの間の相補性は完全であり、すなわち、いずれのストレッチにも、ヌクレオチドの不一致または付加/削除されたヌクレオチドはない。
一実施態様では、アンチセンス二重領域とセンス二重領域との間の相補性は完全であり、すなわち、いずれの鎖の二重領域にも、ヌクレオチドの不一致または付加/削除されたヌクレオチドはない。
別の実施態様では、アンチセンス二重領域とセンス二重領域との間の相補性は完全でない。一実施態様では、アンチセンス二重領域とセンス二重領域の相補配列との間の同一性は、少なくとも75%、80%、85%、90%および95%からなる群より選択され;ここで、siRNAは、アンチセンス二重領域を含み、センス二重領域は、Notch 1の発現を低減させるために適切である。別の実施態様では、siRNA(アンチセンス二重領域とセンス二重領域の相補配列との間の同一性は、少なくとも75%、80%、85%、90%および95%からなる群より選択される)は、アンチセンス二重領域とセンス二重領域との間に完全な同一性がある二重領域を有する比較siRNAの少なくとも25%、50%または75%、Notch 1の発現を低減することが可能である。本明細書において用いられる用語「比較siRNA」は、特定の違いを除き、比較されるsiRNAと同一であり、同一の条件下で試験されるsiRNAである。
siRNAを用いるRNAiは、アンチセンス鎖またはアンチセンスストレッチの全てまたは一部と、標的核酸の一部との間の、二重領域の形成に関わる。アンチセンス鎖またはアンチセンスストレッチと標的配列との間に形成される最初の塩基対で始まり、アンチセンス鎖またはアンチセンスストレッチと標的配列との間に形成される最後の塩基対で終わるように含めて定義される、アンチセンス鎖またはアンチセンスストレッチと二重領域を形成する標的核酸の一部は、標的核酸配列、または単純に標的配列である。アンチセンス鎖またはアンチセンスストレッチとセンス鎖またはセンスストレッチとの間に形成される二重領域は、アンチセンス鎖またはアンチセンスストレッチと標的配列との間に形成される二重領域と、必要ではないが同一であってよい。すなわち、センス鎖またはセンスストレッチは、標的配列とは異なる配列を有してよいが;アンチセンス鎖またはアンチセンスストレッチは、センス鎖またはセンスストレッチおよび標的配列の両方と、二重構造を形成することが可能でなければならない。
一実施態様では、アンチセンス鎖またはアンチセンスストレッチと標的配列との間の相補性は完全であり、すなわち、いずれの核酸にも、ヌクレオチドの不一致または付加/削除されたヌクレオチドはない。
一実施態様では、アンチセンス二重領域(すなわち、センス鎖またはセンスストレッチと二重領域を形成するアンチセンス鎖またはアンチセンスストレッチの一部)と標的配列との間の相補性は完全であり、すなわち、いずれの核酸にも、ヌクレオチドの不一致または付加/削除されたヌクレオチドはない。
別の実施態様では、アンチセンス二重領域と標的配列との間の相補性は完全でない。一実施態様では、アンチセンス二重領域と標的配列の相補配列との間の同一性は、少なくとも75%、80%、85%、90%または95%からなる群より選択され、ここで、アンチセンス二重領域を含むsiRNAは、Notch 1の発現を低減させるために適切である。別の実施態様では、siRNA(アンチセンス二重領域と標的配列の相補配列との間の同一性は、少なくとも75%、80%、85%、90%および95%からなる群より選択される)は、Notch 1の発現を、アンチセンス鎖またはアンチセンスストレッチおよび標的配列に対して完全な同一性を有する比較siRNAの少なくとも25%、50%または75%、低減させることが可能である。
別の実施態様では、本発明のsiRNAは二重領域を含み、ここで、アンチセンス二重領域は、ヌクレオチドに対して塩基対合しない1、2、3、4および5からなる群より選択されるいくつかのヌクレオチドをセンス二重領域内に有し、ここで、前記siRNAは、Notch 1の発現を低減させるために適切である。塩基対合の不在は、塩基間の相補性の不在(すなわち、ワトソンクリック塩基対合の不在)に起因するか、または、アンチセンス二重領域またはセンス二重領域のいずれかに、出っ張りが作られるように対応するヌクレオチドが存在しないためかのいずれかである。一実施態様では、siRNA(センス二重領域に対して塩基対合しない1、2、3、4および5からなる群より選択されるいくつかのヌクレオチドを有するアンチセンス二重領域を含む)は、Notch 1の発現を、比較siRNAの少なくとも25%、50%、75%、低減させることが可能であり、ここで、前記アンチセンス二重領域の全ヌクレオチドは、前記センス二重領域の全ヌクレオチドと塩基対合する。
別の実施態様では、アンチセンス鎖またはアンチセンスストレッチは、センス鎖またはセンスストレッチに対して塩基対合しない1、2、3、4、5、6、7、8、9または10から選択されるいくつかのヌクレオチドを有し、ここで、前記アンチセンス鎖を含むsiRNAは、Notch 1の発現を低減させるために適切である。相補性の不在は、塩基間の相補性の不在に起因するか、または、アンチセンス鎖、またはアンチセンスストレッチ、またはセンス鎖、またはセンスストレッチのいずれかに、対応するヌクレオチドが存在しないためかのいずれかである。対応するヌクレオチドの不在は、アンチセンス鎖、またはアンチセンスストレッチ、またはセンス鎖、またはセンスストレッチのいずれかにおいて、一本鎖突出または出っ張り(二重領域内の場合)のいずれかを生じる。一実施態様では、siRNA(センス鎖またはセンスストレッチに対して塩基対合しない1、2、3、4、5、6、7、8、9または10から選択されるいくつかのヌクレオチドを有するアンチセンス鎖またはアンチセンスストレッチを含む)は、Notch 1の発現を、比較siRNAの少なくとも25%、50%、75%、低減させることが可能であり、ここで、前記アンチセンス鎖または前記アンチセンスストレッチの全ヌクレオチドは、センス鎖またはセンスストレッチの全ヌクレオチドに対して相補である。一実施態様では、siRNA(標的配列に対して不一致である、1、2、3、4、5、6、7、8、9または10から選択されるいくつかのヌクレオチドを有するアンチセンス鎖またはアンチセンスストレッチを含む)は、Notch 1の発現を、比較siRNAの少なくとも25%、50%、75%、低減させることが可能であり、ここで、前記アンチセンス鎖または前記アンチセンス鎖の全ヌクレオチドは、前記センス鎖または前記センスストレッチの全ヌクレオチドに対して相補である。別の実施態様では、不一致であるヌクレオチドの全ては二重領域の外側である。
別の実施態様では、アンチセンス二重領域は、センス二重領域に対して塩基対合しない1、2、3、4または5から選択されるいくつかのヌクレオチドを有し、ここで、前記アンチセンス二重領域を含むsiRNAは、Notch 1の発現を低減させるために適切である。相補性の不在は、塩基間の相補性の不在に起因するか、または、アンチセンス二重領域またはセンス二重領域のいずれかにおいて出っ張りが作られるように、アンチセンス二重領域またはセンス二重領域のいずれかにおいて対応するヌクレオチドが存在しないためかのいずれかである。一実施態様では、siRNA(センス二重領域に対して塩基対合しない1、2、3、4および5からなる群より選択されるいくつかのヌクレオチドを有するアンチセンス二重領域を含む)は、比較siRNAの少なくとも25%、50%、75%、Notch 1の発現を低減させることが可能であり、ここで、前記アンチセンス二重領域の全ヌクレオチドは、前記センス二重領域の全ヌクレオチドに対して相補である。
別の実施態様では、アンチセンス鎖は、標的配列に対して塩基対合しない1、2、3、4、5、6、7、8、9または10から選択されるいくつかのヌクレオチドを有し、ここで、前記アンチセンス鎖を含むsiRNAは、Notch 1の発現を低減させるために適切である。相補性の不在は、塩基間の相補性の不在に起因するか、または、アンチセンス鎖、またはアンチセンスストレッチ、または標的配列のいずれかにおいて、対応するヌクレオチドが存在しないためかのいずれかである。対応するヌクレオチドの不在は、アンチセンス鎖、またはアンチセンスストレッチ、または標的配列のいずれかにおいて、出っ張りをもたらす。一実施態様では、siRNA(標的配列に対して塩基対合しない1、2、3、4、5、6、7、8、9または10から選択されるいくつかのヌクレオチドを有するアンチセンス鎖またはアンチセンスストレッチを含む)は、Notch 1の発現を、比較siRNAの少なくとも25%、50%、75%、低減させることが可能であり、ここで、前記アンチセンス鎖またはアンチセンスストレッチの全ヌクレオチドは、前記標的配列の全ヌクレオチドに対して相補である。一実施態様では、siRNA(標的配列に対して不一致である1、2、3、4、5、6、7、8、9または10から選択されるいくつかのヌクレオチドを有するアンチセンス鎖またはアンチセンスストレッチを含む)は、Notch 1の発現を、比較siRNAの少なくとも25%、50%または75%、低減させることが可能であり、ここで、前記アンチセンス鎖または前記アンチセンスストレッチの全ヌクレオチドは、前記標的配列の全ヌクレオチドに対して相補である。
別の実施態様では、アンチセンス二重領域と、センス二重領域およびsiRNAの標的配列の両方との間の相補性は、アンチセンス二重領域およびセンス二重領域または標的配列が、生理学的条件(生理学的バッファー中37℃)下で、互いにハイブリダイズするようなものであり、siRNAは、Notch 1の発現を低減させるために適切である。一実施態様では、生理学的条件下でセンス二重領域および標的配列にハイブリダイズするアンチセンス二重領域を含むsiRNAは、Notch 1の発現を、アンチセンス鎖またはアンチセンスストレッチと標的配列との間に完全な相補性を有する比較siRNAの少なくとも25%、50%、75%、低減させることが可能である。
別の態様では、siRNAのセンス二重領域とアンチセンス二重領域との間の相補性は、アンチセンス二重領域およびセンス二重領域が、以下の条件下:400mM NaCl、40mM PIPES pH6.4、1mM EDTA、70℃でハイブリダイズするようなものであり、および、Notch 1の発現を低減させるために適切である。一実施態様では、siRNA(400mM NaCl、40mM PIPES pH6.4、1mM EDTA、70℃の条件下で互いにハイブリダイズするアンチセンス二重領域およびセンス二重領域を含む)は、Notch 1の発現を、アンチセンス二重領域とセンス二重領域との間に完全な相補性を有する比較siRNAの少なくとも25%、50%、75%、低減させることが可能である。
別の実施態様では、siRNAのアンチセンス鎖またはアンチセンスストレッチと標的配列との間の相補性は、アンチセンス鎖またはアンチセンスストレッチおよび標的配列が、以下の条件下:400mM NaCl、40mM PIPES pH6.4、1mM EDTA、70℃でハイブリダイズするようなものであり、ここで、siRNAは、Notch 1の発現を低減させるために適切である。一実施態様では、siRNA(以下の条件下:400mM NaCl、40mM PIPES pH6.4、1mM EDTA、70°Cで標的配列にハイブリダイズするアンチセンス鎖またはアンチセンスストレッチを含む)は、Notch 1の発現を、アンチセンス鎖またはアンチセンスストレッチと標的配列との間に完全な相補性を有する比較siRNAの少なくとも25%、50%、75%、低減させることが可能である。
長さ:RNA干渉は、数ダースまたは数百の塩基対を含む長い核酸分子を用いて見られるが、より短いRNAi分子が一般に好ましい。
一実施態様では、siRNA二重領域の長さは、約16〜35、16〜30、17〜35、17〜30、17〜25、17〜24、18〜29、18〜25、18〜24、18〜23、19〜25、19〜24、19〜23、20〜25、20〜24、21〜25および21〜24の塩基対からなる群より選択される。一実施態様では、siRNA二重領域の長さは、約16〜35、16〜30、17〜35、17〜30、17〜25、17〜24、18〜29、18〜25、18〜24、18〜23、19〜25、19〜24、19〜23、20〜25、20〜24、21〜25および21〜24の連続した塩基対からなる群より選択される。別の実施態様では、siRNA二重領域の長さは、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34および35の塩基対からなる群より選択される。別の実施態様では、siRNA二重領域の長さは、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34および35の連続した塩基対からなる群より選択される。
一実施態様では、アンチセンス鎖の長さは、約13〜35、16〜35、16〜30、17〜35、17〜30、17〜25、17〜24、18〜29、18〜25、18〜24、18〜23、19〜25、19〜24、19〜23、20〜25、20〜24、21〜25および21〜24のヌクレオチドからなる群より選択される。一実施態様では、アンチセンス鎖の長さは、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34および35のヌクレオチドからなる群より選択される。
一実施態様では、アンチセンスストレッチの長さは、約13〜35、16〜35、16〜30、17〜35、17〜30、17〜25、17〜24、18〜29、18〜25、18〜24、18〜23、19〜25、19〜24、19〜23、20〜25、20〜24、21〜25および21〜24のヌクレオチドからなる群より選択される。一実施態様では、アンチセンスストレッチの長さは、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34および35のヌクレオチドからなる群より選択される。
一実施態様では、センス鎖の長さは、約13〜35、16〜35、16〜30、17〜35、17〜30、17〜25、17〜24、18〜29、18〜25、18〜24、18〜23、19〜25、19〜24、19〜23、20〜25、20〜24、21〜25および21〜24のヌクレオチドからなる群より選択される。一実施態様では、センス鎖の長さは、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34および35のヌクレオチドからなる群より選択される。
一実施態様では、センスストレッチの長さは、約13〜35、16〜35、16〜30、17〜35、17〜30、17〜25、17〜24、18〜29、18〜25、18〜24、18〜23、19〜25、19〜24、19〜23、20〜25、20〜24、21〜25および21〜24のヌクレオチドからなる群より選択される。一実施態様では、センスストレッチの長さは、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34および35のヌクレオチドからなる群より選択される。
一実施態様では、アンチセンス鎖の長さおよびセンス鎖の長さは、独立に、約13〜35、16〜35、16〜30、17〜35、17〜30、17〜25、17〜24、18〜29、18〜25、18〜24、18〜23、19〜25、19〜24、19〜23、20〜25、20〜24、21〜25および21〜24のヌクレオチドからなる群より選択される。一実施態様では、アンチセンス鎖の長さおよびセンス鎖の長さは、独立に、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34および35のヌクレオチドからなる群より選択される。一実施態様では、アンチセンス鎖およびセンス鎖は長さが等しい。別の実施態様では、アンチセンス鎖およびセンス鎖は長さが等しく、ここで長さは、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34および35のヌクレオチドからなる群より選択される。
一実施態様では、アンチセンスストレッチの長さおよびセンスストレッチの長さは、独立に、約13〜35、16〜35、16〜30、17〜35、17〜30、17〜25、17〜24、18〜29、18〜25、18〜24、18〜23、19〜25、19〜24、19〜23、20〜25、20〜24、21〜25および21〜24のヌクレオチドからなる群より選択される。一実施態様では、アンチセンスストレッチの長さおよびセンスストレッチの長さは、独立に、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34および35のヌクレオチドからなる群より選択される。一実施態様では、アンチセンスストレッチおよびセンスストレッチは長さが等しい。別の実施態様では、アンチセンスストレッチおよびセンスストレッチは長さが等しく、ここで長さは、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34および35のヌクレオチドからなる群より選択される。
一実施態様では、アンチセンス鎖またはアンチセンスストレッチの長さは、約17〜35、17〜30、17〜25、17〜24、18〜29、18〜25、18〜24、18〜23、19〜25、19〜24、19〜23、20〜25、20〜24、21〜25および21〜24のヌクレオチドからなる群より選択され、ここで、アンチセンス鎖またはアンチセンスストレッチは、配列番号8または配列番号1のヌクレオチド配列を含む。
一実施態様では、アンチセンス鎖またはアンチセンスストレッチの長さは、約17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34および35のヌクレオチドからなる群より選択され、ここで、アンチセンス鎖またはアンチセンスストレッチは、配列番号8または配列番号1のヌクレオチド配列を含む。
一実施態様では、センス鎖またはセンスストレッチの長さは、約13〜35、16〜35、16〜30、17〜35、17〜30、17〜25、17〜24、18〜29、18〜25、18〜24、18〜23、19〜25、19〜24、19〜23、20〜25、20〜24、21〜25および21〜24のヌクレオチドからなる群より選択され、ここで、センス鎖またはセンスストレッチは、配列番号9または配列番号3のヌクレオチド配列を含む。
一実施態様では、センス鎖またはセンスストレッチの長さは、約17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34および35のヌクレオチドからなる群より選択され、ここで、センス鎖は、配列番号9または配列番号3のヌクレオチド配列を含む。
一実施態様では、アンチセンス鎖またはアンチセンスストレッチの長さ、および、センス鎖またはセンスストレッチの長さは、独立に、約13〜35、16〜35、16〜30、17〜35、17〜30、17〜25、17〜24、18〜29、18〜25、18〜24、18〜23、19〜25、19〜24、19〜23、20〜25、20〜24、21〜25および21〜24のヌクレオチドからなる群より選択され、ここで、アンチセンス鎖またはアンチセンスストレッチは、配列番号8または配列番号1のヌクレオチド配列を含み、センス鎖またはセンスストレッチは、配列番号9または配列番号3のヌクレオチド配列を含む。
一実施態様では、アンチセンス鎖の長さおよびセンス鎖の長さは、独立に、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34および35のヌクレオチドからなる群より選択され、ここで、アンチセンス鎖は、配列番号8または配列番号1のヌクレオチド配列を含み、センス鎖は、配列番号9または3のヌクレオチド配列を含む。
一実施態様では、アンチセンスストレッチの長さおよびセンスストレッチの長さは、独立に、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34および35のヌクレオチドからなる群より選択され、ここで、アンチセンスストレッチは、配列番号8または配列番号1のヌクレオチド配列を含み、センスストレッチは、配列番号9または配列番号3のヌクレオチド配列を含む。
一実施態様では、アンチセンス鎖およびセンス鎖は長さが等しく、ここで、アンチセンス鎖は、配列番号8または配列番号1のヌクレオチド配列を含み、センス鎖は、配列番号9または3のヌクレオチド配列を含む。
一実施態様では、アンチセンスストレッチおよびセンスストレッチは長さが等しく、ここで、アンチセンスストレッチは、配列番号8または配列番号1のヌクレオチド配列を含み、センスストレッチは、配列番号9または3のヌクレオチド配列を含む。
別の実施態様では、アンチセンス鎖およびセンス鎖は長さが等しく、ここで長さは、17〜35、17〜30、17〜25、17〜24、18〜29、18〜25、18〜24、18〜23、19〜25、19〜24、19〜23、20〜25、20〜24、21〜25および21〜24のヌクレオチドからなる群より選択され、ここで、アンチセンス鎖は、配列番号8または配列番号1のヌクレオチド配列を含み、センス鎖は、配列番号9または配列番号3のヌクレオチド配列を含む。
別の実施態様では、アンチセンスストレッチおよびセンスストレッチは長さが等しく、ここで長さは、17〜35、17〜30、17〜25、17〜24、18〜29、18〜25、18〜24、18〜23、19〜25、19〜24、19〜23、20〜25、20〜24、21〜25および21〜24のヌクレオチドからなる群より選択され、ここで、アンチセンスストレッチは、配列番号8または配列番号1のヌクレオチド配列を含み、センスストレッチは、配列番号9または配列番号3のヌクレオチド配列を含む。
別の実施態様では、アンチセンス鎖およびセンス鎖は長さが等しく、ここで長さは、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34および35のヌクレオチドからなる群より選択され、ここで、アンチセンス鎖は、配列番号8または配列番号1のヌクレオチド配列を含み、センス鎖は、配列番号9または配列番号3のヌクレオチド配列を含む。
別の実施態様では、アンチセンスストレッチおよびセンスストレッチは長さが等しく、ここで長さは、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34および35のヌクレオチドからなる群より選択され、ここで、アンチセンスストレッチは、配列番号8または配列番号1のヌクレオチド配列を含み、センスストレッチは、配列番号9または配列番号3のヌクレオチド配列を含む。
特定の実施態様は、配列番号8および配列番号9;配列番号1および配列番号3;配列番号4および配列番号5;配列番号6および配列番号7;および配列番号10および配列番号11により特定される、アンチセンスおよびセンスの鎖の組み合わせを提供する。
特定の実施態様は、配列番号8および配列番号9;配列番号1および配列番号3;配列番号4および配列番号5;配列番号6および配列番号7;および配列番号10および配列番号11により特定される、アンチセンスおよびセンスのストレッチの組み合わせを提供する。
末端(突出および平滑末端):本発明のsiRNAは、突出を含んでよく、または平滑末端であってよい。本明細書において用いられる「突出」は、当分野における、その正常および慣習の意味を有し、すなわち、二本鎖核酸において、相補の鎖またはストレッチの末端ヌクレオチドを超えて伸びる、核酸の一本鎖部分である。用語「平滑末端」は、末端ヌクレオチド(単数または複数)が塩基対合するかにかかわらず、両方の鎖またはストレッチが同じ位置で終わる二本鎖核酸を含む。一実施態様では、平滑末端における、アンチセンス鎖またはアンチセンスストレッチおよびセンス鎖またはセンスストレッチの末端ヌクレオチドは、塩基対合する。別の実施態様では、平滑末端における、アンチセンス鎖またはアンチセンスストレッチおよびセンス鎖またはセンスストレッチの末端ヌクレオチドは、対合しない。別の実施態様では、平滑末端における、アンチセンス鎖またはアンチセンスストレッチおよびセンス鎖またはセンスストレッチの末端の2つのヌクレオチドは、塩基対合する。別の実施態様では、平滑末端における、アンチセンス鎖またはアンチセンスストレッチおよびセンス鎖またはセンスストレッチの末端の2つのヌクレオチドは、対合しない。
一実施態様では、siRNAは、一方の末端に突出を有し、逆側に平滑末端を有する。別の実施態様では、siRNAは、両末端に突出を有する。別の実施態様では、siRNAは、両末端において平滑末端である。一実施態様では、siRNAは、片方の末端において平滑末端である。別の実施態様では、siRNAは、アンチセンス鎖またはアンチセンスストレッチの5’−末端、および、センス鎖またはセンスストレッチの3’−末端が、末端において、平滑末端である。別の実施態様では、siRNAは、アンチセンス鎖またはアンチセンスストレッチの3’−末端、および、センス鎖またはセンスストレッチの5’−末端が、末端において、平滑末端である。別の実施態様では、siRNAは、両方の末端において、平滑末端である。
別の実施態様では、siRNAは、3’−または5’−末端に突出を含む。一実施態様では、siRNAは、アンチセンス鎖またはアンチセンスストレッチに3’−突出を有する。別の実施態様では、siRNAは、センス鎖またはセンスストレッチに3’−突出を有する。別の実施態様では、siRNAは、アンチセンス鎖またはアンチセンスストレッチに5’−突出を有する。別の実施態様では、siRNAは、センス鎖またはセンスストレッチに5’−突出を有する。別の実施態様では、siRNAは、アンチセンス鎖またはアンチセンスストレッチの5’−末端および3’−末端の両方に突出を有する。別の実施態様では、siRNAは、センス鎖またはセンスストレッチの5’−末端および3’−末端の両方に突出を有する。別の実施態様では、siRNAは、アンチセンス鎖またはアンチセンスストレッチに5’突出を有し、および、センス鎖またはセンスストレッチに3’突出を有する。別の実施態様では、siRNAは、アンチセンス鎖またはアンチセンスストレッチに3’突出を有し、および、センス鎖またはセンスストレッチに5’突出を有する。別の実施態様では、siRNAは、アンチセンス鎖またはアンチセンスストレッチに3’突出を有し、および、センス鎖またはセンスストレッチに3’突出を有する。別の実施態様では、siRNAは、アンチセンス鎖またはアンチセンスストレッチに5’突出を有し、および、センス鎖またはセンス鎖に5’突出を有する。
一実施態様では、アンチセンス鎖またはアンチセンスストレッチの3’−末端における突出は、1、2、3、4および5個のヌクレオチドからなる群より選択される長さを有する。一実施態様では、センス鎖またはセンスストレッチの3’−末端における突出は、1、2、3、4および5個のヌクレオチドからなる群より選択される長さを有する。一実施態様では、アンチセンス鎖またはアンチセンスストレッチの5’−末端における突出は、1、2、3、4および5個のヌクレオチドからなる群より選択される長さを有する。一実施態様では、センス鎖またはセンスストレッチの5’−末端における突出は、1、2、3、4および5個のヌクレオチドからなる群より選択される長さを有する。
修飾:別の態様は、siRNAの修飾に関し、および、それに従い、本発明の核酸分子は、以下に概説されるように修飾され得る。本明細書に開示される各々および任意の修飾およびパターン、および、そのような修飾およびパターンに関する本明細書の任意の開示(特にsiRNAに関する)もまた、適用され得て、したがって、本発明の核酸分子に関連しておよび対して、理解され得ることは、本発明の範囲内である。また、アンチセンス鎖および/またはセンス鎖に対して言及される限りにおいて、特に、アンチセンス鎖および/またはセンス鎖の修飾およびそのようなアンチセンス鎖および/またはセンス鎖を形成するヌクレオチドに関する場合、そのような開示は、特に、アンチセンスストレッチおよび/またはセンスストレッチの修飾およびそのようなアンチセンスストレッチおよび/またはセンスストレッチを形成するヌクレオチドに関する場合、アンチセンスストレッチおよび/またはセンスストレッチに同様に当てはまることも、本発明の範囲内である。
本発明に係るsiRNAは、リボ核酸または修飾リボ核酸である。本発明のsiRNAの化学修飾は、限定されないが、インビトロおよびインビボの安定性および天然のRNA分子に本来備わっている生物学的利用能を含む、潜在的制限を克服する有力なツールを提供する。化学修飾されたsiRNAは、ヒトでのインターフェロン活性を活性化する可能性を最小限化することもできる。化学修飾は、標的細胞への、siRNAの機能的送達をさらに高めることができる。本発明の修飾siRNAは、アンチセンス鎖またはセンス鎖のいずれかまたは両方の、1つまたは複数の化学修飾リボヌクレオチドを含んでよい。リボヌクレオチドは、塩基、糖またはリン酸部分の化学修飾を含んでよい。
塩基部分に対する修飾:第二の態様は、塩基部分に対する修飾に関する。本発明のsiRNAの1つまたは複数のヌクレオチドは、修飾塩基を含んでよい。「修飾塩基」は、1’位における、アデニン、グアニン、シトシンまたはウラシル以外のヌクレオチド塩基を意味する。
一態様では、siRNAは、修飾塩基を含む少なくとも1つのヌクレオチドを含む。一実施態様では、修飾塩基はアンチセンス鎖上にある。別の実施態様では、修飾塩基はセンス鎖上にある。別の実施態様では、修飾塩基は、二重領域内にある。別の実施態様では、修飾塩基は、二重領域の外側、すなわち一本鎖領域内にある。別の実施態様では、修飾塩基はアンチセンス鎖上にあり、および、二重領域の外側にある。別の実施態様では、修飾塩基はセンス鎖上にあり、および、二重領域の外側にある。別の実施態様では、アンチセンス鎖の3’−末端ヌクレオチドは、修飾塩基を有するヌクレオチドである。別の実施態様では、センス鎖の3’−末端ヌクレオチドは、修飾塩基を有するヌクレオチドである。別の実施態様では、アンチセンス鎖の5’−末端ヌクレオチドは、修飾塩基を有するヌクレオチドである。別の実施態様では、センス鎖の5’−末端ヌクレオチドは、修飾塩基を有するヌクレオチドである。
一実施態様では、siRNAは、1個の修飾塩基を有する。別の実施態様では、siRNAは、約2〜4個の修飾塩基を有する。別の実施態様では、siRNAは、約4〜6個の修飾塩基を有する。別の実施態様では、siRNAは、約6〜8個の修飾塩基を有する。別の実施態様では、siRNAは、約8〜10個の修飾塩基を有する。別の実施態様では、siRNAは、約10〜12個の修飾塩基を有する。別の実施態様では、siRNAは、約12〜14個の修飾塩基を有する。別の実施態様では、siRNAは、約14〜16個の修飾塩基を有する。別の実施態様では、siRNAは、約16〜18個の修飾塩基を有する。別の実施態様では、siRNAは、約18〜20個の修飾塩基を有する。別の実施態様では、siRNAは、約20〜22個の修飾塩基を有する。別の実施態様では、siRNAは、約22〜24個の修飾塩基を有する。別の実施態様では、siRNAは、約24〜26個の修飾塩基を有する。別の実施態様では、siRNAは、約26〜28個の修飾塩基を有する。各場合において、前記修飾塩基を含むsiRNAは、同一のsiRNAであるが前記修飾塩基を有さないものと比較して、その活性の少なくとも50%維持する。
一実施態様では、修飾塩基はプリンである。別の実施態様では、修飾塩基はピリミジンである。別の実施態様では、プリンの少なくとも半分が修飾されている。別の実施態様では、ピリミジンの少なくとも半分が修飾されている。別の実施態様では、全てのプリンが修飾されている。別の実施態様では、全てのピリミジンが修飾されている。
別の実施態様では、siRNAは、修飾塩基を含むヌクレオチドを含み、塩基は、2−アミノアデノシン、2,6−ジアミノプリン、イノシン、ピリジン−4−オン、ピリジン−2−オン、フェニル、シュードウラシル、2,4,6−トリメトキシベンゼン、3−メチルウラシル、ジヒドロウリジン、ナフチル、アミノフェニル、5−アルキルシチジン(例えば、5−メチルシチジン)、5−アルキルウリジン(例えば、リボチミジン)、5−ハロウリジン(例えば、5−ブロモウリジン)、6−アザピリミジン、6−アルキルピリミジン(例えば6−メチルウリジン)、プロピン、キューオシン(quesosine)、2−チオウリジン、4−チオウリジン、ワイブトシン(wybutosine)、ワイブトキソシン(wybutoxosine)、4−アセチルシチジン、5−(カルボキシヒドロキシメチル)ウリジン、5’−カルボキシメチルアミノメチル−2−チオウリジン、5−カルボキシメチルアミノメチルウリジン、β−D−ガラクトシルキューオシン(galactosylqueosine)、1−メチルアデノシン、1−メチルイノシン、2,2−ジメチルグアノシン、3−メチルシチジン、2−メチルアデノシン、2−メチルグアノシン、N6−メチルアデノシン、7−メチルグアノシン、5−メトキシアミノメチル−2−チオウリジン、5−メチルアミノメチルウリジン、5−メチルカルボニルメチルウリジン、5−メチルオキシウリジン、5−メチル−2−チオウリジン、2−メチルチオ−N6−イソペンテニルアデノシン、β−D−マンノシルキューオシン(mannosylqueosine)、ウリジン−5−オキシ酢酸および2−チオシチジンからなる群より選択される。
別の態様では、本発明のsiRNAは、脱塩基ヌクレオチドを含む。本明細書において用いられる用語「脱塩基」は、塩基を欠く部分、または、1’位の塩基の代わりに他の化学基(例えば3’,3’−結合または5’,5’−結合デオキシ脱塩基リボース誘導体)を有する部分を指す。本明細書において用いられる、修飾塩基を有するヌクレオチドは、脱塩基ヌクレオチドを含まない。一態様では、siRNAは、少なくとも1つの脱塩基ヌクレオチドを含む。一実施態様では、脱塩基ヌクレオチドは、アンチセンス鎖上にある。別の実施態様では、脱塩基ヌクレオチドは、センス鎖上にある。別の実施態様では、脱塩基ヌクレオチドは、二重領域内にある、別の実施態様では、脱塩基ヌクレオチドは、二重領域の外側にある。別の実施態様では、脱塩基ヌクレオチドは、アンチセンス鎖上にあり、および、二重領域の外側にある。別の実施態様では、脱塩基ヌクレオチドは、センス鎖上にあり、および、二重領域の外側にある。別の実施態様では、アンチセンス鎖の3’−末端ヌクレオチドは、脱塩基ヌクレオチドである。別の実施態様では、センス鎖の3’−末端ヌクレオチドは、脱塩基ヌクレオチドである。別の実施態様では、アンチセンス鎖の5’−末端ヌクレオチドは、脱塩基ヌクレオチドである。別の実施態様では、センス鎖の5’−末端ヌクレオチドは、脱塩基ヌクレオチドである。別の実施態様では、siRNAは、1、2、3、4、5および6からなる群より選択されるいくつかの脱塩基ヌクレオチドを有する。
糖部分に対する修飾:別の第二の態様は、糖部分に対する修飾に関する。本発明のsiRNAの1つまたは複数のヌクレオチドは、修飾リボース部分を含んでよい。
2’−OHが置換されている2’位における修飾は、アルキル、置換アルキル、アルカリル−、アラルキル−、−F、−Cl、−Br、−CN、−CF3、−OCF3、−OCN、−O−アルキル、−S−アルキル、HS−アルキル−O、−O−アルケニル、−S−アルケニル、−N−アルケニル、−SO−アルキル、−アルキル−OSH、−アルキル−OH、−O−アルキル−OH、−O−アルキル−SH、−S−アルキル−OH、−S−アルキル−SH、−アルキル−S−アルキル、−アルキル−O−アルキル、−ONO2、−NO2、−N3、−NH2、アルキルアミノ、ジアルキルアミノ−、アミノアルキル−、アミノアルコキシ、アミノ酸、アミノアシル−、−ONH2、−O−アミノアルキル、−O−アミノ酸、−O−アミノアシル、ヘテロ環アルキル−、ヘテロ環アルカリル−、アミノアルキルアミノ−、ポリアルキルアミノ−、置換シリル−、メトキシエチル−(MOE)、アルケニルおよびアルキニルからなる群より選択される限定しない例を含む。2’ヒドロキシルがメチレン架橋などにより同一のリボース糖の4’炭素に連結されている「ロックド」核酸(LNA)は、本発明の2’修飾としてさらに含まれる。好ましい置換基は、2’−メトキシエチル、2’−OCH3、2’−O−アリル、2’−C−アリル、および2’−フルオロである。
一実施態様では、siRNAは、1〜5個の2’−修飾ヌクレオチドを含む。別の実施態様では、siRNAは、5〜10個の2’−修飾ヌクレオチドを含む。別の実施態様では、siRNAは、15〜20個の2’−修飾ヌクレオチドを含む。別の実施態様では、siRNAは、20〜25個の2’−修飾ヌクレオチドを含む。別の実施態様では、siRNAは、25〜30個の2’−修飾ヌクレオチドを含む。
一実施態様では、アンチセンス鎖は、1〜2個の2’−修飾ヌクレオチドを含む。一実施態様では、アンチセンス鎖は、約2〜4個の2’−修飾ヌクレオチドを含む。一実施態様では、アンチセンス鎖は、約4〜6個の2’−修飾ヌクレオチドを含む。一実施態様では、アンチセンス鎖は、約6〜8個の2’−修飾ヌクレオチドを含む。一実施態様では、アンチセンス鎖は、約8〜10個の2’−修飾ヌクレオチドを含む。一実施態様では、アンチセンス鎖は、約10〜12個の2’−修飾ヌクレオチドを含む。一実施態様では、アンチセンス鎖は、約12〜14個の2’−修飾ヌクレオチドを含む。一実施態様では、アンチセンス鎖は、約14〜16個の2’−修飾ヌクレオチドを含む。一実施態様では、アンチセンス鎖は、約16〜18個の2’−修飾ヌクレオチドを含む。一実施態様では、アンチセンス鎖は、約18〜20個の2’−修飾ヌクレオチドを含む。一実施態様では、アンチセンス鎖は、約22〜24個の2’−修飾ヌクレオチドを含む。一実施態様では、アンチセンス鎖は、約24〜26個の2’−修飾ヌクレオチドを含む。
一実施態様では、センス鎖は、1〜2個の2’−修飾ヌクレオチドを含む。一実施態様では、センス鎖は、約2〜4個の2’−修飾ヌクレオチドを含む。一実施態様では、センス鎖は、約4〜6個の2’−修飾ヌクレオチドを含む。一実施態様では、センス鎖は、約6〜8個の2’−修飾ヌクレオチドを含む。一実施態様では、センス鎖は、約8〜10個の2’−修飾ヌクレオチドを含む。一実施態様では、センス鎖は、約10〜12個の2’−修飾ヌクレオチドを含む。一実施態様では、センス鎖は、約12〜14個の2’−修飾ヌクレオチドを含む。一実施態様では、センス鎖は、約14〜16個の2’−修飾ヌクレオチドを含む。一実施態様では、センス鎖は、約16〜18個の2’−修飾ヌクレオチドを含む。一実施態様では、センス鎖は、約18〜20個の2’−修飾ヌクレオチドを含む。一実施態様では、センス鎖は、約22〜24個の2’−修飾ヌクレオチドを含む。一実施態様では、センス鎖は、約24〜26個の2’−修飾ヌクレオチドを含む。
一実施態様では、siRNAは、1〜5個の2’−OCH3修飾ヌクレオチドを含む。別の実施態様では、siRNAは、5〜10個の2’−OCH3修飾ヌクレオチドを含む。別の実施態様では、siRNAは、15〜20個の2’−OCH3修飾ヌクレオチドを含む。別の実施態様では、siRNAは、20〜25個の2’−OCH3修飾ヌクレオチドを含む。別の実施態様では、siRNAは、25〜30個の2’−OCH3修飾ヌクレオチドを含む。
一実施態様では、アンチセンス鎖は、1〜2個の2’−OCH3修飾ヌクレオチドを含む。一実施態様では、アンチセンス鎖は、約2〜4個の2’−OCH3修飾ヌクレオチドを含む。一実施態様では、アンチセンス鎖は、約4〜6個の2’−OCH3修飾ヌクレオチドを含む。一実施態様では、アンチセンス鎖は、約6〜8個の2’−OCH3修飾ヌクレオチドを含む。一実施態様では、アンチセンス鎖は、約8〜10個の2’−OCH3修飾ヌクレオチドを含む。一実施態様では、アンチセンス鎖は、約10〜12個の2’−OCH3修飾ヌクレオチドを含む。一実施態様では、アンチセンス鎖は、約12〜14個の2’−OCH3修飾ヌクレオチドを含む。一実施態様では、アンチセンス鎖は、約14〜16個の2’−OCH3修飾ヌクレオチドを含む。一実施態様では、アンチセンス鎖は、約16〜18個の2’−OCH3修飾ヌクレオチドを含む。一実施態様では、アンチセンス鎖は、約18〜20個の2’−OCH3修飾ヌクレオチドを含む。一実施態様では、アンチセンス鎖は、約22〜24個の2’−OCH3修飾ヌクレオチドを含む。一実施態様では、アンチセンス鎖は、約24〜26個の2’−OCH3修飾ヌクレオチドを含む。
一実施態様では、センス鎖は、1〜2個の2’−OCH3修飾ヌクレオチドを含む。一実施態様では、センス鎖は、約2〜4個の2’−OCH3修飾ヌクレオチドを含む。一実施態様では、センス鎖は、約4〜6個の2’−OCH3修飾ヌクレオチドを含む。一実施態様では、センス鎖は、約6〜8個の2’−OCH3修飾ヌクレオチドを含む。一実施態様では、センス鎖は、約8〜10個の2’−OCH3修飾ヌクレオチドを含む。一実施態様では、センス鎖は、約10〜12個の2’−OCH3修飾ヌクレオチドを含む。一実施態様では、センス鎖は、約12〜14個の2’−OCH3修飾ヌクレオチドを含む。一実施態様では、センス鎖は、約14〜16個の2’−OCH3修飾ヌクレオチドを含む。一実施態様では、センス鎖は、約16〜18個の2’−OCH3修飾ヌクレオチドを含む。一実施態様では、センス鎖は、約18〜20個の2’−OCH3修飾ヌクレオチドを含む。一実施態様では、センス鎖は、約22〜24個の2’−OCH3修飾ヌクレオチドを含む。一実施態様では、センス鎖は、約24〜26個の2’−OCH3修飾ヌクレオチドを含む。
一実施態様では、siRNA二重領域は、1〜5個の2’−OCH3修飾ヌクレオチドを含む。別の実施態様では、siRNA二重領域は、5〜10個の2’−OCH3修飾ヌクレオチドを含む。別の実施態様では、siRNA二重領域は、15〜20個の2’−OCH3修飾ヌクレオチドを含む。別の実施態様では、siRNA二重領域は、20〜25個の2’−OCH3修飾ヌクレオチドを含む。別の実施態様では、siRNA二重領域は、25〜30個の2’−OCH3修飾ヌクレオチドを含む。
一実施態様では、アンチセンス二重領域は、1〜2個の2’−OCH3修飾ヌクレオチドを含む。一実施態様では、アンチセンス二重領域は、約2〜4個の2’−OCH3修飾ヌクレオチドを含む。一実施態様では、アンチセンス二重領域は、約4〜6個の2’−OCH3修飾ヌクレオチドを含む。一実施態様では、アンチセンス二重領域は、約6〜8個の2’−OCH3修飾ヌクレオチドを含む。一実施態様では、アンチセンス二重領域は、約8〜10個の2’−OCH3修飾ヌクレオチドを含む。一実施態様では、アンチセンス二重領域は、約10〜12個の2’−OCH3修飾ヌクレオチドを含む。一実施態様では、アンチセンス二重領域は、約12〜14個の2’−OCH3修飾ヌクレオチドを含む。一実施態様では、アンチセンス二重領域は、約14〜16個の2’−OCH3修飾ヌクレオチドを含む。一実施態様では、アンチセンス二重領域は、約16〜18個の2’−OCH3修飾ヌクレオチドを含む。一実施態様では、アンチセンス二重領域は、約18〜20個の2’−OCH3修飾ヌクレオチドを含む。一実施態様では、アンチセンス二重領域は、約22〜24個の2’−OCH3修飾ヌクレオチドを含む。一実施態様では、アンチセンス二重領域は、約24〜26個の2’−OCH3修飾ヌクレオチドを含む。
一実施態様では、センス二重領域は、1〜2個の2’−OCH3修飾ヌクレオチドを含む。別の実施態様では、センス二重領域は、約2〜4個の2’−OCH3修飾ヌクレオチドを含む。別の実施態様では、センス二重領域は、約4〜6個の2’−OCH3修飾ヌクレオチドを含む。別の実施態様では、センス二重領域は、約6〜8個の2’−OCH3修飾ヌクレオチドを含む。別の実施態様では、センス二重領域は、約8〜10個の2’−OCH3修飾ヌクレオチドを含む。別の実施態様では、センス二重領域は、約10〜12個の2’−OCH3修飾ヌクレオチドを含む。別の実施態様では、センス二重領域は、約12〜14個の2’−OCH3修飾ヌクレオチドを含む。別の実施態様では、センス二重領域は、約14〜16個の2’−OCH3修飾ヌクレオチドを含む。別の実施態様では、センス二重領域は、約16〜18個の2’−OCH3修飾ヌクレオチドを含む。別の実施態様では、センス二重領域は、約18〜20個の2’−OCH3修飾ヌクレオチドを含む。別の実施態様では、センス二重領域は、約22〜24個の2’−OCH3修飾ヌクレオチドを含む。別の実施態様では、センス二重領域は、約24〜26個の2’−OCH3修飾ヌクレオチドを含む。
一実施態様では、siRNAは、19ヌクレオチドの長さのアンチセンス鎖および19ヌクレオチドの長さのセンス鎖を含み、ここで、前記アンチセンス鎖は、ヌクレオチド1、3、5、7、9、11、13、15、17および19において2’−OCH3修飾を含み、前記センス鎖は、ヌクレオチド2、4、6、8、10、12、14、16および18において2’−OCH3修飾を含み、ここで、前記アンチセンス鎖は、5’から−3’に番号が付けられ、前記センス鎖は、3’から−5’に番号が付けられている。別の実施態様では、siRNAは、20ヌクレオチドの長さのアンチセンス鎖および20ヌクレオチドの長さのセンス鎖を含み、ここで、前記アンチセンス鎖は、ヌクレオチド1、3、5、7、9、11、13、15、17および19において2’−OCH3修飾を含み、前記センス鎖は、ヌクレオチド2、4、6、8、10、12、14、16、18および20において2’−OCH3修飾を含み、ここで、前記アンチセンス鎖は、5’から−3’に番号が付けられ、前記センス鎖は3’から−5’に番号が付けられている。別の実施態様では、siRNAは、21ヌクレオチドの長さのアンチセンス鎖および21ヌクレオチドの長さのセンス鎖を含み、ここで、前記アンチセンス鎖は、ヌクレオチド1、3、5、7、9、11、13、15、17、19および21において2’−OCH3修飾を含み、前記センス鎖は、ヌクレオチド2、4、6、8、10、12、14、16、18および20において2’−OCH3修飾を含み、ここで、前記アンチセンス鎖は、5’から−3’に番号が付けられ、前記センス鎖は、3’から−5’に番号が付けられている。別の実施態様では、siRNAは、22ヌクレオチドの長さのアンチセンス鎖および22ヌクレオチドの長さのセンス鎖を含み、ここで、前記アンチセンス鎖は、ヌクレオチド1、3、5、7、9、11、13、15、17、19および21において2’−OCH3修飾を含み、前記センス鎖は、ヌクレオチド2、4、6、8、10、12、14、16、18、20および22において2’−OCH3修飾を含み、ここで、前記アンチセンス鎖は、5’から−3’に番号が付けられ、前記センス鎖は、3’から−5’に番号が付けられている。別の実施態様では、siRNAは、23ヌクレオチドの長さのアンチセンス鎖および23ヌクレオチドの長さのセンス鎖を含み、ここで、前記アンチセンス鎖は、ヌクレオチド1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21および23において2’−OCH3修飾を含み、前記センス鎖は、ヌクレオチド2、4、6、8、10、12、14、16、18、20および22において2’−OCH3修飾を含み、ここで、前記アンチセンス鎖は、5’から−3’に番号が付けられ、前記センス鎖は、3’から−5’に番号が付けられている。
別の実施態様では、siRNAは、18〜23個のヌクレオチドの長さのアンチセンス鎖および18〜23個のヌクレオチドの長さのセンス鎖を含み、ここで、前記アンチセンス鎖は、ヌクレオチド3、5、7、9、11、13、15および17において2’−OCH3修飾を含み、前記センス鎖は、ヌクレオチド4、6、8、10、12、14および16において2’−OCH3修飾を含み、ここで、前記アンチセンス鎖は、5’から−3’に番号が付けられ、前記センス鎖は、3’から−5’に番号が付けられている。別の実施態様では、siRNAは、18〜23個のヌクレオチドの長さのアンチセンス鎖および18〜23個のヌクレオチドの長さのセンス鎖を含み、ここで、前記アンチセンス鎖は、ヌクレオチド5、7、9、11、13および15において2’−OCH3修飾を含み、前記センス鎖は、ヌクレオチド6、8、10、12および14において2’−OCH3修飾を含み、ここで、前記アンチセンス鎖は、5’から−3’に番号が付けられ、前記センス鎖は、3’から−5’に番号が付けられている。別の実施態様では、siRNAは、18〜23個のヌクレオチドの長さのアンチセンス鎖および18〜23個のヌクレオチドの長さのセンス鎖を含み、ここで、前記アンチセンス鎖は、ヌクレオチド7、9、11、13において2’−OCH3修飾を含み、前記センス鎖は、ヌクレオチド8、10および12において2’−OCH3修飾を含み、ここで、前記アンチセンス鎖は5’から−3’に番号が付けられ、前記センス鎖は、3’から−5’に番号が付けられている。別の実施態様では、siRNAは、18〜23個のヌクレオチドの長さのアンチセンス鎖および18〜23個のヌクレオチドの長さのセンス鎖を含み、ここで、前記アンチセンス鎖は、ヌクレオチド7、9および11において2’−OCH3修飾を含み、前記センス鎖は、ヌクレオチド8、10および12において2’−OCH3修飾を含み、ここで、前記アンチセンス鎖は、5’から−3’に番号が付けられていて、前記センス鎖は、3’から−5’に番号が付けられている。別の実施態様では、siRNAは、18〜23個のヌクレオチドの長さのアンチセンス鎖および18〜23個のヌクレオチドの長さのセンス鎖を含み、ここで、前記アンチセンス鎖は、ヌクレオチド7および9において2’−OCH3修飾を含み、前記センス鎖は、ヌクレオチド8および10において2’−OCH3修飾を含み、ここで、前記アンチセンス鎖は5’から−3’に番号が付けられ、前記センス鎖は、3’から−5’に番号が付けられている。別の実施態様では、siRNAは、18〜23個のヌクレオチドの長さのアンチセンス鎖および18〜23個のヌクレオチドの長さのセンス鎖を含み、ここで、前記アンチセンス鎖は、ヌクレオチド9および11において2’−OCH3修飾を含み、前記センス鎖は、ヌクレオチド8および10において2’−OCH3修飾を含み、ここで、前記アンチセンス鎖は、5’から−3’に番号が付けられ、前記センス鎖は、3’から−5’に番号が付けられている。
さらなる実施態様では、siRNAは以下のヌクレオチド配列を含み、ここで、配列は、大文字で示されるヌクレオチド上に、2’−OCH3修飾を含む:
別の実施態様では、アンチセンス鎖は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24または25個の2’−デオキシヌクレオチドを含む。
別の実施態様では、センス鎖は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24または25個の2’−デオキシヌクレオチドを含む。
別の実施態様では、アンチセンス鎖は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24または25個の2’−フルオロヌクレオチドを含む。
別の実施態様では、センス鎖は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24または25個の2’−フルオロヌクレオチドを含む。
別の実施態様では、アンチセンス鎖内のピリミジンヌクレオチドは、2’−O−メチルピリミジンヌクレオチドである。
別の実施態様では、アンチセンス鎖内のプリンヌクレオチドは、2’−O−メチルプリンヌクレオチドである。
別の実施態様では、アンチセンス鎖内のピリミジンヌクレオチドは、2’−デオキシピリミジンヌクレオチドである。
別の実施態様では、アンチセンス鎖内のプリンヌクレオチドは、2’−デオキシプリンヌクレオチドである。
別の実施態様では、アンチセンス鎖内のピリミジンヌクレオチドは、2’−フルオロピリミジンヌクレオチドである。
別の実施態様では、アンチセンス鎖内のプリンヌクレオチドは、2’−フルオロプリンヌクレオチドである。
別の実施態様では、センス鎖内のピリミジンヌクレオチドは、2’−O−メチルピリミジンヌクレオチドである。
別の実施態様では、センス鎖内のプリンヌクレオチドは、2’−O−メチルプリンヌクレオチドである。
別の実施態様では、センス鎖内のピリミジンヌクレオチドは、2’−デオキシピリミジンヌクレオチドである。
別の実施態様では、センス鎖内のプリンヌクレオチドは、2’−デオキシプリンヌクレオチドである。
別の実施態様では、センス鎖内のピリミジンヌクレオチドは、2’−フルオロピリミジンヌクレオチドである。
別の実施態様では、センス鎖内のプリンヌクレオチドは、2’−フルオロプリンヌクレオチドである。
別の実施態様では、アンチセンス二重領域内のピリミジンヌクレオチドは、2’−O−メチルピリミジンヌクレオチドである。
別の実施態様では、アンチセンス二重領域内のプリンヌクレオチドは、2’−O−メチルプリンヌクレオチドである。
別の実施態様では、アンチセンス二重領域内のピリミジンヌクレオチドは、2’−デオキシピリミジンヌクレオチドである。
別の実施態様では、アンチセンス二重領域内のプリンヌクレオチドは、2’−デオキシプリンヌクレオチドである。
別の実施態様では、アンチセンス二重領域内のピリミジンヌクレオチドは、2’−フルオロピリミジンヌクレオチドである。
別の実施態様では、アンチセンス二重領域内のプリンヌクレオチドは、2’−フルオロプリンヌクレオチドである。
別の実施態様では、センス二重領域内のピリミジンヌクレオチドは、2’−O−メチルピリミジンヌクレオチドである。
別の実施態様では、センス二重領域内のプリンヌクレオチドは、2’−O−メチルプリンヌクレオチドである。
別の実施態様では、センス二重領域内のピリミジンヌクレオチドは、2’−デオキシピリミジンヌクレオチドである。
別の実施態様では、センス二重領域内のプリンヌクレオチドは、2’−デオキシプリンヌクレオチドである。
別の実施態様では、センス二重領域内のピリミジンヌクレオチドは、2’−フルオロピリミジンヌクレオチドである。
別の実施態様では、センス二重領域内のプリンヌクレオチドは、2’−フルオロプリンヌクレオチドである。
別の実施態様では、アンチセンス二重隣接領域内のピリミジンヌクレオチドは、2’−O−メチルピリミジンヌクレオチドである。
別の実施態様では、アンチセンス二重隣接領域内のプリンヌクレオチドは、2’−O−メチルプリンヌクレオチドである。
別の実施態様では、アンチセンス二重隣接領域内のピリミジンヌクレオチドは、2’−デオキシピリミジンヌクレオチドである。
別の実施態様では、アンチセンス二重隣接領域内のプリンヌクレオチドは、2’−デオキシプリンヌクレオチドである。
別の実施態様では、アンチセンス二重隣接領域内のピリミジンヌクレオチドは、2’−フルオロピリミジンヌクレオチドである。
別の実施態様では、アンチセンス二重隣接領域内のプリンヌクレオチドは、2’−フルオロプリンヌクレオチドである。
別の実施態様では、センス二重隣接領域内のピリミジンヌクレオチドは、2’−O−メチルピリミジンヌクレオチドである。
別の実施態様では、センス二重隣接領域内のプリンヌクレオチドは、2’−O−メチルプリンヌクレオチドである。
別の実施態様では、センス二重隣接領域内のピリミジンヌクレオチドは、2’−デオキシピリミジンヌクレオチドである。
別の実施態様では、センス二重隣接領域内のプリンヌクレオチドは、2’−デオキシプリンヌクレオチドである。
別の実施態様では、センス二重隣接領域内のピリミジンヌクレオチドは、2’−フルオロピリミジンヌクレオチドである。
別の実施態様では、センス二重隣接領域内のプリンヌクレオチドは、2’−フルオロプリンヌクレオチドである。
パターン:本明細書において提供されるパターンに関する任意の開示(特にアンチセンス鎖に関する)は、アンチセンスストレッチに同様に当てはまり、本明細書において提供されるパターンに関する任意の開示(特にセンス鎖に関する)は、センスストレッチに同様に当てはまることは、本発明の範囲内である。
一実施態様では、アンチセンス二重領域は、複数の修飾ヌクレオチドの基(本明細書において「修飾基」と呼ぶ)を含み、各修飾基は、1つまたは複数の同様に修飾されたヌクレオチドからなり、各修飾基は、ヌクレオチドの第二の基(本明細書において「隣接基」と呼ぶ)が片側または両側に隣接していて、それぞれの前記隣接基は、修飾されていないか、または、前記修飾基のヌクレオチドとは異なる方法で修飾されているかのいずれかである1つまたは複数のヌクレオチドからなる。一実施態様では、アンチセンス二重領域内の各修飾基は同一であり、すなわち、各修飾基は、等しい数の同様に修飾されたヌクレオチドからなる。別の実施態様では、各隣接基は、等しい数のヌクレオチドを有する。別の実施態様では、各隣接基は同一である。別の実施態様では、アンチセンス二重領域内の前記修飾基のヌクレオチドは、修飾塩基を含む。別の実施態様では、前記修飾基のヌクレオチドは、修飾されたリン酸骨格を含む。別の実施態様では、前記修飾基のヌクレオチドは、修飾された2’位を含む。
別の態様では、センス二重領域は、複数の修飾基の基を含み、各修飾基は、1つまたは複数の同様に修飾されたヌクレオチドからなり、各修飾基は、隣接基が片側または両側に隣接していて、それぞれの前記隣接基は、修飾されていないか、または、前記修飾基のヌクレオチドとは異なる方法で修飾されているかのいずれかである1つまたは複数のヌクレオチドからなる。一実施態様では、センス二重領域内の各修飾基は同一である。別の実施態様では、各隣接基は、等しい数のヌクレオチドを有する。別の実施態様では、各隣接基は同一である。別の実施態様では、センス二重領域内の前記修飾基のヌクレオチドは、修飾塩基を含む。別の実施態様では、前記修飾基のヌクレオチドは、修飾されたリン酸骨格を含む。別の実施態様では、前記修飾基のヌクレオチドは、修飾された2’位を含む。
別の態様では、アンチセンス二重領域およびセンス二重領域は、それぞれ、複数の修飾基を含み、各修飾基は、1つまたは複数の同様に修飾されたヌクレオチドからなり、各修飾基は、隣接基が片側または両側に隣接していて、それぞれの前記隣接基は、修飾されていないか、または、前記修飾基のヌクレオチドとは異なる方法で修飾されているかのいずれかである1つまたは複数のヌクレオチドからなる。一実施態様では、アンチセンス二重領域およびセンス二重領域内の各修飾基は、同一である。別の実施態様では、アンチセンス二重領域およびセンス二重領域内の各隣接基は、等しい数のヌクレオチドを有する。別の実施態様では、アンチセンス二重領域およびセンス二重領域内の各隣接基は、同一である。別の実施態様では、アンチセンス二重領域およびセンス二重領域内の前記修飾基のヌクレオチドは、それぞれ、同一の修飾基および同一の隣接基を含む。別の実施態様では、アンチセンス二重領域およびセンス二重領域内の前記修飾基のヌクレオチドは、それぞれ、修飾塩基を含む。別の実施態様では、アンチセンス二重領域およびセンス二重領域内の前記修飾基のヌクレオチドは、それぞれ、修飾されたリン酸骨格を含む。別の実施態様では、アンチセンス二重領域およびセンス二重領域内の前記修飾基のヌクレオチドは、それぞれ、修飾された2’位を含む。
一態様では、アンチセンス鎖は、複数の修飾ヌクレオチドの基(本明細書において「修飾基」と呼ぶ)を含み、各修飾基は、1つまたは複数の同様に修飾されたヌクレオチドからなり、各修飾基は、ヌクレオチドの第二の基(本明細書において「隣接基」と呼ぶ)が片側または両側に隣接していて、それぞれの前記隣接基は、修飾されていないか、または、前記修飾基のヌクレオチドとは異なる方法で修飾されているかのいずれかである、1つまたは複数のヌクレオチドからなる。一実施態様では、アンチセンス鎖内の各修飾基は同一であり、すなわち、各修飾基は、等しい数の同様に修飾されたヌクレオチドからなる。別の実施態様では、各隣接基は、等しい数のヌクレオチドを有する。別の実施態様では、各隣接基は同一である。別の実施態様では、アンチセンス鎖内の前記修飾基のヌクレオチドは、修飾塩基を含む。別の実施態様では、前記修飾基のヌクレオチドは、修飾されたリン酸骨格を含む。別の実施態様では、前記修飾基のヌクレオチドは、修飾された2’位を含む。
別の態様では、センス鎖は、複数の修飾基の基を含み、各修飾基は、1つまたは複数の同様に修飾されたヌクレオチドからなり、各修飾基は、隣接基が片側または両側に隣接していて、それぞれの前記隣接基は、修飾されていないか、または、前記修飾基のヌクレオチドとは異なる方法で修飾されているかのいずれかである1つまたは複数のヌクレオチドからなる。一実施態様では、センス鎖内の各修飾基は同一である。別の実施態様では、各隣接基は、等しい数のヌクレオチドを有する。別の実施態様では、各隣接基は同一である。別の実施態様では、センス鎖内の前記修飾基のヌクレオチドは、修飾塩基を含む。別の実施態様では、前記修飾基のヌクレオチドは、修飾されたリン酸骨格を含む。別の実施態様では、前記修飾基のヌクレオチドは、修飾された2’位を含む。
別の態様では、アンチセンス鎖およびセンス鎖は、それぞれ、複数の修飾基を含み、各修飾基は、1つまたは複数の同様に修飾されたヌクレオチドからなり、各修飾基は、隣接基が片側または両側に隣接していて、それぞれの前記隣接基は、修飾されていないか、または、前記修飾基のヌクレオチドとは異なる方法で修飾されているかのいずれかである1つまたは複数のヌクレオチドからなる。一実施態様では、アンチセンス鎖およびセンス鎖内の各修飾基は、同一である。別の実施態様では、アンチセンス鎖およびセンス鎖内の各隣接基は、それぞれ、等しい数のヌクレオチドを有する。別の実施態様では、アンチセンス鎖およびセンス鎖内の各隣接基は、同一である。別の実施態様では、アンチセンス鎖およびセンス鎖内の前記修飾基のヌクレオチドは、それぞれ、同一の修飾基および同一の隣接基を含む。別の実施態様では、アンチセンス鎖およびセンス鎖内の前記修飾基のヌクレオチドは、それぞれ、修飾塩基を含む。別の実施態様では、アンチセンス鎖およびセンス鎖内の前記修飾基のヌクレオチドは、それぞれ、修飾されたリン酸骨格を含む。別の実施態様では、アンチセンス鎖およびセンス鎖内の前記修飾基のヌクレオチドは、それぞれ、修飾された2’位を含む。
別の態様では、修飾基および隣接基は、アンチセンス鎖上に規則的なパターンを形成する。別の態様では、修飾基および隣接基は、センス鎖上に規則的なパターンを形成する。一実施態様では、修飾基および隣接基は、アンチセンス鎖およびセンス鎖の両方に、規則的なパターンを形成する。別の実施態様では、修飾基および隣接基は、アンチセンス二重領域上に、規則的なパターンを形成する。別の態様では、修飾基および隣接基は、センス二重領域上に、規則的なパターンを形成する。一実施態様では、修飾基および隣接基は、アンチセンス二重領域およびセンス二重領域の両方に、規則的なパターンを形成する。
別の態様では、パターンは、空間的または位置的パターンである。空間的または位置的パターンは、(a)ヌクレオチド(単数または複数)が、二本鎖部分のヌクレオチド配列内のそれらの位置に応じて修飾されることを意味する。したがって、修飾されるヌクレオチドがピリミジンであるか、またはプリンであるかどうかは、問題とならない。むしろ、修飾ヌクレオチドの位置は、以下に依存する:(a)核酸の鎖上の、その番号が付けられた位置、ここでヌクレオチドは5’−末端から3’−末端に番号が付けられていて、鎖の5’−末端ヌクレオチドが1位である(アンチセンス鎖およびセンス鎖の両方とも、それらのそれぞれの5’−末端ヌクレオチドから番号が付けられている)、または、(b)隣接基に対する修飾基の位置。したがって、本実施態様によれば、修飾される配列にかかわらず、修飾パターンは常に同一である。
別の実施態様では、アンチセンス鎖上の修飾基の数は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13または14から選択される。別の実施態様では、センス鎖上の修飾基の数は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13または14から選択される。別の実施態様では、核酸のアンチセンス鎖上の隣接基の数は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13または14から選択される。別の実施態様では、核酸のセンス鎖上の隣接基の数は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13または14から選択される。一実施態様では、アンチセンス鎖およびセンス鎖のいずれかまたは両方における、修飾基の数および隣接基の数は同一である。
別の実施態様では、アンチセンス二重領域上の修飾基の数は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13または14から選択される。別の実施態様では、センス二重領域上の修飾基の数は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13または14から選択される。別の実施態様では、核酸のアンチセンス二重領域上の隣接基の数は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13または14である。別の実施態様では、核酸のセンス二重領域上の隣接基の数は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13または14から選択される。一実施態様では、アンチセンス二重領域およびセンス二重領域のいずれかまたは両方における、修飾基の数および隣接基の数は同一である。
一実施態様では、鎖上または二重領域上の、修飾基の数および隣接基の数は同一である。別の実施態様では、鎖上または二重領域上の、修飾基の数および隣接基の数は同一であり、ここで数は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13または14から選択される。
別の実施態様では、修飾基内のヌクレオチドの数は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13または14から選択される。別の実施態様では、隣接基内のヌクレオチドの数は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13または14から選択される。
一実施態様では、アンチセンス鎖およびセンス鎖の両方における各修飾基は同一である。一実施態様では、アンチセンス二重領域およびセンス二重領域の両方における各修飾基は同一である。別の実施態様では、アンチセンス鎖およびセンス鎖の両方における各修飾基および各隣接基は同一である。一実施態様では、アンチセンス二重領域およびセンス二重領域の両方における各修飾基および各隣接基は同一である。
一実施態様では、アンチセンス鎖およびセンス鎖の両方における、各修飾基、各修飾基の位置、各隣接基および各隣接基の位置は、同一である。一実施態様では、アンチセンス二重領域およびセンス二重領域の両方における、各修飾基、各修飾基の位置、各隣接基および各隣接基の位置は、同一である。別の実施態様では、アンチセンス鎖上の修飾基は、センス鎖上の修飾基と相補である(アンチセンス鎖およびセンス鎖における修飾基は、互いに向かって完全に並べられる)。別の実施態様では、アンチセンス鎖上の各修飾基がセンス鎖上の各修飾基と塩基対合するように、修飾基内に不一致が存在しない。別の実施態様では、センス鎖上の各修飾基は、アンチセンス鎖上の修飾基に対して、1、2、3、4または5個のヌクレオチド分、シフトされている。例えば、センス鎖上の各修飾基が1個のヌクレオチド分、シフトされ、修飾基がアンチセンス鎖上の1位で始まる場合、センス鎖上の修飾基は2位で始まる。別の実施態様では、アンチセンス鎖の修飾基は、センス鎖の修飾基とオーバーラップせず、すなわち、アンチセンス鎖上の修飾基のいずれのヌクレオチドも、センス鎖上の修飾基のヌクレオチドと塩基対合しない。
一実施態様では、核酸の鎖の末端におけるデオキシリボヌクレオチドは、修飾基の位置を決定する際に考慮されず、すなわち、位置的番号付けは、最初のリボヌクレオチドまたは修飾リボヌクレオチドで始まる。別の実施態様では、核酸の鎖の末端における脱塩基ヌクレオチドは、修飾基の位置を決定する際に考慮されない。
一態様では、修飾基は、アンチセンス鎖およびセンス鎖のいずれかまたは両方の5’−末端ヌクレオチドを含む。別の実施態様では、隣接基は、アンチセンス鎖およびセンス鎖のいずれかまたは両方の5’−末端ヌクレオチドを含む。別の実施態様では、アンチセンス鎖およびセンス鎖のいずれかまたは両方の5’−末端ヌクレオチドは、修飾されていない。別の実施態様では、修飾基は、アンチセンス二重領域およびセンス二重領域のいずれかまたは両方の5’−mostヌクレオチドを含む。別の実施態様では、隣接基は、アンチセンス二重領域またはセンス二重領域のいずれかまたは両方の5’−mostヌクレオチドを含む。別の実施態様では、アンチセンス二重領域またはセンス二重領域のいずれかまたは両方の5’−mostヌクレオチドは、修飾されていない。別の実施態様では、アンチセンス鎖の10位のヌクレオチドは修飾されていない。別の実施態様では、センス鎖の10位のヌクレオチドは修飾されている。別の実施態様では、修飾基は、センス鎖の10位のヌクレオチドを含む。
一実施態様では、2’位における修飾は、アミノ、フルオロ、メトキシ、アルコキシおよびC−C−アルキルを含む群から選択される。別の実施態様では、修飾は2’−O−メチルである。
別の態様では、各修飾基は1つのヌクレオチドからなり、各隣接基は1つのヌクレオチドからなる。一実施態様では、アンチセンス鎖上の各修飾基は、センス鎖上の隣接基と並べられる。
別の態様では、各修飾基は、1つの2’−O−メチル修飾ヌクレオチドからなり、各隣接基は、1つのヌクレオチドからなる。一実施態様では、各隣接基は、1つの未修飾ヌクレオチドからなる。一実施態様では、各隣接基は、1つの2’−O−メチル修飾ヌクレオチドからなる。別の実施態様では、アンチセンス鎖およびセンス鎖の両方における各修飾基は、1つの2’−O−メチル修飾ヌクレオチドからなり、アンチセンス鎖およびセンス鎖の両方における各隣接基は、1つのヌクレオチドからなり、ここで、一方の鎖上の修飾基は、もう一方の鎖上の別の修飾基と、並べられないか、または、並べられず塩基対合もしないかの、いずれかであり、および、一方の鎖上の隣接基は、もう一方の鎖上の隣接基と、並べられないか、または、並べられず塩基対合もしないかの、いずれかである。別の実施態様では、任意の随意的突出を除いて、各鎖上の各修飾基は、もう一方の鎖上の隣接基と、並べられるか、または、並べられて塩基対合もするかの、いずれかである。一実施態様では、隣接基は修飾されない。別の実施態様では、アンチセンス鎖上の1位のヌクレオチドは、2’−O−メチル修飾される。別の実施態様では、アンチセンス二重領域の5’−mostヌクレオチドは、2’−O−メチル修飾される。
位置的修飾スキームは、国際特許出願WO2004/015107に記載され、その全体で参照により援用される。
リン酸骨格に対する修飾:
本明細書において提供されるリン酸骨格に対する修飾に関する任意の開示(特にアンチセンス鎖またはそのようなアンチセンス鎖を形成するヌクレオチドに関する)は、アンチセンスストレッチまたはそのようなアンチセンスストレッチを形成するヌクレオチドに同様に当てはまり、本明細書において提供されるリン酸骨格に対する修飾に関する任意の開示(特にセンス鎖またはそのようなセンス鎖を形成するヌクレオチドに関する)は、センスストレッチまたはそのようなセンスストレッチを形成するヌクレオチドに同様に当てはまることは、本発明の範囲内である。
一実施態様では、本発明の核酸分子および本発明のsiRNAは、特に、リン酸骨格に対する1個または数個の修飾を、持ち、有し、または示し、ここで、そのような修飾は、好ましくは本明細書に記載されるものである。
本発明のsiRNAのヌクレオチドの全てまたは一部は、未修飾核酸に見られるように、ホスホジエステル結合を介して連結され得る。しかしながら、本発明のsiRNAは、修飾されたホスホジエステル結合を含んでよい。アンチセンス鎖またはセンス鎖のいずれかのホスホジエステル結合は、修飾されて、窒素および硫黄からなる群より選択される少なくとも1つのヘテロ原子を独立に含み得る。一実施態様では、リボヌクレオチドを隣接リボヌクレオチドに連結するリン酸エステル基は、修飾基により置換される。一実施態様では、リン酸エステル基を置換する修飾基は、ホスホロチオエート(phosphothioate)、メチルホスホネートまたはホスホロアミデート基からなる群より選択される。
一実施態様では、アンチセンス鎖の全てのヌクレオチドは、ホスホジエステル結合を介して連結されている。別の実施態様では、アンチセンス二重領域の全てのヌクレオチドは、ホスホジエステル結合を介して連結されている。別の実施態様では、センス鎖の全てのヌクレオチドは、ホスホジエステル結合を介して連結されている。別の実施態様では、センス二重領域の全てのヌクレオチドは、ホスホジエステル結合を介して連結されている。別の実施態様では、アンチセンス鎖は、1、2、3、4、5、6、7、8、9または10から選択されるいくつかの修飾ホスホジエステル基を含む。別の実施態様では、アンチセンス二重領域は、1、2、3、4、5、6、7、8、9または10から選択されるいくつかの修飾ホスホジエステル基を含む。別の実施態様では、センス鎖は、1、2、3、4、5、6、7、8、9または10から選択されるいくつかの修飾ホスホジエステル基を含む。別の実施態様では、センス二重領域は、1、2、3、4、5、6、7、8、9または10から選択されるいくつかの修飾ホスホジエステル基を含む。
別の実施態様では、アンチセンス二重領域、センス二重領域または突出(単数または複数)を形成する1つまたは複数のヌクレオチドは、ホスホロチオエート結合を介して連結されている。好ましい実施態様では、突出を形成するヌクレオチドは、1つまたは複数のホスホロチオエート結合により、互いに連結している。
5’および3’末端修飾:
本明細書において提供される5’および3’末端修飾に関する任意の開示(特にアンチセンス鎖またはそのようなアンチセンス鎖を形成するヌクレオチドに関する)は、アンチセンスストレッチまたはそのようなアンチセンスストレッチを形成するヌクレオチドに同様に当てはまり、本明細書において提供される5’および3’末端修飾の修飾に関する任意の開示(特にセンス鎖またはそのようなセンス鎖を形成するヌクレオチドに関する)は、センスストレッチまたはそのようなセンスストレッチを形成するヌクレオチドに同様に当てはまることは、本発明の範囲内である。
一実施態様では、本発明の核酸分子および本発明のsiRNAは、特に、5’および/または3’修飾を、持ち、有し、または示し、ここで、そのような修飾は、好ましくは本明細書に記載されるものである。
本発明のsiRNAは、センスまたはアンチセンス鎖のいずれかまたは両方における末端5’−または3’−末端に、1つまたは複数の修飾ヌクレオチド、脱塩基ヌクレオチド、非環状またはデオキシリボヌクレオチドを含む、核酸分子を含んでよい。一実施態様では、センスおよびアンチセンス鎖の両方の5’−および3’−末端ヌクレオチドは、修飾されていない。別の実施態様では、アンチセンス鎖の5’−末端ヌクレオチドは、修飾されている。別の実施態様では、センス鎖の5’−末端ヌクレオチドは、修飾されている。別の実施態様では、アンチセンス鎖の3’−末端ヌクレオチドは、修飾されている。別の実施態様では、センス鎖の3’−末端ヌクレオチドは、修飾されている。別の実施態様では、アンチセンス鎖の5’−末端ヌクレオチドおよびセンス鎖の5’−末端ヌクレオチドは、修飾されている。別の実施態様では、アンチセンス鎖の3’−末端ヌクレオチドおよびセンス鎖の3’−末端ヌクレオチドは、修飾されている。別の実施態様では、アンチセンス鎖の5’−末端ヌクレオチドおよびセンス鎖の3’−末端ヌクレオチドは、修飾されている。別の実施態様では、アンチセンス鎖の3’−末端ヌクレオチドおよびセンス鎖の5’−末端ヌクレオチドは、修飾されている。別の実施態様では、アンチセンス鎖の3’−末端ヌクレオチドおよびセンス鎖の5’−および3’−末端ヌクレオチドの両方ともが、修飾されている。別の実施態様では、アンチセンス鎖の5’−および3’−末端ヌクレオチドの両方とも、修飾されている。別の実施態様では、センス鎖の5’−および3’−末端ヌクレオチドの両方とも、修飾されている。
別の実施態様では、アンチセンス鎖の5’−末端ヌクレオチドは、リン酸化されている。別の実施態様では、センス鎖の5’−末端ヌクレオチドは、リン酸化されている。別の実施態様では、アンチセンス鎖およびセンス鎖の両方とも、5’−末端ヌクレオチドがリン酸化されている。別の実施態様では、アンチセンス鎖の5’−末端ヌクレオチドはリン酸化されていて、センス鎖の5’−末端ヌクレオチドは、フリーのヒドロキシル基(5’−OH)を有する。別の実施態様では、アンチセンス鎖の5’−末端ヌクレオチドはリン酸化されていて、センス鎖の5’−末端ヌクレオチドは、修飾されている。
5’−および3’−末端ヌクレオチドに対する修飾は、これらの末端ヌクレオチド上の5’位および3’位に制限されない。末端ヌクレオチドに対する修飾の例は、限定されないが、ビオチン、逆位(デオキシ)脱塩基、アミノ、フルオロ、クロロ、ブロモ、CN、CF、メトキシ、イミダゾール、カルボキシレート(caboxylate)、チオエート、C1−C10低級アルキル、置換低級アルキル、アルカリルまたはアラルキル、OCF3、OCN、O−、S−、またはN−アルキル;O−、S−、またはN−アルケニル;SOCH3;SO2CH3;ONO2;NO2、N3;ヘテロ環アルキル;ヘテロ環アルカリル;アミノアルキルアミノ;ポリアルキルアミノまたは置換シリルを含み、とりわけ、例えば、PCT特許出願WO99/54459、欧州特許EP 0 586 520 B1またはEP 0 618 925 B1に記載され、それら全体で参照により援用される。本明細書において用いられる「アルキル」は、C1−C12−アルキルを意味し、「低級アルキル」は、C1−C6−アルキルを意味し、C1−、C2−、C3−、C4−、C5−およびC6−アルキルを含む。
別の態様では、アンチセンス鎖の5’−末端、センス鎖の5’−末端、アンチセンス鎖の3’−末端またはセンス鎖の3’−末端は、プロドラッグ部分に対して共有結合している。一実施態様では、当該部分はエンドソーム内で開裂される。別では、当該部分は細胞質内で開裂される。
異なる種類の末端修飾(単数または複数)を有する、本発明のsiRNAの様々な、可能性のある非限定的な実施態様を、以下の表に示す。
本発明に係る干渉リボ核酸の様々な実施態様
別の実施態様では、アンチセンス鎖またはセンス鎖のいずれかまたは両方における、末端3’ヌクレオチドまたは2つの末端3’−ヌクレオチドは、2’−デオキシヌクレオチドである。別の実施態様では、2’−デオキシヌクレオチドは、2’−デオキシ−ピリミジンである。別の実施態様では、2’−デオキシヌクレオチドは、2’デオキシ−チミジンである。
shRNAおよび連結siRNA:
本明細書において提供されるshRNAおよび連結siRNAに関する任意の開示(特にアンチセンス鎖またはそのようなアンチセンス鎖を形成するヌクレオチドに関する)は、アンチセンスストレッチまたはそのようなアンチセンスストレッチを形成するヌクレオチドに同様に当てはまり、本明細書において提供される5’および3’末端修飾の修飾に関する任意の開示(特にセンス鎖またはそのようなセンス鎖を形成するヌクレオチドに関する)は、センスストレッチまたはそのようなセンスストレッチを形成するヌクレオチドに同様に当てはまることは、本発明の範囲内である。
一実施態様では、本発明の核酸分子および本発明のsiRNAは、特に、shRNAおよび/または連結siRNAであり、ここで、そのようなshRNAおよび/または連結siRNAは、好ましくは、本明細書に記載されるものである。
二本鎖構造は、2つの別個の鎖、すなわちアンチセンス鎖およびセンス鎖により形成されることは、本発明の範囲内である。しかしながら、アンチセンス鎖およびセンス鎖は、互いに共有結合していることもまた、本発明の範囲内である。そのような結合は、アンチセンス鎖およびセンス鎖をそれぞれ形成する任意のヌクレオチド間で生じ得る。そのような結合は、共有結合または非共有結合により形成することができる。共有結合は、両方の鎖を、1回または数回、それぞれ1箇所または数箇所で、化合物(好ましくは、メチレンブルーおよび二官能性基を含む群より選択される)により、連結することにより形成され得る。そのような二官能性基は、好ましくは、ビス(2−クロロエチル)アミン、N−アセチル−N’−(p−グリオキシルベンゾイル)シスタミン、4−チオウラシルおよびソラーレンを含む群より選択される。
一実施態様では、アンチセンス鎖およびセンス鎖は、ループ構造により連結される。別の実施態様では、ループ構造は、非核酸ポリマーからなる。別の実施態様では、非核酸ポリマーは、ポリエチレングリコールである。別の実施態様では、アンチセンス鎖の5’−末端は、センス鎖の3’−末端に連結される。別の実施態様では、アンチセンス鎖の3’−末端は、センス鎖の5’−末端に連結される。
別の実施態様では、ループは核酸からなる。本明細書において用いられる、ロックド核酸(LNA)(Elayadi and Corey(2001)Curr Opin Investig Drugs.2(4):558−61)およびペプチド核酸(PNA)(Faseb J.(2000)14:1041−1060に概説される)は、核酸とみなされ、ループ形成ポリマーとしても用いられ得る。一実施態様では、核酸はリボ核酸である。一実施態様では、アンチセンス鎖の5’−末端は、センス鎖の3’−末端に連結される。別の実施態様では、アンチセンス鎖の3’−末端は、センス鎖の5’−末端に連結される。ループは、長さが最小で4個のヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログからなる。一実施態様では、ループは、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14または15個から選択されるヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログの長さからなる。一実施態様では、ループの長さは、ループ構造または同様の構造を介して折り返しが生じ得る方法で、2つの鎖が共有結合するのに十分である。リボ核酸構築物は、適切なベクター系の中に取り込まれてよい。好ましくは、ベクターは、RNAiの発現のためのプロモーターを含む。好ましくは、それぞれのプロモーターはpol IIIであり、より好ましくは、プロモーターは、U6、H1、7SKプロモーターである(Good et al.(1997) Gene Ther.4,45−54に記載される)。
別の実施態様では、本発明に係る核酸は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含む。一実施態様では、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、アンチセンス鎖およびセンス鎖のいずれかまたは両方の3’−末端または5’−末端から、5ヌクレオチド以内である。アンチセンス鎖は、約1個〜約5個のホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含み得る。
実施態様の組み合わせ:
本明細書において提供される実施態様の組み合わせに関する任意の開示(特にアンチセンス鎖またはそのようなアンチセンス鎖を形成するヌクレオチドに関する)は、アンチセンスストレッチまたはそのようなアンチセンスストレッチを形成するヌクレオチドに同様に当てはまり、本明細書において提供される5’および3’末端修飾の修飾に関する任意の開示(特にセンス鎖またはそのようなセンス鎖を形成するヌクレオチドに関する)は、センスストレッチまたはそのようなセンスストレッチを形成するヌクレオチドに同様に当てはまることは、本発明の範囲内である。
一実施態様では、センス鎖の3’−末端における突出は、1、2、3、4および5個のヌクレオチドからなる長さから選択される。一実施態様では、アンチセンス鎖の5’−末端における突出は、1、2、3、4および5個のヌクレオチドからなる長さから選択される。一実施態様では、センス鎖の5’−末端における突出は、1、2、3、4および5個のヌクレオチドからなる長さから選択される。
一実施態様では、siRNA分子は、両末端において平滑末端であり、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28または29個の連続したヌクレオチドからなる群より選択される長さを有する。
一実施態様では、siRNA分子は、片方の末端において平滑末端であり、siRNA分子の二本鎖部分は、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28または29個の連続したヌクレオチドからなる群より選択される長さを有する。
一実施態様では、siRNA分子は両末端において突出を有し、siRNA分子の二本鎖部分は、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28または29個の連続したヌクレオチドからなる群より選択される長さを有する。
一実施態様では、siRNA分子は突出を含み、前記突出は、少なくとも1つのデオキシリボヌクレオチドを含む。一実施態様では、siRNA分子は突出を含み、前記突出は、2つのデオキシリボヌクレオチドを含む。
一実施態様では、siRNA分子は、アンチセンス鎖の3’−末端およびセンス鎖の3’−末端において突出を有し、前記突出は、少なくとも1つのデオキシリボヌクレオチドを含む。一実施態様では、siRNA分子は、アンチセンス鎖の3’−末端およびセンス鎖の3’−末端において突出を有し、前記突出は、2つのデオキシリボヌクレオチドからなる。
突出を形成するヌクレオチド(単数または複数)は、(a)デゾキシリボヌクレオチド(単数または複数)、(a)リボヌクレオチド(単数または複数)、またはそれらの組み合わせであってよい。一実施態様では、アンチセンス鎖および/またはセンス鎖は、3’末端にTTジヌクレオチドを含む。
好ましい実施態様では、本明細書において用いられるdTは、デオキシリボヌクレオチド(すなわちT)を示し、それ以外ではRNAであり、または、リボヌクレオチドからなる分子において、例えば、本明細書に示されるように修飾されてよい。
作成プロセス:本発明の核酸は、化学合成またはインビトロ(例えば、ランオフ転写)またはインビボのいずれかの核酸発現を含む、当分野における常法を用いて生産することができる。一実施態様では、siRNAは、固相化学合成を用いて生産される。別の実施態様では、核酸は、発現ベクターを用いて生産される。一実施態様では、発現ベクターは、標的細胞において本発明の核酸を生産した。したがって、そのようなベクターは、薬物の製造のために用いることができる。本明細書に記載の核酸分子の合成のための方法は、当業者に公知である。そのような方法は、とりわけ、Caruthers et al.,1992,Methods in Enzymology 211,3−19,Thompson et al.,国際PCT公報WO 99/54459,Wincott et al., 1995,Nucleic Acids Res.23,2677−2684,Wincott et al.,1997,Methods Mol.Bio.,74,59,Brennan et al.,1998,Biotechnol Bioeng.,61,33−45、および、Brennan、米国特許第6,001,311号に記載される(それぞれ、それらの全体で参照により本明細書に援用される)。
本発明の任意の態様に関連して本明細書において用いられる、長さの範囲の制限を定義する用語、例えば「13〜35」は、13から35までの任意の整数、すなわち、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34および35を意味する。換言すれば、明確に言及される2つの整数により定義される任意の範囲は、前記制限を定義する任意の整数および前記範囲内に含まれる任意の整数を含みかつ開示することを意味する。
送達/処方:
siRNAは、細胞との直接接触(「naked」siRNA)を含む当業者に公知の様々な方法により、または、細胞への送達または標的化を促進する1つまたは複数の薬剤と組み合わせることにより、インビトロおよびインビボの両方で細胞に送達され得る。そのような薬剤および方法は、ナノエマルション(WO 2009/141257 A1)、リポプレックス、リポソーム、イオン導入、ヒドロゲル、シクロデキストリン、ナノカプセル、マイクロ−およびナノスフェアおよびタンパク性ベクター(例えば、Bioconjugate Chem.(1999)10:1068−1074およびWO 00/53722)を含む。核酸/ビヒクルの組み合わせは、直接注入により、または注入ポンプの使用により、インビボで、局所的に送達され得る。本発明のsiRNAは、静脈内皮下、筋肉内または皮内注入または吸入を含む様々な手段により、インビボで送達され得る。本発明の分子は、医薬品として用いることができる。好ましくは、医薬品は、対象における病態の、発生を防止する、制御する、または、治療をする(症候をある程度(好ましくは全ての症候を)緩和する)。したがって、本発明は、さらなる態様では、本発明の核酸分子およびそのような薬剤の1つを含む組成物に関し;好ましくはそのような組成物は、本明細書に記載される任意の方法での、本発明の核酸分子の送達のためのものである。
国際特許出願WO 2009/141257 A1に記載のナノエマルションは、エンドサイトーシス増強面を有する安定なパーフルオロカーボンナノエマルションであり、ここで、ナノエマルションは、非連続的なパーフルオロカーボン相および緩衝化された連続的な水相を有し、(a)少なくとも1つのパーフルオロカーボン化合物を含むパーフルオロカーボン成分;(b)乳化成分;および(c)エンドサイトーシスを介したナノエマルションの細胞取り込みを誘導する少なくとも1つの化合物を含む、エンドサイトーシス増強成分、を含む。ナノエマルションは、100nmよりも小さい粒子サイズを有してよく、好ましくは、ナノエマルションは、平均サイズが約50nmである粒子からなる。粒子サイズを測定する方法は、当技術分野で知られていて、例えば、Murdock RC et al.(R.C.Murdock,et al.,“Characterization of nanomaterial dispersion in solution prior to in vitro exposure using dynamic light scattering technique”,Toxicol.Sci.101(2),239 (2008))、または、Bootz et al.(A.Bootz,V.Vogel,D.Schubert,and J.Kreuter,“Comparison of scanning electron microscopy,dynamic light scattering and analytical ultracentrifugation for the sizing of poly(butyl cyanoacrylate)nanoparticles”,Eur.J.Pharm.Biopharm.57(2),369(2004))に記載される。典型的に、緩衝化された水相は、ナノエマルションの25〜60wt.%を示す。一実施態様では、エンドサイトーシスを介した細胞取り込みを誘導する少なくとも1つの化合物は、トランスフェリン、アポリポタンパク質A1、グリコシルフォスファチジルイノシトール(GIP)−アンカータンパク質、メガリン結合タンパク質、アンテナペディア(atennapedia)タンパク質、前記化合物のフラグメントおよび誘導体、および、類似の効果を有する化合物、から選択され、最も好ましくは、前記化合物は、トランスフェリンまたはそのフラグメントまたは誘導体である。別の実施態様では、少なくとも1つのパーフルオロカーボン化合物は、C2m+1X、XC2mX、XC2nOC2oX、N(C2oX)およびN(C2o+1(ここで、mは3〜10の整数であり、nおよび0は1〜5の整数であり、および、Xは独立に、CI、BrおよびIから選択されるさらなる存在(occurrence)由来である)から選択され、好ましくは、パーフルオロカーボンは、パーフルオロオクチルブロマイドおよびパーフルオロトリブチルアミンおよびそれらの混合物から選択される。乳化成分は、必須の乳化成分として少なくとも1つのリン脂質、および、1つまたは複数の補助的脂質を含んでよい。少なくとも1つのリン脂質は、式Iにより表される化合物から選択される。
ここで、RおよびRは、独立に、HおよびC16−24アシル残基から選択され、飽和または不飽和であってよく、1〜3残基のRを有してよく、ここで、1つまたは複数のC原子は、0またはNRで置換されてよく、Xは、H、−(CH−N(R 、−(CH−CH(N(R )−COO−、−(CH−CH(OH)−CHOHおよび−CH(CHOH)−CHOH(ここで、pは1〜5の整数であり;Rは、独立に、H、低級アルキル、F、Cl、CNおよびOHから選択され;および、Rは、独立に、H、CHおよびCHCHから選択される)、または、薬理学的に許容できるそれらの塩から選択され、好ましくは、RおよびRは、独立に、Hおよび非置換C16−24アシル残基から選択され、飽和または不飽和であってよく、および、Xは、コリン、セリン、エタノールアミンおよびイノシトール残基から選択され、最も好ましくは、リン脂質成分は、ホスファチジルコリン、リゾホスファチジルコリン(Iysophoshatidylcholine)、ホスファチジルエタノールアミン(phophatidylethanolamine)およびそれらの混合物から選択される。補助的脂質は、脂肪酸、ステロイド、ビタミンおよびそれらの混合物から選択してよい。好ましい実施態様では、ナノエマルションは、パーフルオロカーボン成分(a)としてパーフルオロオクチルブロマイド、リン脂質としてホスファチジルコリン、スフィンゴミエリン、コレステロールおよびリゾホスファチジルコリンを含む乳化成分(b)、および、エンドサイトーシス増強成分(c)としてトランスフェリン、を含む。
本発明の核酸分子の処方および送達において用いることもできるホスファチジルコリンを含む脂質ナノ粒子は、例えば、Torchilin VP (V.P.Torchilin,“Recent advances with liposomes as pharmaceutical carriers”,Nat.Rev.Drug Discov.4(2),145(2005)),Ozpolat B et al.(B.Ozpolat,A.K.Sood,and G.Lopez−Berestein,“Nanomedicine based approaches for the delivery of siRNA in cancer”,J.Intern.Med.267(1),44 (2010))、または、Abbasalipourkabir R et al.(R.Abbasalipourkabir,A.Salehzadeh,and R.Abdullah,“Characterization and stability of nanostructured lipid carriers as drug delivery system”,Pak.J.Biol.Sci.15(3),141 (2012))に記載される。
本発明の核酸分子の処方および/または送達に用いることができる別の手段は、ポリ(エチレングリコール)脂質を含む表面修飾リポソーム(PEG−修飾、または血中滞留型(long−circulating)リポソームまたはステルスリポソーム)である。これらの処方は、リポソームまたはリポプレックス溶液の安定性を、それらの凝集および融合を防止することにより、増大させる方法を提供する。処方は、インビボで、単核食細胞系(MPSまたはRES)によるオプソニン化および除去に抵抗する追加の利益も有し、それにより、より長い血液循環時間およびカプセル化された薬に関する高められた組織曝露を可能にする。そのようなリポソームは、腫瘍内に選択的に蓄積することが、血管新生された(neovascularized)標的組織における溢出および捕捉により、推定的に示されている(Lasic et al.,Science 1995,267,1275−1276;Oku et al.,1995,Biochim.Biophys.Acta,1238,86−90)。血中滞留型リポソームは、特に、MPSの組織内に蓄積することが知られる従来のカチオン性リポソームと比較して、DNAおよびRNAの薬物動態および薬力学を高める(Liu et al.,J.Biol.Chem.1995,42,24864−24780;Choi et al.,国際PCT公報 WO 96/10391;Ansell et al.,国際PCT公報WO 96/10390;Holland et al.,国際PCT公報WO 96/10392)。また、血中滞留型リポソームは、ヌクレアーゼ分解からsiRNAを守る。
本発明の核酸分子の処方および/または送達において用いることができるさらなる手段は、リポプレックスであり、例えば、WO2005/105152に記載される。好ましい実施態様では、そのようなリポプレックスは、以下からなる正電荷のリポソームである:
(a)約50mol%のβ−アルギニル−2,3−ジアミノプロピオン酸−N−パルミチル−N−オレイル−アミド三塩酸塩、好ましくはβ−(L−アルギニル)−2,3−L−ジアミノプロピオン酸−N−パルミチル−N−オレイル−アミドトリ−ハイドロクロライド、(b)約48〜49mol%の1,2−ジフィタノイル−sn−グリセロ−3−ホスホエタノールアミン(DPhyPE)、および(c)約1〜2mol%の1,2−ジステアロイル−sn−グリセロ−3−ホスホエタノールアミン−ポリエチレン−グリコール、好ましくは、N−(カルボニル−メトキシポリエチレングリコール−2000)−1,2−ジステアロイル−sn−グリセロ−3−ホスホエタノールアミンナトリウム塩。
医薬組成物
本発明の核酸分子は、医薬組成物として処方され得る。医薬組成物は、薬物または診断薬として、単独または他の薬剤と組み合わせて、用いられ得る。医薬組成物は、本発明の任意の方法において用いられ得る。
例えば、本発明の1つまたは複数の核酸分子および/または1つまたは複数のsiRNAは、送達ビヒクル(例えば、ナノエマルションまたはリポソーム)および賦形剤、例えば担体、希釈剤と、組み合わせることができる。好ましい実施態様では、医薬組成物は、本明細書中の項目「送達/処方」に記載の組成物である。
また、防腐剤および安定剤のような他の薬剤を添加することもできる。核酸分子の送達のための方法は、当技術分野で知られていて、例えば、Akhtar et al.,1992,Trends Cell Bio.,2,139;Delivery Strategies for Antisense Oligonucleotide Therapeutics,ed.Akhtar,1995,Maurer et al.,1999,Mol.Memb.Biol.,16,129−140;Hofland and Huang,1999,Handb.Exp.Pharmacol.,137,165−192;and Lee et al.,2000,ACS Symp.Ser.,752,184−192、米国特許第6,395,713号、および、PCT WO 94/02595に記載される(それぞれ、それらの全体で参照により本明細書中に援用される)。本発明のsiRNAは、別々または同時のいずれかで投与して、例えば、組み合わせの単位用量として、他の治療的化合物と組み合わせて投与することもできる。一実施態様では、本発明は、本発明に係る1つまたは複数のsiRNAを、生理的に/薬学的に許容できる賦形剤、例えば安定剤、防腐剤、希釈剤、バッファーなどに含む、医薬組成物を含む。
本発明の薬物および医薬組成物に関する用量レベルは、ルーチン実験によって当業者により決定され得る。一実施態様では、単位用量は、約0.01mg/kgおよび約100mg/kg体重の間のsiRNAを含む。一実施態様では、siRNAの用量は、約10mg/kgおよび約25mg/kg体重の間である。一実施態様では、siRNAの用量は、約1mg/kgおよび約10mg/kg体重の間である。一実施態様では、siRNAの用量は、約0.05mg/kgおよび約5mg/kg体重の間である。別の実施態様では、siRNAの用量は、約0.1mg/kgおよび約5mg/kg体重の間である。別の実施態様では、siRNAの用量は、約0.1mg/kgおよび約1mg/kg体重の間である。別の実施態様では、siRNAの用量は、約0.1mg/kgおよび約0.5mg/kg体重の間である。別の実施態様では、siRNAの用量は、約0.5mg/kgおよび約1mg/kg体重の間である。
一態様では、医薬組成物は、滅菌の注入可能な水性の懸濁液または溶液である。一態様では、医薬組成物は、凍結乾燥された形態である。一実施態様では、医薬組成物は、本発明のsiRNA分子を含むナノエマルションを含む。一実施態様では、医薬組成物は、凍結乾燥されたリポプレックスを含み、ここで、リポプレックスは、本発明のsiRNAを含む。別の実施態様では、医薬組成物は、リポプレックスの水性懸濁液を含み、ここで、リポプレックスは、本発明のsiRNAを含む。
本発明の医薬組成物および薬物は、開示された処置方法で、対象(哺乳類)に投与され得る。一実施態様では、哺乳類は、ヒト、イヌ、ネコ、ウマ、ウシ、ブタ、ヤギ、ヒツジ、マウス、ラット、ハムスターおよびモルモットからなる群より選択される。一実施態様では、哺乳類はヒトである。別の実施態様では、哺乳類はヒトでない哺乳類である。
キット
さらなる態様では、本発明はキットに関する。キットは本発明の核酸分子、好ましくは本発明のsiRNA、および、容器、使用説明書、バッファー、ポジティブコントロール、ネガティブコントロール、送達剤または送達剤の群より選択される少なくとも1つを含み、ここで、送達剤は、好ましくは、本明細書に開示されるもの、および反応混合物である。キットは、本発明の任意の方法の実施に有用/適切である。一実施態様では、キットは、本発明の任意の方法での使用のためのものである。
治療の方法
本発明の核酸分子は、疾患の治療および/または予防に有用であり、用いられ得る。一実施態様では、当該方法は、対象に対する核酸の投与を含む。好ましくは、対象は、疾患を患っているか、または、疾患を患うリスクがある。好ましくは、対象は哺乳類である。本明細書において好ましく用いられる哺乳類は、ヒト、エイプ、サル、マウス、ラット ウサギ、ネコ、イヌ、ウシ、ウマ、家畜、使役動物およびコンパニオン動物を含む群より選択される動物である。より好ましくは、対象はヒトである。
本発明の核酸分子は、有効量で対象に投与される。好ましくは、そのような有効量は、薬学的有効量または治療的有効量である。
本発明の核酸分子は、原理的に、当業者に公知の任意の形態で投与することができる。好ましい投与経路は全身投与であり、より好ましくは非経口投与により、好ましくは注入による。あるいは、薬物は局所的に投与され得る。他の投与経路は、筋肉内、腹腔内、および皮下、経口(per orum)、鼻腔内、気管内または肺を含む(有効性を確保しながら侵襲性が最も低い投与経路を優先する)。
非経口投与は、一般に、皮下、筋肉内または静脈内の注射(injection)および注入(infusion)のために用いられる。加えて、非経口投与のための1つのアプローチは、徐放または持続放出系の注入(implantation)を用い、用量の一定レベルが維持されることを確保し、当業者によく知られている。
さらに、本発明の好ましい薬物は、適切な鼻腔内ビヒクル(吸入剤)の局所的使用を介した鼻腔内形態で、または、当業者によく知られた経皮皮膚パッチのこれらの形態を用いた経皮経路を介して、投与することができる。経皮送達システムの形態で投与するために、用量投与は、もちろん、投与計画を通じて間欠的であるよりむしろ連続的である。他の好ましい局所的処方は、クリーム、軟膏、ローション、エアロゾルスプレーおよびジェルを含む。
好ましい実施態様では、本発明の核酸分子は、本発明のsiRNAである。
一実施態様では、疾患の治療および/または予防のための方法は、Notch 1遺伝子の発現を低減させることにより、より具体的には、Notch 1をコードするmRNAの翻訳を低減させることにより、治療することのできる疾患である。疾患のこのグループ内に含まれる具体的な疾患および医学的状態は、当業者に公知である。さらに、この種類の疾患を判定する方法は、同様に当業者に公知である。好ましい疾患は、癌、好ましくは、Notch 1が上方制御されている場合の、Notch 1が非疾患組織または非病変組織と比較して変更された様式で発現されている場合の、および/または、Notch 1遺伝子の発現を低減させることにより、より具体的にはNotch 1をコードするmRNAの翻訳を低減させることにより、治療効果が達成され得る場合の、癌の形態である。
一実施態様では、疾患は以下のグループの1つであり、Notch 1の関与が証明されていて、それぞれ、Notch 1は、新薬の開発につながるような標的として同定されている:食道癌(Streppel,E.A.Montgomery,and A.Maitra,“New Advances in the Pathogenesis and Progression of Barrett’s Esophagus”,Curr.Mol.Med.(2013)参照)、口腔扁平上皮癌(R.Yoshida,et al.,“The pathological significance of Notch1 in oral squamous cell carcinoma”,Lab Invest(2013)参照)、頭頸部癌(J.T.Lin,et al.,“Association of high levels of Jagged−1 and Notch−1 expression with poor prognosis in head and neck cancer”,Ann.Surg.Oncol.17(11),2976(2010)参照)、舌癌(Y.H.Joo,C.K.Jung,M.S.Kim,and D.I.Sun,“Relationship between vascular endothelial growth factor and Notch1 expression and lymphatic metastasis in tongue cancer”,Otolaryngol.Head Neck Surg.140(4),512(2009)参照)、白血病(E.Kanamori,et al.,“Flow cytometric analysis of Notch1 and Jagged1 expression in normal blood cells and leukemia cells”,Exp.Ther.Med.4(3),397 (2012);および、Zhang J et al.(J.Zhang,et al.,“Prognostic impact of delta−like ligand 4 and Notch1 in acute myeloid leukemia”,Oncol.Rep.28(4),1503(2012)参照)、腎細胞癌(Q.Ai,et al.,“High−level expression of Notch1 increased the risk of metastasis in T1 stage clear cell renal cell carcinoma”,PLoS.One.7(4),e35022(2012)およびJ.Sjolund,et al.,“The notch and TGF−beta signaling pathways contribute to the aggressiveness of clear cell renal cell carcinoma”,PLoS.One.6(8),e23057(2011)参照)、胃癌(T.S.Yeh,et al.,“The activated Notch1 signal pathway is associated with gastric cancer progression through cyclooxygenase−2”,Cancer Res.69(12),5039(2009)、およびY.Sun,et al.,“Differential Notch1 and Notch2 expression and frequent activation of Notch signaling in gastric cancers”,Arch.Pathol.Lab Med.135(4),451(2011)参照)、結腸腺癌(M.Reedijk,et al.,“Activation of Notch signaling in human colon adenocarcinoma”,Int J.Oncol.33(6),1223(2008)およびM.Reedijk,et al.,“Activation of Notch signaling in human colon adenocarcinoma”,Int J.Oncol.33(6),1223(2008)参照)、子宮内膜癌/子宮体部(Y.Mitsuhashi,et al.,“Prognostic significance of Notch signalling molecules and their involvement in the invasiveness of endometrial carcinoma cells”,Histopathology 60(5),826(2012)参照)、子宮頸癌/子宮頸部(L.Santos,et al.,“Identification of differential expressed transcripts in cervical cancer of Mexican patients”,Tumour.Biol.32(3),561 (2011)参照)、肝内胆管癌(Q.Zhou,et al.,“The roles of Notch1 expression in the migration of intrahepatic cholangiocarcinoma”,BMC.Cancer 13,244(2013)、およびS.Zender,et al.,“A critical role for notch signaling in the formation of cholangiocellular carcinomas”,Cancer Cell 23(6),784 (2013)参照)、肝細胞癌腫(A.Villanueva,et al.,“Notch signaling is activated in human hepatocellular carcinoma and induces tumor formation in mice”,Gastroenterology 143(6),1660(2012)、およびR.Fan,et al.,“Cooperation of deregulated Notch signaling and Ras pathway in human hepatocarcinogenesis”,J.Mol.Histol.42(5),473 (2011)参照)、骨肉腫(J.Yang and W.Zhang,“New molecular insights into osteosarcoma targeted therapy”,Curr.Opin.Oncol.25(4),398(2013)参照)、膀胱癌(A.G.Abdou,et al.,“Immunohistochemical analysis of the role and relationship between Notch−1 and Oct−4 expression in urinary bladder carcinoma”,APMIS(2013)参照)、悪性メラノーマ(C.S.Muller,“Notch signaling and malignant melanoma”,Adv.Exp.Med.Biol.727,258(2012)参照)、甲状腺癌(H.S.Park,et al.,“Notch1 receptor as a marker of lymph node metastases in papillary thyroid cancer”,Cancer Sci.103(2),305(2012)参照)、肺腺癌(K.A.Hassan,et al.,“Notch pathway activity identifies cells with cancer stem cell−like properties and correlates with worse survival in lung adenocarcinoma”,Clin.Cancer Res.19(8),1972(2013)、およびB.Westhoff,et al.,“Alterations of the Notch pathway in lung cancer”,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A 106(52),22293(2009)参照)、前立腺癌(H.Zhu,et al.,“Elevated Jagged−1 and Notch−1 expression in high grade and metastatic prostate cancers”,Am.J.Transl.Res.5(3),368(2013))およびM.Kashat,et al.,“Inactivation of AR and Notch−1 signaling by miR−34a attenuates prostate cancer aggressiveness”,Am.J.Transl.Res.4(4),432(2012)参照)、乳癌(J.Speiser,et al.,“Notch−1 and Notch−4 biomarker expression in triple−negative breast cancer”,Int J.Surg.Pathol.20(2),139(2012)、およびS.Mittal,et al.,“Cooperation of Notch and Ras/MAPK signaling pathways in human breast carcinogenesis”,Mol.Cancer 8,128(2009)参照)、卵巣癌(S.L.Rose,M.Kunnimalaiyaan,J.Drenzek,and N.Seiler,“Notch 1 signaling is active in ovarian cancer”,Gynecol.Oncol.117(1),130(2010)参照)、膵癌(F.H.Sarkar,S.Banerjee,and Y.Li,“Pancreatic cancer:pathogenesis,prevention and treatment”,Toxicol.Appl.Pharmacol.224(3),326(2007),O.JP De La,et al.,“Notch and Kras reprogram pancreatic acinar cells to ductal intraepithelial neoplasia”,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A 105(48),18907(2008)、E.Ristorcelli and D.Lombardo,“Targeting Notch signaling in pancreatic cancer”,Expert.Opin.Ther.Targets.14(5),541(2010),Z. 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本発明の核酸分子に加えて、少なくとも1つのさらなる治療的または薬学的に活性の薬剤(本明細書において「第二のさらなる薬剤」とも呼ぶ)が、治療の方法において用いられることは、本発明の範囲内である。そのような治療の方法は、併用療法とも呼ばれる。
「併用療法」(または「共同療法」)は、これらの治療薬(すなわち、本発明の薬物および前記の第二のまたはさらなる薬剤)の共同作用により有益な効果を提供することが意図される具体的な治療レジメンの一部として、本発明の核酸分子および少なくとも第二のまたはさらなる薬剤の投与を含む。組み合わせの有益な効果は、制限されないが、治療薬の組み合わせから生じる、薬物動態学的または薬力学的共同作用を含む。組み合わせでのこれらの治療薬の投与は、典型的に、所定期間(選択される組み合わせに応じて、通常、分、時間、日または週)にわたって行われる。
「併用療法」は、別個の単剤療法レジメンの一部として、2以上のこれらの治療薬の投与を含むことを意図してよいが、一般には意図しない。「併用療法」は、逐次的方法でのこれらの治療薬の投与(すなわち、ここで、各治療薬は異なる時間に投与される)、および、実質的に同時の方法でのこれらの治療薬または少なくとも2つの治療薬の投与を含むことを意図する。実質的に同時の投与は、例えば、固定比率の各治療薬を有する単一のカプセルを、または、各治療薬に関して単一カプセルを複数で、対象に投与することにより、達成することができる。
各治療薬の逐次的または実質的に同時の投与は、制限されないが、局所的経路、経口経路、静脈内経路、筋肉内経路、および粘膜組織を通した直接吸収を含む、任意の適切な経路により達成することができる。治療薬は、同一の経路により、または異なる経路により、投与することができる。例えば、選択された組み合わせの第一の治療薬は注入により投与してよく、一方で、組み合わせの他方の治療薬は局所的に投与してよい。あるいは、例えば、全ての治療薬を局所的に投与してよく、または、全ての治療薬を注入により投与してよい。治療薬が投与される順番は、特に記載のない限り、厳格に重大ではない。また、「併用療法」は、他の生物学的活性成分とさらに組み合わせて、上述の治療薬の投与を含んでもよい。併用療法が非薬物療法をさらに含む場合、非薬物療法は、治療薬と非薬物療法との組み合わせの共同作用による有益な効果が達成される限り、任意の適切なときに行なってよい。例えば、適切な場合では、有益な効果は、非薬物療法が、治療薬の投与から時間的に(おそらく日、または週さえ)離れている場合にさえ、達成される。
それに従って、そのようなさらなる治療的または薬学的に活性の薬剤は、対象に投与もされる。一実施態様では、さらなる治療的または薬学的に活性の薬剤は、本発明の核酸分子の前に、一緒に、または後に、投与される。一実施態様では、さらなる治療的または薬学的に活性の薬剤は、タキサン誘導体、例えば、ドセタキセル、パクリタキセル(Q.F.Ye,et al.,“siRNA−mediated silencing of Notch−1 enhances docetaxel induced mitotic arrest and apoptosis in prostate cancer cells”,Asian Pac.J.Cancer Prev.13(6),2485(2012),C.C.Zhang,et al.,“Synergistic effect of the gamma−secretase inhibitor PF−03084014 and docetaxel in breast cancer models”,Stem Cells Transl.Med.2(3),233(2013),K.A.Hassan,et al.,“Notch pathway activity identifies cells with cancer stem cell−like properties and correlates with worse survival in lung adenocarcinoma”,Clin.Cancer Res.19(8),1972(2013),Y.P.Liu,et al.,“Cisplatin selects for multidrug−resistant CD133+ cells in lung adenocarcinoma by activating Notch signaling”,Cancer Res.73(1),406(2013)、および、S.Zang,et al.,“RNAi−mediated knockdown of Notch−1 leads to cell growth inhibition and enhanced chemosensitivity in human breast cancer”,Oncol.Rep.23(4),893(2010)参照)、白金誘導体、例えばシスプラチンおよびオキサリプラチン(K.A.Hassan,et al.,“Notch pathway activity identifies cells with cancer stem cell−like properties and correlates with worse survival in lung adenocarcinoma”,Clin.Cancer Res.19(8),1972(2013)、および、Z.P.Zhang,et al.,“Correlation of Notch1 expression and activation to cisplatin−sensitivity of head and neck squamous cell carcinoma”,Ai.Zheng.28(2),100(2009)参照)、ヌクレオシドアナログ、例えば5−フルオロウラシル(R.D.Meng,et al.,“gamma−Secretase inhibitors abrogate oxaliplatin−induced activation of the Notch−1 signaling pathway in colon cancer cells resulting in enhanced chemosensitivity”,Cancer Res.69(2),573(2009)参照)、トポイソメラーゼI阻害剤、例えばイリノテカン(R.D.Meng,et al.,“gamma−Secretase inhibitors abrogate oxaliplatin−induced activation of the Notch−1 signaling pathway in colon cancer cells resulting in enhanced chemosensitivity”,Cancer Res.69(2),573(2009)参照)、挿入物質、例えばドキソルビシン(Y.P.Liu,et al.,“Cisplatin selects for multidrug−resistant CD133+ cells in lung adenocarcinoma by activating Notch signaling”,Cancer Res.73(1),406(2013)参照)、ヌクレオシドアナログ、例えばゲムシタビン(X.Du,et al.,“Notch1 contributes to chemoresistance to gemcitabine and serves as an unfavorable prognostic indicator in pancreatic cancer”,World J.Surg.37(7),1688(2013),S.Yabuuchi,et al.,“Notch signaling pathway targeted therapy suppresses tumor progression and metastatic spread in pancreatic cancer”,Cancer Lett.335(1),41(2013)、およびS.Richter,et al.,“A phase I study of the oral gamma secretase inhibitor R04929097 in combination with gemcitabine in patients with advanced solid tumors (PHL−078/CTEP 8575)”,Invest New Drugs(2013)参照)、合成グルココルチコイド、例えばデキサメタゾン(Q.Zhou,et al.,“The roles of Notch1 expression in the migration of intrahepatic cholangiocarcinoma”,BMC.Cancer 13,244(2013)参照)、および、アルキル化剤、例えばテモゾロミド(C.A.Gilbert,M.C.Daou,R.P.Moser,and A.H.Ross,“Gamma−secretase inhibitors enhance temozolomide treatment of human gliomas by inhibiting neurosphere repopulation and xenograft recurrence”,Cancer Res.70(17),6870(2010)参照)を含む群より選択されるものである。
治療の方法が併用療法である本発明の方法の一実施態様は、少なくとも1つのさらなる薬学的または治療的に活性の薬剤を投与するのではなく、対象が放射線療法を受けるものである。
放射線療法(X線治療または照射とも呼ばれる)は、癌細胞を殺すための電離放射線の使用である。放射線療法は、医療分野において、ほぼすべてのタイプの固形腫瘍を治療するために用いられている。また、照射は、白血病およびリンパ腫を治療するためにも用いられる。放射線療法は、治療される領域内の細胞を、それらの遺伝物質を損傷させることにより傷付け、または破壊し、これらの細胞が成長および分裂を続けることを不可能にさせる。放射線療法の効果は、治療される領域に局限化および限定される。各部位への放射線照射量は、それぞれの癌タイプの放射線感受性、および、放射線により損傷され得る組織および臓器が近くに存在するかどうかを含む、多くの因子に依存する。放射線療法の目標は、近くの健常組織に対する害を制限しながら、出来るだけ多くの癌細胞を損傷させることである。
本発明の核酸分子(好ましくは本発明のsiRNA)の対象への投与を含む、疾患の治療および/または予防のための本発明の方法のさらなる実施態様では、疾患は、好ましくは癌、より好ましくは本明細書に開示される癌であり、当該方法は、実際のところ、付加的治療の補助療法である。そのような補助療法の目的は、一次治療、好ましくは一次癌治療を補助することである。
本発明の核酸分子は、癌細胞の薬物感受性を回復させるための方法に有用であり、用いられ得る。一実施態様では、当該方法は、本発明の核酸の対象への投与を含み、ここで、対象は、疾患(好ましくは癌)を患っていて、そして、疾患に関与する癌細胞、および/または、対象に与えられる任意の治療により、または疾患の治療において対象に投与される任意の薬学的または治療的に活性の薬剤により、対処され、損傷され、および/または破壊される細胞は、そのような治療および/またはそのような薬学的または治療的に活性の薬剤の影響を受けにくく、または、もはや影響を受けやすくはない。典型的に、本発明の核酸分子の投与後、前記細胞は、少なくとも治療的および/または薬学的に関連のあるレベルで、再びそのような治療および/または薬学的または治療的に活性の薬剤の影響を受けやすくなる。そのような治療は、好ましくは、制限されないが、細胞増殖抑制剤に基づく治療および放射線療法を含む癌治療であり、そのような薬学的または治療的に活性の薬剤は、癌治療で用いられるものである。好ましくは、本発明の核酸分子は、本発明のsiRNAである。
その限りにおいて、癌細胞の薬物感受性を回復させるための方法は、癌治療および/または癌治療で用いられる薬学的または治療的に活性の薬剤の影響を受けにくい、またはもはや影響を受けやすくはない癌細胞を、再度感受性にさせる方法である。また、癌の薬物感受性を回復させる方法は、癌の治療のための方法に関する補助療法であることも理解されよう。
疾患の治療および/または予防のための方法に関連して本明細書に開示されるものは、癌細胞の薬物感受性を回復させるための方法に同様に適用できることが理解されよう。これは、特に、本発明の核酸の投与経路、投与、および方法の対象などに関するそのような方法の態様に適用する。その限りにおいて、癌細胞の薬物感受性を回復させるための方法は、疾患の治療および/または予防のための方法の一実施態様である。癌の好ましい形態(そのような形態の癌を患っている対象に典型的に適用される治療に対して、抵抗性を獲得し得る)は以下である:
食道癌(Streppel,E.A.Montgomery,and A.Maitra,“New Advances in the Pathogenesis and Progression of Barrett’s Esophagus”,Curr.Mol.Med.(2013)参照)、口腔扁平上皮癌(R.Yoshida,et al.,“The pathological significance of Notch1 in oral squamous cell carcinoma”,Lab Invest(2013)参照)、頭頸部癌(J.T.Lin,et al.,“Association of high levels of Jagged−1 and Notch−1 expression with poor prognosis in head and neck cancer”,Ann.Surg.Oncol.17(11),2976(2010)参照)、舌癌(Y.H.Joo,C.K.Jung,M.S.Kim,and D.I.Sun,“Relationship between vascular endothelial growth factor and Notch1 expression and lymphatic metastasis in tongue cancer”,Otolaryngol.Head Neck Surg.140(4),512(2009)参照)、白血病(E.Kanamori,et al.,“Flow cytometric analysis of Notch1 and Jagged1 expression in normal blood cells and leukemia cells”,Exp.Ther.Med.4(3),397 (2012);および、Zhang J et al.(J.Zhang,et al.,“Prognostic impact of delta−like ligand 4 and Notch1 in acute myeloid leukemia”,Oncol.Rep.28(4),1503(2012)参照)、腎細胞癌(Q.Ai,et al.,“High−level expression of Notch1 increased the risk of metastasis in T1 stage clear cell renal cell carcinoma”,PLoS.One.7(4),e35022(2012)およびJ.Sjolund,et al.,“The notch and TGF−beta signaling pathways contribute to the aggressiveness of clear cell renal cell carcinoma”,PLoS.One.6(8),e23057(2011)参照)、胃癌(T.S.Yeh,et al.,“The activated Notch1 signal pathway is associated with gastric cancer progression through cyclooxygenase−2”,Cancer Res.69(12),5039(2009)、およびY.Sun,et al.,“Differential Notch1 and Notch2 expression and frequent activation of Notch signaling in gastric cancers”,Arch.Pathol.Lab Med.135(4),451(2011)参照)、結腸腺癌(M.Reedijk,et al.,“Activation of Notch signaling in human colon adenocarcinoma”,Int J.Oncol.33(6),1223(2008)およびM.Reedijk,et al.,“Activation of Notch signaling in human colon adenocarcinoma”,Int J.Oncol.33(6),1223(2008)参照)、子宮内膜癌/子宮体部(Y.Mitsuhashi,et al.,“Prognostic significance of Notch signalling molecules and their involvement in the invasiveness of endometrial carcinoma cells”,Histopathology 60(5),826(2012)参照)、子宮頸癌/子宮頸部(L.Santos,et al.,“Identification of differential expressed transcripts in cervical cancer of Mexican patients”,Tumour.Biol.32(3),561 (2011)参照)、肝内胆管癌(Q.Zhou,et al.,“The roles of Notch1 expression in the migration of intrahepatic cholangiocarcinoma”,BMC.Cancer 13,244(2013)、およびS.Zender,et al.,“A critical role for notch signaling in the formation of cholangiocellular carcinomas”,Cancer Cell 23(6),784 (2013)参照)、肝細胞癌腫(A.Villanueva,et al.,“Notch signaling is activated in human hepatocellular carcinoma and induces tumor formation in mice”,Gastroenterology 143(6),1660(2012)、およびR.Fan,et al.,“Cooperation of deregulated Notch signaling and Ras pathway in human hepatocarcinogenesis”,J.Mol.Histol.42(5),473 (2011)参照)、骨肉腫(J.Yang and W.Zhang,“New molecular insights into osteosarcoma targeted therapy”,Curr.Opin.Oncol.25(4),398(2013)参照)、膀胱癌(A.G.Abdou,et al.,“Immunohistochemical analysis of the role and relationship between Notch−1 and Oct−4 expression in urinary bladder carcinoma”,APMIS(2013)参照)、悪性メラノーマ(C.S.Muller,“Notch signaling and malignant melanoma”,Adv.Exp.Med.Biol.727,258(2012)参照)、甲状腺癌(H.S.Park,et al.,“Notch1 receptor as a marker of lymph node metastases in papillary thyroid cancer”,Cancer Sci.103(2),305(2012)参照)、肺腺癌(K.A.Hassan,et al.,“Notch pathway activity identifies cells with cancer stem cell−like properties and correlates with worse survival in lung adenocarcinoma”,Clin.Cancer Res.19(8),1972(2013)、およびB.Westhoff,et al.,“Alterations of the Notch pathway in lung cancer”,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A 106(52),22293(2009)参照)、前立腺癌(H.Zhu,et al.,“Elevated Jagged−1 and Notch−1 expression in high grade and metastatic prostate cancers”,Am.J.Transl.Res.5(3),368(2013))およびM.Kashat,et al.,“Inactivation of AR and Notch−1 signaling by miR−34a attenuates prostate cancer aggressiveness”,Am.J.Transl.Res.4(4),432(2012)参照)、乳癌(J.Speiser,et al.,“Notch−1 and Notch−4 biomarker expression in triple−negative breast cancer”,Int J.Surg.Pathol.20(2),139(2012)、およびS.Mittal,et al.,“Cooperation of Notch and Ras/MAPK signaling pathways in human breast carcinogenesis”,Mol.Cancer 8,128(2009)参照)、卵巣癌(S.L.Rose,M.Kunnimalaiyaan,J.Drenzek,and N.Seiler,“Notch 1 signaling is active in ovarian cancer”,Gynecol.Oncol.117(1),130(2010)参照)、膵癌(F.H.Sarkar,S.Banerjee,and Y.Li,“Pancreatic cancer:pathogenesis,prevention and treatment”,Toxicol.Appl.Pharmacol.224(3),326(2007),O.JP De La,et al.,“Notch and Kras reprogram pancreatic acinar cells to ductal intraepithelial neoplasia”,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A 105(48),18907(2008)、E.Ristorcelli and D.Lombardo,“Targeting Notch signaling in pancreatic cancer”,Expert.Opin.Ther.Targets.14(5),541(2010),Z. 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of notch−1 inhibits invasion by inactivation of nuclear factor−kappaB, vascular endothelial growth factor,and matrix metalloproteinase−9 in pancreatic cancer cells”,Cancer Res.66(5),2778(2006)参照)、および、グリオーマ(X.Zhang, et al.,“Notch1 promotes glioma cell migration and invasion by stimulating beta−catenin and NF−kappaB signaling via AKT activation”,Cancer Sci.103(2),181(2012),L.Jiang,et al.,“Notch1 expression is upregulated in glioma and is associated with tumor progression”,J.Clin.Neurosci.18(3),387(2011),J.Li,et al.,“Notch1 is an independent prognostic factor for patients with glioma”,J.Surg.Oncol.103(8),813(2011)、およびS.Puget, et al.,“Candidate genes on chromosome 9q33−34 involved in the progression of childhood ependymomas”,J.Clin.Oncol.27(11),1884(2009)参照)。
薬物感受性を回復させるための方法により克服することのできる癌細胞の抵抗性は、Notch 1により誘導される抵抗性であり、特に、Notch 1により誘導される化学療法抵抗性である。その限りにおいて、癌細胞の薬物感受性を回復させるための方法は、Notch 1により誘導される抵抗性、特に、Notch 1により誘導される化学療法抵抗性を回復させるための方法である。細胞および癌細胞が特に化学療法に対して抵抗性であるかどうかは、MMT(3−(4,5−ジメチルチアゾール−2−イル)−2,5−ジフェニルテトラゾリウムブロマイド)−アッセイおよびフローサイトメトリーのような、当業者に公知のルーチン試験により判定され得る。
MMT(3−(4,5−ジメチルチアゾール−2−イル)−2,5−ジフェニルテトラゾリウムブロマイド)−アッセイは、細胞酵素によるMTTの低減を測定する。NAD(P)H−依存性酵素を介したこの代謝活性を測定することにより、生存細胞の数を推定することが可能である。テトラゾリウム色素分析は、化学療法剤の細胞増殖抑制活性および細胞毒性の両方の測定を可能にする。
フローサイトメトリーでは、細胞は流体の流れに懸濁され、検出器を通過する。レーザー技術を用いて、細胞の数の決定およびバイオマーカーの同定を可能にする。数多くの粒子は、生物物理学的および化学的パラメーターに関して同時に分析され得る。この技術を用いて、アポトーシス細胞による生存可能を判別して、医薬品の効果を測定することが可能である。
Notch 1により誘導される化学療法抵抗性は、例えば、K.M.Capaccione and S.R.Pine(K.M.Capaccione and S.R.Pine,“The Notch signaling pathway as a mediator of tumor survival”,Carcinogenesis 34(7),1420(2013))に記載される。この参考文献および他の参考文献から、Notch 1の発現を阻害することにより、したがって本発明の核酸分子を用いることにより、Notch 1により誘導される化学療法抵抗性を克服することができることが妥当である。そのような他の参考文献は、限定されないが、前立腺癌に関してYe,QF et al.(Q.F.Ye,et al.,“siRNA−mediated silencing of Notch−1 enhances docetaxel induced mitotic arrest and apoptosis in prostate cancer cells”,Asian Pac.J.Cancer Prev.13(6),2485(2012))、乳癌に関してZhang CC et al.(C.C.Zhang,et al.,“Synergistic effect of the gamma−secretase inhibitor PF−03084014 and docetaxel in breast cancer models”,Stem Cells Transl.Med.2(3),233(2013))、または、Zang S et al.(S.Zang,et al.,“RNAi−mediated knockdown of Notch−1 leads to cell growth inhibition and enhanced chemosensitivity in human breast cancer”,Oncol.Rep.23(4),893(2010))、肺癌に関してHassan KA et al.(K.A.Hassan,et al.,“Notch pathway activity identifies cells with cancer stem cell−like properties and correlates with worse survival in lung adenocarcinoma”,Clin.Cancer Res.19(8),1972(2013))、扁平上皮細胞癌に関してZhang ZP et al.(Z.P.Zhang,et al.,“Correlation of Notch1 expression and activation to cisplatin−sensitivity of head and neck squamous cell carcinoma”,Ai.Zheng.28(2),100(2009))、結腸癌に関してMeng RD et al.(R.D.Meng,et al.,“gamma−Secretase inhibitors abrogate oxaliplatin−induced activation of the Notch−1 signaling pathway in colon cancer cells resulting in enhanced chemosensitivity”,Cancer Res.69(2),573(2009))、非小肺癌に関してLiu YP et al.(Y.P.Liu,et al.,“Cisplatin selects for multidrug−resistant CD133+ cells in lung adenocarcinoma by activating Notch signaling”,Cancer Res.73(1),406(2013))、膵癌に関してDu X et al.(X.Du,et al.,“Notch1 contributes to chemoresistance to gemcitabine and serves as an unfavorable prognostic indicator in pancreatic cancer”,World J.Surg.37(7),1688(2013))、または、Yabuuchi S et al(S.Yabuuchi,et al.,“Notch signaling pathway targeted therapy suppresses tumor progression and metastatic spread in pancreatic cancer”,Cancer Lett.335(1),41(2013))、白血病および特にT細胞急性リンパ芽球性白血病に関してZhou Q et al.(Q.Zhou,et al.,“The roles of Notch1 expression in the migration of intrahepatic cholangiocarcinoma”,BMC.Cancer 13,244(2013))、および、グリオーマに関してGilbert CA et al.(C.A.Gilbert,M.C.Daou,R.P.Moser,and A.H.Ross,“Gamma−secretase inhibitors enhance temozolomide treatment of human gliomas by inhibiting neurosphere repopulation and xenograft recurrence”,Cancer Res.70(17),6870(2010))を含む。
Notch 1により誘導される抵抗性を克服することの他に、本発明の核酸分子は、Hovinga KE(K.E.Hovinga,et al.,“Inhibition of notch signaling in glioblastoma targets cancer stem cells via an endothelial cell intermediate”,Stem Cells 28(6),1019(2010))、および、Wang J et al.(J.Wang,et al.,“Notch promotes radioresistance of glioma stem cells”,Stem Cells 28(1),17(2010))から明らかなように、放射線に対する抵抗性を克服するためにも適切である。
本発明は、図面、実施例および配列リストによってさらに説明され、それらから、さらなる特性、実施態様および利点を得ることができる。
実施例1:材料および方法
siRNA
表1に示すsiRNAを、標準的な化学合成を用いて調製した:
上記の表1を、配列識別子を含む表1aとして再度示す。
このグループの中から、以下のいくつかのsiRNAを修飾した。修飾されたsiRNAを表2に示す。
表2:
a)XD−00395
センス鎖:5’ GGACCCAACACUUACACCUdTdT 3’(配列番号87)
アンチセンス鎖:5’ AGGUGUAAGUGUUGGGUCCdTdT 3’(配列番号88)
b)XD−00404
センス鎖:5’ GACAUCGCACAGGAGCGCAdTdT 3’(配列番号105)
アンチセンス鎖:5’ UGCGCUCCUGUGCGAUGUCdTdT 3’(配列番号106)
c)XD−00406
センス鎖:5’ CAUGGUGCCGAACCAAUACdTdT 3’(配列番号109)
アンチセンス鎖:5’ GUAUUGGUUCGGCACCAUGdTdT 3’(配列番号110)
d)XD−00407
センス鎖:5’ UGGUGCCGAACCAAUACAAdTdT 3’(配列番号111)
アンチセンス鎖:5’ UUGUAUUGGUUCGGCACCAdTdT 3’(配列番号112)
e)XD−00409
センス鎖:5’ GACCAGUGGUCCAGCUCGUdTdT 3’(配列番号115)
アンチセンス鎖:5’ ACGAGCUGGACCACUGGUCdTdT 3’(配列番号116)
f)XD−00410
センス鎖:5’ CAUUCCAACGUCUCCGACUdTdT 3’(配列番号117)
アンチセンス鎖:5’ AGUCGGAGACGUUGGAAUGdTdT 3’(配列番号118)
完全安定化siRNA
表2のsiRNA XD−00404 および XD−00409を、完全安定化に供した。このような完全安定化siRNAは以下のとおりである。
a)XD−00409
センス鎖:5’ GAudTdT 3’(配列番号70)
アンチセンス鎖:5’ acdTdT 3’(配列番号69)
b)XD−00404
センス鎖:5’ GAadTdT 3’(配列番号128)
アンチセンス鎖:5’ ugdTdT 3’(配列番号127)
ここで、小さいヌクレオチドは、ヌクレオチドが2’−F修飾されていることを示し、下線のヌクレオチドは、ヌクレオチドが2’−O−メチル修飾されていることを示し、および、
ここで、dTsdTは、3’末端において、2個のdTからなるジヌクレオチドが付いていることを示し、前記の2個のdTは、ホスホロチオエート結合を介して共有結合している。
中間安定化siRNA
中間安定化siRNAは、dTsdT突出がない点で完全安定化siRNAと異なる。いかなる2’−F修飾も示さなかった。
C4−2細胞の培養
RPMI 1640培地を用いて、C4−2細胞を、この細胞株について記載される標準的な手順に従って培養した。
C4−2細胞のトランスフェクション
リポフェクタミン2000を用いて、C4−2細胞を様々な濃度のsiRNAでトランスフェクトした。siRNAの濃度は、トランスフェクション実験において、50nM、10nM、1nMまたは0.1nMであった。インキュベーション時間は24時間であった。それ以外は標準的な手順を用いた。トランスフェクション効率を、ハウスキーパーsiRNAを測定することにより決定した;トランスフェクションの有効性は、全ての場合において少なくとも93%であった。
siRNAのIC50の決定
標準的な手順を用いてIC50値を決定した。より具体的には、示される様々なsiRNAを用いて記載されるようにトランスフェクトされたC4−2細胞を用いて、Notch 1のmRNAの発現が50%まで減少するsiRNA濃度を決定した。
ナノ担体
ナノ担体(パーフルオロカーボンナノ担体)の調製のために、リン脂質の混合物を用いてパーフルオロオクチルブロマイド(パーフルブロン)を乳化した。1グラムの混合物は、蒸留水および75mMのリン酸二水素ナトリウム(NaHPO)バッファー中に、ホスファチジルコリン(980mg)、スフィンゴミエリン(10mg)、コレステロール(5mg)、リゾホスファチジルコリン(5mg)を含む。1000μlのパーフルオロカーボンナノ担体を得るために、475μlのパーフルオロオクチルブロマイド、36mgのリン脂質、200μlの75mM NaHPO(pH7.4)および325μlの蒸留水を用いた。
まず、リン脂質、リン酸二水素ナトリウムバッファーおよび蒸留水を混合して、続いて、パーフルオロカーボン(PFC)溶液を接近させた(adjoined)。40秒以内に、混成物をシェーカーにより60秒間混合して、全く中断せずに、1100kHzの周波数で120秒間、30秒間隔で超音波装置により2回ホモジナイズしなければならなかった。超音波処理ユニットは4℃の温度に保つ。その他の不溶性PFCの最終的な乳化のために、混合物を、高圧ホモジナイザーの中に入れる。2500バールでのホモジナイズの6回以内の通過で、乳状の混成物は、透明な、青みがかったエマルションに変化する。透明性へのこの変化は、可視波長より下のパーフルオロカーボン粒子サイズの変化に関する肉眼的マーカーである。最小の可視波長(青/紫)のλ=400nmは、混合物が透明になるとき、粒子サイズをλ/2と定義する。4回のさらなるサイクルのホモジナイズを、この時点で加える。粒子サイズを、100nmより下の全ての粒子で50nm(平均)として電子顕微鏡において測定した。機能性ナノ担体を得るために、4mgのハロトランスフェリンを、60μlの滅菌0.9% NaCl中に溶解させる。直後に、トランスフェリンを、冷却した超音波装置により、2秒間ホモジナイズする。溶解したトランスフェリンを1000μlのパーフルオロカーボンエマルションに添加して、4mg/mlの終濃度を得る。再度、化合物を、シェーカーの上に30秒間、直接置く。
このナノ担体は、無負荷担体またはNCf4とも呼ばれる。
Notch siRNA−負荷ナノ担体
Notch siRNA−負荷ナノ担体を、上述のナノ担体に基づいて調製した。負荷する目的のために、所望のsiRNA種をナノ担体に加えて、そのようにして得られた混合物を、超音波により15秒間500Wで用いてホモジナイズに供した。
動物試験−異種移植片モデル
皮下接種されたPANC−1ヒト膵臓腫瘍由来の腫瘍を有する、60匹の雌無胸腺ヌードFoxn1nuマウスを、112匹のプールから選択した。この動物モデルは、Lieber M et al.(M.Lieber,et al.,“Establishment of a continuous tumor−cell line (panc−1) from a human carcinoma of the exocrine pancreas”,Int J.Cancer 15(5),741(1975))により最初に説明され、Madden ME and Sarras MP(M.E.Madden and M.P.Sarras,Jr.,“Morphological and biochemical characterization of a human pancreatic ductal cell line (PANC−1)”,Pancreas 3(5),512(1988))により生化学的および形態学的に特徴付けられた、PANC−1細胞株を用いて膵癌および膵臓腫瘍についてそれぞれ実証された動物モデルである。そのような細胞株、および、そのような細胞株を用いて実証された動物モデルは、抗癌剤の評価に用いられている。Schultz RM et al.(R.M.Schultz,et al.,“Evaluation of new anticancer agents against the MIA PaCa−2 and PANC−1 human pancreatic carcinoma xenografts”,Oncol.Res.5(6−7),223(1993))。
接種後33日に、マウスを、腫瘍サイズにより、10匹の6つのグループにランダム化した(0日目)。
各グループ内のマウスは、1週間に2回、ビヒクルコントロール(無負荷ナノ担体、NCf4)または腹腔内注入を介した60mg/kgのゲムシタビン、またはNotch/ゲムシタビンの組み合わせで、それぞれ記載の方法で処置した(ここで、Notchは、静脈内注入を介して処置したNotch siRNA−負荷ナノ担体(完全安定化XD−00409を用いて実施例1に記載のとおりに調製)であった)。
0日目に処置を開始し、7回分を投与した。臨床観察を毎日行なった。体重および腫瘍サイズの測定を、試験の持続の間、1週間に3回行なった。
試験の終了時に(24日目)、全ての処置群内の全てのマウスから腫瘍を摘出し、計量して、半分に切断した。片方を、RNA単離およびqRT−PCR分析のために、RNAlater溶液中に保存した。残りの部分を、パラフィン包埋および壊死の顕微鏡的評価のために、ホルマリン中に保存した。
動物試験−同所性モデル
66匹の雌無胸腺ヌードFoxn1nuマウスを、PANC−1ヒト膵臓腫瘍細胞で同所性接種した。生着率(take−rate)を、3匹のマウスにおいて、接種後20日および27日にそれぞれ評価した。接種後32日に、残りの60匹のマウスを、体重により、10匹の6つのグループにランダム化した(0日目)。
各グループ内のマウスは、1週間に2回、ビヒクルコントロール(無負荷ナノ担体、NCf4)、腹腔内注入を介した60mg/kgのゲムシタビン、または、Notch/ゲムシタビンの組み合わせで、それぞれ記載の方法で処置した(ここで、Notchは、静脈内注入を介して処置したNotch siRNA−負荷ナノ担体(完全安定化XD−00409を用いて実施例1に記載のとおりに調製)であった)。
0日目に処置を開始し、5回分投与した。
臨床観察を毎日行なった。体重測定を、試験の持続の間、1週間に3回行なった。
試験の終了時に(18日目)、無傷の腫瘍+膵臓を、全ての処置群内の全てのマウスから摘出して計量した。腫瘍を膵臓から取り出して半分に切断した。片方を、随意的なRNAの単離およびqRT−PCR分析(行わなかった)のために、RNAlater溶液中に保存した。残りの部分を、パラフィン包埋および壊死の顕微鏡的評価のために、ホルマリン中に保存した。終了時に全てのマウスから肺および肝臓を摘出した。両方とも計量し、表面転移に関して評価した。パラフィン包埋のために、肺および肝臓をホルマリン中に保存した。肝臓を、マイクロ転移の存在に関して評価した。
実施例2:ヒトNotch 1を標的化する未修飾siRNAの有効性
C4−2細胞を培養し、実施例1に記載の表1に示される様々なsiRNAでトランスフェクトし、ここで、siRNA濃度は50nMであった。結果を図1に示す。図1は、様々なsiRNAを用いたC4−2細胞のトランスフェクション時のNotch 1の相対的発現を示すダイアグラムである。発現は、コントロールを用いたC4−2細胞におけるNotch 1の発現に対して標準化される。コントロールは、タンパク質をコードするいかなる公知のmRNAも標的化しないsiRNAであった。
図1から理解され得るように、最良のsiRNAは、ほぼ80%のNotch 1のmRNAのノックダウンを示す。図1から、様々なsiRNAの有効性に有意差があることも明らかである。
最良のノックダウンを示す6個のsiRNAは、表2のものである。これらのsiRNAは、それらのIC50の観点からさらに特徴付けられた。結果を図2に示す。
図2は、各siRNAの濃度の関数として残っている相対的Notch 1のmRNA発現を示す、表2の各siRNAに関するダイアグラムである。前記ダイアグラムから、前記siRNAのそれぞれに関するIC50を計算した。前記siRNA分子に関するIC50値を、表3に要約する。
図2および表3の両方から理解され得るように、IC50の観点から最良のsiRNA分子は、IC50が4.3pMのXD−00409である。
実施例3:ヒトNotch 1を標的化する修飾siRNAの有効性
表1および表2のsiRNA分子XD00404およびXD−00409を、実施例1にも記載のように、中間安定化および完全安定化に供した。このようにして修飾されたsiRNA分子は、以下のとおりである。
a)中間安定化でのXD−00404(XD−00751とも呼ばれる):
b)完全安定化でのXD−00404(XD−00752とも呼ばれる):
c)中間安定化でのXD−00409(XD−00753とも呼ばれる):
d)完全安定化でのXD−00409(XD−00754とも呼ばれる):
これらのsiRNA分子を、実施例1に記載の前記C4−2細胞のトランスフェクション時のC4−2細胞におけるそれらの有効性に関して試験し、ここで、siRNAの濃度は、トランスフェクション実験において、10nM、1nMまたは0.1nMであった。
そのような実験の結果を、図3Aに、siRNA XD−00404について、その未修飾の、中間または完全に修飾された形態で、および、siRNA XD−00409について、その未修飾の、中間または完全に修飾された形態で、および、図3Bに、コントロールを用いた相対的mRNA発現として、示す。コントロールは、タンパク質をコードするいかなる公知のmRNAも標的化しないsiRNAであった。
図3から理解され得るように、siRNA分子の修飾は、安定性の観点から有益であるが、siRNAの両方(XD−00404およびXD−00409)の修飾は、Notch 1のmRNAの発現のノックダウンのその有効性を低減させていることが明らかである。しかしながら、驚くべきことに、XD−00409に対する修飾の影響は、XD−00404に対する修飾の影響より目立たなく、事実上存在しないことが見いだされている。その限りにおいて、siRNA DX−00409は、驚くべき、および、予期しない効果を示す。
実施例4:異種移植片膵臓腫瘍モデルにおける、ヒトNotch 1を標的化するsiRNAの効果
実施例1に記載のPANC−1ヒト膵臓腫瘍を用いた動物試験を行なった。用いたsiRNA種は、完全安定化XD−00409であった。
この試験の結果は、以下のように要約することができる:
−体重喪失は明らかでなかった。試験での合計10匹のマウスにおいて、前足の下に小塊が存在した。
−ゲムシタビン単剤療法、およびNotch/ゲムシタビンの組み合わせを用いた処置の後に、軽度の腫瘍阻止が明らかであったが(腫瘍重量および腫瘍増殖の割合の測定により示される)、Notch/ゲムシタビン併用療法のみが、腫瘍重量に関してビヒクルと有意に異なった。腫瘍阻止における相乗の応答(腫瘍増殖の割合により測定される)は、併用療法Notch/ゲムシタビンにより示された。
−ゲムシタビン単剤療法およびNotch/ゲムシタビン併用療法により処置されたマウスは、腫瘍壊死の発生が最も低かった。
前記の動物試験の結果を、図4にも示す。図4は、コントロール(「ビヒクル(NCF4)」)、ゲムシタビン(「ゲムシタビン」)、および、ゲムシタビンとNotch siRNA−負荷ナノ担体の組み合わせ(「Notch/ゲムシタビン」)を用いた、経時的な腫瘍体積の相対的増加(%±SEMとして示される)を示すダイアグラムである。薬剤または組み合わせ薬剤はそれぞれ、1週間に2回投与した。
実施例5:同所性膵臓腫瘍モデルにおける、ヒトNotch 1を標的化するsiRNAの効果
実施例1に記載のPANC−1ヒト膵臓腫瘍を用いた動物試験を行なった。用いたsiRNA種は、完全安定化XD−00409であった。
試験の結果は、以下のように要約することができる:
PANC−1細胞に基づく転移のない動物の数は、図5に示すように、コントロールまたはゲムシタビンのみのいずれかを受けた動物と比較して、ゲムシタビンおよびNotch siRNA−負荷ナノ担体の組み合わせを受けた動物の場合において、有意に低減した。より具体的には、10匹の動物をビヒクルのみで処置すると、3匹の動物は数個の転移を有し、3匹の動物は単一の転移を有し、および、4匹の動物は転移がなかった;10匹の動物をゲムシタビンのみで処置すると、2匹の動物が数個の転移を有し、4匹の動物が単一の転移を有し、および、4匹の動物は転移がなかった;そして、10匹の動物を、完全に修飾されたXD−00409を用いてゲムシタビンおよびsiRNA−負荷ナノ担体の両方で処置すると、1匹の動物が数個の転移を有し、1匹の動物が単一の転移を有し、および、8匹の動物は転移がなかった。
さらに、Notch 1特異的siRNA(完全安定化XD−00409)と組み合わせたゲムシタビンでの処置は、2匹のマウスにおいて、有意な平均体重喪失および身体状態の喪失と関連した。
本明細書に挙げられる様々な参考文献の内容および開示は、それらの全体で参照により本明細書中に援用される。
明細書、特許請求の範囲および/または図面に開示される本発明の特徴は、別々およびそれらの任意の組み合わせでの両方で、本発明をそれらの様々な形態において理解するための材料となり得る。

Claims (5)

  1. 二本鎖構造を含む核酸分子であって、
    前記二本鎖構造は、連続したヌクレオチドの第一のストレッチおよび連続したヌクレオチドの第二のストレッチにより形成され、
    前記核酸分子は、遺伝子の翻訳後サイレンシングを起こすことが可能であり、前記遺伝子はヒトNotch 1であり、
    前記核酸分子は、
    a)以下のヌクレオチド配列を含む連続したヌクレオチドの第一のストレッチ:
    5’ acdTsdT 3’(配列番号69)、および
    以下のヌクレオチド配列を含む連続したヌクレオチドの第二のストレッチ:
    5’ GAudTsdT 3’(配列番号70)、または、
    b)以下のヌクレオチド配列を含む連続したヌクレオチドの第一のストレッチ:
    5’ cgdTsdT 3’(配列番号71)、および
    以下のヌクレオチド配列を含む連続したヌクレオチドの第二のストレッチ:
    5’ GAudTsdT 3’(配列番号70)、または、
    c)以下のヌクレオチド配列を含む連続したヌクレオチドの第一のストレッチ:
    5’ acdTsdT 3’(配列番号69)、および
    以下のヌクレオチド配列を含む連続したヌクレオチドの第二のストレッチ:
    5’ ACgdTsdT 3’(配列番号72)、または、
    d)以下のヌクレオチド配列を含む連続したヌクレオチドの第一のストレッチ:
    5’ cgdTsdT 3’(配列番号71)、および
    以下のヌクレオチド配列を含む連続したヌクレオチドの第二のストレッチ:
    5’ ACgdTsdT 3’(配列番号72)、
    からなり、
    ここで、小さいヌクレオチドは、ヌクレオチドが2’−F修飾されていることを示し、下線のヌクレオチドは、ヌクレオチドが2’−O−メチル修飾されていることを示し、および
    dTsdTは、3’末端に、2個のdTからなるジヌクレオチドが付いていることを示し、ここで、前記の2個のdTは、ホスホロチオエート結合を介して共有結合している、
    核酸分子。
  2. 請求項に記載の核酸分子の使用であって、
    疾患の治療および/または予防のための医薬の製造における、または、
    癌細胞の薬物感受性を回復させるための医薬の製造における
    核酸分子の使用
  3. 不連続相および連続的な水相、および、請求項に記載の核酸分子を含む、
    ナノエマルション。
  4. 請求項に記載のナノエマルションであって、
    疾患の治療および/または予防のためのまたは、
    癌細胞の薬物感受性を回復させるための
    ナノエマルション。
  5. 請求項に記載の核酸分子、および/または、請求項に記載のナノエマルション、および薬学的に許容できる賦形剤を含む、
    医薬組成物。
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