JP5284112B2 - 核酸、メチル化状態及び核酸の突然変異体を検出するための、シグナリングペア及び疎水性ヌクレオチドを含んだオリゴヌクレオチド、ステムレスビーコン - Google Patents
核酸、メチル化状態及び核酸の突然変異体を検出するための、シグナリングペア及び疎水性ヌクレオチドを含んだオリゴヌクレオチド、ステムレスビーコン Download PDFInfo
- Publication number
- JP5284112B2 JP5284112B2 JP2008558640A JP2008558640A JP5284112B2 JP 5284112 B2 JP5284112 B2 JP 5284112B2 JP 2008558640 A JP2008558640 A JP 2008558640A JP 2008558640 A JP2008558640 A JP 2008558640A JP 5284112 B2 JP5284112 B2 JP 5284112B2
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- oligonucleotide
- hydrophobic
- nucleotide
- nucleic acid
- analog
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 title claims description 570
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 title claims description 451
- 230000002209 hydrophobic effect Effects 0.000 title claims description 450
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 title claims description 399
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 title claims description 386
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 title claims description 386
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 title claims description 330
- 230000011664 signaling Effects 0.000 title claims description 233
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 title description 31
- 230000011987 methylation Effects 0.000 title description 19
- 238000007069 methylation reaction Methods 0.000 title description 19
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 claims description 131
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 113
- 239000000178 monomer Substances 0.000 claims description 101
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims description 87
- 101710163270 Nuclease Proteins 0.000 claims description 77
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims description 73
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims description 71
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims description 71
- 230000003993 interaction Effects 0.000 claims description 58
- 125000005647 linker group Chemical group 0.000 claims description 58
- 238000002844 melting Methods 0.000 claims description 56
- 230000008018 melting Effects 0.000 claims description 56
- 238000002866 fluorescence resonance energy transfer Methods 0.000 claims description 46
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims description 42
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 claims description 40
- 230000008859 change Effects 0.000 claims description 36
- 230000000694 effects Effects 0.000 claims description 34
- BBEAQIROQSPTKN-UHFFFAOYSA-N pyrene Chemical compound C1=CC=C2C=CC3=CC=CC4=CC=C1C2=C43 BBEAQIROQSPTKN-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 34
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 claims description 31
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 claims description 31
- 229910052739 hydrogen Inorganic materials 0.000 claims description 29
- 125000001165 hydrophobic group Chemical group 0.000 claims description 29
- 239000001257 hydrogen Substances 0.000 claims description 27
- 239000000872 buffer Substances 0.000 claims description 19
- GVEPBJHOBDJJJI-UHFFFAOYSA-N fluoranthrene Natural products C1=CC(C2=CC=CC=C22)=C3C2=CC=CC3=C1 GVEPBJHOBDJJJI-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 18
- 230000001965 increasing effect Effects 0.000 claims description 15
- 108091093088 Amplicon Proteins 0.000 claims description 14
- 238000009830 intercalation Methods 0.000 claims description 11
- 238000001816 cooling Methods 0.000 claims description 7
- 125000002103 4,4'-dimethoxytriphenylmethyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(C([H])=C1[H])C(*)(C1=C([H])C([H])=C(OC([H])([H])[H])C([H])=C1[H])C1=C([H])C([H])=C(OC([H])([H])[H])C([H])=C1[H] 0.000 claims description 5
- KFZMGEQAYNKOFK-UHFFFAOYSA-N 2-propanol Substances CC(C)O KFZMGEQAYNKOFK-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 4
- 230000004044 response Effects 0.000 claims description 3
- KBCQTGVVTHNJLV-UHFFFAOYSA-N 4-methyl-4-(propan-2-ylamino)pentanenitrile phosphorous acid Chemical compound OP(O)O.CC(C)NC(C)(C)CCC#N KBCQTGVVTHNJLV-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- 239000007790 solid phase Substances 0.000 claims description 2
- YDGPIBYHPQKXIU-UHFFFAOYSA-N 7,9-dimethyl-1h-pyrido[2,3]thieno[2,4-d]pyrimidin-4-one Chemical compound N1C=NC(=O)C2=C1C1=C(C)C=C(C)N=C1S2 YDGPIBYHPQKXIU-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- JCAQMQLAHNGVPY-UUOKFMHZSA-N [(2r,3s,4r,5r)-3,4-dihydroxy-5-(2,2,4-trioxo-1h-imidazo[4,5-c][1,2,6]thiadiazin-7-yl)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](COP(O)(O)=O)O[C@H]1N1C(NS(=O)(=O)NC2=O)=C2N=C1 JCAQMQLAHNGVPY-UUOKFMHZSA-N 0.000 claims 1
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 300
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 113
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 61
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 49
- -1 DNA and RNA Chemical class 0.000 description 44
- 239000000138 intercalating agent Substances 0.000 description 44
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 description 40
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 31
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 31
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 28
- 238000000137 annealing Methods 0.000 description 27
- KBPLFHHGFOOTCA-UHFFFAOYSA-N 1-Octanol Chemical compound CCCCCCCCO KBPLFHHGFOOTCA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 26
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 26
- 108091093037 Peptide nucleic acid Proteins 0.000 description 25
- 229940088598 enzyme Drugs 0.000 description 25
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 22
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 21
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 21
- 238000010791 quenching Methods 0.000 description 20
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 19
- 239000011230 binding agent Substances 0.000 description 18
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 18
- 239000000370 acceptor Substances 0.000 description 17
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Chemical class NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 17
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 17
- ZAINTDRBUHCDPZ-UHFFFAOYSA-M Alexa Fluor 546 Chemical compound [H+].[Na+].CC1CC(C)(C)NC(C(=C2OC3=C(C4=NC(C)(C)CC(C)C4=CC3=3)S([O-])(=O)=O)S([O-])(=O)=O)=C1C=C2C=3C(C(=C(Cl)C=1Cl)C(O)=O)=C(Cl)C=1SCC(=O)NCCCCCC(=O)ON1C(=O)CCC1=O ZAINTDRBUHCDPZ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 14
- 108060002716 Exonuclease Proteins 0.000 description 14
- 102000013165 exonuclease Human genes 0.000 description 14
- 230000000171 quenching effect Effects 0.000 description 14
- UDGUGZTYGWUUSG-UHFFFAOYSA-N 4-[4-[[2,5-dimethoxy-4-[(4-nitrophenyl)diazenyl]phenyl]diazenyl]-n-methylanilino]butanoic acid Chemical compound COC=1C=C(N=NC=2C=CC(=CC=2)N(C)CCCC(O)=O)C(OC)=CC=1N=NC1=CC=C([N+]([O-])=O)C=C1 UDGUGZTYGWUUSG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 13
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 13
- 125000004429 atom Chemical group 0.000 description 13
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 13
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 13
- 239000000047 product Substances 0.000 description 13
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 description 12
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N guanine Chemical compound O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 12
- 239000003446 ligand Substances 0.000 description 12
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 12
- WCKQPPQRFNHPRJ-UHFFFAOYSA-N 4-[[4-(dimethylamino)phenyl]diazenyl]benzoic acid Chemical compound C1=CC(N(C)C)=CC=C1N=NC1=CC=C(C(O)=O)C=C1 WCKQPPQRFNHPRJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 11
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 11
- GNBHRKFJIUUOQI-UHFFFAOYSA-N fluorescein Chemical compound O1C(=O)C2=CC=CC=C2C21C1=CC=C(O)C=C1OC1=CC(O)=CC=C21 GNBHRKFJIUUOQI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 11
- 239000011521 glass Substances 0.000 description 11
- 125000002496 methyl group Chemical group [H]C([H])([H])* 0.000 description 11
- 239000012071 phase Substances 0.000 description 11
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 11
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 11
- 229910052717 sulfur Inorganic materials 0.000 description 11
- LSNNMFCWUKXFEE-UHFFFAOYSA-M Bisulfite Chemical compound OS([O-])=O LSNNMFCWUKXFEE-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 10
- ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N Uracil Chemical compound O=C1C=CNC(=O)N1 ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 10
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 10
- 229910052799 carbon Inorganic materials 0.000 description 10
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 10
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 10
- 230000001976 improved effect Effects 0.000 description 10
- 229910052760 oxygen Inorganic materials 0.000 description 10
- 125000004437 phosphorous atom Chemical group 0.000 description 10
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 10
- RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N thymine Chemical compound CC1=CNC(=O)NC1=O RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 10
- 239000012103 Alexa Fluor 488 Substances 0.000 description 9
- 125000003118 aryl group Chemical group 0.000 description 9
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 9
- 238000013461 design Methods 0.000 description 9
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 9
- 229910052757 nitrogen Inorganic materials 0.000 description 9
- 229910052698 phosphorus Inorganic materials 0.000 description 9
- 230000008569 process Effects 0.000 description 9
- 238000011002 quantification Methods 0.000 description 9
- ABZLKHKQJHEPAX-UHFFFAOYSA-N tetramethylrhodamine Chemical compound C=12C=CC(N(C)C)=CC2=[O+]C2=CC(N(C)C)=CC=C2C=1C1=CC=CC=C1C([O-])=O ABZLKHKQJHEPAX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 9
- GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N Adenine Chemical compound NC1=NC=NC2=C1N=CN2 GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- IKYJCHYORFJFRR-UHFFFAOYSA-N Alexa Fluor 350 Chemical compound O=C1OC=2C=C(N)C(S(O)(=O)=O)=CC=2C(C)=C1CC(=O)ON1C(=O)CCC1=O IKYJCHYORFJFRR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- IGAZHQIYONOHQN-UHFFFAOYSA-N Alexa Fluor 555 Chemical compound C=12C=CC(=N)C(S(O)(=O)=O)=C2OC2=C(S(O)(=O)=O)C(N)=CC=C2C=1C1=CC=C(C(O)=O)C=C1C(O)=O IGAZHQIYONOHQN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 108020004635 Complementary DNA Proteins 0.000 description 8
- MWPLVEDNUUSJAV-UHFFFAOYSA-N anthracene Chemical compound C1=CC=CC2=CC3=CC=CC=C3C=C21 MWPLVEDNUUSJAV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 239000008346 aqueous phase Substances 0.000 description 8
- WDECIBYCCFPHNR-UHFFFAOYSA-N chrysene Chemical compound C1=CC=CC2=CC=C3C4=CC=CC=C4C=CC3=C21 WDECIBYCCFPHNR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 230000006870 function Effects 0.000 description 8
- YNPNZTXNASCQKK-UHFFFAOYSA-N phenanthrene Chemical compound C1=CC=C2C3=CC=CC=C3C=CC2=C1 YNPNZTXNASCQKK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- RDOWQLZANAYVLL-UHFFFAOYSA-N phenanthridine Chemical compound C1=CC=C2C3=CC=CC=C3C=NC2=C1 RDOWQLZANAYVLL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 230000002285 radioactive effect Effects 0.000 description 8
- 238000011160 research Methods 0.000 description 8
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 8
- 229930024421 Adenine Natural products 0.000 description 7
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 7
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 7
- 229960000643 adenine Drugs 0.000 description 7
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 7
- 239000007864 aqueous solution Substances 0.000 description 7
- 238000010804 cDNA synthesis Methods 0.000 description 7
- 229940104302 cytosine Drugs 0.000 description 7
- 239000000539 dimer Substances 0.000 description 7
- 230000005284 excitation Effects 0.000 description 7
- 150000008300 phosphoramidites Chemical class 0.000 description 7
- 230000003595 spectral effect Effects 0.000 description 7
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 7
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 7
- YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N (+)-Biotin Chemical compound N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCCC(=O)O)SC[C@@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 6
- 239000012114 Alexa Fluor 647 Substances 0.000 description 6
- 108020003215 DNA Probes Proteins 0.000 description 6
- 239000003298 DNA probe Substances 0.000 description 6
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 6
- DZBUGLKDJFMEHC-UHFFFAOYSA-N acridine Chemical compound C1=CC=CC2=CC3=CC=CC=C3N=C21 DZBUGLKDJFMEHC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 125000000217 alkyl group Chemical group 0.000 description 6
- 230000015556 catabolic process Effects 0.000 description 6
- 125000003636 chemical group Chemical group 0.000 description 6
- 230000007423 decrease Effects 0.000 description 6
- 238000006731 degradation reaction Methods 0.000 description 6
- 238000009826 distribution Methods 0.000 description 6
- 230000002255 enzymatic effect Effects 0.000 description 6
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 6
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 6
- 239000000463 material Substances 0.000 description 6
- 238000005192 partition Methods 0.000 description 6
- GBROPGWFBFCKAG-UHFFFAOYSA-N picene Chemical compound C1=CC2=C3C=CC=CC3=CC=C2C2=C1C1=CC=CC=C1C=C2 GBROPGWFBFCKAG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 description 6
- PYWVYCXTNDRMGF-UHFFFAOYSA-N rhodamine B Chemical compound [Cl-].C=12C=CC(=[N+](CC)CC)C=C2OC2=CC(N(CC)CC)=CC=C2C=1C1=CC=CC=C1C(O)=O PYWVYCXTNDRMGF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 239000004094 surface-active agent Substances 0.000 description 6
- 230000007704 transition Effects 0.000 description 6
- 229920000936 Agarose Polymers 0.000 description 5
- 239000012109 Alexa Fluor 568 Substances 0.000 description 5
- 239000012110 Alexa Fluor 594 Substances 0.000 description 5
- 238000002944 PCR assay Methods 0.000 description 5
- 108010006785 Taq Polymerase Proteins 0.000 description 5
- 238000007792 addition Methods 0.000 description 5
- 150000001408 amides Chemical class 0.000 description 5
- 125000004122 cyclic group Chemical group 0.000 description 5
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 5
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 5
- 125000000623 heterocyclic group Chemical group 0.000 description 5
- 239000003068 molecular probe Substances 0.000 description 5
- 238000005457 optimization Methods 0.000 description 5
- 239000012074 organic phase Substances 0.000 description 5
- MPLHNVLQVRSVEE-UHFFFAOYSA-N texas red Chemical compound [O-]S(=O)(=O)C1=CC(S(Cl)(=O)=O)=CC=C1C(C1=CC=2CCCN3CCCC(C=23)=C1O1)=C2C1=C(CCC1)C3=[N+]1CCCC3=C2 MPLHNVLQVRSVEE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 229940113082 thymine Drugs 0.000 description 5
- 229940035893 uracil Drugs 0.000 description 5
- DXBHBZVCASKNBY-UHFFFAOYSA-N 1,2-Benz(a)anthracene Chemical class C1=CC=C2C3=CC4=CC=CC=C4C=C3C=CC2=C1 DXBHBZVCASKNBY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 229940083957 1,2-butanediol Drugs 0.000 description 4
- VEPOHXYIFQMVHW-XOZOLZJESA-N 2,3-dihydroxybutanedioic acid (2S,3S)-3,4-dimethyl-2-phenylmorpholine Chemical compound OC(C(O)C(O)=O)C(O)=O.C[C@H]1[C@@H](OCCN1C)c1ccccc1 VEPOHXYIFQMVHW-XOZOLZJESA-N 0.000 description 4
- 102100031780 Endonuclease Human genes 0.000 description 4
- 108010042407 Endonucleases Proteins 0.000 description 4
- ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N Formamide Chemical compound NC=O ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 101001093025 Geobacillus stearothermophilus 50S ribosomal protein L7/L12 Proteins 0.000 description 4
- PCNDJXKNXGMECE-UHFFFAOYSA-N Phenazine Natural products C1=CC=CC2=NC3=CC=CC=C3N=C21 PCNDJXKNXGMECE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- DGEZNRSVGBDHLK-UHFFFAOYSA-N [1,10]phenanthroline Chemical compound C1=CN=C2C3=NC=CC=C3C=CC2=C1 DGEZNRSVGBDHLK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- PYKYMHQGRFAEBM-UHFFFAOYSA-N anthraquinone Natural products CCC(=O)c1c(O)c2C(=O)C3C(C=CC=C3O)C(=O)c2cc1CC(=O)OC PYKYMHQGRFAEBM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 150000004056 anthraquinones Chemical class 0.000 description 4
- 125000004432 carbon atom Chemical group C* 0.000 description 4
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 4
- ZYGHJZDHTFUPRJ-UHFFFAOYSA-N coumarin Chemical compound C1=CC=C2OC(=O)C=CC2=C1 ZYGHJZDHTFUPRJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 4
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 4
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 4
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 4
- 230000000670 limiting effect Effects 0.000 description 4
- 239000011777 magnesium Substances 0.000 description 4
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 4
- TVMXDCGIABBOFY-UHFFFAOYSA-N n-Octanol Natural products CCCCCCCC TVMXDCGIABBOFY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 230000003287 optical effect Effects 0.000 description 4
- 125000002467 phosphate group Chemical group [H]OP(=O)(O[H])O[*] 0.000 description 4
- 150000004713 phosphodiesters Chemical class 0.000 description 4
- 150000004032 porphyrins Chemical class 0.000 description 4
- 108020003175 receptors Proteins 0.000 description 4
- 102000005962 receptors Human genes 0.000 description 4
- 125000000548 ribosyl group Chemical group C1([C@H](O)[C@H](O)[C@H](O1)CO)* 0.000 description 4
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 4
- 239000002904 solvent Substances 0.000 description 4
- 241000894007 species Species 0.000 description 4
- 235000021286 stilbenes Nutrition 0.000 description 4
- 125000001424 substituent group Chemical group 0.000 description 4
- 235000000346 sugar Nutrition 0.000 description 4
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 4
- IFLREYGFSNHWGE-UHFFFAOYSA-N tetracene Chemical compound C1=CC=CC2=CC3=CC4=CC=CC=C4C=C3C=C21 IFLREYGFSNHWGE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 4
- VGIRNWJSIRVFRT-UHFFFAOYSA-N 2',7'-difluorofluorescein Chemical compound OC(=O)C1=CC=CC=C1C1=C2C=C(F)C(=O)C=C2OC2=CC(O)=C(F)C=C21 VGIRNWJSIRVFRT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 108020004774 Alkaline Phosphatase Proteins 0.000 description 3
- 102000002260 Alkaline Phosphatase Human genes 0.000 description 3
- UHOVQNZJYSORNB-UHFFFAOYSA-N Benzene Chemical compound C1=CC=CC=C1 UHOVQNZJYSORNB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N Carbon Chemical compound [C] OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- HMFHBZSHGGEWLO-SOOFDHNKSA-N D-ribofuranose Chemical compound OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H]1O HMFHBZSHGGEWLO-SOOFDHNKSA-N 0.000 description 3
- IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N Dimethylsulphoxide Chemical compound CS(C)=O IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N Glycerine Chemical compound OCC(O)CO PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- UFWIBTONFRDIAS-UHFFFAOYSA-N Naphthalene Chemical compound C1=CC=CC2=CC=CC=C21 UFWIBTONFRDIAS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 229910019142 PO4 Inorganic materials 0.000 description 3
- PYMYPHUHKUWMLA-LMVFSUKVSA-N Ribose Natural products OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)C=O PYMYPHUHKUWMLA-LMVFSUKVSA-N 0.000 description 3
- DWAQJAXMDSEUJJ-UHFFFAOYSA-M Sodium bisulfite Chemical compound [Na+].OS([O-])=O DWAQJAXMDSEUJJ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 3
- DBMJMQXJHONAFJ-UHFFFAOYSA-M Sodium laurylsulphate Chemical compound [Na+].CCCCCCCCCCCCOS([O-])(=O)=O DBMJMQXJHONAFJ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 3
- RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-N Thiophosphoric acid Chemical class OP(O)(S)=O RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 238000010521 absorption reaction Methods 0.000 description 3
- FZEYVTFCMJSGMP-UHFFFAOYSA-N acridone Chemical class C1=CC=C2C(=O)C3=CC=CC=C3NC2=C1 FZEYVTFCMJSGMP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 125000002015 acyclic group Chemical group 0.000 description 3
- HMFHBZSHGGEWLO-UHFFFAOYSA-N alpha-D-Furanose-Ribose Natural products OCC1OC(O)C(O)C1O HMFHBZSHGGEWLO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 description 3
- 235000020958 biotin Nutrition 0.000 description 3
- 239000011616 biotin Substances 0.000 description 3
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 3
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 3
- 239000007853 buffer solution Substances 0.000 description 3
- 125000004093 cyano group Chemical group *C#N 0.000 description 3
- 239000005547 deoxyribonucleotide Substances 0.000 description 3
- 125000002637 deoxyribonucleotide group Chemical group 0.000 description 3
- 230000029087 digestion Effects 0.000 description 3
- 238000002651 drug therapy Methods 0.000 description 3
- 230000005281 excited state Effects 0.000 description 3
- 150000004665 fatty acids Chemical class 0.000 description 3
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 3
- 238000010348 incorporation Methods 0.000 description 3
- 230000002687 intercalation Effects 0.000 description 3
- 229910052751 metal Inorganic materials 0.000 description 3
- 239000002184 metal Substances 0.000 description 3
- CTRLRINCMYICJO-UHFFFAOYSA-N phenyl azide Chemical class [N-]=[N+]=NC1=CC=CC=C1 CTRLRINCMYICJO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 239000010452 phosphate Substances 0.000 description 3
- SXADIBFZNXBEGI-UHFFFAOYSA-N phosphoramidous acid Chemical group NP(O)O SXADIBFZNXBEGI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 229920003023 plastic Polymers 0.000 description 3
- 239000004033 plastic Substances 0.000 description 3
- 229920002401 polyacrylamide Polymers 0.000 description 3
- 125000004585 polycyclic heterocycle group Chemical group 0.000 description 3
- 102000054765 polymorphisms of proteins Human genes 0.000 description 3
- 230000012846 protein folding Effects 0.000 description 3
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 description 3
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 3
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 3
- 125000005581 pyrene group Chemical group 0.000 description 3
- 230000002829 reductive effect Effects 0.000 description 3
- 125000002652 ribonucleotide group Chemical group 0.000 description 3
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 3
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 3
- 235000010267 sodium hydrogen sulphite Nutrition 0.000 description 3
- 150000003431 steroids Chemical class 0.000 description 3
- 150000001629 stilbenes Chemical class 0.000 description 3
- 125000004434 sulfur atom Chemical group 0.000 description 3
- GVJHHUAWPYXKBD-UHFFFAOYSA-N (±)-α-Tocopherol Chemical compound OC1=C(C)C(C)=C2OC(CCCC(C)CCCC(C)CCCC(C)C)(C)CCC2=C1C GVJHHUAWPYXKBD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- AZQWKYJCGOJGHM-UHFFFAOYSA-N 1,4-benzoquinone Chemical compound O=C1C=CC(=O)C=C1 AZQWKYJCGOJGHM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- XVEUJPQIDXXNFD-UHFFFAOYSA-N 1h-pyrido[2,3]thieno[2,4-d]pyrimidin-4-one Chemical compound C12=CC=CN=C2SC2=C1N=CNC2=O XVEUJPQIDXXNFD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- PZMKGWRBZNOIPQ-UHFFFAOYSA-N 1h-thieno[3,2-d]pyrimidin-4-one Chemical compound OC1=NC=NC2=C1SC=C2 PZMKGWRBZNOIPQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- JTBBWRKSUYCPFY-UHFFFAOYSA-N 2,3-dihydro-1h-pyrimidin-4-one Chemical compound O=C1NCNC=C1 JTBBWRKSUYCPFY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;hydron;chloride Chemical compound Cl.OCC(N)(CO)CO QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000001731 2-cyanoethyl group Chemical group [H]C([H])(*)C([H])([H])C#N 0.000 description 2
- ASJSAQIRZKANQN-CRCLSJGQSA-N 2-deoxy-D-ribose Chemical group OC[C@@H](O)[C@@H](O)CC=O ASJSAQIRZKANQN-CRCLSJGQSA-N 0.000 description 2
- UJCOQJPUVDCJCS-UHFFFAOYSA-N 2-oxo-2-(11h-pyrido[3,2-a]carbazol-1-yl)acetic acid Chemical class C1=CC=C2NC3=C4C(C(=O)C(=O)O)=CC=NC4=CC=C3C2=C1 UJCOQJPUVDCJCS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- GOLORTLGFDVFDW-UHFFFAOYSA-N 3-(1h-benzimidazol-2-yl)-7-(diethylamino)chromen-2-one Chemical compound C1=CC=C2NC(C3=CC4=CC=C(C=C4OC3=O)N(CC)CC)=NC2=C1 GOLORTLGFDVFDW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- DCXJOVUZENRYSH-UHFFFAOYSA-N 4,4-dimethyloxazolidine-N-oxyl Chemical compound CC1(C)COCN1[O] DCXJOVUZENRYSH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- SJQRQOKXQKVJGJ-UHFFFAOYSA-N 5-(2-aminoethylamino)naphthalene-1-sulfonic acid Chemical compound C1=CC=C2C(NCCN)=CC=CC2=C1S(O)(=O)=O SJQRQOKXQKVJGJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- CJIJXIFQYOPWTF-UHFFFAOYSA-N 7-hydroxycoumarin Natural products O1C(=O)C=CC2=CC(O)=CC=C21 CJIJXIFQYOPWTF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N Atomic nitrogen Chemical compound N#N IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 2
- FGUUSXIOTUKUDN-IBGZPJMESA-N C1(=CC=CC=C1)N1C2=C(NC([C@H](C1)NC=1OC(=NN=1)C1=CC=CC=C1)=O)C=CC=C2 Chemical compound C1(=CC=CC=C1)N1C2=C(NC([C@H](C1)NC=1OC(=NN=1)C1=CC=CC=C1)=O)C=CC=C2 FGUUSXIOTUKUDN-IBGZPJMESA-N 0.000 description 2
- HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N Chloroform Chemical compound ClC(Cl)Cl HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 2
- SHIBSTMRCDJXLN-UHFFFAOYSA-N Digoxigenin Natural products C1CC(C2C(C3(C)CCC(O)CC3CC2)CC2O)(O)C2(C)C1C1=CC(=O)OC1 SHIBSTMRCDJXLN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 241000196324 Embryophyta Species 0.000 description 2
- 229910052693 Europium Inorganic materials 0.000 description 2
- 108010015776 Glucose oxidase Proteins 0.000 description 2
- 239000004366 Glucose oxidase Substances 0.000 description 2
- 108091027305 Heteroduplex Proteins 0.000 description 2
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 2
- 102000003992 Peroxidases Human genes 0.000 description 2
- ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N Phenol Chemical compound OC1=CC=CC=C1 ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102000010780 Platelet-Derived Growth Factor Human genes 0.000 description 2
- 108010038512 Platelet-Derived Growth Factor Proteins 0.000 description 2
- 108091028664 Ribonucleotide Proteins 0.000 description 2
- KJTLSVCANCCWHF-UHFFFAOYSA-N Ruthenium Chemical compound [Ru] KJTLSVCANCCWHF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229920002684 Sepharose Polymers 0.000 description 2
- VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N Silicium dioxide Chemical compound O=[Si]=O VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000002105 Southern blotting Methods 0.000 description 2
- 239000013504 Triton X-100 Substances 0.000 description 2
- 229920004890 Triton X-100 Polymers 0.000 description 2
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 2
- LQKDOFAEZHUSRZ-UHFFFAOYSA-N [di(propan-2-yl)amino]phosphonous acid Chemical compound CC(C)N(C(C)C)P(O)O LQKDOFAEZHUSRZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- DPKHZNPWBDQZCN-UHFFFAOYSA-N acridine orange free base Chemical compound C1=CC(N(C)C)=CC2=NC3=CC(N(C)C)=CC=C3C=C21 DPKHZNPWBDQZCN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000009471 action Effects 0.000 description 2
- 150000001335 aliphatic alkanes Chemical class 0.000 description 2
- 150000001336 alkenes Chemical class 0.000 description 2
- 125000003342 alkenyl group Chemical group 0.000 description 2
- 125000003545 alkoxy group Chemical group 0.000 description 2
- 125000004414 alkyl thio group Chemical group 0.000 description 2
- 125000000304 alkynyl group Chemical group 0.000 description 2
- 229910052782 aluminium Inorganic materials 0.000 description 2
- XAGFODPZIPBFFR-UHFFFAOYSA-N aluminium Chemical compound [Al] XAGFODPZIPBFFR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000003277 amino group Chemical group 0.000 description 2
- 210000004102 animal cell Anatomy 0.000 description 2
- 239000000427 antigen Substances 0.000 description 2
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 description 2
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 description 2
- 102000005936 beta-Galactosidase Human genes 0.000 description 2
- 108010005774 beta-Galactosidase Proteins 0.000 description 2
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 description 2
- 125000003178 carboxy group Chemical group [H]OC(*)=O 0.000 description 2
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 2
- 229960000956 coumarin Drugs 0.000 description 2
- 235000001671 coumarin Nutrition 0.000 description 2
- 230000003247 decreasing effect Effects 0.000 description 2
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 2
- 229910003460 diamond Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000010432 diamond Substances 0.000 description 2
- 235000014113 dietary fatty acids Nutrition 0.000 description 2
- 230000004069 differentiation Effects 0.000 description 2
- QONQRTHLHBTMGP-UHFFFAOYSA-N digitoxigenin Natural products CC12CCC(C3(CCC(O)CC3CC3)C)C3C11OC1CC2C1=CC(=O)OC1 QONQRTHLHBTMGP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- SHIBSTMRCDJXLN-KCZCNTNESA-N digoxigenin Chemical compound C1([C@@H]2[C@@]3([C@@](CC2)(O)[C@H]2[C@@H]([C@@]4(C)CC[C@H](O)C[C@H]4CC2)C[C@H]3O)C)=CC(=O)OC1 SHIBSTMRCDJXLN-KCZCNTNESA-N 0.000 description 2
- 238000010790 dilution Methods 0.000 description 2
- 239000012895 dilution Substances 0.000 description 2
- 238000010494 dissociation reaction Methods 0.000 description 2
- 230000005593 dissociations Effects 0.000 description 2
- NAGJZTKCGNOGPW-UHFFFAOYSA-N dithiophosphoric acid Chemical class OP(O)(S)=S NAGJZTKCGNOGPW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000008030 elimination Effects 0.000 description 2
- 238000003379 elimination reaction Methods 0.000 description 2
- 230000001973 epigenetic effect Effects 0.000 description 2
- ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N ethidium bromide Chemical compound [Br-].C12=CC(N)=CC=C2C2=CC=C(N)C=C2[N+](CC)=C1C1=CC=CC=C1 ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229960005542 ethidium bromide Drugs 0.000 description 2
- 210000003527 eukaryotic cell Anatomy 0.000 description 2
- OGPBJKLSAFTDLK-UHFFFAOYSA-N europium atom Chemical compound [Eu] OGPBJKLSAFTDLK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000000284 extract Substances 0.000 description 2
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 2
- 229930195729 fatty acid Natural products 0.000 description 2
- 239000000194 fatty acid Substances 0.000 description 2
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 description 2
- OVBPIULPVIDEAO-LBPRGKRZSA-N folic acid Chemical compound C=1N=C2NC(N)=NC(=O)C2=NC=1CNC1=CC=C(C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O)C=C1 OVBPIULPVIDEAO-LBPRGKRZSA-N 0.000 description 2
- 238000001502 gel electrophoresis Methods 0.000 description 2
- 230000007274 generation of a signal involved in cell-cell signaling Effects 0.000 description 2
- 238000003205 genotyping method Methods 0.000 description 2
- 229910052732 germanium Inorganic materials 0.000 description 2
- 229940116332 glucose oxidase Drugs 0.000 description 2
- 235000019420 glucose oxidase Nutrition 0.000 description 2
- PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N gold Chemical compound [Au] PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229910052737 gold Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000010931 gold Substances 0.000 description 2
- 238000010438 heat treatment Methods 0.000 description 2
- 125000001072 heteroaryl group Chemical group 0.000 description 2
- 125000005842 heteroatom Chemical group 0.000 description 2
- 238000004128 high performance liquid chromatography Methods 0.000 description 2
- JYGXADMDTFJGBT-VWUMJDOOSA-N hydrocortisone Chemical compound O=C1CC[C@]2(C)[C@H]3[C@@H](O)C[C@](C)([C@@](CC4)(O)C(=O)CO)[C@@H]4[C@@H]3CCC2=C1 JYGXADMDTFJGBT-VWUMJDOOSA-N 0.000 description 2
- 125000002887 hydroxy group Chemical group [H]O* 0.000 description 2
- 230000006872 improvement Effects 0.000 description 2
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 2
- 238000002372 labelling Methods 0.000 description 2
- 229910052745 lead Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 2
- 230000005291 magnetic effect Effects 0.000 description 2
- 230000014759 maintenance of location Effects 0.000 description 2
- CAAULPUQFIIOTL-UHFFFAOYSA-N methyl dihydrogen phosphate Chemical class COP(O)(O)=O CAAULPUQFIIOTL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 244000005700 microbiome Species 0.000 description 2
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 2
- 125000004433 nitrogen atom Chemical group N* 0.000 description 2
- 239000012454 non-polar solvent Substances 0.000 description 2
- HGASFNYMVGEKTF-UHFFFAOYSA-N octan-1-ol;hydrate Chemical compound O.CCCCCCCCO HGASFNYMVGEKTF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229940046166 oligodeoxynucleotide Drugs 0.000 description 2
- 125000004430 oxygen atom Chemical group O* 0.000 description 2
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 description 2
- 239000002244 precipitate Substances 0.000 description 2
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 2
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 2
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 2
- 210000001236 prokaryotic cell Anatomy 0.000 description 2
- XJMOSONTPMZWPB-UHFFFAOYSA-M propidium iodide Chemical compound [I-].[I-].C12=CC(N)=CC=C2C2=CC=C(N)C=C2[N+](CCC[N+](C)(CC)CC)=C1C1=CC=CC=C1 XJMOSONTPMZWPB-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- MWWATHDPGQKSAR-UHFFFAOYSA-N propyne Chemical compound CC#C MWWATHDPGQKSAR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000006239 protecting group Chemical group 0.000 description 2
- 125000000714 pyrimidinyl group Chemical group 0.000 description 2
- 238000006722 reduction reaction Methods 0.000 description 2
- 239000011347 resin Substances 0.000 description 2
- 229920005989 resin Polymers 0.000 description 2
- 239000002336 ribonucleotide Substances 0.000 description 2
- 229910052707 ruthenium Inorganic materials 0.000 description 2
- 229920006395 saturated elastomer Polymers 0.000 description 2
- JRPHGDYSKGJTKZ-UHFFFAOYSA-N selenophosphoric acid Chemical class OP(O)([SeH])=O JRPHGDYSKGJTKZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 2
- 239000011734 sodium Substances 0.000 description 2
- 238000000638 solvent extraction Methods 0.000 description 2
- 238000011895 specific detection Methods 0.000 description 2
- 238000004611 spectroscopical analysis Methods 0.000 description 2
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 2
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 2
- 238000002198 surface plasmon resonance spectroscopy Methods 0.000 description 2
- 229910052718 tin Inorganic materials 0.000 description 2
- 238000002211 ultraviolet spectrum Methods 0.000 description 2
- HFTAFOQKODTIJY-UHFFFAOYSA-N umbelliferone Natural products Cc1cc2C=CC(=O)Oc2cc1OCC=CC(C)(C)O HFTAFOQKODTIJY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- ORHBXUUXSCNDEV-UHFFFAOYSA-N umbelliferone Chemical compound C1=CC(=O)OC2=CC(O)=CC=C21 ORHBXUUXSCNDEV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000012795 verification Methods 0.000 description 2
- NNRXCKZMQLFUPL-WBMZRJHASA-N (3r,4s,5s,6r,7r,9r,11r,12r,13s,14r)-6-[(2s,3r,4s,6r)-4-(dimethylamino)-3-hydroxy-6-methyloxan-2-yl]oxy-14-ethyl-7,12,13-trihydroxy-4-[(2r,4r,5s,6s)-5-hydroxy-4-methoxy-4,6-dimethyloxan-2-yl]oxy-3,5,7,9,11,13-hexamethyl-oxacyclotetradecane-2,10-dione;(2r,3 Chemical compound OC(=O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]([C@H](O)CO)O[C@@H]1O[C@H](CO)[C@H](O)[C@H](O)[C@H]1O.O([C@@H]1[C@@H](C)C(=O)O[C@@H]([C@@]([C@H](O)[C@@H](C)C(=O)[C@H](C)C[C@@](C)(O)[C@H](O[C@H]2[C@@H]([C@H](C[C@@H](C)O2)N(C)C)O)[C@H]1C)(C)O)CC)[C@H]1C[C@@](C)(OC)[C@@H](O)[C@H](C)O1 NNRXCKZMQLFUPL-WBMZRJHASA-N 0.000 description 1
- WKKCYLSCLQVWFD-UHFFFAOYSA-N 1,2-dihydropyrimidin-4-amine Chemical class N=C1NCNC=C1 WKKCYLSCLQVWFD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- CGHIBGNXEGJPQZ-UHFFFAOYSA-N 1-hexyne Chemical compound CCCCC#C CGHIBGNXEGJPQZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- FPIPGXGPPPQFEQ-UHFFFAOYSA-N 13-cis retinol Natural products OCC=C(C)C=CC=C(C)C=CC1=C(C)CCCC1(C)C FPIPGXGPPPQFEQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- JTNGEYANGCBZLK-UHFFFAOYSA-N 1h-indol-3-yl dihydrogen phosphate Chemical compound C1=CC=C2C(OP(O)(=O)O)=CNC2=C1 JTNGEYANGCBZLK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- MXHRCPNRJAMMIM-SHYZEUOFSA-N 2'-deoxyuridine Chemical compound C1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C(=O)NC(=O)C=C1 MXHRCPNRJAMMIM-SHYZEUOFSA-N 0.000 description 1
- VUZNLSBZRVZGIK-UHFFFAOYSA-N 2,2,6,6-Tetramethyl-1-piperidinol Chemical compound CC1(C)CCCC(C)(C)N1O VUZNLSBZRVZGIK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- KGLPWQKSKUVKMJ-UHFFFAOYSA-N 2,3-dihydrophthalazine-1,4-dione Chemical class C1=CC=C2C(=O)NNC(=O)C2=C1 KGLPWQKSKUVKMJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- SGTNSNPWRIOYBX-UHFFFAOYSA-N 2-(3,4-dimethoxyphenyl)-5-{[2-(3,4-dimethoxyphenyl)ethyl](methyl)amino}-2-(propan-2-yl)pentanenitrile Chemical compound C1=C(OC)C(OC)=CC=C1CCN(C)CCCC(C#N)(C(C)C)C1=CC=C(OC)C(OC)=C1 SGTNSNPWRIOYBX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- GOJUJUVQIVIZAV-UHFFFAOYSA-N 2-amino-4,6-dichloropyrimidine-5-carbaldehyde Chemical group NC1=NC(Cl)=C(C=O)C(Cl)=N1 GOJUJUVQIVIZAV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- LLTDOAPVRPZLCM-UHFFFAOYSA-O 4-(7,8,8,16,16,17-hexamethyl-4,20-disulfo-2-oxa-18-aza-6-azoniapentacyclo[11.7.0.03,11.05,9.015,19]icosa-1(20),3,5,9,11,13,15(19)-heptaen-12-yl)benzoic acid Chemical compound CC1(C)C(C)NC(C(=C2OC3=C(C=4C(C(C(C)[NH+]=4)(C)C)=CC3=3)S(O)(=O)=O)S(O)(=O)=O)=C1C=C2C=3C1=CC=C(C(O)=O)C=C1 LLTDOAPVRPZLCM-UHFFFAOYSA-O 0.000 description 1
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 description 1
- 125000002373 5 membered heterocyclic group Chemical group 0.000 description 1
- ZMERMCRYYFRELX-UHFFFAOYSA-N 5-{[2-(iodoacetamido)ethyl]amino}naphthalene-1-sulfonic acid Chemical compound C1=CC=C2C(S(=O)(=O)O)=CC=CC2=C1NCCNC(=O)CI ZMERMCRYYFRELX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- SGAOZXGJGQEBHA-UHFFFAOYSA-N 82344-98-7 Chemical compound C1CCN2CCCC(C=C3C4(OC(C5=CC(=CC=C54)N=C=S)=O)C4=C5)=C2C1=C3OC4=C1CCCN2CCCC5=C12 SGAOZXGJGQEBHA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- MSSXOMSJDRHRMC-UHFFFAOYSA-N 9H-purine-2,6-diamine Chemical compound NC1=NC(N)=C2NC=NC2=N1 MSSXOMSJDRHRMC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- GDALETGZDYOOGB-UHFFFAOYSA-N Acridone Natural products C1=C(O)C=C2N(C)C3=CC=CC=C3C(=O)C2=C1O GDALETGZDYOOGB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 description 1
- 241000203069 Archaea Species 0.000 description 1
- 241000972773 Aulopiformes Species 0.000 description 1
- 102400000967 Bradykinin Human genes 0.000 description 1
- 101800004538 Bradykinin Proteins 0.000 description 1
- 208000024172 Cardiovascular disease Diseases 0.000 description 1
- LZZYPRNAOMGNLH-UHFFFAOYSA-M Cetrimonium bromide Chemical compound [Br-].CCCCCCCCCCCCCCCC[N+](C)(C)C LZZYPRNAOMGNLH-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- VYZAMTAEIAYCRO-UHFFFAOYSA-N Chromium Chemical compound [Cr] VYZAMTAEIAYCRO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108020004705 Codon Proteins 0.000 description 1
- 208000035473 Communicable disease Diseases 0.000 description 1
- 108091029430 CpG site Proteins 0.000 description 1
- XDTMQSROBMDMFD-UHFFFAOYSA-N Cyclohexane Chemical compound C1CCCCC1 XDTMQSROBMDMFD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- IGXWBGJHJZYPQS-SSDOTTSWSA-N D-Luciferin Chemical compound OC(=O)[C@H]1CSC(C=2SC3=CC=C(O)C=C3N=2)=N1 IGXWBGJHJZYPQS-SSDOTTSWSA-N 0.000 description 1
- XUIIKFGFIJCVMT-GFCCVEGCSA-N D-thyroxine Chemical compound IC1=CC(C[C@@H](N)C(O)=O)=CC(I)=C1OC1=CC(I)=C(O)C(I)=C1 XUIIKFGFIJCVMT-GFCCVEGCSA-N 0.000 description 1
- 108010017826 DNA Polymerase I Proteins 0.000 description 1
- 102000004594 DNA Polymerase I Human genes 0.000 description 1
- 230000004544 DNA amplification Effects 0.000 description 1
- 108010008286 DNA nucleotidylexotransferase Proteins 0.000 description 1
- 102100029764 DNA-directed DNA/RNA polymerase mu Human genes 0.000 description 1
- 108090000626 DNA-directed RNA polymerases Proteins 0.000 description 1
- 102000004163 DNA-directed RNA polymerases Human genes 0.000 description 1
- CYCGRDQQIOGCKX-UHFFFAOYSA-N Dehydro-luciferin Natural products OC(=O)C1=CSC(C=2SC3=CC(O)=CC=C3N=2)=N1 CYCGRDQQIOGCKX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102000004533 Endonucleases Human genes 0.000 description 1
- 244000148064 Enicostema verticillatum Species 0.000 description 1
- ULGZDMOVFRHVEP-RWJQBGPGSA-N Erythromycin Natural products O([C@@H]1[C@@H](C)C(=O)O[C@@H]([C@@]([C@H](O)[C@@H](C)C(=O)[C@H](C)C[C@@](C)(O)[C@H](O[C@H]2[C@@H]([C@H](C[C@@H](C)O2)N(C)C)O)[C@H]1C)(C)O)CC)[C@H]1C[C@@](C)(OC)[C@@H](O)[C@H](C)O1 ULGZDMOVFRHVEP-RWJQBGPGSA-N 0.000 description 1
- 108700039887 Essential Genes Proteins 0.000 description 1
- 241000206602 Eukaryota Species 0.000 description 1
- 108700024394 Exon Proteins 0.000 description 1
- BJGNCJDXODQBOB-UHFFFAOYSA-N Fivefly Luciferin Natural products OC(=O)C1CSC(C=2SC3=CC(O)=CC=C3N=2)=N1 BJGNCJDXODQBOB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010031186 Glycoside Hydrolases Proteins 0.000 description 1
- 102000005744 Glycoside Hydrolases Human genes 0.000 description 1
- QXZGBUJJYSLZLT-UHFFFAOYSA-N H-Arg-Pro-Pro-Gly-Phe-Ser-Pro-Phe-Arg-OH Natural products NC(N)=NCCCC(N)C(=O)N1CCCC1C(=O)N1C(C(=O)NCC(=O)NC(CC=2C=CC=CC=2)C(=O)NC(CO)C(=O)N2C(CCC2)C(=O)NC(CC=2C=CC=CC=2)C(=O)NC(CCCN=C(N)N)C(O)=O)CCC1 QXZGBUJJYSLZLT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108091005904 Hemoglobin subunit beta Proteins 0.000 description 1
- 102100029240 Homeobox protein Hox-B5 Human genes 0.000 description 1
- 101000775732 Homo sapiens Androgen receptor Proteins 0.000 description 1
- 101000840553 Homo sapiens Homeobox protein Hox-B5 Proteins 0.000 description 1
- 101000928259 Homo sapiens NADPH:adrenodoxin oxidoreductase, mitochondrial Proteins 0.000 description 1
- 108010001336 Horseradish Peroxidase Proteins 0.000 description 1
- 101150052857 Hoxb5 gene Proteins 0.000 description 1
- 102000004157 Hydrolases Human genes 0.000 description 1
- 108090000604 Hydrolases Proteins 0.000 description 1
- 208000026350 Inborn Genetic disease Diseases 0.000 description 1
- 102100024319 Intestinal-type alkaline phosphatase Human genes 0.000 description 1
- 101710184243 Intestinal-type alkaline phosphatase Proteins 0.000 description 1
- QNAYBMKLOCPYGJ-REOHCLBHSA-N L-alanine Chemical compound C[C@H](N)C(O)=O QNAYBMKLOCPYGJ-REOHCLBHSA-N 0.000 description 1
- AGPKZVBTJJNPAG-WHFBIAKZSA-N L-isoleucine Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(O)=O AGPKZVBTJJNPAG-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 1
- ROHFNLRQFUQHCH-YFKPBYRVSA-N L-leucine Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(O)=O ROHFNLRQFUQHCH-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 1
- FFEARJCKVFRZRR-BYPYZUCNSA-N L-methionine Chemical compound CSCC[C@H](N)C(O)=O FFEARJCKVFRZRR-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 1
- COLNVLDHVKWLRT-QMMMGPOBSA-N L-phenylalanine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 COLNVLDHVKWLRT-QMMMGPOBSA-N 0.000 description 1
- KZSNJWFQEVHDMF-BYPYZUCNSA-N L-valine Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(O)=O KZSNJWFQEVHDMF-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 1
- ROHFNLRQFUQHCH-UHFFFAOYSA-N Leucine Natural products CC(C)CC(N)C(O)=O ROHFNLRQFUQHCH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102000003960 Ligases Human genes 0.000 description 1
- 108090000364 Ligases Proteins 0.000 description 1
- DDWFXDSYGUXRAY-UHFFFAOYSA-N Luciferin Natural products CCc1c(C)c(CC2NC(=O)C(=C2C=C)C)[nH]c1Cc3[nH]c4C(=C5/NC(CC(=O)O)C(C)C5CC(=O)O)CC(=O)c4c3C DDWFXDSYGUXRAY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- FYYHWMGAXLPEAU-UHFFFAOYSA-N Magnesium Chemical compound [Mg] FYYHWMGAXLPEAU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 description 1
- 108091092878 Microsatellite Proteins 0.000 description 1
- 108020005196 Mitochondrial DNA Proteins 0.000 description 1
- 241000204031 Mycoplasma Species 0.000 description 1
- OVBPIULPVIDEAO-UHFFFAOYSA-N N-Pteroyl-L-glutaminsaeure Natural products C=1N=C2NC(N)=NC(=O)C2=NC=1CNC1=CC=C(C(=O)NC(CCC(O)=O)C(O)=O)C=C1 OVBPIULPVIDEAO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 108020004711 Nucleic Acid Probes Proteins 0.000 description 1
- 108090000854 Oxidoreductases Proteins 0.000 description 1
- 102000004316 Oxidoreductases Human genes 0.000 description 1
- RPDUDBYMNGAHEM-UHFFFAOYSA-N PROXYL Chemical compound CC1(C)CCC(C)(C)N1[O] RPDUDBYMNGAHEM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108700020962 Peroxidase Proteins 0.000 description 1
- 108700019535 Phosphoprotein Phosphatases Proteins 0.000 description 1
- OAICVXFJPJFONN-UHFFFAOYSA-N Phosphorus Chemical compound [P] OAICVXFJPJFONN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010021757 Polynucleotide 5'-Hydroxyl-Kinase Proteins 0.000 description 1
- 102000008422 Polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase Human genes 0.000 description 1
- KDCGOANMDULRCW-UHFFFAOYSA-N Purine Natural products N1=CNC2=NC=NC2=C1 KDCGOANMDULRCW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- CZPWVGJYEJSRLH-UHFFFAOYSA-N Pyrimidine Chemical compound C1=CN=CN=C1 CZPWVGJYEJSRLH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- BDJDTKYGKHEMFF-UHFFFAOYSA-M QSY7 succinimidyl ester Chemical compound [Cl-].C=1C=C2C(C=3C(=CC=CC=3)S(=O)(=O)N3CCC(CC3)C(=O)ON3C(CCC3=O)=O)=C3C=C\C(=[N+](\C)C=4C=CC=CC=4)C=C3OC2=CC=1N(C)C1=CC=CC=C1 BDJDTKYGKHEMFF-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 108010065868 RNA polymerase SP6 Proteins 0.000 description 1
- 108010092799 RNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- 238000010240 RT-PCR analysis Methods 0.000 description 1
- 241000606701 Rickettsia Species 0.000 description 1
- CGNLCCVKSWNSDG-UHFFFAOYSA-N SYBR Green I Chemical compound CN(C)CCCN(CCC)C1=CC(C=C2N(C3=CC=CC=C3S2)C)=C2C=CC=CC2=[N+]1C1=CC=CC=C1 CGNLCCVKSWNSDG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 240000004808 Saccharomyces cerevisiae Species 0.000 description 1
- 229910052772 Samarium Inorganic materials 0.000 description 1
- 241000239226 Scorpiones Species 0.000 description 1
- 108020004682 Single-Stranded DNA Proteins 0.000 description 1
- PJANXHGTPQOBST-VAWYXSNFSA-N Stilbene Natural products C=1C=CC=CC=1/C=C/C1=CC=CC=C1 PJANXHGTPQOBST-VAWYXSNFSA-N 0.000 description 1
- 108010090804 Streptavidin Proteins 0.000 description 1
- 208000037065 Subacute sclerosing leukoencephalitis Diseases 0.000 description 1
- 206010042297 Subacute sclerosing panencephalitis Diseases 0.000 description 1
- 101710137500 T7 RNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- FZWLAAWBMGSTSO-UHFFFAOYSA-N Thiazole Chemical compound C1=CSC=N1 FZWLAAWBMGSTSO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- KZSNJWFQEVHDMF-UHFFFAOYSA-N Valine Natural products CC(C)C(N)C(O)=O KZSNJWFQEVHDMF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000005411 Van der Waals force Methods 0.000 description 1
- 208000036142 Viral infection Diseases 0.000 description 1
- FPIPGXGPPPQFEQ-BOOMUCAASA-N Vitamin A Natural products OC/C=C(/C)\C=C\C=C(\C)/C=C/C1=C(C)CCCC1(C)C FPIPGXGPPPQFEQ-BOOMUCAASA-N 0.000 description 1
- 229930003316 Vitamin D Natural products 0.000 description 1
- QYSXJUFSXHHAJI-XFEUOLMDSA-N Vitamin D3 Natural products C1(/[C@@H]2CC[C@@H]([C@]2(CCC1)C)[C@H](C)CCCC(C)C)=C/C=C1\C[C@@H](O)CCC1=C QYSXJUFSXHHAJI-XFEUOLMDSA-N 0.000 description 1
- 229930003427 Vitamin E Natural products 0.000 description 1
- 101000832077 Xenopus laevis Dapper 1-A Proteins 0.000 description 1
- XYIPYISRNJUPBA-UHFFFAOYSA-N [3-(3'-methoxyspiro[adamantane-2,4'-dioxetane]-3'-yl)phenyl] dihydrogen phosphate Chemical compound O1OC2(C3CC4CC(C3)CC2C4)C1(OC)C1=CC=CC(OP(O)(O)=O)=C1 XYIPYISRNJUPBA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000000862 absorption spectrum Methods 0.000 description 1
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 1
- 238000005276 aerator Methods 0.000 description 1
- 235000004279 alanine Nutrition 0.000 description 1
- 125000003158 alcohol group Chemical group 0.000 description 1
- FPIPGXGPPPQFEQ-OVSJKPMPSA-N all-trans-retinol Chemical compound OC\C=C(/C)\C=C\C=C(/C)\C=C\C1=C(C)CCCC1(C)C FPIPGXGPPPQFEQ-OVSJKPMPSA-N 0.000 description 1
- 229940024606 amino acid Drugs 0.000 description 1
- 235000001014 amino acid Nutrition 0.000 description 1
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 description 1
- 230000000890 antigenic effect Effects 0.000 description 1
- 125000006615 aromatic heterocyclic group Chemical group 0.000 description 1
- 239000012131 assay buffer Substances 0.000 description 1
- QVGXLLKOCUKJST-UHFFFAOYSA-N atomic oxygen Chemical compound [O] QVGXLLKOCUKJST-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000037429 base substitution Effects 0.000 description 1
- 230000003796 beauty Effects 0.000 description 1
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 1
- 235000021028 berry Nutrition 0.000 description 1
- 208000014117 bile duct papillary neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 229910002056 binary alloy Inorganic materials 0.000 description 1
- 230000008033 biological extinction Effects 0.000 description 1
- 239000012620 biological material Substances 0.000 description 1
- 238000005415 bioluminescence Methods 0.000 description 1
- 230000029918 bioluminescence Effects 0.000 description 1
- 229920001222 biopolymer Polymers 0.000 description 1
- 210000001124 body fluid Anatomy 0.000 description 1
- 239000010839 body fluid Substances 0.000 description 1
- 238000009529 body temperature measurement Methods 0.000 description 1
- 238000007470 bone biopsy Methods 0.000 description 1
- 210000001185 bone marrow Anatomy 0.000 description 1
- QXZGBUJJYSLZLT-FDISYFBBSA-N bradykinin Chemical compound NC(=N)NCCC[C@H](N)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N1[C@H](C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC=2C=CC=CC=2)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N2[C@@H](CCC2)C(=O)N[C@@H](CC=2C=CC=CC=2)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O)CCC1 QXZGBUJJYSLZLT-FDISYFBBSA-N 0.000 description 1
- 210000004556 brain Anatomy 0.000 description 1
- 210000000481 breast Anatomy 0.000 description 1
- 244000309466 calf Species 0.000 description 1
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 description 1
- 150000001716 carbazoles Chemical class 0.000 description 1
- 125000002915 carbonyl group Chemical group [*:2]C([*:1])=O 0.000 description 1
- 210000000845 cartilage Anatomy 0.000 description 1
- 125000002091 cationic group Chemical group 0.000 description 1
- 239000008004 cell lysis buffer Substances 0.000 description 1
- 210000000170 cell membrane Anatomy 0.000 description 1
- 239000001913 cellulose Substances 0.000 description 1
- 229920002678 cellulose Polymers 0.000 description 1
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 1
- 210000001175 cerebrospinal fluid Anatomy 0.000 description 1
- HVYWMOMLDIMFJA-DPAQBDIFSA-N cholesterol group Chemical group [C@@H]1(CC[C@H]2[C@@H]3CC=C4C[C@@H](O)CC[C@]4(C)[C@H]3CC[C@]12C)[C@H](C)CCCC(C)C HVYWMOMLDIMFJA-DPAQBDIFSA-N 0.000 description 1
- 238000004587 chromatography analysis Methods 0.000 description 1
- 239000007979 citrate buffer Substances 0.000 description 1
- 238000004140 cleaning Methods 0.000 description 1
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 1
- 230000002860 competitive effect Effects 0.000 description 1
- 238000004590 computer program Methods 0.000 description 1
- 239000000470 constituent Substances 0.000 description 1
- 239000000356 contaminant Substances 0.000 description 1
- 230000001276 controlling effect Effects 0.000 description 1
- RMBGFUOEZINVEP-UHFFFAOYSA-N cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione;phenol Chemical compound OC1=CC=CC=C1.O=C1C=CC(=O)C=C1 RMBGFUOEZINVEP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000001295 dansyl group Chemical group [H]C1=C([H])C(N(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H])=C2C([H])=C([H])C([H])=C(C2=C1[H])S(*)(=O)=O 0.000 description 1
- 230000000593 degrading effect Effects 0.000 description 1
- 230000017858 demethylation Effects 0.000 description 1
- 238000010520 demethylation reaction Methods 0.000 description 1
- 238000004925 denaturation Methods 0.000 description 1
- 230000036425 denaturation Effects 0.000 description 1
- 238000003935 denaturing gradient gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 238000001212 derivatisation Methods 0.000 description 1
- 230000000368 destabilizing effect Effects 0.000 description 1
- 239000003599 detergent Substances 0.000 description 1
- 206010012601 diabetes mellitus Diseases 0.000 description 1
- 150000005690 diesters Chemical class 0.000 description 1
- OGQYPPBGSLZBEG-UHFFFAOYSA-N dimethyl(dioctadecyl)azanium Chemical compound CCCCCCCCCCCCCCCCCC[N+](C)(C)CCCCCCCCCCCCCCCCCC OGQYPPBGSLZBEG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 208000018459 dissociative disease Diseases 0.000 description 1
- 230000009977 dual effect Effects 0.000 description 1
- 230000005670 electromagnetic radiation Effects 0.000 description 1
- 238000000804 electron spin resonance spectroscopy Methods 0.000 description 1
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 239000000839 emulsion Substances 0.000 description 1
- 230000012202 endocytosis Effects 0.000 description 1
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 1
- 230000002708 enhancing effect Effects 0.000 description 1
- 230000007515 enzymatic degradation Effects 0.000 description 1
- 238000001976 enzyme digestion Methods 0.000 description 1
- YQGOJNYOYNNSMM-UHFFFAOYSA-N eosin Chemical compound [Na+].OC(=O)C1=CC=CC=C1C1=C2C=C(Br)C(=O)C(Br)=C2OC2=C(Br)C(O)=C(Br)C=C21 YQGOJNYOYNNSMM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940098008 erythrocin Drugs 0.000 description 1
- 230000001036 exonucleolytic effect Effects 0.000 description 1
- 230000002349 favourable effect Effects 0.000 description 1
- 238000001914 filtration Methods 0.000 description 1
- 238000007667 floating Methods 0.000 description 1
- MHMNJMPURVTYEJ-UHFFFAOYSA-N fluorescein-5-isothiocyanate Chemical compound O1C(=O)C2=CC(N=C=S)=CC=C2C21C1=CC=C(O)C=C1OC1=CC(O)=CC=C21 MHMNJMPURVTYEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000001506 fluorescence spectroscopy Methods 0.000 description 1
- 238000002189 fluorescence spectrum Methods 0.000 description 1
- 229960000304 folic acid Drugs 0.000 description 1
- 235000019152 folic acid Nutrition 0.000 description 1
- 239000011724 folic acid Substances 0.000 description 1
- 230000002538 fungal effect Effects 0.000 description 1
- WIGCFUFOHFEKBI-UHFFFAOYSA-N gamma-tocopherol Natural products CC(C)CCCC(C)CCCC(C)CCCC1CCC2C(C)C(O)C(C)C(C)C2O1 WIGCFUFOHFEKBI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000010363 gene targeting Methods 0.000 description 1
- 230000009395 genetic defect Effects 0.000 description 1
- 208000016361 genetic disease Diseases 0.000 description 1
- 230000007614 genetic variation Effects 0.000 description 1
- 230000005283 ground state Effects 0.000 description 1
- 229910001385 heavy metal Inorganic materials 0.000 description 1
- 102000046818 human AR Human genes 0.000 description 1
- 229960000890 hydrocortisone Drugs 0.000 description 1
- 230000007062 hydrolysis Effects 0.000 description 1
- 238000006460 hydrolysis reaction Methods 0.000 description 1
- 230000005661 hydrophobic surface Effects 0.000 description 1
- 230000003100 immobilizing effect Effects 0.000 description 1
- 230000008105 immune reaction Effects 0.000 description 1
- 238000003018 immunoassay Methods 0.000 description 1
- 238000007901 in situ hybridization Methods 0.000 description 1
- 230000001939 inductive effect Effects 0.000 description 1
- 230000009878 intermolecular interaction Effects 0.000 description 1
- 230000000968 intestinal effect Effects 0.000 description 1
- 230000009545 invasion Effects 0.000 description 1
- AGPKZVBTJJNPAG-UHFFFAOYSA-N isoleucine Natural products CCC(C)C(N)C(O)=O AGPKZVBTJJNPAG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960000310 isoleucine Drugs 0.000 description 1
- 238000011862 kidney biopsy Methods 0.000 description 1
- 238000011005 laboratory method Methods 0.000 description 1
- 238000007834 ligase chain reaction Methods 0.000 description 1
- 150000002634 lipophilic molecules Chemical class 0.000 description 1
- XJENLUNLXRJLEZ-UHFFFAOYSA-M lissamine rhodamine Chemical compound [Na+].C=12C=C(C)C(N(CC)CC)=CC2=[O+]C=2C=C(N(CC)CC)C(C)=CC=2C=1C1=CC=C(S([O-])(=O)=O)C=C1S([O-])(=O)=O XJENLUNLXRJLEZ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 238000012317 liver biopsy Methods 0.000 description 1
- 230000033001 locomotion Effects 0.000 description 1
- 230000007774 longterm Effects 0.000 description 1
- DLBFLQKQABVKGT-UHFFFAOYSA-L lucifer yellow dye Chemical compound [Li+].[Li+].[O-]S(=O)(=O)C1=CC(C(N(C(=O)NN)C2=O)=O)=C3C2=CC(S([O-])(=O)=O)=CC3=C1N DLBFLQKQABVKGT-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 238000004020 luminiscence type Methods 0.000 description 1
- HWYHZTIRURJOHG-UHFFFAOYSA-N luminol Chemical compound O=C1NNC(=O)C2=C1C(N)=CC=C2 HWYHZTIRURJOHG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 210000002751 lymph Anatomy 0.000 description 1
- 210000004698 lymphocyte Anatomy 0.000 description 1
- 229910052749 magnesium Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000000696 magnetic material Substances 0.000 description 1
- 210000004962 mammalian cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 1
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 1
- 208000030159 metabolic disease Diseases 0.000 description 1
- 239000002207 metabolite Substances 0.000 description 1
- 229930182817 methionine Natural products 0.000 description 1
- CEQFOVLGLXCDCX-WUKNDPDISA-N methyl red Chemical compound C1=CC(N(C)C)=CC=C1\N=N\C1=CC=CC=C1C(O)=O CEQFOVLGLXCDCX-WUKNDPDISA-N 0.000 description 1
- GDOPTJXRTPNYNR-UHFFFAOYSA-N methyl-cyclopentane Natural products CC1CCCC1 GDOPTJXRTPNYNR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000007855 methylation-specific PCR Methods 0.000 description 1
- 239000000693 micelle Substances 0.000 description 1
- 230000000813 microbial effect Effects 0.000 description 1
- 244000000010 microbial pathogen Species 0.000 description 1
- 239000011259 mixed solution Substances 0.000 description 1
- 239000003607 modifier Substances 0.000 description 1
- 238000001964 muscle biopsy Methods 0.000 description 1
- VMGAPWLDMVPYIA-HIDZBRGKSA-N n'-amino-n-iminomethanimidamide Chemical compound N\N=C\N=N VMGAPWLDMVPYIA-HIDZBRGKSA-N 0.000 description 1
- 229930014626 natural product Natural products 0.000 description 1
- 230000001613 neoplastic effect Effects 0.000 description 1
- 230000004770 neurodegeneration Effects 0.000 description 1
- 208000015122 neurodegenerative disease Diseases 0.000 description 1
- 230000007935 neutral effect Effects 0.000 description 1
- VOFUROIFQGPCGE-UHFFFAOYSA-N nile red Chemical compound C1=CC=C2C3=NC4=CC=C(N(CC)CC)C=C4OC3=CC(=O)C2=C1 VOFUROIFQGPCGE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000007899 nucleic acid hybridization Methods 0.000 description 1
- 239000002853 nucleic acid probe Substances 0.000 description 1
- 238000001821 nucleic acid purification Methods 0.000 description 1
- 239000002777 nucleoside Substances 0.000 description 1
- 125000003835 nucleoside group Chemical group 0.000 description 1
- 239000003960 organic solvent Substances 0.000 description 1
- 230000003204 osmotic effect Effects 0.000 description 1
- 238000010525 oxidative degradation reaction Methods 0.000 description 1
- 239000001301 oxygen Substances 0.000 description 1
- VYNDHICBIRRPFP-UHFFFAOYSA-N pacific blue Chemical compound FC1=C(O)C(F)=C2OC(=O)C(C(=O)O)=CC2=C1 VYNDHICBIRRPFP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000005298 paramagnetic effect Effects 0.000 description 1
- 230000036961 partial effect Effects 0.000 description 1
- 244000052769 pathogen Species 0.000 description 1
- 230000001717 pathogenic effect Effects 0.000 description 1
- 230000001575 pathological effect Effects 0.000 description 1
- 230000035515 penetration Effects 0.000 description 1
- 108040007629 peroxidase activity proteins Proteins 0.000 description 1
- COLNVLDHVKWLRT-UHFFFAOYSA-N phenylalanine Natural products OC(=O)C(N)CC1=CC=CC=C1 COLNVLDHVKWLRT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 150000008298 phosphoramidates Chemical class 0.000 description 1
- 230000000865 phosphorylative effect Effects 0.000 description 1
- 210000002381 plasma Anatomy 0.000 description 1
- 239000002798 polar solvent Substances 0.000 description 1
- 125000003367 polycyclic group Chemical group 0.000 description 1
- 229920000642 polymer Polymers 0.000 description 1
- 230000008092 positive effect Effects 0.000 description 1
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 1
- 230000004850 protein–protein interaction Effects 0.000 description 1
- 210000001938 protoplast Anatomy 0.000 description 1
- 208000020016 psychiatric disease Diseases 0.000 description 1
- 150000003212 purines Chemical class 0.000 description 1
- 238000003908 quality control method Methods 0.000 description 1
- 239000002096 quantum dot Substances 0.000 description 1
- 238000006862 quantum yield reaction Methods 0.000 description 1
- 150000003242 quaternary ammonium salts Chemical class 0.000 description 1
- 230000005855 radiation Effects 0.000 description 1
- 150000003254 radicals Chemical class 0.000 description 1
- 229910052761 rare earth metal Inorganic materials 0.000 description 1
- 150000002910 rare earth metals Chemical class 0.000 description 1
- 238000011897 real-time detection Methods 0.000 description 1
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 1
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 1
- BOLDJAUMGUJJKM-LSDHHAIUSA-N renifolin D Natural products CC(=C)[C@@H]1Cc2c(O)c(O)ccc2[C@H]1CC(=O)c3ccc(O)cc3O BOLDJAUMGUJJKM-LSDHHAIUSA-N 0.000 description 1
- 125000006853 reporter group Chemical group 0.000 description 1
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 description 1
- 210000001995 reticulocyte Anatomy 0.000 description 1
- 238000003757 reverse transcription PCR Methods 0.000 description 1
- 238000012552 review Methods 0.000 description 1
- MYFATKRONKHHQL-UHFFFAOYSA-N rhodamine 123 Chemical compound [Cl-].COC(=O)C1=CC=CC=C1C1=C2C=CC(=[NH2+])C=C2OC2=CC(N)=CC=C21 MYFATKRONKHHQL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- XLXOKMFKGASILN-UHFFFAOYSA-N rhodamine red-X Chemical compound C=12C=CC(=[N+](CC)CC)C=C2OC2=CC(N(CC)CC)=CC=C2C=1C1=CC=C(S(=O)(=O)NCCCCCC(O)=O)C=C1S([O-])(=O)=O XLXOKMFKGASILN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000010979 ruby Substances 0.000 description 1
- 229910001750 ruby Inorganic materials 0.000 description 1
- 235000019515 salmon Nutrition 0.000 description 1
- KZUNJOHGWZRPMI-UHFFFAOYSA-N samarium atom Chemical compound [Sm] KZUNJOHGWZRPMI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 1
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 1
- 230000035939 shock Effects 0.000 description 1
- 208000007056 sickle cell anemia Diseases 0.000 description 1
- 239000000377 silicon dioxide Substances 0.000 description 1
- 238000007390 skin biopsy Methods 0.000 description 1
- 108010062513 snake venom phosphodiesterase I Proteins 0.000 description 1
- 239000000344 soap Substances 0.000 description 1
- 229910000033 sodium borohydride Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000012279 sodium borohydride Substances 0.000 description 1
- XMWGSPLTTNCSMB-UHFFFAOYSA-M sodium;2-hydroxypropane-1,2,3-tricarboxylic acid;chloride Chemical compound [Na+].[Cl-].OC(=O)CC(O)(C(O)=O)CC(O)=O XMWGSPLTTNCSMB-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 239000011343 solid material Substances 0.000 description 1
- 108010068698 spleen exonuclease Proteins 0.000 description 1
- 238000012289 standard assay Methods 0.000 description 1
- 230000003335 steric effect Effects 0.000 description 1
- 239000003270 steroid hormone Substances 0.000 description 1
- PJANXHGTPQOBST-UHFFFAOYSA-N stilbene Chemical compound C=1C=CC=CC=1C=CC1=CC=CC=C1 PJANXHGTPQOBST-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 150000008163 sugars Chemical class 0.000 description 1
- 238000004416 surface enhanced Raman spectroscopy Methods 0.000 description 1
- 230000002381 testicular Effects 0.000 description 1
- 210000001550 testis Anatomy 0.000 description 1
- 125000003831 tetrazolyl group Chemical group 0.000 description 1
- 238000009210 therapy by ultrasound Methods 0.000 description 1
- 210000001541 thymus gland Anatomy 0.000 description 1
- 229940034208 thyroxine Drugs 0.000 description 1
- XUIIKFGFIJCVMT-UHFFFAOYSA-N thyroxine-binding globulin Natural products IC1=CC(CC([NH3+])C([O-])=O)=CC(I)=C1OC1=CC(I)=C(O)C(I)=C1 XUIIKFGFIJCVMT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 1
- YNDXUCZADRHECN-JNQJZLCISA-N triamcinolone acetonide Chemical compound C1CC2=CC(=O)C=C[C@]2(C)[C@]2(F)[C@@H]1[C@@H]1C[C@H]3OC(C)(C)O[C@@]3(C(=O)CO)[C@@]1(C)C[C@@H]2O YNDXUCZADRHECN-JNQJZLCISA-N 0.000 description 1
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 description 1
- VBEQCZHXXJYVRD-GACYYNSASA-N uroanthelone Chemical compound C([C@@H](C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC=1C2=CC=CC=C2NC=1)C(=O)N[C@@H](CC=1C2=CC=CC=C2NC=1)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O)C(C)C)[C@@H](C)O)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CCC(O)=O)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H](CC=1NC=NC=1)NC(=O)[C@H](CCSC)NC(=O)[C@H](CS)NC(=O)[C@@H](NC(=O)CNC(=O)CNC(=O)[C@H](CC(N)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](CS)NC(=O)[C@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)NC(=O)CNC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)[C@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H]1N(CCC1)C(=O)[C@H](CS)NC(=O)CNC(=O)[C@H]1N(CCC1)C(=O)[C@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@@H](N)CC(N)=O)C(C)C)[C@@H](C)CC)C1=CC=C(O)C=C1 VBEQCZHXXJYVRD-GACYYNSASA-N 0.000 description 1
- 239000004474 valine Substances 0.000 description 1
- 230000009385 viral infection Effects 0.000 description 1
- 235000019155 vitamin A Nutrition 0.000 description 1
- 239000011719 vitamin A Substances 0.000 description 1
- 235000019166 vitamin D Nutrition 0.000 description 1
- 239000011710 vitamin D Substances 0.000 description 1
- 150000003710 vitamin D derivatives Chemical class 0.000 description 1
- 235000019165 vitamin E Nutrition 0.000 description 1
- 229940046009 vitamin E Drugs 0.000 description 1
- 239000011709 vitamin E Substances 0.000 description 1
- 229940045997 vitamin a Drugs 0.000 description 1
- 229940046008 vitamin d Drugs 0.000 description 1
- 239000003643 water by type Substances 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
Description
本発明は、存在、発現、メチル化及び/又は突然変異、特に単一の点突然変異、等の核酸配列の状態、並びに正しい標的と他の標的との間の差異がわずか1ヌクレオチドほどしか異ならない場合のある他の配列を検出する分野に関する。本発明は、シグナリングペア(例えばフルオロフォア及びクエンチャー)及び少なくとも1個の疎水性ヌクレオチドを含んだオリゴヌクレオチド及びオリゴヌクレオチドアナログに関する。本発明はまた、オリゴヌクレオチドアナログ及び容易に入手可能な器具を用いることにより配列の相違の検出と条件の最適化とを行う新たな方法に関する。特に本発明は、シグナリングペア及び少なくとも1個の疎水性ヌクレオチド、例えばインターカレーター(intercalator)を含んだヌクレオチドアナログ、を有するオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドアナログを用いて、特異的に標的核酸の量を検出すること又は1ヌクレオチドほどしか異ならない場合のある他の配列に対して1個の配列を検出することに関する。
、Myanard)はポリメラーゼによる5’から3’へのエキソヌクレアーゼ活性による消化と3’伸長活性とに影響されない状態にされている。前記プローブが結合しなかった場合の、該プローブの一方の末端に位置するフルオロフォアの、該プローブの他方の末端に位置する前記クエンチャーによる消光は、ランダムらせんコイル形成(random helix coil formation)によって制御される。Maynardは前記レポーター分子及びクエンチャー分子は最適なS/N比を達成するため好ましくは18又は20塩基によって隔てられるとしている。前記文献及びその従来技術においては、この比は前記プローブの長さに大きく依存すると述べられている。ヌクレアーゼ消化に対する耐性はこれらステムレスビーコンの内在的な部分であり、そのため前記プローブはTaqMan(登録商標)アッセイのようなヌクレアーゼ依存のアッセイに用いることは出来ない。
核酸の標的配列を検出し、定量し、そして同定し得ることは長い間科学者にとって関心の対象であった。この目的に対しては「分子ビーコン」(「ヘアピンプローブ」)及び「TaqMan」のようないくつかの手法が開発されたが、現在利用可能な全ての手段及び手法はいくつかの制限及び欠点を有している。該分子ビーコンはヘアピン形プローブであり、リアルタイムPCRのアニーリング温度において、アンプリコンの再アニーリングだけでなく該プローブの分子内アニーリングにも競合する必要がある。従ってプローブの最適化、ストリンジェントな条件、及びプローブの設計が必要である。また一方、分子内ステム形成とは異なり、前記TaqManプローブは未結合プローブの蛍光の消光をランダムコイルらせん構造に依存しており、また前記フルオロフォアを「活性化」するためにポリメラーゼのヌクレアーゼ活性にも依存している。
驚くべき事に、本発明は、オリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドアナログに共有結合的に挿入された疎水性分子が未結合オリゴヌクレオチドの折りたたみを促進し、同時に該疎水性分子が標的配列とのハイブリダイゼーションをそれが存在していたときに妨げないということを開示する。本発明で示される該プローブは、疎水性分子が他の疎水性分子との相互作用によりその疎水性表面の水溶液への曝露を遮蔽又は低下させる傾向と、オリゴヌクレオチドアナログの各半分に一つの部分ずつ配置された2つの部分のシグナリングペア間の相互作用の向上とを初めて組み合わせである(図1参照)。
X−Y−Q
[式中、
Xは核酸若しくは核酸アナログ、又は核酸若しくは核酸アナログの主鎖に組み込まれ得る主鎖モノマー単位であり、
Qは本発明の疎水性分子であって特異的水素結合ともシグナリングペアの部分とも関与せず;そして
Yは前記ヌクレオチド若しくはヌクレオチドアナログ又は主鎖モノマー単位と前記疎水性分子とを連結するリンカー部分である]
を示す疎水性ヌクレオチドを含んだオリゴヌクレオチドアナログを提供することは本発明の目的であり、ここで、前記オリゴヌクレオチドアナログのS/N比は、前記オリゴヌクレオチドアナログが標的核酸とハイブリダイズしていない(unhybridised)状態から標的核酸とハイブリダイズしている状態になる場合、また逆の場合においても、前記疎水性分子を含まず前記オリゴヌクレオチドアナログと同一のヌクレオチド配列からなる対応するオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドアナログと前記標的核酸との間のハイブリッド(対応するハイブリッド)のS/N比と比較して著しく改善されている。
ここで、前記疎水性ヌクレオチドが一般構造
X−Y−Q
[式中、
Xはヌクレオチド若しくはヌクレオチドアナログ、又は核酸若しくは核酸アナログの主鎖に組み込まれ得る主鎖モノマー単位であり、
Qはワトソン・クリック水素結合には関与しない疎水性分子であり;そして
Yは前記ヌクレオチド若しくはヌクレオチドアナログ又は主鎖モノマー単位と前記疎水性分子とを連結するリンカー部分である]
を有し;そして
nは少なくとも4の整数であり;そして、
少なくとも1個の疎水性ヌクレオチドが一方の末端から最大で9ヌクレオチド及び/又はヌクレオチドアナログの位置に有り;そして、
前記シグナリングペアが2つの部分で構成されるシステムからなっており、ここで一方の部分が5’末端から6ヌクレオチド及び/又はヌクレオチドアナログ以内の位置に有り、他方の部分が3’末端から6ヌクレオチド又はヌクレオチドアナログ以内の位置に有り;
前記シグナリングペアの前記部分が前記疎水性ヌクレオチドと同一ではなく、
前記シグナリングペアの1個の部分が突出末端として5’末端に位置している場合、5’末端の最初のヌクレオチド又はヌクレオチドアナログは疎水性ヌクレオチドではなく、前記シグナリングペアの1個の部分が突出末端として3’末端に位置している場合、3’末端の最初のヌクレオチド又はヌクレオチドアナログは疎水性ヌクレオチドではない
オリゴヌクレオチドアナログを提供することは、本発明の目的である。
1)標的配列を含み得る核酸の混合物を提供し;そして
2)本発明のオリゴヌクレオチドアナログを提供し;そして
3)前記核酸及び前記オリゴヌクレオチドアナログをハイブリダイゼーション可能な条件下でインキュベートし;そして
4)ハイブリダイゼーションを検出する
工程を含む、本発明のオリゴヌクレオチドアナログと核酸混合物中の標的配列との間のハイブリダイゼーションを検出する方法を提供することは本発明の目的である。
a)標的配列及び/又は変異配列を検出、同定及び/又は定量するために用いるのに望ましい核酸の混合物を提供し;そして
b)増幅酵素を含んだ増幅緩衝液、1組のプライマー、及び本発明のオリゴヌクレオチドアナログを提供し、ここで前記プライマー及び前記オリゴヌクレオチドアナログが前記標的配列及び/又は変異配列とハイブリダイズすることが出来、前記増幅酵素が鋳型を標的とした様式でプライマーを伸長することが出来、前記増幅緩衝液が増幅酵素にとってこのような伸長を行うのに必要なもの(プライマー及び鋳型以外)を含んでおり;そして
c)前記プライマーがハイブリダイゼーション可能な条件下で前記プライマー及びオリゴヌクレオチドアナログを核酸の前記混合物とともにインキュベートし;そして
d)ハイブリダイズした配列をヌクレオチド、ヌクレオチドアナログ、オリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドアナログとともに前記増幅酵素による前記プライマーの3’末端の鋳型伸長(templating extension)に使用し;そして
e)前記核酸、伸長産物及びオリゴヌクレオチドアナログをハイブリダイゼーション可能な条件下でインキュベートし;そして
f)ハイブリダイゼーションを検出し;そして
任意に工程c)からf)までを反復する。
5)前記混合物を変性し、設定温度まで急速に冷却する(親和温度(affinity temperature)よりも高い温度から開始);そして、
6)前記シグナリングペアからのシグナルを測定し;そして、
7)工程1)から3)を反復し、温度が前記親和温度よりも低くなるまで工程1)における温度を次第に下げてゆくことによりシグナリングペアを含む前記核酸アナログの親和性を決定する。
a)連続したn個のヌクレオチド及び/又はヌクレオチドアナログの配列並びに少なくとも1個の疎水性ヌクレオチドを含み、該オリゴヌクレオチドアナログが共有結合的に2つの部分で構成されるシステムからなるシグナリングペアに連結しており、
ここで、前記疎水性ヌクレオチドが一般構造
X−Y−Q
[ここで、
Xはヌクレオチド若しくはヌクレオチドアナログ、又は核酸若しくは核酸アナログの主鎖に組み込まれ得る主鎖モノマー単位であり、
Qは特定のワトソン・クリック水素結合には関与しない疎水性分子であり;そして、
Yは前記ヌクレオチド若しくはヌクレオチドアナログ又は主鎖モノマー単位と前記疎水性分子とを連結するリンカー部分である]
を有しており;そして、
nは少なくとも6の整数であり;そして、
前記ヌクレオチドアナログが標的配列にハイブリダイズしていない場合の方が、前記ヌクレオチドアナログが標的配列にハイブリダイズしている場合よりも、前記シグナリングペアの前記の2つの部分が互いに近接している
オリゴヌクレオチドアナログを提供し;そして、
b)前記オリゴヌクレオチドアナログの標的配列を潜在的に含んだ核酸の混合物を提供し;そして、
c)前記核酸及び前記オリゴヌクレオチドアナログをハイブリダイゼーション可能な条件下でインキュベートし;そして、
d)前記シグナリングペアの前記部分同士が近接しているかどうかを決定することによりハイブリダイゼーションを決定し;
e)それによってハイブリダイゼーションを決定する
工程を含む、ハイブリダイゼーションを決定するための方法を提供することも本発明の目的である。
1)標的配列及び/又は変異配列を検出、同定及び/又は定量するために用いるのに望ましい核酸の混合物を提供し;そして、
2)1組のプライマー、増幅酵素を含んだ増幅緩衝液、及びオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドアナログを提供し、ここで前記オリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドアナログがヌクレアーゼ抵抗性であり、及び/又は前記増幅酵素がヌクレアーゼ活性を何も含まず;そして、
3)ハイブリダイゼーション可能な条件下で前記プライマー及びオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドアナログを核酸の前記混合物とともにインキュベートし;そして、
4)ハイブリダイゼーションを検出し;そして、
5)所望の伸長温度に達するまで一定の間隔でシグナル強度を測定しながら徐々に温度を上昇させ;そして、
6)前記伸長反応を終了させ、形成されたアンプリコンを変性し、工程c)からf)を所望の増幅が生ずるまで反復する
工程を含む、増幅反応における検出、同定又は定量、及び最適読み取り温度範囲の迅速な決定のための普遍的な方法を提供することも本発明の目的である。
1)任意に前記標的配列を含んだ核酸配列の混合物を提供し;そして、
2)1組のプライマー、増幅酵素を含んだ増幅緩衝液、及びオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドアナログを提供し、ここで前記プライマー及び前記オリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドアナログは前記標的配列又はそれに相補的な配列とハイブリダイズすることが出来、前記増幅酵素がヌクレアーゼ活性を有する場合、前記オリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドアナログはヌクレアーゼ抵抗性であり;そして、
3)ハイブリダイゼーション可能な条件下で前記プライマー及びオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドアナログを核酸の前記混合物をともにインキュベートし;そして、
4)ハイブリダイゼーションを検出し;そして、
5)所望の伸長温度に達するまで一定の間隔でハイブリダイゼーションを検出しながら徐々に温度を上昇させ;そして、
6)前記伸長反応を終了させ、形成されたアンプリコンを変性し、工程3)から6)を所望の増幅が生ずるまで反復する
工程を含む、標的配列の増幅のための方法を提供することも本発明の目的である。
核酸
「核酸」という語は天然の核酸、DNA及びRNAを包含し、メチル化DNA、付加物を有するDNA及びタンパク質に共有結合的に結合したRNA等の、しかしこれらに限定される物ではないDNA及びRNAの天然の誘導体を含む。「核酸アナログ」という語は天然の核酸、DNA及びRNAの合成誘導体及びアナログを包含する。合成アナログは1又は複数個のヌクレオチドアナログを含む。
標的核酸又は標的核酸アナログとは、1又は複数種のオリゴヌクレオチド及び/又はオリゴヌクレオチドアナログ、例えばプライマー又はプローブのハイブリダイゼーションのための1又は複数個のサイト/配列を含んだ核酸又は核酸アナログを表す。標的配列はRNA、ゲノムDNA、プラスミドDNA、cDNA、ミトコンドリアDNA、亜硫酸水素塩処理DNAを含むがこれらに限定されない任意の核酸又は核酸アナログ中に見いだされ得、例えばコーディング配列若しくはその調節配列等の野生型若しくは突然変異遺伝子配列;又は例えばPCRで増幅されたもの等の増幅された核酸配列、;又は例えばDNAの亜硫酸水素塩処理のようにDNAの化学的組成を変え得る試薬で処理した修飾DNAを含み得る。標的配列はどのような長さでもよい。記載のサイトは連続した配列であってもそうでなくともよい。例えば前記サイトは任意の数のヌクレオチド及び/又はヌクレオチドアナログによって隔てられた複数の連続部分配列からなっていてもよい。しかし、好ましくは該標的配列は連続的である。優先的には、前記オリゴヌクレオチド及び/又はオリゴヌクレオチドアナログによるその特定の標的核酸又は標的核酸アナログ上の全ての部分配列からなる記載のサイトの全長は典型的には100ヌクレオチド及び/又はヌクレオチドアナログ未満である。
本発明の「変異配列」という語は、特定の標的配列から少なくとも1、例えば1、例えば2、例えば3、例えば4、例えば5、例えば6、例えば7、例えば8、例えば9、例えば10、例えば10ないし20、例えば20ないし50、例えば50超などの核酸塩基の差で異なった配列を包含する。例えば本発明の変異配列は1又は複数個の突然変異を含んでいてもよい。
本発明において、「多型サイト」という語は、核酸における目的の特定部位を包含するものである。多型サイトは例えばヌクレオチドの性質が研究者にとって重要である一塩基多型(SNP)等の公知の多型の特定部位であり得る。それは他の理由により研究者にとって重要である核酸中の特定部位でもあり得る。従って、前記多型サイトは利用者が複数のあり得る標的間を識別しようとする際に本発明のステムレスビーコンを用いてその情報を得る部位である。多型サイトはヌクレオチド、ヌクレオチドアナログ、核酸又は核酸アナログ中の目的のどのようなサイトであってもよい。
本発明は、特異的標的配列を含む核酸又は核酸アナログを検出する方法並びに特異的標的配列を含む核酸又は核酸アナログと変異配列を含む核酸とを識別する方法を提供する。前記標的配列は、核酸及び/又は核酸アナログを含む任意の有用な混合物中で検出することができる。
核酸、核酸アナログ、オリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドアナログは、それらがハイブリダイズすることができるとき、それらは相同相補的(homologous complementary)であると言われる。相同相補的な核酸、核酸アナログ、又はオリゴヌクレオチドアナログは、低いストリンジェンシー条件下でハイブリダイズできることが好ましく、相同相補的な核酸、核酸アナログ、オリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドアナログは、中程度のストリンジェンシー条件下でハイブリダイズできることがより好ましく、相同相補的な核酸、核酸アナログ、オリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドアナログは、高いストリンジェンシー条件下でハイブリダイズできることがより好ましい。
核酸及び/又は核酸アナログ及び/又はオリゴヌクレオチド及び/又はオリゴヌクレオチドアナログのハイブリダイゼーションの特異性とは、前記のハイブリダイゼーション事象が、相同相補的ハイブリダイゼーション相手同士を、それらの配列の相違によって所与のストリンジェンシー条件下で区別する能力を意味する。しばしば、核酸及び/又は核酸アナログ及び/又はオリゴヌクレオチド及び/又はオリゴヌクレオチドアナログの混合物中でただ一つの特定の配列(標的配列)を標的とし、他の配列とのハイブリダイゼーションは、たとえそれらが前記標的配列に強い類似性を有していても回避することが意図である。時には、ハイブリダイゼーションのために使用される配列領域中の標的及び非標的配列の間でただ1つ又は僅かのヌクレオチドが相違しているだけである。
クロスハイブリダイゼーションという用語は、少なくとも2つの核酸及び/又は核酸アナログの間の期待されないハイブリダイゼーションを包含し、即ち、クロスハイブリダイゼーションは分子間ハイブリダイゼーションを意味することもある。したがって、クロスハイブリダイゼーションという用語は、例えば、核酸プローブ又は核酸アナログプローブ配列のその意図した標的配列以外の他の核酸配列及び/又は核酸アナログ配列へのハイブリダイゼーションを記述するために使用することができる。
自己ハイブリダイゼーションという用語は、核酸又は核酸アナログ分子が、自分自身に折り返されて例えばヘアピン構造のような二次構造を生ずることにより自身にアニールする過程を包含し、即ち、自己ハイブリダイゼーションは分子内ハイブリダイゼーションと定義することもできる。大抵の応用において、自己ハイブリダイゼーションを回避することは重要である。前記の二次構造の生成は、所望の核酸標的配列とのハイブリダイゼーションを阻害し得る。このことは、大部分のアッセイにおいて、例えば、核酸若しくは核酸アナログがPCR反応におけるプライマーとして、又はエキソヌクレアーゼアッセイのためのフルオロフォア/クエンチャー標識プローブとして使用されるとき、望ましくない。両方のアッセイにおいて、自己ハイブリダイゼーションは、標的核酸に対するハイブリダイゼーションを阻害する可能性があり、その結果エキソヌクレアーゼアッセイにおけるシグナル発生の程度が低下する。
核酸及び核酸アナログの融解は、二本鎖核酸分子の2本の鎖の熱分離に起因する。融解温度(Tm)は、50%ずつのらせん形(ハイブリダイズしている)とコイル形(ハイブリダイズしていない)とが存在する摂氏の温度を表す。
b)1組のプライマー並びに本明細書に記載した少なくとも一つの疎水性分子とシグナリングペアとを含むオリゴヌクレオチドアナログを提供するステップであって、ここで前記プライマー及び前記オリゴヌクレオチドアナログは前記標的配列及び/又は変異配列とハイブリダイズし得るステップ;及び
c)前記プライマー及びオリゴヌクレオチドアナログと核酸及び/又は核酸アナログの混合物とを、前記プライマーの前記核酸及び/又は核酸アナログに対するハイブリダイゼーションを可能にする条件下でインキュベートするステップ;及び
d)前記のハイブリダイズした標的配列を、ヌクレオチド若しくはヌクレオチドアナログ又はオリゴヌクレオチド若しくはオリゴヌクレオチドアナログとともに前記プライマーの3’末端の鋳型伸長に使用するステップ;及び
e)ステップc)からd)までを、満足な増幅に達するまで繰り返すステップ;及び
f)混合物を変性して前記プローブのその標的配列及び/又は変異配列に対するハイブリダイゼーションを可能にする温度に速やかに冷却するステップ;及び
g)シグナリングペアからのシグナルを測定しながら、その標的配列からオリゴヌクレオチドアナログの融解する温度が測定されるまで温度を上昇させるステップ;
を含む、本発明によるシグナリングペアと少なくとも一つの疎水性分子とを含むオリゴヌクレオチドアナログの融解温度を測定する方法を提供することは、本発明のより一層好ましい態様である。
核酸の親和性は、2本の一本鎖からの二本鎖核酸分子の熱的形成に関連する。
b)1組のプライマー並びに本明細書に記載した少なくとも一つの疎水性分子とシグナリングペアとを含むオリゴヌクレオチドアナログを供給するステップであって、前記プライマー及び前記オリゴヌクレオチドアナログは前記の標的配列及び/又は変異配列とハイブリダイズできるセットを供給するステップ;及び
c)前記プライマー及びオリゴヌクレオチドアナログと核酸及び/又は核酸アナログの混合物とを、前記プライマーの前記核酸及び/又は核酸アナログに対するハイブリダイゼーションを可能にする条件下でインキュベートするステップ;及び
d)前記のハイブリダイズした標的配列を、ヌクレオチド若しくはヌクレオチドアナログ又はオリゴヌクレオチド若しくはオリゴヌクレオチドアナログとともに前記プライマーの3’末端の鋳型伸長に使用するステップ;及び
e)ステップc)からd)までを、満足な増幅に達するまで繰り返すステップ;及び
f)混合物を変性して、親和温度より上で開始するセット温度に速やかに冷却するステップ;及び
g)前記オリゴヌクレオチドアナログがハイブリダイズして直ぐに且つアンプリコンがリアニールする前にシグナリングペアからのシグナルを測定するステップ;及び
h)ステップf)における温度を徐々に低下させながら、温度が親和温度より下の温度に低下するまで、ステップf)からg)までを繰り返すことにより、少なくとも一つの疎水性分子及びシグナリングペアを含む前記核酸アナログの親和性を測定するステップ
を含む、本発明によるシグナリングペアと少なくとも一つの疎水性分子とを含むオリゴヌクレオチドアナログの親和性を測定する方法を提供することは、本発明の最も好ましい態様である。
ヌクレアーゼ耐性という用語により、オリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオチドアナログ、核酸又は核酸アナログの、ヌクレアーゼによる分解に対する耐性が意味される。ヌクレアーゼは、ヌクレオチドの鎖をより小さい単位に分解することにより核酸の加水分解を触媒する酵素に対する総称であって、エンドヌクレアーゼ(内部の結合で核酸を分解し、それにより種々のサイズの断片を生ずるヌクレアーゼ)及びエキソヌクレアーゼ(核酸の1端で開始して一時に1個のヌクレオチドを(順次)遊離させるヌクレアーゼ)の両者を包含する。
a)オリゴヌクレオチドアナログをゲル精製して、高速液体クロマトグラフで精製された32P−ATPで5’末端標識する。
b)次にオリゴヌクレオチドをヘビ毒ホスホジエステラーゼとインキュベートする。
c)試料を異なる時点で採取して直ちに反応を停止させる。
d)次にオリゴヌクレオチド代謝物を20%変性ポリアクリルアミドゲル上で分離した後、Phosphor Imager分析により定量する。
a)標的配列及び/若しくは変異配列を含む核酸又は核酸アナログの混合物を供給するステップ;及び
b)シグナリングペアを含み、前記の標的配列及び/若しくは変異配列とハイブリダイズし得る、ヌクレアーゼ耐性オリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドアナログを供給するステップ;及び
c)混合物を変性して、設定温度(親和温度より上で開始する)に急速に冷却するステップ;及び
d)シグナリングペアからのシグナルを測定するステップ;及び
e)ステップc)からe)までを繰り返し、ステップc)の温度を親和温度より下に下がるまで、徐々に下げることにより、シグナリングペアを含む前記核酸アナログの親和性を測定するステップ;及び
f)例えば前記核酸の増幅反応中の、標的核酸の見出されたアニーリング温度より低く及び/又は変異配列の見出された温度より高い、今後の測定のための温度を推定するステップ
を含む方法を提供することも、本発明の好ましい態様である。
a)標的配列及び/又は変異配列を含む核酸又は核酸アナログの混合物を供給するステップ;及び
b)1組のプライマー及びシグナリングペアを含むヌクレアーゼ耐性オリゴヌクレオチドアナログ(プローブ)を提供するステップであって、ここで前記プライマー及び前記オリゴヌクレオチドアナログは前記の標的配列及び/又は変異配列とハイブリダイズできるステップ;及び
c)前記プライマー及びプローブと核酸及び/又は核酸アナログの前記混合物とを、前記プライマーの前記核酸及び/又は核酸アナログに対するハイブリダイゼーションを可能にする条件下でインキュベートするステップ;及び
d)前記のハイブリダイズした標的配列を、ヌクレオチド若しくはヌクレオチドアナログ又はオリゴヌクレオチド若しくはオリゴヌクレオチドアナログとともに前記プライマーの3’末端の鋳型伸長に使用するステップ;及び
e)前記プローブをその標的配列にハイブリダイズさせて、シグナル強度を測定するステップ(例えば、プライマーをハイブリダイズさせたのと同じ温度で);及び
f)所望の伸長温度に達するまである一定間隔でシグナル強度を測定しながら徐々に温度を上昇させるステップ;及び
g)伸長反応を終了して形成されたアンプリコンを変性し、ステップc)からg)までを所望の増幅が起こるまで繰り返すステップ;及び
h)プローブの融解温度を測定するステップ
を含む方法を提供することも、本発明の好ましい態様である。
本発明は、一般的構造
X−Y−Q
(式中、Qは疎水性分子)
のヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドアナログに関する。
P=[有機中]/[水中]
である。
P=Kow=[オクタノール相中の濃度]/[水相中の濃度]
Kowの値は単位がなく、通常、溶質自身が分布に影響しないように、低溶質濃度で室温で測定される。
問題の化学物質を、容積比がKowの期待値にしたがって調節されたオクタノールと水の混合物に加える。
1.系中の溶質の濃度は、どの単独相中でも0.01mol/L未満であるべきである。
2.非常に純度の高いオクタノール及び水を使用しなければならない。
3.系は、通常分液ロート又は同様な器具中で、平衡に達するまで(0.5時間ないし3日間)穏やかに振り混ぜる。次に系を遠心して2相を分離し、乳濁があればこわす。
4.次に、2相を適当な技法で分析して、溶質濃度を分析する。可能であれば、両相を分析して物質収支をとる。
ΔGtransfer=−RTlnP
0を超えるlnPの値は、化合物が水相中よりも有機相中により濃縮されていることを示す。
本発明に記載の用語インターカレーターは、核酸の核酸塩基と共スタックし得る、少なくとも一つの本質的に平らな共役系を含む任意の分子部分を包含する。本発明のインターカレーターは、核酸又は核酸類似物の核酸塩基と共スタックし得る、少なくとも一つの本質的に平らな共役系からなることが好ましい。
特定の1態様において、疎水性分子は、マイナールグルーブ(副溝)バインダーであってよいが、本発明の他の態様においては、疎水性分子は、マイナールグルーブ(副溝)バインダーではないことが好ましい。マイナールグルーブ(副溝)バインダーは疎水性で、本明細書中で先に示したlogP値を有することが好ましい。
本発明のヌクレオチド又はヌクレオチドアナログの主鎖モノマー単位は、核酸又は核酸アナログの主鎖中への組込みに含まれるヌクレオチドの部分である。主鎖モノマー単位(X)は、疎水性分子に共有結合で結合したリンカ−(Y)に共有結合で結合していることが好ましい。任意の適当な主鎖モノマー単位を、疎水性ヌクレオチドを本発明のオリゴヌクレオチドアナログ中に組み込むために利用することができる。前記主鎖モノマー単位と前記疎水性分子とを結合する任意の種類のリンカ−も利用することができる。それに加えて、主鎖モノマー単位は、前記主鎖モノマー単位を含むオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドアナログの合成中又は合成後に、任意の方法で除去し又は変化させることができる、1つ又は2つ以上の離脱基、保護基及び/又は反応性基を含んでいてよい。
本発明の疎水性ヌクレオチドのリンカ−は、疎水性分子と前記疎水性ヌクレオチドの主鎖モノマーとを、好ましくは、前記疎水性分子と主鎖モノマー単位とを共有結合で結合して接続する部分である。リンカ−は、1つ又は2つ以上の原子又は原子間の結合を含むことができる。
本明細書の文中で、用語「標識」は、例えば、それ自身により又は一連の検出の一部としてのいずれかで検出される基を意味する。レポーター基の機能部の例は、ビオチン、ジゴキシゲニン、蛍光性基(電磁放射線、例えば、ある波長の光又はX線を吸収することができ、その結果吸収されたエネルギーをより長い波長の放射線として再放出する基;例示となる例は、ダンシル(5−ジメチルアミノ)−1−ナフタレンスルホニル)、DOXYL(N−オキシル−4,4−ジメチルオキサゾリジン)、PROXYL(N−オキシ−2,2,5,5−テトラメチルピロリジン)、TEMPO(N−オキシル−2,2,6,6−テトラ−メチルピペリジン)、ジニトロフェニル、アクリジン、クマリン、Cy3及びCy5(Biological Detection Systems,Inc.の商標)、エリトロシン、クマル酸、ウンベリフェロン、テキサスレッド、ローダミン、テトラメチルローダミン、Rox、7−ニトロベンゾ−2−オキサ−1−ジアゾール(NBD)、ピレン、フルオレセイン、「量子ドット」、ヨーロピウム、ルテニウム、サマリウム、及び他の希土類金属、放射性同位体標識、化学発光標識、(化学反応中の発光により検出され得る標識)、スピン標識(フリーラジカル(例えば置換された有機ニトロキシド)又は電子スピン共鳴分光法の使用により検出される生体分子に結合された他の常磁性プローブ(例えば、Cu2+、Mg2+))、酵素(ペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、β−ガラクトシダーゼ、及びグルコースオキシダーゼなど)、抗原、抗体、ハプテン類(抗体と複合できるが、それ自身により免疫反応を惹起できない基、ペプチド類及びステロイドホルモン類など)、細胞膜浸透のための担体系:例えば、脂肪酸残基、ステロイドのコレステリル部分、ビタミンA、ビタミンD、ビタミンE、葉酸、特定の受容体のためのペプチド、エンドサイトーシスを媒介する基、上皮増殖因子(EGF)、ブラディキニン、及び血小板誘導増殖因子(PDGF)などである。特に、興味ある例は、ビオチン、フルオレセイン、テキサスレッド、ローダミン、ジニトロフェニル、ジゴキシゲニン、ルテニウム、ヨーロピウム、Cy5、Cy3等である。
本発明のシグナリングペアは、組合されて、相互の物理的距離、配向及び/又は相互作用に依存して、測定可能な変化をすることができる2つの部分と定義される。好ましくは、シグナリングペアは、組み合わされて、検出可能なシグナルを生じ得る2つの部分の系からなり、ペアの部分間の物理的距離に依存して前記の検出可能なシグナルが変化する。
エキシマーは、電子の励起状態では会合し、基底状態では解離性である、化合物の2量体である。単離された化合物が励起されたとき、それはその励起を解くことができるか又は同種の(励起されていない)他の化合物と会合することができて、それによりエキシマーが形成される。エキシマーは、モノマーの蛍光発光と異なった波長で蛍光を発する。エキシマーがその励起を解くとき、会合は最早有利ではなく、2つの種は解離するであろう。エキシプレックスは、エキシマーと似た2量体であるが、この場合は2つの化合物が異なっている。
蛍光共鳴エネルギー移動(FRET)は、核酸をアッセイするための最も一般的な手段の一つになっている。それは、FRETが、大量高速処理自動化に向いていて、十分感度がよく、配列及び一塩基多型(SNP)分析のための最適な方法になるからである。それに加えて、それは、DNA及びRNAの構造、動力学及び分子間相互作用を探査するために高度に有用である。
蛍光性基 クエンチャー
FAM TAMRA
TET TAMRA
ローダミン TAMRA
クマリン DABCYL
EDANS DABCYL
フルオレセイン DABCYL
ルシファーイエロー DABCYL
エオシン DABCYL
TAMRA DABCYL
Cy3 ブラックベリークエンチャー650
TAMRA ブラックベリークエンチャー650
テキサスレッド ブラックベリークエンチャー650
Cy5 ブラックベリークエンチャー650
Cy5.5 ブラックベリークエンチャー650
ROX ブラックベリークエンチャー650
Alexa Fluor350 QSY35
Alexa Fluor488 QSY35
Alexa Fluor546 QSY35
Alexa Fluor350 Dabcyl
Alexa Fluor488 Dabcyl
Alexa Fluor546 Dabcyl
Alexa Fluor546 QSY7及びQSY9
Alexa Fluor488 QSY7及びQSY9
Alexa Fluor555 QSY7及びQSY9
Alexa Fluor568 QSY7及びQSY9
Alexa Fluor568 QSY21
Alexa Fluor594 QSY21
Alexa Fluor647 QSY21
Alexa Fluor350 BHQ−0
パシフィックブルー BHQ−0
マリーナブルー BHQ−0
アクリジン BHQ−0
Edans BHQ−1
クマリン BHQ−1
Cy2 BHQ−1
ダンシル BHQ−1
Alexa488 BHQ−1
FAM BHQ−1
オレゴングリーン BHQ−1
ローダミングリーン−X BHQ−1
TET BHQ−1
Alexa532 BHQ−1
VIC BHQ−1
HEX BHQ−1
CALflourオレンジ560 BHQ−1
Alexa546 BHQ−2
TAMRA BHQ−2
ローダミンレッド−X BHQ−2
CALflourレッド590 BHQ−2
Cy3.5 BHQ−2
ROX BHQ−2
Alexa568 BHQ−2
CALflourレッド610 BHQ−2
Alexa594 BHQ−2
CALflourレッド635 BHQ−2
Pulsar650 BHQ−2
Alexa647 BHQ−2
Quasar670 BHQ−2
Cy5 BHQ−3
Cy5.5 BHQ−3
供与体 受容体
フルオレセイン テトラメチルローダミン
IAEDANS フルオレセイン
EDANS DABCYL
フルオレセイン フルオレセイン
BODIPY FL BODIPY FL
フルオレセイン QSY7色素
フルオレセイン QSY9色素
Alexa Fluor350 Alexa Fluor488
Alexa Fluor488 Alexa Fluor546
Alexa Fluor488 Alexa Fluor555
Alexa Fluor488 Alexa Fluor568
Alexa Fluor488 Alexa Fluor594
Alexa Fluor488 Alexa Fluor647
Alexa Fluor546 Alexa Fluor568
Alexa Fluor546 Alexa Fluor594
Alexa Fluor546 Alexa Fluor647
Alexa Fluor555 Alexa Fluor594
Alexa Fluor555 Alexa Fluor647
Alexa Fluor568 Alexa Fluor647
Alexa Fluor594 Alexa Fluor647
本発明のS/N比は、本発明の全ての又は本質的に全てのオリゴヌクレオチドアナログが、相同相補的標的核酸にハイブリダイズしたときのシグナル強度(陽性シグナル)を、同量の前記オリゴヌクレオチドアナログがハイブリダイズしていないときのシグナル強度(十分相補的な標的核酸に、バックグラウンドシグナル)で除したものとして定義される。
シグナル対ノイズ=陽性シグナル/バックグラウンドシグナル
本発明のステムレスビーコンを固相支持体に結合すること、又は別の方法として、固相支持体に結合された核酸若しくは核酸アナログを検出するために前記ステムレスビーコンを使用することは、好ましい態様である。その際、混合物からの核酸又は核酸アナログとハイブリダイズした前記ステムレスビーコンの分離は、混合物から前記固相支持体を分離することにより、又は結合していない物質を洗浄除去することにより実施することができる。
本発明の疎水性分子は、ヌクレオチド及び/又はヌクレオチドアナログの任意の部分に、及び/又はそれ自身の主鎖モノマー単位に共有結合で結合することができる。疎水性分子は、プローブの化学的又は酵素的合成に先立って、合成中に、又は合成後に、前記ヌクレオチド及び/若しくはヌクレオチドアナログ並びに/又は主鎖モノマー単位中に組み込むことができる。疎水性分子は、任意の適当なリンカ−を使用することにより、ヌクレオチド及び/若しくはヌクレオチドアナログ並びに/又は主鎖モノマー単位中に直接結合することができる。
X−Y−Q
(式中、
Xは、核酸又は核酸アナログの主鎖中に組み込まれ得るヌクレオチド又はヌクレオチドアナログ又は主鎖モノマー単位であり、
Qは本発明の疎水性分子であり;及び
Yは、前記ヌクレオチド又はヌクレオチドアナログ又は主鎖モノマー単位と前記疎水性分子とを結合させるリンカ−部分である。)
X−Y−Q
(式中、
Xは、核酸又は核酸アナログの主鎖中に組み込まれ得るヌクレオチド又はヌクレオチドアナログ又は主鎖モノマー単位であり、
Qは本発明の疎水性分子であり;及び
Yは、前記ヌクレオチド又はヌクレオチドアナログ又は主鎖モノマー単位と前記疎水性分子とを結合させるリンカ−部分である)
の一般構造の、少なくとも2つの疎水性ヌクレオチドアナログを含むオリゴヌクレオチドアナログを提供することは好ましい。
少なくとも一つの疎水性分子とシグナリングペアとを含むオリゴヌクレオチドアナログであって、前記オリゴヌクレオチドアナログが標的核酸にハイブリダイズしていない状態から標的核酸にハイブリダイズしている状態へ移るとき又はその逆のときの、前記オリゴヌクレオチドアナログのシグナルにおける変化が、前記オリゴヌクレオチドアナログと同じ配列からなり、前記疎水性分子を含まない対応するオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドアナログと前記標的核酸との間のハイブリッド(対応するハイブリッド)のシグナルにおける変化よりも有意に高い、オリゴヌクレオチドアナログを提供することは本発明の目的である。
標的配列を検出、同定又は定量するときに、陽性シグナルを受けることは、しばしば有利である。研究者は、しばしば、単に「試料中に遺伝子型Aは存在するか?」と尋ねるのではなく、「試料中にどの遺伝子型が存在するのか?」という質問をする方がよい。したがって、適当な対照が実験に含まれることは大切である。定量化反応のための対照は、例えば、1つ又は2つ以上のハウスキーピング遺伝子を定量化するためであってもよい。同様に、突然変異に特異的なプローブのための対照は、野生型に対して特異的なプローブであってよい。アッセイにおいて、対照が同じ反応容器に添加されてよければ、対照及びアッセイの条件(の少なくとも大部分)が同じであることが保証され、したがって、このことは、並行実験を行うよりもしばしば有利である。2つ以上の実験がアッセイに含まれるとき、それは多重化アッセイであるといわれる。
ハイブリダイゼーションによる存在の検出、同定及び定量
本発明による、標的配列及び/又は変異配列の存在、同定並びに定量は、ハイブリダイゼーションに特異的なシグナルの強度、存在又は不存在により測定することができる。
本発明は、少なくとも一つの疎水性分子とシグナリングペアとを含むオリゴヌクレオチドアナログに関する。
本発明は、少なくとも一つの疎水性分子及びシグナリングペアを含み、前記シグナリングペアはモノマー蛍光及び/又は分子内エキシマー、及び/又は分子内エキシプレックス及び/又は分子内FRET錯体及び/又は分子内電荷移動錯体を含む、オリゴヌクレオチドアナログに関する。
少なくとも一つの核酸塩基により如何なる他の配列とも異なっている可能性のある特定の標的配列を含む核酸又は核酸アナログを検出する方法であって、次のステップを含む方法を提供することは、本発明の一つの目的である:
a)突然変異があるか試験するために望ましい、核酸及び/又は核酸アナログの混合物を供給するステップ;及び
b)前記の特定配列とハイブリダイズできる、少なくとも一つの疎水性分子とシグナリングペアとを含むオリゴヌクレオチドアナログを供給するステップ;及び
c)前記オリゴヌクレオチドアナログと核酸又は核酸アナログを含む混合物とをハイブリダイゼーションを可能にする条件下でインキュベートするステップ;及び
d)前記オリゴヌクレオチドアナログに対して標的配列よりも弱い親和性を有する配列を洗浄し去るステップ;及び
e)標的配列の存在又は不存在を決定するステップ。
少なくとも1核酸塩基だけ任意の他の配列と異なっている可能性がある特定の標的配列を含む核酸又は核酸アナログを検出する方法であって、
a)変異があるか試験するために望ましい、核酸及び/又は核酸アナログの混合物を供給するステップ;及び
b)少なくとも一つの疎水性分子及びシグナリングペアを含む、前記特定の標的とハイブリダイズし得るステムレスビーコンを供給するステップ;及び
c)前記ステムレスビーコンと核酸又は核酸アナログを含んだ混合物とを、融解及び/又は親和温度の決定を可能にする条件下でインキュベートするステップ;及び
d)標的配列の有無を決定するステップ
を含む方法を提供することは、本発明の一つの目的である。
本発明の、標的配列及び/又は変異配列の存在、同定又は定量は、酵素的ステップを含む方法により実施することができる。
g)標的配列又は変異配列を検出、同定及び/又は定量するために使用するのに望ましい、核酸及び/又は核酸アナログの混合物を供給するステップ;及び
h)前記標的配列及び/又は変異配列とハイブリダイズし得る本発明の1組のプライマー及びオリゴヌクレオチドアナログを供給するステップ;及び
i)前記プライマー及びオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドアナログと核酸及び/又は核酸アナログの前記混合物とを、前記プライマーの前記核酸及び/又は核酸アナログへのハイブリダイゼーションを可能にする条件下でインキュベートするステップ;及び
j)前記のハイブリダイズした標的配列を、ヌクレオチド若しくはヌクレオチドアナログ又はオリゴヌクレオチド若しくはオリゴヌクレオチドアナログとともに前記プライマーの3’末端の鋳型伸長に使用するステップ;及び
k)少なくとも一つの疎水性分子を含む前記オリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドアナログをハイブリダイズさせて前記シグナリングペアのシグナル強度を測定するステップ;及び
l)任意選択でステップc)ないしe)を繰り返すステップ
を含む方法に関する。
本発明の1態様において、標的及び変異配列の量は、少なくとも一つの疎水性分子とシグナリングペアとを含むオリゴヌクレオチドアナログを含むアッセイの分光学的特性により、ハイブリダイゼーション後に測定される。
次の実施例は本発明の選択された態様を例証するものであり、本発明を限定するものと見なされるべきではない。
ODN:オリゴデオキシヌクレオチド
測定は融解温度実験として、96穴プレート内でStratageneリアルタイムPCR機器Mx3000上にて行った。この測定は通常のリアルタイムPCR反応で用いられる緩衝液を反映した緩衝液内において行った。該緩衝液は4mM MgCl2、50mM KCl、10mM TRIS−HCl,pH=8.0、1μLのステムレスビーコン(5pmol/μL)及び2μLの前記DNA標的配列(5pmol/μL)並びに22μLの上記緩衝液を含んだ。まず、該混合液を95℃で1分間加熱し、二次構造を変性させた後、35℃で2本鎖をアニールさせ、温度を95℃まで、その変化ごとにシグナルを測定しながら上昇させた。結果を図2に示し、ステムレスビーコンの配列等の他の詳細をこの図の説明文に示した。
上記実施例2に記載されたように測定を行った。結果及び配列情報を図3及びこの図の説明文に示す。結果は温度に対するシグナルの一次導関数として示す。
この実施例に記載したプロトコルは2つの遺伝子型A及びBを複数の読み取り(1サイクル中で4回超の読み取り)を行うことが可能なリアルタイムPCR機器を用いて区別するためのものである。この種の機器の例としてはStratageneのリアルタイムPCR機器Mx3000Pが上げられ、これを本研究に用いた。
1.光学PCRチューブ(optical PCR−tube)に10μLの2xPCRマスターミックス、1μLのフォワード側プライマー(10pmol/μL)、1μLのリバース側プライマー(10pmol/μL)、1μLの遺伝子型A特異的ステムレスビーコン(5pmol/μL)、1μLの遺伝子型B特異的ステムレスビーコン(5pmol/μL)、5μLのH2O及び1μLのDNA(100pG−20nG/μl)を加える。
2.可能なら上記のように目的の標的それぞれに対し2つのチューブを準備し、1個が遺伝子型A、及び1個が遺伝子型Bのものとする。もしこれらのコントロールが入手出来なければ、単に未知の試料を加えたチューブを準備する。
3.(ほとんどのモデルがそうであるように蛍光を蓋を通して測定するリアルタイムPCR機器を用いる場合は)光学蓋(optical lid)で、又はチューブの側面若しくは底面を通して読み取りを行う機械を用いる場合は単に標準的な蓋で前記チューブを密閉する。
4.前記チューブを前記リアルタイムPCR機器に設置し、次のプログラムを実施する(図6に説明):
a.ホットスタートポリメラーゼを用いる場合、製品説明書に従ってこれを活性化するか、又は単に95℃で1分間加熱し、二次構造を除去する;そして、
b.次に、下記の工程を45サイクル行う:
i.95℃にて30秒間変性する;そして、
ii.前記プライマー及びプローブを(例えば50℃にて)1:00分間アニールし、エンドポイント又は連続蛍光測定;そして、
iii.温度を2℃ずつ上昇させ、エンドポイント蛍光測定を行う。可能な限り短い時間間隔を用いる(試料の数と位置とに依存);そして、
iv.工程iiを約70℃に達するまで反復する;そして、
v.72℃において30秒間伸長する;そして、
5.データを分析する−この標的の将来的なリアルタイムPCR実験における使用のためのこのプローブの最適な蛍光読み取り温度は、前記ステムレスビーコンが完全に相補的な標的のみにハイブリダイズし、可能な限り高いシグナルを示す温度である。両プローブに対して個別の読み取り温度が見いだされる。
この節ではエンドポイント親和性測定を本発明のステムレスビーコンを最適化するために、また2つの遺伝子型AとBとの間を識別するために、どのように用いることが出来るかを記載する。この方法は特に、例えばCorbett Research’s Rotorgene(登録商標)3000、Applied Biosystems 7500 Fast Real−Time PCR System、及び毎秒3℃以上の温度変化(冷却)速度を有する他の高温度変化速度リアルタイムPCR機器、等の高い温度変化速度を有するリアルタイムPCR機器に適しているが、標準的なリアルタイムPCR機器においても実施することが出来る。この実施例のこの方法に基づく測定はCorbett Research’s Rotorgene(登録商標)3000上で行った。
1.光学PCRチューブに10μLの2xPCRマスターミックス、1μLのフォワード側プライマー(10pmol/μL)、1μLのリバース側プライマー(10pmol/μL)、1μLの遺伝子型A特異的ステムレスビーコン(5pmol/μL)、1μLの遺伝子型B特異的ステムレスビーコン(5pmol/μL)、5μLのH2O及び1μLのDNA(100pG−20nG/μl)を加える;そして、
2.可能なら上記のように目的の標的それぞれに対し2個のチューブを準備し、1個に遺伝子型Aを含んだDNA、及び1個に遺伝子型Bを含んだDNAを入れる。もしこれらのコントロールが入手出来なければ、単に未知の試料を加えたチューブを準備する;そして、
3.(ほとんどのモデルがそうするように蛍光を蓋を通して測定するリアルタイムPCR機器を用いる場合は)光学蓋で、又はRotorgene(登録商標)(Corbett Research株式会社,オーストラリア)がそうであるようにチューブの側面を通して読み取りを行う機械を用いる場合は単に標準的な蓋を用いて前記チューブを密閉する;そして、
4.前記チューブを前記リアルタイムPCR機器に設置し、次のプログラムを実施する(図7に説明):
a.ホットスタートポリメラーゼを用いる場合、製品説明書に従ってこれを活性化するか、又は単に95℃で1分間加熱し、二次構造を除去する;そして、
b.次に、下記の工程を用いて増幅を45サイクル行う(注釈8を参照):
i.95℃にて10秒間変性する;そして、
ii.前記プライマー及びプローブを(例えば50℃にて)15秒間アニールし、エンドポイント蛍光を読み取る;そして、
iii.任意にさらなる1又は2種類の温度において蛍光を読み取る;そして、
iv.72℃において20秒間伸長する;そして、
b.エンドポイント親和性試験を次の方法で行う:
i.95℃にて15秒間変性する;そして、
ii.72℃から開始し、前回のアニーリングよりも1℃低い温度で15秒間アニーリングする。エンドポイント蛍光を読み取る;そして
iii.上記2つの工程を27回反復する(72℃から45℃);そして、
5.データを分析する−この標的の将来的なリアルタイムPCR実験における使用のための最適な蛍光読み取り温度は、完全に相補的な標的にハイブリダイズした前記ステムレスビーコンの蛍光が「テイクオフ(take off)」し始める温度とミスマッチの標的にハイブリダイズした前記ステムレスビーコンの蛍光が「テイクオフ」し始める温度との中間である。見いだされた温度は同様な設定を用いた将来的な測定における読み取りポイントとして用いることが出来る。ここに記載されたもののような親和性測定は類似した標的間を識別するための極めて鋭敏な方法である。
試験はHOXB5遺伝子内の単一のCpGサイトのメチル化、非メチル化、及び「ヘテロ接合体」を識別することが可能かどうか調べるために設定された。この実施例における測定はCorbett Research’s Rotorgene(登録商標)3000上で行った。
[配列番号10]
フォワード側プライマー:5’−1TTTGTTTAGAGGTTAAAGTTAATTTTT
[配列番号11]
リバース側プライマー:5’−1TCAAAAAATAATTCATACTCTATAATTAC
[配列番号12]
非メチル化特異的プローブ:HEX−TT1AAAAAC1CAATTC1AAT1A−BHQ1
[配列番号13]
メチル化特異的プローブ:FAM−TT1GAATCG1GTTT1T−BHQ1
フォワード側プライマー 1μL(10.0pmol/μL)
リバース側プライマー 1μL(10.0pmol/μL)
プローブ(FAM) 1μL(12.5pmol/μL)
プローブ(Hex) 1μL(12.5pmol/μL)
H2O 5μL
2xマスターミックス、Promega 10μL
DNA鋳型 1μL(希釈情報については上記参照)
用いたリアルタイムPCRプロファイルを図14Aに示す。
前記リアルタイムPCR中の蛍光測定のいずれを用いても、1個を除いた全ての試料を正確に決定することが出来た。全試料が前記親和性分析により正確に決定された。1試料については増幅しなかった。
用いたプローブの組み合わせが野生型とAからGへのトランジション変異とを区別し得るか確かめるため、試験を設定した。この実施例における測定はCorbett ResearchのリアルタイムPCR機器Rotorgene(登録商標)3000上において行った。
[配列番号16]
フォワード側プライマー:5’−TCCCACATCCTGCTCAAG
[配列番号17]
リバース側プライマー:5’−ATCTCTGCCATCATTTCCG
[配列番号18]
Wt特異的プローブ:FAM−T1CAAA1AGTGA1ACTG1AT−BHQ1
[配列番号19]
Mut.特異的プローブ:HEX−2TCAAA2AGCGA2ACTG2AT−BHQ1
フォワード側プライマー 1μL(10.0pmol/μL)
リバース側プライマー 1μL(10.0pmol/μL)
プローブ(FAM) 1μL(12.5pmol/μL)
プローブ(Hex) 1μL(12.5pmol/μL)
H2O 5μL
2xマスターミックス、Promega 10μL
DNA鋳型 1μL
用いたリアルタイムPCRプロファイルを図14Bに示す。
55℃において、wt特異的プローブは前記野生型標的及び前記突然変異体の両者に結合したが、前記mut.特異的プローブは特異的にその標的にハイブリダイズした。
組み合わせで用いたプローブではヒトアンドレノーゲン受容体のヌクレオチド2074に見いだされるAからGへのトランジション変異を検出することが出来た。前記FAM標識プローブは61℃から66℃の範囲において特異的であり、一方前記HEX標識プローブは55℃及び63℃の間の温度において特異的であった。
序論
この実施例は疎水性ヌクレオチドのポジショニングと関連した蛍光シグナル強度について説明する。
[配列番号20]
Bgalprob_01:5’−Fam 1AC CGA CCC AGC GCC C1 BHQ1−3’
[配列番号21]
Bgalprob_02:5’−Fam A1C CGA CCC AGC GCC 1C BHQ1−3’
[配列番号22]
Bgalprob_03:5’−Fam AC1 CGA CCC AGC GC1 CC BHQ1−3’
1=構造X−Y−Qの疎水性ヌクレオチドであり、ここでXは前記オリゴにホスホルジエステル結合により結合した主鎖モノマー単位であって構造−O−CH2−CH2−O−を有し、Yは−CH2−O−CH2−リンカーであり、Qは1’−ピレンである。
プライマー
[配列番号23]
Bgal_SNP01_F:5’−CGG TTA CGA TGC GCC CAT CTA CAC−3’
[配列番号24]
Bgal_SNP01_R:5’−CAG CAC CAT CAC CGC GAG GC−3’
図10から明らかなように、前記シグナリングペアの近傍へのIPNsのポジショニングによって蛍光シグナルが著しく減少する。しかし、前記シグナリングペアと第1の疎水性ヌクレオチドとの間に1個のヌクレオチドを有するだけでシグナルが著しく向上し、2つのヌクレオチドを間に有するとさらに高いシグナルが産生される。従って、疎水性ヌクレオチドを前記(フルオロフォア部位)シグナリングペアの最近傍の隣に(as next nearest neighbours)有しないようにすることは本発明の好ましい態様である。
序論
この実施例では標的核酸へのプローブの添加を前記標的核酸の存在の検出にどのように用い得るかを説明する。
[配列番号25]
Bgalprob_02 5’−Fam A1C CGA CCC AGC GCC 1C BHQ1−3’
[配列番号26]
Bgalprob_03:5’−Fam AC1 CGA CCC AGC GC1 CC BHQ1−3’
[配列番号27]
Bgalprob_05:5’−Fam ACC G1A CCC AGC 1GC CC BHQ1−3’
[配列番号28]
Bgalprob_ref:5’−Fam ACC GAC CCA GCG CCC BHQ1−3’
1=構造X−Y−Qの疎水性ヌクレオチドであり、ここでXは前記オリゴにホスホルジエステル結合により結合した主鎖モノマー単位であって構造−O−CH2−CH2−O−を有し、Yは−CH2−O−CH2−リンカーであり、Qは1’−ピレンである。
図11から、示した親和性測定プロファイルを用いた標的核酸のエンドポイント検出に対して、示した全てのプローブが使用出来ることが明らかである。疎水性ヌクレオチドを含んだ前記ステムレスビーコンは、前記のDNA基盤のプローブと比べ、標的核酸に対する高い親和性及び高い蛍光シグナル強度を有することも明らかである。
次のプローブを同様な反応において比較することにより:
[配列番号29]
Bgalprob_01:5’−Fam 1AC CGA CCC AGC GCC C1 BHQ1−3’
[配列番号30]
Bgalprob_05:5’−Fam ACC G1A CCC AGC 1GC CC BHQ1−3’
[配列番号31]
Bgalprob_ref:5’−Fam ACC GAC CCA GCG CCC BHQ1−3’
1=構造X−Y−Qの疎水性ヌクレオチドであり、ここでXは前記オリゴにホスホルジエステル結合により結合した主鎖モノマー単位であって構造−O−CH2−CH2−O−を有し、Yは−CH2−O−CH2−リンカーであり、Qは1’−ピレンである。
序論
この実施例は、構造:X−Y−QにおいてXが前記オリゴにホスホルジエステル結合により結合した主鎖モノマー単位であって構造−O−CH2−CH2−O−を有し、Yが−CH2−O−CH2−リンカーであり、Qが1’−ピレンである構造:X−Y−Qの疎水性修飾を有するステムレスビーコンが、完全に相補的な標的配列に対して、前記疎水性修飾を含まないプローブよりも高い親和性をどのように有するか説明したものである。
次のプローブを試験した:
[配列番号32]
Bgalprob_1:5’−Fam 1AC CGA CCC AGC GCC C1 BHQ1−3’
[配列番号33]
Bgalprob_2:5’−Fam A1C CGA CCC AGC GCC 1C BHQ1−3’
[配列番号34]
Bgalprob_5:5’−Fam ACC G1A CCC AGC 1GC CC BHQ1−3’
[配列番号35]
Bgalprob_6:5’−Fam ACC GA1 CCC AG1 CGC CC BHQ1−3’
[配列番号36]
Bgalprob_7:5’−Fam ACC GAC 1CC A1G CGC CC BHQ1−3’
[配列番号37]
Bgalprob_ref:5’−Fam ACC GAC CCA GCG CCC BHQ1−3’
Bgal_WT_tar:5’−AAC GGG CGC TGG GTC GGT TAC−3’
図13から、全ステムレスビーコンは前記の相補的なオリゴヌクレオチド標的に対し、対応するDNAとの比較において同等の又はより高い親和性を有していることが明らかである。さらに、この実施例に示した全てのステムレスビーコン(プローブ_1を除く)は疎水性修飾を有しない前記DNAプローブと比較して同等の又はより高いS/N比を有していることが計算され得る(25度におけるシグナルを90度におけるシグナルで割ったもの)。
Claims (17)
- n個のヌクレオチド及び/又はヌクレオチドアナログの連続した配列と、少なくとも2個の疎水性ヌクレオチドとを含むオリゴヌクレオチドアナログであって、当該オリゴヌクレオチドアナログが共有結合的にシグナリングペアに連結しており、前記疎水性ヌクレオチドの一般構造が:
X−Y−Q
であり、Xがヌクレオチド若しくはヌクレオチドアナログ、又は核酸若しくは核酸アナログの主鎖に組み込まれ得る主鎖モノマー単位であり、Qがワトソン・クリック水素結合には関与しない疎水性分子である、疎水性のインターカレート分子のピレン:
を含む、疎水性ヌクレオチド((S)−1−(4,4’−ジメトキシトリフェニルメチルオキシ)−3−ピレンメチルオキシ−2−プロパノールのホスホルアミダイト、又はインターカレート疎水基:
を含む、3−(1−O−(4,4’−ジメトキシトリフェニルメチル)−2−O−(2−シアノエチルジイソプロピルアミドホスファイト)−1,2−ブタンジオール)−4−N−(7,9−ジメチル−3H−ピリド[3’,2’:4,5]チエノ[3,2−d]ピリミジン−4−オンであり、Yが前記ヌクレオチド若しくはヌクレオチドアナログ又は主鎖モノマー単位と前記疎水性分子とを連結するリンカー部分であり;
nが4以上の整数であり;
2以上の前記疎水性ヌクレオチドが3’末端又は5’末端の各々から最大で9ヌクレオチド及び/又はヌクレオチドアナログの位置に均等に配置され;
前記2以上の疎水性ヌクレオチドが前記シグナリングペアの各部分からおよそ同一の距離に位置しており;
前記シグナリングペアが2の部分のシステムからなり、一方の部分が突出末端として5’末端に位置し、他方の部分が突出末端として3’末端に位置し;
前記シグナリングペアの2の部分が前記疎水性ヌクレオチドと同一ではなく;
前記疎水性ヌクレオチドが任意の前記シグナリングペアの部分の隣に配置されず;
5’末端の最初のヌクレオチド又はヌクレオチドアナログが疎水性ヌクレオチドではなく、3’末端の最初のヌクレオチド又はヌクレオチドアナログが疎水性ヌクレオチドではない;
ことを特徴とするオリゴヌクレオチドアナログ。 - 前記シグナリングペアがこのペアの部分間の物理的距離に応じて検出可能なシグナルを変化させ得ることを特徴とする、請求項1に記載のオリゴヌクレオチドアナログ。
- 前記シグナリングペアの一方の部分がフルオロフォアであり、前記シグナリングペアのもう一方の部分がクエンチャーであり、前記フルオロフォア及び前記クエンチャーが分子内FRET複合体を形成し得ることを特徴とする、請求項2に記載のオリゴヌクレオチドアナログ。
- 少なくとも2個の前記疎水性ヌクレオチドが前記オリゴヌクレオチドアナログの3’末端方向及び5’末端方向に均等に配置されることを特徴とする、請求項1に記載のオリゴヌクレオチドアナログ。
- 前記疎水性ヌクレオチドの前記疎水性分子が互いに疎水性相互作用が可能であり、それによって前記シグナリングペアの2つの部分を近接させ得ることを特徴とする、請求項4に記載のオリゴヌクレオチドアナログ。
- 前記シグナリングペアの一方の部分よりも5’末端に近く位置している疎水性ヌクレオチドが無く、前記シグナリングペアのもう一方の部分よりも3’末端に近く位置している疎水性ヌクレオチドが無いことを特徴とする、請求項5に記載のオリゴヌクレオチドヌクレオチドアナログ。
- 前記オリゴヌクレオチドが固相に固定されていることを特徴とする、請求項1に記載のオリゴヌクレオチドアナログ。
- ハイブリダイゼーションを決定する方法であって:
a)請求項1に記載のオリゴヌクレオチドアナログを提供するステップと;
b)前記オリゴヌクレオチドアナログの標的配列を潜在的に含んだ核酸の混合物を提供するステップと;
c)前記核酸及び前記オリゴヌクレオチドアナログをハイブリダイゼーション可能な条件下でインキュベートするステップと;
d)前記シグナリングペアの前記部分が近接しているかどうかを決定することによりハイブリダイゼーションを検出するステップと;
e)それによってハイブリダイゼーションを決定するステップと;
を具えることを特徴とする方法。 - 請求項1に記載のオリゴヌクレオチドアナログと標的配列とのハイブリダイゼーションを増幅中に検出及び/又は定量する方法であって、前記方法が
a)標的配列を潜在的に含む核酸の混合物を提供するステップと;
b)増幅酵素を含んだ増幅緩衝液、1組のプライマー、及び請求項1に記載のオリゴヌクレオチドアナログを提供し、前記プライマー及び前記オリゴヌクレオチドアナログが前記標的配列又はそれに相補的な配列とハイブリダイズすることができ、前記増幅酵素が鋳型を標的とした様式でプライマーを伸長することができ、前記増幅緩衝液が前記増幅酵素に対してこのような伸長をプライマー及び鋳型の存在下で行うための条件を提供するステップと;
c)前記プライマーのハイブリダイゼーションを可能にする条件下で前記プライマー及びオリゴヌクレオチドアナログを核酸の前記混合物とともにインキュベートするステップと;
d)前記標的配列を鋳型に用い、前記増幅酵素を使用して前記のハイブリダイズしたプライマーの3’末端を伸長するステップと;
e)前記核酸、伸長産物及び前記オリゴヌクレオチドアナログをハイブリダイゼーションを可能にする条件下でインキュベートするステップと;
f)ハイブリダイゼーションを検出し、また任意にハイブリダイゼーションを定量するステップと;
g)任意にステップc)からf)までを反復するステップと;
を具えることを特徴とする方法。 - 該ハイブリダイゼーションの検出が融解温度及び/又は親和温度を測定するステップを含むことを特徴とする、請求項8又は9に記載の方法。
- ヌクレアーゼ活性が前記シグナリングペアの最も5’の部分を除去することを特徴とする、請求項9に記載の方法。
- 前記オリゴヌクレオチドアナログが前記標的配列に相補的であり、前記の少なくとも1個の多型サイトが前記オリゴヌクレオチドアナログの中央部分内に位置している請求項9に記載の方法。
- 請求項1に記載の少なくとも2種のオリゴヌクレオチドアナログが提供され、前記オリゴヌクレオチドアナログの1種が前記標的配列の1個の遺伝子型に相補的であり、前記オリゴヌクレオチドアナログの他のものが前記標的配列の他の遺伝子型に相補的であることを特徴とする、請求項9に記載の方法。
- 一方のオリゴヌクレオチドアナログが「C」−核酸塩基を前記多型サイトに含み、他方のオリゴヌクレオチドアナログが「A」−核酸塩基を前記多型サイトに含むことを特徴とする、請求項13に記載の方法。
- オリゴヌクレオチドアナログの標的配列への親和温度を測定する方法であって、前記方法が請求項8又は9に記載の方法を実施するステップを具え、最後のステップの後に:
a)前記混合物を変性し、前記親和温度を超える第一の所定の温度まで急速に冷却するステップと;
b)前記シグナリングペアからの検出可能なシグナルを測定することによりハイブリダイゼーションを検出し、前記シグナリングペアは前記ペアの前記部分間の物理的距離に応じて前記の検出可能なシグナルを変化可能にするステップと;
c)前記混合物を変性し、第二の所定の温度まで急速に冷却し、前記の第二の所定の温度は前記の第一の所定の温度よりも低くするステップと;
d)前記の検出可能なシグナルを測定することによりハイブリダイゼーションを検出するステップと;
e)3)及び4)のステップを反復し、前記の所定の温度は徐々に前記親和温度未満にまで下げるステップと;
f)前記核酸アナログの前記標的配列に対する前記親和温度を測定するステップと;
を実施することを特徴とする方法。 - 請求項1に記載のオリゴヌクレオチドアナログを用いて標的配列を増幅する方法であって、前記方法が:
a)前記標的配列を任意に含んだ核酸の混合物を提供するステップと;
b)1組のプライマー、増幅酵素を含んだ増幅緩衝液、及び前記オリゴヌクレオチドアナログを提供し、前記プライマー及び前記オリゴヌクレオチドアナログは前記標的配列又はそれに相補的な配列とハイブリダイズすることができ、前記増幅酵素がヌクレアーゼ活性を有する場合は前記オリゴヌクレオチドアナログがヌクレアーゼ抵抗性となるステップと;
c)前記プライマー及びオリゴヌクレオチドアナログを核酸の前記混合物とハイブリダイゼーション可能な条件下でインキュベートするステップと;
d)ハイブリダイゼーションを検出するステップと;
e)前記の所望の伸長温度に達するまで特定の間隔でハイブリダイゼーションを検出しながら徐々に温度を上昇させるステップと;
f)伸長反応を終了させ、生成したアンプリコンを変性し、所望の増幅が生ずるまでステップc)からf)を反復するステップと;
を具えることを特徴とする方法。 - 複数の前記オリゴヌクレオチドアナログが同一の密閉されたチューブ内で用いられることを特徴とする、請求項16に記載の方法。
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
DKPA200600379 | 2006-03-16 | ||
DKPA200600379 | 2006-03-16 | ||
PCT/DK2007/000134 WO2007104318A2 (en) | 2006-03-16 | 2007-03-16 | Oligonucleotides comprising signalling pairs and hydrophobic nucleotides, stemless beacons, for detection of nucleic acids, methylation status and mutants of nucleic acids |
Publications (3)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2009529337A JP2009529337A (ja) | 2009-08-20 |
JP2009529337A5 JP2009529337A5 (ja) | 2010-07-08 |
JP5284112B2 true JP5284112B2 (ja) | 2013-09-11 |
Family
ID=38509827
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2008558640A Active JP5284112B2 (ja) | 2006-03-16 | 2007-03-16 | 核酸、メチル化状態及び核酸の突然変異体を検出するための、シグナリングペア及び疎水性ヌクレオチドを含んだオリゴヌクレオチド、ステムレスビーコン |
Country Status (9)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US8133984B2 (ja) |
EP (1) | EP2004847B1 (ja) |
JP (1) | JP5284112B2 (ja) |
CN (1) | CN101448957A (ja) |
AU (1) | AU2007224843A1 (ja) |
CA (1) | CA2645136C (ja) |
DK (1) | DK2004847T3 (ja) |
NZ (1) | NZ571966A (ja) |
WO (1) | WO2007104318A2 (ja) |
Families Citing this family (13)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US9879222B2 (en) | 2007-12-14 | 2018-01-30 | Mofa Group Llc | Gender-specific separation of sperm cells and embryos |
EP2235177B1 (en) * | 2008-06-13 | 2012-07-18 | RiboxX GmbH | Method for enzymatic synthesis of chemically modified rna |
DE102010012421B4 (de) | 2009-03-23 | 2023-04-20 | Vermicon Ag | Verfahren zum spezifischen Nachweis von Mikroorganismen |
WO2011032034A2 (en) | 2009-09-10 | 2011-03-17 | University Of Idaho | Nucleobase-functionalized conformationally restricted nucleotides and oligonucleotides for targeting nucleic acids |
JP5717169B2 (ja) * | 2010-09-14 | 2015-05-13 | 国立大学法人名古屋大学 | オリゴヌクレオチド及びその利用 |
BR112014001075A2 (pt) | 2011-07-19 | 2016-11-29 | Univ Idaho | sonda, seu uso, método in vitro para associar uma sonda com um alvo e kit |
EP2820157B1 (en) | 2012-03-02 | 2019-05-01 | Winthrop-University Hospital | Method for using probe based pcr detection to measure the levels of circulating demethylated beta cell derived dna as a measure of beta cell loss in diabetes |
CN102911111B (zh) * | 2012-11-08 | 2014-06-11 | 齐鲁工业大学 | 一种咔唑苯甲醛缩对苯二胺双席夫碱及其制备方法 |
US10988810B2 (en) | 2015-09-14 | 2021-04-27 | Pentabase Aps | Methods and materials for detection of mutations |
CN108827935B (zh) * | 2018-06-08 | 2021-09-07 | 南京师范大学 | 一种基于金纳米孔阵列的dna甲基化表面增强拉曼散射光谱检测方法及其应用 |
WO2020229510A1 (en) * | 2019-05-13 | 2020-11-19 | Pentabase Aps | Melting temperature methods, kits and reporter oligo for detecting variant nucleic acids |
CN110261964B (zh) * | 2019-07-01 | 2021-06-04 | 国检中心深圳珠宝检验实验室有限公司 | 一种用于光纤光谱仪的光纤头 |
WO2022002958A1 (en) * | 2020-06-29 | 2022-01-06 | Pentabase Aps | Detection of methylation status |
Family Cites Families (19)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US5466578A (en) * | 1992-04-09 | 1995-11-14 | The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Navy | Surfactant-enhanced light emission- or absorbance-based binding assays for polynucleic acids |
US5925517A (en) * | 1993-11-12 | 1999-07-20 | The Public Health Research Institute Of The City Of New York, Inc. | Detectably labeled dual conformation oligonucleotide probes, assays and kits |
US6312894B1 (en) * | 1995-04-03 | 2001-11-06 | Epoch Pharmaceuticals, Inc. | Hybridization and mismatch discrimination using oligonucleotides conjugated to minor groove binders |
ATE196322T1 (de) * | 1995-05-05 | 2000-09-15 | Perkin Elmer Corp | Methoden and reagentien fuer die kombination einer pcr-amplifizierung mit einem hybridisierungs-assay |
CA2252048C (en) * | 1996-04-12 | 2008-03-11 | The Public Health Research Institute Of The City Of New York, Inc. | Detection probes, kits and assays |
JPH11332595A (ja) | 1997-07-09 | 1999-12-07 | Masao Karube | プローブpnaによるdnaの検出方法 |
DE69829760T3 (de) | 1997-09-12 | 2016-04-14 | Exiqon A/S | Bi- und tri-zyklische - nukleosid, nukleotid und oligonukleotid-analoga |
AU1366299A (en) * | 1997-10-27 | 1999-05-17 | Boston Probes, Inc. | Methods, kits and compositions pertaining to pna molecular beacons |
US6485901B1 (en) | 1997-10-27 | 2002-11-26 | Boston Probes, Inc. | Methods, kits and compositions pertaining to linear beacons |
US6037130A (en) * | 1998-07-28 | 2000-03-14 | The Public Health Institute Of The City Of New York, Inc. | Wavelength-shifting probes and primers and their use in assays and kits |
US20070059752A1 (en) * | 1999-06-09 | 2007-03-15 | Biosearch Technologies, Inc. | Fluorescence energy transfer probes with stabilized conformations |
PT1278889E (pt) | 2000-03-29 | 2006-12-29 | Lgc Ltd | Farol de hibridização e método para a detecção e discriminação rápida de sequência |
US6902900B2 (en) * | 2001-10-19 | 2005-06-07 | Prolico, Llc | Nucleic acid probes and methods to detect and/or quantify nucleic acid analytes |
AU2002358464B2 (en) | 2001-12-18 | 2006-04-27 | Human Genetic Signatures Pty Ltd | Pseudonucleotide comprising an intercalator |
US20040086879A1 (en) * | 2001-12-20 | 2004-05-06 | Yingufu Li | Tripartite molecular beacons |
CA2472554A1 (en) * | 2002-02-27 | 2003-09-04 | Biosource International Inc. | Methods of using fet labeled oligonucleotides that include a 3' 5' exonuclease resistant quencher domain and compositions for practicing the same |
GB0223563D0 (en) | 2002-10-10 | 2002-11-20 | Secr Defence | Detection system |
GB0319949D0 (en) | 2003-08-26 | 2003-09-24 | Univ Strathclyde | Nucleic acid sequence identification |
CA2548205C (en) * | 2003-12-03 | 2017-06-27 | Abbott Laboratories | Double stranded linear nucleic acid probe and uses thereof |
-
2007
- 2007-03-16 DK DK07711277.9T patent/DK2004847T3/en active
- 2007-03-16 US US12/293,201 patent/US8133984B2/en active Active
- 2007-03-16 CA CA2645136A patent/CA2645136C/en active Active
- 2007-03-16 NZ NZ571966A patent/NZ571966A/en unknown
- 2007-03-16 CN CNA200780017820XA patent/CN101448957A/zh active Pending
- 2007-03-16 EP EP07711277.9A patent/EP2004847B1/en active Active
- 2007-03-16 WO PCT/DK2007/000134 patent/WO2007104318A2/en active Application Filing
- 2007-03-16 JP JP2008558640A patent/JP5284112B2/ja active Active
- 2007-03-16 AU AU2007224843A patent/AU2007224843A1/en not_active Abandoned
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
NZ571966A (en) | 2011-09-30 |
EP2004847B1 (en) | 2017-05-03 |
WO2007104318A3 (en) | 2008-03-20 |
CA2645136C (en) | 2017-09-19 |
US20100068704A1 (en) | 2010-03-18 |
EP2004847A2 (en) | 2008-12-24 |
CA2645136A1 (en) | 2007-09-20 |
JP2009529337A (ja) | 2009-08-20 |
CN101448957A (zh) | 2009-06-03 |
US8133984B2 (en) | 2012-03-13 |
WO2007104318A2 (en) | 2007-09-20 |
DK2004847T3 (en) | 2017-08-21 |
AU2007224843A1 (en) | 2007-09-20 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP5284112B2 (ja) | 核酸、メチル化状態及び核酸の突然変異体を検出するための、シグナリングペア及び疎水性ヌクレオチドを含んだオリゴヌクレオチド、ステムレスビーコン | |
Ranasinghe et al. | Fluorescence based strategies for genetic analysis | |
Asseline | Development and applications of fluorescent oligonucleotides | |
EP2459743B1 (en) | A set of oligonucleotide probes as well as methods and uses related thereto | |
JP6553598B2 (ja) | 混合物から変異された核酸の富化方法 | |
JP2002528053A (ja) | 核酸分析物における蛍光偏光 | |
JP5932808B2 (ja) | 標的核酸の検出方法 | |
WO2003052134A2 (en) | Oligonucleotides comprising intercalator pseudonucleotide(s) for detection of nucleic acids and mutants hereof | |
JP2013501508A (ja) | 核酸の違いを検出するためのプローブの形式 | |
CN106702000A (zh) | 利用等位基因特异性抑制序列变体的核酸扩增 | |
US6887662B1 (en) | Oligonucleotides and assemblies thereof useful in the detection of the presence or absence of target nucleic acid sequences in a sample | |
EP2722388B1 (en) | Nucleic acid probe for assaying nucleic acids | |
Vet et al. | Molecular beacons: colorful analysis of nucleic acids | |
US20130288246A1 (en) | Compositions, methods, and kits for analyzing dna methylation | |
JP4460228B2 (ja) | 核酸の新規測定方法 | |
US20170253878A1 (en) | Rapid oligo probes | |
JP2022533088A (ja) | 変異体核酸を検出するための融解温度法、キットおよびレポータオリゴ | |
Oladepo et al. | Non-enzymatic detection of miR-21 in cancer cells using a homogeneous mix-and-read smart probe assay | |
JP6442534B2 (ja) | ヌクレオチド多型の検出方法 | |
US20070184453A1 (en) | Fret process | |
WO2015012363A1 (ja) | 標的核酸の検出方法 | |
US20070269803A1 (en) | Fluorogenic Nucleic Acid Probes Including Lna for Methods to Detect and/or Quantify Nucleic Acid Analytes | |
JP2024515187A (ja) | 核酸の多重化分析及び多重化法のために最適化したオリゴヌクレオチドtxプローブ | |
ES2629979T3 (es) | Métodos y composición para generar sondas de ADN de secuencia única, marcaje de sondas de ADN y el uso de estas sondas | |
US20090117575A1 (en) | Detection Probe Acting by Molecular Recognition |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
RD04 | Notification of resignation of power of attorney |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A7424 Effective date: 20100227 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20100316 |
|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20100316 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20100419 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20121002 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20130104 |
|
A602 | Written permission of extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602 Effective date: 20130111 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20130118 |
|
A602 | Written permission of extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602 Effective date: 20130125 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20130301 |
|
A602 | Written permission of extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602 Effective date: 20130313 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20130402 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20130507 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20130529 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 5284112 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |