JP6032715B2 - サーマルシフトアッセイを使用した、標的タンパク質とのリガンド結合を決定するための方法 - Google Patents
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Description
(a)前記標的タンパク質の沈殿を発生又は増大させることが可能である温度に、前記非精製標的タンパク質及び試験分子を含むサンプルを曝すステップ、
(b)ステップ(a)の生成物を処理して不溶性タンパク質から可溶性タンパク質を分離するステップ、及び
(c)標的タンパク質の存在に関してステップ(b)の可溶性タンパク質を分析するステップを含み、前記標的タンパク質が、前記標的タンパク質と融合したタグ、ペプチド、ポリペプチド又はタンパク質の酵素活性に基づいて検出されない方法を提供する。
(a)前記リガンドと結合した標的タンパク質の沈殿を発生又は増大させることが可能であるよりも高い程度に、非結合標的タンパク質の沈殿を発生又は増大させることが可能である温度に前記非精製サンプルを曝すステップ、
(b)ステップa)の生成物を処理して不溶性タンパク質から可溶性タンパク質を分離するステップ、及び
(c)標的タンパク質の存在に関してステップb)の可溶性タンパク質画分と不溶性タンパク質画分との一方又は両方を分析するステップを含み、前記標的タンパク質が、前記標的タンパク質と融合したタグ、ペプチド、ポリペプチド又はタンパク質の酵素活性に基づいて検出されない方法を提供する。
(a)標的タンパク質の初期溶融温度以上である温度を含めた一連の異なる温度に、前記標的タンパク質及び試験分子を含む非精製サンプルを曝すステップ、
(b)ステップa)の生成物を処理して不溶性タンパク質から可溶性タンパク質を分離するステップ、及び
(c)標的タンパク質の存在に関してステップb)の可溶性タンパク質画分と不溶性タンパク質画分との一方又は両方を分析するステップを含み、前記標的タンパク質が、前記標的タンパク質と融合したタグ、ペプチド、ポリペプチド又はタンパク質の酵素活性に基づいて検出されない方法を提供する。
(ai)前記非精製標的タンパク質に試験分子を加えるステップ、
(a)前記標的タンパク質の沈殿を発生又は増大させることが可能である温度にステップ(ai)の生成物を曝すステップ、
(b)ステップ(a)の生成物を処理して不溶性タンパク質から可溶性タンパク質を分離するステップ、及び
(c)標的タンパク質の存在に関してステップ(b)の可溶性タンパク質を分析するステップを含み、標的タンパク質の存在が、前記分子が前記標的タンパク質と結合し、前記標的タンパク質と結合することができるリガンドであることを示し、前記標的タンパク質が、前記標的タンパク質と融合したタグ、ペプチド、ポリペプチド又はタンパク質の酵素活性に基づいて検出されない方法も提供することができる。
d)1回又は複数回(例えば、2回以上、好ましくは3回又は4回又はそれより多く)異なる濃度のリガンド又は標的タンパク質でステップa)〜c)を反復する、
さらなるステップも含むことができる。
a)非結合標的タンパク質の沈殿を発生又は増大させることが可能であるよりも高い程度に、前記リガンドと結合した標的タンパク質の沈殿を発生又は増大させることが可能である温度に前記非精製サンプルを曝すステップ、
b)ステップa)の生成物を処理して不溶性タンパク質から可溶性タンパク質を分離するステップ、及び
c)標的タンパク質の存在に関してステップb)の可溶性タンパク質画分と不溶性タンパク質画分との一方又は両方を分析するステップを含み、前記標的タンパク質が、前記標的タンパク質と融合したタグ、ペプチド、ポリペプチド又はタンパク質の酵素活性に基づいて検出されない、方法を提供する。
a)非結合標的タンパク質の沈殿を発生又は増大させることが可能であるよりも高い程度に、前記リガンドと結合した標的タンパク質の沈殿を発生又は増大させることが可能である温度に前記非精製サンプルを曝すステップ、
b)ステップa)の生成物を処理して不溶性タンパク質から可溶性タンパク質を分離するステップ、及び
c)標的タンパク質の存在に関してステップb)の可溶性タンパク質画分を分析するステップを含み、前記標的タンパク質が、前記標的タンパク質と融合したタグ、ペプチド、ポリペプチド又はタンパク質の酵素活性に基づいて検出されない方法を提供する。
N末端ヒスタグを有する発現ベクターにおける3つのヒト可溶性タンパク質発現構築物を使用して、細胞中の各タンパク質の溶融温度を決定した。これは、タンパク質含有細胞を一連の高温に曝し、それぞれの温度ステップ後、溶解バッファーに浸した「溶解/濾過サンドウィッチ」に細胞をスポッティングすることによって行った。この溶解/濾過ステップを使用することによって、(そのタンパク質の特異的溶融温度まで)可溶性タンパク質を黒いスポットとして捕捉ニトロセルロース膜で検出することができ、一方沈殿タンパク質は(すなわち、その特異的溶融温度を超えた温度で)フィルター膜を通過することができず、したがって検出することができなかった。
対象の3つのタンパク質を過剰発現する大腸菌細胞の液体培養を、96ウェルディープウェルプレート(Porvair Plc、UK)中の、50μg/mlのカナマイシン(Sigma−Aldrich Co、USA)及び35μg/mlのクロラムフェニコール(Duchefa Biochemie、オランダ)及びグリセロールストック由来の凍結大腸菌を含有する1mlのLuria−Bertaniブロス(LB)(Formedium Ltd、UK)に接種することによって開始した。培養物は撹拌ボードにおいて一晩、700rpm及び+37℃でインキュベートした。翌日、100μlの各一晩培養物を、900μlのLB、50μg/mlのカナマイシン、及び35μg/mlのクロラムフェニコールを含有する新たな96ウェルディープウェルプレートの対応するウェルに移した。培養物は撹拌ボードにおいて、700rpm及び+37℃でインキュベートした。1.5時間後、温度を+18℃に下げ(30分)、100mMのIPTG(Anatrace/Affymetrix Co、USA)を加えることによってタンパク質の発現を誘導した。700rpm及び+18℃で撹拌ボードにおいて、一晩細胞を増殖させた。翌日1500gで2分間の遠心分離によって細胞をペレット状にし、900μlの上清を吸引によってそれぞれのウェルから除去し廃棄した。細胞ペレットは、残存100μl培地(すなわち10倍濃縮)中に再縣濁した。細胞縣濁液は8チューブPCRストリップ(Applied Biosystems、UK)に移し、サーモサイクラー中に置いた。以下の温度プログラムを使用した。それぞれのステップで+27℃〜+75℃、3℃増分、及び3分間保持。それぞれの温度で3分間保持した後、サーモサイクラーを止め、2μlのそれぞれの細胞縣濁液を、0.45μmの孔径を有するDuraporeフィルター膜(Millipore Inc、USA)(上部層)、Protran BA45ニトロセルロース膜(Schleicher & Schuell、ドイツ)(中間層)、及び3MM Whatman紙(VWR Int’l.Ltd、UK)からなる「溶解/濾過サンドウィッチ」に直ぐにスポッティングした。「溶解/濾過サンドウィッチ」は、天然型溶解バッファー(20mMのトリス−HCl pH8.0、100mMのNaCl、10mg/mlのライソザイム(Sigma−Aldrich Co、USA)、25U/μlのベンゾナーゼヌクレアーゼ(Novagen、デンマーク)及び完全プロテアーゼ阻害剤EDTA無含有錠剤(Roche、スイス)中に浸した。「溶解/濾過サンドウィッチ」に細胞をスポッティングした後、前述の手順をそれぞれの温度ステップで繰り返した。最後の細胞アリコートをスポッティングした後、「溶解/濾過サンドウィッチ」を室温で15分間インキュベートして、完全溶解バッファー及び液状細胞物質をフィルター膜に移した。その後「溶解/濾過サンドウィッチ」を10分間−80℃に凍結し、次いで+37℃で10分間解凍した。この凍結/解凍手順は3回繰り返した。ニトロセルロース膜は、1%BSA(VWR Int’l.Ltd、UK)を含有するTBSTバッファー(20mMのトリス−HCl pH7.5、500mMのNaCl、0.05%のTween−20)中で1時間ブロッキングした。次いでブロットを、ある程度撹拌しながら(卓上型振とう機)TBST中で10分間3回洗浄した。TBST中に1:5000希釈したINDIA HisProbe−HRP(Thermo Scientific、USA)と共に、1時間膜をインキュベートした。次いでブロットを、TBST中で10分間3回洗浄した。ブロット上の各スポットにおける標的タンパク質発現レベルの化学発光の検出は、SuperSignal West Dura(Pierce)Extended Duration Substrate(Thermo Scientific、USA)を使用して実施した。化学発光を検出し、CCDカメラ(BioRad Laboratories、Inc、USA)を使用して記録した。
可溶性タンパク質の存在を示す黒いスポットを特定温度まで検出し、それらはかすかな状態になり、最終的には高温で消失した(図1)。3個のIMAC精製タンパク質の溶融温度に関する以前のデータとの比較(右図)は、2組の結果の間の十分な相関関係を示した。溶融点が正確であるとは予想されない。タンパク質は、細胞中及び精製バッファー中で異なる溶媒環境を有するからである。この実験は、これらのタンパク質は細胞環境中で異なる溶融点を有すること、及びタンパク質の沈殿をモニタリングすることによって、これらの溶融点を容易に検出することができることを示す。
N末端ヒスタグを有する発現ベクターにおけるヒト可溶性PIK3C3タンパク質の発現構築物を使用して、2つのPIK3C3特異的阻害剤、ボルトマニン及び化合物15eの一方の添加及び結合後、PIK3C3構築物の溶融温度の上昇の可能性を調べた。2つの阻害剤の一方を用いたか又は用いない処理後、PIK3C3構築物を発現する細胞を一連の高温に曝し、それぞれの温度ステップ後、これらのタンパク質を発現した細胞は、溶解バッファーに浸した「溶解/濾過サンドウィッチ」にスポッティングした。この溶解/濾過ステップを「溶解/濾過サンドウィッチ」において使用することによって、(その構築物の特異的溶融温度まで)可溶性タンパク質を黒いスポットとして捕捉ニトロセルロース膜で検出することができ、一方沈殿タンパク質は(すなわち、その特異的溶融温度を超えた温度で)フィルター膜を通過することができず、したがって検出することができなかった。化合物15e又はボルトマニンで処理した構築物の溶融温度は、未処理サンプルの溶融温度と比較した。
PIK3C3構築物を過剰発現する大腸菌細胞の液体培養を、96ウェルディープウェルプレート(Porvair Plc、UK)中の、50μg/mlのカナマイシン(Sigma−Aldrich Co、USA)及び35μg/mlのクロラムフェニコール(Duchefa Biochemie、オランダ)及びグリセロールストック由来の凍結大腸菌を含有する1mlのLuria−Bertaniブロス(LB)(Formedium Ltd、UK)に接種することによって開始した。培養物は撹拌ボードにおいて一晩、700rpm及び+37℃でインキュベートした。翌日、100μlの各一晩培養物を、900μlのLB、50μg/mlのカナマイシン、及び35μg/mlのクロラムフェニコールを含有する新たな96ウェルディープウェルプレートの対応するウェルに移した。培養物は撹拌ボードにおいて、700rpm及び+37℃でインキュベートした。1.5時間後、温度を+18℃に下げ(30分)、100mMのIPTG(Anatrace/Affymetrix Co、USA)を加えることによってタンパク質の発現を誘導した。700rpm及び+18℃で撹拌ボードにおいて、一晩細胞を増殖させた。翌日1500gで2分間の遠心分離によって細胞をペレット状にし、900μlの上清を吸引によってそれぞれのウェルから除去し廃棄した。細胞ペレットは、残存100μl培地(すなわち10倍濃縮)中に再縣濁した。それぞれの実験用に、DMSO(Sigma−Aldrich Co、USA)中に溶かした1mMのPIK3C3阻害剤化合物15e(Santa Cruz Biotechnology、Inc、USA)若しくは500μMのボルトマニン(Santa Cruz Biotechnology、Inc、USA)、又は等体積(それぞれ1μl及び0.5μl)の純DMSOを加え、サンプルは室温で30分間軽く撹拌した。細胞縣濁液は8チューブPCRストリップ(Applied Biosystems、UK)に移し、サーモサイクラー中に置いた。以下の温度プログラムを使用した。それぞれのステップで+27℃〜+75℃、3℃増分、及び3分間保持。それぞれの温度で3分間保持した後、サーモサイクラーを止め、2μlのそれぞれの細胞縣濁液を、0.45μmの孔径を有するDuraporeフィルター膜(Millipore Inc、USA)(上部層)、Protran BA45ニトロセルロース膜(Schleicher & Schuell、ドイツ)(中間層)、及び3MM Whatman紙(VWR Int’l.Ltd、UK)からなる「溶解/濾過サンドウィッチ」に直ぐにスポッティングした。「溶解/濾過サンドウィッチ」は、天然型溶解バッファー(20mMのトリス−HCl pH8.0、100mMのNaCl、10mg/mlのライソザイム(Sigma−Aldrich Co、USA)、25U/μlのベンゾナーゼヌクレアーゼ(Novagen、デンマーク)及び完全プロテアーゼ阻害剤EDTA無含有錠剤(Roche、スイス)中に浸した。「溶解/濾過サンドウィッチ」に細胞をスポッティングした後、前述の手順をそれぞれの温度ステップで繰り返した。最後の細胞アリコートをスポッティングした後、「溶解/濾過サンドウィッチ」を室温で15分間インキュベートして、完全溶解バッファー及び液状細胞物質をフィルター膜に移した。その後「溶解/濾過サンドウィッチ」を10分間−80℃に凍結し、次いで+37℃で10分間解凍した。この凍結/解凍手順は3回繰り返した。ニトロセルロース膜は、1%BSA(VWR Int’l.Ltd、UK)を含有するTBSTバッファー(20mMのトリス−HCl pH7.5、500mMのNaCl、0.05%のTween−20)中で1時間ブロッキングした。次いでブロットを、ある程度撹拌しながら(卓上型振とう機)TBST中で10分間3回洗浄した。TBST中に1:5000希釈したINDIA HisProbe−HRP(Thermo Scientific、USA)と共に、1時間膜をインキュベートした。次いでブロットを、TBST中で10分間3回洗浄した。ブロット上の各スポットにおける標的タンパク質発現レベルの化学発光の検出は、SuperSignal West Dura(Pierce)Extended Duration Substrate(Thermo Scientific、USA)を使用して実施した。化学発光を検出し、CCDカメラ(BioRad Laboratories、Inc、USA)を使用して記録した。
可溶性タンパク質の存在を示す黒いスポットを特定温度まで検出し、その温度を超えるとスポットはもはや目に見えなくなった(図2)。化合物15eの添加は約+55℃〜+58℃の溶融温度の上昇をもたらし、一方ボルトマニンの添加は約+55℃と+65℃との間の溶融温度の上昇をもたらした。化合物15e又はボルトマニンの添加有り又は無しでの、IMAC精製PIK3C3構築物の溶融温度に関する以前のデータとの比較は、2組の結果の間の十分な相関関係を示した。この実験は、2つのPIK3C3阻害剤ボルトマニンと化合物15eとの一方の添加及び結合後に、細胞環境中でPIK3C3構築物の溶融温度の上昇を検出することができることを示す。
4つのタンパク質の溶融温度を決定するため、溶解物を培養哺乳動物細胞から調製し、一連の高温に曝した。温度ステップ後、沈殿したタンパク質を除去し、(すなわち、タンパク質の特異的溶融温度まで)検出する可溶性タンパク質のみを残した。
溶解物を培養ヒト腺癌細胞(A549)から調製した。細胞は氷上ハイポトニックバッファー中で破壊し均質化した。縣濁液は多数回凍結−解凍し、全ての不溶性凝集体及び細胞残骸を、溶解終了後に遠心分離によってペレット状にした。光学的に透明なサイトゾル画分を含有する上清を8チューブPCRストリップに等分し、一連の高温に曝した。3分間の加熱後、サンプルを冷却し、沈殿したタンパク質は遠心分離によってペレット状にした。可溶性タンパク質を含有する上清は分離ゲル上に載せた。さらに、最高温度から沈殿したタンパク質を含有するペレットはローディングバッファーに溶かし、ゲルの最終レーンに載せて、この画分中のタンパク質の存在を示した。ゲルはウエスタンブロット用ニトロセルロース膜でブロッティングした。膜を洗浄しブロッキング試薬でブロッキングし、ジヒドロ葉酸レダクターゼ(DHFR)、チミジレートシンターゼ(TS)、サイクリン依存性キナーゼ−2(CDK−2)及びタンパク質キナーゼC(PKC)に対する一次抗体でプローブ処理した。二次抗体を結合させ、結合した二次抗体からのシグナルは化学発光によって検出し、CCDカメラで記録した。強度を測定しプロットした。
可溶性タンパク質の存在を示す黒いスポットを特定温度まで検出し、それらはかすかな状態になり、最終的には高温で消失した(図3)。この実験は、これらのタンパク質は細胞環境中で異なる溶融点及び挙動を有すること、並びにタンパク質の沈殿をモニタリングすることによって、これらの溶融点を容易に検出することができることを示す(図4)。
阻害剤の添加及び結合後の溶融温度の上昇又は低下の可能性を調べるため、タンパク質ジヒドロ葉酸レダクターゼ(DHFR)及びチミジレートシンターゼ(TS)を培養哺乳動物細胞において試験した。
溶解物を培養ヒト腺癌細胞(A549)から調製した。細胞は氷上ハイポトニックバッファー中で破壊し均質化した。縣濁液は多数回凍結−解凍し、全ての不溶性凝集体及び細胞残骸を、溶解終了後に遠心分離によってペレット状にした。光学的に透明なサイトゾル画分を含有する上清は4つのアリコートに分け、2つのアリコートには、そのそれぞれのリガンド及び1つの対応する陰性対照を補充した。加えたリガンドの濃度は、薬剤/標的相互作用に関して記載したIC50値の10倍であった。それぞれのリガンドはDMSO中に溶かし、最終濃度は1%に設定した。
メトトレキサート又はラルチトレキセドの添加は溶融温度の上昇をもたらした(図5及び6)。この実験は、それぞれの阻害剤メトトレキサート及びラルチトレキセドの添加及び結合後、細胞環境中でDHFR又はTSの溶融温度の上昇を検出することができることを示す。
異なる系におけるリガンド結合の影響を研究するため、抗血管新生薬であるリガンドTNP−470の添加による、タンパク質メチオニン−アミノペプチダーゼ−2に対して安定又は不安定効果の可能性を決定した。研究は2つの異なる系由来の細胞:a)TNP−470とインキュベートした完全ウシ肝臓生検、及びb)TNP−470とインキュベートしたヒト培養細胞に行った。全てのサンプルは、TNP−470に曝さなかった参照サンプルと比較した。阻害剤有り又は無しの処理後に、サンプルを調製し一連の高温に曝した。沈殿したタンパク質画分は遠心分離によってペレット状にし、それぞれの温度ステップからの上清はゲルにおいてウエスタンブロットによって分析した。TNP−470で処理したタンパク質の溶融融温度は、未処理サンプルの溶融温度と比較した。
溶解物を培養ヒト細胞(K562)及びウシ肝臓サンプルに関して調製し、これらを氷上ハイポトニックバッファー中で破壊し均質化した。縣濁液は多数回凍結−解凍し、全ての不溶性凝集体及び細胞残骸を、溶解終了後に遠心分離によってペレット状にした。各細胞型の溶解物を2つのアリコートに分け、1つには(純DMSOに溶かした)TNP−470を補充し、もう1つには等体積の純DMSOを補充した。室温でのインキュベーション後、サンプルは8チューブPCRストリップにおいて50マイクロリットルの画分に分け、その後Veritiサーモサイクラー中に置いた。
ウエスタンブロット膜上の黒いバンドは、上清中に依然として存在する可溶性タンパク質の存在を示す。その温度を超えるとタンパク質がもはや目に見えなくなる特定温度まで、可溶性タンパク質を検出した。TNP−470の添加は溶融温度のシフト、ヒト細胞溶解物に関して62℃〜80℃(18℃のシフト)、及びウシ肝臓溶解物に関して66℃〜80℃(14℃のシフト)をもたらした(図7)。
見かけの結合定数を推定する目的の用量応答曲線を構築する目的で、ウシ肝臓溶解物を、メチオニンアミノペプチダーゼ−2を特異的に標的化するリガンドTNP−470の希釈系に曝した。この実施例の前に、用量を飽和レベルで設定した、処理及び未処理サンプルに対応する曲線を得ている(実施例5参照)。次いで溶融温度の差を使用して、処理サンプルが依然存在し、一方で未処理サンプルが沈殿する温度を決定することができる。この実施例用に、温度は+76℃に設定した。希釈系は10倍希釈の系として構築した。作製した曲線は、溶解物中の標的タンパク質を保証するのに必要なリガンド濃度の指標を与える。
溶解物をウシ肝臓サンプルから調製した。細胞は氷上ハイポトニックバッファー中で破壊し均質化した。縣濁液は多数回凍結−解凍し、全ての不溶性凝集体及び細胞残骸を、溶解終了後に遠心分離によってペレット状にした。光学的に透明なサイトゾル画分を含有する上清は8チューブPCRストリップに分け、それぞれのチューブは、リガンドの濃度が1ピコモルと100ナノモルの間の範囲であり、DMSO濃度が最終体積の1%であるように増加量のリガンドTNP−470を含有した。サンプルをインキュベートし、その後3分間で76℃に加熱した。加熱処理後、サンプルを冷却し、沈殿した画分は遠心分離によってペレット状にした。20マイクロリットルの各上清を除去し、ゲルローディングバッファーを補充し、加熱によって完全に変性させた。サンプルは分離ゲル上に載せ、全泳動時間経過後ニトロセルロース膜にブロッティングした。膜を洗浄し、ブロッキング試薬でブロッキングし、一次抗体及び二次抗体でプローブ処理した。結合した二次抗体からのシグナルは化学発光によって検出し、CCDカメラで記録した。強度を測定しプロットした。
ウエスタンブロット膜上の黒いバンドは、上清中のタンパク質の存在を示す。タンパク質が全く存在しない、又は非常にわずかなタンパク質が存在する場合、シグナルは全く目に見えない、又は非常にわずかなシグナルが目に見える。リガンドの濃度が増大すると、安定化タンパク質の量も増大する。ウエスタンブロット膜上の黒いバンドの徐々に増大するシグナルとして、これを観察する。集積強度のプロットは用量応答曲線をもたらし(図8)、これによってサンプル中の半分のタンパク質が結合リガンドによって保証された見かけの濃度(すなわち安定状態)を正確に決定することができる。これには患者に関する用量レジメンを設定する、又は身体の異なる器官における見かけの結合定数の研究によって薬剤に関する治療範囲を発見するのに有用な用途がある。
同族リガンド結合タンパク質(例えば、薬剤標的)が存在するリガンド(例えば、薬剤)の存在は、標的タンパク質を欠く複合試験サンプルにおいてさえ示され得る。これは、タンパク質(例えば、標的細胞の溶解物又は精製タンパク質)を含有するサンプルのアリコートを、生体液試験サンプルに加えることによって実施する。実施例6と一致して、対象のリガンドを含有する生体液(例えば、血漿又は血清)の連続希釈液を使用して、用量応答曲線を構築することもできる。このようにして作製した曲線をスパイクによって作製した用量応答曲線に適合させ、生体液中リガンドの推定濃度を得ることができる。
溶解物を培養ヒト腺癌細胞(A549)から調製した。細胞は氷上ハイポトニックバッファー中で破壊し均質化した。縣濁液は多数回凍結−解凍し、全ての不溶性凝集体及び細胞残骸を、溶解終了後に遠心分離によってペレット状にした。光学的に透明なサイトゾル画分を含有する上清を8チューブPCRストリップに等分し、それぞれのチューブは、熱処理A549溶解物中に溶けた増加量のリガンドTNP−470を含有していた(76℃での熱処理によって全ての標的タンパク質(メチオニンアミノペプチダーゼ−2)が沈殿し、リガンドが全く消費されないことが確実になった)。実施例6中と同様に、濃度は1ピコモルと100ナノモルとの間の有効濃度の範囲であった。
熱処理した溶解物を作製して、標的タンパク質を欠く生体液を模倣した。リガンド及びその連続希釈液による熱処理溶解物のスパイクによって、したがって応答曲線が生じ(図9)、in vitroに関して作製した用量応答曲線と比較及び適合させて、どの程度のリガンドがサンプル中に存在するかの推定値を得ることができた。
ヒト集団内では、通常少数のアミノ酸が置換された異なる変異体として、タンパク質が存在する。幾つかの場合これらの置換は、例えば癌等の疾患を助長する。タンパク質B−rafは、制御又は機能のかく乱がこのような疾患を引き起こし得る経路と関係がある。発癌性タンパク質をもたらす、B−rafに関する多くの異なるアミノ酸置換が記載されている。アミノ酸置換によって薬剤との結合能力が低いタンパク質が生じる可能性もあり、それは癌治療中の耐性発達の背景にある一誘導要因である。
B−rafのV600E置換体を含有する培養ヒトA375細胞、及びその野生型を含有するK562細胞から溶解物を調製した。細胞は氷上ハイポトニックバッファー中で破壊し均質化した。縣濁液は多数回凍結−解凍し、全ての不溶性凝集体及び細胞残骸を、溶解終了後に遠心分離によってペレット状にした。光学的に透明なサイトゾル画分を含有する上清を2本のチューブにそれぞれ等分し、それぞれのチューブはDMSOに溶かしたリガンドSB590885、又は対照用に純DMSOのいずれかを含有していた。サンプルをインキュベートし、その後50マイクロリットルの画分で8チューブPCRストリップに等分した。それぞれのステップで+44℃と+62℃の間の範囲、2℃増分、及び3分間保持で、一連の温度を異なるサンプルに施した。加熱後、サンプルを冷却し、沈殿したタンパク質は遠心分離によってペレット状にした。20マイクロリットルの各上清を除去し、ゲルローディングバッファーを補充し、加熱によって完全に変性させた。サンプルは分離ゲル上に載せ、全泳動時間経過後ニトロセルロース膜にブロッティングした。膜を洗浄し、ブロッキング試薬でブロッキングし、一次抗体及び二次抗体でプローブ処理した。結合した二次抗体からのシグナルは化学発光によって検出し、CCDカメラで記録した。リガンド処理後、強度を標準化及びプロットして溶融温度の変化を目に見える状態にした(図10)。
図10中の溶融曲線は、安定状態のリガンドが存在しない場合、置換V600E B−rafは野生型より安定性が低いことを示す。処理によって、V600E置換B−rafは約6℃の溶融温度の上昇で安定化し、一方野生型タンパク質は安定化後わずか3℃の溶融温度の上昇を示した。安定化後、V600E B−rafと野生型B−rafの両方が55℃の溶融温度を示した。
Claims (20)
- 非精製サンプルが、対象のリガンドと結合した標的タンパク質を含有するかどうか決定する方法であって、
a)標的タンパク質の初期溶融温度以上であって、前記リガンドと結合した標的タンパク質の沈殿を発生又は増大させることが可能であるよりも高い程度に、非結合標的タンパク質の沈殿を発生又は増大させることが可能である温度に前記非精製サンプルを曝すステップ、
b)ステップa)の生成物中の不溶性タンパク質から可溶性タンパク質を分離するステップ、及び
c)標的タンパク質の存在に関してステップb)の可溶性タンパク質画分と不溶性タンパク質画分との一方又は両方を分析するステップを含み、前記標的タンパク質が、検出部分に対するアフィニティー結合によって、又は質量分析法によって検出される、方法。 - ステップc)に従い可溶性画分を分析する、請求項1に記載の方法。
- 前記リガンドがタンパク質、DNA若しくはRNA分子、細胞代謝産物、薬剤又は別の化学物質である、請求項1又は2に記載の方法。
- 温度が40℃より高い、請求項1〜3のいずれか一項に記載の方法。
- 前記非精製サンプルを、標的の初期溶融温度以上である温度を含めた一連の異なる温度に曝す、請求項1〜4のいずれか一項に記載の方法。
- 抗体を使用して標的タンパク質を同定する、請求項1〜5のいずれか一項に記載の方法。
- 処理ステップ(b)が遠心分離、濾過又はアフィニティー分離のステップである、請求項1〜6のいずれか一項に記載の方法。
- 濾過ステップ由来の濾液中の標的タンパク質を分析ステップ(c)の前に固体担体上に捕捉する、請求項7に記載の方法。
- 標的タンパク質をサンプルに加えて前記サンプル中の対象のリガンドの有無を決定する、請求項1〜8のいずれか一項に記載の方法。
- 対象のリガンドをサンプルに加えて前記サンプル中の標的タンパク質の有無を決定する、請求項1〜8のいずれか一項に記載の方法。
- 標的タンパク質と結合することができるリガンドを同定するための方法であって、
a)標的タンパク質の初期溶融温度以上である温度を含めた一連の異なる温度に、前記標的タンパク質及び試験分子を含む非精製サンプルを曝すステップ、
b)ステップa)の生成物中の不溶性タンパク質から可溶性タンパク質を分離するステップ、及び
c)標的タンパク質の存在に関してステップb)の可溶性タンパク質画分と不溶性タンパク質画分との一方又は両方を分析するステップを含み、前記標的タンパク質が、検出部分に対するアフィニティー結合によって、又は質量分析法によって検出される、方法。 - 対照反応において、試験分子を加えず前記標的タンパク質を含む非精製サンプルも、前記方法に供する、請求項11に記載の方法。
- 非精製サンプルが、対象のリガンドと結合した標的タンパク質を含有するかどうか決定する方法であって、前記リガンドが融合タンパク質ではなく、
a)前記リガンドと結合した標的タンパク質の初期溶融温度以上であって、非結合標的タンパク質の沈殿を発生又は増大させることが可能であるよりも高い程度に、前記リガンドと結合した標的タンパク質の沈殿を発生又は増大させることが可能である温度に前記非精製サンプルを曝すステップ、
b)ステップa)の生成物中の不溶性タンパク質から可溶性タンパク質を分離するステップ、及び
c)標的タンパク質の存在に関してステップb)の可溶性タンパク質画分と不溶性タンパク質画分との一方又は両方を分析するステップを含み、前記標的タンパク質が、検出部分に対するアフィニティー結合によって、又は質量分析法によって検出される、方法。 - 抗体を使用して標的タンパク質を同定し、
処理ステップ(b)が遠心分離、濾過又はアフィニティー分離のステップである、請求項1〜5のいずれか一項に記載の方法。 - 前記標的タンパク質が、前記標的タンパク質と融合したタグ、ペプチド、ポリペプチド又はタンパク質の酵素活性に基づいて検出されない、請求項1〜14のいずれか一項に記載の方法。
- 前記非精製サンプルが細胞コロニー、細胞の液体培養液、又は患者若しくは動物サンプルである、請求項1〜15のいずれか一項に記載の方法。
- 前記患者若しくは動物サンプルが、前記患者若しくは動物から直接得たサンプル、及び/又は、組織サンプル、血液、血清若しくはリンパである、請求項16に記載の方法。
- 前記非精製サンプル中の前記標的タンパク質が細胞の内部又は表面に含まれる、請求項1〜17のいずれか一項に記載の方法。
- 前記非精製サンプルが、溶解のステップを実施する前に、ステップa)に供する、請求項1〜18のいずれか一項に記載の方法。
- 前記非精製サンプルが細胞コロニーであり、処理ステップ(b)が濾過であり、前記細胞コロニーがフィルター上から採取され、溶解がフィルター上の前記細胞コロニーで直接実施される、請求項1〜19のいずれか一項に記載の方法。
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