JP3121599B2 - raf遺伝子発現のアンチセンスオリゴヌクレオチド調節 - Google Patents

raf遺伝子発現のアンチセンスオリゴヌクレオチド調節

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Description

【発明の詳細な説明】
【0001】
【発明の属する技術分野】本発明は、異常細胞増殖およ
び腫瘍形成への関与が示唆されてきた天然に存在する細
胞性遺伝子であるraf遺伝子の発現を調節するための
組成物および方法に関する。本発明はまた、細胞の過増
殖を阻害するための方法にも関している;これらの方法
は診断的にまたは治療的に使用しうる。さらに、本発明
はraf遺伝子の発現に付随する病状の処置にも関す
る。
【0002】
【従来の技術】直接的にまたは間接的に細胞の増殖およ
び分化を制御する細胞性遺伝子の変化は、癌の主原因と
考えられている。raf遺伝子ファミリーはA−、B−
およびC−raf(raf−1とも呼ばれる)と称され
る三つの高度に保存された遺伝子を含む。raf遺伝子
は細胞増殖を制御する信号伝達過程において重要な制御
的役割を果たしていると考えられているプロテインキナ
ーゼをコードしている。すべての肺癌細胞株の60%は
c−raf mRNAおよび蛋白質を通常ではない高レ
ベルで発現していることが報告されているため、c−r
af蛋白質の発現は異常な細胞増殖に何らかの役割を果
たしていると考えられている。Rappet al.,
The Oncogene Handbook,E.
P.Reddy,A.M Skalka and T.
Curran,eds.,Elsevier Scie
nce Publishers,New York,1
988,pp.213−253。
【0003】オリゴヌクレオチドは動物およびヒトの疾
患状態処置において治療用として用いられてきた。例え
ば、この分野の研究者は現在、ウイルス性、真菌性およ
び代謝疾患に示唆される遺伝子の発現を調節しうるアン
チセンス、トリプレックスおよび他のオリゴヌクレオチ
ド組成物を同定している。
【0004】例えば、1992年8月4日に発行された
米国特許第5,135,917号はヒトインターロイキ
ン−1レセプター発現を阻害するアンチセンスオリゴヌ
クレオチドを提供している。Gawirtzらの名前で
1992年3月24日に発行された米国特許第5,09
8,890号はc−myb癌遺伝子と相補的なアンチセ
ンスオリゴヌクレオチドおよびある種の癌状態のアンチ
センスオリゴヌクレオチド治療に関している。1992
年2月11日に発行された米国特許第5,087,61
7号はアンチセンスオリゴヌクレオチドによる癌患者の
処置法を提供している。1992年11月24日に発行
された米国特許第5,166,195号はHIVのオリ
ゴヌクレオチド阻害剤を提供している。1991年4月
2日に発行された米国特許第5,004,810号は単
純ヘルペスウイルスVmw65mRNAにハイブリダイ
ズして複製を阻害しうるオリゴマーを提供している。1
993年3月16日に発行された米国特許第5,19
4,428号はインフルエンザウイルスに対して抗ウイ
ルス活性を有するアンチセンスオリゴヌクレオチドを提
供している。1989年2月21日に発行された米国特
許第4,806,463号はアンチセンスオリゴヌクレ
オチドおよびHTLV−III複製の阻害にそれらを用い
る方法を提供している。1994年2月15日に発行さ
れた米国特許第5,286,717号(Cohen e
t al.)は癌遺伝子に相補的な混合結合オリゴヌク
レオチドホスホロチオエートに関している。米国特許第
5,276,019号および第5,264,423号
(Cohen et al.)は細胞における外来性核
酸の複製阻害に使用されるホスホロチオエートオリゴヌ
クレオチド類似体に関している。アンチセンスオリゴヌ
クレオチドは安全にヒトへ投与され、ウイルスおよび細
胞性遺伝子産物の両方を標的とするいくつかのアンチセ
ンスオリゴヌクレオチド薬剤の臨床応用が現在進行中で
ある。ホスホロチオエートオリゴヌクレオチド、ISI
S2922はAIDS患者のサイトメガロウイルス網膜
炎に対して有効であることが示されている。BioWo
rld Today、1994年4月29日、p3。従
って、オリゴヌクレオチドは有用な治療手段であり、細
胞および動物(特にヒト)の処置のための処置養生法で
有用であろうことは確立されている。
【0005】遺伝子発現のアンチセンスオリゴヌクレオ
チド阻害はraf遺伝子の役割の理解において有用な道
具であることが証明されている。ヒトc−rafの最初
の6つのコドンに相補的であるアンチセンスオリゴヌク
レオチドを用いて、インターロイキン−2(IL−2)
に対するT細胞のマイトジェン応答にc−rafを必要
とすることが示された。オリゴヌクレオチドで処理した
細胞はほとんど全部のc−raf蛋白質の消失およびI
L−2に対する増殖応答の実質的な減少を示した。Ri
edel et al.,Eur.J.Immuno
1993,23,3146−3150。Rappら
はプロモーターの下流にアンチセンス配向したraf遺
伝子を含む発現ベクター、および細胞でアンチセンスr
af遺伝子または突然変異したraf遺伝子を発現させ
ることによるraf発現阻害の方法を開示している。W
O出願93/04170。マウスc−rafのコドン1
−6に相補的なアンチセンスオリゴデオキシリボヌクレ
オチドを用いてラット肝癌細胞株H4IIEにおけるDN
A合成のインシュリン刺激を回避した。Tornkvi
st et al.,J.Biol.Chem,199
4,269,13919−13921。WO出願93/
06248号は、c−raf遺伝子領域を増幅し、およ
び突然変異の証拠についてそれを分析することを特徴と
する、癌を発生する危険性が大きい個体の同定法および
癌にかかった患者の予後および適当な処置を決定するた
めの方法を開示している。
【0006】Dennerらはraf遺伝子にハイブリ
ダイズするアンチセンスポリヌクレオチド、およびそれ
らを使用する方法を開示している。WO94/1564
5。ヒトおよびラットraf配列にハイブリダイズする
オリゴヌクレオチドが開示されている。
【0007】Inversenらはras−活性化癌細
胞を殺すことができるrafに相補的なヘテロ型アンチ
センスオリゴヌクレオチドおよびraf−活性化癌細胞
を殺す方法を開示している。多数のオリゴヌクレオチド
配列が開示されているが、そのどれもが実際にはアンチ
センスオリゴヌクレオチド配列ではない。
【0008】
【発明が解決しようとする課題】raf遺伝子発現を阻
害するための改良された組成物および方法が長く待ち望
まれている。
【0009】
【課題を解決するための手段】本発明はヒトrafをコ
ードしている核酸を標的とし、かつraf発現を阻害し
うるオリゴヌクレオチドを提供する。本発明はまたヒト
rafをコードしている核酸を標的とするキメラオリゴ
ヌクレオチドも提供する。本発明のオリゴヌクレオチド
は診断および治療の両方に有用であると考えられ、本発
明の方法において特に有用であると考えられる。
【0010】本発明はまた、ヒトrafの発現、特にr
afの異常発現を阻害する方法を含む。これらの方法
は、raf発現および過増殖が連携しているため、治療
および診断の両方に有用であると考えられる。これらの
方法はまた、例えば種々の細胞機能および生理学的過程
および状態におけるraf発現の役割を検出および決定
するための、およびraf発現に付随する状態を診断す
るための道具としても有用である。
【0011】本発明はまた、本発明のオリゴヌクレオチ
ドを用いる細胞の過増殖を阻害する方法も提供する。こ
れらの方法は、例えば、rafに付随する細胞過増殖の
診断に有用であると考えられる。異常な増殖的状態の処
置法もまた提供される。これらの方法は本発明のオリゴ
ヌクレオチドを使用している。これらの方法は、治療的
におよび臨床的研究および診断の道具としても有用であ
ると考えられる。
【0012】
【発明の実施の形態】悪性腫瘍は、癌細胞の特性である
増殖制御の消失を引き起こす一連の段階的進行性変化を
経て発育する。即ち、連続的非制御増殖、周りの組織を
侵襲する能力および異なる器官部位へ転移する能力。注
意深く制御されたインビトロでの研究から、正常および
新生物性細胞の増殖を特徴付ける因子を定義する手がか
りが得られ、細胞増殖および分化を制御する特定の蛋白
質の同定が導かれた。raf遺伝子はA−、B−および
c−rafと名付けられた関連する蛋白質をコードして
いる遺伝子ファミリーの一員である。raf遺伝子は高
度に保存されたセリン−トレオニンー特異的プロテイン
キナーゼをコードしている。これらの酵素は異なるよう
に発現される;最も十分に特徴付けられているc−ra
fは試験されたすべての器官およびすべての細胞株で発
現されている。A−およびB−rafは各々尿性器およ
び脳組織で発現されている。c−rafプロテインキナ
ーゼ活性および細胞内分布はリン酸化を通してマイトジ
ェンにより制御される。上皮増殖因子、酸性線維芽細胞
増殖因子、血小板由来増殖因子、インシュリン、顆粒球
−マクロファージコロニー刺激因子、インターロイキン
−2、インターロイキン−3およびエリトロポイエチン
を含む種々の増殖因子は、c−rafのリン酸化を誘導
することが示されている。従って、c−rafは多数の
増殖因子をそれらの正味の効果(細胞増殖)と結合さ
せ、正常細胞信号伝達経路において基本的な役割を果た
していると考えられている。
【0013】ある種の異常増殖状態はraf発現に付随
すると考えられており、従ってraf発現の阻害に応答
すると考えられている。raf蛋白質発現の異常な高レ
ベルはまた形質転換および異常な細胞増殖にも関係する
ことが示唆されている。これらの異常な増殖状態はra
f発現の阻害に応答的であると考えられている。異常な
増殖状態の例は、癌、腫瘍、過生、肺線維症、脈管形
成、乾癬、アテローム、および血管形成術後の狭窄また
は再狭窄のような血管内の平滑筋増殖のような過増殖障
害である。rafがその一部となっている細胞信号伝達
経路もまた、例えば、組織移植片拒否反応、エンドトキ
シンショックおよび糸球体腎炎のようなT細胞増殖(T
細胞活性化および増殖)により特徴付けられる炎症障害
と関係することが示唆されている。
【0014】raf遺伝子発現の除去または減少が異常
な細胞増殖を停止または逆転させることが観察された。
このことはraf発現のレベルが異常に高くはない場合
においても観察された。raf遺伝子の発現を調節しう
る物質の組成物を提供することが非常に待望されてい
る。細胞、組織および動物におけるraf遺伝子の検出
法を提供することが非常に待望されている。また、異常
なraf遺伝子発現に付随する異常な増殖状態の診断お
よび治療の方法を提供することも待望されている。さら
に、raf遺伝子の検出および研究のためのキットおよ
び試薬も待望されている。ここで”異常な”raf遺伝
子発現とは、raf蛋白質の発現のレベルが異常に高い
こと、または異常な増殖状況または状態におけるraf
発現のレベルとして定義される。
【0015】本発明はrafをコードしている核酸を標
的とするオリゴヌクレオチドを用いる。オリゴヌクレオ
チドおよびそれがハイブリダイズするその相補的核酸標
的間のこの関係は通常”アンチセンス”と称されてい
る。本発明の文脈において、選択された核酸標的へのオ
リゴヌクレオチドの”標的化”は多段階過程である。こ
の過程は通常、その機能が調節されるべき核酸配列を同
定することから始まる。それは例えば、その発現が特定
の疾病状態に付随する細胞性遺伝子(または遺伝子から
作られるmRNA)または感染作因からの外来性核酸で
あろう。本発明において、標的はrafをコードしてい
る核酸である;別の表現では、raf遺伝子またはra
f遺伝子から発現されるmRNAである。標的化過程に
はまた、所望の効果(遺伝子発現の調節)が得られるよ
うに、オリゴヌクレオチドとの相互作用を起こす核酸配
列内の一つまたは複数の部位の決定が含まれる。一つま
たは複数の部位が同定されたら、標的に十分相補的な
(即ち、十分な特異性で十分よくハイブリダイズし、所
望の調節が得られる)オリゴヌクレオチドが選択され
る。
【0016】本発明の文脈において、”調節”とは阻害
または刺激を意味している。raf遺伝子発現の阻害は
現在のところ調節の好適な形である。この調節は例え
ば、本出願の実施例に教示されるように、mRNA発現
のノーザンブロットアッセイまたは蛋白質発現のウェス
タンブロットアッセイのような本分野では日常的な方法
により測定しうる。本出願の実施例に教示されるよう
に、細胞増殖または腫瘍細胞増殖に対する効果も測定可
能である。本発明の文脈において、”ハイブリダイゼー
ション”とは、通常相対する核酸鎖または核酸鎖の二つ
の領域の相補的塩基間の水素結合(ワトソンークリック
塩基対形成としても知られている)を意味している。グ
アニンおよびシトシンは相補的塩基の例であり、それら
の間で三つの水素結合が形成されることが知られてい
る。アデニンおよびチミンは相補的塩基の例であり、そ
れらの間で二つの水素結合が形成される。”特異的にハ
イブリダイズ可能”および”相補的”とは、DNAまた
はRNA標的とオリゴヌクレオチドとの間で安定かつ特
異的な結合が起こるように十分な程度の相補性を示すの
に使用される術語である。特異的にハイブリダイズ可能
であるには、オリゴヌクレオチドはその標的核酸配列と
100%相補的である必要はないことを理解されたい。
標的へのオリゴヌクレオチドの結合が標的分子の正常な
機能を妨害して有用性の消失を起こす場合、および特異
的結合が望まれる条件下、即ち、インビボアッセイまた
は治療的処置の場合には生理的条件下、またはインビト
ロアッセイの場合にはアッセイが実施される条件下で、
非標的配列へのオリゴヌクレオチドの非特異的結合を避
けるために十分な程度の相補性がある場合、オリゴヌク
レオチドは特異的にハイブリダイズ可能である。
【0017】本発明の好適な実施態様において、c−r
afおよびA−rafをコードしているmRNAを標的
とするオリゴヌクレオチドが提供される。本発明に従う
と、mRNAは三文字遺伝コードを用いて蛋白質をコー
ドするための情報を運ぶコード領域のみを含むだけでな
く、5’−非翻訳領域、3’−非翻訳領域、5’キャッ
プ領域、イントロン領域およびイントロン/エクソンま
たはスプライス連結リボヌクレオチドとして知られてい
るような領域を形成する付随するリボヌクレオチドを含
むことを当業者は理解するであろう。従って、これらの
付随するリボヌクレオチド並びにコードリボヌクレオチ
ドの全部または一部を標的とするオリゴヌクレオチドを
本発明に従って処方することができる。好適な態様にお
いて、オリゴヌクレオチドはヒトc−raf mRNA
の翻訳開始部位(AUGコドン)または5’−または
3’−非翻訳領域の配列を標的とする。妨害されるべき
メッセンジャーRNAの機能には、蛋白質翻訳の部位へ
のRNAのトランスロケーション、RNAからの実際の
蛋白質の翻訳、RNAのスプライシングまたは成熟およ
びおそらくはRNAにより行われているであろう独立し
た酵素活性のような生存のためのすべての機能が含まれ
る。RNA機能のそのような妨害の全体的な効果はra
f蛋白質発現の妨害を起こすことである。
【0018】本発明はraf遺伝子発現調節のためのオ
リゴヌクレオチドを提供する。そのようなオリゴヌクレ
オチドはrafをコードしている核酸を標的とする。c
−rafおよびA−rafの調整のためのオリゴヌクレ
オチドおよび方法が現在のところ好適である;しかしな
がら、rafの他の型の発現を調節するための組成物お
よび方法もまた有用性を有していると考えられ、本発明
に包含されている。前に定義したように、”調節”とは
阻害または刺激を意味している。raf遺伝子の阻害は
現在のところ調節の好適な形である。
【0019】本発明の文脈において、述語”オリゴヌク
レオチド”とは天然に存在する塩基、糖および糖間(主
鎖)結合からなるヌクレオチドまたはヌクレオシドモノ
マーのオリゴマーまたはポリマーを意味している。述
語”オリゴヌクレオチド”はまた、同様に機能する天然
に存在しないモノマー、またはそれらの一部からなるオ
リゴマーも含まれる。そのような修飾または置換オリゴ
ヌクレオチドは、例えば、促進された細胞取り込みおよ
びヌクレアーゼ存在下での増加した安定性のため天然型
よりもしばしば好適である。
【0020】本発明のある種の好適なオリゴヌクレオチ
ドはキメラオリゴヌクレオチドである。本発明の文脈に
おいて”キメラオリゴヌクレオチド”または”キメラ”
とは、各々少なくとも一つのヌクレオチドから作り上げ
られた二つまたはそれ以上の化学的に異なった領域を含
むオリゴヌクレオチドである。これらのオリゴヌクレオ
チドは典型的には、一つまたはそれ以上の有利な性質
(例えば、ヌクレアーゼ耐性の増加、細胞内への取り込
みの増加、RNA標的に対する結合親和性の増加)を与
える少なくとも一つの修飾されたヌクレオチド領域およ
びRNaseH切断のための基質である領域を含む。一
つの好適な態様において、キメラオリゴヌクレオチド
は、標的結合親和性を増加させるために修飾された少な
くとも一つの領域および通常はRNaseHのための基
質として働く領域を含む。その標的(この場合、raf
をコードしている核酸)に対するオリゴヌクレオチドの
親和性は、オリゴヌクレオチドと標的が解離する温度で
あるオリゴヌクレオチド/標的対のTmを測定すること
によりルーチン的に決定される;解離は分光学的に検出
される。Tmが高いほど標的に対するオリゴヌクレオチ
ドの親和性は強い。より好適な態様では、raf mR
NA結合親和性を増加させるために修飾されたオリゴヌ
クレオチドの領域は、糖の2’位が修飾された少なくと
も一つのヌクレオチド(最も好適であるのは2’−O−
アルキルまたは2’−フルオロ修飾ヌクレオチド)を含
む。そのような修飾はオリゴヌクレオチド内へルーチン
的に組み込まれ、これらのオリゴヌクレオチドは与えら
れた標的に対し、2’−デオキシオリゴヌクレオチドよ
り高いTm(即ちより強い標的結合親和性)を有してい
ることが示された。そのような増加した親和性の効果は
raf遺伝子発現のアンチセンスオリゴヌクレオチド阻
害を非常に増強することである。RNaseHはRN
A:DNAデュープレックスのRNA鎖を切断する細胞
性エンドヌクレアーゼである;従ってこの酵素の活性化
はRNA標的の切断を生じ、アンチセンス阻害の効率を
非常に促進しうる。RNA標的の切断はゲル電気泳動に
よりルーチン的に示すことができる。別の好適な態様に
おいて、ヌクレアーゼ耐性を増強するためにキメラオリ
ゴヌクレオチドも修飾される。細胞は核酸を分解しうる
種々のエキソ−およびエンド−ヌクレアーゼを含む。多
数のヌクレオチドおよびヌクレオシド修飾が、これらを
取り込んだオリゴヌクレオチドを天然のオリゴヌクレオ
チドよりヌクレアーゼ消化に対してより耐性とすること
が示されている。ヌクレアーゼ耐性は、オリゴヌクレオ
チドを細胞抽出物または単離ヌクレアーゼ溶液とともに
インキュベートし、通常はゲル電気泳動により、時間に
関して残存する無傷のオリゴヌクレオチドの程度を測定
することによりルーチン的に測定される。ヌクレアーゼ
耐性を増強するように修飾されているオリゴヌクレオチ
ドは非修飾オリゴヌクレオチドより長く無傷のままで残
る。ヌクレアーゼ耐性を増強または与えるための種々の
オリゴヌクレオチド修飾が示されている。現在のとこ
ろ、少なくとも一つのホスホロチオエート修飾を含むオ
リゴヌクレオチドがより好適である。いくつかの場合、
標的結合親和性を増強させるオリゴヌクレオチド修飾は
また、独立してヌクレアーゼ耐性を増強しうる。
【0021】本発明において意図されるいくつかの好適
なオリゴヌクレオチドの特定の例においては、ホスホロ
チオエート、ホスホトリエステル、メチルホスホネー
ト、短鎖アルキルまたはシクロアルキル糖間結合または
短鎖ヘテロ芳香環またはヘテロ環式糖間(”主鎖”)結
合が含まれているであろう。最も好適なものはホスホロ
チオエートおよびCH2−NH−O−CH2、 CH2
N(CH3)−O−CH2(メチレン(メチルイミノ)ま
たはMMI主鎖として知られている)、CH2−O−N
(CH3)−CH2、 CH2−N(CH3)−N(C
3)−CH2およびO−N(CH3)−CH2−CH2
鎖(ここでホスホジエステルはO−P−O−CH2であ
る)を含むものである。モルホリノ主鎖構造を有するオ
リゴヌクレオチドもまた好適である。Summerto
n,J.E.およびWeller,D.D.,米国特許
第5,034,506号。別の好適な態様においては、
蛋白質−核酸またはペプチド−核酸(PNA)主鎖のよ
うにオリゴヌクレオチドのホスホジエステル主鎖がポリ
アミド主鎖に置き換えられてもよく、塩基はポリアミド
主鎖のアザ窒素原子に直接または間接的に結合されてい
る。P.E.Nielsen,M.Egholm,R.
H.Berg,O.Buchardt,Science
1991,254,1497。他の好適なオリゴヌク
レオチドは下記の基の一つを2’位に含むアルキルおよ
びハロゲン−置換糖部分を含んでいてもよい:OH、S
H、SCH3、F、OCN、OCH3OCH3、OCH3
(CH2nCH3、O(CH2nNH2またはO(C
2nCH3(式中nは1から約10である);Clから
10低級アルキル、置換低級アルキル、アルカリールも
しくはアラルキル;Cl;Br;CN;CF3;OC
3;O−,S−,もしくはN−アルキル;O−,S
−,もしくはN−アルケニル;SOCH3;SO2
3;ONO2;NO2;N3;NH2;ヘテロシクロアル
キル;ヘテロシクロアルカリール;アミノアルキルアミ
ノ;ポリアルキルアミノ;置換シリル;RNA切断基;
コレステリル基;コンジュゲート;レポーター基;イン
ターカレーター;オリゴヌクレオチドの薬動力学的特性
を改良する基;オリゴヌクレオチドの薬力学的特性を改
良する基および同様な特性を有する他の基。オリゴヌク
レオチドはペントフラノシル基の代わりにシクロブチル
のような糖模倣物を有していてもよい。他の好適な態様
では少なくとも一つの修飾塩基型またはイノシンのよう
な”万能塩基”を含んでいるであろう。
【0022】本発明に従ったオリゴヌクレオチドは好適
には約8から約50ヌクレオチドの長さである。本発明
の文脈においては8から50モノマーを有する上記のよ
うな天然に存在しないオリゴマーを含むことを理解され
たい。
【0023】本発明に従って使用されるオリゴヌクレオ
チドはよく知られた固相合成技術により都合よくルーチ
ン的に作製することができる。そのような合成の装置は
Applied Biosystemsを含むいくつか
の会社から売り出されている。そのような合成のために
他の手段を用いてもよい;オリゴヌクレオチドの実際の
合成はルーチン的に仕事をする人の手腕の範囲内であ
る。ホスホロチオエートおよびアルキル化誘導体のよう
な他のオリゴヌクレオチドを製造するために同様の技術
を使用することもよく知られている。また、蛍光標識、
ビオチニル化またはコレステロール修飾オリゴヌクレオ
チドのような他の修飾オリゴヌクレオチドを合成するた
めに、同様の技術およびビオチン、フルオレセイン、ア
クリジンまたはソラーレン修飾アミダイトおよび/また
は制御細孔ガラス(CPG)(Glen Resear
ch,Sterling VA)のような市販品として
入手可能な修飾アミダイトおよびCPG産物の使用もよ
く知られている。
【0024】c−raf mRNAの一部を標的とする
ある種のオリゴヌクレオチドがraf発現の阻害および
細胞過増殖の妨害に特に有用であることが見いだされ
た。アンチセンスオリゴヌクレオチドを用いるc−ra
f発現の阻害のための方法も同様に細胞過増殖の妨害に
有用である。本発明の方法においては、組織または細胞
をオリゴヌクレオチドと接触させる。本発明の文脈にお
いて、組織または細胞を一つまたは複数のオリゴヌクレ
オチドと”接触”させるとは、インビトロまたはエクス
ビボで細胞懸濁液または組織試料へオリゴヌクレオチド
を加えるか(通常は液体担体中で)、または動物内の細
胞または組織にオリゴヌクレオチドを投与することを意
味している。
【0025】治療のため、細胞の過増殖を阻害する方法
および異常な増殖性状態を処置する方法が提供される。
治療組成物の処方および続いての投与は本分野の技術範
囲であると考えられる。一般に、治療のためには、本発
明に従ったオリゴヌクレオチドを、医薬として受容可能
な担体中、特定の疾患の性質、その重態度および患者の
全体の状態に依存して変化するであろう用量および期
間、そのような治療が必要と思われる患者に投与する。
本発明の医薬組成物は、局所または全身処置が望まれる
か、または処置される領域に依存して多くの方法で投与
されるであろう。局所(目、膣、直腸、鼻孔内を含
む)、経口または例えば、静脈内滴注、静脈注射または
皮下、腹腔内もしくは筋肉内注射による非経口で投与さ
れるであろう。
【0026】局所投与のための処方には、軟膏、ローシ
ョン、クリーム、ゲル、ドロップ、座剤、スプレー、水
剤および散剤が含まれるであろう。通常の医薬担体、水
性、粉末または油性基剤、増粘剤などが必要であるかま
たは望ましいであろう。被覆コンドーム、グローブなど
もまた有用である。
【0027】経口投与のための組成物には散剤または顆
粒剤、懸濁剤または水または非水媒質溶液剤、カプセル
剤、サッシェ剤または錠剤が含まれる。増粘剤、芳香
剤、希釈剤、乳化剤、分散補助剤または結合剤も望まし
いであろう。
【0028】非経口投与のための処方には無菌水溶液が
含まれ、それは緩衝剤、希釈剤および他の適当な添加物
を含んでいてもよい。
【0029】そのような医薬担体に加えて、オリゴヌク
レオチドの取り込みを容易にするためにカチオン性液体
が処方に含まれていてもよい。取り込みを容易にするそ
のような組成物の一つはリポフェクチン(BRL,Be
thesda MD)である。
【0030】投与用量は処置されるべき状態の重度およ
び応答度に依存し、処置進行は治療が達成されるかまた
は疾患状態の軽減が達成されるまで数日から数カ月続
く。至適投与計画は体内の薬剤蓄積の測定から計算しう
る。当業者は容易に至適投与量、投与法および繰り返し
頻度を決定しうる。至適投与量は個々のオリゴヌクレオ
チドの相対的有効性に依存して変化するであろうが、一
般的にはインビトロおよびインビボの動物実験からのE
C50に基づいて計算しうる。例えば、化合物の分子量
(オリゴヌクレオチド配列および化学構造から導かれ
る)およびIC50のような有効量(実験的に求められ
る)が与えられると、mg/kgでの投与量がルーチン
的に計算される。
【0031】本発明はまた、癌、乾癬または血管狭窄ま
たはアテロームのような過増殖性疾患を有すると疑われ
る患者からの組織または他の試料の異常増殖状態の診断
にも適している。細胞増殖を阻害する本発明のオリゴヌ
クレオチドの能力は、そのような状態を診断するために
用いられる。多くのアッセイが本発明を用いて計画でき
るが、そのようなアッセイは一般にそのような阻害を検
出および通常は定量化しうるように選択された条件下で
組織試料を本発明のオリゴヌクレオチドと接触させるこ
とを含んでいるであろう。同様に、本発明は有効な処置
計画が設計しうるように、他の病因を有する腫瘍からr
af付随性腫瘍を区別するために使用しうる。
【0032】本発明のオリゴヌクレオチドはまた研究目
的にも使用されるであろう。従って、オリゴヌクレオチ
ドにより示される特異的ハイブリダイゼーションはアッ
セイ、精製、細胞生成物の調製および当業者により認め
られるであろう他の方法論で使用されるであろう。
【0033】本発明のオリゴヌクレオチドはまたraf
発現の検出および診断に有用である。例えば、ポリヌク
レオチドキナーゼによる5’末端の32P標識により放射
性標識オリゴヌクレオチドを製造しうる。Sambro
ok et al.,Molecular Cloni
ng.A Laboratory Manual,Co
ld Spring Harbor Laborato
ry Press,1989,第2巻,p10.59。
次に、放射性標識オリゴヌクレオチドをraf発現が疑
われる組織または細胞試料と接触させ、試料を洗浄して
非結合オリゴヌクレオチドを除去する。試料に残存して
いる放射活性は結合されたオリゴヌクレオチドを示して
おり(それはrafの存在を示している)、シンチレー
ションカウンターまたは他の通常の手段により定量しう
る。放射性標識オリゴを用いて組織のオートラジオグラ
フィーを実施し、研究、診断または治療の目的でraf
発現の局在化、分布または量を決定することができる。
そのような研究においては、組織切片を放射性標識オリ
ゴヌクレオチドで処理し、上記のように洗浄し、次にル
ーチンオートラジオグラフィー法に従って写真乳化剤へ
暴露する。現像すると乳化剤はrafを発現している範
囲に銀粒子のイメージを与える。銀粒子の定量によりr
af発現を検出することができる。
【0034】raf発現の蛍光検出のための類似のアッ
セイは、放射性標識の代わりにフルオレセインまたは他
の蛍光性標識とコンジュゲートさせた本発明のオリゴヌ
クレオチドを用いて開発することができる。そのような
コンジュゲートは、蛍光標識アミダイトまたはCPG
(例えば、Glen Research、Sterli
ng VAから入手可能なフルオレセイン標識アミダイ
トおよびCPG。Glen Research、Ste
rling VAの1993年のDNA研究用製品カタ
ログp.21を参照されたい)を使用した固相合成の間
にルーチン的に製造される。
【0035】各々のこれらのアッセイの様式は本分野で
は既知である。当業者は本発明の技術に従って容易にこ
れらの既知のアッセイをraf発現の検出に適用でき、
raf発現を検出する新規かつ有用な手段が提供され
る。 c−raf発現のオリゴヌクレオチド阻害 表1に示したオリゴヌクレオチドはGenbank c
−raf配列HUMRAFR(Genbankリストx
03484)を用いて設計し、合成し、ノーザンブロッ
トアッセイを用いてT24膀胱癌細胞でのc−raf発
現の阻害について試験した。すべてホスホロチオエート
主鎖を有するオリゴデオキシヌクレオチドである。
【0036】
【表1】
【0037】100nMまたは200nMの濃度でのオ
リゴヌクレオチドの第一回目のスリーニングにおいて、
オリゴヌクレオチド5074、5075、5132、8
034、7826、7827および7828はc−ra
f mRNAの少なくとも50%の阻害を示し、それ故
これらのオリゴヌクレオチドが好適である。オリゴヌク
レオチド5132および7826(配列ID番号:8お
よび配列ID番号:17)は約90%を超える阻害を示
し、より好適である。別のアッセイにおいて、オリゴヌ
クレオチド6721,7848,7847および809
4はc−rafレベルを50%以上減少させた。これら
のオリゴヌクレオチドもまた好適である。これらの内、
7847(配列ID番号:22)はc−raf mRN
Aの約90%を超える阻害を示し、より好適である。 rafに対するISIS5132の特異性 raf mRNAに対するISIS5132の特異性
は、このオリゴヌクレオチドをT24細胞においてHa
−rasならびにc−raf mRNAを阻害する能力
について試験するノーザンブロットアッセイにより示さ
れた。Ha−rasは形質転換および腫瘍発生への関与
が示唆されている細胞性癌遺伝子である。ISIS51
32はHa−ras mRNAレベルに影響を与えるこ
となくc−raf mRNAをほとんど完全になくすこ
とが示された。 2’−修飾オリゴヌクレオチド こららのオリゴヌクレオチドのあるものは、ホスホジエ
ステル(P=O)またはホスホロチオエート(P=S)
主鎖で合成され、また一様に2’−O−メチル、2’−
O−プロピルまたは2’−フルオロ基で糖の2’位が置
換されていた。オリゴヌクレオチドは表2に示されてい
る。
【0038】
【表2】
【0039】一様な2’−O−メチル修飾およびホスホ
ロチオエート主鎖を有する表2のオリゴヌクレオチド
を、ウェスタンブロットアッセイにより決定されるT2
4細胞におけるc−raf蛋白質発現の阻害能力につい
て試験した。オリゴヌクレオチド8033,7834お
よび7835が最も大きな阻害を示し、好適である。こ
れらの内、8033および7834がより好適である。 キメラオリゴヌクレオチド 配列ID番号:8を有するキメラオリゴヌクレオチドを
合成した。こられのオリゴヌクレオチドは2’−O−メ
チル修飾ヌクレオチドの二つの領域により隣接される
6,8または10デオキシヌクレオチドの中心”ギャッ
プ”領域を有していた。主鎖は一様にホスホロチオエー
トであった。ノーザンブロット分析において、これらの
オリゴヌクレオチドの三つすべて(ISIS6720,
6−デオキシギャップ;ISIS6717,8−デオキ
シギャップ;ISIS6729,10−デオキシギャッ
プ)がT24細胞におけるc−raf mRNA発現の
70%を超える阻害を示した。これらのオリゴヌクレオ
チドは好適である。8−デオキシギャップ化合物(67
17)は90%を超える阻害を示し、より好適である。
【0040】2’−O−メチル修飾の一つまたはそれ以
上の領域および一様なホスホロチオエート主鎖を有する
追加のキメラオリゴヌクレオチドを合成した。これらは
表3に示されている。すべてホスホロチオエートであ
り;ボールド体領域は2’−O−メチル修飾領域を示し
ている。
【0041】
【表3】
【0042】ノーザンブロット分析によりそれらがc−
raf mRNAを阻害する能力を試験し、ISIS7
848、7849、7851、7856、7855、7
854、7847および7853が70%より大きな阻
害を示し、好適である。これらの内、7851、785
5、7847、および7853が90%を超える阻害を
示し、より好適である。
【0043】種々の2’修飾を有する追加のキメラオリ
ゴヌクレオチドを合成し、試験した。これらは表4に示
されている。すべてホスホロチオエートであり;ボール
ド体領域は2’−修飾領域を示している。
【0044】
【表4】
【0045】これらの内、オリゴヌクレオチド672
0、6717、6729、9720および9058が好
適である。オリゴヌクレオチド6717、6729、9
720および9058がより好適である。
【0046】2’−O−プロピル糖修飾およびキメラP
=O/P=S主鎖を有する二つのキメラオリゴヌクレオ
チドも合成した。これらは表5に示されており、そこで
イタリック体領域は2’が修飾されかつホスホジエステ
ル主鎖を有する領域を示している。
【0047】
【表5】
【0048】癌細胞増殖の阻害 ホスホロチオエートオリゴヌクレオチドISIS513
2がT24膀胱癌細胞増殖を阻害することが示された。
細胞をリポフェクチン(オリゴヌクレオチド取り込みを
増加させるカチオン性脂質)とともに種々の濃度のオリ
ゴヌクレオチドで処理した。表6に示したように細胞増
殖の用量依存性阻害が示され、ここで”なし”は非処理
対照(オリゴヌクレオチドなし)を示し、”対照”は陰
性対照オリゴヌクレオチドで処理したことを示してい
る。結果は非処理対照と比較したパーセント阻害として
示されている。
【0049】
【表6】
【0050】T24ヒト膀胱癌腫瘍に対するISIS5
132の効果 ヌードマウスにおいて皮下ヒトT24膀胱癌腫移植片を
確立させ、ISIS5132および関連しない対照ホス
ホロチオエートオリゴヌクレオチドを25mg/kgの
用量で週に3回腹腔内に投与することにより処理した。
この予備的研究において、ISIS5132は11日後
対照と比較して35%腫瘍増殖を阻害した。オリゴヌク
レオチド処理腫瘍は研究期間を通して対照腫瘍より小さ
かった。 MDA−MB231乳癌腫瘍に対するISIS5132
の効果 ヌードマウスにおいて皮下ヒトMDA−MB231乳癌
腫移植片を確立させ、ISIS5132および関連しな
い対照ホスホロチオエートオリゴヌクレオチドを0.6
mg/kgまたは6.0mg/kgの用量で1日1回静
脈内に投与することにより処理した。ISIS5132
は27日後(研究の終了日)対照と比較して約80%腫
瘍増殖を阻害した。
【0051】ISIS5132はまた、ヌードマウス中
のMDA−MB231移植片に対し腹腔内に投与しても
有効であった。オリゴヌクレオチドは1日1回0.6m
g/kgまたは6.0mg/kgで投与した。27日後
(研究の終了日)、腫瘍体積は対照と比較して57%
(0.6mg/kg)または64%(6.0mg/k
g)阻害された。 MDA−MB231腫瘍におけるc−raf RNAレ
ベルに対するISIS5132の効果 RNAをMDA−MB231腫瘍移植片から単離し、ノ
ーザンブロットを実施してraf RNAレベルに対す
るオリゴヌクレオチドの効果を評価した。ISIS51
32は27日後に、静脈内投与の場合は67%および腹
腔内投与の場合は39%、raf RNAレベルを減少
させた(いずれも6mg/kg)。 Colo205ヒト結腸癌腫瘍に対するISIS513
2の効果 ヌードマウスにおいて皮下ヒトColo205結腸癌腫
移植片を確立させ、ISIS5132および関連しない
対照ホスホロチオエートオリゴヌクレオチドを、6.0
mg/kgの用量で1日1回静脈内に投与することによ
り処理した。この研究において、ISIS5132は2
5日後に対照と比較して40%以上腫瘍増殖を阻害し
た。 A549ヒト肺腺癌腫瘍に対するISIS5132の効
果 皮下ヒトA549肺腺癌異種移植片をオスBalb/c
ヌードマウスで確立させ、0.006から6.0mg/
kgの範囲の用量での静脈内注射による毎日の投与によ
りISIS5132および対照オリゴヌクレオチドで処
理した。図1に示されるように、ISIS5132はす
べての用量で用量応答的に腫瘍サイズを減少させた。ス
クランブル化rafオリゴヌクレオチドISIS103
53はどの用量でも効果はなかった(図2)。 A549腫瘍細胞におけるc−raf RNAレベルに
対するISIS5132の効果 A549腫瘍移植片からRNAを単離し、ノーザンブロ
ットを実施してrafRNAレベルに対するオリゴヌク
レオチドの効果を評価した。ISIS5132はraf
RNAレベルを段々と減少させ、それはオリゴ処理か
ら8時間後に始まった。実験を13日目で終了させた
時、RNAレベルはまだ減少しつつあり、対照の約15
%のレベルに達していた。 A549肺移植片腫瘍に対するISIS6717、2’
−O−メチルギャップ形成オリゴヌクレオチドの効果 表4に示したISIS6717、2’−O−メチルギャ
ップ形成オリゴヌクレオチドがA549腫瘍移植片増殖
を阻害する能力をISIS5132と比較した。0.0
06、0.06、0.6および6.0mg/kgの用量
での静脈内投与では、二つのオリゴヌクレオチドの腫瘍
増殖に対する効果は実質的に区別できなかった。従っ
て、ISIS6717は本発明の好適な態様である。 A−rafを標的とするアンチセンスオリゴヌクレオチ
ド A−raf mRNAの一部を標的とし、A−raf発
現を阻害するある種のオリゴヌクレオチドは細胞過増殖
の阻害に有用であると考えられる。そのようなアンチセ
ンスオリゴヌクレオチドを用いるA−raf発現阻害の
ための方法も同様に細胞過増殖の阻害に有用であると考
えられる。
【0052】表7に示したホスホロチオエート デオキ
シオリゴヌクレオチドをGenbank A−raf配
列HUMARAFIR(Genbankリストx047
90)を利用して設計し合成した。
【0053】
【表7】
【0054】オリゴヌクレオチドISIS9061、I
SIS9069およびISIS10228を、A54
9、T24およびNHDF細胞中のA−raf mRN
Aレベルに対するそれらの効果についてノーザンブロッ
ト分析により評価した。三つのオリゴヌクレオチドはす
べて三つの細胞型のすべてにおいて用量依存的様式でA
−rafRNAレベルを減少させ、すべての細胞型にお
いて500nMの用量で50%を超える阻害を示した。
最大阻害(88%)はT24細胞においてISIS90
61および9069で達成された。これら三つのオリゴ
ヌクレオチド(ISIS9061、9069および10
228)は好適であり、ISIS9061および906
9がより好適であった。 ラットおよびマウスc−rafを標的とするオリゴヌク
レオチドの同定 rafキナーゼにより媒介されると考えられている多く
の状態は、ヒトにおける研究を実施することができな
い。例えば、組織移植片拒否反応はraf発現を妨害す
ることにより改善されるように見える状態である;しか
し、明らかにこのことはヒト移植患者ではなく動物で評
価されねばならない。別のそのような例は再狭窄であ
る。しかしながら、これらの状態はここで使用したラッ
トおよびマウスモデルのような動物モデルでは試験可能
である。
【0055】ラットおよびマウス細胞でc−raf発現
を阻害するためのオリゴヌクレオチド配列が同定され
た。ラットおよびマウスc−raf遺伝子は高度に相同
的な領域を有している;ヒトc−rafを標的とするオ
リゴヌクレオチドの評価から得られた情報を用いてラッ
トおよびマウス両方のc−raf mRNA配列を標的
とする一連のオリゴヌクレオチドを設計し、合成した。
これらのオリゴヌクレオチドをノーザンブロット分析を
用いてマウスbEND細胞およびラットA−10細胞で
の活性についてスクリーニングした。オリゴヌクレオチ
ド(すべてホスホロチオエート)は表8に示されてい
る。
【0056】
【表8】
【0057】オリゴヌクレオチドISIS11061お
よび107070は400nMの用量でマウスbEND
細胞でのc−raf RNAレベルを90%を超えて阻
害することが見いだされた。これら二つのオリゴヌクレ
オチドは200nMの濃度でラットA−10細胞のra
f RNAレベルを実質的に完全に阻害した。ISIS
10707のIC50は、マウスbEND細胞で170
nMであり、ラットA−10細胞で85nMであること
が見いだされた。ISIS11061のIC50は、マ
ウスbEND細胞で85nMであり、ラットA−10細
胞で30nMであると決定された。 マウスにおける内在性c−raf RNA発現に対する
ISIS11061の効果 マウスに3日間毎日ISIS11061(50mg/k
g)または対照オリゴヌクレオチドまたは対照塩溶液を
腹腔内に注射した。動物を殺し、器官をノーザンブロッ
ト分析によりc−raf mRNA発現について分析し
た。ISIS11061は肝臓のc−raf mRNA
を約70%減少させることが観察された。対照オリゴヌ
クレオチドはc−raf発現には何の影響も与えなかっ
た。ISIS11061の効果はc−rafに特異的で
あった;A−rafおよびG3PDH RNAレベルは
オリゴヌクレオチド処理により影響を受けなかった。c
−rafに対するアンチセンスオリゴヌクレオチドはマ
ウス心臓同種移植モデルにおいて生存を延長させる同種
移植拒否反応を防止するc−rafアンチセンスオリゴ
ヌクレオチドISIS11061の治療的効果を決定す
るため、マウス血管新生化異所性心臓移植モデルにおけ
る活性についてこのオリゴヌクレオチドを試験した。本
質的にはIsobe etal.,Circulati
on 1991,84,1246−1255により記載
されているように、一次血管新生化移植片としてC57
BI10マウスからの心臓をC3Hマウスの腹部腔内へ
移植した。オリゴヌクレオチドを7日間アルゼットポン
プを通して連続的に静脈内投与した。非処理マウスの平
均同種移植片生存時間は7.83±0.75日であった
(7、7、8、8、8、9日)。20mg/kgまたは
40mg/kgのISIS11061で7日間処理した
マウスの同種移植片はすべて少なくとも11日生存して
いた(20mg/kgでは11、11、12日、および
40mg/kgでは>11、>11、>11日)。
【0058】ラットで行われた試験的研究では、Lew
isラットからの心臓をACIラットの腹部腔内へ移植
した。ラットにアルゼットポンプを通して20mg/k
gのISIS11061を7日間投与した。非処理ラッ
トの平均同種移植片生存時間は8.86±0.69日で
あった(8、8、9、9、9、9、10日)。オリゴヌ
クレオチド処理ラットの平均同種移植片生存時間は1
5.3±1.15日であった(14、16、16日)。 平滑筋細胞増殖に対するc−rafを標的とするアンチ
センスオリゴヌクレオチドの効果 平滑筋細胞増殖は、例えば血管形成術後のアテロームお
よび再狭窄のような血管狭窄の原因である。A−10ラ
ット平滑筋細胞の増殖に対するISIS11061の効
果を決定するために実験を行った。培養細胞をISIS
11061(リポフェクチンを加えて)を添加して、ま
たは添加せずに増殖させ、ウシ胎児血清で刺激後24時
間および48時間に細胞増殖を測定した。ISIS11
061(500nM)は用量応答的に血清刺激細胞増殖
を阻害することが観察され、24時間および48時間後
の最大阻害は各々46%および75%であった。この化
合物について200nMのIC50値が得られた。非相
関対照オリゴヌクレオチドは500nMの用量まで影響
を与えなかった。 ラットにおける再狭窄に対するc−rafを標的とする
アンチセンスオリゴヌクレオチドの効果 血管形成術再狭窄のラット頚動脈障害モデルは開発され
ており、c−myc癌遺伝子を標的とするアンチセンス
オリゴヌクレオチドの再狭窄に対する効果を評価するた
めに使用されてきた。Bennett et al.,
J.Cli.Invest.1994,93,820−
828。このモデルを用いて再狭窄に対するラットc−
rafを標的とするアンチセンスオリゴヌクレオチド
(特にISIS11061)の効果を評価することがで
きる。バルーンカテーテルによる頚動脈損傷に続いて、
オリゴヌクレオチドを静脈内注射、アルゼットポンプを
通した連続的静脈内投与またはBennettらにより
記載されているようなプルロニックゲルマトリックスで
の頚動脈への直接投与により投与する。回復後、ラット
を殺し、頚動脈を顕微鏡により試験して、ルミナール断
面積に対する処理の効果を決定する。
【0059】本発明は以下の実施例によりさらに例示さ
れるが、それらは例示のためだけであり、本発明を特定
の態様に制限することを意図しているものではない。
【0060】
【実施例】実施例1 オリゴヌクレオチドの合成および
特性付け 非修飾DNAオリゴヌクレオチドはヨウ素による酸化を
行う標準ホスホロアミダイト化学を用いて自動化DNA
合成機(Applied Biosystems モデ
ル380B)で合成した。β−シアノエチルジイソプロ
ピル ホスホロアミダイトはApplied Bios
ystems(Foster City,CA)から購
入した。ホスホロチオエート オリゴヌクレオチドにつ
いては、標準酸化ボトルをホスファイト結合の段階的チ
オ化のために0.2M H−1,2−ベンゾジチオール
−3−オン 1,1−ジオキシドのアセトニトリル溶液
で置き換えた。チオ化サイクル待ち時間は68秒に増加
し、続いてキャッピング工程を行った。2’−O−メチ
ル ホスホロチオエート オリゴヌクレオチドは2’−
O−メチル β−シアノエチルジイソプロピル−ホスホ
ロアミダイト(Chemgenes,Needham
MA)および非修飾オリゴヌクレオチドのための標準サ
イクル(ただし、テトラゾールおよび塩基のパルス運搬
後の待ち時間を360秒に延長した)を用いて合成し
た。合成の開始に使用した3’−塩基は2’−デオキシ
リボヌクレオチドであった。2’−O−プロピルオリゴ
ヌクレオチドはこの工程をわずかに変更して製造した。
【0061】2’−フルオロ ホスホロチオエートオリ
ゴヌクレオチドは5’−ジメトキシトリチル−3’−ホ
スホロアミダイトを用いて合成し、1990年1月11
日に出願された米国特許出願第463,358号および
1990年8月13日に出願された第566,977号
(これらは本出願と同一の譲渡人に譲渡されており、こ
こに引例として包含されている)に開示されているよう
に製造した。2’−フルオロ オリゴヌクレオチドはホ
スホロアミダイト化学を用い、および標準DNA合成プ
ロトコールをわずかに変更して製造された:脱保護は室
温でメタノール性アンモニアを用いて達成された。
【0062】制御細孔ガラスカラム(Applied
Biosystems)から切断し、濃水酸化アンモニ
ウム中55℃で18時間脱保護した後、オリゴヌクレオ
チドを2.5容量のエタノールで0.5M NaClか
ら二度沈澱させて精製した。分析ゲル電気泳動は20%
アクリルアミド、8M尿素、45mMトリスーホウ酸緩
衝液、pH7.0で実施した。オリゴデオキシヌクレオ
チドおよびそれらのホスホロチオエート類似体は80%
を超える完全長物質であることが電気泳動から判断され
た。 実施例2 c−raf mRNA発現阻害のノーザンブ
ロット分析 ヒト膀胱癌細胞株T24はAmerican Type
Culture Collection(Rockv
ille MD)から得た。細胞は10%熱不活性化ウ
シ胎児血清および各々50U/mlのペニシリンおよび
ストレプトマイシンを補給したL−グルタミンを含むマ
ッコイ5A培地(Gibco BRL,Gaither
sburg MD)で増殖させた。細胞は100mmプ
レートに播種した。それらが70%コンフルエントに達
したとき、オリゴヌクレオチドで処理した。プレートを
10mlの前もって温めたPBSおよび2.5μlのD
OTMAを含む5mlのOpti−MEM還元血清培地
で洗浄した。リポフェクチンを含むオリゴヌクレオチド
を所望の濃度まで添加した。処理して4時間後、培地を
マッコイ培地に置き換えた。オリゴヌクレオチド処理後
24から72時間後に細胞を集め、標準CsCl精製法
を用いてRNAを単離した。Kingston,R.
E.,Current Protocols in M
olecular Biology,(F.M.Aus
bel,R.Brent,R.E.Kingston,
D.D.Moore,J.A.Smith,J.G.S
eidman and K.Strahl,eds),
John Wiley andSons,NY。全RN
AはCsClクッション上での細胞溶解物の遠心分離に
より単離した。RNA試料は1.2%アガロースーホル
ムアルデヒド ゲルを通して電気泳動し,12−14時
間以上かけてキャピラリー拡散によりハイブリダイゼー
ション膜に移した。RNAはStratalinker
(Stratagene,La Jolla,CA)内
でUV光へ暴露することにより膜と架橋させ、ランダム
ープライム化32P−標識c−raf cDNAプロー
ブ(ATCCから得られた)または対照としてG3PD
Hプローブとハイブリダイズさせた。RNAはPhos
phorimager(Molecular Dyna
mics,Sunnyvale,CA)を用いて定量し
た。 実施例3 T24細胞におけるc−rafキナーゼ蛋白
質の特異的阻害 T24細胞をT=0およびT=24時間目にオリゴヌク
レオチド(200nM)およびリポフェクチンで処理し
た。蛋白質抽出物をT=48時間に調製し、アクリルア
ミドで電気泳動し、c−raf(UBI,Lake P
lacid,NY)またはA−raf(Transdu
ction Laboratories、Knoxvi
lle,TN)に対するポリクローナル抗体を用いるウ
ェスタンブロットにより分析した。放射性標識第二抗体
を使用し、raf蛋白質はPhosphorimage
r(Molecular Dynamics,Sunn
yvale,CA)を用いて定量した。 実施例4 細胞増殖のアンチセンス阻害 第0日にT24細胞を種々の濃度のオリゴヌクレオチド
およびリポフェクチンで2時間処理した(50nMオリ
ゴヌクレオチドおよび2μg/mlリポフェクチン;1
00nMオリゴヌクレオチドおよび2μg/mlリポフ
ェクチン;250nMオリゴヌクレオチドおよび6μg
/mlリポフェクチンまたは500nMオリゴヌクレオ
チドおよび10μg/mlリポフェクチン)。第1日に
細胞を所望のオリゴヌクレオチド濃度で2時間、2回目
の処理を行った。第2日に細胞を計数した。 実施例5 ヌードマウスにおけるT24ヒト膀胱癌腫瘍
異種移植片に対するISIS5132の効果 5x106のT24細胞をヌードマウスの右内側腿の皮
下に移植した。オリゴヌクレオチド(塩溶液に懸濁した
ISIS5132および非相関対照ホスホロチオエート
オリゴヌクレオチド)を腫瘍細胞接種4日後から週に3
回投与した。塩溶液のみの対照もまた実施した。オリゴ
ヌクレオチドは腹腔内注射により与えた。オリゴヌクレ
オチド用量は25mg/kgであった。処理から11、
15および18日目に腫瘍サイズを測定し、腫瘍体積を
計算した。 実施例6 ヌードマウスにおけるMDA−MB231ヒ
ト乳癌腫瘍異種移植片に対するISIS5132の効果 5x106のMDA−MB231細胞をヌードマウスの
右内側腿の皮下に移植した。オリゴヌクレオチド(塩溶
液に懸濁したISIS5132および非相関対照ホスホ
ロチオエートオリゴヌクレオチド)を腫瘍細胞接種10
日後から毎日1回投与した。塩溶液のみの対照もまた実
施された。オリゴヌクレオチドは0.6mg/kgまた
は6.0mg/kgの用量で静脈内注射により与えた。
腫瘍細胞接種の10、13、16、20、23および2
7日後に腫瘍サイズを測定し、腫瘍体積を計算した。
【0063】腹腔内オリゴヌクレオチド投与において
は、オリゴヌクレオチドを腫瘍細胞接種10日後から毎
日1回投与した。塩溶液のみの対照もまた実施された。
オリゴヌクレオチドは0.6mg/kgまたは6.0m
g/kgの用量で腹腔内注射により与えた。腫瘍細胞接
種の10、13、16、20、23および27日後に腫
瘍サイズを測定し、腫瘍体積を計算した。 実施例7 ヌードマウスにおけるColo205ヒト結
腸癌腫瘍異種移植片に対するISIS5132の効果 5x106のColo205細胞をヌードマウスの右内
側腿の皮下に移植した。オリゴヌクレオチド(塩溶液に
懸濁したISIS5132および非相関対照ホスホロチ
オエートオリゴヌクレオチド)を腫瘍細胞接種5日後か
ら毎日1回投与した。塩溶液のみの対照もまた実施され
た。オリゴヌクレオチドは静脈内注射により与えた。オ
リゴヌクレオチド用量は6mg/kgであった。腫瘍細
胞接種の5、8、11、14、18、22および25日
後に腫瘍サイズを測定し、腫瘍体積を計算した。 実施例8 ヌードマウスにおける異種移植片を用いたr
af付随腫瘍のための診断アッセイ 本アッセイを用いて、raf発現により生じる腫瘍を診
断し他の腫瘍と区別する。腫瘍のバイオプシ試料を処理
して(例えば、コラゲナーゼまたはトリプシンまたは他
の常法により)、腫瘍の塊を解離させた。5x106の
腫瘍細胞をヌードマウスの右内側腿の皮下に移植した。
塩溶液に懸濁したアンチセンスオリゴヌクレオチド(例
えば、ISIS5132)を腫瘍細胞接種4日後から週
に3回一つまたはそれ以上のマウスに投与した。対照マ
ウスには塩溶液のみを投与した。オリゴヌクレオチド用
量は25mg/kgであった。処理の11日後に腫瘍サ
イズを測定し、腫瘍体積を計算した。オリゴヌクレオチ
ド処理マウスの腫瘍体積を対照マウスのものと比較し
た。処理マウスのraf付随腫瘍の体積は対照マウスよ
り測定可能なほど小さかった。raf発現以外の原因で
生じる腫瘍はrafを標的とするオリゴヌクレオチドに
応答しないと予測され、したがってオリゴヌクレオチド
処理および対照マウスの腫瘍容量は等しい。 実施例9 raf発現の検出 オリゴヌクレオチドを合成後、ポリヌクレオチドキナー
ゼで5’末端を32Pで放射性標識した。Sambro
ok et al.,Molecular Cloni
ng.A Laboratory Manual,Co
ld Spring Harbor Laborato
ry Press,1989,第2巻,pg.11.3
1−11.32。放射性標識オリゴヌクレオチドを特異
的ハイブリダイゼーションを起こすことができる条件
下、腫瘍バイオプシ試料または乾癬が疑われる皮膚試料
のようなraf発現が疑われる組織または細胞試料と接
触させ、試料を洗浄して非結合オリゴヌクレオチドを除
去した。試料に残存する放射活性は結合オリゴヌクレオ
チドを示し、シンチレーションカウンターまたは他の通
常手段を用いて定量した。
【0064】本発明の放射標識オリゴヌクレオチドはま
たオートラジオグラフィーでも使用される。組織切片を
放射性標識オリゴヌクレオチドで処理し、上記のように
洗浄した後、標準オートラジオグラフィー法に従って写
真用感光乳剤を暴露した。乳剤を現像するとrafを発
現している領域の銀粒子のイメージが得られた。raf
発現の程度は銀粒子を定量することにより決定された。
【0065】raf発現の蛍光検出のための類似のアッ
セイは、フルオレセインまたは他の蛍光標識で標識され
た本発明のオリゴヌクレオチドを使用した。標識化DN
Aオリゴヌクレオチドはヨウ素による酸化を行う標準ホ
スホロアミダイト化学を用いて自動化DNA合成機(A
pplied Biosystems モデル380
B)で合成した。β−シアノエチルジイソプロピル ホ
スホロアミダイトはApplied Biosyste
ms(Foster City,CA)から購入した。
フルオレセイン−標識アミダイトはGlen Rese
arch(Sterling VA)から購入された。
オリゴヌクレオチドおよび生物試料のインキュベーショ
ンは放射性標識オリゴヌクレオチドで記載したように実
施したが、raf発現を示す蛍光を検出するためにはシ
ンチレーションカウンターの代わりに蛍光光度計または
蛍光顕微鏡を使用した。 実施例10:A549異種移植片 5x106のA549細胞をヌードマウスの右内側腿の
皮下に移植した。塩溶液に懸濁したオリゴヌクレオチド
(ISIS5132およびスクランブルraf対照ホス
ホロチオエートオリゴヌクレオチド、ISIS1035
3)を、0.006から6.0mg/kgの範囲の容量
で毎日1回静脈内に注射することにより投与した。生じ
た腫瘍は9、12、17および21日後に測定し、腫瘍
容量を計算した。 実施例11:内因性c−raf発現に対するオリゴヌク
レオチドの効果 マウスを第1、2および3日に50mg/kgのオリゴ
ヌクレオチド用量で腹腔内注射することにより処理し
た。第4日に動物を殺し、ノーザンブロット分析による
c−raf mRNAアッセイのために器官を除去し
た。4群の動物を用いた:1)オリゴヌクレオチド処理
なし(塩溶液);2)陰性対照オリゴヌクレオチドIS
IS1082(単純ヘルペスウイルスを標的とする);
3)陰性対照オリゴヌクレオチド4189(マウス蛋白
質キナーゼC−αを標的とする);4)げっし類c−r
afを標的とするISIS11061。 実施例12:心臓同種移植片モデル 本質的にIsobe etal.,Circulati
on 1991,84,1246−1255により記載
されているように、一次血管新生化移植片として心臓を
ラットまたはマウス(ドナーとは異なる種)の腹部腔内
へ移植した。オリゴヌクレオチドは7日間アルゼットポ
ンプを通して連続的に静脈内投与した。心臓同種移植片
の生存は腹部腔の第二の心拍の存在を聞くことによりモ
ニターした。 実施例13:ラットA−10平滑筋細胞を用いる増殖ア
ッセイ A10細胞を10%ウシ胎児血清を加えたダルベッコ改
良イーグル培地(DMEM)を含む96−ウェルプレー
トに入れ、24時間放置して付着させた。更に24時間
0.2%ウシ胎児血清を加えたダルベッコ改良イーグル
培地(DMEM)で細胞を静止させた。静止の最後の4
時間の間に細胞を無血清培地に溶解したISIS110
61+リポフェクチン(Gibco−BRL,Beth
esdaMD)で処理した。次に、培地を除いて新鮮な
培地に交換し、細胞を10%ウシ胎児血清で刺激した。
次にプレートをインキュベーター内に置き、血清刺激の
24および48時間後にMTSのホルマザンへの変換に
より細胞増殖を評価した(Promega 細胞増殖キ
ット)。対照オリゴヌクレオチドISIS1082(単
純ヘルペスウイルスを標的とする非相関オリゴヌクレオ
チド)もまた試験した。 実施例14:ラット頚動脈再狭窄モデル このモデルはBennett et al.,J.Cl
in.Invest.1994,93,820−828
により記載されている。ラット頚動脈のバルンカテーテ
ル拡張により動脈内膜過形成を誘導した。ラットを麻酔
し、20mlの塩溶液で膨張させるバルン塞栓切除術カ
テーテルを通過させることにより総頚動脈損傷を誘導し
た。オリゴヌクレオチドはプルロニックゲル溶液として
動脈壁の外膜表面に適用した。オリゴヌクレオチドは4
℃で0.25%プルロニックゲル溶液(F127、BA
SF Corp.)に所望の用量で溶解した。100μ
lのゲル溶液を損傷直後の総頚動脈の末端3分の1に適
用した。対照ラットは対照オリゴヌクレオチドを含むま
たはオリゴヌクレオチドを含まないゲルで同様に処理し
た。首の傷を縫合し、動物を回復させた。14日後にラ
ットを殺してしゃ血し、そのままパラホルムアルデヒド
およびグルタルアルデヒドで潅流して頚動脈を固定し、
切り出して顕微鏡用に調製した。動脈の断面積を計算し
た。
【0066】プルロニックゲル投与法と別の方法では、
ラットをオリゴヌクレオチドの静脈注射または連続的静
脈内注入(アルゼットポンプを通して)により処理す
る。
【0067】
【配列表】
<110> ISIS Pharmaceuticals, Inc <120> Antisense Oligonucleotide Modulation of raf
Gene Expression <130> 000014 <150> JP 8-501257 <151> 1995-5-31 <150> US 08/250856 <151> 1994-5-31 <160> 40 <210> 1 <211> 20 <212> DNA <213> human <400> 1 tgaaggtgag ctggagccat 20 <210> 2 <211> 20 <212> DNA <213> human <400> 2 gctccattga tgcagcttaa 20 <210> 3 <211> 20 <212> DNA <213> human <400> 3 ccctgtatgt gctccattga 20 <210> 4 <211> 20 <212> DNA <213> human <400> 4 ggtgcaaagt caactagaag 20 <210> 5 <211> 20 <212> DNA <213> human <400> 5 attcttaaac ctgagggagc 20 <210> 6 <211> 20 <212> DNA <213> human <400> 6 gatgcagctt aaacaattct 20 <210> 7 <211> 20 <212> DNA <213> human <400> 7 cagcactgca aatggcttcc 20 <210> 8 <211> 20 <212> DNA <213> human <400> 8 tcccgcctgt gacatgcatt 20 <210> 9 <211> 20 <212> DNA <213> human <400> 9 gccgagtgcc ttgcctggaa 20 <210> 10 <211> 20 <212> DNA <213> human <400> 10 agagatgcag ctggagccat 20 <210> 11 <211> 20 <212> DNA <213> human <400> 11 aggtgaaggc ctggagccat 20 <210> 12 <211> 20 <212> DNA <213> human <400> 121 gtctggcgct gcaccactct 20 <210> 13 <211> 20 <212> DNA <213> human <400> 13 ctgatttcca aaatcccatg 20 <210> 14 <211> 20 <212> DNA <213> human <400> 14 ctgggctgtt tggtgcctta 20 <210> 15 <211> 20 <212> DNA <213> human <400> 15 tcagggctgg actgcctgct 20 <210> 16 <211> 20 <212> DNA <213> human <400> 16 ggtgagggag cgggaggcgg 20 <210> 17 <211> 20 <212> DNA <213> human <400> 17 cgctcctcct ccccgcggcg 20 <210> 18 <211> 20 <212> DNA <213> human <400> 18 ttcggcggca gcttctcgcc 20 <210> 19 <211> 20 <212> DNA <213> human <400> 19 gccgccccaa cgtcctgtcg 20 <210> 20 <211> 20 <212> DNA <213> human <400> 20 tcctcctccc cgcggcgggt 20 <210> 21 <211> 20 <212> DNA <213> human <400> 21 ctcgcccgct cctcctcccc 20 <210> 22 <211> 20 <212> DNA <213> human <400> 22 ctggcttctc ctcctcccct 20 <210> 23 <211> 20 <212> DNA <213> human <400> 23 cgggaggcgg tcacattcgg 20 <210> 24 <211> 20 <212> DNA <213> human <400> 24 tctggcgctg caccactctc 20 <210> 25 <211> 20 <212> DNA <213> human <400> 25 ttctcgcccg ctcctcctcc 20 <210> 26 <211> 20 <212> DNA <213> human <400> 26 ttctcctcct cccctggcag 20 <210> 27 <211> 20 <212> DNA <213> human <400> 27 cctgctggct tctcctcctc 20 <210> 28 <211> 20 <212> DNA <213> human <400> 28 gtcaagatgg gctgaggtgg 20 <210> 29 <211> 20 <212> DNA <213> human <400> 29 ccatcccgga cagtcaccac 20 <210> 30 <211> 20 <212> DNA <213> human <400> 30 atgagctcct cgccatccag 20 <210> 31 <211> 20 <212> DNA <213> human <400> 31 aatgctggtg gaacttgtag 20 <210> 32 <211> 20 <212> DNA <213> human <400> 32 ccggtacccc aggttcttca 20 <210> 33 <211> 20 <212> DNA <213> human <400> 33 ctgggcagtc tgccgggcca 20 <210> 34 <211> 20 <212> DNA <213> human <400> 34 cacctcagct gccatccaca 20 <210> 35 <211> 20 <212> DNA <213> human <400> 35 gagattttgc tgaggtccgg 20 <210> 36 <211> 20 <212> DNA <213> human <400> 36 gcactccgct caatcttggg 20 <210> 37 <211> 20 <212> DNA <213> human <400> 37 ctaaggcaca aggcgggctg 20 <210> 38 <211> 20 <212> DNA <213> human <400> 38 acgaacattg attggctggt 20 <210> 39 <211> 20 <212> DNA <213> human <400> 39 gtatccccaa agccaagagg <210> 40 <211> 20 <212> DNA <213> human <400> 40 catcagggca gagacgaaca
【図面の簡単な説明】
【図1】 図1は、ヌードマウスにおけるA549肺腫
瘍異種移植片の増殖に対するISIS5132の効果を
示している折れ線グラフである。ISIS5132はす
べての用量で(0.006mg/kg;0.06mg/
kg;0.6mg/kg;および6.0mg/kg)用
量応答的に腫瘍サイズを減少させた。
【図2】 図2は、ヌードマウスにおけるA549肺腫
瘍異種移植片の増殖に対するスクランブル化対照オリゴ
ヌクレオチドISIS10353の効果を示している折
れ線グラフである。スクランブル化rafオリゴヌクレ
オチド、ISIS10353はどの用量でも効果を示さ
なかった。
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.7 識別記号 FI A61P 43/00 105 A61P 43/00 105 (72)発明者 ボッグズ,ラッセル・ティー アメリカ合衆国カリフォルニア州92007, カーディフ−バイ−ザ−シー,オックス フォード・アベニュー 2317 (56)参考文献 米国特許4740463(US,A) Eur.J.Immunol.,23, 3146−3150(1993) Nucl.Acids Res.,15 (2),595−609(1987) Nucl.Acids Res.,14 (2),1009−1015(1986) Chem.Rev.,90(4),548 −550,558,571−573(1990) Stanley T.Crooke et al.,”Antisense Research and Appli cations”,published 1993 by CRC Press, p.13−16 (58)調査した分野(Int.Cl.7,DB名) C12N 15/00 - 15/90 BIOSIS(DIALOG) WPI(DIALOG)

Claims (24)

    (57)【特許請求の範囲】
  1. 【請求項1】 ヒトA−rafをコードするmRNAを
    標的とし、かつraf発現を阻害しうる、配列番号2
    9、37または40を有する、20から50ヌクレオチ
    ド長さのオリゴヌクレオチド。
  2. 【請求項2】 少なくとも1つのホスホロチオエート結
    合を有する、請求項1記載のオリゴヌクレオチド。
  3. 【請求項3】 オリゴヌクレオチドのヌクレオチドユニ
    ットの少なくとも1つが糖部分の2’位で修飾されてい
    る、請求項1記載のオリゴヌクレオチド。
  4. 【請求項4】 前記糖部分の2’位における修飾が2’
    −O−アルキルまたは2’−フルオロ修飾である、請求
    項3記載のオリゴヌクレオチド。
  5. 【請求項5】 ヒトA−rafをコードするmRNAを
    標的とし、標的親和性を増強するように修飾されている
    少なくとも1つのヌクレオチドを有する第1の領域およ
    びRNAseHの基質である第2の領域を含む、配列番
    号29、37または40を有する、20から50ヌクレ
    オチド長さのキメラオリゴヌクレオチドであって、ra
    fの発現を阻害しうることを特徴とするキメラオリゴヌ
    クレオチド。
  6. 【請求項6】 標的親和性を増強するように修飾されて
    いるヌクレオチドが糖部分の2’位で修飾されている、
    請求項5記載のオリゴヌクレオチド。
  7. 【請求項7】 糖部分の2’位における修飾が2’−O
    −アルキルまたは2’−フルオロ修飾である、請求項6
    記載のオリゴヌクレオチド。
  8. 【請求項8】 RNAseHの基質である領域が少なく
    とも1つの2’−デオキシヌクレオチドを含む、請求項
    5記載のオリゴヌクレオチド。
  9. 【請求項9】 少なくとも1つのホスホロチオエート結
    合を有する、請求項5記載のオリゴヌクレオチド。
  10. 【請求項10】 インビトロまたはヒトを除く動物にお
    いてヒトrafの発現を阻害する方法であって、ヒトr
    afを発現する組織または細胞を、請求項1−9のいず
    れかに記載のオリゴヌクレオチドと接触させることを含
    む方法。
  11. 【請求項11】 前記ヒトrafの発現が異常な発現で
    ある、請求項10記載の方法。
  12. 【請求項12】 前記オリゴヌクレオチドがキメラオリ
    ゴヌクレオチドである、請求項10記載の方法。
  13. 【請求項13】 前記オリゴヌクレオチドが少なくとも
    1つのホスホロチオエート結合を有する請求項10記載
    の方法。
  14. 【請求項14】 インビトロまたはヒトを除く動物にお
    いて細胞の過増殖を阻害する方法であって、過増殖細胞
    を請求項1−9のいずれかに記載のオリゴヌクレオチド
    と接触させることを含む方法。
  15. 【請求項15】 前記オリゴヌクレオチドがキメラオリ
    ゴヌクレオチドである、請求項14記載の方法。
  16. 【請求項16】 前記オリゴヌクレオチドが少なくとも
    1つのホスホロチオエート結合を有する請求項14記載
    の方法。
  17. 【請求項17】 ヒトを除く動物において異常な増殖性
    状態を処置する方法であって、異常な増殖性状態を有す
    ると疑われる患者または前記患者の細胞、組織もしくは
    体液を、請求項1−9のいずれかに記載のオリゴヌクレ
    オチドと接触させることを含む方法。。
  18. 【請求項18】 状態が過増殖性疾患である、請求項1
    7記載の方法。
  19. 【請求項19】 過増殖性疾患が癌、再狭窄、乾癬また
    はT−細胞の活性化および成長により特徴づけられる疾
    患である、請求項18記載の方法。
  20. 【請求項20】 前記オリゴヌクレオチドがキメラオリ
    ゴヌクレオチドである、請求項17記載の方法。
  21. 【請求項21】 前記オリゴヌクレオチドが少なくとも
    1つのホスホロチオエート結合を有する請求項17記載
    の方法。
  22. 【請求項22】 ヒトrafの発現を阻害するための医
    薬組成物であって、請求項1−9のいずれかに記載のオ
    リゴヌクレオチドを含む組成物。
  23. 【請求項23】 細胞の過増殖を阻害するための医薬組
    成物であって、請求項1−9のいずれかに記載のオリゴ
    ヌクレオチドを含む組成物。
  24. 【請求項24】 異常な増殖性状態を処置するための医
    薬組成物であって、請求項1−9のいずれかに記載のオ
    リゴヌクレオチドを含む組成物。
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