JP2022541441A - 免疫エフェクター細胞操作およびその使用 - Google Patents
免疫エフェクター細胞操作およびその使用 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2022541441A JP2022541441A JP2022502275A JP2022502275A JP2022541441A JP 2022541441 A JP2022541441 A JP 2022541441A JP 2022502275 A JP2022502275 A JP 2022502275A JP 2022502275 A JP2022502275 A JP 2022502275A JP 2022541441 A JP2022541441 A JP 2022541441A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- cells
- cell
- derived
- car
- mica
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 239000012642 immune effector Substances 0.000 title description 5
- 229940121354 immunomodulator Drugs 0.000 title description 5
- 239000012636 effector Substances 0.000 claims abstract description 102
- 230000004069 differentiation Effects 0.000 claims abstract description 59
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 47
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 claims abstract description 35
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims abstract description 33
- 230000001976 improved effect Effects 0.000 claims abstract description 17
- 229940076838 Immune checkpoint inhibitor Drugs 0.000 claims abstract description 16
- 239000012274 immune-checkpoint protein inhibitor Substances 0.000 claims abstract description 16
- 238000010362 genome editing Methods 0.000 claims abstract description 14
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 claims description 557
- 102100030301 MHC class I polypeptide-related sequence A Human genes 0.000 claims description 208
- 108020003285 Isocitrate lyase Proteins 0.000 claims description 207
- 239000010445 mica Substances 0.000 claims description 206
- 229910052618 mica group Inorganic materials 0.000 claims description 206
- 108010019670 Chimeric Antigen Receptors Proteins 0.000 claims description 179
- 102100031585 ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1 Human genes 0.000 claims description 120
- 101000777636 Homo sapiens ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1 Proteins 0.000 claims description 120
- 210000001744 T-lymphocyte Anatomy 0.000 claims description 107
- 101000917839 Homo sapiens Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III-B Proteins 0.000 claims description 106
- 101000917858 Homo sapiens Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III-A Proteins 0.000 claims description 99
- 210000000822 natural killer cell Anatomy 0.000 claims description 96
- 239000000427 antigen Substances 0.000 claims description 92
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 claims description 92
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 claims description 92
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 claims description 90
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims description 86
- 102000005962 receptors Human genes 0.000 claims description 84
- 108020003175 receptors Proteins 0.000 claims description 84
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 claims description 79
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 claims description 78
- 108091008874 T cell receptors Proteins 0.000 claims description 76
- 230000011664 signaling Effects 0.000 claims description 73
- 102000016266 T-Cell Antigen Receptors Human genes 0.000 claims description 69
- 102000003812 Interleukin-15 Human genes 0.000 claims description 66
- 108090000172 Interleukin-15 Proteins 0.000 claims description 65
- -1 41BBL Proteins 0.000 claims description 62
- 102000004127 Cytokines Human genes 0.000 claims description 60
- 108090000695 Cytokines Proteins 0.000 claims description 60
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 claims description 56
- 230000027455 binding Effects 0.000 claims description 54
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 claims description 54
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 claims description 54
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 claims description 52
- 102100037877 Intercellular adhesion molecule 1 Human genes 0.000 claims description 46
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims description 45
- 102100022680 NKG2-D type II integral membrane protein Human genes 0.000 claims description 42
- 210000000130 stem cell Anatomy 0.000 claims description 42
- 101000599852 Homo sapiens Intercellular adhesion molecule 1 Proteins 0.000 claims description 41
- 101001109501 Homo sapiens NKG2-D type II integral membrane protein Proteins 0.000 claims description 40
- 101001063392 Homo sapiens Lymphocyte function-associated antigen 3 Proteins 0.000 claims description 39
- 102100030984 Lymphocyte function-associated antigen 3 Human genes 0.000 claims description 39
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 claims description 36
- 210000003958 hematopoietic stem cell Anatomy 0.000 claims description 35
- 210000004881 tumor cell Anatomy 0.000 claims description 34
- 230000002950 deficient Effects 0.000 claims description 30
- 230000010056 antibody-dependent cellular cytotoxicity Effects 0.000 claims description 28
- 101100382122 Homo sapiens CIITA gene Proteins 0.000 claims description 27
- 102000017578 LAG3 Human genes 0.000 claims description 27
- 102100026371 MHC class II transactivator Human genes 0.000 claims description 27
- 108700002010 MHC class II transactivator Proteins 0.000 claims description 27
- 102100039498 Cytotoxic T-lymphocyte protein 4 Human genes 0.000 claims description 25
- 210000002865 immune cell Anatomy 0.000 claims description 25
- 230000001965 increasing effect Effects 0.000 claims description 25
- 238000003780 insertion Methods 0.000 claims description 25
- 230000037431 insertion Effects 0.000 claims description 25
- 230000008685 targeting Effects 0.000 claims description 25
- 101000581981 Homo sapiens Neural cell adhesion molecule 1 Proteins 0.000 claims description 24
- 102100027347 Neural cell adhesion molecule 1 Human genes 0.000 claims description 24
- 102100040678 Programmed cell death protein 1 Human genes 0.000 claims description 24
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 claims description 24
- 102100028967 HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain G Human genes 0.000 claims description 23
- 108010024164 HLA-G Antigens Proteins 0.000 claims description 23
- 230000036961 partial effect Effects 0.000 claims description 23
- 102100034458 Hepatitis A virus cellular receptor 2 Human genes 0.000 claims description 22
- 101150069255 KLRC1 gene Proteins 0.000 claims description 22
- 101100404845 Macaca mulatta NKG2A gene Proteins 0.000 claims description 22
- 102100022682 NKG2-A/NKG2-B type II integral membrane protein Human genes 0.000 claims description 22
- 210000000581 natural killer T-cell Anatomy 0.000 claims description 22
- 108010002586 Interleukin-7 Proteins 0.000 claims description 21
- 230000002688 persistence Effects 0.000 claims description 21
- 102100034922 T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain Human genes 0.000 claims description 20
- 210000003719 b-lymphocyte Anatomy 0.000 claims description 20
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 claims description 20
- 108010087819 Fc receptors Proteins 0.000 claims description 19
- 102000009109 Fc receptors Human genes 0.000 claims description 19
- 101001137987 Homo sapiens Lymphocyte activation gene 3 protein Proteins 0.000 claims description 19
- 101000831007 Homo sapiens T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains Proteins 0.000 claims description 19
- 102100024834 T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains Human genes 0.000 claims description 19
- 230000003394 haemopoietic effect Effects 0.000 claims description 19
- 230000004936 stimulating effect Effects 0.000 claims description 19
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 claims description 19
- 102100026122 High affinity immunoglobulin gamma Fc receptor I Human genes 0.000 claims description 18
- 101000889276 Homo sapiens Cytotoxic T-lymphocyte protein 4 Proteins 0.000 claims description 18
- 101000913074 Homo sapiens High affinity immunoglobulin gamma Fc receptor I Proteins 0.000 claims description 18
- 102100029193 Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III-A Human genes 0.000 claims description 18
- 101000946843 Homo sapiens T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain Proteins 0.000 claims description 17
- 108010065805 Interleukin-12 Proteins 0.000 claims description 17
- 102000013462 Interleukin-12 Human genes 0.000 claims description 17
- 230000006870 function Effects 0.000 claims description 17
- 101001075432 Homo sapiens DNA-binding protein RFX5 Proteins 0.000 claims description 16
- 101000611936 Homo sapiens Programmed cell death protein 1 Proteins 0.000 claims description 16
- 101000716102 Homo sapiens T-cell surface glycoprotein CD4 Proteins 0.000 claims description 16
- 101000851370 Homo sapiens Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9 Proteins 0.000 claims description 16
- 102100036011 T-cell surface glycoprotein CD4 Human genes 0.000 claims description 16
- 102100036856 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9 Human genes 0.000 claims description 16
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims description 16
- 102100020986 DNA-binding protein RFX5 Human genes 0.000 claims description 15
- 102100021044 DNA-binding protein RFXANK Human genes 0.000 claims description 15
- 101001075464 Homo sapiens DNA-binding protein RFXANK Proteins 0.000 claims description 15
- 101001068133 Homo sapiens Hepatitis A virus cellular receptor 2 Proteins 0.000 claims description 15
- 101001075466 Homo sapiens Regulatory factor X-associated protein Proteins 0.000 claims description 15
- 101000687808 Homo sapiens Suppressor of cytokine signaling 2 Proteins 0.000 claims description 15
- 102100021043 Regulatory factor X-associated protein Human genes 0.000 claims description 15
- 102100024784 Suppressor of cytokine signaling 2 Human genes 0.000 claims description 15
- 101000834898 Homo sapiens Alpha-synuclein Proteins 0.000 claims description 14
- 101000652359 Homo sapiens Spermatogenesis-associated protein 2 Proteins 0.000 claims description 14
- 101000914514 Homo sapiens T-cell-specific surface glycoprotein CD28 Proteins 0.000 claims description 14
- 102100030704 Interleukin-21 Human genes 0.000 claims description 14
- 102100027213 T-cell-specific surface glycoprotein CD28 Human genes 0.000 claims description 14
- 102100028082 Tapasin Human genes 0.000 claims description 14
- 230000004913 activation Effects 0.000 claims description 14
- 239000003814 drug Substances 0.000 claims description 14
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 claims description 14
- 108010074108 interleukin-21 Proteins 0.000 claims description 14
- 230000004083 survival effect Effects 0.000 claims description 14
- 108010059434 tapasin Proteins 0.000 claims description 14
- 229940124597 therapeutic agent Drugs 0.000 claims description 14
- 102100030346 Antigen peptide transporter 1 Human genes 0.000 claims description 13
- 102100030343 Antigen peptide transporter 2 Human genes 0.000 claims description 13
- 102100031573 Hematopoietic progenitor cell antigen CD34 Human genes 0.000 claims description 13
- 101000777663 Homo sapiens Hematopoietic progenitor cell antigen CD34 Proteins 0.000 claims description 13
- 101000979565 Homo sapiens Protein NLRC5 Proteins 0.000 claims description 13
- 108010023335 Member 2 Subfamily B ATP Binding Cassette Transporter Proteins 0.000 claims description 13
- 102100023432 Protein NLRC5 Human genes 0.000 claims description 13
- 101800000849 Tachykinin-associated peptide 2 Proteins 0.000 claims description 13
- 102100029822 B- and T-lymphocyte attenuator Human genes 0.000 claims description 12
- 101000864344 Homo sapiens B- and T-lymphocyte attenuator Proteins 0.000 claims description 12
- 101001117317 Homo sapiens Programmed cell death 1 ligand 1 Proteins 0.000 claims description 12
- 102100022683 NKG2-C type II integral membrane protein Human genes 0.000 claims description 12
- 102100024216 Programmed cell death 1 ligand 1 Human genes 0.000 claims description 12
- 230000003834 intracellular effect Effects 0.000 claims description 12
- 210000005259 peripheral blood Anatomy 0.000 claims description 12
- 239000011886 peripheral blood Substances 0.000 claims description 12
- 239000013598 vector Substances 0.000 claims description 12
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 claims description 11
- 102100028970 HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E Human genes 0.000 claims description 11
- 101000986085 Homo sapiens HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E Proteins 0.000 claims description 11
- 101000868279 Homo sapiens Leukocyte surface antigen CD47 Proteins 0.000 claims description 11
- 108010002350 Interleukin-2 Proteins 0.000 claims description 11
- 102000000588 Interleukin-2 Human genes 0.000 claims description 11
- 102000004388 Interleukin-4 Human genes 0.000 claims description 11
- 108090000978 Interleukin-4 Proteins 0.000 claims description 11
- 102100032913 Leukocyte surface antigen CD47 Human genes 0.000 claims description 11
- 230000003013 cytotoxicity Effects 0.000 claims description 11
- 231100000135 cytotoxicity Toxicity 0.000 claims description 11
- 108020001507 fusion proteins Proteins 0.000 claims description 11
- 102000037865 fusion proteins Human genes 0.000 claims description 11
- RJBDSRWGVYNDHL-XNJNKMBASA-N (2S,4R,5S,6S)-2-[(2S,3R,4R,5S,6R)-5-[(2S,3R,4R,5R,6R)-3-acetamido-4,5-dihydroxy-6-(hydroxymethyl)oxan-2-yl]oxy-2-[(2R,3S,4R,5R,6R)-4,5-dihydroxy-2-(hydroxymethyl)-6-[(E,2R,3S)-3-hydroxy-2-(octadecanoylamino)octadec-4-enoxy]oxan-3-yl]oxy-3-hydroxy-6-(hydroxymethyl)oxan-4-yl]oxy-5-amino-6-[(1S,2R)-2-[(2S,4R,5S,6S)-5-amino-2-carboxy-4-hydroxy-6-[(1R,2R)-1,2,3-trihydroxypropyl]oxan-2-yl]oxy-1,3-dihydroxypropyl]-4-hydroxyoxane-2-carboxylic acid Chemical compound CCCCCCCCCCCCCCCCCC(=O)N[C@H](CO[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O[C@@H]2O[C@H](CO)[C@H](O[C@@H]3O[C@H](CO)[C@H](O)[C@H](O)[C@H]3NC(C)=O)[C@H](O[C@@]3(C[C@@H](O)[C@H](N)[C@H](O3)[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@]3(C[C@@H](O)[C@H](N)[C@H](O3)[C@H](O)[C@H](O)CO)C(O)=O)C(O)=O)[C@H]2O)[C@H](O)[C@H]1O)[C@@H](O)\C=C\CCCCCCCCCCCCC RJBDSRWGVYNDHL-XNJNKMBASA-N 0.000 claims description 10
- 102100041003 Glutamate carboxypeptidase 2 Human genes 0.000 claims description 10
- 101000892862 Homo sapiens Glutamate carboxypeptidase 2 Proteins 0.000 claims description 10
- 101001109503 Homo sapiens NKG2-C type II integral membrane protein Proteins 0.000 claims description 10
- 101001012157 Homo sapiens Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 Proteins 0.000 claims description 10
- 108090000174 Interleukin-10 Proteins 0.000 claims description 10
- 102000003814 Interleukin-10 Human genes 0.000 claims description 10
- 102000000585 Interleukin-9 Human genes 0.000 claims description 10
- 108010002335 Interleukin-9 Proteins 0.000 claims description 10
- 102000003735 Mesothelin Human genes 0.000 claims description 10
- 108090000015 Mesothelin Proteins 0.000 claims description 10
- 108010004217 Natural Cytotoxicity Triggering Receptor 1 Proteins 0.000 claims description 10
- 108010004222 Natural Cytotoxicity Triggering Receptor 3 Proteins 0.000 claims description 10
- 102100030086 Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 Human genes 0.000 claims description 10
- 230000010354 integration Effects 0.000 claims description 10
- 102100022005 B-lymphocyte antigen CD20 Human genes 0.000 claims description 9
- 102100031940 Epithelial cell adhesion molecule Human genes 0.000 claims description 9
- 102100029360 Hematopoietic cell signal transducer Human genes 0.000 claims description 9
- 101000897405 Homo sapiens B-lymphocyte antigen CD20 Proteins 0.000 claims description 9
- 101000990188 Homo sapiens Hematopoietic cell signal transducer Proteins 0.000 claims description 9
- 101000809875 Homo sapiens TYRO protein tyrosine kinase-binding protein Proteins 0.000 claims description 9
- 102100038717 TYRO protein tyrosine kinase-binding protein Human genes 0.000 claims description 9
- 238000012217 deletion Methods 0.000 claims description 9
- 230000037430 deletion Effects 0.000 claims description 9
- 230000001939 inductive effect Effects 0.000 claims description 9
- 239000012528 membrane Substances 0.000 claims description 9
- 102100027207 CD27 antigen Human genes 0.000 claims description 8
- 108091033409 CRISPR Proteins 0.000 claims description 8
- 238000010354 CRISPR gene editing Methods 0.000 claims description 8
- 241000701022 Cytomegalovirus Species 0.000 claims description 8
- 101000914511 Homo sapiens CD27 antigen Proteins 0.000 claims description 8
- 102000026633 IL6 Human genes 0.000 claims description 8
- 108010064593 Intercellular Adhesion Molecule-1 Proteins 0.000 claims description 8
- 108090000177 Interleukin-11 Proteins 0.000 claims description 8
- 102000003815 Interleukin-11 Human genes 0.000 claims description 8
- 102000003810 Interleukin-18 Human genes 0.000 claims description 8
- 108090000171 Interleukin-18 Proteins 0.000 claims description 8
- 108090001005 Interleukin-6 Proteins 0.000 claims description 8
- 101150030213 Lag3 gene Proteins 0.000 claims description 8
- 102100032870 Natural cytotoxicity triggering receptor 1 Human genes 0.000 claims description 8
- 102100032852 Natural cytotoxicity triggering receptor 3 Human genes 0.000 claims description 8
- 101710089372 Programmed cell death protein 1 Proteins 0.000 claims description 8
- 102100022153 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4 Human genes 0.000 claims description 8
- 101710165473 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4 Proteins 0.000 claims description 8
- 238000011467 adoptive cell therapy Methods 0.000 claims description 8
- 229960003852 atezolizumab Drugs 0.000 claims description 8
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 claims description 8
- 229960003301 nivolumab Drugs 0.000 claims description 8
- 229960002621 pembrolizumab Drugs 0.000 claims description 8
- 238000011282 treatment Methods 0.000 claims description 8
- 102100038080 B-cell receptor CD22 Human genes 0.000 claims description 7
- 108010021064 CTLA-4 Antigen Proteins 0.000 claims description 7
- 229940045513 CTLA4 antagonist Drugs 0.000 claims description 7
- 101710083479 Hepatitis A virus cellular receptor 2 homolog Proteins 0.000 claims description 7
- 101000884305 Homo sapiens B-cell receptor CD22 Proteins 0.000 claims description 7
- 101001057504 Homo sapiens Interferon-stimulated gene 20 kDa protein Proteins 0.000 claims description 7
- 101001055144 Homo sapiens Interleukin-2 receptor subunit alpha Proteins 0.000 claims description 7
- 101000998120 Homo sapiens Interleukin-3 receptor subunit alpha Proteins 0.000 claims description 7
- 101000589305 Homo sapiens Natural cytotoxicity triggering receptor 2 Proteins 0.000 claims description 7
- 101001023712 Homo sapiens Nectin-3 Proteins 0.000 claims description 7
- 102100027268 Interferon-stimulated gene 20 kDa protein Human genes 0.000 claims description 7
- 102100033493 Interleukin-3 receptor subunit alpha Human genes 0.000 claims description 7
- 102100032851 Natural cytotoxicity triggering receptor 2 Human genes 0.000 claims description 7
- 102100035487 Nectin-3 Human genes 0.000 claims description 7
- 229940126547 T-cell immunoglobulin mucin-3 Drugs 0.000 claims description 7
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 claims description 7
- 230000002401 inhibitory effect Effects 0.000 claims description 7
- 230000009258 tissue cross reactivity Effects 0.000 claims description 7
- 108010022366 Carcinoembryonic Antigen Proteins 0.000 claims description 6
- 102100025475 Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 5 Human genes 0.000 claims description 6
- 108010009685 Cholinergic Receptors Proteins 0.000 claims description 6
- 108010043471 Core Binding Factor Alpha 2 Subunit Proteins 0.000 claims description 6
- 102100039061 Cytokine receptor common subunit beta Human genes 0.000 claims description 6
- 108010066687 Epithelial Cell Adhesion Molecule Proteins 0.000 claims description 6
- 101001033280 Homo sapiens Cytokine receptor common subunit beta Proteins 0.000 claims description 6
- 101001005728 Homo sapiens Melanoma-associated antigen 1 Proteins 0.000 claims description 6
- 101000914484 Homo sapiens T-lymphocyte activation antigen CD80 Proteins 0.000 claims description 6
- 101000655352 Homo sapiens Telomerase reverse transcriptase Proteins 0.000 claims description 6
- 102100025050 Melanoma-associated antigen 1 Human genes 0.000 claims description 6
- 108010012255 Neural Cell Adhesion Molecule L1 Proteins 0.000 claims description 6
- 102100024964 Neural cell adhesion molecule L1 Human genes 0.000 claims description 6
- 108060006580 PRAME Proteins 0.000 claims description 6
- 102000036673 PRAME Human genes 0.000 claims description 6
- 101710120463 Prostate stem cell antigen Proteins 0.000 claims description 6
- 102100036735 Prostate stem cell antigen Human genes 0.000 claims description 6
- 101001039269 Rattus norvegicus Glycine N-methyltransferase Proteins 0.000 claims description 6
- 102100025373 Runt-related transcription factor 1 Human genes 0.000 claims description 6
- 102100027222 T-lymphocyte activation antigen CD80 Human genes 0.000 claims description 6
- 102000034337 acetylcholine receptors Human genes 0.000 claims description 6
- 210000000601 blood cell Anatomy 0.000 claims description 6
- 210000004700 fetal blood Anatomy 0.000 claims description 6
- 239000003102 growth factor Substances 0.000 claims description 6
- 230000002147 killing effect Effects 0.000 claims description 6
- YOHYSYJDKVYCJI-UHFFFAOYSA-N n-[3-[[6-[3-(trifluoromethyl)anilino]pyrimidin-4-yl]amino]phenyl]cyclopropanecarboxamide Chemical compound FC(F)(F)C1=CC=CC(NC=2N=CN=C(NC=3C=C(NC(=O)C4CC4)C=CC=3)C=2)=C1 YOHYSYJDKVYCJI-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 6
- BGFTWECWAICPDG-UHFFFAOYSA-N 2-[bis(4-chlorophenyl)methyl]-4-n-[3-[bis(4-chlorophenyl)methyl]-4-(dimethylamino)phenyl]-1-n,1-n-dimethylbenzene-1,4-diamine Chemical compound C1=C(C(C=2C=CC(Cl)=CC=2)C=2C=CC(Cl)=CC=2)C(N(C)C)=CC=C1NC(C=1)=CC=C(N(C)C)C=1C(C=1C=CC(Cl)=CC=1)C1=CC=C(Cl)C=C1 BGFTWECWAICPDG-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 5
- 102100022464 5'-nucleotidase Human genes 0.000 claims description 5
- 108010008014 B-Cell Maturation Antigen Proteins 0.000 claims description 5
- 102000006942 B-Cell Maturation Antigen Human genes 0.000 claims description 5
- 102100024222 B-lymphocyte antigen CD19 Human genes 0.000 claims description 5
- 108700012439 CA9 Proteins 0.000 claims description 5
- 102100038077 CD226 antigen Human genes 0.000 claims description 5
- 102100024423 Carbonic anhydrase 9 Human genes 0.000 claims description 5
- 108010035532 Collagen Proteins 0.000 claims description 5
- 102000008186 Collagen Human genes 0.000 claims description 5
- 102100031181 Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase Human genes 0.000 claims description 5
- 101000678236 Homo sapiens 5'-nucleotidase Proteins 0.000 claims description 5
- 101000980825 Homo sapiens B-lymphocyte antigen CD19 Proteins 0.000 claims description 5
- 101000884298 Homo sapiens CD226 antigen Proteins 0.000 claims description 5
- 101000713322 Homo sapiens SAP30-binding protein Proteins 0.000 claims description 5
- 101000851376 Homo sapiens Tumor necrosis factor receptor superfamily member 8 Proteins 0.000 claims description 5
- 206010062016 Immunosuppression Diseases 0.000 claims description 5
- 102100020793 Interleukin-13 receptor subunit alpha-2 Human genes 0.000 claims description 5
- 101710112634 Interleukin-13 receptor subunit alpha-2 Proteins 0.000 claims description 5
- 108010043610 KIR Receptors Proteins 0.000 claims description 5
- 101710160107 Outer membrane protein A Proteins 0.000 claims description 5
- 102100036909 SAP30-binding protein Human genes 0.000 claims description 5
- 102100036857 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 8 Human genes 0.000 claims description 5
- 229950002916 avelumab Drugs 0.000 claims description 5
- 230000000981 bystander Effects 0.000 claims description 5
- 229920001436 collagen Polymers 0.000 claims description 5
- 108020004445 glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase Proteins 0.000 claims description 5
- 230000001506 immunosuppresive effect Effects 0.000 claims description 5
- 244000052769 pathogen Species 0.000 claims description 5
- 230000001629 suppression Effects 0.000 claims description 5
- QIVBCDIJIAJPQS-UHFFFAOYSA-N tryptophan Chemical compound C1=CC=C2C(CC(N)C(O)=O)=CNC2=C1 QIVBCDIJIAJPQS-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 5
- 102000040650 (ribonucleotides)n+m Human genes 0.000 claims description 4
- 102100026094 C-type lectin domain family 12 member A Human genes 0.000 claims description 4
- 102100024263 CD160 antigen Human genes 0.000 claims description 4
- 102100024210 CD166 antigen Human genes 0.000 claims description 4
- 101150013553 CD40 gene Proteins 0.000 claims description 4
- 102100032912 CD44 antigen Human genes 0.000 claims description 4
- 108010062802 CD66 antigens Proteins 0.000 claims description 4
- 101100463133 Caenorhabditis elegans pdl-1 gene Proteins 0.000 claims description 4
- 102100024533 Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1 Human genes 0.000 claims description 4
- 102100021396 Cell surface glycoprotein CD200 receptor 1 Human genes 0.000 claims description 4
- 101710093674 Cyclic nucleotide-gated cation channel beta-1 Proteins 0.000 claims description 4
- 102100029722 Ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 1 Human genes 0.000 claims description 4
- 101000912622 Homo sapiens C-type lectin domain family 12 member A Proteins 0.000 claims description 4
- 101000761938 Homo sapiens CD160 antigen Proteins 0.000 claims description 4
- 101000980840 Homo sapiens CD166 antigen Proteins 0.000 claims description 4
- 101000868273 Homo sapiens CD44 antigen Proteins 0.000 claims description 4
- 101000969553 Homo sapiens Cell surface glycoprotein CD200 receptor 1 Proteins 0.000 claims description 4
- 101001012447 Homo sapiens Ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 1 Proteins 0.000 claims description 4
- 101000945331 Homo sapiens Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DL4 Proteins 0.000 claims description 4
- 101000945340 Homo sapiens Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DS1 Proteins 0.000 claims description 4
- 101000934338 Homo sapiens Myeloid cell surface antigen CD33 Proteins 0.000 claims description 4
- 101000971513 Homo sapiens Natural killer cells antigen CD94 Proteins 0.000 claims description 4
- 101001109698 Homo sapiens Nuclear receptor subfamily 4 group A member 2 Proteins 0.000 claims description 4
- 101001098352 Homo sapiens OX-2 membrane glycoprotein Proteins 0.000 claims description 4
- 101000610551 Homo sapiens Prominin-1 Proteins 0.000 claims description 4
- 101000633778 Homo sapiens SLAM family member 5 Proteins 0.000 claims description 4
- 101000874179 Homo sapiens Syndecan-1 Proteins 0.000 claims description 4
- 101000946863 Homo sapiens T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain Proteins 0.000 claims description 4
- 101000946860 Homo sapiens T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain Proteins 0.000 claims description 4
- 101000738413 Homo sapiens T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain Proteins 0.000 claims description 4
- 101000596234 Homo sapiens T-cell surface protein tactile Proteins 0.000 claims description 4
- 101000831496 Homo sapiens Toll-like receptor 3 Proteins 0.000 claims description 4
- 101000979190 Homo sapiens Transcription factor MafB Proteins 0.000 claims description 4
- 101000666896 Homo sapiens V-type immunoglobulin domain-containing suppressor of T-cell activation Proteins 0.000 claims description 4
- 102100040061 Indoleamine 2,3-dioxygenase 1 Human genes 0.000 claims description 4
- 102100033633 Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DL4 Human genes 0.000 claims description 4
- 102100033631 Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DS1 Human genes 0.000 claims description 4
- 102100020943 Leukocyte-associated immunoglobulin-like receptor 1 Human genes 0.000 claims description 4
- 102100028198 Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor Human genes 0.000 claims description 4
- 101710150918 Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor Proteins 0.000 claims description 4
- 108010061593 Member 14 Tumor Necrosis Factor Receptors Proteins 0.000 claims description 4
- 102100025243 Myeloid cell surface antigen CD33 Human genes 0.000 claims description 4
- 102100021462 Natural killer cells antigen CD94 Human genes 0.000 claims description 4
- 206010061309 Neoplasm progression Diseases 0.000 claims description 4
- 102000003729 Neprilysin Human genes 0.000 claims description 4
- 108090000028 Neprilysin Proteins 0.000 claims description 4
- 102100022676 Nuclear receptor subfamily 4 group A member 2 Human genes 0.000 claims description 4
- 102100037589 OX-2 membrane glycoprotein Human genes 0.000 claims description 4
- 102100035591 POU domain, class 2, transcription factor 2 Human genes 0.000 claims description 4
- 101710084411 POU domain, class 2, transcription factor 2 Proteins 0.000 claims description 4
- 102100040120 Prominin-1 Human genes 0.000 claims description 4
- 101150066717 Rara gene Proteins 0.000 claims description 4
- 102100029216 SLAM family member 5 Human genes 0.000 claims description 4
- 102100035721 Syndecan-1 Human genes 0.000 claims description 4
- 102100035891 T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain Human genes 0.000 claims description 4
- 102100035794 T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain Human genes 0.000 claims description 4
- 102100037911 T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain Human genes 0.000 claims description 4
- 102100035268 T-cell surface protein tactile Human genes 0.000 claims description 4
- 102100024324 Toll-like receptor 3 Human genes 0.000 claims description 4
- 102100023234 Transcription factor MafB Human genes 0.000 claims description 4
- 102100025946 Transforming growth factor beta activator LRRC32 Human genes 0.000 claims description 4
- 101710169732 Transforming growth factor beta activator LRRC32 Proteins 0.000 claims description 4
- 102100040653 Tryptophan 2,3-dioxygenase Human genes 0.000 claims description 4
- 101710136122 Tryptophan 2,3-dioxygenase Proteins 0.000 claims description 4
- 102100028785 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 14 Human genes 0.000 claims description 4
- 102100040245 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5 Human genes 0.000 claims description 4
- 102100038282 V-type immunoglobulin domain-containing suppressor of T-cell activation Human genes 0.000 claims description 4
- 239000005557 antagonist Substances 0.000 claims description 4
- 229950009791 durvalumab Drugs 0.000 claims description 4
- 108010087914 epidermal growth factor receptor VIII Proteins 0.000 claims description 4
- 102000052116 epidermal growth factor receptor activity proteins Human genes 0.000 claims description 4
- 108700015053 epidermal growth factor receptor activity proteins Proteins 0.000 claims description 4
- 230000001605 fetal effect Effects 0.000 claims description 4
- IJJVMEJXYNJXOJ-UHFFFAOYSA-N fluquinconazole Chemical compound C=1C=C(Cl)C=C(Cl)C=1N1C(=O)C2=CC(F)=CC=C2N=C1N1C=NC=N1 IJJVMEJXYNJXOJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 4
- 238000003881 globally optimized alternating phase rectangular pulse Methods 0.000 claims description 4
- 102000006495 integrins Human genes 0.000 claims description 4
- 108010044426 integrins Proteins 0.000 claims description 4
- 229960005386 ipilimumab Drugs 0.000 claims description 4
- 108010025001 leukocyte-associated immunoglobulin-like receptor 1 Proteins 0.000 claims description 4
- 239000003446 ligand Substances 0.000 claims description 4
- 229950001907 monalizumab Drugs 0.000 claims description 4
- 230000001717 pathogenic effect Effects 0.000 claims description 4
- 108091035539 telomere Proteins 0.000 claims description 4
- 210000003411 telomere Anatomy 0.000 claims description 4
- 102000055501 telomere Human genes 0.000 claims description 4
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 claims description 4
- 230000005751 tumor progression Effects 0.000 claims description 4
- 108010082808 4-1BB Ligand Proteins 0.000 claims description 3
- 102100026402 Adhesion G protein-coupled receptor E2 Human genes 0.000 claims description 3
- 101000840545 Bacillus thuringiensis L-isoleucine-4-hydroxylase Proteins 0.000 claims description 3
- 101710149863 C-C chemokine receptor type 4 Proteins 0.000 claims description 3
- 108010008629 CA-125 Antigen Proteins 0.000 claims description 3
- 102100024217 CAMPATH-1 antigen Human genes 0.000 claims description 3
- 102100032976 CCR4-NOT transcription complex subunit 6 Human genes 0.000 claims description 3
- 108010065524 CD52 Antigen Proteins 0.000 claims description 3
- 102100025221 CD70 antigen Human genes 0.000 claims description 3
- 102000024905 CD99 Human genes 0.000 claims description 3
- 108060001253 CD99 Proteins 0.000 claims description 3
- 102000001301 EGF receptor Human genes 0.000 claims description 3
- 108090000288 Glycoproteins Proteins 0.000 claims description 3
- 102000003886 Glycoproteins Human genes 0.000 claims description 3
- 102100030595 HLA class II histocompatibility antigen gamma chain Human genes 0.000 claims description 3
- 208000002250 Hematologic Neoplasms Diseases 0.000 claims description 3
- 101000718211 Homo sapiens Adhesion G protein-coupled receptor E2 Proteins 0.000 claims description 3
- 101000934356 Homo sapiens CD70 antigen Proteins 0.000 claims description 3
- 101000851181 Homo sapiens Epidermal growth factor receptor Proteins 0.000 claims description 3
- 101000920667 Homo sapiens Epithelial cell adhesion molecule Proteins 0.000 claims description 3
- 101001082627 Homo sapiens HLA class II histocompatibility antigen gamma chain Proteins 0.000 claims description 3
- 101001037256 Homo sapiens Indoleamine 2,3-dioxygenase 1 Proteins 0.000 claims description 3
- 101000994365 Homo sapiens Integrin alpha-6 Proteins 0.000 claims description 3
- 101001078143 Homo sapiens Integrin alpha-IIb Proteins 0.000 claims description 3
- 101000984189 Homo sapiens Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 2 Proteins 0.000 claims description 3
- 101000662902 Homo sapiens T cell receptor beta constant 2 Proteins 0.000 claims description 3
- 101000914496 Homo sapiens T-cell antigen CD7 Proteins 0.000 claims description 3
- 101000934341 Homo sapiens T-cell surface glycoprotein CD5 Proteins 0.000 claims description 3
- 102100032816 Integrin alpha-6 Human genes 0.000 claims description 3
- 102100025306 Integrin alpha-IIb Human genes 0.000 claims description 3
- 102100025583 Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 2 Human genes 0.000 claims description 3
- 108010008707 Mucin-1 Proteins 0.000 claims description 3
- 102000007298 Mucin-1 Human genes 0.000 claims description 3
- 102100023123 Mucin-16 Human genes 0.000 claims description 3
- 101100346932 Mus musculus Muc1 gene Proteins 0.000 claims description 3
- 108091000080 Phosphotransferase Proteins 0.000 claims description 3
- 102000004022 Protein-Tyrosine Kinases Human genes 0.000 claims description 3
- 108090000412 Protein-Tyrosine Kinases Proteins 0.000 claims description 3
- 102100023606 Retinoic acid receptor alpha Human genes 0.000 claims description 3
- 101001037255 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) Indoleamine 2,3-dioxygenase Proteins 0.000 claims description 3
- 229940100514 Syk tyrosine kinase inhibitor Drugs 0.000 claims description 3
- 102100037298 T cell receptor beta constant 2 Human genes 0.000 claims description 3
- 102100027208 T-cell antigen CD7 Human genes 0.000 claims description 3
- 102100025244 T-cell surface glycoprotein CD5 Human genes 0.000 claims description 3
- 101800000385 Transmembrane protein Proteins 0.000 claims description 3
- SRHNADOZAAWYLV-XLMUYGLTSA-N alpha-L-Fucp-(1->2)-beta-D-Galp-(1->4)-[alpha-L-Fucp-(1->3)]-beta-D-GlcpNAc Chemical compound O[C@H]1[C@H](O)[C@H](O)[C@H](C)O[C@H]1O[C@H]1[C@H](O[C@H]2[C@@H]([C@@H](NC(C)=O)[C@H](O)O[C@@H]2CO)O[C@H]2[C@H]([C@H](O)[C@H](O)[C@H](C)O2)O)O[C@H](CO)[C@H](O)[C@@H]1O SRHNADOZAAWYLV-XLMUYGLTSA-N 0.000 claims description 3
- 230000002708 enhancing effect Effects 0.000 claims description 3
- 150000002270 gangliosides Chemical class 0.000 claims description 3
- 230000006801 homologous recombination Effects 0.000 claims description 3
- 238000002744 homologous recombination Methods 0.000 claims description 3
- 102000020233 phosphotransferase Human genes 0.000 claims description 3
- 210000004990 primary immune cell Anatomy 0.000 claims description 3
- 108091008726 retinoic acid receptors α Proteins 0.000 claims description 3
- NMUSYJAQQFHJEW-KVTDHHQDSA-N 5-azacytidine Chemical compound O=C1N=C(N)N=CN1[C@H]1[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 NMUSYJAQQFHJEW-KVTDHHQDSA-N 0.000 claims description 2
- 208000023275 Autoimmune disease Diseases 0.000 claims description 2
- 108091032955 Bacterial small RNA Proteins 0.000 claims description 2
- 102100025570 Cancer/testis antigen 1 Human genes 0.000 claims description 2
- 206010066476 Haematological malignancy Diseases 0.000 claims description 2
- 101000856237 Homo sapiens Cancer/testis antigen 1 Proteins 0.000 claims description 2
- 101710163270 Nuclease Proteins 0.000 claims description 2
- 238000010459 TALEN Methods 0.000 claims description 2
- 108010043645 Transcription Activator-Like Effector Nucleases Proteins 0.000 claims description 2
- 206010064390 Tumour invasion Diseases 0.000 claims description 2
- 108010073929 Vascular Endothelial Growth Factor A Proteins 0.000 claims description 2
- 102000005789 Vascular Endothelial Growth Factors Human genes 0.000 claims description 2
- 108010019530 Vascular Endothelial Growth Factors Proteins 0.000 claims description 2
- 208000036142 Viral infection Diseases 0.000 claims description 2
- 208000008383 Wilms tumor Diseases 0.000 claims description 2
- 239000002246 antineoplastic agent Substances 0.000 claims description 2
- 229960002756 azacitidine Drugs 0.000 claims description 2
- 229960000106 biosimilars Drugs 0.000 claims description 2
- 230000009400 cancer invasion Effects 0.000 claims description 2
- 210000003850 cellular structure Anatomy 0.000 claims description 2
- 230000004186 co-expression Effects 0.000 claims description 2
- 229940127089 cytotoxic agent Drugs 0.000 claims description 2
- 239000000710 homodimer Substances 0.000 claims description 2
- 229940124622 immune-modulator drug Drugs 0.000 claims description 2
- 230000006872 improvement Effects 0.000 claims description 2
- 239000003226 mitogen Substances 0.000 claims description 2
- 229960000688 pomalidomide Drugs 0.000 claims description 2
- UVSMNLNDYGZFPF-UHFFFAOYSA-N pomalidomide Chemical compound O=C1C=2C(N)=CC=CC=2C(=O)N1C1CCC(=O)NC1=O UVSMNLNDYGZFPF-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- 230000002285 radioactive effect Effects 0.000 claims description 2
- 229960001183 venetoclax Drugs 0.000 claims description 2
- LQBVNQSMGBZMKD-UHFFFAOYSA-N venetoclax Chemical compound C=1C=C(Cl)C=CC=1C=1CC(C)(C)CCC=1CN(CC1)CCN1C(C=C1OC=2C=C3C=CNC3=NC=2)=CC=C1C(=O)NS(=O)(=O)C(C=C1[N+]([O-])=O)=CC=C1NCC1CCOCC1 LQBVNQSMGBZMKD-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- 230000009385 viral infection Effects 0.000 claims description 2
- 102100027314 Beta-2-microglobulin Human genes 0.000 claims 7
- 102000017420 CD3 protein, epsilon/gamma/delta subunit Human genes 0.000 claims 4
- 108050005493 CD3 protein, epsilon/gamma/delta subunit Proteins 0.000 claims 4
- 102100026882 Alpha-synuclein Human genes 0.000 claims 3
- 101000937544 Homo sapiens Beta-2-microglobulin Proteins 0.000 claims 3
- 102000000704 Interleukin-7 Human genes 0.000 claims 3
- 102000002698 KIR Receptors Human genes 0.000 claims 2
- 102100032101 Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9 Human genes 0.000 claims 2
- 102100035875 C-C chemokine receptor type 5 Human genes 0.000 claims 1
- 101710149870 C-C chemokine receptor type 5 Proteins 0.000 claims 1
- ODINCKMPIJJUCX-UHFFFAOYSA-N Calcium oxide Chemical compound [Ca]=O ODINCKMPIJJUCX-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- 241000255925 Diptera Species 0.000 claims 1
- 101001000998 Homo sapiens Protein phosphatase 1 regulatory subunit 12C Proteins 0.000 claims 1
- 108010017511 Interleukin-13 Receptors Proteins 0.000 claims 1
- 102100039078 Interleukin-4 receptor subunit alpha Human genes 0.000 claims 1
- 102100035620 Protein phosphatase 1 regulatory subunit 12C Human genes 0.000 claims 1
- 239000002253 acid Substances 0.000 claims 1
- 108020005243 folate receptor Proteins 0.000 claims 1
- 102000006815 folate receptor Human genes 0.000 claims 1
- 229950009090 ocaratuzumab Drugs 0.000 claims 1
- 230000002381 testicular Effects 0.000 claims 1
- 229950004593 ublituximab Drugs 0.000 claims 1
- 238000002648 combination therapy Methods 0.000 abstract 1
- 210000004263 induced pluripotent stem cell Anatomy 0.000 description 190
- 102100029185 Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III-B Human genes 0.000 description 84
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 description 41
- 238000013461 design Methods 0.000 description 27
- 102100021592 Interleukin-7 Human genes 0.000 description 18
- 102000015736 beta 2-Microglobulin Human genes 0.000 description 16
- 108010081355 beta 2-Microglobulin Proteins 0.000 description 16
- 210000001778 pluripotent stem cell Anatomy 0.000 description 16
- 150000007523 nucleic acids Chemical group 0.000 description 15
- 230000002829 reductive effect Effects 0.000 description 15
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 14
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 14
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 14
- 230000008672 reprogramming Effects 0.000 description 14
- 108010076504 Protein Sorting Signals Proteins 0.000 description 13
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 13
- 210000004698 lymphocyte Anatomy 0.000 description 12
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 12
- 125000006850 spacer group Chemical group 0.000 description 12
- 230000035899 viability Effects 0.000 description 12
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 11
- 102100032218 Cytokine-inducible SH2-containing protein Human genes 0.000 description 10
- 108010012154 cytokine inducible SH2-containing protein Proteins 0.000 description 10
- 210000002242 embryoid body Anatomy 0.000 description 10
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 10
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 10
- 210000000440 neutrophil Anatomy 0.000 description 10
- 230000035755 proliferation Effects 0.000 description 10
- 108700026244 Open Reading Frames Proteins 0.000 description 9
- 108700019146 Transgenes Proteins 0.000 description 9
- 210000002540 macrophage Anatomy 0.000 description 9
- 210000001654 germ layer Anatomy 0.000 description 8
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 8
- 239000002609 medium Substances 0.000 description 8
- 210000004379 membrane Anatomy 0.000 description 8
- 210000003716 mesoderm Anatomy 0.000 description 8
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 8
- 230000000735 allogeneic effect Effects 0.000 description 7
- 230000033228 biological regulation Effects 0.000 description 7
- 230000003915 cell function Effects 0.000 description 7
- 230000010261 cell growth Effects 0.000 description 7
- 230000022534 cell killing Effects 0.000 description 7
- 210000002889 endothelial cell Anatomy 0.000 description 7
- 239000003112 inhibitor Substances 0.000 description 7
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 7
- 210000002894 multi-fate stem cell Anatomy 0.000 description 7
- 230000008569 process Effects 0.000 description 7
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 7
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 7
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 description 6
- 108700018351 Major Histocompatibility Complex Proteins 0.000 description 6
- 241000699666 Mus <mouse, genus> Species 0.000 description 6
- 239000011230 binding agent Substances 0.000 description 6
- 230000020411 cell activation Effects 0.000 description 6
- 238000012258 culturing Methods 0.000 description 6
- 102000003675 cytokine receptors Human genes 0.000 description 6
- 108010057085 cytokine receptors Proteins 0.000 description 6
- 230000007812 deficiency Effects 0.000 description 6
- 210000003981 ectoderm Anatomy 0.000 description 6
- 210000001671 embryonic stem cell Anatomy 0.000 description 6
- 210000001900 endoderm Anatomy 0.000 description 6
- 210000002950 fibroblast Anatomy 0.000 description 6
- 239000001963 growth medium Substances 0.000 description 6
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 6
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 6
- 150000003384 small molecules Chemical class 0.000 description 6
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 6
- 230000020382 suppression by virus of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I Effects 0.000 description 6
- 230000032258 transport Effects 0.000 description 6
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 5
- 230000003213 activating effect Effects 0.000 description 5
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 5
- 238000004113 cell culture Methods 0.000 description 5
- 230000024245 cell differentiation Effects 0.000 description 5
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 description 5
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 5
- 229960002204 daratumumab Drugs 0.000 description 5
- 210000000265 leukocyte Anatomy 0.000 description 5
- 238000012423 maintenance Methods 0.000 description 5
- 210000003071 memory t lymphocyte Anatomy 0.000 description 5
- 239000000047 product Substances 0.000 description 5
- 230000000717 retained effect Effects 0.000 description 5
- 230000019491 signal transduction Effects 0.000 description 5
- 241000214054 Equine rhinitis A virus Species 0.000 description 4
- 241000710198 Foot-and-mouth disease virus Species 0.000 description 4
- 101000991061 Homo sapiens MHC class I polypeptide-related sequence B Proteins 0.000 description 4
- 108010073807 IgG Receptors Proteins 0.000 description 4
- 102000009490 IgG Receptors Human genes 0.000 description 4
- 102100030300 MHC class I polypeptide-related sequence B Human genes 0.000 description 4
- 230000006051 NK cell activation Effects 0.000 description 4
- 241001648840 Thosea asigna virus Species 0.000 description 4
- 230000002411 adverse Effects 0.000 description 4
- 235000001014 amino acid Nutrition 0.000 description 4
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 description 4
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 4
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 4
- 210000004443 dendritic cell Anatomy 0.000 description 4
- 238000011161 development Methods 0.000 description 4
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 4
- 238000012239 gene modification Methods 0.000 description 4
- 230000005017 genetic modification Effects 0.000 description 4
- 235000013617 genetically modified food Nutrition 0.000 description 4
- 230000006698 induction Effects 0.000 description 4
- 210000001082 somatic cell Anatomy 0.000 description 4
- RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N thymine Chemical compound CC1=CNC(=O)NC1=O RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 230000001052 transient effect Effects 0.000 description 4
- 230000014616 translation Effects 0.000 description 4
- 239000013603 viral vector Substances 0.000 description 4
- 102000011727 Caspases Human genes 0.000 description 3
- 108010076667 Caspases Proteins 0.000 description 3
- 102100026234 Cytokine receptor common subunit gamma Human genes 0.000 description 3
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 3
- 230000033616 DNA repair Effects 0.000 description 3
- 108010042407 Endonucleases Proteins 0.000 description 3
- 108700024394 Exon Proteins 0.000 description 3
- 102000010834 Extracellular Matrix Proteins Human genes 0.000 description 3
- 108010037362 Extracellular Matrix Proteins Proteins 0.000 description 3
- 102000001267 GSK3 Human genes 0.000 description 3
- 108060006662 GSK3 Proteins 0.000 description 3
- 108010021625 Immunoglobulin Fragments Proteins 0.000 description 3
- 102000008394 Immunoglobulin Fragments Human genes 0.000 description 3
- 102000015271 Intercellular Adhesion Molecule-1 Human genes 0.000 description 3
- 108010017535 Interleukin-15 Receptors Proteins 0.000 description 3
- 102100033627 Killer cell immunoglobulin-like receptor 3DL1 Human genes 0.000 description 3
- 102100029204 Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor II-a Human genes 0.000 description 3
- 101710099301 Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III-A Proteins 0.000 description 3
- 102000043129 MHC class I family Human genes 0.000 description 3
- 108091054437 MHC class I family Proteins 0.000 description 3
- 102000018697 Membrane Proteins Human genes 0.000 description 3
- 108010052285 Membrane Proteins Proteins 0.000 description 3
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 3
- 108010029485 Protein Isoforms Proteins 0.000 description 3
- 102000001708 Protein Isoforms Human genes 0.000 description 3
- 102000006601 Thymidine Kinase Human genes 0.000 description 3
- 108020004440 Thymidine kinase Proteins 0.000 description 3
- 102000040945 Transcription factor Human genes 0.000 description 3
- 108091023040 Transcription factor Proteins 0.000 description 3
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 3
- 102100022748 Wilms tumor protein Human genes 0.000 description 3
- 101710127857 Wilms tumor protein Proteins 0.000 description 3
- 230000005540 biological transmission Effects 0.000 description 3
- 210000002459 blastocyst Anatomy 0.000 description 3
- 239000011575 calcium Substances 0.000 description 3
- 230000004663 cell proliferation Effects 0.000 description 3
- 238000002659 cell therapy Methods 0.000 description 3
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 3
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 3
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 description 3
- 230000016396 cytokine production Effects 0.000 description 3
- 230000009089 cytolysis Effects 0.000 description 3
- 230000001086 cytosolic effect Effects 0.000 description 3
- 210000001151 cytotoxic T lymphocyte Anatomy 0.000 description 3
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 3
- 230000009977 dual effect Effects 0.000 description 3
- 230000003511 endothelial effect Effects 0.000 description 3
- 210000002744 extracellular matrix Anatomy 0.000 description 3
- 230000012010 growth Effects 0.000 description 3
- 210000002443 helper t lymphocyte Anatomy 0.000 description 3
- 230000028993 immune response Effects 0.000 description 3
- 238000009169 immunotherapy Methods 0.000 description 3
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 3
- 230000000977 initiatory effect Effects 0.000 description 3
- 230000000670 limiting effect Effects 0.000 description 3
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 3
- 230000035800 maturation Effects 0.000 description 3
- 230000005012 migration Effects 0.000 description 3
- 238000013508 migration Methods 0.000 description 3
- 230000003278 mimic effect Effects 0.000 description 3
- 239000002829 mitogen activated protein kinase inhibitor Substances 0.000 description 3
- 210000001616 monocyte Anatomy 0.000 description 3
- NFVJNJQRWPQVOA-UHFFFAOYSA-N n-[2-chloro-5-(trifluoromethyl)phenyl]-2-[3-(4-ethyl-5-ethylsulfanyl-1,2,4-triazol-3-yl)piperidin-1-yl]acetamide Chemical compound CCN1C(SCC)=NN=C1C1CN(CC(=O)NC=2C(=CC=C(C=2)C(F)(F)F)Cl)CCC1 NFVJNJQRWPQVOA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 230000002018 overexpression Effects 0.000 description 3
- 230000037361 pathway Effects 0.000 description 3
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 description 3
- 230000006337 proteolytic cleavage Effects 0.000 description 3
- 230000004044 response Effects 0.000 description 3
- 239000011435 rock Substances 0.000 description 3
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 3
- 230000000638 stimulation Effects 0.000 description 3
- 210000002536 stromal cell Anatomy 0.000 description 3
- 230000004797 therapeutic response Effects 0.000 description 3
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 3
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 3
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 3
- 102000035160 transmembrane proteins Human genes 0.000 description 3
- 108091005703 transmembrane proteins Proteins 0.000 description 3
- 230000005909 tumor killing Effects 0.000 description 3
- 108010027122 ADP-ribosyl Cyclase 1 Proteins 0.000 description 2
- 102000018667 ADP-ribosyl Cyclase 1 Human genes 0.000 description 2
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 description 2
- 229940122531 Anaplastic lymphoma kinase inhibitor Drugs 0.000 description 2
- 210000001266 CD8-positive T-lymphocyte Anatomy 0.000 description 2
- OYPRJOBELJOOCE-UHFFFAOYSA-N Calcium Chemical compound [Ca] OYPRJOBELJOOCE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108091007741 Chimeric antigen receptor T cells Proteins 0.000 description 2
- 108091033380 Coding strand Proteins 0.000 description 2
- 102000000311 Cytosine Deaminase Human genes 0.000 description 2
- 108010080611 Cytosine Deaminase Proteins 0.000 description 2
- 102100035273 E3 ubiquitin-protein ligase CBL-B Human genes 0.000 description 2
- 101710141336 E3 ubiquitin-protein ligase CBL-B Proteins 0.000 description 2
- 102100031780 Endonuclease Human genes 0.000 description 2
- 102100021260 Galactosylgalactosylxylosylprotein 3-beta-glucuronosyltransferase 1 Human genes 0.000 description 2
- 241000282412 Homo Species 0.000 description 2
- 101001055227 Homo sapiens Cytokine receptor common subunit gamma Proteins 0.000 description 2
- 101000894906 Homo sapiens Galactosylgalactosylxylosylprotein 3-beta-glucuronosyltransferase 1 Proteins 0.000 description 2
- 101000878602 Homo sapiens Immunoglobulin alpha Fc receptor Proteins 0.000 description 2
- 101000917826 Homo sapiens Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor II-a Proteins 0.000 description 2
- 101000917824 Homo sapiens Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor II-b Proteins 0.000 description 2
- 101000884271 Homo sapiens Signal transducer CD24 Proteins 0.000 description 2
- 108060003951 Immunoglobulin Proteins 0.000 description 2
- 102100038005 Immunoglobulin alpha Fc receptor Human genes 0.000 description 2
- 102000004556 Interleukin-15 Receptors Human genes 0.000 description 2
- 108010038486 Interleukin-4 Receptors Proteins 0.000 description 2
- 102000010787 Interleukin-4 Receptors Human genes 0.000 description 2
- 229940124647 MEK inhibitor Drugs 0.000 description 2
- 201000007114 MHC class I deficiency Diseases 0.000 description 2
- 208000034578 Multiple myelomas Diseases 0.000 description 2
- 108010001880 NK Cell Lectin-Like Receptor Subfamily C Proteins 0.000 description 2
- 108010001657 NK Cell Lectin-Like Receptor Subfamily K Proteins 0.000 description 2
- 102000002755 Natural Cytotoxicity Triggering Receptor 1 Human genes 0.000 description 2
- 108010004220 Natural Cytotoxicity Triggering Receptor 2 Proteins 0.000 description 2
- 102000002751 Natural Cytotoxicity Triggering Receptor 2 Human genes 0.000 description 2
- 102000002752 Natural Cytotoxicity Triggering Receptor 3 Human genes 0.000 description 2
- 102000015636 Oligopeptides Human genes 0.000 description 2
- 108010038807 Oligopeptides Proteins 0.000 description 2
- 102000011755 Phosphoglycerate Kinase Human genes 0.000 description 2
- 206010035226 Plasma cell myeloma Diseases 0.000 description 2
- 102100037935 Polyubiquitin-C Human genes 0.000 description 2
- 102100038081 Signal transducer CD24 Human genes 0.000 description 2
- 108091005735 TGF-beta receptors Proteins 0.000 description 2
- 238000012338 Therapeutic targeting Methods 0.000 description 2
- 101001099217 Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / DSM 3109 / JCM 10099 / NBRC 100826 / MSB8) Triosephosphate isomerase Proteins 0.000 description 2
- 108020004566 Transfer RNA Proteins 0.000 description 2
- 102000016715 Transforming Growth Factor beta Receptors Human genes 0.000 description 2
- 108060008682 Tumor Necrosis Factor Proteins 0.000 description 2
- 108010056354 Ubiquitin C Proteins 0.000 description 2
- ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N Uracil Chemical compound O=C1C=CNC(=O)N1 ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000003044 adaptive effect Effects 0.000 description 2
- 230000006907 apoptotic process Effects 0.000 description 2
- 230000004888 barrier function Effects 0.000 description 2
- 230000004071 biological effect Effects 0.000 description 2
- 210000001185 bone marrow Anatomy 0.000 description 2
- 229910052791 calcium Inorganic materials 0.000 description 2
- 230000011712 cell development Effects 0.000 description 2
- 230000008614 cellular interaction Effects 0.000 description 2
- 238000002512 chemotherapy Methods 0.000 description 2
- 108700010039 chimeric receptor Proteins 0.000 description 2
- 230000002759 chromosomal effect Effects 0.000 description 2
- 210000001228 classical NK T cell Anatomy 0.000 description 2
- 230000004540 complement-dependent cytotoxicity Effects 0.000 description 2
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Chemical compound NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000032459 dedifferentiation Effects 0.000 description 2
- 210000004207 dermis Anatomy 0.000 description 2
- 238000010494 dissociation reaction Methods 0.000 description 2
- 230000005593 dissociations Effects 0.000 description 2
- 239000003596 drug target Substances 0.000 description 2
- 230000008030 elimination Effects 0.000 description 2
- 238000003379 elimination reaction Methods 0.000 description 2
- 230000013020 embryo development Effects 0.000 description 2
- 230000001973 epigenetic effect Effects 0.000 description 2
- 230000001667 episodic effect Effects 0.000 description 2
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 2
- 238000000684 flow cytometry Methods 0.000 description 2
- 229940014144 folate Drugs 0.000 description 2
- 235000019152 folic acid Nutrition 0.000 description 2
- 239000011724 folic acid Substances 0.000 description 2
- OVBPIULPVIDEAO-LBPRGKRZSA-N folic acid Chemical compound C=1N=C2NC(N)=NC(=O)C2=NC=1CNC1=CC=C(C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O)C=C1 OVBPIULPVIDEAO-LBPRGKRZSA-N 0.000 description 2
- 238000003209 gene knockout Methods 0.000 description 2
- 230000005283 ground state Effects 0.000 description 2
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N guanine Chemical compound O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000002519 immonomodulatory effect Effects 0.000 description 2
- 230000037451 immune surveillance Effects 0.000 description 2
- 102000018358 immunoglobulin Human genes 0.000 description 2
- 238000010348 incorporation Methods 0.000 description 2
- 238000001802 infusion Methods 0.000 description 2
- 230000005764 inhibitory process Effects 0.000 description 2
- 230000004068 intracellular signaling Effects 0.000 description 2
- 150000002632 lipids Chemical class 0.000 description 2
- 229920002521 macromolecule Polymers 0.000 description 2
- 230000036210 malignancy Effects 0.000 description 2
- 210000001161 mammalian embryo Anatomy 0.000 description 2
- 210000003593 megakaryocyte Anatomy 0.000 description 2
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 2
- 210000004287 null lymphocyte Anatomy 0.000 description 2
- 235000015097 nutrients Nutrition 0.000 description 2
- 239000004033 plastic Substances 0.000 description 2
- 210000004986 primary T-cell Anatomy 0.000 description 2
- 229940002612 prodrug Drugs 0.000 description 2
- 239000000651 prodrug Substances 0.000 description 2
- 230000002062 proliferating effect Effects 0.000 description 2
- 230000001737 promoting effect Effects 0.000 description 2
- 230000007115 recruitment Effects 0.000 description 2
- 230000022532 regulation of transcription, DNA-dependent Effects 0.000 description 2
- 210000003289 regulatory T cell Anatomy 0.000 description 2
- 230000003248 secreting effect Effects 0.000 description 2
- 230000028327 secretion Effects 0.000 description 2
- 239000002356 single layer Substances 0.000 description 2
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 2
- 230000008093 supporting effect Effects 0.000 description 2
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 2
- 230000009885 systemic effect Effects 0.000 description 2
- 230000002123 temporal effect Effects 0.000 description 2
- 229940113082 thymine Drugs 0.000 description 2
- 230000001988 toxicity Effects 0.000 description 2
- 231100000419 toxicity Toxicity 0.000 description 2
- 210000003171 tumor-infiltrating lymphocyte Anatomy 0.000 description 2
- MZOFCQQQCNRIBI-VMXHOPILSA-N (3s)-4-[[(2s)-1-[[(2s)-1-[[(1s)-1-carboxy-2-hydroxyethyl]amino]-4-methyl-1-oxopentan-2-yl]amino]-5-(diaminomethylideneamino)-1-oxopentan-2-yl]amino]-3-[[2-[[(2s)-2,6-diaminohexanoyl]amino]acetyl]amino]-4-oxobutanoic acid Chemical compound OC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](CCCN=C(N)N)NC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)CNC(=O)[C@@H](N)CCCCN MZOFCQQQCNRIBI-VMXHOPILSA-N 0.000 description 1
- FSPQCTGGIANIJZ-UHFFFAOYSA-N 2-[[(3,4-dimethoxyphenyl)-oxomethyl]amino]-4,5,6,7-tetrahydro-1-benzothiophene-3-carboxamide Chemical compound C1=C(OC)C(OC)=CC=C1C(=O)NC1=C(C(N)=O)C(CCCC2)=C2S1 FSPQCTGGIANIJZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- AHLWZBVXSWOPPL-RGYGYFBISA-N 20-deoxy-20-oxophorbol 12-myristate 13-acetate Chemical compound C([C@]1(O)C(=O)C(C)=C[C@H]1[C@@]1(O)[C@H](C)[C@H]2OC(=O)CCCCCCCCCCCCC)C(C=O)=C[C@H]1[C@H]1[C@]2(OC(C)=O)C1(C)C AHLWZBVXSWOPPL-RGYGYFBISA-N 0.000 description 1
- 102000002627 4-1BB Ligand Human genes 0.000 description 1
- 108010005465 AC133 Antigen Proteins 0.000 description 1
- 102000005908 AC133 Antigen Human genes 0.000 description 1
- PWJFNRJRHXWEPT-UHFFFAOYSA-N ADP ribose Natural products C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1C1OC(COP(O)(=O)OP(O)(=O)OCC(O)C(O)C(O)C=O)C(O)C1O PWJFNRJRHXWEPT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- SRNWOUGRCWSEMX-KEOHHSTQSA-N ADP-beta-D-ribose Chemical compound C([C@H]1O[C@H]([C@@H]([C@@H]1O)O)N1C=2N=CN=C(C=2N=C1)N)OP(O)(=O)OP(O)(=O)OC[C@H]1O[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H]1O SRNWOUGRCWSEMX-KEOHHSTQSA-N 0.000 description 1
- 229930024421 Adenine Natural products 0.000 description 1
- GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N Adenine Chemical compound NC1=NC=NC2=C1N=CN2 GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101150076800 B2M gene Proteins 0.000 description 1
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 1
- 102100037086 Bone marrow stromal antigen 2 Human genes 0.000 description 1
- 238000011357 CAR T-cell therapy Methods 0.000 description 1
- 102100038078 CD276 antigen Human genes 0.000 description 1
- 108010041397 CD4 Antigens Proteins 0.000 description 1
- 108010084313 CD58 Antigens Proteins 0.000 description 1
- 102000000905 Cadherin Human genes 0.000 description 1
- 108050007957 Cadherin Proteins 0.000 description 1
- 241000710190 Cardiovirus Species 0.000 description 1
- 102000014914 Carrier Proteins Human genes 0.000 description 1
- 108090000397 Caspase 3 Proteins 0.000 description 1
- 108090000567 Caspase 7 Proteins 0.000 description 1
- 102100029855 Caspase-3 Human genes 0.000 description 1
- 102100038902 Caspase-7 Human genes 0.000 description 1
- 102100026550 Caspase-9 Human genes 0.000 description 1
- 108090000566 Caspase-9 Proteins 0.000 description 1
- 108090000994 Catalytic RNA Proteins 0.000 description 1
- 102000053642 Catalytic RNA Human genes 0.000 description 1
- 241000251730 Chondrichthyes Species 0.000 description 1
- 101710178046 Chorismate synthase 1 Proteins 0.000 description 1
- 108010077544 Chromatin Proteins 0.000 description 1
- 101710152695 Cysteine synthase 1 Proteins 0.000 description 1
- 101710189311 Cytokine receptor common subunit gamma Proteins 0.000 description 1
- 230000007067 DNA methylation Effects 0.000 description 1
- 230000004543 DNA replication Effects 0.000 description 1
- 206010011878 Deafness Diseases 0.000 description 1
- 102100036466 Delta-like protein 3 Human genes 0.000 description 1
- BWGNESOTFCXPMA-UHFFFAOYSA-N Dihydrogen disulfide Chemical compound SS BWGNESOTFCXPMA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102100025682 Dystroglycan 1 Human genes 0.000 description 1
- 102000012804 EPCAM Human genes 0.000 description 1
- 101150084967 EPCAM gene Proteins 0.000 description 1
- 241000710188 Encephalomyocarditis virus Species 0.000 description 1
- 102100037241 Endoglin Human genes 0.000 description 1
- 102000004533 Endonucleases Human genes 0.000 description 1
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 1
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 1
- 108091060211 Expressed sequence tag Proteins 0.000 description 1
- 108010021468 Fc gamma receptor IIA Proteins 0.000 description 1
- 108010021472 Fc gamma receptor IIB Proteins 0.000 description 1
- 102100035139 Folate receptor alpha Human genes 0.000 description 1
- 102100035143 Folate receptor gamma Human genes 0.000 description 1
- 241001251094 Formica Species 0.000 description 1
- 241000233866 Fungi Species 0.000 description 1
- 108090000045 G-Protein-Coupled Receptors Proteins 0.000 description 1
- 102000003688 G-Protein-Coupled Receptors Human genes 0.000 description 1
- 206010071602 Genetic polymorphism Diseases 0.000 description 1
- 102000025850 HLA-A2 Antigen Human genes 0.000 description 1
- 108010074032 HLA-A2 Antigen Proteins 0.000 description 1
- 101000740785 Homo sapiens Bone marrow stromal antigen 2 Proteins 0.000 description 1
- 101000884279 Homo sapiens CD276 antigen Proteins 0.000 description 1
- 101000916489 Homo sapiens Chondroitin sulfate proteoglycan 4 Proteins 0.000 description 1
- 101000928513 Homo sapiens Delta-like protein 3 Proteins 0.000 description 1
- 101000881679 Homo sapiens Endoglin Proteins 0.000 description 1
- 101001023230 Homo sapiens Folate receptor alpha Proteins 0.000 description 1
- 101001023202 Homo sapiens Folate receptor gamma Proteins 0.000 description 1
- 101001103039 Homo sapiens Inactive tyrosine-protein kinase transmembrane receptor ROR1 Proteins 0.000 description 1
- 101000935043 Homo sapiens Integrin beta-1 Proteins 0.000 description 1
- 101000599862 Homo sapiens Intercellular adhesion molecule 3 Proteins 0.000 description 1
- 101001063456 Homo sapiens Leucine-rich repeat-containing G-protein coupled receptor 5 Proteins 0.000 description 1
- 101001023379 Homo sapiens Lysosome-associated membrane glycoprotein 1 Proteins 0.000 description 1
- 101001103036 Homo sapiens Nuclear receptor ROR-alpha Proteins 0.000 description 1
- 101000829725 Homo sapiens Phospholipid hydroperoxide glutathione peroxidase Proteins 0.000 description 1
- 101001126417 Homo sapiens Platelet-derived growth factor receptor alpha Proteins 0.000 description 1
- 101001056234 Homo sapiens Sperm mitochondrial-associated cysteine-rich protein Proteins 0.000 description 1
- 101000800116 Homo sapiens Thy-1 membrane glycoprotein Proteins 0.000 description 1
- 101000687905 Homo sapiens Transcription factor SOX-2 Proteins 0.000 description 1
- 101000801255 Homo sapiens Tumor necrosis factor receptor superfamily member 17 Proteins 0.000 description 1
- 101000604583 Homo sapiens Tyrosine-protein kinase SYK Proteins 0.000 description 1
- 101100377226 Homo sapiens ZBTB16 gene Proteins 0.000 description 1
- 102000009438 IgE Receptors Human genes 0.000 description 1
- 108010073816 IgE Receptors Proteins 0.000 description 1
- 102000018071 Immunoglobulin Fc Fragments Human genes 0.000 description 1
- 108010091135 Immunoglobulin Fc Fragments Proteins 0.000 description 1
- 102100039615 Inactive tyrosine-protein kinase transmembrane receptor ROR1 Human genes 0.000 description 1
- 102100025304 Integrin beta-1 Human genes 0.000 description 1
- 102100037871 Intercellular adhesion molecule 3 Human genes 0.000 description 1
- 102100037850 Interferon gamma Human genes 0.000 description 1
- 108010074328 Interferon-gamma Proteins 0.000 description 1
- 108010066719 Interleukin Receptor Common gamma Subunit Proteins 0.000 description 1
- 102000018682 Interleukin Receptor Common gamma Subunit Human genes 0.000 description 1
- 108010038453 Interleukin-2 Receptors Proteins 0.000 description 1
- 102000010789 Interleukin-2 Receptors Human genes 0.000 description 1
- 108010017411 Interleukin-21 Receptors Proteins 0.000 description 1
- 102000004527 Interleukin-21 Receptors Human genes 0.000 description 1
- 108010038498 Interleukin-7 Receptors Proteins 0.000 description 1
- 102000010782 Interleukin-7 Receptors Human genes 0.000 description 1
- 108010038414 Interleukin-9 Receptors Proteins 0.000 description 1
- 102000010682 Interleukin-9 Receptors Human genes 0.000 description 1
- 108091092195 Intron Proteins 0.000 description 1
- OUYCCCASQSFEME-QMMMGPOBSA-N L-tyrosine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=C(O)C=C1 OUYCCCASQSFEME-QMMMGPOBSA-N 0.000 description 1
- 102100031036 Leucine-rich repeat-containing G-protein coupled receptor 5 Human genes 0.000 description 1
- 108090000543 Ligand-Gated Ion Channels Proteins 0.000 description 1
- 102000004086 Ligand-Gated Ion Channels Human genes 0.000 description 1
- 102100029205 Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor II-b Human genes 0.000 description 1
- 102100035133 Lysosome-associated membrane glycoprotein 1 Human genes 0.000 description 1
- 102000043136 MAP kinase family Human genes 0.000 description 1
- 108091054455 MAP kinase family Proteins 0.000 description 1
- 108010031034 MHC class I-related chain A Proteins 0.000 description 1
- 102000042218 MIC family Human genes 0.000 description 1
- 108091077479 MIC family Proteins 0.000 description 1
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 description 1
- 210000002361 Megakaryocyte Progenitor Cell Anatomy 0.000 description 1
- 108020005196 Mitochondrial DNA Proteins 0.000 description 1
- 229930192392 Mitomycin Natural products 0.000 description 1
- 102000006833 Multifunctional Enzymes Human genes 0.000 description 1
- 108010047290 Multifunctional Enzymes Proteins 0.000 description 1
- 102000007474 Multiprotein Complexes Human genes 0.000 description 1
- 108010085220 Multiprotein Complexes Proteins 0.000 description 1
- 241000711408 Murine respirovirus Species 0.000 description 1
- 241000699670 Mus sp. Species 0.000 description 1
- NWIBSHFKIJFRCO-WUDYKRTCSA-N Mytomycin Chemical compound C1N2C(C(C(C)=C(N)C3=O)=O)=C3[C@@H](COC(N)=O)[C@@]2(OC)[C@@H]2[C@H]1N2 NWIBSHFKIJFRCO-WUDYKRTCSA-N 0.000 description 1
- 102000005650 Notch Receptors Human genes 0.000 description 1
- 108010070047 Notch Receptors Proteins 0.000 description 1
- 108020004711 Nucleic Acid Probes Proteins 0.000 description 1
- 102100035423 POU domain, class 5, transcription factor 1 Human genes 0.000 description 1
- 101710126211 POU domain, class 5, transcription factor 1 Proteins 0.000 description 1
- 241001602688 Pama Species 0.000 description 1
- 102000007079 Peptide Fragments Human genes 0.000 description 1
- 108010033276 Peptide Fragments Proteins 0.000 description 1
- 206010057249 Phagocytosis Diseases 0.000 description 1
- 102100024616 Platelet endothelial cell adhesion molecule Human genes 0.000 description 1
- 102100030485 Platelet-derived growth factor receptor alpha Human genes 0.000 description 1
- 108700003766 Promyelocytic Leukemia Zinc Finger Proteins 0.000 description 1
- 102100032831 Protein ITPRID2 Human genes 0.000 description 1
- 102000004278 Receptor Protein-Tyrosine Kinases Human genes 0.000 description 1
- 108090000873 Receptor Protein-Tyrosine Kinases Proteins 0.000 description 1
- 102100020718 Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3 Human genes 0.000 description 1
- 101710151245 Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3 Proteins 0.000 description 1
- 108091028664 Ribonucleotide Proteins 0.000 description 1
- 102100031778 SH2 domain-containing protein 1B Human genes 0.000 description 1
- 101710097986 SH2 domain-containing protein 1B Proteins 0.000 description 1
- MTCFGRXMJLQNBG-UHFFFAOYSA-N Serine Natural products OCC(N)C(O)=O MTCFGRXMJLQNBG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010003723 Single-Domain Antibodies Proteins 0.000 description 1
- 108091027967 Small hairpin RNA Proteins 0.000 description 1
- 102100026503 Sperm mitochondrial-associated cysteine-rich protein Human genes 0.000 description 1
- 101000874347 Streptococcus agalactiae IgA FC receptor Proteins 0.000 description 1
- 230000006044 T cell activation Effects 0.000 description 1
- 210000000662 T-lymphocyte subset Anatomy 0.000 description 1
- 101150057140 TACSTD1 gene Proteins 0.000 description 1
- 101150011263 Tap2 gene Proteins 0.000 description 1
- 206010043276 Teratoma Diseases 0.000 description 1
- 210000000447 Th1 cell Anatomy 0.000 description 1
- 210000004241 Th2 cell Anatomy 0.000 description 1
- 102100033523 Thy-1 membrane glycoprotein Human genes 0.000 description 1
- 102100024270 Transcription factor SOX-2 Human genes 0.000 description 1
- 102100023935 Transmembrane glycoprotein NMB Human genes 0.000 description 1
- 102000000852 Tumor Necrosis Factor-alpha Human genes 0.000 description 1
- 102000001742 Tumor Suppressor Proteins Human genes 0.000 description 1
- 108010040002 Tumor Suppressor Proteins Proteins 0.000 description 1
- 102100040247 Tumor necrosis factor Human genes 0.000 description 1
- 102100033726 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 17 Human genes 0.000 description 1
- 102100038183 Tyrosine-protein kinase SYK Human genes 0.000 description 1
- 230000004156 Wnt signaling pathway Effects 0.000 description 1
- 208000027418 Wounds and injury Diseases 0.000 description 1
- 210000001766 X chromosome Anatomy 0.000 description 1
- 108010017070 Zinc Finger Nucleases Proteins 0.000 description 1
- 102100040314 Zinc finger and BTB domain-containing protein 16 Human genes 0.000 description 1
- 230000004721 adaptive immunity Effects 0.000 description 1
- 229960000643 adenine Drugs 0.000 description 1
- 230000001464 adherent effect Effects 0.000 description 1
- 210000004504 adult stem cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000013019 agitation Methods 0.000 description 1
- 229960000548 alemtuzumab Drugs 0.000 description 1
- 238000011129 allogeneic cell therapy Methods 0.000 description 1
- 125000000539 amino acid group Chemical group 0.000 description 1
- 230000000692 anti-sense effect Effects 0.000 description 1
- 230000000259 anti-tumor effect Effects 0.000 description 1
- 238000009175 antibody therapy Methods 0.000 description 1
- 230000030741 antigen processing and presentation Effects 0.000 description 1
- 229940127079 antineoplastic immunimodulatory agent Drugs 0.000 description 1
- 210000004507 artificial chromosome Anatomy 0.000 description 1
- 230000003305 autocrine Effects 0.000 description 1
- 210000003651 basophil Anatomy 0.000 description 1
- 108091008324 binding proteins Proteins 0.000 description 1
- 230000031018 biological processes and functions Effects 0.000 description 1
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 description 1
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 1
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 1
- 238000002619 cancer immunotherapy Methods 0.000 description 1
- 150000001720 carbohydrates Chemical class 0.000 description 1
- 230000021164 cell adhesion Effects 0.000 description 1
- 239000006143 cell culture medium Substances 0.000 description 1
- 230000030833 cell death Effects 0.000 description 1
- 230000005859 cell recognition Effects 0.000 description 1
- 239000006285 cell suspension Substances 0.000 description 1
- 230000003833 cell viability Effects 0.000 description 1
- 230000005754 cellular signaling Effects 0.000 description 1
- 238000007385 chemical modification Methods 0.000 description 1
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 1
- 230000035605 chemotaxis Effects 0.000 description 1
- 210000003483 chromatin Anatomy 0.000 description 1
- 239000013611 chromosomal DNA Substances 0.000 description 1
- 210000002808 connective tissue Anatomy 0.000 description 1
- 229940104302 cytosine Drugs 0.000 description 1
- 231100000433 cytotoxic Toxicity 0.000 description 1
- 230000001472 cytotoxic effect Effects 0.000 description 1
- 230000007402 cytotoxic response Effects 0.000 description 1
- 230000006378 damage Effects 0.000 description 1
- 230000034994 death Effects 0.000 description 1
- 230000007423 decrease Effects 0.000 description 1
- 230000003247 decreasing effect Effects 0.000 description 1
- 229940127276 delta-like ligand 3 Drugs 0.000 description 1
- 239000005547 deoxyribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000002637 deoxyribonucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 230000000779 depleting effect Effects 0.000 description 1
- 230000008021 deposition Effects 0.000 description 1
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 1
- 238000006471 dimerization reaction Methods 0.000 description 1
- 230000000447 dimerizing effect Effects 0.000 description 1
- 229960004497 dinutuximab Drugs 0.000 description 1
- 231100000371 dose-limiting toxicity Toxicity 0.000 description 1
- 230000003828 downregulation Effects 0.000 description 1
- 230000004064 dysfunction Effects 0.000 description 1
- 230000008143 early embryonic development Effects 0.000 description 1
- 230000002500 effect on skin Effects 0.000 description 1
- 210000003162 effector t lymphocyte Anatomy 0.000 description 1
- 229960004137 elotuzumab Drugs 0.000 description 1
- 201000002491 encephalomyelitis Diseases 0.000 description 1
- 210000002472 endoplasmic reticulum Anatomy 0.000 description 1
- 210000003989 endothelium vascular Anatomy 0.000 description 1
- 238000006911 enzymatic reaction Methods 0.000 description 1
- 229940088598 enzyme Drugs 0.000 description 1
- 210000003979 eosinophil Anatomy 0.000 description 1
- 210000002919 epithelial cell Anatomy 0.000 description 1
- 210000000981 epithelium Anatomy 0.000 description 1
- 210000003743 erythrocyte Anatomy 0.000 description 1
- 230000000925 erythroid effect Effects 0.000 description 1
- 230000017188 evasion or tolerance of host immune response Effects 0.000 description 1
- 230000007717 exclusion Effects 0.000 description 1
- 230000001747 exhibiting effect Effects 0.000 description 1
- 210000002219 extraembryonic membrane Anatomy 0.000 description 1
- 230000004907 flux Effects 0.000 description 1
- 230000004927 fusion Effects 0.000 description 1
- 210000004475 gamma-delta t lymphocyte Anatomy 0.000 description 1
- 238000003197 gene knockdown Methods 0.000 description 1
- 230000030279 gene silencing Effects 0.000 description 1
- 102000054766 genetic haplotypes Human genes 0.000 description 1
- 231100000024 genotoxic Toxicity 0.000 description 1
- 230000001738 genotoxic effect Effects 0.000 description 1
- 150000004676 glycans Chemical class 0.000 description 1
- 210000003714 granulocyte Anatomy 0.000 description 1
- 230000036541 health Effects 0.000 description 1
- 210000002216 heart Anatomy 0.000 description 1
- 210000003566 hemangioblast Anatomy 0.000 description 1
- 230000011132 hemopoiesis Effects 0.000 description 1
- 229940088597 hormone Drugs 0.000 description 1
- 239000005556 hormone Substances 0.000 description 1
- 210000005260 human cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000007062 hydrolysis Effects 0.000 description 1
- 238000006460 hydrolysis reaction Methods 0.000 description 1
- 238000003384 imaging method Methods 0.000 description 1
- 229940126546 immune checkpoint molecule Drugs 0.000 description 1
- 210000000987 immune system Anatomy 0.000 description 1
- 230000002779 inactivation Effects 0.000 description 1
- 239000000411 inducer Substances 0.000 description 1
- 230000006882 induction of apoptosis Effects 0.000 description 1
- 208000014674 injury Diseases 0.000 description 1
- 230000015788 innate immune response Effects 0.000 description 1
- 239000012212 insulator Substances 0.000 description 1
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 1
- 102000002467 interleukin receptors Human genes 0.000 description 1
- 108010093036 interleukin receptors Proteins 0.000 description 1
- 239000000543 intermediate Substances 0.000 description 1
- 230000009545 invasion Effects 0.000 description 1
- 229950007752 isatuximab Drugs 0.000 description 1
- 239000010410 layer Substances 0.000 description 1
- 208000032839 leukemia Diseases 0.000 description 1
- 230000021633 leukocyte mediated immunity Effects 0.000 description 1
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 1
- 244000144972 livestock Species 0.000 description 1
- 238000011068 loading method Methods 0.000 description 1
- 230000007774 longterm Effects 0.000 description 1
- 210000003712 lysosome Anatomy 0.000 description 1
- 230000001868 lysosomic effect Effects 0.000 description 1
- 230000003211 malignant effect Effects 0.000 description 1
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 1
- 238000010297 mechanical methods and process Methods 0.000 description 1
- 239000012913 medium supplement Substances 0.000 description 1
- 210000000135 megakaryocyte-erythroid progenitor cell Anatomy 0.000 description 1
- 201000001441 melanoma Diseases 0.000 description 1
- 108091070501 miRNA Proteins 0.000 description 1
- 239000002679 microRNA Substances 0.000 description 1
- 229960004857 mitomycin Drugs 0.000 description 1
- 230000000394 mitotic effect Effects 0.000 description 1
- 238000004264 monolayer culture Methods 0.000 description 1
- 210000005087 mononuclear cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000000877 morphologic effect Effects 0.000 description 1
- 210000003205 muscle Anatomy 0.000 description 1
- 210000000663 muscle cell Anatomy 0.000 description 1
- 210000000066 myeloid cell Anatomy 0.000 description 1
- 239000013642 negative control Substances 0.000 description 1
- 210000001178 neural stem cell Anatomy 0.000 description 1
- 210000002569 neuron Anatomy 0.000 description 1
- QOTXBMGJKFVZRD-HISDBWNOSA-O nicotinic acid-adenine dinucleotide phosphate Chemical compound [N+]1([C@@H]2O[C@@H]([C@H]([C@H]2O)O)COP(O)(=O)OP(O)(=O)OC[C@H]2O[C@H]([C@@H]([C@@H]2O)OP(O)(O)=O)N2C=3N=CN=C(C=3N=C2)N)=CC=CC(C(O)=O)=C1 QOTXBMGJKFVZRD-HISDBWNOSA-O 0.000 description 1
- 231100000252 nontoxic Toxicity 0.000 description 1
- 230000003000 nontoxic effect Effects 0.000 description 1
- 239000002853 nucleic acid probe Substances 0.000 description 1
- 235000016709 nutrition Nutrition 0.000 description 1
- 229960003347 obinutuzumab Drugs 0.000 description 1
- 229960002450 ofatumumab Drugs 0.000 description 1
- 238000005457 optimization Methods 0.000 description 1
- 230000003076 paracrine Effects 0.000 description 1
- 244000045947 parasite Species 0.000 description 1
- 210000005105 peripheral blood lymphocyte Anatomy 0.000 description 1
- 229960002087 pertuzumab Drugs 0.000 description 1
- 230000008782 phagocytosis Effects 0.000 description 1
- 239000008194 pharmaceutical composition Substances 0.000 description 1
- 230000004526 pharmaceutical effect Effects 0.000 description 1
- 210000002826 placenta Anatomy 0.000 description 1
- 210000004180 plasmocyte Anatomy 0.000 description 1
- 229920000642 polymer Polymers 0.000 description 1
- 229920001282 polysaccharide Polymers 0.000 description 1
- 239000005017 polysaccharide Substances 0.000 description 1
- 230000001124 posttranscriptional effect Effects 0.000 description 1
- 230000001323 posttranslational effect Effects 0.000 description 1
- 230000003389 potentiating effect Effects 0.000 description 1
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 1
- 230000002265 prevention Effects 0.000 description 1
- 210000002996 primitive erythroblast Anatomy 0.000 description 1
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 1
- 230000000069 prophylactic effect Effects 0.000 description 1
- 238000001243 protein synthesis Methods 0.000 description 1
- 230000007420 reactivation Effects 0.000 description 1
- 230000006798 recombination Effects 0.000 description 1
- 238000005215 recombination Methods 0.000 description 1
- 230000012121 regulation of immune response Effects 0.000 description 1
- 230000010076 replication Effects 0.000 description 1
- 230000001718 repressive effect Effects 0.000 description 1
- 230000001177 retroviral effect Effects 0.000 description 1
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 description 1
- 239000002336 ribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000002652 ribonucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 108020004418 ribosomal RNA Proteins 0.000 description 1
- 108091092562 ribozyme Proteins 0.000 description 1
- 235000002020 sage Nutrition 0.000 description 1
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 1
- 125000003607 serino group Chemical group [H]N([H])[C@]([H])(C(=O)[*])C(O[H])([H])[H] 0.000 description 1
- 230000001568 sexual effect Effects 0.000 description 1
- 210000002356 skeleton Anatomy 0.000 description 1
- 239000004055 small Interfering RNA Substances 0.000 description 1
- 230000000392 somatic effect Effects 0.000 description 1
- 241000894007 species Species 0.000 description 1
- 238000001228 spectrum Methods 0.000 description 1
- 230000000087 stabilizing effect Effects 0.000 description 1
- 239000000021 stimulant Substances 0.000 description 1
- 230000035882 stress Effects 0.000 description 1
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 1
- 239000013589 supplement Substances 0.000 description 1
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 1
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 description 1
- 238000010189 synthetic method Methods 0.000 description 1
- 101150080773 tap-1 gene Proteins 0.000 description 1
- 210000001541 thymus gland Anatomy 0.000 description 1
- 231100000331 toxic Toxicity 0.000 description 1
- 230000002588 toxic effect Effects 0.000 description 1
- 108091006108 transcriptional coactivators Proteins 0.000 description 1
- 230000002103 transcriptional effect Effects 0.000 description 1
- 238000010361 transduction Methods 0.000 description 1
- 230000026683 transduction Effects 0.000 description 1
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 1
- 230000009261 transgenic effect Effects 0.000 description 1
- 230000010474 transient expression Effects 0.000 description 1
- 108091007466 transmembrane glycoproteins Proteins 0.000 description 1
- 238000002054 transplantation Methods 0.000 description 1
- 229960000575 trastuzumab Drugs 0.000 description 1
- 230000004614 tumor growth Effects 0.000 description 1
- 210000000037 type II NK T lymphocyte Anatomy 0.000 description 1
- OUYCCCASQSFEME-UHFFFAOYSA-N tyrosine Natural products OC(=O)C(N)CC1=CC=C(O)C=C1 OUYCCCASQSFEME-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000701161 unidentified adenovirus Species 0.000 description 1
- 241001430294 unidentified retrovirus Species 0.000 description 1
- 229940035893 uracil Drugs 0.000 description 1
- 229950000815 veltuzumab Drugs 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
- C07K16/18—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
- C07K16/28—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
- C07K16/30—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants from tumour cells
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K35/00—Medicinal preparations containing materials or reaction products thereof with undetermined constitution
- A61K35/12—Materials from mammals; Compositions comprising non-specified tissues or cells; Compositions comprising non-embryonic stem cells; Genetically modified cells
- A61K35/14—Blood; Artificial blood
- A61K35/17—Lymphocytes; B-cells; T-cells; Natural killer cells; Interferon-activated or cytokine-activated lymphocytes
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K39/46—Cellular immunotherapy
- A61K39/461—Cellular immunotherapy characterised by the cell type used
- A61K39/4611—T-cells, e.g. tumor infiltrating lymphocytes [TIL], lymphokine-activated killer cells [LAK] or regulatory T cells [Treg]
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K39/46—Cellular immunotherapy
- A61K39/461—Cellular immunotherapy characterised by the cell type used
- A61K39/4613—Natural-killer cells [NK or NK-T]
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K39/46—Cellular immunotherapy
- A61K39/463—Cellular immunotherapy characterised by recombinant expression
- A61K39/4631—Chimeric Antigen Receptors [CAR]
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K39/46—Cellular immunotherapy
- A61K39/464—Cellular immunotherapy characterised by the antigen targeted or presented
- A61K39/4643—Vertebrate antigens
- A61K39/4644—Cancer antigens
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K39/46—Cellular immunotherapy
- A61K39/464—Cellular immunotherapy characterised by the antigen targeted or presented
- A61K39/4643—Vertebrate antigens
- A61K39/4644—Cancer antigens
- A61K39/464402—Receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K45/00—Medicinal preparations containing active ingredients not provided for in groups A61K31/00 - A61K41/00
- A61K45/06—Mixtures of active ingredients without chemical characterisation, e.g. antiphlogistics and cardiaca
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K48/00—Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy
- A61K48/005—Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy characterised by an aspect of the 'active' part of the composition delivered, i.e. the nucleic acid delivered
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
- A61P31/12—Antivirals
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P35/00—Antineoplastic agents
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
- C07K14/705—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
- C07K14/70503—Immunoglobulin superfamily
- C07K14/7051—T-cell receptor (TcR)-CD3 complex
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
- C07K16/18—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
- C07K16/28—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
- C07K16/2803—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants against the immunoglobulin superfamily
- C07K16/2833—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants against the immunoglobulin superfamily against MHC-molecules, e.g. HLA-molecules
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
- C12N15/102—Mutagenizing nucleic acids
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
- C12N15/79—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
- C12N15/85—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for animal cells
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/87—Introduction of foreign genetic material using processes not otherwise provided for, e.g. co-transformation
- C12N15/90—Stable introduction of foreign DNA into chromosome
- C12N15/902—Stable introduction of foreign DNA into chromosome using homologous recombination
- C12N15/907—Stable introduction of foreign DNA into chromosome using homologous recombination in mammalian cells
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N5/00—Undifferentiated human, animal or plant cells, e.g. cell lines; Tissues; Cultivation or maintenance thereof; Culture media therefor
- C12N5/06—Animal cells or tissues; Human cells or tissues
- C12N5/0602—Vertebrate cells
- C12N5/0634—Cells from the blood or the immune system
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N5/00—Undifferentiated human, animal or plant cells, e.g. cell lines; Tissues; Cultivation or maintenance thereof; Culture media therefor
- C12N5/06—Animal cells or tissues; Human cells or tissues
- C12N5/0602—Vertebrate cells
- C12N5/0634—Cells from the blood or the immune system
- C12N5/0646—Natural killers cells [NK], NKT cells
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
- C12N9/14—Hydrolases (3)
- C12N9/16—Hydrolases (3) acting on ester bonds (3.1)
- C12N9/22—Ribonucleases RNAses, DNAses
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K2239/00—Indexing codes associated with cellular immunotherapy of group A61K39/46
- A61K2239/46—Indexing codes associated with cellular immunotherapy of group A61K39/46 characterised by the cancer treated
- A61K2239/48—Blood cells, e.g. leukemia or lymphoma
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K2239/00—Indexing codes associated with cellular immunotherapy of group A61K39/46
- A61K2239/46—Indexing codes associated with cellular immunotherapy of group A61K39/46 characterised by the cancer treated
- A61K2239/53—Liver
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K2239/00—Indexing codes associated with cellular immunotherapy of group A61K39/46
- A61K2239/46—Indexing codes associated with cellular immunotherapy of group A61K39/46 characterised by the cancer treated
- A61K2239/55—Lung
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K2239/00—Indexing codes associated with cellular immunotherapy of group A61K39/46
- A61K2239/46—Indexing codes associated with cellular immunotherapy of group A61K39/46 characterised by the cancer treated
- A61K2239/57—Skin; melanoma
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
- C07K2317/60—Immunoglobulins specific features characterized by non-natural combinations of immunoglobulin fragments
- C07K2317/62—Immunoglobulins specific features characterized by non-natural combinations of immunoglobulin fragments comprising only variable region components
- C07K2317/622—Single chain antibody (scFv)
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2319/00—Fusion polypeptide
- C07K2319/01—Fusion polypeptide containing a localisation/targetting motif
- C07K2319/02—Fusion polypeptide containing a localisation/targetting motif containing a signal sequence
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2319/00—Fusion polypeptide
- C07K2319/01—Fusion polypeptide containing a localisation/targetting motif
- C07K2319/03—Fusion polypeptide containing a localisation/targetting motif containing a transmembrane segment
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2319/00—Fusion polypeptide
- C07K2319/30—Non-immunoglobulin-derived peptide or protein having an immunoglobulin constant or Fc region, or a fragment thereof, attached thereto
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2319/00—Fusion polypeptide
- C07K2319/33—Fusion polypeptide fusions for targeting to specific cell types, e.g. tissue specific targeting, targeting of a bacterial subspecies
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2319/00—Fusion polypeptide
- C07K2319/70—Fusion polypeptide containing domain for protein-protein interaction
- C07K2319/74—Fusion polypeptide containing domain for protein-protein interaction containing a fusion for binding to a cell surface receptor
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
- C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
- C12N15/1138—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing against receptors or cell surface proteins
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
- C12N2310/10—Type of nucleic acid
- C12N2310/20—Type of nucleic acid involving clustered regularly interspaced short palindromic repeats [CRISPRs]
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2506/00—Differentiation of animal cells from one lineage to another; Differentiation of pluripotent cells
- C12N2506/45—Differentiation of animal cells from one lineage to another; Differentiation of pluripotent cells from artificially induced pluripotent stem cells
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2510/00—Genetically modified cells
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2800/00—Nucleic acids vectors
- C12N2800/80—Vectors containing sites for inducing double-stranded breaks, e.g. meganuclease restriction sites
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Immunology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Public Health (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Epidemiology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Mycology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Plant Pathology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Hematology (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Oncology (AREA)
- Virology (AREA)
- Gastroenterology & Hepatology (AREA)
- Toxicology (AREA)
- Communicable Diseases (AREA)
- Crystallography & Structural Chemistry (AREA)
- Developmental Biology & Embryology (AREA)
Abstract
ゲノム操作されたiPSCの指向された分化から得られた機能的に増強された派生エフェクター細胞を得るための方法および組成物が提供される。本明細書で提供される派生細胞は、改善または増強された治療効果をもたらす安定した機能的なゲノム編集を備えている。機能的に増強された派生エフェクター細胞を単独で、または併用療法における抗体もしくはチェックポイント阻害剤と含む治療用組成物およびそれらの使用も提供される。【選択図】なし
Description
関連出願
本出願は、2019年7月17日に出願された米国仮特許出願第63/875,490号、および2020年5月07日に出願された、米国仮特許出願第62/021,560号の優先権を主張し、それらの開示は参照によりそれらの全体が本明細書に組み込まれる。
本出願は、2019年7月17日に出願された米国仮特許出願第63/875,490号、および2020年5月07日に出願された、米国仮特許出願第62/021,560号の優先権を主張し、それらの開示は参照によりそれらの全体が本明細書に組み込まれる。
参照による配列表の組み込み
2020年7月17日に作成されたサイズが62,025バイトの「056932-501001WO_SL_ST25.TXT」という名称の配列表は、参照によりその全体がここに組み込まれる。
2020年7月17日に作成されたサイズが62,025バイトの「056932-501001WO_SL_ST25.TXT」という名称の配列表は、参照によりその全体がここに組み込まれる。
本開示は、既製の免疫細胞製品の分野に広く関係している。より具体的には、本開示は、インビボで治療的に関連する特性を送達することができる多機能エフェクター細胞を開発するための戦略に関係している。本開示の下で開発された細胞製品は、患者由来の細胞療法の重大な制限に対処している。
養子細胞療法の分野は現在、患者由来およびドナー由来の細胞の使用に重点が置かれているため、がん免疫療法の一貫した製造を達成し、利益を得る可能性のあるすべての患者に治療を提供することが特に困難である。患者の良好な転帰を促進するために、養子移入されたリンパ球の有効性および持続性を改善する必要もある。T細胞およびナチュラルキラー(NK)細胞などのリンパ球は、自然免疫および獲得免疫において重要な役割を果たす強力な抗腫瘍エフェクターである。しかしながら、養子細胞療法のためのこれらの免疫細胞の使用は依然として困難であり、改善に対する満たされていない要求が存在する。したがって、養子免疫療法においてT細胞およびNK細胞、または他のリンパ球の可能性を最大限に利用する重要な機会が残っている。
応答率、細胞枯渇、輸血された細胞の喪失(生存および/または持続性)、標的喪失または系譜転換による腫瘍エスケープ、腫瘍標的化の精度、標的外毒性、腫瘍外効果から、固形腫瘍に対する有効性、すなわち、腫瘍微小環境および関連する免疫抑制、動員、輸送、および浸潤に及ぶ問題に対処する機能的に改善されたエフェクター細胞が必要である。
本発明の目的は、単一細胞由来のiPSC(人工多能性幹細胞)クローン株から分化した派生非多能性細胞を生成するための方法および組成物を提供することであり、iPSC株はそのゲノムに1つまたはいくつかの遺伝子修飾を含む。該1つまたはいくつかの遺伝子修飾には、DNAの挿入、欠失、および置換が含まれ、これらの修飾は、分化、拡大、継代、および/または移植後の、その後の由来細胞において保持され、機能し続ける。
本出願のiPSC由来の非多能性細胞には、CD34細胞、造血性内皮細胞、HSC(造血幹細胞および前駆細胞)、造血多分化能前駆細胞、T細胞前駆細胞、NK細胞前駆細胞、T細胞、NKT細胞、NK細胞、およびB細胞が含まれるが、これらに限定されない。本出願のiPSC由来の非多能性細胞は、同じ遺伝子修飾を含むiPSCからの分化を通じて、それらのゲノムに1つまたはいくつかの遺伝子修飾を含む。遺伝子操作された派生細胞を得るための操作されたクローンiPSC分化戦略では、指示された分化におけるiPSCの発生の可能性が、iPSCの操作されたモダリティによって悪影響を受けないこと、および操作されたモダリティが派生細胞で意図したとおりに機能することも必要である。さらに、この戦略は、末梢血から得られたT細胞またはNK細胞などの初代リンパ球を操作する際の現在の障壁、すなわち、そのような細胞はしばしば、再現性と均一性を欠き、高い細胞死と低い細胞増殖を伴う不十分な細胞の持続性を呈する細胞をもたらし、そのような細胞を操作することが困難であることに起因する障壁を克服する。さらに、この戦略は、最初は不均一な一次細胞源を使用して別の方法で得られる不均一なエフェクター細胞集団の生成を回避する。
本発明のいくつかの態様は、それぞれ、再プログラミングプロセスの後、それと同時、およびその前のゲノム操作の戦略を反映する、(I)、(II)、または(III)を含む方法を使用して得られたゲノム操作されたiPSCを提供する。
(I):iPSCを(i)および(ii)のうちの一方または両方を任意の順序で遺伝子操作する:(i)1つ以上の構築物をiPSCに導入して、選択した部位(複数可)で標的化組み込みを可能にする;(ii)(a)選択された部位の認識が可能な1つ以上のエンドヌクレアーゼを使用して、選択された部位(複数可)に1つ以上の二本鎖切断をiPSCに導入する;(b)ステップ(I)(ii)(a)のiPSCを培養し、内因性DNA修復により、選択された部位(複数可)で標的化されたイン/デルを生成できるようにする;それにより、部分的または完全に分化した細胞への分化が可能なゲノム操作されたiPSCを得る。
(II):再プログラミング非多能性細胞を遺伝子操作して、ゲノム操作されたiPSCを得る:これには、(i)非多能性細胞を1つ以上の再プログラミング因子、ならびに任意選択で、非多能性細胞の再プログラミングを開始するためのTGFβ受容体/ALK阻害剤、MEK阻害剤、GSK3阻害剤および/またはROCK阻害剤を含む小分子組成物と接触させることと、(ii)ステップ(II)(i)の再プログラミング非多能性細胞に、(a)および(b):(a)選択された部位での標的化された組み込みを可能にする1つ以上の構築物、(b)選択された部位認識が可能な少なくとも1つのエンドヌクレアーゼを使用して、選択された部位での1つ以上の二本鎖切断、の一方または両方を任意の順序で導入し、次いで、ステップ(II)(ii)(b)の細胞を培養して、内因性DNA修復により、選択された部位に標的化されたイン/デルを生成することができるようにすることと、が含まれ、したがって、得られるゲノム操作されたiPSCは少なくとも1つの機能的な標的化されたゲノム編集を含み、該ゲノム操作されたiPSCは部分的または完全に分化した細胞に分化することができる。
(III):再プログラミングするために非多能性細胞を遺伝子操作して、ゲノム操作されたiPSCを得る:これには、(i)非多能性細胞に、(a)および(b):(a)選択された部位での標的化された組み込みを可能にする1つ以上の構築物、(b)選択された部位認識が可能な少なくとも1つのエンドヌクレアーゼを使用して、選択された部位での1つ以上の二本鎖切断、の一方または両方を任意の順序で導入する(ステップ(III)(i)(b)の細胞を培養して、内因性DNA修復により、選択された部位に標的化されたイン/デルを生成することができるようにする)ことと、(ii)ステップ(III)(i)の細胞を、1つ以上の再プログラミング因子、ならびに任意選択で、TGFβ受容体/ALK阻害剤、MEK阻害剤、GSK3阻害剤、および/またはROCK阻害剤を含む小分子組成物と接触させて、選択された部位に標的化された編集を含むゲノム操作されたiPSCを得ることと、の(i)および(ii)が含まれ、それにより、少なくとも1つの機能的な標的化されたゲノム編集を含むゲノム操作されたiPSCを得、該ゲノム操作されたiPSCは、部分的に分化した細胞または完全に分化した細胞に分化することができる。
上述の方法の一実施形態では、1つ以上の選択された部位での少なくとも1つの標的化されたゲノム編集は、安全スイッチタンパク質、標的化モダリティ、受容体、シグナル伝達分子、転写因子、薬学的に活性なタンパク質およびペプチド、薬物標的候補、あるいは、ゲノム操作されたiPSCまたはその派生細胞の生着、輸送、ホーミング、生存能力、自己複製、持続性、および/または生存率を促進するタンパク質をコードする1つ以上の外因性ポリヌクレオチドの挿入を含む。いくつかの実施形態では、挿入のための外因性ポリヌクレオチドは、(1)CMV、EF1α、PGK、CAG、UBC、または他の構成的、誘導性、一過性、組織特異性、または細胞型特異性プロモーターを含む1つ以上の外因性プロモーター;あるいは(2)AAVS1、CCR5、ROSA26、コラーゲン、HTRP、H11、ベータ2ミクログロブリン、GAPDH、TCR、またはRUNX1、またはゲノムセーフハーバーの基準を満たす他の遺伝子座を含む選択した部位に含まれる1つ以上の内因性プロモーターへと作動可能に連結される。いくつかの実施形態では、上述の方法を使用して生成されたゲノム操作されたiPSCは、カスパーゼ、チミジンキナーゼ、シトシンデアミナーゼ、改変EGFR、またはB細胞CD20を含むタンパク質をコードする1つ以上の異なる外因性ポリヌクレオチドを含み、ここで、ゲノム操作されたiPSCが2つ以上の自殺遺伝子を含む場合、自殺遺伝子は、AAVS1、CCR5、ROSA26、コラーゲン、HTRP、H11、H11、ベータ2ミクログロブリン、GAPDH、TCR、またはRUNX1を含む異なるセーフハーバー遺伝子座に組み込まれている。一実施形態では、外因性ポリヌクレオチドは、IL2、IL4、IL6、IL7、IL9、IL10、IL11、IL12、IL15、IL18、IL21、および/またはそれらのそれぞれの受容体の部分長または完全長のペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、外因性ポリヌクレオチドによってコードされるIL2、IL4、IL6、IL7、IL9、IL10、IL11、IL12、IL15、IL18、IL21、および/またはそれらのそれぞれの受容体の部分長または完全長のペプチドは、融合タンパク質の形態である。
いくつかの他の実施形態では、本明細書で提供される方法を使用して生成されたゲノム操作されたiPSCは、標的化モダリティ、受容体、シグナル伝達分子、転写因子、薬物標的候補、免疫応答調節および調整、あるいはiPSCまたはその派生細胞の生着、輸送、ホーミング、生存能力、自己複製、持続性、および/または生存率を抑制するタンパク質に関連する1つ以上の内因性遺伝子におけるイン/デルを含む。いくつかの実施形態では、破壊のための内因性遺伝子は、B2M、TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、PD1、LAG3、TIM3、RFXANK、CIITA、RFX5、RFXAP、および染色体6p21領域の任意の遺伝子のうちの少なくとも1つを含む。
さらにいくつかの他の実施形態では、本明細書で提供される方法を使用して生成されたゲノム操作されたiPSCは、AAVS1遺伝子座に外因性ポリヌクレオチドをコードするカスパーゼ、およびH11遺伝子座に外因性ポリヌクレオチドをコードするチミジンキナーゼを含む。
またいくつかの他の実施形態では、アプローチ(I)、(II)、および/または(III)は、ゲノム操作されたiPSCを、MEK阻害剤、GSK3阻害剤、およびROCK阻害剤を含む小分子組成物と接触させて、ゲノム操作されたiPSCの多能性を維持する。一実施形態では、少なくとも1つの標的化されたゲノム編集を含む、得られたゲノム操作されたiPSCは、機能的であり、分化能があり、同じ機能的なゲノム編集を含む非多能性細胞に分化することができる。
本発明はまた、以下の実施形態を提供する。
本出願の一態様は、腫瘍細胞表面抗原MICA/Bに特異的なキメラ抗原受容体(CAR)を提供する。該MICA/B-CARのいくつかの実施形態は、T細胞特異的またはNK細胞特異的である。該MICA/B-CARのいくつかの実施形態は、表面MICA/Bに結合するが、溶解しないか、またはMICA/Bをシェディングしない。該MICA/B-CARのいくつかの実施形態は、MICA/B抗原の腫瘍細胞表面シェディングを低減し、かつ/または腫瘍細胞表面MICA/B密度を増加させる。該MICA/B-CARのいくつかの実施形態は、MICA/Bの保存されたα3ドメインに結合するscFV(単鎖可変断片)を含む。該MICA/B-CARのいくつかの実施形態は、配列番号33に対して少なくとも約99%、98%、96%、95%、90%、85%、または80%の同一性であるアミノ酸配列によって表される重鎖可変領域を含む。該MICA/B-CARのいくつかの実施形態は、配列番号34に対して少なくとも約99%、98%、96%、95%、90%、85%、または80%の同一性であるアミノ酸配列によって表される軽鎖可変領域を含む。該MICA/B-CARのいくつかの実施形態は、配列番号35または36に対して少なくとも約99%、98%、96%、95%、90%、85%、または80%の同一性であるアミノ酸配列によって表されるscFVを含む。該MICA/B-CARのいくつかの実施形態は、T細胞受容体(TCR)の第1の定常領域に機能的に連結されたMICA/B結合scFVの重鎖可変領域、およびT細胞受容体(TCR)の第2の定常領域に機能的に連結されたMICA/B結合scFVの軽鎖可変領域を含む。該MICA/B-CARのさらにいくつかの他の実施形態では、MICA/B-CARは、B2M、TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、CIITA、RFXANK、RFX5、RFXAP、TCRαまたはβ定常領域、NKG2A、NKG2D、CD38、CD25、CD58、CD54、CD56、CIS、CBL-B、SOCS2、PD1、CTLA4、LAG3、TIM3、またはTIGITを含む遺伝子遺伝子座のうちの1つに挿入され、任意選択で挿入が遺伝子座の遺伝子の発現をノックアウトする。該MICA/B-CARのいくつかのさらなる実施形態では、CARは、iPSCまたはエフェクター細胞で発現され、該エフェクター細胞は、初代免疫細胞またはiPSCに由来する免疫細胞である。実施形態では、該MICA/B CARを発現するエフェクター細胞は、腫瘍抗原エスケープを防ぐことができ、腫瘍微小環境抑制を克服することができ、CARを欠く対応するエフェクター細胞と比較して、エフェクター細胞の活性化および殺滅機能を増強することができ、腫瘍の進行、腫瘍細胞量の軽減、腫瘍のクリアランスを制御することができ、および/またはCARを欠く対応する細胞と比較して腫瘍を担持する対象の生存率を改善することができる。
本出願の別の態様は、細胞またはその集団を提供し、細胞は、(a)免疫細胞;(b)人工多能性幹細胞(iPSC)、クローンiPSC、もしくはiPS細胞株細胞;または(c)(b)の細胞を分化させて得られた派生細胞である。いくつかの実施形態では、免疫細胞は、T細胞、NK細胞、またはNKT細胞であってよい。いくつかの実施形態では、初代ドナー細胞、またはiPSCを分化させることから得られた派生細胞であってよい。一実施形態では、細胞は、MICA/B-CARをコードするポリヌクレオチドを含む。一実施形態では、細胞は、CD58およびCD54の一方または両方にノックアウトを含む。別の実施形態では、細胞は、MICA/B-CARをコードするポリヌクレオチドと、CD58およびCD54の一方または両方におけるノックアウトの両方を含む。いくつかの実施形態では、該細胞は、派生細胞であり、派生細胞は、iPSCを分化させることから得られた造血細胞である。いくつかの実施形態では、派生細胞は、派生CD34細胞、派生造血幹細胞および前駆細胞、派生造血多分化能前駆細胞、派生T細胞前駆細胞、派生NK細胞前駆細胞、派生T細胞、派生NKT細胞、派生NK細胞、または派生B細胞を含む。派生細胞のいくつかの実施形態では、細胞は、末梢血、臍帯血、または任意の他のドナー組織から得られたその天然の対応細胞と比較して、より長いテロメアを含む。本明細書で提供されるように、該細胞に含まれるMICA/B-CARは、以下の特徴のうちの少なくとも1つを有する。T細胞特異的であること;NK細胞特異的であること;表面MICA/Bに結合すること;MICA/Bの保存されたα3ドメインに結合するscFVを含むこと;配列番号33に対して少なくとも約99%、98%、96%、95%、90%、85%、または80%の同一性であるアミノ酸配列によって表される重鎖可変領域を含むこと;配列番号34に対して少なくとも約99%、98%、96%、95%、90%、85%、または80%の同一性であるアミノ酸配列によって表される軽鎖可変領域を含むこと;配列番号35または36に対して少なくとも約99%、98%、96%、95%、90%、85%、または80%の同一性であるアミノ酸配列によって表されるscFVを含むこと;TCRの第1の定常領域に機能的に連結されたMICA/B結合scFVの重鎖可変領域、およびTCRの第2の定常領域に機能的に連結されたMICA/B結合scFVの軽鎖可変領域を含むこと;ならびにB2M、TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、CIITA、RFXANK、RFX5、RFXAP、TCRαまたはβ定常領域、NKG2A、NKG2D、CD38、CD25、CD58、CD54、CD56、CIS、CBL-B、SOCS2、PD1、CTLA4、LAG3、TIM3、またはTIGITを含む遺伝子遺伝子座のうちの1つに挿入され、任意選択で挿入が遺伝子座の遺伝子の発現をノックアウトすること。
CD58およびCD54の一方もしくは両方にMICA/B-CARおよび/もしくはノックアウトを含む細胞または集団のいくつかの実施形態では、細胞は、以下のこれらの編集の少なくとも1つをさらに含む:CD38ノックアウト;HLA-I欠損および/またはHLA-II欠損;天然の対応する細胞と比較して、B2Mヌルまたは低、任意選択でCIITAヌルまたは低;HLA-Gもしくは切断不可能なHLA-Gの発現の導入;高親和性の切断不可能なCD16(hnCD16)またはそのバリアント;MICA/B以外の標的特異性を有するCAR;細胞表面発現外因性サイトカインおよび/またはその受容体の部分的または完全なペプチド;天然の対応する細胞と比較して、TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、CIITA、RFXANK、RFX5、RFXAP、TCRαもしくはβ定常領域、NKG2A、NKG2D、CD56、CIS、CBL-B、SOCS2、PD1、CTLA4、LAG3、TIM3、およびTIGITのうちの少なくとも1つにおける欠失または低減された発現、ならびに天然の対応する細胞と比較して、HLA-E、41BBL、CD3、CD4、CD8、CD16、CD47、CD113、CD131、CD137、CD80、PDL1、A2AR、抗原特異的TCR、Fc受容体、エンゲージャー、および二重もしくは多重特異性またはユニバーサルエンゲージャーと結合するための表面トリガー受容体のうちの少なくとも1つにおける導入されたまたは増加した発現。細胞または集団のいくつかの実施形態では、細胞は、表1に列記される遺伝子型のうちの少なくとも1つを含む。
いくつかの実施形態では、上述の該細胞は、末梢血、臍帯血、または任意の他のドナー組織から得られたその天然の対応細胞と比較したときの、CD58およびCD54の一方または両方にMICA/B-CARおよび/またはノックアウトを含み、任意選択で追加の1つ以上の編集が、派生NKまたは派生T細胞であり、該派生細胞が以下を含む以下の特徴のうちの少なくとも1つを有する:改善された持続性および/または生存率、天然免疫細胞に対する増加した耐性、増加した細胞傷害性、改善された腫瘍浸潤、増強または獲得したADCC、バイスタンダー免疫細胞を腫瘍部位に遊走、および/もしくは活性化もしくは動員する増強された能力、腫瘍免疫抑制を低下させる増強された能力、腫瘍抗原エスケープの救済の改善された能力、腫瘍抗原を安定化させる能力;ならびにフラトリサイド(fratricide)を回避する能力。
MICA/B CARおよび任意選択で追加の1つ以上の編集を含む該細胞のいくつかの他の実施形態では、細胞は、高親和性非切断可能CD16(hnCD16)またはそのバリアントをさらに含む。いくつかの実施形態では、hnCD16またはそのバリアントは、以下を含む:CD16の外部ドメインドメインにおけるF176VおよびS197P;または、CD64に由来する完全または部分的な外部ドメイン;非CD16(非天然)膜貫通ドメイン;非CD16細胞内ドメイン;非CD16シグナル伝達ドメイン;および/または刺激ドメイン;または、同じまたは異なる非CD16ポリペプチドに由来する膜貫通、シグナル伝達、および刺激ドメイン。いくつかの実施形態では、非CD16膜貫通ドメインは、CD3D、CD3E、CD3G、CD3ζ、CD4、CD8、CD8a、CD8b、CD27、CD28、CD40、CD84、CD166、4-1BB、OX40、ICOS、ICAM-1、CTLA-4、PD-1、LAG-3、2B4、BTLA、CD16、IL7、IL12、IL15、KIR2DL4、KIR2DS1、NKp30、NKp44、NKp46、NKG2C、NKG2D、またはT細胞受容体(TCR)ポリペプチドに由来する。いくつかの実施形態では、非CD16刺激ドメインは、CD27、CD28、4-1BB、OX40、ICOS、PD-1、LAG-3、2B4、BTLA、DAP10、DAP12、CTLA-4、またはNKG2Dポリペプチドに由来する。いくつかの実施形態では、非天然シグナル伝達ドメインは、CD3ζ、2B4、DAP10、DAP12、DNAM1、CD137(41BB)、IL21、IL7、IL12、IL15、NKp30、NKp44、NKp46、NKG2C、またはNKG2Dポリペプチドに由来する。いくつかの実施形態では、非天然膜貫通ドメインはNKG2Dに由来し、非天然刺激ドメインは2B4に由来し、非天然シグナル伝達ドメインはCD3ζに由来する。
CD58およびCD54の一方または両方におけるMICA/B-CARおよび/またはノックアウト、ならびに任意選択で提供される追加の1つ以上の編集を含む該細胞のいくつかの実施形態では、細胞は第2のCARをさらに含んでもよい。いくつかの実施形態では、第2のCARは、T細胞特異的もしくはNK細胞特異的であるか、または二重特異性抗原結合CAR、切り替え可能CAR、二量体化CAR、分割CAR、複数鎖CAR、誘導性CAR、もしくは組換えTCRである。あるいは、他のいくつかの実施形態では、第2のCARは、別のCARと共発現され、細胞表面発現外因性サイトカインおよび/またはその受容体の部分的または完全長ペプチドと共発現され、チェックポイント阻害剤と、任意選択で別個の構築物またはバイシストロン性構築物において共発現される。いくつかの実施形態では、第2のCARは、CD19、BCMA、CD20、CD22、CD38、CD123、HER2、CD52、EGFR、GD2、MSLN、VEGF-R2、PSMA、およびPDL1のうちの少なくとも1つに特異的である。いくつかの実施形態では、第2のCARは、ADGRE2、炭酸脱水酵素IX(CAIX)、CCRI、CCR4、がん胎児性抗原(CEA)、CD3、CD5、CD7、CD8、CD10、CD20、CD22、CD30、CD33、CD34、CD38、CD41、CD44、CD44V6、CD49f、CD56、CD70、CD74、CD99、CD123、CD133、CD138、CDS、CLEC12A、サイトメガロウイルス(CMV)感染細胞の抗原、上皮糖タンパク質2(EGP2)、上皮糖タンパク質-40(EGP-40)、上皮細胞接着分子(EpCAM)、EGFRvIII、受容体チロシンタンパク質キナーゼerb-B2、3、4、EGFIR、EGFR-VIII、ERBB葉酸結合タンパク質(FBP)、胎児のアセチルコリン受容体(AChR)、葉酸受容体-a、ガングリオシドG2(GD2)、ガングリオシドG3(GD3)、ヒト上皮増殖因子受容体2(HER-2)、ヒトテロメラーゼ逆転写酵素(hTERT)、ICAM-1、インテグリンB7、インターロイキン-13受容体サブユニットアルファ-2(IL-13Rα2)、κ-軽鎖、キナーゼ挿入ドメイン受容体(KDR)、ルイスA(CA19.9)、ルイスY(LeY)、L1細胞接着分子(L1-CAM)、LILRB2、黒色腫抗原ファミリーA1(MAGE-A1)、MICA/B、ムチン1(Muc-1)、ムチン16(Muc-16)、メソテリン(MSLN)、NKCSI、NKG2Dリガンド、c-Met、がん-精巣抗原NY-ESO-1、腫瘍胎児性抗原(h5T4)、PRAME、前立腺幹細胞抗原(PSCA)、PRAME前立腺特異的膜抗原(PSMA)、腫瘍関連糖タンパク質72(TAG-72)、TIM-3、TRBCI、TRBC2、血管内皮増殖因子R2(VEGF-R2)、ウィルムス腫瘍タンパク質(WT-1)、または病原体抗原のうちのいずれか1つに特異的である。第2のCARの様々な実施形態は、任意選択でTRAC遺伝子座に挿入され得、および/またはTCRの内因性プロモーターによって誘導される。いくつかの実施形態では、TCRは、CAR挿入の結果としてノックアウトされる。
CD58およびCD54の一方または両方におけるMICA/B-CARおよび/またはノックアウト、ならびに任意選択で提供される追加の1つ以上の編集を含む上述の該細胞のいくつかの実施形態では、細胞は、細胞表面発現外因性サイトカインおよび/またはその受容体の部分的または全長ペプチドをさらに含み得る。いくつかの実施形態では、外因性サイトカインおよび/またはその受容体は、IL2、IL4、IL6、IL7、IL9、IL10、IL11、IL12、IL15、IL18、IL21、およびそのそれぞれの受容体のうちの少なくとも1つを含む。いくつかの実施形態では、外因性サイトカインおよび/またはその受容体は、(i)自己切断ペプチドを使用したIL15とIL15Rαとの共発現、(ii)IL15とIL15Rαとの融合タンパク質、(iii)IL15Rαの細胞内ドメインが切断されたIL15/IL15Rα融合タンパク質、(iv)IL15とIL15Rαの膜結合Sushiドメインとの融合タンパク質、(v)IL15とIL15Rβとの融合タンパク質、(vi)IL15と共通受容体γCとの融合タンパク質(共通受容体γCは天然または改変されている)、およびIL15Rβのホモ二量体のうちの少なくとも1つを含み、ここで、(i)~(vii)のいずれか1つは、別個の構築物またはバイシストロン性構築物において、CARと共発現され得る。細胞表面発現外因性サイトカインおよび/またはその受容体の部分的または完全なペプチドの上記の様々な実施形態は、一過性に発現され得る。
CD58およびCD54の一方または両方におけるMICA/B-CARおよび/またはノックアウト、ならびに任意選択で提供される追加の1つ以上の編集を含む上述の該細胞のいくつかの実施形態では、該細胞は派生NK細胞または派生T細胞である。該派生NK細胞のいくつかの実施形態では、NK細胞は、該派生NK細胞のレシピエントのバイスタンダーT細胞を含むT細胞を腫瘍部位に動員および/または移動させることができる。該派生NKまたは上記派生T細胞のいくつかの実施形態では、細胞は、1つ以上のチェックポイント阻害剤の存在下で腫瘍免疫抑制を低減することができる。該細胞によって、または該細胞の存在下で発現されるチェックポイント阻害剤のいくつかの実施形態では、チェックポイント阻害剤は、PD-1、PDL-1、TIM-3、TIGIT、LAG-3、CTLA-4、2B4、4-1BB、4-1BBL、A2aR、BATE、BTLA、CD39、CD47、CD73、CD94、CD96、CD160、CD200、CD200R、CD274、CEACAM1、CSF-1R、Foxpl、GARP、HVEM、IDO、EDO、TDO、LAIR-1、MICA/B、NR4A2、MAFB、OCT-2、Rara(レチノイン酸受容体アルファ)、TLR3、VISTA、NKG2A/HLA-E、または阻害性KIRを含む1つ以上のチェックポイント分子に対するアンタゴニストである。該細胞によって、または該細胞の存在下で発現されるチェックポイント阻害剤のいくつかの実施形態では、チェックポイント阻害剤は、アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、イピリムマブ、IPH4102、IPH43、IPH33、リリムマブ、モナリズマブ、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、およびそれらの誘導体もしくは機能的同等物のうちの1つ以上であり得るか、またはアテゾリズマブ、ニボルマブ、およびペムブロリズマブのうちの少なくとも1つであり得る。
CD58およびCD54の一方または両方におけるMICA/B-CARおよび/またはノックアウト、ならびに任意選択で提供される追加の1つ以上の編集を含む上述の該細胞のいくつかの実施形態では、該細胞は、1つのセーフハーバー遺伝子座もしくは選択された遺伝子座に組み込まれた1つ以上の外因性ポリヌクレオチド、または異なるセーフハーバー遺伝子座もしくは2つ以上の選択された遺伝子座に組み込まれた2つを超える外因性ポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、セーフハーバー遺伝子座は、AAVS1、CCR5、ROSA26、コラーゲン、HTRP、H11、GAPDH、またはRUNX1のうちの少なくとも1つを含む。いくつかの実施形態では、選択された遺伝子座は、B2M、TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、CIITA、RFXANK、RFX5、RFXAP、TCR、NKG2A、NKG2D、CD38、CD25、CD58、CD54、CD56、CIS、CBL-B、SOCS2、PD1、CTLA4、LAG3、TIM3、またはTIGITのうちの1つであり;外因性ポリヌクレオチドの組み込みは、任意選択で、遺伝子座における遺伝子の発現をノックアウトする。いくつかの実施形態では、選択された遺伝子座において組み込まれた外因性ポリヌクレオチドは、遺伝子座における内因性プロモーターの下で発現する。組み込み部位がTCR遺伝子座である他のいくつかの実施形態では、部位は、TCRアルファまたはTCRベータの定常領域であり得る。
本出願の別の態様はなた、本明細書に記載される実施形態のうちのいずれか1つの細胞またはその集団を含む組成物を提供する。いくつかの実施形態では、組成物は、治療用途のためのものであり、本明細書に記載の実施形態のいずれか1つの派生細胞と、1つ以上の治療薬とを含む。いくつかの実施形態では、治療薬は、ペプチド、サイトカイン、チェックポイント阻害剤、マイトジェン、成長因子、小RNA、dsRNA(二本鎖RNA)、単核血液細胞、フィーダー細胞、フィーダー細胞構成要素もしくはその置換因子、目的の1つ以上のポリ核酸を含むベクター、抗体、化学療法剤もしくは放射性部分、または免疫調節薬(IMiD)を含む。いくつかの実施形態では、1つ以上の治療薬はチェックポイント阻害剤であり、PD-1、PDL-1、TIM-3、TIGIT、LAG-3、CTLA-4、2B4、4-1BB、4-1BBL、A2aR、BATE、BTLA、CD39、CD47、CD73、CD94、CD96、CD160、CD200、CD200R、CD274、CEACAM1、CSF-1R、Foxpl、GARP、HVEM、IDO、EDO、TDO、LAIR-1、MICA/B、NR4A2、MAFB、OCT-2、Rara(レチノイン酸受容体アルファ)、TLR3、VISTA、NKG2A/HLA-E、または阻害性KIRを含む1つ以上のチェックポイント分子に対するアンタゴニストを含む。いくつかの実施形態では、1つ以上の治療薬はチェックポイント阻害剤であり、アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、イピリムマブ、IPH4102、IPH43、IPH33、リリムマブ、モナリズマブ、ニボルマブ、ペンブロリズマブ、およびそれらの誘導体または機能的同等物のうちの少なくとも1つを含む。いくつかの他の実施形態では、1つ以上の治療薬は、アテゾリズマブ、ニボルマブ、およびペムブロリズマブのうちの少なくとも1つを含むチェックポイント阻害剤である。さらにいくつかの他の実施形態では、1つ以上の治療薬は、ベネトクラクス、アザシチジン、およびポマリドマイドのうちの1つ以上を含む。
いくつかの実施形態では、治療薬は、治療用途のための派生細胞を含む組成物に含まれ、治療薬は、抗CD20、抗HER2、抗CD52、抗EGFR、抗CD123、抗GD2、抗PDL1、および/または抗CD38抗体を含む抗体である。いくつかの他の実施形態では、治療用途のための組成物中の抗体は、レツキシマブ、ベルツズマブ、オファツムマブ、ウブリツキシマブ(ublituximab)、オカラツズマブ(ocaratuzumab)、オビヌツズマブ、トラスツズマブ、ペルツズマブ、アレムツズマブ、セルツキシマブ(certuximab)、ジヌツキシマブ、アベルマブ、ダラツムマブ、イサツキシマブ、MOR202、7G3、CSL362、エロツズマブ、およびそれらのヒト化またはFc改変バリアントまたは断片、ならびにそれらの機能的同等物およびバイオシミラーのうちの少なくとも1つである。さらに他のいくつかの実施形態では、治療用途のための組成物中の抗体はダラツムマブであり、組成物中の細胞は、本明細書で提供されるMICA/B CAR、CD38ノックアウト、および任意選択でhnCD16またはそのバリアントの発現を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の細胞を含む組成物の治療用途は、養子細胞療法に好適な対象に導入することを含み、対象は、自己免疫障害、血液悪性腫瘍、固形腫瘍、がん、またはウイルス感染を有する。
本出願のさらに別の態様は、本出願によって提供されるMICA/B-CARをコードするポリヌクレオチドを含む派生細胞を製造する方法であって、方法は、iPSCを分化させて誘導体細胞を得る方法を提供する。この方法のいくつかの実施形態では、MICA/B-CARをコードするポリヌクレオチドは、分化の前にiPSCに導入される。他のいくつかの実施形態では、MICA/B-CARをコードするポリヌクレオチドは、iPSC分化後に派生細胞に導入される。
この方法のいくつかの実施形態では、分化のためのiPSCおよび/またはiPSC分化から得られた派生細胞は、以下のうちの1つ以上を含む:(i)CD38ノックアウト;(ii)HLA-I欠損および/またはHLA-II欠損;(iii)天然の対応する細胞と比較して、B2Mヌルまたは低、任意選択でCIITAヌルまたは低;(iv)HLA-Gもしくは切断不可能なHLA-Gの発現の導入、またはCD58およびCD54の一方または両方のノックアウト;(v)高親和性の切断不可能なCD16(hnCD16)またはそのバリアント;(vi)MICA/B以外の標的特異性を有するキメラ抗原受容体(CAR);(vii)細胞表面発現外因性サイトカインおよび/またはその受容体の部分的または完全なペプチド;(viii)表1に列記された遺伝子型のうちの少なくとも1つ;(ix)天然の対応する細胞と比較して、TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、CIITA、RFXANK、RFX5、RFXAP、TCRαもしくはβ定常領域、NKG2A、NKG2D、CD56、CIS、CBL-B、SOCS2、PD1、CTLA4、LAG3、TIM3、およびTIGITのうちの少なくとも1つにおける欠失または低減された発現、ならびに(x)天然の対応する細胞と比較して、HLA-E、41BBL、CD3、CD4、CD8、CD16、CD47、CD113、CD131、CD137、CD80、PDL1、A2AR、抗原特異的TCR、Fc受容体、エンゲージャー、および二重もしくは多重特異性またはユニバーサルエンゲージャーと結合するための表面トリガー受容体のうちの少なくとも1つにおける導入されたまたは増加した発現。
派生細胞を製造する方法の一実施形態では、この方法は、CD38をノックアウトするため;HLA-Iを破壊するため、および/またはHLA-IIを破壊するため;B2MおよびCIITA、またはCD58およびCD54の一方または両方をノックアウトするため;HLA-Gまたは切断不可能なHLA-G、高親和性の切断不可能なCD16またはそのバリアント、第2のCAR、および/または細胞表面発現外因性サイトカインおよび/またはその受容体の部分的または完全なペプチドを導入するため;天然の対応する細胞と比較して、TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、CIITA、RFXANK、RFX5、RFXAP、TCRαもしくはβ定常領域、NKG2A、NKG2D、CD56、CIS、CBL-B、SOCS2、PD1、CTLA4、LAG3、TIM3、およびTIGITのうちの少なくとも1つで発現を欠失または低減するために;または、天然の対応する細胞と比較して、HLA-E、41BBL、CD3、CD4、CD8、CD16、CD47、CD113、CD131、CD137、CD80、PDL1、A2AR、抗原特異的TCR、Fc受容体、エンゲージャー、および二重もしくは多重特異性またはユニバーサルエンゲージャーと結合するための表面トリガー受容体のうちの少なくとも1つに導入するために、または発現を増加するために、クローンiPSCをゲノム工学的に操作することをさらに含む。
本出願によって提供されるMICA/B-CARをコードするポリヌクレオチドを含む派生細胞を製造する方法のいくつかの実施形態では、方法のゲノム操作ステップは、標的化編集を含む。いくつかの実施形態では、標的化編集は、欠失、挿入、またはイン/デルを含む。いくつかの実施形態では、標的化編集は、CRISPR、ZFN、TALEN、ホーミングヌクレアーゼ、相同組換え、またはこれらの方法の任意の他の機能的バリエーションによって実行される。
また、本出願において提供されるのは、クローンiPSCのCRISPR媒介編集であり、編集は、本明細書に示されるように、MICA/B CARをコードするポリヌクレオチドのノックイン、またはCD58およびCD54の一方もしくは両方のノックアウトを含む。いくつかの実施形態では、CRISPR編集されたクローンiPSCsは、表1に列記される遺伝子型のうちの少なくとも1つを含む。いくつかの実施形態では、クローンiPSCのCRISPR媒介編集は、CD38をノックアウトすることをさらに含む。いくつかの実施形態では、CRISPR媒介編集はTCR遺伝子座においてMICA/B CARもしくは第2のCARの挿入をさらに含み、かつ/またはCARはTCRの内因性プロモーターによって駆動され、かつ/またはTCRはCAR挿入によってノックアウトされる。
本出願のさらなる態様は、腫瘍細胞表面抗原MICA/Bを標的とする治療を改善する方法であって、この方法は、本出願に記載の細胞とMICA/B-CARの特徴および非限定的な実施形態を有する、MICA/B-CARを含む細胞を、治療下の対象に投与することを含む、方法を提供する。いくつかの実施形態では、MICA/B-CARを含む細胞は、T細胞、NK細胞、派生NK細胞、または派生T細胞を含む。いくつかの実施形態では、MICA/B-CARを含む細胞は、CD38ノックアウト、高親和性切断不可能CD16またはそのバリアントのうちの1つ以上をさらに含み、任意選択で、HLA-1欠損および/またはHLA-II欠損;B2MおよびCIITAノックアウト;HLA-Gまたは切断不可能なHLA-Gの発現の導入、またはCD58およびCD54の一方または両方のノックアウトの導入;第2のCARの導入された発現、および細胞表面発現外因性サイトカインおよび/またはその受容体の部分的または完全な長さのペプチドの導入された発現を、さらに含む。いくつかの実施形態では、この方法で使用される細胞は、表1に列記される遺伝子型のうちの少なくとも1つを含む。
提供されるMICA/B CARを含む細胞を使用して腫瘍細胞表面抗原MICA/Bを標的とする治療を改善する方法の様々な実施形態は、本発明のMICA/B-CARを有しないエフェクター細胞を使用する治療と比較して、以下の1つ以上が可能である:MICA/B抗原の腫瘍細胞表面シェディングの減少;腫瘍細胞表面のMICA/B密度の増加;腫瘍抗原エスケープを防ぐ;腫瘍微小環境抑制を克服する;エフェクター細胞の活性化および殺滅機能の増強;インビボ腫瘍進行制御、腫瘍細胞量の減少、腫瘍クリアランス、ならびに/または生存率の改善。
本明細書で提供される組成物および方法の様々な目的および利点は、例示および例として、本発明のある特定の実施形態が示される添付の図面と併せて以下の説明から明らかになるであろう。
iPSC(人工多能性幹細胞)のゲノム修飾には、ポリヌクレオチドの挿入、欠失、および置換が含まれる。ゲノム操作されたiPSCにおける外因性遺伝子発現は、元のゲノム操作されたiPSCの長期クローン拡大後、細胞分化後、およびゲノム操作されたiPSCに由来する細胞からの脱分化細胞型において、遺伝子サイレンシングまたは遺伝子発現の低下などの問題に遭遇することが多い。一方、T細胞またはNK細胞などの初代免疫細胞を直接操作することは困難であり、養子細胞療法のための操作された免疫細胞の調製および送達に障害をもたらす。本発明は、自殺遺伝子および他の機能的モダリティを含む1つ以上の外因性遺伝子を安定的に組み込むための効率的で信頼できる標的化アプローチを提供し、これは生着、輸送、ホーミング、遊走、細胞傷害性、生存能力、維持、増殖、寿命、自己複製、持続性、および/または生存率に関する改善された治療的特性を、HSC(造血幹細胞および前駆細胞)、T細胞前駆細胞、NK細胞前駆細胞、T細胞、NKT細胞、NK細胞を含むが、これらに限定されないiPSC派生細胞にもたらす。
定義
本明細書で別段の定義がない限り、本出願に関連して使用される科学用語および技術用語は、当業者によって一般的に理解される意味を有するものとする。さらに、文脈上別段の必要がない限り、単数形には複数形が含まれ、複数形には単数形が含まれるものとする。
本明細書で別段の定義がない限り、本出願に関連して使用される科学用語および技術用語は、当業者によって一般的に理解される意味を有するものとする。さらに、文脈上別段の必要がない限り、単数形には複数形が含まれ、複数形には単数形が含まれるものとする。
本発明は、本明細書に記載される特定の方法論、プロトコル、および試薬などに限定されず、したがって異なり得ることを理解されたい。本明細書で使用される用語は、単に特定の実施形態を説明することを目的としており、特許請求の範囲によってのみ定義される本発明の範囲を限定することを意図するものではない。
本明細書で使用される場合、「a」、「an」、および「the」という冠詞は、冠詞の文法的目的語の1つまたは2つ以上(すなわち、少なくとも1つ)を指すために本明細書で使用される。例として、「要素」は、1つの要素または2つ以上の要素を意味する。
代替案(例えば、「または」)の使用は、代替案の一方、両方、またはそれらの任意の組み合わせを意味すると理解されるべきである。
「および/または」という用語は、代替案の一方または両方のいずれかを意味すると理解されるべきである。
本明細書で使用される場合、「約」または「およそ」という用語は、参照の数量、レベル、値、数、頻度、パーセンテージ、寸法、サイズ、量、重量、または長さと比較して、15%、10%、9%、8%、7%、6%、5%、4%、3%、2%、または1%まで変動する数量、レベル、値、数、頻度、パーセンテージ、寸法、サイズ、量、重量、または長さを指す。一実施形態では、「約」または「およそ」という用語は、参照の数量、レベル、値、数、頻度、パーセンテージ、寸法、サイズ、量、重量、または長さの、±15%、±10%、±9%、±8%、±7%、±6%、±5%、±4%、±3%、±2%、または±1%の数量、レベル、値、数、頻度、パーセンテージ、寸法、サイズ、量、重量、または長さの範囲を指す。
本明細書で使用される場合、「実質的に」または「本質的に」という用語は、参照の数量、レベル、値、数、頻度、パーセンテージ、寸法、サイズ、量、重量、または長さと比較して、約90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、または99%以上の数量、レベル、値、数、頻度、パーセンテージ、寸法、サイズ、量、重量、または長さを指す。一実施形態では、「本質的に同じ」または「実質的に同じ」という用語は、参照の数量、レベル、値、数、頻度、パーセンテージ、寸法、サイズ、量、重量、または長さとほぼ同じ数量、レベル、値、数、頻度、パーセンテージ、寸法、サイズ、量、重量、または長さの範囲を指す。
本明細書で使用される場合、「実質的に含まない」および「本質的に含まない」という用語は交換可能に使用され、細胞集団または培養培地などの組成物を説明するために使用される場合、特定の物質またはその供給源を含まない、例えば、特定の物質またはその供給源を95%含まない、96%含まない、97%含まない、98%含まない、99%含まないか、または従来の手段によって測定されるとき検出不能である組成物を指す。組成物中のある特定の成分または物質を「含まない」または「本質的に含まない」という用語はまた、そのような成分または物質が、(1)任意の濃度で組成物に含まれない、または(2)機能的に不活性だが、低濃度で組成物に含まれることを意味する。同様の意味は、「不在」という用語に適用することができ、特定の物質または組成物のその供給源が不在であることを指す。
本明細書全体を通して、文脈上別段の必要がない限り、「含む(comprise)」、「含む(comprises)」、および「含む(comprising)」という用語は、記載されたステップもしくは要素またはステップもしくは要素の群を含むことを意味するが、任意の他のステップもしくは要素またはステップもしくは要素の群を除外することを意味しないと理解される。特定の実施形態では、「含む(include)」、「有する」、「含有する」、および「含む(comprise)」という用語は、同義語として使用される。
「からなる」とは、「からなる」という句に続くものを含み、これに限定されることを意味する。したがって、「からなる」という句は、列記された要素が必要または必須であり、他の要素が存在し得ないことを示す。
「本質的にからなる」とは、句の後に列記された任意の要素を含むことを意味し、列記される要素の開示において特定された活性または動作に干渉または寄与しない他の要素に限定される。したがって、「本質的にからなる」という句は、列記される要素が必要または必須であることを示すが、他の要素は任意選択ではなく、列記された要素の活性または動作に影響を及ぼすか否かに応じて存在しても存在しなくてもよい。
本明細書全体を通して、「一実施形態」、「実施形態」、「特定の実施形態」、「関連する実施形態」、「ある特定の実施形態」、「追加の実施形態」、または「さらなる実施形態」、またはそれらの組み合わせへの言及は、実施形態に関連して説明される特定の特色、構造、または特徴は、本発明の少なくとも1つの実施形態に含まれる。したがって、本明細書全体を通して様々な場所での前述の句の出現は、必ずしもすべてが同じ実施形態を参照しているわけではない。さらに、特定の特色、構造、または特徴は、1つ以上の実施形態において任意の好適な方法で組み合わせることができる。
「エクスビボ」という用語は、一般に、好ましくは自然条件の改変を最小限に抑えて、生体外の人工環境の生体組織内または生体組織上で行われる実験または測定など、生体外で行われる活動を指す。特定の実施形態では、「エクスビボ」手順は、生物から採取され、通常は無菌条件下で、典型的には数時間または最大約24時間(しかしながら、状況に応じて最大48または72時間以上を含む)実験装置で培養された生細胞または組織を伴う。ある特定の実施形態では、そのような組織または細胞を収集して凍結し、後にエクスビボ処理のために解凍することができる。生細胞または組織を使用して数日より長く続く組織培養実験または手順は、典型的には、「インビトロ」であるとみなされるが、ある特定の実施形態では、この用語は、エクスビボと交換可能に使用され得る。
「インビボ」という用語は、一般に、生体内で行われる活動を指す。
本明細書で使用される場合、「再プログラミング」または「脱分化」または「分化能の増加」または「発生能の増加」という用語は、細胞の分化能を増加させるか、または細胞をより分化していない状態に脱分化する方法を指す。例えば、分化能が増加した細胞は、再プログラミングされていない状態の同じ細胞と比較して、より大きな発生可塑性を有する(つまり、より多くの細胞型に分化することができる)。言い換えれば、再プログラミングされた細胞は、再プログラミングされていない状態の同じ細胞よりもあまり分化しない状態にある細胞である。
本明細書で使用される場合、「分化」という用語は、特殊化していない(「コミットしていない」)またはあまり特殊化していない細胞が、例えば、血液細胞または筋細胞などの特殊化された細胞の特色を獲得するプロセスである。分化したまたは分化誘導された細胞は、細胞の系統内でより特殊化した(「コミットした」)位置をとった細胞である。「コミットした」という用語は、分化のプロセスに適用される場合、通常の状況下で、特定の細胞型または細胞型のサブセットに分化し続ける点まで分化経路を進んでおり、通常の状況下では、異なる細胞型に分化するか、またはあまり分化しない細胞型に戻ることができない細胞を指す。本明細書で使用される場合、「多能性」という用語は、体または体細胞のすべての系統(すなわち、胚そのもの)を形成する細胞の能力を指す。例えば、胚性幹細胞は、外胚葉、中胚葉、内胚葉の3つの胚葉のそれぞれから細胞を形成できる多能性幹細胞の一種である。多能性は、完全な生物を生み出すことができない不完全または部分的に多能性の細胞(例えば、エピブラスト幹細胞またはEpiSC)から、完全な生物(例えば、胚性幹細胞)を生み出すことができるより原始的でより多能性の細胞に及ぶ発生能の連続体である。
本明細書で使用されるとき、「人工多能性幹細胞」またはiPSCという用語は、幹細胞が、誘導または変更された、分化した成人、新生児または胎児細胞から産生された、すなわち、3つのすべての胚葉または真皮層:中胚葉、内胚葉、および外胚葉のすべての組織に分化できる細胞にリプログラミングされたことを意味する。産生されたiPSCは、自然界に見られる細胞を指さない。
本明細書で使用される場合、「胚性幹細胞」という用語は、胚盤胞の内部細胞塊の天然に存在する多能性幹細胞を指す。胚性幹細胞は多能性であり、発生中に外胚葉、内胚葉および中胚葉の3つの主要な胚葉のすべての誘導体を生じさせる。それらは胚体外膜または胎盤に寄与しない、すなわち、全能性ではない。
本明細書で使用される場合、「多分化能幹細胞」という用語は、1つ以上の胚葉(外胚葉、中胚葉、および内胚葉)の細胞に分化するが、3つすべてにではない発生の可能性を有する細胞を指す。したがって、多分化能細胞は「部分的に分化した細胞」とも呼ばれる。多分化能細胞は当技術分野で周知であり、多分化能細胞の例には、例えば、造血幹細胞および神経幹細胞などの成体幹細胞が含まれる。「多分化能」は、細胞が所与の系統で多くの細胞型を形成する可能性があるが、他の系統の細胞は形成しない可能性があることを示す。例えば、多分化能造血細胞は、多くの異なる血液細胞型(赤、白、血小板など)を形成することができるが、ニューロンを形成することはできない。したがって、「多分化能」という用語は、全能性および多能性よりも低い発生能の程度を有する細胞の状態を指す。
多能性は、部分的に、細胞の多能性の特徴を評価することによって決定することができる。多能性の特徴には、(i)多能性幹細胞の形態、(ii)無制限の自己再生の可能性、(iii)SSEA1(マウスのみ)、SSEA3/4、SSEA5、TRA1-60/81、TRA1-85、TRA2-54、GCTM-2、TG343、TG30、CD9、CD29、CD133/プロミニン、CD140a、CD56、CD73、CD90、CD105、OCT4、NANOG、SOX2、CD30、および/またはCD50を含むがこれらに限定されない多能性幹細胞マーカーの発現、(iv)3つすべての体細胞系統(外胚葉、中胚葉、内胚葉)に分化する能力、(v)3つの体細胞系統からなる奇形腫の形成、ならびに(vi)3つの体細胞系統からの細胞からなる胚様体の形成が含まれるが、これらに限定されない。
後期胚盤胞のエピブラスト幹細胞(EpiSC)に類似した多能性の「プライミング」または「準安定」状態、および初期/着床前胚盤胞の細胞塊に類似した多能性の「ナイーブ」または「グラウンド」状態の2種類の多能性が以前に説明されている。両方の多能性状態は上述のような特徴を呈するが、ナイーブまたはグラウンド状態はさらに、(i)雌性細胞におけるX染色体の事前不活性化または再活性化、(ii)単一細胞培養中のクローン性および生存の改善、(iii)DNAメチル化の全体的な低下、(iv)発生制御遺伝子プロモーターへのH3K27me3抑制クロマチンマーク沈着の低下、および(v)プライミング状態の多能性細胞と比較して分化マーカーの発現の低下を呈する。外因性多能性遺伝子が体細胞に導入され、発現され、その後、サイレンシングされるか、または結果として得られる多能性細胞から除去される細胞再プログラミングの標準的な方法論は、一般に、多能性のプライミング状態の特徴を有するとみなされる。標準的な多能性細胞培養条件下では、そのような細胞は、グラウンド状態の特徴が観察される外因性導入遺伝子の発現が維持されない限り、プライミング状態のままであり、グラウンド状態の特徴が観察される。
本明細書で使用される場合、「多能性幹細胞形態」という用語は、胚性幹細胞の古典的な形態学的特色を指す。正常な胚性幹細胞の形態は、核と細胞質の比率が高く、核小体が顕著に存在し、典型的な細胞間間隔がある、形状が丸くて小さいことを特徴とする。
本明細書で使用される場合、「対象」という用語は、任意の動物、好ましくはヒト患者、家畜、または他の飼育動物を指す。
「多能性因子」または「再プログラミング因子」は、単独で、または他の薬剤と組み合わせてのいずれかで、細胞の発生能を増加させることができる薬剤を指す。多能性因子には、細胞の発生能を増加させることができるポリヌクレオチド、ポリペプチド、および小分子が含まれるが、これらに限定されない。例示的な多能性因子には、例えば、転写因子および小分子再プログラミング剤が含まれる。
「培養」または「細胞培養」は、インビトロ環境における細胞の維持、成長、および/または分化を指す。「細胞培養培地」、「培養培地」(それぞれの場合において単数の「培地」)、「補充成分」および「培地補充成分」は、細胞培養を培養する栄養組成物を指す。
「培養する」または「維持する」とは、例えば滅菌プラスチック(またはコーティングされたプラスチック)細胞培養皿またはフラスコ内で、組織外または体外で細胞を維持、増殖(成長)、および/または分化させることを指す。「培養」または「維持」は、細胞を増殖および/または維持するのに役立つ栄養素、ホルモン、および/または他の因子の供給源として培養培地を利用し得る。
本明細書で使用される場合、「中胚葉」という用語は、初期胚発生中に現れ、循環系の血液細胞、筋肉、心臓、真皮、骨格、ならびに他の支持組織および結合組織を含む様々な特殊化した細胞型を生じさせる3つの胚葉のうちの1つを指す。
本明細書で使用される場合、「二次造血内皮細胞」(HE)または「多能性幹細胞由来の二次造血内皮細胞」(iHE)という用語は、内皮造血転換と呼ばれるプロセスにおいて造血幹細胞および前駆細胞を生じさせる内皮細胞のサブセットを指す。胚における造血細胞の発達は、側板中胚葉から血管芽細胞を経て二次造血内皮細胞および造血前駆細胞へと順次進行する。
「造血幹細胞および前駆細胞」、「造血幹細胞」、「造血前駆細胞」、または「造血前駆細胞」という用語は、造血系統にコミットしているが、さらなる造血分化が可能であり、多分化能造血幹細胞(血球芽細胞)、骨髄系前駆細胞、巨核球前駆細胞、赤血球前駆細胞、およびリンパ系前駆細胞を含む細胞を指す。造血幹細胞および前駆細胞(HSC)は、骨髄(単球およびマクロファージ、好中球、好塩基球、好酸球、赤血球、巨核球/血小板、樹状細胞)、およびリンパ系(T細胞、B細胞、NK細胞)を含むすべての血液細胞型を生じさせる多分化能幹細胞である。本明細書で使用される「二次造血幹細胞」という用語は、T細胞、NK細胞、およびB細胞を含む成熟骨髄およびリンパ系細胞型の両方を生じさせることができるCD34+造血細胞を指す。造血細胞には、原始赤血球、巨核球、およびマクロファージを生じさせる原始造血細胞の様々なサブセットも含まれる。
本明細書で使用される場合、「Tリンパ球」および「T細胞」という用語は、交換可能に使用され、胸腺で成熟を完了し、体内の特定の外来抗原の特定ならびに他の免疫細胞の活性化および非活性化を含む、免疫系において様々な役割を有する主要な型の白血球を指す。T細胞は、培養されたT細胞、例えば、初代T細胞、もしくは培養されたT細胞株、例えば、ジャーカット、SupT1などからのT細胞、または哺乳動物から得られたT細胞などの任意のT細胞であり得る。T細胞は、CD3+細胞であり得る。T細胞は、任意の型のT細胞であり得、CD4+/CD8+二重陽性T細胞、CD4+ヘルパーT細胞(例えば、Th1およびTh2細胞)、CD8+T細胞(例えば、細胞傷害性T細胞)、末梢血単核細胞(PBMC)、末梢血白血球(PBL)、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)、メモリーT細胞、ナイーブT細胞、制御性T細胞、ガンマデルタT細胞(γδT細胞)などを含むがこれらに限定されない任意の発生段階のものであり得る。追加の型のヘルパーT細胞には、Th3(Treg)、Th17、Th9、またはTfh細胞などの細胞が含まれる。追加の型のメモリーT細胞には、セントラルメモリーT細胞(Tcm細胞)、エフェクターメモリーT細胞(Tem細胞およびTEMRA細胞)などの細胞が含まれる。T細胞はまた、T細胞受容体(TCR)またはキメラ抗原受容体(CAR)を発現するように修飾されたT細胞などの遺伝子操作されたT細胞を指し得る。T細胞はまた、幹細胞または前駆細胞から分化され得る。
「CD4+T細胞」は、表面にCD4を発現し、細胞媒介性免疫応答に関連するT細胞のサブセットを指す。それらは、刺激後の分泌プロファイルを特徴とし、これには、IFN-ガンマ、TNF-アルファ、IL2、IL4、およびIL10などのサイトカインの分泌が含まれ得る。「CD4」は、最初はTリンパ球上の分化抗原として定義された55kDの糖タンパク質であるが、単球/マクロファージを含む他の細胞にも見られる。CD4抗原は、免疫グロブリン超遺伝子ファミリーのメンバーであり、MHC(主要組織適合遺伝子複合体)クラスII制限免疫応答の関連認識要素として関与している。Tリンパ球では、それらはヘルパー/インデューサーサブセットを定義する。
「CD8+T細胞」とは、表面にCD8を発現し、MHCクラスI制限され、細胞傷害性T細胞として機能するT細胞のサブセットを指す。「CD8」分子は、胸腺細胞、ならびに細胞傷害性およびサプレッサーTリンパ球に見られる分化抗原である。CD8抗原は、免疫グロブリン超遺伝子ファミリーのメンバーであり、主要組織適合遺伝子複合体クラスI制限相互作用における関連認識要素である。
本明細書で使用される場合、「NK細胞」または「ナチュラルキラー細胞」という用語は、CD56またはCD16の発現およびT細胞受容体(CD3)の不在によって定義される末梢血リンパ球のサブセットを指す。本明細書で使用される場合、「適応NK細胞」および「メモリーNK細胞」という用語は、交換可能であり、表現型的にCD3-およびCD56+であり、NKG2CおよびCD57のうちの少なくとも1つ、および任意選択でCD16を発現するが、PLZF、SYK、
およびEAT-2のうちの1つ以上の表現に欠くNK細胞のサブセットを指す。いくつかの実施形態では、CD56+NK細胞の単離された亜集団は、CD16、NKG2C、CD57、NKG2D、NCRリガンド、NKp30、NKp40、NKp46、活性化および阻害性KIR、NKG2A、ならびに/またはDNAM-1の発現を含む。CD56+は、暗いまたは明るい発現であり得る。
本明細書で使用される場合、「NKT細胞」または「ナチュラルキラーT細胞」という用語は、T細胞受容体(TCR)を発現するCD1d制限T細胞を指す。従来の主要組織適合(MHC)分子によって提示されるペプチド抗原を検出する従来のT細胞とは異なり、NKT細胞は、非古典的なMHC分子であるCD1dによって提示される脂質抗原を認識する。2つの型のNKT細胞が認識されている。インバリアントまたはI型NKT細胞は、非常に限られたTCRレパートリー、つまり、限られたスペクトルのβ鎖(ヒトではVβ11)に関連する標準的なα鎖(ヒトではVα24-Jα18)を発現する。非古典的または非インバリアントII型NKT細胞と呼ばれるNKT細胞の2番目の集団は、より不均一なTCRαβの使用を示す。I型NKT細胞は、免疫療法に好適であると考えられる。適応またはインバリアント(I型)NKT細胞は、以下のマーカー:TCR Va24-Ja18、Vb11、CD1d、CD3、CD4、CD8、aGalCer、CD161、およびCD56のうちの少なくとも1つ以上の発現により特定され得る。
本明細書で使用される場合、「単離された」などの用語は、元の環境から分離された、すなわち、単離された細胞の環境は、「単離されていない」参照細胞が存在する環境で見出される少なくとも1つの構成要素を実質的に含まない細胞または細胞の集団を指す。この用語には、自然環境で見出される一部またはすべての構成要素から取り出された、例えば、組織や生検試料から単離された細胞が含まれる。この用語はまた、細胞が天然に存在しない環境で見出される、例えば、細胞培養または細胞懸濁液から単離されるため、少なくとも1つ、いくつか、またはすべての構成要素から取り出される細胞を含む。したがって、単離された細胞は、自然界に見られる場合、または天然に存在しない環境で成長するか、保存されるか、もしくは生存する場合、他の物質、細胞、または細胞集団を含む少なくとも1つの構成要素から部分的または完全に分離される。単離された細胞の特定の例には、部分的に純粋な細胞組成物、実質的に純粋な細胞組成物、および天然に存在しない培地で培養された細胞が含まれる。単離された細胞は、所望の細胞またはその集団を環境中の他の物質または細胞から分離することから、または環境から1つ以上の他の細胞集団もしくは亜集団を取り除くことから得ることができる。
本明細書で使用される場合、「精製する」などの用語は、純度を高めることを指す。例えば、純度を少なくとも50%、60%、70%、80%、90%、95%、99%、または100%に増加させることができる。
本明細書で使用される場合、「コード化」という用語は、ヌクレオチドの定義された配列(すなわち、rRNA、tRNA、およびmRNA)またはアミノ酸の定義された配列およびそれらから生じる生物学的特性のいずれかを有する、生物学的プロセスにおける他のポリマーおよび巨大分子の合成のためのテンプレートとして役立つ、遺伝子、cDNA、またはmRNAなどのポリヌクレオチド中のヌクレオチドの特定の配列の固有の特性を指す。したがって、遺伝子は、その遺伝子に対応するmRNAの転写および翻訳が細胞または他の生物学的系においてタンパク質を産生する場合、タンパク質をコードする。mRNA配列と同一であり、通常配列表に提供されるヌクレオチド配列であるコード鎖と、遺伝子またはcDNAの転写のテンプレートとして使用される非コード鎖との両方を、その遺伝子またはcDNAのタンパク質または他の産物をコードすると称することができる。
「構築物」は、インビトロまたはインビボのいずれかで宿主細胞に送達されるポリヌクレオチドを含む巨大分子または分子の複合体を指す。本明細書で使用される場合、「ベクター」は、外来遺伝子材料の標的細胞への送達または移動を指向することができる任意の核酸構築物を指し、標的細胞で複製および/または発現することができる。本明細書で使用される場合、「ベクター」という用語は、送達される構築物を含む。ベクターは、線状または環状分子であり得る。ベクターは、組み込みまたは非組み込みであり得る。ベクターの主な種類には、プラスミド、エピソームベクター、ウイルスベクター、コスミド、および人工染色体が含まれるが、これらに限定されない。ウイルスベクターには、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクター、レトロウイルスベクター、レンチウイルスベクター、センダイウイルスベクターなどが含まれるが、これらに限定されない。
「組み込み」とは、構築物の1つ以上のヌクレオチドが細胞ゲノムに安定して挿入される、すなわち、細胞の染色体DNA内の核酸配列に共有結合されることを意味する。「標的化された組み込み」とは、構築物のヌクレオチドが、予め選択された部位または「組み込み部位」で細胞の染色体またはミトコンドリアDNAに挿入されることを意味する。本明細書で使用される場合、「組み込み」という用語はさらに、組み込み部位での内因性配列またはヌクレオチドの欠失の有無にかかわらず、構築物の1つ以上の外因性配列またはヌクレオチドの挿入を伴うプロセスを指す。挿入部位に欠失がある場合、「組み込み」は、欠失される内因性配列またはヌクレオチドを1つ以上の挿入されたヌクレオチドに置き換えることをさらに含み得る。
本明細書で使用される場合、「外因性」という用語は、参照される分子または参照される活性が宿主細胞に導入されるか、または宿主細胞に非天然であることを意味することを意図する。分子は、例えば、コード化核酸を宿主の遺伝子材料に導入することにより、例えば、宿主の染色体に組み込むことにより、またはプラスミドなどの非染色体遺伝子材料として導入され得る。したがって、コード化核酸の発現に関して使用される場合の用語は、コード化核酸を発現可能な形態で細胞に導入することを指す。「内因性」という用語は、宿主細胞に存在する参照される分子または活性を指す。同様に、コード化核酸の発現に関して使用される場合の用語は、細胞内に含まれ、外因的に導入されていないコード化核酸の発現を指す。
本明細書で使用される場合、「目的の遺伝子」または「目的のポリヌクレオチド配列」は、適切な制御配列の制御下に置かれると、RNAに転写され、場合によってはインビボでポリペプチドに翻訳されるDNA配列である。目的の遺伝子またはポリヌクレオチドには、原核生物の配列、真核生物のmRNAからのcDNA、真核生物(例えば、哺乳類)からのDNAからのゲノムDNA配列、および合成DNA配列が含まれ得るが、これらに限定されない。例えば、目的の遺伝子は、miRNA、shRNA、天然ポリペプチド(すなわち、自然界に見られるポリペプチド)またはそれらの断片;バリアントポリペプチド(すなわち、天然ポリペプチドと100%未満の配列同一性を有する天然ポリペプチドの変異体)またはその断片;操作されたポリペプチドまたはペプチド断片、治療用ペプチドまたはポリペプチド、撮像マーカー、選択可能なマーカーなどをコードし得る。
本明細書で使用される場合、「ポリヌクレオチド」という用語は、デオキシリボヌクレオチドもしくはリボヌクレオチドまたはそれらの類似体のいずれかである、任意の長さのヌクレオチドのポリマー形態を指す。ポリヌクレオチドの配列は、4つのヌクレオチド塩基:アデニン(A)、シトシン(C)、グアニン(G)、チミン(T)、およびポリヌクレオチドがRNAの場合、チミンに対してウラシル(U)で構成される。ポリヌクレオチドは、遺伝子または遺伝子断片(例えば、プローブ、プライマー、EST、またはSAGEタグ)、エキソン、イントロン、メッセンジャーRNA(mRNA)、トランスファーRNA、リボソームRNA、リボザイム、cDNA、組換えポリヌクレオチド、分岐ポリヌクレオチド、プラスミド、ベクター、任意の配列の単離されたDNA、任意の配列の単離されたRNA、核酸プローブ、およびプライマーを含み得る。ポリヌクレオチドはまた、二本鎖分子および一本鎖分子の両方を指す。
本明細書で使用される場合、「ペプチド」、「ポリペプチド」、および「タンパク質」という用語は、交換可能に使用され、ペプチド結合によって共有結合されたアミノ酸残基を有する分子を指す。ポリペプチドは、少なくとも2つのアミノ酸を含まなければならず、ポリペプチドのアミノ酸の最大数に制限はない。本明細書で使用される場合、これらの用語は、例えば、当技術分野で一般にペプチド、オリゴペプチド、およびオリゴマーとも称される短い鎖と、当技術分野で一般にポリペプチドまたはタンパク質と称されるより長い鎖との両方を指す。「ポリペプチド」には、例えば、とりわけ、生物学的に活性な断片、実質的に相同なポリペプチド、オリゴペプチド、ホモ二量体、ヘテロ二量体、ポリペプチドのバリアント、修飾されたポリペプチド、誘導体、類似体、融合タンパク質が含まれる。ポリペプチドには、天然ポリペプチド、組換えポリペプチド、合成ポリペプチド、またはそれらの組み合わせが含まれる。
「作動可能に連結された」とは、一方の機能が他方によって影響を受けるように、単一の核酸断片上の核酸配列の会合を指す。例えば、プロモーターは、そのコード配列または機能的RNAの発現に影響を及ぼすことができる場合(すなわち、コード配列または機能的RNAがプロモーターの転写制御下にある)、コード配列または機能的RNAと作動可能に連結されている。コード配列は、センスまたはアンチセンスの方向で調節配列に作動可能に連結することができる。
本明細書で使用される場合、「遺伝子インプリント」という用語は、供給源細胞またはiPSCにおける優先的な治療属性に寄与し、供給源細胞由来のiPSCおよび/またはiPSC由来の造血系細胞において保持可能な遺伝的または後成的情報を指す。本明細書で使用される場合、「供給源細胞」は、再プログラミングを通じてiPSCを生成するために使用され得る非多能性細胞であり、供給源細胞由来のiPSCは、任意の造血系統細胞を含む特定の細胞型にさらに分化され得る。供給源細胞由来のiPSC、およびそれから分化した細胞は、時折、状況に応じて、まとめて「由来」または「派生」細胞と呼ばれる。例えば、本明細書全体を通して使用される派生エフェクター細胞、または派生NK細胞もしくは派生T細胞は、末梢血、臍帯血、または他のドナー組織などの天然/天然源から得られた一次対応物と比較して、iPSCから分化した細胞である。本明細書で使用される場合、優先的な治療属性を付与する遺伝子インプリントは、ドナー特異的、疾患特異的、または治療応答特異的な選択された供給源細胞を再プログラミングすることによって、またはゲノム編集を使用して、遺伝子修飾されたモダリティをiPSCに導入することによってのいずれかでiPSCに組み込まれる。特異的に選択されたドナー、疾患、または治療状況から取得されたソース細胞の態様では、優先的な治療属性に寄与する遺伝的インプリントには、根本的な分子事象が同定されているかどうかに関係なく、選択されたソース細胞の派生細胞に渡される、保持可能な表現型、すなわち優先的な治療属性を表す、状況特異的な遺伝的またはエピジェネティックを含み得る。ドナー特異的、疾患特異的、または治療応答特異的供給源細胞は、iPSCおよび由来造血系統細胞において保持可能な遺伝子インプリントを含み得、これらの遺伝子インプリントには、例えば、ウイルス特異的T細胞またはインバリアントナチュラルキラーT(iNKT)細胞からの予め配置された単一特異性TCR;追跡可能で望ましい遺伝子多型、例えば、選択されたドナーの高親和性CD16受容体をコードする点変異のためのホモ接合性;所定のHLA要件、すなわち、集団が増加したハプロタイプを呈する選択されたHLA適合ドナー細胞が含まれるが、これに限定されない。本明細書で使用される場合、優先的な治療属性には、由来細胞の改善された生着、輸送、ホーミング、生存能、自己再生、持続性、免疫応答の制御および調節、生存、ならびに細胞傷害性が含まれる。優先的な治療属性は、抗原標的化受容体の発現、HLAの提示またはその欠如、腫瘍微小環境に対する耐性、バイスタンダー免疫細胞の誘導および免疫調節、腫瘍外効果の低減による改善された標的特異性、化学療法などの治療に対する耐性にも関係している可能性がある。
本明細書で使用される場合、「増強された治療特性」という用語は、同じ一般的な細胞型の典型的な免疫細胞と比較して増強された細胞の治療特性を指す。例えば、「増強された治療特性」を有するNK細胞は、典型的な、未修飾の、および/または天然に存在するNK細胞と比較して、増強、改善、および/または増大された治療特性を有する。免疫細胞の治療特性には、細胞生着、輸送、ホーミング、生存能、自己再生、持続性、免疫応答の制御および調節、生存、ならびに細胞傷害性が含まれ得るが、これらに限定されない。免疫細胞の治療特性は、抗原標的化受容体の発現、HLAの提示またはその欠如、腫瘍微小環境に対する耐性、バイスタンダー免疫細胞の誘導および免疫調節、腫瘍外効果の低減による改善された標的特異性、化学療法などの治療に対する耐性よっても示される。
本明細書で使用される場合、「エンゲージャー」という用語は、免疫細胞、例えば、T細胞、NK細胞、NKT細胞、B細胞、マクロファージ、好中球、および腫瘍細胞間の連結を形成し、免疫細胞を活性化することができる分子、例えば、融合ポリペプチドを指す。エンゲージャーの例には、二重特異性T細胞エンゲージャー(BiTE)、二重特異性キラー細胞エンゲージャー(BiKE)、三重特異性キラー細胞エンゲージャー、もしくは多重特異性キラー細胞エンゲージャー、または複数の免疫細胞型と適合性のあるユニバーサルエンゲージャーが含まれるが、これらに限定されない。
本明細書で使用される場合、「表面トリガー受容体」という用語は、免疫応答、例えば、細胞傷害性応答を誘発または開始することができる受容体を指す。表面トリガー受容体は操作することができ、エフェクター細胞、例えば、T細胞、NK細胞、NKT細胞、B細胞、マクロファージ、好中球で発現させることができる。いくつかの実施形態では、表面トリガー受容体は、エフェクター細胞の天然の受容体および細胞型とは関係なく、エフェクター細胞と特定の標的細胞、例えば、腫瘍細胞との間の二重または多重特異性抗体の結合を容易にする。このアプローチを使用して、ユニバーサル表面トリガー受容体を含むiPSCを生成し、次いでそのようなiPSCをユニバーサル表面トリガー受容体を発現する様々なエフェクター細胞型の集団に分化させることができる。「ユニバーサル」とは、表面トリガー受容体が、細胞型に関係なく任意のエフェクター細胞で発現および活性化され得、ユニバーサル受容体を発現するすべてのエフェクター細胞が、エンゲージャーの腫瘍結合特異性に関係なく、表面トリガー受容体によって認識可能な同じエピトープを有するエンゲージャーに結合または連結され得ることを意味する。いくつかの実施形態では、同じ腫瘍標的化特異性を有するエンゲージャーは、ユニバーサル表面トリガー受容体と結合するために使用される。いくつかの実施形態では、異なる腫瘍標的化特異性を有するエンゲージャーは、ユニバーサル表面トリガー受容体と結合するために使用される。したがって、1つまたは複数のエフェクター細胞型を使用して、1つの特定の型の腫瘍細胞を殺滅する場合もあれば、2つ以上の型の腫瘍を殺滅する場合もある。表面トリガー受容体は、一般に、エフェクター細胞活性化のための共刺激ドメインと、エンゲージャーのエピトープに特異的なエピトープ結合領域とを含む。二重特異性エンゲージャーは、一方の端で表面トリガー受容体のエピトープ結合領域に特異的であり、もう一方の端で腫瘍抗原に特異的である。
本明細書で使用される場合、「安全スイッチタンパク質」という用語は、細胞療法の潜在的な毒性またはさもなければ有害作用を防止するように設計された操作されたタンパク質を指す。場合によっては、安全スイッチタンパク質の発現は、安全スイッチタンパク質をコードする遺伝子をそのゲノムに恒久的に組み込んだ、移植された操作された細胞の安全性の懸念に対処するために条件付きで制御される。この条件付き制御は可変であってよく、小分子を介した翻訳後活性化ならびに組織特異的および/または一時的な転写制御による制御が含まれ得る。安全スイッチは、アポトーシスの誘導、タンパク質合成の阻害、DNA複製、成長停止、転写および転写後の遺伝子制御、ならびに/または抗体を介した枯渇を媒介し得る。場合によっては、安全スイッチタンパク質は、外因性分子、例えば、プロドラッグによって活性化され、活性化されると、治療用細胞のアポトーシスおよび/または細胞死を誘発する。安全スイッチタンパク質の例には、カスパーゼ9(またはカスパーゼ3または7)、チミジンキナーゼ、シトシンデアミナーゼ、B細胞CD20、修飾されたEGFR、およびそれらの任意の組み合わせなどの自殺遺伝子が含まれるが、これに限定されない。この戦略では、有害事象が発生した場合に投与されるプロドラッグは、自殺遺伝子産物によって活性化され、形質導入された細胞を殺滅する。
本明細書で使用される場合、「薬学的に活性なタンパク質またはペプチド」という用語は、生物に対して生物学的および/または薬学的効果を達成することができるタンパク質またはペプチドを指す。薬学的に活性なタンパク質は、疾患に対して治癒的、根治的、または姑息的特性を有し、疾患の重症度を回復させる、緩和する、軽減する、逆転させる、または和らげるために投与することができる。薬学的に活性なタンパク質はまた、予防的特性を有し、疾患の発症を予防するため、またはそれが出現したときにそのような疾患もしくは病的状態の重症度を和らげるために使用される。薬学的に活性なタンパク質には、全タンパク質もしくはペプチド、またはそれらの薬学的に活性な断片が含まれる。それはまた、タンパク質もしくはペプチドの薬学的に活性な類似体、またはタンパク質もしくはペプチドの断片の類似体を含む。薬学的に活性なタンパク質という用語はまた、協調的または相乗的に作用して治療上の利益を提供する複数のタンパク質またはペプチドを指す。薬学的に活性なタンパク質またはペプチドの例には、受容体、結合タンパク質、転写および翻訳因子、腫瘍成長抑制タンパク質、抗体もしくはその断片、成長因子、および/またはサイトカインが含まれるが、これらに限定されない。
本明細書で使用される場合、「シグナル伝達分子」という用語は、細胞シグナル伝達を調節する、それに関与する、阻害する、活性化する、低減する、または増加させる任意の分子を指す。シグナル伝達とは、最終的に細胞内の生化学的事象を引き起こす経路に沿ったタンパク質複合体の動員による化学修飾の形態での分子シグナルの伝達を指す。シグナル伝達経路は当技術分野で周知であり、Gタンパク質結合受容体シグナル伝達、チロシンキナーゼ受容体シグナル伝達、インテグリンシグナル伝達、トールゲートシグナル伝達、リガンド依存性イオンチャネルシグナル伝達、ERK/MAPKシグナル伝達経路、Wntシグナル伝達経路、cAMP依存性経路、およびIP3/DAGシグナル伝達経路を含むが、これらに限定されない。
本明細書で使用される場合、「標的化モダリティ」という用語は、細胞に遺伝的に組み込まれて、i)独特のキメラ抗原受容体(CAR)またはT細胞受容体(TCR)に関連する場合、抗原特異性、ii)モノクローナル抗体または二重特異性エンゲージャーに関連する場合、エンゲージャー特異性、iii)形質転換された細胞の標的化、iv)がん幹細胞の標的化、およびv)特定の抗原または表面分子の不在下での他の標的化戦略が含まれるがこれらに限定されない抗原および/またはエピトープ特異性を促進する分子、例えば、ポリペプチドを指す。
本明細書で使用される場合、「特異的」または「特異性」という用語は、非特異的または非選択的結合とは対照的に、分子、例えば、受容体またはエンゲージャーが標的分子に選択的に結合する能力を指すために使用され得る。
本明細書で使用される場合、「養子細胞療法」という用語は、本明細書で使用される場合、遺伝子修飾されているか否かにかかわらず、注入前にインビボで拡大されたT細胞またはB細胞として特定される、自家または同種異系リンパ球の該注入に関連する細胞ベースの免疫療法を指す。
本明細書で使用される場合、「治療的に十分な量」は、その意味の範囲内で、非毒性であるが、それが言及する特定の治療および/または薬学的組成物の十分なおよび/または有効な量を含み、所望の治療効果を提供する。必要な正確な量は、患者の一般的な健康状態、患者の年齢、ならびに状態の段階および重症度などの要因に応じて、対象ごとに異なる。特定の実施形態では、治療的に十分な量は、治療される対象の疾患または状態に関連する少なくとも1つの症状を回復させる、低減する、および/または改善するのに十分である、および/または効果的である。
多能性幹細胞の分化には、培養培地中の刺激剤または細胞の物理的状態の変化など、培養系の変化が必要である。最も一般的な戦略は、系統特異的分化を開始するための一般的かつ重要な中間体として胚様体(EB)の形成を利用する。「胚様体」は、三次元領域内に多数の系統を生じさせるため、胚発生を模倣することが示されている三次元クラスターである。典型的には数時間から数日である分化プロセスを通じて、単純なEB(例えば、分化を誘発する凝集した多能性幹細胞)は成熟を続け、嚢胞性EBに発達し、その時点で(典型的には数日から数週間)、さらに処理されて分化を続ける。EB形成は、多能性幹細胞を三次元の多層細胞クラスター内で互いに近接させることによって開始され、典型的には、これは多能性細胞を液滴に沈降させ、細胞を「U」底ウェルプレートに沈降させるか、または機械的攪拌などによるものを含む、いくつかの方法のうちの1つによって達成される。多能性培養維持培地中で維持された凝集体は適切なEBを形成しないため、EBの発生を促進するために、多能性幹細胞凝集体はさらなる分化の手掛かりが必要である。したがって、多能性幹細胞の凝集体は、選択した系統に向けて誘発の手掛かりを提供する分化培地に移す必要がある。多能性幹細胞のEBベースの培養は、典型的には、EB細胞クラスター内で中程度の増殖を伴う分化した細胞集団(外胚葉、中胚葉、および内胚葉胚葉)の生成をもたらす。細胞分化を促進することが証明されているが、EBは、三次元構造の細胞が環境からの分化の手掛かりに一貫して曝されていないため、異なる分化状態の異種細胞を生じさせる。加えて、EBは作製および維持が困難である。さらに、EBを介した細胞分化は、適度な細胞拡大を伴い、これも分化効率の低下に寄与する。
対照的に、「EB形成」とは異なる「凝集体形成」は、多能性幹細胞由来細胞の集団を拡大するために使用することができる。例えば、凝集体ベースの多能性幹細胞の拡大中に、増殖および多能性を維持するための培養培地が選択される。細胞増殖は一般に、より大きな凝集体を形成する凝集体のサイズを増加させ、これらの凝集体は、培養内の細胞増殖を維持し、細胞数を増加させるために、日常的に機械的または酵素的に小さな凝集体に解離され得る。EB培養とは異なり、維持培養下の凝集体内で培養された細胞は、多能性のマーカーを維持する。多能性幹細胞凝集体は、分化を誘導するためにさらなる分化の手掛かりを必要とする。
本明細書で使用される場合、「単層分化」は、細胞の三次元多層クラスターによる分化とは異なる分化方法、すなわち「EB形成」を指す用語である。本明細書に開示される他の利点の中でも、単層分化は、分化開始のためのEB形成の必要性を回避する。単層培養はEB形成などの胚発生を模倣しないため、特定の系統への分化は、EBの3つすべての胚葉分化と比較して最小限であるとみなされる。
本明細書で使用される場合、「解離した」細胞は、他の細胞から、または表面(例えば、培養プレート表面)から実質的に分離または精製された細胞を指す。例えば、細胞は、機械的または酵素的方法によって動物または組織から解離され得る。代替的に、インビトロで凝集する細胞は、クラスターの懸濁液、単一細胞、または単一細胞とクラスターとの混合物への解離などによって、酵素的または機械的に互いに解離することができる。さらに別の代替の実施形態では、付着細胞は、培養プレートまたは他の表面から解離される。したがって、解離は、細胞外マトリックス(ECM)および基質(例えば、培養表面)との細胞相互作用の破壊、または細胞間のECMの破壊を伴い得る。
本明細書で使用される場合、「フィーダー細胞」または「フィーダー」は、フィーダー細胞が、第2の細胞型を支持するための刺激、成長因子、および栄養素を提供するため、第2の型の細胞が成長、拡大、または分化することができる環境を提供するために第2の型の細胞と共培養される1つの型の細胞を説明する用語である。フィーダー細胞は、任意選択で、それらが支持する細胞とは異なる種からである。例えば、幹細胞を含むある特定の型のヒト細胞は、マウス胚性線維芽細胞または不死化マウス胚性線維芽細胞の初代培養によって支持することができる。別の例では、末梢血由来細胞または形質転換された白血病細胞がナチュラルキラー細胞の拡大および成熟を支持する。フィーダー細胞は、典型的には、他の細胞と共培養するときに、それらが支持している細胞よりも成長するのを防ぐために、照射またはマイトマイシンなどの有糸分裂剤アンタゴニストで処理することによって不活化され得る。フィーダー細胞は、内皮細胞、間質細胞(例えば、上皮細胞または線維芽細胞)、および白血病細胞を含み得る。前述のことを制限することなく、1つの特定のフィーダー細胞型は、ヒト皮膚線維芽細胞などのヒトフィーダーであり得る。別のフィーダー細胞型は、マウス胚性線維芽細胞(MEF)であり得る。一般に、様々なフィーダー細胞を部分的に使用して、多能性を維持し、ある特定の系統への分化を指向し、増殖能力を高め、エフェクター細胞などの特殊化された細胞型への成熟を促進することができる。
本明細書で使用される場合、「フィーダーフリー」(FF)環境は、フィーダー細胞または間質細胞を本質的に含まない、および/またはフィーダー細胞の培養によって予め条件付けされていない培養条件、細胞培養物、または培養培地などの環境を指す。「予め条件付けされた」培地とは、フィーダー細胞が培地内で少なくとも1日などの期間培養された後に採取された培地を指す。予め条件付けされた培地には、培地で培養されたフィーダー細胞によって分泌される成長因子およびサイトカインを含む、多くのメディエーター物質を含む。いくつかの実施形態では、フィーダーフリー環境は、フィーダー細胞または間質細胞の両方を含まず、またフィーダー細胞の培養によって予め条件付けされていない。
iPSCおよびそれから分化した由来非多能性細胞のゲノム編集もしくは修飾、または非多能性細胞およびそれから再プログラミングされた由来iPSCのゲノム編集または修飾の文脈で使用される場合、「機能的」は、(1)直接的なゲノム編集もしくは修飾により、または最初にゲノム操作される開始細胞からの分化もしくはその再プログラミングを介した「伝達」により達成される、遺伝子レベルでの良好なノックイン、ノックアウト、ノックダウン遺伝子発現、トランスジェニックもしくは制御された遺伝子発現、例えば、所望の細胞の発達段階での誘導性もしくは一時的な発現、あるいは(2)(i)直接的なゲノム編集により該細胞において得られた遺伝子発現の修飾、(ii)最初にゲノム操作される開始細胞からの分化もしくはその再プログラミングを介した「伝達」により該細胞で維持される遺伝子発現の修飾、(iii)該細胞の初期の発生段階でのみ現れる、または分化または再プログラミングを介して該細胞を生じさせる開始細胞でのみ現れる遺伝子発現の修飾の結果としての該細胞における下流の遺伝子制御、または(iv)最初に、iPSC、前駆細胞、もしくは脱分化した細胞起源で行われたゲノム編集もしくは修飾に由来する、成熟細胞産物内に提示される、増強されたもしくは新たに獲得された細胞機能もしくは属性による、細胞レベルでの良好な細胞機能/特性の除去、追加、または改変を指す。
HLAクラスI欠損、HLAクラスII欠損、またはその両方を含む「HLA欠損」とは、HLAクラスIタンパク質ヘテロ二量体および/またはHLAクラスIIのヘテロ二量体を含む完全なMHC複合体の表面発現が欠如しているか、またはもはや維持されていないか、またはレベルの減少もしくは低下が他の細胞または合成方法によって自然に検出可能なレベルよりも低いようなレベルの低下を有するいずれかの細胞を指す。
本明細書で使用される場合、「修飾されたHLA欠損iPSC」は、改善された分化の可能性、抗原標的化、抗原提示、抗体認識、持続性、免疫回避、抑制に対する耐性、増殖、共刺激、サイトカイン刺激、サイトカイン産生(オートクリンまたはパラクリン)、走化性、ならびに細胞傷害性に関連するがこれらに限定されないタンパク質、例えば、非古典的HLAクラスIタンパク質(例えば、HLA-EおよびHLA-G)、キメラ抗原受容体(CAR)、T細胞受容体(TCR)、CD16 Fc受容体、BCL11b、NOTCH、RUNX1、IL15、41BB、DAP10、DAP12、CD24、CD3z、41BBL、CD47、CD113、およびPDL1を発現する遺伝子を導入することによってさらに修飾されるHLA欠損iPSCを指す。「修飾されたHLA欠損」の細胞には、iPSC以外の細胞も含まれる。
FcRと略される「Fc受容体」は、それらが認識する抗体の種類に基づいて分類される。例えば、最も一般的なクラスの抗体であるIgGに結合するものは、Fc-ガンマ受容体(FcγR)と呼ばれ、IgAに結合するものはFc-アルファ受容体(FcαR)と呼ばれ、IgEに結合するものはFc-イプシロン受容体(FcεR)と呼ばれる。FcRのクラスは、それらを発現する細胞(マクロファージ、顆粒球、ナチュラルキラー細胞、T細胞およびB細胞)および各受容体のシグナル伝達特性によっても区別される。Fc-ガンマ受容体(FcγR)には、FcγRI(CD64)、FcγRIIA(CD32)、FcγRIIB(CD32)、FcγRIIIA(CD16a)、FcγRIIIB(CD16b)のいくつかのメンバーが含まれ、これらは、分子構造が異なるため抗体親和性が異なる。
CFcRと略される「キメラFc受容体」は、天然の膜貫通および/または細胞内シグナル伝達ドメインが改変されたか、または非天然の膜貫通および/または細胞内シグナル伝達ドメインで置き換えられた操作されたFc受容体を記載するために使用される用語である。キメラFc受容体のいくつかの実施形態では、膜貫通ドメインおよびシグナル伝達ドメインの一方または両方が非天然であることに加えて、1つ以上の刺激ドメインを操作されたFc受容体の細胞内部分に導入して、受容体の誘発により細胞活性化、拡大、および機能を増強することができる。標的抗原への抗原結合ドメインを含むキメラ抗原受容体(CAR)とは異なり、キメラFc受容体は、Fc断片、または抗体のFc領域、またはエンゲージャーもしくは結合分子に含まれるFc領域に結合し、標的化された細胞を近接させるかどうかに関係なく細胞を活性化する。例えば、Fcγ受容体は、細胞外ドメインでのIgGの結合に応答し、それによりCFcRを生成する、細胞内領域内の選択された膜貫通ドメイン、刺激ドメイン、および/またはシグナル伝達ドメインを含むように操作され得る。一例では、CFcRは、その膜貫通ドメインおよび/または細胞内ドメインを置き換えることにより、Fcγ受容体であるCD16を操作することによって生成される。CD16ベースのCFcRの結合親和性をさらに改善するために、CD64の細胞外ドメインまたはCD16の高親和性バリアント(例えば、F176V)を組み込むことができる。高親和性CD16細胞外ドメインを伴うCFcRのいくつかの実施形態では、197位にセリンを含むタンパク質分解切断部位が排除されるか、または受容体の細胞外ドメインが切断不可能であるように置き換えられる、すなわち、シェディングの影響を受けず、それにより、hnCD16ベースのCFcRが得られる。
FcγR受容体であるCD16は、Fc受容体FcγRIIIa(CD16a)およびFcγRIIIb(CD16b)の2つのアイソフォームを有することが特定されている。CD16aは、NK細胞によって発現される膜貫通タンパク質であり、標的細胞に付着した単量体IgGに結合して、NK細胞を活性化し、抗体依存性細胞傷害(ADCC)を容易にする。本明細書で使用される場合、「高親和性CD16」、「切断不可能なCD16」、または「高親和性の切断不可能なCD16(hnCD16)」は、CD16の天然または非天然バリアントを指す。野生型CD16は親和性が低く、NK細胞が活性化されると、白血球上の様々な細胞表面分子の細胞表面密度を調節するタンパク質分解切断プロセスである外部ドメインシェディングに供される。F176VおよびF158Vは、高い親和性を有する例示的なCD16多型バリアントである。膜近位領域(189~212位)における切断部位(195~198位)が改変または排除されているCD16バリアントは、シェディングを受けない。切断部位および膜近位領域は、WO2015/148926に詳細に記載されており、その完全な開示は、参照により本明細書に組み込まれる。CD16 S197Pバリアントは、CD16の設計された切断不可能なバージョンである。F158VおよびS197Pの両方を含むCD16バリアントは、親和性が高く、切断不可能である。別の例示的な高親和性で切断不可能なCD16(hnCD16)バリアントは、CD64外部ドメインの3つのエキソンのうちの1つ以上に由来する外部ドメインを含む操作されたCD16である。
I.増強された特性を有する養子細胞療法に有用な細胞および組成物
本明細書で提供されるのは、派生細胞の治療特性を増強しながら、iPSCの分化能およびiPSCおよびその派生細胞の細胞発生生物学に影響を与えることなくクローンiPSCの調節回路を体系的に操作する戦略である。派生細胞は機能的に改善されており、選択的モダリティの組み合わせがゲノム工学を通じてiPSCレベルで細胞に導入された後の養子細胞療法に好適である。本発明以前は、1つ以上の提供された遺伝子編集を含む改変されたiPSCが、細胞発生に入る能力、および/または調節された活性を保持しながら機能的分化細胞を成熟および生成する能力を依然として有するかどうかは不明であった。iPSCからの指向された細胞分化中の予期せぬ失敗は、発生段階特異的遺伝子発現またはその欠如、HLA複合体提示の要件、導入された表面発現モダリティのタンパク質シェディング、ならびに細胞の表現型および/または機能の変化を可能にする分化プロトコルの再構成の必要性を含むがこれらに限定されない態様に起因している。本出願は、本明細書で提供される1つ以上の選択されたゲノム改変がiPSC分化能に悪影響を及ぼさないこと、ならびに操作されたiPSCから派生する機能エフェクター細胞が、iPSC分化後にエフェクター細胞に保持される、個々のまたは組み合わせたゲノム改変に起因する増強および/または獲得した治療特性を有することを示した。
本明細書で提供されるのは、派生細胞の治療特性を増強しながら、iPSCの分化能およびiPSCおよびその派生細胞の細胞発生生物学に影響を与えることなくクローンiPSCの調節回路を体系的に操作する戦略である。派生細胞は機能的に改善されており、選択的モダリティの組み合わせがゲノム工学を通じてiPSCレベルで細胞に導入された後の養子細胞療法に好適である。本発明以前は、1つ以上の提供された遺伝子編集を含む改変されたiPSCが、細胞発生に入る能力、および/または調節された活性を保持しながら機能的分化細胞を成熟および生成する能力を依然として有するかどうかは不明であった。iPSCからの指向された細胞分化中の予期せぬ失敗は、発生段階特異的遺伝子発現またはその欠如、HLA複合体提示の要件、導入された表面発現モダリティのタンパク質シェディング、ならびに細胞の表現型および/または機能の変化を可能にする分化プロトコルの再構成の必要性を含むがこれらに限定されない態様に起因している。本出願は、本明細書で提供される1つ以上の選択されたゲノム改変がiPSC分化能に悪影響を及ぼさないこと、ならびに操作されたiPSCから派生する機能エフェクター細胞が、iPSC分化後にエフェクター細胞に保持される、個々のまたは組み合わせたゲノム改変に起因する増強および/または獲得した治療特性を有することを示した。
1.MICA/B-CAR
MICAおよびMICBは、ヒト主要組織適合遺伝子複合体クラスI鎖関連遺伝子(MIC)のファミリーメンバーとして発現される。MICファミリーのメンバーは、高度に多型(100を超えるヒト対立遺伝子)であるが、構造的に保存されたモチーフを有する。遺伝子操作されたiPSCおよびその派生エフェクター細胞に適用されるのは、1つ以上のCAR設計であり得る。キメラ抗原受容体であるCARは、抗原認識領域、膜貫通ドメイン、および内部ドメインを含む一般に外部ドメインを含む融合タンパク質である。いくつかの実施形態では、外部ドメインは、シグナルペプチドもしくはリーダー配列、および/またはスペーサー(ヒンジとも呼ばれる)をさらに含み得る。いくつかの実施形態では、内部ドメインは、CARを発現するエフェクター細胞を活性化するシグナル伝達ペプチドをさらに含み得る。いくつかの実施形態では、抗原認識ドメインは、抗原に特異的に結合することができる。いくつかの実施形態では、抗原認識ドメインは、疾患または病原体に関連する抗原に特異的に結合することができる。いくつかの実施形態では、疾患関連抗原は腫瘍抗原であり、腫瘍は液性または固形腫瘍であり得る。いくつかの実施形態では、CARは、該CARを発現するT細胞、NK細胞、またはNKT細胞を活性化するのに好適である。いくつかの実施形態では、NK特異的シグナル伝達構成要素を含むCARは、NK細胞特異的である。いくつかの実施形態では、NKT特異的シグナル伝達構成要素を含むCARは、NKT細胞特異的である。ある特定の実施形態では、該T細胞は、CAR発現iPSCに由来し、派生T細胞は、Tヘルパー細胞、細胞傷害性T細胞、メモリーT細胞、制御性T細胞、ナチュラルキラーT細胞、αβT細胞、γδT細胞、またはそれらの組み合わせを含み得る。ある特定の実施形態では、該NK細胞は、CAR発現iPSCに由来する。ある特定の実施形態では、該NKT細胞は、CAR発現iPSCに由来する。
MICAおよびMICBは、ヒト主要組織適合遺伝子複合体クラスI鎖関連遺伝子(MIC)のファミリーメンバーとして発現される。MICファミリーのメンバーは、高度に多型(100を超えるヒト対立遺伝子)であるが、構造的に保存されたモチーフを有する。遺伝子操作されたiPSCおよびその派生エフェクター細胞に適用されるのは、1つ以上のCAR設計であり得る。キメラ抗原受容体であるCARは、抗原認識領域、膜貫通ドメイン、および内部ドメインを含む一般に外部ドメインを含む融合タンパク質である。いくつかの実施形態では、外部ドメインは、シグナルペプチドもしくはリーダー配列、および/またはスペーサー(ヒンジとも呼ばれる)をさらに含み得る。いくつかの実施形態では、内部ドメインは、CARを発現するエフェクター細胞を活性化するシグナル伝達ペプチドをさらに含み得る。いくつかの実施形態では、抗原認識ドメインは、抗原に特異的に結合することができる。いくつかの実施形態では、抗原認識ドメインは、疾患または病原体に関連する抗原に特異的に結合することができる。いくつかの実施形態では、疾患関連抗原は腫瘍抗原であり、腫瘍は液性または固形腫瘍であり得る。いくつかの実施形態では、CARは、該CARを発現するT細胞、NK細胞、またはNKT細胞を活性化するのに好適である。いくつかの実施形態では、NK特異的シグナル伝達構成要素を含むCARは、NK細胞特異的である。いくつかの実施形態では、NKT特異的シグナル伝達構成要素を含むCARは、NKT細胞特異的である。ある特定の実施形態では、該T細胞は、CAR発現iPSCに由来し、派生T細胞は、Tヘルパー細胞、細胞傷害性T細胞、メモリーT細胞、制御性T細胞、ナチュラルキラーT細胞、αβT細胞、γδT細胞、またはそれらの組み合わせを含み得る。ある特定の実施形態では、該NK細胞は、CAR発現iPSCに由来する。ある特定の実施形態では、該NKT細胞は、CAR発現iPSCに由来する。
ある特定の実施形態では、該抗原認識領域は、マウス抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、ラクダIg、サメ重鎖のみの抗体(VNAR)、Ig NAR、キメラ抗体、組換え抗体、またはその抗体断片を含む。抗体断片の非限定的な例としては、Fab、Fab’、F(ab)’2、F(ab)’3、Fv、抗原結合単鎖可変断片(scFv)、(scFv)2、ジスルフィド安定化Fv(dsFv)、ミニボディ、ダイアボディ、トリアボディ、テトラボディ、単一ドメイン抗原結合断片(sdAb、ナノボディ)、組換え重鎖のみの抗体(VHH)、および全抗体の結合特異性を維持する他の抗体断片が挙げられる。一例では、本明細書は、腫瘍抗原MICAおよびMICBを標的とする抗原認識領域を含むCARを提供する。MICA/B標的かCARのいくつかの実施形態では、抗原認識領域は、MICAおよびMICBの保存されたα3ドメインに特異的に結合するscFVである。一実施形態では、scFVは、配列番号33に対して、少なくとも約99%、約98%、約96%、約95%、約90%、約85%、または少なくとも約80%の同一性であるアミノ酸配列によって表される重鎖の可変領域と、配列番号34に対して、少なくとも約99%、約98%、約96%、約95%、約90%、約85%、または少なくとも約80%の同一性であるアミノ酸配列によって表される軽鎖の可変領域と、を含む。MICA/B scFVの一実施形態では、scFVは、配列番号35に対して、少なくとも約99%、約98%、約96%、約95%、約90%、約85%、または少なくとも約80%の同一性であるアミノ酸配列によって表され、ここでリンカーおよび/またはシグナルペプチドは例示的であり、置換可能である。MICA/B scFVの別の実施形態では、scFVは、配列番号36に対して、少なくとも約99%、約98%、約96%、約95%、約90%、約85%、または少なくとも約80%の同一性であるアミノ酸配列によって表され、ここでリンカーおよび/またはシグナルペプチドは例示的であり、それらの長さおよび配列は変化し得る。本明細書の別の態様は、遺伝子操作されたiPSCおよびその派生細胞を提供し、ここで、細胞は、少なくともMICA/B-CARをコードする外因性ポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、少なくともMICA/B-CARをコードする外因性ポリヌクレオチドを含むiPSC由来エフェクター細胞は、T細胞である。いくつかの実施形態では、少なくともMICA/B-CARをコードする外因性ポリヌクレオチドを含むiPSC由来エフェクター細胞は、NK細胞である。他のいくつかの実施形態では、少なくともMICA/B-CARをコードする外因性ポリヌクレオチドを含むiPSC由来エフェクター細胞は、NKT細胞である。
配列番号33
QIQLVQSGPELKKPGETVKVSCKASGYMFTNYAMNWVKQAPEKGLKWMGWINTHTGDPTYADDFKGRIAFSLETSASTAYLQINNLKNEDTATYFCVRTYGNYAMDYWGQGTSVTVSS
(118AA.MICA/B scFV重鎖(HC))
配列番号34
DIQMTQTTSSLSASLGDRVTISCSASQDISNYLNWYQQKPDGTVKLLIYDTSILHLGVPSRFSGSGSGTDYSLTISNLEPEDIATYYCQQYSKFPRTFGGGTTLEIK
(107AA.MICA/B scFV軽鎖(LC))
[配列表1]
[配列表2]
配列番号33
QIQLVQSGPELKKPGETVKVSCKASGYMFTNYAMNWVKQAPEKGLKWMGWINTHTGDPTYADDFKGRIAFSLETSASTAYLQINNLKNEDTATYFCVRTYGNYAMDYWGQGTSVTVSS
(118AA.MICA/B scFV重鎖(HC))
配列番号34
DIQMTQTTSSLSASLGDRVTISCSASQDISNYLNWYQQKPDGTVKLLIYDTSILHLGVPSRFSGSGSGTDYSLTISNLEPEDIATYYCQQYSKFPRTFGGGTTLEIK
(107AA.MICA/B scFV軽鎖(LC))
[配列表1]
[配列表2]
腫瘍関連抗原としてのMICA/Bは、主にGI上皮、内皮細胞、線維芽細胞で発現し、その発現は細胞/遺伝子毒性ストレスによって誘導され、上皮がんおよび黒色腫がんで高い発現を有する。一方、腫瘍細胞でのMICA/Bの放出は、NKおよびT細胞サブセットで発現するNKG2Dによって認識されない可溶性MICA/Bの増加をもたらし、腫瘍の回避/エスケープを可能にし、免疫監視を阻害する可能性がある。本明細書に示されるように、提供されるMICA/B-CARによるMICA/B腫瘍抗原標的化は、多くのヒトおよびマウス腫瘍細胞株で観察される表面MICA/Bシェディングを阻害し、MICA/B細胞表面密度の増加を、可溶性シェディングしたMICA/Bの減少、ならびにNKおよび/またはT細胞媒介腫瘍殺傷の増強をもたらす。腫瘍細胞表面MICA/Bを標的とし、安定化することができる提供されるMICA/B-CARは、NKG2Dの腫瘍MICAおよびMICBへの結合を妨害せず、免疫監視を強化し、腫瘍抗原の放出を通じて腫瘍回避を防止または低減することができ、一方で、初代T、NK、およびiPSC由来のT、NK細胞を含むがこれらに限定されないMICA/B CARを発現する免疫細胞を活性化して、MICA/B特異的標的腫瘍細胞殺傷を実施する。さらに、提供されたMICA/B-CARを担持する免疫細胞は、様々なMICA/B対立遺伝子を発現する広範囲の腫瘍細胞型によって示されるように、汎MICA/B(腫瘍)標的化および殺滅が可能である。
提供されるMICA/B-CARを含む遺伝子操作されたiPSCおよびその派生エフェクター細胞を含む免疫細胞は、MICA/Bとは異なる1つ以上の腫瘍抗原を標的とする1つ以上の追加のCARをさらに含み得る。遺伝子操作されたiPSCおよびその派生エフェクター細胞に含まれる追加のCAR(複数可)によって標的とされ得る抗原の非限定的な例としては、ADGRE2、炭酸脱水酵素IX(CAIX)、CCRI、CCR4、がん胎児性抗原(CEA)、CD3、CD5、CD7、CD8、CD10、CD19、CD20、CD22、CD30、CD33、CD34、CD38、CD41、CD44、CD44V6、CD49f、CD56、CD70、CD74、CD99、CD123、CD133、CD138、CD269(BCMA)、CDS、CLEC12A、サイトメガロウイルス(CMV)感染細胞の抗原(例えば、細胞表面抗原)、上皮糖タンパク質2(EGP2)、上皮糖タンパク質-40(EGP-40)、上皮細胞接着分子(EpCAM)、EGFRvIII、受容体チロシン-タンパク質キナーゼerb-B2,3,4、EGFIR、EGFR-VIII、ERBB葉酸結合タンパク質(FBP)、胎児アセチルコリン受容体(AChR)、葉酸受容体-a、ガングリオシドG2(GD2)、ガングリオシドG3(GD3)、ヒト上皮成長因子受容体2(HER-2)、ヒトテロメラーゼ逆転写酵素(hTERT)、ICAM-1、インテグリンB7、インターロイキン-13受容体サブユニットアルファ-2(IL-13Rα2)、κ-軽鎖、キナーゼ挿入ドメイン受容体(KDR)、ルイスA(CA19.9)、ルイスY(LeY)、L1細胞接着分子(L1-CAM)、LILRB2、メラノーマ抗原ファミリーA 1(MAGE-A1)、ムチン1(Muc-1)、ムチン16(Muc-16)、メソセリン(MSLN)、NKCSI、NKG2Dリガンド、c-Met、がん-精巣抗原NY-ESO-1、腫瘍胎児性抗原(h5T4)、PRAME、前立腺幹細胞抗原(PSCA)、PRAME前立腺特異的膜抗原(PSMA)、腫瘍関連糖タンパク質72(TAG-72)、TIM-3、TRBCI、TRBC2、血管内皮成長因子R2(VEGF-R2)、ウィルムス腫瘍タンパク質(WT-1)、および当該技術分野で既知の様々な病原体抗原が挙げられる。病原体の非限定的な例としては、病気を引き起こすことが可能なウイルス、細菌、真菌、寄生虫、および原生動物が挙げられる。
MICA/B-CARを含むiPSCおよびそれからの派生エフェクター細胞の一実施形態では、該細胞はCD19-CARをさらに含む。MICA/B-CARを含むiPSCおよびそれからの派生エフェクター細胞の別の実施形態では、該細胞はBCMA-CARをさらに含む。MICA/B-CARを含むiPSCおよびそれからの派生エフェクター細胞のさらに別の実施形態では、該細胞はHER2-CARをさらに含む。MICA/B-CARを含むiPSCおよびそれからの派生エフェクター細胞のさらに別の実施形態では、該細胞はMSLN-CARをさらに含む。MICA/B-CARを含むiPSCおよびそれからの派生エフェクター細胞のさらなる実施形態では、該細胞はPSMA-CARも含む。MICA/B-CARを含むiPSCおよびそれからの派生エフェクター細胞のさらに別の実施形態では、該細胞はVEGF-R2 CARも含む。
MICA/B CARのいくつかの実施形態では、MICA/B結合ドメインとCARの膜貫通ドメインとの間にスペーサー/ヒンジが存在する。CARに含まれ得る例示的なスペーサーは当技術分野で一般に知られており、IgG4スペーサー、CD28スペーサー、CD8スペーサー、または2つ以上のスペーサーの組み合わせを含むがこれらに限定されない。スペーサーの長さも、約25bpから約300bp以上まで変化し得る。本出願では、100bp未満または50bp未満のスペーサーは短いとみなされ、一方、100bpを超える、または200bpを超えるスペーサーは長いとみなされる。いくつかの実施形態では、CARの膜貫通ドメインは、CD3D、CD3E、CD3G、CD3ζ、CD4、CD8、CD8a、CD8b、CD27、CD28、CD40、CD84、CD166、4-1BB、OX40、ICOS、ICAM-1、CTLA4、PD1、LAG3、2B4、BTLA、CD16、IL7、IL12、IL15、KIR2DL4、KIR2DS1、NKp30、NKp44、NKp46、NKG2C、NKG2D、およびT細胞受容体ポリペプチドを含むがこれらに限定されない、膜貫通タンパク質の天然(すなわち、野生型)または修飾された膜貫通領域の完全長または少なくとも一部を含む。一実施形態では、MICA/B-CARおよび/または追加のCAR(MICA/B以外の標的抗原)は、CD28に由来する膜貫通ドメインを含む。一実施形態では、MICA/B-CARおよび/または追加のCARは、NKG2Dに由来する膜貫通ドメインを含む。
いくつかの実施形態では、内部ドメイン(または細胞内ドメイン)のシグナル伝達ドメインは、CD3ζ、2B4、DAP10、DAP12、DNAM1、CD137(41BB)、IL21、IL7、IL12、IL15、NKp30、NKp44、NKp46、NKG2C、NKG2Dの、T細胞受容体(TCR)ポリペプチドを含むがこれらに限定されない、シグナル伝達分子の完全長または少なくとも一部を含む。一実施形態では、本明細書に開示されるCARのシグナル伝達ペプチドは、CD3ζの少なくとも1つのITAM(免疫受容体チロシンベースの活性化モチーフ)に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、または約99%の同一性であるアミノ酸配列を含む。
ある特定の実施形態では、該内部ドメインは、少なくとも1つの共刺激シグナル伝達領域をさらに含む。該共刺激シグナル伝達領域は、CD27、CD28、4-1BB、OX40、ICOS、PD1、LAG3、2B4、BTLA、DAP10、DAP12、CTLA4、もしくはNKG2D、またはそれらの任意の組み合わせを含むがこれらに限定されないシグナル伝達分子の完全長または少なくとも一部を含み得る。
一実施形態では、本出願で提供されるMICA/B-CARは、CD28に由来する共刺激ドメインと、CD3ζの天然または修飾されたITAM1を含むシグナル伝達ドメインとを含み、配列番号13に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、または約99%の同一性のアミノ酸配列によって表される。さらなる実施形態では、CD28に由来する共刺激ドメインと、CD3ζの天然または修飾されたITAM1とを含むCARはまた、CD28に由来するヒンジドメインと、膜貫通ドメインとを含み、scFvは、ヒンジを介して膜貫通ドメインに接続され得、CARは、配列番号14に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、または約99%の同一性のアミノ酸配列を含み、ヒンジ/スペーサーの長さおよび/または配列は変化し得る。
配列番号13
RSKRSRLLHSDYMNMTPRRPGPTRKHYQPYAPPRDFAAYRSRVKFSRSADAPAYQQGQNQ
LYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLFNELQKDKMAEAFSEIGMKGE
RRRGKGHDGLFQGLSTATKDTFDALHMQALPPR
(153 a.a.CD28共刺激+CD3ζITAM)
[配列表3]
配列番号13
RSKRSRLLHSDYMNMTPRRPGPTRKHYQPYAPPRDFAAYRSRVKFSRSADAPAYQQGQNQ
LYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLFNELQKDKMAEAFSEIGMKGE
RRRGKGHDGLFQGLSTATKDTFDALHMQALPPR
(153 a.a.CD28共刺激+CD3ζITAM)
[配列表3]
別の実施形態では、本出願で提供されるMICA/B-CARは、NKG2Dに由来する膜貫通ドメインと、2B4に由来する共刺激ドメインと、天然または修飾されたCD3ζを含むシグナル伝達ドメインとを含み、配列番号15に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、または約99%の同一性のアミノ酸配列によって表される。NKG2Dに由来する膜貫通ドメインと、2B4に由来する共刺激ドメインと、天然または修飾されたCD3ζを含むシグナル伝達ドメインとを含む該CARは、CD8ヒンジをさらに含み得、そのような構造のアミノ酸配列は、配列番号16に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、または約99%の同一性のものである。
[配列表4]
[配列表5]
[配列表4]
[配列表5]
非限定的なCAR戦略には、一対の細胞内ドメインの二量体化を介したヘテロ二量体の条件付き活性化CAR(例えば、米国特許第9587020号を参照されたい);CARを生成するための抗原結合、ヒンジ、および内部ドメインの相同組換えであるスプリットCAR(例えば、米国公開第2017/0183407号を参照されたい);抗原結合ドメインおよびシグナル伝達ドメインにそれぞれ接続された2つの膜貫通ドメイン間の非共有結合を可能にする多鎖CAR(例えば、米国公開第2014/0134142を参照されたい);二重特異性抗原結合ドメインを有する(例えば、米国特許第9447194号を参照されたい)か、または同じもしくは異なる抗原もしくはエピトープを認識する一対の抗原結合ドメインを有する(例えば、米国特許第8409577号を参照されたい)CAR、タンデムCAR(例えば、Hegde et al.,J Clin Invest.2016;126(8):3036-3052を参照されたい);誘導性CAR(例えば、米国公開第2016/0046700号、同第2016/0058857号、同第2017/0166877号を参照されたい);切り替え可能なCAR(例えば、米国公開第2014/0219975号を参照されたい);および当技術分野で既知の任意の他の設計が含まれる。
CARのさらなる例は、シグナル伝達のために組換えTCR(T細胞受容体)を利用し、それぞれが、任意選択で柔軟なリンカーを介してscFV重鎖またはscFV軽鎖に連結された、対応する定常領域(すなわち、TRACとTRBC)をそれぞれが含む、組換えTCRαおよび/または組換えTCRβをもたらす。組換えTCRを利用するMICA/B-CARのいくつかの実施形態では、本明細書で提供されるMICA/BscFVの、TRACを含む組換えTCRαは軽鎖(LC;配列番号34)を含み、一方でTRBCを含む組換えTCRβは重鎖(HC;配列番号33)を含む。いくつかの他の実施形態では、TRACを含む組換えTCRαは、本明細書で提供されるMICA/B scFVの、重鎖(HC;配列番号33)を含み、一方でTRBCを含む組換えTCRβは、軽鎖(LC;配列番号34)を含む。MICA/B scFVの結合要素を含む組換えTCRのいくつかの実施形態では、TCR遺伝子座挿入に好適であり、CD3表面発現のために内因性CD3に組み込まれることができる。いくつかの実施形態では、組換えTCR複合体を利用するMICA/B-CARは、腫瘍MICA/B抗原に対してより感受性が高く、および/または特異的である。いくつかの実施形態では、TRACのアミノ酸配列は、配列番号37に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、または約99%の同一性である。いくつかの実施形態では、TRBCのアミノ酸配列は、配列番号38または39に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、または約99%の同一性である。
配列番号37
IQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS
配列番号38
DLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSESYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDSRG
配列番号39
DLNKVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFFPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSVSYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDF
配列番号37
IQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS
配列番号38
DLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSESYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDSRG
配列番号39
DLNKVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFFPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSVSYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDF
上述の代替の実施形態では、TRACは、TCRデルタ(TRDC)の定常領域で置き換えられ得、ここで、TRBCは、TCRガンマ(TRGC)の定常領域で置き換えられ得る。いくつかの実施形態では、TRDCのアミノ酸配列は、配列番号40に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、または約99%の同一性である。いくつかの実施形態では、TRBCのアミノ酸配列は、配列番号41または42に対して少なくとも約85%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%、または約99%の同一性である。
配列番号40
SQPHTKPSVFVMKNGTNVACLVKEFYPKDIRINLVSSKKITEFDPAIVISPSGKYNAVKLGKYEDSNSVTCSVQHDNKTVHSTDFEVKTDSTDHVKPKETENTKQPSKSCHKPKAIVHTEKVNMMSLTVLGLRMLFAKTVAVNFLLTAKLFFL
配列番号41
DKQLDADVSPKPTIFLPSIAETKLQKAGTYLCLLEKFFPDVIKIHWQEKKSNTILGSQEGNTMKTNDTYMKFSWLTVPEKSLDKEHRCIVRHENNKNGVDQEIIFPPIKTDVITMDPKDNCSKDANDTLLLQLTNTSAYYMYLLLLLKSVVYFAIITCCLLRRTAFCCNGEKS
配列番号42
DKQLDADVSPKPTIFLPSIAETKLQKAGTYLCLLEKFFPDIIKIHWQEKKSNTILGSQEGNTMKTNDTYMKFSWLTVPEESLDKEHRCIVRHENNKNGIDQEIIFPPIKTDVTTVDPKYNYSKDANDVITMDPKDNWSKDANDTLLLQLTNTSAYYTYLLLLLKSVVYFAIITCCLLRRTAFCCNGEKS
配列番号40
SQPHTKPSVFVMKNGTNVACLVKEFYPKDIRINLVSSKKITEFDPAIVISPSGKYNAVKLGKYEDSNSVTCSVQHDNKTVHSTDFEVKTDSTDHVKPKETENTKQPSKSCHKPKAIVHTEKVNMMSLTVLGLRMLFAKTVAVNFLLTAKLFFL
配列番号41
DKQLDADVSPKPTIFLPSIAETKLQKAGTYLCLLEKFFPDVIKIHWQEKKSNTILGSQEGNTMKTNDTYMKFSWLTVPEKSLDKEHRCIVRHENNKNGVDQEIIFPPIKTDVITMDPKDNCSKDANDTLLLQLTNTSAYYMYLLLLLKSVVYFAIITCCLLRRTAFCCNGEKS
配列番号42
DKQLDADVSPKPTIFLPSIAETKLQKAGTYLCLLEKFFPDIIKIHWQEKKSNTILGSQEGNTMKTNDTYMKFSWLTVPEESLDKEHRCIVRHENNKNGIDQEIIFPPIKTDVTTVDPKYNYSKDANDVITMDPKDNWSKDANDTLLLQLTNTSAYYTYLLLLLKSVVYFAIITCCLLRRTAFCCNGEKS
MICA/B CARおよび/または追加のCAR(MICA/B以外の標的抗原)の挿入に好適なゲノム遺伝子座には、本明細書で提供されるゲノムセーフハーバーの基準を満たす遺伝子座、および組換えの結果として選択された遺伝子座での遺伝子のノックダウンまたはノックアウトが望まれる遺伝子座が含まれる。いくつかの実施形態では、MICA/B CAR挿入のための好適なゲノム遺伝子座としては、AAVS1、CCR5、ROSA26、コラーゲン、HTRP、H11、GAPDH、RUNX1、B2M、TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、RFXANK、CIITA、RFX5、RFXAP、TCRαまたはβ定常領域、NKG2A、NKG2D、CD38、CD25、CD58、CD54、CD56、CIS、CBL-B、SOCS2、PD1、CTLA4、LAG3、TIM3、およびTIGITを含むがこれらに限定されない。
一実施形態では、MICA/B-CARを含むiPSCおよびその派生細胞は、TCR定常領域に挿入されたCARを有し、TCRノックアウトをもたらし、任意選択でCAR発現を内因性TCRプロモーターの制御下に置く。TCRヌルおよびMICA/B CARを含むiPSC派生細胞の1つの特定の実施形態では、該派生細胞はT細胞である。別の実施形態では、CARを含むiPSCおよびその派生細胞は、NKG2A遺伝子座またはNKG2D遺伝子座に挿入されたCARを有し、NKG2AまたはNKG2Dノックアウトをもたらし、任意選択でCAR発現を内因性NKG2AまたはNKG2Dプロモーターの制御下に置く。NKG2AまたはNKG2DヌルおよびMICA/B CARを含むiPSC派生細胞の1つの特定の実施形態では、該派生細胞はNK細胞である。さらなる実施形態では、MICA/B-CARを含むiPSCおよびその派生細胞は、CD38コード領域に挿入されたCARを有し、CD38ノックアウトをもたらし、任意選択でCAR発現を内因性CD38プロモーターの制御下に置く。一実施形態では、MICA/B-CARを含むiPSCおよびその派生細胞は、CD58コード領域に挿入されたCARを有し、CD58ノックアウトをもたらす。一実施形態では、MICA/B-CARを含むiPSCおよびその派生細胞は、CD54コード領域に挿入されたCARを有し、CD54ノックアウトをもたらす。一実施形態では、MICA/B-CARを含むiPSCおよびその派生細胞は、CIS(サイトカイン誘導性SH2含有タンパク質)コード領域に挿入されたCARを有し、CISノックアウトをもたらす。一実施形態では、MICA/B-CARを含むiPSCおよびその派生細胞は、CBL-B(E3ユビキチンタンパク質リガーゼCBL-B)コード領域に挿入されたCARを有し、CBL-Bノックアウトをもたらす。一実施形態では、MICA/B-CARを含むiPSCおよびその派生細胞は、SOCS2(E3ユビキチンタンパク質リガーゼCBL-B)コード領域に挿入されたCARを有し、SOCS2ノックアウトをもたらす。一実施形態では、MICA/B-CARを含むiPSCおよびその派生細胞は、CD56(NCAM1)コード領域に挿入されたCARを有する。別の実施形態では、MICA/B-CARを含むiPSCおよびその派生細胞は、PD1、CTLA4、LAG3、およびTIM3のいずれか1つのコード領域に挿入されたCARを有し、挿入部位での遺伝子ノックアウトをもたらす。さらなる実施形態では、MICA/B-CARを含むiPSCおよびその派生細胞は、TIGITのコード領域に挿入されたCARを有し、TIGITノックアウトをもたらす。
したがって、本明細書で提供されるのは、分化中のゲノム操作されたiPSCから得られた派生細胞を含み、ここで、iPSCと派生細胞の両方は、MICA/B-CARを含む。また、本明細書でさらに詳しく説明されるように、MICA/B-CARと、MICA/B以外の標的に特異的な第2のCAR;CD38ノックアウト;hnCD16;外因性サイトカインシグナル伝達成分;HLA-G、CD58、およびCD54の少なくとも1つの過剰発現を伴うHLA-Iおよび/またはHLA-II欠損;TCRヌル;CD3を提示する表面;抗原特異的TCR(組換えTCR);NKG2C;DAP10/12;NKG2C-IL15-CD33(「2C1533」)を含むがこれらに限定されない1つ以上の追加の改変モダリティを含むiPSCおよび派生細胞も提供される。
2.CD38ノックアウト
細胞表面分子CD38は、多発性骨髄腫およびCD20陰性B細胞悪性腫瘍を含む、リンパ系統および骨髄系統の両方に由来する複数の血液悪性腫瘍において高度に上方制御されており、がん細胞を枯渇させる抗体療法の魅力的な標的となっている。抗体を介したがん細胞の枯渇は、通常、直接的な細胞アポトーシスの誘導と、ADCC(抗体依存性細胞傷害性)などの免疫エフェクター機構の活性化との組み合わせに起因する。ADCCに加えて、治療用抗体と協調する免疫エフェクター機構には、食作用(ADCP)および/または補体依存性細胞傷害性(CDC)も含まれる場合がある。
細胞表面分子CD38は、多発性骨髄腫およびCD20陰性B細胞悪性腫瘍を含む、リンパ系統および骨髄系統の両方に由来する複数の血液悪性腫瘍において高度に上方制御されており、がん細胞を枯渇させる抗体療法の魅力的な標的となっている。抗体を介したがん細胞の枯渇は、通常、直接的な細胞アポトーシスの誘導と、ADCC(抗体依存性細胞傷害性)などの免疫エフェクター機構の活性化との組み合わせに起因する。ADCCに加えて、治療用抗体と協調する免疫エフェクター機構には、食作用(ADCP)および/または補体依存性細胞傷害性(CDC)も含まれる場合がある。
悪性細胞上で高度に発現する以外に、CD38は、形質細胞およびNK細胞、ならびに活性化T細胞およびB細胞でも発現される。造血中、CD38は、CD34+幹細胞、ならびにリンパ系、赤血球、および骨髄の系統にコミットした前駆細胞で、形質細胞段階まで続く成熟の最終段階中に発現される。CD38は、II型膜貫通糖タンパク質として、ヌクレオチド代謝物の産生に関与する受容体および多機能酵素の両方として細胞機能を実行する。酵素として、CD38は、NAD+からADP-リボースへの反応の合成および加水分解を触媒し、それにより細胞接着のプロセス(このプロセスはカルシウム依存である)に重要な小胞体およびリソソームからのカルシウムの放出を刺激する二次メッセンジャーCADPRおよびNAADPを産生する。受容体として、CD38は、CD31を認識し、活性化されたNK細胞におけるサイトカイン放出および細胞傷害性を制御する。CD38は、脂質ラフトの細胞表面タンパク質と会合し、細胞質のCa2+フラックスを制御し、リンパ系および骨髄系細胞におけるシグナル伝達を媒介することも報告されている。
悪性腫瘍治療では、CD38抗原結合受容体を形質導入したT細胞を全身使用すると、CD34+造血前駆細胞、単球、NK細胞、T細胞、およびB細胞のCD38+画分が溶解し、レシピエント免疫エフェクター細胞機能障害のため、治療応答が不完全になり、有効性が低下または排除されることが示されている。加えて、CD38特異的抗体であるダラツムマブで治療された多発性骨髄腫患者では、骨髄および末梢血の両方でNK細胞の低減が観察されたが、T細胞およびB細胞などの他の免疫細胞型は、CD38の発現にもかかわらず影響を受けなかった(Casneuf et al.,Blood Advances.2017;1(23):2105-2114)。理論に制限されることなく、提供されるMICA/B-CARを含むCD38ヌルエフェクター細胞は、CD38を介したフラトリサイドを克服し、特定の抗体および/またはCD38抗原結合ドメインによって誘導されるエフェクター細胞の枯渇または減少を回避できる。さらに、CD38はT細胞またはB細胞などの活性化リンパ球で上方制御されるため、ダラツムマブなどのCD38特異的抗体を使用して、CD38ヌルである提供される適応性同種異系エフェクター細胞のレシピエントにおいて活性化リンパ球を排除するか、またはこれらのリンパ球の活性化を抑制することができ、その結果、これらのエフェクター細胞に対する宿主リンパ球によるアロ拒絶を減少および/または防止することができ、リンパ球枯渇に使用されるCD38抗体の存在にもかかわらず、これらのエフェクター細胞の生存および持続性を増加させることができる。このように、本出願はまた、エフェクター細胞の持続性および/または生存率を増強しつつ、レシピエントT細胞およびB細胞の活性化に対する、および/または活性化したレシピエントT細胞およびB細胞を排除する、CD38特異的抗体、分泌型CD38特異的エンゲージャーまたはCD38 CAR(キメラ抗原受容体)を使用することによる同種拒絶反応の低減または防止をする戦略を提供する。具体的には、提供される戦略には、MICA/B-CARおよびCD38ノックアウトを有するiPSC株を生成すること、MICA/B-CAR発現およびCD38ヌル(MICA/B-CAR CD38-/-)の派生エフェクター細胞を、操作されたiPSC株の分化誘導によって得ることが含まれる。本出願の前は、CD38が上述のように細胞発生生物学と細胞機能で多くの重要な役割を果たすことを考えると、MICA/B-CARおよび/またはCD38ノックアウトを含む、iPSCにおける編集が、iPSC分化、派生細胞表現型、およびエフェクター細胞機能を含む側面が混乱するかどうかは不明であった。
本明細書で提供される一実施形態では、iPSC株におけるCD38ノックアウトは、二対立遺伝子ノックアウトである。本明細書に開示されるように、提供されるCD38 null iPSC株は、指示された分化をして、決定的な造血内皮(HE)の可能性を有する中胚葉細胞、決定的なHE、CD34造血細胞、造血幹細胞および前駆細胞、造血多能性前駆細胞(MPP)、T細胞前駆細胞、NK細胞前駆細胞、骨髄細胞、好中球前駆細胞、T細胞、NKT細胞、NK細胞、B細胞、好中球、樹状細胞、およびマクロファージを含むがこれらに限定されない機能的な派生造血細胞を産生することができる。いくつかの実施形態では、CD38抗体を使用してADCCを誘導するか、またはCD38 CARを標的化細胞殺傷に使用する場合、CD38-/-iPSCおよび/またはその派生エフェクター細胞は該CD38抗体またはCD38 CARによって排除されず、これにより、そのような治療薬の存在下および/または曝露後のiPSCおよびそのエフェクター細胞の持続性および/または生存率を増加させる。いくつかの実施形態では、エフェクター細胞は、そのような治療薬の存在下で、および/または曝露後の、in vivoでの持続性および/または生存率が増加している。いくつかの実施形態では、CD38ヌルエフェクター細胞は、iPSCに由来するNK細胞である。いくつかの実施形態では、CD38ヌルエフェクター細胞は、iPSCに由来するT細胞である。いくつかの実施形態では、CD38ヌルiPSCおよび派生細胞は、hnCD16発現、CAR発現、サイトカイン/サイトカイン受容体発現、HLA Iおよび/またはHLAIIノックアウト、ならびに提供される追加のモダリティを含むがこれらに限定されない、本明細書に記載の1つ以上の追加のゲノム編集を含む。
別の実施形態では、CD38の選択された位置に本明細書で提供されるMICA/B-CARを含む1つ以上の導入遺伝子を挿入すると同時にCD38をノックアウトすることは、例えば、CD38を標的とするノックイン/ノックアウト(CD38-KI/KO)構築物(図2A~D)によって達成することができる。該構築物のいくつかの実施形態では、構築物は、CD38遺伝子座内の位置選択的挿入のための一対のCD38標的化相同性アームを含む。いくつかの実施形態では、事前に選択された標的化部位は、CD38のエキソン内にある。本明細書で提供されるCD38-KI/KO構築物は、導入遺伝子(複数可)が、CD38内因性プロモーター下または構築物に含まれる外因性プロモーター下のいずれかで発現することを可能にする。2つ以上の導入遺伝子がCD38遺伝子座の選択された位置に挿入される場合、リンカー配列、例えば2AリンカーまたはIRESは、任意の2つの導入遺伝子の間に配置される。2Aリンカーは、FMDV、ERAV、PTV-I、およびTaVから派生する自己切断ペプチド(それぞれ「F2A」、「E2A」、「P2A」、および「T2A」とも称される)をコードし、単一の翻訳から別個のタンパク質を産生できるようにする。いくつかの実施形態では、インスレーターは、導入遺伝子および/または外因性プロモーターサイレンシングのリスクを低減するために構築物に含まれる。CD38-KI/KO構築物に含まれる外因性プロモーターは、CAG、またはCMV、EF1α、PGK、およびUBCを含むがこれらに限定されない他の構成的、誘導性、時間特異的、組織特異的、または細胞型特異的プロモーターであり得る。図3と図4は、CAGプロモーター(図3)によって、またはCD38内因性プロモーター(図4)によって駆動されるhnCD16とIL15RF(この特定の実施例で切断されたIL15RF)のCD38遺伝子座の選択した位置に挿入しつつCD38発現をノックアウトするように設計された構築物の例示的な配列を示す。図で提示され、当業者によって理解されるように、図3および図4に示される構築物に含まれる構成要素のいくつかは、それらが任意選択であるように必須ではなく、含まれるいくつかの成分のための核酸配列は変動する可能性があり、図に提示される各々の構成要素の例示的な核酸配列または構築物全体に対して、約95%、90%、85%、80%、75%、70%未満であるが、50%を超える配列同一性を有し得る。一実施形態では、MICA/B-CARをCD38遺伝子座に挿入して、iPSCでCD38を同時にノックアウトした。したがって、本発明はさらに、MICA/B-CARおよびCD38ノックアウトを含むiPSCおよびそれからの派生細胞を提供する。
3.hnCD16ノックイン
CD16は、Fc受容体FcγRIIIa(CD16a;NM_000569.6)およびFcγRIIIb(CD16b;NM_000570.4)の2つのアイソフォームとして特定されている。CD16aは、NK細胞によって発現される膜貫通タンパク質であり、標的細胞に付着した単量体IgGに結合して、NK細胞を活性化し、抗体依存性細胞傷害(ADCC)を容易にする。CD16bはヒト好中球によって排他的に発現される。本明細書で使用される場合、「高親和性CD16」、「切断不可能なCD16」、または「高親和性の切断不可能なCD16」は、様々なCD16バリアントを指す。野生型CD16は親和性が低く、NK細胞の活性化により白血球上の様々な細胞表面分子の細胞表面密度を制御するタンパク質分解切断プロセスである外部ドメインシェディングを受ける。F176V(一部の出版物ではF158Vとも呼ばれる)は、高い親和性を有する例示的なCD16多型バリアントであり、一方、S197Pバリアントは、遺伝子操作された例示的な切断不可能なバージョンのCD16である。F176VおよびS197Pの両方を含む操作されたCD16バリアントは、親和性が高く、切断不可能であり、これは、WO2015/148926により詳細に記載されており、その完全な開示は、参照により本明細書に組み込まれる。加えて、CD16の外部ドメインが本質的にCD64外部ドメインの少なくとも一部に置き換えられたキメラCD16受容体はまた、ADCCを実施することが可能なCD16受容体の所望の高親和性および切断不可能な特色を達成することができる。いくつかの実施形態では、キメラCD16の置換外部ドメインは、CD64(UniPRotKB_P12314またはそのアイソフォームもしくは多型バリアント)のEC1、EC2、およびEC3エキソンのうちの1つ以上を含む。
CD16は、Fc受容体FcγRIIIa(CD16a;NM_000569.6)およびFcγRIIIb(CD16b;NM_000570.4)の2つのアイソフォームとして特定されている。CD16aは、NK細胞によって発現される膜貫通タンパク質であり、標的細胞に付着した単量体IgGに結合して、NK細胞を活性化し、抗体依存性細胞傷害(ADCC)を容易にする。CD16bはヒト好中球によって排他的に発現される。本明細書で使用される場合、「高親和性CD16」、「切断不可能なCD16」、または「高親和性の切断不可能なCD16」は、様々なCD16バリアントを指す。野生型CD16は親和性が低く、NK細胞の活性化により白血球上の様々な細胞表面分子の細胞表面密度を制御するタンパク質分解切断プロセスである外部ドメインシェディングを受ける。F176V(一部の出版物ではF158Vとも呼ばれる)は、高い親和性を有する例示的なCD16多型バリアントであり、一方、S197Pバリアントは、遺伝子操作された例示的な切断不可能なバージョンのCD16である。F176VおよびS197Pの両方を含む操作されたCD16バリアントは、親和性が高く、切断不可能であり、これは、WO2015/148926により詳細に記載されており、その完全な開示は、参照により本明細書に組み込まれる。加えて、CD16の外部ドメインが本質的にCD64外部ドメインの少なくとも一部に置き換えられたキメラCD16受容体はまた、ADCCを実施することが可能なCD16受容体の所望の高親和性および切断不可能な特色を達成することができる。いくつかの実施形態では、キメラCD16の置換外部ドメインは、CD64(UniPRotKB_P12314またはそのアイソフォームもしくは多型バリアント)のEC1、EC2、およびEC3エキソンのうちの1つ以上を含む。
したがって、いくつかの実施形態では、高親和性の切断不可能なCD16受容体(hnCD16)は、F176VおよびS197Pの両方を含み、いくつかの実施形態では、F176Vを含み、切断領域が排除されている。いくつかの他の実施形態では、hnCD16は、それぞれ、CD64外部ドメインの少なくとも一部を含む、例示的な配列の配列番号7、8、および9のいずれかと比較した場合、少なくとも50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、99%、100%、またはその間の任意のパーセンテージの同一性を有する配列を含む。配列番号7、8、および9は、配列番号10~12を例示することによってそれぞれコードされる。本明細書および本出願全体を通して使用される場合、2つの配列間の同一性パーセントは、2つの配列の最適なアラインメントのために導入する必要があるギャップの数および各ギャップの長さを考慮した、配列によって共有される同一位置の数の関数(すなわち、同一性%=同一位置の数/位置の総数×100)である。配列の比較および2つの配列間の同一性パーセントの決定は、当技術分野で認識されている数学的アルゴリズムを使用して達成することができる。
[配列表6]
[配列表7]
[配列表8]
[配列表9]
[配列表10]
[配列表11]
[配列表6]
[配列表7]
[配列表8]
[配列表9]
[配列表10]
[配列表11]
したがって、本明細書で企図および記載される他の編集の中でも、高親和性の切断不可能なCD16受容体(hnCD16)を含むように遺伝子操作されたクローンiPSCが本明細書で提供され、遺伝子操作されたiPSCは、iPSCに導入されたhnCD16を含むエフェクター細胞に分化することができる。いくつかの実施形態では、hnCD16を含む由来エフェクター細胞は、NK細胞である。いくつかの実施形態では、hnCD16を含む由来エフェクター細胞は、T細胞である。iPSCまたはその派生細胞で発現する外因性hnCD16は、ADCC抗体またはその断片だけでなく、該hnCD16のCD16またはCD64の細胞外結合ドメインを認識する二重特異性、三重特異性、または多重特異性のエンゲージャーまたはバインダーへの結合にも高い親和性を示す。二重特異性、三重特異性、または多重特異性のエンゲージャーまたはバインダーについては、本出願で以下にさらに記載される(セクションI.7を参照されたい)。このように、本出願は、以下のセクションVでさらに詳述する状態、疾患、または感染症の治療における治療用途に十分な量で、派生エフェクター細胞上で発現するhnCD16の細胞外ドメインとの高親和性結合を介して1つ以上の予め選択されたADCC抗体が予めロードされた、派生エフェクター細胞またはその細胞集団を提供し、該hnCD16は、CD64の、またはF176VおよびS197Pを有するCD16の細胞外結合ドメインを含む。
いくつかの他の実施形態では、hnCD16の天然のCD16膜貫通ドメインおよび/または細胞内ドメインは、キメラFc受容体(CFcR)が非天然膜貫通ドメイン、非天然刺激ドメイン、および/または非天然シグナル伝達ドメインを含むように産生されるように、さらに修飾または置き換えられる。本明細書で使用される場合、「非天然」という用語は、膜貫通ドメイン、刺激ドメイン、またはシグナル伝達ドメインが、細胞外ドメインを提供する受容体以外の異なる受容体に由来することを意味する。ここの図では、CD16またはそのバリアントに基づくCFcRは、CD16に由来する膜貫通ドメイン、刺激ドメイン、またはシグナル伝達ドメインを有さない。いくつかの実施形態では、外因性hnCD16ベースのCFcRは、CD3D、CD3E、CD3G、CD3ζ、CD4、CD8、CD8a、CD8b、CD27、CD28、CD40、CD84、CD166、4-1BB、OX40、ICOS、ICAM-1、CTLA4、PD1、LAG3、2B4、BTLA、CD16、IL7、IL12、IL15、KIR2DL4、KIR2DS1、NKp30、NKp44、NKp46、NKG2C、NKG2D、T細胞受容体ポリペプチドに由来する非天然膜貫通ドメインを含む。いくつかの実施形態では、外因性hnCD16ベースのCFcRは、CD27、CD28、4-1BB、OX40、ICOS、PD1、LAG3、2B4、BTLA、DAP10、DAP12、CTLA4、またはNKG2Dポリペプチドに由来する非天然刺激/阻害ドメインを含む。いくつかの実施形態では、外因性hnCD16ベースのCFcRは、CD3ζ、2B4、DAP10、DAP12、DNAM1、CD137(41BB)、IL21、IL7、IL12、IL15、NKp30、NKp44、NKp46、NKG2C、またはNKG2Dポリペプチドに由来する非天然シグナル伝達ドメインを含む。hnCD16の一実施形態では、提供されるキメラ受容体は、膜貫通ドメインおよびシグナル伝達ドメインを含み、両方ともIL7、IL12、IL15、NKp30、NKp44、NKp46、NKG2C、およびNKG2Dポリペプチドのうちの1つに由来する。hnCD16ベースのキメラFc受容体の1つの特定の実施形態は、NKG2Dの膜貫通ドメイン、2B4の刺激ドメイン、およびCD3ζのシグナル伝達ドメインを含み、hnCD16の細胞外ドメインは、CD64またはCD16の完全長または部分配列の細胞外ドメインに由来し、CD16の細胞外ドメインは、F176VおよびS197Pを含む。hnCD16ベースのキメラFc受容体の別の実施形態は、CD3ζの膜貫通ドメインおよびシグナル伝達ドメインを含み、hnCD16の細胞外ドメインは、CD64またはCD16の完全長または部分配列の細胞外ドメインに由来し、CD16の細胞外ドメインは、F176VおよびS197Pを含む。
上述のhnCD16ベースのキメラFc受容体の様々な実施形態は、高親和性で抗体もしくはその断片のFc領域に、または二重特異性、三重特異性、もしくは多重特異性エンゲージャーもしくはバインダーのFc領域に結合することができる。結合すると、キメラ受容体の刺激ドメインおよび/またはシグナル伝達ドメインは、エフェクター細胞の活性化およびサイトカイン分泌、ならびに抗体、または腫瘍抗原結合構成要素ならびにFc領域を有する該二重特異性、三重特異性、もしくは多重特異性エンゲージャーもしくはバインダーによって標的とされる腫瘍細胞の殺滅を可能にする。理論に制限されることなく、hnCD16ベースのキメラFc受容体の非天然の膜貫通、刺激および/またはシグナル伝達ドメインを通じて、または外部ドメインへのエンゲージャーの結合を通じて、CFcRはエフェクター細胞の殺滅能力に寄与し、エフェクター細胞の増殖および/または増殖の可能性を増加させる。抗体およびエンゲージャーは、抗原を発現する腫瘍細胞とCFcRを発現するエフェクター細胞を近接させることができ、これも腫瘍細胞の殺滅の増強に寄与する。二重特異性、三重特異性、多重特異性エンゲージャーまたはバインダーの例示的な腫瘍抗原には、B7H3、BCMA、CD10、CD19、CD20、CD22、CD24、CD30、CD33、CD34、CD38、CD44、CD79a、CD79b、CD123、CD138、CD179b、CEA、CLEC12A、CS-1、DLL3、EGFR、EGFRvIII、EPCAM、FLT-3、FOLR1、FOLR3、GD2、gpA33、HER2、HM1.24、LGR5、MSLN、MCSP、MICA/B、PSMA、PAMA、P-カドヘリン、およびROR1が含まれるが、これらに限定されない。腫瘍細胞を攻撃する際にhnCD16ベースのCFcRを発現するエフェクター細胞を結合させるのに好適ないくつかの非限定的な例示的な二重特異性、三重特異性、多重特異性エンゲージャーまたはバインダーには、CD16(またはCD64)-CD30、CD16(またはCD64)-BCMA、CD16(またはCD64)-IL15-EPCAM、およびCD16(またはCD64)-IL15-CD33が含まれる。
NK細胞の活性化後に細胞表面から切断される初代NK細胞によって発現される内因性CD16受容体とは異なり、派生NKにおけるCD16の様々な切断不可能なバージョンは、CD16のシェディングを回避し、一定の発現を維持する。派生NK細胞では、切断不可能なCD16は、細胞機能の改善を示すTNFαおよびCD107aの発現を増加させる。切断不可能なCD16は、抗体依存性細胞傷害性(ADCC)、および二重特異性、三重特異性、または多重特異性エンゲージャーの結合も増強する。ADCCは、抗体でコーティングされた標的細胞へのCD16の結合を介したNK細胞媒介溶解機構である。由来NK細胞における導入されたhnCD16の追加の高親和性の特徴により、細胞療法を必要とする対象に細胞を投与する前に、hnCD16を介したNK細胞へのADCC抗体のインビトロ充填も可能となる。提供されるように、hnCD16は、いくつかの実施形態では、F176VおよびS197Pを含み得るか、または配列番号7、8、もしくは9によって例示されるようにCD64に由来する完全または部分的な外部ドメインを含み得るか、または非天然膜貫通ドメイン、刺激ドメイン、およびシグナル伝達ドメインのうちの少なくとも1つをさらに含み得る。開示されるように、本出願はまた、以下のセクションVでさらに詳述されるように、状態、疾患、または感染の治療における治療用途に十分な量で、1つ以上の予め選択されたADCC抗体で予め充填された派生NK細胞またはその細胞集団を提供する。いくつかの実施形態では、hnCD16を含む派生NK細胞は本明細書で提供されるMICA/B-CARをさらに含む。いくつかの実施形態では、MICA/B-CAR、hnCD16を含む派生NK細胞は、CD38ノックアウトをさらに含む。いくつかの実施形態では、MICA/B-CAR、hnCD16、およびCD38ノックアウトを含む派生NK細胞は、CD38抗体を予めロードされている。いくつかの実施形態では、予めロードされたCD38抗体はダラツムマブである。
初代NK細胞とは異なり、初代供給源(すなわち、末梢血、臍帯血、または他のドナー組織などの天然/天然源)からの成熟T細胞は、CD16を発現しない。発現された外因性の切断不可能なCD16を含むiPSCがT細胞の発生生物学を損なわず、外因性のCD16を発現するだけでなく、獲得ADCC機構を介して機能を実行することができる機能的派生T細胞に分化することができることは予想外であった。派生T細胞におけるこの獲得ADCCは、二重標的化のためのアプローチとして、および/またはCAR-T標的化された抗原の発現低下もしくは喪失、またはCAR(キメラ抗原受容体)による認識を回避する変異抗原を伴って腫瘍が再発する、CAR-T細胞療法でしばしば発生する抗原エスケープを救済するためのアプローチとしてさらに使用できる。該派生T細胞が外因性CD16発現を介した獲得ADCCを含む場合、および抗体がCARによって標的とされるものとは異なる腫瘍抗原を標的とする場合、抗体を使用して、CAR-T抗原エスケープを救済し、CAR-T治療でよく見られる標的化された腫瘍の再発生または再発を低減または防止することができる。二重標的化を達成しながら抗原エスケープを低減および/または防止するそのような戦略は、1つ以上のCARを発現するNK細胞にも同様に適用される。この抗原エスケープの低減および防止戦略で使用することができる様々なCARは、以下でさらに詳しく説明される。
したがって、本発明は、外因性CD16を含む派生T細胞を提供する。一実施形態では、本明細書で得られる派生T細胞は、MICA/B-CARおよび外因性CD16を含む。さらに提供される実施形態では、本明細書で得された派生T細胞は、hnCD16およびMICA/B-CARの発現に加えて、CD38ノックアウトを含む。いくつかの実施形態では、派生T細胞に含まれるhnCD16は、F176VおよびS197Pを含む。いくつかの他の実施形態では、派生T細胞に含まれるhnCD16は、配列番号7、8、または9によって例示されるようにCD64に由来する完全または部分的な外部ドメインを含むか、または非天然膜貫通ドメイン、刺激ドメイン、およびシグナル伝達ドメインのうちの少なくとも1つをさらに含み得る。説明されるように、そのような派生T細胞は、抗体の治療効果を増強するためにADCCによって瞑想されたモノクローナル抗体で腫瘍を標的とする獲得機構を有する。開示されるように、本出願はまた、以下のセクションVでさらに詳述されるように、状態、疾患、または感染の治療における治療用途に十分な量で、1つ以上の予め選択されたADCC抗体で予め充填された派生T細胞またはその細胞集団を提供する。いくつかの他の実施形態では、hnCD16およびMICA/B CARを発現する派生T細胞はまた、CD38ヌルであり、その結果、細胞は、腫瘍抗原CD38を標的化する治療薬の存在下にあるときに排除されることを回避できる。一実施形態では、腫瘍抗原CD38を標的化する該治療薬はCD38抗体である。別の実施形態では、腫瘍抗原CD38を標的化する該治療薬は、CD38結合領域、例えば抗CD38 scFVを含むCARである。
4.外因的に導入されたサイトカインおよび/またはサイトカインシグナル伝達
臨床的に関連するサイトカインの全身的な高用量投与を回避することにより、そのような実践による用量制限毒性のリスクが低減される一方で、サイトカインを介した細胞自律性が確立される。可溶性サイトカインを追加投与する必要なしにリンパ球の自律性を達成するために、IL2、IL4、IL6、IL7、IL9、IL10、IL11、IL12、IL15、IL18、IL21、および/またはそれらのそれぞれの受容体のうちの1つ以上の部分長または完全長のペプチドが、細胞に導入されて、サイトカイン自体の発現の有無にかかわらず、サイトカインのシグナル伝達を可能にし、それにより、サイトカイン毒性のリスクを低減しながら、細胞の成長、増殖、拡大、および/またはエフェクター機能を維持または改善する。いくつかの実施形態では、サイトカインシグナル伝達のための導入されたサイトカインおよび/またはそのそれぞれの天然または修飾された受容体が、細胞表面で発現される。いくつかの実施形態では、サイトカインシグナル伝達は、構成的に活性化される。いくつかの実施形態では、サイトカインシグナル伝達の活性化は、誘導性である。いくつかの実施形態では、サイトカインシグナル伝達の活性化は、一過性および/または一時的である。
臨床的に関連するサイトカインの全身的な高用量投与を回避することにより、そのような実践による用量制限毒性のリスクが低減される一方で、サイトカインを介した細胞自律性が確立される。可溶性サイトカインを追加投与する必要なしにリンパ球の自律性を達成するために、IL2、IL4、IL6、IL7、IL9、IL10、IL11、IL12、IL15、IL18、IL21、および/またはそれらのそれぞれの受容体のうちの1つ以上の部分長または完全長のペプチドが、細胞に導入されて、サイトカイン自体の発現の有無にかかわらず、サイトカインのシグナル伝達を可能にし、それにより、サイトカイン毒性のリスクを低減しながら、細胞の成長、増殖、拡大、および/またはエフェクター機能を維持または改善する。いくつかの実施形態では、サイトカインシグナル伝達のための導入されたサイトカインおよび/またはそのそれぞれの天然または修飾された受容体が、細胞表面で発現される。いくつかの実施形態では、サイトカインシグナル伝達は、構成的に活性化される。いくつかの実施形態では、サイトカインシグナル伝達の活性化は、誘導性である。いくつかの実施形態では、サイトカインシグナル伝達の活性化は、一過性および/または一時的である。
図1は、IL15を例として使用したいくつかの構成設計を示す。図1の設計のいずれかの膜貫通(TM)ドメインは、IL15受容体に対して天然であり得るか、または、任意の他の膜結合タンパク質の膜貫通ドメインで改変または置換されている。
設計1:IL15およびIL15Rαは、IL15のトランス提示を模倣する自己切断ペプチドを使用して、IL15のシス提示を排除することなく共発現される。
設計2:IL15Rαはリンカーを介してC末端でIL15に融合されており、IL15のシス提示を排除することなくトランス提示を模倣し、IL15の膜結合を確保する。
設計3:切断型細胞内ドメインを持つIL15Rαは、リンカーを介してC末端でIL15に融合され、IL15のトランス提示を模倣し、IL15の膜結合を維持し、シス提示および/またはその細胞内ドメインを介した正常IL15Rによって媒介される任意の他の潜在的なシグナル伝達経路を排除する。IL15Rαの細胞内ドメインは、受容体がIL15応答細胞で発現し、応答細胞が拡大し、機能するために重要であると考えられている。そのような切断型構築物は、配列番号17に対して少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、または99%の同一性のアミノ酸配列を含み、これは、配列番号18によって表される例示的な核酸配列によってコードされ得る。切断型IL15/IL15Rαの一実施形態では、構築物は、配列番号17の最後4つのアミノ酸「KSRQ」を含まず、配列番号21に対して少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、または99%の同一性のアミノ酸配列を含む。
配列番号18
ATGGACTGGACCTGGATTCTGTTCCTGGTCGCGGCTGCAACGCGAGTCCATAGCGGTATCCATGTTTTTATTCTTGGGTGTTTTTCTGCTGGGCTGCCTAAGACCGAGGCCAACTGGGTAAATGTCATCAGTGACCTCAAGAAAATAGAAGACCTTATACAAAGCATGCACATTGATGCTACTCTCTACACTGAGTCAGATGTACATCCCTCATGCAAAGTGACGGCCATGAAATGTTTCCTCCTCGAACTTCAAGTCATATCTCTGGAAAGTGGCGACGCGTCCATCCACGACACGGTCGAAAACCTGATAATACTCGCTAATAATAGTCTCTCTTCAAATGGTAACGTAACCGAGTCAGGTTGCAAAGAGTGCGAAGAGTTGGAAGAAAAAAACATAAAGGAGTTCCTGCAAAGTTTCGTGCACATTGTGCAGATGTTCATTAATACCTCTAGCGGCGGAGGATCAGGTGGCGGTGGAAGCGGAGGTGGAGGCTCCGGTGGAGGAGGTAGTGGCGGAGGTTCTCTTCAAATAACTTGTCCTCCACCGATGTCCGTAGAACATGCGGATATTTGGGTAAAATCCTATAGCTTGTACAGCCGAGAGCGGTATATCTGCAACAGCGGCTTCAAGCGGAAGGCCGGCACAAGCAGCCTGACCGAGTGCGTGCTGAACAAGGCCACCAACGTGGCCCACTGGACCACCCCTAGCCTGAAGTGCATCAGAGATCCCGCCCTGGTGCATCAGCGGCCTGCCCCTCCAAGCACAGTGACAACAGCTGGCGTGACCCCCCAGCCTGAGAGCCTGAGCCCTTCTGGAAAAGAGCCTGCCGCCAGCAGCCCCAGCAGCAACAATACTGCCGCCACCACAGCCGCCATCGTGCCTGGATCTCAGCTGATGCCCAGCAAGAGCCCTAGCACCGGCACCACCGAGATCAGCAGCCACGAGTCTAGCCACGGCACCCCATCTCAGACCACCGCCAAGAACTGGGAGCTGACAGCCAGCGCCTCTCACCAGCCTCCAGGCGTGTACCCTCAGGGCCACAGCGATACCACAGTGGCCATCAGCACCTCCACCGTGCTGCTGTGTGGACTGAGCGCCGTGTCACTGCTGGCCTGCTACCTGAAGTCCAGACAGTGA(1140 n.a.)
[配列表13]
配列番号18
ATGGACTGGACCTGGATTCTGTTCCTGGTCGCGGCTGCAACGCGAGTCCATAGCGGTATCCATGTTTTTATTCTTGGGTGTTTTTCTGCTGGGCTGCCTAAGACCGAGGCCAACTGGGTAAATGTCATCAGTGACCTCAAGAAAATAGAAGACCTTATACAAAGCATGCACATTGATGCTACTCTCTACACTGAGTCAGATGTACATCCCTCATGCAAAGTGACGGCCATGAAATGTTTCCTCCTCGAACTTCAAGTCATATCTCTGGAAAGTGGCGACGCGTCCATCCACGACACGGTCGAAAACCTGATAATACTCGCTAATAATAGTCTCTCTTCAAATGGTAACGTAACCGAGTCAGGTTGCAAAGAGTGCGAAGAGTTGGAAGAAAAAAACATAAAGGAGTTCCTGCAAAGTTTCGTGCACATTGTGCAGATGTTCATTAATACCTCTAGCGGCGGAGGATCAGGTGGCGGTGGAAGCGGAGGTGGAGGCTCCGGTGGAGGAGGTAGTGGCGGAGGTTCTCTTCAAATAACTTGTCCTCCACCGATGTCCGTAGAACATGCGGATATTTGGGTAAAATCCTATAGCTTGTACAGCCGAGAGCGGTATATCTGCAACAGCGGCTTCAAGCGGAAGGCCGGCACAAGCAGCCTGACCGAGTGCGTGCTGAACAAGGCCACCAACGTGGCCCACTGGACCACCCCTAGCCTGAAGTGCATCAGAGATCCCGCCCTGGTGCATCAGCGGCCTGCCCCTCCAAGCACAGTGACAACAGCTGGCGTGACCCCCCAGCCTGAGAGCCTGAGCCCTTCTGGAAAAGAGCCTGCCGCCAGCAGCCCCAGCAGCAACAATACTGCCGCCACCACAGCCGCCATCGTGCCTGGATCTCAGCTGATGCCCAGCAAGAGCCCTAGCACCGGCACCACCGAGATCAGCAGCCACGAGTCTAGCCACGGCACCCCATCTCAGACCACCGCCAAGAACTGGGAGCTGACAGCCAGCGCCTCTCACCAGCCTCCAGGCGTGTACCCTCAGGGCCACAGCGATACCACAGTGGCCATCAGCACCTCCACCGTGCTGCTGTGTGGACTGAGCGCCGTGTCACTGCTGGCCTGCTACCTGAAGTCCAGACAGTGA(1140 n.a.)
[配列表13]
当業者は、上記のシグナルペプチドおよびリンカー配列が例示的であり、シグナルペプチドまたはリンカーとしての使用に好適なそれらのバリエーションを決して制限しないことを理解するであろう。当業者に既知であり、利用可能な多くの好適なシグナルペプチドまたはリンカー配列が存在する。当業者は、シグナルペプチドおよび/またはリンカー配列が、シグナルペプチドによってもたらされるか、またはリンカーによって連結される機能性ペプチドの活性を改変することなく、別の配列で置換してもよいことを理解する。
設計4:設計3の構築物はエフェクター細胞の生存と増殖の促進に機能することが示されているため、IL15Rαの細胞質ドメインは、このような設計でIL15を備えたエフェクター細胞の自律機能に悪影響を与えずに省略できることを示しており、設計4は、設計3の別の機能する代替案を提供する構築物であり、Sushiドメインを除いて、本質的にIL15Rα全体が削除され、一方の端でIL15と、もう一方の膜貫通ドメイン融合し(mb-Sushi)と、必要に応じて、Sushiドメインと膜貫通ドメインの間のリンカーを含む。融合したIL15/mb-Sushiは、任意の膜結合タンパク質の膜貫通ドメインを介して細胞表面に発現する。設計4などの構築物では、IL15の望ましいトランス提示のみが保持されている場合、シス提示を含むIL15Rαを介した不要なシグナル伝達は排除される。いくつかの実施形態では、Sushiドメインと融合したIL15を含む構成要素は、配列番号19に対して少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、または99%の同一性のアミノ酸配列を含み、これは、配列番号20によって表される例示的な核酸配列によってコードされ得る。
[配列表14]
配列番号20
ATGGACTGGACCTGGATTCTGTTCCTGGTCGCGGCTGCAACGCGAGTCCATAGCGGTATCCATGTTTTTATTCTTGGGTGTTTTTCTGCTGGGCTGCCTAAGACCGAGGCCAACTGGGTAAATGTCATCAGTGACCTCAAGAAAATAGAAGACCTTATACAAAGCATGCACATTGATGCTACTCTCTACACTGAGTCAGATGTACATCCCTCATGCAAAGTGACGGCCATGAAATGTTTCCTCCTCGAACTTCAAGTCATATCTCTGGAAAGTGGCGACGCGTCCATCCACGACACGGTCGAAAACCTGATAATACTCGCTAATAATAGTCTCTCTTCAAATGGTAACGTAACCGAGTCAGGTTGCAAAGAGTGCGAAGAGTTGGAAGAAAAAAACATAAAGGAGTTCCTGCAAAGTTTCGTGCACATTGTGCAGATGTTCATTAATACCTCTAGCGGCGGAGGATCAGGTGGCGGTGGAAGCGGAGGTGGAGGCTCCGGTGGAGGAGGTAGTGGCGGAGGTTCTCTTCAAATAACTTGTCCTCCACCGATGTCCGTAGAACATGCGGATATTTGGGTAAAATCCTATAGCTTGTACAGCCGAGAGCGGTATATCTGCAACAGCGGCTTCAAGCGGAAGGCCGGCACAAGCAGCCTGACCGAGTGCGTGCTGAACAAGGCCACCAACGTGGCCCACTGGACCACCCCTAGCCTGAAGTGCATCAGA
(726 n.a.)
[配列表14]
配列番号20
ATGGACTGGACCTGGATTCTGTTCCTGGTCGCGGCTGCAACGCGAGTCCATAGCGGTATCCATGTTTTTATTCTTGGGTGTTTTTCTGCTGGGCTGCCTAAGACCGAGGCCAACTGGGTAAATGTCATCAGTGACCTCAAGAAAATAGAAGACCTTATACAAAGCATGCACATTGATGCTACTCTCTACACTGAGTCAGATGTACATCCCTCATGCAAAGTGACGGCCATGAAATGTTTCCTCCTCGAACTTCAAGTCATATCTCTGGAAAGTGGCGACGCGTCCATCCACGACACGGTCGAAAACCTGATAATACTCGCTAATAATAGTCTCTCTTCAAATGGTAACGTAACCGAGTCAGGTTGCAAAGAGTGCGAAGAGTTGGAAGAAAAAAACATAAAGGAGTTCCTGCAAAGTTTCGTGCACATTGTGCAGATGTTCATTAATACCTCTAGCGGCGGAGGATCAGGTGGCGGTGGAAGCGGAGGTGGAGGCTCCGGTGGAGGAGGTAGTGGCGGAGGTTCTCTTCAAATAACTTGTCCTCCACCGATGTCCGTAGAACATGCGGATATTTGGGTAAAATCCTATAGCTTGTACAGCCGAGAGCGGTATATCTGCAACAGCGGCTTCAAGCGGAAGGCCGGCACAAGCAGCCTGACCGAGTGCGTGCTGAACAAGGCCACCAACGTGGCCCACTGGACCACCCCTAGCCTGAAGTGCATCAGA
(726 n.a.)
当業者は、上記のシグナルペプチドおよびリンカー配列が例示的であり、シグナルペプチドまたはリンカーとしての使用に好適なそれらのバリエーションを決して制限しないことを理解するであろう。当業者に既知であり、利用可能な多くの好適なシグナルペプチドまたはリンカー配列が存在する。当業者は、シグナルペプチドおよび/またはリンカー配列が、シグナルペプチドによってもたらされるか、またはリンカーによって連結される機能性ペプチドの活性を改変することなく、別の配列で置換してもよいことを理解する。
設計5:天然または改変されたIL15Rβは、リンカーを介してC末端でIL15に融合され、構成的シグナル伝達を可能にし、IL15膜結合およびトランス提示を維持する。
設計6:天然または改変された共通受容体γCは、サイトカインの構成的シグナル伝達および膜結合トランス提示のために、リンカーを介してC末端でIL15に融合される。共通受容体γCは、共通ガンマ鎖またはCD132とも呼ばれ、IL2受容体サブユニットガンマまたはIL2RGとしても知られる。γCは、IL2、IL4、IL7、IL9、IL15、およびIL21受容体を含むがこれらに限定されない、多くのインターロイキン受容体の受容体複合体に共通するサイトカイン受容体サブユニットである。
設計7:IL15の不在下でホモ二量体を形成する操作されたIL15Rβは、サイトカインの構成的シグナル伝達を生成するのに有用である。
いくつかの実施形態では、サイトカインIL2、IL4、IL6、IL7、IL9、IL10、IL11、IL12、IL15、IL18およびIL21、および/またはそれらの受容体の1つ以上は、図1の設計の1つ以上を使用してiPSC、およびiPSC分化時のその派生細胞に導入され得る。いくつかの実施形態では、IL2またはIL15細胞表面の発現およびシグナル伝達は、設計1~7のいずれか1つに図示される構築物を介する。いくつかの実施形態では、IL4、IL7、IL9、またはIL21細胞表面の発現およびシグナル伝達は、共通の受容体またはサイトカイン特異的受容体のいずれかを使用することにより、設計5、6、または7に図示される構築物を介する。いくつかの実施形態では、IL7表面発現およびシグナル伝達は、共通の受容体またはサイトカイン特異的受容体(IL4受容体など)のいずれかを使用することにより、設計5、6、または7に図示される構築物を介する。図1の設計のいずれかの膜貫通(TM)ドメインは、対応するサイトカイン受容体に対して天然であり得るか、または、任意の他の膜結合タンパク質の膜貫通ドメインで改変または置換されている。
CARおよび外因性サイトカインおよび/またはサイトカイン受容体シグナル伝達の両方を含むiPSCおよびそれからの派生細胞において、CARおよびILは、別個の構築物で発現され得るか、またはCARおよびILの両方を含むバイシストロン性構築物において共発現され得る。いくつかのさらなる実施形態では、図1の構築物設計のいずれかによって表される形態のIL15は、例えば、CAR-2A-IL15またはIL15-2A-CARのように例示される自己切断2Aコード配列を介してCAR発現構築物の5’または3’末端のいずれかに連結され得る。したがって、IL15およびCARは、単一のオープンリーディングフレーム(ORF)にある。一実施形態では、CAR-2A-IL15またはIL15-2A-CAR構築物は、図1の設計3のIL15を含む。別の実施形態では、CAR-2A-IL15またはIL15-2A-CAR構築物は、図1の設計3のIL15を含む。さらに別の実施形態では、CAR-2A-IL15またはIL15-2A-CAR構築物は、図1の設計7のIL15を含む。CAR-2A-IL15またはIL15-2A-CARが発現すると、自己切断2Aペプチドにより、発現されたCARおよびIL15が解離し、解離したIL15が細胞表面に提示される。CAR-2A-IL15またはIL15-2A-CARバイシストロン設計により、タイミングおよび量の両方で、および例えば、単一ORFの表現のための誘導性プロモーターを組み込むために選択され得る同じ制御機構の下で、協調されたCARおよびIL15の発現が可能になる。自己切断ペプチドは、口蹄疫ウイルス(FMDV)、ウマ鼻炎Aウイルス(ERAV)、Thosea asignaウイルス(TaV)、およびブタテシオウイルス-1(PTV-I)(Donnelly,ML,et al,J.Gen.Virol,82,1027-101(2001)、Ryan,MD,et al.,J.Gen.Virol.,72,2727-2732(2001))などの口蹄疫ウイルス、ならびにタイロウイルス(例えば、タイラーマウス脳脊髄炎ウイルス)および脳心筋炎ウイルスなどのカルジオウイルスのメンバーにおいて見出される。FMDV、ERAV、PTV-I、およびTaVに由来する2Aペプチドは、それぞれ「F2A」、「E2A」、「P2A」、および「T2A」と称されることもある。
IL15について本明細書に開示されるバイシストロン性CAR-2A-IL15またはIL15-2A-CARの実施形態はまた、本明細書で提供される任意の他のサイトカイン、例えば、IL2、IL4、IL6、IL7、IL9、IL10、IL11、IL12、IL18、およびIL21の発現も企図する。いくつかの実施形態では、IL2細胞表面発現およびシグナル伝達は、設計1~7のいずれかに図示される構築物を介する。いくつかの実施形態では、IL4、IL7、IL9、またはIL21細胞表面の発現およびシグナル伝達は、共通の受容体および/またはサイトカイン特異的受容体のいずれかを使用して、設計5、6、または7に図示される構築物を介する。
5.HLA-IおよびHLA-II欠損
同種異系拒絶反応の問題を回避するために、同種異系レシピエントの組織適合性について、複数のHLAクラスIおよびクラスIIタンパク質を一致させる必要がある。HLAクラスIおよびHLAクラスIIタンパク質の両方の発現が排除または実質的に低下したiPSC細胞株およびそれから分化したその派生細胞が本明細書で提供される。HLAクラスI欠損症は、HLAクラスI遺伝子座(染色体6p21)の任意の領域の機能的欠失、またはベータ2ミクログロブリン(B2M)遺伝子、TAP1遺伝子、TAP2遺伝子、およびタパシンを含むが、これらに限定されない、HLAクラスI関連遺伝子の欠失もしくは発現レベルの低下によって達成できる。例えば、B2M遺伝子は、すべてのHLAクラスIヘテロ二量体の細胞表面発現に不可欠な共通のサブユニットをコードする。B2Mヌル細胞はHLA-I欠損である。HLAクラスII欠損は、RFXANK、CIITA、RFX5、およびRFXAPを含むがこれらに限定されないHLA-II関連遺伝子の機能的欠失または減少によって達成できる。CIITAは転写コアクチベーターであり、クラスIIタンパク質の発現に必要な転写因子RFX5の活性化を介して機能する。CIITAヌル細胞はHLA-II欠損である。例えば、B2MおよびCIITA発現の両方を欠くためのHLA-IおよびHLA-II欠損の両方を有するiPSC株およびその派生細胞が本明細書で提供され、得られた派生エフェクター細胞は、MHC(主要組織適合遺伝子複合体)一致の必要性を排除することによって同種異系細胞療法を可能にし、宿主(同種異系)T細胞による認識および殺滅を回避する。
同種異系拒絶反応の問題を回避するために、同種異系レシピエントの組織適合性について、複数のHLAクラスIおよびクラスIIタンパク質を一致させる必要がある。HLAクラスIおよびHLAクラスIIタンパク質の両方の発現が排除または実質的に低下したiPSC細胞株およびそれから分化したその派生細胞が本明細書で提供される。HLAクラスI欠損症は、HLAクラスI遺伝子座(染色体6p21)の任意の領域の機能的欠失、またはベータ2ミクログロブリン(B2M)遺伝子、TAP1遺伝子、TAP2遺伝子、およびタパシンを含むが、これらに限定されない、HLAクラスI関連遺伝子の欠失もしくは発現レベルの低下によって達成できる。例えば、B2M遺伝子は、すべてのHLAクラスIヘテロ二量体の細胞表面発現に不可欠な共通のサブユニットをコードする。B2Mヌル細胞はHLA-I欠損である。HLAクラスII欠損は、RFXANK、CIITA、RFX5、およびRFXAPを含むがこれらに限定されないHLA-II関連遺伝子の機能的欠失または減少によって達成できる。CIITAは転写コアクチベーターであり、クラスIIタンパク質の発現に必要な転写因子RFX5の活性化を介して機能する。CIITAヌル細胞はHLA-II欠損である。例えば、B2MおよびCIITA発現の両方を欠くためのHLA-IおよびHLA-II欠損の両方を有するiPSC株およびその派生細胞が本明細書で提供され、得られた派生エフェクター細胞は、MHC(主要組織適合遺伝子複合体)一致の必要性を排除することによって同種異系細胞療法を可能にし、宿主(同種異系)T細胞による認識および殺滅を回避する。
しかしながら、一部の細胞型では、クラスIの発現の欠如は、NK細胞による溶解をもたらす。この「自己喪失」応答を克服するために、HLA-Gを任意選択でノックインして、操作されたiPSCに由来するHLA-I欠損エフェクター細胞のNK細胞の認識および殺滅を回避することができる。一実施形態では、提供されるHLA-I欠損iPSCおよびその派生細胞は、HLA-Gノックインをさらに含む。代替的に、いくつかの実施形態では、提供されるHLA-I欠損iPSCおよびその派生細胞は、CD58ノックアウトおよびCD54ノックアウトの一方または両方をさらに含む。CD58(またはLFA-3)およびCD54(またはICAM-1)は、シグナル依存性細胞相互作用を開始し、免疫細胞を含む細胞の遊走を容易にする接着タンパク質である。本発明以前は、iPSCにおけるCD58および/またはCD54の破壊が、T細胞およびNK細胞を含む機能的免疫エフェクター細胞へと誘導されるiPSC分化における多能性細胞および発生生物学に影響を与えるかどうか、およびどのように影響するかは不明であった。また、CD58および/またはCD54ノックアウトがHLA-I欠損iPSC由来のエフェクター細胞の同種異系NK細胞殺傷に対する感受性を効果的および/または十分に低下させることができるかどうかも以前は不明であった。ここでは、CD58ノックアウトはCD54ノックアウトよりも同種異系NK細胞の活性化を低減する効率が高い一方で、CD58およびCD54の両方をダブルノックアウトすると、NK細胞の活性化の低減が最も増強されることが示された。いくつかの観察では、CD58およびCD54ダブルノックアウトは、「自己喪失」効果を克服する上で、HLA-I欠損細胞に対するHLA-G過剰発現よりもさらに効果的である。
上記に提供されるように、いくつかの実施形態では、HLA-IおよびHLA-II欠損iPSCならびにその派生細胞は、HLA-Gをコードする外因性ポリヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、HLA-IおよびHLA-II欠損iPSCならびにその派生細胞は、CD58ヌルである。いくつかの他の実施形態では、HLA-IおよびHLA-II欠損iPSCならびにその派生細胞は、CD54ヌルである。さらにいくつかの他の実施形態では、HLA-IおよびHLA-II欠損iPSCならびにその派生細胞は、CD54ヌルおよびCD54ヌルである。さらに、MICA/B CARを含むiPSCおよびその派生細胞のいくつかの実施形態では、該細胞は、HLA-IおよびHLA-II欠損であり、HLA-Gをコードする外因性ポリヌクレオチドを有する。MICA/B CARを含むiPSCおよびその派生細胞のいくつかの実施形態では、該細胞は、HLA-IおよびHLA-II欠損であり、CD58ヌルである。MICA/B CARを含むiPSCおよびその派生細胞のいくつかの実施形態では、該細胞は、HLA-IおよびHLA-II欠損であり、CD54ヌルである。MICA/B CARを含むiPSCおよびその派生細胞のさらにいくつかの他の実施形態では、該細胞は、HLA-IおよびHLA-II欠損であり、両方ともCD58ヌルおよびCD54ヌルである。
6.本明細書で提供される遺伝子操作されたiPSC系統と派生細胞
上記に照らして、本出願は、iPSC、iPS細胞株細胞、またはそれらの集団、および該iPSCを分化させることから得られた派生機能細胞を提供し、それぞれの細胞は、MICA/B-CARを含む。いくつかの実施形態では、本出願は、iPSC、iPS細胞株細胞、またはそれらの集団、および該iPSCを分化させることから得られた派生機能細胞を提供し、それぞれの細胞は、MICA/B-CARをコードする外因性ポリヌクレオチドを少なくとも含む。いくつかの実施形態では、機能性派生細胞は造血細胞であり、決定的な造血内皮(HE)の可能性を有する中胚葉細胞、決定的なHE、CD34造血細胞、造血幹細胞および前駆細胞、造血多能性前駆細胞(MPP)、T細胞前駆細胞、NK細胞前駆細胞、骨髄細胞、好中球前駆細胞、T細胞、NKT細胞、NK細胞、B細胞、好中球、樹状細胞、およびマクロファージを含むがこれらに限定されない。いくつかの実施形態では、機能的派生造血細胞は、T細胞、NK細胞、および調節細胞などのエフェクター細胞を含む。
上記に照らして、本出願は、iPSC、iPS細胞株細胞、またはそれらの集団、および該iPSCを分化させることから得られた派生機能細胞を提供し、それぞれの細胞は、MICA/B-CARを含む。いくつかの実施形態では、本出願は、iPSC、iPS細胞株細胞、またはそれらの集団、および該iPSCを分化させることから得られた派生機能細胞を提供し、それぞれの細胞は、MICA/B-CARをコードする外因性ポリヌクレオチドを少なくとも含む。いくつかの実施形態では、機能性派生細胞は造血細胞であり、決定的な造血内皮(HE)の可能性を有する中胚葉細胞、決定的なHE、CD34造血細胞、造血幹細胞および前駆細胞、造血多能性前駆細胞(MPP)、T細胞前駆細胞、NK細胞前駆細胞、骨髄細胞、好中球前駆細胞、T細胞、NKT細胞、NK細胞、B細胞、好中球、樹状細胞、およびマクロファージを含むがこれらに限定されない。いくつかの実施形態では、機能的派生造血細胞は、T細胞、NK細胞、および調節細胞などのエフェクター細胞を含む。
本明細書でさらに提供されるのは、CD38-/-(本明細書では「CD38ヌル」またはCD38ノックアウトとも称される)iPSC、iPS細胞株細胞、またはその集団、およびCD38-/-iPSCの分化から得られるCD38ノックアウトを含む誘導された機能性派生細胞である。いくつかの実施形態では、CD38-/-iPSC、iPS細胞株細胞、またはそれらの集団、および誘導された機能的派生細胞は、MICA/B-CARまたはMICA/B-CARをコードする外因性ポリヌクレオチドをさらに含む。いくつかの実施形態では、MICA/B-CARをコードするポリヌクレオチドは、CD38遺伝子座にある。いくつかの実施形態では、MICA/B-CARおよびCD38ノックアウトを含む機能性派生細胞は造血細胞であり、決定的な造血内皮(HE)の可能性を有する中胚葉細胞、決定的なHE、CD34造血細胞、造血幹細胞および前駆細胞、造血多能性前駆細胞(MPP)、T細胞前駆細胞、NK細胞前駆細胞、骨髄細胞、好中球前駆細胞、T細胞、NKT細胞、NK細胞、B細胞、好中球、樹状細胞、およびマクロファージを含むがこれらに限定されない。いくつかの実施形態では、機能的派生造血細胞は、T細胞、NK細胞、および調節細胞などのエフェクター細胞を含む。
本明細書でさらに提供されるのは、MICA/B-CARをコードするポリヌクレオチド、および高親和性の切断不可能なCD16(hnCD16)をコードするポリヌクレオチドを含むiPSCであり、iPSCは、指示された分化により機能的造血細胞を産生することができる。MICA/B-CARおよびhnCD16の両方を含む細胞は、CAR結合およびCD16を介したADCCによる二重標的化に好適であり、腫瘍標的化の精度を高め、腫瘍の殺滅を促進し、腫瘍抗原エスケープの影響を最小限に抑える。さらに、いくつかの実施形態では、MICA/B-CARおよびhnCD16を含むiPSCおよび/またはその派生エフェクター細胞はまた、CD38ヌルであり、その結果、CD38抗体を使用してhnCD16媒介増強ADCCを誘導する場合、CD38ノックアウト、MICA/B-CAR、およびhnCD16を含むiPSCおよび/またはその派生エフェクター細胞は、エフェクター細胞の排除、すなわち、CD38発現エフェクター細胞の減少または枯渇を引き起こすことなく、それによってiPSCとそのエフェクター細胞の持続性および/または生存率を増加させ、CD38発現(腫瘍)細胞を標的化することができる。いくつかの実施形態では、エフェクター細胞はT細胞を含む。MICA/B-CAR、CD38ヌル、およびhnCD16を含むiPSC由来のT細胞は、CD38抗体またはCD38 CARの存在下で細胞枯渇の減少を経験し、ADCCを獲得し、腫瘍殺傷のさらなる多重メカニズムをもたらす。いくつかの実施形態では、エフェクター細胞はNK細胞を含む。MICA/B-CAR、CD38ヌル、およびhnCD16を含むiPSC由来のNK細胞は、細胞傷害性が増強されており、CD38抗体またはCD38 CARの存在下でNK細胞のフラトリサイドが減少している。
MICA/B-CAR、およびMICA/B以外の標的特異性を有する第2のキメラ抗原受容体(CAR)をコードするポリヌクレオチドを含むiPSCが本明細書で提供され、iPSCは、2つの異なる腫瘍抗原を標的とする2つのCARを有する機能的派生エフェクター細胞を生成するために分化誘導することができる。一実施形態では、iPSCに含まれる第2のCARおよびMICA/B-CARを含むその誘導体エフェクター細胞は、腫瘍細胞表面タンパク質CD19、BCMA、CD20、CD22、CD38、CD123、HER2、CD52、EGFR、GD2、MSLN、VEGF-R2、PSMA、およびPDL1を標的とする。一実施形態では、iPSCおよび/またはその派生エフェクター細胞は、CD38を標的とする第2のCARを有し、該細胞もまた、CD38ヌルである。そのため、CD38-CARは、CD38を介したフラトリサイドにより、iPSCおよび/またはその派生エフェクター細胞を排除することができない。いくつかの実施形態では、CD38ノックアウトを含むiPSCおよびその派生エフェクター細胞に含まれるCARは、CD38を標的化しない。
さらに、MICA/B-CARをコードするポリヌクレオチド、ならびに、細胞の生存率、持続性、および/または増殖に寄与するサイトカインシグナル伝達を可能にする少なくとも1つの外因性サイトカインおよび/またはその受容体(IL)をコードするポリヌクレオチドを含み、iPSC株は分化を指示して、生存率、持続性、増殖、およびエフェクター細胞機能が改善された機能的派生造血細胞を産生することができる。外因的に導入されたサイトカインシグナル伝達(複数可)は、IL2、IL4、IL6、IL7、IL9、IL10、IL11、IL12、IL15、IL18、およびIL21のいずれか1つ、または2つ以上のシグナル伝達を含む。いくつかの実施形態では、サイトカインシグナル伝達のための、サイトカインの導入された部分的または完全なペプチドおよび/またはそのそれぞれの受容体は、細胞表面で発現される。いくつかの実施形態では、サイトカインシグナル伝達は、構成的に活性化される。いくつかの実施形態では、サイトカインシグナル伝達の活性化は、誘導性である。いくつかの実施形態では、サイトカインシグナル伝達の活性化は、一過性および/または一時的である。いくつかの実施形態では、細胞表面サイトカイン/サイトカイン受容体の一過性/一時的発現は、レトロウイルス、センダイウイルス、アデノウイルス、エピソーム、ミニサークル、またはmRNAを含むRNAを介する。いくつかの実施形態では、MICA/B-CAR iPSCまたはその派生細胞に含まれる外因性細胞表面サイトカインおよび/または受容体は、IL7シグナル伝達を可能にする。いくつかの実施形態では、MICA/B-CAR iPSCまたはその派生細胞に含まれる外因性細胞表面サイトカインおよび/または受容体は、IL10シグナル伝達を可能にする。いくつかの実施形態では、MICA/B-CAR iPSCまたはその派生細胞に含まれる外因性細胞表面サイトカインおよび/または受容体は、IL15シグナル伝達を可能にする。該MICA/B-CAR IL iPSCのいくつかの実施形態では、IL15発現は、図1の構築物3によるものである。該MICA/B-CAR IL iPSCのいくつかの実施形態では、IL15発現は、図1の構築物4によるものである。上述の実施形態の該MICA/B-CAR IL iPSCおよびその派生細胞は、インビトロまたはインビボで追加的に供給される可溶性サイトカインに接触することなく、細胞増殖、増殖、増殖、および/またはエフェクター機能を自律的に維持または改善することができる。MICA/B-CAR IL iPSCおよびその派生エフェクター細胞のいくつかの実施形態では、該細胞はCD38ヌルであり、CD38抗体とともに使用して、エフェクター細胞の排除を引き起こすことなくADCCを誘導し、それにより相乗的にiPSCおよびそのエフェクター細胞の持続性および/または生存率を増加させることができる。
MICA/B-CAR、B2Mノックアウト、およびCIITAノックアウト、ならびに任意選択でHLA-G過剰発現、CD58ノックアウト、およびCD54ノックアウトのうちの1つを含むiPSCも提供され、iPSCは誘導分化によって、機能的な派生造血細胞を産生することができる。該MICA/B-CAR B2M-/-CIITA-/-iPSCおよびその派生エフェクター細胞は、HLA-IとHLA-IIの両方が欠損している。さらなる実施形態では、HLA-IおよびHLA-II欠損MICA/B-CAR iPSCおよびその派生エフェクター細胞もまたCD38ヌルであり、エフェクター細胞の排除を引き起こさずにADCCを誘導するためにCD38抗体とともに使用することができ、それによりiPSCおよびそのエフェクター細胞の持続性および/または生存が増加する。いくつかの実施形態では、エフェクター細胞は、増加したin vivoでの持続性および/または生存率を有する。
上述の観点から、本明細書で提供されるのは、MICA/B-CAR、ならびに任意選択でCD38ノックアウト、hnCD16、第2のCAR、外因性サイトカイン/受容体、およびB2M/CIITAノックアウトのうちの1つ、2つ、3つ、またはそれ以上を含むiPSCを含み、B2Mがノックアウトされると、HLA-Gをコードするポリヌクレオチド、またはCD58およびCD54のノックアウトのうちの少なくとも1つが任意選択で導入され、iPSCは、分化を指示して機能的な派生造血細胞を産生することができる。本出願において、MICA/B-CAR、ならびに任意選択でCD38ノックアウト、hnCD16、B2M/CIITAノックアウト、第2のCAR、および外因性サイトカイン/受容体のうちの1つ、2つ、3つ、またはそれ以上を含む機能的なiPSC派生造血細胞も含まれ、B2Mがノックアウトされる場合、HLA-Gをコードするポリヌクレオチド、または、CD58およびCD54ノックアウトのうちの少なくとも1つが任意選択で導入され、派生造血細胞には、二次造血内皮(HE)の可能性を有する中胚葉細胞、二次HE、CD34造血細胞、造血幹細胞および前駆細胞、造血多分化能前駆細胞(MPP)、T細胞前駆細胞、NK細胞前駆細胞、骨髄細胞、好中球前駆細胞、T細胞、NKT細胞、NK細胞、B細胞、好中球、樹状細胞、およびマクロファージが含まれるが、これらに限定されない。
本明細書で提供される別の態様は、IL15およびIL15Rαの切断型融合タンパク質を含むiPSCまたはiPSC由来細胞を含み、融合タンパク質は細胞内ドメインを含まない。図1に「IL15Rα(ΔICD)融合」および「IL5/mb-Sushi」として示されるように、これらの実施形態は、本出願全体を通してさらに集合的にIL15Δと略され、表1に示される「IL」の実施形態のうちの1つである。「IL」のいくつかの実施形態では、細胞内ドメインを欠く切断型IL15/IL15Rα融合タンパク質は、配列番号17、19、または21に対して少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、または99%の同一性のアミノ酸配列を含む。「IL」のいくつかの実施形態では、細胞内ドメインを欠く切断型IL15/IL15Rα融合タンパク質は、配列番号17のアミノ酸配列を含む。「IL」のいくつかの実施形態では、細胞内ドメインを欠く切断型IL15/IL15Rα融合タンパク質は、配列番号19のアミノ酸配列を含む。「IL」のいくつかの実施形態では、細胞内ドメインを欠く切断型IL15/IL15Rα融合タンパク質は、配列番号21のアミノ酸配列を含む。細胞内ドメインを欠く切断型IL15/IL15Rα融合タンパク質(IL15Δ)を含むiPSCまたはiPSC誘導細胞のいくつかの実施形態では、該細胞はMICA/B-CAR、任意選択で、CD38ノックアウト、hnCD16、第2のCAR、外因性サイトカイン/受容体、およびB2M/CIITAノックアウトのうちの1つ以上をさらに含み、ここで、B2Mがノックアウトされると、HLA-GまたはCD58およびCD54ノックアウトのうちの1つをコードするポリヌクレオチドが任意選択で導入され、iPSCは、誘導された分化をして機能的な派生造血細胞を産生することができ、派生造血細胞には、決定的な造血性内皮(HE)の可能性を有する中胚葉細胞、決定的なHE、CD34造血細胞、造血細胞幹細胞および前駆細胞、造血系多能性前駆細胞(MPP)、T細胞前駆細胞、NK細胞前駆細胞、骨髄細胞、好中球前駆細胞、T細胞、NKT細胞、NK細胞、B細胞、好中球、樹状細胞、およびマクロファージが含まれるが、これらに限定されない。
したがって、本出願は、表1の以下の遺伝子型のいずれか1つを含む、iPSCおよびその機能的な派生造血細胞を提供する。本出願の表1に提供される「CAR(第2)」は、MICA/B-CARとは異なる標的特異性を有するCARを表し、非限定な例としては、CD19、BCMA、CD20、CD22、CD123、HER2、CD52、EGFR、GD2、MSLN、VEGF-R2、PSMA、およびPDL1のうちの少なくとも1つを標的とするCARが挙げられる。表1に提供されるように、「IL」は、どの特定のサイトカイン/受容体発現が選択されるかに応じて、IL2、IL4、IL6、IL7、IL9、IL10、IL11、IL12、IL15、IL18、およびIL21のうちの1つを表す。さらに、「IL」はまた、IL15Δの実施形態も包含し、これは、IL15およびIL15Rαの切断型融合タンパク質として上に詳述されているが、細胞内ドメインを含まない。さらに、iPSCおよびその機能的派生造血細胞がCAR(MICA/B-CAR、または第2のCAR)とILとの両方を含む遺伝子型を有する場合、該細胞の一実施形態では、CARおよびILは2A配列を含むバイシストロ性発現カセットに含まれる。比較として、いくつかの他の実施形態では、CARおよびILは、iPSCおよびその機能的な派生造血細胞に含まれる別個の発現カセットにある。特定の一実施形態では、CARとILとの両方を発現するiPSCおよびその機能的派生エフェクター細胞に含まれるのは、図1の構築物3または4におけるIL15であり、IL15構築物は、CARとともに、またはそれと別個に発現カセットに含まれる。
7.追加の修飾
いくつかの実施形態では、表1の遺伝子型のいずれか1つを含むiPSCおよびその派生エフェクター細胞は、TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、PD1、LAG3、TIM3、RFXANK、RFX5、RFXAP、および染色体6p21領域の任意の遺伝子の少なくとも1つにおける欠失もしくは発現低下をさらに含み得るか、またはHLA-E、41BBL、CD3、CD4、CD8、CD47、CD113、CD131、CD137、CD80、PDL1、A2AR、抗原特異的TCR、Fc受容体、エンゲージャー、および二重特異性、多重特異性もしくはユニバーサルエンゲージャーとの結合のための表面トリガー受容体のうちの少なくとも1つにおける導入されたもしくは増加した発現をさらに含み得る。
いくつかの実施形態では、表1の遺伝子型のいずれか1つを含むiPSCおよびその派生エフェクター細胞は、TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、PD1、LAG3、TIM3、RFXANK、RFX5、RFXAP、および染色体6p21領域の任意の遺伝子の少なくとも1つにおける欠失もしくは発現低下をさらに含み得るか、またはHLA-E、41BBL、CD3、CD4、CD8、CD47、CD113、CD131、CD137、CD80、PDL1、A2AR、抗原特異的TCR、Fc受容体、エンゲージャー、および二重特異性、多重特異性もしくはユニバーサルエンゲージャーとの結合のための表面トリガー受容体のうちの少なくとも1つにおける導入されたもしくは増加した発現をさらに含み得る。
二重特異性または多重特異性エンゲージャーは、異なる抗体の2つ以上の単鎖可変断片(scFv)からなる融合タンパク質であり、少なくとも1つのscFvがエフェクター細胞表面分子に結合し、少なくとも別の1つが腫瘍特異的表面分子を介して腫瘍細胞に結合する。二重特異性もしくは多重特異性エンゲージャー認識、またはカップリングに使用できる例示的なエフェクター細胞表面分子または表面トリガー受容体には、CD3、CD28、CD5、CD16、NKG2D、CD64、CD32、CD89、NKG2C、および本明細書に開示されるキメラFc受容体が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、エンゲージャー認識のためにエフェクター細胞の表面で発現されるCD16は、セクションI.2に記載される、CD16(F176Vおよび任意選択でS197Pを含む)またはCD64細胞外ドメイン、ならびに天然または非天然の膜貫通ドメイン、刺激ドメイン、および/またはシグナル伝達ドメインを含むhnCD16である。いくつかの実施形態では、エンゲージャー認識のためにエフェクター細胞の表面で発現されるCD16は、hnCD16ベースのキメラFc受容体(CFcR)である。いくつかの実施形態では、hnCD16ベースのCFcRは、NKG2Dの膜貫通ドメイン、2B4の刺激ドメイン、およびCD3ζのシグナル伝達ドメインを含み、hnCD16の細胞外ドメインは、CD64またはCD16の完全長または部分配列の細胞外ドメインに由来し、CD16の細胞外ドメインは、F176Vおよび任意選択でS197Pを含む。二重特異性または多重特異性エンゲージャー認識の例示的な腫瘍細胞表面分子には、B7H3、BCMA、CD10、CD19、CD20、CD22、CD24、CD30、CD33、CD34、CD38、CD44、CD79a、CD79b、CD123、CD138、CD179b、CEA、CLEC12A、CS-1、DLL3、EGFR、EGFRvIII、EPCAM、FLT-3、FOLR1、FOLR3、GD2、gpA33、HER2、HM1.24、LGR5、MSLN、MCSP、MICA/B、PSMA、PAMA、P-カドヘリン、ROR1が含まれるが、これらに限定されない。一実施形態では、二重特異性抗体は、CD3-CD19である。別の実施形態では、二重特異性抗体は、CD16-CD30またはCD64-CD30である。別の実施形態では、二重特異性抗体は、CD16-BCMAまたはCD64-BCMAである。また別の実施形態では、二重特異性抗体はCD3-CD33である。さらに別の実施形態では、二重特異性抗体はさらに、エフェクター細胞と腫瘍細胞抗原結合ドメインの間にリンカー、例えば、エフェクター細胞増殖を促進するエフェクターNK細胞のリンカーとしての改変IL15(いくつかの刊行物では、TriKE、または三重特異性キラーエンゲージャーと呼ばれる)を含む。一実施形態では、TriKEは、CD16-IL15-EPCAMまたはCD64-IL15-EPCAMである。別の実施形態では、TriKEは、CD16-IL15-CD33またはCD64-IL15-CD33である。さらに別の実施形態では、TriKEはNKG2C-IL15-CD33(「2C1533」)である。
いくつかの実施形態では、二重特異性または多重特異性のエンゲージャーのための表面トリガー受容体は、時には細胞型に応じて、エフェクター細胞に対して内因性であり得る。他のいくつかの実施形態では、本明細書で提供される方法および組成物を使用して、すなわち、表1に列記された遺伝子型を含むiPSCをさらに操作し、T細胞、NK細胞、またはソースiPSCと同一の遺伝子型と表面トリガー受容体を含む任意の他のエフェクター細胞へのiPSCの分化を指示し、1つ以上の外因性表面トリガー受容体をエフェクター細胞に導入することができる。
8.免疫療法のための抗体
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるゲノム操作されたエフェクター細胞に加えて、状態、疾患、または適応症に関連する抗原を標的とする抗体または抗体断片を含む追加の治療薬を、組み合わせ療法でこれらのエフェクター細胞とともに使用することができる。いくつかの実施形態では、抗体はモノクローナル抗体である。いくつかの実施形態では、抗体は、ヒト化抗体、ヒト化モノクローナル抗体、またはキメラ抗体である。いくつかの実施形態では、抗体または抗体断片は、ウイルス抗原に特異的に結合する。他の実施形態では、抗体または抗体断片は、腫瘍抗原に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、腫瘍またはウイルス特異的抗原は、投与されたiPSC由来エフェクター細胞を活性化して、それらの殺滅能力を増強する。いくつかの実施形態では、投与されたiPSC由来エフェクター細胞に対する追加の治療薬として、組み合わせ治療に好適な抗体としては、CD20抗体(リツキシマブ、ベルツズマブ、オファツムマブ、ウブリツキシマブ、オカラツズマブ、オビヌツズマブ)、HER2抗体(トラスツズマブ、パーツズマブ)、CD52抗体(アレムツズマブ)、EGFR抗体(セルツキシマブ)、GD2抗体(ジヌツキシマブ)、PDL1抗体(アベルマブ)、CD38抗体(ダラツムマブ、イサツキシマブ、MOR202)、CD123抗体(7G3、CSL362)、SLAMF7抗体(エロツズマブ)、MICA/B抗体(7C6、6F11、1C2)、およびそれらのヒト化またはFc改変されたバリアントもしくは断片、またはそれらの機能的同等物およびバイオシミラーが挙げられるがそれらに限定されない。いくつかの実施形態では、iPSC由来エフェクター細胞は、表1に列記される遺伝子型を含む造血系統細胞を含む。いくつかの実施形態では、iPSC由来エフェクター細胞は、表1に列記される遺伝子型を含むNK細胞を含む。いくつかの実施形態では、iPSC由来エフェクター細胞は、表1に列記される遺伝子型を含むT細胞を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるゲノム操作されたエフェクター細胞に加えて、状態、疾患、または適応症に関連する抗原を標的とする抗体または抗体断片を含む追加の治療薬を、組み合わせ療法でこれらのエフェクター細胞とともに使用することができる。いくつかの実施形態では、抗体はモノクローナル抗体である。いくつかの実施形態では、抗体は、ヒト化抗体、ヒト化モノクローナル抗体、またはキメラ抗体である。いくつかの実施形態では、抗体または抗体断片は、ウイルス抗原に特異的に結合する。他の実施形態では、抗体または抗体断片は、腫瘍抗原に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、腫瘍またはウイルス特異的抗原は、投与されたiPSC由来エフェクター細胞を活性化して、それらの殺滅能力を増強する。いくつかの実施形態では、投与されたiPSC由来エフェクター細胞に対する追加の治療薬として、組み合わせ治療に好適な抗体としては、CD20抗体(リツキシマブ、ベルツズマブ、オファツムマブ、ウブリツキシマブ、オカラツズマブ、オビヌツズマブ)、HER2抗体(トラスツズマブ、パーツズマブ)、CD52抗体(アレムツズマブ)、EGFR抗体(セルツキシマブ)、GD2抗体(ジヌツキシマブ)、PDL1抗体(アベルマブ)、CD38抗体(ダラツムマブ、イサツキシマブ、MOR202)、CD123抗体(7G3、CSL362)、SLAMF7抗体(エロツズマブ)、MICA/B抗体(7C6、6F11、1C2)、およびそれらのヒト化またはFc改変されたバリアントもしくは断片、またはそれらの機能的同等物およびバイオシミラーが挙げられるがそれらに限定されない。いくつかの実施形態では、iPSC由来エフェクター細胞は、表1に列記される遺伝子型を含む造血系統細胞を含む。いくつかの実施形態では、iPSC由来エフェクター細胞は、表1に列記される遺伝子型を含むNK細胞を含む。いくつかの実施形態では、iPSC由来エフェクター細胞は、表1に列記される遺伝子型を含むT細胞を含む。
液体腫瘍または固形腫瘍の治療に有用な組み合わせのいくつかの実施形態では、組み合わせは、予め選択されたモノクローナル抗体と、少なくともMICA/B-CARを含むiPSC由来のNK細胞またはT細胞を含む。液体腫瘍または固形腫瘍の治療に有用な組み合わせの他のいくつかの実施形態では、組み合わせは、予め選択されたモノクローナル抗体と、少なくともMICA/B-CARおよびhnCD16を含むiPSC由来のNK細胞またはT細胞を含む。液体腫瘍または固形腫瘍の治療に有用な組み合わせのいくつかの実施形態では、組み合わせは、MICA/Bモノクローナル抗体と、少なくともMICA/B-CARを含むiPSC由来のNK細胞またはT細胞を含む。MICA/Bモノクローナル抗体と、少なくともMICA/B-CARを含むiPSC由来のNKまたはT細胞を含む治療の組み合わせのいくつかの実施形態では、MICA/Bモノクローナル抗体は、該MICA/Bモノクローナル抗体をコードするポリヌクレオチドを含むNK細胞の集団において発現される。いくつかの実施形態では、MICA/Bモノクローナル抗体は、7C6、6F11、および1C2のうちの1つである。MICA/Bモノクローナル抗体と、MICA/B-CARを含むiPSC由来のNKまたはT細胞を含む治療の組み合わせのいくつかの実施形態では、該iPSC由来のNKまたはT細胞は、hnCD16をさらに含む。理論に制限されることなく、hnCD16はMICA/Bモノクローナル抗体の強化されたADCCを提供するが、MICA/B-CARはMICA/B腫瘍抗原を標的とするだけでなく、モノクローナル抗体が標的とし得る腫瘍抗原のシェディングを防ぐ。液体腫瘍または固形腫瘍の治療に有用な組み合わせのいくつかの実施形態では、組み合わせは、少なくともMICA/B-CAR、CD38ヌルを含むiPSC由来のNK細胞またはT細胞、およびCD38抗体を含む。一実施形態では、組み合わせは、MICA/B-CAR、CD38ヌルおよびhnCD16を含むiPSC由来NK細胞、ならびにCD38抗体であるダラツムマブ、イサツキシマブ、MOR202のうちの1つを含む。一実施形態では、組み合わせは、MICA/B-CAR、CD38ヌルおよびhnCD16を含むiPSC由来NK細胞、ならびにダラツムマブを含む。いくつかのさらなる実施形態では、ダラツムマブとの組み合わせに含まれるiPSC由来のNK細胞は、MICA/B-CAR、CD38ヌル、hnCD16、IL15、ならびにCD38またはCD19、BCMA、CD20、CD22、CD123、HER2、CD52、EGFR、GD2、MSLN、VEGF-R2、PSMA、およびPDL1のうちの少なくとも1つを標的化するCARを含み、ここで、IL15はCARと共発現または別々に発現され、IL15は、図1の構築物1~7に提示される形態のうちのいずれか1つである。いくつかの特定の実施形態では、IL15は、CARと同時または別個に発現される場合、構築物3、4、または7の形態である。
9.チェックポイント阻害剤
チェックポイントは、阻害されていない場合、免疫応答を抑制または下方制御することができる細胞分子、多くの場合細胞表面分子である。腫瘍がある特定の免疫チェックポイント経路を、特に腫瘍抗原に特異的なT細胞に対する免疫耐性の主要機構として利用していることが今では明らかになっている。チェックポイント阻害剤(CI)は、チェックポイント遺伝子発現または遺伝子産物を低減するか、またはチェックポイント分子の活性を減少させ、それによって阻害チェックポイントを遮断し、免疫系機能を回復させることができるアンタゴニストである。PD1/PDL1またはCTLA4を標的とするチェックポイント阻害剤の開発により、腫瘍学の展望が変わり、これらの薬剤は複数の適応症で長期寛解をもたらした。しかしながら、多くの腫瘍サブタイプはチェックポイント遮断療法に耐性があり、再発生は依然として重大な懸念事項である。本出願の一態様は、CIとの組み合わせ療法で提供されるようにゲノム操作された機能的派生細胞を含めることにより、CI耐性を克服するための治療アプローチを提供する。組み合わせ療法の一実施形態では、派生細胞はNK細胞である。組み合わせ療法の別の実施形態では、派生細胞はT細胞である。直接的な抗腫瘍能力を呈することに加えて、本明細書で提供される派生NK細胞は、PDL1-PD1媒介阻害に抵抗し、T細胞遊走を増強し、T細胞を腫瘍微小環境に動員し、腫瘍部位でT細胞の活性化を増強する能力を有することが示されている。したがって、機能的に強力なゲノム操作された派生NK細胞によって促進されるT細胞の腫瘍浸潤は、該NK細胞がチェックポイント阻害剤を含むT細胞標的免疫療法と相乗作用して、局所免疫抑制を緩和し、腫瘍量を低減することができることを示している。
チェックポイントは、阻害されていない場合、免疫応答を抑制または下方制御することができる細胞分子、多くの場合細胞表面分子である。腫瘍がある特定の免疫チェックポイント経路を、特に腫瘍抗原に特異的なT細胞に対する免疫耐性の主要機構として利用していることが今では明らかになっている。チェックポイント阻害剤(CI)は、チェックポイント遺伝子発現または遺伝子産物を低減するか、またはチェックポイント分子の活性を減少させ、それによって阻害チェックポイントを遮断し、免疫系機能を回復させることができるアンタゴニストである。PD1/PDL1またはCTLA4を標的とするチェックポイント阻害剤の開発により、腫瘍学の展望が変わり、これらの薬剤は複数の適応症で長期寛解をもたらした。しかしながら、多くの腫瘍サブタイプはチェックポイント遮断療法に耐性があり、再発生は依然として重大な懸念事項である。本出願の一態様は、CIとの組み合わせ療法で提供されるようにゲノム操作された機能的派生細胞を含めることにより、CI耐性を克服するための治療アプローチを提供する。組み合わせ療法の一実施形態では、派生細胞はNK細胞である。組み合わせ療法の別の実施形態では、派生細胞はT細胞である。直接的な抗腫瘍能力を呈することに加えて、本明細書で提供される派生NK細胞は、PDL1-PD1媒介阻害に抵抗し、T細胞遊走を増強し、T細胞を腫瘍微小環境に動員し、腫瘍部位でT細胞の活性化を増強する能力を有することが示されている。したがって、機能的に強力なゲノム操作された派生NK細胞によって促進されるT細胞の腫瘍浸潤は、該NK細胞がチェックポイント阻害剤を含むT細胞標的免疫療法と相乗作用して、局所免疫抑制を緩和し、腫瘍量を低減することができることを示している。
一実施形態では、チェックポイント阻害剤の組み合わせ療法のための派生NK細胞は、MICA/B-CAR、ならびに任意選択でCD38ノックアウト、hnCD16発現、B2M/CIITAノックアウト、第2のCAR、および外因性細胞表面サイトカインおよび/または受容体発現のうちの1つ、2つ、3つ、またはそれ以上を含み、ここで、B2Mがノックアウトされる場合、HLA-Gをコードするポリヌクレオチド、またはCD58もしくはCD54のノックアウトのうちの少なくとも1つが必要に応じて含まれる。いくつかの実施形態では、派生NK細胞は、表1に列記される遺伝子型のうちのいずれか1つを含む。いくつかの実施形態では、上述の派生NK細胞は、TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、PD1、LAG3、TIM3、RFXANK、RFX5、RFXAP、および染色体6p21領域の任意の遺伝子の少なくとも1つにおける欠失もしくは低減された発現をさらに含むか、またはHLA-E、41BBL、CD3、CD4、CD8、CD47、CD113、CD131、CD137、CD80、PDL1、A2AR、抗原特異的TCR、Fc受容体、エンゲージャー、および二重特異性、多重特異性もしくはユニバーサルエンゲージャーとの結合のための表面トリガー受容体のうちの少なくとも1つにおける導入されたもしくは増加した発現をさらに含む。
別の実施形態では、チェックポイント阻害剤の組み合わせ療法のための派生T細胞は、MICA/B-CAR、ならびに任意選択でCD38ノックアウト、hnCD16発現、B2M/CIITAノックアウト、第2のCAR、および外因性細胞表面サイトカインおよび/または受容体発現のうちの1つ、2つ、3つ、またはそれ以上を含み、ここで、B2Mがノックアウトされる場合、HLA-Gをコードするポリヌクレオチド、またはCD58もしくはCD54のノックアウトのうちの1つが必要に応じて含まれる。いくつかの実施形態では、派生T細胞は、表1に列記される遺伝子型のうちのいずれか1つを含む。いくつかの実施形態では、上述の派生T細胞は、TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、PD1、LAG3、TIM3、RFXANK、RFX5、RFXAP、および染色体6p21領域の任意の遺伝子の少なくとも1つにおける欠失もしくは低減された発現をさらに含むか、またはHLA-E、41BBL、CD3、CD4、CD8、CD47、CD113、CD131、CD137、CD80、PDL1、A2AR、抗原特異的TCR、Fc受容体、エンゲージャー、および二重特異性、多重特異性もしくはユニバーサルエンゲージャーとの結合のための表面トリガー受容体のうちの少なくとも1つにおける導入されたもしくは増加した発現をさらに含む。
上述の該派生NK細胞または派生T細胞は、MICA/B-CAR、ならびに任意選択で、CD38ノックアウト、hnCD16発現、B2M/CIITAノックアウト、第2のCAR、および外因性細胞表面サイトカイン発現のうちの1つ、2つ、3つ、または4つすべてを含むiPSCクローン株を分化させることから得られ、ここで、B2Mがノックアウトされる場合、HLA-Gをコードするポリヌクレオチド、またはCD58およびCD54のノックアウトのうちの少なくとも1つが任意選択で導入される。いくつかの実施形態では、上述の該iPSCクローン株は、TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、PD1、LAG3、TIM3、RFXANK、RFX5、RFXAP、および染色体6p21領域の任意の遺伝子の少なくとも1つにおける欠失もしくは低減された発現をさらに含むか、またはHLA-E、41BBL、CD3、CD4、CD8、CD47、CD113、CD131、CD137、CD80、PDL1、A2AR、抗原特異的TCR、Fc受容体、エンゲージャー、および二重特異性、多重特異性もしくはユニバーサルエンゲージャーとの結合のための表面トリガー受容体のうちの少なくとも1つにおける導入されたもしくは増加した発現をさらに含む。
本明細書で提供される派生NK細胞またはT細胞との併用療法に好適なチェックポイント阻害剤には、PD1(Pdcdl、CD279)、PDL-1(CD274)、TIM3(Havcr2)、TIGIT(WUCAMおよびVstm3)、LAG3(Lag3、CD223)、CTLA4(Ctla4、CD152)、2B4(CD244)、4-1BB(CD137)、4-1BBL(CD137L)、A2aR、BATE、BTLA、CD39(Entpdl)、CD47、CD73(NT5E)、CD94、CD96、CD160、CD200、CD200R、CD274、CEACAM1、CSF-1R、Foxpl、GARP、HVEM、IDO、EDO、TDO、LAIR-1、MICA/B、NR4A2、MAFB、OCT-2(Pou2f2)、レチノイン酸受容体アルファ(Rara)、TLR3、VISTA、NKG2A/HLA-E、および阻害性KIR(例えば、2DL1、2DL2、2DL3、3DL1、および3DL2)のアンタゴニストが含まれるが、これらに限定されない。
いくつかの実施形態では、上記のチェックポイント分子のいずれかを阻害するアンタゴニストは抗体である。いくつかの実施形態では、チェックポイント阻害抗体は、マウス抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、ラクダIg、サメ重鎖のみの抗体(VNAR)、Ig NAR、キメラ抗体、組換え抗体、またはそれらの抗体断片であり得る。抗体断片の非限定的な例としては、Fab、Fab’、F(ab)’2、F(ab)’3、Fv、単鎖抗原結合断片(scFv)、(scFv)2、ジスルフィド安定化Fv(dsFv)、ミニボディ、ダイアボディ、トリアボディ、テトラボディ、単一ドメイン抗原結合断片(sdAb、ナノボディ)、組換え重鎖のみの抗体(VHH)、および全抗体の結合特異性を維持する他の抗体断片が挙げられ、これらは、産生するのに費用対効果が高いか、使用がより容易であるか、または全抗体よりも感度が高い可能性がある。いくつかの実施形態では、1つ、2つ、または3つ以上のチェックポイント阻害剤は、アテゾリズマブ(PDL1 mAb)、アベルマブ(PDL1 mAb)、デュルバルマブ(PDL1 mAb)、トレメリムマブ(CTLA4 mAb)、イピリムマブ(CTLA4 mAb)、IPH4102(KIR抗体)、IPH43(MICA抗体)、IPH33(TLR3抗体)、リリムマブ(KIR抗体)、モナリズマブ(NKG2A抗体)、ニボルマブ(PD1 mAb)、ペンブロリズマブ(PD1 mAb)、およびそれらの誘導体、機能的同等物、またはバイオシミラーのうちの少なくとも1つを含む。
いくつかの実施形態では、多くのmiRNAが免疫チェックポイントの発現を制御する制御因子として見出されるため、上記のチェックポイント分子のいずれかを阻害するアンタゴニストはマイクロRNAベースである(Dragomir et al.,Cancer Biol Med.2018,15(2):103-115)。いくつかの実施形態では、チェックポイントアンタゴニストmiRNAには、miR-28、miR-15/16、miR-138、miR-342、miR-20b、miR-21、miR-130b、miR-34a、miR-197、miR-200c、miR-200、miR-17-5p、miR-570、miR-424、miR-155、miR-574-3p、miR-513、およびmiR-29cが含まれるが、これらに限定されない。
提供される派生NK細胞または派生T細胞との組み合わせ療法のいくつかの実施形態は、少なくとも1つのチェックポイント分子を標的とする少なくとも1つのチェックポイント阻害剤を含み、派生細胞は表1に列記される遺伝子型を有する。提供される派生NK細胞またはT細胞との併用療法のいくつかの他の実施形態は、2つ、3つ以上のチェックポイント分子が標的とされるように、2つ、3つ以上のチェックポイント阻害剤を含む。少なくとも1つのチェックポイント阻害剤および表1に列記された遺伝子型を有する派生細胞を含む組み合わせ療法のいくつかの実施形態では、該チェックポイント阻害剤は、抗体、またはヒト化もしくはFc改変バリアントもしくは断片、またはそれらの機能的同等物もしくはバイオシミラーであり、該チェックポイント阻害剤は、該抗体、またはその断片もしくはバリアントをコードする外因性ポリヌクレオチド配列を発現することにより、派生細胞により産生される。いくつかの実施形態では、チェックポイントを阻害する抗体またはその断片もしくはバリアントをコードする外因性ポリヌクレオチド配列は、別個の構築物、またはCARおよび抗体もしくはその断片をコードする配列の両方を含むバイシストロン性構築物のいずれかにおいて、CARと共発現される。いくつかのさらなる実施形態では、抗体またはその断片をコードする配列は、例えば、CAR-2A-CIまたはCI-2A-CARとして図示される自己切断2Aコード配列を介して、CAR発現構築物の5’または3’末端のいずれかに連結され得る。そのため、チェックポイント阻害剤およびCARのコード配列は、単一のオープンリーディングフレーム(ORF)にある。チェックポイント阻害剤が、腫瘍微小環境(TME)に浸潤することが可能な派生エフェクター細胞によってペイロードとして送達、発現、分泌される場合、TMEに結合すると阻害性チェックポイント分子を相殺し、CARまたは活性化受容体などのモダリティを活性化することによってエフェクター細胞の活性化を可能にする。いくつかの実施形態では、CARと共発現されるチェックポイント阻害剤は、チェックポイント分子:PD1、PDL-1、TIM3、TIGIT、LAG3、CTLA4、2B4、4-1BB、4-1BBL、A2aR、BATE、BTLA、CD39(Entpdl)、CD47、CD73(NT5E)、CD94、CD96、CD160、CD200、CD200R、CD274、CEACAM1、CSF-1R、Foxpl、GARP、HVEM、IDO、EDO、TDO、LAIR-1、MICA/B、NR4A2、MAFB、OCT-2(Pou2f2)、レチノイン酸受容体アルファ(Rara)、TLR3、VISTA、NKG2A/HLA-E、および阻害性KIRのうちの少なくとも1つを阻害する。いくつかの実施形態では、表1に列記される遺伝子型を有する派生細胞においてCARと共発現されるチェックポイント阻害剤は、アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、トレメリムマブ、イピリムマブ、IPH4102、IPH43、IPH33、リリムマブ、モナリズマブ、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、ならびにそれらのヒト化またはFc修飾されたバリアント、断片、およびそれらの機能的同等物またはバイオシミラーを含む群から選択される。いくつかの実施形態では、CARと共発現されるチェックポイント阻害剤は、アテゾリズマブ、またはそのヒト化もしくはFc修飾されたバリアント、断片、またはそれらの機能的同等物もしくはバイオシミラーである。いくつかの実施形態では、CARと共発現されるチェックポイント阻害剤は、ニボルマブ、またはそのヒト化もしくはFc修飾されたバリアント、断片、またはそれらの機能的同等物もしくはバイオシミラーである。いくつかの実施形態では、CARと共発現されるチェックポイント阻害剤は、ペムブロリズマブ、またはそのヒト化もしくはFc修飾されたバリアント、断片、またはそれらの機能的同等物もしくはバイオシミラーである。
本明細書で提供される派生細胞およびチェックポイント分子を阻害する少なくとも1つの抗体を含む組み合わせ療法のいくつかの他の実施形態では、該抗体は、派生細胞によって、または派生細胞内で産生されず、表1に列記されている遺伝子型を持つ派生細胞の投与の前、それと同時、またはその後にさらに投与される。いくつかの実施形態では、提供される派生NK細胞またはT細胞との併用療法における1つ、2つ、3つ以上のチェックポイント阻害剤の投与は、同時または連続的である。表1に列記される遺伝子型を有する派生NK細胞またはT細胞を含む併用治療の一実施形態では、治療に含まれるチェックポイント阻害剤は、アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、トレメリムマブ、イピリムマブ、IPH4102、IPH43、IPH33、リリムマブ、モナリズマブ、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、ならびにそれらのヒト化またはFc修飾されたバリアント、断片、およびそれらの機能的同等物またはバイオシミラーのうちの1つ以上である。表1に列記される遺伝子型を有する由来NK細胞またはT細胞を含む併用治療のいくつかの実施形態では、治療に含まれるチェックポイント阻害剤は、アテゾリズマブ、またはそのヒト化もしくはFc修飾されたバリアント、断片、およびその機能的同等物もしくはバイオシミラーである。表1に列記される遺伝子型を有する由来NK細胞またはT細胞を含む併用治療のいくつかの実施形態では、治療に含まれるチェックポイント阻害剤は、ニボルマブ、あるいはそのヒト化もしくはFc修飾されたバリアント、断片、またはその機能的同等物もしくはバイオシミラーである。表1に列記される遺伝子型を有する由来NK細胞またはT細胞を含む併用治療のいくつかの実施形態では、治療に含まれるチェックポイント阻害剤は、ペムブロリズマブ、あるいはそのヒト化もしくはFc修飾されたバリアント、断片、またはその機能的同等物もしくはバイオシミラーである。
II.iPSCの選択された遺伝子座での標的化されたゲノム編集の方法
本明細書で交換可能に使用されるゲノム編集(genome editing)、またはゲノム編集(genomic editing)、または遺伝子編集は、標的化された細胞のゲノムにおいてDNAが挿入される、欠失される、および/または置き換えられる遺伝子操作の一種である。標的化されたゲノム編集(targeted genome editing)(「標的化されたゲノム編集(targeted genomic editing)」または「標的化された遺伝子編集」と交換可能)により、ゲノム内の予め選択された部位での挿入、欠失、および/または置換が可能となる。標的化された編集中に挿入部位で内因性配列が欠失されると、影響を受ける配列を含む内因性遺伝子が、配列の欠失によりノックアウトまたはノックダウンされる可能性がある。したがって、標的化された編集を使用して、内因性遺伝子の発現を正確に妨害することもできる。「標的化された組み込み」という用語は、本明細書で同様に使用され、挿入部位での内因性配列の欠失の有無にかかわらず、1つ以上の外因性配列の挿入を伴うプロセスを指す。比較すると、ランダムに組み込まれた遺伝子は、位置効果およびサイレンシングを受け、それらの発現は信頼性がなく、予測できない。例えば、セントロメアおよびサブテロメア領域は、特に導入遺伝子サイレンシングを起こしやすい。相互に、新たに組み込まれた遺伝子は、周囲の内因性遺伝子およびクロマチンに影響を及ぼし、細胞の挙動を改変するか、または細胞の形質転換を支持する可能性がある。したがって、セーフハーバー遺伝子座またはゲノムセーフハーバー(GSH)などの予め選択された遺伝子座に外因性DNAを挿入することは、安全性、効率、コピー数制御、および信頼性の高い遺伝子応答制御にとって重要である。代替的に、外因性DNAは、遺伝子座でのノックダウンおよびノックアウトを含む遺伝子発現の破壊が意図されている、予め選択された遺伝子座に挿入され得る。
本明細書で交換可能に使用されるゲノム編集(genome editing)、またはゲノム編集(genomic editing)、または遺伝子編集は、標的化された細胞のゲノムにおいてDNAが挿入される、欠失される、および/または置き換えられる遺伝子操作の一種である。標的化されたゲノム編集(targeted genome editing)(「標的化されたゲノム編集(targeted genomic editing)」または「標的化された遺伝子編集」と交換可能)により、ゲノム内の予め選択された部位での挿入、欠失、および/または置換が可能となる。標的化された編集中に挿入部位で内因性配列が欠失されると、影響を受ける配列を含む内因性遺伝子が、配列の欠失によりノックアウトまたはノックダウンされる可能性がある。したがって、標的化された編集を使用して、内因性遺伝子の発現を正確に妨害することもできる。「標的化された組み込み」という用語は、本明細書で同様に使用され、挿入部位での内因性配列の欠失の有無にかかわらず、1つ以上の外因性配列の挿入を伴うプロセスを指す。比較すると、ランダムに組み込まれた遺伝子は、位置効果およびサイレンシングを受け、それらの発現は信頼性がなく、予測できない。例えば、セントロメアおよびサブテロメア領域は、特に導入遺伝子サイレンシングを起こしやすい。相互に、新たに組み込まれた遺伝子は、周囲の内因性遺伝子およびクロマチンに影響を及ぼし、細胞の挙動を改変するか、または細胞の形質転換を支持する可能性がある。したがって、セーフハーバー遺伝子座またはゲノムセーフハーバー(GSH)などの予め選択された遺伝子座に外因性DNAを挿入することは、安全性、効率、コピー数制御、および信頼性の高い遺伝子応答制御にとって重要である。代替的に、外因性DNAは、遺伝子座でのノックダウンおよびノックアウトを含む遺伝子発現の破壊が意図されている、予め選択された遺伝子座に挿入され得る。
標的化された編集は、ヌクレアーゼに依存しないアプローチ、またはヌクレアーゼに依存するアプローチのいずれかによって達成され得る。ヌクレアーゼに依存しない標的化された編集アプローチでは、相同組換えは、宿主細胞の酵素機構を介して、挿入される外因性ポリヌクレオチドに隣接する相同配列によって誘導される。
代替的に、特定のレアカッティング(rare-cutting)エンドヌクレアーゼによる二本鎖切断(DSB)の特異的導入を介して、より高い頻度で標的化された編集を達成することができる。そのようなヌクレアーゼに依存する標的化された編集は、DSBに応答して起こる非相同末端結合(NHEJ)を含むDNA修復機構を利用する。外因性遺伝子材料を含むドナーベクターがないと、NHEJは、多くの場合、少数の内因性ヌクレオチドのランダムな挿入または欠失(イン/デル)をもたらす。比較すると、一対の相同性アームに隣接する外因性遺伝子材料を含むドナーベクターが存在する場合、外因性遺伝子材料は、相同組換えによる相同性指向修復(HDR)中にゲノムに導入され、「標的化された組み込み」をもたらし得る。場合によっては、標的化された組み込み部位が選択された遺伝子のコード領域内にあることが意図されているため、標的化された組み込みが遺伝子発現を妨害し、1回の編集ステップでノックインおよびノックアウト(KI/KO)を同時にもたらすことができる。
目的の遺伝子座(GOI)の選択された位置に1つ以上の導入遺伝子を挿入して、同時に遺伝子をノックアウトすることは、例としてCD38遺伝子座を使用する図2A~Dに例示される構築物設計によって達成され得る。同時ノックインおよびノックアウト(KI/KO)に好適な他遺伝子座としては、B2M、TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、CIITA、RFXANK、CIITA、RFX5、RFXAP、TCRαまたはβ定常領域、NKG2A、NKG2D、CD38、CD25、CD58、CD54、CD56、CIS、CBL-B、SOCS2、PD1、CTLA4、LAG3、TIM3、およびTIGITが挙げられるが、これらに限定されない。位置選択的挿入のためのそれぞれのCD38標的化ホモロジーアームにより、本明細書で提供される構築物により、導入遺伝子(複数可)は、構築物に含まれるCD38内因性プロモーターまたは外因性プロモーターの下で発現することができる(図2のA対B、およびC対Dを比較されたい)。CD38遺伝子座内の選択的挿入/ノックアウト位置は、構築物に含まれる隣接する左および右のホモロジーアーム(LHA/CD38およびRHA/CD38)の配列と適合する。LHA/CD38およびRHA/CD38は、CD38遺伝子座内の事前に選択された標的化部位に応じて、様々な長さおよび配列を有し得る。いくつかの実施形態では、事前に選択された標的化部位は、CD38のエキソン内にある。2つ以上の導入遺伝子がCD38遺伝子座の選択された位置に挿入される場合、リンカー配列、例えば2AリンカーまたはIRESは、任意の2つの導入遺伝子の間に配置される。2Aリンカーは、FMDV、ERAV、PTV-I、およびTaVから派生する自己切断ペプチド(それぞれ「F2A」、「E2A」、「P2A」、および「T2A」とも称される)をコードし、単一の翻訳から別個のタンパク質を産生できるようにする。いくつかの実施形態では、インスレーターは、導入遺伝子および/または外因性プロモーターサイレンシングのリスクを低減するために構築物に含まれる。外因性プロモーターは、CAG、またはCMV、EF1α、PGK、およびUBCを含むがこれらに限定されない他の構成的、誘導性、時間特異的、組織特異的、または細胞型特異的プロモーターであり得る。
特定のおよび標的化されたDSBを導入することができる利用可能なエンドヌクレアーゼには、ジンクフィンガーヌクレアーゼ(ZFN)、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ(TALEN)、RNAガイドCRISPR(クラスター化された規則的な配置の回文配列リピート)系が含まれるが、これらに限定されない。加えて、phiC31およびBxb1インテグラーゼを利用するDICE(デュアルインテグラーゼカセット交換)系も、標的化された組み込みのための有望なツールである。
ZFNは、ジンクフィンガーDNA結合ドメインに融合したヌクレアーゼを含む標的化されたヌクレアーゼである。「ジンクフィンガーDNA結合ドメイン」または「ZFBD」とは、1つ以上のジンクフィンガーを介して配列特異的様式でDNAに結合するポリペプチドドメインを意味する。ジンクフィンガーは、ジンクフィンガー結合ドメイン内の約30アミノ酸のドメインであり、その構造は亜鉛イオンの配位により安定化される。ジンクフィンガーの例には、C2H2ジンクフィンガー、C3Hジンクフィンガー、およびC4ジンクフィンガーが含まれるが、これらに限定されない。「設計された」ジンクフィンガードメインは、その設計/組成が主に合理的な基準、例えば、既存のZFP設計の情報と結合データを格納するデータベースの情報を処理するための置換規則およびコンピューター化されたアルゴリズムの適用から生じる、自然界では存在しないドメインである。例えば、米国特許第6,140,081号、同第6,453,242号、および同第6,534,261号を参照されたく、また、WO98/53058、WO98/53059、WO98/53060、WO02/016536、およびWO03/016496も参照されたい。「選択された」ジンクフィンガードメインは、自然界では見られないドメインであり、その産生は、主にファージディスプレイ、相互作用トラップ、またはハイブリッド選択などの経験的プロセスから生じる。ZFNは、米国特許第7,888,121号および米国特許第7,972,854号により詳細に記載されており、その完全な開示は参照により本明細書に組み込まれる。当技術分野で最も認識されているZFNの例は、FokIヌクレアーゼとジンクフィンガーDNA結合ドメインとの融合である。
TALENは、TALエフェクターDNA結合ドメインに融合したヌクレアーゼを含む標的化されたヌクレアーゼである。「転写活性化因子様エフェクターDNA結合ドメイン」、「TALエフェクターDNA結合ドメイン」、または「TALE DNA結合ドメイン」とは、TALエフェクタータンパク質のDNAへの結合に関与するTALエフェクタータンパク質のポリペプチドドメインを意味する。TALエフェクタータンパク質は、感染中にXanthomonas属の植物病原体から分泌される。これらのタンパク質は植物細胞の核に入り、DNA結合ドメインを介してエフェクター特異的DNA配列に結合し、それらのトランス活性化ドメインを介してこれらの配列で遺伝子転写を活性化する。TALエフェクターDNA結合ドメインの特異性は、リピート可変二残基(RVD)と呼ばれる選択リピート位置で多型を含む不完全な34アミノ酸リピートのエフェクター可変数に依存する。TALENは、参照により本明細書に組み込まれる米国特許出願第2011/0145940号により詳細に記載されている。当技術分野で最も認識されているTALENの例は、FokIヌクレアーゼのTALエフェクターDNA結合ドメインへの融合ポリペプチドである。
主題の方法で使用が見出される標的化されたヌクレアーゼの別の例は、標的化されたSpo11ヌクレアーゼであり、目的のDNA配列に特異性を有するDNA結合ドメイン、例えば、ジンクフィンガーDNA結合ドメイン、TALエフェクターDNA結合ドメインなどに融合したヌクレアーゼ活性を有するSpo11ポリペプチドを含むポリペプチドである。例えば、米国特許出願第61/555,857号を参照されたく、その開示は参照により本明細書に組み込まれる。
本発明に好適な標的化されたヌクレアーゼの追加の例には、個々にまたは組み合わせて使用されるかにかかわらず、Bxb1、phiC31、R4、PhiBT1、およびWβ/SPBc/TP901-1が含まれるが、これらに限定されない。
標的化されたヌクレアーゼの他の非限定的な例には、天然に存在するヌクレアーゼおよび組換えヌクレアーゼ;cas、cpf、cse、csy、csn、csd、cst、csh、csa、csm、およびcmrを含むファミリーからのCRISPR関連ヌクレアーゼ;制限エンドヌクレアーゼ;メガヌクレアーゼ;ホーミングエンドヌクレアーゼなどが含まれる。
例としてCas9を使用すると、CRISPR/Cas9は、2つの主要な構成要素:(1)Cas9エンドヌクレアーゼおよび(2)crRNA-tracrRNA複合体を必要とする。共発現されると、2つの構成要素は複合体を形成し、PAMおよびPAM近くのシーディング領域を含む標的DNA配列に動員される。crRNAおよびtracrRNAを組み合わせてキメラガイドRNA(gRNA)を形成し、Cas9を誘導して選択された配列を標的とすることができる。これらの2つの構成要素は、トランスフェクションまたは形質導入を介して哺乳類細胞に送達され得る。追加のCRISPRヌクレアーゼとしては、Cpf1およびMAD7が挙げられるが、これらに限定されない。
DICEを介した挿入では、一対のリコンビナーゼ、例えば、phiC31およびBxb1を使用して、各酵素自体の小さなattBおよびattP認識部位に厳密に制限されている外因性DNAの一方向の組み込みを提供する。これらの標的att部位は哺乳類のゲノムには天然に存在しないため、最初に所望の組み込み部位でゲノムに導入する必要がある。例えば、米国出願公開第2015/0140665号を参照されたく、その開示は参照により本明細書に組み込まれる。
本発明の一態様は、標的化されたゲノム組み込みのための1つ以上の外因性ポリヌクレオチドを含む構築物を提供する。一実施形態では、構築物は、所望の組み込み部位に特異的な一対の相同アームをさらに含み、標的化された組み込み方法は、細胞に構築物を導入して、細胞宿主酵素機構による部位特異的相同組換えを可能にすることを含む。別の実施形態では、細胞における標的化された組み込み方法は、1つ以上の外因性ポリヌクレオチドを含む構築物を細胞に導入することと、所望の組み込み部位に特異的なDNA結合ドメインを含むZFN発現カセットを細胞に導入して、ZFNを介した挿入を可能にすることとを含む。さらに別の実施形態では、細胞における標的化された組み込み方法は、1つ以上の外因性ポリヌクレオチドを含む構築物を細胞に導入することと、所望の組み込み部位に特異的なDNA結合ドメインを含むTALEN発現カセットを細胞に導入して、TALENを介した挿入を可能にすることとを含む。別の実施形態では、細胞における標的化された組み込み方法は、1つ以上の外因性ポリヌクレオチドを含む構築物を細胞に導入することと、Cas9発現カセットを導入することと、所望の組み込み部位に特異的なガイド配列を含むgRNAを細胞に導入して、Cas9を介した挿入を可能にすることとを含む。また別の実施形態では、細胞における標的化された組み込み方法は、一対のDICEリコンビナーゼの1つ以上のatt部位を含む構築物を細胞の所望の組み込み部位に導入することと、1つ以上の外因性ポリヌクレオチドを含む構築物を細胞に導入することと、DICEリコンビナーゼの発現カセットを導入して、DICEを介した標的化された組み込みを可能にすることとを含む。
標的化された組み込みのための有望な部位には、ヒトのゲノムの遺伝子内または遺伝子外領域であり、理論的には、宿主細胞または生物に悪影響を与えることなく、新たに組み込まれたDNAの予測可能な発現に対応できる、セーフハーバー遺伝子座またはゲノムセーフハーバー(GSH)が含まれるか、これらに限定されない。有用なセーフハーバーは、ベクターにコードされたタンパク質または非コードRNAの所望のレベルを得るのに十分な導入遺伝子の発現を可能にする必要がある。セーフハーバーはまた、細胞を悪性形質転換させやすくしてはならず、また細胞機能を改変してはならない。組み込み部位が可能性のあるセーフハーバー遺伝子座となるために、理想的には、以下を含むがこれらに限定されない基準を満たす必要がある:配列アノテーションによって判断される制御要素もしくは遺伝子の破壊がない;遺伝子の密集した領域内の遺伝子間領域であるか、または反対方向に転写された2つの遺伝子間の収束位置である;ベクターにコードされた転写活性化因子と隣接する遺伝子、特にがん関連遺伝子およびマイクロRNA遺伝子のプロモーターとの間の長距離にわたる相互作用の可能性を最小限に抑えるために距離を保つ;かつユビキタスな転写活性を示す広範な空間的および時間的発現配列タグ(EST)発現パターンに反映されるように、明らかにユビキタスな転写活性を有する。この後者の特徴は、分化中にクロマチンリモデリングが、典型的にはいくつかの遺伝子座のサイレンシングおよび他の遺伝子座の潜在的な活性化をもたらす幹細胞において特に重要である。外因性挿入に好適な領域内で、挿入のために選択された正確な遺伝子座は、反復要素および保存された配列を欠き、相同アーム増幅のためのプライマーを容易に設計することができるはずである。
ヒトゲノム編集、または具体的には標的化された組み込みに好適な部位には、アデノ随伴ウイルス部位1(AAVS1)、ケモカイン(CCモチーフ)受容体5(CCR5)遺伝子座、およびマウスROSA26遺伝子座のヒトオルソログが含まれるが、これらに限定されない。加えて、マウスH11遺伝子座のヒトオルソログもまた、本明細書に開示される組成物および標的化された組み込み方法を使用する挿入に好適な部位であり得る。さらに、コラーゲンおよびHTRP遺伝子座は、標的化された組み込みのためのセーフハーバーとしても使用され得る。しかしながら、選択された各部位の検証は、特に特定の組み込み事象のための幹細胞で必要であることが示されており、プロモーターの選択、外因性遺伝子の配列および配置、ならびに構築物の設計を含む挿入戦略の最適化がしばしば必要である。
標的化されたイン/デルの場合、編集部位は、その発現および/または機能が妨害されることを意図している内因性遺伝子に含まれることが多い。一実施形態では、標的化されたイン/デルを含む内因性遺伝子は、免疫応答の制御および調節に関連している。いくつかの他の実施形態では、標的化されたイン/デルを含む内因性遺伝子は、標的化モダリティ、受容体、シグナル伝達分子、転写因子、薬物標的候補、免疫応答制御および調節、または幹細胞および/もしくは前駆細胞、ならびにその由来細胞の生着、輸送、ホーミング、生存能、自己再生、持続性、および/または生存を抑制するタンパク質に関連する。
したがって、本発明の一態様は、ゲノムセーフハーバーを含む選択された遺伝子座、AAVS1、CCR5、ROSA26、コラーゲン、HTRP、H11、GAPDH、またはRUNX1などの連続的または一時的な遺伝子発現に安全であり、十分に制御されていることが既知のまたは証明されている予め選択された遺伝子座、またはゲノムセーフハーバーの基準を満たす他の遺伝子座における標的化された組み込み方法を提供する。いくつかの実施形態では、標的化された組み込みは、組み込みの結果としての遺伝子のノックダウンまたはノックアウトが所望される遺伝子座のうちの1つにあり、そのような遺伝子座としては、B2M、TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、CIITA、RFXANK、CIITA、RFX5、RFXAP、TCRαまたはβ定常領域、NKG2A、NKG2D、CD38、CD25、CD58、CD54、CD56、CIS、CBL-B、SOCS2、PD1、CTLA4、LAG3、TIM3、およびTIGITが挙げられるが、これらに限定されない。
一実施形態では、細胞における標的化された組み込み方法は、1つ以上の外因性ポリヌクレオチドを含む構築物を細胞に導入することと、所望の組み込み部位に特異的な一対の相同アームおよび1つ以上の外因性配列を含む構築物を導入して、細胞宿主酵素機構による部位特異的相同組換えを可能にすることとを含み、所望の組み込み部位は、AAVS1、CCR5、ROSA26、コラーゲン、HTRP、H11、GAPDH、RUNX1、B2M、TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、CIITA、RFXANK、CIITA、RFX5、RFXAP、TCRαもしくはβ定常領域、NKG2A、NKG2D、CD38、CD25、CD58、CD54、CD56、CIS、CBL-B、SOCS2、PD1、CTLA4、LAG3、TIM3、またはTIGITを含む。
別の実施形態では、細胞における標的化された組み込み方法は、1つ以上の外因性ポリヌクレオチドを含む構築物を細胞に導入することと、所望の組み込み部位に特異的なDNA結合ドメインを含むZFN発現カセットを細胞に導入して、ZFNを介した挿入を可能にすることとを含み、所望の組み込み部位は、AAVS1、CCR5、ROSA26、コラーゲン、HTRP、H11、GAPDH、RUNX1、B2M、TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、CIITA、RFXANK、CIITA、RFX5、RFXAP、TCRαもしくはβ定常領域、NKG2A、NKG2D、CD38、CD25、CD58、CD54、CD56、CIS、CBL-B、SOCS2、PD1、CTLA4、LAG3、TIM3、またはTIGITを含む。さらに別の実施形態では、細胞における標的化された組み込み方法は、1つ以上の外因性ポリヌクレオチドを含む構築物を細胞に導入することと、所望の組み込み部位に特異的なDNA結合ドメインを含むTALEN発現カセットを細胞に導入して、TALENを介した挿入を可能にすることとを含み、所望の組み込み部位は、AAVS1、CCR5、ROSA26、コラーゲン、HTRP、H11、GAPDH、RUNX1、B2M、TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、CIITA、RFXANK、CIITA、RFX5、RFXAP、TCRαもしくはβ定常領域、NKG2A、NKG2D、CD38、CD25、CD58、CD54、CD56、CIS、CBL-B、SOCS2、PD1、CTLA4、LAG3、TIM3、またはTIGITを含む。別の実施形態では、細胞における標的化された組み込み方法は、1つ以上の外因性ポリヌクレオチドを含む構築物を細胞に導入することと、Cas9発現カセットおよび所望の組み込み部位に特異的なガイド配列を含むgRNAを細胞に導入して、Cas9を介した挿入を可能にすることとを含み、所望の組み込み部位は、AAVS1、CCR5、ROSA26、コラーゲン、HTRP、H11、GAPDH、RUNX1、B2M、TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、CIITA、RFXANK、CIITA、RFX5、RFXAP、TCRαもしくはβ定常領域、NKG2A、NKG2D、CD38、CD25、CD58、CD54、CD56、CIS、CBL-B、SOCS2、PD1、CTLA4、LAG3、TIM3、またはTIGITを含む。また別の実施形態では、細胞における標的化された組み込み方法は、一対のDICEリコンビナーゼの1つ以上のatt部位を含む構築物を、細胞の所望の組み込み部位に導入することと、1つ以上の外因性ポリヌクレオチドを含む構築物を細胞に導入することと、DICEリコンビナーゼの発現カセットを導入して、DICEを介した標的化された組み込みを可能にすることとを含み、所望の組み込み部位は、AAVS1、CCR5、ROSA26、コラーゲン、HTRP、H11、GAPDH、RUNX1、B2M、TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、CIITA、RFXANK、CIITA、RFX5、RFXAP、TCRαもしくはβ定常領域、NKG2A、NKG2D、CD38、CD25、CD58、CD54、CD56、CIS、CBL-B、SOCS2、PD1、CTLA4、LAG3、TIM3、またはTIGITを含む。
さらに、本明細書で提供されるように、セーフハーバーにおける標的化された組み込みのための上記の方法は、目的の任意のポリヌクレオチド、例えば、安全スイッチタンパク質、標的化モダリティ、受容体、シグナル伝達分子、転写因子、薬学的に活性なタンパク質およびペプチド、薬物標的候補、ならびに幹細胞および/または前駆細胞の生着、輸送、ホーミング、生存能、自己複製、持続性、および/または生存を促進するタンパク質をコードするポリヌクレオチドを挿入するために使用される。いくつかの他の実施形態では、1つ以上の外因性ポリヌクレオチドを含む構築物は、1つ以上のマーカー遺伝子をさらに含む。一実施形態では、本発明の構築物における外因性ポリヌクレオチドは、安全スイッチタンパク質をコードする自殺遺伝子である。誘導された細胞死に好適な自殺遺伝子系には、カスパーゼ9(またはカスパーゼ3もしくは7)およびAP1903;チミジンキナーゼ(TK)およびガンシクロビル(GCV);シトシンデアミナーゼ(CD)および5-フルオロシトシン(5-FC)が含まれるが、これらに限定されない。加えて、一部の自殺遺伝子系は細胞型特異的であり、例えば、B細胞分子CD20でのTリンパ球の遺伝子修飾により、mAbリツキシマブの投与によりそれらを排除することができる。さらに、セツキシマブによって認識される修飾されたEGFR含有エピトープは、細胞がセツキシマブに曝露されたときに遺伝子操作された細胞を枯渇させるために使用することができる。したがって、本発明の一態様は、カスパーゼ9(カスパーゼ3または7)、チミジンキナーゼ、シトシンデアミナーゼ、修飾されたEGFR、およびB細胞CD20から選択される安全スイッチタンパク質をコードする1つ以上の自殺遺伝子の標的化された組み込み方法を提供する。
いくつかの実施形態では、本明細書の方法によって組み込まれる1つ以上の外因性ポリヌクレオチドは、標的化された組み込みのための構築物に含まれる作動可能に連結された外因性プロモーターによって駆動される。プロモーターは、誘導性または構成的であってもよく、時間特異的、組織特異的、または細胞型特異的であってもよい。本発明の方法に好適な構築的プロモーターには、サイトメガロウイルス(CMV)、伸長因子1α(EF1α)、ホスホグリセリン酸キナーゼ(PGK)、ハイブリッドCMVエンハンサー/ニワトリβ-アクチン(CAG)、およびユビキチンC(UBC)プロモーターが含まれるが、これらに限定されない。一実施形態では、外因性プロモーターはCAGである。
本明細書の方法によって組み込まれる外因性ポリヌクレオチドは、組み込み部位で、宿主ゲノムの内因性プロモーターによって駆動され得る。一実施形態では、本発明の方法は、細胞のゲノムのAAVS1遺伝子座での1つ以上の外因性ポリヌクレオチドの標的化された組み込みのために使用される。一実施形態では、少なくとも1つの組み込まれたポリヌクレオチドは、内因性AAVS1プロモーターによって駆動される。別の実施形態では、本発明の方法は、細胞のゲノムのROSA26遺伝子座での標的化された組み込みのために使用される。一実施形態では、少なくとも1つの組み込まれたポリヌクレオチドは、内因性ROSA26プロモーターによって駆動される。また別の実施形態では、本発明の方法は、細胞のゲノムのH11遺伝子座での標的化された組み込みのために使用される。一実施形態では、少なくとも1つの組み込まれたポリヌクレオチドは、内因性H11プロモーターによって駆動される。別の実施形態では、本発明の方法は、細胞のゲノムのコラーゲン遺伝子座での標的化された組み込みのために使用される。一実施形態では、少なくとも1つの組み込まれたポリヌクレオチドは、内因性コラーゲンプロモーターによって駆動される。また別の実施形態では、本発明の方法は、細胞のゲノムのHTRP遺伝子座での標的化された組み込みのために使用される。一実施形態では、少なくとも1つの組み込まれたポリヌクレオチドは、内因性HTRPプロモーターによって駆動される。理論的には、所望の位置への正しい挿入のみが、内因性プロモーターによって駆動される外因性遺伝子の遺伝子発現を可能にするであろう。
いくつかの実施形態では、標的化された組み込み方法のための構築物に含まれる1つ以上の外因性ポリヌクレオチドは、1つのプロモーターによって駆動される。いくつかの実施形態では、構築物は、部分間の物理的分離を広げ、酵素機構へのアクセスを最大にするために、同じプロモーターによって駆動される2つの隣接するポリヌクレオチド間に1つ以上のリンカー配列を含む。リンカー配列のリンカーペプチドは、部分(外因性ポリヌクレオチド、および/またはそれからコードされるタンパク質またはペプチド)間の物理的分離を、関連する機能に応じてより柔軟にまたはより堅固にするように選択されたアミノ酸からなり得る。リンカー配列は、別個の部分を生じさせるために、プロテアーゼによって切断可能であるか、または化学的に切断可能であり得る。リンカーにおける酵素的切断部位の例には、エンテロキナーゼ、第Xa因子、トリプシン、コラゲナーゼ、およびトロンビンなどのタンパク質分解酵素による切断のための部位が含まれる。いくつかの実施形態では、プロテアーゼは、宿主によって自然に産生されるか、または外因的に導入されるものである。代替的に、リンカーにおける切断部位は、選択された化学物質、例えば、臭化シアン、ヒドロキシルアミン、または低pHへの曝露時に切断が可能な部位であり得る。任意選択のリンカー配列は、切断部位を提供する以外の目的を果たし得る。リンカー配列は、部分が適切に機能するために、別の隣接する部分に対する部分の効果的な配置を可能にするべきである。リンカーはまた、部分間の立体障害を防ぐのに十分な長さの単純なアミノ酸配列であり得る。加えて、リンカー配列は、例えば、リン酸化部位、ビオチン化部位、硫酸化部位、γ-カルボキシル化部位などを含むがこれらに限定されない、翻訳後修飾を提供し得る。いくつかの実施形態では、リンカー配列は、生物学的に活性なペプチドを単一の望ましくない立体構造に保持しないように柔軟である。リンカーは、柔軟性を提供するために、グリシン、アラニン、およびセリンなどの小さな側鎖を有するアミノ酸から主に構成され得る。いくつかの実施形態では、リンカー配列の約80または90パーセント以上は、グリシン、アラニン、またはセリン残基、特にグリシンおよびセリン残基を含む。いくつかの実施形態では、G4Sリンカーペプチドは、融合タンパク質の末端プロセシングドメインおよびエンドヌクレアーゼドメインを分離する。他の実施形態では、2Aリンカー配列は、2つの別個のタンパク質が単一の翻訳から産生されることを可能にする。好適なリンカー配列は、経験的に容易に特定することができる。加えて、リンカー配列の好適なサイズおよび配列もまた、従来のコンピューターモデリング技法によって決定することができる。一実施形態では、リンカー配列は、自己切断ペプチドをコードする。一実施形態では、自己切断ペプチドは2Aである。いくつかの他の実施形態では、リンカー配列は、内部リボソーム侵入配列(IRES)を提供する。いくつかの実施形態では、任意の2つの連続するリンカー配列は異なる。
標的化された組み込みのための外因性ポリヌクレオチドを含む構築物を細胞に導入する方法は、それ自体が知られている細胞への遺伝子移入の方法を使用して達成することができる。一実施形態では、構築物は、アデノウイルスベクター、アデノ関連ウイルスベクター、レトロウイルスベクター、レンチウイルスベクター、センダイウイルスベクターなどのウイルスベクターの骨格を含む。いくつかの実施形態では、プラスミドベクターは、外因性ポリヌクレオチドを標的細胞(例えば、pAl-11、pXTl、pRc/CMV、pRc/RSV、pcDNAI/Neo)などに送達および/または発現するために使用される。いくつかの他の実施形態では、エピソームベクターは、外因性ポリヌクレオチドを標的細胞に送達するために使用される。いくつかの実施形態では、組換えアデノ随伴ウイルス(rAAV)を遺伝子操作のために使用して、相同組換えを介して挿入、欠失、または置換を導入することができる。レンチウイルスとは異なり、rAAVは宿主ゲノムに組み込まれない。加えて、エピソームrAAVベクターは、従来の標的化プラスミドのトランスフェクションと比較して、はるかに高い割合で相同性指向遺伝子標的化を媒介する。いくつかの実施形態では、AAV6またはAAV2ベクターは、iPSCのゲノムの標的部位に挿入、欠失または置換を導入するために使用される。いくつかの実施形態では、本明細書の方法および組成物を使用して得られたゲノム修飾されたiPSCおよびその派生細胞は、表1に列記される少なくとも1つの遺伝子型を含む。
III.ゲノム操作されたiPSCを得て維持する方法
本発明は、1つ以上の所望の部位で1つ以上の標的化された編集を含むゲノム操作されたiPSCを得て維持する方法を提供し、標的化された編集は、拡大されたゲノム操作されたiPSCまたはiPSC由来非多能性細胞において、それぞれの選択した編集部位で無傷および機能的であり続ける。標的化された編集は、iPSCおよびそれからの派生細胞のゲノムに、挿入、欠失、および/または置換、すなわち、選択した部位での標標的化された組み込みおよび/またはイン/デルを導入する。患者由来の末梢血由来の一次エフェクター細胞を直接操作する場合と比較して、ここで提供されるようにiPSCを編集および分化させることによりゲノム操作された派生細胞を得ることの多くの利点には、以下が含まれるが、これらに限定されない:設計されたエフェクター細胞の無制限のソース;特に複数の設計されたモダリティが含まれる場合、エフェクター細胞を繰り返し操作する必要がない;取得されたエフェクター細胞は、伸長したテロメアを有し、消耗が少ないために若返っている;主に本明細書で提供される操作されたiPSCでのクローン選択が可能であることに起因して、エフェクター細胞集団は、編集部位、コピー数、および対立遺伝子変異、無作為変異、発現多様性がないという点で均一である。
本発明は、1つ以上の所望の部位で1つ以上の標的化された編集を含むゲノム操作されたiPSCを得て維持する方法を提供し、標的化された編集は、拡大されたゲノム操作されたiPSCまたはiPSC由来非多能性細胞において、それぞれの選択した編集部位で無傷および機能的であり続ける。標的化された編集は、iPSCおよびそれからの派生細胞のゲノムに、挿入、欠失、および/または置換、すなわち、選択した部位での標標的化された組み込みおよび/またはイン/デルを導入する。患者由来の末梢血由来の一次エフェクター細胞を直接操作する場合と比較して、ここで提供されるようにiPSCを編集および分化させることによりゲノム操作された派生細胞を得ることの多くの利点には、以下が含まれるが、これらに限定されない:設計されたエフェクター細胞の無制限のソース;特に複数の設計されたモダリティが含まれる場合、エフェクター細胞を繰り返し操作する必要がない;取得されたエフェクター細胞は、伸長したテロメアを有し、消耗が少ないために若返っている;主に本明細書で提供される操作されたiPSCでのクローン選択が可能であることに起因して、エフェクター細胞集団は、編集部位、コピー数、および対立遺伝子変異、無作為変異、発現多様性がないという点で均一である。
特定の実施形態では、1つ以上の選択された部位での1つ以上の標的化された編集を含むゲノム操作されたiPSCは、運命維持培地(FMM)として表2に示される細胞培養培地において、単一細胞として長期間維持、継代、および拡大され、iPSCは、選択された部位で標的化された編集および機能修飾を保持する。培地の組成は、表2に示される最適範囲内の量で培地中に存在し得る。FMMで培養されたiPSCは、未分化で、基底またはナイーブなプロファイル、培養物を洗浄または選択する必要なくゲノム安定性を維持し続けることが示されており、3つすべての体細胞系統、胚様体または単層(胚様体の形成なし)を介したインビトロ分化、および奇形腫形成によるインビボ分化を容易に生じさせる。例えば、米国特許出願第61/947,979号を参照されたく、その開示は参照により本明細書に組み込まれる。
いくつかの実施形態では、1つ以上の標的化された組み込みおよび/またはイン/デルを含むゲノム操作されたiPSCは、MEK阻害剤、GSK3阻害剤、およびROCK阻害剤を含み、TGFβ受容体/ALK5阻害剤を含まないか、または本質的に含まない培地中で維持、継代、拡大され、iPSCは、選択された部位において無傷で機能的な標的化された編集を保持する。
本発明の別の態様は、iPSCの標的化された編集を通じて、または最初に標的化された編集によりゲノム操作された非多能性細胞を生成し、次に選択/単離されたゲノム操作された非多能性細胞を再プログラミングして、非多能性細胞と同じ標的化された編集を含むiPSCを得ることを通じて、ゲノム操作されたiPSCを生成する方法を提供する。本発明のさらなる態様は、標的化された組み込みおよび/または標的化されたイン/デルを細胞に導入することによって同時に再プログラミングを受けているゲノム操作された非多能性細胞を提供し、接触した非多能性細胞は再プログラミングに十分な条件下にあり、再プログラミングの条件は、非多能性細胞を1つ以上の再プログラミング因子および小分子と接触させることを含む。同時のゲノム操作および再プログラミングのための方法の様々な実施形態では、非多能性細胞を1つ以上の再プログラミング因子および任意選択で小分子と接触させることにより再プログラミングを開始する前に、または本質的に同時に、標的化された組み込みおよび/または標的化されたイン/デルを非多能性細胞に導入することができる。
いくつかの実施形態では、非多能性細胞を同時にゲノム操作および再プログラミングするために、標的化された組み込みおよび/またはイン/デルはまた、非多能性細胞を1つ以上の再プログラミング因子および小分子と接触させることによって再プログラミングの複数日のプロセスが開始された後に非多能性細胞に導入されてもよく、再プログラミング細胞がSSEA4、Tra181、およびCD30を含むがこれらに限定されない1つ以上の内因性多能性遺伝子の安定した発現を示す前に、構築物を担持するベクターが導入される。
いくつかの実施形態では、再プログラミングは、非多能性細胞を少なくとも1つの再プログラミング因子、ならびに任意選択でTGFβ受容体/ALK阻害剤、MEK阻害剤、GSK3阻害剤、およびROCK阻害剤の組み合わせ(FRM;表2)と接触させることによって開始される。いくつかの実施形態では、上述の任意の方法によるゲノム操作されたiPSCは、MEK阻害剤、GSK3阻害剤、およびROCK阻害剤の組み合わせを含む混合物(FMM;表2)を使用してさらに維持および拡大される。
ゲノム操作されたiPSCを生成する方法のいくつかの実施形態では、方法は、iPSCに1つ以上の標的化された組み込みおよび/またはイン/デルを導入することによりiPSCをゲノム操作し、表1に列記される少なくとも1つの遺伝子型を有するゲノム操作されたiPSCを得ることを含む。代替的に、ゲノム操作されたiPSCを生成する方法は、(a)1つ以上の標的化された編集を非多能性細胞に導入して、選択した部位で標的化された組み込みおよび/またはイン/デルを含むゲノム操作された非多能性細胞を得ることと、(b)ゲノム操作された非多能性細胞を、1つ以上の再プログラミング因子、ならびに任意選択でTGFβ受容体/ALK阻害剤、MEK阻害剤、GSK3阻害剤、および/またはROCK阻害剤を含む小分子組成物と接触させて、選択された部位で標的化された組み込みおよび/またはイン/デルを含むゲノム操作されたiPSCを得ることと、を含む。代替的に、ゲノム操作されたiPSCを生成する方法は、(a)非多能性細胞を1つ以上のリプログラミング因子、および任意にTGFβ受容体/ALK阻害剤、MEK阻害剤、GSK3阻害剤、および/またはROCK阻害剤を含む小分子組成物と接触させて非多能性細胞のリプログラミングを開始することと、(b)1つ以上の標的化組み込みおよび/またはイン/デルを、ゲノム操作のためのリプログラミング非多能性細胞に導入することと、(c)選択された部位で標的化組み込みおよび/またはイン/デルを含む、クローンゲノム操作されたiPSCを得ることと、を含む。
再プログラミング因子は、PCT/US2015/018801およびPCT/US16/57136に開示される(これらの開示は参照により本明細書に組み込まれる)、OCT4、SOX2、NANOG、KLF4、LIN28、C-MYC、ECAT1、UTF1、ESRRB、SV40LT、HESRG、CDH1、TDGF1、DPPA4、DNMT3B、ZIC3、L1TD1、およびそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される。1つ以上の再プログラミング因子は、ポリペプチドの形態であり得る。再プログラミング因子はまた、ポリヌクレオチドの形態であり得るため、レトロウイルス、センダイウイルス、アデノウイルス、エピソーム、プラスミド、およびミニサークルなどのベクターによって非多能性細胞に導入される。特定の実施形態では、少なくとも1つの再プログラミング因子をコードする1つ以上のポリヌクレオチドは、レンチウイルスベクターによって導入される。いくつかの実施形態では、1つ以上のポリヌクレオチドは、エピソームベクターによって導入される。様々な他の実施形態では、1つ以上のポリヌクレオチドは、センダイウイルスベクターによって導入される。いくつかの実施形態では、1つ以上のポリヌクレオチドは、様々な再プログラミング因子の化学量論考慮に入れたプラスミドの組み合わせによって導入される。例えば、米国特許出願第62/571,105号を参照されたく、その開示は参照により本明細書に組み込まれる。
いくつかの実施形態では、非多能性細胞は、同じまたは異なる選択された部位での標的化された組み込みのための複数のベクターによって、異なる外因性ポリヌクレオチドおよび/または異なるプロモーターを含む複数の構築物で移入される。これらの外因性ポリヌクレオチドは、自殺遺伝子、または標的化モダリティ、受容体、シグナル伝達分子、転写因子、薬学的に活性なタンパク質およびペプチド、薬物標的候補、またはiPSCもしくはその派生細胞の生着、輸送、ホーミング、生存能力、自己複製、持続性、および/または生存率を促進するタンパク質をコードする遺伝子を含み得る。いくつかの実施形態では、外因性ポリヌクレオチドは、siRNA、shRNA、miRNA、およびアンチセンス核酸を含むがこれらに限定されないRNAをコードする。これらの外因性ポリヌクレオチドは、構成的プロモーター、誘導性プロモーター、時間特異的プロモーター、および組織または細胞型特異的プロモーターからなる群から選択される1つ以上のプロモーターによって駆動され得る。したがって、ポリヌクレオチドは、プロモーターを活性化する条件下で、例えば、誘導剤の存在下で、または特定の分化した細胞型において発現可能である。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは、iPSCおよび/またはiPSCから分化した細胞において発現される。一実施形態では、1つ以上の自殺遺伝子は、構成的プロモーター、例えば、CAGによって駆動されるカパーゼ-9によって駆動される。異なる外因性ポリヌクレオチドおよび/または異なるプロモーターを含むこれらの構築物は、同時にまたは連続してのいずれかで非多能性細胞に移入することができる。複数の構築物の標的化された組み込みに供される非多能性細胞は、1つ以上の再プログラミング因子に同時に接触させて、ゲノム操作と同時に再プログラミングを開始でき、それにより、同じ細胞のプールにおいて複数の標的化された組み込みを含むゲノム操作されたiPSCを得ることができる。このように、この堅牢な方法により、同時再プログラミングおよび操作戦略が、1つ以上の選択された標的部位に組み込まれた複数のモダリティを有するクローンゲノム操作されたhiPSCを導くことを可能にする。いくつかの実施形態では、本明細書の方法および組成物を使用して得られたゲノム修飾されたiPSCおよびその派生細胞は、表1に列記される少なくとも1つの遺伝子型を含む。
IV.ゲノム操作されたiPSCを分化させることにより遺伝子操作されたエフェクター細胞を得る方法
本発明のさらなる態様は、奇形腫形成によるゲノム操作されたiPSCのインビボでの分化の方法を提供し、ゲノム操作されたiPSCに由来するインビボ分化細胞は、所望の部位で標的化された組み込みおよび/またはイン/デルを含む無傷で機能的な標的化された編集を保持する。いくつかの実施形態では、奇形腫を介してゲノム操作されたiPSCからin vivoで派生した分化細胞は、AAVS1、CCR5、ROSA26、コラーゲン、HTRP、H11、ベータ-2ミクログロブリン、GAPDH、TCR、もしくはRUNX1、またはゲノムセーフハーバーの基準を満たす他の遺伝子座を含む、1つ以上の望ましい部位に組み込まれた1つ以上の誘導性自殺遺伝子を含む。いくつかの他の実施形態では、奇形腫を介してゲノム操作されたiPSCに由来するインビボ分化細胞は、標的化モダリティをコードするポリヌクレオチド、または幹細胞および/または前駆細胞の輸送、ホーミング、生存能、自己複製、持続性、および/または生存を促進するタンパク質をコードするポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、1つ以上の誘導性自殺遺伝子を含む奇形腫を介してゲノム操作されたiPSCに由来するインビボ分化細胞は、免疫応答の制御および媒介に関連する内因性遺伝子の1つ以上のイン/デルをさらに含む。いくつかの実施形態では、イン/デルは、1つ以上の内因性チェックポイント遺伝子に含まれる。いくつかの実施形態では、イン/デルは、1つ以上の内因性T細胞受容体遺伝子に含まれる。いくつかの実施形態では、イン/デルは、1つ以上の内因性MHCクラスIサプレッサー遺伝子に含まれる。いくつかの実施形態では、イン/デルは、主要組織適合遺伝子複合体に関連する1つ以上の内因性遺伝子に含まれる。いくつかの実施形態では、イン/デルは、B2M、PD1、TAP1、TAP2、タパシン、TCR遺伝子を含むがこれらに限定されない1つ以上の内因性遺伝子に含まれる。一実施形態では、選択された部位に1つ以上の外因性ポリヌクレオチドを含むゲノム操作されたiPSCは、B2M(ベータ-2-ミクログロブリン)をコードする遺伝子における標的化された編集をさらに含む。
本発明のさらなる態様は、奇形腫形成によるゲノム操作されたiPSCのインビボでの分化の方法を提供し、ゲノム操作されたiPSCに由来するインビボ分化細胞は、所望の部位で標的化された組み込みおよび/またはイン/デルを含む無傷で機能的な標的化された編集を保持する。いくつかの実施形態では、奇形腫を介してゲノム操作されたiPSCからin vivoで派生した分化細胞は、AAVS1、CCR5、ROSA26、コラーゲン、HTRP、H11、ベータ-2ミクログロブリン、GAPDH、TCR、もしくはRUNX1、またはゲノムセーフハーバーの基準を満たす他の遺伝子座を含む、1つ以上の望ましい部位に組み込まれた1つ以上の誘導性自殺遺伝子を含む。いくつかの他の実施形態では、奇形腫を介してゲノム操作されたiPSCに由来するインビボ分化細胞は、標的化モダリティをコードするポリヌクレオチド、または幹細胞および/または前駆細胞の輸送、ホーミング、生存能、自己複製、持続性、および/または生存を促進するタンパク質をコードするポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、1つ以上の誘導性自殺遺伝子を含む奇形腫を介してゲノム操作されたiPSCに由来するインビボ分化細胞は、免疫応答の制御および媒介に関連する内因性遺伝子の1つ以上のイン/デルをさらに含む。いくつかの実施形態では、イン/デルは、1つ以上の内因性チェックポイント遺伝子に含まれる。いくつかの実施形態では、イン/デルは、1つ以上の内因性T細胞受容体遺伝子に含まれる。いくつかの実施形態では、イン/デルは、1つ以上の内因性MHCクラスIサプレッサー遺伝子に含まれる。いくつかの実施形態では、イン/デルは、主要組織適合遺伝子複合体に関連する1つ以上の内因性遺伝子に含まれる。いくつかの実施形態では、イン/デルは、B2M、PD1、TAP1、TAP2、タパシン、TCR遺伝子を含むがこれらに限定されない1つ以上の内因性遺伝子に含まれる。一実施形態では、選択された部位に1つ以上の外因性ポリヌクレオチドを含むゲノム操作されたiPSCは、B2M(ベータ-2-ミクログロブリン)をコードする遺伝子における標的化された編集をさらに含む。
特定の実施形態では、本明細書で提供される1つ以上の遺伝子修飾を含むゲノム操作されたiPSCを使用して、インビトロで造血細胞系統または任意の他の特定の細胞型を導き、由来非多能性細胞は、選択された部位で標的化された編集を含む機能的遺伝子修飾を保持する。一実施形態では、ゲノム操作されたiPSC由来細胞には、二次造血内皮(HE)の可能性を有する中胚葉細胞、二次HE、CD34造血細胞、造血幹細胞および前駆細胞、造血多分化能前駆細胞(MPP)、T細胞前駆細胞、NK細胞前駆細胞、骨髄細胞、好中球前駆細胞、T細胞、NKT細胞、NK細胞、B細胞、好中球、樹状細胞、およびマクロファージが含まれるが、これらに限定されず、ゲノム操作されたiPSCに由来するこれらの細胞は、所望の部位で標的化された編集を含む機能的な遺伝子修飾を保持する。
iPSC由来の造血細胞系統を得るための適用される分化方法および組成物には、例えば、国際出願第PCT/US2016/044122号に示されているものが含まれ、その開示は参照により本明細書に組み込まれる。提供されるように、造血細胞系統を生成するための方法および組成物は、無血清、フィーダーフリー、および/または間質を含まない条件下で、またスケーラブルで単層のEB形成を必要としない培養プラットフォームにおいて、hiPSCを含む、多能性幹細胞に由来する二次造血内皮(HE)を介する。提供された方法に従って分化され得る細胞は、多能性幹細胞から、特定の最終分化細胞および分化転換細胞にコミットされた前駆細胞、ならびに多能性中間体を経由せずに造血運命に直接移行した様々な系統の細胞にまで及ぶ。同様に、幹細胞を分化させることによって産生される細胞は、多分化能幹細胞または前駆細胞から、最終分化細胞、および介在するすべての造血細胞系統にまで及ぶ。
単層培養において造血系統の細胞を多能性幹細胞から分化および拡大する方法は、多能性幹細胞をBMP経路活性化因子、および任意選択でbFGFと接触させることを含む。提供されるように、多能性幹細胞由来の中胚葉細胞は、多能性幹細胞から胚様体を形成することなく得られ、拡大される。次いで、中胚葉細胞をBMP経路活性化因子、bFGF、およびWNT経路活性化因子と接触させて、多能性幹細胞から胚様体を形成することなく、二次造血性内皮(HE)の可能性を有する拡大された中胚葉細胞を得る。その後のbFGF、ならびに任意選択でROCK阻害剤および/またはWNT経路活性化因子との接触により、二次HEの可能性を有する中胚葉細胞は、二次HE細胞に分化し、これも分化中に拡大される。
造血系統の細胞を得るために本明細書で提供される方法は、EB形成が中程度から最小の細胞拡大をもたらし、均質な拡大を必要とする多くの用途に重要である単層培養、および集団内の細胞の均質な分化を可能にせず、困難で、効率が低いため、EBを介した多能性幹細胞分化よりも優れている。
提供される単層分化プラットフォームは、造血幹細胞およびT細胞、B細胞、NKT細胞、NK細胞などの分化した子孫の派生をもたらす、二次造血内皮への分化を容易にする。単層分化戦略は、増強された分化効率と大規模な拡大を組み合わせて、様々な治療用途のための多能性幹細胞由来造血細胞の治療上適切な数の送達を可能にする。さらに、本明細書で提供される方法を使用する単層培養は、インビトロ分化、エクスビボ調節、ならびにインビボ長期造血自己再生、再構成、および生着の全範囲を可能にする機能的な造血系統細胞をもたらす。提供されるように、iPSC由来造血系統細胞には、二次造血内皮、造血多分化能前駆細胞、造血幹細胞および前駆細胞、T細胞前駆細胞、NK細胞前駆細胞、T細胞、NK細胞、NKT細胞、B細胞、マクロファージ、ならびに好中球が含まれるが、これらに限定されない。
多能性幹細胞の二次造血系統の細胞への分化を指向する方法であって、方法は、(i)多能性幹細胞をBMP活性化因子および任意選択でbFGFを含む組成物と接触させて、多能性幹細胞から中胚葉細胞の分化および拡大を開始することと、(ii)中胚葉細胞をBMP活性化因子、bFGF、およびGSK3阻害剤を含む組成物(組成物は、任意選択でTGFβ受容体/ALK阻害剤を含まない)と接触させて、中胚葉細胞から二次HEの可能性を有する中胚葉細胞の分化および拡大を開始することと、(iii)二次HEの可能性を有する中胚葉細胞を、ROCK阻害剤;bFGF、VEGF、SCF、IGF、EPO、IL6、およびIL11からなる群から選択される1つ以上の成長因子およびサイトカイン、ならびに任意選択でWnt経路活性化因子を含む組成物(組成物は、任意選択でTGFβ受容体/ALK阻害剤を含まない)と接触させて、二次造血内皮の可能性を有する多能性幹細胞由来中胚葉細胞から二次造血内皮の分化および拡大を開始することと、を含む。
いくつかの実施形態では、方法は、多能性幹細胞を、MEK阻害剤、GSK3阻害剤、およびROCK阻害剤を含む組成物(組成物はTGFβ受容体/ALK阻害剤を含まない)と接触させて、多能性幹細胞を播種および拡大することをさらに含む。いくつかの実施形態では、多能性幹細胞は、iPSC、またはナイーブiPSC、または1つ以上の遺伝子インプリントを含むiPSCであり、iPSCに含まれる1つ以上の遺伝子インプリントは、それから分化した造血細胞に保持される。多能性幹細胞の造血系統の細胞への分化を指向する方法のいくつかの実施形態では、多能性幹細胞の造血系統の細胞への分化は、胚様体の生成を欠き、単層培養形態である。
上記の方法のいくつかの実施形態では、得られた多能性幹細胞由来の二次造血内皮細胞は、CD34+である。いくつかの実施形態では、得られた二次造血内皮細胞は、CD34+CD43-である。いくつかの実施形態では、二次造血内皮細胞は、CD34+CD43-CXCR4-CD73-である。いくつかの実施形態では、二次造血内皮細胞は、CD34+CXCR4-CD73-である。いくつかの実施形態では、二次造血内皮細胞は、CD34+CD43-CD93-である。いくつかの実施形態では、二次造血内皮細胞は、CD34+CD93-である。
上記の方法のいくつかの実施形態では、方法は、(i)多能性幹細胞由来の二次造血性内皮を、ROCK阻害剤;VEGF、bFGF、SCF、Flt3L、TPO、およびIL7からなる群から選択される1つ以上の成長因子およびサイトカイン;ならびに任意選択でBMP活性化因子を含む組成物と接触させて、二次造血内皮のプレT細胞前駆細胞への分化を開始することと、任意選択で、(ii)プレT細胞前駆細胞を、SCF、Flt3L、およびIL7からなる群から選択される1つ以上の成長因子およびサイトカインを含むが、VEGF、bFGF、TPO、BMP活性化因子、およびROCK阻害剤のうちの1つ以上を含まない組成物と接触させて、プレT細胞前駆細胞のT細胞前駆細胞またはT細胞への分化を開始することとをさらに含む。この方法のいくつかの実施形態では、多能性幹細胞由来のT細胞前駆細胞は、CD34+CD45+CD7+である。この方法のいくつかの実施形態では、多能性幹細胞由来のT細胞前駆細胞は、CD45+CD7+である。
多能性幹細胞の造血系統の細胞への分化を指向するための上記の方法のさらにいくつかの実施形態では、方法は、(i)多能性幹細胞由来の二次造血性内皮を、ROCK阻害剤;VEGF、bFGF、SCF、Flt3L、TPO、IL3、IL7、およびIL15からなる群から選択される1つ以上の成長因子およびサイトカインを含む組成物と接触させて、二次造血内皮のプレNK細胞前駆細胞への分化を開始することと、任意選択で、(ii)多能性幹細胞由来のプレNK細胞前駆細胞を、SCF、Flt3L、IL3、IL7、およびIL15からなる群から選択される1つ以上の成長因子およびサイトカインを含む組成物(培地は、VEGF、bFGF、TPO、BMP活性化因子、およびROCK阻害剤のうちの1つ以上を含まない)と接触させて、プレNK細胞前駆細胞のNK細胞前駆細胞またはNK細胞への分化を開始することとをさらに含む。いくつかの実施形態では、多能性幹細胞由来のNK細胞前駆細胞は、CD3-CD45+CD56+CD7+である。いくつかの実施形態では、多能性幹細胞由来のNK細胞は、CD3-CD45+CD56+であり、任意選択で、NKp46+、CD57+、およびCD16+によってさらに定義される。
したがって、上記の分化方法を使用して、以下のiPSC由来の造血細胞のうちの1つ以上の集団を得ることができる:(i)iMPP-A、iTC-A2、iTC-B2、iNK-A2、およびiNK-B2から選択される1つ以上の培養培地を使用したCD34+HE細胞(iCD34)、(ii)iMPP-A、iTC-A2、iTC-B2、iNK-A2、およびiNK-B2から選択される1つ以上の培養培地を使用した二次造血内皮(iHE)、(iii)iMPP-A、iTC-A2、iTC-B2、iNK-A2、およびiNK-B2から選択される1つ以上の培養培地を使用した二次HSC、(iv)iMPP-Aを使用した多分化能前駆細胞(iMPP)、(v)iTC-A2およびiTC-B2から選択される1つ以上の培養培地を使用したT細胞前駆細胞(ipro-T)、(vi)iTC-B2を使用したT細胞(iTC)、(vii)iNK-A2およびiNK-B2から選択される1つ以上の培養培地を使用したNK細胞前駆細胞(ipro-NK)、ならびに/または(viii)NK細胞(iNK)、およびiNK-B2。いくつかの実施形態では、培地は以下である:
a.iCD34-Cは、ROCK阻害剤、bFGF、VEGF、SCF、IL6、IL11、IGF、およびEPOからなる群から選択される1つ以上の成長因子およびサイトカイン、ならびに任意選択でWnt経路活性化因子を含み、TGFβ受容体/ALK阻害剤を含まない;
b.iMPP-Aは、BMP活性化因子、ROCK阻害剤、ならびにTPO、IL3、GMCSF、EPO、bFGF、VEGF、SCF、IL6、Flt3L、およびIL11からなる群から選択される1つ以上の成長因子およびサイトカインを含む;
c.iTC-A2は、ROCK阻害剤;SCF、Flt3L、TPO、およびIL7からなる群から選択される1つ以上の成長因子およびサイトカイン、ならびに任意選択で、BMP活性化因子を含む;
d.iTC-B2は、SCF、Flt3L、およびIL7からなる群から選択される1つ以上の成長因子およびサイトカインを含む;
e.iNK-A2は、ROCK阻害剤、ならびにSCF、Flt3L、TPO、IL3、IL7、およびIL15からなる群から選択される1つ以上の成長因子およびサイトカインを含む;ならびに
f.iNK-B2は、SCF、Flt3L、IL7、およびIL15からなる群から選択される1つ以上の成長因子およびサイトカインを含む。
a.iCD34-Cは、ROCK阻害剤、bFGF、VEGF、SCF、IL6、IL11、IGF、およびEPOからなる群から選択される1つ以上の成長因子およびサイトカイン、ならびに任意選択でWnt経路活性化因子を含み、TGFβ受容体/ALK阻害剤を含まない;
b.iMPP-Aは、BMP活性化因子、ROCK阻害剤、ならびにTPO、IL3、GMCSF、EPO、bFGF、VEGF、SCF、IL6、Flt3L、およびIL11からなる群から選択される1つ以上の成長因子およびサイトカインを含む;
c.iTC-A2は、ROCK阻害剤;SCF、Flt3L、TPO、およびIL7からなる群から選択される1つ以上の成長因子およびサイトカイン、ならびに任意選択で、BMP活性化因子を含む;
d.iTC-B2は、SCF、Flt3L、およびIL7からなる群から選択される1つ以上の成長因子およびサイトカインを含む;
e.iNK-A2は、ROCK阻害剤、ならびにSCF、Flt3L、TPO、IL3、IL7、およびIL15からなる群から選択される1つ以上の成長因子およびサイトカインを含む;ならびに
f.iNK-B2は、SCF、Flt3L、IL7、およびIL15からなる群から選択される1つ以上の成長因子およびサイトカインを含む。
いくつかの実施形態では、上記の方法から得られるゲノム操作iPSC派生細胞は、AAVS1、CCR5、ROSA26、コラーゲン、HTRP、H11、GAPDH、RUNX1、B2M、TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、CIITA、RFXANK、CIITA、RFX5、RFXAP、TCRαもしくはβ定常領域、NKG2A、NKG2D、CD38、CD25、CD58、CD54、CD56、CIS、CBL-B、SOCS2、PD1、CTLA4、LAG3、TIM3、またはTIGITを含む1つ以上の所望の組み込み部位で組み込まれた1つ以上の誘導性自殺遺伝子を含む。いくつかの他の実施形態では、ゲノム操作されたiPSC由来細胞は、安全スイッチタンパク質、標的化モダリティ、受容体、シグナル伝達分子、転写因子、薬学的に活性なタンパク質およびペプチド、薬物標的候補、または幹細胞および/もしくは前駆細胞の輸送、ホーミング、生存能、自己再生、持続性、および/または生存を促進するタンパク質をコードするポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、1つ以上の自殺遺伝子を含むゲノム操作されたiPSC由来細胞は、チェックポイント遺伝子、内因性T細胞受容体遺伝子、およびMHCクラスI抑制遺伝子を含むがこれに限定されない、免疫応答の制御および媒介に関連する1つ以上の内因性遺伝子に含まれる1つ以上のイン/デルをさらに含む。一実施形態では、1つ以上の自殺遺伝子を含むゲノム操作されたiPSC由来細胞は、B2M遺伝子にイン/デルをさらに含み、B2Mはノックアウトされている。
加えて、第1の運命のゲノム操作された造血細胞から第2の運命のゲノム操作された造血細胞を得るための適用される脱分化方法および組成物は、例えば、国際公開第WO2011/159726号に示されるものを含み、その開示は参照により本明細書に組み込まれる。その中で提供される方法および組成物は、再プログラミング中に内因性Nanog遺伝子の発現を制限することによって、開始非多能性細胞を非多能性中間細胞に部分的に再プログラミングし、非多能性中間細胞を、中間細胞を所望の細胞型に分化させるための条件に供することを可能にする。いくつかの実施形態では、本明細書の方法および組成物を使用して得られたゲノム修飾されたiPSCおよびその派生細胞は、表1に列記される少なくとも1つの遺伝子型を含む。
V.遺伝子操作されたiPSCから分化された外因性機能的モダリティを有する派生免疫細胞の治療用途
本発明は、いくつかの実施形態では、開示される方法および組成物を使用してゲノム操作されたiPSCから分化された機能的に増強された派生免疫細胞の単離された集団または亜集団を含む組成物を提供する。いくつかの実施形態では、iPSCは、iPSC派生免疫細胞に保持可能な1つ以上の標的化遺伝子編集を含み、遺伝子操作されたiPSCおよびその派生細胞は、細胞ベースの養子療法に好適である。一実施形態では、遺伝子操作された免疫細胞の単離された集団または亜集団は、iPSC由来CD34細胞を含む。一実施形態では、遺伝子操作された免疫細胞の単離された集団または亜集団は、iPSC由来HSC細胞を含む。一実施形態では、遺伝子操作された免疫細胞の単離された集団または亜集団は、iPSC由来proTまたはT細胞を含む。一実施形態では、遺伝子操作された免疫細胞の単離された集団または亜集団は、iPSC由来proNKまたはNK細胞を含む。一実施形態では、遺伝子操作された免疫細胞の単離された集団または亜集団は、iPSC由来免疫制御細胞または骨髄由来サプレッサー細胞(MDSC)を含む。いくつかの実施形態では、iPSC由来の遺伝子操作された免疫細胞は、改善された治療可能性のためにエクスビボでさらに調節される。一実施形態では、iPSCに由来する遺伝子操作された免疫細胞の単離された集団または亜集団は、ナイーブT細胞、幹細胞メモリーT細胞、および/またはセントラルメモリーT細胞の数または比率の増加を含む。一実施形態では、iPSCに由来する遺伝子操作された免疫細胞の単離された集団または亜集団は、I型NKT細胞の数または比率の増加を含む。別の実施形態では、iPSCに由来する遺伝子操作された免疫細胞の単離された集団または亜集団は、適応NK細胞の数または比率の増加を含む。いくつかの実施形態では、iPSCに由来する遺伝子操作されたCD34細胞、HSC細胞、T細胞、NK細胞、または骨髄由来サプレッサー細胞の単離された集団または亜集団は、同種異系である。いくつかの他の実施形態では、iPSCに由来する遺伝子操作されたCD34細胞、HSC細胞、T細胞、NK細胞、NKT細胞、またはMDSCの単離された集団または亜集団は、自家性である。
本発明は、いくつかの実施形態では、開示される方法および組成物を使用してゲノム操作されたiPSCから分化された機能的に増強された派生免疫細胞の単離された集団または亜集団を含む組成物を提供する。いくつかの実施形態では、iPSCは、iPSC派生免疫細胞に保持可能な1つ以上の標的化遺伝子編集を含み、遺伝子操作されたiPSCおよびその派生細胞は、細胞ベースの養子療法に好適である。一実施形態では、遺伝子操作された免疫細胞の単離された集団または亜集団は、iPSC由来CD34細胞を含む。一実施形態では、遺伝子操作された免疫細胞の単離された集団または亜集団は、iPSC由来HSC細胞を含む。一実施形態では、遺伝子操作された免疫細胞の単離された集団または亜集団は、iPSC由来proTまたはT細胞を含む。一実施形態では、遺伝子操作された免疫細胞の単離された集団または亜集団は、iPSC由来proNKまたはNK細胞を含む。一実施形態では、遺伝子操作された免疫細胞の単離された集団または亜集団は、iPSC由来免疫制御細胞または骨髄由来サプレッサー細胞(MDSC)を含む。いくつかの実施形態では、iPSC由来の遺伝子操作された免疫細胞は、改善された治療可能性のためにエクスビボでさらに調節される。一実施形態では、iPSCに由来する遺伝子操作された免疫細胞の単離された集団または亜集団は、ナイーブT細胞、幹細胞メモリーT細胞、および/またはセントラルメモリーT細胞の数または比率の増加を含む。一実施形態では、iPSCに由来する遺伝子操作された免疫細胞の単離された集団または亜集団は、I型NKT細胞の数または比率の増加を含む。別の実施形態では、iPSCに由来する遺伝子操作された免疫細胞の単離された集団または亜集団は、適応NK細胞の数または比率の増加を含む。いくつかの実施形態では、iPSCに由来する遺伝子操作されたCD34細胞、HSC細胞、T細胞、NK細胞、または骨髄由来サプレッサー細胞の単離された集団または亜集団は、同種異系である。いくつかの他の実施形態では、iPSCに由来する遺伝子操作されたCD34細胞、HSC細胞、T細胞、NK細胞、NKT細胞、またはMDSCの単離された集団または亜集団は、自家性である。
いくつかの実施形態では、分化のためのiPSCは、エフェクター細胞において望ましい治療属性を伝えるために選択された遺伝子インプリントを含むが、但し、分化中の細胞発生生物学が破壊されず、該iPSCに由来する分化した造血細胞において遺伝子インプリントが保持され、機能的であることを条件とする。
いくつかの実施形態では、多能性幹細胞の遺伝子インプリントは、(i)非多能性細胞をiPSCに再プログラミングする間もしくはその後に多能性細胞のゲノムにおけるゲノム挿入、欠失、もしくは置換により得られる1つ以上の遺伝子修飾されたモダリティ、または(ii)ドナー特異的、疾患特異的、もしくは治療応答特異的である供給源特異的免疫細胞の1つ以上の保持可能な治療属性を含み、多能性細胞が供給源特異的免疫細胞から再プログラミングされ、iPSCは、iPSC由来造血系統細胞にも含まれる供給源の治療属性を保持する。
いくつかの実施形態では、遺伝子改変モダリティは、安全スイッチタンパク質、標的化モダリティ、受容体、シグナル伝達分子、転写因子、薬学的に活性なタンパク質およびペプチド、薬物標的候補、あるいは、iPSCまたはその派生細胞の生着、輸送、ホーミング、生存能力、自己複製、持続性、免疫応答の調節と調整、および/または生存率を促進するタンパク質の1つ以上を含む。いくつかの実施形態では、遺伝子改変されたiPSCおよびその派生細胞は、表1に列記された遺伝子型を含む。他のいくつかの実施形態では、表1に列記された遺伝子型を含む遺伝子改変iPSCおよびその派生細胞は、(1)TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、PD1、LAG3、TIM3、RFXANK、CIITA、RFX5、またはRFXAP、および染色体6p21領域の任意の遺伝子の1つ以上の欠失または発現低下、ならびに(2)HLA-E、41BBL、CD3、CD4、CD8、CD47、CD113、CD131、CD137、CD80、PDL1、A2AR、CAR、抗原特異的TCR、Fc受容体、または二重特異性または多重特異性またはユニバーサルエンゲージャーとのカップリングのための表面トリガー受容体の導入されたまたは増加した発現を含む追加の遺伝子改変モダリティをさらに含む。
またいくつかの他の実施形態では、造血系統細胞は、以下のうちの少なくとも2つの組み合わせに関する供給源特異的免疫細胞の治療属性を含む:(i)1つ以上の抗原標的化受容体の発現、(ii)修飾されたHLA、(iii)腫瘍微小環境に対する耐性、(iv)バイスタンダー免疫細胞の動員および免疫調節、(iv)腫瘍外効果の低減による改善された標的特異性、および(v)改善されたホーミング、持続性、細胞傷害性、または抗原エスケープ救済。
いくつかの実施形態では、表1に列記された遺伝子型を含むiPSC派生造血細胞、および該細胞は、IL2、IL4、IL6、IL7、IL9、IL10、IL11、IL12、IL15、IL18、またはIL21を含む少なくとも1つのサイトカインおよび/もしくはその受容体、またはその任意の修飾されたタンパク質を発現し、少なくともCARを発現する。いくつかの実施形態では、サイトカインおよびCARの操作された発現は、NK細胞特異的である。いくつかの他の実施形態では、サイトカインおよびCARの操作された発現は、T細胞特異的である。一実施形態では、CARは、MICA/B結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、iPSC派生造血エフェクター細胞は、抗原特異的である。いくつかの実施形態では、抗原特異的派生エフェクター細胞は、液性腫瘍を標的とする。いくつかの実施形態では、抗原特異的派生エフェクター細胞は、固形腫瘍を標的とする。いくつかの実施形態では、抗原特異的iPSC派生造血エフェクター細胞は、腫瘍抗原エスケープを救済することができる。
養子細胞療法に好適な対象に本発明の免疫細胞を導入することにより、様々な疾患を回復させることができる。いくつかの実施形態では、提供されるiPSC派生造血細胞は、同種異系養子細胞療法のためのものである。加えて、本発明は、いくつかの実施形態では、養子細胞療法に好適な対象に組成物を導入することによって、上記の治療組成物の治療用途を提供し、対象は、自己免疫障害、血液悪性腫瘍、固形腫瘍、または、HIV、RSV、EBV、CMV、アデノウイルス、もしくはBKポリオーマウイルスに関連する感染を有する。血液悪性腫瘍の例には、急性および慢性白血病(急性骨髄性白血病(AML)、急性リンパ芽球性白血病(ALL)、慢性骨髄性白血病(CML)、リンパ腫、非ホジキンリンパ腫(NHL)、ホジキン病、多発性骨髄腫、および骨髄異形成症候群が含まれるが、これらに限定されない。固形がんの例には、脳、前立腺、乳房、肺、結腸、子宮、皮膚、肝臓、骨、膵臓、卵巣、精巣、膀胱、腎臓、頭、首、胃、子宮頸部、直腸、喉頭、および食道のがんが含まれるが、これらに限定されない。様々な自己免疫障害の例には、円形脱毛症、自己免疫性溶血性貧血、自己免疫性肝炎、皮膚筋炎、糖尿病(1型)、若年性特発性関節炎のいくつかの形態、糸球体腎炎、グレーブス病、ギランバレー症候群、特発性血小板減少性紫斑病、重症筋無力症、心筋炎のいくつかの形態、多発性硬化症、類天疱瘡/類天疱瘡、悪性貧血、結節性多発動脈炎、多発性筋炎、原発性胆汁性肝硬変、乾癬、リウマチ様関節炎、強皮症/全身性硬化症、シェーグレン症候群、全身性エリテマトーデス、甲状腺炎のいくつかの形態、ブドウ膜炎のいくつかの形態、白斑、多発血管炎を伴う肉芽腫症(ウェゲナー病)が含まれるが、これらに限定されない。ウイルス感染の例には、HIV-(ヒト免疫不全ウイルス)、HSV-(単純ヘルペスウイルス)、KSHV-(カポシ肉腫関連ヘルペスウイルス)、RSV-(呼吸器合胞体ウイルス)、EBV-(エプスタイン-バーウイルス)、CMV-(サイトメガロウイルス)、VZV(水痘帯状疱疹ウイルス)、アデノウイルス-、レンチウイルス-、BKポリオーマウイルス関連障害)が含まれるが、これらに限定されない。
本明細書に開示される実施形態の由来造血系統細胞を使用する治療は、症状に応じて、または再発生防止のために実施され得る。「治療すること」、「治療」などの用語は、本明細書では、一般に、所望の薬理学的および/または生理学的効果を得ることを意味するために使用される。効果は、疾患を完全にまたは部分的に予防するという点で予防的であり得、かつ/または疾患および/もしくは疾患に起因する有害作用の部分的または完全な治癒に関して治療的であり得る。本明細書で使用される場合「治療」は、対象における疾患のあらゆる介入を網羅し、以下を含む:疾患にかかりやすいが、まだそれを有していると診断されていない対象において疾患が生じることを予防すること、疾患を阻害すること、すなわちその発症を阻止すること、または疾患を緩和する、すなわち疾患を後退させること。治療薬または組成物は、疾患または傷害の発症前、発症中、または発症後に投与することができる。治療が患者の望ましくない臨床症状を安定化または低減する進行中の疾患の治療もまた、特に関心がある。特定の実施形態では、治療を必要とする対象は、細胞療法によって少なくとも1つの関連する症状を抑制し、回復させ、かつ/または改善することができる疾患、状態、および/または傷害を有する。ある特定の実施形態は、細胞療法を必要とする対象が、骨髄または幹細胞移植の候補、化学療法または放射線療法を受けた対象、過剰増殖性障害またはがん、例えば、造血系の過剰増殖性障害もしくはがんを有するかまたはそのリスクがある対象、腫瘍、例えば固形腫瘍を有するかまたはそれを発達させるリスクがある対象、ウイルス感染またはウイルス感染に関連する疾患を有するかまたはそのリスクがある対象を含むが、これらに限定されないことを企図する。
本明細書に開示される実施形態の由来造血系統細胞を含む治療に対する応答性を評価する場合、応答は、臨床的有益率、死亡までの生存、病理学的完全応答、病理学的応答の半定量的測定、臨床的完全寛解、臨床的部分寛解、臨床的安定疾患、無再発生存、無転移生存、無病生存、循環腫瘍細胞減少、循環マーカー応答、およびRECIST(固形腫瘍における応答評価基準)基準のうちの少なくとも1つを含む基準によって測定され得る。
開示される由来造血系統細胞を含む治療組成物は、他の治療の前、治療中、および/または治療後に対象に投与され得る。したがって、組み合わせ療法の方法は、追加の治療薬の使用前、使用中、および/または使用後に、iPSC由来免疫細胞の投与または調製を伴い得る。上記に提供されるように、1つ以上の追加の治療薬は、ペプチド、サイトカイン、チェックポイント阻害剤、マイトジェン、成長因子、小RNA、dsRNA(二本鎖RNA)、単核血液細胞、フィーダー細胞、フィーダー細胞構成要素もしくはその置換因子、目的の1つ以上のポリ核酸を含むベクター、抗体、化学療法剤もしくは放射性部分、または免疫調節薬(IMiD)を含む。iPSC由来免疫細胞の投与は、追加の治療薬の投与から、時間、日、さらには週単位の時間で分離することができる。加えて、または代替的に、投与は、限定されないが、抗腫瘍剤、外科手術などの非薬物療法などの他の生物学的に活性な薬剤またはモダリティと組み合わせることができる。
組み合わせ細胞療法のいくつかの実施形態では、治療的組み合わせは、本明細書で提供されるiPSC由来造血系統細胞と、抗体または抗体断片である追加の治療薬とを含む。いくつかの実施形態では、抗体はモノクローナル抗体である。いくつかの実施形態では、抗体は、ヒト化抗体、ヒト化モノクローナル抗体、またはキメラ抗体であり得る。いくつかの実施形態では、抗体または抗体断片は、ウイルス抗原に特異的に結合する。他の実施形態では、抗体または抗体断片は、腫瘍抗原に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、腫瘍またはウイルス特異的抗原は、投与されたiPSC由来造血系統細胞を活性化して、それらの殺滅能力を増強する。いくつかの実施形態では、投与されたiPSC由来造血系統細胞に対する追加の治療薬として、組み合わせ治療に好適な抗体としては、CD20抗体(例えば、リツキシマブ、ベルツズマブ、オファツムマブ、ウブリツキシマブ、オカラツズマブ、オビヌツズマブ)、HER2抗体(例えば、トラスツズマブ、パーツズマブ)、CD52抗体(例えば、アレムツズマブ)、EGFR抗体(例えば、セルツキシマブ)、GD2抗体(例えば、ジヌツキシマブ)、PDL1抗体(例えば、アベルマブ)、CD38抗体(例えば、ダラツムマブ、イサツキシマブ、MOR202)、CD123抗体(例えば、7G3、CSL362)、SLAMF7抗体(エロツズマブ)、MICA/B抗体(7C6、6F11、1C2)、およびそれらのヒト化またはFc改変されたバリアントもしくは断片、またはそれらの機能的同等物およびバイオシミラーが挙げられるがそれらに限定されない。
いくつかの実施形態では、追加の治療薬は、1つ以上のチェックポイント阻害剤を含む。チェックポイントは、阻害されていない場合、免疫応答を抑制または下方制御することができる細胞分子、多くの場合細胞表面分子である。チェックポイント阻害剤は、チェックポイント遺伝子発現または遺伝子産物を低減するか、またはチェックポイント分子の活性を減少させることができるアンタゴニストである。本明細書で提供される、NK細胞またはT細胞を含む派生エフェクター細胞との併用療法に好適なチェックポイント阻害剤には、PD1(Pdcdl、CD279)、PDL-1(CD274)、TIM3(Havcr2)、TIGIT(WUCAMおよびVstm3)、LAG3(Lag3、CD223)、CTLA4(Ctla4、CD152)、2B4(CD244)、4-1BB(CD137)、4-1BBL(CD137L)、A2aR、BATE、BTLA、CD39(Entpdl)、CD47、CD73(NT5E)、CD94、CD96、CD160、CD200、CD200R、CD274、CEACAM1、CSF-1R、Foxpl、GARP、HVEM、IDO、EDO、TDO、LAIR-1、MICA/B、NR4A2、MAFB、OCT-2(Pou2f2)、レチノイン酸受容体アルファ(Rara)、TLR3、VISTA、NKG2A/HLA-E、および阻害性KIR(例えば、2DL1、2DL2、2DL3、3DL1、および3DL2)のアンタゴニストが含まれるが、これらに限定されない。
提供される派生エフェクター細胞を含む併用療法のいくつかの実施形態は、チェックポイント分子を標的とする少なくとも1つの阻害剤をさらに含む。提供される派生エフェクター細胞との併用療法のいくつかの他の実施形態は、2つ、3つ以上のチェックポイント分子が標的とされるように、2つ、3つ以上の阻害剤を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される併用療法のためのエフェクター細胞は、提供される派生NK細胞である。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される併用療法のためのエフェクター細胞は、派生T細胞である。いくつかの実施形態では、併用療法のための派生NK細胞またはT細胞は、本明細書に提供されるように機能的に増強される。いくつかの実施形態では、2つ、3つ以上のチェックポイント阻害剤は、派生エフェクター細胞の投与とともに、投与前、または投与後に併用療法で投与され得る。いくつかの実施形態では、2つ以上のチェックポイント阻害剤は、同時に、または一度に1つ(連続的に)投与される。
いくつかの実施形態では、上記のチェックポイント分子のいずれかを阻害するアンタゴニストは抗体である。いくつかの実施形態では、チェックポイント阻害抗体は、マウス抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、ラクダIg、サメ重鎖のみの抗体(VNAR)、Ig NAR、キメラ抗体、組換え抗体、またはそれらの抗体断片であり得る。抗体断片の非限定的な例としては、Fab、Fab’、F(ab)’2、F(ab)’3、Fv、単鎖抗原結合断片(scFv)、(scFv)2、ジスルフィド安定化Fv(dsFv)、ミニボディ、ダイアボディ、トリアボディ、テトラボディ、単一ドメイン抗原結合断片(sdAb、ナノボディ)、組換え重鎖のみの抗体(VHH)、および全抗体の結合特異性を維持する他の抗体断片が挙げられ、これらは、産生するのに費用対効果が高いか、使用がより容易であるか、または全抗体よりも感度が高い可能性がある。いくつかの実施形態では、1つ、または2つ、または3つ以上のチェックポイント阻害剤は、アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、イピリムマブ、IPH4102、IPH43、IPH33、リリムマブ、モナリズマブ、ニボルマブ、ペンブロリズマブ、およびそれらの誘導体または機能的同等物のうちの少なくとも1つを含む。
派生エフェクター細胞と、1つ以上のチェック阻害剤とを含む併用療法は、皮膚T細胞リンパ腫、非ホジキンリンパ腫(NHL)、菌状息肉腫、パジェット細網症、セザリー症候群、肉芽腫性弛緩性皮膚、リンパ腫様丘疹症、慢性苔癬状粃糠疹、急性痘瘡状苔癬状ひこう疹、CD30+皮膚T細胞リンパ腫、続発性皮膚CD30+大細胞リンパ腫、非菌状息肉腫CD30皮膚大T細胞リンパ腫、多形性T細胞リンパ腫、レナートリンパ腫、皮下T細胞リンパ腫、血管中心性リンパ腫、芽球性NK細胞リンパ腫、B細胞リンパ腫、ホジキンスリンパ腫(HL)、頭頸部腫瘍、扁平上皮がん、横紋筋肉腫、ルイス肺がん(LLC)、非小細胞肺がん、食道扁平上皮がん、食道腺がん、腎細胞がん(RCC)、結腸直腸がん(CRC)、急性骨髄性白血病(AML)、乳がん、胃がん、前立腺小細胞神経内分泌がん(SCNC)、肝臓がん、神経膠芽腫、肝臓がん、口腔扁平上皮がん、膵臓がん、甲状腺乳頭がん、肝内胆管細胞がん、肝細胞がん、骨がん、転移、および鼻咽頭がんを含むがこれらに限定されない液性および固形がんの治療に適用される。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供される派生エフェクター細胞以外に、治療用途の組み合わせは、化学療法剤または放射性部分を含む1つ以上の追加の治療薬を含む。化学療法剤とは、細胞傷害性抗腫瘍剤、すなわち、腫瘍細胞を優先的に殺滅するか、急速に増殖する細胞の細胞周期を破壊するか、または幹がん細胞を根絶することが見出され、腫瘍性細胞の成長を防止または低減するために治療的に使用される化学剤を指す。化学療法剤はまた、抗腫瘍性または細胞傷害性の薬物または薬剤と称されることもあり、当技術分野で周知である。
いくつかの実施形態では、化学療法剤は、アントラサイクリン、アルキル化剤、スルホン酸アルキル、アジリジン、エチレンイミン、メチルメラミン、ナイトロジェンマスタード、ニトロソ尿素、抗生物質、代謝拮抗剤、葉酸類似体、プリン類似体、ピリミジン類似体、酵素、ポドフィロトキシン、白金含有薬剤、インターフェロン、およびインターロイキンを含む。例示的な化学療法剤には、アルキル化剤(シクロホスファミド、メクロレタミン、メファリン、クロランブシル、ヘアメチルメラミン、チオテパ、ブスルファン、カルムスチン、ロムスチン、セムスチン)、アニメタボライト(メトトレキサート、フルオロウラシル、フロクスウリジン、シタラビン、6-メルカプトプリン、チオグアニン、ペントスタチン)、ビンカアルカロイド(ビンクリスチン、ビンブラスチン、ビンデシン)、エピポドフィロトキシン(エトポシド、エトポシドオルトキノン、およびテニポシド)、抗生物質(ダウノルビシン、ドキソルビシン、ミトキサントロン、ビサントレン、アクチノマイシンD、プリカマイシン、ピューロマイシン、およびグラミシジンD)、パクリタキセル、コルヒチン、サイトカラシンB、エメチン、メイタンシン、およびアムサクリンが含まれるが、これらに限定されない。追加の薬剤には、アミングルテチミド、シスプラチン、カルボプラチン、マイトマイシン、アルトレタミン、シクロホスファミド、ロムスチン(CCNU)、カルムスチン(BCNU)、イリノテカン(CPT-11)、アレムツザマブ、アルトレタミン、アナストロゾール、L-アスパラギナーゼ、アザシチジン、ベバシズマブ、ベキサロテン、ブレオマイシン、ボルテゾミブ、ブスルファン、カルステロン、カペシタビン、セレコキシブ、セツキシマブ、クラドリビン、クロフラビン、シタラビン、ダカルバジン、デニロイキンジフチトクス、ジエチルスチルベストロール、ドセタキセル、ドロモスタノロン、エピルビシン、エルロチニブ、エストラムスチン、エトポシド、エチニルエストラジオール、エキセメスタン、フロクスウリジン、5-フルオロウラシル、フルダラビン、フルタミド、フルベストラント、ゲフィチニブ、ゲムシタビン、ゴセレリン、ヒドロキシ尿素、イブリツモマブ、イダルビシン、イフォスファミド、イマチニブ、インターフェロンアルファ(2a、2b)、イリノテカン、レトロゾール、ロイコボリン、ロイプロリド、レバミソール、メクロレタミン、メゲストロール、メルファリン、メルカプトプリン、メトトレキサート、メトキサレン、ミトマイシンC、ミトタン、ミトキサントロン、ナンドロロン、ノフェツモマブ、オキサリプラチン、パクリタキセル、パミドロネート、ペメトレキセド、ペガデマーゼ、ペグアスパラガーゼ、ペントスタチン、ピポブロマン、プリカマイシン、ポリフェプロサン、ポルフィマー、プロカルバジン、キナクリン、リツキシマブ、サルグラモスチム、ストレプトゾシン、タモキシフェン、テモゾロミド、テニポシド、テストラクトン、チオグアニン、チオテパ、トペテカン、トレミフェン、トシツモマブ、トラスツズマブ、トレチノイン、ウラシルマスタード、バルルビシン、ビノレルビン、およびゾレドロネートが含まれる。他の好適な薬剤は、化学療法剤または放射線療法剤として承認され、当技術分野で知られているものを含む、ヒトでの使用が承認されている薬剤である。そのような薬剤は、いくつかの標準的な医師および腫瘍学者の参考文献のいずれか(例えば、Goodman & Gilman’s The Pharmacological Basis of Therapeutics,Ninth Edition,McGraw-Hill,N.Y.,1995)またはNational Cancer Instituteのウェブサイト(fda.gov/cder/cancer/druglistfrarne.htm)を通じて参照でき、両方とも随時更新される。
サリドマイド、レナリドマイド、およびポマリドマイドなどの免疫調節薬(IMiD)は、NK細胞およびT細胞の両方を刺激する。本明細書で提供されるように、IMiDは、がん治療のためのiPSC由来の治療用免疫細胞とともに使用され得る。
治療組成物に含まれるiPSC由来造血系統細胞の単離された集団以外に、患者への投与に好適な組成物は、1つ以上の薬学的に許容される担体(添加剤)および/もしくは希釈剤(例えば、薬学的に許容される培地、例えば、細胞培養培地)、または他の薬学的に許容される構成要素をさらに含み得る。薬学的に許容される担体および/または希釈剤は、部分的には、投与される特定の組成物によって、ならびに治療組成物を投与するために使用される特定の方法によって決定される。したがって、本発明の治療組成物の多種多様な好適な製剤が存在する(例えば、Remington’s Pharmaceutical Sciences,17th ed.1985を参照されたく、その開示は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる)。
一実施形態では、治療組成物は、本明細書に開示される方法および組成物によって作製された多能性細胞由来のT細胞を含む。一実施形態では、治療組成物は、本明細書に開示される方法および組成物によって作製された多能性細胞由来のNK細胞を含む。一実施形態では、治療組成物は、本明細書に開示される方法および組成物によって作製された多能性細胞由来のCD34+HE細胞を含む。一実施形態では、治療組成物は、本明細書に開示される方法および組成物によって作製された多能性細胞由来のHSCを含む。一実施形態では、治療組成物は、本明細書に開示される方法および組成物によって作製された多能性細胞由来のMDSCを含む。本明細書に開示されるiPSC由来造血系統細胞の集団を含む治療組成物は、静脈内、腹腔内、経腸、または気管投与法によって別個に、または他の好適な化合物と組み合わせて投与して、所望の治療目標に影響を及ぼすことができる。
これらの薬学的に許容される担体および/または希釈剤は、治療組成物のpHを約3~約10の間に維持するのに十分な量で存在することができる。したがって、緩衝剤は、全組成物の重量対重量ベースで約5%ほどであり得る。限定されないが、塩化ナトリウムおよび塩化カリウムなどでの電解質もまた、治療組成物に含まれ得る。一態様では、治療組成物のpHは、約4~約10の範囲である。代替的に、治療組成物のpHは、約5~約9、約6~約9、または約6.5~約8の範囲である。別の実施形態では、治療組成物は、該pH範囲のうちの1つのpHを有する緩衝液を含む。別の実施形態では、治療組成物は、約7のpHを有する。代替的に、治療組成物は、約6.8~約7.4の範囲のpHを有する。さらに別の実施形態では、治療組成物は、約7.4のpHを有する。
本発明はまた、部分的に、本発明の特定の組成物および/または培養物における薬学的に許容される細胞培養培地の使用を提供する。そのような組成物は、ヒト対象への投与に好適である。一般的に言えば、本発明の実施形態によるiPSC由来免疫細胞の維持、成長、および/または健康を支持する任意の培地は、医薬細胞培養培地としての使用に好適である。特定の実施形態では、薬学的に許容される細胞培養培地は、無血清および/またはフィーダーフリー培地である。様々な実施形態では、無血清培地は動物質を含まず、任意選択でタンパク質を含まなくてもよい。任意選択で、培地は、生物学的製剤に許容される組換えタンパク質を含み得る。動物質を含まない培地とは、構成要素が動物以外の供給源に由来する培地を指す。組換えタンパク質は、動物質を含まない培地で天然の動物性タンパク質に取って代わり、栄養素は、合成、植物、または微生物源から得られる。対照的に、タンパク質を含まない培地は、実質的にタンパク質を含まないと定義される。当業者は、上記の培地の例が例示的であり、本発明での使用に好適な培地の配合を決して制限するものではなく、当業者に既知の利用可能な多くの好適な培地があることを理解するであろう。
単離された多能性幹細胞由来造血系統細胞は、少なくとも50%、60%、70%、80%、90%、95%、98%、または99%のT細胞、NK細胞、NKT細胞、proT細胞、proNK細胞、CD34+HE細胞、HSC、B細胞、骨髄由来サプレッサー細胞(MDSC)、制御性マクロファージ、制御性樹状細胞、または間葉系間質細胞を有し得る。いくつかの実施形態では、単離された多能性幹細胞由来造血系統細胞は、約95%~約100%のT細胞、NK細胞、proT細胞、proNK細胞、CD34+HE細胞、または骨髄由来サプレッサー細胞(MDSC)を有する。いくつかの実施形態では、本発明は、細胞療法を必要とする対象を治療するための、約95%のT細胞、NK細胞、proT細胞、proNK細胞、CD34+HE細胞、または骨髄由来サプレッサー細胞(MDSC)の単離された集団を有する組成物などの、精製されたT細胞またはNK細胞を有する治療組成物を提供する。
一実施形態では、組み合わせ細胞療法は、治療用タンパク質またはペプチド、および表1に列記される遺伝子型を含むゲノム操作されたiPSCに由来するNK細胞の集団を含み、ここで、派生NK細胞は、MICA/B-CARを含む。別の実施形態では、組み合わせ細胞療法は、CD38特異的治療用タンパク質またはペプチド、および表1に列記される遺伝子型を含むゲノム操作されたiPSCに由来するT細胞の集団を含み、ここで、派生T細胞は、MICA/B-CARおよびCD38ヌルを含む。いくつかの実施形態では、組み合わせ細胞療法は、ダラツムマブ、イサツキシマブ、またはMOR202、および表1に列記された遺伝子型を含むゲノム操作されたiPSCに由来するNK細胞またはT細胞の集団を含み、派生NK細胞またはT細胞はMICA/B-CAR、CD38ヌル、およびhnCD16を含む。さらに他のいくつかの実施形態では、組み合わせ細胞療法は、ダラツムマブ、および表1に列記された遺伝子型を含むゲノム操作されたiPSCに由来するNK細胞またはT細胞の集団を含み、ここで、派生NK細胞またはT細胞は、MICA/B-CAR、CD38ヌル、hnCD16、およびCD19、BCMA、CD20、CD22、CD38、CD123、HER2、CD52、EGFR、GD2、MSLN、VEGF-R2、PSMA、およびPDL1のうちの少なくとも1つを標的化する第2のCARを含む。さらにいくつかの追加の実施形態では、組み合わせ細胞療法は、ダラツムマブ、イサツキシマブ、またはMOR202、および表1に列記された遺伝子型を含むゲノム操作されたiPSCに由来するNK細胞またはT細胞の集団を含み、派生NK細胞またはT細胞は、MICA/B-CAR、CD38ヌル、hnCD16、およびCARならびに1つ以上の外因性のサイトカインを含む。さらに別の一実施形態では、組み合わせ細胞療法は、治療用タンパク質またはペプチド、および表1に記載された遺伝子型を含むゲノム操作されたiPSCに由来するNK細胞の集団を含み、派生NK細胞は、MICA/B-CAR、CD38ヌル、hnCD16、CAR、1つ以上の外因性サイトカイン、およびHLA-G過剰発現またはCD58ノックアウトとCD54ノックアウトのうちの少なくとも1つを含むB2M-/-CIITA-/-を含む。
当業者が理解するように、本明細書の方法および組成に基づいてiPSCに由来する自家および同種異系の造血系統細胞の両方を、上述の細胞治療に使用することができる。自家移植の場合、由来造血系統細胞の単離された集団は、患者と完全または部分的にHLA一致する。別の実施形態では、由来造血系統細胞は、対象とHLAが一致せず、由来造血系統細胞は、HLA IおよびHLA IIヌルを有するNK細胞またはT細胞である。
いくつかの実施形態では、治療組成物中の由来造血系統細胞の数は、用量当たり少なくとも0.1×105細胞、少なくとも1×105細胞、少なくとも5×105細胞、少なくとも1×106細胞、少なくとも5x106細胞、少なくとも1x107細胞、少なくとも5x107細胞、少なくとも1x108細胞、少なくとも5x108細胞、少なくとも1x109細胞、または少なくとも5x109細胞である。いくつかの実施形態では、治療組成物中の由来造血系統細胞の数は、用量当たり約0.1x105細胞~約1x106細胞、用量当たり約0.5x106細胞~約1x107細胞、用量当たり約0.5x107細胞~約1x108細胞、用量当たり約0.5x108細胞~約1x109細胞、用量当たり約1x109細胞~約5x109細胞、用量当たり約0.5x109細胞~約8x109細胞、用量当たり約3x109細胞~約3x1010細胞、またはその間の任意の範囲である。一般に、60kgの患者の場合、1×108細胞/用量は、1.67×106細胞/kgに変換される。
一実施形態では、治療組成物中の由来造血系統細胞の数は、血液の部分的または単一の臍帯中の免疫細胞の数であるか、または少なくとも0.1×105細胞/kg体重、少なくとも0.5×105細胞/kg体重、少なくとも1×105細胞/kg体重、少なくとも5×105細胞/kg体重、少なくとも10×105細胞/kg体重、少なくとも0.75×106細胞/kg体重、少なくとも1.25×106細胞/kg体重、少なくとも1.5×106細胞/kg体重、少なくとも1.75×106細胞/kg体重、少なくとも2×106細胞/kg体重、少なくとも2.5×106細胞/kg体重、少なくとも3×106細胞/kg体重、少なくとも4×106細胞/kg体重、少なくとも5×106細胞/kg体重、少なくとも10×106細胞/kg体重、少なくとも15×106細胞/kg体重、少なくとも20×106細胞/kg体重、少なくとも25×106細胞/kg体重、少なくとも30×106細胞/kg体重、1×108細胞/kg体重、5×108細胞/kg体重、または1×109細胞/kg体重である。
一実施形態では、ある用量の由来造血系統細胞が対象に送達される。例示的な一実施形態では、対象に提供される細胞の有効量は、少なくとも2×106細胞/kg、少なくとも3×106細胞/kg、少なくとも4×106細胞/kg、少なくとも5×106細胞/kg、少なくとも6×106細胞/kg、少なくとも7×106細胞/kg、少なくとも8×106細胞/kg、少なくとも9×106細胞/kg、または少なくとも10×106細胞/kg、またはそれ以上の細胞/kgであり、介在するすべての細胞用量を含む。
別の例示的な実施形態では、対象に提供される細胞の有効量は、約2×106細胞/kg、約3×106細胞/kg、約4×106細胞/kg、約5×106細胞/kg、約6×106細胞/kg、約7×106細胞/kg、約8×106細胞/kg、約9×106細胞/kg、または約10×106細胞/kg、またはそれ以上の細胞/kgであり、介在するすべての細胞用量を含む。
別の例示的な実施形態では、対象に提供される細胞の有効量は、約2×106細胞/kg~約10×106細胞/kg、約3×106細胞/kg~約10×106細胞/kg、約4×106細胞/kg~約10×106細胞/kg、約5×106細胞/kg~約10×106細胞/kg、2×106細胞/kg~約6×106細胞/kg、2×106細胞/kg~約7×106細胞/kg、2×106細胞/kg~約8×106細胞/kg、3×106細胞/kg~約6×106細胞/kg、3×106細胞/kg~約7×106細胞/kg、3×106細胞/kg~約8×106細胞/kg、4×106細胞/kg~約6×106細胞/kg、4×106細胞/kg~約7×106細胞/kg、4×106細胞/kg~約8×106細胞/kg、5×106細胞/kg~約6×106細胞/kg、5×106細胞/kg~約7×106細胞/kg、5×106細胞/kg~約8×106細胞/kg、または6×106細胞/kg~約8×106細胞/kgであり、介在するすべての細胞用量を含む。
いくつかの実施形態では、由来造血系統細胞の治療用途は、単回投与治療である。いくつかの実施形態では、由来造血系統細胞の治療用途は、複数回投与治療である。いくつかの実施形態では、複数回投与治療は、毎日、3日ごと、7日ごと、10日ごと、15日ごと、20日ごと、25日ごと、30日ごと、35日ごと、40日ごと、45日ごと、もしくは50日ごと、またはその間の任意の日数に1回の投与である。
本発明の由来造血系統細胞の集団を含む組成物は、無菌であり得、ヒト患者への投与に好適であり、投与の準備ができている(すなわち、さらに処理することなく投与することができる)。投与の準備ができている細胞ベースの組成物は、組成物が、対象への移植または投与の前に、任意のさらなる処理または操作を必要としないことを意味する。他の実施形態では、本発明は、1つ以上の薬剤を投与する前に拡大および/または調節される、由来造血系統細胞の単離された集団を提供する。組換えTCRまたはCARを発現するように遺伝子操作された由来造血系統細胞の場合、例えば、米国特許第6,352,694号に記載される方法を使用して、細胞を活性化および拡大することができる。
ある特定の実施形態では、由来造血系統細胞の一次刺激シグナルおよび共刺激シグナルは、異なるプロトコルによって提供され得る。例えば、各シグナルを提供する薬剤は、溶液中にあるか、または表面に結合され得る。表面に結合される場合、薬剤は同じ表面(つまり、「シス」形成で)、または別個の表面に(つまり、「トランス」形成で)結合され得る。代替的に、一方の薬剤を表面に結合させ、もう一方の薬剤を溶液中に存在させることもできる。一実施形態では、共刺激シグナルを提供する薬剤は、細胞表面に結合され得、一次活性化シグナルを提供する薬剤は、溶液中にあるか、または表面に結合される。ある特定の実施形態では、両方の薬剤は、溶液中にあり得る。別の実施形態では、薬剤は、可溶性形態であり、次いで、Fc受容体を発現する細胞、または本発明の実施形態においてTリンパ球を活性化および拡大する際に使用することが企図されている人工抗原提示細胞(aAPC)について米国特許出願公開第2004/0101519号および同第2006/0034810号などに開示される薬剤に結合する抗体もしくは他の結合剤などの表面に架橋され得る。
投与量、頻度、およびプロトコルのある程度の変動は、治療される対象の状態に応じて必然的に発生する。投与の責任者は、いずれにしても、個々の対象に適切な用量、頻度、およびプロトコルを決定する。
以下の実施例は、例示ために提供され、限定のためではない。
実施例1-材料および方法
様々なプロモーターの制御下で、異なるセーフハーバー遺伝子座組み込み戦略と組み合わせて自殺系を効果的に選択し、試験するために、単一細胞の継代および高スループットの96ウェルプレートベースのフローサイトメトリー選別を可能にする、出願人独自のhiPSCプラットフォームを使用し、単一または複数の遺伝子調節によるクローンhiPSCの誘導を可能にする。
様々なプロモーターの制御下で、異なるセーフハーバー遺伝子座組み込み戦略と組み合わせて自殺系を効果的に選択し、試験するために、単一細胞の継代および高スループットの96ウェルプレートベースのフローサイトメトリー選別を可能にする、出願人独自のhiPSCプラットフォームを使用し、単一または複数の遺伝子調節によるクローンhiPSCの誘導を可能にする。
小分子培養におけるhiPSCの維持:培養のコンフルエンシーが75%~90%に達すると、hiPSCが単一細胞として日常的に継代された。単一細胞の解離では、hiPSCをPBS(Mediatech)で1回洗浄し、アキュターゼ(Millipore)で37℃で3~5分間処理した後、ピペッティングして単一細胞の解離を確実にした。次いで、単一細胞懸濁液を従来の培地と等量で混合し、225×gで4分間遠心分離し、FMMに再懸濁し、マトリゲルでコーティングした表面にプレーティングした。継代は、典型的には、1:6~1:8で、37℃で2~4時間、マトリゲルで前もってコーティングした組織培養プレートに移し、2~3日ごとにFMMを供給した。細胞培養は、37℃および5%CO2に設定された加湿インキュベーターで維持された。
ZFNによるヒトのiPSC操作、目的のモダリティの標的化された編集のためのCRISPR:例としてROSA26標的化された挿入を使用して、ZFNを介したゲノム編集では、AAVS1標的化された挿入のために、2.5ugのZFN-L(FTV893)、2.5ugのZFN-R(FTV894)、および5ugのドナー構築物の混合物を200万個のiPSCにトランスフェクトした。CRISPRを介したゲノム編集では、ROSA26標的化された挿入のために、5ugのROSA26-gRNA/Cas9(FTV922)および5ugのドナー構築物の混合物を200万個のiPSCにトランスフェクトした。トランスフェクションは、パラメーター1500V、10ms、3パルスを使用して、Neonトランスフェクションシステム(Life Technologies)を使用して行われた。トランスフェクション後の2日目または3日目に、プラスミドに人工プロモータードライバーGFPおよび/またはRFP発現カセットが含まれている場合、フローサイトメトリーを使用してトランスフェクション効率を測定した。トランスフェクション後の4日目に、ピューロマイシンを最初の7日間は0.1ug/mlの濃度で、7日後は0.2ug/mlの濃度で培地に添加して、標的化された細胞を選択した。ピューロマイシンの選択中、細胞は10日目にマトリゲルでコーティングされた新しいウェルに継代された。ピューロマイシン選択の16日目以降に、生存細胞をGFP+iPS細胞の割合についてフローサイトメトリーで分析した。
ゲノム編集されたiPSCのバルク選別およびクローン選別:ZFNまたはCRISPR-Cas9を使用したゲノム標的化された編集を伴うiPSCは、ピューロマイシン選択の20日後に、GFP+SSEA4+TRA181+iPSCのバルク選別およびクローン選別された。単一細胞で解離した標的化されたiPSCプールを、最適な性能のために新しく作製された、ハンクス平衡塩溶液(MediaTech)、4%ウシ胎仔児血清(Invitrogen)、1xペニシリン/ストレプトマイシン(Mediatech)、および10mMのHepes(Mediatech)を含む冷却染色緩衝液に再懸濁した。SSEA4-PE、TRA181-Alexa Fluor-647(BD Biosciences)を含む、コンジュゲートされた一次抗体を細胞溶液に添加し、氷上で15分間インキュベートした。すべての抗体は、100万個の細胞当たり100μLの染色緩衝液に7μLで使用された。溶液を染色緩衝液で1回洗浄し、225gで4分間スピンダウンし、10μMのチアゾビブンを含む染色緩衝液に再懸濁し、フローサイトメトリー選別のために氷上で維持した。フローサイトメトリー選別は、FACS Aria II(BD Biosciences)で行った。バルク選別では、GFP+SSEA4+TRA181+細胞をゲーティングし、7mlのFMMで満たされた15mlの標準チューブに選別した。クローン選別では、選別された細胞を、ウェル当たり3イベントの濃度で、100μMのノズルを使用して96ウェルプレートに直接排出した。各ウェルには、5μg/mLのフィブロネクチンおよび1xペニシリン/ストレプトマイシン(Mediatech)を補充した200μLのFMMを予め充填し、5xマトリゲルで前もって一晩コーティングした。5xマトリゲルプレコーティングには、1アリコートのマトリゲルを5mLのDMEM/F12に添加し、次いで、適切な再懸濁を可能にするために4℃で一晩インキュベートし、最後にウェル当たり50μLで96ウェルプレートに添加した後、37℃で一晩インキュベートすることが含まれる。5xマトリゲルは、各ウェルに培地を添加する直前に吸引される。選別が完了したら、インキュベーションの前に、96ウェルプレートを225gで1~2分間遠心分離した。プレートを7日間静置した。7日目に、150μLの培地を各ウェルから除去し、100μLのFMMと交換した。選別後10日目に、ウェルに追加の100μLのFMMを再供給した。コロニー形成は早くも2日目に検出され、ほとんどのコロニーは選別後7~10日で拡大した。最初の継代では、ウェルをPBSで洗浄し、30μLのアキュターゼで、37℃で約10分間解離させた。アキュターゼ処理の延長の必要性は、長期間培養でアイドリング状態にあったコロニーのコンパクトさを反映している。細胞が解離していることが認められた後、200μLのFMMを各ウェルに添加し、数回ピペッティングしてコロニーを破壊する。解離したコロニーを、5xマトリゲルで前もってコーティングした96ウェルプレートの別のウェルに移し、次いでインキュベーション前に225gで2分間遠心分離する。この1:1の継代は、拡大する前に初期のコロニーを広げるために行われる。その後の継代は、3~5分間のアキュターゼ処理、およびFMM中の1xマトリゲルで前もってコーティングされたより大きなウェルへの75~90%のコンフルエンシーでの1:4~1:8の拡大で日常的に行われた。各クローン細胞株は、GFP蛍光レベルおよびTRA1-81発現レベルについて分析された。100%に近いGFP+およびTRA1-81+のクローン株を、さらなるPCRスクリーニングおよび分析のために選択した。フローサイトメトリー分析は、Guava EasyCyte 8 HT(Millipore)で行われ、Flowjo(FlowJo、LLC)を使用して分析された。
実施例2-CRISPR/Cas9を介したゲノム編集を使用したiPSCでのCD58および/またはCD54ノックアウト
SpyFi(商標)Cas9およびCRISPR-Cas9 tracrRNA(Aldevron,ND,USA)を購入し、iPSCターゲット編集に使用した。Cas9を使用してiPSCでCD58および/またはCD54の二対立遺伝子ノックアウトを実施するために、gNA(すなわち、gD/RNAまたはガイドポリヌクレオチド)設計のためのスクリーニングおよび同定された標的化配列が表3に列記される。
SpyFi(商標)Cas9およびCRISPR-Cas9 tracrRNA(Aldevron,ND,USA)を購入し、iPSCターゲット編集に使用した。Cas9を使用してiPSCでCD58および/またはCD54の二対立遺伝子ノックアウトを実施するために、gNA(すなわち、gD/RNAまたはガイドポリヌクレオチド)設計のためのスクリーニングおよび同定された標的化配列が表3に列記される。
提供された誘導ポリヌクレオチドを使用するCD58またはCD54ノックアウトを含む細胞は、それぞれ図5Aおよび5Bに例示されており、左側のパネルは、非特異的抗体を使用する陰性対照を示している。その後、ゲノム操作されたiPSCが特性評価され、iPSCにおけるCD58およびCD54のシングルまたはダブルノックアウトが確認された。
MICA/B-CAR挿入またはCD58および/もしくはCD54以外に、人工多能性幹細胞も連続的に操作し、CD38ノックアウトのうちの1つ以上、高親和性の切断不可能なCD16発現、B2M遺伝子のノックアウトによるHLA-Iの喪失、CIITAのノックアウトによるHLA-IIの喪失、および連結されたIL15/IL15受容体アルファ構築物の発現を得た。各操作ステップの後、次の操作ステップの前に、iPSCを所望の表現型について選別した。次いで、操作されたiPSCは、インビトロで、または派生細胞生成のために維持され得る。図6は、iPSC由来NK細胞におけるhnCD16発現、B2Mノックアウト、HLA-G発現、およびIL15/IL15Rα発現を示した。図7A~Bは、iPSC由来NK細胞におけるCD38ノックアウトと組み合わせたhnCD16の導入を示す。これらのデータは、これらの遺伝子操作されたモダリティが、造血分化中、細胞の所望の細胞運命へのインビトロでの指向された発達を乱すことなく維持されることを示す。
テロメアの短縮は細胞の老化とともに起こり、幹細胞の機能不全および細胞老化に関連している。ここでは、成熟iNK細胞が、成体の末梢の大胆なNK細胞と比較してより長いテロメアを維持することが示される。テロメアの長さは、1301 T細胞白血病株を対照(100%)として使用し、G0/1細胞のDNAインデックスを補正して、フローサイトメトリーにより、iPSC、成体末梢血NK細胞、およびiPSC由来NK細胞ついて決定された。図8に示すように、iPSC由来NK細胞は、成体末梢血NK細胞と比較して有意に長いテロメア長を維持し(p=.105、ANOVA)、iPSC由来NK細胞における増殖、生存、および持続の可能性が高いことを示す。
実施例3-CD58-/-および/またはCD54-/-HLA-I欠損iPSCおよび派生細胞の検証
改変HLA I欠損iPSCがインビボで持続性を増加させたかどうかを決定するために、ルシフェラーゼ導入された(luciferized)B2M-/-iPSCおよびB2M-/-CD58-/-、B2M-/-CD54-/-、またはB2M-/-CD58-/-CD54-/-iPS細胞を、奇形腫アッセイにおいて完全に免疫コンピテントなC57BL/6レシピエントの対抗する側腹部に皮下注射する。発生中の奇形腫を視覚化するために、ルシフェリン注射と組み合わせたIVISイメージングによってマウスを毎日分析する。注射後72~144時間で、CD58およびCD54の一方または両方をノックアウトしたB2M-/-iPSCは、B2M-/-iPSCと比較して定量的持続性の増加を示す。B2M-/-CD58-/-CD54-/-iPSCとB2M-/-CD58-/-またはB2M-/-CD54-/-iPSCの持続性の改善を比較することによっても観察が行われる。
改変HLA I欠損iPSCがインビボで持続性を増加させたかどうかを決定するために、ルシフェラーゼ導入された(luciferized)B2M-/-iPSCおよびB2M-/-CD58-/-、B2M-/-CD54-/-、またはB2M-/-CD58-/-CD54-/-iPS細胞を、奇形腫アッセイにおいて完全に免疫コンピテントなC57BL/6レシピエントの対抗する側腹部に皮下注射する。発生中の奇形腫を視覚化するために、ルシフェリン注射と組み合わせたIVISイメージングによってマウスを毎日分析する。注射後72~144時間で、CD58およびCD54の一方または両方をノックアウトしたB2M-/-iPSCは、B2M-/-iPSCと比較して定量的持続性の増加を示す。B2M-/-CD58-/-CD54-/-iPSCとB2M-/-CD58-/-またはB2M-/-CD54-/-iPSCの持続性の改善を比較することによっても観察が行われる。
宿主免疫応答のどの成分が野生型レシピエントマウスにおける増強された改変HLA I欠損iPSCの拒絶に関与するのかを決定するために、CD4+T細胞、CD8+T細胞、およびNK細胞を、抗CD4、抗CD8a、および抗NK1.1の抗体の注射によりそれぞれ個別に枯渇させた。抗体注射の3日後にCD4+T細胞、CD8+T細胞、およびNK細胞の非存在が観察された。抗体を介した枯渇の3日後、ルシフェラーゼ導入されたB2M-/-、B2M-/-CD58-/-、B2M-/-CD54-/-、またはB2M-/-CD58-/-CD54-/-iPSCを、奇形腫を形成する免疫コンピテントなC57BL/6マウスの側腹部に皮下注射する。発生中の奇形腫を視覚化するために、ルシフェリン注射と組み合わせたIVISイメージングによってマウスを毎日分析する。iPSC注射の120時間後、IgG対照で治療した動物と比較して腫瘍拒絶反応に対する最も高い耐性であるマウスが決定される。
実施例4-MICA/B-CARを発現する派生免疫細胞の機能プロファイリング
選択されたMICA/B抗体に由来するscFVを含むMICA/B-CARによる細胞表面MICA/Bの安定化を試験するために、該MICA/B-CARを発現するiPSC由来NK細胞(MICA/B-CAR iNK)を含む共培養システムおよびMICA/B発現腫瘍細胞株細胞(標的細胞)を使用する。結果として生じるMICA/B-CAR iNKの活性化と機能の増強も、この共培養システムを使用して試験される。MICA/B陽性腫瘍とMICA/B-CAR iNKの共培養は、ELISAを使用して培養上清に放出された可溶性MICA/Bのレベルについて調べられる。未改変NK細胞との共培養と比較して、標的細胞をMICA/B-CAR iNKと共培養すると、培養上清に放出される可溶性MICA/Bの減少は、腫瘍細胞表面MICA/B安定化の発見を裏付ける。この試験の陽性対照は、標的細胞とmAb7C6の共培養を使用する。
選択されたMICA/B抗体に由来するscFVを含むMICA/B-CARによる細胞表面MICA/Bの安定化を試験するために、該MICA/B-CARを発現するiPSC由来NK細胞(MICA/B-CAR iNK)を含む共培養システムおよびMICA/B発現腫瘍細胞株細胞(標的細胞)を使用する。結果として生じるMICA/B-CAR iNKの活性化と機能の増強も、この共培養システムを使用して試験される。MICA/B陽性腫瘍とMICA/B-CAR iNKの共培養は、ELISAを使用して培養上清に放出された可溶性MICA/Bのレベルについて調べられる。未改変NK細胞との共培養と比較して、標的細胞をMICA/B-CAR iNKと共培養すると、培養上清に放出される可溶性MICA/Bの減少は、腫瘍細胞表面MICA/B安定化の発見を裏付ける。この試験の陽性対照は、標的細胞とmAb7C6の共培養を使用する。
同じ共培養条件下で、MICA/B-CAR iNK細胞の活性化は、サイトカインIFNγおよびTNFαの産生、表面CD107aの評価による脱顆粒、およびカスパーゼベースのフローアッセイを使用した標的細胞株の直接殺滅によって調べられる。MICA/B陰性と共培養した場合の活性の観察された違いはないことと比較して、サイトカインおよび脱顆粒のレベルの増加、およびMICA/B陽性標的細胞に応答した未改変NK細胞に対するMICA/B-CAR iNK細胞による直接殺滅の増加は、MICA/B細胞表面抗原の存在下でMICA/B-CAR iNK細胞の活性化を示す。
MICA/B-CARの発現が標的細胞株上のMICA/Bの表面密度を増加させるかどうかを調べるために、MICA/B-CARは標的細胞を殺滅することができない非NK細胞株で発現され、結果として生じる細胞はMICA/B陽性標的と共培養された。共培養後、標的細胞上のMICA/Bのレベルをフローサイトメトリーで評価する。非改変NK細胞との共培養と比較して、MICA/B-CARを発現する非NK細胞との共培養後の標的細胞におけるMICA/Bのレベルの増加は、提供されたMICA/B-CARの標的細胞株におけるMICA/Bの表面密度に対する肯定的な影響を示す。
表面MICA/Bのレベルの増加に応じたNK細胞活性に関連する遺伝子発現のレベルの増加は、MICA/B陽性標的細胞とMICA/B-CAR iNKとのインビトロ共培養、またはインビボ実験、スフェロイド、オルガノイド、または3D共培養実験に由来する組織サンプルのいずれかに由来する、サンプルNK細胞の一細胞RNA配列決定によって試験される。該共培養または組織に由来するサンプルにおける、パーフォリン、グランザイムAおよびBの上昇制御、ならびにCD62Lなどの未成熟マーカーの下方制御は、細胞のMICA/B-CAR発現に関連するNK細胞活性の増加を示す。
MICA/B-CARのインビボ機能は、腫瘍細胞標的としてヒトMICAを発現するマウス黒色腫細胞を使用して、または内因性MICA/Bを発現するヒト細胞株を使用して評価される。インビボ評価では、マウスまたはヒトのT細胞にMICA/B-CARを形質導入し、MICA/B-CAR iPSC由来NK細胞(MICA/B-CAR iNK)に加えてエフェクターとして使用する。
MICA/B-CARの有効性は、マウス黒色腫モデルで評価される。マウスメラノーマ細胞株B16F10にヒトMICA(B16F10-MICA)を形質導入し、これらの細胞を免疫コンピテントなC57BL/6または免疫無防備状態のNSGマウスに静脈内(IV)または皮下(SC)で移植する。B16F10-MICA腫瘍細胞の静脈内注射は、C57BL/6で肺転移を引き起こし、NSGマウスで肺と肝臓の転移を引き起こし、皮下移植は両方のマウス系統で単一の固形腫瘍を引き起こす。C57BL/6マウスでは、B16F10-MICA細胞のIV移植後に肺腫瘍結節(転移)が計数される。腫瘍移植後のMICA/B-CAR-T細胞の養子移入は、これらの動物で発生する腫瘍結節の数を減らすこれらの細胞の能力を評価するために実行される。腫瘍結節は、組織切片の顕肉眼的形態および微鏡検査によってさらに評価される。皮下B16-F10-MICAモデルでは、腫瘍の進行は腫瘍サイズのキャリパー測定によってモニターされる。模擬形質導入T細胞によるマウス治療と比較した肺の腫瘍結節数および/またはサイズの減少は、マウスMICA/B-CAR-T細胞を使用してB16F10-MICA細胞をIV移植したC57BL/6マウスの治療の存在する腫瘍結節の数を低減する有効性を反映する。同様に、B16-F10-MICA腫瘍増殖のSCモデルでは、腫瘍の進行を遅らせ、生存を延長し、腫瘍の退縮を誘発するか、または上記の組み合わせも、MICA/B-CAR-T細胞治療の有効性を示す。
NSGマウスでは、肺腫瘍結節と肝臓腫瘍結節の両方がカウントされ、模擬形質導入T細胞で治療されたマウスは、各臓器の結節数を減らす能力についてMICA/B-CAR形質導入T細胞と比較される。マウスとヒトの両方のMICA/B-CAR T細胞を、NSGマウスにおいて腫瘍増殖を制御する能力について評価する。ヒトまたはマウスのいずれかの供給源からのMICA/B CAR-T細胞をIV移植したNSGマウスの肺および肝臓における腫瘍結節の数およびサイズの減少は、治療の有効性を反映し、マウスの生存期間の延長と相関する。同様の結果が、MICA/B-CAR iNK細胞を用いたB16-F10-MICA担腫瘍NSGマウスの治療でも予測される。
ヒト腫瘍細胞株に対するMICA/B-CARの機能も評価される。A2058、U266、およびA375を含むMICAおよび/またはMICBを発現するヒト細胞株を、免疫無防備状態のNSGマウスに移植する。ヒトMICA/B-CAR-T細胞またはMICA/B-iNK細胞のいずれかを使用して、これらの腫瘍タイプのいずれかを担持するNSGマウスの治療において、腫瘍進行の遅延、腫瘍退縮の誘発、および生存期間の延長を評価する。
成人のCD3+T細胞は、抗CD3/CD28マイクロビーズを使用してインビトロで活性化され、選択マーカーを含むMICA/B CAR含有構築物で形質導入された。同じドナーからのT細胞を非形質導入対照として使用した。T細胞でのMICA/Bの発現を図9Aに示す。MICA/B CAR+iNK細胞は、CD38陰性であり、hnCD16およびIL15R/Fタンパク質を発現する以前に操作されたマスタークローンiNK細胞株(CAR陰性iNK細胞)を形質導入することによって生成された。iNK細胞を含む多腫瘍モダリティでのMICA/B CARの発現を図9Bに示す。
CD19対照CARまたはMICA/B CAR(バージョン1-H/L短いスペーサーまたはバージョン2-L/H長いスペーサー)のいずれかを含む1×105のT細胞を、MICA陰性であるP815マウス肥満細胞腫野生型およびMICA過剰発現P815細胞(操作された高ヒトMICA発現体)、A2058ヒト黒色腫細胞(中程度のMICA内因性発現体)、およびK562ヒト慢性骨髄性白血病細胞(中/低MICA内因性発現体)と、37℃でGolgiStop(商標)の存在下で等比率でインキュベートした。4時間の刺激後、細胞を細胞内IFNγおよびTNFαについて染色した。図10Aに示されるように、MICA/B CAR+T細胞は、抗原特異的サイトカイン産生を示す。別の実験では、3つのCAR+T細胞株を同数の野生型CD19ノックアウト(CD19KO)およびMICA過剰発現(MICA+)Nalm6ヒト白血病細胞で抗CD107aの存在下で4時間刺激し、MICA+Nalm6細胞がCD107a発現によって特徴づけられるMICA/B CAR特異的脱顆粒を示すこと(図10B)を示した。抗原特異的細胞傷害性を測定するために、MICA/B CAR+エフェクターT細胞株細胞を様々なエフェクター対ターゲット比(E:T比)で、蛍光色素で標識した野生型およびMICA+標的Nalm6細胞と37℃で4時間インキュベートした。図10Cでは、MICA/B CAR特異的細胞傷害性は、ベースライン(標的のみ)のカスパーゼ3/7+量の%としてのカスパーゼ3/7+標的細胞の%として測定され、約1.9のEC50は、MICA+Nalm6細胞を特異的に殺滅する有効な抗原を示す。
また、MICA/B CARの外部ドメインにおける重鎖および軽鎖の配向が、インビボでの有効性の差異と相関していることも発見された。例えば、H/L配向外部ドメインは、それらのL/H同等物と比較して優れたインビボ有効性を示した(図15A)。さらに、驚くべきことに、CARのMICA/B結合ドメインと膜貫通ドメインとの間の約25~60bpの短いスペーサーは、約200~300bpの長いスペーサーよりもインビボで良好に機能する。インビボのNALM6 MICA+腫瘍クリアランス試験は、短いスペーサーを有するCAR 1 H/Lおよび長いスペーサーを有するCAR5 H/Lを使用して実施された。以前と同様に、0日目のNSGマウスに1E5 NALM6 MICA+細胞をロードし、腫瘍後3日目に2E6エフェクターを静脈内投与した。BLI測定は毎週行われ、3人の独立したT細胞ドナーで試験が繰り返された。図15Bに示すように、両方のCARが有効であるが、ドナー全体のインビボ腫瘍制御において、短いスペーサーを有するCAR 1 H/Lは、長いスペーサーを有するCAR 5 H/Lよりも優れていることが実証された。
MICA/B CAR iNK機能プロファイリングのために、1x105のCAR陰性対照およびMICA/B CAR+含有iNK細胞を、P815マウス肥満細胞腫、野生型およびMICAを過剰発現するP815細胞(操作された高いヒトMICA発現体)、CaSkiヒト子宮頸部扁平上皮がん細胞(高いMICA内因性発現体)、ならびにA2058ヒト黒色腫細胞(中程度のMICA内因性発現体)とともに、37℃でGolgiStop(商標)の存在下で、2:1のエフェクター/標的比でインキュベートした。4時間の刺激後、細胞を細胞内IFNγおよびTNF発現について染色して、MICA/B CAR抗原特異的サイトカイン産生を示した(図11A)。別の実験では、2つのiNK細胞株を、抗CD107aの存在下で4時間、図11Aで利用した同一の標的腫瘍細胞株を使用して2:1のエフェクター/標的比で刺激し、MICA/B CARにトリガーされた抗原特異的脱顆粒を示した(図11B)。抗原特異的細胞傷害性を測定するために、蛍光色素で標識されたP815 MICA+細胞を、CAR陰性またはMICA/B CAR+のiNK細胞株のいずれかと様々なエフェクター対標的比(E:T比)で37℃で4時間インキュベートした。図11Cに示すように、MICA/B CAR抗原特異的細胞傷害性は、約5.2のはるかに低いEC50を有するMICA/B CAR+iNK細胞による、ベースライン(標的のみ)のカスパーゼ3/7+量の%としてのカスパーゼ3/7+標的細胞の%として測定された。
さらなる実験では、CAR陰性iNK対照およびMICA/B CAR+含有iNK細胞を、5:1のエフェクター/標的比で、786-0腎細胞腺がん細胞またはU-2 OS骨肉腫細胞のいずれかと3日間インキュベートした。iNKクエフェクター細胞の添加24時間前に、標的腫瘍細胞を2×103細胞/ウェルで播種した。CAR陰性iNK対照およびMICA/B CAR+含有iNK細胞を、CaSki子宮頸がん細胞またはA2058黒色腫細胞のいずれかと10:1のエフェクター/標的比で3日間インキュベートした。図12Aおよび12Bに示すように、データは、腫瘍細胞のみを対照としてウェルに正規化された時点ごとに残っている標的細胞の頻度としてプロットされ、MICA/B CAR+iNK細胞は広範囲の耐性MICA/B+腫瘍細胞株(1:786-O;2:U-2 OS;3:CaSki;4:A2058)に対して増強された細胞傷害性を示す。
MICA/B CAR+T細胞およびiNK細胞のインビボ機能を検証するために、ルシフェラーゼおよび表面検出可能なヒトMICAタンパク質を発現するように操作された1×105のNalm6白血病B細胞をNSGマウスに静脈内(i.v.)注射した。48時間後、MICA/B CAR T細胞(を投与されなかったNalm5 MICA+腫瘍のみの群(腫瘍のみ)に加えて、抗CD19(陽性対照)または抗MICA/B CARのいずれかで形質導入された2×106個の初代ヒトCD3+T細胞を静脈内投与した。マウスを臨床疾患の兆候について追跡し、28日間にわたる特定の時点で生物発光フラックス(腫瘍量)を評価し、図13に示すように、MICA/B CAR+T細胞はインビボで腫瘍量を低減する。
別の研究では、B16/F10黒色腫細胞は、表面検出可能なヒトMICAタンパク質を発現するように操作され、NSGマウス当たり2.5×104の細胞の用量で静脈内注射した。腫瘍移植後3日目に、抗MICA/B CARを発現するよう操作された2×106のプールした初代T細胞、または1×107のiNK細胞は、野生型B16/F10(MICA-)またはB16/F10MICA(MICA+)転移性腫瘍を含有するマウスに静脈内注射した。14日後、低倍率顕微鏡を使用して肺B16/F10転移(met)腫瘍の数を数え、図14に見られるように、T細胞とiNK細胞を含むMICA/B CARの両方がインビボで腫瘍量を低減する。
当業者は、本明細書に記載の方法、組成物、および産生物が例示的な実施形態の代表であり、本発明の範囲に対する限定として意図されていないことを容易に理解するであろう。本発明の範囲および趣旨から逸脱することなく、本明細書に開示される本開示に対して様々な置換および修正を行うことができることは当業者には容易に明らかであろう。
本明細書で言及されるすべての特許および刊行物は、本開示が属する当業者のレベルを示している。すべての特許および刊行物は、個々の刊行物が参照により組み込まれるものとして具体的かつ個別に示された場合と同じ程度に、参照により本明細書に組み込まれる。
本明細書に例示的に記載されている本開示は、本明細書に具体的に開示されていない任意の要素、制限がなくても実施することができる。したがって、例えば、本明細書の各場合において、「含む」、「本質的にからなる」、および「からなる」という用語のいずれかを、他の2つの用語のいずれかで置き換えることができる。使用されている用語および表現は、説明の用語として使用され、限定ではなく、そのような用語および表現の使用において、示され説明された特色またはその一部の同等物を除外する意図はないが、特許請求される本開示の範囲内で様々な修正が可能であると認識される。したがって、本開示は、好ましい実施形態および任意選択の特色によって具体的に開示されているが、本明細書に開示される概念の修正および変形は、当業者によって想到され得、そのような修正および変形は、添付の特許請求の範囲によって定義される本発明の範囲内であると考えられると理解されるべきである。
Claims (35)
- 細胞またはその集団であって、
(i)前記細胞が、(a)免疫細胞、(b)人工多能性細胞(iPSC)、クローンiPSC、もしくはiPS細胞株細胞、または(c)(b)の前記細胞を分化させることから得られた派生細胞であり、
(ii)前記細胞が、
(1)MICA/B-CAR(キメラ抗原受容体)をコードするポリヌクレオチド、または
(2)CD58およびCD54の一方または両方のノックアウトを含む、細胞またはその集団。 - 前記派生細胞が、造血細胞であり、末梢血、臍帯血、もしくは任意の他のドナー組織から得られたその天然の対応細胞と比較してより長いテロメアを含むか、または前記MICA/B-CARが、以下の特徴:
(i)T細胞特異的であること;
(ii)NK細胞特異的であること;
(iii)表面MICA/Bに結合すること;
(iv)MICA/Bの保存されたα3ドメインに結合するscFV(単鎖可変断片)を含むこと;
(v)配列番号33に対して少なくとも約99%、98%、96%、95%、90%、85%、または80%の同一性であるアミノ酸配列によって表される重鎖可変領域を含むこと;
(vi)配列番号34に対して少なくとも約99%、98%、96%、95%、90%、85%、または80%の同一性であるアミノ酸配列によって表される軽鎖可変領域を含むこと;
(vii)配列番号35または36に対して少なくとも約99%、98%、96%、95%、90%、85%、または80%の同一性であるアミノ酸配列によって表されるscFVを含むこと;
(viii)T細胞受容体(TCR)の第1の定常領域に機能的に連結されたMICA/B結合scFVの重鎖可変領域、およびT細胞受容体(TCR)の第2の定常領域に機能的に連結されたMICA/B結合scFVの軽鎖可変領域を含むこと;ならびに
(ix)B2M、TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、CIITA、RFXANK、RFX5、RFXAP、TCRαもしくはβ定常領域、NKG2A、NKG2D、CD38、CD25、CD58、CD54、CD56、CIS、CBL-B、SOCS2、PD1、CTLA4、LAG3、TIM3、またはTIGITを含む遺伝子遺伝子座のうちの1つに挿入され、任意選択で前記挿入が前記遺伝子座の前記遺伝子の発現をノックアウトすることのうちの少なくとも1つを有する、請求項1に記載の細胞またはその集団。 - 前記細胞が、
(i)CD38ノックアウト、
(ii)HLA-I欠損および/またはHLA-II欠損
(iii)天然の対応する細胞と比較して、B2Mヌルまたは低、任意選択でCIITAヌルまたは低、
(iv)HLA-Gもしくは切断不可能なHLA-Gの発現の導入、またはCD58およびCD54の一方もしくは両方のノックアウト、
(v)高親和性の切断不可能なCD16(hnCD16)またはそのバリアント、
(vi)MICA/B以外の標的特異性を有するキメラ抗原受容体(CAR)、
(vii)細胞表面発現外因性サイトカインまたはその受容体の部分的または完全なペプチド、
(viii)表1に列記される遺伝子型のうちの少なくとも1つ、
(ix)天然の対応する細胞と比較して、TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、CIITA、RFXANK、RFX5、RFXAP、TCRαもしくはβ定常領域、NKG2A、NKG2D、CD56、CIS、CBL-B、SOCS2、PD1、CTLA4、LAG3、TIM3、およびTIGITのうちの少なくとも1つにおける欠失または低減された発現、ならびに
(x)天然の対応する細胞と比較して、HLA-E、41BBL、CD3、CD4、CD8、CD16、CD47、CD113、CD131、CD137、CD80、PDL1、A2AR、抗原特異的TCR、Fc受容体、エンゲージャー、および二重もしくは多重特異性またはユニバーサルエンゲージャーと結合するための表面トリガー受容体のうちの少なくとも1つにおける導入されたまたは増加した発現のうちの1つ以上をさらに含む、請求項1に記載の細胞またはその集団。 - 前記細胞が、派生NKまたは派生T細胞であり、末梢血、臍帯血、または任意の他のドナー組織から得られたその天然の対応細胞と比較して、以下を含む以下の特徴:
(i)持続性および/もしくは生存の改善、
(ii)天然免疫細胞に対する耐性の増加、
(iii)細胞傷害性の増加、
(iv)腫瘍浸潤の改善、
(v)ADCCの増強もしくは獲得、
(vi)バイスタンダー免疫細胞を腫瘍部位に遊走させる、および/もしくは活性化するか、もしくは動員する能力の増強、
(vii)腫瘍免疫抑制を低下させる能力の増強、
(viii)腫瘍抗原エスケープの救済の改善された能力、
(ix)腫瘍抗原を安定化する能力、ならびに
(x)フラトリサイドを回避する能力、
を含む特徴のうちの少なくとも1つを有する、請求項1に記載の細胞またはその集団。 - 前記細胞が、高親和性の切断不可能なCD16(hnCD16)またはそのバリアントをさらに含む、請求項3に記載の細胞またはその集団。
- 前記高親和性の切断不可能なCD16(hnCD16)またはそのバリアントが、
(a)CD16の外部ドメインドメインのF176VおよびS197P、
(b)CD64に由来する完全または部分外部ドメイン、
(c)非天然(または非CD16)膜貫通ドメイン、
(d)非天然(または非CD16)細胞内ドメイン、
(e)非天然(または非CD16)シグナル伝達ドメイン、
(f)刺激ドメイン、ならびに
(g)CD16に由来せず、同じまたは異なるポリペプチドに由来する膜貫通、シグナル伝達、および刺激ドメイン、のうちの少なくとも1つを含む、請求項5に記載の細胞またはその集団。 - (a)前記非天然膜貫通ドメインが、CD3D、CD3E、CD3G、CD3ζ、CD4、CD8、CD8a、CD8b、CD27、CD28、CD40、CD84、CD166、4-1BB、OX40、ICOS、ICAM-1、CTLA-4、PD-1、LAG-3、2B4、BTLA、CD16、IL7、IL12、IL15、KIR2DL4、KIR2DS1、NKp30、NKp44、NKp46、NKG2C、NKG2D、もしくはT細胞受容体(TCR)ポリペプチドに由来するか、
(b)前記非天然刺激ドメインが、CD27、CD28、4-1BB、OX40、ICOS、PD-1、LAG-3、2B4、BTLA、DAP10、DAP12、CTLA-4、もしくはNKG2Dポリペプチドに由来するか、
(c)前記非天然シグナル伝達ドメインが、CD3ζ、2B4、DAP10、DAP12、DNAM1、CD137(41BB)、IL21、IL7、IL12、IL15、NKp30、NKp44、NKp46、NKG2C、もしくはNKG2Dポリペプチドに由来するか、または
(d)前記非天然膜貫通ドメインがNKG2Dに由来し、前記非天然刺激ドメインが2B4に由来し、前記非天然シグナル伝達ドメインがCD3ζに由来する、請求項6に記載の細胞またはその集団。 - 前記細胞が第2のCARをさらに含み、前記CARが、
(i)T細胞特異的もしくはNK細胞特異的であり、
(ii)二重特異性抗原結合CARであり、
(iii)切り替え可能なCARであり、
(iv)二量体化されたCARであり、
(v)分割CARであり、
(vi)多鎖CARであり、
(vii)誘導性CARであり、
(viii)組換えTCRであり、
(ix)別のCARと共発現され、
(x)、細胞表面発現外因性サイトカインもしくはその受容体の部分的もしくは完全なペプチドと、任意選択で別個の構築物もしくはバイシストロン性構築物において共発現され、
(xi)チェックポイント阻害剤と、任意選択で別個の構築物もしくはバイシストロン性構築物において共発現され、
(xii)CD19、BCMA、CD20、CD22、CD38、CD123、HER2、CD52、EGFR、GD2、MSLN、VEGF-R2、PSMA、およびPDL1のうちの少なくとも1つに特異的であり、ならびに/または
(xiii)ADGRE2、炭酸脱水酵素IX(CAlX)、CCRI、CCR4、がん胎児性抗原(CEA)、CD3、CD5、CD7、CD8、CD10、CD20、CD22、CD30、CD33、CD34、CD38、CD41、CD44、CD44V6、CD49f、CD56、CD70、CD74、CD99、CD123、CD133、CD138、CDS、CLEC12A、サイトメガロウイルス(CMV)感染細胞の抗原、上皮糖タンパク質2(EGP2)、上皮糖タンパク質-40(EGP-40)、上皮細胞接着分子(EpCAM)、EGFRvIII、受容体チロシンタンパク質キナーゼerb-B2、3、4、EGFIR、EGFR-VIII、ERBB葉酸結合タンパク質(FBP)、胎児のアセチルコリン受容体(AChR)、葉酸受容体-a、ガングリオシドG2(GD2)、ガングリオシドG3(GD3)、ヒト上皮増殖因子受容体2(HER-2)、ヒトテロメラーゼ逆転写酵素(hTERT)、ICAM-1、インテグリンB7、インターロイキン-13受容体サブユニットアルファ-2(IL-13Rα2)、κ-軽鎖、キナーゼ挿入ドメイン受容体(KDR)、ルイスA(CA19.9)、ルイスY(LeY)、L1細胞接着分子(L1-CAM)、LILRB2、黒色腫抗原ファミリーA1(MAGE-A1)、MICA/B、ムチン1(Muc-1)、ムチン16(Muc-16)、メソテリン(MSLN)、NKCSI、NKG2Dリガンド、c-Met、がん-精巣抗原NY-ESO-1、腫瘍胎児性抗原(h5T4)、PRAME、前立腺幹細胞抗原(PSCA)、PRAME前立腺特異的膜抗原(PSMA)、腫瘍関連糖タンパク質72(TAG-72)、TIM-3、TRBCI、TRBC2、血管内皮増殖因子R2(VEGF-R2)、ウィルムス腫瘍タンパク質(WT-1)、および病原体抗原のうちのいずれか1つに特異的であり、
前記(i)~(xiii)のうちのいずれか1つのCARは、任意選択でTRAC遺伝子座に挿入され、かつ/もしくはTCRの内因性プロモーターによって駆動され、かつ/または前記TCRが前記CAR挿入によってノックアウトされている、請求項3に記載の細胞またはその集団。 - 前記細胞が、細胞表面発現外因性サイトカインおよび/またはその受容体の部分的または完全なペプチドを含み、前記外因性サイトカインまたはその受容体が、
(a)IL2、IL4、IL6、IL7、IL9、IL10、IL11、IL12、IL15、IL18、IL21、およびそのそれぞれの受容体のうちの少なくとも1つを含むか、または
(b)
(i)自己切断ペプチドを使用することによるIL15とIL15Rαとの共発現、
(ii)IL15とIL15Rαとの融合タンパク質、
(iii)切断されたIL15Rαの細胞内ドメインを有するIL15/IL15Rα融合タンパク質、
(iv)IL15とIL15Rαの膜結合Sushiドメインとの融合タンパク質、
(v)IL15とIL15Rβとの融合タンパク質、
(vi)IL15と共通受容体γCとの融合タンパク質であって、前記共通受容体γCが、天然であるか、もしくは改変されている、融合タンパク質、および
(vii)(i)~(vii)のうちのいずれか1つが、別個の構築物またはバイシストロン性構築物において、CARと共発現され得る、IL15Rβのホモ二量体のうちの少なくとも1つを含み、
任意選択で、または
(c)一過性発現される、請求項3に記載の細胞またはその集団。 - 前記細胞が、派生NK細胞または派生T細胞であり、前記派生NK細胞が、T細胞を腫瘍部位に動員および/または遊走させることができ、前記派生NK細胞または前記派生T細胞は、1つ以上のチェックポイント阻害剤の存在下で腫瘍免疫抑制を低減することができる、請求項3に記載の細胞またはその集団。
- 前記チェックポイント阻害剤が、PD-1、PDL-1、TIM-3、TIGIT、LAG-3、CTLA-4、2B4、4-1BB、4-1BBL、A2aR、BATE、BTLA、CD39、CD47、CD73、CD94、CD96、CD160、CD200、CD200R、CD274、CEACAM1、CSF-1R、Foxpl、GARP、HVEM、IDO、EDO、TDO、LAIR-1、MICA/B、NR4A2、MAFB、OCT-2、Rara(レチノイン酸受容体アルファ)、TLR3、VISTA、NKG2A/HLA-E、または阻害性KIRを含む1つ以上のチェックポイント分子に対するアンタゴニストである、請求項8または10に記載の細胞またはその集団。
- 前記チェックポイント阻害剤が、
(a)アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、イピリムマブ、IPH4102、IPH43、IPH33、リリムマブ、モナリズマブ、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、およびそれらの誘導体もしくは機能的同等物のうちの1つ以上、または
(b)アテゾリズマブ、ニボルマブ、およびペムブロリズマブのうちの少なくとも1つ、を含む、請求項11に記載の細胞またはその集団。 - 前記派生細胞が、派生CD34細胞、派生造血幹細胞および前駆細胞、派生造血多分化能前駆細胞、派生T細胞前駆細胞、派生NK細胞前駆細胞、派生T細胞、派生NKT細胞、派生NK細胞、または派生B細胞を含む、請求項2に記載の細胞またはその集団。
- 前記細胞が、
(i)1つのセーフハーバー遺伝子座もしくは選択された遺伝子座に組み込まれた1つ以上の外因性ポリヌクレオチド、または
(ii)異なるセーフハーバー遺伝子座もしくは2つ以上の選択された遺伝子座に組み込まれた2つを超える外因性ポリヌクレオチド、を含む、請求項1に記載の細胞またはその集団。 - 前記セーフハーバー遺伝子座が、AAVS1、CCR5、ROSA26、コラーゲン、HTRP、H11、GAPDH、またはRUNX1のうちの少なくとも1つを含み、前記選択された遺伝子座が、B2M、TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、CIITA、RFXANK、RFX5、RFXAP、TCR、NKG2A、NKG2D、CD38、CD25、CD58、CD54、CD56、CIS、CBL-B、SOCS2、PD1、CTLA4、LAG3、TIM3、またはTIGITのうちの1つであり、前記外因性ポリヌクレオチドの組み込みが、任意選択で前記遺伝子座における前記遺伝子の発現をノックアウトし、任意選択で、前記外因性ポリヌクレオチドは、前記遺伝子座で内因性プロモーターの下で発現する、請求項14に記載の細胞またはその集団。
- 前記TCR遺伝子座が、TCRアルファまたはTCRベータの定常領域である、請求項15に記載の細胞またはその集団。
- 請求項1~16のいずれか一項に記載の細胞またはその集団を含む、組成物。
- 請求項1~16のいずれか一項に記載の派生細胞と、1つ以上の治療薬とを含む、治療用途のための組成物。
- 前記治療薬が、ペプチド、サイトカイン、チェックポイント阻害剤、マイトジェン、成長因子、小RNA、dsRNA(二本鎖RNA)、単核血液細胞、フィーダー細胞、フィーダー細胞構成要素もしくはその置換因子、目的の1つ以上のポリ核酸を含むベクター、抗体、化学療法剤もしくは放射性部分、または免疫調節薬(IMiD)を含む、請求項18に記載の組成物。
- (1)前記チェックポイント阻害剤が、
(a)PD-1、PDL-1、TIM-3、TIGIT、LAG-3、CTLA-4、2B4、4-1BB、4-1BBL、A2aR、BATE、BTLA、CD39、CD47、CD73、CD94、CD96、CD160、CD200、CD200R、CD274、CEACAM1、CSF-1R、Foxpl、GARP、HVEM、IDO、EDO、TDO、LAIR-1、MICA/B、NR4A2、MAFB、OCT-2、Rara(レチノイン酸受容体アルファ)、TLR3、VISTA、NKG2A/HLA-E、もしくは阻害性KIRを含むチェックポイント分子に対する1つ以上のアンタゴニスト、
(b)アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、イピリムマブ、IPH4102、IPH43、IPH33、リリムマブ、モナリズマブ、ニボルマブ、ペンブロリズマブ、およびそれらの誘導体もしくは機能的同等物のうちの1つ以上、
(c)アテゾリズマブ、ニボルマブ、およびペンブロリズマブのうちの少なくとも1つ、を含むか、または
(2)前記治療薬が、ベネトクラクス、アザシチジン、およびポマリドマイドのうちの1つ以上を含む、請求項19に記載の組成物。 - 前記抗体が、
(a)抗CD20、抗HER2、抗CD52、抗EGFR、抗CD123、抗GD2、抗PDL1、および/もしくは抗CD38抗体、
(b)リツキシマブ、ベルツズマブ、オファツムマブ、ウブリツキシマブ(ublituximab)、オカラツズマブ(ocaratuzumab)、オビヌツズマブ、トラスツズマブ、ペルツズマブ、アレムツズマブ、セルツキシマブ(certuximab)、ジヌツキシマブ、アベルマブ、ダラツムマブ、イサツキシマブ、MOR202、7G3、CSL362、エロツズマブ、およびそれらのヒト化もしくはFc改変されたバリアントもしくは断片、ならびにそれらの機能的同等物およびバイオシミラーのうちの1つ以上、または
(c)ダラツムマブを含み、前記派生造血細胞が、CD38ノックアウトを含む派生NK細胞または派生T細胞、および任意選択でhnCD16またはそのバリアントの発現を含む、請求項19に記載の組成物。 - 養子細胞療法に好適な対象に前記組成物を導入することによる、請求項17~21のいずれか一項に記載の組成物の治療用途であって、前記対象が、自己免疫障害、血液悪性腫瘍、固形腫瘍、がん、またはウイルス感染を有する、治療用途。
- 腫瘍細胞表面抗原MICA/Bに特異的なキメラ抗原受容体(CAR)であって、前記MICA/B-CARは以下の特徴:
(i)T細胞特異的であること、
(ii)NK細胞特異的であること、
(iii)表面MICA/Bに結合すること、
(iv)MICA/B抗原の腫瘍細胞表面シェディングを低減すること、
(v)腫瘍細胞表面MICA/B密度を増加すること、
(vi)MICA/Bの保存されたα3ドメインに結合するscFV(単鎖可変断片)を含むこと、
(vii)配列番号33に対して少なくとも約99%、98%、96%、95%、90%、85%、または80%の同一性であるアミノ酸配列によって表される重鎖可変領域を含むこと、
(viii)配列番号34に対して少なくとも約99%、98%、96%、95%、90%、85%、または80%の同一性であるアミノ酸配列によって表される軽鎖可変領域を含むこと、
(ix)配列番号35または36に対して少なくとも約99%、98%、96%、95%、90%、85%、または80%の同一性であるアミノ酸配列によって表されるscFVを含むこと、
(x)T細胞受容体(TCR)の第1の定常領域に機能的に連結されたMICA/B結合scFVの重鎖可変領域、およびT細胞受容体(TCR)の第2の定常領域に機能的に連結されたMICA/B結合scFVの軽鎖可変領域を含むこと、ならびに
(xi)B2M、TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、CIITA、RFXANK、RFX5、RFXAP、TCRαもしくはβ定常領域、NKG2A、NKG2D、CD38、CD25、CD58、CD54、CD56、CIS、CBL-B、SOCS2、PD1、CTLA4、LAG3、TIM3、またはTIGITを含む遺伝子遺伝子座のうちの1つに挿入されることであって、任意選択で前記挿入が前記遺伝子座の前記遺伝子の発現をノックアウトする、挿入されることのうちの少なくとも1つを有する、CAR。 - 前記CARがiPSCまたはエフェクター細胞で発現され、前記エフェクター細胞が1つ以上の以下の特徴:
(i)初代免疫細胞であるか、またはiPSCに由来すること、
(ii)腫瘍抗原エスケープを防ぐこと、
(iii)腫瘍微小環境抑制を克服すること、
(iv)前記CARを欠く対応するエフェクター細胞と比較して、エフェクター細胞の活性化および殺滅機能を増強すること、ならびに
(v)前記CARを欠く対応する細胞と比較して、インビボ腫瘍進行制御、腫瘍細胞量の低減、腫瘍クリアランス、および/または腫瘍を保有する対象の生存率の改善が可能であることを有する、請求項23に記載のCAR。 - 請求項23または24に記載のMICA/B-CARをコードするポリヌクレオチドを含む前記派生細胞を製造する方法であって、前記細胞がiPSCを分化させて前記派生細胞を得ることを含み、前記MICA/B-CARをコードするポリヌクレオチドが分化前の前記iPSC、またiPSC分化後の前記派生細胞に導入される、方法。
- 前記iPSCおよび/または前記派生細胞が、
(i)CD38ノックアウト、
(ii)HLA-I欠損および/またはHLA-II欠損、
(iii)天然の対応する細胞と比較して、B2Mヌルまたは低、任意選択でCIITAヌルまたは低、
(iv)HLA-Gもしくは切断不可能なHLA-Gの発現の導入、またはCD58およびCD54の一方もしくは両方のノックアウト、
(v)高親和性の切断不可能なCD16(hnCD16)またはそのバリアント、
(vi)MICA/B以外の標的特異性を有するキメラ抗原受容体(CAR)、
(vii)細胞表面発現外因性サイトカインまたはその受容体の部分的または完全なペプチド、
(viii)表1に列記される遺伝子型のうちの少なくとも1つ、
(ix)天然の対応する細胞と比較して、TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、CIITA、RFXANK、RFX5、RFXAP、TCRαもしくはβ定常領域、NKG2A、NKG2D、CD56、CIS、CBL-B、SOCS2、PD1、CTLA4、LAG3、TIM3、およびTIGITのうちの少なくとも1つにおける欠失または低減された発現、ならびに
(x)天然の対応する細胞と比較して、HLA-E、41BBL、CD3、CD4、CD8、CD16、CD47、CD113、CD131、CD137、CD80、PDL1、A2AR、抗原特異的TCR、Fc受容体、エンゲージャー、および二重もしくは多重特異性またはユニバーサルエンゲージャーと結合するための表面トリガー受容体のうちの少なくとも1つにおける導入されたまたは増加した発現のうちの1つ以上を含む、請求項25に記載の方法。 - クローンiPSCをゲノム操作して、
(i)CD38をノックアウトすること、
(ii)HLA-Iを破壊すること、および/またはHLA-IIを破壊すること、
(iii)B2MおよびCIITAをノックアウトすること、またはCD58およびCD54の一方もしくは両方をノックアウトすること、あるいは
(iv)HLA-Gもしくは切断不可能なHLA-G、高親和性の切断不可能なCD16もしくはそのバリアント、第2のCAR、および/または細胞表面発現外因性サイトカインもしくはその受容体の部分的もしくは完全なペプチドの発現を導入すること、
(v)天然の対応する細胞と比較して、TAP1、TAP2、タパシン、NLRC5、CIITA、RFXANK、RFX5、RFXAP、TCRαもしくはβ定常領域、NKG2A、NKG2D、CD56、CIS、CBL-B、SOCS2、PD1、CTLA4、LAG3、TIM3、およびTIGITのうちの少なくとも1つを欠失すること、またはその発現を低減すること、あるいは
(vi)天然の対応する細胞と比較して、HLA-E、41BBL、CD3、CD4、CD8、CD16、CD47、CD113、CD131、CD137、CD80、PDL1、A2AR、抗原特異的TCR、Fc受容体、エンゲージャー、および二重もしくは多重特異性またはユニバーサルエンゲージャーと結合するための表面トリガー受容体のうちの少なくとも1つに導入することまたはその発現を増加することをさらに含む、請求項25に記載の方法。 - 前記ゲノム操作することが、標的化された編集を含む、請求項27に記載の派生細胞を製造する方法。
- 前記標的化された編集が、欠失、挿入、またはイン/デルを含み、前記標的化された編集が、CRISPR、ZFN、TALEN、ホーミングヌクレアーゼ、相同組換え、またはこれらの方法の任意の他の機能的バリエーションによって実行される、請求項27に記載の派生細胞を製造する方法。
- クローンiPSCのCRISPR媒介編集であって、前記編集が、請求項23もしくは24のMICA/B CARをコードするポリヌクレオチドのノックイン、またはCD58およびCD54の一方もしくは両方のノックアウトを含み、前記編集されたクローンiPSCは、表1に列記されている遺伝子型のうちの少なくとも1つを含む、CRISPR媒介編集。
- クローンiPSCの前記編集がCD38をノックアウトすることをさらに含む、請求項30に記載のCRISPR媒介編集。
- 前記編集がTCR遺伝子座での前記MICA/B CARもしくは第2のCARの挿入をさらに含み、かつ/または前記CARがTCRの内因性プロモーターによって駆動され、かつ/または前記TCRが前記CARの挿入によってノックアウトされる、請求項30に記載のCRISPR媒介編集。
- 腫瘍細胞表面抗原MICA/Bを標的とする治療を改善する方法であって、請求項23または24に記載のMICA/B-CARを含む治療エフェクター細胞を必要とする対象に投与することを含む、方法。
- 前記エフェクター細胞が、T細胞、NK細胞、派生NK細胞、または派生T細胞を含み、前記細胞が、CD38ノックアウト、高親和性の切断不可能なCD16またはそのバリアントをさらに含み、任意選択で、
(i)HLA-I欠損および/またはHLA-II欠損、
(ii)B2MおよびCIITAノックアウト、
(iii)HLA-Gもしくは切断不可能なHLA-Gの発現の導入、またはCD58およびCD54の一方もしくは両方のノックアウト、
(iv)第2のCAR、および/または細胞表面発現外因性サイトカインもしくはその受容体の部分的もしくは完全なペプチドの発現の導入、ならびに/あるいは
(v)表1に列記されている遺伝子型のうちの少なくとも1つを含む、請求項33に記載の方法。 - 前記方法が、請求項23または24に記載のMICA/B-CARを有しないエフェクター細胞を使用する治療と比較して、1つ以上の以下の特徴:
(i)MICA/B抗原の腫瘍細胞表面シェディングを低減すること、
(ii)腫瘍細胞表面MICA/B密度を増加すること、
(iii)腫瘍抗原エスケープを防ぐこと、
(iv)腫瘍微小環境抑制を克服すること、
(v)エフェクター細胞の活性化および殺滅機能の増強、ならびに
(vi)インビボ腫瘍進行制御、腫瘍細胞負荷の低減、腫瘍クリアランス、および/または生存率の改善が可能であること
を含む、請求項33に記載の方法。
Applications Claiming Priority (5)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US201962875490P | 2019-07-17 | 2019-07-17 | |
US62/875,490 | 2019-07-17 | ||
US202063021560P | 2020-05-07 | 2020-05-07 | |
US63/021,560 | 2020-05-07 | ||
PCT/US2020/042657 WO2021011919A1 (en) | 2019-07-17 | 2020-07-17 | Immune effector cell engineering and use thereof |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2022541441A true JP2022541441A (ja) | 2022-09-26 |
JPWO2021011919A5 JPWO2021011919A5 (ja) | 2023-07-21 |
Family
ID=74211221
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2022502275A Pending JP2022541441A (ja) | 2019-07-17 | 2020-07-17 | 免疫エフェクター細胞操作およびその使用 |
Country Status (11)
Country | Link |
---|---|
US (2) | US20220275333A1 (ja) |
EP (1) | EP3999628A4 (ja) |
JP (1) | JP2022541441A (ja) |
KR (1) | KR20220035190A (ja) |
CN (1) | CN114258429A (ja) |
AU (1) | AU2020314969A1 (ja) |
BR (1) | BR112022000641A2 (ja) |
CA (1) | CA3146967A1 (ja) |
IL (1) | IL289830A (ja) |
MX (1) | MX2022000553A (ja) |
WO (1) | WO2021011919A1 (ja) |
Families Citing this family (19)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2023527530A (ja) * | 2020-07-15 | 2023-06-29 | 南京北恒生物科技有限公司 | 同種異系移植のための操作された免疫細胞 |
US11591381B2 (en) | 2020-11-30 | 2023-02-28 | Crispr Therapeutics Ag | Gene-edited natural killer cells |
JP2024505075A (ja) * | 2021-01-29 | 2024-02-02 | アロジーン セラピューティクス,インコーポレイテッド | 同種細胞産物のT細胞認識を軽減するための、TAP2、NLRC5、β2m、TRAC、RFX5、RFXAP及びRFXANKのうち1つ以上のノックダウン又はノックアウト |
WO2022179567A1 (zh) * | 2021-02-24 | 2022-09-01 | 克莱格医学有限公司 | Tigit工程化细胞及其组合物 |
WO2022179620A1 (zh) * | 2021-02-25 | 2022-09-01 | 克莱格医学有限公司 | Cd94工程化细胞及其组合物 |
WO2022187704A1 (en) * | 2021-03-05 | 2022-09-09 | Factor Bioscience Inc. | Engineered immune cell therapies |
CA3210702A1 (en) * | 2021-04-07 | 2022-10-13 | Century Therapeutics, Inc. | Gene transfer vectors and methods of engineering cells |
US20220389436A1 (en) * | 2021-05-26 | 2022-12-08 | FUJIFILM Cellular Dynamics, Inc. | Methods to prevent rapid silencing of genes in pluripotent stem cells |
WO2023278811A1 (en) | 2021-07-01 | 2023-01-05 | Indapta Therapeutics, Inc. | Engineered natural killer (nk) cells and related methods |
IL309797A (en) * | 2021-07-02 | 2024-02-01 | Fate Therapeutics Inc | Protected effector cells and their use in allogeneic cellular therapies |
WO2023023629A1 (en) * | 2021-08-18 | 2023-02-23 | Fate Therapeutics, Inc | Off-the-shelf ipsc-derived car-nk cell as monotherapy and in combination with antibody |
WO2023081896A1 (en) * | 2021-11-08 | 2023-05-11 | Fate Therapeutics, Inc. | Engineered effector cells for trafficking of allogeneic cell therapies in solid tumors |
AU2022382407A1 (en) * | 2021-11-08 | 2024-05-23 | Fate Therapeutics, Inc. | Engineered effector cells and methods of enhancing ubiquitous targeting of solid tumors |
WO2023196994A1 (en) * | 2022-04-08 | 2023-10-12 | Fate Therapeutics, Inc. | Cells having solid tumor targeting backbone and use thereof |
WO2023215724A1 (en) * | 2022-05-01 | 2023-11-09 | Factor Bioscience Inc. | Methods for reprogramming and gene editing cells |
WO2024007020A1 (en) | 2022-06-30 | 2024-01-04 | Indapta Therapeutics, Inc. | Combination of engineered natural killer (nk) cells and antibody therapy and related methods |
WO2024047563A1 (en) * | 2022-09-02 | 2024-03-07 | Janssen Biotech, Inc. | Materials and processes for engineering hypoimmunogenicity |
WO2024068617A1 (en) * | 2022-09-26 | 2024-04-04 | Institut Curie | Myeloid cells expressing il-2 and uses thereof for quick anticancer therapy |
WO2024073440A1 (en) * | 2022-09-27 | 2024-04-04 | Genentech, Inc. | Inhibition of genotoxic stress to improve t cell engineering |
Family Cites Families (9)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
EP2039766A4 (en) * | 2006-06-05 | 2010-06-16 | Univ Hiroshima | IMMUNOCOMPETENT CELL HAVING ANTI-CD38 ANTIBODY ON ITS SURFACE |
WO2016154585A1 (en) * | 2015-03-26 | 2016-09-29 | Charles Sentman | Anti-mica antigen binding fragments, fusion molecules, cells which express and methods of using |
US9790490B2 (en) * | 2015-06-18 | 2017-10-17 | The Broad Institute Inc. | CRISPR enzymes and systems |
CN108368520B (zh) * | 2015-11-04 | 2023-01-17 | 菲特治疗公司 | 多能细胞的基因组工程改造 |
WO2018217688A1 (en) * | 2017-05-22 | 2018-11-29 | Dana-Farber Cancer Institute, Inc. | Compositions and methods for inhibition of mica/b shedding |
AU2018359907A1 (en) * | 2017-11-06 | 2020-05-07 | Fred Hutchinson Cancer Center | Combination of a cell therapy and a gamma secretase inhibitor |
JP2021505207A (ja) * | 2017-12-05 | 2021-02-18 | セリアド エス.アー.Celyad S.A. | Nkg2dベースの受容体を発現する免疫細胞のフラトリサイドの減少 |
EP3720946A4 (en) * | 2017-12-08 | 2021-08-18 | Fate Therapeutics, Inc. | IMMUNOTHERAPIES USING IMPROVED CSPI-DERIVED EFFECTIVE CELLS |
EP3728563A4 (en) * | 2017-12-22 | 2021-11-10 | Fate Therapeutics, Inc. | ENHANCED IMMUNE EFFECTIVE CELLS AND THEIR USE |
-
2020
- 2020-07-17 CN CN202080058417.7A patent/CN114258429A/zh active Pending
- 2020-07-17 MX MX2022000553A patent/MX2022000553A/es unknown
- 2020-07-17 KR KR1020227005062A patent/KR20220035190A/ko unknown
- 2020-07-17 BR BR112022000641A patent/BR112022000641A2/pt unknown
- 2020-07-17 WO PCT/US2020/042657 patent/WO2021011919A1/en unknown
- 2020-07-17 JP JP2022502275A patent/JP2022541441A/ja active Pending
- 2020-07-17 EP EP20839948.5A patent/EP3999628A4/en active Pending
- 2020-07-17 AU AU2020314969A patent/AU2020314969A1/en active Pending
- 2020-07-17 US US17/627,574 patent/US20220275333A1/en active Pending
- 2020-07-17 CA CA3146967A patent/CA3146967A1/en active Pending
-
2021
- 2021-01-29 US US17/163,040 patent/US20210163622A1/en active Pending
-
2022
- 2022-01-13 IL IL289830A patent/IL289830A/en unknown
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
US20210163622A1 (en) | 2021-06-03 |
CA3146967A1 (en) | 2021-01-21 |
EP3999628A4 (en) | 2024-03-13 |
AU2020314969A1 (en) | 2022-02-03 |
IL289830A (en) | 2022-03-01 |
WO2021011919A1 (en) | 2021-01-21 |
KR20220035190A (ko) | 2022-03-21 |
MX2022000553A (es) | 2022-04-25 |
US20220275333A1 (en) | 2022-09-01 |
EP3999628A1 (en) | 2022-05-25 |
BR112022000641A2 (pt) | 2022-03-29 |
CN114258429A (zh) | 2022-03-29 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
US11365394B2 (en) | Enhanced immune effector cells and use thereof | |
US20210163622A1 (en) | Immune effector cell engineering and use thereof | |
JP2024020364A (ja) | 増強されたiPSC由来のエフェクター細胞を用いた免疫療法 | |
EP3775228A1 (en) | Engineered immune effector cells and use thereof | |
JP2022548943A (ja) | 複数標的化エフェクター細胞およびその使用 | |
US20240131156A1 (en) | Enhanced chimeric antigen receptor for immune effector cell engineering and use thereof | |
WO2020117526A1 (en) | IMMUNOTHERAPIES USING ENHANCED iPSC DERIVED EFFECTOR CELLS | |
US20240115602A1 (en) | Enhanced chimeric antigen receptor for immune effector cell engineering and use thereof | |
KR20210139472A (ko) | 조작된 iPSC 및 면역 효과기 세포에서의 CD3 재구성 | |
JP2023530704A (ja) | 免疫療法で使用するためのiPSC由来エフェクター細胞型の組み合わせ | |
US20230381235A1 (en) | Multiplexed engineered ipscs and immune effector cells targeting solid tumors | |
AU2022304599A1 (en) | Protected effector cells and use thereof for allogeneic adoptive cell therapies |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20230712 |
|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20230712 |