JP5641738B2 - 新規なグルコースデヒドロゲナーゼ - Google Patents
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Description
D−グルコース + NAD(P)
→ D−グルコノ−δ−ラクトン + NAD(P)H
Giardina P et al. (1986) Biochem. J. Vol.239 p517−522 Smith LD et al. (1989) Biochem. J. Vol.261 p793−797 Siebers B et al. (1997) Arch. Microbiol. Vol.168 p120−127
項1: マルトース、ガラクトース、及びキシロースのいずれに対しても対グルコース比3%未満の反応性を有し、かつ80℃以上の温度安定性を有するグルコースデヒドロゲナーゼ。
項2: さらに、グルコースを酸化する反応においてニコチンアミドアデニンジヌクレオチド(NAD)もしくはニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸(NADP)を補酵素とする、項1に記載のグルコースデヒドロゲナーゼ。
項3: 超好熱性始原菌に由来し、次の(A)〜(F)に示す特性を有するグルコースデヒドロゲナーゼ:
(A)温度安定性:90℃以下
(B)pH安定性:4.8〜9.7
(C)至適反応温度:85℃
(D)至適pH:9.7
(E)補酵素:ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド(NAD)もしくはニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸(NADP)を補酵素とする。
(F)基質特異性:補酵素としてNADPを用いた場合、キシロース及びマルトースに対して対グルコース比2%以上3%未満、ガラクトース及びマンノースに対して対グルコース比1%以上2%未満の活性を示し、ラクトース、ソルビトール及びスクロースに対しては実質的に反応せず、補酵素としてNADを用いた場合、キシロース、マルトース、ガラクトース、マンノース、ラクトース、ソルビトール及びスクロースに対して実質的に反応しない。
項4: 配列番号2に示すアミノ酸配列を有するグルコースデヒドロゲナーゼ。
項5: 配列番号2に示すアミノ酸配列のうち1もしくは数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入または付加されたアミノ酸配列を含み、且つ配列番号2に示すアミノ酸配列を有するグルコースデヒドロゲナーゼと実質的に同一の活性を有するグルコースデヒドロゲナーゼ。
項6: 項1〜5のいずれかに記載するグルコースデヒドロゲナーゼをコードするDNA。
項7: 項6に記載するDNAを、該DNAを導入する宿主細胞において作動可能なプロモーターに機能的に連結されてなる発現ベクター。
項8: 項7に記載する発現ベクターを用いて形質転換された形質転換微生物。
項9: 微生物が大腸菌である項8に記載の形質転換微生物。
項10: 項8または9に記載の微生物を培養し、得られる培養物よりグルコースデヒドロゲナーゼを採取することを含む、項1〜5のいずれかに記載のグルコースデヒドロゲナーゼの製造方法。
項11: 項1〜5のいずれかに記載するグルコースデヒドロゲナーゼを含んでなるグルコース定量用組成物。
項12: 項1〜5のいずれかに記載するグルコースデヒドロゲナーゼを用いたグルコースの定量工程を含むことを特徴とするグルコースの定量方法。
項13: 配列番号2に示すアミノ酸配列のうち1もしくは2以上のアミノ酸が欠失、置換、挿入または付加されたアミノ酸配列を含み、且つ配列番号2に示すアミノ酸配列を有するグルコースデヒドロゲナーゼと実質的に同一の活性を有するグルコースデヒドロゲナーゼ。
芳香族アミノ酸:Phe、Trp、Tyr
脂肪族アミノ酸:Ala、Leu、Ile、Val
極性アミノ酸:Gln、Asn
塩基性アミノ酸:Lys、Arg、His
酸性アミノ酸:Glu、Asp
水酸基を有するアミノ酸:Ser、Thr
(1) M. Bodanszkyand M.A. Ondetti, Peptide Synthesis, Interscience Publishers, New York (1966)
(2) Schroeder and Luebke, The Peptide, Academic Press, NewYork(1965)
本発明のグルコース測定用試薬、グルコースアッセイキット、グルコースセンサは、液状(水溶液、懸濁液等)、真空乾燥やスプレードライなどにより粉末化したもの、凍結乾燥など種々の形態をとることができる。凍結乾燥法としては、特に制限されるものではなく常法に従って行えばよい。本発明の酵素を含む組成物は凍結乾燥物に限られず、凍結乾燥物を再溶解した溶液状態であってもよい。
本発明のグルコース測定用試薬は、典型的には、本発明のGDH、補酵素、緩衝液、キャリブレーションカーブ作製のためのグルコース標準溶液、ならびに使用の指針を含む。また好ましくはメディエーターなど測定に必要な試薬を含む。
本発明のグルコースアッセイキットは、典型的には、本発明のGDH、補酵素、緩衝液、メディエーターなど測定に必要な試薬、キャリブレーションカーブ作製のためのグルコース標準溶液、ならびに使用の指針を含む。本発明のキットは、例えば、凍結乾燥された試薬として、または適切な保存溶液中の溶液として提供することができる。
本発明のグルコースセンサは、電極としては、カーボン電極、金電極、白金電極などを用い、この電極上にGDHを固定化する。固定化方法としては、架橋試薬を用いる方法、高分子マトリックス中に封入する方法、透析膜で被覆する方法、光架橋性ポリマー、導電性ポリマー、酸化還元ポリマーなどを用いる方法があり、NADもしくはNADPといった補酵素、あるいはフェロセンあるいはその誘導体に代表される電子メディエーターとともにポリマー中に固定あるいは電極上に吸着固定してもよく、またこれらを組み合わせて用いてもよい。本発明のGDHは補酵素であるNADもしくはNADPと共存させた形態で電極上に固定化するが、補酵素不在の形態で固定化し、補酵素を別の層としてまたは溶液中で供給することも可能である。典型的には、グルタルアルデヒドを用いて本発明のGDHをカーボン電極上に固定化した後、アミン基を有する試薬で処理してグルタルアルデヒドをブロッキングする。
本発明においては、GDH活性は特に断りのない限り、以下の方法に従って行われる。
反応液(90mmol/L Bicine、5mmol/L β−NADP+、150mmol/L D−グルコース)900μLを蓋つき石英セルにいれ、60℃で5分間予備加温する。そしてGDH溶液15μLを加えて混和し、60℃で3分反応させ、この間340nm吸光度を測定する。吸光度変化の直線部分から1分間あたりの吸光度の上昇度(ΔODTEST)を算出する。盲検は、GDH溶液の代わりに緩衝液を加えて混和し、同様に60℃3分インキュベートして340nm吸光度を記録し、1分間あたりの吸光度変化(ΔODBLANK)を算出する。これらの値を以下の式に当てはめて活性値(U/mL)を算出する。なおここでは、基質存在下で1分間に1マイクロモルの補酵素を還元する酵素量を1Uと定義する。
GDH活性(U/mL)=[(ΔODTEST−ΔODBLANK)×0.915×希釈倍率 ]
/(6.22×1.0×0.015)
なお、ここで
915:GDH溶液混和後の容量(mL)
6.22 :NADPHのミリモル分子吸光係数(cm2/マイクロモル)
0 :光路長(cm)
015:添加するGDH溶液の液量(mL)
である。
本発明に述べるタンパク質量はBradford法により測定したものである。より具体的にはタンパク質濃度測定キットであるバイオラッド社製Bio−Rad Protein Assayを用い、本キットに添付のマニュアルに従って測定したものであり、またタンパク質濃度の決定にはウシ血清アルブミン(BSA)を用いて作成した検量線を使用した。すなわち本発明に述べるタンパク質量はBSA当量として算出したものである。
超好熱性始原菌の培養とGDHの精製
発明者らは、鹿児島県小宝島の温泉水より超好熱性始原菌を分離した。本菌株は、16SrRNAの塩基配列より、サーモプロテウス属に分類される菌であると推定され、さらに以下の(A)〜(G)に示す特性を有していた。(A)16SrRNAをコードするゲノムDNA上の塩基配列として、配列番号3に示す塩基配列を含む。(B)80℃以上の温度で生育可能であり、至適生育温度は約90℃である。(C)ゲノムDNAのGC含量が58〜62モル%である。(D)絶対嫌気性菌である。(E)電子受容体としてチオ硫酸塩を加えた場合に良好な増殖を示す。(F)NaCl濃度1%以下で生育可能である。(G)形状は長さ10〜30μm、幅約5μmの長桿菌である。以上の特徴を有する本菌株を、サーモプロテウス・エスピー・GDH1株(Thermoproteus sp. GDH1)と名づけた。
GDH遺伝子のクローニング
実施例1で得られたGDH溶液10μLに等量の2×SDSサンプルバッファー(10mM Tris−HCl、10%グリセロール、2%SDS、0.1%ブロモフェノールブルー、2%(v/v)2−メルカプトエタノール、pH6.8)を加えて100℃で10分煮沸した。これを12.5%アクリルアミドゲルにアプライし、40mAで電気泳動の後、CBB Stain One(ナカライテスク社製)を用いてゲルのCBB染色を行った。染色後のゲルから、サンプルのメインバンドを切り出し、質量分析装置によるペプチドシーケンスの解析を行った。得られた推定アミノ酸配列を元に、ミックス塩基を含むディジェネレートPCRプライマーを作製し、ゲノムDNAをテンプレートにPCR反応を行った。このPCR反応液を1%アガロースゲルにアプライして電気泳動し、エチジウムブロマイドで染色したのち、UV照射下で増幅したGDH遺伝子の内部部分断片のバンドを切り出した。そして切り出したゲル片からWizard SV Gel and PCR Clean−up System(プロメガ社製)を用いてDNAを抽出・精製した。得られたDNA断片を東洋紡製TArget Clone Plusを用い、TAクローニングの要領で本キットに付属のクローニングベクターpTA2にライゲーションした。ライゲーション産物を大腸菌JM109株コンピテントセル(東洋紡製コンピテントハイJM109)に添加してヒートショックによる形質転換を行い、100μg/mLのアンピシリンを含むLBアガロースプレート上に塗布、37℃一晩培養して形質転換体コロニーを形成させた。複数のコロニーをそれぞれ5mLのLB培地(100μg/mLのアンピシリンを含む)に植菌して一晩培養し、培養液からQuantum Prep ミニプレップキット(バイオラッド社製)を用いて、本キットのマニュアルに従いプラスミドを抽出した。抽出したプラスミドのインサートの塩基配列を解析することで、目的のGDH遺伝子の部分塩基配列を決定した。さらに決定した配列を元に、内部部分配列の外側に向けたプライマーを作製し、このプライマーとLA PCR in vitro Cloning Kit(タカラバイオ製)を用いてGDH遺伝子の5’側および3’側末端領域の増幅および塩基配列決定を行うことで、遺伝子の全塩基配列を決定した。決定した塩基配列を配列番号1に、推定されるアミノ酸配列を配列番号2に示す。
GDH発現ベクターの構築
超好熱菌ゲノムDNAをテンプレートに、GDH遺伝子の開始コドンにNdeI、終止コドン直後にBamHIサイトを付加させた配列を有するよう設計したプライマーを用いてPCR反応を行った。反応液を1%アガロースゲルにアプライして電気泳動し、エチジウムブロマイドで染色したのち、UV照射下で増幅したGDH遺伝子のバンドを切り出した。そして切り出したゲル片からDNAを抽出・精製し、得られたDNA断片をTArget Clone Plusを用い、本キットに付属のクローニングベクターpTA2に挿入した(pTA2TGDH1)。挿入したGDH遺伝子内部に存在するNdeIサイト(CATATG)を、コードするアミノ酸は変えずに別の塩基配列に置換するために以下の操作を行った。5’−AGCACGGCATTTGGGGGCTCC−3’(配列番号4)および5’−GGAGCCCCCAAATGCCGTGCT−3’(配列番号5)からなる塩基配列を有するオリゴDNAをプライマーとし、上記で得られたpTA2TGDH1をテンプレートとしてPCRと同様の反応をサーマルサイクラーを用いて行った。つづいて反応液に対液2%のDpnIを添加し、37℃1時間処理することでテンプレート(pTA2TGDH1)を消化した。このDpnI処理液を大腸菌JM109株コンピテントセル(東洋紡製コンピテントハイJM109)に添加してヒートショックによる形質転換を行い、100μg/mLのアンピシリンを含むLBアガロースプレート上に塗布、37℃一晩培養して形質転換体コロニーを形成させた。複数のコロニーをそれぞれ5mLのLB培地(100μg/mLのアンピシリンを含む)に植菌して一晩培養し、培養液からQuantum Prep プラスミドミニプレップキットを用いてプラスミドを抽出した。得られたプラスミドの塩基配列を解析し、GDHアミノ酸配列のうち113番目のイソロイシンをコードするコドンがATAからATTに変換された、すなわちGDH遺伝子塩基配列のうち339番目のAがTに置換されたことを確認して配列修正済みプラスミドpTA2TGDH2とした。このpTA2TGDH2についてNdeI、BamHIによる制限酵素処理を行い、1%アガロースゲルで電気泳動を行ってGDH遺伝子(NdeI及びBamHI切断末端を5’、3’末端にそれぞれ有する)を含むゲル片を切り出し、Wizard SV Gel and PCR Clean−up Systemを用いてDNAを抽出・精製した。これを同じ制限酵素で処理した発現ベクターpET21aと混合し、この混合液と等量のライゲーションハイ(東洋紡製)を混和して16℃30分インキュベートすることによりライゲーションを行った。このライゲーション液を大腸菌JM109株コンピテントセルに添加してヒートショックによる形質転換を行い、100μg/mLのアンピシリンを含むLBアガロースプレート上に塗布、37℃一晩培養して形質転換体コロニーを形成させた。形質転換体コロニーのうち、コロニーダイレクトPCRでインサートの挿入が確認されたものを5mLのLB培地(100μg/mLのアンピシリンを含む)に植菌して一晩培養した。培養液を遠心分離して得られた菌体から、プラスミド抽出キットを用いてプラスミドを回収した。このプラスミドのインサートのシーケンス解析により、正しい遺伝子配列を有していることを確認して発現ベクター(pET21aTGDH2)とした。
GDH遺伝子の発現と精製
実施例3で得たpET21aTGDH1を、大腸菌BL21(DE3)コンピテントセル(ストラタジーン社製)に添付のマニュアルに従ってヒートショック導入し、形質転換株を得た。形質転換コロニーを試験管中のLB培地5mL(100μg/mLのアンピシリンを含む)8本に懸濁し、37℃で1晩振とう培養した。得られた培養液を、2L容坂口フラスコ中のLB培地800mL(100μg/mLのアンピシリンを含む)4本にそれぞれ8mLずつ植菌した。フラスコは37℃120rpmで3時間振とうし、660nmにおける菌体濁度が約0.6になった時点で終濃度0.1mMとなるようIPTGを添加し、さらに37℃120rpmで4時間振とう培養を継続した。培養液を高速冷却遠心分離機で遠心分離して上清をデカントにより除き、得られた菌体を70mLの50mM Tris塩酸緩衝液+0.1M NaCl(pH8.0)に懸濁した。この懸濁液に、超音波破砕機(トミー精工社製、UD−201)を用いて出力4、駆動率40%で20分処理することで菌体を破砕した。破砕液を遠心分離して残渣を取り除き、GDH粗抽出液とした。この粗抽出液を85℃で30分処理して夾雑タンパク質を変性させ、変性タンパク質を遠心分離によって除いた。上清画分は50mM Tris−HCl・0.1M NaCl(pH8.0)で緩衝化したresourceQカラムを透過させた後、透過液に対液21.3%の硫酸アンモニウムを溶解させた。この液を、50mM Tris−HCl・22.8%硫酸アンモニウム(pH8.0)で緩衝化したresourceISOカラムに吸着させ、硫酸アンモニウム濃度0%までのグラジエント溶出を行い、GDH画分を集めた。この画分をさらにsuperdex200カラムを用いてゲルろ過し、得られたGDH画分を精製リコンビナントGDH溶液とした。この精製溶液は、SDS−PAGEにてCBB染色で単一バンドを示す純品であることを確認した。
組換えGDHの補酵素濃度依存性および基質濃度依存性
実施例4で得られたGDHを用いて、本発明のGDHの60℃・pH8.0における最大反応速度(Vmax)およびミカエリス定数(Km)を求めた。算出方法は、上記の活性測定例に準じる方法で基質濃度と補酵素濃度を変化させて活性を測定し、両逆数プロットにより最小二乗法で決定した直線よりこれら定数を算出した。結果、補酵素としてNADを用いた場合では、ミカエリス定数(Km)はNADに対して10.3mM、グルコースに対して66.9mMであり、グルコース濃度1Mにおける最大反応速度(Vmax)は1670U/mgであった。また、補酵素としてNADPを用いた場合では、ミカエリス定数(Km)はNADPに対して0.075mM、グルコースに対して5.27mMであり、補酵素濃度5mMにおける最大反応速度(Vmax)は333U/mgであった。本発明のGDHは、各補酵素に対するミカエリス定数より、生体内では主にNADPを補酵素として働いていると推定されるが、最大反応速度はNADを用いた場合の方が5倍程度高くなる。
組換えGDHの温度安定性
実施例4で得られたGDHを用いて、温度安定性を調べた。タンパク質濃度0.17mg/mLのGDH溶液(50mM Tris−HCl、0.1M NaCl pH8.0に溶解)を50℃〜95℃の範囲の温度で30分加熱し、加熱前後の活性を比較した。加熱前の活性に対する加熱後の活性の割合(活性残存率)は図1のとおりである。本発明の酵素は、90℃において96%、95℃において85%の活性残存率を示した。
組換えGDH反応速度の温度依存性
実施例4で得られたGDHを用いて、反応速度の温度依存性を調べた。上述の活性測定例に準じる方法で、反応させる温度条件を85℃、80℃、60℃、37℃、25℃として各反応温度における活性を調べた。結果を表1に示す。本酵素は85℃付近で最も高い活性を示すが、37℃において40U/mg、25℃において18.6U/mgと常温においても活性を示すことがわかった。
組換えGDHのpH安定性
実施例4で得られたGDHを用いて、pH安定性を調べた。緩衝液としては、0.1Mのクエン酸バッファー(pH4.3〜6.2)、0.1Mのリン酸カリウムバッファー(pH6.1〜8.1)、0.1MのBicineバッファー(pH7.9〜8.8)、0.1Mのグリシンバッファー(pH8.8〜10.6)を用い、それぞれの緩衝液にGDHを終濃度5μg/mLとなるよう添加し、添加直後の活性を測定した。GDH溶液はさらに25℃で24時間インキュベートし、インキュベート後の活性を測定した。インキュベート前の活性に対するインキュベート後の活性の割合(活性残存率)を図2に示す。本発明のGDHはpH5.8〜9.2の範囲で活性の低下がなく、またpH4.8〜9.7の範囲で活性残存率90%以上を示した。
組換えGDH反応速度のpH依存性
実施例4で得られたGDHを用いて、反応速度のpH依存性を調べた。活性測定方法としては活性測定例に従うが、活性測定例に示す反応液組成の中でBicineに相当するバッファー成分としてpH6.5〜7.9ではリン酸カリウム、pH7.9〜8.8ではBicine、pH8.6〜9.7ではCHES、pH9.8〜10.2ではグリシンをそれぞれ用いた。最も活性値の高かった条件を100とした相対活性を示したグラフが図3である。本発明のGDHは至適pH領域がアルカリ性側に分布しており、pH9.7において最も高い活性を示した。
組換えGDHの基質特異性
実施例4で得られたGDHの各糖類に対する反応性を調べた。上記活性測定例に示す反応液組成のうち、補酵素として5mMのNADPもしくはNADを用い、基質に相当する糖類として150mMグルコース、キシロース、ガラクトース、マルトース、ラクトース、ソルビトール、スクロース、マンノースを用いて活性を測定した。グルコースに対する活性を100とした場合の、各基質に対する相対活性を表2に示す。NADPを補酵素とした場合の対グルコース比活性はキシロース・マルトースに対し2%程度、ガラクトース・マンノースに対し1%程度であり、ラクトース、ソルビトール、スクロースにはほとんど反応しなかった。一方、NADを補酵素とした場合では、キシロース・マルトース、ガラクトース、マンノース、ラクトース、ソルビトール、スクロースに対しグルコース比1%未満であった。特にガラクトース・キシロースに対する反応性という観点から、本酵素は公知の超好熱性始原菌由来GDHと比べて優れた基質特異性を有していることがわかった。
組換えGDH反応速度のカリウムイオン濃度依存性
実施例4で得られたGDHを用いて、反応速度のカリウムイオン濃度依存性を調べた。活性測定例に示す反応液組成に、各濃度のKClを加えた反応液を用いてGDH活性を測定した。KCl無添加条件での活性を100とした相対活性は、KCl濃度0.1mol/Lで129、0.2mol/Lで133、0.5mol/Lで146、1.0mol/Lで150であった。本発明のGDHはカリウムイオン濃度の上昇に伴って活性も上昇し、0.5mol/L以上のカリウムイオン濃度領域では活性はほぼ横ばいであることがわかった。
組換えGDHを用いたグルコースの定量
グルコース定量用の試薬として、0.1mol/L Bicine、0.5mol/L KCl、20mmol/L β−NAD、1U/mL GDH(実施例4で得たもの。活性は上述の活性測定例による。)を成分として含むpH8.0の溶液を調製した。この試薬900μLを石英セルに入れ、インキュベート装置付き吸光度計にセットし、25℃で5分予備加温した。ここにグルコース溶液15μLを加えて溶液中のグルコースの終濃度が2、5、10、15mmol/Lとなるようにし、それぞれのグルコース濃度条件で25℃3分間反応させて340nmの吸光度変化をモニタリングした。3分間の吸光度変化の直線部分から1分間あたりの吸光度の上昇を算出し、グルコースの代わりに15μLの蒸留水を加えた場合の吸光度変化を差し引いた値(ΔmAbs/分)をプロットした(図4)。横軸にグルコース濃度、縦軸にΔmAbs/分をとってプロットした点の軌道は直線性を示した。最小二乗法で求めた回帰直線の決定係数はR2=0.9993となり、本発明のGDHを用いて精度良くグルコース濃度の定量ができることが確認された。
Claims (9)
- 配列番号2に示すアミノ酸配列を有するグルコースデヒドロゲナーゼ。
- 配列番号2に示すアミノ酸配列のうち1〜30個のアミノ酸が欠失、置換、挿入または付加されたアミノ酸配列を含み、且つマルトース、ガラクトース、及びキシロースのいずれに対しても対グルコース比3%未満の反応性を有するグルコースデヒドロゲナーゼ。
- 請求項1又は2に記載するグルコースデヒドロゲナーゼをコードするDNA。
- 請求項3に記載するDNAを、該DNAを導入する宿主細胞において作動可能なプロモーターに機能的に連結されてなる発現ベクター。
- 請求項4に記載する発現ベクターを用いて形質転換された形質転換微生物。
- 微生物が大腸菌である請求項5に記載の形質転換微生物。
- 請求項5または6に記載の微生物を培養し、得られる培養物よりグルコースデヒドロゲナーゼを採取することを含む、請求項1又は2に記載のグルコースデヒドロゲナーゼの製造方法。
- 請求項1又は2に記載するグルコースデヒドロゲナーゼを含んでなるグルコース定量用組成物。
- 請求項1又は2に記載するグルコースデヒドロゲナーゼを用いたグルコースの定量工程を含むことを特徴とするグルコースの定量方法。
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