JP2023521319A - 抗体分子－薬物コンジュゲートおよびその使用 - Google Patents

抗体分子－薬物コンジュゲートおよびその使用 Download PDF

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Abstract

リポ多糖（ＬＰＳ）に特異的に結合する抗体分子－薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）が開示される。抗体分子－薬物コンジュゲートは、細菌感染症および関連する障害を処置、予防、および／または診断するために使用することができる。本開示は、少なくとも一部分では、細菌、例えば、グラム陰性細菌、例えば、グラム陰性細菌の外膜上のリポ多糖（ＬＰＳ）に結合し、本明細書に開示される機能的および構造的性質を含む抗体分子または抗体分子－薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）を提供する。

Description

関連出願に対する相互参照
本出願は、２０２０年４月３日に出願された米国仮出願第６３／００４，９４６号の利益を主張する。前述の出願の内容は、その全体がこれにより参照により本明細書に組み込まれる。
配列表
本出願は、ＡＳＣＩＩフォーマットで電子的に提出された配列表を含み、その全体がこれにより参照により本明細書に組み込まれる。２０２１年４月２日に作成された前記ＡＳＣＩＩコピーは、は、Ｐ２０２９－７０３６ＷＯ＿ＳＬ．ｔｘｔという名称であり、１２３，０５３バイトのサイズである。
背景
広範な細菌が、軽度から重度の疾病をもたらす感染症を引き起こし得る。細菌感染症は、多くの場合、抗生物質によって処置される。しかしながら、抗生物質耐性細菌株の出現は、感染症の処置を複雑にしている。抗生物質耐性感染症は、多くの場合、抗生物質で容易に処置可能である感染症と比較して、より大きな障害および死亡をもたらす。疾病対策センター（ＣＤＣ）によれば、米国では毎年、少なくとも２００万人の人々が、その感染症を処置するために設計された１種または複数の抗生物質に対して耐性である細菌による重度の感染症に感染する。少なくとも２３，０００人の人々が、毎年、これらの抗生物質耐性感染症の直接的な結果として死亡している。これらの推定は、控えめの仮定に基づいており、最小限の推定である可能性がある。より多くの患者が、細菌感染症によって複雑化した他の状態から死亡し得る。ファーストライン、および次いでセカンドラインの抗生物質処置の選択肢が、耐性によって制限されるか、または利用できない場合、医療提供者は、患者に対してより毒性であり、しばしばより高価で有効性が低いことがある抗生物質を使用せざるを得ない。多くの症例では、抗生物質耐性感染症は、長期のまたは高価な処置を必要とし、入院が延び、追加の通院および医療の使用を余儀なくさせる。
抗生物質の使用は、世界中で抗生物質耐性をもたらす最も重要な因子の１つである。中でも、抗生物質は、ヒトの薬において使用される最も一般的に処方される薬物である。しかしながら、ＣＤＣによれば、人々のために処方されたすべての抗生物質の最大で５０％が、必要ではなく、またはその処方では最適に効果的ではない。抗生物質は、食料生産動物の疾患を予防、防除および処置し、かつその成長を促進するために、食用動物においても一般的に使用されている。細菌の耐性株は、人から人に、または食品を含む環境中で非ヒト起源から広がり得る。
細菌感染症を処置、予防および診断するための新たな手法を開発するための必要性が存在する。
概要
本開示は、少なくとも一部分では、細菌、例えば、グラム陰性細菌、例えば、グラム陰性細菌の外膜上のリポ多糖（ＬＰＳ）に結合し、本明細書に開示される機能的および構造的性質を含む抗体分子または抗体分子－薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）を提供する。ある実施形態では、ＡＤＣは、抗ＬＰＳ抗体分子に、部位特異的にカップリングされた（例えば、コンジュゲートされた）抗菌ペプチドを含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、抗ＬＰＳ抗体分子に、それぞれ部位特異的にカップリングされた（例えば、コンジュゲートされた）複数の抗菌ペプチドを含む。ある実施形態では、抗体分子またはＡＤＣは、ＬＰＳのコア領域に結合する。ある実施形態では、抗体分子またはＡＤＣは、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａのＬＰＳの単糖成分（例えば、ヘプトース）に結合する。ある実施形態では、抗体分子またはＡＤＣは、（例えば、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａにおける）コアＬＰＳのリン酸化された（例えば、高リン酸化されたまたは二リン酸化された）ＨｅｐＩ残基に結合する。ある実施形態では、抗体分子またはＡＤＣは、ヘプトースに結合しない。ある実施形態では、抗体分子またはＡＤＣは、一リン酸化されたヘプトースアナログ（例えば、２－Ｐ－Ｈｅｐおよび／または４－Ｐ－Ｈｅｐ）に結合しない。ある実施形態では、抗体分子またはＡＤＣは、２－ホスフェート基よりも４－ホスフェート基により強く結合する。ある実施形態では、抗体分子またはＡＤＣは、二リン酸化された２，４－Ｐ－Ｈｅｐ単糖に結合する。ある実施形態では、抗体分子またはＡＤＣは、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａのＬＰＳの単糖成分（例えば、ヘプトース）と接触するアミノ酸残基に１つまたは複数の突然変異を含む。ある実施形態では、抗体分子またはＡＤＣは、ＶＨの残基Ａ３３またはＥ９９に１つまたは複数（例えば、１つまたは２つ）の保存的置換を含む。ある実施形態では、抗体分子またはＡＤＣは、ＶＬの残基Ｈ３２に保存的置換を含む。ある実施形態では、抗体分子またはＡＤＣは、ＶＨの残基Ｄ５４および／またはＤ５６の突然変異を含む。
ある実施形態では、抗体分子またはＡＤＣは、異なる属、種、および／または亜種の１種または複数の細菌、例えば、グラム陰性細菌に結合し、阻害し、および／またはその生存率を低減する。ある実施形態では、抗体分子は、表１または３から選択される。ある実施形態では、ＡＤＣは、表１または３から選択される抗体分子を含む。ある実施形態では、抗体分子またはＡＤＣは、表１または３に記載される１つもしくは複数の重鎖可変領域および／または１つもしくは複数の軽鎖可変領域を含む。ある実施形態では、抗体分子またはＡＤＣは、表１または３に記載される１つもしくは複数の重鎖ＣＤＲおよび／または１つもしくは複数の軽鎖ＣＤＲを含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、抗菌ペプチド、例えば、本明細書、例えば、表４に記載される抗菌ペプチドを含む。理論によって縛られることを望まないが、ある実施形態では、抗体分子と抗菌ペプチドのコンジュゲーションが、抗体分子および／または抗菌ペプチドの１つまたは複数の性質を改善し得る、例えば、異なる属、種、および／または亜種の１種または複数の細菌、例えば、１種または複数のグラム陰性細菌を阻害するか、またはその生存率を低減する抗菌ペプチドの能力を改善し得ると考えられる。抗体分子、ＡＤＣ、または抗菌ペプチドをコードする核酸分子、発現ベクター、宿主細胞、組成物（例えば、医薬組成物）、キット、および抗体分子、ＡＤＣ、または抗菌ペプチドを作製するための方法も提供される。本明細書に開示される抗体分子、ＡＤＣ、および抗菌ペプチドは、例えば、グラム陰性細菌（例えば、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、例えば、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）によって引き起こされるか、またはそれに関連する細菌感染症または関連する障害を、処置、予防、および／または診断するために使用することができる（単独で、または他の薬剤もしくは治療モダリティを組み合わせて）。
したがって、ある態様では、本開示は、抗体分子および共有結合的にカップリングされたペプチド（例えば、抗菌ペプチド）を含む抗体分子－薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）であって、抗体分子が、重鎖可変領域（ＶＨ）を含み、ＶＨが、３つの重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）を含み、ＶＨが、
（ａ）配列番号１０５のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、配列番号１０６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、および配列番号１０７のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、または（ｂ）配列番号１０８のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、配列番号１４６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、および配列番号１０７のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含み、
抗体分子が、軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、ＶＬが、３つの軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）を含み、ＶＬが、
（ａ）配列番号１３８のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、配列番号１４２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、および配列番号１１２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、または（ｂ）配列番号１３８のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、配列番号１４２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、および配列番号１１２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む、ＡＤＣを提供する。ある実施形態では、ペプチドは、配列番号２５７のアミノ酸配列、あるいは配列番号２５７のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、約２のペプチド対抗体の比を有する。ある実施形態では、ペプチドは、配列番号１５６のアミノ酸配列、あるいは配列番号１５６のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、約４のペプチド対抗体の比を有する。ある実施形態では、ペプチドは、Ｄ－アミノ酸を含むか、またはＤ－アミノ酸からなる。
ある実施形態では、ＶＨは、配列番号１０５のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、配列番号１０６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、および配列番号１０７のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含み、ＶＬは、配列番号１３８のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、配列番号１４２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、および配列番号１１２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。ある実施形態では、ＶＨは、配列番号１０８のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、配列番号１４６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、および配列番号１０７のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含み、ＶＬは、配列番号１３８のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、配列番号１４２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、および配列番号１１２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。ある実施形態では、ペプチドは、配列番号２５７のアミノ酸配列、あるいは配列番号２５７のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、約２のペプチド対抗体の比を有する。ある実施形態では、ペプチドは、配列番号１５６のアミノ酸配列、あるいは配列番号１５６のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、約４のペプチド対抗体の比を有する。ある実施形態では、ペプチドは、Ｄ－アミノ酸を含むか、またはＤ－アミノ酸からなる。
一部の実施形態では、ＶＨは、配列番号１１７のアミノ酸配列、あるいは配列番号１１７のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含む。
ある実施形態では、ＶＨは、配列番号１１７のアミノ酸配列を含む。
ある実施形態では、ＶＬは、配列番号１３５のアミノ酸配列、あるいは配列番号１３５のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含む。
ある実施形態では、ＶＬは、配列番号１３５のアミノ酸配列を含む。
ある実施形態では、ペプチドは、配列番号２５７のアミノ酸配列、あるいは配列番号２５７のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、約２のペプチド対抗体の比を有する。ある実施形態では、ペプチドは、配列番号１５６のアミノ酸配列、あるいは配列番号１５６のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、約４のペプチド対抗体の比を有する。ある実施形態では、ペプチドは、Ｄ－アミノ酸を含むか、またはＤ－アミノ酸からなる。
ある実施形態では、抗体分子またはＡＤＣは、ＨＣＤＲ２シークオンＸａａ－Ｘａａ－Ｇｌｙ－Ｇｌｙ－（Ｓｅｒ／Ｔｈｒ／Ｇｌｙ）を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓに結合することができる。ある実施形態では、抗体分子は、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａに結合することができる。ある実施形態では、抗体分子は、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ上のリポ多糖（ＬＰＳ）に結合することができる。ある実施形態では、抗体分子は、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ上のＬＰＳにおける内部コア（例えば、内部コアグリカン部分）に結合することができる。ある実施形態では、抗体分子は、例えば、ウェスタンブロットによって決定して、Ｅ ｃｏｌｉのＬＰＳに結合しないか、または実質的に結合しない。ある実施形態では、抗体分子は、例えば、バイオレイヤー干渉分析によって決定して、ヘプトース、もしくは一リン酸化されたヘプトースアナログ（例えば、２－Ｐ－Ｈｅｐまたは４－Ｐ－Ｈｅｐ）に結合しないか、または実質的に結合しない。
ある実施形態では、抗体分子は、例えば、バイオレイヤー干渉分析によって決定して、二リン酸化された２，４－Ｐ－Ｈｅｐ単糖に結合する。ある実施形態では、抗体分子は、例えば、バイオレイヤー干渉分析によって決定して、例えば、二リン酸化された２，４－Ｐ－Ｈｅｐ単糖と比較して、低減された結合で、二リン酸化されたマンノース（２，４－Ｐ－Ｍａｎ）に結合する。ある実施形態では、抗体分子は、例えば、１Ｈ－飽和移動差（ＳＴＤ）ＮＭＲスペクトルによって決定して、二リン酸化されたヘプトース、例えば、二リン酸化された２，４－Ｐ－Ｈｅｐ単糖に結合する。ある実施形態では、抗体分子は、例えば、１Ｈ－飽和移動差（ＳＴＤ）ＮＭＲスペクトルによって決定して、二リン酸化されたヘプトース、例えば、二リン酸化された２，４－Ｐ－Ｈｅｐ単糖にのみ結合する。ある実施形態では、抗体分子は、例えば、全細菌細胞ＥＬＩＳＡによって決定して、例えば、約２０～約１５０ｐＭ（例えば、約５０～約１２０ｐＭ）の見かけのアビディティーで、本明細書に記載される１種または複数のＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ株、例えば、カルバペネム、抗ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ第三世代セファロスポリンまたはフルオロキノロンに耐性の１種または複数の株に結合する。ある実施形態では、抗体分子は、本明細書に記載される１種または複数のＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ株、例えば、カルバペネムに耐性の１種または複数の株を殺滅する。ある実施形態では、抗体分子は、例えば、１～１０μｇ／ｍＬ（例えば、１～２μｇ／ｍＬ、２～５μｇ／ｍＬ、または５～１０μｇ／ｍＬ）、または５～５０ｎＭ（例えば、５～１０ｎＭ、１０～２０ｎＭ、２０～３０ｎＭ、３０～４０ｎＭ、４０～４５ｎＭ、または４５～５０ｎＭ）の濃度で、セファロスポリンおよび／またはフルオロキノロンに耐性のＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ株を殺滅する。
ある実施形態では、抗体分子は、グラム陰性細菌（例えば、病原性グラム陰性細菌）に結合しない。ある実施形態では、抗体分子は、例えば、全細胞ＥＬＩＳＡによって決定して、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ、グラム陽性細菌、もしくは哺乳動物細胞のうちの１種もしくは複数に結合しないか、または実質的に結合しない。ある実施形態では、抗体分子またはＡＤＣは、１００種を上回るＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ株に結合する。ある実施形態では、抗体分子は、例えば、全細菌細胞ＥＬＩＳＡ、フローサイトメトリー、および／または電子顕微鏡法によって決定して、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ以外のＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ種、例えば、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｐｕｔｉｄａ、またはＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｓｔｕｔｚｅｒｉのうちの１種または複数に結合する。
ある実施形態では、抗体分子は、モノクローナル抗体分子、ヒト化抗体分子、単離された抗体分子、または合成抗体分子である。ある実施形態では、抗体分子は、２つのＶＨおよび２つのＶＬを含む。ある実施形態では、抗体分子は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、またはＩｇＧ４の重鎖定常領域をさらに含む。
ある実施形態では、抗体分子は、カッパまたはラムダ鎖の軽鎖定常領域をさらに含む。ある実施形態では、ＡＤＣ（例えば、本明細書に記載される通り）または抗体分子（例えば、本明細書に記載される通り）は、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、または一本鎖Ｆｖ断片（ｓｃＦｖ）を含む。
ある実施形態では、ペプチドは、配列番号２５７のアミノ酸配列を含む。ある実施形態では、ペプチドは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、もしくは３３個のＤ－アミノ酸を含むか、またはペプチド中のアミノ酸残基の少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、もしくは１００％が、Ｄ－アミノ酸である。ある実施形態では、ペプチド中のアミノ酸のすべてが、Ｄ－アミノ酸である。ある実施形態では、ペプチドは、ＶＨ、例えば、ＶＨのＣ末端に、例えば、間接的に（例えば、定常領域、リンカー、またはその両方を介して）、カップリングされている。ある実施形態では、ペプチドは、抗体分子に、例えば、ソルターゼ認識配列（例えば、ＬＰＥＴＧＧＧ（配列番号２４４））を介して、例えば、ソルターゼＡ（ＳｒｔＡ）を使用して、酵素的ライゲーションによってカップリングされている。
ある実施形態では、ペプチドは、ソルターゼドナー配列、例えば、Ｎ末端ＧＧＧを含む。ある実施形態では、ペプチドは、抗体分子の軽鎖のＣ末端、Ｎ末端、またはＣ末端およびＮ末端の両方に付着している。ある実施形態では、ペプチドは、抗体分子の重鎖のＣ末端、Ｎ末端、またはＣ末端およびＮ末端の両方に付着している。ある実施形態では、ペプチドは、抗体分子の軽鎖および重鎖の両方のＣ末端、Ｎ末端、またはＣ末端およびＮ末端の両方に付着している。ある実施形態では、ＡＤＣは、抗体分子とペプチドとの間に、リンカー、例えば、（Ｇｌｙ－Ｓｅｒ）ｎリンカー配列（ここで、ｎ＝２～２０である（配列番号２６２））を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、例えば、質量分析によって決定して、約２～約８、例えば、約２～約４のペプチド対抗体分子の比を有する。ある実施形態では、ＡＤＣは、例えば、質量分析によって決定して、約２のペプチド対抗体分子の比を有する。
ある実施形態では、ＡＤＣは、約２μｇ／ｍＬ～約５０μｇ／ｍＬ、例えば、約３．１μｇ／ｍＬ～約２５μｇ／ｍＬの濃度で、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａに対するｉｎ ｖｉｔｒｏ殺菌活性を有する。ある実施形態では、ＡＤＣは、約０．０１μｇ／ｍＬ～約２μｇ／ｍＬ（例えば、約０．１μｇ／ｍＬ～約２μｇ／ｍＬ、約０．１μｇ／ｍＬ～約１．５μｇ／ｍＬ、約０．０１μｇ／ｍＬ～約１．５μｇ／ｍＬ、約０．５μｇ／ｍＬ～約１．５μｇ／ｍＬ）の濃度で、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａに対するｉｎ ｖｉｔｒｏ殺菌活性を有する。ある実施形態では、ＡＤＣは、約１μｇ／ｍＬ（例えば、約０．５、０．６、０．７、０．８、０．９、１．０、１．１、１．２、１．３、１．４、または１．５μｇ／ｍＬ）の濃度で、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａに対するｉｎ ｖｉｔｒｏ殺菌活性を有する。ある実施形態では、ＡＤＣは、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ細胞の約５～５０％（例えば、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ細胞の約５～４０％、５～３０％、５～２０％、１０～４０％、１５～４０％、１０～３０％、１５～２５％）の殺滅を誘導する。ある実施形態では、ＡＤＣは、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ細胞の約２０％（例えば、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ細胞の約１０、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、または３０％）の殺滅を誘導する。ある実施形態では、ＡＤＣは、約１μｇ／ｍＬで約２０％の殺滅を誘導する。ある実施形態では、ＡＤＣは、参照ＡＤＣ、例えば、ＶＳＸ－１と比較して、５０％またはそれ未満、例えば、４５％、４０％、３５％、３０％、２５％、２０％、１５％、１０％、またはそれ未満異なる濃度で、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａに対するｉｎ ｖｉｔｒｏ殺菌活性を有する。ある実施形態では、ＡＤＣは、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａに対して、約５００μｇ／ｍＬまたはそれよりも高い、例えば、８００μｇ／ｍＬまたはそれよりも高い平均溶解濃度（ＭＬＣ）を有する。ある実施形態では、ＡＤＣは、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａに対して、参照ＡＤＣ、例えば、ＶＳＸ－１と比較して、５０％またはそれ未満、例えば、４５％、４０％、３５％、３０％、２５％、２０％、１５％、１０％、またはそれ未満異なるＭＬＣを有する。ある実施形態では、ＡＤＣは、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａに対して、約５００μｇ／ｍＬまたはそれよりも高い、例えば、８００μｇ／ｍＬまたはそれよりも高いＣＣ５０（５０％の哺乳動物細胞の細胞毒性が観察される濃度）を有する。ある実施形態では、ＡＤＣは、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａに対して、参照ＡＤＣ、例えば、ＶＳＸ－１よりも高い、例えば、少なくとも０．５、１、２、３、４、または５倍高いＣＣ５０を有する。ある実施形態では、ＡＤＣは、例えば、実施例４に記載されるように、例えば、ＨＥＫ－ブルーレポーターアッセイに従って、ＬＰＳ媒介トール様受容体４（ＴＬＲ４）の活性化を阻害する。ある実施形態では、ＡＤＣは、例えば、薬物動態測定、全身イメージング、ｉｎ ｖｉｖｏイメージング、臓器分布の評価（例えば、ＡＤＣが、実質的にまたは主に肝臓に分布しない）、ＥＬＩＳＡ、および／または血液試料の質量分析によって決定して、参照ＡＤＣ、例えば、ＶＳＸ－１と比較して、改善された生体内分布を有する。
ある態様では、本開示は、２つのＶＨおよび２つのＶＬを含む抗体分子を含むＡＤＣであって、ＶＨが、配列番号２５７のアミノ酸配列を含むペプチドと共有結合的にカップリングされており、ＶＨが、配列番号１０５のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、配列番号１０６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、および配列番号１０７のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含み、ＶＬが、配列番号１３８のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、配列番号１４２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、および配列番号１１２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む、ＡＤＣを提供する。
ある態様では、本開示は、２つのＶＨおよび２つのＶＬを含む抗体分子を含むＡＤＣであって、ＶＨが、配列番号２５７のアミノ酸配列を含むペプチドと共有結合的にカップリングされており、ＶＨが、配列番号１０８のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、配列番号１４６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、および配列番号１０７のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含み、ＶＬが、配列番号１３８のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、配列番号１４２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、および配列番号１１２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む、ＡＤＣを提供する。ある実施形態では、ＶＨは、配列番号１１７のアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号１３５のアミノ酸配列を含む。ある実施形態では、ペプチドは、ＶＨのＣ末端に、（Ｇｌｙ－Ｓｅｒ）ｎリンカーを介してカップリングされている。
ある態様では、本開示は、本明細書に記載されるＡＤＣ、および薬学的に許容される担体を含む医薬組成物を提供する。
ある態様では、本開示は、対象における、例えば、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓに関連する、細菌感染症を処置または予防する方法における使用のための、本明細書に記載されるＡＤＣまたは医薬組成物を提供する。ある実施形態では、細菌感染症は、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａに関連する。ある実施形態では、細菌感染症は、対象の肺におけるものである。ある実施形態では、ＡＤＣまたは医薬組成物は、肺における細菌量を低減する。ある実施形態では、ＡＤＣは、１～１０ｍｇ／ｋｇの用量で投与される。ある実施形態では、ＡＤＣまたは組成物は、静脈内、皮下、もしくは鼻腔内に、または吸入によって投与される。ある実施形態では、ＡＤＣまたは組成物は、細菌感染症に関連する症状の開始の前またはその後に投与される。ある実施形態では、対象は、肺炎、尿路感染症（ＵＴＩ）、敗血症、髄膜炎、下痢、軟組織感染症、皮膚感染症、菌血症、呼吸器系感染症、心内膜炎、腹腔内感染症、敗血症性関節炎、骨髄炎、ＣＮＳ感染症、眼科感染症、胆嚢炎、胆管炎、髄膜炎、腸チフス、食中毒、胃腸炎、腸炎熱、細菌性赤痢、血流感染症、腹腔内敗血症、脳膿瘍、髄膜炎、敗血症、関節感染症、骨感染症、胃腸感染症、または創傷感染症のうちの１つまたは複数を有する。ある実施形態では、細菌感染症は、院内感染（nosocomial infectionまたはhospital-acquired infection）である。ある実施形態では、対象は、ヒトまたは動物である。ある実施形態では、対象は、免疫無防備状態の患者または医療従事者である。ある実施形態では、対象は、ＨＩＶ感染症もしくはＡＩＤＳ、がん、固形臓器移植、幹細胞移植、鎌状赤血球症もしくは無脾症、先天性免疫不全、慢性炎症状態、人工内耳、栄養障害、または脳脊髄液漏出を有するか、あるいはそれを有するリスクがある。ある実施形態では、対象は、１８歳もしくはそれよりも若い、１５歳もしくはそれよりも若い、１２歳もしくはそれよりも若い、９歳もしくはそれよりも若い、または６歳もしくはそれよりも若いか、あるいは少なくとも６０歳、少なくとも６５歳、少なくとも７０歳、少なくとも７５歳、または少なくとも８０歳である。ある実施形態では、方法は、対象に、第２の抗菌剤を投与または療法を施すことをさらに含む。
ある実施形態では、第２の抗菌剤または療法は、抗生物質またはファージ療法を含む。ある実施形態では、抗生物質は、ポリミキシン（例えば、コリスチン）、またはβ－ラクタム（例えば、カルバペネム、例えば、メロペネム）である。ある実施形態では、抗生物質は、アミノグリコシド、アンサマイシン、カルバセフェム、カルバペネム、セファロスポリン、グリコペプチド、リンコサミド、リポペプチド、マクロライド、モノバクタム、ニトロフラン、オキサゾリジノン、ペニシリン、ペニシリンの組合せ、ポリペプチド、キノロンもしくはフルオロキノロン、スルホンアミド、テトラサイクリン、またはマイコバクテリアに対する薬物から選択される。
ある実施形態では、抗生物質は、アミカシン、ゲンタマイシン、カナマイシン、ネオマイシン、ネチルマイシン、トブラマイシン、パロモマイシン、ストレプトマイシン、スペクチノマイシン、ゲルダナマイシン、ハービマイシン、もしくはリファキシミン、ロラカルベフ、エルタペネム、ドリペネム、イミペネム／シラスタチン、メロペネム、セファドロキシル、セファゾリン、セファロチン（cefalotin）、セファロチン（cefalothin）、セファレキシン、セファクロル、セファマンドール、セフォキシチン、セフプロジル、セフロキシム、セフィキシム、セフジニル、セフジトレン、セフォペラゾン、セフォタキシム、セフポドキシム、セフタジジム、セフチブテン、セフチゾキシム、セフトリアキソン、セフェピム、セフタロリンフォサミル、セフトビプロール、テイコプラニン、バンコマイシン、テラバンシン、ダルババンシン、オリタバンシン、クリンダマイシン、リンコマイシン、ダプトマイシン、アジスロマイシン、クラリスロマイシン、ジリスロマイシン、エリスロマイシン、ロキシスロマイシン、トロレアンドマイシン、テリスロマイシン、スピラマイシン、アズトレオナム、フラゾリドン、ニトロフラントイン、リネゾリド、ポシゾリド、ラデゾリド、トレゾリド、アモキシシリン、アンピシリン、アズロシリン、カルベニシリン、クロキサシリン、ジクロキサシリン、フルクロキサシリン、メズロシリン、メチシリン、ナフシリン、オキサシリン、ペニシリンｇ、ペニシリンｖ、ピペラシリン、ペニシリンｇ、テモシリン、チカルシリン、アモキシシリン／クラブラン酸塩、アンピシリン／スルバクタム、ピペラシリン／タゾバクタム、チカルシリン／クラブラン酸塩、バシトラシン、コリスチン、ポリミキシンｂ、シプロフロキサシン、エノキサシン、ガチフロキサシン、ゲミフロキサシン、レボフロキサシン、ロメフロキサシン、モキシフロキサシン、ナリジクス酸、ノルフロキサシン、オフロキサシン、トロバフロキサシン、グレパフロキサシン、スパルフロキサシン、テマフロキサシン、マフェニド、スルファセタミド、スルファジアジン、銀スルファジアジン、スルファジメトキシン、スルファメチゾール、スルファメトキサゾール、スルファニルイミド、スルファサラジン、スルフイソキサゾール、トリメトプリム－スルファメトキサゾール（コトリモキサゾール）、スルホンアミドクリソイジン、デメクロサイクリン、ドキシサイクリン、ミノサイクリン、オキシテトラサイクリン、テトラサイクリン、クロファジミン、ダプソン、カプレオマイシン、サイクロセリン、エタンブトール、エチオナミド、イソニアジド、ピラジナミド、リファンピン、リファブチン、リファペンチン、ストレプトマイシン、アルスフェナミン、クロラムフェニコール、ホスホマイシン、フシジン酸、メトロニダゾール、ムピロシン、プラテンシマイシン、キヌプリスチン／ダルホプリスチン、チアンフェニコール、チゲサイクリン、チニダゾール、またはトリメトプリムから選択される。ある実施形態では、抗生物質は、レボフロキサシン、シプロフロキサシン、ゲンタマイシン、セフトリアキソン、オフロキサシン、アミカシン、トブラマイシン、アズトレオナム、またはイミペネム／シラスタチンから選択される。ある実施形態では、第２の抗菌剤または療法は、ＡＤＣが投与される前、ＡＤＣの投与と共に、またはＡＤＣが投与された後に投与される。
ある態様では、本開示は、細菌感染症を阻害または低減する方法であって、方法が、細胞を、細菌感染症を阻害または低減するのに有効な量で、本明細書に記載されるＡＤＣまたは本明細書に記載される医薬組成物と接触させることを含む、方法を提供する。ある実施形態では、ＡＤＣまたは医薬組成物は、細胞と、ｉｎ ｖｉｔｒｏ、ｅｘ ｖｉｖｏ、またはｉｎ ｖｉｖｏで接触する。
ある態様では、本開示は、本明細書に記載されるＡＤＣまたは本明細書に記載される医薬組成物、およびＡＤＣまたは医薬組成物の使用説明書を含む、キットを提供する。
ある態様では、本開示は、本明細書に記載されるＡＤＣまたは本明細書に記載される医薬組成物を含む容器を提供する。
ある態様では、本開示は、
（ａ）本明細書に記載されるＡＤＣの抗体分子のＶＨ、ＶＬ、もしくはその両方、
（ｂ）本明細書に記載されるＡＤＣの抗菌ペプチド、
（ｃ）（ａ）および（ｂ）の両方、または
（ｄ）本明細書に記載されるＡＤＣ
をコードする核酸分子を提供する。
ある実施形態では、本明細書に記載される核酸分子を含むベクター。ある実施形態では、本明細書に記載される核酸分子またはベクターを含む細胞。ある実施形態では、ＡＤＣを生成する方法は、ＡＤＣの生成を可能にする条件下で本明細書に記載される細胞を培養し、それによってＡＤＣを生成することを含む。ある実施形態では、ＡＤＣを生成する方法は、ＬＰＳに結合する抗体分子を、ソルターゼの存在下、ソルターゼ媒介反応が起こるのを可能にする条件下で、抗菌ペプチドおよび必要に応じてソルターゼドナー配列を含むペプチドと接触させ、それによってＡＤＣを生成することを含む。ある実施形態では、抗体分子は、ソルターゼ認識配列、リンカー配列、またはその両方を含むソルターゼアクセプター配列を含む。ある実施形態では、細菌感染症を処置または予防する方法は、それを必要とする対象に、細菌感染症を処置または予防するのに有効な量で、本明細書に記載されるＡＤＣまたは本明細書に記載される医薬組成物を投与することを含む。ある実施形態では、細菌感染症を処置または予防するための医薬の製造における、本明細書に記載されるＡＤＣの使用。
したがって、ある態様では、本開示は、抗ＬＰＳ抗体分子（例えば、本明細書に記載される抗ＬＰＳ抗体分子）、および共有結合的にカップリングされた抗菌ペプチド（例えば、本明細書に記載される抗菌ペプチド）を含む抗体分子－薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）であって、抗体分子が、改変スルファターゼモチーフを含む、ＡＤＣを提供する。
ある実施形態では、改変スルファターゼモチーフは、式：
Ｘ１（ＦＧｌｙ’）Ｘ２Ｚ２Ｘ３Ｚ３
（式中、ＦＧｌｙ’は、式：
Figure 2023521319000001
Figure 2023521319000002
 （式中、Ｊ１は、共有結合的にカップリングされた抗菌ペプチドであり、
それぞれのＬ１は、アルキレン、置換アルキレン、アルケニレン、置換アルケニレン、アルキニレン、アルキニレン、アリーレン、置換アリーレン、シクロアルキレン、置換シクロアルキレン、ヘテロアリーレン、置換ヘテロアリーレン、ヘテロサイクレン、置換ヘテロサイクレン、アシル、アミド、アシルオキシ、ウレタニレン、チオエステル、スルホニル、スルホンアミド、スルホニルエステル、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＨ－、および置換アミンから独立して選択される二価部分であり、
ｎは、０～４０の整数である）を有し、
Ｚ２は、プロリンまたはアラニン残基であり、
Ｘ１は、存在するか、または存在せず、存在する場合、任意のアミノ酸であり、但し、スルファターゼモチーフがポリペプチドのＮ末端に存在する場合、Ｘ１は存在し、
Ｘ２およびＸ３は、それぞれ独立して、任意のアミノ酸であり、
Ｚ３は、塩基性アミノ酸である）
を有する。
ある実施形態では、抗体分子は、フォールディングされた状態にある場合、溶媒がアクセス可能な表面上に、共有結合的にカップリングされた抗菌ペプチドを提示する。
ある実施形態では、改変スルファターゼモチーフは、異種改変スルファターゼモチーフである。ある実施形態では、改変スルファターゼモチーフは、１２個もしくはそれ未満（例えば、１１個もしくはそれ未満、１０個もしくはそれ未満、９個もしくはそれ未満、８個もしくはそれ未満、７個もしくはそれ未満、または６個もしくはそれ未満）のアミノ酸残基を含むか、またはそれからなる。
ある実施形態では、改変スルファターゼモチーフは、ＡＤＣにおいて、抗体分子鎖のＮ末端、抗体分子鎖のＣ末端、または抗体分子、の溶媒がアクセス可能なループに位置する。ある実施形態では、改変スルファターゼモチーフは、抗体分子の重鎖（またはその断片）に位置する。ある実施形態では、改変スルファターゼモチーフは、重鎖の定常領域（例えば、ＣＨ１、ＣＨ２、またはＣＨ３）に位置する。ある実施形態では、改変スルファターゼモチーフは、重鎖定常領域の末端（例えば、Ｃ末端）に位置する。ある実施形態では、スルファターゼモチーフは、重鎖定常領域の末端（例えば、Ｃ末端）以外の重鎖定常領域中の領域に位置する。ある実施形態では、改変スルファターゼモチーフは、抗体分子の軽鎖（またはその断片）に位置する。ある実施形態では、改変スルファターゼモチーフは、軽鎖の定常領域に位置する。ある実施形態では、改変スルファターゼモチーフは、軽鎖定常領域の末端（例えば、Ｃ末端）に位置する。ある実施形態では、スルファターゼモチーフは、軽鎖定常領域の末端（例えば、Ｃ末端）以外の軽鎖定常領域中の領域に位置する。
ある実施形態では、ＡＤＣは、複数の改変スルファターゼモチーフを含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、２つまたはそれよりも多く（例えば、３、４、５、６、７、８つ、またはそれよりも多く）の改変スルファターゼモチーフを含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、３つまたはそれよりも多く（例えば、４、５、６、７、８つ、またはそれよりも多く）の改変スルファターゼモチーフを含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、４つまたはそれよりも多く（例えば、５、６、７、８つ、またはそれよりも多く）の改変スルファターゼモチーフを含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、４つの改変スルファターゼモチーフを含む。
ある実施形態では、改変スルファターゼモチーフは、ＡＤＣにおいて、抗体分子鎖のＮ末端、抗体分子鎖のＣ末端、または抗体分子の、溶媒がアクセス可能なループに位置する。ある実施形態では、改変スルファターゼモチーフは、抗体分子の重鎖（またはその断片）、軽鎖（またはその断片）、またはその両方に位置する。ある実施形態では、改変スルファターゼモチーフは、重鎖の定常領域（例えば、ＣＨ１、ＣＨ２、またはＣＨ３のうちの１つまたは複数）、軽鎖の定常領域、またはその両方に位置する。ある実施形態では、抗体分子またはＡＤＣは、改変スルファターゼモチーフをそれぞれ含む、２つまたはそれよりも多くの重鎖を含む。ある実施形態では、抗体分子またはＡＤＣは、改変スルファターゼモチーフをそれぞれ含む、２つまたはそれよりも多くの軽鎖を含む。ある実施形態では、抗体分子またはＡＤＣは、２つの重鎖および２つの軽鎖を含み、それぞれの重鎖は、２つの改変スルファターゼモチーフ（例えば、ＣＨ１中に１つおよびＣＨ３中に１つ、ＣＨ１中に１つおよびＣＨ２中に１つ、またはＣＨ２中に１つおよびＣＨ３中に１つ）を含む。
ある実施形態では、改変スルファターゼモチーフは、可撓性リンカーによって分離された改変スルファターゼモチーフを含むコンカテマーとして提供される。
ある実施形態では、Ｚ３は、アルギニン（Ｒ）である。ある実施形態では、存在する場合のＸ１、Ｘ２およびＸ３は、それぞれ独立して、脂肪族アミノ酸、硫黄含有アミノ酸、または極性の非荷電アミノ酸である。ある実施形態では、存在する場合のＸ１は、Ｌ、Ｍ、Ｖ、Ｓ、またはＴである。ある実施形態では、Ｘ２およびＸ３は、それぞれ独立して、Ｓ、Ｔ、Ａ、Ｖ、Ｇ、またはＣである。ある実施形態では、改変スルファターゼモチーフは、式：Ｌ（ＦＧｌｙ’）ＴＰＳＲ（配列番号１６８）を有する。
別の態様では、本開示は、
Ｘ１Ｚ１Ｘ２Ｚ２Ｘ３Ｚ３
のアミノ酸配列を有するスルファターゼモチーフを含むアルデヒドタグ化抗ＬＰＳ抗体分子（例えば、本明細書に記載される抗ＬＰＳ抗体分子）であって、式中、
Ｚ１は、システイン、セリン、または２－ホルミルグリシン残基であり、
Ｚ２は、プロリンまたはアラニン残基であり、
Ｘ１は、存在するか、または存在せず、存在する場合、任意のアミノ酸であり、但し、異種スルファターゼモチーフがアルデヒドタグ化ポリペプチドのＮ末端に存在する場合、Ｘ１は存在し、
Ｘ２およびＸ３は、それぞれ独立して、任意のアミノ酸であり、
Ｚ３は、塩基性アミノ酸である、
アルデヒドタグ化抗ＬＰＳ抗体分子を特徴とする。
ある実施形態では、抗体分子は、フォールディングされた状態にある場合、溶媒がアクセス可能な表面上に、共有結合的にカップリングされた抗菌ペプチドを提示することができる。
ある実施形態では、スルファターゼモチーフは、異種スルファターゼモチーフである。ある実施形態では、スルファターゼモチーフは、改変されていないスルファターゼモチーフである。別の実施形態では、スルファターゼモチーフは、改変スルファターゼモチーフである。ある実施形態では、スルファターゼモチーフは、１２個もしくはそれ未満（例えば、１１個もしくはそれ未満、１０個もしくはそれ未満、９個もしくはそれ未満、８個もしくはそれ未満、７個もしくはそれ未満、または６個もしくはそれ未満）のアミノ酸残基を含むか、またはそれからなる。
ある実施形態では、スルファターゼモチーフは、抗体分子鎖のＮ末端、抗体分子鎖のＣ末端、または抗体分子、の溶媒がアクセス可能なループに位置する。ある実施形態では、スルファターゼモチーフは、抗体分子の重鎖（またはその断片）に位置する。ある実施形態では、スルファターゼモチーフは、重鎖の定常領域（例えば、ＣＨ１、ＣＨ２、またはＣＨ３）に位置する。ある実施形態では、スルファターゼモチーフは、重鎖定常領域の末端（例えば、Ｃ末端）に位置する。ある実施形態では、スルファターゼモチーフは、重鎖定常領域の末端（例えば、Ｃ末端）以外の重鎖定常領域中の領域に位置する。ある実施形態では、スルファターゼモチーフは、抗体分子の軽鎖（またはその断片）に位置する。ある実施形態では、スルファターゼモチーフは、軽鎖の定常領域に位置する。ある実施形態では、スルファターゼモチーフは、軽鎖定常領域の末端（例えば、Ｃ末端）に位置する。ある実施形態では、スルファターゼモチーフは、軽鎖定常領域の末端（例えば、Ｃ末端）以外の軽鎖定常領域中の領域に位置する。
ある実施形態では、抗体分子は、複数のスルファターゼモチーフを含む。ある実施形態では、抗体分子は、２つまたはそれよりも多く（例えば、３、４、５、６、７、８つ、またはそれよりも多く）のスルファターゼモチーフを含む。ある実施形態では、抗体分子は、３つまたはそれよりも多く（例えば、４、５、６、７、８つ、またはそれよりも多く）の改変スルファターゼモチーフを含む。ある実施形態では、抗体分子は、４つまたはそれよりも多く（例えば、５、６、７、８つ、またはそれよりも多く）の改変スルファターゼモチーフを含む。ある実施形態では、抗体分子は、４つの改変スルファターゼモチーフを含む。
ある実施形態では、スルファターゼモチーフは、抗体分子鎖のＮ末端、抗体分子鎖のＣ末端、または抗体分子、の溶媒がアクセス可能なループに位置する。ある実施形態では、スルファターゼモチーフは、抗体分子の重鎖（またはその断片）、軽鎖（またはその断片）、またはその両方に位置する。ある実施形態では、スルファターゼモチーフは、重鎖の定常領域（例えば、ＣＨ１、ＣＨ２、またはＣＨ３のうちの１つまたは複数）、軽鎖の定常領域、またはその両方に位置する。ある実施形態では、抗体分子は、スルファターゼモチーフをそれぞれ含む、２つまたはそれよりも多くの重鎖を含む。ある実施形態では、抗体分子は、改変スルファターゼモチーフをそれぞれ含む、２つまたはそれよりも多くの軽鎖を含む。ある実施形態では、抗体分子は、２つの重鎖および２つの軽鎖を含み、それぞれの重鎖は、２つの改変スルファターゼモチーフ（例えば、ＣＨ１中に１つおよびＣＨ３中に１つ、ＣＨ１中に１つおよびＣＨ２中に１つ、またはＣＨ２中に１つおよびＣＨ３中に１つ）を含む。
ある実施形態では、スルファターゼモチーフは、可撓性リンカーによって分離された改変スルファターゼモチーフを含むコンカテマーとして提供される。
ある実施形態では、Ｚ３は、アルギニン（Ｒ）である。ある実施形態では、存在する場合のＸ１、Ｘ２およびＸ３は、それぞれ独立して、脂肪族アミノ酸、硫黄含有アミノ酸、または極性の非荷電アミノ酸である。ある実施形態では、存在する場合のＸ１は、Ｌ、Ｍ、Ｖ、Ｓ、またはＴである。ある実施形態では、Ｘ２およびＸ３は、それぞれ独立して、Ｓ、Ｔ、Ａ、Ｖ、Ｇ、またはＣである。ある実施形態では、改変スルファターゼモチーフは、式：ＬＣＴＰＳＲ（配列番号１６９）を有する。
ある態様では、本開示は、ＡＤＣを生成する方法であって、アルデヒドタグ化抗ＬＰＳ抗体分子（例えば、本明細書に記載されるアルデヒドタグ化抗ＬＰＳ抗体分子）および抗菌ペプチド（例えば、本明細書に記載される抗菌ペプチド）を、抗体分子のアルデヒドと抗菌ペプチドの反応性基との間で反応が起こるのを可能にする条件下で接触させ、それによってＡＤＣを生成することを含む、方法を提供する。
ある実施形態では、アルデヒドタグ化抗体分子は、２－ホルミル－グリシン残基（例えば、Ｚ１にＦＧｌｙ’）を含む。ある実施形態では、抗菌ペプチドは、アミノオキシまたはヒドラジド反応性基を含む。
ある実施形態では、方法は、反応混合物中で、アルデヒドタグ化抗体分子および抗菌ペプチドを混ぜ合わせることを含む。
ある実施形態では、抗菌ペプチドは、抗菌ペプチドの抗体分子に対する所望の比を提供するのに十分な量で、抗体分子と接触するか、または反応混合物中に提供される。ある実施形態では、抗菌ペプチドの抗体分子に対する比は、約１：１、２：１、３：１、４：１、５：１、６：１、７：１、８：１、またはそれよりも大きい。ある実施形態では、抗菌ペプチドの抗体分子に対する比は、約４：１である。
ある実施形態では、アルデヒドタグ化抗体分子および抗菌ペプチドは、ヒドラジノ－イソ－ピクテ－スペングラー（ＨＩＰＳ）ライゲーションによってカップリングされる。別の実施形態では、アルデヒドタグ化抗体分子および抗菌ペプチドは、オキシムおよびヒドラジドとのコンジュゲーションと、それに続く還元によってカップリングされる。
ある実施形態では、方法は、例えば、反応混合物から、ＡＤＣを単離すること（例えば、精製すること）をさらに含む。ある実施形態では、アルデヒドタグ化抗体分子は、アルデヒドタグ化抗体分子が抗菌ペプチドと接触する前（例えば、アルデヒドタグ化抗体分子が、反応混合物中で、抗菌ペプチドと混ぜ合わされる前）に、フォールドされる。
ある態様では、本開示は、本明細書に記載される方法によって生成されたＡＤＣを提供する。
ある態様では、本開示は、抗ＬＰＳ抗体分子（例えば、本明細書に記載される抗ＬＰＳ抗体分子）、および共有結合的にカップリングされた抗菌ペプチド（例えば、本明細書に記載される抗菌ペプチド）を含むＡＤＣ、ならびに薬学的に許容される担体を含む組成物（例えば、医薬組成物）であって、抗体分子が、本明細書に記載される改変スルファターゼモチーフを含む、組成物を提供する。
ある態様では、本開示は、抗ＬＰＳ抗体分子（例えば、本明細書に記載される抗ＬＰＳ抗体分子）、および抗菌ペプチド（例えば、本明細書に記載される抗菌ペプチド）を含むＡＤＣを含む反応混合物であって、抗体分子が、本明細書に記載されるスルファターゼモチーフ（例えば、改変スルファターゼモチーフ）を含む、反応混合物を提供する。
ある態様では、本開示は、細菌感染症または関連する障害を処置または予防する方法であって、それを必要とする対象に、細菌感染症または関連する障害を処置または予防するのに有効な量で、ＡＤＣまたはＡＤＣを含む医薬組成物を投与することを含み、ＡＤＣが、抗ＬＰＳ抗体分子（例えば、本明細書に記載される抗ＬＰＳ抗体分子）、および共有結合的にカップリングされた抗菌ペプチド（例えば、本明細書に記載される抗菌ペプチド）を含み、抗体分子が、本明細書に記載される改変スルファターゼモチーフを含む、方法を特徴とする。
ある実施形態では、細菌感染症は、グラム陰性細菌に関連する。ある実施形態では、細菌感染症は、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ感染症である。ある実施形態では、細菌感染症は、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａに関連する。
ある態様では、本開示は、本明細書に記載されるアルデヒドタグ化抗ＬＰＳ抗体分子をコードするヌクレオチド配列を含む核酸を特徴とする。
ある態様では、本開示は、本明細書に記載されるエピトープに結合する抗体分子またはＡＤＣを提供する。ある実施形態では、抗体分子またはＡＤＣは、改変スルファターゼモチーフ（例えば、本明細書に記載される改変スルファターゼモチーフ）を含む。
ある態様では、本開示は、抗ＬＰＳ抗体分子（例えば、本明細書に記載される抗ＬＰＳ抗体分子）、および共有結合的にカップリングされた抗菌ペプチド（例えば、本明細書に記載される抗菌ペプチド）を含むＡＤＣであって、抗菌ペプチドが、（ａ）リシンコンジュゲーション（例えば、表面に露出したリシンを抗体反応性基として使用する）、（ｂ）鎖間ジスルフィド（例えば、ＨＣ－ＨＣまたはＨＣ－ＬＣを連結するジスルフィドを使用する）、（ｃ）非ネイティブアミノ酸（例えば、アルデヒド、アジド、またはアルキンで置換されたアミノ酸）、または（ｄ）生分解性ポリマー（例えば、リシンまたはチオール）を介して、抗体分子にカップリングされている、ＡＤＣを提供する。
ある実施形態では、抗菌ペプチドは、抗体分子に、（ａ）を介してカップリングされる。ある実施形態では、抗体分子は、抗菌ペプチド上の活性化されたアミノ酸に、直接的にコンジュゲートされる。ある実施形態では、抗体分子上のリシンは、チオール反応性基に変換され、チオール反応性基を有する抗体分子は、チオール化された抗菌ペプチドにライゲーションされる。ある実施形態では、抗体分子上のリシンは、遊離チオールに変換され、遊離チオールを有する抗体分子は、チオール反応性抗菌ペプチドにライゲーションされる。
ある実施形態では、抗菌ペプチドは、抗体分子に、（ｂ）を介してカップリングされる。ある実施形態では、抗体分子の鎖間ジスルフィドは、低減され、低減された鎖間ジスルフィドを有する抗体分子は、チオール反応性抗菌ペプチドにライゲーションされる。
ある実施形態では、抗菌ペプチドは、抗体分子に、（ｃ）を介してカップリングされる。ある実施形態では、抗体分子は、クリックケミストリー（Kolb et al. Angew Chem Int Ed Engl. 2001; 40(11):2004-2021；Evans Australian Journal of Chemistry. 2007; 60 (6): 384-395）を使用して、抗菌ペプチドにライゲーションされる。
ある実施形態では、抗菌ペプチドは、抗体分子に、（ｄ）を介してカップリングされる。ある実施形態では、抗菌ペプチドは、生分解性ポリマーにライゲーションされ、ポリマーは、抗体分子にライゲーションされる。
ある実施形態では、ＡＤＣは、組成物（例えば、医薬組成物）中で提供される。
ある実施形態では、ＡＤＣまたは医薬組成物は、対象における細菌感染症（例えば、グラム陰性細菌、例えば、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａに関連する感染症）または関連する障害を処置または予防するために使用される。
したがって、ある特定の態様では、本開示は、抗体分子－薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）、例えば、以下の性質のうちの１つまたは複数（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、またはすべて）を有する、本明細書に記載される抗体分子および抗菌ペプチド（例えば、本明細書に記載される抗菌ペプチド）を含むＡＤＣを提供する：
ａ）高い親和性で、例えば、約１００ｎＭ未満、典型的には、約１０ｎＭ、より典型的には、約１０～０．０１ｎＭ、約５～０．０１ｎＭ、約３～０．０５ｎＭ、約１～０．１ｎＭ、またはそれよりも強い、例えば、約８０、７０、６０、５０、４０、３０、２０、１０、８、６、４、３、２、１、０．５、０．２、０．１、０．０５、または０．０１ｎＭ未満の解離定数（ＫＤ）で、異なる属、種、および／または亜種の１種または複数（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０種、またはそれよりも多く）のグラム陰性細菌（例えば、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ（例えば、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ、またはＣｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ、例えば、汎耐性Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）由来の１種もしくは複数の細菌、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ由来の１種もしくは複数の細菌、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ由来の１種もしくは複数の細菌、またはそれらの任意の組合せ）に結合する、
ｂ）高い親和性で、例えば、約１００ｎＭ未満、典型的には、約１０ｎＭ、より典型的には、約１０～０．０１ｎＭ、約５～０．０１ｎＭ、約３～０．０５ｎＭ、約１～０．１ｎＭ、またはそれよりも強い、例えば、約８０、７０、６０、５０、４０、３０、２０、１０、８、６、４、３、２、１、０．５、０．２、０．１、０．０５、または０．０１ｎＭ未満の解離定数（ＫＤ）で、リポ多糖（ＬＰＳ）に結合する、
ｃ）例えば、本明細書に記載される方法によって、例えば、ＡＤＣの最小発育阻止濃度（ＭＩＣ）を測定することによって決定して、異なる属、種、および／または亜種の１種または複数（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０種、またはそれよりも多く）のグラム陰性細菌（例えば、本明細書に記載される１種または複数のグラム陰性細菌）を阻害する、
ｄ）例えば、本明細書に記載される方法によって測定されるように、例えば、モルベースで、抗菌ペプチド単独と比較して、より低いＭＩＣ、例えば、多くても２分の１、３分の１、４分の１、５分の１、６分の１、７分の１、８分の１、９分の１、１０分の１、２０分の１、３０分の１、４０分の１、５０分の１、６０分の１、７０分の１、８０分の１、９０分の１、１００分の１、２００分の１、５００分の１、１，０００分の１の低さのＭＩＣで、異なる属、種、および／または亜種の１種または複数（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０種、またはそれよりも多く）のグラム陰性細菌（例えば、本明細書に記載される１種または複数のグラム陰性細菌）を阻害する、
ｅ）例えば、本明細書に記載される方法によって、例えば、最小殺菌濃度（ＭＢＣ）を測定することによって決定して、異なる属、種、および／または亜種の１種または複数（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０種、またはそれよりも多く）のグラム陰性細菌（例えば、本明細書に記載される１種または複数のグラム陰性細菌）の生存率を低減する、
ｆ）例えば、本明細書に記載される方法によって測定されるように、例えば、モルベースで、抗菌ペプチド単独と比較して、より低いＭＢＣ、例えば、多くても２分の１、３分の１、４分の１、５分の１、６分の１、７分の１、８分の１、９分の１、１０分の１、２０分の１、３０分の１、４０分の１、５０分の１、６０分の１、７０分の１、８０分の１、９０分の１、１００分の１、２００分の１、５００分の１、１，０００分の１の低さのＭＢＣで、異なる属、種、および／または亜種の１種または複数（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０種、またはそれよりも多く）のグラム陰性細菌（例えば、本明細書に記載される１種または複数のグラム陰性細菌）の生存率を低減する、
ｇ）例えば、本明細書に記載されるように、例えば、ＯＰＡアッセイによって決定される、オプソニン化貪食作用活性（ＯＰＡ）を呈する、
ｈ）ＬＰＳ上のエピトープ、例えば、表１または３に記載される抗体分子、例えば、ｍＡｂ００１（例えば、ヒト化ｍＡｂ００１）、Ａ００１－２５、ｈＷＮ０１、ｈＷＮｖ１、３Ｅ７、３Ｇ１、２Ｃ７、または３Ｄ６によって認識されるエピトープと同じまたは類似のエピトープに特異的に結合する、
ｉ）表１または３に記載される抗体分子、例えば、ｍＡｂ００１（例えば、ヒト化ｍＡｂ００１）、Ａ００１－２５、ｈＷＮ０１、ｈＷＮｖ１、３Ｅ７、３Ｇ１、２Ｃ７、または３Ｄ６と、同じまたは類似の結合親和性もしくは特異性、またはその両方を示す、
ｊ）表１または３に記載される抗体分子、例えば、ｍＡｂ００１（例えば、ヒト化ｍＡｂ００１）、Ａ００１－２５、ｈＷＮ０１、ｈＷＮｖ１、３Ｅ７、３Ｇ１、２Ｃ７、または３Ｄ６を含むＡＤＣと、同じまたは類似の結合親和性もしくは特異性、またはその両方を示す、
ｋ）表１または３に記載される重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域、例えば、ｍＡｂ００１（例えば、ヒト化ｍＡｂ００１）、Ａ００１－２５、ｈＷＮ０１、ｈＷＮｖ１、３Ｅ７、３Ｇ１、２Ｃ７、または３Ｄ６の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む抗体分子と、同じまたは類似の結合親和性もしくは特異性、またはその両方を示す、
ｌ）表１または３に記載される重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域、例えば、ｍＡｂ００１（例えば、ヒト化ｍＡｂ００１）、Ａ００１－２５、ｈＷＮ０１、ｈＷＮｖ１、３Ｅ７、３Ｇ１、２Ｃ７、または３Ｄ６の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含むＡＤＣと、同じまたは類似の結合親和性もしくは特異性、またはその両方を示す、
ｍ）表１または３に記載される１つもしくは複数（例えば、２つもしくは３つ）の重鎖ＣＤＲおよび／または１つもしくは複数（例えば、２つもしくは３つ）の軽鎖ＣＤＲ、例えば、ｍＡｂ００１（例えば、ヒト化ｍＡｂ００１）、Ａ００１－２５、ｈＷＮ０１、ｈＷＮｖ１、３Ｅ７、３Ｇ１、２Ｃ７、または３Ｄ６の１つもしくは複数（例えば、２つもしくは３つ）の重鎖ＣＤＲおよび／または１つもしくは複数（２つもしくは３つ）の軽鎖ＣＤＲを含む抗体分子と、同じまたは類似の結合親和性もしくは特異性、またはその両方を示す、
ｎ）表１または３に記載される１つもしくは複数（例えば、２つもしくは３つ）の重鎖ＣＤＲおよび／または１つもしくは複数（例えば、２つもしくは３つ）の軽鎖ＣＤＲ、例えば、ｍＡｂ００１（例えば、ヒト化ｍＡｂ００１）、Ａ００１－２５、ｈＷＮ０１、ｈＷＮｖ１、３Ｅ７、３Ｇ１、２Ｃ７、または３Ｄ６の１つもしくは複数（例えば、２つもしくは３つ）の重鎖ＣＤＲおよび／または１つもしくは複数（２つもしくは３つ）の軽鎖ＣＤＲを含むＡＤＣと、同じまたは類似の結合親和性もしくは特異性、またはその両方を示す、
ｏ）表１または３に示されるアミノ酸配列を含む抗体分子と、同じまたは類似の結合親和性もしくは特異性、またはその両方を示す、
ｐ）表１または３に示されるアミノ酸配列を含むＡＤＣと、同じまたは類似の結合親和性もしくは特異性、またはその両方を示す、
ｑ）グラム陰性細菌、ＬＰＳ、またはその両方への第２の抗体分子の結合を阻害する、例えば、競合的に阻害する、ここで、第２の抗体分子は、表１または３から選択される抗体分子、例えば、ｍＡｂ００１（例えば、ヒト化ｍＡｂ００１）、Ａ００１－２５、ｈＷＮ０１、ｈＷＮｖ１、３Ｅ７、３Ｇ１、２Ｃ７、または３Ｄ６である、
ｒ）グラム陰性細菌、ＬＰＳ、またはその両方への第２の抗体分子を含む第２のＡＤＣの結合を阻害する、例えば、競合的に阻害する、ここで、第２の抗体分子は、表１または３から選択される抗体分子、例えば、ｍＡｂ００１（例えば、ヒト化ｍＡｂ００１）、Ａ００１－２５、ｈＷＮ０１、ｈＷＮｖ１、３Ｅ７、３Ｇ１、２Ｃ７、または３Ｄ６である、
ｓ）第２の抗体分子と同じまたは重複するエピトープと結合する、ここで、第２の抗体分子は、表１または３から選択される抗体分子、例えば、ｍＡｂ００１（例えば、ヒト化ｍＡｂ００１）、Ａ００１－２５、ｈＷＮ０１、ｈＷＮｖ１、３Ｅ７、３Ｇ１、２Ｃ７、または３Ｄ６である、
ｔ）第２の抗体分子を含む第２のＡＤＣと同じまたは重複するエピトープと結合する、ここで、第２の抗体分子は、表１または３から選択される抗体分子、例えば、ｍＡｂ００１（例えば、ヒト化ｍＡｂ００１）、Ａ００１－２５、ｈＷＮ０１、ｈＷＮｖ１、３Ｅ７、３Ｇ１、２Ｃ７、または３Ｄ６である、
ｕ）グラム陰性細菌、ＬＰＳ、またはその両方への第２の抗体分子との結合について競合する、ここで、第２の抗体分子は、表１または３から選択される抗体分子、例えば、ｍＡｂ００１（例えば、ヒト化ｍＡｂ００１）、Ａ００１－２５、ｈＷＮ０１、ｈＷＮｖ１、３Ｅ７、３Ｇ１、２Ｃ７、または３Ｄ６である、
ｖ）グラム陰性細菌、ＬＰＳ、またはその両方への第２のＡＤＣを含む第２のＡＤＣとの結合について競合する、ここで、第２の抗体分子は、表１または３から選択される抗体分子、例えば、ｍＡｂ００１（例えば、ヒト化ｍＡｂ００１）、Ａ００１－２５、ｈＷＮ０１、ｈＷＮｖ１、３Ｅ７、３Ｇ１、２Ｃ７、または３Ｄ６である、
ｗ）表１または３から選択される抗体分子、例えば、ｍＡｂ００１（例えば、ヒト化ｍＡｂ００１）、Ａ００１－２５、ｈＷＮ０１、ｈＷＮｖ１、３Ｅ７、３Ｇ１、２Ｃ７、または３Ｄ６の１つまたは複数の生物学的性質を有する、
ｘ）表１または３から選択される抗体分子、例えば、ｍＡｂ００１（例えば、ヒト化ｍＡｂ００１）、Ａ００１－２５、ｈＷＮ０１、ｈＷＮｖ１、３Ｅ７、３Ｇ１、２Ｃ７、または３Ｄ６を含むＡＤＣの１つまたは複数の生物学的性質を有する、
ｙ）表１または３から選択される抗体分子、例えば、ｍＡｂ００１（例えば、ヒト化ｍＡｂ００１）、Ａ００１－２５、ｈＷＮ０１、ｈＷＮｖ１、３Ｅ７、３Ｇ１、２Ｃ７、または３Ｄ６を含むＡＤＣの１つまたは複数の薬物動態学的性質を有する、
ｚ）例えば、本明細書に記載される混合微生物殺滅アッセイによって決定して、殺滅％で、第２の属、種、または亜種由来のグラム陰性細菌（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｓｐｐ．、またはその両方）の生存率の低減と比較して、高い選択性で、例えば、少なくとも２、５、１０、２０、５０、１００、２００、５００、または１０００倍より高く、第１の属、種、または亜種由来のグラム陰性細菌（例えば、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）の生存率を低減する、
ａａ）高い親和性で、例えば、約２００ｐＭもしくはそれ未満、例えば、約１５０ｐＭ未満もしくはそれ未満、約１２０ｐＭもしくはそれ未満、約１００ｐＭもしくはそれ未満、約８０ｐＭもしくはそれ未満、約６０ｐＭもしくはそれ未満、または約４０ｐＭもしくはそれ未満、例えば、約４０ｐＭ～約１２０ｐＭ、約５０ｐＭ～１１０ｐＭ、約６０ｐＭ～１００ｐＭ、約４０ｐＭ～８０ｐＭ、または８０ｐＭ～１２０ｐＭのアビディティーのＥＣ５０で、１種または複数のＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ株に結合する、あるいは
ｂｂ）例えば、動物モデル、例えば、本明細書に記載されるマウス急性肺炎モデルを使用して決定して、例えば、少なくとも２、５、１０、２０、５０、１００、２００、５００、１０００、またはそれよりも高い倍数の細菌量の低減で、異なる属、種、および／または亜種の１種または複数（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０種、またはそれよりも多く）のグラム陰性細菌（例えば、本明細書に記載される１種または複数のグラム陰性細菌、例えば、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）をｉｎ ｖｉｖｏで阻害する。
したがって、ある特定の態様では、本開示は、以下の性質のうちの１つまたは複数（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、またはすべて）を有する、抗体分子、例えば、本明細書に記載される抗体分子を提供する：
ａ）高い親和性で、例えば、約１００ｎＭ未満、典型的には、約１０ｎＭ、より典型的には、約１０～０．０１ｎＭ、約５～０．０１ｎＭ、約３～０．０５ｎＭ、約１～０．１ｎＭ、またはそれよりも強い、例えば、約８０、７０、６０、５０、４０、３０、２０、１０、８、６、４、３、２、１、０．５、０．２、０．１、０．０５、または０．０１ｎＭ未満の解離定数（ＫＤ）で、異なる属、種、および／または亜種の１種または複数（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０種、またはそれよりも多く）のグラム陰性細菌（例えば、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ由来の１種もしくは複数の細菌（例えば、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ、またはＣｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ、例えば、汎耐性Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ由来の１種もしくは複数の細菌、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ由来の１種もしくは複数の細菌、またはそれらの任意の組合せ）に結合する、
ｂ）高い親和性で、例えば、約１００ｎＭ未満、典型的には、約１０ｎＭ、より典型的には、約１０～０．０１ｎＭ、約５～０．０１ｎＭ、約３～０．０５ｎＭ、約１～０．１ｎＭ、またはそれよりも強い、例えば、約８０、７０、６０、５０、４０、３０、２０、１０、８、６、４、３、２、１、０．５、０．２、０．１、０．０５、または０．０１ｎＭ未満の解離定数（ＫＤ）で、リポ多糖（ＬＰＳ）に結合する、
ｃ）例えば、本明細書に記載されるように、例えば、ＯＰＡアッセイによって決定される、オプソニン化貪食作用活性（ＯＰＡ）を呈する、
ｄ）ＬＰＳ上のエピトープ、例えば、表１または３に記載される抗体分子、例えば、ｍＡｂ００１（例えば、ヒト化ｍＡｂ００１）、Ａ００１－２５、ｈＷＮ０１、ｈＷＮｖ１、３Ｅ７、３Ｇ１、２Ｃ７、または３Ｄ６によって認識されるエピトープと同じまたは類似のエピトープに特異的に結合する、
ｅ）表１または３に記載される抗体分子、例えば、ｍＡｂ００１（例えば、ヒト化ｍＡｂ００１）、Ａ００１－２５、ｈＷＮ０１、ｈＷＮｖ１、３Ｅ７、３Ｇ１、２Ｃ７、または３Ｄ６と、同じまたは類似の結合親和性もしくは特異性、またはその両方を示す、
ｆ）表１または３に記載される抗体分子、例えば、ｍＡｂ００１（例えば、ヒト化ｍＡｂ００１）、Ａ００１－２５、ｈＷＮ０１、ｈＷＮｖ１、３Ｅ７、３Ｇ１、２Ｃ７、または３Ｄ６を含むＡＤＣと、同じまたは類似の結合親和性もしくは特異性、またはその両方を示す、
ｇ）表１または３に記載される重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域、例えば、ｍＡｂ００１（例えば、ヒト化ｍＡｂ００１）、Ａ００１－２５、ｈＷＮ０１、ｈＷＮｖ１、３Ｅ７、３Ｇ１、２Ｃ７、または３Ｄ６の重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域を含む抗体分子と、同じまたは類似の結合親和性もしくは特異性、またはその両方を示す、
ｈ）表１または３に記載される１つもしくは複数（例えば、２つもしくは３つ）の重鎖ＣＤＲおよび／または１つもしくは複数（例えば、２つもしくは３つ）の軽鎖ＣＤＲ、例えば、ｍＡｂ００１（例えば、ヒト化ｍＡｂ００１）、Ａ００１－２５、ｈＷＮ０１、ｈＷＮｖ１、３Ｅ７、３Ｇ１、２Ｃ７、または３Ｄ６の１つもしくは複数（例えば、２つもしくは３つ）の重鎖ＣＤＲおよび／または１つもしくは複数（２つもしくは３つ）の軽鎖ＣＤＲを含む抗体分子と、同じまたは類似の結合親和性もしくは特異性、またはその両方を示す、
ｉ）表１または３に示されるアミノ酸配列を含む抗体分子と、同じまたは類似の結合親和性もしくは特異性、またはその両方を示す、
ｊ）グラム陰性細菌、ＬＰＳ、またはその両方への第２の抗体分子の結合を阻害する、例えば、競合的に阻害する、ここで、第２の抗体分子は、表１または３から選択される抗体分子、例えば、ｍＡｂ００１（例えば、ヒト化ｍＡｂ００１）、Ａ００１－２５、ｈＷＮ０１、ｈＷＮｖ１、３Ｅ７、３Ｇ１、２Ｃ７、または３Ｄ６である、
ｋ）第２の抗体分子と同じまたは重複するエピトープと結合する、ここで、第２の抗体分子は、表１または３から選択される抗体分子、例えば、ｍＡｂ００１（例えば、ヒト化ｍＡｂ００１）、Ａ００１－２５、ｈＷＮ０１、ｈＷＮｖ１、３Ｅ７、３Ｇ１、２Ｃ７、または３Ｄ６である、
ｌ）グラム陰性細菌、ＬＰＳ、またはその両方への第２の抗体分子との結合について競合する、ここで、第２の抗体分子は、表１または３から選択される抗体分子、例えば、ｍＡｂ００１（例えば、ヒト化ｍＡｂ００１）、Ａ００１－２５、ｈＷＮ０１、ｈＷＮｖ１、３Ｅ７、３Ｇ１、２Ｃ７、または３Ｄ６である、
ｍ）表１または３から選択される抗体分子、例えば、ｍＡｂ００１（例えば、ヒト化ｍＡｂ００１）、Ａ００１－２５、ｈＷＮ０１、ｈＷＮｖ１、３Ｅ７、３Ｇ１、２Ｃ７、または３Ｄ６の１つまたは複数の生物学的性質を有する、
ｎ）表１または３から選択される抗体分子、例えば、ｍＡｂ００１（例えば、ヒト化ｍＡｂ００１）、Ａ００１－２５、ｈＷＮ０１、ｈＷＮｖ１、３Ｅ７、３Ｇ１、２Ｃ７、または３Ｄ６の１つまたは複数の生物学的性質を有する、
ｏ）表１または３から選択される抗体分子、例えば、ｍＡｂ００１（例えば、ヒト化ｍＡｂ００１）、Ａ００１－２５、ｈＷＮ０１、ｈＷＮｖ１、３Ｅ７、３Ｇ１、２Ｃ７、または３Ｄ６の１つまたは複数の薬物動態学的性質を有する、あるいは
ｐ）高い親和性で、例えば、約２００ｐＭもしくはそれ未満、例えば、約１５０ｐＭ未満もしくはそれ未満、約１２０ｐＭもしくはそれ未満、約１００ｐＭもしくはそれ未満、約８０ｐＭもしくはそれ未満、約６０ｐＭもしくはそれ未満、または約４０ｐＭもしくはそれ未満、例えば、約４０ｐＭ～約１２０ｐＭ、約５０ｐＭ～１１０ｐＭ、約６０ｐＭ～１００ｐＭ、約４０ｐＭ～８０ｐＭ、または８０ｐＭ～１２０ｐＭのアビディティーのＥＣ５０で、１種または複数のＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ株に結合する。
ある態様では、本開示は、ａ）リポ多糖（ＬＰＳ）に結合する抗体分子、およびｂ）抗菌ペプチドを含む抗体分子－薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）を特徴とする。
ある実施形態では、ＡＤＣまたは抗体分子は、ＬＰＳのコア五糖領域に結合する。ある実施形態では、コア五糖領域は、１個または複数（例えば、２個）のＫｄｏ残基、および１個または複数（例えば、２個または３個）のＨｅｐ残基を含む。ある実施形態では、ＡＤＣまたは抗体分子は、１個もしくは複数（例えば、２個）のＫｄｏ残基、または１個もしくは複数（例えば、２個もしくは３個）のＨｅｐ残基、またはそれらの任意の組合せに結合する。
ある実施形態では、ＡＤＣまたは抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）を含み、重鎖可変領域は、３つの重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）を含み、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０８）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０９、１４５、または１４６のいずれか）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、あるいは抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０７）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０８）を含むＨＣＤＲ１、抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０９、１４５、または１４６のいずれか）を含むＨＣＤＲ２、あるいは抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０７）を含むＨＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０８）を含むＨＣＤＲ１、抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０９、１４５、または１４６のいずれか）を含むＨＣＤＲ２、および抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０７）を含むＨＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、ＡＤＣまたは抗体分子は、軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、軽鎖可変領域は、３つの軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）を含み、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１０、１３８、１４０、または１４４のいずれか）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１１、１３９、１４１、１４２、または１４３のいずれか）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、あるいは抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１２）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１０、１３８、１４０、または１４４のいずれか）を含むＬＣＤＲ１、抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１１、１３９、１４１、１４２、または１４３のいずれか）を含むＬＣＤＲ２、あるいは抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１２）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、軽鎖可変領域は、抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１０、１３８、１４０、または１４４のいずれか）を含むＬＣＤＲ１、抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１１、１３９、１４１、１４２、または１４３のいずれか）を含むＬＣＤＲ２、および抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１２）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、ＡＤＣまたは抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）および軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、重鎖可変領域は、３つの重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）を含み、軽鎖可変領域は、３つの軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）を含み、
重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０８）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０９、１４５、または１４６のいずれか）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、あるいは抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０７）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含み、
軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１０、１３８、１４０、または１４４のいずれか）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１１、１３９、１４１、１４２、または１４３）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、あるいは抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１２）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０８）を含むＨＣＤＲ１、抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０９、１４５、または１４６のいずれか）を含むＨＣＤＲ２、あるいは抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０７）を含むＨＣＤＲ３を含み、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１０、１３８、１４０、または１４４のいずれか）を含むＬＣＤＲ１、抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１１、１３９、１４１、１４２、または１４３のいずれか）を含むＬＣＤＲ２、あるいは抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１２）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０８）を含むＨＣＤＲ１、抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０９、１４５、または１４６のいずれか）を含むＨＣＤＲ２、および抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０７）を含むＨＣＤＲ３を含み、軽鎖可変領域は、抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１０、１３８、１４０、または１４４のいずれか）を含むＬＣＤＲ１、抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１１、１３９、１４１、１４２、または１４３のいずれか）を含むＬＣＤＲ２、および抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１２）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、ＡＤＣまたは抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）を含み、重鎖可変領域は、３つの重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）を含み、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０５）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０６）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、あるいは抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０７）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０５）を含むＨＣＤＲ１、抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０６）を含むＨＣＤＲ２、あるいは抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０７）を含むＨＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０５）を含むＨＣＤＲ１、抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０６）を含むＨＣＤＲ２、および抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０７）を含むＨＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、ＡＤＣまたは抗体分子は、軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、軽鎖可変領域は、３つの軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）を含み、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１０、１３８、１４０、または１４４のいずれか）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１１、１３９、１４１、１４２、または１４３のいずれか）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、あるいは抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１２）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１０、１３８、１４０、または１４４のいずれか）を含むＬＣＤＲ１、抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１１、１３９、１４１、１４２、または１４３のいずれか）を含むＬＣＤＲ２、あるいは抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１２）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、軽鎖可変領域は、抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１０、１３８、１４０、または１４４のいずれか）を含むＬＣＤＲ１、抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１１、１３９、１４１、１４２、または１４３のいずれか）を含むＬＣＤＲ２、および抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１２）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、ＡＤＣまたは抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）および軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、重鎖可変領域は、３つの重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）を含み、軽鎖可変領域は、３つの軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）を含み、
重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０５）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０６）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、あるいは抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０７）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含み、
軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１０、１３８、１４０、または１４４のいずれか）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１１、１３９、１４１、１４２、または１４３のいずれか）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、あるいは抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１２）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０５）を含むＨＣＤＲ１、抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０６）を含むＨＣＤＲ２、あるいは抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０７）を含むＨＣＤＲ３を含み、
軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１０、１３８、１４０、または１４４のいずれか）を含むＬＣＤＲ１、抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１１、１３９、１４１、１４２、または１４３のいずれか）を含むＬＣＤＲ２、あるいは抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１２）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０５）を含むＨＣＤＲ１、抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０６）を含むＨＣＤＲ２、および抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０７）を含むＨＣＤＲ３を含み、軽鎖可変領域は、抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１０、１３８、１４０、または１４４のいずれか）を含むＬＣＤＲ１、抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１１、１３９、１４１、１４２、または１４３のいずれか）を含むＬＣＤＲ２、および抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１２）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、ＡＤＣまたは抗体分子は、１つまたは複数のヒトのまたはヒトに由来する、重鎖または軽鎖可変領域のフレームワークをさらに含む。
ある実施形態では、ＡＤＣまたは抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）を含み、重鎖可変領域は、抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＶＨのアミノ酸配列（例えば、配列番号１０３または１１５～１１８のいずれか）から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含む。ある実施形態では、重鎖可変領域は、抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＶＨのアミノ酸配列（例えば、配列番号１０３または１１５～１１８のいずれか）を含む。
ある実施形態では、ＡＤＣまたは抗体分子は、軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、軽鎖可変領域は、抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＶＬのアミノ酸配列（例えば、配列番号１０４または１１９～１３７のいずれか）から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含む。ある実施形態では、軽鎖可変領域は、抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＶＬのアミノ酸配列（例えば、配列番号１０４または１１９～１３７のいずれか）を含む。
ある実施形態では、ＡＤＣまたは抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）および軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、重鎖可変領域は、抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＶＨのアミノ酸配列（例えば、配列番号１０３または１１５～１１８のいずれか）から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含み、軽鎖可変領域は、抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＶＬのアミノ酸配列（例えば、配列番号１０４または１１９～１３７のいずれか）から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＶＨのアミノ酸配列（例えば、配列番号１０３または１１５～１１８のいずれか）を含み、軽鎖可変領域は、抗体ｍＡｂ００１またはヒト化ｍＡｂ００１のＶＬのアミノ酸配列（例えば、配列番号１０４または１１９～１３７のいずれか）を含む。
ある実施形態では、ＡＤＣまたは抗体分子は、２つの重鎖可変領域および２つの軽鎖可変領域を含むか、またはそれからなる。ある実施形態では、ＡＤＣまたは抗体分子は、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、または一本鎖Ｆｖ断片（ｓｃＦｖ）を含む。
ある実施形態では、ＡＤＣまたは抗体分子は、重鎖定常領域、軽鎖定常領域、またはその両方をさらに含む。ある実施形態では、ＡＤＣまたは抗体分子は、ＩｇＧ抗体分子、例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、またはＩｇＧ４抗体分子である。ある実施形態では、抗体分子は、ＩｇＭ抗体分子ではない。ある実施形態では、ＡＤＣまたは抗体分子は、カッパまたはラムダ軽鎖由来の軽鎖定常領域を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、モノクローナル抗体分子である。ある実施形態では、抗体分子は、ヒト化抗体分子である。ある実施形態では、抗体分子は、単離された抗体分子である。ある実施形態では、抗体分子は、合成抗体分子である。
ある実施形態では、ＡＤＣまたは抗体分子は、例えば、異なる属、種、亜種、および／または株の１種または複数の細菌、例えば、１種または複数のグラム陰性細菌に結合する。
ある実施形態では、１種または複数のグラム陰性細菌は、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅの種（例えば、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ、またはＣｉｔｒｏｂａｃｔｅｒにおける種、例えば、汎耐性Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓの種、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒの種、またはそれらの任意の組合せから選択される。
ある実施形態では、ＡＤＣまたは抗体分子は、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａ（例えば、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ ｓｕｂｓｐ．ｏｚａｅｎａｅ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ ｓｕｂｓｐ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、またはＫｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ ｓｕｂｓｐ．ｒｈｉｎｏｓｃｌｅｒｏｍａｔｉｓ）、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｃａｎｃｅｒｏｇｅｎｏｕｓ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｃｌｏａｃａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｈｏｒｍａｅｃｈｅｉ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ ａｓｂｕｒｉａｅ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ ｂｏｙｄｉｉ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ ｄｙｓｅｎｔｅｒｉａｅ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ ｆｌｅｘｎｅｒｉ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ ｓｏｎｎｅｉ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ（例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ ＡＴＣＣ １１７７５、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ ＡＴＣＣ ２５９２２、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ ＡＴＣＣ ３５４０１、またはＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ ＡＴＣＣ ４３８９５）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｆｅｒｇｕｓｏｎｉｉ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｃｈｏｌｅｒａｅｓｕｉｓ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｃｈｏｌｅｒａｅｓｕｉｓ ｓｕｂｓｐ．ｉｎｄｉｃａ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｅｎｔｅｒｉｔｉｄｉｓ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｖｉｒｃｈｏｗ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｐａｒａｔｙｐｈｉ Ｂ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｐａｒａｔｙｐｈｉ Ａ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｃｈｏｌｅｒａｅｓｕｉｓ ｓｕｂｓｐ．ａｒｉｚｏｎａｅ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｃｈｏｌｅｒａｅｓｕｉｓ ｓｕｂｓｐ．ｄｉａｒｉｚｏｎａｅ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｃｈｏｌｅｒａｅｓｕｉｓ ｓｕｂｓｐ．ｈｏｕｔｅｎａｅ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｂｏｎｇｏｒｉ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｅｄｌａｋｉｉ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ ｂｒａａｋｉｉ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ ｗｅｒｋｍａｎｉｉ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ ｆｒｅｕｎｄｉｉ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ ｙｏｕｎｇａｅ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ ａｍａｌｏｎａｔｉｃｕｓ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｆｒｅｄｅｒｉｋｓｅｎｉｉ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｐｅｓｔｉｓ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｐｓｅｕｄｏｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉ、またはそれらの任意の組合せのうちの１種または複数に結合する。ある実施形態では、ＡＤＣまたは抗体分子は、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａに結合する。
ある実施形態では、ＡＤＣまたは抗体分子は、耐性Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ株（例えば、本明細書に記載される１種または複数の抗生物質に耐性）に結合する。ある実施形態では、ＡＤＣまたは抗体分子は、突然変異体Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ株に結合する。ある実施形態では、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ株は、ｗａｐＱ遺伝子に突然変異を有する。ある実施形態では、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ株は、ｇａｌＵ遺伝子に突然変異を有する。
ある実施形態では、１種または複数の細菌は、１種または複数の抗生物質耐性細菌、例えば、１種または複数の多剤耐性グラム陰性細菌である。
ある実施形態では、１種または複数の抗生物質耐性細菌は、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ（例えば、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ（例えば、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａまたはＥ．ｃｏｌｉ）、またはＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ（例えば、Ａ．ｂａｕｍａｎｎｉｉ）から選択される。
ある実施形態では、ＡＤＣまたは抗体分子は、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ（例えば、バンコマイシン耐性（ＶＲＥ）Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ（例えば、メチシリン耐性（ＭＲＳＡ）Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉ（例えば、多剤耐性（ＭＤＲ）Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ）、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ（例えば、多剤耐性（ＭＤＲ）Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、例えば、カルバペネム耐性Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、またはＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．、例えば、カルバペネム耐性Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ（ＣＲＥ））、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏａｅａｅ（例えば、薬物耐性Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏａｅａｅ）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ（例えば、薬物耐性Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）、Ｓｈｉｇｅｌｌａ（例えば、薬物耐性Ｓｈｉｇｅｌｌａ）、広域スペクトルβ－ラクタマーゼ（ＥＳＢＬ）を生成する細菌、またはＭｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ（例えば、薬物耐性Ｍ．ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）のうちの１種または複数に結合する。
ある実施形態では、ＡＤＣまたは抗体分子は、１種または複数（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０種、またはそれよりも多く）のＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ株に結合する。ある実施形態では、ＡＤＣまたは抗体分子は、少なくとも２３種のＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ株に結合する。別の実施形態では、ＡＤＣまたは抗体分子は、１種または複数（例えば、２、３、４、５、６種、またはそれよりも多く）の多剤耐性Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ株に結合する。
ある実施形態では、ＡＤＣまたは抗体分子は、例えば、ＥＬＩＳＡ法によって測定される、高い親和性で、約１０ｎＭ未満であるＫＤで、ＬＰＳに結合する。
ある実施形態では、ＡＤＣまたは抗体分子は、１×１０－４、５×１０－５、または１×１０－５ｓ－１よりも遅いＫｏｆｆでＬＰＳに結合する。ある実施形態では、ＡＤＣまたは抗体分子は、１×１０４、５×１０４、１×１０５、または５×１０５Ｍ－１ｓ－１よりも速いＫｏｎでＬＰＳに結合する。
ある実施形態では、ＡＤＣまたは抗体分子は、例えば、本明細書に記載されるように、例えば、ＯＰＡアッセイによって決定して、オプソニン化貪食作用活性を有する。
ある実施形態では、ＡＤＣまたは抗体分子（例えば、ＶＳＸ－１）は、例えば、約１０μｇ／ｍｌ（例えば、５、５．５、６、６．５、７、７．５、８、８．５、９、９．５、１０、１０．５、１１、１１．５、１２、１２．５、１３、１３．５、１４、１４．５、または１５μｇ／ｍｌ）の熱失活した補体の存在下、細菌を殺滅して、約１ｌｏｇの低減（例えば、０．５、０．６、０．７、０．８、０．９、１．０、１．１、１．２、１．３、１．４、または１．５ｌｏｇの低減）をもたらす。ある実施形態では、ＡＤＣまたは抗体分子は、多形核好中球の存在下、熱失活していない補体により、細菌を殺滅して、約３ｌｏｇ（例えば、２、２．５、３、３．５、４ｌｏｇ）より高い殺滅活性をもたらす。
ある実施形態では、ＡＤＣまたは抗体分子は、検出可能な溶血活性を有さない。ある実施形態では、ＡＤＣまたは抗体分子は、最小限の溶血活性を有する。ある実施形態では、抗体分子（例えば、ＶＳＸ－１）は、哺乳動物細胞（例えば、２９３Ｔ細胞）に対して、検出可能な細胞毒性活性を有さない。ある実施形態では、抗体分子（例えば、ＶＳＸ－１）は、哺乳動物細胞（例えば、２９３Ｔ細胞）に対して、無視できる細胞毒性活性を有する。
ある実施形態では、ＡＤＣまたは抗体分子（例えば、ＶＳＸ－１）は、抗生物質、例えば、抗Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ抗生物質との相乗的活性を示す。ある実施形態では、ＡＤＣまたは抗体分子および抗生物質の組合せの活性は、ＡＤＣもしくは抗体分子、または抗生物質のいずれかの単独の活性よりも高い。
ある実施形態では、ＡＤＣまたは抗体分子は、ＬＰＳにおいて、１個もしくは複数（例えば、２個）のＫｄｏ残基、および／または１個もしくは複数（例えば、２個もしくは３個）のＨｅｐ残基を含むエピトープに結合する。
ある実施形態では、ａ）リポ多糖（ＬＰＳ）に結合する抗体分子は、ｂ）抗菌ペプチドにカップリングされる（例えば、融合される）。
ある実施形態では、抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）を含み、重鎖可変領域は、抗菌ペプチドにカップリングされる（例えば、融合される）。ある実施形態では、重鎖可変領域は、抗菌ペプチドに対してＮ末端である。別の実施形態では、重鎖可変領域は、抗菌ペプチドに対してＣ末端である。ある実施形態では、ＶＨは、抗菌ペプチドに融合されて、融合ポリペプチド、例えば、オープンリーディングフレームによってコードされる融合ポリペプチドを形成する。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、抗菌ペプチドに、間接的にカップリングされ（例えば、融合される）、例えば、ここで、重鎖可変領域のＣ末端は、抗菌ペプチドのＮ末端に、定常領域、リンカー、またはその両方を介してカップリングされる（例えば、融合される）。
ある実施形態では、抗体分子は、軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、軽鎖可変領域は、抗菌ペプチドにカップリングされる（例えば、融合される）。ある実施形態では、軽鎖可変領域は、抗菌ペプチドに対してＮ末端である。別の実施形態では、重鎖可変領域は、抗菌ペプチドに対してＣ末端である。ある実施形態では、ＶＬは、抗菌ペプチドに融合されて、融合ポリペプチド、例えば、オープンリーディングフレームによってコードされる融合ポリペプチドを形成する。
ある実施形態では、軽鎖可変領域は、抗菌ペプチドに、間接的にカップリングされ（例えば、融合される）、例えば、ここで、軽鎖可変領域のＣ末端は、抗菌ペプチドのＮ末端に、定常領域、リンカー、またはその両方を介してカップリングされる（例えば、融合される）。
ある実施形態では、抗体分子は、ソルターゼ認識配列を含むソルターゼアクセプター配列を含む。例えば、ソルターゼ認識配列は、ＬＰＸＴＧ（例えば、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓソルターゼＡに対する）（配列番号１６０）、またはＬＰＸＴＡ（例えば、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓソルターゼＡに対する）（配列番号１６１）（ここで、Ｘは、任意のアミノ酸残基であり得る）のアミノ酸配列を有し得る。ある実施形態では、ソルターゼ認識配列は、ＬＰＥＴＧ（配列番号１６２）である。ソルターゼアクセプター配列は、ソルターゼ認識配列以外の追加の配列を含有していてもよい。ある実施形態では、ソルターゼアクセプター配列は、リンカー配列、例えば、グリシン－セリンペプチドリンカー配列のタンデムリピート（例えば、（ＧＳ）１５（配列番号１５７））をさらに含む。ある実施形態では、抗体分子の重鎖は、例えば、Ｃ末端に、ソルターゼアクセプター配列を含む。ある実施形態では、抗体分子の軽鎖は、例えば、Ｃ末端に、ソルターゼアクセプター配列を含む。
ある実施形態では、抗体分子の重鎖は、第１のソルターゼアクセプター配列を含み、抗体分子の軽鎖は、第２のソルターゼアクセプター配列を含む。ある実施形態では、ソルターゼアクセプター配列、例えば、第１のソルターゼ認識配列は、（ＧＳ）６ＬＰＥＴＧＧＧのアミノ酸配列（配列番号２４）を含む。別の実施形態では、ソルターゼアクセプター配列、例えば、第２のソルターゼアクセプター配列は、Ｐ（Ｇ４Ｓ）２ＬＰＥＴＧＧＳＧのアミノ酸配列（配列番号２６）を含む。
ある実施形態では、ＡＤＣは、図３７に記載されるように、リンカー配列、ソルターゼ認識配列、またはその両方を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、２つの重鎖および２つの軽鎖を含む。ある実施形態では、ＡＤＣの重鎖のそれぞれは、図３７に記載されるように、リンカー配列、ソルターゼ認識配列、またはその両方を含む。ある実施形態では、ＡＤＣの軽鎖のそれぞれは、図３７に記載されるように、リンカー配列、ソルターゼ認識配列、またはその両方を含む。
ある実施形態では、ＡＤＣは、２つまたはそれよりも多く（例えば、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、またはそれよりも多く）の抗菌ペプチドを含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、４つの抗菌ペプチドを含む。ある実施形態では、抗菌ペプチドのうちの少なくとも２つは、同一、または実質的に同一である。ある実施形態では、抗菌ペプチドのうちの少なくとも２つは、異なる。例えば、複数の抗菌ペプチドが、抗体分子（例えば、重鎖（またはその一部分）、軽鎖（またはその一部分）、またはその両方）にカップリングされ得る（例えば、融合され得る）。
ある実施形態では、ＡＤＣは、２つまたはそれよりも多く（例えば、３つまたは４つ）の同一または実質的に同一の抗菌ペプチドを含み、それぞれが、重鎖可変領域に、例えば、間接的に、例えば、定常領域、リンカー、またはその両方を介してカップリングされる（例えば、融合される）。ある実施形態では、ＡＤＣは、２つまたはそれよりも多く（例えば、３つまたは４つ）の同一または実質的に同一の抗菌ペプチドを含み、それぞれが、軽鎖可変領域に、例えば、間接的に、例えば、定常領域、リンカー、またはその両方を介してカップリングされる（例えば、融合される）。ある実施形態では、ＡＤＣは、２つの同一または実質的に同一の抗菌ペプチドを含み、それぞれが、重鎖可変領域に、例えば、間接的に、例えば、定常領域、リンカー、またはその両方を介してカップリングされる（例えば、融合される）。ある実施形態では、ＡＤＣは、２つの同一または実質的に同一の抗菌ペプチドを含み、それぞれが、軽鎖可変領域に、例えば、間接的に、例えば、定常領域、リンカー、またはその両方を介してカップリングされる（例えば、融合される）。ある実施形態では、ＡＤＣは、少なくとも４つの同一または実質的に同一の抗菌ペプチドを含む。ある実施形態では、ＡＤＣまたは抗体分子は、２つの重鎖可変領域および２つの軽鎖可変領域を含み、重鎖および軽鎖可変領域のそれぞれが、例えば、間接的に、例えば、定常領域、リンカー、またはその両方を介して、少なくとも１つの抗菌ペプチドとカップリングされる（例えば、融合される）。
ある実施形態では、抗菌ペプチドは、抗体分子に、酵素的コンジュゲーション（例えば、ソルターゼ反応）によってカップリングされる。ある実施形態では、抗菌ペプチドは、抗体分子に、化学的コンジュゲーションによってカップリングされる。
ある実施形態では、ＡＤＣは、抗菌ペプチドまたは抗体分子単独よりも、グラム陰性細菌（例えば、本明細書に記載されるグラム陰性細菌）の阻害において、例えば、その成長、ビルレンス、または感染性の阻害において、より有効であり、例えば、抗菌ペプチド単独のＭＩＣよりも、低い、例えば、多くても２分の１、３分の１、４分の１、５分の１、６分の１、７分の１、８分の１、９分の１、１０分の１、２０分の１、３０分の１、４０分の１、５０分の１、６０分の１、７０分の１、８０分の１、９０分の１、または１００分の１の低さの最小発育阻止濃度（ＭＩＣ）を有する。
ある実施形態では、ＡＤＣは、抗菌ペプチドまたは抗体分子単独よりも、グラム陰性細菌（例えば、本明細書に記載されるグラム陰性細菌）の生存率の低減において、例えば、その殺滅において、より有効であり、例えば、抗菌ペプチド単独のＭＩＣよりも、低い、例えば、多くても２分の１、３分の１、４分の１、５分の１、６分の１、７分の１、８分の１、９分の１、１０分の１、２０分の１、３０分の１、４０分の１、５０分の１、６０分の１、７０分の１、８０分の１、９０分の１、または１００分の１の低さの最小殺菌濃度（ＭＢＣ）を有する。
ある実施形態では、ＡＤＣは、例えば、本明細書に記載されるように、例えば、ＯＰＡアッセイによって決定して、オプソニン化貪食作用活性（例えば、好中球のＦｃ受容体（ＦｃＲ）に結合した場合に、食菌される）を有する。
ある実施形態では、ＡＤＣは、グラム陽性細菌（例えば、本明細書に記載されるグラム陽性細菌）を阻害せず、例えば、その成長、ビルレンス、または感染性を阻害せず、例えば、グラム陽性細菌（例えば、グラム陽性細菌）に対するＭＩＣよりも、低い、例えば、多くても２分の１、５分の１、１０分の１、２０分の１、５０分の１、１００分の１、２００分の１、５００分の１、または１０００分の１の低さの、グラム陰性細菌（例えば、グラム陰性細菌）に対する最小発育阻止濃度（ＭＩＣ）を有する。
ある実施形態では、ＡＤＣは、グラム陽性細菌（例えば、本明細書に記載されるグラム陽性細菌）の生存率を低減せず、例えば、それを殺滅させず、例えば、グラム陽性細菌（例えば、グラム陽性細菌）に対する最小殺菌濃度（ＭＢＣ）よりも、低い、例えば、多くても２分の１、５分の１、１０分の１、２０分の１、５０分の１、１００分の１、２００分の１、５００分の１、または１０００分の１の低さの、グラム陰性細菌（例えば、グラム陰性細菌）に対するＭＢＣを有する。ある実施形態では、グラム陽性細菌は、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓである。
ある実施形態では、ＡＤＣは、マイクロバイオームを変更しないか、または実質的に変更しない（例えば、マイクロバイオーム不足である）。
ある実施形態では、抗菌ペプチドは、アルファ－ヘリックスの抗菌ペプチド、例えば、残基ｉおよびｉ＋４が同じ面上にあるターンを含むペプチドを含むか、またはそれからなる。
ある実施形態では、抗菌ペプチドは、本明細書に記載されるアミノ酸配列、例えば、配列番号６７～８０、９４～１０２、１４７～１５６、１５８～１５９、１６３～１６４、または２４６～２５８のいずれかから１、２、３、４、もしくは５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むか、あるいはそれからなる。ある実施形態では、抗菌ペプチドは、本明細書に記載されるアミノ酸配列、例えば、配列番号６７～８０、９４～１０２、１４７～１５６、１５８～１５９、１６３～１６４、または２４６～２５８のいずれかを含むか、あるいはそれからなる。ある実施形態では、抗菌ペプチドは、カルボキサミド基（例えば、Ｃ末端カルボキサミド官能基）を含む。
ある実施形態では、抗菌ペプチドは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個、またはそれよりも多くのＤ－アミノ酸を含む。別の実施形態では、抗菌ペプチドのアミノ酸残基の少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または１００％が、Ｄ－アミノ酸である。
ある実施形態では、抗菌ペプチドは、第１のシステイン残基および第２のシステイン残基を含み、第１のシステイン残基は、第２のシステイン残基に架橋される。
ある実施形態では、抗菌ペプチドは、例えば、以下のうちの２種、３種、またはすべて：少なくとも１種のＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ（例えば、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ、またはＣｉｔｒｏｂａｃｔｅｒの１種または複数種、例えば、汎耐性Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、少なくとも１種のＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、または少なくとも１種のＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒに対する抗菌活性を有する、広域スペクトル抗菌ペプチドである。
ある実施形態では、抗菌ペプチドは、例えば、以下のうちの２種、３種、４種、５種、６種またはすべて：少なくとも１種のＫｌｅｂｓｉｅｌｌａ、少なくとも１種のＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ、少なくとも１種のＳｈｉｇｅｌｌａ、少なくとも１種のＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ、少なくとも１種のＳａｌｍｏｎｅｌｌａ、少なくとも１種のＹｅｒｓｉｎｉａ、または少なくとも１種のＣｉｔｒｏｂａｃｔｅｒに対する抗菌活性を有する、広域スペクトル抗菌ペプチドである。
ある実施形態では、抗菌ペプチドは、本明細書に記載される細菌株、例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ（例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ ＡＴＣＣ ２５９２２）、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ（例えば、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ ＡＴＣＣ２７８５３）、またはその両方に対して、１００μｇ／ｍｌ未満、例えば、９０、８０、７０、６０、５０、４０、３０、２０、１０、または５μｇ／ｍｌ未満の最小発育阻止濃度（ＭＩＣ）を有する。
ある実施形態では、抗菌ペプチドは、本明細書に記載される細菌株、例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ（例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ ＡＴＣＣ ２５９２２）、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ ＡＴＣＣ２７８５３）、またはその両方に対して、１００μｇ／ｍｌ未満、例えば、９０、８０、７０、６０、５０、４０、３０、２０、１０、または５μｇ／ｍｌ未満の最小殺菌濃度（ＭＢＣ）を有する。
ある実施形態では、抗菌ペプチドは、例えば、それぞれ、赤血球溶血アッセイおよびＭＩＣアッセイによって決定して、低い溶血活性を有する、例えば、４：１よりも大きい（例えば、８：１、１６：１、２４：１、または３２：１よりも大きい）グラム陰性細菌（例えば、本明細書に記載されるグラム陰性細菌）に対する部分溶解濃度（ＰＬＣ）対ＭＩＣの比を有する。ある実施形態では、ＰＬＣは、赤血球の５０％の溶解をもたらす濃度（例えば、最小濃度）である。
ある実施形態では、抗菌ペプチドは、例えば、それぞれ、赤血球溶血アッセイおよびＭＩＣアッセイによって決定して、低い溶血活性を有する、例えば、４：１よりも大きい（例えば、８：１、１６：１、２４：１、または３２：１よりも大きい）グラム陰性細菌（例えば、本明細書に記載されるグラム陰性細菌）に対する部分溶解濃度（ＭＬＣ）対ＭＩＣの比を有する。ある実施形態では、ＭＬＣは、赤血球の１００％の溶解をもたらす濃度（例えば、最小濃度）である。
ある態様では、本開示は、本明細書に記載されるＡＤＣ、および薬学的に許容される担体を含む組成物、例えば、医薬組成物を特徴とする。
ある態様では、本開示は、細菌感染症または関連する障害を処置または予防する方法であって、それを必要とする対象に、細菌感染症または関連する障害を処置または予防するのに有効な量で、本明細書に記載されるＡＤＣまたは本明細書に記載される医薬組成物を投与することを含む、方法を特徴とする。
ある実施形態では、細菌感染症は、グラム陰性細菌感染症である。ある実施形態では、障害は、グラム陰性細菌感染症によって引き起こされるか、またはそれに関連する。
ある実施形態では、ＡＤＣは、０．１～１００ｍｇ／ｋｇ、例えば、０．１～５０ｍｇ／ｋｇ、または１～１０ｍｇ／ｋｇ、例えば、１～５もしくは５～１０ｍｇ／ｋｇの用量で投与される。ある実施形態では、ＡＤＣは、静脈内、皮下、もしくは鼻腔内に、または吸入によって投与される。
ある実施形態では、ＡＤＣは、細菌感染症または関連する障害に関連する症状の開始の前に投与される。ある実施形態では、ＡＤＣは、細菌感染症または関連する障害に関連する症状の開始時またはその後に投与される。
ある実施形態では、対象は、肺炎（例えば、市中感染肺炎、人工呼吸器関連肺炎（ＶＡＢＰ）、および院内感染細菌性肺炎（ＨＡＢＰ））、尿路感染症（ＵＴＩ）、敗血症、髄膜炎、下痢（例えば、旅行者下痢）、軟組織感染症、皮膚感染症、菌血症、呼吸器系感染症（例えば、下部気道感染症）、心内膜炎、腹腔内感染症、敗血症性関節炎、骨髄炎、ＣＮＳ感染症、眼科感染症、胆嚢炎、胆管炎、髄膜炎（例えば、新生児髄膜炎）、腸チフス、食中毒、胃腸炎、腸炎熱、細菌性赤痢、血流感染症、腹腔内敗血症、脳膿瘍、髄膜炎、敗血症（例えば、新生児敗血症）、関節感染症、骨感染症、胃腸感染症、または創傷感染症のうちの１つまたは複数を有する。ある実施形態では、対象は、衰えた免疫系を有する。ある実施形態では、対象は、嚢胞性線維症を有する。ある実施形態では、対象は、熱傷を被っている。
ある実施形態では、細菌感染症は、院内感染（nosocomial infectionまたはhospital-acquired infection）である。ある実施形態では、細菌感染症に関連する障害は、院内感染（nosocomial infectionまたはhospital-acquired infection）に関連する。
ある実施形態では、対象は、ヒトまたは動物である。ある実施形態では、対象は、免疫無防備状態の患者、例えば、ＨＩＶ感染症もしくはＡＩＤＳ、がん、固形臓器移植、幹細胞移植、鎌状赤血球症もしくは無脾症、先天性免疫不全、慢性炎症状態、人工内耳、栄養障害、または脳脊髄液漏出を有する対象である。ある実施形態では、対象は、医療従事者である。
ある実施形態では、対象は、１８歳もしくはそれよりも若い、例えば、１５歳もしくはそれよりも若い、１２歳もしくはそれよりも若い、９歳もしくはそれよりも若い、６歳もしくはそれよりも若い、または３歳もしくはそれよりも若い。ある実施形態では、対象は、少なくとも６０歳、例えば、少なくとも６５歳、少なくとも７０歳、少なくとも７５歳、または少なくとも８０歳である。
ある実施形態では、方法は、対象に、第２の抗菌剤または療法、例えば、抗生物質を投与またはファージ療法を施すことをさらに含む。
ある実施形態では、抗生物質は、アミノグリコシド（例えば、アミカシン、ゲンタマイシン、カナマイシン、ネオマイシン、ネチルマイシン、トブラマイシン、パロモマイシン、ストレプトマイシン、またはスペクチノマイシン）、アンサマイシン（例えば、ゲルダナマイシン、ハービマイシン、またはリファキシミン）、カルバセフェム（例えば、ロラカルベフ）、カルバペネム（例えば、エルタペネム、ドリペネム、イミペネム／シラスタチン、またはメロペネム）、セファロスポリン（セファドロキシル、セファゾリン、セファロチン（cefalotin）、セファロチン（cefalothin）、セファレキシン、セファクロル、セファマンドール、セフォキシチン、セフプロジル、セフロキシム、セフィキシム、セフジニル、セフジトレン、セフォペラゾン（例えば、スルバクタムとの組合せ）、セフォタキシム、セフポドキシム、セフタジジム、セフチブテン、セフチゾキシム、セフトリアキソン、セフェピム、セフタロリンフォサミル、またはセフトビプロール）、グリコペプチド（例えば、テイコプラニン、バンコマイシン、テラバンシン、ダルババンシン、またはオリタバンシン） リンコサミド（例えば、クリンダマイシンまたはリンコマイシン）、リポペプチド（例えば、ダプトマイシン）、マクロライド（例えば、アジスロマイシン、クラリスロマイシン、ジリスロマイシン、エリスロマイシン、ロキシスロマイシン、トロレアンドマイシン、テリスロマイシン、またはスピラマイシン）、モノバクタム（例えば、アズトレオナム）、ニトロフラン（例えば、フラゾリドンまたはニトロフラントイン）、オキサゾリジノン（例えば、リネゾリド、ポシゾリド、ラデゾリド、トレゾリド）、ペニシリン（例えば、アモキシシリン、アンピシリン、アズロシリン、カルベニシリン、クロキサシリン、ジクロキサシリン、フルクロキサシリン、メズロシリン、メチシリン、ナフシリン、オキサシリン、ペニシリンｇ、ペニシリンｖ、ピペラシリン、ペニシリンｇ、テモシリン、またはチカルシリン）、ペニシリンの組合せ（例えば、アモキシシリン／クラブラン酸塩、アンピシリン／スルバクタム、ピペラシリン／タゾバクタム、またはチカルシリン／クラブラン酸塩）、ポリペプチド（例えば、バシトラシン、コリスチン、またはポリミキシンｂ）、キノロン／フルオロキノロン（例えば、シプロフロキサシン、エノキサシン、ガチフロキサシン、ゲミフロキサシン、レボフロキサシン、ロメフロキサシン、モキシフロキサシン、ナリジクス酸、ノルフロキサシン、オフロキサシン、トロバフロキサシン、グレパフロキサシン、スパルフロキサシン、またはテマフロキサシン）、スルホンアミド（例えば、マフェニド、スルファセタミド、スルファジアジン、銀スルファジアジン、スルファジメトキシン、スルファメチゾール、スルファメトキサゾール、スルファニルイミド、スルファサラジン、スルフイソキサゾール、トリメトプリム－スルファメトキサゾール（コトリモキサゾール）、またはスルホンアミドクリソイジン）、テトラサイクリン（例えば、デメクロサイクリン、ドキシサイクリン、ミノサイクリン、オキシテトラサイクリン、またはテトラサイクリン）、マイコバクテリアに対する薬物（例えば、クロファジミン、ダプソン、カプレオマイシン、サイクロセリン、エタンブトール、エチオナミド、イソニアジド、ピラジナミド、リファンピン、リファブチン、リファペンチン、またはストレプトマイシン）、またはその他（例えば、アルスフェナミン、クロラムフェニコール、ホスホマイシン、フシジン酸、メトロニダゾール、ムピロシン、プラテンシマイシン、キヌプリスチン／ダルホプリスチン、チアンフェニコール、チゲサイクリン、チニダゾール、またはトリメトプリム）からなる群から選択される。
ある実施形態では、抗生物質は、レボフロキサシン、シプロフロキサシン、ゲンタマイシン、セフトリアキソン、オフロキサシン、アミカシン、トブラマイシン、アズトレオナム、またはイミペネム／シラスタチンから選択される。別の実施形態では、抗生物質は、コリスチンまたはメロペネムである。
ある実施形態では、第２の抗菌剤または療法は、ＡＤＣが投与される前、ＡＤＣの投与と共に、またはＡＤＣが投与された後に投与される。
組み合わせて投与される場合、ＡＤＣ、追加の薬剤（例えば、第２または第３の薬剤）またはそのすべては、例えば、単剤療法として、個々に使用されるそれぞれの薬剤の量または投薬量よりも高い、それよりも低い、またはそれと同じ量または用量で投与することができる。ある実施形態では、ＡＤＣ、追加の薬剤（例えば、第２または第３の薬剤）またはそのすべての投与される量または投薬量は、例えば、単剤療法として、個々に使用されるそれぞれの薬剤の量または投薬量よりも低い（例えば、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、または少なくとも５０％）。別の実施形態では、所望の効果（例えば、細菌の成長の阻害または細菌感染症の処置）をもたらすＡＤＣ、追加の薬剤（例えば、第２または第３の薬剤）またはそのすべての量または投薬量は、より低い（例えば、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、または少なくとも５０％低い）。
ある実施形態では、ＡＤＣおよび第２の抗菌剤または療法の投与は、例えば、本明細書に記載される細菌、例えば、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａの阻害（例えば、殺滅）において、相乗的効果をもたらす。例えば、ＡＤＣは、その最小発育阻害濃度（ＭＩＣ）の約５０％で使用される場合、第２の抗菌剤のＭＩＣは、多くても２分の１、４分の１、８分の１、１２分の１、１６分の１、２０分の１、２４分の１、２８分の１、３２分の１、３６分の１、４０分の１、５０分の１、６０分の１、７０分の１、８０分の１、９０分の１、または１００分の１に低減される。
ある態様では、本開示は、細菌感染症（例えば、グラム陰性細菌感染症）を阻害または低減する方法であって、細胞（例えば、試料中）またはそれを必要とする対象を、細菌感染症を阻害または低減するのに有効な量で、本明細書に記載されるＡＤＣまたは本明細書に記載される医薬組成物と接触させることを含む、方法を特徴とする。
ある実施形態では、ＡＤＣは、細胞または対象と、ｉｎ ｖｉｔｒｏ、ｅｘ ｖｉｖｏ、またはｉｎ ｖｉｖｏで接触する。
ある態様では、本開示は、本明細書に記載される細菌感染症（例えば、グラム陰性細菌感染症）または関連する障害の処置または予防における使用のための本明細書に記載されるＡＤＣを特徴とする。
別の態様では、本開示は、本明細書に記載される細菌感染症（例えば、グラム陰性細菌感染症）または関連する障害を処置または予防するための医薬の製造における本明細書に記載されるＡＤＣの使用を特徴とする。
ある態様では、本開示は、本明細書に記載されるＡＤＣまたは本明細書に記載される医薬組成物を含むキットを特徴とする。
ある実施形態では、キットは、ＡＤＣまたは医薬組成物の使用説明書をさらに含む。
ある態様では、本開示は、本明細書に記載されるＡＤＣまたは本明細書に記載される医薬組成物を含む容器を特徴とする。
ある態様では、本開示は、本明細書に記載される抗菌ペプチドにカップリングされた（例えば、融合された）、本明細書に記載されるＡＤＣ、例えば、本明細書に記載される抗体分子のＶＨ、ＶＬ、もしくはその両方、または重鎖、軽鎖、もしくはその両方をコードする核酸分子（例えば、単離された核酸分子）を特徴とする。
ある実施形態では、核酸分子は、表２、例えば、配列番号８１～９３または１１３～１１４のいずれかに記載されるヌクレオチド配列を含む。
ある態様では、本開示は、本明細書に記載される核酸分子を含むベクターを特徴とする。
ある態様では、本開示は、本明細書に記載される核酸分子または本明細書に記載されるベクターを含む細胞（例えば、単離された細胞）を特徴とする。
ある態様では、本開示は、本明細書に記載されるＡＤＣを生成する方法であって、方法が、ＡＤＣの生成を可能にする条件下で本明細書に記載される細胞を培養し、それによって本明細書に記載されるＡＤＣを生成することを含む、方法を特徴とする。
別の態様では、本開示は、本明細書に記載されるＡＤＣを生成する方法であって、方法が、抗体分子（例えば、本明細書に記載される抗体分子）を、ソルターゼの存在下、ソルターゼ媒介反応が起こるのを可能にする条件下で、ペプチド（例えば、本明細書に記載される抗菌ペプチド、および必要に応じてソルターゼドナー配列を含むペプチド）と接触させ、それによってＡＤＣを生成することを含む、方法を特徴とする。
ある実施形態では、抗体分子は、ソルターゼアクセプター配列、例えば、本明細書に記載されるソルターゼアクセプター配列を含む。ある実施形態では、抗体分子の重鎖は、例えば、Ｃ末端に、ソルターゼアクセプター配列を含む。ある実施形態では、抗体分子の軽鎖は、例えば、Ｃ末端に、ソルターゼアクセプター配列を含む。ある実施形態では、ソルターゼアクセプター配列は、リンカー配列、例えば、グリシン－セリンペプチドリンカー配列のタンデムリピートをさらに含む。
ある実施形態では、抗体分子の重鎖は、第１のソルターゼアクセプター配列を含み、抗体分子の軽鎖は、第２のソルターゼアクセプター配列を含む。ある実施形態では、ソルターゼアクセプター配列、例えば、第１のソルターゼ認識配列は、（ＧＳ）６ＬＰＥＴＧＧＧのアミノ酸配列（配列番号２４）を含む。別の実施形態では、ソルターゼアクセプター配列、例えば、第２のソルターゼアクセプター配列は、Ｐ（Ｇ４Ｓ）２ＬＰＥＴＧＧＳＧのアミノ酸配列（配列番号２６）を含む。
ある実施形態では、ペプチドは、本明細書に記載されるアミノ酸配列、例えば、配列番号６７～８０、９４～１０２、１４７～１５６、１５８～１５９、１６３～１６４、または２４６～２５８のいずれかから１、２、３、４、もしくは５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むか、あるいはそれからなる。ある実施形態では、抗菌ペプチドは、本明細書に記載されるアミノ酸配列、例えば、配列番号６７～８０、９４～１０２、１４７～１５６、１５８～１５９、１６３～１６４、または２４６～２５８のいずれかを含むか、あるいはそれからなる。ある実施形態では、抗菌ペプチドは、カルボキサミド基（例えば、Ｃ末端カルボキサミド官能基）を含む。
ある実施形態では、１．５ｍｇ／ｍＬの抗体分子は、ソルターゼアクセプター配列あたり２０モル当量のソルターゼドナーペプチド、および７５モル当量のソルターゼアクセプター配列あたり１モル当量のソルターゼと接触する。ある実施形態では、接触は、１５０ｍＭのＮａＣｌ、５０ｍＭのトリス（ｐＨ７．５）、および１０ｍＭのＣａＣｌ２の存在下で行われる。ある実施形態では、接触は、１８℃～３７℃、例えば、２５℃で、例えば、２～４８時間、例えば、１８～２４時間、例えば、２０時間行われる。ある実施形態では、ソルターゼは、ソルターゼＡ五重突然変異体である。
ある実施形態では、例えば、Ｑ－ＴＯＦ質量分析によって、ソルターゼ媒介反応を検出することをさらに含む。ある実施形態では、例えば、ゲル電気泳動によって、ＡＤＣを精製することをさらに含む。
ある態様では、本開示は、
（ｉ）ソルターゼ、例えば、本明細書に記載されるソルターゼ、および
（ｉｉ）本明細書に記載される抗体分子、本明細書に記載される抗菌ペプチド、またはその両方
を含む反応混合物を特徴とする。
ある態様では、本開示は、本明細書に記載される抗体分子を特徴とする。
ある態様では、本開示は、本明細書に記載される抗体分子、例えば、本明細書に記載される抗体分子のＶＨ、ＶＬ、もしくはその両方、または重鎖、軽鎖、もしくはその両方をコードする核酸分子（例えば、単離された核酸分子）を特徴とする。
ある態様では、本開示は、本明細書に記載される抗体分子をコードする核酸分子を含むベクターを特徴とする。
ある態様では、本開示は、本明細書に記載される抗体分子または本明細書に記載されるベクターをコードする核酸分子を含む細胞（例えば、単離された細胞）を特徴とする。
ある態様では、本開示は、本明細書に記載される抗体分子を生成する方法であって、方法が、抗体分子の生成を可能にする条件下で本明細書に記載される細胞を培養し、それによって本明細書に記載される抗体分子を生成することを含む、方法を特徴とする。
ある態様では、本開示は、本明細書に記載される抗菌ペプチド（例えば、単離された抗菌ペプチドまたは合成抗菌ペプチド）を特徴とする。
ある態様では、本開示は、本明細書に記載される抗菌ペプチドをコードする核酸分子（例えば、単離された核酸分子）を特徴とする。
ある態様では、本開示は、本明細書に記載される抗菌ペプチドをコードする核酸分子を含むベクターを特徴とする。
ある態様では、本開示は、本明細書に記載される抗菌ペプチドまたは本明細書に記載されるベクターをコードする核酸分子を含む細胞（例えば、単離された細胞）を特徴とする。
ある態様では、本開示は、本明細書に記載される抗菌ペプチドを生成する方法であって、方法が、抗菌ペプチドの生成を可能にする条件下で本明細書に記載される細胞を培養し、それによって本明細書に記載される抗菌ペプチドを生成することを含む、方法を特徴とする。
ある態様では、本開示は、本明細書に記載される抗体分子と同じエピトープまたは実質的に同じエピトープに結合する抗体分子を特徴とする。
ある態様では、本開示は、ａ）本明細書に記載される抗体分子と同じエピトープまたは実質的に同じエピトープに結合する抗体分子、およびｂ）抗菌ペプチド、例えば、本明細書に記載される抗菌ペプチドを含むＡＤＣを特徴とする。
ある態様では、本開示は、本明細書に記載される抗体分子との結合について競合する抗体分子を特徴とする。
ある態様では、本開示は、ａ）本明細書に記載される抗体分子との結合について競合する抗体分子、およびｂ）抗菌ペプチド、例えば、本明細書に記載される抗菌ペプチドを含むＡＤＣを特徴とする。
実施形態の列挙
１．抗体分子および共有結合的にカップリングされたペプチドを含む抗体分子－薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）であって、
抗体分子が、重鎖可変領域（ＶＨ）を含み、ＶＨが、３つの重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）を含み、ＶＨが、
（ａ）配列番号１０５のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、配列番号１０６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、および配列番号１０７のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、または
（ｂ）配列番号１０８のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、配列番号１４６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、および配列番号１０７のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３
を含み、
抗体分子が、軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、ＶＬが、３つの軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）を含み、ＶＬが、
（ａ）配列番号１３８のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、配列番号１４２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、および配列番号１１２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、または
（ｂ）配列番号１３８のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、配列番号１４２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、および配列番号１１２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含み、
ペプチドが、配列番号２５７のアミノ酸配列、あるいは配列番号２５７のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含む、
ＡＤＣ。
２．ＶＨが、配列番号１０５のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、配列番号１０６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、および配列番号１０７のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含み、ＶＬが、配列番号１３８のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、配列番号１４２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、および配列番号１１２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む、実施形態１に記載のＡＤＣ。
３．ＶＨが、配列番号１０８のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、配列番号１４６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、および配列番号１０７のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含み、ＶＬが、配列番号１３８のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、配列番号１４２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、および配列番号１１２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む、実施形態１に記載のＡＤＣ。
４．ＶＨが、配列番号１１７のアミノ酸配列、あるいは配列番号１１７のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含む、実施形態１～３のいずれかに記載のＡＤＣ。
５．ＶＨが、配列番号１１７のアミノ酸配列を含む、実施形態１～４のいずれかに記載のＡＤＣ。
６．ＶＬが、配列番号１３５のアミノ酸配列、あるいは配列番号１３５のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含む、実施形態１～５のいずれかに記載のＡＤＣ。
７．ＶＬが、配列番号１３５のアミノ酸配列を含む、実施形態１～６のいずれかに記載のＡＤＣ。
８．抗体分子が、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓに結合することができる、実施形態１～７のいずれかに記載のＡＤＣ。
９．抗体分子が、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａに結合することができる、実施形態１～８のいずれかに記載のＡＤＣ。
１０．抗体分子が、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ上のリポ多糖（ＬＰＳ）に結合することができる、実施形態１～９のいずれかに記載のＡＤＣ。
１１．抗体分子が、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ上のＬＰＳにおける内部コアグリカン部分に結合することができる、実施形態１～１０のいずれかに記載のＡＤＣ。
１２．抗体分子が、例えば、ウェスタンブロットによって決定して、Ｅ ｃｏｌｉのＬＰＳに結合しないか、または実質的に結合しない、実施形態１～１１のいずれかに記載のＡＤＣ。
１３．抗体分子が、例えば、バイオレイヤー干渉分析によって決定して、ヘプトース、もしくは一リン酸化されたヘプトースアナログ（例えば、２－Ｐ－Ｈｅｐまたは４－Ｐ－Ｈｅｐ）に結合しないか、または実質的に結合しない、実施形態１～１２のいずれかに記載のＡＤＣ。
１４．抗体分子が、例えば、バイオレイヤー干渉分析によって決定して、二リン酸化された２，４－Ｐ－Ｈｅｐ単糖に結合する、実施形態１～１３のいずれかに記載のＡＤＣ。
１５．抗体分子が、例えば、バイオレイヤー干渉分析によって決定して、例えば、二リン酸化された２，４－Ｐ－Ｈｅｐ単糖と比較して、低減された結合で、二リン酸化されたマンノース（２，４－Ｐ－Ｍａｎ）に結合する、実施形態１～１４のいずれかに記載のＡＤＣ。
１６．抗体分子が、例えば、全細菌細胞ＥＬＩＳＡによって決定して、例えば、約２０～約１５０ｐＭ（例えば、約５０～約１２０ｐＭ）の見かけのアビディティーで、本明細書に記載される１種または複数のＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ株、例えば、カルバペネム、抗ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ第三世代セファロスポリンまたはフルオロキノロンに耐性の１種または複数の株に結合する、実施形態１～１５のいずれかに記載のＡＤＣ。
１７．抗体分子が、例えば、全細胞ＥＬＩＳＡによって決定して、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ、グラム陽性生物、もしくは哺乳動物細胞のうちの１種もしくは複数に結合しないか、または実質的に結合しない、実施形態１～１６のいずれかに記載のＡＤＣ。
１８．抗体分子が、例えば、全細菌細胞ＥＬＩＳＡによって決定して、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ以外のＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ種、例えば、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｐｕｔｉｄａ、またはＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｓｔｕｔｚｅｒｉのうちの１種または複数に結合する、実施形態１～１７のいずれかに記載のＡＤＣ。
１９．抗体分子が、モノクローナル抗体分子、ヒト化抗体分子、単離された抗体分子、または合成抗体分子である、実施形態１～１８のいずれかに記載のＡＤＣ。
２０．抗体分子が、２つのＶＨおよび２つのＶＬを含む、実施形態１～１９のいずれかに記載のＡＤＣ。
２１．抗体分子が、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、またはＩｇＧ４の重鎖定常領域をさらに含む、実施形態１～２０のいずれかに記載のＡＤＣ。
２２．抗体分子が、カッパまたはラムダ鎖の軽鎖定常領域をさらに含む、実施形態１～２１のいずれかに記載のＡＤＣ。
２３．抗体分子が、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、または一本鎖Ｆｖ断片（ｓｃＦｖ）を含む、実施形態１～２２のいずれかに記載のＡＤＣ。
２４．ペプチドが、配列番号２５７のアミノ酸配列を含む、実施形態１～２３のいずれかに記載のＡＤＣ。
２５．ペプチドが、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、もしくは３３個のＤ－アミノ酸を含むか、またはペプチド中のアミノ酸残基の少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、もしくは１００％が、Ｄ－アミノ酸である、実施形態１～２４のいずれかに記載のＡＤＣ。
２６．ペプチド中のアミノ酸残基のすべてが、Ｄ－アミノ酸である、実施形態１～２５のいずれかに記載のＡＤＣ。
２７．ペプチドが、ＶＨ、例えば、ＶＨのＣ末端に、例えば、間接的に（例えば、定常領域、リンカー、またはその両方を介して）、カップリングされている、実施形態１～２６のいずれかに記載のＡＤＣ。
２８．ペプチドが、抗体分子に、例えば、ソルターゼ認識配列（例えば、ＬＰＥＴＧＧＧ）を介して、例えば、ソルターゼＡ（ＳｒｔＡ）を使用して、酵素的ライゲーションによってカップリングされている、実施形態１～２７のいずれかに記載のＡＤＣ。
２９．ペプチドが、ソルターゼドナー配列、例えば、Ｎ末端ＧＧＧを含む、実施形態１～２８のいずれかに記載のＡＤＣ。
３０．ＡＤＣが、抗体分子とペプチドとの間に、リンカー、例えば、（Ｇｌｙ－Ｓｅｒ）ｎリンカー配列（ここで、ｎ＝２～２０である）を含む、実施形態１～２９のいずれかに記載のＡＤＣ。
３１．ＡＤＣが、例えば、質量分析によって決定して、約２～約８、例えば、約２～約４のペプチド対抗体分子の比を有する、実施形態１～３０のいずれかに記載のＡＤＣ。
３２．ＡＤＣが、例えば、質量分析によって決定して、約２のペプチド対抗体分子の比を有する、実施形態１～３１のいずれかに記載のＡＤＣ。
３３．ＡＤＣが、約２μｇ／ｍＬ～約５０μｇ／ｍＬ、例えば、約３．１μｇ／ｍＬ～約２５μｇ／ｍＬの濃度で、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａに対するｉｎ ｖｉｔｒｏ殺菌活性を有する、実施形態１～３２のいずれかに記載のＡＤＣ。
３４．ＡＤＣが、参照ＡＤＣ、例えば、ＶＳＸ－１と比較して、５０％またはそれ未満、例えば、４５％、４０％、３５％、３０％、２５％、２０％、１５％、１０％、またはそれ未満異なる濃度で、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａに対するｉｎ ｖｉｔｒｏ殺菌活性を有する、実施形態１～３３のいずれかに記載のＡＤＣ。
３５．ＡＤＣが、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａに対して、約５００μｇ／ｍＬまたはそれよりも高い、例えば、８００μｇ／ｍＬまたはそれよりも高い平均溶解濃度（ＭＬＣ）を有する、実施形態１～３４のいずれかに記載のＡＤＣ。
３６．ＡＤＣが、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａに対して、参照ＡＤＣ、例えば、ＶＳＸ－１と比較して、５０％またはそれ未満、例えば、４５％、４０％、３５％、３０％、２５％、２０％、１５％、１０％、またはそれ未満異なるＭＬＣを有する、実施形態１～３５のいずれかに記載のＡＤＣ。
３７．ＡＤＣが、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａに対して、約５００μｇ／ｍＬまたはそれよりも高い、例えば、８００μｇ／ｍＬまたはそれよりも高いＣＣ５０（５０％の哺乳動物細胞の細胞毒性が観察される濃度）を有する、実施形態１～３６のいずれかに記載のＡＤＣ。
３８．ＡＤＣが、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａに対して、参照ＡＤＣ、例えば、ＶＳＸ－１よりも高い、例えば、少なくとも０．５、１、２、３、４、または５倍高いＣＣ５０を有する、実施形態１～３７のいずれかに記載のＡＤＣ。
３９．ＡＤＣが、例えば、薬物動態測定、全身イメージング、ｉｎ ｖｉｖｏイメージング、臓器分布の評価（例えば、ＡＤＣが、実質的にまたは主に肝臓に分布しない）、ＥＬＩＳＡ、および／または血液試料の質量分析によって決定して、参照ＡＤＣ、例えば、ＶＳＸ－１と比較して、改善された生体内分布を有する、実施形態１～３８のいずれかに記載のＡＤＣ。
４０．２つのＶＨおよび２つのＶＬを含む抗体分子を含むＡＤＣであって、
ＶＨが、配列番号２５７のアミノ酸配列を含むペプチドと共有結合的にカップリングされており、
ＶＨが、配列番号１０５のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、配列番号１０６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、および配列番号１０７のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含み、
ＶＬが、配列番号１３８のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、配列番号１４２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、および配列番号１１２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む、
ＡＤＣ。
４１．２つのＶＨおよび２つのＶＬを含む抗体分子を含むＡＤＣであって、
ＶＨが、配列番号２５７のアミノ酸配列を含むペプチドと共有結合的にカップリングされており、
ＶＨが、配列番号１０８のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、配列番号１４６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、および配列番号１０７のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含み、
ＶＬが、配列番号１３８のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、配列番号１４２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、および配列番号１１２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む、
ＡＤＣ。
４２．ＶＨが、配列番号１１７のアミノ酸配列を含み、ＶＬが、配列番号１３５のアミノ酸配列を含む、実施形態４０または４１に記載のＡＤＣ。
４３．ペプチドが、ＶＨのＣ末端に、（Ｇｌｙ－Ｓｅｒ）ｎリンカーを介してカップリングされている、実施形態４０～４２のいずれかに記載のＡＤＣ。
４４．実施形態１～４０のいずれかに記載のＡＤＣ、および薬学的に許容される担体を含む医薬組成物。
４５．対象におけるＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓに関連する細菌感染症を処置または予防する方法における使用のための、実施形態１～４３のいずれかに記載のＡＤＣまたは実施形態４４に記載の医薬組成物。
４６．細菌感染症が、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａに関連する、実施形態４５に記載の使用のためのＡＤＣまたは組成物。
４７．ＡＤＣが、１～１０ｍｇ／ｋｇの用量で投与される、実施形態４５または４６に記載の使用のためのＡＤＣまたは組成物。
４８．ＡＤＣが、静脈内、皮下、もしくは鼻腔内に、または吸入によって投与される、実施形態４５～４７のいずれかに記載の使用のためのＡＤＣまたは組成物。
４９．ＡＤＣが、細菌感染症に関連する症状の開始の前またはその後に投与される、実施形態４５～４８のいずれかに記載の使用のためのＡＤＣまたは組成物。
５０．対象が、肺炎、尿路感染症（ＵＴＩ）、敗血症、髄膜炎、下痢、軟組織感染症、皮膚感染症、菌血症、呼吸器系感染症、心内膜炎、腹腔内感染症、敗血症性関節炎、骨髄炎、ＣＮＳ感染症、眼科感染症、胆嚢炎、胆管炎、髄膜炎、腸チフス、食中毒、胃腸炎、腸炎熱、細菌性赤痢、血流感染症、腹腔内敗血症、脳膿瘍、髄膜炎、敗血症、関節感染症、骨感染症、胃腸感染症、または創傷感染症のうちの１つまたは複数を有する、実施形態４５～４９のいずれかに記載の使用のためのＡＤＣまたは組成物。
５１．細菌感染症が、院内感染（nosocomial infectionまたはhospital-acquired infection）である、実施形態４５～５０のいずれかに記載の使用のためのＡＤＣまたは組成物。
５２．対象が、ヒトまたは動物である、実施形態４５～５１のいずれかに記載の使用のためのＡＤＣまたは組成物。
５３．対象が、免疫無防備状態の患者または医療従事者である、実施形態４５～５２のいずれかに記載の使用のためのＡＤＣまたは組成物。
５４．対象が、ＨＩＶ感染症もしくはＡＩＤＳ、がん、固形臓器移植、幹細胞移植、鎌状赤血球症もしくは無脾症、先天性免疫不全、慢性炎症状態、人工内耳、栄養障害、または脳脊髄液漏出を有するか、あるいはそれを有するリスクがある、実施形態４５～５３のいずれかに記載の使用のためのＡＤＣまたは組成物。
５５．対象が、１８歳もしくはそれよりも若い、１５歳もしくはそれよりも若い、１２歳もしくはそれよりも若い、９歳もしくはそれよりも若い、または６歳もしくはそれよりも若いか、あるいは少なくとも６０歳、少なくとも６５歳、少なくとも７０歳、少なくとも７５歳、または少なくとも８０歳である、実施形態４５～５４のいずれかに記載の使用のためのＡＤＣまたは組成物。
５６．方法が、対象に、第２の抗菌剤を投与または療法を施すことをさらに含む、実施形態４５～５５のいずれかに記載の使用のためのＡＤＣまたは組成物。
５７．第２の抗菌剤または療法が、抗生物質またはファージ療法を含む、実施形態５６に記載の使用のためのＡＤＣまたは組成物。
５８．抗生物質が、ポリミキシン（例えば、コリスチン）、またはβ－ラクタム（例えば、カルバペネム、例えば、メロペネム）である、実施形態５７に記載の使用のためのＡＤＣまたは組成物。
５９．抗生物質が、アミノグリコシド、アンサマイシン、カルバセフェム、カルバペネム、セファロスポリン、グリコペプチド、リンコサミド、リポペプチド、マクロライド、モノバクタム、ニトロフラン、オキサゾリジノン、ペニシリン、ペニシリンの組合せ、ポリペプチド、キノロンもしくはフルオロキノロン、スルホンアミド、テトラサイクリン、またはマイコバクテリアに対する薬物から選択される、実施形態５７に記載の使用のためのＡＤＣまたは組成物。
６０．抗生物質が、アミカシン、ゲンタマイシン、カナマイシン、ネオマイシン、ネチルマイシン、トブラマイシン、パロモマイシン、ストレプトマイシン、スペクチノマイシン、ゲルダナマイシン、ハービマイシン、もしくはリファキシミン、ロラカルベフ、エルタペネム、ドリペネム、イミペネム／シラスタチン、メロペネム、セファドロキシル、セファゾリン、セファロチン（cefalotin）、セファロチン（cefalothin）、セファレキシン、セファクロル、セファマンドール、セフォキシチン、セフプロジル、セフロキシム、セフィキシム、セフジニル、セフジトレン、セフォペラゾン、セフォタキシム、セフポドキシム、セフタジジム、セフチブテン、セフチゾキシム、セフトリアキソン、セフェピム、セフタロリンフォサミル、セフトビプロール、テイコプラニン、バンコマイシン、テラバンシン、ダルババンシン、オリタバンシン、クリンダマイシン、リンコマイシン、ダプトマイシン、アジスロマイシン、クラリスロマイシン、ジリスロマイシン、エリスロマイシン、ロキシスロマイシン、トロレアンドマイシン、テリスロマイシン、スピラマイシン、アズトレオナム、フラゾリドン、ニトロフラントイン、リネゾリド、ポシゾリド、ラデゾリド、トレゾリド、アモキシシリン、アンピシリン、アズロシリン、カルベニシリン、クロキサシリン、ジクロキサシリン、フルクロキサシリン、メズロシリン、メチシリン、ナフシリン、オキサシリン、ペニシリンｇ、ペニシリンｖ、ピペラシリン、ペニシリンｇ、テモシリン、チカルシリン、アモキシシリン／クラブラン酸塩、アンピシリン／スルバクタム、ピペラシリン／タゾバクタム、チカルシリン／クラブラン酸塩、バシトラシン、コリスチン、ポリミキシンｂ、シプロフロキサシン、エノキサシン、ガチフロキサシン、ゲミフロキサシン、レボフロキサシン、ロメフロキサシン、モキシフロキサシン、ナリジクス酸、ノルフロキサシン、オフロキサシン、トロバフロキサシン、グレパフロキサシン、スパルフロキサシン、テマフロキサシン、マフェニド、スルファセタミド、スルファジアジン、銀スルファジアジン、スルファジメトキシン、スルファメチゾール、スルファメトキサゾール、スルファニルイミド、スルファサラジン、スルフイソキサゾール、トリメトプリム－スルファメトキサゾール（コトリモキサゾール）、スルホンアミドクリソイジン、デメクロサイクリン、ドキシサイクリン、ミノサイクリン、オキシテトラサイクリン、テトラサイクリン、クロファジミン、ダプソン、カプレオマイシン、サイクロセリン、エタンブトール、エチオナミド、イソニアジド、ピラジナミド、リファンピン、リファブチン、リファペンチン、ストレプトマイシン、アルスフェナミン、クロラムフェニコール、ホスホマイシン、フシジン酸、メトロニダゾール、ムピロシン、プラテンシマイシン、キヌプリスチン／ダルホプリスチン、チアンフェニコール、チゲサイクリン、チニダゾール、またはトリメトプリムから選択される、実施形態５８または５９に記載の使用のためのＡＤＣまたは組成物。
６１．抗生物質が、レボフロキサシン、シプロフロキサシン、ゲンタマイシン、セフトリアキソン、オフロキサシン、アミカシン、トブラマイシン、アズトレオナム、またはイミペネム／シラスタチンから選択される、実施形態５８～６０のいずれかに記載の使用のためのＡＤＣまたは組成物。
６２．第２の抗菌剤または療法が、ＡＤＣが投与される前、ＡＤＣの投与と共に、またはＡＤＣが投与された後に投与される、実施形態５６～６１のいずれかに記載の使用のためのＡＤＣまたは組成物。
６３．細菌感染症を阻害または低減する方法であって、方法が、細胞を、細菌感染症を阻害または低減するのに有効な量で、実施形態１～４３のいずれかに記載のＡＤＣまたは実施形態４４に記載の医薬組成物と接触させることを含む、方法。
６４．ＡＤＣまたは医薬組成物が、細胞と、ｉｎ ｖｉｔｒｏ、ｅｘ ｖｉｖｏ、またはｉｎ ｖｉｖｏで接触する、実施形態６２に記載の方法。
６５．実施形態１～４３のいずれかに記載のＡＤＣまたは実施形態４４に記載の医薬組成物、およびＡＤＣまたは医薬組成物の使用説明書を含む、キット。
６６．実施形態１～４３のいずれかに記載のＡＤＣまたは実施形態４４に記載の医薬組成物を含む容器。
６７．（ａ）実施形態１～４３のいずれかに記載のＡＤＣの抗体分子のＶＨ、ＶＬ、もしくはその両方、
（ｂ）実施形態１～４３のいずれかに記載のＡＤＣの抗菌ペプチド、
（ｃ）（ａ）および（ｂ）の両方、または
（ｄ）実施形態１～４３のいずれかに記載のＡＤＣ
をコードする核酸分子。
６８．実施形態６７に記載の核酸分子を含むベクター。
６９．実施形態６７に記載の核酸分子または実施形態６８に記載のベクターを含む細胞。
７０．ＡＤＣを生成する方法であって、方法が、ＡＤＣの生成を可能にする条件下で実施形態６９に記載の細胞を培養し、それによってＡＤＣを生成することを含む、方法。
７１．ＡＤＣを生成する方法であって、方法が、ＬＰＳに結合する抗体分子を、ソルターゼの存在下、ソルターゼ媒介反応が起こるのを可能にする条件下で、抗菌ペプチドおよび必要に応じてソルターゼドナー配列を含むペプチドと接触させ、それによってＡＤＣを生成することを含む、方法。
７２．抗体分子が、ソルターゼ認識配列、リンカー配列、またはその両方を含むソルターゼアクセプター配列を含む、実施形態７１に記載の方法。
７３．細菌感染症を処置または予防する方法であって、それを必要とする対象に、細菌感染症を処置または予防するのに有効な量で、実施形態１～４３のいずれかに記載のＡＤＣまたは実施形態４４に記載の医薬組成物を投与することを含む、方法。
７４．細菌感染症を処置または予防するための医薬の製造における、実施形態１～４３のいずれかに記載のＡＤＣの使用。
本開示は、先述の態様および／または実施形態のいずれか１つまたは複数のすべての組合せ、ならびに詳細な説明および実施例に示される実施形態のいずれか１つまたは複数との組合せを企図する。
本明細書の組成物および方法の他の特徴、目的、および利点は、明細書および図面から、ならびに特許請求の範囲から明らかになるであろう。
図面および表がここに提供される。
特許または出願ファイルは、カラーで作成された少なくとも１枚の図面を含む。カラー図面（複数可）を含む本特許または特許出願公開のコピーは、請求および必要な手数料の納付により、特許庁によって提供される。
図１Ａは、例示的なＶＳＸ抗体（例えば、表３に示される）のＶＨ、ＶＬ、フレームワーク、相補性決定領域（ＣＤＲ）のアミノ酸配列を示す。図１Ａは、出現の順に、それぞれ、配列番号２６４～２６５、２６６および２６６を開示している。 同上。
図１Ｂは、ウェスタンブロットによる、単離されたＬＰＳへのＶＳＸ抗体の結合を示す。Ａ、上：Ｅ．ｃｏｌｉ（レーン１）およびＰａｅ（レーン２～４）から単離されたＬＰＳ、レーン５ － Ｓｅｅ Ｂｌｕｅ；およびＳｉｇｍａのＰａｅ ＬＰＳ（レーン６）の銀染色ＳＤＳ－Ｐａｇｅ分析。下：ＬＰＳへのＶＳＸ結合のウェスタンブロット解析は、Ｅ．ｃｏｌｉへの結合を検出しなかったが、Ｐａｅ ＬＰＳ（レーン２～４、６）への結合は検出した；レーン５ － Ｍａｇｉｃ Ｍａｒｋ。
図２は、合成単糖へのＶＳＸ結合のバイオレイヤー干渉分析を示す。 同上。
図３Ａは、複数のＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ株（指し示される通り）へのＶＳＸ抗体の全細胞ＥＬＩＳＡ結合を示す。ＶＳＸ抗体は、複数のＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ株への強い結合およびウシ血清アルブミンＢＳＡへの最小限の結合を示す。
図３Ｂは、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ株ＡＴＣＣ ２７８５３への強いＶＳＸ抗体結合およびＥ．ｃｏｌｉ（紺青色）、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ（緑色）、Ｓ．ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ（明るい青色）、哺乳動物細胞またはＢＳＡ（赤色）への弱い結合を示す。
図３Ｃは、全細胞ＥＬＩＳＡを使用して、感染症の様々な部位の臨床的単離体由来の１００種を超えるＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ株におけるＶＳＸ結合の半定量的分析を示す。結合は、Ｐａｅ ＡＴＣＣ ２７８５３との比較である。
図４Ａは、１００：１のモル比の２，４－Ｐ－ＨｅｐおよびＶＳＸ Ｆａｂ、０．１５Ｍ ＮａＣｌのＳＴＤ ＮＭＲスペクトルを示す（Ａ、上）。ＶＳＸ結合は、二リン酸化されたヘプトース（２，４－Ｐ－Ｈｅｐ）にのみ結合することが示された。
図４Ｂは、２，４－Ｐ－Ｈｅｐの１Ｈ ＮＭＲスペクトル（Ａ、下）、ＶＳＸ Ｆａｂの存在下での２，４－Ｐ－Ｈｅｐ滴定の３１Ｐ ＮＭＲ（Ｂ）を示す。
図５Ａは、２，４－Ｈｅｐ－ＶＳＸ複合体の２つのドッキングポーズの６ｎｓおよび３４ｎｓにおける分子動力学（ＭＤ）シミュレーションスナップショットを示す。左および右のポーズは、それぞれ、ＶＳＸ受容体結合部位に面したＣ６位におけるメチル－ヒドロキシル基およびその４－リン酸基を有する単糖を、正しい位置に置く。
図５Ｂは、２つの異なるポーズでＶＳＸと結合した状態にあるＨｅｐ残基の根平均二乗揺らぎ（ＲＭＳＦ）を示す。
図６Ａは、単糖のＶＳＸ接触残基および非接触残基の突然変異、ならびに２，４－Ｐ－ＨｅｐへのＶＳＸの結合に対するそれらの影響を示す。
図６Ｂは、ＬＰＳへのＶＳＸ（濃色）または対照抗体（淡色）のいずれかの結合を示す。
図６Ｃは、ＶＳＸ結合が、ＬＰＳ媒介性の（Ｔｏｌｌ様受容体４）ＴＬＲ４活性化を阻害することを示す。菱形＝ＶＳＸ；四角＝陰性対照抗体。
図６Ｄは、ＴＬＲ４受容体－ＭＤ－２－ＬＰＳ複合体の構造モデルを示す。
図７Ａは、抗菌ペプチド（ＡＭＰ）の同定のためのワークフローを示す。
図７Ｂは、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ ＡＴＣＣ ２７８５３を使用した時間－殺滅アッセイにおける迅速なＰ２９７の殺菌活性を示す。
図７Ｃは、モデル細菌膜に相当するＤＯＰＥ／ＤＯＰＧリポソームを使用したカルセイン漏出測定を示す。Ｐ２９７の作用機構には、膜破壊が関与する可能性が高い。
図７Ｄは、疎水性含量を増加させた緩衝液中でのＰ２９７の円偏光二色性スペクトルを示す。結果は、疎水性に伴うアルファ－ヘリックス特徴の増加を示している。
図８は、（Ｄ）－Ｐ２９７が、ヒト血清の存在下で（Ｌ）－Ｐ２９７よりも安定であることを示す。左パネル：１０％ヒト血清（ＮＨＳ）中でのｔ＝０（上）および６０分後におけるＰ２９７の代表的なトータルイオンクロマトグラム。残留するインタクトなペプチドを、（Ｌ）－または（Ｄ）－Ｐ２９７について抽出されたイオン電流の積分によって定量化した。右パネル：１０％ヒト血清（ＮＨＳ）の存在下でのＰ２９７バリアントの分解の６０分間の時間経過。値を、血清中でインキュベートした開始時間＝０分の試料に対して正規化した。Ｙ軸は、ｔ０におけるインタクトなペプチドを超える、ｔ１におけるインタクトなペプチドの測定された量の比である。
図９Ａは、ソルターゼライゲーションを使用した抗体－ＡＭＰコンジュゲートの合成を示す。図９Ａは、配列番号２６７としての「＿（ＧＳ）１５＿ＬＰＥＴＧＧＳＧ」および配列番号２６８としての「＿（ＧＳ）１５＿ＬＰＥＴＧＧＧ－ＡＭＰ」を開示する。
図９Ｂは、ＤＡＲ２および４へのＶＳＸの変換の分析を示す。重鎖および軽鎖の両方上のソルターゼアクセプター（上２つのパネル）についての、ならびに重鎖のみ上のソルターゼアクセプター（下２つのパネル）についての、出発材料およびソルターゼライゲーションされたＤ－Ｐ２９７生成物の重鎖のＱ－ｔｏｆ分析。出発材料および生成物の偏りのない検出を前提とすると、「ＤＡＲ４」材料について重鎖の８８．７％が、Ｄ－Ｐ２９７にライゲーションされた。
図９Ｃは、所望のＤ－Ｐ２９７ ＡＤＣ生成物への出発材料のロバストな変換を示す、クマシーゲル分析を示す。レーン１および２は、それぞれ、重鎖および軽鎖の両方へのＤ－Ｐ２９７ライゲーションについての、出発材料および生成物である。レーン３および４は、それぞれ、重鎖のみへのＤ－Ｐ２９７ライゲーションについての、出発材料および生成物である（抗体出発材料中の軽鎖は、ソルターゼアクセプター認識配列を欠如する野生型であった）。この分析に基づいて、重鎖および軽鎖の両方上にソルターゼアクセプターを有する材料についての薬物－抗体比（ＤＡＲ）が３．６であり、重鎖のみの上にアクセプターを有する材料についての薬物－抗体比（ＤＡＲ）が１．８であることが推定される。
図９Ｄは、ＶＳＸ（赤色の線）およびＶＳＸコンジュゲート（青色の線）のサイズ排除クロマトグラフィーを示す。
図１０は、２種のＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ株（Ｐａｅ ２７８５３およびＰａｅ ３９３２４）の各々に対するＶＳＸコンジュゲートのｉｎ ｖｉｔｒｏ殺滅活性を示す。
図１１は、Ｐ２９７単独（左パネル）、ＶＳＸ単独（中央パネル）およびＶＳＸ－１（右パネル）による、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅおよびＥ．ｃｏｌｉの混合微生物殺滅を示す。
図１２は、ＶＳＸ－１のｉｎ ｖｉｔｒｏ殺菌活性、溶血活性、細胞毒活性、およびオプソニン活性を示す。
図１３Ａ～１３Ｃは、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ肺感染症のｉｎ ｖｉｖｏモデルにおけるコンジュゲートの評価を示す。（Ａ）好中球減少動物に、ＶＳＸ－１および細菌（ＡＴＣＣ ２７８５３）を共投与した。ＣＦＵ負荷を、８時間の時点で肺において測定した。（Ｂ）好中球減少動物を、感染の１時間後に、ＶＳＸ－１で処置した（ＡＴＣＣ ２７８５３）。ＣＦＵ負荷を、８時間の時点で肺において測定した。（Ｃ）Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ ＰＡ１４（２×１０６／動物）による急性肺感染症モデル、Ｃ５７／Ｂｌ６、１０動物／群、鼻腔内接種、感染の４時間後の腹腔内投薬。 同上。
図１４Ａは、ＶＳＸ－２９７生体内分布のｉｎ ｖｉｖｏイメージングを示す。
図１４Ｂは、注射の１、２４、および７２時間後のＶＳＸ－２９７（灰色の塗りつぶし棒）、ならびに２９７を有するＤＡＲ２構築物（ＨＣおよびＬＣ鎖構築物、それぞれ、斜線入りの棒および点々の棒）の血清レベルの分析を示す。
図１５は、ＶＳＸ－２またはＶＳＸ－１を投与したマウスにおける血中レベルを示す。この実験のために、マウスに、ＶＳＸ－１またはＶＳＸ－２のいずれかを注射し、血液試料を、注射の１、２４、または７２時間後に採血した。コンジュゲートのレベルを、質量分析またはＥＬＩＳＡによって評価した。
図１６は、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ ＰＡ１４（２×１０６／動物）によるＶＳＸ－２急性肺感染症モデル、Ｃ５７／Ｂｌ６、２５動物／群、鼻腔内接種、感染の４時間後の腹腔内投薬を示す。
図１７Ａ～１７Ｃは、ＶＳＸ（Ａ）、抗アルギン酸抗体（Ｂ）、およびアイソタイプ対照抗体（Ｃ）についての、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ細胞の電子顕微鏡を示す。
図１８Ａ～１８Ｃ。ヘプトース誘導体の陽子およびＨＳＱＣスペクトル。シグナル割り当てを伴う、（Ａ）ヘプトース誘導体、（Ｂ）４－Ｐ－ヘプトース誘導体、および（Ｃ）２，４－Ｐ－ヘプトース誘導体の陽子（橙色）およびＨＳＱＣスペクトル（青色）。 同上。 同上。
図１９は、合成ヘプトース誘導体およびＶＳＸ Ｆａｂの１Ｈ ＳＴＤ ＮＭＲスペクトルを示す。
図２０は、２，４－Ｐ－ヘプトース誘導体の１Ｈ－３１Ｐ ＨＭＢＣ ＮＭＲスペクトルを示す。陽子シグナルとリンシグナルとの間のロングレンジ相関が示される。
詳細な説明
Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、例えば、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ上のリポ多糖（ＬＰＳ）を標的にする、抗体分子－薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）、例えば、抗体分子－ペプチドコンジュゲートが本明細書に開示される。
本明細書の開示は、少なくとも一部分では、抗菌ペプチド（ＡＭＰ）の直接作用性抗菌活性を有するモノクローナル抗体（本明細書の以下でＶＳＸと称する）の特有の特異性を組み合わせて、細菌感染症を、ＭＤＲまたは汎耐性株によって引き起こされるものでさえも、処置するための新しい戦略の開発および特性評価を含む。この手法は、強い抗菌活性を抗体の標的化能力と組み合わせる。この手法を例示するために、本発明者らは、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａに焦点を合わせた。
理論に縛られることを望まないが、ある実施形態では、本明細書に記載されるＶＳＸ構築物は、直接殺菌活性、および抗体のＦｃドメインによるエフェクター機能の両方により機能すると考えられる。そのような構築物は、ｉｎ ｖｉｔｒｏおよびｉｎ ｖｉｖｏで、強力かつ選択的な活性を示し、哺乳動物細胞に対するわずかに非特異的な、乃至、非特異的ではない細胞毒性で、特異的な殺滅活性を示した。加えて、ＶＳＸ構築物は、外膜表面で直接作用する効果を用い、これは、ＡＤＣの内部移行を必要とせず、それによってグラム陰性病原体の二重膜を通過しなければならない薬剤についての必要性を回避する。本明細書の開示は、ＶＳＸ構築物が、例えば、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ感染症の管理、抗生物質の適正使用支援の促進、および微生物叢の不足に対する治療選択肢を提供する。
本明細書の開示は、少なくとも一部分では、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａの表面上の保存されたグリカン構造を標的にする抗体の特性評価に基づく。抗体は、直接殺菌活性を有するように、ＡＤＣフォーマットになるように操作された。とりわけ、ペイロードの内部移行および放出が活性のために必要とされる、腫瘍学的徴候またはさらにグラム陽性生物のために構築されたＡＤＣとは異なって、外膜表面で独占的に作用するＡＤＣの構築物が開示される。
理論に縛られることを望まないが、ある実施形態では、細菌の外膜の表面でのＬＰＳコアグリカンのコピー数および場所が、膜破壊的なＡＤＣ手法における利用のためにそれを理想的なものにすると考えられる。外膜表面の高密度のＬＰＳが確立される一方で、すべてのＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ株における共通のコアエピトープの保存は、あまり十分に受け入れられていない。ＶＳＸ抗体の操作およびＶＳＸとＬＰＳ内部コアの合成ヘプトース模倣体との間のさらなる結合研究により、本明細書に記載される研究は、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａのコアグリカンがアクセス可能であること、および単一のビスリン酸化されたヘプトース単量体に抗体が結合し得ることを実証した。
理論に縛られることを望まないが、ある実施形態では、コアＬＰＳグリカンに関連する機能活性は、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ株にわたるその保存の高い程度に加えて、それを抗体標的としての魅力的な特徴にすると考えられる。Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａのＬＰＳの外部コア領域は、会合、および宿主細胞、例えば、角膜炎の感染段階の間の角膜細胞への生物体の侵入のための細菌性リガンドとして機能することができる。外部コアの末端Ｄ－Ｇｌｃ部分は、マウス角膜上皮細胞へのＬＰＳの結合において重大な意味を持ち得る。さらにまた、嚢胞性線維症の文脈では、宿主上皮表面へのＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａの結合のための受容体としての嚢胞性線維症膜コンダクタンス制御因子タンパク質（ＣＦＴＲ）の役割は、コアグリカン－ＣＦＴＲ相互作用によって媒介される。したがって、ＬＰＳは、宿主上皮細胞によるＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａの取り込みを媒介し、病態形成において重要な役割を果たし、重要なビルレンス因子である。
準最適なフォーマット、例えば、ＩｇＭを有し、低親和性で、疎水性リピドＡドメインを標的にするＬＰＳ指向性抗体は、インタクトな細菌における重要な非特異的交差反応性および接近性の問題を引き起こし、臨床的利点を示すことができない。ＶＳＸは、親水性内部コアグリカンを標的にし、検出可能な非特異的結合を示さない。さらに、ＶＳＸ構築物は、直接殺菌活性を有し、エンドトキシンを中和する性質を示す。
理論に縛られることを望まないが、ある実施形態では、広域スペクトルの抗体および最適化された抗菌ペプチドの２つの最適化された成分を一緒にすることによって、本明細書に開示される得られるＡＤＣが、親の成分よりも優れた治療的性質を有すると考えられる。本明細書の開示は、操作されたＶＳＸ抗体が、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａの表面上の保存されたグリカンエピトープを標的にすること、および抗菌ペプチド（例えば、Ｄ３６９）が、抗体にライゲーションされた場合に、機能的かつ安全であることを実証する。得られるＡＤＣは、各種のＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａの株に対して顕著なｉｎ ｖｉｔｒｏ活性を示し、悪性肺感染症モデルにおいてｉｎ ｖｉｖｏ有効性を示した。本明細書に提示されるデータおよび手法は、グラム陰性細菌と戦う、例えば、低分子および生物製剤の既存のおよび継続中の試みを改善する、抗菌薬の開発のための所望のＡＤＣ戦略を提供する。
ある実施形態では、本明細書に記載されるＡＤＣは、高い親和性および特異性で、細菌、例えば、グラム陰性細菌、例えば、グラム陰性細菌（例えば、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、例えば、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）の外膜上のリポ多糖に結合することができる。ある実施形態では、本明細書に記載されるＡＤＣは、グラム陰性細菌（例えば、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、例えば、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）の外膜に結合することができる。本明細書に開示されるＡＤＣは、抗体分子および抗菌ペプチド（ＡＭＰ）を含むことができる。有利には、抗菌ペプチド単独と比較して、いくつかの本明細書に記載されるＡＤＣは、異なる属、種、および／または亜種の１種または複数の細菌（例えば、グラム陰性細菌）を阻害する、またはその生存率を低減する改善された能力を有する。抗体分子、ＡＤＣ、および抗菌ペプチドをコードする核酸分子、発現ベクター、宿主細胞、組成物（例えば、医薬組成物）、キット、ならびに抗体分子、ＡＤＣ、および抗菌ペプチドを作製するための方法も提供される。本明細書に開示される抗体分子、ＡＤＣ、抗菌ペプチド、および医薬組成物は、例えば、グラム陰性細菌によって引き起こされる細菌感染症または関連する障害および状態を、処置、予防、および／または診断するために使用することができる（単独で、または他の薬剤もしくは治療モダリティを組み合わせて）。
ある実施形態では、本明細書に記載されるＡＤＣは、以下の性質のうちの１つまたは複数を有し得る：（ｉ）満たされていない医学的必要性を有する患者における細菌性疾患を処置または予防することができる、（ｉｉ）細菌性疾患を引き起こす細菌の属および種を処置することができ、新しい作用機構を介して作用する、（ｉｉｉ）耐性の機構を低減もしくは中和する追加される阻害剤を有する、または（ｉｖ）耐性の機構を低減もしくは中和する分子の構造中に変化を有する。
ある実施形態では、ＡＤＣは、オプソニン化貪食作用活性（例えば、抗体分子を介して）、殺菌活性（例えば、ペイロード、例えば、抗菌ペプチドを介して）、またはその両方を有する。理論に縛られることを望まないが、ある実施形態では、ＡＤＣにおける抗菌ペプチドの使用が、以下のゴールのうちの１つまたは複数：低い耐性を有する新しい標的、より低い自発的耐性の確率を伴う相乗的有効性、改善された指向性処置、または迅速な殺菌活性を達成することができると考えられる。ある実施形態では、ＡＤＣは、コアＬＰＳ領域を標的にして、例えば、可能性のある標的部位の変更によって引き起こされる耐性の確率を低減する。別の実施形態では、ペプチドステープリングを使用して、活性および／または安定性を増加させる、例えば、可能性のある抗生物質の不活化を低減または防止する。
定義
本明細書で使用される場合、「ａ」および「ａｎ」という冠詞は、冠詞の１つまたは２つ以上（例えば、少なくとも１つ）の目的語を指す。
「または」という用語は、文脈が他に明確に指示しない限り、「および／または」という用語を意味するために本明細書で使用され、それと互換的に使用される。
「約」および「およそ」は、一般に、測定値の特質または精度を考慮して、測定された量についての誤差の許容され得る程度を意味するものとする。誤差の例示的な程度は、所与の値または値の範囲の２０パーセント（％）以内、典型的には、１０％以内、より典型的には、５％以内である。
本明細書に開示される組成物および方法は、特定された配列またはそれと実質的に同一もしくは類似の配列、例えば、特定された配列と少なくとも８５％、９０％、９５％、またはそれよりも高く同一の配列を有するポリペプチドおよび核酸を包含する。
アミノ酸配列の文脈では、「実質的に同一」という用語は、第１および第２のアミノ酸配列が、共通の構造ドメインおよび／または共通の機能活性を有することができるように、第２のアミノ酸配列中の整列されたアミノ酸残基とｉ）同一であるか、またはｉｉ）その保存的置換である、十分なまたは最小数のアミノ酸残基を含有する第１のアミノ酸を指すために本明細書で使用される。例えば、アミノ酸配列は、参照配列、例えば、本明細書に提供される配列と少なくとも約８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有する共通の構造ドメインを含有する。
ヌクレオチド配列の文脈では、「実質的に同一」という用語は、第１および第２のヌクレオチド配列が、共通の機能活性を有するポリペプチドをコードするか、または共通の構造的ポリペプチドドメインもしくは共通の機能的ポリペプチド活性をコードするように、第２の核酸配列中の整列されたヌクレオチドと同一である、十分なまたは最小数のヌクレオチドを含有する第１の核酸配列を指すために本明細書で使用される。例えば、ヌクレオチド配列は、参照配列、例えば、本明細書に提供される配列と少なくとも約８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有する。
「機能的バリアント」という用語は、天然に存在する配列と実質的に同一のアミノ酸配列を有するか、または実質的に同一のヌクレオチド配列によってコードされ、天然に存在する配列の１つもしくは複数の活性を有することができる、ポリペプチドを指す。
ある実施形態では、「相同性」は、「同一性」と互換的に使用される。
配列間の相同性または配列同一性（この用語は、本明細書において互換的に使用される）の計算は、以下の通り行われる。
２つのアミノ酸配列または２つの核酸配列の同一性パーセントを決定するために、最適な比較の目的のために、配列を整列させる（例えば、最適な整列のために、第１および第２のアミノ酸または核酸配列の一方または両方にギャップを導入することができ、比較目的のために、非相同配列を無視することができる）。典型的な実施形態では、比較目的のために整列される参照配列の長さは、参照配列の長さの少なくとも３０％、例えば、少なくとも４０％、５０％、６０％、例えば、少なくとも７０％、８０％、９０％、１００％である。次いで、対応するアミノ酸位置またはヌクレオチド位置のアミノ酸残基またはヌクレオチドが比較される。第１の配列における位置が、第２の配列における対応する位置と同じアミノ酸残基またはヌクレオチドによって占有される場合、その結果、分子は、この位置で同一である。
２つの配列間の同一性パーセントは、２つの配列の最適な整列のために導入される必要があるギャップの数およびそれぞれのギャップの長さを考慮して、配列によって共有される同一の位置の数の関数である。
２つの配列間の配列の比較および同一性パーセントの決定は、数学的アルゴリズムを使用して達成することができる。ある実施形態では、２つのアミノ酸配列間の同一性パーセントは、Ｂｌｏｓｓｕｍ ６２マトリックスまたはＰＡＭ２５０マトリックスのいずれか、ならびに１６、１４、１２、１０、８、６または４のギャップウエイトおよび１、２、３、４、５または６の長さウェイトを使用して、ＧＣＧソフトウェアパッケージのＧＡＰプログラムに組み込まれているNeedleman and Wunsch ((1970) J. Mol. Biol. 48:444-453)のアルゴリズムを使用して決定される。ある実施形態では、２つのヌクレオチド配列間の同一性パーセントは、ＮＷＳｇａｐｄｎａ．ＣＭＰマトリックス、ならびに４０、５０、６０、７０または８０のギャップウエイトおよび１、２、３、４、５または６の長さウェイトとを使用して、ＧＣＧソフトウェアパッケージのＧＡＰプログラムを使用して決定される。１つの適切なパラメーターのセット（および、他に規定されない限り、使用されなければならないもの）は、１２のギャップペナルティ、４のギャップ伸長ペナルティ、および５のフレームシフトギャップペナルティを用いるＢｌｏｓｓｕｍ ６２スコアリングマトリックスである。
２つのアミノ酸またはヌクレオチド配列間の同一性パーセントは、ＰＡＭ１２０ウェイト残基テーブル、１２のギャップ長さペナルティ、および４のギャップペナルティを使用して、ＡＬＩＧＮプログラム（バージョン２．０）に組み込まれているE. Meyers and W. Miller ((1989) CABIOS, 4:11-17)のアルゴリズムを使用して決定することができる。
本明細書に記載される核酸およびタンパク質配列は、公開データベースに対して検索を行って、例えば、他のファミリーメンバーまたは関連する配列を特定するための「クエリ配列」として使用することができる。そのような検索は、Altschul, et al. (1990) J. Mol. Biol. 215:403-10のＮＢＬＡＳＴプログラムおよびＸＢＬＡＳＴプログラム（バージョン２．０）を使用して行うことができる。ＢＬＡＳＴヌクレオチド検索を、ＮＢＬＡＳＴプログラム、スコア＝１００、ワード長さ＝１２を用いて行って、本明細書に記載される核酸と相同なヌクレオチド配列を得ることができる。ＢＬＡＳＴタンパク質検索を、ＸＢＬＡＳＴプログラム、スコア＝５０、ワード長さ＝３を用いて行って、本明細書に記載されるタンパク質分子と相同なアミノ酸配列を得ることができる。比較目的のためにギャップがある整列を得るために、Altschul et al., (1997) Nucleic Acids Res. 25:3389-3402に記載されるＧａｐｐｅｄ ＢＬＡＳＴを利用することができる。ＢＬＡＳＴおよびギャップがあるＢＬＡＳＴプログラムを利用する場合、個々のプログラム（例えば、ＸＢＬＡＳＴおよびＮＢＬＡＳＴ）のデフォルトパラメーターを使用することができる。
本明細書で使用される場合、「低ストリンジェンシー条件、中ストリンジェンシー条件、高ストリンジェンシー条件または超高ストリンジェンシー条件下でハイブリダイズする」という用語は、ハイブリダイゼーションおよび洗浄のための条件を記載する。ハイブリダイゼーション反応を行うための指針は、参照により本明細書に組み込まれるCurrent Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, N.Y. (1989), 6.3.1-6.3.6に見ることができる。水性および非水性の方法が、この参考文献に記載されており、いずれかを使用することができる。本明細書で言及される特定のハイブリダイゼーション条件は、以下の通りである：１）６×塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム（ＳＳＣ）中で約４５℃、それに続いて０．２×ＳＳＣ、０．１％のＳＤＳ中で少なくとも５０℃で２回洗浄する、低ストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件（低ストリンジェンシー条件のために、洗浄の温度を５５℃に増加させることができる）；２）６×ＳＳＣ中で約４５℃、それに続いて０．２×ＳＳＣ、０．１％のＳＤＳ中で６０℃で１回または複数回洗浄する、中ストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件；３）６×ＳＳＣ中で約４５℃、それに続いて０．２×ＳＳＣ、０．１％のＳＤＳ中、６５℃で１回または複数回洗浄する、高ストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件；および好ましくは４）超高ストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件は、６５℃で０．５Ｍリン酸ナトリウム、７％のＳＤＳ、それに続いて０．２×ＳＳＣ、１％のＳＤＳ中で６５℃で１回または複数回洗浄する。超高ストリンジェンシー条件４）は、適切な条件であり、他に規定されない限り、使用されるべきものである。
本明細書に記載される分子は、それらの機能に対して実質的な影響を及ぼさない、追加の保存的アミノ酸置換または非必須アミノ酸置換を有していてもよいことが理解される。
「アミノ酸」という用語は、天然または合成にかかわらず、アミノ官能性および酸官能性の両方を含み、天然に存在するアミノ酸のポリマーに含まれ得るすべての分子を包含することが意図される。例示的なアミノ酸としては、天然に存在するアミノ酸、そのアナログ、誘導体および同類物、バリアント側鎖を有するアミノ酸アナログ、ならびに先述のいずれかのすべての立体異性体が挙げられる。本明細書で使用される場合、「アミノ酸」という用語は、Ｄ－またはＬ－光学異性体、およびペプチド模倣物の両方を含む。
「保存的アミノ酸置換」は、アミノ酸残基が、類似の側鎖を有するアミノ酸残基で置き換えられるものである。類似の側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーは、当技術分野において定義されている。これらのファミリーとしては、塩基性側鎖（例えば、リシン、アルギニン、ヒスチジン）、酸性側鎖（例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸）、非荷電極性側鎖（例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、トレオニン、チロシン、システイン）、非極性側鎖（例えば、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン）、ベータ－分枝側鎖（例えば、トレオニン、バリン、イソロイシン）、および芳香族側鎖（例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン）を有するアミノ酸が挙げられる。
「ポリペプチド」、「ペプチド」および「タンパク質」（一本鎖の場合）という用語は、任意の長さのアミノ酸のポリマーを指すために本明細書において互換的に使用される。ポリマーは、直鎖状または分枝状であり得、それは、改変アミノ酸を含んでいてもよく、非アミノ酸によって中断されていてもよい。この用語は、例えば、ジスルフィド結合形成、グリコシル化、脂質化、アセチル化、リン酸化、または任意の他の操作、例えば、標識化成分とのコンジュゲーションによって改変されたアミノ酸ポリマーも包含する。ポリペプチドは、天然起源から単離され得るか、組換え技法によって真核もしくは原核宿主から生成され得るか、または合成手順の生成物であり得る。
「核酸」、「核酸配列」、「ヌクレオチド配列」または「ポリヌクレオチド配列」および「ポリヌクレオチド」という用語は、互換的に使用される。それらは、デオキシリボヌクレオチドもしくはリボヌクレオチドまたはそれらのアナログの、いずれかの任意の長さのヌクレオチドのポリマー形態を指す。ポリヌクレオチドは、一本鎖または二本鎖のいずれかであり得、一本鎖の場合、コード鎖または非コード（アンチセンス）鎖であり得る。ポリヌクレオチドは、改変されたヌクレオチド、例えば、メチル化されたヌクレオチドおよびヌクレオチドアナログを含み得る。ヌクレオチドの配列は、非ヌクレオチド成分によって中断されていてもよい。ポリヌクレオチドは、例えば、標識化成分とのコンジュゲーションによって、重合後にさらに改変されてもよい。核酸は、天然に存在しないか、または非天然の配置で別のポリヌクレオチドに連結された組換えポリヌクレオチド、またはゲノム、ｃＤＮＡ、半合成もしくは合成起源のポリヌクレオチドであり得る。
本明細書で使用される場合、「単離された」という用語は、その元のまたはネイティブの環境（例えば、それが天然に存在する場合、天然環境）から取り出された材料を指す。例えば、生きている動物中に存在する天然に存在するポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、単離されていないが、人間の介入によって、天然系における共存材料の一部またはすべてから分離された、同じポリヌクレオチドまたはポリペプチドは単離されている。そのようなポリヌクレオチドは、ベクターの一部であり得、および／またはそのようなポリヌクレオチドもしくはポリペプチドは、組成物の一部であり得、そのようなベクターまたは組成物は、それが天然に見られる環境の一部ではないという点で依然として単離されている。
本明細書で使用される場合、例えば、細菌感染症または関連する障害を「処置する」という用語は、細菌感染症または関連する障害を有し、および／または細菌感染症もしくは関連する障害の症状を経験している対象（例えば、ヒト）が、ある実施形態では、抗体分子、ＡＤＣ、または抗菌ペプチドが投与される場合に、抗体分子、ＡＤＣ、または抗菌ペプチドが投与されなかった場合より、あまり重度の症状を患わず、および／またはより早く回復することを意味する。ある実施形態では、感染症または関連する障害が処置される場合、対象における細菌を検出するアッセイは、感染症または障害の有効な処置後に、より少ない細菌を検出するであろう。例えば、抗体分子またはＡＤＣ、例えば、本明細書に記載される抗体分子またはＡＤＣを使用する診断アッセイは、感染症または障害の有効な処置のための抗体分子、ＡＤＣ、または抗菌ペプチドの投与後に、対象の生体試料中でより少ない細菌を検出するか、または細菌を検出しないであろう。他のアッセイ、例えば、ＰＣＲ（例えば、ｑＰＣＲ）も、患者における処置をモニターするため、対象における細菌感染症または障害の処置後に存在、例えば存在の減少（または非存在）を検出するために使用することができる。処置は、特定の感染症、疾患、障害、および／または状態（例えば、細菌感染症）の効果もしくは症状、特徴、および／または原因の１つまたは複数の所見を、例えば、部分的または完全に、軽減、改善、緩和、阻害、もしくはその重症度を低減することができ、および／またはその発生率を低減することができ、必要に応じて、その開始を遅延させることができる。ある実施形態では、処置は、関連する感染症、疾患、障害、および／もしくは状態のある特定の兆候を示さない対象、ならびに／または感染症、疾患、障害、および／もしくは状態の早期の兆候のみを示す対象の処置である。ある実施形態では、処置は、関連する感染症、疾患、障害、および／または状態の１つまたは複数の確立された兆候を示す対象の処置である。ある実施形態では、処置は、細菌感染症または関連する障害を患っていると診断された対象の処置である。
本明細書で使用される場合、例えば、細菌感染症を「予防する」という用語は、感染症を引き起こす細菌に曝露される前（例えば、１日、２日、１週間、２週間、３週間、または１か月もしくはそれよりも前）に対象が抗体分子、ＡＤＣ、または抗菌ペプチドを受けた場合に、対象（例えば、ヒト）が、細菌感染症を有する可能性が低いことを意味する。
本明細書で使用される場合、「最小発育阻止濃度」または「ＭＩＣ」と言う用語は、例えば、インキュベーション（例えば、終夜インキュベーション）後に、細菌の成長（例えば、目に見える成長）を阻害する、抗菌剤、例えば、抗体分子、ＡＤＣ、または抗菌ペプチドの最低濃度を指す。最小発育阻止濃度またはＭＩＣを決定するための方法は、例えば、Andrews, J. Antimicrob. Chemother. 2001; 48 Suppl 1:5-16 (Erratum in J. Antimicrob. Chemother. 2002; 49(6):1049)に記載されている。例えば、ＭＩＣは、以下の手順：抗生物質ストック溶液の調製、抗生物質の希釈範囲の調製、寒天希釈プレートの調製、接種材料の調製、接種、インキュベーション、ならびに結果の読み取りおよび解釈を使用することによって決定することができる。ＭＩＣは、通常、Clinical & Laboratory Standards Institute (CLSI)、British Society for Antimicrobial Chemotherapy (BSAC)、またはEuropean Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST)などの参考文献のガイドラインに従って、寒天希釈または微量液体希釈によって決定することもできる。ある実施形態では、ＭＩＣは、細菌の成長を少なくとも６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％阻害する、抗菌剤、例えば、抗体分子、ＡＤＣ、または抗菌ペプチドの最低濃度である。ある実施形態では、ＭＩＣは、細菌の成長を少なくとも８０％阻害する、抗菌剤、例えば、抗体分子、ＡＤＣ、または抗菌ペプチドの最低濃度である。ＭＩＣを決定するための例示的な方法は、実施例５にも記載する。
本明細書で使用される場合、「最小殺菌濃度」または「ＭＢＣ」という用語は、特定の細菌を殺滅するために必要な、抗菌剤、例えば、抗体分子、ＡＤＣ、または抗菌ペプチドの最低濃度を指す。ある実施形態では、最小殺菌濃度またはＭＢＣは、試験薬剤を含有しない寒天プレートに継代培養することによって、液体希釈物の最小発育阻止濃度（ＭＩＣ）試験から決定することができる。ある実施形態では、ＭＢＣは、初期の細菌接種材料の生存率を≧９９．９％低減させる抗菌剤の最低濃度を決定することによって特定される。ある実施形態では、抗菌剤は、ＭＢＣがＭＩＣの４倍以下である場合、通常、殺菌性と見なされる（French, J Antimicrob Chemother. 2006; 58(6):1107-1117）。
本明細書の組成物および方法のさまざまな態様を、下記でさらに詳細に記載する。追加の定義は、本明細書を通して示される。
リポ多糖
リポ多糖（ＬＰＳ）、例えば、グラム陰性細菌の外膜上のリポ多糖に結合することができる、抗体分子および抗体分子－薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）が本明細書に開示される。ある実施形態では、抗体分子またはＡＤＣは、ＬＰＳのコア五糖領域に結合する。理論に縛られることを望まないが、ある実施形態では、少なくとも一部分では、以下の性質のうちの１つまたは複数を有するので、コアＬＰＳ領域が標的にされると考えられる：高密度、種内で保存される、アクセス可能である、または接着のために必須である（Raetz and Whitfield Annu. Rev. Biochem. 2002; 71: 635-700；de Kievit and Lam J Bacteriol. 1994; 176(23):7129-39；Schmengler et al. Eur J Cell Biol. 2010; 89(1):25-33；Pier et al. Am J Respir Crit Care Med. 1996; 154(4 Pt 2):S175-82）。
リポグリカンまたはエンドトキシンとしてもまた公知のＬＰＳは、脂質、ならびに共有結合によって接続された、Ｏ－抗原、外部コアおよび内部コアで構成される多糖を含む大分子である。ＬＰＳは、例えば、動物において強い免疫応答を誘発しうるグラム陰性細菌の外膜中で見出される。ＬＰＳは、細菌の構造的完全性に寄与し、ある特定の種類の化学的攻撃から、膜を保護する。これはまた、細胞膜の負の電荷を増加させ、膜構造全体を安定化するのを助ける。ＬＰＳは、動物において、強い免疫応答を誘導し得る。これは、表面接着、バクテリオファージ感受性、およびアメーバなどの捕食者との相互作用を含む、細菌生態学の非病原性態様にも関与する。ＬＰＳは、オンプチン活性の適正なコンフォメーションのために必要であるが、しかしながら、スムースＬＰＳは、オンプチンを立体的に妨げる。ＬＰＳは、グラム陰性細菌の外膜の主要な成分であるので、ＬＰＳの突然変異または除去は、グラム陰性細菌の死をもたらし得る。
ＬＰＳは、３つの部分：Ｏ抗原（またはＯ多糖）、コアオリゴ糖、およびリピドＡを含む。
Ｏ多糖またはＯ側鎖としてもまた公知のＯ抗原は、細菌のＬＰＳ内に含有される、反復性グリカンポリマーである。Ｏ抗原は、コアオリゴ糖に付着し、ＬＰＳ分子の最外ドメインを含む。Ｏ鎖の組成は、株ごとに変わる。例えば、異なるＥ．ｃｏｌｉ株によって生成される１６０を上回る異なるＯ抗原構造が存在する（Raetz and Whitfield Annu. Rev. Biochem. 2002; 71: 635-700）。Ｏ鎖の存在または非存在は、ＬＰＳが、ラフまたはスムースと考えられるかどうかを決定する。全長Ｏ鎖が、ＬＰＳスムースにする一方で、Ｏ鎖の非存在または低減は、ＬＰＳをラフにするであろう（Rittig et al. J. Leukoc. Biol. 2003; 74 (6): 1045-55）。ラフＬＰＳがより疎水性であるので、ラフＬＰＳを有する細菌は、通常、疎水性抗生物質に対してより透過可能な細胞膜を有する（Tsujimoto et al. J. Infect. Chemother. 1999, 5 (4): 196-200）。Ｏ抗原は、細菌細胞の最外表面上に露出され、宿主抗体による認識のために標的にされ得る。
コアオリゴ糖またはコアドメインは、リピドＡに直接付着し、通常、ヘプトース（Ｈｅｐ）および３－デオキシ－Ｄ－マンノオクツロソン酸（Ｋｄｏまたはケト－デオキシオクツロソネートとしても公知）などの糖を含有する、オリゴ糖成分を含有する（Hershberger and Binkley, J. Biol. Chem. 1968; 243 (7): 1578-1584）。典型的なコア五糖またはコア五糖領域は、例えば、２個のＫｄｏ残基、および１個、２個、または３個のＨｅｐ残基を含む。例示的な細菌由来のコア五糖の組成および構造は、ＰＣＴ公開番号ＷＯ２０１８／１３６６２６号（その全体が参照により本明細書に組み込まれる）の図１に示されている。多くの細菌のＬＰＳコアは、ホスフェート、アミノ酸、およびエタノールアミン置換基などの非炭水化物成分も含有する。
ＬＰＳコアは、内部コアおよび外部コアを含み得る。
内部コアの「ベース」は、１～３個のＫｄｏ残基である。最後のＫｄｏは、多くの場合、ホスフェートまたはエタノールアミン基で改変される。Ｋｄｏ残基から、通常リン酸化された２～３個のヘプトース残基（例えば、Ｌ－グリセロ－Ｄ－マンノヘプトース）が付着している。これらのＫｄｏおよびヘプトース残基が「内部コア」を形成する。ＫｄｏおよびリピドＡとの間のケトシド結合（α２→６）は、特に、酸切断を受けやすい。ＬＰＳの脂質および多糖部分は、弱酸処理によって分離することができる。リピドＡおよび内部コアのみ（またはそれ未満）を含むＬＰＳ分子は、「ディープラフＬＰＳ」と称される。
外部コアは、内部コア中の最後のヘプトース残基に付着したヘキソース残基から構成される。多くの場合に外部コア中で見出されるヘキソースとしては、例えば、Ｄ－グルコース、Ｄ－マンノース、またはＤ－ガラクトースが挙げられる。通常、β１→３で結合した少なくとも３つのヘキソースが存在し、Ｏ抗原は、３番目のヘキソースにライゲーションされている。他のヘキソースは、多くの場合、主なオリゴマーから分枝して、外部コアに付着して見出される。リピドＡおよび完全なコアオリゴ糖（内部および外部）を含むＬＰＳは、「ラフＬＰＳ」と称される。
リピドＡは、状況次第で、多数の脂肪酸で装飾されたリン酸化されたグルコサミン二糖である。これらの疎水性脂肪酸鎖は、ＬＰＳを細菌膜に繋留し、ＬＰＳの残りは、細胞表面から突出する。ある実施形態では、抗体分子またはＡＤＣは、細胞表面に近接して結合する。リピドＡドメインは、グラム陰性細菌の多くの毒性の原因となる。細菌細胞が免疫系によって溶解されると、リピドＡを含有する膜の断片が循環中に放出され、熱、下痢、および可能性がある致死性のエンドトキシンショック（敗血症性ショックとも呼ばれる）を引き起こす。
ある実施形態では、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａのコアグリカンが標的にされる。ある実施形態では、抗体分子またはＡＤＣは、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａの内部コアグリカンに結合する。例えば、エピトープは、ＨｅｐＩを含むことができ、より低い程度で、周囲と接触している。ある実施形態では、抗体分子またはＡＤＣは、スムースＬＰＳ、ラフＬＰＳ、またはその両方と結合する。ある実施形態では、抗体分子またはＡＤＣは、スムースＬＰＳと結合する。ある実施形態では、抗体分子またはＡＤＣは、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ由来のスムースＬＰＳと結合する。ある実施形態では、抗体分子またはＡＤＣは、スムースＬＰＳ（例えば、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ由来）と結合するが、Ｅ．ＣｏｌｉのＬＰＳに結合しない。ある実施形態では、抗体分子またはＡＤＣは、Ｏ多糖に結合しないか、または実質的に結合しない。ある実施形態では、抗体分子またはＡＤＣは、高リン酸化されたヘプトースに結合する。ある実施形態では、抗体分子またはＡＤＣは、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ以外のグラム陰性細菌に結合しないか、または実質的に結合しない。ある実施形態では、抗体分子またはＡＤＣは、合成のリン酸化されたヘプトース単位に結合する。例えば、本明細書に記載される抗体分子またはＡＤＣ（例えば、ｍＡｂ００１）は、ＰＣＴ公開番号ＷＯ２０１８／１３６６２６号（その全体が参照により本明細書に組み込まれる）の図２９に示されるエピトープに結合することができる。理論に縛られることを望まないが、ある実施形態では、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａのコアグリカンは、株にわたって保存され、ｉｎ ｖｉｖｏでアクセス可能であり、および／または相の変形形態／耐性エレメントを制限すると考えられる。
ある実施形態では、抗体分子またはＡＤＣは、リン酸化されたＬＰＳ、例えば、ＬＰＳのリン酸化されたコア五糖領域に結合する。ある実施形態では、本明細書に記載される抗体分子またはＡＤＣは、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａのコアＬＰＳ領域中の１個または複数（例えば、２個または３個）のホスフェート基に結合する。ある実施形態では、ホスフェート基に、抗体分子またはＡＤＣ中のアルギニン残基が結合する。ある実施形態では、ホスフェート基は、抗体分子またはＡＤＣ中のアルギニン残基によって阻害または中和される。ある実施形態では、抗体分子またはＡＤＣは、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａのコアＬＰＳ領域中の少なくとも３個のホスフェート基（例えば、Ｈｅｐ２，４，６－ＰＯ４）に結合し、そのそれぞれは、抗体分子またはＡＤＣ中のアルギニン残基（例えば、ＶＬの残基Ｒ１００、またはＶＨの残基Ｒ１０１もしくはＲ１０３）によって、結合、阻害、または中和される。例えば、抗体分子のＨ３およびＬ３の穴は、単糖を収容することができる。例示的な抗体分子であるｍＡｂ００１中のリン酸化されたグリカン（Ｈｅｐ２，４，６－ＰＯ４）と３個のアルギニン残基（ＶＬの残基Ｒ１００、またはＶＨの残基Ｒ１０１およびＲ１０３）との間の相互作用は、ＰＣＴ公開番号ＷＯ２０１８／１３６６２６号（その全体が参照により本明細書に組み込まれる）の図３０に例示されている。ある実施形態では、本明細書に記載される抗体分子またはＡＤＣは、ＶＬの残基Ｒ１００ならびに／またはＶＨの残基Ｒ１０１および／もしくはＲ１０３の１個または複数（例えば、１個、２個または３個）の保存的置換を含む。ある実施形態では、保存的置換の１つまたは複数は、アルギニン以外の正に荷電したアミノ酸（例えば、リシンまたはヒスチジン）への突然変異を含む。ある実施形態では、抗体分子またはＡＤＣは、ＶＬの残基Ｒ１００の保存的置換（例えば、アルギニン以外の正に荷電したアミノ酸、例えば、リシンまたはヒスチジンへの突然変異）を含む。ある実施形態では、抗体分子またはＡＤＣは、ＶＨの残基Ｒ１０１の保存的置換（例えば、アルギニン以外の正に荷電したアミノ酸、例えば、リシンまたはヒスチジンへの突然変異）を含む。ある実施形態では、抗体分子またはＡＤＣは、ＶＨの残基Ｒ１０３の保存的置換（例えば、アルギニン以外の正に荷電したアミノ酸、例えば、リシンまたはヒスチジンへの突然変異）を含む。
理論に縛られることを望まないが、ある実施形態では、本明細書に記載される抗体分子またはＡＤＣによって標的にされるホスフェートは、細菌（例えば、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）の生存に必須であると考えられる。ある実施形態では、抗体分子またはＡＤＣは、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａのＬＰＳの内部コア（例えば、ＨｅｐＩ）の１個または複数（例えば、２個または３個）のホスフェートに結合する。ＨｅｐＩの適正なリン酸化は、典型的には、ある特定のグラム陰性細菌、例えば、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａにおける外膜の生合成のために必要である。ＨｅｐＩの適正なリン酸化の欠如に起因して外膜が損なわれると、生存できない細菌に至り得る。
理論に縛られることを望まないが、ある実施形態では、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａの多数の配列決定された株中に存在する３つのキナーゼを含むオペロンは、ＨｅｐＩのリン酸化に関与すると考えられる。Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓに特有のこのオペロン中では、ｗａａＰおよびｗａｐＰキナーゼ遺伝子は、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ株に必須の遺伝子であり、典型的には、その生存に必要である（Delucia et al. MBio. 2011; 2(4). pii: e00142-11）。同じオペロンは、追加のキナーゼ（例えば、ｗａｐＱおよび少なくとも１種の追加の推定キナーゼ）をコードする遺伝子も含有し、これは、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａの種に特異的であり、非必須キナーゼをコードする。本明細書に記載される抗体分子またはＡＤＣとＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａとの間の結合は、典型的には、オペロンのこれらの非必須キナーゼ遺伝子の欠失によって影響を受けない。したがって、本明細書に記載される抗体分子およびＡＤＣは、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ株の広い適用範囲を有し、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓに感染した患者への高い特異性を有し、耐性または突然変異体Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ株に関連する感染症の処置または予防において有効である。
抗体分子
細菌（例えば、グラム陰性細菌）および／またはリポ多糖（ＬＰＳ）に結合する抗体分子が本明細書に開示される。本明細書に開示される抗体分子－薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）は、本明細書に開示される抗体分子を含むことができる。
本明細書で使用される場合、「抗体分子」という用語は、タンパク質、例えば、免疫グロブリン鎖、または少なくとも１つの免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むその断片を指す。「抗体分子」という用語は、例えば、全長の成熟抗体、および抗体の抗原結合性断片を含む。例えば、抗体分子は、重（Ｈ）鎖可変ドメイン配列（本明細書においてＶＨと略す）、および軽（Ｌ）鎖可変ドメイン配列（本明細書においてＶＬと略す）を含むことができる。別の例では、抗体分子は、２つの重（Ｈ）鎖可変ドメイン配列、および２つの軽（Ｌ）鎖可変ドメイン配列を含み、それによって、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｃ、Ｆｄ、Ｆｄ’、Ｆｖ、一本鎖抗体（例えば、ｓｃＦｖ）、シングル可変ドメイン抗体、ダイアボディ（Ｄａｂ）（二価および二特異性）、および全抗体、または組換えＤＮＡ技術を使用してｄｅ ｎｏｖｏで合成された抗体の改変により生成され得るキメラ（例えば、ヒト化）抗体などの２つの抗原結合性部位を形成する。これらの機能的抗体断片は、それらの個々の抗原または受容体と選択的に結合する能力を保持する。抗体および抗体断片は、限定されるものではないが、ＩｇＧ、ＩｇＡ、ＩｇＭ、ＩｇＤ、およびＩｇＥを含む抗体の任意のクラス由来、および抗体の任意のサブクラス（例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、およびＩｇＧ４）由来であり得る。抗体分子は、モノクローナルまたはポリクローナルであり得る。抗体分子はまた、ヒト抗体、ヒト化抗体、ＣＤＲグラフト抗体、またはｉｎ ｖｉｔｒｏで作成された抗体でもあり得る。抗体分子は、例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、またはＩｇＧ４から選択される重鎖定常領域を有することができる。抗体分子はまた、例えば、カッパまたはラムダから選択される軽鎖を有することもできる。「免疫グロブリン」（Ｉｇ）という用語は、本明細書において、「抗体」という用語と互換的に使用される。
抗原結合性断片の例としては、（ｉ）ＶＬ、ＶＨ、ＣＬ、およびＣＨ１ドメインからなる一価断片であるＦａｂ断片；（ｉｉ）ヒンジ領域でのジスルフィド架橋によって連結された２つのＦａｂ断片を含む二価断片であるＦ（ａｂ’）２断片；（ｉｉｉ）ＶＨおよびＣＨ１ドメインからなるＦｄ断片；（ｉｖ）抗体の単一のアームのＶＬおよびＶＨドメインからなるＦｖ断片；（ｖ）ＶＨドメインからなるダイアボディ（ｄＡｂ）断片；（ｖｉ）ラクダ科動物の可変ドメインまたはラクダ化可変ドメイン；（ｖｉｉ）一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）、例えば、Bird et al. (1988) Science 242:423-426；およびHuston et al. (1988) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:5879-5883を参照されたい；（ｖｉｉｉ）シングルドメイン抗体が挙げられる。これらの抗体断片は、当業者に公知であるいくつかの従来の技法を含む、任意の適切な方法を使用して得てもよく、断片を、インタクト抗体と同じ方法で、有用性についてスクリーニングすることができる。
「抗体」という用語は、インタクト分子、およびその機能的断片を含む。抗体の定常領域を変更して、例えば、突然変異させて、抗体の性質を改変する（例えば、Ｆｃ受容体結合、抗体のグリコシル化、システイン残基の数、エフェクター細胞の機能、または補体機能のうちの１つまたは複数を増加または減少させる）ことができる。
抗体分子は、一本鎖抗体であり得る。一本鎖抗体（ｓｃＦｖ）は、操作されていてもよい（例えば、Colcher, D. et al. (1999) Ann N Y Acad Sci 880:263-80；およびReiter, Y. (1996) Clin Cancer Res 2:245-52を参照されたい）。一本鎖抗体を、二量体化または多量体化させて、同じ標的タンパク質の異なるエピトープに対する特異性を有する多価抗体を作成することができる。
本明細書に開示される抗体分子はまた、シングルドメイン抗体であり得る。シングルドメイン抗体は、その相補性決定領域がシングルドメインポリペプチドの部分である抗体を含み得る。例としては、限定されるものではないが、天然で軽鎖を欠く抗体である重鎖抗体、従来の４鎖抗体に由来するシングルドメイン抗体、操作された抗体、および抗体に由来するスキャフォールド以外のシングルドメインスキャフォールドが挙げられる。シングルドメイン抗体は、当技術分野の任意のもの、または任意の将来的なシングルドメイン抗体であってもよい。シングルドメイン抗体は、限定されるものではないが、マウス、ヒト、ラクダ、ラマ、魚類、サメ、ヤギ、ウサギ、およびウシを含む任意の種に由来していてもよい。一部の態様によれば、シングルドメイン抗体は、軽鎖を欠く重鎖抗体として公知の天然に存在するシングルドメイン抗体である。そのようなシングルドメイン抗体は、例えば、国際公開番号ＷＯ９４／０４６７８号に開示されている。明確さの理由のために、本明細書では、天然で軽鎖を欠く重鎖抗体に由来するこの可変ドメインは、従来の４鎖免疫グロブリンのＶＨから識別される、ＶＨＨまたはナノボディとして公知である。そのようなＶＨＨ分子は、Ｃａｍｅｌｉｄａｅ種、例えば、ラクダ、ラマ、ヒトコブラクダ、アルパカ、およびグアナコにおいて産生された抗体に由来し得る。Ｃａｍｅｌｉｄａｅ以外の他の種も、天然で軽鎖を欠く重鎖抗体を生成することができ、そのようなＶＨＨも企図される。
ＶＨおよびＶＬ領域は、「フレームワーク領域」（ＦＲまたはＦＷ）と称される、より保存された領域が組み入れられている、「相補性決定領域」（ＣＤＲ）と称される超可変性の領域へと細分化することができる。「相補性決定領域」および「ＣＤＲ」という用語は、本明細書で使用される場合、抗原特異性および結合親和性を付与する、抗体可変領域内のアミノ酸の配列を指す。本明細書で使用される場合、「フレームワーク」、「ＦＷ」および「ＦＲ」という用語は、互換的に使用される。
フレームワーク領域およびＣＤＲの範囲は、いくつかの方法によって正確に定義される（Kabat, E. A., et al. (1991) Sequences of Proteins of Immunological Interest, Fifth Edition, U.S. Department of Health and Human Services, NIH Publication No. 91-3242；Chothia, C. et al. (1987) J. Mol. Biol. 196:901-917；およびthe AbM definition used by Oxford Molecular's AbM antibody modeling softwareを参照されたい）。一般に、例えば、Protein Sequence and Structure Analysis of Antibody Variable Domains. In: Antibody Engineering Lab Manual (Ed.: Duebel, S. and Kontermann, R., Springer-Verlag, Heidelberg)を参照されたい。ある実施形態では、以下の定義が使用される：重鎖可変ドメインのＣＤＲ１のＡｂＭの定義、および他のＣＤＲについてのＫａｂａｔの定義。ある実施形態では、Ｋａｂａｔの定義が、すべてのＣＤＲについて使用される。加えて、ＫａｂａｔまたはＡｂＭのＣＤＲに関して記載される実施形態はまた、Ｃｈｏｔｈｉａの超可変ループを使用して実行されてもよい。それぞれのＶＨおよびＶＬは、典型的には、アミノ末端からカルボキシ末端に以下の順序で配置された３つのＣＤＲおよび４つのＦＲを含む：ＦＲ１、ＣＤＲ１、ＦＲ２、ＣＤＲ２、ＦＲ３、ＣＤＲ３、およびＦＲ４。
本明細書で使用される場合、「免疫グロブリン可変ドメイン配列」は、免疫グロブリン可変ドメインの構造を形成することができるアミノ酸配列を指す。例えば、配列は、天然に存在する可変ドメインのアミノ酸配列のすべてまたは一部を含んでいてもよい。例えば、配列は、１個、２個、もしくはそれよりも多くのＮもしくはＣ末端アミノ酸を含んでいてもよく、または含まなくてもよく、あるいはタンパク質構造の形成と適合性である他の変更を含んでいてもよい。
「抗原結合性領域」という用語は、抗原、例えば、リポ多糖（ＬＰＳ）またはそのエピトープに結合する界面を形成する決定基を含む抗体分子の部分を指す。タンパク質（またはタンパク質模倣物）に関して、抗原結合性領域は、典型的には、抗原、例えば、ＬＰＳに結合する界面を形成する、１つまたは複数のループ（少なくとも、例えば、４つのアミノ酸またはアミノ酸模倣物のもの）を含む。典型的には、抗体分子の抗原結合性領域は、少なくとも１つもしくは２つのＣＤＲおよび／または超可変性ループ、あるいはより典型的には、少なくとも３つ、４つ、５つ、もしくは６つのＣＤＲおよび／または超可変性ループを含む。
「競合する」または「交差競合する」という用語は、標的、例えば、グラム陰性細菌上のＬＰＳへの抗ＬＰＳ抗体分子、例えば、本明細書に提供される抗ＬＰＳ抗体分子の結合を妨害する抗体分子の能力を指すために、本明細書において互換的に使用される。結合の妨害は、直接的または間接的であり得る（例えば、抗体分子または標的のアロステリックモジュレーションによる）。抗体分子が、標的への別の抗体分子の結合を妨害することができる程度、およびしたがって、抗体分子が、競合すると言うことができるかどうかは、競合結合アッセイ、例えば、ＦＡＣＳアッセイ、ＥＬＩＳＡ、ＳＰＲアッセイ、またはＯＣＴＥＴ（登録商標）アッセイ（ＦｏｒｔｅＢｉｏ）を使用して決定することができる。ある実施形態では、競合結合アッセイは、定量的競合アッセイである。ある実施形態では、標的への第１の抗体分子の結合が、競合結合アッセイ（例えば、本明細書に記載される競合アッセイ）において１０％またはそれより多く、例えば、２０％またはそれより多く、３０％またはそれより多く、４０％またはそれより多く、５０％またはそれより多く、５５％またはそれより多く、６０％またはそれより多く、６５％またはそれより多く、７０％またはそれより多く、７５％またはそれより多く、８０％またはそれより多く、８５％またはそれより多く、９０％またはそれより多く、９５％またはそれより多く、９８％またはそれより多く、９９％またはそれより多く低減される場合に、第１の抗ＬＰＳ抗体分子は、第２の抗ＬＰＳ抗体分子と標的への結合について競合すると言われる。
「モノクローナル抗体」または「モノクローナル抗体組成物」という用語は、本明細書で使用される場合、単一の分子組成の抗体分子の調製物を指す。モノクローナル抗体組成物は、特定のエピトープに対する単一の結合特異性および親和性を呈する。モノクローナル抗体は、ハイブリドーマ技術によって、またはハイブリドーマ技術を使用しない方法（例えば、組換え法）によって作製することができる。
「実際上のヒト」タンパク質は、中和抗体応答、例えば、ヒト抗マウス抗体（ＨＡＭＡ）応答を惹起しないタンパク質である。ＨＡＭＡは、いくつかの状況において、例えば、慢性または再発性疾患状態の処置において、例えば、抗体分子が反復的に投与される場合に問題となり得る。ＨＡＭＡ応答は、血清からの抗体のクリアランスの増加を理由として（例えば、Saleh et al., Cancer Immunol. Immunother., 32:180-190 (1990)を参照されたい）、また可能性があるアレルギー反応を理由として（例えば、LoBuglio et al., Hybridoma, 5:5117-5123 (1986)を参照されたい）、反復的な抗体投与を潜在的に無効にし得る。
抗体分子は、ポリクローナル抗体またはモノクローナル抗体であり得る。ある実施形態では、抗体は、組換え的に生成することができる、例えば、任意の適切なファージディスプレイ法またはコンビナトリアル法によって生成することができる。
抗体を作成するためのさまざまなファージディスプレイ法およびコンビナトリアル法は、当技術分野において公知である（例えば、Ｌａｄｎｅｒら、米国特許第５，２２３，４０９号；Ｋａｎｇら、国際公開番号ＷＯ９２／１８６１９号；Ｄｏｗｅｒら、国際公開番号ＷＯ９１／１７２７１号；Ｗｉｎｔｅｒら、国際公開ＷＯ９２／２０７９１号；Ｍａｒｋｌａｎｄら、国際公開番号ＷＯ９２／１５６７９号；Ｂｒｅｉｔｌｉｎｇら、国際公開ＷＯ９３／０１２８８号；ＭｃＣａｆｆｅｒｔｙら、国際公開番号ＷＯ９２／０１０４７号；Ｇａｒｒａｒｄら、国際公開番号ＷＯ９２／０９６９０号；Ｌａｄｎｅｒら、国際公開番号ＷＯ９０／０２８０９号；Fuchs et al. (1991) Bio/Technology 9:1370-1372；Hay et al. (1992) Hum Antibod Hybridomas 3:81-85；Huse et al. (1989) Science 246:1275-1281；Griffths et al. (1993) EMBO J 12:725-734；Hawkins et al. (1992) J Mol Biol 226:889-896；Clackson et al. (1991) Nature 352:624-628；Gram et al. (1992) PNAS 89:3576-3580；Garrad et al. (1991) Bio/Technology 9:1373-1377；Hoogenboom et al. (1991) Nuc Acid Res 19:4133-4137；およびBarbas et al. (1991) PNAS 88:7978-7982に記載される通りであり、それらのすべての内容は参照により本明細書に組み込まれる）。
ある実施形態では、抗体分子は、完全ヒト抗体（例えば、ヒト免疫グロブリン配列由来の抗体を生成するように遺伝子操作されたマウスにおいて作られる抗体）、または非ヒト抗体、例えば、げっ歯動物（マウスまたはラット）抗体、ヤギ抗体、霊長類（例えば、サル）抗体、ラクダ抗体である。ある実施形態では、非ヒト抗体は、げっ歯動物抗体（マウス抗体またはラット抗体）である。げっ歯動物抗体を生成する方法は、当技術分野において公知である。
ヒトモノクローナル抗体は、マウス系よりもむしろ、ヒト免疫グロブリン遺伝子を持つトランスジェニックマウスを使用して作成することができる。目的の抗原で免疫されたこれらのトランスジェニックマウス由来の脾臓細胞を使用して、ヒトタンパク質由来のエピトープに対して特異的な親和性を有するヒトｍＡｂを分泌するハイブリドーマを生成する（例えば、Ｗｏｏｄら、国際出願ＷＯ９１／００９０６号、Ｋｕｃｈｅｒｌａｐａｔｉら、ＰＣＴ公開ＷＯ９１／１０７４１号；Ｌｏｎｂｅｒｇら、国際出願ＷＯ９２／０３９１８号；Ｋａｙら、国際出願９２／０３９１７号；；Lonberg, N. et al. 1994 Nature 368:856-859；Green, L.L. et al. 1994 Nature Genet. 7:13-21；Morrison, S.L. et al. 1994 Proc. Natl. Acad. Sci. USA 81:6851-6855；Bruggeman et al. 1993 Year Immunol 7:33-40；Tuaillon et al. 1993 PNAS 90:3720-3724；Bruggeman et al. 1991 Eur J Immunol 21:1323-1326を参照されたい）。
抗体は、可変領域またはその一部分、例えば、ＣＤＲが、非ヒト生物、例えば、ラットまたはマウスにおいて作製されたものであり得る。キメラ抗体、ＣＤＲグラフト抗体、およびヒト化抗体は、本発明の範囲内である。非ヒト生物、例えば、ラットまたはマウスにおいて作成され、次いで、ヒトにおける抗原性を減少させるように、例えば、可変フレームワークまたは定常領域中で改変された抗体は、本発明の範囲内である。
キメラ抗体は、任意の適切な組換えＤＮＡ技法によって生成することができる。いくつかは当技術分野において公知である（Ｒｏｂｉｎｓｏｎら、国際特許公開ＰＣＴ／ＵＳ８６／０２２６９号；Ａｋｉｒａら、欧州特許出願１８４，１８７号；Ｔａｎｉｇｕｃｈｉ、Ｍ．、欧州特許出願１７１，４９６号；Ｍｏｒｒｉｓｏｎら、欧州特許出願１７３，４９４号；Ｎｅｕｂｅｒｇｅｒら、国際出願ＷＯ８６／０１５３３号；Ｃａｂｉｌｌｙら、米国特許第４，８１６，５６７号；Ｃａｂｉｌｌｙら、欧州特許出願１２５，０２３号；Better et al. (1988 Science 240:1041-1043); Liu et al. (1987) PNAS 84:3439-3443；Liu et al., 1987, J. Immunol. 139:3521-3526；Sun et al. (1987) PNAS 84:214-218；Nishimura et al., 1987, Canc. Res. 47:999-1005；Wood et al. (1985) Nature 314:446-449；およびShaw et al., 1988, J. Natl Cancer Inst. 80:1553-1559を参照されたい）。
ヒト化抗体またはＣＤＲグラフト抗体は、ドナーＣＤＲで置き換えられた、少なくとも１つまたは２つであるが、一般に３つすべてのレシピエントＣＤＲ（免疫グロブリンの重鎖およびまたは軽鎖の）を有する。抗体は、非ヒトＣＤＲの少なくとも一部分で置き換えられていてもよく、またはＣＤＲの一部のみが、非ヒトＣＤＲで置き換えられていてもよい。リポ多糖へのヒト化抗体の結合に必要な数のＣＤＲを置き換えることのみが必要である。ある実施形態では、ドナーは、げっ歯動物抗体、例えば、ラット抗体またはマウス抗体であり、レシピエントは、ヒトフレームワークまたはヒトコンセンサスフレームワークである。典型的には、ＣＤＲを提供する免疫グロブリンは、「ドナー」と呼ばれ、フレームワークを提供する免疫グロブリンは、「アクセプター」と呼ばれる。ある実施形態では、ドナー免疫グロブリンは、非ヒト（例えば、げっ歯動物）である。アクセプターフレームワークは、典型的には、天然に存在する（例えば、ヒト）フレームワークもしくはコンセンサスフレームワーク、またはそれと約８５％もしくそれよりも高く、例えば、９０％、９５％、９９％、もしくはそれよりも高く同一な配列である。
本明細書で使用される場合、「コンセンサス配列」という用語は、関連する配列のファミリー中で最も頻繁に存在するアミノ酸（またはヌクレオチド）から形成される配列を指す（例えば、Winnaker, From Genes to Clones (Verlagsgesellschaft, Weinheim, Germany 1987を参照されたい）。タンパク質のファミリーでは、コンセンサス配列中のそれぞれの位置は、ファミリー中のその位置で最も頻繁に存在するアミノ酸によって占有される。２つのアミノ酸が同等の頻度で存在する場合、いずれも、コンセンサス配列中に含まれ得る。「コンセンサスフレームワーク」は、コンセンサス免疫グロブリン配列中のフレームワーク領域を指す。
抗体は、任意の適切な方法によってヒト化することができ、いくつかのそのような方法は当技術分野において公知である（例えば、Morrison, S. L., 1985, Science 229:1202-1207、Oi et al., 1986, BioTechniques 4:214によって、ならびにＱｕｅｅｎら、ＵＳ５，５８５，０８９号、ＵＳ５，６９３，７６１号およびＵＳ５，６９３，７６２号を参照されたく、それらのすべての内容は、これにより参照により本明細書に組み込まれる）。
ヒト化抗体またはＣＤＲグラフト抗体は、免疫グロブリン鎖の１つ、２つ、またはすべてのＣＤＲを置き換えることができるＣＤＲグラフト化またはＣＤＲ置換によって生成することができる。例えば、米国特許第５，２２５，５３９号；Jones et al. 1986 Nature 321:552-525；Verhoeyan et al. 1988 Science 239:1534；Beidler et al. 1988 J. Immunol. 141:4053-4060；Ｗｉｎｔｅｒ ＵＳ５，２２５，５３９号を参照されたく、それらのすべての内容は、これにより明示的に参照により本明細書に組み込まれる。Ｗｉｎｔｅｒは、ヒト化抗体を調製するために使用され得るＣＤＲグラフト化法を記載している（１９８７年３月２６日に出願された英国特許出願ＧＢ２１８８６３８Ａ号；Ｗｉｎｔｅｒ、ＵＳ５，２２５，５３９号、それらの内容は、明示的に参照により本明細書に組み込まれる）。
特異的なアミノ酸が、置換、欠失、または付加されたヒト化抗体も提供される。ドナー由来のアミノ酸を選択するための基準は、例えば、ＵＳ５，５８５，０８９号、例えば、ＵＳ５，５８５，０８９号の１２～１６欄に記載されており、その内容は、これにより参照により本明細書に組み込まれる。抗体をヒト化するための他の技法は、１９９２年１２月２３日に公開されたＰａｄｌａｎら、ＥＰ５１９５９６Ａ１号に記載されている。
ある実施形態では、抗体分子は、例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＭ、ＩｇＡ１、ＩｇＡ２、ＩｇＤ、およびＩｇＥの重鎖定常領域から選択される、特に、例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、およびＩｇＧ４の重鎖定常領域（例えば、ヒト重鎖定常領域）から選択される、重鎖定常領域を有する。別の実施形態では、抗体分子は、例えば、カッパまたはラムダの軽鎖定常領域（例えば、ヒト軽鎖定常領域）から選択される軽鎖定常領域を有する。定常領域を変更して、例えば、突然変異させて、抗体分子の性質を改変する（例えば、Ｆｃ受容体結合、抗体のグリコシル化、システイン残基の数、エフェクター細胞の機能、および／または補体機能のうちの１つまたは複数を増加または減少させる）ことができる。ある実施形態では、抗体分子は、エフェクター機能を有し、補体に固定され得る。別の実施形態では、抗体分子は、エフェクター細胞を動員せず、または補体に固定されない。ある実施形態では、抗体分子は、Ｆｃ受容体と結合する能力が低減されているか、またはそれを有さない。例えば、これは、Ｆｃ受容体への結合をサポートしない、アイソタイプもしくはサブタイプ、断片、または他の突然変異体であり得る、例えば、これは、Ｆｃ受容体結合性領域を突然変異または欠失させる。ある実施形態では、抗体分子は、ＡＤＣＣ活性を増加させるように変更されたＦｃ領域を含む。ある実施形態では、ＡＤＣＣ活性は、１０倍もしくはそれよりも大きく、例えば、２５倍もしくはそれよりも大きく、５０倍もしくはそれよりも大きく、１００倍もしくはそれよりも大きく、２００倍もしくはそれよりも大きく、４００倍もしくはそれよりも大きく、６００倍もしくはそれよりも大きく、８００倍もしくはそれよりも大きく、または１０００倍もしくはそれよりも大きく、例えば、１００倍～１０００倍または２５０倍～７５０倍増加する。ある実施形態では、抗体分子は、Ｆｃγ受容体との会合またはオプソニン化貪食作用活性をモジュレートするように変更されたＦｃ領域を含む。ある実施形態では、抗体分子は、ＦｃＲｎ受容体との会合をモジュレートするように変更されたＦｃ領域を含む。
ある実施形態では、抗体分子の定常領域が変更される。抗体定常領域を変更するための方法は、当技術分野において公知である。変更された機能、例えば、細胞上のＦｃＲ、または補体のＣ１成分などのエフェクターリガンドに対する変更された親和性を有する抗体分子は、抗体の定常部分中の少なくとも１個のアミノ酸残基を、異なる残基で置き換えることによって生成することができる（例えば、ＥＰ３８８，１５１Ａ１号、米国特許第５，６２４，８２１号および米国特許第５，６４８，２６０号を参照されたく、それらのすべての内容は、これにより参照により本明細書に組み込まれる）。ヒトＩｇＧ４中のＳ２２８Ｐ（ＥＵ命名法、Ｋａｂａｔ命名法においてＳ２４１Ｐ）などの抗体構造を安定化するアミノ酸突然変異も企図される。マウスまたは他の種の免疫グロブリンに適用されたら、これらの機能を低減または排除するであろう類似の種類の変更が記載され得る。
ある実施形態では、抗体分子は、Ｆｃ受容体、例えば、ＦｃγＲＩＩａ、ＦｃγＲＩＩ、Ｃ１ｑ、またはそれらの組合せとの最適な会合のため、例えば、オプソニン化貪食作用活性（ＯＰＡ）、補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）、またはその両方の増強のために操作される。理論に縛られることを望まないが、ある実施形態では、ＯＰＡは、抗体のＦｃ領域の、活性化受容体のＦｃγＲＩＩａおよび阻害性受容体のＦｃγＲＩＩｂとの会合によって媒介され得ると考えられる。ある実施形態では、例えば、ＦｃγＲＩＩａおよびＦｃγＲＩＩｂを有するＦｃの解明された結晶構造を使用して、ＦｃγＲＩＩｂに対してＦｃγＲＩＩａとの会合を選択的に増強する、Ｆｃ上の突然変異を特定することができる。１つまたは複数のＦｃ会合を増強する突然変異を保有する抗体分子またはＡＤＣは、ＯＰＡアッセイにおいて評価することができる。別の実施形態では、例えば、細菌上への補体沈着および細菌のＣＤＣ媒介殺滅を促進するために、Ｃ１ｑ複合体への結合の増加のためのＦｃ突然変異を特定することができる。１つまたは複数のＣ１ｑ親和性を増強する突然変異を保有する抗体分子またはＡＤＣは、ＣＤＣアッセイにおいて評価することができる。
ある実施形態では、抗体分子中のアミノ酸のみが、標準アミノ酸である。ある実施形態では、抗体分子は、天然に存在するアミノ酸、そのアナログ、誘導体および同類物、バリアント側鎖を有するアミノ酸アナログ、ならびに／または先述のいずれかのすべての立体異性体を含む。抗体分子は、アミノ酸のＤ－またはＬ－光学異性体、およびペプチド模倣物を含み得る。
本明細書に記載される抗体分子のポリペプチドは、直鎖状または分枝状であり得、それは、改変アミノ酸を含んでいてもよく、非アミノ酸によって中断されていてもよい。抗体分子はまた、例えば、ジスルフィド結合形成、グリコシル化、脂質化、アセチル化、リン酸化、または任意の他の操作、例えば、標識化成分とのコンジュゲーションによって改変されていてもよい。ポリペプチドは、天然起源から単離され得るか、組換え技法によって真核もしくは原核宿主から生成され得るか、または合成手順の生成物であり得る。
本明細書に記載される抗体分子は、非コンジュゲート化形態で単独で使用することができ、あるいは物質、例えば、毒素もしくは部分（例えば、治療薬（例えば、抗生物質）；放射線を放つ化合物；植物、真菌もしくは細菌起源の分子；または生物学的タンパク質（例えば、タンパク質毒素）もしくは粒子（例えば、ウイルスコートタンパク質を介した、例えば、組換えウイルス粒子）に結合させることができる。例えば、抗ＬＰＳ抗体は、α－、β－もしくはγ－放射体、またはβ－およびγ－放射体などの放射性同位元素とカップリングさせることができる。
抗体分子は、誘導体化することができ、または別の機能的分子（例えば、別のペプチドまたはタンパク質）に連結させることができる。本明細書で使用される場合、「誘導体化された」抗体分子は、改変されたものである。誘導体化の方法は、限定されるものではないが、蛍光部分、放射性ヌクレオチド、毒素、酵素、またはビオチンなどの親和性リガンドの付加を含む。したがって、抗体分子は、免疫接着分子を含む、本明細書に記載される抗体の誘導体化された形態、および他の改変された形態を含むことが意図される。例えば、抗体分子は、１つまたは複数の他の分子実体、例えば、別の抗体（例えば、二特異性抗体またはダイアボディ）、検出可能な薬剤、毒素、医薬品、および／または抗体もしくは抗体部分の別の分子（ストレプトアビジンのコア領域またはポリヒスチジンタグなど）との会合を媒介することができるタンパク質もしくはペプチドに機能的に連結され得る（化学的カップリング、遺伝子融合、非共有結合的会合、または他によって）。
一部の種類の誘導体化された抗体分子は、２つまたはそれよりも多くの抗体（同じ種類、または、例えば、二特異性抗体を作出するような異なる種類のもの）を架橋することによって生成される。適切な架橋剤としては、適当なスペーサーによって分離された２つの別個の反応性基を有する、ヘテロ二官能性であるもの（例えば、ｍ－マレイミドベンゾイル－Ｎ－ヒドロキシスクシンイミドエステル）、またはホモ二官能性であるもの（例えば、スベリン酸ジスクシンイミジル）が挙げられる。そのようなリンカーは、Ｐｉｅｒｃｅ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｃｏｍｐａｎｙ、Ｒｏｃｋｆｏｒｄ、Ｉｌｌから入手可能である。
抗ＬＰＳ抗体分子を誘導体化し得る（または標識化し得る）有用な検出可能な薬剤としては、蛍光化合物、さまざまな酵素、補欠分子族、発光材料、生物発光材料、蛍光を放つ金属原子、例えば、ユーロピウム（Ｅｕ）、および他のランタニド、ならびに放射性材料（下記に記載する）が挙げられる。例示的な蛍光検出可能な薬剤としては、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート、ローダミン、５－ジメチルアミン－１－ナフタレンスルホニルクロリド、フィコエリトリンなどが挙げられる。抗体はまた、検出可能な酵素、例えば、アルカリホスファターゼ、西洋ワサビペルオキシダーゼ、β－ガラクトシダーゼ、アセチルコリンエステラーゼ、グルコースオキシダーゼによって誘導体化されてもよい。抗体が検出可能な酵素で誘導体化される場合、これは、酵素が、検出可能な反応生成物を生成させるために使用する、追加の試薬を添加することによって検出される。例えば、検出可能な薬剤の西洋ワサビペルオキシダーゼが存在する場合、過酸化水素およびジアミノベンジジンの添加は、検出可能である着色した反応生成物をもたらす。抗体分子はまた、補欠分子族（例えば、ストレプトアビジン／ビオチンおよびアビジン／ビオチン）で誘導体化されてもよい。例えば、抗体は、ビオチンで誘導体化され、アビジンまたはストレプトアビジン結合の間接的測定により検出されてもよい。適切な蛍光材料の例としては、ウンベリフェロン、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート、ローダミン、ジクロロトリアジニルアミンフルオレセイン、ダンシルクロリド、またはフィコエリトリンが挙げられ、発光材料の例としては、ルミノールが挙げられ、生物発光材料の例としては、ルシフェラーゼ、ルシフェリン、およびエクオリンが挙げられる。
標識された抗体分子は、（ｉ）所定の抗原を、親和性クロマトグラフィーまたは免疫沈降などの標準的な技法によって単離するため、（ｉｉ）タンパク質の存在量および発現のパターンを評価するために、所定の抗原を検出するため（例えば、細胞溶解物または細胞上清中で）、（ｉｉｉ）組織中のタンパク質レベルを、例えば、所与の処置レジメンの有効性を決定するための臨床試験手順の一部としてモニターするためを含む、いくつかの文脈で、例えば、診断的におよび／または実験的に使用することができる。
抗体分子は、別の分子実体、典型的には、標識剤もしくは標識部分または治療剤もしくは治療部分（例えば、抗菌薬（例えば、抗菌性または殺菌性）、免疫調節性、免疫刺激性、細胞傷害性、または細胞増殖抑制性）とコンジュゲートされていてもよい。放射性同位元素は、診断的または治療的適用において使用することができる。抗体分子とカップリングされ得る放射性同位元素としては、限定されるものではないが、α－、β－もしくはγ－放射体、またはβ－およびγ－放射体が挙げられる。そのような放射性同位元素としては、限定されるものではないが、ヨウ素（１３１Ｉまたは１２５Ｉ）、イットリウム（９０Ｙ）、ルテチウム（１７７Ｌｕ）、アクチニウム（２２５Ａｃ）、プラセオジム、アスタチン（２１１Ａｔ）、レニウム（１８６Ｒｅ）、ビスマス（２１２Ｂｉまたは２１３Ｂｉ）、インジウム（１１１Ｉｎ）、テクネチウム（９９ｍＴｃ）、リン（３２Ｐ）、ロジウム（１８８Ｒｈ）、硫黄（３５Ｓ）、炭素（１４Ｃ）、トリチウム（３Ｈ）、クロム（５１Ｃｒ）、塩素（３６Ｃｌ）、コバルト（５７Ｃｏまたは５８Ｃｏ）、鉄（５９Ｆｅ）、セレン（７５Ｓｅ）、またはガリウム（６７Ｇａ）が挙げられる。治療剤として有用な放射性同位元素としては、イットリウム（９０Ｙ）、ルテチウム（１７７Ｌｕ）、アクチニウム（２２５Ａｃ）、プラセオジム、アスタチン（２１１Ａｔ）、レニウム（１８６Ｒｅ）、ビスマス（２１２Ｂｉまたは２１３Ｂｉ）、およびロジウム（１８８Ｒｈ）が挙げられる。例えば、診断法における使用のための標識として有用な放射性同位元素としては、ヨウ素（１３１Ｉまたは１２５Ｉ）、インジウム（１１１Ｉｎ）、テクネチウム（９９ｍＴｃ）、リン（３２Ｐ）、炭素（１４Ｃ）、およびトリチウム（３Ｈ）、または上記でリストされた治療用同位元素のうちの１種または複数が挙げられる。
本開示は、放射性標識された抗体分子、およびそれを標識化する方法を提供する。ある実施形態では、抗体分子を標識する方法が開示される。方法は、抗体分子をキレート化剤と接触させて、それによってコンジュゲート化抗体を生成することを含む。コンジュゲート化抗体は、放射性同位元素、例えば、１１１インジウム、９０イットリウム、および１７７ルテチウムで放射性標識して、それによって標識された抗体分子を生成する。
上記で議論されたように、抗体分子は、治療剤とコンジュゲートすることができる。治療的に活性の放射性同位元素は、既に述べた。他の治療剤の例としては、抗菌性（例えば、抗細菌性）の薬剤、例えば、抗菌ペプチドが挙げられる。ある実施形態では、抗菌ペプチドは、抗体分子、例えば、抗体分子の重鎖または軽鎖にカップリングされ（例えば、融合され）得る。ある実施形態では、抗菌ペプチドは、重鎖もしくは軽鎖のＮ末端、またはそれらの機能的断片にカップリングされる（例えば、融合される）。ある実施形態では、抗菌ペプチドは、重鎖もしくは軽鎖のＣ末端、またはそれらの機能的断片にカップリングされる（例えば、融合される）。ある実施形態では、抗菌ペプチドは、定常領域またはその一部分にカップリングされる（例えば、融合される）。ある実施形態では、重鎖もしくは軽鎖、またはその一部分、および抗菌ペプチドは、例えば、オープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）によってコードされる融合ポリペプチドを形成する。１つまたは複数の抗菌ペプチドが、抗体分子にカップリングされ（例えば、融合され）得る。ある実施形態では、抗菌ペプチドのうちの少なくとも２つが、同一または実質的に同一である。別の実施形態では、抗菌ペプチドのうちの少なくとも２つが、異なる。ある実施形態では、抗菌ペプチドのすべてが、同一または実質的に同一である。
一部の態様では、本開示は、本明細書に開示される抗体分子を作製する方法を提供する。方法は、抗原、例えば、細菌（例えば、グラム陰性細菌）またはＬＰＳを提供すること、抗原に特異的に結合する抗体分子を得ること、抗原および／または抗原を発現する生物、例えば、細菌（例えば、グラム陰性細菌）の活性をモジュレートする際の抗体分子の有効性を評価することを含む。方法は、その誘導体（例えば、ヒト化抗体分子）を含む抗体分子を、対象、例えば、ヒトに投与することをさらに含むことができる。
本開示は、上記の抗体分子をコードする単離された核酸分子、ベクター、およびその宿主細胞を提供する。核酸分子としては、限定されるものではないが、ＲＮＡ、ゲノムＤＮＡ、およびｃＤＮＡが挙げられる。
抗体分子の例示的な配列を、下記の表１～３に記載する。
表1. 例示的な抗体分子の重鎖可変領域(VH)、軽鎖可変領域(VL)、重鎖CDR(HCDR)および軽鎖CDR(LCDR)のアミノ酸配列。ChothiaシステムおよびKabatシステムに従って定義された重鎖および軽鎖CDRを示す。
Figure 2023521319000003
Figure 2023521319000004
 表2. 例示的な抗体分子の重鎖可変領域(VH)および軽鎖可変領域(VL)のヌクレオチド配列。
Figure 2023521319000005
Figure 2023521319000006
Figure 2023521319000007
 表3. 例示的なヒト化抗体分子の重鎖可変領域(VH)、軽鎖可変領域(VL)、重鎖CDR(HCDR)および軽鎖CDR(LCDR)のアミノ酸配列。ChothiaシステムおよびKabatシステムに従って定義された重鎖および軽鎖CDRを示す。
Figure 2023521319000008
Figure 2023521319000009
Figure 2023521319000010
ある実施形態では、抗体分子は、ＫａｂａｔまたはＣｈｏｔｈｉａのＣＤＲの定義を使用して、表１または３に記載される抗体分子（例えば、ｍＡｂ００１、Ａ００１－２５、ｈＷＮ０１、ｈＷＮｖ１、３Ｅ７、３Ｇ１、２Ｃ７、もしくは３Ｄ６、またはヒト化ｍＡｂ００１のいずれか）のＶＨ領域の１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。ある実施形態では、抗体分子は、ＫａｂａｔまたはＣｈｏｔｈｉａのＣＤＲの定義を使用して、表１または３に記載される抗体分子（例えば、ｍＡｂ００１、Ａ００１－２５、ｈＷＮ０１、ｈＷＮｖ１、３Ｅ７、３Ｇ１、２Ｃ７、もしくは３Ｄ６、またはヒト化ｍＡｂ００１のいずれか）のＶＬ領域の１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。ある実施形態では、抗体分子は、ＫａｂａｔまたはＣｈｏｔｈｉａのＣＤＲの定義を使用して、表１または３に記載される抗体分子（例えば、ｍＡｂ００１、Ａ００１－２５、ｈＷＮ０１、ｈＷＮｖ１、３Ｅ７、３Ｇ１、２Ｃ７、もしくは３Ｄ６、またはヒト化ｍＡｂ００１のいずれか）のＶＨ領域の１つもしくは複数（例えば、２つもしくは３つ）のＣＤＲ、および／またはＶＬ領域の１つもしくは複数（例えば、２つもしくは３つ）のＣＤＲを含む。
ある実施形態では、抗体分子は、表１または３に記載される１つ、２つまたは３つのＨＣＤＲを含む。ある実施形態では、抗体分子は、表１または３に記載される１つ、２つまたは３つのＬＣＤＲを含む。ある実施形態では、抗体分子は、表１または３に記載される、１つもしくは複数（例えば、２つもしくは３つ）のＨＣＤＲ、および／または１つもしくは複数（例えば、２つもしくは３つ）のＬＣＤＲを含む。
ある実施形態では、抗体分子は、表１または３に記載される抗体分子（例えば、ｍＡｂ００１、Ａ００１－２５、ｈＷＮ０１、ｈＷＮｖ１、３Ｅ７、３Ｇ１、２Ｃ７、もしくは３Ｄ６、またはヒト化ｍＡｂ００１のいずれか）のＶＨ領域の１つ、２つ、３つまたは４つのフレームワークを含む。ある実施形態では、抗体分子は、表１または３に記載される抗体分子（例えば、ｍＡｂ００１、Ａ００１－２５、ｈＷＮ０１、ｈＷＮｖ１、３Ｅ７、３Ｇ１、２Ｃ７、もしくは３Ｄ６、またはヒト化ｍＡｂ００１のいずれか）のＶＬ領域の１つ、２つ、３つまたは４つのフレームワークを含む。ある実施形態では、抗体分子は、表１または３に記載される抗体分子（例えば、ｍＡｂ００１、Ａ００１－２５、ｈＷＮ０１、ｈＷＮｖ１、３Ｅ７、３Ｇ１、２Ｃ７、もしくは３Ｄ６、またはヒト化ｍＡｂ００１のいずれか）のＶＨ領域の１つもしくは複数（例えば、２つ、３つもしくは４つ）のフレームワーク、および／またはＶＬ領域の１つもしくは複数（例えば、２つ、３つもしくは４つ）のフレームワークを含む。
ある実施形態では、抗体分子は、表１または３に記載される抗体分子（例えば、ｍＡｂ００１、Ａ００１－２５、ｈＷＮ０１、ｈＷＮｖ１、３Ｅ７、３Ｇ１、２Ｃ７、もしくは３Ｄ６、またはヒト化ｍＡｂ００１のいずれか）の重鎖可変領域を含む。ある実施形態では、抗体分子は、表１または３に記載される抗体分子（例えば、ｍＡｂ００１、Ａ００１－２５、ｈＷＮ０１、ｈＷＮｖ１、３Ｅ７、３Ｇ１、２Ｃ７、もしくは３Ｄ６、またはヒト化ｍＡｂ００１のいずれか）の軽鎖可変領域を含む。ある実施形態では、抗体分子は、表１または３に記載される抗体分子（例えば、ｍＡｂ００１、Ａ００１－２５、ｈＷＮ０１、ｈＷＮｖ１、３Ｅ７、３Ｇ１、２Ｃ７、もしくは３Ｄ６、またはヒト化ｍＡｂ００１のいずれか）の重鎖可変領域および軽鎖可変領域を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、表１または３に記載されるアミノ酸配列を有する重鎖可変領域を含む。ある実施形態では、抗体分子は、表１または３に記載されるアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域を含む。ある実施形態では、抗体分子は、表１または３に記載されるアミノ酸配列を有する重鎖可変領域、および表１または３に記載されるアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域を含む。ある実施形態では、本明細書に記載される抗体分子またはＡＤＣは、ＶＬの残基Ｒ１００ならびに／またはＶＨの残基Ｒ１０１および／またはＲ１０３の１つまたは複数（例えば、１、２または３つ）の保存的置換を含む。ある実施形態では、保存的置換の１つまたは複数は、アルギニン以外の正に荷電したアミノ酸（例えば、リシンまたはヒスチジン）への突然変異を含む。ある実施形態では、抗体分子またはＡＤＣは、ＶＬの残基Ｒ１００の保存的置換（例えば、アルギニン以外の正に荷電したアミノ酸、例えば、リシンまたはヒスチジンへの突然変異）を含む。ある実施形態では、抗体分子またはＡＤＣは、ＶＨの残基Ｒ１０１の保存的置換（例えば、アルギニン以外の正に荷電したアミノ酸、例えば、リシンまたはヒスチジンへの突然変異）を含む。ある実施形態では、抗体分子またはＡＤＣは、ＶＨの残基Ｒ１０３の保存的置換（例えば、アルギニン以外の正に荷電したアミノ酸、例えば、リシンまたはヒスチジンへの突然変異）を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、表２に記載されるヌクレオチド配列によってコードされる重鎖可変領域を含む。ある実施形態では、抗体分子は、表２に記載されるヌクレオチド配列によってコードされる軽鎖可変領域を含む。ある実施形態では、抗体分子は、表２に記載されるヌクレオチド配列によってコードされる重鎖可変領域、および表２に記載されるヌクレオチド配列によってコードされる軽鎖可変領域を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、重鎖定常領域をさらに含む。ある実施形態では、抗体分子は、軽鎖定常領域をさらに含む。ある実施形態では、抗体分子は、重鎖定常領域および軽鎖定常領域をさらに含む。ある実施形態では、抗体分子は、重鎖定常領域、軽鎖定常領域、ならびに表１または３に記載される抗体分子の重鎖および軽鎖可変領域を含む。ある実施形態では、抗体分子は、重鎖定常領域、軽鎖定常領域、および表１または３に記載される抗体分子の１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、または６つのＣＤＲを含む可変領域を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、ＬＰＳのコア五糖領域に結合する。ある実施形態では、コア五糖領域は、１個または複数（例えば、２個）のＫｄｏ残基、および１個または複数（例えば、２個または３個）のＨｅｐ残基を含む。ある実施形態では、抗体分子は、１個もしくは複数（例えば、２個）のＫｄｏ残基、または１個もしくは複数（例えば、２個もしくは３個）のＨｅｐ残基、またはそれらの任意の組合せに結合する。
ある実施形態では、ＡＤＣまたは抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）を含み、重鎖可変領域は、３つの重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）を含み、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０８）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、抗体ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０９）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、あるいは抗体ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０７）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０８）を含むＨＣＤＲ１、抗体ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０９）を含むＨＣＤＲ２、または抗体ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０７）を含むＨＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、抗体ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０８）を含むＨＣＤＲ１、抗体ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０９）を含むＨＣＤＲ２、および抗体ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０７）を含むＨＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、ＡＤＣまたは抗体分子は、軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、軽鎖可変領域は、３つの軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）を含み、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１０）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、抗体ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１１）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、あるいは抗体ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１２）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１０）を含むＬＣＤＲ１、抗体ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１１）を含むＬＣＤＲ２、または抗体ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１２）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、軽鎖可変領域は、抗体ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１０）を含むＬＣＤＲ１、抗体ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１１）を含むＬＣＤＲ２、および抗体ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１２）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、ＡＤＣまたは抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）および軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、重鎖可変領域は、３つの重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）を含み、軽鎖可変領域は、３つの軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）を含み、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０８）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、抗体ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０９）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、あるいは抗体ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０７）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含み、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１０）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、抗体ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１１）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、あるいは抗体ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１２）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０８）を含むＨＣＤＲ１、抗体ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０９）を含むＨＣＤＲ２、または抗体ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０７）を含むＨＣＤＲ３を含み、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１０）を含むＬＣＤＲ１、抗体ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１１）を含むＬＣＤＲ２、または抗体ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１２）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、抗体ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０８）を含むＨＣＤＲ１、抗体ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０９）を含むＨＣＤＲ２、および抗体ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０７）を含むＨＣＤＲ３を含み、軽鎖可変領域は、抗体ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１０）を含むＬＣＤＲ１、抗体ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１１）を含むＬＣＤＲ２、および抗体ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１２）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、ＡＤＣまたは抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）を含み、重鎖可変領域は、３つの重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）を含み、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０５）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、抗体ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０６）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、あるいは抗体ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０７）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０５）を含むＨＣＤＲ１、抗体ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０６）を含むＨＣＤＲ２、または抗体ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０７）を含むＨＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、抗体ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０５）を含むＨＣＤＲ１、抗体ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０６）を含むＨＣＤＲ２、および抗体ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０７）を含むＨＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、ＡＤＣまたは抗体分子は、軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、軽鎖可変領域は、３つの軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）を含み、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１０）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、抗体ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１１）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、あるいは抗体ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１２）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１０）を含むＬＣＤＲ１、抗体ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１１）を含むＬＣＤＲ２、または抗体ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１２）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、軽鎖可変領域は、抗体ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１０）を含むＬＣＤＲ１、抗体ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１１）を含むＬＣＤＲ２、および抗体ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１２）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、ＡＤＣまたは抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）および軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、重鎖可変領域は、３つの重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）を含み、軽鎖可変領域は、３つの軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）を含み、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０５）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、抗体ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０６）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、あるいは抗体ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０７）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含み、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１０）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、抗体ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１１）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、あるいは抗体ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１２）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０５）を含むＨＣＤＲ１、抗体ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０６）を含むＨＣＤＲ２、または抗体ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０７）を含むＨＣＤＲ３を含み、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１０）を含むＬＣＤＲ１、抗体ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１１）を含むＬＣＤＲ２、または抗体ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１２）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、抗体ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０５）を含むＨＣＤＲ１、抗体ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０６）を含むＨＣＤＲ２、および抗体ｍＡｂ００１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号１０７）を含むＨＣＤＲ３を含み、軽鎖可変領域は、抗体ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１０）を含むＬＣＤＲ１、抗体ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１１）を含むＬＣＤＲ２、および抗体ｍＡｂ００１のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１２）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、ＡＤＣまたは抗体分子は、１つまたは複数のヒトのまたはヒトに由来する重鎖または軽鎖可変領域のフレームワークをさらに含む。
ある実施形態では、ＡＤＣまたは抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）を含み、重鎖可変領域は、抗体ｍＡｂ００１のＶＨのアミノ酸配列（例えば、配列番号１０３）から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含む。ある実施形態では、重鎖可変領域は、抗体ｍＡｂ００１のＶＨのアミノ酸配列（例えば、配列番号１０３）を含む。
ある実施形態では、ＡＤＣまたは抗体分子は、軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、軽鎖可変領域は、抗体ｍＡｂ００１のＶＬのアミノ酸配列（例えば、配列番号１０４）から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含む。ある実施形態では、軽鎖可変領域は、抗体ｍＡｂ００１のＶＬのアミノ酸配列（例えば、配列番号１０４）を含む。
ある実施形態では、ＡＤＣまたは抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）および軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、重鎖可変領域は、抗体ｍＡｂ００１のＶＨのアミノ酸配列（例えば、配列番号１０３）から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含み、軽鎖可変領域は、抗体ｍＡｂ００１のＶＬのアミノ酸配列（例えば、配列番号１０４）から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、抗体ｍＡｂ００１のＶＨのアミノ酸配列（例えば、配列番号１０３）を含み、軽鎖可変領域は、抗体ｍＡｂ００１のＶＬのアミノ酸配列（例えば、配列番号１０４）を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、表２からのヌクレオチド配列（例えば、配列番号１１３）によってコードされるアミノ酸配列を含む。ある実施形態では、軽鎖可変領域は、表２からのヌクレオチド配列（例えば、配列番号１１４）によってコードされるアミノ酸配列を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）を含み、重鎖可変領域は、３つの重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）を含み、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体Ａ００１－２５のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１７）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、抗体Ａ００１－２５のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号１８）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、あるいは抗体Ａ００１－２５のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号１６）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体Ａ００１－２５のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１７）を含むＨＣＤＲ１、抗体Ａ００１－２５のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号１８）を含むＨＣＤＲ２、または抗体Ａ００１－２５のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号１６）を含むＨＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、抗体Ａ００１－２５のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１７）を含むＨＣＤＲ１、抗体Ａ００１－２５のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号１８）を含むＨＣＤＲ２、および抗体Ａ００１－２５のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号１６）を含むＨＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、軽鎖可変領域は、３つの軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）を含み、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体Ａ００１－２５のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号４９）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、抗体Ａ００１－２５のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号５０）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、あるいは抗体Ａ００１－２５のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号５１）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体Ａ００１－２５のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号４９）を含むＬＣＤＲ１、抗体Ａ００１－２５のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号５０）を含むＬＣＤＲ２、または抗体Ａ００１－２５のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号５１）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、軽鎖可変領域は、抗体Ａ００１－２５のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号４９）を含むＬＣＤＲ１、抗体Ａ００１－２５のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号５０）を含むＬＣＤＲ２、および抗体Ａ００１－２５のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号５１）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）および軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、重鎖可変領域は、３つの重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）を含み、軽鎖可変領域は、３つの軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）を含み、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体Ａ００１－２５のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１７）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、抗体Ａ００１－２５のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号１８）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、あるいは抗体Ａ００１－２５のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号１６）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含み、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体Ａ００１－２５のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号４９）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、抗体Ａ００１－２５のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号５０）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、あるいは抗体Ａ００１－２５のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号５１）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体Ａ００１－２５のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１７）を含むＨＣＤＲ１、抗体Ａ００１－２５のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号１８）を含むＨＣＤＲ２、または抗体Ａ００１－２５のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号１６）を含むＨＣＤＲ３を含み、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体Ａ００１－２５のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号４９）を含むＬＣＤＲ１、抗体Ａ００１－２５のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号５０）を含むＬＣＤＲ２、または抗体Ａ００１－２５のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号５１）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、抗体Ａ００１－２５のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１７）を含むＨＣＤＲ１、抗体Ａ００１－２５のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号１８）を含むＨＣＤＲ２、および抗体Ａ００１－２５のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号１６）を含むＨＣＤＲ３を含み、軽鎖可変領域は、抗体Ａ００１－２５のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号４９）を含むＬＣＤＲ１、抗体Ａ００１－２５のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号５０）を含むＬＣＤＲ２、および抗体Ａ００１－２５のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号５１）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）を含み、重鎖可変領域は、３つの重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）を含み、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体Ａ００１－２５のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１４）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、抗体Ａ００１－２５のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号１５）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、あるいは抗体Ａ００１－２５のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１６）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体Ａ００１－２５のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１４）を含むＨＣＤＲ１、抗体Ａ００１－２５のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号１５）を含むＨＣＤＲ２、または抗体Ａ００１－２５のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号１６）を含むＨＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、抗体Ａ００１－２５のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１４）を含むＨＣＤＲ１、抗体Ａ００１－２５のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号１５）を含むＨＣＤＲ２、および抗体Ａ００１－２５のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号１６）を含むＨＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、軽鎖可変領域は、３つの軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）を含み、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体Ａ００１－２５のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号４９）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、抗体Ａ００１－２５のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号５０）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、あるいは抗体Ａ００１－２５のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号５１）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体Ａ００１－２５のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号４９）を含むＬＣＤＲ１、抗体Ａ００１－２５のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号５０）を含むＬＣＤＲ２、または抗体Ａ００１－２５のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号５１）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、軽鎖可変領域は、抗体Ａ００１－２５のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号４９）を含むＬＣＤＲ１、抗体Ａ００１－２５のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号５０）を含むＬＣＤＲ２、および抗体Ａ００１－２５のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号５１）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）および軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、重鎖可変領域は、３つの重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）を含み、軽鎖可変領域は、３つの軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）を含み、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体Ａ００１－２５のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１４）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、抗体Ａ００１－２５のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号１５）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、あるいは抗体Ａ００１－２５のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号１６）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含み、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体Ａ００１－２５のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号４９）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、抗体Ａ００１－２５のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号５０）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、あるいは抗体Ａ００１－２５のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号５１）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体Ａ００１－２５のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１４）を含むＨＣＤＲ１、抗体Ａ００１－２５のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号１５）を含むＨＣＤＲ２、または抗体Ａ００１－２５のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号１６）を含むＨＣＤＲ３を含み、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体Ａ００１－２５のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号４９）を含むＬＣＤＲ１、抗体Ａ００１－２５のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号５０）を含むＬＣＤＲ２、または抗体Ａ００１－２５のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号５１）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、抗体Ａ００１－２５のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１４）を含むＨＣＤＲ１、抗体Ａ００１－２５のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号１５）を含むＨＣＤＲ２、および抗体Ａ００１－２５のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号１６）を含むＨＣＤＲ３を含み、軽鎖可変領域は、抗体Ａ００１－２５のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号４９）を含むＬＣＤＲ１、抗体Ａ００１－２５のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号５０）を含むＬＣＤＲ２、および抗体Ａ００１－２５のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号５１）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、１つまたは複数のヒトのまたはヒトに由来する重鎖または軽鎖可変領域のフレームワークをさらに含む。
ある実施形態では、抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）を含み、重鎖可変領域は、抗体Ａ００１－２５のＶＨのアミノ酸配列（例えば、配列番号１）から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含む。ある実施形態では、重鎖可変領域は、抗体Ａ００１－２５のＶＨのアミノ酸配列（例えば、配列番号１）を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、軽鎖可変領域は、抗体Ａ００１－２５のＶＬのアミノ酸配列（例えば、配列番号８）から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含む。ある実施形態では、軽鎖可変領域は、抗体Ａ００１－２５のＶＬのアミノ酸配列（例えば、配列番号８）を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）および軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、重鎖可変領域は、抗体Ａ００１－２５のＶＨのアミノ酸配列（例えば、配列番号１）から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含み、軽鎖可変領域は、抗体Ａ００１－２５のＶＬのアミノ酸配列（例えば、配列番号８）から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、抗体Ａ００１－２５のＶＨのアミノ酸配列（例えば、配列番号１）を含み、軽鎖可変領域は、抗体Ａ００１－２５のＶＬのアミノ酸配列（例えば、配列番号８）を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、表２からのヌクレオチド配列（例えば、配列番号８１）によってコードされるアミノ酸配列を含む。ある実施形態では、軽鎖可変領域は、表２からのヌクレオチド配列（例えば、配列番号８８）によってコードされるアミノ酸配列を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）を含み、重鎖可変領域は、３つの重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）を含み、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｈＷＮ０１のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号２２）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、抗体ｈＷＮ０１のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号２３）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、あるいは抗体ｈＷＮ０１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号２１）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｈＷＮ０１のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号２２）を含むＨＣＤＲ１、抗体ｈＷＮ０１のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号２３）を含むＨＣＤＲ２、または抗体ｈＷＮ０１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号２１）を含むＨＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、抗体ｈＷＮ０１のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号２２）を含むＨＣＤＲ１、抗体ｈＷＮ０１のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号２３）を含むＨＣＤＲ２、および抗体ｈＷＮ０１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号２１）を含むＨＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、軽鎖可変領域は、３つの軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）を含み、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｈＷＮ０１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号５２）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、抗体ｈＷＮ０１のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号５３）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、あるいは抗体ｈＷＮ０１のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号５４）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｈＷＮ０１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号５２）を含むＬＣＤＲ１、抗体ｈＷＮ０１のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号５３）を含むＬＣＤＲ２、または抗体ｈＷＮ０１のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号５４）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、軽鎖可変領域は、抗体ｈＷＮ０１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号５２）を含むＬＣＤＲ１、抗体ｈＷＮ０１のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号５３）を含むＬＣＤＲ２、および抗体ｈＷＮ０１のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号５４）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）および軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、重鎖可変領域は、３つの重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）を含み、軽鎖可変領域は、３つの軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）を含み、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｈＷＮ０１のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号２２）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、抗体ｈＷＮ０１のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号２３）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、あるいは抗体ｈＷＮ０１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号２１）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含み、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｈＷＮ０１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号５２）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、抗体ｈＷＮ０１のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号５３）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、あるいは抗体ｈＷＮ０１のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号５４）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｈＷＮ０１のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号２２）を含むＨＣＤＲ１、抗体ｈＷＮ０１のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号２３）を含むＨＣＤＲ２、または抗体ｈＷＮ０１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号２１）を含むＨＣＤＲ３を含み、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｈＷＮ０１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号５２）を含むＬＣＤＲ１、抗体ｈＷＮ０１のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号５３）を含むＬＣＤＲ２、または抗体ｈＷＮ０１のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号５４）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、抗体ｈＷＮ０１のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号２２）を含むＨＣＤＲ１、抗体ｈＷＮ０１のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号２３）を含むＨＣＤＲ２、および抗体ｈＷＮ０１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号２１）を含むＨＣＤＲ３を含み、軽鎖可変領域は、抗体ｈＷＮ０１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号５２）を含むＬＣＤＲ１、抗体ｈＷＮ０１のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号５３）を含むＬＣＤＲ２、および抗体ｈＷＮ０１のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号５４）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）を含み、重鎖可変領域は、３つの重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）を含み、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｈＷＮ０１のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１９）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、抗体ｈＷＮ０１のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号２０）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、あるいは抗体ｈＷＮ０１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号２１）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｈＷＮ０１のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１９）を含むＨＣＤＲ１、抗体ｈＷＮ０１のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号２０）を含むＨＣＤＲ２、または抗体ｈＷＮ０１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号２１）を含むＨＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、抗体ｈＷＮ０１のｈＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１９）を含むＨＣＤＲ１、抗体ｈＷＮ０１のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号２０）を含むＨＣＤＲ２、および抗体ｈＷＮ０１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号２１）を含むＨＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、軽鎖可変領域は、３つの軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）を含み、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｈＷＮ０１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号５２）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、抗体ｈＷＮ０１のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号５３）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、あるいは抗体ｈＷＮ０１のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号５４）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｈＷＮ０１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号５２）を含むＬＣＤＲ１、抗体ｈＷＮ０１のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号５３）を含むＬＣＤＲ２、または抗体ｈＷＮ０１のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号５４）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、軽鎖可変領域は、抗体ｈＷＮ０１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号５２）を含むＬＣＤＲ１、抗体ｈＷＮ０１のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号５３）を含むＬＣＤＲ２、および抗体ｈＷＮ０１のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号５４）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）および軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、重鎖可変領域は、３つの重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）を含み、軽鎖可変領域は、３つの軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）を含み、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｈＷＮ０１のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１９）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、抗体ｈＷＮ０１のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号２０）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、あるいは抗体ｈＷＮ０１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号２１）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含み、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｈＷＮ０１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号５２）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、抗体ｈＷＮ０１のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号５３）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、あるいは抗体ｈＷＮ０１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号５４）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｈＷＮ０１のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１９）を含むＨＣＤＲ１、抗体ｈＷＮ０１のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号２０）を含むＨＣＤＲ２、または抗体ｈＷＮ０１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号２１）を含むＨＣＤＲ３を含み、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｈＷＮ０１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号５２）を含むＬＣＤＲ１、抗体ｈＷＮ０１のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号５３）を含むＬＣＤＲ２、または抗体ｈＷＮ０１のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号５４）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、配列番号１９のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、配列番号２０のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、および配列番号２１のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含み、軽鎖可変領域は、配列番号５２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、配列番号５３のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、および配列番号５４のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、１つまたは複数のヒトのまたはヒトに由来する重鎖または軽鎖可変領域のフレームワークをさらに含む。
ある実施形態では、抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）を含み、重鎖可変領域は、抗体ｈＷＮ０１のＶＨのアミノ酸配列（例えば、配列番号２）から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含む。ある実施形態では、重鎖可変領域は、抗体ｈＷＮ０１のＶＨのアミノ酸配列（例えば、配列番号２）を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、軽鎖可変領域は、抗体ｈＷＮ０１のＶＬのアミノ酸配列（例えば、配列番号９）から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含む。ある実施形態では、軽鎖可変領域は、抗体ｈＷＮ０１のＶＬのアミノ酸配列（例えば、配列番号９）を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）および軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、重鎖可変領域は、抗体ｈＷＮ０１のＶＨのアミノ酸配列（例えば、配列番号２）から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含み、軽鎖可変領域は、抗体ｈＷＮ０１のＶＬのアミノ酸配列（例えば、配列番号９）から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含む。ある実施形態では、重鎖可変領域は、抗体ｈＷＮ０１のＶＨのアミノ酸配列（例えば、配列番号２）を含み、軽鎖可変領域は、抗体ｈＷＮ０１のＶＬのアミノ酸配列（例えば、配列番号９）を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、表２からのヌクレオチド配列（例えば、配列番号８２）によってコードされるアミノ酸配列を含む。ある実施形態では、軽鎖可変領域は、表２からのヌクレオチド配列（例えば、配列番号８９）によってコードされるアミノ酸配列を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）を含み、重鎖可変領域は、３つの重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）を含み、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｈＷＮｖ１のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号２７）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、抗体ｈＷＮｖ１のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号２８）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、あるいは抗体ｈＷＮｖ１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号２１）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｈＷＮｖ１のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号２７）を含むＨＣＤＲ１、抗体ｈＷＮｖ１のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号２８）を含むＨＣＤＲ２、または抗体ｈＷＮｖ１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号２１）を含むＨＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、抗体ｈＷＮｖ１のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号２７）を含むＨＣＤＲ１、抗体ｈＷＮｖ１のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号２８）を含むＨＣＤＲ２、および抗体ｈＷＮｖ１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号２１）を含むＨＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、軽鎖可変領域は、３つの軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）を含み、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｈＷＮｖ１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号５２）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、抗体ｈＷＮｖ１のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号５３）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、あるいは抗体ｈＷＮｖ１のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号５４）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｈＷＮｖ１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号５２）を含むＬＣＤＲ１、抗体ｈＷＮｖ１のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号５３）を含むＬＣＤＲ２、または抗体ｈＷＮｖ１のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号５４）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、軽鎖可変領域は、抗体ｈＷＮｖ１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号５２）を含むＬＣＤＲ１、抗体ｈＷＮｖ１のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号５３）を含むＬＣＤＲ２、および抗体ｈＷＮｖ１のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号５４）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）および軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、重鎖可変領域は、３つの重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）を含み、軽鎖可変領域は、３つの軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）を含み、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｈＷＮｖ１のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号２７）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、抗体ｈＷＮｖ１のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号２８）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、あるいは抗体ｈＷＮｖ１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号２１）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含み、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｈＷＮｖ１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号５２）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、抗体ｈＷＮｖ１のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号５３）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、あるいは抗体ｈＷＮｖ１のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号５４）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｈＷＮｖ１のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号２７）を含むＨＣＤＲ１、抗体ｈＷＮｖ１のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号２８）を含むＨＣＤＲ２、または抗体ｈＷＮｖ１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号２１）を含むＨＣＤＲ３を含み、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｈＷＮｖ１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号５２）を含むＬＣＤＲ１、抗体ｈＷＮｖ１のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号５３）を含むＬＣＤＲ２、または抗体ｈＷＮｖ１のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号５４）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、抗体ｈＷＮｖ１のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号２７）を含むＨＣＤＲ１、抗体ｈＷＮｖ１のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号２８）を含むＨＣＤＲ２、および抗体ｈＷＮｖ１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号２１）を含むＨＣＤＲ３を含み、軽鎖可変領域は、抗体ｈＷＮｖ１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号５２）を含むＬＣＤＲ１、抗体ｈＷＮｖ１のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号５３）を含むＬＣＤＲ２、および抗体ｈＷＮｖ１のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号５４）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）を含み、重鎖可変領域は、３つの重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）を含み、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｈＷＮｖ１のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１９）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、抗体ｈＷＮｖ１のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号２５）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、あるいは抗体ｈＷＮｖ１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号２１）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｈＷＮｖ１のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１９）を含むＨＣＤＲ１、抗体ｈＷＮｖ１のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号２５）を含むＨＣＤＲ２、または抗体ｈＷＮｖ１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号２１）を含むＨＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、抗体ｈＷＮｖ１のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１９）を含むＨＣＤＲ１、抗体ｈＷＮｖ１のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号２５）を含むＨＣＤＲ２、および抗体ｈＷＮｖ１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号２１）を含むＨＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、軽鎖可変領域は、３つの軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）を含み、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｈＷＮｖ１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号５２）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、抗体ｈＷＮｖ１のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号５３）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、あるいは抗体ｈＷＮｖ１のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号５４）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｈＷＮｖ１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号５２）を含むＬＣＤＲ１、抗体ｈＷＮｖ１のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号５３）を含むＬＣＤＲ２、または抗体ｈＷＮ０１のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号５４）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、軽鎖可変領域は、抗体ｈＷＮ０１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号５２）を含むＬＣＤＲ１、抗体ｈＷＮ０１のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号５３）を含むＬＣＤＲ２、および抗体ｈＷＮ０１のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号５４）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）および軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、重鎖可変領域は、３つの重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）を含み、軽鎖可変領域は、３つの軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）を含み、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｈＷＮｖ１のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１９）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、抗体ｈＷＮｖ１のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号２５）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、あるいは抗体ｈＷＮｖ１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号２１）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含み、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｈＷＮｖ１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号５２）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、抗体ｈＷＮｖ１のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号５３）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、あるいは抗体ｈＷＮｖ１のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号５４）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｈＷＮｖ１のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１９）を含むＨＣＤＲ１、抗体ｈＷＮｖ１のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号２５）を含むＨＣＤＲ２、または抗体ｈＷＮｖ１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号２１）を含むＨＣＤＲ３を含み、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体ｈＷＮｖ１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号５２）を含むＬＣＤＲ１、抗体ｈＷＮｖ１のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号５３）を含むＬＣＤＲ２、または抗体ｈＷＮｖ１のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号５４）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、抗体ｈＷＮｖ１のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号１９）を含むＨＣＤＲ１、抗体ｈＷＮｖ１のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号２５）を含むＨＣＤＲ２、および抗体ｈＷＮｖ１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号２１）を含むＨＣＤＲ３を含み、軽鎖可変領域は、抗体ｈＷＮｖ１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号５２）を含むＬＣＤＲ１、抗体ｈＷＮｖ１のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号５３）を含むＬＣＤＲ２、および抗体ｈＷＮｖ１のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号５４）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、１つまたは複数のヒトのまたはヒトに由来する重鎖または軽鎖可変領域のフレームワークをさらに含む。
ある実施形態では、抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）を含み、重鎖可変領域は、ｈＷＮｖ１のＶＨのアミノ酸配列（例えば、配列番号３）から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含む。ある実施形態では、重鎖可変領域は、ｈＷＮｖ１のＶＨのアミノ酸配列（例えば、配列番号３）を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、軽鎖可変領域は、ｈＷＮｖ１のＶＬのアミノ酸配列（例えば、配列番号９）から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含む。ある実施形態では、軽鎖可変領域は、ｈＷＮｖ１のＶＬのアミノ酸配列（例えば、配列番号９）を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）および軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、重鎖可変領域は、ｈＷＮｖ１のＶＨのアミノ酸配列（例えば、配列番号３）から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含み、軽鎖可変領域は、ｈＷＮｖ１のＶＬのアミノ酸配列（例えば、配列番号９）から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、ｈＷＮｖ１のＶＨのアミノ酸配列（例えば、配列番号３）を含み、軽鎖可変領域は、ｈＷＮｖ１のＶＬのアミノ酸配列（例えば、配列番号９）を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、表２からのヌクレオチド配列（例えば、配列番号８３）によってコードされるアミノ酸配列を含む。ある実施形態では、軽鎖可変領域は、表２からのヌクレオチド配列（例えば、配列番号８９）によってコードされるアミノ酸配列を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）を含み、重鎖可変領域は、３つの重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）を含み、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体３Ｅ７のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号３２）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、抗体３Ｅ７のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号３３）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、あるいは抗体３Ｅ７のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号３１）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体３Ｅ７のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号３２）を含むＨＣＤＲ１、抗体３Ｅ７のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号３３）を含むＨＣＤＲ２、または抗体３Ｅ７のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号３１）を含むＨＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、抗体３Ｅ７のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号３２）を含むＨＣＤＲ１、抗体３Ｅ７のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号３３）を含むＨＣＤＲ２、および抗体３Ｅ７のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号３１）を含むＨＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、軽鎖可変領域は、３つの軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）を含み、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体３Ｅ７のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号５５）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、抗体３Ｅ７のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号５６）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、あるいは抗体３Ｅ７のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号５７）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体３Ｅ７のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号５５）を含むＬＣＤＲ１、抗体３Ｅ７のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号５６）を含むＬＣＤＲ２、または抗体３Ｅ７のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号５７）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、軽鎖可変領域は、抗体３Ｅ７のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号５５）を含むＬＣＤＲ１、抗体３Ｅ７のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号５６）を含むＬＣＤＲ２、および抗体３Ｅ７のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号５７）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）および軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、重鎖可変領域は、３つの重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）を含み、軽鎖可変領域は、３つの軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）を含み、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体３Ｅ７のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号３２）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、抗体３Ｅ７のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号３３）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、あるいは抗体３Ｅ７のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号３１）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含み、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体３Ｅ７のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号５５）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、抗体３Ｅ７のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号５６）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、あるいは抗体３Ｅ７のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号５７）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体３Ｅ７のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号３２）を含むＨＣＤＲ１、抗体３Ｅ７のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号３３）を含むＨＣＤＲ２、または抗体３Ｅ７のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号３１）を含むＨＣＤＲ３を含み、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体３Ｅ７のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号５５）を含むＬＣＤＲ１、抗体３Ｅ７のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号５６）を含むＬＣＤＲ２、または抗体３Ｅ７のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号５７）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、抗体３Ｅ７のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号３２）を含むＨＣＤＲ１、抗体３Ｅ７のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号３３）を含むＨＣＤＲ２、および抗体３Ｅ７のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号３１）を含むＨＣＤＲ３を含み、軽鎖可変領域は、抗体３Ｅ７のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号５５）を含むＬＣＤＲ１、抗体３Ｅ７のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号５６）を含むＬＣＤＲ２、および抗体３Ｅ７のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号５７）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）を含み、重鎖可変領域は、３つの重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）を含み、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体３Ｅ７のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号２９）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、抗体３Ｅ７のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号３０）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、あるいは抗体３Ｅ７のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号３１）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体３Ｅ７のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号２９）を含むＨＣＤＲ１、抗体３Ｅ７のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号３０）を含むＨＣＤＲ２、または抗体３Ｅ７のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号３１）を含むＨＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、抗体３Ｅ７のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号２９）を含むＨＣＤＲ１、抗体３Ｅ７のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号３０）を含むＨＣＤＲ２、および抗体３Ｅ７のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号３１）を含むＨＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、軽鎖可変領域は、３つの軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）を含み、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体３Ｅ７のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号５５）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、抗体３Ｅ７のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号５６）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、あるいは抗体３Ｅ７のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号５７）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体３Ｅ７のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号５５）を含むＬＣＤＲ１、抗体３Ｅ７のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号５６）を含むＬＣＤＲ２、または抗体３Ｅ７のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号５７）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、軽鎖可変領域は、抗体３Ｅ７のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号５５）を含むＬＣＤＲ１、抗体３Ｅ７のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号５６）を含むＬＣＤＲ２、および抗体３Ｅ７のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号５７）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）および軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、重鎖可変領域は、３つの重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）を含み、軽鎖可変領域は、３つの軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）を含み、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体３Ｅ７のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号２９）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、抗体３Ｅ７のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号３０）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、あるいは抗体３Ｅ７のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号３１）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含み、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体３Ｅ７のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号５５）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、抗体３Ｅ７のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号５６）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、あるいは抗体３Ｅ７のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号５７）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体３Ｅ７のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号２９）を含むＨＣＤＲ１、抗体３Ｅ７のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号３０）を含むＨＣＤＲ２、または抗体３Ｅ７のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号３１）を含むＨＣＤＲ３を含み、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体３Ｅ７のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号５５）を含むＬＣＤＲ１、抗体３Ｅ７のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号５６）を含むＬＣＤＲ２、または抗体３Ｅ７のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号５７）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、抗体３Ｅ７のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号２９）を含むＨＣＤＲ１、抗体３Ｅ７のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号３０）を含むＨＣＤＲ２、および抗体３Ｅ７のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号３１）を含むＨＣＤＲ３を含み、軽鎖可変領域は、抗体３Ｅ７のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号５５）を含むＬＣＤＲ１、抗体３Ｅ７のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号５６）を含むＬＣＤＲ２、および抗体３Ｅ７のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号５７）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、１つまたは複数のヒトのまたはヒトに由来する重鎖または軽鎖可変領域のフレームワークをさらに含む。
ある実施形態では、抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）を含み、重鎖可変領域は、３Ｅ７のＶＨのアミノ酸配列（例えば、配列番号４）から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含む。ある実施形態では、重鎖可変領域は、３Ｅ７のＶＨのアミノ酸配列（例えば、配列番号４）を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、軽鎖可変領域は、３Ｅ７のＶＬのアミノ酸配列（例えば、配列番号１０）から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含む。ある実施形態では、軽鎖可変領域は、３Ｅ７のＶＬのアミノ酸配列（例えば、配列番号１０）を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）および軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、重鎖可変領域は、３Ｅ７のＶＨのアミノ酸配列（例えば、配列番号４）から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含み、軽鎖可変領域は、３Ｅ７のＶＬのアミノ酸配列（例えば、配列番号１０）から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、３Ｅ７のＶＨのアミノ酸配列（例えば、配列番号４）を含み、軽鎖可変領域は、３Ｅ７のＶＬのアミノ酸配列（例えば、配列番号１０）を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、表２からのヌクレオチド配列（例えば、配列番号８４）によってコードされるアミノ酸配列を含む。ある実施形態では、軽鎖可変領域は、表２からのヌクレオチド配列（例えば、配列番号９０）によってコードされるアミノ酸配列を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）を含み、重鎖可変領域は、３つの重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）を含み、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体３Ｇ１のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号３７）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、抗体３Ｇ１のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号３８）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、あるいは抗体３Ｇ１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号３６）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体３Ｇ１のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号３７）を含むＨＣＤＲ１、抗体３Ｇ１のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号３８）を含むＨＣＤＲ２、または抗体３Ｇ１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号３６）を含むＨＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、抗体３Ｇ１のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号３７）を含むＨＣＤＲ１、抗体３Ｇ１のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号３８）を含むＨＣＤＲ２、および抗体３Ｇ１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号３６）を含むＨＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、軽鎖可変領域は、３つの軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）を含み、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体３Ｇ１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号５８）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、抗体３Ｇ１のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号５９）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、あるいは抗体３Ｇ１のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号６０）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体３Ｇ１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号５８）を含むＬＣＤＲ１、抗体３Ｇ１のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号５９）を含むＬＣＤＲ２、または抗体３Ｇ１のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号６０）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、軽鎖可変領域は、抗体３Ｇ１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号５８）を含むＬＣＤＲ１、抗体３Ｇ１のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号５９）を含むＬＣＤＲ２、および抗体３Ｇ１のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号６０）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）および軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、重鎖可変領域は、３つの重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）を含み、軽鎖可変領域は、３つの軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）を含み、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体３Ｇ１のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号３７）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、抗体３Ｇ１のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号３８）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、あるいは抗体３Ｇ１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号３６）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含み、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体３Ｇ１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号５８）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、抗体３Ｇ１のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号５９）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、あるいは抗体３Ｇ１のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号６０）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体３Ｇ１のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号３７）を含むＨＣＤＲ１、抗体３Ｇ１のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号３８）を含むＨＣＤＲ２、または抗体３Ｇ１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号３６）を含むＨＣＤＲ３を含み、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体３Ｇ１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号５８）を含むＬＣＤＲ１、抗体３Ｇ１のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号５９）を含むＬＣＤＲ２、または抗体３Ｇ１のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号６０）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、抗体３Ｇ１のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号３７）を含むＨＣＤＲ１、抗体３Ｇ１のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号３８）を含むＨＣＤＲ２、および抗体３Ｇ１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号３６）を含むＨＣＤＲ３を含み、軽鎖可変領域は、抗体３Ｇ１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号５８）を含むＬＣＤＲ１、抗体３Ｇ１のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号５９）を含むＬＣＤＲ２、および抗体３Ｇ１のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号６０）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）を含み、重鎖可変領域は、３つの重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）を含み、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体３Ｇ１のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号３４）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、抗体３Ｇ１のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号３５）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、あるいは抗体３Ｇ１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号３６）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体３Ｇ１のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号３４）を含むＨＣＤＲ１、抗体３Ｇ１のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号３５）を含むＨＣＤＲ２、または抗体３Ｇ１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号３６）を含むＨＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、抗体３Ｇ１のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号３４）を含むＨＣＤＲ１、抗体３Ｇ１のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号３５）を含むＨＣＤＲ２、および抗体３Ｇ１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号３６）を含むＨＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、軽鎖可変領域は、３つの軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）を含み、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体３Ｇ１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号５８）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、抗体３Ｇ１のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号５９）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、あるいは抗体３Ｇ１のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号６０）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体３Ｇ１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号５８）を含むＬＣＤＲ１、抗体３Ｇ１のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号５９）を含むＬＣＤＲ２、または抗体３Ｇ１のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号６０）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、軽鎖可変領域は、抗体３Ｇ１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号５８）を含むＬＣＤＲ１、抗体３Ｇ１のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号５９）を含むＬＣＤＲ２、および抗体３Ｇ１のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号６０）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）および軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、重鎖可変領域は、３つの重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）を含み、軽鎖可変領域は、３つの軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）を含み、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体３Ｇ１のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号３４）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、抗体３Ｇ１のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号３５）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、あるいは抗体３Ｇ１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号３６）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含み、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体３Ｇ１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号５８）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、抗体３Ｇ１のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号５９）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、あるいは抗体３Ｇ１のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号６０）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体３Ｇ１のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号３４）を含むＨＣＤＲ１、抗体３Ｇ１のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号３５）を含むＨＣＤＲ２、または抗体３Ｇ１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号３６）を含むＨＣＤＲ３を含み、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体３Ｇ１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号５８）を含むＬＣＤＲ１、抗体３Ｇ１のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号５９）を含むＬＣＤＲ２、または抗体３Ｇ１のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号６０）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、抗体３Ｇ１のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号３４）を含むＨＣＤＲ１、抗体３Ｇ１のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号３５）を含むＨＣＤＲ２、および抗体３Ｇ１のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号３６）を含むＨＣＤＲ３を含み、軽鎖可変領域は、抗体３Ｇ１のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号５８）を含むＬＣＤＲ１、抗体３Ｇ１のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号５９）を含むＬＣＤＲ２、および抗体３Ｇ１のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号６０）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、１つまたは複数のヒトのまたはヒトに由来する重鎖または軽鎖可変領域のフレームワークをさらに含む。
ある実施形態では、抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）を含み、重鎖可変領域は、３Ｇ１のＶＨのアミノ酸配列（例えば、配列番号５）から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含む。ある実施形態では、重鎖可変領域は、３Ｇ１のＶＨのアミノ酸配列（例えば、配列番号５）を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、軽鎖可変領域は、３Ｇ１のＶＬのアミノ酸配列（例えば、配列番号１１）から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含む。ある実施形態では、軽鎖可変領域は、３Ｇ１のＶＬのアミノ酸配列（例えば、配列番号１１）を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）および軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、重鎖可変領域は、３Ｇ１のＶＨのアミノ酸配列（例えば、配列番号５）から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含み、軽鎖可変領域は、３Ｇ１のＶＬのアミノ酸配列（例えば、配列番号１１）から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、３Ｇ１のＶＨのアミノ酸配列（例えば、配列番号５）を含み、軽鎖可変領域は、３Ｇ１のＶＬのアミノ酸配列（例えば、配列番号１１）を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、表２からのヌクレオチド配列（例えば、配列番号８５）によってコードされるアミノ酸配列を含む。ある実施形態では、軽鎖可変領域は、表２からのヌクレオチド配列（例えば、配列番号９１）によってコードされるアミノ酸配列を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）を含み、重鎖可変領域は、３つの重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）を含み、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体２Ｃ７のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号４２）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、抗体２Ｃ７のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号４３）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、あるいは抗体２Ｃ７のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号４１）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体２Ｃ７のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号４２）を含むＨＣＤＲ１、抗体２Ｃ７のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号４３）を含むＨＣＤＲ２、または抗体２Ｃ７のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号４１）を含むＨＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、抗体２Ｃ７のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号４２）を含むＨＣＤＲ１、抗体２Ｃ７のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号４３）を含むＨＣＤＲ２、および抗体２Ｃ７のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号４１）を含むＨＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、軽鎖可変領域は、３つの軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）を含み、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体２Ｃ７のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号６１）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、抗体２Ｃ７のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号６２）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、あるいは抗体２Ｃ７のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号６３）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体２Ｃ７のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号６１）を含むＬＣＤＲ１、抗体２Ｃ７のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号６２）を含むＬＣＤＲ２、または抗体２Ｃ７のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号６３）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、軽鎖可変領域は、抗体２Ｃ７のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号６１）を含むＬＣＤＲ１、抗体２Ｃ７のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号６２）を含むＬＣＤＲ２、および抗体２Ｃ７のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号６３）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）および軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、重鎖可変領域は、３つの重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）を含み、軽鎖可変領域は、３つの軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）を含み、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体２Ｃ７のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号４２）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、抗体２Ｃ７のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号４３）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、あるいは抗体２Ｃ７のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号４１）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含み、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体２Ｃ７のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号６１）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、抗体２Ｃ７のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号６２）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、あるいは抗体２Ｃ７のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号６３）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体２Ｃ７のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号４２）を含むＨＣＤＲ１、抗体２Ｃ７のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号４３）を含むＨＣＤＲ２、または抗体２Ｃ７のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号４１）を含むＨＣＤＲ３を含み、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体２Ｃ７のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号６１）を含むＬＣＤＲ１、抗体２Ｃ７のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号６２）を含むＬＣＤＲ２、または抗体２Ｃ７のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号６３）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、抗体２Ｃ７のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号４２）を含むＨＣＤＲ１、抗体２Ｃ７のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号４３）を含むＨＣＤＲ２、および抗体２Ｃ７のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号４１）を含むＨＣＤＲ３を含み、軽鎖可変領域は、抗体２Ｃ７のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号６１）を含むＬＣＤＲ１、抗体２Ｃ７のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号６２）を含むＬＣＤＲ２、および抗体２Ｃ７のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号６３）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）を含み、重鎖可変領域は、３つの重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）を含み、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体２Ｃ７のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号３９）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、抗体２Ｃ７のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号４０）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、あるいは抗体２Ｃ７のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号４１）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体２Ｃ７のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号３９）を含むＨＣＤＲ１、抗体２Ｃ７のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号４０）を含むＨＣＤＲ２、または抗体２Ｃ７のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号４１）を含むＨＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、抗体２Ｃ７のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号３９）を含むＨＣＤＲ１、抗体２Ｃ７のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号４０）を含むＨＣＤＲ２、および抗体２Ｃ７のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号４１）を含むＨＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、軽鎖可変領域は、３つの軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）を含み、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体２Ｃ７のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号６１）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、抗体２Ｃ７のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号６２）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、あるいは抗体２Ｃ７のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号６３）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体２Ｃ７のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号６１）を含むＬＣＤＲ１、抗体２Ｃ７のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号６２）を含むＬＣＤＲ２、または抗体２Ｃ７のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号６３）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、軽鎖可変領域は、抗体２Ｃ７のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号６１）を含むＬＣＤＲ１、抗体２Ｃ７のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号６２）を含むＬＣＤＲ２、および抗体２Ｃ７のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号６３）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）および軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、重鎖可変領域は、３つの重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）を含み、軽鎖可変領域は、３つの軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）を含み、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体２Ｃ７のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号３９）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、抗体２Ｃ７のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号４０）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、あるいは抗体２Ｃ７のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号４１）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含み、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体２Ｃ７のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号６１）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、抗体２Ｃ７のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号６２）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、あるいは抗体２Ｃ７のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号６３）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体２Ｃ７のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号３９）を含むＨＣＤＲ１、抗体２Ｃ７のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号４０）を含むＨＣＤＲ２、または抗体２Ｃ７のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号４１）を含むＨＣＤＲ３を含み、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体２Ｃ７のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号６１）を含むＬＣＤＲ１、抗体２Ｃ７のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号６２）を含むＬＣＤＲ２、または抗体２Ｃ７のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号６３）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、抗体２Ｃ７のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号３９）を含むＨＣＤＲ１、抗体２Ｃ７のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号４０）を含むＨＣＤＲ２、および抗体２Ｃ７のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号４１）を含むＨＣＤＲ３を含み、軽鎖可変領域は、抗体２Ｃ７のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号６１）を含むＬＣＤＲ１、抗体２Ｃ７のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号６２）を含むＬＣＤＲ２、および抗体２Ｃ７のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号６３）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、１つまたは複数のヒトのまたはヒトに由来する重鎖または軽鎖可変領域のフレームワークをさらに含む。
ある実施形態では、抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）を含み、重鎖可変領域は、２Ｃ７のＶＨのアミノ酸配列（例えば、配列番号６）から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含む。ある実施形態では、重鎖可変領域は、２Ｃ７のＶＨのアミノ酸配列（例えば、配列番号６）を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、軽鎖可変領域は、２Ｃ７のＶＬのアミノ酸配列（例えば、配列番号１２）から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含む。ある実施形態では、軽鎖可変領域は、２Ｃ７のＶＬのアミノ酸配列（例えば、配列番号１２）を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）および軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、重鎖可変領域は、２Ｃ７のＶＨのアミノ酸配列（例えば、配列番号６）から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含み、軽鎖可変領域は、２Ｃ７のＶＬのアミノ酸配列（例えば、配列番号１２）から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、２Ｃ７のＶＨのアミノ酸配列（例えば、配列番号６）を含み、軽鎖可変領域は、２Ｃ７のＶＬのアミノ酸配列（例えば、配列番号１２）を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、表２からのヌクレオチド配列（例えば、配列番号８６）によってコードされるアミノ酸配列を含む。ある実施形態では、軽鎖可変領域は、表２からのヌクレオチド配列（例えば、配列番号９２）によってコードされるアミノ酸配列を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）を含み、重鎖可変領域は、３つの重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）を含み、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体３Ｄ６のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号４７）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、抗体３Ｄ６のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号４８）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、あるいは抗体３Ｄ６のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号４６）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体３Ｄ６のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号４７）を含むＨＣＤＲ１、抗体３Ｄ６のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号４８）を含むＨＣＤＲ２、または抗体３Ｄ６のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号４６）を含むＨＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、抗体３Ｄ６のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号４７）を含むＨＣＤＲ１、抗体３Ｄ６のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号４８）を含むＨＣＤＲ２、および抗体３Ｄ６のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号４６）を含むＨＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、軽鎖可変領域は、３つの軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）を含み、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体３Ｄ６のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号６４）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、抗体３Ｄ６のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号６５）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、あるいは抗体３Ｄ６のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号６６）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体３Ｄ６のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号６４）を含むＬＣＤＲ１、抗体３Ｄ６のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号６５）を含むＬＣＤＲ２、または抗体３Ｄ６のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号６６）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、軽鎖可変領域は、抗体３Ｄ６のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号６４）を含むＬＣＤＲ１、抗体３Ｄ６のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号６５）を含むＬＣＤＲ２、および抗体３Ｄ６のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号６６）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）および軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、重鎖可変領域は、３つの重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）を含み、軽鎖可変領域は、３つの軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）を含み、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体３Ｄ６のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号４７）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、抗体３Ｄ６のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号４８）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、あるいは抗体３Ｄ６のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号４６）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含み、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体３Ｄ６のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号６４）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、抗体３Ｄ６のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号６５）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、あるいは抗体３Ｄ６のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号６６）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体３Ｄ６のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号４７）を含むＨＣＤＲ１、抗体３Ｄ６のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号４８）を含むＨＣＤＲ２、または抗体３Ｄ６のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号４６）を含むＨＣＤＲ３を含み、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体３Ｄ６のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号６４）を含むＬＣＤＲ１、抗体３Ｄ６のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号６５）を含むＬＣＤＲ２、または抗体３Ｄ６のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号６６）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、抗体３Ｄ６のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号４７）を含むＨＣＤＲ１、抗体３Ｄ６のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号４８）を含むＨＣＤＲ２、および抗体３Ｄ６のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号４６）を含むＨＣＤＲ３を含み、軽鎖可変領域は、抗体３Ｄ６のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号６４）を含むＬＣＤＲ１、抗体３Ｄ６のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号６５）を含むＬＣＤＲ２、および抗体３Ｄ６のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号６６）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）を含み、重鎖可変領域は、３つの重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）を含み、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体３Ｄ６のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号４４）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、抗体３Ｄ６のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号４５）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、あるいは抗体３Ｄ６のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号４６）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体３Ｄ６のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号４４）を含むＨＣＤＲ１、抗体３Ｄ６のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号４５）を含むＨＣＤＲ２、または抗体３Ｄ６のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号４６）を含むＨＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、抗体３Ｄ６のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号４４）を含むＨＣＤＲ１、抗体３Ｄ６のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号４５）を含むＨＣＤＲ２、および抗体３Ｄ６のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号４６）を含むＨＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、軽鎖可変領域は、３つの軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）を含み、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体３Ｄ６のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号６４）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、抗体３Ｄ６のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号６５）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、あるいは抗体３Ｄ６のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号６６）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体３Ｄ６のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号６４）を含むＬＣＤＲ１、抗体３Ｄ６のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号６５）を含むＬＣＤＲ２、または抗体３Ｄ６のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号６６）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、軽鎖可変領域は、抗体３Ｄ６のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号６４）を含むＬＣＤＲ１、抗体３Ｄ６のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号６５）を含むＬＣＤＲ２、および抗体３Ｄ６のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号６６）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）および軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、重鎖可変領域は、３つの重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）を含み、軽鎖可変領域は、３つの軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）を含み、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体３Ｄ６のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号４４）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、抗体３Ｄ６のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号４５）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、あるいは抗体３Ｄ６のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号４６）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含み、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体３Ｄ６のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号６４）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、抗体３Ｄ６のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号６５）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、あるいは抗体３Ｄ６のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号６６）から１、２、もしくは３個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体３Ｄ６のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号４４）を含むＨＣＤＲ１、抗体３Ｄ６のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号４５）を含むＨＣＤＲ２、または抗体３Ｄ６のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号４６）を含むＨＣＤＲ３を含み、軽鎖可変領域は、以下のうちの１つ、２つ、またはすべて：抗体３Ｄ６のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号６４）を含むＬＣＤＲ１、抗体３Ｄ６のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号６５）を含むＬＣＤＲ２、または抗体３Ｄ６のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号６６）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、抗体３Ｄ６のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号４４）を含むＨＣＤＲ１、抗体３Ｄ６のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号４５）を含むＨＣＤＲ２、および抗体３Ｄ６のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号４６）を含むＨＣＤＲ３を含み、軽鎖可変領域は、抗体３Ｄ６のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列（例えば、配列番号６４）を含むＬＣＤＲ１、抗体３Ｄ６のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列（例えば、配列番号６５）を含むＬＣＤＲ２、および抗体３Ｄ６のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列（例えば、配列番号６６）を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、１つまたは複数のヒトのまたはヒトに由来する重鎖または軽鎖可変領域のフレームワークをさらに含む。
ある実施形態では、抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）を含み、重鎖可変領域は、３Ｄ６のＶＨのアミノ酸配列（例えば、配列番号７）から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含む。ある実施形態では、重鎖可変領域は、３Ｄ６のＶＨのアミノ酸配列（例えば、配列番号７）を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、軽鎖可変領域は、３Ｄ６のＶＬのアミノ酸配列（例えば、配列番号１３）から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含む。ある実施形態では、軽鎖可変領域は、３Ｄ６のＶＬのアミノ酸配列（例えば、配列番号１３）を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）および軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、重鎖可変領域は、３Ｄ６のＶＨのアミノ酸配列（例えば、配列番号７）から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含み、軽鎖可変領域は、３Ｄ６のＶＬのアミノ酸配列（例えば、配列番号１３）から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、３Ｄ６のＶＨのアミノ酸配列（例えば、配列番号７）を含み、軽鎖可変領域は、３Ｄ６のＶＬのアミノ酸配列（例えば、配列番号１３）を含む。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、表２からのヌクレオチド配列（例えば、配列番号８７）によってコードされるアミノ酸配列を含む。ある実施形態では、軽鎖可変領域は、表２からのヌクレオチド配列（例えば、配列番号９３）によってコードされるアミノ酸配列を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）を含み、ＶＨは、３つの重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）を含み、ＶＨは、以下のうち１つ、２つ、または全てを含む：表３に記載されるＶＨ（例えば、配列番号１１５～１１８のいずれか）のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列から１、２、もしくは３つ以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；表３に記載されるＶＨ（例えば、配列番号１１５～１１８のいずれか）のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列から１、２、もしくは３つ以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；あるいは表３に記載されるＶＨ（例えば、配列番号１１５～１１８のいずれか）のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列から１、２、もしくは３つ以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３。
ある実施形態では、ＶＨは、以下のうち１つ、２つ、または全てを含む：表３に記載されるＶＨ（例えば、配列番号１１５～１１８のいずれか）のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；表３に記載されるＶＨ（例えば、配列番号１１５～１１８のいずれか）のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；または表３に記載されるＶＨ（例えば、配列番号１１５～１１８のいずれか）のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３。
ある実施形態では、ＶＨは、表３に記載されるＶＨ（例えば、配列番号１１５～１１８のいずれか）のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；表３に記載されるＶＨ（例えば、配列番号１１５～１１８のいずれか）のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；および表３に記載されるＶＨ（例えば、配列番号１１５～１１８のいずれか）のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、ＶＬは、３つの軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）を含み、ＶＬは、以下のうち１つ、２つ、または全てを含む：表３に記載されるＶＬ（例えば、配列番号１１９～１３７のいずれか）のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列から１、２、もしくは３つ以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；表３に記載されるＶＬ（例えば、配列番号１１９～１３７のいずれか）のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列から１、２、もしくは３つ以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；あるいは表３に記載されるＶＬ（例えば、配列番号１１９～１３７のいずれか）のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列から１、２、もしくは３つ以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３。
ある実施形態では、ＶＬは、以下のうち１つ、２つ、または全てを含む：表３に記載されるＶＬ（例えば、配列番号１１９～１３７のいずれか）のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；表３に記載されるＶＬ（例えば、配列番号１１９～１３７のいずれか）のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；または表３に記載されるＶＬ（例えば、配列番号１１９～１３７のいずれか）のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３。
ある実施形態では、ＶＬは、表３に記載されるＶＬ（例えば、配列番号１１９～１３７のいずれか）のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；表３に記載されるＶＬ（例えば、配列番号１１９～１３７のいずれか）のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；および表３に記載されるＶＬ（例えば、配列番号１１９～１３７のいずれか）のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）および軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、ＶＨは、３つの重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）を含み、ＶＬは、３つの軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）を含み、
ＶＨは、以下のうち１つ、２つ、または全てを含み：表３に記載されるＶＨ（例えば、配列番号１１５～１１８のいずれか）のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列から１、２、もしくは３つ以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；表３に記載されるＶＨ（例えば、配列番号１１５～１１８のいずれか）のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列から１、２、もしくは３つ以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；あるいは表３に記載されるＶＨ（例えば、配列番号１１５～１１８のいずれか）のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列から１、２、もしくは３つ以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；
ＶＬは、以下のうち１つ、２つ、または全てを含む：表３に記載されるＶＬ（例えば、配列番号１１９～１３７のいずれか）のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列から１、２、もしくは３つ以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；表３に記載されるＶＬ（例えば、配列番号１１９～１３７のいずれか）のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列から１、２、もしくは３つ以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；あるいは表３に記載されるＶＬ（例えば、配列番号１１９～１３７のいずれか）のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列から１、２、もしくは３つ以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９９もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３。
ある実施形態では、ＶＨは、以下のうち１つ、２つ、または全てを含み：表３に記載されるＶＨ（例えば、配列番号１１５～１１８のいずれか）のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；表３に記載されるＶＨ（例えば、配列番号１１５～１１８のいずれか）のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；または表３に記載されるＶＨ（例えば、配列番号１１５～１１８のいずれか）のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；ＶＬは、以下のうち１つ、２つ、または全てを含む：表３に記載されるＶＬ（例えば、配列番号１１９～１３７のいずれか）のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；表３に記載されるＶＬ（例えば、配列番号１１９～１３７のいずれか）のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；または表３に記載されるＶＬ（例えば、配列番号１１９～１３７のいずれか）のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３。
ある実施形態では、ＶＨは、表３に記載されるＶＨ（例えば、配列番号１１５～１１８のいずれか）のＨＣＤＲ１のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；表３に記載されるＶＨ（例えば、配列番号１１５～１１８のいずれか）のＨＣＤＲ２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；および表３に記載されるＶＨ（例えば、配列番号１１５～１１８のいずれか）のＨＣＤＲ３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含み；ＶＬは、表３に記載されるＶＬ（例えば、配列番号１１９～１３７のいずれか）のＬＣＤＲ１のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；表３に記載されるＶＬ（例えば、配列番号１１９～１３７のいずれか）のＬＣＤＲ２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；および表３に記載されるＶＬ（例えば、配列番号１１９～１３７のいずれか）のＬＣＤＲ３のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、１つまたは複数のヒトまたはヒト由来の重鎖または軽鎖可変領域フレームワークをさらに含む。
ある実施形態では、抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）を含み、ＶＨは、表３に記載されるＶＨのアミノ酸配列（例えば、配列番号１１５～１１８のいずれか）から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含む。ある実施形態では、ＶＨは、表３に記載されるＶＨのアミノ酸配列（例えば、配列番号１１５～１１８のいずれか）を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、ＶＬは、表３に記載されるＶＬのアミノ酸配列（例えば、配列番号１１９～１３７のいずれか）から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含む。ある実施形態では、ＶＬは、表３に記載されるＶＬのアミノ酸配列（例えば、配列番号１１９～１３７のいずれか）を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）および軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、ＶＨは、表３に記載されるＶＨのアミノ酸配列（例えば、配列番号１１５～１１８のいずれか）から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含み、ＶＬは、表３に記載されるＶＬのアミノ酸配列（例えば、配列番号１１９～１３７のいずれか）から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含む。ある実施形態では、ＶＨは、表３に記載されるＶＨのアミノ酸配列（例えば、配列番号１１５～１１８のいずれか）を含み、ＶＬは、表３に記載されるＶＬのアミノ酸配列（例えば、配列番号１１９～１３７のいずれか）を含む。
ある実施形態では、ＨＣＣＤＲ１、ＨＣＣＤＲ２、およびＨＣＣＤＲ３は、表３に記載される同じＶＨ由来である。ある実施形態では、ＬＣＣＤＲ１、ＬＣＣＤＲ２、およびＬＣＣＤＲ３は、表３に記載される同じＶＬ由来である。
表３に開示されるＶＨアミノ酸配列（またはそのＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３のアミノ酸配列）のいずれか（あるいはそれから１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の相同性を有する配列）は、例えば、ヒト化抗体分子を形成するために、表３に開示されるＶＬアミノ酸配列（またはそのＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３のアミノ酸配列）のいずれか（あるいはそれから１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の相同性を有する配列）と組み合わされ得る。例示的な組合せには、配列番号１０３および１０４；配列番号１０３および１１９；配列番号１０３および１２０；配列番号１０３および１２１；配列番号１０３および１２２；配列番号１０３および１２３；配列番号１０３および１２４；配列番号１０３および１２５；配列番号１０３および１２６；配列番号１０３および１２７；配列番号１０３および１２８；配列番号１０３および１２９；配列番号１０３および１３０；配列番号１０３および１３１；配列番号１０３および１３２；配列番号１０３および１３３；配列番号１０３および１３４；配列番号１０３および１３５；配列番号１０３および１３６；配列番号１０３および１３７；配列番号１１５および１０４；配列番号１１５および１１９；配列番号１１５および１２０；配列番号１１５および１２１；配列番号１１５および１２２；配列番号１１５および１２３；配列番号１１５および１２４；配列番号１１５および１２５；配列番号１１５および１２６；配列番号１１５および１２７；配列番号１１５および１２８；配列番号１１５および１２９；配列番号１１５および１３０；配列番号１１５および１３１；配列番号１１５および１３２；配列番号１１５および１３３；配列番号１１５および１３４；配列番号１１５および１３５；配列番号１１５および１３６；配列番号１１５および１３７；配列番号１１６および１０４；配列番号１１６および１１９；配列番号１１６および１２０；配列番号１１６および１２１；配列番号１１６および１２２；配列番号１１６および１２３；配列番号１１６および１２４；配列番号１１６および１２５；配列番号１１６および１２６；配列番号１１６および１２７；配列番号１１６および１２８；配列番号１１６および１２９；配列番号１１６および１３０；配列番号１１６および１３１；配列番号１１６および１３２；配列番号１１６および１３３；配列番号１１６および１３４；配列番号１１６および１３５；配列番号１１６および１３６；配列番号１１６および１３７；配列番号１１７および１０４；配列番号１１７および１１９；配列番号１１７および１２０；配列番号１１７および１２１；配列番号１１７および１２２；配列番号１１７および１２３；配列番号１１７および１２４；配列番号１１７および１２５；配列番号１１７および１２６；配列番号１１７および１２７；配列番号１１７および１２８；配列番号１１７および１２９；配列番号１１７および１３０；配列番号１１７および１３１；配列番号１１７および１３２；配列番号１１７および１３３；配列番号１１７および１３４；配列番号１１７および１３５；配列番号１１７および１３６；配列番号１１７および１３７；配列番号１１８および１０４；配列番号１１８および１１９；配列番号１１８および１２０；配列番号１１８および１２１；配列番号１１８および１２２；配列番号１１８および１２３；配列番号１１８および１２４；配列番号１１８および１２５；配列番号１１８および１２６；配列番号１１８および１２７；配列番号１１８および１２８；配列番号１１８および１２９；配列番号１１８および１３０；配列番号１１８および１３１；配列番号１１８および１３２；配列番号１１８および１３３；配列番号１１８および１３４；配列番号１１８および１３５；配列番号１１８および１３６；または配列番号１１８および１３７が含まれる。ある実施形態では、ＡＤＣ抗体分子は、配列番号１１７のアミノ酸配列、またはそれと少なくとも８０％（例えば、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％）の配列同一性を有する配列を含むＶＨ、および配列番号１３５のアミノ酸配列、またはそれと少なくとも８０％（例えば、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％）の配列同一性を有する配列を含むＶＬを含む。
ある実施形態では、ＡＤＣまたは抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）を含み、重鎖可変領域は、３つの重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）を含み、重鎖可変領域は、以下のうち１つ、２つ、または全てを含む：配列番号１０８のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；ＹＩＳＳＤＧＤＳＸ１ＹＹＰＤＸ２Ｘ３ＫＧ（配列番号１６５）のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２であって、式中、Ｘ１は、ＩもしくはＴであり；Ｘ２は、ＮもしくはＳであり；Ｘ３は、ＩもしくはＶである、ＨＣＤＲ２；または配列番号１０７のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３。
ある実施形態では、ＡＤＣまたは抗体分子は、軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、軽鎖可変領域は、３つの軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）を含み、軽鎖可変領域は、以下のうち１つ、２つ、または全てを含む：ＲＡＳＥＳＸ１ＦＧＨＧＩＳＰＸ２Ｈ（配列番号１６６）のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１であって、式中、Ｘ１は、ＶもしくはＩであり；Ｘ２は、ＭもしくはＬである、ＬＣＤＲ１；ＲＡＳＸ１Ｘ２ＫＸ３（配列番号１６７）のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２であって、式中、Ｘ１は、ＮもしくはＳであり；Ｘ２は、ＬもしくはＲであり；Ｘ３は、Ｆ、ＴもしくはＳである、ＬＣＤＲ２；または配列番号１１２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３。
ある実施形態では、ＡＤＣまたは抗体分子は、ＶＨおよびＶＬを含み、ＶＨは、３つの重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）を含み、ＶＬは、３つの軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）を含み、
ＶＨは、以下のうち１つ、２つ、または全てを含み：配列番号１０８のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；ＹＩＳＳＤＧＤＳＸ１ＹＹＰＤＸ２Ｘ３ＫＧ（配列番号１６５）のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２であって、式中、Ｘ１は、ＩもしくはＴであり；Ｘ２は、ＮもしくはＳであり；Ｘ３は、ＩもしくはＶである、ＨＣＤＲ２；または配列番号１０７のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、
ＶＬは、以下のうち１つ、２つ、または全てを含む：ＲＡＳＥＳＸ１ＦＧＨＧＩＳＰＸ２Ｈ（配列番号１６６）のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１であって、式中、Ｘ１は、ＶもしくはＩであり；Ｘ２は、ＭもしくはＬである、ＬＣＤＲ１；ＲＡＳＸ１Ｘ２ＫＸ３（配列番号１６７）のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２であって、式中、Ｘ１は、ＮもしくはＳであり；Ｘ２は、ＬもしくはＲであり；Ｘ３は、Ｆ、ＴもしくはＳである、ＬＣＤＲ２；または配列番号１１２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３。
ある実施形態では、ＡＤＣまたは抗体分子は、ＶＨおよびＶＬを含み、ＶＨは、３つの重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）を含み、ＶＬは、３つの軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）を含み、
ＶＨは、配列番号１０８のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；ＹＩＳＳＤＧＤＳＸ１ＹＹＰＤＸ２Ｘ３ＫＧ（配列番号１６５）のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２であって、式中、Ｘ１は、ＩまたはＴであり；Ｘ２は、ＮまたはＳであり；Ｘ３は、ＩまたはＶである、ＨＣＤＲ２；および配列番号１０７のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含み、
ＶＬは、ＲＡＳＥＳＸ１ＦＧＨＧＩＳＰＸ２Ｈ（配列番号１６６）のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１であって、式中、Ｘ１は、ＶまたはＩであり；Ｘ２は、ＭまたはＬである、ＬＣＤＲ１；ＲＡＳＸ１Ｘ２ＫＸ３（配列番号１６７）のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２であって、式中、Ｘ１は、ＮまたはＳであり；Ｘ２は、ＬまたはＲであり；Ｘ３は、Ｆ、ＴまたはＳである、ＬＣＤＲ２；および配列番号１１２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、２つの重鎖可変領域および２つの軽鎖可変領域を含むかまたはそれらからなる。
ある実施形態では、抗体分子は、重鎖定常領域、軽鎖定常領域、またはその両方をさらに含む。
ある実施形態では、抗体分子は、ＩｇＧ抗体分子、例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、またはＩｇＧ４抗体分子である。ある実施形態では、抗体分子は、ＩｇＭ抗体分子ではない。
ある実施形態では、抗体分子は、カッパまたはラムダ軽鎖由来の軽鎖定常領域を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、２種またはそれよりも多くのグラム陰性株に結合することができる。２種またはそれよりも多くのグラム陰性細菌株に結合することができる抗体分子は、いくつかの有利な特性を有する。例えば、１つの療法が、複数の細菌感染症を処置、予防または診断するために使用され得る。さらに、医師は、適切な療法を決定するために、どの細菌株が患者に感染したかを決定する必要がない。
したがって、ある実施形態では、抗体分子は、１種または複数の細菌、例えば、例えば、異なる属、種、亜種、および／または株の１種または複数のグラム陰性細菌に結合する。
ある実施形態では、１種または複数のグラム陰性細菌は、腸内細菌科の種（例えば、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ、またはＣｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ、例えば、汎耐性腸内細菌科中の種）、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓの種、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒの種、またはそれらの任意の組合せから選択される。
ある実施形態では、抗体分子は、以下のうち１種または複数に結合する：Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａ（例えば、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ ｓｕｂｓｐ．ｏｚａｅｎａｅ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ ｓｕｂｓｐ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、またはＫｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ ｓｕｂｓｐ．ｒｈｉｎｏｓｃｌｅｒｏｍａｔｉｓ）、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｃａｎｃｅｒｏｇｅｎｏｕｓ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｃｌｏａｃａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｈｏｒｍａｅｃｈｅｉ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ ａｓｂｕｒｉａｅ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ ｂｏｙｄｉｉ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ ｄｙｓｅｎｔｅｒｉａｅ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ ｆｌｅｘｎｅｒｉ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ ｓｏｎｎｅｉ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ（例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ ＡＴＣＣ １１７７５、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ ＡＴＣＣ ２５９２２、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ ＡＴＣＣ ３５４０１、またはＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ ＡＴＣＣ ４３８９５）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｆｅｒｇｕｓｏｎｉｉ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｃｈｏｌｅｒａｅｓｕｉｓ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｃｈｏｌｅｒａｅｓｕｉｓ ｓｕｂｓｐ．ｉｎｄｉｃａ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｅｎｔｅｒｉｔｉｄｉｓ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｖｉｒｃｈｏｗ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｐａｒａｔｙｐｈｉ Ｂ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｐａｒａｔｙｐｈｉ Ａ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｃｈｏｌｅｒａｅｓｕｉｓ ｓｕｂｓｐ．ａｒｉｚｏｎａｅ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｃｈｏｌｅｒａｅｓｕｉｓ ｓｕｂｓｐ．ｄｉａｒｉｚｏｎａｅ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｃｈｏｌｅｒａｅｓｕｉｓ ｓｕｂｓｐ．ｈｏｕｔｅｎａｅ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｂｏｎｇｏｒｉ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｅｄｌａｋｉｉ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ ｂｒａａｋｉｉ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ ｗｅｒｋｍａｎｉｉ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ ｆｒｅｕｎｄｉｉ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ ｙｏｕｎｇａｅ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ ａｍａｌｏｎａｔｉｃｕｓ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｆｒｅｄｅｒｉｋｓｅｎｉｉ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｐｅｓｔｉｓ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｐｓｅｕｄｏｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ、またはそれらの任意の組合せ。
ある実施形態では、抗体分子は、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、例えば、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａに結合する。
ある実施形態では、１種または複数の細菌は、１種または複数の抗生物質耐性細菌、例えば、１種または複数の多剤耐性グラム陰性細菌である。
ある実施形態では、１種または複数の抗生物質耐性細菌は、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ（例えば、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ（例えば、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａまたはＥ．ｃｏｌｉ）、またはＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ（例えば、Ａ．ｂａｕｍａｎｎｉｉ）から選択される。
ある実施形態では、抗体分子は、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ（例えば、バンコマイシン耐性（ＶＲＥ）Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ（例えば、メチシリン耐性（ＭＲＳＡ）Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉ（例えば、多剤耐性（ＭＤＲ）Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ）、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ（例えば、多剤耐性（ＭＤＲ）Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、例えば、カルバペネム耐性Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、またはＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．、例えば、カルバペネム耐性Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ（ＣＲＥ））、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏａｅａｅ（例えば、薬物耐性Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏａｅａｅ）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ（例えば、薬物耐性Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）、Ｓｈｉｇｅｌｌａ（例えば、薬物耐性Ｓｈｉｇｅｌｌａ）、広域スペクトルβ－ラクタマーゼ（ＥＳＢＬ）を生成する細菌、またはＭｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ（例えば、薬物耐性Ｍ．ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）のうちの１種または複数に結合する。
ある実施形態では、抗体分子は、１種または複数（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０種、またはそれよりも多く）のＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ株に結合する。別の実施形態では、抗体分子は、１種または複数（例えば、２、３、４、５、６種、またはそれよりも多く）の多剤耐性Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ株に結合する。
ある実施形態では、抗体分子は、例えば、ＥＬＩＳＡ法によって測定される、高い親和性で、約１０ｎＭ未満であるＫＤで、ＬＰＳに結合する。
ある実施形態では、抗体分子は、１×１０－４、５×１０－５、または１×１０－５ｓ－１よりも遅いＫｏｆｆでＬＰＳに結合する。ある実施形態では、抗体分子は、１×１０４、５×１０４、１×１０５、または５×１０５Ｍ－１ｓ－１よりも速いＫｏｎでＬＰＳに結合する。
ある実施形態では、抗体分子は、例えば、本明細書に記載されるように、例えば、ＯＰＡアッセイによって決定して、オプソニン化貪食作用活性を有する。
ある実施形態では、抗体分子は、ＬＰＳ中の１つもしくは複数の（例えば、２つの）Ｋｄｏ残基および／または１つもしくは複数の（例えば、２つもしくは３つの）Ｈｅｐ残基を含むエピトープに結合する。
ある実施形態では、例えば、抗体分子－薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）を形成するために、ａ）リポ多糖（ＬＰＳ）に結合する抗体分子は、ｂ）抗菌ペプチド、例えば、本明細書に記載される抗菌ペプチドに、カップリング（例えば、融合）される。
ある実施形態では、抗体分子は、重鎖可変領域（ＶＨ）を含み、重鎖可変領域は、抗菌ペプチドにカップリング（例えば、融合）され、例えば、重鎖可変領域は、抗菌ペプチドに対してＮ末端側である。
ある実施形態では、重鎖可変領域は、抗菌ペプチドに間接的にカップリング（例えば、融合）され、例えば、重鎖可変領域のＣ末端は、定常領域を介して、抗菌ペプチドのＮ末端にカップリング（例えば、融合）される。
ある実施形態では、抗体分子は、軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、軽鎖可変領域は、抗菌ペプチドにカップリング（例えば、融合）され、例えば、軽鎖可変領域は、抗菌ペプチドに対してＮ末端側である。
ある実施形態では、軽鎖可変領域は、抗菌ペプチドに間接的にカップリング（例えば、融合）され、例えば、軽鎖可変領域のＣ末端は、定常領域を介して、抗菌ペプチドのＮ末端にカップリング（例えば、融合）される。
ある実施形態では、抗体分子は、例えば、酵素的コンジュゲーションまたは化学的コンジュゲーションによって、２つまたはそれよりも多くの（例えば、３、４、５、６、７、８つ、またはそれよりも多くの、例えば、４つの）抗菌ペプチドにカップリング（例えば、融合）される。ある実施形態では、抗菌ペプチドのうち少なくとも２つは、同一である。ある実施形態では、抗菌ペプチドのうち少なくとも２つは、異なる。
ある実施形態では、抗体分子は、２つの同一な抗菌ペプチドにカップリング（例えば、融合）され、各々は、例えば、間接的に、例えば、定常領域を介して、重鎖可変領域にカップリング（例えば、融合）される。
ある実施形態では、抗体分子にカップリングされた（例えば、融合された）抗菌ペプチドは、抗菌ペプチドまたは抗体分子単独よりも、グラム陰性細菌（例えば、本明細書に記載されるグラム陰性細菌）の阻害において、例えば、グラム陰性細菌（例えば、本明細書に記載されるグラム陰性細菌）の成長、ビルレンスまたは感染性の阻害において、より有効であり、例えば、抗菌ペプチド単独のＭＩＣよりも低い、例えば、多くても２分の１、３分の１、４分の１、５分の１、６分の１、７分の１、８分の１、９分の１、１０分の１、２０分の１、３０分の１、４０分の１、５０分の１、６０分の１、７０分の１、８０分の１、９０分の１または１００分の１の低さの最小発育阻止濃度（ＭＩＣ）を有する。
ある実施形態では、抗体分子にカップリングされた（例えば、融合された）抗菌ペプチドは、抗菌ペプチドまたは抗体分子単独よりも、グラム陰性細菌（例えば、本明細書に記載されるグラム陰性細菌）の生存能の低減において、例えば、グラム陰性細菌（例えば、本明細書に記載されるグラム陰性細菌）の殺滅において、より有効であり、例えば、抗菌ペプチド単独のＭＢＣよりも低い、例えば、多くても２分の１、３分の１、４分の１、５分の１、６分の１、７分の１、８分の１、９分の１、１０分の１、２０分の１、３０分の１、４０分の１、５０分の１、６０分の１、７０分の１、８０分の１、９０分の１または１００分の１の低さの最小殺菌濃度（ＭＢＣ）を有する。
ある実施形態では、抗体分子は、例えば、例えば、本明細書に記載されるＯＰＡアッセイによって決定して、オプソニン化貪食作用活性を有する（例えば、好中球のＦｃ受容体（ＦｃＲ）に結合した場合に貪食される）。
ある実施形態では、抗体分子にカップリングされた（例えば、融合された）抗菌ペプチドは、グラム陽性細菌（例えば、本明細書に記載されるグラム陽性細菌）を阻害しない、例えば、グラム陽性細菌（例えば、本明細書に記載されるグラム陽性細菌）の成長、ビルレンスまたは感染性を阻害せず、例えば、グラム陽性細菌（例えば、グラム陽性細菌）についてのＭＩＣよりも低い、例えば、多くても２分の１、５分の１、１０分の１、２０分の１、５０分の１、１００分の１、２００分の１、５００分の１または１０００分の１の低さの、グラム陰性細菌（例えば、グラム陰性細菌）についての最小発育阻止濃度（ＭＩＣ）を有する。
ある実施形態では、抗体分子にカップリングされた（例えば、融合された）抗菌ペプチドは、グラム陽性細菌（例えば、本明細書に記載されるグラム陽性細菌）の生存能を低減させない、例えば、グラム陽性細菌（例えば、本明細書に記載されるグラム陽性細菌）を殺滅せず、例えば、グラム陽性細菌（例えば、グラム陽性細菌）についてのＭＢＣよりも低い、例えば、多くても２分の１、５分の１、１０分の１、２０分の１、５０分の１、１００分の１、２００分の１、５００分の１または１０００分の１の低さの、グラム陰性細菌（例えば、グラム陰性細菌）についての最小殺菌濃度（ＭＢＣ）を有する。
ある実施形態では、グラム陽性細菌は、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓである。
ある実施形態では、抗体分子は、グラム陰性細菌上またはＬＰＳ上の線状またはコンフォメーションエピトープに結合する。
ある実施形態では、抗体分子は、例えば、ウェスタン解析によって決定して、低ＭＷ ＬＰＳおよび高ＭＷ ＬＰＳに結合する。ある実施形態では、抗体分子は、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａコアＬＰＳの高度にリン酸化されたヘプトース領域に結合する。ある実施形態では、抗体分子は、コアＬＰＳのリン酸化された（例えば、高リン酸化された、例えば、二リン酸化された）Ｈｅｐ Ｉ残基に結合する。ある実施形態では、抗体分子は、外膜形成のために重要なコアＬＰＳ（例えば、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａにおける）中の領域に結合する（例えば、DeLucia et al. MBio. 2011; 2(4). pii: e00142-11に記載され、その内容は、これにより参照により本明細書に組み込まれる）。
ある実施形態では、抗体分子は、例えば、本明細書に記載される方法によって決定して、高い親和性で、例えば、約２０ｎＭと等しいまたはそれ未満の見かけのＫＤで、二リン酸化されたヘプトースに結合する。ある実施形態では、抗体分子は、非リン酸化ヘプトースと比較して、リン酸化された（例えば、高リン酸化された）ヘプトースに優先的に結合する。ある実施形態では、抗体分子は、単一のリン酸化を有するヘプトースと比較して、高リン酸化された（例えば、二リン酸化された）ヘプトースに優先的に結合する。ある実施形態では、抗体分子は、二リン酸化されたマンノース、単一のリン酸化を有するマンノース、または非リン酸化マンノースと比較して、高リン酸化された（例えば、二リン酸化された）ヘプトースに優先的に結合する。
ある実施形態では、本明細書に記載される結合特性を有する抗体分子は、例えば、本明細書に記載されるように、スルファターゼモチーフ（例えば、改変スルファターゼモチーフ）を含む。
抗菌ペプチド
本明細書で使用される場合、用語「抗菌ペプチド」は、抗菌活性、例えば、抗細菌活性を有するペプチドを指す。理論によって束縛されることは望まないが、ある実施形態では、抗菌ペプチドは、いくつかの微生物、例えば、細菌に対する広スペクトルの活性、および必要に応じて低レベルの誘導された耐性と共に、可変性の長さ、配列および構造を有し得ると考えられる。ある実施形態では、抗菌ペプチドは、抗細菌ペプチドである。
抗菌ペプチドは、それらのアミノ酸組成および構造に基づいてサブグループへと分割される分子の多様な群である。典型的には、これらのペプチドは、アルギニン、リシンによって、または酸性環境中では、ヒスチジンによって提供される、２つまたはそれよりも多くの正に荷電した残基、および大きい割合（例えば、５０％よりも高い）の疎水性残基を含む。これらの分子の二次構造には、例えば、ｉ）α－ヘリックス、ｉｉ）２つまたはそれよりも多くのジスルフィド結合の存在に起因するβ－鎖、ｉｉｉ）単一のジスルフィド結合の存在および／またはペプチド鎖の環化に起因するβ－ヘアピンまたはループ、ならびにｉｖ）伸長型が含まれる。これらのペプチドの一部は、自由溶液中では構造化されず、生体膜への分配の際にそれらの最終的な構成へとフォールディングし得る。抗菌ペプチドは、らせん分子の一方の側に沿ってアラインされた親水性アミノ酸残基、および反対側に沿ってアラインされた疎水性アミノ酸残基を含み得る。抗菌ペプチドのこの両親媒性により、これらが膜脂質二重層へと分配されることが可能になる。理論によって束縛されることは望まないが、ある実施形態では、膜透過処理が要求されない場合があるが、膜に関連する能力は、抗菌ペプチドの典型的な特色であると考えられる。
抗菌ペプチドの型には、例えば、アニオン性ペプチド（例えば、グルタミン酸およびアスパラギン酸に富む）、線状カチオン性α－ヘリックスペプチド（例えば、システインを欠如する）、カチオン性ペプチド（例えば、プロリン、アルギニン、フェニルアラニン、グリシンまたはトリプトファンに富む）、ならびにシステインを含みジスルフィド結合を形成する（例えば、１～３つのジスルフィド結合を含む）アニオン性およびカチオン性ペプチドが含まれる。
抗菌ペプチドが微生物を殺滅する作用様式は変動し、異なる細菌種によって異なり得る。原形質膜は、よくある標的であるが、ペプチドは、ＤＮＡおよびタンパク質合成、タンパク質フォールディング、ならびに細胞壁合成もまた妨げ得る。ペプチドと標的生物との間の最初の接触は、静電的であり得るが、それは、ほとんどの細菌表面がアニオン性、または疎水性であるからである。それらのアミノ酸組成物、両親媒性、カチオン性電荷およびサイズにより、これらが膜二重層に結合し、膜二重層中に挿入して、「バレル－たる板（ｂａｒｒｅｌ－ｓｔａｖｅ）」、「カーペット」または「トロイド－孔」機構によって孔を形成することが可能になる。あるいは、これらは、細胞中に浸透して、細胞生存にとって極めて重要な細胞内分子に結合し得る。細胞内結合モデルは、細胞壁合成の阻害、原形質膜の変更、自己溶菌酵素の活性化、ＤＮＡ、ＲＮＡ、およびタンパク質合成の阻害、ならびにある特定の酵素の阻害を含む。これらのペプチドは、殺菌性および／または静菌性であり得る。典型的には、これらのペプチドの抗菌（例えば、抗細菌）活性は、最小発育阻止濃度（ＭＩＣ）を測定することによって決定される。
抗菌ペプチドは、グラム陰性およびグラム陽性細菌、ウイルス、真菌、ならびに形質転換した細胞またはがん性細胞を殺滅することが実証されている（Reddy et al. (2004) International Journal of Antimicrobial Agents 24 (6): 536-547）。抗菌ペプチドは、免疫調節活性もまた有し得る。例えば、免疫調節活性は、感染のクリアランス、例えば、宿主遺伝子発現を変更し、ケモカインとして作用し、および／もしくはケモカイン産生を誘導する能力、リポ多糖誘導性の炎症促進性サイトカイン産生を阻害すること、創傷治癒を促進すること、または樹状細胞および適応免疫応答の細胞の応答をモジュレートすることに関与し得る。
いくつかの方法が、抗菌ペプチド活性の機構を決定するために使用され得る。これらの方法には、例えば、固体ＮＭＲ分光法、顕微鏡、原子発光分光法、蛍光色素、イオンチャネル形成、円偏光二色性および配向円偏光二色性、二面偏波式干渉法、または中性子およびＸ線回折が含まれる。
ある実施形態では、抗菌ペプチドは、１０ｋＤａよりも下、例えば、８ｋＤａ、６ｋＤａ、４ｋＤａ、２ｋＤａ、または１ｋＤａよりも下である。ある実施形態では、抗菌ペプチドは、約６～約１００アミノ酸、例えば、約６～約７５アミノ酸、約６～約５０アミノ酸、約６～約２５アミノ酸、約２５～約１００アミノ酸、約５０～約１００アミノ酸、または約７５～約１００アミノ酸を含むかまたはそれからなる。ある実施形態では、抗細菌ペプチドは、約１２～約５０アミノ酸を含むかまたはそれからなる。ある実施形態では、抗細菌ペプチドは、約１５～約４５アミノ酸を含むかまたはそれからなる。ある実施形態では、抗菌ペプチドは、実質的にカチオン性である。ある実施形態では、抗菌ペプチドは、実質的に両親媒性である。ある実施形態では、抗菌ペプチドは、実質的にカチオン性かつ両親媒性である。ある実施形態では、抗菌ペプチドは、グラム陰性細菌にとって細胞増殖抑制性である。ある実施形態では、抗菌ペプチドは、グラム陰性細菌にとって細胞毒性である。ある実施形態では、抗菌ペプチドは、グラム陽性細菌にとって細胞増殖抑制性かつ細胞毒性である。ある実施形態では、抗菌ペプチドは、例えば、異なる属、種、亜種、および／または株の２種またはそれよりも多くの細菌に対して細胞増殖抑制性および／または細胞毒性の、広スペクトルの抗菌ペプチドである。ある実施形態では、抗菌ペプチドは、分泌されたポリペプチドである。
抗菌ペプチドは、広範な動物：微生物、無脊椎動物、植物、両生類、鳥類、魚類および哺乳動物から単離されており、記載されている（Wang et al., Nucleic Acids Res. 2009; 37 (Database issue):D933-7）。例えば、抗菌ポリペプチドは、Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂｉａｌ Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｄａｔａｂａｓｅ（；Wang et al., Nucleic Acids Res. 2009; 37 (Database issue):D933-7）、ＣＡＭＰ：Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ ｏｆ Ａｎｔｉ－Ｍｉｃｒｏｂｉａｌ Ｐｅｐｔｉｄｅｓ（；Thomas et al., Nucleic Acids Res. 2010; 38 (Database issue):D774-80）、米国特許第５２２１７３２号、米国特許第５４４７９１４号、米国特許第５５１９１１５号、米国特許第５６０７９１４号、米国特許第５７１４５７７号、米国特許第５７３４０１５号、米国特許第５７９８３３６号、米国特許第５８２１２２４号、米国特許第５８４９４９０号、米国特許第５８５６１２７号、米国特許第５９０５１８７号、米国特許第５９９４３０８号、米国特許第５９９８３７４号、米国特許第６１０７４６０号、米国特許第６１９１２５４号、米国特許第６２１１１４８号、米国特許第６３００４８９号、米国特許第６３２９５０４号、米国特許第６３９９３７０号、米国特許第６４７６１８９号、米国特許第６４７８８２５号、米国特許第６４９２３２８号、米国特許第６５１４７０１号、米国特許第６５７３３６１号、米国特許第６５７３３６１号、米国特許第６５７６７５５号、米国特許第６６０５６９８号、米国特許第６６２４１４０号、米国特許第６６３８５３１号、米国特許第６６４２２０３号、米国特許第６６５３２８０号、米国特許第６６９６２３８号、米国特許第６７２７０６６号、米国特許第６７３０６５９号、米国特許第６７４３５９８号、米国特許第６７４３７６９号、米国特許第６７４７００７号、米国特許第６７９０８３３号、米国特許第６７９４４９０号、米国特許第６８１８４０７号、米国特許第６８３５５３６号、米国特許第６８３５７１３号、米国特許第６８３８４３５号、米国特許第６８７２７０５号、米国特許第６８７５９０７号、米国特許第６８８４７７６号、米国特許第６８８７８４７号、米国特許第６９０６０３５号、米国特許第６９１１５２４号、米国特許第６９３６４３２号、米国特許第７００１９２４号、米国特許第７０７１２９３号、米国特許第７０７８３８０号、米国特許第７０９１１８５号、米国特許第７０９４７５９号、米国特許第７１６６７６９号、米国特許第７２４４７１０号、米国特許第７３１４８５８号および米国特許第７５８２３０１号に記載されており、これらの内容は、参照により本明細書に組み込まれる。
本明細書に記載される抗菌ペプチドは、１種または複数の細菌種、例えば、異なる属、種、亜種、および／または株の１種または複数の細菌（例えば、グラム陰性細菌）の生存能を阻害または低減し得る。ある実施形態では、抗菌ペプチドは、２、３、４、５、６、７、８、９、１０種、またはそれよりも多くのグラム陰性細菌株の生存能を阻害および／または低減することができる。例えば、抗体分子は、腸内細菌科（例えば、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ、またはＣｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ、例えば、汎耐性腸内細菌科）からの異なる種、亜種、および／または株の１種または複数の細菌、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓからの異なる種、亜種、および／または株の１種または複数の細菌、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒからの異なる種、亜種、および／または株の１種または複数の細菌、あるいはそれらの任意の組合せの生存能を阻害および／または低減し得る。ある実施形態では、抗菌ペプチドは、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａ（例えば、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ ｓｕｂｓｐ．ｏｚａｅｎａｅ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ ｓｕｂｓｐ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、またはＫｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ ｓｕｂｓｐ．ｒｈｉｎｏｓｃｌｅｒｏｍａｔｉｓ）、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｃａｎｃｅｒｏｇｅｎｏｕｓ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｃｌｏａｃａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｈｏｒｍａｅｃｈｅｉ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ ａｓｂｕｒｉａｅ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ ｂｏｙｄｉｉ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ ｄｙｓｅｎｔｅｒｉａｅ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ ｆｌｅｘｎｅｒｉ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ ｓｏｎｎｅｉ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ（例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ ＡＴＣＣ １１７７５、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ ＡＴＣＣ ２５９２２、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ ＡＴＣＣ ３５４０１、またはＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ ＡＴＣＣ ４３８９５）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｆｅｒｇｕｓｏｎｉｉ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｃｈｏｌｅｒａｅｓｕｉｓ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｃｈｏｌｅｒａｅｓｕｉｓ ｓｕｂｓｐ．ｉｎｄｉｃａ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｅｎｔｅｒｉｔｉｄｉｓ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｖｉｒｃｈｏｗ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｐａｒａｔｙｐｈｉ Ｂ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｐａｒａｔｙｐｈｉ Ａ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｃｈｏｌｅｒａｅｓｕｉｓ ｓｕｂｓｐ．ａｒｉｚｏｎａｅ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｃｈｏｌｅｒａｅｓｕｉｓ ｓｕｂｓｐ．ｄｉａｒｉｚｏｎａｅ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｃｈｏｌｅｒａｅｓｕｉｓ ｓｕｂｓｐ．ｈｏｕｔｅｎａｅ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｂｏｎｇｏｒｉ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｅｄｌａｋｉｉ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ ｂｒａａｋｉｉ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ ｗｅｒｋｍａｎｉｉ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ ｆｒｅｕｎｄｉｉ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ ｙｏｕｎｇａｅ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ ａｍａｌｏｎａｔｉｃｕｓ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｆｒｅｄｅｒｉｋｓｅｎｉｉ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｐｅｓｔｉｓ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｐｓｅｕｄｏｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ、またはそれらの任意の組合せの生存能を阻害または低減することができる。
ある実施形態では、抗菌ペプチドは、以下のうち１種または複数の生存能を阻害および／または低減することができる：Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ（例えば、バンコマイシン耐性（ＶＲＥ）Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ（例えば、メチシリン耐性（ＭＲＳＡ）Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉ（例えば、多剤耐性（ＭＤＲ）Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ）、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ（例えば、多剤耐性（ＭＤＲ）Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、例えば、カルバペネム耐性Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）、腸内細菌科（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、またはＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．、例えば、カルバペネム耐性腸内細菌科（ＣＲＥ））、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏａｅａｅ（例えば、薬物耐性Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏａｅａｅ）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ（例えば、薬物耐性Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）、Ｓｈｉｇｅｌｌａ（例えば、薬物耐性Ｓｈｉｇｅｌｌａ）、広域スペクトルβ－ラクタマーゼ（ＥＳＢＬ）を生成する細菌、またはＭｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ（例えば、薬物耐性Ｍ．ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）。本明細書に記載される抗菌ペプチドは、以下の特性のうち１つまたは複数（例えば、２つ、３つまたは全て）を有し得る：強い細菌阻害活性、強い殺菌活性、低い赤血球（ＲＢＣ）溶血活性、または低い細胞毒性（例えば、オフターゲット毒性）。ある実施形態では、抗菌ペプチドは、本明細書に記載される細菌株、例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ ＡＴＣＣ ２５９２２、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ ＡＴＣＣ２７８５３、またはその両方に対して、１００μｇ／ｍｌ未満の、例えば、９０、８０、７０、６０、５０、４０、３０、２０、１０、または５μｇ／ｍｌ未満の最小発育阻止濃度（ＭＩＣ）を有する。ある実施形態では、抗菌ペプチドは、本明細書に記載される細菌株、例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ ＡＴＣＣ ２５９２２、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ ＡＴＣＣ２７８５３、またはその両方に対して、１００μｇ／ｍｌ未満の、例えば、９０、８０、７０、６０、５０、４０、３０、２０、１０、または５μｇ／ｍｌ未満の最小殺菌濃度（ＭＢＣ）を有する。ある実施形態では、抗菌ペプチドは、低い溶血活性を有する、例えば、例えば、それぞれ、赤血球溶血アッセイおよびＭＩＣアッセイによって決定して、１と等しいまたはそれよりも大きい（例えば、４：１、８：１、１６：１、２４：１、または３２：１よりも大きい）、グラム陰性細菌（例えば、本明細書に記載されるグラム陰性細菌）についての、ＰＬＣのＭＩＣに対する比を有する。ある実施形態では、ＰＬＣは、赤血球の５０％を溶解するのに要求されるまたは必要とされる濃度（例えば、最小濃度）である。ある実施形態では、抗菌ペプチドは、低い溶血活性を有する、例えば、例えば、それぞれ、赤血球溶血アッセイおよびＭＩＣアッセイによって決定して、４：１よりも大きい（例えば、８：１、１６：１、２４：１、または３２：１よりも大きい）、グラム陰性細菌（例えば、本明細書に記載されるグラム陰性細菌）についての、ＭＬＣのＭＩＣに対する比を有する。ある実施形態では、ＭＬＣは、赤血球の１００％を溶解するのに要求されるまたは必要とされる濃度（例えば、最小濃度）である。
ある実施形態では、抗菌ペプチドは、α－ヘリックスペプチドである。ある実施形態では、抗菌ペプチドは、架橋された２つまたはそれよりも多くのアミノ酸残基を有する。例えば、抗菌ペプチド中の２つのシステイン残基が、架橋され得る、例えば、化学的に架橋され得る。理論によって束縛されることは望まないが、ある実施形態では、抗菌ペプチド中の２つまたはそれよりも多くのアミノ酸残基を架橋することは、α－ヘリックスコンフォメーションを増強し得、血清安定性を増強し得、および／または抗菌効力を増加させ得ると考えられる。ある実施形態では、架橋された２つまたはそれよりも多くのアミノ酸残基を有する抗菌ペプチドは、架橋された２つまたはそれよりも多くのアミノ酸残基を有さない他の点では同一な抗菌ペプチドよりも、例えば、血清中で、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９または１０倍高く安定である。ある実施形態では、架橋された２つまたはそれよりも多くのアミノ酸残基を有する抗菌ペプチドは、架橋された２つまたはそれよりも多くのアミノ酸残基を有さない他の点では同一な抗菌ペプチドよりも少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９８％または９９％低いＭＩＣを有する。
ある実施形態では、抗菌ペプチドは、例えば、抗体分子－薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）を形成するために、抗体分子、例えば、本明細書に記載される抗体分子にカップリング（例えば、融合）される。
以下の基準が、候補抗菌ペプチドを選択するために使用され得る：広スペクトル（例えば、複数の細菌病原体に対する活性）、アルファ－ヘリックス二次構造（例えば、機能的形態で容易に発現される）、膜破壊による作用機構（例えば、殺菌および／または小分子との相乗効果）、ｉｎ ｖｉｖｏ安定性（例えば、ヒト血清中で安定）、およびＮ末端改変に適応可能であること（例えば、Ｃ末端抗体コンジュゲートとして機能するために）。
本明細書に記載される抗菌ペプチドは、抗菌活性をそれ自体では有さない配列を含み得る。ある実施形態では、抗菌ペプチドは、リンカー配列を含む。ある実施形態では、抗菌ペプチドは、ソルターゼドナー配列を含む。
ある実施形態では、抗菌ペプチド単独は、ＬＰＳ、例えば、ＬＰＳのコア領域に結合しない。
ある実施形態では、抗体分子の重鎖は、第１のソルターゼアクセプター配列を含み、抗体分子の軽鎖は、第２のソルターゼアクセプター配列を含む。ある実施形態では、ソルターゼアクセプター配列、例えば、第１のソルターゼ認識配列は、（ＧＳ）６ＬＰＥＴＧＧＧ（配列番号２４）のアミノ酸配列を含む。別の実施形態では、ソルターゼアクセプター配列、例えば、第２のソルターゼアクセプター配列は、Ｐ（Ｇ４Ｓ）２ＬＰＥＴＧＧＳＧ（配列番号２６）のアミノ酸配列を含む。
ある実施形態では、抗菌ペプチドは、本明細書に記載されるアミノ酸配列、例えば、配列番号６７～８０、９４～１０２、１４７～１５６、１５８～１５９、１６３～１６４、または２４６～２５８のいずれかから１、２、３、４、もしくは５つ以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。ある実施形態では、抗菌ペプチドは、本明細書に記載されるアミノ酸配列、例えば、配列番号６７～８０、９４～１０２、１４７～１５６、１５８～１５９、１６３～１６４もしくは２４６～２５８のいずれか、またはその部分、例えば、その機能的断片（例えば、１つまたは複数の（例えば、２、３、４つまたはそれよりも多くの）Ｎ末端Ｇ残基が省かれている）を含むかまたはそれからなる。例えば、配列番号１０１、１４７、１５２～１５４、１５６、または１６３～１６４のいずれか中の最初の３つのＮ末端Ｇ残基は、省かれ得る。ある実施形態では、１つまたは複数の（例えば、２、３、４つまたはそれよりも多くの）Ｎ末端Ｇ残基の存在は、抗菌ペプチドの活性を低減しないか、または実質的に低減しない。
ある実施形態では、ペプチドは、ＲＧＬＲＲＬＧＲＫＩＡＨＧＶＫＫＹＧＰＴＶＬＲＩＩＲＩＡＧ（配列番号６８）、ＧＧＧＲＧＬＲＲＬＧＲＫＩＡＨＧＶＫＫＹＧＰＴＶＬＲＩＩＲＩＡＧ（配列番号８０）、ＧＧＧＧＲＦＫＲＦＲＫＫＦＫＫＬＦＫＫＬＳＰＶＩＰＬＬＨＬＧ（配列番号１０１）、またはＧＲＦＫＲＦＲＫＫＦＫＫＬＦＫＫＬＳＰＶＩＰＬＬＨＬＧ（配列番号１０２）のアミノ酸配列を含む。
ある実施形態では、抗菌ペプチドは、ステープルされた（ｓｔａｐｌｅｄ）抗菌ペプチドである。理論によって束縛されることは望まないが、ある実施形態では、ステープルすることは、例えば、血清中での、安定性を増加させ得る、非特異的結合を低減し得る、またはその両方であり得ると考えられる。例示的なステープルする方法は、例えば、Alexander et al. J. Am. Chem. Soc., 2013, 135 (16), 5946-5949；および実施例７に記載されている。
ある実施形態では、抗菌ペプチドは、表４に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。別の実施形態では、抗菌ペプチドは、表４に記載されるアミノ酸配列、またはその部分、例えば、その機能的断片から１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。ある実施形態では、抗菌ペプチドは、配列番号６７～８０、９４～１０２、１４７～１５６、１５８～１５９、１６３～１６４、または２４６～２５８のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。ある実施形態では、抗菌ペプチドは、カルボキサミド基（例えば、Ｃ末端カルボキサミド官能基）を含む。
ある実施形態では、抗菌ペプチドは、配列番号２５７のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。
ある実施形態では、抗菌ペプチドは、配列番号２５８のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。
ある実施形態では、抗菌ペプチドは、配列番号１０１のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。
ある実施形態では、抗菌ペプチドは、配列番号１４７のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。
ある実施形態では、抗菌ペプチドは、配列番号１５２のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。
ある実施形態では、抗菌ペプチドは、配列番号１５３のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。
ある実施形態では、抗菌ペプチドは、配列番号１５４のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。
ある実施形態では、抗菌ペプチドは、配列番号１５６のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。ある実施形態では、抗菌ペプチドを含むＡＤＣは、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ力価を、例えば、ＭＩＣの約４（例えば、約２、３、４、５、６、７）倍またはそれよりも高いペプチドレベルで、少なくとも約３ｌｏｇ（例えば、約１．５、２、２．５、３、３．５または４ｌｏｇ）低減することができる。ある実施形態では、抗菌ペプチドを含むＡＤＣは、細菌、例えば、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａの膜を破壊する。
ある実施形態では、抗菌ペプチドは、配列番号１６３のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。
ある実施形態では、抗菌ペプチドは、配列番号１６４のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。
ある実施形態では、抗菌ペプチドは、配列番号１５６および２４６～２５８のいずれか１つのアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。
ある実施形態では、抗菌ペプチドは、配列番号２４６のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。
ある実施形態では、抗菌ペプチドは、配列番号２４７のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。
ある実施形態では、抗菌ペプチドは、配列番号２４８のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。
ある実施形態では、抗菌ペプチドは、配列番号２４９のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。
ある実施形態では、抗菌ペプチドは、配列番号２５０のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。
ある実施形態では、抗菌ペプチドは、配列番号２５１のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。
ある実施形態では、抗菌ペプチドは、配列番号２５２のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。
ある実施形態では、抗菌ペプチドは、配列番号２５３のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。
ある実施形態では、抗菌ペプチドは、配列番号２５４のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。
ある実施形態では、抗菌ペプチドは、配列番号２５５のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。
ある実施形態では、抗菌ペプチドは、配列番号２５６のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。
ある実施形態では、抗菌ペプチドは、１つまたは複数の（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０個、またはそれよりも多くの）Ｄ－アミノ酸を含む。ある実施形態では、抗菌ペプチド中のアミノ酸残基のうち少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または１００％が、Ｄ－アミノ酸である。ある実施形態では、抗菌ペプチド中のアミノ酸残基の全てが、Ｄ－アミノ酸である。理論によって束縛されることは望まないが、ある実施形態では、抗菌ペプチド中の１つまたは複数の（例えば、全ての）Ｄ－アミノ酸の存在は、例えば、１つまたは複数の（例えば、全ての）Ｌ－アミノ酸を含む他の点では同一な抗菌ペプチドと比較して、例えば、血清（例えば、ヒト血清）中での抗菌ペプチドまたはＡＤＣの安定性を増加させ得ると考えられる。
ある実施形態では、抗菌ペプチドは、１つまたは複数の（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０個、またはそれよりも多くの）Ｌ－アミノ酸を含む。ある実施形態では、抗菌ペプチド中のアミノ酸残基のうち少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または１００％が、Ｌ－アミノ酸である。ある実施形態では、抗菌ペプチド中のアミノ酸残基の全てが、Ｌ－アミノ酸である。
ある実施形態では、抗菌ペプチドは、１つまたは複数のＤ－アミノ酸および１つまたは複数のＬ－アミノ酸を含む。例えば、表４に記載される抗菌ペプチド中のアミノ酸残基のいずれかが、Ｄ－アミノ酸またはＬ－アミノ酸であり得る。
表4. 例示的な抗菌ペプチドのアミノ酸配列
Figure 2023521319000011
Figure 2023521319000012
 MAL:マレイミド; EG3:トリ(エチレングリコール)
ある実施形態では、ＡＤＣは、ＲＧＬＲＲＬＧＲＫＩＡＨＧＶＫＫＹＧＰＴＶＬＲＩＩＲＩＡＧ（配列番号６８）、ＧＧＧＲＧＬＲＲＬＧＲＫＩＡＨＧＶＫＫＹＧＰＴＶＬＲＩＩＲＩＡＧ（配列番号８０）、ＧＧＧＧＲＦＫＲＦＲＫＫＦＫＫＬＦＫＫＬＳＰＶＩＰＬＬＨＬＧ（配列番号１０１）、またはＧＲＦＫＲＦＲＫＫＦＫＫＬＦＫＫＬＳＰＶＩＰＬＬＨＬＧ（配列番号１０２）のアミノ酸配列を含むペプチドを含む。
ある実施形態では、抗菌ペプチドは、ＲＧＬＲＲＬＧＲＫＩＡＨＧＶＫＫＹＧＰＴＶＬＲＩＩＲＩＡＧ（配列番号６８）、ＧＩＧＫＦＬＫＫＡＫＫＦＧＫＡＦＶＫＩＬＫＫ（配列番号６９）、ＫＫＬＬＫＷＬＫＫＬＬ（配列番号７２）、ＲＬＧＮＦＦＲＫＡＫＫＫＩＧＲＧＬＫＫＩＧＱＫＩＫＤＦＬＧＮＬＶＰＲＴＥＳ（配列番号７４）、ＧＩＧＫＨＶＧＫＡＬＫＧＬＫＧＬＬＫＧＬＧＥＳ（配列番号９４）、ＧＲＲＫＲＫＷＬＲＲＩＧＫＧＶＫＩＩＧＧＡＡＬＤＨＬ（配列番号９５）、ＧＧＬＲＳＬＧＲＫＩＬＲＡＷＫＫＹＧＰＱＡＴＰＡＴＲＱ（配列番号９６）、ＩＫＷＫＫＬＬＲＡＡＫＲＩＬ（配列番号９７）、ＩＧＫＫＷＫＲＩＶＫＲＩＫＫＦＬＲＫＬ（配列番号９８）、ＩＬＧＫＩＷＫＩＫＫＬＦ（配列番号９９）、またはＲＬＧＤＩＬＱＫＡＲＥＫＩＥＧＧＬＫＫＬＶＱＫＩＫＤＦＦＧＫＦＡＰＲＴＥＳ（配列番号１００）から選択されるアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。
ある実施形態では、抗菌ペプチドは、本明細書（例えば、表４中）に記載されるペプチド配列から選択されるアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。ある実施形態では、抗菌ペプチドは、例えば、抗菌ペプチドの１つまたは複数の生物物理学的特性を増強する、本明細書に記載される抗菌ペプチドのアナログである。ある実施形態では、抗菌ペプチドは、ペプチド２９７（Ｐ２９７）のアナログ、例えば、（Ｄ）－Ｐ２９７である。ある実施形態では、抗菌ペプチド（例えば、Ｐ２９７アナログ）は、荷電した残基（例えば、アルギニンまたはリシン）の、非荷電残基（例えば、アラニンまたはスレオニン）への突然変異を含む。ある実施形態では、抗菌ペプチド（例えば、Ｐ２９７アナログ）は、ＲからＡへの、ＲからＴへの突然変異、ＲからＳへの突然変異、またはそれらの組合せを含む。ある実施形態では、抗菌ペプチド（例えば、Ｐ２９７アナログ）は、ＫからＡへの、ＫからＴへの突然変異、ＫからＳへの突然変異、またはそれらの組合せを含む。ある実施形態では、抗菌ペプチドは、Ｃ末端もしくはＮ末端に、またはＣ末端もしくはＮ末端に近い位置に（例えば、Ｃ末端もしくはＮ末端から１、２、３、４、５、もしくは６アミノ酸以下の位置に）、アニオン性ペプチドを含む。ある実施形態では、アニオン性ペプチドの長さは、約２～１５、３～１４、４～１３、５～１２、６～１１、７～１０、８～９、２～１３、２～１１、２～９、２～７、２～５、１２～１５、９～１５、６～１５、３～１５、４～９、５～８、または６～７アミノ酸残基である。ある実施形態では、抗菌ペプチドは、例えば、Ｎ末端に、かつアニオン性ペプチド配列に隣接して、ＡＡＡの配列を含む。ある実施形態では、抗菌ペプチド、例えば、（Ｄ）Ｐ－２９７は、Ｐ２９７とほぼ同じ活性（例えば、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａを殺滅する）を有する。ある実施形態では、抗菌ペプチド、例えば、（Ｄ）Ｐ－２９７は、Ｐ２９７よりも、血清中で安定である。ある実施形態では、抗菌ペプチド（例えば、Ｐ２９７アナログ）は、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ力価を、例えば、ＭＩＣの４倍またはそれよりも高いペプチドレベルで、約３ｌｏｇ（例えば、２、２．５、３、３．５または４ｌｏｇ）よりも大きく低減する。ある実施形態では、抗菌ペプチド（例えば、Ｐ２９７アナログ）は、ＭＩＣよりも、１０倍よりも大きく高い、溶解レベルを有する。ある実施形態では、抗菌ペプチド（例えば、Ｐ２９７アナログ）は、ｉｎ ｖｉｔｒｏアッセイにおいて高い治療指数を有する。ある実施形態では、抗菌ペプチド（例えば、Ｐ２９７アナログ）は、ＭＩＣよりも約２００倍高い、哺乳動物細胞（例えば、２９３Ｔ）の細胞毒性を示す。ある実施形態では、抗菌ペプチド（例えば、Ｐ２９７アナログ）では、Ｌ－アミノ酸がＤ－アミノ酸で置換されている（例えば、（Ｄ）－Ｐ２９７）。ある実施形態では、Ｌ－アミノ酸がＤ－アミノ酸で置換された抗菌ペプチド、例えば、（Ｄ）－Ｐ２９７は、（Ｌ）－Ｐ２９７と比べて減少したプロテアーゼ感受性および／または増加した血清安定性を有する。ある実施形態では、Ｌ－アミノ酸がＤ－アミノ酸で置換された抗菌ペプチド、例えば、（Ｄ）－Ｐ２９７は、Ｐ２９７とほぼ同じ、または本質的に同じ活性（例えば、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａを殺滅する）を有する。
ある実施形態では、抗菌ペプチドは、表４に記載されるペプチド配列から選択されるアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。ある実施形態では、抗菌ペプチドは、ペプチド２９７（Ｐ２９７）またはペプチド３６９（Ｐ３６９）のアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。ある実施形態では、抗菌ペプチドは、配列番号１５６のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。ある実施形態では、抗菌ペプチドは、配列番号２５７のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。ある実施形態では、抗菌ペプチドは、例えば、本明細書に記載されるように、Ｄ－アミノ酸を含むかまたはそれからなる。ある実施形態では、抗菌ペプチド（例えば、Ｐ３６９またはＰ２９７）は、抗体分子（例えば、ＶＳＸ）にコンジュゲートされる。ある実施形態では、ＡＤＣ（例えば、ＶＳＸ－１またはＶＳＸ－２）は、殺菌活性を有する。ある実施形態では、ＡＤＣ（例えば、ＶＳＸ－１またはＶＳＸ－２）は、参照ＡＤＣと比べて低減された細胞毒性を示す。ある実施形態では、ＡＤＣ（例えば、ＶＳＸ－１またはＶＳＸ－２）は、参照ＡＤＣと比較して改善された生体内分布を有する。ある実施形態では、ＡＤＣ（例えば、ＶＳＸ－１またはＶＳＸ－２）は、例えば、実施例１１に記載されるように、参照抗体と比べて、マウスＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ肺感染症モデルにおける生存を増加させる。
抗体分子－薬物コンジュゲート
本明細書で使用される場合、用語「抗体分子－薬物コンジュゲート」またはＡＤＣは、非抗体部分、例えば、治療剤または標識、例えば、抗菌ペプチドにカップリングされた抗体分子を指す。抗体分子は、直接的に、または間接的に、例えば、リンカーを介して、非抗体部分にカップリングされ得る。
ある実施形態では、抗体分子は、共有結合によって非抗体部分にカップリングされる。ある実施形態では、抗体分子は、ペプチド結合によって非抗体部分にカップリングされる。ある実施形態では、非抗体部分への抗体分子のカップリングは、ソルターゼによって媒介される。ある実施形態では、抗体分子と非抗体部分とのカップリングは、融合タンパク質を形成する。ある実施形態では、抗体分子と非抗体部分とは、融合タンパク質を形成する。ある実施形態では、融合タンパク質は、抗体分子（例えば、重鎖、軽鎖、またはその両方）と非抗体部分との間に、リンカーを含む。ある実施形態では、抗体分子は、非ペプチド結合によって非抗体部分にカップリングされる。ある実施形態では、抗体分子は、非ペプチド結合によっては非抗体部分にカップリングされない。ある実施形態では、非抗体部分は、「ペイロード」とも呼ばれる。
ある実施形態では、非抗体部分は、抗体分子の骨格にカップリングされる。別の実施形態では、非抗体部分は、抗体分子の側鎖にカップリングされる。ある実施形態では、非抗体部分は、ペプチド（例えば、抗菌ペプチド）であり、抗体分子は、ペプチド（例えば、抗菌ペプチド）の骨格にカップリングされる。ある実施形態では、非抗体部分は、ペプチド（例えば、抗菌ペプチド）であり、抗体分子は、ペプチド（例えば、抗菌ペプチド）の側鎖にカップリングされる。
ある実施形態では、２つまたはそれよりも多くの（例えば、３、４、５、６、７、８つ、またはそれよりも多くの）非抗体部分（例えば、抗菌ペプチド）が、抗体分子にカップリングされる。ある実施形態では、４つの非抗体部分（例えば、抗菌ペプチド）が、抗体分子にカップリングされる。例えば、これらの非抗体部分は同じであり得、またはこれらの非抗体部分の少なくとも一部は、互いに異なる。ある実施形態では、非抗体部分（例えば、抗菌ペプチド）は、二価様式で抗体分子にカップリングされる。別の実施形態では、非抗体部分（例えば、抗菌ペプチド）は、四価様式で抗体分子にカップリングされる。
ある実施形態では、ＡＤＣは、細菌（例えば、グラム陰性細菌）に結合する抗体分子を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、例えば、グラム陰性細菌の外膜上のＬＰＳに結合する抗体分子を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、本明細書に記載される抗体分子含む。
ある実施形態では、ＡＤＣは、ＣＤＲのＫａｂａｔまたはＣｈｏｔｈｉａ定義を使用して、表１または３に記載される抗体分子（例えば、ｍＡｂ００１、Ａ００１－２５、ｈＷＮ０１、ｈＷＮｖ１、３Ｅ７、３Ｇ１、２Ｃ７、もしくは３Ｄ６、またはヒト化ｍＡｂ００１のいずれか）のＶＨ領域の１、２、または３つのＣＤＲを含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、ＣＤＲのＫａｂａｔまたはＣｈｏｔｈｉａ定義を使用して、表１または３に記載される抗体分子（例えば、ｍＡｂ００１、Ａ００１－２５、ｈＷＮ０１、ｈＷＮｖ１、３Ｅ７、３Ｇ１、２Ｃ７、もしくは３Ｄ６、またはヒト化ｍＡｂ００１のいずれか）のＶＬ領域の１、２、または３つのＣＤＲを含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、ＣＤＲのＫａｂａｔまたはＣｈｏｔｈｉａ定義を使用して、表１または３に記載される抗体分子（例えば、ｍＡｂ００１、Ａ００１－２５、ｈＷＮ０１、ｈＷＮｖ１、３Ｅ７、３Ｇ１、２Ｃ７、もしくは３Ｄ６、またはヒト化ｍＡｂ００１のいずれか）のＶＨ領域の１つもしくは複数の（例えば、２もしくは３つの）ＣＤＲおよび／またはＶＬ領域の１つもしくは複数の（例えば、２もしくは３つの）ＣＤＲを含む。
ある実施形態では、ＡＤＣは、表１または３に記載される１、２、または３つのＶＨ ＣＤＲを含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、表１または３に記載される１、２、または３つのＶＬ ＣＤＲを含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、表１または３に記載される１つもしくは複数の（例えば、２もしくは３つの）ＶＨ ＣＤＲおよび／または１つもしくは複数の（例えば、２もしくは３つの）ＶＬ ＣＤＲを含む。
ある実施形態では、ＡＤＣは、表１または３に記載される抗体分子（例えば、ｍＡｂ００１、Ａ００１－２５、ｈＷＮ０１、ｈＷＮｖ１、３Ｅ７、３Ｇ１、２Ｃ７、もしくは３Ｄ６、またはヒト化ｍＡｂ００１のいずれか）のＶＨ領域の１、２、３、または４つのフレームワークを含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、表１または３に記載される抗体分子（例えば、ｍＡｂ００１、Ａ００１－２５、ｈＷＮ０１、ｈＷＮｖ１、３Ｅ７、３Ｇ１、２Ｃ７、もしくは３Ｄ６、またはヒト化ｍＡｂ００１のいずれか）のＶＬ領域の１、２、３、または４つのフレームワークを含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、表１または３に記載される抗体分子（例えば、ｍＡｂ００１、Ａ００１－２５、ｈＷＮ０１、ｈＷＮｖ１、３Ｅ７、３Ｇ１、２Ｃ７、もしくは３Ｄ６、またはヒト化ｍＡｂ００１のいずれか）のＶＨ領域の１つもしくは複数の（例えば、２、３、もしくは４つの）フレームワークおよび／またはＶＬ領域の１つもしくは複数の（例えば、２、３、もしくは４つの）フレームワークを含む。
ある実施形態では、ＡＤＣは、表１または３に記載される抗体分子（例えば、ｍＡｂ００１、Ａ００１－２５、ｈＷＮ０１、ｈＷＮｖ１、３Ｅ７、３Ｇ１、２Ｃ７、もしくは３Ｄ６、またはヒト化ｍＡｂ００１のいずれか）の重鎖可変領域を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、表１または３に記載される抗体分子（例えば、ｍＡｂ００１、Ａ００１－２５、ｈＷＮ０１、ｈＷＮｖ１、３Ｅ７、３Ｇ１、２Ｃ７、もしくは３Ｄ６、またはヒト化ｍＡｂ００１のいずれか）の軽鎖可変領域を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、表１または３に記載される抗体分子（例えば、ｍＡｂ００１、Ａ００１－２５、ｈＷＮ０１、ｈＷＮｖ１、３Ｅ７、３Ｇ１、２Ｃ７、もしくは３Ｄ６、またはヒト化ｍＡｂ００１のいずれか）の重鎖可変領域および軽鎖可変領域を含む。
ある実施形態では、ＡＤＣは、表１または３に記載されるアミノ酸配列を有する重鎖可変領域を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、表１または３に記載されるアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、表２に記載されるアミノ酸配列を有する重鎖可変領域および表１または３に記載されるアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域を含む。ある実施形態では、本明細書に記載される抗体分子またはＡＤＣは、ＶＬ残基Ｒ１００ならびに／またはＶＨ残基Ｒ１０１および／もしくはＲ１０３の１つまたは複数の（例えば、１、２、または３つの）保存的置換を含む。ある実施形態では、保存的置換の１つまたは複数は、アルギニン以外の正に荷電したアミノ酸（例えば、リシンまたはヒスチジン）への突然変異を含む。ある実施形態では、抗体分子またはＡＤＣは、ＶＬの残基Ｒ１００の保存的置換（例えば、アルギニン以外の正に荷電したアミノ酸、例えば、リシンまたはヒスチジンへの突然変異）を含む。ある実施形態では、抗体分子またはＡＤＣは、ＶＨの残基Ｒ１０１の保存的置換（例えば、アルギニン以外の正に荷電したアミノ酸、例えば、リシンまたはヒスチジンへの突然変異）を含む。ある実施形態では、抗体分子またはＡＤＣは、ＶＨの残基Ｒ１０３の保存的置換（例えば、アルギニン以外の正に荷電したアミノ酸、例えば、リシンまたはヒスチジンへの突然変異）を含む。
ある実施形態では、抗体分子は、表２に記載されるヌクレオチド配列によってコードされる重鎖可変領域を含む。ある実施形態では、抗体分子は、表２に記載されるヌクレオチド配列によってコードされる軽鎖可変領域を含む。ある実施形態では、抗体分子は、表２に記載されるヌクレオチド配列によってコードされる重鎖可変領域、および表２に記載されるヌクレオチド配列によってコードされる軽鎖可変領域を含む。
ある実施形態では、ＡＤＣは、重鎖定常領域を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、軽鎖定常領域を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、重鎖定常領域および軽鎖定常領域を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、表１または３に記載される抗体分子の重鎖定常領域、軽鎖定常領域、ならびに重鎖および軽鎖可変領域を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、表１または３に記載される抗体分子の、重鎖定常領域、軽鎖定常領域、および１、２、３、４、５、または６つのＣＤＲを含む可変領域を含む。
ある実施形態では、ＡＤＣは、異なる属、種、亜種、および／または株の２種またはそれよりも多くのグラム陰性細菌に結合することができる。異なる属、種、亜種、および／または株の２種またはそれよりも多くのグラム陰性細菌に結合することができる抗体分子またはＡＤＣは、いくつかの有利な特性を有する。例えば、１つの療法は、複数の細菌感染症を処置、予防または診断するために使用され得る。さらに、医師は、適切な療法を決定するために、どの細菌属、種、亜種および／または株が患者に感染したかを決定する必要がない。したがって、ある実施形態では、ＡＤＣは、異なる属、種、亜種、および／または株の２、３、４、５、６、７、８、９、１０種、またはそれよりも多くのグラム陰性細菌に、高い親和性で独立して結合することができる。例えば、抗体分子は、腸内細菌科（例えば、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ、またはＣｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ、例えば、汎耐性腸内細菌科）からの異なる種、亜種、および／または株の１種または複数の細菌、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓからの異なる種、亜種、および／または株の１種または複数の細菌、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒからの異なる種、亜種、および／または株の１種または複数の細菌、あるいはそれらの任意の組合せに、高い親和性で独立して結合し得る。ある実施形態では、ＡＤＣは、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａ（例えば、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ ｓｕｂｓｐ．ｏｚａｅｎａｅ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ ｓｕｂｓｐ．Ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、またはＫｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ ｓｕｂｓｐ．ｒｈｉｎｏｓｃｌｅｒｏｍａｔｉｓ）、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｃａｎｃｅｒｏｇｅｎｏｕｓ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｃｌｏａｃａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｈｏｒｍａｅｃｈｅｉ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ ａｓｂｕｒｉａｅ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ ｂｏｙｄｉｉ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ ｄｙｓｅｎｔｅｒｉａｅ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ ｆｌｅｘｎｅｒｉ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ ｓｏｎｎｅｉ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ（例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ ＡＴＣＣ １１７７５、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ ＡＴＣＣ ２５９２２、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ ＡＴＣＣ ３５４０１、またはＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ ＡＴＣＣ ４３８９５）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｆｅｒｇｕｓｏｎｉｉ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｃｈｏｌｅｒａｅｓｕｉｓ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｃｈｏｌｅｒａｅｓｕｉｓ ｓｕｂｓｐ．ｉｎｄｉｃａ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｅｎｔｅｒｉｔｉｄｉｓ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｖｉｒｃｈｏｗ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｐａｒａｔｙｐｈｉ Ｂ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｐａｒａｔｙｐｈｉ Ａ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｃｈｏｌｅｒａｅｓｕｉｓ ｓｕｂｓｐ．ａｒｉｚｏｎａｅ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｃｈｏｌｅｒａｅｓｕｉｓ ｓｕｂｓｐ．ｄｉａｒｉｚｏｎａｅ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｃｈｏｌｅｒａｅｓｕｉｓ ｓｕｂｓｐ．ｈｏｕｔｅｎａｅ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｂｏｎｇｏｒｉ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｅｄｌａｋｉｉ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ ｂｒａａｋｉｉ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ ｗｅｒｋｍａｎｉｉ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ ｆｒｅｕｎｄｉｉ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ ｙｏｕｎｇａｅ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ ａｍａｌｏｎａｔｉｃｕｓ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｆｒｅｄｅｒｉｋｓｅｎｉｉ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｐｅｓｔｉｓ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｐｓｅｕｄｏｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ、またはそれらの任意の組合せに結合することができる。
ある実施形態では、ＡＤＣは、以下のうち１種または複数に結合することができる：Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ（例えば、バンコマイシン耐性（ＶＲＥ）Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ（例えば、メチシリン耐性（ＭＲＳＡ）Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉ（例えば、多剤耐性（ＭＤＲ）Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ）、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ（例えば、多剤耐性（ＭＤＲ）Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、例えば、カルバペネム耐性Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）、腸内細菌科（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、またはＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．、例えば、カルバペネム耐性腸内細菌科（ＣＲＥ））、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏａｅａｅ（例えば、薬物耐性Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏａｅａｅ）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ（例えば、薬物耐性Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）、Ｓｈｉｇｅｌｌａ（例えば、薬物耐性Ｓｈｉｇｅｌｌａ）、広域スペクトルβ－ラクタマーゼ（ＥＳＢＬ）を生成する細菌、またはＭｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ（例えば、薬物耐性Ｍ．ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）。
ある実施形態では、ＡＤＣは、１種または複数の（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０種、またはそれよりも多くの）Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ株に結合することができる。別の実施形態では、ＡＤＣは、１種または複数の（例えば、２、３、４、５、６種、またはそれよりも多くの）多剤耐性Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ株に結合することができる。
ある実施形態では、ＡＤＣは、ＬＰＳ上の線状またはコンフォメーションエピトープに結合する。別の実施形態では、ＡＤＣは、ＬＰＳ上のコア五糖領域に結合する。ある実施形態では、ＡＤＣは、例えば、本明細書に記載されるオプソニン化貪食作用アッセイによって決定して、オプソニン化貪食作用活性を有する。ある実施形態では、ＡＤＣは、例えば、貪食細胞の存在下で、例えば、約２０μｇ／ｍＬのＡＤＣで、オプソニン化貪食作用殺滅活性を有する。
ある実施形態では、ＡＤＣは、抗菌ペプチド、例えば、例えば、表４に開示されるアミノ酸配列を有する、本明細書に記載される抗菌ペプチドを含む。別の実施形態では、抗菌ペプチドは、表４に記載されるアミノ酸配列、またはその部分、例えば、その機能的断片（例えば、１つまたは複数の（例えば、２、３、４つまたはそれよりも多くの）Ｎ末端Ｇ残基が省かれている）から１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。ある実施形態では、抗菌ペプチドは、配列番号６７～８０、９４～１０２、１４７～１５６、１５８～１５９、１６３～１６４、または２４６～２５８のいずれかのアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。ある実施形態では、ＡＤＣは、１つまたは複数の（例えば、２、３、４、５、６、７、８つ、またはそれよりも多くの）抗菌ペプチドを含み、その各々は、配列番号６７～８０、９４～１０２、１４７～１５６、１５８～１５９、１６３～１６４、または２４６～２５８のいずれかのアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を有する。ある実施形態では、ＡＤＣは、４つまたはそれよりも多くの抗菌ペプチドを含み、その各々は、配列番号６７～８０、９４～１０２、１４７～１５６、１５８～１５９、１６３～１６４、または２４６～２５８のいずれかのアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を有する。ある実施形態では、ＡＤＣは、４つまたはそれよりも多くの抗菌ペプチドを含み、その各々は、配列番号６７～８０、９４～１０２、１４７～１５６、１５８～１５９、１６３～１６４、または２４６～２５８のいずれかのアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。ある実施形態では、抗菌ペプチドは、カルボキサミド基（例えば、Ｃ末端カルボキサミド官能基）を含む。
ある実施形態では、抗菌ペプチドは、１つまたは複数の（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０個、またはそれよりも多くの）Ｄ－アミノ酸を含む。ある実施形態では、抗菌ペプチド中のアミノ酸残基のうち少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または１００％が、Ｄ－アミノ酸である。ある実施形態では、抗菌ペプチド中のアミノ酸残基の全てが、Ｄ－アミノ酸である。
ある実施形態では、抗菌ペプチドは、１つまたは複数の（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０個、またはそれよりも多くの）Ｌ－アミノ酸を含む。ある実施形態では、抗菌ペプチド中のアミノ酸残基のうち少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または１００％が、Ｌ－アミノ酸である。ある実施形態では、抗菌ペプチド中のアミノ酸残基の全てが、Ｌ－アミノ酸である。
ある実施形態では、抗菌ペプチドは、１つまたは複数のＤ－アミノ酸および１つまたは複数のＬ－アミノ酸を含む。
ある実施形態では、ＡＤＣは、異なる属、種、亜種、および／または株の２、３、４、５、６、７、８、９、１０種、またはそれよりも多くの細菌（例えば、グラム陰性細菌）の生存能を阻害および／または低減することができる。例えば、抗体分子は、腸内細菌科（例えば、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ、またはＣｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ、例えば、汎耐性腸内細菌科）からの異なる種、亜種、および／または株の１種または複数の細菌、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓからの異なる種、亜種、および／または株の１種または複数の細菌、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒからの異なる種、亜種、および／または株の１種または複数の細菌、あるいはそれらの任意の組合せの生存能を阻害および／または低減し得る。ある実施形態では、ＡＤＣは、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａ（例えば、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ ｓｕｂｓｐ．ｏｚａｅｎａｅ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ ｓｕｂｓｐ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、またはＫｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ ｓｕｂｓｐ．ｒｈｉｎｏｓｃｌｅｒｏｍａｔｉｓ）、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｃａｎｃｅｒｏｇｅｎｏｕｓ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｃｌｏａｃａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｈｏｒｍａｅｃｈｅｉ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ ａｓｂｕｒｉａｅ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ ｂｏｙｄｉｉ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ ｄｙｓｅｎｔｅｒｉａｅ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ ｆｌｅｘｎｅｒｉ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ ｓｏｎｎｅｉ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ（例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ ＡＴＣＣ １１７７５、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ ＡＴＣＣ ２５９２２、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ ＡＴＣＣ ３５４０１、またはＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ ＡＴＣＣ ４３８９５）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｆｅｒｇｕｓｏｎｉｉ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｃｈｏｌｅｒａｅｓｕｉｓ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｃｈｏｌｅｒａｅｓｕｉｓ ｓｕｂｓｐ．ｉｎｄｉｃａ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｅｎｔｅｒｉｔｉｄｉｓ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｖｉｒｃｈｏｗ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｐａｒａｔｙｐｈｉ Ｂ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｐａｒａｔｙｐｈｉ Ａ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｃｈｏｌｅｒａｅｓｕｉｓ ｓｕｂｓｐ．ａｒｉｚｏｎａｅ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｃｈｏｌｅｒａｅｓｕｉｓ ｓｕｂｓｐ．ｄｉａｒｉｚｏｎａｅ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｃｈｏｌｅｒａｅｓｕｉｓ ｓｕｂｓｐ．ｈｏｕｔｅｎａｅ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｂｏｎｇｏｒｉ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｅｄｌａｋｉｉ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ ｂｒａａｋｉｉ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ ｗｅｒｋｍａｎｉｉ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ ｆｒｅｕｎｄｉｉ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ ｙｏｕｎｇａｅ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ ａｍａｌｏｎａｔｉｃｕｓ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｆｒｅｄｅｒｉｋｓｅｎｉｉ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｐｅｓｔｉｓ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｐｓｅｕｄｏｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ、またはそれらの任意の組合せの生存能を阻害または低減することができる。
ある実施形態では、ＡＤＣは、以下のうち１種または複数の生存能を阻害または低減することができる：Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ（例えば、バンコマイシン耐性（ＶＲＥ）Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ（例えば、メチシリン耐性（ＭＲＳＡ）Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉ（例えば、多剤耐性（ＭＤＲ）Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ）、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ（例えば、多剤耐性（ＭＤＲ）Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、例えば、カルバペネム耐性Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）、腸内細菌科（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、またはＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．、例えば、カルバペネム耐性腸内細菌科（ＣＲＥ））、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏａｅａｅ（例えば、薬物耐性Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏａｅａｅ）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ（例えば、薬物耐性Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）、Ｓｈｉｇｅｌｌａ（例えば、薬物耐性Ｓｈｉｇｅｌｌａ）、広域スペクトルβ－ラクタマーゼ（ＥＳＢＬ）を生成する細菌、またはＭｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ（例えば、薬物耐性Ｍ．ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）。
ある実施形態では、ＡＤＣは、１種または複数の（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０種、またはそれよりも多くの）Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ株に結合することができる。別の実施形態では、ＡＤＣは、１種または複数の（例えば、２、３、４、５、６種またはそれよりも多くの）多剤耐性Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ株に結合することができる。
理論によって束縛されることは望まないが、本明細書に記載されるＡＤＣに適切な抗菌ペプチドは、以下の特性のうち１つまたは複数（例えば、２つ、３つまたは全て）に少なくとも一部基づいて選択され得る：強い細菌阻害活性、強い殺菌活性、低い赤血球（ＲＢＣ）溶血活性、または低い細胞毒性（例えば、オフターゲット毒性）。ある実施形態では、抗菌ペプチドは、本明細書に記載される細菌株、例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ ＡＴＣＣ ２５９２２、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ ＡＴＣＣ２７８５３、またはその両方に対して、１００μｇ／ｍｌ未満の、例えば、９０、８０、７０、６０、５０、４０、３０、２０、１０、または５μｇ／ｍｌ未満の最小発育阻止濃度（ＭＩＣ）を有する。ある実施形態では、抗菌ペプチドは、本明細書に記載される細菌株、例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ ＡＴＣＣ ２５９２２、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ ＡＴＣＣ２７８５３、またはその両方に対して、１００μｇ／ｍｌ未満の、例えば、９０、８０、７０、６０、５０、４０、３０、２０、１０、または５μｇ／ｍｌ未満の最小殺菌濃度（ＭＢＣ）を有する。ある実施形態では、抗菌ペプチドは、低い溶血活性を有する、例えば、例えば、それぞれ、赤血球溶血アッセイおよびＭＩＣアッセイによって決定して、１と等しいまたはそれよりも大きい（例えば、４：１、８：１、１６：１、２４：１、または３２：１よりも大きい）、グラム陰性細菌（例えば、本明細書に記載されるグラム陰性細菌）についての、ＰＬＣのＭＩＣに対する比を有する。ある実施形態では、ＰＬＣは、赤血球の５０％を溶解するのに要求されるまたは必要とされる濃度（例えば、最小濃度）である。ある実施形態では、抗菌ペプチドは、低い溶血活性を有する、例えば、例えば、それぞれ、赤血球溶血アッセイおよびＭＩＣアッセイによって決定して、４：１よりも大きい（例えば、８：１、１６：１、２４：１、または３２：１よりも大きい）、グラム陰性細菌（例えば、本明細書に記載されるグラム陰性細菌）についての、ＭＬＣのＭＩＣに対する比を有する。ある実施形態では、ＭＬＣは、赤血球の１００％を溶解するのに要求されるまたは必要とされる濃度（例えば、最小濃度）である。
ある実施形態では、抗菌ペプチドは、α－ヘリックスペプチドである。ある実施形態では、抗菌ペプチドは、架橋された２つまたはそれよりも多くのアミノ酸残基を有する。例えば、抗菌ペプチド中の２つのシステイン残基が、架橋され得る、例えば、化学的に架橋され得る。理論によって縛られることは望まないが、ある実施形態では、抗菌ペプチド中の２つまたはそれよりも多くのアミノ酸残基を架橋することは、α－ヘリックスコンフォメーションを増強し得、血清安定性を増強し得、および／または抗菌効力を増加させ得ると考えられる。ある実施形態では、架橋された２つまたはそれよりも多くのアミノ酸残基を有する抗菌ペプチドは、架橋された２つまたはそれよりも多くのアミノ酸残基を有さない他の点では同一な抗菌ペプチドよりも、例えば、血清中で、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９または１０倍高く安定である。ある実施形態では、架橋された２つまたはそれよりも多くのアミノ酸残基を有する抗菌ペプチドは、架橋された２つまたはそれよりも多くのアミノ酸残基を有さない他の点では同一な抗菌ペプチドよりも少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９８％または９９％低いＭＩＣを有する。
ある実施形態では、ＡＤＣは、酵素的合成によって生成される。例えば、ＡＤＣは、抗体分子（例えば、タグ化抗体分子）の発現、ペプチド（例えば、抗菌ペプチド）の化学的合成、および抗体分子へのペプチドの酵素的ライゲーションによって生成され得る。ある実施形態では、９０％もしくはそれよりも高い、例えば、９２％もしくはそれよりも高い、９５％もしくはそれよりも高い、９７％もしくはそれよりも高い、または９９％もしくはそれよりも高い反応効率が達成される。別の実施形態では、この方法は、ＡＤＣを精製することをさらに含む。ある実施形態では、収量は、精製後に、６０％もしくはそれよりも高い（例えば、７０％もしくはそれよりも高い、７５％もしくはそれよりも高い、８０％もしくはそれよりも高い、９０％もしくはそれよりも高い、または９５％もしくはそれよりも高い）。
ある実施形態では、ＡＤＣは、細菌表面に結合する。別の実施形態では、ＡＤＣは、分泌された小胞に結合する。さらに別の実施形態では、ＡＤＣは、細菌表面および分泌された小胞の両方に結合する。ある実施形態では、結合は、電子顕微鏡によって検出される。ある実施形態では、ＡＤＣは、第２の属、種、または亜種からの細菌への結合と比較して、第１の属、種、または亜種からの細菌への増強された結合を有する。ある実施形態では、ＡＤＣは、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ以外の細菌（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉまたはＫｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｓｐｐ．）への結合と比較して、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａへの増強された結合を有する。
ある実施形態では、ＡＤＣは、ａ）リポ多糖（ＬＰＳ）に結合する抗体分子；およびｂ）抗菌ペプチドを含み、
抗体分子は、ＶＨおよびＶＬを含み、ＶＨは、３つの重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）を含み、ＶＬは、３つの軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）を含み、ＡＤＣまたは抗体分子は、
（ａ）配列番号１０８のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；配列番号１０９、１４５もしくは１４６のいずれかのアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；配列番号１０７のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；配列番号１１０、１３８、１４０もしくは１４４のいずれかのアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；配列番号１１１、１３９、１４１、１４２もしくは１４３のいずれかのアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；および配列番号１１２のいずれかのアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、または
（ｂ）配列番号１０５のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；配列番号１０６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；配列番号１０７のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；配列番号１１０、１３８、１４０もしくは１４４のいずれかのアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；配列番号１１１、１３９、１４１、１４２もしくは１４３のいずれかのアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；および配列番号１１２のいずれかのアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３
を含み；
抗菌ペプチドは、
（ｉ）配列番号１０１のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列；
（ｉｉ）配列番号１４７のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列；
（ｉｉｉ）配列番号１５２のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列；
（ｉｖ）配列番号１５３のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列；
（ｖ）配列番号１５４のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列；
（ｖｉ）配列番号１５６のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列；
（ｖｉｉ）配列番号１６３のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列；
（ｖｉｉｉ）配列番号１６４のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列；
（ｉｘ）配列番号２４６のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列；
（ｘ）配列番号２４７のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列；
（ｘｉ）配列番号２４８のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列；
（ｘｉｉ）配列番号２４９のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列；
（ｘｉｉｉ）配列番号２５０のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列；
（ｘｉｖ）配列番号２５１のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列；
（ｘｖ）配列番号２５２のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列；
（ｘｖｉ）配列番号２５３のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列；
（ｘｖｉｉ）配列番号２５４のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列；
（ｘｖｉｉｉ）配列番号２５５のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列；
（ｘｉｘ）配列番号２５６のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列；
（ｘｘ）配列番号２５７のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列；または
（ｘｘｉ）配列番号２５８のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列；
を含むかまたはそれからなる。
ある実施形態では、ＡＤＣは、（ａ）および（ｉ）を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、（ａ）および（ｉｉ）を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、（ａ）および（ｉｉｉ）を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、（ａ）および（ｉｖ）を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、（ａ）および（ｖ）を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、（ａ）および（ｖｉ）を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、（ａ）および（ｖｉｉ）を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、（ａ）および（ｖｉｉｉ）を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、（ａ）および（ｉｘ）を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、（ａ）および（ｘ）を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、（ａ）および（ｘｉ）を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、（ａ）および（ｘｉｉ）を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、（ａ）および（ｘｉｉｉ）を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、（ａ）および（ｘｉｖ）を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、（ａ）および（ｘｖ）を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、（ａ）および（ｘｖｉ）を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、（ａ）および（ｘｖｉｉ）を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、（ａ）および（ｘｖｉｉｉ）を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、（ａ）および（ｘｉｘ）を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、（ａ）および（ｘｖｉｉｉ）を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、（ａ）および（ｘｘ）を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、（ａ）および（ｘｖｉｉｉ）を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、（ａ）および（ｘｘｉ）を含む。
ある実施形態では、ＡＤＣは、（ｂ）および（ｉ）を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、（ｂ）および（ｉｉ）を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、（ｂ）および（ｉｉｉ）を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、（ｂ）および（ｉｖ）を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、（ｂ）および（ｖ）を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、（ｂ）および（ｖｉ）を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、（ｂ）および（ｖｉｉ）を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、（ｂ）および（ｖｉｉｉ）を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、（ｂ）および（ｉｘ）を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、（ｂ）および（ｘ）を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、（ｂ）および（ｘｉ）を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、（ｂ）および（ｘｉｉ）を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、（ｂ）および（ｘｉｉｉ）を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、（ｂ）および（ｘｉｖ）を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、（ｂ）および（ｘｖ）を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、（ｂ）および（ｘｖｉ）を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、（ｂ）および（ｘｖｉｉ）を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、（ｂ）および（ｘｖｉｉｉ）を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、（ｂ）および（ｘｉｘ）を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、（ａ）および（ｘｖｉｉｉ）を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、（ｂ）および（ｘｘ）を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、（ａ）および（ｘｖｉｉｉ）を含む。ある実施形態では、ＡＤＣは、（ｂ）および（ｘｘｉ）を含む。
部位特異的コンジュゲーション
本明細書に記載されるＡＤＣは、部位特異的コンジュゲーション法によって作製され得る。理論によって束縛されることは望まないが、ある実施形態では、部位特異的コンジュゲーションは、ＡＤＣを作製するために使用される従来のコンジュゲーション化学に優るある特定の利点を提供し得ると考えられる。例えば、例えば、部位特異的ペイロード配置が含まれる部位特異的コンジュゲーションは、薬物対抗体の比およびコンジュゲーション部位に対する制御を可能にし、これは、ＡＤＣの特性、例えば、ＡＤＣの薬物動態学（ＰＫ）、性質または有効性に影響を与え得る。さらに、部位特異的コンジュゲーションにおいて使用されるリンカー組成もまた、ＡＤＣの特性に影響を与え得る。
ＡＤＣを作製するための部位特異的コンジュゲーション法は、例えば、制御された薬物負荷、簡略化された分析性および改善された治療指数を有する、均質な生成物を生成し得る。典型的には、これらの方法は、抗体骨格上の規定された位置において反応性アミノ酸を導入し、ペイロードをコンジュゲートするためにこれらのアミノ酸の独自の化学的または酵素的反応性を使用する（例えば、Junutula et al. Nat Biotechnol. 2008; 26(8):925-32；Strop et al. Chem Biol. 2013; 20(2):161-7；Axup et al. Proc Natl Acad Sci U S A. 2012; 109(40):16101-6；Kung Sutherland et al. Blood. 2013; 122(8):1455-63に記載される）。
例示的な部位特異的コンジュゲーション法は、例えば、Drake et al. Bioconjug Chem. 2014; 25(7):1331-41、米国特許第９，２３８，８７８号および国際公開番号ＷＯ２０１０／０９６３９４にも記載されており、これらの全ての内容は、本明細書で参照により本明細書に組み込まれる。例えば、タンパク質の部位選択的改変のための化学酵素的アプローチは、タンパク質骨格中にホルミルグリシン（ｆＧｌｙ）残基を導入するために、天然に存在するホルミルグリシン生成酵素（ＦＧＥ）を使用し得る。リンカーは、ｆＧｌｙのアルデヒド側鎖と選択的に反応して、タンパク質と安定なＣ－Ｃ結合を形成するように設計され得る。理論によって束縛されることは望まないが、ある実施形態では、本明細書に記載される方法は、例えば、所望の有効性および低減された毒性を有するＡＤＣの設計を可能にする制御された化学量論および欠点のない分析性を有する、部位特異的にコンジュゲートされたＡＤＣを生成し得ると考えられる。
本明細書に記載されるように、ある実施形態では、部位特異的ＡＤＣ生成は、抗体配列中への非天然アミノ酸ホルミルグリシン（ｆＧｌｙ）の取り込みに基づく。例えば、ｆＧｌｙを取り込むために、短いコンセンサス配列（例えば、ＣＸＰＸＲ、式中、Ｘは、典型的には、セリン、スレオニン、アラニン、またはグリシンである）が、標準的な分子生物学のクローニング技法を使用して、抗体重鎖または軽鎖の所望の位置に、例えば、保存された領域中に、挿入され得る（Rabuka et al. Nat Protoc. 2012; 7(6):1052-67）。コンセンサス配列は、抗体分子の種々の位置において、例えば、重鎖中（例えば、ＣＨ１、ＣＨ２、もしくはＣＨ３中に、またはＣ末端に）、軽鎖中（例えば、定常領域中にまたはＣ末端に）、またはその両方において挿入され得る。複数のコンセンサス配列（例えば、２、３、４、５、６、７、８つ、またはそれよりも多くの同一な、類似のまたは異なるコンセンサス配列）が、抗体分子中に挿入され得る。
タグ化抗体分子は、ホルミルグリシン生成酵素（ＦＧＥ）を共発現する細胞において組換え生成され得る。ＦＧＥは、タグ内のシステインをｆＧｌｙ残基へと共翻訳的に変換することができ、アルデヒドタグを有する抗体分子の発現を生じる（Carison et al. J Biol Chem. 2008; 283(29):20117-25）。タグ中のアルデヒド官能基は、生体直交型のコンジュゲーションのための化学的手段として機能できる（Sletten et al. Angew Chem Int Ed Engl. 2009; 48(38):6974-98）。ある実施形態では、ヒドラジノ－イソ－ピクテ・スペングラー（ＨＩＰＳ）ライゲーションが、ペイロードをｆＧｌｙに接続させて、薬物ペイロード（例えば、抗菌ペプチド）と抗体分子との間に安定なＣ－Ｃ共有結合を形成するために使用される（Agarwal et al. Bioconjug Chem. 2013; 24(6):846-51）。このＣ－Ｃ結合は、典型的には、例えば、循環およびＦｃＲｎリサイクルの間にＡＤＣが遭遇する生理学的に関連する課題（例えば、プロテアーゼ、低いｐＨ、または還元性試薬）に対して安定である。例示的なコンジュゲーション法および関連の化学は、ＰＣＴ公開番号ＷＯ２０１８／１３６６２６（その全体がこれにより参照により本明細書に組み込まれる）の図２６に記載されている。
本明細書の開示は、抗ＬＰＳ抗体分子（例えば、本明細書に記載される抗体分子）および共有結合的にカップリングされた抗菌ペプチド（例えば、本明細書に記載される抗菌ペプチド）を含むＡＤＣであって、抗体分子が、改変スルファターゼモチーフを含む、ＡＤＣを提供する。本開示は、薬物含有足場を提供するために抗菌ペプチドに共有結合的かつ部位特異的にカップリングされ得るアルデヒドタグ化抗体分子もまた提供する。本明細書に記載されるＡＤＣは、本明細書に記載される方法に従って、細菌感染症（例えば、グラム陰性細菌、例えば、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａに関連する感染症）または関連の障害を処置または予防するために使用され得る。本明細書に記載されるＡＤＣまたはアルデヒドタグ化抗体分子を生成する方法もまた、本明細書に記載される。
アルデヒドタグ
典型的には、アルデヒドタグは、ホルミルグリシン（ＦＧｌｙ）を含むようにホルミルグリシン生成酵素（ＦＧＥ）によって変換されることが可能なスルファターゼモチーフに由来する任意のアミノ酸配列に基づき得る。理論によって束縛されることは望まないが、ある実施形態では、ＦＧＥの作用は、配列特異的様式で方向づけられる、例えば、ＦＧＥは、スルファターゼモチーフにおいて作用し、このスルファターゼモチーフは、抗体分子の任意の領域内に位置し得ると考えられる。ある実施形態では、スルファターゼモチーフのＦＧＥ媒介性の変換は、部位特異的である、例えば、ＦＧＥは、スルファターゼモチーフのアミノ酸配列において作用する。別の実施形態では、ＦＧＥがスルファターゼモチーフに対して作用する能力は、配列文脈非依存的である、例えば、ＦＧＥがスルファターゼモチーフのシステイン／セリンを変換する能力は、スルファターゼモチーフが抗体分子中に提示される配列文脈に非依存的である。
アルデヒドタグの最小のスルファターゼモチーフは、典型的には、長さが６アミノ酸残基以下、典型的には、長さが約５または６アミノ酸残基である。アルデヒドタグは、５もしくは６残基の最小のスルファターゼモチーフを含み得、またはより長くてもよく、１つもしくは複数のさらなるアミノ酸残基がモチーフのＮおよび／もしくはＣ末端側に隣接し得る最小のスルファターゼモチーフを含み得る。例えば、５または６アミノ酸残基のアルデヒドタグ、ならびに５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０個よりも多く、またはそれよりも多くのアミノ酸残基のより長いアミノ酸配列が使用され得る。
理論によって束縛されることは望まないが、ある実施形態では、挿入、欠失、置換（置き換え）、または付加される（例えば、Ｎ末端またはＣ末端に）アミノ酸残基の数を最小化することによって、抗体分子のネイティブアミノ酸配列の改変の程度を最小化することが望ましいと考えられる。ある実施形態では、アルデヒドタグは、抗体分子のアミノ酸配列の１６、１５、１４、１３、１２、１１、１０、９、８、または７個未満のアミノ酸残基の改変（挿入、付加、欠失、置換／置き換え）を要求する。
ある実施形態では、本明細書に記載されるアルデヒドタグにおいて有用なスルファターゼモチーフは、式：
Ｘ１Ｚ１Ｘ２Ｚ２Ｘ３Ｚ３ （Ｉ）
を有し、式中、
Ｚ１は、システインまたはセリンであり（これは、（Ｃ／Ｓ）によっても示され得る）；
Ｚ２は、プロリンまたはアラニン残基のいずれかであり（これは、（Ｐ／Ａ）によっても示され得る）；
Ｚ３は、塩基性アミノ酸であり、アルギニン（Ｒ）、リシン（Ｋ）もしくはヒスチジン（Ｈ）、通常はリシン、または脂肪族アミノ酸（アラニン（Ａ）、グリシン（Ｇ）、ロイシン（Ｌ）、バリン（Ｖ）、イソロイシン（Ｉ）、もしくはプロリン（Ｐ）、通常はＡ、Ｇ、Ｌ、Ｖ、もしくはＩ）であり得；
Ｘ１は、存在するかまたは存在せず、存在する場合、任意のアミノ酸であり得るが、通常は、脂肪族アミノ酸、硫黄含有アミノ酸、または極性非荷電アミノ酸（例えば、芳香族アミノ酸または荷電アミノ酸以外）、通常はＬ、Ｍ、Ｖ、ＳまたはＴ、より通常はＬ、Ｍ、ＳまたはＶであり、但し、スルファターゼモチーフが抗体鎖のＮ末端にある場合、Ｘ１は存在し；
Ｘ２およびＸ３は独立して、任意のアミノ酸であり得るが、通常は、脂肪族アミノ酸、極性非荷電アミノ酸、または硫黄含有アミノ酸（例えば、芳香族アミノ酸または荷電アミノ酸以外）、通常はＳ、Ｔ、Ａ、Ｖ、ＧまたはＣ、より通常はＳ、Ｔ、Ａ、ＶまたはＧである。
ある実施形態では、スルファターゼモチーフは、式：
Ｘ１Ｚ１Ｘ２Ｚ２Ｘ３Ｒ （Ｉａ）
を有する。
典型的には、スルファターゼモチーフに対するＦＧＥの作用の後、Ｚ１は酸化されて、２－ホルミルグリシン（ＦＧｌｙ）残基を生成する。ＦＧＥ媒介性の変換および抗菌ペプチドの反応性パートナーとの反応の両方の後、上記式中のＺ１におけるＦＧｌｙ位置は、抗菌ペプチドに共有結合される。ある実施形態では、反応性パートナーは、α－求核試薬、例えば、アミノオキシまたはヒドラジド基であり、例えば、オキシムまたはヒドラゾン連結を介した、抗菌ペプチドへの抗体分子の連結を提供する。ある実施形態では、抗体分子および抗菌ペプチドは、組換え融合タンパク質技術に基づいて他の薬物コンジュゲートにおいて見出され得るようなアミド結合を介しては連結されない。
ある実施形態では、アルデヒドタグは、抗体鎖のＮ末端以外の位置に存在し、上記式のＸ１は、抗体分子のネイティブアミノ酸配列のアミノ酸残基によって提供される。ある実施形態では、抗体分子鎖のＮ末端以外の位置に存在する場合、スルファターゼモチーフは、式：
（Ｃ／Ｓ）Ｘ１（Ｐ／Ａ）Ｘ２Ｚ３ （ＩＩ）
を有し、式中、Ｘ１およびＸ２は独立して、任意のアミノ酸であるが、典型的には、脂肪族アミノ酸、極性非荷電アミノ酸、または硫黄含有アミノ酸（例えば、芳香族アミノ酸または荷電アミノ酸以外）、典型的にはＳ、Ｔ、Ａ、ＶまたはＣ、より典型的にはＳ、Ｔ、ＡまたはＶである。式ＩＩ中のＺ３は、上記のように定義される。
ある実施形態では、スルファターゼモチーフは、式：
（Ｃ／Ｓ）Ｘ１（Ｐ／Ａ）Ｘ２Ｒ （ＩＩａ）
を有する。
例えば、アルデヒドタグが、スルファターゼモチーフおよび「補助的モチーフ」の両方を含むように、スルファターゼモチーフは、配列のＮ末端およびＣ末端の一方または両方において、さらなる残基を含み得る。一実施形態では、スルファターゼモチーフは、Ｃ末端に（例えば、上記式中のアルギニン残基の後に）、ＡＡＬＬＴＧＲ（配列番号１７０）、ＳＱＬＬＴＧＲ（配列番号１７１）、ＡＡＦＭＴＧＲ（配列番号１７２）、ＡＡＦＬＴＧＲ（配列番号１７３）、ＳＡＦＬＴＧＲ（配列番号１７４）、ＡＳＩＬＴＧＫ（配列番号１７５）、ＶＳＦＬＴＧＲ（配列番号１７６）、ＡＳＬＬＴＧＬ（配列番号１７７）、ＡＳＩＬＩＴＧ（配列番号１７８）、ＶＳＦＬＴＧＲ（配列番号１７６）、ＳＡＩＭＴＧＲ（配列番号１７９）、ＳＡＩＶＴＧＲ（配列番号１８０）、ＴＮＬＷＲＧ（配列番号１８１）、ＴＮＬＷＲＧＱ（配列番号１８２）、ＴＮＬＣＡＡＳ（配列番号１８３）、ＶＳＬＷＴＧＫ（配列番号１８４）、ＳＭＬＬＴＧ（配列番号１８５）、ＳＭＬＬＴＧＮ（配列番号１８６）、ＳＭＬＬＴＧＴ（配列番号１８７）、ＡＳＦＭＡＧＱ（配列番号１８８）、もしくはＡＳＬＬＴＧＬ（配列番号１７７）（例えば、Dierks et al. (1999) EMBO J 18(8): 2084-2091を参照されたい）の、またはＧＳＬＦＴＧＲ（配列番号１８９）のアミノ酸配列の連続する残基の１、２、３、４、５、６つ、または７つ全ての、必要に応じた補助的モチーフを含む。ある実施形態では、アルデヒドタグは、ホスホン酸モノエステルヒドロラーゼ中にネイティブアミノ酸配列として存在し得るアミノ酸配列ＣＧＰＳＲ（Ｍ／Ａ）Ｓ（配列番号１９０）もＣＧＰＳＲ（Ｍ／Ａ）（配列番号１９１）も含まない。
アルデヒドタグのスルファターゼモチーフは、典型的には、選択されたＦＧＥによる変換ができるように選択される。ある実施形態では、ＦＧＥは、アルデヒドタグ化抗体分子が発現される宿主細胞中に存在する。別の実施形態では、ＦＧＥは、無細胞方法において、アルデヒドタグ化抗体分子と接触させられる。
典型的には、真核生物ＦＧＥによる変換に対して感受性のスルファターゼモチーフは、システインおよびプロリンを含み（例えば、上記式Ｉ中の、それぞれ、Ｚ１およびＺ２におけるシステインおよびプロリン（例えば、Ｘ１ＣＸ２ＰＸ３Ｒ）；上記式ＩＩ中のＣＸ１ＰＸ２Ｒ）、「ＳＵＭＦ１型」ＦＧＥによって改変される（例えば、Cosma et al. Cell 2003, 113, (4), 445-56；Dierks et al. Cell 2003, 113, (4), 435-44に記載される）。原核生物ＦＧＥによる変換に対して感受性のスルファターゼモチーフは、スルファターゼモチーフ中にシステインまたはセリンのいずれか、およびプロリンを含み（例えば、上記式Ｉ中の、それぞれ、Ｚ１におけるシステインまたはセリン、およびＺ２におけるプロリン（例えば、Ｘ１（Ｃ／Ｓ）Ｘ２ＰＸ３Ｒ）；上記式ＩＩ中の（Ｃ／Ｓ）Ｘ１ＰＸ２Ｒ）、それぞれ、「ＳＵＭＦ１型」ＦＧＥまたは「ＡｔｓＢ型」ＦＧＥのいずれかによって改変される（例えば、Szameit et al. J Biol Chem 1999, 274, (22), 15375-81に記載される）。原核生物ＦＧＥによる変換に対して感受性の他のスルファターゼモチーフは、スルファターゼモチーフ中にシステインまたはセリンのいずれか、およびプロリンまたはアラニンのいずれかを含み（例えば、それぞれ、Ｚ１におけるシステインまたはセリン、およびＺ２におけるプロリンまたはアラニン、例えば、ＳＸ１ＡＸ２Ｒ；Ｘ１ＣＸ２ＰＸ３Ｚ３；Ｘ１ＳＸ２ＰＸ２Ｚ３；Ｘ１ＣＸ２ＡＸ３Ｚ３；Ｘ１ＳＸ２ＡＸ３Ｚ３；ＣＸ１ＰＸ２Ｚ３；ＳＸ１ＰＸ２Ｚ３；ＣＸ１ＡＸ２Ｚ３；ＳＸ１ＡＸ２Ｚ３（上記式Ｉ中）；ＣＸ１ＰＸ２Ｚ３（上記式ＩＩ中）；Ｘ１ＣＸ２ＰＸ３Ｒ；Ｘ１ＳＸ２ＰＸ２Ｒ；Ｘ１ＣＸ２ＡＸ３Ｒ；Ｘ１ＳＸ２ＡＸ３Ｒ（上記式Ｉａ中）；ＣＸ１ＰＸ２Ｒ；ＳＸ１ＰＸ２Ｒ；ＣＸ１ＡＸ２Ｒ；ＳＸ１ＡＸ２Ｒ（上記式ＩＩａ中））、ファーミキューテス門（例えば、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ）のＦＧＥによる改変に対して感受性である、例えば、かかるＦＧＥによって改変され得る（例えば、Berteau et al. J. Biol. Chem. 2006; 281:22464-22470に記載される）。
ある実施形態では、ＦＧＥは、真核生物ＦＧＥ（例えば、哺乳動物ＦＧＥ、例えば、ヒトＦＧＥ）であり、スルファターゼモチーフは、式：
Ｘ１ＣＸ２ＰＸ３Ｚ３ （ＩＩＩ）
を有し、式中、
Ｘ１は、存在するかまたは存在せず、存在する場合、任意のアミノ酸であるが、典型的には、脂肪族アミノ酸、硫黄含有アミノ酸、または極性非荷電アミノ酸（例えば、芳香族アミノ酸または荷電アミノ酸以外）、典型的にはＬ、Ｍ、ＳまたはＶであり、但し、スルファターゼモチーフが抗体分子鎖のＮ末端にある場合、Ｘ１は存在し；
Ｘ２およびＸ３は独立して、任意のアミノ酸であるが、典型的には、脂肪族アミノ酸、硫黄含有アミノ酸、または極性非荷電アミノ酸（例えば、芳香族アミノ酸または荷電アミノ酸以外）、典型的にはＳ、Ｔ、Ａ、Ｖ、ＧまたはＣ、より通常はＳ、Ｔ、Ａ、ＶまたはＧであり；
Ｚ３は、塩基性アミノ酸（これは、アルギニン（Ｒ）以外であり得、リシン（Ｋ）またはヒスチジン（Ｈ）、通常はリシンであり得る）または脂肪族アミノ酸（アラニン（Ａ）、グリシン（Ｇ）、ロイシン（Ｌ）、バリン（Ｖ）、イソロイシン（Ｉ）、もしくはプロリン（Ｐ）、通常はＡ、Ｇ、Ｌ、Ｖ、もしくはＩ）であり、式中、Ｚ３は、式ＩＩＩａではアルギニン（Ｒ）である。
ある実施形態では、スルファターゼモチーフは、式
Ｘ１ＣＸ２ＰＸ３Ｒ （ＩＩＩａ）
を有する。
例えば、例示的なスルファターゼモチーフには、ＬＣＴＰＳＲ（配列番号１６９）、ＭＣＴＰＳＲ（配列番号１９２）、ＶＣＴＰＳＲ（配列番号１９３）、ＬＣＳＰＳＲ（配列番号１９４）、ＬＣＡＰＳＲ（配列番号１９５）、ＬＣＶＰＳＲ（配列番号１９６）、ＬＣＧＰＳＲ（配列番号１９７）、ＩＣＴＰＡＲ（配列番号１９８）、ＬＣＴＰＳＫ（配列番号１９９）、ＭＣＴＰＳＫ（配列番号２００）、ＶＣＴＰＳＫ（配列番号２０１）、ＬＣＳＰＳＫ（配列番号２０２）、ＬＣＡＰＳＫ（配列番号２０３）、ＬＣＶＰＳＫ（配列番号２０４）、ＬＣＧＰＳＫ（配列番号２０５）、ＬＣＴＰＳＡ（配列番号２０６）、ＩＣＴＰＡＡ（配列番号２０７）、ＭＣＴＰＳＡ（配列番号２０８）、ＶＣＴＰＳＡ（配列番号２０９）、ＬＣＳＰＳＡ（配列番号２１０）、ＬＣＡＰＳＡ（配列番号２１１）、ＬＣＶＰＳＡ（配列番号２１２）、およびＬＣＧＰＳＡ（配列番号２１３）が含まれるがこれらに限定されない。
以下により詳細に記載されるように、変換されたアルデヒドタグ化抗体分子は、変換されたアルデヒドタグ化抗体分子のＦＧｌｙ残基への目的の部分間のコンジュゲーション、および改変されたポリペプチド（例えば、本明細書に記載されるＡＤＣ）の生成を提供するために、目的の部分の反応性パートナーと反応される。改変されたアルデヒドタグを有する改変された抗体分子は、式：
Ｘ１（ＦＧｌｙ’）Ｘ２Ｚ２Ｘ３Ｚ３ （Ｉ’）
を有する改変スルファターゼを含むことによって典型的には記載され、式中、
ＦＧｌｙ’は、共有結合された部分（例えば、本明細書に記載される抗菌ペプチド）を有するホルミルグリシン残基であり；
Ｚ２は、プロリンまたはアラニン残基のいずれかであり（これは、（Ｐ／Ａ）によっても示され得る）；
式Ｉ’中のＺ３は、塩基性アミノ酸であり、アルギニン（Ｒ）（式Ｉａ’中と同様）、リシン（Ｋ）もしくはヒスチジン（Ｈ）、通常はリシン、または脂肪族アミノ酸（アラニン（Ａ）、グリシン（Ｇ）、ロイシン（Ｌ）、バリン（Ｖ）、イソロイシン（Ｉ）、もしくはプロリン（Ｐ）、通常はＡ、Ｇ、Ｌ、Ｖ、もしくはＩ）であり得；
Ｘ１は、存在するかまたは存在せず、存在する場合、任意のアミノ酸であるが、典型的には、脂肪族アミノ酸、硫黄含有アミノ酸、または極性非荷電アミノ酸（例えば、芳香族アミノ酸または荷電アミノ酸以外）、典型的にはＬ、Ｍ、Ｖ、ＳまたはＴ、より典型的にはＬ、ＭまたはＶであり、但し、スルファターゼモチーフが抗体鎖のＮ末端にある場合、Ｘ１は存在し；
Ｘ２およびＸ３は独立して、任意のアミノ酸であるが、典型的には、脂肪族アミノ酸、硫黄含有アミノ酸、または極性非荷電アミノ酸（例えば、芳香族アミノ酸または荷電アミノ酸以外）、典型的にはＳ、Ｔ、Ａ、Ｖ、ＧまたはＣ、より典型的にはＳ、Ｔ、Ａ、ＶまたはＧである。
ある実施形態では、改変スルファターゼモチーフは、式：
Ｘ１（ＦＧｌｙ’）Ｘ２Ｚ２Ｘ３Ｒ （Ｉａ’）
を有する。
例示的な変換されたスルファターゼモチーフには、Ｌ（ＦＧｌｙ）ＴＰＳＲ（配列番号２１４）、Ｍ（ＦＧｌｙ）ＴＰＳＲ（配列番号２１５）、Ｖ（ＦＧｌｙ）ＴＰＳＲ（配列番号２１６）、Ｌ（ＦＧｌｙ）ＳＰＳＲ（配列番号２１７）、Ｌ（ＦＧｌｙ）ＡＰＳＲ（配列番号２１８）、Ｌ（ＦＧｌｙ）ＶＰＳＲ（配列番号２１９）、Ｌ（ＦＧｌｙ）ＧＰＳＲ（配列番号２２０）、Ｉ（ＦＧｌｙ）ＴＰＡＲ（配列番号２２１）、Ｌ（ＦＧｌｙ）ＴＰＳＫ（配列番号２２２）、Ｍ（ＦＧｌｙ）ＴＰＳＫ（配列番号２２３）、Ｖ（ＦＧｌｙ）ＴＰＳＫ（配列番号２２４）、Ｌ（ＦＧｌｙ）ＳＰＳＫ（配列番号２２５）、Ｌ（ＦＧｌｙ）ＡＰＳＫ（配列番号２２６）、Ｌ（ＦＧｌｙ）ＶＰＳＫ（配列番号２２７）、Ｌ（ＦＧｌｙ）ＧＰＳＫ（配列番号２２８）、Ｌ（ＦＧｌｙ）ＴＰＳＡ（配列番号２２９）、Ｍ（ＦＧｌｙ）ＴＰＳＡ（配列番号２３０）、Ｖ（ＦＧｌｙ）ＴＰＳＡ（配列番号２３１）、Ｌ（ＦＧｌｙ）ＳＰＳＡ（配列番号２３２）、Ｌ（ＦＧｌｙ）ＡＰＳＡ（配列番号２３３）、Ｌ（ＦＧｌｙ）ＶＰＳＡ（配列番号２３４）、およびＬ（ＦＧｌｙ）ＧＰＳＡ（配列番号２３５）が含まれるがこれらに限定されない。
ＦＧｌｙ残基のアルデヒドとの反応を介して抗菌ペプチドに共有結合的にカップリングされる例示的な抗体分子には、上記アミノ酸配列を有するものが含まれ得るが、未改変のＦＧｌｙの代わりに改変されたＦＧｌｙ（ＦＧｌｙ’によって上で示される）を有する。
アルデヒドタグを含めるための抗体分子の改変
アルデヒドタグは、挿入（例えば、ネイティブアミノ酸配列内の５または６アミノ酸残基の挿入を提供する）によって、および／または付加（例えば、抗体鎖のＮ末端またはＣ末端における）によって、抗体分子（例えば、抗体重鎖もしくは軽鎖、またはそれらの断片）中に提供され得る。アルデヒドタグは、抗体分子のネイティブアミノ酸残基の、アルデヒドタグの連続するアミノ酸配列による完全なまたは部分的な置換によっても提供され得る。例えば、５または６アミノ酸残基の異種アルデヒドタグは、ネイティブアミノ酸配列の１、２、３、４、５、または６個のアミノ酸残基を、アルデヒドタグの対応するアミノ酸残基で置き換えることによって、抗体分子中に提供され得る。
１つまたは複数のアルデヒドタグを含めるための抗体分子の改変は、例えば、所望のアルデヒドタグ化ポリペプチドをコードする核酸を生成するために、組換え分子遺伝学的技法を使用して達成され得る。あるいは、アルデヒドタグは、例えば、ポリペプチドのＣ末端にアルデヒドタグを付加するために、非組換え技法を使用して、例えば、ネイティブ化学的ライゲーションまたは偽ネイティブ化学的ライゲーションを使用して、付加され得る（例えば、米国特許第６，１８４，３４４号、同第６，３０７，０１８号、同第６，４５１，５４３号および同第６，５７０，０４０号；ならびにRush et al. (Jan. 5, 2006) Org Lett. 8(1):131-4に記載される）。
アルデヒドタグは、抗体分子内の任意の適切な位置に位置し得る。ある実施形態では、アルデヒドタグの部位は、ＦＧＥによる変換およびＦＧｌｙにおける引き続く改変のためにアクセス可能であるか、またはアクセス可能にされ得る（例えば、ポリペプチドを変性させることによって）。抗体分子は、複数のアルデヒドタグ、例えば、２、３、４、５、６、７、８つ、またはそれよりも多くのアルデヒドタグを含み得る。ある実施形態では、複数のアルデヒドタグのうち少なくとも２つ（例えば、全て）は、同一である。別の実施形態では、複数のアルデヒドタグのうち少なくとも１つは、複数のうちの別のアルデヒドタグとは異なる。
複数のアルデヒドタグを含む抗体分子
複数のアルデヒドタグが、例えば、抗体分子の表面上にタグを分布させるために、アルデヒドタグ化抗体分子中に位置し得る。
ある実施形態では、アルデヒドタグは、抗体分子にとってネイティブなアミノ酸残基によって、抗体分子中で間隔を空けられる。別の実施形態では、アルデヒドタグは、リンカーによって間隔を空けられ、リンカーは、抗体分子にとって異種のアミノ酸配列を有する。
ある実施形態では、アルデヒドタグは、２、３、４つ、またはそれよりも多くのアルデヒドタグのコンカテマー構築物として、アルデヒドタグ化抗体分子中に提供され、したがって、発現構築物は、改変された抗体分子の連続する配列中の２、３、４つ、またはそれよりも多くのスルファターゼモチーフをコードし、スルファターゼモチーフは、リンカーによって分離される。例えば、リンカーは、例えば、ＡＤＣ表面上での生物学的に活性な抗菌ペプチドの提示を増強するために、アルデヒドタグ間の柔軟性を提供し、したがって、共有結合した抗菌ペプチドの回転を可能にするように選択され得る。アルデヒドタグがコンカテマーとして提供されない場合、例えば、アルデヒドタグが抗体鎖のＣ末端またはＮ末端に位置する場合にも、かかるリンカーが使用され得る。コンカテマーとして提供されるものが含まれるアルデヒドタグは、抗体鎖のＣ末端もしくはその近傍に、抗体鎖のＮ末端もしくはその近傍に、および／または抗体分子の１つもしくは複数の、溶媒がアクセス可能なループ中に、位置し得る。
リンカーは、例えば、使用されるアルデヒドタグ、コンカテマー中のアルデヒドタグの数、所望の柔軟性の程度、またはそれらの組合せに従って、選択され得る。リンカーの長さは、例えば、約２～５０、３～２５、４～２３、５～２０、６～１８、７～１６、８～１４、または９～１２アミノ酸で変動し得る。例示的な柔軟なリンカーには、グリシンポリマー（Ｇ）ｎ、グリシン－セリンポリマー（例えば、（ＧＳ）ｎ、（ＧＳＧＧＳ）ｎ（配列番号２３６）および（ＧＧＧＳ）ｎ（配列番号２３７）が含まれ、式中、ｎは、少なくとも１の整数である）、グリシン－アラニンポリマー、アラニン－セリンポリマー、および他の柔軟なリンカー、例えば、シェーカー型カリウムチャネルのためのテザーが含まれるがこれらに限定されない。グリシンおよびグリシン－セリンポリマーが目的とされるが、それは、これらのアミノ酸が共に、比較的構造化されておらず、したがって、成分間の中性テザーとして機能することができる可能性があるからである。グリシンポリマーが特に目的とされるが、それは、グリシンが、実にアラニンよりも有意に大きいファイ－プシー空間にアクセスし、より長い側鎖を有する残基よりもそれほど制限されていないからである（Scheraga, Rev. Computational Chem. 11173-142 (1992)を参照されたい）。例示的な柔軟なリンカーには、ＧＧＳＧＧ（配列番号２３８）、ＧＳＧＳＧ（配列番号２３９）、ＧＳＧＧＧ（配列番号２４０）、ＧＧＧＳＧ（配列番号２４１）、またはＧＳＳＳＧ（配列番号２４２）が含まれるがこれらに限定されない。他のリンカーは、非アミノ酸連結から構成され得る。ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）反復（例えば、ＥＧ２、ＥＧ３、ＥＧ４、またはＥＧ６）が特に目的とされるが、それは、ＰＥＧ反復が、生体分子への非特異的結合をほとんど有さないからである。
リンカーを含むコンカテマーアルデヒドタグ構築物は、一般式：Ｔ１－Ｌｎ－Ｔ２によって記載され得、式中、Ｔ１およびＴ２は、本明細書に記載されるもの（例えば、式Ｉ、Ｉａ、Ｉ’、Ｉａ’、ＩＩ、ＩＩａ、ＩＩＩおよびＩＩＩａ）と同じまたは異なるアルデヒドタグであり、Ｌはリンカーペプチドであり、ｎは、１またはそれよりも大きい、例えば、２、３、４、５、６、７、８、またはそれよりも大きい整数である。リンカーを含むコンカテマーアルデヒドタグの例示的なアミノ酸配列は、ＬＣＴＰＳＲＧＧＧＧＬＣＴＰＳＲ（配列番号２４３）であり、式中、システイン（Ｃ）は、ＦＧＥの作用によってＦＧｌｙに改変され、本明細書に記載される共有結合した抗菌ペプチドを提供するために、反応性パートナー含有抗菌ペプチドと反応させられ得る。
アルデヒドタグ（複数可）は、例えば、フォールディングされた抗体分子中の、溶媒がアクセス可能な部位においてアルデヒドタグを提供するために、（例えば、無細胞環境、通常は、無細胞の生理学的環境中で）フォールディングされる場合のその構造を考慮に入れるように、抗体分子中に位置し得る。したがって、溶媒がアクセス可能なアルデヒドタグは、セリンもしくはシステインのＦＧｌｙへの変換のためにＦＧＥが、および／または抗菌ペプチドへのコンジュゲーションのために反応性パートナー試薬がアクセス可能であるように、フォールディングされた未変換のアルデヒドタグ化抗体分子においてアクセスされ得る。アルデヒドタグが、溶媒がアクセス可能な部位に位置する場合、無細胞のＦＧＥ媒介性の変換、および反応性パートナーとの反応による部分による改変は、タンパク質を変性させる必要なしに実施され得る。溶媒がアクセス可能な部位は、宿主細胞において発現された場合に、細胞外または細胞内細胞表面に露出したポリペプチド領域もまた含み得る。
したがって、１つまたは複数のアルデヒドタグは、例えば、溶媒がアクセス可能なＮ末端、溶媒がアクセス可能なＮ末端領域、溶媒がアクセス可能なＣ末端、溶媒がアクセス可能なＣ末端領域、および／またはループ構造から独立して選択される部位において提供され得る。ある実施形態では、アルデヒドタグは、抗体鎖のＣ末端以外の部位に位置する。ある実施形態では、２つまたはそれよりも多くのアルデヒドタグは、重鎖中、例えば、ＣＨ１、ＣＨ２、またはＣＨ３のうち１つ、２つ、または全て中に位置する。ある実施形態では、抗体分子の軽鎖は、アルデヒドタグを含まない。
ある実施形態では、アルデヒドタグ部位は、親抗体分子中の翻訳後修飾される部位（例えば、天然に存在する部位）に位置する。例えば、アルデヒドタグは、ネイティブ抗体分子中のグリコシル化（例えば、Ｎ－グリコシル化、Ｏ－グリコシル化）、リン酸化、硫酸化、ユビキチン化、アシル化、メチル化、プレニル化、ヒドロキシル化またはカルボキシル化の部位において導入され得る。ある実施形態では、翻訳後修飾の部位は、（例えば、組換え技法によって）操作により作製され、抗体分子中に天然には存在しない。
ある実施形態では、アルデヒドタグ化抗体分子は、アルデヒドタグ化Ｆｃ断片を含む。リンカーによって分離された２つのアルデヒドタグを有するアルデヒドタグコンカテマーを含む例示的なアルデヒドタグ化Ｆｃ断片を含む、単一のおよび複数のアルデヒドタグを有する例示的なアルデヒドタグ化マウスＩｇＧ１ Ｆｃ断片は、米国特許第９，２３８，８７８号に記載されている。
ホルミルグリシン生成酵素（ＦＧＥ）
ホルミルグリシン生成酵素（ＦＧＥ）は、スルファターゼモチーフ中のシステインまたはセリンをＦＧｌｙに酸化する酵素である。本明細書で使用される場合、ＦＧＥには、スルファターゼモチーフ中のシステイン（Ｃ）をＦＧｌｙに変換する酵素、およびスルファターゼモチーフ中のセリン（Ｓ）をＦＧｌｙに変換する酵素（Ａｔｓ－Ｂ様としても公知）が含まれる。
ポリペプチドのアルデヒドタグのスルファターゼモチーフ中のシステインまたはセリンのＦＧｌｙへの変換を容易にするために使用されるＦＧＥは、アルデヒドタグ中に存在するスルファターゼモチーフに従って選択され得る。ＦＧＥは、アルデヒドタグ化ポリペプチドが発現される宿主細胞にとってネイティブであり得るか、または宿主細胞は、適切なＦＧＥを発現するように遺伝子改変され得る。真核生物スルファターゼは、一般に、それらのスルファターゼモチーフ中にシステインを含み、「ＳＵＭＦ１型」ＦＧＥによって改変される（Cosma et al. Cell 2003, 113, (4), 445-56；Dierks et al. Cell 2003, 113, (4), 435-44）。原核生物スルファターゼは、一般に、それらのスルファターゼモチーフ中にシステインまたはセリンのいずれかを含み、それぞれ、「ＳＵＭＦ１型」ＦＧＥまたは「ＡｔｓＢ型」ＦＧＥのいずれかによって改変される（Szameit et al. J Biol Chem 1999, 274, (22), 15375-81）。ＦＧＥは、脊椎動物および棘皮動物を含む後口動物中のＭｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＮＰ－２１５２２６（ｇｉ：１５６０７８５２）および国際公開番号ＷＯ２００８／０３６３５０）において記載されている（例えば、Pepe et al. Cell 2003; 113, 445-456、Dierks et al. (2003) Cell 113, 435-444；Cosma et al. Hum. Mutat. 2004; 23, 576-581）。いくつかのＦＧＥをコードする核酸が、当該分野で公知であり、容易に入手可能である（例えば、Preusser et al. J. Biol. Chem. 2005; 280(15):14900-10；Fang et al. J Biol. Chem. 2004; 79(15):14570-8；Landgrebe et al. Gene. 2003; 316:47-56；Dierks et al. FEBS Lett. 1998; 423(1):61-5；Dierks et al. Cell. 2003; 113(4):435-44；Cosma et al. Cell 2003; 113(4):445-56；Baenziger Cell 2003; 113(4):421-2 (review)；Dierks et al. Cell. 2005; 121(4):541-52；Roeser et al. Proc Natl Acad Sci USA 2006; 103(1):81-6；Sardiello et al. Hum Mol. Genet. 2005; 14(21):3203-17；ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＮＭ１８２７６０；国際公開番号ＷＯ２００４／０７２２７５およびＷＯ２００８／０３６３５０）。ある実施形態では、スルファターゼモチーフは、ヒトＦＧＥ（例えば、例えば、Cosma et al. Cell 2003; 113, 445-56；Dierks et al. Cell 2003; 113, 435-44に記載されるＳＵＭＦ１型ＦＧＥ）と適合性である。ある実施形態では、アルデヒドタグ化抗体分子は、ＦＧＥを発現するヒト細胞において、またはヒトＦＧＥを発現するように遺伝子改変された宿主細胞、典型的には哺乳動物細胞において発現される。無細胞の方法がスルファターゼモチーフ含有抗体分子を変換するために使用される場合、単離されたＦＧＥが使用され得る。
アルデヒドタグの変換および改変のための方法
アルデヒドタグ化抗体分子中に存在するアルデヒドタグの変換は、細胞ベースのまたは無細胞の方法によって達成され得る。
ある実施形態では、アルデヒドタグ化抗体分子のアルデヒドタグの変換は、適切なＦＧＥを含む細胞におけるアルデヒドタグ化タンパク質の発現によって達成され得る。例えば、アルデヒドタグのシステインまたはセリンの変換は、宿主細胞において翻訳中または翻訳後に生じ得る。宿主細胞のＦＧＥは、宿主細胞にとって内因性であり得るか、または宿主細胞は、宿主細胞にとって異種である適切なＦＧＥについて組換えであり得る。ＦＧＥ発現は、ＦＧＥ遺伝子にとって内因性の発現系によって提供され得る（例えば、発現は、宿主細胞のネイティブＦＧＥ遺伝子中に存在するプロモーターおよび他の制御エレメントによって提供される）か、または構成的なもしくは誘導性の発現を提供するための異種プロモーターにＦＧＥコード配列が作動可能に連結した組換え発現系から提供され得る。アルデヒドタグ化抗体分子への反応性パートナー部分のコンジュゲーションを達成するための使用に適切な条件は、Mahal et al. Science 1997; 276(5315):1125-8に記載されるものと類似である。
別の実施形態では、アルデヒドタグ化抗体分子のアルデヒドタグの無細胞変換は、アルデヒドタグ化抗体分子を、アルデヒドタグのスルファターゼモチーフのシステインまたはセリンのＦＧｌｙへの変換に適切な条件下でＦＧＥと接触させることによって達成され得る。例えば、アルデヒドタグ化ポリペプチドをコードする核酸は、変換されたアルデヒドタグ化抗体分子の生成を提供するために、適切なＦＧＥの存在下で、ｉｎ ｖｉｔｒｏ転写／翻訳系において発現され得る。
あるいは、単離された未変換のアルデヒドタグ化抗体分子は、適切なＦＧＥを欠如する宿主細胞における組換え生成の後に、または合成生成によって、単離され得る。次いで、単離されたアルデヒドタグ化抗体分子は、アルデヒドタグ変換を提供する条件下で、適切なＦＧＥと接触させられる。アルデヒドタグ化抗体分子は、当該分野で公知の方法によって（例えば、熱、ｐＨの調整、カオトロピック剤（例えば、尿素）、有機溶媒（例えば、炭化水素：オクタン、ベンセン、またはクロロホルム）を使用して）アンフォールディングされ得、変性されたタンパク質は、適切なＦＧＥと接触させられ得る。次いで、アルデヒドタグ化抗体分子は、適切な条件下でリフォールディングされ得る。
同様に、アルデヒドタグ化抗体分子の変換されたアルデヒドタグの改変は、細胞ベースのまたは無細胞の方法によって達成され得る。例えば、変換されたアルデヒドタグ化抗体分子は、生成供給源（例えば、組換え宿主細胞生成、合成生成）から単離され得、アルデヒドタグのＦＧｌｙへの反応性パートナーの部分のコンジュゲーションを提供するのに適切な条件下で、反応性パートナー含有抗菌ペプチドと接触させられ得る。
２－ホルミルグリシンとの反応のための反応性パートナーを含めるためのペプチドの改変のための方法
アルデヒドタグ化抗体分子にコンジュゲートされる抗菌ペプチドは、アルデヒドタグ化抗体分子のＦＧｌｙ残基のアルデヒドとの反応のために反応性パートナーを取り込むように改変され得る。
アルデヒドタグ化抗体改変の方法は、従来の化学的プロセスと適合性であるので、種々の市販の試薬のいずれもが、コンジュゲーションを達成するために使用され得る。例えば、目的のいくつかの部分のアミノオキシ、ヒドラジド、ヒドラジン、またはチオセミカルバジド誘導体が、適切な反応性パートナーであり、容易に入手可能であるか、または標準的な化学的方法を使用して生成され得る。
ある実施形態では、反応性部分（例えば、アミノオキシまたはヒドラジド）は、Ｎ末端領域、Ｎ末端、Ｃ末端領域、Ｃ末端、またはペプチドに対して内部の位置において位置し得る。例えば、ペプチドは、Ｂｏｃ保護された前駆体から合成され得る。ペプチドのアミノ基は、カルボン酸基およびオキシ－Ｎ－Ｂｏｃ基を含む化合物（例えば、３－（２，５－ジオキソピロリジン－１－イルオキシ）プロパン酸）と反応し得る。カルボン酸基およびオキシ－Ｎ－保護基を含む化合物に関する他の変形形態には、アルキレンリンカー中の異なる炭素数、およびアルキレンリンカー上の置換基が含まれ得る。ペプチドのアミノ基とカルボン酸基およびオキシ－Ｎ－保護基を含む化合物との間の反応は、標準的なペプチドカップリング化学を介して起こる。使用され得るペプチドカップリング試薬の例には、ＤＣＣ（ジシクロヘキシルカルボジイミド）、ＤＩＣ（ジイソプロピルカルボジイミド）、ジ－ｐ－トルオイルカルボジイミド、ＢＤＰ（１－ベンゾトリアゾールジエチルホスフェート－１－シクロヘキシル－３－（２－モルホリニルエチル）カルボジイミド）、ＥＤＣ（１－（３－ジメチルアミノプロピル－３－エチル－カルボジイミド塩酸塩）、フッ化シアヌル、塩化シアヌル、ＴＦＦＨ（テトラメチルフルオロホルムアミジニウムヘキサフルオロホスフェート（tetramethyl fluoroformamidinium hexafluorophosphosphate））、ＤＰＰＡ（ジフェニルホスホラジデート）、ＢＯＰ（ベンゾトリアゾール－１－イルオキシトリス（ジメチルアミノ）ホスホニウムヘキサフルオロホスフェート）、ＨＢＴＵ（Ｏ－ベンゾトリアゾール－１－イル－Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’－テトラメチルウロニウムヘキサフルオロホスフェート）、ＴＢＴＵ（Ｏ－ベンゾトリアゾール－１－イル－Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’－テトラメチルウロニウムテトラフルオロボレート）、ＴＳＴＵ（Ｏ－（Ｎ－スクシンイミジル）－Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’－テトラメチルウロニウムテトラフルオロボレート）、ＨＡＴＵ（Ｎ－［（ジメチルアミノ）－１－Ｈ－１，２，３－トリアゾロ［４，５，６］－ピリジン－１－イルメチレン］－Ｎ－メチルメタナミニウムヘキサフルオロホスフェートＮ－オキシド）、ＢＯＰ－Ｃｌ（ビス（２－オキソ－３－オキサゾリジニル）ホスフィン酸クロリド）、ＰｙＢＯＰ（（１－Ｈ－１，２，３－ベンゾトリアゾール－１－イルオキシ）－トリス（ピロリジノ）ホスホニウムテトラフルオロホスフェート（（1-H-1,2,3-benzotriazol-1-yloxy)-tris(pyrrolidino)phosphonium tetrafluorophopsphate））、ＢｒＯＰ（ブロモトリス（ジメチルアミノ）ホスホニウムヘキサフルオロホスフェート）、ＤＥＰＢＴ（３－（ジエトキシホスホリルオキシ）－１，２，３－ベンゾトリアジン－４（３Ｈ）－オン）、ＰｙＢｒＯＰ（ブロモトリス（ピロリジノ）ホスホニウムヘキサフルオロホスフェート）が含まれるがこれらに限定されない。
アミノ－オキシ官能基を露出させる脱保護が、Ｎ－保護基を含むペプチドに対して実施され得る。Ｎ－オキシスクシンイミド基の脱保護は、例えば、環状アミド基のための標準的な脱保護条件に従って行われる。脱保護条件は、Greene and Wuts, Protective Groups in Organic Chemistry, 3rd Ed., 1999, John Wiley & Sons, NY and Harrison et al.において見出すことができる。ある特定の脱保護条件は、ヒドラジン試薬、アミノ試薬、または水素化ホウ素ナトリウムを含む。例えば、Ｂｏｃ保護基の脱保護は、ＴＦＡを用いて行われ得る。脱保護のための他の試薬には、ヒドラジン、メチルヒドラジン、フェニルヒドラジン、水素化ホウ素ナトリウム、およびメチルアミンが含まれるがこれらに限定されない。生成物および中間体は、従来の手段、例えば、ＨＰＬＣ精製によって精製され得る。
ある実施形態では、コンジュゲーション反応は、７を下回るｐＨで、約５．５、約６、または約６．５のｐＨで実施される。生細胞中に存在するアルデヒドタグ化抗体分子とのコンジュゲーションが実施される場合、その条件は、生理学的に適合性になるように選択される。例えば、ｐＨは、反応が生じるのに十分な時間であるが、アルデヒドタグを有する細胞によって許容される期間（例えば、約３０分間～１時間）内にわたって、一時的に低下され得る。細胞表面上のアルデヒドタグ化抗体分子の改変を実行するための生理学的条件は、細胞表面アジドを有する細胞の改変におけるケトン－アジド反応において使用されるものと類似であり得る（例えば、米国特許第６，５７０，０４０号）。
例示的な部位特異的ＡＤＣ
ある実施形態では、ＡＤＣは、１つまたは複数の共有結合的にカップリングされた抗菌ペプチドで部位特異的にデコレートされる。反応性パートナー含有抗菌ペプチドとタンパク質のアルデヒドタグとの反応の部位特異性は、化学的コンジュゲーションのための複数の部位を有するタンパク質の生成を可能にし、そうして、タンパク質当たりのペプチドペイロードの所望の比を有するＡＤＣの生成のための足場を提供する。ある実施形態では、アルデヒドタグ化タンパク質中のアルデヒドタグの相対的位置は、最終ＡＤＣの表面上での共有結合した抗菌ペプチドの所望の提示を提供し、したがって、ディスプレイされたペプチドペイロードの空間的配向の制御を可能にするように設計され得る。
ある実施形態では、抗菌ペプチドを抗体分子に結合させるためのアルデヒドタグの化学的改変の部位特異的性質は、実質的に同種の集団のＡＤＣを含む組成物を提供するために使用され得る。かかるＡＤＣは、薬物送達の化学量論の制御を提供し得る。かかる同種集団には、集団のＡＤＣの６０％またはそれよりも多く、例えば、７０％またはそれよりも多く、７５％またはそれよりも多く、８０％またはそれよりも多く、８５％またはそれよりも多く、９０％またはそれよりも多く、９５％またはそれよりも多くが、抗菌ペプチドペイロードの抗体分子に対する同じ比を有するものが含まれる。
ある実施形態では、本開示のＡＤＣは、抗ＬＰＳ抗体分子（例えば、本明細書に記載される抗ＬＰＳ抗体分子）および１つまたは複数の共有結合した抗菌ペプチド（例えば、本明細書に記載される抗菌ペプチド）を含み、抗体分子は、式：
Ｘ１（ＦＧｌｙ’）Ｘ２Ｚ２Ｘ３Ｚ３
の改変スルファターゼモチーフを含み、式中、
ＦＧｌｙ’は、式：
Figure 2023521319000013
 を有し、式中、
Ｊ１は、共有結合した抗菌ペプチドであり；
各Ｌ１は、アルキレン、置換されたアルキレン、アルケニレン、置換されたアルケニレン、アルキニレン、アルキニレン、アリーレン、置換されたアリーレン、シクロアルキレン、置換されたシクロアルキレン、ヘテロアリーレン、置換されたヘテロアリーレン、ヘテロシクレン（ｈｅｔｅｒｏｃｙｃｌｅｎｅ）、置換されたヘテロシクレン、アシル、アミド、アシルオキシ、ウレタニレン（ｕｒｅｔｈａｎｙｌｅｎｅ）、チオエステル、スルホニル、スルホンアミド、スルホニルエステル、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＨ－、および置換されたアミンから独立して選択される二価部分であり；
ｎは、ゼロ～４０から選択される数であり；
Ｚ２は、プロリンまたはアラニン残基であり；
Ｘ１は、存在するかまたは存在せず、存在する場合、任意のアミノ酸であり、但し、スルファターゼモチーフがポリペプチドのＮ末端にある場合、Ｘ１は存在し；
Ｘ２およびＸ３は各々独立して、任意のアミノ酸であり；
Ｚ３は、塩基性アミノ酸であり、
抗体分子は、フォールディングされた状態にある場合、溶媒がアクセス可能な表面上に、共有結合した薬物を提示する。Ｘ１、Ｘ２、Ｚ２、Ｘ３、およびＺ３は、上で議論したようにさらに定義され得る。
ある実施形態では、ＡＤＣは、ＨＩＰＳ化学ライゲーションによって形成される（例えば、その全体がこれにより参照により本明細書に組み込まれるＰＣＴ公開番号ＷＯ２０１８／１３６６２６に記載される）。
ある実施形態では、アルデヒドタグ化タンパク質は、化学的コンジュゲーションのための複数の部位を提供するように、例えば、タンパク質当たりの薬物ペイロードの所望の比を有するＡＤＣの生成のための足場を提供するように、設計され得る。本開示のＡＤＣは、典型的には、共有結合した抗菌ペプチドを有する、少なくとも２つの（例えば、３、４、５、６、７、８つ、またはそれよりも多くの）改変スルファターゼモチーフを含む。本開示のＡＤＣは、ＡＤＣ中に４つもしくはそれよりも多くの、５つもしくはそれよりも多くの、または６つもしくはそれよりも多くの、共有結合した抗菌ペプチドを提供し得る。したがって、本開示のＡＤＣには、少なくとも２：１、少なくとも３：１、少なくとも４：１、少なくとも５：１、少なくとも６：１、少なくとも７：１、または少なくとも８：１の、ペプチドペイロードの抗体分子に対する比を有するものが含まれる。
アルデヒドタグ化抗体分子中のアルデヒドタグの相対的位置は、最終ＡＤＣの表面上の共有結合的にカップリングされた抗菌ペプチドの所望の提示を提供するように設計され得る。この特色は、最終ＡＤＣの表面上のディスプレイされた薬物ペイロードの空間的配向の制御を可能にする。本明細書に記載される、柔軟なリンカーによって分離されたコンカテマーアルデヒドタグを含み得る複数のアルデヒドタグを含むＡＤＣは、例えば、より高い薬物ペイロード：抗体分子比、およびＡＤＣが存在する生理学的環境への薬物の増強された提示を提供し得る。ある実施形態では、ＡＤＣは、例えば、抗体分子の骨格へのオキシムまたはヒドラゾン連結を介して抗体分子に共有結合的にカップリングされた抗菌ペプチドで「デコレートされた」改変された抗体分子と記載され得る。
例えば、アルデヒドタグは、抗体鎖のＮ末端、抗体鎖のＣ末端、および抗体分子の、溶媒がアクセス可能なループにおいて、ＡＤＣ中に位置し得る。アルデヒドタグは、必要に応じて、リンカー、例えば、上記のような柔軟なリンカーと接続して提供され得る。複数のアルデヒドタグは、抗体分子もしくは抗体鎖の特定の領域（複数可）に限局され得る（例えば、溶媒がアクセス可能なループ、Ｎ末端領域（Ｎ末端を含む）、Ｃ末端領域（Ｃ末端を含む）のうち１つまたは複数中に提供され得る）か、またはフォールディングされた改変された抗体分子の、溶媒がアクセス可能な表面積にわたって分布され得る。ある実施形態では、少なくとも１つのアルデヒドタグは、重鎖定常領域（例えば、ＣＨ１、ＣＨ２、またはＣＨ３のうち１つ、２つまたは全て）、軽鎖定常領域、またはその両方中に位置する。
ある実施形態では、最終ＡＤＣが、共有結合的にカップリングされた抗菌ペプチド間の相互作用を回避するのに十分な距離で間隔を空けられた、共有結合的にカップリングされた抗菌ペプチドを有するように、例えば、ペプチドが、互いに接触しないように、またはそれらのそれぞれの生物学的活性を他の方法で妨げないように、アルデヒドタグは、間隔を空けられる。
ＡＤＣを作製する方法
ペプチドペイロードの抗体分子に対する所望の比を有するＡＤＣを提供するための、ＦＧｌｙ含有アルデヒドタグ化抗体分子と反応性パートナー含有抗菌ペプチドとのコンジュゲーションの方法は、本開示によって提供される。
ある実施形態では、本明細書に記載される方法は、反応混合物中で、アルデヒドタグ化抗体分子のＦＧｌｙ（複数可）としてのアルデヒド（複数可）とペプチド（複数可）の反応性パートナーとの間の反応を促進するのに適切な条件下で、ＦＧｌｙ含有アルデヒドタグ化抗体分子を、反応性パートナー含有抗菌ペプチド（例えば、アミノオキシ含有ペプチドまたはヒドラジド含有ペプチド）と合わせ、それによって、例えば、オキシム結合、ヒドラジド結合、または他のアルデヒド特異的化学、例えば、還元的アミノ化、もしくはウィッティヒ反応を介して、抗体分子の骨格に共有結合的にカップリングされたペプチドを有するＡＤＣの反応生成物を生成することに関与する。
アルデヒドタグ化抗体分子の生成の後、これは、当該分野で利用可能な種々の技法（例えば、クロマトグラフィー、例えば、ＨＰＬＣ、ＦＰＬＣ、または免疫親和性精製）のいずれかを使用して単離される。ある実施形態では、抗体分子は、薬物とのコンジュゲーションの前の単離および精製を容易にするために、Ｎ末端またはＣ末端に典型的には位置するイムノタグ（例えば、Ｈｉｓタグ、ＦＬＡＧタグ）を含む。抗菌ペプチドとのコンジュゲーション反応における使用のためのＦＧｌｙ含有アルデヒドタグ化抗体分子は、変性された形態で提供され得るか、または反応混合物中で合わせる前にフォールディングされ得る。典型的には、ＦＧｌｙ含有アルデヒドタグ化抗体分子は、コンジュゲーション反応混合物中に、フォールディングされた形態で提供される。アルデヒドタグ化抗体分子および適合性のＦＧＥを発現する細胞から得られる場合、ＦＧｌｙ含有アルデヒドタグ化抗体分子は、細胞から、または分泌される場合には培養物上清から、フォールディングされた形態で単離され得る。必要に応じて、タンパク質のフォールディングのための方法は、当該分野で利用可能であり、本明細書に記載される方法に容易に適用され得る。
ある実施形態では、ＦＧｌｙ残基を有するアルデヒドタグ化タンパク質は、単離される。ある実施形態では、ＦＧｌｙ残基を有するアルデヒドタグ化タンパク質は、精製される。ある実施形態では、アルデヒドタグ化タンパク質は、反応混合物中で（例えば、緩衝溶液中で）、反応性パートナー含有抗菌ペプチドと合わされる。緩衝溶液は、生理学的ｐＨまたは生理学的ｐＨ近傍のｐＨ、例えば、約５～７のｐＨ、典型的には約６．５のｐＨであり得る。ある実施形態では、反応性パートナー含有抗菌ペプチドは、例えば、反応の完了を駆動するために、ＦＧｌｙ含有アルデヒドタグ化タンパク質のアルデヒド部分に対して過剰量で、典型的には、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０倍またはそれよりも大きい過剰量で、反応混合物中に提供される。反応混合物への反応性パートナー含有抗菌ペプチドの添加後、混合物は、時間および温度の適切な条件（例えば、室温で約２時間）下で撹拌される。得られたＡＤＣは、反応混合物から単離され、標準的な技法（例えば、クロマトグラフィー、例えば、ＨＰＬＣまたはＦＰＬＣ）を使用してさらに精製され得る。
代替的ＡＤＣライゲーション法
本明細書に記載されるＡＤＣは、いくつかの異なる方法によって生成され得る。
ある実施形態では、抗菌ペプチドは、リシンコンジュゲーションによって（例えば、表面に露出したリシンを抗体反応性基として使用して）、抗体分子にカップリングされる。ある実施形態では、抗体分子は、抗菌ペプチド上の活性化されたアミノ酸に直接的にコンジュゲートされる。別の実施形態では、抗体分子上のリシンは、チオール反応性基に変換され、チオール反応性基を有する抗体分子は、チオール化された抗菌ペプチドにライゲーションされる。さらに別の実施形態では、抗体分子上のリシンは、遊離チオールに変換され、遊離チオールを有する抗体分子は、チオール反応性抗菌ペプチドにライゲーションされる。
ある実施形態では、抗菌ペプチドは、鎖間ジスルフィドによって（例えば、ＨＣ－ＨＣまたはＨＣ－ＬＣを連結するジスルフィドを使用して）、抗体分子にカップリングされる。ある実施形態では、抗体分子の鎖間ジスルフィドは還元され、還元された鎖間ジスルフィドを有する抗体分子は、チオール反応性抗菌ペプチドにライゲーションされる。
ある実施形態では、抗菌ペプチドは、非ネイティブアミノ酸（例えば、アルデヒド、アジド、またはアルキンで置換されたアミノ酸）を使用して、抗体分子にカップリングされる。ある実施形態では、抗体分子は、クリックケミストリーを使用して抗菌ペプチドにライゲーションされる（Kolb et al. Angew Chem Int Ed Engl. 2001; 40(11):2004-2021；Evans Australian Journal of Chemistry. 2007; 60 (6): 384-395）。
ある実施形態では、抗菌ペプチドは、生分解性ポリマー（例えば、リシンまたはチオール）を使用して、抗体分子にカップリングされる。ある実施形態では、抗菌ペプチドは、生分解性ポリマーにライゲーションされ、ポリマーは、抗体分子にライゲーションされる。
本明細書に記載される方法によって作製されたＡＤＣもまた、本明細書で提供される。
候補の評価
本明細書に記載されるＡＤＣは、例えば、１）殺菌活性、２）オプソニン化貪食作用活性、および３）膜破壊を含むいくつかのｉｎ ｖｉｔｒｏアッセイを使用して評価され得る。
理論によって束縛されることは望まないが、ある実施形態では、二重の作用機構、直接的殺滅およびオプソニン化貪食作用活性（ＯＰＡ）が、正常または好中球減少患者のいずれにおいても本明細書に記載されるＡＤＣが機能的であることを可能にし得ると考えられる。オプソニン抗体は、典型的には、細菌表面に結合し、補体、および細菌を次いで飲み込む貪食細胞（例えば、好中球）を動員することによって機能する。免疫無防備状態の患者は、最も高い感染のリスクがあり、非常に低いレベルの貪食細胞を有している場合が多い。直接的殺菌作用機構を提供する抗細菌アプローチは、作用機構としてオプソニン化貪食作用または補体媒介性殺滅に焦点を当てる抗体ベースの療法の制限の一部を克服し得る。ある実施形態では、直接的な即効性の殺菌機能を取り込むことによって、本明細書に記載されるＡＤＣは、いくつかの耐性機構を克服できるとも考えられる。
殺菌アッセイ：ＡＤＣの直接的殺滅活性は、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａの２種の十分に記載された実験室株（ＰＡ１４およびＰＡ０１）ならびにＭＤＲおよび汎耐性株を含むＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａの３種以上の臨床株に対して測定され得る。これらのアッセイは、補体またはエフェクター細胞の非存在下で実行される。このアッセイにおける活性は、ＡＤＣの固有の殺滅活性についての洞察を提供できる。
オプソニン化貪食作用アッセイ：ＡＤＣの殺滅活性は、殺菌活性についてと同じＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ株に対してであるが、今回は、補体および新たに精製された多形核白血球の存在下で測定され得る。このアッセイにおける活性は、ＡＤＣが好中球を動員し、オプソニン化貪食作用を介して細菌殺滅を誘導する能力についての情報を提供できる。
膜破壊：色素放出／取込みアッセイは、殺菌およびオプソニン化貪食作用アッセイにおいて使用されるのと同じＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ株に対して実施され得る。ＡＤＣが細菌外膜を破壊する能力が測定される。このアッセイにおける活性は、ＡＤＣの分子作用機構についての洞察を提供できる。
候補の評価：オプソニン化貪食作用アッセイ（ＯＰＡ）
本明細書に記載される抗体分子および抗体分子－薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）の候補は、例えば、ｉｎ ｖｉｔｒｏで、それらのオプソニン化貪食作用活性について、オプソニン化貪食作用アッセイによって評価され得る。
抗体媒介性の補体依存的オプソニン化についてのアッセイは、例えば、Hemachandra et al. Infect Immun. 2001; 69(4):2223-2229に記載されている。簡潔に述べると、抗体分子またはＡＤＣ候補がヒト多形核白血球（ＰＭＮ）による取込みのために細菌をオプソニン化する能力は、フローサイトメトリーによって測定され得る。細菌は成長させられ、熱殺滅され、ＦＩＴＣ標識される。オプソニン化は、補体供給源としての無ガンマグロブリン血症患者由来の１％ヒト血清ありまたはなしで、標識された細菌を、抗体分子または抗体分子－薬物コンジュゲートと共にインキュベートすることによって実施され得る。細菌は、６％デキストランおよび０．２％グルコースを含むＰＢＳ中で洗浄され、次いで、０．１％ゼラチンを含むハンクス平衡塩溶液中に再懸濁される。ＰＭＮは、健康な成人ボランティアの静脈穿刺を介して末梢ヒト血液から単離され得る。ＰＭＮは、１０７細胞／ｍｌの濃度を達成するように再懸濁され、細胞１ｍｌ当たり１０－６希釈のＮ－ホルミル－Ｍｅｔ－Ｌｅｕ－Ｐｈｅ（ＦＭＬＰ；Ｐｅｎｉｎｓｕｌａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ、Ｓａｎ Ｃａｒｌｏｓ、Ｃａｌｉｆ．）１０μｌで３０分間活性化される。ＰＭＮは、各オプソニン化された細菌試料に添加され、３７℃でインキュベートされ、分画遠心分離によって遊離細菌から分離され、ＰＢＳ中に再懸濁される。ＰＭＮの単色フローサイトメトリー分析は、ＦＡＣＳｃａｎおよびＣｅｌｌＱｕｅｓｔソフトウェア（Ｂｅｃｔｏｎ Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ、Ｍｏｕｎｔａｉｎ Ｖｉｅｗ、Ｃａｌｉｆ．）を利用して実施され得、貪食作用は、各試料について、１０，０００個のＰＭＮの平均蛍光の相対単位で表される。観察されたオプソニン化貪食作用が細菌殺滅に関連することを実証するために、２５，０００ＣＦＵの生細菌が、無ガンマグロブリン血症ヒト血清、種々の濃度の抗体分子または抗体分子－薬物コンジュゲート、および上記のように得られたＲＰＭＩ培地中１０６個の新たなヒトＰＭＮと混合される、代替的アッセイが使用され得る（４００ｍｌの最終体積）。試料は、９０分間の３７℃でのインキュベーションの開始時および終了時に得られ、その後、細菌が希釈され、次いで、細菌列挙のためにプレートされる。
ある実施形態では、ＡＤＣの殺滅活性は、殺菌活性についてと同じＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ株に対してであるが、今回は、補体および新たに精製された多形核白血球の存在下で測定され得る。このアッセイにおける活性は、ＡＤＣが好中球を動員し、オプソニン化貪食作用を介して細菌殺滅を誘導する能力についての情報を提供できる。
例示的なオプソニン化貪食作用アッセイは、実施例１にも記載されている。
候補の評価：最小発育阻止濃度決定
本明細書に記載される抗菌ペプチドおよび抗体分子－薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）の候補は、例えば、ｉｎ ｖｉｔｒｏで、それらの微生物阻害活性について、最小発育阻止濃度（ＭＩＣ）を決定することによって評価され得る。
ある実施形態では、ＭＩＣは、ヒト血清（例えば、５０％ヒト血清）の存在下で決定され、本明細書で時折、ｈｓＭＩＣと呼ばれる。ある実施形態では、ＭＩＣは、リン酸緩衝食塩水（ＰＢＳ）の存在下で決定される。ある実施形態では、ＭＩＣまたはｈｓＭＩＣは、ＡＤＣ１つ当たりを基礎に決定される。ある実施形態では、ＭＩＣまたはｈｓＭＩＣは、ペイロードまたは抗菌ペプチド１つ当たりを基礎に決定される。ある実施形態では、ｈｓＭＩＣのＭＩＣに対する比は、２と等しいかまたはそれ未満、例えば、１．５または１と等しいかまたはそれ未満である。
ＭＩＣを決定するための方法は、例えば、Clinical and Laboratory Standards Institute. 2012. Methods for dilution antimicrobial susceptibility tests for bacteria that grow aerobically; approved standard, 9th ed. M07-A8, vol 29, no. 2 Clinical and Laboratory Standards Institute, Wayne, PAにも記載されている。例えば、ＭＩＣは、９６ウェルマイクロタイタープレート中で、２倍連続化合物希釈を使用して、ＣＬＳＩガイドラインに従って決定され得る。簡潔に述べると、化合物は、マザープレートにわたって水中に希釈され、次いで、２μｌがアッセイプレートへスタンプされ、各株について１つのプレートが試験される。細菌株は、寒天プレート上で３７℃で一晩継代培養される。一晩プレートは、０．８５％食塩水中で０．５ ＭｃＦａｒｌａｎｄ培養物を調製するために使用される。これらの濃縮された培養物は、増殖培地中で、およそ５×１０５細胞／ｍｌになるように１：２００希釈される。全てのアッセイプレートは、１ウェル当たり１００μｌの希釈された培養物を受ける。全てのプレートは、３７℃に一晩置かれる。１８時間後、プレートは、鏡付きプレートリーダーおよび反射された白熱光を使用して読み取られる。ある実施形態では、ＭＩＣは、成長を少なくとも８０％阻害する、化合物の最も低い濃度として定義され得る。ＭＩＣであるおよびＭＩＣを上回るウェルは、目視によって読み取った場合、成長を欠くように見えるはずである。
ＭＩＣの決定のための例示的な方法は、実施例２にも記載されている。
候補の評価：ｉｎ ｖｉｔｒｏサイトカイン放出およびＦｃ機能研究
ＡＤＣがサイトカイン放出を刺激する能力は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ可溶性サイトカイン放出アッセイで評価され得る。例えば、健康なボランティア由来のヒト全血は、３つの濃度の抗体分子および適切な対照と共に、３７℃で２４時間インキュベートされ得る。インキュベーションの完了の際に、試料は、サイトカインのパネルについて分析され得る。他の市販の抗体と比べて、サイトカイン放出プロファイルに影響がないことは、この研究のための合格基準として使用され得る。
エフェクターに結合し、エフェクター機能、例えば、抗体依存性細胞傷害および補体依存性細胞傷害を媒介する抗体分子の特徴は、候補ＡＤＣが、Ｆｃγ受容体およびＣ１ｑへのそのカノニカルなアイソタイプ結合特徴に基づいて予期されたＦｃエフェクター機能を有することを確認するために特徴付けられ得る。
動物モデル
本明細書に記載される抗体分子、抗体分子－薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）、および抗菌ペプチドは、例えば、種々の動物モデルを使用して、ｉｎ ｖｉｖｏで評価され得る。例えば、動物モデルは、細菌感染症の低減または阻害における、本明細書に記載される抗体分子、抗細菌ペプチド、または抗体分子－薬物コンジュゲートの有効性を試験するために使用され得る。動物モデルは、例えば、副作用について調査し、抗体分子、抗細菌ペプチドまたは抗体分子－薬物コンジュゲートの濃度をｉｎ ｓｉｔｕで測定し、制御された条件下での細菌感染症と細菌との間の相関を実証するためにも、使用され得る。
本明細書に記載される抗体分子、抗細菌ペプチド、または抗体分子－薬物コンジュゲートを評価するために使用され得る例示的な動物モデルには、基本的抗菌薬スクリーニングモデル（例えば、Zak and O'Reilly, Antimicrob. Agents Chemother. 1991; 35(8): 1527-1531に記載される）；一次げっ歯類感染症モデル（例えば、Marra and Girard Curr. Protoc. Pharmacol. 2006; Chapter 13: Unit13A.4に記載される）；ｅｘ ｖｉｖｏモデル（例えば、Zak and O'Reilly, Antimicrob. Agents Chemother. 1991; 35(8): 1527-1531に記載される）；モノパラメトリックまたは弁別モデル（例えば、Zak and O'Reilly, Antimicrob. Agents Chemother. 1991; 35(8): 1527-1531に記載される）；創傷治癒のためのマウスモデル（例えば、Samy et al. Methods Mol. Biol. 2011; 716: 245-265に記載される）；細菌遊走および定着の評価のためのウサギモデル（例えば、Allan et al. J. Biomed. Biotechnol. 2012; 2012: 921617に記載される）が含まれるがこれらに限定されない。抗菌薬物の薬物動態学的－薬力学的モデリングは、例えば、Nielsen and Friberg Pharmacol. Rev. 2013; 65(3):1053-1090に記載されている。
本明細書に記載される抗体分子、抗細菌ペプチド、または抗体分子－薬物コンジュゲートを評価するために使用され得る動物の例示的な型には、マウス、ラット、ウサギ、モルモット、およびサルが含まれるがこれらに限定されない。免疫抑制の種々の方法が、接種のための細菌のビルレンスの増強のために使用され得る。これらの方法には、例えば、骨髄を標的化すること（例えば、照射によって）、好中球を標的化すること（例えば、細胞増殖抑制性を使用して）、マクロファージを標的化すること（例えば、ムチンまたはパン酵母を使用して）、補体を標的化すること（例えば、コブラ毒因子を使用して）、タフトシンを標的化すること（例えば、脾臓摘出術によって）、免疫グロブリンを標的化すること（例えば、抗Ｉｇを使用して）、Ｔリンパ球を標的化すること（例えば、胸腺摘除術によって）、またはインターロイキンを標的化すること（例えば、抗体または化合物を使用して）が含まれる。ｉｎ ｖｉｖｏ試験において抗細菌活性に影響し得る他の考慮事項には、例えば、接種材料サイズ、ビルレンス、ｉｎ ｖｉｖｏでの成長または世代時間、処置のタイミング、投与の方法、薬物動態学／薬力学、およびｉｎ ｖｉｖｏでの耐性の発生が含まれる。
医薬組成物およびキット
一部の態様では、本開示は、組成物、例えば、薬学的に許容される担体と一緒に製剤化された、本明細書に記載される抗体分子、抗体分子－薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）、または抗菌ペプチドを含む薬学的に許容される組成物を提供する。
本明細書で使用される場合、「薬学的に許容される担体」には、生理学的に適合性の任意のおよび全ての溶媒、分散媒、等張剤および吸収遅延剤などが含まれる。担体は、静脈内、筋肉内、皮下、非経口、直腸、脊髄、経皮または上皮投与（例えば、注射または注入による）に適切であり得る。ある実施形態では、医薬組成物中の抗体分子、ＡＤＣ、または抗菌ペプチドの約５％未満、例えば、約４％、３％、２％、または１％未満が、凝集物として存在する。他の実施形態では、医薬組成物中の抗体分子、ＡＤＣ、または抗菌ペプチドの少なくとも約９５％、例えば、少なくとも約９６％、９７％、９８％、９８．５％、９９％、９９．５％、９９．８％、またはそれよりも多くが、モノマーとして存在する。ある実施形態では、凝集物またはモノマーのレベルは、クロマトグラフィー、例えば、高性能サイズ排除クロマトグラフィー（ＨＰ－ＳＥＣ）によって決定される。
本明細書に示される組成物は、種々の形態であり得る。これらには、例えば、液体、半固体および固体投薬量形態、例えば、液体溶液（例えば、注射可能なおよび注入可能な溶液）、分散物または懸濁物、リポソーム、および坐剤が含まれる。適切な形態は、意図した投与様式および治療適用に依存する。典型的な適切な組成物は、注射可能なまたは注入可能な溶液の形態である。１つの適切な投与様式は、非経口（例えば、静脈内、皮下、腹腔内、筋肉内）である。ある実施形態では、抗体分子、ＡＤＣ、または抗菌ペプチドは、静脈内注入または注射によって投与される。ある実施形態では、抗体、ＡＤＣ、または抗菌ペプチドは、筋肉内または皮下注射によって投与される。
語句「非経口投与」および「非経口投与される」は、本明細書で使用される場合、通常は注射による、経腸および局所投与以外の投与様式を意味し、これには、静脈内、筋肉内、動脈内、くも膜下腔内、関節内、眼窩内、心臓内、皮内、腹腔内、経気管、皮下、表皮下、関節腔内、嚢下、くも膜下、脊髄内、硬膜外および胸骨内の注射および注入が含まれるがこれらに限定されない。
治療的組成物は、典型的には、無菌であり、製造および貯蔵の条件下で安定でなければならない。組成物は、高い抗体濃度に適切な、溶液、マイクロエマルジョン、分散物、リポソーム、または他の秩序付けられた構造として製剤化され得る。無菌の注射可能な溶液は、上に列挙した成分のうち１つまたはその組合せと共に、適切な溶媒中に必要な量で活性化合物（即ち、抗体または抗体部分）を取り込み、その後、必要に応じて濾過無菌化することによって調製され得る。一般に、分散物は、基本的分散媒および上に列挙したものからの要求される他の成分を含む無菌ビヒクル中に活性化合物を取り込むことによって調製される。無菌の注射可能な溶液の調製のための無菌粉末の場合、調製の好ましい方法は、その以前に無菌濾過した溶液から活性成分プラス任意のさらなる所望の成分の粉末を得る、真空乾燥およびフリーズドライである。溶液の適当な流動性は、例えば、コーティング、例えば、レシチンの使用によって、分散物の場合には要求される粒子サイズの維持によって、および界面活性剤の使用によって、維持され得る。注射可能な組成物の延長された吸収は、組成物中に、吸収を遅延させる薬剤、例えば、モノステアリン酸塩およびゼラチンを含めることによってもたらされ得る。
抗体分子、ＡＤＣ、または抗菌ペプチドは、種々の方法によって投与され得る。いくつかは、当該分野で公知であり、多くの治療的、予防的または診断的適用について、適切な投与経路／様式は、静脈内注射または注入である。例えば、抗体分子、ＡＤＣ、または抗菌ペプチドは、約１～１００ｍｇ／ｍ２、好ましくは約５～５０ｍｇ／ｍ２、約７～２５ｍｇ／ｍ２およびより好ましくは、約１０ｍｇ／ｍ２の用量に達するまで、１０ｍｇ／分未満の速度；好ましくは、５ｍｇ／分未満またはそれと等しい速度で、静脈内注入によって投与され得る。当業者に理解されるように、投与経路および／または様式は、所望の結果に依存して変動する。ある実施形態では、活性化合物は、迅速な放出に対して化合物を保護する担体、例えば、インプラント、経皮パッチ、およびマイクロカプセル化された送達系を含む制御放出製剤を用いて調製され得る。生分解性の生体適合性ポリマー、例えば、エチレン酢酸ビニル、ポリ酸無水物、ポリグリコール酸、コラーゲン、ポリオルトエステル、およびポリ乳酸が使用され得る。かかる製剤の調製のための多くの方法は、特許されているか、または当業者に一般に公知である。例えば、Sustained and Controlled Release Drug Delivery Systems, J. R. Robinson, ed., Marcel Dekker, Inc., New York, 1978を参照されたい。
ある実施形態では、抗体分子、ＡＤＣ、または抗菌ペプチドは、例えば、不活性希釈剤または同化できる食用担体と共に、経口投与され得る。抗体分子、ＡＤＣ、または抗菌ペプチド（および所望により、他の成分）はまた、硬もしくは軟シェルゼラチンカプセル中に封入され得るか、錠剤へと圧縮され得るか、または対象の食餌中に直接的取り込まれ得る。経口の治療的投与のために、抗体分子、ＡＤＣ、または抗菌ペプチドは、賦形剤と共に取り込まれ得、摂取可能な錠剤、頬側錠剤、トローチ、カプセル、エリキシル、懸濁物、シロップ、ウエハなどの形態で使用され得る。抗体分子、ＡＤＣ、または抗菌ペプチドを非経口投与以外によって投与するために、化合物を、その不活性化を予防する材料でコーティングすること、または化合物をかかる材料と共に共投与することが必要であり得る。治療的、予防的、または診断的組成物は、医療用デバイスを用いて投与することもでき、いくつかは当該分野で公知である。
投薬量レジメンは、所望の応答（例えば、治療的、予防的または診断的応答）を提供するために調整される。例えば、単一のボーラスが投与され得るか、いくつかの分割された用量が経時的に投与され得るか、または用量は、治療状況の緊急要件によって指し示される場合、比例的に低減もしくは増加され得る。投与の容易さおよび投薬量の一様性のために、非経口組成物を投薬量単位形態で製剤化することが特に有利である。投薬量単位形態は、本明細書で使用される場合、処置される対象のための単位的投薬量として適した、物理的に別個の単位を指す；各単位は、要求される医薬品担体と関連して、所望の治療効果を生じるように計算された所定の量の活性化合物を含む。投薬量単位形態についての仕様は、（ａ）抗体分子、ＡＤＣ、または抗菌ペプチドの独自の特徴、および達成される特定の治療的、予防的、または診断的効果、ならびに（ｂ）個体における過敏症の処置のためにかかる抗体分子、ＡＤＣ、または抗菌ペプチドを配合する分野において固有の制限、によって決定付けられ、それに直接的に依存する。
ある実施形態では、ＡＤＣは、単一の用量として対象に投与される。本明細書に記載される例示的なＡＤＣのｉｎ ｖｉｔｒｏ研究は、血清またはエフェクター細胞の非存在下であっても、ＭＤＲ株を含むＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａに対して、約１０マイクログラム／ｍＬまたはそれよりも低く、迅速な殺菌活性を実証する。さらに、例示的なＡＤＣを用いたｉｎ ｖｉｖｏ研究は、好中球減少Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ肺感染症モデルにおける細菌計数における有意な低減を実証している。理論によって束縛されることは望まないが、ある実施形態では、本明細書に記載されるＡＤＣの特異性および半減期（例えば、日のオーダーで）は、抗菌薬の適正使用支援を促進し、腸マイクロバイオームを温存し、耐性発生を制限しつつ、例えば、ＭＤＲ／ＸＤＲ株を含むＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａに対する病原体特異的抗細菌薬としてのＡＤＣの単一用量投与を可能にし得ると考えられる。
抗体分子、ＡＤＣ、または抗菌ペプチドの治療有効量、予防有効量、または診断有効量についての例示的な非限定的な範囲は、０．１～１００ｍｇ／ｋｇ、例えば、０．１～５０ｍｇ／ｋｇまたは０．１～２０ｍｇ／ｋｇ、例えば、約１～１０、１～５、５～１０、または１～３ｍｇ／ｋｇ、例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０ｍｇ／ｋｇである。抗体分子、ＡＤＣ、または抗菌ペプチドは、約１～１００ｍｇ／ｍ２、例えば、約５～５０ｍｇ／ｍ２、約７～２５ｍｇ／ｍ２、例えば、約１０ｍｇ／ｍ２の用量に達するまで、１０ｍｇ／分未満の速度、例えば、５ｍｇ／分未満またはそれと等しい速度で、静脈内注入によって投与され得る。投薬量値は、軽減される状態の型および重症度によって変動し得ることが留意される。任意の特定の対象のために、特異的な投薬量レジメンが、個々の必要性および組成物を投与するまたは組成物の投与を監督する人の専門的判断に従って経時的に調整されるべきであること、ならびに本明細書に示される投薬量範囲が、例示に過ぎず、特許請求された組成物の範囲も実施も制限しない意図であることが、さらに理解される。
本明細書の医薬組成物は、「治療有効量」、「予防有効量」または「診断有効量」の抗体分子、ＡＤＣ、または抗菌ペプチドを含み得る。
「治療有効量」は、所望の治療結果を達成するために必要な投薬量での、かつそのような期間にわたる、有効な量を指す。抗体分子、ＡＤＣ、または抗菌ペプチドの治療有効量は、個体の疾患状態、年齢、性別、および体重、ならびに抗体または抗体部分が個体において所望の応答を惹起する能力などの因子に従って変動し得る。治療有効量はまた、抗体分子、ＡＤＣ、または抗菌ペプチドの任意の毒性効果または有害効果を、治療的に有益な効果が上回る量である。「治療有効投薬量」は、典型的には、測定可能なパラメーターを、未処置の対象と比べて少なくとも約２０％、例えば、少なくとも約４０％、少なくとも約６０％、または少なくとも約８０％阻害する。測定可能なパラメーターは、例えば、細菌負荷、発熱、頭痛、筋肉または関節痛、皮疹、出血、低減された血小板レベル、および低減された血圧であり得る。抗体分子、ＡＤＣ、または抗菌ペプチドが測定可能なパラメーターを阻害する能力は、細菌感染症の低減、阻害、または予防における有効性を予測する動物モデル系において評価され得る。あるいは、組成物のこの特性は、抗体分子、ＡＤＣ、または抗菌ペプチドが細菌の生存能を阻害または低減する能力を、例えば、本明細書に記載されるｉｎ ｖｉｔｒｏアッセイによって試験することによって評価され得る。
「予防有効量」は、所望の予防結果を達成するために必要な投薬量での、かつそのような期間にわたる、有効な量を指す。典型的には、予防的用量は、疾患の前または疾患の早期段階において対象において使用されるので、予防有効量は、治療有効量未満となる。
「診断有効量」は、所望の診断結果を達成するために必要な投薬量での、かつそのような期間にわたる、有効な量を指す。典型的には、診断有効量は、細菌感染症または関連の障害がｉｎ ｖｉｔｒｏ、ｅｘ ｖｉｖｏ、またはｉｎ ｖｉｖｏで診断され得る量となる。
本明細書に記載される抗体分子、ＡＤＣ、または抗菌ペプチドを含むキットもまた、本開示の範囲内である。キットは、以下が含まれる１つまたは複数の他の要素を含み得る：使用説明書；他の試薬、例えば、標識、治療剤、あるいは抗体分子、ＡＤＣ、もしくは抗菌ペプチドをキレートするために有用な、または抗体分子、ＡＤＣ、もしくは抗菌ペプチドを標識もしくは治療剤に他の方法でカップリングするために有用な薬剤、あるいは放射線防護組成物；投与のために抗体分子、ＡＤＣ、または抗菌ペプチドを調製するためのデバイスまたは他の材料；薬学的に許容される担体；および対象への投与のためのデバイスまたは他の材料。
核酸
本開示は、本明細書に記載される抗体分子（例えば、抗体分子の重鎖および軽鎖可変領域ならびにＣＤＲ）、抗体分子－薬物コンジュゲート（例えば、抗体分子－薬物コンジュゲートの重鎖および軽鎖可変領域ならびにＣＤＲ）、または抗菌ペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸もまた特色とする。
例えば、本開示は、本明細書に開示される抗体分子、例えば、表１もしくは３の抗体分子、または抗体分子の部分、例えば、表１もしくは３の可変領域のうち１つまたは複数から選ばれる抗体分子のそれぞれ重鎖可変領域および軽鎖可変領域をコードする第１および第２の核酸を特色とする。核酸は、本明細書の表中のアミノ酸配列のうちいずれか１つをコードするヌクレオチド配列、またはそれと実質的に同一な配列（例えば、それと少なくとも約８５％、９０％、９５％、９９％もしくはそれよりも高く同一である、または本明細書の表中に示される配列から３、６、１５、３０、もしくは４５ヌクレオチド以下が異なる配列）を含み得る。
ある実施形態では、核酸は、本明細書の表に示されるアミノ酸配列、またはそれと実質的に相同な配列（例えば、それと少なくとも約８５％、９０％、９５％、９９％もしくはそれよりも高く同一であり、および／または１つもしくは複数の置換、例えば、保存された置換を有する配列）を有する重鎖可変領域由来の少なくとも１、２、または３つのＣＤＲをコードするヌクレオチド配列を含み得る。ある実施形態では、核酸は、本明細書の表に示されるアミノ酸配列、またはそれと実質的に相同な配列（例えば、それと少なくとも約８５％、９０％、９５％、９９％もしくはそれよりも高く同一であり、および／または１つもしくは複数の置換、例えば、保存された置換を有する配列）を有する軽鎖可変領域由来の少なくとも１、２、または３つのＣＤＲをコードするヌクレオチド配列を含み得る。ある実施形態では、核酸は、本明細書の表に示されるアミノ酸配列、またはそれと実質的に相同な配列（例えば、それと少なくとも約８５％、９０％、９５％、９９％もしくはそれよりも高く同一であり、および／または１つもしくは複数の置換、例えば、保存された置換を有する配列）を有する重鎖および軽鎖可変領域由来の少なくとも１、２、３、４、５、または６つのＣＤＲをコードするヌクレオチド配列を含み得る。
ある実施形態では、核酸は、表２に示されるヌクレオチド配列、それと実質的に相同な配列（例えば、それと少なくとも約８５％、９０％、９５％、９９％もしくはそれよりも高く同一な、および／または本明細書に記載されるストリンジェンシー条件下でハイブリダイズすることができる配列）を有する、重鎖可変領域由来の少なくとも１、２、または３つのＣＤＲをコードするヌクレオチド配列を含み得る。ある実施形態では、核酸は、表２に示されるヌクレオチド配列、またはそれと実質的に相同な配列（例えば、それと少なくとも約８５％、９０％、９５％、９９％もしくはそれよりも高く同一な、および／または本明細書に記載されるストリンジェンシー条件下でハイブリダイズすることができる配列）を有する、軽鎖可変領域由来の少なくとも１、２、または３つのＣＤＲをコードするヌクレオチド配列を含み得る。ある実施形態では、核酸は、表２に示されるヌクレオチド配列、またはそれと実質的に相同な配列（例えば、それと少なくとも約８５％、９０％、９５％、９９％もしくはそれよりも高く同一な、および／または本明細書に記載されるストリンジェンシー条件下でハイブリダイズすることができる配列）を有する、重鎖および軽鎖可変領域由来の少なくとも１、２、３、４、５、または６つのＣＤＲをコードするヌクレオチド配列を含み得る。
ある実施形態では、核酸は、表２に示されるヌクレオチド配列またはそれと実質的に相同な配列（例えば、それと少なくとも約８５％、９０％、９５％、９９％もしくはそれよりも高く同一な、および／または本明細書に記載されるストリンジェンシー条件下でハイブリダイズすることができる配列）を含む。ある実施形態では、核酸は、表２に示されるヌクレオチド配列の部分またはそれと実質的に相同な配列（例えば、それと少なくとも約８５％、９０％、９５％、９９％もしくはそれよりも高く同一な、および／または本明細書に記載されるストリンジェンシー条件下でハイブリダイズすることができる配列）を含む。部分は、例えば、可変領域（例えば、ＶＨまたはＶＬ）；１、２、もしくは３つまたはそれよりも多くのＣＤＲ；あるいは１、２、３、もしくは４つまたはそれよりも多くのフレームワーク領域をコードし得る。
ある実施形態では、核酸は、表４に示されるアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列、またはそれと実質的に相同な配列（例えば、それと少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％もしくはそれよりも高く同一な、および／または本明細書に記載されるストリンジェンシー条件下でハイブリダイズすることができる配列）を含む。ある実施形態では、核酸は、表４に示されるアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列の部分、またはそれと実質的に相同な配列（例えば、それと少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、もしくはそれよりも高く同一な、および／または本明細書に記載されるストリンジェンシー条件下でハイブリダイズすることができる配列）を含む。
本明細書に開示される核酸には、デオキシリボヌクレオチドもしくはリボヌクレオチド、またはそれらのアナログが含まれる。ポリヌクレオチドは、一本鎖または二本鎖のいずれかであり得、一本鎖である場合、コード鎖または非コード（アンチセンス）鎖であり得る。ポリヌクレオチドは、改変されたヌクレオチド、例えば、メチル化されたヌクレオチドおよびヌクレオチドアナログを含み得る。ヌクレオチドの配列は、非ヌクレオチド成分によって中断されていてもよい。ポリヌクレオチドは、重合後に、例えば、標識化成分とのコンジュゲーションによって、さらに改変され得る。核酸は、天然に存在しないか、または非天然の配置で別のポリヌクレオチドに連結された、組換えポリヌクレオチド、またはゲノム、ｃＤＮＡ、半合成、もしくは合成起源のポリヌクレオチドであり得る。
一部の態様では、本出願は、本明細書に記載される核酸を含む宿主細胞およびベクターを特色とする。核酸は、以下により詳細に記載されるように、同じ宿主細胞または別々の宿主細胞中に存在する単一のベクターまたは別々のベクター中に存在し得る。
ベクター
本明細書に記載される抗体分子、抗体分子－薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）、または抗菌ペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むベクターが、本明細書でさらに提供される。ある実施形態では、ベクターは、本明細書に記載される抗体分子をコードするヌクレオチドを含む。ある実施形態では、ベクターは、本明細書に記載されるヌクレオチド配列を含む。ベクターには、ウイルス、プラスミド、コスミド、ラムダファージまたは酵母人工染色体（ＹＡＣ）が含まれるがこれらに限定されない。
多数のベクター系が使用され得る。例えば、ベクターの１つのクラスは、動物ウイルス、例えば、ウシパピローマウイルス、ポリオーマウイルス、アデノウイルス、ワクシニアウイルス、バキュロウイルス、レトロウイルス（ラウス肉腫ウイルス、ＭＭＴＶまたはＭＯＭＬＶ）またはＳＶ４０ウイルスなどに由来するＤＮＡエレメントを利用する。ベクターの別のクラスは、ＲＮＡウイルス、例えば、セムリキ森林ウイルス、東部ウマ脳炎ウイルスおよびフラビウイルスに由来するＲＮＡエレメントを利用する。
さらに、それらの染色体中にＤＮＡを安定に組み込んだ細胞は、トランスフェクトされた宿主細胞の選択を可能にする１つまたは複数のマーカーを導入することによって選択され得る。マーカーは、例えば、栄養要求性宿主に対する原栄養性、殺生物剤耐性（例えば、抗生物質）、または銅などの重金属に対する耐性などを提供し得る。選択可能なマーカー遺伝子は、発現されるＤＮＡ配列に直接的に連結され得るか、または共形質転換によって同じ細胞中に導入され得る。さらなるエレメントもまた、ｍＲＮＡの最適な合成のために必要とされ得る。これらのエレメントには、スプライスシグナル、ならびに転写プロモーター、エンハンサー、および終結シグナルが含まれ得る。
構築物を含む発現ベクターまたはＤＮＡ配列が発現のために調製されると、発現ベクターは、適切な宿主細胞中にトランスフェクトまたは導入され得る。種々の技法、例えば、プロトプラスト融合、リン酸カルシウム沈殿、電気穿孔、レトロウイルス形質導入、ウイルストランスフェクション、遺伝子銃、脂質ベースのトランスフェクションまたは他の従来の技法などが、これを達成するために使用され得る。プロトプラスト融合の場合、細胞は、培地中で成長させられ、適切な活性についてスクリーニングされる。
得られたトランスフェクトされた細胞を培養するため、および生成された抗体分子、抗細菌ペプチド、または抗体分子－薬物コンジュゲートを回収するための方法および条件は、当業者に公知であり、本明細書の記載に基づいて、使用される特定の発現ベクターおよび哺乳動物宿主細胞に依存して変動し得るまたは最適化され得る。
細胞
本開示は、本明細書に記載される抗体分子、抗細菌ペプチド、または抗体分子－薬物コンジュゲートをコードする核酸を含む宿主細胞もまた提供する。例えば、宿主細胞は、表２の核酸、それと実質的に相同な配列（例えば、それと少なくとも約８５％、９０％、９５％、９９％もしくはそれよりも高く同一な、および／または本明細書に記載されるストリンジェンシー条件下でハイブリダイズすることができる配列）、または前記核酸のうちの１つの部分を含み得る。さらに、宿主細胞は、表１、３、または８に記載されるアミノ酸配列をコードする核酸、それと実質的に相同な配列（例えば、それと少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９９％もしくはそれよりも高く同一な配列）、または前記配列のうちの１つの部分を含み得る。
ある実施形態では、宿主細胞は、抗体分子、ＡＤＣ、または抗菌ペプチドをコードする核酸を含むように遺伝子操作される。
ある実施形態では、宿主細胞は、発現カセットを使用することによって遺伝子操作される。語句「発現カセット」は、そのような配列と適合性の宿主における遺伝子の発現に影響を与えることができるヌクレオチド配列を指す。かかるカセットは、プロモーター、イントロンありまたはなしのオープンリーディングフレーム、および終結シグナルを含み得る。発現をもたらす際に必要なまたは有益なさらなる因子、例えば、誘導性プロモーターなどもまた使用され得る。
本開示は、本明細書に記載されるベクターを含む宿主細胞もまた提供する。
細胞は、真核生物細胞、細菌細胞、昆虫細胞、またはヒト細胞であり得るがこれらに限定されない。適切な真核生物細胞には、Ｖｅｒｏ細胞、ＨｅＬａ細胞、ＣＯＳ細胞、ＣＨＯ細胞、ＨＥＫ２９３細胞、ＢＨＫ細胞およびＭＤＣＫＩＩ細胞が含まれるがこれらに限定されない。適切な昆虫細胞には、Ｓｆ９細胞が含まれるがこれに限定されない。
抗体分子、抗体分子－薬物コンジュゲート、および抗菌ペプチドの使用
本明細書に開示される抗体分子、抗体分子－薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）、または抗菌ペプチド、ならびに本明細書に開示される医薬組成物は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ、ｅｘ ｖｉｖｏ、およびｉｎ ｖｉｖｏでの治療的、予防的、および／または診断的有用性を有する。
ある実施形態では、抗体分子、ＡＤＣ、または抗菌ペプチドは、細菌、例えば、グラム陰性細菌の生存能を阻害または低減する。例えば、これらの分子は、細菌、例えば、グラム陰性細菌の生存能を阻害または低減するために、培養物中の細胞に、ｉｎ ｖｉｔｒｏもしくはｅｘ ｖｉｖｏで、または対象、例えば、ヒト対象に、例えば、ｉｎ ｖｉｖｏで、投与され得る。したがって、ある態様では、本開示は、対象における細菌感染症を処置または予防する方法であって、細菌感染症が処置または予防されるように、本明細書に記載される抗体分子、ＡＤＣ、または抗菌ペプチドを対象に投与することを含む方法を提供する。例えば、これらの抗体分子は、細菌感染症を処置、予防、および／もしくは診断するため、または細菌感染症を阻害もしくは低減するために、培養物中の細胞に、例えば、ｉｎ ｖｉｔｒｏもしくはｅｘ ｖｉｖｏで、または対象において、例えば、ｉｎ ｖｉｖｏで、投与され得る。
本明細書で使用される場合、用語「対象」は、ヒトおよび非ヒト動物を含む意図である。ある実施形態では、対象は、ヒト対象、例えば、細菌、例えば、疾患原因細菌、例えば、グラム陰性細菌に感染した、または細菌、例えば、疾患原因細菌、例えば、グラム陰性細菌に感染するリスクがあるヒト患者である。用語「非ヒト動物」は、哺乳動物および非哺乳動物、例えば、非ヒト霊長類を含む。ある実施形態では、対象は、ヒトである。本明細書に記載される方法および組成物は、細菌、例えば、疾患原因細菌、例えば、グラム陰性細菌に感染したヒト患者を処置するために適切である。細菌、例えば、疾患原因細菌、例えば、グラム陰性細菌に感染した患者には、細菌に曝露されているが（少なくとも一時的に）無症候性である患者、細菌感染症を有する患者、または細菌感染症に関連する障害を有する患者が含まれる。
細菌感染症を処置または予防する方法
グラム陰性細菌は、細菌の外膜上にリポ多糖（ＬＰＳ）をディスプレイする。理論によって束縛されることは望まないが、ある実施形態では、本明細書に記載される抗体分子、抗体分子－薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）、または抗菌ペプチドは、少なくとも一部はＬＰＳへの結合によって、グラム陰性細菌の生存能を阻害または低減し得る。
本明細書に記載される抗体分子、ＡＤＣ、および抗菌ペプチドは、細菌感染症、ならびに細菌感染症に関連する障害、状態または症状を処置または予防するために使用され得る。
ある実施形態では、細菌感染症は、以下の細菌のうち１種または複数によって引き起こされる：Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａ（例えば、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ ｓｕｂｓｐ．ｏｚａｅｎａｅ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ ｓｕｂｓｐ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、またはＫｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ ｓｕｂｓｐ．ｒｈｉｎｏｓｃｌｅｒｏｍａｔｉｓ）、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｃａｎｃｅｒｏｇｅｎｏｕｓ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｃｌｏａｃａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｈｏｒｍａｅｃｈｅｉ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ ａｓｂｕｒｉａｅ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ ｂｏｙｄｉｉ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ ｄｙｓｅｎｔｅｒｉａｅ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ ｆｌｅｘｎｅｒｉ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ ｓｏｎｎｅｉ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ（例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ ＡＴＣＣ １１７７５、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ ＡＴＣＣ ２５９２２、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ ＡＴＣＣ ３５４０１、またはＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ ＡＴＣＣ ４３８９５）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｆｅｒｇｕｓｏｎｉｉ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｃｈｏｌｅｒａｅｓｕｉｓ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｃｈｏｌｅｒａｅｓｕｉｓ ｓｕｂｓｐ．ｉｎｄｉｃａ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｅｎｔｅｒｉｔｉｄｉｓ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｖｉｒｃｈｏｗ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｐａｒａｔｙｐｈｉ Ｂ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｐａｒａｔｙｐｈｉ Ａ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｃｈｏｌｅｒａｅｓｕｉｓ ｓｕｂｓｐ．ａｒｉｚｏｎａｅ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｃｈｏｌｅｒａｅｓｕｉｓ ｓｕｂｓｐ．ｄｉａｒｉｚｏｎａｅ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｃｈｏｌｅｒａｅｓｕｉｓ ｓｕｂｓｐ．ｈｏｕｔｅｎａｅ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｂｏｎｇｏｒｉ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｅｄｌａｋｉｉ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ ｂｒａａｋｉｉ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ ｗｅｒｋｍａｎｉｉ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ ｆｒｅｕｎｄｉｉ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ ｙｏｕｎｇａｅ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ ａｍａｌｏｎａｔｉｃｕｓ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｆｒｅｄｅｒｉｋｓｅｎｉｉ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｐｅｓｔｉｓ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｐｓｅｕｄｏｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ、またはそれらの任意の組合せ。
ある実施形態では、細菌感染症は、以下のうち１種または複数によって引き起こされる：Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ（例えば、バンコマイシン耐性（ＶＲＥ）Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ（例えば、メチシリン耐性（ＭＲＳＡ）Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉ（例えば、多剤耐性（ＭＤＲ）Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ）、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ（例えば、多剤耐性（ＭＤＲ）Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、例えば、カルバペネム耐性Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）、腸内細菌科（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、またはＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．、例えば、カルバペネム耐性腸内細菌科（ＣＲＥ））、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏａｅａｅ（例えば、薬物耐性Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏａｅａｅ）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ（例えば、薬物耐性Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）、Ｓｈｉｇｅｌｌａ（例えば、薬物耐性Ｓｈｉｇｅｌｌａ）、広域スペクトルβ－ラクタマーゼ（ＥＳＢＬ）を生成する細菌、またはＭｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ（例えば、薬物耐性Ｍ．ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）。
細菌感染症に関連し得る例示的な障害または状態には、肺炎（例えば、市中感染肺炎および院内感染肺炎）、尿路感染症（ＵＴＩ）、敗血症、髄膜炎、下痢（例えば、旅行者下痢）、軟組織感染症、皮膚感染症、菌血症、呼吸器系感染症（例えば、下部気道感染症）、心内膜炎、腹腔内感染症、敗血症性関節炎、骨髄炎、ＣＮＳ感染症、眼科感染症、胆嚢炎、胆管炎、髄膜炎（例えば、新生児髄膜炎）、腸チフス、食中毒、胃腸炎、腸炎熱、細菌性赤痢、血流感染症、腹腔内敗血症、脳膿瘍、髄膜炎、敗血症（例えば、新生児敗血症）、関節感染症、骨感染症、胃腸感染症、または創傷感染症が含まれるがこれらに限定されない。
本明細書に記載されるある特定の抗体分子、ＡＤＣ、および抗菌ペプチドは、異なる属、種、亜種、および／または株の少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、２５、３０、３５、４０、５０、１００、２００種、またはそれよりも多くの細菌（例えば、グラム陰性細菌）を処置することができる。したがって、ある実施形態では、抗体分子、ＡＤＣ、または抗菌ペプチドは、細菌の属、種、亜種、および／または株を決定するための試験が実施されていない場合に、例えば、感染した細菌または疾患原因細菌の型が未知であり得る場合に、細菌感染症に感染したまたは細菌感染症に感染するリスクがある患者に投与される。
抗体分子、ＡＤＣ、または抗菌ペプチドは、典型的には、患者が回復するまで患者の系において治療有効レベルの抗体分子、ＡＤＣ、または抗菌ペプチドを保つ頻度で投与される。例えば、抗体分子、ＡＤＣ、または抗菌ペプチドは、少なくとも約１、２、５、１０、２０、３０もしくは４０個の抗体分子、ＡＤＣ、または抗菌ペプチドが各細菌に結合するのに十分な血清濃度を達成する頻度で投与され得る。ある実施形態では、抗体分子、ＡＤＣ、または抗菌ペプチドは、１、２、３、４、５、６、または７日毎に投与される。
種々の抗体分子、ＡＤＣ、または抗菌ペプチドを投与する方法は、当該分野で公知であり、以下に記載される。使用される抗体分子、ＡＤＣ、または抗菌ペプチドの適切な投薬量は、対象の年齢および体重ならびに使用される特定の薬物に依存する。
抗体分子または抗菌ペプチドは、それ自体で使用され得るか、または第２の薬剤、例えば、抗細菌剤、毒素、もしくはタンパク質、例えば、第２の抗細菌（例えば、抗ＬＰＳ）抗体分子もしくは抗菌ペプチドにコンジュゲートされ得る。この方法は、単独でのまたは第２の薬剤にコンジュゲートされた抗体分子または抗菌ペプチドを、かかる処置を必要とする対象に投与することを含む。抗体分子は、種々の治療剤、例えば、毒素もしくは抗ウイルス剤、またはそれらの混合物を送達するために使用され得る。
併用療法
抗体分子、抗体分子－薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）、および抗菌ペプチドは、他の療法と組み合わせて使用され得る。例えば、併用療法は、１種もしくは複数のさらなる治療剤、例えば、抗細菌剤（抗生物質もしくは他の抗細菌抗体が含まれる）、ワクチン、もしくは免疫応答を増強する薬剤と共に共製剤化された、および／またはそれと共に共投与される、抗体分子、ＡＤＣ、または抗菌ペプチドを含み得る。他の実施形態では、抗体分子、抗細菌ペプチド、または抗体分子－薬物コンジュゲートは、他の治療的処置モダリティ、例えば、静脈内水分補給、発熱低減剤（例えば、アセトアミノフェン）、または輸血と組み合わせて投与される。かかる併用療法は、投与される治療剤のより低い投薬量を有利に利用し得、そうして、種々の単剤療法に関連する起こり得る毒性も合併症も回避する。
「組み合わせて」投与されるは、本明細書で使用される場合、細菌感染症または疾患による対象の苦痛の前、またはその過程の間に、２つの（またはそれよりも多くの）異なる処置が対象に送達されることを意味する。一実施形態では、２つまたはそれよりも多くの処置は、予防的に、例えば、対象が細菌、例えば、グラム陰性細菌に感染する前またはそれと診断される前に送達される。別の実施形態では、２つまたはそれよりも多くの処置は、対象が細菌、例えば、グラム陰性細菌に感染した後またはそれと診断された後に送達される。ある実施形態では、１つの処置の送達は、第２の処置の送達が開始する時点でなおも行われており、したがって、重複が存在する。これは、本明細書で時折、「同時」または「同時発生的送達」と呼ばれる。他の実施形態では、１つの処置の送達は、他の処置の送達が開始する前に終了する。いずれかの場合のある実施形態では、この処置は、組み合わされた投与に起因して、より有効である。例えば、第２の処置は、より有効である、例えば、等価な効果が、より少ない第２の処置で見られるか、または第２の処置は、第２の処置が第１の処置の非存在下で投与された場合に見られたものよりも、症状をより高い程度まで低減するか、あるいは類似した状況が、第１の処置で見られる。ある実施形態では、送達は、症状、または細菌感染症もしくは障害に関連する他のパラメーターにおける低減が、１つの処置を他の処置の非存在下で送達して観察された低減よりも大きくなるような送達である。２つの処置の効果は、部分的に相加的であり得るか、完全に相加的であり得るか、または相加的よりも大きくなり得る。送達は、送達された第１の処置の効果が、第２の処置が送達される時点でなおも検出可能であるような送達であり得る。
一部の実施形態では、さらなる抗菌剤は、抗生物質である。例えば、抗生物質は、ベータ－ラクタム抗生物質（例えば、ペニシリン、セファロスポリン、モノバクタム、またはカルバペネム）、モノバクタム、カルバペネム、マクロライド、リンコサミド、ストレプトグラミン、アミノグリコシド、キノロン、スルホンアミド、テトラサイクリン、グリコペプチド、脂質化グリコペプチド、オキサゾリジノン、リファマイシン、ポリペプチド、またはツベラクチノマイシンであり得る。例示的な抗生物質には、アミカシン、アモキシシリン、アンピシリン、アジスロマイシン、アズトレオナム、バカンピシリン、バシトラシン、バロフロキサシン、ベシフロキサシン、カプレオマイシン、カルベニシリン、セファセトリル（ｃｅｆａｃｅｔｒｉｌｅ）（セファセトリル（ｃｅｐｈａｃｅｔｒｉｌｅ））、セファクロメジン（ｃｅｆａｃｌｏｍｅｚｉｎｅ）、セファクロル、セファドロキシル（ｃｅｆａｄｒｏｘｉｌ）（セファドロキシル（ｃｅｆａｄｒｏｘｙｌ））、セファレキシン（ｃｅｆａｌｅｘｉｎ）（セファレキシン（ｃｅｐｈａｌｅｘｉｎ））、セファログリシン（ｃｅｆａｌｏｇｌｙｃｉｎ）（セファログリシン（ｃｅｐｈａｌｏｇｌｙｃｉｎ））、セファロニウム（ｃｅｆａｌｏｎｉｕｍ）（セファロニウム（ｃｅｐｈａｌｏｎｉｕｍ））、セファロラム（ｃｅｆａｌｏｒａｍ）、セファロリジン（ｃｅｆａｌｏｒｉｄｉｎｅ）（セファロリジン（cephaloradine））、セファロチン（ｃｅｆａｌｏｔｉｎ）（セファロチン（ｃｅｐｈａｌｏｔｈｉｎ））、セファマンドール、セファパロール（ｃｅｆａｐａｒｏｌｅ）、セファピリン（ｃｅｆａｐｉｒｉｎ）（セファピリン（ｃｅｐｈａｐｉｒｉｎ））、セファトリジン、セファザフル、セファゼドン、セファゾリン（ｃｅｆａｚｏｌｉｎ）（セファゾリン（ｃｅｐｈａｚｏｌｉｎ））、セフカネル（ｃｅｆｃａｎｅｌ）、セフカペン、セフクリジン（ｃｅｆｃｌｉｄｉｎｅ）、セフダロキシム（ｃｅｆｄａｌｏｘｉｍｅ）、セフジニル、セフジトレン、セフェドロロール（ｃｅｆｅｄｒｏｌｏｒ）、セフェムピドン（ｃｅｆｅｍｐｉｄｏｎｅ）、セフェピム、セフェタメト、セフェトリゾール（ｃｅｆｅｔｒｉｚｏｌｅ）、セフィビトリル（ｃｅｆｉｖｉｔｒｉｌ）、セフィキシム、セフルプレナム、セフマチレン、セフメノキシム、セフメピジウム（ｃｅｆｍｅｐｉｄｉｕｍ）、セフメタゾール、セフォジジム、セフォニシド、セフォペラゾン、セフォセリス、セフォタキシム、セフォテタン、セフォベシン、セフォキサゾール（ｃｅｆｏｘａｚｏｌｅ）、セフォキシチン、セフォゾプラン、セフピミゾール、セフピロム、セフポドキシム、セフプロジル（セフプロキシル（ｃｅｆｐｒｏｘｉｌ））、セフキノム、セフラジン（ｃｅｆｒａｄｉｎｅ）（セフラジン（ｃｅｐｈｒａｄｉｎｅ））、セフロチル（ｃｅｆｒｏｔｉｌ）、セフロキサジン、セフスミド（ｃｅｆｓｕｍｉｄｅ）、セフタロリン、セフタロリン（テフラロ）、セフタジジム、セフテラム、セフテゾール、セフチブテン、セフチオフル、セフチオレン（ｃｅｆｔｉｏｌｅｎｅ）、セフチオキシド（ｃｅｆｔｉｏｘｉｄｅ）、セフチゾキシム、セフトビプロール、セフトリアキソン、セフラセチム（ｃｅｆｕｒａｃｅｔｉｍｅ）、セフロキシム、セフゾナム、クロラムフェニコール、シプロフロキサシン、クラリスロマイシン、クリナフロキサシン、クリンダマイシン、クロキサシリン、サイクロセリン、ダプトマイシン（キュビシン）、デメクロサイクリン、ジクロキサシリン、ジリスロマイシン、ドリペネム、ドキシサイクリン、エノキサシン、エルタペネム、エリスロマイシン、フルクロキサシリン、フルメキン、ガチフロキサシン、ゲミフロキサシン、ゲミフロキサシン（ファクティブ（ｆａｃｔｉｖｅ））、ゲンタマイシン、グレパフロキサシン、イミペネム、イミペネム／シラスタチン、カナマイシン、レボフロキサシン、リンコマイシン、リネゾリド、ロメフロキサシン、大環状化合物、メロペネム、メトロニダゾール、メズロシリン、ミノサイクリン、モキシフロキサシン、ナジフロキサシン、ナフシリン、ナリジクス酸、ネオマイシン、ネチルマイシン、ニトロフラントイン、ノルフロキサシン、オフロキサシン、オキサシリン、オキソリニン酸、オキシテトラサイクリン、パロモマイシン、パズフロキサシン、ペフロキサシン、ペニシリンｇ、ペニシリンｖ、ピペミド酸、ピペラシリン、ピロミド酸、ピバンピシリン、ピブメシリナム、ポリミキシンｂ、プリスチナマイシン、プルリフロキサシン、キヌプリスチン／ダルホプリスチン、リファブチン、リファンピン、リファペンチン、ロソクサシン、ロキシスロマイシン、ルフロキサシン、シタフロキサシン、スパルフロキサシン、ストレプトマイシン、スルファメチゾール、スルファメトキサゾール、スルフイソキサゾール、テイコプラニン、テラバンシン、テラバンシン（ヴィバティブ）、テリスロマイシン、テマフロキサシン、テトラサイクリン、チカルシリン、チゲサイクリン、チニダゾール、トブラマイシン、トスフロキサシン、トリメトプリム－スルファメトキサゾール、トロバフロキサシン、バンコマイシン、バイオマイシン、またはゼオシンが含まれるがこれらに限定されない。
ある実施形態では、さらなる抗細菌剤は、ワクチンである。ワクチンは、例えば、生、弱毒化または不活化細菌、例えば、炭疽病ワクチン（例えば、ＢＩＯＴＨＲＡＸ（登録商標））、ＤＴａＰワクチン（例えば、ＤＡＰＴＡＣＥＬ（登録商標）またはＩＮＦＡＮＲＩＸ（登録商標））、ＤＴワクチン、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ ｂ型（Ｈｉｂ）ワクチン（例えば、ＡＣＴＨＩＢ（登録商標）、ＨＩＢＥＲＩＸ（登録商標）、またはＰＥＤＶＡＸＨＩＢ（登録商標））、髄膜炎菌ワクチン（例えば、ＭＥＮＯＭＵＮＥ（登録商標）、ＭＥＮＡＣＴＲＡ（登録商標）、ＭＥＮＶＥＯ（登録商標）、ＴＲＵＭＥＮＢＡ（登録商標）、またはＢＥＸＳＥＲＯ（登録商標））、肺炎球菌ワクチン（例えば、ＰＮＥＵＭＯＶＡＸ（登録商標）２３またはＰＲＥＶＮＡＲ（登録商標）１３）、破傷風／ジフテリアワクチン（例えば、ＤＥＣＡＶＡＣ（登録商標）またはＴＥＮＩＶＡＣ（登録商標））、破傷風／ジフテリア／百日咳ワクチン（例えば、ＢＯＯＳＴＲＩＸ（登録商標）またはＡＤＡＣＥＬ（登録商標））、チフスワクチン（例えば、ＴＹＰＨＩＭ ＶＩ（登録商標）またはＶＩＶＯＴＩＦ（登録商標））、ＤＴａＰ／ポリオワクチン（例えば、ＫＩＮＲＩＸ（登録商標））、ＤＴａＰ／Ｂ型肝炎／ポリオワクチン（例えば、ＰＥＤＩＡＲＩＸ（登録商標））、ＤＴａＰ／ポリオ／Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａ ｂ型ワクチン（例えば、ＰＥＮＴＡＣＥＬ（登録商標））、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａ ｂ型／Ｂ型肝炎ワクチン（例えば、ＣＯＭＶＡＸ（登録商標））、およびＨａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａ ｂ型／髄膜炎菌ワクチン（例えば、ＭＥＮＨＩＢＲＩＸ（登録商標））であり得る。
ある実施形態では、さらなる抗ウイルス剤は、第２の抗体分子、ＡＤＣ、または抗菌ペプチド、例えば、第１の抗体分子、ＡＤＣ、または抗菌ペプチドとは異なる抗体分子、ＡＤＣ、または抗菌ペプチドである。組み合わせて使用され得る例示的な抗体分子には、表１または３に列挙される抗体分子の任意の組合せが含まれるがこれらに限定されない。
ある実施形態では、さらなる抗細菌剤は、抗菌（例えば、抗細菌）ペプチドである。例示的な抗菌ペプチドには、酢酸ペキシガナン（ｐｅｘｉｇａｎａｎ）（ＭＳＩ ７８）、オミガナン（ｏｍｉｇａｎａｎ）（ＭＸ－２２６／ＭＢＩ－２２６またはＣＬＳ００１）、イセガナン（ｉｓｅｇａｎａｎ）（ＩＢ－３６７）、ｈＬＦ１－１１、ＸＯＭＡ ６２９、ＰＡＣ－１１３、ＣＺＥＮ－００２、ＩＭＸ９４２、ＯＰ－１４５、グレリン、ＰＭＸ－３００６３、デルミチド（ｄｅｌｍｉｔｉｄｅ）（ＲＤＰ５８）、プレクタシン（ｐｌｅｃｔａｓｉｎ）、およびＨＢ１３４５が含まれるがこれらに限定されない。
ある実施形態では、さらなる抗細菌剤は、耐性改変剤である。例示的な耐性改変剤には、流出阻害剤（例えば、Ｐｈｅ－Ａｒｇ－β－ナフチルアミド）およびベータ－ラクタマーゼ阻害剤（例えば、クラブラン酸またはスルバクタム）が含まれるがこれらに限定されない。
診断の方法
一部の態様では、本開示は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ（例えば、生体試料、例えば、血液試料中）またはｉｎ ｖｉｖｏ（例えば、対象におけるｉｎ ｖｉｖｏイメージング）で細菌の存在を検出するための診断方法を提供する。この方法は、（ｉ）試料を、本明細書に記載される抗体分子もしくは抗体分子－薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）と接触させること、または抗体分子もしくはＡＤＣを対象に投与すること；（必要に応じて）（ｉｉ）参照試料、例えば、対照試料（例えば、対照生体試料、例えば、血漿もしくは血液）または対照対象を、本明細書に記載される抗体分子またはＡＤＣと接触させること；および（ｉｉｉ）抗体分子またはＡＤＣと試料もしくは対象または対照試料もしくは対象との間での複合体の形成を検出することであって、対照試料または対象と比べた、試料または対象における複合体の形成における変化、例えば、統計的に有意な変化が、試料中の細菌の存在を指し示す、検出することを含む。抗体分子またはＡＤＣは、結合したまたは未結合の抗体の検出を容易にするために、検出可能な物質で直接的または間接的に標識され得る。適切な検出可能な物質には、上記のおよび以下により詳細に記載される、種々の酵素、補欠分子族、蛍光材料、発光材料および放射性材料が含まれる。
用語「試料」には、細菌を検出するために使用される試料を指す場合、細胞、細胞溶解物、細胞のタンパク質もしくは膜抽出物、体液、例えば、血液、または組織試料が含まれるがこれらに限定されない。
抗体分子またはＡＤＣと細菌またはリポ多糖との間での複合体形成は、細菌もしくはリポ多糖に結合した抗体分子もしくは抗体分子－薬物コンジュゲート、または未結合の抗体分子もしくはＡＤＣのいずれかを測定または可視化することによって検出され得る。任意の適切な検出アッセイが使用され得、従来の検出アッセイには、酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）アッセイ、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）または組織免疫組織化学が含まれる。抗体分子またはＡＤＣを標識する代わりに、試料中の細菌またはリポ多糖の存在は、検出可能な物質で標識された標準および未標識の抗体分子またはＡＤＣを利用する競合イムノアッセイによってアッセイされ得る。このアッセイでは、生体試料、標識された標準および抗体分子またはＡＤＣは合わされ、未標識の結合分子に結合した標識された標準の量が決定される。試料中の細菌またはリポ多糖の量は、抗体分子またはＡＤＣに結合した標識された標準の量と反比例する。
さらなる態様および実施形態は、以下の番号付けされた段落で提供される。
１．抗体分子および共有結合的にカップリングされたペプチドを含む抗体分子－薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）であって、
抗体分子が、重鎖可変領域（ＶＨ）を含み、ＶＨが、３つの重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）を含み、ＶＨが、
（ａ）配列番号１０５のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、配列番号１０６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、および配列番号１０７のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、または
（ｂ）配列番号１０８のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、配列番号１４６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、および配列番号１０７のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３
を含み、
抗体分子が、軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、ＶＬが、３つの軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）を含み、ＶＬが、
（ａ）配列番号１３８のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、配列番号１４２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、および配列番号１１２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、または
（ｂ）配列番号１３８のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、配列番号１４２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、および配列番号１１２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含み、
ペプチドが、配列番号２５７のアミノ酸配列、あるいは配列番号２５７のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含む、
ＡＤＣ。
２．ＶＨが、配列番号１０５のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、配列番号１０６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、および配列番号１０７のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含み、ＶＬが、配列番号１３８のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、配列番号１４２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、および配列番号１１２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む、段落１に記載のＡＤＣ。
３．ＶＨが、配列番号１０８のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、配列番号１４６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、および配列番号１０７のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含み、ＶＬが、配列番号１３８のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、配列番号１４２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、および配列番号１１２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む、段落１に記載のＡＤＣ。
４．ＶＨが、配列番号１１７のアミノ酸配列、あるいは配列番号１１７のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含む、段落１～３のいずれかに記載のＡＤＣ。
５．ＶＨが、配列番号１１７のアミノ酸配列を含む、段落１～４のいずれかに記載のＡＤＣ。
６．ＶＬが、配列番号１３５のアミノ酸配列、あるいは配列番号１３５のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含む、段落１～５のいずれかに記載のＡＤＣ。
７．ＶＬが、配列番号１３５のアミノ酸配列を含む、段落１～６のいずれかに記載のＡＤＣ。
８．抗体分子が、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓに結合することができる、段落１～７のいずれかに記載のＡＤＣ。
９．抗体分子が、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａに結合することができる、段落１～８のいずれかに記載のＡＤＣ。
１０．抗体分子が、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ上のリポ多糖（ＬＰＳ）に結合することができる、段落１～９のいずれかに記載のＡＤＣ。
１１．抗体分子が、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ上のＬＰＳにおける内部コアグリカン部分に結合することができる、段落１～１０のいずれかに記載のＡＤＣ。
１２．抗体分子が、例えば、ウェスタンブロットによって決定して、Ｅ ｃｏｌｉのＬＰＳに結合しないか、または実質的に結合しない、段落１～１１のいずれかに記載のＡＤＣ。
１３．抗体分子が、例えば、バイオレイヤー干渉分析によって決定して、ヘプトース、もしくは一リン酸化されたヘプトースアナログ（例えば、２－Ｐ－Ｈｅｐまたは４－Ｐ－Ｈｅｐ）に結合しないか、または実質的に結合しない、段落１～１２のいずれかに記載のＡＤＣ。
１４．抗体分子が、例えば、バイオレイヤー干渉分析によって決定して、二リン酸化された２，４－Ｐ－Ｈｅｐ単糖に結合する、段落１～１３のいずれかに記載のＡＤＣ。
１５．抗体分子が、例えば、バイオレイヤー干渉分析によって決定して、例えば、二リン酸化された２，４－Ｐ－Ｈｅｐ単糖と比較して、低減された結合で、二リン酸化されたマンノース（２，４－Ｐ－Ｍａｎ）に結合する、段落１～１４のいずれかに記載のＡＤＣ。
１６．抗体分子が、例えば、全細菌細胞ＥＬＩＳＡによって決定して、例えば、約２０～約１５０ｐＭ（例えば、約５０～約１２０ｐＭ）の見かけのアビディティーで、本明細書に記載される１種または複数のＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ株、例えば、カルバペネム、抗ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ第三世代セファロスポリンまたはフルオロキノロンに耐性の１種または複数の株に結合する、段落１～１５のいずれかに記載のＡＤＣ。
１７．抗体分子が、例えば、全細胞ＥＬＩＳＡによって決定して、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ、グラム陽性生物、もしくは哺乳動物細胞のうちの１種もしくは複数に結合しないか、または実質的に結合しない、段落１～１６のいずれかに記載のＡＤＣ。
１８．抗体分子が、例えば、全細菌細胞ＥＬＩＳＡによって決定して、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ以外のＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ種、例えば、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｐｕｔｉｄａ、またはＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｓｔｕｔｚｅｒｉのうちの１種または複数に結合する、段落１～１７のいずれかに記載のＡＤＣ。
１９．抗体分子が、モノクローナル抗体分子、ヒト化抗体分子、単離された抗体分子、または合成抗体分子である、段落１～１８のいずれかに記載のＡＤＣ。
２０．抗体分子が、２つのＶＨおよび２つのＶＬを含む、段落１～１９のいずれかに記載のＡＤＣ。
２１．抗体分子が、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、またはＩｇＧ４の重鎖定常領域をさらに含む、段落１～２０のいずれかに記載のＡＤＣ。
２２．抗体分子が、カッパまたはラムダ鎖の軽鎖定常領域をさらに含む、段落１～２１のいずれかに記載のＡＤＣ。
２３．抗体分子が、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、または一本鎖Ｆｖ断片（ｓｃＦｖ）を含む、段落１～２２のいずれかに記載のＡＤＣ。
２４．ペプチドが、配列番号２５７のアミノ酸配列を含む、段落１～２３のいずれかに記載のＡＤＣ。
２５．ペプチドが、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、もしくは３３個のＤ－アミノ酸を含むか、またはペプチド中のアミノ酸残基の少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、もしくは１００％が、Ｄ－アミノ酸である、段落１～２４のいずれかに記載のＡＤＣ。
２６．ペプチド中のアミノ酸のすべてが、Ｄ－アミノ酸である、段落１～２５のいずれかに記載のＡＤＣ。
２７．ペプチドが、ＶＨ、例えば、ＶＨのＣ末端に、例えば、間接的に（例えば、定常領域、リンカー、またはその両方を介して）、カップリングされている、段落１～２６のいずれかに記載のＡＤＣ。
２８．ペプチドが、抗体分子に、例えば、ソルターゼ認識配列（例えば、ＬＰＥＴＧＧＧ（配列番号２４４））を介して、例えば、ソルターゼＡ（ＳｒｔＡ）を使用して、酵素的ライゲーションによってカップリングされている、段落１～２７のいずれかに記載のＡＤＣ。
２９．ペプチドが、ソルターゼドナー配列、例えば、Ｎ末端ＧＧＧを含む、段落１～２８のいずれかに記載のＡＤＣ。
３０．ＡＤＣが、抗体分子とペプチドとの間に、リンカー、例えば、（Ｇｌｙ－Ｓｅｒ）ｎリンカー配列（ここで、ｎ＝２～２０である（配列番号２６２））を含む、段落１～２９のいずれかに記載のＡＤＣ。
３１．ＡＤＣが、例えば、質量分析によって決定して、約２～約８、例えば、約２～約４のペプチド対抗体分子の比を有する、段落１～３０のいずれかに記載のＡＤＣ。
３２．ＡＤＣが、例えば、質量分析によって決定して、約２のペプチド対抗体分子の比を有する、段落１～３１のいずれかに記載のＡＤＣ。
３３．ＡＤＣが、約２μｇ／ｍＬ～約５０μｇ／ｍＬ、例えば、約３．１μｇ／ｍＬ～約２５μｇ／ｍＬの濃度で、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａに対するｉｎ ｖｉｔｒｏ殺菌活性を有する、段落１～３２のいずれかに記載のＡＤＣ。
３４．ＡＤＣが、参照ＡＤＣ、例えば、ＶＳＸ－１と比較して、５０％またはそれ未満、例えば、４５％、４０％、３５％、３０％、２５％、２０％、１５％、１０％、またはそれ未満異なる濃度で、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａに対するｉｎ ｖｉｔｒｏ殺菌活性を有する、段落１～３３のいずれかに記載のＡＤＣ。
３５．ＡＤＣが、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａに対して、約５００μｇ／ｍＬまたはそれよりも高い、例えば、８００μｇ／ｍＬまたはそれよりも高い平均溶解濃度（ＭＬＣ）を有する、段落１～３４のいずれかに記載のＡＤＣ。
３６．ＡＤＣが、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａに対して、参照ＡＤＣ、例えば、ＶＳＸ－１と比較して、５０％またはそれ未満、例えば、４５％、４０％、３５％、３０％、２５％、２０％、１５％、１０％、またはそれ未満異なるＭＬＣを有する、段落１～３５のいずれかに記載のＡＤＣ。
３７．ＡＤＣが、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａに対して、約５００μｇ／ｍＬまたはそれよりも高い、例えば、８００μｇ／ｍＬまたはそれよりも高いＣＣ５０（５０％の哺乳動物細胞の細胞毒性が観察される濃度）を有する、段落１～３６のいずれかに記載のＡＤＣ。
３８．ＡＤＣが、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａに対して、参照ＡＤＣ、例えば、ＶＳＸ－１よりも高い、例えば、少なくとも０．５、１、２、３、４、または５倍高いＣＣ５０を有する、段落１～３７のいずれかに記載のＡＤＣ。
３９．ＡＤＣが、薬物動態測定、全身イメージング、ｉｎ ｖｉｖｏイメージング、ＥＬＩＳＡ、および／または血液試料の質量分析によって決定して、参照ＡＤＣ、例えば、ＶＳＸ－１と比較して、改善された生体内分布を有する、段落１～３８のいずれかに記載のＡＤＣ。
４０．２つのＶＨおよび２つのＶＬを含む抗体分子を含むＡＤＣであって、
ＶＨが、配列番号２５７のアミノ酸配列を含むペプチドと共有結合的にカップリングされており、
ＶＨが、配列番号１０５のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、配列番号１０６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、および配列番号１０７のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含み、
ＶＬが、配列番号１３８のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、配列番号１４２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、および配列番号１１２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む、
ＡＤＣ。
４１．２つのＶＨおよび２つのＶＬを含む抗体分子を含むＡＤＣであって、
ＶＨが、配列番号２５７のアミノ酸配列を含むペプチドと共有結合的にカップリングされており、
ＶＨが、配列番号１０８のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、配列番号１４６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、および配列番号１０７のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含み、
ＶＬが、配列番号１３８のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、配列番号１４２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、および配列番号１１２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む、
ＡＤＣ。
４２．ＶＨが、配列番号１１７のアミノ酸配列を含み、ＶＬが、配列番号１３５のアミノ酸配列を含む、段落４０または４１に記載のＡＤＣ。
４３．ペプチドが、ＶＨのＣ末端に、（Ｇｌｙ－Ｓｅｒ）ｎリンカーを介してカップリングされている、段落４０～４２のいずれかに記載のＡＤＣ。
４４．抗体分子が、改変スルファターゼモチーフを含む、段落１～４３のいずれかに記載のＡＤＣ。
４５．改変スルファターゼモチーフが、式：
Ｘ１（ＦＧｌｙ’）Ｘ２Ｚ２Ｘ３Ｚ３
を有し、式中、ＦＧｌｙ’が、式：
Figure 2023521319000014
 を有し、式中、
Ｊ１は、共有結合的にカップリングされた抗菌ペプチドであり；
各Ｌ１は、アルキレン、置換されたアルキレン、アルケニレン、置換されたアルケニレン、アルキニレン、アルキニレン、アリーレン、置換されたアリーレン、シクロアルキレン、置換されたシクロアルキレン、ヘテロアリーレン、置換されたヘテロアリーレン、ヘテロシクレン、置換されたヘテロシクレン、アシル、アミド、アシルオキシ、ウレタニレン、チオエステル、スルホニル、スルホンアミド、スルホニルエステル、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＨ－、および置換されたアミンから独立して選択される二価部分であり；
ｎは、ゼロ～４０から選択される数であり；
Ｚ２は、プロリンまたはアラニン残基であり；
Ｘ１は、存在するかまたは存在せず、存在する場合、任意のアミノ酸であり、但し、スルファターゼモチーフがポリペプチドのＮ末端にある場合、Ｘ１は存在し；
Ｘ２およびＸ３は各々独立して、任意のアミノ酸であり；
Ｚ３は、塩基性アミノ酸である、
段落４４に記載のＡＤＣ。
４６．抗体分子が、フォールディングされた状態にある場合、溶媒がアクセス可能な表面上に、共有結合的にカップリングされた抗菌ペプチドを提示する、段落４４または４５に記載のＡＤＣ。
４７．改変スルファターゼモチーフが、異種改変スルファターゼモチーフである、先行する段落のいずれかに記載のＡＤＣ。
４８．改変スルファターゼモチーフが、１２個またはそれ未満（例えば、１１個もしくはそれ未満、１０個もしくはそれ未満、９個もしくはそれ未満、８個もしくはそれ未満、７個もしくはそれ未満、または６個もしくはそれ未満）のアミノ酸残基を含むかまたはそれからなる、先行する段落のいずれかに記載のＡＤＣ。
４９．改変スルファターゼモチーフが、抗体分子鎖のＮ末端、抗体分子鎖のＣ末端、または抗体分子の、溶媒がアクセス可能なループにおいて、ＡＤＣ中に位置する、先行する段落のいずれかに記載のＡＤＣ。
５０．改変スルファターゼモチーフが、抗体分子の重鎖（またはその断片）中に位置する、先行する段落のいずれかに記載のＡＤＣ。
５１．改変スルファターゼモチーフが、重鎖の定常領域（例えば、ＣＨ１、ＣＨ２、またはＣＨ３）中に、例えば、重鎖定常領域の末端（例えば、Ｃ末端）に位置する、先行する段落のいずれかに記載のＡＤＣ。
５２．改変スルファターゼモチーフが、抗体分子の軽鎖（またはその断片）中に位置する、先行する段落のいずれかに記載のＡＤＣ。
５３．改変スルファターゼモチーフが、軽鎖の定常領域中に、例えば、軽鎖定常領域の末端（例えば、Ｃ末端）に位置する、先行する段落のいずれかに記載のＡＤＣ。
５４．複数の改変スルファターゼモチーフ、例えば、２つまたはそれよりも多くの（例えば、３、４、５、６、７、８つ、またはそれよりも多くの）改変スルファターゼモチーフを含む、先行する段落のいずれかに記載のＡＤＣ。
５５．改変スルファターゼモチーフが、抗体分子の重鎖（もしくはその断片）、軽鎖（もしくはその断片）、またはその両方中に位置する、段落５４に記載のＡＤＣ。
５６．改変スルファターゼモチーフが、重鎖の定常領域（例えば、ＣＨ１、ＣＨ２、またはＣＨ３のうち１つまたは複数）、軽鎖の定常領域、またはその両方中に位置する、段落５４または５５に記載のＡＤＣ。
５７．各々が改変スルファターゼモチーフを含む２つまたはそれよりも多くの重鎖を含む、段落５４～５６のいずれかに記載のＡＤＣ。
５８．各々が改変スルファターゼモチーフを含む２つまたはそれよりも多くの軽鎖を含む、段落５４～５７のいずれかに記載のＡＤＣ。
５９．Ｚ３がアルギニン（Ｒ）である、先行する段落のいずれかに記載のＡＤＣ。
６０．存在する場合のＸ１、Ｘ２、およびＸ３が各々独立して、脂肪族アミノ酸、硫黄含有アミノ酸、または極性非荷電アミノ酸である、先行する段落のいずれかに記載のＡＤＣ。
６１．Ｘ１が、存在する場合、Ｌ、Ｍ、Ｖ、ＳまたはＴである、先行する段落のいずれかに記載のＡＤＣ。ある実施形態では、Ｘ２およびＸ３は各々独立して、Ｓ、Ｔ、Ａ、Ｖ、Ｇ、またはＣである。
６２．段落１～５８のいずれかに記載のＡＤＣ、および薬学的に許容される担体を含む医薬組成物。
６３．対象におけるＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓに関連する細菌感染症を処置または予防する方法における使用のための、段落１～６１のいずれかに記載のＡＤＣまたは段落６２に記載の医薬組成物。
６４．細菌感染症が、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａに関連する、段落６３に記載の使用のためのＡＤＣまたは組成物。
６５．ＡＤＣが、１～１０ｍｇ／ｋｇの用量で投与される、段落６３または６４に記載の使用のためのＡＤＣまたは組成物。
６６．ＡＤＣが、静脈内、皮下、もしくは鼻腔内に、または吸入によって投与される、段落６３～６５のいずれかに記載の使用のためのＡＤＣまたは組成物。
６７．ＡＤＣが、細菌感染症に関連する症状の開始の前またはその後に投与される、段落６３～６６のいずれかに記載の使用のためのＡＤＣまたは組成物。
６８．対象が、肺炎、尿路感染症（ＵＴＩ）、敗血症、髄膜炎、下痢、軟組織感染症、皮膚感染症、菌血症、呼吸器系感染症、心内膜炎、腹腔内感染症、敗血症性関節炎、骨髄炎、ＣＮＳ感染症、眼科感染症、胆嚢炎、胆管炎、髄膜炎、腸チフス、食中毒、胃腸炎、腸炎熱、細菌性赤痢、血流感染症、腹腔内敗血症、脳膿瘍、髄膜炎、敗血症、関節感染症、骨感染症、胃腸感染症、または創傷感染症のうちの１つまたは複数を有する、段落６３～６７のいずれかに記載の使用のためのＡＤＣまたは組成物。
６９．細菌感染症が、院内感染（nosocomial infectionまたはhospital-acquired infection）である、段落６３～６８のいずれかに記載の使用のためのＡＤＣまたは組成物。
７０．対象が、ヒトまたは動物である、段落６３～６９のいずれかに記載の使用のためのＡＤＣまたは組成物。
７１．対象が、免疫無防備状態の患者または医療従事者である、段落６３～７０のいずれかに記載の使用のためのＡＤＣまたは組成物。
７２．対象が、ＨＩＶ感染症もしくはＡＩＤＳ、がん、固形臓器移植、幹細胞移植、鎌状赤血球症もしくは無脾症、先天性免疫不全、慢性炎症状態、人工内耳、栄養障害、または脳脊髄液漏出を有するか、あるいはそれを有するリスクがある、段落６３～７１のいずれかに記載の使用のためのＡＤＣまたは組成物。
７３．対象が、１８歳もしくはそれよりも若い、１５歳もしくはそれよりも若い、１２歳もしくはそれよりも若い、９歳もしくはそれよりも若い、または６歳もしくはそれよりも若いか、あるいは少なくとも６０歳、少なくとも６５歳、少なくとも７０歳、少なくとも７５歳、または少なくとも８０歳である、段落６３～７２のいずれかに記載の使用のためのＡＤＣまたは組成物。
７４．方法が、対象に、第２の抗菌剤を投与または療法を施すことをさらに含む、段落６３～７３のいずれかに記載の使用のためのＡＤＣまたは組成物。
７５．第２の抗菌剤または療法が、抗生物質またはファージ療法を含む、段落７４に記載の使用のためのＡＤＣまたは組成物。
７６．抗生物質が、ポリミキシン（例えば、コリスチン）、またはβ－ラクタム（例えば、カルバペネム、例えば、メロペネム）である、段落７５に記載の使用のためのＡＤＣまたは組成物。
７７．抗生物質が、アミノグリコシド、アンサマイシン、カルバセフェム、カルバペネム、セファロスポリン、グリコペプチド、リンコサミド、リポペプチド、マクロライド、モノバクタム、ニトロフラン、オキサゾリジノン、ペニシリン、ペニシリンの組合せ、ポリペプチド、キノロンもしくはフルオロキノロン、スルホンアミド、テトラサイクリン、または薬物から選択される、段落７６に記載の使用のためのＡＤＣまたは組成物。
７８．抗生物質が、アミカシン、ゲンタマイシン、カナマイシン、ネオマイシン、ネチルマイシン、トブラマイシン、パロモマイシン、ストレプトマイシン、スペクチノマイシン、ゲルダナマイシン、ハービマイシン、もしくはリファキシミン、ロラカルベフ、エルタペネム、ドリペネム、イミペネム／シラスタチン、メロペネム、セファドロキシル、セファゾリン、セファロチン（cefalotin）、セファロチン（cefalothin）、セファレキシン、セファクロル、セファマンドール、セフォキシチン、セフプロジル、セフロキシム、セフィキシム、セフジニル、セフジトレン、セフォペラゾン、セフォタキシム、セフポドキシム、セフタジジム、セフチブテン、セフチゾキシム、セフトリアキソン、セフェピム、セフタロリンフォサミル、セフトビプロール、テイコプラニン、バンコマイシン、テラバンシン、ダルババンシン、オリタバンシン、クリンダマイシン、リンコマイシン、ダプトマイシン、アジスロマイシン、クラリスロマイシン、ジリスロマイシン、エリスロマイシン、ロキシスロマイシン、トロレアンドマイシン、テリスロマイシン、スピラマイシン、アズトレオナム、フラゾリドン、ニトロフラントイン、リネゾリド、ポシゾリド、ラデゾリド、トレゾリド、アモキシシリン、アンピシリン、アズロシリン、カルベニシリン、クロキサシリン、ジクロキサシリン、フルクロキサシリン、メズロシリン、メチシリン、ナフシリン、オキサシリン、ペニシリンｇ、ペニシリンｖ、ピペラシリン、ペニシリンｇ、テモシリン、チカルシリン、アモキシシリン／クラブラン酸塩、アンピシリン／スルバクタム、ピペラシリン／タゾバクタム、チカルシリン／クラブラン酸塩、バシトラシン、コリスチン、ポリミキシンｂ、シプロフロキサシン、エノキサシン、ガチフロキサシン、ゲミフロキサシン、レボフロキサシン、ロメフロキサシン、モキシフロキサシン、ナリジクス酸、ノルフロキサシン、オフロキサシン、トロバフロキサシン、グレパフロキサシン、スパルフロキサシン、テマフロキサシン、マフェニド、スルファセタミド、スルファジアジン、銀スルファジアジン、スルファジメトキシン、スルファメチゾール、スルファメトキサゾール、スルファニルイミド、スルファサラジン、スルフイソキサゾール、トリメトプリム－スルファメトキサゾール（コトリモキサゾール）、スルホンアミドクリソイジン、デメクロサイクリン、ドキシサイクリン、ミノサイクリン、オキシテトラサイクリン、テトラサイクリン、クロファジミン、ダプソン、カプレオマイシン、サイクロセリン、エタンブトール、エチオナミド、イソニアジド、ピラジナミド、リファンピン、リファブチン、リファペンチン、ストレプトマイシン、アルスフェナミン、クロラムフェニコール、ホスホマイシン、フシジン酸、メトロニダゾール、ムピロシン、プラテンシマイシン、キヌプリスチン／ダルホプリスチン、チアンフェニコール、チゲサイクリン、チニダゾール、またはトリメトプリムから選択される、段落７６または７７に記載の使用のためのＡＤＣまたは組成物。
７９．抗生物質が、レボフロキサシン、シプロフロキサシン、ゲンタマイシン、セフトリアキソン、オフロキサシン、アミカシン、トブラマイシン、アズトレオナム、またはイミペネム／シラスタチンから選択される、段落７６～７８のいずれかに記載の使用のためのＡＤＣまたは組成物。
８０．第２の抗菌剤または療法が、ＡＤＣが投与される前、ＡＤＣの投与と共に、またはＡＤＣが投与された後に投与される、段落７４～７９のいずれかに記載の使用のためのＡＤＣまたは組成物。
８１．細菌感染症を阻害または低減する方法であって、方法が、細胞を、細菌感染症を阻害または低減するのに有効な量で、段落１～６１のいずれかに記載のＡＤＣまたは段落６２に記載の医薬組成物と接触させることを含む、方法。
８２．ＡＤＣまたは医薬組成物が、細胞と、ｉｎ ｖｉｔｒｏ、ｅｘ ｖｉｖｏ、またはｉｎ ｖｉｖｏで接触する、段落８１に記載の方法。
８３．段落１～６１のいずれかに記載のＡＤＣまたは段落６２に記載の医薬組成物、およびＡＤＣまたは医薬組成物の使用説明書を含む、キット。
８４．段落１～６１のいずれかに記載のＡＤＣまたは段落６２に記載の医薬組成物を含む容器。
８５．（ａ）段落１～６１のいずれかに記載のＡＤＣの抗体分子のＶＨ、ＶＬ、もしくはその両方、
（ｂ）段落１～６１のいずれかに記載のＡＤＣの抗菌ペプチド、
（ｃ）（ａ）および（ｂ）の両方、または
（ｄ）段落１～６１のいずれかに記載のＡＤＣ
をコードする核酸分子。
８６．段落８５に記載の核酸分子を含むベクター。
８７．段落６４に記載の核酸分子または段落８６に記載のベクターを含む細胞。
８８．ＡＤＣを生成する方法であって、方法が、ＡＤＣの生成を可能にする条件下で段落６６に記載の細胞を培養し、それによってＡＤＣを生成することを含む、方法。
８９．ＡＤＣを生成する方法であって、方法が、ＬＰＳに結合する抗体分子を、ソルターゼの存在下、ソルターゼ媒介反応が起こるのを可能にする条件下で、抗菌ペプチドおよび必要に応じてソルターゼドナー配列を含むペプチドと接触させ、それによってＡＤＣを生成することを含む、方法。
９０．抗体分子が、ソルターゼ認識配列、リンカー配列、またはその両方を含むソルターゼアクセプター配列を含む、段落８９に記載の方法。
９１．細菌感染症を処置または予防する方法であって、それを必要とする対象に、細菌感染症を処置または予防するのに有効な量で、段落１～６１のいずれかに記載のＡＤＣまたは段落６２に記載の医薬組成物を投与することを含む、方法。
９２．細菌感染症を処置または予防するための医薬の製造における、段落１～６１のいずれかに記載のＡＤＣの使用。
９３．
Ｘ１Ｚ１Ｘ２Ｚ２Ｘ３Ｚ３
のアミノ酸配列を有するスルファターゼモチーフを含むアルデヒドタグ化抗ＬＰＳ抗体分子（例えば、本明細書に記載される抗ＬＰＳ抗体分子）であって、式中、
Ｚ１は、システイン、セリン、または２－ホルミルグリシン残基であり；
Ｚ２は、プロリンまたはアラニン残基であり；
Ｘ１は、存在するかまたは存在せず、存在する場合、任意のアミノ酸であり、但し、異種スルファターゼモチーフがアルデヒドタグ化ポリペプチドのＮ末端に存在する場合、Ｘ１は存在し；
Ｘ２およびＸ３は各々独立して、任意のアミノ酸であり；
Ｚ３は、塩基性アミノ酸である、
アルデヒドタグ化抗ＬＰＳ抗体分子。
９４．フォールディングされた状態にある場合、溶媒がアクセス可能な表面上に、共有結合的にカップリングされた抗菌ペプチドを提示することができる、段落９３に記載の抗体分子。
９５．スルファターゼモチーフが、異種スルファターゼモチーフ、および／または未改変のスルファターゼモチーフもしくは改変スルファターゼモチーフである、段落９３または９４に記載の抗体分子。
９６．スルファターゼモチーフが、１２個またはそれ未満（例えば、１１個もしくはそれ未満、１０個もしくはそれ未満、９個もしくはそれ未満、８個もしくはそれ未満、７個もしくはそれ未満、または６個もしくはそれ未満）のアミノ酸残基を含むかまたはそれからなる、段落９３～９５のいずれかに記載の抗体分子。
９７．スルファターゼモチーフが、抗体分子鎖のＮ末端、抗体分子鎖のＣ末端、または抗体分子の、溶媒がアクセス可能なループにおいて、ＡＤＣ中に位置する、段落９３～９６のいずれかに記載の抗体分子。
９８．スルファターゼモチーフが、抗体分子の重鎖（またはその断片）中に位置する、段落９３～９７のいずれかに記載の抗体分子。
９９．スルファターゼモチーフが、重鎖の定常領域（例えば、ＣＨ１、ＣＨ２、またはＣＨ３）中に、例えば、重鎖定常領域の末端（例えば、Ｃ末端）に位置する、段落９３～９８のいずれかに記載の抗体分子。
１００．スルファターゼモチーフが、抗体分子の軽鎖（またはその断片）中に位置する、段落９３～９９のいずれかに記載の抗体分子。
１０１．スルファターゼモチーフが、軽鎖の定常領域中に、例えば、軽鎖定常領域の末端（例えば、Ｃ末端）に位置する、段落９３～１００のいずれかに記載の抗体分子。
１０２．ＡＤＣが、複数のスルファターゼモチーフ、例えば、２つまたはそれよりも多くの（例えば、３、４、５、６、７、８つ、またはそれよりも多くの）改変スルファターゼモチーフを含む、段落９３～１０１のいずれかに記載の抗体分子。
１０３．スルファターゼモチーフが、抗体分子の重鎖（もしくはその断片）、軽鎖（もしくはその断片）、またはその両方中に位置する、段落１０２に記載の抗体分子。
１０４．スルファターゼモチーフが、重鎖の定常領域（例えば、ＣＨ１、ＣＨ２、またはＣＨ３のうち１つまたは複数）、軽鎖の定常領域、またはその両方中に位置する、段落１０２または１０３に記載の抗体分子。
１０５．各々がスルファターゼモチーフを含む２つまたはそれよりも多くの重鎖を含む、段落１０２～１０４のいずれかに記載の抗体分子。
１０６．各々が改変スルファターゼモチーフを含む２つまたはそれよりも多くの軽鎖を含む、段落１０２～１０５のいずれかに記載の抗体分子。
１０７．Ｚ３がアルギニン（Ｒ）である、段落９３～１０６のいずれかに記載の抗体分子。
１０８．存在する場合のＸ１、Ｘ２、およびＸ３が各々独立して、脂肪族アミノ酸、硫黄含有アミノ酸、または極性非荷電アミノ酸である、段落９３～１０６のいずれかに記載の抗体分子。
１０９．Ｘ１が、存在する場合、Ｌ、Ｍ、Ｖ、ＳまたはＴである、段落９３～１０８のいずれかに記載の抗体分子。ある実施形態では、Ｘ２およびＸ３は各々独立して、Ｓ、Ｔ、Ａ、Ｖ、Ｇ、またはＣである。
１１０．ＡＤＣを生成する方法であって、抗体分子のアルデヒドと抗菌ペプチドの反応性基との間の反応が起こるのを可能にする条件下で、アルデヒドタグ化抗ＬＰＳ抗体分子（例えば、本明細書に記載されるアルデヒドタグ化抗ＬＰＳ抗体分子）および抗菌ペプチド（例えば、本明細書に記載される抗菌ペプチド）を接触させ、それによってＡＤＣを生成することを含む、方法。
１１１．アルデヒドタグ化抗体分子が、２－ホルミル－グリシン残基（例えば、Ｚ１におけるＦＧｌｙ’）を含む、段落１１０に記載の方法。
１１２．抗菌ペプチドが、アミノオキシまたはヒドラジド反応性基を含む、段落１１０または１１１に記載の方法。
１１３．アルデヒドタグ化抗体分子および抗菌ペプチドを反応混合物中で合わせることを含む、段落１１０～１１２のいずれかに記載の方法。
１１４．抗菌ペプチドが、抗菌ペプチドの抗体分子に対する所望の比、例えば、約１：１、２：１、３：１、４：１、５：１、６：１、７：１、８：１、またはそれよりも高い比を提供するのに十分な量で、抗体分子と接触させられるか、または反応混合物中に提供される、段落１１０～１１３のいずれかに記載の方法。
１１５．アルデヒドタグ化抗体分子と抗菌ペプチドとが、ヒドラジノ－イソ－ピクテ・スペングラー（ＨＩＰＳ）ライゲーションによってカップリングされる、段落１１０～１１４のいずれかに記載の方法。
１１６．アルデヒドタグ化抗体分子と抗菌ペプチドとが、オキシムおよびヒドラジドとのコンジュゲーションとその後の還元とによってカップリングされる、段落１１０～１１４のいずれかに記載の方法。
１１７．例えば、反応混合物からＡＤＣを単離（例えば、精製）することをさらに含む、段落１１０～１１６のいずれかに記載の方法。
１１８．アルデヒドタグ化抗体分子が、アルデヒドタグ化抗体分子が抗菌ペプチドと接触させられる前（例えば、アルデヒドタグ化抗体分子が反応混合物中で抗菌ペプチドと合わされる前）にフォールディングされる、段落１１０～１１７のいずれかに記載の方法。
１１９．抗ＬＰＳ抗体分子（例えば、本明細書に記載される抗ＬＰＳ抗体分子）および共有結合的にカップリングされた抗菌ペプチド（例えば、本明細書に記載される抗菌ペプチド）を含むＡＤＣならびに薬学的に許容される担体を含む組成物（例えば、医薬組成物）であって、抗体分子が、本明細書に記載される改変スルファターゼモチーフを含む、組成物（例えば、医薬組成物）。
１２０．抗ＬＰＳ抗体分子（例えば、本明細書に記載される抗ＬＰＳ抗体分子）および抗菌ペプチド（例えば、本明細書に記載される抗菌ペプチド）を含むＡＤＣならびに薬学的に許容される担体を含む反応混合物であって、抗体分子が、本明細書に記載されるスルファターゼモチーフ（例えば、改変スルファターゼモチーフ）を含む、反応混合物。
１２１．細菌感染症または関連の障害を処置または予防する方法であって、細菌感染症または関連の障害を処置または予防するのに有効な量で、ＡＤＣ、またはＡＤＣを含む医薬組成物を、それを必要とする対象に投与することを含み、ＡＤＣが、抗ＬＰＳ抗体分子（例えば、本明細書に記載される抗ＬＰＳ抗体分子）および共有結合的にカップリングされた抗菌ペプチド（例えば、本明細書に記載される抗菌ペプチド）を含み、抗体分子が、本明細書に記載される改変スルファターゼモチーフを含む、方法。
１２２．細菌感染症が、グラム陰性細菌に関連する、段落１２１に記載の方法。
１２３．細菌感染症が、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ感染症である、段落１２１または１２２に記載の方法。
１２４．細菌感染症が、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａに関連する、段落１２１～１２３のいずれかに記載の方法。
１２５．本明細書に記載されるアルデヒドタグ化抗ＬＰＳ抗体分子をコードするヌクレオチド配列を含む核酸。
１２６．本明細書に記載されるエピトープに結合する抗ＬＰＳ抗体分子またはＡＤＣであって、改変スルファターゼモチーフ（例えば、本明細書に記載される改変スルファターゼモチーフ）を含む、抗ＬＰＳ抗体分子またはＡＤＣ。
１２７．Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａのコアＬＰＳ中の高リン酸化されたＨｅｐ Ｉ残基に結合する、段落１２６に記載の抗体分子またはＡＤＣ。
１２８．抗ＬＰＳ抗体分子（例えば、本明細書に記載される抗ＬＰＳ抗体分子）および共有結合的にカップリングされた抗菌ペプチド（例えば、本明細書に記載される抗菌ペプチド）を含むＡＤＣであって、抗菌ペプチドが、
（ａ）リシンコンジュゲーション（例えば、表面に露出したリシンを抗体反応性基として使用する）；
（ｂ）鎖間ジスルフィド（例えば、ＨＣ－ＨＣまたはＨＣ－ＬＣを連結するジスルフィドを使用する）；
（ｃ）非ネイティブアミノ酸（例えば、アルデヒド、アジド、またはアルキンで置換されたアミノ酸）；または
（ｄ）生分解性ポリマー（例えば、リシンまたはチオール）
を介して抗体分子にカップリングされている、ＡＤＣ。
１２９．抗菌ペプチドが、（ａ）を介して抗体分子にカップリングされ、抗体分子が、抗菌ペプチド上の活性化されたアミノ酸に直接的にコンジュゲートされる、段落１２８に記載のＡＤＣ。
１３０．抗菌ペプチドが、（ａ）を介して抗体分子にカップリングされ、抗体分子上のリシンが、チオール反応性基に変換され、チオール反応性基を有する抗体分子が、チオール化された抗菌ペプチドにライゲーションされている、段落１２８に記載のＡＤＣ。
１３１．抗菌ペプチドが、（ａ）を介して抗体分子にカップリングされ、抗体分子上のリシンが、遊離チオールに変換され、遊離チオールを有する抗体分子が、チオール反応性抗菌ペプチドにライゲーションされている、段落１２８に記載のＡＤＣ。
１３２．抗菌ペプチドが、（ｂ）を介して抗体分子にカップリングされ、抗体分子の鎖間ジスルフィドが還元され、還元された鎖間ジスルフィドを有する抗体分子が、チオール反応性抗菌ペプチドにライゲーションされている、段落１２８に記載のＡＤＣ。
１３３．抗菌ペプチドが、（ｃ）を介して抗体分子にカップリングされ、抗体分子が、クリックケミストリーを使用して抗菌ペプチドにライゲーションされている、段落１２８に記載のＡＤＣ。
１３４．抗菌ペプチドが、（ｄ）を介して抗体分子にカップリングされ、抗菌ペプチドが、生分解性ポリマーにライゲーションされ、ポリマーが、抗体分子にライゲーションされている、段落１２８に記載のＡＤＣ。
１３５．段落１２８～１３４のいずれかに記載のＡＤＣを含む組成物（例えば、医薬組成物）。
１３６．細菌感染症または関連の障害を処置または予防する方法であって、細菌感染症または関連の障害を処置または予防するのに有効な量で、段落１２８～１３４のいずれかに記載のＡＤＣ、または段落１３５に記載の医薬組成物を、それを必要とする対象に投与することを含む、方法。
本明細書に記載される研究は、抗体－薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）を、有効な抗菌剤を生じ得る重要な治療戦略として同定する。この目的のために、実施例は、病原性グラム陰性細菌Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａに焦点を当てた。Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ生存能にとって必須のリポ多糖（ＬＰＳ）上の内部コアグリカン部分に結合する例示的なモノクローナル抗体ＶＳＸを操作により作製した。その特異的結合プロファイル、相同性モデリングおよびＮＭＲ分析に基づいて、内部コアＬＰＳ中で見出される２，４－ホスホ－ヘプトース糖を、そのコアエピトープとして同定した。ＡＤＣを、ＶＳＸのＶＨおよび／またはＶＬ鎖のＣ末端において抗菌ペプチドを融合させることによって設計した。このＡＤＣは、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ株を迅速に殺滅し、哺乳動物細胞への低レベルの毒性を示し、治療的に投与した場合、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ肺感染症からマウスを保護する。さらに、ＡＤＣは、抗Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓクラスの抗生物質と相乗的であることが見出された。このアプローチは、特異的な病原性微生物を標的化するための広く有用な戦略であり得、それにより、微生物叢温存的であり得る。
（実施例１）
ＶＳＸの操作
ＬＰＳは、抗体－薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）の構築のための理想的な標的を示す。第１に、この抗原は、腫瘍特異的ＡＤＣによって標的化される典型的な抗原よりも１０～１００倍高い、高いコピー数（細胞１つ当たり＞１０７コピー）で存在する（９）。第２に、入手可能な遺伝情報の分析は、ＬＰＳのいくつかの部分が、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ株にわたって、特に内部コア内で高度に保存されている可能性が高いことを指し示している。ＷａａＰ（４－Ｏリン酸化）遺伝子産物およびＷａｐＰ（２－Ｏリン酸化）遺伝子産物は共に、ｉｎ ｖｉｔｒｏおよびｉｎ ｖｉｖｏでのＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａの成長のために必須の遺伝子であり（Skurnik D, et al. 2013. PLoS Pathog 9:e1003582）、配列決定された全ての株中に存在する（Winsor GL, et al. 2016. Nucleic Acids Res 44:D646-53）。したがって、これらのタンパク質の遺伝子産物を標的化する抗体によって適用される選択圧は、エスケープ突然変異体が出現する確率の減少を有するが、それは、今日まで、これらの突然変異体が生存不能であることが報告されているからである（Delucia AM, et al. 2011. MBio 2）。さらに、これらの遺伝子は、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｓｐｐに独自のオペロン：ｇｌｎＥ－ｉｌｖＥ－ｗａａＦ－ｗａａＣ－ｗａａＧ－ｗａａＰ－ＰＡ５００８－ＰＡ５００７－ＰＡ５００６の一部である（Winsor GL, et al. 2016. Nucleic Acids Res 44:D646-53）；これは、特異的抗体が、他のグラム陰性細菌を超えてＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｓｐｐのみを標的化するはずであることを示唆している。
この原理を実験的に試験するために、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａから単離されたＬＰＳへの強い結合を示したマウス抗体を単離した。この抗体の体系的な操作（ヒト化、薬物様特性の改善、親和性の増加）は、モノクローナル抗体ＶＳＸの同定をもたらした。この抗体は、ヒト生殖系列と＞８５％同一であり、グリコシル化部位（定常領域中のものを除く）も対になっていないシステインも含まず、ＣＨＯ細胞において良好に発現する。ウェスタンブロットによって評価される抗体結合により、ＶＳＸが単離されたＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ ＬＰＳに結合することが確認される。具体的には、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａから抽出されたスムース（ｓｍｏｏｔｈ）ＬＰＳへの結合が検出されたが、Ｅ ｃｏｌｉ ＬＰＳへの結合は検出されなかった（図１Ｂ）。抗体のエピトープをさらに特徴付けるために、内部コア結合エピトープの重要なＨｅｐ ＩおよびＨｅｐ ＩＩ残基を模倣する、一リン酸化されたおよび二リン酸化されたヘプトース単糖（以下を参照されたい）を合成し（実施例１０における合成スキームおよび特徴付け）、結合研究において使用して、バイオレイヤー干渉およびマイクロカロリメトリーによって評価した（図２）。ＶＳＸは、ヘプトースにも一リン酸化されたヘプトースアナログ（２－Ｐ－Ｈｅｐおよび４－Ｐ－Ｈｅｐ）にも結合しない；結合は、二リン酸化された２，４－Ｐ－Ｈｅｐ単糖に対してのみである。注目すべきことに、Ｆａｂドメインもまた類似の親和性で結合するので、この結合は、アビディティーによってもっぱら駆動されたわけではなかった。Ｃ６位におけるメチル－ヒドロキシル基を欠如する二リン酸化されたマンノース（２，４－Ｐ－Ｍａｎ）への、類似ではあるが低減された結合が観察されたので、２，４－Ｐ－Ｈｅｐへの結合は、非特異的相互作用に主に起因したわけではなかった。
（実施例２）
ＶＳＸは、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ表面抗原ＬＰＳに結合する
内部コアＬＰＳ領域がインタクトな生物の細胞表面においてアクセス可能であるかどうか、およびこのアクセス可能性が血清型特異的である可能性があるかどうかという問題に取り組む。全細菌細胞ＥＬＩＳＡにおいて、本発明者らは、エピトープがアクセス可能であること、およびＶＳＸが、カルバペネム、抗ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ第三世代セファロスポリンまたはフルオロキノロン（fluoroquinole）に耐性の株を含む、２３種の多様なＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ株に結合することを見出しており（図３Ａ）、これは、血清型非依存的結合を示唆している。ＥＬＩＳＡによって決定して、５０～１２０ｐＭの見かけのアビディティーが、株にわたって観察された。この抗体は、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅおよびＳａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍの複数の株を含む他の一般的なヒト病原性グラム陰性細菌にも（図３Ｂ）、グラム陽性生物または哺乳動物細胞にも結合しない。この分析を半定量的様式で拡張させて、抗体結合が、感染症の様々な部位の臨床的単離体由来の１００種を超えるＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ株において検出できたことが見出された。さらに、Ｐ．ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｓ、Ｐ．ｐｕｔｉｄａおよびＰ．ｓｔｕｔｚｅｒｉを含む他のＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ種の結合分析も、結合を実証した（図３Ｃ）。これらの知見をさらに確認するために、電子顕微鏡画像は、ＶＳＸが、アルギン酸を標的化する抗体とは対照的に、細胞表面に近接して会合することを示している（図１７Ａ～１７Ｃ）。合わせて考えると、これらの結果は、ＶＳＸが、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａの外膜上に存在するＬＰＳの内部コアに結合することを指し示している。これらの知見を確認し、ＬＰＳの内部コアへのＶＳＸの相互作用をさらに調査するために、さらなる構造的調査を完了して、ＶＳＸがＬＰＳの親水性内部コア部分を認識する方法を記載した。
（実施例３）
グリカン－Ｆａｂ相互作用の構造的分析
合成単糖の陽子および炭素シグナルを、等核（ＣＯＳＹおよびＴＯＣＳＹ、示さず）および異核ＮＭＲ分光法によって割り当てた（図１８Ａ～１８Ｃ）。合成単糖とのＶＳＸ Ｆａｂ相互作用に関する構造的洞察を、１Ｈ－ＳＴＤ、３１Ｐ－ＮＭＲ分光法、分子モデリングおよびＭＤシミュレーションによって研究した。１Ｈ－ＳＴＤ ＮＭＲスペクトルは、以前の研究と一致して、二リン酸化されたヘプトース（２，４－Ｐ－Ｈｅｐ）のみがＶＳＸ Ｆａｂドメインに結合することを示した（図４Ａ、図１９）。測定条件下で、Ｆａｂドメインから、２，４－Ｐ－ＨｅｐのＨ１、Ｈ４およびＨ７ａ原子へのエネルギー移動が観察され、これは、Ｆａｂ分子へのそれらの可能な空間的近接が、図５Ａ左および右において報告された２つの選択されたドッキングポーズと質的に一致していることを示唆している。１Ｈ－ＮＭＲは、リン酸基の役割についての情報を与えないので、単糖滴定実験を、３１Ｐ－ＮＭＲを使用して実施した（図４Ｂ）。滴定実験の前に、２，４－Ｐ－Ｈｅｐスペクトル中の２つの３１Ｐシグナルの割り当てを、図２０に示されるように、１Ｈ－３１Ｐ ＨＭＢＣ ＮＭＲによって実施した。さらなる滴定研究において、４－Ｐリン酸共鳴は、２－Ｐリン酸共鳴と比較して、より広い線幅および化学シフトにおけるより顕著な変化を示し、これは、２－Ｐリン酸基と比較した、Ｆａｂドメインへの４－Ｐリン酸のより強い結合を示唆している。
Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａコア－オリゴ糖は、１０個の糖残基を有し、そのうち２つはアニオン性Ｋｄｏ糖（Ｋｄｏ ＩおよびＫｄｏ ＩＩ）であり、２つはリン酸化されたヘプトース（Ｈｅｐ ＩおよびＨｅｐ ＩＩ）糖である。一緒になって、これらは、リピドＡと外部コア－オリゴ糖部分とを架橋する内部コアオリゴ糖を形成する。２つのＫｄｏ糖は、ほとんどのグラム陰性ＬＰＳ分子内に存在するので、また、ＶＳＸの示された特異性に起因して、この二糖がＶＳＸのコアエピトープである可能性は低い。ほとんどのＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ ＬＰＳ分子では、Ｈｅｐ ＩＩ糖は、第２の位置において一リン酸化され、株特異的改変を呈するが、Ｈｅｐ Ｉ糖は、より低いレベルの改変で、第２および第４の位置において二リン酸化される。以前の研究は、Ｈｅｐ Ｉ糖の第４の位置のリン酸化が、ＬＰＳの完全な合成にとってだけでなく、細菌生存能にとっても必須であることを実証している（Delucia AM, et al. 2011. MBio 2）。これらの制約を考慮すると、高度に保存されたＨｅｐ Ｉ糖部分は、ＶＳＸに対するコアエピトープ内に存在する可能性が高い。Ｈｅｐ Ｉ糖部分は、Ｅ．ｃｏｌｉ ＬＰＳ中にも存在するが、これは、第２の位置のみにおいて一リン酸化され、認識されず、これは、ＶＳＸ結合を可能にするための第４の位置におけるリン酸基の重要性をさらに示唆している。特に、モデリングおよびＳＴＤ研究は、結合が、２つのリン酸基の同時作用によって駆動され、したがって、２－Ｏリン酸基の相対的寄与が重要である可能性が高いことを示唆している。
Ｈｅｐ Ｉの単糖模倣物である２，４－Ｐ－ヘプトース単糖の、Ｆｖドメインとの分子ドッキングは、２つの密接に関連した結合ポーズを同定したが、このとき、その４－リン酸基またはＣ６位におけるそのメチル－ヒドロキシル基のいずれかと結合した単糖（図５Ａ）は、ポケットの底のＲ１００残基と相互作用している。これら２つのポーズは、糖の６０°の回転によって異なり、これらは共に、結合した２，４－Ｐ－Ｈｅｐ単糖の還元末端および非還元末端における伸長された糖部分の存在を可能にする。Ａｕｔｏｄｏｃｋ ４．２スコアリング関数は、２つのポーズについての結合エネルギー推定値として、それぞれ、－３．８および－６．０Ｋｃａｌ ｍｏｌ－１を与えている。さらに調査するために、ＭＤシミュレーションを適用して、両方のドッキングポーズの幾何学を精緻化し、２，４－Ｈｅｐ－ＶＳＸ分子認識事象の力学的記述を生じ、スナップショットを、初期段階および後期段階の両方において完了させた（即ち、６ｎｓおよび３４ｎｓにおいて、図５Ａ）。ＶＳＸと結合した状態にあるＨｅｐ残基の根平均二乗揺らぎ（ＲＭＳＦ）（図５Ｂ）およびＡｕｔｏｄｏｃｋスコアリング関数は、Ｒ１０３およびＲ１０１による２－Ｐおよび４－Ｐの認識に加えて、糖Ｃ６－Ｃ７の脂肪族尾部が、Ｔｒｐ４７、Ｔｙｒ５０、およびＴｙｒ５９によって形成されるＶＳＸ結合ポケットの囲みのうち１つによって認識される場合、結合エネルギーが僅かに大きいことを指し示している。この結果は、分散力もまた２，４－Ｐ－Ｈｅｐ－ＶＳＸ分子認識事象に寄与する可能性が高いことを示唆しており、これは、この結合ポーズが、より強い結合相互作用に対応することを示唆しており、このことは、ＭＤシミュレーションの後期段階におけるリガンドと受容体との間の接触部位間のより短い距離によっても支持されている。
上記分析を確認するために、本発明者らは、抗原結合ポケットの３つのＣＤＲ Ａｒｇ残基（ＶＨ：Ｒ１０１、Ｒ１０３およびＶＬ：Ｒ１００）を探索して、それらが結合の中核をなしていることを確認した。これらのＡｒｇ残基のいずれかの、Ｇｌｎへの突然変異は、側鎖の正電荷を排除し、抗原界面面積のかなりの部分を除去すると予測される。このモデルと一致して、ＡｒｇからＧｌｎへの突然変異体のいずれも、一リン酸化されたヘプトース糖（２Ｐ－Ｈｅｐまたは４Ｐ－Ｈｅｐ）への測定可能な結合を示さず、これは、結合のためのこれらのＡｒｇ残基の重要性を示唆している（図６Ａ）。さらに、単糖接触残基（ＶＨ：Ａ３３、Ｅ９９、ＶＬ：Ｈ３２）の突然変異は、結合を無効にしたが、ＨＣＤＲ２内の非接触残基（ＶＨ：Ｄ５４およびＤ５６）の突然変異は、結合の有意な喪失を示さなかった。抗原結合を無効にした、これらのＣＤＲ Ａｒｇ残基のいずれかの、Ｇｌｎへの突然変異は、静電相互作用の重要性を示唆している。一般に観察されるＨＣＤＲ２シークオンＸａａ－Ｘａａ－Ｇｌｙ－Ｇｌｙ－（Ｓｅｒ／Ｔｈｒ／Ｇｌｙ）は、炭水化物、ＤＮＡおよびタンパク質上の負に荷電した基への結合に関与している（１３）。ＶＳＸでは、このシークオンは、酸性アミノ酸配列Ｓｅｒ－Ｓｅｒ－Ａｓｐ－Ｇｌｙ－Ａｓｐ（配列番号２６３）と共に存在する；これらのＡｓｐ残基の、Ｇｌｎへの突然変異は、２，４－Ｈｅｐ結合に影響を与えない。
（実施例４）
ＶＳＸの活性
補体単独の存在下では、ＶＳＸは、ｉｎ ｖｉｔｒｏでいくらかの直接的殺菌活性を示した（１μｇ／ｍＬで約２０％の殺滅）。貪食細胞をこの系に添加した場合、オプソニン化貪食作用殺滅活性が検出されたが、２０μｇ／ｍＬでは完全ではなかった。したがって、ＶＳＸによって媒介され得る他のさらなる機構の保護をさらに探索した。具体的には、ＬＰＳのシェディングが、敗血症性ショックを次にもたらし得るｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）の活性化によって開始される宿主免疫系の過剰刺激の際に病態生理学的所見を引き起こし得ることが報告されている（Singer M, et al. 2016. JAMA 315:801-10）。この病態生理学を考慮すると、抗ＬＰＳ ｍＡｂは、ＬＰＳシェディングを制限し、その血清クリアランスを促進し、ＴＬＲへのＬＰＳ媒介性の結合および免疫系の付随する活性化を阻害することによって、ＬＰＳの中和においてきわめて重要な役割を果たし得る。この経路ならびにＶＳＸの結合部位と一致して、ＶＳＸは、対照抗体と比べて、ＬＰＳへの強い結合を示した（図６Ｂ）。さらに、遊離ＬＰＳによるＴＬＲ４受容体の活性化を測定するＨＥＫ－ｂｌｕｅレポーターアッセイは、ＶＳＸがＬＰＳ媒介性のＴＬＲ４活性化を阻害したことを実証した（図６Ｃ）。
（実施例５）
ＡＭＰの選択
補体も貪食細胞も必要としない、直接的殺滅活性を備えたＶＳＸを、任意の抗細菌抗体が達成し得る細菌殺滅の全体的レベルをこれもまた有意に増加させ得る殺菌性ペイロードの添加を介して探し求めた。この目的のために、抗菌ペプチド（ＡＭＰ）を、それらの迅速な殺滅活性、および我々の現在の最後の砦である抗生物質ポリミキシンと非常に類似した、それらの作用機構の証明された有効性に起因して選んだ（Velkov T, et al. 2016. Future Med Chem 8:1017-25）。それらの二次構造：β－シート、α－ヘリックス、伸長型およびループに基づいて、少なくとも４つの別個のクラスの抗菌ペプチドが存在する（Bahar AA, Ren D. 2013. Pharmaceuticals (Basel) 6:1543-75）。抗体への共有結合的付加という観点からのＡＭＰ活性に焦点を当てたので、二次構造を安定化するためのジスルフィドの要件、ならびに細胞殺滅活性を惹起するためにオリゴマー化を要求するペプチドに起因して、ループクラスは排除した。これらの制限を考慮すると、細胞表面において作用する両親媒性α－ヘリックスペプチドのクラスは、ＡＤＣの形成のための望ましいペプチドクラスを明らかに示している。さらに、報告は、約１０６のＡＭＰ／細胞の結合が細胞殺滅を誘導することを指し示している；１：１の薬物－抗体比（ＤＡＲ）であっても、ＬＰＳの１０％への結合が、殺滅を誘導するのに十分であり、より高いＤＡＲのために要求される量はより低い。
ＡＤＣのための最適なＡＭＰペイロードを同定するために、ロバストな構造－活性キャンペーンを完了して、（１）細胞表面において活性であり、したがって、内在化を要求しない；（２）Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａに対して殺菌性である、かつ（３）低い溶血活性および細胞毒活性を有するα－ヘリックスＡＭＰを同定した。最初に、バイオインフォマティクス駆動性のワークフロー（ＡＭＰの公的データベース（ＹＡＤＡＭＰ）をマイニングする→ＡＭＰを特性によってクラスタリングする→活性および毒性を評価する）を利用して、実験的特徴付けのためのＡＭＰを選択して、高い治療指数を有する強力なペイロードを同定した（図７Ａ）。これらのうち最も強力なものを選択することは、データベース中の各ＡＭＰがそれによって特徴付けられた一貫性の欠如に起因して、複雑なプロセスであり得る。ＡＤＣにおける使用のためのＡＭＰの同定を容易にするために、それらの根底にある物理化学的特性に基づいてペプチドをクラスタリングするスクリーニング戦略を実行し、その後、各クラスターからの代表的なメンバーの特徴付けを実施した。ここでは、抗細菌活性が報告されたペプチドの２，５００個を超える配列を含むＡＭＰのデータベースであるＹＡＤＡＭＰを使用した。クラスタリングを、抗菌活性に関連すると報告された計算された特性（ペプチド長さ、予測されたらせん度、予測された疎水性親水性指標、選択されたアミノ酸［Ｌｙｓ、Ａｒｇ、Ｔｒｐ、Ｃｙｓ、Ｈｉｓ］のパーセンテージ、ならびにｐＨ７、ｐＨ５、およびｐＨ９における電荷）を使用してＫ平均アルゴリズムを利用することによって実施した。１００個のペプチドの初期セットを、複数の細菌株に対するＭＩＣ試験、溶血性評価および細胞毒性を含むｉｎ ｖｉｔｒｏアッセイのパネルを介した実験的特徴付けのために選択した。有益な特徴を有する強力なペプチドが同定されたところで、対応するクラスターの残りのメンバーを、実験的特徴付けのために選択した。このアプローチを使用して、スクリーニングを要求したペプチドの数は、およそ１０分の１に有意に低減された。キャンペーンの過程にわたって、約４００個のペプチドを実験的にスクリーニングした。
初期スクリーニングにより、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａに対する１～８μｇ／ｍＬの最小発育阻止濃度（ＭＩＣ）を有するいくつかのα－ヘリックスＡＭＰが同定され、いくつかはその上、他のグラム陰性細菌に対する広い活性を有した。しかし、これらの初期のＡＭＰのいくつかは、ヒト赤血球に対する溶解活性もまた示した。この傾向に対する１つの目立った例外は、カテリシジンファミリーのＡＭＰのα－ヘリックスサブクラスであった。カテリシジンは、強力な抗細菌活性を発揮し、自然免疫の多機能性エフェクター分子として作用する、構造的に多様なＡＭＰのファミリーである。特に、このクラスの１つのメンバーであるカテリシジン－ＢＦは、複数のＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ株に対する強力なＭＩＣ値、低い溶血活性、および哺乳動物細胞を殺滅することができないことを示した（図６Ａ）。このクラスの１つのメンバーであるＰ２９７を用いた時間経過実験は、ＭＩＣの４倍またはそれよりも高いペプチドレベルにおいて、このペプチドが、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ力価を＞３ｌｏｇ迅速に低減することができたことを指し示しており、このペプチドが、単に静菌性であるだけではなく殺菌性であったことが確認された（図７Ｂ）。機構的研究により、このペプチドファミリーが、膜破壊を介して機能している可能性が高いことが確認された（図７Ｃ）。さらに、２つの異なる方法による耐性評価、およびその頻度の、ポリミキシンＢ（コリスチン）の頻度との比較により、Ｐ２９７について、１０－８～１０－１０のオーダーでの、類似のまたはより低い頻度の突然変異が指し示された。円偏光二色性分析により、水溶液中では、Ｐ２９７が感知できる二次構造を取らなかったことが指し示された；およそ１９８ｎｍにおける最小は、ランダムコイルのπ－π＊遷移に対応する。対照的に、固有のα－ヘリックス形成特性を有するペプチド中のネイティブ様α－ヘリックス構造を促進するために使用されてきた非極性溶媒である、４０％ ２，２，２－トリフルオロエタノールの存在下では、１９６ｎｍに、α－ヘリックス形成を指し示す強いシグナルが存在する（図７Ｄ）。合わせて考えると、これらの結果により、Ｐ２９７が、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａを迅速に殺滅することができ、耐性発生に対する比較的高い障壁を有する、α－ヘリックス殺菌ペプチドであることが確認される。
さらに、Ｐ２９７は、本発明者らのｉｎ ｖｉｔｒｏアッセイにおいて、比較的高い治療指数を呈した。本発明者らが使用し、潜在的毒性の高感度アッセイであることが以前に示された１つの重要な測定基準は、赤血球溶血である（Oddo A, Hansen PR. 2017. Methods Mol Biol 1548:427-435）。この評価のために、平均溶解濃度（ＭＬＣ）、即ち、１００％の溶血を誘導したペプチドの濃度、ならびに赤血球溶血が最初に観察された最小濃度（部分的溶解濃度、ＰＬＣとして定義される）の両方を使用した。
表5. 代表的なペプチドバリアントのin vitro活性および毒性。MIC、最小発育阻止濃度、丸括弧内の数字は、モル当量である; Pae、Pseudomonas; Eco、E. coli; Sau、S. Aureus; MLC、平均溶解濃度; PLC、部分的溶解濃度; hsMIC、ヒト血清中でのMIC; CC50は、50%の哺乳動物細胞の細胞毒性が観察される濃度である; ND、決定されず; NA、ヒト血清中で活性でない。
Figure 2023521319000015
上記表５に示されるように、両方の測定を用いた場合、Ｐ２９７の溶解レベルは、ＭＩＣよりも＞１０倍高かった。さらに、代表的な哺乳動物細胞としての２９３Ｔに対するＰ２９７の細胞毒性は、ＭＩＣよりも約２００倍高かった。したがって、細菌に対するその効力および相対的選択性を考慮して、Ｐ２９７を、さらなるペプチド設計のために選択した。
Ｐ２９７のさらなる分析により、Ｐ２９７は、ｉｎ ｖｉｔｒｏで高度に活性であり特異的であるが、ヒトまたはマウス血清の存在下では、Ｐ２９７の活性は、時間と共に実質的に減少したことが指し示された。血清の存在下でのＰ２９７のＬＣ－ＭＳ分析により、このペプチドが、血清成分、おそらくタンパク質に吸着していた可能性が高く、血清プロテアーゼによって切断されてもいたことが実証され、その半減期は、２０分間のオーダーであった（図８）。したがって、特に、抗体レベルが数日間にわたって持続され得ることを考慮して、Ｐ２９７の特性を改変して、ｉｎ ｖｉｖｏでの長い曝露時間をより受け入れるようにした。最初の改変として、Ｐ２９７のＬ－アミノ酸をＤ－アミノ酸で置き換えたが（Ｄ２９７）、この置換は、プロテアーゼ感受性を減少させ、血清安定性を増加させることができる。Ｄ２９７の円偏光二色性分析により、Ｄ２９７が、２，２，２－トリフルオロエタノールの存在下で、左巻きらせんを取ったことが確認された。Ｄ２９７のｉｎ ｖｉｔｒｏ分析により、Ｄ－バージョンが血清中で安定であるという追加の利益を伴って、Ｄ２９７が、Ｐ２９７と比較して、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａに対して等価な効力を有したことが指し示された（図１８Ｂ）。Ｐ２９７と同様、Ｄ２９７は、低い溶血活性および細胞毒活性を有した。したがって、Ｄ－ペプチド配列に変換することによって、本発明者らは、ＡＭＰの殺菌活性を保持し、血清安定性を増強し、溶血性および細胞毒性の欠如を保存することができた。
（実施例６）
ＶＳＸコンジュゲートの構築
ＶＳＸとＤ２９７との複数の抗体－薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）構築物を生成し試験するために、本発明者らは、ソルターゼＡ（ＳｒｔＡ）を使用する酵素的ライゲーション戦略に目を向けた（図９Ａ）。ＳｒｔＡ法は、ＳｒｔＡライゲーション可能なタグを有する抗体を発現させ、次いで、化学的に合成されたＡＭＰとそれらを酵素的にカップリングさせることに関与する（Mao H, et al. 2004. J Am Chem Soc 126:2670-1）。構築物を、重鎖（ＨＣ）、軽鎖（ＬＣ）または両方の鎖（二重）のＣ末端バリアントとして生成した。ＡＤＣを、質量分析、ＳＤＳ－ＰＡＧＥゲルおよびＳＥＣ－ＨＰＬＣによって分析した。カップリングは効率的であり、ＬＣ－ＭＳによって決定して、部位１つ当たり＞９０％で慣用的に変換した。例えば、ＨＣまたはＬＣ結合を有するコンジュゲートは、約２（質量分析によって評価して、≧１．８）の薬物対抗体の比（ＤＡＲ）を有したか、または二重コンジュゲートについては、約４（質量分析によって評価して、≧３．６）の薬物対抗体の比（ＤＡＲ）を有した（図９Ｂ～９Ｃ）。Ｄ２９７を、全ての場合において、３０アミノ酸のＧＳ１５－リンカー（配列番号１５７）と結合させて、末端ＨＣ／ＬＣ残基とソルターゼシグナル配列との間の柔軟性を維持した。重要なことに、ＳＥＣ分析により、ＡＤＣ分野における共通の懸念である凝集の徴候のない均質な生成物が示された（図９Ｄ）。
（実施例７）
ＶＳＸ－２９７のｉｎ ｖｉｔｒｏ活性
ＶＳＸ抗体を使用して、一連のＡＤＣ構築物を、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａに対する直接的殺菌活性についてｉｎ ｖｉｔｒｏで評価した（図１０）。これらの初期構築物から、活性の相対的な順序は、二重＞ＨＣ＞ＬＣであると結論付けられた。各ＨＣおよびＬＣのＣ末端にライゲーションされたペイロードＤ－２９７を有する、４のＤＡＲを含む、最も強力なＡＤＣであるＶＳＸ－１。ＶＳＸ－１は、実験室株ならびにカルバペネムおよび抗ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ第三世代セファロスポリンまたはフルオロキノロン（１～１０μｇ／ｍｌまたは５～５０ｎＭ）に耐性の株を含むＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａに対する殺滅アッセイにおいて、強力な殺菌活性を呈した。さらに、この構築物は、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅおよびＥ．ｃｏｌｉを含む混合微生物アッセイにおいて、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａに対して選択的であった（図１１）。Ｄ２９７の結果と一致して、この構築物は、最低限の溶血活性および２９３Ｔ細胞に対する無視できる細胞毒活性を有した。ＡＤＣの殺滅特性もまた、オプソニン化貪食作用アッセイにおいて評価して、抗体のインタクトさを確認した。ＡＤＣは、１０μｇ／ｍｌにおいて高度に活性であり、熱不活性化された補体の存在下で、１ｌｏｇの細菌低減を生じ、多形核好中球の存在下で、熱不活性化されていない補体と共に、＞３ｌｏｇの殺滅活性を生じた（図１２）。このＶＳＸ－１は、ＶＳＸ親抗体よりも活性が高いが、これは、ＡＭＰが、膜中への挿入の際に、抗体と補体および／または貪食免疫細胞との間の密接な接触を容易にする可能性が高いことを考慮すると、驚くには値しない。全体で、親ペプチドおよびこの抗体の特性の多くが、ＡＤＣにも移行した。最後に、ＶＳＸ－１がＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａの外膜において作用することを考慮すると、細胞内標的を標的化するために二重膜を横断しなければならない既存の抗生物質との相乗効果をこれが示し得るというのは、筋が通っていた。実際、ＶＳＸ－１またはペプチド構築物は、外膜透過性をおそらくは増加させることによって、古典的抗Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ抗生物質（例えば、カルバペネムまたはポリミキシン）の効力を増加させるようであることが見出された。
（実施例８）
ＶＳＸ－１のｉｎ ｖｉｖｏ活性
ＶＳＸ－１のｉｎ ｖｉｖｏ活性を調査するために、いくつかの理由のために、肺感染症モデルに焦点を当てた。第１に、肺は、一部の研究では最大で３０～６０％の高い死亡率を伴う問題のある転帰に関連する市中／院内感染肺炎をもたらすＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ感染症の一般的な部位である（Zavascki AP, et al. 2006. Crit Care 10:R114.）。このように、このことは、病原体特異的ＡＤＣに関する、見込みのある臨床的使用の１つの区域を提示する。第２に、血流からの肺の区画化を考慮すると、肺は、全身性に投与される抗菌薬について有効性を実証するための高い障壁もまた示す。最後に、これらの研究におけるＡＭＰ等価物の最適未満の投薬（即ち、質量に基づいて、有効用量の２０％未満）および限局性の定着を考慮すると、有効性は、ＶＳＸ抗体によって媒介されるＡＤＣの輸送を要求する可能性が高い。
ｉｎ ｖｉｔｒｏデータと一致して、ＶＳＸ－１は、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ感染症の複数の動物モデルにおいてｉｎ ｖｉｖｏ有効性を示した。Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ（ＡＴＣＣ ２７８５３）によるマウス好中球減少肺感染症モデルを、最初に使用した。感染動物を、共投与された場合（図１３Ａ）または治療的に投薬された場合（図１３Ｂ）に、肺における細菌負荷における統計的に有意な低減を生じるＶＳＸ－２９７構築物で、鼻腔内処置した。特に、抗体単独群は、細菌低減を示さず、これは、特に、免疫無防備状態の背景において、直接的殺菌活性を有するＡＤＣの、好ましい機構としての選択を支持している。この初期データを基礎として、ＶＳＸ－１を、十分に記載されたＰＡ１４株のＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａを用いたマウス免疫適格性肺感染症モデルにおいて評価した。１５ｍｇ／ｋｇにおけるＶＳＸ－２９７の単一の腹腔内用量による、感染の３時間後の感染動物の処置は、１００時間の時点で、統計的に有意な生存を生じた（図１３Ｃ）。この実験に使用した免疫適格性モデルは、侵攻性であり、対照動物の５０～１００％は、感染の２４時間以内に、感染症に屈服する。ｍＡｂ成分の寄与を確認するために、シャム－コンジュゲートを、非Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ標的化抗体（アクトクスマブ（ａｃｔｏｘｕｍａｂ））を使用して調製した。アクトクスマブ－Ｄ２９７コンジュゲートは、免疫適格性肺感染症モデルにおいて生存利益を示さず、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ表面標的化抗体の選択が検証された。全体で、ＶＳＸ－１コンジュゲートを用いて観察された保護は、非常に励みになるものであり、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ肺感染症のための潜在的処置としてのこのＡＤＣのさらなる探索を正当化した。
（実施例９）
ＶＳＸコンジュゲートの最適化
第一世代ＶＳＸ－１構築物を、ｉｎ ｖｉｖｏでさらに評価した。Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ感染症モデルにおける完全な保護にもかかわらず、ＶＳＸ－１構築物を、親抗体と比べて生体内分布を改善するためにさらに操作した（図１４Ａ）。潜在的治療薬としてのＶＳＸコンジュゲートの生体内分布特性を最適化するために、集中的なセットの研究を、以下に対して実施した：ペイロード電荷、ペイロード疎水性およびＤＡＲ。Ｐ２９７配列から開始して、電荷バリアントおよび全体的に低減された疎水性を有するバリアントのセットをスクリーニングした。予想外に、フェニルアラニンからロイシンへの５つの置換を含むＰ３６９（ＧＧＧＫＬＬＲＫＬＫＫＳＶＫＫＲＡＫＥＬＬＫＫＰＲＶＩＧＶＳＩＰＬ（配列番号２５７））が、より強力なペプチドとして出現し、ＶＳＸ抗体にコンジュゲートさせた場合、殺菌活性を保持し、細胞毒性はほとんど示さなかった（図１４Ｂ）。並行して、一連のＤＡＲ２構築物を、親抗体と比べた生体内分布についてｉｎ ｖｉｖｏで評価したところ、改善された生体内分布が実証された（図１５）。実際、各ＨＣのＣ末端にライゲーションされたペイロードＤ３６９を有する、２のＤＡＲを含むＶＳＸ－２は、対照抗体と比べて、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ肺感染症モデルにおいて保護を示した（図１６）。
（実施例１０）
材料および方法
材料。ＶＳＸ抗体を、マウスハイブリドーマから最初に単離し、ヒト化し、安定性および高い発現のために操作した。抗体の配列および性状は、図１Ａに列挙される。Ｌ－２９７およびＤ－２９７ペプチドを、固相合成を介して合成した；純度および正体を、ＨＰＬＣおよび高分解能質量分析によって検証した（Calc. Mass 3807.29, Obs. Mass 3807.37-3807.38）。細菌株は、ＡＴＣＣからのものであり、Ｅｖｏｔｅｃによって特徴付けた。簡潔に述べると、ヒト痰から単離されたこれらの株は、ペニシリン、セファロスポリン、カルバペネム、キノロンおよびアミノグリコシドを含む種々の薬物クラスに対して試験されてきた。各株についての特定の抗生物質耐性表現型の記述は、以下の表６に記載される。
表6. 使用した例示的な抗生物質および対応するP. aeruginosa株
Figure 2023521319000016
 R=耐性; S=感受性; I =中間; NT =試験せず
エピトープ分析において使用したグリカンの合成は、一般的合成方法のセクションにおいて列挙されている。
一般的合成方法。全ての試薬、溶媒（ＡＣＳグレードまたは無水）は、さらなる精製も乾燥もなしに、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ、Ａｌｆａ－ＡｅｓｅｒおよびＣｏｒｄｅｎ Ｐｈａｒｍａ Ｃｏｍｐａｎｙから購入したままで使用した。ＴＬＣプレートは、Ｍｅｒｃｋ Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅから購入した。Ｓｅｐｈａｄｅｘ Ｇ－１０は、ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓから購入した。Ｓｕｌｆｏ－ＮＨＳ－ＬＣ－ＬＣ－Ｂｉｏｔｉｎ（カタログ番号：２１３３８）は、Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ Ｃｏｍｐａｎｙから購入した。抽出およびフラッシュクロマトグラフィーに使用した溶媒は、ＡＣＳグレードであった。無空気反応は、簡略化されたＳｃｈｌｅｎｋ操作：真空－Ｎ２ガスバルーン技法によって実施した。フラッシュカラムクロマトグラフィーは、Ｒｅｄｉｓｅｐ Ｇｏｌｄまたは通常のシリカゲルカラムを備えたＴｅｌｅｄｙｎｅ ＩＳＣＯ ＣｏｍｂｉＦｌａｓｈ（登録商標）システム上で実施した。１Ｈ－ＮＭＲおよび１３Ｃ－ＮＭＲスペクトルは、Ｍａｓｓａｃｈｕｓｅｔｔｓ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（ＭＩＴ）のＤｅｐａｒｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔａｔｉｏｎ Ｆａｃｉｌｉｔｙ（ＤＣＩＦ）の３００、４００または５００ＭＨｚのＶａｒｉａｎ（登録商標）ＦＴ－ＮＭＲ分光器上で得た。彼らの惜しみない資金援助については、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎに深く感謝する；彼らの継続的支援なしには、ＤＣＩＦは、ＭＩＴおよび周辺の科学界に、この最先端の設備を維持するために必要なレベルの支援を提供することができなかった。質量スペクトルは、Ａｇｉｌｅｎｔ １１００ Ｓｉｎｇｌｅ Ｑｕａｄｒｕｐｏｌｅ ＬＣ－ＭＳ機器を使用するエレクトロスプレーイオン化を使用して得た。
ＶＳＸの発現。抗体の組換え発現を、８％ＣＯ２の加湿インキュベーター中で３７℃で維持したＥｘｐｉ２９３ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ｍｅｄｉｕｍ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ）中で培養したＥｘｐｉ２９３Ｆ（商標）細胞（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ）において実施した。Ｅｘｐｉ２９３Ｆ（商標）細胞（＞９５％の生存能を有する）を、等価な量のＨＣおよびＬＣ含有プラスミドと共にＥｘｐｉＦｅｃｔａｍｉｎｅ（商標）２９３を用いてトランスフェクトした。２４時間後、トランスフェクトされた細胞に、ＥｘｐｉＦｅｃｔａｍｉｎｅ（商標）２９３ Ｔｒａｎｓｆｅｃｔｉｏｎ Ｅｎｈａｎｃｅｒ １およびＥｘｐｉＦｅｃｔａｍｉｎｅ（商標）２９３ Ｔｒａｎｓｆｅｃｔｉｏｎ Ｅｎｈａｎｃｅｒ ２を補充した。感染の７日後、細胞を４０００ｒｐｍで４℃で１５分間スピンすることによって細胞を採取し、０．４５μｍフィルターシステム（Ｎａｌｇｅｎｅ、Ｒｏｃｈｅｓｔｅｒ、ＮＹ）を介して濾過した。抗体を、ＡＫＴＡ Ｐｕｒｉｆｉｅｒ ＦＰＬＣシステム（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ、Ｍａｒｌｂｏｒｏｕｇｈ、ＭＡ）上でＭａｂＳｅｌｅｃｔ ＳｕＲｅ樹脂（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ、Ｍａｒｌｂｏｒｏｕｇｈ、ＭＡ）を使用して上清から精製した。抗体を、１００ｍＭグリシン－ＨＣｌ緩衝液（ｐＨ２．５）緩衝液を用いて溶出させ、１Ｍ ＮａＣｌを含む１０％ １Ｍ Ｔｒｉｓ－塩基（ｐＨ８．５）の添加によってｐＨを中和した。次いで、精製された試料を、１×ＰＢＳ（ｐＨ７．４）に緩衝液交換し、３０ＫＤａ ＭＷＣＯスピンフィルター（ＥＭＤ Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ、Ｂｉｌｌｅｒｉｃａ、ＭＡ）を使用する限外濾過／透析濾過（ＵＦ／ＤＦ）によって濃縮する。精製された抗体を、ＮａｎｏＤｒｏｐ分光光度計を使用して定量化する。
一次元および二次元ＮＭＲ。４種の合成グリカン（Ｍａｎ－２Ｐ，４Ｐ、Ｈｅｐ－２Ｐ，４Ｐ、Ｈｅｐ－４Ｐ、Ｈｅｐ）の１Ｈ一次元および二次元ＮＭＲスペクトルを、２９８Ｋの５ｍｍ ＴＣＩクライオプローブを備えたＢｒｕｋｅｒ Ａｖａｎｃｅ ５００／６００分光器上で５００および／または６００ＭＨｚで測定した。０．２５ｍｇの各グリカンを、残留水を除去するためのフリーズドライによってＤ２Ｏ（９９．９％）と交換し、次いで、Ｄ２Ｏ中０．１５Ｍ ＮａＣｌ、０．３ｍＭ ＥＤＴＡ－ｄ１６を含む１０ｍＭリン酸緩衝液ｐＨ７．２の０．５ｍｌ中に溶解させた。１Ｈ ＮＭＲスペクトルを、残留水シグナルの抑制、１２秒の繰り返し時間、３２Ｋのｆｉｄサイズおよび１６回のスキャンで記録した。２Ｄ等核相関スペクトルを、２５６の自由誘導減衰（ｆｉｄ）の各々について３２回のスキャンを用いて取得した。２Ｄ ＴＯＣＳＹを、ＴＰＰＩを使用して位相敏感モードで測定し、位相シフトした（π／３）矩形正弦－ベル関数を用いて、２Ｋ×１Ｋのデータ行列へとフーリエ変換した。感度増強１Ｈ／１３Ｃ化学シフト相関（ＨＳＱＣ）スペクトルを、位相感度増強純粋吸収モードでの取得期間の間の炭素デカップリングと共にコヒーレンス選択のためのｚ－勾配を使用して取得した。スペクトルを、２秒の繰り返し時間、Ｆ２で１Ｋのデータポイント、Ｆ１で２５６のインクリメント、１インクリメント当たり２４回のスキャンを用いて取得した。最終行列サイズを、２Ｋ×１Ｋにゼロフィルし（ｚｅｒｏ－ｆｉｌｌｅｄ）、フーリエ変換前に、シフトした（π／３）正弦－ベル－矩形で拡大させた。３１Ｐ一次元ＮＭＲ、３１Ｐデカップリングを用いる１Ｈ ＮＭＲ、および１Ｈ－３１Ｐ ＨＭＢＣスペクトルを、５００ＭＨｚ Ｂｒｕｋｅｒ Ａｖａｎｃｅ分光器上で取得した。両方の一次元スペクトルを、５秒の繰り返し時間、２０Ｋのｆｉｄサイズおよび１２８回のスキャンを用いて取得したが、２Ｄ ＨＭＢＣスペクトルは、Ｆ２で２ＫのデータポイントおよびＦ１で４８のインクリメントで、１シリーズ当たり１．５秒の繰り返し時間および１６回のスキャンを使用して取得した。スペクトルを、８ＨｚのｎＪＣＨロングレンジを用いて最適化した。
定量的１Ｈ ＮＭＲ分析。各グリカンの定量的１Ｈ ＮＭＲ分析を、Ｂｒｕｋｅｒ Ｔｏｐｓｐｉｎ３．５ｐｌ６バージョン中に存在する定量的分析モジュールを使用して実施した。簡潔に述べると、試験試料のスペクトルおよび既知の濃度を有する参照溶液のスペクトルを、同じ実験条件下で取得した。Ｄ２Ｏ中２．３８ｍｇ／ｍｌ（１．５７ｍＭ）の濃度の合成五糖（ＧｌｃＮＮＳ６Ｓ－Ｇ－ＧｌｃＮＮＳ３Ｓ６Ｓ－Ｉ２ＳＧｌｃＮＮＳ６Ｓ ＯＭｅ（３４））を、参照として選んだ。５ｍｍのＮＭＲ管を、各試料のために使用した。スペクトルを、炭水化物の完全な１Ｈ核緩和を可能にする１２秒の繰り返し時間を用いて取得した（Guerrini, M. et al., 2001. Semin Thromb Hemost, 27:473-82.）。これらの最適な条件下で、参照分子の選択されたＨ１とグリカンのＨ１との間での積分比は、それらのモル比を示し、グリカン定量化のために使用することができる。Ｈｅｐ－２Ｐ，４Ｐの純度は、９２％であることが見出され、この値を使用して、１Ｈ ＳＴＤおよび３１Ｐ ＮＭＲ滴定実験のためにリガンド濃度をさらに計算した。
１Ｈ ＳＴＤ ＮＭＲ。１Ｈ ＳＴＤ ＮＭＲスペクトルを、２９８Ｋの５ｍｍ ＴＣＩクライオプローブを備えたＢｒｕｋｅｒ Ａｖａｎｃｅ ６００分光器上で６００ＭＨｚで取得した。ＶＳＸ Ｆａｂを、カットオフ１０ｋＤａを有するＶｉｖａｓｐｉｎ遠心フィルターを８℃で使用して、Ｄ２Ｏ中１０ｍＭリン酸緩衝液ｐＨ７．２（０．１５Ｍ ＮａＣｌおよび０．３ｍＭ ＥＤＴＡ－ｄ１６を含む）と交換した。各リガンド５．５・１０－４ｍｍｏｌ（定量的１Ｈ ＮＭＲによって見出された濃度を考慮に入れる）を、５．５・１０－６ｍｍｏｌ Ｆａｂと一緒に、０．１５Ｍ ＮａＣｌ、０．３ｍＭ ＥＤＴＡを含むリン酸緩衝液ｐＨ７．２の０．５ｍｌ中に溶解させ、１００：１のリガンド－タンパク質モル比にした。１Ｈ ＳＴＤ ＮＭＲスペクトルの間のタンパク質の選択的照射を、１％の切断（ｔｒｕｎｃａｔｉｏｎ）および各々５０ｍｓの持続時間で、一連のガウス型パルスによって達成した。タンパク質に、０．７５ｐｐｍ（オン共鳴（ｏｎ－ｒｅｓｏｎａｎｃｅ））および４０ｐｐｍ（オフ共鳴（ｏｆｆ－ｒｅｓｏｎａｎｃｅ））で照射した。タンパク質シグナルを抑制するために、望ましくない磁化およびスピンロックを破壊するためのスポイルシーケンスを使用した。
３１Ｐ ＮＭＲ滴定実験。３１Ｐ ＮＭＲスペクトルを、３秒の繰り返し時間および５１２回のスキャンを使用して、２９８ＫのＢｒｕｋｅｒ Ａｖａｎｃｅ ５００上で５００ＭＨｚで取得した。０．２６・１０－４ｍｍｏｌ Ｆａｂを含む溶液を、最終的な４７：１、４２：１、３０：１、１９：１、１０：１のリガンド－Ｆａｂモル比になるように、２０ｍｇ／ｍｌリガンド溶液で滴定し、３１Ｐ ＮＭＲスペクトルを、各濃度ポイントにおいて取得した。
グリカンおよびＶＳＸ複合体の分子モデリング。ＶＳＸ抗体へのリガンド２，４－Ｐ－Ｈｅｐの分子ドッキングを、ＳｗｉｓｓＤｏｃｋウェブサーバーを使用して実施した。５つのＣＤＲループに結合したリガンドを示す独自の溶液は、上位２０の溶液のうち６位にランクした。この溶液の検査を、可能な結合モードとして同定し、さらなる分析のために使用した。次いで、分子ドッキングからのＶＳＸ：グリカンのコンフォメーションを、ＡＭＢＥＲ Ｆｏｒｃｅ Ｆｉｅｌｄ（ｐａｒｍ１４．ｄａｔセットのパラメーター）、およびソフトウェアＮＡＭＤ ２．１２分子力学エンジンを使用して、明示的水溶媒（ＴＩＰ３Ｐモデル）中でのＭＤシミュレーション（２０ｎｓ）によって精緻化した（Case, D.A. et al., AMBER 11, University of San Francisco, California; Jorgensen, W.l. et al., 1983. J. Chem. Phys., 79:926-935；Phillips, J.C. et al., 2005. J. Compt. Chem., 26:1781-802）。２，４－Ｐ－Ｈｅｐ－ＶＳＸリガンド－受容体複合体の幾何学を、１００回の実行後に、Ａｕｔｏｄｏｃｋ ４．２（Morris, G.M. et al., 2009. J. Compt. Chem., 30:2785-91）を使用する自動的ドッキングによって得たが、パラメーター化は以下を含んだ：１０００人の個体の集団サイズ、最大世代数２７０’０００、およびエネルギー評価の最大数２．５・１０７。リガンド／受容体コンフォメーション検索は、Ｌａｍａｒｃｋｉａｎ Ｇｅｎｅｔｉｃ Ａｌｇｏｒｉｔｈｍ ４．２を適用し、２，４－Ｐ－Ｈｅｐの１６全ての二面角を伴ったが、ＶＳＸは、動かないままであった。リガンド／受容体の相対的な初期位置および配向を、１００回全てのドッキング実行においてランダムに選び、次いで、得られたポーズを、２．０Åの許容誤差ＲＭＳＤを使用してクラスタリングした。最も低い結合エネルギーおよび最も高い集団（－６．０Ｋｃａｌ ｍｏｌ－１のａｕｔｏｄｏｃｋスコアリング関数）を有するクラスターは、図５Ａ左で報告された構造と一致して、ＶＳＸ結合ポケットと合致する２，４－Ｐ－ＨｅｐのＣ６－Ｃ７脂肪族尾部を示す。ドッキングのさらなる精緻化を、以前に得られたＶＳＸ結合ポケットと合致するＨｅｐの４－Ｐリン酸基によって特徴付けられる、複合体：２，４－Ｐ－Ｈｅｐ－ＶＳＸの選択された幾何学から開始して実施した。このさらなる１００回の実行において、ａｕｔｏｄｏｃｋは、図５Ａ右と一致して、ＶＳＸ結合ポケットにフィットするＨｅｐの４－Ｐリン酸基によって特徴付けられるさらなるグリカン－ＶＳＸクラスターを予測し、その推定された結合エネルギーは、以前の溶液と比較して僅かに高い（－３．８Ｋｃａｌ ｍｏｌ－１）。ドッキング手順の最後に、Ｃ６－Ｃ７脂肪族尾部、または４－Ｐリン酸基がＶＳＸ結合ポケットにフィットする、複合体２，４－Ｐ－Ｈｅｐ－ＶＳＸの２つのドッキングポーズを、明示的水溶媒（ＴＩＰ３Ｐ）中でのＭＤシミュレーション（およそ４０ｎｓ）によってさらに精緻化した。ＧＬＹＣＡＭ０６ Ｆｏｒｃｅ－Ｆｉｅｌｄを使用して、２，４－Ｐ－Ｈｅｐグリカンをモデリングした（Kirschner, K.N. et al., 2008. J. COmpt. Chem., 29:622-55；Holmberg, N. et al., 1999. Protein Eng., 12:851-6）。ＭＤシミュレーション軌跡の可視化、操作および力学的分析のために、ＶＭＤ １．９．３およびｗｏｒｄｏｍ ０．２２ソフトウェアを使用した（Humphrey, W. et al., 1996. J. Mol. Graph, 14:33-8, 27-8；Seeber, M. et al., 2007. Bioinformatics, 23:2625-7）。これらのＭＤシミュレーションでは、相対的なリガンド／受容体の距離および配向を評価および分析した、特に、２つの仮定された結合状態におけるＨｅｐ力学を、根平均二乗揺らぎ（ＲＭＳＦ）関数を介して比較した。
ＡＤＣの構築。Ｎ末端ＧＧＧソルターゼドナー配列を含むペプチドを、ソルターゼＡ認識配列ＬＰＥＴＧＧＧ（配列番号２４４）を含むｍＡｂ重鎖のＣ末端にライゲーションさせた。ｍＡｂを、ライゲーション前に、１５０ｍＭ ＮａＣｌ／５０ｍＭ Ｔｒｉｓ（ｐＨ７．５）に緩衝液交換した。最適化されたソルターゼライゲーション条件を、１．５ｍｇ／ｍＬ ｍＡｂ（１５０ｋＤａ）、１０ｍＭ ＣａＣｌ２、５．８μｇ／ｍＬソルターゼＡ（ＢＰＳ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ製、（２１．７ｋＤａ））で２０当量のペプチドを使用して、１５０ｍＭ ＮａＣｌ／５０ｍＭ Ｔｒｉｓ（ｐＨ７．５）中で実施した。周囲温度で暗中で１８時間のインキュベーションの後、試料を、ＰＢＳ中１０ｍｌの総体積に希釈し、ＦＰＬＣによって精製した。コンジュゲーション効率を、５μｇの試料を１０ｍＭ ＤＴＴ中で６５℃で１５分間加熱することによって調製した還元抗体を使用するＱ－ＴＯＦ質量分析によって決定した。
血清安定性の評価。正常ヒト血清（ＮＨＳ）（Ｓｉｇｍａ Ｓ－７０２３）を解凍し、水中に希釈し、１３０００ｒｐｍで１０分間遠心分離し、上清を、水浴中で３７℃に温めた。２０μｌの各試験物品を、２．０ｍｌ丸底微量遠心管中に置いた。２ｍｌの希釈されたＮＨＳを各管に添加し、管を即座にボルテックスし、２００μｌを、４０μｌの１５％トリクロロ酢酸（ＴＣＡ）を含む新たな微量遠心管に移した。アッセイ管を、時点間に回転ラック中に３７℃で置いた。ＴＣＡ管を氷上に１５分間置き、次いで、１３０００ｒｐｍで１０分間遠心分離した。各管からの上清を収集し、分析のために－２０℃で凍結させた。試料を採取し、６時間までの種々の時点において処理した。
抗菌活性の評価。ＭＩＣを、９６ウェルマイクロタイタープレート中で、２倍連続化合物希釈を使用して、ＣＬＳＩガイドラインに従って決定した。簡潔に述べると、化合物を、マザープレートにわたって水中に希釈し、次いで、２μｌをアッセイプレートにスタンプし、各株について１つのプレートを試験した。細菌株を、寒天プレート上で３７℃で一晩継代培養した。一晩プレートを使用して、０．８５％食塩水中で０．５ ＭｃＦａｒｌａｎｄ培養物を調製した。これらの濃縮された培養物を、増殖培地中で、およそ５×１０５細胞／ｍｌになるように１：２００希釈した。全てのアッセイプレートは、１ウェル当たり１００μｌの希釈された培養物を受けた。全てのプレートを、３７℃に一晩置いた。１８時間後、プレートを、鏡付きプレートリーダーおよび反射された白熱光を使用して読み取った。ＭＩＣは、成長を少なくとも８０％阻害する、化合物の最も低い濃度として定義される。ＭＩＣであるおよびＭＩＣを上回るウェルは、目視によって読み取った場合、成長を欠くように見えるはずである。
微生物殺滅を評価するために、細菌細胞を、寒天プレート上で３７℃で一晩好気的に成長させた。一晩プレートを使用して、２５０ｍｌの通気口付きフラスコ中に、増殖培地の３０ｍｌ培養物を播種した。培養物を、１５０ｒｐｍで振盪しながら、３７℃で好気的に成長させた。成長をＡ６００でモニタリングし、細菌細胞を、対数成長期の中間で採取した。１０ｍｌの培養物を、４０００×ｇで１０分間ペレット化し、ＰＢＳ＋１％ＢＳＡで１回洗浄し、その後、２ｍｌ ＰＢＳ＋ＢＳＡ中に再懸濁した。濃縮された培養物を使用して、１×１０８細胞／ｍｌの濃度を与えるＯＤになるように、ＰＢＳ＋ＢＳＡの６ｍｌ管を播種した。培養物を、ＰＢＳ＋ＢＳＡ中で１×１０４細胞／ｍｌに希釈した。試験物品を、ＰＢＳ＋１％ＢＳＡ中に希釈し、試験した濃度１つ当たり５０μｌを、９６ウェルポリプロピレンマイクロタイタープレート中にロードした。５０μｌの希釈された培養物を、全ての試験ウェルならびに化合物なしの対照ウェルに添加した。プレートを振盪し、３７℃で９０分間静止状態でインキュベートした。各アッセイウェルからの１０μｌを、寒天プレート上にプレートし、３７℃で一晩インキュベートした。パーセント殺滅を、化合物なしの対照ウェルについてのＣＦＵと比較した試験ウェルについてのＣＦＵによって決定した。
混合微生物アッセイ。細菌株を、寒天プレート上で３７℃で一晩好気的に成長させた。一晩プレートを使用して、６ミリリットルのＰＢＳ中で０．５ ＭｃＦａｒｌａｎｄ培養物を確立した（およそ１×１０８細胞／ｍｌ）。濃縮培養物を、ＰＢＳ中で１×１０４細胞／ｍｌに希釈した。１０μｌの希釈された培養物の各々を、血液寒天プレート（ＢＡＰ）上にプレートして、初期濃度を決定し、純度についてチェックし、株の形態学を確立した。１ｍｌの各希釈された培養物を合わせ（合計で３つ分）、体積をＰＢＳで１０ミリリットルにした（１×１０３細胞／ｍｌの各株）。２５μｌの混合培養物をＢＡＰ上に広げて、ｔ＝０における各株についてのＣＦＵ／ｍｌを確立した。試験物品を、２．０ｍｌ丸底Ｅｐｐｅｎｄｏｒｆ管中で、２００μｌの最終体積で、ＰＢＳ中に４倍連続希釈した。化合物なしの対照を含めた。２００μｌの混合細菌培養物を、全てのアッセイ管に添加した。管を即座にボルテックスし、各管からの５０μｌを、別々のＢＡＰ上に広げた。アッセイ管を、時点間に回転させながら３７℃でインキュベートした。プレートする手順を、２時間にわたって１時間間隔で反復し、全てのプレートを、３７℃で一晩インキュベートした。次の日、全てのプレートを、各株についてのＣＦＵに注目して計数し、異なる形態学によって識別し、結果を、化合物なしの対照と比較したパーセント殺滅としてプロットした。
好中球減少マウスモデル。ＣＤ１マウスは、Ｃｈａｒｌｅｓ Ｒｉｖｅｒ（Ｍａｒｇａｔｅ、ＵＫ）によって供給され、特定の病原体を含まなかった。雄性マウスは、受領時に１１～１５ｇであり、少なくとも７日間慣れさせた。マウスを、ＨＥＰＡ濾過した無菌空気にマウスを常に曝露させつつ、無菌化した個々の換気ケージ中に収容した。マウスを、感染の４日前の２００ｍｇ／ｋｇのシクロホスファミドおよび感染の１日前の１５０ｍｇ／ｋｇのシクロホスファミドによる、腹腔内注射による免疫抑制によって、好中球減少性にした。免疫抑制レジメンは、最初の注射の投与の２４時間後に始まる好中球減少症をもたらし、これは、研究を通じて継続する。Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ株ＡＴＣＣ ２７８５３を使用して、ｉｎ ｖｉｖｏ保護を評価した。感染のために、動物を、約１５ｍＬ／ｋｇで送達したＩＰ注射を介したケタミン／キシラジン麻酔薬カクテル（９０ｍｇ／ｋｇケタミン／９ｍｇ／ｋｇキシラジン）で最初に麻酔した。麻酔したマウスに、マウス鼻孔中への鼻腔内滴下によって０．０４ｍＬの接種材料を感染させ（鼻孔１つ当たり２０μＬ、鼻孔間で５分）、感染後約１０分間にわたって、ストリングラック上に直立の配置で維持した。接種材料濃度は、２．８３×１０５ＣＦＵ／ｍＬ（約１．１４×１０４ＣＦＵ／肺）であった。薬剤を、実施例において特定されたように、ＩＮまたはＩＰのいずれかで投与した。動物の臨床状態をモニタリングし、疾患に屈服した動物を、人道的に安楽死させた。この研究を、感染の約２４．５時間後に終結させたが、その時点では、ビヒクルマウスの大部分が、顕著な臨床症状を示していた。感染の２４．５時間後に、残り全ての動物の臨床状態を評価し、ペントバルビタール過剰投与によってそれらを人道的に安楽死させた。動物の体重を決定し、その後、肺を取り出し、計量した。肺試料を、氷冷無菌リン酸緩衝食塩水中でＰｒｅｃｅｌｌｙｓビーズビーターを使用してホモジナイズした；ホモジネートを、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ選択的寒天上に定量的に培養し、３７℃で１６～２４時間インキュベートし、その後、コロニーを計数した。データを、ＳｔａｔｓＤｉｒｅｃｔソフトウェア（バージョン２．７．８）を使用して分析した。ノンパラメトリッククラスカル－ウォリス検定を使用して、組織負荷データについて全てのペアワイズ比較（Ｃｏｎｏｖｅｒ－Ｉｎｍａｎ）を試験した。
急性肺感染症モデル。急性肺感染症モデルを、一部の軽微な改変を伴って、以前に記載されたように（３）実施した。簡潔に述べると、Ｃ３Ｈ／Ｈ３Ｎ雌性６～８週齢マウスの全身麻酔（ケタミンおよびキシラジンを使用する腹腔内注射）の後、１０μＬ（１×１０６ＣＦＵ）の参照株Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ ＰＡ１４を、各鼻孔に接種して、急性肺感染症を誘導した。接種材料を、ＬＢ中で成長させたＰＡ１４の一晩培養物の希釈物から調製した。マウスを、４日間にわたってモニタリングし、逆立った毛皮（ｒｕｆｆｌｅｄ ｆｕｒ）、嗜眠、振戦、高い呼吸数、触れられたときに動けないこと、または横向きに置かれた後に起き上がれないことを含む、死亡率の切迫した徴候をそれらが示した場合には、人道的に安楽死させた。保護アッセイのために、ＡＤＣまたは対照化合物を、細菌チャレンジの３時間後に、１５／ｍｇ／ｋｇ、ＩＰで注射した。
参照による組込み
本明細書で言及される全ての刊行物、特許および受託番号は、各個々の刊行物または特許が参照により組み込まれると具体的かつ個々に指し示されたかのように、それらの全体がこれにより参照により本明細書に組み込まれる。
均等物
本明細書の組成物および方法の具体的な実施形態を議論してきたが、上記明細書は、例示であって限定ではない。本発明の多くの変形形態は、本明細書および以下の特許請求の範囲を再検討すれば、当業者に明らかとなる。本発明の全範囲は、均等物のそれらの全範囲と共に特許請求の範囲を参照することによって、およびかかる変形形態と共に、本明細書を参照することによって、決定されるべきである。

Claims (26)

  1. 抗体分子および共有結合的にカップリングされたペプチドを含む抗体分子－薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）であって、
    前記抗体分子が、重鎖可変領域（ＶＨ）を含み、前記ＶＨが、３つの重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）を含み、前記ＶＨが、
    （ａ）配列番号１０５のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、配列番号１０６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、および配列番号１０７のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、または
    （ｂ）配列番号１０８のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、配列番号１４６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、および配列番号１０７のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３
    を含み、
    前記抗体分子が、軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、前記ＶＬが、３つの軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）を含み、前記ＶＬが、配列番号１３８のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、配列番号１４２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、および配列番号１１２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含み、
    前記ペプチドが、配列番号２５７のアミノ酸配列、あるいは配列番号２５７のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含む、
    ＡＤＣ。
  2. 前記ＶＨが、配列番号１０５のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、配列番号１０６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、および配列番号１０７のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含み、前記ＶＬが、配列番号１３８のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、配列番号１４２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、および配列番号１１２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含むか、または
    ＶＨが、配列番号１０８のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、配列番号１４６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、および配列番号１０７のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含み、前記ＶＬが、配列番号１３８のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、配列番号１４２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、および配列番号１１２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む、
    請求項１に記載のＡＤＣ。
  3. 前記ＶＨが、配列番号１１７のアミノ酸配列、あるいは配列番号１１７のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含み、および／あるいは、
    前記ＶＬが、配列番号１３５のアミノ酸配列、あるいは配列番号１３５のアミノ酸配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、もしくは１５個以下のアミノ酸残基が異なるか、またはそれと少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の相同性を有するアミノ酸配列を含む、
    請求項１または２に記載のＡＤＣ。
  4. 前記抗体分子が、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ（例えば、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）に結合することができ、例えば、前記抗体分子が、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ上のリポ多糖（ＬＰＳ）、例えば、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ上のＬＰＳにおける内部グリカン部分に結合することができる、請求項１～３のいずれかに記載のＡＤＣ。
  5. 前記抗体分子が、
    （ｉ）例えば、ウェスタンブロットによって決定した、Ｅ ｃｏｌｉのＬＰＳに、
    （ｉｉ）例えば、バイオレイヤー干渉分析によって決定した、ヘプトース、もしくは一リン酸化されたヘプトースアナログ（例えば、２－Ｐ－Ｈｅｐまたは４－Ｐ－Ｈｅｐ）に、および／または
    （ｉｉｉ）例えば、全細胞ＥＬＩＳＡによって決定した、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ、グラム陽性生物、もしくは哺乳動物細胞のうちの１種もしくは複数に
    結合しないか、あるいは実質的に結合しない、請求項１～４のいずれかに記載のＡＤＣ。
  6. 前記抗体分子が、
    （ｉ）例えば、バイオレイヤー干渉分析によって決定した、二リン酸化された２，４－Ｐ－Ｈｅｐ単糖に、
    （ｉｉ）例えば、バイオレイヤー干渉分析によって決定した、例えば、二リン酸化された２，４－Ｐ－Ｈｅｐ単糖と比較して、低減された結合で、二リン酸化されたマンノース（２，４－Ｐ－Ｍａｎ）に、
    （ｉｉｉ）例えば、全細菌細胞ＥＬＩＳＡによって決定した、例えば、約２０～約１５０ｐＭ（例えば、約５０～約１２０ｐＭ）の見かけのアビディティーで、本明細書に記載される１種または複数のＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ株、例えば、カルバペネム、抗ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ第三世代セファロスポリンまたはフルオロキノロンに耐性の１種または複数の株に、および／あるいは
    （ｉｖ）例えば、全細菌細胞ＥＬＩＳＡによって決定した、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ以外のＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ種、例えば、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｐｕｔｉｄａ、またはＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｓｔｕｔｚｅｒｉのうちの１種または複数に
    結合する、請求項１～５のいずれかに記載のＡＤＣ。
  7. 前記抗体分子が、モノクローナル抗体分子、ヒト化抗体分子、単離された抗体分子、または合成抗体分子である、請求項１～６のいずれかに記載のＡＤＣ。
  8. 前記抗体分子が、２つのＶＨおよび２つのＶＬを含み、
    必要に応じて、
    （ｉ）前記抗体分子が、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、またはＩｇＧ４の重鎖定常領域をさらに含み、
    （ｉｉ）前記抗体分子が、カッパまたはラムダ鎖の軽鎖定常領域をさらに含み、
    （ｉｉｉ）前記抗体分子が、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、または一本鎖Ｆｖ断片（ｓｃＦｖ）を含む、
    請求項１～７のいずれかに記載のＡＤＣ。
  9. （ｉ）前記ペプチドが、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、もしくは３３個のＤ－アミノ酸を含むか、または前記ペプチド中のアミノ酸残基の少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、もしくは１００％が、Ｄ－アミノ酸である、
    （ｉｉ）前記ペプチドが、前記ＶＨ、例えば、前記ＶＨのＣ末端に、例えば、間接的に（例えば、定常領域、リンカー、またはその両方を介して）、カップリングされている、
    （ｉｉｉ）前記ペプチドが、前記抗体分子に、例えば、ソルターゼ認識配列（例えば、ＬＰＥＴＧＧＧ（配列番号２４４））を介して、例えば、ソルターゼＡ（ＳｒｔＡ）を使用して、酵素的ライゲーションによってカップリングされている、および／あるいは
    （ｉｖ）前記ペプチドが、ソルターゼドナー配列、例えば、Ｎ末端ＧＧＧを含む、
    請求項１～８のいずれかに記載のＡＤＣ。
  10. （ｉ）前記抗体分子と前記ペプチドとの間に、リンカー、例えば、（Ｇｌｙ－Ｓｅｒ）ｎリンカー配列（ここで、ｎ＝２～２０である（配列番号２６２））を含み、
    （ｉｉ）例えば、質量分析によって決定した、約２～約８、例えば、約２～約４のペプチド対抗体分子の比を有し、および／または
    （ｉｉｉ）例えば、質量分析によって決定した、約２のペプチド対抗体分子の比を有する、
    請求項１～９のいずれかに記載のＡＤＣ。
  11. （ｉ）約２μｇ／ｍＬ～約５０μｇ／ｍＬ、例えば、約３．１μｇ／ｍＬ～約２５μｇ／ｍＬの、および／または
    （ｉｉ）参照ＡＤＣ、例えば、ＶＳＸ－１と比較して、５０％もしくはそれ未満、例えば、４５％、４０％、３５％、３０％、２５％、２０％、１５％、１０％、もしくはそれ未満異なる
    濃度で、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａに対するｉｎ ｖｉｔｒｏ殺菌活性を有する、請求項１～１０のいずれかに記載のＡＤＣ。
  12. （ｉ）Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａに対して、約５００μｇ／ｍＬもしくはそれよりも高い、例えば、８００μｇ／ｍＬもしくはそれよりも高い平均溶解濃度（ＭＬＣ）、
    （ｉｉ）Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａに対して、参照ＡＤＣ、例えば、ＶＳＸ－１と比較して、５０％もしくはそれ未満、例えば、４５％、４０％、３５％、３０％、２５％、２０％、１５％、１０％、もしくはそれ未満異なるＭＬＣ、
    （ｉｉｉ）Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａに対して、約５００μｇ／ｍＬもしくはそれよりも高い、例えば、８００μｇ／ｍＬもしくはそれよりも高いＣＣ５０（５０％の哺乳動物細胞の細胞毒性が観察される濃度）、
    （ｉｖ）Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａに対して、参照ＡＤＣ、例えば、ＶＳＸ－１よりも高い、例えば、少なくとも０．５、１、２、３、４、もしくは５倍高いＣＣ５０、ならびに／または
    （ｖ）例えば、薬物動態測定、全身イメージング、ｉｎ ｖｉｖｏイメージング、臓器分布の評価（例えば、前記ＡＤＣが、実質的にまたは主に肝臓に分布しない）、ＥＬＩＳＡ、および／または血液試料の質量分析によって決定した、参照ＡＤＣ、例えば、ＶＳＸ－１と比較して、改善された生体内分布
    を有する、請求項１～１１のいずれかに記載のＡＤＣ。
  13. ２つのＶＨおよび２つのＶＬを含む抗体分子を含むＡＤＣであって、
    前記ＶＨが、配列番号２５７のアミノ酸配列を含むペプチドと共有結合的にカップリングされており、
    （ｉ）前記ＶＨが、配列番号１０５のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、配列番号１０６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、および配列番号１０７のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含み、前記ＶＬが、配列番号１３８のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、配列番号１４２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、および配列番号１１２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含むか、または
    （ｉｉ）前記ＶＨが、配列番号１０８のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、配列番号１４６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、および配列番号１０７のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含み、前記ＶＬが、配列番号１３８のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、配列番号１４２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、および配列番号１１２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含み、
    必要に応じて、前記ＶＨが、配列番号１１７のアミノ酸配列を含み、前記ＶＬが、配列番号１３５のアミノ酸配列を含み、
    必要に応じて、前記ペプチドが、前記ＶＨのＣ末端に、（Ｇｌｙ－Ｓｅｒ）ｎリンカーを介してカップリングされている、
    ＡＤＣ。
  14. 請求項１～１３のいずれかに記載のＡＤＣ、および薬学的に許容される担体を含む医薬組成物。
  15. 対象におけるＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ（例えば、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）に関連する細菌感染症を処置または予防する方法における使用のための、請求項１～１３のいずれかに記載のＡＤＣまたは請求項１４に記載の医薬組成物であり、必要に応じて、
    （ｉ）前記ＡＤＣが、１～１０ｍｇ／ｋｇの用量で投与され、
    （ｉｉ）前記ＡＤＣが、静脈内、皮下、もしくは鼻腔内に、または吸入によって投与され、
    （ｉｉｉ）前記ＡＤＣが、前記細菌感染症に関連する症状の開始の前またはその後に投与され、
    （ｉｖ）前記対象が、肺炎、尿路感染症（ＵＴＩ）、敗血症、髄膜炎、下痢、軟組織感染症、皮膚感染症、菌血症、呼吸器系感染症、心内膜炎、腹腔内感染症、敗血症性関節炎、骨髄炎、ＣＮＳ感染症、眼科感染症、胆嚢炎、胆管炎、髄膜炎、腸チフス、食中毒、胃腸炎、腸炎熱、細菌性赤痢、血流感染症、腹腔内敗血症、脳膿瘍、髄膜炎、敗血症、関節感染症、骨感染症、胃腸感染症、または創傷感染症のうちの１つまたは複数を有し、
    （ｖ）前記細菌感染症が、院内感染（ｎｏｓｏｃｏｍｉａｌ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ）または院内感染（ｈｏｓｐｉｔａｌ－ａｃｑｕｉｒｅｄ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ）であり、
    （ｖｉ）前記対象が、ヒトまたは動物であり、
    （ｖｉｉ）前記対象が、免疫無防備状態の患者または医療従事者であり、
    （ｖｉｉｉ）前記対象が、ＨＩＶ感染症もしくはＡＩＤＳ、がん、固形臓器移植、幹細胞移植、鎌状赤血球症もしくは無脾症、先天性免疫不全、慢性炎症状態、人工内耳、栄養障害、または脳脊髄液漏出を有するか、あるいはそれを有するリスクがあり、
    （ｉｘ）前記対象が、１８歳もしくはそれよりも若い、１５歳もしくはそれよりも若い、１２歳もしくはそれよりも若い、９歳もしくはそれよりも若い、または６歳もしくはそれよりも若いか、あるいは少なくとも６０歳、少なくとも６５歳、少なくとも７０歳、少なくとも７５歳、または少なくとも８０歳である、
    ＡＤＣまたは医薬組成物が、。
  16. 前記方法が、前記対象に、第２の抗菌剤を投与または療法を施すことをさらに含み、
    必要に応じて、前記第２の抗菌剤または療法が、抗生物質またはファージ療法、例えば、以下から選択される抗生物質を含み：ポリミキシン（例えば、コリスチン）、β－ラクタム（例えば、カルバペネム、例えば、メロペネム）、アミノグリコシド、アンサマイシン、カルバセフェム、カルバペネム、セファロスポリン、グリコペプチド、リンコサミド、リポペプチド、マクロライド、モノバクタム、ニトロフラン、オキサゾリジノン、ペニシリン、ペニシリンの組合せ、ポリペプチド、キノロンもしくはフルオロキノロン、スルホンアミド、テトラサイクリン、マイコバクテリアに対する薬物、アミカシン、ゲンタマイシン、カナマイシン、ネオマイシン、ネチルマイシン、トブラマイシン、パロモマイシン、ストレプトマイシン、スペクチノマイシン、ゲルダナマイシン、ハービマイシン、もしくはリファキシミン、ロラカルベフ、エルタペネム、ドリペネム、イミペネム／シラスタチン、メロペネム、セファドロキシル、セファゾリン、セファロチン（cefalotin）、セファロチン（cefalothin）、セファレキシン、セファクロル、セファマンドール、セフォキシチン、セフプロジル、セフロキシム、セフィキシム、セフジニル、セフジトレン、セフォペラゾン、セフォタキシム、セフポドキシム、セフタジジム、セフチブテン、セフチゾキシム、セフトリアキソン、セフェピム、セフタロリンフォサミル、セフトビプロール、テイコプラニン、バンコマイシン、テラバンシン、ダルババンシン、オリタバンシン、クリンダマイシン、リンコマイシン、ダプトマイシン、アジスロマイシン、クラリスロマイシン、ジリスロマイシン、エリスロマイシン、ロキシスロマイシン、トロレアンドマイシン、テリスロマイシン、スピラマイシン、アズトレオナム、フラゾリドン、ニトロフラントイン、リネゾリド、ポシゾリド、ラデゾリド、トレゾリド、アモキシシリン、アンピシリン、アズロシリン、カルベニシリン、クロキサシリン、ジクロキサシリン、フルクロキサシリン、メズロシリン、メチシリン、ナフシリン、オキサシリン、ペニシリンｇ、ペニシリンｖ、ピペラシリン、ペニシリンｇ、テモシリン、チカルシリン、アモキシシリン／クラブラン酸塩、アンピシリン／スルバクタム、ピペラシリン／タゾバクタム、チカルシリン／クラブラン酸塩、バシトラシン、コリスチン、ポリミキシンｂ、シプロフロキサシン、エノキサシン、ガチフロキサシン、ゲミフロキサシン、レボフロキサシン、ロメフロキサシン、モキシフロキサシン、ナリジクス酸、ノルフロキサシン、オフロキサシン、トロバフロキサシン、グレパフロキサシン、スパルフロキサシン、テマフロキサシン、マフェニド、スルファセタミド、スルファジアジン、銀スルファジアジン、スルファジメトキシン、スルファメチゾール、スルファメトキサゾール、スルファニルイミド、スルファサラジン、スルフイソキサゾール、トリメトプリム－スルファメトキサゾール（コトリモキサゾール）、スルホンアミドクリソイジン、デメクロサイクリン、ドキシサイクリン、ミノサイクリン、オキシテトラサイクリン、テトラサイクリン、クロファジミン、ダプソン、カプレオマイシン、サイクロセリン、エタンブトール、エチオナミド、イソニアジド、ピラジナミド、リファンピン、リファブチン、リファペンチン、ストレプトマイシン、アルスフェナミン、クロラムフェニコール、ホスホマイシン、フシジン酸、メトロニダゾール、ムピロシン、プラテンシマイシン、キヌプリスチン／ダルホプリスチン、チアンフェニコール、チゲサイクリン、チニダゾール、トリメトプリム、レボフロキサシン、シプロフロキサシン、ゲンタマイシン、セフトリアキソン、オフロキサシン、アミカシン、トブラマイシン、アズトレオナム、またはイミペネム／シラスタチン、
    必要に応じて、前記第２の抗菌剤または療法が、前記ＡＤＣが投与される前、前記ＡＤＣの投与と共に、または前記ＡＤＣが投与された後に投与される、
    請求項１５に記載の使用のためのＡＤＣまたは組成物。
  17. 細菌感染症を阻害または低減する方法であって、前記方法が、細胞を、前記細菌感染症を阻害または低減するのに有効な量で、請求項１～１３のいずれかに記載のＡＤＣまたは請求項１４に記載の医薬組成物と接触させることを含み、
    必要に応じて、前記ＡＤＣまたは医薬組成物が、細胞と、ｉｎ ｖｉｔｒｏ、ｅｘ ｖｉｖｏ、またはｉｎ ｖｉｖｏで接触する、
    方法。
  18. 請求項１～１３のいずれかに記載のＡＤＣまたは請求項１４に記載の医薬組成物、および前記ＡＤＣまたは医薬組成物の使用説明書を含むキット。
  19. 請求項１～１３のいずれかに記載のＡＤＣまたは請求項１４に記載の医薬組成物を含む容器。
  20. （ａ）請求項１～１３のいずれかに記載のＡＤＣの抗体分子のＶＨ、ＶＬ、もしくはその両方、
    （ｂ）請求項１～１３のいずれかに記載のＡＤＣの抗菌ペプチド、
    （ｃ）（ａ）および（ｂ）の両方、または
    （ｄ）請求項１～１３のいずれかに記載のＡＤＣ
    をコードする核酸分子。
  21. 請求項２０に記載の核酸分子を含むベクター。
  22. 請求項２０に記載の核酸分子または請求項２１に記載のベクターを含む細胞。
  23. ＡＤＣを生成する方法であって、前記方法が、ＡＤＣの生成を可能にする条件下で請求項２２に記載の細胞を培養し、それによって前記ＡＤＣを生成することを含む、方法。
  24. ＡＤＣを生成する方法であって、前記方法が、ＬＰＳに結合する抗体分子を、ソルターゼの存在下、ソルターゼ媒介反応が起こるのを可能にする条件下で、抗菌ペプチドおよび必要に応じてソルターゼドナー配列を含むペプチドと接触させ、それによって前記ＡＤＣを生成することを含み、
    必要に応じて、前記抗体分子が、ソルターゼ認識配列、リンカー配列、またはその両方を含むソルターゼアクセプター配列を含む、
    方法。
  25. 細菌感染症を処置または予防する方法であって、それを必要とする対象に、前記細菌感染症を処置または予防するのに有効な量で、請求項１～１３のいずれかに記載のＡＤＣまたは請求項１４に記載の医薬組成物を投与することを含む、方法。
  26. 細菌感染症を処置または予防するための医薬の製造における、請求項１～１３のいずれかに記載のＡＤＣの使用。
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