JP5933010B2 - 癌治療剤 - Google Patents
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Description
RNA干渉(RNA interference:RNAi)技術は、生命科学研究に頻繁に利用され、その有用性は広く確認されてきている。RNAiとは、二本鎖RNAによって配列特異的にmRNAが分解され、その結果遺伝子の発現が抑制される現象をいう。2001年に21塩基の低分子二本鎖RNAが哺乳動物細胞内でRNAiを媒介できることが報告されてから(非特許文献1)、siRNA (small interference RNA) は、標的遺伝子の発現抑制方法として頻用されている。また、siRNAは、医薬品への応用や、癌を含む種々の難治性疾患の治療への応用が期待されている。
miRNA(マイクロRNA)は、ゲノム上にコードされた内在性の20〜25塩基程度の非コード(non−coding)RNAである。miRNAは、ゲノムDNA上のmiRNA遺伝子から、まず数百〜数千塩基程度の長さの一次転写物(Primary miRNA:以下、「Pri−miRNA」と呼ぶことがある。)として転写され、次にプロセッシングを受けて約60〜70塩基程度のヘアピン構造を有するpre−miRNA(precusor miRNA)となる。その後、核から細胞質内ヘ移動し、さらにプロセッシングを受けて20〜25塩基程度の二本鎖成熟miRNAとなる。二本鎖成熟miRNAは、そのうちの一本鎖がRISC(RNA−Induced Silencing Complex)と呼ばれるタンパク質との複合体を形成し、標的遺伝子のmRNAに作用することで、標的遺伝子の翻訳を阻害する働きをすることが知られている(非特許文献1)。miRNAは、ヒトやマウスなどで1000種類以上が知られており、それぞれが複数の標的遺伝子の発現を調節し、細胞の増殖や分化など、様々な生命現象に関与することが示唆されている。例えば、造血細胞や神経細胞の分化などに関与するmiRNAについての報告がある(非特許文献2)。また、癌細胞の増殖に関与するmiRNAについても報告があり、miRNAの発現パターンを癌の臨床診断に利用することや、miRNAの発現を抑制することで癌細胞の増殖を抑制する癌の治療法について、提案がなされている(特許文献1、2)。 mir582はmiRNAの一つとして知られている。(非特許文献3)
膀胱の癌は前癌性の病変として一般に生じ、浸潤性癌へと変化し得る。一部は転移して増殖することもある。最も一般的な膀胱癌は、上皮起源の移行上皮癌であり、全ての膀胱癌の90%を占めている。表在性膀胱悪性腫瘍の患者は外科的に除去することができるが再発の傾向が大きい。また、下部筋肉組織へ深く浸潤する膀胱悪性腫瘍の場合は、5年生存率が約50%まで減じる。
〔1〕 少なくとも以下の:
(1)配列番号1又は配列番号2で示されるヌクレオチド配列から成る核酸;
(2)配列番号1又は配列番号2と70%以上の配列同一性を有するヌクレオチド配列から成る核酸であって、タンパク質発現抑制活性を示す核酸、又は
(3)上記(1)又は(2)のヌクレオチド配列及び当該ヌクレオチド配列と相補的な配列を含み、それにより鎖中の全部又は一部に二本鎖構造を形成する一本鎖又は二本鎖の核酸、
を含有することを特徴とする、癌治療のための医薬。
〔1−2〕 前記核酸が、PGGT1B、LRRK2、DIXDC1、及びRAB27Aからなる群から選択される少なくとも一つのRNAとハイブリッドを形成し得る核酸である、前記〔1〕に記載の医薬。
〔1−3〕 前記核酸が、KCNC1、PGGT1B、LRRK2、DIXDC1、及びRAB27Aからなる群から選択される少なくとも一つのタンパク質の発現を抑制し得る核酸である、前記〔1〕に記載の医薬。
〔2〕 前記核酸が、二本鎖の核酸である、前記〔1〕に記載の医薬。
なお、上記のように〔1〕を引用する項は、〔1〕の枝番として表した〔1−2〕等が存在する場合、当該項も同時に引用する。以下、同じである。
〔3〕 核酸が配列番号1で示されるヌクレオチド配列又はその部分配列から成る、前記〔1〕〜〔2〕のいずれかに記載の医薬。
〔3−2〕 核酸が配列番号1で示されるヌクレオチド配列から成る、前記〔1〕〜〔2〕のいずれかに記載の医薬。
〔4〕 核酸が配列番号2で示されるヌクレオチド配列又はその部分配列から成る、前記〔1〕〜〔2〕のいずれかに記載の医薬。
〔4−2〕 核酸が配列番号2で示されるヌクレオチド配列から成る、前記〔1〕〜〔2〕のいずれかに記載の医薬。
〔5〕 核酸がmiR582のヌクレオチド配列を含み、且つタンパク質発現抑制活性を示す、前記〔1〕〜〔2〕のいずれかに記載の医薬。
〔6〕 核酸がmiR582及びその前駆体からなる群より選ばれる少なくとも一つの核酸である、前記〔1〕〜〔2〕のいずれかに記載の医薬。
〔6−2〕 miR58の前駆体がpri−miR582又はpre−miR582である、前記〔1〕〜〔2〕のいずれかに記載の医薬。
〔7〕 核酸がmiR582である、前記〔1〕〜〔2〕のいずれかに記載の医薬。
〔8〕 核酸が修飾された核酸である、前記〔1〕〜〔7〕のいずれかに記載の医薬。
〔9〕 癌が、miR582の発現が減少している癌である前記〔1〕〜〔8〕のいずれかに記載の医薬。
〔10〕 癌が、膀胱癌である前記〔1〕〜〔8〕のいずれかに記載の医薬。
〔11〕 癌が、グレード2以上の膀胱癌である前記〔1〕〜〔8〕のいずれかに記載の医薬。
〔12〕 前記〔1〕〜〔8〕のいずれかに記載の核酸を含有する、癌の転移を抑制又は予防するための医薬。
〔13〕 経尿道的に哺乳動物に投与される、前記〔1〕〜〔12〕のいずれかに記載の医薬。
〔14−2〕 以下の(1)〜(3)の工程を含む、前記〔14〕に記載の方法;
(1)前記〔1〕〜〔13〕のいずれかに記載の医薬投与前に患者から摘出された正常組織又は正常細胞及び前記〔1〕〜〔13〕のいずれかに記載の医薬投与前に患者から摘出された癌組織又は癌細胞における配列番号1又は配列番号2に記載の核酸の発現レベル又は濃度を測定する工程、
(2)正常組織又は正常細胞と癌組織又は癌細胞との間で配列番号1又は配列番号2に記載の核酸の発現レベル又は濃度を比較する工程、及び
(3)癌組織又は癌細胞における配列番号1又は配列番号2に記載の核酸の発現レベル又は濃度が、正常組織又は正常細胞における配列番号1又は配列番号2に記載の核酸の発現レベル又は濃度よりも低い場合に、前記〔1〕〜〔13〕のいずれかに記載の医薬が治療効果があると予測する工程。
〔15〕 前記〔1〕〜〔13〕のいずれかに記載の医薬の治療効果を予測する方法又は当該予測を補助するための方法であって、癌におけるmiR582のゲノムのコピー数を測定する工程を含む方法。
〔15−2〕 以下の(1)〜(3)の工程を含む、前記〔15〕に記載の方法;
(1)前記〔1〕〜〔13〕のいずれかに記載の医薬投与前に患者から摘出された正常組織又は正常細胞及び前記〔1〕〜〔13〕のいずれかに記載の医薬投与前に患者から摘出された癌組織又は癌細胞におけるmiR582のゲノムのコピー数を測定する工程、
(2)正常組織又は正常細胞と癌組織又は癌細胞との間でmiR582のゲノムのコピー数を比較する工程、及び
(3)癌組織又は癌細胞におけるmiR582のゲノムのコピー数が、正常組織又は正常細胞におけるmiR582のゲノムのコピー数よりも低い場合に、前記〔1〕〜〔13〕のいずれかに記載の医薬が治療効果があると予測する工程。
〔16〕 前記〔1〕〜〔13〕のいずれかに記載の医薬の治療効果を判定する方法又は当該判定を補助するための方法であって、癌における配列番号1又は配列番号2に記載の核酸の発現レベル又は濃度を測定する工程を含む方法。
〔16−2〕 以下の(1)〜(3)の工程を含む、前記〔16〕に記載の方法;
(1)前記〔1〕〜〔13〕のいずれかに記載の医薬投与前に患者から摘出された癌組織又は癌細胞及び前記〔1〕〜〔13〕のいずれかに記載の医薬投与後に患者から摘出された癌組織又は癌細胞における配列番号1又は配列番号2に記載の核酸の発現レベル又は濃度を測定する工程、
(2)前記〔1〕〜〔13〕のいずれかに記載の医薬投与前に患者から摘出された癌組織又は癌細胞と前記〔1〕〜〔13〕のいずれかに記載の医薬投与後に患者から摘出された癌組織又は癌細胞との間で配列番号1又は配列番号2に記載の核酸の発現レベル又は濃度を比較する工程、及び
(3)前記〔1〕〜〔13〕のいずれかに記載の医薬投与後に患者から摘出された癌組織又は癌細胞における配列番号1又は配列番号2に記載の核酸の発現レベル又は濃度が、前記〔1〕〜〔13〕のいずれかに記載の医薬投与前に患者から摘出された癌組織又は癌細胞における配列番号1又は配列番号2に記載の核酸の発現レベル又は濃度よりも高い場合に、前記〔1〕〜〔13〕のいずれかに記載の医薬が治療効果があると判定する工程。
〔17〕 前記〔1〕〜〔13〕のいずれかに記載の医薬の治療効果を判定する方法又は当該判定を補助するための方法であって、癌におけるmiR582のゲノムのコピー数を測定する工程を含む方法。
〔17−2〕以下の(1)〜(3)の工程を含む、前記〔17〕に記載の方法;
(1)前記〔1〕〜〔13〕のいずれかに記載の医薬投与前に患者から摘出された癌組織又は癌細胞及び前記〔1〕〜〔13〕のいずれかに記載の医薬投与後に患者から摘出された癌組織又は癌細胞におけるmiR582のゲノムのコピー数を測定する工程、
(2)前記〔1〕〜〔13〕のいずれかに記載の医薬投与前に患者から摘出された癌組織又は癌細胞と前記〔1〕〜〔13〕のいずれかに記載の医薬投与後に患者から摘出された癌組織又は癌細胞との間でmiR582のゲノムのコピー数を比較する工程、及び
(3)前記〔1〕〜〔13〕のいずれかに記載の医薬投与後に患者から摘出された癌組織又は癌細胞におけるmiR582のゲノムのコピー数が、前記〔1〕〜〔13〕のいずれかに記載の医薬投与前に患者から摘出された癌組織又は癌細胞におけるmiR582のゲノムのコピー数よりも高い場合に、前記〔1〕〜〔13〕のいずれかに記載の医薬が治療効果があると判定する工程。
〔18〕 癌治療の予後を判定する方法又は当該判定を補助するための方法であって、癌における配列番号1又は配列番号2に記載の核酸の発現レベル又は濃度を測定する工程を含む方法。
〔18−2〕 以下の(1)〜(3)の工程を含む、前記〔18〕に記載の方法;
(1)患者から摘出された正常組織又は正常細胞及び患者から摘出された癌組織又は癌細胞における配列番号1又は配列番号2に記載の核酸の発現レベル又は濃度を測定する工程、
(2)正常組織又は正常細胞と癌組織又は癌細胞との間で配列番号1又は配列番号2に記載の核酸の発現レベル又は濃度を比較する工程、及び
(3)癌組織又は癌細胞における配列番号1又は配列番号2に記載の核酸の発現レベル又は濃度が、正常組織又は正常細胞における配列番号1又は配列番号2に記載の核酸の発現レベル又は濃度よりも低い場合に、癌治療の予後が悪いと判定する工程。
〔19〕 癌治療の予後を判定する方法又は当該判定を補助するための方法であって、癌におけるmiR582のゲノムのコピー数を測定する工程を含む方法。
〔19−2〕 以下の(1)〜(3)の工程を含む、前記〔19〕に記載の方法;
(1)患者から摘出された正常組織又は正常細胞及び患者から摘出された癌組織又は癌細胞におけるmiR582のゲノムのコピー数を測定する工程、
(2)正常組織又は正常細胞と癌組織又は癌細胞との間でmiR582のゲノムのコピー数を比較する工程、及び
(3)癌組織又は癌細胞におけるmiR582のゲノムのコピー数が、正常組織又は正常細胞におけるmiR582のゲノムのコピー数よりも低い場合に、癌治療の予後が悪いと判定する工程。
〔20〕 癌が膀胱癌である、前記〔14〕〜〔19〕のいずれかに記載の方法。
〔21〕 配列番号1又は配列番号2に記載の核酸を特異的に検出し得る核酸プローブを含む、前記〔1〕〜〔13〕のいずれかに記載の医薬の効果を判定するための組成物。
〔22〕 以下の(1)〜(3)の工程を含む、癌の増殖を抑制し得る物質を探索する方法;
(1)被検物質と配列番号1又は配列番号2に記載の核酸の発現を測定可能な細胞とを接触させる工程、
(2)被検物質を接触させた細胞における配列番号1又は配列番号2に記載の核酸の発現量を測定し、該発現量を被検物質を接触させない対照細胞における配列番号1又は配列番号2に記載の核酸の発現量と比較する工程、及び
(3)上記(2)の比較結果に基づいて、配列番号1又は配列番号2に記載の核酸の発現量を上昇制御する被検物質を、癌の増殖を阻害し得る物質として選択する工程。
〔23〕 以下の(1)〜(3)の工程を含む、癌の転移又は癌細胞の浸潤能を阻害し得る物質を探索する方法;
(1)被検物質と配列番号1又は配列番号2に記載の核酸の発現を測定可能な細胞とを接触させる工程;
(2)被検物質を接触させた細胞における配列番号1又は配列番号2に記載の核酸の発現量を測定し、該発現量を被検物質を接触させない対照細胞における配列番号1又は配列番号2に記載の核酸発現量と比較する工程、及び
(3)上記(2)の比較結果に基づいて、配列番号1又は配列番号2に記載の核酸の発現量を上昇制御する被検物質を、癌の転移又は癌細胞の浸潤能を阻害し得る物質として選択する工程。
〔24〕 少なくとも以下の:
(1)配列番号1又は配列番号2で示されるヌクレオチド配列から成る核酸;
(2)配列番号1又は配列番号2と70%以上の配列同一性を有するヌクレオチド配列から成る核酸であって、KCNC1、PGGT1B、LRRK2、DIXDC1、及びRAB27Aからなる群から選択される少なくとも一つのタンパク質の発現抑制活性を示す核酸、又は
(3)上記(1)又は(2)のヌクレオチド配列及び当該ヌクレオチド配列と相補的な配列を含み、それにより鎖中の全部又は一部に二本鎖構造を形成する一本鎖又は二本鎖の核酸、
を含有することを特徴とする、KCNC1、PGGT1B、LRRK2、DIXDC1、及びRAB27Aからなる群から選択される少なくとも一つのタンパク質の発現抑制剤。
1.有効成分
a.配列番号1又は2で示される核酸及び機能的類似物
有効成分に関する本実施の形態としては、まず、配列番号1(以下、「miR582−5p」と呼ぶことがある。)又は配列番号2(以下、「miR582−3p」と呼ぶことがある。)で表されるヌクレオチド配列から成る核酸が挙げられる。それらの核酸は、本発明の最も典型的な有効成分である。加えて、当該核酸の機能的類似物もまた、本発明の有効成分として使用可能である。
(1)配列番号1又は配列番号2で表されるヌクレオチド配列中の1〜6個(好ましくは1〜3個、より好ましくは1又は2個)のヌクレオチドが欠失したヌクレオチド配列、
(2)配列番号1又は配列番号2で表されるヌクレオチド配列に1〜6個(好ましくは1〜3個、より好ましくは1又は2個)のヌクレオチドが付加されたヌクレオチド配列、
(3)配列番号1又は配列番号2で表されるヌクレオチド配列に1〜6個(好ましくは1〜3個、より好ましくは1又は2個)のヌクレオチドが挿入されたヌクレオチド酸配列、
(4)配列番号1又は配列番号2で表されるヌクレオチド配列中の1〜6個(好ましくは1〜3個、より好ましくは1又は2個)のヌクレオチドが他のヌクレオチドで置換されたヌクレオチド配列、又は
(5)上記(1)〜(4)の変異が組み合わされたヌクレオチド配列(この場合、変異したヌクレオチドの総和が、1〜6個(好ましくは1〜3個、より好ましくは1又は2個))
が挙げられる。
本実施の態様における機能的類似物はまた、配列番号1又は配列番号2の「部分配列」から成ることが好ましい。本実施の形態に関連する「部分配列」とは、miRNAが標的遺伝子を認識するのに必要な最小限のヌクレオチド配列を含む核酸を意味する。この最小限のヌクレオチド配列はシード配列としてその存在がよく知られている(Proc.Natl.Acad.Sci.,104:19291−6(2007))。つまり、miRNAにおいてはシード配列と呼ばれる5’末端から2〜8番目の塩基配列が非常に重要で、miRNAの標的となるmRNAの多くはその3’非翻訳領域にこのシード配列と相補的な配列を持っている。これにより、miRNAはそのシード配列と相補的な配列を持っている特定のmRNAを認識しその機能を抑制する。また、シード配列は7塩基という短い配列で構成されているため、1つのmiRNAがシード配列と相補的な配列を持っている複数のmRNAを標的にして、本来のmiRNA活性を発揮することが可能となる。例えば、配列番号1のシード配列としては、3’−UGACAUU−5’が挙げられる。また、配列番号2のシード配列としては、3’−GGUCAAU−5’が挙げられる。従って、本実施の形態における有効成分は、配列番号1又は2の上記シード配列から成るか、或いは当該シード配列を含む連続する15塩基以上、より好ましくは17塩基以上、よりいっそう好ましくは19塩基以上、最も好ましくは20塩基を有してよい。
一方、本実施の形態における核酸及び機能的類似物(以下、当該核酸と機能的類似物をまとめて「本発明の核酸」または「本実施の形態における核酸」等ということがある。)は、後述する本発明の所望の活性のうちの少なくとも一つ以上を示す限り、その長さに上限はない。しかし、合成の容易さや抗原性の問題等を考慮すると、本実施の形態における核酸の長さは、上限としては、例えば200塩基以下、好ましくは130塩基以下、より好ましくは50塩基以下であり、最も好ましくは30塩基以下である。下限としては、例えば7塩基以上、典型的には15塩基以上、好ましくは、17塩基以上である。なお、本明細書において、核酸がヘアピンループ型の構造をとることにより部分的に2本鎖構造を形成する場合であっても、その核酸の長さは一本鎖の長さとして計算するものとする。
上記配列番号1で表されるヌクレオチド配列から成る核酸と配列番号2で表されるヌクレオチド配列から成る核酸により構成される2本鎖形態のRNA(式(I))は、「成熟型miR582」として公知である(非特許文献3)。
したがって、本実施の形態の有効成分は、上記成熟型miR582であってよい。
本実施の形態の有効成分は、miR582の前駆体でもあり得る。miR582の前駆体とは、細胞内のプロセシングや2本鎖核酸の開裂の結果として、細胞内において成熟型miR582を生じ得る核酸を意味する。具体的には、miR582のpri−miRNAやpre−miRNA等を挙げることができる。pri−miRNAはmiRNA遺伝子の一次転写産物(1本鎖RNA)であり、通常数百〜数千塩基程度の長さを有する。pre−miRNAは、pri−miRNAが細胞内プロセシングを受けることにより生じるヘアピン構造を有する1本鎖RNAであり、通常90〜110塩基の長さを有する。miR582のpri−miRNAやpre−miRNAは公知の分子であり、例えばサンガー研究所が作成しているmiRBaseデータベース:http://microrna.sanger.ac.uk/等に開示されている。miR582の好適なpre−miRNAとしては、「MI0003589」として知られるヌクレオチド配列からなる1本鎖RNAを挙げることが出来る。
天然型の核酸は、細胞中に存在する核酸分解酵素によって容易に分解される場合がある。従って、本実施の形態における核酸には、各種分解酵素に対して抵抗性となるように修飾された核酸(以下、「修飾体」と呼ぶことがある。)も含まれる(例えば、Curr.Top.Med.Chem.,6:913−25(2006)及びMol.Biosyst.,6:862−70(2010)参照。)。具体的には、前記の核酸のいずれかを、後述する本発明の所望の生理活性の全てが損なわれることのないように修飾したものが本実施の形態における核酸に含まれる。当該修飾体の例としては、糖鎖部分が修飾されているもの(例えば、2’−0メチル化)、塩基部分が修飾されているもの、リン酸部分やヒドロキシル部分が修飾されているもの(例えば、ビオチン、アミノ基、低級アルキルアミン基、アセチル基等)を挙げることができるが、これに限定されない。また、核酸自体を修飾してもよい。核酸自体を修飾するとは、例えば、その5’端又は3’端にコレステロール、ビタミン等の脂質性物質や蛍光物質の付加を施すことが挙げられる。また、例えば、miR582と同ーの領域と、その配列と60%〜100%未満相補的である相補領域とを含む合成核酸であってもよい。或いは、国際公開第W02006/627171号パンフレットに記載のような合成RNA分子としてもよい。
本実施の形態における核酸は、癌細胞内ヘ取り込まれると、癌細胞の浸潤増殖抑制活性、癌細胞の転移を抑制する作用を示し得る。また、当該作用は、本実施の形態における核酸がタンパク質発現抑制活性を有することに起因するものと考えられる。従って、本実施の形態における核酸は、少なくともタンパク質発現抑制活性を有する必要がある。タンパク質発現抑制には、標的mRNAの発現を抑制すること(この作用をRNA発現抑制活性と呼ぶことがある)、及び標的mRNAの翻訳を阻害することが含まれる。前記標的mRNAの発現を抑制することには、転写されて生成した標的mRNAを分解し、結果として標的mRNAの発現量を減少させることが含まれる。より特定的には、本実施の形態において、「miR582活性を有する核酸」を本実施の形態における医薬に使用することが好ましい。ここで、「miR582活性」とは、いずれかの天然型「miR582」分子の標的となり得るmRNAに関連するタンパク質のうちの少なくとも一つの発現を抑制する活性であり、典型的な例としては当該mRNAのうちの少なくとも一つの発現を抑制する活性を言う。しかして、本実施の形態の「miR582活性を有する核酸」は、天然型「miR582」分子の標的mRNAに関連するタンパク質のうちの少なくとも一つの発現を抑制するか、或いは当該mRNAのうちの少なくとも一つの発現を抑制する核酸であればよい。天然型「miR582」が発現を抑制する標的mRNAとしては、例えばPGGT1B(Gene ID 5229)、LRRK2(Gene ID 120892)、DIXDC1(Gene ID 85458)、RAB27A(Gene ID 5873)、KCNC1(Gene ID 3746)、TEX19(Gene ID 400629)、又はASGR1(Gene ID 432)が挙げられる。
本実施の形態における治療対象の癌細胞は、通常、哺乳動物(例えば、ラット、マウス、モルモット、ウサギ、ヒツジ、ウマ、ブ夕、ウシ、サル、ヒト、好ましくはヒト)の癌細胞である。そのような癌の種類は、miR582の発現が減少している癌であれば特に限定されないが、例えば、膀胱癌、乳癌、肺癌、肺臓癌、前立腺癌、骨肉腫、食道癌、肝臓癌、胃癌、大腸癌、直腸癌、結腸癌、尿管腫瘍、脳腫瘍、胆嚢癌、胆管癌、胆道癌、腎癌、卵巣癌、子宮頚癌、甲状腺癌、睾丸腫瘍、カポジ肉腫、上顎癌、舌癌、口唇癌、口腔癌、咽頭癌、喉頭癌、筋肉腫、皮膚癌などの固形癌、骨髄腫、又は白血病等が例示される。治療の対象となる癌としては、膀胱癌が好ましく、転移性の膀胱癌がより好ましい。また、治療の対象となる膀胱癌としては、グレード2又はグレード3の膀胱癌であることが好ましく、グレード2の膀胱癌であることがより好ましい。また、一態様として、グレード3の膀胱癌を好適に治療し得る。
本実施の形態における医薬は、有効量の本実施の形態における核酸に加え、任意の担体、例えば医薬上許容される担体を含むことができ、医薬組成物の形態で医薬として適用される。
本実施の形態としては、癌におけるmiR582の発現レベルを測定すること、及び当該発現レベルが癌では正常組織と比較して低下することに基づき、本実施の形態における医薬の治療効果を予測する方法ないし医師が当該予測を行うことを補助する方法(以下、それらの両方法をまとめて「予測方法」等と略すことがある。)が挙げられる。
本実施の形態としては、癌におけるmiR582の発現レベルを測定すること、及び当該発現レベルが癌では正常組織と比較して低下することに基づき、本実施の形態における医薬の治療効果を判定する方法ないし医師が当該判定を行うことを補助する方法(以下、それらの両方法をまとめて「判定方法」等と略すことがある。)が挙げられる。
本実施の形態としては、癌におけるmiR582の発現レベルを測定すること、及び当該発現レベルが癌では正常組織と比較して低下すること、或いはmiR582のゲノム領域のコピー数を測定し、miR582の発現量を予測することに基づき、癌治療の予後を判定する方法ないし医師が当該予後の判定を行うことを補助する方法(以下、それらの両方法をまとめて「予後判定方法」等と略すことがある。)が挙げられる。
本実施の形態としては、被検物質がmiR582の発現を増強するか否かを評価することを含む、癌の増殖を抑制する物質を探索する方法、癌の転移又は癌細胞の浸潤能を阻害し得る物質を探索する方法、並びに当該方法により得られうる物質が挙げられる。本実施の形態における探索方法においては、miR582の発現を上方制御する物質が、癌の増殖を抑制し得る物質、癌の転移又は癌細胞の浸潤能を阻害し得る物質として選択される。
(1)被検物質と配列番号1又は配列番号2に記載の核酸の発現を測定可能な細胞とを接触させる工程、
(2)被検物質を接触させた細胞における配列番号1又は配列番号2に記載の核酸の発現量を測定し、該発現量を被検物質を接触させない対照細胞における配列番号1又は配列番号2に記載の核酸の発現量と比較する工程、及び
(3)上記(2)の比較結果に基づいて、配列番号1又は配列番号2に記載の核酸の発現量を上昇制御する被検物質を、癌の増殖を阻害し得る物質として選択する工程。
(1)被検物質と配列番号1又は配列番号2に記載の核酸の発現を測定可能な細胞とを接触させる工程、
(2)被検物質を接触させた細胞における配列番号1又は配列番号2に記載の核酸の発現量を測定し、該発現量を被検物質を接触させない対照細胞における配列番号1又は配列番号2に記載の核酸の発現量と比較する工程、及び
(3)上記(2)の比較結果に基づいて、配列番号1又は配列番号2に記載の核酸の発現量を上昇制御する被検物質を、癌の転移又は癌細胞の浸潤能を阻害し得る物質として選択する工程。
ヒト膀胱癌細胞株UM−UC−3、5637、T24及びHT1376、並びにヒト膀胱移行上皮性乳頭腫細胞株RT4及びマウス膀胱癌細胞MBT2細胞から、RNAを、QIAzol(製品名、Invitrogen社)とmiRNeasy Mini Kit(製品名、Qiagen)を用いて、製品に添付のプロトコールに従って精製した。ヒト膀胱癌細胞のRNAはAmbion社のHuman Bladder Total RNAを用いた。miR582−5pとmiR582−3pの発現はTaqMan MicroRNA Assays(製品名、Applied Biosystems社)を用いて定量した。定量PCR反応はABI7300(製品名、Applied Biosystems社)を用い、内部標準にはヒトRNU6B(4373381、Applied Biosystems社)或いはhas−miR−103(Applied Biosystems社)を用いた。ヒト膀胱移行上皮性乳頭腫細胞株RT4及び正常膀胱細胞では、miR582−5p及びmiR582−3pの発現は高かった。膀胱癌細胞UM−UC−3、5637、HT1376及びMBT2では、全体的にmiR582−5p及びmiR582−3pの発現は低下しており、浸潤能の高い膀胱癌細胞株であるUM−UC−3、HT1376及びMBT2では明らかに発現が低下していた(図1)。T24は浸潤能の高い膀胱癌細胞株であるが、この細胞株ではmiR582−5p及びmiR582−3pの発現の著しい低下は認められなかった。
ヒト膀胱癌細胞UM−UC−3、T24及びHT1376からゲノムDNAを、GenElute 哺乳動物用ゲノムDNAミニプレップキット(Sigma−Aldrich社)を用いて、製品に添付のプロトコールに従って抽出した。染色体5q12上のmiR582領域の定量PCRは、Platinum SYBR Green qPCR SuperMix−UDG(製品名、Invitrogen社)を用いて行った。定量PCRに用いたプライマー配列を配列番号4と配列番号5に示す。
ヒト膀胱癌細胞株UM−UC−3の増殖抑制活性の確認には、miR582、miR582−5p及びmiR582−3pを用いた。それらは、いずれもBONAC社より購入した。ネガティブコントロールにはAllstars negative control siRNA(Qiagen)を用いた。UM−UC−3細胞株に上記の各miRNAを、各々25nMの濃度で、DharmaFECT1(Dharmacon社)を用いて、製品に添付のプロトコールに従って導入した。その細胞を、37℃、5% CO2で24時間培養後、3,000細胞/wellで96穴プレートに播種し直した。さらに3日間培養後、生細胞数を、Tetra Color One Assay Kit(製品名、生化学工業社)を用いて、製品に添付のプロトコールに従って450nmの吸光度をEnvision(PerkinElmer社)で測定することで評価した。
UM−UC−3細胞株に、実施例3で用いたものと同様の、miR582、miR582−5p及びmiR582−3p、或いはAllstars negative control siRNA(Qiagen)を、各々25nMの濃度で、DharmaFECT1(Dharmacon社)を用いて、製品に添付のプロトコールに従って導入した。その細胞を、37℃、5% CO2で24時間培養後、細胞浸潤アッセイに供した。当該アッセイは、24−well Biocoat Matrigel invasion chamber (8μm、Becton Dickinson社)を用いて、製品に添付のプロトコールに従って行った。詳細には、細胞を100,000細胞/wellで24穴プレートのアッパーチャンバーに播種し、ロアーチャンバーの培養液には終濃度10%で FBSを添加した。37℃、5% CO2で24時間培養後、透過膜のアッパーチャンバー側に付着した細胞をふき取り、ロアーチャンバー側に浸潤した細胞をディフ・クイック(シスメックス社)で固定、染色した。顕微鏡下でランダムな3視野における浸潤した細胞数をカウントし、各実験群における浸潤細胞数を求めた。
マウスに対して、ルシフェラーゼ遺伝子を発現するUM−UC−3細胞(UM−UC−3−LUC)の5,000,000細胞個を膀胱内投与して癌移植を行った。癌の増殖と転移は週に1回の頻度で、in vivo imagingにより観察した。すなわち、D−luciferin(Promega社)を150mg/kgで腹腔内投与し10分間放置した後、癌組織における生物発光をIVIS Imaging System(Xenogen社)を用いて、製品に添付の方法に従ってフォトンカウントで検出し、癌の増殖を測定した。データ解析はLivingImage software(version2.5、Xenogen社)で行った。癌移植後4日目に移植した癌の大きさを生物発光で測定し、群間で発光量が揃うようにマウスを2群に分けた。
miR582の標的遺伝子を同定するため、以下の実験を行い、各実験において標的候補遺伝子を抽出した。
1) 下記の実験に用いる安定発現細胞を以下のように樹立した。pHA−hAGO2−Puro(RA703A−1、SBI)はViraPower Packaging Mix(K4975−00、Invitrogen)と共に、製品に添付のプロトコールに従ってL293T細胞へトランスフェクトした。その細胞を37℃、5% CO2で48時間培養後、培養上清を回収しウイルス溶液とした。製品に添付のプロトコールに従ってウイルスをUM−UC−3細胞に感染させ、2μg/mlのpuromycin存在下で、37℃、5% CO2で2週間培養し、HA−AGO2を安定的に発現するUM−UC−3/HA−AGO2を得た。Pre−miR582配列は配列番号8と配列番号9をプライマーに用いて、HT1376細胞株のゲノムDNAからPCR増幅させ、pCDH−CMV−MCS−EF1−GreenPuro cDNA cloning and expression Vector(CD513B−1、SBI)のEcoRIとBamHIサイトにクローニングした。
実施例6でmiR582の標的遺伝子と予測した46遺伝子のうち、KCNC1、PGGT1B、LRRK2、DIXDC1及びRAB27A遺伝子の5種について、その遺伝子発現をmiR582が導入されたUM−UC−3細胞で検討した。実施例3で用いたものと同様のmiR582、miR582−5p及びmiR582−3p、或いはコントロールsiRNA(Allstars negative control siRNA、Qiagen)を、各々25nMの濃度で、DharmaFECT1(Dharmacon社)を用いて、製品に添付のプロトコールに従って導入した。その後、37℃、5% CO2で24時間培養したUM−UC−3細胞からRNAを、QIAzol(Invitrogen社)とmiRNeasy Mini Kit(Qiagen)を用いて、製品に添付のプロトコールに従って抽出、精製した。得られたRNAから、High Capacity cDNA Reverse Transcription Kit(製品名、Applied Biosystems社)を用いて、添付のプロトコールに従ってcDNAを合成した。cDNAについて、Platinum SYBR Green qPCR SuperMix−UDG(前出)を用いて定量PCRを行って各遺伝子の定量を行った。内部標準にはβアクチンを用いて、各遺伝子の発現データの標準化を行った。定量PCRに用いた各プライマー配列は、KCNC1については配列番号10と配列番号11、PGGT1Bについては配列番号12と配列番号13、LRRK2については配列番号14と配列番号15、RAB27Aについては配列番号16と配列番号17、DIXDC1については配列番号18と配列番号19、そしてβアクチンについては配列番号20と配列番号21に示す。
KCNC1、PGGT1B、LRRK2、DIXDC1及びRAB27A遺伝子の3’−UTR領域を、ヒトゲノムDNAからPCRで増幅し、psiCHECK−2プラスミド(Promega社)のNotIとXhoIサイトにクローニングした。KCNC1の3’−UTR領域(KCNC1−#1;KCNC1 mRNA内の位置、3,955−5,450bp)の増幅に用いたPCRプライマーは配列番号22と配列番号23に、KCNC1の3’−UTR領域(KCNC1−#2;KCNC1 mRNA内の位置、5,712−6,698bp)の増幅に用いたPCRプライマーは配列番号24と配列番号25に示す。PGGT1Bの3’−UTR領域(PGGT1B mRNA内の位置、1,178−2,713bp)の増幅に用いたPCRプライマーは配列番号26と配列番号27に、LRRK2の3’−UTR領域(LRRK2 mRNA内の位置、7,777−9,130bp)の増幅に用いた配列番号28と配列番号29に、RAB27Aの3’−UTR領域(RAB27A mRNA内の位置、1,988−2,533bp)の増幅に用いた配列番号30と配列番号31に示す。DIXDC1の3’−UTR領域(DIXDC1−#1;DIXDC1 mRNA内の位置、2,908−4,420bp)の増幅に用いたPCRプライマーは配列番号32と配列番号33に、DIXDC1の3’−UTR領域(DIXDC1−#2;DIXDC1 mRNA内の位置、5,465−5,890bp)の増幅に用いたPCRプライマーは配列番号34と配列番号35に示す。
UM−UC−3細胞に、miR582、或いはコントロールsiRNA(Allstars negative control siRNA、Qiagen)を、各々25nMの濃度でDharmFECT1(Thermo Fisher Scientific)を用いてトランスフェクションした。37℃、5% CO2で48時間培養後、細胞を回収し、M−PER mammalian protein extraction reagent(製品名、Pierce社)を用いて細胞ライセートを調製した。ライセート中の細胞タンパクをSDS−PAGEで電気泳動し、定法に従ってWestern Blottingを行った。ブロッキング(Bloking ONE、03953−95、ナカライテスク社)を行った後、抗KCNC1抗体(1:500希釈、ab84823、Abcam)、抗PGGT1B抗体(1:500希釈、ab55615、Abcam)、抗LRRK2抗体(1:500希釈、ab57329、Abcam)、抗DIXDC1抗体(1:500希釈、ab67763、Abcam)及び抗RAB27A抗体(1:200希釈、ab55667、Abcam)を1次抗体に使用した。HRP−linked anti−mouse secondary antibody(NA931V、GE Healthcare)は1:5000の希釈で2次抗体に用いた。目的蛋白質の検出はECL Plus Western blotting system(製品名、GEヘルスケア社)を用いて、LuminoImager(LAS−3000、富士写真フィルム社)で行った。その結果、miR582をトランスフェクトしたUM−UC−3細胞では、コントロールと比較してKCNC1、PGGT1B、LRRK2、DIXDC1及びRAB27Aの蛋白量の減少が認められた(図9)。
下記、試験に用いたKCNC1のsiRNAの配列を配列番号36と配列番号37に、PGGT1BのsiRNA配列を配列番号38と配列番号39に、LRRK2のsiRNA配列を配列番号40と配列番号41に、RAB27AのsiRNA配列を配列番号42と配列番号43に、DIXDC1のsiRNA配列を配列番号44と配列番号45に示す。
UM−UC−3細胞株に、KCNC1のsiRNA(配列番号36と配列番号37)、PGGT1BのsiRNA(配列番号38と配列番号39)、LRRK2のsiRNA(配列番号40と配列番号41)、RAB27AのsiRNA(配列番号42と配列番号43)、DIXDC1のsiRNA(配列番号44と配列番号45)或いはAllstars negative control siRNA(Qiagen)を25nMの濃度で、DharmaFECT1(Dharmacon社)を用いて、製品に添付のプロトコールに従って導入した。その細胞を37℃、5% CO2で24時間培養し後、細胞浸潤アッセイを行った。当該アッセイは、24−well Biocoat Matrigel invasion chamber (8μm、Becton Dickinson社)を用いて、製品に添付のプロトコールに従って行った。詳細には、細胞を100,000細胞/wellで24穴プレートのアッパーチャンバーに播種した。ロアーチャンバーの培養液には終濃度10%で FBSを添加した。37℃、5% CO2で24時間培養後、透過膜のアッパーチャンバー側に付着した細胞をふき取り、ロアーチャンバー側に浸潤した細胞をディフ・クイック(シスメックス社)で固定、染色した。顕微鏡下でランダムな3視野における浸潤した細胞数をカウントし、各実験群における浸潤細胞数を求めた。
29人の膀胱癌患者から経尿道的切除、或いは根治的膀胱切除術によってヒト膀胱組織を摘出し、検体とした。癌組織と正常上皮組織はホルマリンで固定し、パラフィン包埋後、組織切片を作成し、顕微鏡観察を行い、レーザー・キャプチャー・ダイセクションで目的とする細胞を得た。得られた細胞からRNAを、QIAzol(Invitrogen)とmiRNeasy Mini Kit(Qiagen)を用いて、製品に添付のプロトコールに従って精製した。miR582−5pとmiR582−3pの発現は、miRNA assays(Applied Biosystems社)を用いて定量した。定量PCR反応はABI7300(Applied Biosystems社)を用い、内部標準にはas−miR−103(Applied Biosystems社)を用いた。その結果、同一患者の非癌細胞と癌細胞でmiR582−5pとmiR582−3pの発現を比較すると、いずれも癌細胞では有意にそれらの発現が低下していた(図12中のグラフA、miR582−5pはp<0.0001、miR582−3pはp=0.0003)。また、miR582−5p或いはmiR582−3pの癌細胞での発現低下が2.5倍以上の患者数を膀胱癌のグレード別に区分すると、いずれについても癌のグレードに伴い、発現が低下する患者の数が増えていく傾向にあることが判明した(図12中のグラフB、表2)。
Claims (19)
- 少なくとも以下の:
(1)配列番号1又は配列番号2で示されるヌクレオチド配列から成る核酸;
(2)部分配列5’−UUACAGU−3’又は5’−UAACUGG−3’を含み、配列番号1又は配列番号2と70%以上の配列同一性を有するヌクレオチド配列から成る核酸であって、タンパク質発現抑制活性を示す核酸;又は
(3)上記(1)又は(2)のヌクレオチド配列及び当該ヌクレオチド配列と相補的な配列を含み、それにより鎖中の全部又は一部に二本鎖構造を形成する一本鎖又は二本鎖の核酸、
を含有することを特徴とする、膀胱癌治療のための医薬。 - 前記核酸が、二本鎖の核酸である、請求項1に記載の医薬。
- 核酸が配列番号1で示されるヌクレオチド配列から成る、請求項1又は2に記載の医薬。
- 核酸が配列番号2で示されるヌクレオチド配列から成る、請求項1又は2に記載の医薬。
- 核酸がmiR582のヌクレオチド配列を含み、且つタンパク質発現抑制活性を示す、請求項1又は2に記載の医薬。
- 核酸がmiR582及びその前駆体からなる群より選ばれる少なくとも一つの核酸であり、前記前駆体がpri−miR582又はpre−miR582である、請求項1又は2に記載の医薬。
- 核酸がmiR582である、請求項1又は2に記載の医薬。
- 核酸が修飾された核酸である、請求項1〜7のいずれか1項に記載の医薬。
- 膀胱癌が、miR582の発現が減少している膀胱癌である請求項1〜8のいずれか1項に記載の医薬。
- 膀胱癌が、グレード2以上の膀胱癌である請求項1〜8のいずれか1項に記載の医薬。
- 請求項1〜8のいずれか1項に記載の核酸を含有する、膀胱癌の転移を抑制又は予防するための医薬。
- 経尿道的に哺乳動物に投与される、請求項1〜11のいずれか1項に記載の医薬。
- 請求項1〜12のいずれか1項に記載の医薬の膀胱癌治療効果を予測する方法であって、以下の;
(1)請求項1〜12のいずれかに記載の医薬投与前に患者から摘出された正常組織又は正常細胞及び請求項1〜12のいずれかに記載の医薬投与前に患者から摘出された癌組織又は癌細胞における配列番号1又は配列番号2に記載の核酸の発現レベル又は濃度を測定する工程、
(2)正常組織又は正常細胞と癌組織又は癌細胞との間で配列番号1又は配列番号2に記載の核酸の発現レベル又は濃度を比較する工程、及び
(3)癌組織又は癌細胞における配列番号1又は配列番号2に記載の核酸の発現レベル又は濃度が、正常組織又は正常細胞における配列番号1又は配列番号2に記載の核酸の発現レベル又は濃度よりも低い場合に、請求項1〜12のいずれかに記載の医薬が治療効果があると予測する工程、
を含む方法。 - 請求項1〜12のいずれか1項に記載の医薬の膀胱癌治療効果を予測する方法であって、以下の;
(1)請求項1〜12のいずれかに記載の医薬投与前に患者から摘出された正常組織又は正常細胞及び請求項1〜12のいずれかに記載の医薬投与前に患者から摘出された癌組織又は癌細胞におけるmiR582のゲノムのコピー数を測定する工程、
(2)正常組織又は正常細胞と癌組織又は癌細胞との間でmiR582のゲノムのコピー数を比較する工程、及び
(3)癌組織又は癌細胞におけるmiR582のゲノムのコピー数が、正常組織又は正常細胞におけるmiR582のゲノムのコピー数よりも低い場合に、請求項1〜12のいずれかに記載の医薬が治療効果があると予測する工程、
を含む方法。 - 請求項1〜12のいずれか1項に記載の医薬の膀胱癌治療効果を判定する方法であって、以下の;
(1)請求項1〜12のいずれかに記載の医薬投与前に患者から摘出された癌組織又は癌細胞及び請求項1〜12のいずれかに記載の医薬投与後に患者から摘出された癌組織又は癌細胞における配列番号1又は配列番号2に記載の核酸の発現レベル又は濃度を測定する工程、
(2)請求項1〜12のいずれかに記載の医薬投与前に患者から摘出された癌組織又は癌細胞と請求項1〜12のいずれかに記載の医薬投与後に患者から摘出された癌組織又は癌細胞との間で配列番号1又は配列番号2に記載の核酸の発現レベル又は濃度を比較する工程、及び
(3)請求項1〜12のいずれかに記載の医薬投与後に患者から摘出された癌組織又は癌細胞における配列番号1又は配列番号2に記載の核酸の発現レベル又は濃度が、請求項1〜12のいずれかに記載の医薬投与前に患者から摘出された癌組織又は癌細胞における配列番号1又は配列番号2に記載の核酸の発現レベル又は濃度よりも高い場合に、請求項1〜12のいずれかに記載の医薬が治療効果があると判定する工程
を含む方法。 - 請求項1〜12のいずれか1項に記載の医薬の膀胱癌治療効果を判定する方法であって、以下の;
(1)請求項1〜12のいずれかに記載の医薬投与前に患者から摘出された癌組織又は癌細胞及び請求項1〜12のいずれかに記載の医薬投与後に患者から摘出された癌組織又は癌細胞におけるmiR582のゲノムのコピー数を測定する工程、
(2)請求項1〜12のいずれかに記載の医薬投与前に患者から摘出された癌組織又は癌細胞と請求項1〜12のいずれかに記載の医薬投与後に患者から摘出された癌組織又は癌細胞との間でmiR582のゲノムのコピー数を比較する工程、及び
(3)請求項1〜12のいずれかに記載の医薬投与後に患者から摘出された癌組織又は癌細胞におけるmiR582のゲノムのコピー数が、請求項1〜12のいずれかに記載の医薬投与前に患者から摘出された癌組織又は癌細胞におけるmiR582のゲノムのコピー数よりも高い場合に、請求項1〜12のいずれかに記載の医薬が治療効果があると判定する工程
を含む方法。 - 膀胱癌治療の予後を判定する方法であって、以下の;
(1)患者から摘出された正常組織又は正常細胞及び患者から摘出された癌組織又は癌細胞における配列番号1又は配列番号2に記載の核酸の発現レベル又は濃度を測定する工程、
(2)正常組織又は正常細胞と癌組織又は癌細胞との間で配列番号1又は配列番号2に記載の核酸の発現レベル又は濃度を比較する工程、及び
(3)癌組織又は癌細胞における配列番号1又は配列番号2に記載の核酸の発現レベル又は濃度が、正常組織又は正常細胞における配列番号1又は配列番号2に記載の核酸の発現レベル又は濃度よりも低い場合に、癌治療の予後が悪いと判定する工程
を含む方法。 - 膀胱癌治療の予後を判定する方法であって、以下の;
(1)患者から摘出された正常組織又は正常細胞及び患者から摘出された癌組織又は癌細胞におけるmiR582のゲノムのコピー数を測定する工程、
(2)正常組織又は正常細胞と癌組織又は癌細胞との間でmiR582のゲノムのコピー数を比較する工程、及び
(3)癌組織又は癌細胞におけるmiR582のゲノムのコピー数が、正常組織又は正常細胞におけるmiR582のゲノムのコピー数よりも低い場合に、癌治療の予後が悪いと判定する工程
を含む方法。 - 配列番号1又は配列番号2に記載の核酸を特異的に検出し得る核酸プローブを含み、該核酸プローブが、配列番号1又は配列番号2で表されるヌクレオチド配列に含まれる15塩基以上の連続したヌクレオチド配列又はその相補配列を含むポリヌクレオチドである、請求項1〜12のいずれか1項に記載の医薬の効果を判定するための組成物。
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