JP4427525B2 - 核酸検出用センサ - Google Patents
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Description
に検出する核酸検出用センサに関する。
技術が注目を集めている。(非特許文献1参照)
DNAアレイとは、101〜105種類の配列が異なるDNAを固定化した、数cm角の硝
子やシリコンのアレイを指す。アレイ上で蛍光色素や放射線同位元素(RI)等で標識し
た被験液遺伝子とを反応させるか、あるいは未標識の被験液遺伝子と標識オリゴヌクレオ
チドの混合物をサンドイッチハイブリダイゼーションで反応させる。被験液中にアレイ上
のDNAと相補的な配列が存在すると、アレイ上の特定部位で標識に由来する信号(蛍光強
度、RI強度)が得られる。固定化しておいたDNAの配列と位置があらかじめ分っていれ
ば、被験液遺伝子中に存在する塩基配列を簡単に調べることができる。DNAアレイは、
微量サンプルで塩基配列に関する多くの情報が得られることから、遺伝子検出技術に止ま
らずシーケンス技術としても大いに期待されている(非特許文献2参照)。
的検出法等がある。この中で、電気化学的手法はサンプル遺伝子の標識や複雑なシステム
が不要である。従って、システムの小型化が期待できる。これに加えて、電極を用いてい
るので電気的な反応制御も容易に行うことが可能であるという利点を有する。
ブ核酸鎖が固定された電極がX−Yマトリックス状に複数配置されたDNAアレイを構成
するセンサは、多種類の核酸を僅かな時間で検出できる極めて有用な技術として期待され
ている。しかし、このセンサは、多数の核酸鎖固定化電極に等しく電圧を印加しなければ
ならない。従って、このセンサは、回路構成が複雑であり、応答速度や精度が十分でない
等の問題点を有している。
「Beattie et al. 1993, Fodor et al. 1991, Khrapko et al. 1989, Southern et al. 1994」 「Pease et al. 1994, Parinov et al. 1996」
を提供することを目的とする。
プローブ核酸鎖が固定化され、マトリックス状に配置された複数の核酸鎖固定化電極と、
前記核酸鎖固定化電極との間に電流を流すための対極と、
前記核酸鎖固定化電極毎に設けられた参照電極と、
前記複数の核酸鎖固定化電極を順次選択する選択信号を伝送する複数の走査線と、
前記複数の核酸鎖固定化電極からの測定信号を伝送する複数の信号線と、
前記複数の核酸固定化電極毎に設けられ、前記核酸鎖固定化電極、前記走査線及び前記信号線に接続し、前記核酸鎖固定化電極と前記信号線との接続を、前記走査線からの前記選択信号に応じてオン/オフする複数のスイッチング素子と、
前記参照電極毎に設けられ、入力側に前記参照電極が接続する第1の増幅器と、
前記参照電極毎に設けられ、前記第1の増幅器の出力に接続する参照抵抗と、
入力側に前記参照抵抗及び前記信号線が接続し、出力側に前記対極が接続し、前記対極に所定の電圧の電力を出力する第2の増幅器と、
前記核酸鎖固定化電極毎に設けられ、入力側に前記核酸鎖固定化電極が前記スイッチング素子を介して接続し、出力側に前記信号線が接続する第3の増幅器と
を備えることを特徴とする。
すればよいので、構成が簡単になる。
センサを提供することができる。
(1) スイッチング素子により、信号の出力線を共有化したこと。
また、以下の構成をとることが望ましい。
(2) 核酸鎖固定化電極と対極とを対向して配置したこと。
(3) 参照電極を核酸鎖固定化電極毎に配置したこと。
発明の核酸検出用センサにおいて、1対の核酸鎖固定化電極と対極を備える単位区画(単
位セル)を意味する。
ーブ核酸鎖が固定化されている。核酸鎖固定化電極は、本発明の核酸検出用センサにおい
て、作用電極として機能する。なお、「プローブ核酸鎖」とは、核酸鎖固定化電極に固定
化(結合化)された核酸鎖を指す。また、「ターゲット核酸鎖」は、前記プローブ核酸鎖
に対して相補的な塩基配列を有し、前記プローブ核酸鎖とハイブリダイゼーション反応す
る核酸鎖であって、被験液中に含まれる核酸鎖を意味する。
見は次のように得られる。核酸鎖を含む被験液の存在下で、前記核酸検出用セル内の核酸
鎖固定化電極と対極との間に電圧を印加する。ターゲット核酸鎖とプローブ核酸鎖との間
にハイブリダイゼーションを生じさせた後に、電極間に生じる電気化学的な変化を検知す
る。ターゲット核酸鎖がプローブ核酸とハイブリダイズすれば、電極間に電気化学的な変
化が生じる。従って、当該変化を検知すれば、プローブ核酸鎖又はターゲット核酸鎖が、
特定の塩基配列を有するか否かを検出することができる。前述したハイブリダイズにより
電極間に生じる電気化学的変化は、被験液中に二本鎖認識体を添加し、その二本鎖認識体
の化学的変化に由来する電流変化であることがのぞましい。これにより測定を簡易且つ精
度良く行うことができる。
鎖を用いる。被験液中に前記プローブ核酸鎖とハイブリダイゼーション反応するターゲッ
ト核酸鎖が存在するか否かを検知してもよい。また、核酸鎖固定化電極に固定化させるプ
ローブ核酸鎖として未知の塩基配列を有する核酸鎖を用いる。そして、被検液中に既知の
塩基配列を有する核酸鎖を含有させて、被検液中に前記プローブ核酸鎖とハイブリダイゼ
ーション反応するターゲット核酸鎖が存在するか否かを検知する。このようにして、前記
未知の塩基配列を有するプローブ核酸鎖の配列に対する知見を得てもよい。
されている。各セル毎に異なった検体を供給して一度に数検体の検査を行うために、同じ
種類のプローブ核酸鎖を固定化してもよい。
酸鎖が何れの核酸検出用セルにハイブリダイズしたかを調べることによって、ターゲット
核酸鎖又はプローブ核酸鎖の配列についての知見が得られる。
に電気信号を印加するためのスイッチング回路、デコーダ回路、又はタイミング回路と、
各核酸鎖固定化電極からの電気信号を出力する回路と、各核酸鎖固定化電極からの電気信
号を外部に出力する為のスイッチング回路を配置することが望ましい。
回路には複数の走査線が接続されている。走査線には、核酸鎖固定化電極と信号線との間
に配置されたトランジスタ、好ましくは薄膜トランジスタなどのスイッチング素子を閉じ
るための信号が与えられる。なお、本明細書において「信号線」は、作用電極である核酸
鎖固定化電極からの電気的変化を示す信号を伝達する導線を意味する。前記走査線からの
信号によってスイッチング素子が閉じると核酸鎖固定化電極に電圧が印加されて電気化学
的な変化が生じる。該変化による、電圧(や電流)の変化が前記信号線によって伝送され
る。このような複数の電極の制御には、液晶の表示に用いられているマトリックス方式を
用いることが望ましい。更にはMOSFETを用いたアクティブマトリックス方式である
ことが望ましい。また、MOSイメージセンサー型の走査回路も用いることが可能である
。
出用センサの構造を示す。図01は2電極方式の測定方式である場合を示す。図01の核
酸検出用センサにおいて、各核酸鎖固定化電極102に接続されたスイッチング素子10
3は、タイミング回路106から、走査線104を駆動するための走査線駆動回路107
に順次信号が与えられることにより開閉する。対極101はポテンシオスタット回路11
0を介して電源(図示せず)に接続されている。スイッチング素子103が順次開閉する
と、核酸鎖固定化電極102と対極101)に電圧が印加される。これにより、核酸鎖固
定化電極102にハイブリダイズした核酸(図示せず)を電気化学的に検出できる。電気
化学的な変化は、信号線105を介して信号検出回路109に伝達されて検出される。
材料で被覆することが好ましい。図02は、図01の核酸検出用センサ中の核酸検出用セ
ル(点線の矩形)を、核酸鎖固定化電極と対極とを横切るように、走査線に平行に切断し
た場合の側面図である。図02では、絶縁基板201の上に、絶縁膜203で被覆された
信号線202と、核酸鎖固定化電極204と、対極205とが配設されており、信号線2
02は、被験液に浸漬されるので、信号線202とスイッチング素子との接点との交点以
外は絶縁膜203で被覆されている。
限定されるものではなく、任意の配置でも良い。図03は、このような配置の一例であり
、絶縁基板301の上に配設された核酸鎖固定化電極302と対極(又は参照電極)30
3の下に、それぞれスイッチング素子304及び305が置かれている。スイッチング素
子304及び305は、それぞれ両側に存在する絶縁膜306及び307で被覆されてい
る。図03のように、スイッチング素子を各電極の下に置けば、核酸鎖固定化電極と対極
の上面に被験液308を添加しても信号線(図示せず)とスイッチング素子の接触部分が
被験液308に接触しないので、絶縁性に優れている。図04の配置でも、図03と同様
に各電極の下にスイッチング素子が置かれているので絶縁性に優れているが、スイッチン
グ素子が基板の裏面に露出する構造である点で、図03の配置とは異なる。
板の材料として、例えば、ガラス、石英ガラス、シリコン、アルミナ、サファイア、フォ
ルステライト、炭化珪素、酸化珪素、窒化珪素、等の無機絶縁材料、又は、ポリエチレン
、エチレン、ポリプロピレン、ポリイソブチレン、ポリエチレンテレフタレート、不飽和
ポリエステル、含フッ素樹脂、ポリ塩化ビニル、ポリ塩化ビニリデン、ポリ酢酸ビニル、
ポリビニルアルコール、ポリビニルアセタール、アクリル樹脂、ポリアクリロニトリル、
ポリスチレン、アセタール樹脂、ポリカーボネート、ポリアミド、フェノール樹脂、ユリ
ア樹脂、エポキシ樹脂、メラミン樹脂、スチレン・アクリロニトリル共重合体、アクリロ
ニトリルブタジエンスチレン共重合体、シリコン樹脂、ポリフェニレンオキサイド、ポリ
スルホン等の有機材料が使用可能であるが、これらに限定されない。
られる絶縁材料は特に限定されるものではないが、フォトポリマー、フォトレジスト材料
であることが好ましい。レジスト材料としては、光露光用フォトレジスト、遠紫外用フォ
トレジスト、X線用フォトレジスト、電子線用フォトレジストが用いられる。光露光用フ
ォトレジストには、主原料が環化ゴム、ポリけい皮酸、ノボラック樹脂があげられる。遠
紫外用フォトレジストには、環化ゴム、フェノール樹脂、ポリメチルイソプロペニルケト
ン(PMIPK),ポリメチルメタクリレート(PMMA)等が用いられる。また、X線
用レジストには、COP、メタルアクリレートほか、薄膜ハンドブック(オーム社)に記
載の物質を用いることができる、更に電子線用レジストには、PMMA等上記文献に記載
の物質を用いることが可能である。ここで用いるレジストは100Å以上1mm以下であ
ることが望ましい。フォトレジストで電極を被覆し、リソグラフィーを行うことで、面積
を一定にすることが可能になる。これにより、プローブ核酸鎖の固定化量がそれぞれの電
極間で均一になり、再現性に優れた測定を可能にする。従来、レジスト材料は最終的には
除去するのが一般的であるが、核酸鎖固定化電極においてはレジスト材料は除去すること
なく電極の一部として用いることも可能である。この場合は、用いるレジスト材料に耐水
性の高い物質を使用する必要がある。電極上部に形成する絶縁層にはフォトレジスト材料
以外でも用いることが可能である。例えば、Si、Ti、Al、Zn、Pb、Cd、W、
Mo、Cr、Ta、Ni等の酸化物、窒化物、炭化物、その他合金を用いることも可能で
ある。これらの材料をスパッタ、蒸着あるいはCVD等を用いて薄膜を形成した後、フォ
トリソグラフィーで電極露出部のパターニングを行い、面積を一定に制御する。
しい核酸鎖固定化電極の材料は金であるが、他の材料も使用可能であり、例えば、金の合
金、銀、プラチナ、水銀、ニッケル、パラジウム、シリコン、ゲルマニウム、ガリウム、
タングステン等の金属単体及びそれらの合金、あるいはグラファイト、グラシーカーボン
等の炭素等、またはこれらの酸化物、化合物を用いる事ができる。これらの電極は、メッ
キ、印刷、スパッタ、蒸着などでも作製することができる。蒸着を行う場合は、抵抗加熱
法、高周波加熱法、電子ビーム加熱法により電極膜を形成することができる。また、スパ
ッタリングを行う場合は、直流2極スパッタリング、バイアススパッタリング、非対称交
流スパッタリング、ゲッタスパッタリング、高周波スパッタリングで電極膜を形成するこ
とが可能である。ここで、電極に金を使用する場合は、金の結晶構造の(111)面の配
向指数が重要である。配向指数はWillsonの方法により以下の式から求められる。
hkl;面指数
IF(hkl);(hkl)面の相対強度
IFR(hkl);ASTMカードに記載されている標準金としてのIF(hkl)
ここで核酸鎖検出用の核酸鎖固定化電極の場合は配向指数が1以上であることが求めら
れ、更に配向指数が2以上であることが望ましい。配向性を高めるために、蒸着あるいは
スパッタリング時に基板を加熱することも有効である。加熱温度は特に限定される物では
ないが、50℃〜500℃の範囲であることが望ましい。配向性を制御することで、核酸
鎖固定化量を均一に制御することが可能になる。また、ガラスなどの基板に金等の上記電
極材料を蒸着、あるいはスパッタリングする場合には、基板と金との間にチタン、あるい
はクロム、銅、ニッケル、これらの合金を接着層として単独であるいは組み合わせて介在
させることで、安定な電極層を形成することが可能になる。
うな形状が好ましい。図06及び図07の形状を用いれば、核酸固定化電極と対極(ある
いは参照電極)との接触面積が大きいので有利である。図05〜図07は、核酸検出用セ
ル(図01の点線の矩形)を拡大した図であり、図01の場合と同じように、核酸鎖固定
化電極501、601、及び701は、それぞれスイッチング素子503、603、及び
703を介して信号線505、605、及び705に接続されている。対極(又は参照電
極)502、602、及び702は、核酸鎖固定化電極501、601、及び701の近
傍に配置されている。
望ましい。活性化は硫酸溶液中での電位掃引で行うことが可能である。
は特に限定されるものではないが、DNA、RNA、PNA、その他核酸類似体を用いる
ことが可能である。
チオール基と金との結合を利用すると簡単に固定化を行うことができる。その他、物理吸
着、化学吸着、疎水結合、抱埋、共有結合等で固定化が可能である。また、ビオチン−ア
ビジン結合やカルボジイミドなどの縮合剤を用いることもできる。これらの場合、あらか
じめ電極表面を官能基を有する分子で修飾しておくことで、固定化を容易にすることがで
きる。更に、電極表面への核酸および挿入剤等の非特異的な吸着を抑制するために、電極
表面をメルカプトエタノール等のメルカプタンや、ステアリルアミンなどの脂質で被覆す
ることが望ましい。
述べる。電極は脱イオン水で洗浄後、活性化処理を行う。活性化には、0.1〜10mm
ol/Lの硫酸溶液を用いる。この溶液中で、−0.5〜2V(vs Ag/AgCl)
の範囲で、1v/s〜100000v/sの範囲で電位を走査させる。これにより、電極
表面はプローブ核酸鎖を固定化できる状態にまで活性化される。固定化に用いるプローブ
核酸鎖には5'あるいは3'末端をチオール基を導入する。チオール化したプローブ核酸鎖
は、固定化直前までDTT等の還元剤の溶液に溶解し、使用直前にゲル濾過あるいは酢酸
エチルによる抽出操作等でDTTを除去する。固定化は至って簡単であり、イオン強度0
.01〜5の範囲でpH5〜10の範囲内の緩衝液中にプローブ核酸鎖を1ng/mL〜
1mg/mLの範囲になるように溶解し、活性化した直後の電極を浸漬する。固定化反応
は、4〜100℃の範囲で10分から1晩程度行う。
条件で保存し、できれば遮光して行うことが望ましい。しかし、短期的な場合はウェット
状態で保存することが可能である。保存液の組成はハイブリダイゼーション反応を行う液
の組成、Tris−EDTA緩衝液あるいは脱イオン水であることが望ましい。更に、保
存温度は4℃以下で、好ましくは−20℃であることが望ましい。また、プローブ核酸鎖
を固定化した核酸鎖固定化電極を長期に保存する場合は、ドライ状態で保存することが望
ましい。ドライにする方法は特に限定されないが、凍結乾燥、風乾等で行うことができる
。ドライの気相は特に限定されないが、アルゴン等の不活性ガス、窒素、乾燥空気、ある
いは真空状態であることが望ましい。
る。
ばれる固定化装置を用いると比較的容易にプローブ核酸鎖の固定化を行うことができる。
この際、電極の表面を傷つけないために、インクジェット方式や静電方式のスポッターを
用いることが望ましい。また、電極表面で直接核酸鎖の合成を行うことも可能である。
合、複数の核酸鎖固定化電極は、単一の対極を共通して使用することになる。
の距離は特に限定されない。応答速度を早くするためには、例えば、1cm以内の距離に
配置することが好ましい。
極から等しい距離になるように配置することが好ましい。
とが可能である。
塩化銀電極や水銀/塩化水銀電極などを参照電極として使用し得るが、他の任意の電極を
使用し得る。
部位に配置してもよい。
大きくしつつ、且つ被験液の流れを阻害しない形状が好ましい。例えば、対極又は参照電
極と、核酸鎖固定化電極とが互いに噛み合ったくし型にすれば、このような条件に適合す
る。
。当該システムは、複数の核酸検出用セルが形成された一つまたは複数の基板と、前記基
板を保持するための密閉容器で、少なくとも一つ以上の送液のための開口部を有し且つ液
体を貯留するための空間を有する容器と、外部機器へ接続するための端子を備えた構成を
基本としている。
号をそれぞれの対極およびそれぞれの核酸鎖固定化電極に印加するためのスイッチング回
路と、各核酸鎖固定化電極からの電気信号を出力する回路と、各核酸鎖固定化電極からの
電気信号を外部に出力する為のスイッチング回路と、電源、ポテンショスタット、波形発
生装置を備えることが望ましい。また、前記システムにはマトリックス上に配置された特
定の位置のMOSFETスイッチング素子および核酸鎖固定化電極に電気信号を出力する
ためのデコーダ回路、スイッチング回路、タイミング回路、メモリー、A/Dコンバータ
ー、波形発生装置、電源、ポテンショスタット、電気信号検出回路、等の回路を一つのセ
ンサ上に集積することが望ましい。
ることが可能である。これらの機構を備えた核酸検出用システムを用いれば、核酸の抽出
、増幅、検出などの一連の操作を全て自動的に行うことができる。
ンサの一例が示されている。
線801と直行するように配置された信号線802と、走査線801と信号線802の各
交点に配設された薄膜トランジスタ等のスイッチング素子803と、スイッチング素子8
03に接続された核酸鎖固定化電極804と、各走査線801を駆動するための走査線駆
動回路805と、各信号線802を駆動するための信号線駆動回路806が設置された第
1の基板807(図08A)と、各対極808が設置された第2の基板809(図08C
)とを備える。各対極808はポテンシオスタット(図示せず)に接続される。なお、図
08A及び図08Bでは、核酸鎖固定化電極は一つしか書かれていないが、実際には、隣
接する二本の走査線と隣接する二本の信号線とに囲まれた各矩形中にそれぞれ一つの核酸
鎖固定化電極804が設置される。
に介在するスペースに前記被験液を注入した後、走査線駆動回路805からスイッチング
素子803に駆動信号を与える。走査線駆動回路805から出力された駆動信号によりス
イッチング素子803がオンになり、核酸鎖固定化電極804と信号線802が電気的に
接続される。核酸鎖固定化電極804と信号線802が電気的に接続されると、核酸鎖固
定化電極804と対極808の間に電圧が印加される。これにより、例えば核酸鎖固定化
電極804にハイブリダイズしたターゲット核酸に挿入された挿入剤等の物質が酸化され
る。酸化によって発生した電流は、信号線802を通って、信号線802の一端に設けら
れたパッド810に達し、該パッド810に接続された電流検出用の外部機器によって検
出、定量される。図08A及び図08B、図08Cの核酸検出用センサは、核酸検知部8
11、走査線駆動回路805、信号線駆動回路806が一体となって第1の基板807上
に形成されており、信号検出部を備えた核酸検出用システムに装着して使用される。
に接続されており核酸鎖固定化電極の近傍に設置されていてもよい。図09A及び図09B
では、対極905は三本に分枝した各枝がくし型の形状を有しており、同じ形状を有する
核酸鎖固定化電極905とは互いにかみ合うように配置されている。
用センサを示したが、参照電極を設けることものぞましい。参照電極は、図9A,Bに示す
ように核酸鎖固定化電極と互いにかみ合うくし型電極であってもよい。
後述する。
れている。
センサ固定装置1002、電気信号測定装置1003、CPU1004、電源1005、
及び表示装置1006を備えている。
、接続端子1101によって、挿脱可能に基板1102上に設置され、容器1108に収
納される。基板1102は、図12のごとく、例えばその周囲に接続端子挿入部1201
を有している。図11A及び図11Bにおいて、被験液1103は、核酸検出用センサ1
104を浸漬せしめ得るように被験液排出口1106を閉鎖した状態で、底部に設けられ
た被験液注入口1105から注入される。被験液1103によって核酸検出用センサ11
04を浸漬した後には、被験液1103に含まれる核酸を核酸検出用センサ1104上の
核酸鎖固定化電極(図示せず)にハイブリダイズさせる。ハイブリダイズ中に核酸検出用
センサ1104を加温するときには、気化した被験液は空気穴1107を通して排出され
る。被検液中にターゲット核酸が含まれていれば、ターゲット核酸は、核酸検出用センサ
1104上の核酸鎖固定化電極(図示せず)にハイブリダイズする。従って、被験液11
03を被験液排出口1106から排出させた後にも核酸鎖固定化電極に結合し続ける。図
13A及び図13Bのように、被験液注入口1305及び被験液排出口1306は、基板
1302の垂直な位置に設けてもよい。
酸鎖についての知見を得るための操作について詳述する。
液を注入する。
酸鎖や遺伝性疾患の原因遺伝子や各種疾病のマーカー遺伝子などで良い。例えば、肝炎ウ
イルス(A、B、C、D、E、F、G型)、HIV、インフルエンザウイルス、ヘルペス
群ウイルス、アデノウイルス、ヒトポリオーマウイルス、ヒトパピローマウイルス、ヒト
パルボウイルス、ムンプスウイル素、ヒトロタウイルス、エンテロウイルス、日本脳炎ウ
イルス、デングウイルス、風疹ウイルス、HTLV、等のウイルス感染症、黄色ブドウ球
菌、溶血性連鎖球菌、病原性大腸菌、腸炎ビブリオ菌、ヘリコバクターピロリ菌、カンピ
ロバクター、コレラ菌、赤痢菌、サルモネラ菌、エルシニア、淋菌、リステリア菌、レプ
トスピラ、レジオネラ菌、スピロヘータ、肺炎マイコプラズマ、リケッチア、クラミジア
、マラリア、赤痢アメーバ、病原真菌、等の細菌感染症、寄生虫、真菌の検出に用いるこ
とができる。また、遺伝性疾患、網膜芽細胞腫、ウイルムス腫瘍、家族性大腸ポリポーシ
ス、遺伝性非ポリポーシス大腸癌、神経腺維腫症、家族性乳ガン、色素性乾皮症、脳腫瘍
、口腔癌、食道癌、胃ガン、大腸癌、肝臓癌、膵臓癌、肺ガン、甲状腺腫瘍、乳腺腫瘍、
泌尿器腫瘍、男性器腫瘍、女性器腫瘍、皮膚腫瘍、骨・軟部腫瘍、白血病、リンパ腫、固
形腫瘍、等の腫瘍性疾患の検査にも用いることができる。また、医療以外にも、食品検査
、検疫、医薬品検査、法医学、農業、畜産、漁業、林業などで遺伝子検査が必要なものに
全て適応可能である。更に、制限酵素断片多系(RFLP)や1塩基多系(SNPs)、
マイクロサテライト配列等の検出も可能である。また、未知の塩基配列解析に用いること
も可能である。
血球、尿、便、精液、唾液、組織、培養細胞、喀痰等を用いることができる。これら被験
液からは、通常核酸成分の抽出を行う。抽出方法は特に限定される物ではなく、フェノー
ルー−クロロホルム法等の液−液抽出法や担体を用いる固液抽出法を用いることができる
。また、市販の核酸抽出方法QIAamp(QIAGEN社製)、スマイテスト(住友金
属社製)等を利用することも可能である。
ダイゼーション反応を行う。反応溶液は、イオン強度0.01〜5の範囲、pH5〜10
の範囲の緩衝液中で行う。この溶液中にはハイブリダイゼーション促進剤である硫酸デキ
ストランや、サケ精子DNA、牛胸腺DNA、EDTA、界面活性剤などを添加すること
が可能である。ここに抽出した核酸成分を添加し、90℃以上で熱変性させる。核酸鎖検
出用電極の挿入は、変性直後、あるいは0℃に急冷後に行うことができる。反応中は、撹
拌、あるいは振とうなどの操作で反応速度を高めることもできる。反応温度は10℃〜9
0℃の範囲で、また反応時間は1分以上1晩程度行う。ハイブリダイゼーション反応は電
気化学的に制御が可能であり、核酸鎖固定化電極にプラス電位を印加することで従来数時
間から数日必要であったものを数分に短縮することが可能である。一方、電極表面にマイ
ナス電位を印加すると、非特異的な結合は除去できる。
イブリッド)に選択的に結合する二本鎖認識体、すなわち挿入剤を作用させ、電気化学的
な測定を行う。ここで用いられる挿入剤は特に限定される物ではないが、例えば、ヘキス
ト33258、アクリジンオレンジ、キナクリン、ドウノマイシン、メタロインターカレ
ーター、ビスアクリジン等のビスインターカレーター、トリスインターカレーター、ポリ
インターカレーター等を用いることが可能である。メタロインターカレーターと呼ばれる
ルテニウム、コバルト、鉄などの金属錯体や、エチジウムブロマイド等の有機化合物、抗
体、酵素などの生体高分子を用いることも可能である。
の範囲で使用する。この際、イオン強度0.001〜5の範囲で、pH5〜10の範囲の
緩衝液を用いる。
、電気化学発光変化を指標にすることが可能である。これらの信号変化は挿入剤等の二本
鎖核酸に特異的に結合する物質の併用により効果が促進される。
るように、核酸鎖固定化電極と対極とが対向配置されていることを特徴とする。
既知配列を有するプローブ核酸鎖1402が固定化された複数の核酸鎖固定化電極140
1と対極1404とが、同一の基板1403上に配設され、被験液1406は、上記基板
1403上を流れる。当該配置では、対極1404と各核酸鎖固定化電極1402の距離
が各核酸固定化電極1401毎に異なる。このような構成では、図中左端のように核酸鎖
固定化電極1401と対極1404との距離が遠くなる場合があり、応答速度が遅くなる
。また、対極1404と各核酸鎖固定化電極1401との距離が各核酸鎖固定化電極14
01毎に異なるため、十分な測定精度を達成することもできない。
プローブ核酸鎖1402が固定化された核酸鎖固定化電極1401と対極1404は板状
電極であり、被験液1406を挟持し得るように対向して配置されている。当該配置によ
れば、第1の基板1403上の各核酸鎖固定化電極1401は全て、第2の基板1405
上の対極1404から等しい距離で、且つ対極1404の近傍に配置することができる。
このため、このような配置で電極が配設された核酸検出用センサを用いれば、各核酸鎖固
定化電極1401上のプローブ核酸鎖1402とハイブリダイズした被験液1406中の
検出すべきターゲット核酸鎖全てに等しい電圧を印加することが可能となる。従って、測
定精度と応答速度が向上する。また、第1の基板1303と第2の基板1305の間に被
験液1306が注入されるので、必要な被験液の量を減らすこともできる。なお、図14
Aは、第1の基板1403の上に参照電極1407が配置されていない核酸検出用センサ
を示している。図14Bは、第1の基板1403の上に参照電極1407が配置されてい
る核酸検出用センサを示している。
ている場合、対極は、核酸鎖固定化電極とともに被験液の流路を挟むように、核酸鎖固定
化電極が配置された基板とは異なる基板に配置される。
に等しい電極を印加するために対極はすべての核酸鎖固定化電極から等しい距離になるよ
うに配置することが好ましい。例えば、核酸鎖固定化電極が平面上に配置されているとき
には、対極は、前記平面と平行な平面上に配置すれば良い。核酸鎖固定化電極が球面上に
配置されているときには、対極は、前記球面と同心の球面上に配置すればよい。
面を有し、その平坦面同士が相対するように配置されることが、省スペース化の点から望
ましい。
セルには一以上の核酸鎖固定化電極が配置されている。対極は一つの核酸鎖固定化電極に
対して一つずつ設けてもよい。複数の核酸検出用セル間で共通、つまり、例えば、複数の
核酸鎖固定化電極に対して対極は一つであってもよい。
は上述のとおりである。
同じ基板に配置するのが一般的である。参照電極は、これ以外の部位に配置してもよい。
あってもよく、核酸検出用セル毎に配置してもよい。対極を複数配置する場合には、対極
は、前記信号線又は走査線の何れに接続しても良い。
した本発明の核酸検出用センサの一般的な構成及び使用法に記載されているとおりである
。すなわち、プローブ核酸鎖とターゲット核酸鎖との間で形成されたハイブリッド核酸鎖
による電気化学反応を利用することにより、前記プローブ核酸鎖またはターゲット核酸鎖
が特定の塩基配列を有するか否かを検出する。
間の未補償抵抗が減少して、測定精度が向上する。核酸鎖固定化電極毎に電位を制御する
ことができるように、核酸鎖固定化電極毎に参照電極を備えることが望ましい。
プ、ボルテッジフロアアンプ、カレントフロアアンプとして機能するオペアンプ1607
、オペアンプ1608、及びオペアンプ1609を備えた微小電流測定用ポテンショスタ
ット回路を使用している。簡単のために、図15のポテンショスタット回路には核酸鎖固
定化電極が一つしか図示されていないが、実際には、本発明の第2の核酸検出用センサに
は複数の核酸鎖固定化電極が配設されている。
アンプの機能を有する3つのオペアンプを備えている。これらの回路は、微小電流測定用
という点で従来の回路とは異なっている。それ故、本発明の核酸検出用センサに使用し得
るポテンショスタット回路は微小電流測定用であればよい。
efとはコモンの電位を基準としたときの点fの電位を意味するものとする、以下同じ)
の(1+Zf/Rf)倍の電圧を加えることによって、efをea(すなわち、Vcc)
に対して一定に保つ(ここで、Zfは、対極1602から参照電極1603に至る電気化
学系のインピーダンスを表す)。オペアンプは、負帰還を有しているので、eaはeb(
コモンの電位)と等しい。図では、コモンは接地されているが、必ずしも接地しなくてよ
い。
Zin及びZoutは、それぞれ入力インピーダンス及び出力インピーダンスである)。
ZinはZoutに比べて非常に高いので、出力電力は入力電力に比して著しく大きくな
る。オペアンプ1608の機能によって、参照電極1603の内部抵抗は無視できること
になる。
チング素子1604によって核酸鎖固定化電極1601が信号に接続されると、核酸鎖固
定化電極1601の電位はコモンの電位と等しくなる。従って、オペアンプ1609は、
作用電極である核酸鎖固定化電極1601の電位をコモンの電位に保つ役割を果たしてい
る。入力電圧をVとすると、点0と点a間の抵抗(図示せず)及び点aと点f間の抵抗の
比を1にすれば、オペアンプ1607の作用により、参照電極1603の電位は、−Vと
なる。回路中の抵抗の抵抗値、及び抵抗の使用の有無は、所望の増幅率等に応じて適宜選
択すればよい。核酸鎖固定化電極1601の電位はコモンの電位に等しいから、核酸鎖固
定化電極1601(作用電極)と参照電極1603との間には、正確に入力電圧と等しい
電圧が印加される。点gが仮想接地されているため、走査線1606に接続されたスイッ
チング素子1604によって核酸鎖固定化電極1601に電圧を印加することによって生
じる電流は、信号線1605上の点gから抵抗1610を経て点iに達する。抵抗161
0による電圧降下を測定することによって、電流の大きさを測定することができる。
極1601の電位に誤差が生じる。しかし、点gと点iの間に抵抗1610を置いても、
egはコモンの電位に保たれているため、核酸鎖固定化電極1601の電位に誤差は生じ
ない。従って、高精度の電気化学的測定が可能となる。
あり、図15の回路と同様に電圧を一定に保つ機能を有する。それ故、オペアンプ170
7、1708及び1709の機能は、図15の回路の対応するオペアンプと同じである。
電極が配置されているので、従来の回路に比べて、測定精度を有する。
各核酸鎖固定化電極毎に一以上配置されている。
アンプ1708の非反転入力端子から出る配線は、複数の電極に対して共通で用いられて
おり、核酸検出用セル当たりの配線数には含まれない。
を達成することができる。
タット回路であり、図17の回路は、図15及び図16の回路と同様に電圧を一定に保つ
機能を有する。それ故、ポテンショスタット1807、1808、及び1809の機能の
詳細は、図15又は図16で記載したとおりである。
なく、信号線1804に接続されている。このため、図17の回路は、参照電極1803
が、走査線1806に接続されていない。従って、参照電極の基準電位は、走査線180
6の電位と兼ねておらず、印加する電位を自由に設定できる。このため、図17の回路で
は、図16の回路に比べて多種類の挿入剤を使用することがきる。
ッチング素子は省略してもよい。
8の非反転入力端子に接続された導線を挟むように配置されている。両極が向かい合うよ
うに、参照電極1803を核酸鎖固定化電極1801と同じ側に配置してもよい。
類の挿入剤を使用することができる。
本発明の第3の核酸検出用センサは、スイッチング素子により、信号線を共有化したこと
を特徴とする
図18は、通常使用される核酸検出用センサの上面図であり、図18においては、4×
3のX−Yマトリックス状に、プローブ核酸鎖(図示せず)が固定化された核酸鎖固定化
電極1901が配置されている。なお、実際の核酸検出用センサでは、対極は、核酸鎖固
定化電極1901が配置された平面の鉛直上方に位置しているが、図18では省略されて
いる。
信号線1903と接続されており、信号線1903はさらに核酸鎖固定化電極1901か
らの電流を増幅するためのアンプ1904及びA/Dコンバーター1905に接続されて
いる。
09からクロック信号が与えられるので、核酸鎖固定化電極1901は、図中矢印の方向
に左端から一列ずつ順次アクティブとなるように走査される。
。核酸鎖固定化電極1901がアクティブとなると、核酸鎖固定化電極1901と対極(
図示せず)との間に電圧が印加され、核酸鎖固定化電極1901上にハイブリダイズした
ターゲット核酸に挿入された挿入剤が酸化される。酸化時に生じた電気的変化は、信号線
1903を介して前記アンプ1904で増幅された後に、A/Dコンバータ1905によ
りA/D変換される。
出用センサは、行方向にスイッチング素子が配置され、図19中の上から下に走査される
点が、図18の核酸検出用センサと異なっている。
れており、各核酸鎖固定化電極2001と対極(図示せず)とが核酸検出用セルを構成し
ている。
介して信号線2004と接続されている。各信号線2004の一端には、信号線スイッチ
ング素子2005が接続されており、その後信号線2004は一つになり、A/Dコンバ
ータ2006に接続されている。
成される列方向走査回路から、信号線2012を介して順次電気信号が与えられる。一方
、信号線スイッチング用素子2005には、Yデコーダ2009とカウンタ2010によ
り構成される行方向走査回路から、順次電気信号が与えられる。
れぞれX方向クロック信号、Y方向クロック信号として列方向走査回路と行方向走査回路
に与えれば、一列一行目の電極(左上端の電極)から一列二行目の電極、さらに一列三行
目、二列一行目の電極に電圧が印加される。電圧の印加によって生じた電気的変化はシリ
アル信号として計測され、出力信号はAD変換器でA/D変換される。
ダとカウンタにより構成される走査回路を用いた核酸検出用センサを示した。図21に示
すように図19のデコーダとカウンタは、シフトレジスタ回路2210に置き換えること
ができる。図21の核酸検出用センサの構成は、デコータとカウンタがシフトレジスタ回
路に置き換えられていることを除いて図19のものと同じである。このように、シフトレ
ジスタ回路を用いると、外部回路構成が簡単になる。
サと比較して、測定を高速化し得るという効果も奏する。
あるし、適宜組合わせて使用することもできる。
1402…プローブ核酸鎖
1403…第1の基板
1404…対極
1405…第2の基板
1406…被験液
1407…参照電極
Claims (10)
- プローブ核酸鎖が固定化され、マトリックス状に配置された複数の核酸鎖固定化電極と
、
前記核酸鎖固定化電極との間に電流を流すための対極と、
前記核酸鎖固定化電極毎に設けられた参照電極と、
前記複数の核酸鎖固定化電極を順次選択する選択信号を伝送する複数の走査線と、
前記複数の核酸鎖固定化電極からの測定信号を伝送する複数の信号線と、
前記複数の核酸固定化電極毎に設けられ、前記核酸鎖固定化電極、前記走査線及び前記信
号線に接続し、前記核酸鎖固定化電極と前記信号線との接続を、前記走査線からの前記選
択信号に応じてオン/オフする複数のスイッチング素子と、
前記参照電極毎に設けられ、入力側に前記参照電極が接続する第1の増幅器と、
前記参照電極毎に設けられ、前記第1の増幅器の出力に接続する参照抵抗と、
入力側に前記参照抵抗及び前記信号線が接続し、出力側に前記対極が接続し、前記対極
に所定の電圧の電力を出力する第2の増幅器と、
前記核酸鎖固定化電極毎に設けられ、入力側に前記核酸鎖固定化電極が前記スイッチン
グ素子を介して接続し、出力側に前記信号線が接続する第3の増幅器と
を備えることを特徴とする核酸検出用センサ。 - 前記対極は前記複数の核酸鎖固定化電極ごとに設けられていることを特徴とする請求項
1記載の核酸検出用センサ。 - 前記核酸鎖固定化電極及び前記対極は、核酸鎖を含む被験液に晒され、前記プローブ核
酸鎖と被検液中の核酸鎖のハイブリダイゼーションにより生じる前記核酸鎖固定化電極及
び対極間の電流変化を検出することを特徴とする請求項1記載の核酸検出用センサ。 - 前記ハイブリダイゼーション後に添加された二本鎖認識体に由来する前記核酸鎖固定化
電極及び対極間の電流変化を検出することを特徴とする請求項3記載の核酸検出用センサ
。 - 前記複数の走査線に接続され、前記選択信号を生成するデコーダをさらに具備すること
を特徴とする請求項1記載の核酸検出用センサ。 - クロック信号を発生するタイミングパルス発生器と、
前記タイミングパルス発生器及び前記デコーダに接続するカウンタと、をさらに具備す
ることを特徴とする請求項5記載の核酸検出用センサ。 - 前記複数の信号線の各々に接続する複数のA/Dコンバータをさらに具備することを特
徴とする請求項1記載の核酸検出用センサ。 - 前記複数のA/Dコンバータと前記複数の信号線との間に接続する増幅アンプを具備す
ることを特徴とする請求項7記載の核酸検出用センサ - 前記複数の信号線の各々に接続される複数のトランジスタと、
前記トランジスタを介して前記複数の信号線に接続する共通A/Dコンバータを具備す
ることを特徴とする請求項1記載の核酸検出用センサ。 - 前記信号線は絶縁膜で覆われていることを特徴とする請求項1記載の核酸検出用センサ
。
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