JP5065689B2 - エビ検出用プライマーセット - Google Patents
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Description
(1) エビの16S rRNA遺伝子の塩基配列において、エビに共通する塩基と、エビに共通しかつカニ及びその他の甲殻類と区別できる塩基とを含む領域の塩基配列またはそれに相補的な塩基配列を有する核酸分子にアニーリングし得る2種以上のオリゴヌクレオチドから構成される、エビ検出用プライマーセット。
(2) 以下の(a)のオリゴヌクレオチドと、(b)のオリゴヌクレオチドとから構成される、エビ検出用プライマーセット。
(a) 配列番号1に示す塩基配列からなるオリゴヌクレオチド、または、配列番号1に示す塩基配列において1若しくは数個のヌクレオチドが欠失、置換、挿入、若しくは付加された塩基配列からなり、かつエビ検出用プライマーとして機能しうるオリゴヌクレオチド
(b) 配列番号2に示す塩基配列からなるオリゴヌクレオチド、または、配列番号2に示す塩基配列において1若しくは数個のヌクレオチドが欠失、置換、挿入、若しくは付加された塩基配列からなり、かつエビ検出用プライマーとして機能しうるオリゴヌクレオチド
(3) 以下の(c)のオリゴヌクレオチドと、(d)のオリゴヌクレオチドとから構成される、エビ検出用プライマーセット。
(c) 配列番号1に示す塩基配列からなるオリゴヌクレオチド、または、配列番号1に示す塩基配列において1若しくは数個のヌクレオチドが欠失、置換、挿入、若しくは付加された塩基配列からなり、かつエビ検出用プライマーとして機能しうるオリゴヌクレオチド
(d) 配列番号3に示す塩基配列からなるオリゴヌクレオチド、または、配列番号3に示す塩基配列において1若しくは数個のヌクレオチドが欠失、置換、挿入、若しくは付加された塩基配列からなり、かつエビ検出用プライマーとして機能しうるオリゴヌクレオチド
(e) 配列番号1に示す塩基配列からなるオリゴヌクレオチド
(f) 配列番号4に示す塩基配列からなるオリゴヌクレオチド
(g) 配列番号2に示す塩基配列からなるオリゴヌクレオチド
(h) 配列番号5に示す塩基配列からなるオリゴヌクレオチド
(i) 配列番号6に示す塩基配列からなるオリゴヌクレオチド
(5) 試料より抽出したDNAを鋳型とし、(1)〜(4)のいずれかに記載のプライマーセットを用いてPCRを行い、該PCRにより得られた増幅産物の有無を検出することを特徴とする、エビの検出方法。
(6) (1)〜(4)のいずれかに記載のプライマーセットを含む、エビ検出用キット。
(7) エビ及びカニ検出用プライマーとして機能しうる、配列番号2に示す塩基配列を含むオリゴヌクレオチド。
(8) PCRにより得られた増幅産物を、制限酵素サイト(GGCC)を切断する制限酵素で消化して、予想されるサイズの消化断片が得られるかどうかにより、エビ由来の増幅産物であるかを判定する工程をさらに含む、(5)に記載のエビの検出方法。
(a) 配列番号1に示す塩基配列からなるオリゴヌクレオチド、または、配列番号1に示す塩基配列において1若しくは数個のヌクレオチドが欠失、置換、挿入、若しくは付加された塩基配列からなり、かつエビ検出用プライマーとして機能しうるオリゴヌクレオチド
(b) 配列番号2に示す塩基配列からなるオリゴヌクレオチド、または、配列番号2に示す塩基配列において1若しくは数個のヌクレオチドが欠失、置換、挿入、若しくは付加された塩基配列からなり、かつエビ検出用プライマーとして機能しうるオリゴヌクレオチド
(c) 配列番号1に示す塩基配列からなるオリゴヌクレオチド、または、配列番号1に示す塩基配列において1若しくは数個のヌクレオチドが欠失、置換、挿入、若しくは付加された塩基配列からなり、かつエビ検出用プライマーとして機能しうるオリゴヌクレオチド
(d) 配列番号3に示す塩基配列からなるオリゴヌクレオチド、または、配列番号3に示す塩基配列において1若しくは数個のヌクレオチドが欠失、置換、挿入、若しくは付加された塩基配列からなり、かつエビ検出用プライマーとして機能しうるオリゴヌクレオチド
(e) 配列番号1に示す塩基配列からなるオリゴヌクレオチド
(f) 配列番号4に示す塩基配列からなるオリゴヌクレオチド
(g) 配列番号2に示す塩基配列からなるオリゴヌクレオチド
(h) 配列番号5に示す塩基配列からなるオリゴヌクレオチド
(i) 配列番号6に示す塩基配列からなるオリゴヌクレオチド
(実施例1)エビ検出用プライマーの合成及び性能評価
(1) 16S rRNA遺伝子領域のアラインメント
下記表1に示すエビ(23配列)、カニ(11配列)、シャコ(3配列)、オキアミ(6配列)、アミ(6配列)について16S rRNAの遺伝子の塩基配列情報を取得した。塩基配列情報は、GenBankに登録されたものついてはデータベースから取得し、購入したものついてはシーケンスにより16S rRNAの遺伝子の塩基配列を決定した。これらの塩基配列情報を元に、解析ソフトCLUSTAL X(1.8)、FROG-Win、SEQ-09を用い、同領域の配列をアラインメントし、比較した。
プライマーの設計基準として以下の項目をたてた。
(a) PCR増幅産物は100bp〜200bp程度であること
(b) プライマーの3’側とテンプレートDNA配列とのミスマッチが少ないこと
(c) プライマー長は20〜30baseの範囲とし、Tm値は60℃付近に設定できること
(d) プライマーはダイマーや立体構造を形成しないこと
EB-F21:5'-ttatataaagtctagcctgcc-3'(配列番号1)
ZA-R173:5'-gtccctctagaacatttaagccttttc-3'(配列番号2)
EB-R90:5'-caaccattcataccagccttcaattaa-3'(配列番号3)
上記のプライマーを用いた2組のプライマーセット(EB-F21とZA-R173のセット、及びEB-F21とEB-R90のセット)について、Amplify simulatorによるPCRシミュレーションを行い、エビ特異的な増幅産物が得られるかどうかを確認した。サンプルとしてエビ、カニ、シャコ、オキアミ、アミの中で、16S rRNA遺伝子配列が入手でき、設計したプライマー領域が含まれている配列を用いた。結果を下記表1に示す(表中、Accession No.:GenBankで取得したNo.、「H」:実際のシークエンスで得られた配列、Weight:増幅産物が得られる可能性の6段階評価(最大6、最小1)、「-」:増幅産物が得られないものを示す。「R」とは、EB-R90の結合は確認できたが、EB-F21が結合すると考えられる領域の塩基配列情報がなく、未確認である場合を示す。)
(1) PCRテンプレートDNAの抽出
[サンプル]
エビ:シマエビ(生冷凍)、クルマエビ(生冷凍)、アカエビ(生冷凍)、テナガエビ (生冷凍)、アメリカザリガニ(生冷凍)、オマールエビ(生冷凍)、イセエビ (生冷凍)
カニ:アブラガニ(生冷凍)、ズワイガニ(生冷凍)、ケガニ(ボイル冷凍)
その他の甲殻類:シャコ(生冷凍)、ツノナシオキアミ(乾燥)、イサザアミ(生冷凍)
上記の各サンプルを水洗いした後、殻を剥き、身を1g秤量し冷却しておいた乳鉢でよく磨り潰した。磨り潰した肉片を15mlチューブに入れ、Buffer G2(QIAGEN社製)5ml、Proteinase K(QIAGEN社製)50μl、100mg/ml RnaseA(QIAGEN社製)5μlを加え、混合し、50℃で4時間保温した(途中数回攪拌を行った)。 次に、遠心分離 (4200rpm,15分間)を2回行い、上清を回収した。Buffer QBT 1mlで平衡化したGenomic Tip 20/Gカラム(QIAGEN社製)を15mlチューブにセットし、上清全量をアプライした。Buffer QC(QIAGEN社製)4mlでカラムを洗浄後、50℃に加温しておいたBuffer QF(QIAGEN社製)1mlでDNAを溶出し、イソプロアルコール沈殿処理を行い、TE溶液100μlに溶解した。
上記のようにしてサンプルから抽出したDNAを滅菌超純水で20ng/μlに希釈して得られたDNA溶液をPCRのテンプレートとし、前記2組のプライマーセット(EB-F21とZA-R173のセット、及びEB-F21とEB-R90のセット)を用いてPCRを行った。
サンプルは増幅しやすいクルマエビ、増幅バンドが薄いシマエビ、塩基配列に特徴のあるアメリカザリガニ、イセエビを用いた。上記と同様にしてサンプルから抽出したDNAを5ng/μlサケ精子DNA含有TE (pH8.0) 緩衝液で段階希釈して、DNAテンプレートとし、前記2組のプライマーセット(EB-F21とZA-R173のセット、及びEB-F21とEB-R90のセット)を用いてPCRを行った。DNA量は1反応液 (25μl) あたり50ng、500pg、5pg、2.5pg、500fg、50fgに調製した。PCR反応は、前記表2と同じ条件で行った。
上記プライマーセットの内、EB-F21とZA-R173からなるプライマーセットについて、アニーリング温度を下げ、感度の向上を試みた。PCRのアニーリング温度を60℃から58℃、56℃に変更する以外は、実施例2と同様のサンプル、反応条件にてPCRを行い、プライマーの特異性評価及び感度評価を行った。特異性評価試験結果を図3に、また、感度評価試験結果を図4に示す(図4において、1:50ng, 2: 500pg, 3;5pg, 4:2.5pg, 5:500fg, 6:50fgのDNA量。番号を丸で囲ったものは増幅したサンプルを示す)。アニーリング温度58℃ではエビ特異性が確認できたが、56℃ではズワイガニの非特異的増幅産物が確認された。しかしながら、標的増幅産物とのサイズが異なるため、56℃であってもエビ特異性は確保できるものと考える。
(1) DNA抽出とPCR反応
PCRテンプレートDNAの抽出は実施例2と同様の方法で行った。また、PCR反応条件については、反応液組成をフォワードプライマーは2種類を等量ずつ加え、合計0.3μMとし、リバースプライマーは3種類を等量ずつ加え、合計0.3μMとして調整したことと、アニーリング温度を56℃で実施すること以外は、実施例2と同様の反応条件で行った。
エビ:クルマエビ(生冷凍)、アカエビ(生冷凍)、サクラエビ(生冷凍)、アマエビ(生冷凍)、シマエビ(生冷凍)、テナガエビ(生冷凍)、アメリカザリガニ(生冷凍)、スキャンピー(生冷凍)、キューバロブスター(生冷凍)、オマールエビ(生冷凍)、イセエビ(生冷凍)、ウチワエビ(生冷凍)
カニ:ダンジネスクラブ(生冷凍)、タラバガニ(生冷凍)、ズワイガニ(生冷凍)、ハナサキガニ(生冷凍)、ワタリガニ(生冷凍)、アサヒガニ(生冷凍)、シャンハイガニ(生冷凍)
その他の甲殻類:シャコ(生冷凍)、ツノナシオキアミ(乾燥)、イサザアミ(生冷凍)
上記プライマーセットの内、EB-F21とZA-R173からなるプライマーセットについて、新しくプライマーを追加し、多種のエビをサンプルとして感度の向上を試みた。EB-F21の配列のうち1塩基を置換したEB-F21-N1と、ZA-R173の配列のうち、4塩基及び5塩基を置換したそれぞれZA-R173-N1とZA-R173-N2のプライマーを追加した。追加したプライマーは検出対象であるエビの塩基配列を整列し比較検討を行った結果、より幅広い種類のエビで相同性があり、感度の向上が期待できる塩基を置換した。例えば、EB-F21とEB-F21-N1に関しては、変更した箇所の塩基は、多くのエビで「a」または「g」の2パターンに限られるため、EB-F21の「a」を「g」に変更をしたEB-F21-N1を設計した。
ZA-R173-N1:5'-gtccctttatactatttaagccttttc-3'(配列番号5)
ZA-R173-N2:5'-gtccccccaaattatttaagccttttc-3'(配列番号6)
感度と特異性評価試験結果を図5に示す(図5において、左:5pg, 右: 2.5pgのDNA量)。サンプルとして使用したすべてのエビで2.5pgDNAの感度が確認された。シャコ、オキアミ、アミでは増幅産物は確認されなかった。カニでは、ダンジネスクラブとシャンハイガニで増幅が確認され、ワタリガニについては、稀に確認された。
エビ由来の増幅領域内に存在し、ダンジネスクラブ、ワタリガニ由来の領域産物には存在しない制限酵素サイト(GGCC)を切断する制限酵素HaeIIIを用いた処理により、エビとダンジネスクラブ及びワタリガニを区別することを試みた。制限酵素処理反応は、HaeIII 1μl(タカラバイオ株式会社製)、10×M Buffer2μl、PCR増幅産物17μlを混合調整し、37℃、16時間処理を行い、全量を2%アガロースゲル電気泳動によって分離し、検出を行った。その結果、図6の電気泳動図から明らかなように、エビでは約200bpのPCR増幅産物は切断され、約150bpの消化断片が得られたが、ダンジネスクラブ、ワタリガニ由来の約200bp増幅産物は切断されず、エビとの区別が可能であった。シャンハイガニについては、エビと同様に切断されたため、シークエンスなどによる判別が必要であった。
PCRシミュレーションは、設計したプライマーが各種生物種の鋳型DNAへ結合するか否か、また、PCR産物の増幅の有無(サイズも含む)を予測できるため、プライマーの特異性予測に有効である。PCRシミュレーションの結果を示した前記表1の「プライマーの結合と伸長の可否」の項は、各プライマー(EB-F21、EB-R90、ZA-R173)のPCP反応における結合と伸長反応の予測を表したものである(表中、+はプライマーが標的配列に結合し、伸長可能であることを、−は結合しないかまたは、結合しても伸長しないことを表す)。また前記表1中、「学名または俗名」の項で「※」で表記されている種は実際にPCRを行って、結合の可否を確認した種を表す。
Claims (4)
- 以下の(e)、(f)のオリゴヌクレオチドと、(g)、(h)、(i)のオリゴヌクレオチドとから構成される、エビ検出用プライマーセット。
(e) 配列番号1に示す塩基配列からなるオリゴヌクレオチド
(f) 配列番号4に示す塩基配列からなるオリゴヌクレオチド
(g) 配列番号2に示す塩基配列からなるオリゴヌクレオチド
(h) 配列番号5に示す塩基配列からなるオリゴヌクレオチド
(i) 配列番号6に示す塩基配列からなるオリゴヌクレオチド - 試料より抽出したDNAを鋳型とし、請求項1に記載のプライマーセットを用いてPCRを行い、該PCRにより得られた増幅産物の有無を検出することを特徴とする、エビの検出方法。
- 請求項1に記載のプライマーセットを含む、エビ検出用キット。
- PCRにより得られた増幅産物を、制限酵素サイト(GGCC)を切断する制限酵素で消化して、予想されるサイズの消化断片が得られるかどうかにより、エビ由来の増幅産物であるかを判定する工程をさらに含む、請求項2に記載のエビの検出方法。
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