JP2024515920A - 固形腫瘍標的化骨格を有する細胞及びその使用 - Google Patents
固形腫瘍標的化骨格を有する細胞及びその使用 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2024515920A JP2024515920A JP2023540538A JP2023540538A JP2024515920A JP 2024515920 A JP2024515920 A JP 2024515920A JP 2023540538 A JP2023540538 A JP 2023540538A JP 2023540538 A JP2023540538 A JP 2023540538A JP 2024515920 A JP2024515920 A JP 2024515920A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- cell
- cells
- receptor
- seq
- domain
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 title claims description 178
- 230000008685 targeting Effects 0.000 title claims description 45
- 239000012636 effector Substances 0.000 claims abstract description 89
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 64
- 230000001976 improved effect Effects 0.000 claims abstract description 33
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims abstract description 33
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 claims abstract description 33
- 229940076838 Immune checkpoint inhibitor Drugs 0.000 claims abstract description 22
- 239000012274 immune-checkpoint protein inhibitor Substances 0.000 claims abstract description 22
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 claims description 755
- 102000005962 receptors Human genes 0.000 claims description 157
- 108020003175 receptors Proteins 0.000 claims description 157
- 108010019670 Chimeric Antigen Receptors Proteins 0.000 claims description 115
- 239000000427 antigen Substances 0.000 claims description 103
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 claims description 103
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 claims description 103
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 claims description 96
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 claims description 96
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 claims description 94
- 101000917839 Homo sapiens Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III-B Proteins 0.000 claims description 86
- 101000917858 Homo sapiens Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III-A Proteins 0.000 claims description 84
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 claims description 84
- 102100029185 Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III-B Human genes 0.000 claims description 83
- 210000001744 T-lymphocyte Anatomy 0.000 claims description 79
- 230000011664 signaling Effects 0.000 claims description 77
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims description 76
- 108090000172 Interleukin-15 Proteins 0.000 claims description 69
- 102000003812 Interleukin-15 Human genes 0.000 claims description 69
- 210000000822 natural killer cell Anatomy 0.000 claims description 67
- 108020001507 fusion proteins Proteins 0.000 claims description 66
- 102000037865 fusion proteins Human genes 0.000 claims description 66
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 claims description 63
- -1 TCR Proteins 0.000 claims description 62
- 230000027455 binding Effects 0.000 claims description 56
- 150000001413 amino acids Chemical group 0.000 claims description 55
- 108010018951 Interleukin-8B Receptors Proteins 0.000 claims description 53
- 102100031585 ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1 Human genes 0.000 claims description 51
- 101000777636 Homo sapiens ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1 Proteins 0.000 claims description 51
- 108091008874 T cell receptors Proteins 0.000 claims description 49
- 102000016266 T-Cell Antigen Receptors Human genes 0.000 claims description 49
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims description 48
- 102000004127 Cytokines Human genes 0.000 claims description 47
- 108090000695 Cytokines Proteins 0.000 claims description 47
- 125000006850 spacer group Chemical group 0.000 claims description 45
- 108010047041 Complementarity Determining Regions Proteins 0.000 claims description 43
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 claims description 43
- 102000009410 Chemokine receptor Human genes 0.000 claims description 39
- 108050000299 Chemokine receptor Proteins 0.000 claims description 39
- 230000003834 intracellular effect Effects 0.000 claims description 38
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 claims description 38
- 102100034922 T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain Human genes 0.000 claims description 37
- 101000946843 Homo sapiens T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain Proteins 0.000 claims description 35
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims description 35
- 101001109501 Homo sapiens NKG2-D type II integral membrane protein Proteins 0.000 claims description 34
- 102100022680 NKG2-D type II integral membrane protein Human genes 0.000 claims description 34
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 claims description 34
- 101001012157 Homo sapiens Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 Proteins 0.000 claims description 32
- 102100030086 Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 Human genes 0.000 claims description 32
- 102100027213 T-cell-specific surface glycoprotein CD28 Human genes 0.000 claims description 31
- 102100036856 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9 Human genes 0.000 claims description 31
- 101000914514 Homo sapiens T-cell-specific surface glycoprotein CD28 Proteins 0.000 claims description 27
- 101000851370 Homo sapiens Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9 Proteins 0.000 claims description 27
- 210000002865 immune cell Anatomy 0.000 claims description 27
- 230000036961 partial effect Effects 0.000 claims description 27
- 102100038077 CD226 antigen Human genes 0.000 claims description 26
- 102000003675 cytokine receptors Human genes 0.000 claims description 26
- 108010057085 cytokine receptors Proteins 0.000 claims description 26
- 102100029360 Hematopoietic cell signal transducer Human genes 0.000 claims description 22
- 101000884298 Homo sapiens CD226 antigen Proteins 0.000 claims description 22
- 101000990188 Homo sapiens Hematopoietic cell signal transducer Proteins 0.000 claims description 22
- 102100038717 TYRO protein tyrosine kinase-binding protein Human genes 0.000 claims description 22
- 210000000130 stem cell Anatomy 0.000 claims description 22
- 210000003958 hematopoietic stem cell Anatomy 0.000 claims description 21
- 108010017411 Interleukin-21 Receptors Proteins 0.000 claims description 20
- 108010002586 Interleukin-7 Proteins 0.000 claims description 20
- 102100033630 Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DS2 Human genes 0.000 claims description 20
- 101710158238 Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DS2 Proteins 0.000 claims description 20
- 101000716102 Homo sapiens T-cell surface glycoprotein CD4 Proteins 0.000 claims description 19
- 102100036011 T-cell surface glycoprotein CD4 Human genes 0.000 claims description 19
- 238000011467 adoptive cell therapy Methods 0.000 claims description 19
- 101000809875 Homo sapiens TYRO protein tyrosine kinase-binding protein Proteins 0.000 claims description 18
- 102100029198 SLAM family member 7 Human genes 0.000 claims description 18
- 230000000735 allogeneic effect Effects 0.000 claims description 18
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 claims description 18
- 101000581981 Homo sapiens Neural cell adhesion molecule 1 Proteins 0.000 claims description 17
- 102100027347 Neural cell adhesion molecule 1 Human genes 0.000 claims description 17
- 102100026224 Transmembrane and immunoglobulin domain-containing protein 2 Human genes 0.000 claims description 17
- 238000013411 master cell bank Methods 0.000 claims description 17
- 108010087819 Fc receptors Proteins 0.000 claims description 16
- 102000009109 Fc receptors Human genes 0.000 claims description 16
- 101000633784 Homo sapiens SLAM family member 7 Proteins 0.000 claims description 16
- 108010004217 Natural Cytotoxicity Triggering Receptor 1 Proteins 0.000 claims description 16
- 102100032870 Natural cytotoxicity triggering receptor 1 Human genes 0.000 claims description 16
- 102100025237 T-cell surface antigen CD2 Human genes 0.000 claims description 16
- 238000003780 insertion Methods 0.000 claims description 16
- 230000037431 insertion Effects 0.000 claims description 16
- 101000764622 Homo sapiens Transmembrane and immunoglobulin domain-containing protein 2 Proteins 0.000 claims description 15
- 102100037877 Intercellular adhesion molecule 1 Human genes 0.000 claims description 15
- 108010004222 Natural Cytotoxicity Triggering Receptor 3 Proteins 0.000 claims description 15
- 102100032851 Natural cytotoxicity triggering receptor 2 Human genes 0.000 claims description 15
- 102100032852 Natural cytotoxicity triggering receptor 3 Human genes 0.000 claims description 15
- 229960002204 daratumumab Drugs 0.000 claims description 15
- 239000003814 drug Substances 0.000 claims description 15
- 230000003394 haemopoietic effect Effects 0.000 claims description 15
- 239000003446 ligand Substances 0.000 claims description 15
- 102100031573 Hematopoietic progenitor cell antigen CD34 Human genes 0.000 claims description 14
- 101000777663 Homo sapiens Hematopoietic progenitor cell antigen CD34 Proteins 0.000 claims description 14
- 101000934346 Homo sapiens T-cell surface antigen CD2 Proteins 0.000 claims description 14
- 230000001965 increasing effect Effects 0.000 claims description 14
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 claims description 14
- 230000002688 persistence Effects 0.000 claims description 14
- 230000004044 response Effects 0.000 claims description 14
- 102000052185 transforming growth factor beta receptor activity proteins Human genes 0.000 claims description 14
- 108700015056 transforming growth factor beta receptor activity proteins Proteins 0.000 claims description 14
- 238000011282 treatment Methods 0.000 claims description 14
- 102100039498 Cytotoxic T-lymphocyte protein 4 Human genes 0.000 claims description 13
- 101000589305 Homo sapiens Natural cytotoxicity triggering receptor 2 Proteins 0.000 claims description 13
- 101001117317 Homo sapiens Programmed cell death 1 ligand 1 Proteins 0.000 claims description 13
- 102000017578 LAG3 Human genes 0.000 claims description 13
- 102100024216 Programmed cell death 1 ligand 1 Human genes 0.000 claims description 13
- 108700019146 Transgenes Proteins 0.000 claims description 13
- 230000010056 antibody-dependent cellular cytotoxicity Effects 0.000 claims description 13
- 102100021593 Interleukin-7 receptor subunit alpha Human genes 0.000 claims description 12
- 210000003719 b-lymphocyte Anatomy 0.000 claims description 12
- 230000004186 co-expression Effects 0.000 claims description 12
- 150000007523 nucleic acids Chemical group 0.000 claims description 12
- 229940124597 therapeutic agent Drugs 0.000 claims description 12
- 239000013598 vector Substances 0.000 claims description 12
- 102100032912 CD44 antigen Human genes 0.000 claims description 11
- 102100028967 HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain G Human genes 0.000 claims description 11
- 108010024164 HLA-G Antigens Proteins 0.000 claims description 11
- 102100034458 Hepatitis A virus cellular receptor 2 Human genes 0.000 claims description 11
- 101000834898 Homo sapiens Alpha-synuclein Proteins 0.000 claims description 11
- 101000868273 Homo sapiens CD44 antigen Proteins 0.000 claims description 11
- 101000889276 Homo sapiens Cytotoxic T-lymphocyte protein 4 Proteins 0.000 claims description 11
- 101001055144 Homo sapiens Interleukin-2 receptor subunit alpha Proteins 0.000 claims description 11
- 101001137987 Homo sapiens Lymphocyte activation gene 3 protein Proteins 0.000 claims description 11
- 101000611936 Homo sapiens Programmed cell death protein 1 Proteins 0.000 claims description 11
- 101000652359 Homo sapiens Spermatogenesis-associated protein 2 Proteins 0.000 claims description 11
- 102100026878 Interleukin-2 receptor subunit alpha Human genes 0.000 claims description 11
- 102000016715 Transforming Growth Factor beta Receptors Human genes 0.000 claims description 11
- 230000001086 cytosolic effect Effects 0.000 claims description 11
- 230000004927 fusion Effects 0.000 claims description 11
- 230000004936 stimulating effect Effects 0.000 claims description 11
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 claims description 10
- 101710131799 Interleukin-7 receptor subunit alpha Proteins 0.000 claims description 10
- 101150069255 KLRC1 gene Proteins 0.000 claims description 10
- 102100030301 MHC class I polypeptide-related sequence A Human genes 0.000 claims description 10
- 101100404845 Macaca mulatta NKG2A gene Proteins 0.000 claims description 10
- 102100022682 NKG2-A/NKG2-B type II integral membrane protein Human genes 0.000 claims description 10
- 108010092867 Transforming Growth Factor beta Receptors Proteins 0.000 claims description 10
- 239000012642 immune effector Substances 0.000 claims description 10
- 229940121354 immunomodulator Drugs 0.000 claims description 10
- 239000010445 mica Substances 0.000 claims description 10
- 229910052618 mica group Inorganic materials 0.000 claims description 10
- 210000005259 peripheral blood Anatomy 0.000 claims description 10
- 239000011886 peripheral blood Substances 0.000 claims description 10
- 230000032258 transport Effects 0.000 claims description 10
- 102000002627 4-1BB Ligand Human genes 0.000 claims description 9
- 108010082808 4-1BB Ligand Proteins 0.000 claims description 9
- 206010006187 Breast cancer Diseases 0.000 claims description 9
- 208000026310 Breast neoplasm Diseases 0.000 claims description 9
- 108010066687 Epithelial Cell Adhesion Molecule Proteins 0.000 claims description 9
- 102100028970 HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E Human genes 0.000 claims description 9
- 102100026122 High affinity immunoglobulin gamma Fc receptor I Human genes 0.000 claims description 9
- 101000986085 Homo sapiens HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E Proteins 0.000 claims description 9
- 101000913074 Homo sapiens High affinity immunoglobulin gamma Fc receptor I Proteins 0.000 claims description 9
- 101000599852 Homo sapiens Intercellular adhesion molecule 1 Proteins 0.000 claims description 9
- 101000868279 Homo sapiens Leukocyte surface antigen CD47 Proteins 0.000 claims description 9
- 101001063392 Homo sapiens Lymphocyte function-associated antigen 3 Proteins 0.000 claims description 9
- 101000831007 Homo sapiens T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains Proteins 0.000 claims description 9
- 102100032913 Leukocyte surface antigen CD47 Human genes 0.000 claims description 9
- 102100030984 Lymphocyte function-associated antigen 3 Human genes 0.000 claims description 9
- 102100024834 T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains Human genes 0.000 claims description 9
- 230000000981 bystander Effects 0.000 claims description 9
- 239000000710 homodimer Substances 0.000 claims description 9
- 230000007124 immune defense Effects 0.000 claims description 9
- RJBDSRWGVYNDHL-XNJNKMBASA-N (2S,4R,5S,6S)-2-[(2S,3R,4R,5S,6R)-5-[(2S,3R,4R,5R,6R)-3-acetamido-4,5-dihydroxy-6-(hydroxymethyl)oxan-2-yl]oxy-2-[(2R,3S,4R,5R,6R)-4,5-dihydroxy-2-(hydroxymethyl)-6-[(E,2R,3S)-3-hydroxy-2-(octadecanoylamino)octadec-4-enoxy]oxan-3-yl]oxy-3-hydroxy-6-(hydroxymethyl)oxan-4-yl]oxy-5-amino-6-[(1S,2R)-2-[(2S,4R,5S,6S)-5-amino-2-carboxy-4-hydroxy-6-[(1R,2R)-1,2,3-trihydroxypropyl]oxan-2-yl]oxy-1,3-dihydroxypropyl]-4-hydroxyoxane-2-carboxylic acid Chemical compound CCCCCCCCCCCCCCCCCC(=O)N[C@H](CO[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O[C@@H]2O[C@H](CO)[C@H](O[C@@H]3O[C@H](CO)[C@H](O)[C@H](O)[C@H]3NC(C)=O)[C@H](O[C@@]3(C[C@@H](O)[C@H](N)[C@H](O3)[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@]3(C[C@@H](O)[C@H](N)[C@H](O3)[C@H](O)[C@H](O)CO)C(O)=O)C(O)=O)[C@H]2O)[C@H](O)[C@H]1O)[C@@H](O)\C=C\CCCCCCCCCCCCC RJBDSRWGVYNDHL-XNJNKMBASA-N 0.000 claims description 8
- 101001005269 Arabidopsis thaliana Ceramide synthase 1 LOH3 Proteins 0.000 claims description 8
- 101001005312 Arabidopsis thaliana Ceramide synthase LOH1 Proteins 0.000 claims description 8
- 102100041003 Glutamate carboxypeptidase 2 Human genes 0.000 claims description 8
- 101000892862 Homo sapiens Glutamate carboxypeptidase 2 Proteins 0.000 claims description 8
- 101001109503 Homo sapiens NKG2-C type II integral membrane protein Proteins 0.000 claims description 8
- 108010065805 Interleukin-12 Proteins 0.000 claims description 8
- 102000013462 Interleukin-12 Human genes 0.000 claims description 8
- 108020003285 Isocitrate lyase Proteins 0.000 claims description 8
- 102000003735 Mesothelin Human genes 0.000 claims description 8
- 108090000015 Mesothelin Proteins 0.000 claims description 8
- 102100022683 NKG2-C type II integral membrane protein Human genes 0.000 claims description 8
- 102100040678 Programmed cell death protein 1 Human genes 0.000 claims description 8
- 101000668858 Spinacia oleracea 30S ribosomal protein S1, chloroplastic Proteins 0.000 claims description 8
- 101000898746 Streptomyces clavuligerus Clavaminate synthase 1 Proteins 0.000 claims description 8
- 239000000556 agonist Substances 0.000 claims description 8
- 239000002246 antineoplastic agent Substances 0.000 claims description 8
- 229940127089 cytotoxic agent Drugs 0.000 claims description 8
- 230000003013 cytotoxicity Effects 0.000 claims description 8
- 231100000135 cytotoxicity Toxicity 0.000 claims description 8
- 238000012217 deletion Methods 0.000 claims description 8
- 230000037430 deletion Effects 0.000 claims description 8
- 208000014829 head and neck neoplasm Diseases 0.000 claims description 8
- 239000012528 membrane Substances 0.000 claims description 8
- 230000002285 radioactive effect Effects 0.000 claims description 8
- 102100030346 Antigen peptide transporter 1 Human genes 0.000 claims description 7
- 102100030343 Antigen peptide transporter 2 Human genes 0.000 claims description 7
- 102100022005 B-lymphocyte antigen CD20 Human genes 0.000 claims description 7
- 102100020986 DNA-binding protein RFX5 Human genes 0.000 claims description 7
- 102100021044 DNA-binding protein RFXANK Human genes 0.000 claims description 7
- 102100025137 Early activation antigen CD69 Human genes 0.000 claims description 7
- 101000897405 Homo sapiens B-lymphocyte antigen CD20 Proteins 0.000 claims description 7
- 101000916050 Homo sapiens C-X-C chemokine receptor type 3 Proteins 0.000 claims description 7
- 101100382122 Homo sapiens CIITA gene Proteins 0.000 claims description 7
- 101001075432 Homo sapiens DNA-binding protein RFX5 Proteins 0.000 claims description 7
- 101001075464 Homo sapiens DNA-binding protein RFXANK Proteins 0.000 claims description 7
- 101000934374 Homo sapiens Early activation antigen CD69 Proteins 0.000 claims description 7
- 101001068133 Homo sapiens Hepatitis A virus cellular receptor 2 Proteins 0.000 claims description 7
- 101001057504 Homo sapiens Interferon-stimulated gene 20 kDa protein Proteins 0.000 claims description 7
- 101001023712 Homo sapiens Nectin-3 Proteins 0.000 claims description 7
- 101000979565 Homo sapiens Protein NLRC5 Proteins 0.000 claims description 7
- 101001075466 Homo sapiens Regulatory factor X-associated protein Proteins 0.000 claims description 7
- 101000687808 Homo sapiens Suppressor of cytokine signaling 2 Proteins 0.000 claims description 7
- 101000946860 Homo sapiens T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain Proteins 0.000 claims description 7
- 102100026371 MHC class II transactivator Human genes 0.000 claims description 7
- 108700002010 MHC class II transactivator Proteins 0.000 claims description 7
- 108010023335 Member 2 Subfamily B ATP Binding Cassette Transporter Proteins 0.000 claims description 7
- 102100035487 Nectin-3 Human genes 0.000 claims description 7
- 102100023432 Protein NLRC5 Human genes 0.000 claims description 7
- 102100021043 Regulatory factor X-associated protein Human genes 0.000 claims description 7
- 102100024784 Suppressor of cytokine signaling 2 Human genes 0.000 claims description 7
- 102100035794 T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain Human genes 0.000 claims description 7
- 101800000849 Tachykinin-associated peptide 2 Proteins 0.000 claims description 7
- 102100028082 Tapasin Human genes 0.000 claims description 7
- 210000000601 blood cell Anatomy 0.000 claims description 7
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 claims description 7
- 230000007812 deficiency Effects 0.000 claims description 7
- 210000004700 fetal blood Anatomy 0.000 claims description 7
- 230000008595 infiltration Effects 0.000 claims description 7
- 238000001764 infiltration Methods 0.000 claims description 7
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 claims description 7
- 230000004083 survival effect Effects 0.000 claims description 7
- 108010059434 tapasin Proteins 0.000 claims description 7
- 102100029822 B- and T-lymphocyte attenuator Human genes 0.000 claims description 6
- 102100038080 B-cell receptor CD22 Human genes 0.000 claims description 6
- 102100024222 B-lymphocyte antigen CD19 Human genes 0.000 claims description 6
- 206010005003 Bladder cancer Diseases 0.000 claims description 6
- 102100028990 C-X-C chemokine receptor type 3 Human genes 0.000 claims description 6
- 102100038078 CD276 antigen Human genes 0.000 claims description 6
- 108010022366 Carcinoembryonic Antigen Proteins 0.000 claims description 6
- 102100025475 Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 5 Human genes 0.000 claims description 6
- 206010009944 Colon cancer Diseases 0.000 claims description 6
- 208000001333 Colorectal Neoplasms Diseases 0.000 claims description 6
- 102100039061 Cytokine receptor common subunit beta Human genes 0.000 claims description 6
- 206010014733 Endometrial cancer Diseases 0.000 claims description 6
- 206010014759 Endometrial neoplasm Diseases 0.000 claims description 6
- 102100031940 Epithelial cell adhesion molecule Human genes 0.000 claims description 6
- 208000000461 Esophageal Neoplasms Diseases 0.000 claims description 6
- 101000864344 Homo sapiens B- and T-lymphocyte attenuator Proteins 0.000 claims description 6
- 101000884305 Homo sapiens B-cell receptor CD22 Proteins 0.000 claims description 6
- 101000980825 Homo sapiens B-lymphocyte antigen CD19 Proteins 0.000 claims description 6
- 101000884279 Homo sapiens CD276 antigen Proteins 0.000 claims description 6
- 101001033280 Homo sapiens Cytokine receptor common subunit beta Proteins 0.000 claims description 6
- 101000998120 Homo sapiens Interleukin-3 receptor subunit alpha Proteins 0.000 claims description 6
- 101000934338 Homo sapiens Myeloid cell surface antigen CD33 Proteins 0.000 claims description 6
- 101000914484 Homo sapiens T-lymphocyte activation antigen CD80 Proteins 0.000 claims description 6
- 108010064593 Intercellular Adhesion Molecule-1 Proteins 0.000 claims description 6
- 108010002350 Interleukin-2 Proteins 0.000 claims description 6
- 102000000588 Interleukin-2 Human genes 0.000 claims description 6
- 102100033493 Interleukin-3 receptor subunit alpha Human genes 0.000 claims description 6
- 206010058467 Lung neoplasm malignant Diseases 0.000 claims description 6
- 102100025243 Myeloid cell surface antigen CD33 Human genes 0.000 claims description 6
- 206010030155 Oesophageal carcinoma Diseases 0.000 claims description 6
- 206010033128 Ovarian cancer Diseases 0.000 claims description 6
- 206010061535 Ovarian neoplasm Diseases 0.000 claims description 6
- 208000004337 Salivary Gland Neoplasms Diseases 0.000 claims description 6
- 206010061934 Salivary gland cancer Diseases 0.000 claims description 6
- 208000005718 Stomach Neoplasms Diseases 0.000 claims description 6
- 102100027222 T-lymphocyte activation antigen CD80 Human genes 0.000 claims description 6
- 210000000173 T-lymphoid precursor cell Anatomy 0.000 claims description 6
- 208000007097 Urinary Bladder Neoplasms Diseases 0.000 claims description 6
- 229960003852 atezolizumab Drugs 0.000 claims description 6
- 229950002916 avelumab Drugs 0.000 claims description 6
- 230000008878 coupling Effects 0.000 claims description 6
- 238000010168 coupling process Methods 0.000 claims description 6
- 238000005859 coupling reaction Methods 0.000 claims description 6
- 238000012258 culturing Methods 0.000 claims description 6
- 201000004101 esophageal cancer Diseases 0.000 claims description 6
- 206010017758 gastric cancer Diseases 0.000 claims description 6
- 201000010536 head and neck cancer Diseases 0.000 claims description 6
- 230000001506 immunosuppresive effect Effects 0.000 claims description 6
- 201000005202 lung cancer Diseases 0.000 claims description 6
- 208000020816 lung neoplasm Diseases 0.000 claims description 6
- 230000014759 maintenance of location Effects 0.000 claims description 6
- 229960003301 nivolumab Drugs 0.000 claims description 6
- 229960002621 pembrolizumab Drugs 0.000 claims description 6
- 239000002243 precursor Substances 0.000 claims description 6
- 201000011549 stomach cancer Diseases 0.000 claims description 6
- 201000005112 urinary bladder cancer Diseases 0.000 claims description 6
- CMSMOCZEIVJLDB-UHFFFAOYSA-N Cyclophosphamide Chemical compound ClCCN(CCCl)P1(=O)NCCCO1 CMSMOCZEIVJLDB-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 5
- 101000851376 Homo sapiens Tumor necrosis factor receptor superfamily member 8 Proteins 0.000 claims description 5
- 206010062016 Immunosuppression Diseases 0.000 claims description 5
- 108090000174 Interleukin-10 Proteins 0.000 claims description 5
- 102000003814 Interleukin-10 Human genes 0.000 claims description 5
- 102000004388 Interleukin-4 Human genes 0.000 claims description 5
- 108090000978 Interleukin-4 Proteins 0.000 claims description 5
- 102100029204 Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor II-a Human genes 0.000 claims description 5
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims description 5
- 102100036857 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 8 Human genes 0.000 claims description 5
- 230000006907 apoptotic process Effects 0.000 claims description 5
- 230000005754 cellular signaling Effects 0.000 claims description 5
- 229960004397 cyclophosphamide Drugs 0.000 claims description 5
- 229960000390 fludarabine Drugs 0.000 claims description 5
- GIUYCYHIANZCFB-FJFJXFQQSA-N fludarabine phosphate Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC(F)=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(O)=O)[C@@H](O)[C@@H]1O GIUYCYHIANZCFB-FJFJXFQQSA-N 0.000 claims description 5
- 239000003102 growth factor Substances 0.000 claims description 5
- 230000008629 immune suppression Effects 0.000 claims description 5
- 230000002401 inhibitory effect Effects 0.000 claims description 5
- YOHYSYJDKVYCJI-UHFFFAOYSA-N n-[3-[[6-[3-(trifluoromethyl)anilino]pyrimidin-4-yl]amino]phenyl]cyclopropanecarboxamide Chemical compound FC(F)(F)C1=CC=CC(NC=2N=CN=C(NC=3C=C(NC(=O)C4CC4)C=CC=3)C=2)=C1 YOHYSYJDKVYCJI-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 5
- 102000040650 (ribonucleotides)n+m Human genes 0.000 claims description 4
- 108010008014 B-Cell Maturation Antigen Proteins 0.000 claims description 4
- 102000006942 B-Cell Maturation Antigen Human genes 0.000 claims description 4
- 102100026094 C-type lectin domain family 12 member A Human genes 0.000 claims description 4
- 108700012439 CA9 Proteins 0.000 claims description 4
- 102100024217 CAMPATH-1 antigen Human genes 0.000 claims description 4
- 102100024210 CD166 antigen Human genes 0.000 claims description 4
- 101710203996 CD226 antigen Proteins 0.000 claims description 4
- 102100027207 CD27 antigen Human genes 0.000 claims description 4
- 108010062433 CD28 Antigens Proteins 0.000 claims description 4
- 101150013553 CD40 gene Proteins 0.000 claims description 4
- 108010065524 CD52 Antigen Proteins 0.000 claims description 4
- 102100024423 Carbonic anhydrase 9 Human genes 0.000 claims description 4
- 108010009685 Cholinergic Receptors Proteins 0.000 claims description 4
- 102100026234 Cytokine receptor common subunit gamma Human genes 0.000 claims description 4
- 101710189311 Cytokine receptor common subunit gamma Proteins 0.000 claims description 4
- 241000701022 Cytomegalovirus Species 0.000 claims description 4
- 102100021197 G-protein coupled receptor family C group 5 member D Human genes 0.000 claims description 4
- 108090000288 Glycoproteins Proteins 0.000 claims description 4
- 102000003886 Glycoproteins Human genes 0.000 claims description 4
- 101710083479 Hepatitis A virus cellular receptor 2 homolog Proteins 0.000 claims description 4
- 102000034815 High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit gamma Human genes 0.000 claims description 4
- 108091010847 High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit gamma Proteins 0.000 claims description 4
- 101000912622 Homo sapiens C-type lectin domain family 12 member A Proteins 0.000 claims description 4
- 101000980840 Homo sapiens CD166 antigen Proteins 0.000 claims description 4
- 101000914511 Homo sapiens CD27 antigen Proteins 0.000 claims description 4
- 101001040713 Homo sapiens G-protein coupled receptor family C group 5 member D Proteins 0.000 claims description 4
- 101100232351 Homo sapiens IL12RB1 gene Proteins 0.000 claims description 4
- 101000605528 Homo sapiens Kallikrein-2 Proteins 0.000 claims description 4
- 101000945331 Homo sapiens Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DL4 Proteins 0.000 claims description 4
- 101000945340 Homo sapiens Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DS1 Proteins 0.000 claims description 4
- 101000917826 Homo sapiens Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor II-a Proteins 0.000 claims description 4
- 101000917824 Homo sapiens Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor II-b Proteins 0.000 claims description 4
- 101001005728 Homo sapiens Melanoma-associated antigen 1 Proteins 0.000 claims description 4
- 101000633778 Homo sapiens SLAM family member 5 Proteins 0.000 claims description 4
- 101000874179 Homo sapiens Syndecan-1 Proteins 0.000 claims description 4
- 101000914496 Homo sapiens T-cell antigen CD7 Proteins 0.000 claims description 4
- 101000934341 Homo sapiens T-cell surface glycoprotein CD5 Proteins 0.000 claims description 4
- 101000655352 Homo sapiens Telomerase reverse transcriptase Proteins 0.000 claims description 4
- 102000026633 IL6 Human genes 0.000 claims description 4
- 108090000177 Interleukin-11 Proteins 0.000 claims description 4
- 102000003815 Interleukin-11 Human genes 0.000 claims description 4
- 102100020790 Interleukin-12 receptor subunit beta-1 Human genes 0.000 claims description 4
- 102100020793 Interleukin-13 receptor subunit alpha-2 Human genes 0.000 claims description 4
- 101710112634 Interleukin-13 receptor subunit alpha-2 Proteins 0.000 claims description 4
- 102000003810 Interleukin-18 Human genes 0.000 claims description 4
- 108090000171 Interleukin-18 Proteins 0.000 claims description 4
- 102100026879 Interleukin-2 receptor subunit beta Human genes 0.000 claims description 4
- 101710154942 Interleukin-2 receptor subunit beta Proteins 0.000 claims description 4
- 102100030704 Interleukin-21 Human genes 0.000 claims description 4
- 108090001005 Interleukin-6 Proteins 0.000 claims description 4
- 102000000585 Interleukin-9 Human genes 0.000 claims description 4
- 108010002335 Interleukin-9 Proteins 0.000 claims description 4
- 102100038356 Kallikrein-2 Human genes 0.000 claims description 4
- 102100033633 Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DL4 Human genes 0.000 claims description 4
- 102100033631 Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DS1 Human genes 0.000 claims description 4
- 102100025050 Melanoma-associated antigen 1 Human genes 0.000 claims description 4
- 102100038082 Natural killer cell receptor 2B4 Human genes 0.000 claims description 4
- 101710141230 Natural killer cell receptor 2B4 Proteins 0.000 claims description 4
- 108090000028 Neprilysin Proteins 0.000 claims description 4
- 102000003729 Neprilysin Human genes 0.000 claims description 4
- 108010012255 Neural Cell Adhesion Molecule L1 Proteins 0.000 claims description 4
- 102100024964 Neural cell adhesion molecule L1 Human genes 0.000 claims description 4
- 108060006580 PRAME Proteins 0.000 claims description 4
- 102000036673 PRAME Human genes 0.000 claims description 4
- 101710120463 Prostate stem cell antigen Proteins 0.000 claims description 4
- 102100036735 Prostate stem cell antigen Human genes 0.000 claims description 4
- 108010076504 Protein Sorting Signals Proteins 0.000 claims description 4
- 101001039269 Rattus norvegicus Glycine N-methyltransferase Proteins 0.000 claims description 4
- 102100029216 SLAM family member 5 Human genes 0.000 claims description 4
- 102100035721 Syndecan-1 Human genes 0.000 claims description 4
- 102100027208 T-cell antigen CD7 Human genes 0.000 claims description 4
- 229940126547 T-cell immunoglobulin mucin-3 Drugs 0.000 claims description 4
- 102100037906 T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain Human genes 0.000 claims description 4
- 101710156660 T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain Proteins 0.000 claims description 4
- 102100025244 T-cell surface glycoprotein CD5 Human genes 0.000 claims description 4
- 101710187864 TYRO protein tyrosine kinase-binding protein Proteins 0.000 claims description 4
- 102100022153 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4 Human genes 0.000 claims description 4
- 101710165473 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4 Proteins 0.000 claims description 4
- 102100040245 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5 Human genes 0.000 claims description 4
- 101710165434 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9 Proteins 0.000 claims description 4
- 108010053099 Vascular Endothelial Growth Factor Receptor-2 Proteins 0.000 claims description 4
- 102100022748 Wilms tumor protein Human genes 0.000 claims description 4
- 101710127857 Wilms tumor protein Proteins 0.000 claims description 4
- 102000034337 acetylcholine receptors Human genes 0.000 claims description 4
- 229950009791 durvalumab Drugs 0.000 claims description 4
- 108010087914 epidermal growth factor receptor VIII Proteins 0.000 claims description 4
- 102000052116 epidermal growth factor receptor activity proteins Human genes 0.000 claims description 4
- 108700015053 epidermal growth factor receptor activity proteins Proteins 0.000 claims description 4
- 229940124622 immune-modulator drug Drugs 0.000 claims description 4
- 230000001939 inductive effect Effects 0.000 claims description 4
- 108010074108 interleukin-21 Proteins 0.000 claims description 4
- 229960005386 ipilimumab Drugs 0.000 claims description 4
- 229950007752 isatuximab Drugs 0.000 claims description 4
- 229950001907 monalizumab Drugs 0.000 claims description 4
- 239000007787 solid Substances 0.000 claims description 4
- 229960000575 trastuzumab Drugs 0.000 claims description 4
- 102100022464 5'-nucleotidase Human genes 0.000 claims description 3
- 101710149863 C-C chemokine receptor type 4 Proteins 0.000 claims description 3
- 102100032976 CCR4-NOT transcription complex subunit 6 Human genes 0.000 claims description 3
- 102100035139 Folate receptor alpha Human genes 0.000 claims description 3
- 208000002250 Hematologic Neoplasms Diseases 0.000 claims description 3
- 101000678236 Homo sapiens 5'-nucleotidase Proteins 0.000 claims description 3
- 101000878602 Homo sapiens Immunoglobulin alpha Fc receptor Proteins 0.000 claims description 3
- 101000610551 Homo sapiens Prominin-1 Proteins 0.000 claims description 3
- 101000884271 Homo sapiens Signal transducer CD24 Proteins 0.000 claims description 3
- 102100038005 Immunoglobulin alpha Fc receptor Human genes 0.000 claims description 3
- 108010043610 KIR Receptors Proteins 0.000 claims description 3
- 102000002698 KIR Receptors Human genes 0.000 claims description 3
- 102100040120 Prominin-1 Human genes 0.000 claims description 3
- 102100038081 Signal transducer CD24 Human genes 0.000 claims description 3
- 102100033177 Vascular endothelial growth factor receptor 2 Human genes 0.000 claims description 3
- 239000005557 antagonist Substances 0.000 claims description 3
- 230000001605 fetal effect Effects 0.000 claims description 3
- 102000006495 integrins Human genes 0.000 claims description 3
- 108010044426 integrins Proteins 0.000 claims description 3
- 239000013589 supplement Substances 0.000 claims description 3
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 claims description 3
- 229950004593 ublituximab Drugs 0.000 claims description 3
- FSPQCTGGIANIJZ-UHFFFAOYSA-N 2-[[(3,4-dimethoxyphenyl)-oxomethyl]amino]-4,5,6,7-tetrahydro-1-benzothiophene-3-carboxamide Chemical compound C1=C(OC)C(OC)=CC=C1C(=O)NC1=C(C(N)=O)C(CCCC2)=C2S1 FSPQCTGGIANIJZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- AHLWZBVXSWOPPL-RGYGYFBISA-N 20-deoxy-20-oxophorbol 12-myristate 13-acetate Chemical compound C([C@]1(O)C(=O)C(C)=C[C@H]1[C@@]1(O)[C@H](C)[C@H]2OC(=O)CCCCCCCCCCCCC)C(C=O)=C[C@H]1[C@H]1[C@]2(OC(C)=O)C1(C)C AHLWZBVXSWOPPL-RGYGYFBISA-N 0.000 claims description 2
- 102100026402 Adhesion G protein-coupled receptor E2 Human genes 0.000 claims description 2
- 208000023275 Autoimmune disease Diseases 0.000 claims description 2
- 101000840545 Bacillus thuringiensis L-isoleucine-4-hydroxylase Proteins 0.000 claims description 2
- 108091032955 Bacterial small RNA Proteins 0.000 claims description 2
- 102100037086 Bone marrow stromal antigen 2 Human genes 0.000 claims description 2
- 108010008629 CA-125 Antigen Proteins 0.000 claims description 2
- 102100024263 CD160 antigen Human genes 0.000 claims description 2
- 108010062802 CD66 antigens Proteins 0.000 claims description 2
- 102100025221 CD70 antigen Human genes 0.000 claims description 2
- 108060001253 CD99 Proteins 0.000 claims description 2
- 102000024905 CD99 Human genes 0.000 claims description 2
- 108010021064 CTLA-4 Antigen Proteins 0.000 claims description 2
- 229940045513 CTLA4 antagonist Drugs 0.000 claims description 2
- 102000000905 Cadherin Human genes 0.000 claims description 2
- 108050007957 Cadherin Proteins 0.000 claims description 2
- 101100463133 Caenorhabditis elegans pdl-1 gene Proteins 0.000 claims description 2
- 102100025570 Cancer/testis antigen 1 Human genes 0.000 claims description 2
- 102100024533 Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1 Human genes 0.000 claims description 2
- 102100021396 Cell surface glycoprotein CD200 receptor 1 Human genes 0.000 claims description 2
- 101710178046 Chorismate synthase 1 Proteins 0.000 claims description 2
- 101710093674 Cyclic nucleotide-gated cation channel beta-1 Proteins 0.000 claims description 2
- 101710152695 Cysteine synthase 1 Proteins 0.000 claims description 2
- 102100036466 Delta-like protein 3 Human genes 0.000 claims description 2
- 102000001301 EGF receptor Human genes 0.000 claims description 2
- 102100029722 Ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 1 Human genes 0.000 claims description 2
- 108050001931 Folate receptor alpha Proteins 0.000 claims description 2
- 102100035143 Folate receptor gamma Human genes 0.000 claims description 2
- 102100030595 HLA class II histocompatibility antigen gamma chain Human genes 0.000 claims description 2
- 206010066476 Haematological malignancy Diseases 0.000 claims description 2
- 101000718211 Homo sapiens Adhesion G protein-coupled receptor E2 Proteins 0.000 claims description 2
- 101000740785 Homo sapiens Bone marrow stromal antigen 2 Proteins 0.000 claims description 2
- 101000761938 Homo sapiens CD160 antigen Proteins 0.000 claims description 2
- 101000934356 Homo sapiens CD70 antigen Proteins 0.000 claims description 2
- 101000856237 Homo sapiens Cancer/testis antigen 1 Proteins 0.000 claims description 2
- 101000969553 Homo sapiens Cell surface glycoprotein CD200 receptor 1 Proteins 0.000 claims description 2
- 101000916489 Homo sapiens Chondroitin sulfate proteoglycan 4 Proteins 0.000 claims description 2
- 101000928513 Homo sapiens Delta-like protein 3 Proteins 0.000 claims description 2
- 101001012447 Homo sapiens Ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 1 Proteins 0.000 claims description 2
- 101000851181 Homo sapiens Epidermal growth factor receptor Proteins 0.000 claims description 2
- 101000920667 Homo sapiens Epithelial cell adhesion molecule Proteins 0.000 claims description 2
- 101001023230 Homo sapiens Folate receptor alpha Proteins 0.000 claims description 2
- 101001023202 Homo sapiens Folate receptor gamma Proteins 0.000 claims description 2
- 101001082627 Homo sapiens HLA class II histocompatibility antigen gamma chain Proteins 0.000 claims description 2
- 101001037256 Homo sapiens Indoleamine 2,3-dioxygenase 1 Proteins 0.000 claims description 2
- 101000994365 Homo sapiens Integrin alpha-6 Proteins 0.000 claims description 2
- 101001078143 Homo sapiens Integrin alpha-IIb Proteins 0.000 claims description 2
- 101001063456 Homo sapiens Leucine-rich repeat-containing G-protein coupled receptor 5 Proteins 0.000 claims description 2
- 101000984189 Homo sapiens Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 2 Proteins 0.000 claims description 2
- 101000971513 Homo sapiens Natural killer cells antigen CD94 Proteins 0.000 claims description 2
- 101001109698 Homo sapiens Nuclear receptor subfamily 4 group A member 2 Proteins 0.000 claims description 2
- 101001098352 Homo sapiens OX-2 membrane glycoprotein Proteins 0.000 claims description 2
- 101000904196 Homo sapiens Pancreatic secretory granule membrane major glycoprotein GP2 Proteins 0.000 claims description 2
- 101000829725 Homo sapiens Phospholipid hydroperoxide glutathione peroxidase Proteins 0.000 claims description 2
- 101001056234 Homo sapiens Sperm mitochondrial-associated cysteine-rich protein Proteins 0.000 claims description 2
- 101000662909 Homo sapiens T cell receptor beta constant 1 Proteins 0.000 claims description 2
- 101000662902 Homo sapiens T cell receptor beta constant 2 Proteins 0.000 claims description 2
- 101000596234 Homo sapiens T-cell surface protein tactile Proteins 0.000 claims description 2
- 101000831496 Homo sapiens Toll-like receptor 3 Proteins 0.000 claims description 2
- 101000979190 Homo sapiens Transcription factor MafB Proteins 0.000 claims description 2
- 101000666896 Homo sapiens V-type immunoglobulin domain-containing suppressor of T-cell activation Proteins 0.000 claims description 2
- 102100040061 Indoleamine 2,3-dioxygenase 1 Human genes 0.000 claims description 2
- 102100032816 Integrin alpha-6 Human genes 0.000 claims description 2
- 102100025306 Integrin alpha-IIb Human genes 0.000 claims description 2
- 101150030213 Lag3 gene Proteins 0.000 claims description 2
- 102100031036 Leucine-rich repeat-containing G-protein coupled receptor 5 Human genes 0.000 claims description 2
- 102100025583 Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 2 Human genes 0.000 claims description 2
- 102100020943 Leukocyte-associated immunoglobulin-like receptor 1 Human genes 0.000 claims description 2
- 102100028198 Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor Human genes 0.000 claims description 2
- 101710150918 Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor Proteins 0.000 claims description 2
- 108010061593 Member 14 Tumor Necrosis Factor Receptors Proteins 0.000 claims description 2
- 108010008707 Mucin-1 Proteins 0.000 claims description 2
- 102100023123 Mucin-16 Human genes 0.000 claims description 2
- 101100346932 Mus musculus Muc1 gene Proteins 0.000 claims description 2
- 102100021462 Natural killer cells antigen CD94 Human genes 0.000 claims description 2
- 102100022676 Nuclear receptor subfamily 4 group A member 2 Human genes 0.000 claims description 2
- 101710163270 Nuclease Proteins 0.000 claims description 2
- 102100037589 OX-2 membrane glycoprotein Human genes 0.000 claims description 2
- 102100035591 POU domain, class 2, transcription factor 2 Human genes 0.000 claims description 2
- 101710084411 POU domain, class 2, transcription factor 2 Proteins 0.000 claims description 2
- 241001602688 Pama Species 0.000 claims description 2
- 102100024019 Pancreatic secretory granule membrane major glycoprotein GP2 Human genes 0.000 claims description 2
- 101710089372 Programmed cell death protein 1 Proteins 0.000 claims description 2
- 102100032831 Protein ITPRID2 Human genes 0.000 claims description 2
- 102000004022 Protein-Tyrosine Kinases Human genes 0.000 claims description 2
- 108090000412 Protein-Tyrosine Kinases Proteins 0.000 claims description 2
- 101150066717 Rara gene Proteins 0.000 claims description 2
- 102100020718 Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3 Human genes 0.000 claims description 2
- 101710151245 Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3 Proteins 0.000 claims description 2
- 102100023606 Retinoic acid receptor alpha Human genes 0.000 claims description 2
- 101001037255 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) Indoleamine 2,3-dioxygenase Proteins 0.000 claims description 2
- 229940100514 Syk tyrosine kinase inhibitor Drugs 0.000 claims description 2
- 102100037272 T cell receptor beta constant 1 Human genes 0.000 claims description 2
- 102100037298 T cell receptor beta constant 2 Human genes 0.000 claims description 2
- 101710165202 T-cell surface antigen CD2 Proteins 0.000 claims description 2
- 102100035268 T-cell surface protein tactile Human genes 0.000 claims description 2
- 238000010459 TALEN Methods 0.000 claims description 2
- 102100024324 Toll-like receptor 3 Human genes 0.000 claims description 2
- 108010043645 Transcription Activator-Like Effector Nucleases Proteins 0.000 claims description 2
- 102100023234 Transcription factor MafB Human genes 0.000 claims description 2
- 102100025946 Transforming growth factor beta activator LRRC32 Human genes 0.000 claims description 2
- 101710169732 Transforming growth factor beta activator LRRC32 Proteins 0.000 claims description 2
- 101710106438 Transmembrane and immunoglobulin domain-containing protein 2 Proteins 0.000 claims description 2
- 101800000385 Transmembrane protein Proteins 0.000 claims description 2
- 102100040653 Tryptophan 2,3-dioxygenase Human genes 0.000 claims description 2
- 102100028785 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 14 Human genes 0.000 claims description 2
- 102100038282 V-type immunoglobulin domain-containing suppressor of T-cell activation Human genes 0.000 claims description 2
- 108010073929 Vascular Endothelial Growth Factor A Proteins 0.000 claims description 2
- 102000005789 Vascular Endothelial Growth Factors Human genes 0.000 claims description 2
- 108010019530 Vascular Endothelial Growth Factors Proteins 0.000 claims description 2
- 208000036142 Viral infection Diseases 0.000 claims description 2
- 229960000548 alemtuzumab Drugs 0.000 claims description 2
- SRHNADOZAAWYLV-XLMUYGLTSA-N alpha-L-Fucp-(1->2)-beta-D-Galp-(1->4)-[alpha-L-Fucp-(1->3)]-beta-D-GlcpNAc Chemical compound O[C@H]1[C@H](O)[C@H](O)[C@H](C)O[C@H]1O[C@H]1[C@H](O[C@H]2[C@@H]([C@@H](NC(C)=O)[C@H](O)O[C@@H]2CO)O[C@H]2[C@H]([C@H](O)[C@H](O)[C@H](C)O2)O)O[C@H](CO)[C@H](O)[C@@H]1O SRHNADOZAAWYLV-XLMUYGLTSA-N 0.000 claims description 2
- 229960000106 biosimilars Drugs 0.000 claims description 2
- 229950002903 bivatuzumab Drugs 0.000 claims description 2
- 210000003850 cellular structure Anatomy 0.000 claims description 2
- 229960005395 cetuximab Drugs 0.000 claims description 2
- 229960002806 daclizumab Drugs 0.000 claims description 2
- 229940127276 delta-like ligand 3 Drugs 0.000 claims description 2
- 229960004497 dinutuximab Drugs 0.000 claims description 2
- 229960004137 elotuzumab Drugs 0.000 claims description 2
- IJJVMEJXYNJXOJ-UHFFFAOYSA-N fluquinconazole Chemical compound C=1C=C(Cl)C=C(Cl)C=1N1C(=O)C2=CC(F)=CC=C2N=C1N1C=NC=N1 IJJVMEJXYNJXOJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- 101150022222 foxp1 gene Proteins 0.000 claims description 2
- 150000002270 gangliosides Chemical class 0.000 claims description 2
- 238000003881 globally optimized alternating phase rectangular pulse Methods 0.000 claims description 2
- 230000006801 homologous recombination Effects 0.000 claims description 2
- 238000002744 homologous recombination Methods 0.000 claims description 2
- 108010025001 leukocyte-associated immunoglobulin-like receptor 1 Proteins 0.000 claims description 2
- 239000003226 mitogen Substances 0.000 claims description 2
- 229960003347 obinutuzumab Drugs 0.000 claims description 2
- 229960002450 ofatumumab Drugs 0.000 claims description 2
- 244000052769 pathogen Species 0.000 claims description 2
- 230000001717 pathogenic effect Effects 0.000 claims description 2
- 229960002087 pertuzumab Drugs 0.000 claims description 2
- 108091008726 retinoic acid receptors α Proteins 0.000 claims description 2
- 229960004641 rituximab Drugs 0.000 claims description 2
- 229950000815 veltuzumab Drugs 0.000 claims description 2
- 230000009385 viral infection Effects 0.000 claims description 2
- 102100030699 Interleukin-21 receptor Human genes 0.000 claims 10
- 102000000704 Interleukin-7 Human genes 0.000 claims 10
- 102100026882 Alpha-synuclein Human genes 0.000 claims 5
- 102100028989 C-X-C chemokine receptor type 2 Human genes 0.000 claims 5
- 102000017420 CD3 protein, epsilon/gamma/delta subunit Human genes 0.000 claims 5
- 108050005493 CD3 protein, epsilon/gamma/delta subunit Proteins 0.000 claims 5
- 102000018651 Epithelial Cell Adhesion Molecule Human genes 0.000 claims 5
- 102100027314 Beta-2-microglobulin Human genes 0.000 claims 3
- 101000937544 Homo sapiens Beta-2-microglobulin Proteins 0.000 claims 3
- BGFTWECWAICPDG-UHFFFAOYSA-N 2-[bis(4-chlorophenyl)methyl]-4-n-[3-[bis(4-chlorophenyl)methyl]-4-(dimethylamino)phenyl]-1-n,1-n-dimethylbenzene-1,4-diamine Chemical compound C1=C(C(C=2C=CC(Cl)=CC=2)C=2C=CC(Cl)=CC=2)C(N(C)C)=CC=C1NC(C=1)=CC=C(N(C)C)C=1C(C=1C=CC(Cl)=CC=1)C1=CC=C(Cl)C=C1 BGFTWECWAICPDG-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 2
- 101001043809 Homo sapiens Interleukin-7 receptor subunit alpha Proteins 0.000 claims 2
- 108010004220 Natural Cytotoxicity Triggering Receptor 2 Proteins 0.000 claims 2
- 101710083287 SLAM family member 7 Proteins 0.000 claims 2
- 101710089528 T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain Proteins 0.000 claims 2
- 206010064390 Tumour invasion Diseases 0.000 claims 2
- 230000009400 cancer invasion Effects 0.000 claims 2
- 101100355577 Arabidopsis thaliana ARAC11 gene Proteins 0.000 claims 1
- 102100031172 C-C chemokine receptor type 1 Human genes 0.000 claims 1
- 101710149814 C-C chemokine receptor type 1 Proteins 0.000 claims 1
- 108091033409 CRISPR Proteins 0.000 claims 1
- 238000010354 CRISPR gene editing Methods 0.000 claims 1
- 102000007298 Mucin-1 Human genes 0.000 claims 1
- 102100026503 Sperm mitochondrial-associated cysteine-rich protein Human genes 0.000 claims 1
- 229960004669 basiliximab Drugs 0.000 claims 1
- 230000004069 differentiation Effects 0.000 abstract description 47
- 238000002648 combination therapy Methods 0.000 abstract 1
- 210000004263 induced pluripotent stem cell Anatomy 0.000 description 63
- 102000002791 Interleukin-8B Receptors Human genes 0.000 description 48
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 description 46
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 description 40
- 239000000976 ink Substances 0.000 description 35
- 102000004887 Transforming Growth Factor beta Human genes 0.000 description 32
- 108090001012 Transforming Growth Factor beta Proteins 0.000 description 32
- 102000010919 CXC chemokine receptor 3 Human genes 0.000 description 25
- 108010061300 CXCR3 Receptors Proteins 0.000 description 25
- 235000001014 amino acid Nutrition 0.000 description 19
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 19
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 17
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 17
- 230000006870 function Effects 0.000 description 16
- 210000001778 pluripotent stem cell Anatomy 0.000 description 16
- 239000002609 medium Substances 0.000 description 14
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 12
- 238000010362 genome editing Methods 0.000 description 11
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 11
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 11
- 230000035755 proliferation Effects 0.000 description 11
- 230000005855 radiation Effects 0.000 description 11
- 230000008672 reprogramming Effects 0.000 description 11
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 11
- 102000004527 Interleukin-21 Receptors Human genes 0.000 description 10
- 102100021592 Interleukin-7 Human genes 0.000 description 10
- 108010029485 Protein Isoforms Proteins 0.000 description 10
- 102000001708 Protein Isoforms Human genes 0.000 description 10
- 230000004913 activation Effects 0.000 description 10
- 230000000875 corresponding effect Effects 0.000 description 10
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 description 10
- 210000002540 macrophage Anatomy 0.000 description 10
- 210000000581 natural killer T-cell Anatomy 0.000 description 10
- 210000002242 embryoid body Anatomy 0.000 description 9
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 9
- 210000001654 germ layer Anatomy 0.000 description 9
- 210000003819 peripheral blood mononuclear cell Anatomy 0.000 description 9
- 238000001959 radiotherapy Methods 0.000 description 9
- 230000002829 reductive effect Effects 0.000 description 9
- 230000000638 stimulation Effects 0.000 description 9
- 230000002950 deficient Effects 0.000 description 8
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 8
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 8
- 230000010354 integration Effects 0.000 description 8
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 8
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 8
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 8
- 102000019034 Chemokines Human genes 0.000 description 7
- 108010012236 Chemokines Proteins 0.000 description 7
- 230000000259 anti-tumor effect Effects 0.000 description 7
- 238000004113 cell culture Methods 0.000 description 7
- 230000003915 cell function Effects 0.000 description 7
- 230000004663 cell proliferation Effects 0.000 description 7
- 238000003501 co-culture Methods 0.000 description 7
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 7
- 230000003750 conditioning effect Effects 0.000 description 7
- 210000002950 fibroblast Anatomy 0.000 description 7
- 230000005017 genetic modification Effects 0.000 description 7
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 7
- 210000004698 lymphocyte Anatomy 0.000 description 7
- 210000003716 mesoderm Anatomy 0.000 description 7
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 7
- 210000000440 neutrophil Anatomy 0.000 description 7
- 230000008569 process Effects 0.000 description 7
- 230000019491 signal transduction Effects 0.000 description 7
- 210000004881 tumor cell Anatomy 0.000 description 7
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 6
- 210000001671 embryonic stem cell Anatomy 0.000 description 6
- 238000012239 gene modification Methods 0.000 description 6
- 235000013617 genetically modified food Nutrition 0.000 description 6
- 239000001963 growth medium Substances 0.000 description 6
- 230000005012 migration Effects 0.000 description 6
- 238000013508 migration Methods 0.000 description 6
- 239000000047 product Substances 0.000 description 6
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 description 5
- 108700018351 Major Histocompatibility Complex Proteins 0.000 description 5
- 230000033228 biological regulation Effects 0.000 description 5
- 230000024245 cell differentiation Effects 0.000 description 5
- 238000002659 cell therapy Methods 0.000 description 5
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 5
- 210000003981 ectoderm Anatomy 0.000 description 5
- 210000001900 endoderm Anatomy 0.000 description 5
- 210000003566 hemangioblast Anatomy 0.000 description 5
- 230000028993 immune response Effects 0.000 description 5
- 238000009169 immunotherapy Methods 0.000 description 5
- 230000005764 inhibitory process Effects 0.000 description 5
- 210000000265 leukocyte Anatomy 0.000 description 5
- 230000001926 lymphatic effect Effects 0.000 description 5
- 238000012423 maintenance Methods 0.000 description 5
- 210000004379 membrane Anatomy 0.000 description 5
- 150000003384 small molecules Chemical class 0.000 description 5
- 230000020382 suppression by virus of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I Effects 0.000 description 5
- 230000004614 tumor growth Effects 0.000 description 5
- 230000035899 viability Effects 0.000 description 5
- 239000000592 Artificial Cell Substances 0.000 description 4
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 description 4
- 101001055222 Homo sapiens Interleukin-8 Proteins 0.000 description 4
- 108010073807 IgG Receptors Proteins 0.000 description 4
- 102000009490 IgG Receptors Human genes 0.000 description 4
- 102100026236 Interleukin-8 Human genes 0.000 description 4
- 241000699666 Mus <mouse, genus> Species 0.000 description 4
- 101710153660 Nuclear receptor corepressor 2 Proteins 0.000 description 4
- 102100029452 T cell receptor alpha chain constant Human genes 0.000 description 4
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 4
- 102000015736 beta 2-Microglobulin Human genes 0.000 description 4
- 108010081355 beta 2-Microglobulin Proteins 0.000 description 4
- 230000012010 growth Effects 0.000 description 4
- 210000003071 memory t lymphocyte Anatomy 0.000 description 4
- 210000001616 monocyte Anatomy 0.000 description 4
- 230000000717 retained effect Effects 0.000 description 4
- RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N thymine Chemical compound CC1=CNC(=O)NC1=O RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 239000013603 viral vector Substances 0.000 description 4
- 238000011357 CAR T-cell therapy Methods 0.000 description 3
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 3
- 241000214054 Equine rhinitis A virus Species 0.000 description 3
- 102000010834 Extracellular Matrix Proteins Human genes 0.000 description 3
- 108010037362 Extracellular Matrix Proteins Proteins 0.000 description 3
- 241000710198 Foot-and-mouth disease virus Species 0.000 description 3
- 102000043129 MHC class I family Human genes 0.000 description 3
- 108091054437 MHC class I family Proteins 0.000 description 3
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 3
- 108700026244 Open Reading Frames Proteins 0.000 description 3
- 229930012538 Paclitaxel Natural products 0.000 description 3
- 241001672814 Porcine teschovirus 1 Species 0.000 description 3
- 241001648840 Thosea asigna virus Species 0.000 description 3
- 230000002411 adverse Effects 0.000 description 3
- 210000002459 blastocyst Anatomy 0.000 description 3
- 230000020411 cell activation Effects 0.000 description 3
- 230000010261 cell growth Effects 0.000 description 3
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 description 3
- 108700010039 chimeric receptor Proteins 0.000 description 3
- 235000018417 cysteine Nutrition 0.000 description 3
- 238000013461 design Methods 0.000 description 3
- 238000011161 development Methods 0.000 description 3
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 3
- 210000002744 extracellular matrix Anatomy 0.000 description 3
- 238000000684 flow cytometry Methods 0.000 description 3
- 238000001943 fluorescence-activated cell sorting Methods 0.000 description 3
- 210000000987 immune system Anatomy 0.000 description 3
- 239000007943 implant Substances 0.000 description 3
- 230000006698 induction Effects 0.000 description 3
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 3
- 230000004068 intracellular signaling Effects 0.000 description 3
- 230000000670 limiting effect Effects 0.000 description 3
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 3
- 230000035800 maturation Effects 0.000 description 3
- 230000003278 mimic effect Effects 0.000 description 3
- 229960001592 paclitaxel Drugs 0.000 description 3
- 230000037361 pathway Effects 0.000 description 3
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 description 3
- 238000011002 quantification Methods 0.000 description 3
- 239000012217 radiopharmaceutical Substances 0.000 description 3
- 229940121896 radiopharmaceutical Drugs 0.000 description 3
- 230000002799 radiopharmaceutical effect Effects 0.000 description 3
- 230000028327 secretion Effects 0.000 description 3
- 230000000392 somatic effect Effects 0.000 description 3
- 210000002536 stromal cell Anatomy 0.000 description 3
- 230000001629 suppression Effects 0.000 description 3
- RCINICONZNJXQF-MZXODVADSA-N taxol Chemical compound O([C@@H]1[C@@]2(C[C@@H](C(C)=C(C2(C)C)[C@H](C([C@]2(C)[C@@H](O)C[C@H]3OC[C@]3([C@H]21)OC(C)=O)=O)OC(=O)C)OC(=O)[C@H](O)[C@@H](NC(=O)C=1C=CC=CC=1)C=1C=CC=CC=1)O)C(=O)C1=CC=CC=C1 RCINICONZNJXQF-MZXODVADSA-N 0.000 description 3
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 3
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 3
- 230000014616 translation Effects 0.000 description 3
- 102100022718 Atypical chemokine receptor 2 Human genes 0.000 description 2
- 102100025074 C-C chemokine receptor-like 2 Human genes 0.000 description 2
- 102100036166 C-X-C chemokine receptor type 1 Human genes 0.000 description 2
- 108091008928 CXC chemokine receptors Proteins 0.000 description 2
- 102000054900 CXCR Receptors Human genes 0.000 description 2
- 102000000844 Cell Surface Receptors Human genes 0.000 description 2
- 108010001857 Cell Surface Receptors Proteins 0.000 description 2
- 206010057248 Cell death Diseases 0.000 description 2
- 108091033380 Coding strand Proteins 0.000 description 2
- 108010043471 Core Binding Factor Alpha 2 Subunit Proteins 0.000 description 2
- 108700024394 Exon Proteins 0.000 description 2
- 102000003688 G-Protein-Coupled Receptors Human genes 0.000 description 2
- 108090000045 G-Protein-Coupled Receptors Proteins 0.000 description 2
- 102100021260 Galactosylgalactosylxylosylprotein 3-beta-glucuronosyltransferase 1 Human genes 0.000 description 2
- 241000282412 Homo Species 0.000 description 2
- 101000678892 Homo sapiens Atypical chemokine receptor 2 Proteins 0.000 description 2
- 101000947174 Homo sapiens C-X-C chemokine receptor type 1 Proteins 0.000 description 2
- 101000894906 Homo sapiens Galactosylgalactosylxylosylprotein 3-beta-glucuronosyltransferase 1 Proteins 0.000 description 2
- 101000738771 Homo sapiens Receptor-type tyrosine-protein phosphatase C Proteins 0.000 description 2
- 108060003951 Immunoglobulin Proteins 0.000 description 2
- 108010021625 Immunoglobulin Fragments Proteins 0.000 description 2
- 102000008394 Immunoglobulin Fragments Human genes 0.000 description 2
- 102100029193 Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III-A Human genes 0.000 description 2
- 101710099301 Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III-A Proteins 0.000 description 2
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 description 2
- 206010027476 Metastases Diseases 0.000 description 2
- 241000699670 Mus sp. Species 0.000 description 2
- 230000006051 NK cell activation Effects 0.000 description 2
- 102000015636 Oligopeptides Human genes 0.000 description 2
- 108010038807 Oligopeptides Proteins 0.000 description 2
- 102100037422 Receptor-type tyrosine-protein phosphatase C Human genes 0.000 description 2
- 102100025373 Runt-related transcription factor 1 Human genes 0.000 description 2
- 210000000662 T-lymphocyte subset Anatomy 0.000 description 2
- 108020004566 Transfer RNA Proteins 0.000 description 2
- ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N Uracil Chemical group O=C1C=CNC(=O)N1 ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000003213 activating effect Effects 0.000 description 2
- 230000003044 adaptive effect Effects 0.000 description 2
- 230000004075 alteration Effects 0.000 description 2
- 230000033115 angiogenesis Effects 0.000 description 2
- 230000000890 antigenic effect Effects 0.000 description 2
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 2
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 2
- 230000004888 barrier function Effects 0.000 description 2
- 230000004071 biological effect Effects 0.000 description 2
- 230000005540 biological transmission Effects 0.000 description 2
- 238000002725 brachytherapy Methods 0.000 description 2
- 239000006143 cell culture medium Substances 0.000 description 2
- 230000030833 cell death Effects 0.000 description 2
- 230000011712 cell development Effects 0.000 description 2
- 238000002512 chemotherapy Methods 0.000 description 2
- 230000002759 chromosomal effect Effects 0.000 description 2
- 210000001228 classical NK T cell Anatomy 0.000 description 2
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 2
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 2
- 150000001945 cysteines Chemical class 0.000 description 2
- 230000016396 cytokine production Effects 0.000 description 2
- 230000009089 cytolysis Effects 0.000 description 2
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Chemical compound NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 210000001151 cytotoxic T lymphocyte Anatomy 0.000 description 2
- 230000006378 damage Effects 0.000 description 2
- 210000004443 dendritic cell Anatomy 0.000 description 2
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 2
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 2
- 238000010494 dissociation reaction Methods 0.000 description 2
- 230000005593 dissociations Effects 0.000 description 2
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 2
- 230000002500 effect on skin Effects 0.000 description 2
- 230000013020 embryo development Effects 0.000 description 2
- 210000002889 endothelial cell Anatomy 0.000 description 2
- 210000003979 eosinophil Anatomy 0.000 description 2
- 210000002919 epithelial cell Anatomy 0.000 description 2
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 2
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 2
- 238000010353 genetic engineering Methods 0.000 description 2
- 230000005283 ground state Effects 0.000 description 2
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N guanine Chemical compound O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 210000002443 helper t lymphocyte Anatomy 0.000 description 2
- 208000026278 immune system disease Diseases 0.000 description 2
- 102000018358 immunoglobulin Human genes 0.000 description 2
- 238000010348 incorporation Methods 0.000 description 2
- 230000009545 invasion Effects 0.000 description 2
- 150000002500 ions Chemical class 0.000 description 2
- 208000032839 leukemia Diseases 0.000 description 2
- 150000002632 lipids Chemical class 0.000 description 2
- 210000001161 mammalian embryo Anatomy 0.000 description 2
- 239000000463 material Substances 0.000 description 2
- 210000003593 megakaryocyte Anatomy 0.000 description 2
- 230000009401 metastasis Effects 0.000 description 2
- 238000007799 mixed lymphocyte reaction assay Methods 0.000 description 2
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 2
- 235000015097 nutrients Nutrition 0.000 description 2
- 230000002611 ovarian Effects 0.000 description 2
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 2
- 230000002085 persistent effect Effects 0.000 description 2
- 239000004033 plastic Substances 0.000 description 2
- 229920000642 polymer Polymers 0.000 description 2
- 230000003389 potentiating effect Effects 0.000 description 2
- 210000004986 primary T-cell Anatomy 0.000 description 2
- 210000004990 primary immune cell Anatomy 0.000 description 2
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 2
- 229940002612 prodrug Drugs 0.000 description 2
- 239000000651 prodrug Substances 0.000 description 2
- 108020001580 protein domains Proteins 0.000 description 2
- 230000006337 proteolytic cleavage Effects 0.000 description 2
- 230000007115 recruitment Effects 0.000 description 2
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 2
- 230000022532 regulation of transcription, DNA-dependent Effects 0.000 description 2
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 2
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 2
- 239000002356 single layer Substances 0.000 description 2
- 210000001082 somatic cell Anatomy 0.000 description 2
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 2
- 230000004797 therapeutic response Effects 0.000 description 2
- 229940113082 thymine Drugs 0.000 description 2
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 2
- 210000003171 tumor-infiltrating lymphocyte Anatomy 0.000 description 2
- MZOFCQQQCNRIBI-VMXHOPILSA-N (3s)-4-[[(2s)-1-[[(2s)-1-[[(1s)-1-carboxy-2-hydroxyethyl]amino]-4-methyl-1-oxopentan-2-yl]amino]-5-(diaminomethylideneamino)-1-oxopentan-2-yl]amino]-3-[[2-[[(2s)-2,6-diaminohexanoyl]amino]acetyl]amino]-4-oxobutanoic acid Chemical compound OC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](CCCN=C(N)N)NC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)CNC(=O)[C@@H](N)CCCCN MZOFCQQQCNRIBI-VMXHOPILSA-N 0.000 description 1
- QUPFKBITVLIQNA-KPKJPENVSA-N (5e)-2-sulfanylidene-5-[[5-[3-(trifluoromethyl)phenyl]furan-2-yl]methylidene]-1,3-thiazolidin-4-one Chemical compound FC(F)(F)C1=CC=CC(C=2OC(\C=C\3C(NC(=S)S/3)=O)=CC=2)=C1 QUPFKBITVLIQNA-KPKJPENVSA-N 0.000 description 1
- PNDPGZBMCMUPRI-HVTJNCQCSA-N 10043-66-0 Chemical compound [131I][131I] PNDPGZBMCMUPRI-HVTJNCQCSA-N 0.000 description 1
- 108010005465 AC133 Antigen Proteins 0.000 description 1
- 102000005908 AC133 Antigen Human genes 0.000 description 1
- 229930024421 Adenine Natural products 0.000 description 1
- GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N Adenine Chemical compound NC1=NC=NC2=C1N=CN2 GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102000006306 Antigen Receptors Human genes 0.000 description 1
- 108010083359 Antigen Receptors Proteins 0.000 description 1
- 241000710189 Aphthovirus Species 0.000 description 1
- 102100022716 Atypical chemokine receptor 3 Human genes 0.000 description 1
- 102000004506 Blood Proteins Human genes 0.000 description 1
- 108010017384 Blood Proteins Proteins 0.000 description 1
- 102100031151 C-C chemokine receptor type 2 Human genes 0.000 description 1
- 101710149815 C-C chemokine receptor type 2 Proteins 0.000 description 1
- 102100024167 C-C chemokine receptor type 3 Human genes 0.000 description 1
- 101710149862 C-C chemokine receptor type 3 Proteins 0.000 description 1
- 102100036301 C-C chemokine receptor type 7 Human genes 0.000 description 1
- 102100036305 C-C chemokine receptor type 8 Human genes 0.000 description 1
- 102100031650 C-X-C chemokine receptor type 4 Human genes 0.000 description 1
- 102100031658 C-X-C chemokine receptor type 5 Human genes 0.000 description 1
- 102100025618 C-X-C chemokine receptor type 6 Human genes 0.000 description 1
- 102100025248 C-X-C motif chemokine 10 Human genes 0.000 description 1
- 102100025279 C-X-C motif chemokine 11 Human genes 0.000 description 1
- 102100039398 C-X-C motif chemokine 2 Human genes 0.000 description 1
- 102100036189 C-X-C motif chemokine 3 Human genes 0.000 description 1
- 102100036150 C-X-C motif chemokine 5 Human genes 0.000 description 1
- 102100036153 C-X-C motif chemokine 6 Human genes 0.000 description 1
- 102100036170 C-X-C motif chemokine 9 Human genes 0.000 description 1
- 108091008927 CC chemokine receptors Proteins 0.000 description 1
- 102000005674 CCR Receptors Human genes 0.000 description 1
- 108010041397 CD4 Antigens Proteins 0.000 description 1
- 108090000835 CX3C Chemokine Receptor 1 Proteins 0.000 description 1
- 102100039196 CX3C chemokine receptor 1 Human genes 0.000 description 1
- 108091008925 CX3C chemokine receptors Proteins 0.000 description 1
- OYPRJOBELJOOCE-RKEGKUSMSA-N Calcium-47 Chemical compound [47Ca] OYPRJOBELJOOCE-RKEGKUSMSA-N 0.000 description 1
- 101710132601 Capsid protein Proteins 0.000 description 1
- OKTJSMMVPCPJKN-NJFSPNSNSA-N Carbon-14 Chemical compound [14C] OKTJSMMVPCPJKN-NJFSPNSNSA-N 0.000 description 1
- 208000005623 Carcinogenesis Diseases 0.000 description 1
- 241000710190 Cardiovirus Species 0.000 description 1
- 102000014914 Carrier Proteins Human genes 0.000 description 1
- 108090000397 Caspase 3 Proteins 0.000 description 1
- 108090000567 Caspase 7 Proteins 0.000 description 1
- 102100029855 Caspase-3 Human genes 0.000 description 1
- 102100038902 Caspase-7 Human genes 0.000 description 1
- 102100026550 Caspase-9 Human genes 0.000 description 1
- 108090000566 Caspase-9 Proteins 0.000 description 1
- 108090000994 Catalytic RNA Proteins 0.000 description 1
- 102000053642 Catalytic RNA Human genes 0.000 description 1
- 102100037623 Centromere protein V Human genes 0.000 description 1
- 102100035294 Chemokine XC receptor 1 Human genes 0.000 description 1
- 241000251730 Chondrichthyes Species 0.000 description 1
- 102100028757 Chondroitin sulfate proteoglycan 4 Human genes 0.000 description 1
- 108010077544 Chromatin Proteins 0.000 description 1
- VYZAMTAEIAYCRO-BJUDXGSMSA-N Chromium-51 Chemical compound [51Cr] VYZAMTAEIAYCRO-BJUDXGSMSA-N 0.000 description 1
- 108010035532 Collagen Proteins 0.000 description 1
- 102000008186 Collagen Human genes 0.000 description 1
- 108010015742 Cytochrome P-450 Enzyme System Proteins 0.000 description 1
- 102000003849 Cytochrome P450 Human genes 0.000 description 1
- 102000000311 Cytosine Deaminase Human genes 0.000 description 1
- 108010080611 Cytosine Deaminase Proteins 0.000 description 1
- 230000007067 DNA methylation Effects 0.000 description 1
- 230000004543 DNA replication Effects 0.000 description 1
- BWGNESOTFCXPMA-UHFFFAOYSA-N Dihydrogen disulfide Chemical compound SS BWGNESOTFCXPMA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102100025682 Dystroglycan 1 Human genes 0.000 description 1
- 241000710188 Encephalomyocarditis virus Species 0.000 description 1
- 102100037241 Endoglin Human genes 0.000 description 1
- 102100031968 Ephrin type-B receptor 2 Human genes 0.000 description 1
- 108091060211 Expressed sequence tag Proteins 0.000 description 1
- 108010021468 Fc gamma receptor IIA Proteins 0.000 description 1
- 108010021472 Fc gamma receptor IIB Proteins 0.000 description 1
- 102000010451 Folate receptor alpha Human genes 0.000 description 1
- GYHNNYVSQQEPJS-OIOBTWANSA-N Gallium-67 Chemical compound [67Ga] GYHNNYVSQQEPJS-OIOBTWANSA-N 0.000 description 1
- GYHNNYVSQQEPJS-YPZZEJLDSA-N Gallium-68 Chemical compound [68Ga] GYHNNYVSQQEPJS-YPZZEJLDSA-N 0.000 description 1
- 206010071602 Genetic polymorphism Diseases 0.000 description 1
- VSRCAOIHMGCIJK-SRVKXCTJSA-N Glu-Leu-Arg Chemical compound OC(=O)CC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(O)=O VSRCAOIHMGCIJK-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- 102100031181 Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase Human genes 0.000 description 1
- 102100039620 Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor Human genes 0.000 description 1
- 108060005986 Granzyme Proteins 0.000 description 1
- 102100034221 Growth-regulated alpha protein Human genes 0.000 description 1
- 108010074032 HLA-A2 Antigen Proteins 0.000 description 1
- 102000025850 HLA-A2 Antigen Human genes 0.000 description 1
- 101000678890 Homo sapiens Atypical chemokine receptor 3 Proteins 0.000 description 1
- 101000798902 Homo sapiens Atypical chemokine receptor 4 Proteins 0.000 description 1
- 101000777558 Homo sapiens C-C chemokine receptor type 10 Proteins 0.000 description 1
- 101000716068 Homo sapiens C-C chemokine receptor type 6 Proteins 0.000 description 1
- 101000716065 Homo sapiens C-C chemokine receptor type 7 Proteins 0.000 description 1
- 101000716063 Homo sapiens C-C chemokine receptor type 8 Proteins 0.000 description 1
- 101000716070 Homo sapiens C-C chemokine receptor type 9 Proteins 0.000 description 1
- 101000916059 Homo sapiens C-X-C chemokine receptor type 2 Proteins 0.000 description 1
- 101000922348 Homo sapiens C-X-C chemokine receptor type 4 Proteins 0.000 description 1
- 101000922405 Homo sapiens C-X-C chemokine receptor type 5 Proteins 0.000 description 1
- 101000856683 Homo sapiens C-X-C chemokine receptor type 6 Proteins 0.000 description 1
- 101000858088 Homo sapiens C-X-C motif chemokine 10 Proteins 0.000 description 1
- 101000858060 Homo sapiens C-X-C motif chemokine 11 Proteins 0.000 description 1
- 101000889128 Homo sapiens C-X-C motif chemokine 2 Proteins 0.000 description 1
- 101000947193 Homo sapiens C-X-C motif chemokine 3 Proteins 0.000 description 1
- 101000947186 Homo sapiens C-X-C motif chemokine 5 Proteins 0.000 description 1
- 101000947177 Homo sapiens C-X-C motif chemokine 6 Proteins 0.000 description 1
- 101000947172 Homo sapiens C-X-C motif chemokine 9 Proteins 0.000 description 1
- 101000804783 Homo sapiens Chemokine XC receptor 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000881679 Homo sapiens Endoglin Proteins 0.000 description 1
- 101000746373 Homo sapiens Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor Proteins 0.000 description 1
- 101001069921 Homo sapiens Growth-regulated alpha protein Proteins 0.000 description 1
- 101001103039 Homo sapiens Inactive tyrosine-protein kinase transmembrane receptor ROR1 Proteins 0.000 description 1
- 101000935043 Homo sapiens Integrin beta-1 Proteins 0.000 description 1
- 101000599862 Homo sapiens Intercellular adhesion molecule 3 Proteins 0.000 description 1
- 101001023379 Homo sapiens Lysosome-associated membrane glycoprotein 1 Proteins 0.000 description 1
- 101001103036 Homo sapiens Nuclear receptor ROR-alpha Proteins 0.000 description 1
- 101000947178 Homo sapiens Platelet basic protein Proteins 0.000 description 1
- 101001126417 Homo sapiens Platelet-derived growth factor receptor alpha Proteins 0.000 description 1
- 101000713322 Homo sapiens SAP30-binding protein Proteins 0.000 description 1
- 101000800116 Homo sapiens Thy-1 membrane glycoprotein Proteins 0.000 description 1
- 101000687905 Homo sapiens Transcription factor SOX-2 Proteins 0.000 description 1
- 101000835093 Homo sapiens Transferrin receptor protein 1 Proteins 0.000 description 1
- 101100377226 Homo sapiens ZBTB16 gene Proteins 0.000 description 1
- 102000009438 IgE Receptors Human genes 0.000 description 1
- 108010073816 IgE Receptors Proteins 0.000 description 1
- 102000018071 Immunoglobulin Fc Fragments Human genes 0.000 description 1
- 108010091135 Immunoglobulin Fc Fragments Proteins 0.000 description 1
- 102100039615 Inactive tyrosine-protein kinase transmembrane receptor ROR1 Human genes 0.000 description 1
- 206010061218 Inflammation Diseases 0.000 description 1
- 102100025304 Integrin beta-1 Human genes 0.000 description 1
- 102100037871 Intercellular adhesion molecule 3 Human genes 0.000 description 1
- 102100037850 Interferon gamma Human genes 0.000 description 1
- 108010074328 Interferon-gamma Proteins 0.000 description 1
- 108010050904 Interferons Proteins 0.000 description 1
- 102000014150 Interferons Human genes 0.000 description 1
- 102000004890 Interleukin-8 Human genes 0.000 description 1
- 108090001007 Interleukin-8 Proteins 0.000 description 1
- 108091092195 Intron Proteins 0.000 description 1
- ZCYVEMRRCGMTRW-AHCXROLUSA-N Iodine-123 Chemical compound [123I] ZCYVEMRRCGMTRW-AHCXROLUSA-N 0.000 description 1
- 108090000543 Ligand-Gated Ion Channels Proteins 0.000 description 1
- 102000004086 Ligand-Gated Ion Channels Human genes 0.000 description 1
- 102100029205 Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor II-b Human genes 0.000 description 1
- 206010025323 Lymphomas Diseases 0.000 description 1
- 102100035133 Lysosome-associated membrane glycoprotein 1 Human genes 0.000 description 1
- 108091054455 MAP kinase family Proteins 0.000 description 1
- 102000043136 MAP kinase family Human genes 0.000 description 1
- 210000002361 Megakaryocyte Progenitor Cell Anatomy 0.000 description 1
- 108020005196 Mitochondrial DNA Proteins 0.000 description 1
- 229930192392 Mitomycin Natural products 0.000 description 1
- 102100034256 Mucin-1 Human genes 0.000 description 1
- 102000007474 Multiprotein Complexes Human genes 0.000 description 1
- 108010085220 Multiprotein Complexes Proteins 0.000 description 1
- 241001529936 Murinae Species 0.000 description 1
- NWIBSHFKIJFRCO-WUDYKRTCSA-N Mytomycin Chemical compound C1N2C(C(C(C)=C(N)C3=O)=O)=C3[C@@H](COC(N)=O)[C@@]2(OC)[C@@H]2[C@H]1N2 NWIBSHFKIJFRCO-WUDYKRTCSA-N 0.000 description 1
- QJGQUHMNIGDVPM-BJUDXGSMSA-N Nitrogen-13 Chemical compound [13N] QJGQUHMNIGDVPM-BJUDXGSMSA-N 0.000 description 1
- 101710189818 Non-structural protein 2a Proteins 0.000 description 1
- 102000005650 Notch Receptors Human genes 0.000 description 1
- 108010070047 Notch Receptors Proteins 0.000 description 1
- 108020004711 Nucleic Acid Probes Proteins 0.000 description 1
- 102100035423 POU domain, class 5, transcription factor 1 Human genes 0.000 description 1
- 101710126211 POU domain, class 5, transcription factor 1 Proteins 0.000 description 1
- 102000007079 Peptide Fragments Human genes 0.000 description 1
- 108010033276 Peptide Fragments Proteins 0.000 description 1
- 102000004503 Perforin Human genes 0.000 description 1
- 108010056995 Perforin Proteins 0.000 description 1
- KHGNFPUMBJSZSM-UHFFFAOYSA-N Perforine Natural products COC1=C2CCC(O)C(CCC(C)(C)O)(OC)C2=NC2=C1C=CO2 KHGNFPUMBJSZSM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101710151911 Phosphoprotein p30 Proteins 0.000 description 1
- OAICVXFJPJFONN-OUBTZVSYSA-N Phosphorus-32 Chemical compound [32P] OAICVXFJPJFONN-OUBTZVSYSA-N 0.000 description 1
- 241000709664 Picornaviridae Species 0.000 description 1
- 102100036154 Platelet basic protein Human genes 0.000 description 1
- 102100030485 Platelet-derived growth factor receptor alpha Human genes 0.000 description 1
- 108700003766 Promyelocytic Leukemia Zinc Finger Proteins 0.000 description 1
- 102000004278 Receptor Protein-Tyrosine Kinases Human genes 0.000 description 1
- 108090000873 Receptor Protein-Tyrosine Kinases Proteins 0.000 description 1
- 108700005075 Regulator Genes Proteins 0.000 description 1
- 108091028664 Ribonucleotide Proteins 0.000 description 1
- IGLNJRXAVVLDKE-OIOBTWANSA-N Rubidium-82 Chemical compound [82Rb] IGLNJRXAVVLDKE-OIOBTWANSA-N 0.000 description 1
- 102100036909 SAP30-binding protein Human genes 0.000 description 1
- 102100031778 SH2 domain-containing protein 1B Human genes 0.000 description 1
- 101710097986 SH2 domain-containing protein 1B Proteins 0.000 description 1
- BUGBHKTXTAQXES-AHCXROLUSA-N Selenium-75 Chemical compound [75Se] BUGBHKTXTAQXES-AHCXROLUSA-N 0.000 description 1
- MTCFGRXMJLQNBG-UHFFFAOYSA-N Serine Natural products OCC(N)C(O)=O MTCFGRXMJLQNBG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010003723 Single-Domain Antibodies Proteins 0.000 description 1
- 108091027967 Small hairpin RNA Proteins 0.000 description 1
- 230000024932 T cell mediated immunity Effects 0.000 description 1
- 108091005735 TGF-beta receptors Proteins 0.000 description 1
- GKLVYJBZJHMRIY-OUBTZVSYSA-N Technetium-99 Chemical compound [99Tc] GKLVYJBZJHMRIY-OUBTZVSYSA-N 0.000 description 1
- 206010043276 Teratoma Diseases 0.000 description 1
- 210000000447 Th1 cell Anatomy 0.000 description 1
- 210000004241 Th2 cell Anatomy 0.000 description 1
- 241000710209 Theiler's encephalomyelitis virus Species 0.000 description 1
- 241001196954 Theilovirus Species 0.000 description 1
- 102100033523 Thy-1 membrane glycoprotein Human genes 0.000 description 1
- 102000006601 Thymidine Kinase Human genes 0.000 description 1
- 108020004440 Thymidine kinase Proteins 0.000 description 1
- 102000040945 Transcription factor Human genes 0.000 description 1
- 108091023040 Transcription factor Proteins 0.000 description 1
- 102100024270 Transcription factor SOX-2 Human genes 0.000 description 1
- 102100026144 Transferrin receptor protein 1 Human genes 0.000 description 1
- YZCKVEUIGOORGS-NJFSPNSNSA-N Tritium Chemical compound [3H] YZCKVEUIGOORGS-NJFSPNSNSA-N 0.000 description 1
- 101710136122 Tryptophan 2,3-dioxygenase Proteins 0.000 description 1
- 108060008682 Tumor Necrosis Factor Proteins 0.000 description 1
- 102000000852 Tumor Necrosis Factor-alpha Human genes 0.000 description 1
- 102000001742 Tumor Suppressor Proteins Human genes 0.000 description 1
- 108010040002 Tumor Suppressor Proteins Proteins 0.000 description 1
- 102100040247 Tumor necrosis factor Human genes 0.000 description 1
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 1
- 230000004156 Wnt signaling pathway Effects 0.000 description 1
- 210000001766 X chromosome Anatomy 0.000 description 1
- FHNFHKCVQCLJFQ-NJFSPNSNSA-N Xenon-133 Chemical compound [133Xe] FHNFHKCVQCLJFQ-NJFSPNSNSA-N 0.000 description 1
- VWQVUPCCIRVNHF-OUBTZVSYSA-N Yttrium-90 Chemical compound [90Y] VWQVUPCCIRVNHF-OUBTZVSYSA-N 0.000 description 1
- 102100040314 Zinc finger and BTB domain-containing protein 16 Human genes 0.000 description 1
- 238000010521 absorption reaction Methods 0.000 description 1
- KRHYYFGTRYWZRS-BJUDXGSMSA-N ac1l2y5h Chemical compound [18FH] KRHYYFGTRYWZRS-BJUDXGSMSA-N 0.000 description 1
- SAZUGELZHZOXHB-UHFFFAOYSA-N acecarbromal Chemical compound CCC(Br)(CC)C(=O)NC(=O)NC(C)=O SAZUGELZHZOXHB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000004721 adaptive immunity Effects 0.000 description 1
- 229960000643 adenine Drugs 0.000 description 1
- 230000001464 adherent effect Effects 0.000 description 1
- 239000002671 adjuvant Substances 0.000 description 1
- 210000004504 adult stem cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000013019 agitation Methods 0.000 description 1
- 230000001270 agonistic effect Effects 0.000 description 1
- 125000000539 amino acid group Chemical group 0.000 description 1
- 230000003042 antagnostic effect Effects 0.000 description 1
- 230000000692 anti-sense effect Effects 0.000 description 1
- 229940125752 antibody drug candidate Drugs 0.000 description 1
- 230000030741 antigen processing and presentation Effects 0.000 description 1
- 239000003080 antimitotic agent Substances 0.000 description 1
- 210000004507 artificial chromosome Anatomy 0.000 description 1
- 230000003305 autocrine Effects 0.000 description 1
- 210000003651 basophil Anatomy 0.000 description 1
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 1
- 108091008324 binding proteins Proteins 0.000 description 1
- 230000031018 biological processes and functions Effects 0.000 description 1
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 description 1
- 238000011243 body radiation therapy Methods 0.000 description 1
- 210000000481 breast Anatomy 0.000 description 1
- 230000036952 cancer formation Effects 0.000 description 1
- 238000002619 cancer immunotherapy Methods 0.000 description 1
- 239000002775 capsule Substances 0.000 description 1
- OKTJSMMVPCPJKN-BJUDXGSMSA-N carbon-11 Chemical compound [11C] OKTJSMMVPCPJKN-BJUDXGSMSA-N 0.000 description 1
- 231100000504 carcinogenesis Toxicity 0.000 description 1
- 230000009087 cell motility Effects 0.000 description 1
- 239000006285 cell suspension Substances 0.000 description 1
- 230000023715 cellular developmental process Effects 0.000 description 1
- 230000008614 cellular interaction Effects 0.000 description 1
- 238000007385 chemical modification Methods 0.000 description 1
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 1
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 1
- 239000005482 chemotactic factor Substances 0.000 description 1
- 230000035605 chemotaxis Effects 0.000 description 1
- 210000003483 chromatin Anatomy 0.000 description 1
- 239000013611 chromosomal DNA Substances 0.000 description 1
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 description 1
- GUTLYIVDDKVIGB-YPZZEJLDSA-N cobalt-57 Chemical compound [57Co] GUTLYIVDDKVIGB-YPZZEJLDSA-N 0.000 description 1
- GUTLYIVDDKVIGB-BJUDXGSMSA-N cobalt-58 Chemical compound [58Co] GUTLYIVDDKVIGB-BJUDXGSMSA-N 0.000 description 1
- 229920001436 collagen Polymers 0.000 description 1
- 239000012141 concentrate Substances 0.000 description 1
- 210000002808 connective tissue Anatomy 0.000 description 1
- 238000011109 contamination Methods 0.000 description 1
- 230000004940 costimulation Effects 0.000 description 1
- 230000000139 costimulatory effect Effects 0.000 description 1
- XUJNEKJLAYXESH-UHFFFAOYSA-N cysteine Natural products SCC(N)C(O)=O XUJNEKJLAYXESH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000001461 cytolytic effect Effects 0.000 description 1
- 229940104302 cytosine Drugs 0.000 description 1
- 231100000433 cytotoxic Toxicity 0.000 description 1
- 230000001472 cytotoxic effect Effects 0.000 description 1
- 230000007402 cytotoxic response Effects 0.000 description 1
- 230000007423 decrease Effects 0.000 description 1
- 230000003247 decreasing effect Effects 0.000 description 1
- 230000032459 dedifferentiation Effects 0.000 description 1
- 230000007123 defense Effects 0.000 description 1
- 239000005547 deoxyribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000002637 deoxyribonucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 230000008021 deposition Effects 0.000 description 1
- 210000004207 dermis Anatomy 0.000 description 1
- 238000010790 dilution Methods 0.000 description 1
- 239000012895 dilution Substances 0.000 description 1
- 239000000539 dimer Substances 0.000 description 1
- 230000003828 downregulation Effects 0.000 description 1
- 230000008143 early embryonic development Effects 0.000 description 1
- 230000005670 electromagnetic radiation Effects 0.000 description 1
- 230000008030 elimination Effects 0.000 description 1
- 238000003379 elimination reaction Methods 0.000 description 1
- 230000002708 enhancing effect Effects 0.000 description 1
- 238000006911 enzymatic reaction Methods 0.000 description 1
- 230000001973 epigenetic effect Effects 0.000 description 1
- 230000004049 epigenetic modification Effects 0.000 description 1
- 230000007705 epithelial mesenchymal transition Effects 0.000 description 1
- UYAHIZSMUZPPFV-NJFSPNSNSA-N erbium-169 Chemical compound [169Er] UYAHIZSMUZPPFV-NJFSPNSNSA-N 0.000 description 1
- 210000003743 erythrocyte Anatomy 0.000 description 1
- 230000017188 evasion or tolerance of host immune response Effects 0.000 description 1
- 230000007717 exclusion Effects 0.000 description 1
- 238000013401 experimental design Methods 0.000 description 1
- 238000002710 external beam radiation therapy Methods 0.000 description 1
- 210000002219 extraembryonic membrane Anatomy 0.000 description 1
- 229940006110 gallium-67 Drugs 0.000 description 1
- 210000004475 gamma-delta t lymphocyte Anatomy 0.000 description 1
- 238000003197 gene knockdown Methods 0.000 description 1
- 230000030279 gene silencing Effects 0.000 description 1
- 238000012226 gene silencing method Methods 0.000 description 1
- 230000004077 genetic alteration Effects 0.000 description 1
- 102000054766 genetic haplotypes Human genes 0.000 description 1
- 150000004676 glycans Chemical class 0.000 description 1
- 108020004445 glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase Proteins 0.000 description 1
- 210000003714 granulocyte Anatomy 0.000 description 1
- 230000036541 health Effects 0.000 description 1
- 210000002216 heart Anatomy 0.000 description 1
- 210000003630 histaminocyte Anatomy 0.000 description 1
- 230000003284 homeostatic effect Effects 0.000 description 1
- 230000009675 homeostatic proliferation Effects 0.000 description 1
- 229940088597 hormone Drugs 0.000 description 1
- 239000005556 hormone Substances 0.000 description 1
- 102000055357 human CXCR2 Human genes 0.000 description 1
- 102000055771 human CXCR3 Human genes 0.000 description 1
- 210000005260 human cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000003384 imaging method Methods 0.000 description 1
- 230000002519 immonomodulatory effect Effects 0.000 description 1
- 230000006872 improvement Effects 0.000 description 1
- 230000000415 inactivating effect Effects 0.000 description 1
- 230000002779 inactivation Effects 0.000 description 1
- 229940055742 indium-111 Drugs 0.000 description 1
- APFVFJFRJDLVQX-AHCXROLUSA-N indium-111 Chemical compound [111In] APFVFJFRJDLVQX-AHCXROLUSA-N 0.000 description 1
- 239000000411 inducer Substances 0.000 description 1
- 230000006882 induction of apoptosis Effects 0.000 description 1
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 1
- 230000004054 inflammatory process Effects 0.000 description 1
- 238000001802 infusion Methods 0.000 description 1
- 230000000977 initiatory effect Effects 0.000 description 1
- 230000015788 innate immune response Effects 0.000 description 1
- 229940079322 interferon Drugs 0.000 description 1
- 102000010681 interleukin-8 receptors Human genes 0.000 description 1
- 108010038415 interleukin-8 receptors Proteins 0.000 description 1
- XMBWDFGMSWQBCA-YPZZEJLDSA-N iodane Chemical compound [125IH] XMBWDFGMSWQBCA-YPZZEJLDSA-N 0.000 description 1
- 229940044173 iodine-125 Drugs 0.000 description 1
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 1
- 238000005304 joining Methods 0.000 description 1
- 230000002147 killing effect Effects 0.000 description 1
- DNNSSWSSYDEUBZ-OIOBTWANSA-N krypton (81mKr) gas Chemical compound [81Kr] DNNSSWSSYDEUBZ-OIOBTWANSA-N 0.000 description 1
- 229960001299 krypton (81mkr) gas Drugs 0.000 description 1
- 230000002045 lasting effect Effects 0.000 description 1
- 239000010410 layer Substances 0.000 description 1
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 1
- 244000144972 livestock Species 0.000 description 1
- 230000007774 longterm Effects 0.000 description 1
- OHSVLFRHMCKCQY-NJFSPNSNSA-N lutetium-177 Chemical compound [177Lu] OHSVLFRHMCKCQY-NJFSPNSNSA-N 0.000 description 1
- 229920002521 macromolecule Polymers 0.000 description 1
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 1
- 238000010297 mechanical methods and process Methods 0.000 description 1
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 1
- 239000012913 medium supplement Substances 0.000 description 1
- 210000000135 megakaryocyte-erythroid progenitor cell Anatomy 0.000 description 1
- 108091070501 miRNA Proteins 0.000 description 1
- 239000002679 microRNA Substances 0.000 description 1
- 229960004857 mitomycin Drugs 0.000 description 1
- 238000004264 monolayer culture Methods 0.000 description 1
- 150000002772 monosaccharides Chemical class 0.000 description 1
- 230000000877 morphologic effect Effects 0.000 description 1
- 210000002894 multi-fate stem cell Anatomy 0.000 description 1
- 210000003205 muscle Anatomy 0.000 description 1
- 210000000663 muscle cell Anatomy 0.000 description 1
- 239000002105 nanoparticle Substances 0.000 description 1
- 210000001178 neural stem cell Anatomy 0.000 description 1
- 210000002569 neuron Anatomy 0.000 description 1
- 239000002858 neurotransmitter agent Substances 0.000 description 1
- 231100000252 nontoxic Toxicity 0.000 description 1
- 230000003000 nontoxic effect Effects 0.000 description 1
- 239000002853 nucleic acid probe Substances 0.000 description 1
- 235000016709 nutrition Nutrition 0.000 description 1
- 210000000056 organ Anatomy 0.000 description 1
- 230000002018 overexpression Effects 0.000 description 1
- QVGXLLKOCUKJST-BJUDXGSMSA-N oxygen-15 atom Chemical compound [15O] QVGXLLKOCUKJST-BJUDXGSMSA-N 0.000 description 1
- 230000003076 paracrine Effects 0.000 description 1
- 230000001575 pathological effect Effects 0.000 description 1
- 229930192851 perforin Natural products 0.000 description 1
- 210000005105 peripheral blood lymphocyte Anatomy 0.000 description 1
- 239000008194 pharmaceutical composition Substances 0.000 description 1
- 230000004526 pharmaceutical effect Effects 0.000 description 1
- 229940097886 phosphorus 32 Drugs 0.000 description 1
- 210000002826 placenta Anatomy 0.000 description 1
- 229920001282 polysaccharide Polymers 0.000 description 1
- 239000005017 polysaccharide Substances 0.000 description 1
- 231100000683 possible toxicity Toxicity 0.000 description 1
- 230000001124 posttranscriptional effect Effects 0.000 description 1
- 230000001323 posttranslational effect Effects 0.000 description 1
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 1
- 210000002996 primitive erythroblast Anatomy 0.000 description 1
- 230000001902 propagating effect Effects 0.000 description 1
- 230000000069 prophylactic effect Effects 0.000 description 1
- 238000001243 protein synthesis Methods 0.000 description 1
- 229960005562 radium-223 Drugs 0.000 description 1
- HCWPIIXVSYCSAN-OIOBTWANSA-N radium-223 Chemical compound [223Ra] HCWPIIXVSYCSAN-OIOBTWANSA-N 0.000 description 1
- 230000007420 reactivation Effects 0.000 description 1
- 210000003289 regulatory T cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000001718 repressive effect Effects 0.000 description 1
- 230000001177 retroviral effect Effects 0.000 description 1
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 description 1
- 239000002336 ribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000002652 ribonucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 108020004418 ribosomal RNA Proteins 0.000 description 1
- 108091092562 ribozyme Proteins 0.000 description 1
- 235000002020 sage Nutrition 0.000 description 1
- KZUNJOHGWZRPMI-AKLPVKDBSA-N samarium-153 Chemical compound [153Sm] KZUNJOHGWZRPMI-AKLPVKDBSA-N 0.000 description 1
- 230000003248 secreting effect Effects 0.000 description 1
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 1
- 125000003607 serino group Chemical group [H]N([H])[C@]([H])(C(=O)[*])C(O[H])([H])[H] 0.000 description 1
- 210000002356 skeleton Anatomy 0.000 description 1
- 239000004055 small Interfering RNA Substances 0.000 description 1
- KEAYESYHFKHZAL-BJUDXGSMSA-N sodium-22 Chemical compound [22Na] KEAYESYHFKHZAL-BJUDXGSMSA-N 0.000 description 1
- KEAYESYHFKHZAL-OUBTZVSYSA-N sodium-24 Chemical compound [24Na] KEAYESYHFKHZAL-OUBTZVSYSA-N 0.000 description 1
- 241000894007 species Species 0.000 description 1
- 229940006509 strontium-89 Drugs 0.000 description 1
- CIOAGBVUUVVLOB-OUBTZVSYSA-N strontium-89 Chemical compound [89Sr] CIOAGBVUUVVLOB-OUBTZVSYSA-N 0.000 description 1
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 1
- 230000008093 supporting effect Effects 0.000 description 1
- 230000003319 supportive effect Effects 0.000 description 1
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 1
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 description 1
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 1
- 238000010189 synthetic method Methods 0.000 description 1
- 229940056501 technetium 99m Drugs 0.000 description 1
- 230000002123 temporal effect Effects 0.000 description 1
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 1
- ZRKFYGHZFMAOKI-QMGMOQQFSA-N tgfbeta Chemical compound C([C@H](NC(=O)[C@H](C(C)C)NC(=O)CNC(=O)[C@H](CCC(O)=O)NC(=O)[C@H](CCCNC(N)=N)NC(=O)[C@H](CC(N)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H]([C@@H](C)O)NC(=O)[C@H](CCC(O)=O)NC(=O)[C@H]([C@@H](C)O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)CNC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CCC(N)=O)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@@H](N)CCSC)C(C)C)[C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](CC=1C=CC=CC=1)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N1[C@@H](CCC1)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC=1C=CC=CC=1)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N1[C@@H](CCC1)C(=O)N1[C@@H](CCC1)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O)C1=CC=C(O)C=C1 ZRKFYGHZFMAOKI-QMGMOQQFSA-N 0.000 description 1
- BKVIYDNLLOSFOA-OIOBTWANSA-N thallium-201 Chemical compound [201Tl] BKVIYDNLLOSFOA-OIOBTWANSA-N 0.000 description 1
- 210000001541 thymus gland Anatomy 0.000 description 1
- 231100000331 toxic Toxicity 0.000 description 1
- 230000002588 toxic effect Effects 0.000 description 1
- 230000001988 toxicity Effects 0.000 description 1
- 231100000419 toxicity Toxicity 0.000 description 1
- 230000002103 transcriptional effect Effects 0.000 description 1
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 1
- 230000009261 transgenic effect Effects 0.000 description 1
- 230000001052 transient effect Effects 0.000 description 1
- 230000010474 transient expression Effects 0.000 description 1
- 102000035160 transmembrane proteins Human genes 0.000 description 1
- 108091005703 transmembrane proteins Proteins 0.000 description 1
- 238000002054 transplantation Methods 0.000 description 1
- QIVBCDIJIAJPQS-UHFFFAOYSA-N tryptophan Chemical compound C1=CC=C2C(CC(N)C(O)=O)=CNC2=C1 QIVBCDIJIAJPQS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 210000000037 type II NK T lymphocyte Anatomy 0.000 description 1
- 238000002604 ultrasonography Methods 0.000 description 1
- 229940035893 uracil Drugs 0.000 description 1
- OGWKCGZFUXNPDA-XQKSVPLYSA-N vincristine Chemical compound C([N@]1C[C@@H](C[C@]2(C(=O)OC)C=3C(=CC4=C([C@]56[C@H]([C@@]([C@H](OC(C)=O)[C@]7(CC)C=CCN([C@H]67)CC5)(O)C(=O)OC)N4C=O)C=3)OC)C[C@@](C1)(O)CC)CC1=C2NC2=CC=CC=C12 OGWKCGZFUXNPDA-XQKSVPLYSA-N 0.000 description 1
- 229940106670 xenon-133 Drugs 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
- C07K16/18—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
- C07K16/32—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against translation products of oncogenes
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N5/00—Undifferentiated human, animal or plant cells, e.g. cell lines; Tissues; Cultivation or maintenance thereof; Culture media therefor
- C12N5/06—Animal cells or tissues; Human cells or tissues
- C12N5/0602—Vertebrate cells
- C12N5/0634—Cells from the blood or the immune system
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K39/46—Cellular immunotherapy
- A61K39/461—Cellular immunotherapy characterised by the cell type used
- A61K39/4611—T-cells, e.g. tumor infiltrating lymphocytes [TIL], lymphokine-activated killer cells [LAK] or regulatory T cells [Treg]
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K39/46—Cellular immunotherapy
- A61K39/463—Cellular immunotherapy characterised by recombinant expression
- A61K39/4631—Chimeric Antigen Receptors [CAR]
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K39/46—Cellular immunotherapy
- A61K39/464—Cellular immunotherapy characterised by the antigen targeted or presented
- A61K39/4643—Vertebrate antigens
- A61K39/4644—Cancer antigens
- A61K39/464402—Receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
- A61K39/464403—Receptors for growth factors
- A61K39/464406—Her-2/neu/ErbB2, Her-3/ErbB3 or Her 4/ ErbB4
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P35/00—Antineoplastic agents
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
- C07K14/705—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
- C07K14/705—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
- C07K14/70503—Immunoglobulin superfamily
- C07K14/7051—T-cell receptor (TcR)-CD3 complex
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
- C07K14/705—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
- C07K14/71—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants for growth factors; for growth regulators
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
- C07K14/705—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
- C07K14/715—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants for cytokines; for lymphokines; for interferons
- C07K14/7155—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants for cytokines; for lymphokines; for interferons for interleukins [IL]
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
- C07K14/705—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
- C07K14/715—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants for cytokines; for lymphokines; for interferons
- C07K14/7158—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants for cytokines; for lymphokines; for interferons for chemokines
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
- C07K16/18—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
- C07K16/28—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
- C07K16/30—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants from tumour cells
- C07K16/3015—Breast
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N5/00—Undifferentiated human, animal or plant cells, e.g. cell lines; Tissues; Cultivation or maintenance thereof; Culture media therefor
- C12N5/06—Animal cells or tissues; Human cells or tissues
- C12N5/0602—Vertebrate cells
- C12N5/0634—Cells from the blood or the immune system
- C12N5/0636—T lymphocytes
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K2239/00—Indexing codes associated with cellular immunotherapy of group A61K39/46
- A61K2239/26—Universal/off- the- shelf cellular immunotherapy; Allogenic cells or means to avoid rejection
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K39/395—Antibodies; Immunoglobulins; Immune serum, e.g. antilymphocytic serum
- A61K39/39533—Antibodies; Immunoglobulins; Immune serum, e.g. antilymphocytic serum against materials from animals
- A61K39/39558—Antibodies; Immunoglobulins; Immune serum, e.g. antilymphocytic serum against materials from animals against tumor tissues, cells, antigens
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
- C07K16/18—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
- C07K16/28—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
- C07K16/2896—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants against molecules with a "CD"-designation, not provided for elsewhere
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
- C07K2317/50—Immunoglobulins specific features characterized by immunoglobulin fragments
- C07K2317/56—Immunoglobulins specific features characterized by immunoglobulin fragments variable (Fv) region, i.e. VH and/or VL
- C07K2317/565—Complementarity determining region [CDR]
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
- C07K2317/60—Immunoglobulins specific features characterized by non-natural combinations of immunoglobulin fragments
- C07K2317/62—Immunoglobulins specific features characterized by non-natural combinations of immunoglobulin fragments comprising only variable region components
- C07K2317/622—Single chain antibody (scFv)
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2319/00—Fusion polypeptide
- C07K2319/01—Fusion polypeptide containing a localisation/targetting motif
- C07K2319/02—Fusion polypeptide containing a localisation/targetting motif containing a signal sequence
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2319/00—Fusion polypeptide
- C07K2319/01—Fusion polypeptide containing a localisation/targetting motif
- C07K2319/03—Fusion polypeptide containing a localisation/targetting motif containing a transmembrane segment
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2506/00—Differentiation of animal cells from one lineage to another; Differentiation of pluripotent cells
- C12N2506/45—Differentiation of animal cells from one lineage to another; Differentiation of pluripotent cells from artificially induced pluripotent stem cells
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2510/00—Genetically modified cells
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Immunology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Toxicology (AREA)
- Gastroenterology & Hepatology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Public Health (AREA)
- Mycology (AREA)
- Epidemiology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Hematology (AREA)
- Oncology (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
- Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
- Medicines Containing Antibodies Or Antigens For Use As Internal Diagnostic Agents (AREA)
- Medicines Containing Material From Animals Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
ゲノム操作されたiPSCの指向性分化から得られる機能的に増強された派生エフェクター細胞を取得するための方法及び組成物が提供される。改善又は増強された治療効果をもたらす安定した機能的なゲノム編集を備えている派生細胞も提供される。更に、機能的に増強された派生エフェクター細胞を単独で、又は併用療法において抗体若しくはチェックポイント阻害剤とともに含む、治療組成物及びその使用が提供される。
Description
(関連出願)
本出願は、2022年4月8日に出願された米国特許仮出願第63/329,364号、及び2022年10月20日に出願された米国特許仮出願第63/380,378号の優先権を主張し、それらの開示は参照によりそれらの全体が本明細書に組み込まれる。
本出願は、2022年4月8日に出願された米国特許仮出願第63/329,364号、及び2022年10月20日に出願された米国特許仮出願第63/380,378号の優先権を主張し、それらの開示は参照によりそれらの全体が本明細書に組み込まれる。
(配列表の参照による組み込み)
184143-641601_SL.xmlというタイトルの配列表は、2023年3月15日に作成され、サイズが192,945バイトであり、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
184143-641601_SL.xmlというタイトルの配列表は、2023年3月15日に作成され、サイズが192,945バイトであり、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
(発明の分野)
本開示は、既製の免疫細胞製品の分野に広く関する。より具体的には、本開示は、インビボで治療に適切な特性をもたらすことができる多機能エフェクター細胞を開発するための戦略に関する。本開示の下で開発された細胞製品は、患者由来の細胞療法の重大な限界に対処する。
本開示は、既製の免疫細胞製品の分野に広く関する。より具体的には、本開示は、インビボで治療に適切な特性をもたらすことができる多機能エフェクター細胞を開発するための戦略に関する。本開示の下で開発された細胞製品は、患者由来の細胞療法の重大な限界に対処する。
養子細胞療法の分野は現在、患者由来及びドナー由来の細胞を使用することに焦点が当てられているため、がん免疫療法の一貫した製造を達成することと、それから恩恵を受ける可能性のある全ての患者に療法を提供することとが特に困難なものとなっている。養子移入されたリンパ球の有効性及び持続性を改善して、患者の良好な転帰を促進する必要もある。T細胞及びナチュラルキラー(natural killer、NK)細胞などのリンパ球は、自然免疫及び適応免疫に重要な役割を果たす強力な抗腫瘍エフェクターである。しかしながら、養子細胞療法のためにこれらの免疫細胞を使用することは、依然として困難であり、改善に対する満たされていない必要性が存在する。したがって、養子免疫療法においてT細胞及びNK細胞、又は他の免疫エフェクター細胞の可能性を最大限に活用するための大きなチャンスがまだ残っている。
応答率、細胞の消耗、輸注された細胞の損失(生存率及び/又は持続性)、標的の喪失又は系統転換による腫瘍エスケープ、腫瘍の標的化の精度、標的外毒性、腫瘍外効果、固形腫瘍に対する有効性、すなわち腫瘍微小環境及び関連する免疫抑制、動員、輸送、及び浸潤など、様々な問題に対処する機能的に改善されたエフェクター細胞が必要である。
本発明の実施形態の目的は、単一細胞由来のiPSC(人工多能性幹細胞)クローン株から分化した派生非多能性細胞を生成する方法及び組成物を提供することであり、このiPSC株はそのゲノムに1つ又はいくつかの遺伝子改変を含む。いくつかの実施形態では、1つ又はいくつかの遺伝子改変には、DNA挿入、欠失、及び置換のうちの1つ以上が含まれ、これらの改変は、分化、増殖、継代及び/又は移植の後、その後の由来細胞において保持され、機能し続ける。
本出願のiPSC由来の非多能性細胞には、CD34+細胞、造血内皮細胞、HSC(造血幹細胞及び前駆細胞)、造血多能性前駆細胞、T細胞前駆体、NK細胞前駆体、T細胞、NKT細胞、NK細胞、及びB細胞が含まれるが、これらに限定されない。本出願のiPSC由来の非多能性細胞は、同一の遺伝子改変を含むiPSCからの分化を通じて、それらのゲノムに1つ又はいくつかの遺伝子改変を含む。いくつかの実施形態では、遺伝子操作された派生細胞を取得するための操作されたクローンiPSC分化戦略は、指示された分化におけるiPSCの発生の可能性がiPSCの操作されたモダリティによって重大な悪影響を受けないこと、及び操作されたモダリティが派生細胞で意図したとおりに機能することから利益を得る。更に、この戦略は、末梢血から取得されたT細胞又はNK細胞などの初代リンパ球を操作する際の現在の障壁、すなわち、そのような細胞はしばしば、再現性と均一性を欠き、高い細胞死と低い細胞増殖を伴う不十分な細胞の持続性を呈する細胞をもたらし、そのような細胞を操作することが困難であることに起因する障壁を克服する。更に、この戦略は、最初は不均質である初代細胞源を使用して別の方法で得られる不均質のエフェクター細胞集団の生成を回避する。
したがって、一態様では、本発明は、細胞又はその集団であって、(i)細胞が、(a)免疫細胞、(b)人工多能性細胞(induced pluripotent cell、iPSC)、又は(c)iPSCを分化させることから得られた派生エフェクター細胞であり、(ii)細胞が、固形腫瘍標的化骨格を含み、固形腫瘍標的化骨格が、(a)C-X-Cモチーフケモカイン受容体又はそのバリアントをコードするポリヌクレオチド、(b)形質転換成長因子ベータ受容体(transforming growth factor beta receptor、TGFβR)の細胞外ドメイン(extracellular domain、ECD)の部分的な又は完全なペプチドを含むTGFβシグナル伝達リダイレクタ受容体(signaling redirector receptor、TGFβ-SRR)をコードするポリヌクレオチド、及び(c)同種免疫防御受容体(allo-immune defense receptor、ADR)をコードするポリヌクレオチド、のうちの2つ以上を含む、細胞又はその集団を提供する。いくつかの実施形態では、ADRは、4-1BBに特異的である。いくつかの実施形態では、細胞は、固形腫瘍標的化骨格を含まない対応する細胞と比較して、固形腫瘍における改善された輸送、腫瘍微小環境(tumor microenvironment、TME)耐性、及び/又はアロ反応性耐性を有する。細胞又はその集団の様々な実施形態では、固形腫瘍標的化骨格は、(i)CD38ノックアウトと、(ii)外因性CD16又はそのバリアントをコードするポリヌクレオチドと、(iii)細胞表面発現外因性サイトカイン及び/又はその受容体の部分的な又は完全なペプチドを含むサイトカインシグナル伝達複合体をコードするポリヌクレオチドと、を更に含む。細胞又はその集団のいくつかの実施形態では、細胞は、(i)キメラ抗原受容体(chimeric antigen receptor、CAR)、(ii)HLA-Iの欠損及び/又はHLA-IIの欠損、(iii)HLA-G若しくは非切断性HLA-Gの導入、又はCD58及びCD54の一方若しくは両方のノックアウト、(iv)B2M、CIITA、TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、RFXANK、RFX5、RFXAP、TCR、NKG2A、NKG2D、CD25、CD44、CD54、CD56、CD58、CD69、CIS、CBL-B、SOCS2、PD1、CTLA4、LAG3、TIM3、及びTIGITのうちの最も少ない1つの破壊、(v)HLA-E、4-1BBL、CD3、CD4、CD8、CD47、CD113、CD131、CD137、CD80、PDL1、A2AR、抗原特異的TCR、キメラ融合受容体(chimeric fusion receptor、CFR)、Fc受容体、抗体若しくはその機能的バリアント若しくは断片、チェックポイント阻害剤、エンゲージャ、及びアゴニストとカップリングするための表面トリガー受容体のうちの少なくとも1つの導入、(vi)表4に列挙された遺伝子型のうちの少なくとも1つ、のうちの1つ以上を更に含む。
細胞又はその集団のいくつかの実施形態では、C-X-Cモチーフケモカイン受容体は、CXCR2又はCXCR3を含む。細胞又はその集団のいくつかの実施形態では、TGFβ-SRRは、IL2R、IL12R、IL18R、IL21R、又はそれらの任意の組み合わせを含むサイトカイン受容体の細胞内ドメイン(intracellular domain、ICD)の部分的な又は完全なペプチドを更に含む。細胞又はその集団のいくつかの実施形態では、(a)サイトカイン受容体がIL2Rβであり、それによって、TGFβR2-IL2Rβリダイレクタ受容体を形成し、IL2Rβの細胞内ドメイン(ICD)は、配列番号11(NCRNTGPWLKKVLKCNTPDPSKFFSQLSSEHGGDVQKWLSSPFPSSSFSPGGLAPEISPLEVLERDKVTQLLLQQDKVPEPASLSSNHSLTSCFTNQGYFFFHLPDALEIEACQVYFTYDPYSEEDPDEGVAGAPTGSSPQPLQPLSGEDDAYCTFPSRDDLLLFSPSLLGGPSPPSTAPGGSGAGEERMPPSLQERVPRDWDPQPLGPPTPGVPDLVDFQPPPELVLREAGEEVPDAGPREGVSFPWSRPPGQGEFRALNARLPLNTDAYLSLQELQGQDPTHLV)によって表されるアミノ酸配列を含むか、又は(b)サイトカイン受容体はIL12Rβであり、それによって、TGFβR2-IL12Rβリダイレクタ受容体を形成し、IL12Rβの細胞内ドメイン(ICD)は、(i)配列番号12(HYFQQKVFVLLAALRPQWCSREIPDPANSTCAKKYPIAEEKTQLPLDRLLIDWPTPEDPEPLVISEVLHQVTPVFRHPPCSNWPQREKGIQGHQASEKDMMHSASSPPPPRALQAESRQLVDLYKVLESRGSDPKPENPACPWTVLPAGDLPTHDGYLPSNIDDLPSHEAPLADSLEELEPQHISLSVFPSSSLHPLTFSCGDKLTLDQLKMRCDSLML)若しくは(ii)配列番号13(SDPKPENPACPWTVLPAGDLPTHDGYLPSNIDDLPSHEAPLADSLEELEPQ)によって表されるアミノ酸配列を含むか、又は(c)サイトカイン受容体はIL18Rβであり、それによって、TGFβR2-IL18Rβリダイレクタ受容体を形成し、IL18Rβの細胞内ドメイン(ICD)は、配列番号14(YRVDLVLFYRHLTRRDETLTDGKTYDAFVSYLKECRPENGEEHTFAVEILPRVLEKHFGYKLCIFERDVVPGGAVVDEIHSLIEKSRRLIIVLSKSYMSNEVRYELESGLHEALVERKIKIILIEFTPVTDFTFLPQSLKLLKSHRVLKWKADKSLSYNSRFWKNLLYLMPAKTVKPGRDEPEVLPVLSES)によって表されるアミノ酸配列を含むか、又は(d)サイトカイン受容体はIL21Rであり、それによって、TGFβR2-IL21Rリダイレクタ受容体を形成し、IL21Rβの細胞内ドメイン(ICD)は、配列番号15(SLKTHPLWRLWKKIWAVPSPERFFMPLYKGCSGDFKKWVGAPFTGSSLELGPWSPEVPSTLEVYSCHPPRSPAKRLQLTELQEPAELVESDGVPKPSFWPTAQNSGGSAYSEERDRPYGLVSIDTVTVLDAEGPCTWPCSCEDDGYPALDLDAGLEPSPGLEDPLLDAGTTVLSCGCVSAGSPGLGGPLGSLLDRLKPPLADGEDWAGGLPWGGRSPGGVSESEAGSPLAGLDMDTFDSGFVGSDCSSPVECDFTSPGDEGPPRSYLRQWVVIPPPLSSPGPQAS)によって表されるアミノ酸配列を含むか、又は(e)TGFβRの細胞外ドメイン(ECD)は、配列番号10(TIPPHVQKSVNNDMIVTDNNGAVKFPQLCKFCDVRFSTCDNQKSCMSNCSITSICEKPQEVCVAVWRKNDENITLETVCHDPKLPYHDFILEDAASPKCIMKEKKKPGETFFMCSCSSDECNDNIIFSEEYNTSNPDLLLVIFQ)によって表されるアミノ酸配列を含む。細胞又はその集団のいくつかの実施形態では、サイトカイン受容体は、配列番号16(TIPPHVQKSVNNDMIVTDNNGAVKFPQLCKFCDVRFSTCDNQKSCMSNCSITSICEKPQEVCVAVWRKNDENITLETVCHDPKLPYHDFILEDAASPKCIMKEKKKPGETFFMCSCSSDECNDNIIFSEEYNTSNPDLLLVIFQVTGISLLPPLGVAISVIIIFYCYRVNSDPKPENPACPWTVLPAGDLPTHDGYLPSNIDDLPSHEAPLADSLEELEPQ)によって表される配列に対して少なくとも80%、85%、90%、95%、又は97%、98%、又は99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むTGFβR2-trIL12Rβリダイレクタ受容体を形成するIL2Rβの断片であり、配列番号16に含まれる配列番号17(VTGISLLPPLGVAISVIIIFYCYRVN)によって表されるアミノ酸配列は、可変であり得る。
細胞又はその集団の様々な実施形態では、固形腫瘍標的化骨格の2つ以上のポリヌクレオチドは、CD38をノックアウトするために内因性CD38遺伝子座に挿入される。細胞又はその集団のいくつかの実施形態では、外因性CD16又はそのバリアントをコードするポリヌクレオチド、及び固形腫瘍標的化骨格の2つ以上のポリヌクレオチドは、トリシストロン性構築物内で共発現される。細胞又はその集団のいくつかの実施形態では、外因性CD16又はそのバリアントは、(a)高親和性の非切断性CD16(high affinity non-cleavable CD16、hnCD16)、(b)CD16の外部ドメインにおけるF176V及びS197P、(c)CD64に由来する完全な又は部分的な外部ドメイン、(d)非天然(又は非CD16)の膜貫通ドメイン、(e)非天然(又は非CD16)の細胞内ドメイン、(f)非天然(又は非CD16)のシグナル伝達ドメイン、(g)非天然の刺激ドメイン、並びに(h)CD16に由来せず、同じ若しくは異なるポリペプチドに由来する膜貫通ドメイン、シグナル伝達ドメイン、及び刺激ドメイン、のうちの少なくとも1つを含んでもよい。
細胞又はその集団の様々な実施形態では、細胞は、サイトカインシグナル伝達複合体を更に含み、サイトカインシグナル伝達複合体は、(a)IL2、IL4、IL6、IL7、IL9、IL10、IL11、IL12、IL15、IL18、IL21、若しくはそれらのそれぞれの受容体のうちの少なくとも1つを含む細胞表面発現外因性サイトカイン若しくはその受容体の部分的な若しくは完全なペプチド、又は(b)(i)自己切断ペプチドを間に挟んだIL15とIL15Rαとの共発現、(ii)IL15とIL15Rαとの融合タンパク質、(iii)IL15Rαの細胞内ドメインが短縮されたIL15/IL15Rα融合タンパク質、(iv)IL15とIL15Rαの膜結合Sushiドメインとの融合タンパク質、(v)IL15とIL15Rβとの融合タンパク質、(vi)IL15と共通受容体γCとの融合タンパク質であって、共通受容体γCが天然であるか、若しくは改変されている、融合タンパク質、並びに(vii)IL15Rβのホモ二量体、のうちの少なくとも1つであって、任意選択で、(b)(i)~(vii)のうちのいずれか1つが、別個の構築物内で、若しくはバイシストロン性構築物内で、CARと共発現され得る、少なくとも1つ、又は(c)(i)IL7とIL7Rαとの融合タンパク質、(ii)IL7と共通受容体γCとの融合タンパク質であって、共通受容体γCが、天然であるか若しくは改変されている、融合タンパク質、及び(iii)IL7Rβのホモ二量体、のうちの少なくとも1つであって、任意選択で、(c)(i)~(iii)のうちのいずれか1つが、任意選択で、別個の構築物内で、若しくはバイシストロン性発現カセット内で、CARと共発現される、少なくとも1つ、を含み、任意選択で、(d)一過的に発現される。
細胞又はその集団の様々な実施形態では、細胞は、CARを更に含み、CARは、(i)T細胞特異的若しくはNK細胞特異的なもの、(ii)二重特異性抗原結合CAR、(iii)切り替え可能なCAR、(iv)二量体化されたCAR、(v)スプリットCAR、(vi)多重鎖CAR、(vii)誘導性CAR、(viii)別のCARと共発現されたもの、(ix)バイシストロン性構築物内で、サイトカインシグナル伝達複合体と共発現されたもの、(x)必要に応じて別個の構築物内で、若しくはバイシストロン性構築物内で、チェックポイント阻害剤と共発現されたもの、(xi)CD19、B7H3、BCMA、CD20、CD22、CD38、CD123、CD79b、CD52、EGFR、EGP2/EpCAM、GD2、GPRC5D、HER2、KLK2、MICA/B、MSLN、VEGF-R2、PSMA、及びPDL1を含む少なくとも1つの腫瘍関連抗原に特異的なもの、並びに/又は(xii)ADGRE2、炭酸脱水酵素IX(carbonic anhydrase IX、CAIX)、CCR1、CCR4、がん胎児性抗原(carcinoembryonic antigen、CEA)、CD3、CD5、CD7、CD8、CD10、CD20、CD22、CD30、CD33、CD34、CD38、CD41、CD44、CD44V6、CD49f、CD56、CD70、CD74、CD99、CD123、CD133、CD138、CDS、CLEC12A、サイトメガロウイルス(cytomegalovirus、CMV)感染細胞の抗原、上皮糖タンパク質-2(epithelial glycoprotein-2、EGP-2)、上皮糖タンパク質-40(epithelial glycoprotein-40、EGP-40)、上皮細胞接着分子(epithelial cell adhesion molecule、EpCAM)、EGFRvIII、受容体チロシンタンパク質キナーゼerb-B2、3、4、EGFIR、EGFR-VIII、ERBB葉酸結合タンパク質(folate-binding protein、FBP)、胎児のアセチルコリン受容体(fetal acetylcholine receptor、AChR)、葉酸受容体-α、ガングリオシドG2(Ganglioside G2、GD2)、ガングリオシドG3(Ganglioside G3、GD3)、ヒト上皮増殖因子受容体2(human Epidermal Growth Factor Receptor 2、HER2)、ヒトテロメラーゼ逆転写酵素(human telomerase reverse transcriptase、hTERT)、ICAM-1、インテグリンB7、インターロイキン-13受容体サブユニットアルファ-2(Interleukin-13 receptor subunit alpha-2、IL13Rα2)、κ-軽鎖、キナーゼ挿入ドメイン受容体(kinase insert domain receptor、KDR)、ルイスA(CA19.9)、ルイスY(Lewis Y、LeY)、L1細胞接着分子(L1 cell adhesion molecule、L1-CAM)、LILRB2、黒色腫抗原ファミリーA1(melanoma antigen family A1、MAGE-A1)、MICA/B、ムチン1(Mucin1、Muc-1)、ムチン16(Mucin16、Muc-16)、メソセリン(Mesothelin、MSLN)、NKCSI、NKG2Dリガンド、c-Met、がん-精巣抗原NY-ESO-1、腫瘍胎児性抗原(h5T4)、PRAME、前立腺幹細胞抗原(prostate stem cell antigen、PSCA)、PRAME前立腺特異的膜抗原(prostate-specific membrane antigen、PSMA)、腫瘍関連糖タンパク質72(tumor-associated glycoprotein72、TAG-72)、TIM-3、TRBCI、TRBC2、血管内皮成長因子R2(vascular endothelial growth factor R2、VEGF-R2)、ウィルムス腫瘍タンパク質(Wilms tumor protein、WT-1)、及び病原体抗原を含む少なくとも1つの腫瘍関連抗原に特異的なもの、であり、任意選択で、(i)~(xii)のうちのいずれか1つのCARは、TCR遺伝子座に挿入されている、及び/又はTCRの内因性プロモータによって駆動されている、かつ/あるいはTCRは、CAR挿入によってノックアウトされている。細胞又はその集団のいくつかの実施形態では、TCR遺伝子座は、TCRアルファ及び/又はTCRベータの定常領域であり、任意選択で、CARは、TCRの内因性プロモータに作動可能に連結されている。
細胞又はその集団のいくつかの実施形態では、CARは、(a)腫瘍関連抗原に特異的な抗原結合ドメインを含む外部ドメインと、(b)膜貫通ドメインと、(c)少なくとも1つのシグナル伝達ドメインを含む内部ドメインと、を含み、少なくとも1つのシグナル伝達ドメインが、腫瘍関連抗原へのCARの結合に特異的に応答し、それによって、がん抗原特異的応答を生成する。細胞又はその集団のいくつかの実施形態では、少なくとも1つのシグナル伝達ドメインは、(a)2B4(ナチュラルキラー細胞受容体2B4)、4-1BB(腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー9)、CD28(T細胞特異的表面糖タンパク質CD28)、CD3ζ(T細胞表面糖タンパク質CD3ゼータ鎖)、DAP10(造血細胞シグナル伝達物質)、DAP12(TYROタンパク質チロシンキナーゼ結合タンパク質)、DNAM1(CD226抗原)、FcERIγ(高親和性免疫グロブリンイプシロン受容体サブユニットガンマ)、IL21R(インターロイキン-21受容体)、IL2Rβ/IL15Rβ(インターロイキン-2受容体サブユニットベータ)、IL2Rγ(サイトカイン受容体共通サブユニットガンマ)、IL7R(インターロイキン-7受容体サブユニットアルファ)、KIR2DS2(キラー細胞免疫グロブリン様受容体2DS2)、NKG2D(NKG2-D II型内因性膜タンパク質)、NKp30(天然細胞傷害トリガー受容体3)、NKp44(天然細胞傷害トリガー受容体2)、NKp46(天然細胞傷害トリガー受容体1)、CS1(SLAMファミリーメンバー7)、及びCD8(T細胞表面糖タンパク質CD8アルファ鎖)のうちのいずれか1つ、(b)それぞれ配列番号54~76によって表される、2B4、41BB、CD16、CD2、CD28、CD28H、CD3ζ、DAP10、DAP12、DNAM1、FcERIγ、IL21R、IL2Rβ(IL15Rβ)、IL2Rγ、IL7R、KIR2DS2、NKG2D、NKp30、NKp44、NKp46、CD3ζ1XX、CS1、若しくはCD8の細胞質ドメイン若しくはその一部分に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、若しくは約99%の同一性を有するアミノ酸配列、並びに/又は(c)2B4、CD28、CD3ζ、DAP10、NKG2D、CD3ζ、CD3ζ1XX、DNAM1、CS1、若しくはそれらの組み合わせの細胞質ドメイン若しくはその一部分に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、若しくは約99%の同一性を有するアミノ酸配列、を含む。細胞又はその集団のいくつかの実施形態では、内部ドメインは、2つの異なるシグナル伝達ドメインを含み、当該内部ドメインドメインは、以下の形態:CD28-CD3ζ、CD28-CD3ζ1XX、41BB-CD3ζ、41BB-CD3ζ1XX、2B4-CD3ζ、及び2B4-CD3ζ1XXのうちのいずれか1つの融合細胞質ドメイン又はその一部分を含む。細胞又はその集団のいくつかの実施形態では、膜貫通ドメインは、CD2、CD3δ、CD3ε、CD3γ、CD3ζ、CD4、CD8、CD8a、CD8b、CD16、CD27、CD28、CD28H、CD40、CD84、CD166、4-1BB、OX40、ICOS、ICAM-1、CTLA4、PD1、LAG3、2B4、BTLA、DNAM1、DAP10、DAP12、FcERIγ、IL7、IL12、IL15、KIR2DL4、KIR2DS1、KIR2DS2、NKp30、NKp44、NKp46、NKG2C、NKG2D、CS1、若しくはT細胞受容体ポリペプチドの膜貫通領域に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、若しくは約99%の同一性を有するアミノ酸配列又はその一部分を含む。細胞又はその集団のいくつかの実施形態では、膜貫通ドメインは、それぞれ配列番号32~53によって表される、2B4、CD2、CD16、CD28、CD28H、CD3ζ、DAP10、DAP12、DNAM1、FcERIγ、KIR2DS2、NKG2D、NKp30、NKp44、NKp46、CS1、又はCD8の膜貫通領域又はその一部分に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。細胞又はその集団のいくつかの実施形態では、膜貫通ドメイン及びその直接連結されたシグナル伝達ドメインは、同じタンパク質由来又は異なるタンパク質由来である。
細胞又はその集団の様々な実施形態では、腫瘍関連抗原がHER2を含み、CARは、(a)HER2(ヒト上皮増殖因子受容体2)抗原を認識する抗原結合ドメインを含む外部ドメインであって、抗原結合ドメインが、(i)配列番号103(NYGMS)を含む重鎖相補性決定領域1(heavy chain complementary determining region 1、H-CDR1)、配列番号104(TINNNGGGTYYPDSVKG)を含む重鎖相補性決定領域2(heavy chain complementary determining region 2、H-CDR2)、及び配列番号105(PGLLWDA)を含む重鎖相補性決定領域3(heavy chain complementary determining region 3、H-CDR3)を含む重鎖可変(heavy chain variable、VH)ドメイン、並びに、任意選択で、(ii)配列番号106(KSSQSLLDSDGRTYLN)を含む軽鎖相補性決定領域1(light chain complementary determining region 1、L-CDR1)、配列番号107(LVSKLDS)を含む軽鎖相補性決定領域2(light chain complementary determining region 2、L-CDR2)、及び配列番号108(WQGTHFPQT)を含む軽鎖相補性決定領域3(light chain complementary determining region3、L-CDR3)を含む軽鎖可変(light chain variable、VL)ドメイン、を含む、外部ドメインと、(b)膜貫通ドメインと、(c)少なくとも1つのシグナル伝達ドメインを含む内部ドメインと、を含み、少なくとも1つのシグナル伝達ドメインは、がん細胞上に発現されるHER2抗原へのCARの結合に特異的に応答し、それによって、がん抗原特異的応答を生成する。細胞又はその集団のいくつかの実施形態では、CARの抗原結合ドメインは、(a)配列番号109に対して少なくとも80%の配列同一性を有するVHドメインを含む、(b)配列番号110に対して少なくとも80%の配列同一性を有するVLドメインを含む、(c)VH-リンカー-VL又はVL-リンカー-VHを含む一本鎖可変断片(single chain variable fragment、scFV)を含み、リンカーは、長さ及び配列が異なり、任意選択で、リンカーは、配列番号111~114に対して少なくとも80%の配列同一性を有する、(d)配列番号115若しくは配列番号116と少なくとも約99%、約98%、約96%、約95%、約90%、約85%、若しくは約80%同一であるアミノ酸配列によって表されるscFVを含み、配列番号115及び116の各々は、長さ及び配列が異なるリンカーを含む、並びに/又は(e)ヒト化されている。細胞又はその集団のいくつかの実施形態では、外部ドメインは、(a)シグナルペプチド、及び/又は、(b)スペーサー/ヒンジ、のうちの1つ以上を含む。いくつかの実施形態は、スペーサー/ヒンジは、(a)IgG4スペーサー、CD28スペーサー、CD8スペーサー、CH3スペーサー、CH2/CH3スペーサー、若しくはそれらの任意の組み合わせ、(b)約10個~約80個のアミノ酸の短いスペーサー、80個超~約180個のアミノ酸の中程度のスペーサー、若しくは180個超のアミノ酸の長いスペーサー、及び/又は(c)配列番号96~100のうちのいずれかと少なくとも約80%、約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、スペーサー/ヒンジは、中程度のスペーサーを含み、スペーサーは、配列番号99と少なくとも約80%、約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%同一のアミノ酸配列を含む。
細胞又はその集団の様々な実施形態ではCARは、配列番号117と少なくとも約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、CARの少なくとも1つのシグナル伝達ドメインは、がん細胞上に発現されるHER2抗原へのCARの結合に特異的に応答し、それによって、がん抗原特異的応答を生成し、がん細胞は、乳がん細胞、卵巣がん細胞、子宮内膜がん細胞、肺がん細胞、食道がん細胞、唾液腺がん細胞、膀胱がん細胞、胃がん細胞、結腸直腸がん細胞、又は頭頸部がん細胞である。
様々な実施形態では、(i)iPSCは、クローンiPSC、単一細胞解離iPSC、iPSC細胞株細胞、又はiPSCマスター細胞バンク(master cell bank、MCB)細胞であるか、あるいは、(ii)派生細胞は、派生CD34+細胞、派生造血幹前駆細胞、派生造血多能性前駆細胞、派生T細胞前駆体、派生NK細胞前駆体、派生T系統細胞、派生NKT系統細胞、派生NK系統細胞、又は派生B系統細胞を含むか、あるいは、(iii)派生細胞は、対応する初代T、NK、NKT、及び/又はB細胞には存在しない1つ以上の機能的特質を有する派生エフェクター細胞を含む。いくつかの実施形態では、派生細胞は、同じ遺伝子編集を備えていない末梢血、臍帯血、又は任意の他のドナー組織から得られたその対応する初代細胞と比較して、(i)増加された細胞傷害性、(ii)改善された持続性及び/又は生存率、(iii)腫瘍部位にバイスタンダー免疫細胞を遊走させる、及び/又は活性化させる、若しくは動員する増強された能力、(iv)改善された腫瘍浸潤、(v)腫瘍免疫抑制を低下させる増強された能力、(vi)腫瘍抗原エスケープを救済する改善された能力、(vii)制御されたアポトーシス、(viii)増強又は獲得されたADCC、及び(ix)フラトリサイドを回避する能力のうちの1つ以上を含む治療特性を有する。細胞又はその集団のいくつかの実施形態では細胞は、NK系統細胞又はT系統細胞であり、(i)NK系統細胞又はT系統細胞は、腫瘍部位における改善された浸潤及び/又は保持を有するか、(ii)NK系統細胞は、T細胞を腫瘍部位に動員し、かつ/又は遊走させることができるか、あるいは(iii)NK系統細胞又はT系統細胞は、1つ以上のチェックポイント阻害剤の存在下で腫瘍免疫抑制を低減することができる。
別の態様では、本発明は、細胞又はその集団であって、(i)細胞が、(a)免疫細胞、(b)人工多能性細胞(iPSC)、又は(c)iPSCを分化させることから得られた派生エフェクター細胞であり、(ii)細胞がキメラ抗原受容体(CAR)を含み、キメラ抗原受容体(CAR)が、(a)HER2(ヒト上皮増殖因子受容体2)抗原を認識する抗原結合ドメインを含む外部ドメインであって、抗原結合ドメインが、(1)配列番号103(NYGMS)を含む重鎖相補性決定領域1(H-CDR1)、配列番号104(TINNNGGGTYYPDSVKG)を含む重鎖相補性決定領域2(H-CDR2)、及び配列番号105(PGLLWDA)を含む重鎖相補性決定領域3(H-CDR3)を含む重鎖可変(VH)ドメイン、並びに(2)配列番号106(KSSQSLLDSDGRTYLN)を含む軽鎖相補性決定領域1(L-CDR1)、配列番号107(LVSKLDS)を含む軽鎖相補性決定領域2(L-CDR2)、及び配列番号108(WQGTHFPQT)を含む軽鎖相補性決定領域3(L-CDR3)を含む軽鎖可変(VL)ドメイン、を含む、外部ドメインと、(b)膜貫通ドメインと、(c)少なくとも1つのシグナル伝達ドメインを含む内部ドメインと、を含み、少なくとも1つのシグナル伝達ドメインが、がん細胞上に発現されるHER2抗原へのCARの結合に特異的に応答し、それによって、がん抗原特異的応答を生成する、細胞又はその集団を提供する。細胞又はその集団のいくつかの実施形態では、抗原結合ドメインは、(a)配列番号109に対して少なくとも80%の配列同一性を有するVHドメインを含む、(b)配列番号110に対して少なくとも80%の配列同一性を有するVLドメインを含む、(c)VH-リンカー-VL又はVL-リンカー-VHを含む一本鎖可変断片(scFV)を含み、リンカーは、長さ及び配列が異なり、任意選択で、リンカーは、配列番号111~114に対して少なくとも80%の配列同一性を有する、(d)配列番号115若しくは配列番号116と少なくとも約99%、約98%、約96%、約95%、約90%、約85%、若しくは約80%同一であるアミノ酸配列によって表されるscFVを含み、配列番号115及び116の各々は、長さ及び配列が異なるリンカーを含む、かつ/又は(e)ヒト化されている。細胞又はその集団のいくつかの実施形態では、少なくとも1つのシグナル伝達ドメインは、(a)2B4(ナチュラルキラー細胞受容体2B4)、4-1BB(腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー9)、CD16(IgG Fc領域受容体III-A)、CD2(T細胞表面抗原CD2)、CD28(T細胞特異的表面糖タンパク質CD28)、CD28H(膜貫通及び免疫グロブリンドメイン含有タンパク質2)、CD3ζ(T細胞表面糖タンパク質CD3ゼータ鎖)、DAP10(造血細胞シグナル伝達物質)、DAP12(TYROタンパク質チロシンキナーゼ結合タンパク質)、DNAM1(CD226抗原)、FcERIγ(高親和性免疫グロブリンイプシロン受容体サブユニットガンマ)、IL21R(インターロイキン-21受容体)、IL2Rβ/IL15Rβ(インターロイキン-2受容体サブユニットベータ)、IL2Rγ(サイトカイン受容体共通サブユニットガンマ)、IL7R(インターロイキン-7受容体サブユニットアルファ)、KIR2DS2(キラー細胞免疫グロブリン様受容体2DS2)、NKG2D(NKG2-D II型内在性膜タンパク質)、NKp30(天然細胞傷害トリガー受容体3)、NKp44(天然細胞傷害トリガー受容体2)、NKp46(天然細胞傷害トリガー受容体1)、CS1(SLAMファミリーメンバー7)、及びCD8(T細胞表面糖タンパク質CD8アルファ鎖)のうちのいずれか1つ、(b)それぞれ配列番号54~76によって表される、2B4、4-1BB、CD16、CD2、CD28、CD28H、CD3ζ、CD3ζ1XX、DAP10、DAP12、DNAM1、FcERIγ、IL21R、IL2Rβ(IL15Rβ)、IL2Rγ、IL7R、KIR2DS2、NKG2D、NKp30、NKp44、NKp46、CS1、若しくはCD8の細胞質ドメイン若しくはその一部分に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、若しくは約99%の同一性を有するアミノ酸配列、並びに/又は(c)2B4、CD28、CD3ζ、DAP10、NKG2D、CD3ζ1XX、DNAM1、CS1、若しくはそれらの組み合わせの細胞質ドメイン若しくはその一部分に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、若しくは約99%の同一性を有するアミノ酸配列、を含む。細胞又はその集団のいくつかの実施形態では、内部ドメインは、2つの異なるシグナル伝達ドメインを含み、当該内部ドメインドメインが、以下の形態:2B4-CD3ζ/1XX、2B4-DNAM1、2B4-FcERIγ、2B4-DAP10、CD16-DNAM1、CD16-DAP10、CD16-DAP12、CD2-CD3ζ/1XX、CD2-DNAM1、CD2-FcERIγ、CD2-DAP10、CD28-DNAM1、CD28-FcERIγ、CD28-DAP10、CD28-DAP12、CD28-CD3ζ/1XX、CD28H-CD3ζ/1XX、DAP10-CD3ζ/1XX、DAP10-DAP12、DAP12-CD3ζ/1XX、DAP12-DAP10、DNAM1-CD3ζ/1XX、KIR2DS2-CD3ζ/1XX、KIR2DS2-DAP10、KIR2DS2-2B4、若しくはNKp46-2B4のうちのいずれか1つの融合細胞質ドメイン又はその一部分を含む。
細胞又はその集団のいくつかの実施形態では、膜貫通ドメインは、(a)CD2、CD3δ、CD3ε、CD3γ、CD3ζ、CD4、CD8、CD8a、CD8b、CD16、CD27、CD28、CD28H、CD40、CD84、CD166、4-1BB、OX40、ICOS、ICAM-1、CTLA4、PD1、LAG3、2B4、BTLA、DNAM1、DAP10、DAP12、FcERIγ、IL7、IL12、IL15、KIR2DL4、KIR2DS1、KIR2DS2、NKp30、NKp44、NKp46、NKG2C、NKG2D、CS1、若しくはT細胞受容体ポリペプチド、(b)2B4、CD2、CD16、CD28、CD28H、CD3ζ、DAP10、DAP12、DNAM1、FcERIγ、KIR2DS2、NKG2D、NKp30、NKp44、NKp46、CS1、若しくはCD8、又は(c)2B4、CD28、CD28H、DAP10、DNAM1、KIR2DS2、及びNKG2D、の膜貫通領域又はその一部分に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。細胞又はその集団のいくつかの実施形態では、膜貫通ドメイン及びその直接連結されたシグナル伝達ドメインは、同じタンパク質由来又は異なるタンパク質由来である。細胞又はその集団のいくつかの実施形態では、外部ドメインは、(a)シグナルペプチド、及び/又は、(b)スペーサー/ヒンジ、のうちの1つ以上を含む。いくつかの実施形態は、スペーサー/ヒンジは、(a)IgG4スペーサー、CD28スペーサー、CD8スペーサー、CH3スペーサー、CH2/CH3スペーサー、若しくはそれらの任意の組み合わせ、(b)約10個~約80個のアミノ酸の短いスペーサー、80個超~約180個のアミノ酸の中程度のスペーサー、若しくは180個超のアミノ酸の長いスペーサー、及び/又は(c)配列番号96~100のうちのいずれかと少なくとも約80%、約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%同一のアミノ酸配列を含む。一実施形態では、スペーサー/ヒンジは、中程度のスペーサーを含み、スペーサーは、配列番号99と少なくとも約80%、約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%同一のアミノ酸配列を含む。
細胞又はその集団のいくつかの実施形態では、CARは、配列番号117と少なくとも約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%同一のアミノ酸配列を含む。細胞又はその集団のいくつかの実施形態では、細胞は、(a)C-X-Cモチーフケモカイン受容体又はそのバリアントをコードするポリヌクレオチド、(b)形質転換成長因子ベータ受容体(TGFβR)の細胞外ドメイン(ECD)の部分的な又は完全なペプチドを含むTGFβシグナル伝達リダイレクタ受容体(TGFβ-SRR)をコードするポリヌクレオチド、及び(c)同種免疫防御受容体(ADR)をコードするポリヌクレオチド、のうちの少なくとも1つを含む固形腫瘍標的化骨格を更に含み、任意選択で、細胞は、固形腫瘍標的化骨格を含まない対応する細胞と比較して、固形腫瘍における改善された輸送、腫瘍微小環境(TME)耐性、及び/又はアロ反応性耐性を有する。いくつかの実施形態では、ADRは、4-1BBに特異的である。細胞又はその集団のいくつかの実施形態では、固形腫瘍標的化骨格は、(i)CD38ノックアウトと、(ii)外因性CD16又はそのバリアントをコードするポリヌクレオチドと、(iii)細胞表面発現外因性サイトカイン及び/又はその受容体の部分的な又は完全なペプチドを含むサイトカインシグナル伝達複合体をコードするポリヌクレオチドと、を更に含む。細胞又はその集団のいくつかの実施形態では、細胞は、(i)HLA-I欠損及び/若しくはHLA-II欠損、(ii)HLA-G若しくは非切断性HLA-Gの導入、又はCD58及びCD54の一方若しくは両方のノックアウト、(iii)B2M、CIITA、TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、RFXANK、RFX5、RFXAP、TCR、NKG2A、NKG2D、CD25、CD44、CD54、CD56、CD58、CD69、CIS、CBL-B、SOCS2、PD1、CTLA4、LAG3、TIM3、及びTIGITのうちの最も少ない1つの破壊、(iv)HLA-E、4-1BBL、CD3、CD4、CD8、CD47、CD113、CD131、CD137、CD80、PDL1、A2AR、抗原特異的TCR、キメラ融合受容体(CFR)、Fc受容体、抗体若しくはその機能的バリアント若しくは断片、チェックポイント阻害剤、エンゲージャ、及びアゴニストとカップリングするための表面トリガー受容体のうちの少なくとも1つの導入、(v)表4に列挙された遺伝子型のうちの少なくとも1つ、のうちの1つ以上を更に含む。
細胞又はその集団のいくつかの実施形態では、C-X-Cモチーフケモカイン受容体は、CXCR2又はCXCR3を含む。細胞又はその集団のいくつかの実施形態では、TGFβ-SRRは、IL2R、IL12R、IL18R、IL21R、又はそれらの任意の組み合わせを含むサイトカイン受容体の細胞内ドメイン(ICD)の部分的な又は完全なペプチドを更に含む。細胞又はその集団のいくつかの実施形態では、(a)サイトカイン受容体がIL2Rβであり、それによって、TGFβR2-IL2Rβリダイレクタ受容体を形成し、IL2Rβの細胞内ドメイン(ICD)は、配列番号11(NCRNTGPWLKKVLKCNTPDPSKFFSQLSSEHGGDVQKWLSSPFPSSSFSPGGLAPEISPLEVLERDKVTQLLLQQDKVPEPASLSSNHSLTSCFTNQGYFFFHLPDALEIEACQVYFTYDPYSEEDPDEGVAGAPTGSSPQPLQPLSGEDDAYCTFPSRDDLLLFSPSLLGGPSPPSTAPGGSGAGEERMPPSLQERVPRDWDPQPLGPPTPGVPDLVDFQPPPELVLREAGEEVPDAGPREGVSFPWSRPPGQGEFRALNARLPLNTDAYLSLQELQGQDPTHLV)によって表されるアミノ酸配列を含むか、又は(b)サイトカイン受容体はIL12Rβであり、それによって、TGFβR2-IL12Rβリダイレクタ受容体を形成し、IL12Rβの細胞内ドメインは、配列番号12(HYFQQKVFVLLAALRPQWCSREIPDPANSTCAKKYPIAEEKTQLPLDRLLIDWPTPEDPEPLVISEVLHQVTPVFRHPPCSNWPQREKGIQGHQASEKDMMHSASSPPPPRALQAESRQLVDLYKVLESRGSDPKPENPACPWTVLPAGDLPTHDGYLPSNIDDLPSHEAPLADSLEELEPQHISLSVFPSSSLHPLTFSCGDKLTLDQLKMRCDSLML)若しくは配列番号13(SDPKPENPACPWTVLPAGDLPTHDGYLPSNIDDLPSHEAPLADSLEELEPQ)によって表されるアミノ酸配列を含むか、又は(c)サイトカイン受容体はIL18Rβであり、それによって、TGFβR2-IL18Rβリダイレクタ受容体を形成し、IL18Rβの細胞内ドメイン(ICD)は、配列番号14(YRVDLVLFYRHLTRRDETLTDGKTYDAFVSYLKECRPENGEEHTFAVEILPRVLEKHFGYKLCIFERDVVPGGAVVDEIHSLIEKSRRLIIVLSKSYMSNEVRYELESGLHEALVERKIKIILIEFTPVTDFTFLPQSLKLLKSHRVLKWKADKSLSYNSRFWKNLLYLMPAKTVKPGRDEPEVLPVLSES)によって表されるアミノ酸配列を含むか、又は(d)サイトカイン受容体はIL21Rであり、それによって、TGFβR2-IL21Rリダイレクタ受容体を形成し、IL21Rβの細胞内ドメイン(ICD)は、配列番号15(SLKTHPLWRLWKKIWAVPSPERFFMPLYKGCSGDFKKWVGAPFTGSSLELGPWSPEVPSTLEVYSCHPPRSPAKRLQLTELQEPAELVESDGVPKPSFWPTAQNSGGSAYSEERDRPYGLVSIDTVTVLDAEGPCTWPCSCEDDGYPALDLDAGLEPSPGLEDPLLDAGTTVLSCGCVSAGSPGLGGPLGSLLDRLKPPLADGEDWAGGLPWGGRSPGGVSESEAGSPLAGLDMDTFDSGFVGSDCSSPVECDFTSPGDEGPPRSYLRQWVVIPPPLSSPGPQAS)によって表されるアミノ酸配列を含むか、又は(e)TGFβRの細胞外ドメイン(ECD)は、配列番号10(TIPPHVQKSVNNDMIVTDNNGAVKFPQLCKFCDVRFSTCDNQKSCMSNCSITSICEKPQEVCVAVWRKNDENITLETVCHDPKLPYHDFILEDAASPKCIMKEKKKPGETFFMCSCSSDECNDNIIFSEEYNTSNPDLLLVIFQ)によって表されるアミノ酸配列を含む。細胞又はその集団のいくつかの実施形態では、サイトカイン受容体はIL2Rβの断片であり、それによって、配列番号16(TIPPHVQKSVNNDMIVTDNNGAVKFPQLCKFCDVRFSTCDNQKSCMSNCSITSICEKPQEVCVAVWRKNDENITLETVCHDPKLPYHDFILEDAASPKCIMKEKKKPGETFFMCSCSSDECNDNIIFSEEYNTSNPDLLLVIFQVTGISLLPPLGVAISVIIIFYCYRVNSDPKPENPACPWTVLPAGDLPTHDGYLPSNIDDLPSHEAPLADSLEELEPQ)によって表される配列に対して少なくとも80%、85%、90%、95%、又は97%、98%、又は99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むTGFβR2-trIL12Rβリダイレクタ受容体を形成し、配列番号16に含まれる配列番号17(VTGISLLPPLGVAISVIIIFYCYRVN)によって表されるアミノ酸配列は、可変であり得る。
細胞又はその集団のいくつかの実施形態では、固形腫瘍標的化骨格の1つ以上のポリヌクレオチドは、CD38をノックアウトするために内因性CD38遺伝子座に挿入される。いくつかの実施形態では、外因性CD16又はそのバリアントをコードするポリヌクレオチド、及び固形腫瘍標的化骨格の2つ以上のポリヌクレオチドは、トリシストロン性構築物内で共発現される。いくつかの実施形態では、外因性CD16又はそのバリアントは、(a)高親和性の非切断性CD16(hnCD16)、(b)CD16の外部ドメインにおけるF176V及びS197P、(c)CD64に由来する完全な又は部分的な外部ドメイン、(d)非天然(又は非CD16)の膜貫通ドメイン、(e)非天然(又は非CD16)の細胞内ドメイン、(f)非天然(又は非CD16)のシグナル伝達ドメイン、(g)非天然の刺激ドメイン、並びに(h)CD16に由来せず、同じ若しくは異なるポリペプチドに由来する膜貫通ドメイン、シグナル伝達ドメイン、及び刺激ドメイン、のうちの少なくとも1つを含んでもよい。細胞又はその集団のいくつかの実施形態では、細胞は、サイトカインシグナル伝達複合体を更に含み、サイトカインシグナル伝達複合体は、(a)IL2、IL4、IL6、IL7、IL9、IL10、IL11、IL12、IL15、IL18、IL21、若しくはそれらのそれぞれの受容体のうちの少なくとも1つを含む細胞表面発現外因性サイトカイン若しくはその受容体の部分的な若しくは完全なペプチド、又は(b)(i)自己切断ペプチドを間に挟んだIL15とIL15Rαとの共発現、(ii)IL15とIL15Rαとの融合タンパク質、(iii)IL15Rαの細胞内ドメインが短縮されたIL15/IL15Rα融合タンパク質、(iv)IL15とIL15Rαの膜結合Sushiドメインとの融合タンパク質、(v)IL15とIL15Rβとの融合タンパク質、(vi)IL15と共通受容体γCとの融合タンパク質であって、共通受容体γCが天然であるか、若しくは改変されている、融合タンパク質、並びに(vii)IL15Rβのホモ二量体、のうちの少なくとも1つであって、(b)(i)~(vii)のうちのいずれか1つが、別個の構築物内で、若しくはバイシストロン性構築物内で、CARと共発現され得る、少なくとも1つ、又は(c)(i)IL7とIL7Rαとの融合タンパク質、(ii)IL7と共通受容体γCとの融合タンパク質であって、共通受容体γCが、天然であるか若しくは改変されている、融合タンパク質、及び(iii)IL7Rβのホモ二量体、のうちの少なくとも1つであって、(c)(i)~(iii)のうちのいずれか1つが、任意選択で、別個の構築物内で、若しくはバイシストロン性発現カセット内で、CARと共発現される、少なくとも1つ、を含み、任意選択で、(d)一過的に発現される。いくつかの実施形態では、(i)CARは、バイシストロン性構築物内でサイトカインシグナル伝達複合体と共発現される、かつ/あるいは(ii)CARは、TCR遺伝子座に挿入され、任意選択で、TCRの内因性プロモータに作動可能に連結されている。いくつかの実施形態では、(i)TCR遺伝子座は、TCRアルファ及び/若しくはTCRベータの定常領域であり、かつ/あるいは(ii)TCRは、CAR挿入によってノックアウトされている。
いくつかの実施形態では、CARの少なくとも1つのシグナル伝達ドメインは、がん細胞上に発現されるHER2抗原へのCARの結合に特異的に応答し、それによって、がん抗原特異的応答を生成し、がん細胞は、乳がん細胞、卵巣がん細胞、子宮内膜がん細胞、肺がん細胞、食道がん細胞、唾液腺がん細胞、膀胱がん細胞、胃がん細胞、結腸直腸がん細胞、又は頭頸部がん細胞である。
様々な実施形態では、(i)iPSCは、クローンiPSC、単一細胞解離iPSC、iPSC細胞株細胞、又はiPSCマスター細胞バンク(MCB)細胞であるか、あるいは、(ii)派生細胞は、派生CD34+細胞、派生造血幹前駆細胞、派生造血多能性前駆細胞、派生T細胞前駆体、派生NK細胞前駆体、派生T系統細胞、派生NKT系統細胞、派生NK系統細胞、又は派生B系統細胞を含むか、あるいは、(iii)派生細胞は、対応する初代T、NK、NKT、及び/又はB細胞には存在しない1つ以上の機能的特質を有する派生エフェクター細胞を含む。いくつかの実施形態では、派生細胞は、同じ遺伝子編集を備えていない末梢血、臍帯血、又は任意の他のドナー組織から得られたその対応する初代細胞と比較して、(i)増加された細胞傷害性、(ii)改善された持続性及び/又は生存率、(iii)腫瘍部位にバイスタンダー免疫細胞を遊走させる、及び/又は活性化させる、若しくは動員する増強された能力、(iv)改善された腫瘍浸潤、(v)腫瘍免疫抑制を低下させる増強された能力、(vi)腫瘍抗原エスケープを救済する改善された能力、(vii)制御されたアポトーシス、(viii)増強又は獲得されたADCC、及び(ix)フラトリサイドを回避する能力のうちの1つ以上を含む治療特性を有する。細胞又はその集団のいくつかの実施形態では細胞は、NK系統細胞又はT系統細胞であり、(i)NK系統細胞又はT系統細胞は、腫瘍部位における改善された浸潤及び/又は保持を有するか、(ii)NK系統細胞は、T細胞を腫瘍部位に動員し、かつ/又は遊走させることができるか、あるいは(iii)NK系統細胞又はT系統細胞は、1つ以上のチェックポイント阻害剤の存在下で腫瘍免疫抑制を低減することができる。
別の態様では、本発明は、本明細書で提供される細胞又はその集団を含む、組成物を提供する。組成物の様々な実施形態では、組成物は、1つ以上の治療剤を更に含む。組成物のいくつかの実施形態では、1つ以上の治療剤は、ペプチド、サイトカイン、チェックポイント阻害剤、マイトジェン、成長因子、低分子RNA、dsRNA(二本鎖RNA)、単核血球、フィーダー細胞、フィーダー細胞成分若しくはその補充因子、1つ以上の目的のポリ核酸を含むベクター、抗体、化学療法剤若しくは放射性部分、又は免疫調節薬(immunomodulatory drug、IMiD)を含む。治療剤がチェックポイント阻害剤である組成物のいくつかの実施形態では、チェックポイント阻害剤は、(a)PD-1、PDL-1、TIM-3、TIGIT、LAG-3、CTLA-4、2B4、4-1BB、4-1BBL、A2AR、BATE、BTLA、CD39、CD47、CD73、CD94、CD96、CD160、CD200、CD200R、CD274、CEACAM1、CSF-1R、Foxp1、GARP、HVEM、IDO、EDO、TDO、LAIR-1、MICA/B、NR4A2、MAFB、OCT-2、Rara(レチノイン酸受容体アルファ)、TLR3、VISTA、NKG2A/HLA-E、若しくは抑制性KIRを含む1つ以上のアンタゴニストチェックポイント分子、(b)アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、イピリムマブ、IPH4102、IPH43、IPH33、リリムマブ、モナリズマブ、ニボルマブ、ペンブロリズマブ、及びそれらの誘導体若しくは機能的同等物のうちの1つ以上、又は(c)アテゾリズマブ、ニボルマブ、及びペンブロリズマブのうちの少なくとも1つ、を含む。治療剤が抗体である組成物のいくつかの実施形態では、抗体は、(a)抗CD20抗体、抗HER2抗体、抗CD52抗体、抗EGFR抗体、抗CD123抗体、抗GD2抗体、抗PDL1抗体、若しくは抗CD38抗体、又は(b)リツキシマブ、ベルツズマブ、オファツムマブ、ウブリツキシマブ、オカラツズマブ、オビヌツズマブ、トラスツズマブ、ペルツズマブ、アレムツズマブ、セツキシマブ、ジヌツキシマブ、アベルマブ、ダクリズマブ、バシリキシマブ、M-A251、2A3、BC69、24204、22722、24212、MAB23591、FN50、298614、AF2359、CY1G4、DF1513、ビバツズマブ、RG7356、G44-26、7G3、CSL362、エロツズマブ、ダラツムマブ、イサツキシマブ、MOR202、並びにそれらのヒト化若しくはFc修飾されたバリアント若しくは断片及びそれらの機能的同等物及びバイオシミラーのうちの1つ以上、を含む。治療剤がエンゲージャである組成物の実施形態では、エンゲージャは、(i)二重特異性T細胞エンゲージャ(bi-specific T cell engager、BiTE)、(ii)二重特異性キラー細胞エンゲージャ(bispecific killer cell engager、BiKE)、若しくは(iii)三重特異性キラー細胞エンゲージャ(tri-specific killer cell engager、TriKE)を含み得るか、又はエンゲージャは、(a)細胞又はバイスタンダー免疫エフェクター細胞のCD3、CD28、CD5、CD16、CD64、CD32、CD33、CD89、NKG2C、NKG2D、若しくはその任意の機能的バリアントの細胞外部分を認識する第1の結合ドメイン、及び(b)B7H3、CD10、CD19、CD20、CD22、CD24、CD30、CD33、CD34、CD38、CD44、CD52、CD79a、CD79b、CD123、CD138、CD179b、CEA、CLEC12A、CS-1、DLL3、EGFR、EGFRvIII、EpCAM、FLT-3、FOLR1、FOLR3、GD2、gpA33、HER2、HM1.24、LGR5、MSLN、MCSP、MICA/B、Muc1、Muc16、PDL1、PSMA、PAMA、P-カドヘリン、ROR1、若しくはVEGF-R2のうちのいずれか1つを含む抗原に特異的な第2の結合ドメインを含む。
別の態様では、本発明は、本明細書で提供される組成物を養子細胞療法を必要とする対象に導入することによる組成物の治療的使用であって、対象が、自己免疫障害、血液悪性腫瘍、固形腫瘍、がん、又はウイルス感染を有する、治療的使用を提供する。別の態様では、本発明は、本明細書で提供されるクローンiPSCを含む、マスター細胞バンク(MCB)を提供する。
別の態様では、本発明は、本明細書で提供される派生細胞を製造する方法であって、派生細胞が、免疫エフェクター細胞であり、方法が、(i)遺伝子操作されたiPSCを取得することであって、iPSCが、(a)C-X-Cモチーフケモカイン受容体又はそのバリアントをコードするポリヌクレオチド、(b)形質転換成長因子ベータ受容体(TGFβR)の細胞外ドメイン(ECD)の部分的な又は完全なペプチドを含むTGFβシグナル伝達リダイレクタ受容体(TGFβ-SRR)をコードするポリヌクレオチド、及び(c)同種免疫防御受容体(ADR)をコードするポリヌクレオチド、のうちの2つ以上を含む固形腫瘍標的化骨格を含む、取得することと、(ii)遺伝子操作されたiPSCを派生CD34+細胞に分化させることと、(iii)派生CD34+細胞を免疫エフェクター細胞に分化させることであって、免疫エフェクター細胞が固形腫瘍標的化骨格を保持する、分化させることと、を含む、方法を提供する。いくつかの実施形態では、ADRは、4-1BBに特異的である。製造方法のいくつかの実施形態では、固形腫瘍標的化骨格を含む遺伝子操作されたiPSCを取得することは、(a)内因性(endogensous)CD38遺伝子座における共発現のために2つ以上のポリヌクレオチドを組み込むことと、CD38をノックアウトすることと、を含み、共発現のための2つ以上のポリヌクレオチドは、シストロン性構築物内にあり、ポリヌクレオチドは、(i)C-X-Cモチーフケモカイン受容体、(ii)TGFβ-SSR、及び(iii)同種免疫防御受容体(ADR)、のうちの少なくとも2つをコードする。製造方法のいくつかの実施形態では、(i)シストロン性構築物は、外因性CD16又はそのバリアントをコードするポリヌクレオチドを更に含むか、(ii)C-X-Cモチーフケモカイン受容体は、CXCR2又はCXCR3を含むか、(iii)TGFβ-SRRは、TGFβR2-IL2Rβ、TGFβR2-IL12Rβ、TGFβR2-IL18Rβ、又はTGFβR2-trIL12Rβリダイレクタ受容体を含むか、あるいは(iv)ADRは、4-1BB又はCD38に特異的である。
製造方法の様々な実施形態では、方法は、キメラ抗原受容体(CAR)をコードするポリヌクレオチドをTCR遺伝子座に組み込むことによって、固形腫瘍標的化骨格を含むiPSCを遺伝子操作することを更に含み、任意選択で、(i)CARは、TCRの内因性プロモータに作動可能に連結され、かつ/あるいは(ii)TCRは、CAR挿入によってノックアウトされている。いくつかの実施形態では、CARは、バイシストロン性構築物内でサイトカインシグナル伝達複合体と共発現されるか、あるいは、TCR遺伝子座は、TCRアルファ及び/又はTCRベータの定常領域である。いくつかの実施形態では、サイトカインシグナル伝達複合体は、(i)IL7とIL7Rαとの融合タンパク質、(ii)IL15とIL15Rαとの融合タンパク質、及び(iii)IL15Rαの細胞内ドメインが短縮されたIL15/IL15Rα融合タンパク質、のうちの少なくとも1つを含む。
製造方法のいくつかの実施形態では、CARは、(i)腫瘍関連抗原に特異的であるか、(ii)固形腫瘍関連抗原に特異的であるか、(iii)汎腫瘍抗原に特異的であるか、又は(iv)B7H3、BCMA、CD19、CD38、CD79b、EGP2/EpCAM、GPRC5D、HER2、KLK2、MICA/B、及びMR1のうちの1つに特異的である。いくつかの実施形態では、がん細胞上に発現されるHER2抗原に特異的なCARは、(i)配列番号103(NYGMS)を含む重鎖相補性決定領域1(H-CDR1)、配列番号104(TINNNGGGTYYPDSVKG)を含む重鎖相補性決定領域2(H-CDR2)、及び配列番号105(PGLLWDA)を含む重鎖相補性決定領域3(H-CDR3)を含む重鎖可変(VH)ドメイン、及び任意選択で(ii)配列番号106(KSSQSLLDSDGRTYLN)を含む軽鎖相補性決定領域1(L-CDR1)、配列番号107(LVSKLDS)を含む軽鎖相補性決定領域2(L-CDR2)、及び配列番号108(WQGTHFPQT)を含む軽鎖相補性決定領域3(L-CDR3)を含む軽鎖可変(VL)ドメイン、を含む抗原結合ドメインを含む。製造方法のいくつかの実施形態では、抗原結合ドメインは、(a)配列番号109に対して少なくとも80%の配列同一性を有するVHドメインを含む、(b)配列番号110に対して少なくとも80%の配列同一性を有するVLドメインを含む、(c)VH-リンカー-VL又はVL-リンカー-VHを含む一本鎖可変断片(scFV)を含み、リンカーは、長さ及び配列が異なり、任意選択で、リンカーが、配列番号111~114に対して少なくとも80%の配列同一性を有する、(d)配列番号115若しくは配列番号116と少なくとも約99%、約98%、約96%、約95%、約90%、約85%、若しくは約80%同一であるアミノ酸配列によって表されるscFVを含み、配列番号115及び116の各々は、長さ及び配列が異なるリンカーを含む、並びに/又は(e)ヒト化されている。
製造方法のいくつかの実施形態では、方法は、(a)HLA-I欠損及び/又はHLA-II欠損の導入、(b)B2M、CIITA、TAP1、TAP2、Tapasin、NLRC5、RFXANK、RFX5、RFXAP、TCR、NKG2A、NKG2D、CD25、CD44、CD54、CD56、CD58、CD69、CIS、CBL-B、SOCS2、PD1、CTLA4、LAG3、TIM3、及びTIGITのうちの1つ以上の欠失又は破壊、並びに/あるいは(c)HLA-G、HLA-E、4-1BBL、CD3、CD4、CD8、CD16、CD47、CD113、CD131、CD137、CD80、PDL1、A2AR、抗原特異的TCR、キメラ融合受容体(CFR)、Fc受容体、抗体又はその機能的バリアント若しくは断片、チェックポイント阻害剤、エンゲージャ、及びアゴニストとカップリングするための表面トリガー受容体のうちの少なくとも1つの導入、のうちの1つ以上によって、腫瘍固形標的化骨格を含むiPSCを遺伝子操作することを更に含む。いくつかの実施形態では、ゲノム操作は、標的化された編集を含む。いくつかの実施形態では、標的化された編集は、CRISPR、ZFN、TALEN、ホーミングヌクレアーゼ、相同組換え、又はこれらの方法の他の任意の機能的バリエーションによって実行される。
別の態様では、本発明は、養子細胞療法を必要とする対象を治療する方法であって、対象にエフェクター細胞を注入することを含み、エフェクター細胞が、本明細書において提供される派生細胞又はその集団を含む、方法を提供する。治療方法のいくつかの実施形態では、エフェクター細胞は、がん細胞上に発現されるHER2抗原に特異的なCARを含み、CARが、(i)配列番号103(NYGMS)を含む重鎖相補性決定領域1(H-CDR1)、配列番号104(TINNNGGGTYYPDSVKG)を含む重鎖相補性決定領域2(H-CDR2)、及び配列番号105(PGLLWDA)を含む重鎖相補性決定領域3(H-CDR3)を含む重鎖可変(VH)ドメイン、並びに、任意選択で、(ii)配列番号106(KSSQSLLDSDGRTYLN)を含む軽鎖相補性決定領域1(L-CDR1)、配列番号107(LVSKLDS)を含む軽鎖相補性決定領域2(L-CDR2)、及び配列番号108(WQGTHFPQT)を含む軽鎖相補性決定領域3(L-CDR3)を含む軽鎖可変(VL)ドメイン、を含み、CARは、TRAC遺伝子座にあり、CAR発現は、内因性TCRプロモータによって駆動され、養子細胞療法を必要とする対象は、乳がん、卵巣がん、子宮内膜がん、肺がん、食道がん、唾液腺がん、膀胱がん、胃がん、結腸直腸がん、又は頭頸部がんを有する。
治療方法のいくつかの実施形態では、エフェクター細胞は、固形腫瘍標的化骨格を更に含み、エフェクター細胞は、(i)CD38遺伝子座に、(a)CXCR2をコードするポリヌクレオチド、(b)TGFβR2-IL18Rβリダイレクタ受容体又はTGFβR2-trIL12Rβリダイレクタ受容体をコードするポリヌクレオチド、及び(c)同種免疫防御受容体(ADR)をコードするポリヌクレオチド、のうちの2つ以上と、(ii)CD38遺伝子座に、外因性CD16又はそのバリアントをコードするポリヌクレオチドと、(iii)TRAC遺伝子座に、IL7とIL7Rαとの融合タンパク質をコードするポリヌクレオチドと、(iv)CD38ノックアウト及びTCRノックアウトと、を含む。いくつかの実施形態では、ADRは、4-1BBに特異的である。治療方法のいくつかの実施形態では、方法は、1つ以上の治療剤を対象に投与することを更に含み、1つ以上の治療剤は、(i)サイトカイン、抗体、エンゲージャ、チェックポイント阻害剤、化学療法剤若しくは放射性部分、若しくは免疫調節薬(IMiD)、(ii)ダラツムマブ、イサツキシマブ、又はMOR202を含む抗CD38抗体,(iii)BiTE(二重特異性T細胞エンゲージャ)若しくはTriKE(三重特異性キラー細胞エンゲージャ)を含むエンゲージャ、(iv)アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、イピリムマブ、IPH4102、IPH43、IPH33、リリムマブ(lirimumab)、モナリズマブ、ニボルマブ、若しくはペムブロリズマブを含むチェックポイント阻害剤、並びに/又は(v)シクロホスファミド及びフルダラビン(Cy/Flu)を含む化学療法剤、を含む。治療方法のいくつかの実施形態では、エフェクター細胞は、CD38ノックアウト及びTCRノックアウトと、任意選択で4-1BBに特異的なADRと、を含み、方法は、対象に抗CD38抗体を投与することを含み、方法は、Cy/Fluを対象に投与することを含むリンパ球枯渇を必要としないか、最小限しか必要としない。治療方法のいくつかの実施形態では、エフェクター細胞は同種異系であり、対象にエフェクター細胞を注入することは、外来患者設定(out-patient setting)で行われる。
別の態様では、本発明は、固形腫瘍を有する対象の治療における養子細胞療法を改善する方法であって、本明細書で提供される派生細胞の集団を投与することを含み、任意選択で、派生細胞が、固形腫瘍標的化骨格を含まない対応する細胞と比較して、固形腫瘍における改善された輸送、腫瘍微小環境(TME)耐性、及び/又はアロ反応性耐性を有する、方法を提供する。
別の態様では、本発明は、抗HER2モノクローナル抗体(monoclonal antibody、mAb)治療を改善する方法であって、CasMab250-CARをコードするポリヌクレオチド、CXCR2をコードするポリヌクレオチド、TGFβ-SRRをコードするポリヌクレオチド、及び外因性CD16又はそのバリアントをコードするポリヌクレオチドを含むエフェクター細胞を含む組成物を、治療を必要とする対象に導入することと、対象に抗HER2 mAbを導入することと、を含む、方法を提供する。様々な実施形態では、抗HER2 mAbはトラスツズマブ(Herceptin(商標))である。
一態様では、本発明は、目的の導入遺伝子を含むNK細胞を選択する方法を提供する。いくつかの実施形態は、(i)目的の導入遺伝子と、IL15若しくはそのそれぞれの受容体のうちの少なくとも1つを含む細胞表面発現外因性サイトカイン若しくはその受容体の部分的な若しくは完全なペプチド、又は以下の(1)~(7):(1)自己切断ペプチドを間に挟んだIL15とIL15Rαとの共発現、(2)IL15とIL15Rαとの融合タンパク質、(3)IL15Rαの細胞内ドメインが短縮されたIL15/IL15Rα融合タンパク質、(4)IL15とIL15Rαの膜結合Sushiドメインとの融合タンパク質、(5)IL15とIL15Rβとの融合タンパク質、(6)IL15と共通受容体γCとの融合タンパク質であって、共通受容体γCが、天然であるか若しくは改変されている、融合タンパク質、及び(7)IL15Rβのホモ二量体、のうちの少なくとも1つとを共発現する構築物を含む操作されたNK細胞を取得することと、(ii)操作されたNK細胞に外因性IL15サイトカインを供給することなく、細胞を培養することと、(iii)外因性IL15サイトカインを伴わずに増殖するNK細胞を収集し、それによって、目的の導入遺伝子を含む操作されたNK細胞を選択することと、を含む。
本明細書で提供される組成物及び方法の様々な目的及び利点は、例示及び例として本発明の特定の実施形態が示される添付の図面と併せて以下の説明から明らかになるであろう。
iPSC(人工多能性幹細胞)のゲノム改変には、ポリヌクレオチドの挿入、欠失、置換のうちの1つ以上が含まれ得る。ゲノム操作されたiPSCでの外因性遺伝子発現は、元のゲノム操作されたiPSCの長期のクローン増殖後、細胞分化後、及びゲノム操作されたiPSCに由来する細胞からの脱分化細胞型において、遺伝子サイレンシング、又は低下した遺伝子発現などの問題にしばしば遭遇する。一方、T細胞又はNK細胞などの初代免疫細胞を直接操作することは困難であり、養子細胞療法のための操作された免疫細胞の調製及び送達に障害をもたらす。様々な実施形態では、本発明は、自殺遺伝子及び他の機能的モダリティを含む1つ以上の外因性遺伝子を安定的に組み込むための効率的で信頼できる標的化アプローチを提供し、これは生着、輸送、ホーミング、遊走、細胞傷害性、生存能力、維持、増殖、寿命、自己複製、持続性、及び/又は生存率に関する改善された治療的特性を、HSC(造血幹細胞及び前駆細胞)、T細胞前駆細胞、NK細胞前駆細胞、T系統細胞、NKT系統細胞、及びNK系統細胞を含むが、これらに限定されないiPSC派生細胞にもたらす。
定義
本明細書で特に定義されない限り、本出願に関連して使用される科学用語及び技術用語は、当業者によって一般に理解される意味を有するものとする。更に、文脈で特に必要とされない限り、単数形の用語は複数形を含み、複数形の用語は単数形を含むものとする。
本明細書で特に定義されない限り、本出願に関連して使用される科学用語及び技術用語は、当業者によって一般に理解される意味を有するものとする。更に、文脈で特に必要とされない限り、単数形の用語は複数形を含み、複数形の用語は単数形を含むものとする。
本発明は、本明細書に記載される特定の方法論、プロトコル、及び試薬などに限定されず、したがって変化し得ることが理解されるべきである。本明細書で使用する用語は、特定の実施形態を説明するためのみのものであり、特許請求の範囲によってのみ定義される本発明の範囲を限定することを意図しない。
本明細書で使用されるとき、冠詞「a」、「an」、及び「the」は、本明細書において、冠詞の文法的な対象の、1又は1を超えるもの(すなわち、少なくとも1)を指すために本明細書において使用される。例として、「要素(an element)」は、1つの要素又は1つを超える要素を意味する。
代替(例えば、「又は」)の使用は、代替の一方、両方、又はそれらの任意の組み合わせのいずれかを意味すると理解されるべきである。
「及び/又は」という用語は、代替の一方又は両方のいずれかを意味すると理解されるべきである。
本明細書で使用されるとき、「約」又は「およそ」という用語は、参照の量、レベル、値、数、頻度、パーセンテージ、寸法、サイズ、量、重量、又は長さと比較して、15%、10%、9%、8%、7%、6%、5%、4%、3%、2%、又は1%もの量で変動する、量、レベル、値、数、頻度、パーセンテージ、寸法、サイズ、量、重量、又は長さを指す。一実施形態では、「約」又は「およそ」という用語は、参照の数量、レベル、値、数、頻度、パーセンテージ、寸法、サイズ、量、重量、又は長さの±15%、±10%、±9%、±8%、±7%、±6%、±5%、±4%、±3%、±2%、又は±1%の数量、レベル、値、数、頻度、パーセンテージ、寸法、サイズ、量、重量、又は長さの範囲を指す。
本明細書で使用されるとき、「実質的に」又は「本質的に」という用語は、参照の量、レベル、値、数、頻度、パーセンテージ、寸法、サイズ、量、重量、又は長さと比較して、約90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、若しくは99%以上である量、レベル、値、数、頻度、パーセンテージ、寸法、サイズ、量、重量、又は長さを指す。一実施形態では、「実質的に同じ」又は「本質的に同じ」という用語は、参照の量、レベル、値、数、頻度、パーセンテージ、寸法、サイズ、量、重量、又は長さとほぼ同一である、参照の量、レベル、値、数、頻度、パーセンテージ、寸法、サイズ、量、重量、又は長さの範囲を指す。
本明細書で使用されるとき、「実質的に含まない」及び「本質的に含まない」という用語は互換可能に使用され、細胞集団又は培養培地などの組成物を記載するために使用されるとき、例えば、特定の物質又はその供給源の、95%を含まない、96%を含まない、97%を含まない、98%を含まない、99%を含まないなど、又は従来の手段で測定して検出できないなどのように、特定の物質又はその供給源を含まない組成物を指す。組成物中の特定の成分又は物質を「含まない」又は「本質的に含まない」という用語はまた、そのような成分又は物質が(1)任意の濃度で組成物に含まれない、又は(2)機能的に不活性な低い濃度で組成物に含まれることも意味する。同様の意味が、「存在しない」という用語に適用され得、組成物の特定の物質又はその供給源が存在しないことを指す。
本明細書全体を通して、文脈がそうでないことを必要としない限り、「含む(comprise)」、「含む(comprises)」、及び「含むこと(comprising)」は、述べられたステップ、若しくは要素、又はステップ若しくは要素の群を含むことを意味するが、任意の他のステップ、若しくは要素、又はステップ若しくは要素の群を排除することを意味しないことが理解されるであろう。特定の実施形態では、「含む(include)」、「有する」、「含む(contain)」、及び「含む(comprise)」という用語は、同義的に使用される。
「~からなる(consisting of)」とは、「~からなる」という語句に続く全てのものを含み、かつそれに限定されることを意味する。したがって、「~からなる」という語句は、列挙された要素が必要又は必須であり、かつ他の要素が存在し得ないことを示す。
「~から本質的になる(consisting essentially of)」とは、語句の後に列挙された任意の要素を含むことを意味し、列挙された要素の開示で指定された活性又は動作を妨害しないか、又はそれらに寄与しない他の要素に限定される。したがって、「~から本質的になる」という語句は、列挙された要素が必要又は必須であることを示すが、他の要素は必要に応じたものではなく、列挙された要素の活性又は動作に影響するか否かに応じて存在し得るか、又は存在し得ないことを示す。
本明細書全体を通して、「一実施形態」、「実施形態」、「特定の実施形態」、「関連する実施形態」、「特定の実施形態」、「追加の実施形態」、若しくは「更なる実施形態」又はそれらの組み合わせへの言及は、実施形態に関連して記載された特定の特質、構造、又は特性が、本発明の少なくとも1つの実施形態に含まれることを意味する。したがって、本明細書全体にわたる様々な場所での前述の語句の出現は、必ずしも全てが同一の実施形態を参照しているとは限らない。更に、特定の特質、構造、又は特性は、1つ以上の実施形態において任意の好適な方法で組み合わせることができる。
「エクスビボ」という用語は、概して、好ましくは自然条件の変化を最小限に抑えて、生体外の人工環境内の生体組織内又は生体組織上で行われる実験又は測定など、生体外で行われる活動を指す。特定の実施形態では、「エクスビボ」手順は、生体から採取され、通常無菌条件下で、典型的には数時間又は約24時間まで、しかしながら状況に応じて最大48時間若しくは72時間以上を含む、実験装置で培養される生細胞又は組織を含む。特定の実施形態では、そのような組織又は細胞は、収集及び凍結され得、エクスビボ処理のために後に解凍され得る。生細胞又は組織を使用して数日より長く続く組織培養実験又は手順は、典型的には「インビトロ」であると考えられるが、特定の実施形態では、この用語はエクスビボと互換可能に使用され得る。
「インビボ」という用語は、概して、生体内部で起こる活動を指す。
本明細書で使用する場合、「リプログラミング」又は「脱分化」又は「細胞能力の増加」又は「発生能力の増加」という用語は、細胞の能力を増加させるか、又は細胞をより分化していない状態に脱分化する方法を指す。例えば、細胞能力が増加した細胞は、リプログラミングされていない状態の同じ細胞と比較して、より多くの発生可塑性を有する(すなわち、より多くの細胞型に分化することができる)。言い換えると、リプログラミングされた細胞は、リプログラミングされていない状態の同じ細胞よりも分化が進んでいない状態の細胞である。
本明細書で使用されるとき、「分化」という用語は、特殊化していない(「コミットされていない」)又はあまり特殊化していない細胞が、例えば、血液細胞又は筋細胞などの特殊化細胞の特質を獲得するプロセスである。分化した又は分化誘導された細胞は、細胞の系統内でより特殊化された(「コミットされた」)位置を呈する細胞である。「コミットされた」という用語は、分化のプロセスに適用されるとき、通常の状況下で特定の細胞型又は細胞型のサブセットに分化し続ける位置まで分化経路を進み、通常の状況下では、異なる細胞型に分化し、分化度の低い細胞型に戻ることのできない細胞を指す。本明細書で使用されるとき、「多能性」という用語は、生体又は体細胞の全ての系統を形成する細胞(すなわち、胚そのもの)の能力を指す。例えば、胚性幹細胞は、3つの胚葉、外胚葉、中胚葉、及び内胚葉の各々から細胞を形成することができる多能性幹細胞の一種である。多能性は、完全な生物を生じさせることができない不完全な又は部分的な多能性細胞(例えば、エピブラスト幹細胞又はEpiSC)から、完全な生物を生じさせることができるより原始的でより多能性の細胞(例えば、胚性幹細胞)までの範囲に及ぶ一連の発生能である。
本明細書で使用される場合、「人工多能性幹細胞」又はiPSCという用語は、誘導又は変更された、分化した成人、新生児又は胎児細胞からインビトロで産生された、すなわち、3つの全ての胚葉又は真皮層:中胚葉、内胚葉、及び外胚葉の全ての組織に分化できる細胞にリプログラミングされた幹細胞を指す。いくつかの実施形態は、リプログラミングプロセスは、リプログラミング因子及び/又は小分子化学駆動法を使用する。産生されたiPSCは、天然に存在する細胞を指していない。
本明細書で使用されるとき、「胚性幹細胞」という用語は、胚盤胞の内部細胞塊の天然に存在する多能性幹細胞を指す。胚性幹細胞は多能性であり、発生時に3つの一次胚葉、すなわち、外胚葉、内胚葉、及び中胚葉の全ての誘導体を発生させる。それらは、胚体外膜又は胎盤に寄与しない(すなわち、全能性ではない)。
本明細書で使用されるとき、「多能性幹細胞」という用語は、1つ以上の胚葉(すなわち、外胚葉、中胚葉、及び内胚葉)の細胞に分化するが、3つ全てには分化しない発生能を有する細胞を指す。したがって、多能性細胞はまた、「部分的に分化した細胞」と呼ぶこともできる。多能性細胞は当該技術分野で知られており、多能性細胞の例には、例えば造血幹細胞及び神経幹細胞などの成体幹細胞が含まれる。「多能性」は、細胞が所与の系統での多くの型の細胞を形成し得るが、他の系統の細胞は形成しないことを示す。例えば、多能性造血細胞は多くの異なる型の血液細胞(赤、白、血小板など)を形成することができるが、ニューロンを形成することはできない。したがって、「多分化能」という用語は、全能性及び多能性よりも低い発生能の程度を有する細胞の状態を指す。
多能性は、細胞の多能性特徴を評価することにより、部分的に決定することができる。多能性の特徴としては、(i)多能性幹細胞形態、(ii)無制限自己再生の可能性、(iii)SSEA1(マウスのみ)、SSEA3/4、SSEA5、TRA1-60/81、TRA1-85、TRA2-54、GCTM-2、TG343、TG30、CD9、CD29、CD133/プロミニン、CD140a、CD56、CD73、CD90、CD105、OCT4、NANOG、SOX2、CD30及び/又はCD50を含むが、これらに限定されない、多能性幹細胞マーカーの発現、(iv)3つ全ての体細胞系統(外胚葉、中胚葉及び内胚葉)に分化する能力、(v)3つの体細胞系統からなる奇形腫形成、並びに(vi)3つの体細胞系統からの細胞からなる胚様体の形成が挙げられるが、これらに限定されない。
これまでに2つのタイプの多能性が説明されており、後期胚盤胞の胚盤葉上層幹細胞(EpiSC)に類似した「プライミング」又は「準安定」状態の多能性と、多能性初期/着床前の胚盤胞の内部細胞塊に類似した「ナイーブ」又は「基底」状態である。両方の多能性状態が上記のような特徴を示す一方で、ナイーブ状態又は基底状態は、(i)雌性細胞におけるX染色体の前不活性化又は再活性化、(ii)単一細胞培養中のクローン性及び生存率の改善、(iii)DNAメチル化の全体的な減少、(iv)発生調節遺伝子プロモータ上のH3K27me3抑制クロマチンマーク沈着の低減、並びに(v)プライミング状態多能性細胞と比較しての分化マーカーの発現低下を更に示す。外因性多能性遺伝子が体細胞に導入され、発現され、その後、得られる多能性細胞からサイレンシングされるか又は除去されるかのいずれかである細胞リプログラミングの標準的な方法論は、一般に、多能性のプライミング状態の特徴を有するようである。標準的な多能性細胞培養条件下で、そのような細胞は、外因性導入遺伝子発現が維持されない限り、プライミング状態に留まり、基底状態の特徴が観察される。
本明細書で使用される場合、「多能性幹細胞形態」という用語は、胚性幹細胞の古典的な形態学的特質を指す。正常な胚性幹細胞の形態は、高い核対細胞質比を有し、核小体が顕著に存在し、典型的な細胞間間隔がある、形状が丸くて小さいことを特徴とする。
本明細書で使用されるとき、「対象」という用語は、任意の動物、好ましくはヒト患者、家畜、又は他の飼育動物を指す。
「多能性因子」又は「リプログラミング因子」は、単独で又は他の薬剤と組み合わせて、細胞の発生能を増加させることができる薬剤を指す。多能性因子には、細胞の発生能を増加させることができるポリヌクレオチド、ポリペプチド、及び小分子が含まれるが、これらに限定されない。例示的な多能性因子には、例えば、転写因子及び小分子リプログラミング剤が含まれる。
「培養」又は「細胞培養」は、インビトロ環境における細胞の維持、増殖及び/又は分化を指す。「細胞培養培地」、「培養培地」(各場合で単数は「培地(medium)」)、「補充成分」及び「培地補充成分」は、細胞培養を培養する栄養組成物を指す。
「培養する」又は「維持する(maintain)」とは、例えば滅菌プラスチック(又はコーティングされたプラスチック)細胞培養皿又はフラスコ内で、組織又は体外の細胞を維持(sustaining)、増殖(propagating)(増殖(growing))、及び/又は分化させることを指す。「培養」又は「維持すること」は、細胞の増殖及び/又は維持に役立つ栄養素、ホルモン、及び/又は他の因子の供給源として培地を利用することができる。
本明細書で使用されるとき、「中胚葉」という用語は、初期胚発生中に出現し、循環系の血液細胞、筋肉、心臓、真皮、骨格、その他の支持組織と結合組織を含む様々な特殊化された細胞型を生じさせる、3つの胚葉のうちの1つを指す。
本明細書で使用される場合、「決定的な造血内皮」(hemogenic endothelium、HE)又は「多能性幹細胞由来の決定的な造血内皮」(pluripotent stem cell-derived definitive hemogenic endothelium、iHE)という用語は、内皮造血転換と呼ばれるプロセスにおいて造血幹細胞及び前駆細胞を生じさせる内皮細胞のサブセットを指す。胚における造血細胞の発生は、側板中胚葉から血管芽細胞を経て決定的な造血内皮細胞及び造血前駆体へと順次進行する。
「造血幹細胞及び前駆細胞」、「造血幹細胞」、「造血前駆細胞」、又は「造血前駆体細胞」という用語は、造血系統にコミットしているが、更なる造血分化が可能であり、多能性造血幹細胞(血球)、骨髄前駆体、巨核球前駆体、赤血球前駆体、及びリンパ球前駆体を含む細胞を指す。造血幹細胞及び前駆細胞(progenitor cell、HSC)は、骨髄系(単球及びマクロファージ、好中球、好塩基球、好酸球、赤血球、巨核球/血小板、樹状細胞)、及びリンパ系(T細胞、B細胞、NK細胞)を含む全ての血液細胞型を生じる多能性幹細胞である。本明細書で使用されるとき、「二次造血幹細胞」という用語は、T系統細胞、NK系統細胞、及びB系統細胞を含む成熟骨髄性とリンパ性細胞型の両方を生じさせることができるCD34+造血細胞を指す。造血細胞はまた、原始赤血球、巨核球、及びマクロファージを生じさせる原始造血細胞の様々なサブセットを含む。
本明細書で使用されるとき、「Tリンパ球」及び「T細胞」という用語は互換可能に使用され、胸腺での成熟を完了し、体内の特定の外来抗原の同定、並びにMHCクラスI拘束性での他の免疫細胞の活性化及び不活性化を含む免疫系における様々な役割を有する主要なタイプの白血球を指す。T細胞は、任意のT細胞、例えば、培養T細胞、例えば、初代T細胞、又は培養T細胞株、例えば、Jurkat、SupT1などからのT細胞、又は哺乳動物から取得されたT細胞であり得る。T細胞はCD3+細胞であり得る。T細胞は、CD4+/CD8+二重陽性T細胞、CD4+ヘルパーT細胞(例えば、Th1及びTh2細胞)、CD8+T細胞(例えば、細胞傷害性T細胞)、末梢血単核細胞(peripheral blood mononuclear cell、PBMC)、末梢血白血球(peripheral blood leukocyte、PBL)、腫瘍浸潤リンパ球(tumor infiltrating lymphocyte、TIL)、メモリT細胞、ナイーブT細胞、制御性T細胞、ガンマデルタT細胞(gamma delta T cell、γδT細胞)、などを含むが、これらに限定されない、任意のタイプのT細胞であることができ、任意の発生段階のものであることができる。追加のタイプのヘルパーT細胞には、Th3(Treg)、Th17、Th9、又はTfh細胞などの細胞が含まれる。追加のタイプのメモリT細胞には、セントラルメモリT細胞(Tcm細胞)、エフェクターメモリT細胞(Tem細胞及びTEMRA細胞)などの細胞が含まれる。「T細胞」という用語は、T細胞受容体(T cell receptor、TCR)又はキメラ抗原受容体(CAR)を発現するように改変されたT細胞などの遺伝子操作されたT細胞を指すこともできる。T細胞又はT細胞様エフェクター細胞はまた、幹細胞又は前駆細胞(「派生T細胞」若しくは「派生T細胞様エフェクター細胞」、又は集合的に「派生T系統細胞」)から分化され得る。由来T細胞様エフェクター細胞は、いくつかの点でT細胞系統を有し得るが、同時に、初代T細胞には存在しない1つ以上の機能的特質を有する。本出願において、T細胞、T細胞様エフェクター細胞、派生T細胞、派生T細胞様エフェクター細胞、又は派生T系統細胞は、集合的に「T系統細胞」と呼ばれる。
「CD4+細胞」は、それらの表面でCD4を発現し、細胞性免疫応答と関連するT細胞のサブセットを指す。それらは刺激後の分泌プロファイルによって特徴付けられ、IFN-ガンマ、TNF-アルファ、IL2、IL4、及びIL10などのサイトカインの分泌が含まれ得る。「CD4」分子は、もともとTリンパ球の分化抗原として定義された55kDの糖タンパク質であるが、単球/マクロファージを含む他の細胞にも見出される。CD4抗原は免疫グロブリンスーパー遺伝子ファミリーのメンバーであり、MHC(主要組織適合性複合体)クラスII拘束性免疫応答の関連認識要素として関与している。Tリンパ球では、ヘルパー/インデューサのサブセットを定義する。
「CD8+細胞」は、それらの表面上でCD8を発現し、MHCクラスI拘束性であり、細胞傷害性T細胞として機能するT細胞のサブセットを指す。「CD8」分子は、胸腺細胞と細胞傷害性及びサプレッサTリンパ球に見られる分化抗原である。CD8抗原は免疫グロブリンスーパー遺伝子ファミリーのメンバーであり、主要組織適合性複合体クラスI拘束性相互作用の関連認識要素である。
本明細書で使用されるとき、「NK細胞」又は「ナチュラルキラー細胞」という用語は、CD56又はCD16の発現及びT細胞受容体(CD3)の不在によって定義される末梢血リンパ球のサブセットを指す。NK細胞は、任意のNK細胞、例えば、培養NK細胞(例えば、初代NK細胞)、又は培養若しくは増殖されたNK細胞由来のNK細胞、又は細胞株NK細胞(例えば、NK-92)、又は健常若しくは疾患状態を有する哺乳動物から得られたNK細胞であり得る。本明細書で使用されるとき、「適応NK細胞」及び「メモリNK細胞」という用語は互換可能であり、表現型的にCD3-及びCD56+であり、NKG2C及びCD57のうちの少なくとも1つ、並びに任意選択でCD16を発現するが、PLZF、SYK、FceRγ、及びEAT-2のうちの1つ以上の発現を欠く、NK細胞のサブセットを指す。いくつかの実施形態では、CD56+NK細胞の単離された亜集団は、CD16、NKG2C、CD57、NKG2D、NCRリガンド、NKp30、NKp40、NKp46、活性化及び抑制性KIR、NKG2A、並びに/又はDNAM-1の発現を含む。CD56+は、弱陽性(dim)又は強陽性(bright)発現であり得る。NK細胞又はNK細胞様エフェクター細胞は、幹細胞又は前駆細胞(「派生NK細胞」若しくは「派生NK細胞様エフェクター細胞」、又は集合的に「派生NK系統細胞」)から分化され得る。派生NK細胞様エフェクター細胞は、いくつかの点でNK細胞系統を有し得るが、同時に、初代NK細胞には存在しない1つ以上の機能的特質を有する。本出願において、NK細胞、NK細胞様エフェクター細胞、派生NK細胞、派生NK細胞様エフェクター細胞、又は派生NK系統細胞は、集合的に「NK系統細胞」と呼ばれる。
本明細書で使用される場合、「NKT細胞」又は「ナチュラルキラーT細胞」又は「NKT系統細胞」という用語は、T細胞受容体(TCR)を発現するCD1d拘束性T細胞を指す。従来の主要組織適合性(major histocompatibility、MHC)分子によって提示されるペプチド抗原を検出する従来のT細胞とは異なり、NKT細胞は、非古典的MHC分子であるCD1dによって提示される脂質抗原を認識する。2つのタイプのNKT細胞が認識される。インバリアント又はI型NKT細胞は、非常に限られたTCRレパートリ-限定された範囲のβ鎖(ヒトではVβ11)と関連する正規のα鎖(ヒトではVα24-Jα18)を発現する。非古典的又は非インバリアントのタイプII NKT細胞と呼ばれるNKT細胞の第2の集団は、より不均一なTCRαβの使用を提示する。I型NKT細胞は免疫療法に好適であると考えられている。適応又はインバリアント(I型)NKT細胞は、TCR Va24-Ja18、Vb11、CD1d、CD3、CD4、CD8、aGalCer、CD161、及びCD56のマーカーのうちの1つ以上の発現によって識別できる。
「エフェクター細胞」という用語は、概して、刺激及び/又は活性化に応答して特定の活性を実行する免疫系における特定の細胞、又は活性化の際に特異的機能をもたらす細胞に適用される。本明細書で使用されるとき、「エフェクター細胞」という用語は、免疫細胞、「分化した免疫細胞」、並びに刺激及び/又は活性化に応答して特定の活性を実行するように編集及び/又は調節された初代細胞又は分化した細胞を含み、いくつかの文脈ではそれらと交換可能である。エフェクター細胞の非限定的な例としては、初代由来又はiPSC由来のT細胞、NK細胞、NKT細胞、B細胞、マクロファージ、及び好中球が挙げられる。
本明細書で使用されるとき、「単離された」などの用語は、元の環境から分離された細胞、又は細胞の集団を指し、すなわち、単離された細胞の環境は、「単離されていない」参照細胞が存在する環境に見出される少なくとも1つの成分を実質的に含まない。この用語は、例えば、組織又は生検試料から単離された、その天然環境で見出されるようないくつか又は全ての成分から取り出された細胞を含む。この用語はまた、細胞が非天然環境、例えば、細胞培養物又は細胞懸濁液から単離された環境で見出されるため、少なくとも1つ、いくつか、又は全ての成分から取り出された細胞を含む。したがって、「単離された細胞」は、天然で見出される場合、又は非天然の環境で増殖、保管、又は存続する場合、他の物質、細胞、又は細胞集団を含む少なくとも1つの成分から部分的又は完全に分離される。単離された細胞の具体例には、部分的に純粋な細胞組成物、実質的に純粋な細胞組成物、及び天然に存在しない培地で培養された細胞が含まれる。単離された細胞は、所望の細胞若しくはその集団を、環境中の他の物質若しくは細胞から分離することによって、又は環境から1つ以上の他の細胞集団若しくは亜集団を取り除くことによって得ることができる。
本明細書中で使用されるとき、「精製する」などの用語は、純度を増加することをいう。例えば、純度は少なくとも50%、60%、70%、80%、90%、95%、99%、又は100%に増加させることができる。
本明細書で使用されるとき、「コードすること」という用語は、ヌクレオチド(すなわち、rRNA、tRNA、及びmRNA)の定義された配列又はアミノ酸の定義された配列及びそれらから生じる生物学的特性を有する生物学的プロセスにおける他のポリマー及び巨大分子の合成のためのテンプレートとして機能する、遺伝子、cDNA、又はmRNAなどのポリヌクレオチド中のヌクレオチドの特定の配列の固有の特性を指す。したがって、その遺伝子に対応するmRNAの転写及び翻訳が細胞又は他の生物学的システムでタンパク質を産生する場合、その遺伝子はタンパク質をコードする。ヌクレオチド配列がmRNA配列と同一であり、通常は配列表に記載されているコード鎖と、遺伝子又はcDNAの転写のテンプレートとして使用される非コード鎖の両方を、その遺伝子又はcDNAのタンパク質又は他の産物を「コードしている」ということができる。
「構築物」は、インビトロ又はインビボのいずれかで宿主細胞に送達されるポリヌクレオチドを含む高分子又は分子の複合体を指す。本明細書で使用されるとき、「ベクター」は、外来遺伝物質の標的細胞への送達又は移入を誘導することができ、標的細胞で複製及び/又は発現することができる任意の核酸構築物を指す。したがって、「ベクター」という用語は、送達される構築物を含む。ベクターは、線状又は環状分子であり得る。ベクターは、組み込まれてもよく、又は組み込まれなくてもよい。ベクターの主なタイプには、プラスミド、エピソームベクター、ウイルスベクター、コスミド、及び人工染色体が含まれるが、これらに限定されない。ウイルスベクターには、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクター、レトロウイルスベクター、レンチウイルスベクター、センダイウイルスベクターなどが含まれるが、これらに限定されない。
本出願を通して時々使用される場合、「TRAC_[構築物]」という表現(「[構築物]」は、所与の文脈において特定される成分及びそれらの配置を有する可変発現構築物である)は、発現構築物がTCRをノックアウトするためにTRAC遺伝子座に挿入され、発現構築物の成分が内因性TCRプロモータの制御下で発現又は共発現されることを意味する。
本出願を通して時々使用される場合、「CD38_[構築物]」という表現(「[構築物]」は、所与の文脈において特定される成分及びそれらの配置を有する可変発現構築物である)は、発現構築物がCD38をノックアウトするためにCD38遺伝子座に挿入され、発現構築物の成分が、構築物中の内因性CD38プロモータの制御下であろうと外因性プロモータ下であろうと、発現又は共発現されることを意味する。
「組み込み」とは、構築物の1つ以上のヌクレオチドが細胞ゲノムに安定して挿入される、すなわち、細胞の染色体DNA内の核酸配列に共有結合されることを意味する。「標的化組み込み」とは、構築物のヌクレオチドが、予め選択された部位又は「組み込み部位」で細胞の染色体又はミトコンドリアDNAに挿入されることを意味する。本明細書で使用されるとき、「組み込み」という用語は、組み込み部位での内因性配列又はヌクレオチドの欠失を伴うか又は伴わない、構築物の1つ以上の外因性配列又はヌクレオチドの挿入を含むプロセスを更に指す。挿入部位に欠失がある場合、「組み込み」は、内因性配列又は1つ以上の挿入されたヌクレオチドで欠失されたヌクレオチドの置換を更に含み得る。
本明細書で使用されるとき、「外因性」という用語は、参照分子又は参照活性が宿主細胞に導入されるか、又は宿主細胞に対して非天然であることを意味することを意図している。分子は、例えば、コード核酸を宿主の遺伝物質に導入することにより、例えば、宿主の染色体に組み込むことにより、又は非染色体の遺伝物質、例えば、プラスミドとして導入することができる。したがって、コード核酸の発現に関して使用される用語は、コード核酸を発現可能な形態で細胞に導入することを指す。「内因性」という用語は、宿主細胞に存在する参照分子又は活性を指す。同様に、この用語は、コード核酸の発現に関して使用されるとき、細胞内に含まれ、外因的に導入されていないコード核酸の発現を指す。
本明細書で使用されるとき、「目的の遺伝子」又は「目的のポリヌクレオチド配列」は、適切な調節配列の制御下に置かれると、RNAに転写され、場合によってはインビボでポリペプチドに翻訳されるDNA配列である。目的の遺伝子又はポリヌクレオチドは、原核生物配列、真核生物のmRNAからのcDNA、真核生物(例えば、哺乳動物)のDNAからのゲノムDNA配列、及び合成DNA配列を含み得るが、これらに限定されない。例えば、目的の遺伝子は、miRNA、shRNA、天然ポリペプチド(すなわち、天然に見出されるポリペプチド)又はその断片、バリアントポリペプチド(すなわち、天然ポリペプチドとの100%未満の配列同一性を有する天然ポリペプチドの突然変異体)又はその断片、操作されたポリペプチド又はペプチド断片、治療用ペプチド又はポリペプチド、造影用マーカー、選択マーカーなどをコードし得る。
本明細書で使用されるとき、「ポリヌクレオチド」という用語は、デオキシリボヌクレオチド若しくはリボヌクレオチド、又はそれらの類似体のいずれかである、任意の長さのポリマー形態のヌクレオチドを指す。ポリヌクレオチドの配列は、4つのヌクレオチド塩基:アデニン(adenine、A)、シトシン(cytosine、C)、グアニン(guanine、G)、チミン(thymine、T)から構成され、ポリヌクレオチドがRNAである場合、チミンはウラシル(uracil、U)である。ポリヌクレオチドには、遺伝子又は遺伝子断片(例えば、プローブ、プライマー、EST、又はSAGEタグ)、エクソン、イントロン、メッセンジャーRNA(messenger RNA、mRNA)、トランスファRNA、リボソームRNA、リボザイム、cDNA、組換えポリヌクレオチド、分岐鎖ポリヌクレオチド、プラスミド、ベクター、任意の配列の単離DNA、任意の配列の単離RNA、核酸プローブ及びプライマーが含まれ得る。「ポリヌクレオチド」はまた、二本鎖分子と一本鎖分子の両方を指す。
本明細書で使用する場合、「ペプチド」、「ポリペプチド」、及び「タンパク質」という用語は互換可能に使用され、ペプチド結合によって共有結合されたアミノ酸残基を有する分子を指す。ポリペプチドは少なくとも2つのアミノ酸を含まなければならず、ポリペプチドのアミノ酸の最大数に制限はない。本明細書で使用されるとき、これらの用語は、例えば、当該技術分野では概してペプチド、オリゴペプチド及びオリゴマーとも称される短い鎖と、概して当該技術分野でポリペプチド又はタンパク質と称される長い鎖の両方を指す。「ポリペプチド」には、例えば、とりわけ、生物学的に活性な断片、実質的に相同なポリペプチド、オリゴペプチド、ホモ二量体、ヘテロ二量体、ポリペプチドのバリアント、改変ポリペプチド、誘導体、類似体、融合タンパク質が含まれる。ポリペプチドは、天然ポリペプチド、組換えポリペプチド、合成ポリペプチド、又はそれらの組み合わせを含む。
本明細書で使用されるとき、「サブユニット」という用語は、タンパク質複合体の各別個のポリペプチド鎖を指し、各別個のポリペプチド鎖は、それ自体で安定な折り畳み構造を形成することができる。多くのタンパク質分子は、2つ以上のサブユニットから構成され、ここで、アミノ酸配列は、各サブユニットについて同一であるか、又は類似しているか、又は完全に異なるかのいずれかであり得る。例えば、CD3複合体は、CD3α、CD3ε、CD3δ、CD3γ、及びCD3ζサブユニットから構成され、これらはCD3ε/CD3γ、CD3ε/CD3δ、及びCD3ζ/CD3ζ二量体を形成する。単一のサブユニット内で、ポリペプチド鎖の連続した部分は、「ドメイン」と呼ばれるコンパクトで局所的な半独立単位に折り畳まれることが多い。多くのタンパク質ドメインは、ドメインの共通機能に寄与する、サブドメインとも呼ばれる独立した「構造サブユニット」を更に含み得る。したがって、本明細書で使用されるとき、「サブドメイン」という用語は、より大きなドメインの内側のタンパク質ドメイン、例えば、細胞表面受容体の外部ドメイン内の結合ドメイン、又は細胞表面受容体の内部ドメインの刺激ドメイン若しくはシグナル伝達ドメインを指す。
「作動可能に連結された(operably-linked)」又は「作動可能に連結された(operatively linked)」は、「作動可能に接続された(operably connected)」又は「作動可能に接続された(operatively connected)」と交換可能であり、一方の機能が他方によって影響を受けるような、単一の核酸断片上の核酸配列(又は複数のドメインを有するポリペプチド中のアミノ酸)の会合を指す。例えば、プロモータは、そのコード配列又は機能的RNAの発現に影響を与えることができる場合、コード配列又は機能的RNAと作動可能に連結している(すなわち、コード配列又は機能的RNAがプロモータの転写制御下にある)。コード配列は、センス又はアンチセンス方向で調節配列に作動可能に連結することができる。更なる例として、受容体結合ドメインは、リガンドへの受容体の結合が当該結合に応答するシグナルを変換するように、細胞内シグナル伝達ドメインに作動可能に接続され得る。
「融合タンパク質」又は「キメラタンパク質」は、本明細書で使用されるとき、別々のタンパク質をコードする配列をコードする2つ以上の部分的又は完全なポリヌクレオチドを接合するための遺伝子操作を介して作製されるタンパク質であり、これらの接合されたポリヌクレオチドの発現は、元のタンパク質又はその断片の各々に由来する機能的特性を有する単一のペプチド又は複数のポリペプチドを生じる。融合タンパク質における異なる供給源の2つの隣接するポリペプチド間に、リンカー(又はスペーサー)ペプチドを付加することができる。
本明細書で使用されるとき、「遺伝的インプリント」という用語は、ソース細胞又はiPSCの優先的な治療特性に寄与し、ソース細胞由来iPSC及び/又はiPSC由来造血系統細胞で保持可能な遺伝的又はエピジェネティックな情報を指す。本明細書で使用されるとき、「ソース細胞」は、リプログラミングを通じてiPSCを生成するために使用され得る非多能性細胞であり、ソース細胞由来iPSCは、任意の造血系統細胞を含む特定の細胞型に更に分化し得る。ソース細胞由来iPSC、及びそれから分化した細胞は、文脈に応じて、「由来(derived)」細胞又は「派生(derivative)」細胞と総称され得る。例えば、本出願全体で使用される派生エフェクター細胞、又は派生NK細胞又は派生T細胞は、末梢血、臍帯血、又は他のドナー組織などの天然(natural)/天然(native)供給源から取得されたそれらの主要な対応物と比較するとき、iPSCから分化した細胞である。本明細書で使用されるとき、優先的な治療特性を付与する遺伝的インプリントは、ドナー、疾患、若しくは治療応答に特異的である選択されたソース細胞をリプログラミングすることにより、又はゲノム編集を使用してiPSCに遺伝子組換えモダリティを導入することにより、iPSCに組み込まれる。特異的に選択されたドナー、疾患、又は治療状況から取得されたソース細胞の態様では、優先的な治療特性に寄与する遺伝的インプリントには、根本的な分子事象が同定されているかどうかに関係なく、選択されたソース細胞の派生細胞に渡される、保持可能な表現型、すなわち優先的な治療特性を表す、状況特異的な遺伝的又はエピジェネティックな改変を含み得る。ドナー、疾患、若しくは治療応答に特異的であるソース細胞は、iPSC及び由来造血系統細胞において保持可能な遺伝的インプリントを含んでいてもよく、この遺伝的インプリントには、例えば、ウイルス特異的T細胞又はインバリアントナチュラルキラーT(invariant natural killer T、iNKT)細胞からの、予め配置された単一特異的TCR、追跡可能で望ましい遺伝子多型、例えば、選択されたドナーにおける高親和性CD16受容体をコードする点突然変異のホモ接合、及び所定のHLA要件、すなわち、増加した集団でハプロタイプを示す選択されたHLA適合ドナー細胞が含まれるが、これらに限定されない。本明細書で使用されるとき、優先的な治療特性には、由来細胞の、改善された生着、輸送、ホーミング、生存能力、自己複製、持続性、免疫応答の調節と修飾、生存率、及び細胞傷害性が含まれる。優先的な治療特性はまた、抗原標的化受容体発現、HLA提示又はその欠如、腫瘍微小環境に対する耐性、バイスタンダー免疫細胞及び免疫修飾の誘導、腫瘍外効果の減少を伴う改善されたオンターゲット特異性、並びに/又は化学療法などの治療に対する耐性にも関連し得る。優先的な治療特性を付与する遺伝的インプリントが組み込まれているiPSCを分化させることから、1つ以上の治療特性を有する派生細胞が得られる場合、そのような派生細胞はまた「合成細胞」とも呼ばれる。概して、合成細胞は、その最も近い対応する初代細胞と比較した場合、合成細胞が、操作された多能性細胞から分化されるか、又は末梢血、臍帯血、若しくは他のドナー組織などの天然/天然供給源由来の初代細胞を操作することによって取得されるかにかかわらず、1つ以上の非天然細胞機能を有する。例えば、本出願全体で使用される合成エフェクター細胞、又は合成NK細胞若しくは合成T細胞は、末梢血、臍帯血、又は他のドナー組織などの天然(natural)/天然(native)供給源から取得されたそれらの初代対応物と比較して、ゲノム改変されたiPSCから分化した細胞である。いくつかの実施形態では、合成細胞は、その最も近い対応する初代細胞と比較した場合に、1つ以上の非天然細胞機能を有する。
本明細書で使用されるとき、「増強された治療特性」という用語は、同じ一般的な細胞型の典型的な免疫細胞と比較して増強された細胞の治療特性を指す。例えば、「増強された治療特性」を有するNK細胞は、典型的な未改変及び/又は天然に存在するNK細胞と比較して、増強され、改善され、及び/又は増加された治療特性を有する。免疫細胞の治療特性には、細胞の生着、輸送、ホーミング、生存能力、自己複製、持続性、免疫応答の調節と修飾、生存率、及び細胞傷害性が含まれ得るが、これらに限定されない。免疫細胞の治療特性はまた、抗原標的化受容体発現、HLA提示又はその欠如、腫瘍微小環境に対する耐性、バイスタンダー免疫細胞及び免疫修飾の誘導、腫瘍外効果の減少を伴う改善されたオンターゲット特異性、並びに/又は化学療法などの治療に対する耐性によっても明らかにされる。
本明細書で使用される場合、「エンゲージャ」という用語は、免疫細胞(例えば、T細胞、NK細胞、NKT細胞、B細胞、マクロファージ、好中球)と、腫瘍細胞との間の連結を形成することができ、免疫細胞を活性化することができる分子、例えば、融合ポリペプチドを指す。エンゲージャの例には、二重特異性T細胞エンゲージャ(bi-specific T cell engager、BiTE)、二重特異性キラー細胞エンゲージャ(bi-specific killer cell engager、BiKE)、三重特異性キラー細胞エンゲージャ(tri-specific killer cell engager、TriKE)、若しくは多重特異性キラー細胞エンゲージャ、又は複数の免疫細胞型と適合し得るユニバーサルエンゲージャが含まれるが、これらに限定されない。
本明細書で使用されるとき、「表面トリガー受容体」という用語は、免疫応答、例えば、細胞傷害性応答を誘発又は開始することができる受容体を指す。表面トリガー受容体を操作することができ、エフェクター細胞、例えば、T細胞、NK細胞、NKT細胞、B細胞、マクロファージ、又は好中球で発現させることができる。いくつかの実施形態では、表面トリガー受容体は、エフェクター細胞の天然受容体及び細胞型とは無関係に、エフェクター細胞と特異的な標的細胞(例えば、腫瘍細胞)との間の二重特異性抗体又は多重特異性抗体の結合を促進する。このアプローチを使用すると、ユニバーサル表面トリガー受容体を含むiPSCを生成し、そのようなiPSCをユニバーサル表面トリガー受容体を発現する様々なエフェクター細胞型の集団に分化させることができる。「ユニバーサル」とは、表面トリガー受容体が細胞型に関係なく任意のエフェクター細胞で発現及び活性化することができることを意味し、ユニバーサル受容体を発現する全てのエフェクター細胞は、エンゲージャの腫瘍結合特異性に関係なく、表面トリガー受容体によって認識できるエンゲージャに結合又は連結され得る。いくつかの実施形態では、同じ腫瘍標的化特異性を有するエンゲージャを使用して、ユニバーサル表面トリガー受容体と結合する。いくつかの実施形態では、異なる腫瘍標的化特異性を有するエンゲージャを使用して、ユニバーサル表面トリガー受容体と結合する。したがって、1つ以上のエフェクター細胞型を使用して、1つの特異的な型の腫瘍細胞を殺傷する場合もあれば、2つ以上の型の腫瘍を殺傷する場合もある。表面トリガー受容体は一般に、エフェクター細胞の活性化のための共刺激ドメインと、エンゲージャのエピトープに特異的な抗エピトープとを含む。二重特異性エンゲージャは、一方の端の表面トリガー受容体の抗エピトープに特異的であり、もう一方の端の腫瘍抗原に特異的である。
本明細書で使用されるとき、「安全スイッチタンパク質」という用語は、細胞療法の可能性のある毒性又はその他の有害作用を防止するように設計された操作されたタンパク質を指す。いくつかの例では、安全スイッチタンパク質の発現は条件付きで制御され、安全スイッチタンパク質をコードする遺伝子をゲノムに永久的に組み込んだ移植された操作された細胞の安全性の懸念に対処する。この条件付き調節は変動する可能性があり、小分子を介した翻訳後活性化及び組織特異的及び/又は一過性の転写調節による制御が含まれる可能性がある。安全スイッチタンパク質は、アポトーシスの誘導、タンパク質合成の阻害、DNA複製、増殖停止、転写及び転写後の遺伝子調節及び/又は抗体媒介性枯渇を媒介する可能性がある。いくつかの例において、安全スイッチタンパク質は、外因性分子、例えば、プロドラッグによって活性化され、活性化されると、治療用細胞のアポトーシス及び/又は細胞死を誘発する。安全スイッチタンパク質の例には、カスパーゼ9(又はカスパーゼ3若しくは7)、チミジンキナーゼ、シトシンデアミナーゼ、B細胞CD20、改変EGFR、及びこれらの任意の組み合わせなどの自殺遺伝子が挙げられるが、これらに限定されない。この戦略では、有害事象の発生時に投与されるプロドラッグが自殺遺伝子産物によって活性化され、形質導入された細胞を殺傷する。
本明細書で使用されるとき、「薬学的に活性なタンパク質又はペプチド」という用語は、生物に対して生物学的及び/又は薬学的効果を達成することができるタンパク質又はペプチドを指す。薬学的に活性なタンパク質は、疾患に対する治癒的又は緩和的特性を有し、疾患の重症度を改善、軽減(relieve)、緩和、逆転又は軽減(lessen)するために投与することができる。薬学的に活性なタンパク質はまた、予防特性を有し、疾患の発症を予防するために、又はそれが出現した場合にそのような疾患又は病的状態の重症度を軽減するために使用される。「薬学的に活性なタンパク質」には、タンパク質若しくはペプチド全体又はその薬学的に活性な断片が含まれる。この用語はまた、タンパク質若しくはペプチドの薬学的に活性な類似体又はタンパク質若しくはペプチドの断片の類似体を含む。薬学的に活性なタンパク質という用語はまた、協調的又は相乗的に作用して治療効果をもたらす複数のタンパク質又はペプチドを指す。薬学的に活性なタンパク質又はペプチドの例には、受容体、結合タンパク質、転写及び翻訳因子、腫瘍成長抑制タンパク質、抗体又はその断片、増殖因子、及び/又はサイトカインが含まれるが、これらに限定されない。
本明細書で使用されるとき、「シグナル伝達分子」という用語は、細胞シグナル伝達を改変、関与、阻害、活性化、低減、又は増大させる任意の分子を指す。「シグナル伝達」とは、細胞内で最終的に生化学的事象を引き起こす経路に沿ったタンパク質複合体の動員による化学改変の形での分子シグナルの伝達を指す。シグナル伝達経路の例は当該技術分野で知られており、Gタンパク質共役受容体シグナル伝達、チロシンキナーゼ受容体シグナル伝達、インテグリンシグナル伝達、トールゲートシグナル伝達、リガンド依存性イオンチャネルシグナル伝達、ERK/MAPKシグナル伝達経路、Wntシグナル伝達経路、cAMP依存経路、及びIP3/DAGシグナル伝達経路が含まれるが、これらに限定されない。
本明細書で使用されるとき、「標的化モダリティ」という用語は、細胞に遺伝的に組み込まれて、i)固有のキメラ抗原受容体(CAR)又はT細胞受容体(TCR)に関連するときの抗原特異性、ii)モノクローナル抗体又は二重特異性エンゲージャに関連するときのエンゲージャ特異性、iii)形質転換細胞の標的化、iv)癌幹細胞の標的化、及びv)特異的な抗原又は表面分子の不在下でのその他の標的化戦略を含むがこれらに限定されない、抗原及び/又はエピトープの特異性を促進する分子、例えば、ポリペプチドを指す。
本明細書で使用されるとき、「特異的」又は「特異性」という用語は、非特異的又は非選択的な結合とは対照的に、標的分子に選択的に結合する分子、例えば受容体又はエンゲージャの能力を指すために使用され得る。
本明細書で使用される場合、「養子細胞療法」という用語は、免疫細胞がヒトドナーから単離されるか、又は多能性細胞のインビトロ分化から得られるエフェクター細胞であるか否か、それらが遺伝子改変されているか否か、あるいは、それらがドナーから単離された後にエクスビボで継代されたか、増殖されたか、若しくは不死化された初代ドナー細胞であるか否か、にかかわらず、自己又は同種異系リンパ球の輸注に関する細胞ベースの免疫療法を指す。
本明細書で使用される場合、「放射線」とは、波又は粒子の形態でのエネルギーの放出又は伝達を指す。放射線の例示的な形態としては、電磁放射線(例えば、電波、マイクロ波、赤外線、可視光線、紫外線、X線、及びガンマ線)、粒子放射線(例えば、アルファ線、ベータ線、陽子放射線、及び中性子放射線)、並びに音響放射線(例えば、超音波、音波、及び地震波)が挙げられるが、これらに限定されない。様々な実施形態では、放射線の量は、グレイ(Gray、Gy)として測定され、これは、物質1キログラム当たり1ジュールの放射線エネルギーの吸収として定義される。放射線療法において、適用される放射線の量は、処置されるがんのタイプ及びステージに依存して変化する。治癒症例では、固形上皮性腫瘍の典型的な用量は60~80Gyの範囲であるが、リンパ腫は典型的には20~40Gyで処置される。予防(アジュバント)用量は、典型的には、約45~60Gyを1.8~2Gyに分割したものである(例えば、乳がん、頭部がん及び頸部がんの場合)。様々な実施形態では、放射線は、本明細書に開示されるような感作物質として使用され得る。
本明細書で使用される場合、「放射線療法(radiation therapy)」又は「放射線治療(radiotherapy)」は、細胞がどのように成長及び分裂するかを制御する遺伝物質を破壊することによって、細胞を損傷するための放射線の使用を伴うがん治療の種類を指すために互換的に使用される。健常な細胞とがん細胞の両方が放射線療法によって損傷を受けるが、放射線療法の目標は、正常で健常な細胞をできるだけ破壊しないようにすることである。「放射線療法」という用語は、多くの場合、外部ビーム放射線療法を指し、高エネルギービーム(例えば、X線、ガンマ線、光子、陽子、中性子、イオン、及びそのような治療に適用可能な任意の他の形態のエネルギー)が、治療される対象の外部の機械によって生成され、対象の身体上の正確な点に向けられる。しかしながら、「放射線療法」という用語はまた、放射線源を含むか、さもなければそれに連結されたシード、リボン、又はカプセルが、対象の体内の腫瘍又はがん細胞の中又はその近くに配置される近接照射療法を含む。小線源治療には、低線量率インプラント、高線量率インプラント、及び永久インプラントが含まれる。「放射線療法」という用語には、放射性薬物(例えば、放射性ペプチドを含む放射性医薬品又は放射性核種)が対象に経口又は静脈内投与され、対象の体内の腫瘍又はがん細胞が位置する領域に集まる全身放射線療法も含まれる。腫瘍抗原に結合する抗体が毒性薬物に連結されている抗体-薬物候補と同様に、放射性医薬品は、腫瘍抗原に特異的に結合する標的化分子(抗体など)に連結された放射性化合物を組み込む。放射性医薬品に有用な放射性化合物の例としては、カルシウム-47、炭素-11、炭素-14、クロム-51、コバルト-57、コバルト-58、エルビウム-169、フッ素-18、ガリウム-67、ガリウム-68、水素-3、インジウム-111、ヨウ素-123、ヨウ素-125、ヨウ素-131、インジウム-59、クリプトン-81m、ルテチウム-177、窒素-13、酸素-15、リン-32、ラジウム-223、ルビジウム-82、サマリウム-153、セレン-75、ナトリウム-22、ナトリウム-24、ストロンチウム-89、テクネチウム-99m、タリウム-201、キセノン-133、及びイットリウム-90が挙げられるが、これらに限定されない。様々な実施形態では、放射線療法は、本明細書に開示されるような感作物質として使用され得る。
本明細書中で使用される場合、「リンパ球枯渇」及び「リンパコンディショニング」は、典型的には免疫療法の前の、リンパ球及びT細胞の破壊を指すために交換可能に使用される。養子細胞療法の投与前のリンパコンディショニングの目的は、エフェクター細胞の恒常性増殖を促進すること、並びに調節性免疫細胞及び恒常性サイトカインについて競合する免疫系の他の競合要素を排除することである。従って、リンパコンディショニングは、典型的には、養子細胞療法の最初の投薬の前に、1つ以上の化学療法剤を対象に投与することによって達成される。様々な実施形態では、リンパコンディショニングは、養子細胞療法の最初の投薬の数時間~数日前に行う。リンパコンディショニングに有用な例示的な化学療法剤としては、シクロホスファミド(cyclophosphamide、CY)、フルダラビン(fludarabine、FLU)、及び以下に記載のものが挙げられるが、これらに限定されない。しかし、抗CD38mAbによる十分なリンパ球枯渇は、本明細書中で更に記載されるように、CY/FLUベースのリンパコンディショニング手順を必要とせずに、又は最小限必要として、本iNK細胞療法のための代替的なコンディショニングプロセスを提供し得る。
本明細書で使用される場合、「ホーミング」又は「輸送」とは、標的部位(例えば、細胞、組織(例えば、腫瘍)、又は臓器)への細胞の能動的ナビゲーション(遊走)を指す。「ホーミング分子」とは、細胞を標的部位に指向する分子を指す。いくつかの実施形態では、ホーミング分子は、細胞の標的部位への相互作用を認識及び/又は開始するように機能する。いくつかの実施形態では、ホーミング分子は、ケモカイン受容体である。本明細書中で使用される場合、「ケモカイン受容体」とは、ケモカインに結合する細胞表面分子を指す。ケモカイン受容体は、天然に存在するケモカイン受容体若しくは組換えケモカイン受容体又はそれらのバリアントを含み得る。例示的なケモカイン受容体としては、CXCケモカイン受容体(例えば、CXCR1、CXCR2、CXCR3、CXCR4、CXCR5、CXCR6、又はCXCR7)、CCケモカイン受容体(例えば、CCR1、CCR2、CCR3、CCR4、CCR5、CCR6、CCR7、CCR8、CCR9、CCR10、又はCCR11)、CX3Cケモカイン受容体(例えば、CX3CR1)、XCケモカイン受容体(例えば、XCR1)、又はそれらのバリアントが挙げられるが、これらに限定されない。
本明細書で使用されるとき、「治療上十分な量」は、その意味の範囲内で、それが参照する特定の治療剤及び/又は医薬組成物の非毒性であるが十分かつ/又は有効な量を含み、所望の治療効果を提供する。必要とされる正確な量は、患者の全体的な健康状態、患者の年齢、並びに治療される状態のステージ及び重症度などの要因に応じて、対象ごとに異なる。特定の実施形態では、「治療上十分な量」は、治療されている対象の疾患又は状態に関連する少なくとも1つの症状を寛解、軽減、かつ/若しくは改善するのに十分かつ/又は有効である。
多能性幹細胞の分化には、培養液中の刺激剤及び細胞の物理的状態の変化など、培養系の変化が必要とされる。最も一般的な戦略は、系統特異的な分化を開始するための共通かつ重要な中間体として胚様体(embryoid body、EB)の形成を利用する。「胚様体」とは、胚の発生を模倣することが示されている三次元のクラスターであり、三次元領域内で多数の系統を発生させる。典型的には数時間から数日である分化プロセスを通じて、単純なEB(例えば、分化を誘発された凝集多能性幹細胞)は成熟を続け、嚢胞性EBにまで成長し、典型的には数日から数週間であるこのとき、それらは、更に分化を続けるように処理される。EB形成は、細胞の三次元多層クラスターにおいて多能性幹細胞を互いに近接させることによって開始される。典型的には、これは、多能性細胞を液滴中で沈降させること、細胞を「U」底ウェルプレート中に沈降させることを含むいくつかの方法のうちの1つによって、又は機械的撹拌によって達成される。多能性培養維持培地で維持された凝集体は適切なEBを形成しないため、EBの成長を促進するために、多能性幹細胞の凝集体には更に分化の手掛かりが必要である。そのため、多能性幹細胞の凝集体は、選択した系統へのキュー誘発を提供する分化培地に移す必要がある。多能性幹細胞のEBベースの培養は、典型的には、EB細胞クラスター内の中程度の増殖の分化した細胞集団(すなわち、外胚葉、中胚葉、及び内胚葉の胚葉)を生成する。EBは、細胞分化を促進することが証明されているが、環境内の分化のキューに対する三次元構造の細胞の露出に一貫性がないため、様々な分化状態の異種細胞を生じさせる。加えて、EBは作成及び維持することが面倒である。更に、EB形成による細胞分化には適度な細胞増殖が伴い、分化効率の低下にもつながる。
対照的に、「凝集体形成」は、「EB形成」とは異なり、多能性幹細胞由来細胞の集団を増殖させるために使用することができる。例えば、凝集体に基づく多能性幹細胞の増殖中、培養培地は、増殖及び多能性を維持するように選択される。細胞増殖は一般に、より大きな凝集体を形成する凝集体のサイズを増加させ、この凝集体は、機械的又は酵素的に小さな凝集体に解離して、培養内の細胞増殖を維持し、細胞数を増やすことができる。EB培養とは異なり、維持培養培地内の凝集体内で培養された細胞は、多能性のマーカーを維持する。多能性幹細胞凝集体は、分化を誘導するために更なる分化のキューを必要とする。
本明細書で使用されるとき、「単層分化」は、細胞の三次元多層クラスターにわたる分化、すなわち「EB形成」とは異なる分化方法を指す用語である。単層分化は、本明細書に開示される他の利点の中でも特に、EB形成が分化を開始する必要性を回避する。単層培養はEB形成の場合でなどの胚発生を模倣しないため、特定の系統への分化は、EB形成での3つ全ての胚葉分化と比較して最小限であるとみなされる。
本明細書で使用されるとき、「解離した細胞」又は「単一の解離した細胞」は、他の細胞から又は表面(例えば、培養プレート表面)から実質的に分離又は精製された細胞をいう。例えば、細胞は、機械的又は酵素的方法によって動物又は組織から解離され得る。代替的に、インビトロで凝集する細胞は、例えば、クラスターの懸濁液、単一の細胞又は単一の細胞とクラスターの混合物への解離によって、互いに酵素的又は機械的に解離され得る。更に別の代替的な実施形態では、付着細胞は培養プレート又は他の表面から解離され得る。したがって、解離には、細胞外マトリックス(extracellular matrix、ECM)及び基質(培養面など)との細胞相互作用を破壊すること、又は細胞間のECMを破壊することが含まれる。
本明細書で使用されるとき、「マスター細胞バンク」又は「MCB」は、1つ以上の治療特性を含むように操作されており、特徴付けられ、試験され、適格化され、拡大されており、かつ製造環境における指向性分化による細胞ベースの治療剤の産生のための出発細胞材料として確実に役立つことが示されているiPSCのクローン集団であるクローンマスター操作iPSC株を指す。様々な実施形態では、MCBは、製造プロセス中にiPS細胞株が継代され、解凍され、又は取り扱われる合計回数を低減及び/又は排除することによって、遺伝的変異及び/又は汚染可能性を防止するために、複数の容器中で維持、貯蔵、及び/又は凍結保存される。
本明細書で使用されるとき、「フィーダー細胞」又は「フィーダー」は、第2の型の細胞と共培養されて、第2の型の細胞が増殖、増殖、又は分化することができる環境を提供する、1つの型の細胞を表す用語であり、フィーダー細胞は刺激、増殖因子、栄養素を提供し、第2の細胞型を支持する。フィーダー細胞は、それらが支持している細胞とは異なる種に由来してもよい。例えば、幹細胞を含む特定の型のヒト細胞は、マウス胚性線維芽細胞又は不死化マウス胚性線維芽細胞の初代培養によって支持することができる。別の例では、末梢血由来細胞又は形質転換白血病細胞は、ナチュラルキラー細胞の増殖及び成熟を支持する。フィーダー細胞は、他の細胞と共培養されるときに、それらが支持している細胞よりも増殖するのを防ぐために、照射又はマイトマイシンなどの抗有糸分裂剤での処理によって、典型的には不活性化され得る。フィーダー細胞は、内皮細胞、間質細胞(例えば、上皮細胞又は線維芽細胞)、及び白血病細胞を含み得る。前述を限定することなく、1つの特定のフィーダー細胞型は、ヒト皮膚線維芽細胞などのヒトフィーダーであり得る。別のフィーダー細胞型は、マウス胚性線維芽細胞(mouse embryonic fibroblast、MEF)であり得る。概して、様々なフィーダー細胞を一部使用して、多能性を維持し、特定の系統に分化を指示し、増殖能力を高め、エフェクター細胞などの特殊化した細胞型への成熟を促進することができる。
本明細書で使用されるとき、「フィーダーフリー」(feeder-free、FF)環境とは、フィーダー又は間質細胞を本質的に含まない、及び/又はフィーダー細胞の培養によって前処理されていない、培養条件、細胞培養又は培養培地などの環境を指す。「前処理された」培地とは、フィーダー細胞が培地内で少なくとも1日などの期間培養された後に採取された培地を指す。前処理された培地には、培地で培養されたフィーダー細胞から分泌された増殖因子及びサイトカインを含む、多くのメディエータ物質が含まれる。いくつかの実施形態では、フィーダーフリー環境は、フィーダー細胞又は間質細胞の両方を含まず、フィーダー細胞の培養によって前処理もされていない。
iPSC及びそれから分化した派生非多能性細胞のゲノム編集若しくは改変、又は非多能性細胞及びそれからリプログラミングされた由来iPSCのゲノム編集若しくは改変との関連で使用される「機能的」とは、(1)遺伝子レベルでは、ノックイン、ノックアウト、ノックダウン遺伝子発現、直接ゲノム編集若しくは改変によって、又は最初にゲノム操作された出発細胞からの分化若しくはリプログラミングを介した「継代」によって達成される、所望の細胞発生段階での誘導性若しくは一時的発現などのトランスジェニック若しくは制御された遺伝子発現の成功、又は(2)細胞レベルでの-(i)直接ゲノム編集を通じて当該細胞において得られる遺伝子発現改変;(ii)最初にゲノム操作された出発細胞からの分化若しくはリプログラミングを介した「継代」を通じて当該細胞において維持される遺伝子発現改変;(iii)当該細胞のより初期の発生段階においてのみ出現するか、又は分化若しくはリプログラミングを介して当該細胞を生じる出発細胞においてのみ出現する遺伝子発現改変の結果としての、当該細胞における下流遺伝子調節、又は(iv)iPSC、前駆体若しくは脱分化した細胞起源で行われたゲノム編集若しくは改変に最初に由来する成熟細胞産物内に示される、増強された若しくは新たに達成された細胞機能若しくは属性による、細胞機能/特徴の除去、付加又は改変の成功を指す。
HLAクラスI欠損、HLAクラスII欠損、又はその両方を含む「HLA欠損」とは、HLAクラスIタンパク質ヘテロ二量体及び/又はHLAクラスIIヘテロ二量体を含む完全なMHC複合体の表面発現のレベルが不足している、又はもはや維持されていない、又は低減している細胞を指し、減少又は低減したレベルが、他の細胞又は合成方法によって自然に検出可能なレベルよりも低くなっている。
本明細書で使用されるとき、「改変されたHLA欠損iPSC」は、改善された分化能、抗原標的化、抗原提示、抗体認識、持続性、免疫回避、抑制に対する耐性、増殖、共刺激、サイトカイン刺激、サイトカイン産生(オートクリン又はパラクリン)、走化性、及び細胞傷害性、例えば、非古典的HLAクラスIタンパク質(例えば、HLA-E及びHLA-G)、キメラ抗原受容体(CAR)、T細胞受容体(TCR)、CD16Fc受容体、BCL11b、NOTCH、RUNX1、IL15、4-1BB、DAP10、DAP12、CD24、CD3ζ、4-1BBL、CD47、CD113、及びPDL1に関連するがこれらに限定されないタンパク質を発現する遺伝子を導入することによって更に改変されるHLA欠損iPSCを指す。「改変されたHLA欠損」の細胞には、iPSC以外の細胞も含まれる。
「リガンド」という用語は、標的分子と複合体を形成して、標的上の部位に結合することによってシグナルを生成する物質を指す。リガンドは、標的に特異的に結合することができる天然又は人工物質であってもよい。リガンドは、タンパク質、ペプチド、抗体、抗体複合体、コンジュゲート、核酸、脂質、多糖、単糖、小分子、ナノ粒子、イオン、神経伝達物質、又は標的に特異的に結合することができる任意の他の分子実体の形態であってもよい。リガンドが結合する標的は、タンパク質、核酸、抗原、受容体、タンパク質複合体、又は細胞であり得る。標的に結合してその機能を変化させ、シグナル伝達応答を誘発するリガンドは、「アゴニスト(agonistic)」又は「アゴニスト(agonist)」と呼ばれる。標的に結合し、シグナル伝達応答を遮断又は低減するリガンドは、「アンタゴニスト性」又は「アンタゴニスト」である。
「抗体」という用語は、本明細書において最も広い意味で使用され、概して、標的に特異的に結合する少なくとも1つの結合部位を含有する免疫応答生成分子を指し、標的は、抗原、又はある特定の抗体と相互作用することができる受容体であり得る。例えば、NK細胞は、抗体又は抗体のFc領域のそのFc-ガンマ受容体(Fc-gamma receptor、FcγR)への結合によって活性化され、それによって、ADCC(antibody-dependent cellular cytotoxicity、抗体依存性細胞傷害)媒介性エフェクター細胞活性化を誘発することができる。抗体が結合する抗原若しくは受容体の特定の断片若しくは部分、又は概して標的は、エピトープ又は抗原決定基として知られている。「抗体」という用語は、天然抗体及びそのバリアント、天然抗体及びそのバリアントの断片、ペプチボディ及びそのバリアント、並びに一本鎖抗体及びその断片を含む、抗体又はその特定の断片若しくは部分の構造及び/又は機能を模倣する抗体模倣体を含むが、これらに限定されない。抗体は、マウス抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、ラクダIgG、単一可変新規抗原受容体(single variable new antigen receptor、VNAR)、サメ重鎖抗体(Ig-NAR)、キメラ抗体、組換え抗体、単一ドメイン抗体(dAb)、抗イディオタイプ抗体、二重特異性、多重特異性、若しくは多量体抗体、又はその断片であってもよい。抗イディオタイプ抗体は、別の抗体のイディオトープへの結合に特異的であり、イディオトープは、抗体の抗原決定基である。二重特異性抗体は、BiTE(二重特異性T細胞エンゲージャ)又はBiKE(二重特異性キラー細胞エンゲージャ)であってもよく、多重特異性抗体は、TriKE(三重特異性キラー細胞エンゲージャ)であってもよい。抗体断片の非限定的な例には、Fab、Fab’、F(ab’)2、F(ab’)3、Fv、Fabc、pFc、Fd、一本鎖可変断片(scFv)、タンデムscFv(scFv)2、一本鎖Fab(single chain Fab、scFab)、ジスルフィド安定化Fv(disulfide stabilized Fv、dsFv)、ミニボディ、ダイアボディ、トリアボディ、テトラボディ、単一ドメイン抗原結合断片(single-domain antigen binding fragment、sdAb)、ラクダ重鎖IgG及びNanobody(登録商標)断片、組換え重鎖のみ抗体(heavy-chain-only antibody、VHH)、及び抗体全体の結合特異性を維持する他の抗体断片が含まれる。
「Fc受容体」はFcRと略され、認識される抗体の種類に基づいて分類される。例えば、最も一般的なクラスの抗体IgGに結合するものはFc-ガンマ受容体(FcγR)と呼ばれ、IgAに結合するものはFc-アルファ受容体(Fc-alpha receptor、FcαR)と呼ばれ、IgEに結合するものはFc-イプシロン受容体(Fc-epsilon receptor、FcεR)と呼ばれる。FcRのクラスは、それらを発現する細胞(マクロファージ、顆粒球、ナチュラルキラー細胞、T及びB細胞)と各受容体のシグナル伝達特性によっても区別される。Fc-ガンマ受容体(FcγR)には、FcγRI(CD64)、FcγRIIA(CD32)、FcγRIIB(CD32)、FcγRIIIA(CD16a)、及びFcγRIIIB(CD16b)など、分子構造が異なるために抗体親和性が異なるいくつかのメンバーが含まれる。
「キメラ受容体」は、少なくとも2つの異なるタンパク質に由来するアミノ酸配列の2つ以上の部分を含むように作製される、操作された人工又はハイブリッド受容体タンパク質分子を記載するために使用される一般用語である。キメラ受容体タンパク質は、シグナル伝達を開始し、受容体へのアゴニストリガンドの結合時に下流機能を実施する能力を細胞に与えるように操作されている。例示的な「キメラ受容体」としては、キメラ抗原受容体(CAR)、キメラ融合受容体(CFR)、キメラFc受容体(CFcR)、並びに2つ以上の受容体の融合体が挙げられるが、これらに限定されない。
CFcRと略される「キメラFc受容体」は、天然の膜貫通ドメイン及び/若しくは細胞内シグナル伝達ドメインが改変されたか、又は非天然の膜貫通ドメイン及び/若しくは細胞内シグナル伝達ドメインで置き換えられた操作されたFc受容体を記載するために使用される用語である。キメラFc受容体のいくつかの実施形態では、膜貫通及びシグナル伝達ドメインの一方又は両方が非天然であることに加えて、1つ以上の刺激ドメインを操作されたFc受容体の細胞内部分に導入して、受容体の誘発による細胞活性化、増殖、及び機能を増強することができる。標的抗原への抗原結合ドメインを含むキメラ抗原受容体(CAR)とは異なり、キメラFc受容体は、Fc断片、若しくは抗体のFc領域、若しくはエンゲージャ若しくは結合分子に含まれるFc領域に結合し、標的細胞を近傍に近づけるか、又は近づけなくとも、分子に結合して細胞機能を活性化する。例えば、Fcγ受容体は、細胞外ドメインでのIgGの結合に応答し、それによりCFcRを生成する細胞内領域において選択された膜貫通ドメイン、刺激ドメイン、及び/又はシグナル伝達ドメインを含むように操作され得る。一例では、CFcRは、その膜貫通ドメイン及び/又は細胞内ドメインを置き換えることにより、Fcγ受容体であるCD16を操作することによって産生される。CD16ベースのCFcRの結合親和性を更に改善させるために、CD64の細胞外ドメイン又はCD16の高親和性バリアント(例えば、F176V)を組み込むことができる。高親和性CD16細胞外ドメインが含まれるCFcRのいくつかの実施形態では、197位にセリンを含むタンパク質分解性切断部位が除去されているか、又は受容体の細胞外ドメインが非切断性であるように置き換えられて、すなわち、シェディングされないようになり、これにより、hnCD16ベースのCFcRが取得される。
FcγR受容体であるCD16には、Fc受容体FcγRIIIa(CD16a)とFcγRIIIb(CD16b)の2つのアイソフォームがあることが確認されている。CD16aは、標的細胞に付着した単量体IgGに結合してNK細胞を活性化し、抗体依存性細胞傷害(ADCC)を促進する、NK細胞によって発現される膜貫通タンパク質である。本明細書で使用されるとき、「高親和性CD16」、「非切断性CD16」、又は「高親和性の非切断性CD16」(hnCD16と略される)は、CD16の天然又は非天然バリアントを指す。野生型CD16は親和性が低く、NK細胞が活性化されると、白血球上の様々な細胞表面分子の細胞表面密度を調節するタンパク質分解切断プロセスである外部ドメインシェディングに供される。F176V及びF158Vは、高い親和性を有する例示的なCD16多型バリアントである。膜近位領域(189位~212位)における切断部位(195位~198位)が変更又は排除されたCD16バリアントは、脱落しない。切断部位及び膜近位領域は、国際公開第2015/148926号に詳細に記載されており、その完全な開示は参照により本明細書に組み込まれる。CD16のS197Pバリアントは、CD16の非切断性バージョンである。F158V及びS197Pの両方を含むCD16バリアントは親和性が高く、非切断性である。別の例示的な高親和性非切断性CD16(hnCD16)バリアントは、CD64外部ドメインの3つのエクソンの1つ以上に由来する外部ドメインを含む操作されたCD16である。
いくつかの実施形態では、一般に腫瘍を処置する状況において、及び固形腫瘍微小環境について、エフェクター細胞の活性を増強するために、集合的に互いに補完する(場合によっては相乗作用する)操作された成分のセットを含む細胞が、本明細書で提供される。操作された成分の選択されたセットは、CAR、抗体、二重特異性抗体、及びTCRを含むが、これらに限定されない、エフェクター細胞において発現される任意の腫瘍抗原結合分子とのその適合性のために、本明細書では「骨格」と呼ばれる。しかしながら、「骨格」という用語は、セットの個々の成分間のいかなる特定の物理的関係も、細胞内でのいかなる特定のそれらの位置も必要としないが、ある特定の会合及び/又は配置(例えば、個々の成分のうちの2つ以上の共発現構築物における順序)は、製造設定における他の考慮事項の中でも、より高い発現レベル又は処理の容易さのために最適化され得る。例えば、骨格は、各々が細胞のゲノム中の異なる位置にある2つの発現カセットの組み込みを含み得る。いくつかの実施形態では、骨格は、1つ以上のポリヌクレオチドの挿入及び/又は1つ以上の遺伝子をノックアウトするための改変などの複数のゲノム改変を含む。改変は同時に行っても逐次的に行ってもよい。骨格の改変によって増大され得るエフェクター細胞機能の非限定的な例としては、追加的に供給される可溶性サイトカインとインビトロ又はインビボで接触することなく自律的に細胞成長、増殖(proliferation)、増殖(expansion)及び/又はエフェクター機能を改善すること、並びにアロ反応性宿主免疫細胞のホーミング、輸送、枯渇又は減少の増強、並びに腫瘍部位での保持、のうちの1つ以上が挙げられ、腫瘍細胞は、エフェクター細胞に提供される機能的特質と相乗作用するように感作され得る。本開示の固形腫瘍標的化骨格は、例えば、治療されることが意図される適応症のための腫瘍抗原結合分子の単純な添加によって改変され得る出発細胞の供給源を提供するマスター細胞バンクを提供し、次いで、1つ以上の意図される腫瘍適応症のための治療特性を有する増強されたエフェクター細胞を分化させるための供給源として使用されることによって、骨格を含むiPSCの状況において特に有益であり得る。
I.増強された特性を持つ養子細胞療法に有用な細胞及び組成物
本明細書で提供されるのは、iPSCから分化した派生細胞の治療特性を増強しながら、iPSC及びその派生細胞の分化能及び細胞発生生物学に影響を与えることなくクローンiPSCの調節回路を体系的に操作する戦略である。iPSC由来細胞は機能的に改善されており、選択的モダリティの組み合わせがゲノム操作を通じてiPSCレベルで細胞に導入された後の養子細胞療法に好適である。以前には、提供された1つ以上の遺伝子編集を含む改変されたiPSCが改変された活性及び/若しくは特性を保持しながら依然として細胞発生に入る能力、並びに/又は成熟して機能的分化細胞を生成する能力を有するかどうかは不明であった。iPSCから指示された細胞分化中の予期しない失敗は、発生段階の特定の遺伝子発現又はその欠如、HLA複合体提示の要件、導入された表面発現モダリティのタンパク質シェディング、及び細胞の表現型及び/又は機能の変化を可能にする分化プロトコルの再構成の必要性を含むがこれらに限定されない側面に起因する。本出願は、本明細書で提供される1つ以上の選択されたゲノム改変がiPSC分化能に悪影響を及ぼさないこと、並びに操作されたiPSCに由来する機能エフェクター細胞が、iPSC分化後にエフェクター細胞に保持される、個々の又は組み合わせたゲノム改変に起因する増強及び/又は獲得した治療特性を有することを示した。更に、iPSC及びiPSC由来エフェクター細胞の文脈において記載され得る全てのゲノム改変及びそれらの組み合わせは、培養されているか増殖されているかにかかわらず、T細胞、NK細胞、又は免疫調節細胞などの初代免疫細胞を含む初代由来細胞に適用可能であり、その改変は、養子細胞療法に有用な操作された免疫細胞をもたらす。
本明細書で提供されるのは、iPSCから分化した派生細胞の治療特性を増強しながら、iPSC及びその派生細胞の分化能及び細胞発生生物学に影響を与えることなくクローンiPSCの調節回路を体系的に操作する戦略である。iPSC由来細胞は機能的に改善されており、選択的モダリティの組み合わせがゲノム操作を通じてiPSCレベルで細胞に導入された後の養子細胞療法に好適である。以前には、提供された1つ以上の遺伝子編集を含む改変されたiPSCが改変された活性及び/若しくは特性を保持しながら依然として細胞発生に入る能力、並びに/又は成熟して機能的分化細胞を生成する能力を有するかどうかは不明であった。iPSCから指示された細胞分化中の予期しない失敗は、発生段階の特定の遺伝子発現又はその欠如、HLA複合体提示の要件、導入された表面発現モダリティのタンパク質シェディング、及び細胞の表現型及び/又は機能の変化を可能にする分化プロトコルの再構成の必要性を含むがこれらに限定されない側面に起因する。本出願は、本明細書で提供される1つ以上の選択されたゲノム改変がiPSC分化能に悪影響を及ぼさないこと、並びに操作されたiPSCに由来する機能エフェクター細胞が、iPSC分化後にエフェクター細胞に保持される、個々の又は組み合わせたゲノム改変に起因する増強及び/又は獲得した治療特性を有することを示した。更に、iPSC及びiPSC由来エフェクター細胞の文脈において記載され得る全てのゲノム改変及びそれらの組み合わせは、培養されているか増殖されているかにかかわらず、T細胞、NK細胞、又は免疫調節細胞などの初代免疫細胞を含む初代由来細胞に適用可能であり、その改変は、養子細胞療法に有用な操作された免疫細胞をもたらす。
更に、CAR-T細胞は、いくつかの血液悪性腫瘍を処置する際に有効かつ強力であることが示されているが、操作されたT細胞療法は、固形腫瘍に対処する際に限られた成功しか収めていない。均一に発現された抗原が接近可能であり、効果的に標的化され得る液体腫瘍とは異なり、腫瘍接近、腫瘍専用の抗原標的の欠如、及び抗原不均一性は、固形腫瘍におけるCAR-T細胞の発達の成功に対する有意な障壁である。加えて、患者及びドナー由来免疫細胞で見られる固有の遺伝子操作変動性は、CAR-T細胞療法の広範な適用を制限する。本出願は、操作されたiPSCに由来するエフェクター細胞を使用する既製の養子細胞療法設定においてオフ腫瘍効果の低減とともにオンターゲット特異性を改善するため、同種拒絶反応を回避するため、並びに抑制腫瘍微小環境、特に固形腫瘍で高まる課題を克服するための、固形腫瘍標的化骨格の形態のゲノム操作態様、並びに他の遺伝子モダリティを提供する。
1.C-X-Cモチーフケモカイン受容体の過剰発現
ケモカインは、白血球遊走を誘導する能力によって本来特徴付けられる約7~約16kDaの均質な血清タンパク質のファミリーである。ほとんどのケモカインは、4つの特徴的なシステイン(Cys)を有し、最初の2つのシステインによって示されるモチーフに従って、C-X-C(又はアルファ、CXC)、C-C(又はベータ)、C(又はガンマ)、及びCX3C(又はデルタ)ケモカインクラスに分類される。C-X-C(又はアルファ、CXC)のサブファミリーは、第1のシステインに先行するELRモチーフ(Glu-Leu-Arg)の存在に従って、2つの群:ELR-CXCケモカイン及び非ELR-CXCケモカインに更に分類される。
ケモカインは、白血球遊走を誘導する能力によって本来特徴付けられる約7~約16kDaの均質な血清タンパク質のファミリーである。ほとんどのケモカインは、4つの特徴的なシステイン(Cys)を有し、最初の2つのシステインによって示されるモチーフに従って、C-X-C(又はアルファ、CXC)、C-C(又はベータ)、C(又はガンマ)、及びCX3C(又はデルタ)ケモカインクラスに分類される。C-X-C(又はアルファ、CXC)のサブファミリーは、第1のシステインに先行するELRモチーフ(Glu-Leu-Arg)の存在に従って、2つの群:ELR-CXCケモカイン及び非ELR-CXCケモカインに更に分類される。
CXCケモカイン受容体2(CXC chemokine receptor 2、CXCR2)は、CD128、インターロイキン8受容体ベータ(interleukin8 receptor beta、IL8Rβ)、又はL8受容体B型としても知られており、好中球、肥満細胞、単球、及びマクロファージによって主に発現されるケモカイン受容体である。CD56 dim NK細胞はCXCR2を発現することが知られているが、その発現はNK細胞活性化の際に下方制御され得る。T細胞は典型的にはCXCR2を発現しない。iPSC及びiPSC由来T細胞は、本出願に開示されるようなCXCR2をコードする外因性ポリヌクレオチドを形質導入しなければ、CXCR2を発現しない。ケモカインIL8(CXCL8としても知られる)は、単核マクロファージ、好中球、好酸球、Tリンパ球、上皮細胞、及び線維芽細胞によって分泌され、好中球を感染部位に誘導することによって走化性因子として機能する。CXCL8はまた、腫瘍細胞によって分泌され、腫瘍遊走、浸潤、血管新生及び転移を促進する。CXCL8は、CXCR1及びCXCR2を含む複数のCXCケモカイン受容体に対するリガンドのうちの1つである。CXCR2に結合することが公知の更なるケモカインとしては、CXCL1、GROβ(CXCL2)、CXCL3、CXCL5、CXCL6、及びCXCL7が挙げられるが、これらに限定されない。
CXCケモカイン受容体3(CXC chemokine receptor 3、CXCR3)は、Gタンパク質共役受容体9(G Protein-coupled Receptor 9、GPR9)及びCD183としても知られており、ケモカインCXCL9、CXCL10及びCXCL11に結合するGタンパク質共役受容体である。CXCR3は、主に活性化Tヘルパー1型(T-helper type 1、Th1)リンパ球において発現されるが、ナチュラルキラー細胞、マクロファージ、樹状細胞、及びBリンパ球サブセットにも存在する。CXCR3とそのリガンドとの相互作用は、受容体保有細胞を身体の特定の部分、特に炎症、免疫障害、及び免疫機能不全の部位に誘導することに関与する。
様々な実施形態では、本出願は、本明細書で企図され記載される他の編集の中でも、他の遺伝子モダリティの中でもC-X-Cモチーフケモカイン受容体を含む固形腫瘍標的化骨格を含むように遺伝子操作されたエフェクター細胞又はiPSCを提供する。様々な実施形態では、C-X-Cモチーフケモカイン受容体は、CXCR2若しくはCXCR3、又はそのバリアントを含む。ヒトCXCR2のアミノ酸配列の非限定的な例は、UniProtKB番号P25025として登録されているものである。一実施形態では、CXCR2は、配列番号1に対して少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、又は99%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、CXCR2は、配列番号1に対して少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、CXCR2は、配列番号1に対して少なくとも95%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、CXCR2は、配列番号1のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、CXCR2のバリアントは、配列番号2、3、4、5、又は6によって表されるCXCR2アイソフォームを含む。いくつかの実施形態では、CXCR2のバリアントは、配列番号2、3、4、5、及び6のうちのいずれか1つに対して少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、又は99%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、CXCR2のバリアントは、配列番号2、3、4、5、及び6のうちのいずれか1つに対して少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、CXCR2のバリアントは、配列番号2、3、4、5、及び6のうちのいずれか1つに対して少なくとも95%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、CXCR2のバリアントは、配列番号2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、CXCR2のバリアントは、配列番号3のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、CXCR2のバリアントは、配列番号4のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、CXCR2のバリアントは、配列番号5のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、CXCR2のバリアントは、配列番号6のアミノ酸配列を含む。本明細書及び本出願全体で使用されるように、2つの配列間の同一性パーセントは、2つの配列の最適なアライメントのために導入する必要のあるギャップの数と各ギャップの長さを考慮して、配列によって共有される同一位置の数の関数(すなわち、同一性%=同一位置の数/位置の総数×100)である。配列の比較と2つの配列間の同一性パーセントの決定は、当該技術分野で認識されている数学的アルゴリズムを使用して実行され得る。
配列番号1
MEDFNMESDSFEDFWKGEDLSNYSYSSTLPPFLLDAAPCEPESLEINKYFVVIIYALVFLLSLLGNSLVMLVILYSRVGRSVTDVYLLNLALADLLFALTLPIWAASKVNGWIFGTFLCKVVSLLKEVNFYSGILLLACISVDRYLAIVHATRTLTQKRYLVKFICLSIWGLSLLLALPVLLFRRTVYSSNVSPACYEDMGNNTANWRMLLRILPQSFGFIVPLLIMLFCYGFTLRTLFKAHMGQKHRAMRVIFAVVLIFLLCWLPYNLVLLADTLMRTQVIQETCERRNHIDRALDATEILGILHSCLNPLIYAFIGQKFRHGLLKILAIHGLISKDSLPKDSRPSFVGSSSGHTSTTL
(360アミノ酸のCXCR2;UniProtKB番号P25025)
MEDFNMESDSFEDFWKGEDLSNYSYSSTLPPFLLDAAPCEPESLEINKYFVVIIYALVFLLSLLGNSLVMLVILYSRVGRSVTDVYLLNLALADLLFALTLPIWAASKVNGWIFGTFLCKVVSLLKEVNFYSGILLLACISVDRYLAIVHATRTLTQKRYLVKFICLSIWGLSLLLALPVLLFRRTVYSSNVSPACYEDMGNNTANWRMLLRILPQSFGFIVPLLIMLFCYGFTLRTLFKAHMGQKHRAMRVIFAVVLIFLLCWLPYNLVLLADTLMRTQVIQETCERRNHIDRALDATEILGILHSCLNPLIYAFIGQKFRHGLLKILAIHGLISKDSLPKDSRPSFVGSSSGHTSTTL
(360アミノ酸のCXCR2;UniProtKB番号P25025)
配列番号2
MEDFNMESDSFEDFW
(15アミノ酸のCXCR2アイソフォーム1(CXCR2の残基1~15);UniProtKB番号Q6LCZ7)
MEDFNMESDSFEDFW
(15アミノ酸のCXCR2アイソフォーム1(CXCR2の残基1~15);UniProtKB番号Q6LCZ7)
配列番号3
MEDFNMESDSFEDFWKGEDLSNYSYSSTLPPFLLDAAPCEPESLEINKYFVVIIYALVFL
LSLLGNSLVMLVILYSRVGRSVTDVYLLNLALADLLFALTLPIWAASKVNGWIFGTFLCK
VVSLLKEVNFYSGILLLACISVDRYLAIVHATRTLTQKRYLVKFICLSIWGLSLLLALPV
LLFRRTVYSSNVSPACYEDM
(200アミノ酸のCXCR2アイソフォーム2(CXCR2の残基1~200);UniProtKB番号C9JW47)
MEDFNMESDSFEDFWKGEDLSNYSYSSTLPPFLLDAAPCEPESLEINKYFVVIIYALVFL
LSLLGNSLVMLVILYSRVGRSVTDVYLLNLALADLLFALTLPIWAASKVNGWIFGTFLCK
VVSLLKEVNFYSGILLLACISVDRYLAIVHATRTLTQKRYLVKFICLSIWGLSLLLALPV
LLFRRTVYSSNVSPACYEDM
(200アミノ酸のCXCR2アイソフォーム2(CXCR2の残基1~200);UniProtKB番号C9JW47)
配列番号4
MEDFNMESDSFEDFWKGEDLSNYSYSSTLPPFLLDAAPCEPESLEINKYFVVIIYALVFL
LSLLGNSLVMLVILYSRVGRSVTDVYLLNLALADLLFALTLPIWAASKVNGWIFGTFLCK
VVSLLKEVNFYSGIL
(135アミノ酸のCXCR2アイソフォーム3(CXCR2の残基1~135);UniProtKB番号C9JG19)
MEDFNMESDSFEDFWKGEDLSNYSYSSTLPPFLLDAAPCEPESLEINKYFVVIIYALVFL
LSLLGNSLVMLVILYSRVGRSVTDVYLLNLALADLLFALTLPIWAASKVNGWIFGTFLCK
VVSLLKEVNFYSGIL
(135アミノ酸のCXCR2アイソフォーム3(CXCR2の残基1~135);UniProtKB番号C9JG19)
配列番号5
MEDFNMESDSFEDFWKGEDLSNYSYSSTLPPFLLDAAPCEPESLEINKYFVVIIYALVFL
LSLLGNSLVMLVILYSRVGRSVTDVYLLNLALADLLFALTLPIWAASKVNGWIFGTFLCK
VVSLLKEVNFYSGILLLACISVDRYLAIVHATRTLTQKRYLVKFICLSIWGL
(172アミノ酸のCXCR2アイソフォーム4(CXCR2の残基1~172);UniProtKB番号C9J1J7)
MEDFNMESDSFEDFWKGEDLSNYSYSSTLPPFLLDAAPCEPESLEINKYFVVIIYALVFL
LSLLGNSLVMLVILYSRVGRSVTDVYLLNLALADLLFALTLPIWAASKVNGWIFGTFLCK
VVSLLKEVNFYSGILLLACISVDRYLAIVHATRTLTQKRYLVKFICLSIWGL
(172アミノ酸のCXCR2アイソフォーム4(CXCR2の残基1~172);UniProtKB番号C9J1J7)
配列番号6
MEDFNMESDSFEDFWKGEDLSNYSYSSTLPPFLLDAAPCEPESLEINKYFVVIIYALVFL
LSLLGNSLVMLVILYSRVGRSVTDVYLLNLALADLLFALTLPIWAASKVNGWIFGTFLCK
VVSLLKEVNFYSGILLLA
(138アミノ酸のCXCR2アイソフォーム5(CXCR2の残基1~138);UniProtKB番号C9J2F9)
MEDFNMESDSFEDFWKGEDLSNYSYSSTLPPFLLDAAPCEPESLEINKYFVVIIYALVFL
LSLLGNSLVMLVILYSRVGRSVTDVYLLNLALADLLFALTLPIWAASKVNGWIFGTFLCK
VVSLLKEVNFYSGILLLA
(138アミノ酸のCXCR2アイソフォーム5(CXCR2の残基1~138);UniProtKB番号C9J2F9)
ヒトCXCR3のアミノ酸配列の非限定的な例は、UniProtKB番号P49682として登録されているものである。一実施形態では、CXCR3は、配列番号7に対して少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、又は99%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、CXCR3は、配列番号7に対して少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、CXCR3は、配列番号7に対して少なくとも95%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、CXCR3は、配列番号7のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、CXCR3のバリアントは、配列番号8又は9によって表されるCXCR3アイソフォームを含む。いくつかの実施形態では、CXCR3のバリアントは、配列番号8又は9に対して少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、又は99%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、CXCR3のバリアントは、配列番号8又は9に対して少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、CXCR3のバリアントは、配列番号8又は9に対して少なくとも95%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ICXCR3のバリアントは、配列番号8のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、CXCR3のバリアントは、配列番号9のアミノ酸配列を含む。
配列番号7
MVLEVSDHQVLNDAEVAALLENFSSSYDYGENESDSCCTSPPCPQDFSLNFDRAFLPALYSLLFLLGLLGNGAVAAVLLSRRTALSSTDTFLLHLAVADTLLVLTLPLWAVDAAVQWVFGSGLCKVAGALFNINFYAGALLLACISFDRYLNIVHATQLYRRGPPARVTLTCLAVWGLCLLFALPDFIFLSAHHDERLNATHCQYNFPQVGRTALRVLQLVAGFLLPLLVMAYCYAHILAVLLVSRGQRRLRAMRLVVVVVVAFALCWTPYHLVVLVDILMDLGALARNCGRESRVDVAKSVTSGLGYMHCCLNPLLYAFVGVKFRERMWMLLLRLGCPNQRGLQRQPSSSRRDSSWSETSEASYSGL
(368アミノ酸のCXCR3;UniProtKB番号P49682)
MVLEVSDHQVLNDAEVAALLENFSSSYDYGENESDSCCTSPPCPQDFSLNFDRAFLPALYSLLFLLGLLGNGAVAAVLLSRRTALSSTDTFLLHLAVADTLLVLTLPLWAVDAAVQWVFGSGLCKVAGALFNINFYAGALLLACISFDRYLNIVHATQLYRRGPPARVTLTCLAVWGLCLLFALPDFIFLSAHHDERLNATHCQYNFPQVGRTALRVLQLVAGFLLPLLVMAYCYAHILAVLLVSRGQRRLRAMRLVVVVVVAFALCWTPYHLVVLVDILMDLGALARNCGRESRVDVAKSVTSGLGYMHCCLNPLLYAFVGVKFRERMWMLLLRLGCPNQRGLQRQPSSSRRDSSWSETSEASYSGL
(368アミノ酸のCXCR3;UniProtKB番号P49682)
配列番号8
MELRKYGPGRLAGTVIGGAAQSKSQTKSDSITKEFLPGLYTAPSSPFPPSQVSDHQVLNDAEVAALLENFSSSYDYGENESDSCCTSPPCPQDFSLNFDRAFLPALYSLLFLLGLLGNGAVAAVLLSRRTALSSTDTFLLHLAVADTLLVLTLPLWAVDAAVQWVFGSGLCKVAGALFNINFYAGALLLACISFDRYLNIVHATQLYRRGPPARVTLTCLAVWGLCLLFALPDFIFLSAHHDERLNATHCQYNFPQVGRTALRVLQLVAGFLLPLLVMAYCYAHILAVLLVSRGQRRLRAMRLVVVVVVAFALCWTPYHLVVLVDILMDLGALARNCGRESRVDVAKSVTSGLGYMHCCLNPLLYAFVGVKFRERMWMLLLRLGCPNQRGLQRQPSSSRRDSSWSETSEASYSGL
(415アミノ酸のCXCR3アイソフォーム2;UniProtKB番号P49682-2)
MELRKYGPGRLAGTVIGGAAQSKSQTKSDSITKEFLPGLYTAPSSPFPPSQVSDHQVLNDAEVAALLENFSSSYDYGENESDSCCTSPPCPQDFSLNFDRAFLPALYSLLFLLGLLGNGAVAAVLLSRRTALSSTDTFLLHLAVADTLLVLTLPLWAVDAAVQWVFGSGLCKVAGALFNINFYAGALLLACISFDRYLNIVHATQLYRRGPPARVTLTCLAVWGLCLLFALPDFIFLSAHHDERLNATHCQYNFPQVGRTALRVLQLVAGFLLPLLVMAYCYAHILAVLLVSRGQRRLRAMRLVVVVVVAFALCWTPYHLVVLVDILMDLGALARNCGRESRVDVAKSVTSGLGYMHCCLNPLLYAFVGVKFRERMWMLLLRLGCPNQRGLQRQPSSSRRDSSWSETSEASYSGL
(415アミノ酸のCXCR3アイソフォーム2;UniProtKB番号P49682-2)
配列番号9
MVLEVSDHQVLNDAEVAALLENFSSSYDYGENESDSCCTSPPCPQDFSLNFDRAFLPALYSLLFLLGLLGNGAVAAVLLSRRTALSSTDTFLLHLAVADTLLVLTLPLWAVDAAVQWVFGSGLCKVAGALFNINFYAGALLLACISFDRYLNIVHATQLYRRGPPARVTLTCLAVWGLCLLFALPDFIFLSAHHDERLNATHCQYNFPQGSSSGSGCGCCSCAWAAPTREGSRGSHRLPAGIHPGLRPQRPPTRACEAGIRAPLSPI
(267アミノ酸のCXCR3アイソフォーム3;UniProtKB番号P49682-3)
MVLEVSDHQVLNDAEVAALLENFSSSYDYGENESDSCCTSPPCPQDFSLNFDRAFLPALYSLLFLLGLLGNGAVAAVLLSRRTALSSTDTFLLHLAVADTLLVLTLPLWAVDAAVQWVFGSGLCKVAGALFNINFYAGALLLACISFDRYLNIVHATQLYRRGPPARVTLTCLAVWGLCLLFALPDFIFLSAHHDERLNATHCQYNFPQGSSSGSGCGCCSCAWAAPTREGSRGSHRLPAGIHPGLRPQRPPTRACEAGIRAPLSPI
(267アミノ酸のCXCR3アイソフォーム3;UniProtKB番号P49682-3)
様々な実施形態では、C-X-Cモチーフケモカイン受容体又はそのバリアントをコードするポリヌクレオチドは、指向性分化を介して同じ遺伝子編集を含む機能的エフェクター細胞を誘導するために、初代由来エフェクター細胞又はiPSCの選択された遺伝子座に挿入される。いくつかの実施形態では、C-X-Cモチーフケモカイン受容体挿入のための選択された遺伝子座は、セーフハーバー遺伝子座、破壊又はノックアウトされていることが意図される遺伝子座、外因性遺伝子発現の空間的及び/又は時間的制御を提供する内因性プロモータを提供する遺伝子座を含む。いくつかの実施形態では、C-X-Cモチーフケモカイン受容体挿入のための選択された遺伝子座は、AAVS1、CCR5、ROSA26、コラーゲン、HTRP、H11、GAPDH、RUNX1、B2M、TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、CIITA、RFXANK、RFX5、RFXAP、TCR、NKG2A、NKG2D、CD38、CD25、CD69、CD44、CD58、CD54、CD56、CD71、CIS、CBL-B、SOCS2、PD1、CTLA4、LAG3、TIM3、又はTIGITを含む。一実施形態では、C-X-Cモチーフケモカイン受容体挿入のための選択された遺伝子座は、TCR遺伝子座である。一実施形態では、C-X-Cモチーフケモカイン受容体挿入のための選択された遺伝子座は、CD38遺伝子座である。
いくつかの実施形態では、C-X-Cモチーフケモカイン受容体は、別個の発現構築物又は単一のバイシストロン性若しくはトリシストロン性発現カセットを介して、目的のポリペプチドをコードする1つ以上の外因性ポリヌクレオチドと共発現される。いくつかの実施形態では、C-X-Cモチーフケモカイン受容体及び目的のポリペプチドをコードする1つ以上の外因性ポリヌクレオチドを含む単一のバイシストロン性又はトリシストロン性発現カセットは、2A配列を含み、その結果、C-X-Cモチーフケモカイン受容体及び更なるポリヌクレオチドは、単一のオープンリーディングフレーム(open reading frame、ORF)中にある。バイシストロン性設計により、タイミングと数量の両方で、例えば、単一のORFの発現のための誘導性プロモータなどを組み込むために選択され得る同一の制御メカニズムの下で、複数のポリヌクレオチドの協調された発現を可能にする。自己切断ペプチドは、口蹄疫ウイルス(foot-and-mouth disease virus、FMDV)、ウマ鼻炎Aウイルス(equine rhinitis A virus、ERAV)、Thosea asignaウイルス(Thosea asigna virus、TaV)、及びブタテシオウイルス1(porcine tescho virus-1、PTV-I)(Donnelly,ML,et al,J.Gen.Virol,82,1027-101(2001);Ryan,MD,et al.,J.Gen.Virol.,72,2727-2732(2001))などのアフトウイルス属、並びにタイロウイルス(例えば、タイラーマウス脳脊髄炎ウイルス)及び脳心筋炎ウイルスなどのカルジオウイルス属を含む、ピコルナウイルス科のメンバーで見出される。FMDV、ERAV、PTV-I、及びTaVに由来する2Aペプチドは、それぞれ「F2A」、「E2A」、「P2A」、及び「T2A」と呼ばれることもある。いくつかの実施形態では、C-X-Cモチーフケモカイン受容体と共発現され得る外因性ポリヌクレオチドは、CAR、CD16若しくはそのバリアント、サイトカイン、サイトカイン受容体、サイトカインシグナル伝達複合体、キメラ融合受容体、キメラFc受容体、エンゲージャ、チェックポイント阻害剤、Fc受容体、又は抗体若しくはその機能的バリアント若しくは断片を含む1つ以上のポリペプチドをコードする。一実施形態では、バイシストロン性カセットにおいてC-X-Cモチーフケモカイン受容体と共発現される外因性ポリヌクレオチドは、CARをコードしない。一実施形態では、C-X-Cモチーフケモカイン受容体とともにバイシストロン性カセット中で共発現される少なくとも1つの外因性ポリヌクレオチドは、外因性CD16をコードする。いくつかの実施形態では、C-X-Cモチーフケモカイン受容体又はそのバリアントを含む初代由来又は由来エフェクター細胞は、T系統細胞である。いくつかの実施形態では、C-X-Cモチーフケモカイン受容体又はそのバリアントを含む初代由来又は由来エフェクター細胞は、NK系統細胞である。
本出願において更に提供されるのは、C-X-Cモチーフケモカイン受容体又はそのバリアントを含むがこれに限定されない、本明細書において提供されるような少なくとも1つの改変又は表現型を有する、ソーティングされた単一細胞及び増殖されたクローンの操作されたiPSCを含むマスター細胞バンクであり、この細胞バンクは、更なる操作のためのクローンの操作されたiPSCと、組成が明確かつ均一であり、費用効果の高い様式でかなりの規模で大量生産することができる、誘導NK細胞及びT細胞を含むがこれに限定されない、既製の操作された均質な細胞療法製品を製造するための再生可能な供給源と、を提供する。
2.外因的に導入されたTGFβリダイレクタ受容体
形質転換成長因子ベータ(TGFβ)は、上皮間葉転換、血管新生、腫瘍細胞運動性及び転移、がん関連線維芽細胞(cancer associated fibroblast、CAF)増殖、並びに免疫抑制を含む腫瘍形成において複雑な役割を有する多能性免疫抑制サイトカインである。TGFβは、腫瘍微小環境においてその潜在形態で存在し、標的遺伝子グランザイム、パーフォリン、及びインターフェロンのSmad媒介性下方制御を部分的に介して、T細胞エフェクター機能を抑制することが知られている。更に、TGFβ遺伝子発現シグネチャーの検出は、腫瘍からのT細胞排除及び免疫療法に対する耐性と相関する。本出願の一態様は、合成形質転換成長因子ベータ受容体(TGFβR)シグナル伝達リダイレクタ受容体を組み込む多要素固形腫瘍標的化骨格設計を提供し、これは、本明細書において企図及び記載される他の編集の中でもとりわけ、一般的に腫瘍における、及び特に固形腫瘍におけるより良好な有効性のために、遺伝子操作されたiPSCに由来するものを含む同種異系エフェクター細胞を備える。一般に、「シグナル伝達(又はシグナル)リダイレクタ受容体」又は「SRR」は、第1の受容体の細胞外ドメインと異なる受容体の細胞内ドメインとを接合することによって、第1の受容体(例えば、TGFβ受容体)からの細胞外ドメインのシグナル伝達を、異なる受容体(例えば、サイトカイン受容体)からの細胞内ドメインを介してリダイレクトする。TGFβRに関連して、シグナル伝達リダイレクタ受容体は、本出願全体を通して「TGFβRリダイレクタ」又は「TGFβRリダイレクタ受容体」又は「TGFβシグナルリダイレクタ受容体」又は「TGFβ-SRR」と称され得る。
形質転換成長因子ベータ(TGFβ)は、上皮間葉転換、血管新生、腫瘍細胞運動性及び転移、がん関連線維芽細胞(cancer associated fibroblast、CAF)増殖、並びに免疫抑制を含む腫瘍形成において複雑な役割を有する多能性免疫抑制サイトカインである。TGFβは、腫瘍微小環境においてその潜在形態で存在し、標的遺伝子グランザイム、パーフォリン、及びインターフェロンのSmad媒介性下方制御を部分的に介して、T細胞エフェクター機能を抑制することが知られている。更に、TGFβ遺伝子発現シグネチャーの検出は、腫瘍からのT細胞排除及び免疫療法に対する耐性と相関する。本出願の一態様は、合成形質転換成長因子ベータ受容体(TGFβR)シグナル伝達リダイレクタ受容体を組み込む多要素固形腫瘍標的化骨格設計を提供し、これは、本明細書において企図及び記載される他の編集の中でもとりわけ、一般的に腫瘍における、及び特に固形腫瘍におけるより良好な有効性のために、遺伝子操作されたiPSCに由来するものを含む同種異系エフェクター細胞を備える。一般に、「シグナル伝達(又はシグナル)リダイレクタ受容体」又は「SRR」は、第1の受容体の細胞外ドメインと異なる受容体の細胞内ドメインとを接合することによって、第1の受容体(例えば、TGFβ受容体)からの細胞外ドメインのシグナル伝達を、異なる受容体(例えば、サイトカイン受容体)からの細胞内ドメインを介してリダイレクトする。TGFβRに関連して、シグナル伝達リダイレクタ受容体は、本出願全体を通して「TGFβRリダイレクタ」又は「TGFβRリダイレクタ受容体」又は「TGFβシグナルリダイレクタ受容体」又は「TGFβ-SRR」と称され得る。
いくつかの実施形態では、iPSC及びそれからの派生細胞は、TGFβリダイレクタ受容体(TGFβ-SRR)をコードするポリヌクレオチドを含み、これは、TGFβRの細胞外ドメイン(ECD)の部分的な又は完全なペプチドを含む。いくつかの実施形態では、TGFβリダイレクタ受容体は、(i)形質転換成長因子ベータ受容体(TGFβR)の細胞外ドメイン又はその断片と、(ii)IL2R、IL12R、IL18R、IL21R、又はそれらの任意の組み合わせを含むサイトカイン受容体の細胞内ドメイン(ICD)、又はその断片と、を含む。
いくつかの実施形態では、上記のECD及びICDを含むTGFβリダイレクタ受容体は、膜貫通ドメイン(transmembrane domain、TM)を更に含む。様々な実施形態では、TGFβリダイレクタ受容体の膜貫通(TM)ドメインは、(i)細胞内ドメインを提供する同じ分子に由来するか、(ii)細胞外ドメインを提供する同じ分子に由来するか、又は(iii)任意の他の膜結合タンパク質の膜貫通ドメインで修飾若しくは置換され得る。いくつかの実施形態では、TGFβリダイレクタ受容体の細胞内ドメイン又はその断片を提供するサイトカイン受容体は、IL2R、IL4R、IL6R、IL7R、IL9R、IL10R、IL11R、IL12R、IL15R、IL18R、及びIL21Rのうちの少なくとも1つを含む。
一実施形態では、TGFβRの細胞外ドメイン(ECD)は、配列番号10に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、TGFβRの細胞外ドメイン(ECD)は、配列番号10に対して少なくとも約90%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、TGFβRの細胞外ドメイン(ECD)は、配列番号10に対して少なくとも約95%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、TGFβRの細胞外ドメイン(ECD)は、配列番号10のアミノ酸配列を含む。一実施形態では、IL2Rβの細胞内ドメイン(ICD)は、配列番号11に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、IL2Rβの細胞内ドメイン(ICD)は、配列番号11に対して少なくとも約90%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、IL2Rβの細胞内ドメイン(ICD)は、配列番号11に対して少なくとも約95%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、IL2Rβの細胞内ドメイン(ICD)は、配列番号11のアミノ酸配列を含む。一実施形態では、IL12Rβの細胞内ドメイン(ICD)は、配列番号12に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、IL12Rβの細胞内ドメイン(ICD)は、配列番号12に対して少なくとも約90%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、IL12Rβの細胞内ドメイン(ICD)は、配列番号12に対して少なくとも約95%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、IL12Rβの細胞内ドメイン(ICD)は、配列番号12のアミノ酸配列を含む。一実施形態では、IL12Rβの細胞内ドメインの断片は、配列番号13に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、IL12Rβの細胞内ドメインの断片は、配列番号13に対して少なくとも約90%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、IL12Rβの細胞内ドメインの断片は、配列番号13に対して少なくとも約95%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、IL12Rβの細胞内ドメインの断片は、配列番号13のアミノ酸配列を含む。一実施形態では、IL18Rβの細胞内ドメイン(ICD)は、配列番号14に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、IL18Rβの細胞内ドメイン(ICD)は、配列番号14に対して少なくとも約90%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、IL18Rβの細胞内ドメイン(ICD)は、配列番号14に対して少なくとも約95%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、IL18Rβの細胞内ドメイン(ICD)は、配列番号14のアミノ酸配列を含む。一実施形態では、IL21Rβの細胞内ドメイン(ICD)は、配列番号15に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、IL21Rβの細胞内ドメイン(ICD)は、配列番号15に対して少なくとも約90%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、IL21Rβの細胞内ドメイン(ICD)は、配列番号15に対して少なくとも約95%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、IL21Rβの細胞内ドメイン(ICD)は、配列番号15のアミノ酸配列を含む。
配列番号10
TIPPHVQKSVNNDMIVTDNNGAVKFPQLCKFCDVRFSTCDNQKSCMSNCSITSICEKPQEVCVAVWRKNDENITLETVCHDPKLPYHDFILEDAASPKCIMKEKKKPGETFFMCSCSSDECNDNIIFSEEYNTSNPDLLLVIFQ
(TGFβRのECD)
TIPPHVQKSVNNDMIVTDNNGAVKFPQLCKFCDVRFSTCDNQKSCMSNCSITSICEKPQEVCVAVWRKNDENITLETVCHDPKLPYHDFILEDAASPKCIMKEKKKPGETFFMCSCSSDECNDNIIFSEEYNTSNPDLLLVIFQ
(TGFβRのECD)
配列番号11
NCRNTGPWLKKVLKCNTPDPSKFFSQLSSEHGGDVQKWLSSPFPSSSFSPGGLAPEISPLEVLERDKVTQLLLQQDKVPEPASLSSNHSLTSCFTNQGYFFFHLPDALEIEACQVYFTYDPYSEEDPDEGVAGAPTGSSPQPLQPLSGEDDAYCTFPSRDDLLLFSPSLLGGPSPPSTAPGGSGAGEERMPPSLQERVPRDWDPQPLGPPTPGVPDLVDFQPPPELVLREAGEEVPDAGPREGVSFPWSRPPGQGEFRALNARLPLNTDAYLSLQELQGQDPTHLV
(IL2RβのICD)
NCRNTGPWLKKVLKCNTPDPSKFFSQLSSEHGGDVQKWLSSPFPSSSFSPGGLAPEISPLEVLERDKVTQLLLQQDKVPEPASLSSNHSLTSCFTNQGYFFFHLPDALEIEACQVYFTYDPYSEEDPDEGVAGAPTGSSPQPLQPLSGEDDAYCTFPSRDDLLLFSPSLLGGPSPPSTAPGGSGAGEERMPPSLQERVPRDWDPQPLGPPTPGVPDLVDFQPPPELVLREAGEEVPDAGPREGVSFPWSRPPGQGEFRALNARLPLNTDAYLSLQELQGQDPTHLV
(IL2RβのICD)
配列番号12
HYFQQKVFVLLAALRPQWCSREIPDPANSTCAKKYPIAEEKTQLPLDRLLIDWPTPEDPEPLVISEVLHQVTPVFRHPPCSNWPQREKGIQGHQASEKDMMHSASSPPPPRALQAESRQLVDLYKVLESRGSDPKPENPACPWTVLPAGDLPTHDGYLPSNIDDLPSHEAPLADSLEELEPQHISLSVFPSSSLHPLTFSCGDKLTLDQLKMRCDSLML
(IL12RβのICD)
HYFQQKVFVLLAALRPQWCSREIPDPANSTCAKKYPIAEEKTQLPLDRLLIDWPTPEDPEPLVISEVLHQVTPVFRHPPCSNWPQREKGIQGHQASEKDMMHSASSPPPPRALQAESRQLVDLYKVLESRGSDPKPENPACPWTVLPAGDLPTHDGYLPSNIDDLPSHEAPLADSLEELEPQHISLSVFPSSSLHPLTFSCGDKLTLDQLKMRCDSLML
(IL12RβのICD)
配列番号13
SDPKPENPACPWTVLPAGDLPTHDGYLPSNIDDLPSHEAPLADSLEELEPQ
(IL12RβのICD断片)
SDPKPENPACPWTVLPAGDLPTHDGYLPSNIDDLPSHEAPLADSLEELEPQ
(IL12RβのICD断片)
配列番号14
YRVDLVLFYRHLTRRDETLTDGKTYDAFVSYLKECRPENGEEHTFAVEILPRVLEKHFGYKLCIFERDVVPGGAVVDEIHSLIEKSRRLIIVLSKSYMSNEVRYELESGLHEALVERKIKIILIEFTPVTDFTFLPQSLKLLKSHRVLKWKADKSLSYNSRFWKNLLYLMPAKTVKPGRDEPEVLPVLSES
(IL8RβのICD)
YRVDLVLFYRHLTRRDETLTDGKTYDAFVSYLKECRPENGEEHTFAVEILPRVLEKHFGYKLCIFERDVVPGGAVVDEIHSLIEKSRRLIIVLSKSYMSNEVRYELESGLHEALVERKIKIILIEFTPVTDFTFLPQSLKLLKSHRVLKWKADKSLSYNSRFWKNLLYLMPAKTVKPGRDEPEVLPVLSES
(IL8RβのICD)
配列番号15
SLKTHPLWRLWKKIWAVPSPERFFMPLYKGCSGDFKKWVGAPFTGSSLELGPWSPEVPSTLEVYSCHPPRSPAKRLQLTELQEPAELVESDGVPKPSFWPTAQNSGGSAYSEERDRPYGLVSIDTVTVLDAEGPCTWPCSCEDDGYPALDLDAGLEPSPGLEDPLLDAGTTVLSCGCVSAGSPGLGGPLGSLLDRLKPPLADGEDWAGGLPWGGRSPGGVSESEAGSPLAGLDMDTFDSGFVGSDCSSPVECDFTSPGDEGPPRSYLRQWVVIPPPLSSPGPQAS
(IL21RβのICD)
SLKTHPLWRLWKKIWAVPSPERFFMPLYKGCSGDFKKWVGAPFTGSSLELGPWSPEVPSTLEVYSCHPPRSPAKRLQLTELQEPAELVESDGVPKPSFWPTAQNSGGSAYSEERDRPYGLVSIDTVTVLDAEGPCTWPCSCEDDGYPALDLDAGLEPSPGLEDPLLDAGTTVLSCGCVSAGSPGLGGPLGSLLDRLKPPLADGEDWAGGLPWGGRSPGGVSESEAGSPLAGLDMDTFDSGFVGSDCSSPVECDFTSPGDEGPPRSYLRQWVVIPPPLSSPGPQAS
(IL21RβのICD)
いくつかの実施形態では、シグナル伝達受容体は、TGFβRの細胞外ドメイン又はその断片、及びサイトカイン受容体IL2Rβの細胞内ドメイン又はその断片を含み、それによって、TGFβR2-IL2Rβシグナル伝達リダイレクタ受容体を形成する。いくつかの実施形態では、シグナル伝達受容体は、TGFβRの細胞外ドメイン又はその断片、及びサイトカイン受容体IL12Rβの細胞内ドメイン又はその断片を含み、それによって、TGFβR2-IL12Rβシグナル伝達リダイレクタ受容体を形成する。いくつかの実施形態では、シグナル伝達受容体は、TGFβRの細胞外ドメイン又はその断片、及びサイトカイン受容体IL18Rβの細胞内ドメイン又はその断片を含み、それによって、TGFβR2-IL18Rβシグナル伝達リダイレクタ受容体を形成する。いくつかの実施形態では、シグナル伝達受容体は、TGFβRの細胞外ドメイン又はその断片、及びサイトカイン受容体IL21Rの細胞内ドメイン又はその断片を含み、それによって、TGFβR2-IL21Rシグナル伝達リダイレクタ受容体を形成する。
いくつかの実施形態では、TGFβR2-IL12Rβシグナル伝達リダイレクタ受容体は、配列番号16によって表される配列に対して少なくとも80%、85%、90%、95%、又は97%、98%、又は99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む(本出願を通して具体的にTGFβR2-trIL12Rβと称される)。いくつかの実施形態では、TGFβR2-IL12Rβシグナル伝達リダイレクタ受容体は、配列番号16に対して少なくとも90%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、TGFβR2-IL12Rβシグナル伝達リダイレクタ受容体は、配列番号16に対して少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、TGFβR2-IL12Rβシグナル伝達リダイレクタ受容体は、配列番号16のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、配列番号16内に含まれる配列番号17によって表される膜貫通ドメイン(TM)配列は、配列若しくは長さが変化していてもよく、又は別の膜貫通タンパク質の膜貫通ドメインで置き換えられていてもよい。
配列番号17
VTGISLLPPLGVAISVIIIFYCYRVN
(TGFβR2-trIL12Rβの例示的な可変部分)
VTGISLLPPLGVAISVIIIFYCYRVN
(TGFβR2-trIL12Rβの例示的な可変部分)
したがって、様々な実施形態では、本明細書で提供されるTGFβ-SRRのうちのいずれかは、上記の構築物設計のうちの1つ以上を使用してiPSCに導入されてもよく、iPSC分化時にそれらの派生細胞に導入されてもよい。人工多能性細胞(iPSC)に加えて、本明細書に開示される少なくとも1つの操作されたモダリティを含むクローンiPSC、クローンiPS細胞株、又はiPSC由来細胞が提供される。また、提供されるのは、本セクションに記載されるようなTGFβ-SRRを少なくとも有する、ソーティングされた単一細胞及び増殖されたクローン操作iPSCを含むマスター細胞バンクであり、この細胞バンクは、更なるiPSC操作のためのプラットフォームと、組成が明確かつ均一であり、費用効果の高い様式で大規模に大量生産することができる、既製の操作された均質な細胞療法製品を製造するための再生可能な供給源とを提供する。
したがって、いくつかの実施形態では、本発明は、他の遺伝子モダリティの中でもとりわけ、TGFβリダイレクタ受容体(表4の「TGFβ-SRR」)をコードするポリヌクレオチドを含む固形腫瘍標的化骨格を含む免疫細胞、iPSC、及びiPSC由来細胞を提供し、派生T細胞及び派生NK細胞などの細胞は、腫瘍、特に固形腫瘍に関連する腫瘍微小環境抑制を克服又は低減するのに有用である。いくつかの実施形態では、iPSC及びその派生細胞は、iPSCの分化能並びに派生T細胞及び派生NK細胞などの派生エフェクター細胞の機能に悪影響を及ぼすことなく、C-X-Cモチーフケモカイン受容体又はそのバリアントをコードするポリヌクレオチド、TGFβリダイレクタ受容体をコードするポリヌクレオチド、及び/又は本明細書に記載の1つ以上の追加のゲノム編集のうちの2つ以上を含む固形腫瘍標的化骨格を含む。
また、提供されるのは、TGFβリダイレクタ受容体をコードする外因的に導入されたポリヌクレオチド、及び任意選択でC-X-Cモチーフケモカイン受容体又はそのバリアントをコードするポリヌクレオチドを少なくとも有する、ソーティングされた単一細胞及び増殖されたクローン操作iPSCを含むマスター細胞バンクであり、この細胞バンクは、更なるiPSC操作のためのプラットフォームと、組成が明確かつ均一であり、費用効果の高い様式で大規模に大量生産することができる、既製の操作された均質な細胞療法製品を製造するための再生可能な供給源と、を提供する。
3.同種免疫防御受容体(ADR)発現
T細胞及びNK細胞の望ましくない活性化は、しばしば、移植片対宿主病(graft-versus-host disease、GvHD)の発症をもたらす同種免疫反応を促進する。レシピエント個体における同種異系細胞の反応性を減少させるためにいくつかのステップがとられ得るが、このような細胞は、レシピエントの免疫系(主にT細胞及びNK細胞)によってなお標的化され得、これらを異物として認識し、拒絶反応を導き、治療的利益を制限する。一方、例えば、Cy/Flu(シクロホスファミド/フルダラビン)などの化学治療を使用するリンパコンディショニングによって、同種免疫反応を低減するために宿主免疫系を調節することにより、無差別の(indiscrimitive)リンパ球枯渇及び結果としての重度に損なわれた免疫系に起因する、重度の感染に対する感受性の増加を含む、関連する血液毒性がしばしばもたらされる。免疫系の望ましくない活性化に起因する病原性状態を制御するために、様々な実施形態では、本出願は、他の成分の中でもとりわけ、同種免疫防御受容体(ADR)を含む固形腫瘍標的化骨格を提供する。本出願の別の態様は、レシピエントにおける休止細胞を温存しつつ、本明細書において企図され、記載される他の編集の中でもとりわけ、エフェクター細胞増強、並びにアロ反応性宿主NK細胞並びに4-1BB及び/又はCD38発現が上方制御されたT細胞(後者には病原性T細胞及び調節性T細胞が含まれる)の選択的枯渇のために4-1BB又はCD38特異的同種免疫防御受容体(ADR)を含むように遺伝子操作された免疫細胞、iPSC、及びiPSC由来エフェクター細胞を提供する。
T細胞及びNK細胞の望ましくない活性化は、しばしば、移植片対宿主病(graft-versus-host disease、GvHD)の発症をもたらす同種免疫反応を促進する。レシピエント個体における同種異系細胞の反応性を減少させるためにいくつかのステップがとられ得るが、このような細胞は、レシピエントの免疫系(主にT細胞及びNK細胞)によってなお標的化され得、これらを異物として認識し、拒絶反応を導き、治療的利益を制限する。一方、例えば、Cy/Flu(シクロホスファミド/フルダラビン)などの化学治療を使用するリンパコンディショニングによって、同種免疫反応を低減するために宿主免疫系を調節することにより、無差別の(indiscrimitive)リンパ球枯渇及び結果としての重度に損なわれた免疫系に起因する、重度の感染に対する感受性の増加を含む、関連する血液毒性がしばしばもたらされる。免疫系の望ましくない活性化に起因する病原性状態を制御するために、様々な実施形態では、本出願は、他の成分の中でもとりわけ、同種免疫防御受容体(ADR)を含む固形腫瘍標的化骨格を提供する。本出願の別の態様は、レシピエントにおける休止細胞を温存しつつ、本明細書において企図され、記載される他の編集の中でもとりわけ、エフェクター細胞増強、並びにアロ反応性宿主NK細胞並びに4-1BB及び/又はCD38発現が上方制御されたT細胞(後者には病原性T細胞及び調節性T細胞が含まれる)の選択的枯渇のために4-1BB又はCD38特異的同種免疫防御受容体(ADR)を含むように遺伝子操作された免疫細胞、iPSC、及びiPSC由来エフェクター細胞を提供する。
4-1BB(CD137、「41BB」とも呼ばれる)に特異的なADRのいくつかの実施形態では、ADRは、活性化されたときに宿主T細胞又はNK細胞上で上方制御される4-1BBを標的とする細胞外ドメインと、エフェクター細胞活性化を促進するシグナル伝達ドメインと、を含む。例えば、41BB-ADR細胞外ドメインは、4-1BBLを含む4-1BBに対する任意の好適なリガンド、4-1BBを標的とする抗体(若しくはその機能的断片)、Fcと4-1BBLとの融合物、又はそれらの機能的誘導体若しくは断片を含み得る。いくつかの実施形態では、41BB-ADR細胞外ドメインは、4-1BBL、又は4-1BBを結合するのに有効なその断片を含む。別の実施形態では、41BB-ADR細胞外ドメインは、配列番号145に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、41BB-ADR細胞外ドメインは、配列番号145に対して少なくとも約90%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、41BB-ADR細胞外ドメインは、配列番号145に対して少なくとも約95%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、41BB-ADR細胞外ドメインは、配列番号145のアミノ酸配列を含む。
配列番号145
GLLDLRQGMFAQLVAQNVLLIDGPLSWYSDPGLAGVSLTGGLSYKEDTKELVVAKAGVYYVFFQLELRRVVAGEGSGSVSLALHLQPLRSAAGAAALALTVDLPPASSEARNSAFGFQGRLLHLSAGQRLGVHLHTEARARHAWQLTQGATVLGLFRVTPEIPAGLPSPRSE
GLLDLRQGMFAQLVAQNVLLIDGPLSWYSDPGLAGVSLTGGLSYKEDTKELVVAKAGVYYVFFQLELRRVVAGEGSGSVSLALHLQPLRSAAGAAALALTVDLPPASSEARNSAFGFQGRLLHLSAGQRLGVHLHTEARARHAWQLTQGATVLGLFRVTPEIPAGLPSPRSE
CD38特異的ADRの一実施形態では、CD38-ADRは、CD38結合ドメイン又はその断片を含む細胞外ドメインを含む。いくつかの実施形態では、CD38結合ドメイン又はその断片は、抗CD38抗体由来である。いくつかの実施形態では、抗CD38抗体は、マウス抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、ラクダIg、単一可変新規抗原受容体(VNAR)、サメ重鎖のみ抗体(Ig NAR)、キメラ抗体、組換え抗体、又はその抗体断片を含む。抗体結合ドメイン又はその断片の非限定的な例には、Fab、Fab’、F(ab’)2、F(ab’)3、Fv、一本鎖抗原結合断片(scFv)、(scFv)2、ジスルフィド安定化Fv(dsFv)、ミニボディ、ダイアボディ、トリアボディ、テトラボディ、単一ドメイン抗原結合断片(sdAb、ナノボディ)、組換え重鎖のみ抗体(VHH)、及び抗体全体の結合特異性を維持するその他の抗体断片が含まれる。
いくつかの実施形態では、CD38-ADRに含まれるCD38結合ドメイン又はその断片は、それぞれ配列番号146及び147、それぞれ配列番号148及び149、それぞれ配列番号150及び151、それぞれ配列番号152及び153、それぞれ配列番号154及び155、それぞれ配列番号156及び157、それぞれ配列番号158及び159、それぞれ配列番号160及び161、それぞれ配列番号162及び163、それぞれ配列番号164及び165、それぞれ配列番号166及び167、それぞれ配列番号168及び169、それぞれ配列番号170及び171、それぞれ配列番号172及び173、それぞれ配列番号174及び175、それぞれ配列番号176及び177、それぞれ配列番号178及び179、それぞれ配列番号180及び181、それぞれ配列番号182及び183、それぞれ配列番号184及び185、それぞれ配列番号186及び187、又はそれぞれ配列番号188及び189に対して少なくとも約99%、約98%、約96%、約95%、約90%、約85%、及び/又は少なくとも約80%同一であるアミノ酸配列によって表される重鎖可変領域及び/又は軽鎖可変領域を含む。例示的なCD38結合ドメインの選択されたVH及びVL配列は、表1Aにおいて、番号付けされた対1~23として提供される。いくつかの実施形態では、CD38-ADR細胞外ドメインは、表1Aの対1~23のうちのいずれかのVH及び/又はVL配列に対して少なくとも約90%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、CD38-ADR細胞外ドメインは、表1Aの対1~23のうちのいずれかのVH及び/又はVL配列に対して少なくとも約95%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、CD38-ADR細胞外ドメインは、表1A中の対1~23のうちのいずれかのVH及び/又はVL配列のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、41BB-ADR又はCD38-ADRの細胞外ドメインは、アロ反応性宿主免疫細胞の、それぞれ4-1BB又はCD38への結合時のエフェクター細胞活性化時に下流シグナル伝達を媒介する1つ以上のシグナル伝達ドメインに機能的に連結されていてもよい。特定の実施形態では、ADRは、配列番号60若しくはその機能的断片に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、若しくは約99%の配列同一性のアミノ酸配列によって表されるCD3ζを含むか、又はCD3ζ誘導体(例えば、配列番号61若しくはその機能的断片に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、若しくは約99%の配列同一性のアミノ酸配列によって表されるCD3ζ1XX)を含む。いくつかの実施形態では、CD3ζは、配列番号60に対して少なくとも約90%の配列同一性のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、CD3ζは、配列番号60に対して少なくとも約95%の配列同一性のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、CD3ζは、配列番号60のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、CD3ζ誘導体は、配列番号61に対して少なくとも約90%の配列同一性のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、CD3ζ誘導体は、配列番号61に対して少なくとも約95%の配列同一性のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、CD3ζ誘導体は、配列番号61のアミノ酸配列を含む。CD3ζは、エフェクターT又はNK細胞活性化の間に下流のITAM由来シグナル伝達を媒介する。他のITAM含有シグナル伝達ドメインには、DAP12、Fc受容体、及び他のCD3サブユニットに由来するものが含まれ得る。
配列番号60
RVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPQRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR
(CD3ζ)
RVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPQRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR
(CD3ζ)
配列番号61
RVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLFNELQKDKMAEAFSEIGMKGERRRGKGHDGLFQGLSTATKDTFDALHMQALPPR
(ITAM1中に2つの変異を含有するCD3ζ1XX)
RVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLFNELQKDKMAEAFSEIGMKGERRRGKGHDGLFQGLSTATKDTFDALHMQALPPR
(ITAM1中に2つの変異を含有するCD3ζ1XX)
いくつかの実施形態では、シグナル伝達ドメインを含むADRの細胞内ドメインは、ADRを発現するエフェクター細胞からのサイトカイン産生を増強する1つ、2つ、3つ、又はそれ以上の共刺激ドメインを更に含む。共刺激ドメインは、CD28、CD27、4-1BB、OX40、ICOS、CD30、HVEM、CD40などを含むがこれらに限定されない共刺激タンパク質の細胞内シグナル伝達ドメインに由来し得る。いくつかの実施形態では、CD3ζを含むADRは、4-1BB内部ドメインに由来する共刺激ドメインを更に含む。いくつかの実施形態では、内部ドメインは、配列番号190若しくはその機能的断片に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%の配列同一性のアミノ酸配列によって表される。いくつかの実施形態では、内部ドメインは、配列番号190に対して少なくとも約90%の配列同一性のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、内部ドメインは、配列番号190に対して少なくとも約95%の配列同一性のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、内部ドメインは、配列番号190のアミノ酸配列を含む。一実施形態では、ADRがその細胞外ドメインに4-1BBLを含む場合、ADRの共刺激ドメインは、4-1BBに由来しない。
ADRの細胞内ドメインは、膜貫通ドメインを介してADRの細胞外ドメインに非共有結合していてもよい。いくつかの実施形態では、ADRは、ADRのCD3ζ成分が細胞内に位置し、4-1BB又はCD38を標的とする細胞外ドメインが細胞外に位置することを可能にする限り、任意の種類のものであり得る膜貫通ドメインを含む。他の事例では、ADRは、活性化T細胞上のそれぞれのリガンドに結合し、TCR(例えば、ADR-CD3 T細胞エンゲージャタンパク質)を架橋することによって細胞傷害性を促進することができる可溶性タンパク質である。細胞外ドメインが膜貫通ドメインを有する表面タンパク質(例えば、CD40)由来である場合、ADRは、その対応する内因性分子由来の膜貫通ドメインを含み得る。ADR分子が1つ以上の共刺激ドメインを含むいくつかの実施形態では、膜貫通ドメイン(TM)は、共刺激ドメインを有する同じ内因性分子に由来してもよい。TMの非限定的な例としては、CD3、CD8a、CD27、CD28、4-1BB、OX40、及びCD4由来のものが挙げられる。
いくつかの実施形態では、ADRは、細胞外タンパク質と膜貫通ドメインとの間にスペーサーを含む。いくつかの実施形態では、スペーサーは、不活性であるか、又はADRが有し得る任意の機能に関して実質的にほとんど若しくは全く寄与しない配列を含み得る。一方、他の場合には、スペーサーは、ADRの機能を増強し、かつ/又はそれを検出可能にし、かつ/又は阻害のために標的とすることができる配列を含む。特定の実施形態では、スペーサーは、ADRを発現する細胞の検出を容易にするコードされたタンパク質配列を含む。例えば、スペーサーは、抗Fc抗体を使用することなどによって、ADRを発現する細胞の表面検出を可能にするFc領域又はその断片をコードし得る。特定の実施形態では、スペーサーは、潜在的な立体障害を回避するために、リガンド結合細胞外ドメインと膜との間の分離を提供する。当業者によって理解されるように、スペーサーは、物理的分離であること以外の機能が意図されるか否かにかかわらず、配列及び/又は長さが異なり得る。ADRに含まれ得る例示的なスペーサーは、当該技術分野において一般的に既知であり、IgG4スペーサー、CD28スペーサー、CD8スペーサー、又は2つ以上のスペーサーの組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。スペーサーの長さもまた、約15アミノ酸(amino acid、a.a.)から約300アミノ酸以上まで変化し得る。非限定的な例示的スペーサーペプチドとしては、配列番号140又は141に対して少なくとも約80%、約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%同一のアミノ酸配列によって表されるものが挙げられる。いくつかの実施形態では、スペーサーペプチドは、配列番号140又は141に対して少なくとも約90%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、スペーサーペプチドは、配列番号140又は141に対して少なくとも約95%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、スペーサーペプチドは、配列番号140のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、スペーサーペプチドは、配列番号141のアミノ酸配列を含む。
配列番号140
ESKYGPPCPPCPGGGSSGGGSGGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFL
(88アミノ酸)
ESKYGPPCPPCPGGGSSGGGSGGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFL
(88アミノ酸)
配列番号141
ESKYGPPCPPCPGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNAYTQKSLSLSPGKKDPK
(123アミノ酸のIgG4ヒンジ-IgG1 CH3)
ESKYGPPCPPCPGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNAYTQKSLSLSPGKKDPK
(123アミノ酸のIgG4ヒンジ-IgG1 CH3)
4-1BB特異的ADRの一実施形態では、41BB-ADRは、配列番号18又は配列番号142~144に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%の配列同一性のアミノ酸配列によって表される。いくつかの実施形態では、41BB-ADRは、配列番号18又は配列番号142~144に対して少なくとも約90%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、41BB-ADRは、配列番号18又は配列番号142~144に対して少なくとも約95%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、41BB-ADRは、配列番号18のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、41BB-ADRは、配列番号142のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、41BB-ADRは、配列番号143のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、41BB-ADRは、配列番号144のアミノ酸配列を含む。
CD38特異的ADRの一実施形態では、CD38特異的ADRは、配列番号191に対して、少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%の配列同一性のアミノ酸配列によって表される。いくつかの実施形態では、CD38-ADRは、配列番号191に対して少なくとも約90%の配列同一性のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、CD38-ADRは、配列番号191に対して少なくとも約95%の配列同一性のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、CD38-ADRは、配列番号191のアミノ酸配列を含む。
したがって、いくつかの実施形態では、本出願は、腫瘍環境での増殖の増加により、エフェクター細胞を増強させながら、活性化宿主免疫細胞を選択的に枯渇させる能力を同種異系エフェクター細胞に付与するために、骨格の他の成分の中でもとりわけ、4-1BB又はCD38に特異的なADRをコードするポリヌクレオチドを含む固形腫瘍標的化骨格を提供する。他の選択された成分の中でも特に、4-1BB特異的ADR又はCD38特異的ADRをコードするポリヌクレオチドを含む固形腫瘍標的化骨格を含む免疫細胞、iPSC、及びiPSC由来エフェクター細胞も本出願において提供され、遺伝子操作されたT細胞及びNK細胞を含むエフェクター細胞は、患者における腫瘍及び感染性疾患の治療のためのエフェクター細胞の同種異系使用に関連する宿主免疫系に対するアロ反応性耐性を有する。
4.CD38ノックアウト
細胞表面分子CD38は、多発性骨髄腫及びCD20陰性B細胞性悪性腫瘍を含む、リンパ系と骨髄系の両方に由来する多発性血液系悪性腫瘍で高度に上方制御されており、これによりがん細胞を枯渇させる抗体治療の魅力的なターゲットとなっている。抗体を介したがん細胞の枯渇は、通常、直接的な細胞アポトーシスの誘導とADCC(抗体依存性細胞傷害)などの免疫エフェクターメカニズムの活性化との組み合わせに起因する。ADCCに加えて、治療用抗体と連携した免疫エフェクター機構には、抗体依存性細胞媒介性食作用(antibody-dependent cell-mediated phagocytosis、ADCP)及び/又は補体依存性細胞傷害性(complement-dependent cytotoxicity、CDC)も含まれ得る。
細胞表面分子CD38は、多発性骨髄腫及びCD20陰性B細胞性悪性腫瘍を含む、リンパ系と骨髄系の両方に由来する多発性血液系悪性腫瘍で高度に上方制御されており、これによりがん細胞を枯渇させる抗体治療の魅力的なターゲットとなっている。抗体を介したがん細胞の枯渇は、通常、直接的な細胞アポトーシスの誘導とADCC(抗体依存性細胞傷害)などの免疫エフェクターメカニズムの活性化との組み合わせに起因する。ADCCに加えて、治療用抗体と連携した免疫エフェクター機構には、抗体依存性細胞媒介性食作用(antibody-dependent cell-mediated phagocytosis、ADCP)及び/又は補体依存性細胞傷害性(complement-dependent cytotoxicity、CDC)も含まれ得る。
CD38はまた、悪性細胞で高度に発現する以外に、形質細胞並びにNK細胞、活性化T細胞及びB細胞にも発現する。造血中、CD38は、CD34+幹細胞と、リンパ系、赤血球系、及び骨髄系の系統にコミットした前駆細胞、並びに形質細胞期まで続く成熟の最終段階で発現する。タイプII膜貫通型糖タンパク質であるCD38は、受容体及びヌクレオチド代謝産物の生産に関与する多機能酵素の両方として細胞機能を果たす。酵素として、CD38は、合成とNAD+からADP-リボースへの反応の加水分解を触媒し、これによって、カルシウム依存性の細胞接着プロセスに重要である、小胞体及びリソソームからのカルシウムの放出を刺激する二次メッセンジャーCADPR及びNAADPを生成する。CD38は受容体としてCD31を認識し、活性化されたNK細胞のサイトカイン放出と細胞傷害性を調節する。CD38は、脂質ラフトの細胞表面タンパク質と会合し、細胞質のCa2+フラックスを調節し、リンパ系及び骨髄系細胞のシグナル伝達を媒介することも報告されている。
悪性腫瘍の治療では、CD38抗原結合受容体で形質導入されたT細胞を全身的に使用すると、CD34+造血前駆細胞、単球、NK細胞、T細胞、及びB細胞のCD38+画分が溶解し、レシピエントの免疫エフェクター細胞機能が損なわれるため、治療応答が不完全になり、有効性が低下又は排除される。更に、CD38特異的抗体であるダラツムマブで治療された多発性骨髄腫患者では、骨髄と末梢血の両方でNK細胞の減少が観察されたが、T細胞やB細胞などの他の免疫細胞型は、CD38の発現にもかかわらず影響を受けなかった(Casneuf et al.,Blood Advances.2017;1(23):2105-2114)。
理論に束縛されるものではないが、本出願は、エフェクター細胞におけるCD38をノックアウトすることによってCD38標的化がん治療の潜在能力を最大限に活用し、それによって、フラトリサイドを通じたCD38特異的抗体及び/又はCD38抗原結合ドメインが誘導するエフェクター細胞の枯渇又は減少を克服する戦略を提供する。更に、CD38は、T細胞やB細胞などの活性化リンパ球で上方制御されるため、同種異系エフェクター細胞のレシピエントでダラツムマブなどのCD38特異的抗体を使用してこれらのレシピエントリンパ球の活性化を抑制することにより、これらのエフェクター細胞に対する宿主同種拒絶反応を減少させる、かつ/又は防ぎ、それによって、エフェクター細胞の生存率と持続性を増加させる。したがって、レシピエントT、Treg、NK、及び/又はB細胞の活性化に対するCD38特異的抗体、分泌型CD38特異的エンゲージャ、又はCD38-CAR(キメラ抗原受容体)は、養子細胞移入の前に、Cy/Flu(シクロホスファミド/フルダラビン)などの化学療法を使用するリンパ球枯渇の代替として使用することができる。
加えて、抗CD38抗体又はCD38阻害剤の存在下でCD38-エフェクター細胞を使用してCD38+T及びpbNK細胞を標的とする場合、CD38+アロ反応性細胞の枯渇は、NAD+(ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド、CD38の基質)利用可能性を増加させ、NAD+消費関連細胞死を減少させ、これは、他の利点の中でもとりわけ、免疫抑制性腫瘍微小環境におけるエフェクター細胞応答をブーストし、老化、変性又は炎症性疾患における細胞若返りを支持する。
更に、本明細書で提供される戦略、すなわち、CD38ノックアウトは、本出願において開示される固形腫瘍標的化骨格を確立するために企図される他の構成要素及びプロセスと適合性であり、それによって、追加の骨格編集を有するCD38ノックアウトを含む免疫細胞、iPSC及びそれから分化したエフェクター細胞を提供する。本明細書に開示されるように、様々な実施形態では、iPSC株又はその誘導体に含まれる固形腫瘍標的化骨格は、C-X-C-モチーフケモカイン受容体又はそのバリアント、TGFβ-SRR、及び4-1BBに特異的なADRのうちの少なくとも2つと、CD38ノックアウトと、を含む。いくつかの実施形態では、提供されるCD38陰iPSC株は、任意選択で、本明細書に記載され、表4に示されるような1つ以上の追加の操作されたモダリティを含む。したがって、固形腫瘍標的化骨格を含むこれらのCD38陰誘導体エフェクター細胞は、CD38標的化治療部分がエフェクター細胞とともに使用される場合、改善された代謝適応性、酸化ストレスに対する増加した耐性、並びに細胞活性化及びエフェクター機能を強化するエフェクター細胞におけるタンパク質発現プログラムの誘導を含む他の利点の中でもとりわけ、フラトリサイド及び同種拒絶反応から保護される。加えて、抗CD38モノクローナル抗体療法は、患者の造血幹細胞区画に悪影響を及ぼすことなく、患者の活性化免疫系を有意に枯渇させる。CD38陰派生細胞は、CD38抗体媒介性枯渇に抵抗する能力を有し、毒性コンディショニング剤を使用せずに抗CD38抗体又はCD38-CARと組み合わせて有効に投与することができ、したがって化学療法に基づくリンパ球枯渇を低減する、かつ/又は置換することができる。
本明細書で提供される一実施形態では、iPSC株におけるCD38ノックアウトは、二対立遺伝子ノックアウトである。別の実施形態では、本明細書で提供されるC-X-C-モチーフケモカイン受容体若しくはそのバリアント、TGFβ-SRR、及び/又は4-1BB若しくはCD38に特異的なADRを含む1つ以上の導入遺伝子を、CD38中の選択された位置に挿入するのと同時にCD38をノックアウトすることは、例えば、CD38標的化ノックイン/ノックアウト(CD38-targeted knock-in/knockout、CD38-KI/KO)構築物によって達成され得る。構築物のいくつかの実施形態では、構築物は、CD38遺伝子座内への位置選択的挿入のための一対のCD38標的化ホモロジーアームを含む。いくつかの実施形態では、事前に選択された標的化部位は、CD38のエクソン内にある。本明細書で提供されるCD38-KI/KO構築物は、導入遺伝子が、構築物に含まれるCD38内因性プロモータ下又は外因性プロモータ下のいずれかで発現することを可能にする。2つ以上の導入遺伝子がCD38遺伝子座の選択された位置に挿入される場合、リンカー配列、例えば2Aリンカー又はIRESは、任意の2つの導入遺伝子の間に配置される。2Aリンカーは、FMDV、ERAV、PTV-I、及びTaVに由来する自己切断ペプチド(それぞれ「F2A」、「E2A」、「P2A」、及び「T2A」と呼ばれる)をコードし、単一の翻訳から別々のタンパク質を産生できるようにする。いくつかの実施形態では、導入遺伝子及び/又は外因性プロモータサイレンシングのリスクを低減するために、構築物にインスレータが含まれる。CD38-KI/KO構築物に含まれる外因性プロモータは、CAG、又はCMV、EF1α、PGK、及びUBCを含むがこれらに限定されない他の構成的、誘導性、時間特異的、組織特異的、若しくは細胞型特異的プロモータであり得る。
様々な実施形態では、当該iPSCは、指示された分化をして、決定的な造血内皮(HE)の可能性を有する中胚葉細胞、決定的なHE、CD34+造血細胞、造血幹細胞及び前駆細胞、造血多能性前駆細胞(multipotent progenitor、MPP)、T細胞前駆細胞、NK細胞前駆細胞、骨髄細胞、好中球前駆細胞、T細胞、NKT細胞、NK細胞、B細胞、好中球、樹状細胞、及びマクロファージを含むがこれらに限定されない機能的な誘導造血細胞を産生することができる。いくつかの実施形態では、CD38陰性エフェクター細胞は、iPSCに由来するNK系統細胞である。いくつかの実施形態では、CD38陰性エフェクター細胞は、iPSCに由来するT系統細胞である。いくつかの実施形態では、iPSC及びその派生細胞は、CD38陰と、C-X-Cモチーフケモカイン受容体又はそのバリアントをコードするポリヌクレオチド、TGFβ-SRRをコードするポリヌクレオチド、及び41BB-ADRをコードするポリヌクレオチドのうちの少なくとも2つと、を含む固形腫瘍標的化骨格を含み、任意選択で、本明細書に記載の1つ以上の追加のゲノム編集を含む。
5.CD16ノックイン
CD16は、2つのアイソフォーム、Fc受容体FcγRIIIa(CD16a;NM_000569.6)及びFcγRIIIb(CD16b;NM_000570.4)として同定されている。CD16aは、標的細胞に付着した単量体IgGに結合してNK細胞を活性化し、抗体依存性細胞傷害(ADCC)を促進する、NK細胞によって発現される膜貫通タンパク質である。CD16bはヒト好中球によって排他的に発現する。本明細書で使用されるとき、「高親和性CD16」、「非切断性CD16」、又は「高親和性の非切断性CD16」(hnCD16と略される)は、様々なCD16バリアントを指す。野生型CD16は親和性が低く、NK細胞が活性化されると、白血球上の様々な細胞表面分子の細胞表面密度を調節するタンパク質分解切断プロセスである外部ドメインシェディングに供される。F176V(いくつかの刊行物ではF158Vとも呼ばれる)は、高親和性を有する例示的なCD16多型バリアントであり、一方、S197Pバリアントは、CD16の遺伝子操作された非切断性バージョンの一例である。F176VとS197Pの両方を含む操作されたCD16バリアントは、高い親和性を有し、非切断性であり、これは、国際公開第2015/148926号により詳細に記載されており、その完全な開示は、参照により本明細書に組み込まれる。加えて、CD16の外部ドメインがCD64の外部ドメインの少なくとも一部分で本質的に置き換えられたキメラCD16受容体は、ADCCを実行することができるCD16受容体の望ましい高親和性及び切断不可能という特質も実現することができる。いくつかの実施形態では、キメラCD16の置換外部ドメインは、CD64(UniPRotKB_P12314又はそのアイソフォーム又は多型バリアント)のEC1、EC2、及びEC3エクソンのうちの1つ以上を含む。
CD16は、2つのアイソフォーム、Fc受容体FcγRIIIa(CD16a;NM_000569.6)及びFcγRIIIb(CD16b;NM_000570.4)として同定されている。CD16aは、標的細胞に付着した単量体IgGに結合してNK細胞を活性化し、抗体依存性細胞傷害(ADCC)を促進する、NK細胞によって発現される膜貫通タンパク質である。CD16bはヒト好中球によって排他的に発現する。本明細書で使用されるとき、「高親和性CD16」、「非切断性CD16」、又は「高親和性の非切断性CD16」(hnCD16と略される)は、様々なCD16バリアントを指す。野生型CD16は親和性が低く、NK細胞が活性化されると、白血球上の様々な細胞表面分子の細胞表面密度を調節するタンパク質分解切断プロセスである外部ドメインシェディングに供される。F176V(いくつかの刊行物ではF158Vとも呼ばれる)は、高親和性を有する例示的なCD16多型バリアントであり、一方、S197Pバリアントは、CD16の遺伝子操作された非切断性バージョンの一例である。F176VとS197Pの両方を含む操作されたCD16バリアントは、高い親和性を有し、非切断性であり、これは、国際公開第2015/148926号により詳細に記載されており、その完全な開示は、参照により本明細書に組み込まれる。加えて、CD16の外部ドメインがCD64の外部ドメインの少なくとも一部分で本質的に置き換えられたキメラCD16受容体は、ADCCを実行することができるCD16受容体の望ましい高親和性及び切断不可能という特質も実現することができる。いくつかの実施形態では、キメラCD16の置換外部ドメインは、CD64(UniPRotKB_P12314又はそのアイソフォーム又は多型バリアント)のEC1、EC2、及びEC3エクソンのうちの1つ以上を含む。
したがって、細胞に導入された外因性CD16の様々な実施形態は、機能的CD16バリアント及びそのキメラ受容体を含む。いくつかの実施形態では、機能的CD16バリアントは、高親和性の非切断性CD16受容体(hnCD16)である。いくつかの実施形態では、hnCD16は、F176VとS197Pの両方を含み、いくつかの実施形態では、F176Vを含み、切断領域が排除されている。いくつかの実施形態では、hnCD16は、例示的な配列である配列番号19、20、及び21(各々がCD64外部ドメインの少なくとも一部分を含む)のうちのいずれかと比較されるとき、少なくとも50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、99%、100%、又はその間の任意のパーセンテージの同一性を有する配列を含む。いくつかの実施形態では、hnCD16は、配列番号19~21のうちのいずれかに対して少なくとも90%同一のアミノ酸配列と、任意選択で、F176V、S197P、及びCD64外部ドメインの少なくとも一部分のうちの1つ以上と、を含む。いくつかの実施形態では、hnCD16は、配列番号19~21のうちのいずれかに対して少なくとも95%同一のアミノ酸配列と、任意選択で、F176V、S197P、及びCD64外部ドメインの少なくとも一部分のうちの1つ以上と、を含む。いくつかの実施形態では、hnCD16は、配列番号19のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、hnCD16は、配列番号20のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、hnCD16は、配列番号21のアミノ酸配列を含む。
したがって、本明細書において企図され、記載される他の編集の中でもとりわけ、外因性CD16又はそのバリアントを含む固形腫瘍標的化骨格を含むように遺伝子操作されたエフェクター細胞又はiPSCが本明細書において提供され、エフェクター細胞は、初代供給源由来の細胞であるか、若しくはiPSC分化に由来する細胞であるか、又は遺伝子操作されたiPSCは、iPSCに導入された外因性CD16又はそのバリアントを含む派生エフェクター細胞に分化することができる。いくつかの実施形態では、外因性CD16は、高親和性の非切断性CD16(hnCD16)である。いくつかの実施形態では、外因性CD16は、CD64外部ドメインの少なくとも一部分を含む。いくつかの実施形態では、外因性CD16は、CD16に由来しない膜貫通ドメイン、刺激性ドメイン及び/又はシグナル伝達ドメインを含むCD16ベースのキメラFc受容体(chimeric Fc receptor、CFcR)の形態である。
いくつかの実施形態では、外因性CD16又はそのバリアントを含む初代由来又は由来エフェクター細胞は、NK系統細胞である。いくつかの実施形態では、外因性CD16又はそのバリアントを含む初代由来又は由来エフェクター細胞は、T系統細胞である。いくつかの実施形態では、iPSC又はエフェクター細胞に含まれる外因性CD16又はその機能的バリアントは、結合時に下流シグナル伝達を誘発するリガンドへのこのような結合において高い親和性を有する。外因性CD16又はその機能的バリアントに結合するリガンドの非限定例は、ADCC抗体又はその断片だけでなく、当該外因性CD16のCD16又はCD64の細胞外結合ドメインを認識する二重特異性、三重特異性、又は多重特異性のエンゲージャ又はバインダを含む。二重特異性、三重特異性、又は多重特異性のエンゲージャ又はバインダの例については、本出願で以下で更に説明する。このように、本出願の態様のうちの少なくとも1つは、本出願で更に詳述する状態、疾患、又は感染症の治療における治療的使用に十分な量で、固形腫瘍標的化骨格を含む派生エフェクター細胞上で発現する外因性CD16を介して1つ以上の予め選択されたADCC抗体が予めロードされた、派生エフェクター細胞又はその細胞集団を提供し、外因性CD16は、CD64の、又はF176V及びS197Pを有するCD16の細胞外結合ドメインを含む。
いくつかの他の実施形態では、外因性CD16は、CD16又はそのバリアントをベースとするCFcRを含む。キメラFc受容体(CFcR)は、天然CD16膜貫通及び/又は細胞内ドメインを改変又は置換することによって、非天然膜貫通ドメイン、非天然刺激ドメイン及び/又は非天然シグナル伝達ドメインを含むように産生される。本明細書で使用される「非天然」という用語は、膜貫通ドメイン、刺激ドメイン、又はシグナル伝達ドメインが、細胞外ドメインを提供する受容体以外の異なる受容体から派生することを意味する。本明細書での例示では、CD16又はそのバリアントをベースとするCFcRは、CD16に由来する膜貫通ドメイン、刺激ドメイン、又はシグナル伝達ドメインを有しない。いくつかの実施形態では、外因性CD16ベースのCFcRは、CD3δ、CD3ε、CD3γ、CD3ζ、CD4、CD8、CD8a、CD8b、CD27、CD28、CD40、CD84、CD166、4-1BB、OX40、ICOS、ICAM-1、CTLA4、PD1、LAG3、2B4、BTLA、CD16、IL7、IL12、IL15、KIR2DL4、KIR2DS1、NKp30、NKp44、NKp46、NKG2C、NKG2D、又はT細胞受容体ポリペプチドに由来する非天然の膜貫通ドメインを含む。いくつかの実施形態では、外因性のCD16ベースのCFcRは、CD27、CD28、4-1BB、OX40、ICOS、PD1、LAG3、2B4、BTLA、DAP10、DAP12、CTLA4、又はNKG2Dポリペプチドに由来する非天然の刺激/阻害ドメインを含む。いくつかの実施形態では、外因性のCD16ベースのCFcRは、CD3ζ、2B4、DAP10、DAP12、DNAM1、CD137(4-1BB)、IL21、IL7、IL12、IL15、NKp30、NKp44、NKp46、NKG2C、又はNKG2Dポリペプチドに由来する非天然のシグナル伝達ドメインを含む。CD16ベースのCFcRの一実施形態では、提供されるキメラFc受容体は、IL7、IL12、IL15、NKp30、NKp44、NKp46、NKG2C、及びNKG2Dポリペプチドのうちの1つに両方が由来する膜貫通ドメイン及びシグナル伝達ドメインを含む。CD16ベースのキメラFc受容体の一実施形態は、NKG2Dの膜貫通ドメイン、2B4の刺激ドメイン、及びCD3ζのシグナル伝達ドメインを含み、CFcRの細胞外ドメインは、CD64又はCD16の細胞外ドメインの全長又は部分配列に由来し、CD16の細胞外ドメインは、F176V及びS197Pを含む。CD16ベースのキメラFc受容体の別の例示的な実施形態は、CD3ζの膜貫通ドメイン及びシグナル伝達ドメインを含み、CFcRの細胞外ドメインは、CD64又はCD16の細胞外ドメインの全長又は部分配列に由来し、CD16の細胞外ドメインは、F176V及びS197Pを含む。
上述のようなCD16ベースのキメラFc受容体の様々な実施形態は、抗体又はその断片のFc領域に、又は、二重特異性、三重特異性、若しくは多重特異性のエンゲージャ若しくはバインダに、高い親和性で結合することができる。結合すると、キメラ受容体の刺激ドメイン及び/又はシグナル伝達ドメインは、エフェクター細胞の活性化及びサイトカイン分泌、並びに抗体が、又は腫瘍抗原結合成分及びFc領域を有する二重特異性、三重特異性、若しくは多重特異性のエンゲージャ若しくはバインダが標的とする腫瘍細胞の殺傷を可能にする。理論に制限されることなく、CD16ベースのキメラFc受容体の、非天然の膜貫通、刺激及び/若しくはシグナル伝達ドメインを通じて、又は外部ドメインへのエンゲージャの結合を通じて、CFcRはエフェクター細胞の殺傷能力に寄与し得、エフェクター細胞の増殖及び/又は増殖の可能性を増加させる。抗体及びエンゲージャは、抗原を発現している腫瘍細胞とCFcRを発現しているエフェクター細胞を近接させることができ、これも増強された腫瘍細胞の殺傷に寄与する。二重特異性、三重特異性、多重特異性エンゲージャ又はバインダのための例示的な腫瘍抗原には、B7H3、BCMA、CD10、CD19、CD20、CD22、CD24、CD30、CD33、CD34、CD38、CD44、CD79a、CD79b、CD123、CD138、CD179b、CEA、CLEC12A、CS-1、DLL3、EGFR、EGFRvIII、EPCAM、FLT-3、FOLR1、FOLR3、GD2、gpA33、HER2、HM1.24、LGR5、MSLN、MCSP、MICA/B、PSMA、PAMA、P-カドヘリン、及びROR1が含まれるが、これらに限定されない。腫瘍細胞を攻撃する際にCD16ベースのCFcRを発現するエフェクター細胞を結合させるのに好適ないくつかの非限定的な例示的な二重特異性、三重特異性、多重特異性のエンゲージャ又はバインダには、CD16(又はCD64)-CD30、CD16(又はCD64)-BCMA、CD16(又はCD64)-IL15-EPCAM、及びCD16(又はCD64)-IL15-CD33が含まれる。
NK細胞活性化に続いて細胞表面から切断される初代NK細胞によって発現される内因性CD16とは異なり、派生NK細胞の様々な非切断性バージョンのCD16は、CD16の脱落を回避し、一定の発現を維持する。誘導NK細胞では、非切断性CD16は、改善した細胞機能の指標であるTNFα及びCD107aの発現を増加させる。非切断性CD16はまた、抗体依存性細胞傷害(ADCC)、及び二重、三重、又は多重特異的エンゲージャの結合も増強する。ADCCは、抗体でコーティングされた標的細胞へのCD16の結合を介したNK細胞媒介性溶解のメカニズムである。由来NK細胞に導入されたhnCD16の追加の高親和性特性により、細胞療法を必要とする対象に細胞を投与する前に、hnCD16を介したADCC抗体のNK細胞へのインビトロ負荷も可能になる。本明細書において提示されるように、hnCD16は、いくつかの実施形態では、F176V及びS197Pを含み得、又は配列番号19、20、若しくは21によって例示されるようにCD64に由来する全長又は部分長の外部ドメインを含み得、又は非天然の膜貫通ドメイン、刺激ドメイン、及びシグナル伝達ドメインのうちの少なくとも1つを更に含み得る。開示されるように、本出願はまた、本出願で更に詳しく説明するように、状態、疾患、又は感染症の治療における治療的使用に十分な量の1つ以上の予め選択されたADCC抗体が予めロードされた、固形腫瘍標的化骨格を含む派生NK細胞又はその細胞集団を提供する。いくつかの実施形態では、予めロードされたCD38抗体はダラツムマブである。いくつかの実施形態では、外因性CD16又はそのバリアントを含む固形腫瘍標的化骨格を含む誘導NK細胞は、本明細書で提供される、C-X-C-モチーフケモカイン受容体又はそのバリアント、TGFβ-SRR、及び4-1BBに特異的なADRのうちの少なくとも2つを更に含む。いくつかの実施形態では、C-X-C-モチーフケモカイン受容体又はそのバリアント、TGFβ-SRR、及び4-1BBに特異的なADRのうちの少なくとも2つを含む固形腫瘍標的化骨格、並びに外因性CD16又はそのバリアントを含む誘導NK細胞は、CARを更に含む。いくつかの実施形態では、当該誘導NK細胞に、抗HER2抗体(例えば、トラスツズマブ、ペルツズマブ)、抗EGFR抗体(例えば、セツキシマブ)、又は抗PDL1抗体(例えば、アベルマブ)のうちの1つ以上を予めロードする。
初代NK細胞とは異なり、初代供給源(すなわち、末梢血、臍帯血、又は他のドナー組織などの天然/天然源)由来の成熟T細胞はCD16を発現しない。発現した外因性の非切断性CD16を含むiPSCが、T系統細胞の発生生物学を損なうことなく、外因性CD16を発現するだけでなく、獲得したADCCメカニズムを通じて機能を実行することができる機能的な派生T細胞に分化することができることは、以前は予想外であった。派生T系統細胞で獲得したこのADCCは、二重標的化、及び/又はCAR-T細胞療法でよく発生する、低減若しくは消失したCAR-T標的抗原の発現、若しくはCAR(キメラ抗原受容体)による認識を回避する変異抗原を伴って腫瘍が再燃する、抗原エスケープを救済するためのアプローチとして更に使用され得る。当該誘導T系統細胞が、外因性CD16(機能的バリアント及びCD16ベースのCFcRを含む)発現を介して獲得したADCCを含み、抗体が、CARが標的とする腫瘍抗原とは異なる腫瘍抗原を標的とする場合、抗体を使用してCAR-T抗原エスケープを救済し、CAR-T治療でよく見られる標的腫瘍の再発又は再発を軽減又は防止できる。二重標的化を達成しながら抗原エスケープを低減及び/又は防止するこのような戦略は、1つ以上のCARを発現するNK細胞にも同様に適用可能である。
したがって、本出願は、外因性CD16又はそのバリアントを含む固形腫瘍標的化骨格を含む、派生T系統細胞を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で得られるT系統細胞に含まれる固形腫瘍標的化骨格誘導体は、外因性CD16と、C-X-C-モチーフケモカイン受容体又はそのバリアント、TGFβ-SRR、及び4-1BBに特異的なADRのうちの少なくとも2つと、を含む。他の実施形態では、本明細書で得られる派生T系統細胞は、固形腫瘍標的化骨格に加えてCARを含む。いくつかの実施形態では、派生T系統細胞に含まれる固形腫瘍標的化骨格に含まれる外因性CD16は、F176V及びS197Pを含むhnCD16である。いくつかの他の実施形態では、固形腫瘍標的化骨格に含まれるhnCD16は、配列番号19、20又は21によって例示されるような、CD64に由来する完全な又は部分的な外部ドメインを含むか、又は非天然の膜貫通ドメイン、刺激ドメイン及びシグナル伝達ドメインのうちの少なくとも1つを更に含み得る。本明細書で説明されているように、そのような派生T系統細胞は、抗体の治療効果を高めるためにADCCによって媒介されたモノクローナル抗体で腫瘍を標的とする獲得されたメカニズムを有する。開示されるように、本出願はまた、以下で更に詳しく説明するように、状態、疾患、又は感染症の治療における治療的使用に十分な量の1つ以上の予め選択されたADCC抗体が予めロードされた、固形腫瘍標的化骨格を含む派生T系統細胞又はその細胞集団を提供する。
更に提供されるように、固形腫瘍標的化骨格と、任意選択でCARと、外因性CD16又はそのバリアント(表4中の「CD16外」)と、を含む細胞又はその集団は、本明細書に記載される、及び/又は表4に示される1つ以上の追加の操作されたモダリティを更に含み得る。本出願において更に提供されるのは、他の遺伝子モダリティの中でもとりわけ、外因性CD16又はそのバリアントを含む固形腫瘍標的化骨格を含むが、これに限定されない、本明細書で提供されるような少なくとも1つの表現型を有する、ソーティングされた単一細胞及び増殖されたクローンの操作されたiPSCを含むマスター細胞バンクであり、この細胞バンクは、更なるiPSC操作のためのプラットフォームと、組成が明確かつ均一であり、費用効果の高い様式でかなりの規模で大量生産することができる、誘導NK細胞及びT細胞を含むがこれに限定されない、既製の操作された均質な細胞療法製品を製造するための再生可能な供給源と、を提供する。
6.外因的に導入されたサイトカインシグナル伝達複合体
臨床的に適切なサイトカインの全身的高用量投与を回避することにより、そのような行為による用量制限毒性のリスクが減少し、サイトカイン媒介性細胞自律性が確立される。可溶性サイトカインを追加投与する必要なしにリンパ球自律性を達成するために、IL2、IL4、IL6、IL7、IL9、IL10、IL11、IL12、IL15、IL18、IL21、及び/又はそれらの対応する受容体のうちの1つ以上の部分長又は全長ペプチドを含むサイトカインシグナル伝達複合体が固形腫瘍標的化骨格の一部として細胞に導入されて、サイトカイン自体の発現を伴って又は伴わずに、サイトカインのシグナル伝達を可能にし、それによって、サイトカインの毒性のリスクを低減して、細胞成長(growth)、増殖(proliferation)、増殖(expansion)、及び/又はエフェクター機能を維持又は改善し得る。いくつかの実施形態では、サイトカインシグナル伝達のための導入されたサイトカイン及び/又はそのそれぞれの天然又は改変された受容体(シグナル伝達複合体)は、細胞表面上で発現する。いくつかの実施形態では、サイトカインシグナル伝達は構成的に活性化される。いくつかの実施形態では、サイトカインシグナル伝達の活性化は誘導可能である。いくつかの実施形態では、サイトカインシグナル伝達の活性化は、一過性及び/又は一時的である。いくつかの実施形態では、細胞表面サイトカイン/サイトカイン受容体の一過性/一時的発現は、レトロウイルス、センダイウイルス、アデノウイルス、エピソーム、ミニサークル、又はmRNAを含むRNAが保有する発現構築物を介する。
臨床的に適切なサイトカインの全身的高用量投与を回避することにより、そのような行為による用量制限毒性のリスクが減少し、サイトカイン媒介性細胞自律性が確立される。可溶性サイトカインを追加投与する必要なしにリンパ球自律性を達成するために、IL2、IL4、IL6、IL7、IL9、IL10、IL11、IL12、IL15、IL18、IL21、及び/又はそれらの対応する受容体のうちの1つ以上の部分長又は全長ペプチドを含むサイトカインシグナル伝達複合体が固形腫瘍標的化骨格の一部として細胞に導入されて、サイトカイン自体の発現を伴って又は伴わずに、サイトカインのシグナル伝達を可能にし、それによって、サイトカインの毒性のリスクを低減して、細胞成長(growth)、増殖(proliferation)、増殖(expansion)、及び/又はエフェクター機能を維持又は改善し得る。いくつかの実施形態では、サイトカインシグナル伝達のための導入されたサイトカイン及び/又はそのそれぞれの天然又は改変された受容体(シグナル伝達複合体)は、細胞表面上で発現する。いくつかの実施形態では、サイトカインシグナル伝達は構成的に活性化される。いくつかの実施形態では、サイトカインシグナル伝達の活性化は誘導可能である。いくつかの実施形態では、サイトカインシグナル伝達の活性化は、一過性及び/又は一時的である。いくつかの実施形態では、細胞表面サイトカイン/サイトカイン受容体の一過性/一時的発現は、レトロウイルス、センダイウイルス、アデノウイルス、エピソーム、ミニサークル、又はmRNAを含むRNAが保有する発現構築物を介する。
IL2、IL4、IL6、IL7、IL9、IL10、IL11、IL12、IL15、IL18及びIL21を含むが、これらに限定されない、1つ、2つ、又はそれ以上のサイトカインのシグナル伝達のためのタンパク質複合体を細胞に導入するための様々な構築物設計が、本明細書で提供される。例えば、シグナル伝達複合体がIL15に対するものである実施形態では、膜貫通(TM)ドメインは、IL15受容体に対してネイティブであり得るか、又は任意の他の膜結合タンパク質の膜貫通ドメインで改変若しくは置換され得る。様々な実施形態では、サイトカインシグナル伝達複合体は、IL15の全長又は部分長、及びIL15受容体の全長又は部分長(IL15 receptor、IL15R)を含むIL15受容体融合体(IL15 receptor fusion、IL15RF)を含む。いくつかの実施形態では、IL15及びIL15Rαは、IL15のトランス提示を模倣する自己切断ペプチドを使用して、IL15のシス提示を排除することなく共発現される。他の実施形態では、IL15Rαはリンカーを介してC末端でIL15に融合されており、IL15のシス提示を排除することなくトランス提示を模倣し、IL15が膜結合されることを確保する。他の実施形態では、短縮された細胞内ドメインを持つIL15Rαは、リンカーを介してC末端でIL15に融合され、IL15のトランス提示を模倣し、IL15の膜結合を維持し、シス提示及び/又はその細胞内ドメインを介した正常IL15Rによって媒介される他の可能性のあるシグナル伝達経路を排除する。他の実施形態では、IL15Rαは、国際公開第2019/191495号及び同第2019/126748号(各々の開示全体が参照により本明細書に組み込まれる)に記載されるように、細胞内ドメインを含まないIL15(IL15Δ)に融合される。
様々な実施形態では、短縮された構築物は、配列番号22に対して少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、又は99%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、IL15/IL15Rαは、配列番号22に対して少なくとも90%の配列同一性のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、IL15/IL15Rαは、配列番号22に対して少なくとも95%の配列同一性のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、IL15/IL15Rαは、配列番号22のアミノ酸配列を含む。短縮されたIL15/IL15Rαの一実施形態では、構築物は、配列番号22の最後の4アミノ酸残基(KSRQ)を含まず、配列番号23に対して少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、又は99%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、IL15/IL15Rαは、配列番号23に対して少なくとも90%の配列同一性のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、IL15/IL15Rαは、配列番号23に対して少なくとも95%の配列同一性のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、IL15/IL15Rαは、配列番号23のアミノ酸配列を含む。
更に他の実施形態では、IL15Rαの細胞質ドメインは、IL15を備えたエフェクター細胞の自律的特質に悪影響を与えることなく省略することができる。他の実施形態では、IL15Rα全体が除去されるが、一端でIL15と融合し、他で膜貫通ドメインと融合し(mb-Sushi)、任意選択で、Sushiドメインと膜貫通ドメインとの間にリンカーがあるSushiドメインは例外である。融合したIL15/mb-Sushiは、膜結合タンパク質の膜貫通ドメインを介して細胞表面に発現する。IL15の望ましいトランス提示のみが保持されている場合、シス提示を含む、IL15Rαを介した不要なシグナル伝達が排除される。いくつかの実施形態では、Sushiドメインと融合したIL15を含む成分は、配列番号24に対して少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、又は99%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、Sushiドメインと融合したIL15を含む成分は、配列番号24に対して少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、Sushiドメインと融合したIL15を含む成分は、配列番号24に対して少なくとも95%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、Sushiドメインと融合したIL15を含む成分は、配列番号24のアミノ酸配列を含む。
他の実施形態では、天然又は改変されたIL15Rβは、リンカーを介してC末端でIL15に融合され、構成的シグナル伝達を可能にし、IL15膜結合及びトランス提示を維持する。他の実施形態では、天然又は改変された共通受容体γCは、サイトカインの構成的シグナル伝達及び膜結合トランス提示のために、リンカーを介してC末端でIL15に融合される。共通受容体γCはまた、共通ガンマ鎖又はCD132とも呼ばれ、IL2受容体サブユニットガンマ又はIL2RGとしても知られている。γCは、IL2、IL4、IL7、IL9、IL15及びIL21受容体を含むが、これらに限定されない、多くのインターロイキン受容体の受容体複合体に共通するサイトカイン受容体サブユニットである。他の実施形態では、IL15の不在下でホモ二量体を形成する操作されたIL15Rβは、サイトカインの構成的シグナル伝達を生成するのに有用である。
他の様々な実施形態では、サイトカインシグナル伝達複合体は、IL7の全長又は部分長、及びIL7受容体の全長又は部分長を含むIL7受容体融合体(IL7RF)を含む。膜貫通(TM)ドメインは、IL7受容体に対して天然であり得るか、又は任意の他の膜結合タンパク質の膜貫通ドメインで改変若しくは置換されてもよい。一実施形態では、天然(又は野生型)又は改変IL7Rは、リンカーを介してC末端でIL7に融合されてもよく、構成的シグナル伝達を可能にし、膜結合IL7を維持する。いくつかの実施形態では、そのような構築物は、配列番号25に対して少なくとも75%、80%、85%、90%、95%又は99%同一のアミノ酸配列を含み、膜貫通ドメイン、シグナルペプチド及びリンカーは柔軟であり、長さ及び/又は配列は様々である。いくつかの実施形態では、IL7構築物は、配列番号25に対して少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含み、膜貫通ドメイン、シグナルペプチド及びリンカーは柔軟であり、長さ及び/又は配列は様々である。いくつかの実施形態では、IL7構築物は、配列番号25に対して少なくとも95%同一のアミノ酸配列を含み、膜貫通ドメイン、シグナルペプチド及びリンカーは柔軟であり、長さ及び/又は配列は様々である。いくつかの実施形態では、IL7は、配列番号25のアミノ酸配列を含む。
別の実施形態では、天然又は改変された共通受容体γCは、構成的及び膜結合サイトカインシグナル伝達複合体のために、リンカーを介してC末端でIL7に融合される。更に、IL7の不在下でホモ二量体を形成する操作されたIL7Rは、サイトカインの構成的シグナル伝達を生成するのにも有用である。
当業者は、上述のシグナルペプチド及びリンカー配列が例示であり、シグナルペプチド又はリンカーとしての使用に好適なそれらのバリエーションを決して限定しないことを理解するであろう。当業者には既知であり利用可能な多くの好適なシグナルペプチド又はリンカー配列が存在する。当業者は、シグナルペプチド及び/又はリンカー配列が、シグナルペプチドによって導かれるか、又はリンカーによって連結される機能性ペプチドの活性を変えることなく、別の配列で置換され得ることを理解する。
CARと外因性サイトカイン及び/又はサイトカイン受容体シグナル伝達(サイトカインシグナル伝達複合体、又は「IL」)の両方を含むiPSC及びそれからの派生細胞では、CARとILは別々の構築物で発現され得るか、CARとILの両方を含むバイシストロン性構築物で共発現され得る。いくつかの更なる実施形態において、シグナル伝達複合体は、自己切断2Aコード配列を介してCAR発現構築物の5’末端又は3’末端のいずれかに連結され得る。したがって、ILシグナル伝達複合体(例えば、IL7シグナル伝達複合体)及びCARは、単一のオープンリーディングフレーム(ORF)内にあってもよい。一実施形態では、シグナル伝達複合体は、CAR-2A-IL又はIL-2A-CAR構築物に含まれる。CAR-2A-IL又はIL-2A-CARが発現される場合、自己切断性2Aペプチドは、発現されたCAR及びILが解離することを可能にし、次いで、解離したILは、膜貫通ドメインが細胞膜に固定された状態で細胞表面に提示され得る。CAR-2A-IL又はIL-2A-CARのバイシストロン性設計により、タイミングと数量の両方で、例えば、単一のORFの発現のための誘導性プロモータ又は時間的若しくは空間的特異性を持つプロモータなどの、組み込むために選択され得る同一の制御メカニズムの下で、CARとILのシグナル伝達複合体の協調された発現を可能にする。自己切断ペプチドは、口蹄疫ウイルス(foot-and-mouth disease virus、FMDV)、ウマ鼻炎Aウイルス(equine rhinitis A virus、ERAV)、Thosea asignaウイルス(Thosea asigna virus、TaV)、及びブタテシオウイルス1(porcine tescho virus-1、PTV-I)(Donnelly,ML,et al,J.Gen.Virol,82,1027-101(2001);Ryan,MD,et al.,J.Gen.Virol.,72,2727-2732(2001))などのアフトウイルス属、並びにタイロウイルス(例えば、タイラーマウス脳脊髄炎ウイルス)及び脳心筋炎ウイルスなどのカルジオウイルス属を含む、ピコルナウイルス科のメンバーで見出される。FMDV、ERAV、PTV-I、及びTaVに由来する2Aペプチドは、それぞれ「F2A」、「E2A」、「P2A」、及び「T2A」と呼ばれることもある。
本明細書に開示されるバイシストロン性CAR-2A-IL又はIL-2A-CARは、本明細書において提供される任意の他のサイトカイン、例えばIL2、IL4、IL6、IL9、IL10、IL11、IL12、IL18、及びIL21の発現も企図される。いくつかの実施形態では、バイシストロン性CAR-2A-IL又はIL-2A-CARは、IL2、IL4、IL7、IL9、IL15及びIL21のうちの1つ以上の発現のためのものである。
いくつかの実施形態では、表4の遺伝子型のうちのいずれか1つを含むiPSC及びその派生エフェクター細胞は、TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、PD1、LAG3、TIM3、RFXANK、RFX5、RFXAP、RAG1、及び染色体6p21領域内の任意の遺伝子のうちの少なくとも1つの破壊、又はHLA-E、4-1BBL、CD4、CD8、CD47、CD113、CD131、CD137、CD80、PDL1、A2AR、TCR、Fc受容体、抗体、及び二重特異性、多重特異性、若しくはユニバーサルエンゲージャとカップリングするための表面トリガー受容体のうちの少なくとも1つの導入、を更に含み得る。
したがって、様々な実施形態では、サイトカインIL15若しくはIL7及び/又はそれらの受容体は、上記の構築物設計のうちの1つ以上を使用してiPSCに導入されてもよく、iPSC分化時にそれらの派生細胞に導入されてもよい。更に、C-X-Cモチーフケモカイン受容体又はそのバリアントをコードするポリヌクレオチド、TGFβ-SRR、及び41BB-ADRをコードするポリヌクレオチド、並びに任意選択で、サイトカインシグナル伝達複合体及び/又は本明細書中に開示されるような1つ以上の操作されたモダリティをコードするポリヌクレオチドのうちの2つ以上を含む固形腫瘍標的化骨格を含む、人工多能性細胞(iPSC)、クローンiPSC、クローンiPS細胞株、又はiPSC由来細胞が、本明細書中に提供される。また、提供されるのは、C-X-Cモチーフケモカイン受容体又はそのバリアントをコードするポリヌクレオチド、TGFβ-SRR及び41BB-ADRをコードするポリヌクレオチド、並びに任意選択でサイトカインシグナル伝達複合体及び/又は1つ以上の操作されたモダリティをコードするポリヌクレオチドのうちの2つ以上を含む固形腫瘍標的化骨格を有するソーティングされた単一細胞及び増殖されたクローンの操作されたiPSCを含むマスター細胞バンクであり、サイトカインシグナル伝達複合体は、本セクションで説明するように、細胞表面発現外因性サイトカイン及び/又はその受容体の部分的な又は完全なペプチドを含み、細胞バンクは、更なるiPSC操作のためのプラットフォームと、組成が明確かつ均一であり、費用効果の高い様式でかなりの規模で大量生産することができる、既製の操作された均質な細胞療法製品を製造するための再生可能な供給源と、を提供する。
7.HLA-I-及びHLA-II-の欠損
同種拒絶の問題を回避するために、複数のHLAクラスI及びクラスIIタンパク質は、同種異系レシピエントの組織適合性のために一致している必要がある。本明細書で提供されるのは、HLAクラスI及び/又はHLAクラスIIタンパク質の発現が排除又は実質的に減少したiPSC細胞株及びそれから分化したその派生細胞である。HLAクラスI欠損は、HLAクラスI遺伝子座(染色体6p21)の任意の領域の機能的欠失、又はベータ2ミクログロブリン(beta-2 microglobulin、B2M)遺伝子、TAP1遺伝子、TAP2遺伝子、及びタパシンを含むが、これらに限定されない、HLAクラスI関連遺伝子の欠失若しくは破壊によって達成できる。例えば、B2M遺伝子は、全てのHLAクラスIヘテロ二量体の細胞表面発現に不可欠な共通のサブユニットをコードする。B2M陰性細胞はHLA-I欠損である。HLAクラスII欠損は、RFXANK、CIITA、RFX5、及びRFXAPを含むがこれらに限定されないHLAクラスII関連遺伝子の機能的欠失又は破壊によって達成され得る。CIITAは転写コアクチベータであり、クラスIIタンパク質の発現に必要な転写因子RFX5の活性化を通じて機能する。CIITA陰性細胞はHLA-II欠損である。したがって、本出願は、例えば、B2M及び/又はCIITA発現の欠如によって、HLA-I及び/又はHLA-II欠損を含むiPSC及びそれからの派生細胞を提供し、取得された派生エフェクター細胞は、MHC(主要組織適合性複合体)適合の必要性を排除して宿主の(同種異系)T細胞による認識と殺傷を回避することによって、同種異系細胞治療を可能にする。
同種拒絶の問題を回避するために、複数のHLAクラスI及びクラスIIタンパク質は、同種異系レシピエントの組織適合性のために一致している必要がある。本明細書で提供されるのは、HLAクラスI及び/又はHLAクラスIIタンパク質の発現が排除又は実質的に減少したiPSC細胞株及びそれから分化したその派生細胞である。HLAクラスI欠損は、HLAクラスI遺伝子座(染色体6p21)の任意の領域の機能的欠失、又はベータ2ミクログロブリン(beta-2 microglobulin、B2M)遺伝子、TAP1遺伝子、TAP2遺伝子、及びタパシンを含むが、これらに限定されない、HLAクラスI関連遺伝子の欠失若しくは破壊によって達成できる。例えば、B2M遺伝子は、全てのHLAクラスIヘテロ二量体の細胞表面発現に不可欠な共通のサブユニットをコードする。B2M陰性細胞はHLA-I欠損である。HLAクラスII欠損は、RFXANK、CIITA、RFX5、及びRFXAPを含むがこれらに限定されないHLAクラスII関連遺伝子の機能的欠失又は破壊によって達成され得る。CIITAは転写コアクチベータであり、クラスIIタンパク質の発現に必要な転写因子RFX5の活性化を通じて機能する。CIITA陰性細胞はHLA-II欠損である。したがって、本出願は、例えば、B2M及び/又はCIITA発現の欠如によって、HLA-I及び/又はHLA-II欠損を含むiPSC及びそれからの派生細胞を提供し、取得された派生エフェクター細胞は、MHC(主要組織適合性複合体)適合の必要性を排除して宿主の(同種異系)T細胞による認識と殺傷を回避することによって、同種異系細胞治療を可能にする。
更に、HLAクラスI発現の欠如が、宿主NK細胞による溶解を引き起こす。したがって、活性化されたCD38発現宿主NK細胞を除去するためのCD38コンディショニングの上述のアプローチに加えて、この「自己喪失」応答を克服するために、HLA-E、HLA-G又は他の非古典的HLA-Iタンパク質を任意選択でノックインして、NK細胞認識及び操作されたiPSC由来のHLA-I欠損エフェクター細胞の死滅を回避することができる。一実施形態では、提供されるHLA-I欠損iPSC及びその派生細胞は、HLA-Gノックインを更に含む。
代替的に、一実施形態では、提供されるHLA-I欠損iPSC及びその派生細胞は、CD58ノックアウト及びCD54ノックアウトの一方又は両方を更に含む。CD58(又はLFA-3)及びCD54(又はICAM-1)は、シグナル依存性細胞相互作用を開始し、免疫細胞を含む、細胞の遊走を促進する接着タンパク質である。CD58及び/又はCD54破壊が、同種異系NK細胞殺傷に対するHLA-I欠損iPSC由来エフェクター細胞の感受性を効果的に低下させることが以前に示された。CD58ノックアウトは、CD54ノックアウトよりも同種異系NK細胞活性化の低減においてより高い効率をもたらし、CD58及びCD54の両方の二重ノックアウトは、NK細胞活性化の最も増強された低減をもたらすことが示された。いくつかの観察において、CD58及びCD54二重ノックアウトは、「自己喪失」効果を克服することにおいて、HLA-I欠損細胞に対するHLA-G過剰発現よりも更に効果的である。
本明細書で提供されるように、いくつかの実施形態では、iPSC及びその派生細胞は、C-X-C-モチーフケモカイン受容体又はそのバリアント、TGFβ-SRR、及び41BB-ADRのうちの2つ以上を含む固形腫瘍標的化骨格を含み、当該細胞は、HLA-I及び/又はHLA-II欠損である。いくつかの実施形態では、当該HLA-I及び/又はHLA-II欠損iPSC並びにその派生細胞は、CD58陰性である。いくつかの他の実施形態では、当該HLA-I及び/又はHLA-II欠損iPSC並びにその派生細胞は、CD54陰性である。更にいくつかの他の実施形態では、当該HLA-I及び/又はHLA-II欠損iPSC並びにその派生細胞は、CD54陰性及びCD58陰性である。更に、本明細書に記載される固形腫瘍標的化骨格を含むiPSC及びその派生細胞のいくつかの実施形態では、当該細胞は、HLA-I及び/又はHLA-II欠損であり、HLA-Gをコードする外因性ポリヌクレオチドを有する。本明細書に記載される固形腫瘍標的化骨格を含むiPSC及びその派生細胞のいくつかの実施形態では、細胞は、HLA-I及び/又はHLA-II欠損であり、CD54陰性である。本明細書に記載されるような固形腫瘍標的化骨格、並びに任意選択でCD38ノックアウト、外因性CD16又はそのバリアント、及びCARを含むiPSC及びその派生細胞の更にいくつかの他の実施形態では、細胞は、HLA-I及びHLA-II欠損であり、CD58陰性及びCD54陰性の両方である。
いくつかの実施形態では、活性化されたレシピエント免疫細胞において上方制御された表面タンパク質を標的とする不活性化CARを発現させることによって、HLA-I及び/又はHLA-IIの欠損のための操作をバイパスするか又はインタクトなままにして、同種拒絶反応を回避することができる。いくつかの実施形態では、活性化されたレシピエント免疫細胞において上方制御される表面タンパク質には、CD38、CD25、CD69、CD44、4-1BB、OX40、又はCD40Lが含まれるが、これらに限定されない。細胞がそのような不活性化CARを発現する場合、細胞は、CARによって標的化される同じ表面タンパク質を発現しないか、又はそのノックアウトを有することが好ましい。いくつかの実施形態では、不活性化CARは、CD38-CAR、CD25-CAR、CD69-CAR、CD44-CAR、4-1BB-CAR、OX40-CAR、及びCD40L-CARのうちの少なくとも1つを含む。
本出願において更に提供されるのは、本明細書に記載の固形腫瘍標的化骨格及びHLA修飾(表4の「HLA」:HLA-E又はHLA-Gノックインを伴う若しくは伴わない、又はCD58及びCD54の一方若しくは両方のノックアウトを伴うHLA-I及び/又はHLA-II欠損)を含むがこれらに限定されない、本明細書において提供されるような少なくとも1つの表現型を有する、ソーティングされた単一細胞及び増殖されたクローン操作iPSCを含むマスター細胞バンクであり、この細胞バンクは、更なるiPSC操作のためのプラットフォームと、組成が明確かつ均一であり、費用効果の高い様式でかなりの規模で大量生産することができる、派生NK及びT細胞を含むがこれに限定されない、既製の操作された均質な細胞療法製品を製造するための再生可能な供給源を提供する。
8.細胞表面キメラ融合受容体(CFR)
CFRを発現するように操作されたエフェクター細胞は、エフェクター細胞が治療特性を増強するために選択されたアゴニストとのCFR結合を介して適切なシグナル伝達カスケードを開始することを可能にする。このような増強されたエフェクター細胞治療特性としては、増加された活性化及び細胞傷害性、獲得された二重標的化能力、延長された持続性、改善された輸送及び腫瘍浸潤、腫瘍部位にバイスタンダー免疫細胞をプライミングする、活性化させる又は動員する増強された能力、免疫抑制に抵抗する増強された能力、腫瘍抗原エスケープをレスキューする改善された能力、並びに/又は制御された細胞シグナル伝達フィードバック、代謝及びアポトーシスが挙げられるが、これらに限定されない。
CFRを発現するように操作されたエフェクター細胞は、エフェクター細胞が治療特性を増強するために選択されたアゴニストとのCFR結合を介して適切なシグナル伝達カスケードを開始することを可能にする。このような増強されたエフェクター細胞治療特性としては、増加された活性化及び細胞傷害性、獲得された二重標的化能力、延長された持続性、改善された輸送及び腫瘍浸潤、腫瘍部位にバイスタンダー免疫細胞をプライミングする、活性化させる又は動員する増強された能力、免疫抑制に抵抗する増強された能力、腫瘍抗原エスケープをレスキューする改善された能力、並びに/又は制御された細胞シグナル伝達フィードバック、代謝及びアポトーシスが挙げられるが、これらに限定されない。
したがって、いくつかの実施形態では、本出願は、他の編集の中でもとりわけ、外部ドメインと、膜貫通ドメインと、内部ドメインと、を含む、CFRであって、当該外部ドメイン、膜貫通ドメイン、及び内部ドメインがいかなる小胞体(endoplasmic reticulum、ER)保持シグナルもエンドサイトーシスシグナルも含まない、CFRを含む、iPSC及びそれからの派生細胞を提供する。CFRの外部ドメインは、エンゲージャに結合するとシグナル伝達を開始するためのものであり、膜貫通ドメインは、CFRの膜固定のためのものであり、内部ドメインは、腫瘍殺傷、持続性、移動性、分化、TMEの打ち消し、及び/又は制御されたアポトーシスを含むがこれらに限定されない細胞治療特性を増強するために選択されるシグナル伝達経路を調節する(すなわち、活性化又は不活性化させる)少なくとも1つのシグナル伝達ドメインを含む。CFRからのER保持シグナルの排除は、発現された場合に、それ自体によるCFR細胞表面提示を可能にし、CFRからのエンドサイトーシスシグナルの排除は、CFR内在化及び表面下方制御を減少させる。ER保持もエンドサイトーシスシグナルも有しないドメイン成分を選択するか、又は分子工学ツールを用いてCFRの選択された成分からER保持若しくはエンドサイトーシスシグナルを除去することが重要である。加えて、本明細書におけるいくつかの実施形態によって提供されるCFRのドメインはモジュール式であり、これは、CFRの所与の内部ドメインについては、CFRの外部ドメインが、当該CFRとともに使用される選択されたアゴニスト、例えば抗体、BiTE、TRikE、又は任意の他のタイプのエンゲージャの結合特異性に応じて切り替え可能であり、所与の外部ドメイン及び特異性適合アゴニストについては、内部ドメインが、活性化される所望のシグナル伝達経路に応じて切り替え可能であることを意味する。加えて、いくつかの実施形態による膜貫通ドメインは、膜貫通ドメインが小胞体(ER)保持シグナルもエンドサイトーシスシグナルも含まない限り、所与の外部ドメイン及び/又は所与の内部ドメインについて切り替え可能である。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される細胞に適用可能なCFRの外部ドメインは、細胞-細胞シグナル伝達又は相互作用に関与するタンパク質の細胞外部分の全長又は部分長を含む。いくつかの実施形態では、CFRの外部ドメインは、CD3ε、CD3γ、CD3δ、CD28、CD5、CD16、CD64、CD32、CD33、CD89、NKG2C、NKG2D、又はそれらの任意の機能的バリアント、若しくは組み合わせ及びキメラの細胞外部分の全長又は部分長を含む。いくつかの実施形態では、CFRの外部ドメインは、少なくともアゴニスト、例えば、当該CFRの外部ドメインに含まれるエピトープに特異的な結合ドメインを含む抗体又はエンゲージャ(例えば、BiTE、BiKE又はTriKE)によって認識される。いくつかの実施形態では、CFR発現細胞とともに使用される抗体又はエンゲージャは、当該CFRの少なくとも1つの細胞外エピトープに結合し、CFRは、CD3ε、CD3γ、CD3δ、CD28、CD5、CD16、CD64、CD32、CD33、CD89、NKG2C、NKG2D、又はそれらの任意の機能的バリアント若しくは組み合わせた/キメラ形態の細胞外部分の全長又は部分長を含む。いくつかの実施形態では、エンゲージャは、B7H3、BCMA、CD10、CD19、CD20、CD22、CD24、CD30、CD33、CD34、CD38、CD44、CD79a、CD79b、CD123、CD138、CD179b、CEA、CLEC12A、CS-1、DLL3、EGFR、EGFRvIII、EPCAM、FLT-3、FOLR1、FOLR3、GD2、gpA33、HER2、HM1.24、LGR5、MSLN、MCSP、MICA/B、PSMA、PAMA、P-カドヘリン、若しくはROR1を含む少なくとも1つの腫瘍抗原を認識する。CFR外部ドメインのいくつかの実施形態では、ER保持シグナル及びエンドサイトーシスシグナルの両方が存在しないか、又は遺伝子操作法を使用してCFR外部ドメインから除去若しくは排除される。
いくつかの実施形態では、CFRの外部ドメインは、CD3ベースのアゴニストを利用するために、CD3ε、CD3γ、CD3δ又はそれらの任意の機能的バリアント若しくは組み合わせ/キメラ形態の細胞外部分の全長又は部分長を含む。抗体又はエンゲージャを含むがこれらに限定されない非限定的な例示的CD3ベースのアゴニストは、CD3×CD19、CD3×CD20、CD3×CD33、ブリナツモマブ、カツマキソマブ、エルツマキソマブ、RO6958688、AFM11、MT110/AMG110、MT111/AMG211/MEDI-565、AMG330、MT112/BAY2010112、MOR209/ES414、MGD006/S80880、MGD007、及び/又はFBTA05を含む。いくつかの実施形態では、CFRの外部ドメインは、NKG2Cベースのアゴニストを利用するために、NKG2C若しくはその任意の機能的バリアントの細胞外部分の全長又は部分長を含む。抗体又はエンゲージャを含むがこれらに限定されない非限定的な例示的なNKG2Cベースのアゴニストは、NKG2C-IL15-CD33、NKG2C-IL15-CD19、及び/又はNKG2C-IL15-CD20三重特異性エンゲージャを含む。いくつかの他の実施形態では、CFRの外部ドメインは、CD28ベースのアゴニストを利用するために、CD28若しくはその任意の機能的バリアントの細胞外部分の全長又は部分長を含む。抗体又はエンゲージャを含むがこれらに限定されない非限定的な例示的なCD28ベースのアゴニストは、15E8、CD28.2、CD28.6、YTH913.12、37.51、9D7(TGN1412)、5.11A1、ANC28.1/5D10、及び/又は37407のうちの少なくとも1つを含む。
いくつかの実施形態では、CFRの外部ドメインは、CD16又はCD64ベースのアゴニストを利用するために、CD16、CD64、又はそれらの任意の機能的バリアント若しくは組み合わせ/キメラ形態の細胞外部分の全長又は部分長を含む。抗体又はエンゲージャを含むがこれらに限定されない非限定的な例示的なCD16又はCD64ベースのアゴニストは、IgG抗体、又はCD16若しくはCD64ベースのエンゲージャを含む。IgG抗体のFc部分がCD16又はCD64ベースのCFRに結合すると、それは、CFRの内部ドメインに含まれるシグナル伝達ドメインによって付与される他の増強された治療特性とともに、CFR発現細胞における抗体依存性細胞媒介性細胞傷害(ADCC)を活性化させる。非限定的な例示的なCD16又はCD64ベースのアゴニスト(抗体又はエンゲージャが挙げられるが、これらに限定されない)は、CD16×CD30、CD64×CD30、CD16×BCMA、CD64×BCMA、CD16-IL-EPCAM若しくはCD64-IL-EPCAM、CD16-IL-CD33、又はCD64-IL-CD33のうちの少なくとも1つを含み、TriKEにおける「IL」は、IL2、IL4、IL6、IL7、IL9、IL10、IL11、IL12、IL15、IL18、IL21、又はそれらの任意の機能的バリアント若しくは組み合わせ/キメラ形態を含む少なくとも1つのサイトカインの全部又は一部分を含む。
概して、膜貫通ドメインは、生体膜(例えば、細胞又は細胞小胞の膜)のリン脂質二重層などの膜において熱力学的に安定である三次元タンパク質構造である。したがって、いくつかの実施形態では、本発明のCFRの膜貫通ドメインは、単一のアルファヘリックス、いくつかの膜貫通アルファヘリックスの安定な複合体、膜貫通ベータバレル、グラミシジンAのベータヘリックス、又はそれらの任意の組み合わせを含む。様々な実施形態では、CFRの膜貫通ドメインは、膜内にある「膜貫通タンパク質」又は「膜タンパク質」の全て又は一部分を含む。本明細書で使用されるとき、「膜貫通タンパク質」又は「膜タンパク質」は、膜に及び/又は膜内に位置するタンパク質である。本発明のいくつかの実施形態によるCFRに含まれる膜貫通ドメインを提供するのに好適な膜貫通タンパク質の例としては、受容体、リガンド、免疫グロブリン、グリコホリン、又はそれらの組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、CFRに含まれる膜貫通ドメインは、CD3ε、CD3γ、CD3δ、CD3ζ、CD4、CD8、CD8a、CD8b、CD27、CD28、CD40、CD84、CD137、CD166、FcεRIγ、4-1BB、OX40、ICOS、ICAM-1、CTLA-4、PD-1、LAG-3、2B4、BTLA、CD16、IL7、IL12、IL15、KIR2DL4、KIR2DS1、NKp30、NKp44、NKp46、NKG2C、NKG2D、T細胞受容体(例えば、TCRα及び/又はTCRβ)、ニコチン性アセチルコリン受容体、GABA受容体、又はそれらの組み合わせの膜貫通ドメインの全部又は一部分を含む。いくつかの実施形態では、膜貫通ドメインは、IgG、IgA、IgM、IgE、IgD、又はそれらの組み合わせの膜貫通ドメインの全部又は一部分を含む。いくつかの実施形態では、膜貫通ドメインは、グリコホリンA、グリコホリンD、又はそれらの組み合わせの膜貫通ドメインの全部又は一部分を含む。CFR膜貫通ドメインのいくつかの実施形態では、ER保持及びエンドサイトーシスシグナルの両方が存在しないか、又は遺伝子操作を使用して除去される。様々な実施形態では、ER保持シグナル及びエンドサイトーシスシグナルの両方が存在しないか、又は遺伝子操作法を使用してCFR膜貫通ドメインから除去若しくは排除される。いくつかの実施形態では、膜貫通ドメインは、CD3ε、CD28、CD27、CD8、ICOS、又はCD4の膜貫通ドメインの全部又は一部分を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のCFRの内部ドメインは、選択された細胞内シグナル伝達経路を活性化する少なくとも1つのシグナル伝達ドメインを含む。CFR内部ドメインの様々な実施形態では、ER保持及びエンドサイトーシスシグナルの両方が存在しないか、又は遺伝子操作法を使用してそれから除去若しくは排除される。いくつかの実施形態では、内部ドメインは、少なくとも細胞傷害性ドメインを含む。いくつかの他の実施形態では、内部ドメインは、任意選択で細胞傷害性ドメインに加えて、共刺激ドメイン、持続性シグナル伝達ドメイン、死誘導シグナル伝達ドメイン、腫瘍細胞制御シグナル伝達ドメイン、又はそれらの任意の組み合わせのうちの1つ以上を含み得る。いくつかの実施形態では、CFRの細胞傷害性ドメインは、CD3ζ、2B4、DAP10、DAP12、DNAM1、CD137(4-1BB)、IL21、IL7、IL12、IL15、NKp30、NKp44、NKp46、NKG2C、又はNKG2Dのポリペプチドの少なくとも全長又は一部分を含む。一実施形態では、CFRの細胞傷害性ドメインは、CD3ζの少なくとも1つのITAM(immunoreceptor tyrosine-based activation motif、免疫受容体チロシンベースの活性化モチーフ)に対して、少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。一実施形態では、CFRの細胞傷害性ドメインは、配列番号26に対して、少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%の同一性を有するアミノ酸配列によって表される改変CD3ζを含む。いくつかの実施形態では、CFRの細胞傷害性ドメインは、配列番号26に対して少なくとも約90%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、CFRの細胞傷害性ドメインは、配列番号26に対して少なくとも約95%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、CFRの細胞傷害性ドメインは、配列番号26のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、CFRは、細胞傷害性シグナル伝達ドメインに加えて共刺激ドメインを更に含む内部ドメインを含む。CFRでの使用に好適な共刺激ドメインは、CD2、CD27、CD28、CD40L、4-1BB、OX40、ICOS、PD-1、LAG-3、2B4、BTLA、DAP10、DAP12、CTLA-4、若しくはNKG2D、又はそれらの任意の組み合わせのポリペプチドの全長又は少なくとも一部分を含むが、これらに限定されない。CFRのいくつかの実施形態では、その共刺激ドメインは、CD28、4-1BB、CD27、CD40L、ICOS、CD2、若しくはそれらの組み合わせのポリペプチドの全長又は少なくとも一部分を含む。いくつかの実施形態では、CFRは、CD28の共刺激ドメインと、CD3ζ(「28ζ」とも称される)の細胞傷害性ドメインと、を含む内部ドメインを含む。いくつかの実施形態では、CFRの内部ドメインの-CD28-CD3ζ部分は、配列番号27に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%同一のアミノ酸配列によって表される。いくつかの実施形態では、CFRの内部ドメインの-CD28-CD3ζ部分は、配列番号27に対して少なくとも約90%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、CFRの内部ドメインの-CD28-CD3ζ部分は、配列番号27に対して少なくとも約95%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、CFRの内部ドメインの-CD28-CD3ζ部分は、配列番号27のアミノ酸配列を含む。
配列番号27
RSKRSRLLHSDYMNMTPRRPGPTRKHYQPYAPPRDFAAYRSRVKFSRSADAPAYQQGQNQ
LYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLFNELQKDKMAEAFSEIGMKGE
RRRGKGHDGLFQGLSTATKDTFDALHMQALPPR
(153アミノ酸のCD28共刺激+CD3ζITAM)
RSKRSRLLHSDYMNMTPRRPGPTRKHYQPYAPPRDFAAYRSRVKFSRSADAPAYQQGQNQ
LYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLFNELQKDKMAEAFSEIGMKGE
RRRGKGHDGLFQGLSTATKDTFDALHMQALPPR
(153アミノ酸のCD28共刺激+CD3ζITAM)
いくつかの実施形態において、CFRは、細胞傷害性シグナル伝達ドメイン及び/又は共刺激ドメインに加えて、持続性シグナル伝達ドメインを更に含む内部ドメインを含む。CFRでの使用に好適な持続性シグナル伝達ドメインとしては、IL2R、IL7R、IL15R、IL18R、IL12R、IL23R、又はそれらの組み合わせなどのサイトカイン受容体の内部ドメインの全部又は一部が挙げられるが、これらに限定されない。加えて、EGFRなどの受容体チロシンキナーゼ(RTK)の内部ドメインは、腫瘍細胞制御を提供するか、又はFASなどの腫瘍壊死因子受容体(tumor necrosis factor receptor、TNFR)は、制御された細胞死を提供する。
いくつかの例示的な設計では、CFRは、1つのCD3サブユニットの外部ドメインを含み、いくつかの他の設計では、CFRは、CD3δ又はCD3γ(それぞれ、配列番号28又は配列番号29)の外部ドメインと連結されたCD3εの外部ドメインを含む単鎖ヘテロ二量体外部ドメインを含む。単鎖ヘテロ二量体外部ドメインにおけるリンカーのタイプ及び長さは、様々であり得る。いくつかの実施形態では、外部ドメインは、配列番号28又は29に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、外部ドメインは、配列番号28又は29に対して少なくとも約90%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、外部ドメインは、配列番号28又は29に対して少なくとも約95%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、外部ドメインは、配列番号28のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、外部ドメインは、配列番号29のアミノ酸配列を含む。
本明細書に記載される様々な構築物中の細胞表面発現CFR(CD3ベースのCFRを含み、cs-CD3とも呼ばれる)は、選択された結合特異性を有する分子と結合するための細胞表面トリガー受容体として機能することができ、この分子には、抗体、エンゲージャ、及び/又はCAR(キメラ抗原受容体)が含まれる。本明細書に記載されるように、いくつかの実施形態では、C-X-C-モチーフケモカイン受容体又はそのバリアント、TGFβ-SRR、及び4-1BBに特異的なADRのうちの2つ以上をコードするポリヌクレオチドを含む固形腫瘍標的化骨格を含む細胞は、任意選択で、1つ以上のCFRをコードするポリヌクレオチドを含む。当該細胞は、ヒト細胞及び非ヒト細胞、多能性細胞若しくは非多能性細胞、免疫細胞若しくは免疫調節細胞、APC(antigen presenting cell、抗原提示細胞)若しくはフィーダー細胞、初代供給源(例えば、PMBC)由来の細胞、又は培養若しくは操作された細胞(例えば、細胞株、細胞、及び/又はiPSCから分化した派生細胞)由来の細胞を含む、任意のタイプの細胞であり得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるような固形腫瘍標的化骨格、並びに任意選択でCD38ノックアウト、外因性CD16又はそのバリアント、HLA-I及び/又はHLA-II欠損、及び1つ以上のCFRを含む細胞は、初代若しくは派生CD34細胞、造血幹前駆細胞、造血多能性前駆細胞、T細胞前駆体、NK細胞前駆体、T系統細胞、NKT系統細胞、NK系統細胞、又はB系統細胞を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の1つ以上の遺伝子モダリティをコードするポリヌクレオチドを含む派生細胞は、本明細書に記載の1つ以上の遺伝子モダリティをコードするポリヌクレオチドを含むiPSCを分化させることによって得られるエフェクター細胞である。
本出願において更に提供されるのは、他の遺伝子モダリティの中でもとりわけ、本明細書に記載されるような固形腫瘍標的化骨格及びCFRを含むが、これに限定されない、本明細書で提供されるような少なくとも1つの表現型を有する、ソーティングされた単一細胞及び増殖されたクローンの操作されたiPSCを含むマスター細胞バンクであり、この細胞バンクは、更なるiPSC操作のためのプラットフォームと、組成が明確かつ均一であり、費用効果の高い様式でかなりの規模で大量生産することができる、誘導NK細胞及びT細胞を含むがこれに限定されない、既製の操作された均質な細胞療法製品を製造するための再生可能な供給源と、を提供する。
9.キメラ抗原受容体(CAR)発現
遺伝子操作された免疫細胞、iPSC及びその派生エフェクター細胞に適用可能なものは、当該技術分野で知られている任意のCARの設計であり得る。CARは、概して、標的結合領域(例えば、抗原認識ドメイン)、膜貫通ドメイン、及び内部ドメインを含む外部ドメインを含む融合タンパク質である。いくつかの実施形態では、外部ドメインは、シグナルペプチド若しくはリーダー配列及び/又はスペーサーを更に含むことができる。いくつかの実施形態では、内部ドメインは、CARを発現するエフェクター細胞を活性化するシグナル伝達ペプチドを更に含むことができる。いくつかの実施形態では、内部ドメイン(又は細胞内ドメイン)のシグナル伝達ペプチドは、2B4、CD2、CD3ζ、CD3ζ1XX、CD8、CD28、CD28H、CD137(4-1BB)、CS1、DAP10、DAP12、DNAM1、FcERIγ、IL2Rγ、IL7R、IL21R、IL2Rβ(IL15Rβ)、IL21、IL7、IL12、IL15、IL21、KIR2DS2、NKp30、NKp44、NKp46、NKG2C、又はNKG2Dのポリペプチドの全長又は少なくとも一部分を含む。一実施形態では、CARのシグナル伝達ペプチドは、CD3ζの少なくとも1つのITAM(免疫受容体チロシンベースの活性化モチーフ)に対して、少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。例示的なN末端シグナルペプチドとしては、MALPVTALLLPLALLLHA(配列番号30、CD8asp)若しくはMDFQVQIFSFLLISASVIMSR(配列番号31、IgKsp)、又は当該技術分野で公知の任意のシグナルペプチド配列若しくはその機能的バリアントが挙げられる。
遺伝子操作された免疫細胞、iPSC及びその派生エフェクター細胞に適用可能なものは、当該技術分野で知られている任意のCARの設計であり得る。CARは、概して、標的結合領域(例えば、抗原認識ドメイン)、膜貫通ドメイン、及び内部ドメインを含む外部ドメインを含む融合タンパク質である。いくつかの実施形態では、外部ドメインは、シグナルペプチド若しくはリーダー配列及び/又はスペーサーを更に含むことができる。いくつかの実施形態では、内部ドメインは、CARを発現するエフェクター細胞を活性化するシグナル伝達ペプチドを更に含むことができる。いくつかの実施形態では、内部ドメイン(又は細胞内ドメイン)のシグナル伝達ペプチドは、2B4、CD2、CD3ζ、CD3ζ1XX、CD8、CD28、CD28H、CD137(4-1BB)、CS1、DAP10、DAP12、DNAM1、FcERIγ、IL2Rγ、IL7R、IL21R、IL2Rβ(IL15Rβ)、IL21、IL7、IL12、IL15、IL21、KIR2DS2、NKp30、NKp44、NKp46、NKG2C、又はNKG2Dのポリペプチドの全長又は少なくとも一部分を含む。一実施形態では、CARのシグナル伝達ペプチドは、CD3ζの少なくとも1つのITAM(免疫受容体チロシンベースの活性化モチーフ)に対して、少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。例示的なN末端シグナルペプチドとしては、MALPVTALLLPLALLLHA(配列番号30、CD8asp)若しくはMDFQVQIFSFLLISASVIMSR(配列番号31、IgKsp)、又は当該技術分野で公知の任意のシグナルペプチド配列若しくはその機能的バリアントが挙げられる。
いくつかの実施形態では、抗原認識ドメインは、抗原に特異的に結合することができる。いくつかの実施形態では、CARは、当該CARを発現するT細胞、NK細胞、又はNKT細胞を活性化するのに適している。いくつかの実施形態では、CARは、NK特異的シグナル伝達成分を含むNK細胞特異的である。いくつかの実施形態では、CARは、NKT特異的シグナル伝達成分を含むNKT細胞特異的である。特定の実施形態では、当該T細胞は、本明細書に記載されるような固形腫瘍標的化骨格を含むCAR発現iPSCから派生し、派生T細胞は、Tヘルパー細胞、細胞傷害性T細胞、メモリT細胞、制御性T細胞、ナチュラルキラーT細胞、αβT細胞、γδT細胞、又はそれらの組み合わせを含み得る。ある実施形態では、当該NK細胞は、本明細書に記載されるような固形腫瘍標的化骨格を含むCAR発現iPSCに由来する。ある実施形態では、当該NKT細胞は、本明細書に記載されるような固形腫瘍標的化骨格を含むCAR発現iPSCに由来する。
様々な実施形態では、抗原認識領域は、マウス抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、ラクダIgG、単一可変新規抗原受容体(VNAR)、サメ重鎖抗体(Ig-NAR)、キメラ抗体、組換え抗体、単一ドメイン抗体(dAb)、抗イディオタイプ抗体、二重特異性、多重特異性、若しくは多量体抗体、又はその断片であってもよい。抗イディオタイプ抗体は、別の抗体のイディオトープへの結合に特異的であり、イディオトープは、抗体の抗原決定基である。二重特異性抗体は、BiTE(二重特異性T細胞エンゲージャ)又はBiKE(二重特異性キラー細胞エンゲージャ)であってもよく、多重特異性抗体は、TriKE(三重特異性キラー細胞エンゲージャ)であってもよい。抗体断片の非限定的な例には、Fab、Fab’、F(ab’)2、F(ab’)3、Fv、Fabc、pFc、Fd、一本鎖抗原結合断片(scFv)、タンデムscFv(scFv)2、一本鎖Fab(scFab)、ジスルフィド安定化Fv(dsFv)、ミニボディ、ダイアボディ、トリアボディ、テトラボディ、単一ドメイン抗原結合断片(sdAb)、ラクダ重鎖IgG及びNanobody(登録商標)断片、組換え重鎖のみ抗体(VHH)、及び抗体全体の結合特異性を維持する他の抗体断片が含まれる。いくつかの実施形態では、CARの抗原結合ドメインは、抗体又はその断片の重鎖のCDR1、CDR2、及びCDR3(H-CDR)を含む。いくつかの実施形態では、抗体のH-CDRを含むCARの抗原結合ドメインは、抗体の軽鎖のCDR(L-CDR)を更に含む。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、疾患又は病原体と関連する抗原を特異的に結合する。いくつかの実施形態では、疾患関連抗原は腫瘍抗原であり、腫瘍は液体腫瘍又は固形腫瘍であってよい。CARのいくつかの実施形態では、CARは、急性及び慢性白血病(急性骨髄性白血病(acute myelogenous leukemia、AML)、急性リンパ性白血病(acute lymphoblastic leukemia、ALL)、慢性骨髄性白血病(chronic myelogenous leukemia、CML)、リンパ腫、非ホジキンリンパ腫(non-Hodgkin lymphoma、NHL)、ホジキン病、多発性骨髄腫、及び骨髄異形成症候群が含まれるが、これらに限定されない、血液悪性腫瘍の抗原を標的とする。
固形がん抗原を標的とするCARのいくつかの実施形態では、抗原は、肉腫及びがん腫に関連する。いくつかの実施形態では、CAR標的化に適した固形がんは、限定されないが、膀胱がん、骨がん、脳/CNSがん、乳がん、乳肺がん、子宮頸がん、結腸直腸がん、食道がん、胃(gastric)/胃(stomach)がん、頭頸部がん、腎臓がん、喉頭がん、肝臓がん、肺がん、転移性がん、卵巣がん、膵臓がん、前立腺がん、直腸がん、腎臓がん、唾液腺がん、皮膚がん、精巣腫瘍、甲状腺腫瘍、尿路上皮がん、及び子宮/子宮内膜がんを含む。より詳細には、いくつかの実施形態では、CARは、腺がん、基底細胞がん、胆管がん、膀胱がん、気管支原性がん、胆管がん、軟骨肉腫、絨毛がん、結腸がん、ユーイング腫瘍、線維肉腫、胆嚢がん、肝細胞がん、肝がん、平滑筋肉腫、脂肪肉腫、リンパ性悪性疾患、髄様がん、髄様甲状腺がん、メラノーマ、中皮腫、粘液肉腫、非小細胞肺がん、骨肉種、乳頭腺がん、乳頭がん、乳頭甲状腺がん、褐色細胞腫皮脂腺がん、腹膜がん、腎細胞がん、横紋筋肉腫、肉腫、精上皮腫、扁平上皮がん、汗腺がん、滑膜肉腫、滑膜腫、及びウィルムス腫瘍に関連する抗原を標的とする。いくつかの実施形態では、CARは、聴神経鞘腫、星状膠細胞腫、CNSリンパ種、上衣腫、血管芽腫、胚細胞腫、膠腫(脳幹膠腫及び混合膠腫を含む)、神経膠芽細胞腫(多形性神経膠芽細胞腫としても知られる)、髄芽細胞腫、髄膜種(menangioma)、神経芽細胞種、乏突起神経膠腫、松果体腫、網膜芽腫、神経鞘腫頭蓋咽頭腫、及び脳転移を含むが、これらに限定されないCNS腫瘍の抗原を標的とする。
CARによって標的化され得る抗原の非限定的な例としては、腫瘍胎児性抗原(h5T4)、8H9、9D7、ACPP、αアクチニン-4(actinin-4、ACTN4)、ADAM12、ADRB3、ADGRE2/EMR2、AFP、AKAP-4、ALK、ALPP、ALPPL2、アンドロゲン受容体、ASGR1(アシアロ糖タンパク質受容体1)、ASGR2(アシアロ糖タンパク質受容体2)、AXL、B7H3、B7H6、BAGE、β-カテニン、BCR、BCR-ABL、Bigh3、BING-4、BORIS、BRCA1/2、BST2、炭酸脱水酵素IX(CAIX/CA9)、CA125、C-Cモチーフケモカイン受容体1(CCR1)、CCR4、がん胎児性抗原(CEA/CECAM5)、カルシウム活性化塩素チャネル2(CLCA4)、炭水化物(Le)、CD3、CD4、CD5、CD7、CD8、CD10、CD19、CD20、CD22、CD24、CD30、CD33、CD34、CD37、CD38、CD41、CD44、CD44V6、CD44v7/8、CD47、CD49f、CD52、CD56、CD70、CD72、CD74、CD79a、CD79b、CD97、CD99、CD123、CD133、CD138、CD171、CD179a、CD207、CD269(BCMA)、CD300LF、CDCl27、CDH3(p-カドヘリン)、CDH6、カドヘリン19(CDH19)、CDK4、CFC1、CLCA1、CLDN6、CLDN18.2、CLEC12A、CLL-1、c-MET、CML66、サイトメガロウイルス(CMV)感染細胞の抗原(例えば、細胞表面抗原)、CR1L、CS-1、CSPG4、CXCR2、CXCR5、CXORF61、サイクリンB1(CCNB1)、CYP1B1、DLL3、EFNA4、EGFR(又はerbB-1)、EGFRvIII、EGF1R、上皮細胞接着分子/上皮糖タンパク質-2(EpCAM/EGP2)、上皮糖タンパク質-40(EGP40)、ELF2M、ENPP3、EphA2、EphA3、EphB2、ERBB2(又はHER2/neu)、ERBB3、ERBB4、ERG(TMPRSS2ETS融合遺伝子)、ETA、ETV6-AML、FAP、葉酸結合タンパク質(FBP)、FCAR、FCRL5、胎児のアセチルコリン受容体(AChR)、フィブロネクチン、FLT3、葉酸受容体-α(FR-α/FOLR1)、葉酸受容体ベータ(FR-β/FOLR2)、FOLR3、Fos関連抗原1(FOSL1)、FRcc、FZD10、GAGE、ガングリオシド(GM1、FucGM1、GM2、GM3、GD2、o-アセチル-GD2、GD3)、GloboH、GpA33、Gp75、Gp100、グリピカン-1(Glypican-1、GPC1)、グリピカン-2(Glypican-2、GPC2)、グリピカン-3(Glypican-3、GPC3)、GPNMB、GPR20、GPR27、GPR35、GPR119、GPRC5D、グアニル酸シクラーゼC(guanylate cyclase C、GC-C)、GUCY2C、HAVCR1、HERVエンベロープタンパク質、HLA-A1、HM1.24、HMWMAA、HPV E6、HPV E7、ヒトテロメラーゼ逆転写酵素(hTERT)、IGFr/IGF1R、IGLL1(CD179b)、IL11Rα、インターロイキン13受容体サブユニットα-2(IL13Rα2)、IL13Rcc2、未熟ラミニン受容体(Immature laminin receptor、iLRP)、インテグリンαVβ3、インテグリンα5β、インテグリンB7、細胞間接着分子1(intercellular adhesion molecule 1、ICAM1)、腸管カルボキシルエステラーゼ(intestinal carboxyl esterase、iCE)、κ軽鎖、キナーゼ挿入ドメイン受容体(KDR)、KIT、KISS1R、LAIR1、LAGE-1a、LAMP-1、LCK、レグマイン、ルイスA(CA19.9)、ルイスY(LeY)、L1細胞接着分子(L1-CAM)、LILRA2、LILRB2、LIV-1、LMP2、LRRC15、LY6K、LY75、LYPD3、MAD-CT-1、MAD-CT-2、黒色腫抗原ファミリーA1(MAGE-A1)、MC1R、MelanA/MART1、MART2、黒色腫関連コンドロイチン硫酸プロテオグリカン(melanoma-associated chondroitin sulfate proteoglycan、MCSP)、c-Met、MICA/B、メソセリン(MSLN)、ML-IAP、MR1、多剤耐性-関連タンパク質3(multidrug resistance-associated protein 3、MRP3)、MS4A12、ムチン1(MUC1、tMUC1)、MUC2、MUC5A、MUC12、MUC16、MUC17、MUC21、Mud、MUM1、MUM2、MUM3、mut hsp70-2、MYCN、NA17、NA88-1、NCAM、ネクチン4、NKCSI、NKG2Dリガンド、NPM、NY-BR-1、がん-精巣抗原NY-ESO-1、OA1、OGT、OR51E2、OY-TES1、p53、p53変異体、PANX3、PAP、PAX3、PAX5、PCTA-1/ガレクチン8、PDGFR-ベータ、PDL1、ペリオスチン、PLAC1、PRAME、PRLR、プロスターゼ(KLK2、KLK4)、プロステイン(P501S)、PRSS21、ポリシアル酸(Polysialic acid、PSA)、前立腺幹細胞抗原(PSCA)、PSC1、PRAME前立腺特異的膜抗原(PSMA/FOLH1)、PTK7、QRFPR、RAGE-1、RANKL、Ras、Ras変異体、RCC、RhoC、ロンキナーゼ、ROR1、RU1、RU2、SAGE、SAP1、肉腫転座ブレークポイント、SART3、SIGLEC-15、シアロエピトープCA6、SLC6A3、SLC12A3、SLC13A5、SLC22A1、SLC22A7、SLC30A4、SLC30A8、SLC34A2、SLC45A3、sLe、SLITRK6、SPARC、精子タンパク質17(Sperm protein 17、SP17)、SSEA-4、SSTR1、SSX2、STRAP、sTN、Survivin、腫瘍関連糖タンパク質72(TAG72)、TARP、TEM1/CD248、TEM7R、TEM、テロメラーゼ、TGF-B受容体、TGS5、Tie2、組織因子(Tissue Factor、TF)、TIM-3、TMEFF2(TENB2)、TMEM238、TMPRSS11B、TMPRSS11E、Tn Ag、TNC、TP-3、TRAILR1、TRAILR2、TRBC1、TRBC2、TRF2、TRG、TROP2、TRP1、TRP2、TSHR、TSTA、チロシナーゼ、UGT1A1、UPK1B、UPK2、VEGF、VEGFR、血管内皮成長因子R2(VEGF-R2)、VTCN1(B7H4)、ウィルムス腫瘍タンパク質(WT1)、XAGE1、及び当技術分野で知られている様々な病原体抗原が挙げられる。病原体の非限定的な例には、疾患を引き起こす可能性のある、ウイルス、細菌、真菌、寄生虫、及び原生動物が含まれる。
CARによって標的化され得る固形腫瘍抗原の非限定的な例としては、h5T4、8H9、9D7、ACPP、ACTN4、ADAM12、ADRB3、AFP、AKAP-4、ALK、ALPP、ALPPL2、アンドロゲン受容体、ASGR1、ASGR2、AXL、B7H3、B7H6、BAGE、β-カテニン、BCMA(CD269)、BCR、BCR-ABL、Bigh3、BING-4、BORIS、BRCA1/2、BST2、CAIX/CA9、CA19.9、CA125、CCR1、CCR4、炭水化物(Le)、CCNB1、CD3、CD4、CD10、CD19、CD20、CD22、CD24、CD30、CD33、CD37、CD38、CD44、CD44v6、CD44v7/8、CD47、CD49f、CD56、CD70、CD72、CD74、CD79a、CD79b、CD97、CD99、CD123、CD133、CD138、CD171、CD179a、CD207、CD300LF、CDCl27、CDH3、CDH6、CDH19、CDK4、CEA/CECAM5、CFC1、CLCA1、CLCA4、CLDN6、CLDN18.2、CLEC12A、CLL-1、c-MET、CML66、CR1L、CS-1、CSPG4、CXCR2、CXCR5、CXORF61、CYP1B1、DLL3、EFNA4、EGFR、EGFRvIII、EGP2/EpCAM、EGP40、ELF2M、EMR2、ENPP3、EphA2、EphA3、EphB2、ERBB2(HER2/neu)、ERBB3、ERBB4、ペリオスチン、ERG(TMPRSS2 ETS融合遺伝子)、ETA、ETV6-AML、FAP、FBP、FCAR、FCRL5、胎児AchR、フィブロネクチン、FLT3、FR-α/FOLR1、FR-β/FOLR2、FOLR3、FOSL1、FRcc、FZD10、GAGE、ガングリオシドGM1、FucGM1、GM2、GM3、GD2、o-アセチル-GD2、GD3)、GloboH、GpA33、Gp75、Gp100、GPC1、GPC2、GPC3、GPNMB、GPR20、GPR27、GPR35、GPR119、GPRC5D、GC-C、GUCY2C、HAVCR1、HER2、HERVエンベロープタンパク質、HLA-A1、HM1.24、HMWMAA、HPV E6、HPV E7、hTERT、iCE、ICAM1、IGFr/IGF1R、IGLL1 CD179b)、IL-11Rα、IL13-Rα2、IL-13Rcc2、iLRP、インテグリンαVβ3、インテグリンα5β、KDR、KIT、KISS1R、KLK2、KLK4、LAIR1、LAGE-1a、LAMP-1、LCK、レグマイン、LeY、L1-CAM、LILRA2、LIV-1、LILRB2、LMP2、LRRC15、LY6K、LY75、LYPD3、MAD-CT-1、MAD-CT-2、MAGE-A1、MC1R、メランA/MART1、MART2、MCSP、MICA/B、ML-IAP、MR1、MRP3、MS4A12、MSLN、MUC1、tMUC1、MUC2、MUC5A、MUC12、MUC16、MUC17、MUC21、Mud、MUM1、MUM2、MUM3、mut hsp70-2、MYCN、NA17、NA88-1、NCAM、ネクチン4、NKG2Dリガンド、NPM、NY-BR-1、NY-ESO-1、OA1、OGT、OR51E2、OY-TES1、p53、p53変異体、PANX3、PAP、PAX3、PAX5、PCTA-1/ガレクチン8、PDGFR-β、PDL1、PLAC1、PRAME、PRLR、P501S、PRSS21、PSA、PSCA、PSC1、PSMA/FOLH1、PTK7、QRFPR、RAGE-1、RANKL、Ras、Ras変異体、RCC、RhoC、ロンキナーゼ、ROR1、RU1、RU2、SAGE、SAP1、肉腫転座ブレークポイント、SART3、SIGLEC-15、シアロエピトープCA6、SLC6A3、SLC12A3、SLC13A5、SLC22A1、SLC22A7、SLC30A4、SLC30A8、SLC34A2、SLC45A3、sLe、SLITRK6、SPARC、SP17、SSEA-4、SSTR1、SSX2、STEAP、sTN、Survivin、TAG72、TARP、TEM1/CD248、TEM7R、TEM、テロメラーゼ、TGF-B受容体、TGS5、Tie2、組織因子TF)、TIM-3、TMEFF2 TENB2)、TMEM238、TMPRSS11B、TMPRSS11E、Tn Ag、TNC、TP-3、TRAILR1、TRAILR2、TRF2、TRG、TROP2、TRP1、TRP2、TSHR、TSTA、チロシナーゼ、UGT1A1、UPK1B、UPK2、VEGF、VEGFR、VEGFR-II、VTCN1(B7H4)、WT1、及びXAGE1が挙げられる。
対応する腫瘍抗原を有する固形がんの非限定的な例を表1Bに提供する。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、本出願において例示されるものを含む、腫瘍抗原に特異的な抗体の結合ドメインの重鎖のCDR(H-CDR)、重鎖及び軽鎖の両方のCDR(H-及びL-CDR)、重鎖の可変領域(VH)、又は重鎖及び軽鎖の両方の可変領域(VH及びVL)の単鎖を含む。いくつかの実施形態では、CARは、トラスツズマブ、セツキシマブ、パニツムマブ、オファツムマブ、ベリムマブ、イピリムマブ、ペルツズマブ、トレメリムマブ、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、アテゾリズマブ、MDX-1105、ダセツズマブ、ウレルマブ、MPDL3280A、ランブロリズマブ、ブリナツモマブ、ニモツズマブ、ザルツムマブ、オナルツズマブ、パトリツマブ、クリバツズマブ、ソフィツズマブ、エドレコロマブ、アデカツムマブ、アネツマブ、huDS6、リファスツズマブ、サシツズマブ、PR1A3、ヒト化PR1A3、ヒト化Ab2-3、クローディキシマブ(claudiximab)、AMG595、ABT806、シブロツズマブ、DS-8895aバリアント1、DS-8895aバリアント2、MEDI-547、ナルナツマブ、RG7841、ファルレツズマブ、ミルベツキシマブ、J591バリアント1、J591バリアント2、ロバルピツズマブ、PF-06647020、ラディラツズマブ、シルムツズマブ、ラディラツズマブ、huLiv1-14、Liv1-1.7A4、huLiv1-22、4H11、4H5、グレムバツムマブ、オポルツズマブ、エンホルツマブ、デパツキシズマブ、又はコドリツズマブを含む抗体の結合ドメインに基づいて設計される。
したがって、いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、膀胱がん上に存在する抗原に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、膀胱がん関連抗原を標的とするCARは、HER2、MICA/B、CD207、EFNA4、LY6K、LYPD3、ネクチン4、PTK7、SLITRK6、TIM-3、TNC、UPK1B又はUPK2に特異的に結合する。いくつかの実施形態は、当該CARの抗原認識ドメインは、エンホルツマブ、トラスツズマブ、ペルツズマブ、又はSLITRK6を含む抗体のH-CDR、H-及びL-CDR、VH、又はVH及びVLの単鎖を含む。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、骨がん上に存在する抗原に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、骨がん関連抗原を標的とするCARは、MICA/B、ADAM12、CCR1、CD99、CD248、EPHA2、GPNMB、LRRC15、又はTP-3に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、当該CARの抗原認識ドメインは、huM25、DS-8895aバリアント1、DS-8895aバリアント2、又はグレムバツマブを含む抗体のH-CDR、H-及びL-CDR、VH、又はVH及びVLの単鎖を含む。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、脳がん上に存在する抗原に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、脳がん関連抗原を標的とするCARは、MICA/B、CD133、DLL3、EGFRvIII、又はTNCに特異的に結合する。いくつかの実施形態は、当該CARの抗原認識ドメインは、AMG595、ABT806、ロバルピツズマブ又はデパツキシズマブを含む抗体のH-CDR、H-及びL-CDR、VH、又はVH及びVLの単鎖を含む。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、乳がん細胞上に存在する抗原に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、CARは、HER2、MICA/B、ADAM12、ADGRE2/EMR2、CCR4、CD49f、CD133、CDH3(p-カドヘリン)、CLDN6、c-MET、CXCR2、EFNA4、EGFR、EPCAM/EGP2、EPHA2、GPNMB、ICAM1、LAMP-1、LIV-1、LILRB2、LRRC15、LYPD3、MUC1、tMUC1、PRLR、PTK7、シアロ-エピトープCA6、TNC、又はTROP2に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、当該CARの抗原認識ドメインは、トラスツズマブ、ペルツズマブ、サシツズマブ、ラディラツズマブ、huLiv1-14、Liv1-1.7A4、huLiv1-22、huDS6、グレムバツムマブ、PF-0664720、MEDI-547、DS-8895aバリアント1、又はDS-08895aバリアント2を含む抗体のH-CDR、H-及びL-CDR、VH、又はVH及びVLの単鎖を含む。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、乳肺がん細胞上に存在する抗原に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、乳肺がん関連抗原を標的とするCARは、HER2、MICA/B、ADGRE2/EMR2、EPCAM/EGP2、又はROR1に特異的に結合する。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、子宮頸部/子宮/子宮内膜がん上に存在する抗原に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、子宮頸部/子宮/子宮内膜がん関連抗原を標的とするCARは、MICA/B、EFNA4、LY6K、MUC1、MUC16、LYPD3、PTK7、SLC12A3、又はSSTR1に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、当該CARの抗原認識ドメインは、PF-0664720、アネツムマブ、4H11、4H5、huDS6又はソフィツズマブを含む抗体のH-CDR、H-及びL-CDR、VH、又はVH及びVLの単鎖を含む。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、胆管がん細胞上に存在する抗原に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、胆管がん関連抗原を標的とするCARは、MICA/B又はtMUC1に特異的に結合する。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、結腸直腸がん上に存在する抗原に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、結腸直腸がん関連抗原を標的とするCARは、HER2、MICA/B、ADAM12、CA19.9、CD3、CD49f、CD133、CEA/CECAM5、CLCA1、c-MET、EFNA4、EPHB2、GPA33、GPR35、GUCY2C、ICAM1、LGR5/GPR49、LRRC15、MS4A12、MUC12、MUC17、TIM-3、又はTMEM238に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、当該CARの抗原認識ドメインは、huM25、PR1A3、ヒト化PR1A3、パンツムマブ、セツキシマブ、ニモツズマブ、又はザルツムマブを含む抗体のH-CDR、H-及びL-CDR、VH、又はVH及びVLの単鎖を含む。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、食道がん細胞上に存在する抗原に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、食道がん関連抗原を標的とするCARは、HER2、MICA/B、CA19.9、CD10、CEA/CECAM5、EFNA4、EPHB2、MUC21、TMEM238、TMPRSS11B又はTMPRSS11Eに特異的に結合する。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、胆嚢がん細胞上に存在する抗原に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、胆嚢がん関連抗原を標的とするCARは、EPCAM/EGP2に特異的に結合する。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、胃/胃がん上に存在する抗原に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、胃/胃がん関連抗原を標的とするCARは、HER2、MICA/B、CEA/CECAM5、CLDN18.2、c-MET、CR1L、EFNA4、EPHB2、LGR5/GPR49、MUC17、PSCA、TIM-3、又はTMEM238に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、当該CARの抗原認識ドメインは、ソフィツズマブ、アネツマブ、ペルツズマブ、トラスツズマブ、又はヒト化PR1A3を含む抗体のH-CDR、H-及びL-CDR、VH、又はVH及びVLの単鎖を含む。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、膠腫がん細胞上に存在する抗原に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、膠腫がん関連抗原を標的とするCARは、MICA/B、ADGRE2/EMR2、CD49f、CD133、EGFR、EGFRvIII、EPHA2、HM1.24、又はIL13-Rα2に特異的に結合する。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、頭頸部がん上に存在する抗原に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、頭頸部がん関連抗原を標的とするCARは、HER2、MICA/B、ADAM12、CD3、c-MET、EFNA4、LRRC15、LY6K、LYPD3、PTK7、又はTNCに特異的に結合する。いくつかの実施形態では、当該CARの抗原結合性ドメインは、セツキシマブ、パニツムマブ、ニムツズマブ、PF-0664720、パンツムマブ、セツキシマブ、ニモツズマブ、又はザルツムマブを含む抗体のH-CDR、H-及びL-CDR、VH、又はVH及びVLの単鎖を含む。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、腎臓がん上に存在する抗原に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、腎臓がん関連抗原を標的とするCARは、MICA/B、CD70、CDH6、c-MET、ENPP3、又はHAVCR1に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、当該CARの抗原認識ドメインは、AGS-16M8F、AGS-16C3、CDX-014、又はオナルツズマブのH-CDR、H-及びL-CDR、VH、又はVH及びVLの単鎖を含む。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、肝臓がん上に存在する抗原に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、肝臓がん関連抗原を標的とするCARは、MICA/B、ASGR1、ASGR2、C9(CAIX)、CA19.9、CEA/CECAM5、CCR1、CD3、CD133、EPCAM/EGP2、GPC3、ICAM1、LGR5/GPR49、SLC13A5、SLC22A1、SLC22A7、TIM-3、TRF2、又はUGT1A1に特異的に結合する。いくつかの形態では、当該CARの抗原認識ドメインは、コドリツズマブ、オポルツズマブ、又はヒト化PR1A3を含む抗体のH-CDR、H-及びL-CDR、VH、又はVH及びVLの単鎖を含む。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、肺がん上に存在する抗原に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、肺がん関連抗原を標的とするCARは、HER2、MICA/B、ADAM12、ADGRE2/EMR2、CCR1、CCR4、CD56、CD133、CEA/CECAM5、CXCR2、DLL3、EFNA4、EGFR、EGFRvIII、FOLR1、GPC3、HM1.24、ICAM1、LILRB2、LRRC15、LY6K、LYPD3、MSLN、MUC1、MUC16、PDL1、PTK7、SLC34A2、又はTIM-3に特異的に結合する。いくつかのそのような実施形態では、当該CARの抗原認識ドメインは、パニツムマブ、セツキシマブ、ペムブロリズマブ、ニボルマブ、アテゾリズマブ、及びニモツズマブ、リファツズマブ、アネツマブ、PF-0664720、ファルレツズマブ、ロバルピツズマブ、リファツズマブ、ソフィツズマブ、huDS6、ABT806、AMG595、又はhuM25を含む抗体のH-CDR、H-及びL-CDR、VH、又はVH及びVLの単鎖を含む。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、中皮腫細胞上に存在する抗原に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、中皮腫関連抗原を標的とするCARは、MICA/B、FAP、又はMSLNに特異的に結合する。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、転移性がん細胞上に存在する抗原に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、転移性がん細胞関連抗原を標的とするCARは、MICA/B、MSLN、又はVEGFR-IIに特異的に結合する。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、神経芽細胞腫細胞上に存在する抗原に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、神経芽細胞腫関連抗原を標的とするCARは、MICA/B又はGD2に特異的に結合する。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、非小細胞肺がん(NSCLC)細胞上に存在する抗原に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、非小細胞肺がん関連抗原を標的とするCARは、MICA/B、c-MET、又はEGFRに特異的に結合する。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、卵巣がん上に存在する抗原に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、卵巣がん関連抗原を標的とするCARは、HER2、MICA/B、CCR1、CD3、CD133、CLDN6、c-MET、EFNA4、EPCAM/EGP2、FAP、FOLR1、FOLR3、FR-α、FZD10、GPR27、GPR119、LRRC15、MSLN、MUC1、MUC16、PTK7、SLC34A2、sTnTMEM238、又はVTCN1に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、当該CARの抗原認識ドメインは、ソフィツズマブ、4H11、4H5、huDS6、ファルレツズマブ、アネツマブ、トラスツズマブ、ペルツズマブ、PF-0664720、シブロツズマブ、huM25、又はリファツズマブを含む抗体のH-CDR、H-及びL-CDR、VH、又はVH及びVLの単鎖を含む。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、膵臓がん上に存在する抗原に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、膵臓がん関連抗原を標的とするCARは、MICA/B、ADAM12、CA19.9、CFC1、EFNA4、EPCAM/EGP2、ICAM1、LILRB2、LRRC15、MSLN、MUC1、tMUC1、MUC5A、MUC16、MUC17、PSCA、PTK7又はSLC30A8に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、当該CARの抗原認識ドメインは、PF-0664720、クリバツズマブ、4H11、4H5、アネツムマブ、huDS6、ソフィツズマブ、huM25、又はRG7841を含む抗体のH-CDR、H-及びL-CDR、VH、又はVH及びVLの単鎖を含む。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、腹膜がん細胞上に存在する抗原に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、腹膜がん関連抗原を標的とするCARは、FOLR3に特異的に結合する。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、前立腺がん上に存在する抗原に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、前立腺がん関連抗原を標的とするCARは、MICA/B、ACPP、CD10、CD49f、CD133、EFNA4、OR51E2、PSCA、PSMA/FOLH1、PTK7、SLC30A4、SLC45A3、STEAP、TIM-3又はTMEFF2/TENB2に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、当該CARの抗原認識ドメインは、ミルベツキシマブ又はJ591バリアント1若しくは2を含む抗体のH-CDR、H-及びL-CDR、VH、又はVH及びVLの単鎖を含む。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、腎臓がん細胞上に存在する抗原に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、腎臓がん関連抗原を標的とするCARは、MICA/B、CD3、CD70、ICAM1、KISS1R、LILRB2、QRFPR、SLC6A3、又はTIM-3に特異的に結合する。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、肉腫上に存在する抗原に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、肉腫関連抗原を標的とするCARは、MICA/B又はLRRC15に特異的に結合する。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、唾液腺がん細胞上に存在する抗原に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、唾液腺がん関連抗原を標的とするCARは、HER2又はMICA/Bに特異的に結合する。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、皮膚がん上に存在する抗原に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、皮膚がん関連抗原を標的とするCARは、CCR4、CD3、CD10、又はICAM1に特異的に結合する。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、滑膜肉腫上に存在する抗原に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、滑膜肉腫関連抗原を標的とするCARは、CD99に特異的に結合する。
いくつかの実施形態では、抗体は、甲状腺がん/腫瘍細胞上に存在する抗原に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、甲状腺がん/腫瘍関連抗原を標的とするCARは、MICA/B、CD10、c-MET、PTK7、又はTSHRに特異的に結合する。
いくつかの実施形態では、抗体は、尿路上皮がん細胞上に存在する抗原に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、尿路上皮がん関連抗原を標的とするCARは、MICA/B、CLDN6、EPCAM/EGP2、SIGLEC-15、TIM-3、又はUPK2に特異的に結合する。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、子宮/子宮内膜がん細胞上に存在する抗原に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、子宮/子宮内膜がん関連抗原を標的とするCARは、HER2、MICA/B、ALPP、ALPPL2、CCR1、CLDN6、EFNA4、EPHB2、FOLR1、LILRB2、LY6K、LYPD3、MUC1、MUC16、又はPTK7に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、当該CARの抗原認識ドメインは、PF-0664720、ファルレツズマブ、ソフィツズマブ、4H11、又は4H5を含む抗体のH-CDR、H-及びL-CDR、VH、又はVH及びVLの単鎖を含む。
様々な実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、3つ以上のがんタイプに関連することが知られている腫瘍抗原(「汎腫瘍抗原」と呼ばれることもある)に特異的に結合する。このような汎腫瘍抗原の非限定的なセットは、少なくとも、表2に例示されるようなADAM12、ADGRE2/EMR2、CA19.9、CCR1、CCR4、CD3、CD10、CD49f、CD133、CEA/CECAM5、CLDN6、c-MET、EFNA4、EGFR、EGFRvIII、EPHA2、EPHB2、FOLR1、HER2、ICAM1、LILRB2、LRRC15、LY6K、LYPD3、MICA/B、MSLN、MUC1、tMUC1、MUC16、MUC17、PSCA、PTK7、TIM-3、TMEM238、及びTNCを含む。
したがって、いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、腫瘍関連ADAM12に特異的に結合し、当該CAR及び開示する固形腫瘍標的化骨格を含むエフェクター細胞は、少なくとも骨がん、乳がん、結腸直腸がん、頭頸部がん、肺がん又は膵臓がんを含む1つ以上のがんを治療するのに有用である。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、腫瘍関連ADGRE2/EMR2に特異的に結合し、当該CAR及び開示されている固形腫瘍標的化骨格を含むエフェクター細胞は、少なくとも乳がん、乳肺がん、膠腫、又は肺がんを含む1つ以上のがんを治療するのに有用である。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、腫瘍関連CA19.9に特異的に結合し、当該CAR及び開示する固形腫瘍標的化骨格を含むエフェクター細胞は、少なくとも結腸直腸がん、食道がん、肝臓がん、又は膵臓がんを含む1つ以上のがんを治療するのに有用である。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、腫瘍関連CCR1に特異的に結合し、当該CAR及び開示する固形腫瘍標的化骨格を含むエフェクター細胞は、少なくとも骨がん、肝臓がん、肺がん、卵巣がん、又は子宮/子宮内膜がんを含む1つ以上のがんを治療するのに有用である。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、腫瘍関連CCR4に特異的に結合し、当該CAR及び開示する固形腫瘍標的化骨格を含むエフェクター細胞は、少なくとも乳がん、肺がん、又は皮膚がんを含む1つ以上のがんを治療するのに有用である。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、腫瘍関連CD3に特異的に結合し、当該CAR及び開示する固形腫瘍標的化骨格を含むエフェクター細胞は、少なくとも結腸直腸がん、頭頸部がん、肝臓がん、卵巣がん、腎臓がん、又は皮膚がんを含む1つ以上のがんを治療するのに有用である。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、腫瘍関連CD10に特異的に結合し、当該CAR及び開示する固形腫瘍標的化骨格を含むエフェクター細胞は、少なくとも食道がん、前立腺がん、皮膚がん、又は甲状腺腫瘍を含む1つ以上のがんを治療するのに有用である。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、腫瘍関連CD49fに特異的に結合し、当該CAR及び開示する固形腫瘍標的化骨格を含むエフェクター細胞は、少なくとも乳がん、結腸直腸がん、膠腫、又は前立腺がんを含む1つ以上のがんを治療するのに有用である。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、腫瘍関連CD133に特異的に結合し、当該CAR及び開示する固形腫瘍標的化骨格を含むエフェクター細胞は、少なくとも脳がん、乳がん、結腸直腸がん、膠腫、肝臓がん、肺がん、卵巣がん、又は前立腺がんを含む1つ以上のがんを治療するのに有用である。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、腫瘍関連CEA/CECAM5に特異的に結合し、当該CAR及び開示する固形腫瘍標的化骨格を含むエフェクター細胞は、少なくとも結腸直腸がん、食道がん、胃/胃がん、肝臓がん、又は肺がんを含む1つ以上のがんを治療するのに有用である。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、腫瘍関連CLDN6に特異的に結合し、当該CAR及び開示されている固形腫瘍標的化骨格を含むエフェクター細胞は、少なくとも乳がん、卵巣がん、尿路上皮がん、又は子宮/子宮内膜がんを含む1つ以上のがんを治療するのに有用である。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、腫瘍関連c-METに特異的に結合し、当該CAR及び開示する固形腫瘍標的化骨格を含むエフェクター細胞は、少なくとも乳がん、結腸直腸がん、胃/胃がん、頭頸部がん、腎臓がん、非小細胞肺がん、卵巣がん、又は甲状腺腫瘍を含む1つ以上のがんを治療するのに有用である。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、腫瘍関連EFNA4に特異的に結合し、当該CAR及び開示する固形腫瘍標的化骨格を含むエフェクター細胞は、少なくとも膀胱がん、乳がん、子宮頸がん、結腸直腸がん、食道がん、胃/胃がん、頭頸部がん、肺がん、卵巣がん、膵臓がん、前立腺がん、又は子宮/子宮内膜がんを含む1つ以上のがんを治療するのに有用である。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、腫瘍関連EGFRに特異的に結合し、当該CAR及び開示する固形腫瘍標的化骨格を含むエフェクター細胞は、少なくとも乳がん、膠腫、肺がん、非小細胞肺がん、又は神経芽細胞腫を含む1つ以上のがんを治療するのに有用である。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、腫瘍関連EGFRvIIIに特異的に結合し、当該CAR及び開示されている固形腫瘍標的化骨格を含むエフェクター細胞は、少なくとも脳がん、膠腫、又は肺がんを含む1つ以上のがんを治療するのに有用である。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、腫瘍関連EPCAM/EGP2に特異的に結合し、当該CAR及び開示する固形腫瘍標的化骨格を含むエフェクター細胞は、少なくとも乳がん、乳肺がん、胆嚢がん、肝臓がん、卵巣がん、又は尿路上皮がんを含む1つ以上のがんを治療するのに有用である。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、腫瘍関連EPHA2に特異的に結合し、当該CAR及び開示する固形腫瘍標的化骨格を含むエフェクター細胞は、少なくとも骨がん、乳がん、又は膠腫を含む1つ以上のがんを治療するのに有用である。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、腫瘍関連EPHB2に特異的に結合し、当該CAR及び開示される固形腫瘍標的化骨格を含むエフェクター細胞は、少なくとも結腸直腸がん、食道がん、胃/胃がん、又は子宮/子宮内膜がんを含む1つ以上のがんを治療するのに有用である。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、腫瘍関連FOLR1に特異的に結合し、当該CAR及び開示されている固形腫瘍標的化骨格を含むエフェクター細胞は、少なくとも肺がん、卵巣がん、又は子宮/子宮内膜がんを含む1つ以上のがんを治療するのに有用である。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、腫瘍関連HER2に特異的に結合し、当該CAR及び開示するような固形腫瘍標的化骨格を含むエフェクター細胞は、少なくとも膀胱がん、乳がん、胸部肺がん、結腸直腸がん、食道がん、胃/胃がん、頭頸部がん、肺がん、卵巣がん、又は唾液腺がんを含む1つ以上のがんを治療するのに有用である。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、腫瘍関連ICAM1に特異的に結合し、当該CAR及び開示する固形腫瘍標的化骨格を含むエフェクター細胞は、少なくとも乳がん、結腸直腸がん、肝臓がん、肺がん、膵臓がん、腎臓がん、又は皮膚がんを含む1つ以上のがんを治療するのに有用である。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、腫瘍関連LILRB2に特異的に結合し、当該CAR及び開示する固形腫瘍標的化骨格を含むエフェクター細胞は、少なくとも乳がん、肺がん、膵臓がん、腎臓がん、又は子宮/子宮内膜がんを含む1つ以上のがんを治療するのに有用である。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、腫瘍関連LRRC15に特異的に結合し、当該CAR及び開示する固形腫瘍標的化骨格を含むエフェクター細胞は、少なくとも骨がん、乳がん、結腸直腸がん、頭頸部がん、肺がん、卵巣がん、膵臓がん、又は腎臓がんを含む1つ以上のがんを治療するのに有用である。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、腫瘍関連LY6Kに特異的に結合し、当該CAR及び開示する固形腫瘍標的化骨格を含むエフェクター細胞は、少なくとも膀胱がん、子宮頸がん、頭頸部がん、肺がん、又は子宮/子宮内膜がんを含む1つ以上のがんを治療するのに有用である。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、腫瘍関連LYPD3に特異的に結合し、当該CAR及び開示する固形腫瘍標的化骨格を含むエフェクター細胞は、少なくとも膀胱がん、乳がん、子宮頸がん、頭頸部がん、肺がん、又は子宮/子宮内膜がんを含む1つ以上のがんを治療するのに有用である。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、腫瘍関連MICA/Bに特異的に結合し、当該CAR及び開示される固形腫瘍標的化骨格を含むエフェクター細胞は、少なくとも膀胱がん、骨がん、脳がん、乳がん、乳肺がん、子宮頸がん、胆管がん、結腸直腸がん、食道がん、胃/胃がん、膠腫、頭頸部がん、腎臓がん、肝臓がん、肺がん、中皮腫、転移性がん、神経芽細胞種、非小細胞肺がん、卵巣がん、膵臓がん、前立腺がん、腎臓がん、肉腫、唾液腺がん、甲状腺がん、尿路上皮がん、又は子宮/子宮内膜がんを含む1つ以上のがんを治療するのに有用である。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、腫瘍関連MSLNに特異的に結合し、当該CAR及び開示する固形腫瘍標的化骨格を含むエフェクター細胞は、少なくとも肺がん、転移性がん、中皮腫、卵巣がん、又は膵臓がんを含む1つ以上のがんを治療するのに有用である。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、腫瘍関連MUC1に特異的に結合し、当該CAR及び開示する固形腫瘍標的化骨格を含むエフェクター細胞は、少なくとも乳がん、子宮頸がん、肺がん、卵巣がん、膵臓がん、又は子宮/子宮内膜がんを含む1つ以上のがんを治療するのに有用である。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、腫瘍関連tMUC1に特異的に結合し、当該CAR及び開示する固形腫瘍標的化骨格を含むエフェクター細胞は、少なくとも乳がん、胆管がん、又は膵臓がんを含む1つ以上のがんを治療するのに有用である。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、腫瘍関連MUC16に特異的に結合し、当該CAR及び開示する固形腫瘍標的化骨格を含むエフェクター細胞は、少なくとも子宮頸がん、肺がん、卵巣がん、膵臓がん、又は子宮/子宮内膜がんを含む1つ以上のがんを治療するのに有用である。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、腫瘍関連MUC17に特異的に結合し、当該CAR及び開示する固形腫瘍標的化骨格を含むエフェクター細胞は、少なくとも結腸直腸がん、胃/胃がん、又は膵臓がんを含む1つ以上のがんを治療するのに有用である。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、腫瘍関連PSCAに特異的に結合し、当該CAR及び開示する固形腫瘍標的化骨格を含むエフェクター細胞は、少なくとも胃/胃がん、膵臓がん、又は前立腺がんを含む1つ以上のがんを治療するのに有用である。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、腫瘍関連PTK7に特異的に結合し、当該CAR及び開示されるような固形腫瘍標的化骨格を含むエフェクター細胞は、少なくとも膀胱がん、乳がん、子宮頸がん、頭頸部がん、肺がん、卵巣がん、膵臓がん、前立腺がん、甲状腺腫瘍、又は子宮/子宮内膜がんを含む1つ以上のがんを治療するのに有用である。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、腫瘍関連TIM-3に特異的に結合し、当該CAR及び開示する固形腫瘍標的化骨格を含むエフェクター細胞は、少なくとも膀胱がん、結腸直腸がん、胃がん、肝臓がん、肺がん、前立腺がん、腎臓がん、又は尿路上皮がんを含む1つ以上のがんを治療するのに有用である。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、腫瘍関連TMEM238に特異的に結合し、当該CAR及び開示する固形腫瘍標的化骨格を含むエフェクター細胞は、少なくとも結腸直腸がん、食道がん、胃/胃がん、又は卵巣がんを含む1つ以上のがんを治療するのに有用である。
いくつかの実施形態では、CARの抗原認識ドメインは、腫瘍関連TNCに特異的に結合し、当該CAR及び開示する固形腫瘍標的化骨格を含むエフェクター細胞は、少なくとも膀胱がん、脳がん、乳がん、又は頭頸部がんを含む1つ以上のがんを治療するのに有用である。
様々な実施形態では、本明細書に記載される細胞に適用可能なCARは、少なくとも外部ドメイン、膜貫通ドメイン、及び内部ドメインを含む。いくつかの実施形態では、CARの内部ドメインは、抗原結合時に活性化される少なくとも1つのシグナル伝達ドメインを含む。CAR内部ドメインのいくつかの実施形態では、最適化された機能性のために、1つ以上の共刺激ドメイン(しばしば「追加のシグナル伝達ドメイン」と呼ばれる)が更に含まれる。CAR設計に適した例示的なシグナル伝達タンパク質としては、2B4、4-1BB、CD16、CD2、CD28、CD28H、CD3ζ/1XX(すなわち、CD3ζ又はCD3ζ1XX)、DAP10、DAP12、DNAM1、FcERIγ、IL21R、IL-2Rβ(IL-15Rβ)、IL-2Rγ、IL-7R、KIR2DS2、NKG2D、NKp30、NKp44、NKp46、CS1及びCD8が挙げられるが、これらに限定されない。例示的なシグナル伝達タンパク質(タンパク質の膜貫通配列及び細胞質配列を含む)の記載は、以下に提供され、そして更に表3Aに提供される。
本明細書で提供される細胞に適用可能なCARのいくつかの実施形態では、CARの内部ドメインは、それぞれ配列番号54~76によって表される、2B4、4-1BB、CD16、CD2、CD28、CD28H、CD3ζ、CD3ζ1XX、DAP10、DAP12、DNAM1、FcERIγ IL21R、IL-2Rβ(IL-15Rβ)、IL-2Rγ、IL-7R、KIR2DS2、NKG2D、NKp30、NKp44、NKp46、CS1、又はCD8の細胞質ドメイン又はその一部分に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%の同一性を有するアミノ酸配列を有する少なくとも第1のシグナル伝達ドメインを含む。いくつかの実施形態では、第1のシグナル伝達ドメインは、配列番号54~76のうちのいずれかに対して少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、第1のシグナル伝達ドメインは、配列番号54~76のうちのいずれかに対して少なくとも95%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、第1のシグナル伝達ドメインは、配列番号54~76のうちのいずれかのアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、CARのシグナル伝達ドメインは、2B4、4-1BB、CD16、CD2、CD28、CD28H、CD3ζ、CD3ζ1XX、DAP10、DAP12、DNAM1、FcERIγ IL21R、IL-2Rβ(IL-15Rβ)、IL-2Rγ、IL-7R、KIR2DS2、NKG2D、NKp30、NKp44、NKp46、CS1、若しくはCD8の細胞質ドメインの一部分のみを含む。いくつかの実施形態では、CARシグナル伝達ドメインのために選択される細胞質ドメインの部分は、ITAM(免疫受容体チロシン活性化モチーフ)、YxxMモチーフ、TxYxxV/Iモチーフ、FcRγ、ヘミ-ITAM、及び/又はITT様モチーフに対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。
提供されるCARのいくつかの実施形態では、第1のシグナル伝達ドメインを含むCARの内部ドメインは、それぞれ配列番号54~76によって表される、2B4、4-1BB、CD16、CD2、CD28、CD28H、CD3ζ、CD3ζ1XX、DAP10、DAP12、DNAM1、FcERIγ IL21R、IL-2Rβ(IL-15Rβ)、IL-2Rγ、IL-7R、KIR2DS2、NKG2D、NKp30、NKp44、NKp46、CS1、若しくはCD8の細胞質ドメイン又はその一部分に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%の同一性を有するアミノ酸配列を含む第2のシグナル伝達ドメインを更に含み、第2のシグナル伝達ドメインは第1のシグナル伝達ドメインと異なる。いくつかの実施形態では、第2のシグナル伝達ドメインは、配列番号54~76のうちのいずれかに対して少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、第2のシグナル伝達ドメインは、配列番号54~76のうちのいずれかに対して少なくとも95%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、第2のシグナル伝達ドメインは、配列番号54~76のうちのいずれかのアミノ酸配列を含む。
提供されるCARのいくつかの実施形態では、第1及び第2のシグナル伝達ドメインを含むCARの内部ドメインは、それぞれ配列番号54~76によって表される、2B4、4-1BB、CD16、CD2、CD28、CD28H、CD3ζ、CD3ζ1XX、DAP10、DAP12、DNAM1、FcERIγ IL21R、IL-2Rβ(IL-15Rβ)、IL-2Rγ、IL-7R、KIR2DS2、NKG2D、NKp30、NKp44、NKp46、CS1、若しくはCD8の細胞質ドメイン又はその一部分に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%の同一性を有するアミノ酸配列を含む第3のシグナル伝達ドメインを更に含み、第3のシグナル伝達ドメインは第1及び第2のシグナル伝達ドメインと異なる。いくつかの実施形態では、第3のシグナル伝達ドメインは、配列番号54~76のうちのいずれかに対して少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、第3のシグナル伝達ドメインは、配列番号54~76のうちのいずれかに対して少なくとも95%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、第3のシグナル伝達ドメインは、配列番号54~76のうちのいずれかのアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、CAR内部ドメインのシグナル伝達ドメインを設計するのに適したシグナル伝達タンパク質は、CD27、OX40、ICOS、PD-1、LAG-3、BTLA、又はCTLA-4を更に含む。
1つのシグナル伝達ドメインのみからなる内部ドメインを有するCARのいくつかの例示的な実施形態では、当該内部ドメインは、DNAM1、CD28H、KIR2DS2、DAP12又はDAP10を含むがこれらに限定されないタンパク質の細胞質ドメイン又はその一部分に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。
2つの異なるシグナル伝達ドメインから構成される内部ドメインを有するCARのいくつかの例示的な実施形態では、当該内部ドメインは、2B4-CD3ζ/1XX(すなわち、2B4-CD3ζ又は2B4-CD3ζ1XX、以下同様)、2B4-DNAM1、2B4-FcERIγ、2B4-DAP10、CD16-DNAM1、CD16-DAP10、CD16-DAP12、CD2-CD3ζ/1XX、CD2-DNAM1、CD2-FcERIγ、CD2-DAP10、CD28-DNAM1、CD28-FcERIγ、CD28-DAP10、CD28-DAP12、CD28-CD3ζ/1XX、CD28H-CD3ζ/1XX、DAP10-CD3ζ/1XX、DAP10-DAP12、DAP12-CD3ζ/1XX、DAP12-DAP10、DNAM1-CD3ζ/1XX、KIR2DS2-CD3ζ/1XX、KIR2DS2-DAP10、KIR2DS2-2B4、又はNKp46-2B4を含むが、これらに限定されない形態の融合細胞質ドメイン又はその一部分を含む。
3つの異なるシグナル伝達ドメインから構成される内部ドメインを有するCARのいくつかの例示的な実施形態では、当該内部ドメインは、2B4-DAP10-CD3ζ/1XX、2B4-IL21R-DAP10、2B4-IL2RB-DAP10、2B4-IL2RB-CD3ζ/1XX、2B4-41BB-DAP10、CD16-2B4-DAP10、又はKIR2DS2-2B4-CD3ζ/1XXを含むが、これらに限定されない形態の融合細胞質ドメイン又はその一部分を含む。
いくつかの実施形態では、CARの膜貫通ドメインは、CD2、CD3δ、CD3ε、CD3γ、CD3ζ、CD4、CD8、CD8a、CD8b、CD16、CD27、CD28、CD28H、CD40、CD84、CD166、4-1BB、OX40、ICOS、ICAM-1、CTLA4、PD1、LAG3、2B4、BTLA、DNAM1、DAP10、DAP12、FcERIγ、IL7、IL12、IL15、KIR2DL4、KIR2DS1、KIR2DS2、NKp30、NKp44、NKp46、NKG2C、NKG2D、CS1、若しくはT細胞受容体ポリペプチドの膜貫通領域の全長又は一部分に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、若しくは約99%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの他の実施形態では、CARの膜貫通ドメインは、(a)それぞれ配列番号32、34~42、47~53によって表される2B4、CD16、CD2、CD28、CD28H、CD3ζ、DAP10、DAP12、DNAM1、FcERIγ、KIR2DS2、NKG2D、NKp30、NKp44、NKp46、CS1、若しくはCD8、又は(b)2B4、CD28、CD28H、DAP10、DNAM1、KIR2DS2、及びNKG2D、の膜貫通領域の全長又はその一部分に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、膜貫通ドメインは、配列番号32、34~42、47~53のうちのいずれかに対して少なくとも約90%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、膜貫通ドメインは、配列番号32、34~42、47~53のうちのいずれかに対して少なくとも約95%同一のアミノ酸配列を含む。他の実施形態では、CARは、配列番号32、34~42、47~53のうちのいずれかによって表されるアミノ酸配列を含む。CARのいくつかの実施形態では、膜貫通ドメイン及びその直接連結されたシグナル伝達ドメインは、同じタンパク質に由来する。CARのいくつかの他の実施形態では、膜貫通ドメイン及び直接連結されるシグナル伝達ドメインは、異なるタンパク質に由来する。
膜貫通ドメイン(TM)及び内部ドメインを含むCAR構築物(TM-(内部ドメイン)と表示)の非限定的な例を表3Bに示す。一般に、図示されたCAR構築物はそれぞれ、膜貫通ドメインと、1つ以上のシグナル伝達タンパク質の細胞質領域に由来する1つ以上のシグナル伝達ドメインを含む内部ドメインと、を含む。概して、膜貫通ドメインは、生体膜(例えば、細胞又は細胞小胞の膜)のリン脂質二重層などの膜において熱力学的に安定である三次元タンパク質構造である。したがって、いくつかの実施形態では、本明細書で提供される細胞に適用可能なCARの膜貫通ドメインは、単一のアルファヘリックス、いくつかの膜貫通アルファヘリックスの安定な複合体、膜貫通ベータバレル、グラミシジンAのベータヘリックス、又はそれらの任意の組み合わせを含む。様々な実施形態では、CARの膜貫通ドメインは、膜内にある「膜貫通タンパク質」又は「膜タンパク質」の全て又は一部分を含む。本明細書で使用されるとき、「膜貫通タンパク質」又は「膜タンパク質」は、膜に及び/又は膜内に位置するタンパク質である。本発明のいくつかの実施形態によるCARに含まれる膜貫通ドメインを提供するのに好適な膜貫通タンパク質の例としては、受容体、リガンド、免疫グロブリン、グリコホリン、又はそれらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、CARに含まれる膜貫通ドメインは、2B4、4-1BB、BTLA、CD2、CD3δ、CD3ε、CD3γ、CD3ζ、CD4、CD8、CD8a、CD8b、CD16、CD27、CD28、CD28H、CD40、CD84、CD166、CS1、CTLA-4、DNAM1、DAP10、DAP12、FcERIγ、ICOS、ICAM-1、IL7、IL12、IL15、KIR2DL4、KIR2DS1、KIR2DS2、LAG3、PD1、NKp30、NKp44、NKp46、NKG2C、NKG2D、OX40、T細胞受容体ポリペプチド(例えば、TCRα及び/又はTCRβ)、ニコチン性アセチルコリン受容体、GABA受容体、又はそれらの任意の組み合わせの膜貫通ドメインの全部又は一部分を含む。
いくつかの実施形態では、CAR内部ドメインに含まれる1つ以上のシグナル伝達ドメインは、TMが由来する同じ又は異なるタンパク質に由来する。表3Bに示されるように、CARの膜貫通ドメインを表す部分に下線が引かれ、内部ドメインに含まれるドメインは括弧「()」内に示され、TM及びシグナル伝達ドメインの各々は、ドメイン配列が由来するシグナル伝達タンパク質の名称によって指定される。実施形態では、各TMドメイン又はシグナル伝達ドメインのアミノ酸配列は、指定されたシグナル伝達タンパク質の対応する膜貫通領域又は細胞質領域の全長又は一部分に対して約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%同一であってもよい。本明細書で提供される膜貫通ドメイン及び内部ドメインを含む例示的なCAR構築物としては、限定されないが、NKG2D-(2B4-IL2RB-CD3ζ)、CD8-(41BB-CD3ζ1XX)、CD28-(CD28-2B4-CD3ζ)、CD28-(CD28-CD3ζ1XX)、CD28H-(CD28H-CD3ζ)、DNAM1-(DNAM1-CD3ζ)、DAP10-(DAP10-CD3ζ)、KIR2DS2-(KIR2DS2-CD3ζ)、KIR2DS2-(KIR2DS2-DAP10)、KIR2DS2-(KIR2DS2-2B4)、CD16-(CD16-2B4-DAP10)、CD16-(CD16-DNAM1)、NKp46-(NKp46-2B4)、NKp46-(NKp46-2B4-CD3ζ)、NKp46-(NKp46-CD2-DAP10)、CD2-(CD2-CD3ζ)、2B4-(2B4-CD3ζ)、2B4-(2B4-FcERIγ)、及びCS1-(CS1-CD3ζ)が挙げられる。いくつかの実施形態では、膜貫通ドメイン及び内部ドメインを含む上記の例示的なCAR構築物の各々は、表3B中の配列番号77~95の各々によって表される配列に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、約99%、又は100%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、CARは、配列番号77~95のうちのいずれかに対して少なくとも約90%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、CARは、配列番号77~95のうちのいずれかに対して少なくとも約95%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、CARは、配列番号77~95のうちのいずれかのアミノ酸配列を含む。表3Bに提供される各構築物についての例示的な配列は、配列の左側の図中の対応する領域のフォーマッティングに適合するようにフォーマットされたテキスト(すなわち、下線付き、正常、又は太字のテキスト)を有する。表3Bの例示的な構築物のほとんどについて、TMは第1の配列領域である。しかしながら、構築物は、TMの前に細胞外ドメインを含んでもよく(例えば、表3Bの構築物7を参照されたい)、TMと同じ又は異なるタンパク質に由来してもよい。いくつかの実施形態では、CAR内部ドメインに含まれる2つ以上のシグナル伝達ドメインは、スペーサー又はリンカーなどの1つ以上の更なる配列によって隔てられていてもよい。
いくつかの実施形態では、外部ドメインは、シグナルペプチド若しくはリーダー配列及び/又はスペーサー/ヒンジを更に含むことができる。いくつかの実施形態では、CARの抗原認識領域/ドメインと膜貫通ドメインとの間にスペーサー/ヒンジが存在するが、いくつかの他の実施形態では、そのようなスペーサー/ヒンジは必要とされない。CAR又はADRに含まれ得る例示的なスペーサーは、当該技術分野において一般的に既知であり、IgG4スペーサー、CD28スペーサー、CD8スペーサー、又は2つ以上のスペーサーの組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。スペーサーの長さもまた、約15アミノ酸(a.a.)から約300アミノ酸以上まで変化し得る。本出願では、説明を容易にするために、約80アミノ酸未満、例えば10~80アミノ酸のスペーサーは短いと考えられる。約80~180アミノ酸のスペーサーは中程度と考えられ、180アミノ酸を超えるスペーサーは長いと考えられる。非限定的な例示的スペーサーペプチドとしては、配列番号96~100のいずれかと少なくとも約80%、約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%同一のアミノ酸配列によって表されるものが挙げられる。いくつかの実施形態では、スペーサーペプチドは、配列番号96~100のうちのいずれかに対して少なくとも約90%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、スペーサーペプチドは、配列番号96~100のうちのいずれかに対して少なくとも約95%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、スペーサーペプチドは、配列番号96~100のうちのいずれかのアミノ酸配列を含む。
配列番号96
IEVMYPPPYLDNEKSNGTIIHVKGKHLCPSPLFPGPSKP
(39アミノ酸)
IEVMYPPPYLDNEKSNGTIIHVKGKHLCPSPLFPGPSKP
(39アミノ酸)
配列番号97
ESKYGPPCPPCPGGGSSGGGSGGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFL
(88アミノ酸)
ESKYGPPCPPCPGGGSSGGGSGGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFL
(88アミノ酸)
配列番号98
ESKYGPPCPPCPAPEFEGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFQSTYRVVSVLT
(89アミノ酸)
ESKYGPPCPPCPAPEFEGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFQSTYRVVSVLT
(89アミノ酸)
配列番号99
ESKYGPPCPPCPGGGSSGGGSGGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGK
(129アミノ酸)
ESKYGPPCPPCPGGGSSGGGSGGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGK
(129アミノ酸)
配列番号100
ESKYGPPCPPCPAPEFEGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFQSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGK
(229アミノ酸)
ESKYGPPCPPCPAPEFEGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFQSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGK
(229アミノ酸)
一実施形態では、本明細書において提供されるCARは、CD28から派生する共刺激ドメイン、及び配列番号80と少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%同一のアミノ酸配列によって表されるCD3ζの天然又は改変ITAM1を含むシグナル伝達ドメインを含む。いくつかの実施形態では、シグナル伝達ドメインは、配列番号80に対して少なくとも約90%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、シグナル伝達ドメインは、配列番号80に対して少なくとも約95%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、シグナル伝達ドメインは、配列番号80のアミノ酸配列を含む。更なる実施形態では、CD28に由来する共刺激ドメイン及びCD3ζの天然又は改変ITAM1を含むCARはまた、CD28に由来するヒンジドメイン(又は「スペーサー」)及び膜貫通ドメインを含み、scFvはヒンジを介して膜貫通ドメインに接続され得、CARは、配列番号101に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%同一のアミノ酸配列を含み、スペーサーは、長さ及び配列が異なり得る。いくつかの実施形態では、CARは、配列番号101に対して少なくとも80%のアミノ酸配列を含み、スペーサーは、長さ及び配列が異なり得る。いくつかの実施形態では、CARは、配列番号101に対して少なくとも90%のアミノ酸配列を含み、スペーサーは、長さ及び配列が異なり得る。いくつかの実施形態では、CARは、配列番号101に対して少なくとも95%のアミノ酸配列を含み、スペーサーは、長さ及び配列が異なり得る。いくつかの実施形態では、CARは、配列番号101のアミノ酸配列を含む。
別の実施形態では、本明細書において提供される細胞に適用可能なCARは、NKG2Dに由来する膜貫通ドメイン、2B4に由来する共刺激ドメイン、及び配列番号102と少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%同一のアミノ酸配列によって表される天然又は改変CD3ζを含むシグナル伝達ドメインを含む。いくつかの実施形態では、CARは、配列番号102に対して少なくとも約90%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、CARは、配列番号102に対して少なくとも約95%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、CARは、配列番号102のアミノ酸配列を含む。NKG2Dに由来する膜貫通ドメイン、2B4に由来する共刺激ドメイン、及び天然又は改変CD3ζを含むシグナル伝達ドメインを含む当該CARは、ヒンジを更に含み得る。
一例では、遺伝子操作された免疫細胞、iPSC、及び派生エフェクター細胞は、本明細書に開示される固形腫瘍標的化骨格と、腫瘍細胞表面HER2抗原に特異的な抗原認識領域を含むCARと、を含む。別段の指定がない限り、本出願におけるHER2-CARの抗原結合ドメインは、HER2がん特異的モノクローナル抗体(CasMab)であるCasMab250のCDRに基づき、このCasMab250ベースのHER2-CARは、本出願において時々「CasMab250-CAR」とも呼ばれる。いくつかの実施形態では、HER2-CARの外部ドメインの抗原認識ドメインは、配列番号103(NYGMS)を含む重鎖相補性決定領域1(H-CDR1)、配列番号104(TINNNGGGTYYPDSVKG)を含む重鎖相補性決定領域2(H-CDR2)、及び配列番号105(PGLLWDA)を含む重鎖相補性決定領域3(H-CDR3)を含む重鎖可変(VH)ドメインと、配列番号106(KSSQSLLDSDGRTYLN)を含む軽鎖相補性決定領域1(L-CDR1)、配列番号107(LVSKLDS)を含む軽鎖相補性決定領域2(L-CDR2)、及び配列番号108(WQGTHFPQT)を含む軽鎖相補性決定領域3(L-CDR3)を含む軽鎖可変(VL)ドメインと、を含む。
いくつかの実施形態では、CARの抗原結合ドメインは、配列番号109によって表される例示的な配列と比較した場合、少なくとも50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、99%、100%、又はその間の任意のパーセンテージの配列同一性を有するVHドメインを含む。いくつかの実施形態では、VHドメインは、配列番号109に対して少なくとも約90%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、VHドメインは、配列番号109に対して少なくとも約95%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、VHドメインは、配列番号109のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、CARの抗原結合ドメインは、配列番号110によって表される例示的な配列と比較した場合、少なくとも50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、99%、100%、又はその間の任意のパーセンテージの配列同一性を有するVLドメインを含む。いくつかの実施形態では、VLドメインは、配列番号110に対して少なくとも約90%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、VLドメインは、配列番号110に対して少なくとも約95%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、VLドメインは、配列番号110のアミノ酸配列を含む。
配列番号109
EVQLVESGGGLVQPGGSLKLSCAASGFTFSNYGMSWVRQTPDRRLELVATINNNGGGTYYPDSVKGRFTISRDNAKNTLYLQMSSLKSEDTAMYYCTSPGLLWDAWGAGTTVTVSS
EVQLVESGGGLVQPGGSLKLSCAASGFTFSNYGMSWVRQTPDRRLELVATINNNGGGTYYPDSVKGRFTISRDNAKNTLYLQMSSLKSEDTAMYYCTSPGLLWDAWGAGTTVTVSS
配列番号110
DVVMTQTPLTLSVSIGQPASISCKSSQSLLDSDGRTYLNWLLQRPGQSPKRLIYLVSKLDSGAPDRFTGSGSGTDFTLKISRVEAEDLGVYYCWQGTHFPQTFGGGTKLEIK
DVVMTQTPLTLSVSIGQPASISCKSSQSLLDSDGRTYLNWLLQRPGQSPKRLIYLVSKLDSGAPDRFTGSGSGTDFTLKISRVEAEDLGVYYCWQGTHFPQTFGGGTKLEIK
いくつかの実施形態では、CARの抗原結合ドメインは、VH-リンカー-VL又はVL-リンカー-VHを含む、N末端からC末端への配向を有する一本鎖可変断片(scFV)を含み、リンカーは長さ及び配列が異なる。いくつかの実施形態では、リンカーは、配列番号111~114によって表される例示的配列と比較した場合、少なくとも50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、99%、100%、又はその間の任意のパーセンテージの配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、リンカーは、配列番号111~114のうちのいずれかに対して少なくとも約90%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、リンカーは、配列番号111~114のうちのいずれかに対して少なくとも約95%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、リンカーは、配列番号111~114のうちのいずれかのアミノ酸配列を含む。
配列番号111
GSTSGGGSGGGSGGGGSS
GSTSGGGSGGGSGGGGSS
配列番号112
GSTSGSGKPGSGEGSTKG
GSTSGSGKPGSGEGSTKG
配列番号113
SSGGGGSGGGGSGGGGS
SSGGGGSGGGGSGGGGS
配列番号114
GGGGSGGGGSGGGGS
GGGGSGGGGSGGGGS
いくつかの実施形態では、CARの抗原結合ドメインは、配列番号115又は配列番号116によって表される例示的な配列と比較して、少なくとも50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、99%、100%、又はその間の任意のパーセンテージの配列同一性を有する一本鎖可変断片(scFV)を含み、配列番号115及び116の各々は、長さ及び/又は配列が異なり得るリンカーを含む。いくつかの実施形態では、scFVは、配列番号115又は116に対して少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、scFVは、配列番号115又は116に対して少なくとも95%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、scFVは、配列番号115のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、scFVは、配列番号116のアミノ酸配列を含む。
配列番号115
EVQLVESGGGLVQPGGSLKLSCAASGFTFSNYGMSWVRQTPDRRLELVATINNNGGGTYYPDSVKGRFTISRDNAKNTLYLQMSSLKSEDTAMYYCTSPGLLWDAWGAGTTVTVSSGSTSGGGSGGGSGGGGSSDVVMTQTPLTLSVSIGQPASISCKSSQSLLDSDGRTYLNWLLQRPGQSPKRLIYLVSKLDSGAPDRFTGSGSGTDFTLKISRVEAEDLGVYYCWQGTHFPQTFGGGTKLEIK
EVQLVESGGGLVQPGGSLKLSCAASGFTFSNYGMSWVRQTPDRRLELVATINNNGGGTYYPDSVKGRFTISRDNAKNTLYLQMSSLKSEDTAMYYCTSPGLLWDAWGAGTTVTVSSGSTSGGGSGGGSGGGGSSDVVMTQTPLTLSVSIGQPASISCKSSQSLLDSDGRTYLNWLLQRPGQSPKRLIYLVSKLDSGAPDRFTGSGSGTDFTLKISRVEAEDLGVYYCWQGTHFPQTFGGGTKLEIK
配列番号116
DVVMTQTPLTLSVSIGQPASISCKSSQSLLDSDGRTYLNWLLQRPGQSPKRLIYLVSKLDSGAPDRFTGSGSGTDFTLKISRVEAEDLGVYYCWQGTHFPQTFGGGTKLEIKGSTSGGGSGGGSGGGGSSEVQLVESGGGLVQPGGSLKLSCAASGFTFSNYGMSWVRQTPDRRLELVATINNNGGGTYYPDSVKGRFTISRDNAKNTLYLQMSSLKSEDTAMYYCTSPGLLWDAWGAGTTVTVSS
DVVMTQTPLTLSVSIGQPASISCKSSQSLLDSDGRTYLNWLLQRPGQSPKRLIYLVSKLDSGAPDRFTGSGSGTDFTLKISRVEAEDLGVYYCWQGTHFPQTFGGGTKLEIKGSTSGGGSGGGSGGGGSSEVQLVESGGGLVQPGGSLKLSCAASGFTFSNYGMSWVRQTPDRRLELVATINNNGGGTYYPDSVKGRFTISRDNAKNTLYLQMSSLKSEDTAMYYCTSPGLLWDAWGAGTTVTVSS
一実施形態では、本明細書において提供されるCARは、配列番号117に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%又は約99%同一のアミノ酸配列を含み、外部ドメインにおけるリンカー及び外部ドメインと膜貫通ドメインとの間のスペーサーは、長さ及び配列が異なり得る。いくつかの実施形態では、CARは、配列番号117に対して少なくとも約90%同一のアミノ酸配列を含み、外部ドメイン中のリンカー及び外部ドメインと膜貫通ドメインとの間のスペーサーは、長さ及び配列が異なり得る。いくつかの実施形態では、CARは、配列番号117に対して少なくとも約95%同一のアミノ酸配列を含み、外部ドメイン中のリンカー及び外部ドメインと膜貫通ドメインとの間のスペーサーは、長さ及び配列が異なり得る。いくつかの実施形態では、CARは、配列番号117のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるCARは、固形腫瘍の細胞に特異的なHER2抗原を認識する。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるCARは、乳がん、卵巣がん、子宮内膜がん、肺がん、食道がん、唾液腺がん、膀胱がん、胃がん、結腸直腸がん、又は頭頸部がんを含む腫瘍のHER2抗原を認識する。更にいくつかの他の実施形態では、本明細書で提供されるCARは、腫瘍のHER2抗原を認識し、かつ非がん細胞又は正常細胞上で発現されるHER2に応答しないか、又は低レベルの応答を有する。
別の例では、遺伝子操作された免疫細胞、iPSC、及び派生エフェクター細胞は、本明細書に開示される固形腫瘍標的化骨格と、腫瘍抗原MICA及びMICB(MICA/B)を標的とする抗原認識領域を含むCARと、を含む。MICA/B標的化CARのいくつかの実施形態では、抗原認識領域は、MICA及びMICBの保存されたα3ドメインに特異的に結合するscFVである。一実施形態では、scFVは、配列番号118に対して少なくとも約99%、約98%、約96%、約95%、約90%、約85%、又は少なくとも約80%同一であるアミノ酸配列によって表される重鎖の可変領域、及び配列番号119に対して少なくとも約99%、約98%、約96%、約95%、約90%、約85%、又は少なくとも約80%同一であるアミノ酸配列によって表される軽鎖の可変領域を含む。いくつかの実施形態では、重鎖可変領域は、配列番号118に対して少なくとも約90%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、重鎖可変領域は、配列番号118に対して少なくとも約95%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、重鎖可変領域は、配列番号118のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、軽鎖可変領域は、配列番号119に対して少なくとも約90%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、軽鎖可変領域は、配列番号119に対して少なくとも約95%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、軽鎖可変領域は、配列番号119のアミノ酸配列を含む。MICA/B scFVの一実施形態では、scFVは、配列番号120と少なくとも約99%、約98%、約96%、約95%、約90%、約85%、又は少なくとも約80%同一であるアミノ酸配列によって表される。いくつかの実施形態では、scFVは、配列番号120に対して少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、scFVは、配列番号120に対して少なくとも95%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、scFVは、配列番号120のアミノ酸配列を含む。MICA/B scFVの別の実施形態では、scFVは、配列番号121と少なくとも約99%、約98%、約96%、約95%、約90%、約85%、又は少なくとも約80%同一であるアミノ酸配列によって表される。いくつかの実施形態では、scFVは、配列番号121に対して少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、scFVは、配列番号121に対して少なくとも95%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、scFVは、配列番号121のアミノ酸配列を含む。
配列番号118
QIQLVQSGPELKKPGETVKVSCKASGYMFTNYAMNWVKQAPEKGLKWMGWINTHTGDPTYADDFKGRIAFSLETSASTAYLQINNLKNEDTATYFCVRTYGNYAMDYWGQGTSVTVSS
(118AA.MICA/B scFV重鎖(HC))
QIQLVQSGPELKKPGETVKVSCKASGYMFTNYAMNWVKQAPEKGLKWMGWINTHTGDPTYADDFKGRIAFSLETSASTAYLQINNLKNEDTATYFCVRTYGNYAMDYWGQGTSVTVSS
(118AA.MICA/B scFV重鎖(HC))
配列番号119
DIQMTQTTSSLSASLGDRVTISCSASQDISNYLNWYQQKPDGTVKLLIYDTSILHLGVPSRFSGSGSGTDYSLTISNLEPEDIATYYCQQYSKFPRTFGGGTTLEIK
(107AA.MICA/B scFV軽鎖(LC))
DIQMTQTTSSLSASLGDRVTISCSASQDISNYLNWYQQKPDGTVKLLIYDTSILHLGVPSRFSGSGSGTDYSLTISNLEPEDIATYYCQQYSKFPRTFGGGTTLEIK
(107AA.MICA/B scFV軽鎖(LC))
別の例では、遺伝子操作されたiPSC及びその派生細胞は、本明細書に開示される固形腫瘍標的化骨格と、腫瘍抗原BCMA(B細胞成熟抗原)を標的とするCARと、を含む。BCMA標的化CARのいくつかの実施形態では、抗原認識領域は、CD269の細胞外ドメインに特異的に結合するscFVである。一実施形態では、scFVは、配列番号122、124及び126のうちのいずれか1つに対して少なくとも約99%、約98%、約96%、約95%、約90%、約85%、又は少なくとも約80%同一であるアミノ酸配列によって表される重鎖可変領域(VH)と、配列番号123、125及び127のうちのいずれか1つに対して少なくとも約99%、約98%、約96%、約95%、約90%、約85%、又は少なくとも約80%同一であるアミノ酸配列によって表される軽鎖可変領域(VL)と、を含む。CAR構築のためのBCMA scFVの一実施形態では、scFVは、それぞれ配列番号122及び配列番号123、又はそれぞれ配列番号124及び配列番号125、若しくは配列番号126及び配列番号127に対して少なくとも約99%、約98%、約96%、約95%、約90%、約85%、又は少なくとも約80%同一性であるアミノ酸配列によって表されるVH及びVLを含む。
いくつかの実施形態では、重鎖可変領域は、配列番号122、124、又は126のうちのいずれかに対して少なくとも約90%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、重鎖可変領域は、配列番号122、124、又は126のうちのいずれかに対して少なくとも約95%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、重鎖可変領域は、配列番号122、124、又は126のうちのいずれかのアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、軽鎖可変領域は、配列番号123、125、又は127のうちのいずれかに対して少なくとも約90%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、軽鎖可変領域は、配列番号123、125、又は127のうちのいずれかに対して少なくとも約95%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、軽鎖可変領域は、配列番号123、125、又は127のうちのいずれかのアミノ酸配列を含む。BCMA scFVの一実施形態では、scFVは、配列番号128、129、130、131、132又は133のうちのいずれか1つに対して少なくとも約99%、約98%、約96%、約95%、約90%、約85%、又は少なくとも約80%同一であるアミノ酸配列によって表される。いくつかの実施形態では、scFVは、配列番号128~133のうちのいずれかに対して少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、scFVは、配列番号128~133のうちのいずれかに対して少なくとも95%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態ではscFVは、配列番号128のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、scFVは、配列番号129のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、scFVは、配列番号130のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、scFVは、配列番号131のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、scFVは、配列番号132のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、scFVは、配列番号133のアミノ酸配列を含む。本明細書の一態様は、遺伝子操作されたiPSC及びその派生細胞を提供し、細胞は、少なくともBCMA-CARをコードする外因性ポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、少なくともBCMA-CARをコードする外因性ポリヌクレオチドを含むiPSC由来エフェクター細胞は、T細胞である。いくつかの実施形態では、少なくともBCMA-CARをコードする外因性ポリヌクレオチドを含むiPSC由来エフェクター細胞は、NK細胞である。いくつかの他の実施形態では、少なくともBCMA-CARをコードする外因性ポリヌクレオチドを含むiPSC由来エフェクター細胞は、NKT細胞である。いくつかの他の実施形態では、少なくともBCMA-CARをコードする外因性ポリヌクレオチドを含むiPSC由来エフェクター細胞は、T、NK、若しくはNKT細胞、又は天然源の任意の他の免疫細胞には存在しない又は典型的でない機能的又は構造的特徴を有する。一例では、本明細書は、腫瘍抗原BCMAを標的とする抗原認識領域を含むCARを提供する。
配列番号122
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSRYWFSWVRQAPGKGLVWVGEINPSSSTINYAPSLKDKFTISRDNAKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCASLYYDYGDAYDYWGQGTLVTVSS
(BCMA scFV重鎖-1(VH))
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSRYWFSWVRQAPGKGLVWVGEINPSSSTINYAPSLKDKFTISRDNAKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCASLYYDYGDAYDYWGQGTLVTVSS
(BCMA scFV重鎖-1(VH))
配列番号123
EIVMTQSPATLSVSPGERATLSCKASQSVESNVAWYQQKPGQAPRALIYSASLRFSGIPARFSGSGSGTEFTLTISSLQSEDFAVYYCQQYNNYPLTFGAGTKLELK
(BCMA scFV軽鎖-1(VL))
EIVMTQSPATLSVSPGERATLSCKASQSVESNVAWYQQKPGQAPRALIYSASLRFSGIPARFSGSGSGTEFTLTISSLQSEDFAVYYCQQYNNYPLTFGAGTKLELK
(BCMA scFV軽鎖-1(VL))
配列番号124
QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYSFPDYYINWVRQAPGQGLEWMGWIYFASGNSEYNQKFTGRVTMTRDTSINTAYMELSSLTSEDTAVYFCASLYDYDWYFDVWGQGTMVTVSS
(BCMA scFV重鎖-2(VH))
QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYSFPDYYINWVRQAPGQGLEWMGWIYFASGNSEYNQKFTGRVTMTRDTSINTAYMELSSLTSEDTAVYFCASLYDYDWYFDVWGQGTMVTVSS
(BCMA scFV重鎖-2(VH))
配列番号125
DIVMTQTPLSLSVTPGQPASISCKSSQSLVHSNGNTYLHWYLQKPGQSPQLLIYKVSNRFSGVPDRFSGSGSGTDFTLKISRVEAEDVGIYYCSQSSIYPWTFGQGTKLEIK
(BCMA scFV軽鎖-2(VL))
DIVMTQTPLSLSVTPGQPASISCKSSQSLVHSNGNTYLHWYLQKPGQSPQLLIYKVSNRFSGVPDRFSGSGSGTDFTLKISRVEAEDVGIYYCSQSSIYPWTFGQGTKLEIK
(BCMA scFV軽鎖-2(VL))
配列番号126
QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYSFPDYYINWVRQAPGQGLEWMGWIYFASGNSEYNQKFTGRVTMTRDTSSSTAYMELSSLRSEDTAVYFCASLYDYDWYFDVWGQGTMVTVSS
(BCMA scFV重鎖-3(VH))
QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYSFPDYYINWVRQAPGQGLEWMGWIYFASGNSEYNQKFTGRVTMTRDTSSSTAYMELSSLRSEDTAVYFCASLYDYDWYFDVWGQGTMVTVSS
(BCMA scFV重鎖-3(VH))
配列番号127
DIVMTQTPLSLSVTPGEPASISCKSSQSLVHSNGNTYLHWYLQKPGQSPQLLIYKVSNRFSGVPDRFSGSGSGADFTLKISRVEAEDVGVYYCAETSHVPWTFGQGTKLEIK
(BCMA scFV軽鎖-3(VL))
DIVMTQTPLSLSVTPGEPASISCKSSQSLVHSNGNTYLHWYLQKPGQSPQLLIYKVSNRFSGVPDRFSGSGSGADFTLKISRVEAEDVGVYYCAETSHVPWTFGQGTKLEIK
(BCMA scFV軽鎖-3(VL))
更に別の例では、遺伝子操作されたiPSC及びその派生細胞は、本明細書に開示される固形腫瘍標的化骨格と、腫瘍抗原B7H3(CD276)を標的とするCARと、を含む。B7H3腫瘍抗原を標的とするCARの様々な実施形態では、CARは、B7H3に特異的に結合する組換え重鎖のみ抗体(VHH)を含む。一実施形態では、CARは、配列番号134に対して少なくとも約99%、約98%、約96%、約95%、約90%、約85%、又は少なくとも約80%同一であるアミノ酸配列を含む結合ドメインを含む。別の実施形態では、CARは、配列番号135に対して少なくとも約99%、約98%、約96%、約95%、約90%、約85%、又は少なくとも約80%同一であるアミノ酸配列を含む結合ドメインを含む。別の実施形態では、CARは、配列番号136に対して少なくとも約99%、約98%、約96%、約95%、約90%、約85%、又は少なくとも約80%同一であるアミノ酸配列を含む結合ドメインを含む。別の実施形態では、CARは、配列番号137に対して少なくとも約99%、約98%、約96%、約95%、約90%、約85%、又は少なくとも約80%同一であるアミノ酸配列を含む結合ドメインを含む。別の実施形態では、CARは、配列番号138に対して少なくとも約99%、約98%、約96%、約95%、約90%、約85%、又は少なくとも約80%同一であるアミノ酸配列を含む結合ドメインを含む。別の実施形態では、CARは、配列番号139に対して少なくとも約99%、約98%、約96%、約95%、約90%、約85%、又は少なくとも約80%同一であるアミノ酸配列を含む結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、結合ドメインは、配列番号134~139のうちのいずれかに対して少なくとも約90%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、結合ドメインは、配列番号134~139のうちのいずれかに対して少なくとも約95%同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、結合ドメインは、配列番号134の配列を含む。いくつかの実施形態では、結合ドメインは、配列番号135の配列を含む。いくつかの実施形態では、結合ドメインは、配列番号136の配列を含む。いくつかの実施形態では、結合ドメインは、配列番号137の配列を含む。いくつかの実施形態では、結合ドメインは、配列番号138の配列を含む。いくつかの実施形態では、結合ドメインは、配列番号139の配列を含む。
特定の実施形態では、CARは、配列番号134のバリアントを含む結合ドメインを含み、バリアントは、配列番号134の1、40、46、79、87、88、89、97、98、及び117を含む位置に1つ以上の突然変異を有する。他の実施形態では、CARは、配列番号134のバリアントによって表されるアミノ酸配列を含み、バリアントは、配列番号134に従いQ1E、T40A、E46V、G79L、K87R、P88A、D89E、V97A、S98R、及びQ117Lを含む1つ以上の置換を有する。他の実施形態では、CARは、配列番号134、135、136、137、138、及び139のうちのいずれかによって表されるアミノ酸配列を含む。
配列番号134
QVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYWMYWVRQTPGKGLEWVSTINRDGSATWYADSVKGRFTISRDNAKNTGYLQMNSLKPDDTAVYYCVSDPDNYSSDEMVPYWGQGTQVTVSS
(122アミノ酸のVHHラクダB7H3)
QVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYWMYWVRQTPGKGLEWVSTINRDGSATWYADSVKGRFTISRDNAKNTGYLQMNSLKPDDTAVYYCVSDPDNYSSDEMVPYWGQGTQVTVSS
(122アミノ酸のVHHラクダB7H3)
配列番号135
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYWMYWVRQAPGKGLVWVSTINRDGSATWYADSVKGRFTISRDNAKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARDPDNYSSDEMVPYWGQGTLVTVSS
(122アミノ酸のVHH1)
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYWMYWVRQAPGKGLVWVSTINRDGSATWYADSVKGRFTISRDNAKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARDPDNYSSDEMVPYWGQGTLVTVSS
(122アミノ酸のVHH1)
配列番号136
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYWMYWVRQAPGKGLVWVSTINRDGSATWYADSVKGRFTISRDNAKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCVSDPDNYSSDEMVPYWGQGTLVTVSS
(122アミノ酸のVHH2)
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYWMYWVRQAPGKGLVWVSTINRDGSATWYADSVKGRFTISRDNAKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCVSDPDNYSSDEMVPYWGQGTLVTVSS
(122アミノ酸のVHH2)
配列番号137
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYWMYWVRQTPGKGLVWVSTINRDGSATWYADSVKGRFTISRDNAKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCVSDPDNYSSDEMVPYWGQGTLVTVSS
(122アミノ酸のVHH3)
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYWMYWVRQTPGKGLVWVSTINRDGSATWYADSVKGRFTISRDNAKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCVSDPDNYSSDEMVPYWGQGTLVTVSS
(122アミノ酸のVHH3)
配列番号138
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYWMYWVRQAPGKGLEWVSTINRDGSATWYADSVKGRFTISRDNAKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCVSDPDNYSSDEMVPYWGQGTLVTVSS
(122アミノ酸のVHH4)
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYWMYWVRQAPGKGLEWVSTINRDGSATWYADSVKGRFTISRDNAKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCVSDPDNYSSDEMVPYWGQGTLVTVSS
(122アミノ酸のVHH4)
配列番号139
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYWMYWVRQTPGKGLEWVSTINRDGSATWYADSVKGRFTISRDNAKNTGYLQMNSLRPEDTAVYYCVSDPDNYSSDEMVPYWGQGTLVTVSS
(122AA.VHH5)
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYWMYWVRQTPGKGLEWVSTINRDGSATWYADSVKGRFTISRDNAKNTGYLQMNSLRPEDTAVYYCVSDPDNYSSDEMVPYWGQGTLVTVSS
(122AA.VHH5)
非限定的なCAR戦略としては、一対の細胞内ドメインの二量体化によるヘテロ二量体条件的活性化CAR(例えば、米国特許第9,587,020号を参照されたい);スプリットCAR(CARを生成するための抗原結合、ヒンジ、及び内部ドメインの相同組換え(例えば、米国特許出願公開第2017/0183407号を参照されたい);それぞれ抗原結合ドメイン及びシグナル伝達ドメインに接続された2つの膜貫通ドメイン間の非共有結合を可能にする多重鎖CAR(例えば、米国特許出願公開第2014/0134142号を参照されたい);二重特異性抗原結合ドメインを有するCAR(例えば、米国特許第9,447,194号を参照されたい)、又は同じ若しくは異なる抗原若しくはエピトープを認識する一対の抗原結合ドメインを有するCAR(例えば、米国特許第8,409,577号を参照されたい)、又はタンデムCAR(例えば、Hegde et al.,J Clin Invest.2016;126(8):3036-3052);誘導性CAR(例えば、米国特許出願公開第2016/0046700号、同第2016/0058857号、及び同第2017/0166877号を参照されたい);スイッチ可能なCAR(例えば、米国特許出願公開第2014/0219975号を参照されたい);並びに当該技術分野で既知の任意の他の設計が更に含まれる。
いくつかの実施形態では、開示されるCARをコードするポリヌクレオチドは、外因性プロモータに機能的に連結されている。プロモータは誘導性又は構成的であり得、時間特異的、組織特異的又は細胞型特異的であり得る。本明細書に開示される方法に好適な構成的プロモータには、サイトメガロウイルス(CMV)、伸長因子1α(elongation factor 1α、EF1α)、ホスホグリセリン酸キナーゼ(phosphoglycerate kinase、PGK)、ハイブリッドCMVエンハンサ/ニワトリβ-アクチン(enhancer/chicken β-actin、CAG)、及びユビキチンC(ubiquitin C、UBC)プロモータが含まれるが、これらに限定されない。一実施形態では、外因性プロモータはCAGである。
本明細書に記載されるように、いくつかの実施形態では、C-X-C-モチーフケモカイン受容体又はそのバリアント、TGFβ-SRR、及び4-1BBに特異的なADRのうちの2つ以上をコードするポリヌクレオチドを含む固形腫瘍標的化骨格を含む細胞は、任意選択で、CAR及び/又は本明細書において提供される1つ以上の追加の改変モダリティをコードするポリヌクレオチドを含む。外因性サイトカインシグナル伝達複合体(表4の「IL」)とCARとの両方を含むiPSC及びそれからの派生細胞では、ILとCARは別々の構築物内で発現され得るか、ILとCARとの両方を含むバイシストロン性構築物内で共発現され得る。本出願において更に提供されるのは、他の遺伝子モダリティの中でもとりわけ、本明細書に記載されるような固形腫瘍標的化骨格及びCARを含むが、これに限定されない、本明細書で提供されるような少なくとも1つの表現型を有する、ソーティングされた単一細胞及び増殖されたクローンの操作されたiPSCを含むマスター細胞バンクであり、この細胞バンクは、更なるiPSC操作のためのプラットフォームと、組成が明確かつ均一であり、費用効果の高い様式でかなりの規模で大量生産することができる、誘導NK細胞及びT細胞を含むがこれに限定されない、既製の操作された均質な細胞療法製品を製造するための再生可能な供給源と、を提供する。
9.本明細書で提供される遺伝子操作されたiPSC株及び派生細胞
上記に照らして、本出願は、免疫細胞、iPSC、iPS細胞株細胞、又はそれらの集団、及びiPSCを分化させることから得られる派生機能性細胞を提供し、各細胞は、C-X-C-モチーフケモカイン受容体又はそのバリアント、TGFβ-SRR、及び4-1BBに特異的なADRのうちの2つ以上、並びに任意選択でCAR及び/又は本出願に記載の1つ以上の追加の遺伝子改変をコードするポリヌクレオチドを含む固形腫瘍標的化骨格を含み、細胞は、真核細胞、動物細胞、ヒト細胞、人工多能性細胞(iPSC)、iPSC由来エフェクター細胞、免疫細胞、又はフィーダー細胞である。当該細胞は、CAR標的化腫瘍殺傷のための腫瘍部位へのエフェクターのホーミング又は遊走に適している。いくつかの実施形態では、腫瘍部位の腫瘍細胞は、C-X-C-モチーフケモカイン受容体又はそのバリアントに結合するケモカインを分泌又は過剰発現する。いくつかの実施形態では、C-X-Cモチーフケモカイン受容体は、CXCR2又はCXCR3を含む。いくつかの実施形態では、腫瘍部位で腫瘍細胞によって分泌又は過剰発現されるケモカインは、IL8(CXCL8)を含む。いくつかの実施形態では、機能的派生細胞は造血細胞であり、決定的な造血内皮(HE)の可能性を有する中胚葉細胞、決定的なHE、CD34+造血細胞、造血幹細胞及び前駆細胞、造血多能性前駆細胞(MPP)、T細胞前駆細胞、NK細胞前駆細胞、骨髄細胞、好中球前駆細胞、T系統細胞、NKT系統細胞、NK系統細胞、B系統細胞、好中球、樹状細胞、及びマクロファージを含むがこれらに限定されない。他の実施形態では、機能的派生造血細胞は、対応する初代T、NK、NKT、及び/又はB細胞には存在しない1つ以上の機能的特質を有するエフェクター細胞を含む。
上記に照らして、本出願は、免疫細胞、iPSC、iPS細胞株細胞、又はそれらの集団、及びiPSCを分化させることから得られる派生機能性細胞を提供し、各細胞は、C-X-C-モチーフケモカイン受容体又はそのバリアント、TGFβ-SRR、及び4-1BBに特異的なADRのうちの2つ以上、並びに任意選択でCAR及び/又は本出願に記載の1つ以上の追加の遺伝子改変をコードするポリヌクレオチドを含む固形腫瘍標的化骨格を含み、細胞は、真核細胞、動物細胞、ヒト細胞、人工多能性細胞(iPSC)、iPSC由来エフェクター細胞、免疫細胞、又はフィーダー細胞である。当該細胞は、CAR標的化腫瘍殺傷のための腫瘍部位へのエフェクターのホーミング又は遊走に適している。いくつかの実施形態では、腫瘍部位の腫瘍細胞は、C-X-C-モチーフケモカイン受容体又はそのバリアントに結合するケモカインを分泌又は過剰発現する。いくつかの実施形態では、C-X-Cモチーフケモカイン受容体は、CXCR2又はCXCR3を含む。いくつかの実施形態では、腫瘍部位で腫瘍細胞によって分泌又は過剰発現されるケモカインは、IL8(CXCL8)を含む。いくつかの実施形態では、機能的派生細胞は造血細胞であり、決定的な造血内皮(HE)の可能性を有する中胚葉細胞、決定的なHE、CD34+造血細胞、造血幹細胞及び前駆細胞、造血多能性前駆細胞(MPP)、T細胞前駆細胞、NK細胞前駆細胞、骨髄細胞、好中球前駆細胞、T系統細胞、NKT系統細胞、NK系統細胞、B系統細胞、好中球、樹状細胞、及びマクロファージを含むがこれらに限定されない。他の実施形態では、機能的派生造血細胞は、対応する初代T、NK、NKT、及び/又はB細胞には存在しない1つ以上の機能的特質を有するエフェクター細胞を含む。
本明細書で更に提供されるのは、iPSC、iPS細胞株細胞、又はそのクローン集団、及びiPSCを分化させることから得られる派生機能性細胞であり、各細胞は、本明細書に記載の固形腫瘍標的化骨格と、CARと、外因性CD16又はそのバリアントをコードするポリヌクレオチドと、を含み、iPSCは、機能的派生造血細胞を産生するように分化を誘導することができる。当該エフェクター細胞は、固形腫瘍を含む腫瘍部位にホーミング又は移動し、そこに留まる改善された能力を有し、腫瘍抗原不均一性及び腫瘍抗原エスケープに取り組むための腫瘍抗原二重標的化機構を提供する。CAR結合及びCD16媒介性ADCCによる二重標的化は、腫瘍標的化精度を更に増加させ、腫瘍死滅を増強し、腫瘍抗原エスケープの影響を最小化する。
いくつかの更なる実施形態では、iPSC、iPS細胞株細胞、若しくはそれらのクローン集団、及び/又はそれらに由来するエフェクター細胞は、本明細書に記載の固形腫瘍標的化骨格、CAR、及び外因性CD16又はそのバリアントを含み、固形腫瘍標的化骨格は、CD38ノックアウトを更に含み、当該細胞は、養子細胞療法を受ける対象に適している。特定の実施形態形態では、対象は、CXCL8過剰発現を含むがこれに限定されない腫瘍細胞ケモカイン発現を上方制御し、C-X-Cモチーフケモカイン受容体過剰発現エフェクター細胞ホーミング、輸送及び保持、並びに腫瘍部位での細胞傷害性を更に増強するために、腫瘍感作手順(例えば、化学療法剤、放射線、又は放射線療法剤などの感作物質の投与)を更に受けてもよい。いくつかの実施形態では、当該エフェクター細胞は、T系統細胞を含む。いくつかの実施形態では、当該エフェクター細胞は、NK系統細胞を含む。
C-X-C-モチーフケモカイン受容体又はそのバリアント、TGFβ-SRR、及び4-1BBに特異的なADRのうちの少なくとも2つ、並びに任意選択で、CAR、CD38ノックアウト、外因性CD16又はそのバリアント、HLA-I及び/又はHLA-II欠損、及び1つ以上のCFRのうちの1つ以上をコードするポリヌクレオチドを含む固形腫瘍標的化骨格を含む派生エフェクター細胞、iPSC及びそれらの派生細胞のいくつかの実施形態では、当該細胞は、TCR定常領域(TRAC又はTRBC)に挿入されたCARを有し、TCRノックアウトをもたらし、任意選択で、CAR発現を内因性TCRプロモータの制御下に置く。TCRα又はTCRβの定常領域(TRAC又はTRBC)の破壊は、TCR陰細胞を産生する。加えて、TCRの発現は、iPSCから分化したNK系統エフェクター細胞においても陰性である。TCR陰は、HLA適合を必要とせず、同種異系養子細胞療法において使用される場合、アロ反応性が減少し、GvHD(移植片対宿主病)を予防することができる。CARの追加の挿入部位には、AAVS1、CCR5、ROSA26、コラーゲン、HTRP、H11、GAPDH、RUNX1、B2M、TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、CIITA、RFXANK、RFX5、RFXAP、NKG2A、NKG2D、CD25、CD38、CD44、CD58、CD54、CD56、CD69、CD71、CIS、CBL-B、SOCS2、PD1、CTLA4、LAG3、TIM3、及びTIGITが含まれるが、これらに限定されない。別の実施形態では、本明細書に記載されるエフェクター細胞、iPSC及びその派生NK細胞はCARを含み、CARをNKG2A遺伝子座又はNKG2D遺伝子座に挿入する場合、NKG2A又はNKG2Dノックアウトをもたらし、それにより、CAR発現を内因性NKG2A又はNKG2Dプロモータの制御下に置く。
加えて、C-X-C-モチーフケモカイン受容体又はそのバリアント、TGFβ-SRR、及び4-1BBに特異的なADRのうちの少なくとも2つをコードするポリヌクレオチドを含む固形腫瘍標的化骨格を含み、CAR、外因性CD16又はそのバリアント、CD38ノックアウト、並びに細胞の生存、持続及び/又は増殖に寄与するサイトカインシグナル伝達を可能にする全長若しくは部分長のサイトカイン及び/又は全長若しくは部分長のサイトカイン受容体を含むインターロイキン(IL)サイトカインシグナル伝達複合体をコードするポリヌクレオチドを更に含むiPSCであって、iPSC株が改善された生存、持続、増殖、及びエフェクター細胞機能、並びにホーミング、輸送、腫瘍部位保持及び細胞傷害性を有する機能的派生造血細胞を産生するために分化を誘導することができる、iPSCが提供される。様々な実施形態では、外因的に導入されたILサイトカインシグナル伝達は、IL2、IL4、IL6、IL7、IL9、IL10、IL11、IL12、IL15、IL18、及びIL21のいずれか1つ、2つ、又はそれ以上のシグナル伝達を含む。いくつかの実施形態は、導入されるILサイトカインシグナル伝達複合体は、細胞におけるIL15シグナル伝達のためのものであり、細胞は、任意選択で、NK系統細胞である。いくつかの他の具体的な実施形態では、導入されるILサイトカインシグナル伝達複合体は、細胞におけるIL7シグナル伝達のためのものであり、細胞は、任意選択で、T系統細胞である。いくつかの実施形態では、導入されたILサイトカインシグナル伝達複合体は、細胞表面上に発現される。いくつかの実施形態では、ILサイトカインシグナル伝達は構成的に活性化される。いくつかの実施形態では、ILサイトカインシグナル伝達の活性化は誘導性である。いくつかの実施形態では、ILサイトカインシグナル伝達の活性化は、一過性及び/又は一時的である。いくつかの実施形態では、細胞表面サイトカイン/サイトカイン受容体の一過性/一時的発現は、レトロウイルス、センダイウイルス、アデノウイルス、エピソーム、ミニサークル、又はmRNAを含むRNAを介する。C-X-C-モチーフケモカイン受容体又はそのバリアント、TGFβ-SRR、及び4-1BBに特異的なADRのうちの2つ以上、並びにCAR、外因性CD16又はそのバリアント、ILサイトカインシグナル伝達複合体、並びに任意選択で表4及び本出願を通して提供される1つ以上の追加の遺伝子改変をコードするポリヌクレオチドを含む固形腫瘍標的化骨格を含むエフェクター細胞、は、追加的に供給される可溶性サイトカインにインビトロ又はインビボで接触することなく自律的に細胞成長、増殖(proliferation)、増殖(expansion)、及び/又はエフェクター機能を維持又は改善することができ、かつ腫瘍部位におけるホーミング、輸送、及び保持を増強することができ、腫瘍細胞は、初代由来免疫細胞又はクローンiPSCの合理的設計及び精密工学によってエフェクター細胞に提供される機能的特質と相乗作用するように感作され得る。
本明細書で提供される固形腫瘍標的化骨格と、CARと、外因性CD16又はそのバリアントと、CARと、B2Mノックアウト及び/又はCIITAノックアウトと、任意選択で、HLA-G過剰発現、CD58ノックアウト及びCD54ノックアウトのうちの1つと、を含むiPSCであって、分化を誘導して機能的派生造血細胞を産生することができる、iPSCも提供される。様々な実施形態では、固形腫瘍標的化骨格を含む当該iPSC及びその派生エフェクター細胞は、HLA-I及び/又はHLA-II欠損である。更なる実施形態では、固形腫瘍標的化骨格を含むHLA-I及び/又はHLA-II欠損iPSC並びにその派生エフェクター細胞はまた、CD38陰性であり、エフェクター細胞排除を引き起こすことなくADCCを誘導するために抗CD38抗体とともに使用することができ、それによって、iPSC及びそのエフェクター細胞の持続性及び/又は生存を増加させる。いくつかの実施形態では、エフェクター細胞は、増加したインビボでの持続性及び/又は生存率を有する。
したがって、本出願は、表4の以下の遺伝子型のいずれか1つを含むiPSC及びそれらの機能的派生造血細胞を提供する。表4に提供されるように、「IL」は、どの特定のサイトカイン/受容体又は組み合わせ発現が選択されるかに応じて、IL2、IL4、IL6、IL7、IL9、IL10、IL11、IL12、IL15、IL18、及びIL21のうちの1つを表すILサイトカインシグナル伝達複合体を表す。更に、「IL」はまた、IL15Δ実施形態を包含し、これは、IL15及びIL15Rαの短縮型融合タンパク質として上に詳述されるが、細胞内ドメインを含まない。更に、iPSCとその機能的派生造血細胞がCARとILの両方を含む遺伝子型を有する場合、CARとILは2A配列を含むバイシストロン性又はトリシストロン性発現カセットに含まれ得る。対照的に、いくつかの他の実施形態では、CAR及びILは、iPSC及びそれらの機能的派生造血細胞に含まれる別々の発現カセット中にある。一実施形態では、iPSC及びそれらの機能的派生エフェクター細胞はCARとILの両方を含み、ILはIL15であり、IL15構築物はCARとともに、又はCARとは別に、発現カセットに含まれる。
10.追加の改変
いくつかの実施形態では、遺伝子組換えモダリティは、安全スイッチタンパク質、標的化モダリティ、受容体、シグナル伝達分子、転写因子、薬学的に活性なタンパク質及びペプチド、薬物標的候補、又はiPSC若しくはその派生細胞の生着、輸送、ホーミング、生存能力、自己複製、持続性、免疫応答調節及び修飾、並びに/若しくは生存率を促進するタンパク質、のうちの1つ以上を更に含む。いくつかの実施形態では、遺伝子改変されたiPSC及びその派生細胞は、表4に列挙された遺伝子型を含む。いくつかの実施形態では、表4の遺伝子型のうちのいずれか1つを含むiPSC及びその派生エフェクター細胞は、TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、PD1、LAG3、TIM3、RFXANK、RFX5、RFXAP、及び染色体6p21領域内の任意の遺伝子のうちの少なくとも1つの破壊、又はHLA-E、4-1BBL、CD3、CD4、CD8、CD47、CD113、CD131、CD137、CD80、PDL1、A2AR、抗原特異的TCR、Fc受容体、エンゲージャ、及び二重特異性、多重特異性、若しくはユニバーサルエンゲージャとカップリングするための表面トリガー受容体のうちの少なくとも1つの導入、を更に含み得る。
いくつかの実施形態では、遺伝子組換えモダリティは、安全スイッチタンパク質、標的化モダリティ、受容体、シグナル伝達分子、転写因子、薬学的に活性なタンパク質及びペプチド、薬物標的候補、又はiPSC若しくはその派生細胞の生着、輸送、ホーミング、生存能力、自己複製、持続性、免疫応答調節及び修飾、並びに/若しくは生存率を促進するタンパク質、のうちの1つ以上を更に含む。いくつかの実施形態では、遺伝子改変されたiPSC及びその派生細胞は、表4に列挙された遺伝子型を含む。いくつかの実施形態では、表4の遺伝子型のうちのいずれか1つを含むiPSC及びその派生エフェクター細胞は、TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、PD1、LAG3、TIM3、RFXANK、RFX5、RFXAP、及び染色体6p21領域内の任意の遺伝子のうちの少なくとも1つの破壊、又はHLA-E、4-1BBL、CD3、CD4、CD8、CD47、CD113、CD131、CD137、CD80、PDL1、A2AR、抗原特異的TCR、Fc受容体、エンゲージャ、及び二重特異性、多重特異性、若しくはユニバーサルエンゲージャとカップリングするための表面トリガー受容体のうちの少なくとも1つの導入、を更に含み得る。
エンゲージャは、異なる抗体の2つ以上の単鎖可変断片(scFv)からなる融合タンパク質であり、エフェクター細胞表面分子又は表面トリガー受容体に結合する少なくとも1つの及び標的細胞特異的表面分子を介して標的細胞に結合する少なくとも別の1つを有する。エンゲージャの例には、二重特異性T細胞エンゲージャ(BiTE)、二重特異性キラー細胞エンゲージャ(BiKE)、三重特異性キラー細胞エンゲージャ(TriKE)、多重特異性キラー細胞エンゲージャ、又は複数の免疫細胞型と適合し得るユニバーサルエンゲージャが含まれるが、これらに限定されない。したがって、エンゲージャは、二重特異性又は多重特異性であり得る。このような二重特異性又は多重特異性エンゲージャは、エフェクター細胞(例えば、T細胞、NK細胞、NKT細胞、B細胞、マクロファージ、及び/又は好中球)を腫瘍細胞に誘導し、免疫エフェクター細胞を活性化することができ、CAR-T細胞療法の利益を最大化する大きな可能性を示している。
いくつかの実施形態では、エンゲージャは、同時又は連続投与によって、本明細書に記載の固形腫瘍標的化骨格を含むエフェクター細胞の集団と組み合わせて使用され、エフェクター細胞は、エンゲージャによって認識される表面分子又は表面トリガー受容体を含む。いくつかの他の実施形態では、エンゲージャは、本明細書に記載の固形腫瘍標的化骨格を含むiPSCの遺伝子操作及び操作されたiPSCの分化誘導を通じて派生エフェクター細胞によって発現される二重特異性抗体である。二重特異性若しくは多重特異性エンゲージャ認識、又はカップリングに使用できる例示的なエフェクター細胞表面分子又は表面トリガー受容体には、CD3、CD28、CD5、CD16、NKG2D、CD64、CD32、CD89、NKG2C、及び本明細書に開示されるキメラFc受容体が含まれるが、これらに限定されない。本明細書に記載されるように、いくつかの実施形態では、エンゲージャ認識のために派生エフェクター細胞の表面に発現する外因性CD16は、本明細書に記載されるような、CD16(F176V及び任意選択でS197Pを含む)又はCD64細胞外ドメイン、並びに天然又は非天然の膜貫通、刺激及び/又はシグナル伝達ドメインを含むhnCD16である。いくつかの実施形態では、エンゲージャ認識のためにエフェクター細胞の表面に発現する外因性CD16は、CD16ベースのキメラFc受容体(CFcR)である。いくつかの実施形態では、CD16ベースのCFcRは、NKG2Dの膜貫通ドメイン、2B4の刺激ドメイン、及びCD3ζのシグナル伝達ドメインを含み、外因性CD16の細胞外ドメインは、CD64又はCD16の細胞外ドメインの全長又は部分配列に由来し、CD16の細胞外ドメインは、F176V及び任意選択でS197Pを含む。
いくつかの実施形態では、エンゲージャのための標的細胞は、腫瘍細胞である。二重特異性又は多重特異性エンゲージャ認識のための例示的な腫瘍細胞表面分子には、B7H3、BCMA、CD10、CD19、CD20、CD22、CD24、CD30、CD33、CD34、CD38、CD44、CD79a、CD79b、CD123、CD138、CD179b、CEA、CLEC12A、CS-1、DLL3、EGFR、EGFRvIII、EPCAM、FLT-3、FOLR1、FOLR3、GD2、gpA33、HER2、HM1.24、LGR5、MSLN、MCSP、MICA/B、PSMA、PAMA、P-カドヘリン、及びROR1が含まれるが、これらに限定されない。一実施形態では、二重特異性エンゲージャは、CD3及びCD19に特異的な二重特異性抗体(CD3-CD19)である。別の実施形態では、二重特異性抗体は、CD16-CD30又はCD64-CD30である。別の実施形態では、二重特異性抗体は、CD16-BCMA又はCD64-BCMAである。更に別の実施形態では、二重特異性抗体は、CD3-CD33である。
更に別の実施形態では、二重特異性抗体は、エフェクター細胞と腫瘍細胞抗原結合ドメインとの間のリンカーを更に含む。例えば、改変されたIL15が、エフェクター細胞増殖を促進するエフェクターNK細胞のためのリンカーとして使用され得る(いくつかの刊行物では、TriKE、又は三重特異性キラーエンゲージャと呼ばれる)。一実施形態では、TriKEはCD16-IL15-EPCAM又はCD64-IL15-EPCAMである。別の実施形態では、TriKEはCD16-IL15-CD33又はCD64-IL15-CD33である。更に別の実施形態では、TriKEはNKG2C-IL15-CD33(「2C1533」)である。IL15に加えて、TriKEに含めるのに適したサイトカインとしては、IL2、IL4、IL6、IL7、IL9、IL10、IL11、IL12、IL18、及びIL21が挙げられるが、これらに限定されない。
いくつかの実施形態では、二重特異性又は多重特異性のエンゲージャのための表面トリガー受容体は、ときには細胞型に応じて、エフェクター細胞に対して内因性であり得る。他のいくつかの実施形態では、本明細書で提供される方法及び組成物を使用して、すなわち、表4に列挙された遺伝子型を含むiPSCを更に操作し、T細胞、NK細胞、又はソースiPSCと同一の遺伝子型と表面トリガー受容体を含むその他のエフェクター細胞へのiPSCの分化を指示し、1つ以上の外因性表面トリガー受容体をエフェクター細胞に導入することができる。
11.免疫療法のための抗体
いくつかの実施形態では、本明細書で提供される固形腫瘍標的化骨格を含むゲノム操作されたエフェクター細胞に加えて、状態、疾患、又は指標に関連する抗原を標的とする抗体又は抗体断片を含む追加の治療剤をこれらのエフェクター細胞とともに併用療法にて使用することができる。いくつかの実施形態では、抗体は、対象への同時又は連続投与によって、本明細書に記載の固形腫瘍標的化骨格を含むエフェクター細胞の集団と組み合わせて使用される。他の実施形態では、そのような抗体又はその断片は、当該抗体又はその断片をコードする外因性ポリヌクレオチド配列を使用してiPSCを遺伝子操作すること、及び操作されたiPSCの分化を指示することにより、エフェクター細胞によって発現され得る。いくつかの実施形態では、エフェクター細胞は外因性CD16バリアントを発現し、エフェクター細胞の細胞傷害性は、ADCCを介して抗体によって増強される。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供される固形腫瘍標的化骨格を含むゲノム操作されたエフェクター細胞に加えて、状態、疾患、又は指標に関連する抗原を標的とする抗体又は抗体断片を含む追加の治療剤をこれらのエフェクター細胞とともに併用療法にて使用することができる。いくつかの実施形態では、抗体は、対象への同時又は連続投与によって、本明細書に記載の固形腫瘍標的化骨格を含むエフェクター細胞の集団と組み合わせて使用される。他の実施形態では、そのような抗体又はその断片は、当該抗体又はその断片をコードする外因性ポリヌクレオチド配列を使用してiPSCを遺伝子操作すること、及び操作されたiPSCの分化を指示することにより、エフェクター細胞によって発現され得る。いくつかの実施形態では、エフェクター細胞は外因性CD16バリアントを発現し、エフェクター細胞の細胞傷害性は、ADCCを介して抗体によって増強される。
いくつかの実施形態では、治療用抗体はモノクローナル抗体である。いくつかの実施形態では、治療用抗体は、ヒト化抗体、ヒト化モノクローナル抗体、又はキメラ抗体である。いくつかの実施形態では、治療用抗体又は抗体断片は、ウイルス抗原に特異的に結合する。他の実施形態では、抗体又は抗体断片は、腫瘍抗原に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、腫瘍又はウイルス特異的抗原は、投与されたiPSC由来エフェクター細胞を活性化して、それらの殺傷能力を増強する。いくつかの実施形態では、投与されたiPSC由来エフェクター細胞に対する追加の治療剤として、併用治療に適した治療用抗体は、抗CD20抗体(リツキシマブ、ベルツズマブ、オファツムマブ、ウブリツキシマブ、オカラツズマブ、オビヌツズマブ)、抗HER2抗体(トラスツズマブ、ペルツズマブ)、抗CD52抗体(アレムツズマブ)、抗EGFR抗体(セツキシマブ)、抗GD2抗体(ジヌツキシマブ)、抗PDL1抗体(アベルマブ)、抗CD38抗体(ダラツムマブ、イサツキシマブ、MOR202)、抗CD123抗体(7G3、CSL362)、抗SLAMF7抗体(エロツズマブ)、抗MICA/B抗体(7C6、6F11、1C2)、並びにそれらのヒト化又はFc改変されたバリアント若しくは断片、又はそれらの機能的同等物及びバイオシミラーを含むがそれらに限定されない。いくつかの実施形態では、投与されたiPSC由来エフェクター細胞に対する追加の治療剤としての併用治療に好適な抗体は、標的細胞上の2つ以上の抗原若しくはエピトープを標的とするか、又は標的細胞を標的としながらエフェクター細胞(例えば、T細胞、NK細胞、若しくはマクロファージ細胞)を標的細胞に向けて動員する、二重特異性抗体又は多重特異性抗体を更に含む。このような二重特異性又は多重特異性抗体は、エフェクター細胞(例えば、T細胞、NK細胞、NKT細胞、B細胞、マクロファージ、及び/又は好中球)を腫瘍細胞に誘導し、免疫エフェクター細胞を活性化することができるエンゲージャとして機能し、抗体療法の利益を最大化する大きな可能性を示している。
いくつかの実施形態では、iPSC由来エフェクター細胞は、表4に列挙された遺伝子型を含む造血系統細胞を含む。いくつかの実施形態では、iPSC由来エフェクター細胞は、表4に列挙された遺伝子型を含むNK細胞を含む。いくつかの実施形態では、iPSC由来エフェクター細胞は、表4に列挙された遺伝子型を含むT細胞を含む。
液性腫瘍又は固形腫瘍を治療するのに有用な組み合わせのいくつかの実施形態では、組み合わせは、C-X-Cモチーフケモカイン受容体又はそのバリアント、TGFβ-SRR、及び4-1BBに特異的なADRのうちの2つ以上、並びに任意選択で表4に提供されるような1つ以上の追加の遺伝子改変をコードするポリヌクレオチドを含む固形腫瘍標的化骨格を含むiPSC由来NK細胞又はiPSC由来T細胞と、上記のような治療用抗体と、を含む。液性腫瘍又は固形腫瘍を治療するのに有用な組み合わせのいくつかの実施形態では、組み合わせは、本明細書に記載の固形腫瘍標的化骨格、並びに任意選択で、TCRノックアウト、CAR、サイトカインシグナル伝達複合体、外因性CD16又はそのバリアント、及びCD38ノックアウトを含むiPSC由来NK又はT細胞と、上記のような治療用抗体と、を含む。液性腫瘍又は固形腫瘍を治療するのに有用な組み合わせのいくつかの実施形態では、組み合わせは、本明細書に記載の固形腫瘍標的化骨格、並びに任意選択で、TCRノックアウト、CAR、ILサイトカインシグナル伝達複合体、外因性CD16又はそのバリアント、CD38ノックアウト、及びHLA-I及び/又はHLA-II欠損を含むiPSC由来NK又はT細胞と、上記のような治療用抗体と、を含む。当該組み合わせの様々な実施形態では、CARは、本明細書に記載の固形腫瘍抗原を標的とする。様々な実施形態では、外因性CD16は、hnCD16である。理論によって束縛されるものではないが、hnCD16は、モノクローナル抗体の増強されたADCCを提供するが、CARは、特異的腫瘍抗原を標的化するだけでなく、異なる腫瘍抗原を標的化するモノクローナル抗体と組み合わせた二重標的化戦略を使用して腫瘍抗原エスケープも防止する。
12.チェックポイント阻害剤
チェックポイントは、阻害されていない場合に免疫応答を抑制又は下方制御することができる細胞分子、しばしば細胞表面分子である。腫瘍が特定の免疫チェックポイント経路を、特に腫瘍抗原に特異的なT細胞に対する免疫抵抗性の主要なメカニズムとして選択していることが明らかになっている。チェックポイント阻害剤(CI)は、チェックポイント遺伝子の発現又は遺伝子産物を減少させるか、又はチェックポイント分子の活性を低下させ、それによって、阻害性チェックポイントを遮断し、免疫系機能を回復させることができるアンタゴニストである。PD1/PDL1又はCTLA4を標的化するチェックポイント阻害剤の開発により、腫瘍学の展望が変わり、これらの薬剤は複数の適応症で長期の寛解をもたらした。しかしながら、多くの腫瘍サブタイプはチェックポイント遮断療法に耐性があり、再発は依然として重大な懸念事項である。したがって、本出願の一態様は、CIとの併用療法に、本明細書で提供されるようなゲノム操作された機能性iPSC由来細胞を含めることにより、CI耐性を克服するための治療アプローチを提供する。本明細書に記載の併用療法の一実施形態では、iPSC由来細胞は、NK細胞である。本明細書に記載の併用療法の別の実施形態では、iPSC由来細胞は、T細胞である。直接的な抗腫瘍能力を示すことに加えて、本明細書において提供される派生NK細胞は、PDL1-PD1媒介阻害に抵抗し、T細胞遊走を増強し、T細胞を腫瘍微小環境に動員し、腫瘍部位でのT細胞活性化を増強する能力を有することが示されている。したがって、機能的に強力なゲノム操作された派生NK細胞によって促進されるT細胞の腫瘍浸潤は、当該NK細胞がチェックポイント阻害剤を含むT細胞標的免疫療法と相乗作用して、局所免疫抑制を緩和し、腫瘍量を低減することができることを示している。
チェックポイントは、阻害されていない場合に免疫応答を抑制又は下方制御することができる細胞分子、しばしば細胞表面分子である。腫瘍が特定の免疫チェックポイント経路を、特に腫瘍抗原に特異的なT細胞に対する免疫抵抗性の主要なメカニズムとして選択していることが明らかになっている。チェックポイント阻害剤(CI)は、チェックポイント遺伝子の発現又は遺伝子産物を減少させるか、又はチェックポイント分子の活性を低下させ、それによって、阻害性チェックポイントを遮断し、免疫系機能を回復させることができるアンタゴニストである。PD1/PDL1又はCTLA4を標的化するチェックポイント阻害剤の開発により、腫瘍学の展望が変わり、これらの薬剤は複数の適応症で長期の寛解をもたらした。しかしながら、多くの腫瘍サブタイプはチェックポイント遮断療法に耐性があり、再発は依然として重大な懸念事項である。したがって、本出願の一態様は、CIとの併用療法に、本明細書で提供されるようなゲノム操作された機能性iPSC由来細胞を含めることにより、CI耐性を克服するための治療アプローチを提供する。本明細書に記載の併用療法の一実施形態では、iPSC由来細胞は、NK細胞である。本明細書に記載の併用療法の別の実施形態では、iPSC由来細胞は、T細胞である。直接的な抗腫瘍能力を示すことに加えて、本明細書において提供される派生NK細胞は、PDL1-PD1媒介阻害に抵抗し、T細胞遊走を増強し、T細胞を腫瘍微小環境に動員し、腫瘍部位でのT細胞活性化を増強する能力を有することが示されている。したがって、機能的に強力なゲノム操作された派生NK細胞によって促進されるT細胞の腫瘍浸潤は、当該NK細胞がチェックポイント阻害剤を含むT細胞標的免疫療法と相乗作用して、局所免疫抑制を緩和し、腫瘍量を低減することができることを示している。
併用療法のいくつかの実施形態では、チェックポイント阻害剤は、対象へのその同時投与又は連続投与によって、本明細書に記載される固形腫瘍標的化骨格を含むエフェクター細胞の集団と組み合わせて使用される。いくつかの他の実施形態では、チェックポイント阻害剤は、当該チェックポイント阻害剤又はその断片若しくはバリアントをコードする外因性ポリヌクレオチド配列を使用してiPSCを遺伝子操作すること、及び操作されたiPSCの分化を指示することにより、エフェクター細胞によって発現される。本明細書に記載される固形腫瘍標的化骨格を含むエフェクター細胞との併用療法のいくつかの実施形態は、少なくとも1つのチェックポイント分子を標的とするための少なくとも1つのチェックポイント阻害剤を含み、エフェクター細胞は、表4に列挙された遺伝子型を有する。
一実施形態では、チェックポイント阻害剤併用療法のためのiPSC由来エフェクター細胞は、C-X-C-モチーフケモカイン受容体又はそのバリアント、TGFβ-SRR、及び4-1BBに特異的なADRのうちの2つ以上、並びに任意選択で、表4に提供される1つ以上の追加の遺伝子改変をコードするポリヌクレオチドを含む固形腫瘍標的化骨格を含む。一実施形態では、チェックポイント阻害剤併用療法のためのiPSC由来エフェクター細胞は、本明細書において提供される固形腫瘍標的化骨格と、任意選択で、CAR、外因性CD16発現、CFR発現、HLA-I及び/又はHLA-II欠損、CD38ノックアウト、並びにサイトカインシグナル伝達複合体発現のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ以上と、を含み、B2Mがノックアウトされている場合、HLA-Gをコードするポリヌクレオチド、又はCD58及びCD54の一方若しくは両方のノックアウトが任意選択で含まれる。いくつかの実施形態では、派生NK細胞は、表4に列挙された遺伝子型のうちのいずれか1つを含む。いくつかの実施形態では、本明細書において提供される固形腫瘍標的化骨格を含む上記の派生エフェクター細胞は、TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、PD1、LAG3、TIM3、RFXANK、RFX5、RFXAP、RAG1、及び染色体6p21領域内の任意の遺伝子のうちの少なくとも1つの欠失、破壊、又は発現低下、又はHLA-E、4-1BBL、CD3、CD4、CD8、CD47、CD113、CD131、CD137、CD80、PDL1、A2AR、CAR、Fc受容体、及び二重特異性、多重特異性、若しくはユニバーサルエンゲージャとカップリングするための表面トリガー受容体のうちの少なくとも1つの導入、を更に含む。
様々な実施形態では、派生エフェクター細胞は、C-X-C-モチーフケモカイン受容体又はそのバリアント、TGFβ-SRR、及び4-1BBに特異的なADRのうちの2つ以上、並びに任意選択で、CAR発現、CFR発現、外因性CD16発現、HLA-I及び/又はHLA-II欠損、CD38ノックアウト、及びサイトカインシグナル伝達複合体発現のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ以上をコードするポリヌクレオチドを含む固形腫瘍標的化骨格を含むiPSCクローン株を分化させることから得られ、B2Mがノックアウトされている場合、HLA-Gをコードするポリヌクレオチド、又はCD58及びCD54の一方若しくは両方のノックアウトが任意選択で導入される。いくつかの実施形態では、本明細書において提供される固形腫瘍標的化骨格を含む上記のiPSCクローン株は、TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、PD1、LAG3、TIM3、RFXANK、RFX5、RFXAP、RAG1、及び染色体6p21領域内の任意の遺伝子のうちの少なくとも1つの欠失、破壊、又は発現低下、又はHLA-E、4-1BBL、CD3、CD4、CD8、CD47、CD113、CD131、CD137、CD80、PDL1、A2AR、CAR、Fc受容体、及び二重特異性、多重特異性、若しくはユニバーサルエンゲージャとカップリングするための表面トリガー受容体のうちの少なくとも1つの導入、を更に含む。
本明細書で提供される派生NK又はT細胞との併用療法に好適なチェックポイント阻害剤には、PD1(Pdcdl、CD279)、PDL-1(CD274)、TIM3(Havcr2)、TIGIT(WUCAM及びVstm3)、LAG3(CD223)、CTLA4(CD152)、2B4(CD244)、4-1BB(CD137)、4-1BBL(CD137L)、A2AR、BATE、BTLA、CD39(Entpdl)、CD47、CD73(NT5E)、CD94、CD96、CD160、CD200、CD200R、CD274、CEACAM1、CSF-1R、Foxpl、GARP、HVEM、IDO、EDO、TDO、LAIR-1、MICA/B、NR4A2、MAFB、OCT-2(Pou2f2)、レチノイン酸受容体アルファ(retinoic acid receptor alpha、Rara)、TLR3、VISTA、NKG2A/HLA-E、及び阻害性KIR(例えば、2DL1、2DL2、2DL3、3DL1、及び3DL2)のアンタゴニストが含まれるが、これらに限定されない。
いくつかの実施形態では、上述のチェックポイント分子のいずれかを阻害するアンタゴニストは抗体である。いくつかの実施形態では、チェックポイント阻害抗体は、マウス抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、ラクダIg、単一可変新規抗原受容体(VNAR)、サメ重鎖のみ抗体(Ig NAR)、キメラ抗体、組換え抗体、又はこれらの抗体断片であり得る。抗体断片の非限定的な例には、Fab、Fab’、F(ab’)2、F(ab’)3、Fv、一本鎖抗原結合断片(scFv)、(scFv)2、ジスルフィド安定化Fv(dsFv)、ミニボディ、ダイアボディ、トリアボディ、テトラボディ、単一ドメイン抗原結合断片(sdAb、ナノボディ)、組換え重鎖のみ抗体(VHH)、及び抗体全体の結合特異性を維持するその他の抗体断片が含まれ、それらは、抗体全体よりも、製造するのに費用対効果が高く、より簡単に使用することができ、又は感度が高くあり得る。いくつかの実施形態では、1つ又は2つ又は3つ又はそれ以上のチェックポイント阻害剤は、アテゾリズマブ(抗PDL1mAb)、アベルマブ(抗PDL1mAb)、デュルバルマブ(抗PDL1mAb)、トレメリムマブ(抗CTLA4mAb)、イピリムマブ(抗CTLA4mAb)、IPH4102(抗KIR抗体)、IPH43(抗MICA抗体)、IPH33(抗TLR3抗体)、リリムマブ(抗KIR抗体)、モナリズマブ(抗NKG2A抗体)、ニボルマブ(抗-PD1mAb)、ペムブロリズマブ(抗PD1mAb)、及びそれらの派生体、機能的同等物、又はそれらのバイオシミラーの少なくとも1つを含む。
いくつかの実施形態では、多くのmiRNAが免疫チェックポイントの発現を制御する調節因子として見出されるため、上述のチェックポイント分子のいずれかを阻害するアンタゴニストはマイクロRNAベースである(Dragomir et al.,Cancer Biol Med.2018,15(2):103-115)。いくつかの実施形態では、チェックポイント拮抗miRNAは、miR-28、miR-15/16、miR-138、miR-342、miR-20b、miR-21、miR-130b、miR-34a、miR-197、miR-200c、miR-200、miR-17-5p、miR-570、miR-424、miR-155、miR-574-3p、miR-513、及びmiR-29cを含むがこれらに限定されない。
提供されるiPSC由来エフェクター細胞を含む併用療法のいくつかの実施形態は、少なくとも1つのチェックポイント分子を標的化する少なくとも1つのチェックポイント阻害剤を含み、iPSC由来細胞は、表4に列挙された遺伝子型を有する。提供される派生エフェクター細胞との組み合わせ療法のいくつかの他の実施形態は、2つ、3つ以上のチェックポイント分子が標的とされるように、2つ、3つ以上のチェックポイント阻害剤を含む。少なくとも4つのチェックポイント阻害剤及び表1に列挙された遺伝子型を有するiPSC由来細胞を含む併用療法のいくつかの実施形態では、当該チェックポイント阻害剤は、抗体、又はヒト化若しくはFc改変バリアント若しくは断片、又はそれらの機能的同等物若しくはバイオシミラーであり、当該チェックポイント阻害剤は、当該抗体、又はその断片若しくはバリアントをコードする外因性ポリヌクレオチド配列を発現することにより、iPSC由来細胞により産生される。いくつかの実施形態では、抗体をコードする外因性ポリヌクレオチド配列、又はチェックポイントを阻害するその断片若しくはバリアントは、別個の構築物内、又はCARと抗体若しくはその断片をコードする配列の両方を含むバイシストロン性若しくはトリシストロン性構築物内のいずれかで、CARと共発現される。いくつかの更なる実施形態では、抗体又はその断片をコードする配列は、例えば、CAR-2A-CI又はCI-2A-CARのように例示される自己切断2Aコード配列を介してCAR発現構築物の5’又は3’末端のいずれかに連結され得る。したがって、チェックポイント阻害剤とCARのコード配列は、単一のオープンリーディングフレーム(ORF)にあり得る。チェックポイント阻害剤が送達され、腫瘍微小環境(TME)に浸潤することができる派生エフェクター細胞によってペイロードとして発現及び分泌されると、それは、TMEに結合すると阻害性チェックポイント分子を打ち消し、CARなどのモダリティを活性化するか、又は受容体を活性化することによって、エフェクター細胞を活性化する。いくつかの実施形態では、CARと共発現するチェックポイント阻害剤は、チェックポイント分子、PD-1、PDL-1、TIM-3、TIGIT、LAG-3、CTLA-4、2B4、4-1BB、4-1BBL、A2AR、BATE、BTLA、CD39(Entpdl)、CD47、CD73(NT5E)、CD94、CD96、CD160、CD200、CD200R、CD274、CEACAM1、CSF-1R、Foxp1、GARP、HVEM、IDO、EDO、TDO、LAIR-1、MICA/B、NR4A2、MAFB、OCT-2(Pou2f2)、レチノイン酸受容体アルファ(Rara)、TLR3、VISTA、NKG2A/HLA-E、又は抑制性KIRのうちの少なくとも1つを阻害する。いくつかの実施形態では、表4に列挙される遺伝子型を有する派生細胞においてCARと共発現するチェックポイント阻害剤は、アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、トレメリムマブ、イピリムマブ、IPH4102、IPH43、IPH33、リリムマブ、モナリズマブ、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、及びそれらのヒト化、又はFc改変バリアント、断片、及びそれらの機能的同等物又はバイオシミラーを含む。いくつかの実施形態では、CARと共発現するチェックポイント阻害剤は、アテゾリズマブ、又はそのヒト化、又はFc改変バリアント、断片又はそれらの機能的同等物又はバイオシミラーである。いくつかの他の実施形態では、CARと共発現するチェックポイント阻害剤は、ニボルマブ、又はそのヒト化、又はFc改変バリアント、断片又はそれらの機能的同等物又はバイオシミラーである。いくつかの他の実施形態では、CARと共発現するチェックポイント阻害剤は、ペンブロリズマブ、又はそのヒト化、又はFc改変バリアント、断片又はそれらの機能的同等物又はバイオシミラーである。
本明細書で提供される固形腫瘍標的化骨格を含むiPSC由来細胞及びチェックポイント分子を阻害する少なくとも4つの抗体を含む併用療法のいくつかの他の実施形態では、当該抗体は、iPSC由来細胞によって、又はiPSC由来細胞内で産生されず、表1に列挙されている遺伝子型を持つ派生細胞の投与の前、それと同時、又はその後に更に投与される。いくつかの実施形態では、提供される派生エフェクター細胞との組み合わせ療法における1つ、2つ、3つ以上のチェックポイント阻害剤の投与は、同時又は逐次的である。表4に列挙された遺伝子型を有する誘導NK細胞又は誘導T細胞を含む組み合わせ治療の一実施形態では、治療に含まれるチェックポイント阻害剤は、アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、トレメリムマブ、イピリムマブ、IPH4102、IPH43、IPH33、リリムマブ、モナリズマブ、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、及びそれらのヒト化、又はFc改変バリアント、断片、及びそれらの機能的同等物又はバイオシミラーのうちの1つ以上である。表4に列挙された遺伝子型を有する派生NK細胞又は派生T細胞を含む組み合わせ治療のいくつかの実施形態では、治療に含まれるチェックポイント阻害剤は、アテゾリズマブ、又はそのヒト化若しくはFc改変バリアント、断片及びその機能的同等物若しくはバイオシミラーである。表4に列挙された遺伝子型を有する派生NK細胞又は派生T細胞を含む組み合わせ治療のいくつかの実施形態では、治療に含まれるチェックポイント阻害剤は、ニボルマブ、又はそのヒト化若しくはFc改変バリアント、断片及びその機能的同等物若しくはバイオシミラーである。表4に列挙された遺伝子型を有する派生NK細胞又は派生T細胞を含む組み合わせ治療のいくつかの実施形態では、治療に含まれるチェックポイント阻害剤は、ペムブロリズマブ、又はそのヒト化若しくはFc改変バリアント、断片及びその機能的同等物若しくはバイオシミラーである。
II.iPSCの選択された遺伝子座における標的化ゲノム編集のための方法
本明細書で互換可能に使用されるゲノム編集、又はゲノム編集、又は遺伝子編集は、標的細胞のゲノムにDNAが挿入、欠失、及び/又は置換される一種の遺伝子工学である。標的化ゲノム編集(「標的化ゲノム編集」又は「標的化遺伝子編集」と互換可能である)は、ゲノム内の事前に選択された部位での挿入、欠失、置換を可能にする。標的化編集中に挿入部位で内因性配列が欠失すると、影響を受けた配列を含む内因性遺伝子は、配列欠失によりノックアウト又はノックダウンされる可能性がある。したがって、標的化編集を使用して、内因性遺伝子発現を正確に破壊することもできる。本明細書で同様に使用される用語「標的化組み込み」は、挿入部位での内因性配列の欠失を伴うか又は伴わない、1つ以上の外因性配列の挿入を含むプロセスを指す。対照的に、ランダムに組み込まれた遺伝子は位置効果とサイレンシングの影響を受けやすく、その発現は信頼できず、予測できない。例えば、セントロメア及びサブテロメア領域は、特に導入遺伝子サイレンシングを起こしやすい。相互に新しく組み込まれた遺伝子は、周囲の内因性遺伝子とクロマチンに影響を与え、細胞の挙動を変え、又は細胞の形質転換を促進する可能性がある。したがって、セーフハーバー遺伝子座やゲノムセーフハーバー(genomic safe harbor、GSH)などの事前に選択された遺伝子座に外来性DNAを挿入することは、安全性、効率、コピー数制御、及び信頼性の高い遺伝子応答制御にとって重要である。
本明細書で互換可能に使用されるゲノム編集、又はゲノム編集、又は遺伝子編集は、標的細胞のゲノムにDNAが挿入、欠失、及び/又は置換される一種の遺伝子工学である。標的化ゲノム編集(「標的化ゲノム編集」又は「標的化遺伝子編集」と互換可能である)は、ゲノム内の事前に選択された部位での挿入、欠失、置換を可能にする。標的化編集中に挿入部位で内因性配列が欠失すると、影響を受けた配列を含む内因性遺伝子は、配列欠失によりノックアウト又はノックダウンされる可能性がある。したがって、標的化編集を使用して、内因性遺伝子発現を正確に破壊することもできる。本明細書で同様に使用される用語「標的化組み込み」は、挿入部位での内因性配列の欠失を伴うか又は伴わない、1つ以上の外因性配列の挿入を含むプロセスを指す。対照的に、ランダムに組み込まれた遺伝子は位置効果とサイレンシングの影響を受けやすく、その発現は信頼できず、予測できない。例えば、セントロメア及びサブテロメア領域は、特に導入遺伝子サイレンシングを起こしやすい。相互に新しく組み込まれた遺伝子は、周囲の内因性遺伝子とクロマチンに影響を与え、細胞の挙動を変え、又は細胞の形質転換を促進する可能性がある。したがって、セーフハーバー遺伝子座やゲノムセーフハーバー(genomic safe harbor、GSH)などの事前に選択された遺伝子座に外来性DNAを挿入することは、安全性、効率、コピー数制御、及び信頼性の高い遺伝子応答制御にとって重要である。
標的化編集は、ヌクレアーゼに依存しないアプローチ、又はヌクレアーゼに依存するアプローチのいずれかによって実現され得る。ヌクレアーゼに依存しない標的化編集アプローチでは、相同組換えは、宿主細胞の酵素機構を介して、挿入される外因性ポリヌクレオチドに隣接する相同配列によって導かれる。
代替的に、特異的なレアカットエンドヌクレアーゼによる二本鎖切断(double strand break、DSB)の特異的な導入により、より高い頻度で標的化編集を実現することができる。このようなヌクレアーゼ依存の標的化編集は、DSBに応答して発生する非相同末端結合(non-homologous end joining、NHEJ)を含むDNA修復メカニズムを利用する。外因性の遺伝物質を含むドナーベクターがない場合、NHEJは少数の内因性ヌクレオチドのランダムな挿入又は欠失(インデル)をしばしば引き起こす。対照的に、一対のホモロジーアームと隣接する外因性遺伝物質を含むドナーベクターが存在する場合、相同組換えによる相同指向性修復(homology directed repair、HDR)中に外因性遺伝物質がゲノムに導入され得、「標的化組み込み」がもたらされる。いくつかの状況において、標的化組み込み部位は、選択された遺伝子のコード領域内にあることが意図され、したがって、標的化組み込みは、遺伝子発現を破壊し、1つの単一編集ステップにおいて同時ノックイン及びノックアウト(KI/KO)をもたらし得る。
目的の遺伝子座(gene locus of interest、GOI)における選択位置に1つ以上の導入遺伝子を挿入して、同時に遺伝子をノックアウトすることを達成することができる。同時ノックイン及びノックアウト(knock-in and knockout、KI/KO)に好適な遺伝子座には、B2M、TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、CIITA、RFXANK、RFX5、RFXAP、TCRα又はβ定常領域、NKG2A、NKG2D、CD38、CD25、CD69、CD71、CD44、CD58、CD54、CD56、CIS、CBL-B、SOCS2、PD1、CTLA4、LAG3、TIM3、及びTIGITが含まれるが、これらに限定されない。位置選択的挿入のためのそれぞれの部位特異的標的化ホモロジーアームにより、導入遺伝子が、部位の内因性プロモータ下又は構築物に含まれる外因性プロモータ下のいずれかで発現されることが可能になる。2つ以上の導入遺伝子がCD38遺伝子座の選択された位置に挿入される場合、リンカー配列、例えば2Aリンカー又はIRESは、任意の2つの導入遺伝子の間に配置される。2Aリンカーは、例えば、FMDV、ERAV、PTV-I、又はTaVに由来する自己切断ペプチド(それぞれ「F2A」、「E2A」、「P2A」、及び「T2A」と呼ばれる)をコードし、単一の翻訳から別々のタンパク質を産生できるようにする。いくつかの実施形態では、導入遺伝子及び/又は外因性プロモータサイレンシングのリスクを低減するために、構築物にインスレータが含まれる。種々の実施形態では、外因性プロモータは、CAG、又はCMV、EF1α、PGK、及びUBCを含むがこれらに限定されない他の構成的、誘導性、時間特異的、組織特異的、若しくは細胞型特異的プロモータであり得る。
特異的な標的化DSBを導入することができる利用可能なエンドヌクレアーゼには、ジンクフィンガヌクレアーゼ(zinc-finger nucleases、ZFN)、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ(transcription activator-like effector nucleases、TALEN)、RNA誘導CRISPR(Clustered Regular Interspaced Short Palindromic Repeats、クラスター化等間隔短鎖回分リピート)システムが含まれるが、これらに限定されない。更に、phiC31及びBxb1インテグラーゼを利用するDICE(デュアルインテグラーゼカセット交換)システムも、標的化組み込みのための有望なツールである。
ZFNは、ジンクフィンガDNA結合ドメインに融合したヌクレアーゼを含む標的化ヌクレアーゼである。「ジンクフィンガDNA結合ドメイン」又は「zinc finger DNA binding domain、ZFBD」とは、1つ以上のジンクフィンガを介して配列特異的な様式でDNAに結合するポリペプチドドメインを意味する。ジンクフィンガは、亜鉛イオンの配位により構造が安定化されるジンクフィンガ結合ドメイン内の約30アミノ酸のドメインである。ジンクフィンガの例には、C2H2ジンクフィンガ、C3Hジンクフィンガ、及びC4ジンクフィンガが含まれるが、これらに限定されない。「設計された」ジンクフィンガドメインは、天然に存在しないドメインであり、その設計/構成は主に合理的な基準、例えば、既存のZFP設計と結合データの情報を格納するデータベースの情報を処理するための置換ルールとコンピュータ化アルゴリズムの適用に起因する。例えば、米国特許第6,140,081号、同第6,453,242号及び同第6,534,261号を参照されたい、国際公開第98/53058号、同第98/53059号、同第98/53060号、同第02/016536号及び同第03/016496号も参照されたい。「選択された」ジンクフィンガドメインは、その生産が主にファージディスプレイ、相互作用トラップ、又はハイブリッド選択などの経験的プロセスから生じる天然では見られないドメインである。ZFNは、米国特許第7,888,121号及び同第7,972,854号で詳細に説明されており、それらの完全な開示は参照により本明細書に組み込まれる。当該技術分野で最も認識されているZFNの例は、FokIヌクレアーゼとジンクフィンガDNA結合ドメインとの融合である。
TALENは、TALエフェクターDNA結合ドメインに融合したヌクレアーゼを含む標的化ヌクレアーゼである。「転写活性化因子様エフェクターDNA結合ドメイン」、「TALエフェクターDNA結合ドメイン」、又は「TALE DNA結合ドメイン」とは、TALエフェクタータンパク質のDNAへの結合に関与するTALエフェクタータンパク質のポリペプチドドメインを意味する。TALエフェクタータンパク質は、感染中にXanthomonas属の植物病原体によって分泌される。これらのタンパク質は植物細胞の核に入り、それらのDNA結合ドメインを介してエフェクター特異的なDNA配列に結合し、トランス活性化ドメインを介してこれらの配列で遺伝子転写を活性化する。TALエフェクターDNA結合ドメインの特異性は、反復可変残基(repeat variable-diresidue、RVD)と呼ばれる選択された反復位置に多型を含む不完全な34アミノ酸リピートのエフェクター可変数に依存する。TALENについては、米国特許出願公開第2011/0145940号により詳細に記載されており、参照により本明細書に組み込まれる。当該技術分野で最も認識されているTALENの例は、TALエフェクターDNA結合ドメインへのFokIヌクレアーゼの融合ポリペプチドである。
本発明の方法で使用される標的化ヌクレアーゼの別の例は、標的化Spo11ヌクレアーゼ、目的のDNA配列に特異性を有するDNA結合ドメイン、例えばジンクフィンガDNA結合ドメイン、TALエフェクターDNA結合ドメインなどに融合したヌクレアーゼ活性を有するSpo11ポリペプチドを含むポリペプチドである。
本発明の実施形態に適した標的化ヌクレアーゼの更なる例には、個別に又は組み合わせて使用されるかどうかにかかわらず、Bxb1、phiC31、R4、PhiBT1、及びWβ/SPBc/TP901-1が含まれるが、これらに限定されない。
標的化ヌクレアーゼの他の非限定的な例には、天然に存在するヌクレアーゼ及び組換えヌクレアーゼ、cas、cpf、cse、csy、csn、csd、cst、csh、csa、csm、及びcmrを含むファミリーからのCRISPR関連のヌクレアーゼ、制限エンドヌクレアーゼ、メガヌクレアーゼ、ホーミングエンドヌクレアーゼなどが挙げられる。
一例としてCas9を使用すると、CRISPR/Cas9は、2つの主要な成分:(1)Cas9エンドヌクレアーゼと(2)crRNA-tracrRNA複合体とを必要とする。共発現すると、2つの成分が複合体を形成し、PAM及びPAM近位のシーディング領域(seeding region)を含む標的DNA配列に動員される。crRNAとtracrRNAを組み合わせてキメラガイドRNA(guide RNA、gRNA)を形成し、Cas9を選択した配列を標的に導くことができる。次いで、これら2つの成分は、トランスフェクション又は形質導入を介して哺乳動物細胞に送達できる。
DICEを介した挿入は、例えば、phiC31とBxb1などのリコンビナーゼの対を使用して、各酵素自体の小さなattB及びattP認識部位に厳しく制限されている外因性DNAの一方向の組み込みを提供する。これらの標的化att部位は哺乳類のゲノムには天然に存在しないため、最初に所望の組み込み部位のゲノムに導入する必要がある。例えば、米国特許出願公開第2015/0140665号(その開示が参照により本明細書に組み込まれる)を参照されたい。
本発明の一態様は、標的化されたゲノム組み込みのための1つ以上の外因性ポリヌクレオチドを含む構築物を提供する。一実施形態では、構築物は、所望の組み込み部位に特異的な一対の相同アームを更に含み、標的化組み込みの方法は、構築物を細胞に導入して、細胞宿主酵素機構による部位特異的相同組換えを可能にすることを含む。別の実施形態では、細胞における標的化組み込みの方法は、1つ以上の外因性ポリヌクレオチドを含む構築物を細胞に導入することと、所望の組み込み部位に特異的なDNA結合ドメインを含むZFN発現カセットを細胞に導入してZFNを介した挿入を可能にすることと、を含む。更に別の実施形態では、細胞における標的化組み込みの方法は、1つ以上の外因性ポリヌクレオチドを含む構築物を細胞に導入することと、所望の組み込み部位に特異的なDNA結合ドメインを含むTALEN発現カセットを細胞に導入してTALENを介した挿入を可能にすることと、を含む。別の実施形態では、細胞における標的化組み込みの方法は、1つ以上の外因性ポリヌクレオチドを含む構築物を細胞に導入することと、Cas9発現カセット及び所望の組み込み部位に特異的なガイド配列を含むgRNAを細胞に導入してCas9を介した挿入を可能にすることと、を含む。更に別の実施形態では、細胞における標的化組み込みの方法は、一対のDICEリコンビナーゼの1つ以上のatt部位を含む構築物を細胞内の所望の組み込み部位に導入することと、1つ以上の外因性ポリヌクレオチドを含む構築物を細胞に導入することと、DICEリコンビナーゼ用の発現カセットを導入し、DICEを介した標的化組み込みを可能にすることと、を含む。
標的化組み込みのための有望な部位には、ヒトのゲノムの遺伝子内又は遺伝子外領域であり、理論的には、宿主細胞又は生物に悪影響を与えることなく、新たに組み込まれたDNAの予測可能な発現に対応できる、セーフハーバー遺伝子座、又はゲノムセーフハーバー(GSH)が含まれるが、これらに限定されない。有用なセーフハーバーは、ベクターにコードされたタンパク質又は非コードRNAの望ましいレベルを生成するために十分な導入遺伝子発現を可能にする必要がある。セーフハーバーはまた、細胞を悪性形質転換しやすくしたり、細胞機能を変化させたりするものであってはならない。組み込み部位が、可能性のあるセーフハーバー遺伝子座であるためには、理想的には、以下を含むがこれらに限定されない基準を満たす必要がある:配列アノテーションによって判断されるような、調節エレメント又は遺伝子の破壊が存在しないこと、遺伝子密集領域内の遺伝子間領域、又は反対方向に転写された2つの遺伝子の間の収束位置であること、ベクターにコードされた転写活性化因子と、隣接する遺伝子、特にがん関連遺伝子及びマイクロRNA遺伝子のプロモータとの間の長距離相互作用の可能性を最小限にする距離を保つこと、並びに遍在的な転写活性を示す、広範な空間的及び時間的発現配列タグ(expressed sequence tag、EST)発現パターンによって反映されるような、明らかに遍在的な転写活性を有すること。この後者の特質は幹細胞で特に重要であり、幹細胞では、分化中にクロマチンのリモデリングが通常、いくつかの遺伝子座のサイレンシングと他の遺伝子座の活性化の可能性をもたらす。外因性挿入に好適な領域内では、挿入のために選択された正確な遺伝子座は、反復要素と保存された配列を欠き、ホモロジーアームの増幅用のプライマーを簡単に設計することができるはずである。
ヒトゲノム編集、又は具体的には標的化組み込みに好適な部位には、アデノ随伴ウイルス部位1(adeno-associated virus site 1、AAVS1)、ケモカイン(CCモチーフ)受容体5(chemokine(CC motif)receptor 5、CCR5)遺伝子座、及びマウスROSA26遺伝子座のヒトのオルソログが含まれるが、これらに限定されない。加えて、マウスH11遺伝子座のヒトオルソログはまた、本明細書に開示される標的化組み込みの組成物及び方法を使用して挿入するための好適な部位であり得る。更に、コラーゲンとHTRP遺伝子座は、標的化組み込みのためのセーフハーバーとしても使用され得る。しかしながら、選択した各部位の検証は、特定の組み込み事象のために特に幹細胞で必要であることが示されており、プロモータの選択、外因性遺伝子の配列と配置、構築物の設計などの挿入戦略の最適化がしばしば必要である。
標的化されたインデルのために、編集部位はしばしばその発現及び/又は機能が破壊されることが意図されている内因性遺伝子に含まれている。いくつかの実施形態では、標的化されたインデルを含む内因性遺伝子は、免疫応答の調節及び修飾に関連する。いくつかの他の実施形態では、標的化インデルを含む内因性遺伝子は、標的化モダリティ、受容体、シグナル伝達分子、転写因子、薬物標的候補、免疫応答調節及び修飾、あるいは幹細胞及び/又は前駆細胞、並びにそれらに由来する細胞の生着、輸送、ホーミング、生存能力、自己複製、持続性、及び/又は生存率を抑制するタンパク質と関連する。
したがって、本発明の別の態様は、ゲノムセーフハーバーを含む選択された遺伝子座、又は本明細書において提供されるような、B2M、TAP1、TAP2、タパシン、TRAC、若しくはCD38遺伝子座などの継続的又は一時的な遺伝子発現について安全かつ十分に調節されていることが既知の若しくは証明された事前に選択された遺伝子座における標的化組み込みの方法を提供する。一実施形態では、標的化組み込みの方法のためのゲノムセーフハーバーは、AAVS1、CCR5、ROSA26、コラーゲン、HTRP、H11、ベータ2ミクログロブリン、CD38、GAPDH、TCR、若しくはRUNX1、又はゲノムセーフハーバーの基準を満たす他の遺伝子座を含む、1つ以上の望ましい組み込み部位を含む。一実施形態では、細胞への標的化組み込みの方法は、1つ以上の外因性ポリヌクレオチドを含む構築物を細胞に導入することと、所望の組み込み部位に特異的な相同アームのペア及び1つ以上の外因性配列を含む構築物を細胞に導入して、細胞宿主酵素機構による部位特異的相同組換えを可能にすることと、を含み、望ましい組み込み部位は、AAVS1、CCR5、ROSA26、コラーゲン、HTRP、H11、GAPDH、TCR、若しくはRUNX1、又はゲノムセーフハーバーの基準を満たす他の遺伝子座を含む。更なる組み込み部位は、破壊、例えば減少又はノックアウトのために意図される内因性遺伝子座を含み、これは、B2M、TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、CIITA、RFXANK、RFX5、RFXAP、TCRα又はβ定常領域、NKG2A、NKG2D、CD38、CD25、CD69、CD71、CD44、CD54、CD56、CD58、CIS、CBL-B、SOCS2、PD1、CTLA4、LAG3、TIM3、又はTIGITを含む。
別の実施形態では、細胞における標的化組み込みの方法は、1つ以上の外因性ポリヌクレオチドを含む構築物を細胞に導入することと、所望の組み込み部位に特異的なDNA結合ドメインを含むZFN発現カセットを細胞に導入して、ZFN媒介挿入を可能にすることと、を含み、所望の組み込み部位は、AAVS1、CCR5、ROSA26、コラーゲン、HTRP、H11、GAPDH、RUNX1、B2M、TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、CIITA、RFXANK、RFX5、RFXAP、TCRα若しくはβ定常領域、NKG2A、NKG2D、CD25、CD38、CD44、CD54、CD56、CD58、CD69、CD71、OX40、4-1BB、CIS、CBL-B、SOCS2、PD1、CTLA4、LAG3、TIM3、又はTIGITを含む。更に別の実施形態では、細胞における標的化組み込みの方法は、1つ以上の外因性ポリヌクレオチドを含む構築物を細胞に導入することと、所望の組み込み部位に特異的なDNA結合ドメインを含むTALEN発現カセットを細胞に導入して、TALEN媒介挿入を可能にすることと、を含み、所望の組み込み部位は、AAVS1、CCR5、ROSA26、コラーゲン、HTRP、H11、GAPDH、RUNX1、B2M、TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、CIITA、RFXANK、RFX5、RFXAP、TCRα若しくはβ定常領域、NKG2A、NKG2D、CD25、CD38、CD44、CD54、CD56、CD58、CD69、CD71、OX40、4-1BB、CIS、CBL-B、SOCS2、PD1、CTLA4、LAG3、TIM3、又はTIGITを含む。別の実施形態では、細胞における標的化組み込みの方法は、1つ以上の外因性ポリヌクレオチドを含む構築物を細胞に導入することと、所望の組み込み部位に特異的なCas9発現カセット、及びガイド配列を含むgRNAを細胞に導入して、Cas9媒介挿入を可能にすることと、を含み、所望の組み込み部位は、AAVS1、CCR5、ROSA26、コラーゲン、HTRP、H11、GAPDH、RUNX1、B2M、TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、CIITA、RFXANK、RFX5、RFXAP、TCRα若しくはβ定常領域、NKG2A、NKG2D、CD25、CD38、CD44、CD54、CD56、CD58、CD69、CD71、OX40、4-1BB、CIS、CBL-B、SOCS2、PD1、CTLA4、LAG3、TIM3、又はTIGITを含む。更に別の実施形態では、細胞における標的化組み込みの方法は、DICEレコンビナーゼの対の1つ以上のatt部位を含む構築物を細胞における所望の組み込み部位に導入することと、1つ以上の外因性ポリヌクレオチドを含む構築物を細胞に導入することと、DICEレコンビナーゼの発現カセットを導入して、DICE媒介標的化組み込みを可能にすることと、を含み、所望の組み込み部位は、AAVS1、CCR5、ROSA26、コラーゲン、HTRP、H11、GAPDH、RUNX1、B2M、TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、CIITA、RFXANK、RFX5、RFXAP、TCRα若しくはβ定常領域、NKG2A、NKG2D、CD25、CD38、CD44、CD54、CD56、CD58、CD69、CD71、OX40、4-1BB、CIS、CBL-B、SOCS2、PD1、CTLA4、LAG3、TIM3、又はTIGITを含む。
更に、本明細書で提供されるように、セーフハーバーでの標的化組み込みのための上述の方法は、目的のポリヌクレオチド、例えば、安全スイッチタンパク質、標的化モダリティ、受容体、シグナル伝達分子、転写因子、薬学的に活性なタンパク質及びペプチド、薬物標的候補、及び幹細胞及び/又は前駆細胞の生着、輸送、ホーミング、生存能力、自己複製、持続性、及び/又は生存率を促進するタンパク質をコードするポリヌクレオチドを挿入するために使用される。いくつかの他の実施形態では、1つ以上の外因性ポリヌクレオチドを含む構築物は、1つ以上のマーカー遺伝子を更に含む。一実施形態では、本発明の構築物中の外因性ポリヌクレオチドは、安全スイッチタンパク質をコードする自殺遺伝子である。誘導された細胞死のための好適な自殺遺伝子系としては、カスパーゼ9(又はカスパーゼ3若しくは7)及びAP1903、チミジンキナーゼ(thymidine kinase、TK)及びガンシクロビル(ganciclovir、GCV)、シトシンデアミナーゼ(cytosine deaminase、CD)及び5-フルオロシトシン(5-fluorocytosine、5-FC)が挙げられるが、これらに限定されない。加えて、一部の自殺遺伝子系は細胞型に特異的であり、例えば、B細胞分子CD20によるTリンパ球の遺伝子改変は、mAbリツキシマブの投与時にそれらを排除することができる。更に、セツキシマブによって認識されるエピトープを含む改変されたEGFRは、細胞がセツキシマブに曝露されたときに遺伝子操作された細胞を枯渇させるために使用することができる。したがって、本発明の一態様は、カスパーゼ9(カスパーゼ3又は7)、チミジンキナーゼ、シトシンデアミナーゼ、改変EGFR、及びB細胞CD20から選択される安全スイッチタンパク質をコードする1つ以上の自殺遺伝子の標的化組み込みの方法を提供する。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される方法によって組み込まれた1つ以上の外因性ポリヌクレオチドは、標的化組み込みのための構築物に含まれる作動可能に連結された外因性プロモータによって駆動される。プロモータは誘導性又は構成的であり得、そして時間特異的、組織特異的又は細胞型特異的であり得る。本発明の方法に適した構成的プロモータには、サイトメガロウイルス(CMV)、伸長因子1α(EF1α)、ホスホグリセリン酸キナーゼ(PGK)、ハイブリッドCMVエンハンサ/ニワトリβ-アクチン(CAG)、及びユビキチンC(UBC)プロモータが含まれるが、これらに限定されない。一実施形態では、外因性プロモータはCAGである。
本明細書に記載される方法によって組み込まれた外因性ポリヌクレオチドは、組み込み部位において、宿主ゲノム中の内因性プロモータによって駆動され得る。一実施形態では、本明細書に記載される方法は、細胞のゲノムにおけるAAVS1遺伝子座における1つ以上の外因性ポリヌクレオチドの標的化組み込みのために使用される。一実施形態では、少なくとも1つの組み込まれたポリヌクレオチドは、内因性AAVS1プロモータによって駆動される。別の実施形態では、本明細書に記載される方法は、細胞のゲノムにおけるROSA26遺伝子座での標的化組み込みのために使用される。一実施形態では、少なくとも1つの組み込まれたポリヌクレオチドは、内因性ROSA26プロモータによって駆動される。更に別の実施形態では、本明細書に記載される方法は、細胞のゲノムにおけるH11遺伝子座での標的化組み込みのために使用される。一実施形態では、少なくとも1つの組み込まれたポリヌクレオチドは、内因性H11プロモータによって駆動される。別の実施形態では、本明細書に記載される方法は、細胞のゲノムにおけるコラーゲン遺伝子座での標的化組み込みのために使用される。一実施形態では、少なくとも1つの組み込まれたポリヌクレオチドは、内因性コラーゲンプロモータによって駆動される。更に別の実施形態では、本明細書に記載される方法は、細胞のゲノムにおけるHTRP遺伝子座での標的化組み込みのために使用される。一実施形態では、少なくとも1つの組み込まれたポリヌクレオチドは、内因性HTRPプロモータによって駆動される。理論的には、所望の位置での正しい挿入のみが、内因性プロモータによって駆動される外因性遺伝子の遺伝子発現を可能にするであろう。
いくつかの実施形態では、標的化組み込みの方法のための構築物に含まれる1つ以上の外因性ポリヌクレオチドは、1つのプロモータによって駆動される。いくつかの実施形態では、構築物は、同じプロモータによって駆動される2つの隣接するポリヌクレオチド間に1つ以上のリンカー配列を含み、部分間の物理的分離を高め、酵素機構へのアクセスを最大にする。リンカー配列のリンカーペプチドは、関連する機能に応じて、部分(外因性ポリヌクレオチド、及び/又はそこからコードされるタンパク質又はペプチド)間の物理的分離をより柔軟又はより堅くするように選択されたアミノ酸からなり得る。リンカー配列は、プロテアーゼにより切断可能であり得るか、又は化学的に切断可能であり、別個の部分を生じ得る。リンカーにおける酵素的切断部位の例には、エンテロキナーゼ、第Xa因子、トリプシン、コラゲナーゼ、及びトロンビンなどのタンパク質分解酵素による切断のための部位が含まれる。いくつかの実施形態では、プロテアーゼは、宿主によって天然に産生されるものであるか、又は外因的に導入される。代替的に、リンカー中の切断部位は、選択された化学物質、例えば臭化シアン、ヒドロキシルアミン、又は低pHへの曝露時に切断され得る部位であり得る。必要に応じたリンカー配列は、切断部位の提供以外の目的を果たし得る。リンカー配列は、部分が適切に機能するために、別の隣接部分に対する部分の効果的な配置を可能にするべきである。リンカーはまた、部分間のいずれかの立体障害を防ぐのに十分な長さの単純なアミノ酸配列であってもよい。加えて、リンカー配列は、例えば、リン酸化部位、ビオチン化部位、硫酸化部位、γ-カルボキシル化部位などを含むがこれらに限定されない翻訳後改変を提供することができる。いくつかの実施形態では、リンカー配列は、生物学的に活性なペプチドを単一の望ましくない立体配座に保持しないように柔軟である。リンカーは、柔軟性を提供するために、グリシン、アラニン、及びセリンなどの小さな側鎖を有するアミノ酸から主になっていてもよい。いくつかの実施形態では、リンカー配列の約80~90パーセント以上が、グリシン、アラニン、又はセリン残基、特にグリシン及びセリン残基を含む。いくつかの実施形態では、G4Sリンカーペプチドは、融合タンパク質の末端プロセシング及びエンドヌクレアーゼドメインを分離する。他の実施形態では、2Aリンカー配列は、2つの別個のタンパク質が単一の翻訳から産生されることを可能にする。好適なリンカー配列は、経験的に容易に同定することができる。加えて、リンカー配列の好適なサイズ及び配列はまた、従来のコンピュータモデリング技術によって決定され得る。一実施形態では、リンカー配列は、自己切断ペプチドをコードする。一実施形態では、自己切断ペプチドは2Aである。いくつかの他の実施形態では、リンカー配列は、配列内リボソーム進入部位(Internal Ribosome Entry Sequence、IRES)を提供する。いくつかの実施形態では、任意の2つの連続するリンカー配列は異なる。
標的化組み込みのための外因性ポリヌクレオチドを含む構築物を細胞に導入する方法は、それ自体既知の細胞への遺伝子移入の方法を使用して達成することができる。一実施形態では、構築物は、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクター、レトロウイルスベクター、レンチウイルスベクター、センダイウイルスベクターなどのウイルスベクターの骨格を含む。いくつかの実施形態では、プラスミドベクターは、外因性ポリヌクレオチドを標的細胞(例えば、pAl-11、pXTl、pRc/CMV、pRc/RSV、pcDNAI/Neo)などに送達及び/又は発現するために使用される。いくつかの他の実施形態では、エピソームベクターは、外因性ポリヌクレオチドを標的細胞に送達するために使用される。いくつかの実施形態では、組換えアデノ随伴ウイルス(rAAV)を遺伝子操作に使用して、相同組換えを介して挿入、欠失、又は置換を導入することができる。レンチウイルスとは異なり、rAAVは宿主ゲノムに組み込まれない。加えて、エピソームrAAVベクターは、従来の標的化プラスミドのトランスフェクションと比較して、相同指向性遺伝子標的化をはるかに高い割合で仲介する。いくつかの実施形態では、AAV6又はAAV2ベクターを使用して、iPSCのゲノム中の標的部位に挿入、欠失、又は置換を導入する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される方法及び組成物を使用して取得されたゲノム改変されたiPSC及びそれらの派生細胞は、表4に列挙された少なくとも1つの遺伝子型を含む。
III.ゲノム操作されたiPSCを取得及び維持する方法
様々な実施形態では、本発明はまた、1つ以上の所望の部位での1つ以上の標的化編集を含むゲノム操作されたiPSCを取得及び維持する方法も提供し、1つ以上の標的化編集(例えば、多重操作)は、増殖されたゲノム操作されたiPSC又はiPSC由来非多能性細胞において、それぞれの選択した編集部位で無傷で機能的であり続ける。標的化編集は、iPSCとその派生細胞のゲノムに、挿入、欠失、及び/又は置換(すなわち、選択した部位での標的化組み込み及び/又はインデル)を導入する。患者由来の末梢血由来一次エフェクター細胞の直接操作と比較して、本明細書で提供されるiPSCの編集及び分化を通じて由来するゲノム操作された派生細胞を取得することの多くの利点としては、操作されたエフェクター細胞の供給源が無制限であること、特に複数の操作された様式が関与する場合、エフェクター細胞の反復操作の必要がないこと、得られたエフェクター細胞が、伸長したテロメアを有し、消耗が少ないために若返っていること、エフェクター細胞集団は、編集部位、コピー数、並びに対立遺伝子変異、ランダム突然変異及び発現多様性(variegation)の欠如に関して均質であり、これは主に、本明細書において提供される操作されたiPSCにおけるクローン選択が可能であることに起因する。
様々な実施形態では、本発明はまた、1つ以上の所望の部位での1つ以上の標的化編集を含むゲノム操作されたiPSCを取得及び維持する方法も提供し、1つ以上の標的化編集(例えば、多重操作)は、増殖されたゲノム操作されたiPSC又はiPSC由来非多能性細胞において、それぞれの選択した編集部位で無傷で機能的であり続ける。標的化編集は、iPSCとその派生細胞のゲノムに、挿入、欠失、及び/又は置換(すなわち、選択した部位での標的化組み込み及び/又はインデル)を導入する。患者由来の末梢血由来一次エフェクター細胞の直接操作と比較して、本明細書で提供されるiPSCの編集及び分化を通じて由来するゲノム操作された派生細胞を取得することの多くの利点としては、操作されたエフェクター細胞の供給源が無制限であること、特に複数の操作された様式が関与する場合、エフェクター細胞の反復操作の必要がないこと、得られたエフェクター細胞が、伸長したテロメアを有し、消耗が少ないために若返っていること、エフェクター細胞集団は、編集部位、コピー数、並びに対立遺伝子変異、ランダム突然変異及び発現多様性(variegation)の欠如に関して均質であり、これは主に、本明細書において提供される操作されたiPSCにおけるクローン選択が可能であることに起因する。
いくつかの実施形態では、1つ以上の選択された部位に1つ以上の標的化編集を含むゲノム操作されたiPSCは、細胞維持培養培地(FMM)内で長期間単一細胞として維持、継代、及び増殖され、iPSCは、選択された部位で標的化編集と機能改変を保持する。FMM中で培養されたiPSCは、それらの未分化プロファイル及び基底プロファイル又はナイーブプロファイルを維持し続け;培養洗浄又は選択を必要としないゲノム安定性を提供し;並びに3つの体細胞系統全て、胚様体又は単層(胚様体を形成しない)を介したインビトロ分化、及びテラトーマ形成によるインビボ分化を容易に生じることが示されている。例えば、国際公開第2015/134652号(その開示が参照により本明細書に組み込まれる)を参照されたい。
いくつかの実施形態では、1つ以上の標的化組み込み及び/又はインデルを含むゲノム操作されたiPSCは、MEK阻害剤、GSK3阻害剤、及びROCK阻害剤を含む培地(FMM)中で維持され、継代され、増殖され、TGFβ受容体/ALK5阻害剤を含まないか、又は本質的に含まず、iPSCは、選択された部位において無傷で機能的な標的化編集を保持する。
本発明の別の態様は、iPSCの標的化編集を通じて、あるいは最初に標的化編集によりゲノム操作非多能性細胞を生成し、次に選択/分離されたゲノム操作非多能性細胞をリプログラミングして非多能性細胞と同じ標的化編集を含むiPSCを取得することを通じて、ゲノム操作されたiPSCを生成する方法を提供する。本発明の更なる態様は、標的化組み込み及び/又は標的化インデルを細胞に導入することによって同時にリプログラミングを受けているゲノム操作非多能性細胞を提供し、接触した非多能性細胞はリプログラミングに十分な条件下にあり、リプログラミングの条件は、非多能性細胞を1つ以上のリプログラミング因子及び小分子と接触させることを含む。同時のゲノム操作及びリプログラミングのための方法の様々な実施形態では、非多能性細胞を1つ以上のリプログラミング因子及び任意選択で1つ以上の小分子と接触させることによりリプログラミングを開始する前に、又は本質的に同時に、非多能性細胞に標的化組み込み及び/又は標的化インデルを導入することができる。
いくつかの実施形態では、非多能性細胞を同時にゲノム操作及びリプログラミングするために、標的化組み込み及び/又はインデルはまた、非多能性細胞を1つ以上のリプログラミング因子及び小分子と接触させることによりリプログラミングの複数日のプロセスが開始された後に非多能性細胞に導入され得、リプログラミング細胞がSSEA4、Tra181及びCD30を含むがこれらに限定されない1つ以上の内因性多能性遺伝子の安定した発現を示す前に、構築物を担持するベクターが導入される。
いくつかの実施形態では、リプログラミングは、非多能性細胞を少なくとも1つのリプログラミング因子、及び任意選択でTGFβ受容体/ALK阻害剤、MEK阻害剤、GSK3阻害剤、及びROCK阻害剤の組み合わせと接触させることにより開始される。いくつかの実施形態では、上述の任意の方法によって産生されるゲノム操作されたiPSCは、MEK阻害剤、GSK3阻害剤、及びROCK阻害剤の組み合わせを含む混合物を使用して更に維持及び増殖される。
ゲノム操作されたiPSCを生成する方法のいくつかの実施形態では、方法は、iPSCに1つ以上の標的化組み込み及び/又はインデルを導入してiPSCをゲノム操作し、本明細書において提供される遺伝子型を有するゲノム操作されたiPSCを取得することを含む。代替的に、ゲノム操作されたiPSCを生成する方法は、(a)1つ以上の標的化編集を非多能性細胞に導入して、選択した部位で標的化組み込み及び/又はインデルを含むゲノム操作された非多能性細胞を取得することと、(b)ゲノム操作された非多能性細胞を1つ以上のリプログラミング因子、並びに必要に応じてTGFβ受容体/ALK阻害剤、MEK阻害剤、GSK3阻害剤及び/又はROCK阻害剤を含む小分子組成物と接触させて、選択された部位で標的化組み込み及び/又はインデルを含むゲノム操作されたiPSCを取得することと、を含む。代替的に、ゲノム操作されたiPSCを生成する方法は、(a)非多能性細胞を、1つ以上のリプログラミング因子、並びに任意選択で、TGFβ受容体/ALK阻害剤、MEK阻害剤、GSK3阻害剤及び/又はROCK阻害剤を含む小分子組成物と接触させて、非多能性細胞のリプログラミングを開始することと、(b)ゲノム操作のためにリプログラミング非多能性細胞に1つ以上の標的化組み込み及び/又はインデルを導入することと、(c)選択された部位に標的組み込み及び/又はインデルを含むクローンのゲノム操作されたiPSCを得ることと、を含む。上記方法のうちのいずれかは、クローンiPSCを取得するためのゲノム操作されたiPSCのシングルセルソーティング、並びに/又はゲノム操作iPSCにおけるオフターゲット編集及び異常な核型についてのスクリーニングを更に含み得る。ゲノム操作されたiPSCのクローン増殖を通じて、本明細書で提供されるような少なくとも1つの表現型を有する単一細胞ソーティング及び増殖されたクローン操作iPSCを含むようにマスター細胞バンクが生成される。マスター細胞バンクは、続いて凍結保存され、更なるiPSC操作のためのプラットフォーム、及び既製の操作された均質な細胞療法製品を製造するための再生可能な供給源を提供し、これらの製品は、組成が明確かつ均一であり、費用効果の高い様式でかなりの規模で大量生産することができる。
リプログラミング因子は、国際公開第2015/134652号及び同第2017/066634号に開示されているような、OCT4、SOX2、NANOG、KLF4、LIN28、C-MYC、ECAT1、UTF1、ESRRB、SV40LT、HESRG、CDH1、TDGF1、DPPA4、DNMT3B、ZIC3、L1TD1、及びそれらの任意の組み合わせからなる群から選択され、それらの開示は参照により本明細書に組み込まれる。1つ以上のリプログラミング因子は、ポリペプチドの形態であり得る。リプログラミング因子はまた、リプログラミング因子をコードするポリヌクレオチドの形態であり得、したがって、レトロウイルス、センダイウイルス、アデノウイルス、エピソーム、プラスミド、及びミニサークルなどのベクターによって非多能性細胞に導入され得る。いくつかの実施形態では、少なくとも1つのリプログラミング因子をコードする1つ以上のポリヌクレオチドは、レンチウイルスベクターによって導入される。いくつかの実施形態では、1つ以上のポリヌクレオチドは、エピソームベクターによって導入される。様々な他の実施形態では、1つ以上のポリヌクレオチドは、センダイウイルスベクターによって導入される。いくつかの実施形態では、1つ以上のポリヌクレオチドは、プラスミドの組み合わせによって導入される。例えば、国際公開第2019/075057(A1)号(その開示が参照により本明細書に組み込まれる)を参照されたい。
いくつかの実施形態では、非多能性細胞は、同一の又は異なる選択された部位での標的化組み込みのための複数のベクターによって、異なる外因性ポリヌクレオチド及び/又は異なるプロモータを含む複数の構築物でトランスフェクトされる。これらの外因性ポリヌクレオチドは、自殺遺伝子、又は標的化モダリティ、受容体、シグナル伝達分子、転写因子、薬学的に活性なタンパク質及びペプチド、薬物標的候補、又はiPSC若しくはその派生細胞の生着、輸送、ホーミング、生存能力、自己複製、持続性、及び/又は生存率を促進するタンパク質をコードする遺伝子を含み得る。いくつかの実施形態では、外因性ポリヌクレオチドは、siRNA、shRNA、miRNA、及びアンチセンス核酸を含むがこれらに限定されないRNAをコードする。これらの外因性ポリヌクレオチドは、構成的プロモータ、誘導性プロモータ、時間特異的プロモータ、及び組織特異的又は細胞型特異的プロモータからなる群から選択される1つ以上のプロモータによって駆動され得る。したがって、ポリヌクレオチドは、プロモータを活性化する条件下で、例えば、誘導剤の存在下で、又は特定の分化した細胞型で発現可能である。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは、iPSC及び/又はiPSCから分化した細胞で発現される。一実施形態では、1つ以上の自殺遺伝子は、構成的プロモータにより駆動され、例えば、CAGにより駆動されるキャパーゼ-9である。異なる外因性ポリヌクレオチド及び/又は異なるプロモータを含むこれらの構築物は、同時又は連続的に非多能性細胞にトランスフェクトすることができる。複数の構築物の標的化組み込みに供される非多能性細胞は、1つ以上のリプログラミング因子に同時に接触させて、ゲノム操作と同時にリプログラミングを開始でき、これにより、同じ細胞のプールに複数の標的化組み込みを含むゲノム操作されたiPSCを取得できる。このように、この堅牢な方法により、同時のリプログラミングと操作戦略により、選択された1つ以上の標的部位内に組み込まれた複数のモダリティを持つクローンゲノム操作されたiPSCを誘導できる。
IV.ゲノム操作されたiPSCを分化させることにより遺伝子操作されたエフェクター細胞を取得する方法
本発明の更なる態様は、奇形腫形成によるゲノム操作されたiPSCのインビボ分化の方法を提供し、ゲノム操作されたiPSCからインビボで誘導された分化細胞は、所望の部位で標的化組み込み及び/又はインデルを含む無傷で機能的な標的化編集を保持する。いくつかの実施形態では、奇形腫形成を介してゲノム操作されたiPSCからインビボで誘導された分化細胞は、AAVS1、CCR5、ROSA26、コラーゲン、HTRP、H11、ベータ2ミクログロブリン、CD38、GAPDH、TCR、若しくはRUNX1、又はゲノムセーフハーバーの基準を満たす他の遺伝子座を含む、1つ以上の望ましい部位に組み込まれた1つ以上の誘導性自殺遺伝子を含む。いくつかの他の実施形態では、奇形腫形成を介してゲノム操作されたiPSCからインビボで誘導された分化細胞は、標的化モダリティをコードするポリヌクレオチド、又は幹細胞及び/若しくは前駆細胞の輸送、ホーミング、生存能力、自己複製、持続性、及び/若しくは生存率を促進するタンパク質をコードするポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、1つ以上の誘導性自殺遺伝子を含む奇形腫形成を介してゲノム操作されたiPSCからインビボで誘導された分化細胞は、免疫応答の調節及び媒介に関連する内因性遺伝子の1つ以上のインデルを更に含む。いくつかの実施形態では、インデルは、1つ以上の内因性チェックポイント遺伝子に含まれる。いくつかの実施形態では、インデルは、1つ以上の内因性T細胞受容体遺伝子に含まれる。いくつかの実施形態では、インデルは、1つ以上の内因性MHCクラスIサプレッサ遺伝子に含まれる。いくつかの実施形態では、インデルは、主要組織適合性複合体と関連する1つ以上の内因性遺伝子に含まれる。いくつかの実施形態では、インデルは、AAVS1、CCR5、ROSA26、コラーゲン、HTRP、H11、GAPDH、RUNX1、B2M、TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、CIITA、RFXANK、RFX5、RFXAP、TCRα又はβ定常領域、NKG2A、NKG2D、CD25、CD38、CD44、CD54、CD56、CD58、CD69、CD71、OX40、4-1BB、CIS、CBL-B、SOCS2、PD1、CTLA4、LAG3、TIM3、及びTIGITを含むが、これらに限定されない、1つ以上の内因性遺伝子に含まれる。
本発明の更なる態様は、奇形腫形成によるゲノム操作されたiPSCのインビボ分化の方法を提供し、ゲノム操作されたiPSCからインビボで誘導された分化細胞は、所望の部位で標的化組み込み及び/又はインデルを含む無傷で機能的な標的化編集を保持する。いくつかの実施形態では、奇形腫形成を介してゲノム操作されたiPSCからインビボで誘導された分化細胞は、AAVS1、CCR5、ROSA26、コラーゲン、HTRP、H11、ベータ2ミクログロブリン、CD38、GAPDH、TCR、若しくはRUNX1、又はゲノムセーフハーバーの基準を満たす他の遺伝子座を含む、1つ以上の望ましい部位に組み込まれた1つ以上の誘導性自殺遺伝子を含む。いくつかの他の実施形態では、奇形腫形成を介してゲノム操作されたiPSCからインビボで誘導された分化細胞は、標的化モダリティをコードするポリヌクレオチド、又は幹細胞及び/若しくは前駆細胞の輸送、ホーミング、生存能力、自己複製、持続性、及び/若しくは生存率を促進するタンパク質をコードするポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、1つ以上の誘導性自殺遺伝子を含む奇形腫形成を介してゲノム操作されたiPSCからインビボで誘導された分化細胞は、免疫応答の調節及び媒介に関連する内因性遺伝子の1つ以上のインデルを更に含む。いくつかの実施形態では、インデルは、1つ以上の内因性チェックポイント遺伝子に含まれる。いくつかの実施形態では、インデルは、1つ以上の内因性T細胞受容体遺伝子に含まれる。いくつかの実施形態では、インデルは、1つ以上の内因性MHCクラスIサプレッサ遺伝子に含まれる。いくつかの実施形態では、インデルは、主要組織適合性複合体と関連する1つ以上の内因性遺伝子に含まれる。いくつかの実施形態では、インデルは、AAVS1、CCR5、ROSA26、コラーゲン、HTRP、H11、GAPDH、RUNX1、B2M、TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、CIITA、RFXANK、RFX5、RFXAP、TCRα又はβ定常領域、NKG2A、NKG2D、CD25、CD38、CD44、CD54、CD56、CD58、CD69、CD71、OX40、4-1BB、CIS、CBL-B、SOCS2、PD1、CTLA4、LAG3、TIM3、及びTIGITを含むが、これらに限定されない、1つ以上の内因性遺伝子に含まれる。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供される1つ以上の遺伝子改変を含むゲノム操作されたiPSCは、造血細胞系統又は他の特定の細胞型をインビトロで誘導するために使用され、誘導された非多能性細胞は、選択された部位で標的化編集を含む機能的遺伝子改変を保持する。いくつかの実施形態では、造血細胞系統又は他の特定の細胞型をインビトロで誘導するために使用されるゲノム操作されたiPSCは、凍結保存され、それらの使用直前に解凍される、マスター細胞バンク細胞である。一実施形態では、ゲノム操作されたiPSC派生細胞は、決定的な造血内皮(HE)能を有する中胚葉細胞、決定的なHE、CD34+造血細胞、造血幹前駆細胞、造血多能性前駆体(MPP)、T細胞前駆体、NK細胞前駆体、骨髄細胞、好中球前駆体、T細胞、NKT細胞、NK細胞、B細胞、好中球、樹状細胞、及びマクロファージを含むがこれらに限定されず、ゲノム操作されたiPSCに由来する細胞は、所望の部位で標的化編集を含む機能的な遺伝子改変を保持する。
iPSC由来造血細胞系統を得るための適用可能な分化方法及び組成物には、例えば、国際公開第2017/078807号に示されるものが含まれ、その開示は、参照により本明細書に組み込まれる。提供されているように、造血細胞系統を生成するための方法と組成物は、無血清、フィーダーを含まない、及び/又は間質を含まない条件下で、スケーラブルで単層のEB形成を必要としない培養プラットフォームにおいて、iPSCを含む、多能性幹細胞に由来する決定的な造血内皮(HE)を介する。提供された方法に従って分化され得る細胞は、多能性幹細胞から、特定の最終分化細胞及び分化転換細胞にコミットした前駆細胞、及び多能性中間体を経由せずに造血運命に直接移行した様々な系統の細胞にまで及ぶ。同様に、幹細胞を分化させることによって産生される細胞は、多能性幹細胞又は前駆細胞から、最終分化細胞まで、及び全ての介在する造血細胞系統にまで及ぶ。
単層培養において造血系統の細胞を多能性幹細胞から分化及び増殖させる方法は、多能性幹細胞をBMP経路活性化因子、及び任意選択でbFGFと接触させることを含む。提供されるように、多能性幹細胞由来の中胚葉細胞が得られ、多能性幹細胞から胚様体を形成することなく増殖される。次いで、中胚葉細胞をBMP経路活性化因子、bFGF、及びWNT経路活性化因子との接触に供して、多能性幹細胞から胚様体を形成することなく、決定的な造血内皮(HE)能を有する増殖中胚葉細胞を取得する。その後のbFGFとの接触、及び任意選択でROCK阻害剤、及び/又はWNT経路活性化因子との接触により、決定的なHE能を有する中胚葉細胞は、同様に分化中に増殖される、決定的なHE細胞に分化する。
本明細書で提供される造血系統の細胞を得るための方法はEB媒介の多能性幹細胞分化より優れているが、これは、EB形成が適度な増殖から最小限の細胞増殖をもたらし、均一な増殖を必要とする多くの用途で重要な単層培養、及び集団内の細胞の均一な分化を可能にせず、骨が折れ、効率が低くなるためである。
提供されている単層分化プラットフォームは、造血幹細胞及びT細胞、B細胞、NKT細胞、及びNK細胞などの分化した子孫の誘導をもたらす決定的な造血内皮への分化を促進する。単層分化戦略は、増強された分化効率と大規模な増殖を組み合わせ、種々の治療用途のための多能性幹細胞由来造血細胞の治療上適切な数の送達を可能にする。更に、本明細書で提供される方法を使用した単層培養は、インビトロ分化、インビボ修飾、及びインビボ長期造血自己複製、再構成及び生着の全範囲を可能にする機能的造血系統細胞をもたらす。提供されているように、iPSC由来造血系統細胞には、決定的な造血内皮、造血多能性前駆細胞、造血幹細胞及び前駆細胞、T細胞前駆体、NK細胞前駆体、T細胞、NK細胞、NKT細胞、B細胞、マクロファージ、並びに好中球が含まれるがこれらに限定されない。
したがって、種々の実施形態では、決定的な造血系統の細胞への多能性幹細胞の分化を指示するための方法は、(i)多能性幹細胞を、BMP活性化因子、及び必要に応じてbFGFを含む組成物と接触させて、多能性幹細胞からの中胚葉細胞の分化及び増殖を開始させることと、(ii)中胚葉細胞を、BMP活性化因子、bFGF、及びGSK3阻害剤を含む組成物と接触させて、中胚葉細胞からの決定的なHEの可能性を有する中胚葉細胞の分化及び増殖を開始させることであって、組成物は、任意選択でTGFβ受容体/ALK阻害剤を含まない、ことと、(iii)決定的なHE能を有する中胚葉細胞を、ROCK阻害剤、bFGF、VEGF、SCF、IGF、EPO、IL6、及びIL11からなる群から選択される1つ以上の増殖因子及びサイトカイン、並びに任意選択でWnt経路活性化因子を含む組成物と接触させて、決定的な造血内皮能を有する多能性幹細胞由来中胚葉細胞からの決定的な造血内皮の分化及び増殖を開始させることであって、組成物は、任意選択でTGFβ受容体/ALK阻害剤を含まない、ことと、を含む。
いくつかの実施形態では、方法は、多能性幹細胞を、MEK阻害剤、GSK3阻害剤、及びROCK阻害剤を含み、TGFβ受容体/ALK阻害剤を含まない組成物と接触させ、多能性幹細胞を播種及び増殖させることを更に含む。いくつかの実施形態では、多能性幹細胞は、iPSC、又はナイーブiPSC、又は1つ以上の遺伝的インプリントを含むiPSCであり、iPSCに含まれる1つ以上の遺伝的インプリントは、そこから分化した造血細胞に保持される。多能性幹細胞の造血系統の細胞への分化を指示するための方法のいくつかの実施形態では、多能性幹細胞の造血系統の細胞への分化は、胚様体の生成がなく、単層培養形態である。
上述の方法のいくつかの実施形態では、取得された多能性幹細胞由来の決定的な造血内皮細胞は、CD34+である。いくつかの実施形態では、取得された決定的な造血内皮細胞は、CD34+CD43-である。いくつかの実施形態では、決定的な造血内皮細胞は、CD34+CD43-CXCR4-CD73-である。いくつかの実施形態では、決定的な造血内皮細胞は、CD34+CXCR4-CD73-である。いくつかの実施形態では、決定的な造血内皮細胞は、CD34+CD43-CD93-である。いくつかの実施形態では、決定的な造血内皮細胞は、CD34+CD93-である。
上述の方法のいくつかの実施形態では、方法は、(i)多能性幹細胞由来の決定的な造血内皮を、ROCK阻害剤と、VEGF、bFGF、SCF、Flt3L、TPO、及びIL7からなる群から選択される1つ以上の増殖因子及びサイトカインと、任意選択でBMP活性化因子とを含む組成物と接触させて、プレT細胞前駆体への決定的な造血内皮の分化を開始させることと、任意選択で、(ii)プレT細胞前駆体を、SCF、Flt3L、及びIL7からなる群から選択される1つ以上の増殖因子及びサイトカインを含むが、VEGF、bFGF、TPO、BMP活性化因子及びROCK阻害剤のうちの1つ以上を含まない組成物と接触させて、T細胞前駆体又はT細胞へのプレT細胞前駆体の分化を開始させることと、を更に含む。この方法のいくつかの実施形態では、多能性幹細胞由来T細胞前駆体は、CD34+CD45+CD7+である。この方法のいくつかの実施形態では、多能性幹細胞由来T細胞前駆体は、CD45+CD7+である。
多能性幹細胞の造血系統の細胞への分化を指示するための上記方法の更にいくつかの実施形態では、方法は、(i)多能性幹細胞由来の決定的な造血内皮を、ROCK阻害剤;VEGF、bFGF、SCF、Flt3L、TPO、IL3、IL7、及びIL15からなる群から選択される1つ以上の増殖因子及びサイトカイン、並びに必要に応じてBMP活性化因子を含む組成物と接触させ、決定的な造血内皮のプレNK細胞前駆体への分化を開始することと、必要に応じて(ii)多能性幹細胞由来のプレNK細胞前駆体を、SCF、Flt3L、IL3、IL7、及びIL15からなる群から選択される1つ以上の増殖因子及びサイトカインを含む組成物と接触させ、VEGF、bFGF、TPO、BMP活性化因子、及びROCK阻害剤の1つ以上を含まない培地は、プレNK細胞前駆体からNK細胞前駆体又はNK細胞への分化を開始することと、を更に含む。いくつかの実施形態では、多能性幹細胞由来NK前駆体は、CD3-CD45+CD56+CD7+である。いくつかの実施形態では、多能性幹細胞由来NK細胞は、CD3-CD45+CD56+であり、必要に応じて、NKp46+、CD57+及びCD16+であることによって更に規定される。
いくつかの実施形態では、上記の方法から得られるゲノム操作iPSC由来細胞は、AAVS1、CCR5、ROSA26、コラーゲン、HTRP、H11、GAPDH、RUNX1、B2M、TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、CIITA、RFXANK、RFX5、RFXAP、TCRα若しくはβ定常領域、NKG2A、NKG2D、CD25、CD38、CD44、CD54、CD56、CD58、CD69、CD71、OX40、4-1BB、CIS、CBL-B、SOCS2、PD1、CTLA4、LAG3、TIM3、及びTIGIT、又はゲノムセーフハーバーの基準を満たす他の遺伝子座を含む、1つ以上の所望の組み込み部位で組み込まれる1つ以上の誘導性自殺遺伝子を含む。いくつかの他の実施形態では、ゲノム操作されたiPSC由来細胞は、安全スイッチタンパク質、標的化モダリティ、受容体、シグナル伝達分子、転写因子、薬学的に活性なタンパク質及びペプチド、薬物標的候補、又は幹細胞及び/若しくは前駆細胞の輸送、ホーミング、生存能力、自己複製、持続性、及び/若しくは生存率を促進するタンパク質をコードするポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、1つ以上の自殺遺伝子を含むゲノム操作されたiPSC由来細胞は、チェックポイント遺伝子、内因性T細胞受容体遺伝子、及びMHCクラスIサプレッサ遺伝子を含むがこれに限定されない、免疫応答調節及び媒介と関連する1つ以上の内因性遺伝子に含まれる1つ以上のインデルを更に含む。一実施形態では、1つ以上の自殺遺伝子を含むゲノム操作されたiPSC由来細胞は、B2M遺伝子にインデルを更に含み、B2Mがノックアウトされている。
加えて、第1の運命のゲノム操作造血細胞から第2の運命のゲノム操作造血細胞を取得するための適用可能な脱分化方法及び組成物は、例えば、その開示が参照により本明細書に組み込まれている国際公開第2011/159726号に示されているものを含む。その中で提供される方法及び組成物は、リプログラミング中に内因性Nanog遺伝子の発現を制限することによって、開始非多能性細胞を非多能性中間細胞に部分的にリプログラミングすることを可能にし、非多能性中間細胞を、中間細胞を所望の細胞型に分化させるための条件に供する。
V.遺伝子操作されたiPSCから分化した機能的モダリティを有する派生免疫細胞の治療的使用
本発明は、いくつかの実施形態では、開示される方法及び組成物を使用してゲノム操作されたiPSCから分化された機能的に増強された派生免疫細胞の単離された集団又は亜集団を含む組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本組成物のiPSCは、iPSC由来エフェクター細胞に保持可能な本明細書で開示される1つ以上の標的化遺伝子編集を含み、遺伝子操作されたiPSC及びその派生細胞は、細胞ベースの養子療法に適している。一実施形態では、本組成物の遺伝子操作されたエフェクター細胞の単離された集団又は亜集団は、iPSC由来CD34+細胞を含む。一実施形態では、組成物の遺伝子操作エフェクター細胞の単離された集団又は亜集団は、iPSC由来HSC細胞を含む。一実施形態では、組成物の遺伝子操作エフェクター細胞の単離された集団又は亜集団は、iPSC由来プロT細胞又はT細胞を含む。一実施形態では、組成物の遺伝子操作エフェクター細胞の単離された集団又は亜集団は、iPSC由来プロNK細胞又はNK細胞を含む。一実施形態では、組成物の遺伝子操作エフェクター細胞の単離された集団又は亜集団は、iPSC由来免疫調節細胞又は骨髄由来のサプレッサ細胞(myeloid derived suppressor cell、MDSC)を含む。
本発明は、いくつかの実施形態では、開示される方法及び組成物を使用してゲノム操作されたiPSCから分化された機能的に増強された派生免疫細胞の単離された集団又は亜集団を含む組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本組成物のiPSCは、iPSC由来エフェクター細胞に保持可能な本明細書で開示される1つ以上の標的化遺伝子編集を含み、遺伝子操作されたiPSC及びその派生細胞は、細胞ベースの養子療法に適している。一実施形態では、本組成物の遺伝子操作されたエフェクター細胞の単離された集団又は亜集団は、iPSC由来CD34+細胞を含む。一実施形態では、組成物の遺伝子操作エフェクター細胞の単離された集団又は亜集団は、iPSC由来HSC細胞を含む。一実施形態では、組成物の遺伝子操作エフェクター細胞の単離された集団又は亜集団は、iPSC由来プロT細胞又はT細胞を含む。一実施形態では、組成物の遺伝子操作エフェクター細胞の単離された集団又は亜集団は、iPSC由来プロNK細胞又はNK細胞を含む。一実施形態では、組成物の遺伝子操作エフェクター細胞の単離された集団又は亜集団は、iPSC由来免疫調節細胞又は骨髄由来のサプレッサ細胞(myeloid derived suppressor cell、MDSC)を含む。
組成物のいくつかの実施形態では、iPSC由来遺伝子操作エフェクター細胞は、改善された治療の可能性のために、エクスビボで更に調節される。本組成物の一実施形態では、iPSCに由来する遺伝子操作されたエフェクター細胞の単離された集団又は亜集団は、ナイーブT細胞、幹細胞メモリT細胞及び/若しくはセントラルメモリT細胞の数又は比率の増加を含む。本組成物の一実施形態では、iPSCに由来する遺伝子操作されたエフェクター細胞の単離された集団又は亜集団は、I型NKT細胞の数又は比率の増加を含む。別の実施形態では、iPSCに由来している遺伝子操作エフェクター細胞の単離された集団又は亜集団は、適応NK細胞の数又は比率の増加を含む。本組成物のいくつかの実施形態では、iPSCに由来する遺伝子操作されたCD34+細胞、HSC細胞、T細胞、NK細胞、若しくは骨髄由来サプレッサ細胞の単離された集団又は亜集団は、同種異系である。組成物のいくつかの他の実施形態では、iPSCに由来する遺伝子操作されたCD34+細胞、HSC細胞、T細胞、NK細胞、又はMDSCの単離された集団又は亜集団は自家性である。
組成物のいくつかの実施形態では、分化のためのiPSCは、由来エフェクター細胞において望ましい治療特性を伝えるために選択された遺伝子インプリントを含み、分化中の細胞発生生物学が破壊されず、当該iPSC由来分化造血細胞において遺伝子インプリントが保持され、機能的であることを条件とする。
組成物のいくつかの実施形態では、多能性幹細胞の遺伝的インプリントは、(i)非多能性細胞をiPSCにリプログラミングする間若しくはその後に、多能性細胞のゲノムにおけるゲノム挿入、欠失若しくは置換を通じて得られる1つ以上の遺伝子組換えモダリティ、又は(ii)ドナー、疾患、若しくは治療応答に特異的である、供給源特異的免疫細胞の1つ以上の保持可能な治療特性を含み、多能性細胞は、供給源特異的免疫細胞からリプログラミングされ、iPSCは、供給源治療特性を保持し、供給源治療特性はまた、iPSC由来造血系統細胞にも含まれている。
組成物のいくつかの実施形態では、遺伝子組換えモダリティは、安全スイッチタンパク質、標的化モダリティ、受容体、シグナル伝達分子、転写因子、薬学的に活性なタンパク質及びペプチド、薬物標的候補、又はiPSC若しくはその派生細胞の生着、輸送、ホーミング、生存能力、自己複製、持続性、免疫応答調節及び修飾、並びに/若しくは生存率を促進するタンパク質、のうちの1つ以上を含む。組成物のいくつかの実施形態では、遺伝子改変iPSC及びその派生細胞は、表4に列挙された遺伝子型を含む。組成物のいくつかの他の実施形態では、表4に列挙される遺伝子型を含む遺伝子改変iPSC及びその派生細胞は、(1)B2M、TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、CIITA、RFXANK、RFX5、RFXAP、TCRα若しくはTCRβ定常領域(TRAC若しくはTRBC)、NKG2A、NKG2D、CD38、CD25、CD69、CD71、CD44、CD54、CD56、CD58、OX40、4-1BB、CIS、CBL-B、SOCS2、PD1、CTLA4、LAG3、TIM3、若しくはTIGITの欠失若しくは破壊、及び/又は(2)二重特異性若しくはユニバーサルエンゲージャとのカップリングのためのHLA-E、HLA-G、4-1BBL、CD3、CD4、CD8、CD47、CD113、CD131、CD137、CD80、PDL1、A2AR、CAR、TCR、Fc受容体、若しくは表面トリガー受容体の導入を含む追加の遺伝子組換えモダリティを更に含む。
組成物の更にいくつかの他の実施形態では、iPSC由来造血系統細胞は、同じ遺伝子編集を備えていない末梢血、臍帯血、又は任意の他のドナー組織から得られたその対応する初代細胞と比較して、(i)増加された細胞傷害性、(ii)改善された持続性及び/又は生存率、(iii)腫瘍部位にバイスタンダー免疫細胞を遊走させる、及び/又は活性化させる、若しくは動員する増強された能力、(iv)改善された腫瘍浸潤、(v)腫瘍免疫抑制を低下させる増強された能力、(vi)腫瘍抗原エスケープを救済する改善された能力、(vii)制御されたアポトーシス、(viii)増強又は獲得されたADCC、及び(ix)フラトリサイドを回避する能力のうちの1つ以上に関連する供給源特異的免疫細胞の治療特性を含む。組成物のいくつかの実施形態では、iPSC由来造血系統細胞は、腫瘍部位におけるエフェクター細胞のホーミング又は輸送及び保持を促進するという治療特性を更に含む。
組成物のいくつかの実施形態では、表4に列挙される遺伝子型を含むiPSC由来造血細胞は、IL2、IL4、IL6、IL7、IL9、IL10、IL11、IL12、IL15、IL18、若しくはIL21の全て若しくは一部分を含む少なくとも1つのサイトカインシグナル伝達複合体、又はそれらの任意の改変タンパク質を発現し、少なくとも本発明に記載されるCARを発現する。組成物のいくつかの実施形態では、細胞は、本明細書で提供される固形腫瘍標的化骨格を含み、IL2、IL4、IL7、IL9、IL15、及びIL21を含む少なくとも1つのサイトカインシグナル伝達複合体を発現する。組成物のいくつかの実施形態では、細胞は、本明細書で提供される固形腫瘍標的化骨格を含み、IL7又はIL15を含む少なくとも1つのサイトカインシグナル伝達複合体を発現する。本組成物のいくつかの実施形態では、サイトカイン(複数可)及びCAR(複数可)の操作された発現は、NK細胞特異的である。組成物のいくつかの他の実施形態では、サイトカイン及びCARの操作された発現は、T細胞特異的である。組成物のいくつかの実施形態では、iPSC由来造血エフェクター細胞は、抗原特異的である。組成物のいくつかの実施形態では、抗原特異的派生エフェクター細胞は、液体腫瘍を標的とする。組成物のいくつかの実施形態では、抗原特異的派生エフェクター細胞は、固形腫瘍を標的とする。組成物のいくつかの実施形態では、抗原特異的iPSC由来造血エフェクター細胞は、腫瘍抗原エスケープを救済することができる。更に、本出願は、適合するケモカインの腫瘍細胞発現を上方制御して、エフェクター細胞腫瘍部位ホーミング、輸送及び保持を増大させる腫瘍感作手順と相乗作用することができる合理的に設計されたエフェクター細胞を提供することによって、併用治療アプローチを可能にし、これは、エフェクター細胞の細胞傷害性及び持続性の増大に寄与する。
本明細書で提供されるように、腫瘍細胞を感作物質(例えば、放射線)に曝露することは、腫瘍細胞による、ケモカインIL8を含むがこれに限定されないストレスリガンドの分泌及び/又は表面発現を上昇させる。従って、本明細書中に記載されるような感作による腫瘍プレコンディショニングは、C-X-Cモチーフケモカイン受容体又はそのバリアントを過剰発現するエフェクター細胞の治療有効性を更に増強するための更なる戦略を提供する。理論に制限されることなく、腫瘍感作は、潜在的な腫瘍形成機構(細胞周期進行、炎症、増殖、アポトーシス、浸潤、灌流、転移、及び血管新生を含むが、これらに限定されない)を調節して、腫瘍細胞を、本明細書に記載される所望の操作された治療特性を有する同種異系エフェクター細胞などの別の選択的薬物の活性に対してより感受性にし、それによって、腫瘍を標的とする治療エフェクター細胞の有効性を増強することによって、腫瘍抵抗性を克服するために利用され得る。
理論に束縛されるものではないが、本明細書に開示される組成物及び方法において有用な例示的な感作物質としては、放射線療法、放射性医薬品、又は化学療法剤が挙げられるが、これらに限定されない。従って、上記で議論した組成物は、上記のような感作物質を更に含み得る。様々な実施形態では、感作物質は、腫瘍細胞との接触時に、腫瘍細胞によるCXCL8を含むケモカインの分泌及び/又は表面発現を増加させる。
放射線療法の実施形態としては、高エネルギービーム(例えば、X線、ガンマ線、光子、陽子、中性子、イオン、及びそのような治療に適用可能な任意の他の形態のエネルギー)が機械によって生成され、腫瘍に向けられる、外部ビーム放射線療法;放射線源/粒子を含有するか、さもなければそれに連結されたシード、リボン、又はカプセルが、腫瘍又はがん細胞内又はその近くに配置される、近接照射療法を含むが、これらに限定されない。放射性薬物(例えば、放射性ペプチドを含む放射性医薬品又は放射性核種)の実施形態は、標的化分子(例えば、抗体コンジュゲート)に連結された放射性化合物を含む。
様々な実施形態では、がん又は腫瘍細胞に曝露されるか、又は接触する放射線剤の量は、約0.0001Gy~約80Gyの範囲である。したがって、いくつかのいくつかの実施形態では、対象に提供される、及び/又は本明細書で提供される組成物に含まれる感作物質の量は、少なくとも約0.0001Gy、少なくとも約0.0005Gy、少なくとも約0.001Gy、少なくとも約0.0015Gy、少なくとも約0.01Gy、少なくとも約0.015Gy、少なくとも約0.1Gy、少なくとも約0.15Gy、少なくとも約1.0Gy、少なくとも約1.5Gy、少なくとも約10.0Gy、少なくとも約15Gy、少なくとも約20.0Gy、少なくとも約25.0Gy、少なくとも約30.0Gy、少なくとも約35.0Gy、少なくとも約40.0Gy、少なくとも約45.0Gy、少なくとも約50.0Gy、少なくとも約55.0Gy、少なくとも約60.0Gy、少なくとも約65.0Gy、少なくとも約70.0Gy、少なくとも約75.0Gy、少なくとも約80.0Gy、又はその間の任意の範囲である。いくつかの実施形態では、感作物質の量は、約25.0Gyである。
放射性医薬品として有用な放射性化合物の例としては、カルシウム-47、炭素-11、炭素-14、クロム-51、コバルト-57、コバルト-58、エルビウム-169、フッ素-18、ガリウム-67、ガリウム-68、水素-3、インジウム-111、ヨウ素-123、ヨウ素-125、ヨウ素-131、インジウム-59、クリプトン-81m、ルテチウム-177、窒素-13、酸素-15、リン-32、ラジウム-223、ルビジウム-82、サマリウム-153、セレン-75、ナトリウム-22、ナトリウム-24、ストロンチウム-89、テクネチウム-99m、タリウム-201、キセノン-133、及びイットリウム-90が挙げられるが、これらに限定されない。
腫瘍細胞感作に使用できる可能性のある例示的な化学療法剤には、アルキル化剤(シクロホスファミド、メクロレタミン、メファリン、クロラムブシル、ヘアメチルメラミン、チオテパ、ブスルファン、カルムスチン、ロムスチン、セムスチン)、代謝拮抗剤(メトトレキサート、フルオロウラシル、フロクスウリジン、シタラビン、6-メルカプトプリン、チオグアニン、ペントスタチン)、ビンカアルカロイド(ビンクリスチン、ビンブラスチン、ビンデシン)、エピポドフィロトキシン(エトポシド、エトポシドオルトキノン、及びテニポシド)、抗生物質(ダウノルビシン、ドキソルビシン、ミトキサントロン、ビスアントレン、アクチノマイシンD、プリカマイシン、ピューロマイシン、及びグラミシジンD)、コルヒチン、サイトカラシンB、エメチン、メイタンシン、並びにアムサクリンが含まれるが、これらに限定されない。追加の薬剤には、アミングルテチミド、シスプラチン、カルボプラチン、マイトマイシン、アルトレタミン、シクロホスファミド、ロムスチン(CCNU)、カルムスチン(BCNU)、イリノテカン(CPT-11)、アレムツザマブ、アルトレタミン、アナストロゾール、L-アスパラギナーゼ、アザシチジン、ベバシズマブ、ベキサロテン、ブレオマイシン、ボルテゾミブ、ブスルファン、カルステロン、カペシタビン、セレコキシブ、セツキシマブ、クラドリビン、クロフラビン、シタラビン、ダカルバジン、デニロイキンジフチトクス、ジエチルスチルベストロール、ドセタキセル、ドロモスタノロン、エピルビシン、エルロチニブ、エストラムスチン、エトポシド、エチニルエストラジオール、エキセメスタン、フロクスウリジン、5-フルオロウラシル、フルダラビン、フルタミド、フルベストラント、ゲフィチニブ、ゲムシタビン、ゴセレリン、ヒドロキシウレア、イブリツモマブ、イダルビシン、イフォスファミド、イマチニブ、インターフェロンアルファ(2a、2b)、イリノテカン、レトロゾール、ロイコボリン、ロイプロリド、レバミゾール、メクロレタミン、メゲストロール、メルファリン、メルカプトプリン、メトトレキサート、メトキサレン、マイトマイシンC、ミトタン、ミトキサントロン、ナンドロロン、ノフェツモマブ、オキサリプラチン、パクリタキセル、パミドロネート、ペメトレキセド、ペガデマーゼ、ペガスパルガーゼ、ペントスタチン、ピポブロマン、プリカマイシン、ポリフェプロサン、ポルフィマー、プロカルバジン、キナクリン、リツキシマブ、サルグラモスチム、ストレプトゾシン、タモキシフェン、テモゾロマイド、テニポシド、テストラクトン、チオグアニン、チオテパ、トペテカン、トレミフェン、トシツモマブ、トラスツズマブ、トレチノイン、ウラシルマスタード、バルルビシン、ビノレルビン、及びゾレドロネートが含まれる。他の好適な化学療法剤は、化学療法剤又は放射線療法剤として承認され、当該技術分野で知られているものを含む、ヒトへの使用が承認されているものである。そのような薬剤は、多くの標準的な医師や腫瘍学者の参考文献(例えば、Goodman & Gilman’s The Pharmacological Basis of Therapeutics,Ninth Edition,McGraw-Hill,N.Y.,1995)又はNational Cancer Instituteウェブサイト(fda.gov/cder/cancer/druglistfrarne.htm)のいずれかを参照でき、どちらも随時更新される。
本明細書に開示される派生エフェクター細胞及び/又は組成物を養子細胞療法に好適な対象に導入することにより、種々の疾患を改善することができる。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるiPSC由来造血細胞又は組成物は、同種異系養子細胞療法のためのものである。加えて、本発明は、いくつかの実施形態において、養子細胞療法に好適な対象に細胞又は組成物を導入することによる、上記免疫細胞及び/又は治療用組成物及び/又は併用療法の治療的使用であって、対象が自己免疫障害、血液悪性腫瘍、固形腫瘍、又はHIV、RSV、EBV、CMV、アデノウイルス、若しくはBKポリオーマウイルスと関連する感染を有する、治療的使用を提供する。血液悪性腫瘍の例には、急性及び慢性白血病(急性骨髄性白血病(acute myelogenous leukemia、AML)、急性リンパ性白血病(acute lymphoblastic leukemia、ALL)、慢性骨髄性白血病(chronic myelogenous leukemia、CML)、リンパ腫、非ホジキンリンパ腫(non-Hodgkin lymphoma、NHL)、ホジキン病、多発性骨髄腫、及び骨髄異形成症候群が含まれるが、これらに限定されない。固形がんの例としては、限定されないが、膀胱がん、骨がん、脳/CNSがん、乳がん、乳肺がん、子宮頸がん、結腸直腸がん、食道がん、胃/胃がん、頭頸部がん、腎臓がん、喉頭がん、肝臓がん、肺がん、転移性がん、卵巣がん、膵臓がん、前立腺がん、直腸がん、腎臓がん、唾液腺がん、皮膚がん、精巣腫瘍、甲状腺腫瘍、尿路上皮がん、及び子宮/子宮内膜がんが挙げられる。様々な自己免疫疾患の例には、円形脱毛症、自己免疫性溶血性貧血、自己免疫性肝炎、皮膚筋炎、糖尿病(1型)、若年性特発性関節炎のいくつかの形態、糸球体腎炎、グレーブス病、ギランバレー症候群、特発性血小板減少性紫斑病、重症筋無力症、いくつかの形態の心筋炎、多発性硬化症、類天疱瘡/類天疱瘡、悪性貧血、結節性多発動脈炎、多発性筋炎、原発性胆汁性肝硬変、乾癬、リウマチ様関節炎、強皮症/全身性硬化症、シェーグレン症候群、全身性エリテマトーデス、甲状腺炎のいくつかの形態、ブドウ膜炎のいくつかの形態、白斑、多発血管炎を伴う肉芽腫症(ウェゲナー病)が含まれるが、これらに限定されない。ウイルス感染症の例には、HIV-(ヒト免疫不全ウイルス)、HSV-(単純ヘルペスウイルス)、KSHV-(カポジ肉腫関連ヘルペスウイルス)、RSV-(呼吸器合胞体ウイルス)、EBV-(エプスタイン-バーウイルス)、CMV-(サイトメガロウイルス)、VZV(水痘帯状疱疹ウイルス)、アデノウイルス-、レンチウイルス-、BKポリオーマウイルス-関連疾患が含まれるが、これらに限定されない。
本明細書に開示されている実施形態の由来造血系統細胞又は本明細書で提供される組成物を使用する治療は、症状の提示に基づいて又は再燃防止のために行うことができる。「治療すること」、「治療」などの用語は、本明細書では、概して、所望の薬理学的及び/又は生理学的効果を取得することを意味するために使用される。効果は、疾患を完全に若しくは部分的に予防することに関して予防的であり得、かつ/又は疾患及び/若しくは疾患に起因する有害作用の部分的若しくは完全な治癒に関して治療的であり得る。本明細書で使用される場合、「治療」は、対象における疾患のあらゆる介入を網羅し、以下を含む:疾患にかかりやすいが、まだそれを有していると診断されていない対象において疾患が生じることを予防すること、疾患を阻害する、すなわちその発症を阻止すること、又は疾患を緩和する、すなわち疾患を後退させること。治療剤及び/又は組成物は、疾患又は傷害の発症前、発症中又は発症後に投与され得る。治療が患者の望ましくない臨床症状を安定化又は軽減させる進行中の疾患の治療もまた、特に重要である。いくつかの実施形態では、治療を必要とする対象は、細胞療法により少なくとも1つの関連する症状を抑制、改善、及び/又は改善することができる疾患、状態、及び/又は傷害を有する。特定の実施形態は、細胞療法を必要とする対象が、骨髄又は幹細胞移植の候補、化学療法又は放射線療法を受けた対象、過剰増殖性障害又はがん、例えば、造血系の過剰増殖性障害又はがんを有するか又は有するリスクがある対象、腫瘍、例えば、固形腫瘍を有するか又は発症するリスクがある対象、ウイルス感染又はウイルス感染と関連する疾患を有するか又は有するリスクがある対象を含むが、これらに限定されないことを企図する。
本明細書に開示された実施形態の由来造血系統細胞を含む治療に対する応答性を評価するとき、応答は、臨床的利益率、死亡までの生存率、病理学的完全奏功、病理学的応答の半定量的測定、臨床的完全寛解、臨床的部分寛解、臨床的安定疾患、無再発生存、無転移生存、無病生存、循環腫瘍細胞減少、循環マーカー応答、及びRECIST(固形腫瘍における応答評価基準(Response Evaluation Criteria In Solid Tumors))基準、のうちの少なくとも1つによって測定できる。
本明細書に開示されるiPSC由来エフェクター細胞を含む治療用組成物は、上記のように、がん又は腫瘍細胞の感作を含む他の処置の前、間、及び/又は後に対象に投与することができる。したがって、併用療法の方法は、1つ以上の追加の治療剤の使用前、使用中、及び/又は使用後のiPSC由来エフェクター細胞の投与又は調製を含み得る。上述のように、1つ以上の追加の治療剤は、ペプチド、サイトカイン、チェックポイント阻害剤、エンゲージャ、マイトジェン、増殖因子、低分子RNA、dsRNA(二本鎖RNA)、単核血球、フィーダー細胞、フィーダー細胞成分又はその補充因子、1つ以上の目的のポリ核酸を含むベクター、抗体、化学療法剤又は放射性部分、又は免疫修飾薬(IMiD)を含む。iPSC由来免疫細胞の投与は、追加の治療剤の投与から、時間、日、又は週単位によって時間的に分離することができる。追加的又は代替的に、投与は、抗腫瘍剤、手術などの非薬物療法などであるがこれらに限定されない他の生物活性剤又はモダリティと組み合わせることができる。
組み合わせ細胞療法のいくつかの実施形態では、治療的組み合わせは、本明細書で提供されるiPSC由来エフェクター細胞及び抗体又はその断片である追加の治療剤を含む。いくつかの実施形態では、抗体はモノクローナル抗体である。いくつかの実施形態では、抗体は、ヒト化抗体、ヒト化モノクローナル抗体、又はキメラ抗体であってもよい。いくつかの実施形態では、抗体又は抗体断片は、ウイルス抗原に特異的に結合する。他の実施形態では、抗体又は抗体断片は、腫瘍抗原に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、腫瘍又はウイルス特異的抗原は、投与されたiPSC由来造血系統細胞を活性化して、それらの殺傷能力を増強する。いくつかの実施形態では、投与されたiPSC由来エフェクター細胞に対する追加の治療剤として、併用治療に適した治療用抗体は、抗CD20抗体(例えば、リツキシマブ、ベルツズマブ、オファツムマブ、ウブリツキシマブ、オカラツズマブ、オビヌツズマブ)、抗HER2抗体(例えば、トラスツズマブ、ペルツズマブ)、抗CD52抗体(例えば、アレムツズマブ)、抗EGFR抗体(例えば、セツキシマブ)、抗GD2抗体(例えば、ジヌツキシマブ)、抗PDL1抗体(例えば、アベルマブ)、抗CD38抗体(例えば、ダラツムマブ、イサツキシマブ、MOR202)、抗CD123抗体(例えば、7G3、CSL362)、抗SLAMF7抗体(エロツズマブ)、抗MICA/B抗体(7C6、6F11、1C2)、並びにそれらのヒト化又はFc改変されたバリアント若しくは断片、又はそれらの機能的同等物若しくはバイオシミラーを含むがそれらに限定されない。いくつかの実施形態では、本発明は、表4に列挙され、本明細書で提供される遺伝子型を有するiPSC由来造血系統細胞を含むエフェクター細胞と、上記の抗体又は抗体断片である追加の治療剤と、を含む治療用組成物を提供する。
いくつかの実施形態では、追加の治療剤は、1つ以上のチェックポイント阻害剤を含む。チェックポイントは、阻害されていない場合に免疫応答を抑制又は下方制御することができる細胞分子、しばしば細胞表面分子を指す。チェックポイント阻害剤は、チェックポイントの遺伝子発現又は遺伝子産物を減少させるか、又はチェックポイント分子の活性を低下させることができるアンタゴニストである。派生エフェクター細胞との併用療法に好適なチェックポイント阻害剤には、PD1(Pdcdl、CD279)、PDL-1(CD274)、TIM3(Havcr2)、TIGIT(WUCAM及びVstm3)、LAG3(CD223)、CTLA4(CD152)、2B4(CD244)、4-1BB(CD137)、4-1BBL(CD137L)、A2AR、BATE、BTLA、CD39(Entpdl)、CD47、CD73(NT5E)、CD94、CD96、CD160、CD200、CD200R、CD274、CEACAM1、CSF-1R、Foxpl、GARP、HVEM、IDO、EDO、TDO、LAIR-1、MICA/B、NR4A2、MAFB、OCT-2(Pou2f2)、レチノイン酸受容体アルファ(Rara)、TLR3、VISTA、NKG2A/HLA-E、及び阻害性KIR(例えば、2DL1、2DL2、2DL3、3DL1、及び3DL2)のアンタゴニストが含まれるが、これらに限定されない。
提供される派生エフェクター細胞を含む併用療法のいくつかの実施形態は、チェックポイント分子を標的化する少なくとも1つの阻害剤を更に含む。提供される派生エフェクター細胞との併用療法のいくつかの他の実施形態は、2つ、3つ、又はそれ以上のチェックポイント分子が標的とされるように、2つ、3つ、又はそれ以上の阻害剤を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の併用療法のためのエフェクター細胞は、提供されるような派生NK細胞である。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の併用療法のためのエフェクター細胞は、派生T細胞である。いくつかの実施形態では、併用療法のための派生NK細胞又はT細胞は、本明細書で提供されるように機能的に増強されている。いくつかの実施形態では、2つ、3つ、又はそれ以上のチェックポイント阻害剤は、派生エフェクター細胞の投与と同時、前、又は後に併用療法で投与することができる。いくつかの実施形態では、2つ以上のチェックポイント阻害剤は、同時に、又は一度に1つ(逐次的に)投与される。いくつかの実施形態では、本発明は、表4に列挙される遺伝子型を有するiPSC由来エフェクター細胞を含むエフェクター細胞と、上記のような1つ以上のチェックポイント阻害剤と、を含む治療用組成物を提供する。
いくつかの実施形態では、上述のチェックポイント分子のいずれかを阻害するアンタゴニストは抗体である。いくつかの実施形態では、チェックポイント阻害抗体は、マウス抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、ラクダIg、単一可変新規抗原受容体(VNAR)、サメ重鎖のみ抗体(Ig NAR)、キメラ抗体、組換え抗体、又はこれらの抗体断片であり得る。抗体断片の非限定的な例には、Fab、Fab’、F(ab’)2、F(ab’)3、Fv、一本鎖抗原結合断片(scFv)、(scFv)2、ジスルフィド安定化Fv(dsFv)、ミニボディ、ダイアボディ、トリアボディ、テトラボディ、単一ドメイン抗原結合断片(sdAb、ナノボディ)、組換え重鎖のみ抗体(VHH)、及び抗体全体の結合特異性を維持するその他の抗体断片が含まれ、それらは、抗体全体よりも、製造するのに費用対効果が高く、より簡単に使用することができ、又は感度が高くあり得る。いくつかの実施形態では、1つ又は2つ又は3つ又はそれ以上のチェックポイント阻害剤は、アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、イピリムマブ、IPH4102、IPH43、IPH33、リリムマブ、モナリズマブ、ニボルマブ、ペンブロリズマブ、及びそれらの誘導体又は機能的同等物のうちの少なくとも1つを含む。
本明細書に記載の派生エフェクター細胞及び1つ以上のチェック阻害剤を含む併用療法は、皮膚T細胞リンパ腫、非ホジキンリンパ腫(NHL)、菌状息肉症、パジェット様細網症、セザリー症候群、肉芽腫様弛緩皮膚、リンパ腫様丘疹症、慢性苔癬状粃糠疹、急性痘瘡状苔癬状粃糠疹、CD30+皮膚T細胞リンパ腫、二次皮膚CD30+大細胞リンパ腫、非菌状息肉症CD30皮膚大T細胞リンパ腫、多形性T細胞リンパ腫、レンネルトリンパ腫、皮下T細胞リンパ腫、血管中心性リンパ腫、芽球性NK細胞リンパ腫、B細胞リンパ腫、ホジキンリンパ腫(hodgkins lymphoma、HL)、頭頸部腫瘍;扁平上皮がん、横紋筋肉腫、ルイス肺がん(Lewis lung carcinoma、LLC)、非小細胞肺がん、食道扁平上皮がん、食道腺がん、腎細胞がん(renal cell carcinoma、RCC)、結腸直腸がん(colorectal cancer、CRC)、急性骨髄性白血病(AML)、乳がん、胃がん、前立腺小細胞神経内分泌がん(prostatic small cell neuroendocrine carcinoma、SCNC)、肝臓がん、膠芽腫、肝臓がん、口腔扁平上皮がん、膵臓がん、甲状腺乳頭がん、肝内胆管細胞がん、肝細胞がん、骨がん、転移、及び鼻咽頭がんを含むがこれらに限定されない、液性及び固形がんの治療に適用できる。
本明細書において提供されるような派生エフェクター細胞以外のいくつかの実施形態では、治療的使用のための組み合わせは、化学療法剤又は放射性部分を含む1つ以上の追加の治療剤を含む。「化学療法剤」とは、細胞傷害性抗腫瘍剤、すなわち、腫瘍細胞を優先的に殺傷するか、又は急速に増殖する細胞の細胞周期を破壊するか、又は幹がん細胞を根絶することが見出され、腫瘍性細胞の増殖を防止又は低減するために治療的に使用される化学剤を指す。化学療法剤はまた、抗腫瘍性又は細胞傷害性の薬物又は薬剤と称されることもあり、その例は当該技術分野で既知である。
いくつかの実施形態では、化学療法剤は、アントラサイクリン、アルキル化剤、スルホン酸アルキル、アジリジン、エチレンイミン、メチルメラミン、ナイトロジェンマスタード、ニトロソウレア、抗生物質、代謝拮抗剤、葉酸類似体、プリン類似体、ピリミジン類似体、酵素、ポドフィロトキシン、白金含有薬剤、インターフェロン、及びインターロイキンを含む。例示的な化学療法剤には、アルキル化剤(シクロホスファミド、メクロレタミン、メファリン、クロラムブシル、ヘアメチルメラミン、チオテパ、ブスルファン、カルムスチン、ロムスチン、セムスチン)、代謝拮抗剤(メトトレキサート、フルオロウラシル、フロクスウリジン、シタラビン、6-メルカプトプリン、チオグアニン、ペントスタチン)、ビンカアルカロイド(ビンクリスチン、ビンブラスチン、ビンデシン)、エピポドフィロトキシン(エトポシド、エトポシドオルトキノン、及びテニポシド)、抗生物質(ダウノルビシン、ドキソルビシン、ミトキサントロン、ビスアントレン、アクチノマイシンD、プリカマイシン、ピューロマイシン、及びグラミシジンD)、パクリタキセル、コルヒチン、サイトカラシンB、エメチン、メイタンシン、並びにアムサクリンが含まれるが、これらに限定されない。追加の薬剤には、アミングルテチミド、シスプラチン、カルボプラチン、マイトマイシン、アルトレタミン、シクロホスファミド、ロムスチン(CCNU)、カルムスチン(BCNU)、イリノテカン(CPT-11)、アレムツザマブ、アルトレタミン、アナストロゾール、L-アスパラギナーゼ、アザシチジン、ベバシズマブ、ベキサロテン、ブレオマイシン、ボルテゾミブ、ブスルファン、カルステロン、カペシタビン、セレコキシブ、セツキシマブ、クラドリビン、クロフラビン、シタラビン、ダカルバジン、デニロイキンジフチトクス、ジエチルスチルベストロール、ドセタキセル、ドロモスタノロン、エピルビシン、エルロチニブ、エストラムスチン、エトポシド、エチニルエストラジオール、エキセメスタン、フロクスウリジン、5-フルオロウラシル、フルダラビン、フルタミド、フルベストラント、ゲフィチニブ、ゲムシタビン、ゴセレリン、ヒドロキシウレア、イブリツモマブ、イダルビシン、イフォスファミド、イマチニブ、インターフェロンアルファ(2a、2b)、イリノテカン、レトロゾール、ロイコボリン、ロイプロリド、レバミゾール、メクロレタミン、メゲストロール、メルファリン、メルカプトプリン、メトトレキサート、メトキサレン、マイトマイシンC、ミトタン、ミトキサントロン、ナンドロロン、ノフェツモマブ、オキサリプラチン、パクリタキセル、パミドロネート、ペメトレキセド、ペガデマーゼ、ペガスパルガーゼ、ペントスタチン、ピポブロマン、プリカマイシン、ポリフェプロサン、ポルフィマー、プロカルバジン、キナクリン、リツキシマブ、サルグラモスチム、ストレプトゾシン、タモキシフェン、テモゾロマイド、テニポシド、テストラクトン、チオグアニン、チオテパ、トペテカン、トレミフェン、トシツモマブ、トラスツズマブ、トレチノイン、ウラシルマスタード、バルルビシン、ビノレルビン、及びゾレドロネートが含まれる。他の好適な薬剤は、化学療法剤又は放射線療法剤として承認され、当該技術分野で知られているものを含む、ヒトへの使用が承認されているものである。そのような薬剤は、多くの標準的な医師や腫瘍学者の参考文献(例えば、Goodman & Gilman’s The Pharmacological Basis of Therapeutics,Ninth Edition,McGraw-Hill,N.Y.,1995)又はNational Cancer Instituteウェブサイト(fda.gov/cder/cancer/druglistfrarne.htm)のいずれかを参照でき、どちらも随時更新される。
サリドマイド、レナリドマイド、ポマリドマイドなどの免疫調節薬(IMiD)は、NK細胞とT細胞の両方を刺激する。本明細書において提供されるように、IMiDは、がん治療のためにiPSC派生治療用免疫細胞とともに使用され得る。
治療組成物に含まれるiPSC誘導造血系統細胞の単離された集団以外に、対象/患者への投与に適した組成物は、1つ以上の薬学的に許容される担体(添加物)及び/若しくは希釈剤(例えば、薬学的に許容される媒体、例えば細胞培養培地)、又は他の薬学的に許容される成分を更に含むことができる。薬学的に許容される担体及び/又は希釈剤は、部分的には、投与される特定の組成物によって、並びに治療用組成物を投与するために使用される特定の方法によって決定される。したがって、本発明の実施形態の治療用組成物の多種多様な適切な製剤が存在する(例えば、その開示が参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、Remington’s Pharmaceutical Sciences,17th ed.1985を参照されたい)。
一実施形態では、治療用組成物は、本明細書に開示される方法及び組成物によって作製されたiPSC由来T細胞を含む。一実施形態では、治療用組成物は、本明細書に開示される方法及び組成物によって作製された多能性細胞由来NK細胞を含む。一実施形態では、治療用組成物は、本明細書に開示される方法及び組成物によって作製されたiPSC由来CD34+HE細胞を含む。一実施形態では、治療用組成物は、本明細書に開示される方法及び組成物によって作製された多能性細胞由来HSCを含む。一実施形態では、治療用組成物は、本明細書に開示される方法及び組成物によって作製された多能性細胞由来MDSCを含む。本明細書に開示されるiPSC由来造血系統細胞の集団を含む治療用組成物は、静脈内、腹腔内、経腸、又は気管投与方法によって個別に、又は他の好適な化合物と組み合わせて投与して、所望の治療目標に影響を与えることができる。
これらの薬学的に許容される担体及び/又は希釈剤は、治療用組成物のpHを約3~約10に維持するのに十分な量で存在することができる。このように、緩衝液は、全組成物の重量対重量ベースで約5%もの多さであり得る。限定されないが、塩化ナトリウム及び塩化カリウムなどの電解質もまた、治療用組成物に含まれ得る。一態様では、治療用組成物のpHは、約4~約10の範囲である。代替的に、治療用組成物のpHは、約5~約9、約6~約9、又は約6.5~約8の範囲である。別の実施形態では、治療用組成物は、当該pH範囲のうちの1つのpHを有する緩衝液を含む。別の実施形態では、治療用組成物は、約7のpHを有する。代替的に、治療用組成物は、約6.8~約7.4の範囲のpHを有する。更に別の実施形態では、治療用組成物は、約7.4のpHを有する。
いくつかの実施形態では、本発明はまた、部分的に、本明細書に開示される特定の組成物及び/又は培養物における薬学的に許容される細胞培養培地の使用を提供する。そのような組成物は、ヒト対象への投与に好適である。一般的に言えば、本発明の実施形態によるiPSC由来エフェクター細胞の維持、増殖、及び/又は健康を支持する任意の培地は、医薬細胞培養培地としての使用に適している。いくつかの実施形態では、薬学的に許容される細胞培養培地は、無血清及び/又はフィーダーを含まない培地である。様々な実施形態では、無血清培地は動物成分を含まず、任意選択で無タンパク質であり得る。任意選択で、培地は、生物薬学的に許容される組換えタンパク質を含み得る。動物成分を含まない培地は、成分が非動物源に由来する培地を指す。組換えタンパク質は、動物を含まない培地で天然の動物タンパク質に取って代わり、栄養素は、合成、植物、又は微生物の供給源から取得される。対照的に、無タンパク質培地は、実質的にタンパク質を含まないと定義される。当業者は、上述の培地の例は例示であり、本発明での使用に好適な培地の配合を決して限定するものではなく、当業者に既知であり利用可能な多くの好適な培地があることを理解するであろう。
様々な実施形態では、iPSC由来造血系統細胞は、少なくとも50%、60%、70%、80%、90%、95%、98%、又は99%のT細胞、NK細胞、NKT細胞、プロT細胞、プロNK細胞、CD34+HE細胞、HSC、B細胞、骨髄由来サプレッサ細胞(MDSC)、調節性マクロファージ、調節性樹状細胞、又は間葉系間質細胞を有することができる。いくつかの実施形態では、iPSC由来造血系統細胞は、約95%~約100%のT細胞、NK細胞、プロT細胞、プロNK細胞、CD34+HE細胞、又は骨髄由来サプレッサ細胞(MDSC)を有する。いくつかの実施形態では、本発明は、細胞治療を必要とする対象を治療するための、約95%のT細胞、NK細胞、プロT細胞、プロNK細胞、CD34+HE細胞、又は骨髄由来サプレッサ細胞(MDSC)の単離された集団を有する組成物などの、精製T細胞又はNK細胞を有する治療用組成物を提供する。
本出願の一態様は、C-X-C-モチーフケモカイン受容体又はそのバリアント、TGFβ-SRR、及び4-1BBに特異的なADRのうちの2つ以上、並びに任意選択で、CAR発現、CFR発現、外因性CD16発現、HLA-I及び/又はHLA-II改変、CD38ノックアウト、TCR陰及び外因性サイトカインシグナル伝達複合体のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ以上をコードするポリヌクレオチドを含む固形腫瘍標的化骨格を含むエフェクター細胞の1以上の治療用量を投与することによって、必要とする対象を治療する方法を提供する。いくつかの実施形態では、本出願は、そのような接触/曝露の前のケモカイン分泌及び/又は表面発現と比較して、C-X-C-モチーフケモカイン受容体に対するリガンドである1つ以上のケモカインの分泌及び/又は表面発現を増加又は増強するために、対象におけるがん又は腫瘍細胞を最初に感作することによって、がん又は腫瘍を有する対象を治療する方法を提供する。がん又は腫瘍細胞の感作後、上記のようなエフェクター細胞又はその集団が対象に与えられ/投与され、エフェクター細胞は、本明細書に提供されるような固形腫瘍標的化骨格、及び任意選択で本明細書に記載される1つ以上の追加の編集を含むか、又はエフェクター細胞は、表4に列挙される遺伝子型を含む。様々な態様では、エフェクター細胞又はその集団は、上記のような1つ以上の更なる治療剤の前に、又はそれと同時に提供されてもよい。
本出願の別の態様は、併用細胞療法を使用して、必要とする対象を治療する方法を提供する。組み合わせ細胞療法のいくつかの実施形態では、必要とする対象を治療する方法は、本明細書で提供される固形腫瘍標的化骨格、及び任意で本明細書に記載される1つ以上の他の編集、又は表4に列挙される遺伝子型を含むエフェクター細胞、並びにペプチド、サイトカイン、チェックポイント阻害剤、エンゲージャ、マイトジェン、成長因子、低分子RNA、dsRNA(二本鎖RNA)、単核血液細胞、フィーダー細胞、フィーダー細胞成分若しくはその置換因子、目的の1つ以上のポリ核酸を含むベクター、抗体、化学療法剤若しくは放射性部分、又は免疫調節薬(IMiD)を含む1つ以上の治療剤の1以上の治療用量を投与することと、任意で感作物質を投与することによって対象において腫瘍細胞をプレコンディショニングすることと、を含む。いくつかの実施形態では、組み合わせ細胞療法又はそれに使用される組成物は、ゲノム操作されたiPSCに由来するエフェクター細胞の集団及び1つ以上の治療剤を含み、操作されたiPSC及び由来エフェクター細胞は、本明細書で提供される固形腫瘍標的化骨格、及び任意選択で本明細書に記載される1つ以上の他の編集、又は表4に列挙される遺伝子型を含む。併用細胞療法の方法のいくつかの実施形態では、方法は、感作物質を投与することによって対象における腫瘍細胞をプレコンディショニングすることを含み、感作物質は、本明細書で提供される放射線療法、放射性医薬品、又は化学療法剤を含む。様々な態様では、対象における腫瘍細胞のプレコンディショニングは、本明細書に記載のエフェクター細胞の1以上の治療用量を投与する前に、又はそれと同時に行われる。
当業者が理解するように、本明細書において提供される方法及び組成物に基づくiPSCから派生する自己と同種異系の造血系統細胞の両方は、上述のような細胞療法で使用することができる。自家移植の場合、派生造血系統細胞の単離された集団は、患者と完全又は部分的にHLA適合する。別の実施形態では、派生造血系統細胞は、対象とHLA適合せず、派生造血系統細胞は、HLA I及び/又はHLA II欠損を有するNK細胞又はT細胞である。
いくつかの実施形態では、治療組成物中の派生造血系統細胞の数は、用量当たり、少なくとも0.1×105細胞、少なくとも1×105細胞、少なくとも5×105細胞、少なくとも1×106細胞、少なくとも5×106細胞、少なくとも1×107細胞、少なくとも5×107細胞、少なくとも1×108細胞、少なくとも5×108細胞、少なくとも1×109細胞、又は少なくとも5×109細胞である。いくつかの実施形態では、治療用組成物中の派生造血系統細胞の数は、1用量当たり、約0.1×105細胞~約1×106細胞、1用量当たり、約0.5×106細胞~約1×107細胞、1用量当たり、約0.5×107細胞~約1×108細胞、1用量当たり、約0.5×108細胞~約1×109細胞、1用量当たり、約1×109細胞~約5×109細胞、1用量当たり、約0.5×109細胞~約8×109細胞、1用量当たり、約3×109細胞~約3×1010細胞、又はその間の任意の範囲である。一般に、60kgの患者/対象の場合、1×108細胞/用量は1.67×106細胞/kgに変換される。
一実施形態では、治療組成物中の派生造血系統細胞の数は、血液の部分的又は単一の臍帯中の免疫細胞の数であるか、又は少なくとも0.1×105細胞/kg体重、少なくとも0.5×105細胞/kg体重、少なくとも1×105細胞/kg体重、少なくとも5×105細胞/kg体重、少なくとも10×105細胞/kg体重、少なくとも0.75×106細胞/体kg体重、少なくとも1.25×106細胞/kg体重、少なくとも1.5×106細胞/kg体重、少なくとも1.75×106細胞/kg体重、少なくとも2×106細胞/kg体重、少なくとも2.5×106細胞/kg体重、少なくとも3×106細胞/kg体重、少なくとも4×106細胞/kg体重、少なくとも5×106細胞/kg体重、少なくとも10×106細胞/kg体重、少なくとも15×106細胞/kg体重、少なくとも20×106細胞/kg体重、少なくとも25×106細胞/kg体重、少なくとも30×106細胞/kg体重、1×108細胞/kg体重、5×108細胞/kg体重、又は1×109細胞/kg体重である。
一実施形態では、ある用量の派生造血系統細胞が対象に送達される。例示的な一実施形態では、対象に提供される細胞の有効量は、少なくとも2×106細胞/kg、少なくとも3×106細胞/kg、少なくとも4×106細胞/kg、少なくとも5×106細胞/kg、少なくとも6×106細胞/kg、少なくとも7×106細胞/kg、少なくとも8×106細胞/kg、少なくとも9×106細胞/kg、又は少なくとも10×106細胞/kg、又はそれ以上の細胞/kgであり、介在する全ての細胞用量を含む。
別の例示的な実施形態では、対象に提供される細胞の有効量は、約2×106細胞/kg、約3×106細胞/kg、約4×106細胞/kg、約5×106細胞/kg、約6×106細胞/kg、約7×106細胞/kg、約8×106細胞/kg、約9×106細胞/kg、又は約10×106細胞/kg、又はそれ以上の細胞/kgであり、介在する全ての細胞用量を含む。
別の例示的な実施形態では、対象に提供される細胞の有効量は、約2×106細胞/kg~約10×106細胞/kg、約3×106細胞/kg~約10×106細胞/kg、約4×106細胞/kg~約10×106細胞/kg、約5×106細胞/kg~約10×106細胞/kg、2×106細胞/kg~約6×106細胞/kg、2×106細胞/kg~約7×106細胞/kg、2×106細胞/kg~約8×106細胞/kg、3×106細胞/kg~約6×106細胞/kg、3×106細胞/kg~約7×106細胞/kg、3×106細胞/kg~約8×106細胞/kg、4×106細胞/kg~約6×106細胞/kg、4×106細胞/kg~約7×106細胞/kg、4×106細胞/kg~約8×106細胞/kg、5×106細胞/kg~約6×106細胞/kg、5×106細胞/kg~約7×106細胞/kg、5×106細胞/kg~約8×106細胞/kg、又は6×106細胞/kg~約8×106細胞/kgであり、介在する全ての細胞用量を含む。
いくつかの実施形態では、派生造血系統細胞の治療的使用は、単回投与治療である。いくつかの実施形態では、派生造血系統細胞の治療的使用は、複数回投与治療である。いくつかの実施形態では、複数回投与治療は、毎日、3日ごと、7日ごと、10日ごと、15日ごと、20日ごと、25日ごと、30日ごと、35日ごと、40日ごと、45日ごと、50日ごとの1回の投与、又はその間の任意の日数の任意の回数の投与である。いくつかの実施形態では、複数回投与治療は、3回、4回、又は5回の週1回用量を含む。3回、4回、又は5回を含む複数回投与治療のいくつかの実施形態では、週1回用量は、追加の単回用量又は複数回用量が必要かどうかを決定するための観察期間を更に含む。
本発明の実施形態の由来造血系統細胞の集団を含む組成物は、無菌であり得、ヒト患者/対象への投与に好適であり、すぐに投与され得る(すなわち、更なる処置を伴わずに投与され得る)。すぐに投与される細胞ベースの組成物は、組成物が、対象への移植又は投与の前に、いずれかの更なる処理又は操作を必要としないことを意味する。他の実施形態では、本発明は、小化学分子を含む1つ以上の薬剤の投与前に増殖及び/又は調整される、派生造血系統細胞の単離された集団を提供する。iPSC由来エフェクター細胞を含む免疫細胞を調節するための組成物及び方法は、例えば、国際公開第2017/127755号(その関連する開示は参照により本明細書に組み込まれる)に詳細に記載されている。組換えTCR又はCARを発現するように遺伝子操作された由来造血系統細胞については、細胞は、例えば、米国特許第6,352,694号に記載されている方法を使用して活性化及び増殖させることができる。
特定の実施形態では、由来造血系統細胞に対する一次刺激シグナル及び共刺激シグナルは、異なるプロトコルによって提供することができる。例えば、各シグナルを提供する薬剤は、溶液中にあるか、又は表面に結合することができる。表面に結合される場合、薬剤は、同じ表面に(すなわち、「シス」形成で)又は別個の表面に(すなわち、「トランス」形成で)結合され得る。代替的に、一方の薬剤を表面に結合させ、他方の薬剤を溶液中に存在させることができる。一実施形態では、共刺激シグナルを提供する薬剤は、細胞表面に結合することができ、一次活性化シグナルを提供する薬剤は、溶液中にあるか、又は表面に結合される。特定の実施形態では、両方の薬剤が溶液中にあり得る。別の実施形態では、薬剤は、可溶性形態であり得、次いで、本発明の実施形態におけるTリンパ球の活性化及び増殖における使用が企図される人工抗原提示細胞(aAPC)について、米国特許出願公開第2004/0101519号及び同第2006/0034810号に開示されるもののような、Fc受容体を発現する細胞又は抗体若しくは薬剤に結合する他の結合剤などの表面に架橋されてもよい。
投与量、頻度、及びプロトコルのいくらかの変動は、治療される対象の状態に応じて必然的に発生する。投与の責任者は、いずれにしても、個々の対象に対しての適切な用量、頻度及びプロトコルを決定する。
例示的な実施形態
本開示は、以下の例示的な実施形態を提供する。
実施形態1:細胞又はその集団であって、
(i)細胞が、(a)免疫細胞、(b)人工多能性細胞(iPSC)、又は(c)iPSCを分化させることから得られた派生エフェクター細胞であり、
(ii)細胞が、固形腫瘍標的化骨格を含み、固形腫瘍標的化骨格が、
(a)C-X-Cモチーフケモカイン受容体又はそのバリアントをコードするポリヌクレオチド、
(b)形質転換成長因子ベータ受容体(TGFβR)の細胞外ドメイン(ECD)の部分的な又は完全なペプチドを含むTGFβシグナル伝達リダイレクタ受容体(TGFβ-SRR)をコードするポリヌクレオチド、
及び(c)同種免疫防御受容体(ADR)をコードするポリヌクレオチド、のうちの2つ以上を含む、細胞又はその集団。
実施形態2:細胞が、固形腫瘍標的化骨格を含まない対応する細胞と比較して、固形腫瘍における改善された輸送、腫瘍微小環境(TME)耐性、及び/又はアロ反応性耐性を有する、実施形態1の細胞又はその集団。
実施形態3:固形腫瘍標的化骨格が、
(i)CD38ノックアウト、
(ii)外因性CD16又はそのバリアントをコードするポリヌクレオチドと、
(iii)細胞表面発現外因性サイトカイン及び/又はその受容体の部分的な又は完全なペプチドを含むサイトカインシグナル伝達複合体をコードするポリヌクレオチドと、を更に含む、実施形態1又は2の細胞又はその集団。
実施形態4:細胞は、
(i)キメラ抗原受容体(CAR)、
(ii)HLA-I欠損及び/若しくはHLA-II欠損、
(iii)HLA-G若しくは非切断性HLA-Gの導入、
(iv)B2M、CIITA、TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、RFXANK、RFX5、RFXAP、TCR、NKG2A、NKG2D、CD25、CD44、CD54、CD56、CD58、CD69、CIS、CBL-B、SOCS2、PD1、CTLA4、LAG3、TIM3、及びTIGITのうちの最も少ない1つの破壊、
(v)HLA-E、4-1BBL、CD3、CD4、CD8、CD47、CD113、CD131、CD137、CD80、PDL1、A2AR、抗原特異的TCR、キメラ融合受容体(CFR)、Fc受容体、抗体若しくはその機能的バリアント若しくは断片、チェックポイント阻害剤、エンゲージャ、及びアゴニストとカップリングするための表面トリガー受容体のうちの少なくとも1つの導入、又は
(vi)表4に列挙された遺伝子型のうちの少なくとも1つ、のうちの1つ以上を更に含む、実施形態1~3のうちのいずれか1つの細胞又はその集団。
実施形態5:C-X-Cモチーフケモカイン受容体が、CXCR2又はCXCR3を含む、実施形態1~4のうちのいずれか1つの細胞又はその集団。
実施形態6:TGFβ-SRRが、IL2R、IL12R、IL18R、IL21R、又はそれらの任意の組み合わせを含むサイトカイン受容体の細胞内ドメイン(ICD)の部分的な又は完全なペプチドを更に含む、実施形態1~5のうちのいずれか1つの細胞又はその集団。
実施形態7:
(a)サイトカイン受容体がIL2Rβであり、それによって、TGFβR2-IL2Rβリダイレクタ受容体を形成し、IL2Rβの細胞内ドメイン(ICD)が配列番号11によって表されるアミノ酸配列を含むか、又は
(b)サイトカイン受容体がIL12Rβであり、それによって、TGFβR2-IL12Rβリダイレクタ受容体を形成し、IL12Rβの細胞内ドメイン(ICD)が、配列番号12若しくは配列番号13によって表されるアミノ酸配列を含むか、又は
(c)サイトカイン受容体がIL18Rβであり、それによって、TGFβR2-IL18Rβリダイレクタ受容体を形成し、IL18Rβの細胞内ドメイン(ICD)が配列番号14によって表されるアミノ酸配列を含むか、又は
(d)サイトカイン受容体がIL21Rであり、それによって、TGFβR2-IL21Rリダイレクタ受容体を形成し、IL21Rβの細胞内ドメイン(ICD)が配列番号15によって表されるアミノ酸配列を含むか、又は
(e)TGFβRの細胞外ドメイン(ECD)が、配列番号10によって表されるアミノ酸配列を含む、実施形態6の細胞又はその集団。
実施形態8:サイトカイン受容体が、配列番号16によって表される配列に対して少なくとも80%、85%、90%、95%、又は97%、98%、又は99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むTGFβR2-trIL12Rβリダイレクタ受容体を形成するIL2Rβの断片であり、配列番号16に含まれる配列番号17によって表されるアミノ酸配列が、可変である、実施形態6の細胞又はその集団。
実施形態9:ADRが、4-1BB又はCD38に特異的である、実施形態1~8のうちのいずれか1つの細胞又はその集団。
実施形態10:固形腫瘍標的化骨格の2つ以上のポリヌクレオチドが、CD38をノックアウトするために内因性CD38遺伝子座に挿入される、実施形態1~9のうちのいずれか1つの細胞又はその集団。
実施形態11:外因性CD16又はそのバリアントをコードするポリヌクレオチド、及び固形腫瘍標的化骨格の2つ以上のポリヌクレオチドが、トリシストロン性構築物内で共発現される、実施形態3の細胞又はその集団。
実施形態12:外因性CD16又はそのバリアントが、
(a)高親和性の非切断性CD16(hnCD16)、
(b)CD16の外部ドメインにおけるF176V及びS197P、
(c)CD64に由来する完全な又は部分的な外部ドメイン、
(d)非天然(又は非CD16)の膜貫通ドメイン、
(e)非天然(又は非CD16)の細胞内ドメイン、
(f)非天然(又は非CD16)のシグナル伝達ドメイン、
(g)非天然の刺激ドメイン、並びに
(h)CD16に由来せず、かつ同じ又は異なるポリペプチドに由来する膜貫通ドメイン、シグナル伝達ドメイン、及び刺激ドメイン、のうちの少なくとも1つを含む、実施形態3又は11細胞又はその集団。
実施形態13:細胞が、サイトカインシグナル伝達複合体を更に含み、サイトカインシグナル伝達複合体が、
(a)IL2、IL4、IL6、IL7、IL9、IL10、IL11、IL12、IL15、IL18、IL21、若しくはそれらのそれぞれの受容体のうちの少なくとも1つを含む細胞表面発現外因性サイトカイン若しくはその受容体の部分的な若しくは完全なペプチド、又は
(b)
(i)自己切断ペプチドを間に挟んだIL15とIL15Rαとの共発現、
(ii)IL15とIL15Rαとの融合タンパク質、
(iii)IL15Rαの細胞内ドメインが短縮されたIL15/IL15Rα融合タンパク質、
(iv)IL15とIL15Rαの膜結合Sushiドメインとの融合タンパク質、
(v)IL15とIL15Rβとの融合タンパク質、
(vi)IL15と共通受容体γCとの融合タンパク質であって、共通受容体γCが、天然であるか若しくは改変されている、融合タンパク質、及び
(vii)IL15Rβのホモ二量体、のうちの少なくとも1つであって、
(b)(i)~(vii)のうちのいずれか1つが、別個の構築物内で、若しくはバイシストロン性構築物内で、CARと共発現され得る、少なくとも1つ、又は
(c)
(i)IL7とIL7Rαとの融合タンパク質、
(ii)IL7と共通受容体γCとの融合タンパク質であって、共通受容体γCが、天然であるか若しくは改変されている、融合タンパク質、及び
(iii)IL7Rβのホモ二量体、のうちの少なくとも1つであって、(c)(i)~(iii)のうちのいずれか1つが、任意選択で、別個の構築物内で、若しくはバイシストロン性発現カセット内で、CARと共発現される、少なくとも1つ、を含み、
任意選択で、
(d)一過的に発現される、実施形態3、11又は12のうちのいずれか1つの細胞又はその集団。
実施形態14:細胞がCARを更に含み、CARが、
(i)T細胞特異的若しくはNK細胞特異的なもの、
(ii)二重特異性抗原結合CAR、
(iii)切り替え可能なCAR、
(iv)二量体化されたCAR、
(v)スプリットCAR、
(vi)多重鎖CAR、
(vii)誘導性CAR、
(viii)別のCARと共発現されたもの、
(ix)バイシストロン性構築物内で、サイトカインシグナル伝達複合体と共発現されたもの、
(x)任意選択で別個の構築物内で、若しくはバイシストロン性構築物内で、チェックポイント阻害剤と共発現されたもの、
(xi)CD19、B7H3、BCMA、CD20、CD22、CD38、CD123、CD79b、CD52、EGFR、EGP2/EpCAM、GD2、GPRC5D、HER2、KLK2、MICA/B、MSLN、VEGF-R2、PSMA、及びPDL1を含む少なくとも1つの腫瘍関連抗原に特異的なもの、並びに/又は
(xii)ADGRE2、炭酸脱水酵素IX(CAIX)、CCR1、CCR4、がん胎児性抗原(CEA)、CD3、CD5、CD7、CD8、CD10、CD20、CD22、CD30、CD33、CD34、CD38、CD41、CD44、CD44V6、CD49f、CD56、CD70、CD74、CD99、CD123、CD133、CD138、CDS、CLEC12A、サイトメガロウイルス(CMV)感染細胞の抗原、上皮糖タンパク質-2(EGP-2)、上皮糖タンパク質-40(EGP-40)、上皮細胞接着分子(EpCAM)、EGFRvIII、受容体チロシンタンパク質キナーゼerb-B2、3、4、EGFIR、EGFR-VIII、ERBB葉酸結合タンパク質(FBP)、胎児のアセチルコリン受容体(AChR)、葉酸受容体-α、ガングリオシドG2(GD2)、ガングリオシドG3(GD3)、ヒト上皮増殖因子受容体2(HER2)、ヒトテロメラーゼ逆転写酵素(hTERT)、ICAM-1、インテグリンB7、インターロイキン-13受容体サブユニットアルファ-2(IL-13Rα2)、κ-軽鎖、キナーゼ挿入ドメイン受容体(KDR)、ルイスA(CA19.9)、ルイスY(LeY)、L1細胞接着分子(L1-CAM)、LILRB2、黒色腫抗原ファミリーA1(MAGE-A1)、MICA/B、ムチン1(Muc-1)、ムチン16(Muc-16)、メソセリン(MSLN)、NKCSI、NKG2Dリガンド、c-Met、がん-精巣抗原NY-ESO-1、腫瘍胎児性抗原(h5T4)、PRAME、前立腺幹細胞抗原(PSCA)、PRAME前立腺特異的膜抗原(PSMA)、腫瘍関連糖タンパク質72(TAG-72)、TIM-3、TRBCI、TRBC2、血管内皮成長因子R2(VEGF-R2)、ウィルムス腫瘍タンパク質(WT-1)、及び病原体抗原を含む少なくとも1つの腫瘍関連抗原に特異的なもの、であり、任意選択で、
(i)~(xii)のうちのいずれか1つのCARが、TCR遺伝子座に挿入されている、及び/又はTCRの内因性プロモータによって駆動されている、かつ/あるいはTCRが、CAR挿入によってノックアウトされている、実施形態4の細胞又はその集団。
実施形態15:TCR遺伝子座が、TCRアルファ及び/又はTCRベータの定常領域であり、任意選択で、CARが、TCRの内因性プロモータに作動可能に連結されている、実施形態14の細胞又はその集団。
実施形態16:CARが、
(a)腫瘍関連抗原に特異的な抗原結合ドメインを含む外部ドメインと、
(b)膜貫通ドメインと、
(c)少なくとも1つのシグナル伝達ドメインを含む内部ドメインと、を含み、
少なくとも1つのシグナル伝達ドメインが、腫瘍関連抗原へのCARの結合に特異的に応答し、それによって、がん抗原特異的応答を生成する、実施形態14又は15の細胞又はその集団。
実施形態17:少なくとも1つのシグナル伝達ドメインが、
(a)2B4(ナチュラルキラー細胞受容体2B4)、4-1BB(腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー9)、CD28(T細胞特異的表面糖タンパク質CD28)、CD3ζ(T細胞表面糖タンパク質CD3ゼータ鎖)、DAP10(造血細胞シグナル伝達物質)、DAP12(TYROタンパク質チロシンキナーゼ結合タンパク質)、DNAM1(CD226抗原)、FcERIγ(高親和性免疫グロブリンイプシロン受容体サブユニットガンマ)、IL21R(インターロイキン-21受容体)、IL2Rβ/IL15Rβ(インターロイキン-2受容体サブユニットベータ)、IL2Rγ(サイトカイン受容体共通サブユニットガンマ)、IL-7R(インターロイキン-7受容体サブユニットアルファ)、KIR2DS2(キラー細胞免疫グロブリン様受容体2DS2)、NKG2D(NKG2-D II型内因性膜タンパク質)、NKp30(天然細胞傷害トリガー受容体3)、NKp44(天然細胞傷害トリガー受容体2)、NKp46(天然細胞傷害トリガー受容体1)、CS1(SLAMファミリーメンバー7)、及びCD8(T細胞表面糖タンパク質CD8アルファ鎖)のうちのいずれか1つ、
(b)それぞれ配列番号54~76によって表される、2B4、41BB、CD16、CD2、CD28、CD28H、CD3ζ、DAP10、DAP12、DNAM1、FcERIγ、IL21R、IL2Rβ(IL15Rβ)、IL2Rγ、IL7R、KIR2DS2、NKG2D、NKp30、NKp44、NKp46、CD3ζ1XX、CS1、若しくはCD8の細胞質ドメイン若しくはその一部分に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、若しくは約99%の同一性を有するアミノ酸配列、並びに/又は
(c)2B4、CD28、CD3ζ、DAP10、NKG2D、CD3ζ、CD3ζ1XX、DNAM1、CS1、若しくはそれらの組み合わせの細胞質ドメイン若しくはその一部分に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、若しくは約99%の同一性を有するアミノ酸配列、を含む、実施形態16の細胞又はその集団。
実施形態18:内部ドメインが、2つの異なるシグナル伝達ドメインを含み、当該内部ドメインドメインが、以下の形態:CD28-CD3ζ、CD28-CD3ζ1XX、41BB-CD3ζ、41BB-CD3ζ1XX、2B4-CD3ζ、及び2B4-CD3ζ1XXのうちのいずれか1つの融合細胞質ドメイン又はその一部分を含む、実施形態16又は17の細胞又はその集団。
実施形態19:膜貫通ドメインが、CD2、CD3δ、CD3ε、CD3γ、CD3ζ、CD4、CD8、CD8a、CD8b、CD16、CD27、CD28、CD28H、CD40、CD84、CD166、4-1BB、OX40、ICOS、ICAM-1、CTLA4、PD1、LAG3、2B4、BTLA、DNAM1、DAP10、DAP12、FcERIγ、IL7、IL12、IL15、KIR2DL4、KIR2DS1、KIR2DS2、NKp30、NKp44、NKp46、NKG2C、NKG2D、CS1、又はT細胞受容体ポリペプチドの膜貫通領域又はその一部分に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%の同一性を有するアミノ酸配列を含む、実施形態16~18のうちのいずれか1つの細胞又はその集団。
実施形態20:膜貫通ドメインが、それぞれ配列番号32~53によって表される2B4、CD2、CD16、CD28、CD28H、CD3ζ、DAP10、DAP12、DNAM1、FcERIγ、KIR2DS2、NKG2D、NKp30、NKp44、NKp46、CS1、若しくはCD8の膜貫通領域に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%の同一性を有するアミノ酸配列又はその一部分を含む、実施形態16~18のうちのいずれか1つの細胞又はその集団。
実施形態21:膜貫通ドメイン及びその直接連結されたシグナル伝達ドメインが、同じタンパク質由来又は異なるタンパク質由来である、実施形態16~20のうちのいずれか1つの細胞又はその集団。
実施形態22:腫瘍関連抗原がHER2を含み、CARが、
(a)HER2(ヒト上皮増殖因子受容体2)抗原を認識する抗原結合ドメインを含む外部ドメインであって、抗原結合ドメインが、
(i)配列番号103を含む重鎖相補性決定領域1(H-CDR1)、配列番号104を含む重鎖相補性決定領域2(H-CDR2)、及び配列番号105を含む重鎖相補性決定領域3(H-CDR3)を含む重鎖可変(VH)ドメイン、並びに、任意選択で、
(ii)配列番号106を含む軽鎖相補性決定領域1(L-CDR1)、配列番号107を含む軽鎖相補性決定領域2(L-CDR2)、及び配列番号108を含む軽鎖相補性決定領域3(L-CDR3)を含む軽鎖可変(VL)ドメインと、を含み、
(b)膜貫通ドメインと、
(c)少なくとも1つのシグナル伝達ドメインを含む内部ドメインと、を含み、
少なくとも1つのシグナル伝達ドメインが、がん細胞上に発現されるHER2抗原へのCARの結合に特異的に応答し、それによって、がん抗原特異的応答を生成する、実施形態16~21のうちのいずれか1つの細胞又はその集団。
実施形態23:CARの抗原結合ドメインが、
(a)配列番号109に対して少なくとも80%の配列同一性を有するVHドメインを含む、
(b)配列番号110に対して少なくとも80%の配列同一性を有するVLドメインを含む、
(c)VH-リンカー-VL又はVL-リンカー-VHを含む一本鎖可変断片(scFV)を含み、リンカーは、長さ及び配列が異なり、任意選択で、リンカーが、配列番号111~114に対して少なくとも80%の配列同一性を有する、
(d)配列番号115若しくは配列番号116に対して少なくとも約99%、約98%、約96%、約95%、約90%、約85%、若しくは約80%同一のアミノ酸配列によって表されるscFVを含み、配列番号115及び116の各々は、長さ及び配列が異なるリンカーを含む、並びに/又は
(e)ヒト化されている、実施形態22の細胞又はその集団。
実施形態24:外部ドメインが、
(a)シグナルペプチド、及び/又は、
(b)スペーサー/ヒンジ、のうちの1つ以上を含む、実施形態22又は23の細胞又はその集団。
実施形態25:スペーサー/ヒンジが、
(a)IgG4スペーサー、CD28スペーサー、CD8スペーサー、CH3スペーサー、CH2/CH3スペーサー、若しくはそれらの任意の組み合わせ、
(b)約10個~約80個のアミノ酸の短いスペーサー、80個超~約180個のアミノ酸の中程度のスペーサー、若しくは180個超のアミノ酸の長いスペーサー、及び/又は
(c)配列番号96~100のうちのいずれかと少なくとも約80%、約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%同一のアミノ酸配列を含む、実施形態24の細胞又はその集団。
実施形態26:スペーサー/ヒンジが、中程度のスペーサーを含み、スペーサーが、配列番号99と少なくとも約80%、約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%同一のアミノ酸配列を含む、実施形態25の細胞又はその集団。
実施形態27:CARが、配列番号117と少なくとも約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%同一のアミノ酸配列を含む、実施形態25の細胞又はその集団。
実施形態28:がん細胞が、乳がん細胞、卵巣がん細胞、子宮内膜がん細胞、肺がん細胞、食道がん細胞、唾液腺がん細胞、膀胱がん細胞、胃がん細胞、結腸直腸がん細胞、又は頭頸部がん細胞である、実施形態22~27のうちのいずれか1つの細胞又はその集団。
実施形態29:(i)iPSCが、クローンiPSC、単一細胞解離iPSC、iPSC細胞株細胞、又はiPSCマスター細胞バンク(MCB)細胞であるか、あるいは、(ii)派生細胞が、派生CD34+細胞、派生造血幹前駆細胞、派生造血多能性前駆細胞、派生T細胞前駆体、派生NK細胞前駆体、派生T系統細胞、派生NKT系統細胞、派生NK系統細胞、又は派生B系統細胞を含むか、あるいは、(iii)派生細胞が、対応する初代T、NK、NKT、及び/又はB細胞には存在しない1つ以上の機能的特質を有する派生エフェクター細胞を含む、実施形態1~28のうちのいずれか1つの細胞又はその集団。
実施形態30:派生細胞が、同じ遺伝子編集を備えていない末梢血、臍帯血、又は任意の他のドナー組織から得られたその対応する初代細胞と比較して、
(i)増加された細胞傷害性、
(ii)改善された持続性及び/又は生存率、
(iii)腫瘍部位にバイスタンダー免疫細胞を遊走させる、及び/又は活性化させる、若しくは動員する増強された能力、
(iv)改善された腫瘍浸潤、
(v)腫瘍免疫抑制を低下させる増強された能力、
(vi)腫瘍抗原エスケープを救済する改善された能力、
(vii)制御されたアポトーシス、
(viii)増強又は獲得されたADCC、並びに
(ix)フラトリサイドを回避する能力、
のうちの1つ以上を含む治療特性を有する、実施形態29の細胞又はその集団。
実施形態31:細胞が、NK系統細胞又はT系統細胞であり、
(i)NK系統細胞又はT系統細胞が、腫瘍部位における改善された浸潤及び/又は保持を有するか、
(ii)NK系統細胞が、T細胞を腫瘍部位に動員し、かつ/又は遊走させることができるか、又は
(ii)NK系統細胞又はT系統細胞が、1つ以上のチェックポイント阻害剤の存在下で腫瘍免疫抑制を低減することができる、実施形態29又は30の細胞又はその集団。
実施形態32:細胞又はその集団であって、
(i)細胞が、(a)免疫細胞、(b)人工多能性細胞(iPSC)、又は(c)iPSCを分化させることから得られた派生エフェクター細胞であり、
(ii)細胞がキメラ抗原受容体(CAR)を含み、キメラ抗原受容体(CAR)が、
(a)HER2(ヒト上皮増殖因子受容体2)抗原を認識する抗原結合ドメインを含む外部ドメインであって、抗原結合ドメインが、
(1)配列番号103を含む重鎖相補性決定領域1(H-CDR1)、配列番号104を含む重鎖相補性決定領域2(H-CDR2)、及び配列番号105を含む重鎖相補性決定領域3(H-CDR3)を含む重鎖可変(VH)ドメイン、並びに
(2)配列番号106を含む軽鎖相補性決定領域1(L-CDR1)、配列番号107を含む軽鎖相補性決定領域2(L-CDR2)、及び配列番号108を含む軽鎖相補性決定領域3(L-CDR3)を含む軽鎖可変(VL)ドメイン、を含む、外部ドメインと、
(b)膜貫通ドメインと、
(c)少なくとも1つのシグナル伝達ドメインを含む内部ドメインと、を含み、
少なくとも1つのシグナル伝達ドメインが、がん細胞上に発現されるHER2抗原へのCARの結合に特異的に応答し、それによって、がん抗原特異的応答を生成する、細胞又はその集団。
実施形態33:抗原結合ドメインが、
(a)配列番号109に対して少なくとも80%の配列同一性を有するVHドメインを含む、
(b)配列番号110に対して少なくとも80%の配列同一性を有するVLドメインを含む、
(c)VH-リンカー-VL又はVL-リンカー-VHを含む一本鎖可変断片(scFV)を含み、リンカーは、長さ及び配列が異なり、任意選択で、リンカーが、配列番号111~114に対して少なくとも80%の配列同一性を有する、
(d)配列番号115若しくは配列番号116に対して少なくとも約99%、約98%、約96%、約95%、約90%、約85%、若しくは約80%同一のアミノ酸配列によって表されるscFVを含み、配列番号115及び116の各々は、長さ及び配列が異なるリンカーを含む、並びに/又は
(e)ヒト化されている、実施形態32の細胞又はその集団。
実施形態34:少なくとも1つのシグナル伝達ドメインが、
(a)2B4(ナチュラルキラー細胞受容体2B4)、4-1BB(腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー9)、CD16(IgG Fc領域受容体III-A)、CD2(T細胞表面抗原CD2)、CD28(T細胞特異的表面糖タンパク質CD28)、CD28H(膜貫通及び免疫グロブリンドメイン含有タンパク質2)、CD3ζ(T細胞表面糖タンパク質CD3ゼータ鎖)、DAP10(造血細胞シグナル伝達物質)、DAP12(TYROタンパク質チロシンキナーゼ結合タンパク質)、DNAM1(CD226抗原)、FcERIγ(高親和性免疫グロブリンイプシロン受容体サブユニットガンマ)、IL21R(インターロイキン-21受容体)、IL-2Rβ/IL-15Rβ(インターロイキン-2受容体サブユニットベータ)、IL-2Rγ(サイトカイン受容体共通サブユニットガンマ)、IL-7R(インターロイキン-7受容体サブユニットアルファ)、KIR2DS2(キラー細胞免疫グロブリン様受容体2DS2)、NKG2D(NKG2-D II型内在性膜タンパク質)、NKp30(天然細胞傷害トリガー受容体3)、NKp44(天然細胞傷害トリガー受容体2)、NKp46(天然細胞傷害トリガー受容体1)、CS1(SLAMファミリーメンバー7)、及びCD8(T細胞表面糖タンパク質CD8アルファ鎖)のうちのいずれか1つ、
(b)それぞれ配列番号54~76によって表される、2B4、4-1BB、CD16、CD2、CD28、CD28H、CD3ζ、CD3ζ1XX、DAP10、DAP12、DNAM1、FcERIγ、IL21R、IL2Rβ(IL15Rβ)、IL2Rγ、IL7R、KIR2DS2、NKG2D、NKp30、NKp44、NKp46、CS1、若しくはCD8の細胞質ドメイン若しくはその一部分に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、若しくは約99%の同一性を有するアミノ酸配列、並びに/又は
(c)2B4、CD28、CD3ζ、DAP10、NKG2D、CD3ζ1XX、DNAM1、CS1、若しくはそれらの組み合わせの細胞質ドメイン若しくはその一部分に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、若しくは約99%の同一性を有するアミノ酸配列、を含む、実施形態32又は33の細胞又はその集団。
実施形態35:内部ドメインが、2つの異なるシグナル伝達ドメインを含み、当該内部ドメインドメインが、以下の形態:2B4-CD3ζ/1XX、2B4-DNAM1、2B4-FcERIγ、2B4-DAP10、CD16-DNAM1、CD16-DAP10、CD16-DAP12、CD2-CD3ζ/1XX、CD2-DNAM1、CD2-FcERIγ、CD2-DAP10、CD28-DNAM1、CD28-FcERIγ、CD28-DAP10、CD28-DAP12、CD28-CD3ζ/1XX、CD28H-CD3ζ/1XX、DAP10-CD3ζ/1XX、DAP10-DAP12、DAP12-CD3ζ/1XX、DAP12-DAP10、DNAM1-CD3ζ/1XX、KIR2DS2-CD3ζ/1XX、KIR2DS2-DAP10、KIR2DS2-2B4、若しくはNKp46-2B4のうちのいずれか1つの融合細胞質ドメイン又はその一部分を含む、実施形態34の細胞又はその集団。
実施形態36:膜貫通ドメインが、
(a)CD2、CD3δ、CD3ε、CD3γ、CD3ζ、CD4、CD8、CD8a、CD8b、CD16、CD27、CD28、CD28H、CD40、CD84、CD166、4-1BB、OX40、ICOS、ICAM-1、CTLA4、PD1、LAG3、2B4、BTLA、DNAM1、DAP10、DAP12、FcERIγ、IL7、IL12、IL15、KIR2DL4、KIR2DS1、KIR2DS2、NKp30、NKp44、NKp46、NKG2C、NKG2D、CS1、若しくはT細胞受容体ポリペプチド、
(b)2B4、CD2、CD16、CD28、CD28H、CD3ζ、DAP10、DAP12、DNAM1、FcERIγ、KIR2DS2、NKG2D、NKp30、NKp44、NKp46、CS1、若しくはCD8、又は
(c)2B4、CD28、CD28H、DAP10、DNAM1、KIR2DS2、及びNKG2D、の膜貫通領域又はその一部分に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%の同一性を有するアミノ酸配列を含む、実施形態32~35のうちのいずれか1つの細胞又はその集団。
実施形態37:膜貫通ドメイン及びその直接連結されたシグナル伝達ドメインが、同じタンパク質由来又は異なるタンパク質由来である、実施形態32~36のうちのいずれか1つの細胞又はその集団。
実施形態38:外部ドメインが、
(a)シグナルペプチド、及び/又は、
(b)スペーサー/ヒンジ、のうちの1つ以上を含む、実施形態32~37のうちのいずれか1つの細胞又はその集団。
実施形態39:スペーサー/ヒンジが、
(a)IgG4スペーサー、CD28スペーサー、CD8スペーサー、CH3スペーサー、CH2/CH3スペーサー、若しくはそれらの任意の組み合わせ、
(b)約10個~約80個のアミノ酸の短いスペーサー、80個超~約180個のアミノ酸の中程度のスペーサー、若しくは180個超のアミノ酸の長いスペーサー、及び/又は
(c)配列番号96~100のうちのいずれかと少なくとも約80%、約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%同一のアミノ酸配列を含む、実施形態38の細胞又はその集団。
実施形態40:スペーサー/ヒンジが、中程度のスペーサーを含み、スペーサーが、配列番号99と少なくとも約80%、約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%同一のアミノ酸配列を含む、実施形態39の細胞又はその集団。
実施形態41:CARが、配列番号117と少なくとも約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%同一のアミノ酸配列を含む、実施形態32の細胞又はその集団。
実施形態42:
(a)C-X-Cモチーフケモカイン受容体又はそのバリアントをコードするポリヌクレオチド、
(b)形質転換成長因子ベータ受容体(TGFβR)の細胞外ドメイン(ECD)の部分的な又は完全なペプチドを含むTGFβシグナル伝達リダイレクタ受容体(TGFβ-SRR)をコードするポリヌクレオチド、
及び(c)同種免疫防御受容体(ADR)をコードするポリヌクレオチド、のうちの少なくとも1つを含む固形腫瘍標的化骨格を更に含む、実施形態32~41のうちのいずれか1つの細胞又はその集団。
実施形態43:固形腫瘍標的化骨格が、
(i)CD38ノックアウト、
(ii)外因性CD16又はそのバリアントをコードするポリヌクレオチドと、
(iii)細胞表面発現外因性サイトカイン及び/又はその受容体の部分的な又は完全なペプチドを含むサイトカインシグナル伝達複合体をコードするポリヌクレオチドと、を更に含む、実施形態42の細胞又はその集団。
実施形態44:細胞は、
(i)HLA-I欠損及び/若しくはHLA-II欠損、
(ii)HLA-G若しくは非切断性HLA-Gの導入、
(iii)B2M、CIITA、TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、RFXANK、RFX5、RFXAP、TCR、NKG2A、NKG2D、CD25、CD44、CD54、CD56、CD58、CD69、CIS、CBL-B、SOCS2、PD1、CTLA4、LAG3、TIM3、及びTIGITのうちの最も少ない1つの破壊、
(iv)HLA-E、4-1BBL、CD3、CD4、CD8、CD47、CD113、CD131、CD137、CD80、PDL1、A2AR、抗原特異的TCR、キメラ融合受容体(CFR)、Fc受容体、抗体若しくはその機能的バリアント若しくは断片、チェックポイント阻害剤、エンゲージャ、及びアゴニストとカップリングするための表面トリガー受容体のうちの少なくとも1つの導入、又は
(v)表4に列挙された遺伝子型のうちの少なくとも1つ、のうちの1つ以上を更に含む、実施形態32~43のうちのいずれか1つの細胞又はその集団。
実施形態45:C-X-Cモチーフケモカイン受容体が、CXCR2又はCXCR3を含む、実施形態42~44のうちのいずれか1つの細胞又はその集団。
実施形態46:TGFβ-SRRが、IL2R、IL12R、IL18R、IL21R、又はそれらの任意の組み合わせを含むサイトカイン受容体の細胞内ドメイン(ICD)の部分的な又は完全なペプチドを更に含む、実施形態42~45のうちのいずれか1つの細胞又はその集団。
実施形態47:
(a)サイトカイン受容体がIL2Rβであり、それによって、TGFβR2-IL2Rβリダイレクタ受容体を形成し、IL2Rβの細胞内ドメイン(ICD)が配列番号11によって表されるアミノ酸配列を含むか、又は
(b)サイトカイン受容体がIL12Rβであり、それによって、TGFβR2-IL12Rβリダイレクタ受容体を形成し、IL12Rβの細胞内ドメイン(ICD)が、配列番号12若しくは配列番号13によって表されるアミノ酸配列を含むか、又は
(c)サイトカイン受容体がIL18Rβであり、それによって、TGFβR2-IL18Rβリダイレクタ受容体を形成し、IL18Rβの細胞内ドメイン(ICD)が配列番号14によって表されるアミノ酸配列を含むか、又は
(d)サイトカイン受容体がIL21Rであり、それによって、TGFβR2-IL21Rリダイレクタ受容体を形成し、IL21Rβの細胞内ドメイン(ICD)が配列番号15によって表されるアミノ酸配列を含むか、又は
(e)TGFβRの細胞外ドメイン(ECD)が、配列番号10によって表されるアミノ酸配列を含む、実施形態46の細胞又はその集団。
実施形態48:サイトカイン受容体が、配列番号16によって表される配列に対して少なくとも80%、85%、90%、95%、又は97%、98%、又は99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むTGFβR2-trIL12Rβリダイレクタ受容体を形成するIL2Rβの断片であり、配列番号16に含まれる配列番号17によって表されるアミノ酸配列が、可変である、実施形態46の細胞又はその集団。
実施形態49:ADRが、4-1BB又はCD38に特異的である、実施形態42~48のうちのいずれか1つの細胞又はその集団。
実施形態50:固形腫瘍標的化骨格の1つ以上のポリヌクレオチドが、CD38をノックアウトするために内因性CD38遺伝子座に挿入される、実施形態42~49のうちのいずれか1つの細胞又はその集団。
実施形態51:外因性CD16又はそのバリアントをコードするポリヌクレオチド、及び固形腫瘍標的化骨格の2つ以上のポリヌクレオチドが、トリシストロン性構築物内で共発現される、実施形態43の細胞又はその集団。
実施形態52:外因性CD16又はそのバリアントが、
(a)高親和性の非切断性CD16(hnCD16)、
(b)CD16の外部ドメインにおけるF176V及びS197P、
(c)CD64に由来する完全な又は部分的な外部ドメイン、
(d)非天然(又は非CD16)の膜貫通ドメイン、
(e)非天然(又は非CD16)の細胞内ドメイン、
(f)非天然(又は非CD16)のシグナル伝達ドメイン、
(g)非天然の刺激ドメイン、並びに
(h)CD16に由来せず、かつ同じ又は異なるポリペプチドに由来する膜貫通ドメイン、シグナル伝達ドメイン、及び刺激ドメイン、のうちの少なくとも1つを含む、実施形態43又は51の細胞又はその集団。
実施形態53:細胞が、サイトカインシグナル伝達複合体を更に含み、サイトカインシグナル伝達複合体が、
(a)IL2、IL4、IL6、IL7、IL9、IL10、IL11、IL12、IL15、IL18、IL21、若しくはそれらのそれぞれの受容体のうちの少なくとも1つを含む細胞表面発現外因性サイトカイン若しくはその受容体の部分的な若しくは完全なペプチド、又は
(b)
(i)自己切断ペプチドを間に挟んだIL15とIL15Rαとの共発現、
(ii)IL15とIL15Rαとの融合タンパク質、
(iii)IL15Rαの細胞内ドメインが短縮されたIL15/IL15Rα融合タンパク質、
(iv)IL15とIL15Rαの膜結合Sushiドメインとの融合タンパク質、
(v)IL15とIL15Rβとの融合タンパク質、
(vi)IL15と共通受容体γCとの融合タンパク質であって、共通受容体γCが天然であるか、若しくは改変されている、融合タンパク質、並びに
(vii)IL15Rβのホモ二量体、のうちの少なくとも1つを含み、
又は
(c)
(i)IL7とIL7Rαとの融合タンパク質、
(ii)IL7と共通受容体γCとの融合タンパク質であって、共通受容体γCが、天然であるか若しくは改変されている、融合タンパク質、及び
(iii)IL7Rβのホモ二量体、のうちの少なくとも1つを含み、
任意選択で、
(d)一過的に発現される、実施形態43、51、又は52の細胞又はその集団。
実施形態54:
(i)CARが、バイシストロン性構築物内でサイトカインシグナル伝達複合体と共発現される、かつ/あるいは
(ii)CARが、TCR遺伝子座に挿入されており、任意選択で、TCRの内因性プロモータに作動可能に連結されている、実施形態32~53のうちのいずれか1つの細胞又はその集団。
実施形態55:
TCR遺伝子座が、TCRアルファ及び/又はTCRベータの定常領域である、かつ/あるいは
(ii)TCRが、CAR挿入によってノックアウトされている、実施形態54の細胞又はその集団。
実施形態56:がん細胞が、乳がん細胞、卵巣がん細胞、子宮内膜がん細胞、肺がん細胞、食道がん細胞、唾液腺がん細胞、膀胱がん細胞、胃がん細胞、結腸直腸がん細胞、又は頭頸部がん細胞である、実施形態32~55のうちのいずれか1つの細胞又はその集団。
実施形態57:(i)iPSCが、クローンiPSC、単一細胞解離iPSC、iPSC細胞株細胞、又はiPSCマスター細胞バンク(MCB)細胞であるか、あるいは、(ii)派生細胞が、派生CD34+細胞、派生造血幹前駆細胞、派生造血多能性前駆細胞、派生T細胞前駆体、派生NK細胞前駆体、派生T系統細胞、派生NKT系統細胞、派生NK系統細胞、又は派生B系統細胞を含むか、あるいは、(iii)派生細胞が、対応する初代T、NK、NKT、及び/又はB細胞には存在しない1つ以上の機能的特質を有する派生エフェクター細胞を含む、実施形態32~56のうちのいずれか1つの細胞又はその集団。
実施形態58:細胞が、同じ遺伝子編集を備えていない末梢血、臍帯血、又は任意の他のドナー組織から得られたその対応する初代細胞と比較して、
(i)増加された細胞傷害性、
(ii)改善された持続性及び/又は生存率、
(iii)腫瘍部位にバイスタンダー免疫細胞を遊走させる、及び/又は活性化させる、若しくは動員する増強された能力、
(iv)改善された腫瘍浸潤、
(v)腫瘍免疫抑制を低下させる増強された能力、
(vi)腫瘍抗原エスケープを救済する改善された能力、
(vii)制御されたアポトーシス、
(viii)増強又は獲得されたADCC、並びに
(ix)フラトリサイドを回避する能力、
のうちの1つ以上を含む治療特性を有する、実施形態42~58のいずれか一項に記載の細胞又はその集団。
実施形態59:細胞が、NK系統細胞又はT系統細胞であり、
(i)NK系統細胞又はT系統細胞が、腫瘍部位における改善された浸潤及び/又は保持を有するか、
(ii)NK系統細胞が、T細胞を腫瘍部位に動員し、かつ/又は遊走させることができるか、又は
(ii)NK系統細胞又はT系統細胞が、1つ以上のチェックポイント阻害剤の存在下で腫瘍免疫抑制を低減することができる、実施形態58の細胞又はその集団。
実施形態60:実施形態1~59のうちのいずれか1つの細胞又はその集団を含む、組成物。
実施形態61:1つ以上の治療剤を更に含む、実施形態60の組成物。
実施形態62:1つ以上の治療剤が、ペプチド、サイトカイン、チェックポイント阻害剤、マイトジェン、成長因子、低分子RNA、dsRNA(二本鎖RNA)、単核血球、フィーダー細胞、フィーダー細胞成分若しくはその補充因子、1つ以上の目的のポリ核酸を含むベクター、抗体、化学療法剤若しくは放射性部分、又は免疫調節薬(IMiD)を含む、実施形態61の組成物。
実施形態63:チェックポイント阻害剤が、
(a)PD-1、PDL-1、TIM-3、TIGIT、LAG-3、CTLA-4、2B4、4-1BB、4-1BBL、A2AR、BATE、BTLA、CD39、CD47、CD73、CD94、CD96、CD160、CD200、CD200R、CD274、CEACAM1、CSF-1R、Foxp1、GARP、HVEM、IDO、EDO、TDO、LAIR-1、MICA/B、NR4A2、MAFB、OCT-2、Rara(レチノイン酸受容体アルファ)、TLR3、VISTA、NKG2A/HLA-E、若しくは抑制性KIRを含むチェックポイント分子に対する1つ以上のアンタゴニスト、
(b)アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、イピリムマブ、IPH4102、IPH43、IPH33、リリムマブ、モナリズマブ、ニボルマブ、ペンブロリズマブ、及びそれらの誘導体若しくは機能的同等物のうちの1つ以上、又は
(c)アテゾリズマブ、ニボルマブ、及びペムブロリズマブのうちの少なくとも1つ、を含む、実施形態62の組成物。
実施形態64:抗体が、
(a)抗CD20抗体、抗HER2抗体、抗CD52抗体、抗EGFR抗体、抗CD123抗体、抗GD2抗体、抗PDL1抗体、若しくは抗CD38抗体、又は
(b)リツキシマブ、ベルツズマブ、オファツムマブ、ウブリツキシマブ、オカラツズマブ、オビヌツズマブ、トラスツズマブ、ペルツズマブ、アレムツズマブ、セツキシマブ、ジヌツキシマブ、アベルマブ、ダクリズマブ、バシリキシマブ、M-A251、2A3、BC69、24204、22722、24212、MAB23591、FN50、298614、AF2359、CY1G4、DF1513、ビバツズマブ、RG7356、G44-26、7G3、CSL362、エロツズマブ、ダラツムマブ、イサツキシマブ、MOR202、並びにそれらのヒト化若しくはFc修飾されたバリアント若しくは断片及びそれらの機能的同等物及びバイオシミラーのうちの1つ以上、を含む、実施形態62の組成物。
実施形態65:エンゲージャが、
(i)二重特異性T細胞エンゲージャ(BiTE)、
(ii)二重特異性キラー細胞エンゲージャ(BiKE)、又は
(iii)三重特異性キラー細胞エンゲージャ(TriKE)を含むか、又は
エンゲージャは、
(a)細胞又はバイスタンダー免疫エフェクター細胞のCD3、CD28、CD5、CD16、CD64、CD32、CD33、CD89、NKG2C、NKG2D若しくはそれらの任意の機能的バリアントの細胞外部分を認識する第1の結合ドメインと、
(b)B7H3、CD10、CD19、CD20、CD22、CD24、CD30、CD33、CD34、CD38、CD44、CD52、CD79a、CD79b、CD123、CD138、CD179b、CEA、CLEC12A、CS-1、DLL3、EGFR、EGFRvIII、EpCAM、FLT-3、FOLR1、FOLR3、GD2、gpA33、HER2、HM1.24、LGR5、MSLN、MCSP、MICA/B、Muc1、Muc16、PDL1、PSMA、PAMA、P-カドヘリン、ROP1、若しくはVEGF-R2のうちのいずれか1つを含む抗原に特異的な第2の結合ドメインと、を含む、実施形態62の組成物。
実施形態66:実施形態60~65のうちのいずれか1つの組成物を養子細胞療法を必要とする対象に導入することによる組成物の治療的使用であって、対象が、自己免疫障害、血液悪性腫瘍、固形腫瘍、がん、又はウイルス感染を有する、治療的使用。
実施形態67:実施形態1~59のうちのいずれか1つのiPSCを含む、マスター細胞バンク(MCB)。
実施形態68:実施形態1~31のうちのいずれか1つの派生細胞を製造する方法であって、派生細胞が、免疫エフェクター細胞であり、方法が、
(i)遺伝子操作されたiPSCを取得することであって、iPSCが、
(a)C-X-Cモチーフケモカイン受容体又はそのバリアントをコードするポリヌクレオチド、
(b)形質転換成長因子ベータ受容体(TGFβR)の細胞外ドメイン(ECD)の部分的な又は完全なペプチドを含むTGFβシグナル伝達リダイレクタ受容体(TGFβ-SRR)をコードするポリヌクレオチド、
(c)同種免疫防御受容体(ADR)をコードするポリヌクレオチド、のうちの2つ以上と、
(ii)遺伝子操作されたiPSCを派生CD34+細胞に分化させることと、
(iii)派生CD34+細胞を免疫エフェクター細胞に分化させることであって、免疫エフェクター細胞が、固形腫瘍標的化骨格を保持する、分化させることと、を含む、方法。
実施形態69:固形腫瘍標的化骨格を含む遺伝子操作されたiPSCを取得することが、内因性(endogensous)CD38遺伝子座における共発現のために2つ以上のポリヌクレオチドを組み込むことと、CD38をノックアウトすることと、を含み、共発現のための2つ以上のポリヌクレオチドが、シストロン性構築物内にあり、ポリヌクレオチドが、
(i)C-X-Cモチーフケモカイン受容体、
(ii)TGFβ-SRR、及び
(iii)同種免疫防御受容体(ADR)、のうちの少なくとも2つをコードする、実施形態68の方法。
実施形態70:
(i)シストロン性構築物が、外因性CD16又はそのバリアントをコードするポリヌクレオチドを更に含むか、
(ii)C-X-Cモチーフケモカイン受容体が、CXCR2又はCXCR3を含むか、
(iii)TGFβ-SRRが、TGFβR2-IL2Rβ、TGFβR2-IL12Rβ、TGFβR2-IL18Rβ、又はTGFβR2-trIL12Rβリダイレクタ受容体を含むか、又は
(iv)ADRが、4-1BB又はCD38に特異的である、実施形態69の方法。
実施形態71:キメラ抗原受容体(CAR)をコードするポリヌクレオチドをTCR遺伝子座に組み込むことによって、固形腫瘍標的化骨格を含むiPSCを遺伝子操作することを更に含み、任意選択で、(i)CARが、TCRの内因性プロモータに作動可能に連結され、かつ/あるいは(ii)TCRが、CAR挿入によってノックアウトされている、実施形態68の方法。
実施形態72:CARが、バイシストロン性構築物内でサイトカインシグナル伝達複合体と共発現されるか、あるいは、TCR遺伝子座が、TCRアルファ又はTCRベータの定常領域である、実施形態71の方法。
実施形態73:サイトカインシグナル伝達複合体が、
(i)IL7とIL7Rαとの融合タンパク質、
(ii)IL15とIL15Rαとの融合タンパク質、及び
(iii)IL15Rαの細胞内ドメインが短縮されたIL15/IL15Rα融合タンパク質、のうちの少なくとも1つを含む、実施形態72の方法。
実施形態74:CARが、
(i)腫瘍関連抗原に特異的であるか、
(ii)固形腫瘍関連抗原に特異的であるか、
(iii)汎腫瘍抗原に特異的であるか、又は
(iv)B7H3、BCMA、CD19、CD38、CD79b、EGP2/EpCAM、GPRC5D、HER2、KLK2、MICA/B、及びMR1のうちの1つに特異的である、実施形態71の方法。
実施形態75:がん細胞上に発現されるHER2抗原に特異的なCARが、
(i)配列番号103を含む重鎖相補性決定領域1(H-CDR1)、配列番号104を含む重鎖相補性決定領域2(H-CDR2)、及び配列番号105を含む重鎖相補性決定領域3(H-CDR3)を含む重鎖可変(VH)ドメインと、任意選択で、
(ii)配列番号106を含む軽鎖相補性決定領域1(L-CDR1)、配列番号107を含む軽鎖相補性決定領域2(L-CDR2)、及び配列番号108を含む軽鎖相補性決定領域3(L-CDR3)を含む軽鎖可変(VL)ドメインと、を含む抗原結合ドメインを含む、実施形態71の方法。
実施形態76:CARの抗原結合ドメインが、
(a)配列番号109に対して少なくとも80%の配列同一性を有するVHドメインを含む、
(b)配列番号110に対して少なくとも80%の配列同一性を有するVLドメインを含む、
(c)VH-リンカー-VL又はVL-リンカー-VHを含む一本鎖可変断片(scFV)を含み、リンカーは、長さ及び配列が異なり、任意選択で、リンカーが、配列番号111~114に対して少なくとも80%の配列同一性を有する、
(d)配列番号115若しくは配列番号116に対して少なくとも約99%、約98%、約96%、約95%、約90%、約85%、若しくは約80%同一のアミノ酸配列によって表されるscFVを含み、配列番号115及び116の各々は、長さ及び配列が異なるリンカーを含む、並びに/又は
(e)ヒト化されている、実施形態75の方法。
実施形態77:
(a)HLA-I欠損及び/又はHLA-II欠損の導入、
(b)B2M、CIITA、TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、RFXANK、RFX5、RFXAP、TCR、NKG2A、NKG2D、CD25、CD44、CD54、CD56、CD58、CD69、CIS、CBL-B、SOCS2、PD1、CTLA4、LAG3、TIM3、及びTIGITのうちの1つ以上の欠失又は破壊、並びに
(c)HLA-G、HLA-E、4-1BBL、CD3、CD4、CD8、CD16、CD47、CD113、CD131、CD137、CD80、PDL1、A2AR、抗原特異的TCR、キメラ融合受容体(CFR)、Fc受容体、抗体又はその機能的バリアント若しくは断片、チェックポイント阻害剤、エンゲージャ、及びアゴニストとカップリングするための表面トリガー受容体のうちの少なくとも1つの導入、のうちの1つ以上によって、腫瘍固形標的化骨格を含むiPSCを遺伝子操作することを更に含む、実施形態69の方法。
実施形態78:ゲノム操作することが、標的化編集を含む、実施形態68~77のうちのいずれか1つの方法。
実施形態79:標的化編集が、CRISPR、ZFN、TALEN、ホーミングヌクレアーゼ、相同組換え、又はこれらの方法の他の任意の機能的バリエーションによって実行される、実施形態78の方法。
実施形態80:養子細胞療法を必要とする対象を治療する方法であって、対象にエフェクター細胞を注入することを含み、エフェクター細胞が、実施形態1~59のうちのいずれか1つに記載の派生細胞又はその集団を含む、方法。
実施形態81:エフェクター細胞が、がん細胞上に発現されるHER2抗原に特異的なCARを含み、CARが、
(i)配列番号103を含む重鎖相補性決定領域1(H-CDR1)、配列番号104を含む重鎖相補性決定領域2(H-CDR2)、及び配列番号105を含む重鎖相補性決定領域3(H-CDR3)を含む重鎖可変(VH)ドメインと、任意選択で、
(ii)配列番号106を含む軽鎖相補性決定領域1(L-CDR1)、配列番号107を含む軽鎖相補性決定領域2(L-CDR2)、及び配列番号108を含む軽鎖相補性決定領域3(L-CDR3)を含む軽鎖可変(VL)ドメインと、を含み、
CARが、TRAC遺伝子座にあり、CAR発現が、内因性TCRプロモータによって駆動され、
養子細胞療法を必要とする対象が、乳がん、卵巣がん、子宮内膜がん、肺がん、食道がん、唾液腺がん、膀胱がん、胃がん、結腸直腸がん、又は頭頸部がんを有する、実施形態80の方法。
実施形態82:エフェクター細胞が、固形腫瘍標的化骨格を更に含み、エフェクター細胞が、
(i)CD38遺伝子座に、
(a)CXCR2をコードするポリヌクレオチド、
(b)TGFβR2-IL18Rβリダイレクタ受容体又はTGFβR2-trIL12Rβリダイレクタ受容体をコードするポリヌクレオチド、及び
(c)同種免疫防御受容体(ADR)をコードするポリヌクレオチド、のうちの2つ以上と、
(ii)CD38遺伝子座に、外因性CD16又はそのバリアントをコードするポリヌクレオチドと、
(iii)TRAC遺伝子座に、IL7とIL7Rαとの融合タンパク質をコードするポリヌクレオチドと、
(iv)CD38ノックアウト及びTCRノックアウトと、を含む、実施形態81に記載の方法。
実施形態83:1つ以上の治療剤を対象に投与することを更に含み、1つ以上の治療剤が、
(i)サイトカイン、抗体、エンゲージャ、チェックポイント阻害剤、化学療法剤若しくは放射性部分、若しくは免疫調節薬(IMiD)、
(ii)ダラツムマブ、イサツキシマブ、若しくはMOR202を含む抗CD38抗体、
(iii)BiTE(二重特異性T細胞エンゲージャ)若しくはTriKE(三重特異性キラー細胞エンゲージャ)を含むエンゲージャ、
(iv)アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、イピリムマブ、IPH4102、IPH43、IPH33、リリムマブ(lirimumab)、モナリズマブ、ニボルマブ、若しくはペムブロリズマブを含むチェックポイント阻害剤、並びに/又は
(v)シクロホスファミド及びフルダラビン(Cy/Flu)を含む化学療法剤、を含む、実施形態80の方法。
実施形態84:エフェクター細胞が、CD38ノックアウト及びTCRノックアウトと、任意選択でADRと、を含み、方法が、対象に抗CD38抗体を投与することを含み、方法が、Cy/Fluを対象に投与することを含むリンパ球枯渇を必要としないか、最小限しか必要としない、実施形態80の方法。
実施形態85:エフェクター細胞が同種異系であり、対象にエフェクター細胞を注入することが、外来患者設定で行われる、実施形態80の方法。
実施形態86:固形腫瘍を有する対象の治療における養子細胞療法を改善する方法であって、実施形態1~31のうちのいずれか1つの派生細胞の集団を投与することを含む、方法。
実施形態87:抗HER2モノクローナル抗体(mAb)治療を改善する方法であって、
CasMab250-CARをコードするポリヌクレオチド、CXCR2をコードするポリヌクレオチド、TGFβ-SRRをコードするポリヌクレオチド、及び外因性CD16又はそのバリアントをコードするポリヌクレオチドを含むエフェクター細胞を含む組成物を、治療を必要とする対象に導入することと、
対象に抗HER2mAbを導入することと、を含む、方法。
実施形態88:抗HER2mAbが、トラスツズマブである、実施形態87の方法。
実施形態89:目的の導入遺伝子を含む操作されたNK細胞を選択する方法であって、
(i)目的の導入遺伝子と、IL15若しくはそのそれぞれの受容体のうちの少なくとも1つを含む細胞表面発現外因性サイトカイン若しくはその受容体の部分的な若しくは完全なペプチド、又は以下の(1)~(7):
(1)自己切断ペプチドを間に挟んだIL15とIL15Rαとの共発現、
(2)IL15とIL15Rαとの融合タンパク質、
(3)IL15Rαの細胞内ドメインが短縮されたIL15/IL15Rα融合タンパク質、
(4)IL15とIL15Rαの膜結合Sushiドメインとの融合タンパク質、
(5)IL15とIL15Rβとの融合タンパク質、
(6)IL15と共通受容体γCとの融合タンパク質であって、共通受容体γCが、天然であるか若しくは改変されている、融合タンパク質、及び
(7)IL15Rβのホモ二量体、のうちの少なくとも1つとを共発現する構築物を含む操作されたNK細胞を取得することと、
(ii)操作されたNK細胞に外因性IL15サイトカインを供給することなく、細胞を培養することと、
(iii)外因性IL15サイトカインを伴わずに増殖するNK細胞を収集し、それによって、目的の導入遺伝子を含む操作されたNK細胞を選択することと、を含む、方法。
本開示は、以下の例示的な実施形態を提供する。
実施形態1:細胞又はその集団であって、
(i)細胞が、(a)免疫細胞、(b)人工多能性細胞(iPSC)、又は(c)iPSCを分化させることから得られた派生エフェクター細胞であり、
(ii)細胞が、固形腫瘍標的化骨格を含み、固形腫瘍標的化骨格が、
(a)C-X-Cモチーフケモカイン受容体又はそのバリアントをコードするポリヌクレオチド、
(b)形質転換成長因子ベータ受容体(TGFβR)の細胞外ドメイン(ECD)の部分的な又は完全なペプチドを含むTGFβシグナル伝達リダイレクタ受容体(TGFβ-SRR)をコードするポリヌクレオチド、
及び(c)同種免疫防御受容体(ADR)をコードするポリヌクレオチド、のうちの2つ以上を含む、細胞又はその集団。
実施形態2:細胞が、固形腫瘍標的化骨格を含まない対応する細胞と比較して、固形腫瘍における改善された輸送、腫瘍微小環境(TME)耐性、及び/又はアロ反応性耐性を有する、実施形態1の細胞又はその集団。
実施形態3:固形腫瘍標的化骨格が、
(i)CD38ノックアウト、
(ii)外因性CD16又はそのバリアントをコードするポリヌクレオチドと、
(iii)細胞表面発現外因性サイトカイン及び/又はその受容体の部分的な又は完全なペプチドを含むサイトカインシグナル伝達複合体をコードするポリヌクレオチドと、を更に含む、実施形態1又は2の細胞又はその集団。
実施形態4:細胞は、
(i)キメラ抗原受容体(CAR)、
(ii)HLA-I欠損及び/若しくはHLA-II欠損、
(iii)HLA-G若しくは非切断性HLA-Gの導入、
(iv)B2M、CIITA、TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、RFXANK、RFX5、RFXAP、TCR、NKG2A、NKG2D、CD25、CD44、CD54、CD56、CD58、CD69、CIS、CBL-B、SOCS2、PD1、CTLA4、LAG3、TIM3、及びTIGITのうちの最も少ない1つの破壊、
(v)HLA-E、4-1BBL、CD3、CD4、CD8、CD47、CD113、CD131、CD137、CD80、PDL1、A2AR、抗原特異的TCR、キメラ融合受容体(CFR)、Fc受容体、抗体若しくはその機能的バリアント若しくは断片、チェックポイント阻害剤、エンゲージャ、及びアゴニストとカップリングするための表面トリガー受容体のうちの少なくとも1つの導入、又は
(vi)表4に列挙された遺伝子型のうちの少なくとも1つ、のうちの1つ以上を更に含む、実施形態1~3のうちのいずれか1つの細胞又はその集団。
実施形態5:C-X-Cモチーフケモカイン受容体が、CXCR2又はCXCR3を含む、実施形態1~4のうちのいずれか1つの細胞又はその集団。
実施形態6:TGFβ-SRRが、IL2R、IL12R、IL18R、IL21R、又はそれらの任意の組み合わせを含むサイトカイン受容体の細胞内ドメイン(ICD)の部分的な又は完全なペプチドを更に含む、実施形態1~5のうちのいずれか1つの細胞又はその集団。
実施形態7:
(a)サイトカイン受容体がIL2Rβであり、それによって、TGFβR2-IL2Rβリダイレクタ受容体を形成し、IL2Rβの細胞内ドメイン(ICD)が配列番号11によって表されるアミノ酸配列を含むか、又は
(b)サイトカイン受容体がIL12Rβであり、それによって、TGFβR2-IL12Rβリダイレクタ受容体を形成し、IL12Rβの細胞内ドメイン(ICD)が、配列番号12若しくは配列番号13によって表されるアミノ酸配列を含むか、又は
(c)サイトカイン受容体がIL18Rβであり、それによって、TGFβR2-IL18Rβリダイレクタ受容体を形成し、IL18Rβの細胞内ドメイン(ICD)が配列番号14によって表されるアミノ酸配列を含むか、又は
(d)サイトカイン受容体がIL21Rであり、それによって、TGFβR2-IL21Rリダイレクタ受容体を形成し、IL21Rβの細胞内ドメイン(ICD)が配列番号15によって表されるアミノ酸配列を含むか、又は
(e)TGFβRの細胞外ドメイン(ECD)が、配列番号10によって表されるアミノ酸配列を含む、実施形態6の細胞又はその集団。
実施形態8:サイトカイン受容体が、配列番号16によって表される配列に対して少なくとも80%、85%、90%、95%、又は97%、98%、又は99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むTGFβR2-trIL12Rβリダイレクタ受容体を形成するIL2Rβの断片であり、配列番号16に含まれる配列番号17によって表されるアミノ酸配列が、可変である、実施形態6の細胞又はその集団。
実施形態9:ADRが、4-1BB又はCD38に特異的である、実施形態1~8のうちのいずれか1つの細胞又はその集団。
実施形態10:固形腫瘍標的化骨格の2つ以上のポリヌクレオチドが、CD38をノックアウトするために内因性CD38遺伝子座に挿入される、実施形態1~9のうちのいずれか1つの細胞又はその集団。
実施形態11:外因性CD16又はそのバリアントをコードするポリヌクレオチド、及び固形腫瘍標的化骨格の2つ以上のポリヌクレオチドが、トリシストロン性構築物内で共発現される、実施形態3の細胞又はその集団。
実施形態12:外因性CD16又はそのバリアントが、
(a)高親和性の非切断性CD16(hnCD16)、
(b)CD16の外部ドメインにおけるF176V及びS197P、
(c)CD64に由来する完全な又は部分的な外部ドメイン、
(d)非天然(又は非CD16)の膜貫通ドメイン、
(e)非天然(又は非CD16)の細胞内ドメイン、
(f)非天然(又は非CD16)のシグナル伝達ドメイン、
(g)非天然の刺激ドメイン、並びに
(h)CD16に由来せず、かつ同じ又は異なるポリペプチドに由来する膜貫通ドメイン、シグナル伝達ドメイン、及び刺激ドメイン、のうちの少なくとも1つを含む、実施形態3又は11細胞又はその集団。
実施形態13:細胞が、サイトカインシグナル伝達複合体を更に含み、サイトカインシグナル伝達複合体が、
(a)IL2、IL4、IL6、IL7、IL9、IL10、IL11、IL12、IL15、IL18、IL21、若しくはそれらのそれぞれの受容体のうちの少なくとも1つを含む細胞表面発現外因性サイトカイン若しくはその受容体の部分的な若しくは完全なペプチド、又は
(b)
(i)自己切断ペプチドを間に挟んだIL15とIL15Rαとの共発現、
(ii)IL15とIL15Rαとの融合タンパク質、
(iii)IL15Rαの細胞内ドメインが短縮されたIL15/IL15Rα融合タンパク質、
(iv)IL15とIL15Rαの膜結合Sushiドメインとの融合タンパク質、
(v)IL15とIL15Rβとの融合タンパク質、
(vi)IL15と共通受容体γCとの融合タンパク質であって、共通受容体γCが、天然であるか若しくは改変されている、融合タンパク質、及び
(vii)IL15Rβのホモ二量体、のうちの少なくとも1つであって、
(b)(i)~(vii)のうちのいずれか1つが、別個の構築物内で、若しくはバイシストロン性構築物内で、CARと共発現され得る、少なくとも1つ、又は
(c)
(i)IL7とIL7Rαとの融合タンパク質、
(ii)IL7と共通受容体γCとの融合タンパク質であって、共通受容体γCが、天然であるか若しくは改変されている、融合タンパク質、及び
(iii)IL7Rβのホモ二量体、のうちの少なくとも1つであって、(c)(i)~(iii)のうちのいずれか1つが、任意選択で、別個の構築物内で、若しくはバイシストロン性発現カセット内で、CARと共発現される、少なくとも1つ、を含み、
任意選択で、
(d)一過的に発現される、実施形態3、11又は12のうちのいずれか1つの細胞又はその集団。
実施形態14:細胞がCARを更に含み、CARが、
(i)T細胞特異的若しくはNK細胞特異的なもの、
(ii)二重特異性抗原結合CAR、
(iii)切り替え可能なCAR、
(iv)二量体化されたCAR、
(v)スプリットCAR、
(vi)多重鎖CAR、
(vii)誘導性CAR、
(viii)別のCARと共発現されたもの、
(ix)バイシストロン性構築物内で、サイトカインシグナル伝達複合体と共発現されたもの、
(x)任意選択で別個の構築物内で、若しくはバイシストロン性構築物内で、チェックポイント阻害剤と共発現されたもの、
(xi)CD19、B7H3、BCMA、CD20、CD22、CD38、CD123、CD79b、CD52、EGFR、EGP2/EpCAM、GD2、GPRC5D、HER2、KLK2、MICA/B、MSLN、VEGF-R2、PSMA、及びPDL1を含む少なくとも1つの腫瘍関連抗原に特異的なもの、並びに/又は
(xii)ADGRE2、炭酸脱水酵素IX(CAIX)、CCR1、CCR4、がん胎児性抗原(CEA)、CD3、CD5、CD7、CD8、CD10、CD20、CD22、CD30、CD33、CD34、CD38、CD41、CD44、CD44V6、CD49f、CD56、CD70、CD74、CD99、CD123、CD133、CD138、CDS、CLEC12A、サイトメガロウイルス(CMV)感染細胞の抗原、上皮糖タンパク質-2(EGP-2)、上皮糖タンパク質-40(EGP-40)、上皮細胞接着分子(EpCAM)、EGFRvIII、受容体チロシンタンパク質キナーゼerb-B2、3、4、EGFIR、EGFR-VIII、ERBB葉酸結合タンパク質(FBP)、胎児のアセチルコリン受容体(AChR)、葉酸受容体-α、ガングリオシドG2(GD2)、ガングリオシドG3(GD3)、ヒト上皮増殖因子受容体2(HER2)、ヒトテロメラーゼ逆転写酵素(hTERT)、ICAM-1、インテグリンB7、インターロイキン-13受容体サブユニットアルファ-2(IL-13Rα2)、κ-軽鎖、キナーゼ挿入ドメイン受容体(KDR)、ルイスA(CA19.9)、ルイスY(LeY)、L1細胞接着分子(L1-CAM)、LILRB2、黒色腫抗原ファミリーA1(MAGE-A1)、MICA/B、ムチン1(Muc-1)、ムチン16(Muc-16)、メソセリン(MSLN)、NKCSI、NKG2Dリガンド、c-Met、がん-精巣抗原NY-ESO-1、腫瘍胎児性抗原(h5T4)、PRAME、前立腺幹細胞抗原(PSCA)、PRAME前立腺特異的膜抗原(PSMA)、腫瘍関連糖タンパク質72(TAG-72)、TIM-3、TRBCI、TRBC2、血管内皮成長因子R2(VEGF-R2)、ウィルムス腫瘍タンパク質(WT-1)、及び病原体抗原を含む少なくとも1つの腫瘍関連抗原に特異的なもの、であり、任意選択で、
(i)~(xii)のうちのいずれか1つのCARが、TCR遺伝子座に挿入されている、及び/又はTCRの内因性プロモータによって駆動されている、かつ/あるいはTCRが、CAR挿入によってノックアウトされている、実施形態4の細胞又はその集団。
実施形態15:TCR遺伝子座が、TCRアルファ及び/又はTCRベータの定常領域であり、任意選択で、CARが、TCRの内因性プロモータに作動可能に連結されている、実施形態14の細胞又はその集団。
実施形態16:CARが、
(a)腫瘍関連抗原に特異的な抗原結合ドメインを含む外部ドメインと、
(b)膜貫通ドメインと、
(c)少なくとも1つのシグナル伝達ドメインを含む内部ドメインと、を含み、
少なくとも1つのシグナル伝達ドメインが、腫瘍関連抗原へのCARの結合に特異的に応答し、それによって、がん抗原特異的応答を生成する、実施形態14又は15の細胞又はその集団。
実施形態17:少なくとも1つのシグナル伝達ドメインが、
(a)2B4(ナチュラルキラー細胞受容体2B4)、4-1BB(腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー9)、CD28(T細胞特異的表面糖タンパク質CD28)、CD3ζ(T細胞表面糖タンパク質CD3ゼータ鎖)、DAP10(造血細胞シグナル伝達物質)、DAP12(TYROタンパク質チロシンキナーゼ結合タンパク質)、DNAM1(CD226抗原)、FcERIγ(高親和性免疫グロブリンイプシロン受容体サブユニットガンマ)、IL21R(インターロイキン-21受容体)、IL2Rβ/IL15Rβ(インターロイキン-2受容体サブユニットベータ)、IL2Rγ(サイトカイン受容体共通サブユニットガンマ)、IL-7R(インターロイキン-7受容体サブユニットアルファ)、KIR2DS2(キラー細胞免疫グロブリン様受容体2DS2)、NKG2D(NKG2-D II型内因性膜タンパク質)、NKp30(天然細胞傷害トリガー受容体3)、NKp44(天然細胞傷害トリガー受容体2)、NKp46(天然細胞傷害トリガー受容体1)、CS1(SLAMファミリーメンバー7)、及びCD8(T細胞表面糖タンパク質CD8アルファ鎖)のうちのいずれか1つ、
(b)それぞれ配列番号54~76によって表される、2B4、41BB、CD16、CD2、CD28、CD28H、CD3ζ、DAP10、DAP12、DNAM1、FcERIγ、IL21R、IL2Rβ(IL15Rβ)、IL2Rγ、IL7R、KIR2DS2、NKG2D、NKp30、NKp44、NKp46、CD3ζ1XX、CS1、若しくはCD8の細胞質ドメイン若しくはその一部分に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、若しくは約99%の同一性を有するアミノ酸配列、並びに/又は
(c)2B4、CD28、CD3ζ、DAP10、NKG2D、CD3ζ、CD3ζ1XX、DNAM1、CS1、若しくはそれらの組み合わせの細胞質ドメイン若しくはその一部分に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、若しくは約99%の同一性を有するアミノ酸配列、を含む、実施形態16の細胞又はその集団。
実施形態18:内部ドメインが、2つの異なるシグナル伝達ドメインを含み、当該内部ドメインドメインが、以下の形態:CD28-CD3ζ、CD28-CD3ζ1XX、41BB-CD3ζ、41BB-CD3ζ1XX、2B4-CD3ζ、及び2B4-CD3ζ1XXのうちのいずれか1つの融合細胞質ドメイン又はその一部分を含む、実施形態16又は17の細胞又はその集団。
実施形態19:膜貫通ドメインが、CD2、CD3δ、CD3ε、CD3γ、CD3ζ、CD4、CD8、CD8a、CD8b、CD16、CD27、CD28、CD28H、CD40、CD84、CD166、4-1BB、OX40、ICOS、ICAM-1、CTLA4、PD1、LAG3、2B4、BTLA、DNAM1、DAP10、DAP12、FcERIγ、IL7、IL12、IL15、KIR2DL4、KIR2DS1、KIR2DS2、NKp30、NKp44、NKp46、NKG2C、NKG2D、CS1、又はT細胞受容体ポリペプチドの膜貫通領域又はその一部分に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%の同一性を有するアミノ酸配列を含む、実施形態16~18のうちのいずれか1つの細胞又はその集団。
実施形態20:膜貫通ドメインが、それぞれ配列番号32~53によって表される2B4、CD2、CD16、CD28、CD28H、CD3ζ、DAP10、DAP12、DNAM1、FcERIγ、KIR2DS2、NKG2D、NKp30、NKp44、NKp46、CS1、若しくはCD8の膜貫通領域に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%の同一性を有するアミノ酸配列又はその一部分を含む、実施形態16~18のうちのいずれか1つの細胞又はその集団。
実施形態21:膜貫通ドメイン及びその直接連結されたシグナル伝達ドメインが、同じタンパク質由来又は異なるタンパク質由来である、実施形態16~20のうちのいずれか1つの細胞又はその集団。
実施形態22:腫瘍関連抗原がHER2を含み、CARが、
(a)HER2(ヒト上皮増殖因子受容体2)抗原を認識する抗原結合ドメインを含む外部ドメインであって、抗原結合ドメインが、
(i)配列番号103を含む重鎖相補性決定領域1(H-CDR1)、配列番号104を含む重鎖相補性決定領域2(H-CDR2)、及び配列番号105を含む重鎖相補性決定領域3(H-CDR3)を含む重鎖可変(VH)ドメイン、並びに、任意選択で、
(ii)配列番号106を含む軽鎖相補性決定領域1(L-CDR1)、配列番号107を含む軽鎖相補性決定領域2(L-CDR2)、及び配列番号108を含む軽鎖相補性決定領域3(L-CDR3)を含む軽鎖可変(VL)ドメインと、を含み、
(b)膜貫通ドメインと、
(c)少なくとも1つのシグナル伝達ドメインを含む内部ドメインと、を含み、
少なくとも1つのシグナル伝達ドメインが、がん細胞上に発現されるHER2抗原へのCARの結合に特異的に応答し、それによって、がん抗原特異的応答を生成する、実施形態16~21のうちのいずれか1つの細胞又はその集団。
実施形態23:CARの抗原結合ドメインが、
(a)配列番号109に対して少なくとも80%の配列同一性を有するVHドメインを含む、
(b)配列番号110に対して少なくとも80%の配列同一性を有するVLドメインを含む、
(c)VH-リンカー-VL又はVL-リンカー-VHを含む一本鎖可変断片(scFV)を含み、リンカーは、長さ及び配列が異なり、任意選択で、リンカーが、配列番号111~114に対して少なくとも80%の配列同一性を有する、
(d)配列番号115若しくは配列番号116に対して少なくとも約99%、約98%、約96%、約95%、約90%、約85%、若しくは約80%同一のアミノ酸配列によって表されるscFVを含み、配列番号115及び116の各々は、長さ及び配列が異なるリンカーを含む、並びに/又は
(e)ヒト化されている、実施形態22の細胞又はその集団。
実施形態24:外部ドメインが、
(a)シグナルペプチド、及び/又は、
(b)スペーサー/ヒンジ、のうちの1つ以上を含む、実施形態22又は23の細胞又はその集団。
実施形態25:スペーサー/ヒンジが、
(a)IgG4スペーサー、CD28スペーサー、CD8スペーサー、CH3スペーサー、CH2/CH3スペーサー、若しくはそれらの任意の組み合わせ、
(b)約10個~約80個のアミノ酸の短いスペーサー、80個超~約180個のアミノ酸の中程度のスペーサー、若しくは180個超のアミノ酸の長いスペーサー、及び/又は
(c)配列番号96~100のうちのいずれかと少なくとも約80%、約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%同一のアミノ酸配列を含む、実施形態24の細胞又はその集団。
実施形態26:スペーサー/ヒンジが、中程度のスペーサーを含み、スペーサーが、配列番号99と少なくとも約80%、約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%同一のアミノ酸配列を含む、実施形態25の細胞又はその集団。
実施形態27:CARが、配列番号117と少なくとも約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%同一のアミノ酸配列を含む、実施形態25の細胞又はその集団。
実施形態28:がん細胞が、乳がん細胞、卵巣がん細胞、子宮内膜がん細胞、肺がん細胞、食道がん細胞、唾液腺がん細胞、膀胱がん細胞、胃がん細胞、結腸直腸がん細胞、又は頭頸部がん細胞である、実施形態22~27のうちのいずれか1つの細胞又はその集団。
実施形態29:(i)iPSCが、クローンiPSC、単一細胞解離iPSC、iPSC細胞株細胞、又はiPSCマスター細胞バンク(MCB)細胞であるか、あるいは、(ii)派生細胞が、派生CD34+細胞、派生造血幹前駆細胞、派生造血多能性前駆細胞、派生T細胞前駆体、派生NK細胞前駆体、派生T系統細胞、派生NKT系統細胞、派生NK系統細胞、又は派生B系統細胞を含むか、あるいは、(iii)派生細胞が、対応する初代T、NK、NKT、及び/又はB細胞には存在しない1つ以上の機能的特質を有する派生エフェクター細胞を含む、実施形態1~28のうちのいずれか1つの細胞又はその集団。
実施形態30:派生細胞が、同じ遺伝子編集を備えていない末梢血、臍帯血、又は任意の他のドナー組織から得られたその対応する初代細胞と比較して、
(i)増加された細胞傷害性、
(ii)改善された持続性及び/又は生存率、
(iii)腫瘍部位にバイスタンダー免疫細胞を遊走させる、及び/又は活性化させる、若しくは動員する増強された能力、
(iv)改善された腫瘍浸潤、
(v)腫瘍免疫抑制を低下させる増強された能力、
(vi)腫瘍抗原エスケープを救済する改善された能力、
(vii)制御されたアポトーシス、
(viii)増強又は獲得されたADCC、並びに
(ix)フラトリサイドを回避する能力、
のうちの1つ以上を含む治療特性を有する、実施形態29の細胞又はその集団。
実施形態31:細胞が、NK系統細胞又はT系統細胞であり、
(i)NK系統細胞又はT系統細胞が、腫瘍部位における改善された浸潤及び/又は保持を有するか、
(ii)NK系統細胞が、T細胞を腫瘍部位に動員し、かつ/又は遊走させることができるか、又は
(ii)NK系統細胞又はT系統細胞が、1つ以上のチェックポイント阻害剤の存在下で腫瘍免疫抑制を低減することができる、実施形態29又は30の細胞又はその集団。
実施形態32:細胞又はその集団であって、
(i)細胞が、(a)免疫細胞、(b)人工多能性細胞(iPSC)、又は(c)iPSCを分化させることから得られた派生エフェクター細胞であり、
(ii)細胞がキメラ抗原受容体(CAR)を含み、キメラ抗原受容体(CAR)が、
(a)HER2(ヒト上皮増殖因子受容体2)抗原を認識する抗原結合ドメインを含む外部ドメインであって、抗原結合ドメインが、
(1)配列番号103を含む重鎖相補性決定領域1(H-CDR1)、配列番号104を含む重鎖相補性決定領域2(H-CDR2)、及び配列番号105を含む重鎖相補性決定領域3(H-CDR3)を含む重鎖可変(VH)ドメイン、並びに
(2)配列番号106を含む軽鎖相補性決定領域1(L-CDR1)、配列番号107を含む軽鎖相補性決定領域2(L-CDR2)、及び配列番号108を含む軽鎖相補性決定領域3(L-CDR3)を含む軽鎖可変(VL)ドメイン、を含む、外部ドメインと、
(b)膜貫通ドメインと、
(c)少なくとも1つのシグナル伝達ドメインを含む内部ドメインと、を含み、
少なくとも1つのシグナル伝達ドメインが、がん細胞上に発現されるHER2抗原へのCARの結合に特異的に応答し、それによって、がん抗原特異的応答を生成する、細胞又はその集団。
実施形態33:抗原結合ドメインが、
(a)配列番号109に対して少なくとも80%の配列同一性を有するVHドメインを含む、
(b)配列番号110に対して少なくとも80%の配列同一性を有するVLドメインを含む、
(c)VH-リンカー-VL又はVL-リンカー-VHを含む一本鎖可変断片(scFV)を含み、リンカーは、長さ及び配列が異なり、任意選択で、リンカーが、配列番号111~114に対して少なくとも80%の配列同一性を有する、
(d)配列番号115若しくは配列番号116に対して少なくとも約99%、約98%、約96%、約95%、約90%、約85%、若しくは約80%同一のアミノ酸配列によって表されるscFVを含み、配列番号115及び116の各々は、長さ及び配列が異なるリンカーを含む、並びに/又は
(e)ヒト化されている、実施形態32の細胞又はその集団。
実施形態34:少なくとも1つのシグナル伝達ドメインが、
(a)2B4(ナチュラルキラー細胞受容体2B4)、4-1BB(腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー9)、CD16(IgG Fc領域受容体III-A)、CD2(T細胞表面抗原CD2)、CD28(T細胞特異的表面糖タンパク質CD28)、CD28H(膜貫通及び免疫グロブリンドメイン含有タンパク質2)、CD3ζ(T細胞表面糖タンパク質CD3ゼータ鎖)、DAP10(造血細胞シグナル伝達物質)、DAP12(TYROタンパク質チロシンキナーゼ結合タンパク質)、DNAM1(CD226抗原)、FcERIγ(高親和性免疫グロブリンイプシロン受容体サブユニットガンマ)、IL21R(インターロイキン-21受容体)、IL-2Rβ/IL-15Rβ(インターロイキン-2受容体サブユニットベータ)、IL-2Rγ(サイトカイン受容体共通サブユニットガンマ)、IL-7R(インターロイキン-7受容体サブユニットアルファ)、KIR2DS2(キラー細胞免疫グロブリン様受容体2DS2)、NKG2D(NKG2-D II型内在性膜タンパク質)、NKp30(天然細胞傷害トリガー受容体3)、NKp44(天然細胞傷害トリガー受容体2)、NKp46(天然細胞傷害トリガー受容体1)、CS1(SLAMファミリーメンバー7)、及びCD8(T細胞表面糖タンパク質CD8アルファ鎖)のうちのいずれか1つ、
(b)それぞれ配列番号54~76によって表される、2B4、4-1BB、CD16、CD2、CD28、CD28H、CD3ζ、CD3ζ1XX、DAP10、DAP12、DNAM1、FcERIγ、IL21R、IL2Rβ(IL15Rβ)、IL2Rγ、IL7R、KIR2DS2、NKG2D、NKp30、NKp44、NKp46、CS1、若しくはCD8の細胞質ドメイン若しくはその一部分に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、若しくは約99%の同一性を有するアミノ酸配列、並びに/又は
(c)2B4、CD28、CD3ζ、DAP10、NKG2D、CD3ζ1XX、DNAM1、CS1、若しくはそれらの組み合わせの細胞質ドメイン若しくはその一部分に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、若しくは約99%の同一性を有するアミノ酸配列、を含む、実施形態32又は33の細胞又はその集団。
実施形態35:内部ドメインが、2つの異なるシグナル伝達ドメインを含み、当該内部ドメインドメインが、以下の形態:2B4-CD3ζ/1XX、2B4-DNAM1、2B4-FcERIγ、2B4-DAP10、CD16-DNAM1、CD16-DAP10、CD16-DAP12、CD2-CD3ζ/1XX、CD2-DNAM1、CD2-FcERIγ、CD2-DAP10、CD28-DNAM1、CD28-FcERIγ、CD28-DAP10、CD28-DAP12、CD28-CD3ζ/1XX、CD28H-CD3ζ/1XX、DAP10-CD3ζ/1XX、DAP10-DAP12、DAP12-CD3ζ/1XX、DAP12-DAP10、DNAM1-CD3ζ/1XX、KIR2DS2-CD3ζ/1XX、KIR2DS2-DAP10、KIR2DS2-2B4、若しくはNKp46-2B4のうちのいずれか1つの融合細胞質ドメイン又はその一部分を含む、実施形態34の細胞又はその集団。
実施形態36:膜貫通ドメインが、
(a)CD2、CD3δ、CD3ε、CD3γ、CD3ζ、CD4、CD8、CD8a、CD8b、CD16、CD27、CD28、CD28H、CD40、CD84、CD166、4-1BB、OX40、ICOS、ICAM-1、CTLA4、PD1、LAG3、2B4、BTLA、DNAM1、DAP10、DAP12、FcERIγ、IL7、IL12、IL15、KIR2DL4、KIR2DS1、KIR2DS2、NKp30、NKp44、NKp46、NKG2C、NKG2D、CS1、若しくはT細胞受容体ポリペプチド、
(b)2B4、CD2、CD16、CD28、CD28H、CD3ζ、DAP10、DAP12、DNAM1、FcERIγ、KIR2DS2、NKG2D、NKp30、NKp44、NKp46、CS1、若しくはCD8、又は
(c)2B4、CD28、CD28H、DAP10、DNAM1、KIR2DS2、及びNKG2D、の膜貫通領域又はその一部分に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%の同一性を有するアミノ酸配列を含む、実施形態32~35のうちのいずれか1つの細胞又はその集団。
実施形態37:膜貫通ドメイン及びその直接連結されたシグナル伝達ドメインが、同じタンパク質由来又は異なるタンパク質由来である、実施形態32~36のうちのいずれか1つの細胞又はその集団。
実施形態38:外部ドメインが、
(a)シグナルペプチド、及び/又は、
(b)スペーサー/ヒンジ、のうちの1つ以上を含む、実施形態32~37のうちのいずれか1つの細胞又はその集団。
実施形態39:スペーサー/ヒンジが、
(a)IgG4スペーサー、CD28スペーサー、CD8スペーサー、CH3スペーサー、CH2/CH3スペーサー、若しくはそれらの任意の組み合わせ、
(b)約10個~約80個のアミノ酸の短いスペーサー、80個超~約180個のアミノ酸の中程度のスペーサー、若しくは180個超のアミノ酸の長いスペーサー、及び/又は
(c)配列番号96~100のうちのいずれかと少なくとも約80%、約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%同一のアミノ酸配列を含む、実施形態38の細胞又はその集団。
実施形態40:スペーサー/ヒンジが、中程度のスペーサーを含み、スペーサーが、配列番号99と少なくとも約80%、約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%同一のアミノ酸配列を含む、実施形態39の細胞又はその集団。
実施形態41:CARが、配列番号117と少なくとも約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%同一のアミノ酸配列を含む、実施形態32の細胞又はその集団。
実施形態42:
(a)C-X-Cモチーフケモカイン受容体又はそのバリアントをコードするポリヌクレオチド、
(b)形質転換成長因子ベータ受容体(TGFβR)の細胞外ドメイン(ECD)の部分的な又は完全なペプチドを含むTGFβシグナル伝達リダイレクタ受容体(TGFβ-SRR)をコードするポリヌクレオチド、
及び(c)同種免疫防御受容体(ADR)をコードするポリヌクレオチド、のうちの少なくとも1つを含む固形腫瘍標的化骨格を更に含む、実施形態32~41のうちのいずれか1つの細胞又はその集団。
実施形態43:固形腫瘍標的化骨格が、
(i)CD38ノックアウト、
(ii)外因性CD16又はそのバリアントをコードするポリヌクレオチドと、
(iii)細胞表面発現外因性サイトカイン及び/又はその受容体の部分的な又は完全なペプチドを含むサイトカインシグナル伝達複合体をコードするポリヌクレオチドと、を更に含む、実施形態42の細胞又はその集団。
実施形態44:細胞は、
(i)HLA-I欠損及び/若しくはHLA-II欠損、
(ii)HLA-G若しくは非切断性HLA-Gの導入、
(iii)B2M、CIITA、TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、RFXANK、RFX5、RFXAP、TCR、NKG2A、NKG2D、CD25、CD44、CD54、CD56、CD58、CD69、CIS、CBL-B、SOCS2、PD1、CTLA4、LAG3、TIM3、及びTIGITのうちの最も少ない1つの破壊、
(iv)HLA-E、4-1BBL、CD3、CD4、CD8、CD47、CD113、CD131、CD137、CD80、PDL1、A2AR、抗原特異的TCR、キメラ融合受容体(CFR)、Fc受容体、抗体若しくはその機能的バリアント若しくは断片、チェックポイント阻害剤、エンゲージャ、及びアゴニストとカップリングするための表面トリガー受容体のうちの少なくとも1つの導入、又は
(v)表4に列挙された遺伝子型のうちの少なくとも1つ、のうちの1つ以上を更に含む、実施形態32~43のうちのいずれか1つの細胞又はその集団。
実施形態45:C-X-Cモチーフケモカイン受容体が、CXCR2又はCXCR3を含む、実施形態42~44のうちのいずれか1つの細胞又はその集団。
実施形態46:TGFβ-SRRが、IL2R、IL12R、IL18R、IL21R、又はそれらの任意の組み合わせを含むサイトカイン受容体の細胞内ドメイン(ICD)の部分的な又は完全なペプチドを更に含む、実施形態42~45のうちのいずれか1つの細胞又はその集団。
実施形態47:
(a)サイトカイン受容体がIL2Rβであり、それによって、TGFβR2-IL2Rβリダイレクタ受容体を形成し、IL2Rβの細胞内ドメイン(ICD)が配列番号11によって表されるアミノ酸配列を含むか、又は
(b)サイトカイン受容体がIL12Rβであり、それによって、TGFβR2-IL12Rβリダイレクタ受容体を形成し、IL12Rβの細胞内ドメイン(ICD)が、配列番号12若しくは配列番号13によって表されるアミノ酸配列を含むか、又は
(c)サイトカイン受容体がIL18Rβであり、それによって、TGFβR2-IL18Rβリダイレクタ受容体を形成し、IL18Rβの細胞内ドメイン(ICD)が配列番号14によって表されるアミノ酸配列を含むか、又は
(d)サイトカイン受容体がIL21Rであり、それによって、TGFβR2-IL21Rリダイレクタ受容体を形成し、IL21Rβの細胞内ドメイン(ICD)が配列番号15によって表されるアミノ酸配列を含むか、又は
(e)TGFβRの細胞外ドメイン(ECD)が、配列番号10によって表されるアミノ酸配列を含む、実施形態46の細胞又はその集団。
実施形態48:サイトカイン受容体が、配列番号16によって表される配列に対して少なくとも80%、85%、90%、95%、又は97%、98%、又は99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むTGFβR2-trIL12Rβリダイレクタ受容体を形成するIL2Rβの断片であり、配列番号16に含まれる配列番号17によって表されるアミノ酸配列が、可変である、実施形態46の細胞又はその集団。
実施形態49:ADRが、4-1BB又はCD38に特異的である、実施形態42~48のうちのいずれか1つの細胞又はその集団。
実施形態50:固形腫瘍標的化骨格の1つ以上のポリヌクレオチドが、CD38をノックアウトするために内因性CD38遺伝子座に挿入される、実施形態42~49のうちのいずれか1つの細胞又はその集団。
実施形態51:外因性CD16又はそのバリアントをコードするポリヌクレオチド、及び固形腫瘍標的化骨格の2つ以上のポリヌクレオチドが、トリシストロン性構築物内で共発現される、実施形態43の細胞又はその集団。
実施形態52:外因性CD16又はそのバリアントが、
(a)高親和性の非切断性CD16(hnCD16)、
(b)CD16の外部ドメインにおけるF176V及びS197P、
(c)CD64に由来する完全な又は部分的な外部ドメイン、
(d)非天然(又は非CD16)の膜貫通ドメイン、
(e)非天然(又は非CD16)の細胞内ドメイン、
(f)非天然(又は非CD16)のシグナル伝達ドメイン、
(g)非天然の刺激ドメイン、並びに
(h)CD16に由来せず、かつ同じ又は異なるポリペプチドに由来する膜貫通ドメイン、シグナル伝達ドメイン、及び刺激ドメイン、のうちの少なくとも1つを含む、実施形態43又は51の細胞又はその集団。
実施形態53:細胞が、サイトカインシグナル伝達複合体を更に含み、サイトカインシグナル伝達複合体が、
(a)IL2、IL4、IL6、IL7、IL9、IL10、IL11、IL12、IL15、IL18、IL21、若しくはそれらのそれぞれの受容体のうちの少なくとも1つを含む細胞表面発現外因性サイトカイン若しくはその受容体の部分的な若しくは完全なペプチド、又は
(b)
(i)自己切断ペプチドを間に挟んだIL15とIL15Rαとの共発現、
(ii)IL15とIL15Rαとの融合タンパク質、
(iii)IL15Rαの細胞内ドメインが短縮されたIL15/IL15Rα融合タンパク質、
(iv)IL15とIL15Rαの膜結合Sushiドメインとの融合タンパク質、
(v)IL15とIL15Rβとの融合タンパク質、
(vi)IL15と共通受容体γCとの融合タンパク質であって、共通受容体γCが天然であるか、若しくは改変されている、融合タンパク質、並びに
(vii)IL15Rβのホモ二量体、のうちの少なくとも1つを含み、
又は
(c)
(i)IL7とIL7Rαとの融合タンパク質、
(ii)IL7と共通受容体γCとの融合タンパク質であって、共通受容体γCが、天然であるか若しくは改変されている、融合タンパク質、及び
(iii)IL7Rβのホモ二量体、のうちの少なくとも1つを含み、
任意選択で、
(d)一過的に発現される、実施形態43、51、又は52の細胞又はその集団。
実施形態54:
(i)CARが、バイシストロン性構築物内でサイトカインシグナル伝達複合体と共発現される、かつ/あるいは
(ii)CARが、TCR遺伝子座に挿入されており、任意選択で、TCRの内因性プロモータに作動可能に連結されている、実施形態32~53のうちのいずれか1つの細胞又はその集団。
実施形態55:
TCR遺伝子座が、TCRアルファ及び/又はTCRベータの定常領域である、かつ/あるいは
(ii)TCRが、CAR挿入によってノックアウトされている、実施形態54の細胞又はその集団。
実施形態56:がん細胞が、乳がん細胞、卵巣がん細胞、子宮内膜がん細胞、肺がん細胞、食道がん細胞、唾液腺がん細胞、膀胱がん細胞、胃がん細胞、結腸直腸がん細胞、又は頭頸部がん細胞である、実施形態32~55のうちのいずれか1つの細胞又はその集団。
実施形態57:(i)iPSCが、クローンiPSC、単一細胞解離iPSC、iPSC細胞株細胞、又はiPSCマスター細胞バンク(MCB)細胞であるか、あるいは、(ii)派生細胞が、派生CD34+細胞、派生造血幹前駆細胞、派生造血多能性前駆細胞、派生T細胞前駆体、派生NK細胞前駆体、派生T系統細胞、派生NKT系統細胞、派生NK系統細胞、又は派生B系統細胞を含むか、あるいは、(iii)派生細胞が、対応する初代T、NK、NKT、及び/又はB細胞には存在しない1つ以上の機能的特質を有する派生エフェクター細胞を含む、実施形態32~56のうちのいずれか1つの細胞又はその集団。
実施形態58:細胞が、同じ遺伝子編集を備えていない末梢血、臍帯血、又は任意の他のドナー組織から得られたその対応する初代細胞と比較して、
(i)増加された細胞傷害性、
(ii)改善された持続性及び/又は生存率、
(iii)腫瘍部位にバイスタンダー免疫細胞を遊走させる、及び/又は活性化させる、若しくは動員する増強された能力、
(iv)改善された腫瘍浸潤、
(v)腫瘍免疫抑制を低下させる増強された能力、
(vi)腫瘍抗原エスケープを救済する改善された能力、
(vii)制御されたアポトーシス、
(viii)増強又は獲得されたADCC、並びに
(ix)フラトリサイドを回避する能力、
のうちの1つ以上を含む治療特性を有する、実施形態42~58のいずれか一項に記載の細胞又はその集団。
実施形態59:細胞が、NK系統細胞又はT系統細胞であり、
(i)NK系統細胞又はT系統細胞が、腫瘍部位における改善された浸潤及び/又は保持を有するか、
(ii)NK系統細胞が、T細胞を腫瘍部位に動員し、かつ/又は遊走させることができるか、又は
(ii)NK系統細胞又はT系統細胞が、1つ以上のチェックポイント阻害剤の存在下で腫瘍免疫抑制を低減することができる、実施形態58の細胞又はその集団。
実施形態60:実施形態1~59のうちのいずれか1つの細胞又はその集団を含む、組成物。
実施形態61:1つ以上の治療剤を更に含む、実施形態60の組成物。
実施形態62:1つ以上の治療剤が、ペプチド、サイトカイン、チェックポイント阻害剤、マイトジェン、成長因子、低分子RNA、dsRNA(二本鎖RNA)、単核血球、フィーダー細胞、フィーダー細胞成分若しくはその補充因子、1つ以上の目的のポリ核酸を含むベクター、抗体、化学療法剤若しくは放射性部分、又は免疫調節薬(IMiD)を含む、実施形態61の組成物。
実施形態63:チェックポイント阻害剤が、
(a)PD-1、PDL-1、TIM-3、TIGIT、LAG-3、CTLA-4、2B4、4-1BB、4-1BBL、A2AR、BATE、BTLA、CD39、CD47、CD73、CD94、CD96、CD160、CD200、CD200R、CD274、CEACAM1、CSF-1R、Foxp1、GARP、HVEM、IDO、EDO、TDO、LAIR-1、MICA/B、NR4A2、MAFB、OCT-2、Rara(レチノイン酸受容体アルファ)、TLR3、VISTA、NKG2A/HLA-E、若しくは抑制性KIRを含むチェックポイント分子に対する1つ以上のアンタゴニスト、
(b)アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、イピリムマブ、IPH4102、IPH43、IPH33、リリムマブ、モナリズマブ、ニボルマブ、ペンブロリズマブ、及びそれらの誘導体若しくは機能的同等物のうちの1つ以上、又は
(c)アテゾリズマブ、ニボルマブ、及びペムブロリズマブのうちの少なくとも1つ、を含む、実施形態62の組成物。
実施形態64:抗体が、
(a)抗CD20抗体、抗HER2抗体、抗CD52抗体、抗EGFR抗体、抗CD123抗体、抗GD2抗体、抗PDL1抗体、若しくは抗CD38抗体、又は
(b)リツキシマブ、ベルツズマブ、オファツムマブ、ウブリツキシマブ、オカラツズマブ、オビヌツズマブ、トラスツズマブ、ペルツズマブ、アレムツズマブ、セツキシマブ、ジヌツキシマブ、アベルマブ、ダクリズマブ、バシリキシマブ、M-A251、2A3、BC69、24204、22722、24212、MAB23591、FN50、298614、AF2359、CY1G4、DF1513、ビバツズマブ、RG7356、G44-26、7G3、CSL362、エロツズマブ、ダラツムマブ、イサツキシマブ、MOR202、並びにそれらのヒト化若しくはFc修飾されたバリアント若しくは断片及びそれらの機能的同等物及びバイオシミラーのうちの1つ以上、を含む、実施形態62の組成物。
実施形態65:エンゲージャが、
(i)二重特異性T細胞エンゲージャ(BiTE)、
(ii)二重特異性キラー細胞エンゲージャ(BiKE)、又は
(iii)三重特異性キラー細胞エンゲージャ(TriKE)を含むか、又は
エンゲージャは、
(a)細胞又はバイスタンダー免疫エフェクター細胞のCD3、CD28、CD5、CD16、CD64、CD32、CD33、CD89、NKG2C、NKG2D若しくはそれらの任意の機能的バリアントの細胞外部分を認識する第1の結合ドメインと、
(b)B7H3、CD10、CD19、CD20、CD22、CD24、CD30、CD33、CD34、CD38、CD44、CD52、CD79a、CD79b、CD123、CD138、CD179b、CEA、CLEC12A、CS-1、DLL3、EGFR、EGFRvIII、EpCAM、FLT-3、FOLR1、FOLR3、GD2、gpA33、HER2、HM1.24、LGR5、MSLN、MCSP、MICA/B、Muc1、Muc16、PDL1、PSMA、PAMA、P-カドヘリン、ROP1、若しくはVEGF-R2のうちのいずれか1つを含む抗原に特異的な第2の結合ドメインと、を含む、実施形態62の組成物。
実施形態66:実施形態60~65のうちのいずれか1つの組成物を養子細胞療法を必要とする対象に導入することによる組成物の治療的使用であって、対象が、自己免疫障害、血液悪性腫瘍、固形腫瘍、がん、又はウイルス感染を有する、治療的使用。
実施形態67:実施形態1~59のうちのいずれか1つのiPSCを含む、マスター細胞バンク(MCB)。
実施形態68:実施形態1~31のうちのいずれか1つの派生細胞を製造する方法であって、派生細胞が、免疫エフェクター細胞であり、方法が、
(i)遺伝子操作されたiPSCを取得することであって、iPSCが、
(a)C-X-Cモチーフケモカイン受容体又はそのバリアントをコードするポリヌクレオチド、
(b)形質転換成長因子ベータ受容体(TGFβR)の細胞外ドメイン(ECD)の部分的な又は完全なペプチドを含むTGFβシグナル伝達リダイレクタ受容体(TGFβ-SRR)をコードするポリヌクレオチド、
(c)同種免疫防御受容体(ADR)をコードするポリヌクレオチド、のうちの2つ以上と、
(ii)遺伝子操作されたiPSCを派生CD34+細胞に分化させることと、
(iii)派生CD34+細胞を免疫エフェクター細胞に分化させることであって、免疫エフェクター細胞が、固形腫瘍標的化骨格を保持する、分化させることと、を含む、方法。
実施形態69:固形腫瘍標的化骨格を含む遺伝子操作されたiPSCを取得することが、内因性(endogensous)CD38遺伝子座における共発現のために2つ以上のポリヌクレオチドを組み込むことと、CD38をノックアウトすることと、を含み、共発現のための2つ以上のポリヌクレオチドが、シストロン性構築物内にあり、ポリヌクレオチドが、
(i)C-X-Cモチーフケモカイン受容体、
(ii)TGFβ-SRR、及び
(iii)同種免疫防御受容体(ADR)、のうちの少なくとも2つをコードする、実施形態68の方法。
実施形態70:
(i)シストロン性構築物が、外因性CD16又はそのバリアントをコードするポリヌクレオチドを更に含むか、
(ii)C-X-Cモチーフケモカイン受容体が、CXCR2又はCXCR3を含むか、
(iii)TGFβ-SRRが、TGFβR2-IL2Rβ、TGFβR2-IL12Rβ、TGFβR2-IL18Rβ、又はTGFβR2-trIL12Rβリダイレクタ受容体を含むか、又は
(iv)ADRが、4-1BB又はCD38に特異的である、実施形態69の方法。
実施形態71:キメラ抗原受容体(CAR)をコードするポリヌクレオチドをTCR遺伝子座に組み込むことによって、固形腫瘍標的化骨格を含むiPSCを遺伝子操作することを更に含み、任意選択で、(i)CARが、TCRの内因性プロモータに作動可能に連結され、かつ/あるいは(ii)TCRが、CAR挿入によってノックアウトされている、実施形態68の方法。
実施形態72:CARが、バイシストロン性構築物内でサイトカインシグナル伝達複合体と共発現されるか、あるいは、TCR遺伝子座が、TCRアルファ又はTCRベータの定常領域である、実施形態71の方法。
実施形態73:サイトカインシグナル伝達複合体が、
(i)IL7とIL7Rαとの融合タンパク質、
(ii)IL15とIL15Rαとの融合タンパク質、及び
(iii)IL15Rαの細胞内ドメインが短縮されたIL15/IL15Rα融合タンパク質、のうちの少なくとも1つを含む、実施形態72の方法。
実施形態74:CARが、
(i)腫瘍関連抗原に特異的であるか、
(ii)固形腫瘍関連抗原に特異的であるか、
(iii)汎腫瘍抗原に特異的であるか、又は
(iv)B7H3、BCMA、CD19、CD38、CD79b、EGP2/EpCAM、GPRC5D、HER2、KLK2、MICA/B、及びMR1のうちの1つに特異的である、実施形態71の方法。
実施形態75:がん細胞上に発現されるHER2抗原に特異的なCARが、
(i)配列番号103を含む重鎖相補性決定領域1(H-CDR1)、配列番号104を含む重鎖相補性決定領域2(H-CDR2)、及び配列番号105を含む重鎖相補性決定領域3(H-CDR3)を含む重鎖可変(VH)ドメインと、任意選択で、
(ii)配列番号106を含む軽鎖相補性決定領域1(L-CDR1)、配列番号107を含む軽鎖相補性決定領域2(L-CDR2)、及び配列番号108を含む軽鎖相補性決定領域3(L-CDR3)を含む軽鎖可変(VL)ドメインと、を含む抗原結合ドメインを含む、実施形態71の方法。
実施形態76:CARの抗原結合ドメインが、
(a)配列番号109に対して少なくとも80%の配列同一性を有するVHドメインを含む、
(b)配列番号110に対して少なくとも80%の配列同一性を有するVLドメインを含む、
(c)VH-リンカー-VL又はVL-リンカー-VHを含む一本鎖可変断片(scFV)を含み、リンカーは、長さ及び配列が異なり、任意選択で、リンカーが、配列番号111~114に対して少なくとも80%の配列同一性を有する、
(d)配列番号115若しくは配列番号116に対して少なくとも約99%、約98%、約96%、約95%、約90%、約85%、若しくは約80%同一のアミノ酸配列によって表されるscFVを含み、配列番号115及び116の各々は、長さ及び配列が異なるリンカーを含む、並びに/又は
(e)ヒト化されている、実施形態75の方法。
実施形態77:
(a)HLA-I欠損及び/又はHLA-II欠損の導入、
(b)B2M、CIITA、TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、RFXANK、RFX5、RFXAP、TCR、NKG2A、NKG2D、CD25、CD44、CD54、CD56、CD58、CD69、CIS、CBL-B、SOCS2、PD1、CTLA4、LAG3、TIM3、及びTIGITのうちの1つ以上の欠失又は破壊、並びに
(c)HLA-G、HLA-E、4-1BBL、CD3、CD4、CD8、CD16、CD47、CD113、CD131、CD137、CD80、PDL1、A2AR、抗原特異的TCR、キメラ融合受容体(CFR)、Fc受容体、抗体又はその機能的バリアント若しくは断片、チェックポイント阻害剤、エンゲージャ、及びアゴニストとカップリングするための表面トリガー受容体のうちの少なくとも1つの導入、のうちの1つ以上によって、腫瘍固形標的化骨格を含むiPSCを遺伝子操作することを更に含む、実施形態69の方法。
実施形態78:ゲノム操作することが、標的化編集を含む、実施形態68~77のうちのいずれか1つの方法。
実施形態79:標的化編集が、CRISPR、ZFN、TALEN、ホーミングヌクレアーゼ、相同組換え、又はこれらの方法の他の任意の機能的バリエーションによって実行される、実施形態78の方法。
実施形態80:養子細胞療法を必要とする対象を治療する方法であって、対象にエフェクター細胞を注入することを含み、エフェクター細胞が、実施形態1~59のうちのいずれか1つに記載の派生細胞又はその集団を含む、方法。
実施形態81:エフェクター細胞が、がん細胞上に発現されるHER2抗原に特異的なCARを含み、CARが、
(i)配列番号103を含む重鎖相補性決定領域1(H-CDR1)、配列番号104を含む重鎖相補性決定領域2(H-CDR2)、及び配列番号105を含む重鎖相補性決定領域3(H-CDR3)を含む重鎖可変(VH)ドメインと、任意選択で、
(ii)配列番号106を含む軽鎖相補性決定領域1(L-CDR1)、配列番号107を含む軽鎖相補性決定領域2(L-CDR2)、及び配列番号108を含む軽鎖相補性決定領域3(L-CDR3)を含む軽鎖可変(VL)ドメインと、を含み、
CARが、TRAC遺伝子座にあり、CAR発現が、内因性TCRプロモータによって駆動され、
養子細胞療法を必要とする対象が、乳がん、卵巣がん、子宮内膜がん、肺がん、食道がん、唾液腺がん、膀胱がん、胃がん、結腸直腸がん、又は頭頸部がんを有する、実施形態80の方法。
実施形態82:エフェクター細胞が、固形腫瘍標的化骨格を更に含み、エフェクター細胞が、
(i)CD38遺伝子座に、
(a)CXCR2をコードするポリヌクレオチド、
(b)TGFβR2-IL18Rβリダイレクタ受容体又はTGFβR2-trIL12Rβリダイレクタ受容体をコードするポリヌクレオチド、及び
(c)同種免疫防御受容体(ADR)をコードするポリヌクレオチド、のうちの2つ以上と、
(ii)CD38遺伝子座に、外因性CD16又はそのバリアントをコードするポリヌクレオチドと、
(iii)TRAC遺伝子座に、IL7とIL7Rαとの融合タンパク質をコードするポリヌクレオチドと、
(iv)CD38ノックアウト及びTCRノックアウトと、を含む、実施形態81に記載の方法。
実施形態83:1つ以上の治療剤を対象に投与することを更に含み、1つ以上の治療剤が、
(i)サイトカイン、抗体、エンゲージャ、チェックポイント阻害剤、化学療法剤若しくは放射性部分、若しくは免疫調節薬(IMiD)、
(ii)ダラツムマブ、イサツキシマブ、若しくはMOR202を含む抗CD38抗体、
(iii)BiTE(二重特異性T細胞エンゲージャ)若しくはTriKE(三重特異性キラー細胞エンゲージャ)を含むエンゲージャ、
(iv)アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、イピリムマブ、IPH4102、IPH43、IPH33、リリムマブ(lirimumab)、モナリズマブ、ニボルマブ、若しくはペムブロリズマブを含むチェックポイント阻害剤、並びに/又は
(v)シクロホスファミド及びフルダラビン(Cy/Flu)を含む化学療法剤、を含む、実施形態80の方法。
実施形態84:エフェクター細胞が、CD38ノックアウト及びTCRノックアウトと、任意選択でADRと、を含み、方法が、対象に抗CD38抗体を投与することを含み、方法が、Cy/Fluを対象に投与することを含むリンパ球枯渇を必要としないか、最小限しか必要としない、実施形態80の方法。
実施形態85:エフェクター細胞が同種異系であり、対象にエフェクター細胞を注入することが、外来患者設定で行われる、実施形態80の方法。
実施形態86:固形腫瘍を有する対象の治療における養子細胞療法を改善する方法であって、実施形態1~31のうちのいずれか1つの派生細胞の集団を投与することを含む、方法。
実施形態87:抗HER2モノクローナル抗体(mAb)治療を改善する方法であって、
CasMab250-CARをコードするポリヌクレオチド、CXCR2をコードするポリヌクレオチド、TGFβ-SRRをコードするポリヌクレオチド、及び外因性CD16又はそのバリアントをコードするポリヌクレオチドを含むエフェクター細胞を含む組成物を、治療を必要とする対象に導入することと、
対象に抗HER2mAbを導入することと、を含む、方法。
実施形態88:抗HER2mAbが、トラスツズマブである、実施形態87の方法。
実施形態89:目的の導入遺伝子を含む操作されたNK細胞を選択する方法であって、
(i)目的の導入遺伝子と、IL15若しくはそのそれぞれの受容体のうちの少なくとも1つを含む細胞表面発現外因性サイトカイン若しくはその受容体の部分的な若しくは完全なペプチド、又は以下の(1)~(7):
(1)自己切断ペプチドを間に挟んだIL15とIL15Rαとの共発現、
(2)IL15とIL15Rαとの融合タンパク質、
(3)IL15Rαの細胞内ドメインが短縮されたIL15/IL15Rα融合タンパク質、
(4)IL15とIL15Rαの膜結合Sushiドメインとの融合タンパク質、
(5)IL15とIL15Rβとの融合タンパク質、
(6)IL15と共通受容体γCとの融合タンパク質であって、共通受容体γCが、天然であるか若しくは改変されている、融合タンパク質、及び
(7)IL15Rβのホモ二量体、のうちの少なくとも1つとを共発現する構築物を含む操作されたNK細胞を取得することと、
(ii)操作されたNK細胞に外因性IL15サイトカインを供給することなく、細胞を培養することと、
(iii)外因性IL15サイトカインを伴わずに増殖するNK細胞を収集し、それによって、目的の導入遺伝子を含む操作されたNK細胞を選択することと、を含む、方法。
次の例は、例示のために提供されるものであり、限定のためのものではない。
実施例1-材料及び方法
様々なプロモータの制御下で外来遺伝子の制御及び調節系を効果的に選択し、多能性幹細胞の状況で異なるセーフハーバー遺伝子座組み込み戦略と組み合わせて試験するために、単一又は複数の遺伝子調整によるクローンhiPSCの操作及び導出を可能にするべく、hiPSCプラットフォームを使用して、単一細胞の継代と高スループットの96ウェルプレートベースのフローサイトメトリソーティングを行った。
様々なプロモータの制御下で外来遺伝子の制御及び調節系を効果的に選択し、多能性幹細胞の状況で異なるセーフハーバー遺伝子座組み込み戦略と組み合わせて試験するために、単一又は複数の遺伝子調整によるクローンhiPSCの操作及び導出を可能にするべく、hiPSCプラットフォームを使用して、単一細胞の継代と高スループットの96ウェルプレートベースのフローサイトメトリソーティングを行った。
小分子培養におけるhiPSCの維持:hiPSCは、培養のコンフルエンシが75%~90%に達すると、単一細胞として日常的に継代された。単一細胞解離のために、hiPSCをPBS(Mediatech)で洗浄し、Accutase(Millipore)で処理した。次いで、単細胞懸濁液を従来の培地と混合し、FMMに再懸濁し、マトリゲルでコーティングした表面に播種した。継代は典型的には1:6~1:8であり、2~3日毎にFMMを与えた。細胞培養は、37℃、5~10%CO2に設定された加湿インキュベーターで維持された。
ZFNによるヒトのiPSC操作、目的のモダリティの標的化編集のためのCRISPR:ROSA26標的化挿入を例として使用して、ZFNを介したゲノム編集では、200万個のiPSCが、2.5μgのZFN-L、2.5μgのZFN-Rの混合物及びAAVS1標的化挿入用の5μgのドナー構築物でトランスフェクトされた。CRISPRを介したゲノム編集では、200万個のiPSCが、5μgのROSA26-gRNA/Cas9とROSA26標的化挿入用の5μgドナー構築物の混合物でトランスフェクトされた。Neonトランスフェクションシステム(Life Technologies)を使用してトランスフェクションを行った。トランスフェクション後の2日目又は3日目に、プラスミドに人工プロモータ駆動型GFP及び/又はRFP発現カセットが含まれている場合、フローサイトメトリーを使用してトランスフェクション効率を測定した。
ゲノム編集されたiPSCの一括ソーティング及びクローンソーティング:ZFN又はCRISPR-Cas9を使用したゲノム標的化編集を含むiPSCを、GFP+SSEA4+TRA181+iPSCの一括ソーティング及びクローンソーティングした。単一細胞解離した標的化iPSCプールを、最適性能のために新たに作製した染色緩衝液に再懸濁した。SSEA4-PE、TRA181-Alexa Fluor-647(BD Biosciences)などのコンジュゲート一次抗体を細胞溶液に加えた。溶液を染色緩衝液で洗浄し、スピンし、フローサイトメトリーでのソーティングのために10μMチアゾビブを含む染色緩衝液に再懸濁した。ソーティングが完了したら、96ウェルプレートをインキュベートした。コロニー形成は早くも2日目に検出され、ほとんどのコロニーはソーティング後7~10日の間に増殖した。最初の継代では、ウェルをPBSで洗浄し、30μLのアキュターゼで解離させた。解離したコロニーを、予めマトリゲルでコーティングした96ウェルプレートの別のウェルに移す。その後の継代は日常的に行った。各クローン細胞株をGFP蛍光レベル及びTRA1-81発現レベルについて分析した。クローン集団を凍結保存してマスター細胞バンクとして機能させる前に、ほぼ100%のGFP+及びTRA1-81+を有するクローン株を、操作されたiPSCのオフターゲット編集及び/又は核型を含むがこれらに限定されない更なるスクリーニング及び分析のために選択した。
実施例2-固形腫瘍標的化能力の最適化のための骨格構造を有するクローンiPSC及びiPSC由来エフェクター細胞を確立するための多重ゲノム操作
内因性遺伝子ノックアウトのために複数の遺伝子座で細胞を操作し、同時に、固形腫瘍免疫療法のためのエフェクター細胞をより良好に備える機能的骨格配置を探索するために、複数の機能的モダリティを所望の組み合わせ及び所望の配置で挿入(KO/KI)するために、一連のバイシストロン性及びトリシストロン性構築物を表5に示されるように設計及び調製した。
内因性遺伝子ノックアウトのために複数の遺伝子座で細胞を操作し、同時に、固形腫瘍免疫療法のためのエフェクター細胞をより良好に備える機能的骨格配置を探索するために、複数の機能的モダリティを所望の組み合わせ及び所望の配置で挿入(KO/KI)するために、一連のバイシストロン性及びトリシストロン性構築物を表5に示されるように設計及び調製した。
固形腫瘍標的化骨格構築の一部として、TRAC遺伝子座は、固形腫瘍抗原認識受容体、例えば、CAR又は外因性TCRを挿入する一方で、内因性TCRをノックアウトして、細胞の宿主免疫検出を受動的に回避するために利用する。CARのみを含有するベクター又はCAR及びサイトカインシグナル伝達複合体を含有するバイシストロン性ベクターを使用して、サイトカインシグナル伝達複合体が、他の利点の中でもとりわけ、エフェクター細胞適合性及び/又は持続性も支持する骨格の一部として組み込まれるのに好適であるかどうかを比較した。例えば、操作されたiPSCからエフェクターT細胞を生成するために、IL7シグナル伝達複合体を試験し、操作されたiPSCからエフェクターNK細胞を生成するために、代わりにIL15シグナル伝達複合体を試験した。
第2の遺伝子座であるCD38を、固形腫瘍標的化骨格の別の部分のために選択した。固形腫瘍環境の課題に対処するためにバイシストロン性構築物又はトリシストロン性構築物を使用してCD16、CXCR2及びTGFβR2リダイレクタ(TGFβ-SRR)のうちの2つ以上をCD38に挿入する一方で、内因性CD38遺伝子は、抗CD38モノクローナル抗体がCD38発現活性化された宿主免疫細胞を選択的に枯渇させるために適用され得るように、結果としてノックアウトされている。
まず、表5に示すように、TRAC遺伝子座KO/KIのベクターをそれぞれの群のiPSCに形質導入した。本実施例では、使用した例示的なCARは、HER2腫瘍抗原を標的とし、本出願における配列番号115又は配列番号116によって表されるscFV配列を含むものであった。TRAC標的化の成功を確認した後、次に、CD38遺伝子座を標的として、hnCD16/CXCR2、hnCD16/TGFβR2リダイレクタ、又はhnCD16/CXCR2/TGFβR2リダイレクタを導入した。TRAC及びCD38操作iPSCをCAR iT細胞又はCAR iNK細胞に分化させて、図1Aに示すプロセスである、多重化ゲノム編集を用いたiPSCの造血細胞への多能性を検証した。この実験の目的のために、TGFβR2リダイレクタは、TGFβR2と、IL12Rb、IL18R、IL21R、又はその断片のうちの1つとの融合タンパク質であり、本出願全体を通して、具体的にはTGFβR2-IL12Rb、TGFβR2-IL18R、TGFβR2-IL21R、又は一般にTGFβ-SRRと呼ばれる。
分化に続いて、TRAC-_CAR、TRAC-_CAR/IL7RF、CD38_hnCD16/CXCR2、及び/又はCD38_hnCD16/TGFβ-SRRを発現するTCR及びCD38ノックアウトCAR iT細胞を、示された骨格構成を有する各細胞群からの個々のクローンに対するフローサイトメトリーを介してそれらのCD45及びCD7発現を評価することによって、それらのリンパ系コミットメントについて評価した(図1B)。図1Bに示されるように、全ての評価されたクローンは、CD45及びCD7(95%)を共発現し、(i)免疫エフェクター細胞への分化の成功、及び(ii)固形腫瘍標的化骨格の個々の編集に関するiPSC操作戦略と、改変を有するiPSCのエフェクター細胞分化能との適合性を実証した。
分化CAR iT細胞群を、フローサイトメトリーを介してCAR、hnCD16、及びTGFβ-SRR導入遺伝子発現について更に評価した。図1Cに示されるように、TRAC_CAR/IL7RF及びCD38_hnCD16/CXCR2で操作された完全に分化したCAR-iTは、高レベルのCAR(99.8%)、hnCD16(99.9%)、及びCXCR2(62.2%)を発現した。加えて、HER2-CAR/IL7RF及びhnCD16/TGFβ-SRR(示されるデータにおいてIL12Rβ融合を有する)で操作された完全に分化したCAR iTもまた、高レベルのCAR(90.8%)、hnCD16(99.6%)、及びTGFβR2-IL12Rβ(96.7%)を発現した。
CD38 KO/KIに特異的であり、図1Dに示されるような特定の立体配置でCAG駆動型TGFβR2-IL18R、hnCD16、及びCXCR2を発現するトリシストロン性構築物を更に評価した。CD38操作及び導入遺伝子発現iPSCの選択の後、CXCR2及びTGFβ-SRR発現をフローサイトメトリーによって決定し、CD38非操作の親iPSCと比較した。図1Eに示すように、いずれかの構成を有するトリシストロン操作iPSCは、高レベルのTGFβ-SRR(98.4%及び99.3%)及びCXCR2(88.7%及び98.1%)を発現し、これらのトリシストロン組み込みiPSCからの操作及び頑強な導入遺伝子発現が首尾よく行われたことを実証した。
実施例3--エフェクター細胞固形腫瘍標的化骨格組み込みのためのCXCR2は、細胞移動及び固形腫瘍浸潤を増強する
従来のCAR-T療法は、固形腫瘍設定において中程度の有効性を示している。腫瘍抗原不均一性、免疫抑制性腫瘍微小環境、及び限定されたエフェクター持続性に加えて、腫瘍自体への適切なエフェクター輸送は、有効な固形腫瘍CAR-T療法の主要な障壁であり得る。CXCR2は、T細胞ではなく、好中球及び樹状細胞などの骨髄細胞によって発現される。初代又はiPSC由来CAR-T細胞の固形腫瘍標的化骨格の一部としてのCXCR2を、その発現及び機能的態様について評価した。
従来のCAR-T療法は、固形腫瘍設定において中程度の有効性を示している。腫瘍抗原不均一性、免疫抑制性腫瘍微小環境、及び限定されたエフェクター持続性に加えて、腫瘍自体への適切なエフェクター輸送は、有効な固形腫瘍CAR-T療法の主要な障壁であり得る。CXCR2は、T細胞ではなく、好中球及び樹状細胞などの骨髄細胞によって発現される。初代又はiPSC由来CAR-T細胞の固形腫瘍標的化骨格の一部としてのCXCR2を、その発現及び機能的態様について評価した。
CXCR2を発現するように操作された初代CAR-T細胞のインビボ評価のための例示的な実験設計を図2Aに示す。簡単に説明すると、SKOV3腫瘍細胞をNSGマウスに皮下注射し、20日後、腫瘍を有するマウスの半分にパクリタキセルを23日目まで毎日投与した。CXCR2リガンドであるCXCL8(IL8)は、乳ガンを含む複数の腫瘍タイプにおいて濃縮され、腫瘍細胞におけるその発現は、化学療法又は放射線療法への曝露後に増加する。パクリタキセルを、腫瘍細胞におけるCXCR2リガンドレベルを増加させるためのプレコンディショニングに使用した。27日目に、前処置したマウス及び対照マウスに、CXCR2+(約25%+)又はCXCR2-初代HER2 CAR-T細胞を投与した。処置マウスを腫瘍成長についてモニターし(図2B)、腫瘍成長阻害(TGI)を45日目に計算した(図2C)。プレコンディショニングがない場合、CXCR2+初代HER2 CAR-T細胞は、SKOV3腫瘍の約40%(p<0.01)の有意な腫瘍成長阻害を実証した。プレコンディショニング単独は、未処置の腫瘍を有するマウスと比較して、約30%の腫瘍成長阻害(p<0.05)を誘導した。CXCR2+CAR-Tと化学療法プレコンディショニングとの組み合わせは、腫瘍のみを受けたマウスと比較して、腫瘍の最大の制御を誘導した(>70%、p<0.0001)。CXCR2+又はCXCR2-CAR-T細胞の腫瘍への浸潤及び保持も、プレコンディショニングを伴って及び伴わずに、4、14、及び25日目(プレコンディショニングなし)又は31日目(プレコンディショニングあり)にフローサイトメトリーによって評価した。図2Dに示すように、腫瘍内へのCAR-T細胞の浸潤及び保持は、CXCR2+CAR-T細胞を化学療法プレコンディショニングと組み合わせた場合に有意に増強された(p<0.0001)。
次に、iPSC由来CAR-T細胞を、TRAC_HER2-CAR/IL7RF、並びにTRAC_HER2-CAR/IL7RF及びCD38_hnCD16/CXCR2を発現するように操作した。CARのHER2結合ドメインは、本明細書に記載のCasMab250に基づいていた。ケモカイン受容体発現は、親CAR iT細胞における0.20%と比較して、細胞の64%が高レベルのCXCR2を発現するCD38ヌル操作CAR iT細胞において、高レベルのCXCR2発現を実証した(図2E、左パネル)。固形腫瘍へのT細胞浸潤に重要であることが多いケモカインシグナル伝達受容体であるCCR1及びCXCR3は、それらの親CAR iT細胞と比較して、CXCR2操作CAR iT細胞において影響を受けないままであったことが注目された(図2E、中央及び右パネル;それぞれCCR1:94.3%対93.3%;及びCXCR3:99.6%対99.7%)。
操作されたCXCR2の機能的発現を、トランスウェル遊走アッセイによって決定した。操作されたCXCR2+及び親CXCR2-CAR iT細胞を5μmのトランスウェルインサートに播種し、様々な希釈(16pg/ml~50ng/ml)のケモカイン(CXCL8、CCL5、又はCXCL9)を下部チャンバーに添加した。3時間の培養後、T細胞の特異的遊走を計算した。図2F、左パネルに示すように、CXCR2操作CAR iT細胞は、CXCR2リガンドであるCXCL8の様々な希釈に対して用量応答的に機能的に遊走したが、CCL5(CCR1リガンド)及びCXCL9(CXCR3リガンド)に対するCXCR2+CAR iT細胞の感受性は影響を受けなかった(図2F、中央及び右パネル)。これらのデータは、初代又はiPSC由来CAR T細胞へのCXCR2の操作が、CXCR2リガンドへの細胞の機能的遊走を可能にし、固形腫瘍への浸潤及び保持の改善並びに腫瘍クリアランスの増強を容易にすることを実証する。
実施例4-エフェクター細胞骨格に組み込まれたTGFβシグナルリダイレクタ受容体は、エフェクター細胞機能を改善する
この実験では、活性化された初代CD8 T細胞の群をそれぞれ、TGFβR由来の細胞外ドメイン及びIL2R、IL12R、IL18R又はIL21Rの細胞内ドメイン又はその断片を含む異なるTGFβ-SRR構築物でレンチウイルス形質導入した。IL2を含まないT細胞培地中で24時間静置した後、T細胞を示された濃度のTGFβに曝露した。2時間後、細胞を採取し、リン酸化STAT5(pSTAT5)の存在についてフローサイトメトリーによって分析した。IL2スパイクインを陽性対照として使用した。図3Aに示されるように、フローデータは、TGFβの存在下でのTGFβ-SRR構築物におけるIL12R、IL21R及びIL2Rのサイトカイン受容体内部ドメインの機能性を実証し、pSTAT5陽性CD8 T細胞のパーセントが、IL2がスパイクインされた場合に観察されたものと同様のレベルまで増加したことを示す。
この実験では、活性化された初代CD8 T細胞の群をそれぞれ、TGFβR由来の細胞外ドメイン及びIL2R、IL12R、IL18R又はIL21Rの細胞内ドメイン又はその断片を含む異なるTGFβ-SRR構築物でレンチウイルス形質導入した。IL2を含まないT細胞培地中で24時間静置した後、T細胞を示された濃度のTGFβに曝露した。2時間後、細胞を採取し、リン酸化STAT5(pSTAT5)の存在についてフローサイトメトリーによって分析した。IL2スパイクインを陽性対照として使用した。図3Aに示されるように、フローデータは、TGFβの存在下でのTGFβ-SRR構築物におけるIL12R、IL21R及びIL2Rのサイトカイン受容体内部ドメインの機能性を実証し、pSTAT5陽性CD8 T細胞のパーセントが、IL2がスパイクインされた場合に観察されたものと同様のレベルまで増加したことを示す。
別の実験において、iPSC由来CAR-T細胞(CAR-T cell、CAR-iT)をレンチウイルスで形質導入して、ドミナントネガティブTGFβR2(DN TGFβR2若しくはdnTGFβR2)又はTGFβ-SRR構築物のいずれかを発現させた。次いで、CAR-iTを連続刺激アッセイで試験し、ここで、腫瘍細胞を死滅させるエフェクター細胞の能力を、複数回の共培養にわたって、20ng/mLのTGFβの存在下で、IncuCyte機器で測定した。TGFβ-SRRについて、TGFβR2-IL18Rに関連するデータを示す。図3Bに示されるように、TGFβR2-IL18Rを発現するCAR-iTは、TGFβ-SRR CAR-iT又はdnTGFβR2+CAR-iTと比較して、第1ラウンドの共培養においてTGFβの存在下で増強された腫瘍殺傷を実証した(図3B、左プロット)。4ラウンドの共培養及びTGFβへの曝露後(図3B、右プロット)、dnTGFβR2+CAR-iTは、形質導入されていないエフェクターとの共培養と非常に類似した腫瘍殺傷動態を示した。重要なことに、TGFβR2-IL18R CAR-iTは、この場合、IL18Rの細胞内ドメインを介して、TGFβリダイレクタによって提供される更なるサイトカインシグナル伝達のために、増強された腫瘍殺傷能力を示し続けた。
更なる実験において、TGFβ-SRRを発現する遺伝子操作されたCAR-iTの集団を、図4Aに示される戦略を使用して調製した。特に、バイシストロン性ドナーカセットを、CRISPR酵素を介してiPSC集団のCD38遺伝子座に挿入し、ここで、iPSCは、TRAC遺伝子座に挿入されたCARを有する。バルク操作iPSCをCAR-iT細胞に分化させ、TGFβの存在下又は不在下での連続刺激アッセイにおいて試験した。Thy1.2マーカー及びTGFβ-SRRの共発現は、首尾よく操作されたCAR-iT集団における細胞のパーセンテージを示す。図4Bに示されるように、CAR-iTにおいて発現されたTGFβ-SRRの3つの例-TGFβR2-IL12Rβ、TGFβR2-IL18R、及びTGFβR2-IL21Rを生成した。iT分化プロセスの終わりに向かって、細胞がT細胞系統にコミットすると、TRACプロモータは活性になる。図4Cに示されるように、TGFβ-SRR操作細胞におけるCARの表面発現は、T細胞への分化の成功を示す。
連続刺激アッセイを使用して、TGFβR2-IL18R構築物を発現するCRISPR操作CAR-iT細胞を、エフェクター機能のTGFβ媒介性抑制に抵抗するそれらの能力について試験した。TGFβの不在下で、対照CAR-iTは、5ラウンドの共培養にわたって、TGFβR2-IL18R CAR-iTと非常に類似した腫瘍殺傷動態を示した図5、パートA、TGFβなし)TGFβR2-IL18R CAR-iTが、TGFβの不在下で不必要に高いレベルのエフェクター機能を示さないことを実証する。20ng/mLのTGFβを連続刺激アッセイに添加すると、対照CAR-iT細胞は、第1ラウンドにおいてTGFβR2-IL18R CAR-iTと同様の細胞溶解能力を示し、TGFβ-SRR CAR-iTのTGFβとの急性曝露がこれらの細胞のエフェクター機能を劇的に変化させる可能性が低いことが実証された(図5、パートB、プラスTGFβ)。しかしながら、TGFβR2-IL18R CAR-iTにおける腫瘍殺傷活性の増加は、連続刺激の第2ラウンドから観察された。図5のパートBに示されるように、このエフェクター機能の増加は、最大5ラウンドの共培養の間持続した。比較すると、対照CAR-iTは、TGFβスパイクインによる連続刺激アッセイにおいて、標的細胞を死滅させるそれらの能力を次第に喪失した。
T細胞のエフェクター機能及び抗腫瘍活性は、T細胞活性化状態に関連している。標的細胞による複数ラウンドの刺激後のTGFβ-SRRを発現するCAR-iT細胞の活性化プロファイルを特徴付けるために、対照CAR-iT又はTGFβ-SRR CAR-iTを、TGFβの存在又は不在下で標的細胞との5ラウンドの共培養に供し、ラウンド5の終了時に、細胞をTGFβR2及びThy1.2について染色した(図6A)。Thy1.2マーカー及びTGFβR2の共発現は、TGFβ-SRRの発現を維持したエフェクター細胞のパーセントを示す。TGFβの存在下及び不在下での5ラウンドの共培養の終了時のエフェクター細胞も、活性化マーカーCD69及びCD25の共発現についてフローサイトメトリーによって分析した(図6B)。図6Bに示すように、TGFβの不在下では、対照及びTGFβR2-IL18R CAR-iTの両方が、CD69及びCD25の両方に対して約60%陽性であった。比較すると、TGFβの存在下では、対照CAR-iTは、CD69+CD25+細胞の減少を示したが(32.4%)、TGFβR2-IL18R CAR-iTの61.6%は、CD69及びCD25について二重陽性であった(図6B)。したがって、TGFβ-SRRを有するCAR-iT細胞は、標的細胞による複数ラウンドの刺激後であっても、増強された活性化プロファイルを有する。
更に、連続刺激アッセイのラウンド5からの上清を収集し、IFNγ、TNFα、及びGM-CSFなどのサイトカインについてMSDアッセイによって試験した。図7に示されるように、TGFβの存在下で、対照CAR-iTは、共培養培地中のサイトカインの劇的な減少を示した。対照的に、TGFβ-SRR CAR-iTとの共培養物において見出された。TGFβの存在下でさえ、TGFβR2-IL18R CAR-iTの共培養物において測定されたサイトカインは、TGFβをスパイクインしていない対照CAR-iTの共培養物において見出された量と同様の量であった。TGFβが存在する場合の連続培養シチュレーション(stiulation)におけるサイトカインの産生の増強は、TGFβR2-IL18R CAR-iTが、固形腫瘍環境の代表的な免疫抑制特性であるTGFβが存在する場合であってもエフェクター機能を維持できることを示している。
TGFβ-SRRを有するCAR-iT細胞が、固形腫瘍環境において標的細胞刺激後に増殖することができるかどうかを試験するために、対照又はTGFβR2-IL18R CAR-iTを、TGFβの存在下又は不在下で標的細胞との5ラウンドの共培養に供した。この連続刺激アッセイ中の各ラウンドの終了時に細胞を採取し、カウンティングビーズ及びフローサイトメトリーを使用してエフェクター細胞の数を決定した。図8に示されるように、対照CAR-iT細胞は、TGFβの存在下で増殖の欠如を示したが、TGFβR2-IL18R CAR-iTは、TGFβの不在下で連続的に刺激された対照CAR-iTと同様の正常な増殖プロファイルを示した。TGFβR2-IL18R CAR-iTはまた、対照CAR-iTと比較して、ラウンド2、3、及び4において観察されたより高い倍率の増殖を伴って、TGFβの不在下で強い増殖を示した。したがって、本明細書に開示される固形腫瘍標的化骨格に含まれるTGFβ-SRRは、固形腫瘍環境に典型的な、複数ラウンドの標的細胞刺激及びTGFβの存在下であっても、CAR-iT細胞の増殖が改善される。
更に設計され試験されたTGFβ-SRRは、TGFβR2の外部ドメインに加えてIL12Rb2の細胞質ドメインの断片を含むものである。IL12Rb2の短縮型細胞質ドメインを含む断片は、配列番号13によって表される。TGFβR2-trIL12Rb2は、配列番号16によって表される例示的なアミノ酸配列を含み、その膜貫通ドメイン配列は、変化し得るか、又は別の膜貫通タンパク質の膜貫通ドメインで置換され得ることが当業者によって理解される。
配列番号13
SDPKPENPACPWTVLPAGDLPTHDGYLPSNIDDLPSHEAPLADSLEELEPQ
SDPKPENPACPWTVLPAGDLPTHDGYLPSNIDDLPSHEAPLADSLEELEPQ
TGFβR2-trIL12Rβリダイレクタ受容体及びhnCD16をコードするポリヌクレオチドを含むバイシストロン性ドナーカセットを、CRISPR酵素を使用してiPSCのCD38遺伝子座に挿入した。バルク操作されたiPSCをソーティングし、本出願に記載される方法を使用して、この実験においてiNK細胞に分化させた。フローサイトメトリーを使用して、iPSCから分化したiNK細胞上の示されたNKマーカーの表面発現を検出した(図9)。ドミナントネガティブTGFβR2(dnTGFβR2)又はTGFβR2-trIL12Rβリダイレクタ受容体を発現するiNK細胞は、親iNKの表現型プロファイルと同様の表現型プロファイルを示した。これは、TGFβR2-trIL12Rβ導入遺伝子とiPSC発生及びiNK分化プロセスとの適合性を示す。予想通り、ドナーカセットに関連するマーカー、TGFβR2及びThy1.2のみが、TGFβR2-trIL12Rβ発現iNK及びdnTGFβR2発現iNKにおいて異なっている。
次いで、親iNK、dnTGFβR2発現iNK、及びTGFβR2-trIL12Rβ発現iNKをそれぞれ、エフェクター対標的(E:T)比1:1でK562標的細胞と共培養した。20ng/mLのTGFβを、0、2、及び4日目に共培養物に添加した。フローサイトメトリーを使用して、共培養の2日目、4日目及び7日目にエフェクター細胞数を評価した。図10Aに示されるように、親iNK及びdnTGFβR2 iNKの両方が、7日間の共培養にわたってエフェクター細胞数の進行性の減少を示した。しかしながら、TGFβR2-trIL12Rβリダイレクタ受容体を発現するiNK細胞は、アッセイの7日目までであっても強い増殖及び持続を示した(図10A)。理論によって限定されるものではないが、dnTGFβR2 iNKを上回るこの性能の向上は、IL12Rbの細胞質ドメイン断片を介したIL12シグナル伝達経路へのTGFβシグナルの再指向によるものであり得る。7日目からの細胞を、NK表現型マーカー(CD45及びCD56)又は活性化マーカー(CD25及びNKp46)についてフローサイトメトリーによって更に分析した。図10Bに示すように、親iNK及びdnTGFβR2 iNKは、選択された表面マーカーを発現する細胞の同様の割合を示したが、TGFβR2-trIL12Rβ細胞は、CD45及びCD56発現を保持する細胞の割合が有意に増加したことを示した。TGFβR2-trIL12Rβ iNKが、CD25及びNKp46を発現するエフェクターのパーセンテージに基づいて、より活性化されたプロファイルを示したことにも注目されたい(図10B)。
更に、親iNK、dnTGFβR2発現iNK、及びTGFβR2-trIL12Rβ発現iNKをそれぞれ、E:T比1:1でRaji腫瘍標的細胞と共培養した。20ng/mLのTGFβを0日目、2日目、及び4日目に共培養物に添加し、標的細胞に対する自然殺傷能力をフローサイトメトリーによって3ラウンドにわたって測定した。図11Aに示されるように、親iNK及びdnTGFβR2 iNKの両方は、刺激の第1ラウンド後に自然殺傷能力の有意な喪失を示したが、TGFβR2-trIL12Rβ iNK細胞は、共培養の3ラウンド全てにわたって標的を殺傷する能力を維持した。共培養の各ラウンドの終了時に、フローサイトメトリーも使用して、エフェクター細胞の増殖を決定した。図11Bに示すように、TGFβR2-trIL12Rβリダイレクタ受容体を発現するiNK細胞は、親iNK及びdnTGFβR2 iNKと比較して強い増殖を示し、TGFβR2-trIL12Rβリダイレクタ受容体が腫瘍標的細胞の存在下でエフェクター細胞の増殖を改善することを示唆した。
再刺激ラウンド2の終了からの細胞を、NK表現型マーカー(CD56)及び活性化マーカー(CD25、CD69及びNKp44)についてフローサイトメトリーによって更に分析した。図11Cに示されるように、TGFβR2-trIL12Rβ iNK細胞は、親iNK(対照)及びdnTGFβR2 iNKと比較して、選択された表面活性化マーカーを発現する細胞の割合の有意な増加を示した。先の実験と同様に、TGFβR2-trIL12Rβ iNKは、活性化マーカーを発現するエフェクターのパーセンテージに基づいて、より活性化されたプロファイルを示した(図11C)。
TGFβR2-trIL12Rβ iNK細胞及び親iNKを、20ng/mlのTGFβ及び抗PDL1モノクローナル抗体(mAb)の存在下で、E:T比5:1においてMDA-MB-231がん細胞と一晩共培養した。MDA-MB-231乳がん細胞株は、PDL1を過剰発現する。アベルマブは、親iNK細胞に含まれる外因性CD16バリアントに結合してiNK細胞が標的がん細胞に対してADCC媒介性細胞傷害を行うことができるADCCコンピテントモノクローナル抗体(mAb)である。一晩の共培養後、上清を採取し、遠心分離し、マルチアナライトカートリッジにロードして、サイトカインTNF、IFNγ、及びGMCSFの分泌を定量した(図12)。
xCelligence(商標)ベースのADCCアッセイを使用して、異なるiNKエフェクターのADCC能力を決定した。図13Aに示すように、エフェクターの不在下では、mAb単独(10μg/mLアベルマブ)の添加は、標的細胞の細胞溶解を誘導するのに十分ではなかった。培養物にエフェクターを添加する(E:T比5:1)ことにより、各試験したiNK細胞株による標的細胞の細胞溶解が得られた。親iNKエフェクターは、MDA-MB-231標的細胞に対してADCCを示したが、dnTGFβR2又はTGFβR2-trIL12Rβのいずれかを発現するiNKは、はるかに良好な細胞溶解活性を示した。
理論に制限されるものではないが、iNK分化プロセス中のTGFβシグナル伝達の遮断は、dnTGFβR2及びTGFβR2-trIL12Rβ iNKの両方がTGFβの不在下であってもより良好なADCCを示すように、改善されたエフェクター機能を有するiNKをもたらし得る可能性がある。示されるように、20ng/mLのTGFβを培養培地に添加した場合、親iNKは、ADCC能力の劇的な喪失を有し、dnTGFβR2 iNKは、全体的なADCC活性が減少した。しかしながら、TGFβR2-trIL12Rβ iNKは、アッセイの終わりまでにTGFβスパイクインによる標的細胞の完全な細胞溶解を依然として示した(図13B)。
更に、細胞を、MDA-MB-231標的細胞との共培養の第1ラウンドの終了時に採取し、フローサイトメトリーによって分析して、残っているエフェクター細胞の数、及び所与の時点での導入遺伝子発現を決定した。理論によって限定されるものではないが、dnTGFβR2を発現するiNKと比較したTGFβR2-trIL12Rβ発現iNKの増強された持続性は、TGFβR2-trIL12Rβリダイレクタ受容体がTGFβシグナル伝達を遮断するだけでなく、IL12シグナル伝達カスケードも開始することに起因し得る(図14A)。更に、図14Bに示されるように、TGFβR2-trIL12Rβ構築物は、より安定であり、TGFβの存在下でiNK細胞の表面上で高度に発現されるようであり、これは固形腫瘍環境の顕著な特徴である。
図13Aと同じ設定で、ラウンド1共培養の終わりに、エフェクター細胞を、MDA-MB-231腫瘍標的を有する第2のxCelligence(商標)プレートに移した。エフェクター及びアベルマブの添加後、それに応じてラウンド2の細胞溶解%を測定した。図15Aは、TGFβの不在下であっても、標的細胞に対するADCC活性がほとんど観察されなかったため、親iNKがエフェクター機能を喪失したことを示す。dnTGFβR2 iNKは、標的細胞をほぼ完全に溶解することができたTGFβR2-trIL12Rβ iNKと比較した場合に大幅に減少したが、いくらかの量のADCC活性を保持した。理論によって限定されるものではないが、TGFβR2-trIL12Rβ構築物からの特定のレベルの持続性シグナル伝達の結果、この導入遺伝子を発現するiNKは、複数ラウンドの標的刺激の後であっても頑強なエフェクター機能を有することができる。しかしながら、TGFβの存在下では、dnTGFβR2 iNKであっても、親iNKと全く同様に、標的細胞を溶解するそれらの能力のほとんど全てを喪失した(図15B)。また、TGFβR2-trIL12Rβ iNKは、TGFβの存在下でADCC能力の低下も示すが、TGFβの抑制効果を克服する際にdnTGFβR2導入遺伝子よりもTGFβR2-trIL12Rβ導入遺伝子を有することに明らかな利点があった。TGFβR2-trIL12Rβの発現が増強されたエフェクター細胞増殖、持続性、及びエフェクター機能をもたらしたNK細胞におけるそのような観察は、IL12シグナル伝達経路がNK細胞におけるようにT細胞において重要であると考えられるので、T細胞において予想され得る。
異なるiNKエフェクターのADCC能力を更に評価するために、アッセイを、SKOV3卵巣細胞腫瘍株及びPC-3前立腺がん細胞株を含む更なる固形がん細胞モデルに拡張した。SKOV3がん細胞はHER2を過剰発現するので、トラスツズマブ(Herceptin(商標)として市販されている抗HER2抗体)を、SKOV3標的に対する例示的なADCCコンピテントmAbとして選択し、トラスツズマブ及びセツキシマブ(抗EGFR抗体)を、HER2及びEGFRの両方のそれらの発現を考慮して、PC-3標的に対する例示的なmAbとして選択した。図16に示すように、TGFβR2-trIL12Rβを発現するiNKは、親iNKエフェクターと比較して、全ての標的に対してはるかに良好な細胞溶解活性を示した。
実施例5-固形腫瘍標的化骨格を有するCD38陰性CAR-iT細胞によって可能になったアロ反応性免疫細胞の選択的枯渇
自己及び同種異系細胞療法の両方は、現在、養子移入された細胞の増強のためのサイトカインリッチ環境を誘導し、宿主免疫系を調節する、患者のリンパコンディショニングに依存する。しかし、リンパコンディショニングは、重篤な感染に対する感受性の増加を含む血液毒性と関連している。本明細書に開示される免疫治療エフェクター細胞は、選択された内因性遺伝子座に選択的に導入された外因性モデルを戦略的に組み込み、骨格設計の一部と同時に内因性遺伝子(複数可)をノックアウトする固形腫瘍標的化骨格を含む。CD38は、2つの選択された内因性遺伝子座のうちの1つとして、養子移入された細胞の抗腫瘍活性を維持しながら、化学療法に基づくリンパコンディショニングの必要性を有意に低減しようとする際に、本明細書で提供される固形腫瘍標的化骨格設計によって包含される遺伝子ノックアウト戦略のうちの1つである。
自己及び同種異系細胞療法の両方は、現在、養子移入された細胞の増強のためのサイトカインリッチ環境を誘導し、宿主免疫系を調節する、患者のリンパコンディショニングに依存する。しかし、リンパコンディショニングは、重篤な感染に対する感受性の増加を含む血液毒性と関連している。本明細書に開示される免疫治療エフェクター細胞は、選択された内因性遺伝子座に選択的に導入された外因性モデルを戦略的に組み込み、骨格設計の一部と同時に内因性遺伝子(複数可)をノックアウトする固形腫瘍標的化骨格を含む。CD38は、2つの選択された内因性遺伝子座のうちの1つとして、養子移入された細胞の抗腫瘍活性を維持しながら、化学療法に基づくリンパコンディショニングの必要性を有意に低減しようとする際に、本明細書で提供される固形腫瘍標的化骨格設計によって包含される遺伝子ノックアウト戦略のうちの1つである。
混合リンパ球反応(mixed lymphocyte reaction、MLR)を実施して、抗CD38mAb(ダラツムマブ)処理CAR-iT細胞が同種異系リンパ球による拒絶に抵抗する能力を評価した。hnCD16a+/CD38-CAR-iT細胞を、IL2を補充した培地中で9日間、抗CD38抗体、ダラツムマブの存在下及び不在下で、健常ドナー由来の同種異系末梢血単核細胞(PBMC)と1:1の比で共培養した。共培養の期間にわたって、フローサイトメトリー分析を実行し、CAR-iT細胞数を計数し、示された時点でプロットした(図17)。CAR-iT細胞数を、PBMCの不在下で維持したCAR-iT細胞対照培養物に対して正規化した。データは、ダラツムマブの不在下で、CAR-iT細胞の共培養が、経時的なPBMC媒介性枯渇の影響を受けやすかったことを示す。しかしながら、ダラツムマブ処理共培養では、CAR-iT細胞は、PBMCを含まない対照培養と同様の持続レベルを維持し、経時的に増殖さえした。これらのデータは、本明細書に開示されるCD38ノックアウトを含む固形腫瘍標的化骨格を有するCAR-iT細胞が、ダラツムマブの存在による枯渇の影響を受けにくいことを実証する。加えて、ダラツムマブ処置は、同種異系固形腫瘍標的化における同種異系リンパ球による枯渇からCD38-CAR-iT細胞を保護する。
これらの共培養において、PBMC中のT及びpbNK細胞増殖を経時的に測定した。図18に示されるように、T(左パネル)及びpbNK細胞(右パネル)の絶対数を、示された時点でプロットした。データは、PBMCを単独で培養した場合、T細胞及びpbNK細胞の両方が確実に増殖することができたことを示す。ダラツムマブ又はCAR-iT細胞のいずれかがそれぞれ提供されたPBMC培養において、T細胞及びpbNK細胞増殖の部分的な抑制のみが観察された。しかしながら、PBMCをCAR-iT細胞及びダラツムマブの両方と共培養した条件では、T細胞及びpbNK細胞の最大抑制が観察された。これらのデータは、本明細書に開示されるCD38ノックアウトを含む固形腫瘍標的化骨格を有するCAR-iT細胞が、ダラツムマブを利用して、同種異系T細胞及びpbNK細胞の増殖を抑制し、それによって、CAR-iT細胞がT及びpbNKアロ反応性を回避することができる機構を提供することができることを実証する。
これらの共培養において、ダラツムマブがCD38+Tリンパ球及びpbNKリンパ球を選択的に枯渇させる能力も評価した。代表的なフロープロットは、PBMCとのCAR-iT細胞共培養において、T細胞の91%(図19A)及びpbNK細胞の74%(図19B)がCD38を発現したことを実証する。しかしながら、ダラツムマブで処理したこれらの同じ共培養物では、CD38+T細胞及びpbNK細胞の割合の実質的な減少が観察された(それぞれ、図19Aでは52%まで、図19Bでは16%まで低下)。代表的なフロープロットに示されるCD38+T細胞及びpbNK細胞の絶対数を定量し、棒グラフとしてプロットした。ダラツムマブの存在下で維持された共培養物からのCD38+T細胞数は、対照条件と比較して、検出可能なCD38+T細胞のおよそ15倍の減少を示した(図19C)。同様に、ダラツムマブ処理共培養物からのCD38+pbNK細胞数は、対照条件と比較して、検出可能なCD38+pbNK細胞のおよそ21倍の減少を示した(図19D)。まとめると、これらのデータは、CD38ノックアウトの固形腫瘍標的化骨格への組み込みが、細胞がダラツムマブで処置される場合、抗CD38mAb CAR-iT又はiNK細胞が、CD38ヌルCAR-iT又はiNK細胞を含む非アロ反応性のCD38陰性リンパ球を残しながら、CD38+T細胞及びpbNK細胞を選択的に枯渇させることを可能にすることを実証する。
加えて、ダラツムマブの存在下でhnCD16a+/CD38-iNK及びiT細胞を使用してCD38+T及びpbNK細胞を標的とする場合、CD38+細胞の枯渇は、NAD+(ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド、CD38の基質)利用可能性を増加させ、NAD+消費関連細胞死を減少させ、これは、他の利点の中でもとりわけ、免疫抑制性腫瘍微小環境においてエフェクターT及びNK細胞応答をブーストし、エフェクター細胞老化を低減することが観察された。
CD38ノックアウトを利用するための抗CD38抗体による治療は、必要な場合にのみ利用することができ、患者の状況に柔軟性を提供することにも留意されたい。
実施例6-4-1BBを標的とする同種免疫防御受容体(ADR)を装備したエフェクター細胞
リンパコンディショニングに関連する課題に対処するための代替又は追加のアプローチとして、宿主免疫細胞を選択的に標的とし、養子移入された細胞の機能活性を有意にブーストする同種免疫防御受容体(ADR)が開発された。本明細書に開示されるように、アロ反応性NK及びT細胞を含む活性化エフェクター細胞上で上方制御されるADR標的化4-1BBは、化学療法コンディショニングを必要とせずに宿主免疫細胞サブセットを枯渇させながら、免疫適格宿主系において同種異系エフェクター細胞の機能的持続性及び抗腫瘍活性をもたらすために、本明細書に構成されるような固形腫瘍標的化骨格の一部であるように採用された。
リンパコンディショニングに関連する課題に対処するための代替又は追加のアプローチとして、宿主免疫細胞を選択的に標的とし、養子移入された細胞の機能活性を有意にブーストする同種免疫防御受容体(ADR)が開発された。本明細書に開示されるように、アロ反応性NK及びT細胞を含む活性化エフェクター細胞上で上方制御されるADR標的化4-1BBは、化学療法コンディショニングを必要とせずに宿主免疫細胞サブセットを枯渇させながら、免疫適格宿主系において同種異系エフェクター細胞の機能的持続性及び抗腫瘍活性をもたらすために、本明細書に構成されるような固形腫瘍標的化骨格の一部であるように採用された。
インビトロ混合リンパ球反応(MLR)アッセイにおいて、CAR-iNK細胞(ADRあり又はなし)及びPBMCを8:1の比で共培養した。10日目の共培養を、CD3+T細胞中のCD38及び4-1BBの発現について分析し、全ての検出できる4-1BB発現がCD38+アロ反応性集団に限定されることが実証された。これは、ADR及びCD38コンディショニングの潜在的な同時使用(すなわち、抗CD38抗体が存在するCD38-エフェクター細胞)が、本出願に開示されるような固形腫瘍標的化骨格に更に組み込むことができる強化されたアロ反応性防御戦略を提供することを示す。最初の研究は、ADR修飾CAR-iNK細胞が同種拒絶に抵抗する一方で、抗CD38mAbの組み合わせで更に増強される耐久性のある抗腫瘍応答を誘発することを示唆した。
人工多能性幹細胞を、CRISPRヌクレアーゼ並びに1つ以上の意図された導入遺伝子及び位置選択的挿入のための一対のホモロジーアームを含む構築物を使用して、CD38KO、CD19-CAR、41BB-ADR、高親和性の非切断性CD16(hnCD16)、及びIL15RFの過剰発現を得るために、連続的又は同時に操作した。挿入が内因性CD38遺伝子座で行われる場合、本明細書で提供される構築物は、導入遺伝子が、CD38内因性プロモータ下又は構築物に含まれる外因性プロモータ下のいずれかで発現することを可能にする。次いで、ゲノム編集されたクローンiPSCを、本明細書で提供される方法に従って、41BB-ADR発現を伴う又は伴わない、CD19-CAR、CD38-/-、hnCD16及びIL15RFを含むエフェクター細胞に分化させた。
混合リンパ球反応(MLR)を実行して、同種異系環境における調製された派生エフェクター細胞の寿命を試験した。iNK細胞集団(41BB-ADRを有する及び有しない)は、アッセイの直前に細胞内色素(Celltrace Violet(商標)又は類似のIncucyte(商標)互換試薬)で標識されている。CAR-iNK±ADR細胞を、4:1のiNK細胞対PBMC比で共培養し、ADR+CAR-iNK細胞は、HLA-A2+PBMCに対するゲーティング図を示す代表的なFACSプロットに示されるように、機能的持続性の増強を示した(図20A)。共培養物からのiNK細胞数を、図20Bに示される指示された時点でプロットし、データをPBMCを用いずに培養したiNK細胞に対して正規化した。
別の実験において、CAR-iNK±ADR細胞を、8人のドナーからのPBMCと、2:1のiNK細胞対PBMC比で9日間共培養した。図21Aに示すように、ADR+CAR-iNK細胞は、ADRで装備していないCD19-CAR iNK細胞と比較して、アロ反応性CD3+T細胞及びCD56+NK細胞の増殖を阻害した。T細胞及びNK細胞数の定量(iNK細胞の不在下で維持されたドナーPBMCの培養物からのT細胞及びNK細胞数に対して正規化)は、ADRの発現がCD3+CD56-T細胞及びCD3-CD56+NK細胞の増殖を防止したことを示す(図21B)。CD3+T細胞中のCD38及び4-1BBの発現について分析した場合、4-1BB+T細胞の有意な枯渇が、ADR+CAR-iNK細胞の存在下で観察された(図22A)。図22Bに示されるように、CAR-iNK±ADR共培養における8人のドナー由来のCD4+及びCD8+T細胞間のCD38発現%及び4-1BB発現%の編集は、ADR装備エフェクター細胞が、CD4+及びCD8+アロ反応性T細胞サブセットの両方を選択的に標的とし、枯渇させることを更に実証する。
更に、TRAC遺伝子座にCAR(この実験では、MICA/B-CARが例示的なCARモダリティである)及びADR(本出願に記載されるようなCD3ζ又はCD3ζ1XXシグナル伝達ドメインのいずれかを含む41BB-ADRモダリティ)を含むバイシストロイック(bicistroic)構築物をノックインするように操作されたiPSCをT細胞に分化させた。続いて、得られたT細胞を、CAR及び細胞内CD3発現についてフローサイトメトリーによって分析した。示されるように、TRACによって駆動されるCAR及びADR導入遺伝子を発現するように操作されたiPSCは、コミットされたT細胞に分化することができ(図23(A))、TRACによって操作されたiPSC由来iT細胞におけるCARモダリティ及びADRモダリティの共発現は頑強である(図23(B))。ADRモダリティを発現するか又は欠くiT細胞を、同種異系T細胞と72時間共培養した。ADRで装備していないiT細胞は持続せず、同種異系T細胞の存在下で枯渇したが、ADR発現iT細胞は持続した(図24(A))。加えて、同種異系T細胞は、ADR欠損iT細胞と共培養した場合に増殖したが、ADR発現iT細胞の存在下では枯渇した(図24(B))。まとめると、これらのデータは、ADRが同種異系環境においてもiT細胞を保護し得ることを示す。
まとめると、上記インビトロデータは、活性化された末梢T細胞又はNK細胞を、それらの上方制御された4-1BBを標的とすることによって抑制し、それによって、エフェクター細胞のレシピエントにおけるこれらの活性化された末梢T細胞又はNK細胞による同種異系エフェクター細胞に対する同種拒絶反応を減少させる、同種異系エフェクター細胞による41BB-ADR発現の能力を実証する。
ADRアーム化エフェクター細胞の有効性をインビトロで評価するために、NSGマウスに約20×106個のアロ反応性T細胞を静脈内(IV)注射し、続いて24時間後(0日目)に1×105個のルシフェラーゼ化B2M KO Nalm6細胞のIV注射を行った。更に24時間後(1日目)、マウスに、ADR発現を伴う又は伴わない約3×106個のCAR-iNK細胞をIV注射し、次いで3日目及び6日目に再び注射した。ルシフェラーゼB2M KO Nalm6細胞のみ又はビヒクルのみを受けたNSGマウスを、それぞれ陽性対照及び陰性対照として使用した。アロ反応性T細胞を、製造業者のプロトコルによって示されるように、100IU/mlのIL2及びDynabeads(商標)ヒトT活性化因子CD3/CD28を用いて10日間にわたって事前にインビトロで増殖させた。総フラックスによる生物発光ベースの腫瘍定量を測定して、CAR-iNK±ADRの存在下でアロ反応性T細胞注射を受けなかったマウスと比較して、アロ反応性T細胞を受けたマウスにおける腫瘍成長をモニターした。示されるように、同種異系T細胞の不在下で、ADR-CAR-iNK及びADR+CAR-iNK細胞は、Nalm6標的に対して同様の抗腫瘍活性を有する(図25A)。同種異系T細胞の存在と比較して、ADR-CAR-iNK細胞の拒絶は、非装備エフェクター細胞の抗腫瘍制御の喪失をもたらす(図25B)。対照的に、ADR+CAR-iNK細胞は、同種異系T細胞チャレンジを伴わないマウスにおいて見られるように、同種異系T細胞の存在下で永続的な抗腫瘍制御を維持した。したがって、ADR装備エフェクター細胞は、宿主アロ反応性T細胞系の存在下で、損なわれていない腫瘍制御をインビボで示す。
実施例7-固形腫瘍標的化骨格に組み込まれたIL7受容体融合物(IL7RF)は、CAR iT細胞の減少を低減する
柔軟なリンカーを用いてIL7Rαに共有結合したIL-7サイトカインを含むIL7受容体融合タンパク質(IL7RF)を、CAR-iTの生存及び持続性を増強するために、固形腫瘍標的化骨格に組み込んだ。TRAC_HER2-CARを発現するか、又はTRAC_HER2-CAR/IL7RF及びCD38_CAG hnCD16/CXCR2を発現するかのいずれかのHER2-CAR iTを、HER2高SKOV3腫瘍細胞と、E:T比1:1で共培養した。次いで、48時間の共培養後のエフェクター細胞及び残りのCAR-iT細胞の細胞溶解有効性を、各CAR-iT構成について分析して、HER2-CARエフェクター細胞へのIL7RFの寄与を確認(accertain)した。
柔軟なリンカーを用いてIL7Rαに共有結合したIL-7サイトカインを含むIL7受容体融合タンパク質(IL7RF)を、CAR-iTの生存及び持続性を増強するために、固形腫瘍標的化骨格に組み込んだ。TRAC_HER2-CARを発現するか、又はTRAC_HER2-CAR/IL7RF及びCD38_CAG hnCD16/CXCR2を発現するかのいずれかのHER2-CAR iTを、HER2高SKOV3腫瘍細胞と、E:T比1:1で共培養した。次いで、48時間の共培養後のエフェクター細胞及び残りのCAR-iT細胞の細胞溶解有効性を、各CAR-iT構成について分析して、HER2-CARエフェクター細胞へのIL7RFの寄与を確認(accertain)した。
図26Aに示すように、両方の構成を有するCAR-iT細胞(TRAC_HER2-CAR;又はTRAC_CAR/IL7RF及びCD38_hnCD16/CXCR2)は、HER2高腫瘍細胞に対して同様の抗腫瘍有効性を示し、60~70%の同様のピーク細胞溶解有効性に達した。共培養の約48時間後、CAR-iT細胞を収集し、残りのCAR-iTを測定した。図26Bに示されるように、固形腫瘍標的化骨格中にIL7RFを含まないCAR iT細胞と比較して、実質的により多くのIL7RF発現CAR-iTがアッセイ中に残った(インプットの15%に対して60%)。これらのデータは、IL7RF発現がCAR-iT細胞の減少を制限し、標的固形腫瘍細胞による活性化後のエフェクター細胞の持続性を増強することを実証する。iPSC由来NK細胞については、CARとの共発現のためにCAR-IL15RFを使用した。
実施例8-固形腫瘍標的化骨格に組み込まれたhnCD16は、固形腫瘍関連抗原のCAR標的化を相補及び支持する
高度に発現された固形腫瘍関連抗原(TAA)の不均一性さえも、固形腫瘍における細胞免疫療法の有効な適用のための主要な障壁である。固形腫瘍抗原の多抗原標的化を可能にするために、CAR-iT細胞を、高親和性の非切断性バージョンのCD16a(hnCD16)を発現するように操作し、本明細書に開示されるような固形腫瘍標的化骨格の一部としての、hnCD16媒介性ADCCとCARとの適合性及び補充を、固形腫瘍標的化について評価した。CD38_hnCD16/CXCR2に加えて、TRAC_HER2-CAR/IL7RFを含むCAR-iT細胞及びTRAC_HER2-CAR/IL7RFを含むCAR-iT細胞をそれぞれ、SKOV3腫瘍細胞と、PDL1又はHER2を標的とする治療用抗体とともに48時間共培養し、エフェクター細胞の細胞溶解有効性をxCELLigence(商標)アッセイによってE:T比1:2で評価した。
高度に発現された固形腫瘍関連抗原(TAA)の不均一性さえも、固形腫瘍における細胞免疫療法の有効な適用のための主要な障壁である。固形腫瘍抗原の多抗原標的化を可能にするために、CAR-iT細胞を、高親和性の非切断性バージョンのCD16a(hnCD16)を発現するように操作し、本明細書に開示されるような固形腫瘍標的化骨格の一部としての、hnCD16媒介性ADCCとCARとの適合性及び補充を、固形腫瘍標的化について評価した。CD38_hnCD16/CXCR2に加えて、TRAC_HER2-CAR/IL7RFを含むCAR-iT細胞及びTRAC_HER2-CAR/IL7RFを含むCAR-iT細胞をそれぞれ、SKOV3腫瘍細胞と、PDL1又はHER2を標的とする治療用抗体とともに48時間共培養し、エフェクター細胞の細胞溶解有効性をxCELLigence(商標)アッセイによってE:T比1:2で評価した。
SKOV3腫瘍細胞上のPDL1及びHER2の表面発現を、定量的フローサイトメトリーによって決定し、アッセイしたSKOV3腫瘍細胞は、PDL1低及びHER2高であった(図27A)。図27Bに示されるように、抗PDL1(中央パネル、69%最大細胞溶解)又は抗HER2(右パネル、95%最大細胞溶解)のいずれかによるhnCD16活性化は、培地単独(左パネル、46%最大細胞溶解)又はhnCD16陰性CAR-iT細胞(16~25%最大細胞溶解)と比較して、hnCD16+CAR-iT細胞の有効性を特異的に増強した。重要なことに、細胞溶解に対するhnCD16補充の大きさは、PDL1又はHER2のいずれかの発現レベルと直接相関する。更に、図27Cに示すように、抗PDL1抗体又は抗HER2抗体の存在下及び不在下でSKOV3腫瘍細胞上で一晩活性化したhnCD16+CAR-iTによるIFNγ、IL2、及びCD107a発現(脱顆粒マーカー)は、hnCD16同時活性化が抗原発現依存的にCAR-iT細胞のエフェクター機能を増強することを更に実証した(SKOV3+hnCD16 CAR-iT:12.8%IFNγ+CD107a+;SKOV3+hnCD16 CAR-iT+抗PDL1:35.0%IFNγ+CD107a+;SKOV3+hnCD16 CAR-iT+抗HER2:51.0%IFNγ+CD107a+)。
hnCD16媒介性ADCCは、Herceptin耐性JIMT1(HER2+PDL1高)及びHER2低MDA-MB-231(HER2低PDL1高)腫瘍株に対するHER2-CAR iTの細胞溶解有効性を更に増強した(図28)。SKOV3腫瘍細胞で観察されたように、hnCD16活性化によるCAR有効性の相対的増強は、標的化された二次TAAに比例した。例えば、JIMT1及びMDA-MB-231腫瘍細胞では、CAR iT単独(それぞれ47%及び19%)と比較して、抗PDL1及びCAR iTで最大細胞溶解有効性(両方とも100%)が観察された。
次に、hnCD16/CAR相補性を反復抗原刺激アッセイにおいて評価した。簡潔に述べると、TRAC_HER2-CAR/IL7RF又はTRAC_HER2-CAR/IL7RF及びCD38_hnCD16/CXCR2を発現するHER2-CAR iTを、抗HER2抗体を伴う又は伴わないIL2の存在下で、HER2高SKOV3腫瘍細胞とE:T比1:1で共培養した。3日間の共培養後、CAR-iTを収集し、計数した後、新鮮な腫瘍標的をE:T比1:1で再播種した。CAR-iT増殖及び細胞溶解有効性を、incucyteアッセイによって決定した。図29に示されるように、CAR-iT細胞のhnCD16及びCARの同時活性化は、複数ラウンドの腫瘍チャレンジにわたって、hnCD16+CAR-iT細胞の実質的により大きな増殖をもたらし、抗HER2抗体を用いたhnCD16同時活性化の不在下でのhnCD16+CAR-iTについての9倍の増殖、及び抗HER2抗体を含む及び含まないhnCD16-CAR-iT細胞についての5~7倍の増殖と比較して、4ラウンドの腫瘍チャレンジ後に>40倍の増殖に達する。注目すべきことに、hnCD16及びCARで同時活性化されたCAR-iT細胞の細胞溶解有効性は、4ラウンドの腫瘍チャレンジの全てにわたって最大であった。要約すると、これらのデータは、本明細書に開示されるような固形腫瘍標的化骨格の構成要素として、CAR及びhnCD16活性化が、エフェクター細胞増殖及び細胞傷害性を駆動すること、並びに複数の抗原密度及び腫瘍型にわたる固形腫瘍不均一性を支持する多抗原標的化に取り組むことにおける相乗効果を伴って、適合性かつ相補的であることを実証する。
実施例9-CasMabベースのHER2-CARは、固形腫瘍標的化骨格を有するエフェクター細胞において腫瘍に対して有効かつ選択的である
キメラ抗原受容体(CAR)T細胞療法は、液性腫瘍において顕著な有効性を示しているが、固形腫瘍へのそのより広い適用は、腫瘍関連抗原(TAA)不均一性、腫瘍への非効率的なCAR-T細胞輸送、及び腫瘍微小環境に固有の免疫抑制によって妨げられている。更に、これらの障害に対処するために必要な高度に編集された(例えば、>2の導入遺伝子)初代ドナー由来CAR-T細胞の、多くの場合機能不全で不均一な収率が、それらの有効性及びより広範な臨床研究を制限してきた。したがって、任意の固形腫瘍標的化モダリティ(例えば、抗原特異的CAR、ADCC適合性mAb、BiTE、TRikE)と適合性である最適化された骨格を含む多重操作CAR-iT細胞産物の実証は、固形腫瘍適応症におけるその広範な適用のために特に重要である。本明細書で提供される最適化された骨格を含む多重操作CAR-iT細胞産物は、腫瘍に優先的に輸送する能力、腫瘍微小環境抵抗性を促進する能力、並びにインビトロ及びインビボの両方の設定において強力かつ増強された抗腫瘍活性を誘発する能力を含む、固形腫瘍において観察される一般的な障壁を克服するように特異的に設計及び調整される。加えて、そのような製品は、既製で入手可能であるように製造され得ることも実証される。
キメラ抗原受容体(CAR)T細胞療法は、液性腫瘍において顕著な有効性を示しているが、固形腫瘍へのそのより広い適用は、腫瘍関連抗原(TAA)不均一性、腫瘍への非効率的なCAR-T細胞輸送、及び腫瘍微小環境に固有の免疫抑制によって妨げられている。更に、これらの障害に対処するために必要な高度に編集された(例えば、>2の導入遺伝子)初代ドナー由来CAR-T細胞の、多くの場合機能不全で不均一な収率が、それらの有効性及びより広範な臨床研究を制限してきた。したがって、任意の固形腫瘍標的化モダリティ(例えば、抗原特異的CAR、ADCC適合性mAb、BiTE、TRikE)と適合性である最適化された骨格を含む多重操作CAR-iT細胞産物の実証は、固形腫瘍適応症におけるその広範な適用のために特に重要である。本明細書で提供される最適化された骨格を含む多重操作CAR-iT細胞産物は、腫瘍に優先的に輸送する能力、腫瘍微小環境抵抗性を促進する能力、並びにインビトロ及びインビボの両方の設定において強力かつ増強された抗腫瘍活性を誘発する能力を含む、固形腫瘍において観察される一般的な障壁を克服するように特異的に設計及び調整される。加えて、そのような製品は、既製で入手可能であるように製造され得ることも実証される。
CasMab250ベースのHER2-CARを発現するiT細胞を、TRAC_HER2-CAR/IL7RF及びCD38_hnCD16/CXCR2又はTRAC_HER2-CAR/IL7RF及びCD38_hnCD16/TGFβR2-IL12Rβのいずれかを発現するように操作されたTiPSCsから生成し、CAR標的化の有効性及び特異性を各構成について評価した。簡潔に述べると、CAR-iTを、HER2高(SKOV3)、HER2+(JIMT1)、又はHER2低(MDA-MB-231)腫瘍細胞と、E:T比2:1で共培養し、細胞溶解有効性を、上記のようにxCELLigence(商標)アッセイによって決定した。図30に示すように、CXCR2(上の列)及びTGFβR2(IL12RB)(下の列)の両方のCAR-iT構成は、(i)各特定の腫瘍標的株のHER2抗原レベルと密接に相関し、(ii)同じCARを発現した初代CAR-T細胞と比較して増強された頑強な抗HER2有効性を実証し、固形腫瘍標的化骨格のエフェクター細胞有効性への寄与を強調した。
次に、各々のセル構成におけるCasMab250-CARの抗腫瘍特異性対正常HER2特異性を評価した。TRAC_CasMab250-CAR/IL7RF及びCD38_hnCD16/CXCR2を発現するHER2-CAR iT、並びにHerceptin(4D5)由来のHER2-CARを発現する初代CAR-T細胞を、HER2+正常非腫瘍形成性細胞株MCF10a(Breast)、Met5a(Mesothelin)、及びHaCaT(Keratinocyte)と1:1のE:T比で培養し、細胞溶解有効性をxCELLigence(商標)アッセイCELLigence(商標)アッセイによってモニターした。図31に示すように、4D5ベースの初代CAR-Tは、アッセイした全てのHER2+正常細胞株を容易に標的とした。一方、CasMab250ベースのCAR iTは、MCF10a及びMet5a細胞株に対して反応性を示さず、HaCaT標的に対して限定された反応性を示した。したがって、CasMab250ベースのHER2-CARを担持する初代CAR-T及びTRAC_HER2-CAR iTは、正常HER2+細胞ではなくHER2+腫瘍細胞に特異的であることが確認された。これらのデータはまた、腫瘍関連HER2抗原に対するCasMab250ベースのCAR有効性及び選択性が、4D5をベースとするHER2-CARと比較して、主に非腫瘍HER2抗原に対して、本明細書に開示されるような固形腫瘍標的化骨格で高度に操作されたCAR-iT細胞において維持され、この骨格は更に、一般に腫瘍細胞に対する全体的なエフェクター細胞有効性に寄与し、特に固形腫瘍に対する更なる利点を有することを実証する。
実施例2に記載されるように、完全に装備された分化CAR-iT細胞を、CAR(例示的なCasMabベースのHER2標的化CARを使用する)、TRACノックアウト及びCD38ノックアウトに加えて、4つの固形腫瘍標的化骨格機能モダリティ(すなわち、TGFβリダイレクタ、CXCR2、hnCD16、及びIL7RF)を有する、TRAC_CasMab250-CAR-2A-IL7RF(CAR-iT)及びCD38_TGFβR2(IL18R)-2A-hnCD16-2A-CXCR2を発現するように逐次操作されたiPSCから生成した(以下、「最適化CAR-iT細胞」と呼ぶ)。リンパ系コミットメント(CD45高CD7高)、並びに高度かつ均質なCAR、hnCD16、TGFβ-SRR(TGFβR2-IL18Rリダイレクタ受容体をこのアッセイで使用した)、及び最適化CAR-iTのCXCR2発現を実証するフローサイトメトリーを図32に示した。
導入遺伝子の機能、適合性、相補性及び増強を実証するために、以下のアッセイを、対照としてCAR/IL7RFのTRAC操作のみを有するCAR-iTと比較して、最適化CAR-iTを用いて行った。CAR-iT中のCARは、CasMabベースのHER2-CARである。CasMab250ベースのCAR抗腫瘍細胞溶解有効性を、HER2高(OVCA、高発現卵巣上皮卵巣がん細胞株)、HER2中(BRCA;中発現乳がん細胞株)、HER2低(PCA;低発現前立腺がん細胞株)、及びHER2低(BRCA;エフェクター:低発現乳がん細胞株)腫瘍細胞について、HER2依存性腫瘍クリアランスを実証するためのxCELLigence(商標)アッセイによりエフェクター:標的比2:1で評価した。図33に示されるように、最適化CAR-iTは、複数の固形腫瘍適応症及び多様な抗原レベルの腫瘍細胞にわたって頑強なCAR依存性抗腫瘍有効性を実証した。
図34に示されるように、最適化CAR-iTにおけるCAR機能性のhnCD16相補性を、xCELLigence(商標)アッセイにより、抗EGFR(上の列)又は抗PDL1抗体(下の列)を用いて及び用いずに、低E:T比(1:1(上の列);1:2(下の列))においてHER2低(PCA)及びHER2低(BRCA)腫瘍標的並びにHER2-CAR iTを用いて評価した。最適化CAR-iTは、CAR標的化及びhnCD16媒介二次TAA依存性細胞溶解と同時活性化された場合に、細胞溶解有効性の増強を実証した。OVCA腫瘍標的(HER2高)をE:T比1:1で使用する連続再刺激Incucyteアッセイにおいて、CAR-iT及び最適化CAR-iTの細胞溶解有効性を、抗HER2抗体の存在下及び不在下で評価した。再刺激ラウンド毎に、エフェクター:標的比を、新鮮な腫瘍標的を用いてリセットした。図35に示すように、CAR媒介性抗腫瘍有効性は、固形腫瘍に対して最適化CAR-iT細胞において各ラウンドでhnCD16活性化及び治療抗体によって増強される。ラウンド4まで、最適化CAR-iT細胞のみが細胞溶解有効性を維持し、これは抗HER2抗体の存在により更に増強された。
最適化CAR-iT細胞におけるTGFβ-SRRによるTGFβシグナル伝達リダイレクションを、TGFβの存在下又は不在下での反復HER2高腫瘍標的チャレンジを用いて評価した。CAR-iT(上段)及び最適化CAR-iT(下段)細胞の細胞溶解有効性を、xCELLigence(商標)アッセイにより、複数ラウンドの腫瘍チャレンジのために、E:T比2.5:1においてOVCA腫瘍標的細胞と共培養することによって分析した。図36に示されるように、最適化CAR-iTは、CAR/IL7RFのTRAC操作のみを有するCAR-iTと比較して、持続的な細胞溶解有効性を有するエフェクター機能のTGFβ媒介性抑制に対する抵抗性を示す。
更に、組換えヒトCXCL8の連続希釈を用いたトランスウェルアッセイにおいて、最適化CAR-iTのCXCR2機能性をインビトロで評価した。図37に示されるように、最適化CAR-iT細胞は、アッセイの全期間にわたって用量依存的にCXCL8への機能的かつ特異的な遊走を示した。
最後に、最適化CAR-iT細胞の抗腫瘍有効性を、抗HER2モノクローナル抗体(mAb)トラスツズマブ(Herceptin(商標))を用いて又は用いずに、侵襲性卵巣異種移植モデルにおいてインビボで評価した。確立された卵巣異種移植片を有するNSGマウスを、示されるように、腫瘍移植後8日目に単回用量(8mg/kg)のmAbで、並びに/又は8、11及び14日目に3回用量(各1e7)の最適化CAR-iT細胞で処置した(図38A)。腫瘍体積を記録し、各個々のレシピエントについて示した。腫瘍成長阻害を、腫瘍接種後39日目に全ての群について計算した(図38B)。示されるように、最適化CAR-iTは、mAb処置なしのCAR-iT又はmAbのみの処置と比較して、Herceptinの存在下で腫瘍体積の頑強な減少及びほぼ100%の腫瘍成長阻害(TGI)を実証した(図38A及び38B)。データは、HER2-CARを含む最適化されたエフェクター細胞がHerceptinと適合性であること、すなわち、おそらく別個のHER2抗原を標的とすることによる立体障害を介した明らかな競合を有しないことを実証することに留意されたい。Herceptinは、転移性HER2+がん治療の現在の標準治療である。しかしながら、Herceptinは、抗原遮蔽、抗原下方制御、内在化の欠如、及び二量体化に対する非感受性を含むがこれらに限定されない、その関連する腫瘍耐性機構で知られている。本明細書に示されるCasMab250-CARと抗HER2抗体との適合性は、本出願に開示される多くの他のものの中でも特に、EGFR、MICA/Bなどの異なる種類の液体又は固形腫瘍抗原を標的とするADCC抗体を利用する二重標的化に加えて、HER2関連のがん及び疾患のための処置選択肢を更に提供する。
実施例10-固形腫瘍標的化骨格のインテリジェント設計は更に、効率的なその後のCAR/導入遺伝子挿入及びスクリーニングのためのサイトカインシグナルに基づく選択を提供する
一例として、iPSC由来NK細胞について、CAR-IL15RFを使用して、CARと共発現させた。IL15RFによって送達される自律的サイトカインシグナル伝達は、持続性をインビボで改善するだけでなく、細胞がサイトカイン支持とは独立してインビトロで増殖することを可能にすることも実証されている。サイトカイン支持とは独立して増殖する能力を、改変されていない細胞が不活性のままである間に改変された細胞が増殖することを可能にする選択のモデルとして更に利用した。
一例として、iPSC由来NK細胞について、CAR-IL15RFを使用して、CARと共発現させた。IL15RFによって送達される自律的サイトカインシグナル伝達は、持続性をインビボで改善するだけでなく、細胞がサイトカイン支持とは独立してインビトロで増殖することを可能にすることも実証されている。サイトカイン支持とは独立して増殖する能力を、改変されていない細胞が不活性のままである間に改変された細胞が増殖することを可能にする選択のモデルとして更に利用した。
本出願の固形腫瘍標的化骨格は、CD38遺伝子座にhnCD16-IL15RFをノックインすることによって、サイトカインシグナル伝達複合体をhnCD16と共発現させる代わりに、選択された遺伝子座においてCARをIL15RF(又はiT細胞についてはIL7RF)と共発現するように意識的に設計された。骨格におけるエレメントのこの配置は、サイトカインシグナルに基づく遺伝子編集の選択系を提供して、オフターゲット操作を排除しながら、導入遺伝子の選択における操作効率を改善する。
CD38_(TGFbRリダイレクタ、CXCR2及びADRのうちの2つ以上)-hnCD16で操作されたiPSCのマスター細胞バンク(MCB)が確立され、検証され、凍結保存される場合、操作されたMCB iPSCは、例えば、バイシストロン性構築物内で付着したIL15RFを有するCARを含む任意の標的化モダリティを後に挿入するための資源及び出発点として繰り返し使用することができる。CAR挿入についてのスクリーニングにおいて、培養においてセレクターとして作用するIL15RFを用いて、サイトカイン非依存性は、導入遺伝子陽性細胞の増殖をもたらす。培養中の改変された細胞のこのような増殖は、ソーティングの必要性を軽減し、これは、予め組み立てられた腫瘍標的化骨格を有する多数のCAR陽性細胞についてのスクリーニングスループット及び規模を増加させ、各CAR及びCAR細胞産物は、1つ又はセットの腫瘍適応症に関連する抗原に対する異なる結合特異性を有する。
トランスジーン-2A-IL15RF、特に、増殖及び/又は生存を駆動することが知られている様々なアルファ鎖から設計された融合受容体に加えて、共通のIL2ベータ及びガンマ鎖を介して作用するサイトカイン受容体サブユニットの融合受容体の観察及び適用に基づいて、サイトカインを使用しない生存差の拡大を介して改変された細胞の選択を可能にする他の受容体融合設計も考えられる。
当業者は、本明細書に記載の方法、組成物、及び製品が例示的な実施形態の代表であり、本発明の範囲に対する限定として意図されていないことを容易に理解するであろう。本発明の範囲及び趣旨から逸脱することなく、本明細書に開示された本開示に対して様々な置換及び修正を行うことができることは、当業者には容易に明らかであろう。
本明細書で言及される全ての特許及び刊行物は、本開示が関係する当業者の技術水準を示している。全ての特許及び刊行物は、個々の刊行物が参照により組み込まれるものとして具体的かつ個別に示されたかのように、参照により本明細書に組み込まれる。
本明細書に例示的に記載された本開示は、本明細書に具体的に開示されていない任意の1つ又は複数の要素、限定又は複数の限定がなくても実施することができる。したがって、例えば、本明細書の各例において、「含む」、「から本質的になる」、及び「からなる」という用語はいずれも、他の2つの用語のいずれかに置き換えることができる。使用されている用語及び表現は、限定ではなく説明の用語として使用されており、そのような用語及び表現の使用において、示され説明された特徴又はその一部のいずれかの同等物を除外する意図はなく、そうではなくて特許請求される本開示の範囲内で様々な修正が可能であると認識される。したがって、本開示は、好ましい実施形態及び任意選択の特質によって具体的に開示されているが、本明細書で開示される概念の修正及び変形は、当業者によって想到されてもよく、そのような修正及び変形は、添付の特許請求の範囲によって定義される本発明の範囲内である。
Claims (89)
- 細胞又はその集団であって、
(i)前記細胞が、(a)免疫細胞、(b)人工多能性細胞(iPSC)、又は(c)前記iPSCを分化させることから得られた派生エフェクター細胞であり、
(ii)前記細胞が、固形腫瘍標的化骨格を含み、前記固形腫瘍標的化骨格が、
(a)C-X-Cモチーフケモカイン受容体又はそのバリアントをコードするポリヌクレオチド、
(b)形質転換成長因子ベータ受容体(TGFβR)の細胞外ドメイン(ECD)の部分的な又は完全なペプチドを含むTGFβシグナル伝達リダイレクタ受容体(TGFβ-SRR)をコードするポリヌクレオチド、
及び(c)同種免疫防御受容体(ADR)をコードするポリヌクレオチド、のうちの2つ以上を含む、細胞又はその集団。 - 前記細胞が、前記固形腫瘍標的化骨格を含まない対応する細胞と比較して、固形腫瘍における改善された輸送、腫瘍微小環境(TME)耐性、及び/又はアロ反応性耐性を有する、請求項1に記載の細胞又はその集団。
- 前記固形腫瘍標的化骨格が、
(i)CD38ノックアウトと、
(ii)外因性CD16又はそのバリアントをコードするポリヌクレオチドと、
(iii)細胞表面発現外因性サイトカイン及び/又はその受容体の部分的な又は完全なペプチドを含むサイトカインシグナル伝達複合体をコードするポリヌクレオチドと、を更に含む、請求項1に記載の細胞又はその集団。 - 前記細胞が、
(i)キメラ抗原受容体(CAR)、
(ii)HLA-I欠損及び/若しくはHLA-II欠損、
(iii)HLA-G若しくは非切断性HLA-Gの導入、
(iv)B2M、CIITA、TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、RFXANK、RFX5、RFXAP、TCR、NKG2A、NKG2D、CD25、CD44、CD54、CD56、CD58、CD69、CIS、CBL-B、SOCS2、PD1、CTLA4、LAG3、TIM3、及びTIGITのうちの最も少ない1つの破壊、
(v)HLA-E、4-1BBL、CD3、CD4、CD8、CD47、CD113、CD131、CD137、CD80、PDL1、A2AR、抗原特異的TCR、キメラ融合受容体(CFR)、Fc受容体、抗体若しくはその機能的バリアント若しくは断片、チェックポイント阻害剤、エンゲージャ、及びアゴニストとカップリングするための表面トリガー受容体のうちの少なくとも1つの導入、又は
(vi)表4に列挙された遺伝子型のうちの少なくとも1つ、のうちの1つ以上を更に含む、請求項1に記載の細胞又はその集団。 - 前記C-X-Cモチーフケモカイン受容体が、CXCR2又はCXCR3を含む、請求項1に記載の細胞又はその集団。
- 前記TGFβ-SRRが、IL2R、IL12R、IL18R、IL21R、又はそれらの任意の組み合わせを含むサイトカイン受容体の細胞内ドメイン(ICD)の部分的な又は完全なペプチドを更に含む、請求項1に記載の細胞又はその集団。
- (a)前記サイトカイン受容体がIL2Rβであり、それによって、TGFβR2-IL2Rβリダイレクタ受容体を形成し、IL2Rβの細胞内ドメイン(ICD)が配列番号11によって表されるアミノ酸配列を含むか、又は
(b)前記サイトカイン受容体がIL12Rβであり、それによって、TGFβR2-IL12Rβリダイレクタ受容体を形成し、IL12Rβの細胞内ドメイン(ICD)が、配列番号12若しくは配列番号13によって表されるアミノ酸配列を含むか、又は
(c)前記サイトカイン受容体がIL18Rβであり、それによって、TGFβR2-IL18Rβリダイレクタ受容体を形成し、IL18Rβの細胞内ドメイン(ICD)が配列番号14によって表されるアミノ酸配列を含むか、又は
(d)前記サイトカイン受容体がIL21Rであり、それによって、TGFβR2-IL21Rリダイレクタ受容体を形成し、IL21Rβの細胞内ドメイン(ICD)が配列番号15によって表されるアミノ酸配列を含むか、又は
(e)TGFβRの細胞外ドメイン(ECD)が、配列番号10によって表されるアミノ酸配列を含む、請求項6に記載の細胞又はその集団。 - 前記サイトカイン受容体が、配列番号16によって表される配列に対して少なくとも80%、85%、90%、95%、又は97%、98%、又は99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むTGFβR2-trIL12Rβリダイレクタ受容体を形成するIL2Rβの断片であり、配列番号16に含まれる配列番号17によって表されるアミノ酸配列が、可変である、請求項6に記載の細胞又はその集団。
- 前記ADRが、4-1BB又はCD38に特異的である、請求項1に記載の細胞又はその集団。
- 前記固形腫瘍標的化骨格の2つ以上のポリヌクレオチドが、CD38をノックアウトするために内因性CD38遺伝子座に挿入される、請求項1に記載の細胞又はその集団。
- 前記外因性CD16又はそのバリアントをコードする前記ポリヌクレオチド、及び前記固形腫瘍標的化骨格の2つ以上のポリヌクレオチドが、トリシストロン性構築物内で共発現される、請求項3に記載の細胞又はその集団。
- 前記外因性CD16又はそのバリアントが、
(a)高親和性の非切断性CD16(hnCD16)、
(b)CD16の外部ドメインドメインにおけるF176V及びS197P、
(c)CD64に由来する完全な又は部分的な外部ドメイン、
(d)非天然(又は非CD16)の膜貫通ドメイン、
(e)非天然(又は非CD16)の細胞内ドメイン、
(f)非天然(又は非CD16)のシグナル伝達ドメイン、
(g)非天然の刺激ドメイン、並びに
(h)CD16に由来せず、かつ同じ又は異なるポリペプチドに由来する膜貫通ドメイン、シグナル伝達ドメイン、及び刺激ドメイン、のうちの少なくとも1つを含む、請求項3に記載の細胞又はその集団。 - 前記細胞が、前記サイトカインシグナル伝達複合体を更に含み、前記サイトカインシグナル伝達複合体が、
(a)IL2、IL4、IL6、IL7、IL9、IL10、IL11、IL12、IL15、IL18、IL21、若しくはそれらのそれぞれの受容体のうちの少なくとも1つを含む細胞表面発現外因性サイトカイン若しくはその受容体の部分的な若しくは完全なペプチド、又は
(b)
(i)自己切断ペプチドを間に挟んだIL15とIL15Rαとの共発現、
(ii)IL15とIL15Rαとの融合タンパク質、
(iii)IL15Rαの細胞内ドメインが短縮されたIL15/IL15Rα融合タンパク質、
(iv)IL15とIL15Rαの膜結合Sushiドメインとの融合タンパク質、
(v)IL15とIL15Rβとの融合タンパク質、
(vi)IL15と共通受容体γCとの融合タンパク質であって、前記共通受容体γCが、天然であるか若しくは改変されている、融合タンパク質、及び
(vii)IL15Rβのホモ二量体、のうちの少なくとも1つであって、
(b)(i)~(vii)のうちのいずれか1つが、別個の構築物内で、若しくはバイシストロン性構築物内で、CARと共発現され得る、少なくとも1つ、又は
(c)
(i)IL7とIL7Rαとの融合タンパク質、
(ii)IL7と共通受容体γCとの融合タンパク質であって、前記共通受容体γCが、天然であるか若しくは改変されている、融合タンパク質、及び
(iii)IL7Rβのホモ二量体、のうちの少なくとも1つであって、(c)(i)~(iii)のうちのいずれか1つが、任意選択で、別個の構築物内で、若しくはバイシストロン性発現カセット内で、CARと共発現される、少なくとも1つ、を含み、
任意選択で、
(d)一過的に発現される、請求項3に記載の細胞又はその集団。 - 前記細胞がCARを更に含み、前記CARが、
(i)T細胞特異的若しくはNK細胞特異的なもの、
(ii)二重特異性抗原結合CAR、
(iii)切り替え可能なCAR、
(iv)二量体化されたCAR、
(v)スプリットCAR、
(vi)多重鎖CAR、
(vii)誘導性CAR、
(viii)別のCARと共発現されたもの、
(ix)バイシストロン性構築物内で、前記サイトカインシグナル伝達複合体と共発現されたもの、
(x)任意選択で別個の構築物内で、若しくはバイシストロン性構築物内で、チェックポイント阻害剤と共発現されたもの、
(xi)CD19、B7H3、BCMA、CD20、CD22、CD38、CD123、CD79b、CD52、EGFR、EGP2/EpCAM、GD2、GPRC5D、HER2、KLK2、MICA/B、MSLN、VEGF-R2、PSMA、及びPDL1を含む少なくとも1つの腫瘍関連抗原に特異的なもの、並びに/又は
(xii)ADGRE2、炭酸脱水酵素IX(CAIX)、CCR1、CCR4、がん胎児性抗原(CEA)、CD3、CD5、CD7、CD8、CD10、CD20、CD22、CD30、CD33、CD34、CD38、CD41、CD44、CD44V6、CD49f、CD56、CD70、CD74、CD99、CD123、CD133、CD138、CDS、CLEC12A、サイトメガロウイルス(CMV)感染細胞の抗原、上皮糖タンパク質-2(EGP-2)、上皮糖タンパク質-40(EGP-40)、上皮細胞接着分子(EpCAM)、EGFRvIII、受容体チロシンタンパク質キナーゼerb-B2、3、4、EGFIR、EGFR-VIII、ERBB葉酸結合タンパク質(FBP)、胎児のアセチルコリン受容体(AChR)、葉酸受容体-α、ガングリオシドG2(GD2)、ガングリオシドG3(GD3)、ヒト上皮増殖因子受容体2(HER2)、ヒトテロメラーゼ逆転写酵素(hTERT)、ICAM-1、インテグリンB7、インターロイキン-13受容体サブユニットアルファ-2(IL-13Rα2)、κ-軽鎖、キナーゼ挿入ドメイン受容体(KDR)、ルイスA(CA19.9)、ルイスY(LeY)、L1細胞接着分子(L1-CAM)、LILRB2、黒色腫抗原ファミリーA1(MAGE-A1)、MICA/B、ムチン1(Muc-1)、ムチン16(Muc-16)、メソセリン(MSLN)、NKCSI、NKG2Dリガンド、c-Met、がん-精巣抗原NY-ESO-1、腫瘍胎児性抗原(h5T4)、PRAME、前立腺幹細胞抗原(PSCA)、PRAME前立腺特異的膜抗原(PSMA)、腫瘍関連糖タンパク質72(TAG-72)、TIM-3、TRBCI、TRBC2、血管内皮成長因子R2(VEGF-R2)、ウィルムス腫瘍タンパク質(WT-1)、及び病原体抗原を含む少なくとも1つの腫瘍関連抗原に特異的なもの、であり、任意選択で、
前記(i)~(xii)のうちのいずれか1つのCARが、TCR遺伝子座に挿入されている、及び/又は前記TCRの内因性プロモータによって駆動されている、かつ/あるいは前記TCRが、前記CAR挿入によってノックアウトされている、請求項4に記載の細胞又はその集団。 - 前記TCR遺伝子座が、TCRアルファ及び/又はTCRベータの定常領域であり、任意選択で、前記CARが、TCRの内因性プロモータに作動可能に連結されている、請求項14に記載の細胞又はその集団。
- 前記CARが、
(a)腫瘍関連抗原に特異的な抗原結合ドメインを含む外部ドメインと、
(b)膜貫通ドメインと、
(c)少なくとも1つのシグナル伝達ドメインを含む内部ドメインと、を含み、
前記少なくとも1つのシグナル伝達ドメインが、前記腫瘍関連抗原への前記CARの結合に特異的に応答し、それによって、がん抗原特異的応答を生成する、請求項14に記載の細胞又はその集団。 - 前記少なくとも1つのシグナル伝達ドメインが、
(a)2B4(ナチュラルキラー細胞受容体2B4)、4-1BB(腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー9)、CD28(T細胞特異的表面糖タンパク質CD28)、CD3ζ(T細胞表面糖タンパク質CD3ゼータ鎖)、DAP10(造血細胞シグナル伝達物質)、DAP12(TYROタンパク質チロシンキナーゼ結合タンパク質)、DNAM1(CD226抗原)、FcERIγ(高親和性免疫グロブリンイプシロン受容体サブユニットガンマ)、IL21R(インターロイキン-21受容体)、IL2Rβ/IL15Rβ(インターロイキン-2受容体サブユニットベータ)、IL2Rγ(サイトカイン受容体共通サブユニットガンマ)、IL-7R(インターロイキン-7受容体サブユニットアルファ)、KIR2DS2(キラー細胞免疫グロブリン様受容体2DS2)、NKG2D(NKG2-D II型内因性膜タンパク質)、NKp30(天然細胞傷害トリガー受容体3)、NKp44(天然細胞傷害トリガー受容体2)、NKp46(天然細胞傷害トリガー受容体1)、CS1(SLAMファミリーメンバー7)、及びCD8(T細胞表面糖タンパク質CD8アルファ鎖)のうちのいずれか1つ、
(b)それぞれ配列番号54~76によって表される、2B4、41BB、CD16、CD2、CD28、CD28H、CD3ζ、DAP10、DAP12、DNAM1、FcERIγ、IL21R、IL2Rβ(IL15Rβ)、IL2Rγ、IL7R、KIR2DS2、NKG2D、NKp30、NKp44、NKp46、CD3ζ1XX、CS1、若しくはCD8の細胞質ドメイン若しくはその一部分に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、若しくは約99%の同一性を有するアミノ酸配列、並びに/又は
(c)2B4、CD28、CD3ζ、DAP10、NKG2D、CD3ζ、CD3ζ1XX、DNAM1、CS1、若しくはそれらの組み合わせの前記細胞質ドメイン若しくはその一部分に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、若しくは約99%の同一性を有するアミノ酸配列、を含む、請求項16に記載の細胞又はその集団。 - 前記内部ドメインが、2つの異なるシグナル伝達ドメインを含み、前記内部ドメインドメインが、以下の形態:CD28-CD3ζ、CD28-CD3ζ1XX、41BB-CD3ζ、41BB-CD3ζ1XX、2B4-CD3ζ、及び2B4-CD3ζ1XXのうちのいずれか1つの融合細胞質ドメイン又はその一部分を含む、請求項16に記載の細胞又はその集団。
- 前記膜貫通ドメインが、CD2、CD3δ、CD3ε、CD3γ、CD3ζ、CD4、CD8、CD8a、CD8b、CD16、CD27、CD28、CD28H、CD40、CD84、CD166、4-1BB、OX40、ICOS、ICAM-1、CTLA4、PD1、LAG3、2B4、BTLA、DNAM1、DAP10、DAP12、FcERIγ、IL7、IL12、IL15、KIR2DL4、KIR2DS1、KIR2DS2、NKp30、NKp44、NKp46、NKG2C、NKG2D、CS1、又はT細胞受容体ポリペプチドの膜貫通領域又はその一部分に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%の同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項16に記載の細胞又はその集団。
- 前記膜貫通ドメインが、それぞれ配列番号32~53によって表される2B4、CD2、CD16、CD28、CD28H、CD3ζ、DAP10、DAP12、DNAM1、FcERIγ、KIR2DS2、NKG2D、NKp30、NKp44、NKp46、CS1、若しくはCD8の膜貫通領域又はその一部分に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%の同一性を有するアミノ酸配列、請求項16に記載の細胞又はその集団。
- 前記膜貫通ドメイン及びその直接連結されたシグナル伝達ドメインが、同じタンパク質由来又は異なるタンパク質由来である、請求項16に記載の細胞又はその集団。
- 前記腫瘍関連抗原がHER2を含み、前記CARが、
(a)HER2(ヒト上皮増殖因子受容体2)抗原を認識する抗原結合ドメインを含む外部ドメインであって、前記抗原結合ドメインが、
(i)配列番号103を含む重鎖相補性決定領域1(H-CDR1)、配列番号104を含む重鎖相補性決定領域2(H-CDR2)、及び配列番号105を含む重鎖相補性決定領域3(H-CDR3)を含む重鎖可変(VH)ドメイン、並びに、任意選択で、
(ii)配列番号106を含む軽鎖相補性決定領域1(L-CDR1)、配列番号107を含む軽鎖相補性決定領域2(L-CDR2)、及び配列番号108を含む軽鎖相補性決定領域3(L-CDR3)を含む軽鎖可変(VL)ドメイン、を含む、外部ドメインと、
(b)膜貫通ドメインと、
(c)少なくとも1つのシグナル伝達ドメインを含む内部ドメインと、を含み、
前記少なくとも1つのシグナル伝達ドメインが、がん細胞上に発現されるHER2抗原への前記CARの結合に特異的に応答し、それによって、がん抗原特異的応答を生成する、請求項16に記載の細胞又はその集団。 - 前記CARの前記抗原結合ドメインが、
(a)配列番号109に対して少なくとも80%の配列同一性を有するVHドメインを含む、
(b)配列番号110に対して少なくとも80%の配列同一性を有するVLドメインを含む、
(c)VH-リンカー-VL又はVL-リンカー-VHを含む一本鎖可変断片(scFV)を含み、前記リンカーは、長さ及び配列が異なり、任意選択で、前記リンカーが、配列番号111~114に対して少なくとも80%の配列同一性を有する、
(d)配列番号115若しくは配列番号116に対して少なくとも約99%、約98%、約96%、約95%、約90%、約85%、若しくは約80%同一のアミノ酸配列によって表されるscFVを含み、配列番号115及び116の各々は、長さ及び配列が異なるリンカーを含む、並びに/又は
(e)ヒト化されている、請求項22に記載の細胞又はその集団。 - 前記外部ドメインが、
(a)シグナルペプチド、及び/又は、
(b)スペーサー/ヒンジ、のうちの1つ以上を含む、請求項22に記載の細胞又はその集団。 - 前記スペーサー/ヒンジが、
(a)IgG4スペーサー、CD28スペーサー、CD8スペーサー、CH3スペーサー、CH2/CH3スペーサー、若しくはそれらの任意の組み合わせ、
(b)約10個~約80個のアミノ酸の短いスペーサー、80個超~約180個のアミノ酸の中程度のスペーサー、若しくは180個超のアミノ酸の長いスペーサー、及び/又は
(c)配列番号96~100のうちのいずれかと少なくとも約80%、約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%同一のアミノ酸配列を含む、請求項24に記載の細胞又はその集団。 - 前記スペーサー/ヒンジが、中程度のスペーサーを含み、前記スペーサーが、配列番号99と少なくとも約80%、約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%同一のアミノ酸配列を含む、請求項25に記載の細胞又はその集団。
- 前記CARが、配列番号117と少なくとも約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%同一のアミノ酸配列を含む、請求項25に記載の細胞又はその集団。
- 前記がん細胞が、乳がん細胞、卵巣がん細胞、子宮内膜がん細胞、肺がん細胞、食道がん細胞、唾液腺がん細胞、膀胱がん細胞、胃がん細胞、結腸直腸がん細胞、又は頭頸部がん細胞である、請求項22に記載の細胞又はその集団。
- (i)前記iPSCが、クローンiPSC、単一細胞解離iPSC、iPSC細胞株細胞、又はiPSCマスター細胞バンク(MCB)細胞であるか、あるいは、(ii)派生細胞が、派生CD34+細胞、派生造血幹前駆細胞、派生造血多能性前駆細胞、派生T細胞前駆体、派生NK細胞前駆体、派生T系統細胞、派生NKT系統細胞、派生NK系統細胞、又は派生B系統細胞を含むか、あるいは、(iii)前記派生細胞が、対応する初代T、NK、NKT、及び/又はB細胞には存在しない1つ以上の機能的特質を有する派生エフェクター細胞を含む、請求項1に記載の細胞又はその集団。
- 前記派生細胞が、同じ遺伝子編集を備えていない末梢血、臍帯血、又は任意の他のドナー組織から得られたその対応する初代細胞と比較して、
(i)増加された細胞傷害性、
(ii)改善された持続性及び/又は生存率、
(iii)腫瘍部位にバイスタンダー免疫細胞を遊走させる、及び/又は活性化させる、若しくは動員する増強された能力、
(iv)改善された腫瘍浸潤、
(v)腫瘍免疫抑制を低下させる増強された能力、
(vi)腫瘍抗原エスケープを救済する改善された能力、
(vii)制御されたアポトーシス、
(viii)増強又は獲得されたADCC、並びに
(ix)フラトリサイドを回避する能力、
のうちの1つ以上を含む治療特性を有する、請求項29に記載の細胞又はその集団。 - 前記細胞が、NK系統細胞又はT系統細胞であり、
(i)前記NK系統細胞又は前記T系統細胞が、腫瘍部位における改善された浸潤及び/又は保持を有するか、
(ii)前記NK系統細胞が、T細胞を腫瘍部位に動員し、かつ/又は遊走させることができるか、又は
(iii)前記NK系統細胞又は前記T系統細胞が、1つ以上のチェックポイント阻害剤の存在下で腫瘍免疫抑制を低減することができる、請求項29に記載の細胞又はその集団。 - 細胞又はその集団であって、
(i)前記細胞が、(a)免疫細胞、(b)人工多能性細胞(iPSC)、又は(c)前記iPSCを分化させることから得られた派生エフェクター細胞であり、
(ii)前記細胞がキメラ抗原受容体(CAR)を含み、前記キメラ抗原受容体(CAR)が、
(a)HER2(ヒト上皮増殖因子受容体2)抗原を認識する抗原結合ドメインを含む外部ドメインであって、前記抗原結合ドメインが、
(1)配列番号103を含む重鎖相補性決定領域1(H-CDR1)、配列番号104を含む重鎖相補性決定領域2(H-CDR2)、及び配列番号105を含む重鎖相補性決定領域3(H-CDR3)を含む重鎖可変(VH)ドメイン、並びに
(2)配列番号106を含む軽鎖相補性決定領域1(L-CDR1)、配列番号107を含む軽鎖相補性決定領域2(L-CDR2)、及び配列番号108を含む軽鎖相補性決定領域3(L-CDR3)を含む軽鎖可変(VL)ドメイン、を含む、外部ドメインと、
(b)膜貫通ドメインと、
(c)少なくとも1つのシグナル伝達ドメインを含む内部ドメインと、を含み、
前記少なくとも1つのシグナル伝達ドメインが、がん細胞上に発現されるHER2抗原への前記CARの結合に特異的に応答し、それによって、がん抗原特異的応答を生成する、細胞又はその集団。 - 前記抗原結合ドメインが、
(a)配列番号109に対して少なくとも80%の配列同一性を有するVHドメインを含む、
(b)配列番号110に対して少なくとも80%の配列同一性を有するVLドメインを含む、
(c)VH-リンカー-VL又はVL-リンカー-VHを含む一本鎖可変断片(scFV)を含み、前記リンカーは、長さ及び配列が異なり、任意選択で、前記リンカーが、配列番号111~114に対して少なくとも80%の配列同一性を有する、
(d)配列番号115若しくは配列番号116に対して少なくとも約99%、約98%、約96%、約95%、約90%、約85%、若しくは約80%同一のアミノ酸配列によって表されるscFVを含み、配列番号115及び116の各々は、長さ及び配列が異なるリンカーを含む、並びに/又は
(e)ヒト化されている、請求項32に記載の細胞又はその集団。 - 前記少なくとも1つのシグナル伝達ドメインが、
(a)2B4(ナチュラルキラー細胞受容体2B4)、4-1BB(腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー9)、CD16(IgG Fc領域受容体III-A)、CD2(T細胞表面抗原CD2)、CD28(T細胞特異的表面糖タンパク質CD28)、CD28H(膜貫通及び免疫グロブリンドメイン含有タンパク質2)、CD3ζ(T細胞表面糖タンパク質CD3ゼータ鎖)、DAP10(造血細胞シグナル伝達物質)、DAP12(TYROタンパク質チロシンキナーゼ結合タンパク質)、DNAM1(CD226抗原)、FcERIγ(高親和性免疫グロブリンイプシロン受容体サブユニットガンマ)、IL21R(インターロイキン-21受容体)、IL-2Rβ/IL-15Rβ(インターロイキン-2受容体サブユニットベータ)、IL-2Rγ(サイトカイン受容体共通サブユニットガンマ)、IL-7R(インターロイキン-7受容体サブユニットアルファ)、KIR2DS2(キラー細胞免疫グロブリン様受容体2DS2)、NKG2D(NKG2-D II型内在性膜タンパク質)、NKp30(天然細胞傷害トリガー受容体3)、NKp44(天然細胞傷害トリガー受容体2)、NKp46(天然細胞傷害トリガー受容体1)、CS1(SLAMファミリーメンバー7)、及びCD8(T細胞表面糖タンパク質CD8アルファ鎖)のうちのいずれか1つ、
(b)それぞれ配列番号54~76によって表される、2B4、4-1BB、CD16、CD2、CD28、CD28H、CD3ζ、CD3ζ1XX、DAP10、DAP12、DNAM1、FcERIγ、IL21R、IL2Rβ(IL15Rβ)、IL2Rγ、IL7R、KIR2DS2、NKG2D、NKp30、NKp44、NKp46、CS1、若しくはCD8の細胞質ドメイン若しくはその一部分に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、若しくは約99%の同一性を有するアミノ酸配列、並びに/又は
(c)2B4、CD28、CD3ζ、DAP10、NKG2D、CD3ζ1XX、DNAM1、CS1、若しくはそれらの組み合わせの前記細胞質ドメイン若しくはその一部分に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、若しくは約99%の同一性を有するアミノ酸配列、を含む、請求項32に記載の細胞又はその集団。 - 前記内部ドメインが、2つの異なるシグナル伝達ドメインを含み、前記内部ドメインドメインが、以下の形態:2B4-CD3ζ/1XX、2B4-DNAM1、2B4-FcERIγ、2B4-DAP10、CD16-DNAM1、CD16-DAP10、CD16-DAP12、CD2-CD3ζ/1XX、CD2-DNAM1、CD2-FcERIγ、CD2-DAP10、CD28-DNAM1、CD28-FcERIγ、CD28-DAP10、CD28-DAP12、CD28-CD3ζ/1XX、CD28H-CD3ζ/1XX、DAP10-CD3ζ/1XX、DAP10-DAP12、DAP12-CD3ζ/1XX、DAP12-DAP10、DNAM1-CD3ζ/1XX、KIR2DS2-CD3ζ/1XX、KIR2DS2-DAP10、KIR2DS2-2B4、若しくはNKp46-2B4のうちのいずれか1つの融合細胞質ドメイン又はその一部分を含む、請求項34に記載の細胞又はその集団。
- 前記膜貫通ドメインが、
(a)CD2、CD3δ、CD3ε、CD3γ、CD3ζ、CD4、CD8、CD8a、CD8b、CD16、CD27、CD28、CD28H、CD40、CD84、CD166、4-1BB、OX40、ICOS、ICAM-1、CTLA4、PD1、LAG3、2B4、BTLA、DNAM1、DAP10、DAP12、FcERIγ、IL7、IL12、IL15、KIR2DL4、KIR2DS1、KIR2DS2、NKp30、NKp44、NKp46、NKG2C、NKG2D、CS1、若しくはT細胞受容体ポリペプチド、
(b)2B4、CD2、CD16、CD28、CD28H、CD3ζ、DAP10、DAP12、DNAM1、FcERIγ、KIR2DS2、NKG2D、NKp30、NKp44、NKp46、CS1、若しくはCD8、又は
(c)2B4、CD28、CD28H、DAP10、DNAM1、KIR2DS2、及びNKG2D、の膜貫通領域又はその一部分に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%の同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項32に記載の細胞又はその集団。 - 前記膜貫通ドメイン及びその直接連結されたシグナル伝達ドメインが、同じタンパク質由来又は異なるタンパク質由来である、請求項32に記載の細胞又はその集団。
- 前記外部ドメインが、
(a)シグナルペプチド、及び/又は、
(b)スペーサー/ヒンジ、のうちの1つ以上を含む、請求項32に記載の細胞又はその集団。 - 前記スペーサー/ヒンジが、
(a)IgG4スペーサー、CD28スペーサー、CD8スペーサー、CH3スペーサー、CH2/CH3スペーサー、若しくはそれらの任意の組み合わせ、
(b)約10個~約80個のアミノ酸の短いスペーサー、80個超~約180個のアミノ酸の中程度のスペーサー、若しくは180個超のアミノ酸の長いスペーサー、及び/又は
(c)配列番号96~100のうちのいずれかと少なくとも約80%、約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%同一のアミノ酸配列を含む、請求項38に記載の細胞又はその集団。 - 前記スペーサー/ヒンジが、中程度のスペーサーを含み、前記スペーサーが、配列番号99と少なくとも約80%、約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%同一のアミノ酸配列を含む、請求項39に記載の細胞又はその集団。
- 前記CARが、配列番号117と少なくとも約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%同一のアミノ酸配列を含む、請求項32に記載の細胞又はその集団。
- (a)C-X-Cモチーフケモカイン受容体又はそのバリアントをコードするポリヌクレオチド、
(b)形質転換成長因子ベータ受容体(TGFβR)の細胞外ドメイン(ECD)の部分的な又は完全なペプチドを含むTGFβシグナル伝達リダイレクタ受容体(TGFβ-SRR)をコードするポリヌクレオチド、
及び(c)同種免疫防御受容体(ADR)をコードするポリヌクレオチド、のうちの少なくとも1つを含む固形腫瘍標的化骨格を更に含む、請求項32に記載の細胞又はその集団。 - 前記固形腫瘍標的化骨格が、
(i)CD38ノックアウト、
(ii)外因性CD16又はそのバリアントをコードするポリヌクレオチドと、
(iii)細胞表面発現外因性サイトカイン及び/又はその受容体の部分的な又は完全なペプチドを含むサイトカインシグナル伝達複合体をコードするポリヌクレオチドと、を更に含む、請求項42に記載の細胞又はその集団、 - 前記細胞が、
(i)HLA-I欠損及び/若しくはHLA-II欠損、
(ii)HLA-G若しくは非切断性HLA-Gの導入、
(iii)B2M、CIITA、TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、RFXANK、RFX5、RFXAP、TCR、NKG2A、NKG2D、CD25、CD44、CD54、CD56、CD58、CD69、CIS、CBL-B、SOCS2、PD1、CTLA4、LAG3、TIM3、及びTIGITのうちの最も少ない1つの破壊、
(iv)HLA-E、4-1BBL、CD3、CD4、CD8、CD47、CD113、CD131、CD137、CD80、PDL1、A2AR、抗原特異的TCR、キメラ融合受容体(CFR)、Fc受容体、抗体若しくはその機能的バリアント若しくは断片、チェックポイント阻害剤、エンゲージャ、及びアゴニストとカップリングするための表面トリガー受容体のうちの少なくとも1つの導入、又は
(v)表4に列挙された遺伝子型のうちの少なくとも1つ、のうちの1つ以上を更に含む、請求項32に記載の細胞又はその集団。 - 前記C-X-Cモチーフケモカイン受容体が、CXCR2又はCXCR3を含む、請求項42に記載の細胞又はその集団。
- 前記TGFβ-SRRが、IL2R、IL12R、IL18R、IL21R、又はそれらの任意の組み合わせを含むサイトカイン受容体の細胞内ドメイン(ICD)の部分的な又は完全なペプチドを更に含む、請求項42に記載の細胞又はその集団。
- (a)前記サイトカイン受容体がIL2Rβであり、それによって、TGFβR2-IL2Rβリダイレクタ受容体を形成し、IL2Rβの細胞内ドメイン(ICD)が配列番号11によって表されるアミノ酸配列を含むか、又は
(b)前記サイトカイン受容体がIL12Rβであり、それによって、TGFβR2-IL12Rβリダイレクタ受容体を形成し、IL12Rβの細胞内ドメイン(ICD)が、配列番号12若しくは配列番号13によって表されるアミノ酸配列を含むか、又は
(c)前記サイトカイン受容体がIL18Rβであり、それによって、TGFβR2-IL18Rβリダイレクタ受容体を形成し、IL18Rβの細胞内ドメイン(ICD)が配列番号14によって表されるアミノ酸配列を含むか、又は
(d)前記サイトカイン受容体がIL21Rであり、それによって、TGFβR2-IL21Rリダイレクタ受容体を形成し、IL21Rβの細胞内ドメイン(ICD)が配列番号15によって表されるアミノ酸配列を含むか、又は
(e)TGFβRの細胞外ドメイン(ECD)が、配列番号10によって表されるアミノ酸配列を含む、請求項46に記載の細胞又はその集団。 - 前記サイトカイン受容体が、配列番号16によって表される配列に対して少なくとも80%、85%、90%、95%、又は97%、98%、又は99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むTGFβR2-trIL12Rβリダイレクタ受容体を形成するIL2Rβの断片であり、配列番号16に含まれる配列番号17によって表されるアミノ酸配列が、可変である、請求項46に記載の細胞又はその集団。
- 前記ADRが、4-1BB又はCD38に特異的である、請求項42に記載の細胞又はその集団。
- 前記固形腫瘍標的化骨格の1つ以上のポリヌクレオチドが、CD38をノックアウトするために内因性CD38遺伝子座に挿入される、請求項42に記載の細胞又はその集団。
- 前記外因性CD16又はそのバリアントをコードする前記ポリヌクレオチド、及び前記固形腫瘍標的化骨格の2つ以上のポリヌクレオチドが、トリシストロン性構築物内で共発現される、請求項43に記載の細胞又はその集団。
- 前記外因性CD16又はそのバリアントが、
(a)高親和性の非切断性CD16(hnCD16)、
(b)CD16の外部ドメインにおけるF176V及びS197P、
(c)CD64に由来する完全な又は部分的な外部ドメイン、
(d)非天然(又は非CD16)の膜貫通ドメイン、
(e)非天然(又は非CD16)の細胞内ドメイン、
(f)非天然(又は非CD16)のシグナル伝達ドメイン、
(g)非天然の刺激ドメイン、並びに
(h)CD16に由来せず、かつ同じ又は異なるポリペプチドに由来する膜貫通ドメイン、シグナル伝達ドメイン、及び刺激ドメイン、のうちの少なくとも1つを含む、請求項43に記載の方法。 - 前記細胞が、前記サイトカインシグナル伝達複合体を更に含み、前記サイトカインシグナル伝達複合体が、
(a)IL2、IL4、IL6、IL7、IL9、IL10、IL11、IL12、IL15、IL18、IL21、若しくはそれらのそれぞれの受容体のうちの少なくとも1つを含む細胞表面発現外因性サイトカイン若しくはその受容体の部分的な若しくは完全なペプチド、又は
(b)
(i)自己切断ペプチドを間に挟んだIL15とIL15Rαとの共発現、
(ii)IL15とIL15Rαとの融合タンパク質、
(iii)IL15Rαの細胞内ドメインが短縮されたIL15/IL15Rα融合タンパク質、
(iv)IL15とIL15Rαの膜結合Sushiドメインとの融合タンパク質、
(v)IL15とIL15Rβとの融合タンパク質、
(vi)IL15と共通受容体γCとの融合タンパク質であって、前記共通受容体γCが天然であるか、若しくは改変されている、融合タンパク質、並びに
(vii)IL15Rβのホモ二量体、のうちの少なくとも1つを含み、
又は
(c)
(i)IL7とIL7Rαとの融合タンパク質、
(ii)IL7と共通受容体γCとの融合タンパク質であって、前記共通受容体γCが、天然であるか若しくは改変されている、融合タンパク質、及び
(iii)IL7Rβのホモ二量体、のうちの少なくとも1つを含み、
任意選択で、
(d)一過的に発現される、請求項43に記載の方法。 - (i)前記CARが、バイシストロン性構築物内でサイトカインシグナル伝達複合体と共発現される、かつ/あるいは
(ii)前記CARが、TCR遺伝子座に挿入されており、任意選択で、前記TCRの内因性プロモータに作動可能に連結されている、請求項32に記載の細胞又はその集団。 - 前記TCR遺伝子座が、TCRアルファ及び/又はTCRベータの定常領域である、かつ/あるいは
(ii)前記TCRが、前記CAR挿入によってノックアウトされている、請求項54に記載の細胞又はその集団。 - 前記がん細胞が、乳がん細胞、卵巣がん細胞、子宮内膜がん細胞、肺がん細胞、食道がん細胞、唾液腺がん細胞、膀胱がん細胞、胃がん細胞、結腸直腸がん細胞、又は頭頸部がん細胞である、請求項32に記載の細胞又はその集団。
- (i)前記iPSCが、クローンiPSC、単一細胞解離iPSC、iPSC細胞株細胞、又はiPSCマスター細胞バンク(MCB)細胞であるか、あるいは、(ii)前記派生細胞が、派生CD34+細胞、派生造血幹前駆細胞、派生造血多能性前駆細胞、派生T細胞前駆体、派生NK細胞前駆体、派生T系統細胞、派生NKT系統細胞、派生NK系統細胞、又は派生B系統細胞を含むか、あるいは、(iii)前記派生細胞が、対応する初代T、NK、NKT、及び/又はB細胞には存在しない1つ以上の機能的特質を有する派生エフェクター細胞を含む、請求項32に記載の細胞又はその集団。
- 前記細胞が、同じ遺伝子編集を備えていない末梢血、臍帯血、又は任意の他のドナー組織から得られたその対応する初代細胞と比較して、
(i)増加された細胞傷害性、
(ii)改善された持続性及び/又は生存率、
(iii)腫瘍部位にバイスタンダー免疫細胞を遊走させる、及び/又は活性化させる、若しくは動員する増強された能力、
(iv)改善された腫瘍浸潤、
(v)腫瘍免疫抑制を低下させる増強された能力、
(vi)腫瘍抗原エスケープを救済する改善された能力、
(vii)制御されたアポトーシス、
(viii)増強又は獲得されたADCC、並びに
(ix)フラトリサイドを回避する能力、
のうちの1つ以上を含む治療特性を有する、請求項42に記載の細胞又はその集団。 - 前記細胞が、NK系統細胞又はT系統細胞であり、
(i)前記NK系統細胞又は前記T系統細胞が、腫瘍部位における改善された浸潤及び/又は保持を有するか、
(ii)前記NK系統細胞が、T細胞を腫瘍部位に動員し、かつ/又は遊走させることができるか、又は
(ii)前記NK系統細胞又は前記T系統細胞が、1つ以上のチェックポイント阻害剤の存在下で腫瘍免疫抑制を低減することができる、請求項58に記載の細胞又はその集団。 - 請求項1~59のいずれか一項に記載の細胞又はその集団を含む、組成物。
- 1つ以上の治療剤を更に含む、請求項60に記載の組成物。
- 前記1つ以上の治療剤が、ペプチド、サイトカイン、チェックポイント阻害剤、マイトジェン、成長因子、低分子RNA、dsRNA(二本鎖RNA)、単核血球、フィーダー細胞、フィーダー細胞成分若しくはその補充因子、1つ以上の目的のポリ核酸を含むベクター、抗体、化学療法剤若しくは放射性部分、又は免疫調節薬(IMiD)を含む、請求項61に記載の組成物。
- 前記チェックポイント阻害剤が、
(a)PD-1、PDL-1、TIM-3、TIGIT、LAG-3、CTLA-4、2B4、4-1BB、4-1BBL、A2AR、BATE、BTLA、CD39、CD47、CD73、CD94、CD96、CD160、CD200、CD200R、CD274、CEACAM1、CSF-1R、Foxp1、GARP、HVEM、IDO、EDO、TDO、LAIR-1、MICA/B、NR4A2、MAFB、OCT-2、Rara(レチノイン酸受容体アルファ)、TLR3、VISTA、NKG2A/HLA-E、若しくは抑制性KIRを含むチェックポイント分子に対する1つ以上のアンタゴニスト、
(b)アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、イピリムマブ、IPH4102、IPH43、IPH33、リリムマブ、モナリズマブ、ニボルマブ、ペンブロリズマブ、及びそれらの誘導体若しくは機能的同等物のうちの1つ以上、又は
(c)アテゾリズマブ、ニボルマブ、及びペムブロリズマブのうちの少なくとも1つ、を含む、請求項62に記載の組成物。 - 前記抗体が、
(a)抗CD20抗体、抗HER2抗体、抗CD52抗体、抗EGFR抗体、抗CD123抗体、抗GD2抗体、抗PDL1抗体、若しくは抗CD38抗体、又は
(b)リツキシマブ、ベルツズマブ、オファツムマブ、ウブリツキシマブ、オカラツズマブ、オビヌツズマブ、トラスツズマブ、ペルツズマブ、アレムツズマブ、セツキシマブ、ジヌツキシマブ、アベルマブ、ダクリズマブ、バシリキシマブ、M-A251、2A3、BC69、24204、22722、24212、MAB23591、FN50、298614、AF2359、CY1G4、DF1513、ビバツズマブ、RG7356、G44-26、7G3、CSL362、エロツズマブ、ダラツムマブ、イサツキシマブ、MOR202、並びにそれらのヒト化若しくはFc修飾されたバリアント若しくは断片及びそれらの機能的同等物及びバイオシミラーのうちの1つ以上、を含む、請求項62に記載の組成物。 - 前記エンゲージャが、
(i)二重特異性T細胞エンゲージャ(BiTE)、
(ii)二重特異性キラー細胞エンゲージャ(BiKE)、又は
(iii)三重特異性キラー細胞エンゲージャ(TriKE)を含むか、又は
前記エンゲージャは、
(a)CD3、CD28、CD5、CD16、CD64、CD32、CD33、CD89、NKG2C、NKG2D若しくはそれらの任意の機能的バリアントの細胞外部分を認識する第1の結合ドメイン若しくはバイスタンダー免疫エフェクター細胞と、
(b)B7H3、CD10、CD19、CD20、CD22、CD24、CD30、CD33、CD34、CD38、CD44、CD52、CD79a、CD79b、CD123、CD138、CD179b、CEA、CLEC12A、CS-1、DLL3、EGFR、EGFRvIII、EpCAM、FLT-3、FOLR1、FOLR3、GD2、gpA33、HER2、HM1.24、LGR5、MSLN、MCSP、MICA/B、Muc1、Muc16、PDL1、PSMA、PAMA、P-カドヘリン、ROP1、若しくはVEGF-R2のうちのいずれか1つを含む抗原に特異的な第2の結合ドメインと、を含む、請求項62に記載の組成物。 - 請求項60~65のいずれか一項に記載の組成物を養子細胞療法を必要とする対象に導入することによる前記組成物の治療的使用であって、前記対象が、自己免疫障害、血液悪性腫瘍、固形腫瘍、がん、又はウイルス感染を有する、治療的使用。
- 請求項1~59のいずれか一項に記載のiPSCを含む、マスター細胞バンク(MCB)。
- 請求項1~31のいずれか一項に記載の派生細胞を製造する方法であって、前記派生細胞が、免疫エフェクター細胞であり、前記方法が、
(i)遺伝子操作されたiPSCを取得することであって、前記iPSCが、
(a)C-X-Cモチーフケモカイン受容体又はそのバリアントをコードするポリヌクレオチド、
(b)形質転換成長因子ベータ受容体(TGFβR)の細胞外ドメイン(ECD)の部分的な又は完全なペプチドを含むTGFβシグナル伝達リダイレクタ受容体(TGFβ-SRR)をコードするポリヌクレオチド、
及び(c)同種免疫防御受容体(ADR)をコードするポリヌクレオチド、のうちの2つ以上を含む固形腫瘍標的化骨格を含む、取得することと、
(ii)前記遺伝子操作されたiPSCを派生CD34+細胞に分化させることと、
(iii)前記派生CD34+細胞を免疫エフェクター細胞に分化させることであって、前記免疫エフェクター細胞が、前記固形腫瘍標的化骨格を保持する、分化させることと、を含む、方法。 - 前記固形腫瘍標的化骨格を含む前記遺伝子操作されたiPSCを取得することが、内因性(endogensous)CD38遺伝子座における共発現のために2つ以上のポリヌクレオチドを組み込むことと、CD38をノックアウトすることと、を含み、共発現のための前記2つ以上のポリヌクレオチドが、シストロン性構築物内にあり、前記ポリヌクレオチドが、
(i)C-X-Cモチーフケモカイン受容体、
(ii)TGFβ-SRR、及び
(iii)同種免疫防御受容体(ADR)、のうちの少なくとも2つをコードする、請求項68に記載の方法。 - (i)前記シストロン性構築物が、外因性CD16又はそのバリアントをコードするポリヌクレオチドを更に含むか、
(ii)前記C-X-Cモチーフケモカイン受容体が、CXCR2又はCXCR3を含むか、
(iii)前記TGFβ-SRRが、TGFβR2-IL2Rβ、TGFβR2-IL12Rβ、TGFβR2-IL18Rβ、又はTGFβR2-trIL12Rβリダイレクタ受容体を含むか、あるいは
(iv)前記ADRが、4-1BB又はCD38に特異的である、請求項69に記載の方法。 - キメラ抗原受容体(CAR)をコードするポリヌクレオチドをTCR遺伝子座に組み込むことによって、固形腫瘍標的化骨格を含む前記iPSCを遺伝子操作することを更に含み、任意選択で、(i)前記CARが、前記TCRの内因性プロモータに作動可能に連結され、かつ/あるいは(ii)前記TCRが、前記CAR挿入によってノックアウトされている、請求項68に記載の方法。
- 前記CARが、バイシストロン性構築物内でサイトカインシグナル伝達複合体と共発現されるか、あるいは、前記TCR遺伝子座が、TCRアルファ又はTCRベータの定常領域である、請求項71に記載の方法。
- 前記サイトカインシグナル伝達複合体が、
(i)IL7とIL7Rαとの融合タンパク質、
(ii)IL15とIL15Rαとの融合タンパク質、及び
(iii)IL15Rαの細胞内ドメインが短縮されたIL15/IL15Rα融合タンパク質、のうちの少なくとも1つを含む、請求項72に記載の方法。 - 前記CARが、
(i)腫瘍関連抗原に特異的であるか、
(ii)固形腫瘍関連抗原に特異的であるか、
(iii)汎腫瘍抗原に特異的であるか、又は
(iv)B7H3、BCMA、CD19、CD38、CD79b、EGP2/EpCAM、GPRC5D、HER2、KLK2、MICA/B、及びMR1のうちの1つに特異的である、請求項71に記載の方法。 - がん細胞上に発現される前記HER2抗原に特異的な前記CARが、
(i)配列番号103を含む重鎖相補性決定領域1(H-CDR1)、配列番号104を含む重鎖相補性決定領域2(H-CDR2)、及び配列番号105を含む重鎖相補性決定領域3(H-CDR3)を含む重鎖可変(VH)ドメインと、任意選択で、
(ii)配列番号106を含む軽鎖相補性決定領域1(L-CDR1)、配列番号107を含む軽鎖相補性決定領域2(L-CDR2)、及び配列番号108を含む軽鎖相補性決定領域3(L-CDR3)を含む軽鎖可変(VL)ドメインと、を含む抗原結合ドメインを含む、請求項71に記載の方法。 - 前記CARの前記抗原結合ドメインが、
(a)配列番号109に対して少なくとも80%の配列同一性を有するVHドメインを含む、
(b)配列番号110に対して少なくとも80%の配列同一性を有するVLドメインを含む、
(c)VH-リンカー-VL又はVL-リンカー-VHを含む一本鎖可変断片(scFV)を含み、前記リンカーは、長さ及び配列が異なり、任意選択で、前記リンカーが、配列番号111~114に対して少なくとも80%の配列同一性を有する、
(d)配列番号115若しくは配列番号116に対して少なくとも約99%、約98%、約96%、約95%、約90%、約85%、若しくは約80%同一のアミノ酸配列によって表されるscFVを含み、配列番号115及び116の各々は、長さ及び配列が異なるリンカーを含む、並びに/又は
(e)ヒト化されている、請求項75に記載の方法。 - (a)HLA-I欠損及び/又はHLA-II欠損の導入、
(b)B2M、CIITA、TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、RFXANK、RFX5、RFXAP、TCR、NKG2A、NKG2D、CD25、CD44、CD54、CD56、CD58、CD69、CIS、CBL-B、SOCS2、PD1、CTLA4、LAG3、TIM3、及びTIGITのうちの1つ以上の欠失又は破壊、並びに
(c)HLA-G、HLA-E、4-1BBL、CD3、CD4、CD8、CD16、CD47、CD113、CD131、CD137、CD80、PDL1、A2AR、抗原特異的TCR、キメラ融合受容体(CFR)、Fc受容体、抗体又はその機能的バリアント若しくは断片、チェックポイント阻害剤、エンゲージャ、及びアゴニストとカップリングするための表面トリガー受容体のうちの少なくとも1つの導入、のうちの1つ以上によって、腫瘍固形標的化骨格を含む前記iPSCを遺伝子操作することを更に含む、請求項69に記載の方法。 - 前記ゲノム操作することが、標的化編集を含む、請求項68~77のいずれか一項に記載の方法。
- 前記標的化編集が、CRISPR、ZFN、TALEN、ホーミングヌクレアーゼ、相同組換え、又はこれらの方法の他の任意の機能的バリエーションによって実行される、請求項78に記載の方法。
- 養子細胞療法を必要とする対象を治療する方法であって、前記対象にエフェクター細胞を注入することを含み、前記エフェクター細胞が、請求項1~59のいずれか一項に記載の派生細胞又はその集団を含む、方法。
- 前記エフェクター細胞が、がん細胞上に発現されるHER2抗原に特異的なCARを含み、前記CARが、
(i)配列番号103を含む重鎖相補性決定領域1(H-CDR1)、配列番号104を含む重鎖相補性決定領域2(H-CDR2)、及び配列番号105を含む重鎖相補性決定領域3(H-CDR3)を含む重鎖可変(VH)ドメインと、任意選択で、
(ii)配列番号106を含む軽鎖相補性決定領域1(L-CDR1)、配列番号107を含む軽鎖相補性決定領域2(L-CDR2)、及び配列番号108を含む軽鎖相補性決定領域3(L-CDR3)を含む軽鎖可変(VL)ドメインと、を含み、
前記CARが、TRAC遺伝子座にあり、前記CAR発現が、内因性TCRプロモータによって駆動され、
前記養子細胞療法を必要とする前記対象が、乳がん、卵巣がん、子宮内膜がん、肺がん、食道がん、唾液腺がん、膀胱がん、胃がん、結腸直腸がん、又は頭頸部がんを有する、請求項80に記載の方法。 - 前記エフェクター細胞が、固形腫瘍標的化骨格を更に含み、前記エフェクター細胞が、
(i)CD38遺伝子座に、
(a)CXCR2をコードするポリヌクレオチド、
(b)TGFβR2-IL18Rβリダイレクタ受容体又はTGFβR2-trIL12Rβリダイレクタ受容体をコードするポリヌクレオチド、及び
(c)同種免疫防御受容体(ADR)をコードするポリヌクレオチド、のうちの2つ以上と、
(ii)CD38遺伝子座に、外因性CD16又はそのバリアントをコードするポリヌクレオチドと、
(iii)TRAC遺伝子座に、IL7とIL7Rαとの融合タンパク質をコードするポリヌクレオチドと、
(iv)CD38ノックアウト及びTCRノックアウトと、を含む、請求項81に記載の方法。 - 1つ以上の治療剤を前記対象に投与することを更に含み、前記1つ以上の治療剤が、
(i)サイトカイン、抗体、エンゲージャ、チェックポイント阻害剤、化学療法剤若しくは放射性部分、若しくは免疫調節薬(IMiD)、
(ii)ダラツムマブ、イサツキシマブ、若しくはMOR202を含む抗CD38抗体、
(iii)BiTE(二重特異性T細胞エンゲージャ)若しくはTriKE(三重特異性キラー細胞エンゲージャ)を含むエンゲージャ、
(iv)アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、イピリムマブ、IPH4102、IPH43、IPH33、リリムマブ(lirimumab)、モナリズマブ、ニボルマブ、若しくはペムブロリズマブを含むチェックポイント阻害剤、並びに/又は
(v)シクロホスファミド及びフルダラビン(Cy/Flu)を含む化学療法剤、を含む、請求項80に記載の方法。 - 前記エフェクター細胞が、CD38ノックアウト及びTCRノックアウトと、任意選択でADRと、を含み、前記方法が、前記対象に抗CD38抗体を投与することを含み、前記方法が、Cy/Fluを前記対象に投与することを含むリンパ球枯渇を必要としないか、最小限しか必要としない、請求項80に記載の方法。
- 前記エフェクター細胞が同種異系であり、前記対象にエフェクター細胞を注入することが、外来患者設定(out-patient setting)で行われる、請求項80に記載の方法。
- 固形腫瘍を有する対象の治療における養子細胞療法を改善する方法であって、請求項1~31のいずれか一項に記載の派生細胞の集団を投与することを含む、方法。
- 抗HER2モノクローナル抗体(mAb)治療を改善する方法であって、
CasMab250-CARをコードするポリヌクレオチド、CXCR2をコードするポリヌクレオチド、TGFβ-SRRをコードするポリヌクレオチド、及び外因性CD16又はそのバリアントをコードするポリヌクレオチドを含むエフェクター細胞を含む組成物を、前記治療を必要とする対象に導入することと、
前記対象に抗HER2mAbを導入することと、を含む、方法。 - 前記抗HER2mAbが、トラスツズマブである、請求項87に記載の方法。
- 目的の導入遺伝子を含む操作されたNK細胞を選択する方法であって、
(i)前記目的の導入遺伝子と、IL15若しくはそのそれぞれの受容体のうちの少なくとも1つを含む細胞表面発現外因性サイトカイン若しくはその受容体の部分的な若しくは完全なペプチド、又は以下の(1)~(7):
(1)自己切断ペプチドを間に挟んだIL15とIL15Rαとの共発現、
(2)IL15とIL15Rαとの融合タンパク質、
(3)IL15Rαの細胞内ドメインが短縮されたIL15/IL15Rα融合タンパク質、
(4)IL15とIL15Rαの膜結合Sushiドメインとの融合タンパク質、
(5)IL15とIL15Rβとの融合タンパク質、
(6)IL15と共通受容体γCとの融合タンパク質であって、前記共通受容体γCが、天然であるか若しくは改変されている、融合タンパク質、及び
(7)IL15Rβのホモ二量体、のうちの少なくとも1つとを共発現する構築物を含む操作されたNK細胞を取得することと、
(ii)前記操作されたNK細胞に外因性IL15サイトカインを供給することなく、前記細胞を培養することと、
(iii)前記外因性IL15サイトカインを伴わずに増殖するNK細胞を収集し、それによって、前記目的の導入遺伝子を含む操作されたNK細胞を選択することと、を含む、方法。
Applications Claiming Priority (5)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US202263329364P | 2022-04-08 | 2022-04-08 | |
US63/329,364 | 2022-04-08 | ||
US202263380378P | 2022-10-20 | 2022-10-20 | |
US63/380,378 | 2022-10-20 | ||
PCT/US2023/065550 WO2023196994A1 (en) | 2022-04-08 | 2023-04-07 | Cells having solid tumor targeting backbone and use thereof |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2024515920A true JP2024515920A (ja) | 2024-04-11 |
Family
ID=88243835
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2023540538A Pending JP2024515920A (ja) | 2022-04-08 | 2023-04-07 | 固形腫瘍標的化骨格を有する細胞及びその使用 |
Country Status (3)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US20230357716A1 (ja) |
JP (1) | JP2024515920A (ja) |
WO (1) | WO2023196994A1 (ja) |
Family Cites Families (12)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US11197919B2 (en) * | 2015-11-04 | 2021-12-14 | City Of Hope | Chimeric antigen receptors targeting HER2 |
SG11202004833SA (en) * | 2017-12-08 | 2020-06-29 | Fate Therapeutics Inc | IMMUNOTHERAPIES USING ENHANCED iPSC DERIVED EFFECTOR CELLS |
IL309585A (en) * | 2017-12-22 | 2024-02-01 | Fate Therapeutics Inc | Enhanced effector training cells and their use |
JP2021519061A (ja) * | 2018-03-29 | 2021-08-10 | フェイト セラピューティクス,インコーポレイテッド | 操作された免疫エフェクター細胞およびその使用 |
US20210308183A1 (en) * | 2018-07-17 | 2021-10-07 | The Regents Of The University Of California | Chimeric antigen receptor t cells derived from immunoengineered pluripotent stem cells |
WO2020092057A1 (en) * | 2018-10-30 | 2020-05-07 | Yale University | Compositions and methods for rapid and modular generation of chimeric antigen receptor t cells |
WO2020188573A1 (en) * | 2019-03-21 | 2020-09-24 | Gamida-Cell Ltd. | Expanded nk cell fractions for transplantation in combination therapy |
MX2022000553A (es) * | 2019-07-17 | 2022-04-25 | Fate Therapeutics Inc | Modificación de células efectoras inmunitarias y uso de las mismas. |
KR20220085779A (ko) * | 2019-09-25 | 2022-06-22 | 페이트 세러퓨틱스, 인코포레이티드 | 다중-표적화 효과기 세포 및 이의 용도 |
EP4069827A4 (en) * | 2019-12-06 | 2024-05-29 | Fate Therapeutics Inc | ENHANCEMENT OF AN IPSC-DERIVED IMMUNE EFFECTOR CELL USING SMALL COMPOUNDS |
TW202229359A (zh) * | 2020-11-30 | 2022-08-01 | 日商小野藥品工業股份有限公司 | Her2標靶藥物 |
JP2024515919A (ja) * | 2022-04-08 | 2024-04-11 | フェイト セラピューティクス,インコーポレイティド | 腫瘍標的化のためのキメラ抗原受容体 |
-
2023
- 2023-04-07 JP JP2023540538A patent/JP2024515920A/ja active Pending
- 2023-04-07 WO PCT/US2023/065550 patent/WO2023196994A1/en active Application Filing
- 2023-06-30 US US18/345,885 patent/US20230357716A1/en active Pending
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
US20230357716A1 (en) | 2023-11-09 |
WO2023196994A1 (en) | 2023-10-12 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP7467339B2 (ja) | 強化された免疫エフェクター細胞およびその使用 | |
JP2024020364A (ja) | 増強されたiPSC由来のエフェクター細胞を用いた免疫療法 | |
JP2022541441A (ja) | 免疫エフェクター細胞操作およびその使用 | |
JP2021519061A (ja) | 操作された免疫エフェクター細胞およびその使用 | |
JP2022548943A (ja) | 複数標的化エフェクター細胞およびその使用 | |
CA3135224A1 (en) | Cd3 reconstitution in engineered ipsc and immune effector cells | |
JP2022552314A (ja) | 免疫のための増強されたキメラ抗原受容体エフェクター細胞操作およびその使用 | |
JP2023530704A (ja) | 免疫療法で使用するためのiPSC由来エフェクター細胞型の組み合わせ | |
US20230381235A1 (en) | Multiplexed engineered ipscs and immune effector cells targeting solid tumors | |
JP2022550899A (ja) | 免疫のための増強されたキメラ抗原受容体エフェクター細胞操作およびその使用 | |
JP2023548467A (ja) | 操作されたiPSC及び持続性免疫エフェクター細胞 | |
US20240033355A1 (en) | ENGINEERED iPSC AND ARMED IMMUNE EFFECTOR CELLS | |
CA3236260A1 (en) | Engineered effector cells for trafficking of allogeneic cell therapies in solid tumors | |
AU2022382407A1 (en) | Engineered effector cells and methods of enhancing ubiquitous targeting of solid tumors | |
JP2023548829A (ja) | 異種腫瘍制御のための操作されたiPSC及び免疫エフェクター細胞 | |
US20230357716A1 (en) | Cells having solid tumor targeting backbone and use thereof | |
TW202417618A (zh) | 具有實體腫瘤靶向主鏈之細胞及其用途 | |
WO2023196980A1 (en) | Stealth strategy engaging immune recognition pathways for use in allogeneic cell therapies | |
KR20240031361A (ko) | 동종이계 입양 세포 치료를 위한 보호된 이펙터 세포 및 이의 용도 | |
CN116615530A (zh) | 靶向实体瘤的多重工程改造的iPSC和免疫效应细胞 | |
CN116457367A (zh) | 工程改造的iPSC和武装的免疫效应细胞 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20230821 |
|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20230821 |
|
A871 | Explanation of circumstances concerning accelerated examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A871 Effective date: 20230821 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20240507 |