JP6262196B2 - 標的配列の多様化のための組成物および方法 - Google Patents

標的配列の多様化のための組成物および方法 Download PDF

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Description

（関連出願の相互参照）
本出願は、２０１２年３月１５日に出願された現在係属中の米国特許仮出願第６１／６１１，４４６号における米国特許法§１１９（ｅ）の下で利益を請求し、本出願は、その全体が参照によって本開示に援用される。
（配列表）
本願と関連する配列表は、紙での写しの代わりに、テキスト形式で提供され、それによって、本明細書に参考として援用される。配列表を含むテキストファイルの名称は、９８００８７＿４０２ＷＯ＿ＳＥＱＵＥＮＣＥ＿ＬＩＳＴＩＮＧ．ｔｘｔである。上記テキストファイルは、約１７ＫＢであり、２０１３年３月１３日に作製された。そして、ＥＦＳ−Ｗｅｂを介して電子的に提出されている。
（政府の利益に関する声明）
本発明は、米国国立衛生研究所によって授与された助成金Ｒ０１ ＧＭ４１７１２およびＵ５４ ＡＩ０８１６８０の国庫補助によってなされた。政府は本発明における特定の権利を有する。
（技術分野）
本開示は、免疫グロブリン重鎖遺伝子座に遺伝子を標的化すること、およびその中に上記遺伝子を組みこむことに関する。本明細書で開示されるベクター、組成物、および方法は、エキソビボ加速抗体進化のために特に有用である。
（関連技術の説明）
モノクローナル抗体（ｍＡｂｓ）は、治療学、診断学、および研究用試薬として十分に確立されているが、それらの使用は、所望の標的に対して必要とされる親和性および特異性を有するｍＡｂを同定することに関連する困難およびコストによって、現在制限されている。多くの目的の標的は、非常に保存されたタンパク質であり、免疫調節の機構が生理学的免疫応答から得られ得る抗体の多様性を制限している。さらに、多くの重要な治療標的は、細胞表面タンパク質であり、このことは、それらの生理学的に活性なコンホメーションが特定の抗体を誘発するための免疫化に使用される精製タンパク質もしくは膜調製物によっては容易に再現されないので、ｍＡｂの開発に対する特別な挑戦を示す。これらの細胞表面成分は、特定の臨床上有用な状況に対するいくつかの特に価値の高い標的（例えば、サイトカインレセプターおよびＧタンパク質共役レセプター）を含む。
ｍＡｂの発見に対しての大部分の現在のストラテジーは、インビボおよび／もしくはインビトロアプローチを使用する。インビボアプローチは、免疫化による特定の抗体生成Ｂ細胞の活性化および選択、その後のハイブリドーマの生成を含む（Ｋｏｈｌｅｒ ｅｔ ａｌ．， １９７５； Ｃｈｉａｒｅｌｌａ ｅｔ ａｌ．， ２００８）。このプロセスは、コストがかかり、時間を浪費する。なぜなら、広範なスクリーニング、および多くの場合には、その後の、親和性成熟を含む工程は、所望の特性を有するｍＡｂを得るために必要とされるからである。それはまた、免疫寛容によっても制限され、いくつかの抗原を特異的に認識する抗体が得られるのを困難にもしくは不可能にする。さらに、ｍＡｂがいったん同定されても、その親和性もしくは機能性のさらなる最適化に対する手っ取り早い路はない。インビトロアプローチは、しばしば、多数の合成の一本鎖抗体（典型的には、ファージ上でディスプレイされる）のスクリーニングに依存する（Ｗｉｎｔｅｒ ｅｔ ａｌ．， １９９４； Ｂｒａｔｋｏｖｉｃ ｅｔ ａｌ．， ２０１０）。これら抗体は、免疫レパートリーに由来する、しばしば、回復期個体に由来する連結された免疫グロブリン重鎖可変（ＶＨ）領域および軽鎖可変（ＶＬ）領域をコードするクローニングされた遺伝子によって発現される（Ｇｒａｎｄｅａ ｅｔ ａｌ．， ２０１０； Ｈａｍｍｏｎｄ ｅｔ ａｌ．， ２０１０）。それらは、インビトロでの選択が付随する反復ＰＣＲベースの変異誘発によって、ハイスループットアプローチを使用して、さらに最適化され得る。しかし、結局の成功は、出発ライブラリーおよびそれらの供給源の品質に依存し、全ての一本鎖抗体が実用的な応用のために天然の抗体に容易に置換され得るわけではない。
ｍＡｂの発見はまた、不死化Ｂ細胞でエキソビボで行われ得る。Ｂ細胞は、免疫グロブリン（Ｉｇ）分子をその細胞表面に提示し、抗原認識のための選択を促進する。いくつかのＢ細胞株では、免疫グロブリン（Ｉｇ）遺伝子多様化の生理学的経路は、活性なままであり、培養物中での高親和性抗体の進化を可能にする。ニワトリＢ細胞株ＤＴ４０は、このような目的に特に適合し得ることが判明した（Ｃｕｍｂｅｒｓ ｅｔ ａｌ．， ２００２； Ｓｅｏ ｅｔ ａｌ．， ２００５； Ｋａｊｉｔａ ｅｔ ａｌ．， ２０１０）。ＤＴ４０は、嚢リンパ腫に由来し、ＤＴ４０細胞は、それらの免疫グロブリン重鎖可変（ＶＨ）領域および軽鎖可変（ＶＬ）領域遺伝子を構成的に多様化させる（Ａｒａｋａｗａ ｅｔ ａｌ．， ２００４）。進行中の多様化は、２つの経路、遺伝子変換および体細胞超変異によって起こっている（Ｍａｉｚｅｌｓ ｅｔ ａｌ．， ２００５）。簡潔には、大部分の変異はテンプレートとなり、遺伝子変換の結果として生じ、非機能的偽Ｖ領域は、上記再構成され転写されたＶ遺伝子への配列の移入のためのドナーとして働く。さずかな変異がテンプレートにならず、体細胞超変異（抗原活性化ヒトＢ細胞およびマウスＢ細胞のＩｇ遺伝子における点変異を発生させる変異誘発経路）の結果として生じる。ＤＴ４０細胞は、（ヒトＢ細胞株の２０〜２４時間と比較すると）８〜１０時間という倍加時間で急速に増殖し、磁性活性化セルソーティング（ＭＡＣＳ）、蛍光活性化セルソーティング（ＦＡＣＳ）および単一細胞クローニングを含む実験操作に対して強い。最も重要なことには、ＤＴ４０細胞は、非常に効率的な相同遺伝子標的化を支援する（Ｂｕｅｒｓｔｅｄｄｅ ｅｔ ａｌ．， １９９１）ので、ゲノム領域は、多くの場合、適切に設計された相同組換えストラテジーを使用して、所望される場合に置換もしくは改変され得る。
抗体進化に関するＤＴ４０細胞のかなりの潜在能力にも拘わらず、それらの有用性は、実際にはこれまで制限されてきた。なぜなら、他の形質転換されたＢ細胞株のように、Ｉｇ遺伝子多様化が１％未満の生理学的割合で起こるからである。ＤＴ４０細胞での多様化を加速するために、いくつかのアプローチが使用されてきた。これは、相同組換え経路を無力にすることによって達成され得る（Ｃｕｍｂｅｒｓ ｅｔ ａｌ．， ２００２）が、そのように操作された細胞は、遺伝子標的化を行う能力もしくはそれらのＩｇ遺伝子を遺伝子変換によって多様化する能力を失っており、多様化は、ヒトもしくはマウスにおける抗原駆動の体細胞超変異の間に生じるもののようなテンプレートとならない点変異を生じさせる。多様化はまた、ヒストンデアセチラーゼインヒビターであるトリコスタチンＡでの細胞の処理によって加速され得る（Ｓｅｏ ｅｔ ａｌ．， ２００５）。このアプローチは、遺伝子変換の速度を増大させるが、点変異誘発を促進せず、潜在的な多様性を制限する。目的の標的遺伝子（例えば、抗体コード遺伝子）におけるコード配列の多様性のより迅速でかつ効率的な生成が、未だ明らかに必要である。ここに記載される組成物および方法は、この必要性に対処し、他の関連する利点を提供する。
Ｋｏｈｌｅｒ Ｇ， Ｍｉｌｓｔｅｉｎ Ｃ （１９７５） Ｃｏｎｔｉｎｕｏｕｓ ｃｕｌｔｕｒｅｓ ｏｆ ｆｕｓｅｄ ｃｅｌｌｓ ｓｅｃｒｅｔｉｎｇ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｏｆ ｐｒｅｄｅｆｉｎｅｄ ｓｐｅｃｉｆｉｃｉｔｙ． Ｎａｔｕｒｅ ２５６： ４９５−４９７ Ｃｈｉａｒｅｌｌａ Ｐ， Ｆａｚｉｏ ＶＭ （２００８） Ｍｏｕｓｅ ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｉｎ ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ ｒｅｓｅａｒｃｈ： ｓｔｒａｔｅｇｉｅｓ ｆｏｒ ｈｉｇｈ−ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ． Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ Ｌｅｔｔ ３０： １３０３−１３１０ Ｗｉｎｔｅｒ Ｇ， Ｇｒｉｆｆｉｔｈｓ ＡＤ， Ｈａｗｋｉｎｓ ＲＥ， Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍ ＨＲ （１９９４） Ｍａｋｉｎｇ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｂｙ ｐｈａｇｅ ｄｉｓｐｌａｙ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ． Ａｎｎｕ Ｒｅｖ Ｉｍｍｕｎｏｌ １２： ４３３−４５５ Ｂｒａｔｋｏｖｉｃ Ｔ （２０１０） Ｐｒｏｇｒｅｓｓ ｉｎ ｐｈａｇｅ ｄｉｓｐｌａｙ： ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ｔｅｃｈｎｉｑｕｅ ａｎｄ ｉｔｓ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ． Ｃｅｌｌ Ｍｏｌ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉ ６７： ７４９−７６７ Ｇｒａｎｄｅａ ＡＧ， ３ｒｄ， Ｏｌｓｅｎ ＯＡ， Ｃｏｘ ＴＣ， Ｒｅｎｓｈａｗ Ｍ， Ｈａｍｍｏｎｄ ＰＷ， ｅｔ ａｌ． （２０１０） Ｈｕｍａｎ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｒｅｖｅａｌ ａ ｐｒｏｔｅｃｔｉｖｅ ｅｐｉｔｏｐｅ ｔｈａｔ ｉｓ ｈｉｇｈｌｙ ｃｏｎｓｅｒｖｅｄ ａｍｏｎｇ ｈｕｍａｎ ａｎｄ ｎｏｎｈｕｍａｎ ｉｎｆｌｕｅｎｚａ Ａ ｖｉｒｕｓｅｓ． Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ Ｕ Ｓ Ａ １０７： １２６５８−１２６６３ Ｈａｍｍｏｎｄ ＰＷ （２０１０） Ａｃｃｅｓｓｉｎｇ ｔｈｅ ｈｕｍａｎ ｒｅｐｅｒｔｏｉｒｅ ｆｏｒ ｂｒｏａｄｌｙ ｎｅｕｔｒａｌｉｚｉｎｇ ＨＩＶ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ． ＭＡｂｓ ２： １５７−１６４ Ｃｕｍｂｅｒｓ ＳＪ， Ｗｉｌｌｉａｍｓ ＧＴ， Ｄａｖｉｅｓ ＳＬ， Ｇｒｅｎｆｅｌｌ ＲＬ， Ｔａｋｅｄａ Ｓ， ｅｔ ａｌ． （２００２） Ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ａｎｄ ｉｔｅｒａｔｉｖｅ ａｆｆｉｎｉｔｙ ｍａｔｕｒａｔｉｏｎ ｏｆ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｉｎ ｖｉｔｒｏ ｕｓｉｎｇ ｈｙｐｅｒｍｕｔａｔｉｎｇ Ｂ−ｃｅｌｌ ｌｉｎｅｓ． Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ ２０： １１２９−１１３４ Ｓｅｏ Ｈ， Ｍａｓｕｏｋａ Ｍ， Ｍｕｒｏｆｕｓｈｉ Ｈ， Ｔａｋｅｄａ Ｓ， Ｓｈｉｂａｔａ Ｔ， ｅｔ ａｌ． （２００５） Ｒａｐｉｄ ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ｏｆ ｓｐｅｃｉｆｉｃ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｂｙ ｅｎｈａｎｃｅｄ ｈｏｍｏｌｏｇｏｕｓ ｒｅｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎ． Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ ２３： ７３１−７３５ Ｍａｉｚｅｌｓ Ｎ （２００５） Ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ ｇｅｎｅ ｄｉｖｅｒｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ． Ａｎｎｕ Ｒｅｖ Ｇｅｎｅｔ ３９： ２３−４６ Ｂｕｅｒｓｔｅｄｄｅ ＪＭ， Ｔａｋｅｄａ Ｓ （１９９１） Ｉｎｃｒｅａｓｅｄ ｒａｔｉｏ ｏｆ ｔａｒｇｅｔｅｄ ｔｏ ｒａｎｄｏｍ ｉｎｔｅｇｒａｔｉｏｎ ａｆｔｅｒ ｔｒａｎｓｆｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ｃｈｉｃｋｅｎ Ｂ ｃｅｌｌ ｌｉｎｅｓ． Ｃｅｌｌ ６７： １７９−１８８
本明細書で記載される特定の実施形態によれば、標的遺伝子をニワトリ免疫グロブリン遺伝子重鎖遺伝子座へ組みこむための組換えポリヌクレオチドベクターが提供され、上記ベクターは、（ａ）ニワトリ免疫グロブリンＶＨ遺伝子上流核酸配列領域；（ｂ）ニワトリファブリキウス嚢細胞の集団から単離された再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＨ−Ｄ−ＪＨ遺伝子を含む標的遺伝子；および（ｃ）ニワトリ免疫グロブリンＪＨ遺伝子下流核酸配列領域を含み、ここで上記標的遺伝子は、ＤＴ４０細胞の上記ニワトリ免疫グロブリン重鎖遺伝子座に組みこまれる際に、（ｉ）免疫グロブリンＶＨ領域コード配列における体細胞超変異、および（ｉｉ）再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＨコード核酸配列とＤＴ４０ ＶＨ偽遺伝子核酸配列との間の遺伝子変換のうちのいずれかもしくはその両方を受け得る。特定の実施形態において、上記標的遺伝子は、マーカータンパク質をコードするポリヌクレオチド配列をさらに含み、これは、特定のさらなる実施形態において、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）および青色蛍光タンパク質（ＢＦＰ）から選択される。他の実施形態において、上記体細胞超変異は、免疫グロブリンＶＨ相補性決定領域コード配列および免疫グロブリンＶＨフレームワーク領域コード配列のうちのいずれかもしくはその両方で起こる。
特定の実施形態において、複数の標的遺伝子を複数のニワトリ免疫グロブリン遺伝子重鎖遺伝子座へ組みこむための複数の組換えポリヌクレオチドベクターを含む組成物が提供され、上記ベクターの各々は、（ａ）ニワトリ免疫グロブリンＶＨ遺伝子上流核酸配列領域；（ｂ）ニワトリファブリキウス嚢細胞の集団から単離された再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＨ−Ｄ−ＪＨ遺伝子を含む標的遺伝子；および（ｃ）ニワトリ免疫グロブリンＪＨ遺伝子下流核酸配列領域を含み、ここで上記標的遺伝子は、ＤＴ４０細胞のニワトリ免疫グロブリン重鎖遺伝子座に組みこまれる際に、（ｉ）免疫グロブリンＶＨ領域コード配列における体細胞超変異、および（ｉｉ）上記再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＨコード核酸配列とＤＴ４０ ＶＨ偽遺伝子核酸配列との間の遺伝子変換、のうちのいずれかもしくはその両方を受け得、そしてここで上記再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＨ−Ｄ−ＪＨ遺伝子は、ニワトリファブリキウス嚢細胞の集団から単離された複数の再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＨ−Ｄ−ＪＨ遺伝子から得られる。特定の実施形態において、上記標的遺伝子は、マーカータンパク質をコードするポリヌクレオチド配列をさらに含み、これは、特定のさらなる実施形態において、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）および青色蛍光タンパク質（ＢＦＰ）から選択される。特定の実施形態において、上記体細胞超変異は、免疫グロブリンＶＨ相補性決定領域コード配列および免疫グロブリンＶＨフレームワーク領域コード配列のうちのいずれかもしくはその両方で起こる。
別の実施形態において、（ａ）上記のベクター；および（ｂ）第２の標的遺伝子を免疫グロブリン遺伝子軽鎖遺伝子座へ組みこむための第２のベクターを含む組成物が提供され、上記第２のベクターは、（１）ニワトリ免疫グロブリンＶＬ遺伝子上流核酸配列領域；（２）必要に応じてニワトリファブリキウス嚢細胞の集団から単離された再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＬ−ＪＬ遺伝子を含む第２の標的遺伝子；および（３）ニワトリ免疫グロブリンＪＬ遺伝子下流核酸配列領域を含み、ここで上記第２の標的遺伝子は、ＤＴ４０細胞のニワトリ免疫グロブリン軽鎖遺伝子座に組みこまれる際に、（ｉ）免疫グロブリンＶＬ領域コード配列における体細胞超変異、および（ｉｉ）再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＬコード核酸配列とＤＴ４０ ＶＬ偽遺伝子核酸配列との間の遺伝子変換のうちのいずれかもしくはその両方を受け得る。別の実施形態において、（１）上記の組成物；および（２）複数の標的遺伝子を複数のニワトリ免疫グロブリン遺伝子軽鎖遺伝子座へと組みこむための１または複数の組換えポリヌクレオチドベクターを含む組成物が提供され、上記ベクターの各々は、（ａ）ニワトリ免疫グロブリンＶＬ遺伝子上流核酸配列領域；（ｂ）必要に応じてニワトリファブリキウス嚢細胞の集団から単離された再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＬ−ＪＬ遺伝子を含む第２の標的遺伝子；および（ｃ）ニワトリ免疫グロブリンＪＬ遺伝子下流核酸配列領域を含み、ここで上記第２の標的遺伝子は、ＤＴ４０細胞のニワトリ免疫グロブリン軽鎖遺伝子座に組みこまれる際に、（ｉ）免疫グロブリンＶＬ領域コード配列における体細胞超変異、および（ｉｉ）再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＬコード核酸配列とＤＴ４０ ＶＬ偽遺伝子核酸配列との間の遺伝子変換のうちのいずれかもしくはその両方を受け得、そしてここで必要に応じて、上記再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＬ−ＪＬ遺伝子は、ニワトリファブリキウス嚢細胞の集団由来の複数の単離された、再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＬ−ＪＬ遺伝子から得られる。特定の実施形態において、上記第２の標的遺伝子は、第２のマーカータンパク質をコードするポリヌクレオチド配列をさらに含み、これは、特定のなおさらなる実施形態において、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）および青色蛍光タンパク質（ＢＦＰ）から選択される。特定の実施形態において、上記体細胞超変異は、免疫グロブリンＶＬ相補性決定領域コード配列および免疫グロブリンＶＬフレームワーク領域コード配列のうちのいずれかもしくはその両方で起こる。
本明細書で記載される本発明の特定の実施形態は、上記のベクターもしくは組成物のうちのいずれかを含む宿主細胞を提供する。特定の実施形態において、上記宿主細胞は、細菌細胞である。特定の実施形態において、上記宿主細胞は、ニワトリ細胞由来であるか、もしくはニワトリ嚢リンパ腫細胞であるか、またはＤＴ４０細胞であり、特定のさらなる実施形態において、上記宿主細胞における免疫グロブリン遺伝子重鎖遺伝子座は、重合ラクトースオペレーターを含み、そして／または上記宿主細胞における免疫グロブリン遺伝子軽鎖遺伝子座は、重合ラクトースオペレーターを含む。特定の他の実施形態によれば、本明細書で記載される宿主細胞のライブラリーが提供される。
本発明の別の実施形態に話を変えると、標的遺伝子をニワトリ免疫グロブリン重鎖遺伝子座へと組みこむための方法が提供され、上記方法は、（ａ）ニワトリＢ細胞を上記ベクターのうちの１つでトランスフェクトする工程もしくはニワトリＢ細胞を上記組成物のうちの１つでトランスフェクトする工程；および（ｂ）上記標的遺伝子が上記免疫グロブリン重鎖遺伝子座に組みこまれたニワトリＢ細胞を同定する工程を包含する。別の実施形態において、第１の標的遺伝子をニワトリ免疫グロブリン重鎖遺伝子座に組み込み、第２の標的遺伝子を免疫グロブリン軽鎖遺伝子座に組みこむための方法が提供され、上記方法は、（ａ）１または複数のニワトリＢ細胞を、上記の組成物のうちの１つでトランスフェクトして、１または複数のトランスフェクトされたＢ細胞を得る工程；および（ｂ）再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＨ−Ｄ−ＪＨ遺伝子を含む上記標的遺伝子が上記免疫グロブリン遺伝子重鎖遺伝子座に組みこまれ、上記第２の標的遺伝子が上記免疫グロブリン遺伝子軽鎖遺伝子座に組みこまれた、トランスフェクトされたニワトリＢ細胞を（ａ）から同定する工程を包含する。別の実施形態において、再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＨ−Ｄ−ＪＨ遺伝子を含む標的遺伝子によってコードされる標的ポリペプチドのニワトリ免疫グロブリン重鎖ポリペプチド配列改変体のレパートリーを生成するための方法が提供され、上記方法は、上記ベクターのうちの１つを含むニワトリＢ細胞を、複数のＢ細胞が得られるまで、上記Ｂ細胞の増殖を可能にする条件下で培養する工程を包含し、ここで上記Ｂ細胞は、（ｉ）免疫グロブリンＶＨ相補性決定領域コード配列における体細胞超変異、および（ｉｉ）再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＨコード核酸配列とＶＨ偽遺伝子核酸配列との間の遺伝子変換のうちのいずれかもしくはその両方の能力があり、それによって、上記標的ポリペプチドのニワトリ免疫グロブリン重鎖ポリペプチド配列改変体のレパートリーを生成する能力がある。特定の関連実施形態において、上記ニワトリＢ細胞は、第２の標的遺伝子をニワトリ免疫グロブリン遺伝子軽鎖遺伝子座へと組みこむための第２のベクターをさらに含み、上記第２のベクターは、（ａ）ニワトリ免疫グロブリンＶＬ遺伝子上流核酸配列領域；（ｂ）必要に応じてニワトリファブリキウス嚢細胞の集団から単離された再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＬ−ＪＬ遺伝子を含む第２の標的遺伝子；および（ｃ）ニワトリ免疫グロブリンＪＬ遺伝子下流核酸配列領域を含み、ここで上記第２の標的遺伝子は、ＤＴ４０細胞のニワトリ免疫グロブリン軽鎖遺伝子座に組みこまれる際に、（ｉ）免疫グロブリンＶＬ相補性決定領域コード配列における体細胞超変異、および（ｉｉ）再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＬコード核酸配列とＤＴ４０ ＶＬ偽遺伝子核酸配列との間の遺伝子変換のうちのいずれかもしくは両方を受け得る。特定のさらなる実施形態において、上記ニワトリ免疫グロブリン遺伝子軽鎖遺伝子座は、重合ラクトースオペレーターを含む。特定の他のさらなる実施形態において、上記ニワトリ細胞は、ＤＴ４０およびＤＴＬａｃＯから選択される。特定の他の実施形態によれば、上記方法は、抗原への結合に関して上記複数のニワトリＢ細胞をスクリーニングする工程をさらに包含する。
本明細書に記載される発明のこれらの局面および他の局面、ならびに実施形態は、以下の詳細な説明および添付の図面を参照すれば明らかである。本明細書で言及され、そして／または出願データシートに列挙されている米国特許、米国特許出願公報、米国特許出願、外国特許、外国特許出願および非特許刊行物の全ては、各々が個々に援用されるかのように、それらの全体において本明細書に参考として援用される。本発明の局面および実施形態は、種々の特許、出願および刊行物の概念を使用して、なおさらなる実施形態を提供するために、必要であれば改変され得る。
本発明の実施形態において、例えば以下の項目が提供される。
（項目１）
標的遺伝子をニワトリ免疫グロブリン遺伝子重鎖遺伝子座へ組みこむための組換えポリヌクレオチドベクターであって、該ベクターは、
（ａ）ニワトリ免疫グロブリンＶ Ｈ 遺伝子上流核酸配列領域；
（ｂ）ニワトリファブリキウス嚢細胞の集団から単離された再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶ Ｈ −Ｄ−Ｊ Ｈ 遺伝子を含む標的遺伝子；および
（ｃ）ニワトリ免疫グロブリンＪ Ｈ 遺伝子下流核酸配列領域、
を含み、
ここで該標的遺伝子は、ＤＴ４０細胞の該ニワトリ免疫グロブリン重鎖遺伝子座に組みこまれる際に、（ｉ）免疫グロブリンＶ Ｈ 領域コード配列における体細胞超変異、および（ｉｉ）再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶ Ｈ コード核酸配列と、ＤＴ４０ Ｖ Ｈ 偽遺伝子核酸配列との間の遺伝子変換のうちのいずれかもしくはその両方を受け得る、ベクター。
（項目２）
前記標的遺伝子は、マーカータンパク質をコードするポリヌクレオチド配列をさらに含む、項目１に記載のベクター。
（項目３）
前記マーカータンパク質は、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）および青色蛍光タンパク質（ＢＦＰ）から選択される、項目２に記載のベクター。
（項目４）
前記体細胞超変異は、免疫グロブリンＶ Ｈ 相補性決定領域コード配列および免疫グロブリンＶ Ｈ フレームワーク領域コード配列のうちのいずれかもしくはその両方で起こる、項目１に記載のベクター。
（項目５）
複数の標的遺伝子を複数のニワトリ免疫グロブリン遺伝子重鎖遺伝子座に組みこむための複数の組換えポリヌクレオチドベクターを含む組成物であって、該ベクターの各々は、
（ａ）ニワトリ免疫グロブリンＶ Ｈ 遺伝子上流核酸配列領域；
（ｂ）ニワトリファブリキウス嚢細胞の集団から単離された再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶ Ｈ −Ｄ−Ｊ Ｈ 遺伝子を含む標的遺伝子；および
（ｃ）ニワトリ免疫グロブリンＪ Ｈ 遺伝子下流核酸配列領域、
を含み、
ここで該標的遺伝子は、ＤＴ４０細胞の該ニワトリ免疫グロブリン重鎖遺伝子座に組みこまれる際に、（ｉ）免疫グロブリンＶ Ｈ 領域コード配列における体細胞超変異、および（ｉｉ）該再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶ Ｈ コード核酸配列と、ＤＴ４０ Ｖ Ｈ 偽遺伝子核酸配列との間の遺伝子変換のうちのいずれかもしくはその両方を受け得、
ここで該再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶ Ｈ −Ｄ−Ｊ Ｈ 遺伝子は、ニワトリファブリキウス嚢細胞の集団から単離された、複数の再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶ Ｈ −Ｄ−Ｊ Ｈ 遺伝子から得られる、
組成物。
（項目６）
前記標的遺伝子は、マーカータンパク質をコードするポリヌクレオチド配列をさらに含む、項目５に記載の組成物。
（項目７）
前記マーカータンパク質は、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）および青色蛍光タンパク質（ＢＦＰ）から選択される、項目６に記載の組成物。
（項目８）
前記体細胞超変異は、免疫グロブリンＶ Ｈ 相補性決定領域コード配列および免疫グロブリンＶ Ｈ フレームワーク領域コード配列のうちのいずれかもしくはその両方で起こる、項目５に記載の組成物。
（項目９）
組成物であって、
（ａ）項目１〜４のいずれか１項に記載のベクター；ならびに
（ｂ）第２の標的遺伝子を免疫グロブリン遺伝子軽鎖遺伝子座に組みこむための第２のベクターであって、
（１）ニワトリ免疫グロブリンＶ Ｌ 遺伝子上流核酸配列領域；
（２）ニワトリファブリキウス嚢細胞の集団から単離された再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶ Ｌ −Ｊ Ｌ 遺伝子を含む第２の標的遺伝子；および
（３）ニワトリ免疫グロブリンＪ Ｌ 遺伝子下流核酸配列領域、
を含む、第２のベクター；
を含み、ここで該第２の標的遺伝子は、ＤＴ４０細胞の該ニワトリ免疫グロブリン軽鎖遺伝子座に組みこまれる際に、（ｉ）免疫グロブリンＶ Ｌ 領域コード配列における体細胞超変異、および（ｉｉ）再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶ Ｌ コード核酸配列と、ＤＴ４０ Ｖ Ｌ 偽遺伝子核酸配列との間の遺伝子変換のうちのいずれかもしくはその両方を受け得る、組成物。
（項目１０）
組成物であって、
（１）項目５〜８のいずれか１項に記載の組成物；ならびに
（２）複数の標的遺伝子を、複数のニワトリ免疫グロブリン遺伝子軽鎖遺伝子座へ組みこむための１つまたは複数の組換えポリヌクレオチドベクターであって、該ベクターの各々は、
（ａ）ニワトリ免疫グロブリンＶ Ｌ 遺伝子上流核酸配列領域；
（ｂ）ニワトリファブリキウス嚢細胞の集団から単離された、再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶ Ｌ −Ｊ Ｌ 遺伝子を含む第２の標的遺伝子；および
（ｃ）ニワトリ免疫グロブリンＪ Ｌ 遺伝子下流核酸配列領域、
を含み、ここで該第２の標的遺伝子は、ＤＴ４０細胞の該ニワトリ免疫グロブリン軽鎖遺伝子座へ組みこまれる際に、（ｉ）免疫グロブリンＶ Ｌ 領域コード配列における体細胞超変異、および（ｉｉ）再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶ Ｌ コード核酸配列と、ＤＴ４０ Ｖ Ｌ 偽遺伝子核酸配列との間の遺伝子変換のうちのいずれかもしくはその両方を受け得、そして
ここで該再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶ Ｌ −Ｊ Ｌ 遺伝子は、ニワトリファブリキウス嚢細胞の集団由来の複数の単離された再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶ Ｌ −Ｊ Ｌ 遺伝子から得られる、
組成物。
（項目１１）
前記第２の標的遺伝子は、第２のマーカータンパク質をコードするポリヌクレオチド配列をさらに含む、項目９または１０に記載の組成物。
（項目１２）
前記第２のマーカータンパク質は、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）および青色蛍光タンパク質（ＢＦＰ）から選択される、項目１１に記載の組成物。
（項目１３）
前記体細胞超変異は、免疫グロブリンＶ Ｌ 相補性決定領域コード配列および免疫グロブリンＶ Ｌ フレームワーク領域コード配列のうちのいずれかもしくはその両方で起こる、項目９または１０のいずれかに記載の組成物。
（項目１４）
項目１〜４のいずれか１項に記載のベクター、または項目５〜８および９〜１３のいずれか１項に記載の組成物を含む、宿主細胞。
（項目１５）
前記細胞は、細菌細胞である、項目１４に記載の宿主細胞。
（項目１６）
前記細胞は、ニワトリ細胞に由来する、項目１４に記載の宿主細胞。
（項目１７）
前記細胞は、ニワトリ嚢リンパ腫細胞である、項目１４に記載の宿主細胞。
（項目１８）
前記細胞は、ＤＴ４０細胞である、項目１４に記載の宿主細胞。
（項目１９）
前記宿主細胞における免疫グロブリン遺伝子重鎖遺伝子座は、重合ラクトースオペレーターを含む、項目１６〜１８のいずれか１項に記載の宿主細胞。
（項目２０）
前記宿主細胞における免疫グロブリン遺伝子軽鎖遺伝子座は、重合ラクトースオペレーターを含む、項目１６〜１９のいずれか１項に記載の宿主細胞。
（項目２１）
項目１４〜２０のいずれか１項に記載の宿主細胞のライブラリー。
（項目２２）
標的遺伝子をニワトリ免疫グロブリン重鎖遺伝子座に組みこむための方法であって、該方法は、
（ａ）ニワトリＢ細胞を項目１〜３のいずれか１項に記載のベクターでトランスフェクトするか、またはニワトリＢ細胞を項目５〜８のいずれか１項に記載の組成物でトランスフェクトする工程；および
（ｂ）該標的遺伝子が該免疫グロブリン重鎖遺伝子座に組みこまれたニワトリＢ細胞を同定する工程、
を包含する、方法。
（項目２３）
第１の標的遺伝子をニワトリ免疫グロブリン重鎖遺伝子座に組み込み、第２の標的遺伝子を免疫グロブリン軽鎖遺伝子座に組みこむための方法であって、該方法は、
（ａ）１または複数のニワトリＢ細胞を、項目９〜１３のいずれか１項に記載の組成物でトランスフェクトして、１または複数のトランスフェクトしたＢ細胞を得る工程；ならびに
（ｂ）再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶ Ｈ −Ｄ−Ｊ Ｈ 遺伝子を含む該標的遺伝子が該免疫グロブリン遺伝子重鎖遺伝子座に組みこまれ、該第２の標的遺伝子が該免疫グロブリン遺伝子軽鎖遺伝子座に組みこまれた、トランスフェクトされたニワトリＢ細胞を（ａ）から同定する工程、
を包含する、方法。
（項目２４）
再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶ Ｈ −Ｄ−Ｊ Ｈ 遺伝子を含む標的遺伝子によってコードされる標的ポリペプチドの、ニワトリ免疫グロブリン重鎖ポリペプチド配列改変体のレパートリーを生成するための方法であって、該方法は、
項目１〜３のいずれか１項に記載のベクターを含むニワトリＢ細胞を、複数のＢ細胞が得られるまで、該Ｂ細胞の増殖を可能にする条件下で培養する工程であって、ここで該Ｂ細胞は、（ｉ）免疫グロブリンＶ Ｈ 相補性決定領域コード配列における体細胞超変異、および（ｉｉ）再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶ Ｈ コード核酸配列と、Ｖ Ｈ 偽遺伝子核酸配列との間の遺伝子変換のうちのいずれかもしくはその両方が可能であり、そしてそれによって、該標的ポリペプチドのニワトリ免疫グロブリン重鎖ポリペプチド配列改変体のレパートリーを生成し得る、工程、
を包含する、方法。
（項目２５）
項目２４に記載の方法であって、前記ニワトリＢ細胞は、第２の標的遺伝子をニワトリ免疫グロブリン遺伝子軽鎖遺伝子座に組みこむための第２のベクターをさらに含み、該第２のベクターは、
（ａ）ニワトリ免疫グロブリンＶ Ｌ 遺伝子上流核酸配列領域；
（ｂ）ニワトリファブリキウス嚢細胞の集団から単離された再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶ Ｌ −Ｊ Ｌ 遺伝子を含む第２の標的遺伝子；および
（ｃ）ニワトリ免疫グロブリンＪ Ｌ 遺伝子下流核酸配列領域、
を含み、ここで該第２の標的遺伝子は、ＤＴ４０細胞の該ニワトリ免疫グロブリン軽鎖遺伝子座へと組みこまれる際に、（ｉ）免疫グロブリンＶ Ｌ 相補性決定領域コード配列における体細胞超変異、および（ｉｉ）再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶ Ｌ コード核酸配列と、ＤＴ４０ Ｖ Ｌ 偽遺伝子核酸配列との間の遺伝子変換のうちのいずれかもしくはその両方を受け得る、
方法。
（項目２６）
前記ニワトリ免疫グロブリン遺伝子軽鎖遺伝子座は、重合ラクトースオペレーターを含む、項目２５に記載の方法。
（項目２７）
前記ニワトリ細胞は、ＤＴ４０およびＤＴＬａｃＯから選択される、項目２２〜２６のいずれか１項に記載の方法。
（項目２８）
抗原への結合について前記複数のニワトリＢ細胞をスクリーニングする工程をさらに包含する、項目２５または２６に記載の方法。
図１は、加速されたクローン多様化（ａｃｃｅｌｅｒａｔｅｄ ｃｌｏｎａｌ ｄｉｖｅｒｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ）を操作する２工程の模式図を示す。上の模式図は、可変（ＶＤＪ）領域、定常（Ｃμ）領域、および上流ψＶＨアレイを含む、再構成され発現されたＩｇ重鎖遺伝子座（ＩｇＨ）を示す。ＩｇＨは、ＤＴ４０ ＰｏｌｙＬａｃＯ−λＲ細胞（これは、上記再構成され発現されたＩｇ軽鎖もしくはλ遺伝子座（Ｉｇλ）に標的化されたＰｏｌｙＬａｃＯを有する）における上記ψＶＨアレイ内にＰｏｌｙＬａｃＯを挿入することによって最初に改変された（Ｃｕｍｍｉｎｇｓ ｅｔ ａｌ．， ２００７； Ｃｕｍｍｉｎｇｓ ｅｔ ａｌ．， ２００８； Ｙａｂｕｋｉ ｅｔ ａｌ．， ２００９）。次に、この遺伝子座を、内因性ＶＨ（ＶＤＪ）領域をナイーブなニワトリ由来のＶＨ領域で置換することによってさらに改変した。
図２は、ＤＴＬａｃＯ細胞における加速されたクローン多様化速度を示す。（Ａ）３つの代表的クローン性ＤＴＬａｃＯ ＬａｃＩ−ＨＰ１トランスフェクタントの表面ＩｇＭ（ｓＩｇＭ）喪失アッセイ。各培養物中のｓＩｇＭ−細胞の割合を、各パネルの右下に示す。（Ｂ）ｓＩｇＭ喪失アッセイのまとめ。各白丸は、トランスフェクションの３週間後に分析した１つのクローン性トランスフェクタントにおけるｓＩｇＭ−細胞のパーセンテージを表す。分析した細胞は、以下のとおりであった： ＤＴ４０ ＰｏｌｙＬａｃＯ−λＲ ＧＦＰ−ＬａｃＩコントロールトランスフェクタント（ｎ＝２７）； ＤＴ４０ ＰｏｌｙＬａｃＯ−λＲ ＬａｃＩ−ＨＰ１トランスフェクタント（ｎ＝１６）、およびＤＴＬａｃＯ ＬａｃＩ−ＨＰ１トランスフェクタント（ｎ＝２０）。（Ｃ）ＧＦＰ−ＬａｃＩコントロールトランスフェクタントに対する、ＤＴ４０ ＰｏｌｙＬａｃＯ−λＲ ＬａｃＩ−ＨＰ１およびＤＴＬａｃＯ ＬａｃＩ−ＨＰ１トランスフェクタントのｓＩｇＭ喪失の中央値。
図３は、ＤＴＬａｃＯ細胞における抗ストレプトアビジン（ＳＡｖ）抗体の迅速な進化を示す。（Ａ）ＤＴＬａｃＯ細胞（左）もしくはＤＴＬａｃＯ Ｅ４７−ＬａｃＩ細胞（右）の連続的に選択された細胞集団のＳＡｖ結合プロフィール。選択を、平均して１週間間隔で行った。細胞数を、ＳＡｖ−ＰＥ蛍光シグナルに対してプロットした。連続的な選択回の集団を、ピークの上に明示した（Ｓ０−Ｓ７）。「プレ」は、いかなるソーティングをも行う前の集団を明示する（灰色部分）。（Ｂ）ＤＴＬａｃＯ Ｅ４７−ＬａｃＩ Ｓ７集団の飽和結合速度論。（Ｃ）生殖系列と比較した、高親和性選択した抗ＳＡｖ ｍＡｂの配列（Ｒｅｙｎａｕｄ ｅｔ ａｌ．， １９８７； Ｒｅｙｎａｕｄ ｅｔ ａｌ．， １９８９）。相補性決定領域（ＣＤＲ）は、ボックスでの囲みによって同定される。上記抗ＳＡｖ ｍＡｂのＶλのＣＤＲ１中の１８残基挿入／重複は、抗ＳＡｖ ｍＡｂｓを、いかなる遺伝的操作をも受けなかったＤＴ４０細胞から選択する、他者によって報告された軽鎖ＣＤＲ１における挿入を再現した（Ｓｅｏ ｅｔ ａｌ．， ２００５）。生殖系列ＶＨおよびＶλ配列は、それぞれ、配列番号１７および１９に示される。上記抗ＳＡｖ ｍＡｂのＶＨおよびＶλ配列は、それぞれ、配列番号１８および２０に示される。
図４は、ＤＴＬａｃＯ細胞から選択された高親和性ｍＡｂを示す。（Ａ）上は、細胞表面レセプターであるＶＥＧＦＲ２、ＴＩＥ２およびＴＲＯＰ２の認識に関して選択された連続的なＤＴＬａｃＯ ＬａｃＩ−ＨＰ１集団の結合プロフィール。選択回は、ピークの上に明示した（Ｓ０−Ｓ８）。下は、みかけのｋＤを示す飽和結合速度論。（Ｂ）選択されたＤＴＬａｃＯ集団の特異性。組換えＶＥＧＦＲ２、ＴＩＥ２、ＴＲＯＰ２、ＳＡｖもしくはオボアルブミン（ＯＶＡ）に対するＶＥＧＦＲ２、ＴＩＥ２もしくはＴＲＯＰ２の高親和性認識に関して選択された細胞集団の結合のＦＡＣＳ分析。実線のピークは、陰性参照コントロール（2次抗体のみ）を表し、太い実線は、示された抗原の線色を表す。（Ｃ）ＶＥＧＦＲ２、ＴＩＥ２およびＴＲＯＰ２への結合について選択されたｍＡｂのＶＨおよびＶλ領域の模式的アラインメント。細い平行線は、ニワトリフレームワーク領域を表し、ボックス内の囲まれている太い平行線は、ＣＤＲを同定し、垂線は、最も共通するＤＴＬａｃＯ配列に対する１残基差異を示し、三角形は、挿入を示す。 図４は、ＤＴＬａｃＯ細胞から選択された高親和性ｍＡｂを示す。（Ａ）上は、細胞表面レセプターであるＶＥＧＦＲ２、ＴＩＥ２およびＴＲＯＰ２の認識に関して選択された連続的なＤＴＬａｃＯ ＬａｃＩ−ＨＰ１集団の結合プロフィール。選択回は、ピークの上に明示した（Ｓ０−Ｓ８）。下は、みかけのｋＤを示す飽和結合速度論。（Ｂ）選択されたＤＴＬａｃＯ集団の特異性。組換えＶＥＧＦＲ２、ＴＩＥ２、ＴＲＯＰ２、ＳＡｖもしくはオボアルブミン（ＯＶＡ）に対するＶＥＧＦＲ２、ＴＩＥ２もしくはＴＲＯＰ２の高親和性認識に関して選択された細胞集団の結合のＦＡＣＳ分析。実線のピークは、陰性参照コントロール（2次抗体のみ）を表し、太い実線は、示された抗原の線色を表す。（Ｃ）ＶＥＧＦＲ２、ＴＩＥ２およびＴＲＯＰ２への結合について選択されたｍＡｂのＶＨおよびＶλ領域の模式的アラインメント。細い平行線は、ニワトリフレームワーク領域を表し、ボックス内の囲まれている太い平行線は、ＣＤＲを同定し、垂線は、最も共通するＤＴＬａｃＯ配列に対する１残基差異を示し、三角形は、挿入を示す。 図４は、ＤＴＬａｃＯ細胞から選択された高親和性ｍＡｂを示す。（Ａ）上は、細胞表面レセプターであるＶＥＧＦＲ２、ＴＩＥ２およびＴＲＯＰ２の認識に関して選択された連続的なＤＴＬａｃＯ ＬａｃＩ−ＨＰ１集団の結合プロフィール。選択回は、ピークの上に明示した（Ｓ０−Ｓ８）。下は、みかけのｋＤを示す飽和結合速度論。（Ｂ）選択されたＤＴＬａｃＯ集団の特異性。組換えＶＥＧＦＲ２、ＴＩＥ２、ＴＲＯＰ２、ＳＡｖもしくはオボアルブミン（ＯＶＡ）に対するＶＥＧＦＲ２、ＴＩＥ２もしくはＴＲＯＰ２の高親和性認識に関して選択された細胞集団の結合のＦＡＣＳ分析。実線のピークは、陰性参照コントロール（2次抗体のみ）を表し、太い実線は、示された抗原の線色を表す。（Ｃ）ＶＥＧＦＲ２、ＴＩＥ２およびＴＲＯＰ２への結合について選択されたｍＡｂのＶＨおよびＶλ領域の模式的アラインメント。細い平行線は、ニワトリフレームワーク領域を表し、ボックス内の囲まれている太い平行線は、ＣＤＲを同定し、垂線は、最も共通するＤＴＬａｃＯ配列に対する１残基差異を示し、三角形は、挿入を示す。
図５は、抗ＦＮ１４ ｍＡｂおよび抗ＦＺＤ１０ ｍＡｂの選択およびヒト化を示す。（Ａ）抗ＦＮ１４ ｍＡｂおよび抗ＦＺＤ１０ ｍＡｂの選択過程の模式図。選択工程はＳによって示され、組換えキメラｍＡｂの見かけの親和性（ｋＤ）は、下に示す。（Ｂ）ＦＮ１４およびＦＺＤ１０への結合について選択されたｍＡｂのＶＨおよびＶλ領域の模式的アラインメント。細い平行線は、ニワトリフレームワーク領域を表し、ボックスで囲まれた太い平行線は、ＣＤＲを同定し、垂線は、最も共通するＤＴＬａｃＯ配列に対する１残基差異を示し、三角形は、挿入を示す。（Ｃ）抗体ヒト化。ヒト化ｍＡｂｓ ｈＦＳ２４およびｈＦＺ２のＶＨおよびＶλ領域は、ヒトＶＨ−ＩＩＩもしくはＶλ−ＩＩＩコンセンサス（一番上の線）に対して模式的にアラインした。細い平行線は、ヒトフレームワーク領域を表す；＊は、軽鎖のＮ末端から排除した２残基を示す；ボックスの外側にある垂線は、ヒト化ｍＡｂに示されるバーニアゾーン残基を同定する；他の記号は、パネルＢと同様である。（Ｄ）ヒト化および前駆ＦＺ２（抗ＦＺＤ１０） ｍＡｂの見かけの親和性（ｋＤ）。 図５は、抗ＦＮ１４ ｍＡｂおよび抗ＦＺＤ１０ ｍＡｂの選択およびヒト化を示す。（Ａ）抗ＦＮ１４ ｍＡｂおよび抗ＦＺＤ１０ ｍＡｂの選択過程の模式図。選択工程はＳによって示され、組換えキメラｍＡｂの見かけの親和性（ｋＤ）は、下に示す。（Ｂ）ＦＮ１４およびＦＺＤ１０への結合について選択されたｍＡｂのＶＨおよびＶλ領域の模式的アラインメント。細い平行線は、ニワトリフレームワーク領域を表し、ボックスで囲まれた太い平行線は、ＣＤＲを同定し、垂線は、最も共通するＤＴＬａｃＯ配列に対する１残基差異を示し、三角形は、挿入を示す。（Ｃ）抗体ヒト化。ヒト化ｍＡｂｓ ｈＦＳ２４およびｈＦＺ２のＶＨおよびＶλ領域は、ヒトＶＨ−ＩＩＩもしくはＶλ−ＩＩＩコンセンサス（一番上の線）に対して模式的にアラインした。細い平行線は、ヒトフレームワーク領域を表す；＊は、軽鎖のＮ末端から排除した２残基を示す；ボックスの外側にある垂線は、ヒト化ｍＡｂに示されるバーニアゾーン残基を同定する；他の記号は、パネルＢと同様である。（Ｄ）ヒト化および前駆ＦＺ２（抗ＦＺＤ１０） ｍＡｂの見かけの親和性（ｋＤ）。 図５は、抗ＦＮ１４ ｍＡｂおよび抗ＦＺＤ１０ ｍＡｂの選択およびヒト化を示す。（Ａ）抗ＦＮ１４ ｍＡｂおよび抗ＦＺＤ１０ ｍＡｂの選択過程の模式図。選択工程はＳによって示され、組換えキメラｍＡｂの見かけの親和性（ｋＤ）は、下に示す。（Ｂ）ＦＮ１４およびＦＺＤ１０への結合について選択されたｍＡｂのＶＨおよびＶλ領域の模式的アラインメント。細い平行線は、ニワトリフレームワーク領域を表し、ボックスで囲まれた太い平行線は、ＣＤＲを同定し、垂線は、最も共通するＤＴＬａｃＯ配列に対する１残基差異を示し、三角形は、挿入を示す。（Ｃ）抗体ヒト化。ヒト化ｍＡｂｓ ｈＦＳ２４およびｈＦＺ２のＶＨおよびＶλ領域は、ヒトＶＨ−ＩＩＩもしくはＶλ−ＩＩＩコンセンサス（一番上の線）に対して模式的にアラインした。細い平行線は、ヒトフレームワーク領域を表す；＊は、軽鎖のＮ末端から排除した２残基を示す；ボックスの外側にある垂線は、ヒト化ｍＡｂに示されるバーニアゾーン残基を同定する；他の記号は、パネルＢと同様である。（Ｄ）ヒト化および前駆ＦＺ２（抗ＦＺＤ１０） ｍＡｂの見かけの親和性（ｋＤ）。 図５は、抗ＦＮ１４ ｍＡｂおよび抗ＦＺＤ１０ ｍＡｂの選択およびヒト化を示す。（Ａ）抗ＦＮ１４ ｍＡｂおよび抗ＦＺＤ１０ ｍＡｂの選択過程の模式図。選択工程はＳによって示され、組換えキメラｍＡｂの見かけの親和性（ｋＤ）は、下に示す。（Ｂ）ＦＮ１４およびＦＺＤ１０への結合について選択されたｍＡｂのＶＨおよびＶλ領域の模式的アラインメント。細い平行線は、ニワトリフレームワーク領域を表し、ボックスで囲まれた太い平行線は、ＣＤＲを同定し、垂線は、最も共通するＤＴＬａｃＯ配列に対する１残基差異を示し、三角形は、挿入を示す。（Ｃ）抗体ヒト化。ヒト化ｍＡｂｓ ｈＦＳ２４およびｈＦＺ２のＶＨおよびＶλ領域は、ヒトＶＨ−ＩＩＩもしくはＶλ−ＩＩＩコンセンサス（一番上の線）に対して模式的にアラインした。細い平行線は、ヒトフレームワーク領域を表す；＊は、軽鎖のＮ末端から排除した２残基を示す；ボックスの外側にある垂線は、ヒト化ｍＡｂに示されるバーニアゾーン残基を同定する；他の記号は、パネルＢと同様である。（Ｄ）ヒト化および前駆ＦＺ２（抗ＦＺＤ１０） ｍＡｂの見かけの親和性（ｋＤ）。
（詳細な説明）
本開示は、一部、組換えポリヌクレオチドベクター、ならびに関連組成物、宿主細胞、ライブラリーおよび標的遺伝子をニワトリ免疫グロブリン遺伝子重鎖遺伝子座に組み込むための方法に関する。特に、本明細書に記載される方法は、ニワトリＢ細胞での相同組換えを介して、ニワトリ免疫グロブリンＶＨ−Ｄ−ＪＨ遺伝子を標的遺伝子で置換することを企図する。上記ニワトリ免疫グロブリン遺伝子重鎖遺伝子座は、特徴付けが極めて困難であった（Ｒｅｙｎａｕｄ ｅｔ ａｌ．， Ｃｅｌｌ ５９：１７１−８３， １９８９を参照のこと）。よって、標的遺伝子をこの遺伝子座に首尾よく組みこむことは、以前は予測できず、今や驚くべきことに、本明細書で見いだされる開示に従って初めて達成された。この遺伝子座への標的遺伝子の組み込みは、有利なことには、ニワトリＢ細胞における体細胞超変異および遺伝子変換のうちのいずれかもしくはその両方を介して、組みこまれた標的遺伝子の加速した多様化を可能にする。
好ましい実施形態において、独立して再構成されたニワトリ免疫グロブリン重鎖可変（ＶＨ）領域、多様性（Ｄ）領域および連結（Ｊ）領域（ＶＨ−Ｄ−ＪＨ）遺伝子（例えば、ニワトリファブリキウス嚢細胞の集団に由来する既に再構成されたＶＨ−Ｄ−ＪＨ領域のＶＨライブラリー）は、Ｂ細胞リンパ腫（例えば、ＤＴ４０）における内因性ニワトリＶＨ−Ｄ−ＪＨ遺伝子を置換するために使用される。このような置換は、体細胞超変異および遺伝子変換機構と組み合わせて、Ｂ細胞によるＶＨ配列多様性の加速された生成を促進する。本明細書で開示される方法は、所望の標的抗原に対して特異的に結合し得る抗体を同定および回収するためにスクリーニングされ得る免疫グロブリン（Ｉｇ）の多様なライブラリーを生成するのに有用である。
（ベクター）
特定の実施形態において、本開示は、標的遺伝子をニワトリ免疫グロブリン遺伝子重鎖遺伝子座に組みこむための組換えポリヌクレオチドベクターを提供する。上記組換えポリヌクレオチドベクターは、（ａ）ニワトリ免疫グロブリンＶＨ遺伝子上流核酸配列領域；（ｂ）標的遺伝子；および（ｃ）ニワトリ免疫グロブリンＪＨ遺伝子下流核酸配列領域を含む。好ましい実施形態において、上記標的遺伝子は、再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＨ−Ｄ−ＪＨ遺伝子であり、これは、ＤＴ４０細胞のニワトリ免疫グロブリン重鎖遺伝子座に組みこまれる際に、（ｉ）免疫グロブリンＶＨ領域コード配列における体細胞超変異、および（ｉｉ）上記再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＨコード核酸配列とＤＴ４０ ＶＨ偽遺伝子核酸配列との間の遺伝子変換のうちのいずれかもしくは両方を受け得る。特定の実施形態において、上記体細胞超変異は、免疫グロブリンＶＨ相補性決定領域（ＣＤＲ）コード配列で起こり得、特定の実施形態においては、上記体細胞超変異は、免疫グロブリンＶＨフレームワーク領域（ＦＷ）コード配列で起こり得、特定の実施形態においては、上記体細胞超変異は、免疫グロブリンＶＨ相補性決定領域（ＣＤＲ）コード配列および免疫グロブリンＶＨフレームワーク領域（ＦＷ）コード配列の両方で起こり得る。
「組換えポリヌクレオチドベクター」とは、宿主細胞にコード情報を移行するために有用な非天然ポリヌクレオチド分子をいう。このようなベクターは、ＤＮＡ組換え技術を使用して生成される。
「ニワトリ免疫グロブリン遺伝子重鎖遺伝子座」とは、ニワトリゲノム中の免疫グロブリン重鎖残基をコードする遺伝子がある遺伝子座をいう。それは、単一のＪＨ遺伝子および１５ｋｂ上流（約１５ Ｄ遺伝子が間にある）に特有の機能的ＶＨ遺伝子を含む。Ｒｅｙｎａｕｄ ｅｔ ａｌ．， Ｃｅｌｌ ５９： １７１−８３， １９８９を参照のこと。この遺伝子座はまた、６０〜８０ｋｂにわたり、ＶＨ遺伝子から７ｋｂ上流で始まる偽遺伝子のクラスタ（ψＶＨ）、ならびに上記ＪＨ遺伝子の下流にある免疫グロブリン定常領域をコードするＣ遺伝子のクラスタを含む。
上記ニワトリ免疫グロブリン遺伝子重鎖遺伝子座は、特徴付けまたは配列決定するのが著しく困難であることが長く公知であった（Ｒｅｙｎａｕｄ ｅｔ ａｌ．， Ｃｅｌｌ ５９： １７１−８３， １９８９）。このような困難は、ＧＣが豊富であること（すなわち、対になったＧ−Ｃヌクレオチドの頻度が高くかつ優勢である）および／もしくはこの遺伝子座における多くの反復ヌクレオチド配列が存在することに起因し得る。
「標的遺伝子」とは、目的のタンパク質をコードする遺伝子をいう。好ましい実施形態において、標的遺伝子は、再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＨ−Ｄ−ＪＨ遺伝子である。
「再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＨ−Ｄ−ＪＨ遺伝子」とは、ＶＨ、Ｄ、およびＪＨ遺伝子が、他の細胞におけるように、他の配列によって分離されるのではなく、一緒に結合されるように、Ｂリンパ球系統の体細胞において再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＨ−Ｄ−ＪＨ遺伝子をいう。「免疫グロブリンＶＨ−Ｄ−ＪＨ遺伝子」は、「Ｉｇ ＶＤＪ遺伝子」もしくは「免疫グロブリンＶＤＪ遺伝子」と本明細書で交換可能に使用される。特定の実施形態において、上記再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＨ−Ｄ−ＪＨ遺伝子は、ニワトリファブリキウス嚢細胞から単離される。
「標的遺伝子をニワトリ免疫グロブリン遺伝子重鎖遺伝子座に組みこむ」とは、相同組換えを介して、標的遺伝子をニワトリ免疫グロブリン遺伝子重鎖遺伝子座へと組みこむことをいう。より具体的には、このような組み込みは、Ｂ細胞（例えば、ＤＴ４０細胞）の内因性ニワトリ免疫グロブリンＶＨ−Ｄ−ＪＨ遺伝子と、ニワトリ免疫グロブリンＶＨ遺伝子上流核酸配列領域およびニワトリ免疫グロブリンＪＨ遺伝子下流核酸配列領域の両方を含む組換えポリヌクレオチドベクターとの間の相同組換えによって達成される。上記ベクターは、上記ニワトリ免疫グロブリンＶＨ遺伝子上流核酸配列領域と、上記ニワトリ免疫グロブリンＪＨ遺伝子下流核酸配列領域との間に上記標的遺伝子をさらに含む。
「ニワトリ免疫グロブリンＶＨ遺伝子上流核酸配列領域」とは、特定の実施形態において、ニワトリ免疫グロブリンＶＨ遺伝子の開始コドンから上流にある（例えば、配向に関してコード鎖もしくはセンス鎖を使用する場合に、開始コドンに対して５’側に位置する）ニワトリゲノムの領域をいう。このような領域はまた、「天然ニワトリ免疫グロブリンＶＨ遺伝子上流核酸配列領域」といわれる。この領域は、ニワトリＢ細胞の内因性ＶＨ−Ｄ−ＪＨ遺伝子との相同組換えを可能にするために、組換えポリヌクレオチドベクターの中で十分長くなければならない。特定の実施形態において、この領域は、少なくとも１００〜２０００もしくは少なくとも５００〜２０００（その範囲にある整数の全てを含み、例えば、少なくとも１００、少なくとも５００、少なくとも１０００、もしくは少なくとも１５００）ヌクレオチド長である。特定の実施形態において、上記領域の３’末端は、ニワトリ免疫グロブリンＶＨ遺伝子の開始コドンから１〜１０００（この範囲の整数の全てを含む）ヌクレオチドである。特定の実施形態において、ニワトリ免疫グロブリンＶＨ遺伝子上流核酸配列領域は、上記ψＶＨアレイ中のいかなる配列をも含まない。特定の他の実施形態において、ニワトリ免疫グロブリンＶＨ遺伝子上流核酸配列領域は、上記ψＶＨアレイからの配列を含み得る。
特定の他の実施形態において、「ニワトリ免疫グロブリンＶＨ遺伝子上流核酸配列領域」とはまた、ニワトリＢ細胞の内因性ＶＨ−Ｄ−ＪＨ遺伝子との相同組換えを可能にするために、天然ニワトリ免疫グロブリンＶＨ遺伝子上流核酸配列領域に対して十分相同である配列を含み得る。このような領域は、天然ニワトリ免疫グロブリンＶＨ遺伝子上流核酸配列領域と少なくとも８０．０〜９９．９もしくは少なくとも９０．０〜９９．９（この範囲の値の全てを含み、例えば、少なくとも８０、少なくとも８５、少なくとも９０、少なくとも９５、もしくは少なくとも９９）％同一性を共有し得る。
用語「作動可能に連結される」とは、上記用語が適用される構成要素が、それらが適切な条件下でそれらの本質的機能を行うことが可能な関係にあることを意味する。例えば、タンパク質コード配列に対して「作動可能に連結された」転写制御配列は、上記タンパク質コード配列の発現が、上記制御配列の転写活性と適合する条件下で達成されるように、上記タンパク質コード配列に連結される。
用語「制御配列」とは、本明細書で使用される場合、それらが連結されるかもしくは作動可能に連結されるコード配列の発現、プロセシングもしくは細胞内位置に影響を及ぼし得るポリヌクレオチド配列をいう。このような制御配列の性質は、宿主生物に依存し得る。特定の実施形態において、原核生物の転写制御配列は、プロモーター、リボソーム結合部位、および転写終結配列を含み得る。他の特定の実施形態において、真核生物の転写制御配列は、転写因子に関する１または複数の認識部位を含むプロモーター、転写エンハンサー配列、転写終結配列およびポリアデニル化配列を含み得る。特定の実施形態において、「制御配列」は、リーダー配列および／もしくは融合パートナー配列を含み得る。
用語「ポリヌクレオチド」とは、本明細書でいわれる場合、一本鎖もしくは二本鎖核酸ポリマーを意味する。特定の実施形態において、上記ポリヌクレオチドを構成するヌクレオチドは、リボヌクレオチドもしくはデオキシリボヌクレオチドまたはヌクレオチドのいずれかのタイプの改変形態であり得る。上記改変は、塩基改変（例えば、ブロモウリジン）、リボース改変（例えば、アラビノシドおよび２’，３’−ジデオキシリボース）およびヌクレオチド間連結改変（例えば、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホロセレノエート、ホスホロジセレノエート、ホスホロアニロチオエート、ホスホルアニラデート（ｐｈｏｓｈｏｒａｎｉｌａｄａｔｅ）およびホスホロアミデート）を含む。用語「ポリヌクレオチド」は、具体的にはＤＮＡの一本鎖もしくは二本鎖形態を含む。
用語「天然ヌクレオチド」は、デオキシリボヌクレオチドおよびリボヌクレオチドを含む。用語「改変ヌクレオチド」は、改変もしくは置換された糖類など有するヌクレオチドを含む。用語「オリゴヌクレオチド結合」は、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホロセレノエート、ホスホロジセレノエート、ホスホロアニロチオエート、ホスホルアニラデート、ホスホロアミデートなどのようなオリゴヌクレオチド結合を含む。例えば、ＬａＰｌａｎｃｈｅ ｅｔ ａｌ．， １９８６， Ｎｕｃｌ． Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．， １４：９０８１； Ｓｔｅｃ ｅｔ ａｌ．， １９８４， Ｊ． Ａｍ． Ｃｈｅｍ． Ｓｏｃ．， １０６：６０７７； Ｓｔｅｉｎ ｅｔ ａｌ．， １９８８， Ｎｕｃｌ． Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．， １６：３２０９； Ｚｏｎ ｅｔ ａｌ．， １９９１， Ａｎｔｉ−Ｃａｎｃｅｒ Ｄｒｕｇ Ｄｅｓｉｇｎ， ６：５３９； Ｚｏｎ ｅｔ ａｌ．， １９９１， ＯＬＩＧＯＮＵＣＬＥＯＴＩＤＥＳ ＡＮＤ ＡＮＡＬＯＧＵＥＳ： Ａ ＰＲＡＣＴＩＣＡＬ ＡＰＰＲＯＡＣＨ， ｐｐ． ８７−１０８ （Ｆ． Ｅｃｋｓｔｅｉｎ， Ｅｄ．）， Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ， Ｏｘｆｏｒｄ Ｅｎｇｌａｎｄ； Ｓｔｅｃ ｅｔ ａｌ．， Ｕ．Ｓ． Ｐａｔ． Ｎｏ． ５，１５１，５１０； Ｕｈｌｍａｎｎ ａｎｄ Ｐｅｙｍａｎ， １９９０， Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｒｅｖｉｅｗｓ， ９０：５４３（それらの開示は、あらゆる目的のために参考として援用される）を参照のこと。オリゴヌクレオチドは、上記オリゴヌクレオチドもしくはそのハイブリダイゼーションの検出を可能にするように、検出可能な標識を含み得る。
用語「ベクター」とは、宿主細胞へコード情報を移行するために使用される任意の分子（例えば、核酸、プラスミド、もしくはウイルス）をいうために使用される。用語「発現ベクター」とは、宿主細胞の形質転換に適切であり、挿入される異種核酸配列の発現を指向および／もしくは制御する核酸配列を含むベクターをいう。発現としては、転写、翻訳、およびＲＮＡスプライシング（イントロンが存在する場合には）のようなプロセスが挙げられるが、これらに限定されない。
当業者によって理解されるように、ポリヌクレオチドは、ゲノム配列、ゲノム外配列およびプラスミドにコードされた配列、ならびにタンパク質、ポリペプチド、ペプチドなどを発現するかまたは発現するように適合され得るより小さな操作された遺伝子セグメントを含み得る。このようなセグメントは、当業者によって天然から単離され得るか、合成により改変され得る。
当業者によっても認識されるように、ポリヌクレオチドは、一本鎖（コードもしくはアンチセンス）もしくは二本鎖であり得、ＤＮＡ（ゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡもしくは合成ＤＮＡ）もしくはＲＮＡ分子であり得る。ＲＮＡ分子は、ｈｎＲＮＡ分子（これは、イントロンを含み、１対１様式でＤＮＡ分子に対応する）、およびｍＲＮＡ分子（これは、イントロンを含まない）を含み得る。さらなるコード配列もしくは非コード配列は、本開示によれば、ポリヌクレオチド内に存在し得るが、存在する必要はなく、ポリヌクレオチドは、他の分子および／もしくは支持物質に連結され得るが、連結される必要はない。ポリヌクレオチドは、天然配列を含み得るか、またはこのような配列の改変体もしくは誘導体をコードする配列を含み得る。
ポリヌクレオチド配列を比較する場合、２つの配列が最大に対応するようにアラインされる場合、上記２つの配列の各々におけるヌクレオチドの配列が同じであれば、２つの配列は「同一」であるといわれる。２つのヌクレオチド配列の間の同一性のパーセンテージは、本明細書で記載される場合（例えば、ニワトリ免疫グロブリンＶＨ遺伝子上流核酸配列領域およびニワトリ免疫グロブリンＪＨ遺伝子下流核酸配列領域に関して）、当該分野で受容されている実施および基準（例えば、Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．， Ｎｕｃｌ． Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． ２５：３３８９−３４０２ （１９７７）およびＡｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ． ２１５：４０３−４１０ （１９９０）にそれぞれ記載されるＢＬＡＳＴおよびＢＬＡＳＴ ２．０アルゴリズム）に従って決定され得る。ＢＬＡＳＴ分析を行うためのソフトウェアは、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎを介して公に利用可能である。１つの例証的な例において、累積スコアは、ヌクレオチド配列に関しては、パラメーターＭ（マッチする残基の対に関するリワードスコア（ｒｅｗａｒｄ ｓｃｏｒｅ）；常に＞０）およびＮ（ミスマッチ残基に関するペナルティースコア；常に＜０）を使用して計算され得る。各方向におけるワードヒットの伸長は、以下の場合に中止される：累積アラインメントスコアは、達成されたその最大値から量Ｘだけ減る；上記累積スコアは、１以上の負のスコア付け残基アラインメントの累積に起因して、ゼロ以下になる；またはいずれかの配列の末端に達する。上記ＢＬＡＳＴアルゴリズムパラメーターＷ、ＴおよびＸは、上記アラインメントの感度および速度を決定する。上記ＢＬＡＳＴＮプログラム（ヌクレオチド配列に関して）は、１１のデフォルトワード長（Ｗ）、および１０の予測（Ｅ）、および５０のＢＬＯＳＵＭ６２スコア付けマトリクス（Ｈｅｎｉｋｏｆｆ ａｎｄ Ｈｅｎｉｋｏｆｆ， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ８９：１０９１５ （１９８９）を参照のこと）アラインメント（Ｂ）、１０の予測（Ｅ）、Ｍ＝５、Ｎ＝−４ならびに両鎖の比較を使用する。
「ニワトリ免疫グロブリンＪＨ遺伝子下流核酸配列領域」とは、特定の実施形態において、ニワトリ免疫グロブリンＪＨ遺伝子のスプライス部位から下流にある（例えば、配向に関してコード鎖もしくはセンス鎖を使用する場合に、上記スプライス部位に対して３’側に位置する）領域をいう。このような領域はまた、「天然ニワトリ免疫グロブリンＪＨ遺伝子下流核酸配列領域」といわれる。この領域は、ニワトリＢ細胞の内因性ＶＨ−Ｄ−ＪＨ遺伝子との相同組換えを可能にするために、組換えポリヌクレオチドベクターにおいて十分に長くなければならない。特定の実施形態において、この領域は、少なくとも１００〜２０００もしくは少なくとも５００〜２０００（この範囲の中の整数の全てを含み、例えば、少なくとも１００、少なくとも５００、少なくとも１０００、もしくは少なくとも１５００）ヌクレオチド長である。特定の実施形態において、上記領域の５’末端および上記領域の３’末端のうちの少なくとも一方は、ニワトリ免疫グロブリンＪＨ遺伝子のスプライス部位から１〜１０００（この範囲の中の整数の全てを含む）ヌクレオチドである。特定の実施形態において、ニワトリ免疫グロブリンＪＨ遺伝子下流核酸配列領域は、免疫グロブリン重鎖の定常領域をコードするＣ遺伝子のクラスタ中のいかなる配列をも含まない。
特定の他の実施形態において、「ニワトリ免疫グロブリンＪＨ遺伝子下流核酸配列領域」とはまた、ニワトリＢ細胞の内因性ＶＨ−Ｄ−ＪＨ遺伝子との相同組換えを可能にするために、天然ニワトリ免疫グロブリンＪＨ遺伝子下流核酸配列領域に対して十分に相同である配列を含み得る。このような領域は、天然ニワトリ免疫グロブリンＪＨ遺伝子下流核酸配列領域と、少なくとも８０．０〜９９．９もしくは少なくとも９０．０〜９９．９（この範囲の中の値の全てを含み、例えば、少なくとも８０、少なくとも８５、少なくとも９０、少なくとも９５、もしくは少なくとも９９）％同一性を共有し得る。
上記ＤＴ４０ニワトリＢ細胞株は、トリ白血病ウイルス誘導性嚢リンパ腫に由来する。それは、分化の嚢Ｂ細胞ステージに停止状態であり、培養物中でその重鎖および軽鎖免疫グロブリン遺伝子を構成的に変異させることが公知である。他のＢ細胞と同様に、この構成的変異誘発は、免疫グロブリン（Ｉｇ）遺伝子の可変（Ｖ）領域、および従って発現された抗体分子の相補性決定領域（ＣＤＲ）に対する変異を標的にする。ＤＴ４０細胞における構成的変異誘発は、ドナー配列として各機能的Ｖ領域の上流に位置した非機能的Ｖ遺伝子（偽Ｖ遺伝子；ψＶ）のアレイを使用する遺伝子変換によって起こる。上記軽鎖遺伝子座におけるψＶ領域の欠失は、多様化の機構（この機構は、ヒトＢ細胞において共通して認められる）における遺伝子変換から体細胞超変異への切り替えを引き起こすことが以前に示された。ＤＴ４０はまた、特定の遺伝子が改変されるか、欠失されるか、もしくは挿入される、あるいは目的の特定の遺伝子が内因性遺伝子（特に、内因性の再構成されたＩｇ遺伝子）に取って代わる改変細胞の作出を可能にする、効率的な相同組換えを支持することが示されてきた。
「体細胞超変異」とは、バックグラウンドを上回る速度での（例えば、統計的に有意な様式での）体細胞での核酸の変異をいう。好ましくは、超変異は、生理学的レベルにおいて１０−５〜１０−３ ｂｐ−１ 世代−１の変異速度をいう。これは、１０−９および１０−１０ ｂｐ−１世代−１程度であるバックグラウンド変異速度より非常に高い。体細胞超変異は、当該分野で公知の任意の適切な方法によって検出され得る。例えば、体細胞（例えば、Ｂ細胞）由来の免疫グロブリン重鎖もしくは軽鎖可変遺伝子（例えば、免疫グロブリン重鎖もしくは軽鎖可変遺伝子の相補性決定領域コード配列）の配列は、最も相同な生殖系列可変遺伝子配列と比較され得る。特定の実施形態において、体細胞由来の配列は、その対応する生殖系列の配列から少なくとも１〜１０（この範囲の中の整数の全てを含み、例えば、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも５、もしくは少なくとも１０）％異なる。
「遺伝子変換」とは、一方の相同な対立遺伝子から他方への一方向様式での、配列情報の移行をいう。例えば、遺伝子変換は、非機能的偽Ｖ領域（例えば、ＶＨもしくはＶＬ偽遺伝子）が、上記再構成されかつ転写されたＶ遺伝子（例えば、再構成されかつ転写されたＶＨもしくはＶＬ遺伝子）に対してヌクレオチド配列部分を移行するためのドナーとして働くプロセスを含む。遺伝子変換は、再構成されたＶ遺伝子の配列と、偽Ｖ領域の配列とを比較することを包含する、当該分野で公知の任意の適切な方法によって検出され得る。
体細胞超変異および遺伝子変換は、Ｂ細胞の免疫グロブリンＶＤＪおよびＶＪ遺伝子内で天然の多様性を生成させる。体細胞超変異は、抗原刺激後に、胚中心で起こる。遺伝子変換は、抗原刺激とは無関係に、ニワトリおよび他のトリ種におけるファブリキウス嚢のような一次リンパ器官で起こる。ニワトリにおいて、上記上流偽Ｖ遺伝子からの拡がりは、上記再構成されたＶＨ−Ｄ−ＪＨ遺伝子もしくはＶＬ−ＪＬ遺伝子へと移行される。
特定の実施形態において、上記標的遺伝子は、再構成された哺乳動物（例えば、ヒト、マウス、もしくはウサギ）免疫グロブリンＶＨ−Ｄ−ＪＨ遺伝子もしくはヒト化免疫グロブリンＶＨ−Ｄ−ＪＨ遺伝子であり得る。本明細書で記載される組成物をニワトリ免疫グロブリン遺伝子重鎖遺伝子座へと組みこむことによって、上記再構成された哺乳動物（例えば、ヒト、マウス、もしくはウサギ）免疫グロブリンＶＨ−Ｄ−ＪＨ遺伝子もしくは上記ヒト化免疫グロブリンＶＨ−Ｄ−ＪＨ遺伝子は、ニワトリＢ細胞（例えば、ＤＴ４０細胞）において、体細胞超変異、遺伝子変換もしくはその両方を介して多様化され得る。
特定の実施形態において、上記標的遺伝子は、国際公開２００９／０２９３１５号に開示される、再構成されたＶＨ−Ｄ−ＪＨ遺伝子を含まない。
特定の実施形態において、上記標的遺伝子は、マーカータンパク質（例えば、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）および青色蛍光タンパク質（ＢＦＰ））をコードする遺伝子である。さらなる例示的遺伝子としては、抗生物質（例えば、ネオマイシン、ブラストサイジン、ヒスチジノール、ハイグロマイシン、ゼオシン、ゼオマイシン（ｚｅｏｍｙｃｉｎ）、およびピューロマイシン）への耐性をコードするものが挙げられる。さらなる例示的標的遺伝子としては、マーカーエピトープ（例えば、ＦＬＡＧ、Ｍｙｃ、もしくはＨＡタグ）のコード配列と融合した、再構成されたＶＨ−Ｄ−ＪＨ遺伝子が挙げられる。
マーカータンパク質をコードする遺伝子を含む組換えポリヌクレオチドベクターは、ニワトリ免疫グロブリン遺伝子重鎖遺伝子座における他の標的遺伝子の組み込みを促進するために使用され得る。例えば、ニワトリ免疫グロブリンＶＨ遺伝子上流核酸配列領域、ＧＦＰ遺伝子、およびニワトリ免疫グロブリンＪＨ遺伝子下流核酸配列領域を含む組換えポリヌクレオチドベクターは、上記ＧＦＰ遺伝子をニワトリＢ細胞の免疫グロブリン遺伝子重鎖遺伝子座に最初に組みこむために使用され得る。上記ＧＦＰ遺伝子が組みこまれたニワトリＢ細胞は、細胞で発現されたＧＦＰによって生成される蛍光に基づいて、容易に検出され得る。次に、このようなＢ細胞は、第２の標的遺伝子（例えば、再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＨ−Ｄ−ＪＨ遺伝子）以外はニワトリ免疫グロブリンＶＨ遺伝子上流核酸配列領域およびニワトリ免疫グロブリンＪＨ遺伝子下流核酸配列領域を同様に含む第２の組換えポリヌクレオチドベクターでトランスフェクトされ得る。相同組換えを介して、上記ＧＦＰ遺伝子は、トランスフェクトされたＢ細胞（これら細胞は、ＧＦＰによって生成される蛍光の喪失によって容易に検出され得る）のうちのいくつかにおいて、上記第２の標的遺伝子によって置換され得る。
特定の実施形態において、上記標的遺伝子は、目的の酵素をコードする遺伝子である。このような標的遺伝子を含む組換えポリヌクレオチドベクターは、改変された特性（例えば、触媒活性、基質特異性、および／もしくは熱安定性）を有する上記酵素の改変体が得られ得るように、上記酵素を多様化することにおいて有用である。例示的な標的遺伝子としては、レセプター、リガンド、プロテアーゼ、リパーゼ、グリコシダーゼ、ホスファターゼ、キナーゼおよびヌクレアーゼをコードするものが挙げられる。
特定の実施形態において、本開示の組換えポリヌクレオチドベクターは、２種以上の標的遺伝子を含む。例えば、再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＨ−Ｄ−ＪＨ遺伝子を含む組換えポリヌクレオチドベクターは、マーカータンパク質をコードする別の遺伝子をさらに含み得る。
本開示の組換えポリヌクレオチドベクターは、特定の実施形態において、１種以上の調節配列（プロモーター配列、ターミネーター配列、ポリアデニル化配列、エンハンサー配列、マーカー遺伝子および／もしくは適切な場合には他の配列が挙げられる）を含み得る。ベクターは、適切な場合、プラスミド、ウイルス、例えば、ファージ、もしくはファージミドであり得る。さらなる詳細に関しては、例えば、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ： ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ： ２ｎｄ ｅｄｉｔｉｏｎ， Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．， １９８９， Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓを参照のこと。核酸を操作するための多くの公知の技術およびプロトコル（例えば、核酸構築物を調製すること、変異誘発、配列決定、細胞へのＤＮＡの導入など）は、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ， Ｓｅｃｏｎｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ， Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ． ｅｄｓ．， Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ， １９９２、もしくはその後のそれらの改訂版に詳細に記載される。
（組成物）
本開示はまた、特定の実施形態に従って、本明細書で開示される組換えポリヌクレオチドベクターを含む組成物を提供する。
特定の実施形態において、本明細書で開示されるような複数の組換えポリヌクレオチドベクターを含む組成物が提供される。例えば、本明細書で記載されるように、このような組成物は、複数の標的遺伝子を複数のニワトリ免疫グロブリン遺伝子重鎖遺伝子座へと組みこむための複数の組換えポリヌクレオチドベクターを含み得る。上記ベクターの各々は、（ａ）ニワトリ免疫グロブリンＶＨ遺伝子上流核酸配列領域；（ｂ）標的遺伝子；および（ｃ）ニワトリ免疫グロブリンＪＨ遺伝子下流核酸配列領域を含む。上記組成物の種々のベクター中の標的遺伝子は、種々のヌクレオチド配列を有し得、１または複数の標的タンパク質および／もしくは１または複数のその改変体をコードし得る。
標的タンパク質の「改変体」は、上記標的タンパク質と、少なくとも６０〜９９．５（上記範囲の中の値の全てを含み、例えば、少なくとも６０、少なくとも６５、少なくとも７０、少なくとも７５、少なくとも８０、少なくとも８５、少なくとも９０、少なくとも９５、もしくは少なくとも９９）％配列相同性を有するタンパク質である。
本明細書で使用される場合、２つのアミノ酸配列の％相同性はまた、ＡｌｔｓｃｈｕｌらのＢＬＡＳＴプログラム（Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ． ２１５： ４０３−１０， １９９０）とそれらのデフォルトパラメーターとを使用して決定される。
好ましい実施形態において、上記標的遺伝子は、再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＨ−Ｄ−ＪＨ遺伝子であり、これは、ＤＴ４０細胞のニワトリ免疫グロブリン重鎖遺伝子座に組みこまれる際に、（ｉ）免疫グロブリンＶＨ相補性決定領域コード配列および／もしくは免疫グロブリンＶＨフレームワーク領域コード配列における体細胞超変異を含み得る、免疫グロブリンＶＨコード配列における体細胞超変異、ならびに（ｉｉ）上記再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＨコード核酸配列とＤＴ４０ ＶＨ偽遺伝子核酸配列との間の遺伝子変換のうちのいずれかもしくはその両方を受け得る。さらに好ましい実施形態において、上記再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＨ−Ｄ−ＪＨ遺伝子は、ニワトリファブリキウス嚢細胞の集団から単離された複数の再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＨ−Ｄ−ＪＨ遺伝子から得られる。ファブリキウス嚢細胞が得られるニワトリの年齢は、胚性１５日目〜孵化後１８０日目（この範囲の中の全ての整数を含む）であり得る。ニワトリファブリキウス嚢細胞から単離された、再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＨ−Ｄ−ＪＨ遺伝子は、インビボでの体細胞超変異および遺伝子変換を介して既に多様化されていると思われる。それらは、本明細書で提供されるベクターを介してニワトリ免疫グロブリン重鎖遺伝子座へと再び組みこまれる場合に、さらに多様化され得る。
本明細書で記載される特定の実施形態によれば、複数の再構成された免疫グロブリンＶＨ−Ｄ−ＪＨ遺伝子をニワトリ免疫グロブリン重鎖遺伝子座へと組みこむための複数の組換えポリヌクレオチドベクターを含む組成物が企図される。このような組成物は、以下で記載されるように、免疫グロブリン重鎖可変領域のライブラリーを調製するために有用である。
特定の実施形態において、第１の標的遺伝子を本明細書で開示されるようにニワトリ免疫グロブリン遺伝子重鎖遺伝子座に組みこむための第１の組換えポリヌクレオチドベクター、および第２の標的遺伝子をニワトリ免疫グロブリン遺伝子軽鎖遺伝子座に組みこむための第２の組換えポリヌクレオチドベクターを含む組成物が提供される。上記第２の組換えポリヌクレオチドベクターは、（ａ）ニワトリ免疫グロブリンＶＬ遺伝子上流核酸配列領域；（ｂ）第２の標的遺伝子；および（ｃ）ニワトリ免疫グロブリンＪＬ遺伝子下流核酸配列領域を含む。
上記第１の標的遺伝子に関して上記に記載されるものに類似の様式で、上記第２の標的遺伝子は、目的の任意のタンパク質（例えば、免疫グロブリン、マーカータンパク質および酵素）をコードする遺伝子であり得る。
特定の実施形態において、上記第１の標的遺伝子および第２の標的遺伝子は、互いに結合して、タンパク質複合体を形成する１種のタンパク質もしくは２種のタンパク質のサブユニットをコードする。このような実施形態における組成物は、得られる複合体の特徴（例えば、結合親和性もしくは特異性）を改変するために、サブユニットもしくはタンパク質の両方を多様化することにおいて有用である。例えば、上記第１の標的遺伝子は、免疫グロブリン重鎖可変領域（例えば、哺乳動物（ヒト、マウス、もしくはウサギを含む）もしくはヒト化免疫グロブリン重鎖可変領域）をコードし得、上記第２の標的遺伝子は、免疫グロブリン軽鎖可変領域（例えば、哺乳動物（ヒト、マウス、もしくはウサギを含む）もしくはヒト化免疫グロブリン軽鎖可変領域）をコードし得る。この例における組成物は、両方の標的遺伝子をニワトリＢ細胞（例えば、ＤＴ４０細胞）のゲノムへと組み込み、免疫グロブリン重鎖可変領域および軽鎖可変領域の両方を多様化して、抗原に対して変化した親和性および／もしくは特異性を有する免疫グロブリン可変領域を作り出すことにおいて有用である。
好ましい実施形態において、上記第１の標的遺伝子は、再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＨ−Ｄ−ＪＨ遺伝子であり、上記第２の標的遺伝子は、再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＬ−ＪＬ遺伝子である。ＤＴ４０細胞のニワトリ免疫グロブリン重鎖遺伝子座に組みこまれる際に、上記第１の標的遺伝子は、（ｉ）免疫グロブリンＶＨ相補性決定領域コード配列および／もしくは免疫グロブリンＶＨフレームワーク領域コード配列における体細胞超変異を含み得る、免疫グロブリンＶＨコード配列における体細胞超変異、ならびに（ｉｉ）上記再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＨコード核酸配列とＤＴ４０ ＶＨ偽遺伝子核酸配列との間の遺伝子変換のうちのいずれかもしくは両方を受け得；そして上記第２の標的遺伝子は、（ｉ）免疫グロブリンＶＬ相補性決定領域コード配列および／もしくは免疫グロブリンＶＬフレームワーク領域コード配列における体細胞超変異を含み得る、免疫グロブリンＶＬコード配列における体細胞超変異、ならびに（ｉｉ）上記再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＬコード核酸配列とＤＴ４０ ＶＬ偽遺伝子核酸配列との間の遺伝子変換のうちのいずれかもしくはその両方を受け得る。
「ニワトリ免疫グロブリン遺伝子軽鎖遺伝子座」とは、遺伝子が、ニワトリゲノム中の免疫グロブリン軽鎖残基をコードする遺伝子座をいう。それは、単一のＪＬ遺伝子および上流の機能性ＶＬ遺伝子を含む。Ｒｅｙｎａｕｄ ｅｔ ａｌ．， Ｃｅｌｌ ４０： ２８３−９１， １９８５、米国特許出願公開第２００７／０１８６２９２号、および国際公開第２００９／０２９３１５号を参照のこと。この遺伝子座はまた、上記ＶＬ遺伝子から上流にある偽遺伝子（ψＶＬ）のクラスタおよび上記ＪＬ遺伝子の下流にある免疫グロブリン軽鎖定常領域をコードするＣ遺伝子を含む。
「再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＬ−ＪＬ遺伝子」とは、上記ＶＬおよびＪＬ遺伝子が、他の細胞（例えば、生殖系列の細胞）におけるように他の配列によって分離されるよりむしろ一緒に結合されるように、Ｂリンパ球系統の体細胞で再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＬ−ＪＬ遺伝子をいう。「免疫グロブリンＶＬ−ＪＬ遺伝子」は、「Ｉｇ ＶＪ遺伝子」もしくは「免疫グロブリンＶＪ遺伝子」と本明細書で交換可能に使用される。特定の実施形態において、上記再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＬ−ＪＬ遺伝子は、ニワトリファブリキウス嚢細胞から単離される。
「標的遺伝子をニワトリ免疫グロブリン遺伝子軽鎖遺伝子座に組みこむ」とは、標的遺伝子をニワトリ免疫グロブリン遺伝子軽鎖遺伝子座へと、相同組換えを介して組みこむことをいう。より具体的には、このような組み込みは、Ｂ細胞（例えば、ＤＴ４０細胞）の内因性ニワトリ免疫グロブリンＶＬ−ＪＬ遺伝子と、ニワトリ免疫グロブリンＶＬ遺伝子上流核酸配列領域およびニワトリ免疫グロブリンＪＬ遺伝子下流核酸配列領域の両方を含む組換えポリヌクレオチドベクターとの間の相同組換えによって達成される。上記ベクターは、上記ニワトリ免疫グロブリンＶＬ遺伝子上流核酸配列領域とニワトリ免疫グロブリンＪＬ遺伝子下流核酸配列領域との間に上記標的遺伝子をさらに含む。
「ニワトリ免疫グロブリンＶＬ遺伝子上流核酸配列領域」とは、特定の実施形態において、ニワトリ免疫グロブリンＶＬ遺伝子の開始コドンから上流にある（例えば、配向に関してコード鎖もしくはセンス鎖を使用する場合に、開始コドンに対して５’側に位置する）ニワトリゲノム中の領域をいう。このような領域はまた、「天然ニワトリ免疫グロブリンＶＬ遺伝子上流核酸配列領域」といわれる。この領域は、ニワトリＢ細胞の内因性ＶＬ−ＪＬ遺伝子との相同組換えを可能にするように、組換えポリヌクレオチドベクターにおいて十分に長くなければならない。特定の実施形態において、この領域は、少なくとも１００〜２０００もしくは少なくとも５００〜２０００（この範囲の中の整数の全てを含み、例えば、少なくとも１００、少なくとも５００、少なくとも１０００、もしくは少なくとも１５００）ヌクレオチド長である。特定の実施形態において、上記領域の３’末端は、ニワトリ免疫グロブリンＶＬ遺伝子の開始コドンから１〜１０００（この範囲の中の整数の全てを含む）ヌクレオチドである。特定の実施形態において、ニワトリ免疫グロブリンＶＬ遺伝子上流核酸配列領域は、ψＶＬアレイ中のいかなる配列をも含まない。しかし、特定の他の実施形態において、ニワトリ免疫グロブリンＶＬ遺伝子上流核酸配列領域は、上記ψＶＬアレイに由来する配列を含み得る。例えば、特定のＶＬ標的化ベクターは、上流の相同性アームにおいて１種、２種もしくはより多くのＶＬ偽遺伝子を含むニワトリ免疫グロブリンＶＬ遺伝子上流核酸配列領域を含み得る。一例として、ＶＬ標的化ベクターは、上記ニワトリ免疫グロブリンＶＬ遺伝子上流核酸配列領域に、ＶＬコード領域と、最も近い上流のＶＬ偽遺伝子との間の配列距離（約２．４ｋｂ）の結果として（これは、上記ＩｇＨ遺伝子座における対応エレメント間の間隔と比較して、比較的短い距離であった）、２種のＶＬ偽遺伝子を含んだ。
特定の他の実施形態において、「ニワトリ免疫グロブリンＶＬ遺伝子上流核酸配列領域」はまた、ニワトリＢ細胞の内因性ＶＬ−ＪＬ遺伝子との相同組換えを可能にするために、天然ニワトリ免疫グロブリンＶＬ遺伝子上流核酸配列領域に対して十分相同である配列を含み得る。このような領域は、天然ニワトリ免疫グロブリンＶＬ遺伝子上流核酸配列領域と、少なくとも８０．０〜９９．９もしくは少なくとも９０．０〜９９．９（この範囲の中の値の全てを含み、例えば、少なくとも８０、少なくとも８５、少なくとも９０、少なくとも９５、もしくは少なくとも９９）％同一性を共有し得る。
「ニワトリ免疫グロブリンＪＬ遺伝子下流核酸配列領域」とは、ニワトリ免疫グロブリンＪＬ遺伝子のスプライス部位から下流にある（例えば、配向に関してコード鎖もしくはセンス鎖を使用する場合に、スプライス部位に対して３’側に位置する）領域をいう。このような領域はまた、「天然ニワトリ免疫グロブリンＪＬ遺伝子下流核酸配列領域」といわれる。この領域は、ニワトリＢ細胞の内因性ＶＬ−ＪＬ遺伝子との相同組換えを可能にするために、組換えポリヌクレオチドベクター中で十分に長くなければならない。特定の実施形態において、この領域は、少なくとも１００〜２０００もしくは少なくとも５００〜２０００（この範囲の中の整数の全てを含み、例えば、少なくとも１００、少なくとも５００、少なくとも１０００、もしくは少なくとも１５００）ヌクレオチド長である。特定の実施形態において、上記領域の３’末端は、ニワトリ免疫グロブリンＪＬ遺伝子のスプライス部位から１〜１０００（この範囲の中の整数の全てを含む）ヌクレオチドである。特定の実施形態において、ニワトリ免疫グロブリンＪＬ遺伝子下流核酸配列領域は、免疫グロブリン軽鎖の定常領域をコードするＣ遺伝子中のいかなる配列をも含まない。
特定の他の実施形態において、「ニワトリ免疫グロブリンＪＬ遺伝子下流核酸配列領域」とはまた、ニワトリＢ細胞の内因性ＶＬ−ＪＬ遺伝子との相同組換えを可能にするために、天然ニワトリ免疫グロブリンＪＬ遺伝子下流核酸配列領域に対して十分相同である配列を含み得る。このような領域は、天然ニワトリ免疫グロブリンＪＬ遺伝子下流核酸配列領域と、少なくとも８０．０〜９９．９もしくは９０．０〜９９．９（この範囲の中の値の全てを含み、例えば、少なくとも８０、少なくとも８５、少なくとも９０、少なくとも９５、もしくは少なくとも９９）％同一性を共有し得る。
特定の他の実施形態によれば、本開示は、（１）複数の第１の標的遺伝子を複数のニワトリ免疫グロブリン遺伝子重鎖遺伝子座へと組みこむための複数の第１の組換えポリヌクレオチドベクター、および（２）複数の第２の標的遺伝子を複数のニワトリ免疫グロブリン遺伝子軽鎖遺伝子座へと組みこむための複数の第２の組換えポリヌクレオチドベクターを含む組成物を提供する。上記第１の組換えポリヌクレオチドベクターの各々は、（ａ）ニワトリ免疫グロブリンＶＨ遺伝子上流核酸配列領域；（ｂ）第１の標的遺伝子；および（ｃ）ニワトリ免疫グロブリンＪＨ遺伝子下流核酸配列領域を含む。上記第２の組換えポリヌクレオチドベクターの各々は、（ａ）ニワトリ免疫グロブリンＶＬ遺伝子上流核酸配列領域；（ｂ）第２の標的遺伝子；および（ｃ）ニワトリ免疫グロブリンＪＬ遺伝子下流核酸配列領域を含む。種々の第１の組換えポリヌクレオチドベクターの中の上記第１の標的遺伝子は、種々のヌクレオチド配列を有し得、第１の標的タンパク質もしくはその改変体をコードし得る。同様に、種々の第２の組換えポリヌクレオチドベクターの中の上記第２の標的遺伝子は、種々のヌクレオチド配列を有し得、第２の標的タンパク質もしくはその改変体をコードし得る。
特定の実施形態において、上記第１の標的遺伝子および第２の標的遺伝子は、１種のタンパク質もしくは２種のタンパク質のサブユニットをコードし、これらは互いに結合して、タンパク質複合体もしくはこのようなサブユニットもしくはタンパク質の改変体を形成する。例えば、上記第１の標的遺伝子は、免疫グロブリン重鎖可変領域（例えば、哺乳動物（ヒト、マウス、もしくはウサギを含む）もしくはヒト化免疫グロブリン重鎖可変領域）をコードし得、そして上記第２の標的遺伝子は、免疫グロブリン軽鎖可変領域（例えば、哺乳動物（ヒト、マウス、もしくはウサギを含む）もしくはヒト化免疫グロブリン軽鎖可変領域）をコードし得る。
好ましい実施形態において、上記第１の標的遺伝子は、再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＨ−Ｄ−ＪＨ遺伝子であり、上記第２の標的遺伝子は、再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＬ−ＪＬ遺伝子である。ＤＴ４０細胞のニワトリ免疫グロブリン重鎖遺伝子座に組みこまれる際に、上記第１の標的遺伝子は、（ｉ）免疫グロブリンＶＨ相補性決定領域コード配列および／もしくは免疫グロブリンＶＨフレームワーク領域コード配列における体細胞超変異を含み得る、免疫グロブリンＶＨ領域コード配列における体細胞超変異、ならびに（ｉｉ）上記再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＨコード核酸配列とＤＴ４０ ＶＨ偽遺伝子核酸配列との間の遺伝子変換のうちのいずれかもしくはその両方を受け得；そして上記第２の標的遺伝子は、（ｉ）免疫グロブリンＶＬ相補性決定領域コード配列および／もしくは免疫グロブリンＶＬフレームワーク領域コード配列における体細胞超変異を含み得る、免疫グロブリンＶＬ領域コード配列における体細胞超変異、ならびに（ｉｉ）上記再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＬコード核酸配列とＤＴ４０ ＶＬ偽遺伝子核酸配列との間の遺伝子変換のうちのいずれかもしくはその両方を受け得る。さらに好ましい実施形態において、上記再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＨ−Ｄ−ＪＨ遺伝子および／もしくは上記再構成されたＶＬ−ＪＬ遺伝子は、複数の再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＨ−Ｄ−ＪＨ遺伝子および／もしくはニワトリファブリキウス嚢細胞の集団から単離された再構成されたＶＬ−ＪＬ遺伝子から得られる。複数の第１の組換えポリヌクレオチドベクターおよび複数の第２の組換えポリヌクレオチドベクターを含む組成物は、免疫グロブリンの多様なライブラリー（これは、以下に記載されるように、所望の標的抗原に特異的に結合し得る抗体を同定および回収するためにスクリーニングされ得る）を生成するために有用である。
（抗体およびその抗原結合フラグメント）
「抗体」とは、免疫グロブリン分子であって、免疫グロブリン分子の可変領域（本明細書では可変ドメインともいわれる）に位置する少なくとも１つのエピトープ認識部位を介して、標的（例えば、炭水化物、ポリヌクレオチド、脂質、ポリペプチドなど）に特異的に結合し得るものである。本明細書で使用される場合、用語「抗体」は、インタクトなポリクローナル抗体もしくはモノクローナル抗体のみならず、それらのフラグメント（例えば、単一可変領域抗体（ｓｉｎｇｌｅ ｖａｒｉａｂｌｅ ｒｅｇｉｏｎ ａｎｔｉｂｏｄｙ）（ｄＡｂ）、または他の公知の抗体フラグメント（例えば、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖなど）、一本鎖（ＳｃＦｖ）、その合成改変体、天然改変体、必要とされる特異性の抗原結合フラグメントを有する抗体部分を含む融合タンパク質、ヒト化抗体、キメラ抗体、ならびに必要とされる特異性の抗原結合部位もしくはフラグメント（エピトープ認識部位）を含む、任意の他の操作されるかもしくは改変された立体配置の免疫グロブリン分子）もまた包含する。「二重特異性抗体」（遺伝子融合によって構築された多価もしくは多重特異性フラグメント（国際公開第９４／１３８０４号； Ｈｏｌｌｉｇｅｒ ｅｔ ａｌ， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ９０ ６４４４−６４４８， １９９３））はまた、本明細書で企図される抗体の特定の形態である。ＣＨ３ドメインに結合されたｓｃＦｖを含む低分子抗体（ｍｉｎｉｂｏｄｙ）はまた、本明細書において含まれる（Ｈｕ ｅｔ ａｌ， Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．， ５６， ３０５５−３０６１， １９９６；例えば、Ｗａｒｄ ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔｕｒｅ ３４１， ５４４−５４６ （１９８９）； Ｂｉｒｄ ｅｔ ａｌ， Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４２， ４２３−４２６， １９８８； Ｈｕｓｔｏｎ ｅｔ ａｌ， ＰＮＡＳ ＵＳＡ， ８５， ５８７９−５８８３， １９８８； ＰＣＴ／ＵＳ９２／０９９６５； 国際公開第９４／１３８０４号； Ｈｏｌｌｉｇｅｒ ｅｔ ａｌ．， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ９０ ６４４４−６４４８， １９９３； Ｒｅｉｔｅｒ ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈ １４， １２３９−１２４５， １９９６； Ｈｕ ｅｔ ａｌ， Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ． ５６， ３０５５−３０６１， １９９６もまた参照のこと）。ナノ抗体およびマキシ抗体（ｍａｘｉｂｏｄｉｅｓ）もまた、企図される（例えば、米国特許第６，７６５，０８７号；米国特許第６，８３８，２５４号；国際公開第０６／０７９３７２号；国際公開第２０１０／０３７４０２号を参照のこと）。
用語「抗原結合フラグメント」とは、本明細書で使用される場合、目的の抗原に結合する免疫グロブリン重鎖および／もしくは軽鎖の少なくとも１個のＣＤＲを含むポリペプチドフラグメントをいう。この点に関して、本明細書で記載される抗体の抗原結合フラグメントは、本明細書で示されるＶＨおよび／もしくはＶＬ配列の１個、２個、３個、４個、５個もしくは６個全てのＣＤＲを含み得る。
用語「抗原」とは、選択的結合剤（例えば、抗体）によって結合され得、さらにその抗原のエピトープに結合し得る抗体を生成するために動物で使用され得る分子もしくは分子の一部をいう。抗原は、１以上のエピトープを有し得る。
用語「エピトープ」とは、免疫グロブリンもしくはＴ細胞レセプターに特異的に結合し得る任意の決定基、好ましくは、ポリペプチド決定基を含む。エピトープは、抗体によって結合される抗原の領域である。特定の実施形態において、エピトープ決定基は、分子の化学的に活性なグループ（例えば、アミノ酸、糖側鎖、ホスホリルもしくはスルホニル）を含み、特定の実施形態において、特定の三次元構造の特徴、および／もしくは特定の電荷の特徴を有し得る。特定の実施形態において、抗体は、これがタンパク質および／もしくは高分子の複雑な混合物中のその標的抗原を優先的に認識する場合に、抗原に特異的に結合するといわれる。抗体は、特定の実施形態によれば、抗体−抗原結合の平衡解離定数が１０−６Ｍ以下、もしくは１０−７Ｍ以下、もしくは１０−８Ｍ以下である場合に、抗原を特異的に結合するといわれ得る。いくつかの実施形態において、上記平衡解離定数は、１０−９Ｍ以下もしくは１０−１０Ｍ以下であり得る。
タンパク質分解酵素であるパパインは、ＩｇＧ分子を優先的に切断して、いくつかのフラグメントが生じ、そのうちの２つ（上記Ｆ（ａｂ）フラグメント）は、各々、インタクトな抗原結合部位を含む共有結合したヘテロダイマーを含む。酵素ペプシンは、ＩｇＧ分子を切断して、いくつかのフラグメント（両方の抗原結合部位を含むＦ（ａｂ’）２フラグメントを含む）を提供し得る。本発明の特定の実施形態による使用のためのＦｖフラグメントは、ＩｇＭの優先的なタンパク質切断、および希に、ＩｇＧもしくはＩｇＡ免疫グロブリン分子のタンパク質切断によって生成され得る。しかし、Ｆｖフラグメントは、より一般的には、当該分野で公知の組換え技術を使用して得られる。上記Ｆｖフラグメントは、非共有結合のＶＨ：：ＶＬヘテロダイマー（抗原認識の大部分および天然抗体分子の結合能力を保持する抗原結合部位を含む）を含む（Ｉｎｂａｒ ｅｔ ａｌ． （１９７２） Ｐｒｏｃ． Ｎａｔ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ６９：２６５９−２６６２； Ｈｏｃｈｍａｎ ｅｔ ａｌ． （１９７６） Ｂｉｏｃｈｅｍ １５：２７０６−２７１０； ａｎｄ Ｅｈｒｌｉｃｈ ｅｔ ａｌ． （１９８０） Ｂｉｏｃｈｅｍ １９：４０９１−４０９６）．
特定の実施形態において、一本鎖ＦｖもしくはｓｃＦＶ抗体が企図される。例えば、κ抗体（Ｉｌｌ ｅｔ ａｌ．， Ｐｒｏｔ． Ｅｎｇ． １０：９４９−５７ （１９９７））；低分子抗体（Ｍａｒｔｉｎ ｅｔ ａｌ．， ＥＭＢＯ Ｊ １３：５３０５−９ （１９９４））；二重特異性抗体（Ｈｏｌｌｉｇｅｒ ｅｔ ａｌ．， ＰＮＡＳ ９０：６４４４−８ （１９９３））；もしくはＪａｎｕｓｉｎｓ（Ｔｒａｕｎｅｃｋｅｒ ｅｔ ａｌ．， ＥＭＢＯ Ｊ． １０：３６５５−５９ （１９９１）およびＴｒａｕｎｅｃｋｅｒ ｅｔ ａｌ． Ｉｎｔ． Ｊ． Ｃａｎｃｅｒ Ｓｕｐｐｌ． ７：５１−５２ （１９９２））は、所望の特異性を有する抗体を選択することに関して本願の教示に従って、標準的分子生物学技術を使用して調製され得る。さらに他の実施形態において、本開示のリガンドを含む二重特異性抗体もしくはキメラ抗体が、作製され得る。例えば、キメラ抗体は、種々の抗体に由来するＣＤＲおよびフレームワーク領域を含み得る一方で、１つの結合ドメインを介して所望の抗原に、および第２の結合ドメインを介して第２の分子に特異的に結合する二重特異性抗体が、生成され得る。これら抗体は、組換え分子生物学技術を介して生成され得るか、または物理的に一緒に結合体化され得る。
一本鎖Ｆｖ（ｓＦｖ）ポリペプチドは、ペプチドコードリンカーによって連結されたＶＨコード遺伝子およびＶＬコード遺伝子を含む遺伝子融合物から発現される共有結合で連結されたＶＨ：：ＶＬヘテロダイマーである。Ｈｕｓｔｏｎ ｅｔ ａｌ． （１９８８） Ｐｒｏｃ． Ｎａｔ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ８５（１６）：５８７９−５８８３。多くの方法が、抗体Ｖ領域由来の自然に集合するが化学的に分離される軽鎖ポリペプチドおよび重鎖ポリペプチドを、抗原結合部位の構造に実質的に類似した三次元構造へと折りたたまれるｓＦｖ分子へと変換するための化学構造を識別するのに記載されてきた。例えば、米国特許第５，０９１，５１３号および米国特許第５，１３２，４０５号（Ｈｕｓｔｏｎ ｅｔ ａｌ．）；ならびに米国特許第４，９４６，７７８号（Ｌａｄｎｅｒ ｅｔ ａｌ．）を参照のこと。
抗体のｄＡｂフラグメントは、ＶＨドメインからなる（Ｗａｒｄ， Ｅ． Ｓ． ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔｕｒｅ ３４１， ５４４−５４６ （１９８９））。
特定の実施形態において、本明細書で開示される抗体は、二重特異性抗体の形態にある。二重特異性抗体は、ポリペプチドのマルチマーであり、各ポリペプチドは、免疫グロブリン軽鎖の結合領域を含む第１のドメインおよび免疫グロブリン重鎖の結合領域を含む第２のドメインを含み、この２個のドメインは、（例えば、ペプチドリンカーによって）連結されているが、互いに会合して、抗原結合部位を形成することはできない；抗原結合部位は、上記マルチマー内の１つのポリペプチドの第１のドメインと、上記マルチマー内の別のポリペプチドの第２のドメインとの会合によって形成される（国際公開第９４／１３８０４号）。
二重特異性抗体が使用される予定である場合、これらは、従来の二重特異性抗体であり得、これは種々の方法で製造され得（Ｈｏｌｌｉｇｅｒ， Ｐ． ａｎｄ Ｗｉｎｔｅｒ Ｇ． Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｏｐｉｎｉｏｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ． ４， ４４６−４４９ （１９９３））、例えば、化学的に調製されてもよいし、もしくはハイブリッドハイブリドーマを形成してもよいし、または上述の二重特異性抗体フラグメントのうちのいずれかであってもよい。二重特異性抗体およびｓｃＦｖは、可変領域のみを使用して、潜在的にはこのような抗体の投与を受ける被験体で誘発された免疫応答（例えば、抗イディオタイプ反応）の可能性もしくは重篤度を低下させて、Ｆｃ領域なしで構築され得る。
二重特異性抗体はまた、二重特異性完全抗体とは対照的に、特に有用であり得る。なぜならそれらは、容易に構築され、Ｅ．ｃｏｌｉにおいて発現され得るからである。適切な結合特異性の二重特異性抗体（および多くの他のポリペプチド（例えば、抗体フラグメント））は、ファージディスプレイ（国際公開第９４／１３８０４号）を使用してライブラリーから容易に選択され得る。上記二重特異性抗体の一方のアームを一定のまま、例えば、特異性が抗原Ｘに対して指向される状態で維持される場合、ライブラリーは、他方のアームが変化し、適切な特異性の抗体が選択されて作製され得る。二重特異性完全抗体は、ｋｎｏｂｓ−ｉｎｔｏ−ｈｏｌｅｓ工学（Ｒｉｄｇｅｗａｙ ｅｔ ａｌ， Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇ．， ９， ６１６−６２１， １９９６）によって作製され得る。
特定の実施形態において、本明細書で記載される抗体は、ＵｎｉＢｏｄｙ（登録商標）の形態で提供され得る。ＵｎｉＢｏｄｙ（登録商標）は、ヒンジ領域が除去されたＩｇＧ４抗体である（ＧｅｎＭａｂ Ｕｔｒｅｃｈｔ， Ｔｈｅ Ｎｅｔｈｅｒｌａｎｄｓを参照のこと；例えば、米国特許出願第２００９０２２６４２１号もまた参照のこと）。この独自の抗体技術は、現在の小さな抗体形式より予測された長い治療領域を有する、安定な、より小さな抗体形式を作り出す。ＩｇＧ４抗体は不活性であるとみなされるので、免疫系と相互作用しない。完全なヒトＩｇＧ４抗体は、対応するインタクトなＩｇＧ４に対して異なる安定性の特性を有する半分子（ｈａｌｆ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ）フラグメントを得るために、上記抗体のヒンジ領域を排除することによって改変され得る（ＧｅｎＭａｂ， Ｕｔｒｅｃｈｔ）。上記ＩｇＧ４分子を二分割することによって、同族抗原（例えば、疾患標的）に結合し得るＵｎｉＢｏｄｙ（登録商標）上のただ１つの領域を残しておき、上記ＵｎｉＢｏｄｙ（登録商標）は、従って、標的細胞上のただ１つの部位を一価として結合する。特定の癌細胞表面抗原に関して、この一価の結合は、同じ抗原特異性を有する二価抗体を使用して認められ得るとおりに増殖するようには癌細胞を刺激しないと思われるので、ＵｎｉＢｏｄｙ（登録商標）技術は、従来の抗体での処置に抵抗性であり得る癌のいくつかのタイプについての処置選択肢を提供し得る。上記ＵｎｉＢｏｄｙ（登録商標）は、通常のＩｇＧ４抗体のサイズの約半分である。この小さなサイズは、より大きな固形腫瘍にわたる分子のよりよい分布を可能にし、効力を潜在的に増大させて、癌のいくつかの形態を処置する場合に大きな利益となり得る。
特定の実施形態において、本開示の抗体は、ナノ抗体の形態をとり得る。ナノ抗体は、単一の遺伝子によってコードされ、ほぼ全ての原核生物宿主および真核生物宿主（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ（例えば、米国特許第６，７６５，０８７号を参照のこと）、糸状菌（例えば、ＡｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓもしくはＴｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ）および酵母（例えば、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ、Ｋｌｕｙｖｅｒｍｙｃｅｓ、ＨａｎｓｅｎｕｌａもしくはＰｉｃｈｉａ（例えば、米国特許第６，８３８，２５４号を参照のこと）））において効率よく生成される。この生成プロセスは、スケール調整可能であり、複数キログラム量のナノ抗体が生成されてきた。ナノ抗体は、長期の貯蔵期間を有する使用準備のできた溶液として処方され得る。ナノクローン法（例えば、国際公開第０６／０７９３７２号を参照のこと）は、Ｂ細胞の自動化ハイスループット選択に基づいて、所望の標的に対するナノ抗体を生成するための独自の方法である。
特定の実施形態において、本明細書で記載される抗体およびその抗原結合フラグメントは、重鎖および軽鎖のＣＤＲセットを含み、それぞれ、ＣＤＲに対する支持を提供し、互いに関連したＣＤＲの空間的関係を規定する重鎖および軽鎖のフレームワーク領域（ＦＲ）セットの間に挿入される。本明細書で使用される場合、用語「ＣＤＲセット」とは、重鎖もしくは軽鎖Ｖ領域の３つの超可変領域をいう。重鎖もしくは軽鎖のＮ末端から始まって、これら領域は、それぞれ、「ＣＤＲ１」、「ＣＤＲ２」、および「ＣＤＲ３」といわれる。従って、抗原結合部位は、６個のＣＤＲを含み、これらは、重鎖および軽鎖Ｖ領域の各々に由来するＣＤＲセットを含む。単一のＣＤＲ（例えば、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２もしくはＣＤＲ３）を含むポリペプチドは、「分子認識ユニット」と本明細書でいわれる。多くの抗原−抗体複合体の結晶分析は、ＣＤＲのアミノ酸残基が、結合した抗原と広範囲な接触を形成することを実証した。ここで最も広範囲な抗原接触は、重鎖ＣＤＲ３との接触である。従って、上記分子認識ユニットは、抗原結合部位の特異性に主に関与している。
本明細書で使用される場合、用語「ＦＲセット」とは、重鎖もしくは軽鎖Ｖ領域のＣＤＲセットのうちのＣＤＲを組み立てる４つの隣接するアミノ酸配列をいう。いくつかのＦＲ残基が、結合した抗原と接触し得る；しかし、ＦＲは、上記Ｖ領域を上記抗原結合部位、特に、上記ＣＤＲに直接隣接するＦＲ残基へと折りたたむことに主に関与している。ＦＲ内では、特定のアミノ酸残基および特定の構造特徴が、非常によく保存されている。この点に関して、全てのＶ領域配列は、約９０アミノ酸残基の内部ジスルフィドループを含む。上記Ｖ領域が結合部位へと折りたたまれる場合、ＣＤＲは、抗原結合表面を形成する突き出たループモチーフとして提示される。正確なＣＤＲアミノ酸配列には無関係に、特定の「標準」構造へと上記ＣＤＲループの折りたたまれた形状に影響を及ぼすＦＲの保存された構造領域があることが、一般に認識されている。さらに、特定のＦＲ残基は、抗体重鎖および軽鎖の相互作用を安定化させる非共有結合のドメイン間接触に関与することが公知である。
免疫グロブリン可変領域の構造および位置は、Ｋａｂａｔ， Ｅ． Ａ． ｅｔ ａｌ， Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ， ４ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ， ＵＳ Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｈｕｍａｎ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ， １９８７、およびその改訂版（現在、インターネット上で利用可能（ｉｍｍｕｎｏ．ｂｍｅ．ｎｗｕ．ｅｄｕ））を参照することによって決定され得る。
「モノクローナル抗体」とは、均質な抗体集団をいい、上記モノクローナル抗体は、エピトープの選択的結合に関わるアミノ酸（天然および非天然）から構成される。モノクローナル抗体は、非常に特異的であり、単一のエピトープに対して指向される。用語「モノクローナル抗体」は、インタクトなモノクローナル抗体および全長モノクローナル抗体のみならず、それらのフラグメント（例えば、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ）、一本鎖（ＳｃＦｖ）、これらの改変体、抗原結合部分を含む融合タンパク質、ヒト化モノクローナル抗体、キメラモノクローナル抗体、ならびに必要とされる特異性の抗原結合フラグメント（エピトープ認識部位）およびエピトープに結合する能力を含む、任意の他の改変された立体配置の免疫グロブリン分子をも包含する。抗体の供給源もしくはそれが作製される様式（例えば、ハイブリドーマ、ファージ選択、組換え発現、トランスジェニック動物などによる）の点では限定されるとは意図されない。この用語は、完全な免疫グロブリン、ならびに上記で記載されるフラグメントなどを含む。
「ヒト化」抗体とは、一般には、組み換え技術を使用して調製され、非ヒト種の免疫グロブリンに由来する抗原結合部位ならびにヒト免疫グロブリンの構造および／もしくは配列に基づいて分子の残りの免疫グロブリン構造を有する、キメラ分子をいう。上記抗原結合部位は、完全な可変領域が定常ドメインに融合されたもの、またはＣＤＲのみが可変ドメイン中の適切なフレームワーク領域にグラフト化（ｇｒａｆｔ）されたもののいずれかを含み得る。エピトープ結合部位は、野生型であってもよいし、１以上のアミノ酸置換によって改変されていてもよい。このキメラ構造は、ヒト個体での免疫原としての非ヒト起源の定常領域を排除するが、外来の可変領域に対する免疫応答の可能性は残っている（ＬｏＢｕｇｌｉｏ， Ａ． Ｆ． ｅｔ ａｌ．， （１９８９） Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ ８６：４２２０−４２２４； Ｑｕｅｅｎ ｅｔ ａｌ．， ＰＮＡＳ （１９８８） ８６：１００２９−１００３３； Ｒｉｅｃｈｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔｕｒｅ （１９８８） ３３２：３２３−３２７）。
別のアプローチは、ヒト由来定常領域を提供することに焦点を当てるのみならず、上記可変領域をも改変して、それらをヒト形態に可能な限り近く作り直すようにすることにも焦点を当てる。上記でも述べたように、重鎖および軽鎖の両方の可変領域は、問題のエピトープに応じて変化し、結合能力を決定する３個の相補性決定領域（ＣＤＲ）を含み、上記ＣＤＲは、所定の種において比較的保存されており、推定するに上記ＣＤＲのための足場を提供する４個のフレームワーク領域（ＦＲ）が隣接していることは公知である。非ヒト抗体が、特定のエピトープについて調製される場合、可変領域は、非ヒト抗体由来のＣＤＲを、改変されるヒト抗体に存在するＦＲに対してグラフト化することによって、「作り直され」得るか、もしくは「ヒト化」され得る。種々の抗体へのこのアプローチの適用は、Ｓａｔｏ， Ｋ．， ｅｔ ａｌ．， （１９９３） Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ５３：８５１−８５６； Ｒｉｅｃｈｍａｎｎ， Ｌ．， ｅｔ ａｌ．， （１９８８） Ｎａｔｕｒｅ ３３２：３２３−３２７； Ｖｅｒｈｏｅｙｅｎ， Ｍ．， ｅｔ ａｌ．， （１９８８） Ｓｃｉｅｎｃｅ ２３９：１５３４−１５３６； Ｋｅｔｔｌｅｂｏｒｏｕｇｈ， Ｃ． Ａ．， ｅｔ ａｌ．， （１９９１） Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ ４：７７３−３７８３； Ｍａｅｄａ， Ｈ．， ｅｔ ａｌ．， （１９９１） Ｈｕｍａｎ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ Ｈｙｂｒｉｄｏｍａ ２：１２４−１３４； Ｇｏｒｍａｎ， Ｓ． Ｄ．， ｅｔ ａｌ．， （１９９１） Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ ８８：４１８１−４１８５； Ｔｅｍｐｅｓｔ， Ｐ． Ｒ．， ｅｔ ａｌ．， （１９９１） Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ９：２６６−２７１； Ｃｏ， Ｍ． Ｓ．， ｅｔ ａｌ．， （１９９１） Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ ８８：２８６９−２８７３； Ｃａｒｔｅｒ， Ｐ．， ｅｔ ａｌ．， （１９９２） Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ ８９：４２８５−４２８９；およびＣｏ， Ｍ． Ｓ． ｅｔ ａｌ．， （１９９２） Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ １４８：１１４９−１１５４によって報告されている。いくつかの実施形態において、ヒト化抗体は、全てのＣＤＲ配列（例えば、マウス抗体由来の６個全てのＣＤＲを含むヒト化マウス抗体）を保存する。他の実施形態において、ヒト化抗体は、１個以上のＣＤＲ（１個、２個、３個、４個、５個、もしくは６個）を有し、これらは、元の抗体に対して変化しており、元の抗体の１個以上のＣＤＲに「由来する」１個以上のＣＤＲとも称される。
特定の実施形態において、本開示の抗体は、キメラ抗体であり得る。この点に関して、キメラ抗体は、作動可能に連結されたか、もしくは他の方法で異なる抗体の異種Ｆｃ部分に融合された、所望の結合特異性の抗体の抗原結合フラグメントから構成される。特定の実施形態において、上記異種Ｆｃドメインは、ヒト起源のものである。他の実施形態において、上記異種Ｆｃドメインは、親抗体の種々のＩｇクラス（ＩｇＡ（ＩｇＡ１およびＩｇＡ２サブクラスを含む）、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ（ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、およびＩｇＧ４サブクラスを含む）、およびＩｇＭを含む）に由来し得る。さらなる実施形態において、上記異種Ｆｃドメインは、種々のＩｇクラスのうちの１種以上に由来するＣＨ２およびＣＨ３ドメインから構成され得る。ヒト化抗体に関して上記で述べられるように、キメラ抗体の抗原結合フラグメントは、本明細書で記載される抗体のＣＤＲのうちの１個以上（例えば、本明細書で記載される抗体の１個、２個、３個、４個、５個、もしくは６個のＣＤＲ）を含むだけでもよいし、可変ドメイン全体（ＶＬ、ＶＨもしくはその両方）を含んでもよい。
特定の実施形態において、所望の抗原結合特異性を有する抗体は、本明細書で記載される抗体のＣＤＲのうちの１個以上を含む。この点に関して、いくつかの例において、抗体のＶＨＣＤＲ３のみの移行は、所望の特異的結合をなお保持しながら行われ得ることが示された（Ｂａｒｂａｓ ｅｔ ａｌ．， ＰＮＡＳ （１９９５） ９２： ２５２９−２５３３）。ＭｃＬａｎｅ ｅｔ ａｌ．， ＰＮＡＳ （１９９５） ９２：５２１４−５２１８、Ｂａｒｂａｓ ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ａｍ． Ｃｈｅｍ． Ｓｏｃ． （１９９４） １１６：２１６１−２１６２もまた参照のこと。
Ｍａｒｋｓら（Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ， １９９２， １０：７７９−７８３）は、可変ドメイン領域の５’末端にもしくはこれに隣接して指向されるコンセンサスプライマーがヒトＶＨ遺伝子の第３のフレームワーク領域に対するコンセンサスプライマーとともに使用されて、ＣＤＲ３を欠くＶＨ可変ドメインのレパートリーを提供する、抗体可変ドメインのレパートリーを生成するための方法を記載する。Ｍａｒｋｓらはさらに、特定の抗体のＣＤＲ３とこのレパートリーをどのように合わせ得るかを記載する。類似の技術を使用して、ここで記載される抗体のＣＤＲ３由来配列は、ＣＤＲ３を欠くＶＨもしくはＶＬドメインのレパートリーとシャッフルされ得、シャッフルされた完全なＶＨもしくはＶＬドメインは、同族ＶＬもしくはＶＨドメインと組み合わされて、所望の抗原と結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメントを提供し得る。上記レパートリーは、次いで、適切な抗体もしくはその抗原結合フラグメントが選択され得るように、適切な宿主システム（例えば、国際公開第９２／０１０４７号のファージディスプレイシステム）において提示され得る。レパートリーは、少なくとも約１０４の個々のメンバーおよび数桁多く（例えば、約１０６〜１０８もしくは１０１０またはより多く）のメンバーからなり得る。類似のシャッフリングもしくはコンビナトリアル技術はまた、Ｓｔｅｍｍｅｒ（Ｎａｔｕｒｅ， １９９４， ３７０：３８９−３９１）によって開示される。彼は、β−ラクタマーゼ遺伝子に関連する技術を記載するが、このアプローチが、抗体の生成に使用され得ると述べている。
さらなる選択肢は、可変ドメイン全体の中で変異を生成するために、１種以上の選択されたＶＨおよび／もしくはＶＬ遺伝子のランダム変異誘発を使用して、本明細書に記載される発明の実施形態の１個以上のＣＤＲ由来配列を有する新規ＶＨもしくはＶＬ領域を生成することである。このような技術は、Ｇｒａｍら（１９９２ Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ８９：３５７６−３５８０）によって記載される。彼らは、エラープローンＰＣＲを使用した。使用され得る別の方法は、ＶＨもしくはＶＬ遺伝子のＣＤＲ領域に対する変異誘発を指向することである。このような技術は、Ｂａｒｂａｓら（１９９４ Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ９１：３８０９−３８１３）およびＳｃｈｉｅｒら（１９９６ Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ． ２６３：５５１−５６７）によって開示されている。
特定の実施形態において、本明細書で記載される抗体の特定のＶＨおよび／もしくはＶＬは、相補的な可変ドメインのライブラリーをスクリーニングして、所望の特性（例えば、所望の抗原に対する増大した親和性）を有する抗体を同定するために使用され得る。このような方法は、例えば、Ｐｏｒｔｏｌａｎｏ ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． （１９９３） １５０：８８０−８８７； Ｃｌａｒｋｓｏｎ ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔｕｒｅ （１９９１） ３５２：６２４−６２８に記載される。
他の方法はまた、ＣＤＲを混合し適合させて、所望の結合活性を有する抗体を同定するために使用され得る。例えば： Ｋｌｉｍｋａ ｅｔ ａｌ．， Ｂｒｉｔｉｓｈ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃａｎｃｅｒ （２０００） ８３： ２５２−２６０は、マウスＶＬおよびヒトＶＨライブラリーと、マウスＶＨから保持されたＣＤＲ３およびＦＲ４とを使用するスクリーニングプロセスを記載する。抗体を得た後、上記ＶＨを、抗原を結合した抗体を得るために、ヒトＶＬライブラリーに対してスクリーニングした。Ｂｅｉｂｏｅｒ ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ． （２０００） ２９６：８３３−８４９は、マウス重鎖全体およびヒト軽鎖ライブラリーを使用するスクリーニングプロセスを記載する。抗体を得た後、１つのＶＬを、マウスのＣＤＲ３が保持されたヒトＶＨライブラリーと組み合わせた。抗原に結合し得る抗体が得られた。Ｒａｄｅｒ ｅｔ ａｌ．， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ （１９９８） ９５：８９１０−８９１５は、上記のＢｅｉｂｏｅｒらのものに類似のプロセスを記載する。
これら直前に記載された技術は、それ自体が当該分野で公知の技術である。しかし、本開示に基づけば、当業者は、本明細書で記載される本発明のいくつかの実施形態に従って、当該分野で慣用的な方法論を使用して、抗体もしくはその抗原結合フラグメントを得るためにこのような技術を使用し得る。
抗体もしくはポリペプチドに「特異的に結合する」もしくは「優先的に結合する」（本明細書で交換可能に使用される）エピトープは、当該分野で十分に理解された用語であり、このような特異的もしくは優先的な結合を決定するための方法はまた、当該分野で周知である。分子は、代わりの細胞もしくは物質と反応もしくは会合するより、より頻繁に、より迅速に、より長い持続時間および／もしくはより大きな親和性で、特定の細胞もしくは物質と反応もしくは会合する場合に、「特異的結合」もしくは「優先的結合」を示すといわれる。抗体は、他の物質に結合するより大きな親和性、結合力で、より容易におよび／もしくはより長い持続時間で結合する場合、標的に「特異的に結合する」か、または「優先的に結合する」。例えば、第１の標的に特異的にもしくは優先的に結合する抗体（または部分もしくはエピトープ）が、第２の標的に特異的にもしくは優先的に結合してもよいし、またはしなくてもよいということはまた、この定義を読めば理解される。よって、「特異的結合」もしくは「優先的結合」は、排他的な結合を必ずしも要しない（が、含んでもよい）。しかし必ずしもではないが、一般に、結合への言及は、優先的結合を意味する。
免疫学的結合は、一般に、例えば、例示の目的であって限定の目的ではないが、静電気、イオン、親水性および／もしくは疎水性の引力もしくは斥力、立体的な力、水素結合、ファン・デル・ワールス力、および他の相互作用の結果として、免疫グロブリン分子と、免疫グロブリンが特異的である抗原との間で起こるタイプの非共有結合的相互作用をいう。免疫学的結合の相互作用の強さ、もしくは親和性は、相互作用の解離定数（Ｋｄ）によって表され得る。ここでより小さなＫｄは、より大きな親和性を表す。選択されたポリペプチドの免疫学的結合特性は、当該分野で周知の方法を使用して定量され得る。１つのこのような方法は、抗原結合部位／抗原複合体形成および解離の速度を測定することを要し、ここでそれら速度は、複合体パートナーの濃度、相互作用の親和性、および両方の方向で等しく速度に影響を及ぼす幾何的パラメーターに依存する。従って、「オン速度定数（ｏｎ ｒａｔｅ ｃｏｎｓｔａｎｔ）」（Ｋｏｎ）および「オフ速度定数（ｏｆｆ ｒａｔｅ ｃｏｎｓｔａｎｔ）」（Ｋｏｆｆ）はともに、濃度の計算、ならびに会合および解離の実際の速度によって決定され得る。Ｋｏｆｆ／Ｋｏｎの比は、親和性に関連しない全てのパラメーターを相殺することを可能にし、従って、解離定数Ｋｄに等しい。一般には、Ｄａｖｉｅｓ ｅｔ ａｌ． （１９９０） Ａｎｎｕａｌ Ｒｅｖ． Ｂｉｏｃｈｅｍ． ５９：４３９−４７３を参照のこと。
存在するエピトープを参照して用語「免疫学的に活性」、または「免疫学的に活性なまま」とは
抗体が、種々の条件下で（例えば、エピトープが還元条件および変性条件に供された後に）エピトープに結合する能力に言及する。
（宿主細胞およびライブラリー）
他の実施形態において、本開示は、組換えポリヌクレオチドベクターまたは本明細書で開示されるようなベクターを含む組成物を含む宿主細胞を提供する。
特定の関連実施形態において、上記宿主細胞は、本明細書で記載される組換えポリヌクレオチドベクターを増殖させ得る。このような目的での例示的な宿主細胞としては、細菌細胞（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ）が挙げられる。
特定の実施形態において、上記宿主細胞は、標的遺伝子をニワトリ免疫グロブリン遺伝子重鎖遺伝子座もしくは軽鎖遺伝子座に組みこむことを可能にするニワトリ細胞である。好ましい実施形態において、上記宿主細胞は、ニワトリＢ細胞もしくはニワトリＢ細胞に由来する細胞（例えば、ニワトリ嚢リンパ腫細胞）である。さらに好ましい実施形態において、上記宿主細胞は、ＤＴ４０細胞である。
特定の実施形態において、上記宿主細胞は、標的配列の多様化をさらに促進する国際公開第２００９／０２９３１５号および米国特許出願第２０１０００９３０３３号に記載されるシステムの使用を可能にするために、それらの免疫グロブリン遺伝子重鎖遺伝子座および／もしくはそれらの免疫グロブリン遺伝子軽鎖遺伝子座において「ｃｉｓ調節エレメント」（例えば、重合ラクトースオペレーター配列）をさらに含むニワトリＢ細胞（例えば、ＤＴ４０細胞）である。簡潔には、そこには、標的遺伝子の多様化の可逆性の誘導を可能にする改変Ｂ細胞が記載されている。上記細胞は、目的の標的遺伝子（例えば、再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＨ−Ｄ−ＪＨ遺伝子）に作動可能に連結された「ｃｉｓ調節エレメント」を含むように改変される。上記細胞は、「テザリング因子（ｔｅｔｈｅｒｉｎｇ ｆａｃｔｏｒ）」に融合されている「多様化因子」を含むようにさらに改変される。テザリング因子の機能は、ｃｉｓ調節エレメントに結合し、それによって、多様化因子を標的遺伝子の発現および／もしくは変異誘発を制御する領域にもたらすことである。多様化因子の役割は、標的配列の多様化（変異）を加速もしくは調節することである。標的遺伝子は、Ｉｇ遺伝子座に挿入されるので、変異は、そのコード領域に標的化され、多様化因子−テザリング因子融合タンパク質の使用によって制御される。一般に、ｃｉｓ調節エレメントは、テザリング因子が配列特異的様式でそれに結合し、遺伝子（例えば、目的の遺伝子（例えば、標的遺伝子））の発現もしくは多様化を制御する領域に位置づけられることを可能にする任意のＤＮＡ配列であり得る。ｃｉｓ調節エレメントは、重合ラクトースオペレーター（ＰｏｌｙＬａｃＯ）（例えば、２０塩基対ＬａｃＯ結合部位の約１００反復を含むもの）を含み得る。ｃｉｓ調節エレメントは、Ｉｇλ軽鎖およびＩｇＨ遺伝子座のψＶ領域内に位置づけられる。テザリング因子は、ＬａｃＯに対して高い親和性で結合するＬａｃリプレッサー（ＬａｃＩ）を含む。ｃｉｓ調節エレメントのこの挿入は、改変ＤＴ４０細胞株におけるテンプレート化した変異誘発（遺伝子変換）の通常のプロセスに影響を及ぼさない。
国際公開第２００９０２９３１５号および米国特許出願第２０１００９３０３３号のシステムの誘導局面は、テザリング因子（ＬａｃＩ）−多様化因子融合タンパク質の発現およびイソプロピルβ−Ｄ−１−チオガラクトピラノシド（ＩＰＴＧ）（ＬａｃＯからのＬａｃＩの放出を引き起こす小分子）の使用を介して起こる。改変ＤＴ４０細胞を１０μＭ程度のＩＰＴＧとともに培養すると、ＰｏｌｙＬａｃＯからのＬａｃＩの放出が引き起こされ、細胞増殖に影響を及ぼさない。多くの異なる多様化因子が企図され、クロマチン構造に影響を及ぼす因子、転写活性化因子、ならびに他の遺伝子調節因子、デアミナーゼ、ＤＮＡ修復および複製に関わるタンパク質、レゾルバーゼおよびヘリカーゼ、細胞周期調節因子、核膜孔複合体のタンパク質、ならびにユビキチン化に関わるタンパク質を含む。例示的なテザリング因子−多様化因子構築物としては、ＬａｃＩ−ＨＰ１が挙げられる。この構築物において、ヘテロクロマチンタンパク質であるＨＰ１は、隣り合う遺伝子の閉じたクロマチン構造を促進する。従って、ＬａｃＩが改変ＤＴ４０細胞でＰｏｌｙＬａｃＯに結合する場合、テザリングしたＨＰ１タンパク質が、開いたクロマチン状態から非許容性クロマチン状態へのドナーψＶ配列の移行を引き起こす。これは、ψＶ領域の欠失に機能的に等しく、下流Ｉｇ Ｖλ遺伝子座のテンプレート化された変異誘発からこの標的化領域の体細胞超変異への切り替えを同様に生じさせる。ＰｏｌｙＬａｃＯとの組み合わせにおいて有用なさらなるテザリング因子−多様化因子構築物はまた、国際公開第２００９０２９３１５号および米国特許出願第２０１００９３０３３号に記載される。
特定の実施形態において、上記宿主細胞は、ニワトリＩｇ重鎖定常領域をコードする遺伝子および／もしくはニワトリＩｇ軽鎖定常領域をコードする遺伝子が、ヒトＩｇ重鎖および／もしくは軽鎖定常領域をコードする遺伝子で置換されたニワトリ細胞（例えば、ＤＴ４０細胞）である。このような置換はまた、置換されるニワトリ遺伝子から上流および下流にある領域で、相同組換えを介してなされ得る。このような宿主細胞は、キメラ抗体を生成し、従って、それら細胞において生成される所望の抗体のヒト化を促進し得る。
関連実施形態において、本開示は、本明細書で記載される組換えポリヌクレオチドベクターを含む宿主細胞のライブラリーを提供する。
一実施形態において、本明細書で開示される組換えポリヌクレオチドベクターを増殖させるための宿主細胞のライブラリーが提供される。例えば、細菌細胞ライブラリーは、ニワトリファブリキウス嚢細胞から単離された、再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＨ−Ｄ−ＪＨ遺伝子を組みこむための複数の組換えポリヌクレオチドベクターを含む組成物で、細菌細胞を形質転換することによって作製され得る。同様に、別の細菌細胞ライブラリーは、ニワトリファブリキウス嚢細胞から単離された再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＬ−ＪＨ遺伝子を組みこむための複数の組換えポリヌクレオチドベクターを含む組成物で、細菌細胞を形質転換することによって作製され得る。
別の実施形態において、標的遺伝子がニワトリ細胞の免疫グロブリン遺伝子重鎖および／もしくは軽鎖遺伝子座に組みこまれたニワトリ細胞ライブラリーが提供される。例示的ライブラリーは、１羽以上のニワトリのファブリキウス嚢細胞から単離された種々の重鎖可変領域遺伝子を含む組換えポリヌクレオチドベクターでトランスフェクトされたＤＴ４０細胞を含み得る。このようなライブラリーは、標的遺伝子を、本明細書で記載されるようにニワトリ免疫グロブリン重鎖および／もしくは軽鎖遺伝子座に組みこむための方法に従って作製され得る。
さらなる実施形態において、標的遺伝子がニワトリ免疫グロブリン遺伝子重鎖および／もしくは軽鎖遺伝子座に組みこまれ、さらに多様化されたニワトリ細胞のライブラリーが提供される。例示的なライブラリーは、１羽以上のニワトリのファブリキウス嚢細胞から単離された種々のＩｇ重鎖可変領域遺伝子を含む組換えポリヌクレオチドベクターでトランスフェクトされたＤＴ４０細胞の子孫を含み得る。それらは、本明細書で記載されるようにニワトリ免疫グロブリン重鎖および／もしくは軽鎖ポリペプチド配列改変体のレパートリーを生成するための方法に従って作製され得る。
本明細書で提供されるライブラリーは、標的遺伝子の配列改変体を含む少なくとも１０〜１０１４（上記の範囲の中の整数の全てを含む（例えば、少なくとも１０、少なくとも１００、少なくとも１０００、少なくとも１０，０００、少なくとも１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１０１０など））の細胞、例えば、特定の実施形態において、標的遺伝子の配列改変体を含む少なくとも１０３〜１０７の細胞を含み得る。例えば、ライブラリーは、種々の免疫グロブリン重鎖可変領域遺伝子を含む少なくとも１０〜１０１４のＤＴ４０細胞を有し得る。
（標的遺伝子を組みこむもしくは多様化するための方法）
本開示の特定の実施形態によれば、標的遺伝子をニワトリ免疫グロブリン重鎖遺伝子座へと組みこむための方法が提供される。このような方法は、（ａ）標的遺伝子をニワトリ免疫グロブリン遺伝子重鎖遺伝子座へと組みこむための組換えポリヌクレオチドベクターまたは本明細書で提供されるような複数のこのような組換えポリヌクレオチドベクターを含む組成物で、ニワトリＢ細胞をトランスフェクトする工程；および（ｂ）上記標的遺伝子が上記免疫グロブリン重鎖遺伝子座へと組みこまれたニワトリＢ細胞を同定する工程を包含する。
工程（ａ）は、組換えポリヌクレオチドベクターでニワトリ細胞をトランスフェクトするための、当該分野で公知の任意の方法（以下の実施例で使用される方法を含む）を使用して行われ得る。相同組換えを可能にする任意のニワトリＢ細胞は、トランスフェクトされ得る。このような細胞のさらなる記載は、宿主細胞に関連して上記で提供されている。
工程（ｂ）は、当該分野で公知の任意の適切な方法を使用して行われ得る。例えば、上記標的遺伝子が上記免疫グロブリン重鎖遺伝子座へと組みこまれたＢ細胞は、プローブとして上記標的遺伝子を使用するサザンブロット分析によって、または上記ニワトリ免疫グロブリンＶＨ遺伝子上流核酸配列領域と上記ニワトリ免疫グロブリンＪＨ遺伝子下流核酸配列領域との間の核酸配列フラグメントを増幅し、続いて、上記増幅された核酸フラグメントを検出するポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）によって同定され得る。特定の実施形態において、標的遺伝子が組みこまれるＢ細胞は、ニワトリ免疫グロブリン遺伝子重鎖遺伝子座へと組みこまれたマーカー遺伝子（例えば、上記ＧＦＰ遺伝子）を既に有し得る。このようなＢ細胞への上記標的遺伝子の組み込みは、上記マーカー遺伝子を上記標的遺伝子で置換し、従って、上記マーカー（例えば、ＧＦＰによって生成される蛍光）が喪失することによって、同定され得る。
別の実施形態において、本開示は、第１の標的遺伝子をニワトリ免疫グロブリン重鎖遺伝子座へと組み込み、かつ第２の標的遺伝子をニワトリ免疫グロブリン軽鎖遺伝子座へと組みこむための方法を提供する。このような方法は、（ａ）ニワトリＢ細胞を、（１）第１の標的遺伝子をニワトリ免疫グロブリン遺伝子重鎖遺伝子座へと組みこむための第１の組換えポリヌクレオチドベクターまたは本明細書で提供される複数のこのような第１の組換えポリヌクレオチドベクターを含む第１の組成物、および（２）第２の標的遺伝子をニワトリ免疫グロブリン遺伝子軽鎖遺伝子座へと組みこむための第２の組換えポリヌクレオチドベクターまたは本明細書で提供される複数のこのような第２の組換えポリヌクレオチドベクターを含む第２の組成物で、トランスフェクトする工程；ならびに（ｂ）上記第１の標的遺伝子が上記免疫グロブリン重鎖遺伝子座へと組みこまれ、かつ上記第２の標的遺伝子が上記免疫グロブリン軽鎖遺伝子座へと組みこまれたニワトリＢ細胞を同定する工程を包含する。
工程（ａ）は、先ず、第１の標的遺伝子をニワトリ免疫グロブリン遺伝子重鎖遺伝子座へと組みこむための１以上の第１の組換えポリヌクレオチドベクターと、第２の標的遺伝子をニワトリ免疫グロブリン遺伝子軽鎖遺伝子座へと組みこむための１以上の第２の組換えベクターとを混合して、混合物を形成し、次いで、ニワトリＢ細胞をこのような混合物でトランスフェクトする工程によって行われ得る。あるいは、ニワトリＢ細胞は、１以上の第１の組換えポリヌクレオチドベクター、および１以上の第２の組換えポリヌクレオチドベクターで、別個にトランスフェクトされ得る。
工程（ｂ）は、当該分野で公知の任意の適切な方法を使用して行われ得る。特定の好ましい実施形態において、第１の標的遺伝子および第２の標的遺伝子が組みこまれるＢ細胞は、既に、ニワトリ免疫グロブリン遺伝子重鎖遺伝子座へと組みこまれた第１のマーカー遺伝子（例えば、上記ＧＦＰ遺伝子）およびニワトリ免疫グロブリン遺伝子軽鎖遺伝子座へと組みこまれた第２のマーカー遺伝子（例えば、上記ＢＦＰ遺伝子）を有してもよい。このようなＢ細胞への上記第１の標的遺伝子および第２の標的遺伝子の両方の組み込みは、上記第１のマーカー遺伝子および第２のマーカー遺伝子を上記第１の標的遺伝子および第２の標的遺伝子で置換し、従って、第１のマーカーおよび第２のマーカーの両方（例えば、ＧＦＰおよびＢＦＰによって生成される蛍光）が喪失することによって、同定され得る。
別の実施形態において、本開示は、再構成された免疫グロブリンＶＨ−Ｄ−ＪＨ遺伝子を含む標的遺伝子によってコードされる標的ポリペプチドの免疫グロブリン重鎖ポリペプチド配列改変体のレパートリー（すなわち、ライブラリー）を生成するための方法を提供する。このような方法は、再構成された免疫グロブリンＶＨ−Ｄ−ＪＨ遺伝子を含むベクターを含むＢ細胞を、複数のＢ細胞が得られるまで上記Ｂ細胞の増殖を可能にする条件下で培養する工程を包含する。上記Ｂ細胞は、（ｉ）免疫グロブリンＶＨ相補性決定領域コード配列においておよび／もしくは免疫グロブリンＶＨフレームワーク領域コード配列において体細胞超変異を含み得る、免疫グロブリンＶＨ領域コード配列における体細胞超変異、ならびに（ｉｉ）再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＨコード核酸配列とＶＨ偽遺伝子核酸配列との間の遺伝子変換のうちのいずれかもしくはその両方の能力がある。上記Ｂ細胞の増殖は、上記再構成された免疫グロブリンＶＨ−Ｄ−ＪＨ遺伝子を含む上記標的遺伝子によってコードされる上記標的ポリペプチドの免疫グロブリン重鎖ポリペプチド配列改変体のレパートリーを生じさせる。
特定の実施形態において、上記標的遺伝子は、再構成された哺乳動物（例えば、ヒト、マウス、もしくはウサギ）もしくはヒト化免疫グロブリンＶＨ−Ｄ−ＪＨ遺伝子を含む。特定の好ましい実施形態において、上記標的遺伝子は、ニワトリの再構成された免疫グロブリンＶＨ−Ｄ−ＪＨ遺伝子を含む。
特定の実施形態において、増殖させるＢ細胞は、本明細書で開示されるように、再構成された免疫グロブリンＶＬ−ＪＬ遺伝子をニワトリ免疫グロブリン遺伝子軽鎖遺伝子座へと組みこむための第２のベクターでトランスフェクトされており、従って、上記第２のベクターを含み得る。上記再構成された免疫グロブリンＶＬ−ＪＬ遺伝子は、再構成された哺乳動物（例えば、ヒト、マウス、もしくはウサギ）もしくはヒト化免疫グロブリンＶＬ−ＪＬ遺伝子であり得る。好ましい実施形態において、上記再構成された免疫グロブリンＶＬ−ＪＬ遺伝子は、再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＬ−ＪＬ遺伝子である。
特定の実施形態において、増殖されるＢ細胞は、重合ラクトースオペレーターをその免疫グロブリン遺伝子重鎖もしくは軽鎖遺伝子座の中に含み得る。上記のように、上記重合ラクトースオペレーターは、標的遺伝子の多様化を促進する。
別の局面において、本開示は、所定の抗原に特異的に結合する抗体の生成についてＢ細胞をスクリーニングするための方法を提供する。上記のように、ニワトリＢ細胞（例えば、ＤＴ４０細胞）は、再構成された免疫グロブリンＶＨ−Ｄ−ＪＨ遺伝子を含む第１の組換えポリヌクレオチドベクターおよび再構成された免疫グロブリンＶＬ−ＪＬ遺伝子を含む第２の組換えポリヌクレオチドベクターでトランスフェクトされて、上記再構成された免疫グロブリンＶＨ−Ｄ−ＪＨ遺伝子がその免疫グロブリン遺伝子重鎖遺伝子座へと組みこまれ、そして上記再構成された免疫グロブリンＶＬ−ＪＬ遺伝子がその免疫グロブリン遺伝子軽鎖遺伝子座へと組みこまれたニワトリＢ細胞が得られ得る。このようなニワトリＢ細胞は、免疫グロブリン重鎖ポリペプチド配列改変体のレパートリーを生成する複数のＢ細胞、および免疫グロブリン軽鎖ポリペプチド配列改変体のレパートリーを得るためにさらに培養され得る。上記複数のＢ細胞は、それらによる特定の抗原に結合する抗体の生成についてスクリーニングされ得る。
Ｂ細胞を当該分野で公知のそれらによる抗原特異的抗体の生成についてスクリーニングするために適した任意の方法が使用され得る。例えば、特定の抗原への免疫グロブリン分子の結合は、フローイムノサイトフルオリメトリー（ｆｌｏｗ ｉｍｍｕｎｏｃｙｔｏｆｌｕｏｒｉｍｅｔｒｙ）によって分析される上記抗原の蛍光誘導体との相互作用として検出され得る；そして特定の抗原に結合するＢ細胞は、同じもしくは類似のフローサイトメトリー技術（例えば、蛍光活性化セルソーティング、ＦＡＣＳ）によるソートの際に回収され得る。特定の抗原に結合するＢ細胞はまた、それら抗原を有する固体支持体（例えば、抗原被覆磁性ビーズ）上で選択され得る。逆に、固体支持体への結合はまた、適切に構成された技術（例えば、抗原被覆プレートでの「パニング」による細胞の除去）において不要な結合特異性を有するＢ細胞の除去を可能にし得る。特定の抗原に対して特異的な抗体を生成することについてＢ細胞をスクリーニングするための例示的方法としては、実施例で記載されるように、磁性活性化セルソーティング（ＭＡＣＳ）および蛍光活性化セルソーティング（ＦＡＣＳ）が挙げられる。複数回の選択が、上記特定の抗原に対して十分な結合親和性を有するＢ細胞を同定するために行われ得る。
特定の実施形態において、ニワトリ免疫グロブリン遺伝子重鎖および軽鎖遺伝子座へとそれぞれ組みこまれる再構成された免疫グロブリンＶＨ−Ｄ−ＪＨ遺伝子および再構成された免疫グロブリンＶＬ−ＪＬ遺伝子は、ヒトの再構成された免疫グロブリンＶＨ−Ｄ−ＪＨ重鎖遺伝子およびヒトの再構成された免疫グロブリンＶＬ−ＪＬ軽鎖遺伝子である。上記の特定の抗原に対して特異的な抗体を生成することについてＢ細胞をスクリーニングするための方法は、従って、上記抗原に結合するヒト抗体を生成するＢ細胞を直接同定し得る。このようなＢ細胞は、ヒトの再構成された免疫グロブリンＶＨ−Ｄ−ＪＨ遺伝子およびＶＬ−ＪＬ遺伝子をニワトリ免疫グロブリン遺伝子重鎖および軽鎖遺伝子座へと組みこむ前に、ヒト重鎖および軽鎖定常領域遺伝子によって置換されたニワトリ重鎖および軽鎖定常領域遺伝子を既に有していると思われる。
特定の実施形態において、ニワトリ免疫グロブリン遺伝子重鎖および軽鎖遺伝子座へとそれぞれ組みこまれる、再構成された免疫グロブリンＶＨ−Ｄ−ＪＨ遺伝子および再構成された免疫グロブリンＶＬ−ＪＬ遺伝子は、ヒト化された再構成された免疫グロブリンＶＨ−Ｄ−ＪＨ遺伝子（例えば、ヒト重鎖フレームワーク領域を含むもの）およびヒト化された再構成された免疫グロブリンＶＬ−ＪＬ遺伝子（例えば、ヒト軽鎖フレームワーク領域を含むもの）である。上記の特定の抗原に対して特異的な抗体を生成することについてＢ細胞をスクリーニングするための方法は、従って、上記抗原に結合するヒト化抗体を生成するＢ細胞を直接同定し得る。
特定の実施形態において、ニワトリ免疫グロブリン遺伝子重鎖および軽鎖遺伝子座へとそれぞれ組みこまれる再構成された免疫グロブリンＶＨ−Ｄ−ＪＨ遺伝子および再構成された免疫グロブリンＶＬ−ＪＬ遺伝子は、ニワトリの再構成された免疫グロブリンＶＨ−Ｄ−ＪＨ遺伝子およびニワトリの再構成された免疫グロブリンＶＬ−ＪＬ遺伝子である。好ましい実施形態において、上記再構成された免疫グロブリンＶＨ−Ｄ−ＪＨ遺伝子および上記再構成された免疫グロブリンＶＬ−ＪＬ遺伝子は、ニワトリファブリキウス嚢細胞の集団から得られる。本明細書で記載される特定の抗原に対して特異的な抗体を生成することについてＢ細胞をスクリーニングするための方法は、従って、上記抗原に結合するニワトリ抗体を生成するＢ細胞を同定し得る。得られたニワトリ抗体は、本明細書で記載され、当該分野で公知の方法を使用して、さらにヒト化され得る。
上記の方法によって得られる抗体は、診断適用および治療適用を有し得る。さらに、上記方法は、ハイスループットアプローチに適合し得、個別化された医療のためのモノクローナル抗体を開発するために特に適切であり得る。
標準的技術は、組換えＤＮＡ、オリゴヌクレオチド合成、ならびに組織培養および形質転換（例えば、エレクトロポレーション、リポフェクション）のために使用され得る。酵素反応および精製技術は、製造業者の仕様書に従って、または当該分野で一般的に達成されるかもしくは本明細書で記載されるとおりに行われ得る。これらの技術ならびに関連する技術および手順は、一般に、当該分野で周知の従来の方法に従って、ならびに本明細書全体を通じて引用されかつ考察される微生物学、分子生物学、生化学、分子遺伝学、細胞生物学、ウイルス学および免疫学の技術における種々の一般的なおよびより具体的な参考文献に記載されるように、行われ得る。例えば、以下を参照のこと：Ｓａｍｂｒｏｏｋ， ｅｔ ａｌ．， Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ： Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ， ３ｄ ｅｄ．， Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ， Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ， Ｎ．Ｙ．； Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ （Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ， ｕｐｄａｔｅｄ Ｊｕｌｙ ２００８）； Ｓｈｏｒｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ： Ａ Ｃｏｍｐｅｎｄｉｕｍ ｏｆ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｆｒｏｍ Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ， Ｇｒｅｅｎｅ Ｐｕｂ． Ａｓｓｏｃｉａｔｅｓ ａｎｄ Ｗｉｌｅｙ−Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ； Ｇｌｏｖｅｒ， ＤＮＡ Ｃｌｏｎｉｎｇ： Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ， ｖｏｌ． Ｉ ＆ ＩＩ （ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ， Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖ． Ｐｒｅｓｓ ＵＳＡ， １９８５）； Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ （Ｅｄｉｔｅｄ ｂｙ： Ｊｏｈｎ Ｅ． Ｃｏｌｉｇａｎ， Ａｄａ Ｍ． Ｋｒｕｉｓｂｅｅｋ， Ｄａｖｉｄ Ｈ． Ｍａｒｇｕｌｉｅｓ， Ｅｔｈａｎ Ｍ． Ｓｈｅｖａｃｈ， Ｗａｒｒｅｎ Ｓｔｒｏｂｅｒ ２００１ Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ， ＮＹ， ＮＹ）； Ｒｅａｌ−Ｔｉｍｅ ＰＣＲ： Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ， Ｅｄｉｔｅｄ ｂｙ Ｊｕｌｉｅ Ｌｏｇａｎ， Ｋｉｒｓｔｉｎ Ｅｄｗａｒｄｓ ａｎｄ Ｎｉｃｋ Ｓａｕｎｄｅｒｓ， ２００９， Ｃａｉｓｔｅｒ Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ， Ｎｏｒｆｏｌｋ， ＵＫ； Ａｎａｎｄ，Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ｆｏｒ ｔｈｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ Ｃｏｍｐｌｅｘ Ｇｅｎｏｍｅｓ， （Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ， Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ， １９９２）； Ｇｕｔｈｒｉｅ ａｎｄ Ｆｉｎｋ，Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｙｅａｓｔ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ （Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ， Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ， １９９１）； Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ （Ｎ． Ｇａｉｔ， Ｅｄ．， １９８４）； Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ （Ｂ． Ｈａｍｅｓ ＆ Ｓ． Ｈｉｇｇｉｎｓ， Ｅｄｓ．， １９８５）； Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ ａｎｄ Ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎ （Ｂ． Ｈａｍｅｓ ＆ Ｓ． Ｈｉｇｇｉｎｓ， Ｅｄｓ．， １９８４）； Ａｎｉｍａｌ Ｃｅｌｌ Ｃｕｌｔｕｒｅ （Ｒ． Ｆｒｅｓｈｎｅｙ， Ｅｄ．， １９８６）； Ｐｅｒｂａｌ， Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ （１９８４）； Ｎｅｘｔ−Ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ Ｇｅｎｏｍｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ （Ｊａｎｉｔｚ， ２００８ Ｗｉｌｅｙ−ＶＣＨ）； ＰＣＲ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ （Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ） （Ｐａｒｋ， Ｅｄ．， ３ｒｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ， ２０１０ Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ）； Ｉｍｍｏｂｉｌｉｚｅｄ Ｃｅｌｌｓ Ａｎｄ Ｅｎｚｙｍｅｓ（ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ， １９８６）； ｔｈｅ ｔｒｅａｔｉｓｅ，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ（Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ， Ｉｎｃ．， Ｎ．Ｙ．）；Ｇｅｎｅ Ｔｒａｎｓｆｅｒ Ｖｅｃｔｏｒｓ Ｆｏｒ Ｍａｍｍａｌｉａｎ Ｃｅｌｌｓ（Ｊ． Ｈ． Ｍｉｌｌｅｒ ａｎｄ Ｍ． Ｐ． Ｃａｌｏｓ ｅｄｓ．， １９８７， Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ）；Ｈａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｌａｎｅ，Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ， （Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ， Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ， Ｎ．Ｙ．， １９９８）； Ｉｍｍｕｎｏｃｈｅｍｉｃａｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｉｎ Ｃｅｌｌ Ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ｍａｙｅｒ ａｎｄ Ｗａｌｋｅｒ， ｅｄｓ．， Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ， Ｌｏｎｄｏｎ， １９８７）；Ｈａｎｄｂｏｏｋ Ｏｆ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ， Ｖｏｌｕｍｅｓ Ｉ−ＩＶ （Ｄ． Ｍ． Ｗｅｉｒ ａｎｄＣＣ Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ， ｅｄｓ．， １９８６）； Ｒｉｏｔｔ，Ｅｓｓｅｎｔｉａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，６ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ， （Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎｓ， Ｏｘｆｏｒｄ， １９８８）； Ｅｍｂｒｙｏｎｉｃ Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌｓ： Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ （Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ） （Ｋｕｒｓｔａｄ Ｔｕｒｋｓｅｎ， Ｅｄ．， ２００２）； Ｅｍｂｒｙｏｎｉｃ Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ： Ｖｏｌｕｍｅ Ｉ： Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ ａｎｄ Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ （Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ） （Ｋｕｒｓｔａｄ Ｔｕｒｋｓｅｎ， Ｅｄ．， ２００６）； Ｅｍｂｒｙｏｎｉｃ Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ： Ｖｏｌｕｍｅ ＩＩ： Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ Ｍｏｄｅｌｓ （Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ） （Ｋｕｒｓｔａｄ Ｔｕｒｋｓｅｎ， Ｅｄ．， ２００６）； Ｈｕｍａｎ Ｅｍｂｒｙｏｎｉｃ Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ （Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ） （Ｋｕｒｓａｄ Ｔｕｒｋｓｅｎ Ｅｄ．， ２００６）； Ｍｅｓｅｎｃｈｙｍａｌ Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌｓ： Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ （Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ） （Ｄａｒｗｉｎ Ｊ． Ｐｒｏｃｋｏｐ， Ｄｏｎａｌｄ Ｇ． Ｐｈｉｎｎｅｙ， ａｎｄ Ｂｒｕｃｅ Ａ． Ｂｕｎｎｅｌｌ Ｅｄｓ．， ２００８）； Ｈｅｍａｔｏｐｏｉｅｔｉｃ Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ （Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ） （Ｃｈｒｉｓｔｏｐｈｅｒ Ａ． Ｋｌｕｇ， ａｎｄ Ｃｒａｉｇ Ｔ． Ｊｏｒｄａｎ Ｅｄｓ．， ２００１）； Ｈｅｍａｔｏｐｏｉｅｔｉｃ Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ （Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ） （Ｋｅｖｉｎ Ｄ． Ｂｕｎｔｉｎｇ Ｅｄ．， ２００８） Ｎｅｕｒａｌ Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌｓ： Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ （Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ） （Ｌｅｓｌｉｅ Ｐ． Ｗｅｉｎｅｒ Ｅｄ．， ２００８）。
具体的な定義が提供されなければ、本明細書で記載される分子生物学、分析化学、合成有機化学、および医薬品化学および製薬化学に関連して利用される命名法、ならびにそれらの実験手順および技術は、当該分野で周知であり一般に使用されるものである。標準的技術は、組み換え技術、分子生物学、微生物学、化学合成、化学分析、薬学的調製物、処方物、および送達、ならびに患者の処置のために使用され得る。
本明細書全体を通して、文脈が別のことを要しなければ、語句「含む、包含する（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」または「含む、包含する（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」もしくは「含む、包含する（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」のようなバリエーションは、示された要素もしくは整数または要素もしくは整数の群の包含を暗示するが、いかなる他の要素もしくは整数、または要素もしくは整数の群の排除も暗示しないと理解される。「からなる」とは、語句「からなる」の前にくるものを全て含み、典型的にはそれに限定されることを意味する。「から本質的になる」とは、上記語句の前に列挙される任意の要素を含み、この列挙される要素に関して本開示において特定される活性もしくは作用に干渉も寄与もしない他の要素に限定されることを意味する。従って、語句「から本質的になる」とは、列挙された要素が必要とされるもしくは必須であるが、他の要素は必要とされず、その列挙された要素の活性もしくは作用に影響を及ぼすか否かに依存して、存在してもしなくてもよいことを示す。
本明細書および添付の特許請求の範囲において、単数形「１つの、ある（ａ）」、「１つの、ある（ａｎ）」および「上記、前記、該、この、その（ｔｈｅ）」は、文脈が別のことを明示しなければ、複数形への言及を含む。本明細書で使用される場合、特定の実施形態において、用語「約（ａｂｏｕｔ）」もしくは「約、およそ（ａｐｐｒｏｘｉｍａｔｅｌｙ）」とは、数値の前につく場合、その値±５％、６％、７％、８％もしくは９％の範囲を示す。他の実施形態において、用語「約」もしくは「約、およそ」は、数値の前につく場合、その値±１０％、１１％、１２％、１３％もしくは１４％の範囲を示す。さらに他の実施形態において、用語「約」もしくは「およそ、約」は、数値の前につく場合、その値±１５％、１６％、１７％、１８％、１９％もしくは２０％の範囲を示す。
本明細書全体を通して「一実施形態」もしくは「ある実施形態」もしくは「ある局面」への言及は、上記実施形態に関連して記載される特定の特徴、構造、もしくは特徴が、本発明の少なくとも一実施形態に含まれることを意味する。従って、本明細書全体の種々の箇所での語句「一実施形態において」もしくは「ある実施形態において」の出現は、必ずしも全て同じ実施形態に言及しているわけではない。さらに、特定の特徴、構造もしくは特徴は、１以上の実施形態において任意の適切な様式で組み合わされ得る。
以下の実施例は、例示目的であり、限定するものではない。
以下の材料および方法を、本実施例において使用した：
（細胞培養および遺伝子標的化） ＤＴ４０由来細胞株（Ｃｕｍｍｉｎｇｓ ｅｔ ａｌ．， ２００７； Ｃｕｍｍｉｎｇｓ ｅｔ ａｌ．， ２００８； Ｙａｂｕｋｉ ｅｔ ａｌ．， ２００９； および本明細書で記載されるとおり）を、以前に記載されるように（Ｙａｂｕｋｉ ｅｔ ａｌ．， ２００５）維持し、トランスフェクトした。ＦｒｅｅＳｔｙｌｅ ２９３−Ｆ細胞（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ， Ｃａｒｌｓｂａｄ， ＣＡ）を、製造業者が特定するように、維持しトランスフェクトした。
ＰｏｌｙＬａｃＯを、ＤＴ４０ ＰｏｌｙＬａｃＯ−λＲ細胞（再構成されかつ発現される軽鎖対立遺伝子においてＰｏｌｙＬａｃＯを有するように予め操作されている）（Ｃｕｍｍｉｎｇｓ ｅｔ ａｌ．， ２００７； Ｃｕｍｍｉｎｇｓ ｅｔ ａｌ．， ２００８； Ｙａｂｕｋｉ ｅｔ ａｌ．， ２００９）の再構成されかつ発現される重鎖対立遺伝子におけるψＶＨアレイに標的化した。ＰｏｌｙＬａｃＯ調節エレメント（Ｒｏｂｉｎｅｔｔ ｅｔ ａｌ．， １９９６）は、２０マーラクトースオペレーター（ＬａｃＯ）の約１００反復を含んだ。その標的化構築物（ｐＰｏｌｙＬａｃＯ−ψＶＨ）は、２０μｇ／ｍｌ濃度のブラストサイジン（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）中で約１０日間の増殖後に安定なトランスフェクタントの選択を可能にするように、ブラストサイジン耐性遺伝子を有した。この構築物を生成するために、２．８ｋｂおよび４．２ｋｂの相同性アームを、ＤＴ４０ゲノムＤＮＡから以下のプライマー：５’−ＧＧＧＧＴＣＴＣＴＡＴＧＧＧＧＴＣＴＡＡＧＣＧＴＧＧＣＣ−３’（配列番号１）と５’−ＧＧＣＣＧＡＴＴＣＴＴＴＴＣＴＣＡＴＧＡＧＡＴＣＣＣＴＣＣＡＧＡＡＧ−３’（配列番号２）もしくは５’−ＴＴＣＣＣＣＡＣＡＡＣＣＡＧＧＣＣＡＴＧＣＧＣＣＴＣＣＴＴＧ−３’（配列番号３）と５’−ＣＣＴＧＣＡＧＡＣＡＣＣＣＡＧＡＧＧＡＧＧＧＣＴＣＡＧＣ−３’（配列番号４）を使用して増幅したψＶＨアレイフラグメントから得た。ＰｏｌｙＬａｃＯ、ブラストサイジン耐性遺伝子、および２つの相同性アームを、ｐＢｌｕｅｓｃｒｉｐｔ ＩＩ ＫＳ（＋）（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ）へとサブクローニングした。上記構築物を、限定分析および部分配列決定によって確認し、組換え欠損Ｅ．ｃｏｌｉ株Ｓｔｂｌ２（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）中で増殖させ、反復安定性を維持した。標的化を、本質的には以前に記載されるように（Ｙａｂｕｋｉ ｅｔ ａｌ．， ２００９）行った。ＤＴ４０ ＰｏｌｙＬａｃＯ−λＲ細胞をトランスフェクトし、抗生物質の存在下での１０日間の培養後に、安定なトランスフェクタントをゲノムＰＣＲおよびサザンブロットによってスクリーニングして、相同的な組み込み体を同定した。
ＤＴＬａｃＯ細胞のＶＨ（ＶＤＪ）領域レパートリーを、２工程（その両方が標的化ベクターｐＶＤＪ３に依拠した）で高めた。ｐＶＤＪ３を生成するために、２．２ｋｂおよび１．８ｋｂの相同性アームを、ＤＴ４０ゲノムＤＮＡから、以下のプライマー：５’−ＴＧＡＡＴＧＣＴＴＴＧＴＴＡＧＣＣＣＴＡＡＴＴＡＧＧＧＡＴＴＧＡＡＴＴＧＡＧＡＧ−３’（配列番号５）と５’−ＣＣＧＴＧＡＧＡＣＣＣＣＣＣＧＴＴＧＡＣＣ−３’（配列番号６）もしくは５’−ＧＣＣＣＧＡＣＣＧＡＡＧＴＣＡＴＣＧＴＣＴＣＣＴＣＣＧＧＴＧ−３’（配列番号７）と５’−ＴＴＴＧＣＣＴＴＣＡＡＡＴＣＡＣＣＣＴＡ−３’（配列番号８）をそれぞれ使用して増幅し、リーダー−ＶＤＪ領域に融合し、ｐＢｌｕｅｓｃｒｉｐｔ ＩＩ ＫＳ（＋）にクローニングした。ｐＶＤＪ３−ＧＦＰ標的化構築物誘導体を、リーダー−ＶＤＪ領域をＧＦＰ発現カセット（ＭｃＣｏｎｎｅｌｌ Ｓｍｉｔｈ ｅｔ ａｌ．， ２００９）で置換することによって生成した。ｐＶＤＪ３−Ｂｉｎ１標的化構築物プールを、ＶＨ領域のライブラリーをｐＶＤＪ３のＸｃｍＩ−ＰｓｈＡＩ部位に挿入することによって生成した。これらの配列は、２ヶ月齢白色レグホン雛の嚢から、以下のＰＣＲプライマー：５’−ＧＧＧＴＣＴＧＣＧＧＧＣＴＣＴＡＴＧＧＧＧ−３’（配列番号９）と５’−ＡＴＣＧＣＣＧＣＧＧＣＡＡＴＴＴＴＧＧＧＧ−３’（配列番号１０）とを使用して増幅した。この第１の工程で、内因性ＶＤＪ領域を、ｐＶＤＪ３−ＧＦＰを使用してＧＦＰ発現カセットで置換した。第２の工程では、上記ｐＶＤＪ３−Ｂｉｎ１標的化構築物プールをを使用して、以前に標的化したＧＦＰを置換し、ｓＩｇＭ＋細胞を生成した。重鎖標的化のためのトランスフェクションを、Ｎｕｃｌｅｏｆｅｃｔｏｒ（プログラムＢ−０２３； Ｌｏｎｚａ）を使用して行った。
ｓＩｇＭ＋細胞を、ＭＡＣＳ、次いでＦＡＣＳによって回収した。簡潔には、トランスフェクションの２日後に、細胞を１％ ＢＳＡ（Ｓｉｇｍａ， Ｓｔ． Ｌｏｕｉｓ， ＭＯ）を含むＰＢＳ中で洗浄し、ｓＩｇＭ＋細胞を、製造業者の指示に従って、抗ニワトリＩｇＭ（Ｓｏｕｔｈｅｒｎ Ｂｉｏｔｅｃｈ）に組み合わせたプロテインＧ Ｄｙｎａｂｅａｄｓ（Ｄｙｎａｌ）への結合によって富化した。培養して３日後、ｓＩｇＭ＋／ＧＦＰ−細胞を、ＦＡＣＳＡｒｉａ （ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）を使用してソートし、ＤＴＬａｃＯ−２集団を生成した。
（ＶＪ標的化構築物） 新たなＶＪ配列を標的とするために、ｐＶＪ１を構築した。ＶＪ上流領域の３．２ｋｂフラグメントを、ＰＣＲプライマー２１−２２（５’−ＧＧＧＡＣＡＣＣＴＧＡＡＧＧＣＡＴＧＡＧＴＧＧ−３’、配列番号２１）および（５’−ＧＧＣＧＧＡＡＴＣＣＣＡＧＣＡＧＣＴＧＴＧＴ−３’、配列番号２２）を使用して増幅した；ＶＪ下流領域の１．２ｋｂフラグメントを、ＰＣＲプライマー２３−２４（５’−ＧＴＧＡＧＴＣＧＣＴＧＡＣＣＴＣＧＴＣＴＣＧＧＴＣ−３’、配列番号２３）および（５’−ＧＧＧＣＴＣＴＴＴＣＴＡＣＣＴＣＡＡＧＧＣＡＴＧＴ−３’、配列番号２４）で増幅した；そして両方のフラグメントを、ｐＣＲ２．１（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）へとクローニングした。次いで、リーダー−ＶＪ領域を、プラスミドのＢｍｇＢＩ−ＡｖｒＩＩ部位へと挿入した。構築物を、限定分析および配列決定によって確認した。新たなＶＪ配列もまた、ＢｍｇＢＩ−ＡｖｒＩＩ部位に連結した。
ＢＦＰをＤＴ４０ ＶＪ領域へと標的化するために、ｐＶＪ１−ＢＦＰを作製した。ＢＦＰおよびＳＶ４０ポリＡシグナル配列を、ｐＴａｇＢＦＰ−Ｎ（Ｅｖｒｏｇｅｎ）から増幅し；ＶＪ上流領域の１５５ｂｐを増幅産物に融合し；次いで、ＶＪベクターのＢｍｇＢＩ−ＡｖｒＩＩ部位へと挿入した。
ＦＬＡＧタグをＶＪに付加するために、ｐＶＪ１−ＦＬＡＧλを作製した。短いＦＬＡＧタグ（ＤＹＫＤＥ、配列番号２５）を、部位特異的変異誘発によって成熟ＶＪ領域の直ぐ上流に挿入した。
（Ｃ領域標的化構築物） ニワトリ−ヒトキメラ重鎖の発現構築物を、まず生成し（ｃｈＶＤＪ−ｈｕＣγ１−ＦＬＡＧ−ＴＥＶ−ｃｈＴＭＤ）、この融合ポリペプチドがニワトリλ軽鎖と対合し、ＤＴ４０細胞の表面に発現されることを確認した。
Ｃ領域置換構築物を生成するために、Ｃμ１上流領域の４ｋｂフラグメントを、ＤＴ４０ゲノムＤＮＡから、ＸＰ００９０（５’−ＡＧＣＣＴＣＡＴＴＡＴＣＣＣＣＣＴＧＡＴ−３’，配列番号２６；ＧｅｎＢａｎｋ Ｎｏ．ＡＢ０２９０７５．１に基づいて設計）およびＸＰ００９４（５’−ＴＣＴＣＴＴＴＣＣＣＴＴＣＧＣＴＴＴＧＡ−３’，配列番号２７）で増幅し、Ｃμ１−Ｃμ２領域の６ｋｂフラグメントを、ＸＰ００９５（５’−ＡＣＡＧＴＴＣＣＧＴＴＴＣＣＧＧＴＡＴＧ−３’，配列番号２８）およびＸＰ００９９（５’−ＣＡＣＴＣＣＡＴＣＣＴＣＴＴＧＣＴＧＧＴ−３’，配列番号２９）で増幅した。上流をｐＢｌｕｅｓｃｒｉｐｔ ＩＩ ＫＳ（＋）（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ）のＥｃｏＲＶ部位へとクローニングし；ｈｕＣγ１−ＦＬＡＧ−ＴＥＶ−ｃｈＴＭＤおよびＢＧＨポリＡシグナル配列を、ＱｕｉｋＣｈａｎｇｅＴＭ部位特異的変異誘発（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ）によって挿入された上流配列の直ぐ下流に融合した；次いで、下流を、プラスミドのＨｉｎｄＩＩＩ−ＸｈｏＩ部位にクローニングした。改変されたｌｏｘＰ部位に隣接したゼオシンマーカーもまた、ＨｉｎｄＩＩＩ部位に挿入して、その後に必要であれば、安定なトランスフェクタントのために薬物選択機構を提供した。構築物を、限定分析および部分配列決定によって確認し、組換え欠損Ｅ．ｃｏｌｉ株Ｓｔｂｌ２もしくはＳｔｂｌ３（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）で増殖させて、Ｓ領域反復配列を維持した。
高親和性で標的抗原へ膜アンカーＩｇＭが結合することに起因する考えられるＢ細胞レセプター（ＢＣＲ）誘導性アポトーシスを防止するために、Ｃ領域置換構築物の変異バージョンを作製した。膜貫通ドメイン（ＴＭＤ）内の２個のアミノ酸Ｓｅｒ−Ｔｈｒは、シグナル伝達に重要であり（Ｓｈａｗ， Ａ．Ｃ．， Ｍｉｔｃｈｅｌｌ， Ｒ．Ｎ．， Ｗｅａｖｅｒ， Ｙ．Ｋ．， Ｃａｍｐｏｓ−Ｔｏｒｒｅｓ， Ｊ．， Ａｂｂａｓ， Ａ．Ｋ． ＆ Ｌｅｄｅｒ， Ｐ． Ｃｅｌｌ ６３， ３８１−３９２ （１９９０））、これを、部位特異的変異誘発によってＶａｌ−Ｖａｌへと置換した。
野生型および変異を標的とする構築物両方をまた、キメラ抗体が細胞から放出されるのに望ましくなる場合に、プロテアーゼ切断部位を有するように設計した。一方は、全長ＦＬＡＧタグ（ＤＹＫＤＤＤＤＫ，配列番号３０；これは、エンテロキナーゼによって切断され得る）、および他方は、ＴＥＶ認識部位（ＥＮＬＹＦＱＧ， 配列番号３１；これは、ＴＥＶプロテアーゼによって切断され得る）であった。
重鎖Ｃ領域を置換するために、野生型ＤＴ４０細胞を、Ｎｕｃｌｅｏｆｅｃｔｏｒ（Ｌｏｎｚａ）を使用していずれかのＣ領域置換構築物でトランスフェクトした；トランスフェクションの３日後、ニワトリ−ヒトキメラ抗体発現細胞を、Ｄｙｎａｂｅａｄｓ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｇ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）でＭＡＣＳによって富化した。融合タンパク質の発現を、抗ヒトＩｇＧ（Ｓｏｕｔｈｅｒｎ Ｂｉｏｔｅｃｈ）でＦＡＣＳによって検出し、発現されたｃｈＶＤＪ−ｈｕＣγ１−ＦＬＡＧ−ＴＥＶ−ｃｈＴＭＤ融合物の配列をＲＴ−ＰＣＲによって確認した。
ｃｈＶＤＪ−ｈｕＣγ１−ＦＬＡＧ−ＴＥＶ−ｃｈＴＭＤをコードするヌクレオチド配列は、配列番号３２に示される（ここでｃｈＶＤＪ、ｈｕＣγ１、ＦＬＡＧ、ＴＥＶ、およびｃｈＴＭＤフラグメントをコードする構成成分のヌクレオチド配列は、それぞれ、配列番号３３〜３７に示される）。
（多様化率の定量） 多様化率を、多様化事象に起因して細胞表面上のＩｇＭの発現を失った細胞の割合を測定する（Ｓａｌｅ ｅｔ ａｌ．， ２００１； Ｙａｂｕｋｉ ｅｔ ａｌ．， ２００５； Ｏｒｄｉｎａｒｉｏ ｅｔ ａｌ．， ２００９）ｓＩｇＭ喪失アッセイを使用して提供した。簡潔には、約２０の独立したトランスフェクタントのパネル（ｐａｎｅｌ）を、３週間にわたって増殖させ、次いで、各パネルメンバー（ｐａｎｅｌ ｍｅｍｂｅｒ）の細胞（約１×１０６）をＲ−ＰＥ結合体化抗ニワトリＩｇＭ（１：２００； Ｓｏｕｔｈｅｒｎ Ｂｉｏｔｅｃｈ）で染色し、ＣｅｌｌＱｕｅｓｔソフトウェア（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）を備えたＦＡＣＳｃａｎで分析した。ｓＩｇＭ−細胞のパーセンテージを、ｓＩｇＭ＋集団のＰＥに対して、ＰＥ強度の８倍以上の低下を有する細胞数の割合として計算した（Ｈａｔａｎａｋａ ｅｔ ａｌ．， ２００５； Ｓａｌｅ ｅｔ ａｌ．， ２００１）。
（Ｖ領域配列分析） Ｖ領域ＰＣＲおよび配列分析を、再構成されたＶλ領域の増幅のためのプライマー ５’−ＣＡＧＧＡＧＣＴＣＧＣＧＧＧＧＣＣＧＴＣＡＣＴＧＡＴＴＧＣＣＧ−３’（配列番号１１）と５’−ＧＣＧＣＡＡＧＣＴＴＣＣＣＣＡＧＣＣＴＧＣＣＧＣＣＡＡＧＴＣＣＡＡＧ−３’（配列番号１２）、および再構成されたＶＨ領域の増幅のためのプライマー ５’−ＧＧＧＴＣＴＧＣＧＧＧＣＴＣＴＡＴＧＧＧＧ−３’（配列番号１３）と５’−ＡＴＣＧＣＣＧＣＧＧＣＡＡＴＴＴＴＧＧＧＧ−３’（配列番号１４）を使用して、本質的に記載されるとおりに行った（Ｙａｂｕｋｉ ｅｔ ａｌ．， ２００５；Ｃｕｍｍｉｎｇｓ ｅｔ ａｌ．， ２００７）。必要な場合、Ｖλ領域のための第２回のプライマー ５’−ＴＣＡＣＴＧＡＴＴＧＣＣＧＴＴＴＴＣＴＣＣＣＣＴＣＴＣＴＣＣ−３’（配列番号１５）もしくはＶＨ領域のための５’−ＧＧＴＣＡＡＣＧＧＧＧＧＧＴＣＴＣＡＣＧＧ−３’（配列番号１６）を使用して、半ネスト化（ｓｅｍｉ−ｎｅｓｔｅｄ）ＰＣＲを行った。ＰＣＲ産物をＱＩＡｑｕｉｃｋＴＭ ＰＣＲ精製キット（Ｑｉａｇｅｎ， Ｖａｌｅｎｃｉａ， ＣＡ）で精製し、直接配列決定した。
（抗原および抗原結合の選択） 最初の選択を、多様化したＤＴＬａｃＯ集団を、抗原と複合体化した磁性ビーズへと結合させることによって行い、その後の選択を、わずかな変更を伴う以前に記載される手順（Ｃｕｍｂｅｒｓ ｅｔ ａｌ．， ２００２； Ｓｅｏ ｅｔ ａｌ．， ２００５）に従って、蛍光標識可溶性抗原を使用するＦＡＣＳによって行った。ＳＡｖ Ｄｙｎａｂｅａｄｓ Ｍ−２８０（Ｄｙｎａｌ）およびＳＡｖ−ＰＥ（Ｓｏｕｔｈｅｒｎ Ｂｉｏｔｅｃｈ）を使用して、ＳＡｖを認識する細胞を選択した。ヒト細胞表面タンパク質を認識する細胞の選択には、ＶＥＧＦＲ２（残基２０〜７６４；Ｃａｔ．ｎｏ．３５７−ＫＤ）、ＴＩＥ２（残基２３〜７４５；Ｃａｔ．ｎｏ．３１３−ＴＩ）、ＴＲＯＰ２（残基８８〜２７４；Ｃａｔ．ｎｏ．６５０−Ｔ２）、ＦＮ１４（残基２８〜７９；Ｃａｔ．ｎｏ．１１９９−ＴＷ）もしくはＦＺＤ１０（残基２１〜１６１；Ｃａｔ．ｎｏ．３４５９−ＦＺ）の細胞外ドメイン含むヒトＩｇＧ１ Ｆｃ（Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ，ＭＮ）との融合物として発現される、組換えヒトキメラタンパク質を使用した。キメラタンパク質を、ＭＡＣＳ法に関して製造業者の推奨される条件を使用して、プロテインＧ Ｄｙｎａｂｅａｄｓ（Ｄｙｎａｌ）に結合させ、ＦＡＣＳ法に関してＰＥ−Ｃｙ５標識抗ヒトＩｇＧ Ｆｃ（Ｓｏｕｔｈｅｒｎ Ｂｉｏｔｅｃｈ；１：２００）で検出した。キメラタンパク質を、ＭＡＣＳ法に関して製造業者の推奨される条件を使用して、プロテインＧ Ｄｙｎａｂｅａｄｓ（Ｄｙｎａｌ）に結合させ、ＦＡＣＳ法に関してＰＥ−Ｃｙ５標識抗ヒトＩｇＧ Ｆｃ（Ｓｏｕｔｈｅｒｎ Ｂｉｏｔｅｃｈ；１：２００）で検出した。選択のための抗原を、１０μｇ／ｍｌの濃度で使用し；選択を、３：１〜１：１の範囲のビーズ：細胞比において＞１０８細胞で行った。いくつかの場合において、非特異的ＤＴＬａｃＯ細胞の予備洗浄は、抗原を欠くビーズを使用して行った。
（結合および親和性アッセイ） 飽和結合速度論を、細胞を種々の濃度の蛍光標識可溶性抗原で染色することによって決定し、みかけの親和性（ｋＤ）を、ＧｒａｐｈＰａｄＴＭ Ｐｒｉｓｍソフトウェアを使用して非線形回帰によって計算した。細胞表面抗原へのｍＡｂの結合を試験するために、組換えキメラニワトリ−ヒトｍＡｂを、ＰＣＲ増幅したＶＨおよびＶλセグメントを、ｐｃＤＮＡ３．１（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）誘導体であるｐｃＤＮＡ３．ＨＧ１およびｐｃＤＮＡ３．ＨＬａｍ（それぞれ、ヒトγ１およびλ定常領域を有する）へとインフレームでクローニングすることによって生成した。発現プラスミドを、ＦｒｅｅＳｔｙｌｅＴＭ ２９３−Ｆ細胞（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ， Ｃａｒｌｓｂａｄ， ＣＡ）へと製造業者の説明書に従って一過性に共トランスフェクトした。２〜４日間培養した後、分泌された抗体をプロテインＡクロマトグラフィー（ＭａｂＳｅｌｅｃｔ ＳｕＲｅ； ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）によって上清から生成し、必要であれば、Ｕｌｔｒａｃｅｌ限外濾過（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ）によって濃縮した。標的細胞を、抗原発現構築物（ＧｅｎｅＣｏｐｏｅｉａ）での２９３−Ｆ細胞の一過性トランスフェクションによって生成した。
以下の結果を得た：
（ＤＴＬａｃＯ ｍＡｂ発見プラットフォーム） 迅速なｍＡｂ選択および最適化のためのＤＴＬａｃＯプラットフォームを、２工程で操作した（図１）。第１は、強力な調節エレメントであるＥ．ｃｏｌｉラクトースオペロンに由来するラクトースオペレーターＤＮＡのマルチマー（「ＰｏｌｙＬａｃＯ」）を、ＤＴ４０ ＰｏｌｙＬａｃＯ−λＲ細胞株（ＩｇλのみにＰｏｌｙＬａｃＯを有するように予め操作されている）中の再構成されかつ発現されるＩｇＨ遺伝子の下流に挿入した。次に、内因性ＶＨ（ＶＤＪ）領域を、ニワトリ嚢Ｂ細胞から生成したＶＨライブラリーで置換し、最初のＶＨレパートリーを拡げた。両方の操作工程とも、ニワトリＤＴ４０ Ｂ細胞における遺伝子標的化の高効率を利用した。
ＰｏｌｙＬａｃＯがラクトースリプレッサータンパク質（ＬａｃＩ）に融合した別個の調節因子の発現の際にＩｇλ遺伝子多様化（体細胞超変異もしくは遺伝子変換）の速度および結果の誘導性調節を可能にし得ることは、以前実証された（Ｃｕｍｍｉｎｇｓ ｅｔ ａｌ．， ２００７； Ｃｕｍｍｉｎｇｓ ｅｔ ａｌ．， ２００８； Ｙａｂｕｋｉ ｅｔ ａｌ．， ２００９）。ＬａｃＯ／ＬａｃＩ調節ネットワークのこの使用は、ＬａｃＯに対するＬａｃＩの高親和性（ｋＤ＝１０−１４Ｍ）、および低分子ＩＰＴＧのＬａｃＩ／ＬａｃＯ相互作用の感度を利用した。
（ＩｇλおよびＩｇＨの両方を標的としたＰｏｌｙＬａｃＯによる多様化の相乗的加速） 多様化は、ＤＴ４０ ＰｏｌｙＬａｃＯ−λＲ細胞（ＩｇλにおいてのみＰｏｌｙＬａｃＯを有する）と比較して、「ＤＴＬａｃＯ」細胞（Ｉｇλ遺伝子およびＩｇＨ遺伝子の両方を標的とするＰｏｌｙＬａｃＯを有するように操作）において上昇していると推測された。候補の操作された株の多様化率を、ＬａｃＩ−ＨＰ１調節因子でトランスフェクションした３週間後のｓＩｇＭ−細胞の割合をアッセイすることによって、決定した。代表的な候補は、親ＤＴ４０ ＰｏｌｙＬａｃＯ−λＲ ＬａｃＩ−ＨＰ１株の２．８％という特徴に対して、６．９％、１２．６％および２５．７％（例えば、図２Ａ）という、２．５〜９．２倍上昇した多様化率を示した。加速した多様化は、個々のトランスフェクタントの揺動アッセイによって１つの株について再確認された（図２Ｂ）。ｓＩｇＭ−細胞のパーセンテージは、２．５％〜５２．５％の範囲、中央値は１３．０％（図２Ｂ）であり、ＤＴ４０ ＰｏｌｙＬａｃＯ−λＲ ＬａｃＩ−ＨＰ１トランスフェクタント（２．８％）より４．６倍高く、コントロールＤＴ４０ ＰｏｌｙＬａｃＯ−λＲ ＧＦＰ−ＬａｃＩ細胞（０．６％）より２１．７倍高く、ＤＴ４０親株に匹敵した（Ｃｕｍｍｉｎｇｓ ｅｔ ａｌ．， ２００７）。いくつかの個々のクローンは、推測されるように、中央値とはかなり異なるｓＩｇＭ喪失を示した。なぜならこの揺動アッセイは、蓄積するｓＩｇＭ−改変体を測定したからである。従って、重鎖遺伝子および軽鎖遺伝子の両方に標的化するＰｏｌｙＬａｃＯエレメントは、ＤＴ４０親細胞株と比較して、ほぼ２２倍多様化を加速させた（図２Ｃ）。多様化はまた、ＬａｃＩ−ＶＰ１６およびＥ４７−ＬａｃＩを含む他の因子のトランスフェクションの際に加速された（示さず）。
（抗ストレプトアビジン抗体のエキソビボ進化） エキソビボｍＡｂ進化に関してＤＴＬａｃＯ細胞の有用性を試験するために、モデル抗原であるストレプトアビジン（ＳＡｖ）に対するｍＡｂ（Ｃｕｍｂｅｒｓ ｅｔ ａｌ．， ２００２； Ｓｅｏ ｅｔ ａｌ．， ２００５）を、ＤＴＬａｃＯ−１集団から選択した（図１，工程１）。細胞を、Ｅ４７−ＬａｃＩ発現構築物（これは、ＬａｃＩおよび調節因子のＥ４７アイソフォームであるＥ２Ａの融合物をコードした）で安定にトランスフェクトした。Ｅ４７は、いくらかの状況では公知の転写調節因子であったが、ＤＴ４０細胞のＩｇ遺伝子では、それは、転写ではなく多様化を促進した（Ｙａｂｕｋｉ ｅｔ ａｌ．， ２００９）。３×１０８個ＤＴＬａｃＯ Ｅ４７−ＬａｃＩ細胞の多様化した集団を、ＳＡｖ結合体化磁性ビーズへの結合のために２回富化し、次いで、ＳＡｖ−ＰＥへの結合について連続回のＦＡＣＳによって選択した。細胞集団は、各回の選択後に増大した親和性を示した。５回目の選択後に３０倍のシフトが明らかになり、７回目の選択で１００倍のシフトが明らかになった（それぞれ、Ｓ５およびＳ７；図３Ａ）。ＳＡｖ−ＰＥ−Ｃｙ７に対するＳ７集団の結合親和性を、飽和結合速度論によって測定した。このＦＡＣＳベースの方法では、細胞を、結合した抗原および結合していない抗原の平衡が確立されるまで漸増濃度の抗原で染色した；得られた平均蛍光強度（ＭＦＩ）値を、Ｐｒｉｓｍソフトウェア（ＧｒａｐｈＰａｄ）で分析し；平衡時親和性（ｋＤ）を決定した（図３Ｂ）。見かけの親和性は、７回の選択後に０．７ｎＭであることが分かり、これは、培養ヒトＢ細胞株を使用してエキソビボで匹敵する親和性の抗体の選択のために必要とされる１５〜１９回の選択と好都合なことに匹敵した（Ｃｕｍｂｅｒｓ ｅｔ ａｌ．， ２００２）。ＶＨ領域およびＶλ領域の配列を、単一細胞からのＰＣＲ増幅によって決定し、生殖系列と比較した（Ｒｅｙｎａｕｄ ｅｔ ａｌ．， １９８７； Ｒｅｙｎａｕｄ ｅｔ ａｌ．， １９８９）。顕著なことには、１８残基挿入／重複を、ＶλのＣＤＲ１において同定した（図３Ｃ）。抗ＳＡｖ ｍＡｂの軽鎖ＣＤＲ１における挿入はまた、いかなる遺伝子操作をも受けなかったＤＴ４０細胞を使用して、他者によって報告された（Ｓｅｏ ｅｔ ａｌ．， ２００５）。
（保存された細胞表面レセプターを認識する高親和性ｍＡｂの選択） ＬａｃＩ−ＨＰ１を安定して発現するＤＴＬａｃＯ−１細胞を、治療目的の３つの細胞表面抗原：レセプターチロシンキナーゼであるＶＥＧＦＲ２およびＴＩＥ２（これは、生理的血管形成および病的血管形成において、最も顕著には、癌において本質的な役割を果たす（Ｈｕａｎｇ ｅｔ ａｌ．， ２０１０； Ｆｅｒｒａｒａ ｅｔ ａｌ．， ２０１０））；ならびに糖タンパク質ＴＲＯＰ２（これは、多くの上皮癌において過剰発現される（Ｃｕｂａｓ ｅｔ ａｌ．， ２０１０））に対するｍＡｂを同定するために選択した。これらレセプターの細胞外ドメインは非常に保存されており、ヒトおよびマウスのオルソログは、それぞれ、８０％、９０％、および８３％同一性を示す。各細胞外ドメインを、ヒトＩｇＧ１ Ｆｃドメインに融合した組換えタンパク質として発現させた。各抗原に対して特異的なＤＴＬａｃＯ細胞を、磁性ビーズに結合した抗原に対する最初の選択による１×１０９細胞から、次いで、可溶性抗原への結合およびＦＡＣＳを介するソートによって、富化した。８連続選択した集団を特徴付けたところ、各選択工程において増大した親和性を示すことが示された（図４Ａ、上）。８回目の選択工程で、可溶性抗原であるＶＥＧＦＲ２、ＴＩＥ２、およびＴＲＯＰ２の、それらの同族ＤＴＬａｃＯ集団への飽和結合速度論を分析したところ、それぞれ、６．０ｎＭ、１．４ｎＭ、および２．０ｎＭというみかけの親和性値（ｋＤ）が確立された（図４Ａ、下）。個々の選択した集団の特異性を、抗原のパネル（ＶＥＧＦＲ２、ＴＩＥ２、ＴＲＯＰ２、ＳＡｖおよびオボアルブミン）への結合をアッセイすることによって試験した。選択されたＤＴＬａｃＯ細胞は、同族標的のみを認識し、交叉反応性はなかった（図４Ｂ）。
（高親和性ｍＡｂで特徴付けられるＣＤＲ標的化変異） 組換えキメラニワトリ−ヒトｍＡｂを、ＶＥＧＦＲ２、ＴＩＥ２もしくはＴＲＯＰ２を認識したＤＴＬａｃＯ細胞由来のＶＨ領域およびＶλ領域を、ヒトγ１重鎖定常領域およびλ軽鎖定常領域に融合される発現のための構築物へとクローニングすることによって生成した。キメラｍＡｂは、高親和性抗原認識を保存しており（データは示さず）、これは、Ｂ細胞レセプターは、選択された細胞による高親和性結合を付与したことを示す。クローニングされたＶＨ領域およびＶλ領域の配列分析から、高親和性および特異性を付与する変異は、ＣＤＲに主に位置することが示された（図４Ｃ）。テンプレート化される変異およびテンプレート化されない変異の両方が、ＣＤＲにおいて明らかになった。
（拡大されたＶＨ多様性は、ｍＡｂ選択をさらに加速させた） 最初の集団（ＤＴＬａｃＯ−１）もしくは本明細書で記載されるようなＶＨ置換によって操作された集団（ＤＴＬａｃＯ−２）のいずれか（図１）から調節性ＬａｃＩ−融合因子を発現するＤＴＬａｃＯ細胞は、治療目的の２つの他の抗原、低分子ＴＮＦレセプターファミリーメンバーであるＦＮ１４（Ｗｉｎｋｌｅｓ ｅｔ ａｌ．， ２００８）、およびＧタンパク質共役レセプターであるＦＺＤ１０（Ｋａｔｏｈ ｅｔ ａｌ．， ２００７）を認識するｍＡｂの供給源であった。両方のタンパク質は、非常に保存された細胞外ドメインを有した（それぞれ、ヒトとマウスとの間で９２％同一性および９４％同一性）。米国特許出願第１３／４１６，７５２号およびＰＣＴ／ＵＳ２０１２／２８５８４号に記載されるように、抗ＦＮ１４ ｍＡｂ（ＦＳ２４）を、上記ＤＴＬａｃＯ−１集団から選択し、ＬａｃＩ−ＨＰ１駆動多様化によって成熟させた（図５Ａ）。１２週間にわたる１７回の選択後に、サブナノモルの親和性（ｋＤ＝０．４４ｎＭ）を達成し、親和性は、次の４週間にわたって７回のさらなる選択の過程で中程度に改善した（ｋＤ＝０．２６ｎＭ）。
抗ＦＺＤ１０ ｍＡｂ（ＦＺ２）（米国特許出願第６１／５２３，１０２号）を、本明細書で記載されるＤＴＬａｃＯ−２集団から選択し、多様化は、テザリングされた因子ＨＩＲＡ−ＬａｃＩによって加速した（Ｃｕｍｍｉｎｇｓ ｅｔ ａｌ．， ２００８）。８週間にわたるわずか４回の選択の後に集団はサブナノモルの親和性に達した（図５Ａ）。このｍＡｂは、みかけの親和性ｋＤ＝０．１６ｎＭでその標的を認識した。クローニングされたＶＨおよびＶλ領域の配列分析から、高い親和性および特異性を付与する変異は、ＣＤＲに主に位置することが示された（図５Ｂ）。
（ニワトリ抗体の容易なヒト化） マウスもしくは他の種で選択された抗体は、典型的には、治療的適用のためにヒト化される（Ａｌｍａｇｒｏ ｅｔ ａｌ．， ２００８）。抗ＦＺＤ１０ ｍＡｂを、ヒト化のために選択した。なぜならその高い親和性および明確な重鎖ＣＤＲが、ｍＡｂ開発においてこの重要な工程の強固な試験を提供したからである。ニワトリＶＨ領域およびＶλ領域は、それぞれ、ヒトＶＨサブグループＩＩＩおよびＶλサブグループＩＩＩに最も密接に関連した。これらは、ヒト化のために最も確立されたフレームワークであり、ニワトリの免疫化によって誘発されるｍＡｂをヒト化するために以前から使用されてきた（Ｔｓｕｒｕｓｈｉｔａ ｅｔ ａｌ．， ２００４； Ｎｉｓｈｉｂｏｒｉ ｅｔ ａｌ．， ２００６）。ＣＤＲの構造を、ＣＤＲ自体の一次配列のみならず、ＣＤＲ構造を形作るのに寄与する少数の近くの「バーニアゾーン」残基によっても決定する（Ｆｏｏｔｅ ｅｔ ａｌ．， １９９２）。ＣＤＲグラフト化のための足場を、その対応するニワトリＶＨ領域もしくはＶλ領域のバーニアゾーン残基との同一性を達成するために必要な少数の位置においてヒトフレームワーク領域を改変することによって生成した。それによって生成されたフレームワーク足場は、ヒトフレームワーク配列に対して９４〜９６％同一であり、このことは、免疫原性の可能性を非常に低くしている。軽鎖の最初の２個のＮ末端残基をも除去した。なぜなら、これら残基は、哺乳動物抗体のＣＤＲ１の近位に位置し、原則として、抗体と抗原との相互作用に干渉し得るからである。次いで、ニワトリｍＡｂのＣＤＲを、改変した足場にグラフト化して、ヒト化ＶＨ領域およびＶλ領域を作り出した（図５Ｃ）。抗ＦＺＤ１０ ｍＡｂのニワトリバージョンおよびヒト化バージョンのみかけの結合親和性の比較は、ヒト化が親和性を喪失することなく達成されたことを示した（図５Ｄ）。この容易なヒト化は、かなりの経験的な最適化を要するマウス抗体とは対照をなした。
上記の結果は、ＤＴＬａｃＯ−２プラットフォームが、非常に保存された標的を認識するｍＡｂの迅速なエキソビボでの発見を可能にすることを示した。ＤＴＬａｃＯプラットフォームの力は、治療目的の５つの細胞表面抗原（レセプターチロシンキナーゼＶＥＧＦＲ２およびＴＩＥ２、糖タンパク質ＴＲＯＰ２、およびＧタンパク質共役レセプターＦＺＤ１０（これらの全ては、本明細書で記載されるように、ＤＴＬａｃＯ−２を使用して得られた）ならびに低分子ＴＮＦレセプターファミリーメンバーＦＮ１４（これもまた、ＤＴＬａｃＯ−１を使用して得られた）に対して特異的かつ高親和性のｍＡｂを生成することによって実証された。これら細胞表面レセプターの非常に保存された細胞外ドメインは、それらがインビボでのｍＡｂ発見のための標的になるのを困難にする可能性がある（それは、免疫寛容によって制限される）。最初の選択から高親和性ｍＡｂ（＜１０ｎＭ）の同定までの時間は、４〜８週間程度であり、サブナノモルの親和性は、８〜１２週間で達成された。所望の特異性の高親和性抗体の集団に関する時間枠は、ｍＡｂ発見の他のエキソビボもしくはインビボのプラットフォームと非常に好都合に匹敵した。
ＤＴＬａｃＯエキソビボｍＡｂ発見プラットフォームは、他のｍＡｂ発見アプローチと比較して、いくつかのさらなる利点を提供した。細胞は、所望の特性に関して直ぐに試験され得るインタクトな抗体を生成したのに対して、ファージディスプレイシステムのような多くのインビトロアプローチは、凝集もしくは不安定性に起因して全長ｍＡｂを活性化するために変換するにはしばしば困難である一本鎖抗体を生じる。ＤＴＬａｃＯ細胞は、抗原に直接接触するＶ領域のサブドメインである主にＣＤＲに対する変異を標的とする生理学的経路（体細胞超変異および遺伝子変換）を使用してＩｇ Ｖ領域を多様化した。さらに、この細胞は迅速に増殖し、それらは不死である。その結果、各選択工程においてこの細胞集団は、再生可能な抗体（もしくは組換え抗体の発現のためのＶＨおよびＶＬ配列）供給源のみならず、さらなる最適化の出発点をも提供した。
ＤＴＬａｃＯプラットフォームは、ＤＴ４０細胞を使用する他のｍＡｂ発見プラットフォーム（Ｃｕｍｂｅｒｓ ｅｔ ａｌ．， ２００２； Ｓｅｏ ｅｔ ａｌ．， ２００５）から、記載された生理学的多様化機構である体細胞超変異および遺伝子変換の両方に到達する能力によって区別された。ＤＴＬａｃＯ細胞はまた、相同遺伝子標的化（これは、さらなる遺伝子操作を可能にした）を行う能力を保持した。ＤＴＬａｃＯ細胞の上記の特徴を、内因性ＶＨ領域を再構成されたＶＨライブラリーで置換して、拡大されたＶＨレパートリーを有するＤＴＬａｃＯ−２集団を作り出すことによってさらに活用した。第３の重鎖ＣＤＲであるＣＤＲ−Ｈ３は、ＶＤＪ接合部を含み、抗原認識の主な決定基であった（Ｘｕ ｅｔ ａｌ．， ２０００）。ＣＤＲ−Ｈ３多様性は、高親和性抗ＦＺＤ１０ ｍＡｂをＤＴＬａｃＯ−２集団から迅速に選択するのに寄与した可能性がある。ヒトＶ領域をニワトリＶ領域に交換することもまた可能である（データは示さず）。このことは、他の方法によって発見されたｍＡｂの親和性もしくは機能性の最適化、ならびにヒト治療用ｍＡｂの直接的な発見を可能にした。
ＤＴＬａｃＯ細胞において最適化されたニワトリｍＡｂは、コンセンサスヒトＶＨサブグループＩＩＩおよびＶλサブグループＩＩＩフレームワーク領域（ここでは、バーニアゾーン残基はＣＤＲ構造を保存するために改変された）へのＣＤＲグラフト化によって容易にヒト化されることが判明した。Ｉｇのヒト化は、親和性を喪失することなく行われ、フレームワーク領域内でヒトＩｇに対して＞９４％同一性を達成した。この結果は、現在クリニックにある多くのヒト化マウスｍＡｂに匹敵するかもしくはこれより高く、免疫原性になる可能性を非常に低くした。ｍＡｂをヒト化する準備は、経験的な最適化を経なければならないマウスもしくはマウス細胞において発見される抗体とは対照的であった。ＶＨサブグループＩＩＩおよびＶλサブグループＩＩＩフレームワーク領域は、多くの脊椎動物の間で保存されており、このことは、ｍＡｂフレームワークが他の種での慢性疾患の処置のために改変され得るという可能性を高める。
Figure 0006262196
Figure 0006262196
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上記の種々の実施形態は、さらなる実施形態を提供するために組み合わされ得る。本明細書で言及される、そして／または出願データシート中に列挙される米国特許、米国特許出願公開、米国特許出願、外国特許、外国特許出願および非特許刊行物の全ては、それらの全体において、本明細書に参考として援用される。実施形態の局面は、必要であれば、種々の特許、特許出願、および刊行物の概念を使用して、なおさらなる実施形態を提供するように改変され得る。
これらの変化および他の変更は、上記の詳細な説明に鑑みて、上記実施形態に対して行われ得る。一般に、以下の特許請求の範囲において、使用される用語は、特許請求の範囲を本明細書において開示される具体的実施形態および特許請求の範囲に限定すると解釈されるべきではないが、このような特許請求の範囲が権利を与えられる等価物の完全な範囲とともに、全ての考えられる実施形態を含むと解釈されるべきである。よって、特許請求の範囲は、本開示によって限定されない。

Claims (28)

  1. 標的遺伝子をニワトリ免疫グロブリン遺伝子重鎖遺伝子座へ組みこむための組換えポリヌクレオチドベクターであって、該ベクターは、
    （ａ）ニワトリ免疫グロブリンＶＨ遺伝子上流核酸配列領域；
    （ｂ）ニワトリファブリキウス嚢細胞の集団から単離された再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＨ−Ｄ−ＪＨ遺伝子を含む標的遺伝子であって、該Ｖ Ｈ −Ｄ−Ｊ Ｈ 遺伝子は、Ｖ Ｈ 、ＤおよびＪ Ｈ 遺伝子が一緒に結合するように再構成されている標的遺伝子；および
    （ｃ）ニワトリ免疫グロブリンＪＨ遺伝子下流核酸配列領域、
    を含み、
    ここで該標的遺伝子は、ＤＴ４０細胞の該ニワトリ免疫グロブリン重鎖遺伝子座に組みこまれる際に、（ｉ）免疫グロブリンＶＨ領域コード配列における体細胞超変異、および（ｉｉ）再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＨコード核酸配列と、ＤＴ４０ ＶＨ偽遺伝子核酸配列との間の遺伝子変換のうちのいずれかもしくはその両方を受け得る、ベクター。
  2. 前記標的遺伝子は、マーカータンパク質をコードするポリヌクレオチド配列をさらに含む、請求項１に記載のベクター。
  3. 前記マーカータンパク質は、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）および青色蛍光タンパク質（ＢＦＰ）から選択される、請求項２に記載のベクター。
  4. 前記体細胞超変異は、免疫グロブリンＶＨ相補性決定領域コード配列および免疫グロブリンＶＨフレームワーク領域コード配列のうちのいずれかもしくはその両方で起こる、請求項１に記載のベクター。
  5. 複数の標的遺伝子を複数のニワトリ免疫グロブリン遺伝子重鎖遺伝子座に組みこむための複数の組換えポリヌクレオチドベクターを含む組成物であって、該ベクターの各々は、
    （ａ）ニワトリ免疫グロブリンＶＨ遺伝子上流核酸配列領域；
    （ｂ）ニワトリファブリキウス嚢細胞の集団から単離された再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＨ−Ｄ−ＪＨ遺伝子を含む標的遺伝子であって、該Ｖ Ｈ −Ｄ−Ｊ Ｈ 遺伝子は、Ｖ Ｈ 、ＤおよびＪ Ｈ 遺伝子が一緒に結合するように再構成されている標的遺伝子；および
    （ｃ）ニワトリ免疫グロブリンＪＨ遺伝子下流核酸配列領域、
    を含み、
    ここで該標的遺伝子は、ＤＴ４０細胞の該ニワトリ免疫グロブリン重鎖遺伝子座に組みこまれる際に、（ｉ）免疫グロブリンＶＨ領域コード配列における体細胞超変異、および（ｉｉ）該再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＨコード核酸配列と、ＤＴ４０ ＶＨ偽遺伝子核酸配列との間の遺伝子変換のうちのいずれかもしくはその両方を受け得、
    ここで該再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＨ−Ｄ−ＪＨ遺伝子は、ニワトリファブリキウス嚢細胞の集団から単離された、複数の再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＨ−Ｄ−ＪＨ遺伝子から得られる、
    組成物。
  6. 前記標的遺伝子は、マーカータンパク質をコードするポリヌクレオチド配列をさらに含む、請求項５に記載の組成物。
  7. 前記マーカータンパク質は、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）および青色蛍光タンパク質（ＢＦＰ）から選択される、請求項６に記載の組成物。
  8. 前記体細胞超変異は、免疫グロブリンＶＨ相補性決定領域コード配列および免疫グロブリンＶＨフレームワーク領域コード配列のうちのいずれかもしくはその両方で起こる、請求項５に記載の組成物。
  9. 組成物であって、
    （ａ）請求項１〜４のいずれか１項に記載のベクター；ならびに
    （ｂ）第２の標的遺伝子を免疫グロブリン遺伝子軽鎖遺伝子座に組みこむための第２のベクターであって、
    （１）ニワトリ免疫グロブリンＶＬ遺伝子上流核酸配列領域；
    （２）ニワトリファブリキウス嚢細胞の集団から単離された再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＬ−ＪＬ遺伝子を含む第２の標的遺伝子；および
    （３）ニワトリ免疫グロブリンＪＬ遺伝子下流核酸配列領域、
    を含む、第２のベクター；
    を含み、ここで該第２の標的遺伝子は、ＤＴ４０細胞の該ニワトリ免疫グロブリン軽鎖遺伝子座に組みこまれる際に、（ｉ）免疫グロブリンＶＬ領域コード配列における体細胞超変異、および（ｉｉ）再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＬコード核酸配列と、ＤＴ４０ ＶＬ偽遺伝子核酸配列との間の遺伝子変換のうちのいずれかもしくはその両方を受け得る、組成物。
  10. 組成物であって、
    （１）請求項５〜８のいずれか１項に記載の組成物；ならびに
    （２）複数の標的遺伝子を、複数のニワトリ免疫グロブリン遺伝子軽鎖遺伝子座へ組みこむための１つまたは複数の組換えポリヌクレオチドベクターであって、該ベクターの各々は、
    （ａ）ニワトリ免疫グロブリンＶＬ遺伝子上流核酸配列領域；
    （ｂ）ニワトリファブリキウス嚢細胞の集団から単離された、再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＬ−ＪＬ遺伝子を含む第２の標的遺伝子；および
    （ｃ）ニワトリ免疫グロブリンＪＬ遺伝子下流核酸配列領域、
    を含み、ここで該第２の標的遺伝子は、ＤＴ４０細胞の該ニワトリ免疫グロブリン軽鎖遺伝子座へ組みこまれる際に、（ｉ）免疫グロブリンＶＬ領域コード配列における体細胞超変異、および（ｉｉ）再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＬコード核酸配列と、ＤＴ４０ ＶＬ偽遺伝子核酸配列との間の遺伝子変換のうちのいずれかもしくはその両方を受け得、そして
    ここで該再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＬ−ＪＬ遺伝子は、ニワトリファブリキウス嚢細胞の集団由来の複数の単離された再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＬ−ＪＬ遺伝子から得られる、
    組成物。
  11. 前記第２の標的遺伝子は、第２のマーカータンパク質をコードするポリヌクレオチド配列をさらに含む、請求項９または１０に記載の組成物。
  12. 前記第２のマーカータンパク質は、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）および青色蛍光タンパク質（ＢＦＰ）から選択される、請求項１１に記載の組成物。
  13. 前記体細胞超変異は、免疫グロブリンＶＬ相補性決定領域コード配列および免疫グロブリンＶＬフレームワーク領域コード配列のうちのいずれかもしくはその両方で起こる、請求項９または１０のいずれかに記載の組成物。
  14. 請求項１〜４のいずれか１項に記載のベクター、または請求項５〜８および９〜１３のいずれか１項に記載の組成物を含む、宿主細胞。
  15. 前記細胞は、細菌細胞である、請求項１４に記載の宿主細胞。
  16. 前記細胞は、ニワトリ細胞に由来する、請求項１４に記載の宿主細胞。
  17. 前記細胞は、ニワトリ嚢リンパ腫細胞である、請求項１４に記載の宿主細胞。
  18. 前記細胞は、ＤＴ４０細胞である、請求項１４に記載の宿主細胞。
  19. 前記宿主細胞における免疫グロブリン遺伝子重鎖遺伝子座は、重合ラクトースオペレーターを含む、請求項１６〜１８のいずれか１項に記載の宿主細胞。
  20. 前記宿主細胞における免疫グロブリン遺伝子軽鎖遺伝子座は、重合ラクトースオペレーターを含む、請求項１６〜１９のいずれか１項に記載の宿主細胞。
  21. 請求項１４〜２０のいずれか１項に記載の宿主細胞のライブラリー。
  22. 標的遺伝子をニワトリ免疫グロブリン重鎖遺伝子座に組みこむための方法であって、該方法は、
    （ａ）ニワトリＢ細胞を請求項１〜３のいずれか１項に記載のベクターでトランスフェクトするか、またはニワトリＢ細胞を請求項５〜８のいずれか１項に記載の組成物でトランスフェクトする工程；および
    （ｂ）該標的遺伝子が該免疫グロブリン重鎖遺伝子座に組みこまれたニワトリＢ細胞を同定する工程、
    を包含する、方法。
  23. 第１の標的遺伝子をニワトリ免疫グロブリン重鎖遺伝子座に組み込み、第２の標的遺伝子を免疫グロブリン軽鎖遺伝子座に組みこむための方法であって、該方法は、
    （ａ）１または複数のニワトリＢ細胞を、請求項９〜１３のいずれか１項に記載の組成物でトランスフェクトして、１または複数のトランスフェクトしたＢ細胞を得る工程；ならびに
    （ｂ）再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＨ−Ｄ−ＪＨ遺伝子を含む該標的遺伝子が該免疫グロブリン遺伝子重鎖遺伝子座に組みこまれ、該第２の標的遺伝子が該免疫グロブリン遺伝子軽鎖遺伝子座に組みこまれた、トランスフェクトされたニワトリＢ細胞を（ａ）から同定する工程、
    を包含する、方法。
  24. 再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＨ−Ｄ−ＪＨ遺伝子を含む標的遺伝子によってコードされる標的ポリペプチドの、ニワトリ免疫グロブリン重鎖ポリペプチド配列改変体のレパートリーを生成するための方法であって、該方法は、
    請求項１〜３のいずれか１項に記載のベクターを含むニワトリＢ細胞を、複数のＢ細胞が得られるまで、該Ｂ細胞の増殖を可能にする条件下で培養する工程であって、ここで該Ｂ細胞は、（ｉ）免疫グロブリンＶＨ相補性決定領域コード配列における体細胞超変異、および（ｉｉ）再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＨコード核酸配列と、ＶＨ偽遺伝子核酸配列との間の遺伝子変換のうちのいずれかもしくはその両方が可能であり、そしてそれによって、該標的ポリペプチドのニワトリ免疫グロブリン重鎖ポリペプチド配列改変体のレパートリーを生成し得る、工程、
    を包含する、方法。
  25. 請求項２４に記載の方法であって、前記ニワトリＢ細胞は、第２の標的遺伝子をニワトリ免疫グロブリン遺伝子軽鎖遺伝子座に組みこむための第２のベクターをさらに含み、該第２のベクターは、
    （ａ）ニワトリ免疫グロブリンＶＬ遺伝子上流核酸配列領域；
    （ｂ）ニワトリファブリキウス嚢細胞の集団から単離された再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＬ−ＪＬ遺伝子を含む第２の標的遺伝子；および
    （ｃ）ニワトリ免疫グロブリンＪＬ遺伝子下流核酸配列領域、
    を含み、ここで該第２の標的遺伝子は、ＤＴ４０細胞の該ニワトリ免疫グロブリン軽鎖遺伝子座へと組みこまれる際に、（ｉ）免疫グロブリンＶＬ相補性決定領域コード配列における体細胞超変異、および（ｉｉ）再構成されたニワトリ免疫グロブリンＶＬコード核酸配列と、ＤＴ４０ ＶＬ偽遺伝子核酸配列との間の遺伝子変換のうちのいずれかもしくはその両方を受け得る、
    方法。
  26. 前記ニワトリ免疫グロブリン遺伝子軽鎖遺伝子座は、重合ラクトースオペレーターを含む、請求項２５に記載の方法。
  27. 前記ニワトリ細胞は、ＤＴ４０およびＤＴＬａｃＯから選択される、請求項２２〜２６のいずれか１項に記載の方法。
  28. 抗原への結合について前記複数のニワトリＢ細胞をスクリーニングする工程をさらに包含する、請求項２５または２６に記載の方法。


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