CN101918553A - 新型葡萄糖脱氢酶 - Google Patents

新型葡萄糖脱氢酶 Download PDF

Info

Publication number
CN101918553A
CN101918553A CN2008801241154A CN200880124115A CN101918553A CN 101918553 A CN101918553 A CN 101918553A CN 2008801241154 A CN2008801241154 A CN 2008801241154A CN 200880124115 A CN200880124115 A CN 200880124115A CN 101918553 A CN101918553 A CN 101918553A
Authority
CN
China
Prior art keywords
gdh
glucose
phosphate dehydrogenase
hexose phosphate
activity
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Granted
Application number
CN2008801241154A
Other languages
English (en)
Other versions
CN101918553B (zh
Inventor
相场洋志
西矢芳昭
今中忠行
迹见晴幸
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Kyoto University
Toyobo Co Ltd
Toyo Textile Co Ltd
Original Assignee
Kyoto University
Toyo Textile Co Ltd
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Kyoto University, Toyo Textile Co Ltd filed Critical Kyoto University
Publication of CN101918553A publication Critical patent/CN101918553A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN101918553B publication Critical patent/CN101918553B/zh
Expired - Fee Related legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Images

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12YENZYMES
    • C12Y101/00Oxidoreductases acting on the CH-OH group of donors (1.1)
    • C12Y101/05Oxidoreductases acting on the CH-OH group of donors (1.1) with a quinone or similar compound as acceptor (1.1.5)
    • C12Y101/05002Quinoprotein glucose dehydrogenase (1.1.5.2)
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/0004Oxidoreductases (1.)
    • C12N9/0006Oxidoreductases (1.) acting on CH-OH groups as donors (1.1)
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/26Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving oxidoreductase
    • C12Q1/32Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving oxidoreductase involving dehydrogenase
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/54Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving glucose or galactose

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Emergency Medicine (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Enzymes And Modification Thereof (AREA)
  • Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明提供一种葡萄糖脱氢酶,其是一种具有80℃以上的热稳定性的非常稳定的酶,并且其基本上不作用于除葡萄糖外的糖类。本发明还提供用于生产所述酶的方法,和用于使用所述酶来定量葡萄糖的组合物。本发明提供一种葡萄糖脱氢酶,其具有基于其与葡萄糖的反应性,小于3%的针对麦芽糖、半乳糖、和木糖的反应性,并且具有80℃以上的温度稳定性。

Description

新型葡萄糖脱氢酶
技术领域
本发明涉及一种新型葡萄糖脱氢酶(GDH),其可以用作用于测量葡萄糖浓度的试剂和葡萄糖传感器。本发明还涉及生产所述酶的方法,涉及用于定量葡萄糖的组合物,所述组合物包含所述酶和含有所述酶的葡萄糖传感器。
发明背景
NAD(P)-依赖性葡萄糖脱氢酶(EC 1.1.1.47;以下,“葡萄糖脱氢酶”有时称为“GDH”,并且“NAD(P)-依赖性葡萄糖脱氢酶”称为“NAD(P)-GDH”)是一种主要用于血液葡萄糖浓度测量的酶。该催化剂催化下述反应:
D-葡萄糖+NAD(P)→D-葡糖酸-δ-内酯+NAD(P)H
葡萄糖氧化酶也已知为可以用于血液葡萄糖测量的一种酶。然而,据说该酶具有这样的问题,即使用葡萄糖氧化酶进行葡萄糖浓度测量受溶解的氧浓度的影响,原因在于该酶可以利用分子氧作为电子受体。由于葡萄糖脱氢酶不受该溶解的氧的影响,近年来该酶已经用作血液葡萄糖测量的主要酶。GDH酶包括NAD(P)-依赖性GDH,吡咯并喹啉醌(pyrroloquinoline quinone)(PQQ)-依赖性GDH,和黄素-依赖性GDH。PQQ-依赖性GDH,诸如鲍氏不动杆菌(Acinetobacter baumannii)-来源的GDH,具有底物特异性的问题,其中PQQ-依赖性GDH与其与葡萄糖一样与麦芽糖反应。已知的黄素-依赖性GDH的实例包括土曲霉(Aspergillus terreus)-来源的GDH。黄素-依赖性GDH具有比PQQ-依赖性GDH更严格的底物特异性。然而,黄素-依赖性GDH不必然具有充分的底物特异性,因为相对于其与葡萄糖的反应性,其与木糖的反应性约为9%。此外,黄素-依赖性GDH具有至多约50℃的温度稳定性,这是不充分的。
在已知类型的NAD(P)-GDH中,杆菌细菌(Bacillus bacteria)-来源的NAD(P)-GDH是公知的。例如,已经报道枯草芽孢杆菌(Bacillussubtilis),巨大芽孢杆菌(Bacillus megaterium),蜡状芽孢杆菌(Bacilluscereus)等作为生产GDH的菌株。尽管所述细菌-来源的NAD(P)-GDH具有相对高的底物特异性,但是其热稳定性至多约为50℃,因此是不充分的。
超嗜热古细菌(Hyperthermophilic archaea)是系统分类为古细菌(Archeae)的微生物,并且可以在90℃以上生长,或具有80℃以上的最适生长温度。来源于超嗜热古细菌的酶通常具有高的耐热性。已经从超嗜热古细菌分离了许多耐热性酶,并且在工业上应用。NAD(P)-GDH也分离自超嗜热古细菌,并且已经研究了其特征。在1986年、1989年和1997年分别报道了硫磺矿硫化叶菌(Sulforobus solfataricus)-来源的GDH(非专利文献1),嗜酸热原体(Thermoplasma acidophilum)-来源的GDH(非专利文献2),和顽固热变形菌(Thermoproteus tenax)-来源的GDH(非专利文献3)。尽管这些酶具有极好的耐热性,但是与细菌来源的酶相比,它们具有极差的底物特异性。当使用NADP作为辅酶时,硫磺矿硫化叶菌-来源的GDH具有更广泛的底物特异性,并且在40mmol/L的底物浓度作用在半乳糖或木糖上比作用在葡萄糖上更强。当使用NAD作为辅酶时,硫磺矿硫化叶菌-来源的GDH对于葡萄糖的特异性相对增加,但是其针对木糖的活性仍然很高,即,相对于其针对葡萄糖的活性约为26%。当使用NADP作为辅酶时,嗜酸热原体(T.acidophilum)-来源的GDH针对半乳糖的活性相对于其针对葡萄糖的活性为70%。顽固热变形菌(T.tenax)-来源的GDH也与木糖高度反应。在血液葡萄糖浓度测量中,使用具有低底物特异性和与除葡萄糖外的物质的高反应性的GDH导致不准确的血液葡萄糖测量,并且因此是非常不利的。然而,来源于超嗜热古细菌且具有80℃以上的高耐热性和针对葡萄糖的高特异性的NAD(P)-GDH尚是未知的。
非专利文献1:Giardina P等,Biochem.J.(生物化学杂志),卷239,第517-522页(1986)
非专利文献2:Smith LD等,Biochem.J.(生物化学杂志),卷261,第793-797页(1989)
非专利文献3:Siebers B等,Arch.Microbiol.(微生物学报),卷168,第120-127页(1997)
发明内容
发明要解决的问题
因此,本发明的一个目的是提供一种葡萄糖脱氢酶,其是一种具有80℃以上的热稳定性的非常稳定的酶,并且其基本上不作用于除葡萄糖之外的糖类,和提供生产所述酶的方法和包含所述酶的用于定量葡萄糖的组合物。
解决问题的方式
本发明人从由日本鹿儿岛(Kagoshima)区Kodakara岛获得的温泉水中分离了属于热变形菌属(Thermoproteus)的超嗜热古细菌,并且发现这些古细菌产生GDH。本发明人还发现所述GDH不仅具有极好的热稳定性,还具有非常高的底物特异性,与来源于超嗜热古细菌的任何其它已知的GDHs不同。本发明人还成功地克隆了编码所述GDH的基因,并且成功地表达了已经转移至大肠杆菌(Escherichia coli)的该基因。此外,本发明人发现可以使用该酶测量葡萄糖浓度。基于这些发现完成了本发明。
具体地,本发明包括下述特征。
第1项:一种葡萄糖脱氢酶,其具有基于其与葡萄糖的反应性,小于3%的针对麦芽糖、半乳糖和木糖的反应性,并且具有80℃以上的温度稳定性。
第2项:根据第1项所述葡萄糖脱氢酶,其在葡萄糖氧化反应中利用烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NAD)或烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸(NADP)作为辅酶。
第3项:来源于超嗜热古细菌的葡萄糖脱氢酶,所述葡萄糖脱氢酶具有下述特性(A)-(F):
(A)温度稳定性:90℃以下;
(B)pH稳定性:4.8-9.7;
(C)最适反应温度:85℃;
(D)最适pH:9.7;
(E)辅酶:烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NAD)或烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸(NADP);
(F)底物特异性:当使用NADP作为辅酶时,所述葡萄糖脱氢酶基于其对葡萄糖的活性,表现出2%以上且小于3%的针对木糖和麦芽糖的活性,和基于其对葡萄糖的活性,表现出1%以上且小于2%的针对半乳糖和甘露糖的活性,所述葡萄糖脱氢酶基本上不与乳糖、山梨糖醇、和蔗糖反应;并且
当使用NAD作为辅酶时,所述葡萄糖脱氢酶基本上不与木糖、麦芽糖、半乳糖、甘露糖、乳糖、山梨糖醇、和蔗糖反应。
第4项:具有SEQ ID NO.2所示的氨基酸序列的葡萄糖脱氢酶。
第5项:包括由SEQ ID NO.2所示的氨基酸序列缺失、取代、插入、或添加一个或多个氨基酸所形成的氨基酸序列的葡萄糖脱氢酶,所述葡萄糖脱氢酶具有的活性基本上等于具有SEQ ID NO.2所示的氨基酸序列的葡萄糖脱氢酶的活性。
第6项:编码第1-5项中任一项所述的葡萄糖脱氢酶的DNA。
第7项:包括第6项所述的DNA的表达载体,所述DNA被功能性偶联到在引入所述DNA的宿主细胞中可操作的启动子上。
第8项:使用第7项所述的表达载体转化的转化微生物。
第9项:根据第8项所述的转化的微生物,其中所述微生物是大肠杆菌(Escherichia coli)。
第10项:用于生产第1-5项中任一项所述的葡萄糖脱氢酶的方法,其包括培养第8或9项所述的微生物,并且从所得到的培养物收集葡萄糖脱氢酶。
第11项:用于定量葡萄糖的组合物,其包含第1-5项中任一项所述的葡萄糖脱氢酶。
第12项:用于定量葡萄糖的方法,其包括使用第1-5项中任一项所述的葡萄糖脱氢酶来定量葡萄糖。
第13项:包括由SEQ ID NO.2所示的氨基酸序列缺失、取代、插入、或添加一个或多个氨基酸所形成的氨基酸序列的葡萄糖脱氢酶,所述葡萄糖脱氢酶具有的活性基本上等于具有SEQ ID NO.2所示的氨基酸序列的葡萄糖脱氢酶的活性。
发明效果
本发明提供表现出极好的稳定性、基本上不与除葡萄糖外的糖类作用、并且不受溶解的氧影响、因此能够准确测量血液葡萄糖水平和准确定量葡萄糖的GDH;和包含所述GDH的葡萄糖传感器以及包含所述GDH的、用于定量葡萄糖的组合物。
实施发明的最佳方式
本发明涉及来源于超嗜热古细菌且具有高稳定性和极好的底物特异性的GDH。所述GDH特别具有下述特性。所述GDh具有这样的底物特异性,以致其具有基于其针对葡萄糖的反应性,小于3%的针对麦芽糖、半乳糖、和木糖的反应性。所述GDH具有80℃以上、优选85℃以上、更优选90℃以上的温度稳定性。更优选地,所述GDH利用烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NAD)或烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸(NADP)作为辅酶。所述GDH更优选的特性详述如下:温度稳定性为90℃;pH稳定性为4.8-97;最适反应温度为85℃;最适pH约为9.7;所述GDH利用烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NAD)或烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸(NADP)作为辅酶起作用。所述GDH的底物特异性如下:当使用NADP作为辅酶时,所述葡萄糖脱氢酶基于其对葡萄糖的活性,表现出2%以上且小于3%的针对木糖和麦芽糖的活性,和基于其对葡萄糖的活性,表现出1%以上且小于2%的针对半乳糖和甘露糖的活性,并且所述葡萄糖脱氢酶基本上不与乳糖、山梨糖醇、和蔗糖反应。当使用NAD作为辅酶时,所述葡萄糖脱氢酶基本上不与木糖、麦芽糖、半乳糖、甘露糖、乳糖、山梨糖醇、和蔗糖反应。基于所述GDH的氨基酸序列,所述GDH具有37,000的估计分子量。
根据基于16S核糖体RNA(16SrRNA)(对于真核细胞为18SrRNA)碱基序列的进化系统树,生物体广泛地分类为三种生命域,即,真核(Eucarya),细菌(Bacteria),和古细菌(Archaea)。术语“古细菌(archaeon)”或“古细菌(archaea)”用在本文中是指基于16SrRNA进化树系统分类为“古细菌”域的生物体。此外,术语“超嗜热古细菌(hyperthermophilic archaeon)”或“超嗜热古细菌(hyperthermophilicarchaea)”定义为可以在90℃以上生长的古细菌(archaeon)或古细菌(archaea),或定义为其最适生长温度为80℃以上的古细菌(archaeon)或古细菌(archaea)。
本发明的GDH所来源的生物体没有限制,只要其是超嗜热古细菌,但是优选是分类为这样的种属,或与该种属紧密相关的古细菌,所述种属选自由以下各项组成的组:热网菌属(Pyrodictium),硫化叶菌属(Sulfolobus),硫还原球菌属(Desulfurococcus),热变形菌属(Thermoproteus),热丝菌属(Thermofilum),和热原体属(Thermoplasma),并且更优选地是分类为热变形菌属的古细菌。更优选地,本发明的GDH所来源的生物体是具有下述特征(A)-(G)的古细菌:
(A)所述古细菌包含SEQ ID NO.3所示的碱基序列作为编码16SrRNA的基因组DNA的碱基序列。
(B)所述古细菌可以在80℃以上生长;最适生长温度为约90℃;
(C)所述古细菌在基因组DNA中具有58-62mol%的GC含量。
(D)所述古细菌是严格的厌氧性细菌。
(E)所述古细菌在加入硫代硫酸盐作为电子受体时表现出令人满意的生长。
(F)所述古细菌可以在1%以下的NaCl浓度下生长。
(G)所述古细菌是长杆形状的细菌,长为10-30μm且宽约为5μm。
用在本文中时,术语“温度稳定性”定义为当将GDH以作为蛋白浓度计算的浓度0.17mg/mL溶解在50mM Tris-HCl,0.1M NaCl(pH 8.0)中,并将所述GDH溶液加热30分钟时,相对于加热前的GDH活性,加热后的GDH活性残存率。温度稳定性所指定的温度范围表示在上述条件下所述GDH表现出90%以上的活性残存率的温度范围。例如,表述“80℃以上的热稳定性”意指,在将包含GDH的溶液在80℃以上温育30分钟后,相对于加热前,所述GDH保留其活性的至少90%。换言之,当将所述GDH在预先确定的温度下温育30分钟时,相对于温育前的活性,所述GDH在温育后具有90%以上的活性的温度范围包括80℃以上的温度。测量所述GDH活性的方法如下。
在优选实施方案中,术语本发明的葡萄糖脱氢酶的“热稳定性”意指,在将所述葡萄糖脱氢酶在特定温度下热处理30分钟后,相对于其在热处理前的酶活性,其具有至少90%的残存活性。例如,表述“80℃的热稳定性”意指,在将所述GDH在80℃热处理30分钟后,相对于其在热处理前的酶活性,热处理的GDH保留其酶活性的90%以上。自然地,“80℃的热稳定性”还意指,在低于80℃的温度热处理后,GDH保留90%以上的残存活性(即,所述GDH具有热稳定性)。如上述,由特定温度限定的热稳定性意指,在将本发明的GDH在该特定温度以下热处理后,所述GDH具有90%以上的残存活性。因此,表述“80℃以上的热稳定性”意指80℃以上的温度是热稳定性的上限。
在另一个优选实施方案中,术语本发明的葡萄糖脱氢酶的“热稳定性”意指,在将所述葡萄糖脱氢酶在特定温度下热处理30分钟后,相对于其在热处理前的酶活性,其具有至少95%的残存活性。例如,在该实施方案中,表述“80℃的热稳定性”意指,在将所述GDH在80℃热处理30分钟后,相对于其在热处理前的酶活性,热处理的GDH保留其酶活性的95%以上。自然地,“80℃的热稳定性”还意指,在低于80℃的温度热处理后,GDH保留95%以上的残存活性(即,所述GDH具有热稳定性)。
本发明的GDH具有至少80℃、优选至少85℃、更优选至少90℃的热稳定性。
术语“底物特异性”在本文中提及时,以所述GDH在下述条件下氧化其底物的速率进行评价:底物浓度为150mmol/L,辅酶浓度为5mmol/L,pH 8.0,和反应温度为60℃。更具体地,按照下述测量GDH活性的方法,计算所述GDH针对除作为待评价的底物的葡萄糖外的糖类的活性,并且将所述糖类的活性表示为百分数,将所述GDH针对作为底物的葡萄糖的活性视为100%。在本发明中,当基于GDH针对葡萄糖的活性,GDH针对底物的活性小于1%时,将所述GDH定义为与所述底物“基本上不反应”。
术语“pH稳定性”在本文中提及时定义为,当将所述GDH以作为蛋白浓度计算的浓度5μg/mL溶解在含有0.1mol/L缓冲液的溶液中,并且将所述溶液在25℃温育24小时时,温育后的活性相对于温育前的活性在残存率。对于pH稳定性指定的温度范围表示在上述条件下所述GDH表现出90%以上的活性残存率的pH范围。例如,表述“pH稳定性4.8-9.7”意指,在将GDH在pH 4.8-9.7的缓冲液中温育24小时后,相对于温育前,所述GDH保留其活性的至少90%。换言之,当在预先确定的pH温育24小时后,相对于温育前的活性,所述GDH具有90%以上的活性的pH范围包括4.8-9.7的pH值。
本发明的GDH没有限制,只要其来源于超嗜热古细菌,并且具有上述特性。表述“来源于超嗜热古细菌”意指在自然中存在的固有生产GDH的菌株为超嗜热古细菌。因此,由通过例如遗传转化人工改造的细胞产生的任何GDH在本文中定义为来源于超嗜热古细菌,只要所述GDH满足下述条件:所述基因的碱基序列与在超嗜热古细菌基因组中固有存在的基因的碱基序列相同;或所述基因的碱基序列是由超嗜热古细菌基因组中固有存在的基因取代、缺失、插入或添加一个或多个碱基获得的序列,并且所述基因具有的活性基本上等于本发明的GDH的活性。表述“活性基本上等于”意指,修饰的GDH的活性在实验误差内、或等价于或大于具有SEQ ID NO.2所示的氨基酸序列的GDH的活性。
本发明的优选实施方案提供包含由SEQ ID NO.2所示的氨基酸序列组成的多肽的葡萄糖脱氢酶,或包含由SEQ ID NO.2所示的氨基酸序列中缺失、取代、插入或添加一个或多个氨基酸残基获得的氨基酸序列组成的多肽的葡萄糖脱氢酶。所述GDH可以由通过培养所述GDH所来源的超嗜热古细菌获得的培养物生产。所述GDH还可以通过表达已经转移至不同于所述GDH所来源的超嗜热古细菌的宿主生物体的基因而生产。
当本发明的葡萄糖脱氢酶是在SEQ ID NO.2所示的氨基酸序列中具有一个或多个氨基酸取代、添加、缺失、或插入的多肽时,所述氨基酸突变的数目和类型没有限制,只要它们不影响葡萄糖脱氢酶活性,和上文提及的酶特性,诸如热稳定性,pH稳定性,和底物特异性。突变的数目优选是多个,更具体地为1-30个,优选地为1-15个,更优选地为1-10个,更优选地为1-5个,甚至更优选地为1-3个。
当本发明的葡萄糖脱氢酶是在SEQ ID NO.2所示的氨基酸序列中具有一个或多个氨基酸取代的多肽时,所述氨基酸取代没有限制,只要它们不削弱葡萄糖脱氢酶活性和上文提及的酶特性。然而,优选地,所述氨基酸取代是被相似氨基酸的取代。相似氨基酸的实例包括下述:
芳香族氨基酸:Phe,Trp,Tyr
脂肪族氨基酸:Ala,Leu,Ile,Val
极性氨基酸:Gln,Asn
碱性氨基酸:Lys,Arg,His
酸性氨基酸:Glu,Asp
具有羟基的氨基酸:Ser,Thr
SEQ ID NO.2所示的多肽序列具有与已知的来源于顽固热变形菌的GDH的序列的高度同源性,即79%。然而,本发明的GDH在其非常高的底物特异性方面清楚地不同于已知的GDH。根据上文列出的非专利文献3,来源于顽固热变形菌的已知的GDH在底物浓度为40mmol/L时具有的针对木糖的活性高于针对葡萄糖的活性。相反,本发明的GDH,当利用NADP作为辅酶时,甚至在更高底物浓度,即,150mmol/L时,具有基于其针对葡萄糖的活性,小于3%的针对木糖的活性。当利用NAD作为辅酶时,本发明的GDH具有基于其针对葡萄糖的活性,小于1%的针对木糖的活性。因此,所述GDH的特征是其与木糖的极低反应性。本发明的GDH与已知的GDH之间的这种特性差异可能极大地归因于它们氨基酸序列的不同。本发明的GDH的特征之一在于,其具有与SEQ ID NO.2序列高度同源的氨基酸序列。特别地,所述GDH具有与SEQ ID NO.2氨基酸序列80%以上的同源性,优选地85%以上的同源性,和更优选地90%以上的同源性的氨基酸序列。在另一个实施方案中,本发明的GDH具有与SEQ ID NO.2所示的氨基酸序列95%以上的同源性,优选地98%以上的同源性,和更优选地99%以上的同源性。
本发明的GDH可以通过适当地使用例如任一种下述方法获得:
(1)由某种来源提取所述GDH,然后纯化,所述来源为产生所述酶的细胞;
(2)化学合成所述GDH;
(3)从通过基因重组技术改造为表达所述GDH的细胞纯化所述GDH;和
(4)使用不含细胞的转录/翻译系统,由编码所述GDH的核酸生化合成所述GDH。
例如,用于生成产生本发明的GDH的天然细胞的方法的一个实例如下。首先,由有利于超嗜热古细菌生长的环境,即高温环境,如火山地区、深入地表面下、海底热液出口、和存在温泉的地区收集样品,并且将所述样品接种在合适的培养基中,并且在80℃以上培养。
例如,由天然产生GDH的细胞分离/纯化GDH可以按下述进行。将产生GDH的细胞均匀分布(homogenized)在适当的缓冲液中,并通过超声波、表面活性剂处理等获得细胞提取液。然后,可以通过适当组合在蛋白质分离和纯化中常用的分离技术进行GDH的纯化。所述分离技术的非限制性实例包括利用溶解性差异的方法,诸如盐析和溶剂沉淀;利用分子量差异的方法,诸如透析、超滤、凝胶过滤、不改性的聚丙烯酰胺电泳(PAGE)、和十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺电泳(SDS-PAGE);利用电荷的方法,诸如离子交换层析和羟基磷灰石层析;例如特异性亲和性的方法,如亲和层析;利用疏水性差异的方法,如反相高效液相色谱;和利用等电离点差异的方法,如等电子聚焦。
通过化学合成生产GDH可以通过使用肽合成仪,基于例如SEQ IDNO.2所示的氨基酸序列,合成其序列的全部或一部分来进行。例如,肽合成方法可以是固相合成或液相合成。目的蛋白可以通过缩合可以形成本发明的GDH的部分肽或氨基酸与其余部分而产生。当产物包含保护基团时,去除该保护基团。缩合和去除保护基团按照已知方法进行,例如,按照在下述文献(1)和(2)中所述的方法进行:
(1)M.Bodanszky和M.A.Ondetti,Peptide Synthesis(肽合成),IntersciencePublishers,纽约(1966)
(2)Schroeder和Luebke,The Peptide(肽),Academic Press(学术出版社),纽约(1965)。
这样获得的本发明的GDH可以根据已知的纯化方法进行纯化/分离。纯化方法的实例包括溶剂提取、蒸馏、柱层析、液相色谱、重结晶、以及它们的组合。
当通过上述方法获得的GDH为游离实体时,可以根据已知的方法或利用已知方法的方法将其转化为适当的盐。相反,当所述GDH以盐获得时,可以按照已知的方法或利用已知方法的方将所述盐转化为游离实体或另一种盐。
优选地,本发明的GDH可以通过克隆(或化学合成)编码所述GDH的蛋白的核酸,并且通过由包含携带所述核酸的表达载体的转化体的培养物分离/纯化GDH而产生。
克隆酶基因可以典型地根据下述方法进行。由产生所述酶的细胞或组织完全或部分纯化需要的酶,并且通过Edman分析和质谱法确定N端的氨基酸序列。通过使用蛋白酶或以序列特异性方式分解肽的化学物质部分消化所述酶获得的寡肽的氨基酸序列同样通过Edman分析和质谱法确定。合成具有与由此确定的部分氨基酸序列相对应的碱基序列的寡核苷酸,并且使用该寡肽作为探针,通过菌落(或斑)杂交从由产生该酶的细胞或组织制备的cDNA或基因组DNA文库克隆编码该酶的DNA。备选地,使用完全或部分纯化的酶的全部或一部分作为抗原,按照常规方法制备针对该酶的抗体,并且通过抗体筛选从由产生该酶的细胞或组织制备的cDNA或基因组DNA文库克隆编码该酶的DNA。
当具有与目的酶的酶特性相似的酶特异性的酶的基因已知时,可以访问,例如,NCBI BLAST主页(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/),搜索与所述已知基因的碱基序列具有同源性的序列,基于已经找到的碱基序列制备如上所述的探针,并且通过菌落(或斑)杂交克隆编码目的酶的DNA。
备选地,可以基于已经找到的碱基序列合成适当的寡核苷酸作为引物,并且利用聚合酶链式反应(以下简写为“PCR”)或反转录酶-PCR(以下为“RT-PCR”),利用由产生GDH的细胞制备的基因组DNA片段、总RNA、或mRNA片段作为模板,进行直接的扩增。
这样获得的DNA的碱基序列可以使用已知的测序技术如Maxam-Gilbert法或双脱氧链终止法确定。
更优选地,编码本发明的GDH的核酸为,例如,包含SEQ ID NO.1所示的碱基序列的核酸(当所述核酸为RNA时,“t”替换为“u”);或为包含在严格条件下与SEQ ID NO.1所示的碱基序列互补的碱基序列杂交的碱基序列的核酸,编码与由SEQ ID NO.2所示的氨基酸序列组成的上述多肽相同的特性的多肽的核酸。特别地,所述多肽具有通过SDS-PAGE估测的分子量37,000,温度稳定性为90℃以下,pH稳定性为4.8-9.7,最适反应温度为85℃,最适pH为约9.7,和底物特异性是这样的,即其基本上不针对麦芽糖、半乳糖、木糖、乳糖、山梨糖醇、和甘露糖作用。所述多肽利用烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NAD)或烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸(NADP)作为辅酶起作用。在严格条件下与SEQ ID NO.1所示的碱基序列杂交的核酸的实例包括这样的核酸,所述核酸包含与SEQ ID NO.1所示的碱基序列具有60%以上的同源性、优选70%以上的同源性、更优选地80%以上的同源性、更优选地90%以上的同源性、且最优选地95%以上的同源性的碱基序列。
在本文中,碱基序列的同源性可以使用同源性计算算法NCBI BLAST(National Center for Biotechnology Information Basic Local AlignmentSearch Tool(国家生物技术信息中心碱基局部比对搜索工具))在下述条件下(预测值=10;允许缺口;过滤=ON;匹配得分=1;错配得分=-3)来计算。上述关于氨基酸序列的同源性计算算法还可以作为确定碱基序列同源性的另一种优选的算法实例提及。
杂交可以按照已知的方法或利用已知方法的方法进行,例如,在Molecular Cloning(分子克隆),第2版(J.Sambrook等.,Cold Spring HarborLab.Press(冷泉港实验室出版社),1989)中所述的方法。当使用商购的文库时,杂交可以按照在所附的手册中所述的方法进行。杂交可以优选地按照严格条件进行。
严格条件的实例如下:钠盐浓度:约19-约40mM,并且优选约19-约20mM;温度:约50℃-约70℃,且优选地60℃-约65℃。特别地,约19mM的钠盐浓度和约65℃的温度是优选的。本领域技术人员可以容易地通过改变杂交溶液的盐浓度,杂交反应的温度、探针浓度、探针长度、错配数目、杂交反应时间、洗涤溶液的盐浓度、洗涤温度等而将杂交条件调整至需要的严格性。
编码本发明的GDH的DNA可以获自热变形菌属的超嗜热古细菌的基因组DNA或RNA(cDNA),如上所述。备选地,可以通过化学合成DNA链,或通过合成部分重叠的短寡DNA,并且利用PCR连接所述寡DNA来获得编码GDH的DNA,由此构建编码GDH基因全长的DNA。化学合成或组合地利用PCR构建全长DNA的优点在于,所用的密码子可以根据引入所述基因的宿主跨(across)所述基因的全长来设计。编码同一氨基酸的密码子不是统一地使用的;密码子的使用率(usage)根据生物体物种而不同。通常,在特定生物物种中高度表达的基因包含在该生物中常用的密码子。相反,通常的情形是存在不常用的密码子防止具有低表达水平的基因得到高度表达。关于外源基因的表达,已有许多案例报道,在所述案例中,通过用宿主生物体中常用的密码子替换基因序列中的密码子增加外源基因的表达水平。因此,预测所用密码子的这种改变提高外源基因的表达水平。
因此,需要将编码本发明GDH的DNA的密码子改变为更适合于引入所述DNA的宿主的密码子(即,该宿主中常用的密码子)。每种宿主中的密码子使用率(usage)定义为该宿主生物体基因组序列中存在的所有基因中所用的每种密码子的比例,并且表示为,例如,每1000个密码子使用的每种密码子的次数。对于完整基因组序列尚未知的生物体,密码子使用率可以近似由该生物体代表性基因的序列计算。关于用于重组的宿主生物体中的密码子使用率的数据是可获得的,例如,在Kazusa DNA研究所(Kazusa DNA Research Institute)主页上公布的密码子使用率数据库(Codon Usage Database)中。备选地,使用者可以参考公开各种生物体中的密码子使用率的参考文献,或者可以自己确定关于要用的宿主生物体的密码子使用率数据。参考所获得的密码子使用率数据,以及要引入到宿主中的基因序列,可以将在该宿主生物体中不常用的密码子替换为编码相同氨基酸的常用密码子。
引入编码本发明的GDH的DNA的宿主细胞没有限制,只要已经为其建立了重组表达系统,如下述。优选的宿主细胞的实例包括微生物,如大肠杆菌,枯草芽孢杆菌,和其它细菌,放线菌(Actinomycetes),曲霉菌属(Aspergillus),和酵母,以及昆虫细胞,动物细胞和高等植物细胞。优选大肠杆菌(例如,K12菌株和B菌株)。以K12菌株为例,大肠杆菌中常用密码子的实例包括下述:GGT或GGC用于Gly;GAA用于Glu;GAT用于Asp;GTG用于Val;GCG用于Ala;CGT或CGC用于Arg;AGC用于Ser;AAA用于Lys;ATT或ATC用于Ile;ACC用于Thr;CTG用于Leu;CAG用于Gln;和CCG用于Pro。
其中密码子已经替换为宿主中常用的密码子的编码GDH的DNA可以是,例如,通过用在大肠杆菌K12菌株中常用的密码子替换编码来源于热变形菌属古细菌的GDH的DNA的密码子而获得的DNA,并且编码与所述GDH的氨基酸序列相同的氨基酸序列。
本发明还提供包含编码本发明的GDH的DNA的重组载体。本发明的重组载体没有限制,只要其可以在原核和/或真核细胞的各种宿主细胞中的保持其复制或自主复制。所述重组载体包括质粒载体和病毒载体。使用适当的限制酶和连接酶,或者,如果需要,另外使用连接体或连接DNA,可以容易地通过将编码本发明GDH的DNA与已知的克隆载体或本领域可用的表达载体连接而制备重组载体。备选地,如果编码GDH的DNA是使用DNA聚合酶如Taq聚合酶扩增的基因片段,所述聚合酶在扩增末端添加一个碱基,则该DNA可以通过TA克隆连接到载体上。
质粒载体的实例包括大肠杆菌来源的质粒,如pBR322,pBR325,pUC18,和pUC19;酵母来源的质粒,如pSH19和pSH15;和枯草芽孢杆菌来源的质粒,如pUB110,pTP5,和pC194。病毒载体的实例包括噬菌体如λ噬菌体;乳多空病毒(papovaviruses)如SV40和牛乳头瘤病毒(bovinepapillomavims)(BPV);反转录病毒,如莫洛尼鼠白血病毒(Moloneymurine leukemia virus)(MoMuLV);以及动物与昆虫病毒,如腺病毒(adenovirus)(AdV),腺伴随病毒(adeno-associated virus)(AAV),痘苗病毒(vaccinia virus),和杆状病毒(baculovirus)。
更特别地,本发明提供一种GDH表达载体,其包含在靶细胞内功能启动子的控制下的编码GDH的DNA。
本文所用的载体没有限制,只要其包含:
启动子区,该启动子区能够在多种原核和/或真核宿主细胞中起作用以控制位于该启动子区下游的基因的转录(例如,在大肠杆菌宿主细胞的情形中,trp启动子,lac启动子,lecA启动子,等等;在枯草芽孢杆菌宿主细胞的情形中,SPO1启动子,SPO2启动子,penP启动子,等等;在酵母宿主细胞的情形中,PHO5启动子,PGK启动子,GAP启动子,ADH启动子,等等;在哺乳动物宿主细胞的情形中,病毒启动子如SV40-来源的起始启动子,MoMuLV-来源的长末端重复,腺病毒-来源的起始启动子,等等);和
关于该基因的转录终止信号,即,终止子区;其中:
所述启动子区和终止子区通过至少一个限制酶识别位点连接,其优选是包含仅在该位点位置切断载体的特有限制性位点的序列。
优选地,所述载体还包含用于选择转化体的选择性标记基因(所述选择性标记基因包括赋予药物抗性的基因,诸如四环素、氨苄青霉素、卡那霉素、潮霉素、和膦丝菌素(phosphinothricin)抗性;和通过营养突变补偿的基因)。此外,当待插入的编码GDH的DNA不包含起始密码子和终止密码子时,优选地使用在启动子区下游和终止子区上游分别包含起始密码子(ATG或GTG)和终止密码子(TAG,TGA,TAA)的载体。
当使用细菌作为宿主细胞时,除了启动子区和终止子区之外,表达载体典型地需要包含能够在宿主细胞中自主复制的复制子。启动子区在启动子邻近处包含操纵子和Shine-Dalgamo(SD)序列。
当使用酵母、动物细胞或昆虫细胞作为宿主时,表达载体优选地还包含增强子序列,GDH mRNA的5’和3’非翻译区,聚腺苷酸化位点,等。
引入所制备的重组载体的宿主生物体的实例包括已经为其建立了重组表达系统的宿主生物体,例如,微生物,如大肠杆菌,枯草芽孢杆菌,和其它细菌,放线菌,曲霉属,和酵母菌,以及昆虫细胞,动物细胞和高等植物细胞。其中,由于大肠杆菌的极好的蛋白表达能力,大肠杆菌是优选的。例如,可以通过电穿孔将重组质粒引入。在通过使用氯化钙等进行化学处理使得细胞成为感受态的情形中,可以通过应用热激将重组质粒引入。可以通过寻找表达GDH活性和表达包含所述靶DNA的载体的标记基因如多种药物抗性基因中的任一种的微生物而选择向其转移靶重组质粒的宿主微生物。例如,可以选择在适于药物抗性基因的选择性培养基上生长并且还表达GDH的微生物。
可以通过在培养基中培养包含这样制备的GDH表达载体的转化体,并且由得到的培养物收集GDH而生产本发明的GDH。
优选地,所述培养基包含宿主细胞(转化体)生长所需要的碳源或者无机或有机氮源。碳源的实例包括葡萄糖,葡聚糖,可溶淀粉,和蔗糖;无机或有机氮源的实例包括铵盐,硝酸盐,氨基酸,玉米浆,蛋白胨,酪蛋白,肉提取物,脱脂大豆,和马铃薯提取物。所述培养基可以任选地包含其它营养素,例如,无机盐(例如,氯化钙、磷酸二氢钠、和氯化镁),维生素,和抗生素(例如,四环素、新霉素、氨苄青霉素、和卡那霉素)。
培养按照本领域已知的方法进行。依据宿主细胞所用的特定的培养基和培养条件在下文作为举例给出,但是本发明所用的培养条件决不限于此。
当使用细菌、放线菌、酵母、丝状真菌等作为宿主时,合适的培养基的实例为包含上述氮源的液体培养基。优选地,所述培养基具有5-9的pH。当宿主为大肠杆菌时,优选的培养基的实例为LB培养基和M9培养基[Miller.J.,Exp.Mol.Genet(实验分子遗传学杂志),第431页,ColdSpring Harbor Laboratory(冷泉港实验室),和纽约(1972)]。培养可以典型地在14-43℃进行约3-约72小时,需要时,在通风和搅拌条件下培养。当宿主为枯草芽孢杆菌时,培养可以典型地在30-40℃进行约16-约96小时,需要时,在通风和搅拌条件下培养。当宿主为酵母时,培养基的实例为Burkholder基本培养基[Bostian.KL.等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA(美国国家科学院学报),77,4505(1980)],pH优选为5-8。培养可以典型地在约20-约35℃进行约14-约144小时,需要时,在通风和搅拌条件下培养。
当宿主为动物细胞时,培养基的实例为包含约5-20%胎牛血清的基本必需培养基(MEM)[Science(科学),122,501(1952)],Dulbecco改良的Eagle培养基(Dulbecco’s Modified Eagle’s Medium)(DMEM)[Virology(病毒学),8,396(1959)],RPMI1640培养基[J.Am.Med.Assoc.(美国医学学会杂志),199,519(1967)],和199培养基[Proc.Soc.Exp.Biol.Med.(实验生物医学学会学报),73,1(1950)]。培养基的pH优选为约6-约8。培养可以典型地在约30-约40℃进行约15-约72小时,需要时,在通风和搅拌条件下培养。
当宿主为昆虫细胞时,培养基的实例为包含胎牛血清的Grace’s培养基[Proc.Natl.Acad.Sci.USA(美国国家科学院学报),82,8404(1985)],具有优选约5-约8的pH。培养可以典型地在约20-约40℃进行15-100小时,需要时,在通风和搅拌条件下培养。
GDH的纯化可以通过根据存在GDH活性的级分适当组合各种常用的分离技术而进行。
培养基中存在的GDH可以通过离心或过滤该培养物获得培养物上清(滤出液),并且使用已知的分离方法从该培养物上清中分离GDH而分离/纯化,所述已知的分离方法适当选自,例如,盐析、溶剂沉淀、透析、超滤、凝胶过滤、不改性的PAGE、SDS-PAGE,离子交换层析,羟基磷灰石层析,亲和层析,反相高效液相色谱,和等电子聚焦。
存在于胞质中的GDH可以这样分离/纯化:通过离心或过滤培养物收集细胞,将细胞悬浮在适当的缓冲液中,通过例如超声波、溶菌酶处理、冷冻/解冻、渗透压休克、和/或使用Triton-X100等进行表面活性剂处理而分裂(裂解)该细胞和细胞器,然后通过离心、过滤等去除碎片,从而产生可溶级分,并且按照上述方法处理所述可溶级分。
快速且容易地获得重组GDH的优选方式的实例是这样的方法,其中通过遗传改造,将编码可以吸附至金属离子螯合物的氨基酸(例如,由碱性氨基酸如组氨酸、精氨酸,或蓖麻毒蛋白组成的序列,其中优选组氨酸)的DNA序列添加至包含GDH编码序列的部分(优选在N或C端),并且将得到的物质在宿主细胞中表达;然后,基于所述氨基酸序列对金属离子螯合物的固定支持物的亲和性,从细胞培养物中具有GDH活性的级分分离/收集所述GDH。可以向GDH编码序列引入编码可以吸附至金属离子螯合物的氨基酸序列的DNA序列,例如,按下述:在克隆编码GDH的DNA的过程中,使用杂合引物进行PCR扩增,其中将所述DNA序列连接至编码GDH的C-端氨基酸序列的碱基序列;或者通过将编码GDH的DNA符合读框地插入到在终止密码子之前包含所述DNA序列的表达载体。
用于纯化的金属离子螯合吸附剂这样制备,即通过使过渡金属,如二价离子如钴、铜、镍或铁,或三价离子如铁或铝,并且优选是含有钴或镍的二价离子的溶液,与附着了配体的基质接触,所述配体例如,亚氨基二乙酸(iminodiacetic acid)(IDA)基团,氨基三乙酸(nitrilotriacetic acid)(NTA)基团,或三(羧甲基)乙二胺(tris(carboxymethyl)ethylenediamine)(TED)基团,由此使所述过渡金属与所述配体结合。螯合吸附剂的基质部分没有限制,只要其为普遍不溶的支持物。
备选地,亲和纯化可以使用谷胱甘肽-S-转移酶(GST)、麦芽糖结合蛋白(MBP)、HA、FLAG肽等作为标签进行。
上述纯化步骤可以任选地包括这样的处理,如膜浓缩,在减压下浓缩,和加入激活剂和/或稳定剂。由于本发明的GDH具有极佳的耐热性,使得来源于其它宿主细胞的污染蛋白热变性并且允许GDH活性得以保留的热处理对于充分提高GDH纯度是特别有效的。尽管在这些步骤中所用的溶剂没有限制,但是优选的溶剂为在约6-约9范围的pH具有缓冲能力的各种缓冲液,诸如磷酸钾缓冲液、tris-盐酸缓冲液、和Good缓冲液。
当这样获得的GDH为游离实体时,按照已知的方法或利用已知方法的方法,可以将其转化成盐。当GDH作为盐获得时,按照已知的方法或利用已知方法的方法,可以将该盐转化为游离实体或另一种盐。
纯化的酶在工业上可以以液体形式使用,或者可以是粉末或颗粒状的。液体酶的粉末化可以按照常规方法通过冷冻干燥进行。
此外,本发明的GDH可以利用与编码GDH的DNA互补的RNA作为模板,并且使用不含细胞的蛋白翻译系统,包括兔网织红细胞裂解物、麦芽裂解物、大肠杆菌裂解物等,通过体外翻译而合成。
编码本发明的GDH的RNA可以通过按照常规方法纯化编码本发明的GDH的mRNA而获得。备选地,编码本发明的GDH的RNA可以通过使用编码所述GDH的DNA作为模板制备cRNA,并且使用包括RNA聚合酶的不含细胞的转录系统而获得。可以使用商购的不含细胞的蛋白转录/翻译系统,或者可以按照已知的方法制备不含细胞的蛋白转录/翻译系统;具体地,例如,可以按照Pratt J.M.等,“Transcription and Tranlation(转录和翻译)”,Hames B.D.和Higgins S.J.编,IRL出版社(IRL Press),牛津179-209(1984)中所述的方法制备大肠杆菌提取物。商购的细胞裂解物的实例如下:来源于大肠杆菌的细胞裂解物包括大肠杆菌S30提取物系统(由Promega(普洛麦格)供应),和RTS 500快速翻译系统(RTS 500Rapid Tranlation System)(由Roche(罗氏)供应);来源于兔网织红细胞的细胞裂解物包括兔网织红细胞裂解物系统(由Promega(普洛麦格)供应);和来源于麦芽的细胞裂解物包括PROTEIOSTM(由TOYOBO供应)。上述中优选的是麦芽裂解物。
制备麦芽裂解物的可用的方法的实例为记述在Johnston F.B.等,Nature(自然),179:160-161(1957)中的方法,和记述在Erickson A.H.等,Meth.Enzymol.(酶学方法),96:38-50(1996)中的方法。
用于蛋白合成的系统或装置的实例包括批次法[Pratt,the J.M.等.(1984),同前];用于合成不含细胞的蛋白的连续系统,其中向反应系统中连续供应氨基酸、能源等[Spirin A.S.等,Science(科学),242:1162-1164(1988)];透析(Kigawa等,日本分子生物学学会第21次年会(the 21stAnnual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan),WID6);和双层法(PROTEIOSTM麦芽不含细胞的蛋白合成核心试剂盒的使用说明;由TOYOBO供应)。可用的方法的其它实例包括这样的方法,其中在需要时,向合成反应系统中提供模板RNA、氨基酸、能源等,并且在需要时,使合成的或降解产物从该反应系统中流出(日本未审查的专利公布号2000-333673)。
本发明还提供包含本发明的GDH的用于定量葡萄糖的组合物,和使用本发明的GDH测量葡萄糖浓度的方法。
在本发明中,葡萄糖水平可以通过下述多种方法测量。本发明用于测量葡萄糖水平的试剂,葡萄糖测定试剂盒,和本发明的葡萄糖传感器可以采取多种形式,诸如液体形式(溶液、混悬液等)、通过例如真空干燥或喷雾干燥获得的粉状形式、和冷冻-干燥的形式。冷冻-干燥方法没有限制,并且可以按照常规方法进行。替代作为冷冻-干燥的产物,包含本发明的酶的组合物还可以采用通过复原所述冷冻-干燥的产物而获得的溶液的形式。
用于测量葡萄糖水平的试剂
本发明用于测量葡萄糖水平的试剂典型地包括本发明的GDH,辅酶,缓冲液,用于准备校正曲线的葡萄糖标准溶液,以及使用说明。优选地,所述试剂包括测定所需要的试剂,如介质(mediator)。
葡萄糖测定试剂盒
本发明的葡萄糖测定试剂盒典型地包括该测定所需要的试剂,如本发明的GDH、辅酶、缓冲液、介质等、用于准备校正曲线的葡萄糖标准溶液、以及使用说明。本发明的试剂盒可以作为,例如,冷冻-干燥的试剂或处于适当的储液中的溶液提供。
葡萄糖传感器
本发明的葡萄糖传感器使用碳电极、金电极、铂电极等作为电极,在电极上固定了所述GDH。固定方法的实例包括使用交联剂的方法,将GDH包进聚合物基质中的方法,用透析膜覆盖GDH的方法,和使用光致交联的聚合物、传导聚合物、氧化还原聚合物等的方法。备选地,所述GDH可以与辅酶如NAD或NADP、或电子介质如二茂铁或其衍生物一起固定在聚合物中或吸附/固定在电极上。本发明的GDH可以与作为辅酶的NAD或NADP一起固定在电极上,备选地,所述GDH可以在不存在辅酶的条件下固定在电极上,并且辅酶可以作为另一层或在溶液中提供。典型地,使用戊二醛将本发明的GDH固定在碳电极上,并且随后通过用具有胺基的试剂处理而封闭戊二醛。
葡萄糖浓度可以按下述测量。将包含缓冲液、GDH和作为辅酶的NAD或NADP的反应溶液置于处于恒定温度的池中,并且保持温度恒定不变。向其中加入包含葡萄糖的样品,并且在给定温度下反应给定的小时数。在该时间内,监测340nm处的吸光度。可以基于预先用具有标准浓度的葡萄糖溶液准备的校正曲线,计算样品中的葡萄糖浓度。在速率测量的情形中,葡萄糖浓度由每单位时间吸光度的增加速率来计算。在终点测量的情形中,葡萄糖浓度由直到样品中所有的葡萄糖被氧化时测量的吸光度的增加来计算。此外,当使用可见光区的量热法定量葡萄糖时,还可以加入适当的介质和着色剂。例如,可以通过加入2,6-二氯靛酚(2,6-dichlorophenolindophenol)(DCPIP)等,并且监测600nm处吸光度的减少而定量葡萄糖。备选地,可以通过加入吩嗪硫酸甲酯(phenazinemethosulfate)(PMS)作为介质,和加入硝基四唑蓝(nitrotetrazolium blue)(NTB)作为着色剂,并且通过测量570nm处的吸光度,由此确定产生的二甲
Figure BPA00001178457600211
(diformazan)而确定葡萄糖浓度。所用的介质和着色剂决不限于上述提及的那些。
葡萄糖浓度还可以按下述测量。将缓冲液置于处于恒定温度的池中;加入辅酶,并且需要时,加入介质;并且保持温度恒定不变。铁氰化钾、吩嗪硫酸甲酯等可以用作介质。其上已经固定了本发明的GDH的电极用作工作电极,并且使用对电极(例如,铂电极)和参比电极(例如,Ag/AgCl电极)。向碳电极施加特定的电压;在电流变得恒定后,加入包含葡萄糖的样品,并且测量电流的增加。可以根据由具有标准浓度的葡萄糖溶液准备的校正曲线计算样品中的葡萄糖浓度。
GDH活性测量的实例
在本发明中,除非另外指明,按照下述方法测量GDH活性。
将900μL反应溶液(90mmol/L N-二(羟乙基)甘氨酸(Bicine),5mmol/L β-NADP+,150mmol/L D-葡萄糖)转移到有盖石英池中,并且在60℃预热5分钟。将15μL GDH溶液与该反应溶液混合,并且在60℃反应3分钟;在反应过程中,测量340nm处的吸光度。由吸光度改变的线性部分计算每分钟吸光度的增加(ΔODTEST)。作为空白检验,将缓冲液代替GDH溶液与该反应溶液混合,并且如上述在60℃温育3分钟;记录340nm处的吸光度,并且计算每分钟吸光度的变化(ΔODBLANK)。将这样获得的值代如下述方程,并且计算活性值(U/mL)。此处,一单位(U)定义为在存在底物的条件下,每分钟还原1微摩尔辅酶的酶量。
活性(U/mL)=[(ΔODTEST-ΔODBLANK)×0.915×稀释倍数]/(6.22×1.0×0.015)
其中:
915:加入GDH溶液后混合物的体积(mL);
6.22:NADPH的毫摩尔分子消光系数(cm2/微摩尔);
0:光径长度(cm);和
015:加入的GDH溶液的液体体积(mL)。
蛋白质量化
本文所引用的蛋白质的量通过Bradford法测量。更具体地,使用由Bio-Rad供应的蛋白浓度测量试剂盒Bio-Rad蛋白测定(Bio-Rad ProteinAssay),并且按照试剂盒所附的手册进行测量。利用使用牛血清白蛋白(BSA)准备的校正曲线确定蛋白浓度。因此,本文所引用的蛋白质的量根据BSA等价物计算。
实施例
以下参考下述实施例具体描述本发明;然而,本发明不限于这些实施例。
<实施例1>
超嗜热古细菌的培养和GDH的纯化
本发明人从鹿儿岛区的Kotakara岛的温泉水中分离的超嗜热古细菌。从其16SrRNA的碱基序列,推测该菌株为分类为热变形菌属中的细菌菌株,其具有下述特征(A)-(G):(A)该细菌包含SEQ ID NO.3所示的碱基序列作为编码16SrRNA的基因组DNA的碱基序列;(B)该细菌可以在80℃以上生长;最适生长温度约为90℃;(C)该细菌在基因组DNA中具有58-60mol%的GC含量;(D)该细菌是严格厌氧性的;(E)该细菌在加入硫代硫酸盐作为电子受体时表现出令人满意的生长;(F)该细菌可以在1%以下的NaCl浓度下生长;和(G)该细菌是长杆形状的,长为10-30μm且宽约为5μm。将具有上述特征的所述菌株命名为热变形菌属(Thermoproteus sp.)GDH-1菌株(Thermoproteus sp.GDH1)。
为了培养GDH1,将包含下述成分的培养基置于无氧手套式操作箱中:0.5%胰蛋白胨,0.5%酵母提取物,0.5%硫代硫酸钠,0.5%氯化钠,0.005%硫化钠,和作为溶解的氧的指示剂的刃天青(resazurin)(5mg/L)。然后,通过重复进行氮气置换而去除培养基中的氧。将上述分离的菌株接种在该培养基中,并且在85℃静止培养3天。然后,将生长的微生物细胞传代培养至其中向上述培养基组成中加入终浓度为0.5%的葡萄糖的培养基中,并且将这些细胞在85℃无氧培养3天。使用高速冷却离心机离心培养物(7L),并且去除上清,由此收集微生物细胞。将这些微生物细胞悬浮在20mL 50mM的磷酸钾缓冲液(pH 7.0)中。将该混悬液放置在冰上,并且使用超声波粉碎器(TOMY SEIKO CO.,LTD,UD-201)以3的输出水平和40%的占空因数(duty cycle)处理10分钟,由此破碎微生物细胞。将破碎的细胞溶液进行离心分离,以去除固体残渣,这样获得粗提液。将硫酸铵溶解在该粗提液中,至终浓度为30%,并且在室温下搅拌20分钟,由此沉淀污染蛋白。通过离心分离去除沉淀的蛋白。然后,向其中加入硫酸铵并且溶解,至终浓度为48%。将该溶液在室温下搅拌20分钟,由此沉淀包含GDH的级分。通过离心分离去除上清,并且将这样获得的GDH级分溶解在20mL 50mM磷酸钾缓冲液(pH 7.0)中。将得到的溶液应用到柱体积为6mL的Resource Q(GE Healthcare(GE卫生保健))柱上,以将污染蛋白吸附在该柱中,并且使GDH流过该柱。将硫酸铵溶解在该流过液中,至终浓度为22.8%。将得到的溶液应用到疏水的Resource ISO柱(GEHealthcare(GE卫生保健),体积为6mL)上,并且吸附在其上。吸附的蛋白用浓度为22.8%到0%的硫酸铵梯度洗脱,收集具有GDH活性的级分。将级分用Superdex 200作为分离柱和包含tris(50mM)和氯化钠(0.15mM)的pH 7.0的缓冲溶液作为洗脱缓冲液进一步凝胶过滤。将这样获得的GDH级分用作纯化的溶液。
<实施例2>
克隆GDH基因
将实施例1中获得的GDH溶液(10μL)与等量的2×SDS样品缓冲液(10mM Tris-HCl,10%甘油,2%SDS,0.1%溴酚蓝,2%(v/v)2-巯基乙醇,pH 6.8)混合,并且将该混合物在100℃煮沸10分钟。然后,将混合物应用至12.5%丙烯酰胺凝胶上,并且在40mA电泳,然后使用CBB Stain One(NACALAI TESQUE,INC.)CBB染色凝胶。将样品中的主要条带从染色的凝胶上切下,并且通过质谱仪分析其肽序列。基于这样获得的推断氨基酸序列,设计包含混合碱基的简并PCR引物,并且使用基因组DNA作为模板进行PCR反应。将该PCR反应溶液应用至1%琼脂糖凝胶上进行电泳,并且用溴化乙锭染色。然后,在UV照射下将与扩增的GDH基因的内部片段所对应的条带切下。然后,使用Wizard SV凝胶和PCR净化系统(PCR Clean-up System)(Promega KK.),从切下的凝胶块提取并纯化DNA。使用TArget Clone Plus(TOYOBO Co.,Ltd.(TOYOBO有限公司)),按照TA克隆法,将获得的DNA片段连接至试剂盒所附带的克隆载体pTA2上。将连接产物加入到大肠杆菌JM109感受态细胞(TOYOBO Co.,Ltd.(TOYOBO有限公司),高感受态JM109)中,通过热激转化,涂到包含100μg/mL氨苄青霉素的LB琼脂糖平板上,并且在37℃培养过夜,以形成转化的菌落。将多个菌落接种到5mL LB培养基(包含100μg/mL氨苄青霉素)中,并且培养过夜。使用Quantum Prep少量制备试剂盒(Bio-Rad Laboratories,Inc.(Bio-Rad实验室公司)),按照试剂盒手册,从培养物提取质粒。通过分析每种提取的质粒的插入片段的碱基序列,确定预期GDH基因的部分碱基序列。然后,基于所确定的序列,设计针对该内部区域序列之外的引物。使用该引物和LA PCR体外克隆试剂盒(TAKARA BIO INC.),扩增GDH基因的5′和3′末端区域,并且确定它们的碱基序列;由此确定该基因的完整碱基序列。所确定的碱基序列显示在SEQ.ID NO.1中,并且推定的氨基酸序列显示在SEQ.ID NO.2中。
<实施例3>
构建GDH表达载体
将设计具有在GDH基因起始密码子处具有NdeI位点和紧接GDH基因终止密码子后具有BamHI位点的序列的引物用于进行以超嗜热菌基因组DNA作为模板的PCR反应。将反应溶液应用与1%琼脂糖凝胶,电泳,并且用溴化乙锭染色。然后,在UV照射下切下所扩增的GDH基因条带。然后,从切下的凝胶块提取和纯化DNA。使用TArget Clone Plus,将获得的DNA片段插入到试剂盒所附带的克隆载体pTA2中(pTA2TGDH1)。进行下述操作,以在不改变待编码的氨基酸的条件下,用另一种碱基序列替换存在于GDH基因内部的所插入的NdeI位点(CATATG)。使用具有包括5’-AGCACGGCATTTGGGGGCTCC-3’(SEQ.ID  NO.4)和5’-GGAGCCCCCAAATGCCGTGCT-3’(SEQ.ID NO.5)的碱基序列的寡DNA作为引物,使用上述获得的pTA2TGDH1作为模板,在热循环仪中进行与PCR类似的反应。然后,向其中加入DpnI,相对于反应溶液其量为2质量%,将混合物在37℃处理1小时。由此,消化了模板(pTA2TGDH1)。将该DpnI处理的溶液加入到大肠杆菌JM109感受态细胞(TOYOBO Co.,Ltd.,高感受态JM109)中,通过热激转化,涂到包含100μg/mL氨苄青霉素的LB琼脂糖平板上,并且在37℃培养过夜,以形成转化的菌落。将多个菌落分别接种到5mL LB培养基(包含100μg/mL氨苄青霉素)中,并且培养过夜。使用Quantum Prep少量制备试剂盒,从所述培养物提取质粒。分析这样获得的每种质粒的碱基序列,以验证编码GDH氨基酸序列中位置113处的异亮氨酸的密码子由ATA转化成ATT,即,在GDH基因序列位置339处的A替换为T,并且将产物指定为具有修正序列的质粒pTA2TGDH2。用NdeI和BamHI对该pTA2TGDH2进行限制酶处理,并且在1%琼脂糖凝胶中电泳,切下包含GDH基因(分别在5’和3’端具有NdeI和BamHI切割末端)的凝胶块。然后,使用WizardSV凝胶和PCR净化系统,提取并且纯化DNA。将该DNA与已用相同的限制酶处理的表达载体pET21a混合。将该混合的溶液与等量的LigationHigh(TOYOBO Co.,Ltd.(TOYOBO有限公司))混合,并且在16℃温育30分钟进行连接。将该连接溶液加入到大肠杆菌JM109感受态细胞中,通过热激转化,涂到包含100μg/mL氨苄青霉素的LB琼脂糖平板上,并且在37℃培养过夜,以形成转化的菌落。在这些转化的菌落中,将通过菌落直接PCR验证包含插入物的那些菌落接种在5mL LB培养基(包含100μg/mL氨苄青霉素)中,并且培养过夜。使用质粒提取试剂盒,由通过离心分离培养物获得的微生物细胞提取质粒。分析每种质粒的插入物的序列,以验证所述质粒包含正确的基因序列。将该质粒指定为表达载体(pET21aTGDH2)。
<实施例4>
GDH基因表达和纯化
按照大肠杆菌BL21(DE3)感受态细胞(Stratagene)所附的手册,将在实施例3中获得的pET21aTGDH1进行热激,以获得转化的菌株。将这些转化的菌落悬浮在处于8个检测管中的5mL LB培养基(包含100μg/mL氨苄青霉素)中,并且在37℃摇动培养过夜。将这样获得的培养物接种到4个2L体积的Sakaguchi瓶中,每个瓶包含800mL LB培养基(具有100μg/mL氨苄青霉素),从而使每个瓶中接种8mL的培养物。将这些瓶在37℃以120rpm摇动3小时。然后,当细胞浊度在660nm处达到约0.6时,向其中加入IPTG,至终浓度为0.1mM。然后,继续在37℃以120rpm摇动培养4小时。使用高速冷却离心分离机离心分离培养物,并且通过倾析去除上清。将这样获得的微生物细胞悬浮在70mL 50mM Tris-盐酸缓冲液+0.1M NaCl(pH 8.0)中。将该混悬液使用超声波粉碎器(TOMYSEIKO CO.,LTD,UD-201)以4的输出水平和40%的占空因数(dutycycle)处理20分钟,由此破碎微生物细胞。将破碎的细胞溶液进行离心分离,以去除残渣,由此获得粗提液。将这样获得的粗提液在85℃处理30分钟,以使污染蛋白变性,所述污染蛋白然后通过离心分析去除。使上清级分通过用50mM Tris-HCl·0.1M NaCl(pH 8.0)缓冲的Resource Q柱,然后在其中溶解硫酸铵,相对于流过液其量为21.3质量%。将该溶液吸附到用50mM Tris-HCl·22.8%硫酸铵(pH 8.0)缓冲的Resource ISO柱上,并且通过将硫酸铵浓缩液的浓度减至0%进行梯度洗脱,从而收集GDH级分。将这些级分使用Superdex 200进一步进行凝胶过滤,并且将这样获得的GDH级分用作纯化的重组GDH溶液。通过SDS page的CBB染色证实该纯化的溶液是显示单一条带的纯化产物。
<实施例5>
重组GDH的辅酶浓度依赖性和底物浓度依赖性
使用在实施例4中获得的GDH,确定本发明的GDH在60℃和pH 8.0的最大反应速率(Vmax)和米氏常数(Michaelis constant)(Km)。计算方法如下:改变底物浓度和辅酶浓度,以通过按照上述活性测量实施例的方法测量活性,并且由使用双倒数作图通过最小二乘法确定的直线计算常数。结果,当使用NAD作为辅酶时,关于NAD的米氏常数(Km)为10.3mM,关于葡萄糖的米氏常数(Km)为66.9mM。在1M葡萄糖浓度的最大反应速率(Vmax)为1670U/mg。此外,当使用NADP作为辅酶时,关于NADP的米氏常数(Km)为0.075mM,关于葡萄糖的米氏常数(Km)为5.27mM。在5mM辅酶浓度的最大反应速率(Vmax)为333U/mg。从关于每种辅酶的米氏常数看来,推测本发明的GDH主要使用NADP作为其体内活性的辅酶;然而,当使用NAD时,最大反应速率高约5倍。
<实施例6>
重组GDH的温度稳定性
使用实施例4获得的GDH研究温度稳定性。将蛋白浓度为0.17mg/mL的GDH溶液(溶解在50mM Tris-HCl,0.1M,NaCl,pH 8.0)在50℃-95℃范围内的温度下加热30分钟,并且将加热前的活性与加热后的活性进行比较。加热后活性相对于加热前活性的比率(活性残存率)如图1所示。本发明的酶在90℃显示出96%的活性残存率,在95℃显示出85%的活性残存率.
<实施例7>
重组GDH反应速率的温度依赖性
使用实施例4获得的GDH研究反应速率的温度依赖性。使用变化的反应温度85℃,80℃,60℃,37℃,和25℃,通过按照上述活性测量实施例的方法来研究在每一反应温度的活性。表1显示该结果。该酶在约85℃表现出最高活性。发现该酶甚至在室温下表现出活性。例如,在37℃活性为40U/mg,在25℃为18.6U/mg。
[表1]
  反应温度(℃)   U/mg
  85   978
  80   961
  60   313
  37   40.0
  25   18.6
<实施例8>
重组GDH的pH稳定性
使用实施例4获得的GDH研究pH稳定性。所用的缓冲溶液为0.1M柠檬酸缓冲液(pH 4.3-6.2),0.1M磷酸钾缓冲液(pH 6.1-8.1),0.1M N-二(羟乙基)甘氨酸缓冲液(pH 7.9-8.8),和0.1M甘氨酸缓冲液(pH 8.8-10.6)。将GDH添加到每种缓冲溶液中,至终浓度为5μg/mL,并且在加入后立即测量活性。将GDH溶液进一步在25℃温育24小时,并且测量温育后的活性。温育后活性相对于温育前活性的比率(活性残存率)显示在图2中。本发明的GDH在5.8-9.2的pH范围内没有经历活性降低,并且在4.8-9.7的pH范围内表现出90%以上的活性残存率。
<实施例9>
重组GDH反应速率的pH依赖性
使用实施例4获得的GDH研究反应速率的pH依赖性。活性通过按照活性测量实施例中的方法测量。作为与所述活性测量实施例中所示的反应溶液的成分中的N-二(羟乙基)甘氨酸相对应的缓冲液成分,对于pH 6.5-7.9使用磷酸钾,对于pH 7.9-8.8使用N-二(羟乙基)甘氨酸,对于pH 8.6-9.7使用CHES,并且对于pH 9.8-10.2使用甘氨酸。图3是显示相对活性的图,其中假定最高活性为100。关于本发明的GDH的最适pH范围分布在碱性一侧。活性在pH 9.7最高。
<实施例10>
重组GDH的底物特异性
研究实施例4获得的GDH与各种糖的反应性。在上述活性测量实施例中所示的反应溶液的成分中使用5mM NADP或NAD作为辅酶,和150mM糖如葡萄糖、木糖、半乳糖、麦芽糖、乳糖、山梨糖醇、蔗糖、和甘露糖作为底物,测量活性。表2显示与每种底物的相对活性,其中假定与葡萄糖的活性为100。当使用NADP作为辅酶时,基于与葡萄糖的特异性活性,与木糖和麦芽糖的特异性活性约为2%,并且与半乳糖和甘露糖的特异性活性约为1%。几乎没有观察到与乳糖、山梨糖醇、和蔗糖的反应。另一方面,当使用NAD作为辅酶时,基于与葡萄糖的特异性活性,与木糖、麦芽糖、半乳糖、甘露糖、乳糖、山梨糖醇、和蔗糖的特异性活性小于1%。特别地,考虑到该酶与半乳糖和木糖的反应性,发现与来源于超嗜热古细菌的已知的GDH相比较,该酶具有极佳的底物特异性。
[表2]
底物     在存在NAD的条件下     在存在NADP的条件下
葡萄糖   100                   100
木糖     0.1                   2.2
半乳糖   >0.1                 1.1
麦芽糖   >0.1                 2.4
乳糖     0.3                   0.1
山梨糖醇 >0.1                 0.2
蔗糖     >0.1                 0.2
甘露糖   >0.1                 1.2
<实施例11>
重组GDH反应速率的钾离子浓度依赖性
使用实施例4获得的GDH研究反应速率的钾离子浓度依赖性。使用向活性测量实施例中所示的反应溶液成分中加入不同浓度的KCl的反应溶液,测量GDH活性。在将没有KCl的活性假定为100的情形中的相对活性如下:在KCl浓度为0.1mol/L时为129;在0.2mol/L时为133;在0.5mol/L时为146;且在1.0mol/L时为150。发现本发明的GDH活性随着钾离子浓度增加而增加,并且在钾离子浓度范围0.5mol/L以上时,活性保持几乎是相同的。
<实施例12>
使用重组GDH定量葡萄糖
作为用于葡萄糖定量的试剂,制备包含下述成分的pH 8.0的溶液:0.1mol/L N-二(羟乙基)甘氨酸,0.5mol/L KCl,20mmol/L β-NAD,和1U/mL GDH(在实施例4中获得;活性按照上述活性测量实施例测量)。将该试剂(900μL)置于石英池中,放置在处于温箱内的(incubator-housed)吸收分光光度计中,并且在25℃预热5分钟。然后,向其中加入葡萄糖溶液(15μL),以获得这样的溶液,其中在所述溶液中葡萄糖的终浓度为2,5,10,和15mmol/L,并且在每种葡萄糖浓度下在25℃进行反应3分钟,从而监测340nm处吸光度的变化。由3分钟内吸光度变化的线性部分计算每分钟吸光度的增加,并且减去在代替葡萄糖加入蒸馏水时发生的吸光度变化。将得到的值(ΔmAbs/分钟)绘图(图4)。葡萄糖浓度沿着横轴绘图,并且ΔmAbs/分钟沿着纵轴绘图。绘图点的轨迹绘出一条直线。通过最小二乘法确定的回归线决定系数为:R2=0.9993。因此,验证了可以使用本发明的GDH来准确定量葡萄糖浓度。
工业适用性
本发明生产的葡萄糖脱氢酶可以提供为用于测量血液葡萄糖水平的试剂,和提供为用于血液葡萄糖传感器和葡萄糖定量试剂盒的物质。
附图简述
图1显示包括与SEQ ID NO:2相同的氨基酸序列的大肠杆菌重组GDH的温度稳定性。纵轴显示活性残存率(在每一温度下热处理30分钟后的相对活性,其中假定热处理前的GDH活性为100%),并且横轴显示在热处理过程中的温度。
图2显示包括与SEQ ID NO:2相同的氨基酸序列的大肠杆菌重组GDH的pH稳定性。纵轴显示活性残存率(在每一pH条件下在25℃加热24小时后的相对活性,其中假定热处理前的GDH活性为100%),并且横轴显示反应溶液的pH。数据使用用于pH 4.3-6.2的0.1M柠檬酸缓冲液;用于pH 6.1-8.1的0.1M磷酸钾缓冲液;用于pH 7.9-8.8的0.1MN-二(羟乙基)甘氨酸缓冲液;和用于pH 8.8-10.6的0.1M甘氨酸缓冲液获得。
图3显示包括与SEQ ID NO:2相同的氨基酸序列的大肠杆菌重组GDH的pH依赖性性。纵轴显示相对活性(在每一pH条件下的相对活性,其中假定最高活性为100%),并且横轴显示反应溶液的pH。数据使用用于pH 6.5-7.9的磷酸钾缓冲液;用于pH 7.9-8.8的N-二(羟乙基)甘氨酸缓冲液;用于pH 8.6-9.7的CHES缓冲液;和用于pH 9.8-10的甘氨酸缓冲液获得。
图4显示使用标准葡萄糖溶液为包括与SEQ ID NO:2相同的氨基酸序列的大肠杆菌重组GDH准备的校正曲线。纵轴显示每分钟340nm处吸光度的增加率(ΔmAbs/分钟),并且横轴显示反应溶液中的葡萄糖浓度。
序列表
<110>东洋纺织株式会社
<110>国立大学法人京都大学
<120>新型NAD(P)依赖性葡萄糖脱氢酶
<130>P08-135
<150>JP 2008-000677
<151>2008-1-7
<150>JP 2008-060032
<151>2008-3-10
<160>5
<170>PatentIn version 3.4
<210>1
<211>1047
<212>DNA
<213>热变形菌属(Thermoproteus sp.)GDH1
<400>1
atgaaggcgg taacggtcac cccaggggtg cccgagtcct taaggcttag agatgtcccc     60
aagccctcgc cgaggagagg acaggtcctc ctcaagccgt tgatggtcgg cgtttgcgga    120
actgacaagg agataatcga ggggaaatac gggaaggcgc cggagggcag cgactacctc    180
atcctcggcc acgaggccct cgccgaagtc gccgagttgg gcgacggcgt taataatgtc    240
tcggcggggg acctcgtggt gcccacggtg aggaggcccg tgaactgcga cctcccagtg    300
gactactgcc ccgttggcaa atacgtggag cacggcatat gggggctcca cggccacgcg    360
gccgagtact cggtgaccga tgcggcgtat ctggtcaagg tcccgaagga gatagccgat    420
atagccgtgt tgaccgagcc gttgtccgtg gtggagaaag gcgtggagct aggcgttacg    480
gcctaccagt cgaggctcgg gaaaaagccc gagaccgcgt tggtgctcgg agcaggcccc    540
gtgggccttc tggcgaccat ggtgctcagg ctcatgggcc tatcggtcac caccgtggcc    600
acgcggccgc cggatagcct aaaggccaag ctggccaggg agatcggcgc tacgtatgtc    660
gacgcggcac acgagaaact gaccgggacc tacgacttgg tcgtagaggc caccggggct    720
gtctccgtgg cgctggaagg gctcgcgagg ctcggcccgg gcggagtcga ggtgctcctc    780
ggcgtgtacc cgcccggcgg taagctagaa gacgcgggga gcctcctcac cgacgccgtg    840
ttgaacaaca agctcgtcgt cggctcggtc aacgccggct tgaggcactt cgaggcggcg    900
ttgagacact tgaaggaggc caaggacaag ttcggggatt ggccgaagaa gctgatcacg    960
aagacggcca ctctcgacaa ctaccaagag gcctattcct ggacccacga ggatataaag   1020
acggttctag tgctacaaca cttataa                                       1047
<210>2
<211>348
<212>PRT
<213>热变形菌属GDH1
<400>2
Met Lys Ala Val Thr Val Thr Pro Gly Val Pro Glu Ser Leu Arg Leu
1                5                   10                    15
Arg Asp Val Pro Lys Pro Ser Pro Arg Arg Gly Gln Val Leu Leu Lys
             20                   25                   30
Pro Leu Met Val Gly Val Cys Gly Thr Asp Lys Glu Ile Ile Glu Gly
        35                   40                   45
Lys Tyr Gly Lys Ala Pro Glu Gly Ser Asp Tyr Leu Ile Leu Gly His
    50                   55                   60
Glu Ala Leu Ala Glu Val Ala Glu Leu Gly Asp Gly Val Asn Asn Val
65                   70                   75                   80
Ser Ala Gly Asp Leu Val Val Pro Thr Val Arg Arg Pro Val Asn Cys
                 85                   90                    95
Asp Leu Pro Val Asp Tyr Cys Pro Val Gly Lys Tyr Val Glu His Gly
            100                  105                   110
Ile Trp Gly Leu His Gly His Ala Ala Glu Tyr Ser Val Thr Asp Ala
         115                  120                   125
Ala Tyr Leu Val Lys Val Pro Lys Glu Ile Ala Asp Ile Ala Val Leu
    130                   135                   140
Thr Glu Pro Leu Ser Val Val Glu Lys Gly Val Glu Leu Gly Val Thr
145                  150                   155                  160
Ala Tyr Gln Ser Arg Leu Gly Lys Lys Pro Glu Thr Ala Leu Val Leu
                 165                  170                  175
Gly Ala Gly Pro Val Gly Leu Leu Ala Thr Met Val Leu Arg Leu Met
             180                  185                  190
Gly Leu Ser Val Thr Thr Val Ala Thr Arg Pro Pro Asp Ser Leu Lys
        195                  200                   205
Ala Lys Leu Ala Arg Glu Ile Gly Ala Thr Tyr Val Asp Ala Ala His
    210                   215                   220
Glu Lys Leu Thr Gly Thr Tyr Asp Leu Val Val Glu Ala Thr Gly Ala
225                  230                 235                   240
Val Ser Val Ala Leu Glu Gly Leu Ala Arg Leu Gly Pro Gly Gly Val
                 245                  250                  255
Glu Val Leu Leu Gly Val Tyr Pro Pro Gly Gly Lys Leu Glu Asp Ala
            260                  265                  270
Gly Ser Leu Leu Thr Asp Ala Val Leu Asn Asn Lys Leu Val Val Gly
        275                  280                  285
Ser Val Asn Ala Gly Leu Arg His Phe Glu Ala Ala Leu Arg His Leu
    290                  295                  300
Lys Glu Ala Lys Asp Lys Phe Gly Asp Trp Pro Lys Lys Leu Ile Thr
305                  310                  315                   320
Lys Thr Ala Thr Leu Asp Asn Tyr Gln Glu Ala Tyr Ser Trp Thr His
                325                  330                  335
Glu Asp Ile Lys Thr Val Leu Val Leu Gln His Leu
             340                  345
<210>3
<211>2133
<212>DNA
<213>热变形菌属GDH1
<400>3
ttagggctaa gcccatgcga gtcgcgcgcc cggggcgccg ggcgcggcgc acggctcagt   60
aacacgtgcc caacctaacc tcgggagggg gacaaccccg ggaaactggg gctgatcccc  120
cataggggaa gggcgctgga aggccccttc ccccaaaggg acctcgggcg atctcccgag  180
gtccgcccga gggtgggggc acggcctatc aggtagttgg cggggtaacg gcccgccaag  240
ccgaagacgg gtaggggcgg tgagagccgt gagccccgag atgggcactg agacaagggc  300
ccaggcccta cggggtgcag caggcgcgaa tactccgcaa tgcgggcaac cgcgacgggg  360
ccaccccgag tgccgggcga agagcccggc ttttgcccgg tgtaaggagc cgggcgaata  420
agcggggggt aagtctggtg tcagccgccg cggtaatacc agccccgcga gtggtcaggg  480
tgattactgg gcttaaagcg cccgtagccg gcccggcaag tcgctcctga aatccccggg  540
ctcaacccgg gggctggggg cgatactgcc gggctagggg gcgggagagg ccgccggtac     600
tccgggggta ggggcgaaat cctataatcc ccggaggacc accagtggcg aaagcgggcg     660
gccagaacgc gcccgacggt gaggggcgaa agccggggga gcaaagggga ttagataccc     720
ctgtagtccc ggccgtaaac gatgcgggct agctgtcggc cgggcttagg gcccggccgg     780
tggcgtaggg aaaccgttaa gcccgccgcc tggggagtac ggccgcaagg ctgaaactta     840
aaggaattgg cgggggggca ccacaagggg tgaagcttgc ggcttaattg gagtcaacgc     900
cggaaacctt acccggggcg acagcaggat gaaggccagg ctaacgacct tgccggacga     960
gctgagagga ggtgcatggc cgtcgtcagc tcgtgccgtg aggtgtccgg ttaagtccgg    1020
caacgagcga gacccccacc cctagttgct tccccgctct tcggggcggg gggcacacta    1080
gggggactgc cggcgtaagc cggaggaagg agggggccac ggcaggtcag tataggggcc    1140
tatccgtaag gagggccccg ctgaggcccc gaaagccgtg gcccccaggt agggtattta    1200
ttccagaaca tgaagatctg ggactacctc tgcggtttag tggcggcaga tgggcatcta    1260
gacgaggatg gctatgtaac catatcccaa aaagataaga gatttatcga gaggattata    1320
gagttattaa aataggctgg tgtgcagata aactcagttt tttacgataa aggagcaggc    1380
gtttggaaga taaaagtcaa ggacgacgtc ttctatcact atttggtcga gaacggcgta    1440
ccgcccggcc gaaaagcccg ttgcataaag ccgccaagtc ccgcagtaga tccgatgtgg    1500
tatatagcag gttttataga cggagacggc tgggtggaac aagtagtgaa gaccgtgaag    1560
ggcaagaggt actactacat acgggtaggc ctgaaaacca agagcagaga gctgagggac    1620
tggatcttac aagccctggc cgacctgggc attagggcca acaaggctga cgagaaagac  1680
ggatacgaga tccacatcga cagcgtagat gcatggcgcc taatcctcct tctccagaat  1740
ccatcccata cggagaaggc caggtcggcc agggacgata ggctctagtc ttcctccaag  1800
ccctacctgg ggccgcggcc gggagacccc ggggctgcac gcgagctgca atggcgggga  1860
cagcgggatc cgaccccgaa agggggaggc aatcccgtaa accccgcccc agtagggatc  1920
gagggctgca actcgccctc gtgaacgtgg aatccctagt aaccgcgtgt caccaacgcg  1980
cggtgaatac gtccctgccc cttgcacaca ccgcccgtcg caccacccga gggggttctc  2040
tgcgaggccc ctcgcttggg gcaacccagg tggggggacg agcagagaac ccccgagggg  2100
ggtgaagtcg taacaaggta gccgtagggg aaa                               2133
<210>4
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>实施例3中所述的设计的多核苷酸的序列
<400>4
agcacggcat ttgggggctc c                                21
<210>5
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>实施例3中所述的设计的多核苷酸的序列
<400>5
ggagccccca aatgccgtgc t                                  21

Claims (12)

1.一种葡萄糖脱氢酶,其具有基于其与葡萄糖的反应性,小于3%的针对麦芽糖、半乳糖和木糖的反应性,并且具有80℃以上的温度稳定性。
2.根据权利要求1所述葡萄糖脱氢酶,其在葡萄糖氧化反应中利用烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NAD)或烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸(NADP)作为辅酶。
3.来源于超嗜热古细菌的葡萄糖脱氢酶,所述葡萄糖脱氢酶具有下述特性(A)-(F):
(A)温度稳定性:90℃以下;
(B)pH稳定性:4.8-9.7;
(C)最适反应温度:85℃;
(D)最适pH:9.7;
(E)辅酶:烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NAD)或烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸(NADP);
(F)底物特异性:当使用NADP作为辅酶时,所述葡萄糖脱氢酶基于其对葡萄糖的活性,表现出2%以上且小于3%的针对木糖和麦芽糖的活性,和基于其对葡萄糖的活性,表现出1%以上且小于2%的针对半乳糖和甘露糖的活性,所述葡萄糖脱氢酶基本上不与乳糖、山梨糖醇、和蔗糖反应;并且
当使用NAD作为辅酶时,所述葡萄糖脱氢酶基本上不与木糖、麦芽糖、半乳糖、甘露糖、乳糖、山梨糖醇、和蔗糖反应。
4.具有SEQ ID NO.2所示的氨基酸序列的葡萄糖脱氢酶。
5.包括由SEQ ID NO.2所示的氨基酸序列缺失、取代、插入、或添加一个或多个氨基酸所形成的氨基酸序列的葡萄糖脱氢酶,所述葡萄糖脱氢酶具有的活性基本上等于具有SEQ ID NO.2所示的氨基酸序列的葡萄糖脱氢酶的活性。
6.编码权利要求1-5中任一项所述的葡萄糖脱氢酶的DNA。
7.包括权利要求6所述的DNA的表达载体,所述DNA被功能性偶联到在引入所述DNA的宿主细胞中可操作的启动子上。
8.使用权利要求7所述的表达载体转化的转化微生物。
9.根据权利要求8所述的转化的微生物,其中所述微生物是大肠杆菌(Escherichia coli)。
10.用于生产权利要求1-5中任一项所述的葡萄糖脱氢酶的方法,其包括培养权利要求8或9所述的微生物,并且从所得到的培养物收集葡萄糖脱氢酶。
11.用于定量葡萄糖的组合物,其包含权利要求1-5中任一项所述的葡萄糖脱氢酶。
12.用于定量葡萄糖的方法,其包括使用权利要求1-5中任一项所述的葡萄糖脱氢酶来定量葡萄糖。
CN2008801241154A 2008-01-07 2008-12-26 新型葡萄糖脱氢酶 Expired - Fee Related CN101918553B (zh)

Applications Claiming Priority (5)

Application Number Priority Date Filing Date Title
JP2008-000677 2008-01-07
JP2008000677 2008-01-07
JP2008060032 2008-03-10
JP2008-060032 2008-03-10
PCT/JP2008/073749 WO2009087929A1 (ja) 2008-01-07 2008-12-26 新規なグルコースデヒドロゲナーゼ

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN101918553A true CN101918553A (zh) 2010-12-15
CN101918553B CN101918553B (zh) 2012-10-17

Family

ID=40853051

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN2008801241154A Expired - Fee Related CN101918553B (zh) 2008-01-07 2008-12-26 新型葡萄糖脱氢酶

Country Status (5)

Country Link
US (1) US8394615B2 (zh)
EP (1) EP2230301B1 (zh)
JP (1) JP5641738B2 (zh)
CN (1) CN101918553B (zh)
WO (1) WO2009087929A1 (zh)

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN102174552A (zh) * 2011-01-19 2011-09-07 山东大学 一种基于抗生素标记的超嗜热泉古菌表达载体及其应用
CN116574705A (zh) * 2023-05-30 2023-08-11 无锡佰翱得生物科学股份有限公司 一种葡萄糖脱氢酶突变体及其应用

Families Citing this family (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2010137489A1 (ja) * 2009-05-28 2010-12-02 東洋紡績株式会社 特性の改変されたグルコースデヒドロゲナーゼ
US20150152394A1 (en) * 2012-03-30 2015-06-04 Ikeda Food Research Co., Ltd. Flavin-conjugated glucose dehydrogenase and polynucleotide encoding the same
JP6036826B2 (ja) * 2012-07-24 2016-11-30 東洋紡株式会社 Nad依存型グルコースデヒドロゲナーゼおよびその製造方法
JP6084981B2 (ja) * 2012-09-18 2017-02-22 国立研究開発法人産業技術総合研究所 フラビンアデニンジヌクレオチド依存型グルコース脱水素酵素活性を有するタンパク質
WO2015060150A1 (ja) * 2013-10-21 2015-04-30 東洋紡株式会社 新規なグルコースデヒドロゲナーゼ
US10913971B2 (en) 2015-04-09 2021-02-09 Toyobo Co., Ltd. Enzyme preparation for use in measurement of glucose
WO2017122650A1 (ja) 2016-01-14 2017-07-20 池田食研株式会社 フラビン結合型グルコース脱水素酵素

Family Cites Families (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6737257B2 (en) 1998-05-18 2004-05-18 Board Of Regents Of The University Of Nebraska Hyperthermophilic enzymes for industrial chemical redox reactions: a method for biofuel ethanol production
JP2000333673A (ja) 1999-05-31 2000-12-05 Wakenyaku Kk 連続無細胞タンパク質合成手段
US7005048B1 (en) * 1999-10-05 2006-02-28 Matsushita Electric Industrial Co., Ltd. Glucose sensor
TW200718786A (en) * 2005-11-07 2007-05-16 Toyo Boseki Lovel kglucose dehydrogenase

Cited By (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN102174552A (zh) * 2011-01-19 2011-09-07 山东大学 一种基于抗生素标记的超嗜热泉古菌表达载体及其应用
CN102174552B (zh) * 2011-01-19 2012-12-12 山东大学 一种基于抗生素标记的超嗜热泉古菌表达载体及其应用
CN116574705A (zh) * 2023-05-30 2023-08-11 无锡佰翱得生物科学股份有限公司 一种葡萄糖脱氢酶突变体及其应用
CN116574705B (zh) * 2023-05-30 2023-10-31 无锡佰翱得生物科学股份有限公司 一种葡萄糖脱氢酶突变体及其应用

Also Published As

Publication number Publication date
US20110020851A1 (en) 2011-01-27
EP2230301B1 (en) 2013-03-20
JPWO2009087929A1 (ja) 2011-05-26
JP5641738B2 (ja) 2014-12-17
WO2009087929A1 (ja) 2009-07-16
CN101918553B (zh) 2012-10-17
EP2230301A1 (en) 2010-09-22
US8394615B2 (en) 2013-03-12
EP2230301A4 (en) 2011-09-21

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN101918553B (zh) 新型葡萄糖脱氢酶
EP2508600B1 (en) Mutant enzyme and application thereof
KR101387240B1 (ko) 변이 글루코오스 탈수소효소
KR101186718B1 (ko) 변이 글루코오스 탈수소효소
EP2796547B1 (en) Novel glucose oxidase variants
CN100410379C (zh) 葡萄糖脱氢酶
KR19990087330A (ko) 써모언에어로박터 에탄올리쿠스 39e의 2차 알콜 탈수소 효소를코딩하는 유전자의 클로닝 및 발현과 효소의 생화학적 특성화
JP5846908B2 (ja) 特性の改変されたグルコースデヒドロゲナーゼ
Bhuiyan et al. Characterization of a hyperthermostable glycogen phosphorylase from Aquifex aeolicus expressed in Escherichia coli
Kanchanarach et al. Characterization of thermotolerant Acetobacter pasteurianus strains and their quinoprotein alcohol dehydrogenases
Jia et al. Cloning, expression, and characterization of a novel thermophilic monofunctional catalase from Geobacillus sp. CHB1
JP5791025B2 (ja) ラッカーゼ活性を有する耐熱性タンパク質、当該タンパク質をコードする核酸分子、当該タンパク質の製造方法
EP1666586B1 (en) Pyrroloquinoline quinone (pqq)-dependent glucose dehydrogenase modification having excellent substrate specificity
CN101173255A (zh) 葡萄糖脱氢酶
JP6455430B2 (ja) キサンチンオキシダーゼ遺伝子とそれをコードするアミノ酸配列
JP2012039949A (ja) ピロロキノリンキノン依存性グルコースデヒドロゲナーゼ変異体、及びその利用
JP7025941B2 (ja) 新規酵素剤、その製造方法およびその用途
CN105331590A (zh) 葡萄糖特异性改善的可溶性吡咯喹啉醌依赖性葡萄糖脱氢酶突变体、聚核苷酸及其应用
Aiba et al. Characterization of a thermostable glucose dehydrogenase with strict substrate specificity from a hyperthermophilic archaeon Thermoproteus sp. GDH-1
Ashraf et al. Glutathione-dependent formaldehyde dehydrogenase homolog from Bacillus subtilis strain R5 is a propanol-preferring alcohol dehydrogenase
Ferri et al. Cloning and expression of fructosyl-amine oxidase from marine yeast Pichia species N1-1
Yan et al. Characteristics of a water-forming NADH oxidase from Methanobrevibacter smithii, an archaeon in the human gut
WO2021149675A1 (ja) 3-ヒドロキシ酪酸脱水素酵素及びその製造方法
JP2009207441A (ja) グルコース脱水素酵素及びそれをコードする遺伝子
MXPA98006857A (en) Cloning and expression of the gene that codifies for the alcohol- secondary dehydrogenase of thermoanaerobacter ethanolicus 39e, and biochemical characterization of the enz

Legal Events

Date Code Title Description
C06 Publication
PB01 Publication
C10 Entry into substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
C14 Grant of patent or utility model
GR01 Patent grant
CF01 Termination of patent right due to non-payment of annual fee

Granted publication date: 20121017

Termination date: 20161226

CF01 Termination of patent right due to non-payment of annual fee