JP6126993B2 - 肺炎連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）に対するワクチン及び組成物 - Google Patents

肺炎連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）に対するワクチン及び組成物 Download PDF

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Description

関連出願の相互参照
本願は、２０１１年１月２０日に出願された米国仮特許出願第６１／４３４，８１８号明細書の出願日の利益を主張する。この参照される出願の教示全体が、参照により本明細書に明示的に援用される。
政府支援
本研究は、国立衛生研究所（Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ）により付与された補助金交付番号第ＡＩ０６６０１３号に基づく政府の支援を受けて行われた。従って、米国政府は本発明に一定の権利を有する。
肺炎球菌性疾患は、米国及び全世界における病気及び死亡の主要な原因であり続けている。毎年、何百万例もの肺炎、髄膜炎、菌血症、及び中耳炎症例が、病原体の肺炎連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）による感染に起因すると考えられている。肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）は、莢膜をもつグラム陽性球菌であり、約５〜１０％の健康成人及び２０〜４０％の健康小児の鼻咽頭に定着している。肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）がエウスタキオ管、鼻洞、肺、血流、髄膜、関節腔、骨及び腹膜腔に運び込まれると、正常な定着が感染性となる。肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）は、この生物が免疫系を回避することを可能にするいくつかのビルレンス因子を有する。例として、宿主免疫細胞による食作用を妨げる多糖莢膜、補体の媒介によるオプソニン化を阻害するプロテアーゼ、及び宿主細胞の溶解を引き起こすタンパク質が挙げられる。多糖莢膜では、複合多糖類の存在が、肺炎球菌を異なる血清型に分ける基礎をなしている。現在までに９３種の血清型の肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）が同定されている。
肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）感染に対する免疫応答を利用する様々な医薬組成物が用いられている。成人及び高齢集団における肺炎及び肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）に起因する他の侵襲性疾患の予防に、多価肺炎球菌ワクチンＰＰＶ−２３が開発された。このワクチンは、２３種の血清型の肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）に由来する莢膜多糖類（ＣＰ）を含む。これらのＣＰはＴ細胞非依存性抗原であるため、短命な抗体反応しか誘発せず、反復投与が必要となり、それにより免疫寛容リスクが高まる。抗莢膜抗体と呼ばれる、肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）に対して産生される抗体は、成人及び免疫能が正常な人では防御性があると認められている。しかしながら、２歳未満の小児及び高齢者を含む免疫無防備の者は、Ｔ細胞非依存性抗原に十分に応答せず、従って、ＰＰＶ−２３による最適な防御を受けることができない。別の肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）ワクチン、Ｐｒｅｖｎａｒは、ジフテリアトキソイドタンパク質とコンジュゲートされた７種の肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）株に由来する細菌性多糖類を含む。このワクチンはＢ細胞応答及びＴ細胞応答の双方を誘発する。しかしながら、７種の肺炎球菌血清型しか防御しないため、血清型の交替によってＰｒｅｖｎａｒは無効となり得る。血清型の交替は、既にいくつかの臨床試験及び疫学研究で実証されており、異なる配合のこうしたワクチンの開発が必要となっている。一例が、最近上市されたＰｒｅｖｎａｒ １３であり、１３種の肺炎球菌血清型を対象としている。さらに、これら２つのＰｒｅｖｎａｒ製剤は製造費用が高く、発展途上国世界での利用は著しく制限される。ＰＰＶ−２３は、２３種の精製された、しかし非コンジュゲート型である多糖類からなるもので、その有効範囲はより広いが、肺炎球菌性疾患のリスクが最も高い集団である２歳未満の小児に対しては防御をもたらさない。
従って、現行の戦略によって提供されるより有効性が高い医薬組成物を設計することが、依然として必要とされている。特に、かかる組成物は、肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）に対する免疫応答を誘発する新規の又は特異的な抗原を組み込む必要がある。
肺炎連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）は、特に幼児、高齢、又は免疫無防備の患者において、重大な健康問題である。肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）のＤＮＡ及びタンパク質配列情報は当面は分かっており、研究者は長い間肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）に対するワクチンの作製を試みてきたが、大きな課題は、肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）ゲノムにおける約２１００個の遺伝子からいかに防御性ポリペプチドを同定するかであった。本願は、肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）ゲノムにおいて最も免疫原性が高いタンパク質を同定するように設計された全ゲノムスクリーンの結果を提供する。このスクリーンからのヒットのいくつかは、マウスモデルにおいて肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の定着に対する防御、及びある場合には定着及び肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）誘導性敗血症の双方に対する防御を示している。従って本開示は、特に、肺炎連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）に対する特定の高度に有効なワクチンを提供する。このワクチンは治療的又は予防的に用いられ得る。本開示はまた、特異的抗原及び肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）に対する免疫応答を誘発するための抗原の使用方法も提供する。
特定の態様において、本開示は、薬学的に許容可能な担体と、配列番号２６５若しくは２６８を含む（又はそれからなる）アミノ酸配列又はその免疫原性断片を有するポリペプチドとを含むワクチン製剤を提供する。
一部の実施形態では、ポリペプチドは外因性シグナル配列を含む。例えば、ポリペプチドは、配列番号２６６を含むアミノ酸配列又はその免疫原性断片を有し得る。ポリペプチドは、配列番号２６５、２６６、又は２６８からなるアミノ酸配列を有し得る。
一部の実施形態では、ワクチン製剤は、配列番号１〜２３、２６７、及び２６９〜２７０の一つを含む（又はそれからなる）アミノ酸配列又はその免疫原性断片を有する第１のポリペプチドをさらに含む。特定の実施形態では、ワクチン製剤は、配列番号１〜２３、２６７、及び２６９〜２７０のいずれかを含むアミノ酸配列又はその免疫原性断片を有する第２のポリペプチドをさらに含む。
特定の実施形態では、第１及び第２のポリペプチドは、（ｉ）〜（ｖｉ）の異なる群に属する：（ｉ）配列番号１又はその免疫原性断片、（ｉｉ）配列番号２〜５及び１４〜１７の一つ又はその免疫原性断片、（ｉｉｉ）配列番号６〜７及び１８〜１９の一つ又はその免疫原性断片、（ｉｖ）配列番号８又はその免疫原性断片、（ｖ）配列番号９〜１０及び２０〜２１の一つ又はその免疫原性断片、及び（ｖｉ）配列番号１１〜１３、２６７、及び２６９〜２７０の一つ又はその免疫原性断片。
一部のかかる実施形態において、ワクチン製剤は、配列番号６、配列番号７、配列番号９、又は配列番号１０を含むアミノ酸配列を有するポリペプチドを含む。一部の実施形態では、ワクチン製剤は、配列番号６又は７からなるポリペプチドと、配列番号９又は１０からなるポリペプチドとを含む。
本明細書における態様又は実施形態のいずれかにおいて、ワクチン製剤は、Ｎ末端、Ｃ末端、又はその両方から１〜２０個のアミノ酸残基が取り除かれたトランケート断片である配列番号２６５、２６６、又は２６８のポリペプチドを含み得る。一部の実施形態では、ワクチン製剤は、配列番号１〜２１及び２６５〜２７０のいずれかを含むアミノ酸配列を有するポリペプチド以外には実質的に他の肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）ポリペプチドを含まない。
特定の実施形態では、ワクチン製剤は、配列番号２２若しくは２３を含むアミノ酸配列又はその免疫原性断片を有する１つ以上のポリペプチドを含む。
別の態様において、本発明は、既知の肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）抗原、例えば、ニューモリソイド（ｐｎｅｕｍｏｌｙｓｏｉｄ）、コリン結合タンパク質Ａ（ＣｂｐＡ）、又は肺炎球菌表面タンパク質Ａ（ＰｓｐＡ）、又はそれらの誘導体と、表１又は表２からの１つ、２つ、又は３つのポリペプチドとを含むワクチン製剤を提供する。例示的なワクチン製剤は、（ｉ）配列番号１〜２３及び２６５〜２７０の１つ以上を含む（又はそれからなる）アミノ酸配列又はその免疫原性断片を有するポリペプチド、（ｉｉ）ニューモリソイド、及び（ｉｉｉ）薬学的に許容可能な担体を含む。さらなる例示的なワクチン製剤は、（ｉ）配列番号１〜２３及び２６５〜２７０の１つ以上を含む（又はそれからなる）アミノ酸配列又はその免疫原性断片を有するポリペプチド、（ｉｉ）ＣｂｐＡ又はその誘導体、及び（ｉｉｉ）薬学的に許容可能な担体を含む。さらなる例示的なワクチン製剤は、（ｉ）配列番号１〜２３及び２６５〜２７０の１つ以上を含む（又はそれからなる）アミノ酸配列又はその免疫原性断片を有するポリペプチド、（ｉｉ）ＰｓｐＡ又はその誘導体、及び（ｉｉｉ）薬学的に許容可能な担体を含む。一部のかかる実施形態において、（ｉ）のポリペプチドは、配列番号２〜５、６、７、９〜１３、及び２６５〜２６７のいずれか一つを含む。一部の実施形態では、ワクチン製剤は、配列番号１〜２３及び２６５〜２７０の一つを含むアミノ酸配列を有する第２のポリペプチドをさらに含む。一部の実施形態では、ニューモリソイドは、ＰｄＴ、Ｐｄ−Ａ、Ｐｄ−Ｂ、ｒＰｄ２、ｒＰｄ３、Ｐｌｙ８、Δ６ＰＬＹ、Ｌ４６０Ｄ（例えば、米国特許出願公開第２００９／０２８５８４６号明細書及びＬ．Ｍｉｔｃｈｅｌｌ，Ｐｒｏｔｅｃｔｉｖｅ Ｉｍｍｕｎｅ Ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ ｔｏ Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ Ｐｎｅｕｍｏｌｙｓｏｉｄｓ（肺炎連鎖球菌ニューモリソイドに対する防御免疫応答），ＡＳＭ２０１１会議抄録，２０１１を参照）、又はその変異体である。一部の実施形態では、ＰｓｐＡの誘導体は、ＰｓｐＡのプロリンリッチ領域の全て又は断片を含む。
特定の実施形態では、ポリペプチドは免疫原性担体とコンジュゲートされる。一部の実施形態では、ワクチン製剤は、少なくとも１つの脂質化ポリペプチドを含む。
一部の実施形態では、ワクチン製剤は、コンジュゲート型肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）多糖類をさらに含む。コンジュゲート型多糖類は、例えば、米国特許第５，６２３，０５７号明細書、米国特許第５，３７１，１９７号明細書、又はＰＣＴ／ＵＳ２０１１／０２３５２６号明細書に記載されるとおりであってよい。
一部の実施形態では、ワクチン製剤はアジュバントをさらに含む。アジュバントは、例えばＴｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）のアゴニストであってもよい。アジュバントは、例えばミョウバンであってもよい。一部の実施形態では、ワクチン製剤は、１〜１０００μｇの各ポリペプチドと、１〜２５０μｇのアジュバントとを含む。
特定の実施形態では、ワクチン製剤は、ＴＨ１７細胞との接触後に無関係の対照抗原によって誘発される応答と比べて少なくとも１．５倍高いＴＨ１７細胞応答を誘導する。一部の実施形態では、ワクチン製剤は、非感染対象における肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の感染を阻害する。特定の実施形態では、ワクチン製剤は、個体における肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の定着を阻害する。一部の実施形態では、ワクチン製剤は、肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の症状又は続発症を阻害する。例えば、ワクチン製剤は、肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）誘導性敗血症を阻害する。
特定の態様において、本開示は、肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）感染症に罹患している又は罹患し易い対象を治療する方法を提供し、これは、本明細書に記載されるワクチン製剤のいずれかの有効量を投与するステップを含む。
一部の実施形態では、この方法は、非感染対象における肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の感染を阻害する。一部の実施形態では、この方法は、対象における肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の定着を阻害する。一部の実施形態では、この方法は、肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の症状又は続発症を阻害する。例示的続発症は敗血症である。
特定の実施形態では、この方法は対象を１用量で治療する。他の実施形態では、この方法は対象を２用量又は３用量で治療する。一部の実施形態では、この方法は対象を３用量以内で治療する。
特定の実施形態では、対象はヒトである。
本開示は、例えば、薬学的に許容可能な担体と、配列番号１〜１３、２６５、２６６及び２６７のいずれかを含むアミノ酸配列、又はその免疫原性断片を有する１つ以上のポリペプチドとを含むワクチン製剤を提供する。
本開示はまた、薬学的に許容可能な担体と、配列番号６、配列番号１０若しくは配列番号２６５を含むアミノ酸配列、又はその免疫原性断片を有する少なくとも１つのポリペプチドとを含むワクチン製剤も提供する。本開示は、薬学的に許容可能な担体と、配列番号７、配列番号９若しくは配列番号２６５からなるアミノ酸配列、又はその免疫原性断片を有する少なくとも１つのポリペプチドとを含むワクチン製剤をさらに提供する。
さらに、本願は、薬学的に許容可能な担体と、配列番号１４〜２３、２６８、２６９及び２７０のいずれかを含むアミノ酸配列、又はその免疫原性断片を有する１つ以上のポリペプチドとを含むワクチン製剤を提供する。
本開示は、薬学的に許容可能な担体と、配列番号１〜１３、２６５、２６６及び２６７のいずれかを含むアミノ酸配列、又はその免疫原性断片を有する２つ以上のポリペプチドとを含む免疫原性組成物をさらに提供する。
本開示はまた、薬学的に許容可能な担体と、配列番号６、配列番号１０若しくは配列番号２６５を含むアミノ酸配列、又はその免疫原性断片を有する２つ以上のポリペプチドとを含むワクチン製剤も提供する。本開示は、薬学的に許容可能な担体と、配列番号７、配列番号９若しくは配列番号２６５からなるアミノ酸配列、又はその免疫原性断片を有する２つ以上のポリペプチドとを含むワクチン製剤をさらに提供する。この開示はまた、薬学的に許容可能な担体と、配列番号６、配列番号９、及び配列番号２６５を含むアミノ酸配列、又はその免疫原性断片を有する２つ以上のポリペプチドとを含むワクチン製剤も提供する。加えて、この開示は、薬学的に許容可能な担体と、配列番号７、配列番号１０、及び配列番号２６５を含むアミノ酸配列、又はその免疫原性断片を有する２つ以上のポリペプチドとを含むワクチン製剤を提供する。一部の実施形態では、配列番号２６５を含むアミノ酸配列は外因性シグナル配列を含む。
本開示はまた、薬学的に許容可能な担体と、それぞれ配列番号６、配列番号１０及び配列番号２６５を含むアミノ酸配列、又はその免疫原性断片を有する３個以上のポリペプチドとを含むワクチン製剤も提供する。本開示は、薬学的に許容可能な担体と、それぞれ配列番号７、配列番号９及び配列番号２６５からなるアミノ酸配列、又はその免疫原性断片を有する３個以上のポリペプチドとを含むワクチン製剤をさらに提供する。
実施例５に記載されるとおり、指示される１つ又は複数のタンパク質及びコレラ毒素アジュバントで免疫し、次に死菌の無莢膜全細胞肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）で刺激したマウスからの血液試料によって生成されたＩＬ−１７の濃度を示す。左側のパネルは散布図形式でデータを示し、右側のパネルは各試料の平均及び標準偏差を示す。免疫群「３つ全て」は、ＳＰ２１０８、ＳＰ０１４８、及びＳＰ１６３４の組み合わせで免疫した動物を表す。 実施例５に記載されるとおり、指示される１つ又は複数のタンパク質及びコレラ毒素アジュバントで免疫し、次に３つのタンパク質（ＳＰ２１０８、ＳＰ０１４８、及びＳＰ１６３４）の組み合わせで刺激したマウスからの血液試料によって生成されたＩＬ−１７の濃度を示す。 実施例５に記載されるとおり、指示される１つ又は複数のタンパク質及びコレラ毒素アジュバントで免疫し、次に肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の鼻腔内投与により攻撃したマウスにおける鼻洗浄から得られた肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）コロニーの数を示す。００３は無関係の対照抗原を表す。 実施例６に記載されるとおり、指示される１つ又は複数のタンパク質及びコレラ毒素アジュバントで免疫し、次に死菌の無莢膜全細胞肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）で刺激したマウスからの血液試料によって生成されたＩＬ−１７の濃度を示す。 実施例６に記載されるとおり、指示される１つ又は複数のタンパク質及びコレラ毒素アジュバントで免疫し、次に指示される１つ又は複数のタンパク質により刺激したマウスからの血液試料によって生成されたＩＬ−１７の濃度を示す。 実施例６に記載されるとおり、指示される１つ又は複数のタンパク質及びコレラ毒素アジュバントで免疫し、次に肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の鼻腔内投与により攻撃したマウスにおける鼻洗浄から得られた肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）コロニーの数を示す。遺伝子名ＵＳ１２のＨＳＶ−２タンパク質ＩＣＰ４７（ＮＰ＿０４４５４３．１、ＮＣ＿００１７９８．１；図中では００３として示される）及びオボアルブミン（ＯＶＡ）は対照抗原を表す。 実施例７に記載されるとおり、指示される１つ又は複数のタンパク質及びコレラ毒素アジュバントで免疫し、次に肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の鼻腔内投与により攻撃したマウスにおける鼻洗浄から得られた肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）コロニーの数を示す。 実施例８に記載されるとおり、指示される１つ又は複数のタンパク質及びコレラ毒素アジュバントで免疫し、次に肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の鼻腔内投与により攻撃したＢＡＬＢ／ｃマウスにおける鼻洗浄から得られた肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）コロニーの数を示す。 実施例９に記載されるとおり、指示されるタンパク質及びコレラ毒素アジュバントで免疫し、次に免疫付与タンパク質（左側のパネル）又は死菌の無莢膜全細胞肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）（右側のパネル）で刺激したマウスからの血液試料によって生成されたＩＬ−１７Ａの濃度を示す。 実施例１０に記載されるとおり、指示されるタンパク質及びコレラ毒素アジュバントで免疫し、次に肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の鼻腔内投与により攻撃したマウスにおける鼻洗浄から得られた肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）コロニーの数を示す。 実施例１１に記載されるとおり、指示されるタンパク質及びアジュバントミョウバンで免疫し、次に肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）による吸入攻撃を行ったマウスの生存を示す。 実施例１２に記載されるとおり、指示されるタンパク質及びアジュバントミョウバンで免疫し、次に肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）による吸入攻撃を行ったマウスの生存を示す。 実施例１３に記載されるとおり、指示されるタンパク質及びコレラ毒素アジュバントで免疫し、次に肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の鼻腔内投与により攻撃したマウスにおける鼻洗浄から得られた肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）コロニーの数を示す。 実施例１４に記載されるとおり、指示されるタンパク質及びミョウバンで免疫し、次に左上に指示されるタンパク質で刺激したマウスからの血液試料によって生成されたＩＬ−１７Ａの濃度。 実施例１５に記載されるとおり、指示されるタンパク質及びミョウバンで、又は死菌の無莢膜全細胞肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）＋ミョウバン（ＷＣＶ）で免疫し、次に肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の鼻腔内投与により攻撃したマウスにおける鼻洗浄から得られた肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）コロニーの数を示す。 実施例１６に記載されるとおりの２つの統合試験において、指示されるタンパク質及びミョウバンで、又は死菌の無莢膜全細胞肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）＋ミョウバン（ＷＣＶ）で免疫し、次に肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の鼻腔内投与により攻撃したマウスにおける鼻洗浄から得られた肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）コロニーの数を示す。 実施例１７に記載されるとおり、指示されるタンパク質及びミョウバンで、又は死菌の無莢膜全細胞肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）＋ミョウバン（ＷＣＢ）で免疫し、次に肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の鼻腔内投与により攻撃したマウスにおける鼻洗浄から得られた肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）コロニーの数を示す。 実施例１８に記載されるとおり、指示されるタンパク質に特異的な抗体又は血清を注入し、次に肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）による吸入攻撃を行ったマウスの生存を示す。 ６件の別個の吸入攻撃試験で敗血症から保護された動物の割合を示す。試験のうち２件については、実施例１２及び１８にさらに詳細に記載する。
Ａ．肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）ワクチン及び免疫原性組成物に用いられる特異的ポリペプチド及び核酸
本願は、以下に記載するとおりの表１に掲載されるポリペプチド又は遺伝子の１つ以上、又はその変異体若しくは断片を含む肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）ワクチンについて記載する。このワクチンは、表１の配列を含むポリペプチド又はその変異体若しくは免疫原性断片、又は表１の配列からなるポリペプチド又はその変異体若しくは免疫原性断片を含み得る。各遺伝子及びポリペプチドのＤＮＡ及びタンパク質配列は、公的に利用可能なデータベースであるアントレジーン（Ｅｎｔｒｅｚ Ｇｅｎｅ）（ワールドワイドウェブ上のＮＣＢＩ ＮＩＨウェブサイト、ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｓｉｔｅｓ／ｅｎｔｒｅｚ？ｄｂ＝ｇｅｎｅにある）のローカスタグ（Ｌｏｃｕｓ Ｔａｇ）を、肺炎連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）ＴＩＧＲ４ゲノムで検索して求めることができ、それらの指示される配列もまた、本願に包含される。
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表１の特定のポリペプチド、及びその変異体について以下にさらに詳細に記載する。
１．ＳＰ１９１２（配列番号２６５）及びその変異体
ＳＰ１９１２は、９９アミノ酸の仮定タンパク質である。このタンパク質の機能は確定的には分かっていないが、配列分析から、それが推定上のチオレドキシンであることが示唆される。
一部の実施形態では、肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）ポリペプチドを含むワクチン又は医薬組成物には、ＳＰ１９１２から選択される少なくとも２０個の連続するアミノ酸残基を含むポリペプチドが含まれる。ポリペプチドはまた、この少なくとも２０残基の断片の変異体であってもよい。特定の実施形態では、ポリペプチドは、ＳＰ１９１２からの９０、７５、６０、４５又は３０個以下の連続するアミノ酸を含む。
一部の実施形態では、本明細書の組成物及び方法は、外因性の脂質化配列を含むＳＰ１９１２変異体の使用を必要とする。一部の実施形態では、シグナル配列が脂質化を誘導する。従って、脂質化シグナルは、例えば、ＳＰ２１０８のシグナル配列（配列番号２７５）若しくはＳＰ０１４８のシグナル配列、又は大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）シグナル配列であってもよい。大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）遺伝子ＲｌｐＢのシグナル配列（配列番号２７６）を含む例示的な変異体ＳＰ１９１２Ｌは、配列番号２６６のポリペプチド配列によって表される。ＳＰ１９１２（配列番号２６５）及びＳＰ１９１２Ｌ（配列番号２６６）は、それぞれ配列番号２７１及び２７２による核酸によってコードされてもよく、しかしながら遺伝子コードには縮重があるため、他のＤＮＡ配列（コドン最適化配列を含む）が用いられてもよい。
異なる血清型由来のＳＰ１９１２配列の組み合わせを示すコンセンサス配列が、配列番号２６８として提供される。従って特定の実施形態では、ワクチン製剤は、配列番号２６８を含む、又はそれからなるアミノ酸配列、又はその免疫原性断片を有するポリペプチドを（例えば、配列番号２６５を含むアミノ酸配列を有するポリペプチドの代わりに）含む。
２．ＳＰ００２４（配列番号１）及びその変異体
ＳＰ００２４は、１６５アミノ酸の仮定タンパク質を表し、アミノ酸２７〜アミノ酸１６３に延在する保存された炭酸脱水酵素ドメインを含む。このコンセンサスモチーフに基づけば、ＳＰ００２４は亜鉛結合タンパク質であってよい。
一部の実施形態では、肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）ポリペプチドを含むワクチン又は医薬組成物には、ＳＰ００２４から選択される少なくとも２０個の連続するアミノ酸残基を含むポリペプチドが含まれる。ポリペプチドはまた、この少なくとも２０残基の断片の変異体であってもよい。特定の実施形態では、ポリペプチドは、ＳＰ００２４からの１５０、１２５、又は１００個以下の連続するアミノ酸を含む。
３．ＳＰ０８８２（配列番号２）及びその変異体
ＳＰ０８８２は、２７４アミノ酸の保存された仮定タンパク質である。このタンパク質のほとんど（アミノ酸２〜２７０）が、エステラーゼ又はリパーゼ様領域を形成する。
一部の実施形態では、肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）ポリペプチドを含むワクチン又は医薬組成物には、ＳＰ０８８２から選択される少なくとも２０個の連続するアミノ酸残基を含むポリペプチドが含まれる。ポリペプチドはまた、この少なくとも２０残基の断片の変異体であってもよい。特定の実施形態では、ポリペプチドは、ＳＰ０８８２からの２５０、２７５、２００、１７５、１５０、１２５、又は１００個以下の連続するアミノ酸を含む。
ＳＰ０８８２Ｎと命名される一つの特定のトランケーション変異体は、ＳＰ０８８２のＮ末端１３０アミノ酸からなり、配列番号３として示される。ＳＰ０８８２Ｎは、異なる血清型間で特に良く保存されている領域を含む。特定の実施形態では、ＳＰ０８８２又はＳＰ０８８２Ｎ、又はいずれかの免疫原性断片を含むポリペプチドはまた、外因性シグナル配列も含む。一部の実施形態では、シグナル配列は大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）又は肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）シグナル配列である。シグナル配列は、例えば、ＳＰ２１０８のシグナル配列であってもよい。２つの例示的なかかるポリペプチドが、配列番号４及び５である。
ＳＰ０８８２のＤＮＡ及びタンパク質配列の変異体については、特に、米国特許出願公開第２００９／０２１５１４９号明細書及び国際公開第２００２／０７７０２１号パンフレット、国際公開第９８／１８９３１号パンフレット、及び国際公開第２００７／１０６４０７号パンフレットに記載されている。ＳＰ０８８２Ｎの変異体は、国際公開第２００８／１４６１６４号パンフレットに開示されている。
配列変異は、異なる肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）血清型間においてタンパク質レベルで起こり、異なる肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）血清型由来のＳＰ０８８２配列の組み合わせを示すコンセンサス配列が、配列番号１４〜１７として提供される。従って特定の実施形態では、ワクチン製剤は、配列番号１４〜１７のいずれかを含む、又はそれからなるアミノ酸配列、又はその免疫原性断片を有するポリペプチドを（例えば、配列番号２〜５のうちの一つを含むアミノ酸配列を有するポリペプチドの代わりに）含む。
ＳＰ０８８２の異なる変異体（配列番号２〜５）をコードする核酸配列が配列番号２４〜２６として提供され、しかしながら遺伝子コードには縮重があるため、他のＤＮＡ配列（コドン最適化配列を含む）がこれらのポリペプチドをコードし得る。
４．ＳＰ０１４８（配列番号７）及びその変異体
タンパク質ＳＰ０１４８は、「ＡＢＣトランスポーター、基質結合タンパク質」と命名される。このクラスのタンパク質は、典型的には、膜貫通タンパク質複合体と一過性に相互作用する細胞外タンパク質である。かかる複合体は、ＡＴＰ加水分解によって生成されたエネルギーを使用して、特定の物質を細胞膜を越えて移動させる。ＳＰ０１４８は２７６又は２７７アミノ酸（分離株に依存する）のタンパク質であり、アミノ酸４０〜２４６にわたり、膜結合型輸送複合体に典型的な保存されたＰＢＰｂ（ペリプラズム結合タンパク質）ドメインを含む。加えて、ＳＰ０１４８は細菌性細胞外溶質結合タンパク質ファミリー３ドメインを有し、これは大部分がＰＢＰｂドメインと同一の広がりをもち、アミノ酸４０〜２４４に延在する。一部の実施形態では、ワクチン又は他の組成物は、前記ドメイン及びモチーフの１つ以上を含むか、又はそれを欠いているＳＰ０１４８のトランケーション突然変異体を含む。
一部の実施形態では、肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）ポリペプチドを含むワクチン又は医薬組成物には、ＳＰ０１４８から選択される少なくとも２０個の連続するアミノ酸残基を含むポリペプチドが含まれる。ポリペプチドはまた、この少なくとも２０残基の断片の変異体であってもよい。特定の実施形態では、ポリペプチドは、ＳＰ０１４８からの２５０、２７５、２００、１７５、１５０、１２５、又は１００個以下の連続するアミノ酸を含む。
内因性ＳＰ０１４８は、その分泌及び潜在的な脂質化を誘導するシグナル配列を含む。一部の実施形態では、配列番号７のポリペプチドのシグナル配列は、発現宿主、例えば大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）によって部分的又は完全にプロセシングされる。一部の実施形態では、シグナル配列を欠くＳＰ０１４８の変異体（配列番号６）が用いられる。配列番号６のポリペプチドは配列番号２７の核酸によりコードされ、しかしながら他の核酸配列（コドン最適化配列を含む）が用いられてもよい。配列番号２８は、本明細書のスクリーンに用いられるＳＰ０１４８の完全長配列をコードする。
ＳＰ０１４８のアミノ酸配列及びヌクレオチド配列の変異体は、米国特許出願公開第２００５／００２０８１３号明細書、米国特許第７，３７８，５１４号明細書及び同第７，５０４，１１０号明細書、及び欧州特許出願第ＥＰ１５７２８６８号明細書及び同第ＥＰ１８５５７１７号明細書に見出すことができる。
異なる肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）血清型由来のＳＰ０１４８配列の組み合わせを示すコンセンサス配列が、配列番号１８及び１９として提供される。従って特定の実施形態では、ワクチン製剤は、配列番号１８〜１９のいずれかを含む、又はそれからなるアミノ酸配列、又はその免疫原性断片を有するポリペプチドを（例えば、配列番号６又は７の一方を含むアミノ酸配列を有するポリペプチドの代わりに）含む。
５．ＳＰ１０７２（配列番号８）及びその変異体
ＳＰ１０７２は、ｄｎａＧとしても知られ、ＤＮＡポリメラーゼによるＤＮＡ複製の開始を可能にするＲＮＡプライマーの形成を触媒するＤＮＡプライマーゼ酵素である。５８６アミノ酸のタンパク質であるＳＰ１０７２は、いくつかの保存モチーフを含む。Ｎ末端を始点としてアミノ酸２〜９６がジンクフィンガードメインを形成し、ＤＮＡプライマーゼ触媒コアがアミノ酸１２２〜２５０にわたり、及び高度に保存されたトポイソメラーゼ−プライマーゼ（ＴＯＲＰＩＭ）ヌクレオチジルトランスフェラーゼ／ヒドロラーゼドメイン領域がアミノ酸２５８〜３３０に延在する。一部の実施形態では、ワクチン又は他の組成物は、前記ドメイン及びモチーフの１つ以上を含むか、又はそれを欠いているＳＰ１０７２のトランケーション突然変異体を含む。
一部の実施形態では、肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）ポリペプチドを含むワクチン又は医薬組成物には、ＳＰ１０７２から選択される少なくとも２０個の連続するアミノ酸残基を含むポリペプチドが含まれる。ポリペプチドはまた、この少なくとも２０残基の断片の変異体であってもよい。特定の実施形態では、ポリペプチドは、ＳＰ１０７２からの５５０、５００、４５０、４００、３５０、３００、２５０、２００、１５０、又は１００個以下の連続するアミノ酸を含む。
６．ＳＰ２１０８（配列番号９）及びその変異体
ポリペプチドＳＰ２１０８は、４２３アミノ酸長であり、或いはＭａｌＸ、マルトース／マルトデキストリンＡＢＣトランスポーター、又はマルトース／マルトデキストリン結合タンパク質としても知られる。このタンパク質のほとんど（アミノ酸３〜４２３）はＭａｌＥ（マルトース結合ペリプラズム）ドメインに分類される。加えて、ＳＰ２１０８は、その分泌及び潜在的な脂質化を誘導するシグナル配列を含む。一部の実施形態では、配列番号９のポリペプチドのシグナル配列は、発現宿主、例えば大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）によって部分的又は完全にプロセシングされる。一部の実施形態では、ワクチン又は他の組成物は、前記ドメイン及びモチーフの１つ以上を含むＳＰ２１０８のトランケーション突然変異体を含む。
一部の実施形態では、本明細書における組成物及び方法は、シグナル配列を欠くＳＰ２１０８変異体の使用を必要とする。この変異体は配列番号１０のポリペプチド配列によって表され、例えば配列番号２９による核酸によってコードされてもよく、しかしながら遺伝子コードには縮重があるため、他のＤＮＡ配列（コドン最適化配列を含む）が用いられてもよい。
一部の実施形態では、肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）ポリペプチドを含むワクチン又は医薬組成物には、ＳＰ２１０８から選択される少なくとも２０個の連続するアミノ酸残基を含むポリペプチドが含まれる。ポリペプチドはまた、この少なくとも２０残基の断片の変異体であってもよい。特定の実施形態では、ポリペプチドは、ＳＰ２１０８からの４００、３５０、３００、２５０、２００、１５０、又は１００個以下の連続するアミノ酸を含む。
異なる血清型由来のＳＰ２１０８配列の組み合わせを示すコンセンサス配列が、配列番号２０及び２１として提供される。従って特定の実施形態では、ワクチン製剤は、配列番号２０〜２１のいずれかを含む、又はそれからなるアミノ酸配列、又はその免疫原性断片を有するポリペプチドを（例えば、配列番号９又は１０の一方を含むアミノ酸配列を有するポリペプチドの代わりに）含む。
７．ＳＰ０６４１（配列番号１２）及びその変異体
２１４４アミノ酸長で、ＳＰ０６４１は、ＰｒｔＡ、細胞壁関連セリンプロテアーゼとしても知られる。完全長ＳＰ０６４１はいくつかの保存モチーフを含む：アミノ酸４８５〜５９７に延在するＰＡ＿２モチーフ、これはタンパク質結合表面を形成し得る；Ｆｎ３様ドメイン（アミノ酸８００〜９３９）；及びアミノ酸２２６〜４４９及び６３９〜７７７に位置するＳ８ Ｃ５ａ型の２つの予測触媒ドメイン。一部の実施形態では、ワクチン又は他の組成物は、前記ドメイン及びモチーフの１つ以上を含むか、又はそれを欠いているＳＰ０６４１のトランケーション突然変異体を含む。
一部の実施形態では、肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）ポリペプチドを含むワクチン又は医薬組成物には、ＳＰ０６４１から選択される少なくとも２０個の連続するアミノ酸残基を含むポリペプチドが含まれる。ポリペプチドはまた、この少なくとも２０残基の断片の変異体であってもよい。特定の実施形態では、ポリペプチドは、ＳＰ０６４１からの１０００、９００、８００、７００、６００、５００、４００、３００、２００、又は１００個以下の連続するアミノ酸を含む。
ＳＰ０６４１の特定の他のトランケーション突然変異体もまた用いられ得る。例えば、ＳＰ０６４１Ｎと命名されるポリペプチド（配列番号１３）は、ＳＰ０６４１のＮ末端に近いアミノ酸２４〜６８４に対応する６６１アミノ酸からなる。概してＳＰ０６４１Ｎに隣接して（及びＳＰ０６４１のアミノ酸６８６〜１３３３に対応して）、トランケーション変異体ＳＰ０６４１Ｍ（配列番号１１）が占める６４８残基の領域がある。ＳＰ０６４１．１と命名されるポリペプチド（配列番号２６７）は、ＳＰ０６４１のアミノ酸２８〜１００６に対応する９７８アミノ酸からなる。
ＳＰ０６４１の変異体は、例えば、米国特許第７，３３８，７８６号明細書、同第６，５７３，０８２号明細書、及び同第７，１３２，１０７号明細書、並びに国際公開第００／０６７３８号パンフレットに開示されている。
配列番号３０、３１及び２７３は、それぞれＳＰ０６４１Ｍ（配列番号１１）、ＳＰ０６４１Ｎ（配列番号１３）及びＳＰ６４１．１（配列番号２６７）のＤＮＡ配列を示し、しかしながら遺伝子コードには縮重があるため、他のＤＮＡ配列（コドン最適化配列を含む）がこれらのＳＰ０６４１変異体をコードし得る。
異なる肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）血清型由来のＳＰ０６４１Ｎ配列及びＳＰ０６４１Ｍ配列の組み合わせを示すコンセンサス配列が、配列番号２６９及び２７０として提供される。従って特定の実施形態では、ワクチン製剤は、配列番号２６９又は２７０のいずれかを含む、又はそれからなるアミノ酸配列、又はその免疫原性断片を有するポリペプチドを（例えば、配列番号１１又は１３の一方を含むアミノ酸配列を有するポリペプチドの代わりに）含む。
表１及び表２のポリペプチド（例えば、ＳＰ１９１２、ＳＰ１９１２Ｌ、ＳＰ００２４、ＳＰ０８８２、ＳＰ０８８２Ｎ、シグナル配列を有する又は有しないＳＰ０１４８、ＳＰ１０７２、シグナル配列を有する又は有しないＳＰ２１０８、ＳＰ０６４１、ＳＰ０６４１Ｍ、ＳＰ０６４１Ｎ、又はＳＰ０６４１．１）と相同なポリペプチドもまた、本明細書に開示される組成物及び方法に用いられ得る。肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の個々の株が、互いに対して数多くの突然変異を含み、その一部が異なる株間に異なるタンパク質配列をもたらす。当業者は、アミノ酸配列、又はその一部分を、異なる肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）株の相同なアミノ酸配列に容易に置換し得る。特定の態様において、本願は、表１及び表２のポリペプチド又はその免疫原性断片と少なくとも９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、又は９９．５％の同一性を有する免疫原性ポリペプチドを提供する。血清型変異を使用して、表１及び表２のポリペプチドのかかる変異体を設計してもよい。
一部の実施形態では、本明細書におけるワクチン組成物は、表１又は表２のタンパク質の断片（例えば、ＳＰ１９１２、ＳＰ１９１２Ｌ、ＳＰ００２４、ＳＰ０８８２、ＳＰ０８８２Ｎ、シグナル配列を有する又は有しない０ＳＰ１４８、ＳＰ１０７２、シグナル配列を有する又は有しないＳＰ２１０８、ＳＰ０６４１、ＳＰ０６４１Ｍ、ＳＰ０６４１Ｎ、又はＳＰ０６４１．１の断片）を含む。一部の実施形態では、本願は、サイズが表１又は表２のポリペプチド（例えば、配列番号１〜１３、２６５、２６６又は２６７のうちの一つ）に近いトランケーション突然変異体を提供する。例えばそれらは、一方又は両方の末端から多くても１、２、３、４、５、１０、又は２０個のアミノ酸が欠けていてよい。例えば１〜１０、１１〜２０、２１〜３０、又は３１〜４０個のアミノ酸の内部欠失もまた企図される。
特定の実施形態では、ワクチン製剤は、配列番号１４〜２１、２６８、２６９及び２７０のいずれかを含む、又はそれからなるアミノ酸配列を有する１つ以上のポリペプチドを含む。特定の実施形態では、この断片は、配列番号１４〜２１、２６８、２６９及び２７０のいずれかのトランケート断片であり、ここでは１〜５、１〜１０、又は１〜２０個のアミノ酸残基が、Ｎ末端、Ｃ末端、又はその両方から取り除かれている。特定の実施形態では、この断片は、配列番号１４〜２１、２６８、２６９及び２７０のいずれかのトランケート断片であり、ここでは１〜１０個のアミノ酸残基が、Ｎ末端、Ｃ末端、又はその両方から取り除かれている。例えば、１０個のアミノ酸残基がＮ末端及びＣ末端の各々から取り除かれて、その結果２０個のアミノ酸残基が取り除かれたタンパク質となり得る。
特定の実施形態では、本明細書に提供されるワクチン製剤は、１つ以上、又は２つ以上の既知の肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）抗原を含むか、又はさらに含む。ある場合には、既知の肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）抗原は、主に抗体標的である。ある場合には、既知の肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）抗原は、肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の定着、又は肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）誘導性敗血症を防御する。当該技術分野で認知されている一つの適切な肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）抗原クラスは、ニューモリソイドである。ニューモリソイドは、肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）タンパク質ニューモリシン（ＰＬＹ）と相同性を有するが、ニューモリシンと比べて毒性が低い。ニューモリソイドは、天然に存在するものも、又はニューモリシンの操作された誘導体もあり得る。一部の実施形態では、ニューモリソイドは、ニューモリシンと少なくとも７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有する。一部の実施形態では、ニューモリソイドは、赤血球に対する溶血活性及び多形核白血球の阻害の一方又は双方についてのアッセイでニューモリシンの１／２、１／５、１／１０、１／２０、１／５０、１／１００、１／２００、１／５００、又は１／１０００未満の毒性を示す。双方のアッセイとも、Ｓａｕｎｄｅｒｓ Ｆ．Ｋ．ｅｔ ａｌ．（“Ｐｎｅｕｍｏｌｙｓｉｎ，ｔｈｅ ｔｈｉｏｌ−ａｃｔｉｖａｔｅｄ ｔｏｘｉｎ ｏｆ Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ，ｄｏｅｓ ｎｏｔ ｒｅｑｕｉｒｅ ａ ｔｈｉｏｌ ｇｒｏｕｐ ｆｏｒ ｉｎ ｖｉｔｒｏ ａｃｔｉｖｉｔｙ（肺炎連鎖球菌のチオール活性化毒素ニューモリシンは、インビトロ活性にチオール基を必要としない）”Ｉｎｆｅｃｔ Ｉｍｍｕｎ．１９８９ Ａｕｇ；５７（８）：２５４７−５２）に記載されている。例示的なニューモリソイドとしては、ＰｄＴ（Ｂｅｒｒｙ，Ａ．Ｍ．ｅｔ ａｌ．（１９９５）Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ ａｎｄ Ｉｍｍｕｎｉｔｙ ６３：１９６９−７４にさらに記載される三重突然変異体）；Ｐｄ−Ａ及びＰｄ−Ｂ（Ｐａｔｏｎ Ｊ．Ｃ．ｅｔ ａｌ．“Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ ａｎｄ ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｉｃｉｔｙ ｏｆ ｇｅｎｅｔｉｃａｌｌｙ ｏｂｔａｉｎｅｄ ｐｎｅｕｍｏｌｙｓｉｎ ｔｏｘｏｉｄｓ ａｎｄ ｔｈｅｉｒ ｃｏｎｊｕｇａｔｉｏｎ ｔｏ Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ ｔｙｐｅ １９Ｆ ｐｏｌｙｓａｃｃｈａｒｉｄｅ（遺伝学的に得られたニューモリシントキソイドの精製及び免疫原性並びに肺炎連鎖球菌１９Ｆ型多糖とのそのコンジュゲーション）”Ｉｎｆｅｃｔ Ｉｍｍｕｎ．１９９１ Ｊｕｌ；５９（７）：２２９７−３０４）；ｒＰｄ２及びｒＰｄ３（Ｆｅｒｒｅｉｒａ ｅｔ ａｌ．“ＤＮＡ ｖａｃｃｉｎｅｓ ｂａｓｅｄ ｏｎ ｇｅｎｅｔｉｃａｌｌｙ ｄｅｔｏｘｉｆｉｅｄ ｄｅｒｉｖａｔｉｖｅｓ ｏｆ ｐｎｅｕｍｏｌｙｓｉｎ ｆａｉｌ ｔｏ ｐｒｏｔｅｃｔ ｍｉｃｅ ａｇａｉｎｓｔ ｃｈａｌｌｅｎｇｅ ｗｉｔｈ Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ（ニューモリシンの遺伝学的に解毒された誘導体をベースとするＤＮＡワクチンは、肺炎連鎖球菌による攻撃に対してマウスを防御できない）”ＦＥＭＳ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｍｅｄ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ（２００６）４６：２９１−２９７）；Ｐｌｙ８、Δ６ＰＬＹ、Ｌ４６０Ｄ、又はその変異体が挙げられる。一部の実施形態では、ニューモリシンは、触媒中心、例えばアミノ酸４２８若しくは４３３又はその近傍に突然変異を有する。
混合ワクチンに適切な他の肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）抗原としては、肺炎球菌表面タンパク質Ａ（ＰｓｐＡ）；ＰｓｐＡの誘導体、コリン結合タンパク質Ａ（ＣｂｐＡ）及びその誘導体（ＡＤ Ｏｇｕｎｎｉｙｉ ｅｔ ａｌ．，“Ｐｒｏｔｅｃｔｉｏｎ ａｇａｉｎｓｔ Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ ｅｌｉｃｉｔｅｄ ｂｙ ｉｍｍｕｎｉｚａｔｉｏｎ ｗｉｔｈ ｐｎｅｕｍｏｌｙｓｉｎ ａｎｄ ＣｂｐＡ（ニューモリシン及びＣｂｐＡでの免疫化により誘発される肺炎連鎖球菌に対する防御）”Ｉｎｆｅｃｔ Ｉｍｍｕｎ．２００１ Ｏｃｔ；６９（１０）：５９９７−６００３）；肺炎球菌表面付着因子Ａ（ＰｓａＡ）；カゼイン分解プロテアーゼ；ソルターゼＡ（ＳｒｔＡ）；線毛１ ＲｒｇＡ付着因子；ＰｐｍＡ；ＰｒｔＡ；ＰａｖＡ；ＬｙｔＡ；Ｓｔｋ−ＰＲ；ＰｃｓＢ；ＲｒｇＢ及びその誘導体が挙げられる。
ＰｓｐＡの誘導体には、非プロリンブロックを有するプロリンリッチのセグメント（ＰＲ＋ＮＰＢ、以下並びにＤａｎｉｅｌｓ，Ｃ．Ｃ．ｅｔ ａｌ．（２０１０）Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ ａｎｄ Ｉｍｍｕｎｉｔｙ ７８：２１６３−７２にさらに記載される）及びＰｓｐＡのプロリンリッチ領域（例えば、配列ＰＡＰＡＰ、ＰＫＰ、ＰＫＥＰＥＱ及びＰＥＫＰの１つ以上を含み、及び場合により非プロリンブロックを含む領域）の全て又は断片を含む関連するコンストラクトが含まれる。非プロリンブロックの一例は例示的配列ＥＫＳＡＤＱＱＡＥＥＤＹＡＲＲＳＥＥＥＹＮＲＬＴＱＱＱ（配列番号３０６）を有し、これは概して、ＰｓｐＡの非コイル領域の本来はプロリンリッチである範囲にプロリン残基を有しない。非プロリンブロック（ＮＰＢ）配列の他の実施形態には、配列番号３０７及び３０８が含まれる。ＰｓｐＡ及びその誘導体は、ＮＰＢを有する又は有しない、同様のプロリンリッチ構造（すなわちＰＫＰ、ＰＫＥＰＥＱ及びＰＥＫＰ）を発現する遺伝子を含み得る。ＮＰＢの両端のアミノ酸がプロリンリッチ領域の境界の印となる。一例において、ＰＲ領域に対するアミノ末端側の境界はＤＬＫＫＡＶＮＥ（配列番号３０９）であり、及びカルボキシ末端側の境界は（Ｋ／Ｇ）ＴＧＷ（Ｋ／Ｇ）ＱＥＮＧＭＷ（配列番号３１０）である。ＮＰＢを含むペプチドは特に免疫原性があり、ＮＰＢが重要なエピトープであり得ることが示唆される。コイルドコイル構造を含む例示的な免疫原性ＰｓｐＡポリペプチド誘導体としては、配列番号３０１及び３０２が挙げられる。コイルドコイル構造を欠く免疫原性ＰｓｐＡポリペプチド誘導体の詳細な実施形態は、配列番号３０３〜３０５として示されるアミノ酸配列を有する。免疫原性ＰｓｐＡポリペプチド配列番号３０１、３０３及び３０５は、ＰＲ及びＮＰＢの双方の配列を含む（ＰＲ＋ＮＰＢ）。配列番号３０２及び３０４の免疫原性ＰｓｐＡポリペプチドはＰＲ配列のみを含み（ＰＲのみ）、ＮＰＢを欠いている。
ある場合には、他の適切な肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）抗原は、対応する野生型肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）タンパク質と少なくとも７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、又は９９％の同一性である。上述のポリペプチド、及びそれらをコードする核酸の配列は分かっている；例えば、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＦＭ２１１１８７．１に基づく肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）ＡＴＣＣ ７００６６９完全ゲノム配列及びその関連ポリペプチド配列を参照のこと。
混合ワクチン用のさらなる肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）抗原としては、コンジュゲート型肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）多糖類が挙げられる。コンジュゲート型多糖類については、例えば、米国特許第５，６２３，０５７号明細書、米国特許第５，３７１，１９７号明細書、又はＰＣＴ／ＵＳ２０１１／０２３５２６号明細書に記載されるとおりであってよい。
上記の表１に記載される核酸及びポリペプチドに加え、本願はまた、表２に掲載されるポリペプチド又は遺伝子の１つ以上、又は本明細書に記載されるとおりのその変異体若しくは断片を含む免疫原性組成物も提供する。各遺伝子及びタンパク質のＤＮＡ及びタンパク質配列は、上記に記載したとおり、公的に利用可能なデータベースであるアントレジーン（Ｅｎｔｒｅｚ Ｇｅｎｅ）のローカスタグ（Ｌｏｃｕｓ Ｔａｇ）を検索して求めることができる。
Figure 0006126993
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典型的には、本発明の化合物に存在するポリペプチドは、単独で、或いは別のポリペプチドに融合した、又はアジュバントと混合若しくは複合体化したポリペプチドを含めた変異体として、免疫原性である。変異体はまた、本明細書に記載されるとおりの、１００％未満の配列同一性の配列も含む。特定の実施形態では、表１又は表２の抗原は、完全長ポリペプチドとして提供される。加えて、適切な免疫原性を有する断片、前駆体及び類似体を使用してもよい。
これらのポリペプチドは、哺乳動物、例えばマウス、モルモット、又はヒトにおいて免疫原性であってもよい。免疫原性ポリペプチドは、典型的には、アッセイにおいて、又は対象において有意な免疫応答を生じることが可能なものである。免疫応答は、先天性、体液性、細胞媒介性、又は粘膜性（先天性、体液性及び細胞媒介性免疫の要素の混合）であってよい。例えば、免疫原性ポリペプチドは、Ｔ細胞によって産生されるＩＬ−１７の量を増加させ得る。実施例１〜４に記載するＩＬ−１７アッセイは、免疫原性ポリペプチドの同定に用い得るアッセイの一例である。それに代えて又は加えて、免疫原性ポリペプチドは、（ｉ）ポリペプチド及び／又は全細菌に結合する抗体、例えば中和抗体の産生を誘導し、（ｉｉ）ＴＨ１７免疫を誘導し、（ｉｉｉ）ＣＤ４＋ Ｔ細胞応答を、例えばＣＤ４＋ Ｔ細胞の増加及び／又は感染若しくは再感染部位におけるＣＤ４＋ Ｔ細胞の局在化の増加によって活性化し、（ｉｖ）ＣＤ８＋ ＣＴＬ応答を、例えばＣＤ８＋ Ｔ細胞の増加及び／又は感染若しくは再感染部位におけるＣＤ８＋ Ｔ細胞の局在化の増加によって活性化し、（ｖ）ＴＨ１免疫を誘導し、及び／又は（ｖｉ）自然免疫を活性化し得る。一部の実施形態では、免疫原性ポリペプチドは、当該の抗原に特異的な抗体の検出可能な量の産生を生じさせる。
特定の実施形態では、ポリペプチドは、ヒト自己抗原及び／又は腸内共生細菌（例えば、特定のバクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、フゾバクテリウム属（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ユーバクテリウム属（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ルミノコッカス属（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）、ペプトコッカス属（Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ペプトストレプトコッカス属（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ビフィドバクテリウム属（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、大腸菌属（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ）及びラクトバチルス属（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）の種）との同一性が２０％、３０％、４０％、５０％、６０％又は７０％未満である。ヒト自己抗原の例としては、インスリン、増殖細胞核抗原、シトクロムＰ４５０、及びミエリン塩基性タンパク質が挙げられる。
本発明はまた、薬学的に許容可能な担体と、配列番号２６５、２６６、若しくは２６８を含むアミノ酸配列又はその免疫原性断片を有するポリペプチドと、及び配列番号１〜２３及びＳＰ１５７４、ＳＰ１６５５、ＳＰ２１０６、ＳＰ１４７３、ＳＰ０６０５、ＳＰ１１７７、ＳＰ０３３５、ＳＰ０９０６、ＳＰ１８２８、ＳＰ２１５７、ＳＰ１２２９、ＳＰ１１２８、ＳＰ１８３６、ＳＰ１８６５、ＳＰ０９０４、ＳＰ０７６５、ＳＰ１６３４、ＳＰ０４１８、ＳＰ１９２３、ＳＰ１３１３、ＳＰ０７７５、ＳＰ０３１４、ＳＰ０９１２、ＳＰ０１５９、ＳＰ０９１０、ＳＰ２１４８、ＳＰ１４１２、ＳＰ０３７２、ＳＰ１３０４、ＳＰ２００２、ＳＰ０６１２、ＳＰ１９８８、ＳＰ０４８４、ＳＰ０８４７、ＳＰ１５２７、ＳＰ０５４２、ＳＰ０４４１、ＳＰ０３５０、ＳＰ００１４、ＳＰ１９６５、ＳＰ０１１７、ＳＰ０９８１、ＳＰ２２２９、ＳＰ２１３６、ＳＰ１１７９、ＳＰ１１７４、ＳＰ２２１６、ＳＰ１３９３、ＳＰ０６４１．１、ＳＰ１３８４、及びＳＰ２０３２のいずれかを含むアミノ酸配列、又はその免疫原性断片を有する１つ以上のポリペプチドとを含む免疫原性組成物も提供する。
一部の実施形態では、ワクチン製剤は少なくとも２つのポリペプチドを含み、各ポリペプチドが（ｉ）〜（ｖｉｉ）の異なる群に属する：（ｉ）配列番号１又はその免疫原性断片、（ｉｉ）配列番号２〜５及び１４〜１７の一つ又はその免疫原性断片、（ｉｉｉ）配列番号６〜７及び１８〜１９の一つ又はその免疫原性断片、（ｉｖ）配列番号８又はその免疫原性断片、（ｖ）配列番号９〜１０及び２０〜２１の一つ又はその免疫原性断片、（ｖｉ）配列番号１１〜１３、２６７、及び２６９〜２７０の一つ又はその免疫原性断片、及び（ｖｉｉ）配列番号２６５〜２６６及び２６８の一つ又はその免疫原性断片。以下に、かかる組み合わせの例を挙げる。以下の配列の一つを対応するコンセンサス配列、例えば配列番号１４〜２１又は２６８〜２７０の一つと置き換えることにより、別の組み合わせが作られてもよい。一部の実施形態では、ポリペプチドの一つは、配列番号２６５〜２６６及び２６８の一つ又はその免疫原性断片である。一部の実施形態では、ワクチン製剤はニューモリソイドをさらに含む。一部の実施形態では、ワクチン製剤はＣｂｐＡ又はその誘導体をさらに含む。一部の実施形態では、ワクチン製剤は、ＰｓｐＡ又はＰｓｐＡのプロリンリッチ領域の全て若しくは断片を含むその誘導体をさらに含む。
配列番号１及び配列番号２
配列番号１及び配列番号３
配列番号１及び配列番号４
配列番号１及び配列番号５
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配列番号３及び配列番号６
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配列番号４及び配列番号６
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配列番号５及び配列番号６
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配列番号１２及び配列番号２６５
配列番号１２及び配列番号２６６

配列番号１３及び配列番号２６５
配列番号１３及び配列番号２６６
特定の実施形態では、ワクチン製剤は、配列番号１〜１３、２６５、２６６、及び２６７のいずれかを含むアミノ酸配列、又はその免疫原性断片を有する少なくとも３つの異なるポリペプチドを含み、各ポリペプチドが（ｉ）〜（ｖｉｉ）の異なる群に属する：（ｉ）配列番号１又はその免疫原性断片、（ｉｉ）配列番号２〜５の一つ又はその免疫原性断片、（ｉｉｉ）配列番号６〜７の一つ又はその免疫原性断片、（ｉｖ）配列番号８又はその免疫原性断片、（ｖ）配列番号９〜１０の一つ又はその免疫原性断片、（ｖｉ）配列番号１１〜１３及び２６７の一つ、又はその免疫原性断片、及び（ｖｉｉ）配列番号２６５〜２６６の一つ又はその免疫原性断片。以下に、かかる組み合わせの例を挙げる。以下の配列の一つを対応するコンセンサス配列、例えば配列番号１４〜２１又は２６８〜２７０の一つと置き換えることにより、別の組み合わせが作られてもよい。一部の実施形態では、ポリペプチドの一つは、配列番号２６５〜２６６及び２６８の一つ又はその免疫原性断片である。一部の実施形態では、ワクチン製剤はニューモリソイドをさらに含む。一部の実施形態では、ワクチン製剤はＣｂｐＡ又はその誘導体をさらに含む。一部の実施形態では、ワクチン製剤は、ＰｓｐＡ又はＰｓｐＡのプロリンリッチ領域の全て若しくは断片を含むその誘導体をさらに含む。
配列番号１、配列番号２、及び配列番号６
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配列番号１、配列番号６；及び配列番号８
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配列番号１、配列番号７；及び配列番号８
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配列番号１、配列番号９；及び配列番号１１
配列番号１、配列番号９；及び配列番号１２
配列番号１、配列番号９；及び配列番号１３
配列番号１、配列番号９、及び配列番号２６５
配列番号１、配列番号９、及び配列番号２６６
配列番号１、配列番号９、及び配列番号２６７

配列番号１、配列番号１０；及び配列番号１１
配列番号１、配列番号１０；及び配列番号１２
配列番号１、配列番号１０；及び配列番号１３
配列番号１、配列番号１０、及び配列番号２６５
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配列番号１、配列番号１０、及び配列番号２６７

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配列番号７、配列番号８；及び配列番号９
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配列番号７、配列番号１０；及び配列番号１１
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配列番号７、配列番号１１、及び配列番号２６５
配列番号７、配列番号１１、及び配列番号２６６

配列番号７、配列番号１２、及び配列番号２６５
配列番号７、配列番号１２、及び配列番号２６６

配列番号７、配列番号１３、及び配列番号２６５
配列番号７、配列番号１３、及び配列番号２６６

配列番号７、配列番号２６７、及び配列番号２６５
配列番号７、配列番号２６７、及び配列番号２６６


配列番号８、配列番号９；及び配列番号１１
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配列番号８、配列番号９；及び配列番号１３
配列番号８、配列番号９、及び配列番号２６５
配列番号８、配列番号９、及び配列番号２６６
配列番号８、配列番号９、及び配列番号２６７

配列番号８、配列番号１０；及び配列番号１１
配列番号８、配列番号１０；及び配列番号１２
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配列番号８、配列番号１０、及び配列番号２６５
配列番号８、配列番号１０、及び配列番号２６６
配列番号８、配列番号１０、及び配列番号２６７

配列番号８、配列番号１１、及び配列番号２６５
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配列番号８、配列番号１２、及び配列番号２６５
配列番号８、配列番号１２、及び配列番号２６６

配列番号８、配列番号１３、及び配列番号２６５
配列番号８、配列番号１３、及び配列番号２６６

配列番号８、配列番号２６７、及び配列番号２６５
配列番号８、配列番号２６７、及び配列番号２６６

配列番号９、配列番号１０、及び配列番号２６５
配列番号９、配列番号１０、及び配列番号２６６
配列番号９、配列番号１０、及び配列番号２６７

配列番号９、配列番号１１、及び配列番号２６５
配列番号９、配列番号１１、及び配列番号２６６

配列番号９、配列番号１２、及び配列番号２６５
配列番号８、配列番号１２、及び配列番号２６６

配列番号９、配列番号１３、及び配列番号２６５
配列番号９、配列番号１３、及び配列番号２６６

配列番号９、配列番号２６７、及び配列番号２６５
配列番号９、配列番号２６７、及び配列番号２６６
配列番号１０、配列番号１１、及び配列番号２６５
配列番号１０、配列番号１１、及び配列番号２６６

配列番号１０、配列番号１２、及び配列番号２６５
配列番号１０、配列番号１２、及び配列番号２６６

配列番号１０、配列番号１３、及び配列番号２６５
配列番号１０、配列番号１３、及び配列番号２６６

配列番号１０、配列番号２６７、及び配列番号２６５
配列番号１０、配列番号２６７、及び配列番号２６６
一部の実施形態では、ワクチン製剤は、配列番号１４〜２１、２６８、２６９及び２７０のいずれかを含むアミノ酸配列、又はその免疫原性断片を有する少なくとも２つの異なるポリペプチドを含む。特定のかかる実施形態において、ワクチン製剤は少なくとも２つのポリペプチドを含み、各ポリペプチドが（ｉ）〜（ｖ）の異なる群に属する：（ｉ）配列番号１４〜１７の一つ又はその免疫原性断片、（ｉｉ）配列番号１８〜１９の一つ又はその免疫原性断片；（ｉｉｉ）配列番号２０〜２１の一つ又はその免疫原性断片、（ｉｖ）配列番号２６８の一つ又はその免疫原性断片、及び（ｖ）配列番号２６９〜２７９の一つ又はその免疫原性断片。以下に、かかる組み合わせの例を挙げる。以下の組み合わせはコンセンサス配列を特定する。しかしながら、コンセンサス配列の一つを対応する非コンセンサス配列、例えば配列番号１〜１３又は２６６〜２６７の一つと置き換えることにより、別の組み合わせが作られてもよい。一部の実施形態では、ポリペプチドの一つは、配列番号２６８又はその免疫原性断片である。一部の実施形態では、ワクチン製剤はニューモリソイドをさらに含む。一部の実施形態では、ワクチン製剤はＣｂｐＡ又はその誘導体をさらに含む。一部の実施形態では、ワクチン製剤は、ＰｓｐＡ又はＰｓｐＡのプロリンリッチ領域の全て若しくは断片を含むその誘導体をさらに含む。
配列番号１４及び配列番号１８
配列番号１４及び配列番号１９
配列番号１４及び配列番号２０
配列番号１４及び配列番号２１
配列番号１４及び配列番号２６８
配列番号１４及び配列番号２６９
配列番号１４及び配列番号２７０


配列番号１５及び配列番号１８
配列番号１５及び配列番号１９
配列番号１５及び配列番号２０
配列番号１５及び配列番号２１
配列番号１５及び配列番号２６８
配列番号１５及び配列番号２６９
配列番号１５及び配列番号２７０


配列番号１６及び配列番号１８
配列番号１６及び配列番号１９
配列番号１６及び配列番号２０
配列番号１６及び配列番号２１
配列番号１６及び配列番号２６８
配列番号１６及び配列番号２６９
配列番号１６及び配列番号２７０


配列番号１７及び配列番号１８
配列番号１７及び配列番号１９
配列番号１７及び配列番号２０
配列番号１７及び配列番号２１
配列番号１７及び配列番号２６８
配列番号１７及び配列番号２６９
配列番号１７及び配列番号２７０


配列番号１８及び配列番号２０
配列番号１８及び配列番号２１
配列番号１８及び配列番号２６８
配列番号１８及び配列番号２６９
配列番号１８及び配列番号２７０


配列番号１９及び配列番号２０
配列番号１９及び配列番号２１
配列番号１９及び配列番号２６８
配列番号１９及び配列番号２６９
配列番号１９及び配列番号２７０


配列番号２０及び配列番号２６８
配列番号２０及び配列番号２６９
配列番号２０及び配列番号２７０

配列番号２１及び配列番号２６８
配列番号２１及び配列番号２６９
配列番号２１及び配列番号２７０

配列番号２６８及び配列番号２６９
配列番号２６８及び配列番号２７０
一部の実施形態では、断片は配列番号１４〜２１及び２６８〜２７０のいずれかのトランケート断片であり、ここでは１〜２０個のアミノ酸残基が、Ｎ末端、Ｃ末端、又はその両方から取り除かれている。
一部の実施形態では、ワクチン製剤は、配列番号１４〜１７のいずれかを含むアミノ酸配列を有するポリペプチドを含む。一部の実施形態では、ワクチン製剤は、配列番号１８〜１９のいずれかを含むアミノ酸配列を有するポリペプチドを含む。一部の実施形態では、ワクチン製剤は、配列番号２０〜２１のいずれかを含むアミノ酸配列を有するポリペプチドを含む。一部の実施形態では、ワクチン製剤は、配列番号２６８〜２７０のいずれかを含むアミノ酸配列を有するポリペプチドを含む。
一部の態様において、配列番号１４〜２１、２６８、２６９及び２７０の１つ以上を含むワクチン製剤は、配列番号１〜１３、２６５、２６６及び２６７のいずれかを含むアミノ酸配列を有するポリペプチドをさらに含む。
特定の実施形態では、ワクチン製剤は、配列番号１４〜２１、２６８、２６９及び２７０のいずれかを含むアミノ酸配列、又はその免疫原性断片を有する少なくとも３つの異なるポリペプチドを含む。特定のかかる実施形態において、ワクチン製剤は、（ｉ）〜（ｖ）のうちの３つを含む：（ｉ）配列番号１４〜１７の一つ又はその免疫原性断片、（ｉｉ）配列番号１８〜１９の一つ又はその免疫原性断片；及び（ｉｉｉ）配列番号２０〜２１の一つ又はその免疫原性断片、（ｉｖ）配列番号２６８の一つ又はその免疫原性断片、及び（ｖ）配列番号２６９〜２７０の一つ又はその免疫原性断片。以下に、かかる組み合わせの例を挙げる。以下の組み合わせはコンセンサス配列を特定する。しかしながら、コンセンサス配列の一つを対応する非コンセンサス配列、例えば配列番号１〜１３又は２６６〜２６７の一つと置き換えることにより、別の組み合わせが作られてもよい。一部の実施形態では、ポリペプチドの一つは、配列番号２６８又はその免疫原性断片である。一部の実施形態では、ワクチン製剤はニューモリソイドをさらに含む。一部の実施形態では、ワクチン製剤はＣｂｐＡ又はその誘導体をさらに含む。一部の実施形態では、ワクチン製剤は、ＰｓｐＡ又はＰｓｐＡのプロリンリッチ領域の全て若しくは断片を含むその誘導体をさらに含む。
配列番号１４、配列番号１８、及び配列番号２０
配列番号１４、配列番号１８、及び配列番号２１
配列番号１４、配列番号１８、及び配列番号２６８
配列番号１４、配列番号１８、及び配列番号２６９
配列番号１４、配列番号１８、及び配列番号２７０

配列番号１４、配列番号１９、及び配列番号２０
配列番号１４、配列番号１９、及び配列番号２１
配列番号１４、配列番号１９、及び配列番号２６８
配列番号１４、配列番号１９、及び配列番号２６９
配列番号１４、配列番号１９、及び配列番号２７０

配列番号１４、配列番号２６８、及び配列番号２６９
配列番号１４、配列番号２６８、及び配列番号２７０

配列番号１５、配列番号１８、及び配列番号２０
配列番号１５、配列番号１８、及び配列番号２１
配列番号１５、配列番号１８、及び配列番号２６８
配列番号１５、配列番号１８、及び配列番号２６９
配列番号１５、配列番号１８、及び配列番号２７０

配列番号１５、配列番号１９、及び配列番号２０
配列番号１５、配列番号１９、及び配列番号２１
配列番号１５、配列番号１９、及び配列番号２６８
配列番号１５、配列番号１９、及び配列番号２６９
配列番号１５、配列番号１９、及び配列番号２７０

配列番号１５、配列番号２６８、及び配列番号２６９
配列番号１５、配列番号２６８、及び配列番号２７０

配列番号１６、配列番号１８、及び配列番号２０
配列番号１６、配列番号１８、及び配列番号２１
配列番号１６、配列番号１８、及び配列番号２６８
配列番号１６、配列番号１８、及び配列番号２６９
配列番号１６、配列番号１８、及び配列番号２７０

配列番号１６、配列番号１９、及び配列番号２０
配列番号１６、配列番号１９、及び配列番号２１
配列番号１６、配列番号１９、及び配列番号２６８
配列番号１６、配列番号１９、及び配列番号２６９
配列番号１６、配列番号１９、及び配列番号２７０

配列番号１６、配列番号２６８、及び配列番号２６９
配列番号１６、配列番号２６８、及び配列番号２７０


配列番号１７、配列番号１８、及び配列番号２０
配列番号１７、配列番号１８、及び配列番号２１
配列番号１７、配列番号１８、及び配列番号２６８
配列番号１７、配列番号１８、及び配列番号２６９
配列番号１７、配列番号１８、及び配列番号２７０

配列番号１７、配列番号１９、及び配列番号２０
配列番号１７、配列番号１９、及び配列番号２１
配列番号１７、配列番号１９、及び配列番号２６８
配列番号１７、配列番号１９、及び配列番号２６９
配列番号１７、配列番号１９、及び配列番号２７０

配列番号１７、配列番号２６８、及び配列番号２６９
配列番号１７、配列番号２６８、及び配列番号２７０

配列番号１８、配列番号２０、及び配列番号２６８
配列番号１８、配列番号２０、及び配列番号２６９
配列番号１８、配列番号２０、及び配列番号２７０

配列番号１８、配列番号２１、及び配列番号２６８
配列番号１８、配列番号２１、及び配列番号２６９
配列番号１８、配列番号２１、及び配列番号２７０

配列番号１９、配列番号２０、及び配列番号２６８
配列番号１９、配列番号２０、及び配列番号２６９
配列番号１９、配列番号２０、及び配列番号２７０

配列番号１９、配列番号２１、及び配列番号２６８
配列番号１９、配列番号２１、及び配列番号２６９
配列番号１９、配列番号２１、及び配列番号２７０

配列番号２０、配列番号２６８、及び配列番号２６９
配列番号２０、配列番号２６８、及び配列番号２７０

配列番号２１、配列番号２６８、及び配列番号２６９
配列番号２１、配列番号２６８、及び配列番号２７０
ポリペプチドは、１つ以上の免疫原性部分と１つ以上の非免疫原性部分とを含み得る。免疫原性部分は、タンパク質マイクロアレイ、ＥＬＩＳＰＯＴ／ＥＬＩＳＡ法、及び／又は当該のポリペプチドの異なる欠失突然変異体（例えば断片）に対する特異的アッセイを含む様々な方法によって同定され得る。免疫原性部分はまた、コンピュータアルゴリズムによって同定されてもよい。ＥｐｉＭａｔｒｉｘ（製造元ＥｐｉＶａｘ）などの一部のかかるアルゴリズムは、計算論的行列手法を用いる。抗原エピトープを同定するための他の計算ツールには、ＰＥＰＶＡＣ（広宿主域エピトープベースワクチン（Ｐｒｏｍｉｓｃｕｏｕｓ ＥＰｉｔｏｐｅ−ｂａｓｅｄ ＶＡＣｃｉｎｅ）、ワールドワイドウェブ上のｉｍｍｕｎａｘ．ｄｆｃｉ．ｈａｒｖａｒｄ．ｅｄｕ／ＰＥＰＶＡＣにおいてデーナ・ファーバー癌研究所（Ｄａｎａ Ｆａｒｂｅｒ Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ）によりホストされる）、ＭＨＣＰｒｅｄ（部分最小二乗法を用いるもので、ワールドワイドウェブ上のｗｗｗ．ｊｅｎｎｅｒ．ａｃ．ｕｋ／ＭＨＣＰｒｅｄにおいてジェンナー研究所（Ｊｅｎｎｅｒ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ）によりホストされる）、及びワールドワイドウェブ上のｔｏｏｌｓ．ｉｍｍｕｎｅｅｐｉｔｏｐｅ．ｏｒｇにおける免疫エピトープデータベースアルゴリズムが含まれる。本明細書に記載されるポリペプチドの免疫原性断片は、実験的に計測するか、又はアルゴリズムにより同定するとき、少なくとも１つの免疫原性部分を含む。上記に記載されるツールによって同定されるペプチドには、以下が含まれる：
Figure 0006126993
Figure 0006126993
従って、一部の態様において、本願は、本明細書に記載される抗原の免疫原性断片を提供する。このような断片は、ある場合には、サイズが完全長ポリペプチド又は表１若しくは表２のポリペプチドに近い。例えば、断片は、一方又は双方の末端から多くても１、２、３、４、５、１０、２０、又は３０個のアミノ酸が欠けていてよい。特定の実施形態では、ポリペプチドは、１００〜５００アミノ酸長、又は１５０〜４５０、又は２００〜４００、又は２５０〜２５０アミノ酸長である。一部の実施形態では、ポリペプチドは、１００〜２００、１５０〜２５０、２００〜３００、２５０〜３５０、３００〜４００、３５０〜４５０、又は４００〜５００アミノ酸長である。特定の実施形態では、断片は、発現宿主、例えば大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）、昆虫細胞系（例えばバキュロウイルス発現系）、又は哺乳動物（例えばヒト又はチャイニーズハムスター卵巣）細胞株によるシグナル配列のプロセシング、又は部分的プロセシングから生じる。上記に記載される断片又はその部分断片（例えば、８〜５０、８〜３０、又は８〜２０アミノ酸残基の断片）は、好ましくは以下に記載される生物活性の一つを有し、例えばＩＬ−１７放出量を（例えば、絶対計測値として、或いは免疫学的に不活性なタンパク質と比べて）少なくとも１．５倍又は２倍又はそれ以上増加させる。断片は、本明細書に記載されるワクチン中のポリペプチドとして用いられてもよく、又は別のタンパク質、タンパク質断片若しくはポリペプチドと融合してもよい。
一部の実施形態では、断片は、１〜５、１〜１０、又は１〜２０アミノ酸残基がＮ末端、Ｃ末端、又はその両方から取り除かれた、配列番号１〜２１又は２６５〜２７０のいずれかのトランケート断片である。一部のかかる実施形態では、Ｎ末端及びＣ末端から同じ数の残基が取り除かれるが、他の実施形態ではＮ末端からＣ末端とは異なる数の残基が取り除かれる。
特定の態様において、本願は、表１又は表２のポリペプチドと少なくとも９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、又は９９．５％の同一性を有する免疫原性ポリペプチドを提供する。特定の実施形態では、ワクチン製剤は、配列番号１〜２１又は２６５〜２７０のいずれかと少なくとも９０％、９５％、９８％、又は９９％同一の配列を含むアミノ酸配列、又はその免疫原性断片を有する少なくとも２つの異なるポリペプチドを含む。
一部の実施形態では、表１又は表２からの１つ以上、例えば、２つ、３つ、４つ、若しくはそれ以上のポリペプチド又はその免疫原性断片若しくは変異体が、混合物に提供される。一部の実施形態では、この混合物は、発現宿主、例えば大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）、昆虫細胞系（例えばバキュロウイルス発現系）、又は哺乳動物（例えばヒト又はチャイニーズハムスター卵巣）細胞株によるシグナル配列のプロセシング、又は部分的プロセシングから生じる完全長ポリペプチド及び断片の両方を含む。
一部の実施形態では、表１又は表２からの２つ、３つ、４つ、若しくはそれ以上のポリペプチド又はその免疫原性断片若しくは変異体は、単純な物理的混合物中にあるというより、例えば融合タンパク質として、互いに共有結合している。一部の実施形態では、ワクチン製剤は、配列番号１〜２３又は２６５〜２７０のいずれかを含むアミノ酸配列を有するポリペプチドの他には、実質的に他の肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）ポリペプチドを含まない。一部の実施形態では、ワクチン製剤は、表１のポリペプチドの他には、実質的に他の肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）ポリペプチドを含まない。一部の実施形態では、ワクチン製剤は、表１及び／又は表２のポリペプチドの他には、実質的に他の肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）ポリペプチドを含まない。
特定の実施形態では、ワクチン製剤又は免疫原性組成物は、配列番号１〜２３又は２６５〜２７０のいずれかを含むアミノ酸配列を有するポリペプチドの他には、実質的に他の肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）ポリペプチドを含まない。特定のかかる実施形態において、ワクチン製剤又は免疫原性組成物は、配列番号１〜２３又は２６５〜２７０のいずれかからなるアミノ酸配列を有するポリペプチドの他には、実質的に他の肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）ポリペプチドを含まない。一部の実施形態では、ワクチン製剤又は免疫原性組成物は、表１及び／又は表２のポリペプチドのアミノ酸配列のいずれかを含む（又はそれからなる）アミノ酸配列を有するポリペプチドの他には、実質的に他の肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）ポリペプチドを含まない。実質的とは、この文脈上、他の肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）ポリペプチドが５０％未満、４０％未満、３０％未満、２０％未満、１０％未満、５％未満、３％未満、２未満、又はさらには１％未満であることを指す。
特定の実施形態では、ワクチン組成物は、ＴＨ１７細胞との接触後に無関係の対照抗原（遺伝子名ＵＳ１２のＨＳＶ−２タンパク質ＩＣＰ４７など）によって誘発される応答と比べて少なくとも１．５倍高いＴＨ１７細胞応答を含む。一部の実施形態では、ワクチン製剤は、非感染対象における肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の感染を阻害する。特定の実施形態では、ワクチン製剤は、肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）に感染した個体における肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の鼻咽頭定着の発生頻度又は期間を低減する。一部の実施形態では、ワクチン製剤は、肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）に感染した個体における敗血症の発生を阻害する。一部の実施形態では、ワクチン製剤は、肺炎、髄膜炎、中耳炎、副鼻腔炎又は他の部位若しくは器官の肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）感染の発生を阻害する。
特定の実施形態では、本願は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、又はその類似体などの、上記に記載されるポリペプチドの１つ以上をコードする核酸を提供する。上記に記載されるポリペプチドの基礎をなすＤＮＡ配列は、タンパク質産物の配列に影響を及ぼさない形で修飾されてもよく、及びかかる配列は本発明に包含される。例えば、ＤＮＡ配列のコドンを最適化して、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）、昆虫細胞系（例えばバキュロウイルス発現系を使用するもの）、又は哺乳動物（例えばヒト又はチャイニーズハムスター卵巣）細胞株などの宿主における発現を向上させてもよい。
特定の実施形態では、本願は、表１又は表２の遺伝子、又は前記遺伝子の変異体若しくは一部分と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、又は１００％同一の核酸（ＤＮＡ、ＲＮＡ、又はその類似体など）を提供する。特定の実施形態では、核酸は、６００〜２０００、８００〜１８００、１０００〜１６００、１２００〜１４００ヌクレオチド長である。一部の実施形態では、核酸は、６００〜１６００、８００〜１８００、又は１０００〜２０００ヌクレオチド長である。核酸は、例えば、表１及び表２のポリペプチド、又はその免疫原性断片の組換え産生に用いられ得る。
一部の実施形態では、ワクチン又は免疫原性組成物は、融合タンパク質及び／又は融合ＤＮＡコンストラクトを含み得る。本明細書に記載されるポリペプチドは修飾なしに用いられてもよい。特定の実施形態では、断片などの、より小さい関連ポリペプチドが用いられ、且つその分子量が約５０００ダルトン未満、例えば１５００〜５０００ダルトンである場合、所望の免疫応答の誘発に修飾が有用となり得る。例えば、より小さいポリペプチドは、破傷風トキソイド、ニューモリシン、キーホールリンペットヘモシアニンなどの適切な免疫原性担体とコンジュゲートすることができる。
特定の実施形態では、ワクチン製剤は少なくとも１つの脂質化ポリペプチドを含む。脂質部分とのコンジュゲーションは、直接的であっても、又は間接的（例えばリンカーを介して）であってもよい。脂質部分は合成であっても、又は自然に生成されたものであってもよい。特定の実施形態では、表１又は表２からのポリペプチドが脂質部分と化学的にコンジュゲートされ得る。特定の実施形態では、コンストラクトは、表１又は表２からの遺伝子若しくはポリペプチド、又はその免疫原性断片若しくは変異体と、リポボックスモチーフを含む脂質化配列とを含み得る。カノニカルなリポボックスモチーフを配列番号２７４として示す。脂質化配列はタンパク質のＮ末端側であっても、又はＣ末端側であってもよく、シグナル配列若しくは他の配列、又は融合タンパク質に埋め込まれてもよい。例示的な脂質化配列には、ＳＰ２１０８のシグナル配列（配列番号２７５）及び大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）遺伝子ＲｌｐＢのシグナル配列（配列番号２７６）が含まれる。シグナル配列は、例えば、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）又は肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）シグナル配列であってもよい。例示的な大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）シグナル配列としては、ｍｌｐＡシグナル配列（Ｌｉｎ，Ｊ．Ｊ．ｅｔ ａｌ．，“Ａｎ Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ ｍｕｔａｎｔ ｗｉｔｈ ａｎ ａｍｉｎｏ ａｃｉｄ ａｌｔｅｒａｔｉｏｎ ｗｉｔｈｉｎ ｔｈｅ ｓｉｇｎａｌ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｏｆ ｏｕｔｅｒ ｍｅｍｂｒａｎｅ ｐｒｏｌｉｐｏｐｒｏｔｅｉｎ（外膜プロリポタンパク質のシグナル配列内にアミノ酸改変を有する大腸菌突然変異体）”Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ Ｕ Ｓ Ａ．１９７８ Ｏｃｔ；７５（１０）：４８９１−５）、ｌａｍＢシグナル配列（Ｅｍｒ，Ｓ．Ｄ．ｅｔ ａｌ．“Ｍｕｔａｔｉｏｎｓ ａｌｔｅｒｉｎｇ ｔｈｅ ｃｅｌｌｕｌａｒ ｌｏｃａｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ｐｈａｇｅ ｌａｍｂｄａ ｒｅｃｅｐｔｏｒ，ａｎ Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ ｏｕｔｅｒ ｍｅｍｂｒａｎｅ ｐｒｏｔｅｉｎ（λファージ受容体の細胞局在を改変する突然変異、大腸菌外膜タンパク質）”，Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ Ｕ Ｓ Ａ．１９７８ Ｄｅｃ；７５（１２）：５８０２−６）、ＭＢＰシグナル配列（Ｂａｓｓｆｏｒｄ，Ｐ．Ｊ．，“Ｕｓｅ ｏｆ ｇｅｎｅ ｆｕｓｉｏｎ ｔｏ ｓｔｕｄｙ ｓｅｃｒｅｔｉｏｎ ｏｆ ｍａｌｔｏｓｅ−ｂｉｎｄｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ ｉｎｔｏ Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ ｐｅｒｉｐｌａｓｍ（遺伝子融合を用いた大腸菌ペリプラズムへのマルトース結合タンパク質の分泌研究）”Ｊ Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１９７９ Ｊｕｌ；１３９（１）：１９−３１）が挙げられる。Ｌｐｐは、脂質化を誘導する例示的な大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）シグナル配列である（Ｃｕｌｌｅｎ，Ｐ．Ａ．ｅｔ ａｌ．“Ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎ ａｎｄ ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ ｏｆ ａ ｐｌａｓｍｉｄ ｖｅｃｔｏｒ ｆｏｒ ｔｈｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｏｆ ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ ｌｉｐｏｐｒｏｔｅｉｎｓ ｉｎ Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ（大腸菌における組換えリポタンパク質の発現用プラスミドベクターの構築及び評価）”Ｐｌａｓｍｉｄ．２００３ Ｊａｎ；４９（１）：１８−２９）。脂質化を誘導する大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）シグナル配列についてはまた、Ｌｅｇｒａｉｎ，Ｍ．ｅｔ ａｌ．（“Ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｏｆ ｌｉｐｉｄａｔｅｄ ｍｅｎｉｎｇｏｃｏｃｃａｌ ｔｒａｎｓｆｅｒｒｉｎ ｂｉｎｄｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ ２ ｉｎ Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ（大腸菌における脂質化された髄膜炎菌性トランスフェリン結合タンパク質２の産生）”Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｘｐｒ Ｐｕｒｉｆ．１９９５ Ｏｃｔ；６（５）：５７０−８）にも記載されており、例えば遺伝子ＲｌｐＢのシグナル配列（配列番号２７６）である。数多くの肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）シグナル配列が当該技術分野において公知である。一つのかかるシグナル配列は、配列番号２７５である。
他の実施形態では、コンストラクトは、表１又は表２からの遺伝子若しくはタンパク質、又はその免疫原性断片若しくは変異体と、タグとを含み得る。タグはＮ末端側又はＣ末端側であってよい。例えば、タグを核酸又はポリペプチドに付加することにより、精製、検出、溶解性が促進され、又は他の望ましい特性がタンパク質若しくは核酸に付与され得る。例えば、精製タグは、アフィニティー精製に用いられ得るペプチド、オリゴペプチド、又はポリペプチドであってもよい。例としては、Ｈｉｓ、ＧＳＴ、ＴＡＰ、ＦＬＡＧ、ｍｙｃ、ＨＡ、ＭＢＰ、ＶＳＶ−Ｇ、チオレドキシン、Ｖ５、アビジン、ストレプトアビジン、ＢＣＣＰ、カルモジュリン、Ｎｕｓ、Ｓタグ、リポタンパク質Ｄ、及びβガラクトシダーゼが挙げられる。詳細な例示的Ｈｉｓタグとしては、ＨＨＨＨＨＨ（配列番号３２）及びＭＳＹＹＨＨＨＨＨＨ（配列番号３３）が挙げられる。他の実施形態では、ポリペプチドはタンパク質精製タグなどのタグを含まず、精製タグに対する親和性に頼らない方法によって精製される。一部の実施形態では、融合部分は短い。これは、ある場合には、融合タンパク質は、表１又は表２のポリペプチドの一方又は双方の末端に１、２、３、４、５、１０、又は２０個以下のさらなるアミノ酸を含む。
Ｂ．免疫原性組成物
本開示はまた、免疫原性ポリペプチド又はそれらの免疫原性ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを医薬担体と共に含む医薬組成物も提供する。肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）に感染したマウス由来、又は健康ヒトドナー由来の免疫細胞をスクリーニングすることにより、肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）由来の抗原を同定した。肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）は極めて一般的な疾患及び定着病原体であるため、ヒトドナーはその人生のなかのある時点で肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）に曝露されたことがあったものと推定された。簡潔に言えば、肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）抗原のライブラリを細菌で発現させて抗原提示細胞（ＡＰＣ）と混合した。次にはＡＰＣが肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）由来のポリペプチドを、マウス又はヒトドナーから単離されたリンパ球に提示した。リンパ球応答を、肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）に対する反応性についてアッセイした。ヒトドナー、並びにマウスを肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）で免疫し、肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）抗原に特異的なリンパ球を産生させた。このように、本開示は、肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）による感染に対抗するための、免疫された又は感染したマウス又はヒトにおいて強力な免疫応答を誘発する肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）抗原の組成物を企図する。
表１及び表２は、本明細書に記載されるスクリーニング方法により同定された肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）抗原のタンパク質配列及び対応するヌクレオチド配列を掲載する。マウス及びヒトＴ細胞のスクリーンで抗原を同定した。マウスＴ細胞のスクリーンでは、同定された抗原を少なくとも２ラウンドのスクリーニングに供した：ゲノムワイドのラウンドに供することにより、免疫応答を誘発した４つの抗原のプールを同定し、続いてデコンボリューションラウンドに供することにより、ゲノムワイドのラウンドで同定したプールから、免疫応答を誘発した単一の抗原を個々に試験及び同定した。対照的に、ヒトＴ細胞のスクリーンでは、２つの異なる抗原プールセットを作成し、それによりポリペプチドを第１及び第２のプール間で異なるポリペプチドと組み合わせた。結果的に、どのポリペプチドが第１及び第２のいずれのセットにおいても陽性のプールにあるかを同定することにより、どのポリペプチドが抗原であるかを決定することが可能である。表１に、上記のスクリーニング方法の一方によって同定し、続いて実施例５〜１２に記載されるマウスモデルでのさらなる試験に供した抗原（及びその変異体）を掲載する。このように、この開示に係る組成物は、表１又は表２に掲載される遺伝子の１つ又は２つ以上、又は対応する遺伝子産物を含み得る。
免疫原性組成物はまた、前記ストレプトコッカス属（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）ポリペプチドの一部分、例えば、欠失突然変異体、トランケーション突然変異体、オリゴヌクレオチド、及びペプチド断片も含み得る。一部の実施形態では、前記ポリペプチドの一部分は免疫原性である。タンパク質の一部分の免疫原性は、完全長タンパク質の免疫原性の決定に用いられるのと同じアッセイを用いて容易に決定される。一部の実施形態では、ポリペプチドの一部分は、完全長タンパク質と実質的に同じ免疫原性を有する。一部の実施形態では、免疫原性は、完全長タンパク質（例えば、表１及び表２のポリペプチド）の免疫原性を１０％、２０％、３０％、４０％、又は５０％より大きく下回ることはない。ペプチド断片は、例えば、線状、環状、又は分枝状であってよい。
本明細書に記載されるワクチン製剤及び免疫原性組成物の一部の実施形態は、膜輸送配列（ＭＴＳ）を含む免疫原性ポリペプチド（例えば、表１又は表２のポリペプチド）を含み、それにより哺乳動物細胞へのポリペプチドの導入及び続く細胞媒介性免疫応答の刺激を促進する。例示的な膜輸送配列には、カポジ線維芽細胞成長因子のシグナル配列における疎水性領域、α−シヌクレイン、β−シヌクレイン、又はγ−シヌクレインのＭＴＳ、アンテナペディアホメオドメインの３番目のヘリックス、ＳＮ５０、インテグリンβ３ ｈ領域、ＨＩＶ Ｔａｔ、ｐＡｎｔｐ、ＰＲ−３９、アバエシン、アピダエシン、Ｂａｃ５、Ｂａｃ７、Ｐ．ベルゲイ（Ｐ．ｂｅｒｇｈｅｉ）ＣＳタンパク質、並びに米国特許第６，２４８，５５８号明細書、同第６，４３２，６８０号明細書及び同第６，２４８，５５８号明細書に記載されるＭＴＳが含まれる。
特定の実施形態では、抗原（例えば、表１又は表２のポリペプチド）は別の分子と共有結合する。これにより、例えば、抗原の半減期、溶解度、バイオアベイラビリティ（ｂｉｏａｂａｉｌａｂｉｌｉｔｙ）、又は免疫原性が増加し得る。抗原に共有結合し得る分子としては、炭水化物、ビオチン、ポリ（エチレングリコール）（ＰＥＧ）、ポリシアル酸、Ｎ−プロピオニル化ポリシアル酸、核酸、多糖類、及びＰＬＧＡが挙げられる。分子量が３００ｇ／ｍｏｌ未満から１０，０００，０００ｇ／ｍｏｌ超に至る範囲の多くの異なる種類のＰＥＧがある。ＰＥＧ鎖は線状、分枝状、又は櫛形状若しくは星形状であってよい。一部の実施形態では、自然に産生された形態のタンパク質が、免疫系を刺激する部分と共有結合される。かかる部分の例は、脂質部分である。ある場合には、脂質部分は、ＴＬＲ−２又はＴＬＲ−４などのＴｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）により認識され、自然免疫系を活性化する。
Ｃ．表１及び表２のタンパク質に特異的な抗体
本明細書に開示される別の態様は、抗原性組成物（例えば、表１又は表２に掲載されるタンパク質のうちの一つ又はその免疫原性断片）に対して生成された抗体製剤である。例えば、本開示は、各々が表１又は表２の異なるタンパク質を認識する２つ、３つ、４つ、又は５つの抗体の組み合わせを提供する。様々な抗体のいずれもが包含される。かかる抗体には、例えば、ポリクローナル、モノクローナル、組換え、ヒト化又は部分的ヒト化、単鎖、Ｆａｂ、及びそれらの断片等が含まれる。抗体は、任意のアイソタイプ、例えば、ＩｇＧ、様々なＩｇＧアイソタイプ、例えばＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ２ａ、ＩｇＧ２ｂ、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４等であってよく；及び抗体は、ヤギ、ウサギ、マウス、ニワトリなどを含め、抗体を産生する任意の動物種由来であってよい。一部の実施形態では、Ｆａｂ分子は、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）などの遺伝的に形質転換された宿主で発現及び構築される。このように潜在的に多様性が前身の抗体を生成する対象と同等か又はそれ以上であるＦａｂ’集団を発現させるために、λベクター系が利用可能である。Ｈｕｓｅ ｅｔ ａｌ．（１９８９），Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４６，１２７５−８１を参照のこと。
Ｄ．肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）抗原又はそれを認識する抗体を含むワクチン又は免疫原性組成物の成分
特定の実施形態では、ワクチン又は免疫原性組成物は、抗原と、以下のうちの１つ以上とを含む：アジュバント、安定剤、緩衝剤、界面活性剤、徐放成分、塩、防腐剤、及び／又は前記抗原に特異的な抗体。
１．アジュバント
本明細書に記載されるワクチン製剤及び免疫原性組成物はアジュバントを含んでもよい。アジュバントは、その主要な作用機序に基づき、概して２つのクラス、すなわちワクチン送達系アジュバント及び免疫賦活アジュバントに分けることができる（例えば、Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒ．ＨＩＶ Ｒｅｓ．１：３０９−２０，２００３を参照のこと）。多くのワクチン製剤において、アジュバントが免疫系にシグナルを提供することで、免疫系が抗原に対する応答を生じ、及び病原体に対する応答の特異性を駆動するために、抗原が必要である。ワクチン送達系は、多くの場合に粒子状製剤、例えば、エマルション、マイクロパーティクル、免疫刺激複合体（ＩＳＣＯＭ）、ナノ粒子（これらは例えば粒子及び／又はマトリックスであってよい）、及びリポソームである。対照的に、免疫賦活アジュバントはときに病原体に由来し、病原体関連分子パターン（ＰＡＭＰ）、例えばリポ多糖類（ＬＰＳ）、モノホスホリルリピド（ＭＰＬ）、又はＣｐＧ含有ＤＮＡに相当してもよく、これらは自然免疫系の細胞を活性化する。
或いは、アジュバントは有機及び無機に分類され得る。無機アジュバントには、リン酸アルミニウム、非晶質アルミニウムヒドロキシホスフェートスルフェート、及び水酸化アルミニウムなどのミョウバン塩が含まれ、これらはヒトワクチンで一般的に使用される。有機アジュバントは、巨大分子を含む有機分子を含む。有機アジュバントの例はコレラ毒素である。
アジュバントはまた、それが誘導する応答によっても分類され得る。一部の実施形態では、アジュバントはＴＨ１細胞又はＴＨ２細胞の活性化を誘導する。他の実施形態では、アジュバントはＢ細胞の活性化を誘導する。さらに他の実施形態では、アジュバントは抗原提示細胞の活性化を誘導する。これらの分類は相互排他的ではない；ある場合には、アジュバントは２種以上の細胞を活性化する。
特定の実施形態では、アジュバントはＴＨ１７細胞の活性化を誘導する。それにより、ＣＤ４＋又はＣＤ８＋ Ｔ細胞によるＩＬ−１７の分泌が促進され得る。一部の実施形態では、ＴＨ１７細胞の活性化を誘導するアジュバントは、以下のアッセイにおいて少なくとも２倍、及びある場合には１０倍の実験試料対対照比を生じるものである。このアッセイでは、実験者は、２つの細胞集団によって分泌されるＩＬ−１７レベルを比較する：（１）アジュバント及びＴＨ１７活性化を誘導することが分かっているポリペプチドで免疫した動物由来の細胞、及び（２）アジュバント及び無関係な（対照の）ポリペプチドで処置した動物由来の細胞。ＴＨ１７細胞の活性化を誘導するアジュバントにより、集団（１）の細胞は集団（２）の細胞と比べて２倍超、又は１０倍超多いＩＬ−１７を産生し得る。ＩＬ−１７は、例えばＥＬＩＳＡ又はＥＬＩＳＰＯＴにより計測されてもよい。コレラ毒素及び不安定毒素（腸管毒素原性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）、すなわちＥＴＥＣにより産生される）などの特定の毒素は、ＴＨ１７応答を活性化する。従って、一部の実施形態では、アジュバントは毒素である。コレラ毒素は、表１の特定のポリペプチドとの組み合わせで、マウスモデルにおける防御免疫の誘導に対する使用が奏功した（実施例５〜８を参照）。不安定毒素の一形態が、Ｉｎｔｅｒｃｅｌｌによって作製されている。アジュバントとしての活性を有するが、毒性が極めて低い、不安定毒素の変異誘導体も、同様に用いることができる。不安定毒素の例示的な解毒型変異誘導体には、ＡＤＰ−リボシルトランスフェラーゼ活性を欠く突然変異体が含まれる。不安定毒素の詳細な解毒型変異誘導体には、ＬＴＫ７（Ｄｏｕｃｅ ｅｔ ａｌ．，“Ｍｕｔａｎｔｓ ｏｆ Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ ｈｅａｔ−ｌａｂｉｌｅ ｔｏｘｉｎ ｌａｃｋｉｎｇ ＡＤＰ−ｒｉｂｏｓｙｌｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ ａｃｔｉｖｉｔｙ ａｃｔ ａｓ ｎｏｎｔｏｘｉｃ，ｍｕｃｏｓａｌ ａｄｊｕｖａｎｔｓ（ＡＤＰ−リボシルトランスフェラーゼ活性を欠く大腸菌易熱性毒素の突然変異体は非毒性粘膜アジュバントとして作用する）”ＰＮＡＳ Ｖｏｌ．９２，ｐｐ．１６４４−１６４８，１９９５年２月）及びＬＴＫ６３（Ｗｉｌｌｉａｍｓ ｅｔ ａｌ．，“Ｉｎｎａｔｅ Ｉｍｐｒｉｎｔｉｎｇ ｂｙ ｔｈｅ Ｍｏｄｉｆｉｅｄ Ｈｅａｔ−Ｌａｂｉｌｅ Ｔｏｘｉｎ ｏｆ Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ （ＬＴＫ６３） Ｐｒｏｖｉｄｅｓ Ｇｅｎｅｒｉｃ Ｐｒｏｔｅｃｔｉｏｎ ａｇａｉｎｓｔ Ｌｕｎｇ Ｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓ Ｄｉｓｅａｓｅ（大腸菌の修飾型易熱性毒素（ＬＴＫ６３）による先天的インプリンティングは肺感染症に対する包括的防御を提供する）”Ｔｈｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，２００４，１７３：７４３５−７４４３）、ＬＴ−Ｇ１９２（Ｄｏｕｃｅ ｅｔ ａｌ．“Ｇｅｎｅｔｉｃａｌｌｙ ｄｅｔｏｘｉｆｉｅｄ ｍｕｔａｎｔｓ ｏｆ ｈｅａｔ−ｌａｂｉｌｅ ｔｏｘｉｎ ｆｒｏｍ Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ ａｒｅ ａｂｌｅ ｔｏ ａｃｔ ａｓ ｏｒａｌ ａｄｊｕｖａｎｔｓ（大腸菌由来の易熱性毒素の遺伝学的に解毒された突然変異体は経口アジュバントとして作用することができる）”Ｉｎｆｅｃｔ Ｉｍｍｕｎ．１９９９ Ｓｅｐ；６７（９）：４４００−６）、及びＬＴＲ７２（“Ｍｕｃｏｓａｌ ａｄｊｕｖａｎｔｉｃｉｔｙ ａｎｄ ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｉｃｉｔｙ ｏｆ ＬＴＲ７２，ａ ｎｏｖｅｌ ｍｕｔａｎｔ ｏｆ Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ ｈｅａｔ−ｌａｂｉｌｅ ｅｎｔｅｒｏｔｏｘｉｎ ｗｉｔｈ ｐａｒｔｉａｌ ｋｎｏｃｋｏｕｔ ｏｆ ＡＤＰ−ｒｉｂｏｓｙｌｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ ａｃｔｉｖｉｔｙ（ＡＤＰ−リボシルトランスフェラーゼ活性の部分的ノックアウトを有する大腸菌易熱性エンテロトキシンの新規突然変異体ＬＴＲ７２の粘膜アジュバント活性及び免疫原性）”Ｊ Ｅｘｐ Ｍｅｄ．１９９８ Ａｐｒ ６；１８７（７）：１１２３−３２）が含まれる。
一部の実施形態では、アジュバントはＶＬＰ（ウイルス様粒子）を含む。一つのかかるアジュバントプラットフォームであるアルファウイルスレプリコンは、アルファウイルスを用いてＴＨ１７細胞の活性化を誘導し、Ａｌｐｈａｖａｘによって作製されている。アルファウイルスレプリコン系の特定の実施形態では、アルファウイルスは、目的の抗原、目的のサイトカイン（例えば、ＩＬ−１７又はＩＬ−１７産生を刺激するサイトカイン）、又はその双方を発現するよう操作されてもよく、ヘルパー細胞系で産生され得る。さらに詳細な情報は、米国特許第５，６４３，５７６号明細書及び同第６，７８３，９３９号明細書に見出すことができる。一部の実施形態では、ワクチン製剤は、サイトカインをコードする核酸と組み合わせて患者に投与される。
特定のアジュバントクラスは、ＴＨ１７応答を活性化するためにＴｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）を活性化する。ＴＬＲは白血球膜に見られる周知のタンパク質であり、外来抗原（微生物抗原を含む）を認識し得る。公知のＴＬＲリガンドを目的の抗原と共に（例えば融合タンパク質として）投与すると、目的の抗原に特異的な免疫応答の発生を促進することができる。ＴＬＲを活性化する一つの例示的なアジュバントには、モノホスホリルリピドＡ（ＭＰＬ）が含まれる。従来、ＭＰＬは、Ｓ．ミネソタ（Ｓ．ｍｉｎｎｅｓｏｔａ）などのグラム陰性細菌から得られる解毒型リポ多糖（ＬＰＳ）内毒素として産生されてきた。特に、ＬＰＳの逐次的な酸及び塩基加水分解により免疫活性リピドＡ画分が産生され（これがＭＰＬである）、サッカライド基及びＬＰＳに存在するリン酸塩の一つを除く全てが欠ける。多数の合成ＴＬＲアゴニスト（特に、ＴＬＲ−４アゴニスト）が、Ｅｖａｎｓ ＪＴ ｅｔ ａｌ．“Ｅｎｈａｎｃｅｍｅｎｔ ｏｆ ａｎｔｉｇｅｎ−ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｉｍｍｕｎｉｔｙ ｖｉａ ｔｈｅ ＴＬＲ−４ ｌｉｇａｎｄｓ ＭＰＬ ａｄｊｕｖａｎｔ ａｎｄ Ｒｉｂｉ．５２９（ＴＬＲ−４リガンドＭＰＬアジュバント及びＲｉｂｉ．５２９を介した抗原特異的免疫の亢進）”Ｅｘｐｅｒｔ Ｒｅｖ Ｖａｃｃｉｎｅｓ ２００３ Ａｐｒ；２（２）：２１９−２９に開示されている。ＭＰＬアジュバントと同様に、これらの合成化合物はＴＬＲを介して自然免疫系を活性化する。別の種類のＴＬＲアゴニストは、合成リン脂質二量体、例えばＥ６０２０である（Ｉｓｈｉｚａｋａ ＳＴ ｅｔ ａｌ．“Ｅ６０２０：ａ ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ Ｔｏｌｌ−ｌｉｋｅ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ４ ａｇｏｎｉｓｔ ａｓ ａ ｖａｃｃｉｎｅ ａｄｊｕｖａｎｔ（Ｅ６０２０：ワクチンアジュバントとしての合成Ｔｏｌｌ様受容体４アゴニスト）”Ｅｘｐｅｒｔ Ｒｅｖ．Ｖａｃｃｉｎｅｓ．２００７ Ｏｃｔ；６（５）：７７３−８４）。様々なＴＬＲアゴニスト（ＴＬＲ−４アゴニストを含む）が、例えば、伝染病研究所（Ｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓ Ｄｉｓｅａｓｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ：ＩＲＤＩ）、Ｃｏｒｉｘａ、Ｅｓａｉ、Ａｖａｎｔｉ Ｐｏｌａｒ Ｌｉｐｉｄｓ，Ｉｎｃ．、及びＳｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈにより作製及び／又は販売されている。ＴＬＲを活性化する別の例示的なアジュバントには、ＭＰＬの混合物、トレハロースジコリノミコレート（Ｔｒｅｈａｌｏｓｅ Ｄｉｃｏｙｎｏｍｙｃｏｌａｔｅ）（ＴＤＭ）、及び臭化ジオクタデシルジメチルアンモニウム（ＤＤＡ）が含まれる。別のＴＬＲ活性化アジュバントはＲ８４８（レシキモド）である。
一部の実施形態では、アジュバントはサポニンであるか、又はそれを含む。典型的には、サポニンは、キラヤ・サポナリア（Ｑｕｉｌｌａｊａ ｓａｐｏｎａｒｉａ）の木の樹皮から分離されるものなどの、トリテルペン配糖体である。生物学的供給源からのサポニン抽出物を（例えばクロマトグラフィーにより）さらに分画して、最良のアジュバント活性及び許容可能な毒性を有する抽出物部分に分離することができる。アジュバントとして用いられるキラヤ・サポナリア（Ｑｕｉｌｌａｊａ ｓａｐｏｎａｒｉａ）の木由来の典型的な抽出物画分は、画分Ａ及びＣとして知られる。
本明細書に記載されるワクチン製剤に用いられ得る特定の形態のサポニンは、免疫刺激複合体（ＩＳＣＯＭ）である。ＩＳＣＯＭは、概してキラヤ属（Ｑｕｉｌｌａｊａ）のサポニン画分と脂質（例えば、コレステロール及びホスファチジルコリンなどのリン脂質）とを含む、当該技術分野で認知されているアジュバントクラスである。特定の実施形態では、ＩＳＣＯＭは目的のポリペプチド又は核酸と共に構築される。しかしながら、異なるサポニン画分を異なる比で使用してもよい。加えて、異なるサポニン画分は同じ粒子に共に存在しても、又は粒子１つにつき実質的に一つの画分のみを有してもよい（異なる画分を有する粒子を合わせて混合することにより、画分ＡとＣとの指定される比を生じさせる）。これに関連して、「実質的に」は、２０％、１５％、１０％、５％、４％、３％、２％又はさらには１％未満を指す。かかるアジュバントは、７０〜９５Ａ：３０〜５Ｃ、例えば７０Ａ：３０Ｃ〜７５Ａ：５Ｃ、７５Ａ：５Ｃ〜８０Ａ：２０Ｃ、８０Ａ：２０Ｃ〜８５Ａ：１５Ｃ、８５Ａ：１５Ｃ〜９０Ａ：１０Ｃ、９０Ａ：１０Ｃ〜９５Ａ：５Ｃ、又は９５Ａ：５Ｃ〜９９Ａ：１Ｃの比で混合された画分Ａと画分Ｃとを含み得る。
特定の実施形態では、アジュバントの組み合わせが用いられる。アジュバントの３つの例示的な組み合わせは、ＭＰＬ及びミョウバン、Ｅ６０２０及びミョウバン、並びにＭＰＬ及びＩＳＣＯＭである。
アジュバントは抗原に共有結合し得る。一部の実施形態では、アジュバントは、抗原提示細胞（ＡＰＣ）の活性化を介して炎症反応を誘導するタンパク質を含み得る。一部の実施形態では、これらのタンパク質の１つ以上を選択された抗原と組換えで融合することができ、それにより得られる融合分子が樹状細胞の成熟を促進し、樹状細胞を活性化してサイトカイン及びケモカインを産生し、最終的にはＴ細胞に対する抗原の提示及びＴ細胞応答の惹起を増進する（Ｗｕ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ２００５；６５（１１），ｐｐ ４９４７−４９５４を参照）。特定の実施形態では、本明細書に記載されるポリペプチドは、Ｌｕ ｅｔ ａｌ．（“Ｐｒｏｔｅｃｔｉｏｎ ａｇａｉｎｓｔ Ｐｎｅｕｍｏｃｏｃｃａｌ ｃｏｌｏｎｉｚａｔｉｏｎ ａｎｄ ｆａｔａｌ ｐｎｅｕｍｏｎｉａ ｂｙ ａ ｔｒｉｖａｌｅｎｔ ｃｏｎｊｕｇａｔｅ ｏｆ ａ ｆｕｓｉｏｎ ｐｒｏｔｅｉｎ ｗｉｔｈ ｔｈｅ ｃｅｌｌ ｗａｌｌ ｐｏｌｙｓａｃｃｈａｒｉｄｅ（細胞壁多糖との融合タンパク質の三価コンジュゲートによる肺炎球菌定着及び致死的肺炎の防御）”Ｉｎｆｅｃｔ Ｉｍｍｕｎ．２００９ Ｍａｙ；７７（５）：２０７６−８３）に記載される肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の肺炎球菌表面付着因子Ａ（ＰｓａＡ）とニューモリソイドＰｄＴ及び細胞壁多糖（ＰｓａＡ：ＰｄＴ−ＣＰ）との融合タンパク質を含む三価コンジュゲート系のコンテクストで提示される。ＰｄＴは３つのアミノ酸置換（Ｗ４３３Ｆ、Ｄ３８５Ｎ、及びＣ４２８Ｇ）を有し、これらは分子を非毒性にするが、そのＴＬＲ−４媒介性の炎症特性は妨げない。ポリペプチドとＴＬＲ−４−アゴニストＰｄＴとの融合物に多糖をコンジュゲートすると、ポリペプチドに対する免疫応答が大幅に増進される。一部の実施形態では、本明細書に記載される１つ以上のポリペプチドが、三価コンジュゲートにおいてＰｓａＡの代わりに使用される。三価コンジュゲート系は、典型的にはミョウバンを含み、通常非経口的に投与される。抗原と共有結合し得る他の例示的アジュバントには、多糖類、ニューモリシン、合成ペプチド、リポペプチド、及び核酸が含まれる。
典型的には、ワクチンの各用量に同じアジュバント又はアジュバント混合物が存在する。しかしながら、場合によりアジュバントは、第１のワクチン用量と共に投与され、後続の用量（すなわちブースターショット）では投与されなくてもよい。或いは、強力なアジュバントが第１のワクチン用量と共に投与され、より弱いアジュバント又はより低用量の強力なアジュバントが後続の用量と共に投与されてもよい。アジュバントは、対象への抗原の投与前、抗原の投与と同時又は抗原の投与後（ときに１、２、６、又は１２時間以内、ときに１、２、又は５日以内）に投与することができる。特定のアジュバントは、ヒト患者、非ヒト動物、又はその双方に適切である。
２．ワクチン又は免疫原性組成物のさらなる成分
上記に記載される抗原及びアジュバントに加え、ワクチン製剤又は免疫原性組成物は１つ以上のさらなる成分を含み得る。
特定の実施形態では、ワクチン製剤又は免疫原性組成物は、１つ以上の安定剤、例えば、糖類（スクロース、グルコース、又はフルクトースなど）、リン酸塩（二塩基性リン酸ナトリウム、一塩基性リン酸カリウム、リン酸二カリウム、又はリン酸一ナトリウムなど）、グルタミン酸塩（Ｌ−グルタミン酸一ナトリウムなど）、ゼラチン（加工ゼラチン、加水分解ゼラチン、又はブタゼラチンなど）、アミノ酸（アルギニン、アスパラギン、ヒスチジン、Ｌ−ヒスチジン、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、セリン、スレオニン、リジン、フェニルアラニン、チロシン、及びこれらのアルキルエステルなど）、イノシン、又はホウ酸ナトリウムを含み得る。
特定の実施形態では、ワクチン製剤又は免疫原性組成物は、重炭酸ナトリウム及びアスコルビン酸の混合物などの１つ以上の緩衝剤を含む。一部の実施形態では、ワクチン製剤は、生理食塩水、例えばリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）、又は蒸留水中にあって投与され得る。
特定の実施形態では、ワクチン製剤又は免疫原性組成物は、１つ以上の界面活性剤、例えばポリソルベート８０（Ｔｗｅｅｎ ８０）、Ｔｒｉｔｏｎ Ｘ−１００、ポリエチレングリコールｔｅｒｔ−オクチルフェニルエーテル ｔ−オクチルフェノキシポリエトキシエタノール ４−（１，１，３，３−テトラメチルブチル）フェニル−ポリエチレングリコール（ＴＲＩＴＯＮ Ｘ−１００）；ポリオキシエチレンソルビタンモノラウレート ポリエチレングリコールソルビタンモノラウレート（Ｔｗｅｅｎ ２０）；及びホルムアルデヒド及びオキシランとの４−（１，１，３，３−テトラメチルブチル）フェノール重合体（ＴＹＬＯＸＡＰＯＬ）を含み得る。界面活性剤はイオン性又は非イオン性であってよい。
特定の実施形態では、ワクチン製剤又は免疫原性組成物は、１つ以上の塩、例えば、塩化ナトリウム、塩化アンモニウム、塩化カルシウム、又は塩化カリウムを含む。
特定の実施形態では、ワクチン又は免疫原性組成物に防腐剤が含まれる。他の実施形態では、防腐剤は用いられない。防腐剤は、複数回用量のワクチンバイアルに最も多く用いられ、単回用量のワクチンバイアルで必要とされることは少ない。特定の実施形態では、防腐剤は、２−フェノキシエタノール、メチル及びプロピルパラベン、ベンジルアルコール、及び／又はソルビン酸である。
特定の実施形態では、ワクチン製剤又は免疫原性組成物は徐放製剤である。
Ｅ．ＤＮＡワクチン
特定の態様において、ワクチンは、本明細書に開示される核酸又は本明細書に記載されるポリペプチドに対応する核酸の１つ以上を含む。核酸ワクチンが患者に投与されると、患者の体内で対応する遺伝子産物（所望の抗原など）が産生される。一部の実施形態では、最適化された組換えポリヌクレオチドを含む核酸ワクチンベクターを哺乳動物（ヒトを含む）に送達することにより、治療的又は予防的免疫応答を生じさせることができる。核酸は、例えば、ＤＮＡ、ＲＮＡ、又は合成核酸であってよい。核酸は一本鎖又は二本鎖であってよい。
核酸ワクチンベクター（例えば、アデノウイルス、リポソーム、パピローマウイルス、レトロウイルス等）は、インビボで細胞に形質導入するため哺乳動物に直接投与することができる。核酸ワクチンは、非経口投与を含む任意の好適な方法で投与するための医薬組成物として製剤化することができる。プラスミドベクターは、典型的には筋組織に遺伝子導入するのにより効率的である。経口投与によってＤＮＡベクターを粘膜表面に送達できる可能性が報告されており（ＰＬＧＡカプセル化ロタウイルス及びＢ型肝炎）、遺伝子を他の組織に直接導入するためにＤＮＡプラスミドが利用されている。ＤＮＡワクチンは、主として筋肉内注射によるか、遺伝子銃送達によるか、又は電気穿孔によって動物に導入されている。導入後、プラスミドは概して複製することなくエピソームに保持される。コードされたタンパク質の発現は長時間持続してＢ細胞及びＴ細胞の刺激を提供することが示されている。
感染又は他の病態の治療又は予防で投与すべきベクターの有効量を決定するにおいては、医師は、ベクターの毒性、疾患の進行、及び抗ベクター抗体がある場合にはその産生を評価する。多くの場合に、ベクターからのネイキッド核酸の用量当量は、典型的な７０キログラムの患者に対して約１μｇ〜１ｍｇであり、及び核酸の送達に用いられるベクターの用量は、当量の治療用核酸を生じるように計算される。投与は、単回用量又は分割用量によって達成することができる。核酸ワクチンベクターの毒性及び治療効果は、細胞培養物又は実験動物で標準的な薬学的手順を用いて決定することができる。
核酸ワクチンは、ＤＮＡ、ＲＮＡ、修飾核酸、又はそれらの組み合わせを含むことができる。一部の実施形態では、ワクチンは１つ以上のクローニングベクター又は発現ベクターを含み；例えば、ワクチンは複数の発現ベクターを含んでもよく、その各々が、哺乳動物細胞におけるヌクレオチドコード領域の自律的な発現により少なくとも１つの免疫原性ポリペプチドを産生する能力を有する。発現ベクターは、多くの場合に、１つ以上のコード領域に作動可能に連結された真核生物プロモーター配列、例えば強力な真核生物プロモーターのヌクレオチド配列を含む。本明細書における組成物及び方法は任意の特定の真核生物プロモーターの使用を含んでもよく、及び幅広い種類が知られている；例えばＣＭＶ又はＲＳＶプロモーター。プロモーターは、宿主細胞にとって異種であってよい。用いられるプロモーターは構成的プロモーターであってもよい。
本組成物及び方法において有用なベクターは環状又は線状、一本鎖又は二本鎖であってよく、及びプラスミド、コスミド、又はエピソームであってよい。好適な実施形態において、各ヌクレオチドコード領域は別個のベクターにある；しかしながら、１つ以上のコード領域が単一のベクターに存在してもよく、及びそれらのコード領域が単一又は複数のプロモーターの制御下にあり得ることが理解されるべきである。
数多くのプラスミドが核酸ワクチンの作製に用いられ得る。核酸ワクチンの好適な実施形態は、ベクターとしてプラスミドＶＲ１０１２（Ｖｉｃａｌ Ｉｎｃ．，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ Ｃａｌｉｆ．）、ｐＣＭＶＩ．ＵＢＦ３／２（Ｓ．Ｊｏｈｎｓｔｏｎ，テキサス大学（Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｔｅｘａｓ））又はｐｃＤＮＡ３．１（ＩｎＶｉｔｒｏｇｅｎ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，Ｃａｌｉｆ．）を使用するコンストラクトを用いる。加えて、ベクターコンストラクトは、動物の免疫系を刺激する免疫刺激配列（ＩＳＳ）、例えば非メチル化ｄＣｐＧモチーフを含むことができる。核酸ワクチンはまた、免疫原性ポリペプチドを含む融合産物もコードすることができる。プラスミドＤＮＡはまた、弱毒細菌を送達系として用いて送達することもでき、これは経口投与されるＤＮＡワクチンに好適な方法である。細菌が独立に複製するプラスミドで形質転換され、宿主細胞において弱毒細菌が死亡した後、プラスミドが宿主細胞質に放出されるようになる。
ＤＮＡワクチンは、所望の抗原をコードするＤＮＡを含め、断片単独、線状化プラスミド、環状プラスミド、複製能を有するプラスミド、エピソーム、ＲＮＡ等を含む任意の好適な形態で宿主細胞に導入することができる。好ましくは、遺伝子はプラスミドに含められる。特定の実施形態では、プラスミドは発現ベクターである。遺伝物質の発現能を有する個々の発現ベクターは、標準的な組換え技術を用いて作製することができる。一般的なクローニング方法については、例えば、Ｍａｎｉａｔｉｓ ｅｔ ａｌ．，１９８５ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ又はＤＮＡ Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ｖｏｌ．Ｉ ａｎｄ ＩＩ（Ｄ．Ｎ．Ｇｌｏｖｅｒ，ｅｄ．，１９８５）を参照のこと。
投与経路としては、限定はされないが、筋肉内、鼻腔内、腹腔内、皮内、皮下、静脈内、動脈内、眼内及び経口並びに局所、経皮、吸入又は坐薬によるか、又は粘膜組織、例えば洗浄液による腟、直腸、尿道、頬側及び舌下組織に対するものが挙げられる。典型的な投与経路としては、筋肉内、腹腔内、皮内及び皮下注射が挙げられる。遺伝子コンストラクトは、限定はされないが、従来のシリンジ、無針注射器、「マイクロプロジェクタイルボンバードメント遺伝子銃」、又は他の物理的方法、例えば電気穿孔（「ＥＰ」）、「流体力学的方法」、又は超音波を含む手段によって投与され得る。ＤＮＡワクチンは、その細胞でＤＮＡが発現し、且つ所望の抗原が作られるならば、ＤＮＡの送達に用いることのできる任意の方法によって送達することができる。
一部の実施形態では、ＤＮＡワクチンは、カチオン性リポソーム、フッ化炭素エマルション、コクリエート（ｃｏｃｈｌｅａｔｅ）、細管、金粒子、生分解性マイクロスフェア、又はカチオン性ポリマーなどの公知のトランスフェクション試薬によって送達される。コクリエート送達媒体は、ホスファチジルセリン、コレステロール、及びカルシウムからなる安定なリン脂質カルシウム沈殿剤である；この非毒性且つ非炎症性のトランスフェクション試薬は、消化器系に存在することができる。生分解性マイクロスフェアは、ポリマー、例えば、トランスフェクション用ＤＮＡのマイクロカプセルの作製に用いることができるポリエステルであるポリ（ラクチド−ｃｏ−グリコリド）を含む。脂質ベースのマイクロチューブは、多くの場合に、縁部を互いにつなぎ合わせてらせん状に巻いた２つの脂質層が充填されているものからなる。細管が用いられる場合、核酸は、動物の体内に送達及び制御放出されるようにその中心の中空部分に配置され得る。
一部の実施形態では、ＤＮＡワクチンは、マイクロスフェアによって粘膜表面に送達される。種々の技法を用いて生体接着性マイクロスフェアを調製することができ、眼、鼻腔、尿路、結腸及び胃腸管に見られるものを含めた任意の粘膜組織に接着するよう適合させることができるため、局所的にも、並びに全身的にもワクチンを制御放出する可能性がもたらされる。また、生体接着性マイクロスフェアの特定の粘膜組織への適用を用いてワクチンの作用を限局化することもできる。一部の実施形態では、代替的な粘膜ワクチン送達手法は、特異的タンパク質抗原の遺伝子をコードするプラスミドＤＮＡ発現ベクターを粘膜表面に直接投与することである。
本発明に係るＤＮＡプラスミドワクチンは、用いられる投与方式に応じて製剤化される。一部の実施形態では、ＤＮＡプラスミドワクチンが注射用組成物である場合、それは無菌、及び／又はパイロジェンフリー及び／又は無粒子である。一部の実施形態では、等張性製剤が好ましくは用いられる。概して、等張にするための添加剤としては、塩化ナトリウム、デキストロース、マンニトール、ソルビトール及びラクトースを挙げることができる。一部の実施形態では、リン酸緩衝生理食塩水などの等張液が好ましい。一部の実施形態では、安定剤にゼラチン及びアルブミンが含まれる。一部の実施形態では、血管収縮剤が製剤に加えられる。一部の実施形態では、製剤を室温又は周囲温度で長時間安定させる安定化剤、例えばＬＧＳ又は他のポリカチオン若しくはポリアニオンが、製剤に加えられる。
一部の実施形態では、ＤＮＡワクチンは、薬理学的に許容可能な担体又は希釈剤をさらに含み得る。ワクチン用の好適な担体は当業者に周知されており、限定はされないが、タンパク質、糖類等が挙げられる。かかる担体は、水溶液又は非水溶液、懸濁液、及びエマルションであってもよい。非水溶性担体の例は、プロピレングリコール、ポリエチレングリコール、オリーブ油などの植物油、及びオレイン酸エチルなどの注射用有機エステルである。水溶性担体としては、水、アルコール溶液／水溶液、エマルション又は懸濁液、例えば生理食塩水及び緩衝媒体が挙げられる。非経口ビヒクルとしては、塩化ナトリウム溶液、リンガーデキストロース及び塩化ナトリウム、乳酸加リンガー油又は固定油が挙げられる。静注用ビヒクルとしては、体液及び栄養補液、電解質補液、例えばリンガーデキストロースベースのものなどが挙げられる。防腐剤及び抗菌薬としては、抗酸化剤、キレート剤、不活性ガスなどが挙げられる。好ましい防腐剤としては、ホルマリン、チメロサール、ネオマイシン、ポリミキシンＢ及びアムホテリシンＢが挙げられる。
動物に核酸を送達する代替的な手法は、ウイルスベクター又は細菌ベクターの使用を伴う。好適なウイルスベクターの例としては、アデノウイルス、ポリオウイルス、ポックスウイルス、例えばワクチニア、カナリア痘、及び鶏痘など、ナマズヘルペスウイルスを含むヘルペスウイルス、アデノウイルス関連ベクター、及びレトロウイルスが挙げられる。例示的な細菌ベクターとしては、弱毒化形態のサルモネラ属（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）、赤痢菌属（Ｓｈｉｇｅｌｌａ）、エドワージエラ・イクタルリ（Ｅｄｗａｒｄｓｉｅｌｌａ ｉｃｔａｌｕｒｉ）、エルシニア・ルッケリイ（Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｒｕｃｋｅｒｉｉ）、及びリステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）が挙げられる。一部の実施形態では、核酸は、免疫原性ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列の自己発現能を有するベクター、例えばプラスミドである。
Ｆ．ワクチンの使用
本明細書に記載される肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）ワクチンは、肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の予防的及び／又は治療的処置に用いられ得る。従って、本願は、肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）感染症に罹患している又は罹患し易い対象を治療する方法を提供し、これは、本明細書に記載されるワクチン製剤のいずれかの有効量を投与するステップを含む。一部の態様において、本方法は、個体における肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の定着を阻害する。一部の態様において、本方法は、肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の症状又は敗血症などの続発症を阻害する。ワクチン接種を受ける対象は男性又は女性であってよく、及び小児又は成人であってよい。一部の実施形態では、治療される対象はヒトである。他の実施形態では、対象は非ヒト動物である。
１．予防的使用
予防的な実施形態では、ワクチンを対象に投与して、例えば、疾患における最初の且つ必須の段階である定着を防御することにより、肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の確立の防御に役立ち得る免疫応答が誘導される。従って、一部の態様において、本方法は、非定着対象又は非感染対象における肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の感染を阻害する。別の態様では、本方法は、既に定着している個体において定着持続期間を低減し得る。
一部の実施形態では、本発明のワクチン組成物は防御免疫を付与し、それによりワクチン接種を受けた個体が、ワクチンに曝露された結果として症状若しくは続発症の発症遅延、又は症状若しくは続発症の重症度の低下を呈することが可能となる。特定の実施形態では、症状又は続発症の重症度の低下は、少なくとも２５％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％又はさらには９０％である。詳細な実施形態において、ワクチン接種を受けた個体は、肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）との接触時に症状又は続発症を示さず、肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の定着に至らず、又はその両方であってもよい。防御免疫は、典型的には以下の機序の１つ以上によって達成される：粘膜免疫、体液性免疫、又は細胞性免疫。粘膜免疫は、主として気道、消化管、及び尿生殖路の粘膜表面上の分泌型ＩｇＡ（ｓＩＧＡ）抗体の結果である。ｓＩＧＡ抗体は、抗原プロセシング細胞のＢ及びＴリンパ球により媒介される一連のイベント後に生成され、その結果、粘膜が覆う生体組織上のＢリンパ球によるｓＩＧＡ産生が生じる。体液性免疫は、典型的には血清中のＩｇＧ抗体及びＩｇＭ抗体の結果である。細胞性免疫は、細胞傷害性Ｔリンパ球を介して、又はマクロファージ及びＴリンパ球が関与する遅延型過敏症、並びに抗体の必要なしにＴ細胞が関与する他の機序を介して達成され得る。特に、細胞性免疫は、ＴＨ１細胞又はＴＨ１７細胞により媒介され得る。
本質的には、どの個体も肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）に感染するリスクをある程度有する。しかしながら、ある一部の集団では感染リスクが増加する。一部の実施形態では、本明細書に記載されるとおりのワクチン製剤（例えば、表１又は表２からの１つ以上のポリペプチド、又はそのようなポリペプチドをコードする核酸、又はそのようなポリペプチドとの反応性を有する抗体を含む組成物）が、免疫無防備の患者に投与される。
医学的処置によって生じる免疫を損なう条件により、当該の個体がさらされる肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）感染リスクは高まる可能性がある。免疫機能を損なうことが知られる処置の前又はその最中に、免疫が無防備となる個体において感染を予防的に処置することが可能である。免疫機能を損なうことが知られる処置の前又はその最中に、抗原性組成物（例えば、表１若しくは表２からの２つ以上の抗原、又はそれらの抗原をコードする核酸）で、又は表１若しくは表２からの２つ以上の抗原に対して反応性を有する抗体で予防的に処置することにより、後の肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）感染の予防、又は免疫無防備状態に起因して感染症に罹る個体のリスクの低減が可能である。個体が、例えば免疫無防備状態をもたらす処置後に肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）感染症に罹った場合、その個体に抗原組成物を投与することにより感染症を治療することもまた可能である。
以下の集団は、肺炎球菌性疾患又はその合併症のリスクがより高く、従ってこれらの集団の１つ以上に該当する対象は、本明細書に記載されるワクチン製剤の投与を受けることが有利である：小児、特に月齢１ヶ月〜５歳又は月齢２ヶ月〜２歳の小児；無脾症、脾機能不全又は鎌状赤血球症の少なくとも２歳の小児；ネフローゼ症候群、慢性脳脊髄液漏出、ＨＩＶ感染又は免疫抑制に関連する他の病態を有する少なくとも２歳の小児。
別の実施形態において、肺炎球菌抗原組成物の少なくとも１つの用量が、肺炎球菌性疾患又はその合併症のリスクが高い以下の集団の成人に投与される：６５歳の人全て；無脾症、脾機能不全又は鎌状赤血球症の成人；以下の病態を有する成人：慢性心肺疾患、硬変、アルコール中毒、慢性腎疾患、ネフローゼ症候群、真性糖尿病、慢性脳脊髄液漏出、ＨＩＶ感染、ＡＩＤＳ及び免疫抑制に関連する他の病態（ホジキン病、リンパ腫、多発性骨髄腫、臓器移植のための免疫抑制）、人工内耳を有する人；長期にわたり心疾患及び肺疾患などの健康障害を有する人、並びに長期ステロイド薬、特定の抗癌剤、放射線療法など、体の感染抵抗性を低下させる任意の薬物又は治療を受けている人；アラスカ先住民及び特定のネイティブアメリカン集団。
２．治療的使用
治療適用では、ワクチンは、肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）感染症に罹患している患者に対し、その患者の治療に十分な量で投与され得る。患者を治療するとは、この場合、感染者における肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の症状及び／又は細菌負荷及び／又は続発症を低減することを指す。一部の実施形態では、患者を治療するとは、症状又は続発症の持続期間を低減すること、又は症状又は続発症の強度を低減することを指す。一部の実施形態では、ワクチンは、ワクチン接種を受けた患者からの肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の感染性を低減する。特定の実施形態では、上記に記載される低減は、少なくとも２５％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％又はさらには９０％である。
治療的な実施形態では、ワクチンは個体に対して感染後に投与される。ワクチンは、感染直後、例えば症状又は続発症が現れる前に投与されてもよく、又は症状又は続発症が現れている最中又は現れた後に投与されてもよい。
治療用肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）ワクチンは、肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）感染の様々な症状又は続発症の強度及び／又は持続期間を低減することができる。肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）感染の症状又は続発症は多くの形態をとり得る。ある場合には、感染患者は、肺炎、急性副鼻腔炎、中耳炎（耳感染症）、髄膜炎、菌血症、敗血症、骨髄炎、敗血症性関節炎、心内膜炎、腹膜炎、心膜炎、蜂巣炎、又は脳膿瘍を発症する。
敗血症は、珍しいながらも致死的な肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）感染合併症であり、細菌が血流に侵入して全身性炎症が起こる。典型的には、発熱が認められ、白血球数が増加する。敗血症のさらなる記載は、Ｇｏｌｄｓｔｅｉｎ，Ｂ．ｅｔ ａｌ．“Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ ｐｅｄｉａｔｒｉｃ ｓｅｐｓｉｓ ｃｏｎｓｅｎｓｕｓ ｃｏｎｆｅｒｅｎｃｅ：ｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎｓ ｆｏｒ ｓｅｐｓｉｓ ａｎｄ ｏｒｇａｎ ｄｙｓｆｕｎｃｔｉｏｎ ｉｎ ｐｅｄｉａｔｒｉｃｓ（国際小児敗血症コンセンサス会議：小児における敗血症及び臓器機能不全の定義）”Ｐｅｄｉａｔｒ Ｃｒｉｔ Ｃａｒｅ Ｍｅｄ．Ｊａｎ ２００５；６（１）：２−８に見られる。
３．ワクチン接種の効力アッセイ
本明細書に開示されるワクチンによるワクチン接種効力は、上記に記載される臨床転帰に加え、数多くの方法で決定され得る。第一に、ワクチン接種後の対象に由来するＴ細胞を刺激することにより、ＩＬ−１７レベル（特にＩＬ−１７Ａ）をアッセイし得る。このＩＬ−１７レベルを、同じ対象におけるワクチン接種前のＩＬ−１７レベルと比較してもよい。ＩＬ−１７（例えば、ＩＬ−１７Ａ）レベルの増加、例えば１．５倍、２倍、５倍、１０倍、２０倍、５０倍又は１００倍又はそれ以上の増加が、ワクチンに対する応答の増加を示し得る。或いは（又は併せて）、肺炎球菌を死滅させる患者由来のＴ細胞又は抗体の存在下における好中球をアッセイし得る。肺炎球菌の死滅の増加、例えば１．５倍、２倍、５倍、１０倍、２０倍、５０倍又は１００倍又はそれ以上の増加が、ワクチンに対する応答の増加を示し得る。加えて、ＴＨ１７細胞活性化を計測してもよく、ＴＨ１７細胞活性化の増加、例えば１．５倍、２倍、５倍、１０倍、２０倍、５０倍又は１００倍又はそれ以上の増加が、ワクチンに対する応答の増加と相関する。また、ワクチンに特異的な抗体のレベルの増加を計測してもよく、特異抗体のレベルの増加、例えば１．５倍、２倍、５倍、１０倍、２０倍、５０倍又は１００倍又はそれ以上の増加が、ワクチン効力の増加と相関する。特定の実施形態では、これらのアッセイの２つ以上が用いられる。例えば、ＩＬ−１７レベルとワクチン特異的抗体のレベルとを計測してもよい。或いは、ワクチン未接種の個体と比較した、ワクチン接種を受けた個体における肺炎球菌感染症の発生率、重症度、又は持続期間などの疫学的マーカーを追跡してもよい。
ワクチン効力はまた、マウスモデルなどの様々なモデル系でアッセイしてもよい。例えば、ＢＡＬＢ／ｃ又はＣ５７ＢＬ／６系統のマウスが用いられ得る。実験者は、試験ワクチンを対象に（単回用量又は複数回用量として）投与した後、攻撃用量の肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）を投与する。ある場合には、鼻腔内投与される攻撃用量は、ワクチン未接種の動物において肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の定着（特に鼻腔内定着）を生じさせるのに十分であり、ある場合には、吸入によって投与される攻撃用量は、ワクチン未接種の動物において敗血症及び高い致死率を生じさせるのに十分である。次に、ワクチン接種を受けた動物における定着の減少又は致死率の低下を計測することができる。実施例５〜８及び１０は、マウスモデルでの鼻腔内攻撃後の肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）鼻腔内定着の阻害における表１のポリペプチドの効力を示す。実施例１１及び１２は、マウスモデルでの吸入による肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）感染後の敗血症及び死亡の防御における表１のポリペプチドの効力を示す。
Ｇ．免疫原性組成物の使用
１．肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）感染に対する防御
本開示の免疫原性組成物は、肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）に対する免疫応答を誘発するように設計される。本明細書に記載される組成物（例えば、表１又は表２の１つ以上のポリペプチド、又はそのようなポリペプチドをコードする核酸を含む組成物）は、それが投与される哺乳動物における抗体反応又は細胞媒介性免疫応答、又はその両方を刺激し得る。一部の実施形態では、本組成物は、ＴＨ１に偏ったＣＤ４＋ Ｔ細胞応答、ＴＨ１７に偏ったＣＤ４＋ Ｔ細胞応答及び／又はＣＤ８＋ Ｔ細胞応答を刺激する。一部の実施形態では、本組成物は抗体反応を刺激する。一部の実施形態では、本組成物は、ＴＨ１に偏ったＣＤ４＋ Ｔ細胞応答、ＴＨ１７に偏ったＣＤ４＋ Ｔ細胞応答及び／又はＣＤ８＋ Ｔ細胞応答、及び抗体反応を刺激する。
特定の実施形態では、本組成物（例えば、表１又は表２の１つ以上のポリペプチド、又はそのようなポリペプチドをコードする核酸、又はそのようなペプチドと反応性を有する抗体を含む組成物）は、ＩＬ−１７などのサイトカイン又はサイトカインをコードするヌクレオチドコード領域を含み、哺乳動物の免疫系にさらなる刺激を提供する。特定の実施形態では、本組成物はＩＬ−１７などのサイトカインを含む。
理論による拘束を望むものではないが、一部の実施形態では、ＴＨ１７細胞応答が、本明細書に開示される組成物、例えば、表１又は表２の１つ以上のポリペプチドを含む組成物に対する免疫応答を開始させるにおいて望ましい。特定の実施形態では、能動的なＴＨ１７応答が肺炎球菌感染の排除において有益である。例えば、ＩＬ−１７Ａ受容体が欠損したマウスは、肺炎球菌攻撃からの全細胞ワクチンベースの防御の低下を示す（Ｌｕ ｅｔ ａｌ．，“Ｉｎｔｅｒｌｅｕｋｉｎ−１７Ａ ｍｅｄｉａｔｅｓ ａｃｑｕｉｒｅｄ ｉｍｍｕｎｉｔｙ ｔｏ ｐｎｅｕｍｏｃｏｃｃａｌ ｃｏｌｏｎｉｚａｔｉｏｎ（インターロイキン１７Ａが肺炎球菌定着に対する獲得免疫を媒介する）”ＰＬｏＳ Ｐａｔｈｏｇ．２００８ Ｓｅｐ １９；４（９））。
従って、本明細書には、本明細書に記載される組成物（例えば、表１又は表２の１つ以上のポリペプチドを含む組成物）を対象に投与することによるＩＬ−１７産生を増加させる方法が提供される。さらに、本願は、前記組成物を対象に投与することによるＴＨ１７細胞の活性化方法を提供する。特定の実施形態では、ＩＬ−１７Ａレベルが増加することで、例えば好中球様細胞の好中球の動員及び活性化の誘導により、好中球又は好中球様細胞による肺炎球菌の死滅が増加する。特定の実施形態では、この肺炎球菌の死滅は抗体及び補体とは無関係である。しかしながら、特異的な抗体産生及び補体活性化は、肺炎球菌感染の排除に寄与する有用な追加的機序であり得る。
免疫原性ポリペプチド又は免疫原性ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを医薬担体と共に含む免疫原性組成物もまた提供される。
ある場合には、免疫原性組成物は、配列番号２４〜３１、２７１、２７２及び２７３から選択される１つ以上の核酸など、配列番号１〜１３、２６５、２６６及び２６７の１つ以上のポリペプチドをコードする１つ以上の核酸を含む。一部の実施形態では、これらの核酸が免疫化された個体で発現してコードされた肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）抗原が産生され、及びそうして産生された肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）抗原が、免疫化された個体において免疫賦活効果を生じることができる。
かかる核酸含有免疫賦活組成物は、例えば、複製起点、及び配列番号１〜１３、２６５、２６６及び２６７の１つ以上のポリペプチドをコードする１つ以上の核酸の発現を駆動するプロモーターを含み得る。かかる組成物はまた、細菌プラスミドベクターを含んでもよく、そこに、プロモーター（ときに強力なウイルスプロモーター）、配列番号１〜１３、２６５、２６６及び２６７の１つ以上のポリペプチドをコードする１つ以上の核酸、及びポリアデニル化／転写終結配列が挿入される。ある場合には、核酸はＤＮＡである。
Ｈ．診断的使用
本願は、特に、患者における肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の検出用の高速、安価、高感度且つ特異的な方法を提供する。この点で、この方法は、肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）感染を有する患者又はそのリスクがある患者を検査及び治療するあらゆる病院及び医師にとって有用でなければならない。検出キットは、いかなる地域の病院検査室でセットアップするにも十分に簡易なものであってよく、且つ抗体及びその抗原結合部分が、肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）感染を有する患者又はそのリスクがある患者を治療するあらゆる病院に容易に利用可能であり得る。本明細書で使用されるとき、「患者」は、肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）に感染しているか、或いは肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）感染症に罹る可能性がある個体（ヒトなど）を指す。患者は、肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）に感染している個体、肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）感染症に罹る可能性がある個体、肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）感染症から回復した個体、及び／又は感染状態が不明の個体（ヒトなど）であってもよい。
一部の実施形態では、２つ以上の抗体を使用する診断アッセイを実施してもよく、抗体の各々が表１又は表２の抗原の一つと結合することにより、個体において肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）を検出する。一部の実施形態では、抗原の一つは配列番号２６５、２６６、又は２６８である。本開示はまた、肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）に感染していることが疑われる患者の生体試料の表現型決定方法も提供し：（ａ）患者から生体試料を得るステップ；（ｂ）２つ以上の肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）特異的抗体又はその抗原結合部分が肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）のエピトープと結合することを可能にする条件下で、試料を抗体又は抗原結合部分に接触させるステップ；結合することが、試料における肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の存在を示す。一部の実施形態では、生体試料との結合が、同じ抗体の陰性対照組織に対する結合と比較され、ここで陰性対照組織と比較して生体試料が肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の存在を示す場合、患者は、肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）に感染している可能性があると同定される。ある場合には、一つの抗体を結合することが、肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の存在を示す；他の場合には、２つ以上の抗体を結合することが、肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の存在を示す。前述の試験は、例えば、表１に記載されるタンパク質の一つの相同体（別の細菌種由来）と免疫反応性を有する抗体を使用することにより、他の細菌感染を検出するように適切に調整されてもよい。一部の実施形態では、表１又は表２の肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）タンパク質に対して産生される抗体は、別のストレプトコッカス属（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）種の相同体とも、特にそうした相同体が高率の配列同一性を有する場合、結合し得る。
或いは、表１又は表２の抗原（配列番号２６５、２６６、又は２６８など）を使用して、個体における抗肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）抗体を検出してもよい。本開示はまた、肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）に感染していることが疑われる患者の生体試料の表現型決定方法も提供し：（ａ）患者から生体試料を得るステップ；（ｂ）抗原（又はその一部分）が試料中に存在する任意の宿主抗体と結合することを可能にする条件下で、試料を表１又は表２から選択される２つ以上の肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）特異的抗原又はその一部分に接触させるステップ；結合することが、試料における抗肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）抗体の存在を示す。一部の実施形態では、生体試料との結合が、同じ抗原の陰性対照組織に対する結合と比較され、ここで生体試料が陰性対照組織と比較して抗肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）抗体の存在を示す場合、患者は、（１）肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）に感染しているか、或いは（２）過去に肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）に感染したことがあるかのいずれかの可能性があると同定される。ある場合には、一つの抗体を検出することが、現在又は過去の肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）感染を示す；他の場合には、２つ以上の抗体を検出することが、現在又は過去の肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）感染を示す。前述の試験は、例えば、表１に記載されるタンパク質の相同体（別の細菌種（例えば連鎖球菌種）由来のものを使用することにより、他の細菌感染を検出するように適切に調整されてもよい。
一部の実施形態では、哺乳動物細胞の免疫細胞応答をエキソビボで定量化し得る。かかる定量化方法は、本明細書に開示される組成物をエキソビボで哺乳動物Ｔ細胞に投与するステップと、組成物に応答した哺乳動物Ｔ細胞のサイトカイン産生の変化を定量化するステップとを含む。このような方法では、サイトカインは、例えばＩＬ−１７であってもよい。
抗原（例えば、配列番号２６５、２６６、又は２６８などの表１又は表２のポリペプチドなど）に対する肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）抗体の結合は、任意の適切な方法を用いて計測され得る。かかる方法としては、ＥＬＩＳＡ（酵素結合免疫吸着アッセイ）、ウエスタンブロッティング、競合アッセイ、及びスポットブロットが挙げられる。検出ステップは、例えば、化学発光的、蛍光的、又は比色的であってよい。抗体−タンパク質結合を計測する一つの好適な方法は、Ｌｕｍｉｎｅｘ ｘＭＡＰシステムであり、ここではペプチドを色素を含有するマイクロスフェアに結合させる。特定のシステムは、ｘＭＡＰシステムを含めて、いくつかの異なるマーカーの多重計測に適しており、抗体レベルを一度に計測するために用いることができる。一部の実施形態では、他のシステムを用いて複数のマーカーが多重化してアッセイされる。例えば、以下のシステムのいずれかを用いてプロファイル決定が行われ得る：抗原マイクロアレイ、ビーズマイクロアレイ、ナノバーコード粒子技術、ｃＤＮＡ発現ライブラリからのアレイ化タンパク質、タンパク質インサイチュアレイ、生形質転換体のタンパク質アレイ、汎用タンパク質アレイ、ラボ−オン−ア−チップマイクロフルイディクス、及びピン上のペプチド。別の種類の臨床アッセイは、抗体結合を検出する化学発光アッセイである。一部のかかるアッセイでは、ＶＩＴＲＯＳ Ｅｃｉ抗ＨＣＶアッセイを含め、抗体が液体懸濁物中のマイクロパーティクルで構成される固相支持体に結合され、表面蛍光光度計を用いて蛍光生成物の酵素的生成が定量化される。
一部の実施形態では、生体試料が肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の存在を（例えば、配列番号２６５、２６６、又は２６８などの表１又は表２の１つ以上のポリペプチド、又は前記ポリペプチドの一つに結合する抗体を検出することにより）示す場合、本明細書に記載される組成物及び治療薬の治療有効量を患者に投与してもよい。生体試料は、例えば、血液、精液、尿、膣液、粘液、唾液、糞便、尿、脳脊髄液、又は組織試料を含み得る。一部の実施形態では、生体試料は、移植が意図される臓器である。特定の実施形態では、生体試料は検出ステップの前に、肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の成長を促進する培養条件に供される。
本明細書における診断検査（例えば、配列番号２６５、２６６、又は２６８などの表１又は表２のポリペプチド、又は前記ポリペプチドの一つに結合する抗体を検出するもの）を用いて、患者から採取される試料及び他の供給源から得られる試料を含む様々な試料中の肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）を検出してもよい。例えば、診断検査を用いることにより、食品、飲料、又は飲食物用の成分中；医療用具、人工内耳及びペースメーカーなどの医療機器、靴、衣服、院内家具を含む家具、及び院内カーテンを含むカーテンなどの物体上；又は植物試料などの環境から採取される試料中の肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）が検出され得る。一部の実施形態では、本明細書における試験は、農業動物（雌ウシ、ブタ、ニワトリ、ヤギ、ウマなど）、伴侶動物（イヌ、ネコ、鳥類など）、又は野生動物などの動物から採取される試料に対して実施されてもよい。特定の実施形態では、本明細書における試験は、治療用タンパク質を産生するヒト細胞の培養物、有用な生体分子の生成が意図される細菌の培養物、又は研究目的で成長させた細胞の培養物などの細胞培養物から採取される試料に対して実施されてもよい。
本開示はまた、患者における肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）感染位置を決定する方法も提供し、これは、（ａ）標識された肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）抗体又はその抗原結合部分を含む医薬組成物を患者に投与するステップと、（ｂ）標識を検出するステップとを含み、ここで結合することが、患者における特定の位置での肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）感染を示す。かかる診断はまた、患者における結合レベルを対照と比較するステップも含み得る。特定の実施形態では、この方法は、患者が肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）に感染している場合、治療有効量の肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）結合抗体又はその抗原結合部分を患者に投与することにより感染を治療するステップをさらに含む。特定の実施形態では、この方法は、患者が肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）に感染している場合に、表１又は表２の肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）タンパク質、又はその免疫原性部分の治療有効量を患者に投与することにより感染を治療するステップをさらに含む。この方法は、患者における肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の位置及び／又は量を決定するステップをさらに含み得る。この方法を用いて患者における肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の伝播を評価し、局所的な治療法が適切かどうかを決定してもよい。
一部の実施形態では、本明細書に記載される抗肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）抗体又はＴ細胞を用いて感染経過の予後判定を行ってもよい。一部の実施形態では、本明細書における抗肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）抗体又はＴ細胞が、患者から採取された試料で検出され得る。抗体又はＴ細胞が正常レベルで存在する場合、それは、患者が抗肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）に対して免疫応答を生じたことを示すものであり得る。抗体又はＴ細胞が存在しない、又は低いレベルで存在する場合、それは、患者が抗肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）に対して十分な応答を生じることができず、さらに積極的な治療が推奨され得ることを示すものであり得る。一部の実施形態では、低いレベルで存在する抗体又はＴ細胞とは、免疫系が正常な患者において典型的な抗体又はＴ細胞レベルの５０％、２０％、１０％、５％、２％、又は１％未満で存在する抗体を指す。抗体は、本明細書に記載される抗原（例えば、表１及び／又は表２にあるもの）のいずれかに対する親和性によって、例えばＥＬＩＳＡを用いて検出されてもよい。Ｔ細胞は、本明細書に記載される抗原（例えば、表１及び／又は表２にあるもの）のいずれかに対するエキソビボ応答によって、例えばＥＬＩＳＡ又はＥＬＩＳＰＯＴアッセイを用いて検出されてもよい。
一部の実施形態では、特定の肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）抗原（例えば、配列番号２６５、２６６、又は２６８などの表１及び／又は表２にあるもの）の検出を用いて、患者における肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）感染の進行及び症状を予測してもよい。当業者は、本明細書の方法が肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の検出に限られないことを理解するであろう。他の実施形態としては、表１又は表２に記載されるタンパク質と相同なタンパク質を有する細菌を含む関連細菌の検出が挙げられる。かかる関連細菌としては、例えばストレプトコッカス属（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）の他の株が挙げられる。
Ｉ．用量及び投与経路
１．剤形、量、及びタイミング
各ワクチン又は免疫原性組成物用量中の抗原の量は、単回用量で、或いは複数回用量にわたり、上記に記載したとおりの予防的又は治療的応答を誘導する有効量として選択される。好ましくは、用量は典型的なワクチン被接種者に著しい有害な副作用がないものである。かかる量は、どの特異抗原を用いるかに応じて異なり得る。概して、用量はには各タンパク質が１〜１０００μｇ、ある場合には２〜１００μｇ、例えば４〜４０μｇ含まれると予想される。一部の態様において、ワクチン製剤は、１〜１０００μｇのポリペプチドと１〜２５０μｇのアジュバントとを含む。一部の実施形態では、送達される抗原の適切な量は、対象の年齢、体重、及び健康状態（例えば免疫無防備状態）に依存し得る。存在する場合、典型的にはアジュバントは、用量あたり１μｇ〜２５０μｇ、例えば５０〜１５０μｇ、７５〜１２５μｇ又は１００μｇの量で存在し得る。
一部の実施形態では、１用量のワクチンを投与するだけで、上記に記載される結果が達成される。他の実施形態では、初回のワクチン接種後、対象は１回以上のブーストワクチン接種を受け、合計２回、３回、４回又は５回のワクチン接種を受ける。有利には、回数は３回以下である。ブーストワクチン接種は、例えば、初回ワクチン接種の約１ヶ月後、２ヶ月後、４ヶ月後、６ヶ月後、又は１２ヶ月後に投与されてもよく、従って１つのワクチン接種レジメンには０ヶ月目、０．５〜２ヶ月目及び４〜８ヶ月目での投与が含まれる。分割用量のワクチンの投与が有利となることもあり、分割用量は同じ又は異なる経路によって投与されてもよい。
本明細書に記載されるワクチン及び免疫原性組成物は様々な剤形をとり得る。特定の実施形態では、この組成物は、固形又は粉末状の（例えば、凍結乾燥した）形態で提供される；組成物はまた、溶液形態で提供されてもよい。特定の実施形態では、剤形は、ある用量の凍結乾燥組成物及び少なくとも１つの別個の希釈剤滅菌容器として提供される。
一部の実施形態では、本組成物は用量漸増式に投与され、従って次に続く組成物の投与が前の投与より高い濃度の組成物を含む。一部の実施形態では、組成物は、次に続く組成物の投与が前の投与より低い濃度の組成物を含むような方法で投与され得る。
治療適用では、組成物は、疾患に罹患している患者に対し、その患者を治療するのに十分な量で投与される。本明細書に記載される組成物の治療適用は、例えば、その組成物で治療されていない個体において起こり得るレベルの９０％、８０％、７０％、６０％、５０％、４０％、３０％、２０％又は１０％などの感染力の低減、疾患進行の遅延、細菌の生存能又は複製の低減、又は毒性に必須のタンパク質の発現の阻害を含む。
予防的な実施形態では、組成物がヒト又は他の哺乳動物に投与され、感染症又は他の病態の確立を阻害することのできる免疫応答が誘導される。一部の実施形態では、組成物は細菌による感染の確立を部分的に阻止する。
一部の実施形態では、本組成物は抗生物質と併用して投与される。この同時投与は、肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）に最近曝露された（又は最近曝露されたことが疑われる）患者に本医薬組成物が投与される場合に特に適切である。ペニシリン、アモキシシリン、アモキシシリン／クラブラン酸塩、セフロキシム、セフォタキシム、セフトリアキソン、及びバンコマイシンを含め、多くの抗生物質が肺炎球菌感染症の治療に用いられる。適切な抗生物質は、感染の種類及び重症度、並びに感染の任意の既知の抗生物質耐性に基づき選択され得る（Ｊａｃｏｂｓ ＭＲ“Ｄｒｕｇ−ｒｅｓｉｓｔａｎｔ Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ：ｒａｔｉｏｎａｌ ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃ ｃｈｏｉｃｅｓ（薬剤耐性肺炎連鎖球菌：合理的抗生物質選択）”Ａｍ Ｊ Ｍｅｄ．１９９９ Ｍａｙ ３；１０６（５Ａ）：１９Ｓ−２５Ｓ）。
２．投与経路
本明細書のワクチン製剤及び医薬組成物は、個体への投与により、典型的には全身投与によって送達することができ（例えば、静脈内、腹腔内、筋肉内、皮内、皮下、真皮下、経皮、頭蓋内、鼻腔内、粘膜、肛門内、腟内、経口、頬側経路、又はそれらは吸入されてもよい）、又はそれらは局所適用によって投与することができる。一部の実施形態では、投与経路は筋肉内である。他の実施形態では、投与経路は皮下である。さらに他の実施形態では、投与経路は粘膜である。特定の実施形態では、投与経路は経皮又は皮内である。
特定のアジュバントを含むワクチン製剤及び免疫原性組成物には、ある種の投与経路が特に適切である。特に、経皮投与は、毒素（例えばコレラ毒素又は不安定毒素）を含む肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）ワクチンに好適な投与経路の一つである；他の実施形態では、投与は鼻腔内である。アルファウイルスレプリコンと共に製剤化されるワクチンは、例えば筋肉内又は皮下経路によって投与されてもよい。モノホスホリルリピドＡ（Ｍｏｎｏｐｈｏｓｐｈｏｒｙ Ｌｉｐｉｄ Ａ）（ＭＰＬ）、トレハロースジコリノミコレート（Ｔｒｅｈａｌｏｓｅ Ｄｉｃｏｙｎｏｍｙｃｏｌａｔｅ）（ＴＤＭ）、及び臭化ジオクタデシルジメチルアンモニウム（ＤＤＡ）を含むワクチンは、（特に）筋肉内及び皮下投与に好適である。レシキモドを含むワクチンは、例えば、局所投与又は皮下投与されてもよい。
３．製剤
ワクチン製剤又は免疫原性組成物はヒト患者への投与に好適であってよく、及びワクチン又は免疫原性組成物製剤はＵＳＦＤＡ指針に準拠し得る。一部の実施形態では、ワクチン製剤又は免疫原性組成物は非ヒト動物への投与に好適である。一部の実施形態では、ワクチン又は免疫原性組成物は内毒素或いは外毒素を実質的に含まない。内毒素はリポ多糖（ＬＰＳ）分子などのパイロジェンを含み得る。ワクチン又は免疫原性組成物はまた、発熱又は他の副作用を引き起こし得る不活性タンパク質断片を実質的に含まないものであってよい。一部の実施形態では、組成物が含有する内毒素、外毒素、及び／又は不活性タンパク質断片は、１％未満、０．１％未満、０．０１％未満、０．００１％未満、又は０．０００１％未満である。一部の実施形態では、ワクチン又は免疫原性組成物は、パイロジェンのレベルが工業用水、水道水、又は蒸留水より低い。他のワクチン又は免疫原性組成物成分は、イオン交換クロマトグラフィー、限外ろ過、又は蒸留などの当該技術分野において公知の方法を用いて精製されてもよい。他の実施形態では、パイロジェンは、患者への投与前に不活性化又は破壊されてもよい。ワクチンの原材料、例えば水、緩衝剤、塩及び他の化学物質もまた、スクリーニングして脱パイロジェン化されてもよい。ワクチン中のあらゆる材料が無菌であってよく、及びワクチンの各ロットが無菌性について試験され得る。従って、特定の実施形態ではワクチンの内毒素レベルはＵＳＦＤＡにより定められるレベル、例えば髄腔内注射用組成物についての０．２エンドトキシン（ＥＵ）／ｋｇ生成物；非髄腔内注射用組成物についての５ＥＵ／ｋｇ生成物、及び滅菌水についての０．２５〜０．５ＥＵ／ｍＬを下回る。
特定の実施形態では、製剤が含む夾雑タンパク質は、５０％、２０％、１０％、又は５％未満（乾燥重量基準）である。特定の実施形態では、他の生物学的巨大分子、例えば他のタンパク質（特に、精製製剤としての、或いは対象の再構成混合物中のそれらの機能における成分タンパク質の特性を実質的に遮蔽し、弱め、混乱させ又は改変し得る他のタンパク質）が実質的に存在しない状態で所望の分子が存在する。特定の実施形態では、少なくとも８０％、９０％、９５％、９９％、又は９９．８％（乾燥重量基準）の同じ種類の生物学的巨大分子が存在する（しかしながら水、緩衝剤、及び他の小分子、特に分子量５０００未満の分子は存在し得る）。一部の実施形態では、精製サブユニットタンパク質を含むワクチン又は免疫原性組成物は、サブユニットタンパク質を発現した宿主細胞由来のタンパク質を、精製サブユニットの量に対して５％、２％、１％、０．５％、０．２％、０．１％未満含有する。一部の実施形態では、所望のポリペプチドは、核酸及び／又は炭水化物を実質的に含まない。例えば、一部の実施形態では、ワクチン又は免疫原性組成物が含有する宿主細胞ＤＮＡ及び／又はＲＮＡは、５％未満、２％未満、１％未満、０．５％未満、０．２％未満、又は０．１％未満である。特定の実施形態では、製剤中に少なくとも８０％、９０％、９５％、９９％、又は９９．８％（乾燥重量基準）の同じ種類の生物学的巨大分子が存在する（しかしながら水、緩衝剤、及び他の小分子、特に分子量５０００未満の分子は存在し得る）。
ワクチン又は免疫原性組成物は、妥当なリスク便益比の範囲内で毒性が低いか、又は毒性を有しないことが好ましい。特定の実施形態では、ワクチン又は免疫原性組成物は、ワクチン接種を受ける動物についてのＬＤ５０計測値未満の濃度で成分を含む。ＬＤ５０計測値は、マウス又は他の実験モデル系で得て、ヒト及び他の動物に当てはめてもよい。ヒト及び他の動物における化合物のＬＤ５０を推定する方法は、当該技術分野で周知されている。ワクチン製剤又は免疫原性組成物、及びその中の任意の成分は、ラットにおいて１００ｇ／ｋｇ超、５０ｇ／ｋｇ超、２０ｇ／ｋｇ超、１０ｇ／ｋｇ超、５ｇ／ｋｇ超、２ｇ／ｋｇ超、１ｇ／ｋｇ超、５００ｍｇ／ｋｇ超、２００ｍｇ／ｋｇ超、１００ｍｇ／ｋｇ超、５０ｍｇ／ｋｇ超、２０ｍｇ／ｋｇ超、又は１０ｍｇ／ｋｇ超のＬＤ５０値を有し得る。ボツリヌス毒素などの毒素（アジュバントとして用いられ得る）を含むワクチン製剤又は免疫原性組成物が含有するＬＤ５０は、ボツリヌス毒素と比べて大幅に低くなければならない。
ワクチン製剤又は医薬組成物を組み込むのに好適な製剤は、投与経路によって異なる。例えば、関節内（関節におけるもの）、静脈内、筋肉内、皮内、腹腔内、鼻腔内、及び皮下経路によるなどの、非経口投与に好適な製剤としては、水溶性及び非水溶性の等張性滅菌注射液が挙げられ、これは、製剤を対象となる被投与者の血液と等張にする抗酸化剤、緩衝剤、静菌剤、及び溶質と、懸濁剤、可溶化剤、増粘剤、安定剤、及び防腐剤を含み得る水溶性及び非水溶性滅菌懸濁液とを含有し得る。製剤は単位用量又は複数回用量の密封容器、例えばアンプル及びバイアルに提供され得る。
注射液及び懸濁液は、先述した種類の滅菌粉末、顆粒、及び錠剤から調製することができる。治療用Ｔ細胞の養子移入の場合、細胞は静脈内投与又は非経口投与することができる。
経口投与に好適な製剤は、（ａ）希釈剤、例えば水、生理食塩水又はＰＥＧ ４００に懸濁された有効量のポリペプチド又はパッケージ核酸などの液状溶体；（ｂ）各々が所定量の活性成分を液体、固体、顆粒又はゼラチンとして含むカプセル、サッシェ又は錠剤；（ｃ）適切な液体中の懸濁剤；及び（ｄ）好適なエマルションからなり得る。錠剤型は、ラクトース、スクロース、マンニトール、ソルビトール、リン酸カルシウム、トウモロコシデンプン、ジャガイモデンプン、トラガカント、微結晶性セルロース、アカシア、ゼラチン、コロイド状二酸化ケイ素、クロスカルメロースナトリウム、タルク、ステアリン酸マグネシウム、ステアリン酸、及び他の賦形剤、着色剤、充填剤、結合剤、希釈剤、緩衝剤、湿潤剤、防腐剤、香味剤、色素、崩壊剤、及び薬剤適合性を有する担体の１つ以上を含有し得る。ロゼンジ型は、香料、通常はスクロース及びアカシア又はトラガカント中に活性成分を含み得るとともに、トローチは、不活性基剤、例えばゼラチン及びグリセリン又はスクロース及びアカシアエマルション、ゲルなどの中に活性成分を含み、活性成分に加えて、当該技術分野において公知の担体を含有し得る。医薬組成物は、例えばリポソームに、又は活性成分の徐放を提供する製剤に封入することができる。
抗原は、単独で、又は他の好適な成分と組み合わせて、吸入によって投与されるエアロゾル製剤（例えばこれは「噴霧」することができる）の中に作製することができる。エアロゾル製剤は、ジクロロジフルオロメタン、プロパン、窒素などの、許容可能な加圧噴射剤中に入れることができる。エアロゾル製剤は経口送達又は経鼻送達することができる。
腟内投与又は直腸投与に好適な製剤として例えば坐薬が挙げられ、これは坐剤基剤を伴うポリペプチド又はパッケージ核酸からなる。好適な坐剤基剤としては、天然又は合成トリグリセリド又はパラフィン炭化水素が挙げられる。加えて、ゼラチン直腸カプセルを使用することもまた可能であり、これは、ポリペプチド又はパッケージ核酸と、例えば液体トリグリセリド、ポリエチレングリコール、及びパラフィン炭化水素を含めた基剤との組み合わせからなる。
Ｊ．ワクチン製剤及び免疫原性組成物の調製及び保存
本明細書に記載される肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）ワクチン及び免疫原性組成物は、様々な技法を用いて作製され得る。例えば、ポリペプチドは、好適な宿主細胞において組換えＤＮＡ技術を用いて産生されてもよい。好適な宿主細胞は、細菌細胞、酵母細胞、哺乳動物細胞、又は他の種類の細胞であってよい。宿主細胞は、関連するポリペプチド遺伝子の一つの外因性コピーを発現するように修飾されてもよい。典型的には、遺伝子は、強力なプロモーター及びポリアデニル化配列などの適切な調節配列に作動可能に連結されている。一部の実施形態では、プロモーターは誘導性又は抑制性である。他の調節配列は、ポリペプチドのどの程度精製を求めるかに応じて、目的のポリペプチドの分泌若しくは排出又は細胞質若しくは膜における目的のポリペプチドの保持を提供し得る。遺伝子は染色体外プラスミドに存在してもよく、又は宿主ゲノムに組み込まれてもよい。当業者は、天然に存在する配列と１００％同一の核酸を使用する必要はないことを認識するであろう。むしろ、これらの配列に対する何らかの改変が許容され、及び望ましいこともある。例えば、核酸は、コードされるポリペプチドが同じままであるよう遺伝子コードの縮重を利用するように改変されてもよい。一部の実施形態では、遺伝子はコドンが最適化され、特定の宿主における発現が改善される。核酸は、例えばＰＣＲによるか、又は化学合成によって産生されてもよい。
組換え細胞株が作製された後、それからポリペプチドを単離してもよい。単離は、例えばアフィニティー精製技術によるか、又は物理的分離技術（例えばサイズカラム）によって達成され得る。
本開示のさらなる態様では、製造方法が提供され、これは、１つ以上のポリペプチド又はその免疫原性断片若しくは変異体を担体及び／又はアジュバントと混合するステップを含む。
一部の実施形態では、ワクチン製剤及び免疫原性組成物に含めるための抗原は、細胞培養で産生されてもよい。一つの方法は、１つ以上の発現ベクターと、配列番号２６５、２６６、又は２６８などの表１又は表２のアミノ酸配列を有するポリペプチドから選択される１つ以上のポリペプチドをコードするクローニングヌクレオチドとを提供するステップと、次にそれらのポリペプチドを発現及び単離するステップとを含む。
本明細書に記載される免疫原性ポリペプチド、及びそれらのポリペプチドを発現する核酸組成物は、哺乳動物に核酸組成物を投与するためのパック、ディスペンサー装置、及びキットにパッケージすることができる。例えば、１つ以上の単位剤形を含むパック又はディスペンサー装置が提供される。典型的には、化合物の投与についての説明書が、本明細書に開示されるものなどの、指示される病態の治療にその化合物が好適であるというラベル上の好適な指示と共に、パッケージに提供され得る。
実施例１．抗原の同定及びプールされたマウススクリーン
肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）ＴＩＧＲ４ゲノムで予測された各オープンリーディングフレームを、主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）による提示が可能なタグを含む発現ベクターにクローニングした。次に各コンストラクトを大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）で発現し、ＭＨＣのコンテクストでタグを同定する代理アッセイによって完全長の発現を検証した。スクリーンについては、国際公開第２０１０／００２９９３号パンフレットにさらに詳細に記載されている。大型ライブラリのスクリーニングを促進するため、各ウェルにつき４つの誘導されたライブラリクローンが存在するようにライブラリをプールした。肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）に対して免疫したマウス由来のＴ細胞をスクリーニングするため、プールされたライブラリのアリコートを腹膜由来のマクロファージに添加した。マクロファージを、ＭＨＣを介してタグ付き肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）抗原に結合させた。３７℃で２時間後、マクロファージをＰＢＳで洗浄した。次にマクロファージを１％パラホルムアルデヒドで１５分間固定し、ＰＢＳで十分に洗浄した。１０５個のＴ細胞を各ウェルの２００μＬのＲＰ−１０培地に添加した。Ｔ細胞は、コレラ毒素アジュバントと共に死菌の肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）細菌で２回免疫したマウスから予め単離してあった。アッセイプレートを３７℃で７２時間インキュベートした。ＩＬ−１７ ＥＬＩＳＡアッセイを用いて各ウェルの上清中のＩＬ−１７の量を決定した。陽性結果の閾値は、全試料の平均より２標準偏差上に設定した。
実施例２．陽性マウスプールのデコンボリューション
二次スクリーンを用いて、各ウェルの４つのクローンのうち、どの１つ又は複数の抗原が、実施例１に記載されるプールスクリーンで観察される陽性応答を誘導したかを決定した。各陽性プールの全てのクローンを、デュプリケートウェルで腹膜マクロファージ上に個別にパルス処理した。最初のスクリーンと同じ遺伝的背景の免疫化マウスから単離されたＴ細胞を使用して、パルス処理したマクロファージを実施例１に記載されるＩＬ−１７アッセイを用いてスクリーニングした。陰性対照試料の平均を２標準偏差より大きく上回るデュプリケートウェルにおける平均応答を誘導した個々の抗原を、陽性応答と見なした。これらの陽性クローンに存在するライブラリプラスミドを配列決定して、抗原の同一性を確認した。抗原ＳＰ１５７４、ＳＰ１６５５、ＳＰ２１０６、ＳＰ０１４８、ＳＰ１４７３、ＳＰ０６０５、ＳＰ１１７７、ＳＰ０３３５、ＳＰ０９０６、ＳＰ１８２８、ＳＰ２１５７、ＳＰ１２２９、ＳＰ１１２８、ＳＰ１８３６、ＳＰ１８６５、ＳＰ０９０４、ＳＰ０８８２、ＳＰ０７６５、ＳＰ１６３４、ＳＰ０４１８、ＳＰ１９２３、ＳＰ１３１３、ＳＰ０７７５、ＳＰ０３１４、ＳＰ０９１２、ＳＰ０１５９、ＳＰ０９１０、ＳＰ２１４８、ＳＰ１４１２、ＳＰ０３７２、ＳＰ１３０４、ＳＰ２００２、ＳＰ０６１２、ＳＰ１９８８、ＳＰ０４８４、ＳＰ０８４７、ＳＰ１５２７、ＳＰ０５４２、ＳＰ０４４１、ＳＰ０３５０、ＳＰ００１４、ＳＰ１９６５、ＳＰ０１１７、及びＳＰ２１０８が、この方法を用いて確認された。
実施例３．抗原の同定及びプールされたヒトスクリーン
ヒトドナーから得た末梢血からＣＤ４＋ Ｔ細胞及びＣＤ１４＋ 単球を単離した。単球を、基本的にＴｅｄｄｅｒ ＴＦ ａｎｄ Ｊａｎｓｅｎ ＰＪ（１９９７“Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ ａｎｄ ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ｏｆ ｈｕｍａｎ ｄｅｎｄｒｉｔｉｃ ｃｅｌｌｓ（ヒト樹状細胞の単離及び生成）”Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ Ｓｕｐｐ ２３：７．３２．１−７．３２．１６）に記載されるとおり、ＧＭ−ＣＳＦ及びＩＬ−４含有培地で培養することによって樹状細胞に分化させた。培養５日後、樹状細胞を３８４ウェルプレートに播種した。ＣＤ４＋ Ｔ細胞を培養で非特異的に拡大し、十分な分量を確保した。
肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）ＴＩＧＲ４ゲノムで予測された各オープンリーディングフレームを、主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）による提示が可能なタグを含む発現ベクターにクローニングした。次に各コンストラクトを大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）で発現し、ＭＨＣのコンテクストにおいてタグを同定する代理アッセイによって完全長の発現を検証した。大型ライブラリのスクリーニングを促進するため、各ウェルにつき４つの誘導されたライブラリクローンが存在するようにライブラリをプールした。ヒトＴ細胞をスクリーニングするため、プールされたライブラリのアリコートを３８４ウェルプレートに播種した樹状細胞に添加した。３７℃で２時間後、樹状細胞を１％パラホルムアルデヒドで１５分間固定し、リン酸緩衝液及びリジン緩衝液で洗浄した。７０μＬのＲＰ−１０培地中の４０，０００個のＣＤ４＋ Ｔ細胞を、３８４ウェルプレートの各ウェルに添加した。アッセイプレートを３７℃で３日間インキュベートした。ＩＬ−１７ ＥＬＩＳＡアッセイを用いて各ウェルの上清中のＩＬ−１７の量を決定した。スクリーンのそれぞれの反復において、陽性応答の閾値は、全試料の平均より２標準偏差上、陰性対照の平均より２標準偏差上、又はデータセットの絶対偏差中央値の１．７８倍に設定した。次に陽性プールを実施例４に記載されるとおりデコンボリューションした。
実施例４．陽性ヒトプールのデコンボリューション
全ての抗原について、２つのプールスクリーンの結果を比較することによりデコンボリューションを実施した。この方法では、２つの異なるプールセットを調製し、あるポリペプチドが第１のプールと第２のプールとの間で異なる３つのポリペプチドと共にあるようにした。結果的に、どのポリペプチドが第１及び第２のいずれのセットにおいても陽性プールにあるかを同定することにより、どのポリペプチドが抗原であるかを決定することが可能となる。このデコンボリューション方法では、プールがデータセットの絶対偏差中央値の少なくとも１．７８倍であった場合に、そのプールを陽性と同定した。
少なくとも２回繰り返される二次スクリーンにおいて抗原が陽性であった場合に、その抗原を陽性ヒットと同定した。抗原ＳＰ２１０８、ＳＰ０６４１、ＳＰ１３９３、ＳＰ００２４、ＳＰ０６４１．１、ＳＰ１０７２、ＳＰ１３８４及びＳＰ２０３２が上記の手法を用いて同定された。
実施例５
ＳＰ２１０８、ＳＰ０１４８及びＳＰ１６３４ポリペプチド
４μｇのポリペプチドを１μｇのコレラ毒素アジュバント（ＣＴ）と組み合わせて使用して、ＳＰ２１０８ポリペプチド（配列番号９）、ＳＰ０１４８ポリペプチド（配列番号７）及びＳＰ１６３４ポリペプチド（表２を参照のこと）をワクチン組成物として製剤化した。組み合わせには、４μｇの各ポリペプチドを使用した。組成物をＣ５７ＢＬ／６マウスに３回、１週間おきに鼻腔内投与した。次に対象を３週間安静にさせた後、その時点で免疫原性用に出血させた。このアッセイについて、ヘパリン添加全血を後眼窩洞から採取した。全てのＰＢＭＣを、死菌の無莢膜全細胞肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）（ＷＣＣ）又は３つのポリペプチドの組み合わせのいずれかにより、丸底試験管で３日間刺激した。次に上清を回収し、ＩＬ−１７レベルについてＥＬＩＳＡにより評価した。コレラ毒素単独（ＣＴ）又はＨＳＶからの無関係の抗原（００３）を陰性対照として使用した。ＩＬ−１７免疫原性アッセイの結果を図１及び図２に示し、ここで左側のパネルは散布図形式のデータを示し、及び右側のパネルはデータを平均値として標準偏差と共に示す。対象をさらに２週間安静にさせた後、その時点で対象を莢膜を有する生菌の肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の鼻腔内投与によって攻撃した。１週間後に対象を犠牲にし、鼻洗浄液からコロニー形成単位（ＣＦＵ）の数をカウントした。コロニー形成アッセイの結果を図３に示す。
実施例６
ＳＰ０８８２及びＳＰ０３１４ポリペプチド
この例では実施例５と同じプロトコルを使用し、但しワクチン組成物は２用量のみを投与した。これらの実験では、ＳＰ０８８２ポリペプチド（配列番号２）及びＳＰ０３１４ポリペプチド（表２を参照）を、実施例５で試験した３つのポリペプチドのうちの２つと並行して試験した。ＩＬ−１７免疫原性アッセイの結果を図４及び図５に示す。コロニー形成アッセイの結果を図６に示す。
実施例７
ＳＰ１０７２、ＳＰ０６４１Ｎ、及びＳＰ００２４ポリペプチド
この例では実施例５と同様のプロトコルを使用し、但しワクチン組成物は２用量を１週間おきに投与した。ワクチン組成物は、ポリペプチドＳＰ１０７２（配列番号８）、ＳＰ０６４１Ｎ（配列番号１３）又はＳＰ００２４（配列番号１）と、コレラ毒素アジュバント（ＣＴ）とを含んだ。最終回の免疫の４週間後に、マウスを生菌６Ｂ型肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）で鼻腔内攻撃した。１週間後、選択培地に鼻洗浄液を播き、得られたＣＦＵをカウントすることにより、各マウスにおける細菌負荷を評価した。各マウスから単離されたＣＦＵの数を、免疫コホート毎にプロットする。このコロニー形成アッセイの結果は図７に示す。この図では統計的に有意な結果を指示する（＊＝ｐ値＜０．０５）。
実施例８
ＢＡＬＢ／ｃマウスにおいて試験したＳＰ０１４８、ＳＰ０３１４、ＳＰ０８８２、及びＳＰ２１０８ポリペプチド
異なるマウス遺伝子型間で同様の免疫応答が認められるかどうかを決定するため、ワクチン組成物をＢＡＬＢ／ｃマウスに投与した。ワクチン組成物は、ポリペプチドＳＰ０１４８（配列番号２）、ＳＰ０３１４（表２を参照のこと）、ＳＰ０８８２（配列番号２）又はＳＰ２１０８（配列番号９）と、コレラ毒素アジュバント（ＣＴ）とを含んだ。実施例５と同様のプロトコルを使用してマウスを免疫し、肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）で鼻腔内攻撃し、及びＣＦＵの数を記録した。このコロニー形成実験の結果は図８に示す。
実施例９
ＳＰ１９１２、ＳＰ２１０８及びＳＰ０１４８ポリペプチド：ＩＬ−１７Ａ免疫原性アッセイ
ポリペプチドＳＰ１９１２（配列番号２６５）、ＳＰ２１０８（配列番号９）又はＳＰ０１４８（配列番号７）をワクチン組成物としてコレラ毒素アジュバント（ＣＴ）と共に製剤化した。ワクチン組成物をマウスに２回、１週間おきに投与した。陽性対照は死菌の無莢膜全細胞肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）＋ＣＴ（ＷＣＢ）であり、及び陰性対照はＣＴ単独又はＣＴを含まない組換えタンパク質（ＳＰ１９１２を除く）であった。最終回の免疫の３週間後、後眼窩洞から末梢血を採取し、全血アッセイで評価した。簡潔に言えば、ヘパリン添加全血（ｈｅｐａｒｉｚｉｎｅｄ ｗｈｏｌｅ ｂｌｏｏｄ）を培地に希釈し、次にデュプリケートでＡ）免疫付与タンパク質、又はＢ）全細胞ワクチンと共に６日間培養した。上清を回収し、ＩＬ−１７ＡレベルをＥＬＩＳＡにより計測した。ＩＬ−１７Ａ免疫原性アッセイの結果を図９に示す。グラフ中の各記号は個々のマウスからの応答を表し、線は群の応答中央値を示す。
実施例１０
ＳＰ１９１２、ＳＰ２１０８及びＳＰ０１４８ポリペプチド：コロニー形成アッセイ
ポリペプチドＳＰ１９１２（配列番号２６５）、ＳＰ２１０８（配列番号９）又はＳＰ０１４８（配列番号７）とコレラ毒素アジュバント（ＣＴ）とを含むワクチン製剤により、実施例９に記載されるとおり動物を免疫し、次に１０７個の生菌６Ｂ型肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）によって最終回の免疫の４週間後（及び後眼窩採血の１週間後）に鼻腔内攻撃した。攻撃の７日後、動物を安楽死させ、鼻咽頭腔を洗浄して許容培地で培養し、肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の力価を評価した。結果を、洗浄毎の細菌のコロニー形成単位（ＣＦＵ）として図１０に示す。各記号は個々のマウス応答からの力価を表し、横線は群の中央値を表す。（＊＊＊＝ｐ値＜０．０５）。
実施例１１
ＳＰ１９１２ポリペプチド：吸入攻撃（敗血症アッセイ）
ポリペプチドＳＰ１９１２を、マウスを敗血症から保護するその能力について評価した。１０匹のマウスの群を、ミョウバンに吸着したＳＰ１９１２ポリペプチド（配列番号２６５）又はニューモリソイド（ＰｄＴ）のいずれかを含むワクチン組成物で３回、２週間おきに皮下免疫した。陽性対照は死菌の無莢膜全細胞肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）＋ミョウバン（ＷＣＢ）であり、陰性対照はミョウバン単独であった。最終回の免疫の３週間後、血液を採取してＩＬ−１７Ａ応答及び抗体レベルを評価し、次に１週間後、マウスを１０７個の生菌０６０３株（６Ｂ型）肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）による吸入攻撃にかけた。動物の生存を８日間モニタした。吸入攻撃の結果は、免疫群毎の生存曲線として図１１に示す。
実施例１２
ニューモリソイドＰｄＴ、ＳＰ０１４８及びＳＰ０６４１Ｎポリペプチド：吸入攻撃（敗血症アッセイ）
ポリペプチドＳＰ０１４８を、単独で、又はＳＰ０６４１Ｎ及び／又はニューモリソイド（ＰｄＴ）との組み合わせで免疫した場合のマウスを敗血症から保護するその能力について評価した。１０匹のマウスの群を、ポリペプチドＳＰ０１４８（配列番号７）を含むワクチン組成物により、単独で、又はミョウバンに吸着したポリペプチドＳＰ０６４１Ｎ（配列番号１３）及び／又はＰｄＴとの組み合わせで、３回、２週間おきに皮下免疫した。陽性対照は死菌の無莢膜全細胞肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）＋ミョウバン（ＷＣＢ）であり、陰性対照はミョウバン単独であった。最終回の免疫の３週間後、血液を採取してＩＬ−１７及び抗体を評価し、次に１週間後、マウスを１０７個の生菌０６０３株（６Ｂ型）肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）による吸入攻撃にかけた。動物の生存を８日間モニタした。データは免疫群毎の生存曲線として図１２に示す。
実施例１３
ＳＰ１９１２、ＳＰ２１０８及びＳＰ０１４８ポリペプチド：コロニー形成アッセイ
さらなる試験を、基本的に実施例１０に記載されるとおり、合計４つの別個の試験として実施した。簡潔に言えば、ポリペプチドＳＰ１９１２（配列番号２６５）、ＳＰ２１０８（配列番号９）、ＳＰ０１４８（配列番号７）、又はさらにＳＰ２１０８＋ＳＰ０１４８と、コレラ毒素アジュバント（ＣＴ）とを含むワクチン製剤によって実施例９に記載されるとおり動物を免疫した。対照動物は死菌の無莢膜全細胞肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）＋ＣＴ（ＷＣＢ）、又はＣＴ単独で免疫した。免疫動物を最終回の免疫の４週間後に１０７個の生菌６Ｂ型肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）で鼻腔内攻撃した。攻撃の７日後、動物を安楽死させ、鼻咽頭腔を洗浄して許容培地で培養し、肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の力価を評価した。４試験の統合結果を、洗浄毎の細菌のコロニー形成単位（ＣＦＵ）として図１３に示す。各記号は個々のマウス応答からの力価を表し、横線は群の中央値を表す（＊＊＊＝ｐ値＜０．０５）。Ｎは評価した動物の総数を示す。パーセンテージは、コロニー形成から保護された動物の数を指す。
実施例１４
ＳＰ１９１２及びＳＰ０１４８ポリペプチド：ＩＬ−１７免疫原性アッセイ
１０匹のマウスの群を、ミョウバンに吸着したＳＰ１９１２ポリペプチド（配列番号２６５）、ＳＰ０１４８ポリペプチド（配列番号７）、又はその双方のいずれかを含むワクチン組成物によって２回、２週間おきに皮下免疫した。対照動物はミョウバン単独で免疫した。最終回の免疫の３週間後、ヘパリン添加血液を心穿刺により採取し、全血アッセイでＩＬ−１７Ａレベルを評価した。簡潔に言えば、ヘパリン添加全血を培地に希釈し、次に１つ又は複数の免疫付与タンパク質と共に６日間培養した。上清を回収し、ＩＬ−１７ＡレベルをＥＬＩＳＡにより計測した。ＩＬ−１７Ａ免疫原性アッセイの結果を図１４に示す。グラフ中の各記号は個々のマウスからの応答を表し、線は群の応答中央値を示す。
実施例１５
ＳＰ１９１２及びＳＰ０１４８ポリペプチド：コロニー形成アッセイ
動物を、ミョウバンに吸着した種々の用量のポリペプチドＳＰ０１４８（配列番号７）±ＳＰ１９１２（配列番号２６５）を含むワクチン製剤によって、３回、２週間おきに皮下免疫した。対照動物は死菌の無莢膜全細胞肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）＋ミョウバン（ＷＣＶ）、又はミョウバン単独で免疫した。免疫動物を最終回の免疫の４週間後に１０７個の生菌６Ｂ型肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）で鼻腔内攻撃した。攻撃の７日後、動物を安楽死させ、鼻咽頭腔を洗浄して許容培地で培養し、肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の力価を評価した。結果は、洗浄毎の細菌のコロニー形成単位（ＣＦＵ）として図１５に示す。各記号は個々のマウス応答からの力価を表し、横線は群の中央値を表す。群の動物数のうちコロニー形成から保護された動物の数を図の上部に示す。
実施例１６
ＳＰ１９１２、ＳＰ０１４８、及びＳＰ２１０８ポリペプチド：コロニー形成アッセイ
２つの別個の試験において、動物を、ミョウバンに吸着したポリペプチドＳＰ０１４８（配列番号７）及びＳＰ０１４８＋ＳＰ１９１２（配列番号２６５）を含むワクチン製剤によって、又はさらにＳＰ２１０８（配列番号９）、ＳＰ２１０８＋ＳＰ０１４８、及びＳＰ２１０８＋ＳＰ１９１２によって、３回、２週間おきに皮下免疫した。対照動物は死菌の無莢膜全細胞肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）＋ミョウバン（ＷＣＶ）、又はミョウバン単独で免疫した。免疫動物を最終回の免疫の４週間後に１０７個の生菌６Ｂ型肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）で鼻腔内攻撃した。攻撃の７日後、動物を安楽死させ、鼻咽頭腔を洗浄して許容培地で培養し、肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の力価を評価した。２つの試験の統合結果を、洗浄毎の細菌のコロニー形成単位（ＣＦＵ）として図１６に示す。各記号は個々のマウス応答からの力価を表し、横線は群の中央値を表す。群の動物数のうちコロニー形成から保護された動物の数及び対応する、コロニー形成から保護された動物の割合を図の上部に示す。（＊ｐ＜０．０５、＊＊ｐ＜０．０１、＊＊＊ｐ＜０．００１ ミョウバン対照と比較したダネットの多重比較検定）
実施例１７
ニューモリソイドＬ４６０Ｄ、ＰｓｐＡ誘導体ＰＲ＋ＮＰＢ、ＳＰ１９１２、ＳＰ０１４８、及びＳＰ２１０８ポリペプチド：コロニー形成アッセイ
動物を、ミョウバンに吸着したポリペプチドＳＰ０１４８（配列番号７）、ＳＰ２１０８（配列番号９）、ＳＰ０１４８＋ＳＰ２１０８、及びＳＰ１９１２（配列番号２６５）又は既知の肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）抗原Ｌ４６０ＤプラスＰＲ＋ＮＰＤと組み合わせたＳＰ０１４８＋ＳＰ２１０８を含むワクチン製剤によって、３回、２週間おきに皮下免疫した。２つの別個の試験を行った。対照動物はミョウバン単独で免疫した。免疫動物を最終回の免疫の４週間後に１０７個の生菌６Ｂ型肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）で鼻腔内攻撃した。攻撃の７日後、動物を安楽死させ、鼻咽頭腔を洗浄して許容培地で培養し、肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の力価を評価した。２回目の試験の結果を、洗浄毎の細菌のコロニー形成単位（ＣＦＵ）として図１７に示す。各記号は個々のマウス応答からの力価を表し、横線は群の中央値を表す。群の動物数のうちコロニー形成から保護された動物の数を図の上部に示す。
以下の図表は、実施例１６及び１７に記載される４つの試験においてコロニー形成から保護された動物の絶対数及び対応する割合を示す。
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実施例１８
ＰｓｐＡ、ＳＰ０１４８及びＳＰ２１０８受身抗体移入及び吸入攻撃（敗血症アッセイ）
１０匹のマウスの群に、ＰｓｐＡに特異的なモノクローナル抗体、ＳＰ０１４８、ＳＰ２１０８、又はそれらの組み合わせに特異的な熱失活ウサギ血清を注入した。抗体濃度及び抗血清濃度並びに総注入量は、正常ウサギ血清（ＮＲＳ）及びＰＢＳで調整した。対照動物にはＮＲＳ、又は死菌の無莢膜全細胞肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）に対する血清（ＷＣＢ）を注入した。注入の１日後、マウスを１０６個の生菌肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）ＷＵ−２型（血清型３）による吸入攻撃にかけた。動物の生存を８日間モニタした。データは、免疫群毎の生存曲線として図１８に示す。
図１９は、実施例１２及び１８に記載される試験、並びに２つのさらなる試験において敗血症から保護された動物の割合を示す。
配列表
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Claims (58)

  1. 薬学的に許容可能な担体、及び、配列番号２６５若しくは２６８のアミノ酸配列又は配列番号２６５若しくは２６８と少なくとも９０％配列同一性を有する免疫原性断片若しくは相同体を含む第１のポリペプチド、及び、配列番号９、１０、２０若しくは２１のアミノ酸配列又は配列番号９、１０、２０若しくは２１と少なくとも９０％配列同一性を有する免疫原性断片若しくは相同体を含む第２のポリペプチドを含むワクチン製剤。
  2. 配列番号６、７、１８若しくは１９のアミノ酸配列又は配列番号６、７、１８若しくは１９と少なくとも９０％配列同一性を有する免疫原性断片若しくは相同体を含む第３のポリペプチドをさらに含む、請求項１に記載のワクチン製剤。
  3. 薬学的に許容可能な担体、及び、配列番号２６５若しくは２６８のアミノ酸配列又は配列番号２６５若しくは２６８と少なくとも９０％配列同一性を有する免疫原性断片若しくは相同体を含む第１のポリペプチド、及び、配列番号６、７、１８若しくは１９のアミノ酸配列又は配列番号６、７、１８若しくは１９と少なくとも９０％配列同一性を有する免疫原性断片若しくは相同体を含む第２のポリペプチドを含むワクチン製剤。
  4. 前記第１のポリペプチドが配列番号２６５のアミノ酸配列からなる、請求項１又は３に記載のワクチン製剤。
  5. 前記第１のポリペプチドが配列番号２６８のアミノ酸配列からなる、請求項１又は３に記載のワクチン製剤。
  6. 前記第２のポリペプチドが配列番号９のアミノ酸配列からなる、請求項１に記載のワクチン製剤。
  7. 前記第３のポリペプチドが配列番号６のアミノ酸配列からなる、請求項２に記載のワクチン製剤。
  8. 前記第３のポリペプチドが配列番号７のアミノ酸配列からなる、請求項２に記載のワクチン製剤。
  9. 前記第２のポリペプチドが配列番号６のアミノ酸配列からなる、請求項３に記載のワクチン製剤。
  10. 前記第２のポリペプチドが配列番号７のアミノ酸配列からなる、請求項３に記載のワクチン製剤。
  11. 前記第１のポリペプチドの免疫原性断片が、Ｎ末端、Ｃ末端、又はその両方から１〜２０個のアミノ酸残基が取り除かれた第１のポリペプチドのトランケート断片である、請求項１〜１０のいずれか一項に記載のワクチン製剤。
  12. 前記第２のポリペプチドの免疫原性断片が、Ｎ末端、Ｃ末端、又はその両方から１〜２０個のアミノ酸残基が取り除かれた第２のポリペプチドのトランケート断片である、請求項１〜１０のいずれか一項に記載のワクチン製剤。
  13. 前記第３のポリペプチドの免疫原性断片が、Ｎ末端、Ｃ末端、又はその両方から１〜２０個のアミノ酸残基が取り除かれた第３のポリペプチドのトランケート断片である、請求項２、７及び８のいずれか一項に記載のワクチン製剤。
  14. 他の肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）ポリペプチドを含まない、請求項１〜１３のいずれか一項に記載のワクチン製剤。
  15. 配列番号２２若しくは２３を含むアミノ酸配列又は配列番号２２若しくは２３と少なくとも９０％配列同一性を有する免疫原性断片若しくは相同体を有する１つ以上のポリペプチドをさらに含む、請求項１に記載のワクチン製剤。
  16. １つ以上のポリペプチドが免疫原性担体とコンジュゲートされる、請求項１〜１５のいずれか一項に記載のワクチン製剤。
  17. 少なくとも１つの脂質化ポリペプチドを含む、請求項１〜１６のいずれか一項に記載のワクチン製剤。
  18. 前記第２のポリペプチドが配列番号６のアミノ酸配列又は配列番号６と少なくとも９０％配列同一性を有する免疫原性断片若しくは相同体を含むワクチン製剤であって、配列番号７のアミノ酸配列又は配列番号７と少なくとも９０％配列同一性を有する免疫原性断片若しくは相同体を含む第３のポリペプチドをさらに含む、請求項３に記載のワクチン製剤。
  19. 前記第２のポリペプチドが脂質化されている、請求項１８に記載のワクチン製剤。
  20. 配列番号９のアミノ酸配列又は配列番号９と少なくとも９０％配列同一性を有する免疫原性断片若しくは相同体を含む第４のポリペプチド、及び、配列番号１０のアミノ酸配列又は配列番号１０と少なくとも９０％配列同一性を有する免疫原性断片若しくは相同体を含む第５のポリペプチドをさらに含む、請求項１８又は１９に記載のワクチン製剤。
  21. 前記第５のポリペプチドが脂質化されている、請求項２０に記載のワクチン製剤。
  22. 前記第２のポリペプチドが配列番号９のアミノ酸配列又は配列番号９と少なくとも９０％配列同一性を有する免疫原性断片若しくは相同体を含むワクチン製剤であって、配列番号１０のアミノ酸配列又は配列番号１０と少なくとも９０％配列同一性を有する免疫原性断片若しくは相同体を含む第３のポリペプチドをさらに含む、請求項１に記載のワクチン製剤。
  23. 前記第３のポリペプチドが脂質化されている、請求項２２に記載のワクチン製剤。
  24. アジュバントをさらに含む、請求項１〜２３のいずれか一項に記載のワクチン製剤。
  25. 前記アジュバントがＴｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）のアゴニストである、請求項２４に記載のワクチン製剤。
  26. 前記アジュバントがミョウバンである、請求項２４に記載のワクチン製剤。
  27. 前記ワクチン製剤が１〜１０００μｇの各ポリペプチドと、１〜２５０μｇの前記アジュバントとを含む、請求項２４に記載のワクチン製剤。
  28. ＴＨ１７細胞との接触後に無関係の対照抗原によって誘発される応答と比べて少なくとも１．５倍高いＴＨ１７細胞応答を誘導する、請求項１〜２７のいずれか一項に記載のワクチン製剤。
  29. 前記ワクチン製剤が対象における肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の感染を阻害する、請求項１〜２７のいずれか一項に記載のワクチン製剤。
  30. 前記ワクチン製剤が対象における肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の定着を阻害する、請求項１〜２７のいずれか一項に記載のワクチン製剤。
  31. 前記ワクチン製剤が対象における１つ以上の肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の症状を阻害する、請求項１〜２７のいずれか一項に記載のワクチン製剤。
  32. 前記ワクチン製剤が対象における肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）誘導性敗血症を阻害する、請求項１〜２７のいずれか一項に記載のワクチン製剤。
  33. 前記ワクチン製剤が対象における肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の定着の期間を低減する、請求項１〜２７のいずれか一項に記載のワクチン製剤。
  34. 前記ワクチン製剤が対象におけるＢ細胞、Ｔ細胞、又は肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）に対するＢ細胞及びＴ細胞免疫応答を誘発する、請求項１〜２７のいずれか一項に記載のワクチン製剤。
  35. 前記ワクチン製剤が対象における肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）に対するＴ細胞応答を誘発する、請求項１〜２７のいずれか一項に記載のワクチン製剤。
  36. 前記ワクチン製剤が対象における肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）に対するＣＤ４＋ Ｔ細胞応答を誘発する、請求項１〜２７のいずれか一項に記載のワクチン製剤。
  37. 前記ワクチン製剤が対象における肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）に対するＴＨ１７細胞応答を誘発する、請求項１〜２７のいずれか一項に記載のワクチン製剤。
  38. 前記ワクチン製剤が、対象において、対照と比較して、増加したＴＨ１７細胞活性化を誘導する、請求項１〜２７のいずれか一項に記載のワクチン製剤。
  39. 前記ワクチン製剤が対象における中耳炎の発生を阻害する、請求項１〜２７のいずれか一項に記載のワクチン製剤。
  40. 前記ワクチン製剤が対象における中耳炎の強度及び／又は重症度を低下させる、請求項１〜２７のいずれか一項に記載のワクチン製剤。
  41. 前記ワクチン製剤が対象における肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）誘導性肺炎を阻害する、請求項１〜２７のいずれか一項に記載のワクチン製剤。
  42. 前記ワクチン製剤が対象における肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）誘導性髄膜炎を阻害する、請求項１〜２７のいずれか一項に記載のワクチン製剤。
  43. 前記ワクチン製剤が対象における肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）誘導性副鼻腔炎を阻害する、請求項１〜２７のいずれか一項に記載のワクチン製剤。
  44. 前記ワクチン製剤が対象における肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）誘導性器官障害を阻害する、請求項１〜２７のいずれか一項に記載のワクチン製剤。
  45. 肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の定着又は感染に罹患している又は罹患し易い対象の治療のための使用における、請求項１〜２７のいずれか一項に記載のワクチン製剤。
  46. 肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の定着又は感染に罹患している又は罹患し易い対象における肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の感染の阻害のための使用における、請求項１〜２７のいずれか一項に記載のワクチン製剤。
  47. 肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の定着又は感染に罹患している又は罹患し易い対象における肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の定着の阻害のための使用における、請求項１〜２７のいずれか一項に記載のワクチン製剤。
  48. 肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の定着又は感染に罹患している又は罹患し易い対象における肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の症状の阻害のための使用における、請求項１〜２７のいずれか一項に記載のワクチン製剤。
  49. 肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の定着又は感染に罹患している又は罹患し易い対象における肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）誘導性敗血症の阻害のための使用における、請求項１〜２７のいずれか一項に記載のワクチン製剤。
  50. 肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の定着又は感染に罹患している又は罹患し易い対象における中耳炎の発生の阻害のための使用における、請求項１〜２７のいずれか一項に記載のワクチン製剤。
  51. 肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の定着又は感染に罹患している又は罹患し易い対象における中耳炎の強度及び／又は重症度の低下のための使用における、請求項１〜２７のいずれか一項に記載のワクチン製剤。
  52. 肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の定着又は感染に罹患している又は罹患し易い対象における肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）誘導性肺炎の阻害のための使用における、請求項１〜２７のいずれか一項に記載のワクチン製剤。
  53. 肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の定着又は感染に罹患している又は罹患し易い対象における肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）誘導性髄膜炎の阻害のための使用における、請求項１〜２７のいずれか一項に記載のワクチン製剤。
  54. 肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の定着又は感染に罹患している又は罹患し易い対象における肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）誘導性副鼻腔炎の阻害のための使用における、請求項１〜２７のいずれか一項に記載のワクチン製剤。
  55. 肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の定着又は感染に罹患している又は罹患し易い対象における肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）誘導性器官障害の阻害のための使用における、請求項１〜２７のいずれか一項に記載のワクチン製剤。
  56. 肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の定着又は感染に罹患している又は罹患し易い対象の１用量での治療のための使用における、請求項１〜２７のいずれか一項に記載のワクチン製剤。
  57. 肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の定着又は感染に罹患している又は罹患し易い対象の３用量以内での治療のための使用における、請求項１〜２７のいずれか一項に記載のワクチン製剤。
  58. 前記対象がヒトである、請求項４５〜５７のいずれか一項に記載のワクチン製剤。
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