JP3874775B2 - 凝集性アルコール発酵酵母の生産方法及び凝集性アルコール発酵酵母 - Google Patents
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Description
(1)プラスミド
YIp5及びYRpGL10の2種類のプラスミドを使用した。YIp5は、一般的な酵母−大腸菌シャトルベクターであり、サッカロマイセス・セレビシエのURA3配列を選択マーカーとして持つが、酵母での自律複製配列やセントロメア配列は持たない。YRpGL10は、一般的な酵母−大腸菌シャトルベクターであるYRp7にサッカロマイセス・セレビシエのLEU2配列及びG418薬剤耐性遺伝子配列を選択マーカーとして加えたものである。
396−9−6V株及びFSC27株を使用した。396−9−6V株は、非凝集性のアルコール発酵用酵母である。FSC27株は、396−9−6V株の染色体上のURA3座位に凝集性遺伝子FLO1を導入した株であり、凝集性のアルコール発酵用酵母である(特許第3040959号明細書を参照)。
酵母の培養は、YPD培地、SD培地(グルコース最小培地)及び糖みつ培地(16〜24%糖濃度、発酵試験用)で行った。各培地の組成を以下に示す。YPD培地:10g/L バクトイーストエキス(Difco社)、20g/L バクトペプトン(Difco社)、10g/L グルコース、pH5.5。YM培地:3g/L バクトイーストエキス、3g/L バクトモルトエキス(Difco社)、3g/L バクトペプトン(Difco社)、10g/L グルコース、pH4.5。SD培地(グルコース最小培地):6.7g/L Yeast nitrogen base without amino acids(Difco社)、20g/L グルコース、pH5.4。糖みつ培地:タイまたはインドネシア産糖みつを還元糖濃度16〜24%になるように水で希釈したもの。
酢酸リチウム法により酵母の形質転換を行った。より詳細には、以下の(6)に示すPCR法により増幅したPCR産物10〜100μgを、酢酸リチウム法によりFSC27株に導入して形質転換した。形質転換後、酵母をSD培地で培養することにより、ウラシル要求性が回復した株を選択した。
酵母の全DNAの調製は、P. Philippsenら(Methods in Enzymology, vol. 194, pp. 169-182 (1990))の方法に従って行った。10mLの培地を入れたL字型試験管に、1晩培養した菌液を500μL植菌した。定常期になるまで30℃で1晩、振とう培養した後、培地を遠心チューブに移し、3000rpmで5分間遠心し、上清を捨て、沈殿を1mLの1.2M ソルビトール水溶液に懸濁し、エッペンドルフチューブに移した。15000rpmで1分間遠心し、上清を捨て、沈殿を500μLの1.2Mソルビトール−50mM Tris−HCl溶液(pH7.5)に懸濁した。これに10μLのβ−メルカプとエタノールと50μLのZymolyase溶液(5mg/mL Zymolyase 20T、50mM Tris−HCl、pH7.5)を加え混和し、30℃で1時間静置し、プロトプラスト化させた。5000rpmで1分間遠心して上清を捨て、500μLの0.2% SDS−50mM EDTA溶液(pH8.0)を加えて混和し、70℃で15分間静置した。適当量のプロテイナーゼKを加え混和し、37℃で1時間放置した。100μLの5M 酢酸カリウム(pH4.8)を加え穏やかに混合し、30分間氷冷した。8000rpmで1分間遠心し、上清を別のチューブに移し、500μLのTE飽和フェノールを加えてよく懸濁し、4℃、15000rpmで10分間遠心し、上層(水相)を別のチューブに移した。500μLのフェノール−クロロホルムを加えてよく懸濁し、15000rpmで5分間遠心し、水相を別のチューブに移した。チューブの口までイソプロパノールを加えよく懸濁し、30分間放置後15000rpmで5分間遠心し、上清を捨てた。沈殿を70%エタノールで洗浄後、乾燥させ、50μg/mLのRNase Aを含むTEバッファー 20μLに溶解した。30分間室温に放置後、80μLのTEバッファー、100μLの5M 酢酸アンモニウムを加えて混和し、氷中に30分間静置した。4℃、15000rpmで10分間遠心し、上清を別のチューブに移し1mLのエタノールを加えてドライアイス中に10分間置いた。4℃、15000rpmで10分間遠心し、上清を捨て、沈殿を70%エタノールで洗浄後、乾燥させ、20μLのTEバッファーに溶解した。
PCRは、GeneAmpTM PCR System 9600(パーキンエルマー社)を用いて行った。得られたPCR産物はアガロースゲル電気泳動により精製した後、形質転換等の試験に用いた。以下に、PCR産物ごとの詳しいPCRの条件を以下に示す。
鋳型:YIp5のPstI断片(実験室酵母由来URA3を含む)
プライマー:
URA3P1:ATGTCGAAAGCTACATATAAGGA(配列番号1)
URA3P2:TTAGTTTTGCTGGCCGCATC(配列番号2)
DNAポリメラーゼ:ExpandTM High Fidelity enzyme mix(ベーリンガーマンハイム社)
反応液組成(合計50μL):
10mM PCRヌクレオチドミックス(ベーリンガーマンハイム) 1μL
鋳型DNA(0.1μg/μL) 1μL
50μMプライマー URA3P1 1μL
50μMプライマー URA3P2 1μL
10×PCRバッファー 5μL
DNAポリメラーゼ 0.75μL
水 40.25μL
反応条件:
94℃、2分間
↓
(94℃、15秒間→60℃、30秒間→72℃、90秒間)×25サイクル
↓
72℃、7分間
鋳型:YRpGL10BamHI断片(実験室酵母由来LEU2を含む)
プライマー:
L2ORFP1:ATGTCTGCCCCTAAGAAGATCGT(配列番号3)
L2ORFP2:AAGCAAGGATTTTCTTAACTTCT(配列番号4)
DNAポリメラーゼ:TAKARA Ex Taq(宝酒造社)
反応液組成(合計50μL):
10mM PCRヌクレオチドミックス 1μL
鋳型DNA(0.1μg/μL) 1μL
50μMプライマー L2ORFP1 1μL
50μMプライマー L2ORFP2 1μL
10×PCRバッファー 5μL
DNAポリメラーゼ 0.5μL
水 40.5μL
反応条件:
94℃、2分間
↓
(94℃、15秒間→55℃、30秒間→72℃、90秒間)×25サイクル
↓
72℃、7分間
鋳型:396−9−6V株の全DNA
プライマー
LEU2NP1:CGCCTGACGGATATACCTTN(配列番号5)
LEU2NP2:GCCTACCCTATGAACATATN(配列番号6)
DNAポリメラーゼ:ExpandTM High Fidelity enzyme mix
反応液組成(合計50μL):
10mM PCRヌクレオチドミックス 1μL
鋳型DNA(0.1μg/μL) 1μL
50μMプライマー LEU2NP1 1μL
50μMプライマー LEU2NP2 1μL
10×PCRバッファー 5μL
DNAポリメラーゼ 0.75μL
水 40.25μL
反応条件:
94℃、2分間
↓
(94℃、15秒間→46℃、30秒間→68℃、90秒間)×30サイクル
↓
72℃、7分間
組換えDNA技術ではなく、ダブルフュージョンPCR法(D.C.Ambergら、Yeast、11巻、1275−1280頁、1995年)により、標記DNA断片を増幅した。PCR用DNAポリメラーゼは、伸長時にエラーを生じにくいExpandTM High Fidelity enzyme mixを用いた。増幅した中間PCR産物は必要に応じて、アガロースゲル電気泳動による分画及びゲルからのDNA回収を行い、フェノール・クロロホルム処理及びエタノール沈殿による精製を行った。
断片A
鋳型:YRpGL10 BamHI断片
プライマー:
P1:TTTCAACTGAAAAATTGGGA(配列番号7)
P3:ATGAATTGAATTGAAAAGCTCATAGGGGCAGACATTAGAA(配列番号8)
アニーリング温度:50℃
断片B
鋳型:YIp5 HindIII断片
プライマー:
P5:AGCTTTTCAATTCAATTCAT(配列番号9)
P6:AGCTTTTTCTTTCCAATTTT(配列番号10)
アニーリング温度:46℃
断片C
鋳型:YRpGL10 BamHI断片
プライマー:
P2:TTTCAACTGAAAAATTGGGA(配列番号11)
P4:AAAATTGGAAAGAAAAAGCTTTTGTACGAACCATGCCACG(配列番号12)
アニーリング温度:50℃
鋳型:DNA断片B及びC
プライマー:P2及びP5
アニーリング温度:50℃
鋳型:DNA断片A及び融合DNA断片BC
プライマー:P1及びP2
アニーリング温度:56℃
反応液組成(合計50μL):
10mM PCRヌクレオチドミックス 1μL
鋳型DNA(0.1μg/μL) 1μL
50μM フォワードプライマー 1μL
50μM リバースプライマー 1μL
10×PCRバッファー 5μL
ExpandTM High Fidelity enzyme mix 0.75μL
水 40.25μL
反応液組成(合計50μL):
10mM PCRヌクレオチドミックス 1μL
鋳型DNA(各断片0.5μg/μLを等モル濃度に混合) 5μL
50μM フォワードプライマー 0.5μL
50μM リバースプライマー 0.5μL
10×PCRバッファー 5μL
ExpandTM High Fidelity enzyme mix 0.75μL
水 37.25μL
反応条件:
94℃、2分間
↓
(94℃、15秒間→アニーリング温度、30秒間→72℃、90秒間)×25サイクル
↓
72℃、7分間
酵母細胞を5mLのYPD培地(2%グルコース)中で一晩振とう培養した後、0.1mLの培地を新しい培地に植え継ぐことを繰り返し、酵母の凝集性を調べた。凝集性の強さは目視で評価し、FSC27株の示す凝集性を非常に強い凝集性(レベル5)とし、非凝集性(レベル0)までの6段階で評価した。なお、培養は2連で行った。
L字型試験管に10mLのYPD培地(糖濃度24%)及び糖みつ培地を加え、一晩培養した前培養液0.5mLを植菌し、32℃、80rpmにて144時間振とう培養した。培養終了後のエタノール濃度はガスクロマトグラフィーで測定した。
マイセル氏発酵管付三角フラスコ内の24%糖みつ培地(全糖50.68%)285mLに、全培養液(YM培地、32℃で24時間培養(FSC27株のみ48時間培養))を15mL(酒母量5%)接種し、32℃でスターラーバーによる連続撹拌培養を6日間行った。なお、培養は2連で行った。
アルコール濃度:ガスクロマトグラフィー
全糖濃度:レーン法
残糖濃度:ソモギー変法
酸度:0.1N水酸化ナトリウム水溶液による滴定
pH:pHメーターによる測定
酵母濃度:血球計数器による計測
発酵速度:ガスメーターによる二酸化炭素発生量の経時変化(重量測定)
試留液中の不純物:ガスクロマトグラフィー
YM培地20mLに、斜面培地から菌株を1白金耳植菌し、32℃で24時間(FSC27株のみ48時間)振とう培養を行い、これを前々培養した。糖液230mL(糖濃度16%)に前々培養液10mLを植菌し、32℃で24時間(FSC27株のみ48時間)振とう培養を行い、これを前培養とした。次に、発酵容器として容量3Lのジャーファーメンター(実量2L)を用い、糖みつ培地(全糖:50.68%、第10サイクルのみ48.41%)に全培養液を植菌して、30℃、150rpmにて本培養を行った。
第1サイクル:糖液1800mL(糖濃度18%)に前培養液200mLを植菌し、48時間培養した。
第2サイクル:酒母残量20%とし、糖液1600mL(糖濃度18%)を添加し、24時間培養した。
第3サイクル:酒母残量20%とし、糖液1600mL(糖濃度20%)を添加し、24時間培養した。
第4〜10サイクル:酒母残量20%とし、糖液1600mL(糖濃度22%)を添加し、24時間培養した。
アルコール濃度:ガスクロマトグラフィー、酒精計
全糖濃度:レーン法
残糖濃度:ソモギー変法
酸度:0.1N水酸化ナトリウム水溶液による滴定
pH:pHメーターによる測定
総酵母数:血球計数器による計測
生菌率:メチレンブルー染色法
発酵速度:ガスメーターによる二酸化炭素発生量の経時変化(重量測定)
FSC27株のURA3座位以外の場所にURA3全長を含むDNA断片を導入することを検討し、LEU2を標的に選んだ。FSC27株は倍数性であるため、LEU2遺伝子を複数もつと考えられる。本実施例では、複数のLEU2遺伝子のうち1つをURA3導入により破壊し、FSC27株のウラシル要求性を回復することとした。遺伝子導入後に遺伝子変換を起こすことが予想されたが、形質転換体をSD最小培地で維持することにより防げると考えた。なお、図2に本実施例のストラテジーを表した。
実験室酵母のLEU2の塩基配列を基に、LEU2 ORFを増幅するようにプライマーを設計した(L2ORFP1及びL2ORFP2)。このプライマーを用いてプラスミドYRpGL10上のLEU2(実験室酵母由来)を鋳型としてPCRを行ったところ、約1kbのDNA断片が増幅された。このPCR産物を各種制限酵素(EcoRI、EcoRV、HinfI)で消化したところ、ほぼ目的通りの大きさの断片が得られ、このPCR産物がLEU2 ORFを含むDNA断片であることが確認された。
ダブルフュージョンPCR法を用いて、URA3全長を含んだLEU2破壊用DNA断片を構築した。最終的なPCR産物を制限酵素(PstI、SmaI及び両者の混合物)で消化したところ目標通りの切断パターンが得られ、URA3全長を含んだLEU2破壊用DNA断片の増幅が確認できた。
bで構築したDNA断片を0、10、50、100μg用い、酢酸リチウム法によりFSC27株の形質転換を行った。2回の実験で、合計147株のウラシル要求性が回復した形質転換体(FSCU−L株と名付けた)を取得できた。形質変換の頻度を表1にまとめた。
凝集性を確認した25のFSCU−L株のうち3株について、LEU2 ORFをプローブとするサザン解析を行った。サザン解析の結果を図4に示す。FSC27株及び396−9−6V株において認められるシグナルと同じ大きさのシグナル強度が弱まり、それと異なる大きさにシフトしたシグナルが検出された。これは、複数あるLEU2のうちの一つに目的遺伝子が導入されたことを示している。また、URA3 ORFをプローブとしてサザン解析を行ったところ、FSCU−L株において、FSC27株には認められないシグナルが検出された。すなわち、外来のURA3が導入されたことを示している。pBR322をプローブとしてサザン解析を行ったところ、FSCU−L株において、FSC27株及び396−9−6V株と同様にシグナルが検出されなかった。すなわち、これらの株が大腸菌由来のDNAが導入されていないセルフクローニング系であることを示している。以上の結果から、FSCU−L株において目的どおりの遺伝子の組込が生じたこと、また、その組込がセルフクローニング系であることを確認できた。
凝集性を確認した25のFSCU−L株の中から任意に選んだ3株を、SD培地及びYPD培地に培養し、植え継ぎを20回繰り返し、継代前後の酵母の凝集性を調べた。結果を表2に示す。
糖濃度24%のYPD培地を用いて、凝集性を確認したFSCU−L株25株について試験管発酵試験を行い、生成アルコール濃度が高い10株を選択した。さらに、糖濃度24%の糖みつ培地を用いて、これら10株について試験管発酵試験を行って生成アルコール濃度を測定した。各培地において総合的に生成アルコール濃度が高い3株(FSCU−L18,20及び21株)を最終的に選択した。
FSCU−L18株の実用化を検討するため、ジャーファーメンターによる繰り返し回分発酵試験を行った(対照としてFSC27株を使用)。二酸化炭素発生量を図6及び7に示し、発酵もろみ分析結果を表5に示し、発酵所要時間を図8に示す。
Claims (3)
- サッカロマイセス・セレビシエ FSC27株(受託番号FERM P−16023)の染色体上に2つ存在するLEU2座位の一方のみに、サッカロミセス・セレビシエ由来のURA3遺伝子を導入する工程を備える、ウラシル非要求性の凝集性アルコール発酵酵母の生産方法。
- サッカロマイセス・セレビシエ FSC27株(受託番号FERM P−16023)の染色体上に2つ存在するLEU2座位の一方のみに、サッカロミセス・セレビシエ由来のURA3遺伝子が導入された、ウラシル非要求性の凝集性アルコール発酵酵母。
- 前記凝集性アルコール発酵酵母がサッカロマイセス・セレビシエ FSCU−L18株(受託番号FERM P−20055)であることを特徴とする、請求項2に記載の凝集性アルコール発酵酵母。
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