JP3921047B2 - ハイブリダイゼーション反応装置及びハイブリダイゼーション方法 - Google Patents
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Description
【発明の属する技術分野】
本発明は、DNAプローブとサンプルとのハイブリダイゼーション反応、あるいはその後の洗浄を行うための装置及び方法に関する。
【0002】
【従来の技術】
分子生物学や生化学の分野では、有用な遺伝子の探索や病気の診断などのために生体内の核酸や蛋白質などの生体高分子を同定・分画することが行われ、その際の前処理として、既知の配列をもつ核酸や蛋白質等の生体高分子(以下、プローブという)と試料中の蛍光標識されたターゲット分子とをハイブリダイズさせるハイブリダイゼーション反応が多用されている。従来のハイブリダイゼーション反応は、表面が平坦な矩型ガラスから成る支持体上にプローブを固定し、その上からターゲットを含むハイブリダイゼーション反応溶液を滴下してカバーガラスをのせ、一定時間恒温槽に放置する方法で行っていた。また、反応後は支持体を恒温槽から取りだした後、洗浄溶液中で1時間以上静置または振とうし、支持体表面上の未反応のターゲットを洗い落としていた。プローブ及びターゲットはいずれも生体物質であり、具体的にはDNA又はRNAである。DNAとRNAとのハイブリダイゼーションの場合もある。また、支持体上にターゲットを固定し、ハイブリダイゼーション反応溶液中の蛍光標識したプローブとハイブリダイゼーション反応させる場合もある。
【0003】
【本発明が解決しようとする課題】
従来の方法でのハイブリダイゼーション反応は、反応に一晩(例えば15時間以上)と非常に長時間を要する。また、その後の洗浄操作は、支持体を恒温槽から取りだして行う必要があり、手間がかかり煩雑である。
本発明は、このようなハイブリダイゼーション反応の現状に鑑み、反応効率を高めて反応時間を短縮することのできるハイブリダイゼーション反応装置を提供することを目的とする。
【0004】
また、本発明は、装置から支持体を取り出すことなくハイブリダイゼーション反応からその後の洗浄操作までを一貫して行い、操作を簡略化することのできるハイブリダイゼーション反応装置及びハイブリダイゼーション方法を提供することを目的とする。
【0005】
【課題を解決するための手段】
前記目的を達成するために、本発明では、DNA等の生体物質が固定化された支持体を入れるケースと、このケースに反応溶液や洗浄溶液を注入、排出するためのポンプと、反応を効率化するための溶液の攪拌機構と、反応中の温度を制御する恒温槽を備える装置を用いる。また、生体物質を固定する支持体として、中心に穴を持つ円盤型支持体を用い、ハイブリダイゼーション反応あるいは反応後の洗浄の際、反応溶液や洗浄液を攪拌し、反応時間あるいは洗浄時間の短縮を図る。
【0006】
すなわち、本発明によるハイブリダイゼーション反応装置は、支持体に固定化された生体物質と溶液中の生体物質とのハイブリダイゼーション反応を行わせるハイブリダイゼーション反応装置において、生体物質が固定化された支持体を収容する容器と、容器に溶液を注入する手段と、容器から溶液を排出する手段と、容器内に注入した溶液を撹拌する攪拌手段とを含むことを特徴とする。
【0007】
支持体は中央に穴を有する円形の支持体とすることができ、そのとき攪拌手段は支持体の中央の穴に配置された攪拌子を回転駆動する手段とすればよい。攪拌手段は、また、容器を一方向とその逆方向に反復して傾斜させる手段(振とう機)とすることができる。あるいは、容器に取り付けられた攪拌用羽根と攪拌用羽根を回転させる手段とによって攪拌手段を構成してもよい。
【0008】
容器は装置本体から着脱可能とする。
また、容器に溶液を注入する手段は、反応溶液と洗浄溶液とを選択する溶液選択弁と、溶液選択弁で選択された溶液を容器に送る注入ポンプとを備えることができる。
【0009】
本発明によるハイブリダイゼーション方法は、支持体に固定化された生体物質と溶液中の生体物質とのハイブリダイゼーション反応を行わせるハイブリダイゼーション方法において、生体物質が固定化された支持体を収容した容器に生体物質を含有する溶液を注入し、容器中の溶液を攪拌しながらハイブリダイゼーション反応を行わせることを特徴とする。
【0010】
また、本発明によるハイブリダイゼーション方法は、支持体に固定化された生体物質と溶液中の生体物質とのハイブリダイゼーション反応を行わせるハイブリダイゼーション方法において、生体物質が固定化された支持体を収容した容器に、生体物質を含有する溶液と、生体物質を含有する溶液と混合せず当該溶液より比重の軽い液体とを注入し、生体物質を含有する溶液と前記比重の軽い液体とが層分離した状態で攪拌しながらハイブリダイゼーション反応を行わせることを特徴とする。この方法によると容器内に注入する反応溶液の量を抑えることができる。
【0011】
【発明の実施の形態】
以下、本発明を実施する場合の一形態を図面を参照して具体的に説明する。ここでは支持体上に固定したDNAプローブと、標識したDNAターゲットとをハイブリダイゼーション反応させる場合を例にとって説明するが、プローブとターゲットの組み合わせはこれに限られない。また、以下では具体的数値を挙げて説明する場合があるが、これは発明の理解を容易にするための単なる一例として述べるものであり、本発明がそれらの具体的数値によって限定されることを意味するものではない。
【0012】
図1は、本発明によるハイブリダイゼーション反応装置の一例を示す断面模式図である。このハイブリダイゼーション反応装置は、プローブが固定化された支持体を収納するケース3、反応中、支持体及び反応溶液を一定温度に維持するための恒温槽4、ケース3中に置かれた撹拌子2を回転させるためのスターラ5、ケース3内に溶液を注入するための溶液注入部、ケース3内の溶液を排出するための溶液排出部、装置の各部をハイブリダイゼーション反応及びその後の洗浄の各段階に応じて制御するための制御部(制御用PC)50を備える。ケース3及びスターラ5は、熱源およびその制御部からなる温度コントローラ16によって一定温度に維持される恒温槽4中に配置されている。
【0013】
溶液注入部は、反応溶液だめ7及び洗浄溶液だめ8を選択する溶液選択弁20、溶液選択弁20によって選択された容器中の溶液をケース内に注入するための注入用ポンプ6、及び容器7,8と溶液選択弁20の間、溶液選択弁20と注入用ポンプ6の間、注入用ポンプ6とケース3の溶液注入口との間を接続する配管を備える。溶液排出部は、ケース3の溶液注入口から溶液を排出するための排出用ポンプ22及び排液だめ9を備える。また、制御部50は、予めプログラムされた手順に従って溶液選択弁20、注入用ポンプ6、排出用ポンプ22、後述する注入弁ユニット15及び排出弁ユニット21、温度コントローラ16、スターラ5を制御する。反応溶液は、有機溶媒としてのSSCと、界面活性剤としてのSDSと、サンプルである標識したDNAターゲットと、水とで構成されている。
【0014】
図2はケース及び支持体の構造の一例を示す概略図であり、図2(a)は斜視図、図2(b)は断面図である。
支持体1は、一例として中心に直径25mmの穴を有する直径50mm、厚さ1mmのガラスプレートからなる円盤型支持体であり、上面に多数種類のプローブDNAが同心円状あるいは螺旋状のトラックに沿って固定化されている。
【0015】
ケース3は厚さ約1mmのポリカーボネート製で、直径70mm、高さ20mmの円形容器である。ケース3は上部に開閉可能な蓋を有し、蓋を取り外して円盤型支持体1や撹拌子2を出し入れすることができる。蓋26は、図3に示すように、縁に密閉用ゴム27を装着してケースを密閉できる構造になっている。円形ケース3には、その直径方向の一端に溶液注入口10が、他端に溶液排出口11が設けられている。溶液注入口10はケースの上方の位置に設けられ、溶液排出口11は容器内の溶液を完全に排出できるようにケースの下方位置に設けられている。ケース内を確実に密閉するため、この例では溶液注入口10をケースの上端から5mm下がった位置に設けた。また、溶液注入口10には注入弁ユニット15が、溶液排出口11には排出弁ユニット21が取り付けられる。
【0016】
ケース3は恒温槽2内から着脱自在で、図4に示すように、溶液注入口10と注入弁ユニット15の間、および溶液排出口11と排出弁ユニット21の間で取り外すことが出来る。
注入弁ユニット15及び排出弁ユニット21が、それぞれ開いている様子、閉じている様子を図5及び図6に示す。図5は注入弁ユニット15を示し、図6は排出弁ユニット21を示す。注入弁ユニット5及び排出弁ユニット21は、一例として、開閉を弁制御ユニット30から制御可能な電磁弁31、電磁弁が開いている時に、溶液の逆流を防ぐための逆流防止弁32から構成することができる。逆流防止弁32は、溶液の移動する方向にのみ可動で、逆流方向へは動くことができない。
【0017】
ケース3内に溶液を注入する様子を図7に示す。この時、注入弁ユニット15は開いている状態であり、排出弁ユニット21は閉じている状態である。一方、ケース3内の溶液を排出する様子を図8に示す。この時、注入弁ユニット15は閉じている状態であり、排出弁ユニット21は開いている状態である。注入弁ユニット15および排出弁ユニット21は、弁制御ユニット30を介して、制御部(制御用PC)50から制御される。
【0018】
本例の場合、ケース3内を充満するのに必要な溶液の量は約7.7mlになる。従来のハイブリダイゼーション反応溶液の量は約20μlであるため、従来と比べて必要な反応溶液の量は約400倍になるが、その分溶液の濃度を薄くして必要なサンプル量を従来と同じにした。また、円盤型支持体1を収容したケース3内の溶液を攪拌子2によって攪拌して反応効率を高める。攪拌子2は、一例として長さ20mmとした。
【0019】
この方法によると、サンプルは従来に比較して400倍に希釈されるが、その分、溶液の容量も増えるので溶液の攪拌が可能になり、攪拌することで溶液の希釈前より反応効率を上げることが可能になる。すなわち、反応溶液を適度に攪拌しながらハイブリダイゼーション反応を行わせることにより、攪拌による反応機会増大の効果がサンプルの希釈による反応機会減少の効果より大きくなるようにすることができる。また、サンプル容積が増えることで、チューブやポンプを含む送液系の採用が可能となり、実験操作を自動化することが可能となる。
【0020】
図9は、このハイブリダイゼーション反応装置を用いたハイブリダイゼーション反応及び洗浄操作の処理手順の概要を示すフローチャートである。
まず、DNAプローブが固定された支持体1をケース3に挿入し、ケース3を装置にセットする。具体的には、ケース3の蓋26をとり、ケース3内に生体物質が固定化された支持体1を挿入する。支持体1はケース3の中央部分に置くが、厳密に中央である必要はない。攪拌子2を使う場合は、支持体3の中央開口部に攪拌子2を置く。その後、ケースの蓋をして、ケース3を装置にセットする。この時、図4に示すように、ケース3の溶液注入口10および溶液排出口11を注入弁ユニット15および排出弁ユニット21から延びる装置内のチューブ28に挿入し、チューブ28とケース3を接続する。
【0021】
こうして準備作業が終わったら制御部50に反応開始を指示する。制御部50は、ステップ11において、反応溶液をケース内3に充填する操作を行う(ステップ11)。すなわち、制御部50は、溶液選択弁20によって反応溶液を選択し、反応溶液だめ7からDNAサンプルを含む反応溶液を注入用ポンプ6を用いてケース3内に注入する。このとき、図7に示すように、ケース3の注入弁ユニット15は開位置とされ、排出弁ユニット21は閉位置とされる。ケース3内に反応溶液が充満したら注入弁ユニット15を閉じ、ケースを密閉状態にする。
【0022】
次に、制御部50は、ステップ12において、恒温槽の温度コントローラ16をONにし、ケース3全体を加熱して反応温度を一定に保つ。反応温度はサンプルとなるターゲットDNAにもよるが、通常は50℃から65℃の間に設定されることが多い。そして、ステップ13に進んで、制御部50はケース3内の反応溶液を攪拌しながらハイブリダイゼーション反応を行わせる。具体的にはスターラー5の電源スイッチをONにして攪拌子2を回転させることで、ケース3内に充満した反応溶液12を攪拌する。
【0023】
図10は、ケース3内でのハイブリダイゼーション反応の様子を示す図である。支持体1上に固定されたプローブDNA14は、反応溶液12中のターゲットDNA29と塩基配列が相補的な場合のみ、ターゲットDNA29と反応し結合する。この時、反応溶液12の攪拌によって反応溶液中のターゲットDNA29と円盤型支持体1上のプローブDNA14との反応機会が増え、反応効率が高くなる。これにより、ハイブリダイゼーション反応に要する時間の短縮が可能となる。ただし、攪拌子2の回転速度が速すぎると、反応効率が逆に低下したり、ケース内の反応溶液が均一に攪拌できなくなって支持体1上で反応効率にむらが発生する恐れがあるので、ここでは回転子2の回転速度を1rpsとした。本発明によって、従来15時間以上かかっていた反応時間を、約5時間に短縮することができた。
【0024】
反応が終了すると、ステップ14に進んで、制御部50は恒温槽の温度コントローラ16をOFFにする。その後、ステップ15において、制御部50は排出用ポンプ22を用いて反応溶液12をケース3から廃液だめ9に排出する。この時、図8に示すように、ケース3内の注入弁ユニット15は閉位置に制御し、排出弁ユニット21は開位置に制御する。注入弁ユニット15と排出弁ユニット21を操作することで、確実にケース3内の溶液を排出することが可能である。
【0025】
反応溶液の排出が終了すると、ステップ16に進み、制御部50は溶液選択弁20によって洗浄溶液だめ8側を選択し、注入用ポンプ6により洗浄溶液をケース3内に注入し、ケース3内に充填する。この時、図7に示すように、注入弁ユニット15は開位置に制御し、排出弁ユニット21は閉位置に制御する。ただし、洗浄溶液の注入開始時に短時間、排出弁ユニット21も開位置に制御し、洗浄液を流通させるようにしてもよい。洗浄溶液がケース3内に充填したら注入弁ユニット21を閉じ、ステップ17に進んで、制御部50はハイブリダイゼーション反応の時と同様にスターラー5に駆動信号を与え、洗浄溶液を攪拌して支持体を洗浄する。
【0026】
図11は、ケース3内での支持体1の洗浄の様子を示す図である。反応溶液の排出によって反応溶液中のターゲットDNAも排出されるが、プローブDNA14とのハイブリダイゼーションによらずに支持体1上に付着して残ったターゲットDNAを、その後の洗浄操作によって洗い流している。反応溶液の注入と同様に、洗浄溶液13をケース内に注入して支持体1上の洗浄を行う。洗浄操作は確実に行う必要があるので、何回か繰り返して行う。攪拌子2を用いた洗浄溶液13の撹拌によって短時間での洗浄が可能になる。
【0027】
洗浄が終わるとステップ18に進み、制御部50は、図8に示すように、ケース3内の注入弁ユニット15を閉位置に、排出弁ユニット21を開位置に制御して洗浄溶液13を排出する。ここでは、洗浄溶液13に0.2×SSC/0.1%SDS溶液を用い、確実に支持体表面を洗浄するために、回転子(攪拌子)2の回転速度を2rpsとして10分間の洗浄操作を繰返し3回行った。
【0028】
その後、ハイブリダイゼーション反応の終了した支持体をケースから取り出し、図示しない検出装置にセットして反応結果の検出を行う。以上の方法によるハイブリダイゼーション反応は、従来法と比べて、反応時間および洗浄時間を短縮できる、反応から洗浄までを自動化することができる、といった利点がある。
【0029】
図12は、本発明によるハイブリダイゼーション反応装置の他の例を示す断面模式図である。図12において、図1と同じ部分には図1と同じ符号を付し、詳細な説明を省略する。
図1に示した反応装置は撹拌子で反応溶液を撹拌して反応効率を高めることによって反応時間の短縮を図ったが、図12に示す反応装置はケース3を振とうすることによって反応溶液を攪拌し、それによって反応効率を高めて反応時間の短縮を図るものである。ここで、振とうとは、シーソー運動と同じように、中心を支点に上下に振ることをいう。図12に示したハイブリダイゼーション反応装置は、スターラー5に代えて振とう機を備えた点で図1に示したハイブリダイゼーション反応装置と異なっている。
【0030】
振とう機17は、ケース3を載せる台17aと、振とう機本体17bとからなる。振とう機本体17bは、台17aを中心で支えながら、台17aの両端を交互に上下さる構造を有し、ケース3全体をシーソー運動と同じ動きで振とうし、ケース3内の反応溶液12を攪拌するものである。振とうによる攪拌の場合、振とうの速度が速すぎると反応効率が逆に低下する恐れがあるので、ケース3の最も高速に動く位置でみて1cmの距離を2秒で傾く速さで振とうを行った。振とう機17bのON/OFF、振とうの周期、振幅は制御部50から制御することができる。装置内に設置されるケース3は、図4に示すように、ケース3の振とう動作を妨げない十分な長さを有するチューブ28によって装置の配管系と接続される。
【0031】
このハイブリダイゼーション反応装置を用いたハイブリダイゼーション反応及び洗浄操作の処理手順は、図9にて説明した処理手順とほぼ同じである。ただし、ステップ13における反応溶液の撹拌及びステップ17における洗浄溶液の撹拌の際にスターラー5の代わりに振とう機17を作動させる。
【0032】
図13は、本発明によるハイブリダイゼーション反応装置の更に他の例を示す断面模式図である。図13において、図1と同じ部分には図1と同じ符号を付し、詳細な説明を省略する。
図13に示すハイブリダイゼーション反応装置はケース3の蓋26に攪拌用羽根23を備え、羽根23の回転によって反応溶液を撹拌し、それによって反応効率を高めて反応時間の短縮を図るものである。回転モーターの電源、制御用のI/Oケーブルは一つにまとめられ、I/Oケーブルは制御部50につながっている。
【0033】
図14は支持体を収容したケースの斜視図、図15は羽根が付設された蓋の詳細図である。攪拌用羽根23は、一例として長さを20mm、高さを3mmとした。攪拌用羽根23は、回転軸25に固定されてケースの蓋26に回転自在に設けられている。ケース3を装置内に設置するとき、ケース3の蓋26から突出している回転軸25を、装置内に設置された回転モータ19と接続する。回転モータ19によって回転軸25が回転されると、回転軸25に固定された攪拌用羽根23が回転されて反応溶液12が攪拌される。回転モータ19は制御部50によって制御される。攪拌用羽根23の回転速度が速すぎると、反応溶液が長時間安定して撹拌されず、また反応効率が逆に低下する恐れがあるので、ここでは回転速度を1rpsとした。
【0034】
このハイブリダイゼーション反応装置を用いたハイブリダイゼーション反応及び洗浄操作の処理手順は、図9にて説明した処理手順とほぼ同じである。ただし、反応溶液の撹拌及び洗浄溶液の撹拌の際にスターラー5の代わりに回転モータを作動させる。
【0035】
以上のように、本発明によると、反応溶液を撹拌しながらハイブリダイゼーション反応を行うことによって反応時間を短縮することが可能である。しかし、反応溶液を撹拌するには支持体1を収容した容器(ケース)3中に反応溶液を注入する必要があり、プローブを固定した支持体上にサンプルを滴下しカバーガラスを載せた状態で反応させる従来法に比較して多くのサンプルを必要とする。従って、サンプル量を従来法と同じにした場合には、希釈率の高いサンプルを使用せざるを得ない。
【0036】
図16を用いて、このサンプル量あるいはサンプル希釈率に関する問題点を軽減するための方法について説明する。図16は、図10に相当するハイブリダイゼーション反応時のケース断面図である。
図16に示したケースの構造は図10と同じであるが、ケース内に注入されている溶液が図10の場合と異なる。図10の場合、ケース内全体に反応溶液を充満したが、図16においては、ケース3内の下方にプローブが固定化されている支持体1が浸漬される程度に反応溶液12を注入し、その上に反応溶液より比重が軽く反応溶液と混合することのない液体24を注入する。反応溶液の上に入れる液体24としては、例えば流動パラフィン(比重0.83〜0.86)またはミネラルオイル(比重0.84〜0.88)を用いることができる。このように、反応溶液12の上に反応溶液12と混合しない液体24を注入してケース3内を充填することで、必要な反応溶液量あるいはサンプルの希釈率を抑えながら、反応溶液12を攪拌することができる。
【0037】
この場合の装置構成例としては、例えば図1に示した装置の溶液注入部に反応溶液より比重が軽く反応溶液と混合することのない液体24が入った容器を追加し、溶液選択弁20を3種類の溶液を選択できるものに変更すればよい。そして、制御部50は、図9に示した処理手順のステップ11において、最初に反応溶液12をケース内に所定量注入した後、その反応溶液12の上部に反応溶液より比重が軽く反応溶液と混合することのない液体24を注入するようにすればよい。
【0038】
なお、プローブを固定化した支持体の形状として中央に穴のあいた円盤型支持体の例によって本発明を説明してきたが、撹拌子を用いるハイブリダイゼーション反応装置と共に用いる場合以外は支持体に中央の穴は必ずしも必要ではない。また、振とうによる攪拌の場合は、支持体の形状は円盤型に限らず矩形の支持体であってもよい。矩形の支持体を用いる場合には、支持体を収容するケースも矩形とするのが好ましい。
【0039】
【発明の効果】
本発明によると、ハイブリダイゼーション反応及び洗浄操作を短時間で効率的に行うことができる。また、反応から洗浄までを一実験系で行うことができ実験操作の簡略化が可能になる。
【図面の簡単な説明】
【図1】本発明によるハイブリダイゼーション反応装置の一例を説明する図。
【図2】攪拌子による攪拌の場合のケースの構造を示す図。
【図3】ケースの蓋の構造を示す図。
【図4】ケースを恒温槽から着脱する様子を示す図。
【図5】注入弁ユニットの開閉の様子を示す図。
【図6】排出弁ユニットの開閉の様子を示す図。
【図7】ケース内に反応溶液及び洗浄溶液を注入する様子を示す図。
【図8】ケース内の反応溶液及び洗浄溶液を排出する様子を示す図。
【図9】本装置を用いたハイブリダイゼーション反応及び洗浄操作の処理手順の概要を示すフローチャート。
【図10】ケース内でのハイブリダイゼーション反応の様子を示す図。
【図11】ケース内での洗浄の様子を示す図。
【図12】本発明の、ケースの振とうによる攪拌の場合の装置を説明する図。
【図13】本発明の、攪拌用羽根の回転による攪拌の場合の装置を説明する図。
【図14】攪拌用羽根の回転による攪拌の場合のケースの構造を示す図。
【図15】蓋付きケースの構造を示す図。
【図16】反応時に上澄み溶液を用いた時のケース内の様子を示す図。
【符号の説明】
1…円盤型支持体、2…攪拌子、3…ケース、4…恒温槽、5…スターラー、6…注入用ポンプ、7…反応溶液だめ、8…洗浄溶液だめ、9…廃液だめ、10…注入口、11…排出口、12…反応溶液、13…洗浄溶液、14…プローブDNA、15…注入弁ユニット、16…温度コントローラ、17…振とう機、18…蓋付きケース、19…回転モータ、20…溶液選択弁、21…排出弁ユニット、22…排出用ポンプ、23…攪拌用羽根、24…上澄み溶液、25…軸、26…蓋、27…密閉用ゴム、28…チューブ、29…ターゲットDNA、30…弁制御ユニット、31…電磁弁、32…逆流防止弁、50制御部
Claims (3)
- 支持体に固定化された生体物質と溶液中の生体物質とのハイブリダイゼーション反応を行わせるハイブリダイゼーション反応装置において、
生体物質が固定化された支持体を収容する容器と、
前記容器に溶液を注入する手段と、
前記容器から溶液を排出する手段と、
前記容器内に注入した溶液を撹拌する攪拌手段とを含み、
前記支持体は中央に穴を有する円形の支持体であり、前記攪拌手段は前記支持体の中央の穴に配置された攪拌子を回転駆動する手段を備えることを特徴とするハイブリダイゼーション反応装置。 - 請求項1記載のハイブリダイゼーション反応装置において、前記容器は装置本体から着脱可能であることを特徴とするハイブリダイゼーション反応装置。
- 請求項1記載のハイブリダイゼーション反応装置において、前記容器に溶液を注入する手段は、反応溶液と洗浄溶液とを選択する溶液選択弁と、前記溶液選択弁で選択された溶液を前記容器に送る注入ポンプとを備えることを特徴とするハイブリダイゼーション反応装置。
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