JP6036834B2 - 分光解析装置、分光解析方法、及びプログラム - Google Patents

分光解析装置、分光解析方法、及びプログラム Download PDF

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Description

本発明は、分光解析装置、分光解析方法、及びプログラムに関し、試料で発生する光を分光して得られたスペクトルを用いて解析を行う分光解析装置、分光解析方法、及びプログラムに関する。
遺伝子座を特定するための装置が開示されている(特許文献1)。特許文献1では、キャピラリ泳動法を用いる点が開示されている。また、蛍光を用いて標識する点が開示されている。さらに、特許文献1ではラマン分光法を用いる点が開示されている。
特表2005−527904号公報
特許文献1では、コンピュータプログラムを用いて、解析を行う方法が開示されている。しかしながら、特許文献1の方法で、試料を適切に解析することができない場合がある。
本発明は、適切に試料を解析することができる分光解析装置、分光解析方法、及びプログラムを提供することを目的とする。
本願発明の一態様にかかる分光解析装置は、複数の標識物質で標識された複数の物質を含む試料に照射する光を発生する光源と、前記試料に照射された光によって、前記試料で発生した観測光を分光する分光器と、前記分光器で分光された観測光を検出して、観測スペクトルデータを出力する検出器と、前記検出器から出力された観測スペクトルデータに基づいて、試料中に含まれる複数の物質を解析する処理部であって、複数の標識物質に対して設定された基準スペクトルデータを要素とする行列の一般化逆行列を用いて、前記観測スペクトルデータから前記試料に含まれる物質を解析する処理部と、を備えたものである。
本願発明の一態様にかかる分光解析方法は、複数の標識物質で標識された複数の物質を含む試料に光を照射し、前記試料に照射された光によって、前記試料で発生した観測光を分光し、分光された前記観測光を検出して、観測スペクトルデータを出力し、
複数の前記標識物質に対して設定された基準スペクトルデータを要素とする行列の一般化逆行列を求め、前記一般化逆行列と前記観測スペクトルデータとを用いて前記試料に含まれる物質を解析するものである。
本願発明の一態様にかかるプログラムは、試料で発生した光を分光測定することで得られた観測スペクトルデータを用いて、試料を解析する分光解析方法をコンピュータに対して実行させるプログラムであって、前記分光解析方法は、試料に含まれる複数の物質を標識する複数の標識物質に対して設定された基準スペクトルデータを行列として、前記基準スペクトルデータの行列の一般化逆行列を求め、前記観測スペクトルデータと前記一般化逆行列とを用いて、前記試料に含まれる物質を解析する。
本発明によれば、適切に試料を解析することができる分光解析装置、分光解析方法、及びプログラムを提供することができる。
本発明の実施の形態にかかる分光解析装置の構成を模式的に示す図である。 DNAを標識する蛍光物質から発生する蛍光のスペクトルを示すグラフである。 蛍光物質のスペクトルと、一般化逆行列データを示すグラフである。 DNA解析を行うための行列計算式を示す図である。 DNA解析を行うための行列計算式を示す図である。 DNA解析を行うための計算式を示す図である。
添付の図面を参照して本発明の実施形態を説明する。以下に説明する実施形態は本発明の実施例であり、本発明は、以下の実施形態に制限されるものではない。なお、本明細書及び図面において符号が同じ構成要素は、相互に同一のものを示すものとする。
本実施の形態では発光波長の異なる蛍光物質を複数用いて、DNA塩基配列解析を行っている。具体的には、人の細胞からDNAを抽出する。そして、DNA断片をポリメラーゼ連鎖反応(PCR)で増幅するとともに、蛍光物質で標識する。蛍光物質としては、例えば、5−FAM、JOE、NED、ROX等を用いることができる。もちろん、標識する蛍光物質は特に限定されるものではない。ここでは、ピーク波長が異なる複数の蛍光物質を標識として用いている。そして、異なる塩基は、異なる蛍光物質で標識される。
蛍光標識ラベルされた別々のPCR産物をキャピラリに供給して、ゲル内で電気泳動する。電気泳動によって電圧が印加された状態では、DNA断片のサイズによって、移動速度が異なる。塩基数が小さい程、泳動距離が長くなるため、DNA断片をサイズ分離することができる。キャピラリ内のPCR産物に光源からの励起光を照射すると、蛍光物質から蛍光が発生する。そして、蛍光物質から発生した蛍光を分光測定して、観測スペクトルデータを取得する。サイズ毎に観測スペクトルデータは取得する。そして、これらの観測スペクトルデータを解析することで、特定の配列のDNAを定量することができ、DNA鑑定を行うことができる。
なお、本実施の形態では、分光解析装置が、DNA鑑定に用いられるものとして説明するが、本実施の形態に係る分光解析装置の用途はDNA鑑定に限られるものでない。蛍光プローブで物質を標識した試料から発生する蛍光のスペクトルを解析する分光解析装置に適用可能である。例えば、核酸、たんぱく質などを解析することも可能である。分光解析装置は、物質の同定などにも利用可能である。さらに、蛍光物質以外の標識物質で試料に含まれる物質を標識してもよい。標識物質は、光のピーク波長がずれた物質を用いることが好ましい。
本発明にかかる分光解析装置について、図1を用いて説明する。図1は、分光解析装置の構成を示す図である。分光解析装置は、注入部11、キャピラリ12、光源13、分光器14、検出器15、処理部16、マイクロチップ20、及び光ファイバ31を備えている。ここでは、キャピラリ電気泳動を用いて、解析を行っている。
注入部11には、蛍光物質で標識されたDNA断片を含むPCR産物が注入される。ここでは、試料であるDNA断片が、複数の蛍光物質で標識されている。例えば、DNA断片の塩基配列に応じて、5−FAM、JOE、NED、ROX等の蛍光物質が用いられている。もちろん、標識するための蛍光物質の種類、及び数は特に限定されるものではない。
そして、注入部11は、マイクロチップ20上においてキャピラリ12と連通している。マイクロチップ20に設けられたキャピラリ12の両端に電極(図示せず)を配置して、電圧を印加する。キャピラリ12、及び注入部11には、アガロースゲル等の電気泳動媒体が充填されている。従って、DNA断片の塩基数に応じて、泳動速度が遅くなるため、DNA断片がサイズ分離される。
光源13は、キャピラリ中の媒体に光を照射する。光源13としては、例えば、波長488nmあるいは514.5nmの励起光を出射するアルゴンイオンレーザ光源を用いることができる。
光源13から出射された光は、キャピラリ12に入射する。ここでは、マイクロチップ20には8レーンのキャピラリ12が平行に設けられている。8レーンのキャピラリ12に励起光が照射されると、キャピラリ12内のDNA断片を標識する蛍光物質が蛍光を発生する。蛍光物質で発生した蛍光が観測光となる。
試料中の蛍光物質で発生した蛍光は、分光器14に入射する。例えば、分光器14は、プリズム又は回折格子等を有しており、蛍光を分光する。すなわち、波長に応じて蛍光が空間的に分散される。分光器14で空間的に分散された蛍光は、検出器15に入射する。従って、蛍光物質から発生した蛍光が検出器で観測される観測光となる。
検出器15は、例えば、CCDデバイス等の光検出器であり、分散方向に沿って受光画素が配列されている。従って、分散方向に配列された受光画素毎に、異なる波長の蛍光が検出される。検出器15は、DNA断片を標識した蛍光物質のスペクトルを検出して、観測スペクトルデータを処理部16に出力する。例えば、分光器14、及び検出器15によって、640〜860nmの波長域のスペクトルが検出される。もちろん、分光器14、及び検出器15によって分光測定可能な波長域は特に限定されるものではない。標識として使用する蛍光物質や励起光波長に応じて適切に設定することができる。
検出器15は、観測可能な波長域において、各波長での光強度を観測スペクトルデータとして、処理部16に出力する。なお、観測スペクトルデータに含まれるデータ数は、分光器14の分光性能等に応じて値となっている。
処理部16は、パーソナルコンピュータ等の情報処理装置であり、制御プログラムにしたがって処理を行う。具体的には、処理部16は、検出器15から出力された観測スペクトルデータを解析する解析プログラムを格納している。そして、処理部16は、解析プログラムにしたがって、処理を実行する。検出器15から出力された観測スペクトルデータに基づいて、処理部16は試料中に含まれる複数の物質を解析する。これにより、DNA断片の濃度を求める。こうすることで、DNA鑑定を行うことができる。
処理部16における処理が、本実施の形態にかかる分光解析方法における特徴部分の一つとなる。以下、処理部16における処理について、説明する。図2は、DNA断片を標識した蛍光物質のスペクトルを模式的に示す図である。ここでは、5−FAM、JOE、NED、ROXの4つの蛍光物質を用いて標識した場合を説明する。
図2では、5−FAMに励起光を照射したときの蛍光スペクトルを基準スペクトル51としている。同様に、JOEに励起光を照射したときの蛍光スペクトルを基準スペクトル52とし、NEDに励起光を照射したときの蛍光スペクトルを基準スペクトル53とし、ROXに励起光を照射したときの蛍光スペクトルを基準スペクトル54とする。なお、励起光の波長は488nmとしている。図2において、横軸は波長であり、縦軸はピーク強度を100として規格化した蛍光強度である。
それぞれの蛍光物質の基準スペクトル51〜54は、既知であり、蛍光物質によってことなっている。すなわち、基準スペクトルは、異なるピーク波長を有している。例えば、5−FAMの基準スペクトル51は540nm付近にピーク波長を有し、JOEの基準スペクトル52は560nm付近にピーク波長を有し、NEDの基準スペクトル53は580nm付近にピーク波長を有し、ROXの基準スペクトル54は610nm付近にピーク波長を有している。
検出器15で検出される観測スペクトルは、図2で示した基準スペクトル51〜54を蛍光物質の濃度に応じて積算したスペクトルの重ね合わせたものとなる。従って、観測スペクトルデータを解析して、各蛍光物質の濃度を求めることで、各塩基の濃度分布を求めることができる。
試料中に含まれる蛍光物質の濃度を求める場合、通常、ある一定の波長幅を有する窓41〜44を設定する。窓41は5−FAMの基準スペクトル51のピーク波長近傍に設定され、窓42はJOEの基準スペクトル52のピーク波長近傍に設定され、窓43はNEDの基準スペクトル53のピーク波長近傍に設定され、窓44はROXの基準スペクトル54のピーク波長近傍に設定される。そして、窓41〜44毎に、観測スペクトルデータの光強度データが積算される。
そして、それぞれの窓41〜44の積算値から、蛍光物質の濃度を求める。例えば、5−FAM、JOE、NED、ROXの濃度をそれぞれ、b、g、y、rとする。また、それぞれの窓41〜44の積算値をI540、I560、I580、I610とする。すると、以下式(1)に示す4元連立方程式をb、g、y、rについて解くことによって、蛍光物質の濃度を求める
540=bx+gy+yb+rw
560=bx+gy+yb+rw
580=bx+gy+yb+rw
610=bx+gy+yb+rw(1)
ここで、基準スペクトル51における各窓41〜44での積算値を係数x、y、b、wとしている。同様に、基準スペクトル52における各窓41〜44での積算値を係数x、y、b、wとし、基準スペクトル53における各窓41〜44での積算値を係数x、y、b、wとし、基準スペクトル54における各窓41〜44での積算値を係数x、y、b、wとしている。各蛍光物質の基準スペクトル51〜54は既知であるため、これらの係数は、全て既知となっている。従って、処理部16が、上記の連立方程式をb、g、y、rについて解くことによって、蛍光物質の濃度を求めることが可能になる。
しかしながら、上記のように、蛍光スペクトルのピーク波長に応じた窓41〜44を設定する場合、適切に分析することができない恐れがある。例えば、蛍光スペクトルのピーク波長によっては、窓41〜44の設定が困難となることがある。例えば窓41〜44の幅が狭いと、積算する情報が少なくなり、ノイズが多くなる。一般に、ノイズは、積算する個数の平方根に比例して減少するからである。つまり、S/Nの観点から窓41〜44の幅が広いほうが有利だが、窓41〜44を広くしすぎると、他の蛍光物質のデータが含まれてしまう。したがって、適切な窓41〜44の設定が困難となる。
しかしながら、本実施の形態に係る分光解析方法を用いることで、適切に解析することができる。以下の説明では、説明の簡略化のため、2つの蛍光物質で標識した場合について説明を行う。
2つの蛍光物質が図3に示すような基準スペクトル61、62を有しているとする。この基準スペクトル61、62濃度を求めるために参照される基準スペクトルであり、既知となっている。基準スペクトル61、62は、蛍光物質毎に異なる。図3では、基準スペクトル61、62のピーク強度が1となるように規格化している。
処理部16は、複数の標識物質に対して設定された基準スペクトル61、62の光強度データを要素とする行列の一般化逆行列を算出する。ここで、一般化逆行列のデータを図3のグラフ中の一般化逆行列データ63、64として示す。処理部16は、観測スペクトルデータから試料に含まれるDNA断片を解析する。以下、処理部16が、試料を解析するために行う行列計算について説明する。
観測スペクトルデータに含まれる各波長での光強度データからなる行列をbとする。観測スペクトルデータが、例えば、m個(mは2よりも大きい整数)の光強度データを含んでいるとすると、行列bはm行1列の行列となる。ここで、行列bに含まれる要素を、b1,b2,・・・bmとする。
さらに、2つの蛍光物質の基準スペクトル61、62に含まれる光強度データからなる行列をAとする。行列Aはm行2列の行列となる。基準スペクトル61に含まれるm個の光強度データA11,A21,A31,・・・・Am1と、基準スペクトル62に含まれるm個の光強度データA12,A22,A32,・・・・Am2とが,行列Aの要素となる。光強度データA11,A21,A31,・・・・Am1が1行目の要素となり、光強度データA12,A22,A32,・・・・Am2が2行目の要素となる。なお、ここでは、試料を標識する蛍光物質を2としているため、行列Aは、m行2列の行列となっているが、用いられる蛍光物質の数に応じて、行列Aの行数が増加する。例えば、4つの塩基に対応して、4つの蛍光物質で試料を標識する場合、行列Aはm行4列の行列となる。
なお、基準スペクトル61、62の光強度データの数は、観測スペクトルに含まれる光強度データ数と同じとしている。すなわち、観測スペクトルと基準スペクトル61、62において、光強度データが存在する波長は同じとしている。もちろん、基準スペクトル61、62のデータ数と、観測スペクトルのデータとが異なる場合、データ補完により、データ数を一致させるようにしてもよい。
また、試料に含まれる蛍光物質の濃度からなる行列をxとする。ここでは、標識に用いられる蛍光物質が2つであるため、行列xは2行1列の行列となる。行列xに含まれる要素をx,xとする。処理部16は、行列xを求めるための処理を実行する。
各波長において、以下の式(2)が成り立つ
j=Aj1×x+Aj2×x・・・(2)
なお、jは1からmの間の任意の整数である。すなわち、標識に用いられる蛍光物質の濃度と、ある波長における基準スペクトルの光強度データとの積によって、その波長での観測スペクトルの光強度データが算出される。式(2)は任意の波長において成立するため、式(2)を行列A、行列b、及び行列xを用いて表すと、図4の式(3)を得ることができる
理想的な測定では、図4の式(3)が成立する。ここで求めたい行列xの要素x,xが2つであるのに対して、条件式がm個である。mが2よりも大きいため、条件過多となる。そこで、図5の式(4)に示す誤差rを最小とする近似解を求める。これは、|r|を最小とする最小二乗問題となる。
Aは正方行列ではないため、逆行列が存在しないが、一般化逆行列(一般逆行列ともいう)を算出することができる。一般化逆行列を用いることで、図4に示した式(3)からxを算出することができる。すなわち、処理部16は、一般可逆行列による最小二乗最適解を求める。
ここで、A=2行m列の行列とする。図6の式(5)に示すように、AAは正方行列(ここでは2行2列)となるため、逆行列を求めることができる。AAの逆行列を(AA)−1とすると、図6の式(5)から、行列xは以下の式(6)で算出することができる。
x=(AA)−1b ・・・(6)
式(6)は、図5の式(4)の誤差rを最小にする最小二乗解を求めることを意味している。そして、行列Aは既知の基準スペクトル61、62からなるため、(AA)−1を一義的に算出することが可能になる。
そして、観測スペクトルの行列bに(AA)−1をかけることで、行列xを算出することができる。よって、蛍光物質の濃度を求めることができる。例えば、C=(AA)−1とすると、Cが一般化逆行列となる。そして、Aの一般化逆行列Cと行列bとの積を求める。一般化逆行列(AA)−1の要素は図3で示した一般化逆行列データ63、64となる。すなわち、一般化逆行列データ63を1行目とし、一般化逆行列データ64を2行目とする2行m列の行列となる。
これにより、標識に用いられた複数の蛍光物質の濃度を簡便に算出することができる。さらに、図2で示したように、窓41〜44を設定していないため、より正確に濃度を算出することができる。例えば、窓41〜44を設定することによって、窓41〜44の外側の観測スペクトルの光強度データが使用されなくなってしまう。すなわち、蛍光物質の濃度を求めるための光強度データ数が少なくなってしまい、計算の精度が劣化してしまう。これに対して、本実施の形態では、観測スペクトルに含まれる光強度データをより多く使用することができるため、ノイズを低減することができ、測定精度を向上することができる。よって、正確に濃度を求めることができ、より適切な解析が可能になる。
このように、処理部16は、検出器15から出力された観測スペクトルデータに基づいて、試料中に含まれる複数の物質を解析する。そのため、処理部16は、複数の物質を標識する複数の標識物質に対して設定された基準スペクトル61、62のデータを行列として、基準スペクトル61、62のデータの行列の一般化逆行列を求める。処理部16は、観測スペクトルデータと一般化逆行列とを用いて、試料に含まれる物質を解析する。なお、基準スペクトルの行列の一般化逆行列を、あらかじめ算出しておけば、より短時間で処理を行うことができる。
こうすることで、より多くの観測スペクトルデータを用いた解析が可能になる。よって、蛍光のスペクトルに基づいて、適切に試料を解析することができ、測定誤差の小さいDNA鑑定が可能になる。
このように、PCR増幅された試料を電気泳動することで、DNA断片をサイズ分離している。そして、キャピラリ中のDNA断片に光を照射して、それぞれのサイズの観測スペクトルを検出する。複数の観測スペクトルに対して、上記の処理を行い、各塩基の濃度を算出する。サイズごとに塩基濃度分布を求める。DNA断片の塩基配列に応じて、DNA鑑定を行う。これにより、より正確なDNA鑑定が可能になる。
なお、上記した試料を解析するための制御は、コンピュータプログラムによって実行されても良い。上述した制御プログラムは、様々なタイプの非一時的なコンピュータ可読媒体(non-transitory computer readable medium)を用いて格納され、コンピュータに供給することができる。非一時的なコンピュータ可読媒体は、様々なタイプの実体のある記録媒体(tangible storage medium)を含む。非一時的なコンピュータ可読媒体の例は、磁気記録媒体(例えばフレキシブルディスク、磁気テープ、ハードディスクドライブ)、光磁気記録媒体(例えば光磁気ディスク)、CD−ROM(Read Only Memory)、CD−R、CD−R/W、半導体メモリ(例えば、マスクROM、PROM(Programmable ROM)、EPROM(Erasable PROM)、フラッシュROM、RAM(Random Access Memory))を含む。また、プログラムは、様々なタイプの一時的なコンピュータ可読媒体(transitory computer readable medium)によってコンピュータに供給されてもよい。一時的なコンピュータ可読媒体の例は、電気信号、光信号、及び電磁波を含む。一時的なコンピュータ可読媒体は、電線及び光ファイバ等の有線通信路、又は無線通信路を介して、プログラムをコンピュータに供給できる。
また、コンピュータが上述の実施の形態の機能を実現するプログラムを実行することにより、上述の実施の形態の機能が実現される場合だけでなく、このプログラムが、コンピュータ上で稼動しているOS(Operating System)もしくはアプリケーションソフトウェアと共同して、上述の実施の形態の機能を実現する場合も、本発明の実施の形態に含まれる。
以上、実施の形態を参照して本願発明を説明したが、本願発明は上記によって限定されるものではない。本願発明の構成や詳細には、発明のスコープ内で当業者が理解し得る様々な変更をすることができる。
この出願は、2012年9月19日に出願された日本出願特願2012−206023を基礎とする優先権を主張し、その開示の全てをここに取り込む。
本発明に係る分析解析装置は、DNA、核酸、たんぱく質などの分析に適用することが可能である。
11 注入部
12 キャピラリ
13 光源
14 分光器
15 検出器
16 処理部
20 チップ
41〜44 窓
51〜54 基準スペクトル
61、62 基準スペクトル
63、63 一般化逆行列データ

Claims (9)

  1. 塩基配列に応じて複数の標識物質で標識されたDNA断片を含む試料に照射する光を発生する光源と
    前記試料に照射された光によって、前記試料で発生した観測光を分光する分光器と、
    前記分光器で分光された観測光を検出して、観測スペクトルデータを出力する検出器と、
    前記検出器から出力された観測スペクトルデータに基づいて、試料中に含まれる複数の物質を解析する処理部であって、複数の標識物質に対して設定された基準スペクトルデータを要素とする行列の一般化逆行列を用いて、前記観測スペクトルデータから前記試料に含まれる前記DNA断片の各塩基の濃度を求める処理部と、を備え
    PCR増幅された前記試料を電気泳動することで前記DNA断片をサイズ分離し、
    前記処理部は、サイズ分離された前記DNA断片の各塩基の濃度を求めることで得られたサイズ毎の塩基濃度分布によってDNA鑑定を行う分光解析装置。
  2. 前記観測スペクトルデータの行列と、前記一般化逆行列との積を算出することで、前記試料に含まれる複数の標識物質の割合を算出する請求項1に記載の分光解析装置。
  3. 前記標識物質が蛍光物質であり、前記蛍光物質の既知の蛍光スペクトルに基づいて基準スペクトルが設定されている請求項1、又は2に記載の分光解析装置。
  4. 塩基配列に応じて複数の標識物質で標識されたDNA断片を含む試料に光を照射し、
    前記試料に照射された光によって、前記試料で発生した観測光を分光し、
    分光された前記観測光を検出して、観測スペクトルデータを出力し、
    複数の前記標識物質に対して設定された基準スペクトルデータを要素とする行列の一般化逆行列を求め、
    前記一般化逆行列と前記観測スペクトルデータとを用いて前記試料に含まれる前記DNA断片の各塩基の濃度を求め
    PCR増幅された前記試料を電気泳動することで前記DNA断片をサイズ分離し、
    サイズ分離された前記DNA断片の前記各塩基の濃度を求めることで得られたサイズ毎の塩基濃度分布によってDNA鑑定を行う分光解析方法。
  5. 前記観測スペクトルデータの行列と、前記一般化逆行列との積を算出することで、前記試料に含まれる複数の標識物質の割合を算出する請求項に記載の分光解析方法。
  6. 前記標識物質が蛍光物質であり、前記蛍光物質の既知の蛍光スペクトルが基準スペクトルと設定されている請求項4、又は5に記載の分光解析方法。
  7. 塩基配列に応じて複数の標識物質で標識されたDNA断片を含む試料で発生した光を分光測定することで得られた観測スペクトルデータを用いて、DNA鑑定を行う方法をコンピュータに対して実行させるプログラムであって、
    前記方法は、
    前記複数の標識物質に対して設定された基準スペクトルデータを行列として、前記基準スペクトルデータの行列の一般化逆行列を求め、
    前記観測スペクトルデータと前記一般化逆行列とを用いて、前記DNA断片の塩基濃度を求め、
    PCR増幅された前記試料を電気泳動することでサイズ分離された前記DNA断片の前記塩基濃度から、サイズ毎の塩基濃度分布を求め、
    前記サイズ毎の塩基濃度分布によってDNA鑑定を行うプログラム。
  8. 前記観測スペクトルデータの行列と、前記一般化逆行列との積を算出することで、前記試料に含まれる複数の標識物質の割合を算出する請求項に記載のプログラム。
  9. 前記標識物質が蛍光物質であり、前記蛍光物質の既知の蛍光スペクトルが基準スペクトルと設定されている請求項7、又は8に記載のプログラム。
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