JP4793947B2 - ハロアルカンデハロゲナーゼを使用するイペリットの解毒方法 - Google Patents

ハロアルカンデハロゲナーゼを使用するイペリットの解毒方法 Download PDF

Info

Publication number
JP4793947B2
JP4793947B2 JP2008513906A JP2008513906A JP4793947B2 JP 4793947 B2 JP4793947 B2 JP 4793947B2 JP 2008513906 A JP2008513906 A JP 2008513906A JP 2008513906 A JP2008513906 A JP 2008513906A JP 4793947 B2 JP4793947 B2 JP 4793947B2
Authority
JP
Japan
Prior art keywords
enzyme
dehalogenase
haloalkane
haloalkane dehalogenase
detoxification
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Expired - Fee Related
Application number
JP2008513906A
Other languages
English (en)
Other versions
JP2008545483A (ja
Inventor
ズビーネク プロコプ,
ジリー ダンボルスキー,
フランティシェク オプルスティル,
アンドレア イェセンスカー,
ユウジ ナガタ,
Original Assignee
マサリコバ ユニバーズィタ
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by マサリコバ ユニバーズィタ filed Critical マサリコバ ユニバーズィタ
Publication of JP2008545483A publication Critical patent/JP2008545483A/ja
Application granted granted Critical
Publication of JP4793947B2 publication Critical patent/JP4793947B2/ja
Expired - Fee Related legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Classifications

    • AHUMAN NECESSITIES
    • A62LIFE-SAVING; FIRE-FIGHTING
    • A62DCHEMICAL MEANS FOR EXTINGUISHING FIRES OR FOR COMBATING OR PROTECTING AGAINST HARMFUL CHEMICAL AGENTS; CHEMICAL MATERIALS FOR USE IN BREATHING APPARATUS
    • A62D3/00Processes for making harmful chemical substances harmless or less harmful, by effecting a chemical change in the substances
    • A62D3/02Processes for making harmful chemical substances harmless or less harmful, by effecting a chemical change in the substances by biological methods, i.e. processes using enzymes or microorganisms
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P39/00General protective or antinoxious agents
    • A61P39/02Antidotes
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A62LIFE-SAVING; FIRE-FIGHTING
    • A62DCHEMICAL MEANS FOR EXTINGUISHING FIRES OR FOR COMBATING OR PROTECTING AGAINST HARMFUL CHEMICAL AGENTS; CHEMICAL MATERIALS FOR USE IN BREATHING APPARATUS
    • A62D2101/00Harmful chemical substances made harmless, or less harmful, by effecting chemical change
    • A62D2101/02Chemical warfare substances, e.g. cholinesterase inhibitors
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C02TREATMENT OF WATER, WASTE WATER, SEWAGE, OR SLUDGE
    • C02FTREATMENT OF WATER, WASTE WATER, SEWAGE, OR SLUDGE
    • C02F11/00Treatment of sludge; Devices therefor
    • C02F11/004Sludge detoxification
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C02TREATMENT OF WATER, WASTE WATER, SEWAGE, OR SLUDGE
    • C02FTREATMENT OF WATER, WASTE WATER, SEWAGE, OR SLUDGE
    • C02F11/00Treatment of sludge; Devices therefor
    • C02F11/02Biological treatment
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C02TREATMENT OF WATER, WASTE WATER, SEWAGE, OR SLUDGE
    • C02FTREATMENT OF WATER, WASTE WATER, SEWAGE, OR SLUDGE
    • C02F2101/00Nature of the contaminant
    • C02F2101/30Organic compounds
    • C02F2101/36Organic compounds containing halogen
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C02TREATMENT OF WATER, WASTE WATER, SEWAGE, OR SLUDGE
    • C02FTREATMENT OF WATER, WASTE WATER, SEWAGE, OR SLUDGE
    • C02F2209/00Controlling or monitoring parameters in water treatment
    • C02F2209/06Controlling or monitoring parameters in water treatment pH
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C02TREATMENT OF WATER, WASTE WATER, SEWAGE, OR SLUDGE
    • C02FTREATMENT OF WATER, WASTE WATER, SEWAGE, OR SLUDGE
    • C02F3/00Biological treatment of water, waste water, or sewage
    • C02F3/34Biological treatment of water, waste water, or sewage characterised by the microorganisms used

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Toxicology (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Emergency Management (AREA)
  • Business, Economics & Management (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Enzymes And Modification Thereof (AREA)
  • Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
  • Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)

Description

(発明の分野)
本発明は、除染組成物の主たる化学的活性成分としてハロアルカンデハロゲナーゼ(酵素番号 EC3.8.1.5)を使用するイペリット(2,2’−ジクロロジエチルスルフィド)の解毒のための方法に関する。除染組成物は、この高い毒性の水疱形成物質により汚染される軍用武器、輸送機関、工業用および農業用機器、技術装置および建設物(以後、器具)の表面、ヒトまたは動物の皮膚ならびに自然環境要素(水、土壌、堆積物および空気)におけるイペリット(2,2’−ジクロロジエチルスルフィド)の解毒を示す。
(本技術の状況)
現時点で、除染組成物は、軍隊、民間防衛団、消防隊およびレスキュー隊で使用され、高単位の消費および材料に対する所望されない攻撃性を示す。なぜなら、これら化学的活性成分は、イぺリットとの反応の間に徐々に消費される化学量論的な(stechiometric)因子であるからである。器具への適用は、除染された材料または表面の腐食による価値の低下を導き、これら組成物が土壌中または水中に入った場合、環境を危険にさらすことになる。
高い毒性の有機リン酸系(神経系)物質に対して活性を示す有機リン酸エステル加水分解酵素、OPA脱水酵素、またはDFPaseと呼ばれる酵素が文献中に記載されている。水疱形成イぺリット(2,2’−ジクロロジエチルスルフィド)の生物学的解毒の唯一の例として、バクテリア種Rhodococcus rhodochrous IGTS8 (ATCC 53968)の使用がこれまでに当該分野において挙げられ、これはその成長のための唯一の炭素源としてイぺリット2−クロロエチル−エチルスルフィドの化学的アナログを利用する能力を有する(非特許文献1)。バクテリア種Rhodococcus rhodochrous IGTS8 (ATCC 53968)の解毒活性は、分子中のS−C結合を切断することに基づいている。加水分解の非毒性生成物チオジグリコールにおいてC−S結合を切断する酵素の適用が、公開されている(非特許文献2、非特許文献3)。
ハロアルカンデハロゲナーゼは、対応するアルコールを形成する加水分解性の置換によりハロゲン化脂肪族化合物からハロゲンを除去することができる酵素である(非特許文献4)。ヒドロキシルイオンによるハロゲン原子の形式的な求核置換により、加水分解性の脱ハロゲン化が進行する。構造上、ハロアルカンデハロゲナーゼは、α/β−ヒドロラーゼフォールドスーパーファミリーに属する(非特許文献5)。ハロアルカンデハロゲナーゼは、α/β−ヒドロラーゼフォールドの最も保存された構造的特性に属する求核エルボ(nucleophile elbow)を含む(非特許文献6)。ハロアルカンデハロゲナーゼの別の高く保存された領域は、中心のβシートであり、この両側に主要ドメインの疎水性コアを形成するα−ヘリックスが、隣接する。主要ドメインは、触媒性の三つ組み:アスパラギン酸−ヒスチジン−アスパラギン酸/グルタミン酸(Asp−His−Asp/Glu)を保持する。第2のドメインは、α−ヘリックスのみからなり、主要ドメインの頂部にキャップのように配置される。この主要ドメインとキャップドメインとの間の界面は、酵素の活性部位を形成する。主要ドメイン間に有意な類似性がある一方で、キャップドメインの配列および構造は、種々のハロアルカンデハロゲナーゼにおいて有意に変化する。キャップドメインの特徴および構造は、本質的に基質特異性を決定することが示唆される(非特許文献7、非特許文献8)。
Kilbane,J.J.,and Jackowski,K.J. Chem.Tech.Biotechnol.1996年、第65巻、370〜374頁 Harvey,S.,DeFrank,J.J.,Valdes,J.J.,Kamely,D,and Chakrabarty,A.M.,Proceedings:Biotechnology−Biodegradation Workshop Symposium by US Army Research Office 1990年、47〜58頁 Kilbane,J.J., Resources Conserv.and Recycl.1990年、第3巻、69〜79頁 Janssen,D.B.Pries,F.,and Van der Ploeg,J.R. Annual Review of Microbiology 1994年、第48巻、163〜191頁 Ollis,D.L.,Cheah,E.,Cygler,M.,Dijkstra,B.,Frolow,F.,Franken,S.M.,Harel,M.,Remington,S.J.,Silman,I.,Schrag,J.,Sussman,J.L.,Verschueren,K.H.G.,and Goldman,A. Protein Engineering 1992年、第5巻、197〜211頁 Damborsky,J. Pure and Applied Chemistry 1998年、第70巻、1375〜1383頁 Pries,F.,Van den Wijngaard,A.J.,Bos,R.,Pentenga,M.,and Janssen,D.B. Journal of Biological Chemistry 1994年、第269巻、17490〜17494頁 Kmunicek,J.,Luengo,S.,Gago,F.,Ortiz,A.R.,Wade,R.C.,and Damborsky,J. Biochemistry 2001年、第40巻、8905〜8917頁
(発明の詳細)
化学量論的な因子を含有する、上記の既存の除染組成物の不利益は、イペリット2,2’−ジクロロジエチルスルフィドの加水分解性解毒の触媒(酵素または酵素ハロアルカンデハロゲナーゼの混合物)を含む、本発明に従う調製物により、広い範囲で克服される。本組成物の基本成分および活性成分は、少なくとも1つのハロアルカンデハロゲナーゼファミリー(EC3.8.1.5)の野生型酵素または改変された酵素である。本発明は、イペリットの加水分解性の脱ハロゲン化を含むハロアルカンデハロゲナーゼの使用によるイペリットの解毒方法を提供し、ここでイペリットは、1つ以上の野生型または改変されたハロアルカンデハロゲナーゼを含む解毒組成物で処理され、それにより非毒性産物のチオジグリコールに変換される。
ハロアルカンデハロゲナーゼは、天然の生産者または異種の宿主生物(例えば、バクテリアのEscherichia coliまたは酵母のPichia pastoris)において発現される。使用されるこの酵素は、粗製抽出物または精製タンパク質の形態で、非生存細胞または生存細胞に含まれ得る。デハロゲナーゼ組成物の酵素として、酵素EC3.8.1.5のファミリーから選択される少なくとも1つのハロアルカンデハロゲナーゼが使用される(例えば、Rhodococcus rhodochrous NCIMB 13064由来のハロアルカンデハロゲナーゼDhaA、Mycobacterium bovis 5033/66由来のハロアルカンデハロゲナーゼDmbAまたはSphingomonas paucimobilis UT26由来のハロアルカンデハロゲナーゼLinB)。
ハロアルカンデハロゲナーゼは、ハロゲン化脂肪族化合物におけるハロゲン−炭素結合を切断することができる重要な酵素群を構成する。これらは、ハロアルカン、ハロシクロアルカン、ハロアルケン、ハロエーテルおよびハロアルコールを含む広い基質特異性を示す。脱ハロゲン化の機構は、ハロゲンが結合する炭素原子への求核攻撃に基づいており、ハロゲンイオンの切断およびアルキル−酵素中間体の形成を進行する。この中間体は、続いて加水分解され、対応するアルコール、ハロゲンイオンおよびプロトンを与える。この酵素ハロアルカンデハロゲナーゼは、加水分解性の脱ハロゲン化によりイペリットを非毒性ビス(2−ヒドロキシエチル)スルフィドに変換する。
除染組成物において、ハロアルカンデハロゲナーゼは、粗製抽出物中にあっても精製されても、キャリア物質に固定化されても、水溶液、単相性の有機溶液または水溶液、あるいは有機/水性の2相系中に遊離していてもよい。酵素は、無機または有機のキャリア物質(例えば:Celite、活性炭、酸化アルミニウム、セルロース、合成樹脂または合成的に誘導されるポリサッカリド(デキストラン)をベースにしたSephadex)への吸着、あるいは有機物質(例えば:セルロース、デキストラン、デンプン、キチン、アガロース)または無機物質(例えば:多孔性ガラス)、または合成ポリマー性キャリア物質(例えば:VA−Epoxy Biosynt,Eupergit)の表面への共有結合により固定化され得る。この酵素はまた、架橋(相互の結合)あるいは酵素を固体マトリックスまたは膜により制限されたコンパートメントに捕捉することにより固定化され得る。
酵素ハロアルカンデハロゲナーゼは、溶解、結晶化、凍結乾燥または沈殿され得る。液体媒体は、有機溶媒、有機溶媒の単相性水溶液または有機溶媒および水からなる二相系である。この酵素は、限定された領域に制限され得、ここで触媒性の活性を残したまま、固体マトリックス中または膜で限定されたコンパートメント中に捕捉される。酵素は、生物学的マトリックス(例えば、寒天ゲル、アルギン酸ゲル、κ−カラゲナン)に捕捉され得る。この酵素はまた、安定な無機マトリックス(例えば、シリカゲル)に捕捉され得る。隔離された酵素を保持することのできる密なネットワークは、酵素存在下において合成モノマー(例えば、ポリアクリルアミド)の重合により得られ得る。固定化技術に依存して、触媒速度、安定性および結合親和性のような酵素の特性は、有意に変えられ得る。酵素により触媒されるイペリットの加水分解性の解毒は、10〜70℃の温度範囲(反応至適温度は約40℃である)で実施され得る。
追加の成分は、水性緩衝液系(例えば、リン酸緩衝液、トリス−硫酸塩緩衝液、グリシン緩衝液、酢酸塩緩衝液またはクエン酸塩緩衝液)であり、これは7.0〜8.5の至適区間付近の中性pHを安定させる。このpH活性プロフィールは、広範であり、妥当な活性を維持している間の4〜12のpH区間を与える。他の追加の成分は、イペリットの水性溶媒への溶解を促進する界面活性剤または有機溶媒である。水に混和できる有機溶媒(例えば、メタノール、tert−ブタノール、アセトン、ジオキサン、アセトニトリル、ジメチルホルムアミド、ジメチルスルホキシド、テトラヒドロフラン、3−メチル−3−ペンタノールおよびピリジン)の添加は、酵素安定性に依存して総容積の70%までの濃度で使用され得る。
ハロアルカンデハロゲナーゼに基づいた除染組成物は、2つのマクロな相、すなわち溶解された酵素を含む水相および部分的に水に可溶または水に不溶の有機溶媒(例えば、酢酸エチル、ジエチルエーテル、メチルtert−ブチルエーテル、シクロヘキサノール、n−プロピルアセテート、クロロ酢酸エチル、ビス(2−クロロエチル)エーテル、酢酸イソプロピル、酢酸ブチル、酢酸イソブチル、ヘキサノール、酢酸イソアミル、酢酸n−アミル、トルエン、オクタノール、イソヘプタン、n−ブチルエーテル、シクロヘキサン、2−メチルペンタン、n−ヘキサン、メチルシクロヘキサン、およびn−オクタン)からなる第2の相から構成され得る。有機相は、除染組成物中、イペリットの溶解性を増強し、水相へ浸透する。この反応は水相で生じ、ここで酵素は天然の環境にあり、溶解したイペリットの大半が存在する有機溶媒と直接接触しない。反応物および生成物の2つの相(反応物から酵素へ、酵素から生成物)の間の移動は、2つの相の間の表面を拡大すること(良好な分散を生じさせる)または攪拌することにより増大され得る。大量の水は、水と混じらない有機溶媒の添加により置換され得る。次いで酵素は、単相性の有機溶媒に懸濁される。有機溶媒中の酵素の至適触媒活性は、水の含有量の調整および維持により得られ得る。これは、1組の塩/水和物(例えば、CaCl・HO/2HO、無水NaI/2HO、無水NaHPO/2HO、無水NaOAc/3HO、無水NaBr/2HO、無水Na/7HO、NaHPO・2HO/7HO、無水NaSO/10HO、NaHPO・7HO/12HO)により慣習的に得られ得、これは、溶媒に添加され、水含有緩衝液として機能する。親油性有機溶媒中での酵素溶解性は、両親媒性ポリマーポリエチレングリコールの酵素表面への共有結合により改変され得る。酵素表面へのポリマー鎖の結合は、リシン残基のε−アミノ基の「リンカー」(例えば、塩化シアヌル酸)との反応により達成される。多価アルコール(例えば、糖アルコールまたはグリセロール)、不活性化されたタンパク質(例えば、ウシ血清アルブミン)あるいはポリマー(水とある構造的類似を示す、例えば、ポリエチレングリコール、ポリビニルアルコール)のようなタンパク質安定剤は、反応媒体に添加され得、酵素安定性を増強する。
本発明に従って使用されるハロアルカンデハロゲナーゼは、さらに構造的解析(例えば、タンパク質結晶学、核磁気共鳴および円偏光二色性分光法)および生化学的特徴付け(例えば、定常状態の動力学、一過性状態の動力学、安定性および熱安定性アッセイ、分光器的解析など)に基づいた論理的な設計方法、続いてコンピューターモデリング(配列の比較、系統発生的解析、相同性モデリング、分子ドッキング、分子力学、分子動力学、量子力学および多変量統計学)およびDNA変異誘発(例えば、カセット式変異誘発、特定部位の突然変異誘発、化学的変異誘発、誤りがちのPCR、部位飽和変異誘発(site saturation mutagenesis)、全体的変異誘発、繰返し全体的変異誘発、飽和変異誘発のスキャニング、突然変異株など)より行われ得る。この手順は、ハロアルカンデハロゲナーゼの少なくとも1つのアミノ酸残基を、別のアミノ酸残基を用いて変える工程、または改善された効果を有する改変された酵素を得るためにハロアルカンデハロゲナーゼの2つ以上のメンバーを組換える工程を包含する。改変された核酸は、細胞に導入され得、その細胞中で、それらが発現され、変更されたハロアルカンデハロゲナーゼを提供し得る。
ハロアルカンデハロゲナーゼを有する除染組成物の利点としては、
a)イぺリットに対して所望される解毒活性を有し、4〜12の範囲のpHを有する(中性の至適pH7.0〜8.5を有する)水溶液に、+10〜+70℃の温度範囲(反応至適温度は約+40℃である)で均一に溶解される。
b)低い初期濃度(1×10−6mol.l−1)は、十分な解毒レベルを意味する所望される反応速度を約15〜30分で達成するのに十分であり、この酵素濃度の上限は、1×10mol.l−1である。
c)触媒活性を示す、すなわち、反応の間使い尽くされないで残っており、ロジスティックの領域において費用削減をもたらす。
d)中性水性の腐食に関して非攻撃的な除染組成物(水性懸濁液、泡、エマルジョンまたはミクロエマルジョン)の影響に耐える技術の一般的な構成物質および構成要素に対して化学的攻撃性を示さない。
e)いかなる毒性も示さず、自然環境において分解可能である。
(代表的な実施形態の詳細)
本酵素は、本来の生産者において相同性の発現により調製されるか、または宿主生物(例えば、バクテリアEscherichia coliまたは酵母Pichia pastoris)において異種性の発現により調製される。本発明に従って、生細胞または非生細胞に存在するこの酵素は、粗製抽出物または精製タンパク質の形態で使用される。
(実施例1)
Sphingomonas paucimobilis UT26由来の野生型酵素ハロアルカンデハロゲナーゼLinB(配列1および2)を過剰生産するために、相当する遺伝子をpPICZαA発現ベクターでクローン化した。次いでクローン化されたプラスミドは、Pichia pastoris GS115に移される。次いでPichia pastoris GS115を増殖培地中(100mMのリン酸カリウム緩衝液中、1重量%の酵母抽出物、2重量%のペプトン、4×10−5重量%のBiotineおよび1重量%のカザミノ酸、pH6.5)28℃で培養した。この培養物が600nmで光学密度が2に達したとき、酵素合成の誘導を、0.7容積%メタノールの添加により開始した。誘導後、培養物を28℃で10時間インキュベートし、次いで採取した。硫酸アンモニウムを、最終濃度75%飽和まで上清に添加した。溶液を、添加した硫酸アンモニウムが溶解するまで30分攪拌した。この上清を11000gで15分遠心した。次いでペレットを、0.5M 塩化ナトリウムおよび10mM イミダゾールを含有する20mM リン酸カリウム緩衝液、pH7.5に再懸濁した。次いでハロアルカンデハロゲナーゼを、Ni−NTA Sepharoseカラム HR16/10(Qiagen,Germany)で精製した。Hisタグしたハロアルカンデハロゲナーゼを、平衡緩衝液(20mM リン酸カリウム緩衝液、pH7.5;0.5M 塩化ナトリウムおよび10mM イミダゾールを含む)に配置した樹脂に結合させる。結合していないタンパク質および結合の弱いタンパク質を、60mM イミダゾールを含む緩衝液で洗い流した。次いでHisタグした酵素LinBを、160mM イミダゾールを含む緩衝液により溶出した。活性画分を一晩、50mM リン酸カリウム緩衝液、pH=7.5で透析した。この酵素を、長期にわたる酵素安定性を増強するために10% グリセロールおよび1mM 2−メルカプトエタノールを含む50mM リン酸カリウム緩衝液、pH=7.5に4℃で保存した。
ハロアルカンデハロゲナーゼ(野生型または改変型)により触媒される加水分解性脱ハロゲン化は、毒性のイペリットを非毒性のビス(2−ヒドロキシエチル)スルフィドに変換する。イペリットの加水分解性脱ハロゲン化は、50mM リン酸緩衝液(pH7.5;1M NaOH溶液の添加により調整される)中、37℃でハロアルカンデハロゲナーゼにより触媒された。イペリットを、緩衝液中イペリット最終濃度が94.3mg.l−1になるまで反応緩衝液中に添加した。反応を、酵素LinBの溶液(50mM リン酸カリウム緩衝液pH7.5;1×10−5〜1×10−4mol.l−1のハロアルカンデハロゲナーゼLinB、10vol%のグリセロールおよび1mol.l−1の2−メルカプトエタノール)の添加により開始した。ハロアルカンデハロゲナーゼの作用は、迅速かつ完全なイペリットの除染を導く。この反応動態を図1に示す。イペリットの除染でハロアルカンデハロゲナーゼLinBの触媒活性/触媒能力は、kcat/K=6.9s−1.mM−1である。
Figure 0004793947
図1−ハロアルカンデハロゲナーゼLinBの使用によるイペリットの変換。酵素なしでのイペリットの自然な加水分解k=0.0046s−1(白抜きの円)およびハロアルカンデハロゲナーゼLinBの存在下でのイペリットの分解kcat/K=6.9s−1.mM−1(黒塗りの円)。
(配列1および配列2)
バクテリアSphingomonas paucimobilis UT26から単離された遺伝子linBおよびハロアルカンデハロゲナーゼLinBの配列。
Figure 0004793947
(実施例2)
Rhodococcus rhodochrous NCIMB 13064(配列3および4)由来の酵素ハロアルカンデハロゲナーゼDhaAを過剰生産するために、対応する遺伝子を、laclの制御下でtacプロモーター(Ptac)を含むpAQNベクターにクローン化した。pAQNプラスミドを含むEscherichia coli BL21を250ml Luria broth中、37℃で培養した。酵素合成の誘導は、この培養物が600nmで0.6の光学密度に達したとき、最終濃度0.5mMまでイソプロピル−β−D−チオガラクトピラノシドを添加することにより開始した。誘導後、この培養物を30℃で4時間インキュベートし、次いで採取した。この細胞を、Soniprep 150(Sanyo,UK)を使用する超音波処理により破砕した。この上清を、100000gで1時間遠心した後、使用した。ハロアルカンデハロゲナーゼを、Ni−NTA Sepharoseカラム HR16/10(Qiagen,Germany)で精製した。Hisタグしたハロアルカンデハロゲナーゼを、平衡緩衝液(20mM リン酸カリウム緩衝液、pH7.5;0.5M 塩化ナトリウムおよび10mM イミダゾールを含む)に配置した樹脂に結合させた。結合していないタンパク質および結合の弱いタンパク質を、60mM イミダゾールを含む緩衝液で洗い流した。次いでHisダグしたハロアルカンデハロゲナーゼを、160mM イミダゾールを含む緩衝液により溶出した。活性画分を一晩50mM リン酸カリウム緩衝液、pH=7.5で透析した。この酵素を、10% グリセロールおよび1mM 2−メルカプトエタノールを含む50mM リン酸カリウム緩衝液、pH=7.5に4℃で保存し、長期にわたる酵素安定性を増強させた。
酵素ハロアルカンデハロゲナーゼDhaAまたはその変異体は、1×10−6〜1×10−4mol.l−1の濃度で前記の酵素、さらに1〜5vol%の濃度で一般式C2n+2の脂肪族炭化水素または一般式C2nの環式脂肪族炭化水素(nは6〜12である)、さらに5〜20vol%の濃度で一般式C2n+1OHの脂肪族アルコール(nは2〜4である)、さらに3〜15重量%の濃度で一般式C2n+1OSOMeの陰イオン活性界面活性剤(tenside)(nは10〜16であり、Meは対イオン(Na、Kまたはモノエタノールアンモニウム)を表す)、1〜10重量%の濃度で一般式R(3)−(Ar)SO .Meのアルキルベンゼンスルホン酸塩(ここでR(3)は11〜13個の炭素原子を有するアルキルを表し、Meはナトリウムイオンを示す)、さらに7〜9の範囲に水溶液のpHを調整するためのグリシン緩衝液の成分、もしくは総濃度0.1mol.l−1のグリシンなどを含有する除染組成物の一部である。必要とされるpH8.2は、1M NaOHの添加により達成される。100%にするための残りは、水である。イペリットの除染でロアルカンデハロゲナーゼDhaAの触媒能力は、kcat/K=5.7s−1.mM−1である。
(配列3および配列4)
バクテリアRhodococcus rhodochrous NCIMB13064から単離された遺伝子dhaAおよびハロアルカンデハロゲナーゼDhaAの配列。
Figure 0004793947
(実施例3)
Mycobacterium bovis 5033/66由来の酵素ハロアルカンデハロゲナーゼDmbA(配列5および6)を過剰生産するために、実施例1と同様な手順に従う。酵素ハロアルカンデハロゲナーゼDmbAまたはその変異体は、1×10−6〜1×10−4mol.l−1の濃度で前記の酵素、さらに1〜20vol%の一般式C2n+1OHの脂肪族アルコール(nは2〜4である)、さらに3〜15重量%の一般式C2n+1OSOMeの陰イオン活性界面活性剤(nは10〜16であり、Meは対イオン(Na、Kまたはモノエタノールアンモニウム)を表す)、1〜10重量%の一般式C19−Ar−O−(CO)Hのエトキシノニルフェノール(nは9〜10である)、さらに7〜9の範囲に水溶液のpHを調整するためのグリシン緩衝液の成分、あるいは総濃度0.1mol.l−1のグリシンなどを含有する除染組成物の一部である。必要とされるpHは、1M NaOHの添加により達成される。100%にするための残りは、水である。イペリットの除染でハロアルカンデハロゲナーゼDmbAの触媒能力は、kcat/K=6.0s−1.mM−1である。
(配列5および配列6)
バクテリアMycobacterium bovis 5033/66から単離された遺伝子dmbAおよびハロアルカンデハロゲナーゼDmbAの配列。
Figure 0004793947
(実施例4)
酵素ハロアルカンデハロゲナーゼLinBまたはその変異体は、1×10−6〜1×10−4mol.l−1の濃度のこの酵素、さらに1〜15重量%の一般式C2n+1OSOMeの陰イオン活性界面活性剤(nは10〜16であり、Meは対イオン(Na、Kまたはモノエタノールアンモニウム)を表す)、1〜10重量%の一般式C19−Ar−O−(CO)Hのエトキシ化ノニルフェノール(nは9〜10である)、さらに7〜8.5の範囲に水溶液のpHを調整するためのリン酸緩衝液の成分;すなわち必要とされる比および総濃度50mmol.l−1nのKHPOおよびKHPO、などを含有する除染組成物の一部である。100%にするための残りは、水である。
(産業的実用性)
本発明は、イペリットにより汚染される軍用武器、輸送機関、工業用および農業用機器、技術装置および建設物の表面、ヒトまたは動物の皮膚の表面ならびに自然環境の要素からこの高い毒性の水疱形成物質を除去するために産業上利用できる。本技術は、一般的に水疱形成物質を除染するための解毒組成物の使用が必要である軍隊、また民間防衛団においても利用できる。

Claims (8)

  1. ペリットの解毒方法であって、該方法は、該イペリットSphingomonas paucimobilis UT26由来のデハロゲナーゼ LinB(配列番号2)、Rhodococcus rodochrous NCIMB 13064由来のデハロゲナーゼ DhaA(配列番号4)、Mycobacterium bovis 5033/66由来のデハロゲナーゼ DmbA(配列番号6)からなる群から選択される少なくとも1つのハロアルカンデハロゲナーゼを用いて酵素濃度1×10−6〜1×10mol.l−1、温度+10℃〜+70℃、およびpH4〜12の液体媒体中で処理工程を包含する、方法。
  2. 前記液体媒体が、有機溶媒、有機溶媒の単相性水溶液または有機溶媒および水からなる2相系である、請求項1記載の方法。
  3. 前記ハロアルカンデハロゲナーゼ溶液が、緩衝液系を含む、請求項に記載の方法。
  4. ハロアルカンデハロゲナーゼの調製が、多価アルコール、不活性タンパク質、ポリマーからなる群から選択される少なくとも1つのタンパク質安定剤の存在下で実施される、請求項1記載の方法。
  5. 前記酵素ハロアルカンデハロゲナーゼが、可溶性形態または結晶性形態または凍結乾燥された形態または沈殿された形態として使用される、請求項1記載の方法。
  6. 前記酵素ハロアルカンデハロゲナーゼが、有機キャリアまたは無機キャリアの表面への吸着、イオン結合または共有結合により固定化される、請求項1記載の方法。
  7. 前記酵素ハロアルカンデハロゲナーゼが、架橋、あるいは酵素を固体マトリックスまたは膜により制限されたコンパートメントに捕捉することにより固定化される、請求項1記載の方法。
  8. 前記解毒が、界面活性剤の存在下で実施される、請求項1記載の方法。
JP2008513906A 2005-06-03 2006-06-01 ハロアルカンデハロゲナーゼを使用するイペリットの解毒方法 Expired - Fee Related JP4793947B2 (ja)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CZ20050352A CZ298287B6 (cs) 2005-06-03 2005-06-03 Způsob detoxikace sulfidického yperitu působením halogenalkandehalogenáz
CZPV2005-352 2005-06-03
PCT/CZ2006/000036 WO2006128390A1 (en) 2005-06-03 2006-06-01 Method of detoxication of yperite by using haloalkane dehalogenases

Publications (2)

Publication Number Publication Date
JP2008545483A JP2008545483A (ja) 2008-12-18
JP4793947B2 true JP4793947B2 (ja) 2011-10-12

Family

ID=37038083

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2008513906A Expired - Fee Related JP4793947B2 (ja) 2005-06-03 2006-06-01 ハロアルカンデハロゲナーゼを使用するイペリットの解毒方法

Country Status (10)

Country Link
US (1) US7888103B2 (ja)
EP (1) EP1899022B8 (ja)
JP (1) JP4793947B2 (ja)
AU (1) AU2006254625B2 (ja)
CA (1) CA2610024C (ja)
CZ (1) CZ298287B6 (ja)
EA (1) EA011311B1 (ja)
IL (1) IL186596A (ja)
NZ (1) NZ564218A (ja)
WO (1) WO2006128390A1 (ja)

Families Citing this family (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2497564C2 (ru) * 2011-11-07 2013-11-10 Федеральное бюджетное учреждение "33 Центральный научно-исследовательский испытательный институт Министерства обороны Российской Федерации" Способ уничтожения сернистых ипритов
EP3173487B1 (en) 2015-11-26 2019-02-20 Masarykova univerzita Device for detection of halogenated hydrocarbons
CN109706139A (zh) * 2019-03-01 2019-05-03 中国人民解放军92609部队 脱卤素酶基因LinB、脱卤素酶、脱卤素酶基因工程菌及其构建方法和应用方法

Family Cites Families (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
ES2247085T3 (es) * 2000-02-01 2006-03-01 Tiax, Llc Sistema de descontaminacion quimica y biologica.
WO2004066726A2 (en) * 2003-01-22 2004-08-12 Veckis Industries Ltd. A method for neutralization of toxin agents, pesticides and their hydrolysates, and a reagent for it

Also Published As

Publication number Publication date
EP1899022B8 (en) 2013-12-18
EA200702273A1 (ru) 2008-04-28
EA011311B1 (ru) 2009-02-27
CZ298287B6 (cs) 2007-08-15
CZ2005352A3 (cs) 2007-02-14
US20080248557A1 (en) 2008-10-09
EP1899022A1 (en) 2008-03-19
IL186596A0 (en) 2008-01-20
IL186596A (en) 2012-01-31
CA2610024C (en) 2012-06-26
NZ564218A (en) 2010-05-28
CA2610024A1 (en) 2006-12-07
US7888103B2 (en) 2011-02-15
JP2008545483A (ja) 2008-12-18
EP1899022B1 (en) 2013-10-09
AU2006254625A1 (en) 2006-12-07
WO2006128390A1 (en) 2006-12-07
AU2006254625B2 (en) 2009-10-22

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP2013502223A (ja) 重金属浄化システム
JP4708677B2 (ja) 微生物触媒を用いたアミド化合物の製造方法
WO2019179303A1 (zh) 一种油泥石油降解复合酶的制备方法与应用
CN113481126B (zh) 除草剂敌稗特异性降解菌株及降解酰胺酶基因和应用
JP4793947B2 (ja) ハロアルカンデハロゲナーゼを使用するイペリットの解毒方法
US9045746B2 (en) Nanostructured carbon based biocatalyst for remediation of environmental pollutants
CN112266902B (zh) 重组细胞色素p450酶及其应用
WO1993020223A1 (en) Purification process by decomposition of haloalkanoic acid with dehalogenase
Baldi et al. Biological removal of inorganic Hg (II) as gaseous elemental Hg (0) by continuous culture of a Hg-resistant Pseudomonas putida strain FB-1
Maliehe et al. Production and characteristics of bioflocculant TPT-1 from a consortium of Bacillus pumilus JX860616 and Alcaligenes faecalis HCB2
Balíková et al. Role of Exopolysaccharides of Pseudomonas in Heavy Metal Removal and Other Remediation Strategies. Polymers 2022, 14, 4253
US8790915B2 (en) Isolation of a protein responsible for uranium (VI) reduction
JP4709186B2 (ja) 微生物触媒を用いたアミド化合物の製造方法
CN114854700A (zh) 儿茶酚1,2-双加氧酶及其编码基团、制备方法和应用
JPH10290687A (ja) 微生物の培養方法、有機化合物の生合成方法、微生物の汚染物質分解活性の維持方法、汚染物質の分解方法及び環境の修復方法
CN117431178A (zh) 降解非那西丁用菌株及其应用
Aggarwal Biodegradation of atrazine by atrazine chlorohydrolase: characterization of mutant enzyme and immobilization system for water purification.
JP2007295933A (ja) 微生物触媒を用いたアミド化合物の製造方法
Wang et al. Stability Study on the Nitrile Hydratase oiNocardia sp. 108: From a Resting Cell to Crude Enzyme Preparation
JPH10271993A (ja) 土壌汚染物質分解微生物、および土壌浄化方法

Legal Events

Date Code Title Description
A131 Notification of reasons for refusal

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131

Effective date: 20101215

A521 Request for written amendment filed

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A821

Effective date: 20110221

A02 Decision of refusal

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02

Effective date: 20110328

A521 Request for written amendment filed

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523

Effective date: 20110516

A521 Request for written amendment filed

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A821

Effective date: 20110609

A911 Transfer to examiner for re-examination before appeal (zenchi)

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A911

Effective date: 20110704

TRDD Decision of grant or rejection written
A01 Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model)

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01

Effective date: 20110721

A01 Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model)

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01

A61 First payment of annual fees (during grant procedure)

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61

Effective date: 20110722

R150 Certificate of patent or registration of utility model

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150

FPAY Renewal fee payment (event date is renewal date of database)

Free format text: PAYMENT UNTIL: 20140805

Year of fee payment: 3

R250 Receipt of annual fees

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250

R250 Receipt of annual fees

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250

LAPS Cancellation because of no payment of annual fees