JP4974891B2 - 新規なエンドリボヌクレアーゼ - Google Patents
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Classifications
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- C12N9/14—Hydrolases (3)
- C12N9/16—Hydrolases (3) acting on ester bonds (3.1)
- C12N9/22—Ribonucleases RNAses, DNAses
Description
〔1〕 配列表の配列番号1記載のアミノ酸配列、または該配列において1個以上のアミノ酸残基の欠失、付加、挿入もしくは置換の少なくとも1つを有するアミノ酸配列で示され、かつ配列特異的なエンドリボヌクレアーゼ活性を有するポリペプチド、
〔2〕 〔1〕のポリペプチドをコードする核酸、
〔3〕 配列表の配列番号2記載の塩基配列を有することを特徴とする〔2〕の核酸、
〔4〕 〔2〕または〔3〕の核酸にストリンジェントな条件でハイブリダイズ可能であり、かつ配列特異的なエンドリボヌクレアーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸、
〔5〕 〔2〕〜〔4〕いずれか1項に記載の核酸を含んでなる組換えDNA、
〔6〕 〔5〕の組換えDNAにより形質転換されてなる形質転換体、
〔7〕 〔6〕の形質転換体を培養する工程、および該培養物中より配列特異的なRNA切断活性を有するポリペプチドを採取する工程を包含することを特徴とする〔1〕のポリペプチドの製造方法、
〔8〕 一本鎖RNAに〔1〕のポリペプチドを作用させる工程を包含することを特徴とする、一本鎖RNA分解物の製造方法、および
〔9〕 一本鎖RNAに〔1〕のポリペプチドを作用させる工程を包含することを特徴とする、一本鎖RNAの分解方法、
に関する。
本発明のポリペプチドは、配列番号1記載のアミノ酸配列、又は該アミノ酸配列において1個以上のアミノ酸残基の欠失、付加、挿入若しくは置換の少なくとも1つを有するアミノ酸配列で示され、かつ配列特異的なエンドリボヌクレアーゼ活性を示すことを特徴とする。
本発明は、配列特異的なエンドリボヌクレアーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を提供する。前記核酸としては、本発明を特に限定するものではないが、配列表の配列番号1記載のアミノ酸配列、または該配列において1個以上、例えば1〜10個のアミノ酸残基の欠失、付加、挿入もしくは置換の少なくとも1つを有するアミノ酸配列で示され、かつ前記の配列特異的なエンドリボヌクレアーゼ活性を有するポリペプチドをコードするものが挙げられる。ここで、配列番号1記載のアミノ酸配列において1個以上のアミノ酸残基の欠失、付加、挿入もしくは置換の少なくとも1つを有するアミノ酸配列としては、例えば配列番号1記載のポリペプチドに50%以上のホモロジーを有するアミノ酸配列、好ましくは70%以上のホモロジーを有するアミノ酸配列、特に好ましくは90%以上のホモロジーを有するアミノ酸配列が例示される。
本発明のポリペプチドは、例えば、(1)本発明のポリペプチドを生産する微生物の培養物からの精製、(2)本発明のポリペプチドをコードする核酸を含有する形質転換体の培養物からの精製、等の方法により製造することができる。
本発明のポリペプチドを用いることにより、一本鎖RNAを分解し、RNA分解物を製造することができる。本発明のポリペプチドは塩基配列特異的にRNAを切断しうることから、生成するRNA分解物の平均の鎖長は前記ポリペプチドに認識される塩基配列の出現頻度に相関する。すなわち、本発明によりある鎖長分布を有するRNA分解物が提供される。さらに、その配列特異性を利用してRNA中の特定の領域を切り出すことも可能である。
Nitrosomonas europaea ATCC19718株由来NE1181遺伝子について、そこにコードされているポリペプチドのアミノ酸配列および塩基配列をNCBI データベースより入手した(accession No. NP_841237およびNC_004757)。NE1181の塩基配列情報より、ポリペプチド全長をコードする領域のDNAをPCRで増幅できるように、プライマーNE1181−F(配列番号3)およびプライマーNE1181−R(配列番号4)をそれぞれ合成した。
50ngのNitrosomonas europaea ATCC19718株ゲノムDNA、プライマーNE1181−F およびNE1181−Rを使用し、Pyrobest DNA polymerase(タカラバイオ社製)を用いたPCRを実施して362bpの増幅DNA断片を得た。この増幅断片を制限酵素NdeIおよびXhoIで消化してアガロース電気泳動に供し、泳動後のゲルより341bpのDNA断片を回収した。制限酵素NdeIおよびXhoIで消化しておいたpET21aベクター(ノバジェン社製)に上記の341bpのDNA断片を接続して得られた組換えプラスミドで大腸菌JM109株をトランスフォーメーションした。こうして得られた形質転換体のコロニーよりプラスミドを調製し、その塩基配列を確認したうえ、発現ベクターpET−NE1181と命名した。
実施例1で得られた発現ベクターpET−NE1181で大腸菌BL21(DE3)株(ノバジェン社製)をトランスフォーメーションし、発現用大腸菌pET−NE1181/BL21(DE3)を得た。前記の大腸菌を100μg/mlのアンピシリンを含む5mlのLB培地中、37℃で培養し、OD600nm=0.6になったところで、IPTG(タカラバイオ社製)を最終濃度1mMになるように加えてポリペプチドの発現を誘導した。誘導開始後2時間後に培養を終了し、菌体を遠心分離により回収した。菌体を300μlのリシスバッファー(50mM NaH2PO4、300mM NaCl、10mM イミダゾール、pH8.0)に懸濁した後、超音波破砕機(Handy sonic、トミー社製)を用いて菌体を破砕した。遠心分離により回収した上清に20μlのNi−NTA agarose(キアゲン社製)を加え、4℃、30分間放置した。遠心分離して回収した沈澱を100μlの洗浄バッファー(50mM NaH2PO4、300mM NaCl、20mM イミダゾール、pH8.0)で2回洗浄した。洗浄後の沈殿に20μlの溶出バッファー(50mM NaH2PO4、300mM NaCl、250mM イミダゾール、pH8.0)を加えて懸濁し、遠心して上清を回収した。同じ溶出操作をさらに2回繰り返し、合計60μlのNE1181ポリペプチドを含む試料を得た。この試料の一部をSDS−PAGEに供して予想されるサイズのポリペプチドが含有されていることを確認した。また、試料中のNE1181タンパク濃度は約25ng/μlであった。
実施例2で得られたNE1181ポリペプチドのリボヌクレアーゼ活性の塩基配列特異性を調べるために、オリゴリボヌクレオチドを合成し、切断アッセイを行った。
切断の状況は完全切断を+++、部分切断を++、ごく弱い切断を+、完全未分解を−で示した。さらに、それぞれのオリゴリボヌクレオチドの切断の有無および切断の強さから、切断部位周辺の塩基配列を比較し、配列の特異性を評価した。この結果を表2に示す。
SEQ ID NO:4; PCR primer NE1181-R to amplify a DNA fragment encoding NE1181 protein.
SEQ ID NO:5; Oligoribonucleotide mazG18_12.
SEQ ID NO:6; Oligoribonucleotide MRI011.
SEQ ID NO:7; Oligoribonucleotide ABC005.
SEQ ID NO:8; Oligoribonucleotide MRI020.
SEQ ID NO:9; Oligoribonucleotide MRI026.
SEQ ID NO:10; Oligoribonucleotide MRI028.
SEQ ID NO:11; Oligoribonucleotide ABC018.
SEQ ID NO:12; Oligoribonucleotide MRI024.
SEQ ID NO:13; Oligoribonucleotide MRI013.
SEQ ID NO:14; Oligoribonucleotide ABC019.
Claims (3)
- 配列表の配列番号1記載のアミノ酸配列、または該配列において1〜10個のアミノ酸残基の欠失、付加、挿入もしくは置換の少なくとも1つを有するアミノ酸配列で示され、かつ5’−GAAU−3’または5’−AAAU−3’配列の2番目のA残基の5’側または3’側のリン酸ジエステル結合を加水分解するエンドリボヌクレアーゼ活性を有するポリペプチドを、5’−GAAU−3’または5’−AAAU−3’配列を有する一本鎖RNAに作用させる工程を包含することを特徴とする、一本鎖RNA分解物の製造方法。
- 配列表の配列番号1記載のアミノ酸配列、または該配列において1〜10個のアミノ酸残基の欠失、付加、挿入もしくは置換の少なくとも1つを有するアミノ酸配列で示され、かつ5’−GAAU−3’または5’−AAAU−3’配列の2番目のA残基の5’側または3’側のリン酸ジエステル結合を加水分解するエンドリボヌクレアーゼ活性を有するポリペプチドを、5’−GAAU−3’または5’−AAAU−3’配列を有する一本鎖RNAに作用させる工程を包含することを特徴とする、一本鎖RNAの分解方法。
- 請求項2記載の方法でmRNAを分解する工程を包含する、タンパク質の合成の阻害方法。
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