JP2024510996A - 生物学的サンプル処理のための組成物および方法 - Google Patents

Abstract

生物学的サンプルを処理するための方法、装置、およびシステムが提供される。例示的な方法は、上記生物学的サンプルのアリコートと関連付けられるスワブをサンプル輸送媒体に移す工程を包含する。上記方法は、標的物質（例えば、細胞または核酸）を、標的物質の抽出、増幅、および検出のために上記サンプル輸送媒体へと効率的に移すことを提供し得る。実施形態１は、少なくとも１種の分解酵素および洗浄剤、ならびに必要に応じて緩衝剤および／または二価カチオンキレート剤を含む組成物である。

Description

関連出願の相互参照
本出願は、２０２１年３月１５日出願の米国仮特許出願第６３／１６１，３２０号および２０２２年１月５日出願の米国仮特許出願第６３／２９６，８０４号（これらの内容は、それらの全体において本明細書に参考として援用される）の優先権の利益を主張する。

技術分野
本開示は、生物工学の分野に関する。より詳細には、本開示は、生物学的サンプルを、例えば、その後の分析手順における使用のための調製において処理するための方法および組成物に関する。

緒言および概要
被験体に由来する生物学的サンプルは、種々の方法を使用して調製され、その結果、上記サンプルは、貯蔵、処理、および分析に適している。サンプル貯蔵全体を通じて、およびサンプル処理中に必要とされるだけ長い期間、上記サンプル中の標的分析物は、保存されなければならないが、上記サンプル中のいかなる潜在的に感染性の因子も、不活性化されなければならない。サンプル輸送媒体は、上記サンプル供給源からの収集後の時間の間に、さらなる分析のために核酸を安定化するために一般に使用される。サンプル輸送媒体は、感染性病原体が複製するかまたは宿主に感染する能力を破壊するようにも働き得る。

固体または粘性物質（例えば、粘液；凝塊）を含むサンプルは、特に難題であり得る。例えば、このようなサンプルは、上記サンプルを効率的に処理および分析するために必要とされる検体を移す工程（自動化プラットフォームによって行われるものを含む）を複雑にし得る。場合によっては、このようなサンプルは、低温（例えば、４℃、－２０℃、および－７０℃）における貯蔵中に沈殿を形成し得、これは、その後のサンプルのピペット操作および自動化機器への装填を複雑にし得る。このようなサンプルの粘性の低減および／または溶解もしくは別の方法での液化は、このような困難を低減または排除し得る。

従って、貯蔵、処理、および分析のためのサンプルを調製するために単純で効率的、かつ迅速な方法が未だに必要である。改善されたサンプル輸送媒体は、この必要性を満たし得るか、または他の利点を提供し得る。

よって、本開示によって提供されるものの中には、以下の実施形態が存在する。

実施形態１は、少なくとも１種の分解酵素および洗浄剤、ならびに必要に応じて緩衝剤および／または二価カチオンキレート剤を含む組成物である。

実施形態２は、実施形態１に記載の組成物であって、ここで上記少なくとも１種の分解酵素は、２種の分解酵素である組成物である。

実施形態３は、実施形態１または２に記載の組成物であって、ここで上記少なくとも１種の分解酵素は、リパーゼを含む組成物である。

実施形態４は、前述の実施形態のいずれか１つに記載の組成物であって、ここで上記少なくとも１種の分解酵素は、プロテアーゼを含む組成物である。

実施形態５は、前述の実施形態のいずれか１つに記載の組成物であって、ここで上記分解酵素は、アミラーゼを含む組成物である。

実施形態６は、前述の実施形態のいずれか１つに記載の組成物であって、ここで上記分解酵素は、リパーゼ、プロテアーゼ、およびアミラーゼを含む組成物である。

実施形態７は、前述の実施形態のいずれか１つに記載の組成物であって、ここで上記分解酵素は、カルボヒドラーゼを含む組成物である。

実施形態８は、前述の実施形態のいずれか１つに記載の組成物であって、ここで上記分解酵素は、リパーゼ、プロテアーゼ、アミラーゼ、およびカルボヒドラーゼを含む組成物である。

実施形態９は、前述の実施形態のいずれか１つに記載の組成物であって、ここで少なくとも１種の分解酵素は、約１～１０％ ｖ／ｖ、約１～４％ ｖ／ｖ、約３～６％ ｖ／ｖ、約３％ ｖ／ｖ、または約６％ ｖ／ｖで存在する組成物である。

実施形態１０は、前述の実施形態のいずれか１つに記載の組成物であって、ここで上記少なくとも１種の分解酵素の各々は、約１～４％ ｖ／ｖ、約１～１０％ ｖ／ｖ、約３～６％ ｖ／ｖ、または約６％ ｖ／ｖで存在する組成物である。

実施形態１１は、実施形態４～９のいずれか１つに記載の組成物であって、ここで上記プロテアーゼは、約１～１０容積％の濃度で存在する組成物である。

実施形態１２は、実施形態４～９のいずれか１つに記載の組成物であって、ここで上記プロテアーゼは、約６容積％の濃度で存在する組成物である。

実施形態１３は、実施形態１～８のいずれか１つに記載の組成物であって、ここで少なくとも１種の分解酵素は、約１～１０％ ｗ／ｖ、約１～４％ ｗ／ｖ、約３～６％ ｗ／ｖ、約３％ ｗ／ｖ、または約６％ ｗ／ｖで存在する組成物である。

実施形態１４は、実施形態１～８または１３のいずれか１つに記載の組成物であって、ここで上記少なくとも１種の分解酵素の各々は、約１～４％ ｗ／ｖ、約１～１０％ ｗ／ｖ、約３～６％ ｗ／ｖ、または約６％ ｗ／ｖで存在する組成物である。

実施形態１５は、実施形態４～８または１３のいずれか１つに記載の組成物であって、ここで上記プロテアーゼは、約１～１０％ ｗ／ｖの濃度で存在する組成物である。

実施形態１６は、実施形態４～８または１３のいずれか１つに記載の組成物であって、ここで上記プロテアーゼは、約６％ ｗ／ｖの濃度で存在する組成物である。

実施形態１７は、実施形態４～９または１３のいずれか１つに記載の組成物であって、ここで上記プロテアーゼは、セリンプロテアーゼまたは複数のプロテアーゼを含む組成物である。

実施形態１８は、実施形態４～９または１３のいずれか１つに記載の組成物であって、ここで上記プロテアーゼは、サブチリシンを含み、必要に応じてここで上記サブチリシンは、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｌｅｎｔｕｓに由来するサブチリシンまたはｓａｖｉｎａｓｅである組成物である。

実施形態１９は、前述の実施形態のいずれか１つに記載の組成物であって、ここで上記洗浄剤は、アニオン性洗浄剤を含む組成物である。

実施形態２０は、前述の実施形態のいずれか１つに記載の組成物であって、ここで上記洗浄剤は、アルキルスルフェートを含む組成物である。

実施形態２１は、直前の実施形態に記載の組成物であって、ここで上記洗浄剤は、ドデシルスルフェートを含む組成物である。

実施形態２２は、前述の実施形態のいずれか１つに記載の組成物であって、ここで上記洗浄剤は、ナトリウム塩を含む組成物である。

実施形態２３は、前述の実施形態のいずれか１つに記載の組成物であって、ここで上記洗浄剤は、リチウム塩を含む組成物である。

実施形態２４は、直前の実施形態に記載の組成物であって、ここで上記リチウム塩は、ラウリル硫酸リチウムである組成物である。

実施形態２５は、前述の実施形態のいずれか１つに記載の組成物であって、ここで上記洗浄剤は、非イオン性または双性イオン性洗浄剤を含む組成物である。

実施形態２６は、前述の実施形態のいずれか１つに記載の組成物であって、洗浄剤増進剤、カップリング剤、または錯化剤を含む組成物である。

実施形態２７は、前述の実施形態のいずれか１つに記載の組成物であって、ここで上記洗浄剤増進剤、カップリング剤、または錯化剤は、キシレンスルホン酸ナトリウム、ゼオライト、ジホスフェート、トリホスフェート、ホスホネート、カーボネート、シトレート、ニトリロ三酢酸、エチレンジアミン四酢酸、ジエチレントリアミン五酢酸、アルキルコハク酸もしくはアルケニルコハク酸、可溶性シリケート、または層化シリケートを含み；必要に応じて上記層化シリケートは、Ｈｏｅｃｈｓｔ ＳＫＳ－６である、組成物である。

実施形態２８は、前述の実施形態のいずれか１つに記載の組成物であって、ここで上記洗浄剤は、上記組成物の約１０重量％未満において存在し、必要に応じて上記洗浄剤は、上記組成物の約０．０５～１０重量％、または上記組成物の約０．１～０．１５重量％で存在する、組成物である。

実施形態２９は、実施形態１～２７のいずれか１つに記載の組成物であって、ここで上記洗浄剤は、約１０％ ｗ／ｖ未満で存在し、必要に応じてここで上記洗浄剤は、約０．０５～１０％ ｗ／ｖ、または約０．１～０．１５％ ｗ／ｖで存在する組成物である。

実施形態３０は、前述の実施形態のいずれか１つに記載の組成物であって、漂白システムをさらに含む組成物である。

実施形態３１は、直前の実施形態に記載の組成物であって、ここで上記漂白システムは、Ｈ_２Ｏ_２の供給源を含む、組成物である。

実施形態３２は、直前の実施形態に記載の組成物であって、ここで上記Ｈ_２Ｏ_２の供給源は、過ホウ酸塩または過炭酸塩を含む、組成物である。

実施形態３３は、実施形態２５または２６に記載の組成物であって、ここで上記Ｈ_２Ｏ_２の供給源は、過酸形成漂白アクチベーターを含む組成物である。

実施形態３４は、直前の実施形態に記載の組成物であって、ここで上記過酸形成漂白アクチベーターは、テトラアセチルエチレンジアミンまたはノナノイルオキシベンゼンスルホネートを含む組成物である。

実施形態３５は、前述の実施形態のいずれか１つに記載の組成物であって、安定化剤をさらに含む組成物である。

実施形態３６は、直前の実施形態に記載の組成物であって、ここで上記安定化剤は、プロピレングリコール、ポリオール、糖、糖アルコール、乳酸、ホウ酸、またはホウ酸誘導体を含む、組成物である。

実施形態３７は、直前の実施形態に記載の組成物であって、ここで上記ホウ酸誘導体は、ホウ酸エステル、芳香族ホウ酸エステル、フェニルボロン酸を含み、必要に応じて上記フェニルは、置換されたフェニル、または４－ホルミルフェニルボロン酸である、組成物である。

実施形態３８は、前述の実施形態のいずれか１つに記載の組成物であって、クレイ、発泡ブースター、消泡因子、耐腐食剤、土壌懸濁剤、土壌再沈着防止剤、殺菌剤、変色防止剤、またはヒドロトロープのうちの１種またはこれより多くのものをさらに含み、必要に応じて上記ヒドロトロープは、尿素、トシレート、クメンスルホネートまたはキシレンスルホネートを含む、組成物である。

実施形態３９は、前述の実施形態のいずれか１つに記載の組成物であって、界面活性剤をさらに含む組成物である。

実施形態４０は、直前の実施形態に記載の組成物であって、ここで上記界面活性剤は、上記組成物の約１０重量％未満で存在し、必要に応じて上記界面活性剤は、上記組成物の約０．５～１０重量％または上記組成物の約２～６重量％で存在する、組成物である。

実施形態４１は、実施形態３９に記載の組成物であって、ここで上記界面活性剤は、約１０％ ｗ／ｖ未満で存在し、必要に応じてここで上記界面活性剤は、約０．１％ ｗ／ｖ～０．３％ ｗ／ｖで存在する組成物である。

実施形態４２は、実施形態３９～４１のいずれか１つに記載の組成物であって、ここで上記界面活性剤は、部分的にフッ素化したアルキルポリエーテル、ｃ１２－ｃ１４－二級エトキシ化アルコール、アニオン性低発泡性界面活性剤、またはこれらの組み合わせを含む組成物である。

実施形態４３は、実施形態１～４０のいずれか１つに記載の組成物であって、Ｅｎｄｏｚｉｍｅ ＡＷ Ｔｒｉｐｌｅ Ｐｌｕｓ ｗｉｔｈ ＡＰＡ、Ｅｎｄｏｚｉｍｅ Ｘｔｒｅｍｅ Ｐｏｗｅｒ、Ｅｌｅｍｅｎｔｕｍ、Ｅｌｅｍｅｎｔｕｍ ＡＷ、およびＥｎｄｏｚｉｍｅ ＢｉｏＣｌｅａｎから選択される酵素系洗浄剤製品の構成要素を含む組成物である。

実施形態４４は、実施形態４３に記載の組成物であって、ここで上記酵素系洗浄剤製品（ｅｎｚｙｍａｔｉｃ ｄｅｔｅｒｇｅｎｔ ｐｒｏｄｕｃｔ）の構成要素は、水；リン酸塩緩衝剤；アニオン性洗浄剤；および二価カチオンキレート剤のうちの１またはこれより多くのものを含む溶液中で希釈される組成物である。

実施形態４５は、実施形態４４に記載の組成物であって、ここで上記酵素系洗浄剤製品の構成要素は、それらの元々の濃度の約１％～８０％へと希釈される、組成物である。

実施形態４６は、実施形態４４に記載の組成物であって、ここで上記酵素系洗浄剤製品の構成要素は、それらの元々の濃度の約４０％～７５％、それらの元々濃度の約１％～１０％、それらの元々濃度の約３％～６％、またはそれらの元々濃度の約６％へと希釈される、組成物である。

実施形態４７は、前述の実施形態のいずれか１つに記載の組成物であって、３～１４のｐＨを有する組成物である。

実施形態４８は、前述の実施形態のいずれか１つに記載の組成物であって、３～４、４～５、５～６、６～７、７～８、８～９、９～１０、１０～１１、１１～１２、１２～１３、または１３～１４のｐＨを有する組成物である。

実施形態４９は、前述の実施形態のいずれか１つに記載の組成物であって、上記緩衝剤は、リン酸塩緩衝剤、またはそのアルカリ塩である組成物である。

実施形態５０は、前述の実施形態のいずれか１つに記載の組成物であって、ここで上記緩衝剤は、リン酸ナトリウムを含む組成物である。

実施形態５１は、前述の実施形態のいずれか１つに記載の組成物であって、ここで上記緩衝剤は、ＨＥＰＥＳを含む組成物である。

実施形態５２は、前述の実施形態のいずれか１つに記載の組成物であって、ここで上記二価カチオンキレート剤は、マグネシウムキレート剤および／またはカルシウムキレート剤を含む組成物である。

実施形態５３は、前述の実施形態のいずれか１つに記載の組成物であって、ここで上記二価カチオンキレート剤は、Ｔｒｉｌｏｎ Ｍ、クエン酸三ナトリウム、ＥＤＴＡ、またはＥＧＴＡを含む組成物である。

実施形態５４は、前述の実施形態のいずれか１つに記載の組成物であって、ここで上記組成物は、保存剤をさらに含む組成物である。

実施形態５５は、直前の実施形態に記載の組成物であって、ここで上記保存剤は、殺微生物剤（ｍｉｃｒｏｂｉｃｉｄｅ）、殺菌剤（ｂａｃｔｅｒｉｃｉｄｅ）、殺生物剤、および／または殺真菌剤を含む組成物である。

実施形態５６は、実施形態５４に記載の組成物であって、ここで上記保存剤は、ベンゾイソチアゾリノン（ＢＩＴ）を含む組成物である。

実施形態５７は、前述の実施形態のいずれか１つに記載の組成物であって、生物学的サンプルをさらに含む組成物である。

実施形態５８は、直前の実施形態に記載の組成物であって、ここで上記生物学的サンプルは、少なくとも１種の粘性ポリマーを含む組成物である。

実施形態５９は、直前の実施形態に記載の組成物であって、ここで上記少なくとも１種の粘性ポリマーは、ポリサッカリドを含む組成物である。

実施形態６０は、実施形態５８に記載の組成物であって、ここで上記少なくとも１種の粘性ポリマーは、細胞外核酸を含む組成物である。

実施形態６１は、実施形態５７～６０のいずれか１つに記載の組成物であって、ここで上記生物学的サンプルは、脂質を含む組成物である。

実施形態６２は、実施形態５７～６１のいずれか１つに記載の組成物であって、ここで上記生物学的サンプルは、脂質相または脂質エマルジョンを含む組成物である。

実施形態６３は、実施形態５７～６２のいずれか１つに記載の組成物であって、ここで上記生物学的サンプルは、タンパク質、ムチン、喀痰、唾液、鼻汁、粘液様分泌物（ｍｕｃｏｉｄａｌ ｓｅｃｒｅｔｉｏｎ）、鼻粘液、肺分泌物、尿、血液、血漿、または血清を含む組成物である。

実施形態６４は、実施形態５７～６３のいずれか１つに記載の組成物であって、ここで上記生物学的サンプルは、１またはこれより多くの薬学的分子をさらに含む組成物である。

実施形態６５は、実施形態５７～６４のいずれか１つに記載の組成物であって、ここで上記生物学的サンプルは、植物または動物起源である組成物である。

実施形態６６は、実施形態５７～６５のいずれか１つに記載の組成物であって、ここで上記生物学的サンプルは、粒状物質を含む。

実施形態６７は、実施形態５７～６６のいずれか１つに記載の組成物であって、ここで上記生物学的サンプルは、懸濁物である組成物である。

実施形態６８は、実施形態５７～６７のいずれか１つに記載の組成物であって、ここで上記生物学的サンプルは、哺乳動物起源である組成物である。

実施形態６９は、実施形態５７～６８のいずれか１つに記載の組成物であって、ここで上記生物学的サンプルは、ヒト起源である組成物である。

実施形態７０は、実施形態１～６９のいずれか１つに記載の組成物であって、標的サンプルをさらに含む組成物である。

実施形態７１は、実施形態７０に記載の組成物であって、ここで上記標的サンプルは、核酸を含む組成物である。

実施形態７２は、実施形態７１に記載の組成物であって、ここで上記核酸は、ＲＮＡである組成物である。

実施形態７３は、実施形態７１に記載の組成物であって、ここで上記核酸は、ＤＮＡである組成物である。

実施形態７４は、実施形態５７～６９のいずれか１つに記載の組成物であって、ここで上記生物学的サンプルは、呼吸器病原体を含むかまたは含むと疑われる組成物である。

実施形態７５は、実施形態７４に記載の組成物であって、ここで上記呼吸器病原体は、ウイルスである組成物である。

実施形態７６は、実施形態７４に記載の組成物であって、ここで上記呼吸器病原体は、コロナウイルス、パラインフルエンザウイルス（ＨＰＩＶ）、インフルエンザウイルス、アデノウイルス、ヒトメタニューモウイルス（ＨＭＰＶ）、ライノウイルス、エンテロウイルス、ＲＳウイルスである組成物である。

実施形態７７は、実施形態７４に記載の組成物であって、ここで上記呼吸器病原体は、細菌である組成物である。

実施形態７８は、実施形態７５に記載の組成物であって、ここで上記細菌は、Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ， Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ， Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ， Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、またはメチシリン耐性Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ（ＭＲＳＡ）である組成物である。

実施形態７９は、実施形態７４に記載の組成物であって、ここで上記呼吸器病原体は、真菌である組成物である。

実施形態８０は、実施形態７９に記載の組成物であって、ここで上記真菌は、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｆｕｍｉｇａｔｕｓ、Ｂｌａｓｔｏｍｙｃｅｓ ｄｅｒｍａｔｉｔｉｄｉｓ、Ｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ ｉｍｍｉｔｉｓ、Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｅｏｆｏｒｍａｎｓ、Ｈｉｓｔｏｐｌａｓｍａ ｃａｐｓｕｌａｔｕｍ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ種、Ｍｕｃｏｒ種、またはＰｎｅｕｍｏｃｙｓｔｉｓ ｊｉｒｏｖｅｃｉｉである組成物である。

実施形態８１は、実施形態５７～８０のいずれか１つに記載の組成物であって、サンプルタイプが肺サンプルのうちのいずれかのタイプであり、必要に応じて、喀痰、鼻粘膜（ｎａｓａｌ ｍｕｃｏｕｓ）、鼻汁、中咽頭スワブサンプル、気管支肺胞洗浄液、気管支洗浄物、および鼻咽頭スワブサンプルから選択される、組成物である。

実施形態８２は、生物学的サンプルを処理する方法であって、上記方法は、上記生物学的サンプルと、実施形態１～８１のいずれか１項に記載の組成物とを接触させる工程を包含する方法である。

実施形態８３は、感染性病原体を不活性化する方法であって、上記方法は、上記生物学的サンプルと、実施形態１～８２のいずれか１項に記載の組成物とを接触させる工程を包含する方法である。

実施形態８４は、実施形態８３に記載の方法であって、ここで上記生物学的サンプルは、少なくとも１種の粘性ポリマーを含む方法である。

実施形態８５は、実施形態８３に記載の方法であって、ここで上記少なくとも１種の粘性ポリマーは、ポリサッカリドを含む方法である。

実施形態８６は、実施形態８３に記載の方法であって、ここで上記少なくとも１種の粘性ポリマーは、細胞外核酸を含む方法である。

実施形態８７は、実施形態８２～８８のいずれか１つに記載の方法であって、ここで上記生物学的サンプルは、脂質を含む方法である。

実施形態８８は、実施形態８２～８７のいずれか１つに記載の方法であって、ここで上記脂質は、脂質相または脂質エマルジョンを含む方法である。

実施形態８９は、実施形態８２～８８のいずれか１つに記載の方法であって、ここで上記生物学的サンプルは、タンパク質、ムチン、喀痰、唾液、鼻汁、粘液様分泌物（ｍｕｃｏｉｄａｌ ｓｅｃｒｅｔｉｏｎ）、鼻粘液、肺分泌物、尿、血液、血漿、または血清を含む方法である。

実施形態９０は、実施形態８２～８９のいずれか１つに記載の方法であって、ここで上記生物学的サンプルは、植物または動物起源である方法である。

実施形態９１は、実施形態８２～９０のいずれか１つに記載の方法であって、ここで上記生物学的サンプルは、哺乳動物起源である方法である。

実施形態９２は、実施形態８２～９１のいずれか１つに記載の方法であって、ここで上記生物学的サンプルは、ヒト起源である方法である。

実施形態９３は、実施形態８２～９２のいずれか１つに記載の方法であって、標的サンプルをさらに含む方法である。

実施形態９４は、実施形態９３に記載の方法であって、ここで上記標的サンプルは、核酸を含む方法である。

実施形態９５は、実施形態９４に記載の方法であって、ここで上記核酸は、ＲＮＡである方法である。

実施形態９６は、実施形態９４に記載の方法であって、ここで上記核酸は、ＤＮＡである方法である。

実施形態９７は、実施形態８２～９６のいずれか１つに記載の方法であって、ここで上記生物学的サンプルは懸濁物である方法である。

実施形態９８は、実施形態８２～９７のいずれか１つに記載の方法であって、ここで上記生物学的サンプルは、粒状物質を含む方法である。

実施形態９９は、実施形態８２～９８のいずれか１つに記載の方法であって、ここで上記生物学的サンプルは、呼吸器病原体を含むかまたは含むと疑われる方法である。

実施形態１００は、実施形態９９に記載の方法であって、ここで上記呼吸器病原体は、ウイルスである方法である。

実施形態１０１は、実施形態１００に記載の方法であって、ここで上記ウイルスは、コロナウイルス、パラインフルエンザウイルス（ＨＰＩＶ）、インフルエンザウイルス、アデノウイルス、ヒトメタニューモウイルス（ＨＭＰＶ）、ライノウイルス、エンテロウイルス、ＲＳウイルスである方法である。

実施形態１０２は、実施形態９９に記載の方法であって、ここで上記呼吸器病原体は、細菌である方法である。

実施形態１０３は、実施形態１０２に記載の方法であって、ここで上記細菌は、Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ， Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ， Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ， Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、またはメチシリン耐性Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ（ＭＲＳＡ）である方法である。

実施形態１０４は、実施形態８２～１０３のいずれか１つに記載の組成物であって、サンプルタイプが肺サンプルのうちのいずれかのタイプであり、必要に応じて、喀痰、鼻粘膜（ｎａｓａｌ ｍｕｃｏｕｓ）、鼻汁、中咽頭スワブサンプル、気管支肺胞洗浄液、気管支洗浄物、および鼻咽頭スワブサンプルから選択される、組成物である。

実施形態１０５は、実施形態８２～１０４のいずれか１項に記載の方法であって、上記方法は、上記核酸を増幅させる工程をさらに包含する方法である。

実施形態１０６は、実施形態８２～１０５のいずれか１つに記載の方法であって、ここで上記生物学的サンプルは、コートまたはエンベロープを有するウイルスを含み、上記方法は、上記コートまたはエンベロープから核酸を放出させる工程をさらに包含する方法である。

実施形態１０７は、実施形態８２～１０６のいずれか１つに記載の方法であって、ここで上記生物学的サンプルは、少なくとも１種の標的核酸を含み、上記方法は、上記標的核酸を少なくとも１つの捕捉プローブで捕捉する工程または上記標的核酸を沈殿もしくはクロマトグラフィーによって単離する工程を包含する方法である。

実施形態１０８は、実施形態１～５６のいずれか１つに記載の組成物を含むキットである。

実施形態１０９は、実施形態１０８に記載のキットであって、ここで上記組成物は、チューブの中に含まれるキットである。

実施形態１１０は、実施形態１０８または１０９に記載のキットであって、ここで上記組成物は、キャップを含むチューブの中に含まれるキットである。

実施形態１１１は、実施形態１０８～１１０のいずれか１つに記載のキットであって、ここで上記キットは、先端部分およびステム部分を含むスワブをさらに含むキットである。

実施形態１１２は、実施形態１１１に記載のキットであって、ここで上記スワブの先端部分は、植毛加工先端部（ｆｌｏｃｋｅｄ ｔｉｐ）であるキットである。

実施形態１１３は、実施形態１１１または１１２に記載のキットであって、ここで上記スワブのステム部分は、可撓性のプラスチック製ステムであるキットである。

実施形態１１４は、実施形態１１１～１１３のいずれか１つに記載のキットであっって、ここで上記スワブは、鼻咽頭スワブであるキットである。

実施形態１１５は、実施形態１０８～１１４のいずれか１つに記載のキットであって、ここで上記キットは、１ｍＬ～１０ｍＬの組成物を含むキットである。

実施形態１１６は、実施形態１１５に記載のキットであって、ここで上記組成物は、２％～４％（ｗ／ｖ）のプロピレングリコール、２％～１０％（ｗ／ｖ）のプロテアーゼである分解酵素、および約１％～４％のアルキルスルフェート洗浄剤、好ましくはドデシルスルフェート洗浄剤を含むキットである。

実施形態１１７は、実施形態１１５または１１６に記載のキットであって、ここで上記組成物は、２％～３％（ｗ／ｖ）のグッドバッファーおよび０．０５％～０．３％（ｗ／ｖ）の界面活性剤を含むキットである。

実施形態１１８は、実施形態１１７に記載のキットであって、ここで上記グッドバッファーは、ＨＥＰＥＳであるキットである。

実施形態１１９は、実施形態１０８～１１８のいずれか１つに記載のキットであって、ここで上記キットは、使用説明書をさらに含むキットである。

実施形態１２０は、実施形態１１９に記載のキットであって、ここで上記使用説明書は、デジタル文書として提供されるキットである。

実施形態１２１は、実施形態１１９または１２０に記載のキットであって、ここで上記使用説明書は、生物学的サンプル収集に関する指示を含むキットである。

実施形態１２２は、実施形態１１９～１２１に記載のキットであって、ここで上記使用説明書は、鼻咽頭サンプル収集に関する指示を含むキットである。

実施形態１２３は、診断検査用の生物学的サンプルの収集のための実施形態１０８～１２２のいずれか１つに記載のキットの使用である。

実施形態１２４は、実施形態１２３に記載の使用であって、ここで上記生物学的サンプルは、核酸診断検査のために収集される使用である。

実施形態１２５は、実施形態１２３または１２４に記載の使用であって、ここで上記生物学的サンプルは、呼吸器病原体の存在または非存在を決定するための診断検査のために収集される使用である。

実施形態１２６は、実施形態１２５に記載の使用であって、ここで上記呼吸器病原体は、コロナウイルス、パラインフルエンザウイルス（ＨＰＩＶ）、インフルエンザウイルス、アデノウイルス、ヒトメタニューモウイルス（ＨＭＰＶ）、ライノウイルス、エンテロウイルス、またはＲＳウイルスのうちの１またはこれより多くのものである使用である。

実施形態１２７は、実施形態１２３または１２４に記載の使用であって、ここで上記生物学的検体は、細菌病原体の存在または非存在を決定するための診断検査のために収集される使用である。

実施形態１２８は、実施形態１２３～１２７に記載の使用であって、ここで上記生物学的サンプルは、タンパク質、ムチン、喀痰、唾液、鼻汁、粘液様分泌物、鼻粘液、肺分泌物、尿、血液、血漿、または血清のうちの１またはこれより多くのものを含む使用である。

詳細な説明
本教示を詳細に記載する前に、本開示は、具体的な組成物またはプロセス工程に限定されず、よって変動し得ることが理解されるべきである。本明細書および添付の特許請求の範囲において使用される場合、単数形「ａ（１つの、ある）」、「ａｎ（１つの、ある）」、および「ｔｈｅ（上記、この、その）」は、文脈が別段明確に規定しなければ、複数形への言及を含むことが注記されるべきである。従って、例えば、「１つのオリゴマー（ａｎ ｏｌｉｇｏｍｅｒ）」への言及は、複数のオリゴマーを含む、など。接続詞「または（ｏｒ）」は、包括的な意味において解釈されるべき、すなわち、その包括的な意味が文脈において非合理的でないのであれば、「および／または（ａｎｄ／ｏｒ）」に等しいと解釈されるべきである。測定される値および測定可能な値は、有効数字およびその測定と関連するエラーを考慮に入れて、概算値であると理解される。

「含む、包含する（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」、「含む、包含する（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」、「含む、包含する（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」、「含む、含有する（ｃｏｎｔａｉｎ）」、「含む、含有する（ｃｏｎｔａｉｎｓ）」、「含む、含有する（ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ）」、「含む、包含する、が挙げられる（ｉｎｃｌｕｄｅ）」、「含む、包含する、が挙げられる（ｉｎｃｌｕｄｅｓ）」、および「含む、包含する、が挙げられる（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」の使用は、限定であるとは解釈されない。前述の一般的説明および詳細な説明の両方は、教示の例示であり、説明であるに過ぎず、限定ではないことが理解されるべきである。参考として援用される任意の資料が、本開示の明確な文脈と矛盾しない程度まで、その明確な内容が優先する。

具体的に注記されなければ、種々の構成要素を「含む」ことを記載する本明細書中の実施形態は、その記載される構成要素「からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｏｆ）」または「から本質的になる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ ｏｆ）」としても企図される。

Ａ．概観
生物学的サンプルのある特定のタイプ（例えば、細胞、組織、細胞デブリ、および／または細胞外生体ポリマーを含むもの）は、核酸増幅および／または検出手順を使用して分析することが困難であり得る。上記で注記されるように、粘性物質または粒状物質を含むサンプル（例えば、粘液；凝塊）は、液体取り扱い工程において特に問題であり得る。よって、下流の分析工程の前に、例えば、非核酸サンプル構成要素を分解および／または可溶化することによって、このようなサンプルを処理することはしばしば望ましい。以下で詳細に記載されるように、ある特定の組成物が、粘性を低減するか、または別の方法で吸引および分与のような液体取り扱い手順に対してサンプルをより適切にすることによって、核酸の効率的単離を促進し得ることが見出されている。非核酸構成要素の分解および／または可溶化の程度は、必ずしも絶対ではないが、にもかかわらず、液体取り扱いおよび下流の分析工程（例えば、核酸増幅または他の形態の検出もしくは測定）の間の低減した閉塞（ｃｌｏｇｇｉｎｇ）／凝固（ｃｌｏｔｔｉｎｇ）、低減した圧力レベル、およびより一貫した結果のような改善に十分であり得る

Ｂ．定義
「生物学的サンプル」は、生きているもしくは死滅した生物に由来するかまたはこれらを含む任意の組織または物質のような標的物質（例えば、核酸、ウイルス、または他の生体分子）を含み得るか、あるいは上記に由来する標的物質を含み得る任意の検体（例えば、末梢血、血漿、血清、リンパ節、消化器系組織、脳脊髄液、タンパク質、ムチン、喀痰、粘液、粘液様分泌物、鼻粘液、肺分泌物、糞便、尿、精液、腟分泌物、唾液、生検材料、他の体液もしくは物質、土壌、汚泥、または微生物増殖物（例えば、細菌、古細菌、真菌、もしくは原生生物のコロニーもしくはバイオフィルム）が挙げられる）を含む。上記生物学的サンプルは、組織もしくは細胞構造を物理的にもしくは機械的に破壊し、従って、細胞内構成要素を溶液もしくは懸濁物へと放出するように処理され得る、ならびに／または緩衝剤もしくは他の構成要素と合わされ得る。また、生物学的サンプルとしては、以下で考察されるとおりの粗製サンプルおよび処理されたサンプル（例えば、濾過デバイスにかけてもしくは経てサンプルを通過させることから、または遠心分離後に、あるいは媒体、マトリクス、もしくは支持体への吸着によって得られたもの）が挙げられる。

「粗製サンプル（ｃｒｕｄｅ ｓａｍｐｌｅ）」とは、抽出物、溶解物、濾液、もしくは溶離液とは対照的に、生きているもしくは死滅した生物、食品、環境などから直接的に得られる生物学的サンプルである。液体中でもしくは液体と粗製物質を単に溶解、懸濁、もしくは別の方法で混合することは、それを処理されたサンプルへと変換しない。

液体は、その液体が水、水および水と混和性の液体の混合物（ここでは、水は、微量より多い量で存在する）、またはその溶媒が上記のうちのいずれかである溶液である場合に、「水性（ａｑｕｅｏｕｓ）」である。いくつかの実施形態において、水性液体は、重量で少なくとも５０％の水である。

「粒状物質（ｐａｒｔｉｃｕｌａｔｅ ｍａｔｔｅｒ）」とは、ピペットまたはマイクロピペットの先端部の開口部を部分的にまたは完全に閉塞させるために十分な固体性（ｓｏｌｉｄｉｔｙ）の任意の物質（細胞全体および細胞デブリを除く）を含む。溶液中に溶解した溶質は、粒状ではない。

「懸濁物」とは、溶解していない固体または粒状物質を含む液体である。

「アリコート」は、サンプルのうちのいくらかまたは全てを示すために単に使用される。アリコートの第１のおよび第２の部分は、そのアリコート全体を表してもよいし、そうでなくてもよい。

「粘性ポリマー（ｖｉｓｃｏｕｓ ｐｏｌｙｍｅｒ）」とは、溶解した際に、液体の粘性を検出可能に増大させるために十分な量において溶解されるポリマーである。水性液体または極性液体中では、粘性ポリマーは、複数の水素結合ドナーおよびアクセプター（例えば、ヒドロキシル、アミン、オキソ（カルボニル酸素）など）を含み得、その結果、ポリマー分子は、複数の他のポリマー分子および溶媒分子に対して十分な分子間引力を発揮することによって粘性を増大させる。ポリサッカリド、ポリペプチド、核酸、および種々の合成ポリマーは、全て粘性ポリマーであり得る。粘性を測定するための任意の適切なアプローチが、使用され得る。粘性を決定するための例示的な機器としては、キャピラリー粘度計、ザーンカップ（Ｚａｈｎ ｃｕｐ）、振動式粘度計、および回転式粘度計が挙げられる。

「ポリサッカリド」は、糖の任意の直線状または分枝状の鎖（アミノ糖および糖アルコール、ならびに真の炭水化物が挙げられるが、これらに限定されない）を含み、それらは、（例えば、脂質またはポリペプチドに）結合体化されていても、そうでなくても、誘導体化（例えば、リン酸化、アセチル化、アルキル化など）されていても、そうでなくてもよい。ポリサッカリド鎖は、グリコシド結合または他の結合（例えば、ポリ－Ｎ－アセチルマンノサミンホスフェートのようなある特定のポリサッカリドにおけるホスホジエステル）を使用し得る。

「脂質」は、脂肪酸、トリグリセリド、リン脂質、ステロール、ステロイド、ワックス、および油を含む。

「食品」は、固体、懸濁物、エマルジョン、およびゲル（従って、ゼラチン、ミルク、アイスクリーム、フルーツスムージー、乳化したチーズディップ、フルーツピュレ、ナッツバター、処理されたおよび／または組織状のタンパク質（ｔｅｘｔｕｒｅｄ ｐｒｏｔｅｉｎ）など、ならびにパン、フルーツ、野菜、食肉などを含むが、透明な単分散性の溶液または水を含まない）を含む消費に関して意図されるかまたは適した任意の物質を含む。

「核酸」とは、窒素性複素環塩基、または塩基アナログを有する２またはこれより多くの共有結合されたヌクレオシドまたはヌクレオシドアナログを含むマルチマー化合物であって、ここで上記ヌクレオシドは、ポリヌクレオチドを形成するためにホスホジエステル結合または他の連結によって一緒に連結される化合物に言及する。核酸としては、ＲＮＡ、ＤＮＡ、ならびにこれらの組み合わせおよびアナログ（例えば、「ペプチド核酸」または「ＰＮＡ」（例えば、ＷＯ ９５／３２３０５を参照のこと）および「ロックド核酸（ｌｏｃｋｅｄ ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ）」（ＬＮＡ）（ここで１またはこれより多くのヌクレオチドモノマーは、ＲＮＡ模倣糖コンホメーションにおいてロックされた二環式フラノース単位を有する）が挙げられる（例えば、Ｖｅｓｔｅｒら， Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ４３：１３２３３－４１， ２００４を参照のこと）。核酸「骨格（ｂａｃｋｂｏｎｅ）」は、種々の連結（糖－ホスホジエステル結合、ＰＮＡにあるようなペプチド－核酸結合、ホスホロチオエート結合、メチルホスホネート結合、またはこれらの組み合わせのうちの１またはこれより多くのものを含む）から構成され得る。核酸の糖部分は、リボースもしくはデオキシリボースのいずれか、または例えば、２’－メトキシ置換および２’－ハライド置換（例えば、２’－Ｆ）のような既知の置換を有する類似の化合物であり得る。窒素性塩基は、従来の塩基（Ａ、Ｇ、Ｃ、Ｔ、Ｕ）、これらのアナログ（例えば、イノシン、５－メチルイソシトシン、イソグアニン； 例えば、Ｔｈｅ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ｏｆ ｔｈｅ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ ５－３６， Ａｄａｍｓら，編， 第１１版， １９９２； Ａｂｒａｈａｍら， ２００７， ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ４３： ６１７－２４を参照のこと）であり得る。これらは、プリンまたはピリミジン塩基の誘導体（例えば、Ｎ^４－メチルデオキシグアノシン、デアザ－もしくはアザ－プリン、デアザ－もしくはアザ－ピリミジン、５位もしくは６位において置換基を有するピリミジン塩基、２位、６位および／もしくは８位などにおいて変化したもしくは置き換えの置換基を有するプリン塩基（概して米国特許第５，３７８，８２５号、同第６，９４９，３６７号および国際特許出願公開番号ＷＯ ９３／１３１２１（各々、本明細書に参考として援用される）を参照のこと）、ならびに／または「無塩基（ａｂａｓｉｃ）」残基（例えば、米国特許第５，５８５，４８１号（本明細書に参考として援用される）を参照のこと）を含む。用語「ポリヌクレオチド」は、本明細書で使用される場合、核酸鎖を示す。「ヌクレオチド」は、ホスフェート基、５炭糖、および窒素性塩基を有する核酸のサブユニットである。その用語はまた、このようなサブユニットのアナログ（例えば、リボースの２’位におけるメトキシ基（本明細書で「２’－Ｏ－Ｍｅ」または「２’－メトキシ」ともいわれる）を含む。

「標的」物質（例えば、標的核酸； 標的物質の他の実施形態としては、細胞、ウイルス、および他の生体分子が挙げられる）は、本明細書で使用される場合、検出または定量されるべき物質である。標的核酸は、本明細書で記載されるとおりのＤＮＡまたはＲＮＡであり得、１本鎖または２本鎖のいずれかであり得る。上記標的核酸は、標的配列の他の配列を含み得、これは、検出または定量されなくてもよい。

交換可能な用語「オリゴマー」、「オリゴ」および「オリゴヌクレオチド」は、概して１，０００ヌクレオチド（ｎｔ）残基未満を有し、約５ｎｔ残基の下限および約５００～９００ｎｔ残基の上限を有する範囲にあるポリマーを含む核酸に言及する。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、約１２～１５ｎｔの下限および約５０～６００ｎｔの上限を有するサイズ範囲にあり、他の実施形態は、約１５～２０ｎｔの下限および約２２～１００ｎｔの上限を有する範囲にある。オリゴヌクレオチドは、例えば、プライマーおよび／またはプロモーター、検出プローブ、捕捉オリゴマーなどとして、種々の異なる機能のうちの１またはこれより多くのものに役立ち得る。

「増幅すること」または「増幅」は、標的核酸配列またはその相補体もしくはそのフラグメントの多数のコピーを得るための任意の公知の手順に言及する。上記多数のコピーは、アンプリコンまたは増幅生成物として言及され得、これらは２本鎖または１本鎖であり得、ＤＮＡ、ＲＮＡ、または両方を含み得る。「フラグメント」の増幅は、例えば、上記標的核酸の内部位置にハイブリダイズし、そこから重合を開始する増幅オリゴヌクレオチドを使用することによって生成される、完全未満の標的核酸またはその相補体を含む増幅された核酸の生成に言及する。公知の増幅方法としては、例えば、レプリカーゼ媒介性増幅、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）、鎖置換増幅（ＳＤＡ）、ヘリカーゼ依存性増幅、および転写媒介性もしくは転写関連増幅が挙げられる。レプリカーゼ媒介性増幅は、自己複製ＲＮＡ分子、およびレプリカーゼ（例えば、ＱＢ－レプリカーゼ（例えば、米国特許第４，７８６，６００号（本明細書に参考として援用される）を参照のこと）を使用する。ＰＣＲ増幅は、ＤＮＡポリメラーゼ、プライマーの対、およびサーマルサイクリングを使用して、ｄｓＤＮＡの２つの相補鎖の多数のコピーを、またはｃＤＮＡから、合成する（例えば、米国特許第４，６８３，１９５号；同第４，６８３，２０２号；および同第４，８００，１５９号（各々、本明細書に参考として援用される）を参照のこと）。ＬＣＲ増幅は、４種またはこれより多くの異なるオリゴヌクレオチドを使用して、標的およびその相補鎖を、ハイブリダイゼーション、ライゲーション、および変性の多数のサイクルを使用することによって増幅する（例えば、米国特許第５，４２７，９３０号および同第５，５１６，６６３号（各々本明細書に参考として援用される）を参照のこと）。ＳＤＡは、制限エンドヌクレアーゼのための制限部位を含むプライマーおよび標的配列を含む半改変ＤＮＡ二重鎖（ｈｅｍｉｍｏｄｉｆｉｅｄ ＤＮＡ ｄｕｐｌｅｘ）の１つの鎖にニック形成するエンドヌクレアーゼを使用し、それによって、増幅が一連のプライマー伸長および鎖置換工程において起こる（例えば、米国特許第５，４２２，２５２号；同第５，５４７，８６１号；および同第５，６４８，２１１号（各々、本明細書に参考として援用される）を参照のこと）。ヘリカーゼ依存性増幅は、ヘリカーゼを使用して、ＤＮＡ二重鎖の２つの鎖を分離し、１本鎖のテンプレートを生成し、続いて、配列特異的プライマーが上記テンプレートへとハイブリダイズし、ＤＮＡポリメラーゼによって伸長されて、上記標的配列を増幅する（例えば、米国特許第７，２８２，３２８号（本明細書に参考として援用される）を参照のこと）。増幅は、線形的であっても指数関数的であってもよい。

「検出プローブ」、「検出オリゴヌクレオチド」、「プローブオリゴマー」および「検出プローブオリゴマー」は、核酸、または増幅された核酸における標的配列に、上記標的配列または増幅された核酸の検出を可能にするためにハイブリダイゼーションを促進する条件下で特異的にハイブリダイズする、核酸オリゴマーに言及するために交換可能に使用される。検出は、直接的（例えば、プローブはその標的配列に直接的にハイブリダイズされる）または間接的（例えば、プローブは中間分子構造を介してその標的に連結される）のいずれかであり得る。例としては、侵入型プローブおよび一次プローブ（以下で考察される）が挙げられる。検出プローブは、ＤＮＡ、ＲＮＡ、これらのアナログ、もしくはこれらの組み合わせ（例えば、ＤＮＡ／ＲＮＡキメラ）であり得、それらは標識されていても標識されていなくてもよい。検出プローブの「標的配列」は一般に、塩基対合によってプローブオリゴマーの少なくとも一部に特異的にハイブリダイズするより大きな核酸配列内のより小さな核酸配列領域に言及する。検出プローブは、標的特異的配列およびそのプローブの三次元コンホメーションに寄与する他の配列を含み得る（例えば、米国特許第５，１１８，８０１号；同第５，３１２，７２８号；同第６，８４９，４１２号；同第６，８３５，５４２号；同第６，５３４，２７４号；および同第６，３６１，９４５号；ならびに米国特許出願公開番号２００６００６８４１７（各々、本明細書に参考として援用される）を参照のこと）。

本明細書で使用される場合、「標識」とは、検出されるかまたは検出可能なシグナルをもたらすプローブに直接的にまたは間接的に結合される部分または化合物に言及する。直接的標識は、上記標識を上記プローブに連結する結合もしくは相互作用（共有結合的結合または非共有結合的結合、例えば、水素結合、疎水性相互作用およびイオン性相互作用を含む）、またはキレートもしくは配位錯体（ｃｏｏｒｄｉｎａｔｉｏｎ ｃｏｍｐｌｅｘ）の形成を通じて起こり得る。間接的標識は、直接的もしくは間接的のいずれかで標識され、検出可能なシグナルを増幅し得る架橋部分または「リンカー」（例えば、結合対メンバー、抗体もしくはさらなるオリゴマー）の使用を通じて起こり得る。標識は、任意の検出可能な部分（例えば、放射性核種、リガンド（例えば、ビオチン、アビジン）、酵素もしくは酵素基質、反応性の基、または発色団（例えば、検出可能な色を付与する色素、粒子、もしくはビーズ）、発光化合物（例えば、生体発光、リン光、もしくは化学発光標識）、またはフルオロフォアを含む。標識は、混合物中の結合された標識プローブが、結合されていない標識プローブのものとは異なる検出可能な変化（例えば、不安定性または異なる分解特性）を示すホモジニアスアッセイにおいて検出可能であり得る。

「捕捉プローブ」、「捕捉オリゴヌクレオチド」、「捕捉オリゴマー」、「標的捕捉オリゴマー」および「捕捉プローブオリゴマー」は、標的核酸を支持体に捕捉するために、固定化されたプローブ上での標準的な塩基対合および結合パートナーへの結合によって、標的核酸における標的配列に特異的にハイブリダイズする核酸オリゴマーに言及するために交換可能に使用される。捕捉オリゴマーの一例は、２つの結合領域： 配列結合領域（例えば、標的特異的部分）および固定化されたプローブ結合領域（通常は同じオリゴマー上にある）を含むが、その２つの領域は、１またはこれより多くのリンカーによって一緒に結合された２つの異なるオリゴマー上に存在してもよい。捕捉オリゴマーの別の実施形態は、標的核酸に非特異的に結合し、支持体上に固定化されたプローブにその捕捉オリゴマーを連結するために、ランダムまたは非ランダムのポリＧＵ、ポリＧＴ、もしくはポリＵ配列を含む標的配列結合領域を使用する。

「分離すること」または「精製すること」とは、サンプルのうちの１またはこれより多くの構成要素が、他のサンプル構成要素から除去または分離されることを意味する。サンプル構成要素は、標的物質を含み、例えば、標的核酸は、通常、水性溶液相中に存在し、これはまた、懸濁された物質、細胞フラグメント、タンパク質、炭水化物、脂質、および他の核酸を含み得る。「分離する」または「精製する」は、いかなる特定の精製程度をも暗示しない。いくつかの実施形態において、分離するまたは精製するは、少なくとも７０％、または少なくとも８０％、または少なくとも９５％、他のサンプル構成要素の量または濃度を低減する。いくつかの実施形態において、分離するまたは精製するは、上記標的物質を、少なくとも７０％、または少なくとも８０％、または少なくとも９５％純粋にする。

Ｃ．サンプル処理のための組成物
サンプル処理のための組成物は、分解酵素、洗浄剤、および少なくとも１種の添加剤（例えば、緩衝剤および／またはキレート剤）を含み得る。いくつかの実施形態において、上記組成物は、２種またはこれより多くの分解酵素を含み得る。

１．分解酵素
いくつかの実施形態において、分解酵素は、野生型であっても、化学的に改変されていても、操作されていてもよい。酵素は、アミノ酸置換によって関連した野生型配列とはいくらか操作された様式において異なり得る。例えば、核酸置換は、その比活性、熱安定性、または至適ｐＨにおいて異なる酵素改変体を生じ得る。いくつかの実施形態において、酵素改変体は、野生型酵素と少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。

いくつかの実施形態において、上記酵素は、アミラーゼ、アラビナーゼ、カルボヒドラーゼ、セルラーゼ、クチナーゼ、エステラーゼ、ガラクトシダーゼ（ｇａｌａｃｔａｎａｓｅ）、グルカナーゼ、リパーゼ、マンナナーゼ、オキシダーゼ、ペクチナーゼ、ペルオキシダーゼ、プロテアーゼ、もしくはキシラナーゼ、またはこれらの組み合わせであり得る。いくつかの実施形態において、組成物は、複数の（例えば、少なくとも２種、少なくとも３種、または少なくとも４種）のこれらの例示的酵素を含み得る。いくつかの実施形態において、組成物は、リパーゼ、プロテアーゼ、および／またはアミラーゼを含み得る。いくつかの実施形態において、組成物は、リパーゼ、プロテアーゼ、カルボヒドラーゼ、および／またはアミラーゼを含み得る。

いくつかの実施形態において、上記酵素は、酵素系洗浄剤製品（例えば、Ｅｎｄｏｚｉｍｅ ＡＷ Ｔｒｉｐｌｅ Ｐｌｕｓ ｗｉｔｈ ＡＰＡ（Ｒｕｈｏｆ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ， カタログ番号３４５２１）、Ｅｎｄｏｚｉｍｅ Ｘｔｒｅｍｅ Ｐｏｗｅｒ（Ｒｕｈｏｆ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ， カタログ番号３４５３０）、Ｅｌｅｍｅｎｔｕｍ（Ｒｕｈｏｆ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ， カタログ番号５４３０９）、Ｅｌｅｍｅｎｔｕｍ ＡＷ（Ｒｕｈｏｆ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ， カタログ番号３４５１１）、Ｅｎｄｏｚｉｍｅ ＢｉｏＣｌｅａｎ（Ｒｕｈｏｆ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ， カタログ番号３４５２４）、Ｐｕｒｅ Ｅｎｚｙｍａｔｉｃ Ｄｅｔｅｒｇｅｎｔ（Ｂｏｓｔｏｎ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ， カタログ番号ＳＥＥ－５７３－４）、Ｒｅｖｉｔａｌ－Ｏｘ Ｅｎｚｙｍａｔｉｃ Ｄｅｔｅｒｇｅｎｔｓ（Ｓｔｅｒｉｓ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ， カタログ番号２Ｄ９７ＡＷ）、およびＭｅｔｒｉｚｙｍｅ（Ｍｅｔｒｉｘ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ＬＬＣ， カタログ番号１０－４０００））に存在する酵素のうちの１種またはこれより多くのものを含み得る。いくつかの実施形態において、上記酵素は、酵素系洗浄剤製品（例えば、Ｅｎｄｏｚｉｍｅ ＡＷ Ｔｒｉｐｌｅ Ｐｌｕｓ ｗｉｔｈ ＡＰＡ、Ｅｎｄｏｚｉｍｅ Ｘｔｒｅｍｅ Ｐｏｗｅｒ、Ｅｌｅｍｅｎｔｕｍ、Ｅｌｅｍｅｎｔｕｍ ＡＷ（Ｒｕｈｏｆ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ カタログ番号５４３１０）、Ｅｎｄｏｚｉｍｅ ＢｉｏＣｌｅａｎ、Ｐｕｒｅ Ｅｎｚｙｍａｔｉｃ Ｄｅｔｅｒｇｅｎｔ、Ｒｅｖｉｔａｌ－Ｏｘ Ｅｎｚｙｍａｔｉｃ Ｄｅｔｅｒｇｅｎｔｓ、およびＭｅｔｒｉｚｙｍｅ）に存在する酵素の各々を含む。前述の実施形態のうちのいずれかにおいて、上記酵素系洗浄剤製品の構成要素は、水；リン酸塩緩衝剤；アニオン性洗浄剤；および二価カチオンキレート剤のうちの１またはこれより多くのものを含む溶液中で希釈される。いくつかの実施形態において、上記酵素は、酵素系洗浄剤製品（例えば、Ｅｎｄｏｚｉｍｅ ＡＷ Ｔｒｉｐｌｅ Ｐｌｕｓ ｗｉｔｈ ＡＰＡ、Ｅｎｄｏｚｉｍｅ Ｘｔｒｅｍｅ Ｐｏｗｅｒ、Ｅｌｅｍｅｎｔｕｍ、Ｅｌｅｍｅｎｔｕｍ ＡＷ、Ｅｎｄｏｚｉｍｅ ＢｉｏＣｌｅａｎ、Ｐｕｒｅ Ｅｎｚｙｍａｔｉｃ Ｄｅｔｅｒｇｅｎｔ、Ｒｅｖｉｔａｌ－Ｏｘ Ｅｎｚｙｍａｔｉｃ Ｄｅｔｅｒｇｅｎｔｓ、およびＭｅｔｒｉｚｙｍｅ）に存在する酵素の各々を含む。必要に応じて、上記酵素系洗浄剤製品の構成要素は、例えば、それらの本来の濃度の約１％～８０％へと希釈され得る。いくつかの実施形態において、上記酵素は、酵素系洗浄剤製品（例えば、Ｅｎｄｏｚｉｍｅ ＡＷ Ｔｒｉｐｌｅ Ｐｌｕｓ ｗｉｔｈ ＡＰＡ、Ｅｎｄｏｚｉｍｅ Ｘｔｒｅｍｅ Ｐｏｗｅｒ、Ｅｌｅｍｅｎｔｕｍ、Ｅｌｅｍｅｎｔｕｍ ＡＷ、Ｅｎｄｏｚｉｍｅ ＢｉｏＣｌｅａｎ、Ｐｕｒｅ Ｅｎｚｙｍａｔｉｃ Ｄｅｔｅｒｇｅｎｔ、Ｒｅｖｉｔａｌ－Ｏｘ Ｅｎｚｙｍａｔｉｃ Ｄｅｔｅｒｇｅｎｔｓ、およびＭｅｔｒｉｚｙｍｅ）に存在する酵素の各々を含み、ここで上記酵素系洗浄剤製品の構成要素は、それらの本来の濃度の約４０％～７５％へと希釈される。いくつかの実施形態において、上記酵素は、酵素系洗浄剤製品（例えば、Ｅｎｄｏｚｉｍｅ ＡＷ Ｔｒｉｐｌｅ Ｐｌｕｓ ｗｉｔｈ ＡＰＡ、Ｅｎｄｏｚｉｍｅ Ｘｔｒｅｍｅ Ｐｏｗｅｒ、Ｅｌｅｍｅｎｔｕｍ、Ｅｌｅｍｅｎｔｕｍ ＡＷ、Ｅｎｄｏｚｉｍｅ ＢｉｏＣｌｅａｎ、Ｐｕｒｅ Ｅｎｚｙｍａｔｉｃ Ｄｅｔｅｒｇｅｎｔ、Ｒｅｖｉｔａｌ－Ｏｘ Ｅｎｚｙｍａｔｉｃ Ｄｅｔｅｒｇｅｎｔｓ、およびＭｅｔｒｉｚｙｍｅ）に存在する酵素の各々を含み、ここで上記酵素系洗浄剤製品の構成要素は、それらの本来の濃度の約５０％～６５％へと希釈される。いくつかの実施形態において、上記酵素は、酵素系洗浄剤製品（例えば、Ｅｎｄｏｚｉｍｅ ＡＷ Ｔｒｉｐｌｅ Ｐｌｕｓ ｗｉｔｈ ＡＰＡ、Ｅｎｄｏｚｉｍｅ Ｘｔｒｅｍｅ Ｐｏｗｅｒ、Ｅｌｅｍｅｎｔｕｍ、Ｅｌｅｍｅｎｔｕｍ ＡＷ、Ｅｎｄｏｚｉｍｅ ＢｉｏＣｌｅａｎ、Ｐｕｒｅ Ｅｎｚｙｍａｔｉｃ Ｄｅｔｅｒｇｅｎｔ、Ｒｅｖｉｔａｌ－Ｏｘ Ｅｎｚｙｍａｔｉｃ Ｄｅｔｅｒｇｅｎｔｓ、およびＭｅｔｒｉｚｙｍｅ）に存在する酵素の各々を含み、ここで上記酵素系洗浄剤製品の構成要素は、それらの本来の濃度の約１％～１０％、それらの本来の濃度の約３％～６％、またはそれらの本来の濃度の約６％へと希釈される。

いくつかの実施形態において、上記組成物は、約０～０．５％ ｗ／ｖ、０．２５～０．７５％ ｗ／ｖ、０．５～１．０％ ｗ／ｖ、０．７５～１．２５％ ｗ／ｖ、１．０～１．５％ ｗ／ｖ、１．２５～１．７５％ ｗ／ｖ、１．５～２．０％ ｗ／ｖ、１．７５～２．２５％ ｗ／ｖ、２～２．５％ ｗ／ｖ、２．２５～２．７５％ ｗ／ｖ、２．５～３．０％ ｗ／ｖ、２．７５～３．２５％ ｗ／ｖ、３～３．５％ ｗ／ｖ、３．２５～３．７５％ ｗ／ｖ、３．５～４．０％ ｗ／ｖ、３．７５～４．２５％ ｗ／ｖ、４．０～４．５％ ｗ／ｖ、４．２５～４．７５％ ｗ／ｖ、４．５～５．０％ ｗ／ｖ、４．７５～５．２５％ ｗ／ｖ、５．０～５．５％ ｗ／ｖ、５．２５～５．７５％ ｗ／ｖ、５．５～６．０％ ｗ／ｖ、５．７５～６．２５％ ｗ／ｖ、６～６．５％ ｗ／ｖ、６．２５～６．７５％ ｗ／ｖ、６．５～７．０％ ｗ／ｖ、またはこれより高い酵素濃度を含む。いくつかの実施形態において、上記酵素濃度は、約１～４％ ｗ／ｖである。いくつかの実施形態において、上記酵素濃度は、約３％ ｗ／ｖである。いくつかの実施形態において、上記酵素濃度は、約１～１０％ ｗ／ｖ、約３～６％ ｗ／ｖ、または約６％ ｗ／ｖである。

いくつかの実施形態において、上記酵素は、上記組成物の約２０重量％未満の濃度（すなわち、ｗ／ｗ）で存在し得る。いくつかの実施形態において、上記酵素は、上記組成物の約０．５～１０重量％、２～６重量％、０．５～１．５重量％、１～２重量％、１．５～２．５重量％、２～３重量％、２．５～３．５重量％、３～４重量％、３．５～４．５重量％、４～５重量％、４．５～５．５重量％、５～６重量％、５．５～６．５重量％、６～７重量％、６．５～７．５重量％、７～８重量％、７．５～８．５重量％、８～９重量％、８．５～９．５重量％、９～１０重量％、９．５～１０．５重量％、１０～１１重量％、１０．５～１１．５重量％、１１～１２重量％、１１．５～１２．５重量％、１２～１３重量％、１２．５～１３．５重量％、１３～１４重量％、１３．５～１４．５重量％、１４～１５重量％、１４．５～１５．５重量％、１５～１６重量％、１５．５～１６．５重量％、１６～１７重量％、１６．５～１７．５重量％、１７～８重量％、１７．５～１８．５重量％、１８～９重量％、１８．５～１９．５重量％、または１９～２０重量％で存在する。いくつかの実施形態において、上記酵素は、上記組成物の約１～４重量％で存在し得る。いくつかの実施形態において、上記酵素は、上記組成物の約３重量％で存在し得る。

いくつかの実施形態において、上記組成物は、約０～１６ アンソンユニット／ｇ（ＡｎｓｏｎＵ／ｇ）の酵素（例えば、プロテアーゼ）濃度を含む。いくつかの実施形態において、上記酵素濃度は、約０．１６ ＡｎｓｏｎＵ／ｇ、約０．３２ ＡｎｓｏｎＵ／ｇ、約０．４８ ＡｎｓｏｎＵ／ｇ、約０．７２ ＡｎｓｏｎＵ／ｇ、約０．９６ ＡｎｓｏｎＵ／ｇ、約１．６ ＡｎｓｏｎＵ／ｇ、約３．２ ＡｎｓｏｎＵ／ｇ、約４．８ ＡｎｓｏｎＵ／ｇ、約７．２ ＡｎｓｏｎＵ／ｇ、または約９．６ ＡｎｓｏｎＵ／ｇである。

ａ）リパーゼ
適切なリパーゼとしては、細菌または真菌起源の微生物リパーゼが挙げられる。野生型、化学的に改変された、およびタンパク質操作された変異体が含まれる。

リパーゼが由来し得る細菌の例としては、Ｂｒｏｃｈｏｔｈｒｉｓ属、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ属、およびＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ属の細菌が挙げられる。細菌の例としては、Ｂｒｏｃｈｏｔｈｒｉｓ ｔｈｅｒｍｏｓｏｈａｔａ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｕｒｖａｔｕｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｃｅｐａｃｉａｎ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｐｌａｎｔａｒｉ、およびＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｓｔｕｔｚｅｒｉが挙げられる。

リパーゼが由来し得る真菌の例としては、Ｃａｎｄｉｄａ属、Ｈｕｍｉｃｏｌａ属、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ属、およびＴｈｅｒｍｏｍｙｃｅｓ属の真菌が挙げられる。真菌の例としては、Ａｂｓｉｄｉａ ｂｌａｋｅｓｌｅｅｎａ、Ａｂｓｉｄｉａ ｃｏｒｙｍｂｉｆｅｒａ、Ａｕｒｅｏｂａｓｉｄｉｕｒｎ ｐｕｌｉｕｌａｎｓ、Ｃａｎｄｉｄａ ａｎｔａｒｔｉｃａ、Ｃｏｐｒｉｎｕｓ ｃｉｎｅｒｉｕｓ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ ｏｘｙｓｐｏｒｕｍ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ ｓｏｌａｎｉ、Ｇｅｏｔｒｉｃｕｍ ｐｅｎｉｃｉｌｌａｔｕｍ、Ｈａｎｓｅｎｕｌａ ａｎｏｍａｌａ、Ｈｕｍｉｃｏｌａ ｉｎｓｏｌｅｎｓ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｕｍ ｅｘｐａｎｓｕｍ、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ ｍｉｅｈｅｉ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ｊａｐｏｎｉｃａｓ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ｍｉｃｒｏｓｐｏｒｕｓ、Ｒｈｏｄｏｔｏｒｕｌａ ｇｌｕｔｉｎｉｓ、Ｓｐｏｒｏｂｐｌｏｍｙｃｅｓ ｓｈｉｂａｔａｎｕｓ、Ｔｈｅｒｍｏｍｙｃｅｓ ｌａｎｕｇｉｎｏｓａ、Ｔｈｉａｒｏｓｐｏｒｅｌｌａ ｐｈａｓｅｏｌｉｎａ、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｈａｒｚａｎｉｕｍ、およびＴｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｅｉが挙げられる。

ｂ）プロテアーゼ
適切なプロテアーゼとしては、動物、植物、または微生物起源のプロテアーゼが挙げられる。野生型、化学的に改変された、およびタンパク質操作された変異体が含まれる。

プロテアーゼの例としては、セリンプロテアーゼ、中性プロテアーゼ、スレオニンプロテアーゼ、システインプロテアーゼ、アスパラギン酸プロテアーゼ、グルタミン酸プロテアーゼ、メタロプロテアーゼ、およびアルカリ性プロテアーゼが挙げられる。

セリンプロテアーゼは、ペプチド結合の加水分解を触媒し、活性部位において必須のセリン残基を含む酵素である。いくつかの実施形態において、上記プロテアーゼは、ブタトリプシン、ウシトリプシン、またはＦｕｓａｒｉｕｍプロテアーゼである。いくつかの実施形態において、上記プロテアーゼは、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｌｃａｌｏｐｈｉｌｕｓ、Ｂ．ｃｅｒｅｕｓ、Ｂ．ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂ．ｍｙｏｃｏｉｄｅ、またはＮｏｃａｒｄｉｏｐｓｉｓ Ｎ．ｎａｔｔｏに由来する。

中性プロテアーゼは、中性、弱酸性、または弱アルカリ性環境においてペプチド結合の加水分解を触媒する酵素である。中性プロテアーゼは、約６～約８の中性ｐＨ範囲において最適なタンパク質分解活性を有し、細菌、真菌、酵母、植物、または動物起源に由来し得る。中性プロテアーゼの例としては、アスパラギン酸プロテアーゼおよびメタロプロテアーゼが挙げられる。いくつかの実施形態において、上記メタロプロテアーゼは、Ｎｅｕｔｒａｓｅ（登録商標）（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓのある株の液中発酵（ｓｕｂｍｅｒｇｅｄ ｆｅｒｍｅｎｔａｔｉｏｎ）によって生成される）である。

アルカリ性プロテアーゼは、中性からアルカリ性の範囲に及ぶｐＨにおいて触媒的に活性である。アルカリ性プロテアーゼの例としては、ＲＰ－ＩＩプロテアーゼおよびサブチリシンが挙げられる。いくつかの実施形態において、上記プロテアーゼは、Ｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｎｏｃａｒｄｉｏｐｓｉｓ ｓｐｅ、またはＮｏｃａｒｄｉｏｐｓｉｓ ｄａｓｓｏｎｖｉｌｌｅｉに由来する。いくつかの実施形態において、上記プロテアーゼは、サブチリシンＮｏｖｏ、ｓｕｂｔｉｌｉｓ Ｃａｒｌｓｂｅｒｇ、サブチリシン３０９、サブチリシン１４７またはサブチリシン１６８である。いくつかの実施形態において、上記プロテアーゼは、野生型ＲＰ－ＩＩプロテアーゼもしくはその改変体、または野生型サブチリシンもしくはその改変体である。いくつかの実施形態において、上記サブチリシン改変体は、野生型サブチリシンアミノ酸配列と比較して、以下の位置： ２７、３６、５７、７６、８７、９７、１０１、１０４、１２０、１２３、１６７、１７０、１９４、２０６、２１８、２２２、２２４、２３５および２７４のうちの１またはこれより多くの位置において置換を含む。例示的な野生型サブチリシン配列に関しては、米国特許第６，６０５，４５８ Ｂ１号、図１（同第６，６０５，４５８ Ｂ１号のＢＬＳＡＶＩ配列、配列番号１０）を参照のこと。米国特許第６，６０５，４５８ Ｂ１号は、本明細書に参考として援用される。

いくつかの実施形態において、市販のプロテアーゼが使用され得る（例えば、Ａｌｃａｌａｓｅ^ＴＭ、Ｄｕｒａｌａｓｅ^ＴＭ、Ｅｓｐｅｒａｓｅ^ＴＭ、ＦＮ２^ＴＭ、ＦＮ３^ＴＭ、Ｋａｎｎａｓｅ^ＴＭ、Ｍａｘａｃａｌ^ＴＭ、Ｍａｘａｐｅｍ^ＴＭ、Ｍａｘａｔａｓｅ^ＴＭ、Ｐｒｉｍａｓｅ^ＴＭ、Ｐｒｏｐｅｒａｓｅ^ＴＭ、Ｐｕｒａｆｅｃｔ ＯｘＰ^ＴＭ、Ｐｕｒａｆｅｃｔ^ＴＭ、およびＳａｖｉｎａｓｅ（登録商標））。いくつかの実施形態において、上記プロテアーゼは、Ｓａｖｉｎａｓｅ（登録商標）である。いくつかの実施形態において、上記プロテアーゼは、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｌｅｎｔｕｓ（種Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｌｅｎｔｕｓは、Ｌｅｄｅｒｂｅｒｇｉａ ｌｅｎｔｕｓとしても公知である）に由来するサブチリシンである。Ｓａｖｉｎａｓｅ（登録商標）は、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｌｅｎｔｕｓに由来する市販のサブチリシンの一例である。

適切な従来の発酵による市販のプロテアーゼとしては、例えば、Ａｌｃａｌａｓｅ（登録商標）（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓのある株の液中発酵によって生成される）、Ｄｕｒａｚｙｍｅ（登録商標）（Ｓａｖｉｎａｓｅ（登録商標）のタンパク質操作された改変体）、Ｅｓｐｅｒａｓｅ（登録商標）（Ｂａｃｉｌｌｕｓの好アルカリ性種の液中発酵によって生成される）、Ｒｅｎｎｉｌａｓｅ（登録商標）（Ｍｕｃｏｒ ｍｉｅｈｅｉの非病原性株の液中発酵によって生成される）、およびＳａｖｉｎａｓｅ（登録商標）（Ｂａｃｉｌｌｕｓの遺伝的に改変された株の液中発酵によって生成される）が挙げられ得る。

いくつかの実施形態において、上記プロテアーゼは、サブチリシンＡ、Ａｌｃａｌａｓｅ^{（登録商標）}、Ｓａｖｉｎａｓｅ^{（登録商標）}、Ｅｓｐｅｒａｓｅ^{（登録商標）}、Ｎｅｕｔｒａｓｅ^{（登録商標）}、ｒＴｒｙｐｓｉｎ^{（登録商標）}、またはこれらの任意の組み合わせを含む。

いくつかの実施形態において、上記組成物は、約０～０．５％ ｗ／ｖ、０．２５～０．７５％ ｗ／ｖ、０．５～１．０％ ｗ／ｖ、０．７５～１．２５％ ｗ／ｖ、１．０～１．５％ ｗ／ｖ、１．２５～１．７５％ ｗ／ｖ、１．５～２．０％ ｗ／ｖ、１．７５～２．２５％ ｗ／ｖ、２～２．５％ ｗ／ｖ、２．２５～２．７５％ ｗ／ｖ、２．５～３．０％ ｗ／ｖ、２．７５～３．２５％ ｗ／ｖ、３～３．５％ ｗ／ｖ、３．２５～３．７５％ ｗ／ｖ、３．５～４．０％ ｗ／ｖ、３．７５～４．２５％ ｗ／ｖ、４．０～４．５％ ｗ／ｖ、４．２５～４．７５％ ｗ／ｖ、４．５～５．０％ ｗ／ｖ、４．７５～５．２５％ ｗ／ｖ、５．０～５．５％ ｗ／ｖ、５．２５～５．７５％ ｗ／ｖ、５．５～６．０％ ｗ／ｖ、５．７５～６．２５％ ｗ／ｖ、６～６．５％ ｗ／ｖ、６．２５～６．７５％ ｗ／ｖ、６．５～７．０％ ｗ／ｖ、またはより高いプロテアーゼ濃度を含む。いくつかの実施形態において、上記プロテアーゼ濃度は、約１～４％ ｗ／ｖである。いくつかの実施形態において、上記プロテアーゼ濃度は、約３％ ｗ／ｖである。いくつかの実施形態において、上記プロテアーゼ濃度は、約１％ ｗ／ｖ～１０％ ｗ／ｖ、約３％ ｗ／ｖ～６％ ｗ／ｖ、または約６％ ｗ／ｖである。

いくつかの実施形態において、上記プロテアーゼは、上記組成物の約１０重量％未満の濃度（すなわち、ｗ／ｗ）で存在し得る。いくつかの実施形態において、上記プロテアーゼは、上記組成物の約０．５～１０重量％、２～６重量％、０．５～１．５重量％、１～２重量％、１．５～２．５重量％、２～３重量％、２．５～３．５重量％、３～４重量％、３．５～４．５重量％、４～５重量％、４．５～５．５重量％、５～６重量％、５．５～６．５重量％、６～７重量％、６．５～７．５重量％、７～８重量％、７．５～８．５重量％、８～９重量％、または８．５～９．５重量％で存在する。いくつかの実施形態において、上記プロテアーゼは、上記組成物の約１～４重量％で存在し得る。いくつかの実施形態において、上記プロテアーゼは。上記組成物の約３重量％で存在し得る。いくつかの実施形態において、上記プロテアーゼは、上記組成物の約１重量％～１０重量％、上記組成物の約３重量％～６重量％、または上記組成物の約６重量％で存在し得る。

いくつかの実施形態において、上記組成物は、約０～０．５％ ｖ／ｖ、０．２５～０．７５％ ｖ／ｖ、０．５～１．０％ ｖ／ｖ、０．７５～１．２５％ ｖ／ｖ、１．０～１．５％ ｖ／ｖ、１．２５～１．７５％ ｖ／ｖ、１．５～２．０％ ｖ／ｖ、１．７５～２．２５％ ｖ／ｖ、２～２．５％ ｖ／ｖ、２．２５～２．７５％ ｖ／ｖ、２．５～３．０％ ｖ／ｖ、２．７５～３．２５％ ｖ／ｖ、３～３．５％ ｖ／ｖ、３．２５～３．７５％ ｖ／ｖ、３．５～４．０％ ｖ／ｖ、３．７５～４．２５％ ｖ／ｖ、４．０～４．５％ ｖ／ｖ、４．２５～４．７５％ ｖ／ｖ、４．５～５．０％ ｖ／ｖ、４．７５～５．２５％ ｖ／ｖ、５．０～５．５％ ｖ／ｖ、５．２５～５．７５％ ｖ／ｖ、５．５～６．０％ ｖ／ｖ、５．７５～６．２５％ ｖ／ｖ、６～６．５％ ｖ／ｖ、６．２５～６．７５％ ｖ／ｖ、６．５～７．０％ ｖ／ｖ、またはこれより高いプロテアーゼ濃度を含む。いくつかの実施形態において、上記プロテアーゼ濃度は、約１～４％ ｖ／ｖである。いくつかの実施形態において、上記プロテアーゼ濃度は、約２．１～３％ ｖ／ｖである。いくつかの実施形態において、上記プロテアーゼ濃度は、約１ ％ ｖ／ｖ、２ ％ ｖ／ｖ、２．１ ％ ｖ／ｖ、２．３ ％ ｖ／ｖ、３ ％ ｖ／ｖ、または４ ％ ｖ／ｖである。

ｉ．プロテアーゼの組み合わせ
組成物中のプロテアーゼの組み合わせは、相乗的な利点を提供し得る。いくつかの実施形態において、組成物は、ＲＰ－ＩＩおよびサブチラーゼ（ｓｕｂｔｉｌａｓｅ）群Ｉ－Ｓ２のサブチリシン（Ｓｉｅｚｅｎら， Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｃｉｅｎｃｅ， ６： ５０１－５２３ ９１９９７）または高アルカリ性サブチリシンを含み得る。Ｉ－Ｓ２プロテアーゼの例としては、ＥＳＰＥＲＡＳＥ（登録商標）、ＭＡＸＡＣＡＬ（登録商標）、Ｓａｖｉｎａｓｅ（登録商標）、サブチリシン１４７、サブチリシン３０９、サブチリシンＰＢ９２、およびアルカリ性エラスターゼＹａＢが挙げられる。いくつかの実施形態において、上記Ｉ－Ｓ２プロテアーゼは、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｌｅｎｔｕｓ（種Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｌｅｎｔｕｓはＬｅｄｅｒｂｅｒｇｉａ ｌｅｎｔｕｓとしても公知である）に由来するサブチリシンである。

プロテアーゼの組み合わせは、洗浄剤との使用に利点を提供し得る。いくつかの実施形態において、組成物は、ＢＬＣおよびＪＡ９６ならびにこれらの改変体と、Ｓａｖｉｎａｓｅ^ＴＭおよびその改変体（例えば、Ｄｕｒａｌａｓｅ^ＴＭ、ＦＮ２^ＴＭ、ＦＮ３^ＴＭ、Ｋａｎｎａｓｅ^ＴＭ、Ｍａｘａｃａｌ^ＴＭ、Ｍａｘａｐｅｍ^ＴＭ、Ｍａｘａｔａｓｅ^ＴＭ、Ｐｒｏｐｅｒａｓｅ^ＴＭ、Ｐｕｒａｆｅｃｔ ＯｘＰ^ＴＭ、およびＰｕｒａｆｅｃｔ^ＴＭを含み得る。

ｃ）アミラーゼ
適切なアミラーゼ（αおよび／またはβ）としては、細菌または真菌起源のものが挙げられる。野生型、化学的に改変された、およびタンパク質操作された変異体が含まれる。いくつかの実施形態において、上記アミラーゼは、αアミラーゼであり、これは、Ｂａｃｉｌｌｕｓ、例えば、Ｂ．ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓの特別な株から得られ得る。いくつかの実施形態において、上記アミラーゼは、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｔｅａｒｏｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ、またはＢａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓに由来する。いくつかの実施形態では、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ（例えば、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｎｉｇｅｒまたはＡｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｏｒｙｚａｅ）に由来する。いくつかの実施形態において、上記アミラーゼ改変体は、野生型アミラーゼアミノ酸配列と比較して、以下の位置： １５、２３、１０５、１０６、１２４、１２８、１３３、１５４、１５６、１８１、１８８、１９０、１９７、２０２、２０８、２０９、２４３、２６４、３０４、３０５、３９１、４０８、および４４４のうちの１またはこれより多くの位置において置換を含む（例えば、ＷＯ ９４／０２５９７、ＷＯ ９４／１８３１４、ＷＯ ９６／２３８７３、およびＷＯ ９７／４３４２４（これらは本明細書に参考として援用される）に記載される改変体）。例示的なＡ．ｏｒｙｚａｅ α－アミラーゼ配列は、ＷＯ ９４／０２５９７の第７頁第１８～３３行に認められる（これは、本明細書に参考として援用される。

いくつかの実施形態において、市販のアミラーゼが使用され得る（例えば、ＢＡＮ^ＴＭ、Ｂｉｏａｍｙｌａｓｅ Ｄ（Ｇ）、Ｄｕｒａｍｙｌ^ＴＭ、ＦｕｎｇａＭｙｌ^ＴＭ、Ｋａｍ’ｓ Ｅｎｚｙｍｅ Ｐｌｕｓ、Ｋｅｍｚｙｍ^ＴＭ ＡＴ ９０００、Ｐｕｒａｆｅｃｔ^ＴＭ ＯｘＡｍ、Ｐｕｒａｓｔａｒ^ＴＭ ＨＰＡｍＬ、Ｐｕｒａｓｔａｒ^ＴＭ Ｓｔ、Ｒａｐｉｄａｓｅ^ＴＭ ＴＥＸ、Ｓｔａｉｎｚｙｍｅ^ＴＭ、およびＴｅｒｍａｍｙｌ（登録商標））。

ｄ）カルボヒドラーゼ
カルボヒドラーゼは、オリゴサッカリドまたはポリサッカリドを分解し得る酵素である。いくつかの実施形態において、アミラーゼ以外のカルボヒドラーゼが使用される（例えば、セルラーゼ、マルターゼ、ガラクトシダーゼ、ラクターゼ、ペクチナーゼ、キシラナーゼなど）。

２．洗浄剤
洗浄剤は、標的物質を含む細胞を溶解する、および／またはそうでなければ水性液体中では不溶性のまたは十分には溶解しない物質を可溶化するために使用され得る。標的物質は、上記のセクションＢにおいて考察される。上記洗浄剤は、細胞溶解のために適切であり、上記組成物中の酵素の触媒効率に望ましい濃度を含み得る。上記洗浄剤は、濃縮形態または希釈形態において使用され得る。洗浄剤は、アニオン性、非イオン性、または双性イオン性であり得る。いくつかの実施形態において、上記洗浄剤は、アルキルスルフェート（例えば、ドデシルスルフェート（ラウリル硫酸塩としても公知））を含む。いくつかの実施形態において、上記洗浄剤は、ナトリウム塩および／またはリチウム塩を含む。いかなる特定の理論によっても拘束されることを望まないが、アルキルスルフェート洗浄剤と本明細書で記載される他の構成要素（例えば、２種またはこれより多くの分解酵素）との組み合わせは、有益なことには、その後の増幅および／または検出に適した形態において核酸を維持している間に、凝塊に起因する、サンプル吸引に伴う問題を低減し得る。

洗浄剤は、非イオン性、アニオン性、両性、またはカチオン性である界面活性剤、またはこれらの任意の組み合わせを含み得る。非イオン性界面活性剤の例としては、アルカノールアミド、アミンオキシド、ブロックポリマー、エトキシ化された一級および二級アルコール、エトキシ化アルキルフェノール、エトキシ化脂肪エステル、ソルビタン誘導体、グリセロールエステル、プロポキシ化およびエトキシ化された脂肪酸、アルコール、ならびにアルキルフェノール、グリコールエステル、ポリマー状のポリサッカリド、エトキシ化アルキルフェノールのスルフェートおよびスルホネート、ならびにポリマー界面活性剤が挙げられる。アニオン性界面活性剤の例としては、エトキシ化されたアミンまたはアミド、スルホスクシネートおよび誘導体、エトキシ化アルコールのスルフェート、アルコールのスルフェート、スルホネートおよびスルホン酸誘導体、リン酸エステル、ならびにポリマー界面活性剤が挙げられる。両性界面活性剤の例としては、ベタイン誘導体が挙げられる。カチオン性界面活性剤の例としては、アミン界面活性剤が挙げられる。

いくつかの実施形態において、上記洗浄剤は、リチウム塩、ラウリル硫酸塩、またはラウリル硫酸リチウムを含む。

いくつかの実施形態において、上記組成物は、約０～０．５％ ｗ／ｖ、０．２５～０．７５％ ｗ／ｖ、０．５～１．０％ ｗ／ｖ、０．７５～１．２５％ ｗ／ｖ、１．０～１．５％ ｗ／ｖ、１．２５～１．７５％ ｗ／ｖ、１．５～２．０％ ｗ／ｖ、１．７５～２．２５％ ｗ／ｖ、２～２．５％ ｗ／ｖ、２．２５～２．７５％ ｗ／ｖ、２．５～３．０％ ｗ／ｖ、２．７５～３．２５％ ｗ／ｖ、３～３．５％ ｗ／ｖ、３．２５～３．７５％ ｗ／ｖ、３．５～４．０％ ｗ／ｖ、３．７５～４．２５％ ｗ／ｖ、４．０～４．５％ ｗ／ｖ、４．２５～４．７５％ ｗ／ｖ、４．５～５．０％ ｗ／ｖ、４．７５～５．２５％ ｗ／ｖ、５．０～５．５％ ｗ／ｖ、５．２５～５．７５％ ｗ／ｖ、５．５～６．０％ ｗ／ｖ、５．７５～６．２５％ ｗ／ｖ、６～６．５％ ｗ／ｖ、６．２５～６．７５％ ｗ／ｖ、６．５～７．０％ ｗ／ｖ、６．７５～７．２５％ ｗ／ｖ、７．０～７．５％ ｗ／ｖ、７．２５～７．７５％ ｗ／ｖ、７．５～８．０％ ｗ／ｖ、７．７５～８．２５％ ｗ／ｖ、８．０～８．５％ ｗ／ｖ、８．２５～８．７５％ ｗ／ｖ、８．５～９．０％ ｗ／ｖ、８．７５～９．２５％ ｗ／ｖ、９．０～９．５％ ｗ／ｖ、９．２５～９．７５％ ｗ／ｖ、９．５～１０．０％ ｗ／ｖ、９．７５～１０．２５％ ｗ／ｖ、１０．０～１０．５％ ｗ／ｖ、１０．２５～１０．７５％ ｗ／ｖ、１０．５～１１．０％ ｗ／ｖ、１０．７５～１１．２５％ ｗ／ｖ、１１．０～１１．５％ ｗ／ｖ、またはこれより高い洗浄剤濃度を含む。いくつかの実施形態において、上記洗浄剤濃度は、２．７５～３．２５％ ｗ／ｖである。前述の実施形態のうちのいずれかにおいて、上記洗浄剤は、リチウム塩を含み得る。前述の実施形態のうちのいずれかにおいて、上記洗浄剤は、ラウリル硫酸塩を含み得る。前述の実施形態のうちのいずれかにおいて、上記洗浄剤は、ラウリル硫酸リチウムを含み得る。

いくつかの実施形態において、上記洗浄剤は、上記組成物の約１０重量％未満の濃度（すなわち、ｗ／ｗ）で存在し得る。いくつかの実施形態において、上記洗浄剤は、上記組成物の約０．０５～１０重量％、２～６重量％、０．０５～０．５重量％、０．１～０．１５重量％、０．１～１．０重量％、０．５～１．５重量％、１～２重量％、１．５～２．５重量％、２～３重量％、２．５～３．５重量％、３～４重量％、３．５～４．５重量％、４～５重量％、４．５～５．５重量％、５～６重量％、５．５～６．５重量％、６～７重量％、６．５～７．５重量％、７～８重量％、７．５～８．５重量％、８～９重量％、または８．５～９．５重量％で存在する。前述の実施形態のうちのいずれかにおいて、上記洗浄剤は、リチウム塩を含み得る。前述の実施形態のうちのいずれかにおいて、上記洗浄剤は、ラウリル硫酸塩を含み得る。前述の実施形態のうちのいずれかにおいて、上記洗浄剤は、ラウリル硫酸リチウムを含み得る。

３．添加剤
本開示の組成物は、添加剤を、例えば、上記組成物の総重量の約０．１ ｗｔ％～約２．０ ｗｔ％の濃度で含み得る。添加剤の例としては、殺菌剤、殺生物剤、生体ポリマー分解剤（ｂｉｏｐｏｌｙｍｅｒ ｄｅｇｒａｄｉｎｇ ａｇｅｎｔ）、漂白剤、漂白システム、緩衝剤、キレート剤、増強剤（ｅｎｈａｎｃｉｎｇ ａｇｅｎｔ）、殺真菌剤、ポリマー、試薬、塩、保存剤、および安定化剤が挙げられる。

ａ）緩衝剤
緩衝剤は、所望の範囲内で組成物のｐＨを維持するために使用され得る。いくつかの実施形態において、その所望のｐＨ範囲は、以下のｐＨ範囲： ３～１１、３～１４、３～４、３．５～４．５、４～５、４．５～５．５、５～６、５．５～６．５、６～７、６．５～７．５、７～８、７．５～８．５、８～９、８．５～９．５、９～１０、９．５～１０．５、１０～１１、１０．５～１１．５、１１～１２、１１．５～１２．５、１２～１３、１２．５～１３．５、および１３～１４から選択され得る。緩衝剤の例としては、グッドバッファー；アルカリ塩、アンモニア緩衝剤；３－（Ｎ－モルホリノ）プロパンスルホン酸（ＭＯＰＳ）；ビス（トリス（ヒドロキシメチル）メチルアミノ）プロパン（ＢＩＳ－ＴＲＩＳ）；ホウ酸塩緩衝剤；炭酸塩緩衝剤；クエン酸塩緩衝剤；ヒドロキシエチルピペラジンエタンスルホン酸（ＨＥＰＥＳ）；リン酸塩緩衝剤（例えば、リン酸ナトリウム）；酒石酸塩緩衝剤；ならびにトリス（ヒドロキシメチル）アミノメタン（ＴＲＩＳ）（例えば、ＴＲＩＳ－ヒドロクロリド（ＴＲＩＳ－ＨＣｌ）およびＴＲＩＳ－ＥＤＴＡ）が挙げられる。いくつかの実施形態において、上記緩衝剤は、リン酸ナトリウムを含む。いくつかの実施形態において、上記組成物は、０～０．２％ ｗ／ｖ、０．１～０．３％ ｗ／ｖ、０．２～０．４％ ｗ／ｖ、０．３～０．５％ ｗ／ｖ、０．４～０．６％ ｗ／ｖ、０．５～０．７％ ｗ／ｖ、０．６～０．８％ ｗ／ｖ、０．７～０．９％ ｗ／ｖ、０．８～１．０％ ｗ／ｖ、０．９～１．１％ ｗ／ｖ、１．０～１．２％ ｗ／ｖ、１．１～１．３％ ｗ／ｖ、１．２～１．４％ ｗ／ｖ、１．３～１．５％ ｗ／ｖ、１．４～１．６％ ｗ／ｖ、１．５～０．７％ ｗ／ｖ、１．６～１．８％ ｗ／ｖ、１．７～１．９％ ｗ／ｖ、１．８～２．０％ ｗ／ｖ、１．９～２．１％ ｗ／ｖ、２．０～２．２％ ｗ／ｖ、２．１～２．３％ ｗ／ｖ、２．２～２．４％ ｗ／ｖ、２．３～２．５％ ｗ／ｖ、２．４～２．６％ ｗ／ｖ、２．５～２．７％ ｗ／ｖ、２．６～２．８％ ｗ／ｖ、２．７～２．９％ ｗ／ｖ、２．８～３．０％ ｗ／ｖ、２．９～３．１％ ｗ／ｖ、３．１～３．３％ ｗ／ｖ、３．２～３．４％ ｗ／ｖ、３．３～３．５％ ｗ／ｖ、３．４～３．６％ ｗ／ｖ、３．５～３．７％ ｗ／ｖ、３．６～３．８％ ｗ／ｖ、３．７～３．９％ ｗ／ｖ、３．８～４．０％ ｗ／ｖ、３．９～４．１％ ｗ／ｖ、またはこれより高い緩衝剤濃度を含む。いくつかの実施形態において、上記緩衝剤濃度は、０．４～０．５％ ｗ／ｖである。いくつかの実施形態において、上記緩衝剤濃度は、約３％ ｗ／ｖである。

ｂ）キレート剤
キレート剤は、二価カチオン依存性プロテアーゼを阻害するために使用され得る。キレート剤の例としては、マグネシウムキレート剤およびカルシウムキレート剤が挙げられる。いくつかの実施形態において、上記キレート剤は、メチルグリシン二酢酸（ＭＧＤＡ）の三ナトリウム塩（Ｔｒｉｌｏｎ Ｍ）、クエン酸三ナトリウム、エチレンジアミン四酢酸（ＥＤＴＡ）、エチレングリコール－ビス（β－アミノエチルエーテル）－Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’－四酢酸（ＥＧＴＡ）、またはその塩である。いくつかの実施形態において、上記キレート剤は、ＥＤＴＡおよびＥＧＴＡを含む。

いくつかの実施形態において、上記組成物は、少なくとも２０ｍｇ／Ｌ、２５ｍｇ／Ｌ、３０ｍｇ／Ｌ、３５ｍｇ／Ｌ、４０ｍｇ／Ｌ、４５ｍｇ／Ｌ、５０ｍｇ／Ｌ、５５ｍｇ／Ｌ、６０ｍｇ／Ｌ、６５ｍｇ／Ｌ、７０ｍｇ／Ｌ、７５ｍｇ／Ｌ、８０ｍｇ／Ｌ、９０ｍｇ／Ｌ、１００ｍｇ／Ｌ、２００ｍｇ／Ｌ、３００ｍｇ／Ｌ、４００ｍｇ／Ｌ、５００ ｍｇ／Ｌまたはこれより高いキレート剤濃度を含む。いくつかの実施形態において、組成物は、２００～３００ｍｇ／Ｌ、２５０～３５０ｍｇ／Ｌ、３００～４００ｍｇ／Ｌ、３５０～４５０ｍｇ／Ｌ、４００～５００ｍｇ／Ｌ、４５０～５５０ｍｇ／Ｌ、５００～６００ｍｇ／Ｌ、５５０～６５０ｍｇ／Ｌ、６００～７００ｍｇ／Ｌ、６５０～７５０ｍｇ／Ｌ、７００～８００ｍｇ／Ｌ、７５０～８５０ｍｇ／Ｌ、８００～９００ｍｇ／Ｌ、８５０～９５０ｍｇ／Ｌ、９００～１０００ｍｇ／Ｌ、またはこれより高いキレート剤濃度を含む。いくつかの実施形態において、上記キレート剤濃度は、７００～８００ｍｇ／Ｌである。

ｃ）塩
塩は、組成物の容量オスモル濃度を維持するために使用され得る。使用される例示的な塩は、アルカリ塩、ナトリウム塩、カリウム塩、塩化物塩、および酢酸塩が挙げられる。いくつかの実施形態において、上記組成物は、０～５０ ｍＯｓｍ、２０～５０ｍＯｓｍ、５０～１００ｍＯｓｍ、１００～２００ｍＯｓｍ、２００～３００ｍＯｓｍ、３００～４００ｍＯｓｍ、４００～５００ｍＯｓｍ、５００～６００ｍＯｓｍ、６００～７００ｍＯｓｍ、７００～８００ ｍＯｓｍ、または８００～１０００ｍＯｓｍの容量オスモル濃度を有する。

ｄ）洗浄剤増進剤、カップリング剤、または錯化剤
いくつかの実施形態において、上記組成物は、洗浄剤増進剤、カップリング剤、または錯化剤（例えば、キシレンスルホン酸ナトリウム、ゼオライト、ジホスフェート、トリホスフェート、ホスホネート、カーボネート、シトレート、ニトリロ三酢酸、エチレンジアミン四酢酸、ジエチレントリアミン五酢酸、アルキルコハク酸もしくはアルケニルコハク酸、可溶性シリケートもしくは層化シリケート（例えば、ＨｏｅｃｈｓｔのＳＫＳ－６）を、例えば、約６５重量％未満またはこれに等しい濃度において含み得る。

ｅ）漂白システム
いくつかの実施形態において、上記組成物は、漂白システムを含み得、これは、Ｈ_２Ｏ_２供給源（例えば、過ホウ酸塩、過炭酸塩、または過酸形成漂白アクチベーター）を含み得る。いくつかの実施形態において、上記組成物は、過酸形成漂白アクチベーター（例えば、テトラアセチルエチレンジアミンまたはノナノイルオキシベンゼンスルホネート）を含み得る。いくつかの実施形態において、上記漂白システムは、例えば、アミド、イミド、またはスルホンタイプのペルオキシ酸を含み得る。

ｆ）安定化剤
安定化剤は、上記組成物または標的物質（例えば、ＲＮＡまたはＤＮＡ）の酵素を安定化するために使用され得る。安定化剤は、ホウ酸、ホウ酸誘導体（例えば、芳香族ホウ酸エステル）またはフェニルボロン酸誘導体（例えば、４－ホルミルフェニルボロン酸）、カルシウムイオン、グリセロール、乳酸、マグネシウムイオン、ポリエチレングリコール、プロピレングリコール、ホウ酸ナトリウム、糖、糖アルコール、および適切な酵素から選択され得る。いくつかの実施形態において、上記組成物の酵素は、例えば、プロピレングリコール（ｐｒｏｌｙｌｅｎｅ ｇｌｙｃｏｌ）、ポリオール（例えば、プロピレングリコールまたはグリセロール）、糖もしくは糖アルコール、乳酸、ホウ酸、もしくはホウ酸誘導体（例えば、芳香族ホウ酸エステル）、またはフェニルボロン酸誘導体（例えば、４－ホルミルフェニルボロン酸）を使用して安定化され得、上記組成物は、例えば、ＷＯ ９２／１９７０９およびＷＯ ９２／１９７０８に記載されるように製剤化され得る。

いくつかの実施形態において、上記安定化剤は、１種またはこれより多くのリボヌクレアーゼ（ＲＮａｓｅ）インヒビターを含む。ＲＮａｓｅインヒビターは、ＲＮａｓｅ Ａ、ＲＮａｓｅ Ｂ、ＲＮａｓｅ Ｃ、および／またはＲＮＡ加水分解活性を有する任意の酵素を阻害し得る。ＲＮａｓｅインヒビターは、ＲＮａｓｅがＲＮＡ分子を分解することを阻害するために使用される、低分子、酵素、または抗体を含む。ＲＮＡｓｅインヒビター酵素および抗体は、真核生物起源のものであり得る。例示的なＲＮａｓｅインヒビターとしては、リボヌクレオシド－バナジル錯体、グアニジンチオシアン酸塩（ｇｕａｎａｄｉｎｅ ｔｈｉｏｃｙａｎａｔｅ）、ポリビニルスルホン酸、およびヒト胎盤ＲＮａｓｅインヒビターが挙げられる。使用され得る市販のＲＮａｓｅインヒビターとしては、ＲＮｅａｓｙ、ＳＵＰＥＲａｓｅ－Ｉｎ^ＴＭ、ＲＮａｓｅＯＵＴ^ＴＭ、Ａｍｂｉｏｎ^{（登録商標）} ＲＮａｓｅインヒビター、Ａｍｂｉｏｎ^{（登録商標）} ＲＮＡｓｅｃｕｒｅ^ＴＭ、ＲＮａｓｉｎ^{（登録商標）}、ＲＮａｓｉｎ^{（登録商標）} Ｐｌｕｓ、ＲＩＢＯＰＲＯＴＥＣＴ、ＲｉｂｏＬｏｃｋ、およびＲｉｂｏＳａｆｅが挙げられる。

いくつかの実施形態において、上記安定化剤は、１種またはこれより多くのデオキシリボヌクレアーゼ（ＤＮａｓｅ）インヒビターを含む。ＤＮａｓｅインヒビターは、ＤＮａｓｅ Ｉ、ＤＮａｓｅ ＩＩ、ＴＲＥＸ１（すなわち、ＤＮａｓｅ ＩＩＩ）、および／またはＤＮＡ加水分解活性を有する任意の酵素を阻害し得る。ＤＮａｓｅインヒビターとしては、ＤＮａｓｅがＤＮＡ分子を分解することを阻害するために使用される、低分子、酵素または抗体が挙げられる。ＤＮａｓｅインヒビターは、真核生物起源または原核生物起源のものであり得る。例示的なＤＮａｓｅインヒビターとしては、ヒト、ウシ、仔ウシ、ウサギ、ラット、Ｎｉｃｏｔｉａｎａ ｔａｂａｃｕｍ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ種、アデノウイルス種、Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ ｅｃｈｉｎｏｓｐｏｒａ、およびＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉに由来するＤＮａｓｅインヒビターが挙げられる。例示的な低分子ＤＮＡｓｅインヒビターとしては、アントラサイクリンおよびアミノグリコシド抗生物質が挙げられる。

ｇ）界面活性剤
いくつかの実施形態において、上記組成物は、１種またはこれより多くの界面活性剤を含み得、上記界面活性剤は、非イオン性、アニオン性、両性、カチオン性、または界面活性剤の組み合わせを含み得る。いくつかの実施形態において、上記組成物は、非イオン性界面活性剤、例えば、アルカノールアミド、アミンオキシド、ブロックコポリマー、エトキシ化された一級および二級アルコール、エトキシ化アルキルフェノール（ｅｔｈｏｘｙｌａｔｅｄ ａｌｋｙｐｈｅｎｏｌ）、エトキシ化脂肪エステル、ソルビタン誘導体、グリセロールエステル、プロポキシ化およびエトキシ化された脂肪酸、アルコール、ならびにアルキルフェノール、グリコールエステル、ポリマー状のポリサッカリド、エトキシ化アルキルフェノールのスルフェートおよびスルホネート、ならびにポリマー界面活性剤を含み得る。いくつかの実施形態において、上記組成物は、アニオン性界面活性剤、例えば、エトキシ化されたアミンまたはアミド、スルホスクシネートおよび誘導体、エトキシ化アルコールのスルフェート、アルコールのスルフェート、スルホネートおよびスルホン酸誘導体、リン酸エステル、ならびにポリマー界面活性剤を含み得る。いくつかの実施形態において、上記組成物は、両性界面活性剤（例えば、ベタイン誘導体）を含み得る。いくつかの実施形態において、上記組成物は、カチオン性界面活性剤（例えば、アミン界面活性剤）を含み得る。いくつかの実施形態において、上記組成物は、フッ素化界面活性剤（例えば、部分的もしくは完全にフッ素化されたアルキルポリエーテル）を含み得る。いくつかの実施形態において、上記組成物は、１種またはこれより多くのアルコール（例えば、ｃ１２－ｃ１４－二級エトキシ化アルコール（例えば、Ｔｅｒｇｉｔｏｌ））を含み得る。

いくつかの実施形態において、界面活性剤の濃度は、上記酵素の酵素活性、バイオフィルムへの上記洗浄剤の曝露時間、上記洗浄剤が固体、液体、スプレー、またはゲルの形態にあるか、洗浄剤ともに曝露された医療機器、および利用される洗浄システムに基づいて変動し得る。上記界面活性剤は、上記組成物の総重量の約１０％未満の濃度（すなわち、ｗｔ／ｗｔまたはｗｔ ％）で上記組成物に存在し得る。いくつかの実施形態において、上記界面活性剤は、上記組成物の約０．０５～１０重量％、２～６重量％、０．０５～０．５重量％、０．１～０．１５重量％、０．１～１．０重量％、０．５～１．５重量％、１～２重量％、１．５～２．５重量％、２～３重量％、２．５～３．５重量％、３～４重量％、３．５～４．５重量％、４～５重量％、４．５～５．５重量％、５～６重量％、５．５～６．５重量％、６～７重量％、６．５～７．５重量％、７～８重量％、７．５～８．５重量％、８～９重量％、または８．５～９．５重量％で存在する。いくつかの実施形態において、界面活性剤の濃度は、上記酵素の酵素活性、バイオフィルムへの上記洗浄剤の曝露時間、上記洗浄剤が固体、液体、スプレー、またはゲルの形態にあるか、洗浄剤ともに曝露された医療機器、および利用される洗浄システムに基づいて変動し得る。

ｈ）ポリマー
いくつかの実施形態において、上記組成物は、１種またはこれより多くのポリマー（例えば、カルボキシメチルセルロース、ポリ（ビニルピロリドン）、ポリ（エチレングリコール）、ポリ（ビニルアルコール）、ポリ（ビニルピリジン－Ｎ－オキシド）、ポリ（ビニルイミダゾール）、およびポリカルボキシレート（例えば、ポリアクリレート、マレイン酸／アクリル酸コポリマーおよびラウリルメタクリレート／アクリル酸コポリマー））を含み得る

ｉ）保存剤
いくつかの実施形態において、上記組成物は、保存剤を含み得る。殺微生物剤、殺菌剤、殺生物剤、または殺真菌剤として機能し得る任意の化合物は、上記組成物中で保存剤として使用され得る。核酸の安定性を維持し得る任意の化合物はまた、上記組成物中で保存剤として使用され得る。いくつかの実施形態において、上記保存剤は、ベンゾイソチアゾリノン（１，２－ベンゾイソチアゾール－３（２Ｈ）－オン； ＢＩＴ）である。

ｊ）他の成分
いくつかの実施形態において、上記組成物はまた、他の成分（例えば、クレイ、発泡ブースター、消泡因子（ｓｕｄｓ ｓｕｐｐｒｅｓｓｏｒ）、耐腐食剤、土壌懸濁剤、土壌再沈着防止剤、色素、殺菌剤、ヒドロトロープ、および変色防止剤（ｔａｒｎｉｓｈ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ）を含み得る。いくつかの実施形態において、上記ヒドロトロープは、尿素、トシレート、クメンスルホネート、およびキシレンスルホネートから選択され得る。

Ｄ．生物学的サンプル
生物学的サンプルは、標的物質を含み得る、被験体から得られる体液を含み得る。生物学的サンプルおよび標的物質の例は、上記のセクションＢにおいて提供される。

いくつかの実施形態において、上記生物学的サンプルは、喀痰、唾液、粘液様分泌物、鼻粘液、鼻汁、肺分泌物、鼻咽頭スワブサンプル、中咽頭スワブサンプル、気管支肺胞洗浄液、気管支洗浄物、尿、血液、血漿、または血清である。いくつかの実施形態において、肺サンプルの任意のタイプが、適切な生物学的サンプルである。いくつかの実施形態において、上記標的物質は、核酸および／または呼吸器病原体を含む。

１．粘液様分泌物
いくつかの実施形態において、生物学的サンプルは、粘液様分泌物または粘液の１つのタイプであり、これは、ムチンを含む水性で粘性の液体（すなわち、大きな水分保持能力を有するグリコールタンパク質）である。粘液様分泌物は、粘液細胞によって生成され、その細胞は、粘液腺および／または粘膜へと組織化され得る。粘液様分泌物のうちの多くのタイプは、標的核酸および／または呼吸器病原体に関して分析され得る。粘液様分泌物の例としては、鼻分泌物、肺分泌物、胃粘液、および腟分泌物が挙げられる。

２．薬学的分子
いくつかの実施形態において、生物学的サンプルは、薬学的分子の１種またはこれより多くのタイプを含み得る。例えば、生物学的サンプルは、薬学的分子で処置されている被験体から収集され得る。これらの場合には、上記生物学的サンプルは、上記薬学的分子がサンプル貯蔵、処理または分析に干渉しないことを確実にするために試験され得る。

いくつかの実施形態において、上記薬学的分子は、大きな分子（例えば、抗体、抗体フラグメント、抗体結合体、または上記被験体に対して治療効果を有し得る任意のタンパク質）である。いくつかの実施形態において、上記薬学的分子は、上記被験体において生化学的プロセスを調節し得る低分子である。いくつかの実施形態において、上記薬学的分子は、呼吸器感染のために処方され得るものである。いくつかの実施形態において、上記薬学的分子は、抗生物質、抗ウイルス薬、または抗真菌薬である。いくつかの実施形態において、上記薬学的分子は、感染（例えば、呼吸器感染）の症状を緩和し得るものである。

Ｅ．呼吸器病原体
いくつかの実施形態において、生物学的サンプルは、呼吸器病原体に由来する標的物質を含み得る。ウイルス、真菌、および細菌の任意のタイプが、呼吸器に感染し得る。呼吸器感染は類似の症状（例えば、細気管支炎、胸痛、悪寒、咳嗽、クループ、疲労、発熱、頭痛、低酸素症、食欲不振、筋もしくは身体の疼痛、肺炎、咽喉炎、鼻づまりもしくは鼻水、呼吸困難、および／または百日咳）を共有し得るが、処置は、原因因子に応じて異なり得る。従って、それは、感染の背後にある呼吸器病原体を決定するために有用であり得る。

１．ウイルス
いくつかの実施形態において、上記呼吸器病原体は、ウイルス、例えば、インフルエンザウイルスである。インフルエンザウイルスは、季節性インフルエンザ、および新型インフルエンザ（ｆｌｕ ｐａｎｄｅｍｉｃ）として公知の疾患の季節性流行を引き起こし得る。インフルエンザウイルスの例としては、インフルエンザＡ、インフルエンザＢ、インフルエンザＣ、およびインフルエンザＤが挙げられる。

いくつかの実施形態において、上記呼吸器病原体は、コロナウイルスである。コロナウイルスは、呼吸器感染を引き起こし得、地域的および世界的なパンデミックの原因となった。コロナウイルスは、４つのサブタイプ－アルファ、ベータ、ガンマおよびデルタに分類される。コロナウイルスの例としては、２２９Ｅ、ＨＫＵ１、中東呼吸器症候群コロナウイルス（ＭＥＲＳ－ＣｏＶ）、ＮＬ６３、ＯＣ４３、重症急性呼吸器症候群コロナウイルス（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ）、および重症急性呼吸器症候群コロナウイルス２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）が挙げられる。

いくつかの実施形態において、上記呼吸器病原体は、パラミクソウイルスである。パラミクソウイルスの例としては、ＲＳウイルス（ＲＳＶ）（ＲＳＶは、ＲＳＶサブタイプＡおよびＢを含む）；ヒトパラインフルエンザウイルス（ＨＰＩＶ）（ＨＰＩＶサブタイプ１～４を含む）；およびヒトメタニューモウイルス（ＨＭＰＶ）が挙げられる。

いくつかの実施形態において、上記呼吸器病原体は、アデノウイルスである。呼吸器に関連する感染に加えて、アデノウイルスはまた、下痢および結膜炎を引き起こし得る。アデノウイルスの例としては、哺乳動物アデノウイルス（マスタデノウイルス（ｍａｓｔａｄｅｎｏｖｉｒｕｓ））および鳥類アデノウイルス（アビアデノウイルス（ａｖｉａｄｅｎｏｖｉｒｕｓ））が挙げられる。ヒトに感染するアデノウイルスの例としては、アデノウイルスＡ型（血清型１２、１８、および３１）、Ｂ（血清型３、７、１１、１４、１６、２１、３４、および３５）、Ｃ（血清型１、２、５、および６）、Ｄ（血清型８、９、１０、１３、１５、１７、１９、２０、２２～３０、３２、３３、３６～３６、および４２～４７）、Ｅ（血清型４）、およびＦ（血清型４０および４１）が挙げられる。

いくつかの実施形態において、上記呼吸器病原体は、ライノウイルスである。ライノウイルスの例としては、ライノウイルスＡ、Ｂ、およびＣが挙げられる。

いくつかの実施形態において、上記呼吸器病原体は、エンテロウイルスである。エンテロウイルスの例としては、ＥＶ－Ｄ６８およびＥＶ－７１が挙げられる。

２．細菌
いくつかの実施形態において、上記呼吸器病原体は、Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ種（例えば、百日咳（ｗｈｏｏｐｉｎｇ ｃｏｕｇｈ）または百日咳（ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ）を引き起こすＢｏｒｄｅｔｅｌｌａ ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ、またはＢｏｒｄｅｔｅｌｌａ ｐａｒａｐｅｒｔｕｓｓｉｓ）である。

いくつかの実施形態において、上記呼吸器病原体は、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓである。いくつかの実施形態において、上記Ｓ．ａｕｒｅｕｓは、メチシリン耐性Ｓ．ａｕｒｅｕｓ（ＭＲＳＡ）である。

いくつかの実施形態において、上記呼吸器病原体は、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅである。Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染は、呼吸器、耳、および副鼻腔感染から肺炎および血流感染までの範囲に及び得る。

いくつかの実施形態において、上記呼吸器病原体は、マイコバクテリアである。この属は、哺乳動物において重篤な疾患（ヒトにおける結核およびハンセン病を含む）を引き起こすことが公知の病原体を含む。マイコバクテリアの例としては、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓが挙げられる。

いくつかの実施形態において、上記呼吸器病原体は、小さな呼吸器飛沫を介して伝染するＣｈｌａｍｙｄｉａである。いくつかの実施形態において、上記Ｃｈｌａｍｙｄｉａは、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅである。

いくつかの実施形態において、上記呼吸器病原体は、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅである。Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅは、呼吸器系の軽度感染および入院を要するより重篤な肺感染を引き起こし得る。

３．真菌
いくつかの実施形態において、上記呼吸器病原体は、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ種（例えば、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｆｕｍｉｇａｔｕｓ）である。Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ種による感染は、アスペルギルス症を引き起こし得る。

いくつかの実施形態において、上記呼吸器病原体は、Ｂｌａｓｔｏｍｙｃｅｓ種（例えば、Ｂｌａｓｔｏｍｙｃｅｓ ｄｅｒｍａｔｉｔｉｄｉｓ）である。Ｂｌａｓｔｏｍｙｃｅｓ ｄｅｒｍａｔｉｔｉｄｉｓによる感染は、ブラストミセス症を引き起こし得る。

いくつかの実施形態において、上記呼吸器病原体は、Ｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ種（例えば、Ｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ ｉｍｍｉｔｉｓ）である。Ｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ ｉｍｍｉｔｉｓによる感染は、コクシジオイデス真菌症（渓谷熱ともいわれる）を引き起こし得る。

いくつかの実施形態において、上記呼吸器病原体は、Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ種（例えば、Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｅｏｆｏｒｍａｎｓ）である。Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｅｏｆｏｒｍａｎｓによる感染は、クリプトコッカス症を引き起こし得る。

いくつかの実施形態において、上記呼吸器病原体は、Ｈｉｓｔｏｐｌａｓｍａ種（例えば、Ｈｉｓｔｏｐｌａｓｍａ ｃａｐｓｕｌａｔｕｍ）である。Ｈｉｓｔｏｐｌａｓｍａ ｃａｐｓｕｌａｔｕｍによる感染は、ヒストプラスマ症を引き起こし得る。

いくつかの実施形態において、上記呼吸器病原体は、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ種またはＭｕｃｏｒ種である。Ｒｈｉｚｏｐｕｓ種またはＭｕｃｏｒ種による感染は、ムコール症を引き起こし得る。

いくつかの実施形態において、上記呼吸器病原体は、Ｐｎｅｕｍｏｃｙｓｔｉｓ種（例えば、Ｐｎｅｕｍｏｃｙｓｔｉｓ ｊｉｒｏｖｅｃｉｉ）である。Ｐｎｅｕｍｏｃｙｓｔｉｓ ｊｉｒｏｖｅｃｉｉによる感染は、ニューモシスチス肺炎を引き起こし得る。

Ｆ．消化器系病原体
いくつかの実施形態において、生物学的サンプルは、消化器系病原体に由来する標的物質を含み得る。ウイルス、寄生生物および、および細菌の多くのタイプは、消化器系感染を引き起こし得る。消化器系感染は、類似の症状（例えば、悪心、嘔吐、下痢、腹痛、疲労、発熱、頭痛、食欲不振、および／または筋もしくは身体の疼痛）を共有し得るが、処置は、原因因子に応じて異なり得る。従って、それは、 感染の背後にある消化器系病原体を決定するために有用であり得る。

１．細菌
いくつかの実施形態において、上記消化器系病原体は、Ｙｅｒｓｉｎｉａ種（例えば、Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａ）である。Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａによる感染は、エルシニア症を引き起こし得る。

いくつかの実施形態において、上記消化器系病原体は、Ｖｉｂｒｉｏ種（例えば、Ｖｉｂｒｉｏ ｐａｒａｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｖｉｂｒｉｏ ｖｕｌｎｉｆｉｃｕｓ、およびＶｉｂｒｉｏ ｃｈｏｌｅｒａｅ）である。Ｖｉｂｒｉｏ種による感染は、ビブリオ症を引き起こし得る。

いくつかの実施形態において、上記消化器系病原体は、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種（例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ Ｏ１５７、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ Ｓｔｘ１、およびＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ Ｓｔｘ２）である。

いくつかの実施形態において、上記消化器系病原体は、Ｐｌｅｓｉｏｍｏｎａｓ種（例えば、Ｐｌｅｓｉｏｍｏｎａｓ ｓｈｉｇｅｌｌｏｉｄｅｓ）である。

いくつかの実施形態において、上記消化器系病原体は、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ種（例えば、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｃｏｌｉ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｌａｒｉ、およびＣａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｕｐｓａｌｉｅｎｓｉｓ）である。Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ種による感染は、カンピロバクター症を引き起こし得る。

いくつかの実施形態において、上記消化器系病原体は、Ｓｈｉｇｅｌｌａ種（例えば、Ｓｈｉｇｅｌｌａ ｂｏｙｄｉｉ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ ｄｙｓｅｎｔｅｒｉａｅ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ ｆｌｅｘｎｅｒｉ、およびＳｈｉｇｅｌｌａ ｓｏｎｎｅｉ）である。Ｓｈｉｇｅｌｌａ種による感染は、細菌性赤痢を引き起こし得る。

２．ウイルス
いくつかの実施形態において、上記消化器系病原体は、ノロウイルス、ロタウイルス、アストロウイルス、アデノウイルス、およびサポウイルスのようなウイルスである。

３．寄生生物
いくつかの実施形態において、生物学的サンプルは、寄生生物に由来する標的物質を含み得る。寄生生物感染は、類似の症状を共有し得るが、処置は、原因因子に応じて異なり得る。従って、それは、感染の背後にある寄生生物を決定するために有用であり得る。

いくつかの実施形態において、上記寄生生物は、Ｇｉａｒｄｉａ種（例えば、Ｇｉａｒｄｉａ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ）である。Ｇｉａｒｄｉａ種による感染は、ジアルジア症を引き起こし得る。

いくつかの実施形態において、上記寄生生物は、Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ種（例えば、Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ ｐａｒｖｕｍ）である。Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ種による感染は、クリプトスポリジウム症を引き起こし得る。

いくつかの実施形態において、上記寄生生物は、Ｅｎｔａｍｏｅｂａ種（例えば、Ｅｎｔａｍｏｅｂａ ｈｉｓｔｏｌｙｔｉｃａ）である。Ｅｎｔａｍｏｅｂａ ｈｙｓｔｏｌｙｔｉｃａによる感染は、アメーバ症を引き起こし得る。

いくつかの実施形態において、上記寄生生物は、Ｃｙｃｌｏｓｐｏｒａ種（例えば、Ｃｙｃｌｏｓｐｏｒａ ｃａｙｅｔａｎｅｎｓｉｓ）である。Ｃｙｃｌｏｓｐｏｒａ ｃａｙｅｔａｎｅｎｓｉｓによる感染は、サイクロスポーラ症を引き起こし得る。

いくつかの実施形態において、血液媒介病原体は、Ｂａｂｅｓｉａ種（例えば、Ｂａｂｅｓｉａ ｍｉｃｒｏｔｉ）である。Ｂａｂｅｓｉａ種による感染は、感染したＩｘｏｄｅｓ ｓｃａｐｕｌａｒｉｓダニが咬むことによって拡がるバベシア症を引き起こし得る。

Ｇ．血液媒介病原体
いくつかの実施形態において、生物学的サンプルは、血液媒介病原体に由来する標的物質を含み得る。血液媒介病原体は、感染した人からの任意の体液（例えば、血液、唾液、または粘液分泌物）が、針刺し、ヒトによる噛み傷、切り傷、擦過傷を介して、または粘膜を経て別の人の身体に入る場合に伝染し得る。ウイルス、寄生生物、および細菌の多くのタイプは、血液感染を引き起こし得る。

１．寄生生物
いくつかの実施形態において、上記血液媒介病原体は、Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ（例えば、Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ ｆａｌｃｉｐａｒｕｍ、Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ ｍａｌａｒｉａｅ、Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ ｏｖａｌｅ、およびＰｌａｓｍｏｄｉｕｍ ｋｎｏｗｌｅｓｉ）である。Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍによる感染は、マラリアを引き起こし得る。

２．ウイルス
いくつかの実施形態において、上記血液媒介病原体は、肝炎ウイルス（例えば、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）およびＣ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ））である。いくつかの実施形態において、上記血液媒介病原体は、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）である。

Ｈ．例示的な方法
１．生物学的サンプルとスワブとを接触させる工程であって、ここで上記サンプルのアリコートおよび上記スワブは関連付けられる、工程；スワブ；サンプル
いくつかの実施形態において、本明細書で開示される方法は、生物学的サンプルのアリコートと関連付けられたスワブを使用する。いくつかの実施形態において、本開示に従う方法は、上記生物学的サンプルと上記スワブとを接触させる工程であって、ここで上記サンプルのアリコートおよび上記スワブは関連付けられる工程を包含し得る。上記サンプルアリコートと上記スワブとの関連付けは、少なくともいくつかの分析物（例えば、細胞または核酸）が液体へと放出され得るように、少なくとも部分的には、一時的または可逆的であるはずである。当業者は、上記サンプルと上記スワブとを、上記サンプルと上記スワブとの適切な関連付けを達成する（例えば、上記スワブを上記サンプルの中に、その上に、またはそれにわたって浸漬する、拭う、突く、または回す）ように接触させる適切な様式を選択し得る。

生物学的物質を吸着および放出するために適した任意のスワブが使用され得る。いくつかの実施形態において、吸収材料および／または吸着材料（例えば、スポンジもしくは繊維であり、これは、例えば、綿、アルギネート、絹、炭素繊維、またはポリマー繊維（例えば、レーヨン、ポリエステル、もしくはポリアミド）であり得る）を端部に巻き付ける、接着させる、または付着させて、先端部を形成したステムを含むスワブが使用され、上記吸収材料または吸着材料は、収集されるべきサンプルを吸着および／または吸収するために適している。いくつかの実施形態において、上記先端部は、０．５～３ｍｍの厚み（ステム軸に対して垂直に測定される）を有する。いくつかの実施形態において、上記先端部は、１０メートルあたり１～４ｍｇの線密度を有する繊維を含む。いくつかの実施形態において、上記スワブは、鼻スワブである。

いくつかの実施形態において、細長い支持体およびその支持体の末端に複数の植毛加工した繊維を含む植毛加工スワブが、使用される。例示的な植毛加工スワブは、ＵＳ ２００６／０１４２６６８（これは、本明細書に参考として援用される）に記載される。スワブは、プラスチック材料（例えば、ポリスチレン）から概して作製される細長いステムを有し得る。

スワブと関連付けられ得る任意の生物学的サンプルは、本開示に従う方法において使用され得る。本開示に従う方法において使用される生物学的サンプルは、エマルジョン、懸濁物、または溶液（またはこれらの組み合わせ）であり得、不純物または汚染物質（例えば、粘性ポリマーまたは粒状物質）の種々のタイプを含み得る。粘性ポリマーとしては、ポリサッカリド（例えば、ムコポリサッカリド、リポポリサッカリド、プロテオグリカン、デンプン、グリコーゲン、または可溶性セルロース）、細胞外核酸、およびポリペプチド（糖タンパク質およびリポポリペプチドを含む）が挙げられ得る。粒状物質は、食品、固体脂質、無機固体、例えば、リン酸塩（例えば、リン酸カルシウムまたはリン酸鉄）、および不溶性線維物質（例えば、セルロース線維）に由来する物質を含み得る。サンプルは、脂質相または脂質エマルジョンを含み得る。サンプルは、細胞デブリを含み得、これは、そのサイズ、溶解度、および疎水性に応じて、少なくとも部分的に、粒状物質、粘性ポリマー、脂質相もしくはエマルジョン、またはこれらの組み合わせとして存在し得る。サンプルは、粗製であり得るか、またはいくらかの最初の精製（例えば、濾過、抽出、または分画（例えば、クロマトグラフィー分画））を受けていてもよい。いくつかの実施形態において、粗製サンプルは、適切な液体（例えば、水または溶液（これは、緩衝化されていてもよいし、生理食塩水であってもよいし、サンプルと等張性であってもよい））で希釈されるか、懸濁されるか、または少なくとも部分的に溶解される。

粒状物質、粘性ポリマー、またはエマルジョンを含み得る例示的なサンプルタイプは、喀痰、唾液、粘液様分泌物、粘液（例えば、鼻粘液、肺分泌物、血液、血漿、血清、尿、土壌、汚泥、糞便、または微生物増殖物）である。汚泥および土壌は、その天然のおよび人工のバージョンを含む（例えば、泥、鉢植え用の混合土壌（ｐｏｔｔｉｎｇ ｍｉｘ）、化学廃棄物など）。微生物増殖物は、細菌、古細菌、原生生物、または真菌増殖物（例えば、コロニー、バイオフィルム、菌糸体など）を含む。いくつかの実施形態において、上記サンプルは、食品サンプルである。

いくつかの実施形態において、サンプルは、病原体、ウイルス、真菌、もしくは細菌を含むかまたは含むと疑われる。いくつかの実施形態において、上記病原体は、呼吸器病原体である。呼吸器病原体の例は、上記のセクションＥにおいて考察される。

意図された下流の使用のために適切な第２の部分を生じるために十分な任意の容積の物質は、場合によっては、上記スワブと関連付けられ得る。いくつかの実施形態において、２０～５５０マイクロリットル、例えば、２０～５０μｌ、５０～１００μｌ、１００～１５０μｌ、１５０～２００μｌ、２００～２５０μｌ、２５０～３００μｌ、３００～３５０μｌ、３５０～４００μｌ、４５０～５００μｌ、もしくは５００～５５０μｌ、または２０～７５μｌ、７５～１２５μｌ、１２５～１７５μｌ、１７５～２２５μｌ、２２５～２７５μｌ、２７５～３２５μｌ、３２５～３７５μｌ、３７５～４２５μｌ、４２５～４７５μｌ、４７５～５２５μｌ、もしくは５２５～５７５μｌの容積のサンプルは、上記スワブと関連付けられる。

２．核酸を安定化するための組成物
いくつかの実施形態において、本明細書で開示される方法における組成物は、核酸が分解から保護または防御され得るように、生物学的サンプル中の核酸を安定化するために有用である。いくつかの実施形態において、上記組成物は、ＤＮＡを安定化する。いくつかの実施形態において、上記組成物は、ＲＮＡを安定化する。上記組成物は、任意の温度において本明細書で開示される方法に従って使用され得る。いくつかの実施形態において、上記組成物は、室温において上記生物学的サンプルと混合される。

いくつかの実施形態において、上記組成物は、生物学的サンプルと混合される場合に、希釈剤として使用される。上記組成物は任意の生物学的サンプルと混合され得るが、いくつかの実施形態において、上記生物学的サンプルは、全血または尿である。

いくつかの実施形態において、上記組成物は、生物学的サンプルと混合される場合、マトリクスとして使用される。例えば、上記組成物は、ＲＮＡパネルにおいて試験するためのＲＮＡ転写物を調製するために使用され得る。

いくつかの実施形態において、上記組成物は、生物学的サンプルのための、またはその生物学的サンプルと関連する核酸のための貯蔵媒体として使用され得る。

３．感染性病原体を不活性化するための組成物
いくつかの実施形態において、本明細書で開示される方法における組成物は、病原体が疾患を引き起こしにくいまたはもはや疾患を引き起こし得ないように、生物学的サンプル中の感染性病原体を不活性化するのに有用である。いくつかの実施形態において、上記組成物は、上記病原体が複製する能力を破壊する。いくつかの実施形態において、上記組成物は、上記病原体が宿主に感染する能力を破壊する。いくつかの実施形態において、上記組成物は、上記病原体の溶解を引き起こし得る。

４．細胞、核酸、またはポリペプチドを含むサンプル材料のさらなる処理および／または分析；標的の捕捉、増幅、および検出；標的細菌または病原体配列
いくつかの実施形態において、液体へと放出されるウイルスまたは細胞（例えば、細菌）は、例えば、加熱、超音波処理、ボルテックス、浸透圧による破壊（ｏｓｍｏｌｙｓｉｓ）、タンパク質分解、アルカリおよび／もしくは洗浄剤への曝露、またはこれらの組み合わせによって、破壊するまたは溶解される。これは、上記スワブを液体（例えば、液体が溶解溶液である場合）へと移すと即座に開始するか、または例えば、アリコートの一部のその液体への放出後に試薬の添加もしくは装置の使用によるさらなる操作の場合には後に開始するかのいずれかで、液体中で起こり得る。いくつかの実施形態において、核酸は、例えば、クロマトグラフィーもしくは沈殿によって、または結合剤（例えば、少なくとも１種の捕捉オリゴマー）への結合によって、溶解物から単離される。

いくつかの実施形態において、上記スワブからキャリア液体へと、または上記で考察されるように放出および溶解された細胞もしくはウイルスから放出された核酸は、さらに単離または精製される。例えば、さらなる単離または精製は、クロマトグラフィーもしくは沈殿を使用して、または核酸を結合剤（例えば、少なくとも１種の捕捉オリゴマー）に結合させることによって、行われ得る。例えば、下流の分析アプローチ（例えば、増幅または配列決定）に供されることが意図された核酸をさらに単離または精製することは、有益であり得る（さもなければ、そのアプローチは不純物に起因して、全体的にまたは部分的に阻害され得る）。

少なくとも１種の捕捉オリゴマーが使用される場合、それは、配列特異的であり得る（すなわち、それは、標的核酸における部位と特異的にハイブリダイズして二重鎖を形成するように構成された標的とハイブリダイする領域を含む）。捕捉オリゴマーの１つの例は、２つの結合領域： 配列結合領域（例えば、標的特異的部分）および固定化されたプローブ結合領域（通常は、同じオリゴマー上にある）を含むが、その２つの領域は、１種またはこれより多くのリンカーによって一緒に結合された２つの異なるオリゴマー上に存在してもよい。あるいは、標的へのハイブリダイゼーションのために無作為化されているか、反復しているか、または非特異的配列を有する捕捉オリゴマーが使用され得る（例えば、ポリ－（ｋ）およびポリ－（ｒ）捕捉オリゴマーおよびこれらの組み合わせ（これは、例えば、ＵＳ ２０１３／０２０９９９２およびＵＳ ２０２０／０１６５５９９（これらは本明細書に参考として援用される）に記載される））。いくつかの実施形態において、捕捉オリゴマーは、標的核酸に非特異的に結合するために無作為または非無作為のポリ－ＧＵ、ポリ－ＧＴ、またはポリ－Ｕ配列を含む標的配列結合領域を使用する。いくつかの実施形態において、捕捉オリゴマーは、標的核酸に非特異的に結合するために、無作為または非無作為のポリ－ＧＡ配列を含む標的配列結合領域を使用する。いくつかの実施形態において、第１の捕捉オリゴマーが無作為または非無作為のポリ－ＧＡ配列を含み、第２の捕捉オリゴマーが無作為または非無作為のポリ－ＧＵまたはポリ－ＧＴ配列を含む捕捉オリゴマーの組み合わせが使用される。上記捕捉オリゴマーは、支持体上に固定化されたプローブを結合する配列または部分をさらに含み得る。

いくつかの実施形態において、方法は、上記サンプル中の少なくとも１種の高分子の存在または非存在を決定する工程をさらに包含する。いくつかの実施形態において、溶解物から単離された核酸は、１種またはこれより多くの標的配列の存在または非存在を（例えば、標的領域のための１種またはこれより多くのプローブ（例えば、プローブオリゴマー）を使用して）検出すること（これは、標的配列の増幅の後に続き得るかまたは単離された核酸に対して（サザンブロット、スロットブロットまたはドットブロットにおけるように）直接的に行われ得る）；配列決定；電気泳動；分子クローニング；またはマイクロアレイ分析のような１種またはこれより多くの分析手順に、供され得る。いくつかの実施形態において、増幅反応は、等温増幅もしくは温度サイクリングを含む増幅方法（例えば、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）および転写媒介性増幅（ＴＭＡ））、または上記で考察されるものを含む任意の他のタイプの増幅を使用して行われる。

いくつかの実施形態において、標識を含むプローブオリゴマーまたはＦＲＥＴカセットが使用される。特に適切な標識としては、検出可能な光シグナルを発する化合物（例えば、均質な混合物中で検出され得るフルオロフォアまたは発光（例えば、化学発光）化合物）が挙げられる。１種より多くの標識、および１より多くのタイプの標識が、特定のプローブ上に存在してもよいし、検出は、各プローブが検出可能なシグナルを生じる化合物で標識されるプローブの混合物を使用することに依拠してもよい（例えば、米国特許第６，１８０，３４０号および同第６，３５０，５７９号（各々は、本明細書に参考として援用される）を参照のこと）。標識は、種々の手段（共有結合的連結、キレート化、およびイオン性相互作用を含む）によってプローブに結合され得るが、いくつかの実施形態においては、標識は、共有結合的に結合される。例えば、いくつかの実施形態において、検出プローブは、結合された蛍光標識または化学発光標識（例えば、アクリジニウムエステル（ＡＥ）化合物のような）を有する（例えば、米国特許第５，１８５，４３９号；同第５，６３９，６０４号；同第５，５８５，４８１号；および同第５，６５６，７４４号（各々は、本明細書に参考として援用される）を参照のこと）。上記標識は、代表的バリエーションにおいて、非ヌクレオチドリンカーによって上記プローブに結合される（例えば、米国特許第５，５８５，４８１号；同第５，６５６，７４４号；および同第５，６３９，６０４号（各々は、本明細書に参考として援用される）を参照のこと）。いくつかの実施形態において、プローブオリゴマーは、検出可能な標識の相互作用的な対で標識される。標識の相互作用的な対のメンバーである検出可能な標識の例としては、ＦＲＥＴもしくは非ＦＲＥＴエネルギー移動機序によって互いと相互作用するものが挙げられる。蛍光共鳴エネルギー移動（ＦＲＥＴ）は、原子間距離よりかなり大きな距離にわたり、熱エネルギーに変換することなく、ならびにドナーおよびアクセプターが動力学的衝突（ｋｉｎｅｔｉｃ ｃｏｌｌｉｓｉｏｎ）をすることなく、発色団間の共鳴相互作用によって、吸収部位から分子または分子システムにおけるその利用部位へとエネルギー量子を、放射線を発せずに移動することを含む。「ドナー」は、エネルギーを最初に吸収する部分であり、「アクセプター」は、エネルギーが後に移動される部分である。ＦＲＥＴに加えて、励起エネルギーがドナーからアクセプター分子へと移動され得る少なくとも３種の他の「非ＦＲＥＴ」エネルギー移動プロセスが存在する。いくつかの実施形態において、上記プローブオリゴマーは、プローブプライマーであり、核酸増幅のために使用され得る。

いくつかの実施形態において、少なくとも１つのプローブシステムが使用され、ここで上記システムのオリゴマーは、一緒に機能して、標的配列の検出を容易にする。例えば、ＩＮＶＡＤＥＲまたはＩＮＶＡＤＥＲ ＰＬＵＳアッセイにおいて、侵入型オリゴマー（これは、増幅オリゴマー、例えば、プライマーとしても機能し得るが、必ずしもそうではない）、一次プローブ、およびＦＲＥＴカセットが使用され得る。ＩＮＶＡＤＥＲおよびＩＮＶＡＤＥＲ ＰＬＵＳアッセイは、例えば、ＵＳ ２０１８／０１６３２５９において詳細に考察されている。

本開示に従う検出プローブオリゴマーは、標的にハイブリダイズしない配列を含み得る。いくつかの適用において、少なくともある程度の自己相補性を示すプローブは、検出する前にハイブリダイズされないプローブの除去を最初に要することなく、試験サンプル中でプローブ：アンプリコン二重鎖の検出を容易にするために望ましい。このような検出プローブの具体的実施形態としては、例えば、分子内ハイブリダイゼーションによって保持されるコンホメーション（例えば、一般にヘアピンといわれるコンホメーション）を形成するプローブが挙げられる。特に適したヘアピンプローブとしては、「分子トーチ（ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｔｏｒｃｈ）」（例えば、米国特許第６，８４９，４１２号；同第６，８３５，５４２号；同第６，５３４，２７４号；および同第６，３６１，９４５号（各々、本明細書に参考として援用される）を参照のこと）および「分子ビーコン（ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｂｅａｃｏｎ）」（例えば、米国特許第５，１１８，８０１号、同第５，３１２，７２８号、および同第５，９２５，５１７号（各々、本明細書に参考として援用される）を参照のこと）が挙げられる。さらに他の実施形態において、検出プローブは、分子内結合によって保持されるコンホメーションを実質的に形成しない直線状のオリゴマーである。

いくつかの実施形態において、増幅および検出手順が行われる（例えば、プローブハイブリダイゼーションおよび検出を伴う、ＩＮＶＡＤＥＲもしくはＩＮＶＡＤＥＲ ＰＬＵＳアッセイ、ＴａｑＭａｎアッセイ、またはＴＭＡ反応（例えば、フルオロフォアおよびＦＲＥＴパートナーを含む、少なくとも１種のプローブオリゴマーまたはＦＲＥＴカセットを使用し、ハイブリダイゼーション依存性および／もしくは分解依存性蛍光を示す））。いくつかの実施形態において、検出は、増幅反応の間にリアルタイムである。いくつかの実施形態において、検出は、増幅反応の終了付近、終了時、または終了後に起こる。いくつかの実施形態において、少なくとも１種の標的配列が、例えば、標準曲線および／または１種またはこれより多くの較正標準に基づいて定量される。

フルオロフォアの実施形態としては、約４９５～６５０ｎｍの範囲の光を吸収し、約５２０～６７０ｎｍの範囲の光を発するものが挙げられ、それらとしては、ＦＡＭ^ＴＭ、ＴＥＴ^ＴＭ、ＣＡＬ ＦＬＵＯＲ^ＴＭ（ＯｒａｎｇｅまたはＲｅｄ）、およびＱＵＡＳＡＲ^ＴＭ化合物として公知のものが挙げられる。フルオロフォアは、バックグラウンド蛍光を減少させるために、フルオロフォアの直ぐ近位にある場合に光を吸収するクエンチャー分子と組み合わせて使用され得る。このようなクエンチャーは、当該分野で周知であり、例えば、ＢＬＡＣＫ ＨＯＬＥ ＱＵＥＮＣＨＥＲ^ＴＭ（またはＢＨＱ^ＴＭ）またはＴＡＭＲＡ^ＴＭ化合物が挙げられる。

ＦＲＥＴを非ＦＲＥＴ対から区別しようとしない、本開示に関連して使用され得る相互作用するドナー／アクセプター標識対の例としては、フルオレセイン／テトラメチルローダミン、ＩＡＥＤＡＮＳ／フルオレセイン（ｆｌｕｏｒｏｒｅｓｃｅｉｎ）、ＥＤＡＮＳ／ＤＡＢＣＹＬ、クマリン／ＤＡＢＣＹＬ、フルオレセイン／フルオレセイン、ＢＯＤＩＰＹ ＦＬ／ＢＯＤＩＰＹ ＦＬ、フルオレセイン／ＤＡＢＣＹＬ、ルシファーイエロー／ＤＡＢＣＹＬ、ＢＯＤＩＰＹ／ＤＡＢＣＹＬ、エオシン／ＤＡＢＣＹＬ、エリスロシン／ＤＡＢＣＹＬ、テトラメチルローダミン／ＤＡＢＣＹＬ、Ｔｅｘａｓ Ｒｅｄ／ＤＡＢＣＹＬ、ＣＹ５／ＢＨ１、ＣＹ５／ＢＨ２、ＣＹ３／ＢＨ１、ＣＹ３／ＢＨ２およびフルオレセイン／ＱＳＹ７色素が挙げられる。当業者は、ドナーおよびアクセプター色素が異なる場合に、エネルギー移動が、アクセプターの感作された蛍光の出現によって、またはドナー蛍光のクエンチングによって検出され得ることを理解する。非蛍光アクセプター（例えば、ＤＡＢＣＹＬおよびＱＳＹ７色素）は、有利なことには、直接的な（すなわち、感作されていない）アクセプター励起から生じるバックグラウンド蛍光の潜在的な問題を排除する。ドナー－アクセプター対の一方のメンバーとして使用され得る例示的なフルオロフォア部分としては、フルオレセイン、ＲＯＸ、およびＣＹ色素（例えば、ＣＹ５）が挙げられる。ドナー－アクセプター対のもう一方のメンバーとして使用され得る例示的なクエンチャー部分としては、ＤＡＢＣＹＬおよびＢＬＡＣＫ ＨＯＬＥ ＱＵＥＮＣＨＥＲ部分（これらは、Ｂｉｏｓｅａｒｃｈ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ， Ｉｎｃ．，（Ｎｏｖａｔｏ， Ｃａｌｉｆ．）から市販されている）が挙げられる。

いくつかの実施形態において、増幅および検出手順（例えば、定量的ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）、逆転写酵素ＰＣＲ（ＲＴ－ＰＣＲ）、または核酸配列決定）は、非特異的ＤＮＡ結合色素を使用して行われる。非配列特異的ＤＮＡ結合色素の例としては、ＳＹＢＲ^{（登録商標）} Ｇｒｅｅｎ Ｉ、ＥｖａＧｒｅｅｎ、ＳＹＴＯ １１、ＳＹＴＯ １３、ＳＹＴＯ １６、ＳＹＴＯ １７、ＳＹＴＯ ２１、ＳＹＴＯ ２４、ＳＹＴＯ ５９、ＳＹＴＯ ６０、ＳＹＴＯ ６１、ＳＹＴＯ ６２、ＳＹＴＯ ６３、ＳＹＴＯ ６４、ＳＹＴＯ ８０、ＳＹＴＯ ８１、ＳＹＴＯ ８２、およびＳＹＴＯ ８３が挙げられる。配列決定反応において使用される非配列特異的ＤＮＡ結合色素の例としては、色素標識ターミネーター（例えば、ｄ－ローダミン ｄｄＮＴＰ、ＢｉｇＤｙｅ^{（登録商標）} ｄｄＮＴＰ、およびＭａｇａＤｙｅ^ＴＭ ｄｄＮＴＰ）が挙げられる。マイクロアレイにおいて使用される非配列特異的色素の例としては、赤外（ＩＲ）色素、近赤外（ＮＩＲ）色素、ローダミン、シアニン（例えば、Ｃｙ３、Ｃｙ５、およびＣｙ７）、フルオレセインイソチオシアネート（例えば、ＦＩＴＣ、Ａｌｅｘａ ５３２、ＪＯＥ、Ｏｒｅｇｏｎ Ｇｒｅｅｎ）、ＢＯＤＩＰＹ色素（例えば、ＢＯＤＩＰＹ ５７６／５８９およびＢＯＤＩＰＹ ６３０／６５０）が挙げられる。

上記サンプルが、病原体を含むかまたは含むと疑われる場合、上記方法は、その病原体に特徴的な少なくとも１種の核酸の存在または非存在を決定する工程を包含し得る。

いくつかの実施形態において、溶解物から単離されたポリペプチドは、１種またはこれより多くの分析手順、例えば、１種もしくはこれより多くの標的の存在もしくは非存在の検出、または抗体もしくはアプタマー結合アッセイのうちの１種もしくはこれより多くのものを含み得る特徴付けの他の形態（例えば、ＥＬＩＳＡもしくはウェスタンブロット））；電気泳動；アミノ酸配列決定；あるいは質量分析法に供され得る。いくつかの実施形態において、少なくとも１種のポリペプチドは、例えば、標準曲線および／または１種もしくはこれより多くの較正標準に基づいて定量される。

いくつかの実施形態において、キャリア液体から放出された細胞は、例えば、アルデヒドもしくは他の架橋剤で固定される。いくつかの実施形態において、上記細胞は、例えば、蛍光色素もしくは発色団（これは、必要に応じて、結合剤（例えば、核酸プローブ（例えば、ＦＩＳＨプローブ）、抗体、またはアプタマー）に連結される）で染色される。いくつかの実施形態において、上記細胞は、フローサイトメトリー、顕微鏡検査法、または他の光学的分析に供される。

５．細胞培養および病原体不活性化の試験
いくつかの実施形態において、製剤は、それが１種またはこれより多くの病原体を不活性化する能力に関して試験される。いくつかの実施形態において、上記病原体は、細菌病原体（例えば、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓおよびＢｏｒｄｅｔｅｌｌａ ｐｅｒｔｕｓｓｉｓを含む、本明細書で開示されるもの）である。いくつかの実施形態において、上記細菌病原体は、寒天プレート上でのコロニー形成に関して評価される。いくつかの実施形態において、上記細菌病原体は、溶血活性に関して評価される。上記細菌病原体が目的の製剤で処理された後、上記細菌病原体は、血液寒天プレートに適用され、赤血球の溶解に関して評価される。いくつかの実施形態において、上記細菌病原体は、異なる濃度で、または一連の希釈物で適用される。上記血液寒天プレートは、（１）ある温度範囲において（２０℃、２４℃、３０℃、および３７℃を含む）、および（２）一定期間にわたって（１５分、１時間、２時間、４時間、２４時間、一晩、またはより長く）、インキュベートされ得る。

いくつかの実施形態において、上記病原体は、ウイルス病原体（例えば、コロナウイルス２２９Ｅおよびアデノウイルス血清型２を含む、本明細書で開示されるもの）である。いくつかの実施形態において、上記ウイルス病原体は、プラーク形成に関して評価される。上記ウイルス病原体が目的の製剤で処理された後、上記ウイルス病原体は、ある細胞または組織タイプに適用され、細胞変性効果（ＣＰＥ）、例えば、ウイルスプラークの形成が評価される。いくつかの実施形態において、上記ウイルス病原体は、異なる濃度で、または一連の希釈物で適用される。

ある細胞または組織タイプが使用される実施形態において、上記ウイルス病原体が上記細胞または組織タイプに適用される前に、上記細胞または組織タイプは、約８０～９０％コンフルエンスへと増殖される。任意の適切な細胞または組織タイプが使用され得、各細胞または組織タイプは、当業者に公知の材料および方法に従って培養される。いくつかの実施形態において、上記細胞または組織タイプは、哺乳動物起源またはヒト起源のものである。いくつかの実施形態において、上記細胞または組織タイプは、ＭＲＣ－５である。

Ｉ．キット
本明細書で記載される組成物のうちのいずれか１つを含むキットがまた、本明細書で提供される。いくつかの実施形態において、上記組成物は、チューブ、例えば、キャップを含むチューブ内に含まれる。

いくつかの実施形態において、上記キットは、先端部分およびステム部分を含むスワブをさらに含む。いくつかの実施形態において、上記スワブの先端部分は、植毛加工した先端部である。いくつかの実施形態において、上記スワブのステム部分は、可撓性のプラスチックステムである。いくつかの実施形態において、上記スワブは、鼻咽頭スワブである。

いくつかの実施形態において、上記キットは、１ｍＬ～１０ｍＬの、本明細書で記載される組成物のうちのいずれか１つを含む。いくつかの実施形態において、上記組成物は、２％～４％（ｗ／ｖ）のプロピレングリコール、２％～１０％（ｗ／ｖ）の、プロテアーゼである分解酵素、および約１％～４％のアルキルスルフェート洗浄剤（好ましくはドデシルスルフェート洗浄剤）を含む。いくつかの実施形態において、上記組成物は、２％～３％（ｗ／ｖ）のグッドバッファーおよび０．０５％～０．３％（ｗ／ｖ）の界面活性剤を含む。グッドバッファーとは、ＨＥＰＥＳ、ＢＥＳ、ｂｉｃｉｎｅ、ＣＡＰＳ、ＣＨＥＳ、ＭＥＳ、ＭＯＰＳ、Ｔｒｉｃｉｎｅなどのような、Ｎｏｒｍａｎ Ｇｏｏｄ博士によって開発された一連の２０の双極性（双性イオン性）緩衝剤のうちのいずれか（Ｇｏｏｄら， Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ５（２）：４６７－４７７ （１９６６）（これは本明細書に参考として援用される）を参照のこと））、ならびに６種の後に開発された双性イオン性緩衝剤、ＡＭＰＳＯ、ＣＡＰＳＯ、ＨＥＰＰＳＯ、ＭＯＰＳＯ、およびＰＯＰＳＯにも言及する。いくつかの実施形態において、上記グッドバッファーは、ＨＥＰＥＳである。

いくつかの実施形態において、上記キットは、使用説明書をさらに含む。いくつかの実施形態において、上記使用説明書は、デジタル文書として提供される。いくつかの実施形態において、上記使用説明書は、生物学的サンプル収集のための指示を含む。いくつかの実施形態において、上記使用説明書は、鼻咽頭サンプル収集のための指示を含む。

診断検査のための生物学的サンプルの収集のための、本明細書で記載されるキットのうちのいずれか１つの使用がまた、本明細書で提供される。いくつかの実施形態において、上記生物学的サンプルは、核酸診断検査のために収集される。いくつかの実施形態において、上記生物学的サンプルは、タンパク質、ムチン、喀痰、唾液、鼻汁、粘液様分泌物、鼻粘液、肺分泌物、尿、血液、血漿、または血清のうちの１種またはこれより多くのものを含む。いくつかの実施形態において、上記生物学的検体は、細菌病原体の存在または非存在を決定する診断検査のために収集される。いくつかの実施形態において、上記生物学的サンプルは、呼吸器病原体の存在または非存在を決定する診断検査のために収集される。いくつかの実施形態において、上記呼吸器病原体は、コロナウイルス、パラインフルエンザウイルス（ＨＰＩＶ）、インフルエンザウイルス、アデノウイルス、ヒトメタニューモウイルス（ＨＭＰＶ）、ライノウイルス、エンテロウイルス、またはＲＳウイルスのうちの１種またはこれより多くのものである。

実施例１： サンプル粘性ならびに標的核酸の増幅および検出に対する酵素含有洗浄剤およびサンプル輸送媒体の効果
この実施例は、サンプル粘性を減少させる（すなわち、サンプル凝塊を破壊する）ことならびにその後の増幅および検出のためにＲＮＡ安定性を保存することに対して以下の３種の条件： （１）５０％へと希釈した市販のＥｎｄｏｚｉｍｅ ＸＰ（Ｒｕｈｏｆ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ， カタログ番号３４５３０）、（２）市販のＥｎｄｏｚｉｍｅ ＡＷ Ｔｒｉｐｌｅ Ｐｌｕｓ ｗｉｔｈ ＡＰＡ（無香料）（Ｅｎｄｏ； Ｒｕｈｏｆ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ， カタログ番号３４５２１）、および（３）サンプル輸送媒体（ＳＴＭ）でサンプルを処理することの効果を比較する。ＳＴＭの配合表は、以下のとおりである： ２．０７ｇ／Ｌ リン酸一ナトリウム一水和物； ３０ｇ／Ｌ ラウリル硫酸リチウム（ＬＬＳ）； ０．３７２ｇ／Ｌ ＥＤＴＡ二ナトリウム二水和物； ０．３８ｇ／Ｌ ＥＧＴＡ遊離酸；および２．１３ｇ／Ｌ リン酸水素二ナトリウム。

各検体条件のうちの１００ｍＬを、表１に示されるように、ＦｌｕＡ／Ｂ／ＲＳＶインビトロ転写物（ＩＶＴ）に添加した。

３０名の健常ボランティアの臨床検体を、鼻スワブを使用して検体条件へと直接収集した（すなわち、表４における収集されたサンプル）。３０個の臨床検体を、各検体条件のために収集した。遠心分離したサンプルを、核酸抽出、増幅、および検出のためにＰａｎｔｈｅｒ Ｆｕｓｉｏｎ機器に装填した。標的核酸抽出、増幅、および検出を、概して製造業者の説明書（Ｈｏｌｏｇｉｃ， Ｉｎｃ．， カタログ番号ＰＲＤ－０４３２８）に従って、Ｐａｎｔｈｅｒ Ｆｕｓｉｏｎ Ｆｌｕ Ａ／Ｂ／ＲＳＶアッセイを使用して行った。

吸引および分与ピペット操作の性能を、Ｐａｎｔｈｅｒ Ｆｕｓｉｏｎ抽出アセンブリへの移動中に各サンプルに関してモニターした。ピペット操作失敗を引き起こしたサンプルを、リアルタイム圧力モニタリングによって検出し、それらのサンプルのさらなる処理を中止した。データは、表２に示されるとおりであった。ここで「無効率（ｉｎｖａｌｉｄ ｒａｔｅ）」は、ピペット操作失敗を引き起こしたサンプルの割合を示す。

１００％ Ｅｎｄｏｚｉｍｅ ＡＷ Ｔｒｉｐｌｅ Ｐｌｕｓ ｗｉｔｈ ＡＰＡ（無香料）および水中５０％ Ｅｎｄｏｚｉｍｅ ＸＰの中のサンプルは、高粘性および／または凝塊を有さず、従って、閉塞なしにＰａｎｔｈｅｒ Ｆｕｓｉｏｎ抽出アセンブリへと移動された。

ＳＴＭ中の９個のサンプルは、リアルタイム圧力モニタリングによって示されるように、吸引および分与を妨害する高粘性および／または凝塊を有した。これらのサンプルを、上記アセンブリへと再び装填するために処理した。１つのサンプルにおいて、上記閉塞を、２回目の装填試行で解消した。５つの他のサンプルで、上記閉塞を、ボルテックスすることによる１５秒間のヒトの介入後に解消し、上記サンプルを、３回目の試行時に上記アセンブリ上に成功裡に装填した。３個のサンプルは、上記で記載される試行を全て行ったにもかかわらず、凝塊が解消されなかった。その結果は、マルチ酵素洗浄剤の使用が、サンプル粘性を減少し得、サンプル装填を改善し得る一方で、ＳＴＭの使用は改善しなかったことを示す。

次に、増幅および検出反応を、上記サンプルに対して行った。反応を、サンプルにＩＶＴを添加してから約１２時間後および１６時間後で行った。表４に示されるように、標的核酸の増幅および検出は、５０％ Ｅｎｄｏｚｉｍｅ ＸＰまたは１００％ Ｅｎｄｏｚｉｍｅ ＡＷ Ｔｒｉｐｌｅ Ｐｌｕｓ ｗｉｔｈ ＡＰＡ（無香料）（Ｅｎｄｏ）中のサンプルに関して不十分であった。Ｆｌｕ Ａ、ＲＳＶ、またはＦｌｕ Ｂに関して試験陽性であったＡＣまたはＥｎｄｏ中のサンプルのうち、平均Ｃｔは、サンプルマトリクスが媒体へと導入される場合に、ＳＴＭと比較して、匹敵するＣｔまたは分析物検出を示さなかった。

対照的に、標的核酸は、ＳＴＭ中の全てのサンプルにおいて成功裡に増幅および検出された（表３）。これらの結果は、凝塊なしの陽性コントロール反応の結果と一致した（表４）。ここでインフルエンザＡ（Ｆｌｕ Ａ）、インフルエンザＢウイルス（Ｆｌｕ Ｂ）、およびＲＳウイルスＡ／Ｂ（ＲＳＶ）に関する標的核酸を、それらにＩＶＴを添加してから約０時間後、１２時間後、および１６時間後で行った反応全てにおいて検出した。

上記データは、酵素含有洗浄剤の存在が、サンプル粘性を減少させて、サンプル処理を補助し得る一方で、標的核酸を効果的に安定化しなかったことを示す。

実施例２： いくつかのサンプル輸送媒体への収集後の粘性サンプルおよび／または均一でない含有物を含むサンプルの吸引
この実施例の目的は、粘液様物質または他の粘性もしくは均一でない物質を含む検体と関連付けられた吸引失敗を低減することであった。３０名の健常ボランティアの臨床検体を、鼻スワブを使用して収集した。収集後、上記スワブを、各個々に１ｍｌのＳＴＭの中に配置した。ＳＴＭの配合表は、上記で実施例１に記載されるとおりである。さらに、検体条件における各収集した臨床検体を撹拌し、次いで、２００ＲＣＦで１分間遠心分離した。さらに、ＳＴＭは、１ｍｌあたりインフルエンザＡ、インフルエンザＢ、およびＲＳウイルス標的核酸の各々に関して約６．９コピー／μＬ ＩＶＴを含んだ。その収集した検体を、血液の存在に関して検査し、検体が血液を含まないか、微量の血液を含むか、または目に見える血液凝塊を含むかに応じて、それぞれ、－血液、＋血液、または＋＋血液としてランク付けした。次いで、総容積を、さらなるＳＴＭまたはＳＴＭおよびＥｎｄｏｚｉｍｅ ＡＷ Ｔｒｉｐｌｅ Ｐｌｕｓ ｗｉｔｈ ＡＰＡ（マルチ酵素系洗浄剤）の組み合わせを使用して、２．９ｍＬにした。その得られたサンプル輸送媒体は、０％ Ｅｎｄｏｚｉｍｅ ＡＷ Ｔｒｉｐｌｅ Ｐｌｕｓ ｗｉｔｈ ＡＰＡ（すなわち、ＳＴＭのみ）、５０％ Ｅｎｄｏｚｉｍｅ ＡＷ Ｔｒｉｐｌｅ Ｐｌｕｓ ｗｉｔｈ ＡＰＡ、または６５％ Ｅｎｄｏｚｉｍｅ ＡＷ Ｔｒｉｐｌｅ Ｐｌｕｓ ｗｉｔｈ ＡＰＡ（表５）を含んだ。

３０個の臨床サンプルを、実施例１に記載されるように調製し、各臨床検体を３つの検体条件の各々へと分けた。リアルタイム圧力モニタリングデータを、実施例１に記載されるように収集した。

ＳＴＭへと収集した３０個の検体において、ピペット操作失敗と関連付けられた６個の凝塊が存在した。５０％ Ｅｎｄｏｚｉｍｅ ＡＷ Ｔｒｉｐｌｅ Ｐｌｕｓ ｗｉｔｈ ＡＰＡ中に収集した３０個の検体は、ピペット操作失敗と関連付けられた１個の凝塊を生じた。６５％ Ｅｎｄｏｚｉｍｅ ＡＷ Ｔｒｉｐｌｅ Ｐｌｕｓ ｗｉｔｈ ＡＰＡへと収集された３０個の検体は、凝塊を生じず、全３０個の検体の吸引は成功した。これらのデータは、ＳＴＭへのマルチ酵素系洗浄剤の添加が、サンプル中の粘性および均一でない内容物を低減し、ピペット操作失敗の頻度を低減したことを示す。

実施例３： いくつかのサンプル輸送媒体への収集後の粘性サンプルおよび／または均一でない内容物を含むサンプルの増幅および検出
実施例１からの臨床検体に、全血を添加した。次いで、上記検体を増幅し、実施例１に記載されるように分析して、各検体条件において添加したＩＶＴの存在または非存在を決定した。抽出、増幅、および検出を、概して製造業者によって記載されるようにＰａｎｔｈｅｒ Ｆｕｓｉｏｎ Ｆｌｕ Ａ／Ｂ／ＲＳＶ Ａｓｓａｙを使用して行った。

この実施例の結果を、表６～８に示す。使用した条件およびサンプル中の血液の存在／非存在を示す。これらの結果は、標的核酸が、試験した全３条件において増幅可能かつ検出可能であったことを示す（表５に示されるとおり）。これらの結果はまた、およそ等しいカウント（Ｃｔ）を示すが、５０％ Ｅｎｄｏｚｉｍｅ ＡＷ Ｔｒｉｐｌｅ Ｐｌｕｓ ｗｉｔｈ ＡＰＡ（５０％）および６５％ Ｅｎｄｏｚｉｍｅ ＡＷ Ｔｒｉｐｌｅ Ｐｌｕｓ ｗｉｔｈ ＡＰＡ（６５％）において処理した検体に関して、ＳＴＭ中で処理したものと比較してより低い標準偏差を示す。

実施例４： マルチ酵素洗浄剤の存在下でのアッセイ性能の評価
さらなるアッセイセットを、患者検体（ボランティアの鼻スワブ）をサンプル中に含めなかったことを除いて、実施例２および表６において上記で記載されるように、ＳＴＭ、５０％ Ｅｎｄｏｚｉｍｅ ＡＷ Ｔｒｉｐｌｅ Ｐｌｕｓ ｗｉｔｈ ＡＰＡ（５０％）、および６５％ Ｅｎｄｏｚｉｍｅ ＡＷ Ｔｒｉｐｌｅ Ｐｌｕｓ ｗｉｔｈ ＡＰＡ（６５％）の条件を使用して行った。インフルエンザＡ（Ｆｌｕ Ａ）、インフルエンザＢ（Ｆｌｕ Ｂ）、およびＲＳウイルス（ＲＳＶ）標的核酸の各々について約６．９コピー／ｍＬ ＩＶＴを、各サンプルへと添加した。標的核酸抽出、増幅、および検出を、製造業者の説明書に従ってＰａｎｔｈｅｒ Ｆｕｓｉｏｎ Ｆｌｕ Ａ／Ｂ／ＲＳＶアッセイを使用してＰａｎｔｈｅｒ Ｆｕｓｉｏｎシステム上で行った。表９に示されるように、結果は、０％ Ｅｎｄｏｚｉｍｅ ＡＷ Ｔｒｉｐｌｅ Ｐｌｕｓ ｗｉｔｈ ＡＰＡ（すなわち、表９中のＳＴＭ）へと添加したものと比較して、５０％または６５％ Ｅｎｄｏｚｉｍｅ ＡＷ Ｔｒｉｐｌｅ Ｐｌｕｓ ｗｉｔｈ ＡＰＡへと添加した標的核酸に関して等しいかまたはより低いＣｔを示す。これは、ＳＴＭとの組み合わせにおけるマルチ酵素系洗浄剤（例えば、Ｅｎｄｏｚｉｍｅ ＡＷ Ｔｒｉｐｌｅ Ｐｌｕｓ ｗｉｔｈ ＡＰＡ）の使用が、アッセイ性能に負の影響を与えなかったことを示す。

実施例５： 改善されたサンプル粘性に関する増強されたＳＴＭ（Ｅ－ＳＴＭ）
前述の実施例において考察される製剤および観察に基づいて、新たな製剤を設計し、以下の領域における改善に関して試験した： （１）生物学的サンプル中の凝塊を低減する能力、（２）検体を収集し、製剤中で貯蔵する場合に、核酸を安定化すること、および（３）病原体の不活性化、（４）種々の温度で貯蔵している間の均質な溶液の形成；ならびに（５）少なくとも１年間にわたる室温での安定性。

この実施例は、製剤中での変化およびそれらの変化がどのようにしてサンプル粘性に影響を及ぼすかを考察する。１セットのアッセイを、ＳＴＭ、６５％ Ｅｎｄｏｚｉｍｅ ＸＰ、ＳＴＭ中の６５％ Ｅｎｄｏｚｉｍｅ ＢｉｏＣｌｅａｎ、および６５％ Ｅｌｅｍｅｎｔｕｍ ＡＷを使用して、上記の実施例１に記載されるように行った。上記ＳＴＭ製剤は、上記の実施例１に記載されるとおりであった。上記アッセイのデータは、以下の表１０に示されるとおりであった。Ｅｎｄｏｚｉｍｅ ＢｉｏＣｌｅａｎおよびＥｌｅｍｅｎｔｕｍ ＡＷの存在は、ボルテックスのようなサンプルの操作なしに、ＳＴＭコントロールと比較して凝塊エラーを低減した。

実施例６： Ｅ－ＳＴＭは、改善された核酸保存を示す
この実施例は、製剤の変更およびそれらの変更がどのようにしてサンプル中の核酸安定性に影響を及ぼすかを考察する。Ｆｌｕ Ａ、ＲＳＶ、およびＦｌｕ Ｂ ＩＶＴを、１００％ ＳＴＭ、１００％ Ｅｎｄｏｚｉｍｅ ＢｉｏＣｌｅａｎ、１００％ Ｅｎｄｏｚｉｍｅ ＸＰ、１００％ Ｅｌｅｍｅｎｔｕｍ、６５％ Ｅｎｄｏｚｉｍｅ ＢｉｏＣｌｅａｎ、６５％ Ｅｎｄｏｚｉｍｅ ＸＰ、または６５％ Ｅｌｅｍｅｎｔｕｍ ＡＷのうちの１つに添加した。６５％ Ｅｎｄｏｚｉｍｅ ＢｉｏＣｌｅａｎ、６５％ Ｅｎｄｏｚｉｍｅ ＸＰ、または６５％ Ｅｌｅｍｅｎｔｕｍ ＡＷを有する製剤を、各々、（１）２部のＥｎｄｏｚｉｍｅ ＢｉｏＣｌｅａｎ、Ｅｎｄｏｚｉｍｅ ＸＰ、またはＥｌｅｍｅｎｔｕｍ ＡＷ、および（２）１部のＳＴＭを使用して、１００％から６５％へと希釈した。ＳＴＭは、３％（ｗ／ｖ） ＬＬＳを含んでいたことから、６５％ Ｅｎｄｏｚｉｍｅ ＢｉｏＣｌｅａｎ、６５％ Ｅｎｄｏｚｉｍｅ ＸＰ、または６５％ Ｅｌｅｍｅｎｔｕｍ ＡＷを有するＥ－ＳＴＭ製剤は、各々、最終濃度 １％（ｗ／ｖ） ＬＬＳを含んだ。これらの製剤中での核酸の安定性を、比較した。実験を、上記の実施例１に記載されるように行った。

以下の表１１に示されるように、１００％ Ｅｎｄｏｚｉｍｅ ＢｉｏＣｌｅａｎ、１００％ Ｅｎｄｏｚｉｍｅ ＸＰ、および１００％ Ｅｌｅｍｅｎｔｕｍ ＡＷ製剤は、患者スワブの存在下で核酸を十分に安定化しなかった。しかし、以下の表１２に示されるように、６５％ Ｅｎｄｏｚｉｍｅ ＢｉｏＣｌｅａｎまたは６５％ Ｅｎｄｏｚｉｍｅ ＸＰを補充したＳＴＭ製剤は、患者スワブの存在下で核酸を安定化した。１％（ｗ／ｖ） ＬＬＳを含む６５％ Ｅｎｄｏｚｉｍｅ ＢｉｏＣｌｅａｎを補充したＳＴＭ製剤は、ＣＬＴエラーを低減し（実施例５）、サンプル中の核酸の安定化を示し、増幅および検出を促進することが注記された。

実施例７： ウイルス核酸の回収のためのラウリル硫酸リチウム（ＬＬＳ）
ラウリル硫酸リチウム（ＬＬＳ）を含む製剤を、乾燥血液スポット（ＤＢＳ）からのヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）核酸（ＮＡ）を、および全血希釈剤（ＷＢＤ）からのサイトメガロウイルス（ＣＭＶ）ＮＡの回収に関して試験した。

ＳＴＭおよび血液処理媒体（ＢＰＭ； ６％ ＬＬＳを含む全血希釈剤）中での種々のパーセンテージのＬＬＳを試験した。ＨＩＶ－１陽性の乾燥血液スポットを調製するために、Ｗｈａｔｍａｎ ９０３ Ｓｐｅｃｉｍｅｎ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ Ｃａｒｄｓに、７０μＬのＨＩＶ陽性血液（５×１０^４コピー／ｍＬの濃度へとＨＩＶ－１を添加した全血）をスポットし、２４時間風乾させた。次いで、その乾燥血液スポットをくりぬき、いくつかの異なるＬＬＳ濃度（０重量％、１重量％、３重量％、５重量％、または７重量％； すなわち、ｗ／ｖ （０～１００ｇ／Ｌ））のうちの１つを含むＳＴＭ試薬へと移した。これらのＳＴＭ試薬は、他の点では、実施例１（上記）で開示されるＳＴＭ製剤と実質的に同一であった。３０分間のインキュベーションの後、上記ＳＴＭを別個のチューブへと移し、Ａｐｔｉｍａ ＨＩＶ－１ Ｑｕａｎｔ Ｄｘ Ａｓｓａｙ（Ｈｏｌｏｇｉｃ， Ｉｎｃ．， カタログ番号ＰＲＤ－０３５６５）を、製造業者の説明書に従って使用して、５つ複製して試験した。この試験からの結果は、以下のとおりであり（平均 ｌｏｇ コピー／ｍＬ 回収、標準偏差）、表１３に示す（実験１）。これらのデータに基づいて、３％～７％ ＬＬＳ（ｗ／ｖ）を含むＳＴＭは全て、頑強な増幅および検出結果を示した（約３．５～３．７ ｌｏｇ コピー／ｍＬ 回収）が、一方で、０％および１％は、より低い回収を示した。別の実験において、１０％ ＬＬＳ（ｗ／ｖ）を使用しても、より低い回収を示した（示さず）。

さらなる試験では、ＨＩＶ－１を、０％、１％、１．５％、２％、２．５％、または３％ ＬＬＳ（ｗ／ｖ）を含むＳＴＭ中でＤＢＳから回収した。乾燥血液スポットサンプルを調製し、上記で記載されるように回収した。ＬＬＳが０ｇ／Ｌ、１０ｇ／Ｌ、１５ｇ／Ｌ、２０ｇ／Ｌ、２５ｇ／Ｌ、または３０ｇ／ＬでＳＴＭ中に存在することを除いて、実施例１における製剤と実質的に同一のＳＴＭ製剤中での３０分間のインキュベーション後に、上記サンプルを、Ａｐｔｉｍａ ＨＩＶ－１アッセイ（カタログ番号ＰＲＤ－０３５６５）を使用してＨＩＶ－１核酸の存在に関して試験した。この試験の結果を、表１３（実験２）に示し、１．５％ ＬＬＳ未満でアッセイ性能の低下を示す。従って、好ましいＬＬＳ濃度は、１．５％（ｗ／ｖ）を上回る。これらのデータは、約１．５％～約７％ ＬＬＳを含むサンプル収集媒体製剤が、頑健な核酸および回収を提供することを示す。最高濃度を、約２％～約５％ ＬＬＳで得た。

実施例８： 室温におけるＥ－ＳＴＭ中でのプロテアーゼ安定性
この実施例は、製剤における変更およびそれらの変更が種々の温度での製剤安定性にどのように影響を及ぼすか、続いて、これがそれらの温度でのプロテアーゼ安定性に影響を及ぼすかを考察する。実施例においてその製剤に存在するプロテアーゼは、サブチリシンである。３種の製剤を室温、４℃、または－２０℃において２週間貯蔵し、吸引／分与実験を実施例１に記載されるように行った。上記製剤は、ＳＴＭ、ＳＴＭ中の６５％ Ｅｎｄｏｚｉｍｅ ＢｉｏＣｌｅａｎ、および３％（ｗ／ｖ）の最終濃度までＬＬＳを補充した１００％ Ｅｎｄｏｚｉｍｅ ＢｉｏＣｌｅａｎであった。ＳＴＭ中のサンプルは、予測されるとおり凝塊を解消しなかったが、６５％ Ｅｎｄｏｚｉｍｅ ＢｉｏＣｌｅａｎ製剤は、凝塊を解消する能力を失った（表１４）。３％（ｗ／ｗ） ＬＬＳを有する１００％ ＥｎｄｏＺｉｍｅ ＢｉｏＣｌｅａｎ製剤は、対照的に、凝塊を解消する能力を有した。

従って、上記６５％ ＥｎｄｏＺｉｍｅ ＢｉｏＣｌｅａｎ Ｅ－ＳＴＭは、室温において２週間後に凝固防止に十分なプロテアーゼ安定性を欠くと考えられた。ＳＴＭは、ＥＤＴＡおよびＥＧＴＡを含むことから、キレート剤ＥＤＴＡおよびＥＧＴＡが６５％ ＥｎｄｏＺｉｍｅ ＢｉｏＣｌｅａｎ Ｅ－ＳＴＭ中に存在することが注記された。プロテアーゼ安定性を欠くことは、ＥＤＴＡおよびＥＧＴＡによるＥｎｄｏＺｉｍｅ ＢｉｏＣｌｅａｎ中のプロテアーゼの阻害に原因があるとされた。上記３％（ｗ／ｗ） ＬＬＳを有する１００％ ＥｎｄｏＺｉｍｅ ＢｉｏＣｌｅａｎ製剤（これで凝塊は生じなかった）は、キレート剤を含まなかった。

吸引／分与実験から、活性なプロテアーゼの存在は、サンプル凝塊を解消するにあたって重要な役割を果たすことが確認された。上記プロテアーゼは、粘液様呼吸器サンプル中でタンパク質を可溶化し、それによって、吸引圧力を低減し、凝塊を低減すると考えられる。表１５に示されるように、３％ ｖ／ｖ プロテアーゼの存在は、サンプル中の凝塊を解消した。さらに、Ｅ－ＳＴＭを用いる吸引および分与圧力は、ＳＴＭより多くの凝塊を解消したにもかかわらず、ＳＴＭよりほんの少ししか低くなかった。

実施例５～７において注記される観察に基づいて、表１６に示される製剤を、将来の試験に関して考慮した。

さらなる吸引／分与実験から、プロテアーゼの濃度が高いほど、凝塊を解消するにあたってより効果的であることが示された（表１７）。

実施例９： Ｅ－ＳＴＭ中のプロテアーゼについてのガードバンド試験
上記の実施例は、プロテアーゼを含む製剤が、プロテアーゼを含まない製剤より良好に凝塊を解消することを例証する。吸引および分与圧力に負の影響なしに、Ｅ－ＳＴＭ製剤中のプロテアーゼ％の許容可能な範囲を決定するために、ガードバンド試験を行った。１％、２％、３％、４％、４．５％、または６％（ｗ／ｖ） プロテアーゼ（Ｓａｖｉｎａｓｅ^{（登録商標）} １２Ｔ， Ｓｔｒｅｍ Ｃｈｅｍｉｃａｌｓ， Ｉｎｃ．， Ｎｅｗｂｕｒｙｐｏｒｔ， ＭＡ， カタログ番号０６－３１３７、１６アンソンユニット／ｇ）を含むＥ－ＳＴＭ製剤を試験し、サンプル中の粘液様物質を解消することにおける性能に関して比較した。この実施例において試験した全ての製剤は、各々３％（ｗ／ｖ）のＨＥＰＥＳ、プロピレングリコール、キシレンスルホン酸ナトリウム、およびラウリル硫酸リチウム；０．１４％（ｗ／ｖ）の部分的にフッ素化したアルキルポリエーテル、０．１％（ｗ／ｖ）のｃ１２－ｃ１４－二級エトキシ化アルコール；ならびに０．２８％（ｗ／ｖ）のアニオン性低発泡性界面活性剤および１，２－ベンゾイソチアゾール－３（２Ｈ）－オンを含んだ。上記製剤は、以下の濃度（全てｗ／ｖ）においてプロテアーゼをさらに含んだ： ０％（製剤３Ｇ０Ｐ）、１．２％（製剤３Ｇ１Ｐ）、２．１％（製剤３Ｇ２Ｐ）； ３％（製剤３Ｇ３Ｐ）； ３．９％（製剤３Ｇ４Ｐ）； ４．５％（製剤３Ｇ５Ｐ）；および６％（製剤３Ｇ６Ｐ）。市販の検体輸送媒体をまた、この実施例の中に含めた（Ｈｏｌｏｇｉｃ， Ｉｎｃ．， カタログ番号ＰＲＤ－０４４２３）。鼻スワブサンプルを健常ドナーから収集し、そのスワブを、２．９ｍＬの試験製剤または市販のＳＴＭのうちの一方へと移した。各条件を、２０個複製して調製した。吸引／分与実験を、実施例１に記載されるように行った。吸引／分与データ（表１８）は、１．２％～６％（ｗ／ｖ）のプロテアーゼを含む製剤が、全２０の鼻検体から粘液様物質を除去するが、市販のＳＴＭおよびプロテアーゼなしの製剤が、上記検体のうちの５０％～６０％（条件１つあたり１０個を試験）において粘液様物質を除去したことを示す。この実施例は、プロテアーゼを含む製剤が、凝固エラーをより効率的に解消し、検体ピペット操作エラーを改善することを示した。

さらなる試験を行って、より高い濃度のプロテアーゼを有する製剤が、より低い濃度のプロテアーゼを有する製剤よりも吸引の質を改善したか否かを決定した。いくつかの製剤のうちの１つの中に収集した鼻スワブサンプルに関して吸引の質を評価した。吸引の質を、使い捨て可能な先端部を経る収集したサンプル／製剤の流速を測定することによって評価した。この試験において、製剤３Ｇ３Ｐ、３Ｇ６Ｐおよび１０％（ｗ／ｖ） プロテアーゼを有する製剤を、吸引の質に関して比較した。１０％（ｗ／ｖ） プロテアーゼが製剤（３Ｇ１０Ｐ）の中に含められることを除いて、１０％ プロテアーゼを含む製剤を、直ぐ上で記載されるように調製した。鼻スワブサンプルを、健常ドナーから収集し、そのスワブを、２．９ｍＬの試験製剤のうちの１つへと移した。３Ｇ３Ｐ条件を、２８５個複製して調製したが、３Ｇ６Ｐおよび３Ｇ１０Ｐ条件を各々、２３０個複製して調製した。サンプルの吸引圧力データは、３Ｇ３Ｐ条件に関しては１．３％ 凝塊、３Ｇ６Ｐ条件に関しては０．４％ 凝塊、および３Ｇ１０Ｐ条件に関しては１．３％ 凝塊を示した。この試験において、３Ｇ３Ｐ条件は、３Ｇ６Ｐおよび３Ｇ１０Ｐ条件のいずれかよりも高い粘性を有し、これら後者２つの条件が、３Ｇ３Ｐ条件よりも良好な吸引の質を有することが測定された。この試験のデータは、より高い濃度のプロテアーゼを含む製剤の改善された吸引圧力プロフィールを示すが、これらの製剤中の６％（ｗ／ｖ）を上回るプロテアーゼでは品質に差異はなかった。

実施例１０： Ｅ－ＳＴＭ中でのラウリル硫酸リチウム（ＬＬＳ）についてのガードバンド試験
市販の検体輸送媒体中のラウリル硫酸リチウム（ＬＬＳ）は、その後の処理のために核酸を安定化する。性能に対して負の影響なしに、検体輸送媒体製剤を増強することにおけるＬＬＳ％の許容可能な範囲を決定するために、ガードバンド試験を行った。１％、３％または４％（ｗ／ｖ） ＬＬＳを含むＥ－ＳＴＭ製剤を試験および比較した。いくつかの製剤を、ＨＥＰＥＳは含まないが、クエン酸三ナトリウム二水和物およびプロテアーゼ（３％（ｗ／ｖ））を添加して、そして１％ ｗ／ｖ ＬＬＳ（製剤３Ｃ１Ｌ）、３％ ｗ／ｖ ＬＬＳ（製剤３Ｃ３Ｌ）、または４％ ｗ／ｖ ＬＬＳ（製剤３Ｃ４Ｌ）のうちの１つのＬＬＳ濃度を用いて、実施例９に概して記載されるように調製した。さらなる製剤を、６％（ｗ／ｖ） プロテアーゼを添加して、実施例９に概して記載されるように調製し、ＬＬＳ濃度は、２％ ｗ／ｖ ＬＬＳ（製剤３Ｇ６Ｐ２Ｌ）、３％ ｗ／ｖ ＬＬＳ（製剤３Ｇ６Ｐ３Ｌ）、または４％ ｗ／ｖ ＬＬＳ（製剤３Ｇ６Ｐ４Ｌ）のうちの１つであった。市販の検体輸送媒体（Ｈｏｌｏｇｉｃ， Ｉｎｃ．）も含めた。

製剤３Ｃ１Ｌ、３Ｃ３Ｌ、および３Ｃ４Ｌでの試験を、０日目および３０℃での６日間の貯蔵後に行った。これらの試験のために、鼻スワブを各製剤条件に対して１５名の健常ボランティアから収集した。各鼻スワブを、２．９ｍＬの製剤条件へと収集した。上記製剤に、Ｐａｎｔｈｅｒ Ｆｕｓｉｏｎ Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａアッセイ（Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ）、Ｐａｎｔｈｅｒ Ｆｕｓｉｏｎ アデノウイルス／メタニューモウイルス／ライノウイルスアッセイ（ＡＭＲ）、およびＰａｎｔｈｅｒ Ｆｕｓｉｏｎ Ｆｌｕ Ａ／Ｂ／ＲＳＶアッセイでの試験のために、これらのアッセイに関して報告された検出限界（Ｈｏｌｏｇｉｃ， Ｉｎｃ．， それぞれ、カタログ番号ＰＲＤ－０４８６８、ＰＲＤ－０４３３０、およびＰＲＤ－０４３２８）の５倍に等しい濃度までウイルスおよび細菌を添加した。これらの添加した製剤を、２つのインキュベーション条件、０日間インキュベーション条件および３０℃で６日間インキュベーション条件へと各々分けた。０日間または６日間のインキュベーション後に、その添加した製剤を、さらに混合することなくＨｏｌｏｇｉｃ Ｐａｎｔｈｅｒ機器へと装填し、各アッセイプロトコールに従って試験した。

以下の表１９～２１に示されるように、Ｃｔ値の差異は、Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａの検出時（表１９）または６種のウイルス標的の検出時（表２０および２１）にその２つの時点に関して注記されなかった。従って、上記ウイルスおよび細菌核酸は、試験した製剤の各々において、３０℃での６日間の貯蔵中に安定であった。

製剤３Ｇ６Ｐ２Ｌ、３Ｇ６Ｐ３Ｌ、および３Ｇ６Ｐ４Ｌでの試験を、健常ボランティアからサンプル採取した鼻スワブに対して行った。３０名のボランティアは各々、４個の鼻スワブサンプルを提供し、これらを、２．９ｍＬの３Ｇ６Ｐ２Ｌ、３Ｇ６Ｐ３Ｌ、３Ｇ６Ｐ４Ｌ、または市販のＳＴＭへと収集して、各条件の３０個の複製を提供した。媒体中のサンプルを、１５分間振盪した。各条件の複製のうちの２５個に、添付文書（Ｈｏｌｏｇｉｃ， Ｉｎｃ．， カタログ番号ＰＲＤ－０６４１９）に従って上記ウイルスの３×ＬｏＤでＡｐｔｉｍａ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２アッセイでの試験のためにＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスを添加した。その複製のうちの５つを陰性コントロールとして供した。サンプルを、Ｐａｎｔｈｅｒ Ｓｙｓｔｅｍ（Ｈｏｌｏｇｉｃ， Ｉｎｃ．）に装填し、説明書に従ってアッセイした。上記ＳＴＭコントロール条件は、１個の凝塊を生じた（１／２５）。いかなる理論によっても拘束されないが、混合工程は、これらのＳＴＭ条件に存在していた可能性がある粘液様物質を液化し、それらに改善された凝固プロフィールを与えたと考えられる。全ての条件は、添加した条件に関して２５／２５の陽性結果および陰性条件に関して０／５の陽性結果を示した。全ての試験した条件は、匹敵する平均サイクル時間値を示した。

核酸は、１％～６％ ＬＬＳを含むこれらのサンプル輸送製剤中で少なくとも６日間安定化された。

実施例１１： 病原体不活性化
この実施例の目的は、いくつかの製剤を、細菌病原体を不活性化するその能力に関して試験することであった。Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓおよびＢｏｒｄｅｔｅｌｌａ ｐｅｒｔｕｓｓｉｓのストック懸濁物を、製剤のうちの１つまたはリン酸緩衝化生理食塩水と合わせ、系列希釈し、次いで、血液寒天プレート上に蒔き、コロニーの形成に関して評価した。ストックＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓは、２．６Ｅ９ ＣＦＵ／ｍＬの濃度を有し、ストックＢｏｒｄｅｔｅｌｌａ ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ懸濁物は、４．７Ｅ９ ＣＦＵ／ｍＬの濃度を有した。７種の異なる試験製剤を概して上記で記載されるように調製した（製剤１Ａ、３Ａ、３Ｃ、３Ｄ、３Ｅ、３Ｇ、および３Ｉ）。上記製剤は、以下を含んだ： １％（ｗ／ｖ）（製剤１Ａ）もしくは３％（ｗ／ｖ）のラウリル硫酸リチウム、０％もしくは０．１％（ｗ／ｖ） メチルグリシン二酢酸の三ナトリウム塩（Ｔｒｉｌｏｎ Ｍ， Ｎａ_３ＭＧＤＡ， ＢＡＳＦ）（製剤 ３Ｅ）、０％もしくは３％（ｗ／ｖ） ＨＥＰＥＳ遊離酸（製剤３Ｇおよび３Ｉ）、各々２％（ｗ／ｖ）（製剤１Ａ、３Ａ、および３Ｉ）または３％（ｗ／ｖ）のプロピレングリコールおよびキシレンスルホン酸ナトリウム、０．１％（ｗ／ｖ）の部分的にフッ素化したアルキルポリエーテルおよびｃ１２－１４二級エトキシ化アルコール、各々０．２％（ｗ／ｖ）（製剤１Ａ、３Ａ、および３Ｉ）または０．３％（ｗ／ｖ）のアニオン性低発泡性界面活性剤および１，２－ベンゾイソチアゾール－３（２Ｈ）－オン、２％（ｗ／ｖ） クエン酸三ナトリウム（製剤１Ａおよび３Ａ）または３％（ｗ／ｖ） クエン酸三ナトリウム（製剤３Ｃ）、ならびに２％（ｗ／ｖ） プロテアーゼまたは３％（ｗ／ｖ） プロテアーゼ（製剤３Ｃ、３Ｄ、３Ｅ、および３Ｇ）。上記試験製剤を、市販の検体輸送媒体がこれらの病原体を不活性化する能力に対して比較した（Ｈｏｌｏｇｉｃ， Ｉｎｃ．， Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ， ＣＡ， カタログ番号ＰＲＤ－０４４２３）。

生物コントロールサンプル希釈物を、９５０μＬのＰＢＳ中に５０μＬのストック生物を合わせて１Ｅ－６の希釈物にすることによって調製した。緩衝剤コントロール希釈物を、５０μＬのＰＢＳを９５０μＬの製剤中に含む最初の溶液を作製し、次いで、その後、ＰＢＳ中で５０：９５０μＬ希釈物を作製し、１Ｅ－５の希釈物にすることによって、調製した。試験条件を、５０μＬのストック生物を９５０μＬの製剤中で合わせることによって各生物に関して別個に調製した。次いで、各試験条件を、２５０μＬの４つのアリコートに分け、そのアリコートを、１５分、１時間、２時間、または４時間にわたってインキュベートした。各インキュベーション時点において、その相当する試験条件を、ストックの１Ｅ－６の希釈物へと系列希釈した。生物に関して希釈物１Ｅ－４～１Ｅ－６およびコントロールに関して１Ｅ－５～１Ｅ－６を、希釈物あたり二連で、１００μＬにおいて血液寒天プレート（Ｈａｒｄｙ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ， Ｓａｎｔａ Ｍａｒｉａ， ＣＡ， カタログ番号Ａ１０、およびＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ， Ｆｒａｎｋｌｉｎ Ｌａｋｅｓ， ＮＪ， カタログ番号ＢＢＬ２９７８７６）上に蒔いた。上記プレートを、２４時間、３７℃でインキュベートした。２４時間インキュベーションの後、その試験条件プレートおよび生物コントロールプレートの各々の上のコロニー数を計数した。コントロール希釈系列は、これらの生物を増殖させるためのストックの好ましい希釈を示す。緩衝剤コントロール系列は、上記緩衝剤が、任意の所定の希釈においてプレート上で生物が増殖することを防止しないことを示す。試験条件系列は、製剤が生物を不活性化するか否かを示す。

各プレートでのＣＦＵ計数を、ストック懸濁物（非希釈）へと逆算して、ＣＦＵ／ｍＬを決定した。その逆算したＣＦＵ／ｍＬを、元のストック懸濁物と比較し、試験条件下での病原体における倍率低減（ｆｏｌｄ ｒｅｄｕｃｔｉｏｎ）を決定した。結果を、以下の表２２に示す。

＊２つの結果を示す条件は、二連で試験された。

表２２において、値が高いほど、標的不活性化においてより大きな有効性を示す。３％（ｗ／ｖ） ＬＬＳを含む製剤は、３％（ｗ／ｖ）未満のＬＬＳを含む製剤より、標的病原体を不活性化するにあたってより効果的であった。製剤３Ｃは、市販のサンプル輸送媒体と同程度に効果的に、試験病原体を不活性化した。これらの試験のデータに基づくと、１％（ｗ／ｖ）を超えるＬＬＳ濃度を有するサンプル輸送媒体は、効率的な細菌病原体不活性化に好ましい。

ウイルス病原体の不活性化に関してさらなる実験を行った。この実験において使用した試験製剤は、細菌不活性化実験からのよりよい性能の製剤のうちの１つに基づいた。その試験製剤は、各々３％（ｗ／ｖ）のラウリル硫酸リチウム、クエン酸三ナトリウム、プロピレングリコール、およびキシレンスルホン酸ナトリウム；０．１％（ｗ／ｖ）の部分的にフッ素化したアルキルポリエーテルおよびｃ１２－ｃ１４エトキシ化二級アルコール；ならびに０．３％（ｗ／ｖ）のアニオン性低発泡性界面活性剤およびベンゾイソチアゾロンを含んだ。上記プロテアーゼ構成要素は、試験製剤から除去された。なぜなら組織培養物に対するプロテアーゼ活性は、上記製剤の不正確な評価を生じるからである。上記試験製剤を、市販の検体輸送媒体（Ｈｏｌｏｇｉｃ， Ｉｎｃ．， Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ， ＣＡ， カタログ番号ＰＲＤ－０４４２３）に対して比較した。その試験製剤よびＳＴＭを各々、ストック力価のコロナウイルス２２９Ｅおよびアデノウイルス血清型２と合わせ、１時間、３７℃でインキュベートした。インキュベーション後、その試験条件およびＳＴＭ条件を、組織培養細胞に感染することが示された所定の濃度へと希釈し、その希釈物の各々を、洗浄剤除去カラム（Ｐｉｅｒｃｅ Ｂｉｏｔｅｃｈ， Ｒｏｃｋｆｏｒｍ， ＩＬ， カタログ番号８７７７６）に、製造業者の説明書に従って通した。洗浄剤非含有希釈物を、８０％～９０％ コンフルエンスになるまで増殖させたＭＲＣ－５細胞（ＡＴＣＣ， Ｍａｎａｓｓａｓ， ＶＡ， カタログ番号ＣＣＬ－１７１）の別個の培養物に添加した（１００μＬ）。陽性コントロール条件を、細胞増殖培地中で希釈したストックウイルスを使用して調製し、ＭＲＣ－５組織培養物に添加した。製剤希釈条件が組織培養物に負の影響を及ぼすか否かを測定するために、ウイルスなしのコントロールを調製した。次いで、全ての条件のための組織培養物を、２時間、３７℃でインキュベートして、上記試験条件、市販のＳＴＭ条件、または陽性コントロール条件からのあらゆるウイルスを上記細胞に感染させた。次いで、標準的な細胞増殖培地へと培地を変更し、その培養物をさらにインキュベートした。次いで、各組織培養物を顕微鏡下で調べ、培養物における細胞変性効果の存在および程度を決定し、次に、試験製剤が市販のＳＴＭと比較してウイルスを不活性化する能力を決定した。陽性コントロール培養物は、各希釈物で各ウイルスの代表的な細胞変性効果を示した。結果は、上記試験製剤が、市販のＳＴＭと同程度に効果的にウイルスを不活性化したことを示す。

この実施例において試験した全ての製剤は、種々の病原体を不活性化するにあたって効果的であり、２％（ｗ／ｖ）より高いプロテアーゼを含む製剤は、２％（ｗ／ｖ）プロテアーゼを含むものより効果的であった。

実施例１２： 沈殿試験
沈殿物形成を、４℃で貯蔵した場合に、製剤３Ｃ（上記）に関して観察した。少なくとも１時間の室温でのインキュベーションは、沈殿剤を溶液へと戻すために必要とされた。これは、製剤が使用され得る前に行うさらなる工程である。７種の製剤（製剤３Ｃを含む）を調製し、沈殿剤の形成に関して評価した。上記製剤は、製剤３Ｃ、３Ｄ、３Ｅ、３Ｇ、および３Ｉ（上記の実施例１１に記載される）および３Ｊを含んだ。製剤３Ｊは、２％（ｗ／ｖ） プロピレングリコールおよびキシレンスルホン酸ナトリウム、３％（ｗ／ｖ） プロテアーゼおよびラウリルスルホン酸リチウム、０．２％（ｗ／ｖ） ＢＩＴ保存剤およびアニオン性低発泡性界面活性剤、ならびに０．１％（ｗ／ｖ）の部分的にフッ素化したアルキルポリエーテルおよびｃ１２－ｃ１４二級エトキシ化アルコールを含んだ。各製剤を、以下の２つの条件： －２０℃貯蔵および４℃貯蔵に分けた。製剤３Ｄ、３Ｅ、３Ｇ、３Ｉ、または３Ｊのいずれも、４℃で貯蔵した場合に沈殿物を形成しなかった。しかし、製剤３Ｄおよび３Ｅは、－２０℃から解凍した場合に沈殿物を形成した。

３％（ｗ／ｖ） クエン酸三ナトリウムを含む製剤は、４℃で貯蔵した場合に沈殿物を形成した。上記製剤からその試薬を除去すると、４℃で沈殿物を形成しなかったいくつかの製剤が生じた。しかし、これらの製剤のうちのいくらかは、－２０℃から解凍した場合に沈殿物を形成した。ＨＥＰＥＳ遊離酸の添加および／または他の製剤構成要素の濃度の低減は、－２０℃から解凍した場合に沈殿物を形成しない製剤を生じた。

Claims (21)

1. 少なくとも１種の分解酵素および洗浄剤、ならびに必要に応じて、緩衝剤および／または二価カチオンキレート剤を含む、組成物。
2. 前記少なくとも１種の分解酵素は、リパーゼ、プロテアーゼ、アミラーゼ、カルボヒドラーゼ、またはこれらの任意の組み合わせを含む、請求項１に記載の組成物。
3. 少なくとも１種の分解酵素は、約１～１０％ ｗ／ｖ、約１～４％ ｗ／ｖ、約３～６％ ｗ／ｖ、約３％ ｗ／ｖ、または約６％ ｗ／ｖにおいて存在し、必要に応じて前記分解酵素は、プロテアーゼである、請求項１～２のいずれか１項に記載の組成物。
4. 前記洗浄剤は、アニオン性洗浄剤、アルキルスルフェート、ナトリウム塩、リチウム塩、ラウリル硫酸リチウム、非イオン性洗浄剤、双性イオン性洗浄剤、またはこれらの任意の組み合わせを含む、請求項１～３のいずれか１項に記載の組成物。
5. 前記組成物は、洗浄剤増進剤、カップリング剤、または錯化剤を含み；必要に応じて前記洗浄剤増進剤、カップリング剤、または錯化剤は、キシレンスルホン酸ナトリウム、ゼオライト、ジホスフェート、トリホスフェート、ホスホネート、カーボネート、シトレート、ニトリロ三酢酸、エチレンジアミン四酢酸、ジエチレントリアミン五酢酸、アルキルコハク酸もしくはアルケニルコハク酸、可溶性シリケート、または層化シリケートを含み；さらに必要に応じて前記層化シリケートは、Ｈｏｅｃｈｓｔ ＳＫＳ－６である、請求項１～４のいずれか１項に記載の組成物。
6. 前記洗浄剤は、前記組成物の約１０重量％未満において存在し、必要に応じて前記洗浄剤は、前記組成物の約０．０５～１０重量％、または前記組成物の約０．１～０．１５重量％で存在する、請求項１～５のいずれか１項に記載の組成物。
7. 前記組成物は、漂白システムをさらに含み、必要に応じて前記漂白システムは、Ｈ_２Ｏ_２の供給源を含み；さらに必要に応じて前記Ｈ_２Ｏ_２の供給源は、過ホウ酸塩、過炭酸塩、過酸形成漂白アクチベーター、またはこれらの組み合わせを含む、請求項１～６のいずれか１項に記載の組成物。
8. 前記組成物は、安定化剤をさらに含み；必要に応じて前記安定化剤は、プロピレングリコール、ポリオール、糖、糖アルコール、乳酸、ホウ酸、またはホウ酸誘導体を含み；さらに必要に応じて前記ホウ酸誘導体は、ホウ酸エステル、芳香族ホウ酸エステル、フェニルボロン酸を含み、必要に応じて前記フェニルは、置換されたフェニル、または４－ホルミルフェニルボロン酸である、請求項１～７のいずれか１項に記載の組成物。
9. 前記組成物は、クレイ、発泡ブースター、消泡因子、耐腐食剤、土壌懸濁剤、土壌再沈着防止剤、殺菌剤、変色防止剤、またはヒドロトロープのうちの１種またはこれより多くのものをさらに含み、必要に応じて前記ヒドロトロープは、尿素、トシレート、クメンスルホネートまたはキシレンスルホネートを含む、請求項１～８のいずれか１項に記載の組成物。
10. 前記組成物は、界面活性剤をさらに含み；必要に応じて前記界面活性剤は、前記組成物の約１０重量％未満で存在し；前記洗浄剤は、前記組成物の約０．５～１０重量％または前記組成物の約２～６重量％で存在する、請求項１～９のいずれか１項に記載の組成物。
11. 前記組成物は、Ｅｎｄｏｚｉｍｅ ＡＷ Ｔｒｉｐｌｅ Ｐｌｕｓ ｗｉｔｈ ＡＰＡ、Ｅｎｄｏｚｉｍｅ Ｘｔｒｅｍｅ Ｐｏｗｅｒ、Ｅｌｅｍｅｎｔｕｍ、Ｅｌｅｍｅｎｔｕｍ ＡＷ、およびＥｎｄｏｚｉｍｅ ＢｉｏＣｌｅａｎから選択される酵素系洗浄剤製品の構成要素を含む、請求項１～１０のいずれか１項に記載の組成物。
12. 前記酵素系洗浄剤製品の構成要素は、それらの元々の濃度の約１％～８０％、それらの元々の濃度の約４０％～７５％、それらの元々濃度の約１％～１０％、それらの元々濃度の約３％～６％、またはそれらの元々濃度の約６％へと希釈される、請求項１１に記載の組成物。
13. 前記組成物は、３～１４のｐＨを有する、請求項１～１２のいずれか１項に記載の組成物。
14. 前記組成物は、３～４、４～５、５～６、６～７、７～８、８～９、９～１０、１０～１１、１１～１２、１２～１３、または１３～１４のｐＨを有する、請求項１～１３のいずれか１項に記載の組成物。
15. 前記緩衝剤は、リン酸塩緩衝剤、リン酸ナトリウム、ＨＥＰＥＳ、またはそのアルカリ塩である、請求項１～１４のいずれか１項に記載の組成物。
16. 前記二価カチオンキレート剤は、マグネシウムキレート剤および／またはカルシウムキレート剤を含み、必要に応じて前記マグネシウムキレート剤および／またはカルシウムキレート剤は、Ｔｒｉｌｏｎ Ｍ、クエン酸三ナトリウム、ＥＤＴＡ、またはＥＧＴＡを含む、請求項１～１５のいずれか１項に記載の組成物。
17. 前記組成物は、保存剤をさらに含み；前記保存剤は、殺微生物剤、殺菌剤、殺生物剤、殺真菌剤、および／またはベンゾイソチアゾリノン（ＢＩＴ）を含む、請求項１～１６のいずれか１項に記載の組成物。
18. 呼吸器病原体の細胞外核酸を含むかまたは含むと疑われる生物学的サンプルをさらに含む、請求項１～１７のいずれか１項に記載の組成物。
19. 肺サンプルのうちのいずれかのタイプから選択され、必要に応じて、喀痰、鼻粘膜（ｎａｓａｌ ｍｕｃｏｕｓ）、鼻汁、中咽頭スワブサンプル、気管支肺胞洗浄液、気管支洗浄物、および鼻咽頭スワブサンプルから選択されるサンプルタイプをさらに含む、請求項１～１８のいずれか１項に記載の組成物。
20. 生物学的サンプルを処理する方法であって、前記方法は、前記生物学的サンプルと、請求項１～１９のいずれか１項に記載の組成物とを接触させる工程を包含する方法。
21. 感染性病原体を不活性化する方法であって、前記方法は、生物学的サンプルと、請求項１～１９のいずれか１項に記載の組成物とを接触させる工程を包含する方法。