JP4928781B2 - 反応容器及び反応容器処理装置 - Google Patents
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Description
患者が敗血症に罹りやすいか否か及び/又は敗血症に急速に進行しやすいか否かを決定するために、患者から核酸サンプルを採取し、該サンプル中におけるパターン2対立遺伝子、又はパターン2対立遺伝子と連鎖不平衡であるマーカー遺伝子を検出し、パターン2対立遺伝子又はパターン2対立遺伝子と連鎖不平衡であるマーカー遺伝子が検出されれば該患者が敗血症に罹りやすいと判定する(特許文献1参照。)。
比較的に少量の核酸を用いて数十万箇所に及ぶSNP部位についてタイピングを行なうために、少なくとも一つの一塩基多型部位を含む複数の塩基配列を、核酸及び複数対のプライマーを用いて同時に増幅し、増幅した複数の塩基配列を用いて、当該塩基配列に含まれる一塩基多型部位の塩基をタイピング工程により判別する。そのタイピング工程として、インベーダ(登録商標)法又はタックマン(登録商標)PCR法を用いる(特許文献3参照。)。
本発明の目的は、そのような小型の反応容器を扱う際に反応終了液や残試薬によるサンプルの汚染を防止することである。
廃液収容部には吸収素材が封入されていることが好ましい。
本発明の反応容器は、同じ基板に凹部として形成され、サンプルの反応に使用される試薬を収容しフィルムで封止された少なくとも1つの試薬収容部をさらに備えてサンプルの反応用試薬キットを構成していてもよい。
遺伝子増幅試薬の一例はPCR反応試薬である。
タイピング工程はインベーダ(登録商標)法やタックマン(登録商標)PCR法を使用することができる。その場合、タイピング試薬はインベーダ(登録商標)試薬又はタックマン(登録商標)PCR試薬である。
PCR工程では血液などの生体サンプル2にPCR反応試薬4を添加するか、逆にPCR反応試薬4に生体サンプル2を添加する。
プライマーはPCR反応によるDNA合成の開始点として働くオリゴヌクレオチドをいう。プライマーは合成したものであってもよく、生物界から単離したものであってもよい。
各レポータープローブはそれに対応したSNPの塩基に応じて2種類のものを用意すれば、そのSNPがホモ接合体であるかヘテロ接合体であるかを判別することができる。
反応部のうち少なくとも不揮発性液体が分注されるものはその不揮発性液体を保持できる凹部となっていることが好ましい。
同じ基板に凹部として形成され、サンプルを注入するためのサンプル注入部をさらに備えていてもよい。
少なくとも反応部は、使用前は剥離可能なシール材で被われていることが好ましい。
タイピング試薬はインベーダ(登録商標)試薬又はタックマン(登録商標)PCR試薬である。
廃液収容部には吸収素材が設けられていることが好ましい。
本発明の反応容器処理装置は反応部の温度を制御する反応温度制御部をさらに備え、制御部116は反応温度制御部の温度制御も行なうようにすることができる。
タイピング反応としてインベーダ(登録商標)反応を使用する場合は、タイピング反応温度制御部110はインベーダ(登録商標)反応のための温度調節部となる。
制御部118を外部から操作したり検査結果を表示したりするために、制御部118にパーソナルコンピュータ(PC)122を接続してもよい。
ノズルの一例は、先端に使い捨て可能なチップを着脱可能に装着したものである。反応容器の液体収容部がフィルムで封止されていて、そのフィルムで封止された状態で反応容器処理装置に装着される場合には、そのチップにより反応容器のフィルムを貫通して液の吸入を行なうものとなる。
廃液収容部に吸収素材が封入されている場合には、より確実に廃液の回収を行なうことができる。
さらに試薬収容部も備えたものは、サンプルの反応用試薬キットとなって、試薬を別途配置する煩わしさがなくなる。
反応部が凹部となっていて不揮発性液体を保持できるようになっておれば、反応部での反応液の蒸発をより効果的に防ぐことができる。
反応部を剥離可能なシール材で被っておけば、使用前はシール材で被っておき、使用時にシール材を剥離することにより、使用前に埃や汚れの付着を防止することができる。
また、本発明の反応容器処理装置では、ノズルにより液の移送を行なうので、簡単な機構で分注動作を行なうことができる。
反応容器処理装置に設けられた廃液収容部に吸収素材が設けられている場合には、より確実に廃液の回収を行なうことができる。
反応容器がタイピング試薬収容部とプローブ配置部を備えた遺伝子多型診断用反応容器であって、この反応容器処理装置がタイピング反応温度制御部と蛍光検出部をさらに備えたものである場合には、遺伝子多型の診断を行なうことができるようになる。
ノズルが先端に使い捨て可能なチップを着脱可能に装着したものであり、反応容器が液体の収容部をフィルムで封止された状態でこの反応容器処理装置に装着されるものとして、チップによりそのフィルムを貫通して液の吸入を行なうものとすれば、反応容器をこの反応容器処理装置に装着する際にフィルムを剥がす機構が不要になり、この反応容器処理装置の機構が簡単になる。
平板状の基板10の同じ側に試薬収容部14、不揮発性液体収容部16及び廃液回収用の廃液収容部17が凹部として形成されている。
廃液収容部17には吸収素材としてろ紙が封入されている。
基板10の表面は、フィルム20上から、試薬収容部14、ミネラルオイル収容部16及び反応部18を被う大きさの剥離可能なシール材22で被われている。
実施例において、ノズルは先端に使い捨て可能なチップを装着した状態で使用される。
平板状の基板10の同じ側にサンプル注入部12、タイピング試薬収容部14、ミネラルオイル収容部16及び廃液収容部17が凹部として形成されている。基板10の同じ側にはさらに、複数のプローブ配置部18も形成されている。
図3に示されるように、使用時にシール材22が剥がされる。タイピング試薬収容部14とミネラルオイル収容部16を封止しているフィルム20は剥がされないでそのまま残っている。
サンプル注入部12に外部でPCR反応によりDNAが増幅されたサンプル反応液24がピペット26などにより2〜20μL注入される。その後、この反応容器が検出装置に装着される。
各プローブ配置部18では反応液がプローブと反応して所定のSNPがあればそのプローブから蛍光が発せられる。蛍光は基板10の裏面側から励起光を照射することにより検出する。
その後、反応容器10が反応容器処理装置から取り出されて廃棄処理される。
この反応容器は核酸抽出操作を施していない生体サンプルをサンプルとして注入し、PCR反応によるDNAの増幅と、インベーダ(登録商標)反応によるSNP検出を共に行なうものである。ただし、核酸抽出操作を施している生体サンプルを注入してもよい。
増幅反応部32はPCR反応試薬とサンプルとの混合液に対して遺伝子増幅反応を行なわせるものである。
サンプル注入部12は、この実施例では核酸抽出操作を施していない生体サンプル又は核酸抽出操作を施している生体サンプルが注入されるが、使用前の状態ではまだサンプルが注入されない空の状態で提供される。
各プローブ配置部18も図2の実施例と同じく、複数の多型部位のそれぞれに対応して蛍光を発するプローブを個別に保持しており、ミネラルオイル収容部16からのミネラルオイルが分注されたときにそのミネラルオイルを保持できる凹部となっている。
基板10aも底面側から蛍光を測定するために、低自蛍光性で光透過性の樹脂、例えばポリカーボネートなどの素材で形成されている。基板10の厚さは1〜2mmである。
図7に示されるように、使用時にシール材22が剥がされる。タイピング試薬収容部14、ミネラルオイル収容部16、廃液収容部17及び遺伝子増幅試薬収容部30を封止しているフィルム20は剥がされないでそのまま残っている。
サンプル注入部12にサンプル25がピペット26などにより0.5〜2μL注入される。図2の実施例では、注入されるサンプルは外部でPCR反応によりDNAが増幅されたサンプル反応液であるが、この実施例で注入されるサンプルは核酸抽出操作を施していない生体サンプル、例えば血液である。サンプルは核酸抽出操作を施した生体サンプルであってもよい。サンプル注入後、この反応容器が反応容器処理装置に装着される。
ここで、ポート34aから注入する液体はミネラルオイル40に限らず、他の液体であってもよく、好ましくは比重が反応液と同じか反応液よりも低い液体である。
各プローブ配置部18では反応液がプローブと反応して所定のSNPがあればそのプローブから蛍光が発せられる。蛍光は基板10の裏面側から励起光を照射することにより検出する。
その後、反応容器10aが反応容器処理装置から取り出されて廃棄処理される。
PCR反応試薬は既知のものであり、例えば特許文献3の段落[0046]に記載されているような、プライマー、DNAポリメラーゼ及びTaqStart (CLONTECH Laboratories社製)を含む反応試薬を使用することができる。また、PCR反応試薬にはAmpDirect(島津製作所製)が混入されていてもよい。プライマーは、例えば、特許文献3の表1に記載されているSNP ID1〜20、配列番号を1〜40などを使用することができる。
上側のヒートブロック62にはノズル28による液の移送や吸入、吐出の際に蓋が開くように開閉可能な窓が設けられている。
反応容器41として図2の実施例のように増幅反応部を備えていないものを使用する場合には、増幅反応部の温度を制御する増幅反応温度制御部は不要である。
反応容器として廃液収容部を備えていないものを使用する反応容器処理装置としては、その反応容器処理装置の内部又は外部に廃液回収用の廃液収容部69が設けられている。廃液収容部69には吸収素材が設けられている。
反応容器41として廃液収容部を備えていないものを使用する反応容器処理装置では、制御部118は、分析終了後に分注部のノズル28により廃液を廃液収容部69に回収する動作も制御する。
4 PCR反応試薬
6 インベーダ(登録商標)試薬
8 プローブ配置部
10,10a 基板
12 サンプル注入部
14 タイピング試薬収容部
16 ミネラルオイル収容部
17,69 廃液収容部
18 プローブ配置部
20 フィルム
22 シール材
28 ノズル
30 遺伝子増幅試薬収容部
31 PCR終了液注入部
32 増幅反応部
34a,34b 増幅反応部のポート
36a,36b ポートの開口
41 反応容器
60,62 ヒートブロック
64 検出器
66 送液アーム
70 チップ
Claims (6)
- 平板状の基板に形成されサンプルに反応を起こさせる少なくとも1つの反応部、前記基板に凹部として形成され、反応液よりも比重の低い不揮発性液体を収容しフィルムで封止された不揮発性液体収容部、及び前記基板に形成され、ノズルから吐出される廃液を吸収して回収するための吸収素材が封入されている、廃液回収用の廃液収容部、を少なくとも備えている反応容器を装着する反応容器装着部と、
前記ノズルによる吸引及び吐出のための機構を備えて液を移送して分注する分注部と、
前記反応容器を用いた分析終了後に、前記分注部により残液を前記ノズルに吸引し、ノズル先端を前記廃液収容部の前記吸収素材に接触させて残液を前記吸収素材に吸収させることにより廃液をその反応容器の廃液収容部に回収する動作を含む前記分注部の分注動作を少なくとも制御する制御部と、を備えた反応容器処理装置。 - サンプルに反応を起こさせる反応部、及び反応液よりも比重の低い不揮発性液体を収容した不揮発性液体収容部を少なくとも備えた反応容器を装着する反応容器装着部と、
ノズルによる吸引及び吐出のための機構を備えて液を移送して分注する分注部と、
吸収素材が設けられている、廃液回収用の廃液収容部と、
前記反応容器を用いた分析終了後に、前記分注部により残液を前記ノズルに吸引し、ノズル先端を前記廃液収容部の前記吸収素材に接触させて残液を前記吸収素材に吸収させることにより廃液を前記廃液収容部に回収する動作を含む前記分注部の分注動作を少なくとも制御する制御部と、を備えた反応容器処理装置。 - 前記反応部の温度を制御する反応温度制御部をさらに備え、
前記制御部は前記反応温度制御部の温度制御も行なう請求項1又は2に記載の反応容器処理装置。 - 前記反応容器はタイピング試薬を収容したタイピング試薬収容部をさらに備え、前記反応部として複数の多型部位のそれぞれに対応して蛍光を発するプローブを個別に保持した複数のプローブ配置部を備えた遺伝子多型診断用反応容器であり、
前記反応温度制御部として前記プローブ配置部の温度を前記サンプルと前記タイピング試薬との反応液を前記プローブと反応させる温度に制御するタイピング反応温度制御部を備え、
該反応容器処理装置は前記各プローブ配置部に励起光を照射して蛍光を検出する蛍光検出部をさらに備え、
前記制御部は前記タイピング反応温度制御部の温度制御及び前記蛍光検出部の検出動作も制御する請求項3に記載の反応容器処理装置。 - 前記反応容器は複数の多型部位それぞれをはさんで結合する複数のプライマーを含む遺伝子増幅試薬を収容した遺伝子増幅試薬収容部をさらに備え、前記反応部として前記遺伝子増幅試薬とサンプルとの混合液に対して遺伝子増幅反応を行なわせる増幅反応部をさらに備えた遺伝子多型診断用反応容器であり、
前記反応温度制御部として前記増幅反応部の温度を前記サンプルと遺伝子増幅試薬との反応液内でDNAを増幅させる遺伝子増幅のための温度に制御する増幅反応温度制御部をさらに備え、
前記制御部は前記増幅反応温度制御部の温度制御も行なう請求項4に記載の反応容器処理装置。 - 前記ノズルは先端に使い捨て可能なチップを着脱可能に装着したものであり、前記反応容器は液体の収容部がフィルムで封止されており、そのフィルムで封止された状態で該反応容器処理装置に装着され、前記チップによりそのフィルムを貫通して液の吸入を行なう請求項1から5のいずれかに記載の反応容器処理装置。
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