JP4627778B2 - 加水分解物原料からコハク酸を生産する方法 - Google Patents
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Description
産法を利用する明らかな欠点は、一つの変異体に制限されていることである。
本発明の別の目的は、高収率のコハク酸を生産する発酵プロセスを提供することにある。本発明の特徴は、そのような方法を可能にするために、複数の変異遺伝子を含むバクテリアのゲノムを利用することである。本発明の利点は、複数の変異体を生産するために容易に細菌を操作することができることである。 代わりに、複数の突然変異を既に含む細菌を、それ以上の操作なしで利用することもできる。
「ベクター」は、プラスミド、ファージ、またはコスミドのような、自身に付着したDNAセグメントの複製をもたらすようDNAセグメントが付着され得るレプリコンである。
トのことを指す。DNAのセグメントは対象のポリペプチドをコードし、カセットおよび制限部位は転写および翻訳に適した読み枠へのカセットの挿入を保証するように設計されている。
「核酸分子」は、リボヌクレオシド(アデノシン、グアノシン、ウリジンまたはシチジン;「RNA分子」)またはデオキシリボヌクレオシド(デオキシアデノシン、デオキシグアノシン、デオキシチミジンまたはデオキシシチジン;「DNA分子」)のリン酸エステル重合型であるか、一本鎖型であっても二本鎖ヘリックスであってもよい、ホスホロチオエートおよびチオエステルのようなその任意のホスホエステル類似体のことを指す。二本鎖DNA−DNAヘリックス、DNA−RNAヘリックスおよびRNA−RNAヘリックスが可能である。核酸分子、特にDNAまたはRNA分子という用語は、単に分子の一次構造および二次構造を指すのであって、分子のいかなる特定の三次形式も限定しない。したがって、この用語は、特に線形または環状DNA分子(例えば制限断片)、プラスミドおよび染色体に見出される二本鎖DNA分子を含む。特定の二本鎖DNA分子の構造について議論する際、DNAの非転写鎖(つまりmRNAと相同な配列を有する鎖)に沿った5’から3’方向の配列のみを与えるという従来の慣習に従って、配列を説明することが可能である。「組換えDNA分子」は、分子生物学的操作を受けたDNA分子である。
な別の核酸分子に「ハイブリダイズ可能」である(前掲のSambrookら参照)。温度およびイオン強度の条件は、ハイブリダイゼーションの「ストリンジェンシー」を決定する。相同な核酸の予備的スクリーニングの場合、55℃のTmに対応する低いストリンジェンシ
ーのハイブリダイゼーション条件を使用することができる。例えば、5X SSC、0.1% SDS、0.25% ミルク、およびホルムアミド無含有;または30% ホルムアミド、5X SSC、0.5% SDSである。適度なストリンジェンシーのハイブリダイゼーション条件は、より高いTmに対応する。例えば、40% ホルムアミド、5X
または6X SCCである。高いストリンジェンシーのハイブリダイゼーション条件は、最も高いTmに対応する。例えば、50% ホルムアミド、5Xまたは6X SCCであ
る。ハイブリダイゼーションは、2つの核酸が相補的配列を含むことを必要とするが、ハイブリダイゼーションのストリンジェンシーによっては、塩基間のミスマッチが可能である。核酸をハイブリダイズするための適切なストリンジェンシーは、当該技術分野においてよく知られている変数である、核酸の長さおよび相補の程度に依存して決定される。2つのヌクレオチド配列間の類似性または相同性の程度が大きいほど、それらの配列を有する核酸のハイブリッドのTmの値は大きい。核酸ハイブリダイゼーションの相対的な安定
性(より高いTmに対応する)は、以下の順に減少する:RNA:RNA、DNA:RN
A、DNA:DNA。長さが100を超えるヌクレオチドのハイブリッドについては、Tmを計算するための方程式が導き出されている。(前掲のSambrookら参照、9.50−0
.51)。より短い核酸(すなわちオリゴヌクレオチド)のハイブリダイゼーションについては、ミスマッチの位置がより重要になり、オリゴヌクレオチドの長さがその特異性を決定する(前掲のSambrookら参照、11.7−11.8)。
ドであり、好ましくは少なくとも約18ヌクレオチドであり、より好ましくは長さは少なくとも約27ヌクレオチドであり、最も好ましくは約36ヌクレオチドである。
「相同組換え」は、染色体内のベクターへの外来性DNA配列の挿入のことを指す。好ましくは、ベクターは、特定の染色体部位を同族組換えのためのターゲットとする。特定の相同組換えの場合、ベクターは、染色体へのベクターの相補的結合と取り込みを可能にすべく、染色体の配列と相同な十分に長い相同領域を含む。相同領域が長く、また、配列類似性が高いと、相同組換えの効率は増加し得る。
合領域(コンセンサス配列)が見出される。
、「高度に」のような副詞で修飾された場合には、配列の類似性のことを指しているのであって、共通の進化の起源でなくてもよい。
シン州マジソン)のパイルアッププログラムを使用したアライメントによって同定される。
酸濃度を達成することが可能である。
(原料の詳細)
本発明の方法および変異体の顕著な特徴は、工業原料を直接利用することにある。軽度浸漬水(light steep water、原料を軽く浸漬させた後に残った水の意) 、様々な加水分解法により生産されたリグノセルロース加水分解物、トウモロコシ由来の糖液(例えばコーンスティープリカー)、乳清由来のラクトースおよび他の工業用グレードの糖を含むがそれらに限定されない多くの原料を利用することが可能である。例えば、濃酸加水分解または希酸加水分解、酵素加水分解によって生産されたリグノセルロース加水分解物またはそれらのプロセスの組み合わせによって生産された加水分解物は、すべて適している。また、トウモロコシ由来の糖液も適している。
(生物体の詳細)
本発明の方法は、生物体の異化代謝抑制機構に変化を含む生物体を利用する。すなわち、本発明者は、細菌のホスホトランスフェラーゼ(pts)系、ピルビン酸ギ酸リアーゼ(pfl)系、および乳酸脱水素酵素(ldh)系に変化が存在する場合に、そのような細菌が本発明のコハク酸生産プロセスに使用するのに適していることを見出した。pflABおよびldhAは、ピルビン酸:ギ酸リアーゼおよび発酵の乳酸脱水素酵素をそれぞれコード化する遺伝子である。
「遺伝子ノックアウト」は、細胞内の特定遺伝子の発現をサイレントにするプロセスのことを指す。このサイレンシングプロセスには、例えば、ジーンターゲティングまたはアンチセンスブロッキングが含まれ得る。ジーンターゲティングは、核酸構築物を細胞に導入し、標的遺伝子で特異的に組換えることを指す。核酸構築物は標的とされた遺伝子を不活性化する。不活性化は、コード配列への終止コドンの導入または調節配列への抑制部位の導入であり得る。アンチセンスブロッキングは、標的遺伝子の発現をブロックするようにアンチセンスRNAの合成を導く、発現配列の細胞への取り込みのことを指す。アンチセンスRNAは標的遺伝子のmRNAとハイブリダイズして発現を阻害する。
184は、野生型に近い大腸菌株に計画的に挿入されたpfl欠失、ldhノックアウト、および、ptsGの異なる変異型を有している。AFP 415と呼ばれる別の菌株も使用可能である。AFP 415は、ptsGのノックアウトを有している点でのみAFP 184と異なる。AFP 415はAFP 184と同様に機能する。
に従って作製される。この文献は参照により本明細書に組み込む。AFP 400もldhAノックアウトを含み、これはFMJ123に挿入され、DC1327を生成する。DC1327はChatterjee et al, Appl. Environ.Microbiol.67, pp148-154 で見出されたプロトコルに従って作製される。この文献は参照により本明細書に組み込む。Chatterjeeの文献で説明されているように、AFP 400はptsGノックアウトを含んでいる。
(挿入による不活性化ptsG遺伝子の構築および導入)
大腸菌の天然のptsG遺伝子を、該ptsG遺伝子のタンパク質のN末端とC末端をターゲットとするプライマーを使用して、W1485から調製したゲノムDNAからPCRによりクローニングした。追加のゲノム配列は増幅しないようにした。ptsG遺伝子をpJJ118EHベクトルに入れてクローニングし、pJFptsGを生じた。EcoRIで切除したpUC−4K(Pharmacia 社)のカナマイシン抵抗カセットを、pJFptsG中のptsG遺伝子のMfeI部位に挿入することにより、該遺伝子を分断し、プラスミドpTSGKを生じた。NZN 111は既にカナマイシン抵抗マーカを含んでいるため、SE1752菌株からのTn10不活性化ldhA遺伝子をFMJ123に形質導入することにより、等価な菌株を構築した。得られた菌株であるDC1327は、その生理学的特性がNZN 111と判別不能であった。分断されたptsG遺伝子は、pTSGKで細胞を形質転換することによりDC1327に移入された。細胞を、カナマイシンの存在下かつアンピシリンの不在下で約30世代増殖し、次に、グルコースを含むLBプレート上に培養物を播き、嫌気的にインキュベートした。以下の実施例で詳細に説明するように、発酵で成長できたコロニーを精製し、2つの抗生物質に対するその感度をスクリーニングした。
、ptsGのMfeI部位にカセットを挿入するために期待された断片を生成した(ClaIに対し1.95および1.05kb、AgeIに対し2.3および0.7kb)。
ノックアウトの位置は、前掲の文献で既に論じた本発明者の以前の研究(米国特許第6,159,738号およびChatterjeeら)から既に分かっている。ノックアウトは、抵抗マーカを有するノックアウト遺伝子のコピーを用いて、細胞を形質転換することにより導入される。相同組換えの発生が許容され、これは宿主酵素により促進される。次に、マーカを含む染色体が選択される。ptsGノックアウトはこのように導入された。PCRによるその挿入の証拠は、先に参照によって組込んだChatterjeeらの文献に詳述されている。
(成長の詳細)
本発明者によって作られた3重変異生物体は、偏性嫌気性菌ではない。従って、バイオマスの最初の蓄積は好気的に起こり、その後発酵条件が確立される。この2段階(すなわち、好気性の後に嫌気性)プロセスのプロトコルの利点は図2に示してあり、図2において、コハク酸の生産速度は図1の1段階の嫌気性プロトコルの成長曲線と比較して、はるかに大きくなっている。
/L)の等価点に達すると、発酵槽は嫌気性になる。研究室では、約6時間後にこの濃度の点に到達した。
発酵による成長を、0.5gのMgCO3 (発酵中に培地のpHを維持するために添加)、抗生物質、および約10g/Lのグルコースを補足した10mlのLB培地を含む密封した血清チューブ中で行なった。多くの成長基質が利用可能であり、それには糖、糖アルコール、糖酸およびそれらの組み合わせが含まれるが、それらに限定されるわけではない。以下の糖を嫌気性成長について5g/L濃度のグルコースの代わりに試験した:トレハロース、マンノース、フルクトース、ソルビトールおよびグロクロン酸。
(実施例1−工業用加水分解物を用いたコハク酸の生産)
AFP 184を、稲わら由来の実際の加水分解物を備えた発酵槽に入れた。典型的な加水分解物は、商業的に調製されたものであり、濃酸加水分解プロセスによりカリフォルニア州ミッションヴィエホ(Mission Viejo )のArkenol Inc.社より入手可能なものである。稲わら培地は2つの主な糖成分として約600g/Lのグルコースと169g/Lのキシロースを含み、それに追加して他の糖を少量含んでいた。実験データを表2および図2に示す。
HPO4 7g/L、KH2 PO4 3g/L、Arkenol の加水分解物 16.5mg/Lおよびカナマイシン 30mg/L。工業用の加水分解物は、2つの主な糖成分として約600g/Lのグルコースと169g/Lのキシロースを含み、それに追加して他の糖を少量含んでいた。抗生物質以外の成分をすべてを備えた培地を20分間、121°Cでオートクレーブした。その後、冷却後にカナマイシンを加えた。この発酵培地を、接種原フラスコおよび1リットルの発酵槽の両方のために使用した。
。サンプルを一定間隔で採取し、光学濃度、グルコース、キシロース、コハク酸、酢酸、
乳酸およびエタノールについて分析した。
AFP 184を合成糖原料と組み合わせて利用して、発酵プロトコルを進行させた。図3に表されるように、コハク酸の生産は80時間までは迅速であるが、約140時間後に60g/Lの最終高さに達する前までは幾分平坦であった。
10g/L、K2 HPO4 7g/L、KH2 PO4 3g/L、グルコース 7.
6g/L、キシロース 1.85g/Lおよびカナマイシン 30mg/L。抗生物質以外の成分をすべてを備えた培地を20分間、121℃でオートクレーブした。その後、冷却後にカナマイシンを加えた。この発酵培地を、接種原フラスコおよび1リットルの発酵槽の両方のために使用した。接種原については、50mgの培地を250mgのフラスコ
に入れ、30%のグリセリン中で−70°Cで維持しておいた0.2mgのAFP184保存培養物で接種した。フラスコは37℃、250rpmでインキュベータ振とう機で一晩(約16時間)インキュベートした。その後、フラスコ内容物全体を、37℃で維持した発酵槽に接種するために使用した。
1.嫌気条件を働かせるために空気を遮断した。これによりコハク酸の生産が開始したと思われる。
3.400g/Lのグルコースと84g/Lのキシロースを含む原料溶液を発酵槽に加え、発酵培地中、50g/Lの糖の合計濃度を達成した。
実施例1と実施例2を比較すれば留意されるように、工業用加水分解物が使用された時と合成原料が使用された時とでは、変異体によるコハク酸生産は等価であった(表2および3の120および122の時点をそれぞれ参照のこと)。この結果は、工業用加水分解物にいかなる有毒物質が内在してもそれがコハク酸収率を低下させないという点で、本発明のプロトコルの丈夫な特徴を示している。
Claims (11)
- 工業用グレードの加水分解物からコハク酸を生産する方法であって、
a)AFP184(ATCC PTA5132)、AFP400(ATCC PTA5583)、およびAFP404(ATCC PTA5133)から選択された大腸菌(Escherichia coli)株由来の生物体を供給する工程;
b)前記生物体にバイオマスを蓄積させる工程;および
c)前記生物体に加水分解物を代謝させる工程;
から成る方法。 - バイオマスは細胞108〜1011個/mLの間で蓄積する、請求項1に記載の方法。
- 工業用グレードの加水分解物は、リグノセルロース加水分解物またはトウモロコシ由来の糖液である、請求項1に記載の方法。
- 温度は25℃から45°Cの間で選択される、請求項1に記載の方法。
- バイオマスは好気性雰囲気で蓄積する、請求項1に記載の方法。
- pHは5から9の間で選択される、請求項1に記載の方法。
- 前記加水分解物は第1の原料量で含まれており、前記方法は第2の原料量を添加して連続的に行われる、請求項1に記載の方法。
- 前記第2の原料量は、コハク酸濃度が50g/Lの時に添加される、請求項7に記載の方法。
- 0.6:1から1.3:1の間のコハク酸対基質の比で工業用グレードの加水分解物に
含まれる基質からコハク酸を生産することを特徴とするAFP184(ATCC PTA5132)、AFP400(ATCC PTA5583)、およびAFP404(ATCC PTA5133)から選択された大腸菌(Escherichia coli)変異体。 - 基質は、グルコース、ラクトース、ソルビトール、キシロース、アラビノース、マンノース、グロクロン酸、ガラクトース、フルクトースまたはそれらの組み合わせから選択された糖である、請求項9に記載の変異体。
- 変異体はコハク酸を同時に生産するために、1よりも多くの基質を利用することができる、請求項9に記載の変異体。
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