JP5281920B2 - ウシ脂肪交雑形成に関わる一塩基多型およびその利用 - Google Patents
ウシ脂肪交雑形成に関わる一塩基多型およびその利用 Download PDFInfo
- Publication number
- JP5281920B2 JP5281920B2 JP2009038007A JP2009038007A JP5281920B2 JP 5281920 B2 JP5281920 B2 JP 5281920B2 JP 2009038007 A JP2009038007 A JP 2009038007A JP 2009038007 A JP2009038007 A JP 2009038007A JP 5281920 B2 JP5281920 B2 JP 5281920B2
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- bovine
- marbling
- gene
- snp
- type
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Expired - Fee Related
Links
Landscapes
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Description
このような事情に鑑み、ウシの脂肪交雑形成能力を遺伝子型解析により判定すべく、従来から、ウシの脂肪交雑形成に関与する責任遺伝子の探索、同定が試みられている。例えば、特許文献1ではウシの脂肪細胞分化のマスターキーといわれているウシPPARγ遺伝子の1つであるウシPPARγ2の変異体が開示されている。
また、ウシの脂肪交雑形成に影響する遺伝子を特定することを目的として、系統的に脂肪交雑形成能力の異なることが判明しているウシ群間で、脂肪交雑形成が始まる前後8〜14ヶ月齢の時期に発現するmRNA量を調べ、配列既知の5つの候補遺伝子を選抜した報告(平成17年3月27日〜29日開催の日本畜産学会第104回大会発表)や、これらの遺伝子のゲノム配列を決定し、いくつかの遺伝子において一塩基多型(SNP)が存在するとの報告(平成17年9月11日、12日開催の日本動物遺伝育種学会第6回大会ポスター発表)がある。
このように、ウシの脂肪交雑に影響する遺伝子の同定は試みられているが、脂肪交雑形成能力と統計的に有意な相関を示した遺伝子多型を同定した例は、これまで見当たらない。
本発明者らの発明に係る特許文献2には、血管伸長に関連すると推測されるウシEDG1遺伝子の+166bp部位と、+3698bp部位にSNPが存在し、それらが統計的にウシの脂肪交雑形成と相関し、ウシの脂肪交雑形成能力の予測、遺伝子型判定に利用できることが開示されている。
さらに、本発明者らは、ウシEDG1遺伝子の他の部位、ウシTTN遺伝子の一部位、ウシMBL1遺伝子の一部位にもSNPが存在し、それらが統計的にウシの脂肪交雑形成と相関し、ウシの脂肪交雑形成能力の予測、遺伝子型判定に利用できることを見出し、特許出願した(特願2007−235628号)。
(1)ウシのRPL27A遺伝子であって、第1エキソン開始点から−7272bp部位の塩基がC/Tホモまたはヘテロ型であるウシの脂肪交雑形成能力に関与する遺伝子多型、
(2)ウシのRPL27A遺伝子の第1エキソン開始点から−7272bp部位におけるSNPタイプを判定することを特徴とするウシの脂肪交雑形成能力の予測、遺伝子型判定方法、
(3)SNPタイプの判定を制限酵素断片長多型(RFLP)分析により行う上記(2)記載の方法、
(4)ウシのRPL27A遺伝子の第1エキソン開始点から−7272bp部位を含む領域を増幅するプライマーを含む上記(2)記載の方法によるウシの脂肪交雑形成能力の予測、遺伝子型判定用キット、
(5)さらに、制限酵素を含む上記(4)記載のキット、
(6)配列番号2および配列番号3に示す配列からなるウシのRPL27A遺伝子の第1エキソン開始点から−7272bp部位を含む領域を増幅するプライマーなどを提供するものである。
以下の実施例に示すごとく、黒毛和種種雄牛101頭について、肉の脂肪交雑度が高い(評点が高い)上位17頭のグループと、交雑度が低い(評点が低い)下位17頭のグループとで、遺伝子のSNPと脂肪交雑度合いとの相関を独立性検定により解析したところ、RPL27A遺伝子の第1エキソン開始点から−7272bp部位の塩基(以下、RP−7272と称する)がTアリルである場合とCアリルである場合とでは、χ2検定で危険率0.01%以下という相関でTアリルの方が脂肪交雑に関する遺伝的能力すなわち育種価が高かった。次に、種雄牛101頭全てを使った分散分析を行ったところ、危険率0.02%でやはりTアリルの方が有意に育種価が高いことが示された。さらに、このSNP部位がTTホモである糸福の後代半きょうだい肥育牛217頭(TT型、CT型の遺伝子型を持つ)について解析したところ、危険率1%でTT型の方がCT型より脂肪交雑育種価が高かった。なお、皮下脂肪厚育種価では有意差は見られなかった。また、このSNP部位がCCホモである糸治の後代半きょうだい肥育牛195頭(CT型、CC型の遺伝子型を持つ)について解析したところ、危険率5%でCT型の方がCC型より脂肪交雑育種価が高かった。なお、ここでも皮下脂肪厚育種価では有意差は見られなかった。
RPL27A遺伝子はリボゾームの構成タンパク質として公知であるが、脂肪交雑との関係は明らかにはされていなかった。
また、「ウシの脂肪交雑形成能力の予測、遺伝子型判定方法」なる用語は、ウシの遺伝子型の判定方法およびウシの遺伝子型を判定し、それにより脂肪交雑形成能力を予測する方法の両方を意味する。
検体としては、血液、精液等の生物体の一部を使用でき、これらから、常法により試料DNAを抽出して判定を行う。
用いる制限酵素としては、例えば、Bsu36I(NEBJ)を用いることができる。
PCRに使用するプライマーは、RP−7272部位を含む領域を増幅するための配列を適宜設計すればよい。
例えば、センスプライマーとして配列番号2、アンチセンスプライマーとして配列番号3で示す配列が挙げられる。
本発明のSNPのTアリルは制限酵素Bsu36Iで切断されるが、Cアリルは切断されない。
これにより、電気泳動で切断の有無を調べることによりSNPタイプが判定できる。
以下、実施例を挙げて本発明を詳細に説明するが、本発明はこれらの実施例に限定されるものではない。
(1)試料の採取
種雄牛については血液あるいは精液を採取、肥育牛については食肉市場で屠殺された個体から脂肪組織を採取して用いた。これらの検体から常法によりゲノムDNAを抽出した。
血液からの抽出にはReadyAmpTM Genomic DNA Purification System(Promega)を、精液および脂肪組織からの抽出にはWizard SV Genomic DNA Purification System(Promega)を用いた。
(2)DNAの増幅
下記プライマーを使用し、下記反応液を、94.0℃で2分間の加熱1サイクルと、94.0℃で30秒、最適アニーリング温度57℃で30秒、ついで72.0℃で1分の加熱を35サイクル繰り返し、最後に72.0℃で5分間加熱してDNAを増幅した。
PCR用プライマー配列は、以下のとおりである。
cctgtttcag agaatctaag tcc(配列番号2)
ctgatcagtt tcacttctag ttcag(配列番号3)
PCR反応液
ゲノムDNA溶液 3.0μl
プライマーミックス(最終) 0.5μM
5×Go taq buffer 4.0μl
Go taq(最終) 0.5 U
dNTPs(最終) 0.2 mM
全量 20.0μl
(3)制限酵素処理
下記反応液を表1に示す所定温度で所定時間インキュベーションして制限酵素処理した後、制限酵素処理反応液を3%Nusieve GTGアガロースゲルで電気泳動した。
RFLP反応液
PCR反応液 2.00μl
10x添付buffer 1.00μl
制限酵素(Bsu361) 最適酵素量
全量 10.00μl
各種のウシ個体について、実施例1と同様にしてSNPタイプを判定し、分散分析により脂肪交雑形成能力との相関関係を統計的に調べた。
分散分析には最小二乗分散分析法を用いて、計算はSASのGLMプロシジャを用いた。独立性検定にはFisherの直接検定またはχ2検定を用いて、計算にはFREQプロシジャを用いた。
(1)大分県種雄牛を用いた予備的相関解析
検出されたSNPと脂肪交雑との相関解析を行う予備的な解析として、脂肪交雑に関する育種価が得られている大分県黒毛和種種雄牛101頭について、肉の脂肪交雑に関する育種価の低い下位群17頭と、高い上位群17頭についてSNP遺伝子型を調べた。
その結果を表2に示す。
その結果を表3に示す。
この結果、上位群において、危険率0.01%以下でTアリルの方が高いことが示され、脂肪交雑に関する遺伝的能力すなわち育種価が高いことが示された。
脂肪交雑は肥育牛の価格を決める重要な因子であり、肉用牛産業に多大な貢献ができ、さらに、肥育技術への貢献のみならず、種牛雄選抜を含めた育種改良への応用も期待できる。
region containing RP-7272
配列番号3:Designed oligonucleotide primer for amplifying bovine RPL27A gene
region containing RP-7272
Claims (5)
- ウシのRPL27A遺伝子であって、第1エキソン開始点から−7272bp部位の塩基がC/Tホモまたはヘテロ型であるウシの脂肪交雑形成能力に関与する遺伝子多型を有するウシのRPL27A遺伝子。
- ウシのRPL27A遺伝子の第1エキソン開始点から−7272bp部位における一塩基多型(SNP)タイプを判定することを特徴とするウシの脂肪交雑形成能力の予測および遺伝子型判定方法。
- SNPタイプの判定を制限酵素断片長多型(RFLP)分析により行う請求項2記載の方法。
- ウシのRPL27A遺伝子の第1エキソン開始点から−7272bp部位を含む領域を増幅するプライマー対を含む請求項2記載の方法によるウシの脂肪交雑形成能力の予測および遺伝子型判定用キット。
- さらに、制限酵素を含む請求項4記載のキット。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2009038007A JP5281920B2 (ja) | 2009-02-20 | 2009-02-20 | ウシ脂肪交雑形成に関わる一塩基多型およびその利用 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2009038007A JP5281920B2 (ja) | 2009-02-20 | 2009-02-20 | ウシ脂肪交雑形成に関わる一塩基多型およびその利用 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2010187636A JP2010187636A (ja) | 2010-09-02 |
JP5281920B2 true JP5281920B2 (ja) | 2013-09-04 |
Family
ID=42814416
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2009038007A Expired - Fee Related JP5281920B2 (ja) | 2009-02-20 | 2009-02-20 | ウシ脂肪交雑形成に関わる一塩基多型およびその利用 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
JP (1) | JP5281920B2 (ja) |
Families Citing this family (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN103181361B (zh) * | 2013-02-01 | 2017-04-12 | 新疆维吾尔自治区畜牧科学院中国-澳大利亚绵羊育种研究中心 | 伊犁马育种方法及其试剂盒 |
Family Cites Families (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2007252271A (ja) * | 2006-03-23 | 2007-10-04 | Kyoto Univ | ウシ脂肪交雑形成能力の遺伝子診断 |
-
2009
- 2009-02-20 JP JP2009038007A patent/JP5281920B2/ja not_active Expired - Fee Related
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
JP2010187636A (ja) | 2010-09-02 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP6483220B2 (ja) | 豚の肉質形質判断用遺伝子マーカー及びその利用 | |
US7625703B2 (en) | Calpastatin (CAST) alleles | |
US7244564B2 (en) | HMGA alleles and use of the same as genetic markers for growth, fatness, meat quality, and feed efficiency traits | |
Chessa et al. | Bovine β-casein: Detection of two single nucleotide polymorphisms by bidirectional allele specific polymerase chain reaction (BAS-PCR) and monitoring of their variation | |
KR20100125907A (ko) | Fasn 유전자내의 한우육 품질 판별용 단일염기다형성 마커 및 이를 이용한 한우육 품질 판별방법 | |
KR101479955B1 (ko) | 소의 AMBP(Alpha-1-microglobulin/bikunin precusor) 유전자를 이용한 한우 경제형질 예측방법 및 이와 관련된 SNP 마커 및 프라이머 세트 | |
Abdel-Kafy et al. | Correlating single nucleotide polymorphisms in the myostatin gene with performance traits in rabbit | |
US20080010696A1 (en) | Method of Determining Gene Relating to Favorable Beef Taste and Texture | |
KR101723185B1 (ko) | 한우 마블링 예측을 위한 폴리뉴클레오티드 및 그 진단방법 | |
KR102019997B1 (ko) | 돈육의 육질 예측용 조성물 및 이를 이용한 간이 신속한 돈육의 육질 예측 방법 | |
JP5281775B2 (ja) | ウシ脂肪交雑形成に関わる一塩基多型およびその利用 | |
CN114921568B (zh) | 一种秦川牛体尺及肉质性状相关的snp分子标记及其应用 | |
JP5281920B2 (ja) | ウシ脂肪交雑形成に関わる一塩基多型およびその利用 | |
CN113186301B (zh) | 一种与肉牛肉质性状相关联的bbs2分子标记及其检测试剂盒 | |
KR101784163B1 (ko) | 돼지의 등지방두께 저감 판단용 snp 마커 및 이의 용도 | |
CA2734364A1 (en) | Gene marker for evaluating genetic potential for marbling in bovine individual and method for evaluating genetic potential for marbling using the same | |
JP2007252271A (ja) | ウシ脂肪交雑形成能力の遺伝子診断 | |
WO2007068936A2 (en) | Diagnostic method | |
KR100615803B1 (ko) | 돼지 acadm 유전자 전사조절 부위의 dna 돌연변이 탐지와이들의 높은 근내지방도를 갖는 돼지의 조기선발을 위한dna 마커로써의 활용 | |
KR101444414B1 (ko) | 한우고기 육질 예측용 조성물 | |
Setyani et al. | The Effect of SNP c. 100800G> A on CAST| Cfr13I Gene Polymorphisms with Ultrasound Imaging of Meat Characteristics and Growth Traits in Bali Cattle | |
KR100961677B1 (ko) | 근내지방도가 우수한 소의 검사방법 | |
JP2018143146A (ja) | ウシ個体における屠畜後の肉中イノシン酸含量の判定方法 | |
KR101339675B1 (ko) | 한우의 육량 형질을 판정하는 방법 | |
JP4430063B2 (ja) | Wfdc1の変異を検出する先天性眼疾患の検査方法 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20101028 |
|
RD04 | Notification of resignation of power of attorney |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A7424 Effective date: 20120309 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20121218 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20130213 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20130312 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20130417 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20130514 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20130527 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 Ref document number: 5281920 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
S111 | Request for change of ownership or part of ownership |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R313117 |
|
S533 | Written request for registration of change of name |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R313533 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R350 | Written notification of registration of transfer |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R350 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
LAPS | Cancellation because of no payment of annual fees |