JP5476545B2 - L−システイン生産菌及びl−システインの製造法 - Google Patents
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Description
すなわち本発明は以下のとおりである。
(1)L−システイン生産能を有し、かつ、tolC遺伝子によりコードされるタンパク質の活性が増大するように改変された腸内細菌科に属する細菌。
(2)前記tolC遺伝子の発現量を増大させること、及び/または、tolC遺伝子の翻訳量を増大させることにより、前記タンパク質の活性が増大した、前記細菌。
(3)tolC遺伝子のコピー数を高めること、又は同遺伝子の発現調節配列を改変することにより、tolC遺伝子の発現量が増大された、前記細菌。
(4)前記タンパク質が、下記(A)または(B)に記載のタンパク質である前記細菌。
(A)配列番号2に示すアミノ酸配列を有するタンパク質。
(B)配列番号2に示すアミノ酸配列において、1若しくは数個のアミノ酸の置換、欠失、挿入、または付加を含むアミノ酸配列を有し、かつ、細菌内の活性を増大させたときにL−システイン生産能が向上するタンパク質。
(5)前記tolC遺伝子が、下記(a)または(b)に記載のDNAである、前記細菌。
(a)配列番号1の塩基配列を含むDNA、または
(b)配列番号1の塩基配列または同塩基配列から調製され得るプローブとストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつ、細菌内の活性を増大させたときにL−システイン生産能が向上するタンパク質をコードするDNA。
(6)L−システインによるフィードバック阻害が低減された変異型セリンアセチルトランスフェラーゼを保持する(1)〜(5)のいずれかに記載の細菌。
(7)ydeD遺伝子によりコードされるタンパク質の活性が増大した、(1)〜(5)のいずれかに記載の細菌。
(8)システインデスルフヒドラーゼ活性を有するタンパク質の活性が低下した、(1)〜(5)のいずれかに記載の細菌。
(9)ydeD遺伝子によりコードされるタンパク質の活性が増大した、(6)に記載の細菌。
(10)システインデスルフヒドラーゼ活性を有するタンパク質の活性が低下した、(6)に記載の細菌。
(11)システインデスルフヒドラーゼ活性を有するタンパク質の活性が低下した、(7)に記載の細菌。
(12)システインデスルフヒドラーゼ活性を有するタンパク質の活性が低下した、(9)に記載の細菌。
(13)前記システインデスルフヒドラーゼ活性を有するタンパク質がトリプトファナーゼである、前記細菌。
(14)エシェリヒア属細菌である、前記細菌。
(15)エシェリヒア・コリである、前記細菌。
(16)前記細菌を培地中で培養し、該培地からL−システイン、L−シスチン、それらの誘導体又は前駆体、又はこれらの混合物を採取することを特徴とする、L−システイン、L−シスチン、それらの誘導体又は前駆体、又はこれらの混合物の製造法。
(17)前記L−システインの誘導体がチアゾリジン誘導体である、前記方法。
(18)前記L−システインの前駆体がO−アセチルセリン又はN−アセチルセリンである、前記方法。
本発明の細菌は、L−システイン生産能を有し、かつ、tolC遺伝子によりコードされるタンパク質の活性が増大するように改変された腸内細菌科に属する細菌である。ここで、L−システイン生産能とは、本発明の細菌を培地中で培養したときに、培地中または菌体内にL−システインを生成し、培地中または菌体から回収できる程度に蓄積する能力をいう。また、L−システイン生産能を有する細菌とは、野生株または親株よりも多い量のL−システインを生産し培地に蓄積することができる細菌を意味し、好ましくは、0.05g/L以上、より好ましくは0.1g/L以上、特に好ましくは0.2g/L以上の量のL−システインを生産し培地に蓄積することができる微生物を意味する。
エンテロバクター属の代表的な株として、エンテロバクター・アグロメランスATCC12287株が挙げられる。
パントエア・アナナティスとして具体的には、パントエア・アナナティスAJ13355株、SC17株が挙げられる。SC17株は、静岡県磐田市の土壌から、低pHでL−グルタミン酸及び炭素源を含む培地で増殖できる株として分離された株AJ13355(FERM BP-6614)から、粘液質低生産変異株として選択された株である(米国特許第6,596,517号)。
パントエア・アナナティスAJ13355株は、平成10年2月19日に、通産省工業技術院生命工学工業技術研究所(現名称、産業技術総合研究所特許生物寄託センター、住所 郵便番号305-8566 茨城県つくば市東1丁目1番地1中央第6)に、受託番号FERM P-16644として寄託され、平成11年1月11日にブダペスト条約に基づく国際寄託に移管され、受託番号FERM BP-6614が付与されている。尚、同株は、分離された当時はエンテロバクター・アグロメランス(Enterobacter agglomerans)と同定され、エンテロバクター・アグロメランスAJ13355として寄託されたが、近年16S rRNAの塩基配列解析などにより、パントエア・アナナティス(Pantoea ananatis)に再分類されている。
本発明において、「タンパク質の活性が低下する」とは、同タンパク質の活性が野生株又は親株等の非改変株に対して低下していることを意味し、活性が完全に消失していることを含む。
細菌に変異型SATをコードする遺伝子を導入すれば、L−システイン生産能が付与される。細菌への変異型SAT遺伝子の導入は、通常のタンパク質発現に用いられる種々のベクターを用いることができる。このようなベクターとしては、pUC19、pUC18、pHSG299, pHSG399, pHSG398, RSF1010, pBR322, pACYC184, pMW219等が挙げられる。
エシェリヒア・コリのydeD遺伝子は、例えば、配列番号9、10に示す塩基配列を有するプライマーを用いたPCRにより、エシェリヒア・コリ染色体DNAから取得することができる。
tolC遺伝子は、ECK3026、weeA、b3035、colE1-i、mtcB、mukA 、refI、toc遺伝子と同義である。
TolCタンパク質の活性とは、具体的には、細菌内の活性を増大させたときにL−システイン生産能が向上する活性を意味する。また、TolCタンパク質は、実施例に記載するように、発現を増強することによって非改変株よりもシステイン耐性を高める活性を有することが明らかとなった。したがって、他の定義によれば、TolCタンパク質の活性とはこのようなシステイン耐性を高める活性を意味する。
前記ベクターとしては、宿主細菌の細胞内において自律複製可能なベクターを挙げることができる。エシェリヒア・コリ細胞内において自律複製可能なベクターとしては、pUC19、pUC18、pHSG299、pHSG399、pHSG398、pACYC184(pHSG、pACYCは宝バイオ社より入手可)、RSF1010、pBR322、pMW219(pMW219はニッポンジーン社より入手可)、pSTV29(宝バイオ社より入手可)等が挙げられる。
細菌が属する種又は菌株によって、tolC遺伝子の塩基配列に差異が存在することがあるため、改変するtolC遺伝子は、配列番号1の塩基配列のバリアントであってもよい。TolCのホモログは多数の細菌で知られており、データベースの検索により見つけることができる。配列情報からE.coli K-12株のTolCタンパク質と相同性の高いタンパク質を探す場合には、例えばBLASTサーチ(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Blast.cgi)にて検索することができる。また、キーワードからホモログを探す場合には、例えばEntrezのサーチエンジン(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/gquery)を用いてキーワードとして「tolC」や「outer membrane channel protein」を入力すれば、候補となる配列が複数のデータベースから抽出される。これらの候補をよく精査し、目的のホモログ配列を見つけることができる。このような方法で見つけられた多数のTolCホモログのうち、以下の細菌のTolCホモログの遺伝子塩基配列及びアミノ酸配列を、配列番号11〜30に示す。カッコ内はNCBI (National Center for Biotechnology Information)データベースのアクセション番号、及び配列番号2のアミノ酸配列との同一性(%)を示す。
シゲラ・フレクスネリ(Shigella flexneri) 2a str. 2457T(NCBI accession:NP_838556、Identity:99%)
サルモネラ・エンテリカ(Salmonella enterica)subsp. enterica serovar Typhi Ty2(NCBI accession:NP_806790、89%)
シトロバクター・コセリ(Citrobacter koseri)ATCC BAA-895(NCBI accession:YP_001455919、89%)
クレブシエラ・ニューモニエ(Klebsiella pneumoniae)subsp. pneumoniae MGH 78578(NCBI accession:YP_001337075、83%)
エンテロバクター・サカザキイ(Enterobacter sakazakii)ATCC BAA-894(NCBI accession:YP_001436507、80%)
エルビニア・カロトボーラ(Erwinia carotovora)subsp. atroseptica SCRI1043(NCBI accession:YP_048456、76%)
セラチア・プロテアマキュランス(Serratia proteamaculans)568(NCBI accession:YP_001480490、73%)
アエロモナス・サルモニシダ(Aeromonas salmonicida)subsp. salmonicida A449(NCBI accession:ABO88689、51%)
ビブリオ・ブルニフィカス(Vibrio vulnificus)YJ016(NCBI accession:NP_933376、45%)
上記のようにして得られる本発明の細菌を培地中で培養し、該培地からL−システイン、L−シスチン、それらの誘導体もしくは前駆体、又はこれらの混合物を採取することにより、これらの化合物を製造することができる。L−システインの誘導体又は前駆体としては、前記したようなS−スルホシステイン、チアゾリジン誘導体、同チアゾリジン誘導体に相当するヘミチオケタール、O−アセチルセリン、又はN−アセチルセリン等が挙げられる。
また、培地にS−スルホシステインが蓄積した場合、例えばジチオスライトール等の還元剤を用いて還元することによってL−システインに変換することができる。
システイン耐性に関与する遺伝子を網羅的に探索するため、Keio collection(E. coli BW25113の必須遺伝子を除く一遺伝子欠損ライブラリー;Baba, T, et al., 2006; Mol. Syst. Biol. 2:2006.0008)の中からシステインに対して感受性を示すクローンのスクリーニングを行った。
Keio collection 3,985クローンを0.5 ml LB液体培地37℃、15時間培養した。この培養液を、異なる濃度(0, 15, 20, 25 mM)のシステインを含むLB寒天培地にスタンプし、37℃で一晩培養した。野生株のシステインによる生育阻害濃度以下(20 mM)で感受性になるクローンを目視で選抜した。具体的には、システイン15 mMを含むLBプレートでコロニーを形成しなかったクローンを候補として選抜した。これら候補の中から特に強く明確なシステイン感受性を示すものとして、tolC遺伝子欠損株が取得された。TolCは外膜に局在し、外膜を介した物質輸送のチャンネルを形成するポーリンと呼ばれるタンパク質である。E. coliではTolC以外にも多数のポーリンの存在が知られているが、今回のスクリーニングから選抜したシステイン感受性が強いと感じられた数個の候補の中ではTolCが唯一のポーリンであった。
Keio CollectionスクリーニングによりtolC欠損株が取得されたため、同遺伝子欠損株のシステインに対する感受性をより詳細に解析するため、異なる濃度のシステインを含有する寒天培地上での生育を観察した。ここで用いたtolC欠損株は、JW5503株(Keio collection)、その親株はBW25113株(Andreas Haldimann, A. and Wanner, B. L., J. Bacteriol. 2001 November; 183(21): 6384-6393)である。また、相補実験用のtolC遺伝子が搭載されたプラスミドはpTolC(ASKA clone;(Kitagawa, M, et al., 2005; DNA Res. 12:291-299))、そのベースとなるベクターはpCA24(ASKA cloneのためのベクター;(Kitagawa, M, et al., 2005; DNA Res. 12:291-299))である。
Cross streak 法によるtolC欠損株におけるN-アセチルセリン(NAS)とO-アセチルセリン(OAS)に対する影響を調べた。NAS(2M), OAS(2M), L-システイン(2M), L-セリン(1M)による生育阻害を比較するため、tolC欠損株JW5503株とその対照株である野生株BW25113株をそれぞれL液体培地で一晩培養したものを、白金耳によりL寒天培地上にストリークした。菌をストリークした方向に対して垂直方向に、上記試薬を滴下した短冊状のろ紙を置き 30℃で一晩培養した。培養後、ろ紙から菌の生育を阻害する距離(抗菌幅)を測定し、各試薬の両菌株に対する抗菌活性を比較した。その結果を図2に示す。また、前記抗菌幅を表1に示す。
前述のように、tolC欠損株はL-システインに対して感受性を示すことがわかったが、この実験においても野生株よりもtolC欠損株に対して大きな抗菌幅が見られ、tolC欠損株のL-システインに対する感受性が観察された。また、同様にN-アセチルセリン(NAS)とO-アセチルセリン(OAS)に対しても、tolC欠損株で大きな抗菌幅が観察され、これらの物質に対して感受性を示すことが明らかとなった。
E. coliMG1655株から、トリプトファナーゼ遺伝子を欠損し、変異型SAT遺伝子を保持し、かつ、ydeD遺伝子の発現が増強された菌株を構築した。
E.coli MG1655 tnaA欠損株の構築は、E.coli JW3686株(Keio collection)のtnaA::KmrをP1kcファージを用いてMG1655株(ATCC No. 47076)に形質導入することで行った。ファージ液の調製及び形質導入は、Millerらの方法(Miller, J. H., Experiments in molecular genetics. Cold Spring Harbor, N.Y: Cold Spring Harbor Laboratory; 1972, Generalized transduction: use of P1 in strain construction; pp. 201-205)に従い以下の手順で行った。
変異型SAT遺伝子を搭載したプラスミドとして、文献(特開平11-155571号、Nakamori, S, et al., Appl. Environ. Microbiol., 1998, 64, 1607-1611)に記載のpCEM256Iと同一の構造を有するプラスミドを用いた。pCEM256Iは、E. coliの野生型SAT遺伝子(cysE)に変異を導入して得た変異型SAT遺伝子を有している。この変異型SATは、256位のメチオニンがイソロイシンに置換されており、この変異によりシステインに対するフィードバック耐性を示す(特開平11-155571号)。pCEM256Iは、具体的には以下のようにして得た。
システイン排出ポンプをコードするE. coli ydeD遺伝子のクローニングは次の手順で行った。まずE. coli MG1655株(ATCC No. 47076)ゲノムDNAをテンプレートとして、センスプライマー(5’-CGCGGATCCAATGGTCATAAATGGCAGCGTAGCGC-3’、Primer 7、配列番号9)とアンチセンスプライマー(5’-CGCGGATCCGCAGGGCGTTGCGGAACAAAC-3’、Primer 8、配列番号10)を用いて、PCRを行った。PCRは、Pyrobest DNAポリメラーゼ(Takara社)を用いて、添付のプロトコールに従って行った。こうして、ydeD遺伝子の上流約300bp、及び、下流約200bpを含む約1.5kbのydeD遺伝子断片を取得した。前記両プライマーにはBamHIサイトがデザインされている。PCR断片をBamHIで処理した後、pSTV29(Takara社)のBamHIサイトに挿入し、pSTV29ベクター上のlacZ遺伝子と同方向にydeD遺伝子断片が挿入されたプラスミドをpYdeDと命名した。PCRで増幅された部分のシークエンシングを行い、PCRによるエラーがないことを確認した。
MG1655ΔtnaA::Kmr株に、定法によりpCEM256I及びpYdeDを導入し、変異型SATとシステイン排出ポンプYdeDが強化され、システインの分解系であるTnaAが欠損したシステイン生産菌MG1655ΔtnaA::Kmr/pCEM256I/pYdeD株を構築した。
システイン生産菌におけるtolC遺伝子強化の効果を調べるため、tolC遺伝子強化用のプラスミドを構築し、上記システイン生産菌に導入した。
最初に、プラスミドベクターpMW219(3,923bp, ニッポンジーン)をClaIで切断後、5’末端平滑化をT4DNA ポリメラーゼを用いて行った。その後、EcoT14Iで約0.6kbのカナマイシン耐性遺伝子を切り出し、3.2 kbpのlarge fragmentを回収した。次にプラスミドpFW5(2,726 bp, Podbielski, A., et al., Gene, 1996, 177, 137-147)をHindIIIで切断後、5’末端平滑化を行った後、EcoT14Iで1.2 kb のaad9遺伝子(スペクチノマイシン耐性遺伝子)を回収した。両回収断片をライゲーションして構築したプラスミドを、pLS219 (4,444 bp)と命名した。プラスミドpUX(5208 bp, Aono, R., et al., J. Bacteriol., 1998, 180, 938-944)からプロモーター領域とターミネーター領域を含むtolC遺伝子をHindIIIとEcoRIにより切り出した(2.6 kbp)。この切り出したtolC遺伝子断片を、pLS219のマルチクローニングサイトのHIndIII-EcoRI部位に連結した(pLSTolC, 6,966 bp)。
pLSTolを、システイン生産菌MG1655ΔtnaA::Kmr/pCEM256I/pYdeDに導入し、MG1655ΔtnaA::Kmr/pCEM256I/pYdeD/pLSTolC株を構築した。形質転換はエレクトロポーレーションによる定法で行った。
TolCが強化されたシステイン生産菌(E. coli MG1655ΔtnaA::Kmr/pCEM256I/pYdeD/pLSTolC)と、TolCを強化していない対照株(E. coli MG1655ΔtnaA::Kmr/pCEM256I/pYdeD)を、L培地(クロラムフェニコール(40μg/mL)、カナマイシン(50μg/mL)、アンピシリン(50μg/mL)、さらにpLSTolC保有株にはスペクチノマイシン(100μg/mL)添加)5 mlに植菌し、37℃で一晩培養した(前培養)。一晩培養した菌液を250μlとり、25 mlの新しい培地(SM1+10% L培地)に加え、37℃、140 rpmで振とう培養した。培養時間 0, 3, 6, 9, 14, 25時間で培養液をとり、菌数(OD660)、及びシステイン生産量を調べた。なお、培養に用いたSM1培地の組成は次に示すとおりである;0.1 M KH2PO4-K2HPO4 buffer (pH 7.0), 30 g/L glucose, 10g/L (NH4)2SO4, 0.1 g/L NaCl, 7.2 μM FeSO4・7H2O, 0.6 μM Na2MoO4, 40.4 μM H3BO3, 2.9 μM CoCl2, 1 μM CuSO4, 8.1 μM MnCl2, 1 mM MgSO4, 0.1 mM CaCl2(Dassler, T., et al., Mol. Microbiol., 2000, 36, 1101-1112)。SM1+10% L培地は、このSM1培地に1/10濃度のL培地成分を加えたものである。
配列番号1:E. coi tolC遺伝子の塩基配列
配列番号2:E. coi TolCのアミノ酸配列
配列番号3〜10:PCRプライマー
配列番号11:Shigella boydii tolC遺伝子ホモログの塩基配列
配列番号12:Shigella boydii TolCホモログのアミノ酸配列
配列番号13:Shigella flexneri tolC遺伝子ホモログの塩基配列
配列番号14:Shigella flexneri TolCホモログのアミノ酸配列
配列番号15:Salmonella enterica tolC遺伝子ホモログの塩基配列
配列番号16:Salmonella enterica TolCホモログのアミノ酸配列
配列番号17:Citrobacter koseri tolC遺伝子ホモログの塩基配列
配列番号18:Citrobacter koseri TolCホモログのアミノ酸配列
配列番号19:Klebsiella pneumoniae tolC遺伝子ホモログの塩基配列
配列番号20:Klebsiella pneumoniae TolCホモログのアミノ酸配列
配列番号21:Enterobacter sakazakii tolC遺伝子ホモログの塩基配列
配列番号22:Enterobacter sakazakii TolCホモログのアミノ酸配列
配列番号23:Erwinia carotovora tolC遺伝子ホモログの塩基配列
配列番号24:Erwinia carotovora TolCホモログのアミノ酸配列
配列番号25:Serratia proteamaculans tolC遺伝子ホモログの塩基配列
配列番号26:Serratia proteamaculans TolCホモログのアミノ酸配列
配列番号27:Aeromonas salmonicida tolC遺伝子ホモログの塩基配列
配列番号28:Aeromonas salmonicida TolCホモログのアミノ酸配列
配列番号29:Vibrio vulnificus tolC遺伝子ホモログの塩基配列
配列番号30:Vibrio vulnificus TolCホモログのアミノ酸配列
Claims (12)
- L−システイン生産能を有し、かつ、tolC遺伝子によりコードされるタンパク質の活性が増大するように改変された腸内細菌科に属する細菌を培地中で培養し、該培地からL−システイン、L−シスチン、それらの誘導体もしくは前駆体、又はこれらの混合物を採取することを特徴とする、L−システイン、L−シスチン、それらの誘導体もしくは前駆体、又はこれらの混合物の製造法であって、
前記誘導体はS-スルホシステイン、チアゾリジン誘導体及びヘミチオケタールからなる群より選択され、前記前駆体はO-アセチルセリン及びN-アセチルセリンからなる群より選択されることを特徴とする、方法。 - 前記細菌において、前記tolC遺伝子の発現量を増大させること、及び/または、tolC遺伝子の翻訳量を増大させることにより、前記タンパク質の活性が増大した請求項1に記載の方法。
- 前記細菌において、tolC遺伝子のコピー数を高めること、又は同遺伝子の発現調節配列を改変することにより、tolC遺伝子の発現量が増大された、請求項2に記載の方法。
- 前記タンパク質が、下記(A)または(B)に記載のタンパク質である請求項1〜3のいずれか一項に記載の方法。
(A)配列番号2に示すアミノ酸配列を有するタンパク質。
(B)配列番号2に示すアミノ酸配列において、1若しくは数個のアミノ酸の置換、欠失、挿入、または付加を含むアミノ酸配列を有し、かつ、細菌内の活性を増大させたときにL−システイン生産能が向上するタンパク質。 - 前記tolC遺伝子が、下記(a)または(b)に記載のDNAである、請求項1〜4のいずれか一項に記載の方法。
(a)配列番号1の塩基配列を含むDNA、または
(b)配列番号1の塩基配列と90%以上の相同性を有し、かつ、細菌内の活性を増大させたときにL−システイン生産能が向上するタンパク質をコードするDNA。 - 前記細菌が、L−システインによるフィードバック阻害が低減された変異型セリンアセチルトランスフェラーゼを保持する請求項1〜5のいずれか一項に記載の方法。
- 前記細菌において、ydeD遺伝子によりコードされるタンパク質の活性が増大した、請求項1〜6のいずれか一項に記載の方法。
- 前記細菌において、システインデスルフヒドラーゼ活性を有するタンパク質の活性が低下した、請求項1〜7のいずれか一項に記載の方法。
- 前記システインデスルフヒドラーゼ活性を有するタンパク質がトリプトファナーゼである、請求項8に記載の方法。
- 前記細菌がエシェリヒア属細菌である、請求項1〜9のいずれか一項に記載の方法。
- 前記細菌がエシェリヒア・コリである、請求項10に記載の方法。
- 前記L−システインの誘導体がチアゾリジン誘導体である、請求項1〜11のいずれか一項に記載の方法。
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