JP4928781B2 - 反応容器及び反応容器処理装置 - Google Patents

反応容器及び反応容器処理装置 Download PDF

Info

Publication number
JP4928781B2
JP4928781B2 JP2005378535A JP2005378535A JP4928781B2 JP 4928781 B2 JP4928781 B2 JP 4928781B2 JP 2005378535 A JP2005378535 A JP 2005378535A JP 2005378535 A JP2005378535 A JP 2005378535A JP 4928781 B2 JP4928781 B2 JP 4928781B2
Authority
JP
Japan
Prior art keywords
reaction
unit
container
liquid
reagent
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Expired - Fee Related
Application number
JP2005378535A
Other languages
English (en)
Other versions
JP2007175005A (ja
Inventor
祐輔 中村
信博 花房
是嗣 緒方
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Shimadzu Corp
RIKEN Institute of Physical and Chemical Research
Toppan Inc
Original Assignee
Shimadzu Corp
RIKEN Institute of Physical and Chemical Research
Toppan Inc
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Shimadzu Corp, RIKEN Institute of Physical and Chemical Research, Toppan Inc filed Critical Shimadzu Corp
Priority to JP2005378535A priority Critical patent/JP4928781B2/ja
Publication of JP2007175005A publication Critical patent/JP2007175005A/ja
Application granted granted Critical
Publication of JP4928781B2 publication Critical patent/JP4928781B2/ja
Expired - Fee Related legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Images

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12MAPPARATUS FOR ENZYMOLOGY OR MICROBIOLOGY; APPARATUS FOR CULTURING MICROORGANISMS FOR PRODUCING BIOMASS, FOR GROWING CELLS OR FOR OBTAINING FERMENTATION OR METABOLIC PRODUCTS, i.e. BIOREACTORS OR FERMENTERS
    • C12M33/00Means for introduction, transport, positioning, extraction, harvesting, peeling or sampling of biological material in or from the apparatus
    • C12M33/04Means for introduction, transport, positioning, extraction, harvesting, peeling or sampling of biological material in or from the apparatus by injection or suction, e.g. using pipettes, syringes, needles
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12MAPPARATUS FOR ENZYMOLOGY OR MICROBIOLOGY; APPARATUS FOR CULTURING MICROORGANISMS FOR PRODUCING BIOMASS, FOR GROWING CELLS OR FOR OBTAINING FERMENTATION OR METABOLIC PRODUCTS, i.e. BIOREACTORS OR FERMENTERS
    • C12M23/00Constructional details, e.g. recesses, hinges
    • C12M23/34Internal compartments or partitions
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12MAPPARATUS FOR ENZYMOLOGY OR MICROBIOLOGY; APPARATUS FOR CULTURING MICROORGANISMS FOR PRODUCING BIOMASS, FOR GROWING CELLS OR FOR OBTAINING FERMENTATION OR METABOLIC PRODUCTS, i.e. BIOREACTORS OR FERMENTERS
    • C12M37/00Means for sterilizing, maintaining sterile conditions or avoiding chemical or biological contamination
    • C12M37/04Seals
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12MAPPARATUS FOR ENZYMOLOGY OR MICROBIOLOGY; APPARATUS FOR CULTURING MICROORGANISMS FOR PRODUCING BIOMASS, FOR GROWING CELLS OR FOR OBTAINING FERMENTATION OR METABOLIC PRODUCTS, i.e. BIOREACTORS OR FERMENTERS
    • C12M41/00Means for regulation, monitoring, measurement or control, e.g. flow regulation
    • C12M41/12Means for regulation, monitoring, measurement or control, e.g. flow regulation of temperature

Description

本発明は化学反応を初め、現場において各種自動分析、例えば遺伝子解析の研究や臨床を行なうのに適する反応容器と、それを用いた反応容器処理装置、例えば人間を初めとする動物や植物のゲノムDNAの多型、例えばSNP(一塩基多型)などを検出するための反応容器処理装置に関するものである。
遺伝子多型を利用して病気の罹りやすさなどを予測する方法又は装置として、下記のようなものが提案されている。
患者が敗血症に罹りやすいか否か及び/又は敗血症に急速に進行しやすいか否かを決定するために、患者から核酸サンプルを採取し、該サンプル中におけるパターン2対立遺伝子、又はパターン2対立遺伝子と連鎖不平衡であるマーカー遺伝子を検出し、パターン2対立遺伝子又はパターン2対立遺伝子と連鎖不平衡であるマーカー遺伝子が検出されれば該患者が敗血症に罹りやすいと判定する(特許文献1参照。)。
ヒトのflt−1遺伝子中の1又はそれ以上の単一ヌクレオチド多型性の診断のために、ヒトの核酸の1又はそれ以上の位置:1953、3453、3888(各々EMBL受理番号X51602中の位置に従う)、519、786、1422、1429(各々EMBL受理番号D64016中の位置に従う)、454(配列番号3に従う)及び696(配列番号5に従う)の配列を決定し、flt−1遺伝子中の多型性を参照することにより、そのヒトの体質を決定する(特許文献2参照。)。
SNP部位の塩基を判別する、いわゆるタイピングについては多くの手法が報告されている。そのうちの代表的なものは次の方法である。
比較的に少量の核酸を用いて数十万箇所に及ぶSNP部位についてタイピングを行なうために、少なくとも一つの一塩基多型部位を含む複数の塩基配列を、核酸及び複数対のプライマーを用いて同時に増幅し、増幅した複数の塩基配列を用いて、当該塩基配列に含まれる一塩基多型部位の塩基をタイピング工程により判別する。そのタイピング工程として、インベーダ(登録商標)法又はタックマン(登録商標)PCR法を用いる(特許文献3参照。)。
本発明者らは、試薬収容部一体型でかつタイピング用の複数のプローブがそれぞれ小さな凹部からなるウエルに配置されている反応容器で、試薬収容部のシール材を貫通して分注する方式のものを提案している。そこでは、ウエルの大きさは、例えば直径が100μm〜2mm、深さが50μm〜1.5mmである。
また、その反応容器には微量の反応液を扱う増幅反応部としてPCR反応部が設けられているが、そのPCR反応部は反応部となる流路とそれにつながる分注ポートとからなる。PCR反応部は樹脂プレートにより構成することもでき、樹脂プレートと弾性プレートにより構成することもできる。弾性プレートを使用する場合は分注ポートを弾性プレートにより構成するのが好ましい。弾性プレートはPDMS(ポリジメチルシロキサン)やシリコーンゴムなどからなり、分注ポートに使い捨て可能なチップで分注する際、ポート壁面が弾性変形するので密着性がよく、液漏れがない。
PCR反応部のPCR反応領域は熱交換が容易になるように、プレート断面は流路と外表面との厚みが例えば0.1〜0.5mmに薄くなっている。PCR反応部で扱う増幅反応液であるPCR反応液の量は、例えば0.1μL〜5μL程度と微量である。
特表2002−533096号公報 特開2001−299366号公報 特開2002−300894号公報 特許第3452717号公報 Hsu T. M., Law S. M, Duan S, Neri B. P., Kwok P. Y., "Genotyping single-nucleotide polymorphisms by the invader assay with dual-color fluorescence polarization detection", Clin. Chem., 2001 Aug;47(8):1373-7
上記の反応容器をはじめ、平板状の基板に形成された反応部を備えた小型の反応容器で扱う検体や試薬の量は微量ではあるが、分析終了後に反応容器を装置から取り出す際に反応容器中の反応終了液や残試薬がこぼれたり飛び散ったりすると、サンプルを汚染(コンタミネーション)して測定精度を低下させる原因になる。
本発明の目的は、そのような小型の反応容器を扱う際に反応終了液や残試薬によるサンプルの汚染を防止することである。
本発明の反応容器は、平板状の基板に形成されサンプルに反応を起こさせる少なくとも1つの反応部と、前記基板に凹部として形成され、反応液よりも比重の低い不揮発性液体を収容しフィルムで封止された不揮発性液体収容部と、前記基板に形成された廃液回収用の廃液収容部とを少なくとも備えている。
廃液収容部には吸収素材が封入されていることが好ましい。
本発明の反応容器は、同じ基板に凹部として形成され、サンプルの反応に使用される試薬を収容しフィルムで封止された少なくとも1つの試薬収容部をさらに備えてサンプルの反応用試薬キットを構成していてもよい。
フィルムで封止された試薬や不揮発性液体は、本発明の反応容器処理装置内においてそのフィルムを貫通してノズルを挿入することにより、又はそのフィルムを剥がした後にノズルを挿入することにより、そのノズルに吸入し、反応部などの他の場所に移送することができる。
この反応容器は、化学反応、生化学反応を初め、種々の反応の測定に用いられるものである。この反応容器を反応用試薬キットとした場合の1つの用途として、遺伝子多型検出を挙げることができる。遺伝子多型検出用の反応容器とした場合の第1の形態は、生体サンプルとして遺伝子増幅反応がなされたものをこの反応容器に注入して遺伝子多型を検出する反応容器である。その第1の形態の反応容器は、試薬収容部として複数の多型部位に対応して調製されたタイピング試薬を収容したタイピング試薬収容部を含み、反応部として前記複数の多型部位のそれぞれに対応して蛍光を発するプローブを個別に保持した複数のプローブ配置部を含んで遺伝子多型診断用試薬キットを構成しているものである。
遺伝子多型検出用の反応容器とした場合の第2の形態は、上記の第1の形態の反応用試薬キットに、試薬収容部として複数の多型部位それぞれを挟んで結合する複数のプライマーを含む遺伝子増幅試薬を収容した遺伝子増幅試薬収容部をさらに含み、反応部として遺伝子増幅試薬とサンプルとの混合液に対して遺伝子増幅反応を行なわせる増幅反応部をさらに含んだものである。
第2の形態の遺伝子多型診断用試薬キットにおいては、増幅反応部は温度を変化させるサイクルを繰り返すことから基板の熱伝導性が高い方が好ましい。そのために、増幅反応部の基板肉厚が他の部分よりも薄くなっていることが好ましい。
本発明による多型検出の対象は特に限定されないが、例えばcDNA、ヒトを含む様々な生物の遺伝子、ウイルス及び細菌を含む様々な微生物の遺伝子などが挙げられる。したがって、これら核酸の配列をもつものを核酸増幅のための鋳型核酸とすることができる。また、これら多型検出の対象となる遺伝子としては、DNAの遺伝子であるかRNAの遺伝子であるかを問わない。
これらの遺伝子を含むサンプルも特に限定されない。すなわち、生体試料、生体由来試料、抽出核酸試料などに対して多型検出を行なうことができる。ここで、生体試料や生体由来試料は、核酸の抽出操作を行なわず、核酸包含体(例えば細胞、真菌、細菌、ウイルスなど、核酸を内部に含有する膜構造体)を維持した形態の試料である。生体試料の例としては、臓器、組織、体液、排泄物などが挙げられる。体液には、血液試料、髄液、唾液、乳などが含まれる。血液試料には、全血、血漿、血清などが含まれる。排泄物には、尿、便などが含まれる。生体由来試料は、生体試料から回収した核酸包含体である。核酸包含体の回収方法は特に限定されないが、遠心・超遠心操作、ポリエチレングリコールなどの共沈剤、吸着担体などを用いた方法が挙げられる。抽出核酸試料は、核酸の抽出操作を行なった試料であり、抽出後さらに核酸を精製した試料であってもよい。抽出方法としては、酵素、界面活性剤、カオトロピック剤などを用いた方法が挙げられる。精製方法としては、フェノール/クロロホルム、イオン交換樹脂、ガラスフィルター、ガラスビーズ、磁気ビーズ、タンパク凝集作用を有する試薬などを用いた方法が挙げられる。
本発明で検出できる多型は、特に限定されず、SNP及び複数ヌクレオチドからなる配列にわたる多型の両方を含む。本発明においては、多型にはさらに変異も含む。具体的には、本発明で検出できる多型の例としては、SNP、挿入多型、欠失多型、反復配列多型などが挙げられる。
ここで、多型部位とプライマーの関係を示すと、1つの多型部位を増幅するためにはその多型部位をはさんで結合する一対のプライマーが必要になる。対象となる生体サンプルには複数種類の多型部位が存在するので、それらの多型部位が互いに離れた位置に存在する場合には多型部位の種類の数の2倍の種類のプライマーが必要になる。しかし、2つの多型部位が接近している場合には、それらの多型部位それぞれをはさんでプライマーを結合させて増幅することも、またそれらの2つの多型部位の間にはプライマーを結合させず、2つの多型部位の配列の両側にのみプライマーを結合させて増幅することもできる。したがって、必要なプライマーの種類は必ずしも多型部位の種類の数の2倍になるわけではない。本発明における「複数の多型部位それぞれをはさんで結合する複数のプライマー」とは一対のプライマーが1つの多型部位をはさんで結合する場合だけでなく、2又はそれ以上の多型部位をはさんで結合する場合も含めて、複数の多型部位を増幅するのに必要な種類のプライマーという意味で使用している。
遺伝子増幅試薬の一例はPCR反応試薬である。
SNPのタイピングには増幅工程に入る段階でゲノムDNAの調整が必須であり、そこに手間とコストがかかる。核酸を増幅するPCR法だけに着目すれば、前処理なしで血液などのサンプルから直接PCR反応を行なわせる方法も提案されている。そこでは、サンプル中の目的とする遺伝子を増幅する核酸合成法において、遺伝子を含むサンプル中の遺伝子包含体、すなわち生体由来試料、もしくは遺伝子を含むサンプルそのもの、すなわち生体試料を遺伝子増幅反応液に添加して、添加後の該反応液のpHが8.5−9.5(25℃)で遺伝子を含むサンプル中の目的とする遺伝子を増幅する(特許文献4参照。)。
既に構築されているタイピングシステムは、タイピングしようとする複数のSNP領域をPCR法で増幅するために、最初に採取する核酸量は少なくてすむが、PCR法で増幅する前に予め生体サンプルから核酸を抽出しておくという前処理が必要である。そのためにその前処理に時間と手間がかかる。
直接PCR法とタイピング方法を結びつけたときに、タイピングを目的とする複数のSNP部位について同時に増幅を行なうような自動化システムはこれまで構築されていなかった。
タイピング工程はインベーダ(登録商標)法やタックマン(登録商標)PCR法を使用することができる。その場合、タイピング試薬はインベーダ(登録商標)試薬又はタックマン(登録商標)PCR試薬である。
図11は本発明の反応容器を遺伝子多型診断用試薬キットとして使用して遺伝子多型を検出する際の検出方法を概略的に示したものである。ここでは、増幅工程にはPCR法、タイピング工程にはインベーダ(登録商標)法を使用するものとして説明する。
PCR工程では血液などの生体サンプル2にPCR反応試薬4を添加するか、逆にPCR反応試薬4に生体サンプル2を添加する。
PCR反応試薬4は予め調整されたものであり、測定しようとするSNP部位のための複数のプライマーを含み、それにpHを調整するためのpH緩衝液、4種類のデオキシリボヌクレオチド類、熱安定性合成酵素、及びMgCl2、KCl等の塩類などの必要な試薬が添加されている。その他に、界面活性剤や蛋白などの物質を必要に応じて添加することができる。本発明で用いることのある増幅工程のPCR法は、目的とする複数のSNP部位を同時に増幅させるものである。生体サンプルは核酸抽出操作を施しているものであってもよく、核酸抽出操作を施していないものであってもよい。ここで、核酸抽出操作を施していない生体サンプルとは、上述した生体試料、生体由来試料、及び、加熱処理又は凍結処理などの操作によって核酸包含体の膜構造を破壊した状態の生体試料若しくは生体由来試料を含む。核酸抽出操作を施していない生体サンプルから直接PCR法によりそれらのSNP部位を含む複数のゲノムDNAを増幅させる場合には、それらのSNP部位のための複数のプライマーを含む遺伝子増幅反応試薬を生体サンプルに作用させ、サンプル2と混合したときに25℃でのpHが8.5−9.5となる条件下でPCR反応を起こさせる。
pH緩衝液は、トリス(ヒドロキシメチル)アミノメタンと塩酸、硝酸、硫酸等の鉱酸の組合せのほか、種々のpH緩衝液を使用することができる。pH調整された緩衝液は、PCR反応試薬の中で10mMから100mMの間の濃度で使用するのが好ましい。
プライマーはPCR反応によるDNA合成の開始点として働くオリゴヌクレオチドをいう。プライマーは合成したものであってもよく、生物界から単離したものであってもよい。
合成酵素はプライマー付加によるDNA合成用の酵素であり、化学合成系も含む。適切な合成酵素としては、E.coliのDNAポリメラーゼI、E.coliのDNAポリメラーゼのクレノーフラグメント、T4DNAポリメラーゼ、TaqDNAポリメラーゼ、T.litoralis DNAポリメラーゼ、TthDNAポリメラーゼ、PfuDNAポリメラーゼ、Hot Start Taq ポリメラーゼ、KOD DNAポリメラーゼ、EX TaqDNAポリメラーゼ、逆転写酵素などがあるが、これらに限定されるものではない。「熱安定性」は、高温下、好ましくは65−95℃でもその活性を保持する化合物の性質を意味する。
PCR工程では、生体サンプル2とPCR反応試薬4との混合液を所定の温度サイクルに従ってPCR反応を行なわせる。PCR温度サイクルは、変性、プライマー付着(アニーリング)及びプライマー伸長の3工程を含み、そのサイクルを繰り返すことによりDNAを増幅させる。各工程の一例は、変性工程が94℃で1分間、プライマー付着工程が55℃で1分間、プライマー伸長が72℃で1分間である。生体サンプルは核酸抽出操作を施したものであってもよいが、ここでは核酸抽出操作を施していないものを使用する。ゲノム抽出操作を施していない生体サンプルであっても、PCR温度サイクルの高温下で核酸が血球や細胞から遊離し、PCR反応に必要な試薬が核酸に接触して反応が進む。
PCR反応終了後、タイピング試薬としてインベーダ(登録商標)試薬6が添加される。インベーダ(登録商標)試薬6には蛍光を発するフレット(FRET)プローブ及びクリベース(Cleavase:構造特異的DNA分解酵素)が含まれている。フレットプローブはゲノムDNAと全く無関係な配列をもつ蛍光標識オリゴであり、SNPの種類によらず配列は共通であることが多い。
次に、インベーダ(登録商標)試薬6が添加された反応液を複数のプローブ配置部8に添加して反応をさせる。各プローブ配置部8には、複数のSNP部位のそれぞれに対応してインベーダ(登録商標)プローブとレポータープローブが個別に保持されており、反応液がインベーダ(登録商標)プローブと反応し、そのレポータープローブに対応するSNPが存在すれば蛍光を発する。
インベーダ(登録商標)法については、特許文献3の段落[0032]から[0034]に詳しく記載されている。
各レポータープローブはそれに対応したSNPの塩基に応じて2種類のものを用意すれば、そのSNPがホモ接合体であるかヘテロ接合体であるかを判別することができる。
タイピング工程で使用するインベーダ(登録商標)法は、アレル特異的オリゴとタイピング対象のSNPを含むDNAとをハイブリダイゼーションすることによりSNP部位をタイピングする方法であり、タイピング対象のSNPを含むDNAと、タイピング対象のSNPのそれぞれのアレルに特異的な2種類のレポータープローブ及び1種類のインベーダ(登録商標)プローブと、DNAの構造を認識して切断するという特殊なエンドヌクレアーゼ活性を有する酵素とを用いる方法である(特許文献3参照。)。
本発明の反応容器において、前記フィルムはノズルで貫通可能なものであることが好ましい。
反応部のうち少なくとも不揮発性液体が分注されるものはその不揮発性液体を保持できる凹部となっていることが好ましい。
同じ基板に凹部として形成され、サンプルを注入するためのサンプル注入部をさらに備えていてもよい。
少なくとも反応部は、使用前は剥離可能なシール材で被われていることが好ましい。
タイピング試薬はインベーダ(登録商標)試薬又はタックマン(登録商標)PCR試薬である。
本発明の反応容器処理装置の第1の形態は、反応容器自体に廃液回収用の廃液収容部を備えた本発明の反応容器を使用するものである。その反応容器処理装置は反応容器を装着する反応容器装着部と、図1に示されるように、ノズル28による吸引及び吐出のための機構を備えて液を移送して分注する分注部112と、反応容器を用いた分析終了後に分注部により廃液をその反応容器の廃液収容部に回収する動作を含む分注部112の分注動作を少なくとも制御する制御部118とを備えている。
本発明の反応容器処理装置の第2の形態は、廃液回収用の廃液収容部を備えていない反応容器を使用するものであり、廃液収容部は反応容器処理装置の内部又は外部に設けられたものである。その反応容器処理装置は反応容器を装着する反応容器装着部と、図1に示されるように、ノズル28による吸引及び吐出のための機構を備えて液を移送して分注する分注部112と、反応容器を用いた分析終了後に分注部により廃液をその反応容器処理装置に設けられた廃液収容部に回収する動作を含む分注部112の分注動作を少なくとも制御する制御部118とを備えている。
廃液収容部には吸収素材が設けられていることが好ましい。
本発明の反応容器処理装置は反応部の温度を制御する反応温度制御部をさらに備え、制御部116は反応温度制御部の温度制御も行なうようにすることができる。
本発明の反応容器処理装置を遺伝子多型検出装置として使用する場合には、その第1の形態は、反応容器としてタイピング試薬を収容したタイピング試薬収容部をさらに備え、反応部として複数の多型部位のそれぞれに対応して蛍光を発するプローブを個別に保持した複数のプローブ配置部を備えた遺伝子多型診断用反応容器を使用する。そして、図1に示されるように、反応温度制御部としてプローブ配置部の温度をサンプルとタイピング試薬との反応液をプローブと反応させる温度に制御するタイピング反応温度制御部110を備え、この反応容器処理装置は各プローブ配置部に励起光を照射して蛍光を検出する蛍光検出部64をさらに備える。制御部118はタイピング反応温度制御部110の温度制御及び蛍光検出部64の検出動作も制御するものとなる。
タイピング反応としてインベーダ(登録商標)反応を使用する場合は、タイピング反応温度制御部110はインベーダ(登録商標)反応のための温度調節部となる。
本発明の反応容器処理装置を遺伝子多型検出装置として使用する第2の形態は、反応容器として複数の多型部位それぞれをはさんで結合する複数のプライマーを含む遺伝子増幅試薬を収容した遺伝子増幅試薬収容部をさらに備え、反応部として遺伝子増幅試薬とサンプルとの混合液に対して遺伝子増幅反応を行なわせる増幅反応部をさらに備えた遺伝子多型診断用反応容器を使用する。そして、図1に示されるように、反応温度制御部として増幅反応部の温度をサンプルと遺伝子増幅試薬との反応液内でDNAを増幅させる遺伝子増幅のための温度に制御する増幅反応温度制御部120をさらに備え、制御部118は増幅反応温度制御部120の温度制御も行なうものとなる。
遺伝子増幅反応としてPCR反応を使用する場合は、増幅反応温度制御部120はPCR反応のための温度サイクル用の温度調節部となる。
制御部118を外部から操作したり検査結果を表示したりするために、制御部118にパーソナルコンピュータ(PC)122を接続してもよい。
ノズルの一例は、先端に使い捨て可能なチップを着脱可能に装着したものである。反応容器の液体収容部がフィルムで封止されていて、そのフィルムで封止された状態で反応容器処理装置に装着される場合には、そのチップにより反応容器のフィルムを貫通して液の吸入を行なうものとなる。
本発明の反応容器は廃液回収用の廃液収容部を備えているので、その反応容器を使用すれば反応終了後に反応終了液や残試薬などの廃液をその廃液収容部に回収することができるようになり、反応容器を取り出す際の廃液のこぼれや飛び散りがなくなり、汚染による分析精度の低下を防ぐことができる。
また、本発明の反応容器は、1つの基板に反応部と反応液よりも比重の低い不揮発性液体を収容しているので、反応部で反応液の表面を不揮発性液体で被うことにより、反応液が反応部で加熱されても反応液が蒸発してしまう事態をさけることができる。
廃液収容部に吸収素材が封入されている場合には、より確実に廃液の回収を行なうことができる。
さらに試薬収容部も備えたものは、サンプルの反応用試薬キットとなって、試薬を別途配置する煩わしさがなくなる。
この反応容器を遺伝子多型診断用試薬キットとして使用する第1の形態は、タイピング試薬収容部、不揮発性液体収容部及びプローブ配置部を一体的に備えているので、複数の多型部位が増幅されたDNAサンプルについてそれらの多型部位を同時にタイピングすることができ、多型のタイピングを簡単な工程で短時間に行なうことができる。
この反応容器を遺伝子多型診断用試薬キットとして使用する第2の形態は、さらに遺伝子増幅試薬収容部と増幅反応部まで一体的に備えているので、生体サンプルから目的とする複数の多型部位を同時に増幅させた後に、それらの多型部位を同時にタイピングすることができ、多型のタイピングを簡単な工程で短時間に行なうことができる。
試薬や不揮発性液体を封止しているフィルムをノズルで貫通可能なものとしておけば、反応容器処理装置内での液の移送が容易になる。
反応部が凹部となっていて不揮発性液体を保持できるようになっておれば、反応部での反応液の蒸発をより効果的に防ぐことができる。
反応部を剥離可能なシール材で被っておけば、使用前はシール材で被っておき、使用時にシール材を剥離することにより、使用前に埃や汚れの付着を防止することができる。
増幅反応部を備えている反応容器においては、増幅反応部の液分注用ポートを分注ノズルの先端形状に対応した開口形状にして分注ノズルの先端に密着できる弾性素材で構成しておけば、増幅反応部への混合液の注入動作、及び増幅反応部からの反応液の回収を容易に行なうことができるようになる。
本発明の反応容器処理装置は分析終了後に分注部により廃液を反応容器の廃液収容部又はこの反応容器処理装置に設けられた廃液収容部に回収するようにしたので、反応容器を取り出す際の廃液のこぼれや飛び散りがなくなり、汚染による分析精度の低下を防ぐことができる。
また、本発明の反応容器処理装置では、ノズルにより液の移送を行なうので、簡単な機構で分注動作を行なうことができる。
反応容器処理装置に設けられた廃液収容部に吸収素材が設けられている場合には、より確実に廃液の回収を行なうことができる。
反応容器処理装置が反応部の温度を制御する反応温度制御部をさらに備えて制御部によりその反応温度制御部の温度制御も行なうようにすれば、反応容器をいったん外部に取り出すことなく、この反応容器処理装置内で反応を行なわせることができるようになる。
反応容器がタイピング試薬収容部とプローブ配置部を備えた遺伝子多型診断用反応容器であって、この反応容器処理装置がタイピング反応温度制御部と蛍光検出部をさらに備えたものである場合には、遺伝子多型の診断を行なうことができるようになる。
反応容器が遺伝子増幅試薬収容部と増幅反応部をさらに備えた遺伝子多型診断用反応容器であって、この反応容器処理装置が増幅反応温度制御部をさらに備えたものである場合には、この反応容器処理装置内で遺伝子増幅反応も行なうことができるようになる。
ノズルが先端に使い捨て可能なチップを着脱可能に装着したものであり、反応容器が液体の収容部をフィルムで封止された状態でこの反応容器処理装置に装着されるものとして、チップによりそのフィルムを貫通して液の吸入を行なうものとすれば、反応容器をこの反応容器処理装置に装着する際にフィルムを剥がす機構が不要になり、この反応容器処理装置の機構が簡単になる。
反応液よりも比重の低い不揮発性液体としては、ミネラルオイル(鉱油)、植物油、動物油、シリコーンオイル又はジフェニルエーテルなどを用いることができる。ミネラルオイルはペトロラタムから蒸留により得られる液体の炭化水素混合物であり、流動パラフィン、流動ペトロラタム、ホワイト油などとも呼ばれ、低比重の軽油も含む。動物油としてはタラの肝油、オヒョウ油、ニシン油、オレンジラフィー油又はサメの肝油などを用いることができる。また、植物油としてはカノーラ油、扁桃油、綿実油、トウモロコシ油、オリーブ油、ピーナツ油、ベニバナ油、ゴマ油、大豆油などを用いることができる。
図2は反応容器の第1の実施例である。(A)は正面図、(B)は平面図である。
平板状の基板10の同じ側に試薬収容部14、不揮発性液体収容部16及び廃液回収用の廃液収容部17が凹部として形成されている。
廃液収容部17には吸収素材としてろ紙が封入されている。
不揮発性液体としてはミネラルオイルを使用し、以後、不揮発性液体収容部をミネラルオイル収容部と称す。基板10の同じ側にはさらに、反応部18も形成されている。試薬収容部14とミネラルオイル収容部16はフィルム20で封止されており、試薬とミネラルオイルをノズルで吸入して他の場所に移送する際には、そのフィルム20を取り除いてノズルで吸入するか、又はそのフィルム20をノズルで貫通可能なものとしておいてノズルを貫通させてノズルで吸入する。そのようなフィルム20は、例えばアルミニウム箔、アルミニウムとPET(ポリエチレンテレフタレート)フィルムなどの樹脂フィルムとの積層膜などであり、容易に剥がれないように融着や接着により貼りつけられている。
基板10の表面は、フィルム20上から、試薬収容部14、ミネラルオイル収容部16及び反応部18を被う大きさの剥離可能なシール材22で被われている。
実施例において、ノズルは先端に使い捨て可能なチップを装着した状態で使用される。
この反応容器の具体的な用途の一例は、PCR反応によりDNAを増幅させたサンプル反応液を注入し、インベーダ(登録商標)反応によりSNPを検出する遺伝子多型診断用試薬キットとなったものである。図2を参照して、その遺伝子多型診断用試薬キットとしての実施例を詳細に説明する。
平板状の基板10の同じ側にサンプル注入部12、タイピング試薬収容部14、ミネラルオイル収容部16及び廃液収容部17が凹部として形成されている。基板10の同じ側にはさらに、複数のプローブ配置部18も形成されている。
サンプル注入部12はPCR反応によりDNAを増幅させた生体サンプル反応液が注入されるものであるが、使用前の状態ではまだサンプルが注入されない空の状態で提供される。タイピング試薬収容部14は複数の多型部位に対応して調製されたタイピング試薬を10〜300μL収容しており、ミネラルオイル収容部16は反応液の蒸発を防ぐためのミネラルオイルを20〜300μL収容しており、これらのタイピング試薬収容部14とミネラルオイル収容部16はノズルで貫通可能なフィルム20で封止されている。
各プローブ配置部18は複数の多型部位のそれぞれに対応して蛍光を発するプローブを個別に保持しており、ミネラルオイル収容部16からのミネラルオイルが分注されたときにそのミネラルオイルを保持できる凹部となっている。各プローブ配置部18の凹部の大きさは、例えば直径が100μm〜2mm、深さが50μm〜1.5mmの円形である。
基板10の表面は、フィルム20上から、サンプル注入部12、タイピング試薬収容部14、ミネラルオイル収容部16及びプローブ配置部18を被う大きさの剥離可能なシール材22で被われている。このシール材22もアルミニウム箔、アルミニウムとPETフィルムなどの樹脂との積層膜などであるが、貼りつけ強度はフィルム20よりは弱く、粘着剤などにより剥離可能な程度に貼りつけられている。
基板10は底面側から蛍光を測定するために、低自蛍光性(それ自身からの蛍光発生が少ない性質のこと)で光透過性の樹脂、例えばポリカーボネートなどの素材で形成されている。基板10の厚さは0.3〜4mm、好ましくは1〜2mmである。低自蛍光性の観点から基板10の厚さは薄い方が好ましい。
この実施例の反応容器の使用方法を示す。
図3に示されるように、使用時にシール材22が剥がされる。タイピング試薬収容部14とミネラルオイル収容部16を封止しているフィルム20は剥がされないでそのまま残っている。
サンプル注入部12に外部でPCR反応によりDNAが増幅されたサンプル反応液24がピペット26などにより2〜20μL注入される。その後、この反応容器が検出装置に装着される。
反応容器処理装置において、図4に示されるように、ノズル28がフィルム20を貫通してタイピング試薬収容部14に挿入されてタイピング試薬が吸入され、タイピング試薬はそのノズル28によりサンプル注入部12に移送される。サンプル注入部12ではノズル28による吸入と吐出が繰り返されることにより、サンプル反応液とタイピング試薬が混合される。
その後、サンプル反応液とタイピング試薬との反応液がノズル28により各プローブ配置部18へ0.5〜4μLずつ分注される。各プローブ配置部18にはノズル28によりミネラルオイル収容部16からミネラルオイルが0.5〜4μLずつ分注される。プローブ配置部18へのミネラルオイルの分注は、プローブ配置部18への反応液の分注前であってもよい。各プローブ配置部18ではミネラルオイルが分注されて、そのミネラルオイルが反応液の表面を被い、検出装置のタイピング反応温度制御部での加熱を伴なうタイピング反応時間中の反応液の蒸発を防止する。
各プローブ配置部18では反応液がプローブと反応して所定のSNPがあればそのプローブから蛍光が発せられる。蛍光は基板10の裏面側から励起光を照射することにより検出する。
蛍光測定終了後、サンプル注入部12、タイピング試薬収容部14及びミネラルオイル収容部16の残液がノズル28により回収され、ノズル28がフィルム20を貫通して廃液収容部17のろ紙に接触することにより、ノズル28に回収された残液がそのろ紙に吸収される。
その後、反応容器10が反応容器処理装置から取り出されて廃棄処理される。
図5は反応容器の第2の実施例である。(A)は正面図、(B)は平面図、(C)は(B)のX−X線位置での拡大断面図である。
この反応容器は核酸抽出操作を施していない生体サンプルをサンプルとして注入し、PCR反応によるDNAの増幅と、インベーダ(登録商標)反応によるSNP検出を共に行なうものである。ただし、核酸抽出操作を施している生体サンプルを注入してもよい。
平板状の基板10aの同じ側に、図2の実施例と同じサンプル注入部12、タイピング試薬収容部14、ミネラルオイル収容部16、廃液収容部17及び複数のプローブ配置部18が形成されている。この反応容器では、さらに遺伝子増幅試薬収容部30、PCR終了液注入部31、及び増幅反応部32が基板10aの同じ側に形成されている。
遺伝子増幅試薬収容部30も基板10aに凹部として形成され、複数の多型部位それぞれを挟んで結合する複数のプライマーを含む遺伝子増幅試薬を収容している。遺伝子増幅試薬収容部30はタイピング試薬収容部14及びミネラルオイル収容部16とともに、ノズルで貫通可能なフィルム20で封止されている。遺伝子増幅試薬収容部30にはPCR反応試薬が2〜300μL収容されている。タイピング試薬収容部14には図2の実施例と同様に、タイピング試薬が10〜300μL収容されており、ミネラルオイル収容部16には20〜300μLのミネラルオイルが収容されている。
PCR終了液注入部31は増幅反応部32でPCR反応を終了した反応液とタイピング試薬とを混合するためのもので、基板10aに凹部として形成され、使用前の状態では空の状態で提供される。
増幅反応部32はPCR反応試薬とサンプルとの混合液に対して遺伝子増幅反応を行なわせるものである。
増幅反応部32の部分の断面を拡大して図6に示す。図6は図5のY−Y線位置での断面図である。図6に示されるように、増幅反応部32の液分注用ポート34a,34bはノズル28の先端形状に対応した形状の開口36a,36bをもち、ノズル28の先端に密着できるようにPDMS(ポリジメチルシロキサン)やシリコーンゴムなどの弾性素材で構成されている。
増幅反応部32は熱伝導率をよくするためにその部分の基板10aの下面側が、図5(C)、図6に示されるように肉厚が薄くなっている。その部分の肉厚は、例えば0.2〜0.3mmである。
サンプル注入部12は、この実施例では核酸抽出操作を施していない生体サンプル又は核酸抽出操作を施している生体サンプルが注入されるが、使用前の状態ではまだサンプルが注入されない空の状態で提供される。
図2の実施例と同じく、タイピング試薬収容部14は複数の多型部位に対応して調製されたタイピング試薬を収容しており、ミネラルオイル収容部16は反応液の蒸発を防ぐためのミネラルオイルを収容している。
各プローブ配置部18も図2の実施例と同じく、複数の多型部位のそれぞれに対応して蛍光を発するプローブを個別に保持しており、ミネラルオイル収容部16からのミネラルオイルが分注されたときにそのミネラルオイルを保持できる凹部となっている。
基板10aの表面は、フィルム20上から、サンプル注入部12、PCR終了液注入部31、タイピング試薬収容部14、ミネラルオイル収容部16、廃液収容部17、遺伝子増幅試薬収容部30、増幅反応部32及びプローブ配置部18を被う大きさの剥離可能なシール材22で被われている。フィルム20とシール材22の材質及びその貼りつけ方法は図2の実施例と同じである。
基板10aも底面側から蛍光を測定するために、低自蛍光性で光透過性の樹脂、例えばポリカーボネートなどの素材で形成されている。基板10の厚さは1〜2mmである。
この実施例の反応容器の使用方法を示す。
図7に示されるように、使用時にシール材22が剥がされる。タイピング試薬収容部14、ミネラルオイル収容部16、廃液収容部17及び遺伝子増幅試薬収容部30を封止しているフィルム20は剥がされないでそのまま残っている。
サンプル注入部12にサンプル25がピペット26などにより0.5〜2μL注入される。図2の実施例では、注入されるサンプルは外部でPCR反応によりDNAが増幅されたサンプル反応液であるが、この実施例で注入されるサンプルは核酸抽出操作を施していない生体サンプル、例えば血液である。サンプルは核酸抽出操作を施した生体サンプルであってもよい。サンプル注入後、この反応容器が反応容器処理装置に装着される。
反応容器処理装置において、図8に示されるように、ノズル28がフィルム20を貫通して遺伝子増幅試薬収容部30に挿入されてPCR反応試薬が吸入され、PCR反応試薬はそのノズル28によりサンプル注入部12に2〜20μL移送される。サンプル注入部12ではノズル28による吸入と吐出が繰り返されることにより、サンプル反応液とPCR反応試薬が混合されてPCR反応液となる。
次に、図6(A)に示されるように、そのPCR反応液がノズル28により増幅反応部32へ注入される。このとき、増幅反応部32での反応中にPCR反応液38が蒸発するのを防ぐために、PCR反応液38の両端がミネラルオイル40で閉じられた状態とする。また、注入されたPCR反応液38が増幅部の遺伝子増幅反応温度制御領域にのみ配置される状態となることが好ましく、そのような状態になるように制御装置により分注装置でのPCR反応液38とミネラルオイル40の分注量が制御される。
増幅反応部32にPCR反応液38をこのような状態に分注する1つの方法として、ノズル28が増幅反応部32の一方のポート34aに挿入されてそのPCR反応液38が注入され、続いてポート34a,34bにノズル28によりミネラルオイル40が注入される。
増幅反応部32にPCR反応液38を分注する他の方法は、ノズル28によりミネラルオイル40、PCR反応液38、ミネラルオイル40の順に吸引し、ノズル先端の分注チップ内では上層にミネラルオイル39、中間層にPCR反応液38、下層にミネラルオイルの3層になる状態にする。その後、増幅反応部32へ3層の液をそのまま注入する。
PCR反応終了後、PCR反応終了液38aがポート34a又は34aからノズル28により回収される。このとき、ミネラルオイル39/PCR反応終了液38a/ミネラルオイル39の3層のまま、又はミネラルオイル39/PCR反応終了液38aの2層で回収される。ここで、回収を容易にするために、図6(B)に示されるように、増幅反応部32の一方のポート34aからミネラルオイルが注入されてもよい。PCR反応終了液38aは他方のポート34bに押しやられる。そこで、そのポート34bにノズル28が挿入され、PCR反応終了液38aがノズル28に吸入される。PCR反応終了液38aの回収に際しては、ノズル28にはミネラルオイル39/PCR反応終了液38a/ミネラルオイル39の3層を吸入してもよく、又はミネラルオイル39/PCR反応終了液38aの2層を吸入してもよい。ポート34a,34bはその開口36a,36bの形状がノズル28の形状に合わせて形成され、かつ弾性素材で形成されているので、ノズル28がポート34a,34bに密着して液漏れを防ぎ、PCR反応液の注入と回収の操作が容易である。
ここで、ポート34aから注入する液体はミネラルオイル40に限らず、他の液体であってもよく、好ましくは比重が反応液と同じか反応液よりも低い液体である。
ノズル28により増幅反応部32から回収された反応終了後のPCR反応終了液38aはPCR終了液注入部31に移送されて注入される。このとき、PCR終了液注入部31には回収した液のうちのミネラルオイル39層を捨ててPCR反応終了液38aのみ分注してもよいし、そのままミネラルオイル39ごと分注してもよい。ミネラルオイル39は次工程の反応を阻害しない。
次に、ノズル28がフィルム20を貫通してタイピング試薬収容部14に挿入されてタイピング試薬が吸入され、タイピング試薬はそのノズル28によりPCR終了液注入部31に移送されて注入される。PCR終了液注入部31ではノズル28による吸入と吐出が繰り返されることにより、PCR反応液とタイピング試薬が混合される。
その後、PCR反応液とタイピング試薬との反応液がノズル28により各プローブ配置部18へ0.5〜4μLずつ分注される。各プローブ配置部18にはノズル28によりミネラルオイル収容部16からミネラルオイルが0.5〜4μLずつ分注される。プローブ配置部18へのミネラルオイルの分注は、プローブ配置部18への反応液の分注前であってもよい。各プローブ配置部18ではミネラルオイルが反応液の表面を被い、検出装置のタイピング反応温度制御部での加熱を伴なうタイピング反応時間中の反応液の蒸発を防止する。
各プローブ配置部18では反応液がプローブと反応して所定のSNPがあればそのプローブから蛍光が発せられる。蛍光は基板10の裏面側から励起光を照射することにより検出する。
蛍光測定終了後、サンプル注入部12、タイピング試薬収容部14、ミネラルオイル収容部16及び遺伝子増幅試薬収容部30の残液がノズル28により回収され、ノズル28がフィルム20を貫通して廃液収容部17のろ紙に接触することにより、ノズル28に回収された残液がそのろ紙に吸収される。
その後、反応容器10aが反応容器処理装置から取り出されて廃棄処理される。
以上の実施例では、廃液収容部17はフィルム20で覆われているが、廃液収容部17はフィルム20で覆われていない位置に配置されていてもよい。その場合は、ノズル28は廃液を回収して廃液収容部17に吸収させたりして収容する際にそのようなフィルムを貫通する必要がなくなる。
以下、各反応試薬の組成を示して、本発明を詳細に説明するが、本発明の技術的範囲はこれらの実施例に限定されるものではない。
PCR反応試薬は既知のものであり、例えば特許文献3の段落[0046]に記載されているような、プライマー、DNAポリメラーゼ及びTaqStart (CLONTECH Laboratories社製)を含む反応試薬を使用することができる。また、PCR反応試薬にはAmpDirect(島津製作所製)が混入されていてもよい。プライマーは、例えば、特許文献3の表1に記載されているSNP ID1〜20、配列番号を1〜40などを使用することができる。
タイピング試薬としてインベーダ(登録商標)試薬を使用する。そのインベーダ(登録商標)試薬としては、インベーダ(登録商標)アッセイキット(Third Wave Technology社製)を使用する。例えば、シグナルバッファー、フレットプローブ、構造特異的DNA分解酵素及びアレル特異的プローブを特許文献3の段落[0046]に記載されているような濃度に調製されたものである。
図9は本発明の反応容器を試薬キットとして用い、生体サンプルのSNPを検出するための簡易型反応容器処理装置の一実施例を示したものである。装置内に上下に一対のヒートブロック60と62が配置されて反応容器装着部を構成しており、本発明の反応容器41にサンプルが注入されたものが5枚平行に下側ヒートブロック60上に並べて設置される。これらのヒートブロック60,62は、矢印で示されるY方向に移動することができる。
上側のヒートブロック62にはノズル28による液の移送や吸入、吐出の際に蓋が開くように開閉可能な窓が設けられている。
下側のヒートブロック60は増幅反応部32の温度を所定の温度サイクルになるように制御する増幅反応温度制御部と、プローブ配置部18の温度をDNAとプローブとを反応させる温度に制御するタイピング反応温度制御部とを備えている。増幅反応温度制御部の温度は、例えば94℃、55℃及び72℃の3段階にその順に変化させられ、そのサイクルが繰り返されるように設定されている。タイピング反応温度制御部の温度は、例えば63℃に設定されている。
反応容器41として図2の実施例のように増幅反応部を備えていないものを使用する場合には、増幅反応部の温度を制御する増幅反応温度制御部は不要である。
またヒータブロック60の下部には蛍光検出を行なう検出器64が配置されており、検出器64は図の矢印X方向に移動してブローブ配置部18からの蛍光を検出する。ヒータブロック60には蛍光検出のために開口が設けられている。反応容器装着部によるプローブ配置部18のY方向移動と、検出器64のX方向移動により各ブローブでの蛍光検出を行なう。
ノズル28による液の移送や吸入、吐出を行なうために、分注部として送液アーム66が設けられており、送液アーム66はノズル28を備えている。ノズル28はその先端に使い捨て可能なチップ70が着脱可能に装着される。
反応容器として廃液収容部を備えていないものを使用する反応容器処理装置としては、その反応容器処理装置の内部又は外部に廃液回収用の廃液収容部69が設けられている。廃液収容部69には吸収素材が設けられている。
ヒートブロック60,62、蛍光検出部64及び送液アーム66の動作を制御するために、それらの近くに制御部118が配置されている。制御部118はCPUを備えて、動作のためのプログラムを保持している。制御部118はヒートブロック60,62により実現されるタイピング反応部110や増幅部120の温度制御、蛍光検出部64の検出動作、及び分注部112の送液アーム66の分注動作を制御する。
反応容器41として廃液収容部17を備えているものを使用する反応容器処理装置では、制御部118は、分析終了後に分注部のノズル28により廃液を廃液収容部17に回収する動作も制御する。
反応容器41として廃液収容部を備えていないものを使用する反応容器処理装置では、制御部118は、分析終了後に分注部のノズル28により廃液を廃液収容部69に回収する動作も制御する。
反応容器41として図2の反応容器のように遺伝子増幅反応部を備えていないものを使用する場合には、遺伝子増幅反応部の温度を制御する増幅部は必要ではなく、制御部118も増幅部の温度制御のための機能を備える必要がない。
図10は検出器64を詳細に示したものである。検出器64は励起光源として473nmのレーザ光を発するレーザダイオード(LD)や発光ダイオード(LED)92を備え、そのレーザ光を反応容器41のプローブ配置部の底面に集光して照射する一対のレンズ94,96を備えている。レンズ94はレーザダイオード92からのレーザ光を集光して平行光にするものであり、レンズ96は平行にされたレーザ光を反応容器41の底面に収束させて照射する対物レンズである。対物レンズ96はまた、反応容器41から発生する蛍光を集光するレンズとしても作用する。一対のレンズ94,96の間にはダイクロイックミラー98が設けられており、ダイクロイックミラー98は励起光を透過させ、蛍光を反射させるように波長特性が設定されている。ダイクロイックミラー98の反射光(蛍光)の光路上にはさらにダイクロイックミラー100が配置されている。ダイクロイックミラー100は525nmの光を反射し605nmの光を透過するように波長特性が設定されている。ダイクロイックミラー100による反射光の光路上には525nmの蛍光を検出するようにレンズ102と光検出器104が配置され、ダイクロイックミラー100による透過光の光路上には605nmの蛍光を検出するようにレンズ106と光検出器108が配置されている。この2つの検出器104,108による2種類の蛍光検出により、各プローブ配置位置に固定されたインベーダ(登録商標)プローブに対応したSNPの有無と、そのSNPがホモ接合体であるかヘテロ接合体であるかが検知される。標識蛍光体としては、例えばFAM、ROX、VIC、TAMRA、Redmond Redなどを使用することができる。
図10の検出器64は1光源による励起光で励起し、2波長の蛍光を測定するように構成されているが、検出器64としては2波長の蛍光測定のために異なる励起波長で励起できるように2光源を使用するように構成してもよい。
本発明は種々の化学反応の測定のほか、例えば遺伝子解析の研究や臨床分野において、種々の自動分析に利用することができ、例えば、人間を初めとして、動物や植物のゲノムDNAの多型、特にSNPなどを検出することができ、さらにその結果を用いて病気罹患率の診断や、投与薬剤の種類と効果及び副作用との関係などの診断のほか、動物や植物の品種判定、感染症診断(感染菌の型判定)などを行なうのにも利用することができる。
本発明を概略的に示すブロック図である。 反応容器の第1の実施例を示す図であり、(A)は正面図、(B)は平面図である。 同実施例の反応容器を使用したSNP検出方法の工程の前半部を示す図であり、(A)は正面図、(B)は平面図である。 同実施例の反応容器を使用したSNP検出方法の工程の後半部を示す図であり、(A)は正面図、(B)は平面図である。 反応容器の第2の実施例を示す図であり、(A)は正面図、(B)は平面図、(C)は(B)のX−X線位置での拡大断面図である。 同実施例での増幅反応部を図5(B)のY−Y線位置での拡大断面図として示す図であり、(A)は反応液が注入された状態、(B)は反応液を回収するため状態である。 同実施例の反応容器を使用したSNP検出方法の工程の前半部を示す図であり、(A)は正面図、(B)は平面図である。 同実施例の反応容器を使用したSNP検出方法の工程の後半部を示す図であり、(A)は正面図、(B)は平面図である。 本発明の反応容器を試薬キットとして用い、生体サンプルのSNPを検出するための簡易型反応容器処理装置の一実施例を示す概略斜視図である。 同検出装置における検出器を示す概略構成図である。 本発明が関係することのあるSNP検出方法を概略的に示すフローチャート図である。
符号の説明
2 サンプル
4 PCR反応試薬
6 インベーダ(登録商標)試薬
8 プローブ配置部
10,10a 基板
12 サンプル注入部
14 タイピング試薬収容部
16 ミネラルオイル収容部
17,69 廃液収容部
18 プローブ配置部
20 フィルム
22 シール材
28 ノズル
30 遺伝子増幅試薬収容部
31 PCR終了液注入部
32 増幅反応部
34a,34b 増幅反応部のポート
36a,36b ポートの開口
41 反応容器
60,62 ヒートブロック
64 検出器
66 送液アーム
70 チップ

Claims (6)

  1. 平板状の基板に形成されサンプルに反応を起こさせる少なくとも1つの反応部、前記基板に凹部として形成され、反応液よりも比重の低い不揮発性液体を収容しフィルムで封止された不揮発性液体収容部、及び前記基板に形成され、ノズルから吐出される廃液を吸収して回収するための吸収素材が封入されている、廃液回収用の廃液収容部、を少なくとも備えている反応容器を装着する反応容器装着部と、
    前記ノズルによる吸引及び吐出のための機構を備えて液を移送して分注する分注部と、
    前記反応容器を用いた分析終了後に、前記分注部により残液を前記ノズルに吸引し、ノズル先端を前記廃液収容部の前記吸収素材に接触させて残液を前記吸収素材に吸収させることにより廃液をその反応容器の廃液収容部に回収する動作を含む前記分注部の分注動作を少なくとも制御する制御部と、を備えた反応容器処理装置。
  2. サンプルに反応を起こさせる反応部、及び反応液よりも比重の低い不揮発性液体を収容した不揮発性液体収容部を少なくとも備えた反応容器を装着する反応容器装着部と、
    ノズルによる吸引及び吐出のための機構を備えて液を移送して分注する分注部と、
    吸収素材が設けられている、廃液回収用の廃液収容部と、
    前記反応容器を用いた分析終了後に、前記分注部により残液を前記ノズルに吸引し、ノズル先端を前記廃液収容部の前記吸収素材に接触させて残液を前記吸収素材に吸収させることにより廃液を前記廃液収容部に回収する動作を含む前記分注部の分注動作を少なくとも制御する制御部と、を備えた反応容器処理装置。
  3. 前記反応部の温度を制御する反応温度制御部をさらに備え、
    前記制御部は前記反応温度制御部の温度制御も行なう請求項1又は2に記載の反応容器処理装置。
  4. 前記反応容器はタイピング試薬を収容したタイピング試薬収容部をさらに備え、前記反応部として複数の多型部位のそれぞれに対応して蛍光を発するプローブを個別に保持した複数のプローブ配置部を備えた遺伝子多型診断用反応容器であり、
    前記反応温度制御部として前記プローブ配置部の温度を前記サンプルと前記タイピング試薬との反応液を前記プローブと反応させる温度に制御するタイピング反応温度制御部を備え、
    該反応容器処理装置は前記各プローブ配置部に励起光を照射して蛍光を検出する蛍光検出部をさらに備え、
    前記制御部は前記タイピング反応温度制御部の温度制御及び前記蛍光検出部の検出動作も制御する請求項3に記載の反応容器処理装置。
  5. 前記反応容器は複数の多型部位それぞれをはさんで結合する複数のプライマーを含む遺伝子増幅試薬を収容した遺伝子増幅試薬収容部をさらに備え、前記反応部として前記遺伝子増幅試薬とサンプルとの混合液に対して遺伝子増幅反応を行なわせる増幅反応部をさらに備えた遺伝子多型診断用反応容器であり、
    前記反応温度制御部として前記増幅反応部の温度を前記サンプルと遺伝子増幅試薬との反応液内でDNAを増幅させる遺伝子増幅のための温度に制御する増幅反応温度制御部をさらに備え、
    前記制御部は前記増幅反応温度制御部の温度制御も行なう請求項4に記載の反応容器処理装置。
  6. 前記ノズルは先端に使い捨て可能なチップを着脱可能に装着したものであり、前記反応容器は液体の収容部がフィルムで封止されており、そのフィルムで封止された状態で該反応容器処理装置に装着され、前記チップによりそのフィルムを貫通して液の吸入を行なう請求項1から5のいずれかに記載の反応容器処理装置。
JP2005378535A 2005-12-28 2005-12-28 反応容器及び反応容器処理装置 Expired - Fee Related JP4928781B2 (ja)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
JP2005378535A JP4928781B2 (ja) 2005-12-28 2005-12-28 反応容器及び反応容器処理装置

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
JP2005378535A JP4928781B2 (ja) 2005-12-28 2005-12-28 反応容器及び反応容器処理装置

Publications (2)

Publication Number Publication Date
JP2007175005A JP2007175005A (ja) 2007-07-12
JP4928781B2 true JP4928781B2 (ja) 2012-05-09

Family

ID=38300822

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2005378535A Expired - Fee Related JP4928781B2 (ja) 2005-12-28 2005-12-28 反応容器及び反応容器処理装置

Country Status (1)

Country Link
JP (1) JP4928781B2 (ja)

Families Citing this family (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US8198090B2 (en) 2006-10-10 2012-06-12 Arkray, Inc. Cartridge, residual liquid removing method, and automatic analyzer
US10646864B2 (en) * 2016-01-29 2020-05-12 Konica Minolta, Inc. Systems, methods, and devices for detecting substances in a sample collection well

Family Cites Families (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
GB9800810D0 (en) * 1998-01-16 1998-03-11 Secr Defence Reaction vessels
JP2002010777A (ja) * 2000-06-30 2002-01-15 Precision System Science Co Ltd 反応容器、反応装置および反応液の温度制御方法
CN1537229A (zh) * 2001-07-31 2004-10-13 ���ְ�˹��ʽ���� 基因检查装置和使用该装置检测靶核酸的方法
JP4639558B2 (ja) * 2001-09-07 2011-02-23 株式会社島津製作所 マイクロウエルチップ
WO2003031972A1 (fr) * 2001-10-05 2003-04-17 Bml, Inc. Plaque de detection
US20050079501A1 (en) * 2002-01-25 2005-04-14 Hisashi Koike Method and apparatus for detecting nucleic acid data
JP2005278436A (ja) * 2004-03-29 2005-10-13 Fuji Photo Film Co Ltd 自動核酸分離精製装置

Also Published As

Publication number Publication date
JP2007175005A (ja) 2007-07-12

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP4619403B2 (ja) 反応容器及び反応容器処理装置
JP2007178328A (ja) 反応容器キット及び反応容器処理装置
JP4527565B2 (ja) 反応容器
JP4643277B2 (ja) 反応容器、遺伝子多型検出方法及び装置
JP4751718B2 (ja) 遺伝子解析装置
JP4527582B2 (ja) 反応容器処理装置
JP4714475B2 (ja) 反応容器、遺伝子多型検出方法及び装置
JP4751721B2 (ja) 遺伝子解析装置
JP4621247B2 (ja) 反応容器における分注方法及び反応容器処理装置
JP4751719B2 (ja) 遺伝子解析装置
JP4562768B2 (ja) 反応容器における不揮発性液体分注方法及び反応容器処理装置
JP4580981B2 (ja) 遺伝子多型診断用装置
JP4928781B2 (ja) 反応容器及び反応容器処理装置
JP4792278B2 (ja) 反応容器及び反応容器処理装置
JP5086559B2 (ja) 反応容器及び反応容器処理装置
JP4751720B2 (ja) 遺伝子解析装置
JP4759299B2 (ja) 反応容器処理装置
JP4711716B2 (ja) 反応容器処理装置
JP2006223126A (ja) 反応容器、遺伝子多型検出方法及び装置、並びに診断方法及び装置
JP4792277B2 (ja) 反応容器及び反応容器処理装置
JP4751633B2 (ja) 反応容器の反応液回収方法
JP4697781B2 (ja) 反応容器処理装置
JP4659501B2 (ja) 反応容器処理装置
JP4714497B2 (ja) 反応容器処理装置

Legal Events

Date Code Title Description
A521 Written amendment

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523

Effective date: 20080304

A711 Notification of change in applicant

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A711

Effective date: 20080304

A521 Written amendment

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A821

Effective date: 20080304

A621 Written request for application examination

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621

Effective date: 20080605

A131 Notification of reasons for refusal

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131

Effective date: 20110322

A521 Written amendment

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523

Effective date: 20110518

A02 Decision of refusal

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02

Effective date: 20110719

A521 Written amendment

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523

Effective date: 20111017

A911 Transfer of reconsideration by examiner before appeal (zenchi)

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A911

Effective date: 20111102

A131 Notification of reasons for refusal

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131

Effective date: 20111129

A521 Written amendment

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523

Effective date: 20120120

TRDD Decision of grant or rejection written
A01 Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model)

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01

Effective date: 20120207

A01 Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model)

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01

A61 First payment of annual fees (during grant procedure)

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61

Effective date: 20120213

FPAY Renewal fee payment (event date is renewal date of database)

Free format text: PAYMENT UNTIL: 20150217

Year of fee payment: 3

R150 Certificate of patent or registration of utility model

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150

S111 Request for change of ownership or part of ownership

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R313117

R360 Written notification for declining of transfer of rights

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R360

R360 Written notification for declining of transfer of rights

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R360

R371 Transfer withdrawn

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R371

S111 Request for change of ownership or part of ownership

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R313117

R350 Written notification of registration of transfer

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R350

LAPS Cancellation because of no payment of annual fees