JP4430063B2 - Wfdc1の変異を検出する先天性眼疾患の検査方法 - Google Patents
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Description
臨床獣医 Vol.20, No.2 (2002) Mammalian Genome. 2005 Sep;16(9):731-737
1.哺乳動物におけるWFDC1の変異を検出することを特徴とする先天性眼疾患の検査方法。
2.WFDC1の変異が、WFDC1をコードする遺伝子の変異又はWFDC1タンパク質の変異を検出することによる前項1に記載の検査方法。
3.以下の工程a)〜c)を含む、前項1又は2に記載の検査方法:
工程a)哺乳動物の核酸試料を得る工程;
工程b)工程a)にて得られた核酸試料を遺伝子増幅反応に付し、哺乳動物のWFDC1遺伝子に存在しうる変異部位を含む領域が増幅された核酸断片を得る工程;
工程c)工程b)で得た増幅された核酸断片を用いてWFDC1の変異の存在を調べる工程。
4.WFDC1の検査方法が、電気泳動法、核酸チップ法、免疫学的手法、制限断片長多型(RFLP)検出法の何れかより選択される方法を用いることによる前項1〜3の何れか1に記載の検査方法。
5.前項4に記載の検査方法における増幅された核酸断片を得るために使用されるプライマー機能を有するオリゴヌクレオチドであって、哺乳動物のWFDC1遺伝子の塩基配列から選択される15〜35個のヌクレオチドからなり、WFDC1遺伝子における先天性眼疾患に関連する変異の部位を含む領域を増幅しうるオリゴヌクレオチド。
6.哺乳動物のWFDC1遺伝子が、家畜、ペット、競争用動物、実験動物となりうる哺乳動物及びヒトから選択されるいずれかのWFDC1遺伝子である前項5に記載のオリゴヌクレオチド。
7.前項5又は6に記載のオリゴヌクレオチドであって、以下の1)〜3)より選択されるいずれかのオリゴヌクレオチド:
1)配列表の配列番号1に示す塩基配列から選択される15〜35個のヌクレオチドからなり、WFDC1遺伝子における先天性眼疾患に関連する変異の部位を含む領域を増幅しうるオリゴヌクレオチド;
2)配列表の配列番号4又は5に示す塩基配列を含むオリゴヌクレオチド;
3)上記1)又は2)に記載のオリゴヌクレオチドの相補鎖。
8.前項5〜7のいずれか1に記載のオリゴヌクレオチドから選択される、少なくとも2種のオリゴヌクレオチドからなるプライマーセットであり、該少なくとも2種のオリゴヌクレオチドが、WFDC1遺伝子における先天性眼疾患に関連する変異の部位を含む領域を増幅しうることを特徴とする一組のプライマーセット。
9.前項5〜7のいずれか1に記載のオリゴヌクレオチドを含む、WFDC1の変異を検出することによる先天性眼疾患の検査用試薬。
10.前項8に記載の一組のプライマーセットを含む、WFDC1の変異を検出することによる先天性眼疾患検査用キット。
工程b)工程a)にて得られた核酸試料を遺伝子増幅反応に付し、哺乳動物のWFDC1遺伝子に存在しうる変異部位を含む領域が増幅された核酸断片を得る工程;
工程c)工程b)で得た増幅された核酸断片を用いてWFDC1の変異の存在を調べる工程。
本発明において、核酸試料とは、例えばゲノミックDNA、cDNA及び/又はmRNAを含む試料をいう。このような核酸を含む試料は、哺乳動物のいずれの部位からも採取することができ、例えば血液、血漿、血清、組織、体液(唾液、汗、鼻汁、精液、リンパ液等)等から採取することができる。核酸試料は、自体公知の一般的な方法により、例えば、モレキュラー クローニング ア ラボラトリー マニュアル、第2版(T.マニアティス他著、コールド スプリング ハーバー ラボラトリー社、1989年発行)に記載の方法により行うことができる。
本発明の検査方法において、工程a)にて得られた核酸試料を遺伝子増幅反応に付し、増幅した核酸断片を用いることができる。遺伝子増幅反応の方法としては、自体公知の方法を用いることができ、遺伝子の解析に必要な領域を増幅できれば特に限定されないが、例えばPCR法、RNAポリメラーゼを利用した核酸増幅法(特開平2−5864号公報、特開平7−203999号公報)や鎖置換増幅法(特公平7−114718号公報、特開平7−88242号公報)、LAMP法、LCR(リガーゼ連鎖反応)法のような核酸増幅法を利用することができる。なかでもPCR法が好ましく用いられる。
工程c)では、工程b)で得られた核酸断片について解析し、変異の存在を調べる。変異の存在の検出方法としては特に限定されず、自体公知の検査方法に適用することができる。例えばWFDC1の検査方法として、電気泳動法、核酸チップ法、制限断片長多型(RFLP)検出法等を例示することができる。さらには得られた核酸断片を基に遺伝子操作により発現させ、発現物質の同定や定量を行うことによっても解析することができる。発現物質の同定はウエスタンブロッティング法などにより、定量はELISA法などにより、免疫学的手法により行うことができる。
本発明の検査用試薬とは、具体的には上記核酸試料に含まれる遺伝子の所望の領域を増幅しうるプライマー、遺伝子増幅に必要な緩衝液、反応試薬、制限酵素、検出試薬(例えば電気泳動用試薬、プローブ等)等から選択されるいずれかいう。特に、本発明において特異的な核酸増幅用プライマーを本発明の試薬として挙げることができる。
本発明の先天性眼疾患検査用キットには、具体的には上記核酸試料に含まれる遺伝子の所望の領域を増幅しうる一組のプライマーセットを含み、さらに核酸増幅に必要な緩衝液、反応試薬、制限酵素、検出試薬(例えば電気泳動用試薬、プローブ等)等から選択されるいずれか1種又は複数を含ませることができる。また、検査のための装置をキットに含めても何ら差し支えない。
1)PCRによる増幅
末梢血及び血清からフェノール/クロロホルム抽出により得たウシの核酸試料を、第2エクソンを含む領域(配列番号3)の一部を増幅しうるよう、以下のフォワードプライマー及びリバースプライマーを用いて、PCR法により核酸を増幅した。
フォワードプライマー 5'-GTAGGCGGAGGAGGTAGGC (配列番号4)
リバースプライマー 5'-GTAGGCGCAGCCGTTGTAG (配列番号5)
鋳型DNA(10ng) 1μ1
2×GC緩衝液 I (TAKARA) 5μl
dNTPs 1μ1
プライマー(各20μM) 各0.25μl
Taq 0.05U
H2O 全量 100μl
上記1)より得た増幅DNA断片をPCR反応液より回収し、該増幅DNA断片をプラスミドベクターにクローニングし、その塩基配列をジデオキシ法によって決定した。
実施例1のPCR法により得た増幅DNA断片をPCR反応液より回収し、該DNA断片を直接電気泳動に付した。その結果を図4に示した。正常ウシの場合と、キャリアー又は眼疾患表現型(Affected)のウシの場合では、異なる位置にバンドが認められた。
WFDC1遺伝子の第2エクソンの領域において、ミスマッチプライマーを用いて変異部位の近辺に、変異の場合に制限酵素BglI の認識配列(5'-GCCNNNNNGGC:配列番号8)が得られるように特定の塩基配列(GCCCCC:配列番号9)からなるポリヌクレオチドを組み込んだ。該当箇所を含む領域を、配列表の配列番号7及び8に記載のプライマーセットを用いて、PCR法による核酸増幅方法により増幅して核酸断片を得た。得られた増幅産物を、制限酵素BglIを作用させた後に電気泳動することにより、解析を行った(図5参照)。理論的には、変異が認められる場合には制限酵素で切断され、正常な場合には、制限酵素では切断されなかった(図6参照)。
リバースプライマー 5'-GCGTGCAGCCTG GCAGGCGCCGG (配列番号7)
Claims (9)
- 哺乳動物におけるWFDC1をコードする遺伝子の第2エクソン領域(配列番号2)の第67−72番目におけるC(シトシン)の数の変異を検出することを特徴とする先天性眼疾患の検査方法。
- 以下の工程a)及びb)を含む、請求項1に記載の検査方法:
工程a)哺乳動物から得られた核酸試料を遺伝子増幅反応に付し、当該哺乳動物のWFDC1遺伝子に存在しうる変異部位を含む領域が増幅された核酸断片を得る工程;
工程b)工程a)で得た増幅された核酸断片を用いてWFDC1の変異の存在を調べる工程。 - WFDC1の検査方法が、電気泳動法、核酸チップ法、免疫学的手法、制限断片長多型(RFLP)検出法の何れかより選択される方法を用いることによる請求項1又は2に記載の検査方法。
- 請求項3に記載の検査方法における増幅された核酸断片を得るために使用されるプライマーであって、哺乳動物のWFDC1遺伝子の塩基配列から選択される15〜35個のヌクレオチドからなり、WFDC1遺伝子の第2エクソン領域(配列番号2)の第67−72番目におけるC(シトシン)の数の変異の部位を含む領域を増幅しうるプライマー。
- 哺乳動物のWFDC1遺伝子が、家畜、ペット、競争用動物、実験動物となりうる哺乳動物及びヒトから選択されるいずれかのWFDC1遺伝子である請求項4に記載のプライマー。
- 請求項4又は5に記載のプライマーであって、以下の1)〜3)より選択されるいずれかのプライマー:
1)配列表の配列番号1に示す塩基配列から選択される15〜35個のヌクレオチドからなり、WFDC1遺伝子の第2エクソン領域(配列番号2)の第67−72番目におけるC(シトシン)の数の変異の部位を含む領域を増幅しうるプライマー;
2)配列表の配列番号3又は4に示す塩基配列を含むプライマー;
3)上記1)又は2)に記載のプライマーの相補鎖。 - 請求項4〜6のいずれか1に記載のプライマーから選択される、少なくとも2種のプライマーからなるプライマーセットであり、該少なくとも2種のプライマーが、WFDC1遺伝子における第2エクソン領域(配列番号2)の第67−72番目におけるC(シトシン)の数の変異の部位を含む領域を増幅しうることを特徴とする一組のプライマーセット。
- 請求項4〜7のいずれか1に記載のプライマーを含む、WFDC1の変異を検出することによる先天性眼疾患の検査用試薬。
- 請求項7に記載の一組のプライマーセットを含む、WFDC1の変異を検出することによる先天性眼疾患検査用キット。
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