JP2023521837A - 大きな配列の汎コロナウイルスワクチン組成物 - Google Patents
大きな配列の汎コロナウイルスワクチン組成物 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2023521837A JP2023521837A JP2022562334A JP2022562334A JP2023521837A JP 2023521837 A JP2023521837 A JP 2023521837A JP 2022562334 A JP2022562334 A JP 2022562334A JP 2022562334 A JP2022562334 A JP 2022562334A JP 2023521837 A JP2023521837 A JP 2023521837A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- composition
- coronavirus
- cell
- protein
- conserved
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 229960005486 vaccine Drugs 0.000 title claims abstract description 297
- 239000000203 mixture Substances 0.000 title claims description 767
- 210000001744 T-lymphocyte Anatomy 0.000 claims abstract description 377
- 241000711573 Coronaviridae Species 0.000 claims abstract description 343
- 210000003719 b-lymphocyte Anatomy 0.000 claims abstract description 136
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims abstract description 100
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims abstract description 95
- 108091036078 conserved sequence Proteins 0.000 claims abstract description 75
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 claims abstract description 70
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 claims abstract description 38
- 208000001528 Coronaviridae Infections Diseases 0.000 claims abstract description 35
- 201000010099 disease Diseases 0.000 claims abstract description 33
- 230000028993 immune response Effects 0.000 claims abstract description 33
- 230000001939 inductive effect Effects 0.000 claims abstract description 7
- 230000003389 potentiating effect Effects 0.000 claims abstract description 6
- 102000019034 Chemokines Human genes 0.000 claims description 184
- 108010012236 Chemokines Proteins 0.000 claims description 184
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 183
- 101710198474 Spike protein Proteins 0.000 claims description 139
- 241001678559 COVID-19 virus Species 0.000 claims description 135
- 229940096437 Protein S Drugs 0.000 claims description 131
- 239000000427 antigen Substances 0.000 claims description 123
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 claims description 123
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 claims description 123
- 108010008038 Synthetic Vaccines Proteins 0.000 claims description 121
- 229940124551 recombinant vaccine Drugs 0.000 claims description 120
- 241000282414 Homo sapiens Species 0.000 claims description 108
- 230000008685 targeting Effects 0.000 claims description 101
- 101710114810 Glycoprotein Proteins 0.000 claims description 89
- 101710167605 Spike glycoprotein Proteins 0.000 claims description 89
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 claims description 85
- 210000004072 lung Anatomy 0.000 claims description 67
- 241000282326 Felis catus Species 0.000 claims description 58
- 241000282375 Herpestidae Species 0.000 claims description 56
- 230000006052 T cell proliferation Effects 0.000 claims description 52
- 239000002671 adjuvant Substances 0.000 claims description 49
- 241000283966 Pholidota <mammal> Species 0.000 claims description 48
- 241000288673 Chiroptera Species 0.000 claims description 40
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 claims description 36
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 claims description 36
- 241000282832 Camelidae Species 0.000 claims description 34
- 101150001779 ORF1a gene Proteins 0.000 claims description 32
- 241000700605 Viruses Species 0.000 claims description 30
- ONIBWKKTOPOVIA-UHFFFAOYSA-N Proline Natural products OC(=O)C1CCCN1 ONIBWKKTOPOVIA-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 29
- 210000001151 cytotoxic T lymphocyte Anatomy 0.000 claims description 27
- 230000035772 mutation Effects 0.000 claims description 27
- 125000001500 prolyl group Chemical group [H]N1C([H])(C(=O)[*])C([H])([H])C([H])([H])C1([H])[H] 0.000 claims description 27
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 claims description 26
- 101710087110 ORF6 protein Proteins 0.000 claims description 26
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 claims description 26
- 102000004127 Cytokines Human genes 0.000 claims description 25
- 108090000695 Cytokines Proteins 0.000 claims description 25
- 101710091045 Envelope protein Proteins 0.000 claims description 25
- 101710188315 Protein X Proteins 0.000 claims description 25
- 210000004556 brain Anatomy 0.000 claims description 25
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 claims description 24
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 claims description 24
- 102100025279 C-X-C motif chemokine 11 Human genes 0.000 claims description 23
- 101000858060 Homo sapiens C-X-C motif chemokine 11 Proteins 0.000 claims description 23
- 101000596353 Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 ORF7a protein Proteins 0.000 claims description 22
- 108010002586 Interleukin-7 Proteins 0.000 claims description 21
- 108091005634 SARS-CoV-2 receptor-binding domains Proteins 0.000 claims description 21
- 241000282412 Homo Species 0.000 claims description 20
- 108010002350 Interleukin-2 Proteins 0.000 claims description 20
- 230000001737 promoting effect Effects 0.000 claims description 20
- 241000008904 Betacoronavirus Species 0.000 claims description 19
- 102100025248 C-X-C motif chemokine 10 Human genes 0.000 claims description 19
- 102100036170 C-X-C motif chemokine 9 Human genes 0.000 claims description 19
- 101000858088 Homo sapiens C-X-C motif chemokine 10 Proteins 0.000 claims description 19
- 101000947172 Homo sapiens C-X-C motif chemokine 9 Proteins 0.000 claims description 19
- -1 Nsp7 Proteins 0.000 claims description 19
- 108090001074 Nucleocapsid Proteins Proteins 0.000 claims description 19
- 101710128341 ORF7a protein Proteins 0.000 claims description 19
- 102000003812 Interleukin-15 Human genes 0.000 claims description 18
- 108090000172 Interleukin-15 Proteins 0.000 claims description 18
- 101710172711 Structural protein Proteins 0.000 claims description 18
- 239000003937 drug carrier Substances 0.000 claims description 18
- 102100032367 C-C motif chemokine 5 Human genes 0.000 claims description 17
- 101000797762 Homo sapiens C-C motif chemokine 5 Proteins 0.000 claims description 17
- 108010052285 Membrane Proteins Proteins 0.000 claims description 17
- 241000004176 Alphacoronavirus Species 0.000 claims description 16
- 102000018697 Membrane Proteins Human genes 0.000 claims description 16
- 230000001965 increasing effect Effects 0.000 claims description 16
- 210000003071 memory t lymphocyte Anatomy 0.000 claims description 16
- 230000036961 partial effect Effects 0.000 claims description 16
- 108700026244 Open Reading Frames Proteins 0.000 claims description 15
- 101000596375 Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 ORF7b protein Proteins 0.000 claims description 15
- 101710135104 Uncharacterized protein p6 Proteins 0.000 claims description 15
- 201000009240 nasopharyngitis Diseases 0.000 claims description 15
- 241000701161 unidentified adenovirus Species 0.000 claims description 15
- 108010058597 HLA-DR Antigens Proteins 0.000 claims description 14
- 102000006354 HLA-DR Antigens Human genes 0.000 claims description 14
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 claims description 14
- 102000054766 genetic haplotypes Human genes 0.000 claims description 14
- 230000003472 neutralizing effect Effects 0.000 claims description 14
- 230000007017 scission Effects 0.000 claims description 14
- 101000748061 Acholeplasma phage L2 Uncharacterized 16.1 kDa protein Proteins 0.000 claims description 13
- 101000947615 Clostridium perfringens Uncharacterized 38.4 kDa protein Proteins 0.000 claims description 13
- 101000964391 Enterococcus faecalis UPF0145 protein Proteins 0.000 claims description 13
- 101000748063 Haemophilus phage HP1 (strain HP1c1) Uncharacterized 11.1 kDa protein in rep-hol intergenic region Proteins 0.000 claims description 13
- 101000790840 Klebsiella pneumoniae Uncharacterized 49.5 kDa protein in cps region Proteins 0.000 claims description 13
- 101710125107 ORF7b protein Proteins 0.000 claims description 13
- 230000005847 immunogenicity Effects 0.000 claims description 13
- 102100039435 C-X-C motif chemokine 17 Human genes 0.000 claims description 12
- 241000282472 Canis lupus familiaris Species 0.000 claims description 12
- 101710189104 Fibritin Proteins 0.000 claims description 12
- 101000889048 Homo sapiens C-X-C motif chemokine 17 Proteins 0.000 claims description 12
- 101710096370 ORF8 protein Proteins 0.000 claims description 12
- 101710193546 Tegument protein VP16 homolog Proteins 0.000 claims description 12
- 230000000903 blocking effect Effects 0.000 claims description 12
- 101800000515 Non-structural protein 3 Proteins 0.000 claims description 11
- 108091005774 SARS-CoV-2 proteins Proteins 0.000 claims description 11
- 101710198378 Uncharacterized 10.8 kDa protein in cox-rep intergenic region Proteins 0.000 claims description 11
- 101710095001 Uncharacterized protein in nifU 5'region Proteins 0.000 claims description 11
- 102000012750 Membrane Glycoproteins Human genes 0.000 claims description 10
- 108010090054 Membrane Glycoproteins Proteins 0.000 claims description 10
- 101800000935 Non-structural protein 12 Proteins 0.000 claims description 10
- 101800000508 Non-structural protein 5 Proteins 0.000 claims description 10
- 102000011931 Nucleoproteins Human genes 0.000 claims description 10
- 108010061100 Nucleoproteins Proteins 0.000 claims description 10
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 claims description 10
- 101800000507 Non-structural protein 6 Proteins 0.000 claims description 9
- 101800000509 Non-structural protein 8 Proteins 0.000 claims description 9
- 101710193592 ORF3a protein Proteins 0.000 claims description 9
- 101800001554 RNA-directed RNA polymerase Proteins 0.000 claims description 9
- 101800001631 3C-like serine proteinase Proteins 0.000 claims description 8
- 102100021933 C-C motif chemokine 25 Human genes 0.000 claims description 8
- 102100021942 C-C motif chemokine 28 Human genes 0.000 claims description 8
- 102100025250 C-X-C motif chemokine 14 Human genes 0.000 claims description 8
- 241000702421 Dependoparvovirus Species 0.000 claims description 8
- 101800003471 Helicase Proteins 0.000 claims description 8
- 101800000355 Helicase nsp10 Proteins 0.000 claims description 8
- 101000897486 Homo sapiens C-C motif chemokine 25 Proteins 0.000 claims description 8
- 101000897477 Homo sapiens C-C motif chemokine 28 Proteins 0.000 claims description 8
- 101000858068 Homo sapiens C-X-C motif chemokine 14 Proteins 0.000 claims description 8
- 241000282339 Mustela Species 0.000 claims description 8
- 101800001925 Uridylate-specific endoribonuclease nsp11 Proteins 0.000 claims description 8
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 claims description 8
- 230000014759 maintenance of location Effects 0.000 claims description 8
- 229920000642 polymer Polymers 0.000 claims description 8
- 101800000706 Serine protease nsp4 Proteins 0.000 claims description 7
- 238000005829 trimerization reaction Methods 0.000 claims description 7
- 108010040721 Flagellin Proteins 0.000 claims description 6
- 206010061218 Inflammation Diseases 0.000 claims description 6
- 230000004054 inflammatory process Effects 0.000 claims description 6
- 230000005012 migration Effects 0.000 claims description 6
- 238000013508 migration Methods 0.000 claims description 6
- 230000029812 viral genome replication Effects 0.000 claims description 6
- 206010052015 cytokine release syndrome Diseases 0.000 claims description 5
- 230000036039 immunity Effects 0.000 claims description 5
- 230000028709 inflammatory response Effects 0.000 claims description 5
- 230000007774 longterm Effects 0.000 claims description 5
- 241000772415 Neovison vison Species 0.000 claims description 4
- 102000007999 Nuclear Proteins Human genes 0.000 claims description 4
- 108010089610 Nuclear Proteins Proteins 0.000 claims description 4
- 101710132435 ORF8a protein Proteins 0.000 claims description 4
- 238000001990 intravenous administration Methods 0.000 claims description 3
- 238000012421 spiking Methods 0.000 claims description 3
- 206010050685 Cytokine storm Diseases 0.000 claims description 2
- 238000009169 immunotherapy Methods 0.000 claims description 2
- 230000002265 prevention Effects 0.000 claims description 2
- 102100021696 Syncytin-1 Human genes 0.000 claims 7
- 241001164825 Adeno-associated virus - 8 Species 0.000 claims 4
- 241000701024 Human betaherpesvirus 5 Species 0.000 claims 1
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 claims 1
- 239000003623 enhancer Substances 0.000 claims 1
- 230000035755 proliferation Effects 0.000 claims 1
- 244000309467 Human Coronavirus Species 0.000 abstract description 10
- 230000005923 long-lasting effect Effects 0.000 abstract description 3
- 210000004970 cd4 cell Anatomy 0.000 abstract 1
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 48
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 36
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 34
- 201000003176 Severe Acute Respiratory Syndrome Diseases 0.000 description 25
- 102100038132 Endogenous retrovirus group K member 6 Pro protein Human genes 0.000 description 19
- 239000005667 attractant Substances 0.000 description 18
- 230000031902 chemoattractant activity Effects 0.000 description 18
- 210000002216 heart Anatomy 0.000 description 17
- 210000003734 kidney Anatomy 0.000 description 17
- 230000000670 limiting effect Effects 0.000 description 17
- 238000003032 molecular docking Methods 0.000 description 17
- 210000001266 CD8-positive T-lymphocyte Anatomy 0.000 description 16
- 241000699670 Mus sp. Species 0.000 description 16
- 238000002864 sequence alignment Methods 0.000 description 16
- 208000025721 COVID-19 Diseases 0.000 description 15
- 102000000588 Interleukin-2 Human genes 0.000 description 15
- 102000000704 Interleukin-7 Human genes 0.000 description 15
- 208000025370 Middle East respiratory syndrome Diseases 0.000 description 14
- 102100040485 HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain Human genes 0.000 description 13
- 108010039343 HLA-DRB1 Chains Proteins 0.000 description 13
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 13
- 239000002105 nanoparticle Substances 0.000 description 13
- 102000005962 receptors Human genes 0.000 description 13
- 108020003175 receptors Proteins 0.000 description 13
- 241000127282 Middle East respiratory syndrome-related coronavirus Species 0.000 description 12
- 241000008910 Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus Species 0.000 description 12
- 150000002632 lipids Chemical class 0.000 description 12
- 238000011830 transgenic mouse model Methods 0.000 description 12
- 102100035765 Angiotensin-converting enzyme 2 Human genes 0.000 description 11
- 108090000975 Angiotensin-converting enzyme 2 Proteins 0.000 description 11
- 102210042925 HLA-A*02:01 Human genes 0.000 description 11
- 238000007792 addition Methods 0.000 description 11
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 description 11
- 239000013598 vector Substances 0.000 description 11
- 102100025137 Early activation antigen CD69 Human genes 0.000 description 10
- 101000934374 Homo sapiens Early activation antigen CD69 Proteins 0.000 description 10
- 101001023379 Homo sapiens Lysosome-associated membrane glycoprotein 1 Proteins 0.000 description 10
- 102100035133 Lysosome-associated membrane glycoprotein 1 Human genes 0.000 description 10
- 241000711975 Vesicular stomatitis virus Species 0.000 description 10
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 10
- 241000282836 Camelus dromedarius Species 0.000 description 9
- 238000012300 Sequence Analysis Methods 0.000 description 9
- 230000003053 immunization Effects 0.000 description 9
- 230000002163 immunogen Effects 0.000 description 9
- 239000000463 material Substances 0.000 description 9
- 230000002194 synthesizing effect Effects 0.000 description 9
- 229940126577 synthetic vaccine Drugs 0.000 description 9
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 9
- 108010088729 HLA-A*02:01 antigen Proteins 0.000 description 8
- 102100037850 Interferon gamma Human genes 0.000 description 8
- 108010074328 Interferon-gamma Proteins 0.000 description 8
- 241000699660 Mus musculus Species 0.000 description 8
- 241000831652 Salinivibrio sharmensis Species 0.000 description 8
- 238000001943 fluorescence-activated cell sorting Methods 0.000 description 8
- 238000002649 immunization Methods 0.000 description 8
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 8
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 8
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 description 8
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 description 8
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 description 8
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 description 8
- 230000004044 response Effects 0.000 description 8
- 241000283958 Manis javanica Species 0.000 description 7
- 241000608671 Rhinolophus affinis Species 0.000 description 7
- 241000087551 Rhinolophus malayanus Species 0.000 description 7
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 7
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 6
- 238000002965 ELISA Methods 0.000 description 6
- 101000629318 Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 Spike glycoprotein Proteins 0.000 description 6
- ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N Uracil Chemical compound O=C1C=CNC(=O)N1 ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 230000000890 antigenic effect Effects 0.000 description 6
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 6
- 238000000159 protein binding assay Methods 0.000 description 6
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 description 6
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 6
- 102000017420 CD3 protein, epsilon/gamma/delta subunit Human genes 0.000 description 5
- 239000000969 carrier Substances 0.000 description 5
- 208000035475 disorder Diseases 0.000 description 5
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 5
- 230000001681 protective effect Effects 0.000 description 5
- 210000000952 spleen Anatomy 0.000 description 5
- 239000003981 vehicle Substances 0.000 description 5
- 239000013603 viral vector Substances 0.000 description 5
- 239000012855 volatile organic compound Substances 0.000 description 5
- 241001354243 Corona Species 0.000 description 4
- 241000315672 SARS coronavirus Species 0.000 description 4
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 4
- 125000002091 cationic group Chemical group 0.000 description 4
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 4
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 4
- 230000006870 function Effects 0.000 description 4
- 230000001900 immune effect Effects 0.000 description 4
- 244000144972 livestock Species 0.000 description 4
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 4
- 210000001806 memory b lymphocyte Anatomy 0.000 description 4
- 210000003819 peripheral blood mononuclear cell Anatomy 0.000 description 4
- 230000008569 process Effects 0.000 description 4
- 210000004988 splenocyte Anatomy 0.000 description 4
- 230000003612 virological effect Effects 0.000 description 4
- 101100005713 Homo sapiens CD4 gene Proteins 0.000 description 3
- 101000833492 Homo sapiens Jouberin Proteins 0.000 description 3
- 101000651236 Homo sapiens NCK-interacting protein with SH3 domain Proteins 0.000 description 3
- 101100151951 Homo sapiens SARS1 gene Proteins 0.000 description 3
- 102100024407 Jouberin Human genes 0.000 description 3
- 101800001728 Nsp1 Proteins 0.000 description 3
- 101000779242 Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 ORF3a protein Proteins 0.000 description 3
- 229930182558 Sterol Chemical class 0.000 description 3
- 229940037003 alum Drugs 0.000 description 3
- 238000010171 animal model Methods 0.000 description 3
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 3
- 238000003491 array Methods 0.000 description 3
- 230000012292 cell migration Effects 0.000 description 3
- 238000007385 chemical modification Methods 0.000 description 3
- 238000011161 development Methods 0.000 description 3
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 3
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 3
- 230000002708 enhancing effect Effects 0.000 description 3
- 230000002045 lasting effect Effects 0.000 description 3
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 3
- 239000013642 negative control Substances 0.000 description 3
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 3
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 3
- 239000008194 pharmaceutical composition Substances 0.000 description 3
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 3
- 230000002829 reductive effect Effects 0.000 description 3
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 3
- 239000007921 spray Substances 0.000 description 3
- 230000006641 stabilisation Effects 0.000 description 3
- 238000011105 stabilization Methods 0.000 description 3
- 150000003432 sterols Chemical class 0.000 description 3
- 235000003702 sterols Nutrition 0.000 description 3
- 230000000699 topical effect Effects 0.000 description 3
- 238000011823 triple-transgenic mouse model Methods 0.000 description 3
- 229940035893 uracil Drugs 0.000 description 3
- MZOFCQQQCNRIBI-VMXHOPILSA-N (3s)-4-[[(2s)-1-[[(2s)-1-[[(1s)-1-carboxy-2-hydroxyethyl]amino]-4-methyl-1-oxopentan-2-yl]amino]-5-(diaminomethylideneamino)-1-oxopentan-2-yl]amino]-3-[[2-[[(2s)-2,6-diaminohexanoyl]amino]acetyl]amino]-4-oxobutanoic acid Chemical compound OC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](CCCN=C(N)N)NC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)CNC(=O)[C@@H](N)CCCCN MZOFCQQQCNRIBI-VMXHOPILSA-N 0.000 description 2
- UVBYMVOUBXYSFV-XUTVFYLZSA-N 1-methylpseudouridine Chemical compound O=C1NC(=O)N(C)C=C1[C@H]1[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 UVBYMVOUBXYSFV-XUTVFYLZSA-N 0.000 description 2
- LRFJOIPOPUJUMI-KWXKLSQISA-N 2-[2,2-bis[(9z,12z)-octadeca-9,12-dienyl]-1,3-dioxolan-4-yl]-n,n-dimethylethanamine Chemical compound CCCCC\C=C/C\C=C/CCCCCCCCC1(CCCCCCCC\C=C/C\C=C/CCCCC)OCC(CCN(C)C)O1 LRFJOIPOPUJUMI-KWXKLSQISA-N 0.000 description 2
- 101800000504 3C-like protease Proteins 0.000 description 2
- 206010006458 Bronchitis chronic Diseases 0.000 description 2
- 229940125579 COVID-19 vaccine candidate Drugs 0.000 description 2
- VTYYLEPIZMXCLO-UHFFFAOYSA-L Calcium carbonate Chemical compound [Ca+2].[O-]C([O-])=O VTYYLEPIZMXCLO-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 2
- 208000006545 Chronic Obstructive Pulmonary Disease Diseases 0.000 description 2
- 206010061818 Disease progression Diseases 0.000 description 2
- 238000011510 Elispot assay Methods 0.000 description 2
- 206010014561 Emphysema Diseases 0.000 description 2
- NYHBQMYGNKIUIF-UUOKFMHZSA-N Guanosine Chemical compound C1=NC=2C(=O)NC(N)=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O NYHBQMYGNKIUIF-UUOKFMHZSA-N 0.000 description 2
- 101000929928 Homo sapiens Angiotensin-converting enzyme 2 Proteins 0.000 description 2
- 101000604993 Homo sapiens Lysosome-associated membrane glycoprotein 2 Proteins 0.000 description 2
- 101800000120 Host translation inhibitor nsp1 Proteins 0.000 description 2
- 206010061598 Immunodeficiency Diseases 0.000 description 2
- 108010002616 Interleukin-5 Proteins 0.000 description 2
- ONIBWKKTOPOVIA-BYPYZUCNSA-N L-Proline Chemical compound OC(=O)[C@@H]1CCCN1 ONIBWKKTOPOVIA-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 2
- 102100038225 Lysosome-associated membrane glycoprotein 2 Human genes 0.000 description 2
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 description 2
- 108060004795 Methyltransferase Proteins 0.000 description 2
- 241000699666 Mus <mouse, genus> Species 0.000 description 2
- 101800000512 Non-structural protein 1 Proteins 0.000 description 2
- 101800004803 Papain-like protease Proteins 0.000 description 2
- 101800001255 Putative 2'-O-methyl transferase Proteins 0.000 description 2
- 241000700159 Rattus Species 0.000 description 2
- CDBYLPFSWZWCQE-UHFFFAOYSA-L Sodium Carbonate Chemical compound [Na+].[Na+].[O-]C([O-])=O CDBYLPFSWZWCQE-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 2
- 230000005867 T cell response Effects 0.000 description 2
- 108060008682 Tumor Necrosis Factor Proteins 0.000 description 2
- 102000000852 Tumor Necrosis Factor-alpha Human genes 0.000 description 2
- 101800000578 Uridylate-specific endoribonuclease Proteins 0.000 description 2
- NRLNQCOGCKAESA-KWXKLSQISA-N [(6z,9z,28z,31z)-heptatriaconta-6,9,28,31-tetraen-19-yl] 4-(dimethylamino)butanoate Chemical compound CCCCC\C=C/C\C=C/CCCCCCCCC(OC(=O)CCCN(C)C)CCCCCCCC\C=C/C\C=C/CCCCC NRLNQCOGCKAESA-KWXKLSQISA-N 0.000 description 2
- 206010006451 bronchitis Diseases 0.000 description 2
- 238000004422 calculation algorithm Methods 0.000 description 2
- HVYWMOMLDIMFJA-DPAQBDIFSA-N cholesterol Chemical compound C1C=C2C[C@@H](O)CC[C@]2(C)[C@@H]2[C@@H]1[C@@H]1CC[C@H]([C@H](C)CCCC(C)C)[C@@]1(C)CC2 HVYWMOMLDIMFJA-DPAQBDIFSA-N 0.000 description 2
- 208000007451 chronic bronchitis Diseases 0.000 description 2
- 239000013078 crystal Substances 0.000 description 2
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 2
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 2
- 239000010432 diamond Substances 0.000 description 2
- 230000005750 disease progression Effects 0.000 description 2
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 2
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 2
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 2
- 238000003114 enzyme-linked immunosorbent spot assay Methods 0.000 description 2
- 238000013401 experimental design Methods 0.000 description 2
- 238000000684 flow cytometry Methods 0.000 description 2
- 108020001507 fusion proteins Proteins 0.000 description 2
- 102000037865 fusion proteins Human genes 0.000 description 2
- 102000048657 human ACE2 Human genes 0.000 description 2
- 210000000987 immune system Anatomy 0.000 description 2
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 2
- 238000002347 injection Methods 0.000 description 2
- 239000007924 injection Substances 0.000 description 2
- 210000000936 intestine Anatomy 0.000 description 2
- 210000000265 leukocyte Anatomy 0.000 description 2
- 238000012417 linear regression Methods 0.000 description 2
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 2
- 210000004698 lymphocyte Anatomy 0.000 description 2
- 238000012423 maintenance Methods 0.000 description 2
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 2
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 2
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 2
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 2
- 210000004877 mucosa Anatomy 0.000 description 2
- 238000002887 multiple sequence alignment Methods 0.000 description 2
- 230000007935 neutral effect Effects 0.000 description 2
- 210000001331 nose Anatomy 0.000 description 2
- 238000007911 parenteral administration Methods 0.000 description 2
- 229940023041 peptide vaccine Drugs 0.000 description 2
- 238000013081 phylogenetic analysis Methods 0.000 description 2
- 230000037452 priming Effects 0.000 description 2
- 210000002345 respiratory system Anatomy 0.000 description 2
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 2
- 230000000087 stabilizing effect Effects 0.000 description 2
- 238000012289 standard assay Methods 0.000 description 2
- 230000000638 stimulation Effects 0.000 description 2
- 230000004083 survival effect Effects 0.000 description 2
- 230000006433 tumor necrosis factor production Effects 0.000 description 2
- 238000002255 vaccination Methods 0.000 description 2
- 229940125575 vaccine candidate Drugs 0.000 description 2
- 230000036266 weeks of gestation Effects 0.000 description 2
- 102000040650 (ribonucleotides)n+m Human genes 0.000 description 1
- 101800001779 2'-O-methyltransferase Proteins 0.000 description 1
- 101800003073 2'-O-methyltransferase nsp16 Proteins 0.000 description 1
- GOJUJUVQIVIZAV-UHFFFAOYSA-N 2-amino-4,6-dichloropyrimidine-5-carbaldehyde Chemical group NC1=NC(Cl)=C(C=O)C(Cl)=N1 GOJUJUVQIVIZAV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000251468 Actinopterygii Species 0.000 description 1
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 description 1
- 239000005995 Aluminium silicate Substances 0.000 description 1
- 241000984082 Amoreuxia Species 0.000 description 1
- 208000023275 Autoimmune disease Diseases 0.000 description 1
- 241000112287 Bat coronavirus Species 0.000 description 1
- 241000283690 Bos taurus Species 0.000 description 1
- 241000282828 Camelus bactrianus Species 0.000 description 1
- 241000282465 Canis Species 0.000 description 1
- 241000283707 Capra Species 0.000 description 1
- 241000700199 Cavia porcellus Species 0.000 description 1
- 241000282693 Cercopithecidae Species 0.000 description 1
- 206010011224 Cough Diseases 0.000 description 1
- 241000699800 Cricetinae Species 0.000 description 1
- MIKUYHXYGGJMLM-GIMIYPNGSA-N Crotonoside Natural products C1=NC2=C(N)NC(=O)N=C2N1[C@H]1O[C@@H](CO)[C@H](O)[C@@H]1O MIKUYHXYGGJMLM-GIMIYPNGSA-N 0.000 description 1
- NYHBQMYGNKIUIF-UHFFFAOYSA-N D-guanosine Natural products C1=2NC(N)=NC(=O)C=2N=CN1C1OC(CO)C(O)C1O NYHBQMYGNKIUIF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108090000626 DNA-directed RNA polymerases Proteins 0.000 description 1
- 102000004163 DNA-directed RNA polymerases Human genes 0.000 description 1
- 102100030013 Endoribonuclease Human genes 0.000 description 1
- 108010093099 Endoribonucleases Proteins 0.000 description 1
- 241000709661 Enterovirus Species 0.000 description 1
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 1
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 1
- 241000283073 Equus caballus Species 0.000 description 1
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101800001768 Exoribonuclease Proteins 0.000 description 1
- 241000282324 Felis Species 0.000 description 1
- 102000004961 Furin Human genes 0.000 description 1
- 108090001126 Furin Proteins 0.000 description 1
- 101800001704 Guanine-N7 methyltransferase Proteins 0.000 description 1
- 102100028972 HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain Human genes 0.000 description 1
- 108010075704 HLA-A Antigens Proteins 0.000 description 1
- 108010093013 HLA-DR1 Antigen Proteins 0.000 description 1
- 102210049236 HLA-DRB1*03:01 Human genes 0.000 description 1
- 108010047214 HLA-DRB1*03:01 antigen Proteins 0.000 description 1
- 108010029657 HLA-DRB1*04:01 antigen Proteins 0.000 description 1
- 102210059845 HLA-DRB1*15:01 Human genes 0.000 description 1
- 101001043807 Homo sapiens Interleukin-7 Proteins 0.000 description 1
- GUBGYTABKSRVRQ-QKKXKWKRSA-N Lactose Natural products OC[C@H]1O[C@@H](O[C@H]2[C@H](O)[C@@H](O)C(O)O[C@@H]2CO)[C@H](O)[C@@H](O)[C@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-QKKXKWKRSA-N 0.000 description 1
- 101800000517 Leader protein Proteins 0.000 description 1
- 241000270322 Lepidosauria Species 0.000 description 1
- 208000019693 Lung disease Diseases 0.000 description 1
- 101710125418 Major capsid protein Proteins 0.000 description 1
- 108010021466 Mutant Proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000008300 Mutant Proteins Human genes 0.000 description 1
- 101800000933 Non-structural protein 10 Proteins 0.000 description 1
- 101800000511 Non-structural protein 2 Proteins 0.000 description 1
- 101800000510 Non-structural protein 7 Proteins 0.000 description 1
- 101800000482 Non-structural protein 9 Proteins 0.000 description 1
- 101710110284 Nuclear shuttle protein Proteins 0.000 description 1
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 1
- 101150089880 ORF10 gene Proteins 0.000 description 1
- 101150001656 ORF3a gene Proteins 0.000 description 1
- 101150007210 ORF6 gene Proteins 0.000 description 1
- 101150027577 ORF8 gene Proteins 0.000 description 1
- 241000283973 Oryctolagus cuniculus Species 0.000 description 1
- 101800002227 Papain-like protease nsp3 Proteins 0.000 description 1
- 101800001074 Papain-like proteinase Proteins 0.000 description 1
- 241001494479 Pecora Species 0.000 description 1
- 108091005804 Peptidases Proteins 0.000 description 1
- 108010089430 Phosphoproteins Proteins 0.000 description 1
- 102000007982 Phosphoproteins Human genes 0.000 description 1
- 101800001016 Picornain 3C-like protease Proteins 0.000 description 1
- 101800000596 Probable picornain 3C-like protease Proteins 0.000 description 1
- 101800001862 Proofreading exoribonuclease Proteins 0.000 description 1
- 101800002929 Proofreading exoribonuclease nsp14 Proteins 0.000 description 1
- 239000004365 Protease Substances 0.000 description 1
- 108010076504 Protein Sorting Signals Proteins 0.000 description 1
- 108010012974 RNA triphosphatase Proteins 0.000 description 1
- 108010008281 Recombinant Fusion Proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000007056 Recombinant Fusion Proteins Human genes 0.000 description 1
- 206010057190 Respiratory tract infections Diseases 0.000 description 1
- 102100029831 Reticulon-4 Human genes 0.000 description 1
- 241000283984 Rodentia Species 0.000 description 1
- 208000037847 SARS-CoV-2-infection Diseases 0.000 description 1
- 241000713880 Spleen focus-forming virus Species 0.000 description 1
- 241000282898 Sus scrofa Species 0.000 description 1
- 230000024932 T cell mediated immunity Effects 0.000 description 1
- 101800001927 Uridylate-specific endoribonuclease nsp15 Proteins 0.000 description 1
- 108010067390 Viral Proteins Proteins 0.000 description 1
- 230000002411 adverse Effects 0.000 description 1
- 238000012387 aerosolization Methods 0.000 description 1
- 230000004075 alteration Effects 0.000 description 1
- 235000012211 aluminium silicate Nutrition 0.000 description 1
- 125000000539 amino acid group Chemical group 0.000 description 1
- 210000004102 animal cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000002788 anti-peptide Effects 0.000 description 1
- 230000000840 anti-viral effect Effects 0.000 description 1
- 230000005875 antibody response Effects 0.000 description 1
- 239000003443 antiviral agent Substances 0.000 description 1
- 208000006673 asthma Diseases 0.000 description 1
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 1
- 239000011230 binding agent Substances 0.000 description 1
- DGNMJYUPWDTKJB-ZDSKVHJSSA-N bis[(z)-non-2-enyl] 9-[4-(dimethylamino)butanoyloxy]heptadecanedioate Chemical compound CCCCCC\C=C/COC(=O)CCCCCCCC(OC(=O)CCCN(C)C)CCCCCCCC(=O)OC\C=C/CCCCCC DGNMJYUPWDTKJB-ZDSKVHJSSA-N 0.000 description 1
- 229910000019 calcium carbonate Inorganic materials 0.000 description 1
- 235000010216 calcium carbonate Nutrition 0.000 description 1
- 239000001506 calcium phosphate Substances 0.000 description 1
- 229910000389 calcium phosphate Inorganic materials 0.000 description 1
- 235000011010 calcium phosphates Nutrition 0.000 description 1
- 230000004663 cell proliferation Effects 0.000 description 1
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 description 1
- 230000007969 cellular immunity Effects 0.000 description 1
- 235000012000 cholesterol Nutrition 0.000 description 1
- 230000001684 chronic effect Effects 0.000 description 1
- 230000000052 comparative effect Effects 0.000 description 1
- 230000001010 compromised effect Effects 0.000 description 1
- 238000013270 controlled release Methods 0.000 description 1
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 1
- 108700010904 coronavirus proteins Proteins 0.000 description 1
- 230000005574 cross-species transmission Effects 0.000 description 1
- 230000002498 deadly effect Effects 0.000 description 1
- 238000002716 delivery method Methods 0.000 description 1
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 1
- 238000002405 diagnostic procedure Methods 0.000 description 1
- 229910003460 diamond Inorganic materials 0.000 description 1
- 238000004090 dissolution Methods 0.000 description 1
- 239000012636 effector Substances 0.000 description 1
- 239000003995 emulsifying agent Substances 0.000 description 1
- 239000000839 emulsion Substances 0.000 description 1
- 210000003754 fetus Anatomy 0.000 description 1
- 239000000835 fiber Substances 0.000 description 1
- 239000006260 foam Substances 0.000 description 1
- 238000009472 formulation Methods 0.000 description 1
- 229940029575 guanosine Drugs 0.000 description 1
- 210000002443 helper t lymphocyte Anatomy 0.000 description 1
- 102000052622 human IL7 Human genes 0.000 description 1
- 210000004201 immune sera Anatomy 0.000 description 1
- 229940042743 immune sera Drugs 0.000 description 1
- 208000026278 immune system disease Diseases 0.000 description 1
- 238000003018 immunoassay Methods 0.000 description 1
- 230000017555 immunoglobulin mediated immune response Effects 0.000 description 1
- 238000010324 immunological assay Methods 0.000 description 1
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 description 1
- 230000002757 inflammatory effect Effects 0.000 description 1
- 206010022000 influenza Diseases 0.000 description 1
- 230000015788 innate immune response Effects 0.000 description 1
- 238000011835 investigation Methods 0.000 description 1
- NLYAJNPCOHFWQQ-UHFFFAOYSA-N kaolin Chemical compound O.O.O=[Al]O[Si](=O)O[Si](=O)O[Al]=O NLYAJNPCOHFWQQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000009533 lab test Methods 0.000 description 1
- 239000008101 lactose Substances 0.000 description 1
- 231100000518 lethal Toxicity 0.000 description 1
- 230000001665 lethal effect Effects 0.000 description 1
- 239000006193 liquid solution Substances 0.000 description 1
- 239000006194 liquid suspension Substances 0.000 description 1
- 230000007787 long-term memory Effects 0.000 description 1
- 231100000516 lung damage Toxicity 0.000 description 1
- 210000003097 mucus Anatomy 0.000 description 1
- 230000000869 mutational effect Effects 0.000 description 1
- 210000003928 nasal cavity Anatomy 0.000 description 1
- 230000002276 neurotropic effect Effects 0.000 description 1
- 231100000252 nontoxic Toxicity 0.000 description 1
- 230000003000 nontoxic effect Effects 0.000 description 1
- 239000003921 oil Substances 0.000 description 1
- 210000000056 organ Anatomy 0.000 description 1
- 230000008520 organization Effects 0.000 description 1
- 239000006179 pH buffering agent Substances 0.000 description 1
- 230000007918 pathogenicity Effects 0.000 description 1
- 230000010412 perfusion Effects 0.000 description 1
- 239000003755 preservative agent Substances 0.000 description 1
- 230000003449 preventive effect Effects 0.000 description 1
- 230000002035 prolonged effect Effects 0.000 description 1
- 230000000069 prophylactic effect Effects 0.000 description 1
- 238000001742 protein purification Methods 0.000 description 1
- 238000011002 quantification Methods 0.000 description 1
- 238000011084 recovery Methods 0.000 description 1
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 1
- 208000020029 respiratory tract infectious disease Diseases 0.000 description 1
- 229910000029 sodium carbonate Inorganic materials 0.000 description 1
- 235000017550 sodium carbonate Nutrition 0.000 description 1
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 1
- 241000894007 species Species 0.000 description 1
- 238000007920 subcutaneous administration Methods 0.000 description 1
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 1
- 239000013589 supplement Substances 0.000 description 1
- 230000002459 sustained effect Effects 0.000 description 1
- 238000013268 sustained release Methods 0.000 description 1
- 208000011580 syndromic disease Diseases 0.000 description 1
- 239000012209 synthetic fiber Substances 0.000 description 1
- 229920002994 synthetic fiber Polymers 0.000 description 1
- 238000010189 synthetic method Methods 0.000 description 1
- 239000000454 talc Substances 0.000 description 1
- 229910052623 talc Inorganic materials 0.000 description 1
- 235000012222 talc Nutrition 0.000 description 1
- 210000001550 testis Anatomy 0.000 description 1
- 238000002627 tracheal intubation Methods 0.000 description 1
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 1
- QORWJWZARLRLPR-UHFFFAOYSA-H tricalcium bis(phosphate) Chemical compound [Ca+2].[Ca+2].[Ca+2].[O-]P([O-])([O-])=O.[O-]P([O-])([O-])=O QORWJWZARLRLPR-UHFFFAOYSA-H 0.000 description 1
- 238000010200 validation analysis Methods 0.000 description 1
- 238000012795 verification Methods 0.000 description 1
- 229960004854 viral vaccine Drugs 0.000 description 1
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000001993 wax Substances 0.000 description 1
- 238000009736 wetting Methods 0.000 description 1
- 239000000080 wetting agent Substances 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K39/12—Viral antigens
- A61K39/215—Coronaviridae, e.g. avian infectious bronchitis virus
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K39/12—Viral antigens
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
- A61P31/12—Antivirals
- A61P31/14—Antivirals for RNA viruses
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P37/00—Drugs for immunological or allergic disorders
- A61P37/02—Immunomodulators
- A61P37/04—Immunostimulants
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/005—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from viruses
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/005—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from viruses
- C07K14/08—RNA viruses
- C07K14/165—Coronaviridae, e.g. avian infectious bronchitis virus
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K2039/545—Medicinal preparations containing antigens or antibodies characterised by the dose, timing or administration schedule
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K2039/555—Medicinal preparations containing antigens or antibodies characterised by a specific combination antigen/adjuvant
- A61K2039/55511—Organic adjuvants
- A61K2039/55522—Cytokines; Lymphokines; Interferons
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K2039/57—Medicinal preparations containing antigens or antibodies characterised by the type of response, e.g. Th1, Th2
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K2039/57—Medicinal preparations containing antigens or antibodies characterised by the type of response, e.g. Th1, Th2
- A61K2039/575—Medicinal preparations containing antigens or antibodies characterised by the type of response, e.g. Th1, Th2 humoral response
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K2039/70—Multivalent vaccine
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2770/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssRNA viruses positive-sense
- C12N2770/00011—Details
- C12N2770/20011—Coronaviridae
- C12N2770/20034—Use of virus or viral component as vaccine, e.g. live-attenuated or inactivated virus, VLP, viral protein
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Virology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Immunology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Public Health (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Communicable Diseases (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Epidemiology (AREA)
- Mycology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Gastroenterology & Hepatology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Oncology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Pulmonology (AREA)
- Medicines Containing Antibodies Or Antigens For Use As Internal Diagnostic Agents (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
- Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
- Medicines Containing Material From Animals Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
コロナウイルス感染症及び／又は疾患を防止するための免疫応答を発生させるために身体に対して複数の標的を提供するのを助ける１つ以上の保存されたＢ細胞、ＣＤ４細胞及びＣＤＳ Ｔ細胞エピトープを含み得る複数の高度に保存された大きな配列を含む、すべてのコロナウイルス感染症及び疾患に対する効率的で強力かつ長期にわたる保護を誘導するための汎コロナウイルスワクチン。特定の実施形態では、大きな配列は、保存されたタンパク質又は大きな配列、例えば、ヒトコロナウイルス及び／又は動物コロナウイルス（例えば、コロナウイルス感染症にかかりやすい動物から単離されるコロナウイルス）の間で高度に保存された配列である。
Description
関連出願の相互参照
本出願は、２０２０年４月１４日に出願された米国仮特許出願第６３／００９，９０７号及び２０２０年９月２８日に出願された米国仮特許出願第６３／０８４，４２１号の利益を主張し、その明細書は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
本出願は、２０２０年４月１４日に出願された米国仮特許出願第６３／００９，９０７号及び２０２０年９月２８日に出願された米国仮特許出願第６３／０８４，４２１号の利益を主張し、その明細書は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
配列表の参照
出願人は、規則１３ｔｅｒ．１（ａ）に基づいて提出された付属書Ｃ／ＳＴ．２５テキストファイルの形式で記録されたＵＣＩ＿２０＿０６Ｂ＿ＰＣＴ＿Ｓｅｑｕｅｎｃｅ＿Ｌｉｓｔｉｎｇ＿ＳＴ２５と題された情報が、出願時の国際出願の一部を形成するものと同一であることを主張する。配列表の内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
出願人は、規則１３ｔｅｒ．１（ａ）に基づいて提出された付属書Ｃ／ＳＴ．２５テキストファイルの形式で記録されたＵＣＩ＿２０＿０６Ｂ＿ＰＣＴ＿Ｓｅｑｕｅｎｃｅ＿Ｌｉｓｔｉｎｇ＿ＳＴ２５と題された情報が、出願時の国際出願の一部を形成するものと同一であることを主張する。配列表の内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
本発明は、ワクチン、例えば、コロナウイルスに関するワクチンなどのウイルスワクチン、例えば、汎コロナウイルスワクチンに関する。
過去２０年間にわたって、新たに出現した人畜共通感染症ＣｏＶ、すなわち、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ、ＭＥＲＳ－ＣｏＶ、及び現在のＣＯＶＩＤ－１９の世界的なパンデミックを引き起こしている伝染性が高く致死性の高い最新のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２によって引き起こされる３つの致命的なコロナウイルス（ＣｏＶ）のヒトのアウトブレイクがあった。３つの致死性の高いＣｏＶはすべて、天然の宿主であるコウモリに由来し、様々な中間動物保有宿主（例えば、センザンコウ、ジャコウネコ（ｃｉｖｅｔ ｃａｔｓ）及びラクダ）を介してヒトに伝染された。現在、利用可能な万能の汎コロナウイルスワクチンは存在しないため、未知の動物原性コウモリ由来のＳＡＲＳ様コロナウイルス（ＳＬ－ＣｏＶ）のワクチン接種していないヒト集団へのさらなる別の波及によって引き起こされる、その他の世界的なＣＯＶＩＤ様パンデミックがこれから数年のうちに新たに発生する可能性が依然として高い。
中和抗体並びに抗ウイルスエフェクターＣＤ４＋及びＣＤ８＋Ｔ細胞は、感染した無症状の患者や回復期の患者の大部分においてウイルス量を減少させるのに重要であると思われる。しかしながら、ヒト及びコウモリコロナウイルス株の間で保存されているＢ細胞エピトープ並びにＣＤ４＋及びＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープの抗原性のランドスケープ及びレパートリーに関する情報はほとんど存在しない。
抗原性、免疫原性、保護性で、かつヒト及び動物のコロナウイルス間で保存されている抗原及びエピトープのランドスケープ、並びに、無症状のＣＯＶＩＤ－１９患者に見られる耐性と相関するＢ細胞並びにＣＤ４＋及びＣＤ８＋Ｔ細胞のレパートリー、表現型及び機能を調べることは、将来の汎コロナウイルスワクチンの開発に際して情報を与え得る。本発明は、ヒトにおけるインビトロ及び動物モード（例えば、マウス、ハムスター及びサル）におけるインビボの両方でいくつかの免疫情報学アプローチ及び配列アラインメントアプローチ並びにいくつかの免疫学的アッセイを使用して、高度に保存されている、例えば、（ｉ）６つの大陸の１９０カ国で同定された８１，０００を超えるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ヒト株、（ｉｉ）以前の「風邪」のヒトのアウトブレイクを引き起こした６つの蔓延したＣｏＶ、（ｉｉｉ）コウモリから単離された９つのＳＬ－ＣｏＶｓ、（ｉｖ）センザンコウから単離された９つのＳＬ－ＣｏＶｓ、（ｖ）ジャコウネコ（ｃｉｖｅｔ ｃａｔｓ）から単離された３つのＳＬ－ＣｏＶｓ、及び（ｖｉ）ラクダから単離された４つのＭＥＲＳ株において高度に保存されているヒトＢ細胞、ＣＤ４＋及びＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープを含む、抗原性、免疫原性、保護性の高度に保存されているいくつかの大きな配列を同定することについて説明する。さらに、本発明は、ＣＯＶＩＤ－１９患者及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に曝露されたことがない健常人の両方からＢ細胞、ＣＤ４＋及びＣＤ８＋Ｔ細胞を想起し、「ヒト化」ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）－ＤＲ１／ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１二重遺伝子導入マウス並びにＨＬＡ－ＤＲ－１又はＨＬＡ－Ａ＊０２：０１ハプロタイプを発現しないヒトにおいて強いＢ細胞及びＴ細胞応答を誘導した交差反応性エピトープの同定について説明する。特定のＨＬＡハプロタイプに限定される小さなエピトープとは異なり、大きな配列は、多数のＨＬＡハプロタイプに限定されるいくつかのエピトープを包含しており、それゆえに、ＨＬＡハプロタイプに関係なく、また人種及び民族に関係なく、ヒト集団のワクチン適用範囲が広いことが分かっている。
本発明は、ヒトに使用するためのワクチン組成物に限定されない。本発明は、イヌ、ネコなどの他のペット動物に使用するためのワクチン組成物を含む。
本明細書のワクチン組成物は、コロナウイルス変異にかかわらず、持続的なＢ細胞及びＴ細胞免疫を提供する可能性を有する。これは、本ワクチン組成物が、おそらくすべてのヒト及び動物のコロナウイルス変異体及び株に見られる低い突然変異率を有する他のコロナウイルス構造抗原及び非構造抗原と組み合わせて、高度に保存された構造的及び非構造的コロナウイルス抗原、例えば、コロナウイルス核タンパク質（ヌクレオカプシドとしても知られる）を標的とすることから、少なくともある程度は当然のことであり得る。
本発明はまた、ウイルス内の高度に保存された構造的コロナウイルス抗原（例えば、スパイクタンパク質）、及び通常は免疫系による変異圧力下にあるとは限らないウイルスタンパク質であり得る非構造的コロナウイルス抗原（例えば、ヌクレオカプシドなどの非スパイクタンパク質）を選択することに関する。
本発明は、ヒト並びにペット及び動物において、ボード型の強力かつ長期持続性のＢ細胞及びＴ細胞防御免疫応答を誘導する汎コロナウイルス組換えワクチン組成物を提供する。
特定の実施形態では、本ワクチン組成物は、ヒトにおける使用のためのものである。特定の実施形態では、本ワクチン組成物は、限定するものではないが、マウス、ネコ、イヌ、非ヒト霊長類、コロナウイルス感染症に感受性の他の動物、コロナウイルス感染症の前臨床動物モデルとして機能し得る他の動物などの動物に使用するためのものである。
本明細書で使用される場合、「マルチエピトープ」という用語は、少なくとも１つのＣＤ４及び／又はＣＤ８Ｔ細胞エピトープがＭＨＣ拘束性であり、ＴＣＲによって認識され、少なくとも１つのエピトープがＢ細胞エピトープである、２以上のＢ細胞及びＴ細胞エピトープを含む組成物を指す。例えば、本明細書のワクチン組成物は、マルチエピトープ汎コロナウイルスワクチン組成物であり得る。
本明細書で使用される場合、「組換えワクチン組成物」という用語は、１つ以上の組換え遺伝子、例えば、１つ以上の系にクローニングされた遺伝子によってコードされる、当該遺伝子の発現を支援する１つ以上のタンパク質又はペプチドを指し得る。「組換えワクチン組成物」という用語は、組換え遺伝子又は当該組換え遺伝子の発現を支援する系を指し得る。
例えば、本発明は、１つ以上の大きな配列を含む汎コロナウイルス組換えワクチン組成物であって、１つ以上の大きな配列のそれぞれが、１つ以上の保存されたコロナウイルスＢ細胞標的エピトープ、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープ、及び／又は１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープ、のうちの少なくとも１つを含み、少なくとも１つのエピトープが非スパイクタンパク質に由来する、汎コロナウイルス組換えワクチン組成物を提供する。
本発明はまた、２つ以上の大きな配列を含む汎コロナウイルス組換えワクチン組成物であって、２つ以上の大きな配列のそれぞれが、１つ以上の保存されたコロナウイルスＢ細胞標的エピトープ、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープ、及び／又は１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープ、のうちの少なくとも１つを含み、少なくとも１つのエピトープが非スパイクタンパク質に由来する、汎コロナウイルス組換えワクチン組成物を特徴とする。
本発明はまた、全スパイクタンパク質と、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープ、及び／又は１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープのうちの１つ又は両方と、を含み、少なくとも１つのエピトープが非スパイクタンパク質に由来する、汎コロナウイルス組換えワクチン組成物を特徴とする。
本発明はまた、汎コロナウイルス組換えワクチン組成物であって、スパイクタンパク質の少なくとも一部であって、三量体化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）を含む、スパイクタンパク質の少なくとも一部と、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープ、及び１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープのうちの１つ又は両方とを含み、少なくとも１つのエピトープが非スパイクタンパク質に由来する、組成物を特徴とする。
本発明はまた、全スパイクタンパク質と、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープと、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープと、を含み、少なくとも１つのエピトープが非スパイクタンパク質に由来する、汎コロナウイルス組換えワクチン組成物を特徴とする。
本発明はまた、汎コロナウイルス組換えワクチン組成物であって、スパイクタンパク質の少なくとも一部であって、三量体化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）を含む、スパイクタンパク質の少なくとも一部と、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープと、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープとを含み、少なくとも１つのエピトープが非スパイクタンパク質に由来する、組成物を特徴とする。
本発明はまた、１つ以上の大きな配列をコードする抗原送達系を含む汎コロナウイルス組換えワクチン組成物であって、１つ以上の大きな配列のそれぞれが、１つ以上の保存されたコロナウイルスＢ細胞標的エピトープ、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープ、及び／又は１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープ、のうちの少なくとも１つを含み、少なくとも１つのエピトープが非スパイクタンパク質に由来する、汎コロナウイルス組換えワクチン組成物を特徴とする。
本発明はまた、２つ以上の大きな配列をコードする抗原送達系を含む汎コロナウイルス組換えワクチン組成物であって、２つ以上の大きな配列のそれぞれが、１つ以上の保存されたコロナウイルスＢ細胞標的エピトープ、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープ、及び／又は１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープ、のうちの少なくとも１つを含み、少なくとも１つのエピトープが非スパイクタンパク質に由来する、汎コロナウイルス組換えワクチン組成物を特徴とする。
本発明はまた、全スパイクタンパク質をコードする抗原送達系と、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープ、及び／又は１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープのうちの１つ又は両方と、を含み、少なくとも１つのエピトープが非スパイクタンパク質に由来する、汎コロナウイルス組換えワクチン組成物を特徴とする。
本発明はまた、汎コロナウイルス組換えワクチン組成物であって、スパイクタンパク質の少なくとも一部をコードする抗原送達系であって、スパイクタンパク質の少なくとも一部が三量体化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）を含む、抗原送達系と、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープ、及び１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープのうちの１つ又は両方とを含み、少なくとも１つのエピトープが非スパイクタンパク質に由来する、組成物を特徴とする。
本発明はまた、全スパイクタンパク質をコードする抗原送達系と、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープと、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープとを含み、少なくとも１つのエピトープが非スパイクタンパク質に由来する、汎コロナウイルス組換えワクチン組成物を特徴とする。
本発明はまた、汎コロナウイルス組換えワクチン組成物であって、スパイクタンパク質の少なくとも一部をコードする抗原送達系であって、スパイクタンパク質の少なくとも一部が三量体化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）を含む、抗原送達系と、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープと、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープとを含み、少なくとも１つのエピトープが非スパイクタンパク質に由来する、組成物を特徴とする。
本明細書の前述の組成物及び実施形態に関して、いくつかの実施形態では、非スパイクタンパク質は、ＯＲＦ１ａｂタンパク質、ＯＲＦ３ａタンパク質、エンベロープタンパク質、膜糖タンパク質、ＯＲＦ６タンパク質、ＯＲＦ７ａタンパク質、ＯＲＦ７ｂタンパク質、ＯＲＦ８タンパク質、ヌクレオカプシドタンパク質及びＯＲＦ１０タンパク質である。
いくつかの実施形態では、１つ以上の大きな配列は、ヒト及び動物のコロナウイルスの間で高度に保存されている。いくつかの実施形態では、１つ以上の大きな配列は、少なくとも１つのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質に由来する。いくつかの実施形態では、１つ以上の大きな配列は、現在蔓延している１つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ヒト株又は変異体、以前のヒトのアウトブレイクを引き起こした１つ以上のコロナウイルス、コウモリ、センザンコウ、ジャコウネコ（ｃｉｖｅｔ ｃａｔｓ）、ミンク、ラクダ、及びコロナウイルスを受容する他の動物からなる群から選択される動物から単離される１つ以上のコロナウイルス、又は風邪を引き起こす１つ以上のコロナウイルス、のうちの１つ以上のものに由来する。いくつかの実施形態では、現在蔓延している１つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ヒト株又は変異体は、Ｂ．１．１７７株、Ｂ．１．１６０株、Ｂ．１．１．７株、Ｂ．１．３５１株、Ｐ．１株、Ｂ．１．４２７／Ｂ．１．４２９株、Ｂ．１．２５８株、Ｂ．１．２２１株、Ｂ．１．３６７株、Ｂ．１．１．２７７株、Ｂ．１．１．３０２株、Ｂ．１．５２５株、Ｂ．１．５２６株、Ｓ：６７７Ｈ株、Ｓ：６７７Ｐ株から選択される。いくつかの実施形態では、風邪を引き起こす１つ以上のコロナウイルスは、２２９Ｅアルファコロナウイルス、ＮＬ６３アルファコロナウイルス、ＯＣ４３ベータコロナウイルス、及びＨＫＵ１ベータコロナウイルスから選択される。いくつかの実施形態では、保存された大きな配列は、懸念される変異体又は着目する変異体から選択される。
いくつかの実施形態では、本組成物は、２つ以上の大きな配列を含む。いくつかの実施形態では、本組成物は、３つ以上の大きな配列を含む。いくつかの実施形態では、本組成物は、２つの大きな配列を含む。いくつかの実施形態では、本組成物は、３つの大きな配列を含む。いくつかの実施形態では、本組成物は、４つの大きな配列を含む。いくつかの実施形態では、本組成物は、５つの大きな配列を含む。
いくつかの実施形態では、大きな配列は、構造タンパク質、非構造タンパク質、又はそれらの組み合わせに由来する。いくつかの実施形態では、大きな配列又は標的エピトープは、ＯＲＦ１ａｂタンパク質、スパイク糖タンパク質、ＯＲＦ３ａタンパク質、エンベロープタンパク質、膜糖タンパク質、ＯＲＦ６タンパク質、ＯＲＦ７ａタンパク質、ＯＲＦ７ｂタンパク質、ＯＲＦ８タンパク質、ヌクレオカプシドタンパク質、ＯＲＦ１０タンパク質からなる群から選択されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質に由来する。
いくつかの実施形態では、スパイク糖タンパク質に由来する大きな配列又は標的エピトープはＲＢＤである。いくつかの実施形態では、スパイク糖タンパク質に由来する大きな配列又は標的エピトープはＮＴＤである。いくつかの実施形態では、スパイク糖タンパク質に由来する大きな配列又は標的エピトープは、ＲＢＤ領域とＮＴＤ領域の両方を含む。いくつかの実施形態では、スパイク糖タンパク質に由来する大きな配列又は標的エピトープは、抗体を中和及び遮断することによって認識される。いくつかの実施形態では、スパイク糖タンパク質に由来する大きな配列又は標的エピトープは、中和抗体及び遮断抗体を誘導する。いくつかの実施形態では、スパイク糖タンパク質に由来する大きな配列又は標的エピトープは、ウイルスを認識して中和する中和抗体及び遮断抗体を誘導する。
いくつかの実施形態では、スパイク糖タンパク質に由来する大きな配列又は標的エピトープは、スパイクタンパク質を認識する中和抗体及び遮断抗体を誘導する。
いくつかの実施形態では、ＯＲＦ１ａｂタンパク質は、非構造タンパク質（Ｎｓｐ）１、Ｎｓｐ２、Ｎｓｐ３、Ｎｓｐ４、Ｎｓｐ５、Ｎｓｐ６、Ｎｓｐ７、Ｎｓｐ８、Ｎｓｐ９、Ｎｓｐ１０、Ｎｓｐ１１、Ｎｓｐ１２、Ｎｓｐ１３、Ｎｓｐ１４、Ｎｓｐ１５及びＮｓｐ１６を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープは、スパイク糖タンパク質、エンベロープタンパク質、ＯＲＦ１ａｂタンパク質、ＯＲＦ７ａタンパク質、ＯＲＦ８ａタンパク質、ＯＲＦ１０タンパク質、又はそれらの組み合わせから選択される。いくつかの実施形態では、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープは、Ｓ２－１０、Ｓ１２２０－１２２８、Ｓ１０００－１００８、Ｓ９５８－９６６、Ｅ２０－２８、ＯＲＦ１ａｂ１６７５－１６８３、ＯＲＦ１ａｂ２３６３－２３７１、ＯＲＦ１ａｂ３０１３－３０２１、ＯＲＦ１ａｂ３１８３－３１９１、ＯＲＦ１ａｂ５４７０－５４７８、ＯＲＦ１ａｂ６７４９－６７５７、ＯＲＦ７ｂ２６－３４、ＯＲＦ８ａ７３－８１、ＯＲＦ１０３－１１及びＯＲＦ１０５－１３から選択される。いくつかの実施形態では、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープは、配列番号２～２９から選択される。いくつかの実施形態では、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープは、配列番号３０～５７から選択される。いくつかの実施形態では、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープは、スパイク糖タンパク質、エンベロープタンパク質、膜タンパク質、ヌクレオカプシドタンパク質、ＯＲＦ１ａタンパク質、ＯＲＦ１ａｂタンパク質、ＯＲＦ６タンパク質、ＯＲＦ７ａタンパク質、ＯＲＦ７ｂタンパク質、ＯＲＦ８タンパク質、又はそれらの組み合わせから選択される。いくつかの実施形態では、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープは、ＯＲＦ１ａ１３５０－１３６５、ＯＲＦ１ａｂ５０１９－５０３３、ＯＲＦ６１２－２６、ＯＲＦ１ａｂ６０８８－６１０２、ＯＲＦ１ａｂ６４２０－６４３４、ＯＲＦ１ａ１８０１－１８１５、Ｓ１－１３、Ｅ２６－４０、Ｅ２０－３４、Ｍ１７６－１９０、Ｎ３８８－４０３、ＯＲＦ７ａ３－１７、ＯＲＦ７ａ１－１５、ＯＲＦ７ｂ８－２２、ＯＲＦ７ａ９８－１１２及びＯＲＦ８１－１５から選択される。いくつかの実施形態では、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープは、配列番号５８～７３から選択される。いくつかの実施形態では、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープは、配列番号７４～１０５から選択される。いくつかの実施形態では、１つ以上の保存されたコロナウイルスＢ細胞標的エピトープはスパイク糖タンパク質から選択される。いくつかの実施形態では、１つ以上の保存されたコロナウイルスＢ細胞標的エピトープは、Ｓ２８７－３１７、Ｓ５２４－５９８、Ｓ６０１－６４０、Ｓ８０２－８１９、Ｓ８８８－９０９、Ｓ３６９－３９３、Ｓ４４０－５０１、Ｓ１１３３－１１７２、Ｓ３２９－３６３及びＳ１３－３７から選択される。いくつかの実施形態では、１つ以上のコロナウイルスＢ細胞標的エピトープは、配列番号１０６～１１６から選択される。いくつかの実施形態では、１つ以上のコロナウイルスＢ細胞標的エピトープは、配列番号１１７～１３８から選択される。
いくつかの実施形態では、１つ以上の保存されたコロナウイルスＢ細胞標的エピトープは、大きな配列の形態である。いくつかの実施形態では、大きな配列は、完全長スパイク糖タンパク質である。いくつかの実施形態では、大きな配列は、部分スパイク糖タンパク質である。いくつかの実施形態では、スパイク糖タンパク質は、アミノ酸位置９８６及び９８７に２つの連続するプロリン置換を有する。いくつかの実施形態では、スパイク糖タンパク質は、Ｔｙｒ－８３及びＴｙｒ－４８９、Ｇｌｎ－２４及びＡｓｎ－４８７を含むアミノ酸位置に単一アミノ酸置換を有する。いくつかの実施形態では、スパイクタンパク質の膜貫通アンカーはインタクトなＳ１－Ｓ２切断部位を有する。いくつかの実施形態では、スパイクタンパク質は、その安定化された立体配座にある。いくつかの実施形態では、スパイクタンパク質は、Ｓ２サブユニットにおける中心ヘリックスの上部のアミノ酸位置９８６及び９８７におけるプロリン置換により安定化される。
いくつかの実施形態では、１つ以上の大きな配列は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２によって発現される全タンパク質配列に由来する。いくつかの実施形態では、１つ以上の大きな配列は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２によって発現される部分タンパク質配列に由来する。いくつかの実施形態では、スパイクタンパク質由来の１つ以上の大きな保存配列は、全長スパイク糖タンパク質由来である。いくつかの実施形態では、スパイクタンパク質由来の１つ以上の大きな保存配列は、部分スパイク糖タンパク質由来である。いくつかの実施形態では、１つ以上の大きな配列は、スパイク糖タンパク質（Ｓ）又はその一部、核タンパク質又はその一部、膜タンパク質又はその一部、及びＯＲＦ１ａ／ｂ又はその一部を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の大きな配列は、スパイク糖タンパク質（Ｓ）又はその一部、核タンパク質又はその一部、及びＯＲＦ１ａ／ｂ又はその一部を含む。いくつかの実施形態では、スパイク糖タンパク質の一部はＲＢＤである。いくつかの実施形態では、１つ以上の大きな配列は、ＯＲＦ１ａｂタンパク質、スパイク糖タンパク質、ＯＲＦ３ａタンパク質、エンベロープタンパク質、膜糖タンパク質、ＯＲＦ６タンパク質、ＯＲＦ７ａタンパク質、ＯＲＦ７ｂタンパク質、ＯＲＦ８タンパク質、ヌクレオカプシドタンパク質、ＯＲＦ１０タンパク質からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、ＯＲＦ１ａｂタンパク質は、非構造タンパク質（Ｎｓｐ）１、Ｎｓｐ２、Ｎｓｐ３、Ｎｓｐ４、Ｎｓｐ５、Ｎｓｐ６、Ｎｓｐ７、Ｎｓｐ８、Ｎｓｐ９、Ｎｓｐ１０、Ｎｓｐ１１、Ｎｓｐ１２、Ｎｓｐ１３、Ｎｓｐ１４、Ｎｓｐ１５及びＮｓｐ１６を含む。いくつかの実施形態では、大きな配列の１つ以上は、多数のヒトクラス１及びクラス２ ＨＬＡハプロタイプに限定されたＴ細胞エピトープを含み、クラス１についてはＨＬＡ－０２０１に限定されず、又はクラス２についてはＨＬＡ－ＤＲに限定されない。
いくつかの実施形態では、大きな配列は、構造タンパク質、非構造タンパク質、又はそれらの組み合わせに由来する。
本発明はまた、全長スパイクタンパク質を含む組換えワクチン組成物を特徴とする。本発明はまた、全長スパイクタンパク質又は部分スパイクタンパク質を含む組換えワクチン組成物を特徴とする。
いくつかの実施形態では、スパイクタンパク質は、Ｔｙｒ－４８９及びＡｓｎ－４８７を含む。いくつかの実施形態では、Ｔｙｒ－４８９及びＡｓｎ－４８７は、ＡＣＥ－２上のＴｙｒ８３及びＧｌｎ－２４との相互作用を助ける。いくつかの実施形態では、スパイクタンパク質は、Ｇｌｎ－４９３を含む。いくつかの実施形態では、Ｇｌｎ－４９３は、ＡＣＥ－２上のＧｌｕ－３５及びＬｙｓ－３１との相互作用を助ける。いくつかの実施形態では、スパイクタンパク質は、Ｔｙｒ－５０５を含む。いくつかの実施形態では、Ｔｙｒ－５０５は、ＡＣＥ－２上のＧｌｕ－３７及びＡｒｇ－３９３との相互作用を助ける。
いくつかの実施形態では、本組成物は、三量体化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）配列を含む。いくつかの実施形態では、三量体化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）配列が、Ｔ４フィブリチン由来のフォルドン三量体化ドメインの付加によって改変される。いくつかの実施形態では、Ｔ４フィブリチン由来のフォルドン三量体化ドメインの添加は、多価ディスプレイによって免疫原性を増加させる。いくつかの実施形態では、本組成物は、１つ以上の高度に保存された構造及び非構造ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗原と共に、三量体化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク糖タンパク質ＲＢＤ抗原をコードする。いくつかの実施形態では、この抗原の配列は、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＭＮ９０８９４７．３である。いくつかの実施形態では、保存された大きな配列は、懸念される変異体及び着目する変異体から選択される。いくつかの実施形態では、本組成物は、Ｓ１－Ｓ２切断部位に変異６８２－ＲＲＡＲ－６８５→６８２－ＱＱＡＱ－６８５を含む。
いくつかの実施形態では、本組成物は、少なくとも１つのプロリン置換を含む。いくつかの実施形態では、本組成物は、少なくとも２つのプロリン置換を含む。いくつかの実施形態では、プロリン置換は、Ｋ９８６及びＶ９８７の位置にある。いくつかの実施形態では、本組成物は、Ｋ９８６Ｐ及びＶ９８７Ｐ変異を含む。
いくつかの実施形態では、大きな配列は、配列番号１８２～１８５（表１）又は配列番号１４８～１５９（表１０）から選択される。
いくつかの実施形態では、本組成物は、医薬担体をさらに含む。
いくつかの実施形態では、リンカーはＴ２Ａを含む。いくつかの実施形態では、リンカーは、Ｔ２Ａ、Ｅ２Ａ、及びＰ２Ａから選択される。いくつかの実施形態では、異なるリンカーは、各オープンリーディングフレームの間に配置される。
いくつかの実施形態では、ワクチン構築物はヒト用である。いくつかの実施形態では、本組成物は、ヒトＣＸＣＬ－１１及びＩＬ－７又はＩＬ－２又はＩＬ－１５を含む。いくつかの実施形態では、ワクチン構築物は動物用である。いくつかの実施形態では、本組成物は、動物ＣＸＣＬ－１１及びＩＬ－７又はＩＬ－２又はＩＬ－１５を含む。いくつかの実施形態では、動物はネコ及びイヌである。
いくつかの実施形態では、送達系はアデノウイルス系である。いくつかの実施形態では、アデノウイルス送達系は、Ａｄ２６、Ａｄ５、Ａｄ３５、又はそれらの組み合わせである。いくつかの実施形態では、大きな配列の１つ以上は、汎用プロモーターに作動可能に連結されている。いくつかの実施形態では、汎用プロモーターは、ＣＭＶ又はＣＡＧプロモーターである。いくつかの実施形態では、１つ以上の大きな配列は、肺特異的プロモーターに作動可能に連結されている。いくつかの実施形態では、肺特異的プロモーターは、ＳｐＢ又はＣＤ１４４である。いくつかの実施形態では、本組成物は、Ｔ細胞誘引ケモカインをさらに含む。
いくつかの実施形態では、抗原送達系は、Ｔ細胞誘引ケモカインをさらにコードする。いくつかの実施形態では、抗原送達系は２つの送達系を含み、第２の送達系はＴ細胞誘引ケモカインをコードする。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞誘引ケモカインは、ＣＣＬ５、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、又はそれらの組み合わせである。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞誘引ケモカインは、肺特異的プロモーターに作動可能に連結されている。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞誘引ケモカインは、汎用プロモーターに作動可能に連結されている。いくつかの実施形態では、本組成物は、Ｔ細胞増殖を促進する組成物をさらに含む。
いくつかの実施形態では、抗原送達系は、Ｔ細胞増殖を促進する組成物をさらにコードする。いくつかの実施形態では、抗原送達系は２つの送達系を含み、第２の送達系はＴ細胞増殖を促進する組成物をコードする。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞増殖を促進する組成物は、ＩＬ－７、ＩＬ－２又はＩＬ－１５である。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞増殖を促進する組成物は、肺特異的プロモーターに作動可能に連結されている。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞増殖を促進する組成物は、汎用プロモーターに作動可能に連結されている。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞誘引ケモカイン及びＴ細胞増殖を促進する組成物は、同じプロモーターによって駆動される。いくつかの実施形態では、ワクチンは、Ｔ細胞誘引ケモカイン及びＴ細胞増殖を促進する組成物を含むペプチドをさらにコードする。いくつかの実施形態では、このペプチドは、肺特異的プロモーターに作動可能に連結されている。いくつかの実施形態では、このペプチドは、汎用プロモーターに作動可能に連結されている。いくつかの実施形態では、肺特異的プロモーターは、ＳｐＢ又はＣＤ１４４である。いくつかの実施形態では、汎用プロモーターはＣＭＶ又はＣＡＧプロモーターである。
いくつかの実施形態では、抗原送達系は分子アジュバントをさらにコードする。いくつかの実施形態では、抗原送達系は２つの送達系を含み、第２の送達系は分子アジュバントをコードする。いくつかの実施形態では、分子アジュバントはＣｐＧである。いくつかの実施形態では、分子アジュバントはＣｐＧポリマーである。いくつかの実施形態では、分子アジュバントはフラジェリンである。いくつかの実施形態では、分子アジュバントはプロモーターに作動可能に連結されている。いくつかの実施形態では、プロモーターは肺特異的プロモーター又は汎用プロモーターである。
いくつかの実施形態では、大きな配列の１つ以上の配列は、リンカーによって分離される。いくつかの実施形態では、大きな配列のそれぞれは、リンカーによって分離される。いくつかの実施形態では、リンカーは、２から１０アミノ酸長である。
いくつかの実施形態では、組換えワクチン組成物はタグを含み、例えば、大きな配列の１つ以上はタグを含む。いくつかの実施形態では、タグはＨｉｓタグである。
本発明はまた、本明細書のワクチン組成物のいずれかを含むｒＶＳＶ－汎ＣｏＶ組換えワクチン組成物を含む。
本発明はまた、本明細書のワクチン組成物のいずれかを含むｒＡｄＶ－汎ＣｏＶ組換えワクチン組成物を含む。
いくつかの実施形態では、本組成物は、ワクチンとして使用するためのものである。いくつかの実施形態では、本組成物は、コロナウイルス感染症及び疾患の防止及び処置のための免疫療法として使用するためのものである。いくつかの実施形態では、本組成物は、対象におけるコロナウイルス疾患を防止するために使用される。いくつかの実施形態では、本組成物は、対象におけるコロナウイルス感染症を予防的に防止するために使用される。いくつかの実施形態では、本組成物は、対象において免疫応答を誘発する。いくつかの実施形態では、本組成物は、汎コロナウイルス組換えワクチン組成物によって誘導される免疫応答を延長し、肺へのＴ細胞遊走を増加させる。
本発明はまた、配列番号１３９～１４７（表１０）を含む汎コロナウイルス組換えワクチン組成物を含む。
非スパイクタンパク質としては、限定するものではないが、エンベロープタンパク質、膜タンパク質、ヌクレオカプシドタンパク質、ＯＲＦ１ａタンパク質、ＯＲＦ１ａｂタンパク質、ＯＲＦ６タンパク質、ＯＲＦ７ａタンパク質、ＯＲＦ７ｂタンパク質、ＯＲＦ８タンパク質などのスパイク以外の任意のコロナウイルスタンパク質が挙げられる。
特定の実施形態では、本発明の組成物、例えば、大きな配列は、１つ以上の保存された標的エピトープ、例えば、１つ以上の保存されたコロナウイルスＢ細胞標的エピトープ、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープ、及び／又は１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープを含む。いくつかの実施形態では、保存された標的エピトープは、配列アラインメント及び分析で同定された５つの最も保存されたエピトープ（そのエピトープタイプ、例えば、Ｂ細胞、ＣＤ４Ｔ細胞、ＣＤ８Ｔ細胞について）のうちの１つであるエピトープである。いくつかの実施形態では、保存された標的エピトープは、配列アラインメント及び分析で同定された１０個の最も保存されたエピトープ（そのエピトープタイプ、例えば、Ｂ細胞、ＣＤ４Ｔ細胞、ＣＤ８Ｔ細胞について）のうちの１つであるエピトープである。いくつかの実施形態では、保存された標的エピトープは、配列アラインメント及び分析で同定された１５個の最も保存されたエピトープ（そのエピトープタイプ、例えば、Ｂ細胞、ＣＤ４Ｔ細胞、ＣＤ８Ｔ細胞について）のうちの１つであるエピトープである。いくつかの実施形態では、保存された標的エピトープは、配列アラインメント及び分析で同定された２０個の最も保存されたエピトープ（そのエピトープタイプ、例えば、Ｂ細胞、ＣＤ４Ｔ細胞、ＣＤ８Ｔ細胞について）のうちの１つであるエピトープである。いくつかの実施形態では、保存された標的エピトープは、配列アラインメント及び分析で同定された２５個の最も保存されたエピトープ（そのエピトープタイプ、例えば、Ｂ細胞、ＣＤ４Ｔ細胞、ＣＤ８Ｔ細胞について）のうちの１つであるエピトープである。いくつかの実施形態では、保存された標的エピトープは、配列アラインメント及び分析で同定された３０個の最も保存されたエピトープ（そのエピトープタイプ、例えば、Ｂ細胞、ＣＤ４Ｔ細胞、ＣＤ８Ｔ細胞について）のうちの１つであるエピトープである。いくつかの実施形態では、保存された標的エピトープは、配列アラインメント及び分析で同定された３５個の最も保存されたエピトープ（そのエピトープタイプ、例えば、Ｂ細胞、ＣＤ４Ｔ細胞、ＣＤ８Ｔ細胞について）のうちの１つであるエピトープである。いくつかの実施形態では、保存された標的エピトープは、配列アラインメント及び分析で同定された４０個の最も保存されたエピトープ（そのエピトープタイプ、例えば、Ｂ細胞、ＣＤ４Ｔ細胞、ＣＤ８Ｔ細胞について）のうちの１つであるエピトープである。いくつかの実施形態では、保存された標的エピトープは、配列アラインメント及び分析で同定された５０個の最も保存されたエピトープ（そのエピトープタイプ、例えば、Ｂ細胞、ＣＤ４Ｔ細胞、ＣＤ８Ｔ細胞について）のうちの１つであるエピトープである。本明細書では、配列アラインメント及び分析の例について説明する。例えば、保存された大きな配列を選択又は同定するための工程又は方法は、まず、特定の数のコロナウイルス配列の配列アラインメント及び分析を行って、分析した配列の群の間の配列類似性又は同一性を決定することを含み得る。いくつかの実施形態では、アラインメントに使用される配列は、ヒト及び動物の配列を含み得る。いくつかの実施形態では、アラインメントに使用される配列としては、現在蔓延している１つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ヒト株又は変異体、以前のヒトのアウトブレイクを引き起こした１つ以上のコロナウイルス、コウモリ、センザンコウ、ジャコウネコ（ｃｉｖｅｔ ｃａｔｓ）、ミンク、ラクダ、及びコロナウイルスを受容する他の動物からなる群から選択される動物から単離される１つ以上のコロナウイルス、又は風邪を引き起こす１つ以上のコロナウイルスが挙げられる。いくつかの実施形態では、保存された大きな配列は、配列アラインメント及び特定数のコロナウイルス配列の分析を行って、分析した配列の群の間の配列類似性又は同一性を決定することによって同定される。保存された大きな配列は、分析で同定された最も高度に保存された配列の中にある配列である。例えば、保存された大きな配列は、同定された２つの最も高度に保存された配列であり得る。いくつかの実施形態では、保存された大きな配列は、同定された５つの最も高度に保存された配列であり得る。いくつかの実施形態では、保存された大きな配列は、同定された８つの最も高度に保存された配列であり得る。いくつかの実施形態では、保存された大きな配列は、同定された１０個の最も高度に保存された配列であり得る。いくつかの実施形態では、保存された大きな配列は、同定された１５個の最も高度に保存された配列であり得る。いくつかの実施形態では、保存された大きな配列は、同定された２０個の最も高度に保存された配列であり得る。いくつかの実施形態では、保存された大きな配列は、同定された３０個の最も高度に保存された配列であり得る。いくつかの実施形態では、保存された大きな配列は、同定された４０個の最も高度に保存された配列であり得る。本発明は、前述の閾値に限定されない。いくつかの実施形態では、５０個以上の配列、１００個以上の配列、２００個以上の配列、３００個以上の配列、４００個以上の配列、５００個以上の配列、１０００個以上の配列、２０００個以上の配列、３０００個以上の配列、４０００個以上の配列、５０００個以上の配列、１０，０００個以上の配列、１５，００個以上の配列、１５，０００個以上の配列などについてのアラインメント及び分析、いくつかの実施形態では、アラインメントに使用される配列は、ヒト及び動物の配列を含み得る。いくつかの実施形態では、アラインメントに使用される配列としては、現在蔓延している１つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ヒト株又は変異体、以前のヒトのアウトブレイクを引き起こした１つ以上のコロナウイルス、コウモリ、センザンコウ、ジャコウネコ（ｃｉｖｅｔ ｃａｔｓ）、ミンク、ラクダ、及びコロナウイルスを受容する他の動物からなる群から選択される動物から単離される１つ以上のコロナウイルス、又は風邪を引き起こす１つ以上のコロナウイルスが挙げられる。いくつかの実施形態では、現在蔓延している１つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ヒト株又は変異体は、Ｂ．１．１７７株、Ｂ．１．１６０株、Ｂ．１．１．７株、Ｂ．１．３５１株、Ｐ．１株、Ｂ．１．４２７／Ｂ．１．４２９株、Ｂ．１．２５８株、Ｂ．１．２２１株、Ｂ．１．３６７株、Ｂ．１．１．２７７株、Ｂ．１．１．３０２株、Ｂ．１．５２５株、Ｂ．１．５２６株、Ｓ：６７７Ｈ株、Ｓ：６７７Ｐ株から選択される。いくつかの実施形態では、風邪を引き起こす１つ以上のコロナウイルスは、２２９Ｅアルファコロナウイルス、ＮＬ６３アルファコロナウイルス、ＯＣ４３ベータコロナウイルス、及びＨＫＵ１ベータコロナウイルスから選択される。本明細書で論じるように、標的エピトープを含む１つ以上の保存された大きな配列は、ヒト及び動物のコロナウイルスの間で高度に保存されている。本明細書の実施形態のいずれにおいても、選択されるエピトープは、（例えば、ＨＬＡ分子への結合についての）結合アッセイにおいて際だったスコアを達成するエピトープであり得る。
特定の実施形態では、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープは、スパイク糖タンパク質、エンベロープタンパク質、ＯＲＦ１ａｂタンパク質、ＯＲＦ７ａタンパク質、ＯＲＦ８ａタンパク質、ＯＲＦ１０タンパク質、又はそれらの組み合わせから選択される。特定の実施形態では、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープは、Ｓ２－１０、Ｓ１２２０－１２２８、Ｓ１０００－１００８、Ｓ９５８－９６６、Ｅ２０－２８、ＯＲＦ１ａｂ１６７５－１６８３、ＯＲＦ１ａｂ２３６３－２３７１、ＯＲＦ１ａｂ３０１３－３０２１、ＯＲＦ１ａｂ３１８３－３１９１、ＯＲＦ１ａｂ５４７０－５４７８、ＯＲＦ１ａｂ６７４９－６７５７、ＯＲＦ７ｂ２６－３４、ＯＲＦ８ａ７３－８１、ＯＲＦ１０３－１１及びＯＲＦ１０５－１３から選択される。特定の実施形態では、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープは、配列番号２～２９から選択される。特定の実施形態では、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープは、配列番号３０～５７から選択される。
特定の実施形態では、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープは、スパイク糖タンパク質、エンベロープタンパク質、膜タンパク質、ヌクレオカプシドタンパク質、ＯＲＦ１ａタンパク質、ＯＲＦ１ａｂタンパク質、ＯＲＦ６タンパク質、ＯＲＦ７ａタンパク質、ＯＲＦ７ｂタンパク質、ＯＲＦ８タンパク質、又はそれらの組み合わせから選択される。特定の実施形態では、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープは、ＯＲＦ１ａ１３５０－１３６５、ＯＲＦ１ａｂ５０１９－５０３３、ＯＲＦ６１２－２６、ＯＲＦ１ａｂ６０８８－６１０２、ＯＲＦ１ａｂ６４２０－６４３４、ＯＲＦ１ａ１８０１－１８１５、Ｓ１－１３、Ｅ２６－４０、Ｅ２０－３４、Ｍ１７６－１９０、Ｎ３８８－４０３、ＯＲＦ７ａ３－１７、ＯＲＦ７ａ１－１５、ＯＲＦ７ｂ８－２２、ＯＲＦ７ａ９８－１１２及びＯＲＦ８１－１５から選択される。特定の実施形態では、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープは、配列番号５８～７３から選択される。特定の実施形態では、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープは、配列番号７４～１０５から選択される。
特定の実施形態では、１つ以上の保存されたコロナウイルスＢ細胞標的エピトープはスパイク糖タンパク質から選択される。特定の実施形態では、１つ以上の保存されたコロナウイルスＢ細胞標的エピトープは、Ｓ２８７－３１７、Ｓ５２４－５９８、Ｓ６０１－６４０、Ｓ８０２－８１９、Ｓ８８８－９０９、Ｓ３６９－３９３、Ｓ４４０－５０１、Ｓ１１３３－１１７２、Ｓ３２９－３６３及びＳ１３－３７から選択される。特定の実施形態では、１つ以上のコロナウイルスＢ細胞標的エピトープは、配列番号１０６～１１６から選択される。特定の実施形態では、１つ以上のコロナウイルスＢ細胞標的エピトープは、配列番号１１７～１３８から選択される。
前述のように、特定の実施形態では、１つ以上の保存されたコロナウイルスＢ細胞標的エピトープは、大きな配列、例えば、全スパイクタンパク質又は部分スパイクタンパク質（例えば、全スパイクタンパク質の一部）の形態である。いくつかの実施形態では、全スパイクタンパク質又はその一部は、その安定化された立体配座にある。特定の実施形態では、スパイクタンパク質（又はその一部）の膜貫通アンカーは、インタクトなＳ１－Ｓ２切断部位を有する。特定の実施形態では、スパイク糖タンパク質は、例えば、安定化のために、アミノ酸位置９８６及び９８７に２つの連続するプロリン置換を有する。特定の実施形態では、スパイクタンパク質又はその一部は、アミノ酸位置Ｔｙｒ－８３にアミノ酸置換を有する。特定の実施形態では、スパイクタンパク質又はその一部は、アミノ酸位置Ｔｙｒ－４８９にアミノ酸置換を有する。特定の実施形態では、スパイクタンパク質又はその一部は、アミノ酸位置Ｇｌｎ－２４にアミノ酸置換を有する。特定の実施形態では、スパイクタンパク質又はその一部は、アミノ酸位置Ａｓｎ－４８７にアミノ酸置換を有する。特定の実施形態では、スパイクタンパク質又はその一部は、Ｔｙｒ－８３、Ｔｙｒ－４８９、Ｇｌｎ－２４、Ｇｌｎ－４９３及びＡｓｎ－４８７のうちの１つ以上にアミノ酸置換を有し、例えば、スパイクタンパク質又はその一部は、Ｔｙｒ－４８９及びＡｓｎ－４８７を含み得、スパイクタンパク質又はその一部は、Ｇｌｎ－４９３を含み得、スパイクタンパク質又はその一部は、Ｔｙｒ－５０５などを含み得る。Ｔｙｒ－４８９及びＡｓｎ－４８７は、ＡＣＥ－２上のＴｙｒ８３及びＧｌｎ－２４との相互作用を助ける。Ｇｌｎ－４９３は、ＡＣＥ－２上のＧｌｕ－３５及びＬｙｓ－３１との相互作用を助ける。Ｔｙｒ－５０５は、ＡＣＥ－２上のＧｌｕ－３７及びＡｒｇ－３９３との相互作用を助ける。
特定の実施形態では、本組成物は、Ｓ１－Ｓ２切断部位に変異６８２－ＲＲＡＲ－６８５→６８２－ＱＱＡＱ－６８５を含む。特定の実施形態では、本組成物は、少なくとも１つのプロリン置換を含む。特定の実施形態では、本組成物は、例えば、位置Ｋ９８６及びＶ９８７に少なくとも２つのプロリン置換を含む。
特定の実施形態では、スパイク糖タンパク質に由来する大きな配列は、ＲＢＤである。特定の実施形態では、スパイク糖タンパク質に由来する大きな配列は、ＮＴＤである。特定の実施形態では、スパイク糖タンパク質に由来する大きな配列は、例えば、ＲＢＤ領域とＮＴＤ領域の両方を含む１つ以上の大きな配列である。特定の実施形態では、スパイク糖タンパク質に由来する大きな配列は、抗体を中和及び遮断することによって認識される。特定の実施形態では、スパイク糖タンパク質に由来する大きな配列は、中和抗体及び遮断抗体を誘導する。特定の実施形態では、スパイク糖タンパク質に由来する大きな配列は、ウイルスを認識して中和する中和抗体及び遮断抗体を誘導する。特定の実施形態では、スパイク糖タンパク質に由来する大きな配列は、スパイクタンパク質を認識する中和及び遮断抗体を誘導する。
特定の実施形態では、リンカーは、例えば、エピトープ間、大きな配列間などで使用される。特定の実施形態では、リンカーは、２～１０アミノ酸長である。特定の実施形態では、リンカーは、３～１２アミノ酸長である。特定の実施形態では、リンカーは、５～１５アミノ酸長である。特定の実施形態では、リンカーは、１０アミノ酸長以上である。リンカーの非限定的な例としては、ＡＡＹ、ＫＫ及びＧＰＧＰＧ（配列番号１８６）が挙げられる。
いくつかの実施形態では、本組成物は、Ｔ４フィブリチン由来のフォルドン三量化ドメインの付加を含む。いくつかの実施形態では、Ｔ４フィブリチン由来のフォルドン三量体化ドメインの添加は、多価ディスプレイによって免疫原性を増加させる。
特定の実施形態では、本組成物は、Ｔ細胞誘引ケモカインをさらに含む。例えば、本組成物は、ＣＣＬ５、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、又はそれらの組み合わせのうちの１つ又はこれらの組み合わせをさらに含み得る。
特定の実施形態では、本組成物は、Ｔ細胞増殖を促進する組成物をさらに含む。例えば、本組成物は、ＩＬ－７、ＩＬ－１５、ＩＬ－２、又はそれらの組み合わせをさらに含み得る。
特定の実施形態では、本組成物は、分子アジュバントをさらに含む。例えば、本組成物は、ＣｐＧ（例えば、ＣｐＧポリマー）又はフラジェリンのうちの１つ又はこれらの組み合わせをさらに含み得る。
特定の実施形態では、本組成物はタグを含む。例えば、大きな配列の１つ以上はタグを含み得る。特定の実施形態では、エピトープは２つ以上の抗原の形態であり、ここで１つ以上の抗原はタグを含む。タグの非限定的な例としては、Ｈｉｓタグが挙げられる。
特定の実施形態では、「抗原送達系」は２つの送達系を指し得、例えば、大きな配列（又は他の成分、例えば、ケモカインなど）の一部は一方の送達系によってコードされ得、大きな配列（又は他の成分）の一部はもう一方の送達系（又は第３の送達系など）によってコードされ得る。
抗原送達系に関して、特定の実施形態では、抗原送達系は水疱性口内炎ウイルス（ＶＳＶ）ベクターである。特定の実施形態では、抗原送達系はアデノウイルス（例えば、Ａｄ２６、Ａｄ５、Ａｄ３５など）である。
大きな配列は、プロモーターに作動可能に連結されている。特定の実施形態では、プロモーターは、汎用プロモーター（例えば、ＣＭＶ、ＣＡＧなど）である。特定の実施形態では、プロモーターは、肺特異的プロモーター（例えば、ＳｐＢ、ＣＤ１４４）である。特定の実施形態では、大きな配列は、同じプロモーターに作動可能に連結されている。特定の実施形態では、大きな配列の１つ以上は、第１のプロモーターに作動可能に連結され、１つ以上の大きな配列は、第２のプロモーターに作動可能に連結されている。特定の実施形態では、大きな配列は、例えば、ある部分は、第１のプロモーターに作動可能に連結され、ある部分は、第２のプロモーターに作動可能に連結されているなど、２つ以上のプロモーターに作動可能に連結されている。特定の実施形態では、大きな配列は、例えば、ある部分は、第１のプロモーターに作動可能に連結され、ある部分は、第２のプロモーターに作動可能に連結され、ある部分は、第３のプロモーターに作動可能に連結されているなど、３つ以上のプロモーターに作動可能に連結されている。特定の実施形態では、第１のプロモーターは、第２のプロモーターと同じである。特定の実施形態では、第２のプロモーターは、第１のプロモーターとは異なる。特定の実施形態では、プロモーターは、汎用プロモーター（例えば、ＣＭＶ、ＣＡＧなど）である。特定の実施形態では、プロモーターは、肺特異的プロモーター（例えば、ＳｐＢ、ＣＤ１４４）プロモーターである。
特定の実施形態では、抗原送達系又は別個の抗原送達系は、Ｔ細胞誘引ケモカインをコードする。特定の実施形態では、抗原送達系又は別個の抗原送達系は、Ｔ細胞増殖を促進する組成物をコードする。特定の実施形態では、抗原送達系又は別個の抗原送達系は、Ｔ細胞誘引ケモカイン及びＴ細胞増殖を促進する組成物の両方をコードする。特定の実施形態では、抗原送達系又は別個の抗原送達系は、分子アジュバントをコードする。特定の実施形態では、抗原送達系又は別個の抗原送達系は、Ｔ細胞誘引ケモカイン、Ｔ細胞増殖を促進する組成物及び分子アジュバントをコードする。特定の実施形態では、抗原送達系又は別個の抗原送達系は、Ｔ細胞誘引ケモカイン及び分子アジュバントをコードする。いくつかの実施形態では、抗原送達系又は別個の抗原送達系は、Ｔ細胞増殖を促進する組成物及び分子アジュバントをコードする。
特定の実施形態では、Ｔ細胞誘引ケモカインは、ＣＣＬ５、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、又はそれらの組み合わせである。特定の実施形態では、Ｔ細胞増殖を促進する組成物は、ＩＬ－７又はＩＬ－１５又はＩＬ－２である。いくつかの実施形態では、分子アジュバントは、ＣｐＧ（例えば、ＣｐＧポリマー）、フラジェリンなど）である。
特定の実施形態では、Ｔ細胞誘引ケモカインは、肺特異的プロモーター（例えば、ＳｐＢ、ＣＤ１４４）に作動可能に連結されている。特定の実施形態では、Ｔ細胞誘引ケモカインは、汎用プロモーター（例えば、ＣＭＶ、ＣＡＧなど）に作動可能に連結されている。特定の実施形態では、Ｔ細胞増殖を促進する組成物は、肺特異的プロモーター（例えば、ＳｐＢ、ＣＤ１４４）に作動可能に連結されている。特定の実施形態では、Ｔ細胞増殖を促進する組成物は、汎用プロモーター（例えば、ＣＭＶ、ＣＡＧなど）に作動可能に連結されている。特定の実施形態では、分子アジュバントは、肺特異的プロモーター（例えば、ＳｐＢ、ＣＤ１４４）に作動可能に連結されている。特定の実施形態では、分子アジュバントは、汎用プロモーター（例えば、ＣＭＶ、ＣＡＧなど）に作動可能に連結されている。特定の実施形態では、Ｔ細胞誘引ケモカイン及びＴ細胞増殖を促進する組成物は、同じプロモーターによって駆動される。特定の実施形態では、Ｔ細胞誘引ケモカイン及びＴ細胞増殖を促進する組成物は、異なるプロモーターによって駆動される。特定の実施形態では、分子アジュバント、Ｔ細胞誘引ケモカイン、及びＴ細胞増殖を促進する組成物は、同じプロモーターによって駆動される。特定の実施形態では、分子アジュバント、Ｔ細胞誘引ケモカイン、及びＴ細胞増殖を促進する組成物は、異なるプロモーターによって駆動される。特定の実施形態では、分子アジュバント及びＴ細胞増殖を促進する組成物は、異なるプロモーターによって駆動される。特定の実施形態では、分子アジュバント及びＴ細胞誘引ケモカインは、異なるプロモーターによって駆動される。
特定の実施形態では、Ｔ細胞誘引ケモカイン及びＴ細胞増殖を促進する組成物は、リンカーによって分離される。特定の実施形態では、リンカーは、Ｔ２Ａを含む。特定の実施形態では、リンカーは、Ｅ２Ａを含む。特定の実施形態では、リンカーは、Ｐ２Ａを含む。特定の実施形態では、リンカーは、Ｔ２Ａ、Ｅ２Ａ及びＰ２Ａから選択される。
抗原送達系に関して、特定の実施形態では、リンカーは、各オープンリーディングフレームの間に配置される。特定の実施形態では、異なるリンカーが、各オープンリーディングフレームの間に配置される。特定の実施形態では、同じリンカーが、特定のオープンリーディングフレームの間で使用され得、異なるリンカーが、他のオープンリーディングフレームの間で使用され得る。
いくつかの実施形態では、本ワクチン組成物は、アデノウイルスを使用して投与される。
本明細書の組成物は、対象のコロナウイルス疾患を防止するために使用され得る。本明細書の組成物は、対象におけるコロナウイルス感染症を予防的に防止するために使用され得る。本明細書の組成物は、対象の免疫応答を誘発するために使用され得る。本明細書における「対象」という用語は、ヒト、非ヒト霊長類、マウス、ラット、ネコ、イヌなどの動物、コロナウイルス感染症にかかりやすい他の動物、又は前臨床モデリングに使用される他の動物を指す場合がある。本明細書の組成物は、汎コロナウイルス組換えワクチン組成物によって誘導される免疫応答を延長し、肺へのＴ細胞遊走を増加させ得る。特定の実施形態では、本組成物は、常在性メモリーＴ細胞（Ｔｒｍ）を誘導する。いくつかの実施形態では、本ワクチン組成物は、コロナウイルス疾患又は感染に対する効率的かつ強力な防御を誘導する。いくつかの実施形態では、本ワクチン組成物は、抗体（Ａｂｓ）、ＣＤ４＋Ｔヘルパー（Ｔｈ１）細胞及びＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）の産生を誘導する。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞増殖を促進する組成物は、長期免疫の促進を助ける。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞誘引ケモカインは、Ｔ細胞を血行路から肺に引き込むのを助ける。
特定の実施形態では、本組成物は、医薬担体をさらに含む。
本発明は、本明細書に記載の任意のワクチン組成物、例えば、ナノ粒子、例えば、脂質ナノ粒子を用いた送達のための上述のワクチン組成物を含む。例えば、本発明は、脂質ナノ粒子にカプセル化された本明細書のワクチン組成物を含む。
本発明は、三量体化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）と、構造タンパク質（例えば、核タンパク質など）及び非構造タンパク質（例えば、Ｎｓｐ４など）から選択される１つ以上の高度に保存されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２配列とを含み、かつ／又はコードする本明細書に記載の組成物を含む。いくつかの実施形態では、三量体化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）配列が、Ｔ４フィブリチン由来のフォルドン三量体化ドメインの付加によって改変される。いくつかの実施形態では、Ｔ４フィブリチン由来のフォルドン三量体化ドメインの添加は、多価ディスプレイによって免疫原性を増加させる。
本発明はまた、本発明の汎コロナウイルス組換えワクチン組成物を製造する方法を特徴とする。
例えば、いくつかの実施形態では、本方法は、少なくとも、１つ以上のコロナウイルスＢ細胞エピトープと、１つ以上のコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞エピトープと、１つ以上のコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープとを含む保存された大きな配列を選択することを含む。他の実施形態では、本方法は、１つ以上のコロナウイルスＢ細胞エピトープと、１つ以上のコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞エピトープと、１つ以上のコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープとを含む少なくとも２つの保存された大きな配列を選択することを含む。少なくとも１つの大きな配列は、非スパイクタンパク質に由来する。本方法は、選択された大きな配列を含む１又は複数の抗原を合成することをさらに含む。いくつかの実施形態では、本方法は、１つ以上のコロナウイルスＢ細胞エピトープと、１つ以上のコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞エピトープと、１つ以上のコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープとを含む、１つ以上の保存された大きな配列を選択することを含む。少なくとも１つの大きな配列は、非スパイクタンパク質に由来する。本方法は、選択された大きな配列を含む１又は複数の抗原を合成することをさらに含む。いくつかの実施形態では、本方法は、本ワクチン組成物を医薬担体に導入することをさらに含む。１つ以上の保存された大きな配列を選択するための工程は、本明細書に開示されている。組換えタンパク質を合成する方法は、当業者に周知である。ワクチン組成物は、本明細書に開示される。いくつかの実施形態では、本ワクチン組成物は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、修飾ＲＮＡ、タンパク質（又はペプチド）、又はそれらの組み合わせの形態である。
いくつかの実施形態では、本方法は、１つ以上のコロナウイルスＢ細胞エピトープと、１つ以上のコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞エピトープと、１つ以上のコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープとを含む、少なくとも１つの保存された大きな配列を選択することを含む。少なくとも１つの大きな配列は、非スパイクタンパク質に由来する。本方法は、選択された大きな配列をコードする抗原送達系を合成することをさらに含む。いくつかの実施形態では、本方法は、本ワクチン組成物を医薬担体に導入することをさらに含む。１つ以上の保存された大きな配列を選択するための工程は、本明細書に開示されている。抗原送達系を合成する方法は、当業者に周知である。ワクチン組成物は、本明細書に開示される。いくつかの実施形態では、本ワクチン組成物は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、修飾ＲＮＡ、タンパク質（又はペプチド）、又はそれらの組み合わせの形態である。
一例として、保存された大きな配列を選択又は同定するための工程又は方法は、まず、特定数のコロナウイルス配列、例えば、５０個以上の配列、１００個以上の配列、２００個以上の配列、３００個以上の配列、４００個以上の配列、５００個以上の配列、１０００個以上の配列、２０００個以上の配列、３０００個以上の配列、４０００個以上の配列、５０００個以上の配列、１０，０００個以上の配列、１５，００個以上の配列、１５，０００個以上の配列など、の配列アラインメント及び分析を行って、分析した配列の群の間の配列類似性又は同一性を決定することを含み得る。いくつかの実施形態では、アラインメントに使用される配列は、ヒト及び動物の配列を含み得る。いくつかの実施形態では、アラインメントに使用される配列としては、現在蔓延している１つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ヒト株又は変異体、以前のヒトのアウトブレイクを引き起こした１つ以上のコロナウイルス、コウモリ、センザンコウ、ジャコウネコ（ｃｉｖｅｔ ｃａｔｓ）、ミンク、ラクダ、及びコロナウイルスを受容する他の動物からなる群から選択される動物から単離される１つ以上のコロナウイルス、又は風邪を引き起こす１つ以上のコロナウイルスが挙げられる。いくつかの実施形態では、現在蔓延している１つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ヒト株又は変異体は、Ｂ．１．１７７株、Ｂ．１．１６０株、Ｂ．１．１．７株、Ｂ．１．３５１株、Ｐ．１株、Ｂ．１．４２７／Ｂ．１．４２９株、Ｂ．１．２５８株、Ｂ．１．２２１株、Ｂ．１．３６７株、Ｂ．１．１．２７７株、Ｂ．１．１．３０２株、Ｂ．１．５２５株、Ｂ．１．５２６株、Ｓ：６７７Ｈ株、Ｓ：６７７Ｐ株から選択される。いくつかの実施形態では、風邪を引き起こす１つ以上のコロナウイルスは、２２９Ｅアルファコロナウイルス、ＮＬ６３アルファコロナウイルス、ＯＣ４３ベータコロナウイルス、及びＨＫＵ１ベータコロナウイルスから選択される。いくつかの実施形態では、保存された大きな配列は、アラインメントの際に同定された大きな配列のうちの最も高度に保存された２つの配列と見なされ得る。いくつかの実施形態では、保存された大きな配列は、アラインメントの際に同定された大きな配列のうちの最も高度に保存された５つの配列と見なされ得る。いくつかの実施形態では、保存された大きな配列は、アラインメントの際に同定された大きな配列のうちの最も高度に保存された１０個の配列と見なされ得る。いくつかの実施形態では、保存された大きな配列は、アラインメントの際に同定された大きな配列のうちの最も高度に保存された１５個の配列と見なされ得る。
本発明はまた、コロナウイルス疾患を防止するための方法を特徴とする。本方法は、治療有効量の本発明による汎コロナウイルス組換えワクチン組成物を対象に投与することを含み、本組成物は、対象において免疫応答を誘発し、コロナウイルス疾患の防止を助ける。
本発明はまた、対象におけるコロナウイルス感染症を予防的に防止するための方法を特徴とする。いくつかの実施形態では、本方法は、予防有効量の本発明による汎コロナウイルス組換えワクチン組成物を対象に投与することを含み、本ワクチン組成物はコロナウイルス感染症を防止する。
本発明はまた、対象において免疫応答を誘発する方法であって、対象に本発明による組成物を投与することを含み、本ワクチン組成物が対象において免疫応答を誘発する、方法を特徴とする。本発明はまた、本発明による汎コロナウイルス組換えワクチン組成物を対象に投与することを含む方法であって、本組成物が、肺、脳、及びウイルスが複製する他の部分におけるウイルス複製を防止する、方法を特徴とする。本発明はまた、本発明による汎コロナウイルス組換えワクチン組成物を対象に投与することを含む方法であって、本組成物が、肺、脳、及びウイルスが複製する他の部分におけるサイトカインストームを防止する、方法を特徴とする。本発明はまた、本発明による汎コロナウイルス組換えワクチン組成物を対象に投与することを含む方法であって、本組成物が、肺、脳、及びウイルスが複製する他の部分における炎症又は炎症応答を防止する、方法を特徴とする。本発明はまた、本発明による汎コロナウイルス組換えワクチン組成物を対象に投与することを含む方法であって、本組成物が、肺、脳、及びウイルスが複製する他の部分におけるＴ細胞のホーミング及び保持を改善する、方法を特徴とする。本発明はまた、対象におけるコロナウイルス疾患を防止するための方法であって、本発明による汎コロナウイルス組換えワクチン組成物を対象に投与することを含み、本組成物がメモリーＢ細胞及びＴ細胞を誘導する、方法を特徴とする。本発明はまた、汎コロナウイルス組換えワクチンによって誘導される免疫応答を延長し、肺へのＴ細胞遊走を増加させる方法であって、Ｔ細胞誘引ケモカイン、Ｔ細胞増殖を促進する組成物、及び本発明による汎コロナウイルス組換えワクチンを共発現させることを含む、方法を特徴とする。本発明はまた、汎コロナウイルスワクチンによって誘導されたメモリーＴ細胞の肺内への保持を延長し、ウイルス特異的組織常在メモリーＴ細胞（ＴＲＭ細胞）を増加させる方法であって、Ｔ細胞誘引ケモカイン、Ｔ細胞増殖を促進する組成物、及び本発明による汎コロナウイルス組換えワクチンを共発現させることを含む、方法を特徴とする。本発明はまた、本発明による汎コロナウイルス組換えワクチン組成物を対象に投与することを含む方法であって、本組成物がコロナウイルスの突然変異体及び変異体の発生を防止する、方法を特徴とする。
簡潔にするために、前述の方法で言及されるワクチン組成物は、前述のワクチン組成物、以下に記載される実施形態、及び図中の実施形態を含むことに留意されたい。
いくつかの実施形態では、本ワクチン組成物は、静脈内経路（ｉ．ｖ．）、鼻腔内経路（ｉ．ｎ．）、又は舌下経路（ｓ．ｌ．）経路を介して投与される。
いくつかの実施形態では、本ワクチン組成物は、アデノウイルス又は他の適切な送達系を使用して投与される。
前述のように、本明細書の組成物は、対象のコロナウイルス疾患を防止するために使用され得る。本明細書の組成物は、対象におけるコロナウイルス感染症を予防的に防止するために使用され得る。本明細書の組成物は、対象の免疫応答を誘発するために使用され得る。本明細書における「対象」という用語は、ヒト、非ヒト霊長類、マウス、ラット、ネコ、イヌなどの動物、コロナウイルス感染症にかかりやすい他の動物、又は前臨床モデリングに使用される他の動物を指す場合がある。本明細書の組成物は、汎コロナウイルス組換えワクチン組成物によって誘導される免疫応答を延長し、肺へのＴ細胞遊走を増加させ得る。特定の実施形態では、本組成物は、常在性メモリーＴ細胞（Ｔｒｍ）を誘導する。いくつかの実施形態では、本ワクチン組成物は、コロナウイルス疾患又は感染に対する効率的かつ強力な防御を誘導する。いくつかの実施形態では、本ワクチン組成物は、抗体（Ａｂｓ）、ＣＤ４＋Ｔヘルパー（Ｔｈ１）細胞及びＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）の産生を誘導する。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞増殖を促進する組成物は、長期免疫の促進を助ける。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞誘引ケモカインは、Ｔ細胞を血行路から肺に引き込むのを助ける。
本発明はまた、オリゴヌクレオチド組成物を特徴とする。例えば、本発明は、配列表に開示されているオリゴヌクレオチドを含む。本発明はまた、抗原送達系の形態のオリゴヌクレオチドを含む。本発明はまた、本明細書に開示される保存された大きな配列をコードするオリゴヌクレオチドを含む。本発明はまた、本発明によるワクチン組成物のいずれかをコードする１つ以上のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドはＤＮＡを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは修飾ＤＮＡを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドはＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは修飾ＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドはｍＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは修飾ｍＲＮＡを含む。
本発明はまた、ペプチド組成物を特徴とする。例えば、本発明は、配列表に開示されているペプチドを含む。本発明はまた、本発明によるワクチン組成物のいずれかを含むペプチド組成物を含む。本発明はまた、本発明による保存された大きな配列のいずれかを含むペプチド組成物を含む。
簡潔にするために、前述のオリゴヌクレオチド及びペプチド組成物で言及されるワクチン組成物は、前述のワクチン組成物、以下に記載される実施形態、及び図中の実施形態を含むことに留意されたい。
本発明はまた、配列番号１３９～１４７（表９）を含む汎コロナウイルス組換えワクチン組成物を特徴とする。
本発明はまた、配列番号１３９～１４７（表９）と少なくとも９９％同一の汎コロナウイルス組換えワクチン組成物を特徴とする。
本発明はまた、第１の送達系を使用して第１の全コロナウイルス組換えワクチン用量を投与すること、及び第２の送達系を使用して第２のワクチン用量を投与することを含む方法であって、第１及び第２の送達系は異なる、方法を特徴とする。いくつかの実施形態では、第１の送達系は、ＲＮＡ、修飾ｍＲＮＡ又はペプチド送達系を含み得る。いくつかの実施形態では、第２の送達系は、ＲＮＡ、修飾ｍＲＮＡ又はペプチド送達系を含み得る。いくつかの実施形態では、ペプチド送達系はアデノウイルスである。いくつかの実施形態では、アデノウイルス送達系は、Ａｄ２６、Ａｄ５、Ａｄ３５、又はそれらの組み合わせである。いくつかの実施形態では、ペプチド送達系は、水疱性口内炎ウイルス（ＶＳＶ）ベクターである。いくつかの実施形態では、第２のワクチン用量は、第１のワクチン用量の１４日後に投与される。
本発明はまた、本発明による汎コロナウイルス組換えワクチン組成物を投与すること、及び汎コロナウイルス組換えワクチン組成物を投与した後に、少なくとも１つのＴ細胞誘引ケモカインを投与することを含む方法を特徴とする。いくつかの実施形態では、本ワクチン組成物は、ＲＮＡ、修飾ｍＲＮＡ、又はペプチド送達系を介して投与される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞誘引ケモカインは、ＲＮＡ、修飾ｍＲＮＡ、又はペプチド送達系を介して投与される。いくつかの実施形態では、ペプチド送達系はアデノウイルスである。いくつかの実施形態では、アデノウイルス送達系は、Ａｄ２６、Ａｄ５、Ａｄ３５、又はそれらの組み合わせである。いくつかの実施形態では、ペプチド送達系は、水疱性口内炎ウイルス（ＶＳＶ）ベクターである。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞誘引ケモカインは、本ワクチン組成物の投与の８日後に投与される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞誘引ケモカインは、本ワクチン組成物の投与の１４日後に投与される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞誘引ケモカインは、本ワクチン組成物の投与の３０日後に投与される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞誘引ケモカインは、ＣＣＬ５、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、又はそれらの組み合わせである。
本発明はまた、本発明による汎コロナウイルス組換えワクチン組成物を投与すること、汎コロナウイルス組換えワクチン組成物を投与した後に、少なくとも１つのＴ細胞誘引ケモカインを投与すること、及びＴ細胞誘引ケモカインを投与した後に、少なくとも１つのサイトカインを投与することを含む方法を特徴とする。いくつかの実施形態では、本ワクチン組成物は、ＲＮＡ、修飾ｍＲＮＡ、又はペプチド送達系を介して投与される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞誘引ケモカインは、ＲＮＡ、修飾ｍＲＮＡ、又はペプチド送達系を介して投与される。いくつかの実施形態では、サイトカインは、ＲＮＡ、修飾ｍＲＮＡ又はペプチド送達系を介して投与される。いくつかの実施形態では、ペプチド送達系はアデノウイルスである。いくつかの実施形態では、アデノウイルス送達系は、Ａｄ２６、Ａｄ５、Ａｄ３５、又はそれらの組み合わせである。いくつかの実施形態では、ペプチド送達系は、水疱性口内炎ウイルス（ＶＳＶ）ベクターである。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞誘引ケモカインは、本ワクチン組成物の投与の１４日後に投与される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞誘引ケモカインは、ＣＣＬ５、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、又はそれらの組み合わせである。いくつかの実施形態では、サイトカインは、Ｔ細胞誘引ケモカインの投与の１０日後に投与される。いくつかの実施形態では、サイトカインは、ＩＬ－７、ＩＬ－１５、ＩＬ２又はそれらの組み合わせである。
本発明はまた、本発明による汎コロナウイルス組換えワクチン組成物を投与すること、汎コロナウイルス組換えワクチン組成物を投与した後に、１つ以上のＴ細胞誘引ケモカインを投与すること、及び１つ以上の粘膜ケモカインを投与することを含む方法を特徴とする。いくつかの実施形態では、本ワクチン組成物は、アデノウイルスを使用して投与される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞誘引ケモカインは、ＲＮＡ、修飾ｍＲＮＡ、若しくはペプチド送達系、又は他の送達系を介して投与される。いくつかの実施形態では、粘膜ケモカインは、ＲＮＡ、修飾ｍＲＮＡ、又はペプチド送達系、又は他の送達系を介して投与される。いくつかの実施形態では、アデノウイルスは、Ａｄ２６、Ａｄ５、Ａｄ３５、又はそれらの組み合わせである。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞誘引ケモカインは、本ワクチン組成物の投与の１４日後に投与される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞誘引ケモカインは、ＣＣＬ５、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、又はそれらの組み合わせである。いくつかの実施形態では、粘膜ケモカインは、Ｔ細胞誘引ケモカインの投与の１０日後に投与される。いくつかの実施形態では、粘膜ケモカインは、ＣＣＬ２５、ＣＣＬ２８、ＣＸＣＬ１４、若しくはＣＸＣＬ１７、又はそれらの組み合わせである。
簡潔にするために、前述の方法で言及されるワクチン組成物は、前述のワクチン組成物、以下に記載される実施形態、及び図中の実施形態を含むことに留意されたい。
前述のように、いくつかの実施形態では、本ワクチン組成物は、ヒトに使用するためのものである。いくつかの実施形態では、本ワクチン組成物は、動物、例えば、ネコ、イヌなどに使用するためのものである。いくつかの実施形態では、本ワクチン組成物は、ヒトＣＸＣＬ－１１及び／又はヒトＩＬ－７（又はＩＬ－１５、ＩＬ－２）を含む。いくつかの実施形態では、本ワクチン組成物は、動物ＣＬＣＬ－１１及び／又は動物ＩＬ－７（又はＩＬ－１５、ＩＬ－２）を含む。
本発明は、ｒＶＳＶ－汎ＣｏＶワクチン組成物の形態のワクチン組成物を含む。本発明は、ｒＡｄＶ－汎ＣｏＶワクチン組成物の形態のワクチン組成物を含む。
本発明はまた、本明細書のワクチン組成物に使用するための核酸を含む。本発明はまた、本明細書のワクチン組成物に使用するためのベクターを含む。本発明はまた、本明細書のワクチン組成物に使用するための融合タンパク質を含む。本発明はまた、本明細書のワクチン組成物に使用するための免疫原性組成物を含む。
本明細書のワクチン組成物は、１８歳から５５歳の成人において、高レベルのウイルス遮断抗体及びウイルス中和抗体、並びにＣＤ４＋Ｔ細胞及びＣＤ８＋Ｔ細胞の両方を誘発するように設計され得る。本明細書のワクチン組成物は、５５歳から６５歳の成人において、高レベルのウイルス遮断抗体及びウイルス中和抗体、並びにＣＤ４＋Ｔ細胞及びＣＤ８＋Ｔ細胞の両方を誘発するように設計され得る。本明細書のワクチン組成物は、６５歳から８５歳の成人において、高レベルのウイルス遮断抗体及びウイルス中和抗体、並びにＣＤ４＋Ｔ細胞及びＣＤ８＋Ｔ細胞の両方を誘発するように設計され得る。本明細書のワクチン組成物は、８５歳から１００歳の成人において、高レベルのウイルス遮断抗体及びウイルス中和抗体、並びにＣＤ４＋Ｔ細胞及びＣＤ８＋Ｔ細胞の両方を誘発するように設計され得る。本明細書のワクチン組成物は、１２歳から１８歳の小児において高レベルのウイルス遮断抗体及びウイルス中和抗体、並びにＣＤ４＋Ｔ細胞及びＣＤ８＋Ｔ細胞の両方を誘発するように設計され得る。本明細書のワクチン組成物は、１２歳未満の小児において高レベルのウイルス遮断抗体及びウイルス中和抗体、並びにＣＤ４＋Ｔ細胞及びＣＤ８＋Ｔ細胞の両方を誘発するように設計され得る。
本発明は、ワクチン組成物に限定されない。例えば、特定の実施形態では、１つ以上の保存された大きな配列が、コロナウイルスの検出及び／又はコロナウイルス感染症の診断に使用される。
前述のように、いくつかの実施形態では、１つ以上の保存された大きな配列は、ヒト及び動物のコロナウイルス間で高度に保存されている。いくつかの実施形態では、保存された大きな配列は、特定数のコロナウイルス配列の配列アラインメント及び分析において同定された最も高度に保存された大きな配列の１つである。例えば、保存された大きな配列は、同定された２つの最も高度に保存された大きな配列であり得る。いくつかの実施形態では、保存された大きな配列は、同定された５つの最も高度に保存された大きな配列であり得る。いくつかの実施形態では、保存された大きな配列は、同定された８つの最も高度に保存された大きな配列であり得る。いくつかの実施形態では、保存された大きな配列は、同定された１０個の最も高度に保存された大きな配列であり得る。いくつかの実施形態では、保存された大きな配列は、同定された１５個の最も高度に保存された大きな配列であり得る。いくつかの実施形態では、保存された大きな配列は、同定された２０個の最も高度に保存された大きな配列であり得る。いくつかの実施形態では、保存された大きな配列は、同定された３０個の最も高度に保存された大きな配列であり得る。いくつかの実施形態では、保存された大きな配列は、同定された４０個の最も高度に保存された大きな配列であり得る。いくつかの実施形態では、１つ以上の保存された大配列、いくつかの実施形態では、保存された大配列は、同定された５つの最も高度に保存された大配列であり得、少なくとも１つのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質に由来する。いくつかの実施形態では、１つ以上の保存された、いくつかの実施形態では、保存された大きな配列は、同定された５つの最も高度に保存された大きな配列であり得、現在蔓延している１つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ヒト株又は変異体、以前のヒトのアウトブレイクを引き起こした１つ以上のコロナウイルス、コウモリ、センザンコウ、ジャコウネコ（ｃｉｖｅｔ ｃａｔｓ）、ミンク、ラクダ、及びコロナウイルスを受容する他の動物からなる群から選択される動物から単離される１つ以上のコロナウイルス、又は風邪を引き起こす１つ以上のコロナウイルス、のうちの１つ以上のものに由来する。いくつかの実施形態では、現在蔓延している１つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ヒト株又は変異体は、Ｂ．１．１７７株、Ｂ．１．１６０株、Ｂ．１．１．７株、Ｂ．１．３５１株、Ｐ．１株、Ｂ．１．４２７／Ｂ．１．４２９株、Ｂ．１．２５８株、Ｂ．１．２２１株、Ｂ．１．３６７株、Ｂ．１．１．２７７株、Ｂ．１．１．３０２株、Ｂ．１．５２５株、Ｂ．１．５２６株、Ｓ：６７７Ｈ株、Ｓ：６７７Ｐ株から選択される。いくつかの実施形態では、風邪を引き起こす１つ以上のコロナウイルスは、２２９Ｅアルファコロナウイルス、ＮＬ６３アルファコロナウイルス、ＯＣ４３ベータコロナウイルス、及びＨＫＵ１ベータコロナウイルスから選択される。いくつかの実施形態では、本ワクチン組成物はヒト用である。いくつかの実施形態では、本ワクチン組成物は動物用である。
本発明はまた、汎コロナウイルス組成物を作製する方法であって、本発明による少なくとも１つの大きな配列を選択すること、及び選択された大きな配列を含む１つ以上の抗原を合成することを含む、方法を特徴とする。本発明はまた、汎コロナウイルス組成物を作製する方法であって、少なくとも１つの保存された大きな配列を選択すること、及び選択された大きな配列をコードする抗原送達系を合成することを含む、方法を特徴とする。
本発明はまた、汎コロナウイルス組換えワクチン組成物を含み、本組成物は、１つ以上の大きな配列を含み、当該１つ以上の大きな配列の各々は、全スパイクタンパク質又はその一部、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープ、及び１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープのうちの少なくとも１つを含み、少なくとも１つのエピトープが非スパイクタンパク質に由来する。
いくつかの実施形態では、１つ以上の保存されたエピトープは、ヒト及び動物のコロナウイルスの間で高度に保存されている。いくつかの実施形態では、１つ以上の保存されたエピトープは、少なくとも１つのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質に由来する。いくつかの実施形態では、本組成物は、２～２０個のＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープを含む。いくつかの実施形態では、本組成物は、２～２０個のＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープを含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープは、配列番号５８～１０５（ＯＲＦ１ａ１３５０－１３６５、ＯＲＦ１ａｂ５０１９－５０３３、ＯＲＦ６１２－２６、ＯＲＦ１ａｂ６０８８－６１０２、ＯＲＦ１ａｂ６４２０－６４３４、ＯＲＦ１ａ１８０１－１８１５、Ｓ１－１３、Ｅ２６－４０、Ｅ２０－３４、Ｍ１７６－１９０、Ｎ３８８－４０３、ＯＲＦ７ａ３－１７、ＯＲＦ７ａ１－１５、ＯＲＦ７ｂ８－２２、ＯＲＦ７ａ９８－１１２及びＯＲＦ８１－１５）から選択される。いくつかの実施形態では、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープは、配列番号１０６～１３８（Ｓ２８７－３１７、Ｓ５２４－５９８、Ｓ６０１－６４０、Ｓ８０２－８１９、Ｓ８８８－９０９、Ｓ３６９－３９３、Ｓ４４０－５０１、Ｓ１１３３－１１７２、Ｓ３２９－３６３、及びＳ１３－３７）から選択される。
本発明はまた、１つ以上の大きな配列を含む汎コロナウイルス組換えワクチン組成物であって、１つ以上の大きな配列のそれぞれが、１つ以上の保存されたコロナウイルスＢ細胞標的エピトープ、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープ、及び／又は１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープ、のうちの少なくとも１つを含み、少なくとも１つのエピトープが非スパイクタンパク質に由来する、汎コロナウイルス組換えワクチン組成物を特徴とする。
いくつかの実施形態では、１つ以上の保存されたエピトープは、少なくとも１つのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質に由来する。いくつかの実施形態では、本組成物は、２～２０個のＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープを含む。いくつかの実施形態では、本組成物は、２～２０個のＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープを含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープは、配列番号５８～１０５（ＯＲＦ１ａ１３５０－１３６５、ＯＲＦ１ａｂ５０１９－５０３３、ＯＲＦ６１２－２６、ＯＲＦ１ａｂ６０８８－６１０２、ＯＲＦ１ａｂ６４２０－６４３４、ＯＲＦ１ａ１８０１－１８１５、Ｓ１－１３、Ｅ２６－４０、Ｅ２０－３４、Ｍ１７６－１９０、Ｎ３８８－４０３、ＯＲＦ７ａ３－１７、ＯＲＦ７ａ１－１５、ＯＲＦ７ｂ８－２２、ＯＲＦ７ａ９８－１１２及びＯＲＦ８１－１５）から選択される。
いくつかの実施形態では、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープは、配列番号１０６～１３８（Ｓ２８７－３１７、Ｓ５２４－５９８、Ｓ６０１－６４０、Ｓ８０２－８１９、Ｓ８８８－９０９、Ｓ３６９－３９３、Ｓ４４０－５０１、Ｓ１１３３－１１７２、Ｓ３２９－３６３、及びＳ１３－３７）から選択される。
いくつかの実施形態では、１つ以上の保存されたコロナウイルスＢ細胞標的エピトープは、配列番号２～５７（Ｓ２－１０、Ｓ１２２０－１２２８、Ｓ１０００－１００８、Ｓ９５８－９６６、Ｅ２０－２８、ＯＲＦ１ａｂ１６７５－１６８３、ＯＲＦ１ａｂ２３６３－２３７１、ＯＲＦ１ａｂ３０１３－３０２１、ＯＲＦ１ａｂ３１８３－３１９１、ＯＲＦ１ａｂ５４７０－５４７８、ＯＲＦ１ａｂ６７４９－６７５７、ＯＲＦ７ｂ２６－３４、ＯＲＦ８ａ７３－８１、ＯＲＦ１０３－１１及びＯＲＦ１０５－１３）から選択される。
本発明はまた、１つ以上の大きな配列をコードする抗原送達系を含む汎コロナウイルス組換えワクチン組成物であって、大きな配列が、１つ以上の保存されたコロナウイルスＢ細胞標的エピトープ、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープ、及び／又は１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープ、のうちの少なくとも１つを含み、少なくとも１つのエピトープが非スパイクタンパク質に由来する、汎コロナウイルス組換えワクチン組成物を特徴とする。
いくつかの実施形態では、抗原送達系は、アデノウイルス系の抗原送達系である。いくつかの実施形態では、アデノウイルス系の抗原送達系は、Ａｄ２６、Ａｄ５、Ａｄ３５又はそれらの組み合わせである。いくつかの実施形態では、抗原送達系は、Ｔ細胞誘引ケモカインをさらにコードする。いくつかの実施形態では、抗原送達系は、Ｔ細胞増殖を促進する組成物をさらにコードする。いくつかの実施形態では、抗原送達系は、分子アジュバントをさらにコードする。いくつかの実施形態では、大きな配列は、肺特異的プロモーターに作動可能に連結されている。
いくつかの実施形態では、１つ以上の保存されたコロナウイルスＢ細胞標的エピトープは、配列番号２～５７（Ｓ２－１０、Ｓ１２２０－１２２８、Ｓ１０００－１００８、Ｓ９５８－９６６、Ｅ２０－２８、ＯＲＦ１ａｂ１６７５－１６８３、ＯＲＦ１ａｂ２３６３－２３７１、ＯＲＦ１ａｂ３０１３－３０２１、ＯＲＦ１ａｂ３１８３－３１９１、ＯＲＦ１ａｂ５４７０－５４７８、ＯＲＦ１ａｂ６７４９－６７５７、ＯＲＦ７ｂ２６－３４、ＯＲＦ８ａ７３－８１、ＯＲＦ１０３－１１及びＯＲＦ１０５－１３）から選択される。いくつかの実施形態では、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープは、配列番号５８～１０５（ＯＲＦ１ａ１３５０－１３６５、ＯＲＦ１ａｂ５０１９－５０３３、ＯＲＦ６１２－２６、ＯＲＦ１ａｂ６０８８－６１０２、ＯＲＦ１ａｂ６４２０－６４３４、ＯＲＦ１ａ１８０１－１８１５、Ｓ１－１３、Ｅ２６－４０、Ｅ２０－３４、Ｍ１７６－１９０、Ｎ３８８－４０３、ＯＲＦ７ａ３－１７、ＯＲＦ７ａ１－１５、ＯＲＦ７ｂ８－２２、ＯＲＦ７ａ９８－１１２及びＯＲＦ８１－１５）から選択される。いくつかの実施形態では、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープは、配列番号１０６～１３８（Ｓ２８７－３１７、Ｓ５２４－５９８、Ｓ６０１－６４０、Ｓ８０２－８１９、Ｓ８８８－９０９、Ｓ３６９－３９３、Ｓ４４０－５０１、Ｓ１１３３－１１７２、Ｓ３２９－３６３、及びＳ１３－３７）から選択される。
いくつかの実施形態では、部分スパイクタンパク質は、三量体化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）を含む。いくつかの実施形態では、全スパイクタンパク質又は部分スパイクタンパク質は、インタクトなＳ１－Ｓ２切断部位を有する。いくつかの実施形態では、スパイクタンパク質は、アミノ酸位置９８６及び９８７におけるプロリン置換によって安定化される。
本発明はまた、配列番号１３９～１４７のうちの１つを含む汎コロナウイルス組換えワクチン組成物を特徴とする。
本発明はまた、本明細書のタンパク質配列のいずれかに対する対応する核酸配列を含む。本発明はまた、本明細書の核酸配列のいずれかに対応するタンパク質配列を含む。
本明細書の実施形態は、全スパイクタンパク質又はスパイクタンパク質の一部を含み得る。全スパイクタンパク質及びその一部は、野生型又は元の配列に限定されず、例えば、点突然変異、欠失などの１つ以上の改変及び／又は突然変異、安定性を改善するための突然変異などの本明細書に記載の突然変異などを有するスパイクタンパク質又はその一部を含み得る。
本発明の実施形態は、互いに排他的でない場合、互いに自由に組み合わせることができる。
本明細書に記載の任意の特徴又は特徴の組み合わせは、任意のそのような組み合わせに含まれる特徴が、文脈、本明細書、及び当業者の知識から明らかな形で相互に矛盾しない限り、本発明の範囲内に含まれる。本発明のさらなる利点及び態様は、以下の詳細な説明及び特許請求の範囲において明らかである。
本発明の特徴及び利点は、添付の図面に関連して提示される以下の詳細な説明の考察から明らかになるであろう。
用語
特に説明しない限り、本明細書で使用されるすべての技術用語及び科学用語は、開示された発明が属する技術分野の当業者によって一般的に理解されるのと同じ意味を有する。単数形の用語「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」は、文脈が明らかにそうでないことを示さない限り、複数の指示対象を含む。同様に、「又は」という単語は、文脈が明らかにそうでないことを示さない限り、「及び」を含むことを意図している。「を含み（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」という用語は、提示された定義された要素に加えて他の要素も存在し得ることを意味する。「を含み」の使用は、限定ではなく包含を示す。別の言い方をすれば、用語「を含み」は「主に含むが、必ずしも必要ではない」を意味する。さらに、「ｃｏｍｐｒｉｓｅ」及び「ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ」などの単語「ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ」の変化は、相応して同じ意味を有する。ある点において、本明細書に記載される技術は、本発明に必須であるとして、本明細書に記載される組成物、方法、及びそのそれぞれの成分に関連するが、必須であるか否か（「を含み」）にかかわらず、不特定の要素を含めることに対して開かれている。
特に説明しない限り、本明細書で使用されるすべての技術用語及び科学用語は、開示された発明が属する技術分野の当業者によって一般的に理解されるのと同じ意味を有する。単数形の用語「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」は、文脈が明らかにそうでないことを示さない限り、複数の指示対象を含む。同様に、「又は」という単語は、文脈が明らかにそうでないことを示さない限り、「及び」を含むことを意図している。「を含み（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」という用語は、提示された定義された要素に加えて他の要素も存在し得ることを意味する。「を含み」の使用は、限定ではなく包含を示す。別の言い方をすれば、用語「を含み」は「主に含むが、必ずしも必要ではない」を意味する。さらに、「ｃｏｍｐｒｉｓｅ」及び「ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ」などの単語「ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ」の変化は、相応して同じ意味を有する。ある点において、本明細書に記載される技術は、本発明に必須であるとして、本明細書に記載される組成物、方法、及びそのそれぞれの成分に関連するが、必須であるか否か（「を含み」）にかかわらず、不特定の要素を含めることに対して開かれている。
本開示の実施形態の実施及び／又は試験のための適切な方法及び材料を以下に記載する。かかる方法及び材料は例示にすぎず、限定することを意図するものではない。本明細書に記載される方法及び材料と類似又は同等の他の方法及び材料を使用することができる。例えば、本開示が関係する当技術分野で周知の従来の方法は、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，２ｄ ｅｄ．，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，１９８９、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，３ｄ ｅｄ．，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ，２００１、Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｇｒｅｅｎｅ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ａｓｓｏｃｉａｔｅｓ，１９９２（及び２０００年の補遺）、Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｓｈｏｒｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ：Ａ Ｃｏｍｐｅｎｄｉｕｍ ｏｆ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｆｒｏｍ Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，４ｔｈ ｅｄ．，Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，１９９９、Ｈａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｌａｎｅ，Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，１９９０、及び、Ｈａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｌａｎｅ，Ｕｓｉｎｇ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，１９９９、Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌ．１８５，ｅｄｉｔｅｄ ｂｙ Ｄ．Ｇｏｅｄｄｅｌ，１９９１．Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆ．）、’’Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ’’ｉｎ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ（Ｍ．Ｐ．Ｄｅｕｔｓｈｃｅｒ，ｅｄ．，（１９９０）Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．）、ＰＣＲ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ：Ａ Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ（Ｉｎｎｉｓ，ｅｔ ａｌ．１９９０．Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆ．）、Ｃｕｌｔｕｒｅ ｏｆ Ａｎｉｍａｌ Ｃｅｌｌｓ：Ａ Ｍａｎｕａｌ ｏｆ Ｂａｓｉｃ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅ，２ｎｄ Ｅｄ．（Ｒ．Ｉ．Ｆｒｅｓｈｎｅｙ．１９８７．Ｌｉｓｓ，Ｉｎｃ．Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．）、Ｇｅｎｅ Ｔｒａｎｓｆｅｒ ａｎｄ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，ｐｐ．１０９－１２８，ｅｄ．Ｅ．Ｊ．Ｍｕｒｒａｙ，Ｔｈｅ Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ Ｉｎｃ．，Ｃｌｉｆｔｏｎ，Ｎ．Ｊ．）、及び、ｔｈｅ Ａｍｂｉｏｎ １９９８ Ｃａｔａｌｏｇ（Ａｍｂｉｏｎ，Ａｕｓｔｉｎ，Ｔｅｘ．）、などの様々な一般的な参考文献及びより具体的な参考文献に記載されており、これらの開示は参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
本明細書に記載されたものと類似又は同等の方法及び材料を使用して、開示された技術を実施又は試験することができるが、適切な方法及び材料を以下に記載する。材料、方法、及び例は例示にすぎず、限定することを意図するものではない。
本明細書で使用される場合、「免疫原性タンパク質、ポリペプチド又はペプチド」又は「抗原」という用語は、宿主に投与されると、タンパク質に対する体液性及び／又は細胞性タイプの免疫応答を誘発することができるという意味で免疫学的に活性なポリペプチド又は他の分子（又はポリペプチドと他の分子の組み合わせ）を指す。いくつかの実施形態では、タンパク質断片は、総タンパク質と実質的に同じ免疫学的活性を有する。したがって、本開示によるタンパク質断片は、少なくとも１つのエピトープ又は抗原決定基を含むか、又はそれから本質的になるか、又はそれからなる場合がある。本明細書で使用される「免疫原性」タンパク質又はポリペプチドは、タンパク質の全長配列、その類似体、又はその免疫原性断片を含み得る。「免疫原性断片」は、１つ以上のエピトープを含み、ひいては上記の免疫学的応答を誘発するタンパク質の断片を指す。
合成抗原、例えば、ポリエピトープ、隣接エピトープ、及び他の組換え又は合成由来の抗原もまたこの定義に含まれる。本開示における免疫原性断片は、分子の少なくとも約１アミノ酸、少なくとも約３アミノ酸、少なくとも約５アミノ酸、少なくとも約１０～１５アミノ酸、又は約１５～２５アミノ酸又はそれ以上のアミノ酸を特徴とし得る。断片の長さには臨界上限はなく、タンパク質配列のほぼ全長からなる場合があり、又はタンパク質配列の全長からなる場合があり、又はタンパク質の少なくとも１つのエピトープを含む融合タンパク質からなる場合さえある。
本明細書で使用される場合、「エピトープ」という用語は、特異的Ｂ細胞及び／又はＴ細胞が応答する抗原又はハプテン上の部位を指す。この用語はまた、「抗原決定基」又は「抗原決定基部位」と互換的に使用される。同じエピトープを認識する抗体は、１つの抗体が別の抗体の標的抗原への結合を遮断する能力を示す単純なイムノアッセイで同定することができる。
本明細書で使用される場合、組成物又はワクチンに対する「免疫学的応答」という用語は、目的の組成物又はワクチンに対する細胞性及び／又は抗体媒介性免疫応答の宿主における発生を指す。通常、「免疫学的応答」には、限定するものではないが、以下の効果、すなわち、関心対象の組成物又はワクチンに含まれる１つ以上の抗原に特異的に向けられた抗体の産生、Ｂ細胞の産生、ヘルパーＴ細胞の産生、及び／又は細胞傷害性Ｔ細胞の産生、のうちの１つ以上が含まれる。宿主は、治療的又は防御的な免疫学的応答のいずれかを示し得るので、新たな感染に対する耐性が増強され、かつ／又は疾患の臨床的重症度が低下する。そのような保護は、感染宿主によって通常示される症状の減少又は欠如、より速い回復時間及び／又は感染宿主におけるウイルス力価の低下のいずれかによって明らかになる。
本明細書で使用される場合、「変異体」という用語は、実質的に同様の配列を指す。ポリヌクレオチドの場合、変異体は、天然ポリヌクレオチド内の１つ若しくは複数の部位における１つ若しくは複数のヌクレオチドの欠失及び／若しくは付加及び／若しくは変化、並びに／又は天然ポリヌクレオチド内の１つ若しくは複数の部位における１つ若しくは複数のヌクレオチドの置換を含む。本明細書で使用される場合、「天然」ポリヌクレオチド又はポリペプチドは、それぞれ天然に存在するヌクレオチド配列又はアミノ酸配列を含む。本開示の特定のポリヌクレオチド（例えば、参照ポリヌクレオチド）の変異体は、変異体ポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドと参照ポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドとの間の配列同一性パーセントの比較によって評価することもできる。「変異体」タンパク質は、天然タンパク質中の１つ若しくは複数の部位における１つ若しくは複数のアミノ酸の欠失若しくは付加、及び／又は天然タンパク質中の１つ若しくは複数の部位における１つ若しくは複数のアミノ酸の置換によって天然タンパク質から誘導されるタンパク質を意味することが意図される。本開示に包含される変異体タンパク質は生物学的に活性であり、すなわち免疫応答を誘発する能力を有する。
本明細書で言及されるＨＬＡ－ＤＲ／ＨＬＡ－Ａ＊０２０１／ｈＡＣＥ２トリプルトランスジェニックマウスモデルは、ＡＣＥ２トランスジェニックマウスをユニークなＨＬＡ－ＤＲ／ＨＬＡ－Ａ＊０２０１ダブルトランスジェニックマウスとの交雑から得られるヒトＣＯＶＩＤ－１９ワクチン候補の前臨床試験のための新規な感受性動物モデルである。ＡＣＥ２トランスジェニックマウスは、肺、心臓、腎臓及び腸においてヒトＡＣＥ２受容体を発現するｈＡＣＥ２トランスジェニックマウスモデルである（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｂａｒ Ｈａｒｂｏｒ，ＭＥ）。ＨＬＡ－ＤＲ／ＨＬＡ－Ａ＊０２０１二重トランスジェニックマウスは、対応するマウスＭＨＣ分子（ノックアウトされている）の代わりにヒト白血球抗原ＨＬＡ－Ａ＊０２０１クラスＩ及びＨＬＡ ＤＲ＊０１０１クラスＩＩを発現する「ヒト化」ＨＬＡ二重トランスジェニックマウスである。ＨＬＡ－Ａ＊０２０１ハプロタイプは、人種又は民族にかかわらず、ヒト集団において高度に代表される（５０％超）ことから選択された。ＨＬＡ－ＤＲ／ＨＬＡ－Ａ＊０２０１／ｈＡＣＥ２トリプルトランスジェニックマウスモデルは、「ヒト化」トランスジェニックマウスモデルであり、３つの利点、すなわち、（１）ヒトＳＡＲＳ－ＣｏＶ２感染に感受性である、（２）ヒトのＣＯＶＩＤ－１９に見られる症状と同様の症状を発症する、（３）ヒトエピトープに対するＣＤ４＋Ｔ細胞及びＣＤ８＋Ｔ細胞応答を発達させる、を有する。本発明の新規ＨＬＡ－ＤＲ／ＨＬＡ－Ａ＊０２０１／ｈＡＣＥ２トリプルトランスジェニックマウスモデルは、本発明のヒトマルチエピトープＣＯＶＩＤ－１９ワクチン候補の安全性、免疫原性及び予防効果の前臨床試験に使用することができる。
本明細書で使用される場合、「処置する」又は「処理」又は「処理すること」という用語は、治療的処置及び予防的又は防止的手段の両方を指し、その目的は、疾患の発症を防止又は遅延させること、例えば、障害の発症を遅延させること、又は状態、疾患若しくは障害、例えば、不十分又は望ましくない臓器又は組織の機能を特徴とする任意の障害の少なくとも１つの有害作用又は症状を軽減することである。その用語が本明細書で定義されるように１つ以上の症状又は臨床マーカーが減少する場合、処置は一般に「有効」である。あるいは、疾患の進行が遅くなる又は停止する場合、処置は「有効」である。すなわち、「処置」には、症状の改善又は疾患のマーカーの減少だけでなく、処置がない場合に予想される症状の進行若しくは悪化を停止又は鈍化させることも含まれる。有益な又は所望の臨床結果としては、検出可能であるか検出不能であるかにかかわらず、１つ以上の症状の緩和、疾患の程度の減弱、疾患の安定化した（例えば、悪化しない）状態、疾患進行の遅延又は鈍化、疾患状態の改善又は緩和、及び寛解（部分的であるか全体的であるかにかかわらず）が挙げられるが、これらに限定されない。「処置」はまた、処置を受けない場合に予想される生存と比較して、生存を延長することを意味する場合がある。「処置」はまた、疾患を改善すること、その合併症の重症度を軽減すること、それが現れるのを防止すること、それが再発するのを防止すること、単にそれが悪化するのを防止すること、それに含まれる炎症応答を緩和すること、又はそのような治療努力が最終的に失敗したとしても、前述のいずれかに影響を及ぼす治療努力を含む。
本明細書で使用される場合、「担体」又は「薬学的に許容される担体」又は「薬学的に許容されるビヒクル」という用語は、組成物を対象に導入するための任意の適切又は有用な担体又はビヒクルを指す。薬学的に許容されるキャリア又はビヒクルは、従来のビヒクルであり得るが、従来のビヒクルに限定されない。例えば、Ｅ．Ｗ．Ｍａｒｔｉｎ，Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏ．，Ｅａｓｔｏｎ，ＰＡ，１５ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ（１９７５）、及びＤ．Ｂ．Ｔｒｏｙ，ｅｄ．Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ，Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ Ｗｉｌｌｉａｍｓ＆Ｗｉｌｋｉｎｓ，Ｂａｌｔｉｍｏｒｅ ＭＤ ａｎｄ Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ，ＰＡ，２１ｓｔ Ｅｄｉｔｉｏｎ（２００６）には、１つ以上の治療用化合物又は分子の医薬送達に適した組成物及び製剤が記載されている。担体（例えば、医薬担体、医薬ビヒクル、医薬組成物、医薬分子など）は、分子、タンパク質、細胞及び／又は薬物及び／又は他の適切な材料を体内に送達することが一般に知られている材料である。一般に、担体の性質は、送達される組成物の性質並びに使用される特定の投与様式に依存する。生物学的に中性の担体に加えて、投与される医薬組成物は、湿潤剤又は乳化剤、保存剤及びｐＨ緩衝剤などの少量の非毒性補助物質を含有し得る。医薬担体を記載する特許としては、限定するものではないが、米国特許第６，６６７，３７１号、米国特許第６，６１３，３５５号、米国特許第６，５９６，２９６号、米国特許第６，４１３，５３６号、米国特許第５，９６８，５４３号、米国特許第４，０７９，０３８号、米国特許第４，０９３，７０９号、米国特許第４，１３１，６４８号、米国特許第４，１３８，３４４号、米国特許第４，１８０，６４６号、米国特許第４，３０４，７６７号、米国特許第４，９４６，９３１号が挙げられ、これらの開示は参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。担体は、例えば、固体、液体（例えば、溶液）、泡、ゲルなど、又はそれらの組み合わせであってもよい。いくつかの実施形態では、担体は生物学的マトリックス（例えば、生物学的繊維など）を含む。いくつかの実施形態では、担体は合成マトリックス（例えば、合成繊維など）を含む。特定の実施形態では、担体の一部は生物学的マトリックスを含み得、一部は合成マトリックスを含み得る。
本明細書で使用される場合、「コロナウイルス」は、限定するものではないが、重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）、中東呼吸器症候群（ＭＥＲＳ）、及び重症急性呼吸器症候群コロナウイルス２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）などの関連ウイルスの群を指し得る。すべてのコロナウイルスは、哺乳動物において軽度から致死的までの範囲の気道感染を引き起こす。コロナウイルス株のいくつかの非限定的な例が本明細書に記載される。
本明細書で使用される場合、「重症急性呼吸器症候群コロナウイルス２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ２）」は、コロナウイルス疾患１９（ＣＯＶＩＤ－１９）を引き起こすベータコロナウイルスである。
「対象」は個体であり、哺乳動物（例えば、ヒト、ウマ、ブタ、ウサギ、イヌ、ヒツジ、ヤギ、非ヒト霊長類、ウシ、ネコ、モルモット、又はげっ歯類）、魚、鳥、爬虫類又は両生類を含むが、これらに限定されない。この用語は、特定の年齢又は性別を示すものではない。したがって、成人及び新生児の対象、並びに胎児（男性又は女性にかかわらず）が含まれることが意図されている。「患者」は、疾患又は障害に罹患している対象である。「患者」という用語は、ヒト及び獣医学的対象を含む。
「投与する」及び「投与」という用語は、対象に医薬製剤を提供する方法を指す。そのような方法は当業者に周知であり、限定するものではないが、本組成物を経口、非経口（例えば、静脈内及び皮下）、筋肉内注射、腹腔内注射、髄腔内、経皮、体外、局所などで投与することを含む。
組成物はまた、局所鼻腔内投与（鼻腔内）又は吸入剤による投与によって投与することができる。本明細書で使用される場合、「局所鼻腔内投与」は、鼻孔の一方又は両方を通る鼻及び鼻腔への組成物の送達を意味し、噴霧機構（装置）若しくは液滴機構（装置）による、又は組成物のエアロゾル化による送達を含み得る。吸入剤による組成物の投与は、噴霧又は液滴機構による送達を介して鼻又は口を通して行うことができる。本明細書で使用される場合、「吸入器」は、医薬的に許容される担体中に本ワクチン組成物を含む組成物を対象の鼻腔並びに上気道及び／又は下気道に送達するための噴霧装置又は液滴装置であり得る。送達は、気管内挿管を介して呼吸器系（例えば、肺）の任意の領域に直接行うこともできる。必要とされる本組成物の正確な量は、対象の種、年齢、体重及び全身状態、処置される障害の重症度、使用される特定の組成物、その投与様式などに応じて、対象ごとに異なるであろう。そのため、組成物ごとに正確な量を特定することはできない。ただし、当業者は、本明細書の教示を考慮すれば、日常的な実験のみを使用して適切な量を決定することができる。
組成物は、頬側送達又は舌下送達によって投与することもできる。本明細書で使用される場合、「頬側送達」は、本化合物が頬の内側を覆う粘膜を通して送達される投与方法を指し得る。いくつかの実施形態では、頬側送達のために、本ワクチン組成物を患者の歯肉と頬との間に置く。本明細書で使用される場合、「舌下送達」は、本化合物が舌の下の粘膜を通して送達される投与方法を指し得る。いくつかの実施形態では、舌下送達のために、本ワクチン組成物は患者の舌の下に投与される。
本組成物の非経口投与は、使用される場合、一般に注射を特徴とする。注射剤は、従来の形態、つまりは、液体溶液若しくは懸濁液、注射前の液体中の懸濁液における溶解に適した固体形態、又はエマルジョンのいずれかの形で調製することができる。より最近に改訂された非経口投与のためのアプローチは、一定の投与量が維持されるように持続放出システム又は徐放システムの使用を含む。例えば、参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第３，６１０，７９５号を参照されたい。
本発明の化合物、組成物、及び／又は方法を開示及び説明するのに先立って、本発明は特定の合成方法又は特定の組成物に限定されず、したがって当然のことながら異なるものであり得ることが理解されるべきである。本明細書で使用される用語は、特定の実施形態を説明することのみを目的としており、限定することを意図していないことも理解されたい。本発明の実施形態は、互いに排他的でない場合、互いに自由に組み合わせることができる。
汎コロナウイルスワクチン
本発明は、先行的汎コロナウイルスワクチン、使用方法、及び当該ワクチンを製造する方法、コロナウイルス感染症を防止する方法などを特徴とする。本発明はまた、例えば、特定の動物モデル及び臨床試験を使用して、当該ワクチンを試験する方法を提供する。本明細書のワクチン組成物は、例えば、抗体（Ａｂ）、ＣＤ４＋Ｔヘルパー（Ｔｈ１）細胞及びＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）の産生を誘導することによって、コロナウイルス疾患又は感染に対する効率的で強力な保護を誘導することができる。
本発明は、先行的汎コロナウイルスワクチン、使用方法、及び当該ワクチンを製造する方法、コロナウイルス感染症を防止する方法などを特徴とする。本発明はまた、例えば、特定の動物モデル及び臨床試験を使用して、当該ワクチンを試験する方法を提供する。本明細書のワクチン組成物は、例えば、抗体（Ａｂ）、ＣＤ４＋Ｔヘルパー（Ｔｈ１）細胞及びＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）の産生を誘導することによって、コロナウイルス疾患又は感染に対する効率的で強力な保護を誘導することができる。
本ワクチン組成物、例えば、本明細書の抗原は、感染を防止するために身体が免疫応答を生じる複数の機会をもたらすのを助ける、複数の保存されたエピトープを含み得る複数の大きな配列を特徴とする。さらに、本明細書のワクチンは、過去、現在及び将来のコロナウイルスの大流行に対して有効であるように設計され得る。
本ワクチン組成物は、複数の大きな配列を含む。特定の実施形態では、大きな配列は、保存された大きな配列、例えば、ヒトコロナウイルス及び／又は動物コロナウイルス（例えば、コロナウイルス感染症にかかりやすい動物から単離されるコロナウイルス）の間で高度に保存された配列である。
本発明は、Ｂ細胞エピトープ、ＣＤ４＋Ｔ細胞エピトープ及びＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープを含む保存された大きな配列の同定について説明する。例えば、図１は、複数のＢ細胞エピトープ、複数の保存されたＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープ、及び複数のＣＤ４＋Ｔ細胞エピトープを含む複数の保存された大きな配列を特徴とする先行的汎コロナウイルスワクチンの開発の概略図を示す。大きな配列は、多くのコロナウイルスの配列分析から導出される。
保存された大きな配列を決定するために使用されるコロナウイルスは、本明細書に記載されるようにヒトＳＡＲＳ－ＣｏＶ並びに動物ＣｏＶ（例えば、コウモリ、センザンコウ、ジャコウネコ（ｃｉｖｅｔ ｃａｔｓ）、ミンク、ラクダなど）を含み得る。一例として、図２Ａ及び図２Ｂは、ヒト及び動物から単離されたベータコロナウイルス株間のゲノム配列の進化的比較を示す。図２Ａは、ヒトから得られたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株（ホモサピエンス（黒））と、コウモリ（Ｒｈｉｎｏｌｏｐｈｕｓ ａｆｆｉｎｉｓ、Ｒｈｉｎｏｌｏｐｈｕｓ ｍａｌａｙａｎｕｓ（赤））、センザンコウ（マレーセンザンコウ（青））、ジャコウネコ（ｃｉｖｅｔ ｃａｔｓ）（ハクビシン（緑））及びラクダ（ラクダ属ヒトコブラクダ（茶色））から得られた動物のＳＡＲＳ様コロナウイルスのゲノム配列（ＳＬ－ＣｏＶｓ）配列との間で行われた系統発生分析を示す。含まれるＳＡＲＳ－ＣｏＶ／ＭＥＲＳ－ＣｏＶ株は、以前のアウトブレイクから得られたものである（ヒト（Ｕｒｂａｎｉ、ＭＥＲＳ－ＣｏＶ、ＯＣ４３、ＮＬ６３、２２９Ｅ、ＨＫＵ１遺伝子型－Ｂ）、コウモリ（ＷＩＶ１６、ＷＩＶ１、ＹＮＬＦ－３１Ｃ、Ｒｓ６７２組換え株）、ラクダ（ラクダ属ヒトコブラクダ、（ＫＴ３６８８９１．１、ＭＮ５１４９６７．１、ＫＦ９１７５２７．１、ＮＣ＿０２８７５２．１）、及びジャコウネコ（Ｃｉｖｅｔ００７、Ａ０２２、Ｂ０３９）から得られたもの）。ヒトＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノム配列は、６つの大陸から報告されている。図２Ｂは、６つの大陸から報告されたヒト－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノム配列と、コウモリ（Ｒｈｉｎｏｌｏｐｈｕｓ ａｆｆｉｎｉｓ、Ｒｈｉｎｏｌｏｐｈｕｓ ｍａｌａｙａｎｕｓ）及びセンザンコウ（マレーセンザンコウ）から得られたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノム配列との間で行われた進化分析を示す。
さらに、「懸念される変異体」又は「着目する変異体」として分類される基準を満たす保存された大きな配列（ヒトＳＡＲＳ－ＣｏＶ並びに動物ＣｏＶ（例えば、コウモリ、センザンコウ、ジャコウネコ（ｃｉｖｅｔ ｃａｔｓ）、ミンク、ラクダなど）を含む）を決定するために、他のコロナウイルスを使用してもよい。以下の基準の１つ以上を満たすと思われるコロナウイルス変異体は、これらの特性の検証及び妥当性確認を保留して、「着目する変異体」又は「調査中の変異体」と分類することができる。いくつかの実施形態では、この基準には、感染性の増加、罹患率の増加、死亡率の増加、「長期ＣＯＶＩＤ」のリスクの増加、診断試験による検出を回避する能力、抗ウイルス薬に対する感受性の減少（もしかかる薬物が利用可能な場合）、治療的実験又は実験室実験のいずれかでの中和抗体（例えば、回復期血漿又はモノクローナル抗体）に対する感受性の減少、自然免疫を回避する能力（例えば、再感染を引き起こす）、ワクチン接種済の個体に感染する能力、多系統炎症症候群若しくは長期ＣＯＶＩＤなどの特定の状態のリスクの増加、又は、子供若しくは免疫無防備状態の個体などの特定の人口統計学的若しくは臨床的群に対する親和性の増加が含まれ得る。一旦検証された着目する変異体は、ＣＤＣなどの監視機関によって「懸念される変異体」と名称変更される。
保存された大きな配列は、コロナウイルスの構造タンパク質（例えば、スパイク糖タンパク質、エンベロープタンパク質、膜タンパク質、核タンパク質）又は非構造タンパク質（例えば、ＯＲＦ１ａ／ｂによってコードされる１６個のＮＳＰのいずれか）に由来し得る。
いくつかの実施形態では、大きな配列はそれぞれ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ヒト株、コウモリから単離されたＳＬ－ＣｏＶｓ、センザンコウから単離されたＳＬ－ＣｏＶｓ、ジャコウネコ（ｃｉｖｅｔ ｃａｔｓ）から単離されたＳＬ－ＣｏＶｓ、及びラクダから単離されたＭＥＲＳ株のうちの１つ又はこれらの組み合わせの間で高度に保存されている。例えば、特定の実施形態では、大きな配列はそれぞれ、少なくとも５０，０００のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ヒト株、コウモリから単離された５つのＳＬ－ＣｏＶｓ、センザンコウから単離された５つのＳＬ－ＣｏＶｓ、ジャコウネコ（ｃｉｖｅｔ ｃａｔｓ）から単離された３つのＳＬ－ＣｏＶｓ、及びラクダから単離された４つのＭＥＲＳ株のうちの１つ又はこれらの組み合わせの間で高度に保存されている。特定の実施形態では、大きな配列はそれぞれ、少なくとも８０，０００のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ヒト株、コウモリから単離された５つのＳＬ－ＣｏＶｓ、センザンコウから単離された５つのＳＬ－ＣｏＶｓ、ジャコウネコ（ｃｉｖｅｔ ｃａｔｓ）から単離された３つのＳＬ－ＣｏＶｓ、及びラクダから単離された４つのＭＥＲＳ株のうちの１つ又はこれらの組み合わせの間で保存されている。特定の実施形態では、大きな配列はそれぞれ、このＣＯＶＩ－１９パンデミック中に蔓延している少なくとも５０，０００のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ヒト株、以前のヒトのアウトブレイクを引き起こした少なくとも１つのＣｏＶ、コウモリから単離された５つのＳＬ－ＣｏＶｓ、センザンコウから単離された５つのＳＬ－ＣｏＶｓ、ジャコウネコ（ｃｉｖｅｔ ｃａｔｓ）から単離された３つのＳＬ－ＣｏＶｓ、及びラクダから単離された４つのＭＥＲＳ株のうちの１つ又はこれらの組み合わせの間で高度に保存されている。特定の実施形態では、大きな配列はそれぞれ、現在蔓延している少なくとも１つのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ヒト株、以前のヒトのアウトブレイクを引き起こした少なくとも１つのＣｏＶ、コウモリから単離された少なくとも１つのＳＬ－ＣｏＶ、センザンコウから単離された少なくとも１つのＳＬ－ＣｏＶ、ジャコウネコ（ｃｉｖｅｔ ｃａｔｓ）から単離された少なくとも１つのＳＬ－ＣｏＶ、及びラクダから単離された少なくとも１つのＭＥＲＳ株の間で高度に保存されている。特定の実施形態では、大きな配列はそれぞれ、現在蔓延している少なくとも１，０００のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ヒト株、以前のヒトのアウトブレイクを引き起こした少なくとも２つのＣｏＶｓ、コウモリから単離された少なくとも２つのＳＬ－ＣｏＶｓ、センザンコウから単離された少なくとも２つのＳＬ－ＣｏＶｓ、ジャコウネコ（ｃｉｖｅｔ ｃａｔｓ）から単離された少なくとも２つのＳＬ－ＣｏＶｓ、及びラクダから単離された少なくとも２つのＭＥＲＳ株の間で高度に保存されている。特定の実施形態では、大きな配列はそれぞれ、現在蔓延している少なくとも１つのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ヒト株、以前のヒトのアウトブレイクを引き起こした少なくとも１つのＣｏＶ、コウモリから単離された少なくとも１つのＳＬ－ＣｏＶ、センザンコウから単離された少なくとも１つのＳＬ－ＣｏＶ、ジャコウネコ（ｃｉｖｅｔ ｃａｔｓ）から単離された少なくとも１つのＳＬ－ＣｏＶ、及びラクダから単離された少なくとも１つのＭＥＲＳ株のうちの１つ又はこれらの組み合わせの間で高度に保存されている。本発明は、保存された大きな配列を同定するために使用され得る上記のコロナウイルス株に限定されない。
特定の実施形態では、１つ以上の保存された大きな配列は、現在蔓延している１つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ヒト株又は変異体、以前のヒトのアウトブレイクを引き起こした１つ以上のコロナウイルス、コウモリ、センザンコウ、ジャコウネコ（ｃｉｖｅｔ ｃａｔｓ）、ミンク、ラクダ、及びコロナウイルスを受容する他の動物からなる群から選択される動物から単離される１つ以上のコロナウイルス、又は風邪を引き起こす１つ以上のコロナウイルスに由来する。現在の蔓延しているＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ヒト株及び変異体には、初代のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２分離株Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１）、並びに、限定するものではないが、スペイン株Ｂ．１．１７７、オーストラリア株Ｂ．１．１６０、英国株Ｂ．１．１．７、南アフリカ株Ｂ．１．３５１、ブラジル株Ｐ．１、カリフォルニア株Ｂ．１．４２７／Ｂ．１．４２９、スコットランド株Ｂ．１．２５８、ベルギー／オランダ株Ｂ．１．２２１、ノルウェー／フランス株Ｂ．１．３６７、ノルウェー／デンマーク・英国株Ｂ．１．１．２７７、スウェーデン株Ｂ．１．１．３０２、北米、欧州、アジア、アフリカ、及びオーストラリア株Ｂ．１．５２５、及びニューヨーク株Ｂ．１．５２６などのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のいくつかの変異体が含まれ得る。本発明は、前述のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の変異体に限定されず、将来特定される変異体を包含する。風邪を引き起こす１つ以上のコロナウイルスとしては、２２９Ｅ株（アルファコロナウイルス）、ＮＬ６３株（アルファコロナウイルス）、ＯＣ４３株（ベータコロナウイルス）、ＨＫＵ１株（ベータコロナウイルス）が挙げられるが、これらに限定されない。
本明細書で使用される場合、「保存された」という用語は、配列アラインメント及び分析で同定された最も高度に保存された大きな配列の中にある大きな配列を指す。例えば、保存された大きな配列は、同定された２つの最も高度に保存された配列であり得る。いくつかの実施形態では、保存された大きな配列は、同定された３つの最も高度に保存された配列であり得る。いくつかの実施形態では、保存された大きな配列は、同定された４つの最も高度に保存された配列であり得る。いくつかの実施形態では、保存された大きな配列は、同定された５つの最も高度に保存された配列であり得る。いくつかの実施形態では、保存された大きな配列は、同定された６つの最も高度に保存された配列であり得る。いくつかの実施形態では、保存された大きな配列は、同定された７つの最も高度に保存された配列であり得る。いくつかの実施形態では、保存された大きな配列は、同定された８つの最も高度に保存された配列であり得る。いくつかの実施形態では、保存された大きな配列は、同定された９つの最も高度に保存された配列であり得る。いくつかの実施形態では、保存された大きな配列は、同定された１０個の最も高度に保存された配列であり得る。いくつかの実施形態では、保存された大きな配列は、同定された１５個の最も高度に保存された配列であり得る。いくつかの実施形態では、保存された大きな配列は、同定された２０個の最も高度に保存された配列であり得る。いくつかの実施形態では、保存された大きな配列は、同定された２５個の最も高度に保存された配列であり得る。いくつかの実施形態では、保存された大きな配列は、同定された３０個の最も高度に保存された配列であり得る。いくつかの実施形態では、保存された大きな配列は、同定された４０個の最も高度に保存された配列であり得る。いくつかの実施形態では、保存された大きな配列は、同定された５０個の最も高度に保存された配列であり得る。いくつかの実施形態では、保存された配列は、同定された５０％の最も高度に保存された大きな配列であり得る。いくつかの実施形態では、保存された大きな配列は、同定された６０％の最も高度に保存された配列であり得る。いくつかの実施形態では、保存された配列は、同定された７０％の最も高度に保存された配列であり得る。いくつかの実施形態では、保存された大きな配列は、同定された８０％の最も高度に保存された配列であり得る。いくつかの実施形態では、保存された大きな配列は、同定された９０％の最も高度に保存された配列であり得る。いくつかの実施形態では、保存された大きな配列は、同定された９５％の最も高度に保存された配列であり得る。いくつかの実施形態では、保存された大きな配列は、同定された９９％の最も高度に保存された配列であり得る。本発明は、前述の閾値に限定されない。
図３Ａは、本発明において利用されるシステム生物学的手法の一例を示す。
いくつかの実施形態では、本組成物は、１つ以上の大きな配列を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の大きな配列は、１つ以上の保存されたコロナウイルスＢ細胞標的エピトープ、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープ、及び１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープのうちの少なくとも１つを含む。
他の実施形態では、本ワクチン組成物は、２つ以上の大きな配列を含む。いくつかの実施形態では、２つ以上の大きな配列は、１つ以上の保存されたコロナウイルスＢ細胞標的エピトープ、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープ、及び１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープのうちの少なくとも１つを含む。
いくつかの実施形態では、大きな配列は、１つ以上の保存されたコロナウイルスＢ細胞標的エピトープと、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープとを含む。いくつかの実施形態では、大きな配列は、１つ以上の保存されたコロナウイルスＢ細胞標的エピトープと、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープとを含む。いくつかの実施形態では、大きな配列は、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ８＋標的エピトープと、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープとを含む。いくつかの実施形態では、大きな配列は、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ８＋標的エピトープを含む。いくつかの実施形態では、大きな配列は、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ４＋標的エピトープを含む。いくつかの実施形態では、大きな配列は、１つ以上の保存されたコロナウイルスＢ細胞標的エピトープを含む。
いくつかの実施形態では、本ワクチン組成物は、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ８＋標的エピトープを含む。いくつかの実施形態では、本ワクチン組成物は、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ４＋標的エピトープを含む。いくつかの実施形態では、本ワクチン組成物は、１つ以上の保存されたコロナウイルスＢ細胞標的エピトープを含む。
本明細書で論じるように、特定の実施形態では、本ワクチン組成物は、全スパイクタンパク質、１つ以上のコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープ、及び１つ以上のコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープを含む。特定の実施形態では、本ワクチン組成物は、スパイクタンパク質の少なくとも一部（例えば、その一部が三量体化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）を含む）、１つ以上のコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープ、及び１つ以上のコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープを含む。いくつかの実施形態では、１つ以上のコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープ、及び１つ以上のコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープは、大きな配列の形態であり得る。
大きな配列はそれぞれリンカーによって分離され得る。特定の実施形態では、リンカーは、酵素が大きな配列間で切断することを可能にする。本発明は、特定のリンカー又はリンカーの特定の長さに限定されない。一例として、特定の実施形態では、１つ以上の大きな配列は、２アミノ酸長のリンカーによって分離され得る。特定の実施形態では、１つ以上の大きな配列は、３アミノ酸長のリンカーによって分離され得る。特定の実施形態では、１つ以上の大きな配列は、４アミノ酸長のリンカーによって分離され得る。特定の実施形態では、１つ以上の大きな配列は、５アミノ酸長のリンカーによって分離され得る。特定の実施形態では、１つ以上の大きな配列は、６アミノ酸長のリンカーによって分離され得る。特定の実施形態では、１つ以上の大きな配列は、７アミノ酸長のリンカーによって分離され得る。特定の実施形態では、１つ以上の大きな配列は、８アミノ酸長のリンカーによって分離され得る。特定の実施形態では、１つ以上の大きな配列は、９アミノ酸長のリンカーによって分離され得る。特定の実施形態では、１つ以上の大きな配列は、１０アミノ酸長のリンカーによって分離され得る。特定の実施形態では、１つ以上の大きな配列は、２から１０アミノ酸長のリンカーによって分離され得る。
リンカーは当業者に周知である。リンカーの非限定的な例としては、ＡＡＹ、ＫＫ及びＧＰＧＰＧが挙げられる。
大きな配列は、構造タンパク質、非構造タンパク質、又はそれらの組み合わせに由来し得る。例えば、構造タンパク質は、スパイクタンパク質（Ｓ）、エンベロープタンパク質（Ｅ）、膜タンパク質（Ｍ）、又は核タンパク質（Ｎ）を含み得る。
いくつかの実施形態では、大きな配列は、少なくとも１つのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質に由来する。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質には、ＯＲＦ１ａｂタンパク質、スパイク糖タンパク質、ＯＲＦ３ａタンパク質、エンベロープタンパク質、膜糖タンパク質、ＯＲＦ６タンパク質、ＯＲＦ７ａタンパク質、ＯＲＦ７ｂタンパク質、ＯＲＦ８タンパク質、ヌクレオカプシドタンパク質、及びＯＲＦ１０タンパク質が含まれ得る。ＯＲＦ１ａｂタンパク質は、Ｎｓｐ１、Ｎｓｐ２、Ｎｓｐ３（パパイン様プロテアーゼ）、Ｎｓｐ４、Ｎｓｐ５（３Ｃ様プロテアーゼ）、Ｎｓｐ６、Ｎｓｐ７、Ｎｓｐ８、Ｎｓｐ９、Ｎｓｐ１０、Ｎｓｐ１１、Ｎｓｐ１２（ＲＮＡポリメラーゼ）、Ｎｓｐ１３（５’ＲＮＡトリホスファターゼ酵素）、Ｎｓｐ１４（グアノシンＮ７－メチルトランスフェラーゼ）、Ｎｓｐ１５（エンドリボヌクレアーゼ）及びＮｓｐ１６（２’－Ｏ－リボース－メチルトランスフェラーゼ）などの非構造タンパク質（Ｎｓｐ）を形成する。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２は、２９，９０３個の塩基対（ｂｐｓ）のゲノム長のｓｓＲＮＡ（配列番号１）を有する。一般に、２６６～２１５５５ｂｐｓの間の領域はＯＲＦ１ａｂポリペプチドをコードし、２１５６３～２５３８４ｂｐｓの間の領域は、構造タンパク質（スパイクタンパク質又は表面糖タンパク質）のうちの１つをコードし、２５３９３～２６２２０ｂｐｓの間の領域はＯＲＦ３ａ遺伝子をコードし、２６２４５～２６４７２ｂｐｓの間の領域はエンベロープタンパク質をコードし、２６５２３～２７１９１の間の領域は膜糖タンパク質（又は膜タンパク質）をコードし、２７２０２～２７３８７ｂｐｓの間の領域はＯＲＦ６遺伝子をコードし、２７３９４～２７７５９ｂｐｓの間の領域はＯＲＦ７ａ遺伝子をコードし、２７８９４～２８２５９ｂｐｓの間の領域はＯＲＦ８遺伝子をコードし、２８２７４～２９５３３ｂｐｓの間の領域はヌクレオカプシドホスホタンパク質（又はヌクレオカプシドタンパク質）をコードし、２９５５８～２９６７４ｂｐｓの間の領域はＯＲＦ１０遺伝子をコードする。
大きな配列は、多数のヒトクラス１及びクラス２ＨＬＡハプロタイプに限定され、クラス１についてはＨＬＡ－０２０１に限定されず、又はクラス２についてはＨＬＡ－ＤＲに限定されないＴ細胞エピトープを含み得る。保存された大きな配列は、ヒトＨＬＡクラス１及び２のハプロタイプに限定され得る。いくつかの実施形態では、保存されたエピトープは、ネコ及びイヌＭＨＣクラス１及び２のハプロタイプに限定される。
大きな配列
抗原は、ヒト及び動物のコロナウイルスの間で高度に保存されている保存された大きな配列などの大きな配列を含み得る。本明細書で使用される場合、大きな配列という用語は、少なくとも２５個のアミノ酸又は少なくとも７５個のヌクレオチドを有する配列を指す。大きな配列は、本明細書に記載の保存されたエピトープなどのエピトープを含む。
抗原は、ヒト及び動物のコロナウイルスの間で高度に保存されている保存された大きな配列などの大きな配列を含み得る。本明細書で使用される場合、大きな配列という用語は、少なくとも２５個のアミノ酸又は少なくとも７５個のヌクレオチドを有する配列を指す。大きな配列は、本明細書に記載の保存されたエピトープなどのエピトープを含む。
保存された大きな配列を同定するために、配列アラインメント及び分析を本明細書及び以下に記載されるように行った。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株と以前のコロナウイルス株との間の配列比較：配列相同性分析を実施し、重症急性呼吸器症候群コロナウイルス２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）分離株Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１を比較して、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２変異体、風邪コロナウイルス株（ＨＫＵ１遺伝子型Ｂ、ＣｏＶ－ＯＣ４３、ＣｏＶ－ＮＬ６３及びＣｏＶ－２２９Ｅ）、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－Ｕｒｂａｎｉ、ＭＥＲＳ、並びに、コウモリ（Ｒｈｉｎｏｌｏｐｈｕｓ ａｆｆｉｎｉｓ及びＲ．ｍａｌａｙａｎｕｓ）、センザンコウ（マレーセンザンコウ）、ジャコウネコ（ｃｉｖｅｔ ｃａｔｓ）（ハクビシン）、及びラクダ（ヒトコブラクダ及びフタコブラクダ）由来のコロナウイルス株の配列でゲノムを完成させた。
高度の感染性及び病原性で知られている主要な懸念される変異体を代表するヒトＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２変異体ゲノム配列をＧＩＳＡＩＤデータベースから検索した。この実験で使用した配列は、スペイン由来の２０Ａ．ＥＵ１（ＥＰＩ＿ＩＳＬ＿６９１７２６－ｈＣｏＶ－１９－ＶＯＣ－２０Ａ．ＥＵ１）、オーストラリア由来の２０Ａ．ＥＵ２（ＥＰＩ＿ＩＳＬ＿４１８７９９－ｈＣｏＶ－１９－ＶＯＣ－２０Ａ．ＥＵ２）、英国由来のＢ．１．１．７（ＥＰＩ＿ＩＳＬ＿５８１１１７－ｈＣｏＶ－１９－ＶＯＣ－Ｂ．１．１．７）、南アフリカ由来のＢ．１．３５１（ＥＰＩ＿ＩＳＬ＿６６０６１５－ｈＣｏＶ－１９－ＶＯＣ－Ｂ．１．３５１）、ブラジル由来のＰ．１（ＥＰＩ＿ＩＳＬ＿５８１１１７－ｈＣｏＶ－１９－ＶＯＣ－Ｐ．１）、カリフォルニア由来のＣＡＬ．２０Ｃ（ＥＰＩ＿ＩＳＬ＿７３００９２－ｈＣｏＶ－１９－ＶＯＣ－Ｂ．１．４２７／Ｂ．１．４２９）、スコットランド由来のＢ．１．２５８（ＥＰＩ＿ＩＳＬ＿８５８５５９－ｈＣｏＶ－１９－ＶＯＣ－Ｂ．１．２５８）、ベルギー／オランダ由来のＢ．１．２２１（ＥＰＩ＿ＩＳＬ＿７３４７９０－ｈＣｏＶ－１９－ＶＯＣ－Ｂ．１．２２１）、ノルウェー／フランス由来のＢ．１．３６７（ＥＰＩ＿ＩＳＬ＿５４１５１８－ｈＣｏＶ－１９－ＶＯＣ－Ｂ．１．３６７）、オランダ／デンマーク／英国由来のＢ．１．１．２７７（ＥＰＩ＿ＩＳＬ＿５００７８３－ｈＣｏＶ－１９－ＶＯＣ－Ｂ．１．１．２７７）、スウェーデン由来のＢ．１．１．３０２（ＥＰＩ＿ＩＳＬ＿７１７９２９－ｈＣｏＶ－１９－ＶＯＣ－Ｂ．１．１．３０２）である。同様に、ＨＫＵ１遺伝子型Ｂ（ＡＹ８８４００１）、ＣｏＶ－ＯＣ４３（ＫＦ９２３９０３）、ＣｏＶ－ＮＬ６３（ＮＣ＿００５８３１）、及びＣｏＶ－２２９Ｅ（ＫＹ９８３５８７）、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－Ｕｒｂａｎｉ（ＡＹ２７８７４１．１）、ＭＥＲＳ（ＮＣ＿０１９８４３）である。
この分析に使用されるコウモリＣｏＶ株には、ＲａＴＧ１３（ＭＮ９９６５３２．２）、Ｒｓ６７２／２００６（ＦＪ５８８６８６．１）、ＹＮＬＦ＿３１Ｃ（ＫＰ８８６８０８．１）、ＷＩＶ１（ＫＦ３６７４５７．１）、ＷＩＶ１６（ＫＴ４４４５８２．１）、ＺＸＣ２１（ＭＧ７７２９３４．１）、ＲｍＹＮ０２（ＥＰＩ＿ＩＳＬ＿４１２９７７）、ｂａｔ－ＲｍＹＮ０１（ＥＰＩ＿ＩＳＬ＿４１２９７６）、ＭＥＲＳ－Ｂａｔ－ＣｏＶ／Ｐ．ｋｈｕｌｉｉ／Ｉｔａｌｙ／２０６６４５－６３／２０１１（ＭＧ５９６８０３．１）株が含まれる。さらに、センザンコウを表す５つのゲノム配列（ＭＴ０４０３３３．１－ＰＣｏＶ＿ＧＸ－Ｐ４Ｌ、ＭＴ０４０３３４．１－ＰＣｏＶ＿ＧＸ－Ｐ１Ｅ、ＭＴ０４０３３５．１－ＰＣｏＶ＿ＧＸ－Ｐ５Ｌ、ＭＴ０４０３３６．１－ＰＣｏＶ＿ＧＸ－Ｐ５Ｅ、ＭＴ０７２８６４．１－ＰＣｏＶ＿ＧＸ－Ｐ２Ｖ、ＭＴ１２１２１６．１－ＰＣｏＶ－ＭＰ７８９）、３つのジャコウネコ特異的ゲノム配列（ＡＹ５７２０３４．１、ＡＹ６８６８６４．１、ＡＹ６８６８６３．１）、及びラクダ由来の４つのＣｏＶ配列（ＮＣ＿０２８７５２．１、ＫＦ９１７５２７．１、ＭＮ５１４９６７．１、ＫＴ３６８８９１．１）を、ＣｏＶゲノムにおける異なる構造及び非構造タンパク質における最も保存された領域を評価することを目的としたこの配列相同性解析に含めた。これらの配列は、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ（ＮＣＢＩ）又はＧｌｏｂａｌ ｉｎｉｔｉａｔｉｖｅ ｏｎ ｓｈａｒｉｎｇ ａｌｌ ｉｎｆｌｕｅｎｚａ ｄａｔａ（ＧＩＳＡＩＤ）のいずれかから取得した。系統発生分析のために、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２全ゲノム配列を、ＭＥＧＡＸを使用してＣＬＵＳＴＡＬ Ｗとアラインメントした。オンラインＮＣＢＩ ＢＬＡＳＴを使用して、すべてのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２配列を既存のゲノムと比較した。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２配列保存の決定：各Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１（ＧｅｎｅＢａｎｋ：ＮＣ＿０４５５１２．２）特異的構造（スパイク糖タンパク質（ＹＰ＿００９７２４３９０．１）、膜タンパク質（ＹＰ＿００９７２４３９３．１）、エンベロープタンパク質（ＹＰ＿００９７２４３９２．１）、ヌクレオカプシドホスホタンパク質（ＹＰ＿００９７２４３９７．２））、並びに、非構造タンパク質（ＯＲＦ１ａ／ｂポリタンパク質（ＹＰ＿００９７２４３８９．１）、ＯＲＦ３ａ（ＹＰ＿００９７２４３９１．１）、ＯＲＦ６（ＹＰ＿００９７２４３９４．１）、ＯＲＦ７ａ（ＹＰ＿００９７２４３９５．１）、ＯＲＦ７ｂ（ＹＰ＿００９７２５３１８．１）、ＯＲＦ８（ＹＰ＿００９７２４３９６．１）及びＯＲＦ１０（ＹＰ＿００９７２５２５５．１））のタンパク質配列を、ヌクレオチドＢＬＡＳＴ（ｂｌａｓｔｎ）アルゴリズムを使用して、ＳＡＲＳＣｏＶ及びＭＥＲＳ－ＣｏＶからのコンセンサスタンパク質配列並びに最も近い相対的な異種ＣｏＶ株からのタンパク質配列と比較して、Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１タンパク質とそれらの比較標的との間のペアワイズ同一性を計算した。
さらに、本発明はＣｏＶ株にわたって非常に類似した配列に関心があるので、メガブラストを実施した。照会された配列のそれぞれについて、クエリー範囲、Ｅ値、同一性パーセントを求めた。系統発生的にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２にあまり類似していないが、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－Ｕｒｂａｎｉとの遺伝的類似性がより高いことが以前に見出された１つのコウモリＣｏＶ株ＲｍＹＮ０１に対して得られた照会された相同性を、ＣｏＶ株にわたる相同配列を確認するための標準とした。この方法は、異なるＣｏＶ間でどのように遺伝的により保存された領域であるかを見出すのに有用であった。この配列は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノム配列と比較した場合、５９％のクエリー範囲及び７８．７３％の同一性パーセントを有する。これは、他のＣｏＶの中でも配列相同性をさらに示した５つの一致した領域を有する。１ｂｐ～１５８０ｂｐ（断片）の間にまたがるマッチング領域１は、ｎｓｐ１（リーダータンパク質）、ｎｓｐ２及びｎｓｐ３との配列相同性を示す一方で、３５４７ｂｐ～７０９６ｂｐ（断片２）の間にまたがるマッチング領域２は、３ＣＬｐｒｏ、ｎｓｐ６、ｎｓｐ７、ｎｓｐ８、ｎｓｐ９、ｎｓｐ１０、ＲＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼ、ヘリカーゼ、ｎｓｐ１４、ｎｓｐ１５及びｎｓｐ１６のようなＯＲＦ１ａ／ｂの複数のサブユニットとの配列相同性を示した。興味深いことに、１７４７２ｂｐ～２１１５６ｂｐ（断片３）の間のＯＲＦ１ａ／ｂの非アノテーション領域にまたがる主要領域もまた配列同一性を示した。配列同一性の第４のストレッチは、スパイク糖タンパク質のセクションをカバーする２２５８４ｂｐ～２４６８２ｂｐ（断片４）にまたがったが、これは重要なことに、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２における主要受容体結合ドメインもカバーする。相同配列の最後のセグメントは、ＯＲＦ３ａ、エンベロープタンパク質、膜タンパク質、ＯＲＦ６、及びＯＲＦ７ａに特異的な領域とのパーセント同一性を示した（２６１９３ｂｐ～２７４２１ｂｐ、断片５）。
いくつかの実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２武漢株由来の５つの断片が高度に保存されていることが分かった（１ｂｐ～１５８０ｂｐ（断片１）、３５４７ｂｐ～１２８３０ｂｐ（断片２）、１７４７２ｂｐ～２１１５６ｂｐ（断片３）、２２５８４ｂｐ～２４６８２ｂｐ（断片４）、及び２６１９３ｂｐ～２７４２１ｂｐ（断片５）。次に、各断片をもう１回、配列相同性分析に供した。
いくつかの実施形態では、本ワクチン組成物は、１つの大きな配列を含む。いくつかの実施形態では、本ワクチン組成物は、１つ以上の大きな配列を含む。いくつかの実施形態では、本ワクチン組成物は、２つ以上の大きな配列を含む。いくつかの実施形態では、本ワクチン組成物は、３つ以上の大きな配列を含む。いくつかの実施形態では、本ワクチン組成物は、４つ以上の大きな配列を含む。いくつかの実施形態では、本ワクチン組成物は、５つ以上（例えば、５つ、６つ、７つ、８つなど）の大きな配列を含む。
いくつかの実施形態では、大きな配列は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２によって発現される全タンパク質配列に由来する。他の実施形態では、大きな配列は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２によって発現される部分タンパク質配列に由来する。いくつかの実施形態では、当該タンパク質の大きな配列は、ヒトクラス１及びクラス２のＨＬＡハプロタイプの多数（例えば、３から１０、人種及び民族にかかわらず集団の１００％を包含する異なるハプロタイプ）に限定されたＢ細胞エピトープ及びＴ細胞エピトープを含むので、クラス１のＨＬＡ－０２０１又はクラス２のＨＬＡ－ＤＲ１のみに限定されない。
前述のように、大きな配列は、ヒト及び動物のコロナウイルスの間で高度に保存されている可能性がある。いくつかの実施形態では、大きな配列は、現在蔓延している１つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ヒト株又は変異体、以前のヒトのアウトブレイクを引き起こした１つ以上のコロナウイルス、コウモリ、センザンコウ、ジャコウネコ（ｃｉｖｅｔ ｃａｔｓ）、ミンク、ラクダ、及びコロナウイルスを受容する他の動物からなる群から選択される動物から単離される１つ以上のコロナウイルス、及び／又は風邪を引き起こす１つ以上のコロナウイルス、のうちの１つ又はそれらの組み合わせに由来する。
前述のように、現在蔓延しているＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ヒト株又は変異体としては、Ｂ．１．１７７株、Ｂ．１．１６０株、Ｂ．１．１．７株、Ｂ．１．３５１株、Ｐ．１株、Ｂ．１．４２７／Ｂ．１．４２９株、Ｂ．１．２５８株、Ｂ．１．２２１株、Ｂ．１．３６７株、Ｂ．１．１．２７７株、Ｂ．１．１．３０２株、Ｂ．１．５２５株、Ｂ．１．５２６株、Ｓ：６７７Ｈ株、Ｓ：６７７Ｐ株が挙げられる。風邪を引き起こすコロナウイルスは、２２９Ｅアルファコロナウイルス、ＮＬ６３アルファコロナウイルス、ＯＣ４３ベータコロナウイルス、及びＨＫＵ１ベータコロナウイルスから選択され得る。
大きな配列は、構造タンパク質、非構造タンパク質、又はそれらの組み合わせに由来し得る。大きな配列は、ＯＲＦ１ａｂタンパク質、スパイク糖タンパク質（例えば、ＲＢＤ）、ＯＲＦ３ａタンパク質、エンベロープタンパク質、膜糖タンパク質、ＯＲＦ６タンパク質、ＯＲＦ７ａタンパク質、ＯＲＦ７ｂタンパク質、ＯＲＦ８タンパク質、ヌクレオカプシドタンパク質、及び／又はＯＲＦ１０タンパク質から選択され得る。ＯＲＦ１ａｂタンパク質は、非構造タンパク質（Ｎｓｐ）１、Ｎｓｐ２、Ｎｓｐ３、Ｎｓｐ４、Ｎｓｐ５、Ｎｓｐ６、Ｎｓｐ７、Ｎｓｐ８、Ｎｓｐ９、Ｎｓｐ１０、Ｎｓｐ１１、Ｎｓｐ１２、Ｎｓｐ１３、Ｎｓｐ１４、Ｎｓｐ１５及びＮｓｐ１６を含むことに留意されたい。
いくつかの実施形態では、大きな配列は、世界中の大多数の国（表１、図４）で蔓延している１５０，０００を超えるＣｏＶ株由来の保存された断片を含む。いくつかの実施形態では、断片１は、塩基対１～１５８０を含む。いくつかの実施形態では、断片１は、タンパク質Ｎｓｐ１、Ｎｓｐ２、及びＮｓｐ３、並びに非アノテーション領域を含み得る（図５）。いくつかの実施形態では、断片２は、塩基対３５４７～１２８３０を含む。いくつかの実施形態では、断片２は、タンパク質Ｎｓｐ５、Ｎｓｐ６、Ｎｓｐ７、Ｎｓｐ８、Ｎｓｐ９、Ｎｓｐ１０、Ｎｓｐ１１、Ｎｓｐ１２、Ｎｓｐ１３、Ｎｓｐ１４、Ｎｓｐ１５、Ｎｓｐ１６、並びに非アノテーション領域（図６）を含み得る。いくつかの実施形態では、断片３は、塩基対１７４７２～２１１５６を含む。いくつかの実施形態では、断片３は、非アノテーション領域を含む（図７）。いくつかの実施形態では、断片４は、塩基対２２５８４～２４６８２を含む。いくつかの実施形態では、断片４は、スパイク糖タンパク質を含む（図８）。いくつかの実施形態では、断片５は、塩基対２６１９３～２７４２１を含む。いくつかの実施形態では、断片５は、タンパク質ＯＲＦ３ａ、エンベロープ（Ｅ）、膜（Ｍ）、ＯＲＦ６、ＯＲＦ７ａ、並びに非アノテーション領域を含む（図９）。
いくつかの実施形態では、大きな配列は、上記の保存された断片に限定されない。
特定の実施形態では、大きな配列は、スパイク糖タンパク質（Ｓ）若しくはその一部（例えば、ＲＢＤ）、核タンパク質若しくはその一部、膜タンパク質若しくはその一部、及び／又はＯＲＦ１ａ／ｂ若しくはその一部を含む（表９、配列番号１３９を参照されたい）。特定の実施形態では、大きな配列は、スパイク糖タンパク質（Ｓ）又はその一部（例えば、ＲＢＤ）、核タンパク質又はその一部、及びＯＲＦ１ａ／ｂ又はその一部を含む。さらなる実施形態では、大きな配列は、スパイク糖タンパク質（Ｓ）又はその一部（例えば、ＲＢＤ）、及びヌクレオカプシドタンパク質又はその一部を含む（表９、配列番号１４０を参照されたい）。
本明細書で論じるように、特定の実施形態では、本ワクチン組成物は、全スパイクタンパク質、１つ以上のコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープ、及び１つ以上のコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープを含む。特定の実施形態では、本ワクチン組成物は、スパイクタンパク質の少なくとも一部（例えば、その一部が三量体化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）を含む）、１つ以上のコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープ、及び１つ以上のコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープを含む。いくつかの実施形態では、１つ以上のコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープ、及び１つ以上のコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープは、大きな配列の形態である。
いくつかの実施形態では、大きな配列は、全長スパイク糖タンパク質に由来する。他の実施形態では、大きな配列は、スパイク糖タンパク質の一部に由来する。いくつかの実施形態では、スパイクタンパク質の膜貫通アンカーはインタクトなＳ１－Ｓ２切断部位を有する。いくつかの実施形態では、スパイクタンパク質は、その安定化された立体配座にある。いくつかの実施形態では、スパイクタンパク質は、Ｓ２サブユニットにおける中心ヘリックスの上部のアミノ酸位置９８６及び９８７におけるプロリン置換により安定化される。いくつかの実施形態では、本組成物は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）を含む。いくつかの実施形態では、本組成物は、三量体化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）を含む。いくつかの実施形態では、三量体化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）配列が、Ｔ４フィブリチン由来のフォルドン三量体化ドメインの付加によって改変される。いくつかの実施形態では、Ｔ４フィブリチン由来のフォルドン三量体化ドメインの添加は、多価ディスプレイによって免疫原性を増加させる。
いくつかの実施形態では、スパイクタンパク質は、Ｔｙｒ－４８９及びＡｓｎ－４８７を含む。（例えば、Ｔｙｒ－４８９及びＡｓｎ－４８７は、ＡＣＥ－２上のＴｙｒ８３及びＧｌｎ－２４との相互作用を助ける）いくつかの実施形態では、スパイクタンパク質は、Ｇｌｎ－４９３を含む。（例えば、Ｇｌｎ－４９３は、ＡＣＥ－２上のＧｌｕ－３５及びＬｙｓ－３１との相互作用を助ける）いくつかの実施形態では、スパイクタンパク質は、Ｔｙｒ－５０５を含む（例えば、Ｔｙｒ－５０５は、ＡＣＥ－２上のＧｌｕ－３７及びＡｒｇ－３９３との相互作用を助ける）。いくつかの実施形態では、本組成物は、Ｓ１－Ｓ２切断部位に変異６８２－ＲＲＡＲ－６８５→６８２－ＱＱＡＱ－６８５を含む。
いくつかの実施形態では、大きな配列を含むスパイクタンパク質は、少なくとも１つのプロリン置換を含む。いくつかの実施形態では、大きな配列を含むスパイクタンパク質は、少なくとも２つのプロリン置換を含む。例えば、プロリン置換は、Ｋ９８６及びＶ９８７の位置であり得る。
配列の非限定的な例を表２に開示する。
前述のように、大きな配列の各々はリンカーによって分離されている。いくつかの実施形態では、リンカーは同じエリンカーである。いくつかの実施形態では、１つ以上のリンカーは異なる。例えば、いくつかの実施形態では、異なるリンカーが、それぞれの大きな配列の間で使用される。前述のように、リンカーの非限定的な例としては、Ｔ２Ａ、Ｅ２Ａ、Ｐ２Ａなどが挙げられる。
前述のように、特定の実施形態では、ワクチン送達系は、限定するものではないが、Ａｄ５、Ａｄ２６、Ａｄ３５などのアデノウイルス、並びに脂質ナノ粒子、ポリマー、ペプチドなどの担体を含む。
ＣＤ８＋エピトープ
本明細書では、ＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープ候補を同定し、ＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープ候補の保存性をスクリーニングする方法の例について説明する。本発明は、開示された特定のソフトウェアシステムに限定されず、他のソフトウェアシステムは、かかる方法のために当業者にとってアクセス可能である。本発明は、本明細書で使用される特定のハプロタイプに限定されない。例えば、当業者は、分子ドッキング実験のために代替分子（例えば、ＨＬＡ分子）を選択し得る。
本明細書では、ＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープ候補を同定し、ＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープ候補の保存性をスクリーニングする方法の例について説明する。本発明は、開示された特定のソフトウェアシステムに限定されず、他のソフトウェアシステムは、かかる方法のために当業者にとってアクセス可能である。本発明は、本明細書で使用される特定のハプロタイプに限定されない。例えば、当業者は、分子ドッキング実験のために代替分子（例えば、ＨＬＡ分子）を選択し得る。
図１０は、ＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープ候補の保存性をスクリーニングするための配列相同性分析、例えば、８１，９６３種のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株（現在、６大陸の１９０カ国で蔓延している）、以前のアウトブレイクを引き起こした４つの主要な「風邪」コロナウイルス（例えば、ｈＣｏＶ－ＯＣ４３、ｈＣｏＶ－２２９Ｅ、ｈＣｏＶ－ＨＫＵ１遺伝子型Ｂ及びｈＣｏＶ－ＮＬ６３）、並びに、コウモリ、ジャコウネコ（ｃｉｖｅｔ ｃａｔｓ）、センザンコウ及びラクダから単離されたＳＬ－ＣｏＶｓの間におけるＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープ候補の配列相同性の比較を示す。黄色で強調されているエピトープ配列は、現在蔓延している８１，９６３種のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株の間における高度の相同性、並びに、以前のアウトブレイク由来の２以上のヒトＳＡＲＳ－ＣｏＶ株と、コウモリ、ジャコウネコ（ｃｉｖｅｔ ｃａｔｓ）、センザンコウ及びラクダから単離されたＳＬ－ＣｏＶ株との間における少なくとも５０％の保存性を示す。
分析から、２７個のＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープが高度に保存されているとして選択された。図１１Ａ及び図１１Ｂは、保存されたエピトープのＨＬＡ－Ａ＊０２：０１分子の溝へのドッキング、並びにタンパク質－ペプチド分子ドッキング分析によって決定された相互作用スコアを示す。
図１２Ａ、図１２Ｂ及び図１２Ｃは、本明細書に開示されるいくつかの高度に保存されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２エピトープに特異的なＣＤ８＋Ｔ細胞がＣＯＶＩＤ－１９の患者及び曝露されていない健常人において検出されたことを示す。図１３Ａ、図１３Ｂ、図１３Ｃ及び図１３Ｄは、同定されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープの免疫原性を示す。
上記のＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープとしては、Ｓ２－１０、Ｓ１２２０－１２２８、Ｓ１０００－１００８、Ｓ９５８－９６６、Ｅ２０－２８、ＯＲＦ１ａｂ１６７５－１６８３、ＯＲＦ１ａｂ２３６３－２３７１、ＯＲＦ１ａｂ３０１３－３０２１、ＯＲＦ１ａｂ３１８３－３１９１、ＯＲＦ１ａｂ５４７０－５４７８、ＯＲＦ１ａｂ６７４９－６７５７、ＯＲＦ７ｂ２６－３４、ＯＲＦ８ａ７３－８１、ＯＲＦ１０３－１１及びＯＲＦ１０５－１３が挙げられる。図１４は、エピトープのゲノム全体の位置を示す。このように、特定の実施形態では、本ワクチン組成物は、Ｓ２－１０、Ｓ１２２０－１２２８、Ｓ１０００－１００８、Ｓ９５８－９６６、Ｅ２０－２８、ＯＲＦ１ａｂ１６７５－１６８３、ＯＲＦ１ａｂ２３６３－２３７１、ＯＲＦ１ａｂ３０１３－３０２１、ＯＲＦ１ａｂ３１８３－３１９１、ＯＲＦ１ａｂ５４７０－５４７８、ＯＲＦ１ａｂ６７４９－６７５７、ＯＲＦ７ｂ２６－３４、ＯＲＦ８ａ７３－８１、ＯＲＦ１０３－１１、ＯＲＦ１０５－１３、又はそれらの組み合わせから選択される１つ以上のＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープを含み得る。以下の表３は、前述のエピトープ領域の配列を記載する。
本発明は、前述のＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープに限定されない。例えば、本発明はまた、前述のＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープの変異体、例えば、前述のＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープが１つのアミノ酸で切断されている配列（以下の表４に示す例）も含む。
本発明は、前述のＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープに限定されない。
特定の実施形態では、本ワクチン組成物は、１～１０個のＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープを含む。特定の実施形態では、本ワクチン組成物は、２～１０個のＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープを含む。特定の実施形態では、本ワクチン組成物は、２～１５個のＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープを含む。特定の実施形態では、本ワクチン組成物は、２～２０個のＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープを含む。特定の実施形態では、本ワクチン組成物は、２～３０個のＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープを含む。特定の実施形態では、本ワクチン組成物は、２～１５個のＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープを含む。特定の実施形態では、本ワクチン組成物は、２～５個のＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープを含む。特定の実施形態では、本ワクチン組成物は、５～１０個のＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープを含む。特定の実施形態では、本ワクチン組成物は、５～１５個のＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープを含む。特定の実施形態では、本ワクチン組成物は、５～２０個のＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープを含む。特定の実施形態では、本ワクチン組成物は、５～２５個のＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープを含む。特定の実施形態では、本ワクチン組成物は、５～３０個のＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープを含む。特定の実施形態では、本ワクチン組成物が１０～２０個のＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープを含む。特定の実施形態では、本ワクチン組成物は、１０～３０個のＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープを含む。
ＣＤ４＋エピトープ
本明細書では、ＣＤ４＋Ｔ細胞エピトープ候補を同定し、ＣＤ４＋Ｔ細胞エピトープ候補の保存性をスクリーニングする方法の例について説明する。本発明は、開示された特定のソフトウェアシステムに限定されず、他のソフトウェアシステムは、かかる方法のために当業者にとってアクセス可能である。本発明は、本明細書で使用される特定のハプロタイプに限定されない。例えば、当業者は、分子ドッキング実験のために代替分子（例えば、ＨＬＡ分子）を選択し得る。
本明細書では、ＣＤ４＋Ｔ細胞エピトープ候補を同定し、ＣＤ４＋Ｔ細胞エピトープ候補の保存性をスクリーニングする方法の例について説明する。本発明は、開示された特定のソフトウェアシステムに限定されず、他のソフトウェアシステムは、かかる方法のために当業者にとってアクセス可能である。本発明は、本明細書で使用される特定のハプロタイプに限定されない。例えば、当業者は、分子ドッキング実験のために代替分子（例えば、ＨＬＡ分子）を選択し得る。
図１５は、ＨＬＡ－ＤＲ分子に高い親和性で結合する高度に保存されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２由来ヒトＣＤ４＋Ｔ細胞エピトープ候補の同定を示す。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１株（ＭＮ９０８９４７．３）の全ゲノム配列からの合計９，５９４個のＨＬＡ－ＤＲ拘束性ＣＤ４＋Ｔ細胞エピトープ候補の中から、ＨＬＡ－ＤＲＢ１分子に高い親和性で結合する１６個のエピトープを選択した。１６個のＣＤ４＋Ｔ細胞エピトープの保存性を、ヒト及び動物のコロナウイルスの間で分析した。８１，９６３種のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株（現在、６大陸で蔓延している）、以前のアウトブレイクを引き起こした４つの主要な「風邪」コロナウイルス（すなわち、ｈＣｏＶ－ＯＣ４３、ｈＣｏＶ－２２９Ｅ、ｈＣｏＶ－ＨＫＵ１及びｈＣｏＶ－ＮＬ６３）、並びに、コウモリ、ジャコウネコ（ｃｉｖｅｔ ｃａｔｓ）、センザンコウ及びラクダから単離されたＳＬ－ＣｏＶｓの間における１６個のＣＤ４＋Ｔ細胞エピトープの配列相同性の比較が示されている。緑色で強調されているエピトープ配列は、現在蔓延している８１，９６３種のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株の間における高度の相同性、並びに、以前のアウトブレイク由来の２以上のヒトＳＡＲＳ－ＣｏＶ株と、コウモリ、ジャコウネコ（ｃｉｖｅｔ ｃａｔｓ）、センザンコウ及びラクダから単離されたＳＬ－ＣｏＶ株との間における少なくとも５０％の保存性を示す。
分析から、１６個のＣＤ４＋Ｔ細胞エピトープが高度に保存されているとして選択された。図１６Ａ及び図１６Ｂは、保存されたエピトープのＨＬＡ－Ａ＊０２：０１分子の溝へのドッキング、並びにタンパク質－ペプチド分子ドッキング分析によって決定された相互作用スコアを示す。
図１７Ａ、図１７Ｂ及び図１７Ｃは、本明細書に開示されるいくつかの高度に保存されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２エピトープに特異的なＣＤ４＋Ｔ細胞がＣＯＶＩＤ－１９患者及び曝露されていない健常人において検出されたことを示す。図１８Ａ、図１８Ｂ、図１８Ｃ、及び図１８Ｄは、同定されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＣＤ４＋Ｔ細胞エピトープの免疫原性を示す。
上記のＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープとしては、ＯＲＦ１ａ１３５０－１３６５、ＯＲＦ１ａｂ５０１９－５０３３、ＯＲＦ６１２－２６、ＯＲＦ１ａｂ６０８８－６１０２、ＯＲＦ１ａｂ６４２０－６４３４、ＯＲＦ１ａ１８０１－１８１５、Ｓ１－１３、Ｅ２６－４０、Ｅ２０－３４、Ｍ１７６－１９０、Ｎ３８８－４０３、ＯＲＦ７ａ３－１７、ＯＲＦ７ａ１－１５、ＯＲＦ７ｂ８－２２、ＯＲＦ７ａ９８－１１２及びＯＲＦ８１－１５が挙げられる。図１４は、エピトープのゲノム全体の位置を示す。このように、特定の実施形態では、本ワクチン組成物は、ＯＲＦ１ａ１３５０－１３６５、ＯＲＦ１ａｂ５０１９－５０３３、ＯＲＦ６１２－２６、ＯＲＦ１ａｂ６０８８－６１０２、ＯＲＦ１ａｂ６４２０－６４３４、ＯＲＦ１ａ１８０１－１８１５、Ｓ１－１３、Ｅ２６－４０、Ｅ２０－３４、Ｍ１７６－１９０、Ｎ３８８－４０３、ＯＲＦ７ａ３－１７、ＯＲＦ７ａ１－１５、ＯＲＦ７ｂ８－２２、ＯＲＦ７ａ９８－１１２及びＯＲＦ８１－１５又はそれらの組み合わせから選択される１つ以上のＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープを含み得る。以下の表５は、前述のエピトープ領域の配列を記載する。
本発明は、上述のＣＤ４＋Ｔ細胞エピトープに限定されない。例えば、本発明はまた、前述のＣＤ４＋Ｔ細胞エピトープの変異体、例えば、前述のＣＤ４＋Ｔ細胞エピトープが１つ以上のアミノ酸によって切断されているか又は１つ以上のアミノ酸によって伸長されている配列（以下の表６に示す例）も含む。
本発明は、上述のＣＤ４＋Ｔ細胞エピトープに限定されない。
特定の実施形態では、本ワクチン組成物は、１～１０個のＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープを含む。特定の実施形態では、本ワクチン組成物は、２～１０個のＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープを含む。特定の実施形態では、本ワクチン組成物は、２～１５個のＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープを含む。特定の実施形態では、本ワクチン組成物は、２～２０個のＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープを含む。特定の実施形態では、本ワクチン組成物は、２～３０個のＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープを含む。特定の実施形態では、本ワクチン組成物は、２～１５個のＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープを含む。特定の実施形態では、本ワクチン組成物は、２～５個のＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープを含む。特定の実施形態では、本ワクチン組成物は、５～１０個のＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープを含む。特定の実施形態では、本ワクチン組成物は、５～１５個のＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープを含む。特定の実施形態では、本ワクチン組成物は、５～２０個のＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープを含む。特定の実施形態では、本ワクチン組成物は、５～２５個のＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープを含む。特定の実施形態では、本ワクチン組成物は、５～３０個のＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープを含む。特定の実施形態では、本ワクチン組成物は、１０～２０個のＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープを含む。特定の実施形態では、本ワクチン組成物は、１０～３０個のＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープを含む。
Ｂ細胞エピトープ
本明細書では、Ｂ細胞エピトープ候補を同定し、Ｂ細胞エピトープ候補の保存性をスクリーニングする方法の例について説明する。本発明は、開示された特定のソフトウェアシステムに限定されず、他のソフトウェアシステムは、かかる方法のために当業者にとってアクセス可能である。
本明細書では、Ｂ細胞エピトープ候補を同定し、Ｂ細胞エピトープ候補の保存性をスクリーニングする方法の例について説明する。本発明は、開示された特定のソフトウェアシステムに限定されず、他のソフトウェアシステムは、かかる方法のために当業者にとってアクセス可能である。
図１９は、ヒト、コウモリ、ジャコウネコ（ｃｉｖｅｔ ｃａｔｓ）、センザンコウ及びラクダのコロナウイルス株の間のスパイク由来Ｂ細胞エピトープの保存を示す。ヒト、コウモリ、ジャコウネコ（ｃｉｖｅｔ ｃａｔｓ）、センザンコウ及びラクダから得られたＳＡＲＳコロナウイルス（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ）２９株の中でＣｌｕｓｔａｌＷを用いて多重配列アラインメントを行った。これには、７つのヒトＳＡＲＳ／ＭＥＲＳ－ＣｏＶ株（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－武漢（ＭＮ９０８９４７．３）、ＳＡＲＳ－ＨＣｏＶ－Ｕｒｂａｎｉ（ＡＹ２７８７４１．１）、ＣｏＶ－ＨＫＵ１－遺伝型Ｂ（ＡＹ８８４００１）、ＣｏＶ－ＯＣ４３（ＫＦ９２３９０３）、ＣｏＶ－ＮＬ６３（ＮＣ００５８３１）、ＣｏＶ－２２９Ｅ（ＫＹ９８３５８７）、ＭＥＲＳ（ＮＣ０１９８４３））、８つのコウモリＳＡＲＳ－ＣｏＶ株（ＢＡＴ－ＳＬ－ＣｏＶ－ＷＩＶ１６（ＫＴ４４４５８２）、ＢＡＴ－ＳＬ－ＣｏＶ－ＷＩＶ１（ＫＦ３６７４５７．１）、ＢＡＴ－ＳＬ－ＣｏＶ－ＹＮＬＦ３１Ｃ（ＫＰ８８６８０８．１）、ＢＡＴ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－ＲＳ６７２（ＦＪ５８８６８６．１）、ＢＡＴ－ＣｏＶ－ＲＡＴＧ１３（ＭＮ９９６５３２．１）、ＢＡＴ－ＣｏＶ－ＹＮ０１（ＥＰＩＩＳＬ４１２９７６）、ＢＡＴ－ＣｏＶ－ＹＮ０２（ＥＰＩＩＳＬ４１２９７７）、ＢＡＴ－ＣｏＶ－１９－ＺＸＣ２１（ＭＧ７７２９３４．１）、３つのジャコウネコＳＡＲＳ－ＣｏＶ株（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－Ｃｉｖｅｔ００７（ＡＹ５７２０３４．１）、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－Ａ０２２（ＡＹ６８６８６３．１）、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－Ｂ０３９（ＡＹ６８６８６４．１））、９つのセンザンコウＳＡＲＳ－ＣｏＶ株（ＰＣｏＶ－ＧＸ－Ｐ２Ｖ（ＭＴ０７２８６４．１）、ＰＣｏＶ－ＧＸ－Ｐ５Ｅ（ＭＴ０４０３３６．１）、ＰＣｏＶ－ＧＸ－Ｐ５Ｌ（ＭＴ０４０３３５．１）、ＰＣｏＶ－ＧＸ－Ｐ１Ｅ（ＭＴ０４０３３４．１）、ＰＣｏＶ－ＧＸ－Ｐ４Ｌ（ＭＴ０４０３３３．１）、ＰＣｏＶ－ＭＰ７８９（ＭＴ０８４０７１．１）、ＰＣｏＶ－ＧＸ－Ｐ３Ｂ（ＭＴ０７２８６５．１）、ＰＣｏＶ－Ｇｕａｎｇｄｏｎｇ－Ｐ２Ｓ（ＥＰＩＩＳＬ４１０５４４）、ＰＣｏＶ－Ｇｕａｎｇｄｏｎｇ（ＥＰＩＩＳＬ４１０７２１））、４つのラクダＳＡＲＳ－ＣｏＶ株（Ｃａｍｅｌ－ＣｏＶ－ＨＫＵ２３（ＫＴ３６８８９１．１）、ＤｃＣｏＶ－ＨＫＵ２３（ＭＮ５１４９６７．１）、ＭＥＲＳ－ＣｏＶ－Ｊｅｄｄａｈ（ＫＦ９１７５２７．１）、Ｒｉｙａｄｈ／ＲＹ１４１（ＮＣ０２８７５２．１））及び１組換え株（ＦＪ２１１８５９．１））が含まれる。青色で強調表示された領域は、配列相同性を表す。Ｂ細胞エピトープであって、ＳＡＲＳコロナウイルスの２つ以上の株の間で少なくとも５０％の保存性を示すか、又は受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）特異的アミノ酸を有するＢ細胞エピトープを候補エピトープとして選択した。
分析から、２２個のＢ細胞エピトープが高度に保存されているとして選択された。図２０Ａ及び図２０Ｂは、保存されたエピトープのＡＣＥ２受容体へのドッキング、並びにタンパク質－ペプチド分子ドッキング分析によって決定された相互作用スコアを示す。図２１Ａ、図２１Ｂ、図２１Ｃ、図２１Ｄ、図２１Ｅ、図２１Ｆ及び図２１Ｇは、同定されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｂ細胞エピトープの免疫原性を示す。
上述のＢ細胞標的エピトープとしては、Ｓ２８７－３１７、Ｓ５２４－５９８、Ｓ６０１－６４０、Ｓ８０２－８１９、Ｓ８８８－９０９、Ｓ３６９－３９３、Ｓ４４０－５０１、Ｓ１１３３－１１７２、Ｓ３２９－３６３、Ｓ５９－８１及びＳ１３－３７が挙げられる。図２Ｂは、エピトープのゲノム全体の位置を示す。このように、特定の実施形態では、本ワクチン組成物は、Ｓ２８７－３１７、Ｓ５２４－５９８、Ｓ６０１－６４０、Ｓ８０２－８１９、Ｓ８８８－９０９、Ｓ３６９－３９３、Ｓ４４０－５０１、Ｓ１１３３－１１７２、Ｓ３２９－３６３、Ｓ５９－８１、及びＳ１３－３７から選択される１つ以上のＢ細胞標的エピトープを含み得る。いくつかの実施形態では、Ｂ細胞エピトープは全スパイクタンパク質である。いくつかの実施形態では、Ｂ細胞エピトープはスパイクタンパク質の一部である。以下の表７は、前述のエピトープ領域の配列を記載する。
本発明は、上述のＢ細胞エピトープに限定されない。例えば、本発明はまた、前述のＢ細胞エピトープの変異体、例えば、前述のＢ細胞エピトープが１つ以上のアミノ酸によって切断されているか又は１つ以上のアミノ酸によって伸長されている配列（以下の表８に示す例）も含む。
前述のように、いくつかの実施形態では、Ｂ細胞エピトープは全スパイクタンパク質の形態である。いくつかの実施形態では、Ｂ細胞エピトープはスパイクタンパク質の一部の形態である。いくつかの実施形態では、スパイクタンパク質の膜貫通アンカーはインタクトなＳ１－Ｓ２切断部位を有する。いくつかの実施形態では、スパイクタンパク質は、その安定化された立体配座にある。いくつかの実施形態では、スパイクタンパク質は、Ｓ２サブユニットにおける中心ヘリックスの上部のアミノ酸位置９８６及び９８７におけるプロリン置換により安定化される。いくつかの実施形態では、本組成物は、三量体化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）を含む。いくつかの実施形態では、三量体化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）配列が、Ｔ４フィブリチン由来のフォルドン三量体化ドメインの付加によって改変される。いくつかの実施形態では、Ｔ４フィブリチン由来のフォルドン三量体化ドメインの添加は、多価ディスプレイによって免疫原性を増加させる。図２２は、１つ以上の突然変異を含むスパイクタンパク質の非限定的な例を示す。
いくつかの実施形態では、スパイクタンパク質は、Ｔｙｒ－４８９及びＡｓｎ－４８７を含む。（例えば、Ｔｙｒ－４８９及びＡｓｎ－４８７は、ＡＣＥ－２上のＴｙｒ８３及びＧｌｎ－２４との相互作用を助ける）いくつかの実施形態では、スパイクタンパク質は、Ｇｌｎ－４９３を含む。（例えば、Ｇｌｎ－４９３は、ＡＣＥ－２上のＧｌｕ－３５及びＬｙｓ－３１との相互作用を助ける）いくつかの実施形態では、スパイクタンパク質は、Ｔｙｒ－５０５を含む（例えば、Ｔｙｒ－５０５は、ＡＣＥ－２上のＧｌｕ－３７及びＡｒｇ－３９３との相互作用を助ける）。いくつかの実施形態では、本組成物は、Ｓ１－Ｓ２切断部位に変異６８２－ＲＲＡＲ－６８５→６８２－ＱＱＡＱ－６８５を含む。
いくつかの実施形態では、本組成物は、少なくとも１つのプロリン置換を含む。いくつかの実施形態では、本組成物は、少なくとも２つのプロリン置換を含む。例えば、プロリン置換は、Ｋ９８６及びＶ９８７の位置であり得る。
特定の実施形態では、本ワクチン組成物は、１～１０個のＢ細胞標的エピトープを含む。特定の実施形態では、本ワクチン組成物は、２～１０個のＢ細胞標的エピトープを含む。特定の実施形態では、本ワクチン組成物は、２～１５個のＢ細胞標的エピトープを含む。特定の実施形態では、本ワクチン組成物は、２～２０個のＢ細胞標的エピトープを含む。特定の実施形態では、本ワクチン組成物は、２～３０個のＢ細胞標的エピトープを含む。特定の実施形態では、本ワクチン組成物は、２～１５個のＢ細胞標的エピトープを含む。特定の実施形態では、本ワクチン組成物は、２～５個のＢ細胞標的エピトープを含む。特定の実施形態では、本ワクチン組成物は、５～１０個のＢ細胞標的エピトープを含む。特定の実施形態では、本ワクチン組成物は、５～１５個のＢ細胞標的エピトープを含む。特定の実施形態では、本ワクチン組成物は、５～２０個のＢ細胞標的エピトープを含む。特定の実施形態では、本ワクチン組成物は、５～２５個のＢ細胞標的エピトープを含む。特定の実施形態では、本ワクチン組成物は、５～３０個のＢ細胞標的エピトープを含む。特定の実施形態では、本ワクチン組成物は、１０～２０個のＢ細胞標的エピトープを含む。特定の実施形態では、本ワクチン組成物は、１０～３０個のＢ細胞標的エピトープを含む。
特定の実施形態では、選択されるエピトープは、（例えば、ＨＬＡ分子への結合についての）結合アッセイにおいて際だったスコアを達成するエピトープであり得る。例えば、いくつかの実施形態では、選択されるエピトープは、ＥＬＩＳＡ結合アッセイ（例えば、ＨＬＡ－ＤＲ／ペプチドの組み合わせ、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１／ペプチドの組み合わせなどに特異的なＥＬＩＳＡ結合アッセイ）では２５０以下のＩＣ５０スコアを有し、又は異なる結合アッセイでは２５０以下のＩＣ５０スコアと同等の値を有する。結合アッセイは、当業者に周知である。
大きな配列の配置
記載される本組成物の大きな配列は、様々な構成で配置され得る（図２３を参照されたい）。いくつかの実施形態では、大きな配列は、スパイク糖タンパク質（Ｓ）又はその一部（例えば、ＲＢＤ）の後にＯＲＦ１ａ／ｂタンパク質又はその一部が続き、その後に核タンパク質又はその一部が続くように配置され得る。いくつかの実施形態では、大きな配列は、スパイク糖タンパク質（Ｓ）又はその一部（例えば、ＲＢＤ）の後にＯＲＦ１ａ／ｂタンパク質又はその一部が続き、その後に核タンパク質又はその一部の後に膜（Ｍ）又はその一部が続くように配置され得る。
記載される本組成物の大きな配列は、様々な構成で配置され得る（図２３を参照されたい）。いくつかの実施形態では、大きな配列は、スパイク糖タンパク質（Ｓ）又はその一部（例えば、ＲＢＤ）の後にＯＲＦ１ａ／ｂタンパク質又はその一部が続き、その後に核タンパク質又はその一部が続くように配置され得る。いくつかの実施形態では、大きな配列は、スパイク糖タンパク質（Ｓ）又はその一部（例えば、ＲＢＤ）の後にＯＲＦ１ａ／ｂタンパク質又はその一部が続き、その後に核タンパク質又はその一部の後に膜（Ｍ）又はその一部が続くように配置され得る。
いくつかの実施形態では、大きな配列は、ＯＲＦ１ａ／ｂタンパク質又はその一部に核タンパク質（Ｎ）又はその一部が続くように配置され得る。いくつかの実施形態では、大きな配列は、ＯＲＦ１ａ／ｂタンパク質又はその一部の後に核タンパク質（Ｎ）又はその一部が続き、その後に膜（Ｍ）又はその一部が続くように配置され得る。
いくつかの実施形態では、大きな配列は、スパイク糖タンパク質（Ｓ）又はその一部（例えば、ＲＢＤ）の後に断片１又はその一部が続くように配置され得る。いくつかの実施形態では、大きな配列は、スパイク糖タンパク質（Ｓ）又はその一部（例えば、ＲＢＤ）の後に断片２又はその一部が続くように配置され得る。いくつかの実施形態では、大きな配列は、スパイク糖タンパク質（Ｓ）又はその一部（例えば、ＲＢＤ）の後に断片４又はその一部が続くように配置され得る。いくつかの実施形態では、大きな配列は、スパイク糖タンパク質（Ｓ）又はその一部（例えば、ＲＢＤ）の後に断片５又はその一部が続くように配置され得る。さらなる実施形態では、大きな配列は、スパイク糖タンパク質（Ｓ）又はその一部（例えば、ＲＢＤ）の後に断片１又はその一部が続き、その後に断片５又はその一部が続くように配置され得る。
いくつかの実施形態では、大きな配列は、スパイク糖タンパク質（Ｓ）又はその一部（例えば、ＲＢＤ）の後にヌクレオカプシドタンパク質又はその一部が続くように配置され得る。いくつかの実施形態では、大きな配列は、スパイク糖タンパク質（Ｓ）又はその一部（例えば、ＲＢＤ）の後にＯＲＦ１ａｂタンパク質又はその一部が続き、その後にＯＲＦ３タンパク質又はその一部が続き、その後にエンベロープタンパク質又はそのタンパク質が続き、その後に膜タンパク質又はその一部が続き、その後にＯＲＦ６タンパク質又はその一部が続き、その後にＯＲＦ７ａタンパク質又はその一部が続くように配置され得る。いくつかの実施形態では、大きな配列は、スパイク糖タンパク質（Ｓ）又はその一部（例えば、ＲＢＤ）の後に膜タンパク質又はその一部が続き、その後にエンベロープタンパク質又はその一部が続き、その後にＮｓｐ３タンパク質又はその一部が続き、その後にＮｓｐ５タンパク質又はその一部が続き、その後にＮｓｐ１２タンパク質又はその一部が続くように配置され得る。
いくつかの実施形態では、大きな配列は、スパイク糖タンパク質（Ｓ）又はその一部（例えば、ＲＢＤ）の後に１つの大きな配列が続くように配置され得る。いくつかの実施形態では、大きな配列は、スパイク糖タンパク質（Ｓ）又はその一部（例えば、ＲＢＤ）の後に２つの大きな配列が続くように配置され得る。いくつかの実施形態では、大きな配列は、スパイク糖タンパク質（Ｓ）又はその一部（例えば、ＲＢＤ）の後に３つの大きな配列が続くように配置され得る。いくつかの実施形態では、大きな配列は、スパイク糖タンパク質（Ｓ）又はその一部（例えば、ＲＢＤ）の後に４つの大きな配列が続くように配置され得る。いくつかの実施形態では、大きな配列は、スパイク糖タンパク質（Ｓ）又はその一部（例えば、ＲＢＤ）の後に５つの大きな配列が続くように配置され得る。
いくつかの実施形態では、大きな配列は、スパイク糖タンパク質（Ｓ）又はその一部（例えば、ＲＢＤ）の後に１つの大きな配列が続き、両方がそれぞれプロモーターによって駆動されるか、又は両方が単一のプロモーターによって駆動され、ただし図ｘ、ｙ及びｚに示すようにリンカーによって分離されるように配置され得る）
ワクチン候補
前述のように、本発明は、１つ以上の大きな配列、２つ以上の大きな配列、３つ以上の大きな配列、４つ以上の大きな配列、又は５つ以上の大きな配列を特徴とする抗原を含むワクチン組成物を提供する。いくつかの実施形態では、大きな配列は、少なくとも１つのＢ細胞エピトープ及び少なくとも１つのＣＤ４＋Ｔ細胞エピトープ、少なくとも１つのＢ細胞エピトープ及び少なくとも１つのＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープ、少なくとも１つのＣＤ４＋Ｔ細胞エピトープ及び少なくとも１つのＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープ、又は少なくとも１つのＢ細胞エピトープ、少なくとも１つのＣＤ４＋Ｔ細胞エピトープ、及び少なくとも１つのＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープを含む。
前述のように、本発明は、１つ以上の大きな配列、２つ以上の大きな配列、３つ以上の大きな配列、４つ以上の大きな配列、又は５つ以上の大きな配列を特徴とする抗原を含むワクチン組成物を提供する。いくつかの実施形態では、大きな配列は、少なくとも１つのＢ細胞エピトープ及び少なくとも１つのＣＤ４＋Ｔ細胞エピトープ、少なくとも１つのＢ細胞エピトープ及び少なくとも１つのＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープ、少なくとも１つのＣＤ４＋Ｔ細胞エピトープ及び少なくとも１つのＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープ、又は少なくとも１つのＢ細胞エピトープ、少なくとも１つのＣＤ４＋Ｔ細胞エピトープ、及び少なくとも１つのＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープを含む。
表９及び図２４は、本明細書に記載のワクチン組成物の例を示す。本発明は、表９の例に限定されない。
上述のように、本発明は表９の例に限定されない。いくつかの実施形態では、ワクチン候補は、本明細書に記載されるような様々な要素（例えば、プロモーター、タンパク質、アジュバント）を含み得る。
表１０は、本明細書に記載のワクチン組成物を作製するために使用され得るタンパク質の非限定的な例を示す。いくつかの実施形態では、以下に列挙されるタンパク質は、複数の組み合わせで配置され得る。いくつかの実施形態では、タンパク質は、互いに直接連結されてもよい。他の実施形態では、タンパク質は、リンカーを介して共に連結されている。
表１０は、スパイクタンパク質の非限定的な例を示す。
分子アジュバント及びＴ細胞の増強
特定の実施形態では、本ワクチン組成物は、分子アジュバント及び／又は１つ以上のＴ細胞増強組成物を含む。アジュバント及び／又は増強組成物は、本ワクチン組成物の免疫原性及び／又は長期記憶の改善を助ける。分子アジュバントの非限定的な例としては、ＣｐＧポリマーなどのＣｐＧ、及びフラジェリンが挙げられる。
特定の実施形態では、本ワクチン組成物は、分子アジュバント及び／又は１つ以上のＴ細胞増強組成物を含む。アジュバント及び／又は増強組成物は、本ワクチン組成物の免疫原性及び／又は長期記憶の改善を助ける。分子アジュバントの非限定的な例としては、ＣｐＧポリマーなどのＣｐＧ、及びフラジェリンが挙げられる。
いくつかの実施形態では、本ワクチン組成物は、Ｔ細胞誘引ケモカインを含む。Ｔ細胞誘引ケモカインは、Ｔ細胞を血行路から適切な組織、例えば、肺、心臓、腎臓及び脳に引き込むのを助ける。Ｔ細胞誘引ケモカインの非限定的な例としては、ＣＣＬ５、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＣＬ２５、ＣＣＬ２８、ＣＸＣＬ１４、ＣＸＣＬ１７、又はそれらの組み合わせが挙げられる。
いくつかの実施形態では、本ワクチン組成物は、Ｔ細胞増殖を促進する組成物を含む。Ｔ細胞増殖を促進する組成物の非限定的な例としては、ＩＬ－７、ＩＬ－１５、ＩＬ－２又はそれらの組み合わせが挙げられる。
いくつかの実施形態では、本ワクチン組成物は、肺におけるＴ細胞ホーミングを促進する組成物を含む。Ｔ細胞ホーミングを促進する組成物の非限定的な例としては、ＣＣＬ２５、ＣＣＬ２８、ＣＸＣＬ１４、ＣＸＣＬ１７又はそれらの組み合わせが挙げられる。
特定の実施形態では、分子アジュバント及び／又はＴ細胞誘引ケモカイン及び／又はＴ細胞増殖を促進する組成物は、大きな配列から別の抗原送達系で送達される。
表１１は、本明細書に記載のワクチン組成物を作製するために使用され得るＴ細胞増強の非限定的な例を示す。
好ましい実施形態では、本明細書に記載のＴ細胞増強組成物（例えば、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＩＬ－７、ＩＬ－２）は、本ワクチン組成物とは別の送達系に組み込まれ得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＴ細胞増強組成物（例えば、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＩＬ－７、ＩＬ－２）は、本ワクチン組成物と同じ送達系に組み込まれ得る。
特定の実施形態では、本ワクチン組成物はタグを含む。例えば、いくつかの実施形態では、本ワクチン組成物はＨｉｓタグを含む。本発明はＨｉｓタグに限定されず、蛍光タグ（例えば、ＧＦＰ、ＹＦＰなど）などの当業者に公知のタグなどの他のタグを含む。
抗原送達系
本発明はまた、抗原送達系の形態のワクチン組成物を特徴とする。本明細書に記載の抗原の送達のために、任意の適切な抗原送達系が検討され得る。本発明は、本明細書に記載の抗原送達系に限定されない。
本発明はまた、抗原送達系の形態のワクチン組成物を特徴とする。本明細書に記載の抗原の送達のために、任意の適切な抗原送達系が検討され得る。本発明は、本明細書に記載の抗原送達系に限定されない。
特定の実施形態では、抗原送達系は、本ワクチン組成物の標的化送達、例えば、ウイルスが複製する身体の組織を標的化するためのものである。
特定の実施形態では、抗原送達系は、限定するものではないが、Ａｄ５、Ａｄ２６、Ａｄ３５などのアデノウイルス、並びに脂質ナノ粒子、ポリマー、ペプチドなどの担体を含む。他の実施形態では、抗原送達系は、水疱性口内炎ウイルス（ＶＳＶ）ベクターを含む。
本発明は、アデノウイルスベクター系の抗原送達系に限定されない。特定の実施形態では、抗原送達系は、限定するものではないが、アデノ随伴ウイルスベクタータイプ９（ＡＡＶ９血清型）、ＡＡＶタイプ８（ＡＡＶ８血清型）などのアデノ随伴ウイルスベクター系の抗原送達系を含む。特定の実施形態では、使用されるアデノ随伴ウイルスベクターは、例えば、肺、脳、心臓及び腎臓、例えば、ＡＣＥ２受容体を発現する身体の組織に対してトロピックである（図３Ａ））。例えば、ＡＡＶ９はニューロトロピックであることが知られており、これは本ワクチン組成物が脳内で発現されるのを助けるであろう。
抗原送達系では、１つ以上の大きな配列は、プロモーターに作動可能に連結されている。特定の実施形態では、１つ以上の大きな配列は、汎用プロモーターに作動可能に連結されている。例えば、特定の実施形態では、１つ以上の大きな配列は、ＣＭＶプロモーターに作動可能に連結されている。特定の実施形態では、１つ以上の大きな配列は、ＣＡＧ、ＥＦＩＡ、ＥＦＳ、ＣＢｈ、ＳＦＦＶ、ＭＳＣＶ、ｍＰＧＫ、ｈＰＧＫ、ＳＶ４０、ＵＢＣ、又は他の適切なプロモーターに作動可能に連結されている。
いくつかの実施形態では、１つ以上の大きな配列は、組織特異的プロモーター（例えば、肺特異的プロモーター）に作動可能に連結されている。例えば、抗原は、ＳｐＢプロモーター又はＣＤ１４４プロモーターに作動可能に連結され得る。
先に述べたように、特定の実施形態では、本ワクチン組成物は分子アジュバントを含む。特定の実施形態では、分子アジュバントは、例えば、上記のように、汎用プロモーターに作動可能に連結されている。特定の実施形態では、分子アジュバントは、組織特異的プロモーター、例えば、肺特異的プロモーター、例えば、ＳｐＢ又はＣＤ１４４に作動可能に連結されている。
先に述べたように、特定の実施形態では、本ワクチン組成物は、Ｔ細胞誘引ケモカインを含む。特定の実施形態では、Ｔ細胞誘引ケモカインは、例えば、上記のように、汎用プロモーターに作動可能に連結されている。特定の実施形態では、Ｔ細胞誘引ケモカインは、組織特異的プロモーター、例えば、肺特異的プロモーター、例えば、ＳｐＢ又はＣＤ１４４に作動可能に連結されている。
先に述べたように、特定の実施形態では、本ワクチン組成物は、Ｔ細胞増殖を促進するための組成物を含む。特定の実施形態では、Ｔ細胞増殖を促進するための組成物は、例えば、上記のように、汎用プロモーターに作動可能に連結されている。特定の実施形態では、Ｔ細胞増殖を促進するための組成物は、組織特異的プロモーター、例えば、肺特異的プロモーター、例えば、ＳｐＢ又はＣＤ１４４に動作可能に連結されている。
表１２は、本明細書に記載のワクチン組成物を作製するために使用され得るプロモーターの非限定的な例を示す。
特定の実施形態では、Ｔ細胞誘引ケモカイン及びＴ細胞増殖を促進する組成物は、同じプロモーターによって駆動される（例えば、Ｔ細胞誘引ケモカイン及びＴ細胞増殖を促進する組成物は、ペプチドとして合成される）。特定の実施形態では、Ｔ細胞誘引ケモカイン及びＴ細胞増殖を促進する組成物は、異なるプロモーターによって駆動される。特定の実施形態では、抗原、Ｔ細胞誘引ケモカイン、及びＴ細胞増殖を促進する組成物は、同じプロモーターによって駆動される。特定の実施形態では、抗原、Ｔ細胞誘引ケモカイン、及びＴ細胞増殖を促進する組成物は、異なるプロモーターによって駆動される。特定の実施形態では、Ｔ細胞誘引ケモカイン及びＴ細胞増殖を促進する組成物は、同じプロモーターによって駆動され、１つ以上の大きな配列は、異なるプロモーターによって駆動される。
いくつかの実施形態では、抗原送達系は、Ｔ細胞誘引ケモカインとＴ細胞増殖を促進する組成物との間に１つ以上のリンカーを含む。特定の実施形態では、リンカーは、１つ以上のエピトープの間で使用される。リンカーは、別の分子（例えば、ケモカイン）の切断を可能にし得る。例えば、いくつかの実施形態では、リンカーは、ＩＬ－７（又はＩＬ－２）と、ＣＣＬ５、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＣＬ２５、ＣＣＬ２８、ＣＸＣＬ１４、ＣＸＣＬ１７などとの間に配置される。いくつかの実施形態では、リンカーは、ＩＬ－１５と、ＣＣＬ５、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＣＬ２５、ＣＣＬ２８、ＣＸＣＬ１４、ＣＸＣＬ１７などとの間に配置される。いくつかの実施形態では、リンカーは、抗原又は大きな配列と、別の組成物、例えば、ＩＬ－１５、ＩＬ－７、ＣＣＬ５、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＣＬ２５、ＣＣＬ２８、ＣＸＣＬ１４、ＣＸＣＬ１７などとの間に配置される。リンカーの非限定的な例は、Ｔ２Ａ、Ｅ２Ａ、Ｐ２Ａ（表１３を参照されたい）などである。本組成物は、各オープンリーディングフレーム間の異なるリンカーを特徴とし得る。
本発明は、本明細書のワクチン組成物又はその一部、例えば、分子アジュバント、Ｔ細胞増強などのいずれかをコードするｍＲＮＡ配列を含む。本発明はまた、本明細書のワクチン組成物又はその一部のいずれかをコードする修飾ｍＲＮＡ配列を含む。本発明はまた、本明細書のワクチン組成物又はその一部のいずれかをコードするＤＮＡ配列を含む。
特定の実施形態では、本明細書のワクチン組成物の核酸は化学的に修飾されている。いくつかの実施形態では、ワクチン組成物の中の核酸は修飾されていない。いくつかの実施形態では、オープンリーディングフレーム中のウラシルの全部又は一部は、化学修飾を有する。いくつかの実施形態では、化学修飾はウラシルの５位にある。いくつかの実施形態では、化学修飾は、Ｎ１－メチルプソイドウリジンである。いくつかの実施形態では、オープンリーディングフレーム中のウラシルの全部又は一部は、ウラシルの５位にＮ１－メチルプソイドウリジンを有する。
特定の実施形態では、本明細書のワクチン組成物のオープンリーディングフレームが１つの抗原又はエピトープをコードする。いくつかの実施形態では、本明細書のワクチン組成物のオープンリーディングフレームは、２つ以上の抗原又はエピトープをコードする。いくつかの実施形態では、本明細書のワクチン組成物のオープンリーディングフレームは、５つ以上の抗原又はエピトープをコードする。いくつかの実施形態では、本明細書のワクチン組成物のオープンリーディングフレームは、１０個以上の抗原又はエピトープをコードする。いくつかの実施形態では、本明細書のワクチン組成物のオープンリーディングフレームは、５０個以上の抗原又はエピトープをコードする。
方法
いくつかの実施形態では、本方法は、コロナウイルス配列（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、変異体、風邪コロナウイルス、以前から知られているコロナウイルス株、動物コロナウイルスなど）に由来する１つ以上の保存された大きな配列を決定することを含む。本方法は、少なくとも１つの大きな保存配列を選択すること、及び選択された１又は複数の大きな保存配列を含む１又は複数の抗原を合成することを含み得る。本方法は、選択された１又は複数の大きな保存配列を含む抗原をコードするヌクレオチド組成物（例えば、ＤＮＡ、修飾ＤＮＡ、ｍＲＮＡ、修飾ｍＲＮＡ、抗原送達系など）を合成することを含み得る。いくつかの実施形態では、本方法は、抗原、ヌクレオチド組成物及び／又は抗原送達系並びに医薬担体を含むワクチン組成物を作製することをさらに含む。いくつかの実施形態では、大きな配列は、本明細書に記載の１つ以上の保存されたエピトープ、例えば、１つ以上の保存されたＢ細胞標的エピトープ及び／又は１つ以上の保存されたＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープ及び／又は１つ以上の保存されたＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープを含む。
いくつかの実施形態では、本方法は、コロナウイルス配列（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、変異体、風邪コロナウイルス、以前から知られているコロナウイルス株、動物コロナウイルスなど）に由来する１つ以上の保存された大きな配列を決定することを含む。本方法は、少なくとも１つの大きな保存配列を選択すること、及び選択された１又は複数の大きな保存配列を含む１又は複数の抗原を合成することを含み得る。本方法は、選択された１又は複数の大きな保存配列を含む抗原をコードするヌクレオチド組成物（例えば、ＤＮＡ、修飾ＤＮＡ、ｍＲＮＡ、修飾ｍＲＮＡ、抗原送達系など）を合成することを含み得る。いくつかの実施形態では、本方法は、抗原、ヌクレオチド組成物及び／又は抗原送達系並びに医薬担体を含むワクチン組成物を作製することをさらに含む。いくつかの実施形態では、大きな配列は、本明細書に記載の１つ以上の保存されたエピトープ、例えば、１つ以上の保存されたＢ細胞標的エピトープ及び／又は１つ以上の保存されたＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープ及び／又は１つ以上の保存されたＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープを含む。
いくつかの実施形態では、大きな配列のそれぞれが、現在蔓延している少なくとも２つのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ヒト株、以前のヒトのアウトブレイクを引き起こした少なくとも１つのコロナウイルス、コウモリから単離された少なくとも１つのコロナウイルス、センザンコウから単離された少なくとも１つのコロナウイルス、ジャコウネコ（ｃｉｖｅｔ ｃａｔｓ）から単離された少なくとも１つのコロナウイルス、ミンクから単離された少なくとも１つのコロナウイルス株、及びラクダ又はコロナウイルスを受容する任意の他の動物から単離された少なくとも１つのコロナウイルス株のうちの２つ又はそれらの組み合わせの間で保存される。
前述のように、本明細書に記載の本組成物、例えば、抗原、本ワクチン組成物、抗原送達系、ケモカイン、アジュバントなどは、対象におけるコロナウイルス疾患を防止するために使用され得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される本組成物、例えば、抗原、本ワクチン組成物、抗原送達系、ケモカイン、アジュバントなどは、対象におけるコロナウイルス感染症を予防的に防止するために使用され得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の本組成物、例えば、抗原、本ワクチン組成物、抗原送達系、ケモカイン、アジュバントなどは、対象において免疫応答を誘発し得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の本組成物、例えば、抗原、本ワクチン組成物、抗原送達系、ケモカイン、アジュバントなどは、マルチエピトープ汎コロナウイルスワクチン組成物によって誘導される免疫応答を延長し、肺へのＴ細胞遊走を増加させ得る。
対象におけるコロナウイルス疾患を防止するための方法は、治療有効量の本発明による汎コロナウイルスワクチン組成物を対象に投与することを含み得る。いくつかの実施形態では、本組成物は、対象において免疫応答を誘発する。いくつかの実施形態では、本組成物は、メモリーＢ細胞及びメモリーＴ細胞を誘導する。いくつかの実施形態では、本組成物は、常在性メモリーＴ細胞（Ｔｒｍ）を誘導する。いくつかの実施形態では、本組成物は、例えば、肺、脳、心臓及び腎臓などのウイルスが通常複製する領域におけるウイルス複製を防止する。いくつかの実施形態では、本組成物は、例えば、肺、脳、心臓及び腎臓などのウイルスが通常複製する領域におけるサイトカインストームを防止する。いくつかの実施形態では、本組成物は、例えば、肺、脳、心臓及び腎臓などのウイルスが通常複製する領域における炎症又は炎症応答を防止する。いくつかの実施形態では、本組成物は、例えば、肺、脳、心臓及び腎臓などのウイルスが通常複製する領域におけるＴ細胞のホーミング及び保持を改善する。
対象におけるコロナウイルス感染症を予防的に防止するための方法は、予防的有効量の本発明による汎コロナウイルスワクチン組成物を対象に投与することを含み得る。いくつかの実施形態では、本組成物は、対象において免疫応答を誘発する。いくつかの実施形態では、本組成物は、メモリーＢ細胞及びメモリーＴ細胞を誘導する。いくつかの実施形態では、本組成物は、常在性メモリーＴ細胞（Ｔｒｍ）を誘導する。いくつかの実施形態では、本組成物は、例えば、肺、脳、心臓及び腎臓などのウイルスが通常複製する領域におけるウイルス複製を防止する。いくつかの実施形態では、本組成物は、例えば、肺、脳、心臓及び腎臓などのウイルスが通常複製する領域におけるサイトカインストームを防止する。いくつかの実施形態では、本組成物は、例えば、肺、脳、心臓及び腎臓などのウイルスが通常複製する領域における炎症又は炎症応答を防止する。いくつかの実施形態では、本組成物は、例えば、肺、脳、心臓及び腎臓などのウイルスが通常複製する領域におけるＴ細胞のホーミング及び保持を改善する。
対象において免疫応答を誘発する方法は、本発明によるワクチン組成物を対象に投与することを含み得、ここで、本組成物は対象において免疫応答を誘発する。いくつかの実施形態では、本組成物は、メモリーＢ細胞及びメモリーＴ細胞を誘導する。いくつかの実施形態では、本組成物は、常在性メモリーＴ細胞（Ｔｒｍ）を誘導する。いくつかの実施形態では、本組成物は、例えば、肺、脳、心臓及び腎臓などのウイルスが通常複製する領域におけるウイルス複製を防止する。いくつかの実施形態では、本組成物は、例えば、肺、脳、心臓及び腎臓などのウイルスが通常複製する領域におけるサイトカインストームを防止する。いくつかの実施形態では、本組成物は、例えば、肺、脳、心臓及び腎臓などのウイルスが通常複製する領域における炎症又は炎症応答を防止する。いくつかの実施形態では、本組成物は、例えば、肺、脳、心臓及び腎臓などのウイルスが通常複製する領域におけるＴ細胞のホーミング及び保持を改善する。
本発明のワクチン組成物によって誘導される免疫応答を延長し、特定の組織（例えば、肺、脳、心臓、腎臓など）へのＴ細胞遊走を増加させるための方法は、Ｔ細胞誘引ケモカイン、Ｔ細胞増殖を促進する組成物、及び本発明によるワクチン組成物（例えば、抗原）を共発現させることを含み得る。
本発明のワクチン組成物によって誘導されたメモリーＴ細胞の肺への保持を延長し、ウイルス特異的組織常在メモリーＴ細胞（ＴＲＭ細胞）を増加させる方法は、Ｔ細胞誘引ケモカイン、Ｔ細胞増殖を促進する組成物、及び本発明によるワクチン組成物（例えば、抗原）を共発現させることを含み得る。
本ワクチン組成物は、標準的な手段、例えば、静脈内経路（ｉ．ｖ．）、鼻腔内経路（ｉ．ｎ．）、又は舌下経路（ｓ．ｌ．）経路を介して投与される。
特定の実施形態では、本方法は、対象に第２の（例えば、ブースタ）用量を投与することを含む。第２の用量は、同じワクチン組成物又は異なるワクチン組成物を含み得る。１つ以上のワクチン組成物のさらなる用量が投与され得る。
逐次ワクチン送達方法
いくつかの実施形態では、本発明は、対象において異種免疫を誘導するためにワクチンを送達する方法を特徴とする（例えば、プライム／ブースト、図２５Ｂ及び図２６Ｂを参照されたい）。いくつかの実施形態では、本方法は、第１の送達系を使用して第１の汎コロナウイルスワクチン組成物用量を投与することを含む。さらなる実施形態では、本方法は、第２の送達系を使用して第２のワクチン組成物用量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、第２の組成物は、第１の組成物の投与の８日後に投与される。いくつかの実施形態では、第２の組成物は、第１の組成物の投与の９日後に投与される。いくつかの実施形態では、第２の組成物は、第１の組成物の投与の１０日後に投与される。いくつかの実施形態では、第２の組成物は、第１の組成物の投与の１１日後に投与される。いくつかの実施形態では、第２の組成物は、第１の組成物の投与の１２日後に投与される。いくつかの実施形態では、第２の組成物は、第１の組成物の投与の１３日後に投与される。いくつかの実施形態では、第２の組成物は、第１の組成物の投与の１４日後に投与される。いくつかの実施形態では、第２の組成物は、第１の組成物の投与の１４から３０日後に投与される。いくつかの実施形態では、第２の組成物は、第１の組成物の投与の３０から６０日後に投与される。他の実施形態では、第１の送達系と第２の送達系は異なる。いくつかの実施形態では、ペプチドワクチン組成物は、第１のワクチン組成物用量の投与の１４日後に投与される。いくつかの実施形態では、ペプチドワクチン組成物は、第１のワクチン組成物用量の投与の３０又は６０日後に投与される。
いくつかの実施形態では、本発明は、対象において異種免疫を誘導するためにワクチンを送達する方法を特徴とする（例えば、プライム／ブースト、図２５Ｂ及び図２６Ｂを参照されたい）。いくつかの実施形態では、本方法は、第１の送達系を使用して第１の汎コロナウイルスワクチン組成物用量を投与することを含む。さらなる実施形態では、本方法は、第２の送達系を使用して第２のワクチン組成物用量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、第２の組成物は、第１の組成物の投与の８日後に投与される。いくつかの実施形態では、第２の組成物は、第１の組成物の投与の９日後に投与される。いくつかの実施形態では、第２の組成物は、第１の組成物の投与の１０日後に投与される。いくつかの実施形態では、第２の組成物は、第１の組成物の投与の１１日後に投与される。いくつかの実施形態では、第２の組成物は、第１の組成物の投与の１２日後に投与される。いくつかの実施形態では、第２の組成物は、第１の組成物の投与の１３日後に投与される。いくつかの実施形態では、第２の組成物は、第１の組成物の投与の１４日後に投与される。いくつかの実施形態では、第２の組成物は、第１の組成物の投与の１４から３０日後に投与される。いくつかの実施形態では、第２の組成物は、第１の組成物の投与の３０から６０日後に投与される。他の実施形態では、第１の送達系と第２の送達系は異なる。いくつかの実施形態では、ペプチドワクチン組成物は、第１のワクチン組成物用量の投与の１４日後に投与される。いくつかの実施形態では、ペプチドワクチン組成物は、第１のワクチン組成物用量の投与の３０又は６０日後に投与される。
いくつかの実施形態では、第１の送達系又は第２の送達系は、ｍＲＮＡ、修飾ｍＲＮＡ又はペプチドベクターを含む。他の実施形態では、ペプチドベクターは、アデノウイルス又はアデノ随伴ウイルスベクターを含む。
いくつかの実施形態では、本発明は、対象において異種免疫を誘導するためにワクチンを送達する方法を特徴とする（すなわち、プライム／プル、図２５Ａ及び図２６Ａを参照されたい）。いくつかの実施形態では、本方法は、汎コロナウイルスワクチン組成物を投与することを含む。さらなる実施形態では、本方法は、汎コロナウイルスワクチン組成物を投与した後に、少なくとも１つのＴ細胞誘引ケモカインを投与することを含む。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞誘引ケモカインは、本ワクチン組成物が投与された８日後に投与される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞誘引ケモカインは、本ワクチン組成物が投与された９日後に投与される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞誘引ケモカインは、本ワクチン組成物が投与された１０日後に投与される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞誘引ケモカインは、本ワクチン組成物が投与された１１日後に投与される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞誘引ケモカインは、本ワクチン組成物が投与された１２日後に投与される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞誘引ケモカインは、本ワクチン組成物が投与された１３日後に投与される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞誘引ケモカインは、本ワクチン組成物が投与された１４日後に投与される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞誘引ケモカインは、本ワクチン組成物の投与の１４から３０日後に投与される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞誘引ケモカインは、本ワクチン組成物の投与の３０から６０日後に投与される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞誘引ケモカイン組成物は、最後のワクチン組成物用量の投与の８から１４日後に投与される。いくつかの実施形態では、細胞誘引性ケモカイン組成物は、最後のワクチン組成物用量の投与の３０又は６０日後に投与される。
本発明はまた、新規な「プライミング、プル、及びブースト」法を特徴とする。他の実施形態では、本発明は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２から保護するために肺常在Ｂ細胞、ＣＤ４＋Ｔ細胞及びＣＤ８＋Ｔ細胞のサイズを増大し、長く持続させる方法を特徴とする（図２５Ｄ及び図２６Ｄ）。いくつかの実施形態では、本方法は、汎コロナウイルスワクチン組成物を投与することを含む。他の実施形態では、本方法は、汎コロナウイルスワクチン組成物を投与した後に、少なくとも１つのＴ細胞誘引ケモカインを投与することを含む。さらなる実施形態では、本方法は、Ｔ細胞誘引ケモカインを投与した後に少なくとも１つのサイトカインを投与することを含む。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞誘引ケモカインは、汎コロナウイルス組成物の投与の１４日後に投与される。他の実施形態では、サイトカインは、Ｔ細胞誘引ケモカインの投与の１０日後に投与される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞誘引ケモカインは、本ワクチン組成物が投与された８日後に投与される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞誘引ケモカインは、本ワクチン組成物が投与された９日後に投与される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞誘引ケモカインは、本ワクチン組成物が投与された１０日後に投与される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞誘引ケモカインは、本ワクチン組成物が投与された１１日後に投与される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞誘引ケモカインは、本ワクチン組成物が投与された１２日後に投与される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞誘引ケモカインは、本ワクチン組成物が投与された１３日後に投与される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞誘引ケモカインは、本ワクチン組成物が投与された１４日後に投与される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞誘引ケモカインは、本ワクチン組成物の投与の１４から３０日後に投与される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞誘引ケモカインは、本ワクチン組成物の投与の３０から６０日後に投与される。いくつかの実施形態では、サイトカインは、Ｔ細胞誘引ケモカインの投与の８日後に投与される。いくつかの実施形態では、サイトカインは、Ｔ細胞誘引ケモカインの投与の９日後に投与される。いくつかの実施形態では、サイトカインは、Ｔ細胞誘引ケモカインの投与の１０日後に投与される。いくつかの実施形態では、サイトカインは、Ｔ細胞誘引ケモカインの投与の１１日後に投与される。いくつかの実施形態では、サイトカインは、Ｔ細胞誘引ケモカインの投与の１２日後に投与される。いくつかの実施形態では、サイトカインは、Ｔ細胞誘引ケモカインの投与の１３日後に投与される。いくつかの実施形態では、サイトカインは、Ｔ細胞誘引ケモカインの投与の１４日後に投与される。いくつかの実施形態では、サイトカインは、Ｔ細胞誘引ケモカインの投与の１４～３０日後に投与される。いくつかの実施形態では、サイトカインは、Ｔ細胞誘引ケモカインの投与の３０～６０日後に投与される。いくつかの実施形態では、サイトカイン組成物は、Ｔ細胞誘引ケモカインの投与の８～１４日後に投与される。いくつかの実施形態では、サイトカイン組成物は、Ｔ細胞誘引ケモカインの投与の３０又は６０日後に投与される。
本発明は、新規な「プライミング、プル、及び保持」戦略（図２５Ｃ及び図２６Ｃ）をさらに特徴とする。さらなる実施形態では、本発明は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２から保護するために肺常在Ｂ細胞、ＣＤ４＋Ｔ細胞及びＣＤ８＋Ｔ細胞のサイズを増大し、長く持続させる方法を特徴とする。いくつかの実施形態では、本方法は、汎コロナウイルスワクチン組成物を投与することを含む。他の実施形態では、本方法は、汎コロナウイルスワクチン組成物を投与した後に、少なくとも１つのＴ細胞誘引ケモカインを投与することを含む。さらなる実施形態では、本方法は、Ｔ細胞誘引ケモカインを投与した後に少なくとも１つの粘膜ケモカインを投与することを含む。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞誘引ケモカインは、汎コロナウイルス組成物の投与の１４日後に投与される。他の実施形態では、粘膜ケモカインは、Ｔ細胞誘引ケモカインを投与の１０日後に投与される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞誘引ケモカインは、本ワクチン組成物が投与された８日後に投与される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞誘引ケモカインは、本ワクチン組成物が投与された９日後に投与される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞誘引ケモカインは、本ワクチン組成物が投与された１０日後に投与される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞誘引ケモカインは、本ワクチン組成物が投与された１１日後に投与される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞誘引ケモカインは、本ワクチン組成物が投与された１２日後に投与される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞誘引ケモカインは、本ワクチン組成物が投与された１３日後に投与される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞誘引ケモカインは、本ワクチン組成物が投与された１４日後に投与される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞誘引ケモカインは、本ワクチン組成物の投与の１４から３０日後に投与される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞誘引ケモカインは、本ワクチン組成物の投与の３０から６０日後に投与される。いくつかの実施形態では、粘膜ケモカインは、Ｔ細胞誘引ケモカインの投与の８日後に投与される。いくつかの実施形態では、粘膜ケモカインは、Ｔ細胞誘引ケモカインの投与の９日後に投与される。いくつかの実施形態では、粘膜ケモカインは、Ｔ細胞誘引ケモカインの投与の１０日後に投与される。いくつかの実施形態では、粘膜ケモカインは、Ｔ細胞誘引ケモカインの投与の１１日後に投与される。いくつかの実施形態では、粘膜ケモカインは、Ｔ細胞誘引ケモカインの投与の１２日後に投与される。いくつかの実施形態では、粘膜ケモカインは、Ｔ細胞誘引ケモカインの投与の１３日後に投与される。いくつかの実施形態では、粘膜ケモカインは、Ｔ細胞誘引ケモカインの投与の１４日後に投与される。いくつかの実施形態では、粘膜ケモカインは、Ｔ細胞誘引ケモカインの投与の１４から３０日後に投与される。いくつかの実施形態では、粘膜ケモカインは、Ｔ細胞誘引ケモカインの投与の３０から６０日後に投与される。いくつかの実施形態では、粘膜ケモカイン組成物は、Ｔ細胞誘引ケモカインの投与の８から１４日後に投与される。いくつかの実施形態では、粘膜サイトカイン組成物は、Ｔ細胞誘引ケモカインの投与の３０又は６０日後に投与される。
いくつかの実施形態では、粘膜ケモカインは、ＣＣＬ２５、ＣＣＬ２８、ＣＸＣＬ１４、ＣＸＣＬ１７、又はそれらの組み合わせを含み得る。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞誘引ケモカインは、ＣＣＬ５、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、又はそれらの組み合わせを含み得る。いくつかの実施形態では、サイトカインは、ＩＬ－１５、ＩＬ－２、ＩＬ－７又はそれらの組み合わせを含み得る。
いくつかの実施形態では、本明細書のワクチン組成物の効果（又は有効性）は、６０％を超える。いくつかの実施形態では、本明細書のワクチン組成物の効果（又は有効性）は、７０％を超える。いくつかの実施形態では、本明細書のワクチン組成物の効果（又は有効性）は、８０％を超える。いくつかの実施形態では、本明細書のワクチン組成物の効果（又は有効性）は、９０％を超える。いくつかの実施形態では、本明細書のワクチン組成物の効果（又は有効性）は、９５％を超える。
ワクチンの効果は、標準的な分析を用いて評価され得る（例えば、Ｗｅｉｎｂｅｒｇ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｉｎｆｅｃｔ Ｄｉｓ．２０１０ Ｊｕｎ．１；２０１（１１）：１６０７－１０）。例えば、ワクチンの効果は、二重盲検無作為化臨床対照試験によって測定され得る。ワクチンの効果は、非ワクチン接種（ＡＲＵ）研究コホートとワクチン接種（ＡＲＶ）研究コホートとの間の疾患発生率（ＡＲ）の比例的減少として表すことができ、以下の式を使用してワクチン接種群間の疾患の相対リスク（ＲＲ）から計算することができる。効果＝（ＡＲＵ－ＡＲＶ）／ＡＲＵ×１００、及び、効果＝（１－ＲＲ）×１００。
同様に、ワクチンの有効性は、標準的な分析を用いて評価され得る（例えば、Ｗｅｉｎｂｅｒｇ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｉｎｆｅｃｔ Ｄｉｓ．２０１０ Ｊｕｎ．１；２０１（１１）：１６０７－１０）。ワクチンの有効性は、（高いワクチン効果を有することが既に証明されている場合がある）ワクチンが集団における疾患をどのように減少させるかの評価である。この尺度は、対照臨床試験ではなく自然界条件下で、ワクチン自体だけでなくワクチン接種プログラムの利益と有害作用の正味のバランスを評価することができる。ワクチンの有効性は、ワクチンの効果（効力）に比例するが、集団中の標的群がどの程度免疫化されるかということや、「現実世界」の入院、外来診療又は費用の結果に影響を及ぼす他の非ワクチン関連因子にも影響される。例えば、感染症例のセットと適切な対照との間のワクチン接種率を比較する遡及的症例対照分析を使用することができる。ワクチン接種にもかかわらず感染を発症するオッズ比（ＯＲ）を使用して、ワクチンの有効性を率差として表すことができる。有効性＝（１－ＯＲ）×１００。
いくつかの実施形態では、本ワクチンは、対象をコロナウイルスに対して最大１年間免疫化する。いくつかの実施形態では、本ワクチンは、対象をコロナウイルスに対して最大２年間免疫化する。いくつかの実施形態では、本ワクチンは、対象をコロナウイルスに対して１年超にわたって、２年超にわたって、３年超にわたって、４年超にわたって、又は５～１０年にわたって免疫化する。
いくつかの実施態様では、対象は、約２０歳～約５０歳（例えば、約２０、２５、３０、３５、４０、４５又は５０歳）の若年成人である。
いくつかの実施態様では、対象は、約６０歳、約７０歳、又はそれ以上（例えば、約６０、６５、７０、７５、８０、８５又は９０歳）の高齢対象である。
いくつかの実施態様では、対象は、約５歳以下である。例えば、対象は、約１歳～約５歳（例えば、約１、２、３、５又は５歳）、又は約６ヶ月～約１歳（例えば、約６、７、８、９、１０、１１又は１２ヶ月）であり得る。いくつかの実施態様では、対象は、約１２ヶ月以下（例えば、１２、１１、１０、９、８、７、６、５、４、３、２ヶ月又は１ヶ月）である。いくつかの実施形態では、対象は約６ヶ月以下である。
いくつかの実施形態では、対象は満期産（例えば、約３７～４２週間）であった。いくつかの実施形態では、対象は、例えば、妊娠の約３６週又はそれ以前（例えば、約３６、３５、３４、３３、３２、３１、３０、２９、２８、２７、２６又は２５週）に早産で生まれた。例えば、対象は、妊娠約３２週又はそれ以前に生まれていてもよい。いくつかの実施形態では、対象は、妊娠の約３２週～約３６週の間に早産で生まれた。そのような対象では、ワクチンは、後年、例えば約６ヶ月～約５歳、又はそれ以上の年齢で投与され得る。
いくつかの実施形態では、対象は、ワクチンを投与されたときに妊娠している（例えば、第１期、第２期又は第３期）。
いくつかの実施形態では、対象は、慢性肺疾患（例えば、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）又は喘息）を有するか、又はそのリスクがある。ＣＯＰＤの２つの形態には、粘液を伴う長期の咳を伴う慢性気管支炎、及び経時的な肺の損傷を伴う肺気腫が含まれる。このように、ワクチンを投与された対象は、慢性気管支炎又は気腫を有する場合がある。
いくつかの実施形態では、対象は、コロナウイルスに曝露されている。いくつかの実施形態では、対象は、コロナウイルスに感染している。いくつかの実施形態では、対象は、コロナウイルスによる感染のリスクがある。
いくつかの実施形態では、対象は免疫不全状態である（免疫系が損なわれている、例えば、免疫障害又は自己免疫障害を有する）。
医薬担体
特定の実施形態では、本ワクチン組成物は、医薬担体をさらに含む。医薬担体は当業者に周知である。例えば、特定の実施形態では、医薬担体は、水、アルコール、天然又は硬化油、天然又は硬化ワックス、炭酸カルシウム、炭酸ナトリウム、リン酸カルシウム、カオリン、タルク、ラクトース及びそれらの組み合わせからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、医薬担体は、脂質ナノ粒子、アデノウイルスベクター、又はアデノ随伴ウイルスベクターを含み得る。いくつかの実施形態では、本ワクチン組成物は、アデノ随伴ウイルスベクター系の抗原送達系を使用して構築される。
特定の実施形態では、本ワクチン組成物は、医薬担体をさらに含む。医薬担体は当業者に周知である。例えば、特定の実施形態では、医薬担体は、水、アルコール、天然又は硬化油、天然又は硬化ワックス、炭酸カルシウム、炭酸ナトリウム、リン酸カルシウム、カオリン、タルク、ラクトース及びそれらの組み合わせからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、医薬担体は、脂質ナノ粒子、アデノウイルスベクター、又はアデノ随伴ウイルスベクターを含み得る。いくつかの実施形態では、本ワクチン組成物は、アデノ随伴ウイルスベクター系の抗原送達系を使用して構築される。
ナノ粒子（例えば、脂質ナノ粒子）の形で製剤化された、前述の段落のいずれか１つのワクチンも本明細書で提供される。いくつかの実施態様では、ナノ粒子は、５０～２００ｎｍの平均直径を有する。いくつかの実施態様では、ナノ粒子は、脂質ナノ粒子である。いくつかの実施形態では、脂質ナノ粒子は、カチオン性脂質、ＰＥＧ修飾脂質、ステロール及び非カチオン性脂質を含む。いくつかの実施態様では、脂質ナノ粒子は、約２０～６０％のカチオン性脂質、０．５～１５％のＰＥＧ修飾脂質、２５～５５％のステロール、及び２５％の非カチオン性脂質のモル比を有する。いくつかの実施形態では、カチオン性脂質はイオン化可能なカチオン性脂質であり、非カチオン性脂質は中性脂質であり、ステロールはコレステロールである。いくつかの実施形態では、カチオン性脂質は、２，２－ジリノレイル－４－ジメチルアミノエチル－［１，３］－ジオキソラン（ＤＬｉｎ－ＫＣ２－ＤＭＡ）、ジリノレイル－メチル－４－ジメチルアミノブチレート（ＤＬｉｎ－ＭＣ３－ＤＭＡ）、及び、ジ（（Ｚ）－ノナ－２－エン－１－イル）９－（（４－（ジメチルアミノ）ブタノイル）オキシ）ヘプタデカンジオエート（Ｌ３１９）から選択される。
本発明の好ましい実施形態を示して説明してきたが、添付の特許請求の範囲を超えない修正を行うことができることは当業者にはすぐに分かるであろう。したがって、本発明の範囲は、添付の特許請求の範囲によってのみ限定されるべきである。いくつかの実施形態では、この特許出願に提示されている図は、角度、寸法比などを含み、縮尺通りに描かれている。いくつかの実施形態では、図面は代表的なものにすぎず、特許請求の範囲は図面の寸法によって限定されない。いくつかの実施形態では、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」という語句を使用して本明細書に記載される発明の説明は、「から本質的になる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ ｏｆ）」又は「からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｏｆ）」と記載され得る実施形態を含み、したがって、「から本質的になる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ ｏｆ）」又は「からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｏｆ）」という語句を使用して本発明の１つ以上の実施形態を特許請求するための明細書記載要件が満たされる。
配列番号１ ＜２２３＞重症急性呼吸器症候群コロナウイルス２
配列番号１３９ ＜２２３＞合成ワクチン候補１
配列番号１４０ ＜２２３＞合成ワクチン候補２
配列番号１４１ ＜２２３＞合成ワクチン候補３
配列番号１４２ ＜２２３＞合成ワクチン候補４
配列番号１４３ ＜２２３＞合成ワクチン候補５
配列番号１４４ ＜２２３＞合成ワクチン候補６
配列番号１４５ ＜２２３＞合成ワクチン候補７
配列番号１４６ ＜２２３＞合成ワクチン候補８
配列番号１４７ ＜２２３＞合成ワクチン候補９
配列番号１４８ ＜２２３＞６つの安定化変異を有する合成スパイク糖タンパク質
配列番号１４９ ＜２２３＞１つの安定化変異を有する合成スパイク糖タンパク質
配列番号１５０ ＜２２３＞ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２由来のヌクレオカプシドタンパク質
配列番号１５１ ＜２２３＞ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２由来のＯＲＦ１ａｂタンパク質（非アノテーション）
配列番号１５２ ＜２２３＞ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２由来のＯＲＦ３ａタンパク質
配列番号１５３ ＜２２３＞ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２由来のエンベロープタンパク質
配列番号１５４ ＜２２３＞ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２由来の膜タンパク質
配列番号１５５ ＜２２３＞ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２由来のＯＲＦ６タンパク質
配列番号１５６ ＜２２３＞ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２由来のＯＲＦ７ａタンパク質
配列番号１５７ ＜２２３＞ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２由来のＮｓｐ３
配列番号１５８ ＜２２３＞ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２由来のＮｓｐ５
配列番号１５９ ＜２２３＞ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２由来のＮｓｐ１２
配列番号１７１ ＜２２３＞ＣＡＧプロモーター
配列番号１７２ ＜２２３＞ＣＭＶプロモーター
配列番号１７５ ＜２２３＞ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２由来のスパイクタンパク質由来の野生型天然リーダー配列
配列番号１７６ ＜２２３＞Ｔ２Ａリンカー
配列番号１７７ ＜２２３＞Ｅ２Ａリンカー
配列番号１７８ ＜２２３＞Ｐ２Ａリンカー
配列番号１７９～１８０ ＜２２３＞リンカー
配列番号１８１ ＜２２３＞６－Ｈｉｓタグ
配列番号１８２ ＜２２３＞ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２由来のＮｓｐ１、Ｎｓｐ２及びＮｓｐ３
配列番号１８３ ＜２２３＞ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２由来のＮｓｐ５、Ｎｓｐ６、Ｎｓｐ７、Ｎｓｐ８、Ｎｓｐ９、Ｎｓｐ１０、Ｎｓｐ１１、Ｎｓｐ１２、Ｎｓｐ１３、Ｎｓｐ１４、Ｎｓｐ１５及びＮｓｐ１６
配列番号１８４ ＜２２３＞ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２由来のスパイク糖タンパク質
配列番号１８５ ＜２２３＞ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２由来のＯＲＦ３ａ、エンベロープ（Ｅ）、膜（Ｍ）、ＯＲＦ６及びＯＲＦ７ａ
配列番号１８６ ＜２２３＞ＳＡＲＳ－ＣｏＶ様スパイク－Ｓ１－ＮＴＤ
配列番号１８７ ＜２２３＞ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク－Ｓ１－ＲＢＤ
配列番号１８８ ＜２２３＞ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２由来のスパイクタンパク質についての野生型シグナル配列
配列番号１８９ ＜２２３＞６８２－ＱＱＡＱ－６８５変異
配列番号１９０ ＜２２３＞Ｋ９８６Ｐ変異及びＶ９８７Ｐ変異
配列番号１９１ ＜２２３＞ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２由来のＳ１－Ｓ２に６８２－ＱＱＡＱ－６８５変異を有するスパイク糖タンパク質
配列番号１９２ ＜２２３＞２つのプロリン置換（Ｋ９８６Ｐ、Ｖ９８７Ｐ）を有するスパイク糖タンパク質
配列番号１９３ ＜２２３＞４つのプロリン置換（Ｆ８１７Ｐ、Ａ８９２Ｐ、Ａ８９９Ｐ、Ａ９４２Ｐ）を有するスパイク糖タンパク質
配列番号１９４ ＜２２３＞６つのプロリン置換（Ｆ８１７Ｐ、Ａ８９２Ｐ、Ａ８９９Ｐ、Ａ９４２Ｐ、Ｋ９８６Ｐ、Ｖ９８７Ｐ）を有するスパイク糖タンパク質
配列番号１９５ ＜２２３＞６つのプロリン置換（Ｆ８１７Ｐ、Ａ８９２Ｐ、Ａ８９９Ｐ、Ａ９４２Ｐ、Ｋ９８６Ｐ、Ｖ９８７Ｐ）及び６８２－ＱＱＡＱ－６８５変異を有するスパイク糖タンパク質
配列番号１９６ ＜２２３＞ＣｏＶスパイクＳ１－Ｓ２＿Ｓ２
配列番号１９７ ＜２２３＞エピトープリンカー
配列番号１３９ ＜２２３＞合成ワクチン候補１
配列番号１４０ ＜２２３＞合成ワクチン候補２
配列番号１４１ ＜２２３＞合成ワクチン候補３
配列番号１４２ ＜２２３＞合成ワクチン候補４
配列番号１４３ ＜２２３＞合成ワクチン候補５
配列番号１４４ ＜２２３＞合成ワクチン候補６
配列番号１４５ ＜２２３＞合成ワクチン候補７
配列番号１４６ ＜２２３＞合成ワクチン候補８
配列番号１４７ ＜２２３＞合成ワクチン候補９
配列番号１４８ ＜２２３＞６つの安定化変異を有する合成スパイク糖タンパク質
配列番号１４９ ＜２２３＞１つの安定化変異を有する合成スパイク糖タンパク質
配列番号１５０ ＜２２３＞ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２由来のヌクレオカプシドタンパク質
配列番号１５１ ＜２２３＞ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２由来のＯＲＦ１ａｂタンパク質（非アノテーション）
配列番号１５２ ＜２２３＞ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２由来のＯＲＦ３ａタンパク質
配列番号１５３ ＜２２３＞ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２由来のエンベロープタンパク質
配列番号１５４ ＜２２３＞ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２由来の膜タンパク質
配列番号１５５ ＜２２３＞ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２由来のＯＲＦ６タンパク質
配列番号１５６ ＜２２３＞ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２由来のＯＲＦ７ａタンパク質
配列番号１５７ ＜２２３＞ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２由来のＮｓｐ３
配列番号１５８ ＜２２３＞ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２由来のＮｓｐ５
配列番号１５９ ＜２２３＞ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２由来のＮｓｐ１２
配列番号１７１ ＜２２３＞ＣＡＧプロモーター
配列番号１７２ ＜２２３＞ＣＭＶプロモーター
配列番号１７５ ＜２２３＞ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２由来のスパイクタンパク質由来の野生型天然リーダー配列
配列番号１７６ ＜２２３＞Ｔ２Ａリンカー
配列番号１７７ ＜２２３＞Ｅ２Ａリンカー
配列番号１７８ ＜２２３＞Ｐ２Ａリンカー
配列番号１７９～１８０ ＜２２３＞リンカー
配列番号１８１ ＜２２３＞６－Ｈｉｓタグ
配列番号１８２ ＜２２３＞ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２由来のＮｓｐ１、Ｎｓｐ２及びＮｓｐ３
配列番号１８３ ＜２２３＞ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２由来のＮｓｐ５、Ｎｓｐ６、Ｎｓｐ７、Ｎｓｐ８、Ｎｓｐ９、Ｎｓｐ１０、Ｎｓｐ１１、Ｎｓｐ１２、Ｎｓｐ１３、Ｎｓｐ１４、Ｎｓｐ１５及びＮｓｐ１６
配列番号１８４ ＜２２３＞ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２由来のスパイク糖タンパク質
配列番号１８５ ＜２２３＞ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２由来のＯＲＦ３ａ、エンベロープ（Ｅ）、膜（Ｍ）、ＯＲＦ６及びＯＲＦ７ａ
配列番号１８６ ＜２２３＞ＳＡＲＳ－ＣｏＶ様スパイク－Ｓ１－ＮＴＤ
配列番号１８７ ＜２２３＞ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク－Ｓ１－ＲＢＤ
配列番号１８８ ＜２２３＞ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２由来のスパイクタンパク質についての野生型シグナル配列
配列番号１８９ ＜２２３＞６８２－ＱＱＡＱ－６８５変異
配列番号１９０ ＜２２３＞Ｋ９８６Ｐ変異及びＶ９８７Ｐ変異
配列番号１９１ ＜２２３＞ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２由来のＳ１－Ｓ２に６８２－ＱＱＡＱ－６８５変異を有するスパイク糖タンパク質
配列番号１９２ ＜２２３＞２つのプロリン置換（Ｋ９８６Ｐ、Ｖ９８７Ｐ）を有するスパイク糖タンパク質
配列番号１９３ ＜２２３＞４つのプロリン置換（Ｆ８１７Ｐ、Ａ８９２Ｐ、Ａ８９９Ｐ、Ａ９４２Ｐ）を有するスパイク糖タンパク質
配列番号１９４ ＜２２３＞６つのプロリン置換（Ｆ８１７Ｐ、Ａ８９２Ｐ、Ａ８９９Ｐ、Ａ９４２Ｐ、Ｋ９８６Ｐ、Ｖ９８７Ｐ）を有するスパイク糖タンパク質
配列番号１９５ ＜２２３＞６つのプロリン置換（Ｆ８１７Ｐ、Ａ８９２Ｐ、Ａ８９９Ｐ、Ａ９４２Ｐ、Ｋ９８６Ｐ、Ｖ９８７Ｐ）及び６８２－ＱＱＡＱ－６８５変異を有するスパイク糖タンパク質
配列番号１９６ ＜２２３＞ＣｏＶスパイクＳ１－Ｓ２＿Ｓ２
配列番号１９７ ＜２２３＞エピトープリンカー
Claims (255)
- 汎コロナウイルス組換えワクチン組成物であって、１つ以上の大きな配列を含み、前記１つ以上の大きな配列のそれぞれが、
ａ）１つ以上の保存されたコロナウイルスＢ細胞標的エピトープ、
ｂ）１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープ、及び／又は
ｃ）１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープ、
のうちの少なくとも１つを含み、
少なくとも１つのエピトープが非スパイクタンパク質に由来する、組成物。 - 汎コロナウイルス組換えワクチン組成物であって、２つ以上の大きな配列を含み、前記２つ以上の大きな配列のそれぞれが、
ａ）１つ以上の保存されたコロナウイルスＢ細胞標的エピトープ、
ｂ）１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープ、及び／又は
ｃ）１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープ、
のうちの少なくとも１つを含み、
少なくとも１つのエピトープが非スパイクタンパク質に由来する、組成物。 - 汎コロナウイルス組換えワクチン組成物であって、全スパイクタンパク質と、
ａ）１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープ、及び／又は
ｂ）１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープ
のうちの１つ又は両方と、を含み、
少なくとも１つのエピトープが非スパイクタンパク質に由来する、組成物。 - 汎コロナウイルス組換えワクチン組成物であって、スパイクタンパク質の少なくとも一部であって、三量体化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）を含む、スパイクタンパク質の少なくとも一部と、
（ａ）１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープ、
（ｂ）１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープ
のうちの１つ又は両方と、を含み、
少なくとも１つのエピトープが非スパイクタンパク質に由来する、組成物。 - 汎コロナウイルス組換えワクチン組成物であって、全スパイクタンパク質と、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープと、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープと、を含み、少なくとも１つのエピトープが非スパイクタンパク質に由来する、組成物。
- 汎コロナウイルス組換えワクチン組成物であって、スパイクタンパク質の少なくとも一部であって、三量体化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）を含む、スパイクタンパク質の少なくとも一部と、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープと、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープとを含み、少なくとも１つのエピトープが非スパイクタンパク質に由来する、組成物。
- 前記非スパイクタンパク質が、ＯＲＦ１ａｂタンパク質、ＯＲＦ３ａタンパク質、エンベロープタンパク質、膜糖タンパク質、ＯＲＦ６タンパク質、ＯＲＦ７ａタンパク質、ＯＲＦ７ｂタンパク質、ＯＲＦ８タンパク質、ヌクレオカプシドタンパク質及びＯＲＦ１０タンパク質である、請求項１～６のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記１つ以上の大きな配列が、ヒト及び動物のコロナウイルスの間で高度に保存されている、請求項１～７のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記１つ以上の大きな配列が、少なくとも１つのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質に由来する、請求項１～８のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記１つ以上の大きな配列が、現在蔓延している１つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ヒト株又は変異体、以前のヒトのアウトブレイクを引き起こした１つ以上のコロナウイルス、コウモリ、センザンコウ、ジャコウネコ（ｃｉｖｅｔ ｃａｔｓ）、ミンク、ラクダ、及びコロナウイルスを受容する他の動物からなる群から選択される動物から単離される１つ以上のコロナウイルス、又は風邪を引き起こす１つ以上のコロナウイルス、のうちの１つ以上のものに由来する、請求項１～９のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記現在蔓延している１つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ヒト株又は変異体が、Ｂ．１．１７７株、Ｂ．１．１６０株、Ｂ．１．１．７株、Ｂ．１．３５１株、Ｐ．１株、Ｂ．１．４２７／Ｂ．１．４２９株、Ｂ．１．２５８株、Ｂ．１．２２１株、Ｂ．１．３６７株、Ｂ．１．１．２７７株、Ｂ．１．１．３０２株、Ｂ．１．５２５株、Ｂ．１．５２６株、Ｓ：６７７Ｈ株、及びＳ：６７７Ｐ株から選択される、請求項１０に記載の組成物。
- 前記風邪を引き起こす前記１つ以上のコロナウイルスが、２２９Ｅアルファコロナウイルス、ＮＬ６３アルファコロナウイルス、ＯＣ４３ベータコロナウイルス、及びＨＫＵ１ベータコロナウイルスから選択される、請求項１０に記載の組成物。
- 前記保存されたエピトープが、懸念される変異体又は着目する変異体から選択される、請求項１～１２のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記１つ以上の大きな配列が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２によって発現される全タンパク質配列に由来する、請求項１～１３のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記１つ以上の大きな配列が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２によって発現される部分タンパク質配列に由来する、請求項１～１４のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記１つ以上の大きな保存配列が全長スパイク糖タンパク質に由来する、請求項１～１５のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記１つ以上の大きな保存配列が部分スパイク糖タンパク質に由来する、請求項１～１５のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記スパイクタンパク質が、アミノ酸位置９８６及び９８７に２つの連続するプロリン置換を有する、請求項１６又は１７に記載の組成物。
- 前記スパイク糖タンパク質が、Ｔｙｒ－８３及びＴｙｒ－４８９、Ｇｌｎ－２４及びＡｓｎ－４８７を含むアミノ酸位置に単一アミノ酸置換を有する、請求項１６～１８のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記１つ以上の大きな配列が、スパイク糖タンパク質（Ｓ）又はその一部、核タンパク質又はその一部、膜タンパク質又はその一部、及びＯＲＦ１ａ／ｂ又はその一部を含む、請求項１～１９のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記１つ以上の大きな配列が、スパイク糖タンパク質（Ｓ）又はその一部、核タンパク質又はその一部、及びＯＲＦ１ａ／ｂ又はその一部を含む、請求項１～１９のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記スパイク糖タンパク質の前記部分がＲＢＤである、請求項１６～１９のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記１つ以上の大きな配列が、ＯＲＦ１ａｂタンパク質、スパイク糖タンパク質、ＯＲＦ３ａタンパク質、エンベロープタンパク質、膜糖タンパク質、ＯＲＦ６タンパク質、ＯＲＦ７ａタンパク質、ＯＲＦ７ｂタンパク質、ＯＲＦ８タンパク質、ヌクレオカプシドタンパク質、ＯＲＦ１０タンパク質からなる群から選択される、請求項１～２２のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記ＯＲＦ１ａｂタンパク質が、非構造タンパク質（Ｎｓｐ）１、Ｎｓｐ２、Ｎｓｐ３、Ｎｓｐ４、Ｎｓｐ５、Ｎｓｐ６、Ｎｓｐ７、Ｎｓｐ８、Ｎｓｐ９、Ｎｓｐ１０、Ｎｓｐ１１、Ｎｓｐ１２、Ｎｓｐ１３、Ｎｓｐ１４、Ｎｓｐ１５及びＮｓｐ１６を含む、請求項２３に記載の組成物。
- 前記大きな配列の１つ以上が、多数のヒトクラス１及びクラス２ ＨＬＡハプロタイプに限定されたＴ細胞エピトープを含み、クラス１についてはＨＬＡ－０２０１に限定されず、又はクラス２についてはＨＬＡ－ＤＲに限定されない、請求項１～２４のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記大きな配列が、構造タンパク質、非構造タンパク質、又はそれらの組み合わせに由来する、請求項１～２５のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記大きな配列の１つ以上が、配列番号１８２～１８５、配列番号１４８～１５９、配列番号１８６～１８７、及び配列番号１９１～１９６から選択されるタンパク質に由来する、請求項１～２６のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープが、スパイク糖タンパク質、エンベロープタンパク質、ＯＲＦ１ａｂタンパク質、ＯＲＦ７ａタンパク質、ＯＲＦ８ａタンパク質、ＯＲＦ１０タンパク質、又はそれらの組み合わせから選択される、請求項１～２７のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープが、Ｓ２－１０、Ｓ１２２０－１２２８、Ｓ１０００－１００８、Ｓ９５８－９６６、Ｅ２０－２８、ＯＲＦ１ａｂ１６７５－１６８３、ＯＲＦ１ａｂ２３６３－２３７１、ＯＲＦ１ａｂ３０１３－３０２１、ＯＲＦ１ａｂ３１８３－３１９１、ＯＲＦ１ａｂ５４７０－５４７８、ＯＲＦ１ａｂ６７４９－６７５７、ＯＲＦ７ｂ２６－３４、ＯＲＦ８ａ７３－８１、ＯＲＦ１０３－１１及びＯＲＦ１０５－１３から選択される、請求項１～２８のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープが、配列番号２～２９から選択される、請求項１～２９のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープが、配列番号３０～５７から選択される、請求項１～２９のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープが、スパイク糖タンパク質、エンベロープタンパク質、膜タンパク質、ヌクレオカプシドタンパク質、ＯＲＦ１ａタンパク質、ＯＲＦ１ａｂタンパク質、ＯＲＦ６タンパク質、ＯＲＦ７ａタンパク質、ＯＲＦ７ｂタンパク質、ＯＲＦ８タンパク質、又はそれらの組み合わせから選択される、請求項１～３１のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープが、ＯＲＦ１ａ１３５０－１３６５、ＯＲＦ１ａｂ５０１９－５０３３、ＯＲＦ６１２－２６、ＯＲＦ１ａｂ６０８８－６１０２、ＯＲＦ１ａｂ６４２０－６４３４、ＯＲＦ１ａ１８０１－１８１５、Ｓ１－１３、Ｅ２６－４０、Ｅ２０－３４、Ｍ１７６－１９０、Ｎ３８８－４０３、ＯＲＦ７ａ３－１７、ＯＲＦ７ａ１－１５、ＯＲＦ７ｂ８－２２、ＯＲＦ７ａ９８－１１２及びＯＲＦ８１－１５から選択される、請求項１～３２のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープが、配列番号５８～７３から選択される、請求項１～３３のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープが、配列番号７４～１０５から選択される、請求項１～３３のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記１つ以上の保存されたコロナウイルスＢ細胞標的エピトープが、スパイク糖タンパク質から選択される、請求項１～３５のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記１つ以上の保存されたコロナウイルスＢ細胞標的エピトープが、Ｓ２８７－３１７、Ｓ５２４－５９８、Ｓ６０１－６４０、Ｓ８０２－８１９、Ｓ８８８－９０９、Ｓ３６９－３９３、Ｓ４４０－５０１、Ｓ１１３３－１１７２、Ｓ３２９－３６３及びＳ１３－３７から選択される、請求項１～３６のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記１つ以上のコロナウイルスＢ細胞標的エピトープが、配列番号１０６～１１６から選択される、請求項１～３７のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記１つ以上のコロナウイルスＢ細胞標的エピトープが、配列番号１１７～１３８から選択される、請求項１～３７のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記１つ以上の保存されたコロナウイルスＢ細胞標的エピトープが、大きな配列の形態である、請求項１～３９のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記大きな配列が完全長スパイク糖タンパク質である、請求項４０に記載の組成物。
- 前記大きな配列が部分スパイク糖タンパク質である、請求項４０に記載の組成物。
- 前記大きな配列のそれぞれがリンカーによって分離されている、請求項１～４２のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記リンカーが２から１０アミノ酸長である、請求項４３に記載の組成物。
- Ｔ細胞誘引ケモカインをさらに含む、請求項１～４４のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記Ｔ細胞誘引ケモカインが、ＣＣＬ５、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、又はそれらの組み合わせである、請求項４５に記載の組成物。
- Ｔ細胞増殖を促進する組成物をさらに含む、請求項１～４６のいずれか一項に記載の組成物。
- Ｔ細胞増殖を促進する前記組成物が、ＩＬ－７、ＩＬ－２又はＩＬ－１５である、請求項４７に記載の組成物。
- 分子アジュバントをさらに含む、請求項１～４９のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記分子アジュバントがＣｐＧである、請求項５０に記載の組成物。
- 前記分子アジュバントがＣｐＧポリマーである、請求項５４に記載の組成物。
- 前記分子アジュバントがフラジェリンである、請求項５０に記載の組成物。
- 前記組換えワクチン組成物がタグを含む、請求項１～５２のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記タグがＨｉｓタグである、請求項５３に記載の組成物。
- 医薬担体をさらに含む、請求項１～５４のいずれか一項に記載の組成物。
- 対象におけるコロナウイルス疾患を防止するために使用される、請求項１～５５のいずれか一項に記載の組成物。
- 対象におけるコロナウイルス感染症を予防的に防止するために使用される、請求項１～５６のいずれか一項に記載の組成物。
- 対象において免疫応答を誘発する、請求項１～５７のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記マルチエピトープ汎コロナウイルス組換えワクチン組成物によって誘導される免疫応答を延長し、肺へのＴ細胞遊走を増加させる、請求項１～５８のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記スパイクタンパク質の前記膜貫通アンカーがインタクトなＳ１－Ｓ２切断部位を有する、請求項１～５９のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記スパイクタンパク質がその安定化された立体配座にある、請求項１～６０のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記スパイクタンパク質が、Ｓ２サブユニットの中心ヘリックスの上部のアミノ酸位置９８６及び９８７におけるプロリン置換によって安定化されている、請求項１～６１のいずれか一項に記載の組成物。
- 全長スパイクタンパク質を含む、請求項１～６２のいずれか一項に記載の組換えワクチン組成物。
- 全長スパイクタンパク質又は部分スパイクタンパク質を含む、請求項１～６２のいずれか一項に記載の組換えワクチン組成物。
- 前記スパイクタンパク質がＴｙｒ－４８９及びＡｓｎ－４８７を含む、請求項１～６４のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記スパイクタンパク質がＧｌｎ－４９３を含む、請求項１～６５のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記スパイクタンパク質がＴｙｒ－５０５を含む、請求項１～６６のいずれか一項に記載の組成物。
- 三量体化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）配列を含む、請求項１～６７のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記三量体化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）配列が、Ｔ４フィブリチン由来のフォルドン三量体化ドメインの付加によって改変される、請求項６８に記載の組成物。
- Ｔ４フィブリチン由来のフォルドン三量体化ドメインの付加が、多価ディスプレイによって免疫原性を増加させる、請求項６９に記載の組成物。
- 前記保存されたエピトープが、前記懸念される変異体及び前記着目する変異体から選択される、請求項１～７０のいずれか一項に記載の組成物。
- Ｓ１－Ｓ２切断部位に変異６８２－ＲＲＡＲ－６８５→６８２－ＱＱＡＱ－６８５を含む、請求項１～７１のいずれか一項に記載の組成物。
- 少なくとも１つのプロリン置換を含む、請求項１～７２のいずれか一項に記載の組成物。
- 少なくとも２つのプロリン置換を含む、請求項１～７２のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記プロリン置換がＫ９８６及びＶ９８７の位置にある、請求項７３～７４のいずれか一項に記載の組成物。
- Ｋ９８６Ｐ及びＶ９８７Ｐ変異を含む、請求項１～７５のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記スパイクタンパク質又はその一部が配列番号１９５を含む、請求項１～８３のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記スパイクタンパク質又はその一部が、配列番号１９１又は配列番号１９２のうちの１つを含む、請求項１～８３のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記スパイクタンパク質又はその一部が、配列番号１８６～１８７及び配列番号１９１～１９６のうちの１つを含む、請求項１～８３のいずれか一項に記載の組成物。
- 汎コロナウイルス組換えワクチン組成物であって、１つ以上の大きな配列をコードする抗原送達系を含み、前記１つ以上の大きな配列のそれぞれが、
ａ）１つ以上の保存されたコロナウイルスＢ細胞標的エピトープ、
ｂ）１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープ、及び／又は
ｃ）１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープ、
のうちの少なくとも１つを含み、
少なくとも１つのエピトープが非スパイクタンパク質に由来する、組成物。 - 汎コロナウイルス組換えワクチン組成物であって、２つ以上の大きな配列をコードする抗原送達系を含み、前記２つ以上の大きな配列のそれぞれが、
ａ）１つ以上の保存されたコロナウイルスＢ細胞標的エピトープ、
ｂ）１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープ、及び／又は
ｃ）１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープ、
のうちの少なくとも１つを含み、
少なくとも１つのエピトープが非スパイクタンパク質に由来する、組成物。 - 汎コロナウイルス組換えワクチン組成物であって、全スパイクタンパク質をコードする抗原送達系と、
ａ）１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープ、及び／又は
ｂ）１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープ
のうちの１つ又は両方を含み、
少なくとも１つのエピトープが非スパイクタンパク質に由来する、組成物。 - 汎コロナウイルス組換えワクチン組成物であって、スパイクタンパク質の少なくとも一部をコードする抗原送達系であって、スパイクタンパク質の一部が三量体化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）を含む、抗原送達系と、
（ｃ）１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープ、
（ｄ）１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープ
のうちの１つ又は両方を含み、
少なくとも１つのエピトープが非スパイクタンパク質に由来する、組成物。 - 汎コロナウイルス組換えワクチン組成物であって、全スパイクタンパク質をコードする抗原送達系と、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープと、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープとを含み、少なくとも１つのエピトープが非スパイクタンパク質に由来する、組成物。
- 汎コロナウイルス組換えワクチン組成物であって、スパイクタンパク質の少なくとも一部をコードする抗原送達系であって、スパイクタンパク質の一部が三量体化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）を含む、抗原送達系と、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープと、１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープとを含み、少なくとも１つのエピトープが非スパイクタンパク質に由来する、組成物。
- 前記組成物が２つ以上の大きな配列を含む、請求項８０～８５のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記送達系がアデノウイルス系である、請求項８０～８６のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記アデノウイルス送達系が、Ａｄ２６、Ａｄ５、Ａｄ３５、又はそれらの組み合わせである、請求項８７に記載の組成物。
- 前記１つ以上の大きな配列が、汎用プロモーターに作動可能に連結されている、請求項８０～８８のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記汎用プロモーターがＣＭＶ又はＣＡＧプロモーターである、請求項８９に記載の組成物。
- 前記１つ以上の大きな配列が肺特異的プロモーターに作動可能に連結されている、請求項８０～８８のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記肺特異的プロモーターがＳｐＢ又はＣＤ１４４である、請求項９１に記載の組成物。
- 前記抗原送達系が、Ｔ細胞誘引ケモカインをさらにコードする、請求項８０～９２のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記Ｔ細胞誘引ケモカインが、ＣＣＬ５、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、又はそれらの組み合わせである、請求項９３に記載の組成物。
- 前記Ｔ細胞誘引ケモカインが肺特異的プロモーターに作動可能に連結されている、請求項９３～９４のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記Ｔ細胞誘引ケモカインが、汎用プロモーターに作動可能に連結されている、請求項９３～９４のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記抗原送達系が、Ｔ細胞増殖を促進する組成物をさらにコードする、請求項８０～９６のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記Ｔ細胞増殖を促進する組成物が、ＩＬ－７、ＩＬ－２又はＩＬ－１５である、請求項９７に記載の組成物。
- 前記Ｔ細胞増殖を促進する組成物が、肺特異的プロモーターに作動可能に連結されている、請求項９７～９８のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記Ｔ細胞増殖を促進する組成物が、汎用プロモーターに作動可能に連結されている、請求項９７～９８のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記Ｔ細胞誘引ケモカイン及び前記Ｔ細胞増殖を促進する組成物が同じプロモーターによって駆動される、請求項９３～１００のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記ワクチンが、Ｔ細胞誘引ケモカインを含むペプチド及びＴ細胞増殖を促進する組成物をさらにコードする、請求項８０～１０１のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記ペプチドが肺特異的プロモーターに作動可能に連結されている、請求項１０２に記載の組成物。
- 前記ペプチドが汎用プロモーターに作動可能に連結されている、請求項１０２に記載の組成物。
- 前記抗原送達系が分子アジュバントをさらにコードする、請求項８０～１０４のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記分子アジュバントがＣｐＧである、請求項１０５に記載の組成物。
- 前記分子アジュバントがＣｐＧポリマーである、請求項１０６に記載の組成物。
- 前記分子アジュバントがフラジェリンである、請求項１０５に記載の組成物。
- 前記分子アジュバントがプロモーターに作動可能に連結されている、請求項１０５～１０８のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記プロモーターが肺特異的プロモーター又は汎用プロモーターである、請求項１０９に記載の組成物。
- 前記１つ以上の大きな配列が、ヒト及び動物のコロナウイルスの間で高度に保存されている、請求項８０～１１０のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記１つ以上の大きな配列が、少なくとも１つのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質に由来する、請求項８０～１１１のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記１つ以上の大きな配列が、（ａ）現在蔓延している１つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ヒト株又は変異体、（ｂ）以前のヒトのアウトブレイクを引き起こした１つ以上のコロナウイルス、（ｃ）コウモリ、センザンコウ、ジャコウネコ（ｃｉｖｅｔ ｃａｔｓ）、ミンク、ラクダ、及びコロナウイルスを受容する他の動物からなる群から選択される動物から単離される１つ以上のコロナウイルス、又は（ｄ）風邪を引き起こす１つ以上のコロナウイルス、のうちの１つ以上のものに由来する、請求項８０～１１２のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記現在蔓延している１つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ヒト株又は変異体が、Ｂ．１．１７７株、Ｂ．１．１６０株、Ｂ．１．１．７株、Ｂ．１．３５１株、Ｐ．１株、Ｂ．１．４２７／Ｂ．１．４２９株、Ｂ．１．２５８株、Ｂ．１．２２１株、Ｂ．１．３６７株、Ｂ．１．１．２７７株、Ｂ．１．１．３０２株、Ｂ．１．５２５株、Ｂ．１．５２６株、Ｓ：６７７Ｈ株、及びＳ：６７７Ｐ株から選択される、請求項１１３に記載の組成物。
- 前記風邪を引き起こす前記１つ以上のコロナウイルスが、２２９Ｅアルファコロナウイルス、ＮＬ６３アルファコロナウイルス、ＯＣ４３ベータコロナウイルス、及びＨＫＵ１ベータコロナウイルスから選択される、請求項１１３に記載の組成物。
- 前記大きな配列のそれぞれがリンカーによって分離されている、請求項８０～１１５のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記リンカーが２から１０アミノ酸長である、請求項１１６に記載の組成物。
- 前記組換えワクチン組成物がタグを含む、請求項８０～１１７のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記タグがＨｉｓタグである、請求項１１８に記載の組成物。
- 前記大きな配列が、構造タンパク質、非構造タンパク質、又はそれらの組み合わせに由来する、請求項８０～１１９のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記標的エピトープが、ＯＲＦ１ａｂタンパク質、スパイク糖タンパク質、ＯＲＦ３ａタンパク質、エンベロープタンパク質、膜糖タンパク質、ＯＲＦ６タンパク質、ＯＲＦ７ａタンパク質、ＯＲＦ７ｂタンパク質、ＯＲＦ８タンパク質、ヌクレオカプシドタンパク質、ＯＲＦ１０タンパク質からなる群から選択されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質に由来する、請求項８０～１２０のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記スパイク糖タンパク質に由来する前記標的エピトープがＲＢＤである、請求項１２１に記載の組成物。
- 前記スパイク糖タンパク質に由来する前記標的エピトープがＮＴＤである、請求項１２１に記載の組成物。
- 前記スパイク糖タンパク質に由来する前記標的エピトープが前記ＲＢＤ領域及びＮＴＤ領域の両方を含む、請求項１２１に記載の組成物。
- 前記スパイク糖タンパク質に由来する前記標的エピトープが、抗体を中和及び遮断することによって認識される、請求項１２１～１２４のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記スパイク糖タンパク質に由来する前記標的エピトープが中和抗体及び遮断抗体を誘導する、請求項１２１～１２４のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記スパイク糖タンパク質に由来する前記標的エピトープが、前記ウイルスを認識して中和する中和抗体及び遮断抗体を誘導する、請求項１２１～１２４のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記スパイク糖タンパク質に由来する前記標的エピトープが、前記スパイクタンパク質を認識する中和抗体及び遮断抗体を誘導する、請求項１２１～１２４のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記ＯＲＦ１ａｂタンパク質が、非構造タンパク質（Ｎｓｐ）１、Ｎｓｐ２、Ｎｓｐ３、Ｎｓｐ４、Ｎｓｐ５、Ｎｓｐ６、Ｎｓｐ７、Ｎｓｐ８、Ｎｓｐ９、Ｎｓｐ１０、Ｎｓｐ１１、Ｎｓｐ１２、Ｎｓｐ１３、Ｎｓｐ１４、Ｎｓｐ１５及びＮｓｐ１６を含む、請求項１２１に記載の組成物。
- 前記１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープが、スパイク糖タンパク質、エンベロープタンパク質、ＯＲＦ１ａｂタンパク質、ＯＲＦ７ａタンパク質、ＯＲＦ８ａタンパク質、ＯＲＦ１０タンパク質、又はそれらの組み合わせから選択される、請求項８０～１２９のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープが、Ｓ２－１０、Ｓ１２２０－１２２８、Ｓ１０００－１００８、Ｓ９５８－９６６、Ｅ２０－２８、ＯＲＦ１ａｂ１６７５－１６８３、ＯＲＦ１ａｂ２３６３－２３７１、ＯＲＦ１ａｂ３０１３－３０２１、ＯＲＦ１ａｂ３１８３－３１９１、ＯＲＦ１ａｂ５４７０－５４７８、ＯＲＦ１ａｂ６７４９－６７５７、ＯＲＦ７ｂ２６－３４、ＯＲＦ８ａ７３－８１、ＯＲＦ１０３－１１及びＯＲＦ１０５－１３から選択される、請求項８０～１３０のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープが、配列番号２～２９から選択される、請求項８０～１３１のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープが、配列番号３０～５７から選択される、請求項８０～１３１のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープが、スパイク糖タンパク質、エンベロープタンパク質、膜タンパク質、ヌクレオカプシドタンパク質、ＯＲＦ１ａタンパク質、ＯＲＦ１ａｂタンパク質、ＯＲＦ６タンパク質、ＯＲＦ７ａタンパク質、ＯＲＦ７ｂタンパク質、ＯＲＦ８タンパク質、又はそれらの組み合わせから選択される、請求項８０～１３３のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープが、ＯＲＦ１ａ１３５０－１３６５、ＯＲＦ１ａｂ５０１９－５０３３、ＯＲＦ６１２－２６、ＯＲＦ１ａｂ６０８８－６１０２、ＯＲＦ１ａｂ６４２０－６４３４、ＯＲＦ１ａ１８０１－１８１５、Ｓ１－１３、Ｅ２６－４０、Ｅ２０－３４、Ｍ１７６－１９０、Ｎ３８８－４０３、ＯＲＦ７ａ３－１７、ＯＲＦ７ａ１－１５、ＯＲＦ７ｂ８－２２、ＯＲＦ７ａ９８－１１２及びＯＲＦ８１－１５から選択される、請求項８０～１３４のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープが、配列番号５８～７３から選択される、請求項８０～１３５のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープが、配列番号７４～１０５から選択される、請求項８０～１３５のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記１つ以上の保存されたコロナウイルスＢ細胞標的エピトープが、スパイク糖タンパク質から選択される、請求項８０～１３６のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記１つ以上の保存されたコロナウイルスＢ細胞標的エピトープが、Ｓ２８７－３１７、Ｓ５２４－５９８、Ｓ６０１－６４０、Ｓ８０２－８１９、Ｓ８８８－９０９、Ｓ３６９－３９３、Ｓ４４０－５０１、Ｓ１１３３－１１７２、Ｓ３２９－３６３及びＳ１３－３７から選択される、請求項８０～１３７のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記１つ以上のコロナウイルスＢ細胞標的エピトープが、配列番号１０６～１１６から選択される、請求項８０～１３８のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記１つ以上のコロナウイルスＢ細胞標的エピトープが、配列番号１１７～１３８から選択される、請求項８０～１３８のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記大きな配列のそれぞれがリンカーによって分離されている、請求項８０～１４１のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記大きな配列の２つ以上がリンカーによって分離されている、請求項８０～１４１のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記リンカーが２から１０アミノ酸長である、請求項１４２～１４３に記載の組成物。
- 前記リンカーがＴ２Ａを含む、請求項１４２～１４４のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記リンカーが、Ｔ２Ａ、Ｅ２Ａ及びＰ２Ａから選択される、請求項１４２～１４４のいずれか一項に記載の組成物。
- 異なるリンカーが各オープンリーディングフレームの間に配置される、請求項８０～１４６のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記組換えワクチン組成物がタグを含む、請求項８０～１４７のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記タグがＨｉｓタグである、請求項１４８に記載の組成物。
- 医薬担体をさらに含む、請求項８０～１４９のいずれか一項に記載の組成物。
- 対象におけるコロナウイルス疾患を防止するために使用される、請求項８０～１５０のいずれか一項に記載の組成物。
- 対象におけるコロナウイルス感染症を予防的に防止するために使用される、請求項８０～１５１のいずれか一項に記載の組成物。
- 対象において免疫応答を誘発する、請求項８０～１５２のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記マルチエピトープ汎コロナウイルス組換えワクチン組成物によって誘導される免疫応答を延長し、肺へのＴ細胞遊走を増加させる、請求項８０～１５３のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記ワクチン構築物がヒト用である、請求項８０～１５４のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記組換えワクチン組成物が、ヒトＣＸＣＬ－１１及びＩＬ－７又はＩＬ－２又はＩＬ－１５を含む、請求項１５５に記載の組成物。
- 前記ワクチン構築物が動物用である、請求項１～１５４のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記組換えワクチン組成物が、動物ＣＸＣＬ－１１及びＩＬ－７又はＩＬ－２又はＩＬ－１５を含む、請求項６０に記載の組成物。
- 前記動物がネコ及びイヌである、請求項１５７～１５８に記載の組成物。
- ワクチンとして使用するためのものである、請求項１～１５９のいずれか一項に記載の組成物。
- コロナウイルス感染症及び疾患の防止及び処置のための免疫療法として使用するためのものである、請求項１～１６０のいずれか一項に記載の組成物。
- 請求項１～１６１のいずれか一項に記載のｒＶＳＶ－汎ＣｏＶ組換えワクチン組成物。
- 請求項１～１６１のいずれか一項に記載のｒＡｄＶ－汎ＣｏＶ組換えワクチン組成物。
- 配列番号１３９～１４７のいずれかを含む汎コロナウイルス組換えワクチン組成物。
- 対象におけるコロナウイルス疾患を防止する方法であって、治療有効量の請求項１～１６４のいずれか一項に記載の汎コロナウイルス組換えワクチン組成物を前記対象に投与することを含み、前記組成物が前記対象において免疫応答を誘発する、方法。
- 対象におけるコロナウイルス感染症を予防的に防止する方法であって、予防的有効量の請求項１～１６４のいずれか一項に記載の汎コロナウイルス組換えワクチン組成物を前記対象に投与することを含む方法。
- 対象において免疫応答を誘発する方法であって、請求項１～１６４のいずれか一項に記載の組成物を前記対象に投与することを含む方法。
- 請求項１～１６４のいずれか一項に記載の汎コロナウイルス組換えワクチン組成物を前記対象に投与することを含む方法であって、前記組成物が、肺、脳、及び前記ウイルスが複製する他の部分におけるウイルス複製を防止する、方法。
- 請求項１～１６４のいずれか一項に記載の汎コロナウイルス組換えワクチン組成物を前記対象に投与することを含む方法であって、前記組成物が、肺、脳、及び前記ウイルスが複製する他の部分におけるサイトカインストームを防止する、方法。
- 請求項１～１６４のいずれか一項に記載の汎コロナウイルス組換えワクチン組成物を前記対象に投与することを含む方法であって、前記組成物が、肺、脳、及び前記ウイルスが複製する他の部分における炎症又は炎症応答を防止する、方法。
- 請求項１～１６４のいずれか一項に記載の汎コロナウイルス組換えワクチン組成物を前記対象に投与することを含む方法であって、前記組成物が、肺、脳、及び前記ウイルスが複製する他の部分におけるＴ細胞のホーミング及び保持を改善する、方法。
- 対象におけるコロナウイルス疾患を防止する方法であって、請求項１～１６４のいずれか一項に記載の汎コロナウイルス組換えワクチン組成物を前記対象に投与することを含み、前記組成物がメモリーＢ細胞及びＴ細胞を誘導する、方法。
- 前記組成物が常在性メモリーＴ細胞（Ｔｒｍ）を誘導する、請求項１７２に記載の方法。
- 汎コロナウイルスワクチンによって誘導される免疫応答を延長し、肺へのＴ細胞遊走を増加させる方法であって、Ｔ細胞誘引ケモカイン、Ｔ細胞増殖を促進する組成物、及び請求項１～１６４のいずれか一項に記載の汎コロナウイルス組換えワクチン組成物を共発現させることを含む、方法。
- 汎コロナウイルスワクチンによって誘導されたメモリーＴ細胞の肺内への保持を延長し、ウイルス特異的組織常在メモリーＴ細胞（ＴＲＭ細胞）を増加させる方法であって、Ｔ細胞誘引ケモカイン、Ｔ細胞増殖を促進する組成物、及び請求項１～１６４のいずれか一項に記載の汎コロナウイルスワクチンを共発現させることを含む、方法。
- 請求項１～１６４のいずれか一項に記載の汎コロナウイルス組換えワクチン組成物を前記対象に投与することを含む方法であって、前記組成物が、コロナウイルスの突然変異体及び変異体の発生を防止する、方法。
- 前記ワクチンが、静脈内経路（ｉ．ｖ．）、鼻腔内経路（ｉ．ｎ．）又は舌下経路（ｓ．ｌ．）経路を介して投与される、請求項１６５～１７６のいずれか一項に記載の方法。
- 前記組換えワクチン組成物が、前記コロナウイルス疾患又は感染に対する効率的かつ強力な防御を誘導する、請求項１６５～１７７のいずれか一項に記載の方法。
- 前記組換えワクチン組成物が、抗体（Ａｂｓ）、ＣＤ４＋Ｔヘルパー（Ｔｈ１）細胞及びＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）の産生を誘導する、請求項１６５～１７８のいずれか一項に記載の方法。
- 前記Ｔ細胞誘引ケモカイン、前記Ｔ細胞増殖を促進する組成物及び前記汎コロナウイルスワクチンの１つ以上がプロモーターに作動可能に連結されている、請求項１６５～１７９のいずれか一項に記載の方法。
- 前記プロモーターが肺特異的プロモーターである、請求項１８０に記載の方法。
- 前記肺特異的プロモーターがＳＰ－Ｂ又はＣＤ１４４である、請求項１８１に記載の方法。
- 前記プロモーターが汎用プロモーターである、請求項１８０に記載の方法。
- 前記プロモーターがヒトサイトメガロウイルス即時初期エンハンサー／プロモーター（ＣＭＶ）である、請求項１８３に記載の方法。
- 前記Ｔ細胞増殖を促進する組成物が、ＩＬ－７、ＩＬ－２又はＩＬ－１５である、請求項１６５～１８５のいずれか一項に記載の方法。
- 前記Ｔ細胞増殖を促進する組成物が長期免疫の促進を助ける、請求項１６５～１８６のいずれか一項に記載の方法。
- 前記Ｔ細胞誘引ケモカインが、ＣＣＬ５、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、又はそれらの組み合わせである、請求項１６５～１８７のいずれか一項に記載の方法。
- 前記Ｔ細胞誘引ケモカインが、Ｔ細胞を血行路から肺へ引き込むのを助ける、請求項１６５～１８８のいずれか一項に記載の方法。
- ａ．第１の送達系を使用して請求項１～１６４のいずれか一項に記載の汎コロナウイルスワクチン組成物の第１の用量を投与すること、及び、
ｂ．第２の送達系を使用して第２の用量を投与することを含み、
前記第１の送達系と第２の送達系が異なる、方法。 - 前記第１の送達系が、ＲＮＡ、修飾ｍＲＮＡ又はペプチド送達系を含み得る、請求項１８９に記載の方法。
- 前記第２の送達系が、ＲＮＡ、修飾ｍＲＮＡ又はペプチド送達系を含み得る、請求項１８９～１９０記載の方法。
- 前記ペプチド送達系がアデノウイルス又はアデノ随伴ウイルスである、請求項１８９に記載の方法。
- 前記アデノウイルス送達系が、Ａｄ２６、Ａｄ５、Ａｄ３５、又はそれらの組み合わせである、請求項１９０に記載の方法。
- 前記アデノ随伴送達系が、ＡＡＶ８又はＡＡＶ９である、請求項１９０に記載の方法。
- 前記第２のワクチン用量が、前記第１のワクチン用量の１４日後に投与される、請求項１８９～１９４のいずれか一項に記載の方法。
- ａ）請求項１～１６４のいずれか一項に記載の汎コロナウイルス組換えワクチン組成物を投与すること、及び
ｂ）前記汎コロナウイルス組換えワクチン組成物の投与後に、少なくとも１つのＴ細胞誘引ケモカインを投与すること
を含む、方法。 - 前記組換えワクチン組成物が、ＲＮＡ、修飾ｍＲＮＡ又はペプチド送達系を介して投与される、請求項１９６に記載の方法。
- 前記Ｔ細胞誘引ケモカインが、ＲＮＡ、修飾ｍＲＮＡ又はペプチド送達系を介して投与される、請求項１９６～１９７に記載の方法。
- 前記ペプチド送達系がアデノウイルス又はアデノ随伴ウイルスである、請求項１９６～１９８のいずれか一項に記載の方法。
- 前記アデノウイルス送達系が、Ａｄ２６、Ａｄ５、Ａｄ３５、又はそれらの組み合わせである、請求項１９９に記載の方法。
- 前記アデノ随伴送達系が、ＡＡＶ８又はＡＡＶ９である、請求項１９９に記載の方法。
- 前記Ｔ細胞誘引ケモカインが、前記組換えワクチン組成物の投与の１４日後に投与される、請求項１９６～２０１のいずれか一項に記載の方法。
- 前記Ｔ細胞誘引ケモカインが、ＣＣＬ５、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、又はそれらの組み合わせである、請求項１９６～２０２のいずれか一項に記載の方法。
- ａ）請求項１～１６４のいずれか一項に記載の汎コロナウイルス組換えワクチン組成物を投与すること、
ｂ）前記汎コロナウイルス組換えワクチン組成物の投与後に少なくとも１つのＴ細胞誘引ケモカインを投与すること、及び
ｃ）前記Ｔ細胞誘引ケモカインの投与後に、少なくとも１つのサイトカインを投与することを
含む、方法。 - 前記組換えワクチン組成物が、ＲＮＡ、修飾ｍＲＮＡ又はペプチド送達系を介して投与される、請求項２０４に記載の方法。
- 前記Ｔ細胞誘引ケモカインが、ＲＮＡ、修飾ｍＲＮＡ又はペプチド送達系を介して投与される、請求項２０４～２０５のいずれか一項に記載の方法。
- 前記サイトカインが、ＲＮＡ、修飾ｍＲＮＡ又はペプチド送達系を介して投与される、請求項２０４～２０６のいずれか一項に記載の方法。
- 前記ペプチド送達系がアデノウイルス又はアデノ随伴ウイルスである、請求項２０４～２０７のいずれか一項に記載の方法。
- 前記アデノウイルス送達系が、Ａｄ２６、Ａｄ５、Ａｄ３５、又はそれらの組み合わせである、請求項２０８に記載の方法。
- 前記アデノ随伴送達系が、ＡＡＶ８又はＡＡＶ９である、請求項２０８に記載の方法。
- 前記Ｔ細胞誘引ケモカインが、前記組換えワクチン組成物の投与の１４日後に投与される、請求項２０４～２１０のいずれか一項に記載の方法。
- 前記Ｔ細胞誘引ケモカインが、ＣＣＬ５、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、又はそれらの組み合わせである、請求項２０４～２１１のいずれか一項に記載の方法。
- 前記サイトカインが、前記Ｔ細胞誘引ケモカインの投与の１０日後に投与される、請求項２０４～２１２のいずれか一項に記載の方法。
- 前記サイトカインが、ＩＬ－７、ＩＬ－１５又はそれらの組み合わせである、請求項１６に記載の方法。
- ａ）請求項１～１６４のいずれか一項に記載の汎コロナウイルス組換えワクチン組成物を投与すること、
ｂ）前記汎コロナウイルス組換えワクチン組成物の投与後に１つ以上のＴ細胞誘引ケモカインを投与すること、及び
ｃ）１つ以上の粘膜ケモカインを投与すること
を含む方法。 - 前記組換えワクチン組成物が、修飾ＲＮＡ、アデノ随伴ウイルス又はアデノウイルスを使用して投与される、請求項２１５に記載の方法。
- 前記Ｔ細胞誘引ケモカインが、ＲＮＡ、修飾ｍＲＮＡ又はペプチド送達系を介して投与される、請求項２１５～２１６のいずれか一項に記載の方法。
- 前記粘膜ケモカインが、ＲＮＡ、修飾ｍＲＮＡ又はペプチド送達系を介して投与される、請求項２１５～２１６のいずれか一項に記載の方法。
- 前記アデノ随伴ウイルスが、ＡＡＶ８又はＡＡＶ９である、請求項２１８に記載の方法。
- 前記アデノウイルスが、Ａｄ２６、Ａｄ５、Ａｄ３５、又はそれらの組み合わせである、請求項２１８に記載の方法。
- 前記Ｔ細胞誘引ケモカインが、前記組換えワクチン組成物の投与の１４日後に投与される、請求項２１５～２２０のいずれか一項に記載の方法。
- 前記Ｔ細胞誘引ケモカインが、ＣＣＬ５、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、又はそれらの組み合わせである、請求項２１５～２２１のいずれか一項に記載の方法。
- 前記粘膜ケモカインが、前記Ｔ細胞誘引ケモカインの投与の１０日後に投与される、請求項２１５～２２２のいずれか一項に記載の方法。
- 前記粘膜ケモカインが、ＣＣＬ２５、ＣＣＬ２８、ＣＸＣＬ１４若しくはＣＸＣＬ１７、又はそれらの組み合わせである、請求項２１５～２２３のいずれか一項に記載の方法。
- 前記組換えワクチン組成物が２回の用量によって投与される、請求項２１５～２２４のいずれか一項に記載の方法。
- 前記用量が間隔を約３週間空けている、請求項２１５～２２５のいずれか一項に記載の方法。
- 汎コロナウイルス組換えワクチン組成物であって、１つ以上の大きな配列を含み、前記１つ以上の大きな配列のそれぞれが、
ａ）全スパイクタンパク質又はその一部と、
ｂ）１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープと、
ｃ）１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープ
のうちの少なくとも１つを含み、
少なくとも１つのエピトープが非スパイクタンパク質に由来する、組成物。 - 前記１つ以上の保存されたエピトープが、ヒト及び動物のコロナウイルスの間で高度に保存されている、請求項２２７に記載の組成物。
- 前記１つ以上の保存されたエピトープが、少なくとも１つのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質に由来する、請求項２２７～２２８のいずれか一項に記載の組成物。
- ２～２０個のＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープを含む、請求項２２７～２２９のいずれか一項に記載の組成物。
- ２～２０個のＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープを含む、請求項２２７～２３０のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープが、配列番号５８～１０５（ＯＲＦ１ａ１３５０－１３６５、ＯＲＦ１ａｂ５０１９－５０３３、ＯＲＦ６１２－２６、ＯＲＦ１ａｂ６０８８－６１０２、ＯＲＦ１ａｂ６４２０－６４３４、ＯＲＦ１ａ１８０１－１８１５、Ｓ１－１３、Ｅ２６－４０、Ｅ２０－３４、Ｍ１７６－１９０、Ｎ３８８－４０３、ＯＲＦ７ａ３－１７、ＯＲＦ７ａ１－１５、ＯＲＦ７ｂ８－２２、ＯＲＦ７ａ９８－１１２及びＯＲＦ８１－１５）から選択される、請求項２２７～２３１のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープが、配列番号１０６～１３８（Ｓ２８７－３１７、Ｓ５２４－５９８、Ｓ６０１－６４０、Ｓ８０２－８１９、Ｓ８８８－９０９、Ｓ３６９－３９３、Ｓ４４０－５０１、Ｓ１１３３－１１７２、Ｓ３２９－３６３及びＳ１３－３７）から選択される、請求項２２７～２３２のいずれか一項に記載の組成物。
- 汎コロナウイルス組換えワクチン組成物であって、１つ以上の大きな配列を含み、前記１つ以上の大きな配列のそれぞれが、
ａ）１つ以上の保存されたコロナウイルスＢ細胞標的エピトープ、
ｂ）１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープ、及び／又は
ｃ）１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープ、
のうちの少なくとも１つを含み、
少なくとも１つのエピトープが非スパイクタンパク質に由来する、組成物。 - 前記１つ以上の保存されたエピトープが、少なくとも１つのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質に由来する、請求項２３４に記載の組成物。
- ２～２０個のＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープを含む、請求項２３４～２３５のいずれか一項に記載の組成物。
- ２～２０個のＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープを含む、請求項２３４～２３６のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープが、配列番号５８～１０５（ＯＲＦ１ａ１３５０－１３６５、ＯＲＦ１ａｂ５０１９－５０３３、ＯＲＦ６１２－２６、ＯＲＦ１ａｂ６０８８－６１０２、ＯＲＦ１ａｂ６４２０－６４３４、ＯＲＦ１ａ１８０１－１８１５、Ｓ１－１３、Ｅ２６－４０、Ｅ２０－３４、Ｍ１７６－１９０、Ｎ３８８－４０３、ＯＲＦ７ａ３－１７、ＯＲＦ７ａ１－１５、ＯＲＦ７ｂ８－２２、ＯＲＦ７ａ９８－１１２及びＯＲＦ８１－１５）から選択される、請求項２３４～２３７のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープが、配列番号１０６～１３８（Ｓ２８７－３１７、Ｓ５２４－５９８、Ｓ６０１－６４０、Ｓ８０２－８１９、Ｓ８８８－９０９、Ｓ３６９－３９３、Ｓ４４０－５０１、Ｓ１１３３－１１７２、Ｓ３２９－３６３及びＳ１３－３７）から選択される、請求項２３４～２３８のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記１つ以上の保存されたコロナウイルスＢ細胞標的エピトープが、配列番号２～５７（Ｓ２－１０、Ｓ１２２０－１２２８、Ｓ１０００－１００８、Ｓ９５８－９６６、Ｅ２０－２８、ＯＲＦ１ａｂ１６７５－１６８３、ＯＲＦ１ａｂ２３６３－２３７１、ＯＲＦ１ａｂ３０１３－３０２１、ＯＲＦ１ａｂ３１８３－３１９１、ＯＲＦ１ａｂ５４７０－５４７８、ＯＲＦ１ａｂ６７４９－６７５７、ＯＲＦ７ｂ２６－３４、ＯＲＦ８ａ７３－８１、ＯＲＦ１０３－１１及びＯＲＦ１０５－１３）から選択される、請求項２３４～２３９のいずれか一項に記載の組成物。
- 汎コロナウイルス組換えワクチン組成物であって、１つ以上の大きな配列をコードする抗原送達系を含み、前記大きな配列が、
ａ）１つ以上の保存されたコロナウイルスＢ細胞標的エピトープ、
ｂ）１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープ、及び／又は
ｃ）１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープ、
のうちの少なくとも１つを含み、
少なくとも１つのエピトープが非スパイクタンパク質に由来する、組成物。 - 前記抗原送達系がアデノウイルス系の抗原送達系である、請求項２４１に記載の組成物。
- 前記アデノウイルス系の抗原送達系が、Ａｄ２６、Ａｄ５、Ａｄ３５、又はそれらの組み合わせである、請求項２４２に記載の組成物。
- 前記抗原送達系が、Ｔ細胞誘引ケモカインをさらにコードする、請求項２４１～２４３のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記抗原送達系が、Ｔ細胞増殖を促進する組成物をさらにコードする、請求項２４１～２４４のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記抗原送達系が、分子アジュバントをさらにコードする、請求項２４１～２４５のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記エピトープが肺特異的プロモーターに作動可能に連結されている、請求項２４１～２４６のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記１つ以上の保存されたコロナウイルスＢ細胞標的エピトープが、配列番号２～５７（Ｓ２－１０、Ｓ１２２０－１２２８、Ｓ１０００－１００８、Ｓ９５８－９６６、Ｅ２０－２８、ＯＲＦ１ａｂ１６７５－１６８３、ＯＲＦ１ａｂ２３６３－２３７１、ＯＲＦ１ａｂ３０１３－３０２１、ＯＲＦ１ａｂ３１８３－３１９１、ＯＲＦ１ａｂ５４７０－５４７８、ＯＲＦ１ａｂ６７４９－６７５７、ＯＲＦ７ｂ２６－３４、ＯＲＦ８ａ７３－８１、ＯＲＦ１０３－１１及びＯＲＦ１０５－１３）から選択される、請求項２４１～２４７のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ４＋Ｔ細胞標的エピトープが、配列番号５８～１０５（ＯＲＦ１ａ１３５０－１３６５、ＯＲＦ１ａｂ５０１９－５０３３、ＯＲＦ６１２－２６、ＯＲＦ１ａｂ６０８８－６１０２、ＯＲＦ１ａｂ６４２０－６４３４、ＯＲＦ１ａ１８０１－１８１５、Ｓ１－１３、Ｅ２６－４０、Ｅ２０－３４、Ｍ１７６－１９０、Ｎ３８８－４０３、ＯＲＦ７ａ３－１７、ＯＲＦ７ａ１－１５、ＯＲＦ７ｂ８－２２、ＯＲＦ７ａ９８－１１２及びＯＲＦ８１－１５）から選択される、請求項２４１～２４８のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記１つ以上の保存されたコロナウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞標的エピトープが、配列番号１０６～１３８（Ｓ２８７－３１７、Ｓ５２４－５９８、Ｓ６０１－６４０、Ｓ８０２－８１９、Ｓ８８８－９０９、Ｓ３６９－３９３、Ｓ４４０－５０１、Ｓ１１３３－１１７２、Ｓ３２９－３６３及びＳ１３－３７）から選択される、請求項２４１～２４９のいずれか一項に記載の組成物。
- スパイクタンパク質又は部分スパイクタンパク質を含む、請求項２４１～２５０のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記部分スパイクタンパク質が、三量体化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）を含む、請求項２５１に記載の組成物。
- 前記全スパイクタンパク質又は部分スパイクタンパク質が、インタクトなＳ１－Ｓ２切断部位を有する、請求項２５１～２５２のいずれか一項に記載の組成物。
- 前記スパイクタンパク質が、アミノ酸位置９８６及び９８７におけるプロリン置換によって安定化されている、請求項２５１～２５３のいずれか一項に記載の組成物。
- 配列番号１３９～１４７のうちの１つを含む汎コロナウイルス組換えワクチン組成物。
Applications Claiming Priority (5)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US202063009907P | 2020-04-14 | 2020-04-14 | |
| US63/009,907 | 2020-04-14 | ||
| US202063084421P | 2020-09-28 | 2020-09-28 | |
| US63/084,421 | 2020-09-28 | ||
| PCT/US2021/027355 WO2021211760A1 (en) | 2020-04-14 | 2021-04-14 | Large sequence pan-coronavirus vaccine compositions |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| JP2023521837A true JP2023521837A (ja) | 2023-05-25 |
| JPWO2021211760A5 JPWO2021211760A5 (ja) | 2024-04-22 |
Family
ID=78084328
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| JP2022562334A Pending JP2023521837A (ja) | 2020-04-14 | 2021-04-14 | 大きな配列の汎コロナウイルスワクチン組成物 |
Country Status (9)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US20230226173A1 (ja) |
| EP (3) | EP4135762A4 (ja) |
| JP (1) | JP2023521837A (ja) |
| KR (1) | KR20230002571A (ja) |
| CN (1) | CN116033920A (ja) |
| AU (1) | AU2021254768A1 (ja) |
| CA (1) | CA3178834A1 (ja) |
| IL (1) | IL297335A (ja) |
| WO (3) | WO2021211749A1 (ja) |
Families Citing this family (19)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| GB202307565D0 (en) | 2020-04-22 | 2023-07-05 | BioNTech SE | Coronavirus vaccine |
| WO2022013609A1 (en) * | 2020-07-13 | 2022-01-20 | Immunovaccine Technologies, Inc. | Sars-cov-2 vaccine compositions and methods of preparation and use |
| EP4333868A1 (en) * | 2021-05-04 | 2024-03-13 | King Abdullah University Of Science And Technology | Immuogenic compositions of mutant sars-cov-2 n protein and gene and methods of use thereof |
| CN114560916A (zh) * | 2021-05-18 | 2022-05-31 | 深圳市因诺转化医学研究院 | SARS-CoV-2编码蛋白来源的T细胞表位多肽KLLEQWNLV及其应用 |
| WO2023283642A2 (en) * | 2021-07-09 | 2023-01-12 | Modernatx, Inc. | Pan-human coronavirus concatemeric vaccines |
| EP4366765A1 (en) * | 2021-07-09 | 2024-05-15 | Atossa Therapeutics, Inc. | Compositions and methods to increase coronavirus immune response |
| WO2023044542A1 (en) * | 2021-09-24 | 2023-03-30 | The University Of Adelaide | Sars cov-2 vaccine |
| CN114395017A (zh) * | 2021-10-29 | 2022-04-26 | 中国科学院深圳先进技术研究院 | SARS-CoV-2病毒样颗粒的制备方法及其应用 |
| EP4176898A1 (en) * | 2021-11-08 | 2023-05-10 | Charité - Universitätsmedizin Berlin | Pan sars-cov2 vaccine antigen |
| CN114181320B (zh) * | 2021-12-09 | 2023-04-25 | 新疆医科大学第一附属医院 | 一种针对新冠原始株和变异株的重组多表位疫苗rSMEV及其应用 |
| CN114478716B (zh) * | 2021-12-28 | 2024-05-28 | 梅州市人民医院(梅州市医学科学院) | 一种多肽组合及其在新型冠状病毒抗体检测中的应用 |
| WO2023159082A2 (en) * | 2022-02-15 | 2023-08-24 | Ohio State Innovation Foundation | Nanotechnology based intranasal vaccine for covid-19 comprising chitosan |
| WO2023240148A2 (en) * | 2022-06-07 | 2023-12-14 | The Regents Of The University Of California | Hybrid flu-coronavirus vaccine |
| US11878055B1 (en) | 2022-06-26 | 2024-01-23 | BioNTech SE | Coronavirus vaccine |
| WO2024011163A1 (en) * | 2022-07-06 | 2024-01-11 | Georgia State University Research Foundation, Inc. | Coronavirus vaccines and methods of use thereof |
| WO2024064965A2 (en) * | 2022-09-23 | 2024-03-28 | Advanced Rna Vaccine (Arv) Technologies, Inc. | Nucleic acid-based universal vaccine and methods of use thereof |
| WO2024074634A1 (en) * | 2022-10-06 | 2024-04-11 | BioNTech SE | Rna compositions targeting claudin-18.2 |
| CN116041540A (zh) * | 2022-11-18 | 2023-05-02 | 中山大学 | 一种增强新冠突变株疫苗广谱性的方法及新冠广谱疫苗 |
| CN117330750A (zh) * | 2023-12-01 | 2024-01-02 | 北京生物制品研究所有限责任公司 | 一种筛选新冠病毒早期毒种的方法和制造疫苗的方法 |
Family Cites Families (11)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO2005012337A2 (en) * | 2003-07-15 | 2005-02-10 | Crucell Holland B.V. | Antigenic peptides of sars coronavirus and uses thereof |
| KR101206206B1 (ko) * | 2003-07-22 | 2012-11-29 | 크루셀 홀란드 비.브이. | 사스-코로나바이러스에 대한 결합분자 및 그것의 용도 |
| CA2561245C (en) * | 2004-04-09 | 2013-06-18 | Wyeth | Synergistic attenuation of vesicular stomatitis virus, vectors thereof and immunogenic compositions thereof |
| US8394386B2 (en) * | 2004-04-28 | 2013-03-12 | The Trustees Of The University Of Pennsylvania | Sequential delivery of immunogenic molecules via adenovirus and adeno-associated virus-mediated administrations |
| JP2008545180A (ja) * | 2005-05-12 | 2008-12-11 | メルク エンド カムパニー インコーポレーテッド | Ｔ細胞エピトープの全自動選択システムおよび方法 |
| EP2368569A3 (en) * | 2006-01-18 | 2012-05-02 | University Of Chicago | Compositions and methods related to staphylococcal bacterium proteins |
| DK2134742T3 (da) * | 2007-02-27 | 2012-08-06 | Wyeth Llc | Immunogene sammensætninger til behandling og forebyggelse af infektioner hos dyr |
| WO2009117134A2 (en) * | 2008-03-21 | 2009-09-24 | National Institutes Of Health | Aerosolized genetic vaccines and methods of use |
| EP2358757B1 (en) * | 2008-11-18 | 2018-09-12 | Beth Israel Deaconess Medical Center | Antiviral vaccines with improved cellular immunogenicity |
| KR102019728B1 (ko) * | 2009-04-17 | 2019-09-09 | 글로브이뮨 | 암에 대한 병용 면역요법 조성물 및 방법 |
| CN101792491B (zh) * | 2009-11-05 | 2012-07-25 | 中国人民解放军第四军医大学 | 一种基于多串联表位的重组腺病毒hiv疫苗及其制备方法 |
-
2021
- 2021-04-14 CA CA3178834A patent/CA3178834A1/en active Pending
- 2021-04-14 WO PCT/US2021/027341 patent/WO2021211749A1/en unknown
- 2021-04-14 AU AU2021254768A patent/AU2021254768A1/en active Pending
- 2021-04-14 CN CN202180042301.9A patent/CN116033920A/zh active Pending
- 2021-04-14 EP EP21787613.5A patent/EP4135762A4/en active Pending
- 2021-04-14 EP EP21788911.2A patent/EP4135764A4/en active Pending
- 2021-04-14 EP EP21789197.7A patent/EP4135765A4/en active Pending
- 2021-04-14 WO PCT/US2021/027355 patent/WO2021211760A1/en unknown
- 2021-04-14 JP JP2022562334A patent/JP2023521837A/ja active Pending
- 2021-04-14 WO PCT/US2021/027340 patent/WO2021211748A1/en unknown
- 2021-04-14 KR KR1020227038797A patent/KR20230002571A/ko active Search and Examination
- 2021-04-14 IL IL297335A patent/IL297335A/en unknown
-
2022
- 2022-10-13 US US18/046,462 patent/US20230226173A1/en active Pending
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| US20230226173A1 (en) | 2023-07-20 |
| CN116033920A (zh) | 2023-04-28 |
| WO2021211748A1 (en) | 2021-10-21 |
| EP4135765A1 (en) | 2023-02-22 |
| EP4135762A1 (en) | 2023-02-22 |
| WO2021211749A1 (en) | 2021-10-21 |
| KR20230002571A (ko) | 2023-01-05 |
| CA3178834A1 (en) | 2021-10-21 |
| EP4135765A4 (en) | 2024-05-08 |
| EP4135762A4 (en) | 2024-05-15 |
| EP4135764A1 (en) | 2023-02-22 |
| EP4135764A4 (en) | 2024-05-08 |
| AU2021254768A1 (en) | 2022-11-17 |
| WO2021211760A1 (en) | 2021-10-21 |
| IL297335A (en) | 2022-12-01 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| JP2023521837A (ja) | 大きな配列の汎コロナウイルスワクチン組成物 | |
| US11911462B2 (en) | Nucleic acid vaccine against the SARS-CoV-2 coronavirus | |
| CA3167493A1 (en) | T cell epitopes and related compositions useful in the prevention, diagnosis, and treatment of covid-19 | |
| TW202140794A (zh) | 疫苗及其誘導對sars-cov2之免疫反應之用途 | |
| JP2017503482A (ja) | Ｃｍｖワクチン | |
| JP2023520080A (ja) | Ｃｏｖｉｄ－１９に対する保護のための弱毒化されたポックスウイルスベクターをベースとするワクチン | |
| Olech | The genetic variability of small-ruminant lentiviruses and its impact on tropism, the development of diagnostic tests and vaccines and the effectiveness of control programmes | |
| US20230173060A1 (en) | Large sequence pan-coronavirus vaccine compositions | |
| Zhang | Covid-19: from basics to clinical practice | |
| AU2018214451B2 (en) | Immunostimulating compositions and uses therefore | |
| US9315873B2 (en) | Marker vaccine for classical swine fever | |
| WO2023240159A2 (en) | Sars-cov-2 multi-antigen universal vaccines | |
| RU2765658C9 (ru) | Выделение нового пестивируса, вызывающего врожденный тремор а | |
| RU2765658C2 (ru) | Выделение нового пестивируса, вызывающего врожденный тремор а | |
| WO2019153029A1 (en) | Polypeptide, compositions and uses thereof | |
| JPWO2021226348A5 (ja) | ||
| KR101484305B1 (ko) | Ｈ3 말 인플루엔자 ａ 바이러스 | |
| JP2023510544A (ja) | ヘルペスウイルス糖タンパク質ｄと融合したｂ型肝炎ウイルス抗原をコードするアデノウイルスベクター及びその使用方法 | |
| Rene'Johnson | The role of secreted respiratory syncytial virus G glycoprotein in RSV pathogenesis |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20240410 |
|
| A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20240410 |