JP4969638B2 - 単球由来核酸および関連する組成物ならびに方法 - Google Patents
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Description
本発明は、単球(免疫系で機能する細胞)中に見出される遺伝子に関連する組成物に関する。これらの遺伝子は、哺乳動物免疫系の発達、分化、および/または生理機能の制御において機能する。特に、本発明は、核酸、タンパク質、抗体、およびそれらを使用する方法を提供する。
単球は、単核食細胞系に属する食細胞であり、そして循環中に存在する。これらの細胞は骨髄を起源とし、そして一旦それらが分化すると、骨髄の区画に短期間のみ存在する。次いで、それらは循環に入り、そしてそこに比較的長期間(例えば、数日間)存在し得る。単球は、漏出として公知のプロセスによって組織および体腔に入り得、ここで、これらはマクロファージ、およびおそらく樹状細胞に分化する。炎症応答において、循環中の単球の数は倍加し得、そして増大した数の単球のうちの多くは、炎症部位に漏出する。単球およびそれらの機能の概説については、例えば、非特許文献1;非特許文献2を参照のこと。
本発明は、特定の遺伝子産物の存在、量、分布および正常性(normalcy)を決定するため、および特定の疾患状態を処置するための薬剤の発見を容易にするための組成物および方法を提供することにより、この必要性を満たす。
本発明は、活性化された単球から単離された新規の遺伝子および遺伝子産物の発見に基づく。
本発明はまた、以下の項目を提供する。
(項目1)配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、または配列番号10に由来するアミノ酸配列を含む、単離されたポリペプチド。
(項目2)成熟タンパク質のアミノ酸配列を含む、項目1に記載のポリペプチド。
(項目3)配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、または配列番号10に由来するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含む、単離された核酸。
(項目4)前記ヌクレオチド配列が前記成熟タンパク質をコードする、項目3に記載の核酸。
(項目5)配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、または配列番号9において示されるヌクレオチド配列を含む、項目4に記載の核酸。
(項目6)項目1に記載のポリペプチドを含む、融合タンパク質。
(項目7)項目1に記載のポリペプチドに特異的に結合する、結合化合物。
(項目8)抗体または抗体フラグメントである、項目7に記載の結合化合物。
(項目9)前記抗体がモノクローナル抗体である、項目8に記載の結合化合物。
(項目10)項目3に記載の核酸を含む、発現ベクター。
(項目11)項目10に記載のベクターを含む、宿主細胞。
(項目12)ポリペプチドが発現される条件下で、項目11に記載の宿主細胞を培養する工程を包含する、該ポリペプチドを組換え的に産生するためのプロセス。
(項目13)サンプル中の特定の核酸配列を検出するための方法であって、該方法は以下の工程:
(i)配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、または配列番号9から選択される少なくとも8個の保存ヌクレオチドを含む核酸配列を含むプローブと、特定の核酸配列を含むと疑われるサンプルとを、ハイブリッドが該プローブと該サンプル中の該特定の核酸との間に形成し得る条件下で接触させる工程;および
(ii)工程(i)において形成される任意のハイブリッドを検出する工程、を包含し、ここで該ハイブリッドの検出は、該サンプル中の該特定の核酸配列の存在を示す、方法。
(項目14)前記検出する工程の前に、前記サンプル中の前記特定の配列を増幅する工程をさらに包含する、項目13に記載の方法。
(項目15)サンプル中の特定の抗原成分を検出するための方法であって、該方法は以下の工程:
(i)配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、または配列番号10に由来するアミノ酸配列によってコードされる特定の抗原成分を含むと疑われるサンプルと、該成分に対して特異的な抗体とを、安定な抗原−抗体複合体が該抗体と該サンプル中の該抗原成分との間に形成し得る条件下で接触させる工程;および
(ii)工程(i)において形成される任意の抗原−抗体複合体を検出する工程、
を包含し、ここで該抗原−抗体複合体の検出は、該サンプル中の該抗原成分の存在を示す、方法。
(項目16)候補となる治療剤をスクリーニングするための方法であって、以下:
標的配列として、配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、または配列番号10に由来するアミノ酸配列を有するポリペプチドを選択する工程;
試験化合物と該標的配列とを接触させる工程;および
候補となる治療剤として、該標的配列に結合する試験化合物を選択する工程、を包含する、方法。
本明細書中で引用される全ての特許出願、特許、および刊行物の参考文献は、その全体が本明細書によって参考として本明細書中に援用される。
1.「単球由来」核酸または「単球由来」ポリペプチドは、その配列が本来単離された供給源をいう。
FDF03−デルタTM(FDF03−ΔTM)と命名された第2のヒトクローンは、選択的スプライシングにより生成されたヒトFDF03の可溶性の形態のようである。FDF03−ΔTMをコードする核酸配列は、配列番号3において示される。FDF03−ΔTMタンパク質のアミノ酸配列は、配列番号4において示される。
FDF03−Short1(FDF03−S1)と命名された第3のクローンは、FDF03に対して相同なIg様分子であるが、短い細胞質内ドメインおよび膜貫通ドメイン中に荷電した残基を有する。比較DNAおよびタンパク質分析は、選択的にスプライスされた産物ではなく、FDF03およびFDF03S1に対する異なる遺伝子の存在を示唆する。FDF03−S1をコードする核酸配列は、配列番号5において示される。FDF03−S1タンパク質のアミノ酸配列は、配列番号6において示される。
FDF03−M14と示される4番目のクローンは、選択的スプライシングによって産生される、ヒトFDF03の潜在的に可溶性の形態である。FDF03−M14をコードする核酸配列を、配列番号7に示す。FDF03−M14タンパク質のアミノ酸配列を、配列番号8に示す。この分子のcDNAは、RT−PCRによるヒトFDF03発現の分析の間に、FDF03のcDNAと一緒に増幅された。FDF03遺伝子の5’−UTRおよび3’−UTRに設計されたプライマー(FDF03−U25:5’−ACAGCCCTCTTCGGAGCCTCA(配列番号11)およびFDF03−L1166:5’−AGCTGGCCCTGAACTCCTGG(配列番号12))を用いて、約200塩基対のより短いバンドを、RT−PCRによって活性化PBL cDNAから増幅し、次いでゲル精製し、クローン化し、そして配列決定した。1つのクローン(M14)は、175アミノ酸のI型タンパク質をコードするORFを有する908塩基対の挿入片を含んでいた。FDF03配列とのcDNAアライメントにより、FDF03−M14配列における253ヌクレオチドの欠失(FDF03ヌクレオチド608〜861)が同定され、これは、FDF03の細胞外スレオニンリッチ領域、膜貫通ドメインおよび細胞質内ドメインの開始をコードする配列を欠失し、そしてFDF03−M14の655位に未熟な終結コドンを導入した。FDF03−M14の推定アミノ酸配列は、潜在的な疎水性シグナルペプチド、続いてFDF03の細胞外Ig様ドメインと完全に整合するがFDF03とは異なるCOOH−末端24アミノ酸配列に連結した細胞外Ig様ドメインを有するタンパク質を生じた。この分子は、FDF03 mRNAの選択的スプライシングの産物であり得る。
FDF03−S2で示される5番目のクローンは、FDF03に相同なIg様分子であるが、短い細胞質内ドメインおよび膜貫通ドメイン内の荷電残基を有する。この分子は、FDF03−S1に高度に相同であり、そして潜在的なDAP12関連タンパク質である。FDF03−S2をコードする核酸配列を、配列番号9に示す。FDF03−S2タンパク質のアミノ酸配列を、配列番号10に示す。
本発明は、核酸配列、特に配列番号1、5、7もしくは9に示される核酸配列または配列番号2、4、6、8もしくは10に示されるアミノ酸配列をコードする核酸配列を提供する。本発明は、本明細書中に開示される個々の核酸配列の全体または部分を含む単離された核酸フラグメントを含む。本発明の核酸配列は、少なくとも約12、好ましくは少なくとも約18、より好ましくは少なくとも約20〜35そして最も好ましくは少なくとも約35〜55または完全なタンパク質コード配列もしくはその相補体を含む、それより多くの連続したヌクレオチドを含む。本発明は、これらの配列の配列保存的改変体および機能保存的改変体を含む。
本明細書中に記載される天然に存在するポリペプチドおよび組換え形態のポリペプチドの両方(グリコシル化された形態およびグリコシル化されていない形態の両方を含む)は、本発明によって含まれる。機能保存的改変体を含む本発明のポリペプチドは、ヒト単球から、またはタンパク質コード配列が導入されかつ発現される異種の生物体または細胞(例えば、細菌細胞、真菌細胞、昆虫細胞、植物細胞および哺乳動物細胞)から単離され得る。本明細書中に記載されるタンパク質またはその部分はまた、他のタンパク質との融合体として発現され得る。ポリペプチドは、市販されている自動化された手順によって化学的に合成され得る(限定されないが、独占的(exclusive)固相合成、部分的固相法、フラグメント縮合または古典的溶液合成が挙げられる)。ポリペプチドはまた、インビトロ翻訳によって有利に作製され得る。
本発明はまた、配列番号2、4、6、8、または10のアミノ酸配列と実質的なアミノ酸配列類似性を有するタンパク質またはペプチドを含む。置換を示す改変体(例えば、20以下、好ましくは10以下、そしてより好ましくは5以下の置換)が、含まれる。置換が保存的置換の場合、その改変体は、対応する天然配列のタンパク質と、免疫原性類似性または抗原性類似性あるいは交差反応性を共有する。天然の改変体としては、個体改変体、対立遺伝子改変体、多型改変体、系統改変体または種改変体が挙げられる。
上記のような本発明の免疫原性成分は、標準的方法によって抗体を調整するための抗原として有用である。このような免疫原性成分は、より大きなポリペプチドのタンパク質分解性の切断によってか、または化学合成によって、または組換え技術によって産生され得、したがって、タンパク質分解性切断部位によって限定されない。好ましくは、より小さな免疫原性成分は、まず、架橋または免疫原性キャリア分子(すなわち、宿主動物における免疫学的応答を独立して誘発する特性を有する、本発明の免疫原性成分が共有結合され得る巨大分子)の結合によって、より免疫原性を示す。キャリア分子への架橋または結合が要求され得る。なぜなら、小ペプチドフラグメントは、時折ハプテン(抗体に特異的に結合し得るが、抗体産生を誘発し得ない分子、すなわち、免疫原性ではない)として働くからである。免疫原性のキャリア分子へのこのようなフラグメントの結合は、「キャリア効果」として一般に公知であるものによって、これらのフラグメントを免疫原性にする。
本発明は、質的または量的な診断(すなわち、生物学的なサンプルにおける特定の成分の検出)のための臨床的設置に有用な組成物、方法およびキットを包含する。これらの適用は、核酸、ペプチド/ポリペプチド、または本明細書中に記載の成分に特異的な抗体を使用する。抗体ベースの診断法および核酸ベースの診断法(PCRベースの診断法を含む)の両方が意図される。サンプル中に存在する単球のレベルの検出は、特定の異常な疾患状態の診断のために重要である。例えば、組織またはリンパ系における単球の数の増加は、単球過形成、組織または移植拒否、あるいは炎症の存在を示し得る。小さい単球集団は、例えば、単球応答を正常化するために適切な処置を必要とし得る細菌感染またはウイルス感染に対する異常な反応を示し得る。
(i)抗体:これらの抗体は前もって標識され得る;あるいは、この抗体は未標識であり得、そして標識のための成分は、キットに分離された容器に含まれ得るか、または二次標識抗体が提供される;および
(ii)反応成分:このキットはまた、特定の免疫アッセイプロトコル(適用可能であれば、固相マトリクスおよび標準を含む)のために必要な他の適切に包装された試薬および物質を含む。
(i)プローブDNA:このプローブDNAは前もって標識され得る:あるいは、このプローブは未標識であり得、そして標識のための成分は、キットに分離された容器に含まれ得る;および
(ii)ハイブリダイゼーション試薬:このキットはまた、特定のハイブリダイゼーションプロトコル(適用可能であれば、固相マトリクスおよび標準を含む)のために必要な他の適切に包装された試薬および物質を含む。
本発明はまた、顕著な治療的価値を示し得る試薬を提供する。このタンパク質(天然に存在するかまたは組換え)、それらのフラグメント、およびそれらに対する抗体は、このタンパク質に対する結合親和性を有するとして同定された化合物と一緒に、異常な生理機能または発達に関する状態の処置に有用であり得る。例えば、異常な発現または単球による異常な情報伝達に関する疾患または障害(例えば、抗原提示細胞)は、このタンパク質のアゴニストまたはアンタゴニストに対する標的である。このタンパク質は、造血性細胞(例えば、免疫学的応答(例えば、抗原提示および生じたエフェクター機能)に影響するリンパ球)の調節または発達において役割を担うようである。
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