JP6449235B2 - 治療に対する応答性を予測するための遺伝マーカー - Google Patents

Description

本発明の分野は、心血管障害を有する対象の治療又は予防に関する。

２０年前は、画一的な処置が、非常にすぐれた「ブロックバクター」薬につながる、採用されたアプローチであった。今日、ヒトゲノムの配列決定及び分子プロファイリング技法の進歩に伴い、薬剤開発のアプローチは、より大きく層別化又は個別化されたアプローチを採ることである。これらの進歩は、特定の疾患のリスクがある、特定の処置に応答する、特定の処置に応答しない、又は処置されたときに有害事象の高いリスクがある、部分集団に個体を分類することをますます可能にする。そのような遺伝子検査は、診断、予後及び処置の選択を通知するために使用することができる。数多くの研究が、遺伝子型と薬物療法に対する応答との間の関係を示した。このアプローチは、過去数年間にわたり、特に数多くの個別化医療アプローチがうまく開発され、臨床的成果の大きな改善を提供している腫瘍学において、広く受け入れられている。

心血管障害では、特定の治療的介入のための遺伝子型による母集団の層別化は、限られている。本発明の目的の１つは、心血管障害を患う母集団が様々に挙動するおそれがあり、結果が特異的処置に様々に応答しうると実証することである。ＬＤＬの低下は、心血管疾患を管理する上で重要な治療戦略である。実際、Crestor、Lipitor、Pravachol、及びZocarなどのＬＤＬを低下させるスタチン系薬剤は、広く使用されており、最も多く処方される薬物に含まれる。ここしばらくの間、また、ＨＤＬの増加も心血管疾患の治療に役立ちうると一般に受け入れられている。ナイアシン並びにトルセトラピブ、アナセトラピブ、エバセトラピブ及びダルセトラピブなどのＣＥＴＰ阻害薬を含むいくつかの薬物、すなわちＨＤＬ上昇薬が開発されている。

血漿脂質輸送タンパク質とも呼ばれるコレステリルエステル転送タンパク質（ＣＥＴＰ）は、いくつかの組織内で合成されるが、主に肝臓内で合成される疎水性糖タンパク質である。ＣＥＴＰは、全ての血漿リポタンパク質粒子の間でコレステリルエステル及びトリグリセリドの双方向輸送を促進する。血漿リポタンパク質に及ぼすＣＥＴＰ活性の影響の最初の根拠は、ＣＥＴＰを遺伝的に欠損した人々での観察によって提供された。最初のＣＥＴＰ突然変異が、顕著に上昇したＨＤＬ−Ｃの原因として１９８９年に日本で同定された。その後、ＣＥＴＰ欠損に関連する１０個の突然変異がアジア人において、１個が白人において同定された。日本においてＨＤＬ−Ｃレベル＞１００mg/dLを有する対象の５７％がＣＥＴＰ遺伝子の突然変異を有することが見いだされた。加えて、７５〜１００mg/dLのＨＤＬ−Ｃレベルを有する日本人の３７％がＣＥＴＰ遺伝子の突然変異を有する。続いて、抗ＣＥＴＰ抗体で処置された動物の研究から、ＣＥＴＰの阻害がＨＤＬ−Ｃ濃度の実質的な増加を招いたことが示された。ＣＥＴＰ欠損患者及び抗ＣＥＴＰ抗体で処置されたウサギにおけるこれらの観察に一致して、その後、ＣＥＴＰ阻害薬を用いたヒトの処置がＨＤＬコレステロール濃度及びアポＡ−Ｉ（ＨＤＬ中の主要アポリポタンパク質）を増加させることが見いだされている。ヒト突然変異の研究を含む数多くの疫学的研究が、ＣＥＴＰ活性の変動の効果を冠動脈疾患のリスクと関連づけている（Hirano, K.I. Yamishita, S. and Matsuzawa Y. (2000) Curr. Opin. Lipido. 11(4), 389-396）。

アテローム動脈硬化症、並びに冠動脈心疾患（ＣＨＤ）、卒中及び末梢血管疾患を含むその臨床的結果は、世界的に保健医療システムにとっての莫大な重荷である。ＣＥＴＰを阻害する薬物（ＣＥＴＰ阻害薬）は、ここしばらくの間、アテローム動脈硬化症を治療又は予防するために有用であろうという期待の下に開発中である。ダルセトラピブ、トルセトラピブ、アナセトラピブ、エバセトラピブ、ＢＡＹ６０−５５２１及びその他を含むＣＥＴＰ阻害薬のいくつかのクラスは、ヒトにおいてＨＤＬを増加させ、ＬＤＬを減少させること、並びにアテローム動脈硬化症及び心血管疾患の処置に治療効果を有することが示されている（表１）。

しかし、これらの薬物が全ての患者に安全で有効なわけではないかもしれないという根拠がある。アトルバスタチン単独で処置された患者に比べた、トルセトラピブ及びアトルバスタチンを同時に投与された患者における死亡の発生率のせいで、トルセトラピブの臨床試験は第ＩＩＩ相で終了された。ダルセトラピブの臨床試験も、第ＩＩＩ相で停止されたが、この場合はスタチン単独に比べた有効性の欠如が原因である。追加的なＣＥＴＰ阻害薬が、まだ、臨床試験及びより開発初期で探究されている。より良好な有効性を提供するＣＥＴＰ阻害薬を使用する一般的処置戦略では、低下したオフターゲット効果が臨床的に有益であろう。ＣＥＴＰ阻害薬に対する応答を予測し、ＣＥＴＰ阻害薬の投与に関連する有害事象のリスクを評価するためのバイオマーカー、方法及びアプローチの必要性がある。

ＣＥＴＰ阻害薬は、アテローム動脈硬化症、末梢血管疾患、脂質異常症、高βリポタンパク血症、低αリポタンパク血症、高コレステロール血症、高トリグリセリド血症、家族性高コレステロール血症、心血管障害、狭心症、虚血、心虚血、卒中、心筋梗塞、再灌流傷害、血管形成術後の再狭窄（angioplastic restenosis）、高血圧症、及び糖尿病、肥満又は内毒血症の血管合併症の治療及び／又は予防に有用である。

臨床試験によって、医薬品を用いた処置に対する患者の応答が多くの場合に不均一であることが示されている。薬剤開発、臨床開発及び個体又は患者の部分集団についての薬物の治療影響を改善する、差し迫った必要がある。ＳＮＰは、特定の医薬製剤を用いた治療に最も適した患者を同定するために使用することができる（これは、しばしば「ファーマコゲノミクス」と呼ばれる）。同様に、ＳＮＰを使用して、患者が毒性副作用を発生する高い可能性又は患者が処置に応答しない可能性につき、患者をある処置から除外することができる。ファーマコゲノミクスを薬学研究に使用して、薬剤の開発及び選択工程を援助することもできる。Linder et al, Clinical Chemistry 43:254 (1997); Marshall, Nature Biotechnology 15: 1249 (1997)；国際特許出願である国際公開公報第９７／４０４６２号（Spectra Biomedical）；及びSchafer et al, Nature Biotechnology 16:3 (1998)。

ダルセトラピブの死亡率及び罹病率試験（ｄａｌ−ＯＵＴＣＯＭＥＳ）は、急性冠症候群（ＡＣＳ）のため最近入院した安定ＣＨＤ患者における二重盲検ランダム化プラセボ対照並行群間多施設試験であった。該試験は、ＣＥＴＰの阻害が、ＣＥＴＰの阻害を通じてＨＤＬ−Ｃのレベルを上昇させることによって、最近のＡＣＳを有する患者における再発性心血管イベントのリスクを低下させるという仮説を検証するために行われた。患者が安定化すること及び計画された血行再建手順の完了を可能にするために、適格な患者が、約４〜６週間の単純盲検プラセボならし期間に入った。ならし期間の終わりに、安定状態の適格な患者が、ＡＣＳに対する根拠に基づく医療に加えて、１：１の比でダルセトラピブ６００mg又はプラセボにランダム化された。ダルセトラピブは、コレステロールエステル転送タンパク質（ＣＥＴＰ）の阻害薬である。ダルセトラピブは、いくつかの動物種及びヒトにおいてＣＥＴＰ活性の用量関連減少及びＨＤＬ−Ｃレベルの増加を誘導することが示されている。いくつかの動物モデルで異なるアプローチによりＣＥＴＰ活性を減少させることによって、抗アテローム動脈硬化作用が実証された。該試験は、無益であるという理由からＤＳＭＢによって２０１２年５月に中断された。ｄａｌ−ＯＵＴＣＯＭＥＳ試験は、心血管疾患の進行に関連する予想外の観察を招いた。ＨＤＬ−ｃの顕著な増加にもかかわらず、処置を受けている患者は、心血管イベントの有意な低減を示さず、試験は終了された。

ｄａｌ−ＯＵＴＣＯＭＥＳ試験の終了後に、試験を受けた患者の部分集団がダルセトラピブに対して異なって応答しており、ダルセトラピブが患者の部分集団において有意な治療効果を有している可能性があるという仮説が立てられた。ダルセトラピブの応答における個体間変動を研究するために、並びに患者の層別化及び処置の選択用にダルセトラピブ又は他のＣＥＴＰ阻害薬に対する治療応答を予測するための遺伝マーカーを同定するために、ｄａｌ−ＯＵＴＣＯＭＥＳ試験の母集団のファーマコゲノミクス研究が行われた。

本発明は、ＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤、特にＣＥＴＰ阻害薬／モデュレーターを用いた処置から恩恵を受けることができる個体を選択するための遺伝子型決定法、試薬及び組成物を提供し、特にその際、該個体は心血管障害を有する。本発明は、また、心血管障害を有する患者を処置する方法であって、ＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤、特にＣＥＴＰ阻害薬／モデュレーターを用いた処置から恩恵を受けるであろう患者を遺伝子型決定及び選択することを含む方法を提供する。驚くことに、ｄａｌ−ＯＵＴＣＯＭＥＳの患者コホートのファーマコゲノミクス試験によって、ダルセトラピブに対する個体の応答に関連すし、ＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤（特にＣＥＴＰ阻害薬／モデュレーター）に対する治療応答の予測及びＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤（特にＣＥＴＰ阻害薬／モデュレーター）を用いた患者の処置に有用である遺伝マーカー、一塩基多型（ＳＮＰ）が見いだされた。

本発明の遺伝子型決定法において検出された遺伝マーカーは、１６番染色体上のアデニル酸シクラーゼ９型（ＡＤＣＹ９）遺伝子中に出現する１５個のＳＮＰ、すなわちｒｓ１９６７３０９、ｒｓ１２５９５８５７、ｒｓ２２３９３１０、ｒｓ１１６４７８２８、ｒｓ８０４９４５２、ｒｓ１２９３５８１０、ｒｓ７４７０２３８５、ｒｓ１７１３６７０７、ｒｓ８０６１１８２、ｒｓ１１１５９０４８２、ｒｓ４７８６４５４、ｒｓ２２８３４９７、ｒｓ２５３１９６７、ｒｓ３７３０１１９及びｒｓ１３３３７６７５、特に、ＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤、特にＣＥＴＰ阻害薬／モデュレーターに対する応答と強く関連するｒｓ１９６７３０９（Ｐ＝４．１１・１０−８）を含む。

本発明の他の遺伝子マーカーは、ｒｓ１９６７３０９と連鎖不平衡状態にあるか、又はＰ＜０．０５で関連シグナルを提供したＡＤＣＹ９遺伝子中のＳＮＰであって、ｒｓ１９６７３０９の有用な代替バイオマーカーを提供しうるＳＮＰを含む。一実施態様では、ｒｓ１９６７３０９と連鎖不平衡状態で遺伝したＳＮＰからなる代替バイオマーカーが検出され、ｒｓ１９６７３０９の遺伝子型が推測される。

本発明は、患者を遺伝子型決定して、ＨＤＬ上昇薬、特にＣＥＴＰ阻害薬を用いて患者を処置する方法に関する。ｒｓ１９６７３０９での３つの遺伝子型ＡＡ、ＡＧ及びＧＧは、ＨＤＬ上昇薬、特にＣＥＴＰ阻害薬に対する個体の応答を予測する。これらのうち、ＡＡ遺伝子型は、ＨＤＬ上昇薬で処置された患者における治療応答改善に関連し、ＡＧ遺伝子型は、部分応答に関連し、ＧＧ遺伝子型は応答の欠如（無応答）に関連する。本発明のために、ＡＡ遺伝子型を保有する患者は、ＨＤＬ上昇薬を用いた処置から恩恵を受けることができ、ＡＧ遺伝子型を保有する患者は、ＨＤＬ上昇薬を用いた処置から恩恵を受けることができ、ＧＧ遺伝子型を保有する患者は、ＨＤＬ上昇薬を用いた処置から恩恵を受けることができない。ｒｓ１９６７３０９での２つの遺伝子型ＡＡ及びＡＧは、心血管障害を有する患者におけるＣＥＴＰ阻害薬、特にダルセトラピブに対する治療応答を示す。特に、ｒｓ１９６７３０９についてのＡＡ遺伝子型は、心血管障害を有する患者におけるＣＥＴＰ阻害薬、特にダルセトラピブに対する治療応答がより大きいことを示す。

本発明は、多型又は遺伝子変異体を含有する核酸分子、これらの核酸分子によってコードされる変異型タンパク質、多型核酸分子を検出するための試薬、並びに核酸分子及びタンパク質を使用する方法に加えて、それらの検出のために試薬（例えば、本発明の遺伝子型決定法に使用するためのプライマー及びプローブ）を使用する方法に関する。

一実施態様では、本発明は、本発明の遺伝子変異体を検出する方法及びこれらの方法に使用するためのプローブ又はプライマーなどの検出試薬を提供する。

本発明は、具体的には、ＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤、特にＣＥＴＰ阻害薬／モデュレーターに対する治療応答に関連する遺伝マーカー、及び本発明の遺伝子変異体を含有する合成核酸分子（ＤＮＡ及びＲＮＡ分子を含む）を提供する。本発明は、さらに、そのような遺伝子変異体を含有する核酸分子によってコードされる変異型タンパク質、コードされる変異型タンパク質に対する抗体、新規な遺伝子変異体又はＳＮＰ情報を含有するコンピューターベースのシステム及びデータ格納システム、被験試料中のこれらのＳＮＰを検出する方法、ＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤、特にＣＥＴＰ阻害薬／モデュレーターを投与されたときに、本発明の１つ以上の遺伝子変異体の存在若しくは不在又は１つ以上のコードされる変異型産物｛例えば、変異型ｍＲＮＡ転写物又は変異型タンパク質）の検出に基づき治療的に応答する個体を同定する方法、並びに本発明の１つ以上の遺伝子変異体を保有する、心血管疾患を有する個体を処置する方法を提供する。

本発明の例示的な実施態様は、さらに、治療計画を選択又は策定するための方法（例えば、個体にＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤、特にＣＥＴＰ阻害薬／モデュレーター処置を施行するか否かを決定するための方法）を提供する。

本発明の様々な実施態様は、また、個体の遺伝子型に基づきＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤（特にＣＥＴＰ阻害薬／モデュレーター）が治療的に投与されうる個体を選択するための方法、及び個体の遺伝子型に基づき、特に、個体の遺伝子型がｒｓ１９６７３０９でＡＡであるとき、ＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤（特にＣＥＴＰ阻害薬／モデュレーター）の臨床試験への参加について個体を選択する（例えば、個体の遺伝子型に基づき、正の応答をする可能性が最も高い個体を試験に参加するように選択し、かつ／若しくは処置に対して正の応答をする可能性がなさそうな個体を試験から除外する）ため、又は正の応答をする可能性がなさそうな個体を、彼らの利益となりうる代替薬の臨床試験への参加について選択するための方法を提供する。

本発明の核酸分子を発現ベクターに挿入して、宿主細胞において変異型タンパク質を産生させることができる。したがって本発明は、また、本発明のＳＮＰ含有核酸分子を含むベクター、該ベクターを含有する遺伝子改変宿主細胞、及びそのような宿主細胞を使用して組換え変異型タンパク質を発現させるための方法を提供する。別の特定の実施態様では、宿主細胞、ＳＮＰ含有核酸分子、及び／又は変異型タンパク質は、ＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤（特にＣＥＴＰ阻害薬／モデュレーター）である治療剤をスクリーニング又は同定するための方法におけるターゲットとして使用することができる。

ダルセトラピブに対する向上型応答を同定するための、本明細書提供の方法で決定／評価されうる例示的なＡＤＣＹ９のＳＮＰは、突然変異が、配列番号１及び２に示すように、それぞれ識別子ｒｓ１２５９５８５７及びｒｓ１９６７３０９を有する一塩基多型としても公知である、位置４，０６２，５９２及び４，０６５，５８３（ゲノムアセンブリＧＲＣｈ３７．ｐ５）でのヌクレオチド配列変化を招くＳＮＰである。

本発明は、ＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤、特にＣＥＴＰ阻害薬／モデュレーターを用いた処置が心血管障害を有する患者に利益を与えるという可能性が高いことを予測する遺伝子多型の同定に基づく。

本発明のＳＮＰであるｒｓ１９６７３０９及びｒｓ１２５９５８５７が、ＣＥＴＰ阻害薬ダルセトラピブを用いて処置された患者における心血管イベント（主要複合イベント又は予期しない冠血行再建）の低減に強く関連することを示す図である。これらの図は、ｄａｌ−ＯＵＴＣＯＭＥＳ試験の処置群からの試料を用いたゲノムワイド関連研究（ＧＷＡＳ）の結果を示す。Ａ欄は、１６番染色体上のＡＤＣＹ９遺伝子領域に強いシグナルを有するロジスティック回帰のためのマンハッタンプロットを示す。各ドットは、処置の途中に心血管イベントを経験した参加者と、経験しなかった参加者を比較するためのＰ値を、性別及び遺伝的祖先についての５つの主成分について調整したものを表す。Ｂ欄は、ＡＤＣＹ９領域中の一塩基多型（ＳＮＰ）についてのＰ値を示す。処置途中の心血管イベントと、ｒｓ１９６７３０９ ＳＮＰとの間、及びｒｓ１９６７３０９と連鎖不平衡状態にある隣接ＳＮＰ、ｒｓ１２５９５８５７との間に強い関連がある。ｘ軸は、１６番染色体上のＳＮＰ位置（National Center for Biotechnology InformationアセンブリGRCh37.p5）を示す。左側ｙ軸は、Ａ欄に記載の心血管イベントと無イベントとの間の比較のためのＰ値のｌｏｇ１０に−１をかけたものを示す。右側ｙ軸は、１６番染色体での組換え率を示す。菱形は、ＨａｐＭａｐからの参照ＣＥＵ試料から推定されたような、試料における連鎖不平衡（ＬＤ）の程度を示す。 ダルセトラピブ及びプラセボ処置群における試験中止までの心血管イベント（ｄａｌ−ＯＵＴＣＯＭＥＳの主要複合イベント又は予期しない冠血行再建）の頻度を別々に、ＡＤＣＹ９遺伝子中のｒｓ１９６７３０９遺伝子型別に示す図である。イベントのパーセンテージを９５％ＣＩと共に報告する。 心血管イベント（ｄａｌ−ＯＵＴＣＯＭＥＳの主要複合イベント又は予期しない冠血行再建）の累積発生率を、ダルセトラピブ処置群及びプラセボ群について別々に、ＡＤＣＹ９遺伝子におけるｒｓ１９６７３０９ ＳＮＰでの３つの遺伝子型（ＧＧ、ＡＧ、ＡＡ）別に層別化して示す図である。 ２４ヶ月の処置途中の遺伝子型に応じた脂質レベルの変化を示す図である。Ａ欄。ダルセトラピブ処置群について、ＡＤＣＹ９のＳＮＰであるｒｓ１９６７３０９の遺伝子型の群別の、ベースラインから１ヶ月までの脂質値の変化の平均±ＳＥ（mg/dL）。脂質の変化と遺伝子型との間の単変量統計のためのＰ値を示す。Ｂ欄。処置群の患者についてのｄａｌ−ＯＵＴＣＯＭＥＳ試験の経過観察期間途中のＬＤＬコレステロールの絶対値についての平均±９５％ＣＩ。Ｐ値は、多変量混合回帰モデルについての値である。 ｄａｌ−Ｏｕｔｃｏｍｅｓの遺伝子試験からの個体６２９７人並びに１０００人ゲノム（1000 Genomes）データセットからのＣＥＵ創始者８３人、ＪＰＴ−ＣＨＢ創始者１８６人及びＹＲＩ創始者８８人についての７６，８５４個のＳＮＰからの最初の２次元（Ｃ１、Ｃ２）を示すＭＤＳプロットを示す図である。 ｄａｌ−Ｏｕｔｃｏｍｅｓの遺伝子試験からの個体６２９７人並びに１０００人ゲノムデータセットからのＣＥＵ創始者８３人、ＪＰＴ−ＣＨＢ創始者１８６人及びＹＲＩ創始者８８人についての７６，８５４個のＳＮＰからの主成分分析法からの最初の１０成分によって説明される累積分散のプロットを示す図である。 ＭＡＦ≧０．０５を有するＳＮＰとのゲノムワイド関連についてヌル下での予想値に対する−ｌｏｇ１０ Ｐ実測値の分位数（ＱＱ）を示す図である。網がけされた領域は、帰無仮説下での分布の２．５パーセンタイル及び９７．５パーセンタイルを計算することによって形成された９５％集中バンド（concentration band）である。点は、処置の途中に心血管イベントを経験した処置群中のｄａｌ−Ｏｕｔｃｏｍｅｓ参加者と経験しなかった参加者との比較のためのＰＬＩＮＫでのロジスティック回帰からの順位付きＰ値を性別及び遺伝的祖先についての５つの主成分について調整したものを表す。 強く関連したＳＮＰ ｒｓ１９６７３０９周囲のＡＤＣＹ９遺伝子での連鎖不平衡パターン（ｒ^２）を示すヒートプロットを示す図である。ブロック６、７、８及び９は、ＳＮＰ ｒｓ１２９３５８１０〜ＳＮＰ ｒｓ１３３３７６７５の位置ｃｈｒ１６：４０４９３６５からｃｈｒ１６：４０７７１７８（アセンブリＧＲＣｈ３７／ｈｇ１９）に及ぶ、ｒｓ１９６７３０９、と高い連鎖不平衡状態にある領域を示す。

本発明の様々な特徴及び実施態様が本明細書に開示されるが、本発明の他の特徴、改変及び等価物は、提供される教示に基づき関連業者に明らかである。記載された本発明は、提供された実施例及び実施態様に限定されず、様々な代替物及び等価物が当業者によって認識されている。本明細書に使用される単数形「a」、「an」及び「the」は、文脈が明らかに別のことを指示しない限り複数を含む。例えば、「a」細胞（cell）は、「（複数の）細胞（cells）」も含む。

「アレル」は、所与の遺伝子の任意の１つ以上の選択的（alternative）形態として定義される。二倍体細胞又は生物において、アレル対のメンバー（すなわち所与の遺伝子の２つのアレル）は、相同染色体対上の対応する位置（ローカス）を占有し、これらのアレルが遺伝的に同一ならば、該細胞又は生物は、特定の遺伝子に関して「ホモ接合性」であると言われるが、遺伝的に異なるならば、該細胞又は生物は、「ヘテロ接合性」であると言われる。

「遺伝子」は、特異機能的産物をコードする、特定の染色体上の特定位置にあるヌクレオチドの秩序化配列であり、コード領域近くの非翻訳配列及び比転写配列を含みうる。そのような非コード配列は、配列若しくはイントロン等の転写及び翻訳のために必要とされる調節配列を含有する場合があり、又は今までのところ対象となるＳＮＰの出現を超えてそれらに起因する任意の機能を有する

「遺伝子型決定」は、個体がゲノム中の１つ以上の位置で保有する遺伝情報を決定することを表す。例えば、遺伝子型決定は、単一のＳＮＰについて個体がどの１つ以上のアレルを保有するかを決定すること、又は複数のＳＮＰについて個体がどの１つ以上のアレルを保有するかを決定することを含みうる。例えば、ｒｓ１９６７３０９でヌクレオチドは、ある個体においてＡ、他の個体においてＧでありうる。該位置にＡを有する個体は、Ａアレルを有し、Ｇを有する個体はＧアレルを有する。二倍体生物において、個体は、多型性位置を含有する配列の２つのコピーを有し、それで該個体は、Ａアレル及びＧアレル、又はＡアレルのコピー２つ若しくはＧアレルのコピー２つを有しうる。Ｇアレルのコピー２つを有する個体は、Ｇアレルについてホモ接合性であり、Ａアレルのコピー２つを有する個体は、Ａアレルについてホモ接合性であり、各アレルのコピー１つを有する個体は、ヘテロ接合性である。多くの場合、アレルは、Ａアレル（多くの場合にメジャーアレル）及びＢアレル（多くの場合にマイナーアレル）と呼ばれる。遺伝子型は、ＡＡ（ホモ接合性Ａ）、ＢＢ（ホモ接合性Ｂ）又はＡＢ（ヘテロ接合性）でありうる。遺伝子型決定法は、一般に、ＡＡ、ＢＢ又はＡＢとしての試料の同定を提供する。

用語「含んでいる」は、組成物及び方法が、列挙された要素を含むが、他の要素を除外しないことを意味することが意図される。

「ＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤」は、以下のメカニズムのいずれか１つによってＨＤＬレベルを増加させる化合物を表す：ＣＥＴＰの阻害／モデュレーション、ＰＰＡＲアゴニズム、ＬＸＲアゴニズム、ＨＭ７４アゴニズム（ナイアシンレセプター）、甲状腺刺激ホルモンレセプターアゴニズム、リパーゼ及びＨＤＬの異化の阻害薬、ＡｐｏＡ１誘導因子、細胞性脂質（コレステロール及び／又はリン脂質）の流出を増加させる化合物、抗酸化活性を有する化合物及び抗炎症活性を有する化合物などの、ＨＤＬアテローム形成抑制活性の少なくとも１つを提供する化合物。特にＨＤＬ模倣剤は、ＡｐｏＡ１及びＡｐｏＡ１誘導体（ａｐｏＡ１ Ｍｉｌａｎｏ、ＡｐｏＡ１ Ｐａｒｉｓなど）、並びに他のアナログ、ＡｐｏＡ１及び／又はＡｐｏＡＩＩと、リン脂質などの適切な脂質とを含有する再構成型ＨＤＬ、両親媒性リポタンパク質のＡｐｏＥ誘導体、アナログ、及びペプチド模倣体である。「ＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤」の例は、ナイアシン、フィブラート、グリタゾン、ダルセトラピブ、アナセトラピブ、エバセトラピブ、ＤＥＺ−００１（以前はＴＡ−８９９５として公知）（田辺三菱製薬）、ＡＴＨ−０３（Affris）、ＤＲＬ−１７８２２（Dr. Reddy's）、ＤＬＢＳ−１４４９（Dexa Medica）、ＲＶＸ−２０８（Resverlogix）、ＣＳＬ−１１２（Cls Behring）、ＣＥＲ−００１（Cerenis）、ＡｐｏＡ１−Ｍｉｌｎａｎｏ（Medicine Company）である。「ＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤」の特定の例は、ナイアシン、フィブラート、グリタゾン、ダルセトラピブ、アナセトラピブ、エバセトラピブ、トルセトラピブ、好ましくはナイアシン、フィブラート、グリタゾン、ダルセトラピブ、アナセトラピブ又はエバセトラピブである。さらに特定すれば、ＨＤＬ上昇剤又は模倣剤は、ＣＥＴＰ阻害薬／モデュレーターより選択される。ＣＥＴＰ阻害薬／モデュレーターの例は、ダルセトラピブ、アナセトラピブ、エバセトラピブ、ＤＥＺ−００１（以前はＴＡ−８９９５として公知）（田辺三菱製薬）、ＡＴＨ−０３（Affris）、ＤＲＬ−１７８２２（Dr. Reddy's）、ＤＬＢＳ−１４４９（Dexa Medica）である。さらに特定すれば、ＣＥＴＰ阻害薬／モデュレーターの例は、ダルセトラピブ、アナセトラピブ、エバセトラピブ及びトルセトラピブ、好ましくはダルセトラピブ、アナセトラピブ及びエバセトラピブである。最も特定的に、特にＣＥＴＰ阻害薬／モデュレーターがダルセトラピブであるとき、本発明によるＨＤＬ上昇剤又は模倣剤は、ＣＥＴＰ阻害薬／モデュレーターを表す。

「ＣＥＴＰ阻害薬／モデュレーター」は、ＣＥＴＰを阻害すること及び／又はＣＥＴＰポリペプチドに結合後にＣＥＴＰポリペプチドのコンフォメーション変化を誘導することによってＣＥＴＰ活性を減少させる化合物を表す（標準的な転送アッセイ法により評価）。ＣＥＴＰポリペプチドのＣＥＴＰコンフォメーション変化は、ＣＥＴＰ活性がＨＤＬ粒子の間を進行することを可能にし、発生期のプレβＨＤＬ形成の産生を増加させることによってそのリサイクリング／代謝回転を増加させる。好ましくは、ＣＥＴＰ阻害薬／モデュレーターは、ＣＥＴＰポリペプチドのシステイン１３に結合する全ての化合物を表す。より好ましくは、「ＣＥＴＰ阻害薬／モデュレーター」は、Ｓ−［２−［１−（２−エチルブチル）シクロヘキシルカルボニルアミノ］−フェニル］２−メチルチオプロピオナート、１−（２−エチル−ブチル）−シクロヘキサンカルボン酸（２−メルカプト−フェニル）−アミド及び／又はビス［２−［１−（２−エチルブチル）シクロヘキシルカルボニルアミノ］フェニル］ジスルフィドより選択される。最も好ましくは、「ＣＥＴＰ阻害薬／モデュレーター」は、プロドラッグとしてのＳ−［２−［１−（２−エチルブチル）シクロヘキシルカルボニルアミノ］−フェニル］２−メチルチオプロピオナート又はその活性代謝物としての１−（２−エチル−ブチル）−シクロヘキサンカルボン酸（２−メルカプト−フェニル）−アミドである。

「アナセトラピブ」は、ＭＫ０８５９、ＣＡＳ８７５４４６−３７−０又は式（Ｘ_Ａ）

で示される化合物としても公知の（（４Ｓ，５Ｒ）−５−［３，５−ビス（トリフルオロメチル）フェニル］−３−｛［４’−フルオロ−２’−メトキシ−５’−（プロパン−２−イル）−４−（トリフルオロメチル）［１，１’−ビフェニル］−２−イル］メチル｝−４−メチル−１，３−オキサゾリジン−２−オン）を表す。

アナセトラピブ並びに該化合物を製造及び使用する方法は、国際公開公報第２００６／０１４４１３号、国際公開公報第２００６／０１４３５７号、国際公開公報第２００７００５５７２号に記載されている。

「エバカトラピブ（evacatrapib）」は、ＬＹ２４８４５９５、ＣＡＳ１１８６４８６−６２−３又は式（Ｘ_Ｂ）

で示される化合物としても公知のｔｒａｎｓ−４−（｛（５Ｓ）−５−［｛［３，５−ビス（トリフルオロメチル）フェニル］メチル｝（２−メチル−２Ｈ−テトラゾール−５−イル）アミノ］−７，９−ジメチル−２，３，４，５−テトラヒドロ−１Ｈ−ベンゾアゼピン−１−イル｝メチル）シクロヘキサンカルボン酸を表す。

エバカトラピブ並びに該化合物を製造及び使用する方法は、国際公開公報第２０１１００２６９６号に記載されている。

「トルセトラピブ」は、ＣＰ−５２９，４１４、ＣＡＳ ２６２３５２−１７−０又は式（Ｘ_Ｃ）

で示される化合物としても公知の（２Ｒ，４Ｓ）−４−［（３，５−ビストリフルオロメチルベンジル）メトキシカルボニルアミノ］−２−エチル−６−トリフルオロメチル−３，４−ジヒドロ−２Ｈ−キノリン−１−カルボン酸エチルエステルを表す。

トルセトラピブ及び該化合物を製造及び使用する方法は、国際公開公報第００１７１６４号又は国際公開公報第０１４０１９０号に記載されている。

「ＢＡＹ６０−５５２１」は、ＣＡＳ ８９３４０９−４９−９又は式（Ｘ_Ｄ）

で示される化合物としても公知の（５Ｓ）−５−キノリノール、４−シクロヘキシル−２−シクロペンチル−３−［（Ｓ）−フルオロ［４−（トリフルオロメチル）フェニル］メチル］−５，６，７，８−テトラヒドロ−７，７−ジメチル−を表す。

ＢＡＹ６０−５５２１並びに該化合物を製造及び使用する方法は、国際公開公報第２００６０６３８２８号に記載されている。

「処置」は、治療的処置と予防索又は防止策との両方を表す。処置を必要とする者は、すでに障害を有する者及び障害が予防又は遅延されるべき者を含む。

用語「多型」、「多型部位」、「多型性部位」又は「一塩基多型部位」（ＳＮＰ部位）又は「一塩基多型」は、母集団内で変動する、遺伝子配列中の位置を表す。多型は、最もまれな形態の存在が突然変異だけでは説明できない頻度で、母集団において２つ以上の形態の遺伝子又は遺伝子「アレル」内の位置が出現することである。好ましい多型性部位は、少なくとも２つのアレルを有する。意味は、多型性アレルが宿主にある程度の表現型の変動性を付与するということである。多型は、遺伝子のコード領域と非コード領域との両方に出現しうる。多型は、単一ヌクレオチド部位に出現することがあり、又は挿入若しくは欠失を伴いうる。そのような多型の位置は、遺伝子中、染色体上、若しくはその転写物上のヌクレオチド位置によって、又はヌクレオチド多型によって変化されるアミノ酸によって同定することができる。個別の多型は、また、当業者に公知の独特な識別子（「参照ＳＮＰ」、「ｒｅｆＳＮＰ」又は「ｒｓ＃」）が割り当てられ、例えばＮＣＢＩウェブサイトで入手可能なヌクレオチド配列変異の一塩基多型データベース（ｄｂＳＮＰ）に利用される。

用語「連鎖不平衡」又は「連鎖不平衡状態にある」又は「ＬＤ」は、個体の集団におけるアレルの非ランダムな関連を表し、言い換えると、それは、特定の多型性形態が偶然から予想されるよりも高い頻度で異なる染色体位置に別の多型性形態と優先的に分離することである。反対に、予想される頻度で同時出現するアレルは、「連鎖平衡」状態にあると言われる。

「ｒｓ」という接頭辞は、ＮＣＢＩのＳＮＰデータベースhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/?termで見いだされるデータベース中のＳＮＰを表す。「ｒｓ」番号は、ＮＣＢＩのｒｓＳＮＰ ＩＤ形式である。

用語「試料」は、細胞、組織試料又は体液を含む、患者又は個体から採取された任意の生物学的試料を含む。例えば、試料は、皮膚試料、頬細胞試料、唾液又は血液細胞を含みうる。試料は、非限定的に、単一細胞、複数の細胞、細胞フラグメント、体液の一部分、全血、血小板、血清、血漿、赤血球、白血球、内皮細胞、組織生検材料、滑液及びリンパ液を含みうる。特に「試料」は、血液細胞を表す。

用語「治療剤」は、心血管障害を治療又は予防することができる薬剤を表す。本明細書に使用される「心血管障害を治療又は予防することができる」薬剤は、心血管障害のヒト及び／又は細胞若しくは動物モデルにおいて該心血管障害を治療及び／又は予防することができる分子を表す。

本明細書に使用される「応答向上型（improved response）多型」、「応答向上型遺伝子型」又は「応答性遺伝子型」は、対象がＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤の投与に対してより小さく応答することを予測するアレル変異体又は遺伝子型又は多型（例えばｒｓ１９６７３０９／ＡＧ又はｒｓ１９６７３０９／ＧＧ）と比較した、対象がＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤を用いた処置から治療的に応答して恩恵を受けることを予測する（これは、心血管イベント数の減少によって測定することができる）、本明細書記載のＡＤＣＹ９遺伝子内の１つ以上の多型性部位でのアレル変異体又は遺伝子型（例えば、ｒｓ１９６７３０９／ＡＡ）を表す。「低減した応答」、「部分応答」、「無応答」又は「治療有効性の欠如」は、「応答向上型遺伝子型」を有する対象に比べて心血管イベント数の相対的増加によって測定することができる。あるいは、「応答向上型」、「応答者」又は「治療有効性」は、ＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤に対する「無応答」又は「部分応答」に関連する多型を保有する対象に比べた、心血管イベント数の相対的減少によって測定することができる。特に、ｒｓ１２５９５８５７／ＧＧ、ｒｓ１９６７３０９／ＡＡ、ｒｓ１１１５９０４８２／ＡＧ、ｒｓ１１１５９０４８２／ＧＧ、ｒｓ１１６４７８２８／ＧＧ、ｒｓ１２９３５８１０／ＧＧ、ｒｓ１７１３６７０７／ＧＧ、ｒｓ２２３９３１０／ＧＧ、ｒｓ２２８３４９７／ＡＡ、ｒｓ２５３１９６７／ＡＡ、ｒｓ３７３０１１９／ＡＡ、ｒｓ４７８６４５４／ＡＡ、ｒｓ７４７０２３８５／ＧＡ、ｒｓ７４７０２３８５／ＡＡ、ｒｓ８０４９４５２／ＧＧ、ｒｓ８０６１１８２／ＡＡは、応答向上型遺伝子型である。さらに特定すれば、ｒｓ１９６７３０９／ＡＡは応答向上型遺伝子型である。

本明細書に使用される「心血管イベント」は、心血管死、非致死性心筋梗塞（ＭＩ）、虚血に起因する非致死性卒中、不安定狭心症及び冠血行再建のための入院を表す。

本明細書に使用される「オリゴヌクレオチド」は、多様な長さの核酸又はポリヌクレオチドである。そのようなオリゴヌクレオチドは、特異的核酸の検出及び／又は増幅のためのプローブ及びプライマーとして、並びにマイクロアレイ（アレイ）の製造に有用でありうる。そのようなＤＮＡ又はＲＮＡ鎖は、不溶性支持体に連結されうる成長鎖への活性化モノマーの連続付加（５’−３’又は３’−５’）によって合成することができる。その後の個別の使用のために、又は例えばアレイにおける不溶性支持体の一部としてオリゴヌクレオチドを合成するために、数多くの方法が当技術分野において公知である（BERNFIELD MR. and ROTTMAN FM. J. Biol. Chem. (1967) 242(18):4134-43; SULSTON J. et al. PNAS (1968) 60(2):409-415; GILLAM S. et al. NucleicAcidRes.(1975) 2(5):613-624; BONORA GM. et al. NucleicAcidRes.(1990) 18(11):3155-9; LASHKARI DA. et al. PNAS (1995) 92(17):7912-5; MCGALL G. et al. PNAS (1996) 93(24): 13555-60; ALBERT TJ. et al. Nucleic Acid Res.(2003) 31(7):e35; GAO X. et al. Biopolymers (2004) 73(5):579-96；及びMOORCROFT MJ. et al. Nucleic Acid Res.(2005) 33(8):e75）。一般に、オリゴヌクレオチドは、使用されている方法に応じて、多様な条件下で、活性化及び保護されたモノマーの段階的付加を通じて合成される。続いて、特異的保護基を除去してさらなる伸長を可能にすることができ、続いて合成が完了した後に、全ての保護基を除去することができ、オリゴヌクレオチドが、その固体支持体から除去され、所望により完全鎖の精製に供される。

用語「遺伝子型」は、通常、１つの遺伝子又は少数の遺伝子又は特定の状況に関連する遺伝子領域（すなわち特定の表現型の原因となるローカス）に関する生物の遺伝子構成を表す。特に、例えばｒｓ１９６７３０９ ＳＮＰの可能な遺伝子型である遺伝子型ＡＡ、ＡＧ、又はＧＧなどの、遺伝子中の所与の位置でのアレルの特異的組み合わせである。

「表現型」は、生物の観察可能な性質として定義される。表１に、ＡＤＣＹ９ ＳＮＰについて、ＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤を用いた心血管障害の処置に対する応答性の指標を表す値との遺伝子型の対比を示す。

本明細書に使用される用語「バイオマーカー」は、特定の変異型アレル（ＳＮＰなどの多型性部位）又は野生型アレルの配列特性を表す。バイオマーカーは、また、特定の変異型又は野生型アレルによってコードされるペプチド又はエピトープを表す。

本明細書に使用される用語「代替マーカー」は、本発明の応答向上型遺伝子型、特にｒｓ１９６７３０９ ＡＡと連鎖不平衡状態で存在するＳＮＰを含む遺伝子変異体を表す。

本明細書に使用される用語「遺伝マーカー」は、ＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤、特にＣＥＴＰ阻害薬／モデュレーターに対する応答に関連する特定の遺伝子の多型性部位の変異体を表す。特に、本明細書に使用される「遺伝マーカー」は、ＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤、特にＣＥＴＰ阻害薬／モデュレーターに対する応答に関連する、ＡＤＣＹ９遺伝子における多型性部位の変異体を表す。

本明細書記載のある方法では、１つ以上のバイオマーカーが、ＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤、特にＣＥＴＰ阻害薬／モデュレーターを用いた処置から恩恵を受けるであろう個体を同定又は選択するために使用される。本発明に使用するためのＳＮＰバイオマーカーは、処置に対する治療応答（Ｒ）又は処置に対する無応答（ＮＲ）のいずれかを予測することができる。表２に、ｄａｌ−Ｏｕｔｃｏｍｅｓコホートで観察された、多型性部位ｒｓ１９６７３０９に存在する遺伝子型を示すが、それらの遺伝子型は、ダルセトラピブ又はＨＤＬ上昇剤若しくはＨＤＬ模倣剤、特に他のＣＥＴＰ阻害薬／モデュレーターに対する応答を予測するためのバイオマーカーとして使用することができる。表２又は３に示される各遺伝子型は、単独で、又は他の多型性部位での遺伝子型と組み合わせて、ＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤、特にＣＥＴＰ阻害薬／モデュレーター）に対する応答を予測するためのバイオマーカーとして使用することができる。

ｒｓ１９６７３０９及びｒｓ１２５９５８５７の両方は、ＡＤＣＹ９遺伝子発現に調節活性を有することに一致する領域中である、ＡＤＣＹ９遺伝子のイントロン（非コード）領域に位置する。

本明細書に記載されたある方法では、ＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤、特にＣＥＴＰ阻害薬／モデュレーターを用いた処置に対して治療的に応答する個体は、本発明の遺伝子型決定法を使用する処置のために同定及び選択される。特に、以下の応答向上型遺伝子型の１つ以上を保有する患者が、本発明の方法における処置のために選択される：ｒｓ１２５９５８５７／ＧＧ、ｒｓ１９６７３０９／ＡＡ、ｒｓ１１１５９０４８２／ＡＧ、ｒｓ１１１５９０４８２／ＧＧ、ｒｓ１１６４７８２８／ＧＧ、ｒｓ１２９３５８１０／ＧＧ、ｒｓ１７１３６７０７／ＧＧ、ｒｓ２２３９３１０／ＧＧ、ｒｓ２２８３４９７／ＡＡ、ｒｓ２５３１９６７／ＡＡ、ｒｓ３７３０１１９／ＡＡ、ｒｓ４７８６４５４／ＡＡ、ｒｓ７４７０２３８５／ＧＡ、ｒｓ７４７０２３８５／ＡＡ、ｒｓ８０４９４５２／ＧＧ、ｒｓ８０６１１８２／ＡＡ。さらに特定すれば、ｒｓ１２５９５８５７／ＧＧ又はｒｓ１９６７３０９／ＡＡ遺伝子型を保有する患者が、本発明の方法における処置のために選択される：最も特定すれば、ｒｓ１９６７３０９／ＡＡ遺伝子型を保有する患者が、本発明の方法における処置のために選択される。

別の実施態様では、本発明は、ＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤から恩恵を受けている対象を同定するための方法であって、ＡＤＣＹ９遺伝子における１つ以上の多形性部位での該対照の遺伝子型を決定すること（例えば遺伝子型決定）を含む方法を提供する。

別の実施態様では、本発明は、ＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤、特にＣＥＴＰ阻害薬に対する個体の応答性を決定するための方法であって、本明細書開示の１つ以上のプライマー又はプローブを使用して、ｒｓ１９６７３０９、ｒｓ１２５９５８５７、ｒｓ２２３９３１０、ｒｓ１１６４７８２８、ｒｓ８０４９４５２、ｒｓ１２９３５８１０、ｒｓ７４７０２３８５、ｒｓ１７１３６７０７、ｒｓ８０６１１８２、ｒｓ１１１５９０４８２、ｒｓ４７８６４５４、ｒｓ２２８３４９７、ｒｓ２５３１９６７、ｒｓ３７３０１１９、ｒｓ１３３３７６７５、ｒｓ１２９２０５０８、ｒｓ１２５９９９１１、ｒｓ２５３１９７１又はｒｓ２２３８４４８の１つ以上で前記対象の遺伝子型を決定すること（例えば遺伝子型決定）を含む方法を提供する。

別の実施態様では、本発明は、ＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤、特にＣＥＴＰ阻害薬に対する個体の応答性を決定するための方法であって、本明細書開示の１つ以上のプライマー又はプローブを使用して、ｒｓ１９６７３０９、ｒｓ１２５９５８５７、ｒｓ２２３９３１０、ｒｓ１１６４７８２８、ｒｓ８０４９４５２、ｒｓ１２９３５８１０、ｒｓ７４７０２３８５、ｒｓ１７１３６７０７、ｒｓ８０６１１８２、ｒｓ１１１５９０４８２、ｒｓ４７８６４５４、ｒｓ２２８３４９７、ｒｓ２５３１９６７又はｒｓ３７３０１１９、ｒｓ１３３３７６７５の１つ以上で前記対象の遺伝子型を決定すること（例えば遺伝子型決定）を含む方法を提供する。

特定の一実施態様では、本発明は、多型性部位が、ｒｓ１９６７３０９、ｒｓ１２５９５８５７、ｒｓ２２３９３１０、ｒｓ１１６４７８２８、ｒｓ８０４９４５２、ｒｓ１２９３５８１０、ｒｓ７４７０２３８５、ｒｓ１７１３６７０７、ｒｓ８０６１１８２、ｒｓ１１１５９０４８２、ｒｓ４７８６４５４、ｒｓ２２８３４９７、ｒｓ２５３１９６７、ｒｓ３７３０１１９、ｒｓ１３３３７６７５、ｒｓ１２９２０５０８、ｒｓ１２５９９９１１、ｒｓ２５３１９７１又はｒｓ２２３８４４８からなる群より選ばれる、以下の部位の１つ以上を含む、特に多型性部位が、ｒｓ２２３９３１０、ｒｓ１１６４７８２８、ｒｓ８０４９４５２、ｒｓ１２９３５８１０、ｒｓ７４７０２３８５、ｒｓ１７１３６７０７、ｒｓ８０６１１８２、ｒｓ１１１５９０４８２、ｒｓ４７８６４５４、ｒｓ２２８３４９７、ｒｓ２５３１９６７、ｒｓ３７３０１１９及びｒｓ１３３３７６７５からなる群より選択される、さらに特定すれば、多型性部位がｒｓ１９６７３０９又はｒｓ１２５９５８５７である、さらに特定すれば多型性部位がｒｓ１９６７３０９である、特に対応する遺伝子型がＡＡを含む、本明細書記載の方法を提供する。

特定の一実施態様では、本発明は、特に、多型性部位が、ｒｓ２２３９３１０、ｒｓ１１６４７８２８、ｒｓ８０４９４５２、ｒｓ１２９３５８１０、ｒｓ７４７０２３８５、ｒｓ１７１３６７０７、ｒｓ８０６１１８２、ｒｓ１１１５９０４８２、ｒｓ４７８６４５４、ｒｓ２２８３４９７、ｒｓ２５３１９６７、ｒｓ３７３０１１９及びｒｓ１３３３７６７５からなる群より選ばれる、さらに特定すれば、多型性部位がｒｓ１９６７３０９又はｒｓ１２５９５８５７である、さらに特定すれば、多型性部位がｒｓ１９６７３０９である、ｒｓ１９６７３０９、ｒｓ１２５９５８５７、ｒｓ２２３９３１０、ｒｓ１１６４７８２８、ｒｓ８０４９４５２、ｒｓ１２９３５８１０、ｒｓ７４７０２３８５、ｒｓ１７１３６７０７、ｒｓ８０６１１８２、ｒｓ１１１５９０４８２、ｒｓ４７８６４５４、ｒｓ２２８３４９７、ｒｓ２５３１９６７、ｒｓ３７３０１１９、ｒｓ１３３３７６７５、ｒｓ１２９２０５０８、ｒｓ１２５９９９１１、ｒｓ２５３１９７１又はｒｓ２２３８４４８からなる群より選択される１つ以上の多型性部位を遺伝子型決定する方法を提供する。

特定の一実施態様では、本発明は、ｒｓ１２５９５８５７／ＧＧ、ｒｓ１９６７３０９／ＡＡ、ｒｓ１１１５９０４８２／ＡＧ、ｒｓ１１１５９０４８２／ＧＧ、ｒｓ１１６４７８２８／ＧＧ、ｒｓ１２９３５８１０／ＧＧ、ｒｓ１７１３６７０７／ＧＧ、ｒｓ２２３９３１０／ＧＧ、ｒｓ２２８３４９７／ＡＡ、ｒｓ２５３１９６７／ＡＡ、ｒｓ３７３０１１９／ＡＡ、ｒｓ４７８６４５４／ＡＡ、ｒｓ７４７０２３８５／ＧＡ、ｒｓ７４７０２３８５／ＡＡ、ｒｓ８０４９４５２／ＧＧ、ｒｓ８０６１１８２／ＡＡの１つ以上を保有する対象が、ＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤を用いた処置から恩恵を受ける方法、特に、ＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤がＣＥＴＰ阻害薬／モデュレーターであり、さらに特定すれば、ＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤が、Ｓ−（２−｛［１−（２−エチル−ブチル）−シクロヘキサンカルボニル］−アミノ｝−フェニル）エステルである、方法を提供する。特定の実施態様では、本発明は、ＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤が該対象に投与される方法を提供する。

特定の一実施態様では、本発明は、ｒｓ１２５９５８５７／ＧＧ、ｒｓ１９６７３０９／ＡＡ、ｒｓ１１１５９０４８２／ＡＧ、ｒｓ１１１５９０４８２／ＧＧ、ｒｓ１１６４７８２８／ＧＧ、ｒｓ１２９３５８１０／ＧＧ、ｒｓ１７１３６７０７／ＧＧ、ｒｓ２２３９３１０／ＧＧ、ｒｓ２２８３４９７／ＡＡ、ｒｓ２５３１９６７／ＡＡ、ｒｓ３７３０１１９／ＡＡ、ｒｓ４７８６４５４／ＡＡ、ｒｓ７４７０２３８５／ＧＡ、ｒｓ７４７０２３８５／ＡＡ、ｒｓ８０４９４５２／ＧＧ、ｒｓ８０６１１８２／ＡＡの１つ以上を保有する対象が、ＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤で処置され、特に、ＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤がＣＥＴＰ阻害薬／モデュレーターであり、さらに特定すれば、ＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤が、Ｓ−（２−｛［１−（２−エチル−ブチル）−シクロヘキサンカルボニル］−アミノ｝−フェニル）エステルである、方法を提供する。

特定の実施態様では、本発明は、対象が心血管障害を有し、特に、心血管障害が、哺乳動物におけるアテローム動脈硬化症、末梢血管疾患、脂質異常症、高βリポタンパク血症、低αリポタンパク血症、高コレステロール血症、高トリグリセリド血症、家族性高コレステロール血症、狭心症、虚血、心虚血、卒中、心筋梗塞、再灌流傷害、血管形成術後の再狭窄、高血圧症、及び糖尿病、肥満又は内毒血症の血管合併症からなる群より選択され、さらに特定すれば、心血管障害が、心血管疾患、冠動脈心疾患、冠動脈疾患、低αリポタンパク血症、高βリポタンパク血症、高コレステロール血症、高脂血症、アテローム動脈硬化症、高血圧症、高トリグリセリド血症、高リポタンパク血症（hyperlipidoproteinemia）、末梢血管疾患、狭心症、虚血、及び心筋梗塞からなる群より選択される、方法を提供する。

別の実施態様では、本発明は、心血管障害の処置を必要とする対象においてそれを処置する方法であって、
（ａ）以下の部位：ｒｓ１９６７３０９、ｒｓ１２５９５８５７、ｒｓ２２３９３１０、ｒｓ１１６４７８２８、ｒｓ８０４９４５２、ｒｓ１２９３５８１０、ｒｓ７４７０２３８５、ｒｓ１７１３６７０７、ｒｓ８０６１１８２、ｒｓ１１１５９０４８２、ｒｓ４７８６４５４、ｒｓ２２８３４９７、ｒｓ２５３１９６７、ｒｓ３７３０１１９、ｒｓ１３３３７６７５、ｒｓ１２９２０５０８、ｒｓ１２５９９９１１、ｒｓ２５３１９７１又はｒｓ２２３８４４８の１つ以上で応答向上型遺伝子型を有する対象を選択すること；
（ｂ）該対象にＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤、特にＣＥＴＰ阻害薬／モデュレーターを投与すること
を含む方法を提供する。

別の実施態様では、本発明は、心血管障害の処置を必要とする対象においてそれを処置する方法であって、
（ａ）以下の部位：ｒｓ１９６７３０９、ｒｓ１２５９５８５７、ｒｓ２２３９３１０、ｒｓ１１６４７８２８、ｒｓ８０４９４５２、ｒｓ１２９３５８１０、ｒｓ７４７０２３８５、ｒｓ１７１３６７０７、ｒｓ８０６１１８２、ｒｓ１１１５９０４８２、ｒｓ４７８６４５４、ｒｓ２２８３４９７、ｒｓ２５３１９６７、ｒｓ３７３０１１９、ｒｓ１３３３７６７５の１つ以上で応答向上型遺伝子型を有する対象を選択すること；
（ｂ）該対象にＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤、特にＣＥＴＰ阻害薬／モデュレーターを投与すること
を含む方法を提供する。

特定の一実施態様では、本発明は、心血管障害の処置を必要とする対象においてそれを処置する方法であって、
（ａ）ｒｓ１９６７３０９で応答向上型多型を有する対象、特にｒｓ１９６７３０９でＡＡ遺伝子型を有する対象を選択すること；
（ｂ）該対象にＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤、特にＣＥＴＰ阻害薬／モデュレーターを投与すること
を含む方法を提供する。

別の実施態様では、本発明は、心血管障害の処置を必要とする対象においてそれを処置する方法であって、
（ａ）以下の部位：ｒｓ１９６７３０９、ｒｓ１２５９５８５７、ｒｓ２２３９３１０、ｒｓ１１６４７８２８、ｒｓ８０４９４５２、ｒｓ１２９３５８１０、ｒｓ７４７０２３８５、ｒｓ１７１３６７０７、ｒｓ８０６１１８２、ｒｓ１１１５９０４８２、ｒｓ４７８６４５４、ｒｓ２２８３４９７、ｒｓ２５３１９６７、ｒｓ３７３０１１９、ｒｓ１３３３７６７５、ｒｓ１２９２０５０８、ｒｓ１２５９９９１１、ｒｓ２５３１９７１又はｒｓ２２３８４４８の１つ以上で対象を遺伝子型決定すること；
（ｂ）該対象にＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤、特にＣＥＴＰ阻害薬／モデュレーターを投与すること
を含む方法を提供する。

別の実施態様では、本発明は、心血管障害の処置を必要とする対象においてそれを処置する方法であって、
（ｃ）以下の部位：ｒｓ１９６７３０９、ｒｓ１２５９５８５７、ｒｓ２２３９３１０、ｒｓ１１６４７８２８、ｒｓ８０４９４５２、ｒｓ１２９３５８１０、ｒｓ７４７０２３８５、ｒｓ１７１３６７０７、ｒｓ８０６１１８２、ｒｓ１１１５９０４８２、ｒｓ４７８６４５４、ｒｓ２２８３４９７、ｒｓ２５３１９６７、ｒｓ３７３０１１９、ｒｓ１３３３７６７５の１つ以上で対象を遺伝子型決定すること；
（ｄ）該対象にＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤、特にＣＥＴＰ阻害薬／モデュレーターを投与すること
を含む方法を提供する。

本発明は、また、
ａ． ｒｓ１２５９５８５７／ＧＧ、ｒｓ１９６７３０９／ＡＡ、ｒｓ１１１５９０４８２／ＡＧ、ｒｓ１１１５９０４８２／ＧＧ、ｒｓ１１６４７８２８／ＧＧ、ｒｓ１２９３５８１０／ＧＧ、ｒｓ１７１３６７０７／ＧＧ、ｒｓ２２３９３１０／ＧＧ、ｒｓ２２８３４９７／ＡＡ、ｒｓ２５３１９６７／ＡＡ、ｒｓ３７３０１１９／ＡＡ、ｒｓ４７８６４５４／ＡＡ、ｒｓ７４７０２３８５／ＧＡ、ｒｓ７４７０２３８５／ＡＡ、ｒｓ８０４９４５２／ＧＧ及びｒｓ８０６１１８２／ＡＡからなる群より選択される１つ以上の遺伝マーカーの存在について患者の試料を分析すること、並びに
ｂ． 該遺伝マーカーの１つ以上を保有する患者を、ＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤、特にＣＥＴＰ阻害薬／モデュレーターを用いて処置すること
を含む、患者を処置する方法を提供する。

特定の一実施態様では、本発明は、遺伝子型がｒｓ１９６７３０９、ｒｓ１２５９５８５７より選択される１つ以上の部位で決定される方法を提供する。

特に、
ａ． 遺伝物質を含む試料を個体から得ること；
ｂ． 試料を試薬と接触させること、試薬と表７より選択される遺伝マーカーとの間で複合体を生成させること；
ｃ． 複合体を検出して、試料に関連するデータセットを得ること、及び
ｄ． データセットを分析して、遺伝マーカーの存在又は不在を決定すること
を含む、ＨＤＬ上昇薬に対する個体の応答性を決定する方法。

提供された遺伝子型決定法において生成された、試薬と遺伝マーカーとの間の複合体は、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）又はＤＮＡ配列決定のいずれかによって生成させることができる。

本発明は、ｒｓ１２５９５８５７／ＧＧ；ｒｓ１９６７３０９／ＡＡ；ｒｓ１１１５９０４８２／ＡＧ；ｒｓ１１１５９０４８２／ＧＧ；ｒｓ１１６４７８２８／ＧＧ；ｒｓ１２９３５８１０／ＧＧ；ｒｓ１７１３６７０７／ＧＧ；ｒｓ２２３９３１０／ＧＧ；ｒｓ２２８３４９７／ＡＡ；ｒｓ２５３１９６７／ＡＡ；ｒｓ３７３０１１９／ＡＡ；ｒｓ４７８６４５４／ＡＡ；ｒｓ７４７０２３８５／ＧＡ；ｒｓ７４７０２３８５／ＡＡ；ｒｓ８０４９４５２／ＧＧ；ｒｓ８０６１１８２／ＡＡ；ｒｓ１９６７３０９／ＧＡ、ｒｓ１２５９５８５７／ＡＧ、ｒｓ１３３３７６７５／ＡＧ、ｒｓ１３３３７６７５／ＧＧ、ｒｓ１７１３６７０７／ＡＧ、ｒｓ２２３９３１０／ＡＧ、ｒｓ２２８３４９７／ＣＡ、ｒｓ２５３１９６７／ＧＡ、ｒｓ３７３０１１９／ＧＡ、ｒｓ４７８６４５４／ＧＡ、ｒｓ８０４９４５２／ＧＡ、ｒｓ８０６１１８２／ＡＧ、ｒｓ１２５９５８５７／ＧＧ、ｒｓ１９６７３０９／ＡＡ、ｒｓ１１１５９０４８２／ＡＧ、ｒｓ１１１５９０４８２／ＧＧ、ｒｓ１１６４７８２８／ＧＧ、ｒｓ１２９３５８１０／ＧＧ、ｒｓ１７１３６７０７／ＧＧ、ｒｓ２２３９３１０／ＧＧ、ｒｓ２２８３４９７／ＡＡ、ｒｓ２５３１９６７／ＡＡ、ｒｓ３７３０１１９／ＡＡ、ｒｓ４７８６４５４／ＡＡ、ｒｓ７４７０２３８５／ＧＡ、ｒｓ７４７０２３８５／ＡＡ、ｒｓ８０４９４５２／ＧＧ、ｒｓ８０６１１８２／ＡＡ、ｒｓ１２９３５８１０／ＧＡ、ｒｓ１２９３５８１０／ＡＡ、ｒｓ１１６４７８２８／ＡＡ、ｒｓ２５３１９６７／ＧＧ、ｒｓ３７３０１１９／ＧＧ、ｒｓ２２３９３１０／ＡＡ、ｒｓ１２５９５８５７／ＡＡ、ｒｓ１１１５９０４８２／ＡＡ、ｒｓ７４７０２３８５／ＧＧ、ｒｓ１９６７３０９／ＧＧ、ｒｓ２２８３４９７／ＣＣ、ｒｓ８０６１１８２／ＧＧ、ｒｓ１７１３６７０７／ＡＡ、ｒｓ８０４９４５２／ＡＡ、ｒｓ４７８６４５４／ＧＧ、ｒｓ１３３３７６７５／ＡＡ及びｒｓ１１６４７８２８／ＡＧからなる群より選択される遺伝マーカーを遺伝子型決定するための試薬、特にプライマー又はプローブを提供する。

特定の一実施態様では、プライマーはＤＮＡ鎖を含み、該ＤＮＡ鎖は、１５〜３０ヌクレオチド長であり、高ストリンジェンシー条件下でｒｓ１９６７３０９、ｒｓ１２５９５８５７、ｒｓ２２３９３１０、ｒｓ１１６４７８２８、ｒｓ８０４９４５２、ｒｓ１２９３５８１０、ｒｓ７４７０２３８５、ｒｓ１７１３６７０７、ｒｓ８０６１１８２、ｒｓ１１１５９０４８２、ｒｓ４７８６４５４、ｒｓ２２８３４９７、ｒｓ２５３１９６７、ｒｓ３７３０１１９、ｒｓ１３３３７６７５、ｒｓ１２９２０５０８、ｒｓ１２５９９９１１、ｒｓ２５３１９７１又はｒｓ２２３８４４８に隣接する１６番染色体領域とハイブリダイゼーションする。

特定の一実施態様では、プライマーはＤＮＡ鎖を含み、該ＤＮＡ鎖は、１５〜３０ヌクレオチド長であり、高ストリンジェンシー条件下でｒｓ１９６７３０９、ｒｓ１２５９５８５７、ｒｓ２２３９３１０、ｒｓ１１６４７８２８、ｒｓ８０４９４５２、ｒｓ１２９３５８１０、ｒｓ７４７０２３８５、ｒｓ１７１３６７０７、ｒｓ８０６１１８２、ｒｓ１１１５９０４８２、ｒｓ４７８６４５４、ｒｓ２２８３４９７、ｒｓ２５３１９６７、ｒｓ３７３０１１９又はｒｓ１３３３７６７５に隣接する１６番染色体領域とハイブリダイゼーションする。

別の実施態様では、試薬は、ＤＮＡ鎖を含むプライマーであり、該ＤＮＡ鎖は、１５〜３０ヌクレオチド長であり、高ストリンジェンシー条件下でｒｓ１９６７３０９、ｒｓ１２５９５８５７、ｒｓ２２３９３１０、ｒｓ１１６４７８２８、ｒｓ８０４９４５２、ｒｓ１２９３５８１０、ｒｓ７４７０２３８５、ｒｓ１７１３６７０７、ｒｓ８０６１１８２、ｒｓ１１１５９０４８２、ｒｓ４７８６４５４、ｒｓ２２８３４９７、ｒｓ２５３１９６７、ｒｓ３７３０１１９、ｒｓ１３３３７６７５、ｒｓ１２９２０５０８、ｒｓ１２５９９９１１、ｒｓ２５３１９７１又はｒｓ２２３８４４８とオーバーラップする１６番染色体領域とハイブリダイゼーションする。

別の実施態様では、試薬はＤＮＡ鎖を含むプライマーであり、該ＤＮＡ鎖は、１５〜３０ヌクレオチド長であり、高ストリンジェンシー条件下でｒｓ１９６７３０９、ｒｓ１２５９５８５７、ｒｓ２２３９３１０、ｒｓ１１６４７８２８、ｒｓ８０４９４５２、ｒｓ１２９３５８１０、ｒｓ７４７０２３８５、ｒｓ１７１３６７０７、ｒｓ８０６１１８２、ｒｓ１１１５９０４８２、ｒｓ４７８６４５４、ｒｓ２２８３４９７、ｒｓ２５３１９６７、ｒｓ３７３０１１９又はｒｓ１３３３７６７５とオーバーラップする１６番染色体領域とハイブリダイゼーションする。

別の実施態様では、１５〜３０ヌクレオチド長であり、高ストリンジェンシー条件下でｒｓ１９６７３０９、ｒｓ１２５９５８５７、ｒｓ２２３９３１０、ｒｓ１１６４７８２８、ｒｓ８０４９４５２、ｒｓ１２９３５８１０、ｒｓ７４７０２３８５、ｒｓ１７１３６７０７、ｒｓ８０６１１８２、ｒｓ１１１５９０４８２、ｒｓ４７８６４５４、ｒｓ２２８３４９７、ｒｓ２５３１９６７、ｒｓ３７３０１１９、ｒｓ１３３３７６７５、ｒｓ１２９２０５０８、ｒｓ１２５９９９１１、ｒｓ２５３１９７１又はｒｓ２２３８４４８とオーバーラップする１６番染色体領域とハイブリダイゼーションするものを含むプローブ。

別の実施態様では、１５〜３０ヌクレオチド長であり、高ストリンジェンシー条件下でｒｓ１９６７３０９、ｒｓ１２５９５８５７、ｒｓ２２３９３１０、ｒｓ１１６４７８２８、ｒｓ８０４９４５２、ｒｓ１２９３５８１０、ｒｓ７４７０２３８５、ｒｓ１７１３６７０７、ｒｓ８０６１１８２、ｒｓ１１１５９０４８２、ｒｓ４７８６４５４、ｒｓ２２８３４９７、ｒｓ２５３１９６７、ｒｓ３７３０１１９又はｒｓ１３３３７６７５とオーバーラップする１６番染色体領域とハイブリダイゼーションするものを含むプローブ。

別の実施態様では、１５〜３０ヌクレオチド長であり、高ストリンジェンシー条件下で配列番号１〜配列番号１５より選択されるオリゴヌクレオチドとハイブリダイゼーションするものを含むプローブ。

特定の一実施態様では、本発明は、ＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤がＣＥＴＰ阻害薬／モデュレーターであり、特に、ＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤がＳ−（２−｛［１−（２−エチル−ブチル）−シクロヘキサンカルボニル］−アミノ｝−フェニル）エステルである方法を提供する。

なお別の実施態様では、本発明は、処置される対象が、以下の部位：ｒｓ１９６７３０９、ｒｓ１２５９５８５７、ｒｓ２２３９３１０、ｒｓ１１６４７８２８、ｒｓ８０４９４５２、ｒｓ１２９３５８１０、ｒｓ７４７０２３８５、ｒｓ１７１３６７０７、ｒｓ８０６１１８２、ｒｓ１１１５９０４８２、ｒｓ４７８６４５４、ｒｓ２２８３４９７、ｒｓ２５３１９６７、ｒｓ３７３０１１９又はｒｓ１３３３７６７５の１つ以上で応答向上型遺伝子型を有する、心血管障害の処置のための医薬の製造におけるＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤、特にＣＥＴＰ阻害薬／モデュレーターの使用を提供する。

特定の一実施態様では、本発明は、処置される対象が、ｒｓ１９６７３０９で応答向上型多型を有する、本明細書において同義の使用を提供する。

別の実施態様では、本発明は、処置される対象は、ｒｓ１２５９５８５７／ＧＧ；ｒｓ１９６７３０９／ＡＡ；ｒｓ１１１５９０４８２／ＡＧ；ｒｓ１１１５９０４８２／ＧＧ；ｒｓ１１６４７８２８／ＧＧ；ｒｓ１２９３５８１０／ＧＧ；ｒｓ１７１３６７０７／ＧＧ；ｒｓ２２３９３１０／ＧＧ；ｒｓ２２８３４９７／ＡＡ；ｒｓ２５３１９６７／ＡＡ；ｒｓ３７３０１１９／ＡＡ；ｒｓ４７８６４５４／ＡＡ；ｒｓ７４７０２３８５／ＧＡ；ｒｓ７４７０２３８５／ＡＡ；ｒｓ８０４９４５２／ＧＧ；ｒｓ８０６１１８２／ＡＡ；ｒｓ１９６７３０９／ＧＡ、ｒｓ１２５９５８５７／ＡＧ、ｒｓ１３３３７６７５／ＡＧ、ｒｓ１３３３７６７５／ＧＧ、ｒｓ１７１３６７０７／ＡＧ、ｒｓ２２３９３１０／ＡＧ、ｒｓ２２８３４９７／ＣＡ、ｒｓ２５３１９６７／ＧＡ、ｒｓ３７３０１１９／ＧＡ、ｒｓ４７８６４５４／ＧＡ、ｒｓ８０４９４５２／ＧＡ、ｒｓ８０６１１８２／ＡＧ、ｒｓ１２５９５８５７／ＧＧ、ｒｓ１９６７３０９／ＡＡ、ｒｓ１１１５９０４８２／ＡＧ，ｒｓ１１１５９０４８２／ＧＧ、ｒｓ１１６４７８２８／ＧＧ、ｒｓ１２９３５８１０／ＧＧ、ｒｓ１７１３６７０７／ＧＧ、ｒｓ２２３９３１０／ＧＧ、ｒｓ２２８３４９７／ＡＡ、ｒｓ２５３１９６７／ＡＡ、ｒｓ３７３０１１９／ＡＡ、ｒｓ４７８６４５４／ＡＡ、ｒｓ７４７０２３８５／ＧＡ、ｒｓ７４７０２３８５／ＡＡ、ｒｓ８０４９４５２／ＧＧ、ｒｓ８０６１１８２／ＡＡ、ｒｓ１２９３５８１０／ＧＡ、ｒｓ１２９３５８１０／ＡＡ、ｒｓ１１６４７８２８／ＡＡ、ｒｓ２５３１９６７／ＧＧ、ｒｓ３７３０１１９／ＧＧ、ｒｓ２２３９３１０／ＡＡ、ｒｓ１２５９５８５７／ＡＡ、ｒｓ１１１５９０４８２／ＡＡ、ｒｓ７４７０２３８５／ＧＧ、ｒｓ１９６７３０９／ＧＧ、ｒｓ２２８３４９７／ＣＣ、ｒｓ８０６１１８２／ＧＧ、ｒｓ１７１３６７０７／ＡＡ、ｒｓ８０４９４５２／ＡＡ、ｒｓ４７８６４５４／ＧＧ、ｒｓ１３３３７６７５／ＡＡ及びｒｓ１１６４７８２８／ＡＧより選択される１つ以上の遺伝マーカーを保有する、心血管障害の処置に使用するためのＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤、特にＣＥＴＰ阻害薬／モデュレーターを提供する。

特定の一実施態様では、本発明は、処置される対象が、応答向上型遺伝子型１９６７３０９を保有する、心血管障害の処置に使用するためのＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤、特にＣＥＴＰ阻害薬／モデュレーターを提供する。特定の一実施態様では、本発明は、遺伝子型がＡＡである、本明細書において同義のＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤を提供する。

特定の一実施態様では、本発明は、心血管障害が、哺乳動物におけるアテローム動脈硬化症、末梢血管疾患、脂質異常症、高βリポタンパク血症、低αリポタンパク血症、高コレステロール血症、高トリグリセリド血症、家族性高コレステロール血症、狭心症、虚血、心虚血、卒中、心筋梗塞、再灌流傷害、血管形成術後の再狭窄、高血圧症、及び糖尿病、肥満又は内毒血症の血管合併症からなる群より選択される、本明細書記載のＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤を提供する。

特定の一実施態様では、本発明は、心血管障害が、心血管疾患、冠動脈心疾患、冠動脈疾患、低αリポタンパク血症、高βリポタンパク血症、高コレステロール血症、高脂血症、アテローム動脈硬化症、高血圧症、高トリグリセリド血症、高リポタンパク血症、末梢血管疾患、狭心症、虚血、及び心筋梗塞からなる群より選択される、本明細書記載のＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤を提供する。

特定の一実施態様では、本発明は、ＨＤＬ上昇剤又は模倣剤が、ＨＤＬ上昇剤、特にＣＥＴＰ阻害薬／モデュレーターであり、さらに特定すれば−（２−｛［１−（２−エチル−ブチル）−シクロヘキサンカルボニル］−アミノ｝−フェニル）エステルである、本明細書記載のＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤を提供する。

別の実施態様では、本発明は、特に、遺伝子型が、ｒｓ１２５９５８５７／ＧＧ、ｒｓ１９６７３０９／ＡＡ、ｒｓ１１１５９０４８２／ＡＧ、ｒｓ１１１５９０４８２／ＧＧ、ｒｓ１１６４７８２８／ＧＧ、ｒｓ１２９３５８１０／ＧＧ、ｒｓ１７１３６７０７／ＧＧ、ｒｓ２２３９３１０／ＧＧ、ｒｓ２２８３４９７／ＡＡ、ｒｓ２５３１９６７／ＡＡ、ｒｓ３７３０１１９／ＡＡ、ｒｓ４７８６４５４／ＡＡ、ｒｓ７４７０２３８５／ＧＡ、ｒｓ７４７０２３８５／ＡＡ、ｒｓ８０４９４５２／ＧＧ又はｒｓ８０６１１８２／ＡＡであり、さらに特定すれば、遺伝子型が、ｒｓ１９６７３０９／ＡＡである、応答向上型遺伝子型を保有する、心血管障害を有する患者を処置するためのＳ−（２−｛［１−（２−エチル−ブチル）−シクロヘキサンカルボニル］−アミノ｝−フェニル）エステルを提供する。

特定の一実施態様では、本発明は、心血管障害が、哺乳動物におけるアテローム動脈硬化症、末梢血管疾患、脂質異常症、高βリポタンパク血症、低αリポタンパク血症、高コレステロール血症、高トリグリセリド血症、家族性高コレステロール血症、狭心症、虚血、心虚血、卒中、心筋梗塞、再灌流傷害、血管形成術後の再狭窄、高血圧症、及び糖尿病、肥満又は内毒血症の血管合併症からなる群より選択される、応答向上型遺伝子型を保有する、心血管障害を有する患者を処置するためのＳ−（２−｛［１−（２−エチル−ブチル）−シクロヘキサンカルボニル］−アミノ｝−フェニル）エステルを提供する。

特定の一実施態様では、本発明は、心血管障害が、心血管疾患、冠動脈心疾患、冠動脈疾患、低αリポタンパク血症、高βリポタンパク血症、高コレステロール血症、高脂血症、アテローム動脈硬化症、高血圧症、高トリグリセリド血症、高リポタンパク血症、末梢血管疾患、狭心症、虚血、及び心筋梗塞からなる群より選択される、応答向上型遺伝子型を保有する、心血管障害を有する患者を処置するためのＳ−（２−｛［１−（２−エチル−ブチル）−シクロヘキサンカルボニル］−アミノ｝−フェニル）エステルを提供する。

別の実施態様では、本発明は、心血管障害の患者が、ＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤、特にＣＥＴＰ阻害薬／モデュレーターを用いた処置から恩恵を受ける可能性が高いかどうかを予測する方法であって、該患者から単離された試料を、ｒｓ１２５９５８５７／ＧＧ、ｒｓ１９６７３０９／ＡＡ、ｒｓ１１１５９０４８２／ＡＧ、ｒｓ１１１５９０４８２／ＧＧ、ｒｓ１１６４７８２８／ＧＧ、ｒｓ１２９３５８１０／ＧＧ、ｒｓ１７１３６７０７／ＧＧ、ｒｓ２２３９３１０／ＧＧ、ｒｓ２２８３４９７／ＡＡ、ｒｓ２５３１９６７／ＡＡ、ｒｓ３７３０１１９／ＡＡ、ｒｓ４７８６４５４／ＡＡ、ｒｓ７４７０２３８５／ＧＡ、ｒｓ７４７０２３８５／ＡＡ、ｒｓ８０４９４５２／ＧＧ、ｒｓ８０６１１８２／ＡＡより選択されるアデニル酸シクラーゼ９型遺伝子（ＡＤＣＹ９）中の遺伝マーカーについてスクリーニングすることを含む方法を提供し、その際、該患者は、ＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤を用いた該処置から恩恵を受ける可能性が高い。特定の一実施態様では、スクリーニングされる遺伝マーカーは、ｒｓ１２５９５８５７／ＧＧ；ｒｓ１９６７３０９／ＡＡより選択される。さらに特定すれば、スクリーニングされる遺伝マーカーは、ｒｓ１９６７３０９／ＡＡである。

さらなる一実施態様では、本発明は、ＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤を含む治療に応答する可能性があるとして、心血管障害を有する患者を選択する方法であって、
（ａ）患者由来の試料中からｒｓ１９６７３０９でＡＡ遺伝子型を検出すること、
（ｂ）ＡＡ遺伝子型を有するｒｓ１９６７３０９が患者由来の試料中から検出されるとき、ＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤を含む治療に応答する可能性がより高いとして患者を選択すること
を含む方法を提供する。

特定の一実施態様では、本発明は、参照試料中にｒｓ１９６７３０９でＡＡ遺伝子型が存在することは、患者がＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤を用いた治療に応答する可能性がより高いことを示す、本明細書記載の方法を提供する。

特定の一実施態様では、本発明は、ｃ）ＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤を含む治療を選択することをさらに含む、本明細書記載の方法を提供する。

特定の一実施態様では、本発明は、ｒｓ１９６７３０９を検出することが、患者由来の試料中からｒｓ１９６７３０９を検出すること、ｒｓ１９６７３０９に結合する試薬と試料を接触させること、それによって試薬とｒｓ１９６７３０９との間の複合体を形成させること、形成された複合体を検出すること、及びそれによってｒｓ１９６７３０９を検出することによって行われる、本明細書記載の方法を提供する。

別の実施態様では、本発明は、ＨＤＬ上昇剤又は模倣剤に対する遅延型臨床応答、部分的最適以下の臨床応答、又は臨床応答欠如に関連する、患者のＡＤＣＹ９遺伝子における少なくとも１つの多型の存在が決定され、少なくとも１つの、その際少なくとも１つの最初の多型ｒｓ１９６７３０９が決定される、該ＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤に対するヒト患者における臨床応答の予後を決定するための方法を提供する。

特定の一実施態様では、本発明は、多型が遺伝子型決定解析によって決定される、本明細書記載の方法を提供する。

特定の一実施態様では、本発明は、遺伝子型決定解析が、マイクロアレイ解析又は質量分析又は多型特異的プライマー及び／若しくはプローブの使用、特にプライマー伸長反応を含む、本明細書記載の方法を提供する。

特定の一実施態様では、本発明は、ＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤が、ＨＤＬ上昇剤、特にＣＥＴＰ阻害薬／モデュレーター、さらに特定すればＳ−（２−｛［１−（２−エチル−ブチル）−シクロヘキサンカルボニル］−アミノ｝−フェニル）エステルである、本明細書記載の方法を提供する。

特定の一実施態様では、「ＣＥＴＰ阻害薬／モデュレーター」は、Ｓ−［２−（［［１−（２−エチルブチル）−シクロヘキシル］−カルボニル］アミノ）フェニル］２−メチルプロパンチオアート、ダルセトラピブ又は式Ｉ

で示される化合物としても公知のチオイソ酪酸Ｓ−（２−｛［１−（２−エチル−ブチル）−シクロヘキサンカルボニル］−アミノ｝−フェニル）エステルである。

Ｓ−［２−（［［１−（２−エチルブチル）シクロヘキシル］カルボニル］アミノ）フェニル］２−メチルプロパンチオアートは、ヒト（de Grooth et al., Circulation, 105, 2159-2165 (2002)）及びウサギ（Shinkai et al., J. Med. Chem., 43, 3566-3572 (2000); Kobayashi et al., Atherosclerosis, 162, 131-135 (2002); 及びOkamoto et al., Nature, 406 (13), 203-207 (2000)）においてＣＥＴＰ活性の阻害薬であると示されている。Ｓ−［２−（［［１−（２−エチルブチル）シクロヘキシル］カルボニル］アミノ）フェニル］２−メチルプロパンチオアートは、ヒト（de Grooth et al.、前記）及びウサギ（Shinkai et al.、前記; Kobayashi et al.、前記; Okamoto et al.、前記）において血漿ＨＤＬコレステロールを増加させることが示されている。さらに、Ｓ−［２−（［［１−（２−エチルブチル）シクロヘキシル］カルボニル］アミノ）フェニル］２−メチルプロパンチオアートは、ヒト（de Grooth et al.、前記）及びウサギ（Okamoto et al.、前記）においてＬＤＬコレステロールを減少させることが示されている。Ｓ−［２−（［［１−（２−エチルブチル）シクロヘキシル］カルボニル］アミノ）フェニル］２−メチルプロパンチオアート並びに該化合物を製造及び使用する方法は、EP1020439、Shinkai et al., J. Med. Chem. 43:3566-3572 (2000)又は国際公開公報第２００７／０５１７１４号、国際公開公報第２００８／０７４６７７号若しくは国際公開公報第２０１１／０００７９３号に記載されている。

好ましい一実施態様では、ＣＥＴＰ阻害薬／モデュレーター（例えば式Ｉで示される化合物）は、結晶又は無定形形態の、より好ましくは結晶形態の固体である。特定の一実施態様では、Ｓ−［２−（［［１−（２−エチルブチル）−シクロヘキシル］−カルボニル］アミノ）フェニル］２−メチルプロパンチオアートは、国際公開公報第２０１２／０６９０８７号に開示されているように結晶形態Ａである。形態Ａは、約７．９°、８．５°、１１．７°、１２．７°、１７．１°、１８．０°、１８．５°、２０．２°、２２．１°、２４．７°±０．２°にピークを有する粉末Ｘ線回折パターンによって、特に回折角２θが７．９°、１１．７°、１７．１°、１８．５°（±０．２°）で観察されるＸＲＰＤピークによって特徴付けられる。

当技術分野において公知で、本発明に有用な他のＣＥＴＰ阻害薬は、エバセトラピブ、アナセトラピブ及びトルセトラピブ、特にエバセトラピブ及びアナセトラピブを含む。

したがって、本発明は、哺乳動物における心血管障害の治療又は予防のための方法であって、哺乳動物（好ましくはそれを必要とする哺乳動物）に治療有効量の医薬組成物を投与することを含む方法を提供する。哺乳動物は、好ましくは、ヒト（すなわち男性又は女性のヒト）である。ヒトは、任意の人種でありうる（例えば白人又は東洋人）。

心血管障害は、好ましくは、哺乳動物におけるアテローム動脈硬化症、末梢血管疾患、脂質異常症、高βリポタンパク血症、低αリポタンパク血症、高コレステロール血症、高トリグリセリド血症、家族性高コレステロール血症、狭心症、虚血、心虚血、卒中、心筋梗塞、再灌流傷害、血管形成術後の再狭窄、高血圧症、及び糖尿病、肥満又は内毒血症の血管合併症からなる群より選択される。より好ましくは、心血管障害は、心血管疾患、冠動脈心疾患、冠動脈疾患、低αリポタンパク血症、高βリポタンパク血症、高コレステロール血症、高脂血症、アテローム動脈硬化症、高血圧症、高トリグリセリド血症、高リポタンパク血症、末梢血管疾患、狭心症、虚血、及び心筋梗塞からなる群より選択される。

本発明のある実施態様では、対象は、Ｓ−［２−（［［１−（２−エチルブチル）−シクロヘキシル］−カルボニル］アミノ）フェニル］２−メチルプロパンチオアート １００mgから６００mgの間を投与される。特に、対象は、Ｓ−［２−（［［１−（２−エチルブチル）−シクロヘキシル］−カルボニル］アミノ）フェニル］２−メチルプロパンチオアート １５０mgから４５０mgの間を投与される。さらに特定すれば、対象は、Ｓ−［２−（［［１−（２−エチルブチル）−シクロヘキシル］−カルボニル］アミノ）フェニル］２−メチルプロパンチオアート ２５０mgから３５０mgの間を投与される。最も特定すれば、対象は、Ｓ−［２−（［［１−（２−エチルブチル）−シクロヘキシル］−カルボニル］アミノ）フェニル］２−メチルプロパンチオアート ２５０mgから３５０mgの間を投与される。

本発明の別の実施態様では、小児への使用のための対象は、Ｓ−［２−（［［１−（２−エチルブチル）−シクロヘキシル］−カルボニル］アミノ）フェニル］２−メチルプロパンチオアート ２５mgから３００mgの間を投与される。特に、小児への使用のための対象は、Ｓ−［２−（［［１−（２−エチルブチル）−シクロヘキシル］−カルボニル］アミノ）フェニル］２−メチルプロパンチオアート ７５mg〜１５０mgを投与される。

ＣＥＴＰ阻害薬は、（例えば治療有効量を達成するために）任意の適切な投薬量で哺乳動物に投与することができる。例えば、患者に投与するための化合物Ｉの治療有効量の適切な用量は、１日約１００mgから約１８００mgの間である。望ましい用量は、好ましくは１日約３００mg〜約９００mgである。好ましい用量は、１日約６００mgである。

遺伝子型決定法
試料中の特定の遺伝子型の同定は、当業者に周知のいくつかの方法のいずれかによって行うことができる。例えば、多型の同定は、アレルをクローニングすること及び当技術分野において周知の技法を使用してそれを配列決定することによって果たすことができる。あるいは、遺伝子配列は、例えばＰＣＲを使用して、ゲノムＤＮＡから増幅することができ、産物が配列決定される。ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、ライゲーション連鎖反応（ligation chain reaction）（ＬＣＲ）又はライゲーション増幅及び自家持続配列複製法などの増幅法を含む、対象のＤＮＡを単離し、所与の遺伝マーカーについて分析するための多数の方法が当技術分野において公知である。所与の遺伝子ローカスで突然変異について患者のＤＮＡを分析するためのいくつかの非限定的な方法を、下述する。

ＤＮＡマイクロアレイ技法、例えば、ハイスループットスクリーニング適用のためのＤＮＡチップデバイス及び高密度マイクロアレイ並びに低密度マイクロアレイが使用されうる。マイクロアレイの製作方法は、当技術分野において公知であり、様々なインクジェット及びマイクロジェット系沈着又はスポッティングの技法及び工程、その場又はオンチップフォトリソグラフオリゴヌクレオチド合成工程、並びに電子ＤＮＡプローブアドレッシング工程を含む。ＤＮＡマイクロアレイハイブリダイゼーション適用は、遺伝子発現解析並びに点突然変異、一塩基多型（ＳＮＰ）、及び短反復配列（ＳＴＲ）についての遺伝子型決定の領域にうまく適用されている。追加的な方法は、干渉性ＲＮＡマイクロアレイ、並びにマイクロアレイとレーザー捕捉顕微解剖（ＬＣＭ）、比較ゲノムハイブリダイゼーション（ＣＧＨ）及びクロマチン免疫沈降（ＣｈｉＰ）などの他の方法との組み合わせを含む。例えば、He et al. (2007) Adv. Exp. Med. Biol. 593: 117-133及びHeller (2002) Annu. Rev. Biomed. Eng. 4: 129-153を参照されたい。他の方法は、ＰＣＲ、ｘＭＡＰ、インベーダーアッセイ法、質量分析法、及びピロシーケンシングを含む（Springer New York出版社のシリーズ本Advances in Experimental Medicine and BiologyのWang et al. (2007) Microarray Technology and Cancer Gene Profiling Vol 593）。

別の検出法は、多型性部位と重複し、多型性領域周辺のヌクレオチド約５、又は１０、又は２０、又は２５、又は３０個を有するプローブを使用するアレル特異的ハイブリダイゼーションである。例えば、関心対象のアレル変異体又は遺伝マーカーと特異的にハイブリダイゼーションできるいくつかのプローブが、固相支持体、例えば「チップ」に付着される。オリゴヌクレオチドプローブは、リソグラフィーを含む多様な工程によって固体支持体に結合させることができる。「ＤＮＡプローブアレイ」とも呼ばれる、オリゴヌクレオチドを含むこれらのチップを使用する突然変異検出分析は、例えばCronin et al. (1996) Human Mutation 7':244に記載されている。

他の検出法では、アレル変異体を同定する前に遺伝子の少なくとも一部を最初に増幅することが必要である。増幅は、例えば、ＰＣＲ及び／若しくはＬＣＲ又は当技術分野において周知の他の方法によって行うことができる。

場合によっては、対象由来のＤＮＡ中に特異的アレルが存在することは、制限酵素分析によって示すことができる。例えば、特異的ヌクレオチド多型は、別のアレル変異体のヌクレオチド配列に不在の制限部位を含むヌクレオチド配列を生じうる。

さらなる一実施態様では、切断剤（ヌクレアーゼ、ヒドロキシルアミン又は四酸化オスミウムなど、及びピペリジンを用いる）からの保護を用いて、ＲＮＡ／ＲＮＡ、ＤＮＡ／ＤＮＡ、又はＲＮＡ／ＤＮＡヘテロ二重鎖中のミスマッチ塩基を検出することができる（例えば、Myers et al. (1985) Science 230: 1242参照）。一般に、「ミスマッチ切断」の技法は、遺伝子のアレル変異体のヌクレオチド配列を含む、場合により標識されているプローブ、例えばＲＮＡ又はＤＮＡを、組織試料から得られた試料核酸とハイブリダイゼーションさせることによって形成される二重鎖を提供することによって開始する。二本鎖を形成している二重鎖は、対照鎖と試料鎖との間の塩基対ミスマッチに基づき形成された二重鎖などの二重鎖の一本鎖領域を切断する薬剤で処理される。例えば、ミスマッチ領域を酵素的に消化するために、ＲＮＡ／ＤＮＡ二重鎖はＲＮアーゼで処理することができ、ＤＮＡ／ＤＮＡハイブリッドはＳＩヌクレアーゼで処理することができる。あるいは、ミスマッチ領域を消化するために、ＤＮＡ／ＤＮＡ又はＲＮＡ／ＤＮＡ二重鎖は、ヒドロキシルアミン又は四酸化オスミウム及びピペリジンで処理することができる。次に、ミスマッチ領域の消化後に、結果として生じた物質が、変性ポリアクリルアミドゲル上でサイズに応じて分離されて、対照核酸及び試料核酸が同一のヌクレオチド配列を有するかどうか、又はどのヌクレオチドでそれらが異なるかが決定される。例えば、米国特許第６，４５５，２４９号；Cotton et al. (1988) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:4397; Saleeba et al. (1992) Meth.Enzymol. 217:286-295を参照されたい。

特定のアレル変異体を同定するために、電気泳動移動度における変化も使用することができる。例えば、一本鎖コンフォメーション多型（ＳＳＣＰ）を使用して突然変異型核酸と野生型核酸との間の電気泳動移動度における差を検出することができる（Orita et al. (1989) Proc Natl. Acad. Sci USA 86:2766; Cotton (1993) Mutat. Res. 285: 125-144及びHayashi (1992) Genet. Anal. Tech. Appl. 9:73-79）。試料核酸及び対照核酸の一本鎖ＤＮＡフラグメントが変性され、復元させられる。一本鎖核酸の二次構造は、配列に応じて変動する；結果として生じた電気泳動移動度における変化は、一塩基変化の検出さえも可能にする。ＤＮＡフラグメントは、標識プローブを用いて標識又は検出することができる。アッセイ法の感度は、（ＤＮＡよりも）配列変化に対する二次構造の感受性が高いＲＡを使用することによって高めることができる。別の好ましい実施態様では、対象方法は、二本鎖を形成しているヘテロ二重鎖分子を電気泳動移動度の変化に基づき分離するために、ヘテロ二重鎖分析を利用する（Keen et al. (1991) Trends Genet. 7:5）。

アレル変異体又は遺伝マーカーの同一性は、また、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法（ＤＧＧＥ）を使用してアッセイされる、濃度勾配をかけた変性剤を含有するポリアクリルアミドゲルにおける多型性領域を含む核酸の移動を分析することによって得ることができる（Myers et al. (1985) Nature 313:495）。ＤＧＧＥが分析法として使用される場合、ＤＮＡは、完全に変性しないことを確実にするために、例えば約４０bpの高融解温度のＧＣ豊富ＤＮＡのＧＣクランプをＰＣＲにより付加することによって改変される。さらなる一実施態様では、対照及び試料ＤＮＡの移動度の差を同定するために、変性剤の勾配の代わりに温度勾配が使用される（Rosenbaum and Reissner (1987) Biophys. Chem. 265: 1275）。

２つの核酸の間の少なくとも１つのヌクレオチドの差を検出するための技法の例は、非限定的に、選択的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション、選択的増幅、又は選択的プライマー伸長を含む。例えば、公知の多型性ヌクレオチドが中心に配置されているオリゴヌクレオチドプローブ（アレル特異的プローブ）を調製し、次に完全なマッチが見られる場合にのみハイブリダイゼーションを可能にする条件下でターゲットＤＮＡとハイブリダイゼーションさせることができる（Saiki et al. (1986) Nature 324: 163); Saiki et al. (1989) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86:6230）。そのようなアレル特異的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション技法は、遺伝子の多型性領域中からヌクレオチド変化を検出するために使用される。例えば、特異的アレル変異体のヌクレオチド配列を有するオリゴヌクレオチドプローブが、ハイブリダイゼーション用メンブレンに付着され、次に、このメンブレンが、標識試料核酸とハイブリダイゼーションされる。次に、ハイブリダイゼーションシグナルの分析によって、試料核酸のヌクレオチドの同一性が明らかになる。

あるいは、選択的ＰＣＲ増幅に依存するアレル特異的増幅技法を、本発明に関連して使用することができる。特異的増幅用のプライマーとして使用されるオリゴヌクレオチドは、関心対象のアレル変異体を分子の中心に保有することがあるか（その結果、増幅は差次的なハイブリダイゼーションに依存する）又は一方のプライマーの３’最末端に保有することがあり（Gibbs et al. (1989) Nucl. Acids Res. 17:2437-2448）、その場合、適切な条件下でミスマッチがポリメラーゼ伸長を防止又は低減することができる（Prossner (1993) Tibtech11 :238及びNewton et al. (1989) Nucl. Acids Res. 17:2503）。この技法は、PRobe Oligo Base Extensionにちなんで「ＰＲＯＢＥ」とも呼ばれる。加えて、切断に基づく検出を引き起こすために、突然変異領域中に新規な制限部位を導入することが望ましい場合がある（Gasparini et al. (1992) Mol. Cell. Probes 6: 1）。

別の実施態様では、アレル変異体又は遺伝マーカーの同定は、例えば、米国特許第４，９９８，６１７号及びLaridegren, U. et al. Science 241: 1077-1080 (1988)に記載されているようなオリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ法（ＯＬＡ）を用いて実施される。ＯＬＡのプロトコールは、ターゲットの一本鎖の隣接配列にハイブリダイゼーションすることができるように設計されている２つのオリゴヌクレオチドプローブを使用する。オリゴヌクレオチドの一方は、分離マーカーに連結、例えばビオチン化され、もう一方は、検出可能なように標識される。正確な相補的配列がターゲット分子から見つかる場合、オリゴヌクレオチドは、それらの末端が隣接し、ライゲーションの基質を生み出すようにハイブリダイゼーションする。次に、ライゲーションにより、アビジン又は別のビオチンリガンドを使用して標識オリゴヌクレオチドが回収されることを可能にする。Nickerson, D. A.らは、ＰＣＲ及びＯＬＡの特質を組み合わせた核酸検出アッセイ法を記載している（Nickerson, D. A. et al. (1990) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87:8923-8927）。この方法では、ＰＣＲが、ターゲットＤＮＡの指数的増幅を達成するために使用され、次にターゲットＤＮＡは、ＯＬＡを用いて検出される。Tobe et al. (1996) Nucleic Acids Res. 24: 3728に記載されているようなＯＬＡ法の変法では、各アレル特異的プライマーは、独特なハプテン、すなわちジゴキシゲイン（digoxigein）及びフルオレセインを用いて標識され、各ＯＬＡ反応は、レポーター酵素で標識されたハプテン特異的抗体を使用して検出される。

本発明は、ＡＤＣＹ９における一塩基多型（ＳＮＰ）を検出するための方法を提供する。一塩基多型は、不変配列の領域によって隣接されるので、それらの分析は、単一の変異型ヌクレオチドの同一性を決定することだけを要し、各患者について完全な遺伝子配列を決定することは不必要である。ＳＮＰの解析を容易にするために、いくつかの方法が開発されている。

単一塩基多型（single base polymorphism）は、例えば米国特許第４，６５６，１２７号に開示されているように、特殊化されたエキソヌクレアーゼ耐性ヌクレオチドを使用することによって検出することができる。該方法によると、多型性部位の直接３’側のアレル配列に相補的なプライマーを、特定の動物又はヒトから得られたターゲット分子とハイブリダイゼーションさせる。ターゲット分子上の多型性部位が、存在する特定のエキソヌクレアーゼ耐性ヌクレオチド誘導体に相補的なヌクレオチドを含有するならば、その誘導体は、ハイブリダイゼーションされたプライマーの末端に組み入れられる。そのような組み入れは、プライマーをエキソヌクレアーゼに耐性にすることによって、その検出を許す。試料のエキソヌクレアーゼ耐性誘導体の同一性は公知であるので、プライマーがエキソヌクレアーゼに耐性になったという結果は、ターゲット分子の多型性部位に存在するヌクレオチドが、反応に使用されたヌクレオチド誘導体のヌクレオチドに相補的であったことを示す。この方法は、多量の外来配列データの決定を要さないという利点を有する。

溶液に基づく方法も、多型性部位のヌクレオチドの同一性を決定するために使用することができる（国際公開公報第９１／０２０８７号）。上記のように、多型性部位の直接３’側のアレル配列に相補的なプライマーが採用される。該方法は、標識ジデオキシヌクレオチド誘導体を使用してその部位のヌクレオチドの同一性を決定し、該ヌクレオチドは、多型性部位のヌクレオチドに相補的であれば、プライマーの末端に組み入れられるようになる。

代替法は、国際公開公報第９２／１５７１２号に記載されている。この方法は、標識ターミネーターと、多型性部位の３’側配列に相補的なプライマーとの混合物を使用する。したがって、組み入れられた標識ターミネーターは、評価されようとするターゲット分子の多型性部位に存在するヌクレオチドによって決定され、該ヌクレオチドに相補的である。この方法は、通常、プライマー又はターゲット分子が固相に固定化されている不均一相アッセイ法である。

ＤＮＡ中の多型性部位をアッセイするための多数の他のプライマーガイド下ヌクレオチド組み入れ手順が記載されている（Komher, J. S. et al. (1989) Nucl. Acids. Res. 17:7779-7784; Sokolov, B. P. (1990) Nucl. AcidsRes. 18:3671; Syvanen, A.-C, et al. (1990) Genomics 8:684-692; Kuppuswamy, M. N. et al. (1991) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88: 1143-1147; Prezant, T. R. et al. (1992) Hum. Mutat. 1 : 159-164; Ugozzoli, L. et al. (1992) GATA 9: 107-112; Nyren, P. et al. (1993) Anal.Biochem. 208: 171-175）。これらの方法は、全て、多型性部位で塩基を識別するために標識デオキシヌクレオチドの組み入れに依存している。

そのうえ、遺伝子又は遺伝子産物又は多型性変異体における変化を検出するための上記方法のいずれかは、処置又は治療の経過を監視するために使用できると理解されている。

本明細書記載の方法を、例えば、遺伝子型決定のため、例えば、ＡＤＣＹ９遺伝子中に存在する遺伝マーカーを分析するために好都合に使用されうる少なくとも１つのプローブ、プライマー核酸、又は試薬を含む、下記のような予めパッケージされた診断キットを利用することによって行って、個体が、ＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤、特にＣＥＴＰ阻害薬／モデュレーターを含むＨＤＬ上昇剤又は模倣剤を用いた処置から恩恵を受ける可能性が高いかどうかを決定することができる。特に、遺伝マーカーは本明細書記載の通りである。

ＡＤＣＹ９遺伝子中に存在する遺伝マーカーを遺伝子型決定するための試薬として使用するための本発明のプライマー又はプローブは、ｒｓ１９６７３０９、ｒｓ１２５９５８５７、ｒｓ２２３９３１０、ｒｓ１１６４７８２８、ｒｓ８０４９４５２、ｒｓ１２９３５８１０、ｒｓ７４７０２３８５、ｒｓ１７１３６７０７、ｒｓ８０６１１８２、ｒｓ１１１５９０４８２、ｒｓ４７８６４５４、ｒｓ２２８３４９７、ｒｓ２５３１９６７、ｒｓ３７３０１１９及びｒｓ１３３３７６７５より選択される１つ以上のＳＮＰ、好ましくはｒｓ１９６７３０９に隣接又はそれを包含する好ましくはヌクレオチド１２〜３０個の、ＡＤＣＹ９遺伝子内の連続配列に相補的であり、それとハイブリダイゼーションする合成ヌクレオチド配列を含む。別の態様では、プライマーは、ヌクレオチド１００個以下、ある態様ではヌクレオチド１２〜５０個又はヌクレオチド１２〜３０個を含む。プライマーは、該連続配列又は該連続ヌクレオチド配列の相補体と少なくとも７０％同一であり、好ましくは少なくとも８０％同一であり、より好ましくは少なくとも９０％同一である。本発明のプライマー又はプローブは、好ましくは、配列番号１〜１５より選択される配列に相補的な、特に配列番号１の配列に相補的な、ヌクレオチド１５〜２０個の領域を含む、１５〜５０ヌクレオチド長である。プローブ又はプライマーと配列番号１〜１５との間の相補度は、１００％、９５％、９０％、８５％、８０％又は７５％でありうる。

遺伝子アレル又は遺伝マーカー「に特異的な」プローブ及びプライマーを含むオリゴヌクレオチドは、遺伝子の多型性領域に結合するか、又は遺伝子の多型性領域に隣接して結合するかのいずれかである。増幅用のプライマーとして使用されるべきオリゴヌクレオチドについて、プライマーが、多型性領域を含むポリヌクレオチドを産生させるために使用するに足るほど近接しているならば、それらは隣接している。一実施態様では、オリゴヌクレオチドが、約１〜２ｋｂ以内、例えば多型から１ｋｂ未満で結合するならば、それらは隣接している。特異的オリゴヌクレオチドは、配列にハイブリダイゼーションすることができ、適切な条件下では、一つのヌクレオチドが異なる配列に結合しない。

プローブとして使用されようと、プライマーとして使用されようと、本発明のオリゴヌクレオチドは、検出可能なように標識することができる。標識は、直接的（例えば蛍光標識について）又は間接的のいずれかで検出することができる。間接的検出は、ビオチン−アビジン相互作用、抗体結合などを含む、当業者に公知の任意の検出法を含みうる。蛍光標識オリゴヌクレオチドは、また、クエンチング分子を含有しうる。オリゴヌクレオチドは、表面に結合されうる。いくつかの実施態様では、表面はシリカ又はガラスである。いくつかの実施態様では、表面は金属電極である。

プローブは、試料の遺伝子型を直接決定するために使用することができ、又は増幅と同時若しくは増幅後に使用することができる。用語「プローブ」は、天然若しくは組換え型の一本鎖若しくは二本鎖核酸又は化学合成された核酸を含む。それらは、ニックトランスレーション、Klenowフィルイン反応、ＰＣＲ又は当技術分野において公知の他の方法によって標識することができる。本発明のプローブ、それらの調製及び／又は標識は、Sambrookら（1989）、前記に記載されている。プローブは、本発明の多型性領域を含有する核酸への選択的ハイブリダイゼーションに適した任意の長さのポリヌクレオチドでありうる。使用されるプローブの長さは、部分的に、使用されるアッセイ法の性質及び採用されるハイブリダイゼーション条件に依存する。

標識プローブも、多型の増幅に関連して使用することができる（Holland et al. (1991) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88:7276-7280）。米国特許第５，２１０，０１５号は、ＰＣＲの途中の増幅産物のリアルタイム測定を提供するための蛍光ベースのアプローチを記載している。そのようなアプローチは、存在する二本鎖ＤＮＡの量を示すために挿入色素（臭化エチジウムなど）を採用したか、又は蛍光クエンチャーペアを含有するプローブ（「TaqMan（登録商標）」アプローチとも呼ばれる）を採用し、その際、プローブは、増幅の途中に切断されて蛍光分子を放出し、蛍光分子の濃度は、存在する二本鎖ＤＮＡの量に比例する。増幅の途中に、プローブは、ターゲット配列とハイブリダイゼーションするとポリメラーゼのヌクレアーゼ活性によって消化されて、蛍光分子をクエンチャー分子から分離させ、それによってレポーター分子から蛍光を出現させる。TaqMan（登録商標）アプローチは、多型を含有するターゲットポリヌクレオチドの領域と特異的にアニーリングするレポーター分子−クエンチャー分子ペアを含有するプローブを使用する。

プローブは、「遺伝子チップ」として使用するために表面に固着させることができる。そのような遺伝子チップは、当業者に公知のいくつかの技法によって遺伝子変異を検出するために使用することができる。一技法では、オリゴヌクレオチドは、米国特許第６，０２５，１３６号及び第６，０１８，０４１号に概要を述べられたようなハイブリダイゼーションによる配列決定アプローチによってＤＮＡ配列を決定するために遺伝子チップ上に整列される。本発明のプローブは、また、遺伝子配列の蛍光検出のために使用することができる。そのような技法は、例えば米国特許に記載されている。本発明のプローブは、また、遺伝子配列の蛍光検出のために使用することができる。そのような技法は、例えば、米国特許第５，９６８，７４０号及び第５，８５８，６５９号に記載されている。プローブは、また、米国特許第５，９５２，１７２号に、及びKelley, S. O. et al. (1999) Nucl. Acids Res. 27:4830-4837によって記載されているような核酸配列の電気化学的検出のために電極表面に固着させることができる。本発明のＳＮＰを検出するための１つ以上のプローブ（表２、３、４又は５、特に表２）は、チップに取り付けることができ、そのようなデバイスは、ＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤、特にＣＥＴＰ阻害薬／モデュレーターに対する応答を予測するため及び心血管疾患を有する個体のための有効な処置を選択するために使用することができる。本発明のＳＮＰを検出するためのプローブは、ＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤、特にＣＥＴＰ阻害薬／モデュレーターに対する応答を予測すること以外の使用のために、多様な他のプローブと共にチップ上に含められうると考えられる。

追加的に、プローブ又はプライマーとして使用される合成オリゴヌクレオチドは、より安定になるように改変することができる。改変される例示的な核酸分子は、ＤＮＡのホスホルアミダート、オスホチオアート（phosphothioate）及びメチルホスホナートアナログなどの非荷電結合を含む（米国特許第５，１７６，９９６号；第５，２６４，５６４号及び第５，２５６，７７５号も参照されたい）。本発明のプライマー及びプローブは、例えば標識メチル化、ペンダント部分（例えばポリペプチド）、インターカレーター（例えばアクリジン、ソラレン）、キレート剤、アルキル化剤、及び改変された結合（例えばα−アノマー性核酸）などのヌクレオチド間改変を含みうる。水素結合形成、及びヌクレオチド主鎖におけるリン酸結合の代わりとなるペプチド結合を含む他の化学的相互作用による指定配列に結合する能力においてヌクレオチド酸（nucleotide acid）分子を模倣する合成分子も含まれる。

本発明は、本明細書記載の天然オリゴヌクレオチドであるＡＤＣＹ９遺伝子の遺伝子マーカーに高ストリンジェンシーのハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイゼーションする合成オリゴヌクレオチド分子、プライマー及びプローブに関する。オリゴヌクレオチドは、高ストリンジェンシー条件下で特異的ハイブリダイゼーションにより検出及び／又は単離することができる。「高ストリンジェンシー条件」は、当技術分野において公知であり、第１と第２のオリゴヌクレオチドとの間に高い相補度がある場合、第２のオリゴヌクレオチドに第１のオリゴヌクレオチドを特異的にハイブリダイゼーションさせる。本明細書開示の遺伝子型決定法について、この相補度は、８０％から１００％の間、好ましくは９０％から１００％の間である。

本発明のＳＮＰは、また、データベースに存在する全ゲノム配列データなどの既存のデータから検出することができる。本発明は、ＣＥＴＰ阻害薬に対する患者の応答を予測して結果的に該患者を処置する、すなわち応答者である患者をＣＥＴＰ阻害薬で処置するための遺伝子型を決定するために、ゲノムデータを問い合わせるコンピューター実装方法を提供する。

遺伝子型決定法、処置の選択又は処置方法に使用するための本発明の試料核酸は、対象の任意の細胞型又は組織から得ることができる。例えば、対象の体液、試料（例えば血液）は、公知の技法により得ることができる。あるいは、核酸検査は、乾燥した試料（例えば毛髪又は皮膚）に行うことができる。さらに特定すれば、遺伝子型決定法、処置の選択又は処置方法は、血液細胞型を使用する。

本明細書記載の発明は、ＡＤＣＹ９遺伝子上のｒｓ１９６７３０９若しくはｒｓ１２５９５８５７に存在するアレル、又は位置ｃｈｒ１６：４０４９３６５からｃｈｒ１６：４０７７１７８（アセンブリＧＲＣｈ３７／ｈｇ１９に及ぶ、図８に示すような２つのＳＮＰと連鎖不平衡状態にある任意の他の遺伝子変異体を決定及び同定するための方法及び試薬に関する。特に本発明は、また、ＡＤＣＹ９遺伝子のｒｓ１９６７３０９、ｒｓ１２５９５８５７、ｒｓ２２３９３１０、ｒｓ１１６４７８２８、ｒｓ８０４９４５２、ｒｓ１２９３５８１０、ｒｓ７４７０２３８５、ｒｓ１７１３６７０７、ｒｓ８０６１１８２、ｒｓ１１１５９０４８２、ｒｓ４７８６４５４、ｒｓ２２８３４９７、ｒｓ２５３１９６７、ｒｓ３７３０１１９、ｒｓ１３３３７６７５中に、さらに特定すればｒｓ１９６７３０９又はｒｓ１２５９５８５７に、最も特定すればｒｓ１９６７３０９に存在するアレルを決定及び同定するための方法及び試薬に関する。

本明細書に示すように、本発明は、また、ＡＤＣＹ９遺伝子中に存在する１つ以上の遺伝マーカーを検出することを含む処置選択方法を提供する。いくつかの実施態様では、該方法は、ＡＤＣＹ９の多型性領域に相補的なヌクレオチド配列を含むプローブ又はプライマーを使用する。したがって、本発明は、本発明の遺伝子型決定法を行うためのプローブ及びプライマーを含むキットを提供する。

いくつかの実施態様では、本発明は、心血管障害を有する患者が、ＨＤＬ上昇剤又はＨＤＬ模倣剤、特にＣＥＴＰ阻害薬／モデュレーターを用いた処置から恩恵を受ける可能性が高いかどうかを判定するためのキットを提供する。そのようなキットは、本明細書記載の１つ以上の試薬、特にプライマー又はプローブ、及び使用のための説明書を含有する。ほんの一例として、本発明は、また、心血管障害を有する患者が、チオイソ酪酸Ｓ−（２−｛［１−（２−エチル−ブチル）−シクロヘキサンカルボニル］−アミノ｝−フェニル）エステルを用いた処置から恩恵を受ける可能性が高いかどうかを決定するためのキットであって、ＡＤＣＹ９のｒｓ１９６７３０９のＳＮＰにおけるＡＡ多型に特異的な第１のオリゴヌクレオチド及び第２のオリゴヌクレオチドを含むキットを提供する。

キットは、ＡＤＣＹ９の多型性領域と特異的にハイブリダイゼーションできる少なくとも１つのプローブ又はプライマー、及び使用のための説明書を含みうる。キットは、通常、上記核酸の少なくとも１つを含む。ＡＤＣＹ９の少なくとも一部を増幅するためのキットは、一般に、少なくとも一方がアレル変異体配列にハイブリダイゼーションできる２つのプライマーを含む。そのようなキットは、例えば蛍光検出による、電気化学的検出による、又は他の検出による遺伝子型の検出に適している。

本発明のなお他のキットは、アッセイ法を行うために必要な少なくとも１つの試薬を含む。例えば、キットは酵素を含みうる。あるいは、キットは、緩衝剤又は任意の他の必要な試薬を含みうる。

キットは、ＡＤＣＹ９の多型性領域における対象の遺伝子型を決定するための本明細書記載の陽性対照、陰性対照、試薬、プライマー、配列決定マーカー、プローブ及び抗体の全て又は一部を含みうる。

以下の例は、単に本発明の実施を例示することを意図するものであって、限定として提供されるものではない。

本発明は、以下のヌクレオチド及びアミノ酸配列を参照する：
本明細書に提供される配列は、ＮＣＢＩデータベースから入手することができ、www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=geneから検索することができる。これらの配列は、また、注釈及び改変された配列に関する。本発明は、また、本明細書に提供される簡潔な配列の相同配列及び変異体が使用される技法及び方法を提供する。好ましくは、そのような「変異体」は遺伝子変異体である。ＮＣＢ１データベースから、ホモサピエンス（homo sapiens）アデニル酸シクラーゼ９型（ＡＣＤＹ９）をコードするヌクレオチド配列が入手可能である。

ホモサピエンス・アデニル酸シクラーゼ９型（ＡＤＣＹ９）、１６番染色体上のＲｅｆＳｅｑＧｅｎｅ
ＮＣＢＩ参照配列：ＮＣＢＩアクセッションナンバーＮＧ＿０１１４３４．１
ホモサピエンス１６番染色体ゲノムコンティグ、ＧＲＣｈ３７．ｐ１０一次アセンブリ
ＮＣＢＩ参照配列：ＮＣＢＩアクセッションナンバーＮＴ＿０１０３９３．１６

「ｒｓ」呼称、アレル及び対応する配列番号の呼称を提供している、ホモサピエンスＡＣＤＹ９遺伝子のＳＮＰについてのイントロン配列を、表２に開示する。多型はボールドの下線付き文字で明確化する。

Ｃｈｒ：染色体番号；Ｐ値：ＣＥＴＰ阻害薬ダルセトラピブで処置された患者における心血管イベント（一次複合イベント又は予期しない冠血行再建）との関連について；１：OMNI 2.5SチップHumanOmni25Exome-8v1_A.csvについてのILLUMINAアノテーションファイルに提示されているような、１０００人ゲノム公的データベースからの参照配列；２：OMNI 2.5SチップHumanOmni25Exome-8v1_A.csvについてのILLUMINAアノテーションファイルに提示されているような、ＮＣＢＩからのｄｂＳＮＰ公的データベース１３１からの参照配列

参照：
ａ． ｒｓ１９６７３０９
１． １０００人ゲノム公的データベースからの位置、ｒ２及びＤ’値
２． ＮＣＢＩのｄｂＳＮＰ公的データベース、バージョン１３７からの参照配列及びＨＧＶ名

実施例１
ｄａｌ−ＯＵＴＣＯＭＥＳ試験（ＮＣ２０９７１）は、急性冠症候群（ＡＣＳ）のため最近入院した患者におけるＣＥＴＰ阻害薬ダルセトラピブの安全性及び有効性を評価するための二重盲検ランダム化プラセボ対照並行群間多施設第ＩＩＩ相試験であった。中間解析の時点で、該試験は、２つの処置群、すなわちプラセボ（患者７９３３人）及びダルセトラピブ（１日６００mg；患者７９３８人）に振り分けられた、ランダム化された患者１５８７１人を含んでいた。該試験は、プラセボ群に比べてダルセトラピブ群における主要有効性評価項目でのイベント率の低下の証拠を示さなかった。ｄａｌ−ＯＵＴＣＯＭＥＳ試験の詳細は、G. Schwartz et al., N. Engl. J. Med.367;22, 2012から見いだすことができる。遺伝子型決定:

全ゲノム解析は、Beaulieu-Saucier Pharmacogenomics CentreのＧＬＰ環境内で行った。ゲノムマーカー２，５６７，８４５個を含むInfinium HumanOmni25Exome-8v1_A BeadChip（Illumina, San Diego, CA）を使用し、製造業者の仕様書に従って処理した。ゲノムＤＮＡ約２００ngを全ゲノム増幅し、フラグメント化し、各BeadChipの表面に結合したローカス特異的プローブにハイブリダイゼーションさせた。蛍光標識一塩基伸長アッセイ法を用いてＤＮＡを遺伝子型決定した。Illumina iScan Readerを使用してBeadChipをスキャン及び解析した。Infiniumプロセスコントロールを監視したが、全ての結果は製造業者の仕様の範囲内であった。GenTrain 2.0クラスターアルゴリズムを備えるIllumina's GenomeStudioバージョン2011.1を用いて、ノーコール（No-Call）しきい値０．１５を採用し、マニュアルクラスター調整を行わずに、製造業者のIllumina HumanOmni25Exome-8v1_Aクラスターファイルを使用して、スキャン後の画像を解析した。データが入手可能になると、類似のサイズの３分割された遺伝子型データファイルが作成された。GenomeStudioによって生成されたＰＬＩＮＫ形式の３つの遺伝子型決定ファイルを一緒にし、バイナリーＰＬＩＮＫ形式に変換した。

試料及びＳＮＰについての遺伝子型決定完了率を９８％に設定した。遺伝子型決定プレートバイアスを有するＳＮＰ（希釈ＤＮＡ試料に使用した９６ウェルプレートに基づく）にフラグをつけたが、遺伝的祖先の影響を排除できないため、取り除かなかった。ペアワイズＩＢＤを用いて近い血縁関係のチェックを行った。本発明者らは、非相関ＳＮＰの選択（ｒ^２＜０．１）に基づく関係づけられたペア及び試料２つ組の１つを除く全てのペアメンバーにフラグをつけ、取り除いた（ＩＢＳ２＊比＞０．８０）。多次元尺度構成法（ＭＤＳ）による試料及び試料外れ値の間の隠れた関係性を確認するために、距離測定基準としてペアワイズＩＢＳ行列を使用した。HapMap CEU、JPT-CHB、及びYRIデータの遺伝子型を含む、各対象の最初の２つのＭＤＳ成分をプロットした（創始者個体のみを確保）。白人の主クラスターからの外れ値にフラグをつけ、ｋ近傍法によって除去した。（補足図１）EIGENSOFTスイートのsmartpcaプログラム（バージョン３．０）を使用して、スクリープロット（scree plot）及び累積説明済み分散（cumulative explained variance）を計算した。使用したオプションは、numoutlieriter（外れ値除去の反復の最大数）＝０（ターンオフ）及びaltnormstyle（規準化式）＝ノーであった。^４（補足図２）

統計法
Beaulieu-Saucier Pharmacogenomics Centreで統計解析計画を策定し、最終バージョンが遺伝子型決定完了前の２０１２年１０月に承認された。遺伝子データに行われた統計検定は、両側で行い、ＳＮＰの複数の検査を考慮するために調整された。有意な結果についての受容しきい値としてゲノムワイド有意性しきい値ｐ＜５・１０^−８を用いた。ｐ＜１・１０^−６を有する結果を潜在的候補として見なした。集団構造による交絡を回避するために、多変量モデルは、共変量としての性別及び集団構造の最初の５つの主成分（ＰＣ）を含んだ。解析対象集団をダルセトラピブ処置群への参加者として定義し、効果の不在を確認するため、及び合わせた集団で遺伝子−処置群相互作用について検定するためにプラセボ群での妥当性確認を行った。

ＰＬＩＮＫソフトウェアバージョン１．０７を使用して、高頻度の遺伝子変異体（ＭＡＦ≧０．０５）を用いたゲノムワイド関連試験を行った。Ｐ値≦１０^−６の全ての結果をＳＡＳソフトウェアで検証した。自由度１の相加的遺伝子検定を用いた。マイナーアレルのカウントに応じて遺伝子型を０、１又は２にコード化した。共変量の存在下で、相加的遺伝子検定についてのＰ値を、

のように共変量に関して調製し、相加的検定下の帰無仮説（null）（Ｈ_０）はｂ_１＝０である。最初に、イベントの不発生に対する発生について、ＰＬＩＮＫソフトウェアを用いるロジスティック回帰モデルを用いてゲノムワイド解析を行った。Ｐ値≦１０^−６を提供したロジスティック回帰検定からの全ての結果をＳＡＳソフトウェアｖ．９．３（SAS Institute Inc.、Cary, NC, USA）で検証し、Ｃｏｘ比例ハザード回帰を用いて検定した。Ｃｏｘ回帰からの結果を、ロジスティック回帰からの結果よりも試験の目的に適していると予め定義し、一次結果として報告することを計画した。また、Ｃｏｘ比例ハザード回帰モデルも使用して、処置群試料及びプラセボ群試料の両方を使用したｌｏｇ（イベント率）〜遺伝子型＋処置群＋遺伝子型＊処置群＋性別＋ＰＣにより遺伝子−処置相互作用について検定した。

アデニル酸シクラーゼ９型遺伝子ＡＤＣＹ９におけるイントロン変異体ｒｓ１９６７３０９は、イベントと有意に関連した（Ｃｏｘ比例ハザードｐ＝２．４・１０^−８）。この位置での遺伝子変異体は、マイナーアレル頻度０．４５を有し、ｄａｌ−Ｏｕｔｃｏｍｅｓ処置群におけるイベントについて１つのアレルの相加的遺伝子効果はＨＲ＝０．６５（９５％ＣＩ ０．５５、０．７６）を有する。処置群相互作用による遺伝子のｐ値は０．００１３であり、プラセボ群単独において変異体の検出可能な遺伝子効果はなかった（ｐ＝０．２５）。スタチンについて調整した感度解析は一致している（ｐ＝５．４・１０^−８）。連鎖不平衡状態（ｒ２＝０．８６）の隣接ＳＮＰ、ｒｓ１２５９５８５７は、対応した結果を有する。遺伝子型による層別は、ｄａｌ−Ｏｕｔｃｏｍｅｓ処置群でのイベントについて、ＨＲ＝０．６８（９５％ＣＩ ０．５５、０．８４）を有する参照のＧＧホモ接合体及びヘテロ接合体ＡＧに比べて、ｒｓ１９６７３０９でのホモ接合体ＡＡがＨＲ＝０．４０（９５％ＣＩ ０．２８、０．５７）を有することを示している。ｒｓ１９６７３０９でのホモ接合体ＡＡの部分集団において、プラセボに比べてダルセトラピブを用いた処置はＨＲ＝０．６１を有した（９５％ＣＩ ０．４１、０．９２）。

＊遺伝子型により各ＳＮＰについて層別化された共変量について調整しない、参照群として共通アレルのホモ接合性遺伝子型とのＣｏｘ比例ハザード回帰。

＊共変量調整を行わずに、遺伝子型群によって層別化された処置効果についてのＣｏｘ比例ハザード回帰

Claims (36)

1. ＡＤＣＹ９遺伝子における１つ以上の多型性部位で応答向上型遺伝子型を有すると同定された対象の、心血管障害を処置するための医薬の製造におけるダルセトラピブの使用であって、１つ以上の多型性部位が：ｒｓ１９６７３０９、ｒｓ１２５９５８５７、ｒｓ２２３９３１０、ｒｓ１１６４７８２８、ｒｓ８０４９４５２、ｒｓ１２９３５８１０、ｒｓ７４７０２３８５、ｒｓ１７１３６７０７、ｒｓ８０６１１８２、ｒｓ１１１５９０４８２、ｒｓ４７８６４５４、ｒｓ２２８３４９７、ｒｓ２５３１９６７、ｒｓ３７３０１１９、及びｒｓ１３３３７６７５の１つ以上である、使用。
2. １つ以上の応答向上型遺伝子型が、ｒｓ１９６７３０９／ＡＡ、ｒｓ１９６７３０９／ＡＧ、ｒｓ１２５９５８５７／ＧＧ、ｒｓ１２５９５８５７／ＡＧ、ｒｓ１１１５９０４８２／ＡＧ、ｒｓ１１１５９０４８２／ＧＧ、ｒｓ１１６４７８２８／ＧＧ、ｒｓ１１６４７８２８／ＡＧ、ｒｓ１２９３５８１０／ＧＧ、ｒｓ１７１３６７０７／ＧＧ、ｒｓ１７１３６７０７／ＡＧ、ｒｓ２２３９３１０／ＧＧ、ｒｓ２２３９３１０／ＡＧ、ｒｓ２２８３４９７／ＡＡ、ｒｓ２２８３４９７／ＣＡ、ｒｓ２５３１９６７／ＡＡ、ｒｓ２５３１９６７／ＧＡ、ｒｓ３７３０１１９／ＡＡ、ｒｓ３７３０１１９／ＧＡ、ｒｓ４７８６４５４／ＡＡ、ｒｓ４７８６４５４／ＧＡ、ｒｓ７４７０２３８５／ＧＡ、ｒｓ７４７０２３８５／ＡＡ、ｒｓ８０４９４５２／ＧＧ、ｒｓ８０４９４５２／ＧＡ、ｒｓ８０６１１８２／ＡＡ、ｒｓ８０６１１８２／ＡＧ、及びｒｓ１３３３７６７５／ＡＧの１つ以上である、請求項１記載の使用。
3. １つ以上の応答向上型遺伝子型が、ｒｓ１９６７３０９／ＡＡ、ｒｓ１２５９５８５７／ＧＧ、ｒｓ１１１５９０４８２／ＡＧ、ｒｓ１１１５９０４８２／ＧＧ、ｒｓ１１６４７８２８／ＧＧ、ｒｓ１２９３５８１０／ＧＧ、ｒｓ１７１３６７０７／ＧＧ、ｒｓ２２３９３１０／ＧＧ、ｒｓ２２８３４９７／ＡＡ、ｒｓ２５３１９６７／ＡＡ、ｒｓ３７３０１１９／ＡＡ、ｒｓ４７８６４５４／ＡＡ、ｒｓ７４７０２３８５／ＧＡ、ｒｓ７４７０２３８５／ＡＡ、ｒｓ８０４９４５２／ＧＧ及びｒｓ８０６１１８２／ＡＡの１つ以上である、請求項１又は２記載の使用。
4. １つ以上の応答向上型遺伝子型が、ｒｓ１９６７３０９／ＡＡである、請求項１〜３のいずれか一項記載の使用。
5. １つ以上の応答向上型遺伝子型が、ｒｓ１２５９５８５７／ＧＧである、請求項１〜３のいずれか一項記載の使用。
6. １つ以上の応答向上型遺伝子型が、ｒｓ１９６７３０９／ＡＡ及びｒｓ１２５９５８５７／ＧＧである、請求項１〜３のいずれか一項記載の使用。
7. 心血管障害が、心血管疾患、冠動脈心疾患、冠動脈疾患、高脂血症、高リポタンパク血症、アテローム動脈硬化症、末梢血管疾患、脂質異常症、高βリポタンパク血症、低αリポタンパク血症、高コレステロール血症、高トリグリセリド血症、家族性高コレステロール血症、狭心症、虚血、心虚血、卒中、心筋梗塞、再灌流傷害、血管形成術後の再狭窄、高血圧症、又は糖尿病、肥満又は内毒血症の血管合併症である、請求項１〜６のいずれか一項記載の使用。
8. 心血管障害が、急性冠症候群である、請求項１〜７のいずれか一項記載の使用。
9. ＡＤＣＹ９遺伝子における１つ以上の多型性部位で応答向上型遺伝子型を有すると同定された対象の、心血管イベントのリスクを低下させるための医薬の製造におけるダルセトラピブの使用であって、１つ以上の多型性部位が：ｒｓ１９６７３０９、ｒｓ１２５９５８５７、ｒｓ２２３９３１０、ｒｓ１１６４７８２８、ｒｓ８０４９４５２、ｒｓ１２９３５８１０、ｒｓ７４７０２３８５、ｒｓ１７１３６７０７、ｒｓ８０６１１８２、ｒｓ１１１５９０４８２、ｒｓ４７８６４５４、ｒｓ２２８３４９７、ｒｓ２５３１９６７、ｒｓ３７３０１１９、及びｒｓ１３３３７６７５の１つ以上である、使用。
10. 応答向上型遺伝子型が、ｓ１９６７３０９／ＡＡ、ｒｓ１９６７３０９／ＡＧ、ｒｓ１２５９５８５７／ＧＧ、ｒｓ１２５９５８５７／ＡＧ、ｒｓ１１１５９０４８２／ＡＧ、ｒｓ１１１５９０４８２／ＧＧ、ｒｓ１１６４７８２８／ＧＧ、ｒｓ１１６４７８２８／ＡＧ、ｒｓ１２９３５８１０／ＧＧ、ｒｓ１７１３６７０７／ＧＧ、ｒｓ１７１３６７０７／ＡＧ、ｒｓ２２３９３１０／ＧＧ、ｒｓ２２３９３１０／ＡＧ、ｒｓ２２８３４９７／ＡＡ、ｒｓ２２８３４９７／ＣＡ、ｒｓ２５３１９６７／ＡＡ、ｒｓ２５３１９６７／ＧＡ、ｒｓ３７３０１１９／ＡＡ、ｒｓ３７３０１１９／ＧＡ、ｒｓ４７８６４５４／ＡＡ、ｒｓ４７８６４５４／ＧＡ、ｒｓ７４７０２３８５／ＧＡ、ｒｓ７４７０２３８５／ＡＡ、ｒｓ８０４９４５２／ＧＧ、ｒｓ８０４９４５２／ＧＡ、ｒｓ８０６１１８２／ＡＡ、ｒｓ８０６１１８２／ＡＧ、及びｒｓ１３３３７６７５／ＡＧの１つ以上である、請求項９記載の使用。
11. １つ以上の応答向上型遺伝子型が、ｒｓ１９６７３０９／ＡＡ、ｒｓ１２５９５８５７／ＧＧ、ｒｓ１１１５９０４８２／ＡＧ、ｒｓ１１１５９０４８２／ＧＧ、ｒｓ１１６４７８２８／ＧＧ、ｒｓ１２９３５８１０／ＧＧ、ｒｓ１７１３６７０７／ＧＧ、ｒｓ２２３９３１０／ＧＧ、ｒｓ２２８３４９７／ＡＡ、ｒｓ２５３１９６７／ＡＡ、ｒｓ３７３０１１９／ＡＡ、ｒｓ４７８６４５４／ＡＡ、ｒｓ７４７０２３８５／ＧＡ、ｒｓ７４７０２３８５／ＡＡ、ｒｓ８０４９４５２／ＧＧ、及びｒｓ８０６１１８２／ＡＡの１つ以上である、請求項９記載の使用。
12. １つ以上の応答向上型遺伝子型が、ｒｓ１９６７３０９／ＡＡである、請求項９記載の使用。
13. １つ以上の応答向上型遺伝子型が、ｒｓ１２５９５８５７／ＧＧである、請求項９記載の使用。
14. １つ以上の応答向上型遺伝子型が、ｒｓ１９６７３０９／ＡＡ及びｒｓ１２５９５８５７／ＧＧである、請求項９記載の使用。
15. 対象が、心血管障害を有する、請求項９〜１４のいずれか一項記載の使用。
16. 心血管障害が、心血管疾患、冠動脈心疾患、冠動脈疾患、高脂血症、高リポタンパク血症、アテローム動脈硬化症、末梢血管疾患、脂質異常症、高βリポタンパク血症、低αリポタンパク血症、高コレステロール血症、高トリグリセリド血症、家族性高コレステロール血症、狭心症、虚血、心虚血、卒中、心筋梗塞、再灌流傷害、血管形成術後の再狭窄、高血圧症、又は糖尿病、肥満又は内毒血症の血管合併症である、請求項１５記載の使用。
17. 心血管障害が、急性冠症候群である、請求項１５記載の使用。
18. 心血管イベントが、心血管死、蘇生された心停止、非致死性心筋梗塞、非致死性虚血性卒中、不安定狭心症、又は予期しない冠血行再建である、請求項９〜１７のいずれか一項記載の使用。
19. ＡＤＣＹ９遺伝子における１つ以上の多型性部位で応答向上型遺伝子型を有すると同定された対象の、心血管障害を処置するためのダルセトラピブを含む医薬組成物であって、１つ以上の多型性部位が：ｒｓ１９６７３０９、ｒｓ１２５９５８５７、ｒｓ２２３９３１０、ｒｓ１１６４７８２８、ｒｓ８０４９４５２、ｒｓ１２９３５８１０、ｒｓ７４７０２３８５、ｒｓ１７１３６７０７、ｒｓ８０６１１８２、ｒｓ１１１５９０４８２、ｒｓ４７８６４５４、ｒｓ２２８３４９７、ｒｓ２５３１９６７、ｒｓ３７３０１１９、及びｒｓ１３３３７６７５の１つ以上である、医薬組成物。
20. １つ以上の応答向上型遺伝子型が、ｒｓ１９６７３０９／ＡＡ、ｒｓ１９６７３０９／ＡＧ、ｒｓ１２５９５８５７／ＧＧ、ｒｓ１２５９５８５７／ＡＧ、ｒｓ１１１５９０４８２／ＡＧ、ｒｓ１１１５９０４８２／ＧＧ、ｒｓ１１６４７８２８／ＧＧ、ｒｓ１１６４７８２８／ＡＧ、ｒｓ１２９３５８１０／ＧＧ、ｒｓ１７１３６７０７／ＧＧ、ｒｓ１７１３６７０７／ＡＧ、ｒｓ２２３９３１０／ＧＧ、ｒｓ２２３９３１０／ＡＧ、ｒｓ２２８３４９７／ＡＡ、ｒｓ２２８３４９７／ＣＡ、ｒｓ２５３１９６７／ＡＡ、ｒｓ２５３１９６７／ＧＡ、ｒｓ３７３０１１９／ＡＡ、ｒｓ３７３０１１９／ＧＡ、ｒｓ４７８６４５４／ＡＡ、ｒｓ４７８６４５４／ＧＡ、ｒｓ７４７０２３８５／ＧＡ、ｒｓ７４７０２３８５／ＡＡ、ｒｓ８０４９４５２／ＧＧ、ｒｓ８０４９４５２／ＧＡ、ｒｓ８０６１１８２／ＡＡ、ｒｓ８０６１１８２／ＡＧ、及びｒｓ１３３３７６７５／ＡＧの１つ以上である、請求項１９記載の医薬組成物。
21. １つ以上の応答向上型遺伝子型が、ｒｓ１９６７３０９／ＡＡ、ｒｓ１２５９５８５７／ＧＧ、ｒｓ１１１５９０４８２／ＡＧ、ｒｓ１１１５９０４８２／ＧＧ、ｒｓ１１６４７８２８／ＧＧ、ｒｓ１２９３５８１０／ＧＧ、ｒｓ１７１３６７０７／ＧＧ、ｒｓ２２３９３１０／ＧＧ、ｒｓ２２８３４９７／ＡＡ、ｒｓ２５３１９６７／ＡＡ、ｒｓ３７３０１１９／ＡＡ、ｒｓ４７８６４５４／ＡＡ、ｒｓ７４７０２３８５／ＧＡ、ｒｓ７４７０２３８５／ＡＡ、ｒｓ８０４９４５２／ＧＧ、及びｒｓ８０６１１８２／ＡＡの１つ以上である、請求項１９記載の医薬組成物。
22. １つ以上の応答向上型遺伝子型が、ｒｓ１９６７３０９／ＡＡである、請求項１９記載の医薬組成物。
23. １つ以上の応答向上型遺伝子型が、ｒｓ１２５９５８５７／ＧＧである、請求項１９記載の医薬組成物。
24. １つ以上の応答向上型遺伝子型が、ｒｓ１９６７３０９／ＡＡ及びｒｓ１２５９５８５７／ＧＧである、請求項１９記載の医薬組成物。
25. 心血管障害が、心血管疾患、冠動脈心疾患、冠動脈疾患、高脂血症、高リポタンパク血症、アテローム動脈硬化症、末梢血管疾患、脂質異常症、高βリポタンパク血症、低αリポタンパク血症、高コレステロール血症、高トリグリセリド血症、家族性高コレステロール血症、狭心症、虚血、心虚血、卒中、心筋梗塞、再灌流傷害、血管形成術後の再狭窄、高血圧症、又は糖尿病、肥満又は内毒血症の血管合併症である、請求項１９〜２４のいずれか一項記載の医薬組成物。
26. 心血管障害が、急性冠症候群である、請求項１９〜２５のいずれか一項記載の医薬組成物。
27. ＡＤＣＹ９遺伝子における１つ以上の多型性部位で応答向上型遺伝子型を有すると同定された対象の、心血管イベントのリスクを低下させるためのダルセトラピブを含む医薬組成物であって、１つ以上の多型性部位が：ｒｓ１９６７３０９、ｒｓ１２５９５８５７、ｒｓ２２３９３１０、ｒｓ１１６４７８２８、ｒｓ８０４９４５２、ｒｓ１２９３５８１０、ｒｓ７４７０２３８５、ｒｓ１７１３６７０７、ｒｓ８０６１１８２、ｒｓ１１１５９０４８２、ｒｓ４７８６４５４、ｒｓ２２８３４９７、ｒｓ２５３１９６７、ｒｓ３７３０１１９、及びｒｓ１３３３７６７５の１つ以上である、医薬組成物。
28. 応答向上型遺伝子型が、ｒｓ１９６７３０９／ＡＡ、ｒｓ１９６７３０９／ＡＧ、ｒｓ１２５９５８５７／ＧＧ、ｒｓ１２５９５８５７／ＡＧ、ｒｓ１１１５９０４８２／ＡＧ、ｒｓ１１１５９０４８２／ＧＧ、ｒｓ１１６４７８２８／ＧＧ、ｒｓ１１６４７８２８／ＡＧ、ｒｓ１２９３５８１０／ＧＧ、ｒｓ１７１３６７０７／ＧＧ、ｒｓ１７１３６７０７／ＡＧ、ｒｓ２２３９３１０／ＧＧ、ｒｓ２２３９３１０／ＡＧ、ｒｓ２２８３４９７／ＡＡ、ｒｓ２２８３４９７／ＣＡ、ｒｓ２５３１９６７／ＡＡ、ｒｓ２５３１９６７／ＧＡ、ｒｓ３７３０１１９／ＡＡ、ｒｓ３７３０１１９／ＧＡ、ｒｓ４７８６４５４／ＡＡ、ｒｓ４７８６４５４／ＧＡ、ｒｓ７４７０２３８５／ＧＡ、ｒｓ７４７０２３８５／ＡＡ、ｒｓ８０４９４５２／ＧＧ、ｒｓ８０４９４５２／ＧＡ、ｒｓ８０６１１８２／ＡＡ、ｒｓ８０６１１８２／ＡＧ、及びｒｓ１３３３７６７５／ＡＧの１つ以上である、請求項２７記載の医薬組成物。
29. １つ以上の応答向上型遺伝子型が、ｒｓ１９６７３０９／ＡＡ、ｒｓ１２５９５８５７／ＧＧ、ｒｓ１１１５９０４８２／ＡＧ、ｒｓ１１１５９０４８２／ＧＧ、ｒｓ１１６４７８２８／ＧＧ、ｒｓ１２９３５８１０／ＧＧ、ｒｓ１７１３６７０７／ＧＧ、ｒｓ２２３９３１０／ＧＧ、ｒｓ２２８３４９７／ＡＡ、ｒｓ２５３１９６７／ＡＡ、ｒｓ３７３０１１９／ＡＡ、ｒｓ４７８６４５４／ＡＡ、ｒｓ７４７０２３８５／ＧＡ、ｒｓ７４７０２３８５／ＡＡ、ｒｓ８０４９４５２／ＧＧ、及びｒｓ８０６１１８２／ＡＡの１つ以上である、請求項２７記載の医薬組成物。
30. １つ以上の応答向上型遺伝子型が、ｒｓ１９６７３０９／ＡＡである、請求項２７記載の医薬組成物。
31. １つ以上の応答向上型遺伝子型が、ｒｓ１２５９５８５７／ＧＧである、請求項２７記載の医薬組成物。
32. １つ以上の応答向上型遺伝子型が、ｒｓ１９６７３０９／ＡＡ及びｒｓ１２５９５８５７／ＧＧである、請求項２７記載の医薬組成物。
33. 対象が、心血管障害を有する、請求項２７〜３２のいずれか一項記載の医薬組成物。
34. 心血管障害が、心血管疾患、冠動脈心疾患、冠動脈疾患、高脂血症、高リポタンパク血症、アテローム動脈硬化症、末梢血管疾患、脂質異常症、高βリポタンパク血症、低αリポタンパク血症、高コレステロール血症、高トリグリセリド血症、家族性高コレステロール血症、狭心症、虚血、心虚血、卒中、心筋梗塞、再灌流傷害、血管形成術後の再狭窄、高血圧症、又は糖尿病、肥満又は内毒血症の血管合併症である、請求項３３記載の医薬組成物。
35. 心血管障害が、急性冠症候群である、請求項３３記載の医薬組成物。
36. 心血管イベントが、心血管死、蘇生された心停止、非致死性心筋梗塞、非致死性虚血性卒中、不安定狭心症、又は予期しない冠血行再建である、請求項２７〜３５のいずれか一項記載の医薬組成物。