JP5184077B2 - ヘッジホッグシグナリングのrna干渉モジュレーター及びその利用 - Google Patents
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Description
本発明は、RNA干渉(RNAi)を利用するヘッジホッグシグナリングと拮抗するための方法及び試薬を企図する。ヘッジホッグシグナリングの拮抗作用は、細胞の望ましくない増殖、成長、分化又は生存の少なくとも一つを低減させ又は阻害するために利用することができる。細胞のかかる望ましくない増殖、成長、分化又は生存は、多くの形態の癌を含む状況において認めうる。
一具体例において、該望ましくない細胞増殖は、癌である。
一具体例において、該望ましくない細胞増殖は、良性の肥厚である。
一具体例において、当該癌は、尿生殖器の癌である。
一具体例において、該siRNAアンタゴニストは、プラスミド(RNAi発現ベクター)からの転写又は外因性の合成後に形成されるsiRNAである。
一具体例において、該siRNAは、21〜23ヌクレオチド長である。
一具体例において、該siRNAは、一層長い少なくとも25、50、100、200、300、400、又は400〜800塩基長の二本鎖RNAのヌクレアーゼダイシングにより生成される断片である。
一具体例において、該3’オーバーハングは、プリンヌクレオチドのアデノシン又はグアノシンを含有することにより分解に対して安定化される。
一具体例において、該RNAiは、該標的核酸配列と同一若しくは実質的に同一である二本鎖RNAの長いストレッチ、又は該標的核酸配列の一領域にのみ同一若しくは実質的に同一である二本鎖RNAの短いストレッチの何れかを含む。
一具体例において、該標的配列は、非ヒト配列である。
一具体例において、該標的配列は、表X又はYに列記した配列の何れか一つの同族体であるが、表X又はYに列記されたもの自体ではない。
この発明の他の面は、肺細胞における界面活性物質産生を刺激する方法であって、該細胞を、界面活性物質産生を刺激するのに有効な量のヘッジホッグRNAiアンタゴニストと接触させることを含む当該方法を提供する。
一具体例において、該細胞の望ましくない細胞の成長、増殖又は生存は、癌である。
図1 ヘッジホッグシグナリング経路(Michelson, Sci. STKE, 2003(192): PE30,Jul.22, 2003から改作)。
図2 ヒトShhに対する短いヘアピンsiRNAアンタゴニストがHEK−293細胞におけるShh発現を阻害することを示している。
図3 短いヘアピンsiRNAが、Ihh及びDhhと比較してヒトShhに対して特異的であることを示している。
図4 マウスの胎児及び成体の肺におけるgli−1遺伝子発現を描いている。
図5 gli−1発現と肺の成熟のマーカーの発現と間の反比例を示している。E13.5とE16.5の間で、gli−1の発現は減じるが、成熟マーカーのC型界面活性物質(Sp−C)の発現は増えている。
図6 マウス胎児肺のコンパウンドB処理の、gli−1発現に対する効果を示している。
図7 コンパウンドB処理が、マウス胎児肺におけるC型界面活性物質産生を増大させることを示している。
図8 コンパウンドB処理を受けた肺のII型肺胞細胞が、界面活性物質産生ラメラ体の存在により証明されるように未成熟分化することを示している。
図9 胎児肺培養物のコンパウンドBでの処理が、gli−1の発現を減じることを示している。
図10 胎児肺培養物のコンパウンドBでの処理が、成熟マーカーSp−Cの発現を増大させることを示している。処理後に認められたSp−Cの誘導は、公知の肺成熟因子での処理後に認められたものに匹敵する。
図11 胎児肺培養物のヘッジホッグアゴニストでの処理が反対の効果を有することを示している。ソニックヘッジホッグ又はアゴニストZでの処理は、gli−1発現を増大させて、Sp−C発現を減少させる。
図12 イン・シトゥーハイブリダイゼーション法により可視化した、乳癌組織におけるgli−1発現を示している。
図13 イン・シトゥーハイブリダイゼーション法により可視化した肺癌におけるgli−1発現を示している。
図14 イン・シトゥーハイブリダイゼーション法により可視化した、前立腺癌におけるgli−1発現を示している。
図15 イン・シトゥーハイブリダイゼーション法により可視化した良性前立腺肥厚におけるgli−1発現を示している。
図16 (A)新生マウスのptc−1(d11)lacZ膀胱上皮におけるPtc−lacZ導入遺伝子発現を示している。LacZ発現は、増殖中の尿路上皮細胞において検出されえ、隣接する間充織細胞において一層弱く検出されうる。(B)成体マウス膀胱上皮におけるGli−1発現。Gli−1発現は、増殖中の尿路上皮細胞において検出されうる。
図17 gli−1及びshhの正常な成体の膀胱及び市販の膀胱癌における発現を示している。
図18 市販の8種類の膀胱癌細胞株におけるshh及びgli−1の発現を示している。調べた8種類すべての細胞株は、ヘッジホッグシグナリングに関与する遺伝子を発現している。
図19 shh、ptc−1、smo、gli−1、gli−2及びgli−3の、市販の膀胱癌細胞株並びに胎児脳における発現を示している。
図20 gli−Lucアッセイの図式表示を示している。
図21 膀胱癌細胞共培養物におけるgli−Lucアッセイの結果を示している。S12細胞の、細胞株5637又は細胞株RT4との共培養は、レポーター遺伝子の活性化を生じ、これは、これらの細胞株がヘッジホッグシグナリングを活性化することができることを示している。
図22 Shh抗体5E1が、RT−4/S12共培養におけるレポーター遺伝子の活性化を阻害することを示している。
図23及び24 Shh抗体5E1の投与が、ヌードマウス膀胱癌モデルにおいて、イン・ビボで腫瘍成長を阻害することを示している。
図25 Shh抗体5E1の投与が、ヌードマウス膀胱癌モデルにおいて、イン・ビボでgli−1の発現を減少させることを示している。
図26 shhが、前立腺癌試料において発現されることを、イン・シトゥーハイブリダイゼーション法により可視化して示している。
図27 Q−RT−PCRにより、gli−1の、正常な成体の前立腺及び前立腺癌における発現を示している。
図28 shh及びgli−1の、3種類の前立腺癌細胞株における発現を、正常前立腺細胞株における発現と比較して示している。
図29 前立腺癌細胞株が、gli−Lucイン・ビトロアッセイにおいて、S12細胞と共培養した際に、ルシフェラーゼの発現を増大させることを示している。
図30 拮抗性抗体5E1が、gli−Lucイン・ビトロアッセイにおいて、前立腺癌細胞におけるルシフェラーゼの誘導を阻害することを示している。
図31 shhの、ヒトBPH試料における前立腺上皮及び間質における発現を示している。
図32 イン・シトゥー放射性ハイブリダイゼーションにより測定したヒトBPH試料の前立腺間質におけるgli−1の発現を示している。
図33 shh及びパッチト−1が、正常前立腺組織において、短距離−長距離パターンで、近位即ち中心領域で起きる遺伝子発現の最高レベルで発現されることを示している。
図34 shh及びgli−1のBPH試料における発現を示して、遺伝子発現のレベルをBCC試料と比較している。
図35 shh及びgli−1のBPH細胞株における発現を示して、遺伝子発現のレベルを、BCC試料、正常前立腺、及び前立腺癌のそれと比較している。
図36 shhの、様々な大腸、肺、卵巣、腎臓及び肝臓のヒト癌細胞株における発現を示している。shhの発現は、shhが幾つかの多様な組織型に由来するヒト癌細胞株で様々な程度に発現されることを示すQ−RT−PCRを利用して測定される。
図37 大腸、肺、乳房、メラノーマ、卵巣、前立腺、膵臓及び腎臓組織に由来する様々な継代された腫瘍におけるshhの発現を示している。shhの発現は、shhが、幾つかの多様な組織型に由来する継代された腫瘍において、様々な程度に発現されることを示すQ−RT−PCRを利用して測定される。
図38 正常なヒトの胃、前立腺、脾臓、小腸、大腸、胆嚢、虫垂及び腎臓組織におけるヘッジホッグタンパク質の発現を示している。ヘッジホッグタンパク質の発現は、ポリクローナル抗ヘッジホッグ抗体を利用する免疫組織化学により検査された。
図39 ヘッジホッグタンパク質の、唾液腺、食道、膵臓、甲状腺、大腸、子宮内膜、腎臓及び前立腺組織に由来するヒトの腫瘍における発現を示している。ヘッジホッグタンパク質の発現は、ポリクローナル抗ヘッジホッグ抗体を利用する免疫組織化学により検査された。
図40 膵臓腫瘍の試料におけるヘッジホッグタンパク質の、正常な膵臓組織におけるヘッジホッグタンパク質発現と比較して増大された発現を示している。ヘッジホッグタンパク質の発現は、ポリクローナル抗ヘッジホッグ抗体を利用する免疫組織化学により測定された。
図41 Shhブロッキング抗体5E1が、Shh発現性大腸癌細胞株HT−29と繊維芽細胞の組合せを注射されたマウスに投与された場合に腫瘍の大きさを減少させることを示している。
図42 Shhブロッキング抗体5E1が、Shh発現性大腸癌細胞株HT−29と繊維芽細胞の組合せを注射されたマウスに投与された場合に腫瘍の大きさを減少させることを示している。
図43 Shhブロッキング抗体5E1の遅延させた投与は、Shh発現性大腸癌細胞株HT−29と繊維芽細胞の組合せを注射されたマウスに投与された場合に腫瘍の大きさを減少させることを示している。
図44 Shhブロッキング抗体5E1の遅延させた投与は、Shh発現性大腸癌細胞株HT−29と繊維芽細胞の組合せを注射されたマウスに投与された場合に腫瘍の大きさを減少させることを示している。
図45 Shhブロッキング抗体5E1の投与が、HT−29/繊維芽細胞混合腫瘍におけるアポトーシスを増大させることを示している。
図46 Shhブロッキング抗体5E1の遅延させた投与が、Shh発現性大腸癌細胞株HT−29を注射されたマウスに投与した場合に、腫瘍の大きさを減少させることを示している。
図47 Shhブロッキング抗体5E1の遅延させた投与が、Shh発現性大腸癌細胞株HT−29を注射されたマウスに投与した場合に、腫瘍の大きさを減少させることを示している。
図48 Shh発現性大腸癌細胞株HT−29を注射されたマウスへの、Shhブロッキング抗体5E1の遅延させた投与が、gli−1mRNAの発現を減少させることを示している。
図49 ヘッジホッグ発現性膵臓癌細胞株SW1990を注射されたマウスへの、Shhブロッキング抗体5E1の投与が、腫瘍重量を減少させることを示している。
図50 ヘッジホッグ発現性膵臓癌細胞株SW1990を注射されたマウスへの、Shhブロッキング抗体5E1の投与が、腫瘍の大きさを減少させ、該腫瘍内の広範囲の壊死を生じることを示している。
図51 ヘッジホッグ発現性膵臓癌細胞株SW1990を注射されたマウスへの、Shhブロッキング抗体5E1の投与が、腫瘍の体積を減じることを示している。
図52 ヘッジホッグ発現性膵臓癌細胞株CFPACを注射されたマウスへの、Shhブロッキング抗体5E1の投与が、腫瘍の重量を減じることを示している。
図53 ヘッジホッグ発現性膵臓癌細胞株CFPACを注射されたマウスへの、Shhブロッキング抗体5E1の投与が、腫瘍の体積を減じることを示している。
図54 ヘッジホッグ非発現性大腸癌細胞株SW480を注射されたマウスへの、Shhブロッキング抗体5E1の投与が、腫瘍の体積に影響しないことを示している。
図55 ヒトの癌におけるヘッジホッグの発現を示している:(a、d)ヒトの乳腺管癌から採られた生検材料におけるヘッジホッグの免疫反応性。癌性上皮(矢印)に存在して上昇したHhレベルを示している、隣接する正常管上皮(矢尻)より一層強い免疫反応性に注意されたい。(b、e)十分分化したボーダーライン漿液性腺癌(b)と僅かしか分化してない腺癌(e)を含む2つの型の卵巣癌におけるヘッジホッグ染色。(c、f)十分分化した(c)及び僅かしか分化してない高度に侵襲性の癌(f)の両者における発現を示す子宮癌の試料におけるヘッジホッグ免疫反応性。
1.概観
RNA干渉(RNAi)は、二本鎖(ds)RNA依存性の遺伝子特異的な転写後サイレンシングを記述する現象である。この現象を哺乳動物細胞の実験操作に利用する初期の試みは、長いdsRNA分子に応答して活性化される強い非特異的な抗ウイルス防御機構によってくじかれた。Gil等、Appoptosis 2000, 5:107-114。この分野は、合成の21ヌクレオチドの二本鎖RNAが哺乳動物細胞における遺伝子特異的なRNAiを、一般的な抗ウイルス防御機構を呼び出すことなく、媒介することができることが示されたことにより、有意に進歩した。Elbashir等、Nature 2001, 411:494-498;Caplen等、Proc.Natl.Acad.Sci.2001, 98:9742-9747。結果として、小型の干渉性RNA(siRNA)が、遺伝子機能を詳細に分析するための強力な道具となった。小型RNAの化学合成は、将来有望な結果を生成してきた一本の道である。多くのグループが、細胞内でかかるsiRNAを生成することのできるDNAベースのベクターの開発をも追及してきた。幾つかのグループが、このゴールに到達して、一般に、細胞内で効率的にプロセッシングを受けてsiRNAを形成する短いヘアピン(sh)RNAの転写を含む類似のストラテジーを公開した。Paddison等、PNAS 2002,99:1443-1448;Paddison等、Genes & Dev 2002, 16:948-958;Sui等、PNAS 2002, 8:5515-5520;及びBrummelkamp等、Science 2002, 296:550-553。これらの報告は、多くの内因的及び外因的に発現された遺伝子を特異的に標的とすることのできるsiRNAを生成する方法を記載している。
便宜のために、この明細書、実施例及び添付の請求の範囲で用いた幾つかの用語を、ここに集めた。
分泌されるシグナリング分子をコードするヘッジホッグは、最初、キイロショウジョウバエにおいて必須の胚パターニング遺伝子として同定された。Hhファミリーのメンバーは、その後、ヒトを含む多様な種で発見され、そこでは、それらは、広範な発生的効果を発揮している(例えば、Ho及びScott, Curr.Opin.Neurobiol. 12,57-63, 2002;Ingham及びMcMahon, Genes Dev. 15,3059-3087, 2001参照)。更に興味深いことには、異常なHHシグナリングは、幾つかの型の癌を含む幾つかのヒトの病気と関係している(総説としては、Bale, Annu.Rev.Genomics Hum.Genet. 3,47-65, 2002;Taipale及びBeachy, Nature 411,349-354, 2001を参照されたい)。集中的な遺伝学的及び生化学的研究から、下記のHhシグナリング経路の概要が現れた(図1)(総説としては、Nybakken及びPerrimon, Curr.Opin.Genet.Dev. 12,503-511, 2002を参照されたい)。
Lum等(前出)で用いられたRNAiアプローチは、任意所定の生物の全ゲノムをカバーするように、特に、多くの樹立された細胞株を容易に入手できる蠕虫、ショウジョウバエ、魚、ゲッ歯類、及びヒトなどのモデル生物において拡張することができる。Lum等(前出)は、配列決定されたショウジョウバエゲノムにより与えられた情報(Morrison等、J.Cell Biol. 150, F57, 2000)を利用して、かかる大規模なキナーゼ−ホスファターゼRNAiライブラリースクリーニングの例を与えている。その結果、4つの更なるHHシグナリング成分が同定された。かかる予備的なイン・ビトロスクリーニングは、高スループット様式で行なって、一生物中の全遺伝子の、又は少なくともその生物中の遺伝子の特定のサブセット例えば全キナーゼなどの迅速スクリーニングを可能にすることができる(Lum等、前出参照)。これらのイン・ビトロスクリーニングから得られた結果は、イン・ビボで又は他の独立のアッセイで確認して、任意の同定されたHHシグナリング経路成分の役割を確認することができる。これらの確認された成分を、次いで、特異的RNAiアンタゴニストスクリーニングのために選択して、最終ゴールのHHシグナリングの調節をイン・ビトロ及びイン・ビボの両方で達成することができる。明らかに、伝統的な遺伝学的、生化学的手段も又(単独で又は組み合わせて)、更なるHHシグナリング経路化合物を同定するために利用することができる。
RNAi構築物は、標的遺伝子の発現を特異的にブロックすることのできる二本鎖RNAを含む。従って、RNAi構築物は、特定の遺伝子の発現を特異的にブロックすることによって、アンタゴニストとして作用することができる。「RNA干渉」即ち「RNAi」は、最初、植物及び蠕虫で認められた現象であって、二本鎖RNA(dsRNA)が遺伝子発現を特異的に且つ転写後様式でブロックする当該現象に適用された用語である。理論に拘束されるものではないが、RNAiは、mRNA分解を含むようであるが;その生化学的機構は、現在、活発に研究されている領域である。作用機構に関して幾分不明確であるにもかかわらず、RNAiは、遺伝子発現をイン・ビトロ又はイン・ビボで阻害する有用な方法を提供する。
本発明の他の特徴は、細胞の分化状態、生存及び/又は増殖を調節する方法に関する。
患者における遺伝子発現を迅速に評価する能力は、医師が特定の病気の治療のための適当な医薬を選択する手段を根本的に変えることを約束する。病気の組織の遺伝子発現プロフィルを得て、治療方法をその遺伝子発現プロフィルに基づいて選択することができる。この方法論は、所定の治療剤の作用の分子機構が既知の場合に、特に有効である。換言すれば、もし抗腫瘍剤が、特定の癌タンパク質を阻害することにより作用するならば、特定の癌がその癌遺伝子を発現するかどうかを、抗腫瘍剤でその癌の治療を試みる前に知ることは望ましいことである。発現プロファイリングが一層早く、安くそして信頼できるものになれば、かかる情報は、治療選択の日常的部分となり、効果のない治療プロトコールを最少にして、適当な治療剤の一層迅速な適用を可能にすることができる。
この発明のRNAi構築物は又、取込み、分配及び/又は吸収を助けるために、他の分子、分子構造又は化合物の混合物(例えば、リポソーム、ポリマー、レセプター標的分子、経口、直腸、局所投与用若しくは他の配合物)と、混合し、カプセル封入し、結合体化し或は会合させることもできる。主題のRNAi構築物は、透過性増進剤、キャリアー化合物及び/又はトランスフェクション因子をも含む配合物で提供することができる。
呼吸障害症候群は、肺の肺胞における不十分な表面活性物質から生じる。脊椎動物の肺は、肺の膨張中に表面張力を上昇させ且つ肺の収縮中には減少する脂質とタンパク質の複雑な混合物である表面活性物質を含んでいる。肺の収縮中、表面活性物質は、肺胞をつぶす表面力がなくなるように減少する。呼息中つぶれなかった膨らんだ肺胞は、血液と肺胞ガスの間での連続的な酸素と二酸化炭素の輸送を可能にし、その後の吸息中に膨張するのにずっと小さい力しか必要としない。膨張中、肺の表面活性物質は、肺胞表面積が増大するにつれて表面張力を増大させる。膨張中の肺胞におけるすすぎ表面張力は、それらの空気を含んだ空間における過剰膨張に対抗し、吸入された空気を十分空気を含んでいない肺胞へそらし、それにより一様な肺の吸気を促進する傾向がある。
ヒトの腫瘍におけるヘッジホッグ経路の活性化
ヘッジホッグシグナリングは、基底細胞癌(BCC)の発生の原因となる役割を演じる。ヘッジホッグシグナリングを分析して、この経路が、他のヒト腫瘍特に前立腺、肺及び乳癌並びに良性の前立腺肥厚において活性であるかどうかを測定した。ヘッジホッグタンパク質は、様々な細胞型に対する公知の増殖因子である。ヘッジホッグは、様々な細胞型に対する公知の増殖効果を有するので、ヘッジホッグアンタゴニストは、高レベルのヘッジホッグシグナリングの存在する癌に対する価値ある治療剤でありうる。
細胞遺伝学及び突然変異のデータは、ヘッジホッグ活性化が膀胱癌の原因の役割を演じていることを示唆している
膀胱癌において見出された細胞遺伝学的な及び分子の変化は、不均一である。癌における第一の、特異的な変異の確立において、高二倍体性により達成される複雑な、複数の染色体の変化を未だ有しない近二倍体癌を試験することは、しばしば有用である。Gibas等は、膀胱の移行上皮癌の9例中の4例において、第9染色体のモノソミーを見出した(Gibas等(1984) Cancer Research 44:1257-1264)。これらの内の3つにおいて、核型は、近二倍体であり、1つにおいては、モノソミー9が、認められた唯一の異常であった。それ故、第9染色体のモノソミーは、かかる癌の亜群において悪性トランスフォーメーションを開始しうる。
ヘッジホッグシグナリング及びヘッジホッグ経路遺伝子の発現を、ヒト膀胱癌及び幾つかの膀胱癌細胞株において分析した。これらの組織における遺伝子発現を、定量的リアルタイムPCR(Q−RT−PCR)を利用して測定した。これらの結果は、図17〜19にまとめてあるが、ヘッジホッグ経路遺伝子が膀胱癌細胞株において発現されることを示している。
試験した8つの膀胱癌細胞株中のヘッジホッグシグナリング経路の成分の発現は、ヘッジホッグシグナリングが膀胱癌細胞において活性であることを示唆した。しかしながら、観察された遺伝子発現は、機能的シグナリングの指標たりえない。機能的ヘッジホッグシグナリングが膀胱癌細胞株において生じるかどうかを評価するために、gli−Lucイン・ビトロアッセイを利用した。このアッセイを、図20に図式的にまとめた。簡単にいえば、ヘッジホッグに応答性のルシフェラーゼレポーター遺伝子を発現する10T1/2(S12)繊維芽細胞が、ヘッジホッグシグナリングの指標として機能する。これらの細胞を機能的ヘッジホッグタンパク質と接触させた場合に、ヘッジホッグシグナリング経路が、S12細胞内で活性化されて、ルシフェラーゼが発現される。ここに提示した実験において、S12細胞は、膀胱癌細胞と共存培養される。もし膀胱癌細胞株が、機能的ヘッジホッグタンパク質を分泌するならば、ルシフェラーゼ発現が、隣接するS12細胞において活性化されるであろう。
膀胱腫瘍細胞のヌードマウスへの注入は、腫瘍形成を誘導する。Shh抗体5E1の、上記のイン・ビトロgli−Lucアッセイにおいてヘッジホッグシグナリングを阻止する能力に基づいて、5E1の、膀胱細胞腫瘍のイン・ビボでの増殖を阻止する能力を試験した。簡単にいえば、ヌードマウスに。107のRT−4細胞を皮下注射した。これらのマウスを2群に分けて、5E1で又は対照用IgG抗体で処理した。図23及び24は、5E1での処理が、腫瘍の寸法を、対照用IgGでの処理と比較して、有意に減少させたことを示している。この特定の実験で利用した手順(マトリゲルを用いる腫瘍細胞の注射)の故に、これらの腫瘍が、マトリゲルマトリクス(=100μlの注射容積)のために最初に100mm3の平均寸法を有していたことに注意することは重要である。マトリゲルは、濡れた氷の上に保持すれば液体であるが、注射に際して凝固する。従って、5E1群の平均腫瘍寸法は、実験の最後に、処理の開始時のそれとほぼ等しい。結果は、高度に統計的に有意である(スチューデントのt検定:p=0.017)。このモデルは又、小分子及びポリペプチドアンタゴニストを含む他のヘッジホッグアンタゴニストのイン・ビボの効力を評価する手段をも提供するということに注意すべきである。
ヘッジホッグシグナリングは、正常な前立腺の発生において、重要な役割を演じている。ソニックヘッジホッグは、前立腺の成長に必要であり、Shhの発現は、前立腺の導管分岐に強く相関している(Podlasek等(1999) Developmental Biology 209:28-39)。適当な前立腺の分岐におけるshhの必須の役割を支持する最近の証拠は、胎児の前立腺のヘッジホッグアンタゴニストのシクロパミンでの処理が成長及び分岐を阻止することを示している(W.Bushman, 未公開の結果)。加えて、成体マウスの前立腺におけるヘッジホッグシグナリングの低レベルの維持は、胎児前立腺の初期の成長及び分岐におけるこの初期の役割を超えるヘッジホッグシグナリングの更なる役割を示唆している。
shh及びgli−1の発現を、ヒト前立腺癌試料及び市販の前立腺癌細胞株において試験した。図26は、ヒトの前立腺癌試料のイン・シトゥーハイブリダイゼーション分析を示しており、豊富なshh発現を示している。図27は、前立腺癌細胞における高レベルのgli−1発現を示している(Q−RT−PCRにより測定)。最後に、図28は、shh及びgli−1の両方の発現を、Q−RT−PCRによって、市販の3つの前立腺癌細胞株において試験した。これらの結果は、ヘッジホッグシグナリングが3つのすべての市販の細胞株で起きることを示している。
前立腺癌試料及び細胞株におけるヘッジホッグシグナリング経路の成分の発現は、ヘッジホッグシグナリングが前立腺癌において活性であることを示唆している。しかしながら、認められた遺伝子発現は、機能的シグナリングの指標たりえるものではない。機能的ヘッジホッグシグナリングが前立腺癌細胞株で生じるかどうかを評価するために、gli−Lucイン・ビトロアッセイを行なった。このアッセイは、上に概説したが、図20に図式表示してある。簡単にいえば、ヘッジホッグに応答性のルシフェラーゼレポーター遺伝子を発現する10T1/2(S12)繊維芽細胞が、ヘッジホッグシグナリングの指標として機能する。これらの細胞を機能的ヘッジホッグタンパク質と接触させた場合、ヘッジホッグシグナリング経路がS123細胞内で活性化されて、ルシフェラーゼが発現される。ここに提示した実験においては、S12細胞を前立腺癌細胞と共存培養する。もし前立腺癌細胞株が機能的ヘッジホッグタンパク質を分泌すれば、ルシフェラーゼ発現が、隣接するS12細胞において活性化されるであろう。
上記のように、ヘッジホッグシグナリングは、初期前立腺パターニングにおける重要な役割及び成体前立腺の維持における役割の両方を有するようである。前立腺癌は、成体前立腺におけるヘッジホッグシグナリングの誤調節の一つの潜在的影響であるが、ヘッジホッグ発現と相関すると思われる他の一般的な前立腺の病気は、良性前立腺肥厚(BPH)である。
ヒトのBPH試料におけるソニックヘッジホッグ及びgli−1の発現を試験した。図31及び32は、ヒトのBPH試料のイン・シトゥーハイブリダイゼーション分析を示しており、Shhとgli−1の両方がBPHにおいて豊富に発現されていることを示している。その上、図33は、Shhが、前立腺中で偏在的に発現されるのではなく、むしろ前立腺の近位中心域にヘッジホッグ及びptc−1転写物の両方の最高レベルを有する勾配で存在することを示している。
本発明の方法及び組成物が細胞の増殖、成長、分化又は生存の阻止において有用でありうる組織の範囲を更に評価するために、正常な及び癌様のヒト組織の範囲においてヘッジホッグ発現を分析した。発現を、ヘッジホッグmRNAのレベル(定量的RT−PCRを利用)とヘッジホッグタンパク質のレベル(免疫組織化学による)の両方で試験した。
腫瘍の成長は、増殖、血管形成、細胞死の阻止、及び多くの他の複雑な癌細胞と周囲の組織との間の相互作用を必要とする複雑な過程である。ヘッジホッグシグナリングが腫瘍の成長及び進行に影響を及ぼすことのできる更なる機構は、増殖、血管形成及び細胞死の阻止を増進させる因子の誘導によるものである。例えば、ソニックヘッジホッグは、繊維芽細胞においてVEGFを誘導することが示されている。従って、ヘッジホッグアンタゴニストの利用は、ヘッジホッグシグナリングが、腫瘍形成を促進する因子を誘導するのを防止し、それ故、腫瘍の形成又は進行を阻止することができる。
このモデルを扱うのを助けるために、ヘッジホッグを発現する大腸癌細胞と繊維芽細胞の組合せを注射されたマウスにおいて腫瘍成長を阻止する拮抗性ヘッジホッグ抗体5E1の能力を研究した。2つの実験を行なって、ヘッジホッグを発現する大腸癌細胞を注射されたマウスにおける腫瘍寸法に対する5E1処理の効果を評価した。第一の実験においては、5E1又はPBS対照での処理を、腫瘍細胞の注射と同じ日に開始した。その結果は、図41及び42にまとめてあるが、5E1での処理が腫瘍の寸法、重量及び成長速度を、PBSで処理されたマウスと比較して、有意に減少させたことを示している(図41及び42)。この実験を、類似の性質を有する2つの別個の大腸癌細胞株を利用して行なった。
類似の実験を行なって、HT−29細胞のみの移植に由来する腫瘍の成長、増殖及び生存の減少におけるヘッジホッグアンタゴニストの効力を評価した。ヘッジホッグを発現するHT−29大腸癌細胞を、上で詳述したように、ヌードマウスに皮下注射した。図46及び47は、ヘッジホッグアンタゴニスト5E1の遅延させた投与が、かかる腫瘍のイン・ビボでの成長を、対照用PBSで処理した腫瘍と比較して、有意に低減させることを示している。これらの結果と一致して、5E1での処理は又、これらの腫瘍におけるgli−1の発現をも、対照用PBSで処理した腫瘍と比較して、有意に低減させる(図48)。
我々は、以前に、ヘッジホッグmRNA及びタンパク質が、幾つかの膵臓癌細胞株並びにヒトの膵臓組織の初代培養試料において発現されることを示した。ヘッジホッグ発現性膵臓癌細胞株の存在を仮定して、我々は、ヘッジホッグシグナリングの拮抗性の、ヌードマウス中の異種移植片における膵臓癌細胞の成長、増殖及び生存を減少させる能力を試験した。ヘッジホッグ発現性の膀胱、前立腺及び大腸癌細胞株の異種移植片を用いて観察された結果と同様に、ヘッジホッグアンタゴニストの投与は、ヘッジホッグ発現性膵臓癌細胞の異種移植片により生成された腫瘍の大きさ及び生存を減少させる。
SW−1990は、ヘッジホッグ発現性膵管腺癌細胞株である。ヘッジホッグアンタゴニストの投与の膵臓腫瘍を治療する潜在的効力を評価するために、腫瘍を、ヌードマウスに、SW−1990細胞の皮下注射によって発生させた。これらの実験において、SW−1990細胞を、繊維芽細胞の非存在下で注射した。これらのSW−1990細胞を受けた動物を、2つの群に分割して、直ちに、ヘッジホッグブロッキング抗体5E1又はPBSを用いて治療を開始した。5E1を受けた動物は、2mg/kgの投与量で、毎週一回静脈投与を受けた。
ヘッジホッグシグナリングの阻止がヘッジホッグ発現性の膵臓腫瘍の成長、増殖及び生存の阻害において効力を有することを示すこれらの結果を更に確認するために、類似の実験を、他のヘッジホッグ発現性膵臓腫瘍細胞株CF PACを用いて行なった。SW1990と同様に、CF PACは、ヘッジホッグを発現する膵管腺癌細胞株である。SW1990異種移植片を生成させて、ヘッジホッグアンタゴニスト5E1の該異種移植片における効力を試験したのと類似の方法を用いて実験を行なった。これらの2つの実験における唯一の違いは、5E1処理を、CF−PAC細胞の投与後約11日経つまで遅らせたことである。
増殖過剰細胞の成長、増殖及び生存の調節におけるヘッジホッグシグナリングの拮抗性の効力を、ヘッジホッグを発現しない癌細胞株を利用して調べた。如何なる特定の理論にも束縛されるものではないが、ヘッジホッグシグナリングの拮抗性が、ヘッジホッグシグナリングが既に亢進している細胞の成長、増殖及び生存の調節において最も効果的であることはありうることである。かかる細胞には、例えば、ヘッジホッグシグナリング経路の成分に変異を含む細胞であって、該変異がヘッジホッグシグナリングのアクチベーターの機能亢進又はヘッジホッグシグナリングのレセプター(例えば、パッチト)の機能喪失の少なくとも一つを生じる当該細胞が含まれる。
前述の実験は、細胞増殖に対するヘッジホッグRNAiアンタゴニストの効果を試験するための、イン・ビトロとイン・ビボの両方のモデルを与える。これらのモデルは、RNAiアンタゴニストの範囲を、細胞の成長及び増殖を阻止する能力について試験するためのアッセイを提供する。かかるスクリーニングは、リードRNAi構築物を同定するための初期のアッセイにおいて利用することができ、候補のRNAiアンタゴニストの相対的効力を評価するためにも利用することができる。
下記の実験は、ある種のsiRNA構築物例えば、標的細胞にトランスフェクトされたプラスミドから転写された短いヘアピンsiRNA(shsiRNA)の効力及び特異性を示す。
0.4μgpcDNA3.1−hShh+0、50又は250pモルsiRNA#1;
0.4μgpcDNA3.1−hIhh+0、50又は250pモルsiRNA#1;
0.4μgpcDNA3.1−hDhh+0、50又は250pモルsiRNA#1;及び、
0.4μgpcDNA3.1−hShh+250pモルsiRNA#1逆行鎖のみの対照。
当業者は、ここに記載したこの発明の特定の具体例に対する多くの同等物を認識し、又は日常的実験によって確かめることができるであろう。かかる同等物も、後記の請求の範囲に包含されるものである。
Claims (59)
- 望ましくない細胞の成長、増殖又は生存の少なくとも一つを阻止するためのヘッジホッグRNAiアンタゴニストであって、該細胞は哺乳動物の細胞でありShhを発現し、該ヘッジホッグRNAiアンタゴニストは、ヘッジホッグ経路の正のレギュレーターである標的配列に対するものであり、該標的配列はShh遺伝子であり、該細胞を有効量の該ヘッジホッグRNAiアンタゴニストと接触させることが細胞の成長、増殖又は生存の少なくとも一つを減少させ、該ヘッジホッグRNAiアンタゴニストは、19〜30のヌクレオチド長であること、及びSEQ ID No:5〜6、9〜10いずれかの核酸配列と少なくとも90%同一である配列を含むことを特徴とし、随意的に前記RNAiアンタゴニストは一層長い二本鎖RNAをプロセッシングすることにより生成されてもよい、当該ヘッジホッグRNAiアンタゴニスト。
- 請求項1に記載のヘッジホッグRNAiアンタゴニストであって、前記RNAiアンタゴニストが、SEQ ID No:11又は12の核酸配列と少なくとも90%同一の配列を含む一層長い二本鎖RNAをプロセッシングすることにより生成される該アンタゴニスト。
- 前記の細胞が、gli遺伝子を発現する、請求項1に記載のヘッジホッグRNAiアンタゴニスト。
- 前記のgli遺伝子が、gli−1である、請求項3に記載のヘッジホッグRNAiアンタゴニスト。
- 前記の望ましくない細胞増殖が、癌である、請求項1に記載のヘッジホッグRNAiアンタゴニスト。
- 前記の望ましくない細胞増殖が、良性の肥厚である、請求項1に記載のヘッジホッグRNAiアンタゴニスト。
- 前記の癌が、泌尿生殖器癌である、請求項5に記載のヘッジホッグRNAiアンタゴニスト。
- 前記の癌が、悪性の神経膠腫、髄膜腫、髄芽細胞腫、神経外胚葉性腫瘍又は上衣細胞腫を含む神経系の癌である、請求項5に記載のヘッジホッグRNAiアンタゴニスト。
- 前記の癌が、肺、前立腺、乳房、卵巣、子宮、筋肉、膀胱、結腸、腎臓、膵臓及び肝臓組織の少なくとも一つと関係している、請求項5に記載のヘッジホッグRNAiアンタゴニスト。
- 前記の乳房組織と関係する癌の形態が、下位腺管癌、下葉癌腫、腺管内癌腫、髄質癌腫及び管状腺癌から選択される、請求項9に記載のヘッジホッグRNAiアンタゴニスト。
- 前記の肺組織と関係する癌が、腺癌、気管支肺胞腺癌及び小細胞癌から選択される、請求項9に記載のヘッジホッグRNAiアンタゴニスト。
- 前記の前立腺と関係する癌が、腺癌である、請求項9に記載のヘッジホッグRNAiアンタゴニスト。
- 望ましくない細胞増殖が、望ましくない血管形成である、請求項1に記載のヘッジホッグRNAiアンタゴニスト。
- 望ましくない血管形成が、新血管新生疾患、加齢関連黄斑変性、糖尿病性網膜症、未熟児網膜症、角膜移植の拒絶、新血管新生性緑内障、水晶体後繊維増殖症、流行性角結膜炎、ビタミンA欠乏症、コンタクトレンズ疲労症、アトピー性角膜炎、上輪部角結膜炎、表皮爪膜乾燥症、シェーグレン酒性座瘡、フリクテン症、梅毒、ミコバクテリア感染症、脂質退行変性、化学的火傷、細菌性潰瘍、真菌性潰瘍、単純ヘルペス感染症、帯状疱疹、原虫感染症、カポジ肉腫、モーレン潰瘍、テリエン辺縁変性、辺縁表皮剥離、慢性関節リウマチ、全身性狼瘡、多発性動脈炎、外傷、ウェゲナー肉芽腫症、類肉腫症、鞏膜炎、スティーヴンズ−ジョンソン病、周辺放射角膜切開、角膜移植片拒絶、慢性関節リウマチ、骨関節症慢性的炎症(例えば、潰瘍性大腸炎又はクローン病)、血管腫、遺伝性出血性毛細管拡張症及び遺伝性出血性毛細管拡張症を含む、腫瘍成長、腫瘍転移、又は内皮細胞による異常成長において起きる、請求項13に記載のヘッジホッグRNAiアンタゴニスト。
- 前記の望ましくない血管形成が、傷の治癒、排卵、及び受精後の胞胚の着床を含む正常な生理的過程において起きる、請求項13に記載のヘッジホッグRNAiアンタゴニスト。
- 前記の細胞の望ましくない成長、増殖又は生存が、正常な毛髪の成長、異所発毛症、多毛症、多毛性早熟症、又は、脱毛性毛嚢炎、網状瘢痕性紅斑性毛嚢炎、ケロイド毛嚢炎及び擬似毛嚢炎を含む毛嚢炎において起きる、請求項1に記載のヘッジホッグRNAiアンタゴニスト。
- RNAiアンタゴニストが、siRNAである、請求項1に記載のヘッジホッグRNAiアンタゴニスト。
- 前記のsiRNAが、RNAi発現ベクターであるプラスミドからの転写後又は外因性の合成によって形成されるsiRNAである、請求項17に記載のヘッジホッグRNAiアンタゴニスト。
- 前記のsiRNAが、前記のプラスミド(RNAi発現ベクター)の単一プロモーターからの転写後に形成されるショートヘアピンsiRNAである、請求項18に記載のヘッジホッグRNAiアンタゴニスト。
- 前記のsiRNAが、前記のプラスミド(RNAi発現ベクター)上の2つの隣接コンバージェントプロモーターからの転写後に形成されるショートdsRNAである、請求項18に記載のヘッジホッグRNAiアンタゴニスト。
- 前記のsiRNAが、19〜30ヌクレオチド長である、請求項1に記載のヘッジホッグRNAiアンタゴニスト。
- 前記のsiRNAが、21〜23ヌクレオチド長である、請求項21に記載のヘッジホッグRNAiアンタゴニスト。
- 前記のsiRNAが、一層長い少なくとも25、50、100、200、300、400、又は400〜800塩基長の二本鎖RNAのヌクレアーゼダイシングにより生成される断片である、請求項17に記載のヘッジホッグRNAiアンタゴニスト。
- 前記のsiRNAが、二本鎖であり、一端又は両端にショートオーバーハングを含む、請求項17に記載のヘッジホッグRNAiアンタゴニスト。
- 前記のショートオーバーハングが、3’末端で1〜6ヌクレオチド長であり、3’末端で2〜4ヌクレオチド長であり、又は3’末端で1〜3ヌクレオチド長である、請求項24に記載のヘッジホッグRNAiアンタゴニスト。
- 前記のsiRNAの一の鎖が3’オーバーハングを有して、他の鎖は平滑末端であり、又は他の鎖も同じ若しくは異なる長さのオーバーハングを有する、請求項25に記載のヘッジホッグRNAiアンタゴニスト。
- 前記の3’オーバーハングが、分解に対して安定化されている、請求項24〜26に記載のヘッジホッグRNAiアンタゴニスト。
- 前記の3’オーバーハングが、プリンヌクレオチドのアデノシン又はグアノシンを含有することにより分解に対して安定化されている、請求項27に記載のヘッジホッグRNAiアンタゴニスト。
- 前記の3’オーバーハングが、ピリミジンヌクレオチドを改変類似体により置換することにより、又はウリジンヌクレオチド3’オーバーハングの2’−デオキシチミジンによる置換により、分解に対して安定化されている、請求項27に記載のヘッジホッグRNAiアンタゴニスト。
- 前記のsiRNAが、化学的に合成されたものである、請求項17に記載のヘッジホッグRNAiアンタゴニスト。
- 前記のヘッジホッグRNAiアンタゴニストが、前記の標的核酸配列と同一若しくは実質的に同一である二本鎖RNAの長いストレッチ、又は該標的核酸配列の一領域にのみ同一若しくは実質的に同一である二本鎖RNAのショートストレッチの何れかを含む、請求項1に記載のヘッジホッグRNAiアンタゴニスト。
- 前記のRNAiアンタゴニストが、HHシグナリング経路に特異的であり、他の細胞シグナリング経路に有意の影響を与えない、請求項1に記載のヘッジホッグRNAiアンタゴニスト。
- 前記の他の細胞シグナリング経路が、ウイングレス経路である、請求項32に記載のヘッジホッグRNAiアンタゴニスト。
- 患者の腫瘍を治療するためのヘッジホッグRNAiアンタゴニストであって、有効量の該ヘッジホッグRNAiアンタゴニストを患者へ投与することが、腫瘍の成長、増殖又は生存の少なくとも一つを減少させるのに十分であり、且つ該腫瘍が、ヘッジホッグ遺伝子又はgli遺伝子の少なくとも一つを発現し、該ヘッジホッグRNAiアンタゴニストは、Shh遺伝子に対するものであり、19〜30のヌクレオチド長であり、SEQ ID No:5〜6、9〜10いずれかの核酸配列と少なくとも90%同一である配列を含み、随意的に前記RNAiアンタゴニストは一層長い二本鎖RNAをプロセッシングすることにより生成されてもよい、当該ヘッジホッグRNAiアンタゴニスト。
- 請求項34に記載のヘッジホッグRNAiアンタゴニストであって、前記RNAiアンタゴニストが、SEQ ID No:11又は12の核酸配列と少なくとも90%同一の配列を含む一層長い二本鎖RNAをプロセッシングすることにより生成される該アンタゴニスト。
- 前記のヘッジホッグRNAiアンタゴニストを、癌治療養生法の部分として投与する、請求項34に記載のヘッジホッグRNAiアンタゴニスト。
- 望ましくない哺乳動物細胞の成長、増殖又は生存の少なくとも一つを阻害するイン・ビトロの方法であって、該方法は、下記:
(a)該細胞がヘッジホッグ遺伝子を発現するかどうか測定して、
(b)該ヘッジホッグ遺伝子を発現する該細胞を、Shh遺伝子に対するものである有効量のヘッジホッグRNAiアンタゴニストと接触させる;
ことを含み、該細胞を該ヘッジホッグRNAiアンタゴニストと接触させることが細胞の成長、増殖又は生存の少なくとも一つを減少させ、該ヘッジホッグRNAiアンタゴニストは、19〜30のヌクレオチド長であり、及びSEQ ID No:5〜6、9〜10いずれかの核酸配列と少なくとも90%同一である配列を含み、随意的に前記RNAiアンタゴニストは一層長い二本鎖RNAをプロセッシングすることにより生成されてもよい、当該方法。 - 請求項37に記載のイン・ビトロの方法であって、前記RNAiアンタゴニストが、SEQ ID No:11又は12の核酸配列と少なくとも90%同一の配列を含む一層長い二本鎖RNAをプロセッシングすることにより生成される該方法。
- 前記の望ましくない細胞の成長、増殖又は生存が、癌である、請求項37に記載の方法。
- 製薬上許容しうるキャリアー中に配合される、請求項1〜36何れか1項に記載のヘッジホッグRNAiアンタゴニスト。
- 患者の腫瘍を治療するための医薬組成物を製造するための、Shh遺伝子に対するものであるヘッジホッグRNAiアンタゴニストであって、該腫瘍はShhを発現し、該ヘッジホッグRNAiアンタゴニストは、19〜30のヌクレオチド長であり、及びSEQ ID No:5〜6、9〜10いずれかの核酸配列と少なくとも90%同一である配列を含み、随意的に前記RNAiアンタゴニストは一層長い二本鎖RNAをプロセッシングすることにより生成されてもよい、ヘッジホッグRNAiアンタゴニスト。
- 請求項41に記載のヘッジホッグRNAiアンタゴニストであって、前記RNAiアンタゴニストが、SEQ ID No:11又は12の核酸配列と少なくとも90%同一の配列を含む一層長い二本鎖RNAをプロセッシングすることにより生成される該アンタゴニスト。
- 癌治療養生法の部分として投与される、請求項41に記載のヘッジホッグRNAiアンタゴニスト。
- 望ましくない細胞の成長、増殖又は生存の少なくとも一つを阻害するための、Shh遺伝子に対するものであるヘッジホッグRNAiアンタゴニストであって、該細胞は哺乳動物の細胞でありShhを発現し、該ヘッジホッグRNAiアンタゴニストは、19〜30のヌクレオチド長であり、SEQ ID No:5〜6、9〜10いずれかの核酸配列と少なくとも90%同一である配列を含み、随意的に前記RNAiアンタゴニストは一層長い二本鎖RNAをプロセッシングすることにより生成されてもよい、ヘッジホッグRNAiアンタゴニスト。
- 請求項44に記載のヘッジホッグRNAiアンタゴニストであって、前記RNAiアンタゴニストが、SEQ ID No:11又は12の核酸配列と少なくとも90%同一の配列を含む一層長い二本鎖RNAをプロセッシングすることにより生成される該アンタゴニスト。
- 癌治療養生法の部分として投与される、請求項44に記載のヘッジホッグRNAiアンタゴニスト。
- 細胞内のヘッジホッグに媒介される経路におけるシグナル変換を減少させるイン・ビトロの方法であって、該細胞は哺乳動物の細胞でありShhを発現し、該方法は、該細胞を、有効量のヘッジホッグRNAiアンタゴニストと接触させる工程を含み、該ヘッジホッグに媒介される経路が、Ptc、Smo及び/又はGliに依存せず、該ヘッジホッグRNAiアンタゴニストは、19〜30のヌクレオチド長であり、及びSEQ ID No:5〜6、9〜10いずれかの核酸配列と少なくとも90%同一である配列を含み、随意的に前記RNAiアンタゴニストは一層長い二本鎖RNAをプロセッシングすることにより生成されてもよい、当該方法。
- 請求項47に記載のイン・ビトロの方法であって、前記RNAiアンタゴニストが、SEQ ID No:11又は12の核酸配列と少なくとも90%同一の配列を含む一層長い二本鎖RNAをプロセッシングすることにより生成される該方法。
- 培養における幹細胞の増殖、分化又は生存を調節するためのイン・ビトロの方法であって、該幹細胞は哺乳動物の幹細胞でありShhを発現し、該幹細胞を有効量のヘッジホッグRNAiアンタゴニストと接触させる工程を含み、該ヘッジホッグRNAiアンタゴニストは、19〜30のヌクレオチド長であり、及びSEQ ID No:5〜6、9〜10いずれかの核酸配列と少なくとも90%同一である配列を含み、随意的に前記RNAiアンタゴニストは一層長い二本鎖RNAをプロセッシングすることにより生成されてもよい、当該方法。
- 請求項49に記載のイン・ビトロの方法であって、前記RNAiアンタゴニストが、SEQ ID No:11又は12の核酸配列と少なくとも90%同一の配列を含む一層長い二本鎖RNAをプロセッシングすることにより生成される該方法。
- 前記の幹細胞が、神経幹細胞である、請求項49に記載の方法。
- 前記の幹細胞が、胚、胎児及び成体の幹細胞である、請求項49に記載の方法。
- 前記の細胞が、成体幹細胞であり、該成体幹細胞が、造血幹細胞、間充織幹細胞、神経幹細胞、神経冠幹細胞、心筋幹細胞又は膵臓幹細胞の何れかから選択される、請求項52に記載の方法。
- 前記の標的配列が、野生型配列である、請求項1に記載のヘッジホッグRNAiアンタゴニスト。
- 前記の野生型標的配列が、細胞において活動過多である、請求項54に記載のヘッジホッグRNAiアンタゴニスト。
- 前記の標的配列が、活動過多突然変異を含む、請求項1に記載のヘッジホッグRNAiアンタゴニスト。
- 前記の癌がパッチト−1の変異を特徴としていない、請求項49に記載のヘッジホッグRNAiアンタゴニスト。
- 前記の腫瘍がパッチト−1の変異を特徴としていない、請求項34又は41に記載のヘッジホッグRNAiアンタゴニスト。
- 前記の癌がパッチト−1の変異を特徴としていない、請求項36に記載のヘッジホッグRNAiアンタゴニスト。
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