JP4288464B2 - ヒトp450分子種の検出および定量方法、並びに該方法のためのプローブおよびキット - Google Patents
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Description
本発明は、ヒトP450の各分子種を検出および定量する方法およびそのために利用できるプローブおよびキットに関する。
背 景 技 術
チトクロムP450は、医薬品有効成分化合物などの化学物質の代謝に関与する酵素のひとつである。該チトクロムP450には、多数の分子種が存在することが知られている。現在、ヒトでは約30種の分子種が確認されている。これらの各分子種は、その酵素活性に個体差はあるものの、分子種毎にそれぞれ、種々の医薬品有効成分化合物(例えば、三環系抗うつ剤、抗てんかん剤、ベンゾジアゼピン系製剤、β−遮断剤、バルビタール系就眠制催眠剤などの医薬品の有効成分化合物、ジメチルニトロソアミンなど)、ベンゼンなどの有機溶剤、環境中の低分子発癌性物質などの代謝に関与することが報告されている(例えばYoo,J.S.H.,Chung,R.,C.,Wade,D.,& Yang,C.S.(1987)Cancer Res.,47,3378−3383など参照)。
新薬を開発する上で、該新薬を投与した際におけるヒトチトクロムP450(以下、本明細書において単に「P450」という)の各分子種の動き(発現量の増減)を把握することは重要である。何故なら、P450の各分子種の発現量の変動が判らないと、該新薬と併用され得る併用薬剤、その他の摂取物による新薬の効力、副作用などの増減及び該併用薬剤自体の効力、副作用などの増減が予測できず、新薬の安全性を確認することができないからである。
従って、新薬開発などの医薬品分野においては、P450の各分子種に関する情報、殊にこれら各分子種に関する情報を得るために各分子種を区別して測定する技術が、要望されている。このような各分子種を区別して測定する技術が開発できれば、例えば、新薬の他剤との相互作用、新薬の特殊病態時における生体への影響などが容易に把握でき、該新薬の副作用に関する有用な情報を得ることができ、かくして新薬の安全性を確保することができる。
一方、ポリメラーゼチェインリアクション(PCR)は、核酸の増幅法として広く知られている。その内でも、例えばRT−PCR(Reverse Transcription−PCR)、コンペティティブRT−PCRなどは、微量のmRNAの検出、定量に利用され、その威力を発揮している。
近年、PCRを利用したリアルタイム定量検出法が確立された(TaqMan PCR,Genome Res.,6(10),986(1996),ABI PRISMTM Sequence Detection System,Applied Biosystems)。この方法は、特定の蛍光標識プローブ(TaqMan prove)を用いて核酸を測定する方法である。この方法はより詳しくは、以下の原理を利用している。即ち、例えば5’末端にリポーター色素および3’末端にクエンチャー色素を付加して蛍光標識したプローブを、ターゲットDNAにアニールさせた状態で、通常のPCR反応を行わせると、伸長反応の進行に伴って、DNAポリメラーゼの有する5’−3’エキソヌクレアーゼ活性により、上記プローブが5’末端から加水分解される。その結果、5’末端のリポーター色素が3’末端のクエンチャー色素から離れ、これにより、当初一定の空間的距離を保っていたことによるFRET(Fluoresence Resonance Energy Transfer,両蛍光色素の共鳴によるリポーター色素のエネルギー順位の低下に基づく蛍光強度の低下現象)効果がなくなり、クエンチャー色素により制御されていたリポーター色素の蛍光強度が増加する。この蛍光強度の増加を測定することによって、ターゲット核酸をリアルタイムに選択的に定量および検出できる。
この方法によれば、従来のPCRを利用した検出、定量法のように、PCR反応後に増幅物を例えばアガロースゲル電気泳動して、泳動パターンを解析するなどの複雑な工程は不要となり、短時間で多種のサンプルを同時に検査できる利点がある。
一般に、臨床検査センターなどで臨床検査を行う場合には、非常に多数の検体について限られた時間内に検査をする必要があり、検査を効率良く行い得る手法の開発が要望されている。上記リアルタイム定量検出法は、この要望に合致するものとして期待できる。
本発明者らは、PCRを利用したリアルタイム定量検出法に着目し、これがヒトP450の各分子種の検出に利用できれば、同じ装置を用いて同一のPCR条件で各分子種を区別して検出および定量できるとの着想から、鋭意研究を重ねた。
しかるに、現在知られている化学物質の代謝に関与するP450の分子種は、前述したとおり約30種にも及び、それぞれのmRNAの配列は知られているものの、これらをターゲット遺伝子として、互いに重複する配列部分を有さず、しかも同一PCR条件で充分に増幅し得、更に、各ターゲット遺伝子の特定位置にハイブリダイズし得るプライマー対としてのオリゴヌクレオチドを検索すること自体困難であると考えられた。また、このようなプライマー対に挟まれた特定領域内に、同一PCR条件下でこれらのプライマーよりも早くターゲット遺伝子とハイブリダイズし得、しかも唯一の分子種に対してのみ特異的であるプローブの構築もまた、同様に困難であると考えられた。特に、ヌクレオチド配列が既知の2つの核酸のハイブリダイズのし易さは、融点(Tm)の計算によりある程度推定することはできるが、この推定によって選択したプライマーとプローブとの組合せは必ずしもDNA測定において好結果をもたらすわけではないことが知られていることより、現在知られている全てのP450分子種について、これらの遺伝子を区別して測定可能な、上記PCRによるリアルタイム検出用の各プライマー対とプローブとの組合せの選択には、熟練者の試行錯誤による多大な実験などが必要であると予想された。
発 明 の 開 示
本発明の目的は、P450の各分子種をコードする遺伝子をPCRにより測定する方法、特にリアルタイム定量、検出法を利用して測定する方法を提供することにある。
また、本発明の他の目的は、上記方法に利用できるプローブおよびプライマー対を提供することにある。
本発明者は、上記目的を達成するために、P450の各分子種について更に多大な実験、研究を繰返し行った。その結果、P450の特定の29の分子種遺伝子に対して特異的なプライマー対およびプローブのセット、即ちこれら各分子種をコードする遺伝子を区別して検出、測定することができる各プライマー対とプローブとのセットを見出すに成功した。本発明はこの知見を基礎として完成されたものである。
本発明は、P450分子種の検出および定量に用いられるプローブであって、下記(1)−(29)に示す各遺伝子の所定領域にハイブリダイズし得るオリゴヌクレオチドからなる群から選ばれるオリゴヌクレオチドであることを特徴とするプローブを提供する。
(1)CYP1A1遺伝子の616−641の領域
(2)CYP1A2遺伝子の884−909の領域
(3)CYP1B1遺伝子の1176−1203の領域または785−812領域
(4)CYP2A6/7遺伝子の195−218の領域
(5)CYP2A6遺伝子の40−69の領域
(6)CYP2A7遺伝子の889−913の領域
(7)CYP2B6遺伝子の533−560の領域または1175−1202領域
(8)CYP2C8遺伝子の375−400の領域または863−894領域
(9)CYP2C9遺伝子の913−888の領域または863−890領域
(10)CYP2C18遺伝子の1420−1444の領域
(11)CYP2C19遺伝子の913−887の領域または863−894領域
(12)CYP2D6遺伝子の748−775の領域
(13)CYP2E1遺伝子の1096−1117の領域
(14)CYP2F1遺伝子の608−635の領域
(15)CYP2J2遺伝子の485−508の領域
(16)CYP3A3/4遺伝子の876−905の領域
(17)CYP3A4遺伝子の946−918の領域
(18)CYP3A5遺伝子の850−822の領域
(19)CYP3A7遺伝子の850−819の領域
(20)CYP4A11遺伝子の666−691の領域または241−266領域
(21)CYP4B1遺伝子の997−1024の領域。
(22)CYP4F2遺伝子の1182−1205の領域
(23)CYP4F3遺伝子の1188−1212の領域
(24)CYP4F8遺伝子の1341−1370の領域
(25)CYP11B1遺伝子の1209−1234の領域
(26)CYP11B2遺伝子の1209−1239の領域
(27)CYP17遺伝子の1230−1255の領域
(28)CYP19遺伝子の437−465の領域
(29)CYP27遺伝子の197−224の領域
本発明は、特に、オリゴヌクレオチドが更にリポーター色素とクエンチャー色素とを結合させたものである前記プローブ;オリゴヌクレオチドが20−40の範囲の塩基長を有するものである前記プローブ;オリゴヌクレオチドが配列番号1−配列番号35に示される配列のいずれかを含むものである前記プローブ;並びにオリゴヌクレオチドが配列番号1−配列番号35に示される配列のいずれかからなるものである前記プローブを提供する。
また、本発明は、フォワードプライマーとリバースプライマーとのプライマー対およびプローブのセットの少なくとも1つを含むP450の分子種の検出および定量用キットであって、上記プライマー対およびプローブが下記(1)−(35)に示される遺伝子の各領域にそれぞれハイブリダイズし得るオリゴヌクレオチドであるキットを提供する。
(1)プライマー対;CYP1A1遺伝子の589−610領域および685−664領域、プローブ;616−641領域
(2)プライマー対;CYP1A2遺伝子の860−880領域および951−931領域、プローブ;884−909領域
(3)プライマー対;CYP1B1遺伝子の1155−1174領域および1228−1207領域、プローブ;1176−1203領域
(4)プライマー対;CYP2A6/7遺伝子の173−193領域および254−236領域、プローブ;195−218領域
(5)プライマー対;CYP2A6遺伝子の20−48領域および171−146領域、プローブ;40−69領域
(6)プライマー対;CYP2A7遺伝子の861−884領域および1000−978領域、プローブ;889−913領域
(7)プライマー対;CYP2B6遺伝子の513−531領域および587−564領域、プローブ;533−560領域
(8)プライマー対;CYP2C8遺伝子の352−372領域および425−407領域、プローブ;375−400領域
(9)プライマー対;CYP2C9遺伝子の659−682領域および937−915領域、プローブ;913−888領域
(10)プライマー対;CYP2C18遺伝子の1394−1414領域および1473−1451領域、プローブ;1420−1444領域
(11)プライマー対;CYP2C19遺伝子の858−880領域および943−921領域、プローブ;913−887領域
(12)プライマー対;CYP2D6遺伝子の720−740領域および912−891領域、プローブ;748−775領域
(13)プライマー対;CYP2E1遺伝子の1070−1088領域および1146−1123領域、プローブ;1096−1117領域
(14)プライマー対;CYP2F1遺伝子の585−606領域および744−723領域、プローブ;608−635領域
(15)プライマー対;CYP2J2遺伝子の460−482領域および592−571領域、プローブ;485−508領域
(16)プライマー対;CYP3A3/4遺伝子の850−872領域および1014−993領域、プローブ;876−905領域
(17)プライマー対;CYP3A4遺伝子の825−854領域および973−948領域、プローブ;946−918領域
(18)プライマー対;CYP3A5遺伝子の684−705領域および881−859領域、プローブ;850−822領域
(19)プライマー対;CYP3A7遺伝子の684−705領域および881−859領域、プローブ;850−819領域
(20)プライマー対;CYP4A11遺伝子の640−663領域および805−784領域、プローブ;666−691領域
(21)プライマー対;CYP4B1遺伝子の974−995領域および1081−1061領域、プローブ;997−1024領域。
(22)プライマー対;CYP4F2遺伝子の1092−1113領域および1276−1256領域、プローブ;1182−1205領域
(23)プライマー対;CYP4F3遺伝子の1073−1094領域および1267−1246領域、プローブ;1188−1212領域
(24)プライマー対;CYP4F8遺伝子の1278−1299領域および1390−1371領域、プローブ;1341−1370領域
(25)プライマー対;CYP11B1遺伝子の1158−1179領域および1415−1396領域、プローブ;1209−1234領域
(26)プライマー対;CYP11B2遺伝子の1167−1189領域および1429−1407領域、プローブ;1209−1239領域
(27)プライマー対;CYP17遺伝子の1200−1221領域および1294−1272領域、プローブ;1230−1255領域
(28)プライマー対;CYP19遺伝子の414−435領域および487−467領域、プローブ;437−465領域
(29)プライマー対;CYP27遺伝子の171−193領域および292−271領域、プローブ;197−224領域
(30)プライマー対;CYP1B1遺伝子の766−783領域および961−941領域、プローブ;785−812領域
(31)プライマー対;CYP2B6遺伝子の1146−1168領域および1228−1207領域、プローブ;1175−1202領域
(32)プライマー対;CYP2C8遺伝子の783−804領域および926−905領域、プローブ;863−894領域
(33)プライマー対;CYP2C9遺伝子の766−789領域および910−891領域、プローブ;863−890領域
(34)プライマー対;CYP2C19遺伝子の748−769領域および943−922領域、プローブ;863−894領域
(35)プライマー対;CYP4A11遺伝子の209−230領域および288−268領域、プローブ;241−266領域
特に本発明は、前記プローブが更にリポーター色素とクエンチャー色素とを結合させたものである上記キットを提供する。
上記キットを構成するプライマー対とプローブとのセットの好ましいものとしては、下記(1)−(35)から選ばれるセット、即ち各配列番号に示される配列を含むプライマー対とプローブとのセットを挙げることができる。より好ましいセットは、各配列番号に示される配列からなるプライマー対とプローブとのセットである。
(1)配列番号36および37に示される配列を含むプライマー対と、配列番号1に示される配列を含むプローブとのセット
(2)配列番号38および39に示される配列を含むプライマー対と、配列番号2に示される配列を含むプローブとのセット
(3)配列番号40および41に示される配列を含むプライマー対と、配列番号3に示される配列を含むプローブとのセット
(4)配列番号42および43に示される配列を含むプライマー対と、配列番号4に示される配列を含むプローブとのセット
(5)配列番号44および45に示される配列を含むプライマー対と、配列番号5に示される配列を含むプローブとのセット
(6)配列番号46および47に示される配列を含むプライマー対と、配列番号6に示される配列を含むプローブとのセット
(7)配列番号48および49に示される配列を含むプライマー対と、配列番号7に示される配列を含むプローブとのセット
(8)配列番号50および51に示される配列を含むプライマー対と、配列番号8に示される配列を含むプローブとのセット
(9)配列番号52および53に示される配列を含むプライマー対と、配列番号9に示される配列を含むプローブとのセット
(10)配列番号54および55に示される配列を含むプライマー対と、配列番号10に示される配列を含むプローブとのセット
(11)配列番号56および57に示される配列を含むプライマー対と、配列番号11に示される配列を含むプローブとのセット
(12)配列番号58および59に示される配列を含むプライマー対と、配列番号12に示される配列を含むプローブとのセット
(13)配列番号60および61に示される配列を含むプライマー対と、配列番号13に示される配列を含むプローブとのセット
(14)配列番号62および63に示される配列を含むプライマー対と、配列番号14に示される配列を含むプローブとのセット
(15)配列番号64および65に示される配列を含むプライマー対と、配列番号15に示される配列を含むプローブとのセット
(16)配列番号66および67に示される配列を含むプライマー対と、配列番号16に示される配列を含むプローブとのセット
(17)配列番号68および69に示される配列を含むプライマー対と、配列番号17に示される配列を含むプローブとのセット
(18)配列番号70および71に示される配列を含むプライマー対と、配列番号18に示される配列を含むプローブとのセット
(19)配列番号72および73に示される配列を含むプライマー対と、配列番号19に示される配列を含むプローブとのセット
(20)配列番号74および75に示される配列を含むプライマー対と、配列番号20に示される配列を含むプローブとのセット
(21)配列番号76および77に示される配列を含むプライマー対と、配列番号21に示される配列を含むプローブとのセット
(22)配列番号78および79に示される配列を含むプライマー対と、配列番号22に示される配列を含むプローブとのセット
(23)配列番号80および81に示される配列を含むプライマー対と、配列番号23に示される配列を含むプローブとのセット
(24)配列番号82および83に示される配列を含むプライマー対と、配列番号24に示される配列を含むプローブとのセット
(25)配列番号84および85に示される配列を含むプライマー対と、配列番号25に示される配列を含むプローブとのセット
(26)配列番号86および87に示される配列を含むプライマー対と、配列番号26に示される配列を含むプローブとのセット
(27)配列番号88および89に示される配列を含むプライマー対と、配列番号27に示される配列を含むプローブとのセット
(28)配列番号90および91に示される配列を含むプライマー対と、配列番号28に示される配列を含むプローブとのセット
(29)配列番号92および93に示される配列を含むプライマー対と、配列番号29に示される配列を含むプローブとのセット
(30)配列番号94および95に示される配列を含むプライマー対と、配列番号30に示される配列を含むプローブとのセット
(31)配列番号96および97に示される配列を含むプライマー対と、配列番号31に示される配列を含むプローブとのセット
(32)配列番号98および99に示される配列を含むプライマー対と、配列番号32に示される配列を含むプローブとのセット
(33)配列番号100および101に示される配列を含むプライマー対と、配列番号33に示される配列を含むプローブとのセット
(34)配列番号102および103に示される配列を含むプライマー対と、配列番号34に示される配列を含むプローブとのセット
(35)配列番号104および105に示される配列を含むプライマー対と、配列番号35に示される配列を含むプローブとのセット
上記各セットは、それぞれ以下のP450分子種の検出および定量用である。
(1)のセット;CYP1A1
(2)のセット;CYP1A2
(3)および(30)のセット;CYP1B1
(4)のセット;CYP2A6/7
(5)のセット;CYP2A6
(6)のセット;CYP2A7
(7)および(31)のセット;CYP2B6
(8)および(32)のセット;CYP2C8
(9)および(33)のセット;CYP2C9
(10)のセット;CYP2C18
(11)および(34)のセット;CYP2C19
(12)のセット;CYP2D6
(13)のセット;CYP2E1
(14)のセット;CYP2F1
(15)のセット;CYP2J2
(16)のセット;CYP3A3/4
(17)のセット;CYP3A4
(18)のセット;CYP3A5
(19)のセット;CYP3A7
(20)および(35)のセット;CYP4A11
(21)のセット;CYP4B1
(22)のセット;CYP4F2
(23)のセット;CYP4F3
(24)のセット;CYP4F8
(25)のセット;CYP11B1
(26)のセット;CYP11B2
(27)のセット;CYP17
(28)のセット;CYP19
(29)のセット;CYP27
本発明は、更に下記(a)−(c)工程を含むP450分子種の検出および定量方法、特に(c)工程における加水分解されるプローブの検出および測定が、励起光照射による蛍光の発色の検出および発色程度の測定によりなされるP450分子種の検出および定量方法を提供する。
(a)P450遺伝子を含む検体を調製する工程、
(b)上記検体について、前記プライマー対とプローブとのセットの少なくとも1つを含む本発明キットを用いてポリメラーゼ連鎖反応(PCR、RT−PCRを含む)を行って検体中のP450の分子種をコードする遺伝子を増幅させる工程、および
(c)上記ポリメラーゼ連鎖反応の間に加水分解されるプローブを検出および測定する工程。
本明細書におけるアミノ酸、ペプチド、塩基配列、核酸などの略号による表示はIUPAC−IUBの規定(IUPAC−IUB communication on Biological Nomenclature,Eur.J.Biochem.,138:9(1984))、「塩基配列又はアミノ酸配列を含む明細書等の作成のためのガイドライン」(特許庁編)および当該分野における慣用記号に従うものとする。
また、本明細書において遺伝子なる語は、2本鎖DNAおよびそれを構成するセンス鎖およびアンチセンス鎖である各1本鎖DNAを包含する。更に該遺伝子の発現に関連するmRNAおよびこれに相補的なcDNAも包含する。ヌクレオチド(オリゴヌクレオチド)には、RNAおよびDNAが含まれる。
本発明測定方法は、より好ましくは、レポーター色素とクエンチャー色素とで標識したプローブを用いたリアルタイム検出法によって実施される。
このリアルタイム検出法は、同一PCR乃至RT−PCR反応条件下にリアルタイムで簡便且つ迅速に、各種分子種の遺伝子を分別定量できるものであり、その確立は、臨床分野、医薬品分野において非常に有益である。例えば、本発明方法によって、医薬品開発における動態試験において重要な位置を占めるP450のヒト試料中でのmRNAの発現を容易に定量することができる。これによって、医薬品などの化学物質に曝露された場合のP450の各分子種の動向を知ることができる。特に、新薬開発に当たっては、P450による代謝の動向を調べることが義務づけられており、従来、このP450による代謝の動向は、P450の各分子種の発現量を、それぞれ別個に、煩雑で手間と時間のかかる方法によって測定して検討されていた。しかるに、本発明は、このP450の各分子種の発現量を、非常に簡便且つ迅速に、同一条件下に定量可能な技術を提供するものであり、この技術は、特に新薬開発分野において極めて有用である。
また、手術で摘出した組織、バイオプシーにより摘出した組織中のP450分子種のmRNA発現を見る上でも、本発明方法は有効である。即ち本発明方法によれば、迅速且つ多種の試料を容易に処理でき、また、僅かな組織片から抽出した全RNAを利用して所望の検出が可能な利点がある。
更に、特定のP450分子種においては、肝臓、腎臓などでの酵素誘導などによる発現量の変化が血液中(血液に含まれる核を有する細胞)の値の変化と相関する可能性が考えられるが、この血液中の発現量は小さく、測定には多くの血液を必要とする。本発明者の設計した前記特定のプライマー対とプローブとを用いた本発明測定方法によれば、少量の検体サンプルを利用して、一般的な機器を用いて容易且つ迅速に、P450の各種分子種の検出および定量が可能である。それ故、本発明測定方法によれば、上記血液などを検体としてその中のP450分子種をコードする遺伝子を検出および定量することができ、これによって該分子種の発現量を予測することが可能である。
本発明プローブおよびプライマー
本発明プローブおよびプライマーは、上述した通り、P450遺伝子の各分子種の特定領域にハイブリダイズし得るオリゴヌクレオチドから選択される。
ここで「ハイブリダイズし得る」とは、後述するPCR(RT−PCR)の条件下で上記特定領域とハイブリダイズし得ることをいう。該条件は、48℃で30分間、95℃で10分間保温後、95℃で15秒間、60℃で1分間のサイクルを50回行う条件である。
このハイブリダイズし得るオリゴヌクレオチドは、一般には、前記特定領域のヌクレオチド配列と相補的なヌクレオチド配列を有するものであるが、この分野においては、例えば20程度のヌクレオチドからなるプライマーまたはプローブは、鋳型鎖との間に1−2個程度の少数のミスマッチが存在しても鋳型鎖とハイブリダイズすることができ、従ってPCR用プライマーとしてまたは検出用プローブとして機能し得ることが知られている。従って、本発明プライマーおよびプローブには、このような少数のミスマッチを有するヌクレオチド配列のものも包含される。但し、このようなミスマッチはできるだけないものが好ましい。
本発明プローブおよびプライマーに共通する要件としては、約50−400塩基対の長さの増幅生成物を与えること、プライマーとプローブができる限り近接していること、配列に含まれるG(グアニン)およびC(シトシン)の割合がなるべく50%前後であること、G(グアニン)が4つ以上連続していないことなどを挙げることができる。また、本発明プローブに要求される他の要件としてはTm値が70℃前後であることを挙げることができる。同様に、プライマーに要求される他の要件はTm値が60℃前後であることを挙げることができる。
これらの要件を充足するプライマー及びプローブ用のオリゴヌクレオチドのヌクレオチド数は、少なくとも15個、通常15−50個、好ましくは20−40個の範囲にあるのがよい。これらプライマーおよびプローブのヌクレオチド数が上記よりあまりに多くなりすぎると、1本鎖DNAにハイブリダイズしにくくなり、逆にあまりに小さすぎると、ハイブリダイゼーションの特異性が低下する。
プライマーおよびプローブの特定のヌクレオチド配列の好ましい具体的配列の例は、前述したとおりであり、各分子種に応じてそれぞれ、配列番号1−35(プローブ)および配列番号36−105(プライマー)に示される。
本発明において利用されるプローブおよびプライマーは、これら各配列番号に示されるヌクレオチド配列を有するものであるのが好ましいが、特にこれに限定されず、これらのヌクレオチド配列を基本として、前記したように少数のミスマッチを有するものであることもできる。
P450の各分子種のmRNA配列は公知であり、それぞれジーンバンク(GenBank)に以下の登録番号で登録されている。
(1)CYP1A1遺伝子;NM_000499
(2)CYP1A2遺伝子;AF182274
(3)CYP1B1遺伝子;NM_000104
(4)CYP2A6/7遺伝子;AF182275/NM_000764
(5)CYP2A6遺伝子;AF182275
(6)CYP2A7遺伝子;NM_000764
(7)CYP2B6遺伝子;AF182277
(8)CYP2C8遺伝子;NM_000770
(9)CYP2C9遺伝子;M61857
(10)CYP2C18遺伝子;M61856
(11)CYP2C19遺伝子;NM_000769
(12)CYP2D6遺伝子;NM_000106
(13)CYP2E1遺伝子;AF182276
(14)CYP2F1遺伝子;NM_000774
(15)CYP2J2遺伝子;NM_000775
(16)CYP3A3/4遺伝子;NM_000776/AF182273
(17)CYP3A4遺伝子;AF182273
(18)CYP3A5遺伝子;NM_000777
(19)CYP3A7遺伝子;NM_000765
(20)CYP4A11遺伝子;NM_000778
(21)CYP4B1遺伝子;NM_000779
(22)CYP4F2遺伝子;NM_001082
(23)CYP4F3遺伝子;NM_000896
(24)CYP4F8遺伝子;NM_007253
(25)CYP11B1遺伝子;NM_000497
(26)CYP11B2遺伝子;NM_000498
(27)CYP17遺伝子;NM_000102
(28)CYP19遺伝子;NM_000103
(29)CYP27遺伝子;M62401
本明細書において、各分子種の特定領域の表示は、いずれも上記各登録番号で登録された遺伝子の配列に従うものである。
本発明プローブおよびプライマーとしての各オリゴヌクレオチドは、常法に従い、自動合成機、例えばDNAシンセサイザー(パーキンエルマー社)などを用いて容易に合成することができる。得られるオリゴヌクレオチドは更に必要に応じて、市販の精製用カートリッジなどを用いて精製することもできる。
リアルタイム定量、検出
以下、本発明プライマー対およびプローブを利用したP450分子種のPCRによるリアルタイム検出法につき詳述する。
本発明のリアルタイム検出用プローブは、その一端、例えば5’−末端にレポーター色素を結合しており、そして他端、例えば3’−末端にクエンチャー色素を結合している。レポーター色素は、例えば励起光の照射によって蛍光を発する物質であり、クエンチャー色素は、該レポーター色素に距離的に接近して存在する場合にレポーター色素に作用してその蛍光の発生を消去する作用を有するものである。レポーター色素の例としては、例えば6−カルボキシ−フルオレッセイン(FAM)、テトラクロロ−6−カルボキシフルオレッセイン(TET)、2,7−ジメトキシ−4,5−ジクロロ−6−カルボキシフルオレッセイン(JOE)、ヘキソクロロ−6−カルボキシフルオレッセイン(HEX)などが挙げられる。クエンチャー色素の例としては、例えば6−カルボキシ−テトラメチル−ローダミン(TAMRA)などが挙げられる。
本発明プローブは、前記特定配列のオリゴヌクレオチドにレポーター色素およびクエンチャー色索を結合させることにより調製できる。例えばプローブの5’側は、通常数個のメチレン鎖をリンカーとし、末端のリン酸基にFAM分子をリン酸エステルの形で結合させることができる。また、3’側には、下に示す構造単位を介してアミド結合によりTAMRA分子を結合させ得る。
本発明方法は、前述した本発明プライマー対およびプローブを利用することを必須として、他は公知のPCR法(例えば、Science,230,1350(1985)参照)、RT−PCR(Genome Res.,6(10),986(1996)参照)など、特にリアルタイム検出法(例えばTaqMan PCR,ABI PRISMTM 7700 SEQUENCE DETECTION SYSTEM,Applied Biosystems,Ver1 ,June 1996参照)に従い実施することができる。
該方法は、特に本発明が対象とするP450の各分子種の発現量の測定方法として、該P450分子種のmRNAまたはcDNAを測定する場合に有用である。この場合、特定分子種を発現している生体組織を採取し、常法に従って全RNAを抽出し、次にそれに対して相補性のcDNAを常法に従って合成した後、本発明プライマー対とプローブとを用いて、PCRを行えばよい。また、常法に従って全RNAを抽出後、本発明プライマーとプローブとを用いて、直接RT−PCRを行うこともできる。
PCR反応、RT−PCR反応は、基本的には公知の方法に従うことができる。それらの反応条件も公知の方法に準じて適宜決定することができ、特に異なるものではない。具体的には、後記実施例に示す条件を好ましく採用できる。
検出も、基本的には常法に従って、例えばアルゴンレーザ光をPCR反応液に照射し、放射される蛍光をCCDカメラを用いて検出することにより行うことができる。
本発明方法の実施によって、P450分子種の遺伝子を容易且つ迅速に、しかも各分子種毎に区別して測定、検出することができる。
P450分子種の検出および定量用キット
本発明は更に、上記方法の実施のためのキットをも提供する。このキットは上記プライマー対およびプローブを含んでなる。本発明キットには、対照として使用することのできる既知の核酸、該核酸を測定するためのプライマー対およびプローブを更に含んでいてもよい。
本発明方法によれば、P450をその分子種毎に分別して検出および定量することができる。しかも本発明方法によれば、P450の各分子種を迅速に、精度よく定量することができる。従って、本発明方法の利用によって、新薬の他剤との相互作用、配合禁忌などに関連するヒトの基礎データーを効率よく得ることができる。
発明を実施するための最良の形態
以下、本発明を更に詳しく説明するため試験例および実施例を挙げる。
試験例1 リアルタイム検出法による検量線の作成
(1)試験方法
本試験で採用したリアルタイムワンステップRT−PCR法は、96ウエルを用いて、最大96の異なった反応を同時に実施して、一度に最大96の検体を測定できるものである。また、1チューブ内でRT反応とPCR反応とを行うことができる。
本定量の原理は、隣接した2種類の蛍光色素を用いて、一方の色素(リポーター色素)の蛍光波長と他方の色素(クエンチャー色素)の励起光波長との間で、波長領域が重なる場合に生じるFRETを利用したものである。FRETを生じる2種の蛍光色素を両末端に結合させたプローブ(TaqMan probe)がPCRで増幅した特定のP450分子種由来のcDNAにハイブリダイゼーションし、この状態でPCRの伸長反応が始まり、TaqDNAポリメラーゼの有する5’−3’エンドヌクレアーゼ活性によってTaqManプローブが加水分解され、リポーター色素が脱離し、クエンチャー色素との間に物理的距離が生じ、FRETによって抑制されていたリポーター色素の蛍光強度が増加し、この蛍光強度の増加はPCRの増幅産物の増加量に比例するため、これをPCR反応毎に測定することによって、所望のcDNAの定量が可能となる。
本試験では、プローブの5’末端側にリポーター色素としてFAMを、3’末端側にクエンチャー色素としてTAMRAを結合させて使用した。これら各色素の結合およびこれによるTaqManプローブの作成は、文献に記載の方法(Genome Res.,6(10),986(1996))に従って行った。
また、各プライマーおよびプローブとしてのオリゴヌクレオチドは、自動シンセサイザーとしてABI社製のDNA/RNA合成機を利用して、基質(dNTP)および規定の試薬を用いて合成した。
検体RNAとしては、CYP4B1およびCYP2F1を肺から、CYP1B1を小腸から、CYP3A7を胎児の肝臓プールから、CYP4F8を前立腺から、CYP19を胎盤から、CYP11B1,CYP11B2およびCYP17を副腎から、それぞれ単離し精製して全RNAの形態で利用した。その他の分子種の場合は、成人肝臓プールから精製した全RNAを検体として利用した。尚、これらの全RNAは、いずれもクローンテック社(Clontech Laboratories,Inc.)より購入した。
全RNAは、RNaseフリーの水で希釈し、20μg/mLに調製した。以後は、50μg/mLのイーストtRNA(Yeast tRNA,GIBCO社製)を用いて、5倍公比で希釈した。測定には5μLを使用した。
RT−PCR反応は、300nMフォーワードプライマー、900nMリバースプライマーおよび200nM TaqManプローブを含むTaqMan One−Step RT−PCR Master Mix Reagents Kit(PE Applied Biosystems)を用いて、50μL/チューブの系で、ABI PRISMTM7700 Sequence Detection System(PE Applied Biosystems)を利用して実施した。
PCR条件としては、48℃で30分間、95℃で10分間で保温した後、95℃で15秒間、60℃で1分間のサイクルを50回行う条件を採用し、各サイクルごとに蛍光強度を測定した。
下記表1に示す各分子種に対して各配列番号に示される配列のプライマー対およびプローブを用いて行った上記試験の結果(検量線)を表2に示す。
表2より、100000pg全RNA/50μL反応液量から5倍公比で希釈された検量線を作成したところ、CYP3A4については、1.28pg全RNA/50μL反応液量まで定量性を有しており、他の分子種についても1.28pgから4000pg全RNAを定量限界とした検量線の相関係数(r)は0.99以上であった。但し、CYP4A11のみ0.96であった。
試験例2 設計したプライマーおよびプローブのセットについてのP450分子
種特異性の確認
(1)試験方法
この試験は、本発明方法によってP450の各分子種を特異的に分別できることを明らかにするためのものであり、以下の通り実施した。即ち、副腎、肝臓、胎児肝臓、小腸、腎臓、肺、脳、前立腺、精巣、子宮および胎盤の各組織でのP450の各分子種の発現を、試験例1と同様にして、本発明方法によって調べ、得られた結果を、文献に報告されている結果と対比した。
尚、内部標準としてはGAPDH(グリセロアルデヒド−3−リン酸デハイドロゲナーゼ,glyceraldehyde−3−phosphate dehydrogenase)を用い、試験はtriplicate(3回繰り返し)にて行った。
各組織の全RNAプールは、クローンテック社より購入した。
全RNAの濃度は、検量線の作成のために用いた組織においては20000pg全RNA/50μL反応液量とし、その他は100000pg全RNA/50μL反応液量とした。
結果を下記表3および表4に示す。尚、各表には各全RNAの由来の特徴(プール人数、年齢、性別、人種、死亡原因)を併記する。表中、「ND」は定量限界以下であることを示す。
各表の結果を、下記文献1−5に報告されている従来の方法に従って得られた各結果と対比したところ、ほぼ相関するものであることが明らかとなった。また、文献では見つからなかった分子種についても本発明方法によって検出でき、その結果は、それぞれ組織特異的な発現パターンを示し、他の分子種とのパターンの重複は認められず、このことから、本発明方法によればP450分子種を分別定量できることが明きらかとなった。
文献1;Drug Metabolism and Disposition 27,804−809(1999)
文献2;Exp.Toxic.Pathol.,51,412−417(1999)
文献3;Biochemical Pharmacology,52,379−383(1996)
文献4;Biochemical Pharmacology,57,1407−1413(1999)
文献5;Pharmacology & Therapeutics,84,429−445(1999)
産業上の利用可能性
本発明によれば、ヒトP450の分子種を同一PCR反応条件下にリアルタイムで簡便且つ迅速にしかも分別して検出、定量する方法および該方法に利用されるプローブおよびプライマー対が提供される。本発明方法は、臨床分野、医薬品分野において有益である。
【配列表】
Claims (6)
- 下記(1)−(35)に示される、リアルタイムRT−PCR法に用いられるフォワードプライマーとリバースプライマーとのプライマー対およびプローブのセットの少なくとも1つを含むヒトチトクロムP450分子種の検出および定量用キット:
(1)プライマー対;CYP1A1遺伝子の589−610領域に特異的にハイブリダイズする塩基数22のオリゴヌクレオチドおよび685−664領域に特異的にハイブリダイズする塩基数22のオリゴヌクレオチド、プローブ;616−641領域に特異的にハイブリダイズする塩基数26のオリゴヌクレオチド、
(2)プライマー対;CYP1A2遺伝子の860−880領域に特異的にハイブリダイズする塩基数21のオリゴヌクレオチドおよび951−931領域に特異的にハイブリダイズする塩基数21のオリゴヌクレオチド、プローブ;884−909領域に特異的にハイブリダイズする塩基数26のオリゴヌクレオチド、
(3)プライマー対;CYP1B1遺伝子の1155−1174領域に特異的にハイブリダイズする塩基数20のオリゴヌクレオチドおよび1228−1207領域に特異的にハイブリダイズする塩基数22のオリゴヌクレオチド、プローブ;1176−1203領域に特異的にハイブリダイズする塩基数28のオリゴヌクレオチド、
(4)プライマー対;CYP2A6/7遺伝子の173−193領域に特異的にハイブリダイズする塩基数21のオリゴヌクレオチドおよび254−236領域に特異的にハイブリダイズする塩基数19のオリゴヌクレオチド、プローブ;195−218領域に特異的にハイブリダイズする塩基数24のオリゴヌクレオチド、
(5)プライマー対;CYP2A6遺伝子の20−48領域に特異的にハイブリダイズする塩基数19のオリゴヌクレオチドおよび171−146領域に特異的にハイブリダイズする塩基数26のオリゴヌクレオチド、プローブ;40−69領域に特異的にハイブリダイズする塩基数30のオリゴヌクレオチド、
(6)プライマー対;CYP2A7遺伝子の861−884領域に特異的にハイブリダイズする塩基数24のオリゴヌクレオチドおよび1000−978領域に特異的にハイブリダイズする塩基数23のオリゴヌクレオチド、プローブ;889−913領域に特異的にハイブリダイズする塩基数25のオリゴヌクレオチド、
(7)プライマー対;CYP2B6遺伝子の513−531領域に特異的にハイブリダイズする塩基数19のオリゴヌクレオチドおよび587−564領域に特異的にハイブリダイズする塩基数24のオリゴヌクレオチド、プローブ;533−560領域に特異的にハイブリダイズする塩基数28のオリゴヌクレオチド、
(8)プライマー対;CYP2C8遺伝子の352−372領域に特異的にハイブリダイズする塩基数21のオリゴヌクレオチドおよび425−407領域に特異的にハイブリダイズする塩基数19のオリゴヌクレオチド、プローブ;375−400領域に特異的にハイブリダイズする塩基数26のオリゴヌクレオチド、
(9)プライマー対;CYP2C9遺伝子の659−682領域に特異的にハイブリダイズする塩基数24のオリゴヌクレオチドおよび937−915領域に特異的にハイブリダイズする塩基数23のオリゴヌクレオチド、プローブ;913−888領域に特異的にハイブリダイズする塩基数26のオリゴヌクレオチド、
(10)プライマー対;CYP2C18遺伝子の1394−1414領域に特異的にハイブリダイズする塩基数21のオリゴヌクレオチドおよび1473−1451領域に特異的にハイブリダイズする塩基数23のオリゴヌクレオチド、プローブ;1420−1444領域に特異的にハイブリダイズする塩基数25のオリゴヌクレオチド、
(11)プライマー対;CYP2C19遺伝子の858−880領域に特異的にハイブリダイズする塩基数23のオリゴヌクレオチドおよび943−921領域に特異的にハイブリダイズする塩基数23のオリゴヌクレオチド、プローブ;913−887領域に特異的にハイブリダイズする塩基数27のオリゴヌクレオチド、
(12)プライマー対;CYP2D6遺伝子の720−740領域に特異的にハイブリダイズする塩基数21のオリゴヌクレオチドおよび912−891領域に特異的にハイブリダイズする塩基数22のオリゴヌクレオチド、プローブ;748−775領域に特異的にハイブリダイズする塩基数28のオリゴヌクレオチド、
(13)プライマー対;CYP2E1遺伝子の1070−1088領域に特異的にハイブリダイズする塩基数19のオリゴヌクレオチドおよび1146−1123領域に特異的にハイブリダイズする塩基数24のオリゴヌクレオチド、プローブ;1096−1117領域に特異的にハイブリダイズする塩基数22のオリゴヌクレオチド、
(14)プライマー対;CYP2F1遺伝子の585−606領域に特異的にハイブリダイズする塩基数22のオリゴヌクレオチドおよび744−723領域に特異的にハイブリダイズする塩基数22のオリゴヌクレオチド、プローブ;608−635領域に特異的にハイブリダイズする塩基数28のオリゴヌクレオチド、
(15)プライマー対;CYP2J2遺伝子の460−482領域に特異的にハイブリダイズする塩基数23のオリゴヌクレオチドおよび592−571領域に特異的にハイブリダイズする塩基数22のオリゴヌクレオチド、プローブ;485−508領域に特異的にハイブリダイズする塩基数24のオリゴヌクレオチド、
(16)プライマー対;CYP3A3/4遺伝子の850−872領域に特異的にハイブリダイズする塩基数23のオリゴヌクレオチドおよび1014−993領域に特異的にハイブリダイズする塩基数22のオリゴヌクレオチド、プローブ;876−905領域に特異的にハイブリダイズする塩基数30のオリゴヌクレオチド、
(17)プライマー対;CYP3A4遺伝子の825−854領域に特異的にハイブリダイズする塩基数30のオリゴヌクレオチドおよび973−948領域に特異的にハイブリダイズする塩基数26のオリゴヌクレオチド、プローブ;946−918領域に特異的にハイブリダイズする塩基数29のオリゴヌクレオチド、
(18)プライマー対;CYP3A5遺伝子の684−705領域に特異的にハイブリダイズする塩基数22のオリゴヌクレオチドおよび881−859領域に特異的にハイブリダイズする塩基数23のオリゴヌクレオチド、プローブ;850−822領域に特異的にハイブリダイズする塩基数29のオリゴヌクレオチド、
(19)プライマー対;CYP3A7遺伝子の684−705領域に特異的にハイブリダイズする塩基数22のオリゴヌクレオチドおよび881−859領域に特異的にハイブリダイズする塩基数23のオリゴヌクレオチド、プローブ;850−819領域に特異的にハイブリダイズする塩基数32のオリゴヌクレオチド、
(20)プライマー対;CYP4A11遺伝子の640−663領域に特異的にハイブリダイズする塩基数24のオリゴヌクレオチドおよび805−784領域に特異的にハイブリダイズする塩基数22のオリゴヌクレオチド、プローブ;666−691領域に特異的にハイブリダイズする塩基数26のオリゴヌクレオチド、
(21)プライマー対;CYP4B1遺伝子の974−995領域に特異的にハイブリダイズする塩基数22のオリゴヌクレオチドおよび1081−1061領域に特異的にハイブリダイズする塩基数21のオリゴヌクレオチド、プローブ;997−1024領域に特異的にハイブリダイズする塩基数28のオリゴヌクレオチド、
(22)プライマー対;CYP4F2遺伝子の1092−1113領域に特異的にハイブリダイズする塩基数22のオリゴヌクレオチドおよび1276−1256領域に特異的にハイブリダイズする塩基数21のオリゴヌクレオチド、プローブ;1182−1205領域に特異的にハイブリダイズする塩基数24のオリゴヌクレオチド、
(23)プライマー対;CYP4F3遺伝子の1073−1094領域に特異的にハイブリダイズする塩基数22のオリゴヌクレオチドおよび1267−1246領域に特異的にハイブリダイズする塩基数22のオリゴヌクレオチド、プローブ;1188−1212領域に特異的にハイブリダイズする塩基数25のオリゴヌクレオチド、
(24)プライマー対;CYP4F8遺伝子の1278−1299領域に特異的にハイブリダイズする塩基数22のオリゴヌクレオチドおよび1390−1371領域に特異的にハイブリダイズする塩基数20のオリゴヌクレオチド、プローブ;1341−1370領域に特異的にハイブリダイズする塩基数30のオリゴヌクレオチド、
(25)プライマー対;CYP11B1遺伝子の1158−1179領域に特異的にハイブリダイズする塩基数22のオリゴヌクレオチドおよび1415−1396領域に特異的にハイブリダイズする塩基数20のオリゴヌクレオチド、プローブ;1209−1234領域に特異的にハイブリダイズする塩基数26のオリゴヌクレオチド、
(26)プライマー対;CYP11B2遺伝子の1167−1189領域に特異的にハイブリダイズする塩基数23のオリゴヌクレオチドおよび1429−1407領域に特異的にハイブリダイズする塩基数23のオリゴヌクレオチド、プローブ;1209−1239領域に特異的にハイブリダイズする塩基数31のオリゴヌクレオチド、
(27)プライマー対;CYP17遺伝子の1200−1221領域に特異的にハイブリダイズする塩基数22のオリゴヌクレオチドおよび1294−1272領域に特異的にハイブリダイズする塩基数23のオリゴヌクレオチド、プローブ;1230−1255領域に特異的にハイブリダイズする塩基数26のオリゴヌクレオチド、
(28)プライマー対;CYP19遺伝子の414−435領域に特異的にハイブリダイズする塩基数22のオリゴヌクレオチドおよび487−467領域に特異的にハイブリダイズする塩基数21のオリゴヌクレオチド、プローブ;437−465領域に特異的にハイブリダイズする塩基数29のオリゴヌクレオチド、
(29)プライマー対;CYP27遺伝子の171−193領域に特異的にハイブリダイズする塩基数23のオリゴヌクレオチドおよび292−271領域に特異的にハイブリダイズする塩基数22のオリゴヌクレオチド、プローブ;197−224領域に特異的にハイブリダイズする塩基数28のオリゴヌクレオチド、
(30)プライマー対;CYP1B1遺伝子の766−783領域に特異的にハイブリダイズする塩基数18のオリゴヌクレオチドおよび961−941領域に特異的にハイブリダイズする塩基数21のオリゴヌクレオチド、プローブ;785−812領域に特異的にハイブリダイズする塩基数28のオリゴヌクレオチド、
(31)プライマー対;CYP2B6遺伝子の1146−1168領域に特異的にハイブリダイズする塩基数23のオリゴヌクレオチドおよび1228−1207領域に特異的にハイブリダイズする塩基数22のオリゴヌクレオチド、プローブ;1175−1202領域に特異的にハイブリダイズする塩基数28のオリゴヌクレオチド、
(32)プライマー対;CYP2C8遺伝子の783−804領域に特異的にハイブリダイズする塩基数22のオリゴヌクレオチドおよび926−905領域に特異的にハイブリダイズする塩基数22のオリゴヌクレオチド、プローブ;863−894領域に特異的にハイブリダイズする塩基数32のオリゴヌクレオチド、
(33)プライマー対;CYP2C9遺伝子の766−789領域に特異的にハイブリダイズする塩基数24のオリゴヌクレオチドおよび910−891領域に特異的にハイブリダイズする塩基数20のオリゴヌクレオチド、プローブ;863−890領域に特異的にハイブリダイズする塩基数28のオリゴヌクレオチド、
(34)プライマー対;CYP2C19遺伝子の748−769領域に特異的にハイブリダイズする塩基数22のオリゴヌクレオチドおよび943−922領域に特異的にハイブリダイズする塩基数22のオリゴヌクレオチド、プローブ;863−894領域に特異的にハイブリダイズする塩基数32のオリゴヌクレオチド、
(35)プライマー対;CYP4A11遺伝子の209−230領域に特異的にハイブリダイズする塩基数22のオリゴヌクレオチドおよび288−268領域に特異的にハイブリダイズする塩基数21のオリゴヌクレオチド、プローブ;241−266領域に特異的にハイブリダイズする塩基数26のオリゴヌクレオチド、
(但し、上記オリゴヌクレオチドは、48℃で30分間、95℃で10分間保温後、1サイクル95℃で15秒間、60℃で1分間の条件でRT−PCRした時に、上記ハイブリダイズするものである。)。 - 下記(1)−(35)から選ばれるプライマー対とプローブとのセットの少なくとも1つを含む請求項1に記載のキット:
(1)配列番号36および37に示される配列からなるプライマー対と、配列番号1に示される配列からなるプローブとのセット
(2)配列番号38および39に示される配列からなるプライマー対と、配列番号2に示される配列からなるプローブとのセット
(3)配列番号40および41に示される配列からなるプライマー対と、配列番号3に示される配列からなるプローブとのセット
(4)配列番号42および43に示される配列からなるプライマー対と、配列番号4に示される配列からなるプローブとのセット
(5)配列番号44および45に示される配列からなるプライマー対と、配列番号5に示される配列からなるプローブとのセット
(6)配列番号46および47に示される配列からなるプライマー対と、配列番号6に示される配列からなるプローブとのセット
(7)配列番号48および49に示される配列からなるプライマー対と、配列番号7に示される配列からなるプローブとのセット
(8)配列番号50および51に示される配列からなるプライマー対と、配列番号8に示される配列からなるプローブとのセット
(9)配列番号52および53に示される配列からなるプライマー対と、配列番号9に示される配列からなるプローブとのセット
(10)配列番号54および55に示される配列からなるプライマー対と、配列番号10に示される配列からなるプローブとのセット
(11)配列番号56および57に示される配列からなるプライマー対と、配列番号11に示される配列からなるプローブとのセット
(12)配列番号58および59に示される配列からなるプライマー対と、配列番号12に示される配列からなるプローブとのセット
(13)配列番号60および61に示される配列からなるプライマー対と、配列番号13に示される配列からなるプローブとのセット
(14)配列番号62および63に示される配列からなるプライマー対と、配列番号14に示される配列からなるプローブとのセット
(15)配列番号64および65に示される配列からなるプライマー対と、配列番号15に示される配列からなるプローブとのセット
(16)配列番号66および67に示される配列からなるプライマー対と、配列番号16に示される配列からなるプローブとのセット
(17)配列番号68および69に示される配列からなるプライマー対と、配列番号17に示される配列からなるプローブとのセット
(18)配列番号70および71に示される配列からなるプライマー対と、配列番号18に示される配列からなるプローブとのセット
(19)配列番号72および73に示される配列からなるプライマー対と、配列番号19に示される配列からなるプローブとのセット
(20)配列番号74および75に示される配列からなるプライマー対と、配列番号20に示される配列からなるプローブとのセット
(21)配列番号76および77に示される配列からなるプライマー対と、配列番号21に示される配列からなるプローブとのセット
(22)配列番号78および79に示される配列からなるプライマー対と、配列番号22に示される配列からなるプローブとのセット
(23)配列番号80および81に示される配列からなるプライマー対と、配列番号23に示される配列からなるプローブとのセット
(24)配列番号82および83に示される配列からなるプライマー対と、配列番号24に示される配列からなるプローブとのセット
(25)配列番号84および85に示される配列からなるプライマー対と、配列番号25に示される配列からなるプローブとのセット
(26)配列番号86および87に示される配列からなるプライマー対と、配列番号26に示される配列からなるプローブとのセット
(27)配列番号88および89に示される配列からなるプライマー対と、配列番号27に示される配列からなるプローブとのセット
(28)配列番号90および91に示される配列からなるプライマー対と、配列番号28に示される配列からなるプローブとのセット
(29)配列番号92および93に示される配列からなるプライマー対と、配列番号29に示される配列からなるプローブとのセット
(30)配列番号94および95に示される配列からなるプライマー対と、配列番号30に示される配列からなるプローブとのセット
(31)配列番号96および97に示される配列からなるプライマー対と、配列番号31に示される配列からなるプローブとのセット
(32)配列番号98および99に示される配列からなるプライマー対と、配列番号32に示される配列からなるプローブとのセット
(33)配列番号100および101に示される配列からなるプライマー対と、配列番号33に示される配列からなるプローブとのセット
(34)配列番号102および103に示される配列からなるプライマー対と、配列番号34に示される配列からなるプローブとのセット
(35)配列番号104および105に示される配列からなるプライマー対と、配列番号35に示される配列からなるプローブとのセット。 - プローブが、更にリポーター色素とクエンチャー色素とを結合させたものである請求項1または2に記載のキット。
- (1)−(35)に示されるセットが、それぞれ以下のP450分子種の検出および定量用である請求項1乃至3のいずれかに記載のキット:
(1)のセット;CYP1A1
(2)のセット;CYP1A2
(3)および(30)のセット;CYP1B1
(4)のセット;CYP2A6/7
(5)のセット;CYP2A6
(6)のセット;CYP2A7
(7)および(31)のセット;CYP2B6
(8)および(32)のセット;CYP2C8
(9)および(33)のセット;CYP2C9
(10)のセット;CYP2C18
(11)および(34)のセット;CYP2C19
(12)のセット;CYP2D6
(13)のセット;CYP2E1
(14)のセット;CYP2F1
(15)のセット;CYP2J2
(16)のセット;CYP3A3/4
(17)のセット;CYP3A4
(18)のセット;CYP3A5
(19)のセット;CYP3A7
(20)および(35)のセット;CYP4A11
(21)のセット;CYP4B1
(22)のセット;CYP4F2
(23)のセット;CYP4F3
(24)のセット;CYP4F8
(25)のセット;CYP11B1
(26)のセット;CYP11B2
(27)のセット;CYP17
(28)のセット;CYP19
(29)のセット;CYP27。 - (a)ヒトチトクロムP450遺伝子を含む検体を調製する工程、
(b)上記検体について、請求項1〜4のいずれかに記載の(1)〜(35)に示されるプライマー対とプローブとのセットの少なくとも1つを含むキットを用いてリアルタイムRT−PCR反応を行って検体中のヒトチトクロムP450分子種をコードする遺伝子を増幅させる工程、および
(c)上記リアルタイムRT−PCR反応の間に加水分解されるプローブを検出および測定する工程
を含むことを特徴とするヒトチトクロムP450分子種の検出および定量方法。 - 加水分解されるプローブの検出および測定が、励起光照射による蛍光の発色程度の検出および測定によりなされる請求項5に記載の方法。
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