JP4974899B2 - 組成物および検出方法 - Google Patents
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- C12Q1/708—Specific hybridization probes for papilloma
Description
本発明は、一般的に、診断アッセイ法および検出アッセイ法の分野に関する。より具体的には、本発明は、試料中の1種類もしくは複数の種類の分析物の存在を検出するための、または試料中の1種類もしくは複数の種類の分析物を区別するための方法、およびバイオチップを含む試薬を提供する。
本明細書の最後に、本明細書において提供される参考文献の書誌詳細を列挙した。
本明細書および以下の特許請求の範囲全体を通じて、文脈によって特別に必要とされない限り、単語「含む(comprise)」ならびに「含む(comprises)」および「含む(comprising)」などの語尾変化は、述べられた整数もしくは工程または整数もしくは工程の集まりを含むことを意味するが、他の任意の整数もしくは工程または整数もしくは工程の集まりを排除することを意味しないことが理解されると思われる。
(a)各サブセットのビーズはサイズに関して均一であり;
(b)各サブセットの中のビーズは、試験しようとする試料中の関心対象の特定の分析物と特異的に反応する反応物と連結しており;
(c)各ビーズ上にある反応物は同じ標識で標識され、各ビーズサブセットは、蛍光強度に基づいて不均一なビーズサブセット混合物を生じるように異なる蛍光強度を有し;
(d)ビーズセットを生成するために少なくとも2種類のビーズサブセットが一緒に混合され、サブセットの識別情報、それによって、ビーズと連結している反応物は、サイズ、蛍光強度、および分析物の識別に基づいてフローサイトメトリーによって特定することができる。
(a)試料と、関心対象の分析物に特異的なビーズセットを接触させる工程;
(b)試料中の分析物がビーズセット中のビーズ上の反応物と特異的に反応するのに十分な時間および条件の下で、ビーズセットを試料とインキュベートする工程;ならびに
(c)ビーズ上の反応物に結合した、試料中の分析物を検出および/または区別する工程を含む。
(a)各サブセットのビーズはサイズに関して均一であり;
(b)各サブセットの中のビーズは、HPVゲノムのHPV株特異的領域に結合することができる核酸捕捉プローブと連結しており;
(c)各ビーズ上にある捕捉プローブは同じ標識で標識され、各ビーズサブセットは、蛍光強度に基づいて不均一なビーズ混合物を生じるように異なる蛍光強度を有し;
(d)ビーズセットを生成するために少なくとも2種類のビーズサブセットが一緒に混合され、サブセットの識別情報、それによって、HPV株は、サイズ、蛍光強度、および配列判別に基づいてフローサイトメトリーによって特定することができる。
(a)試料と、複数のビーズサブセットを含むビーズセットを接触させる工程であって、
(i)各サブセットのビーズがサイズに関して均一であり;
(ii)各サブセットの中のビーズが、HPVゲノムのHPV株特異的領域に結合することができる核酸捕捉プローブと連結しており;
(iii)各ビーズ上にある捕捉プローブが同じ標識で標識され、各ビーズサブセットが、蛍光強度に基づいて不均一なビーズ混合物を生じるように異なる蛍光強度を有し;かつ
(iv)ビーズセットを生成するために少なくとも2種類のビーズサブセットが一緒に混合され、サブセットの識別情報、それによって、HPV株が、サイズ、強度、および配列判別に基づいてフローサイトメトリーによって特定することができる、工程;
(b)プローブが、株特異的領域を含むレプリコンを生じるように増幅されたHPVゲノムに結合するのに十分な時間および条件の下で、ビーズセットを試料とインキュベートする工程;および
(c)ビーズに結合した、試料中に生じたアンプリコンを検出および/または識別して、2種類またはそれ以上のHPV株を特定または区別する工程を含む。
本発明は、1種類もしくは複数の種類の分析物の検出および/または分析物群の中にあるメンバーの識別を可能にするアッセイ法、およびバイオチップを含む試薬を提供する。特に、分析物は、分析物およびアッセイ法成分の特性に基づく多重分析法によって特定または区別される。本発明の診断および検出のためのアッセイ法および試薬は、多細胞真核被験体における病原体感染の診断において特定の用途がある。特定の1つの態様において、本発明は、ヒト被験者におけるHPVを対象とし、「高リスク」HPV感染と「低リスク」HPV感染を区別するためにHPV分類群を識別することができる診断アッセイ法を提供する。さらに、本発明はまた、とりわけ、ヒト被験者における子宮頚癌を含む、多細胞真核被験体における分析物による感染に関連する疾患の発症リスクを診断または評価する方法も提供する。
(a)各サブセットのビーズはサイズに関して均一であり;
(b)各サブセットの中のビーズは、試験しようとする試料中の関心対象の特定の分析物と特異的に反応する反応物と連結しており;
(c)各ビーズ上にある反応物は同じ標識で標識され、各ビーズサブセットは、蛍光強度に基づいて不均一なビーズサブセット混合物を生じるように異なる蛍光強度を有し;
(d)ビーズセットを生成するために少なくとも2種類のビーズサブセットが一緒に混合され、サブセットの識別情報、それによって、ビーズに連結している反応物は、サイズ、蛍光強度、および分析物の識別に基づいてフローサイトメトリーによって特定することができる。
(a)試料と、関心対象の分析物に特異的なビーズセットを接触させる工程;
(b)試料中の分析物がビーズセット中のビーズ上の反応物と特異的に反応するのに十分な時間および条件の下で、ビーズセットを試料とインキュベートする工程;および
(c)ビーズ上の反応物に結合した、試料中の分析物を検出および/または識別する工程を含む方法を提供する。
(i)ヒト被験者から、HPVを含むと推定される生物学的試料を得る工程;
(ii)試料から核酸を単離する工程;
(iii)各HPV株に特異なアンプリコンを生じるプライマーを用いて、試料から核酸を増幅する工程;
(iv)任意に、対照核酸配列を増幅する工程;
(v)工程(iii)および/または(iv)で説明されたアンプリコンを標識する工程;
(vi)標識されたアンプリコンを、反応物でコーティングされたビーズセットにハイブリダイズさせる工程であって、ビーズセットの各メンバーが、特定のHPV株のヌクレオチド配列と相補性を有し、生理化学的に区別可能なビーズと結合または別の方法で会合している核酸分子を含む、工程;ならびに
(vii)アンプリコンがどの反応物に結合したかを確かめる工程を含み、アンプリコンと特定の反応物の会合は試料における特定のHPV株の存在を示す。
(a)各サブセットのビーズはサイズに関して均一であり;
(b)各サブセットの中のビーズは、HPVゲノムのHPV株特異的領域に結合することができる核酸捕捉プローブと連結しており;
(c)各ビーズ上にある捕捉プローブは同じ標識で標識され、各ビーズサブセットは、蛍光強度に基づいて不均一なビーズ混合物を生じるように異なる蛍光強度を有し;
(d)ビーズセットを生成するために少なくとも2種類のビーズサブセットが一緒に混合され、サブセットの識別情報、それによって、HPV株は、サイズ、蛍光強度、および配列判別に基づいてフローサイトメトリーによって特定することができる。
(a)試料と、複数のビーズサブセットを含むビーズセットを接触させる工程であって、
(i)各サブセットのビーズがサイズに関して均一であり;
(ii)各サブセットの中のビーズが、HPVゲノムのHPV株特異的領域に結合することができる核酸捕捉プローブと連結しており;
(iii)各ビーズ上にある捕捉プローブが同じ標識で標識され、各ビーズサブセットが、蛍光強度に基づいて不均一なビーズ混合物を生じるように異なる蛍光強度を有し;かつ
(iv)ビーズセットを生成するために少なくとも2種類のビーズサブセットが一緒に混合され、サブセットの識別情報、それによって、HPV株が、サイズ、蛍光強度、および配列判別に基づいてフローサイトメトリーによって特定することができる、工程;
(b)プライマーが、株特異的領域を含むレプリコンを生じるように増幅されたHPVゲノムに結合するのに十分な時間および条件の下で、ビーズセットを試料とインキュベートする工程;および
(c)ビーズに結合した、試料中に生じたアンプリコンを検出および/または識別して、2種類またはそれ以上のHPV株を特定または区別する工程を含む。
(a)各サブセットのビーズはサイズに関して均一であり;
(b)各サブセットの中のビーズは、HPVゲノムのHPV株特異的領域に結合することができる、SEQ ID NO: 5〜20からなる表より選択される核酸捕捉プローブと連結しており;
(c)各ビーズ上にある捕捉プローブは同じ標識で標識され、各ビーズサブセットは、蛍光強度に基づいて不均一なビーズ混合物を生じるように異なる蛍光強度を有し;
(d)ビーズセットを生成するために少なくとも2種類のビーズサブセットが一緒に混合され、サブセットの識別情報、それによって、HPV株は、サイズ、蛍光強度、および配列判別に基づいてフローサイトメトリーによって特定することができる。
(a)試料と、複数のビーズサブセットを含むビーズセットを接触させる工程であって、
(i)各サブセットのビーズがサイズに関して均一であり;
(ii)各サブセットの中のビーズが、HPVゲノムのHPV株特異的領域に結合することができる、SEQ ID NO: 5〜20からなる表より選択される核酸捕捉プローブと連結しており;
(iii)各ビーズ上にある捕捉プローブが同じ標識で標識され、各ビーズサブセットが、蛍光強度に基づいて不均一なビーズ混合物を生じるように異なる蛍光強度を有し;かつ
(iv)ビーズセットを生成するために少なくとも2種類のビーズサブセットが一緒に混合され、サブセットの識別情報、それによって、HPV株が、サイズ、蛍光強度、および配列判別に基づいてフローサイトメトリーによって特定することができる、工程;
(b)プローブが、株特異的領域を含むレプリコンを生じるように増幅されたHPVゲノムに結合するのに十分な時間および条件の下で、ビーズセットを試料とインキュベートする工程;および
(c)ビーズに結合した、試料中に生じたアンプリコンを検出および/または識別して、2種類またはそれ以上のHPV株を特定または区別する工程を含む。
C-X-C'
の一般構造を有する。
式中、
Cは、分析物の2種類またはそれ以上の株の間で保存されており、「フォワード」プライマーの結合部位であるヌクレオチド配列であり、
Xは、一部または全てが分析物の異なる株間の変化を含むヌクレオチド配列であり
C'は、分析物の2種類またはそれ以上の株の間で保存されており、「リバース」プライマーの結合部位であるヌクレオチド配列である。
であり、GP6+は
である。これらのプライマーによって、HPVから、保存領域(図3にYと定義した)および異なるHPV株の間で可変の領域(図3においてXと定義した)の両方を含むアンプリコンが得られる。
(i)アルゴンイオンレーザー:緑色〜赤色領域において蛍光を発する多くの色素および蛍光色素の励起に適した青色488nmラインを備える。広範囲の波長(458nm、488nm、496nm、515nm、およびその他)で発光する波長可変アルゴンレーザーも利用することができる。
(ii)ダイオードレーザー:635nmの発光波長を有する。現在利用可能な他のダイオードレーザーは532nmで動作する。興味深いことに、この波長はヨウ化プロピジウム(PI)を最適に励起する。PI染色は、DNA分析、生/死のカウント、および倍数性の測定に広く用いられている。476nmのあたりで発光する青色ダイオードレーザーも利用することができる。
(iii)HeNeガスレーザー:赤色633nmラインを用いて動作する。
(iv)HeCdレーザー:325nmで動作する。
(v)100W水銀アークランプ:ヘキストおよびDAPIのようなUV色素を励起するための最も効率的な光源。
を含んでもよい。
式中、B1...Bn, By, Bzはそれぞれ、生理化学的に区別可能なビーズであり、
cXnは、分析物または本分析物の特定の株に特異的な特定の核酸配列に相補的なヌクレオチド配列を含む、ビーズに固定化されたポリヌクレオチドであり、nは、ビーズセットを用いて検出しようとする分析物または本分析物の特定の株の数であり、
cYは、ビーズセットの任意のメンバーであり、分析物または本分析物の株の間で保存されている配列に相補的なヌクレオチド配列を含む、ビーズに固定化されたポリヌクレオチドであり、
cZは、ビーズセットの任意のメンバーであり、多細胞被験体から増幅された対照配列に相補的なヌクレオチド配列を含む、ビーズに固定化されたポリヌクレオチドである。
を含む、約300nm〜約30μmの直径(または非球状粒子では等価な測定値)を含む。より好ましくは、ビーズは、1μm〜10μmの直径(または非球状粒子では等価な測定値)を含む。
典型的な顕微鏡では、物体に光を当てるために電球が用いられる。フローサイトメーターでは、光源はレーザーであることが多い。レーザーは、極めて集束した強い単色光ビームを生じるという理由で用いられる。光の単色特性は蛍光測定において特に重要である。
顕微鏡では、ステージは、対物レンズの視野領域に物体を通過させるように移動することができる。フローサイトメーターでは、細胞または粒子は液体懸濁液中に存在する。液体は空気圧に応答して対物レンズの向こうに流れ、従って、細胞または粒子は視野領域を通って運ばれる。
顕微鏡およびフローサイトメーターの両方において、レンズは物体からの光を集める。
顕微鏡の中には、観測器にとって最も重要な、光の特徴を選択するフィルターを有するものもある。これは蛍光顕微鏡に特に当てはまる。蛍光において、色素分子は独特の波長の光によって励起され、次いで、より長い波長の光を発する。フィルターは、発した光が見られる、または測定されるように励起光を取り除く。
顕微鏡では、光検出器が観測器である。フローサイトメーターでは、光電子増倍管(PMT)と呼ばれる高感度光検出器が用いられる。検出器は、1秒に数千個までの速度で、対物レンズの視野領域を通って1個ずつ移動する細胞または粒子から発したほんの一瞬の光を測定することができなければならない。
(i)被験体から、病原性分析物を含むと推定される生物学的試料を得る工程;
(ii)試料から核酸を単離する工程;
(iii)分析物または分析物の特定の株に特異なアンプリコンを生じるプライマーを用いて、試料から核酸を増幅する工程;
(iv)任意に、被験体から対照核酸配列を増幅する工程;
(v)任意に、工程(iii)および/または(iv)で説明されたアンプリコンを標識する工程;
(vi)標識されたアンプリコンを反応物のビーズセットにハイブリダイズさせる工程であって、ビーズセットの各メンバーが、分析物または分析物の特定の株のヌクレオチド配列と相補性を有し、生理化学的に区別可能なビーズと結合または別の方法で会合している核酸分子を含む、工程;ならびに
(vii)アンプリコンがどの反応物に結合したかを確かめる工程を含み、アンプリコンと特定の反応物の会合は試料における分析物による感染を示す。
(i)ヒト被験者から、HPVを含むと推定される生物学的試料を得る工程;
(ii)試料から核酸を単離する工程;
(iii)分析物または分析物の特定の株に特異なアンプリコンを生じるプライマーを用いて、試料から核酸を増幅する工程;
(iv)任意に、ヒト被験者のゲノムDNAから対照核酸配列を増幅する工程;
(v)任意に、工程(iii)および/または(iv)で説明されたアンプリコンを標識する工程;
(vi)標識されたアンプリコンを反応物のビーズセットにハイブリダイズさせる工程であって、ビーズセットの各メンバーは、HPVまたは特定のHPV株のヌクレオチド配列と相補性を有し、生理化学的に区別可能な支持体と結合または別の方法で会合している核酸分子を含む、工程;ならびに
(vii)アンプリコンがどの反応物に結合したかを確かめる工程を含み、アンプリコンと特定の反応物の会合はヒト被験者におけるHPV感染を示す。
(i)ヒト被験者から、HPVを含むと推定される生物学的試料を得る工程;
(ii)試料から核酸を単離する工程;
(iii)分析物または分析物の特定の株に特異なアンプリコンを生じるプライマーを用いて、試料から核酸を増幅する工程;
(iv)任意に、ヒト被験者のゲノムDNAから対照核酸配列を増幅する工程;
(v)任意に、工程(iii)および/または(iv)で説明されたアンプリコンを標識する工程;
(vi)標識されたアンプリコンを反応物のビーズセットにハイブリダイズさせる工程であって、ビーズセットの各メンバーが、HPVまたは特定のHPV株のヌクレオチド配列と相補性を有し、生理化学的に区別可能な支持体と結合または別の方法で会合している核酸分子を含む、工程;ならびに
(vii)アンプリコンがどの反応物に結合したかを確かめる工程を含み、アンプリコンと、特定の疾患に関連するHPV株に相補的なポリヌクレオチドを含む特定の反応物の会合は、被験者における高い疾患リスクを示す。
HPV診断-DNAの単離および増幅
HPV診断法用のDNAを単離するために用いられるDNA抽出プロトコールの概要を図2に示した。
HPV診断-多重検出
実施例1において作成したアンプリコンを結合剤アレイとハイブリダイズさせた。それぞれの結合剤は、各HPV株c、11、16、18、31、33、35、42、45、51、52、56、58、59、67、および68から作成された推定ウイルスアンプリコンの可変領域(X1〜X16)に相補的なポリヌクレオチドを有する。ビーズに固定化された捕捉核酸のヌクレオチド配列については図9を参照されたい。さらに、アレイは、HPVウイルスアンプリコンの保存領域(Y)に相補的なポリヌクレオチドを含む結合剤を含む。最後に、ヒト対照アンプリコン配列に相補的なポリヌクレオチドを含む結合剤が含まれる。捕捉核酸はDNAでもよくRNAでもよい。RNAが用いられる場合、DNAアンプリコンからRNAを作成するために逆転写酵素が必要となるかもしれない。
多重検出法と従来のHPV診断との比較
以下の表5は、本発明の多重HPV検出法と、現行の組織学的HPV診断法を比較した概略を示す。
ヒト試料におけるHPVの検出
図10A〜Gは、ヒト試料においてHPVが検出された例またはHPVが存在しないことが認められた例を示す。
Claims (15)
- 複数のビーズサブセットを含む、HPV株を検出するための、および/または2種類もしくはそれ以上のHPV株を識別するためのビーズセットであって、
(a)各サブセットのビーズがサイズに関して均一であり;
(b)各サブセットの中のビーズが、HPVゲノムのHPV株特異的領域に結合することができる核酸捕捉プローブと連結しており;
(c)各ビーズ上にある捕捉プローブが同じ標識で標識され、各ビーズサブセットが、蛍光強度に基づいて不均一なビーズ混合物を生じるように異なる蛍光強度を有し、ここで、該核酸捕捉プローブがSEQ ID NO:5〜20からなる群より選択されるものであり;かつ
(d)ビーズセットを生成するために少なくとも2種類のビーズサブセットが一緒に混合され、サブセットの識別情報、それによって、HPV株が、サイズ、蛍光強度、および配列判別に基づいてフローサイトメトリーによって特定することができる、ビーズセット。 - HPV株が、株6、11、16、18、31、33、35、39、45、51、52、56、58、59、66、および68からなる群より選択される、請求項1記載のビーズセット。
- HPV株が、株6、11、31、および33からなる群より選択される、請求項2記載のビーズセット。
- ビーズサイズが、3.0μm、3.5μm、4.1μm、5.0μm、5.6μm、および6.8μmからなる群より選択される、請求項1記載のビーズセット。
- ビーズが、ヒドロキシクマリン、アミノクマリン、メトキシクマリン、カスケードブルー(商標)、ルシファーイエロー(商標)、ニトロベンゾジアゾール(NBD)、フィクエリトリン(PE)、ペリジニンクロルフィルタンパク質(PerCP)、アロフィコシアニン、ヘキスト(登録商標)33342、4',6-ジアミジノ-2-フェニルインドール(DAPl)、SYTOX Blue(商標)、ヘキスト(登録商標)33258、クロモマイシンA3、ミトラマイシン、YOYO-1(商標)、SYTOXグリーン(商標)、SYTOXオレンジ(商標)、7-アミノアクチノマイシンD(7-AAD)、アクリジンオレンジ、TOTO-1、TO-PRO-1(商標)、チアゾールオレンジ、TOTO-3(商標)、TO-PRO-3(商標)、レーザーダイスチリル-751(LDS751)(商標)、Alexa Fluor(登録商標)-350(商標)、-430(商標)、-488(商標)、-532(商標)、-546(商標)、-555(商標)、-556(商標)、-594(商標)、-633(商標)、-647(商標)、-660(商標)、-680(商標)、-700(商標)、および-750(商標)を含むAlexa Fluor(登録商標)色素; BoDipy630/650(商標)およびBoDipy650/665(商標)を含むBoDipy(商標)色素; シアニン(CY)色素、特に、Cy2(商標)、Cy3(商標)、Cy3.5(商標)、Cy5(商標)、Cy5.5(商標)、およびCy7(商標); 6-FAM(フルオレセイン)(商標); PE-Cy5(商標)、PE-Cy7(商標)、フルオレセインdT; ヘキサクロロフルオレセイン(Hex); 6-カルボキシ-4',5'-ジクロロ-2',7'-ジメトキシフルオレセイン(JOE(商標)); 488-X(商標)および514(商標)を含むオレゴングリーン(商標)色素; X-ローダミン、リサミンローダミンB、ローダミングリーン、ローダミンレッド、およびROXを含むローダミン色素; テトラメチルローダミンイソチオシアネート(TRITC)、テトラメチルローダミン(TMR); カルボキシテトラメチルローダミン(TAMRA); テトラクロロフルオレセイン(TET); Red6B(商標)、FluorX(商標)、BODIPY-FL(商標)、ならびにテキサスレッド(商標)からなる群より選択される蛍光色素で標識されている、請求項1記載のビーズセット。
- 複数のビーズサブセットを選択する工程を含む、1種類もしくは複数の種類のHPV株を検出するための、および/または2種類もしくはそれ以上のHPV株を識別するための請求項1記載のビーズセットを調製するための方法であって、
(a)各サブセットのビーズがサイズに関して均一であり;
(b)各サブセットの中のビーズが、HPVゲノムのHPV株特異的領域に結合することができる核酸捕捉プローブと連結しており、ここで、該核酸捕捉プローブがSEQ ID NO:5〜20からなる群より選択されるものであり;
(c)各ビーズ上にある捕捉プローブが同じ標識で標識され、各ビーズサブセットが、蛍光強度に基づいて不均一なビーズ混合物を生じるように異なる蛍光強度を有し;かつ
(d)ビーズセットを生成するために少なくとも2種類のビーズサブセットが一緒に混合され、サブセットの識別情報、それによって、HPV株が、サイズ、蛍光強度、および配列判別に基づいてフローサイトメトリーによって特定することができる、方法。 - HPV株が、株6、11、16、18、31、33、35、39、45、51、52、56、58、59、66、および68からなるリストより選択される、請求項6記載の方法。
- HPV株が株6、11、31、および33より選択される、請求項7記載の方法。
- ビーズサイズが、3.0μm、3.5μm、4.1μm、5.0μm、5.6μm、および6.8μmからなる群より選択される、請求項6記載の方法。
- ビーズが、ヒドロキシクマリン、アミノクマリン、メトキシクマリン、カスケードブルー(商標)、ルシファーイエロー(商標)、ニトロベンゾジアゾール(NBD)、フィクエリトリン(PE)、ペリジニンクロルフィルタンパク質(PerCP)、アロフィコシアニン、ヘキスト(登録商標)33342、4',6-ジアミジノ-2-フェニルインドール(DAPl)、SYTOX Blue(商標)、ヘキスト(登録商標)33258、クロモマイシンA3、ミトラマイシン、YOYO-1(商標)、SYTOXグリーン(商標)、SYTOXオレンジ(商標)、7-アミノアクチノマイシンD(7-AAD)、アクリジンオレンジ、TOTO-1、TO-PRO-1(商標)、チアゾールオレンジ、TOTO-3(商標)、TO-PRO-3(商標)、レーザーダイスチリル-751(LDS751)(商標)、Alexa Fluor(登録商標)-350(商標)、-430(商標)、-488(商標)、-532(商標)、-546(商標)、-555(商標)、-556(商標)、-594(商標)、-633(商標)、-647(商標)、-660(商標)、-680(商標)、-700(商標)、および-750(商標)を含むAlexa Fluor(登録商標)色素; BoDipy630/650(商標)およびBoDipy650/665(商標)を含むBoDipy(商標)色素; シアニン(CY)色素、特に、Cy2(商標)、Cy3(商標)、Cy3.5(商標)、Cy5(商標)、Cy5.5(商標)、およびCy7(商標); 6-FAM(フルオレセイン)(商標); PE-Cy5(商標)、PE-Cy7(商標)、フルオレセインdT; ヘキサクロロフルオレセイン(Hex); 6-カルボキシ-4',5'-ジクロロ-2',7'-ジメトキシフルオレセイン(JOE(商標)); 488-X(商標)および514(商標)を含むオレゴングリーン(商標)色素; X-ローダミン、リサミンローダミンB、ローダミングリーン、ローダミンレッド、およびROXを含むローダミン色素; テトラメチルローダミンイソチオシアネート(TRITC)、テトラメチルローダミン(TMR); カルボキシテトラメチルローダミン(TAMRA); テトラクロロフルオレセイン(TET); Red6B(商標)、FluorX(商標)、BODIPY-FL(商標)、ならびにテキサスレッド(商標)からなる群より選択される蛍光色素で標識されている、請求項6記載の方法。
- ヒト被験者におけるHPV感染を検出するためのインビトロアッセイ方法であって、以下の工程:
(i) HPVを含むと推定されるヒト被験者由来の生物学的試料から核酸を単離する工程;
(ii) 該試料からの核酸を、分析物または分析物の特定の株に特異なアンプリコンを生じるプライマーを用いて増幅する工程;
(iii) 任意に、該試料におけるヒト被験者のゲノムDNAから対照核酸配列を増幅する工程;
(iv) 任意に、工程(ii)および/または(iii)で説明されたアンプリコンを標識する工程;
(v) 標識されたアンプリコンを請求項1〜5のいずれか一項記載のビーズセットにハイブリダイズさせる工程であって、ビーズセットの各メンバーが、HPVまたは特定のHPV株のヌクレオチド配列と相補性を有し、生理化学的に区別可能な支持体と結合または別の方法で会合している核酸分子を含む、工程;および
(vi) アンプリコンがどの反応物に結合したかを確かめる工程を含み、
アンプリコンと特定の反応物との会合がヒト被験者におけるHPV感染の検出を示す、方法。 - HPV株が、株6、11、16、18、31、33、35、39、45、51、52、56、58、59、66、および68からなる群より選択される、請求項11記載の方法。
- HPV株が、株6、11、31、および33からなる群より選択される、請求項12記載の方法。
- ビーズサイズが、3.0μm、3.5μm、4.1μm、5.0μm、5.6μm、および6.8μmからなる群より選択される、請求項11記載の方法。
- ビーズが、ヒドロキシクマリン、アミノクマリン、メトキシクマリン、カスケードブルー(商標)、ルシファーイエロー(商標)、ニトロベンゾジアゾール(NBD)、フィクエリトリン(PE)、ペリジニンクロルフィルタンパク質(PerCP)、アロフィコシアニン、ヘキスト(登録商標)33342、4',6-ジアミジノ-2-フェニルインドール(DAPl)、SYTOX Blue(商標)、ヘキスト(登録商標)33258、クロモマイシンA3、ミトラマイシン、YOYO-1(商標)、SYTOXグリーン(商標)、SYTOXオレンジ(商標)、7-アミノアクチノマイシンD(7-AAD)、アクリジンオレンジ、TOTO-1、TO-PRO-1(商標)、チアゾールオレンジ、TOTO-3(商標)、TO-PRO-3(商標)、レーザーダイスチリル-751(LDS751)(商標)、Alexa Fluor(登録商標)-350(商標)、-430(商標)、-488(商標)、-532(商標)、-546(商標)、-555(商標)、-556(商標)、-594(商標)、-633(商標)、-647(商標)、-660(商標)、-680(商標)、-700(商標)、および-750(商標)を含むAlexa Fluor(登録商標)色素; BoDipy630/650(商標)およびBoDipy650/665(商標)を含むBoDipy(商標)色素; シアニン(CY)色素、特に、Cy2(商標)、Cy3(商標)、Cy3.5(商標)、Cy5(商標)、Cy5.5(商標)、およびCy7(商標); 6-FAM(フルオレセイン)(商標); PE-Cy5(商標)、PE-Cy7(商標)、フルオレセインdT; ヘキサクロロフルオレセイン(Hex); 6-カルボキシ-4',5'-ジクロロ-2',7'-ジメトキシフルオレセイン(JOE(商標)); 488-X(商標)および514(商標)を含むオレゴングリーン(商標)色素; X-ローダミン、リサミンローダミンB、ローダミングリーン、ローダミンレッド、およびROXを含むローダミン色素; テトラメチルローダミンイソチオシアネート(TRITC)、テトラメチルローダミン(TMR); カルボキシテトラメチルローダミン(TAMRA); テトラクロロフルオレセイン(TET); Red6B(商標)、FluorX(商標)、BODIPY-FL(商標)、ならびにテキサスレッド(商標)からなる群より選択される蛍光色素で標識されている、請求項11記載の方法。
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US5447839A (en) * | 1988-09-09 | 1995-09-05 | Hoffmann-La Roche Inc. | Detection of human papillomavirus by the polymerase chain reaction |
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CA1339729C (en) * | 1988-10-26 | 1998-03-17 | Wayne D. Lancaster | Human papillomavirus type 52 dna sequences and methods for employing thesame |
US5580970A (en) * | 1989-12-01 | 1996-12-03 | Amoco Corporation | Detection of HPV transcripts |
NL9000134A (nl) * | 1990-01-19 | 1991-08-16 | Stichting Res Fonds Pathologie | Primers en werkwijze voor het detecteren van humaan papilloma virus genotypen m.b.v. pcr. |
US5484699A (en) * | 1990-09-28 | 1996-01-16 | Abbott Laboratories | Nucleotide sequences useful as type specific probes, PCR primers and LCR probes for the amplification and detection of human papilloma virus, and related kits and methods |
FR2670797A1 (fr) * | 1990-12-20 | 1992-06-26 | Pasteur Institut | Sequences d'adn determinees derivees du genome du papillomavirus hpv39, application de ces sequences au diagnostic in vitro d'infection par ce papillomavirus, et a la production de composition immunogene. |
US5346811A (en) * | 1991-07-22 | 1994-09-13 | Cerveceria Polar | Method and products for human papillomavirus detection |
US6352825B1 (en) * | 1994-02-21 | 2002-03-05 | Stichting Researchfonds Pathologie | Human Papilloma Virus detection in a nucleic acid amplification process using general primers |
CA2163393C (en) | 1994-11-30 | 2003-04-22 | Colleen Marie Nycz | Amplification and detection of mycobacteria nucleic acids |
US5981180A (en) * | 1995-10-11 | 1999-11-09 | Luminex Corporation | Multiplexed analysis of clinical specimens apparatus and methods |
EP0852004B1 (en) | 1995-10-11 | 2011-01-19 | Luminex Corporation | Multiplexed analysis of clinical specimens |
AU726047B2 (en) * | 1995-11-15 | 2000-10-26 | Gen-Probe Incorporated | Nucleic acid probes complementary to human papillomavirus nucleic acid and related methods and kits |
US6511805B1 (en) * | 1996-03-15 | 2003-01-28 | The Penn State Research Foundation | Methods for detecting papillomavirus DNA in blood plasma and serum |
US6265154B1 (en) * | 1996-10-25 | 2001-07-24 | Abbott Laboratories | Nucleic acid primers and probes for detecting oncogenic human papillomaviruses |
WO1999014377A2 (en) * | 1997-09-16 | 1999-03-25 | Innogenetics N.V. | Detection and identification of human papillomavirus by pcr and type-specific reverse hybridization |
ZA989950B (en) * | 1997-11-17 | 1999-05-04 | Akzo Nobel Nv | Transcription based amplification of double stranded DNA targets |
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US20020081617A1 (en) * | 2000-11-08 | 2002-06-27 | Tione Buranda | Fluorescence and FRET based assays for biomolecules on beads |
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