JP5540467B2 - 上限臨界溶液温度を有する温度応答性ポリマーで表面修飾された磁性微粒子による電荷物質の回収方法及びキット - Google Patents
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Description
[1]検体中の電荷物質を回収する方法であって、
上限臨界溶液温度を有する温度応答性ポリマーで表面修飾された磁性微粒子と、電荷物質に対する親和性物質とが結合した吸着剤と、電荷物質を含む検体とを混合し、吸着剤に電荷物質を吸着させ、さらにポリアルキレングリコールと混合する工程、
前記工程で得られた混合物を上限臨界溶液温度未満にし、吸着剤を凝集させる工程、及び、
磁力により吸着剤を回収する工程、
を含む、検体中の電荷物質を回収する方法。
[2]前記上限臨界溶液温度を有する温度応答性ポリマーが、アクリロイルグリシンアミド、メタクリロイルグリシンアミド、アクリロイルアスパラギンアミド、メタクリロイルアスパラギンアミド、アクリロイルグルタミンアミド及びメタクリロイルグルタミンアミドからなる群から選ばれる少なくとも1種類のモノマーを重合して得られるポリマーである、[1]に記載の方法。
[3]前記上限臨界溶液温度を有する温度応答性ポリマーが、少なくとも2種類のモノマーを共重合して得られるコポリマーである、[2]に記載の方法。
[4]前記上限臨界溶液温度を有する温度応答性ポリマーが、アクリロイルグリシンアミドとアクリロイルアスパラギンアミドとを共重合して得られるコポリマーである、[3]に記載の方法。
[5]前記ポリアルキレングリコールが、ポリエチレングリコール、ポリプロピレングリコール、ポリエチレングリコールポリプロピレングリコールランダムコポリマー及びポリエチレングリコールポリプロピレングリコールブロックコポリマーからなる群から選ばれる少なくとも1種である、[1]〜[4]のいずれかに記載の方法。
[6]前記ポリアルキレングリコールが、ポリエチレングリコールである、[5]に記載の方法。
[7]前記電荷物質が、核酸である、[1]〜[6]のいずれかに記載の方法。
[8]前記核酸が、DNA又はmRNAである、[7]に記載の方法。
[9]上限臨界溶液温度を有する温度応答性ポリマーで表面修飾された磁性微粒子と、電荷物質に対する親和性物質とが結合した吸着剤と、ポリアルキレングリコールを含む、検体中の電荷物質を回収するためのキット。
1.電荷物質を回収する方法
本発明の方法は、検体中の電荷物質を回収する方法であって、上限臨界溶液温度を有する温度応答性ポリマーで表面修飾された磁性微粒子(以下、単に「温度応答性磁性微粒子」ということがある。)と電荷物質に対する親和性物質(以下、単に「リガンド」ということがある。)とが結合した吸着剤とを混合し、吸着剤に電荷物質を吸着させ、さらにポリアルキレングリコールと混合し、得られた混合物を温度応答性ポリマーが凝集する温度(上限臨界溶液温度)未満にすることにより、吸着剤を凝集させ、磁力により吸着剤を回収し、検体中の電荷物質を回収する方法である。
本発明に用いる温度応答性磁性微粒子は、磁性微粒子に上限臨界溶液温度を有する温度応答性ポリマーが表面修飾された粒子である。表面修飾とは、前記ポリマーが、磁性微粒子の表面に直接又は間接に化学的に固定されている状態や、磁性微粒子の表面に直接又は間接に絡まった状態も含む。ここで、間接とは、磁性微粒子と温度応答性ポリマーとが、他の物質を介していることをいう。温度応答性磁性微粒子の平均粒径は、1〜1000nmであることが好ましく、より好ましくは3〜200nmである。
温度応答性ポリマーとは、溶液中で温度変化により可逆的に凝集状態と溶解状態とに変化するポリマーをいう。温度応答性ポリマーとしては、下限臨界溶液温度(以下、「LCST」ということがある。)を有する温度応答性ポリマーと、上限臨界溶液温度(以下、「UCST」ということがある。)を有する温度応答性ポリマーとが知られているが、本発明には、上限臨界溶液温度を有する温度応答性ポリマーを用いる。
上限臨界溶液温度を有する温度応答性ポリマーのUCSTは、このポリマーを構成するモノマーの種類及びモノマー成分の比率により様々に変化させることができる。
磁性微粒子は、多価アルコールとマグネタイトとから製造することができる。例えば、特開2005−082538号公報に、デキストランを用いた磁性微粒子の製造方法が開示されており、この方法によって製造することができる。
磁性微粒子を温度応答性ポリマーの表面に固定するためには、例えば、多価アルコール
(以下、多価アルコール誘導体を含めて、「多価アルコール等」という。)等を介して行うことができる。磁性微粒子と、多価アルコール等との結合体は、当技術分野における周知の方法によって調製することができる。例えば、米国特許第4452773号に記載されているように、デキストラン50重量%水溶液(10ml)中に、塩化第二鉄・六水和物(1.51g)及び塩化第一鉄・四水和物(0.64g)混合水溶液(10ml)を加えて攪拌し、7.4(V/V)%アンモニア水溶液をpH10〜11程度になるように滴下しながら、60〜65℃に水浴中で加熱し、15分反応させる方法で得ることができる。
本発明の方法に用いられる検体とは、本発明の方法の検出対象物質である電荷物質を含有するものであれば特に限定されない。例えば、微生物や細胞の培養破砕懸濁液、遺伝子増幅装置(例えば、PCR(Polymerase chain reaction)等)で増幅されたDNAを含有する溶液等が挙げられる。
本発明の方法における検出対象物質である電荷物質としては、電荷を有する核酸、タンパク質等が挙げられ、好ましくは、核酸(DNA、mRNA)等である。
本発明の方法においては、電荷物質を回収するために、温度応答性磁性微粒子の表面又は温度応答性ポリマーに、電荷物質に対する親和性物質が結合されている吸着剤を用いる。例えば、電荷物質がssDNAの場合には、それの相補鎖となるアンチセンスDNAが親和性物質であり、mRNAの場合には、mRNAのポリA配列と相補鎖となるオリゴdTが親和性物質である。アンチセンスDNAやオリゴdTを温度応答性磁性微粒子の表面又は温度応答性ポリマーに固定することで、それらに対する特異的吸着作用を有するssDNA又はmRNAを特異的に結合できる。電荷物質に対する親和性物質とは、上記に例示したような電荷物質と親和性を有する物質だけでなく、電荷物質に結合した他の物質と親和性を有する物質であってもよい。具体的には、ビオチン−アビジンの特異的な結合を
介して、親和性物質と温度応答性磁性微粒子とを結合することもできる。すなわち、ビオチン化した親和性物質を、ビオチンに対する親和性物質であるアビジンを介してビオチン化した温度応答性磁性微粒子と結合することができる。本発明では、市販されているアビジン化温度応答性磁性微粒子が利用でき、あるいはアビジン化、ビオチン化は、当技術分野で周知の方法に従えばよい。遺伝子増幅装置(例えば、PCR等)で増幅されたDNAの場合には、増幅の開始の起点となるプライマーにビオチンやヒスチジンタグ等のタグを結合させておき、ビオチンの親和性物質であるアビジンやヒスチジンタグの親和性物質であるイミノジ酢酸ニッケルを結合させた温度応答性磁性微粒子で回収する方法がある。
本発明の方法において、ポリアルキレングリコールは凝集促進剤として機能し、温度応答性磁性微粒子又は吸着剤の凝集を促進する。本発明の方法では、温度応答性磁性微粒子又は吸着剤の回収において、温度応答性磁性微粒子又は吸着剤の凝集促進剤としてポリアルキレングリコールを添加することで、UCSTを有する温度応答性ポリマーの上限臨界溶液温度を変化(上昇)させることにより、温度応答性磁性微粒子又は吸着剤を回収する時間を短縮し、また、回収率を高めることができる。ポリアルキレングリコールとしては、本発明の効果を発揮するものであれば特に限定されないが、例えば、ポリエチレングリコール、ポリプロピレングリコール、ポリエチレングリコールポリプロピレングリコールランダムコポリマー、ポリエチレングリコールポリプロピレングリコールブロックコポリマー等が挙げられる。これらのポリアルキレングリコールを単独で、又は2種以上を組み合わせて用いることができる。なかでも、少量で温度応答性磁性微粒子を凝集させること
ができる点で、好ましくはポリエチレングリコール、ポリプロピレングリコールであり、より好ましくは、ポリエチレングリコールである。ポリエチレングリコールは、実験により最適な分子量を持つものを選んで使用することができ、例えば、約200〜25,000の範囲の数平均分子量を持つもの、好ましくは約3,000〜20,000、より好ましくは約6,000〜15,000の範囲の数平均分子量を持つものが挙げられる。これらは、例えば、シグマ社、和光純薬社等から入手できる。
コポリマーのUCSTの変化は、コポリマーを構成するモノマーの種類及びモノマー成分の比率に応じて決定される。
本発明の方法に用いる温度応答性磁性微粒子は、例えば、下記手順を有する1〜3のいずれかの製造方法を用いることで得ることができる。
1)多価アルコール等を磁性微粒子の表面に固定するか、又は多価アルコール等の溶液中で磁性微粒子を調製する。
2)上限臨界溶液温度を有するポリマーが得られるモノマーと、前記多価アルコール等が固定された磁性微粒子とを混合し、ラジカル重合法で重合を行う。
3)重合未反応物を除去し、温度応答性磁性微粒子を分離する。
1)多価アルコール等と、上限臨界溶液温度を有するポリマーが得られるモノマーとを混合し、ラジカル重合法でグラフト重合を行うか、又は上限臨界溶液温度を有するポリマー
上の官能基を介してグラフト重合法で結合を行う。
2)多価アルコール等を固定した温度応答性ポリマーの溶液中で磁性微粒子を調製する。3)多価アルコール等の未反応物を除去し、温度応答性磁性微粒子を分離する。
1)多価アルコール等を磁性微粒子の表面に固定するか、又は多価アルコール等の溶液中で磁性微粒子を調製する。
2)温度応答性ポリマーの末端又はポリマーの側鎖に反応性の官能基を導入したポリマーを調製、精製する。
3)磁性微粒子表面に官能基を介して温度応答性ポリマーを結合する。
4)未結合の温度応答性ポリマーを除去し、温度応答性磁性微粒子を分離する。
本発明の方法に用いる吸着剤は、温度応答性磁性微粒子にリガンドが固定された粒子である。温度応答性磁性微粒子へのリガンドの固定は、例えば、共有結合、水素結合、イオン結合又は疎水結合等から適切な結合手段を選択することによって行うことができる。また、温度応答性磁性微粒子とリガンドとの結合に、リガンドに対する親和性を有する他の物質を介させてもよい。例えば、ビオチン/アビジンの結合を介して温度応答性磁性微粒子とオリゴdTとを結合させることができる。この場合、温度応答性磁性微粒子−ビオチン/アビジン/ビオチン化されたオリゴdTの組み合わせが結合に介することになる。
本発明においては、温度応答性磁性微粒子又は吸着剤を含む溶液を、温度応答性ポリマーのUCST未満の温度にして、温度応答性磁性微粒子又は吸着剤を回収する。
この場合、UCSTと冷却温度の差が大きければ大きいほど回収速度(操作性)及び回収率がよい。凝集促進剤を添加するとUCSTが上昇するため、一定の冷却温度を設定する場合において、UCSTと冷却温度の差が大きくなり、温度応答性ポリマーの凝集が促進され、温度応答性磁性微粒子又は吸着剤の回収速度及び回収率が向上する。なお、本発明の方法においては、UCSTが、溶液が凍結する温度を上回らなければならないため、UCSTが溶液の凝固点に近く、冷却温度を下げられない場合において、凝集促進剤を添加するとUCSTが上昇し、温度応答性微粒子の回収が可能となる。
アビジン固定温度応答性磁性微粒子とビオチン化されたオリゴdTの複合物を用いて、mRNAを濃縮する方法は下記のとおりである。
1)目的mRNAを含有する細胞破砕懸濁液(検体)を調製する。
2)ビオチン化されたオリゴdTを温度応答性磁性微粒子に結合させる。
3)オリゴdTを結合した温度応答性磁性微粒子(吸着剤)とmRNAを含む細胞破砕懸濁液を混ぜて、ハイブリダイズさせ、mRNA/オリゴdT−温度応答性磁性微粒子の結合体を生成させる。
4)前記混合液に凝集促進剤を加え、冷却後、攪拌もしくはピペッティングを行い、mRNA/オリゴdT−温度応答性磁性微粒子/凝集促進剤の複合体を凝集させる。
5)磁気分離装置を用いて、凝集物を回収し、上澄をピペット等により注意深く除去する。
6)mRNAはオリゴdT−温度応答性磁性微粒子に結合したままでRT−PCRを行ってもよいし、目的によっては、オリゴdT−温度応答性磁性微粒子からmRNAを分離した後、RT−PCRを行ってもよい。RT−PCR後にアガロース電気泳動にてcDNAのバンドを確認する。
試薬A:吸着剤(温度応答性磁性微粒子にリガンド又はリガンドに対する親和性物質が結合した粒子)の分散液
試薬B:凝集促進剤溶液
試薬C:希釈用バッファー(上記試薬A及びBの希釈、並びに検体の希釈に使用可能な緩衝液である。一例として、トリス塩酸緩衝液、リン酸緩衝液等が挙げられる。)
試薬D:検出対象物質(電荷物質)の標準品(一例として、精製したDNAが挙げられる。)。
アクリルアミド、ビスアクリルアミドから作られた12.5重量%のポリアクリルアミドゲルを備えた電気泳動装置を用いて、20mAの電流で電気泳動を行った。なお、マーカーは、アトー社製タンパク質電気泳動用有色分子量マーカーを使用した。電気泳動を行った後、ポリアクリルアミドゲルを0.5重量%のクーマシーブリリアントブルー溶液に浸すことによって、該ゲル中のタンパク質の染色を行った。
大塚電子社製ELS−8000SD型「光散乱光度計」によって測定した。
測定数は、N=100である。
2重量%のアガロースから作られたゲルを備えたサブマリン電気泳動装置を用いて、125mAの電流で電気泳動を行った。なお、マーカーはタカラバイオ社製DNA電気泳動用分子量マーカーを使用した。電気泳動を行った後、アガロースゲルを0.05重量%のエチジウムブロマイド溶液に浸すことによって、該ゲル中のDNAの染色を行った。
磁性微粒子(平均粒径40nm)は、以下の方法で製造した。
100mlのフラスコに、塩化第二鉄・六水和物(1.0mol)及び塩化第一鉄・四水和物(0.5mol)混合水溶液を3ml、多価アルコールであるデキストラン(和光純薬社製、分子量32000〜40000)の10重量%水溶液60mlを入れ、メカニカルスターラーで攪拌し、この混合溶液を50℃に昇温した後、これに25重量%アンモニア水溶液5.0mlを滴下し、1時間程度攪拌した。この操作で、デキストランが固定された、平均粒径が約40nmの磁性微粒子が得られた。
ビオチンモノマーは、以下の方法で製造した。
N−(3−アミノプロピル)メタクリルアミド塩酸塩18g、ビオチン24g及びトリエチルアミン30gを300mlのN,N−ジメチルホルムアミド(DMF)に溶解し、0℃に冷却し、ジフェニルホスフォニルアジド28gを50mlのDMFに溶解させた溶液を1時間かけて、この混合物中に滴下した。滴下終了後、0℃で3時間攪拌し、更に室温で12時間攪拌した。この後、減圧下で、溶媒を留去し、展開溶媒としてクロロホルム−メタノール混合溶媒を用いて、カラムクロマトグラフィーに残留物をかけることで目的物であるN−ビオチニル−N′−メタクロイルトリメチレンアミドを得た。
温度応答性磁性微粒子は、以下の方法で製造した。
10mM 炭酸ナトリウム溶液15mlに前記方法で調製した磁性微粒子(平均粒径40nm)1mlを添加し、2時間攪拌後、グリシジルメタクリレート100mgを添加し、72時間反応させた。透析後に濃縮し、メタクリル化磁性微粒子を得た。50mlの三口フラスコに、N−アクリロイルグリシンアミド200mg、前記メタクリル化磁性微粒子2mg及びビオチンモノマー3mgを入れ、蒸留水で20mlに調整した。この溶液を窒素置換した後、過硫酸アンモニウム30mgを添加し、50℃で2時間反応させることで、温度応答性磁性微粒子が得られた。この温度応答性磁性微粒子の平均粒径は、約100nmであった(光散乱光度計による測定)。また、この温度応答性磁性微粒子はUCSTを10℃に有し、UCST未満の水溶液中では凝集し、磁石で容易に回収できる。溶液をUCST以上にすると直ちに分散し、磁石では容易に回収できなかった。
ストレプトアビジン固定化温度応答性磁性微粒子は、以下の方法で製造した。
前記ビオチン固定化温度応答性磁性微粒子溶液の0.1重量%水溶液50μlを1.5mlエッペンドルフチューブにとり、さらに1g/lのストレプトアビジン溶液50μlをチューブに加え、室温で、20分混合した。その後、チューブを2℃に冷却し、磁性微粒子を凝集させ、磁石で回収し、上清部分と分離した。凝集部分にバッファー(20mM
Tris−HCl(pH7.5),150mM NaCl,0.05%TWEEN20)200μlを加え、磁性微粒子を加温して分散させ、再度冷却して凝集させ、凝集塊に混入した成分を洗浄し取り除いた。この操作を4回繰り返した。各操作で凝集後に回収した磁性微粒子にそれぞれ2×SDS サンプルバッファー(20重量%グリセリン、250mM Tris−HCl、4重量%SDS、10重量%メルカプトエタノール、8M 尿素、0.004重量%ブロモフェノールブルー、pH6.8)を20μl加え、95℃で、10分間加熱し、磁性微粒子に結合したタンパク質を抽出し、この抽出液を用いてSDS−PAGEを行い、SDSポリアクリルアミドゲルをクーマシーブリリアントブルー染色液で染色、脱色した後、バンドの濃度を確認し、ストレプトアビジンの固定化を確認した。
、マグナビート社から温度応答性磁性微粒子を入手することができる。実施例ではマグナビートから入手したTM−USAを使用した。このTM−USAは、約2℃で十分に凝集が完了する。このTM−USAはミリポア製マイレスクGV(孔径0.22μm)で濾過滅菌した後に実験に使用し、Total−RNAからのmRNAの分離操作に関してはクリーンベンチ内で行い、使用する試薬も滅菌したものを使用した。
ポリエチレングリコール(PEG)によるTM−USAの凝集促進効果の確認
TM−USA(4mg/ml) 50μlと1×Binding buffer(20mM Tris−HCl、2mM EDTA、1M LiCl、pH8.0) 40μlと、重量均分子量6000のポリエチレングリコール10%(w/v)水溶液 10μlを添加し、混合したサンプルをサンプル2とした。
TM−USA(4mg/ml) 50μlと1×Binding buffer 40μlと超純水(ミリポア社製Direct−Qで精製した水) 10μlを添加し、混合したサンプルをサンプル1とした。
TM−USAを用いたTotal−RNAからのmRNAの分離
TM−USA(16mg/ml)25μlとTE Buffer(10mM Tris−HCl、1mM EDTA、pH8.0)75μlを1.5mlエッペンドルフチューブに採取し、よく混合し、氷水中で冷却し、凝集させ、磁石で回収し、上清部分を取り除いた。1×Binding buffer(20mM Tris−HCl、2mM EDTA、1M LiCl、pH8.0)50μl、重量平均分子量6000のポリエチレングリコール10%(w/v)水溶液10μlを加え、分散させた。再度チューブを氷水中で冷却し、凝集させ、磁石で回収し、上清部分を取り除いた。凝集部分に1×Binding buffer 24μl、ビオチン化オリゴdT(0.75 pmol/μl)1
μlを加え、分散させ、室温で500rpm、5分間、振とうし、反応させた。
このようにして、ビオチン化オリゴdT固定化TM−USAを調製した。
Human Tissue Total RNA 5μlと、Nuclease free water 35μlとを1.5mlエッペンドルフチューブに取り、混合し、70℃で15分加熱し、氷上に2分静置後に5×Binding buffer(100mM Tris−HCl、10mM EDTA、5M LiCl、pH8.0)10μlを加え、調製したビオチン化オリゴdT固定化TM−USA(4mg/ml)100μlと混合し、室温で500rpm、10分間、振とうし、反応させた。その後、10重量%PEG(MW.6000) 10μlを加えて氷水中で冷却し、凝集させ、磁石で回収し、上清部分を取り除いた。凝集部分にWashing buffer(10mM Tris−HCl、0.15M EDTA、0.15M LiCl、pH7.5)50μlと10重量%PEG(MW.6000) 10μlを加え、溶液中に分散させた。再度チューブを氷水中で冷却し、凝集させ、磁石で回収し、上清部分を取り除いた。この洗浄の操作を2回繰り返した。洗浄後、凝集部分にNuclease free water 50μlを加え、分散させ、1.5mlエッペンドルフチューブに20μl分注し(1)、残りの溶液を37℃で5分間加熱後、氷水中で2分冷却し、凝集させ、磁石で回収し、上清部分を1.5mlエッペンドルフチューブに移し(2)、Reverse transcription polymerase chain reaction(以下、「RT−PCR」と略す。)を行った。
ビオチン化オリゴdT固定化TM−USAを用いて分離したmRNA(上記(1),(2))をOne step RT−PCR kit(QIAGEN社製)、β−Actin primer pair(Promega社製)を用いてRT−PCRを行った(反応液組成及び反応条件については、表2を参照)。PCR産物5μlとTaKaRa 6×Loading buffer(30重量%Glycerol、30mM EDTA、0.03重量%Bromophenol Blue、0.03重量%Xylene Cyanol)1μlを混合し、アガロースゲル電気泳動を行った。エチジウムブロマイド染色液で染色し、脱色後、PCR産物のバンド(285bp)を確認した。
Claims (8)
- 検体中の電荷物質を回収する方法であって、
平均粒径が1〜1000nmである、上限臨界溶液温度を有する温度応答性ポリマーで表面修飾された磁性微粒子と、電荷物質に対する親和性物質とが結合した吸着剤と、電荷物質を含む検体とを混合し、吸着剤に電荷物質を吸着させ、さらに数平均分子量が200〜25,000の範囲のポリアルキレングリコールと混合する工程、
前記工程で得られた混合物を上限臨界溶液温度未満にし、吸着剤を凝集させる工程、及び、
磁力により吸着剤を回収する工程、
を含み、
前記上限臨界溶液温度を有する温度応答性ポリマーが、アクリロイルグリシンアミド、メタクリロイルグリシンアミド、アクリロイルアスパラギンアミド、メタクリロイルアスパラギンアミド、アクリロイルグルタミンアミド及びメタクリロイルグルタミンアミドからなる群から選ばれる少なくとも1種類のモノマーを重合して得られるポリマーである、
検体中の電荷物質を回収する方法。 - 前記上限臨界溶液温度を有する温度応答性ポリマーが、少なくとも2種類のモノマーを共重合して得られるコポリマーである、請求項1記載の方法。
- 前記上限臨界溶液温度を有する温度応答性ポリマーが、アクリロイルグリシンアミドとアクリロイルアスパラギンアミドとを共重合して得られるコポリマーである、請求項2記載の方法。
- 前記ポリアルキレングリコールが、ポリエチレングリコール、ポリプロピレングリコール、ポリエチレングリコールポリプロピレングリコールランダムコポリマー及びポリエチレングリコールポリプロピレングリコールブロックコポリマーからなる群から選ばれる少なくとも1種である、請求項1〜3のいずれか1項記載の方法。
- 前記ポリアルキレングリコールが、ポリエチレングリコールである、請求項4記載の方法。
- 前記電荷物質が、核酸である、請求項1〜5のいずれか1項記載の方法。
- 前記核酸が、DNA又はmRNAである、請求項6記載の方法。
- 上限臨界溶液温度を有する温度応答性ポリマーで表面修飾された磁性微粒子と、電荷物質に対する親和性物質とが結合した吸着剤と、数平均分子量が200〜25,000の範囲のポリアルキレングリコールを含み、
前記上限臨界溶液温度を有する温度応答性ポリマーが、アクリロイルグリシンアミド、メタクリロイルグリシンアミド、アクリロイルアスパラギンアミド、メタクリロイルアスパラギンアミド、アクリロイルグルタミンアミド及びメタクリロイルグルタミンアミドからなる群から選ばれる少なくとも1種類のモノマーを重合して得られるポリマーである、
検体中の電荷物質を回収するためのキット。
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