JP2023063330A - 処置方法 - Google Patents
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Abstract
【課題】処置方法の提供。【解決手段】ヒトリンパ球に対する腫瘍抗原を同定するため、ならびに、がん治療のための対象を同定するための方法および組成物が本明細書に提示される。本発明は、とりわけ、ヒトリンパ球に対する腫瘍抗原および潜在的な腫瘍抗原を同定する方法、腫瘍抗原および潜在的な腫瘍抗原を選択する方法ならびに腫瘍抗原および潜在的な腫瘍抗原を含む組成物、そのような組成物を作出する方法、ならびに腫瘍抗原および潜在的な腫瘍抗原を使用する方法を特徴とする。本発明は、例えば、がん対象をがん治療の開始、継続、改変、および/または中止のために同定および/または選択するためにがん対象における免疫応答を評価する方法も特徴とする。【選択図】なし
Description
関連出願の相互参照
本願は、2017年11月8日に出願された米国仮出願第62/583,233号、2017年4月11日に出願された米国仮出願第62/484,258号、および2017年3月20日に出願された米国仮出願第62/473,899号の利益を主張し、これらそれぞれの内容全体が、参照によって本明細書に援用される。
本願は、2017年11月8日に出願された米国仮出願第62/583,233号、2017年4月11日に出願された米国仮出願第62/484,258号、および2017年3月20日に出願された米国仮出願第62/473,899号の利益を主張し、これらそれぞれの内容全体が、参照によって本明細書に援用される。
がんは、異常な細胞の増殖を特徴とする。多くの処置は、高価であり、有痛性の外科手術および化学療法を含む。患者自身の免疫系を使用してがん性細胞を標的とするがん治療への関心が高まっているが、そのような治療では限られた成功しか得られていない。
本発明は、とりわけ、ヒトリンパ球に対する腫瘍抗原および潜在的な腫瘍抗原を同定する方法、腫瘍抗原および潜在的な腫瘍抗原を選択する方法ならびに腫瘍抗原および潜在的な腫瘍抗原を含む組成物、そのような組成物を作出する方法、ならびに腫瘍抗原および潜在的な腫瘍抗原を使用する方法を特徴とする。本発明は、例えば、がん対象をがん治療の開始、継続、改変、および/または中止のために同定および/または選択するためにがん対象における免疫応答を評価する方法も特徴とする。
したがって、一態様では、本開示は、対象応答プロファイルを得るまたは生成する方法を特徴とする。一部の実施形態では、方法は、a)複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、b)ライブラリーの細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、APCが、細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、c)APCを、対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害、および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを得るまたは生成するステップとを含む。
一部の実施形態では、対象応答プロファイルは、複数の腫瘍抗原に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む。
一部の実施形態では、APCは対象から単離されたヒトAPCである;および/または、細菌細胞は細胞溶解素ポリペプチドをさらに含む;および/または、細胞溶解素ポリペプチドはリステリオリジンO(LLO)である;および/または、APCをアレイで提供する;および/または、アレイの各位置にあるAPCを、各セットが異なる腫瘍抗原を含む細菌細胞のセットと接触させる;および/または、APCおよびリンパ球は、末梢血から単離されたものである;および/または、APCは不死化細胞を含む;および/または、リンパ球はがんもしくは腫瘍に由来するものである。
一部の実施形態では、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、もしくは転座をコードする全長ポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、もしくは転座をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在するウイルスもしくは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在するウイルスもしくは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む。
別の態様では、本開示は、標的応答プロファイルを得るまたは生成する方法を特徴とする。一部の実施形態では、方法は、a)複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、b)ライブラリーの細菌細胞またはビーズを、がんに対する応答を示すまたは以前示した対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、APCが、細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、c)APCを、対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、標的応答プロファイルを得るまたは生成するステップとを含む。
一部の実施形態では、対象は、がんに対して少なくとも1つの有益な応答を示すまたは以前示した。一部の実施形態では、有益な応答は、がん治療または治療の組合せに対する正の臨床応答、例えば、1つまたは複数の正の臨床的エンドポイントを含む。一部の実施形態では、有益な応答は、がんに対する自然応答を含む。一部の実施形態では、有益な応答は、がんのクリアランス、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスに関連する1つまたは複数の臨床的尺度を含む。一部の実施形態では、有益な応答は、例えば所定の期間(例えば、少なくとも1週間、2週間、3週間、4週間、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、または少なくとも1カ月、2カ月、3カ月、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、12カ月、または少なくとも1年、2年、3年、4年、5年、6年、7年、8年、9年、10年、11年、12年)にわたって、がんの再燃、再発、および/または転移がないことを含む。一部の実施形態では、有益な応答は、正のがん予後を含む。一部の実施形態では、有益な応答は、がん治療または治療の組合せに対する測定可能な毒性の応答または副作用がないことを含む。
一部の実施形態では、対象は、がんに対して少なくとも1つの有害な応答または有益でない応答を示すまたは以前示した。一部の実施形態では、有害な応答は、がん治療または治療の組合せに対する負の臨床応答および/または応答不全を含む。一部の実施形態では、有害な応答は、がんのクリアランスの欠如、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスの欠如に関連する1つまたは複数の臨床的尺度を含む。一部の実施形態では、有害な応答は、がんの再燃、再発、および/または転移の少なくとも1つを含む。一部の実施形態では、有害な応答は、負のがん予後を含む。一部の実施形態では、有害な応答は、がん治療または治療の組合せに対する1つまたは複数の毒性の応答または副作用(例えば、1つまたは複数の測定可能な毒性の応答または副作用)を含む。
一部の実施形態では、標的応答プロファイルを得るために使用されるライブラリーは、対象応答プロファイルを得るために使用されるものと同じライブラリーである。
一部の実施形態では、方法は、追加的な対象由来の抗原提示細胞(APC)および/またはリンパ球を用いてステップa)からe)を繰り返して、集団に基づくまたは複合的な標的応答プロファイルを得るステップをさらに含む。
一部の実施形態では、標的応答プロファイルは、複数の腫瘍抗原に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む。
一部の実施形態では、APCは対象から単離されたヒトAPCである;および/または、細菌細胞は細胞溶解素ポリペプチドをさらに含む;および/または、細胞溶解素ポリペプチドはリステリオリジンO(LLO)である;および/または、APCをアレイで提供する;および/または、アレイの各位置にあるAPCを、各セットが異なる腫瘍抗原を含む細菌細胞のセットと接触させる;および/または、APCおよびリンパ球は、末梢血から単離されたものである;および/または、APCは不死化細胞を含む;および/または、リンパ球はがんもしくは腫瘍に由来するものである。
一部の実施形態では、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、もしくは転座をコードする全長ポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、もしくは転座をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在するウイルスもしくは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在するウイルスもしくは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む。
別の態様では、本開示は、対象をがん治療の候補として同定する方法を特徴とする。一部の実施形態では、方法は、a)複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、b)細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、APCが、細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、c)APCを、対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを得るまたは生成するステップと、f)対象応答プロファイルを標的応答プロファイルと比較して、対象をがん治療の開始、継続、改変、中止または不開始の候補対象として選択するステップとを含む。一部の実施形態では、対象応答プロファイルは、複数の腫瘍抗原に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む。
一部の実施形態では、方法は、g)細菌細胞またはビーズを標的対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、APCが、細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、h)APCを、標的対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、i)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、j)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、標的応答プロファイルを得るまたは生成するステップとを含む方法によって標的応答プロファイルを生成するステップをさらに含む。一部の実施形態では、標的応答プロファイルは、複数の腫瘍抗原に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む。
一部の実施形態では、標的応答プロファイルは、がんに対する少なくとも1つの有益な応答を示すまたは以前示した1または複数の標的対象に由来する。一部の実施形態では、有益な応答は、がん治療または治療の組合せに対する正の臨床応答を含む。一部の実施形態では、有益な応答は、がんに対する自然応答を含む。一部の実施形態では、有益な応答は、がんのクリアランス、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスに関連する1つまたは複数の臨床的尺度を含む。一部の実施形態では、有益な応答は、例えば所定の期間(例えば、少なくとも1週間、2週間、3週間、4週間、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、または少なくとも1カ月、2カ月、3カ月、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、12カ月、または少なくとも1年、2年、3年、4年、5年、6年、7年、8年、9年、10年、11年、12年)にわたって、がんの再燃、再発、および/または転移がないことを含む。一部の実施形態では、有益な応答は、正のがん予後を含む。一部の実施形態では、有益な応答は、がん治療または治療の組合せに対する1つまたは複数の毒性の応答および/または副作用(例えば、1つまたは複数の測定可能な毒性の応答または副作用)がないことを含む。
一部の実施形態では、標的応答プロファイルは、がんに対する1つまたは複数の有害な応答および/または有益でない応答を示すまたは以前示した1または複数の標的対象に由来する。一部の実施形態では、有害な応答および/または有益でない応答は、がん治療または治療の組合せに対する負の臨床応答および/または応答不全を含む。一部の実施形態では、有害な応答および/または有益でない応答は、がんのクリアランスの欠如、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスの欠如に関連する1つまたは複数の臨床的尺度を含む。一部の実施形態では、有害な応答および/または有益でない応答は、がんの再燃、再発、および/または転移の少なくとも1つを含む。一部の実施形態では、有害な応答および/または有益でない応答は、負のがん予後を含む。一部の実施形態では、有害な応答および/または有益でない応答は、がん治療または治療の組合せに対する1つまたは複数の毒性の応答および/または副作用(例えば、1つまたは複数の測定可能な毒性の応答および/または副作用)を含む。
一部の実施形態では、方法は、がん治療またはがん治療の組合せの開始の候補対象を選択するステップをさらに含む。一部の実施形態では、方法は、候補対象をがん治療またはがん治療の組合せの継続のために選択するステップをさらに含む。一部の実施形態では、方法は、(i)対象応答プロファイルが、がん治療もしくは組合せに対する1つもしくは複数の有益な応答を示すもしくは以前示した標的対象由来の標的応答プロファイルと類似している場合、および/または(ii)対象応答プロファイルが、がん治療もしくは組合せに対する1つもしくは複数の有害な応答を示すもしくは以前示した標的対象由来の標的応答プロファイルと類似していない場合、対象を候補対象として選択するステップを含む。一部の実施形態では、方法は、がん治療またはがん治療の組合せを候補対象に施行するステップをさらに含む。
一部の実施形態では、方法は、候補対象を、がん治療の改変のために選択するステップをさらに含む。一部の実施形態では、方法は、候補対象を、がん治療の中止または不開始のために選択するステップをさらに含む。一部の実施形態では、方法は、(i)対象応答プロファイルが、がん治療に対する1つもしくは複数の有害な応答を示すもしくは以前示した標的対象由来の標的応答プロファイルと類似している場合、および/または(ii)対象応答プロファイルが、がん治療に対する1つもしくは複数の有益な応答を示すもしくは以前示した標的対象由来の標的応答プロファイルと類似していない場合、対象をがん治療の改変、中止、および/または不開始の候補対象として選択するステップをさらに含む。一部の実施形態では、方法は、候補対象に施行するがん治療を改変するステップをさらに含む。一部の実施形態では、方法は、候補対象に対するがん治療を中止するまたは開始しないステップをさらに含む。
一部の実施形態では、APCは対象から単離されたヒトAPCである;および/または、細菌細胞は細胞溶解素ポリペプチドをさらに含む;および/または、細胞溶解素ポリペプチドはリステリオリジンO(LLO)である;および/または、APCをアレイで提供する;および/または、アレイの各位置にあるAPCを、各セットが異なる腫瘍抗原を含む細菌細胞のセットと接触させる;および/または、APCおよびリンパ球は、末梢血から単離されたものである;および/または、APCは不死化細胞を含む;および/または、リンパ球はがんもしくは腫瘍に由来するものである。
一部の実施形態では、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、もしくは転座をコードする全長ポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、もしくは転座をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在するウイルスもしくは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在するウイルスもしくは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む。
別の態様では、本開示は、腫瘍抗原を選択する方法を特徴とする。一部の実施形態では、方法は、a)複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、b)細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、APCが、細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、c)APCを、対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害、および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを得るまたは生成するステップと、f)対象応答プロファイルを標的応答プロファイルと比較するステップと、g)比較に基づいて1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップとを含む。一部の実施形態では、対象応答プロファイルは、複数の腫瘍抗原に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む。
一部の実施形態では、方法は、h)細菌細胞またはビーズを標的対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、APCが、細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、i)APCを、標的対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、j)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、k)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、標的応答プロファイルを得るまたは生成するステップとを含む方法によって標的応答プロファイルを生成するステップをさらに含む。一部の実施形態では、標的応答プロファイルは、複数の腫瘍抗原に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む。
一部の実施形態では、標的応答プロファイルは、がんに対する1つまたは複数の有益な応答を示すまたは以前示した1または複数の標的対象に由来する。一部の実施形態では、有益な応答は、がん治療または治療の組合せに対する正の臨床応答を含む。一部の実施形態では、有益な応答は、がんに対する自然応答を含む。一部の実施形態では、有益な応答は、がんのクリアランス、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスに関連する1つまたは複数の臨床的尺度を含む。一部の実施形態では、有益な応答は、例えば、所定の期間(例えば、少なくとも1週間、2週間、3週間、4週間、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、または少なくとも1カ月、2カ月、3カ月、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、12カ月、または少なくとも1年、2年、3年、4年、5年、6年、7年、8年、9年、10年、11年、12年)にわたる、がんの再燃、再発、および/または転移を含む。一部の実施形態では、有益な応答は、正のがん予後を含む。一部の実施形態では、有益な応答は、がん治療または治療の組合せに対する1つまたは複数の毒性の応答および/または副作用(例えば、1つまたは複数の測定可能な毒性の応答および/または副作用)がないことを含む。
一部の実施形態では、標的応答プロファイルは、がんに対する1つまたは複数の有害な応答または有益でない応答を示すまたは以前示した1または複数の標的対象に由来する。一部の実施形態では、有害な応答および/または有益でない応答は、がん治療または治療の組合せに対する負の臨床応答および/または応答不全を含む。一部の実施形態では、有害な応答および/または有益でない応答は、がんのクリアランスの欠如、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスの欠如に関連する1つまたは複数の臨床的尺度を含む。一部の実施形態では、有害な応答および/または有益でない応答は、がんの再燃、再発、および/または転移の少なくとも1つを含む。一部の実施形態では、有害な応答および/または有益でない応答は、負のがん予後を含む。一部の実施形態では、有害な応答および/または有益でない応答は、がん治療または治療の組合せに対する1つまたは複数の毒性の応答および/または副作用(例えば、1つまたは複数の測定可能な毒性の応答および/または副作用)を含む。
一部の実施形態では、方法は、(i)がんに対する有益な応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の腫瘍抗原、および/または(ii)がんに対する有害な応答または有益でない応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップをさらに含む。一部の実施形態では、方法は、対象に、選択された抗原またはその免疫原性断片の1つまたは複数を含む免疫原性組成物を投与するステップをさらに含む。一部の実施形態では、方法は、対象に、がん治療または治療の組合せを施行するステップをさらに含む。
一部の実施形態では、方法は、(i)がんに対する有害な応答または有益でない応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の腫瘍抗原、および/または(ii)がんに対する有益な応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップをさらに含む。一部の実施形態では、方法は、対象に、選択された抗原またはその免疫原性断片の1つまたは複数を含まない免疫原性組成物を投与するステップをさらに含む。一部の実施形態では、方法は、対象に、がん治療または治療の組合せを施行するステップをさらに含む。
一部の実施形態では、APCは対象から単離されたヒトAPCである;および/または、細菌細胞は細胞溶解素ポリペプチドをさらに含む;および/または、細胞溶解素ポリペプチドはリステリオリジンO(LLO)である;および/または、APCをアレイで提供する;および/または、アレイの各位置にあるAPCを、各セットが異なる腫瘍抗原を含む細菌細胞のセットと接触させる;および/または、APCおよびリンパ球は、末梢血から単離されたものである;および/または、APCは不死化細胞を含む;および/または、リンパ球はがんもしくは腫瘍に由来するものである。
一部の実施形態では、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、もしくは転座をコードする全長ポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、もしくは転座をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在するウイルスもしくは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在するウイルスもしくは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む。
別の態様では、本開示は、対象における免疫応答を誘導する方法を特徴とする。一部の実施形態では、方法は、a)複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、b)細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、APCが、細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、c)APCを、対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇またはレベルの低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを得るまたは生成するステップと、f)対象応答プロファイルを標的応答プロファイルと比較するステップと、g)比較に基づいて1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップと、h)対象に、選択された抗原またはその免疫原性断片の1つまたは複数を含む免疫原性組成物を投与するステップとを含む。一部の実施形態では、対象応答プロファイルは、複数の腫瘍抗原に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む。
一部の実施形態では、方法は、i)細菌細胞またはビーズを標的対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、APCが、細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、j)APCを、標的対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、k)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、l)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、標的応答プロファイルを得るまたは生成するステップとを含む方法によって標的応答プロファイルを生成するステップをさらに含む。一部の実施形態では、標的応答プロファイルは、複数の腫瘍抗原に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む。
一部の実施形態では、標的応答プロファイルは、がんに対する少なくとも1つの有益な応答を示すまたは以前示した1または複数の標的対象に由来する。一部の実施形態では、有益な応答は、がん治療または治療の組合せに対する正の臨床応答を含む。一部の実施形態では、有益な応答は、がんに対する自然応答を含む。一部の実施形態では、有益な応答は、がんのクリアランス、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスに関連する1つまたは複数の臨床的尺度を含む。一部の実施形態では、有益な応答は、例えば所定の期間(例えば、少なくとも1週間、2週間、3週間、4週間、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、または少なくとも1カ月、2カ月、3カ月、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、12カ月、または少なくとも1年、2年、3年、4年、5年、6年、7年、8年、9年、10年、11年、12年)にわたって、がんの再燃、再発、および/または転移がないことを含む。一部の実施形態では、有益な応答は、正のがん予後を含む。一部の実施形態では、有益な応答は、がん治療または治療の組合せに対する1つまたは複数の毒性の応答および/または副作用(例えば、1つまたは複数の測定可能な毒性の応答または副作用)がないことを含む。
一部の実施形態では、方法は、(i)がんに対する1つまたは複数の有益な応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の腫瘍抗原、および/または(i)がんに対する1つもしくは複数の有害な応答または有益でない応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の腫瘍抗原を選択し、対象に投与するステップをさらに含む。
一部の実施形態では、方法は、対象に、がん治療または治療の組合せを施行するステップをさらに含む。
一部の実施形態では、APCは対象から単離されたヒトAPCである;および/または、細菌細胞は細胞溶解素ポリペプチドをさらに含む;および/または、細胞溶解素ポリペプチドはリステリオリジンO(LLO)である;および/または、APCをアレイで提供する;および/または、アレイの各位置にあるAPCを、各セットが異なる腫瘍抗原を含む細菌細胞のセットと接触させる;および/または、APCおよびリンパ球は、末梢血から単離されたものである;および/または、APCは不死化細胞を含む;および/または、リンパ球はがんもしくは腫瘍に由来するものである。
一部の実施形態では、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、もしくは転座をコードする全長ポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、もしくは転座をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在するウイルスもしくは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在するウイルスもしくは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む。
別の態様では、本開示は、対象における免疫応答を誘導する方法を特徴とする。一部の実施形態では、方法は、a)複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、b)細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、APCが、細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、c)APCを、対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを得るまたは生成するステップと、f)対象応答プロファイルを標的応答プロファイルと比較するステップと、g)比較に基づいて1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップと、h)対象に、選択された抗原またはその免疫原性断片の1つまたは複数を含まない免疫原性組成物を投与するステップとを含む。一部の実施形態では、対象応答プロファイルは、複数の腫瘍抗原に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む。
一部の実施形態では、方法は、i)細菌細胞またはビーズを標的対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、APCが、細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、j)APCを、標的対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、k)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、l)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、標的応答プロファイルを得るまたは生成するステップとを含む方法によって標的応答プロファイルを生成するステップをさらに含む。一部の実施形態では、標的応答プロファイルは、複数の腫瘍抗原に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む。
一部の実施形態では、標的応答プロファイルは、がんに対する1つまたは複数の有害な応答および/または有益でない応答を示すまたは以前示した1または複数の標的対象に由来する。一部の実施形態では、有害な応答および/または有益でない応答は、がん治療または治療の組合せに対する負の臨床応答および/または応答不全を含む。一部の実施形態では、有害な応答および/または有益でない応答は、がんのクリアランスの欠如、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスの欠如に関連する1つまたは複数の臨床的尺度を含む。一部の実施形態では、有害な応答および/または有益でない応答は、がんの再燃、再発、および/または転移の少なくとも1つを含む。一部の実施形態では、有害な応答および/または有益でない応答は、負のがん予後を含む。一部の実施形態では、有害な応答および/または有益でない応答は、がん治療または治療の組合せに対する1つまたは複数の毒性の応答および/または副作用(例えば、1つまたは複数の測定可能な毒性の応答および/または副作用)を含む。
一部の実施形態では、方法は、がんに対する有害な応答または有益でない応答に関連する免疫メディエーターの発現または分泌を上昇させる1つまたは複数の腫瘍抗原、および/または、がんに対する有益な応答に関連する免疫メディエーターの発現または分泌を阻害および/または抑制する1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップをさらに含む。
一部の実施形態では、方法は、対象に、がん治療または治療の組合せを施行するステップをさらに含む。
一部の実施形態では、APCは対象から単離されたヒトAPCである;および/または、細菌細胞は細胞溶解素ポリペプチドをさらに含む;および/または、細胞溶解素ポリペプチドはリステリオリジンO(LLO)である;および/または、APCをアレイで提供する;および/または、アレイの各位置にあるAPCを、各セットが異なる腫瘍抗原を含む細菌細胞のセットと接触させる;および/または、APCおよびリンパ球は、末梢血から単離されたものである;および/または、APCは不死化細胞を含む;および/または、リンパ球はがんもしくは腫瘍に由来するものである。
一部の実施形態では、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、もしくは転座をコードする全長ポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、もしくは転座をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在するウイルスもしくは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在するウイルスもしくは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む。
別の態様では、本開示は、腫瘍抗原を選択する方法を特徴とする。一部の実施形態では、方法は、a)複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、b)細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、APCが、細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、c)APCを、対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるかどうかを、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを得るステップと、f)同定された腫瘍抗原の中から、がんに対する少なくとも1つの有益な応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の抗原を選択し、および/または、がんに対する少なくとも1つの有害な応答および/または有益でない応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップとを含む。
一部の実施形態では、方法は、対象応答プロファイルを標的応答プロファイル、例えば、本明細書に記載の方法を使用して生成された標的応答プロファイルと比較するステップと、比較に基づいて1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップとをさらに含む。
一部の実施形態では、標的応答プロファイルは、がんに対する少なくとも1つの有益な応答を示すまたは以前示した1または複数の標的対象に由来する。一部の実施形態では、有益な応答は、がん治療または治療の組合せに対する正の臨床応答を含む。一部の実施形態では、有益な応答は、がんに対する自然応答を含む。一部の実施形態では、有益な応答は、がんのクリアランス、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスに関連する1つまたは複数の臨床的尺度を含む。一部の実施形態では、有益な応答は、例えば所定の期間(例えば、少なくとも1週間、2週間、3週間、4週間、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、または少なくとも1カ月、2カ月、3カ月、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、12カ月、または少なくとも1年、2年、3年、4年、5年、6年、7年、8年、9年、10年、11年、12年)にわたって、がんの再燃、再発、および/または転移がないことを含む。一部の実施形態では、有益な応答は、正のがん予後を含む。一部の実施形態では、有益な応答は、がん治療または治療の組合せに対する1つまたは複数の毒性の応答および/または副作用(例えば、1つまたは複数の測定可能な毒性の応答または副作用)がないことを含む。
一部の実施形態では、方法は、対象に、選択された抗原またはその免疫原性断片の1つまたは複数を含む免疫原性組成物を投与するステップをさらに含む。
一部の実施形態では、方法は、対象に、がん治療または治療の組合せを施行するステップをさらに含む。
一部の実施形態では、APCは対象から単離されたヒトAPCである;および/または、細菌細胞は細胞溶解素ポリペプチドをさらに含む;および/または、細胞溶解素ポリペプチドはリステリオリジンO(LLO)である;および/または、APCをアレイで提供する;および/または、アレイの各位置にあるAPCを、各セットが異なる腫瘍抗原を含む細菌細胞のセットと接触させる;および/または、APCおよびリンパ球は、末梢血から単離されたものである;および/または、APCは不死化細胞を含む;および/または、リンパ球はがんもしくは腫瘍に由来するものである。
一部の実施形態では、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、もしくは転座をコードする全長ポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、もしくは転座をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在するウイルスもしくは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在するウイルスもしくは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む。
別の態様では、本開示は、腫瘍抗原を選択する方法を特徴とする。一部の実施形態では、方法は、a)複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、b)細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、APCが、細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、c)APCを、対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるかどうかを、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを得るステップと、f)同定された腫瘍抗原の中から、(i)がんに対する少なくとも1つの有害な応答および/または有益でない応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の抗原、ならびに/または(ii)がんに対する少なくとも1つの有益な応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップとを含む。
一部の実施形態では、方法は、対象応答プロファイルを標的応答プロファイル、例えば、本明細書に記載の方法を使用して生成された標的応答プロファイルと比較するステップと、比較に基づいて1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップとをさらに含む。
一部の実施形態では、標的応答プロファイルは、がんに対する1つまたは複数の有害な応答および/または有益でない応答を示すまたは以前示した1または複数の標的対象に由来する。一部の実施形態では、有害な応答および/または有益でない応答は、がん治療または治療の組合せに対する負の臨床応答および/または応答不全を含む。一部の実施形態では、有害な応答および/または有益でない応答は、がんのクリアランスの欠如、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスの欠如に関連する1つまたは複数の臨床的尺度を含む。一部の実施形態では、有害な応答および/または有益でない応答は、がんの再燃、再発、および/または転移の少なくとも1つを含む。一部の実施形態では、有害な応答および/または有益でない応答は、負のがん予後を含む。一部の実施形態では、有害な応答および/または有益でない応答は、がん治療または治療の組合せに対する1つまたは複数の毒性の応答および/または副作用(例えば、1つまたは複数の測定可能な毒性の応答および/または副作用)を含む。
一部の実施形態では、方法は、対象に、選択された抗原またはその免疫原性断片の1つまたは複数を含まない免疫原性組成物を投与するステップをさらに含む。
一部の実施形態では、方法は、対象に、がん治療または治療の組合せを施行するステップをさらに含む。
一部の実施形態では、APCは対象から単離されたヒトAPCである;および/または、細菌細胞は細胞溶解素ポリペプチドをさらに含む;および/または、細胞溶解素ポリペプチドはリステリオリジンO(LLO)である;および/または、APCをアレイで提供する;および/または、アレイの各位置にあるAPCを、各セットが異なる腫瘍抗原を含む細菌細胞のセットと接触させる;および/または、APCおよびリンパ球は、末梢血から単離されたものである;および/または、APCは不死化細胞を含む;および/または、リンパ球はがんもしくは腫瘍に由来するものである。
一部の実施形態では、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、もしくは転座をコードする全長ポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、もしくは転座をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在するウイルスもしくは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在するウイルスもしくは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む。
別の態様では、本開示は、対象における免疫応答を誘導する方法を特徴とする。一部の実施形態では、方法は、a)複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、b)細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、APCが、細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、c)APCを、対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを得るステップと、f)同定された腫瘍抗原の中から、(i)がんに対する少なくとも1つの有益な応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の抗原、ならびに/または(ii)がんに対する少なくとも1つの有害な応答または有益でない応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップと、g)対象に、選択された抗原またはその免疫原性断片の1つまたは複数を含む免疫原性組成物を投与するステップとを含む。
一部の実施形態では、方法は、免疫原性組成物を投与するステップの前に、対象応答プロファイルを標的応答プロファイル、例えば、本明細書に記載の方法を使用して生成された標的応答プロファイルと比較するステップと、比較に基づいて1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップとをさらに含む。
一部の実施形態では、標的応答プロファイルは、がんに対する少なくとも1つの有益な応答を示すまたは以前示した1または複数の標的対象に由来する。一部の実施形態では、有益な応答は、がん治療または治療の組合せに対する正の臨床応答を含む。一部の実施形態では、有益な応答は、がんに対する自然応答を含む。一部の実施形態では、有益な応答は、がんのクリアランス、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスに関連する1つまたは複数の臨床的尺度を含む。一部の実施形態では、有益な応答は、例えば所定の期間(例えば、少なくとも1週間、2週間、3週間、4週間、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、または少なくとも1カ月、2カ月、3カ月、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、12カ月、または少なくとも1年、2年、3年、4年、5年、6年、7年、8年、9年、10年、11年、12年)にわたって、がんの再燃、再発、および/または転移がないことを含む。一部の実施形態では、有益な応答は、正のがん予後を含む。一部の実施形態では、有益な応答は、がん治療または治療の組合せに対する1つまたは複数の毒性の応答および/または副作用(例えば、1つまたは複数の測定可能な毒性の応答または副作用)がないことを含む。
一部の実施形態では、方法は、対象に、がん治療または治療の組合せを施行するステップをさらに含む。
一部の実施形態では、APCは対象から単離されたヒトAPCである;および/または、細菌細胞は細胞溶解素ポリペプチドをさらに含む;および/または、細胞溶解素ポリペプチドはリステリオリジンO(LLO)である;および/または、APCをアレイで提供する;および/または、アレイの各位置にあるAPCを、各セットが異なる腫瘍抗原を含む細菌細胞のセットと接触させる;および/または、APCおよびリンパ球は、末梢血から単離されたものである;および/または、APCは不死化細胞を含む;および/または、リンパ球はがんもしくは腫瘍に由来するものである。
一部の実施形態では、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、もしくは転座をコードする全長ポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、もしくは転座をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在するウイルスもしくは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在するウイルスもしくは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む。
別の態様では、本開示は、対象における免疫応答を誘導する方法を特徴とする。一部の実施形態では、方法は、a)複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、b)細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、APCが、細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、c)APCを、対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを得るステップと、f)対象応答プロファイルを標的応答プロファイル、例えば、本明細書に記載の方法を使用して生成された標的応答プロファイルと比較するステップと、g)同定された腫瘍抗原の中から、(i)がんに対する少なくとも1つの有害な応答および/または有益でない応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の抗原、ならびに/または(ii)がんに対する少なくとも1つの有益な応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップと、h)対象に、選択された抗原またはその免疫原性断片の1つまたは複数を含まない免疫原性組成物を投与するステップとを含む。
一部の実施形態では、方法は、対象応答プロファイルを標的応答プロファイル、例えば、本明細書に記載の方法を使用して生成された標的応答プロファイルと比較するステップと、比較に基づいて1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップとをさらに含む。
一部の実施形態では、標的応答プロファイルは、がんに対する1つまたは複数の有害な応答および/または有益でない応答を示すまたは以前示した1または複数の標的対象に由来する。一部の実施形態では、有害な応答および/または有益でない応答は、がん治療または治療の組合せに対する負の臨床応答および/または応答不全を含む。一部の実施形態では、有害な応答および/または有益でない応答は、がんのクリアランスの欠如、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスの欠如に関連する1つまたは複数の臨床的尺度を含む。一部の実施形態では、有害な応答および/または有益でない応答は、がんの再燃、再発、および/または転移の少なくとも1つを含む。一部の実施形態では、有害な応答および/または有益でない応答は、負のがん予後を含む。一部の実施形態では、有害な応答および/または有益でない応答は、がん治療または治療の組合せに対する1つまたは複数の毒性の応答および/または副作用(例えば、1つまたは複数の測定可能な毒性の応答および/または副作用)を含む。
一部の実施形態では、方法は、対象に、がん治療または治療の組合せを施行するステップをさらに含む。
一部の実施形態では、APCは対象から単離されたヒトAPCである;および/または、細菌細胞は細胞溶解素ポリペプチドをさらに含む;および/または、細胞溶解素ポリペプチドはリステリオリジンO(LLO)である;および/または、APCをアレイで提供する;および/または、アレイの各位置にあるAPCを、各セットが異なる腫瘍抗原を含む細菌細胞のセットと接触させる;および/または、APCおよびリンパ球は、末梢血から単離されたものである;および/または、APCは不死化細胞を含む;および/または、リンパ球はがんもしくは腫瘍に由来するものである。
一部の実施形態では、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、もしくは転座をコードする全長ポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、もしくは転座をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在するウイルスもしくは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在するウイルスもしくは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む。
別の態様では、本開示は、腫瘍抗原を同定する方法を特徴とする。一部の実施形態では、方法は、a)細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、対象のがんまたは腫瘍細胞において発現される1つまたは複数の突然変異、スプライスバリアント、または転座を含む異なる異種ポリペプチドを含む、ステップと、b)細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、APCが、細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、c)APCを、対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示されるポリペプチドによるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドによって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドに対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数のポリペプチドを同定するステップであって、刺激、阻害および/または抑制により、ポリペプチドが腫瘍抗原であることが示される、ステップとを含む。
別の態様では、本開示は、腫瘍抗原を選択する方法を特徴とする。一部の実施形態では、方法は、a)細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを提供するステップであって、ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、対象のがんまたは腫瘍細胞において発現される1つまたは複数の突然変異、スプライスバリアント、または転座を含む異なる異種ポリペプチドを含む、ステップと、b)細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、APCが、細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、c)APCを、対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示されるポリペプチドによるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドによって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドに対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数のポリペプチドを同定するステップであって、刺激、阻害および/または抑制により、ポリペプチドが腫瘍抗原であることが示される、ステップと、f)同定された腫瘍抗原の中から、(i)がんに対する少なくとも1つの有益な応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の腫瘍抗原、および/または(ii)がんに対する少なくとも1つの有害な応答および/または有益でない応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップとを含む。
一部の実施形態では、方法は、同定されたポリペプチドの中から、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数のポリペプチドを選択するステップをさらに含む。
一部の実施形態では、APCは対象から単離されたヒトAPCである;および/または、細菌細胞は細胞溶解素ポリペプチドをさらに含む;および/または、細胞溶解素ポリペプチドはリステリオリジンO(LLO)である;および/または、APCをアレイで提供する;および/または、アレイの各位置にあるAPCを、各セットが異なる腫瘍抗原を含む細菌細胞のセットと接触させる;および/または、APCおよびリンパ球は、末梢血から単離されたものである;および/または、APCは不死化細胞を含む;および/または、リンパ球はがんもしくは腫瘍に由来するものである。
一部の実施形態では、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、もしくは転座をコードする全長ポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、もしくは転座をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在するウイルスもしくは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在するウイルスもしくは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む。
別の態様では、本開示は、潜在的な腫瘍抗原を選択する方法を特徴とする。一部の実施形態では、方法は、a)細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、対象のがんまたは腫瘍細胞において発現される1つまたは複数の突然変異、スプライスバリアント、または転座を含む異種ポリペプチドを含む、ステップと、b)細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、APCが、細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、c)APCを、対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示されるポリペプチドによるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドによって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドに対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数のポリペプチドを同定し、刺激、阻害および/または抑制する1つまたは複数のポリペプチドを腫瘍抗原として同定するステップと、f)同定されたポリペプチドの中から、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数のポリペプチドを選択するステップとを含む。
一部の実施形態では、方法は、APCへの曝露の1つまたは複数の前のラウンドを受けた対象由来のリンパ球を用いて、ステップb)からe)まで、またはステップc)からe)を繰り返すステップをさらに含む。
一部の実施形態では、方法は、同定された腫瘍抗原の中から、(i)がんに対する少なくとも1つの有益な応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の腫瘍抗原、および/または(ii)がんに対する少なくとも1つの有害な応答および/または有益でない応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップをさらに含む。
一部の実施形態では、方法は、対象に、選択された腫瘍抗原または選択されたポリペプチドまたはその免疫原性断片の1つまたは複数を含む免疫原性組成物を投与するステップをさらに含む。一部の実施形態では、方法は、対象に、選択された腫瘍抗原および選択されたポリペプチドまたはその免疫原性断片の1つまたは複数の組合せを含む免疫原性組成物を投与するステップをさらに含む。一部の実施形態では、方法は、対象に、がん治療または治療の組合せを施行するステップをさらに含む。
一部の実施形態では、APCは対象から単離されたヒトAPCである;および/または、細菌細胞は細胞溶解素ポリペプチドをさらに含む;および/または、細胞溶解素ポリペプチドはリステリオリジンO(LLO)である;および/または、APCをアレイで提供する;および/または、アレイの各位置にあるAPCを、各セットが異なる腫瘍抗原を含む細菌細胞のセットと接触させる;および/または、APCおよびリンパ球は、末梢血から単離されたものである;および/または、APCは不死化細胞を含む;および/または、リンパ球はがんもしくは腫瘍に由来するものである。
一部の実施形態では、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、もしくは転座をコードする全長ポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、もしくは転座をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在するウイルスもしくは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在するウイルスもしくは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む。
別の態様では、本開示は、腫瘍抗原を選択する方法を特徴とする。一部の実施形態では、方法は、a)細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、対象のがんまたは腫瘍細胞において発現される1つまたは複数の突然変異、スプライスバリアント、または転座を含む異なる異種ポリペプチドを含む、ステップと、b)細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、APCが、細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、c)APCを、対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示されるポリペプチドによるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドによって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドに対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数のポリペプチドを同定し、刺激、阻害および/または抑制する1つまたは複数のポリペプチドを腫瘍抗原として同定するステップと、f)同定された腫瘍抗原の中から、(i)がんに対する少なくとも1つの有害な応答および/または有益でない応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の腫瘍抗原、および/または(ii)がんに対する少なくとも1つの有益な応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップとを含む。
一部の実施形態では、方法は、対象に、選択された腫瘍抗原またはその免疫原性断片の1つまたは複数を含まない免疫原性組成物を投与するステップをさらに含む。一部の実施形態では、方法は、対象に、がん治療または治療の組合せを施行するステップをさらに含む。
一部の実施形態では、APCは対象から単離されたヒトAPCである;および/または、細菌細胞は細胞溶解素ポリペプチドをさらに含む;および/または、細胞溶解素ポリペプチドはリステリオリジンO(LLO)である;および/または、APCをアレイで提供する;および/または、アレイの各位置にあるAPCを、各セットが異なる腫瘍抗原を含む細菌細胞のセットと接触させる;および/または、APCおよびリンパ球は、末梢血から単離されたものである;および/または、APCは不死化細胞を含む;および/または、リンパ球はがんもしくは腫瘍に由来するものである。
一部の実施形態では、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、もしくは転座をコードする全長ポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、もしくは転座をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在するウイルスもしくは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在するウイルスもしくは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドを含む;および/または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む。
別の態様では、本開示は、対象における免疫応答を誘導する方法を特徴とする。一部の実施形態では、方法は、a)細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、対象のがんまたは腫瘍細胞において発現される1つまたは複数の突然変異、スプライスバリアント、または転座を含む異なる異種ポリペプチドを含む、ステップと、b)細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、APCが、細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、c)APCを、対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示されるポリペプチドによるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドによって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドに対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数のポリペプチドを同定し、刺激、阻害および/または抑制するポリペプチドを腫瘍抗原として同定するステップと、f)同定された腫瘍抗原の中から、(i)がんに対する少なくとも1つの有益な応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の腫瘍抗原、および/または(ii)がんに対する少なくとも1つの有害な応答および/または有益でない応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップと、g)対象に、選択された抗原またはその免疫原性断片の1つまたは複数を含む免疫原性組成物を投与するステップとを含む。
別の態様では、本開示は、対象における免疫応答を誘導する方法を特徴とする。一部の実施形態では、方法は、a)細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、対象のがんまたは腫瘍細胞において発現される1つまたは複数の突然変異、スプライスバリアント、または転座を含む異なる異種ポリペプチドを含む、ステップと、b)細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、APCが、細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、c)APCを、対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示されるポリペプチドによるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドによって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドに対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数のポリペプチドを同定するステップであって、刺激、阻害および/または抑制により、ポリペプチドが腫瘍抗原であることが示される、ステップと、f)同定されたポリペプチドの中から、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数のポリペプチドを選択するステップと、g)対象に、選択されたポリペプチドまたはその免疫原性断片の1つまたは複数を含む免疫原性組成物を投与するステップとを含む。
別の態様では、本開示は、対象における免疫応答を誘導する方法を特徴とする。一部の実施形態では、方法は、a)細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、対象のがんまたは腫瘍細胞において発現される1つまたは複数の突然変異、スプライスバリアント、または転座を含む異なる異種ポリペプチドを含む、ステップと、b)細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、APCが、細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、c)APCを、対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示されるポリペプチドによるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドによって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドに対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数のポリペプチドを同定するステップであって、刺激、阻害および/または抑制により、ポリペプチドが腫瘍抗原であることが示される、ステップと、f)同定された腫瘍抗原およびポリペプチドから、(i)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数のポリペプチド、(ii)がんに対する少なくとも1つの有益な応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の腫瘍抗原、および/または(iii)がんに対する少なくとも1つの有害な応答および/または有益でない応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップと、g)対象に、選択された腫瘍抗原およびポリペプチドまたはその免疫原性断片の1つまたは複数を含む免疫原性組成物を投与するステップとを含む。
一部の実施形態では、方法は、対象に、がん治療または治療の組合せを施行するステップをさらに含む。
別の態様では、本開示は、対象における免疫応答を誘導する方法を特徴とする。一部の実施形態では、方法は、a)細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、対象のがんまたは腫瘍細胞において発現される1つまたは複数の突然変異、スプライスバリアント、または転座を含む異なる異種ポリペプチドを含む、ステップと、b)細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、APCが、細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、c)APCを、対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示されるポリペプチドによるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドによって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドに対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数のポリペプチドを同定し、刺激、阻害および/または抑制するポリペプチドを腫瘍抗原として同定するステップと、f)同定された腫瘍抗原の中から、(i)がんに対する少なくとも1つの有害な応答および/または有益でない応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の腫瘍抗原、および/または(ii)がんに対する少なくとも1つの有益な応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップと、g)対象に、選択された抗原またはその免疫原性断片の1つまたは複数を含まない免疫原性組成物を投与するステップとを含む。
一部の実施形態では、方法は、対象に、がん治療または治療の組合せを施行するステップをさらに含む。
本明細書に記載の態様のいずれかでは、複数の腫瘍抗原は、少なくとも1種、3種、5種、10種、15種、20種、25種、30種、50種、100種、150種、250種、500種、750種、1000種もしくはそれよりも多くの異なる腫瘍抗原、またはその一部分を含む;および/または、1つまたは複数のリンパ球は、1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または1つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを決定するステップは、1つまたは複数の免疫メディエーターのレベルを測定することを含む;および/または、1つまたは複数の免疫メディエーターが、リンパ球によって発現されるサイトカイン、可溶性メディエーター、および細胞表面マーカーからなる群から選択される;および/または、1つまたは複数の免疫メディエーターは、サイトカインである;および/または、1つまたは複数のサイトカインは、TRAIL、IFN-ガンマ、IL-12p70、IL-2、TNF-アルファ、MIP1-アルファ、MIP1-ベータ、CXCL9、CXCL10、MCP1、RANTES、IL-1ベータ、IL-4、IL-6、IL-8、IL-9、IL-10、IL-13、IL-15、CXCL11、IL-3、IL-5、IL-17、IL-18、IL-21、IL-22、IL-23A、IL-24、IL-27、IL-31、IL-32、TGF-ベータ、CSF、GM-CSF、TRANCE(RANK Lとしても公知)、MIP3-アルファ、およびフラクタルカインからなる群から選択される;および/または、1つまたは複数の免疫メディエーターは、可溶性メディエーターである;および/または、1つまたは複数の可溶性メディエーターは、グランザイムA、グランザイムB、sFas、sFasL、パーフォリン、およびグラニュライシンからなる群から選択される;および/または、1つまたは複数の免疫メディエーターは、細胞表面マーカーである;および/または、1つまたは複数の細胞表面マーカーは、CD107a、CD107b、CD25、CD69、CD45RA、CD45RO、CD137(4-1BB)、CD44、CD62L、CD27、CCR7、CD154(CD40L)、KLRG-1、CD71、HLA-DR、CD122(IL-2RB)、CD28、IL7Ra(CD127)、CD38、CD26、CD134(OX-40)、CTLA-4(CD152)、LAG-3、TIM-3(CD366)、CD39、PD1(CD279)、FoxP3、TIGIT、CD160、BTLA、2B4(CD244)、およびKLRG1からなる群から選択される;および/または、リンパ球は、CD4+T細胞を含む;および/または、リンパ球は、CD8+T細胞を含む;および/または、リンパ球は、NKT細胞、ガンマ-デルタT細胞、またはNK細胞を含む;および/または、リンパ球は、CD4+T細胞、CD8+T細胞、NKT細胞、ガンマ-デルタT細胞、およびNK細胞の任意の組合せを含む;および/または、リンパ球活性化は、対照レベルよりも少なくとも20%、40%、60%、80%、100%、120%、140%、160%、180%、または200%高いまたは低い、1つまたは複数の発現または分泌された免疫メディエーターのレベルを評価することにより決定される;および/または、リンパ球活性化は、対照レベルの平均よりも少なくとも1、2、または3標準偏差高いまたは低い、1つまたは複数の発現または分泌された免疫メディエーターのレベルを評価することにより決定される;および/または、リンパ球活性化は、対照に対する応答レベル中央値よりも少なくとも1、2、3、4または5中央絶対偏差(MAD)高いまたは低い、1つまたは複数の発現または分泌された免疫メディエーターのレベルを評価することにより決定される;および/または、リンパ球非応答性は、対照レベルの5%、10%、15%、または20%以内である、1つまたは複数の発現または分泌された免疫メディエーターのレベルを評価することにより決定される;および/または、リンパ球非応答性は、対照レベルの平均よりも1標準偏差未満または2標準偏差未満高いまたは低い、1つまたは複数の発現または分泌された免疫メディエーターのレベルを評価することにより決定される;および/または、リンパ球非応答性は、対照に対する応答レベル中央値よりも1中央絶対偏差(MAD)未満または2中央絶対偏差(MAD)未満高いまたは低い、1つまたは複数の発現または分泌された免疫メディエーターのレベルを評価することにより決定される;および/または、対象応答プロファイルは、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の異なる腫瘍抗原を含む;および/または、対象応答プロファイルは、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の異なる腫瘍抗原を含む;および/または、対象応答プロファイルは、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の異なる腫瘍抗原を含む;および/または、対象応答プロファイルは、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の異なる腫瘍抗原の組合せを含む;および/または、標的応答プロファイルは、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の異なる腫瘍抗原を含む;および/または、標的応答プロファイルは、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の異なる腫瘍抗原を含む;および/または、標的応答プロファイルは、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の異なる腫瘍抗原を含む;および/または、標的応答プロファイルは、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の異なる腫瘍抗原の組合せを含む;および/または、標的応答プロファイルは、がん治療に臨床的に応答する対象の集団由来の、またはがん治療に臨床的に応答することができない対象由来の、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる異なる腫瘍抗原の平均数を含む;および/または、標的応答プロファイルは、がん治療に臨床的に応答する対象の集団由来の、またはがん治療に臨床的に応答することができない対象由来の1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する異なる腫瘍抗原の平均数を含む;および/または、標的応答プロファイルは、がん治療に臨床的に応答する対象の集団由来の、またはがん治療に臨床的に応答することができない対象由来の、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である異なる腫瘍抗原の平均数を含む;および/または、標的応答プロファイルは、がん治療に臨床的に応答する対象の集団由来の、またはがん治療に臨床的に応答することができない対象の集団由来の、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である異なる腫瘍抗原の組合せを含む;および/または、対象応答プロファイルの腫瘍抗原の数が、標的応答プロファイルの抗原の数と1以下、2以下、3以下、4以下、5以下、または10以下異なる場合、対象応答プロファイルは標的応答プロファイルと類似している;および/または、対象応答プロファイルは、活性化リンパ球および/または非応答性リンパ球によって発現および/または分泌される複数のサイトカインのそれぞれに対する異なる腫瘍抗原の数を含む;および/または、標的応答プロファイルは、対応する複数のサイトカインのそれぞれに対する抗原の数を含む;および/または、標的応答プロファイルは、がん治療に臨床的に応答する対象の集団由来の活性化リンパ球および/または非応答性リンパ球によって発現および/または分泌される、対応する複数のサイトカインのそれぞれに対する抗原の平均数を含む;および/または、標的応答プロファイルは、がん治療に臨床的に応答することができない対象の集団由来の活性化リンパ球および/または非応答性リンパ球によって発現および/または分泌される、対応する複数のサイトカインのそれぞれに対する抗原の平均数を含む;および/または、標的応答プロファイルは、がん治療に臨床的に応答する対象の集団由来の、またはがん治療に臨床的に応答することができない対象の集団由来の活性化リンパ球および/または非応答性リンパ球によって発現および/または分泌される、対応する複数のサイトカインのそれぞれに対する抗原の組合せを含む;および/または、対象応答プロファイルの複数のサイトカインのうちの少なくとも2つに対する腫瘍抗原の数が、標的応答プロファイルの対応する複数のサイトカインに対する抗原の数と1以下、2以下、3以下、4以下、5以下、または10以下異なる場合、対象応答プロファイルが標的応答プロファイルと類似している;および/または、対象は、がん治療に対する臨床的応答性の尺度または指標の少なくとも1つを示す;および/または、対象は、がん治療に対する臨床的応答不全の尺度または指標の少なくとも1つを示す;および/または、がん治療は、免疫チェックポイント遮断治療を含む;および/または、免疫チェックポイント遮断治療は、ペムブロリズマブ、ニボルマブ、イピリムマブ、アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、トレメリムマブ、またはセミプリマブの投与を含む;および/または、免疫チェックポイント遮断治療は、2つまたはそれよりも多くの免疫チェックポイント阻害剤の投与を含む;および/または、がん治療は、免疫抑制遮断治療を含む;および/または、免疫抑制遮断治療は、Vista(B7-H5、T細胞活性化のv-ドメインIgサプレッサー)阻害剤、Lag-3(リンパ球活性化遺伝子3、CD223)阻害剤、IDO(インドールアミン(indolemamine)-ピロール-2,3-ジオキシゲナーゼ(2,3,-dioxygenase)-1,2)阻害剤、またはKIR受容体ファミリー(キラー細胞免疫グロブリン様受容体)阻害剤、CD47阻害剤、またはTigit(IgおよびITIMドメインを有するT細胞免疫受容体)阻害剤の投与を含む;および/または、免疫抑制遮断治療は、2つまたはそれよりも多くの免疫抑制阻害剤の投与を含む;および/または、がん治療は、免疫活性化治療を含む;および/または、免疫活性化治療は、CD40アゴニスト、GITR(グルココルチコイド誘導性TNF-R関連タンパク質、CD357)アゴニスト、OX40(CD134)アゴニスト、4-1BB(CD137)アゴニスト、ICOS(誘導性T細胞刺激物質、CD278)アゴニスト、IL-2(インターロイキン2)アゴニスト、またはインターフェロンアゴニストの投与を含む;および/または、免疫活性化は、2つまたはそれよりも多くの免疫活性化因子の投与を含む;および/または、がん治療は、アジュバント治療を含む;および/または、アジュバント治療は、TLRアゴニスト(例えば、CpGまたはポリI:C)、STINGアゴニスト、自然免疫の非特異的刺激、樹状細胞、GM-CSF、IL-12、IL-7、Flt-3、または他のサイトカインの投与を含む;および/または、がん治療は、腫瘍溶解性ウイルス治療を含む;および/または、腫瘍溶解性ウイルス治療は、タリモジーン・ラハーパレプベックの投与を含む;および/または、がん
治療は、1つまたは複数の化学療法剤の投与を含む;および/または、がん治療は、放射線照射を含む;および/または、がん治療は、外科的切除を含む;および/または、がん治療は、細胞に基づく治療を含む;および/または、細胞に基づく治療は、樹状細胞、キメラ抗原受容体T(CAR-T)細胞、T細胞受容体形質導入細胞、腫瘍浸潤性リンパ球(TIL)、またはナチュラルキラー(NK)細胞の投与を含む;および/または、がん治療は、局所温熱療法または低温療法を含む;および/または、がん治療は、1つまたは複数の抗腫瘍抗体の投与を含む;および/または、抗腫瘍抗体は、二重特異性抗体を含む;および/または、がん治療は、1つまたは複数の抗血管新生剤の投与を含む;および/または、がん治療は、免疫チェックポイント遮断による治療、免疫抑制遮断による治療、免疫活性化による治療、アジュバント治療、腫瘍溶解性ウイルスによる治療、化学療法薬による治療、放射線照射による治療、外科的治療、細胞に基づく治療、温熱療法による治療、低温療法による治療、抗腫瘍抗体による治療、および抗血管新生治療の任意の組合せを含む。
治療は、1つまたは複数の化学療法剤の投与を含む;および/または、がん治療は、放射線照射を含む;および/または、がん治療は、外科的切除を含む;および/または、がん治療は、細胞に基づく治療を含む;および/または、細胞に基づく治療は、樹状細胞、キメラ抗原受容体T(CAR-T)細胞、T細胞受容体形質導入細胞、腫瘍浸潤性リンパ球(TIL)、またはナチュラルキラー(NK)細胞の投与を含む;および/または、がん治療は、局所温熱療法または低温療法を含む;および/または、がん治療は、1つまたは複数の抗腫瘍抗体の投与を含む;および/または、抗腫瘍抗体は、二重特異性抗体を含む;および/または、がん治療は、1つまたは複数の抗血管新生剤の投与を含む;および/または、がん治療は、免疫チェックポイント遮断による治療、免疫抑制遮断による治療、免疫活性化による治療、アジュバント治療、腫瘍溶解性ウイルスによる治療、化学療法薬による治療、放射線照射による治療、外科的治療、細胞に基づく治療、温熱療法による治療、低温療法による治療、抗腫瘍抗体による治療、および抗血管新生治療の任意の組合せを含む。
別の態様では、本開示は、1つまたは複数の選択された抗原を用いて対象における免疫応答を誘導する方法であって、a)複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、b)細菌細胞またはビーズを第1の対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、APCが、細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、c)APCを、第1の対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の刺激または阻害および/もしくは抑制に適した条件下で接触させるステップと、d)リンパ球を刺激する1つまたは複数の刺激性腫瘍抗原を同定し、リンパ球を刺激しない1つまたは複数の非刺激性腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを生成するステップと、e)対象応答プロファイルを標的応答プロファイルと比較するステップであって、標的応答プロファイルが、がん治療に臨床的に応答する第2の対象由来のものであり、標的応答プロファイルは、リンパ球を刺激する1つまたは複数の同定された刺激性腫瘍抗原を含み、かつ、リンパ球を刺激しない1つまたは複数の同定された非刺激性腫瘍抗原を含む、ステップと、f)1つまたは複数の抗原を選択するステップであって、1つまたは複数の抗原が対象応答プロファイルにおいて非刺激性であると同定され、同じ1つまたは複数の抗原が標的応答プロファイルにおいて刺激性であると同定される、ステップと、g)第1の対象に、選択された抗原の1つまたは複数を含む免疫原性組成物を投与するステップとを含む方法を特徴とする。
一部の実施形態では、方法は、がん治療を対象に施行するステップをさらに含む。一部の実施形態では、対象応答プロファイルは、複数の腫瘍抗原に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む。
別の態様では、本開示は、本明細書に記載の方法のいずれかに従って得られたまたは生成された標的応答プロファイルの1つまたは複数の抗原を含む本発明の免疫原性組成物を特徴とする。
別の態様では、本開示は、本明細書に記載の方法のいずれかに従って選択された1つまたは複数の抗原を含む本発明の免疫原性組成物を特徴とする。
別の態様では、本開示は、(i)1つまたは複数のヘパラナーゼポリペプチドまたはその免疫原性断片および(ii)SMAD4ポリペプチドまたはその免疫原性断片を含む免疫原性組成物を特徴とする。
一部の実施形態では、1つまたは複数のヘパラナーゼポリペプチドまたは断片およびSMAD4ポリペプチドまたは断片は、それぞれ8~29アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、ヘパラナーゼポリペプチドは、配列番号6または配列番号7のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、SMAD4ポリペプチドは、配列番号8のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、1つまたは複数の免疫原性断片は、配列番号6、配列番号7、または配列番号8のアミノ酸の総数の約70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、または99%からなる。一部の実施形態では、1つまたは複数の免疫原性断片は、約1アミノ酸、約2アミノ酸、約3アミノ酸、約4アミノ酸、約5アミノ酸、約10アミノ酸、約15アミノ酸、約20アミノ酸、約25アミノ酸、約30アミノ酸、約35アミノ酸、約40アミノ酸、約45アミノ酸、約50アミノ酸、またはそれよりも多くのアミノ酸を欠く配列番号6、配列番号7、または配列番号8からなる。一部の実施形態では、1つまたは複数のヘパラナーゼ(heparanse)ポリペプチドは
、配列番号6または配列番号7と少なくとも85%、90%、95%、97%、または99%同一であるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、SMAD4ポリペプチドは、配列番号8と少なくとも85%、90%、95%、97%、または99%同一であるアミノ酸配列を含む。
、配列番号6または配列番号7と少なくとも85%、90%、95%、97%、または99%同一であるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、SMAD4ポリペプチドは、配列番号8と少なくとも85%、90%、95%、97%、または99%同一であるアミノ酸配列を含む。
別の態様では、本開示は、ヘパラナーゼアイソフォーム1ポリペプチドまたは免疫原性断片、ヘパラナーゼアイソフォーム2ポリペプチドまたは免疫原性断片、およびSMAD4ポリペプチドまたは免疫原性断片を含む免疫原性組成物を特徴とする。
一部の実施形態では、ヘパラナーゼアイソフォーム1ポリペプチドまたは免疫原性断片、ヘパラナーゼアイソフォーム2ポリペプチドまたは免疫原性断片およびSMAD4ポリペプチドまたは免疫原性断片は、それぞれ8~29アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、ヘパラナーゼアイソフォーム1ポリペプチドは、配列番号1のアミノ酸配列を含み、ヘパラナーゼアイソフォーム2ポリペプチドは、配列番号2のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、SMAD4ポリペプチドは、配列番号3のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、1つまたは複数の免疫原性断片は、配列番号6、配列番号7、または配列番号8のアミノ酸の総数の約70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、または99%からなる。一部の実施形態では、1つまたは複数の免疫原性断片は、約1アミノ酸、約2アミノ酸、約3アミノ酸、約4アミノ酸、約5アミノ酸、約10アミノ酸、約15アミノ酸、約20アミノ酸、約25アミノ酸、約30アミノ酸、約35アミノ酸、約40アミノ酸、約45アミノ酸、約50アミノ酸、またはそれよりも多くのアミノ酸を欠く配列番号6、配列番号7、または配列番号8からなる。一部の実施形態では、ヘパラナーゼアイソフォーム1ポリペプチドは、配列番号6と少なくとも85%、90%、95%、97%、または99%同一であるアミノ酸配列を含み、ヘパラナーゼアイソフォーム1ポリペプチドは、配列番号7と少なくとも85%、90%、95%、97%、または99%同一であるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、SMAD4ポリペプチドは、配列番号8と少なくとも85%、90%、95%、97%、または99%同一であるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、組成物は、アジュバントをさらに含む。
本発明の別の態様では、がんを処置する方法は、対象に本明細書に記載の免疫原性組成物を投与するステップを含む。一部の実施形態では、対象は、がんを有するかもしくはがんのリスクがあり、および/または1つまたは複数のがんの徴候または症状を示し、および/または1つまたは複数のがんの危険因子を示す。一部の実施形態では、がんは、結腸直腸がん、黒色腫、または肺がんである。
本発明の別の態様では、対象における免疫応答を誘導する方法は、対象に本明細書に記載の免疫原性組成物を投与するステップを含む。一部の実施形態では、免疫応答は、1つまたは複数のリンパ球の活性化を含む。一部の実施形態では、1つまたは複数のリンパ球は、CD4+T細胞を含む。一部の実施形態では、1つまたは複数のリンパ球は、CD8+T細胞を含む。一部の実施形態では、1つまたは複数のリンパ球は、NKT細胞、ガンマ-デルタT細胞、またはNK細胞を含む。一部の実施形態では、1つまたは複数のリンパ球は、CD4+T細胞、CD8+T細胞、NKT細胞、ガンマ-デルタT細胞、およびNK細胞の任意の組合せを含む。一部の実施形態では、免疫応答は、対照と比べた1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌の増大を含む。一部の実施形態では、リンパ球シグナル伝達分子は免疫メディエーターの中から選択される。一部の実施形態では、1つまたは複数の免疫メディエーターは、サイトカインである。一部の実施形態では、1つまたは複数のサイトカインは、TRAIL、IFN-ガンマ、IL-12p70、IL-2、TNF-アルファ、MIP1-アルファ、MIP1-ベータ、CXCL9、CXCL10、MCP1、RANTES、IL-1ベータ、IL-4、IL-6、IL-8、IL-9、IL-10、IL-13、IL-15、CXCL11、IL-3、IL-5、IL-17、IL-18、IL-21、IL-22、IL-23A、IL-24、IL-27、IL-31、IL-32、TGF-ベータ、CSF、GM-CSF、TRANCE(RANK Lとしても公知)、MIP3-アルファ、MCP1、およびフラクタルカインから選択される。一部の実施形態では、1つまたは複数の免疫メディエーターは、可溶性メディエーターである。一部の実施形態では、1つまたは複数の可溶性メディエーターは、グランザイムA、グランザイムB、sFas、sFasL、パーフォリン、およびグラニュライシンから選択される。一部の実施形態では、1つまたは複数の免疫メディエーターは、細胞表面マーカーである。一部の実施形態では、1つまたは複数の細胞表面マーカーは、CD107a、CD107b、CD25、CD69、CD45RA、CD45RO、CD137(4-1BB)、CD44、CD62L、CD27、CCR7、CD154(CD40L)、KLRG-1、CD71、HLA-DR、CD122(IL-2RB)、CD28、IL7Ra(CD127)、CD38、CD26、CD134(OX-40)、CTLA-4(CD152)、LAG-3、TIM-3(CD366)、CD39、PD1(CD279)、FoxP3、TIGIT、CD160、BTLA、2B4(CD244)、およびKLRG1から選択される。一部の実施形態では、1つまたは複数の発現または分泌された免疫メディエーターのレベルは、対照レベルよりも少なくとも20%、40%、60%、80%、100%、120%、140%、160%、180%、または200%高い。一部の実施形態では、対照レベルの平均よりも少なくとも1、2、または3標準偏差高い、1つまたは複数の発現または分泌された免疫メディエーターのレベルは、リンパ球活性化を示す。一部の実施形態では、対照に対する応答レベル中央値よりも少なくとも1、2、3、4または5中央絶対偏差(MAD)高いまたは低い、1つまたは複数の発現または分泌された免疫メディエーターのレベルは、リンパ球活性化を示す。一部の実施形態では、免疫応答は、体液性応答および/または細胞応答を含む。一部の実施形態では、体液性応答は、応答の大きさの増大または抗原特異的免疫グロブリンG(IgG)レベルおよび/または抗原特異的中和抗体レベルのベースラインからの倍の上昇を含む。一部の実施形態では、体液性応答は、IgG力価のベースラインから4倍またはそれよりも大きな上昇を含む。一部の実施形態では、体液性応答は、50%中和抗体力価のベースラインから2倍またはそれよりも大きな上昇を含む。一部の実施形態では、細胞応答は、グランザイムB(GrB)の分泌を含む。一部の実施形態では、細胞応答は、応答の大きさの増大またはグランザイムB(GrB)レベルのベースラインからの倍の上昇を含む。一部の実施形態では、細胞応答は、T細胞のIFN-ガンマ分泌の増大を含む。一部の実施形態では、対象は、がんを有するかもしくはがんのリスクがあり、および/または1つまたは複数のがんの徴候または症状を示し、および/または1つまたは複数のがんの危険因子を示す。一部の実施形態では、がんは、結腸直腸がん、黒色腫、または肺がんである。
別の態様では、本開示は、免疫原性組成物を製造するための方法であって、本明細書に記載の任意の方法によって同定された1つまたは複数の抗原と担体を組み合わせるステップを含む方法を特徴とする。
一部の実施形態では、抗原は、適切な宿主細胞において組換えDNA技術を使用して産生される。一部の実施形態では、方法は、免疫原性組成物を医薬組成物として製剤化するステップを含む。
別の態様では、本開示は、それを必要とする対象に投与するための免疫原性組成物を製造するための方法であって、a.複数の抗原を含む複数の抗原性組成物を提供する、調製する、または得るステップであって、各組成物が、異なる抗原を含む、ステップと、b.標的応答プロファイルを提供する、調製する、または得るステップであって、標的応答プロファイルが、複数の抗原に関連する(例えば、それと共に決定、測定、観察される)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む、ステップと、c.対象応答プロファイルを提供する、調製する、または得るステップであって、対象応答プロファイルが、複数の抗原に関連する(例えば、それと共に決定、測定、観察される)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む、ステップと、d.標的応答プロファイルと対象応答プロファイルを比較するステップと、e.比較に基づいて1つまたは複数の抗原を選択するステップと、f.1つまたは複数の選択された抗原を含む1つまたは複数の抗原性組成物の少なくとも一部分を医薬組成物として製剤化するステップとを含む方法を特徴とする。
一部の実施形態では、選択するステップは、がんに対する有益な応答に関連する免疫メディエーターの発現または分泌を増大させる1つまたは複数の抗原、ならびに/または、がんに対する有害な応答または有益でない応答に関連する免疫メディエーターの発現または分泌を阻害および/または抑制する1つまたは複数の抗原を選択することを含む。一部の実施形態では、複数の抗原性組成物は、溶液の状態であるか、凍結乾燥されたものであるか、または合成マトリックス上にある。
別の態様では、本開示は、それを必要とする対象に投与するための免疫原性組成物を製造する方法であって、本明細書に記載の方法のいずれかによって同定された1つまたは複数の抗原またはその断片を調製するステップと、1つまたは複数の抗原またはその断片を組み合わせるステップであって、1つまたは複数の抗原またはその断片が、対象の応答プロファイルに従って選択される、ステップと、免疫原性組成物を医薬組成物として製剤化するステップとを含む方法を特徴とする。
別の態様では、本開示は、それを必要とする対象に投与するための免疫原性組成物を製造する方法であって、本明細書に記載の任意の方法によって同定された1つまたは複数の抗原またはその断片を調製するステップと、1つまたは複数の抗原またはその断片を組み合わせるステップであって、1つまたは複数の抗原またはその断片は、1つまたは複数の抗原が、対象のリンパ球により、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小であることが示されているか否かに従って選択される、ステップと、免疫原性組成物を医薬組成物として製剤化するステップとを含む方法を特徴とする。
別の態様では、本開示は、それを必要とする対象に投与するための免疫原性組成物を製造する方法であって、本明細書に記載の任意の方法によって同定された1つまたは複数の抗原またはその断片を調製するステップと、
1つまたは複数の抗原またはその断片を組み合わせるステップであって、1つまたは複数の抗原またはその断片が、対象の応答プロファイルに従って選択される、ステップと、免疫原性組成物を医薬組成物として製剤化するステップとを含む方法を特徴とする。
本明細書に記載の本教示は、以下の種々の例示的な実施形態の説明を付属図と共に読めばより詳細に理解されよう。下記の図は単に例証するためのものであり、本教示の範囲を決して限定しないことが理解されるべきである。
本発明は、例えば以下の項目を提供する。
(項目1)
対象応答プロファイルを得るまたは生成する方法であって、
a)複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、
b)前記ライブラリーの前記細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
c)前記APCを、前記対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害、および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを得るまたは生成するステップと
を含む方法。
(項目2)
前記対象応答プロファイルが、前記複数の腫瘍抗原に関連する前記1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む、項目1に記載の方法。
(項目3)
標的応答プロファイルを得るまたは生成する方法であって、
a)複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、
b)前記ライブラリーの前記細菌細胞またはビーズを、がんに対する応答を示すまたは以前示した対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
c)前記APCを、前記対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、標的応答プロファイルを得るまたは生成するステップと
を含む方法。
(項目4)
前記対象が、がんに対して少なくとも1つの有益な応答を示すまたは以前示した、項目3に記載の方法。
(項目5)
前記有益な応答が、がん治療または治療の組合せに対する正の臨床応答、例えば、1つまたは複数の正の臨床的エンドポイントを含む、項目4に記載の方法。
(項目6)
前記有益な応答が、がんに対する自然応答を含む、項目4に記載の方法。
(項目7)
前記有益な応答が、がんのクリアランス、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスに関連する1つまたは複数の臨床的尺度を含む、項目4に記載の方法。
(項目8)
前記有益な応答が、例えば所定の期間(例えば、少なくとも1週間、2週間、3週間、4週間、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、または少なくとも1カ月、2カ月、3カ月、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、12カ月、または少なくとも1年、2年、3年、4年、5年、6年、7年、8年、9年、10年、11年、12年)にわたって、がんの再燃、再発、および/または転移がないことを含む、項目4に記載の方法。
(項目9)
前記有益な応答が、正のがん予後を含む、項目4に記載の方法。
(項目10)
前記有益な応答が、がん治療または治療の組合せに対する測定可能な毒性の応答または副作用がないことを含む、項目4に記載の方法。
(項目11)
前記対象が、がんに対して少なくとも1つの有害な応答または有益でない応答を示すまたは以前示した、項目3に記載の方法。
(項目12)
前記有害な応答が、がん治療または治療の組合せに対する負の臨床応答および/または応答不全を含む、項目11に記載の方法。
(項目13)
前記有害な応答が、がんのクリアランスの欠如、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスの欠如に関連する1つまたは複数の臨床的尺度を含む、項目11に記載の方法。
(項目14)
前記有害な応答が、がんの再燃、再発、および/または転移の少なくとも1つを含む、項目11に記載の方法。
(項目15)
前記有害な応答が、負のがん予後を含む、項目11に記載の方法。
(項目16)
前記有害な応答が、がん治療または治療の組合せに対する1つまたは複数の毒性の応答または副作用(例えば、1つまたは複数の測定可能な毒性の応答または副作用)を含む、項目11に記載の方法。
(項目17)
前記標的応答プロファイルを得るために使用される前記ライブラリーが、項目1に記載の対象応答プロファイルを得るために使用されるものと同じライブラリーである、項目3から16までのいずれか一項に記載の方法。
(項目18)
追加的な対象由来の抗原提示細胞(APC)および/またはリンパ球を用いてステップa)からe)を繰り返して、集団に基づくまたは複合的な標的応答プロファイルを得るステップをさらに含む、項目3から17までのいずれか一項に記載の方法。
(項目19)
前記標的応答プロファイルが、前記複数の腫瘍抗原に関連する前記1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む、項目2から18までのいずれか一項に記載の方法。
(項目20)
対象をがん治療の候補として同定する方法であって、
a)複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、
b)前記細菌細胞またはビーズを前記対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
c)前記APCを、前記対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを得るまたは生成するステップと、
f)前記対象応答プロファイルを標的応答プロファイルと比較して、前記対象をがん治療の開始、継続、改変、中止または不開始の候補対象として選択するステップと
を含む方法。
(項目21)
前記対象応答プロファイルが、前記複数の腫瘍抗原に関連する前記1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む、項目20に記載の方法。
(項目22)
g)前記細菌細胞またはビーズを標的対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
h)前記APCを、前記標的対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
i)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
j)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、前記標的応答プロファイルを得るまたは生成するステップと
を含む方法によって前記標的応答プロファイルを生成するステップをさらに含む、項目20または21に記載の方法。
(項目23)
前記標的応答プロファイルが、前記複数の腫瘍抗原に関連する前記1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む、項目22に記載の方法。
(項目24)
前記標的応答プロファイルが、がんに対する少なくとも1つの有益な応答を示すまたは以前示した1または複数の標的対象に由来する、項目20から23までのいずれか一項に記載の方法。
(項目25)
前記有益な応答が、がん治療または治療の組合せに対する正の臨床応答を含む、項目24に記載の方法。
(項目26)
前記有益な応答が、がんに対する自然応答を含む、項目24に記載の方法。
(項目27)
前記有益な応答が、がんのクリアランス、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスに関連する1つまたは複数の臨床的尺度を含む、項目24に記載の方法。
(項目28)
前記有益な応答が、例えば所定の期間(例えば、少なくとも1週間、2週間、3週間、4週間、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、または少なくとも1カ月、2カ月、3カ月、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、12カ月、または少なくとも1年、2年、3年、4年、5年、6年、7年、8年、9年、10年、11年、12年)にわたって、がんの再燃、再発、および/または転移がないことを含む、項目24に記載の方法。
(項目29)
前記有益な応答が、正のがん予後を含む、項目24に記載の方法。
(項目30)
前記有益な応答が、がん治療または治療の組合せに対する1つまたは複数の毒性の応答および/または副作用(例えば、1つまたは複数の測定可能な毒性の応答または副作用)がないことを含む、項目24に記載の方法。
(項目31)
前記標的応答プロファイルが、がんに対する1つまたは複数の有害な応答および/または有益でない応答を示すまたは以前示した1または複数の標的対象に由来する、項目20から23までのいずれか一項に記載の方法。
(項目32)
前記有害な応答および/または有益でない応答が、がん治療または治療の組合せに対する負の臨床応答および/または応答不全を含む、項目31に記載の方法。
(項目33)
前記有害な応答および/または有益でない応答が、がんのクリアランスの欠如、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスの欠如に関連する1つまたは複数の臨床的尺度を含む、項目31に記載の方法。
(項目34)
前記有害な応答および/または有益でない応答が、がんの再燃、再発、および/または転移の少なくとも1つを含む、項目31に記載の方法。
(項目35)
前記有害な応答および/または有益でない応答が、負のがん予後を含む、項目31に記載の方法。
(項目36)
前記有害な応答および/または有益でない応答が、がん治療または治療の組合せに対する1つまたは複数の毒性の応答および/または副作用(例えば、1つまたは複数の測定可能な毒性の応答および/または副作用)を含む、項目31に記載の方法。
(項目37)
がん治療またはがん治療の組合せの開始のための前記候補対象を選択するステップをさらに含む、項目20から36までのいずれかに記載の方法。
(項目38)
がん治療またはがん治療の組合せの継続のための前記候補対象を選択するステップをさらに含む、項目20から36までのいずれかに記載の方法。
(項目39)
(i)前記対象応答プロファイルが、前記がん治療または組合せに対する1つまたは複数の有益な応答を示すまたは以前示した標的対象由来の標的応答プロファイルと類似している場合、および/または(ii)前記対象応答プロファイルが、前記がん治療または組合せに対する1つまたは複数の有害な応答を示すまたは以前示した前記標的対象由来の標的応答プロファイルと類似していない場合、前記対象を候補対象として選択するステップを含む、項目37または項目38に記載の方法。
(項目40)
前記候補対象を、がん治療の改変のために選択するステップをさらに含む、項目20から36までのいずれかに記載の方法。
(項目41)
前記候補対象を、がん治療の中止または不開始のために選択するステップをさらに含む、項目20から36までのいずれかに記載の方法。
(項目42)
(i)前記対象応答プロファイルが、前記がん治療に対する1つまたは複数の有害な応答を示すまたは以前示した標的対象由来の前記標的応答プロファイルと類似している場合、および/または(ii)前記対象応答プロファイルが、前記がん治療に対する1つまたは複数の有益な応答を示すまたは以前示した標的対象由来の前記標的応答プロファイルと類似していない場合、前記対象をがん治療の改変、中止、および/または不開始の候補対象として選択するステップを含む、項目40または41に記載の方法。
(項目43)
前記がん治療またはがん治療の組合せを前記候補対象に施行するステップをさらに含む、項目37から39までのいずれか一項に記載の方法。
(項目44)
前記候補対象に施行する前記がん治療を改変するステップをさらに含む、項目40から42までのいずれか一項に記載の方法。
(項目45)
前記候補対象に対する前記がん治療を中止するまたは開始しないステップをさらに含む、項目40から42までのいずれか一項に記載の方法。
(項目46)
腫瘍抗原を選択する方法であって、
a)複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、
b)前記細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
c)前記APCを、前記対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害、および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを得るまたは生成するステップと、
f)前記対象応答プロファイルを標的応答プロファイルと比較するステップと、
g)前記比較に基づいて1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップと
を含む方法。
(項目47)
前記対象応答プロファイルが、前記複数の腫瘍抗原に関連する前記1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む、項目46に記載の方法。
(項目48)
h)前記細菌細胞またはビーズを標的対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
i)前記APCを、前記標的対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
j)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
k)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、前記標的応答プロファイルを得るまたは生成するステップと
を含む方法によって前記標的応答プロファイルを生成するステップをさらに含む、項目46または47に記載の方法。
(項目49)
前記標的応答プロファイルが、前記複数の腫瘍抗原に関連する前記1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む、項目48に記載の方法。
(項目50)
前記標的応答プロファイルが、がんに対する1つまたは複数の有益な応答を示すまたは以前示した1または複数の標的対象に由来する、項目46から49までのいずれか一項に記載の方法。
(項目51)
前記有益な応答が、がん治療または治療の組合せに対する正の臨床応答を含む、項目50に記載の方法。
(項目52)
前記有益な応答が、がんに対する自然応答を含む、項目50に記載の方法。
(項目53)
前記有益な応答が、がんのクリアランス、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスに関連する1つまたは複数の臨床的尺度を含む、項目50に記載の方法。
(項目54)
前記有益な応答が、例えば、所定の期間(例えば、少なくとも1週間、2週間、3週間、4週間、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、または少なくとも1カ月、2カ月、3カ月、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、12カ月、または少なくとも1年、2年、3年、4年、5年、6年、7年、8年、9年、10年、11年、12年)にわたる、がんの再燃、再発、および/または転移を含む、項目50に記載の方法。
(項目55)
前記有益な応答が、正のがん予後を含む、項目50に記載の方法。
(項目56)
前記有益な応答が、がん治療または治療の組合せに対する1つまたは複数の毒性の応答および/または副作用(例えば、1つまたは複数の測定可能な毒性の応答および/または副作用)がないことを含む、項目50に記載の方法。
(項目57)
前記標的応答プロファイルが、がんに対する1つまたは複数の有害な応答または有益でない応答を示すまたは以前示した1または複数の標的対象に由来する、項目46から49までのいずれか一項に記載の方法。
(項目58)
前記有害な応答および/または有益でない応答が、がん治療または治療の組合せに対する負の臨床応答および/または応答不全を含む、項目57に記載の方法。
(項目59)
前記有害な応答および/または有益でない応答が、がんのクリアランスの欠如、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスの欠如に関連する1つまたは複数の臨床的尺度を含む、項目57に記載の方法。
(項目60)
前記有害な応答および/または有益でない応答が、がんの再燃、再発、および/または転移の少なくとも1つを含む、項目57に記載の方法。
(項目61)
前記有害な応答および/または有益でない応答が、負のがん予後を含む、項目57に記載の方法。
(項目62)
前記有害な応答および/または有益でない応答が、がん治療または治療の組合せに対する1つまたは複数の毒性の応答および/または副作用(例えば、1つまたは複数の測定可能な毒性の応答および/または副作用)を含む、項目57に記載の方法。
(項目63)
がんに対する有益な応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップ、および/または、がんに対する有害な応答または有益でない応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップを含む、項目46から62までのいずれか一項に記載の方法。
(項目64)
がんに対する有害な応答または有益でない応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップ、および/または、がんに対する有益な応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップを含む、項目46から62までのいずれか一項に記載の方法。
(項目65)
第1の対象に、前記選択された抗原またはその免疫原性断片の1つまたは複数を含む免疫原性組成物を投与するステップをさらに含む、項目63に記載の方法。
(項目66)
前記第1の対象に、前記選択された抗原またはその免疫原性断片の1つまたは複数を含まない免疫原性組成物を投与するステップをさらに含む、項目64に記載の方法。
(項目67)
前記第1の対象に、がん治療または治療の組合せを施行するステップをさらに含む、項目65または66に記載の方法。
(項目68)
対象における免疫応答を誘導する方法であって、
a)複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、
b)前記細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
c)前記APCを、前記対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇またはレベルの低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを得るまたは生成するステップと、
f)前記対象応答プロファイルを標的応答プロファイルと比較するステップと、
g)前記比較に基づいて1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップと、
h)前記対象に、前記選択された抗原またはその免疫原性断片の1つまたは複数を含む免疫原性組成物を投与するステップと
を含む方法。
(項目69)
前記対象応答プロファイルが、前記複数の腫瘍抗原に関連する前記1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む、項目68に記載の方法。
(項目70)
i)前記細菌細胞またはビーズを標的対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
j)前記APCを、前記標的対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
k)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
l)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、前記標的応答プロファイルを得るまたは生成するステップと
を含む方法によって前記標的応答プロファイルを生成するステップをさらに含む、項目68または69に記載の方法。
(項目71)
前記標的応答プロファイルが、前記複数の腫瘍抗原に関連する前記1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む、項目70に記載の方法。
(項目72)
前記標的応答プロファイルが、がんに対する少なくとも1つの有益な応答を示すまたは以前示した1または複数の標的対象に由来する、項目68から71までのいずれか一項に記載の方法。
(項目73)
前記有益な応答が、がん治療または治療の組合せに対する正の臨床応答を含む、項目72に記載の方法。
(項目74)
前記有益な応答が、がんに対する自然応答を含む、項目72に記載の方法。
(項目75)
前記有益な応答が、がんのクリアランス、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスに関連する1つまたは複数の臨床的尺度を含む、項目72に記載の方法。
(項目76)
前記有益な応答が、例えば所定の期間(例えば、少なくとも1週間、2週間、3週間、4週間、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、または少なくとも1カ月、2カ月、3カ月、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、12カ月、または少なくとも1年、2年、3年、4年、5年、6年、7年、8年、9年、10年、11年、12年)にわたって、がんの再燃、再発、および/または転移がないことを含む、項目72に記載の方法。
(項目77)
前記有益な応答が、正のがん予後を含む、項目72に記載の方法。
(項目78)
前記有益な応答が、がん治療または治療の組合せに対する1つまたは複数の毒性の応答および/または副作用(例えば、1つまたは複数の測定可能な毒性の応答または副作用)がないことを含む、項目72に記載の方法。
(項目79)
(i)がんに対する1つまたは複数の有益な応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の腫瘍抗原、および/または(i)がんに対する1つまたは複数の有害な応答または有益でない応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の腫瘍抗原を選択し、投与するステップを含む、項目68から78までのいずれか一項に記載の方法。
(項目80)
対象における免疫応答を誘導する方法であって、
a)複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、
b)前記細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
c)前記APCを、前記対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを得るまたは生成するステップと、
f)前記対象応答プロファイルを標的応答プロファイルと比較するステップと、
g)前記比較に基づいて1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップと、
h)前記対象に、前記選択された抗原またはその免疫原性断片の1つまたは複数を含まない免疫原性組成物を投与するステップと
を含む方法。
(項目81)
前記対象応答プロファイルが、前記複数の腫瘍抗原に関連する前記1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む、項目80に記載の方法。
(項目82)
i)前記細菌細胞またはビーズを標的対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
j)前記APCを、前記標的対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
k)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
l)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、前記標的応答プロファイルを得るまたは生成するステップと
を含む方法によって前記標的応答プロファイルを生成するステップをさらに含む、項目80または81に記載の方法。
(項目83)
前記標的応答プロファイルが、前記複数の腫瘍抗原に関連する前記1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む、項目82に記載の方法。
(項目84)
前記標的応答プロファイルが、がんに対する1つまたは複数の有害な応答および/または有益でない応答を示すまたは以前示した1または複数の標的対象に由来する、項目80から83までのいずれか一項に記載の方法。
(項目85)
前記有害な応答および/または有益でない応答が、がん治療または治療の組合せに対する負の臨床応答および/または応答不全を含む、項目84に記載の方法。
(項目86)
前記有害な応答および/または有益でない応答が、がんのクリアランスの欠如、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスの欠如に関連する1つまたは複数の臨床的尺度を含む、項目84に記載の方法。
(項目87)
前記有害な応答および/または有益でない応答が、がんの再燃、再発、および/または転移の少なくとも1つを含む、項目84に記載の方法。
(項目88)
前記有害な応答および/または有益でない応答が、負のがん予後を含む、項目84に記載の方法。
(項目89)
前記有害な応答および/または有益でない応答が、がん治療または治療の組合せに対する1つまたは複数の毒性の応答および/または副作用(例えば、1つまたは複数の測定可能な毒性の応答および/または副作用)を含む、項目84に記載の方法。
(項目90)
がんに対する有害な応答または有益でない応答に関連する免疫メディエーターの発現または分泌を上昇させる1つまたは複数の腫瘍抗原、および/または、がんに対する有益な応答に関連する免疫メディエーターの発現または分泌を阻害および/または抑制する1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップを含む、項目80から89までのいずれか一項に記載の方法。
(項目91)
前記対象に、がん治療または治療の組合せを施行するステップをさらに含む、項目56から90までのいずれか一項に記載の方法。
(項目92)
腫瘍抗原を選択する方法であって、
a)複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、
b)前記細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
c)前記APCを、前記対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるかどうかを、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを得るステップと、
f)前記同定された腫瘍抗原の中から、がんに対する少なくとも1つの有益な応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の抗原を選択する、および/または、がんに対する少なくとも1つの有害な応答および/または有益でない応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップと
を含む方法。
(項目93)
前記対象応答プロファイルを標的応答プロファイルと比較するステップと、前記比較に基づいて1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップとをさらに含む、項目92に記載の方法。
(項目94)
前記標的応答プロファイルが、がんに対する少なくとも1つの有益な応答を示すまたは以前示した1または複数の標的対象に由来する、項目93に記載の方法。
(項目95)
前記有益な応答が、がん治療または治療の組合せに対する正の臨床応答を含む、項目94に記載の方法。
(項目96)
前記有益な応答が、がんに対する自然応答を含む、項目94に記載の方法。
(項目97)
前記有益な応答が、がんのクリアランス、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスに関連する1つまたは複数の臨床的尺度を含む、項目94に記載の方法。
(項目98)
前記有益な応答が、例えば所定の期間(例えば、少なくとも1週間、2週間、3週間、4週間、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、または少なくとも1カ月、2カ月、3カ月、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、12カ月、または少なくとも1年、2年、3年、4年、5年、6年、7年、8年、9年、10年、11年、12年)にわたって、がんの再燃、再発、および/または転移がないことを含む、項目94に記載の方法。
(項目99)
前記有益な応答が、正のがん予後を含む、項目94に記載の方法。
(項目100)
前記有益な応答が、がん治療または治療の組合せに対する1つまたは複数の毒性の応答および/または副作用(例えば、1つまたは複数の測定可能な毒性の応答または副作用)がないことを含む、項目94に記載の方法。
(項目101)
前記対象に、前記選択された抗原またはその免疫原性断片の1つまたは複数を含む免疫原性組成物を投与するステップをさらに含む、項目92から101までのいずれか一項に記載の方法。
(項目102)
腫瘍抗原を選択する方法であって、
a)複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、
b)前記細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
c)前記APCを、前記対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるかどうかを、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを得るステップと、
f)前記同定された腫瘍抗原の中から、(i)がんに対する少なくとも1つの有害な応答および/または有益でない応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の抗原、ならびに/または(ii)がんに対する少なくとも1つの有益な応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップと
を含む方法。
(項目103)
前記対象応答プロファイルを標的応答プロファイルと比較するステップと、前記比較に基づいて1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップとをさらに含む、項目102に記載の方法。
(項目104)
前記標的応答プロファイルが、がんに対する1つまたは複数の有害な応答および/または有益でない応答を示すまたは以前示した1または複数の標的対象に由来する、項目103に記載の方法。
(項目105)
前記有害な応答および/または有益でない応答が、がん治療または治療の組合せに対する負の臨床応答および/または応答不全を含む、項目104に記載の方法。
(項目106)
前記有害な応答および/または有益でない応答が、がんのクリアランスの欠如、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスの欠如に関連する1つまたは複数の臨床的尺度を含む、項目104に記載の方法。
(項目107)
前記有害な応答および/または有益でない応答が、がんの再燃、再発、および/または転移の少なくとも1つを含む、項目104に記載の方法。
(項目108)
前記有害な応答および/または有益でない応答が、負のがん予後を含む、項目104に記載の方法。
(項目109)
前記有害な応答および/または有益でない応答が、がん治療または治療の組合せに対する1つまたは複数の毒性の応答および/または副作用(例えば、1つまたは複数の測定可能な毒性の応答および/または副作用)を含む、項目104に記載の方法。
(項目110)
前記対象に、前記選択された抗原またはその免疫原性断片の1つまたは複数を含まない免疫原性組成物を投与するステップをさらに含む、項目102から109までのいずれか一項に記載の方法。
(項目111)
前記対象に、がん治療または治療の組合せを施行するステップをさらに含む、項目101または110に記載の方法。
(項目112)
対象における免疫応答を誘導する方法であって、
a)複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、
b)前記細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
c)前記APCを、前記対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを得るステップと、
f)前記同定された腫瘍抗原の中から、(i)がんに対する少なくとも1つの有益な応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の抗原、ならびに/または(ii)がんに対する少なくとも1つの有害な応答または有益でない応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップと、
g)前記対象に、前記選択された抗原またはその免疫原性断片の1つまたは複数を含む免疫原性組成物を投与するステップと
を含む方法。
(項目113)
前記免疫原性組成物を投与するステップの前に、前記対象応答プロファイルを標的応答プロファイルと比較するステップと、前記比較に基づいて1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップとをさらに含む、項目112に記載の方法。
(項目114)
前記標的応答プロファイルが、がんに対する少なくとも1つの有益な応答を示すまたは以前示した1または複数の標的対象に由来する、項目113に記載の方法。
(項目115)
前記有益な応答が、がん治療または治療の組合せに対する正の臨床応答を含む、項目113に記載の方法。
(項目116)
前記有益な応答が、がんに対する自然応答を含む、項目113に記載の方法。
(項目117)
前記有益な応答が、がんのクリアランス、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスに関連する1つまたは複数の臨床的尺度を含む、項目113に記載の方法。
(項目118)
前記有益な応答が、例えば所定の期間(例えば、少なくとも1週間、2週間、3週間、4週間、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、または少なくとも1カ月、2カ月、3カ月、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、12カ月、または少なくとも1年、2年、3年、4年、5年、6年、7年、8年、9年、10年、11年、12年)にわたって、がんの再燃、再発、および/または転移がないことを含む、項目113に記載の方法。
(項目119)
前記有益な応答が、正のがん予後を含む、項目113に記載の方法。
(項目120)
前記有益な応答が、がん治療または治療の組合せに対する1つまたは複数の毒性の応答および/または副作用(例えば、1つまたは複数の測定可能な毒性の応答または副作用)がないことを含む、項目113に記載の方法。
(項目121)
対象における免疫応答を誘導する方法であって、
a)複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、
b)前記細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
c)前記APCを、前記対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを得るステップと、
f)前記対象応答プロファイルを標的応答プロファイルと比較するステップと、
g)前記同定された腫瘍抗原の中から、(i)がんに対する少なくとも1つの有害な応答および/または有益でない応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の抗原、ならびに/または(ii)がんに対する少なくとも1つの有益な応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップと、
h)前記対象に、前記選択された抗原またはその免疫原性断片の1つまたは複数を含まない免疫原性組成物を投与するステップと
を含む方法。
(項目122)
前記対象応答プロファイルを標的応答プロファイルと比較するステップと、前記比較に基づいて1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップとをさらに含む、項目121に記載の方法。
(項目123)
前記標的応答プロファイルが、がんに対する1つまたは複数の有害な応答および/または有益でない応答を示すまたは以前示した1または複数の標的対象に由来する、項目122に記載の方法。
(項目124)
前記有害な応答および/または有益でない応答が、がん治療または治療の組合せに対する負の臨床応答および/または応答不全を含む、項目122に記載の方法。
(項目125)
前記有害な応答および/または有益でない応答が、がんのクリアランスの欠如、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスの欠如に関連する1つまたは複数の臨床的尺度を含む、項目122に記載の方法。
(項目126)
前記有害な応答および/または有益でない応答が、がんの再燃、再発、および/または転移の少なくとも1つを含む、項目122に記載の方法。
(項目127)
前記有害な応答および/または有益でない応答が、負のがん予後を含む、項目122に記載の方法。
(項目128)
前記有害な応答および/または有益でない応答が、がん治療または治療の組合せに対する1つまたは複数の毒性の応答および/または副作用(例えば、1つまたは複数の測定可能な毒性の応答および/または副作用)を含む、項目122に記載の方法。
(項目129)
前記対象に、がん治療または治療の組合せを施行するステップをさらに含む、項目112、113、121または122のいずれか一項に記載の方法。
(項目130)
腫瘍抗原を同定する方法であって、
a)細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、対象のがんまたは腫瘍細胞において発現される1つまたは複数の突然変異、スプライスバリアント、または転座を含む異なる異種ポリペプチドを含む、ステップと、
b)前記細菌細胞またはビーズを前記対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
c)前記APCを、前記対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示されるポリペプチドによるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドによって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドに対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数のポリペプチドを同定するステップであって、刺激、阻害および/または抑制により、前記ポリペプチドが腫瘍抗原であることが示される、ステップと
を含む方法。
(項目131)
腫瘍抗原を選択する方法であって、
a)細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを提供するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、対象のがんまたは腫瘍細胞において発現される1つまたは複数の突然変異、スプライスバリアント、または転座を含む異なる異種ポリペプチドを含む、ステップと、
b)前記細菌細胞またはビーズを前記対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
c)前記APCを、前記対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示されるポリペプチドによるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドによって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドに対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数のポリペプチドを同定するステップであって、刺激、阻害および/または抑制により、前記ポリペプチドが腫瘍抗原であることが示される、ステップと、
f)前記同定された腫瘍抗原の中から、(i)がんに対する少なくとも1つの有益な応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の腫瘍抗原、および/または(ii)がんに対する少なくとも1つの有害な応答および/または有益でない応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップと
を含む方法。
(項目132)
前記同定されたポリペプチドの中から、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数のポリペプチドを選択するステップをさらに含む、項目131に記載の方法。
(項目133)
潜在的な腫瘍抗原を選択する方法であって、
a)細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、対象のがんまたは腫瘍細胞において発現される1つまたは複数の突然変異、スプライスバリアント、または転座を含む異種ポリペプチドを含む、ステップと、
b)前記細菌細胞またはビーズを前記対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
c)前記APCを、前記対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示されるポリペプチドによるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドによって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドに対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数のポリペプチドを同定し、刺激、阻害および/または抑制する1つまたは複数のポリペプチドを腫瘍抗原として同定するステップと、
f)前記同定されたポリペプチドの中から、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数のポリペプチドを選択するステップ
を含む方法。
(項目134)
APCへの曝露の1つまたは複数の前のラウンドを受けた、前記対象由来のリンパ球を用いて、ステップb)からe)まで、またはステップc)からe)を繰り返すステップをさらに含む、項目133に記載の方法。
(項目135)
前記同定された腫瘍抗原の中から、(i)がんに対する少なくとも1つの有益な応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の腫瘍抗原、および/または(ii)がんに対する少なくとも1つの有害な応答および/または有益でない応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップをさらに含む、項目133または134に記載の方法。
(項目136)
前記対象に、前記選択された腫瘍抗原または選択されたポリペプチドまたはその免疫原性断片の1つまたは複数を含む免疫原性組成物を投与するステップをさらに含む、項目133から135までのいずれかに記載の方法。
(項目137)
前記対象に前記選択された腫瘍抗原および選択されたポリペプチドまたはその免疫原性断片の1つまたは複数の組合せを含む免疫原性組成物を投与するステップをさらに含む、項目133から135までのいずれかに記載の方法。
(項目138)
前記対象に、がん治療または治療の組合せを施行するステップをさらに含む、項目136または137に記載の方法。
(項目139)
腫瘍抗原を選択する方法であって、
a)細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、対象のがんまたは腫瘍細胞において発現されるがんまたは腫瘍細胞において発現される1つまたは複数の突然変異、スプライスバリアント、または転座を含む異なる異種ポリペプチドを含む、ステップと、
b)前記細菌細胞またはビーズを前記対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
c)前記APCを、前記対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示されるポリペプチドによるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドによって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドに対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数のポリペプチドを同定し、刺激、阻害および/または抑制する1つまたは複数のポリペプチドを腫瘍抗原として同定するステップと、
f)前記同定された腫瘍抗原の中から、(i)がんに対する少なくとも1つの有害な応答および/または有益でない応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の腫瘍抗原、および/または(ii)がんに対する少なくとも1つの有益な応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップ
を含む方法。
(項目140)
前記対象に、前記選択された腫瘍抗原またはその免疫原性断片の1つまたは複数を含まない免疫原性組成物を投与するステップをさらに含む、項目139に記載の方法。
(項目141)
前記対象に、がん治療または治療の組合せを施行するステップをさらに含む、項目140に記載の方法。
(項目142)
前記APCが、前記対象から単離されたヒトAPCである、項目1から141までのいずれか一項に記載の方法。
(項目143)
前記細菌細胞が、細胞溶解素ポリペプチドをさらに含む、項目1から142までのいずれか一項に記載の方法。
(項目144)
前記細胞溶解素ポリペプチドが、リステリオリジンO(LLO)である、項目143に記載の方法。
(項目145)
前記APCがアレイにおいて提供され、前記アレイの各位置にある前記APCが、各セットが異なる腫瘍抗原を含む細菌細胞のセットと接触される、項目1から144までのいずれか一項に記載の方法。
(項目146)
前記APCおよびリンパ球が、末梢血から単離されたものである、項目1から145までのいずれか一項に記載の方法。
(項目147)
前記APCが、不死化細胞を含む、項目1から145までのいずれか一項に記載の方法。
(項目148)
前記リンパ球が、がんまたは腫瘍に由来するものである、項目1から147までのいずれか一項に記載の方法。
(項目149)
前記腫瘍抗原が、がんまたは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、または転座をコードする全長ポリペプチドを含む、項目1から148までのいずれか一項に記載の方法。
(項目150)
前記腫瘍抗原が、がんまたは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、または転座をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む、項目1から148までのいずれか一項に記載の方法。
(項目151)
前記腫瘍抗原が、がんまたは腫瘍に存在するウイルスまたは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドを含む、項目1から148までのいずれか一項に記載の方法。
(項目152)
前記腫瘍抗原が、がんまたは腫瘍に存在するウイルスまたは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む、項目1から148までのいずれか一項に記載の方法。
(項目153)
前記腫瘍抗原が、がんまたは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドを含む、項目1から148までのいずれか一項に記載の方法。
(項目154)
前記腫瘍抗原が、がんまたは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む、項目1から148までのいずれか一項に記載の方法。
(項目155)
対象における免疫応答を誘導する方法であって、
a)細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、対象のがんまたは腫瘍細胞において発現される1つまたは複数の突然変異、スプライスバリアント、または転座を含む異なる異種ポリペプチドを含む、ステップと、
b)前記細菌細胞またはビーズを前記対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
c)前記APCを、前記対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示されるポリペプチドによるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドによって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドに対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数のポリペプチドを同定し、刺激、阻害および/または抑制するポリペプチドを腫瘍抗原として同定するステップと、
f)前記同定された腫瘍抗原の中から、(i)がんに対する少なくとも1つの有益な応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の腫瘍抗原、および/または(ii)がんに対する少なくとも1つの有害な応答および/または有益でない応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップと、
g)前記対象に、前記選択された抗原またはその免疫原性断片の1つまたは複数を含む免疫原性組成物を投与するステップと
を含む方法。
(項目156)
対象における免疫応答を誘導する方法であって、
a)細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、対象のがんまたは腫瘍細胞において発現される1つまたは複数の突然変異、スプライスバリアント、または転座を含む異なる異種ポリペプチドを含む、ステップと、
b)前記細菌細胞またはビーズを前記対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
c)前記APCを、前記対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示されるポリペプチドによるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドによって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドに対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数のポリペプチドを同定するステップであって、刺激、阻害および/または抑制により、前記ポリペプチドが腫瘍抗原であることが示される、ステップと、
f)前記同定されたポリペプチドの中から、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数のポリペプチドを選択するステップと、
g)前記対象に、前記選択されたポリペプチドまたはその免疫原性断片の1つまたは複数を含む免疫原性組成物を投与するステップと
を含む方法。
(項目157)
対象における免疫応答を誘導する方法であって、
a)細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、対象のがんまたは腫瘍細胞において発現される1つまたは複数の突然変異、スプライスバリアント、または転座を含む異なる異種ポリペプチドを含む、ステップと、
b)前記細菌細胞またはビーズを前記対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
c)前記APCを、前記対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示されるポリペプチドによるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドによって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドに対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数のポリペプチドを同定するステップであって、刺激、阻害および/または抑制により、前記ポリペプチドが腫瘍抗原であることが示される、ステップと、
f)前記同定された腫瘍抗原およびポリペプチドから、(i)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数のポリペプチド、(ii)がんに対する少なくとも1つの有益な応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の腫瘍抗原、および/または(iii)がんに対する少なくとも1つの有害な応答および/または有益でない応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップと、
g)前記対象に、前記選択された腫瘍抗原およびポリペプチドまたはその免疫原性断片の1つまたは複数を含む免疫原性組成物を投与するステップと
を含む方法。
(項目158)
対象における免疫応答を誘導する方法であって、
a)細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、対象のがんまたは腫瘍細胞において発現される1つまたは複数の突然変異、スプライスバリアント、または転座を含む異なる異種ポリペプチドを含む、ステップと、
b)前記細菌細胞またはビーズを前記対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
c)前記APCを、前記対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示されるポリペプチドによるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドによって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドに対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数のポリペプチドを同定し、刺激、阻害および/または抑制するポリペプチドを腫瘍抗原として同定するステップと、
f)前記同定された腫瘍抗原の中から、(i)がんに対する少なくとも1つの有害な応答および/または有益でない応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の腫瘍抗原、および/または(ii)がんに対する少なくとも1つの有益な応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップと、
g)前記対象に、前記選択された抗原またはその免疫原性断片の1つまたは複数を含まない免疫原性組成物を投与するステップと
を含む方法。
(項目159)
前記対象に、がん治療または治療の組合せを施行するステップをさらに含む、項目156から158までのいずれか一項に記載の方法。
(項目160)
前記複数の腫瘍抗原が、少なくとも1種、3種、5種、10種、15種、20種、25種、30種、50種、100種、150種、250種、500種、750種、1000種またはそれよりも多くの異なる腫瘍抗原、またはその一部分を含む、項目1から159までのいずれか一項に記載の方法。
(項目161)
1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または1つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを決定するステップが、1つまたは複数の免疫メディエーターのレベルを測定することを含む、項目1から160までのいずれか一項に記載の方法。
(項目162)
前記1つまたは複数の免疫メディエーターが、前記リンパ球によって発現されるサイトカイン、可溶性メディエーター、および細胞表面マーカーからなる群から選択される、項目1から161までのいずれか一項に記載の方法。
(項目163)
前記1つまたは複数の免疫メディエーターが、サイトカインである、項目1から162までのいずれか一項に記載の方法。
(項目164)
前記1つまたは複数のサイトカインが、TRAIL、IFN-ガンマ、IL-12p70、IL-2、TNF-アルファ、MIP1-アルファ、MIP1-ベータ、CXCL9、CXCL10、MCP1、RANTES、IL-1ベータ、IL-4、IL-6、IL-8、IL-9、IL-10、IL-13、IL-15、CXCL11、IL-3、IL-5、IL-17、IL-18、IL-21、IL-22、IL-23A、IL-24、IL-27、IL-31、IL-32、TGF-ベータ、CSF、GM-CSF、TRANCE(RANK Lとしても公知)、MIP3-アルファ、およびフラクタルカインからなる群から選択される、項目163に記載の方法。
(項目165)
前記1つまたは複数の免疫メディエーターが、可溶性メディエーターである、項目1から164までのいずれか一項に記載の方法。
(項目166)
前記1つまたは複数の可溶性メディエーターが、グランザイムA、グランザイムB、sFas、sFasL、パーフォリン、およびグラニュライシンからなる群から選択される、項目165に記載の方法。
(項目167)
前記1つまたは複数の免疫メディエーターが、細胞表面マーカーである、項目1から164までのいずれか一項に記載の方法。
(項目168)
前記1つまたは複数の細胞表面マーカーが、CD107a、CD107b、CD25、CD69、CD45RA、CD45RO、CD137(4-1BB)、CD44、CD62L、CD27、CCR7、CD154(CD40L)、KLRG-1、CD71、HLA-DR、CD122(IL-2RB)、CD28、IL7Ra(CD127)、CD38、CD26、CD134(OX-40)、CTLA-4(CD152)、LAG-3、TIM-3(CD366)、CD39、PD1(CD279)、FoxP3、TIGIT、CD160、BTLA、2B4(CD244)、およびKLRG1からなる群から選択される、項目167に記載の方法。
(項目169)
前記リンパ球が、CD4+T細胞を含む、項目1から168までのいずれか一項に記載の方法。
(項目170)
前記リンパ球が、CD8+T細胞を含む、項目1から168までのいずれか一項に記載の方法。
(項目171)
前記リンパ球が、NKT細胞、ガンマ-デルタT細胞、またはNK細胞を含む、項目1から168までのいずれか一項に記載の方法。
(項目172)
前記リンパ球が、CD4+T細胞、CD8+T細胞、NKT細胞、ガンマ-デルタT細胞、およびNK細胞の任意の組合せを含む、項目1から168までのいずれか一項に記載の方法。
(項目173)
リンパ球活性化が、対照レベルよりも少なくとも20%、40%、60%、80%、100%、120%、140%、160%、180%、または200%高いまたは低い、1つまたは複数の発現または分泌された免疫メディエーターのレベルを評価することにより決定される、項目1から172までのいずれか一項に記載の方法。
(項目174)
リンパ球活性化が、対照レベルの平均よりも少なくとも1、2、または3標準偏差高いまたは低い、1つまたは複数の発現または分泌された免疫メディエーターのレベルを評価することにより決定される、項目1から172までのいずれか一項に記載の方法。
(項目175)
リンパ球活性化が、対照に対する応答レベル中央値よりも少なくとも1、2、3、4または5中央絶対偏差(MAD)高いまたは低い、1つまたは複数の発現または分泌された免疫メディエーターのレベルを評価することにより決定される、項目1から172までのいずれか一項に記載の方法。
(項目176)
リンパ球非応答性が、1つまたは複数の発現または分泌された免疫メディエーターのレベルが対照レベルの5%以内、10%、15%、または20%であることを評価することにより決定される、項目1から172までのいずれか一項に記載の方法。
(項目177)
リンパ球非応答性が、対照レベルの平均よりも1標準偏差未満または2標準偏差未満高いまたは低い、1つまたは複数の発現または分泌された免疫メディエーターのレベルを評価することにより決定される、項目1から172までのいずれか一項に記載の方法。
(項目178)
リンパ球非応答性が、対照に対する応答レベル中央値よりも1中央絶対偏差(MAD)未満または2中央絶対偏差(MAD)よりも高いまたはそれよりも低い、1つまたは複数の発現または分泌された免疫メディエーターのレベルを評価することにより決定される、項目1から172までのいずれか一項に記載の方法。
(項目179)
前記対象応答プロファイルが、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の異なる腫瘍抗原を含む、項目1から178までのいずれか一項に記載の方法。
(項目180)
前記対象応答プロファイルが、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の異なる腫瘍抗原を含む、項目1から178までのいずれか一項に記載の方法。
(項目181)
前記対象応答プロファイルが、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の異なる腫瘍抗原を含む、項目1から178までのいずれか一項に記載の方法。
(項目182)
前記対象応答プロファイルが、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の異なる腫瘍抗原の組合せを含む、項目1から178までのいずれか一項に記載の方法。
(項目183)
前記標的応答プロファイルが、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の異なる腫瘍抗原を含む、項目1から182までのいずれか一項に記載の方法。
(項目184)
前記標的応答プロファイルが、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の異なる腫瘍抗原を含む、項目1から182までのいずれか一項に記載の方法。
(項目185)
前記標的応答プロファイルが、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の異なる腫瘍抗原を含む、項目1から182までのいずれか一項に記載の方法。
(項目186)
前記標的応答プロファイルが、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の異なる腫瘍抗原の組合せを含む、項目1から182までのいずれか一項に記載の方法。
(項目187)
前記標的応答プロファイルが、前記がん治療に臨床的に応答する対象の集団由来の、または前記がん治療に臨床的に応答することができない対象由来の、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる異なる腫瘍抗原の平均数を含む、項目1から182までのいずれか一項に記載の方法。
(項目188)
前記標的応答プロファイルが、前記がん治療に臨床的に応答する対象の集団由来の、または前記がん治療に臨床的に応答することができない対象由来の1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する異なる腫瘍抗原の平均数を含む、項目1から182までのいずれか一項に記載の方法。
(項目189)
前記標的応答プロファイルが、前記がん治療に臨床的に応答する対象の集団由来の、または前記がん治療に臨床的に応答することができない対象由来の、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である異なる腫瘍抗原の平均数を含む、項目1から182までのいずれか一項に記載の方法。
(項目190)
前記標的応答プロファイルが、前記がん治療に臨床的に応答する対象の集団由来の、または前記がん治療に臨床的に応答することができない対象の集団由来の、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である異なる腫瘍抗原の組合せを含む、項目1から182までのいずれか一項に記載の方法。
(項目191)
前記対象応答プロファイルの腫瘍抗原の数が、前記標的応答プロファイルの抗原の数と1以下、2以下、3以下、4以下、5以下、または10以下異なる場合、前記対象応答プロファイルが前記標的応答プロファイルと類似している、項目1から190までのいずれか一項に記載の方法。
(項目192)
前記対象応答プロファイルが、活性化リンパ球および/または非応答性リンパ球によって発現および/または分泌される複数のサイトカインのそれぞれに対する異なる腫瘍抗原の数を含む、項目1から191までのいずれか一項に記載の方法。
(項目193)
前記標的応答プロファイルが、対応する複数のサイトカインのそれぞれに対する抗原の数を含む、項目192に記載の方法。
(項目194)
前記標的応答プロファイルが、前記がん治療に臨床的に応答する対象の集団由来の活性化リンパ球および/または非応答性リンパ球によって発現および/または分泌される、対応する複数のサイトカインのそれぞれに対する抗原の平均数を含む、項目192に記載の方法。
(項目195)
前記標的応答プロファイルが、前記がん治療に臨床的に応答することができない対象の集団由来の活性化リンパ球および/または非応答性リンパ球によって発現および/または分泌される、対応する複数のサイトカインのそれぞれに対する抗原の平均数を含む、項目192に記載の方法。
(項目196)
前記標的応答プロファイルが、前記がん治療に臨床的に応答する対象の集団由来の、または前記がん治療に臨床的に応答することができない対象の集団由来の活性化リンパ球および/または非応答性リンパ球によって発現および/または分泌される、対応する複数のサイトカインのそれぞれに対する抗原の組合せを含む、項目192に記載の方法。
(項目197)
前記対象応答プロファイルの複数のサイトカインのうちの少なくとも2つに対する腫瘍抗原の数が、前記標的応答プロファイルの対応する複数のサイトカインに対する抗原の数と1以下、2以下、3以下、4以下、5以下、または10以下異なるである場合、前記対象応答プロファイルが前記標的応答プロファイルと類似している、項目1から190までのいずれか一項に記載の方法。
(項目198)
対象が、前記がん治療に対する臨床的応答性の尺度または指標の少なくとも1つを示す、項目1から197までのいずれか一項に記載の方法。
(項目199)
対象が、前記がん治療に対する臨床的応答不全の尺度または指標の少なくとも1つを示す、項目1から197までのいずれか一項に記載の方法。
(項目200)
前記がん治療が、免疫チェックポイント遮断治療を含む、項目1から199までのいずれか一項に記載の方法。
(項目201)
前記免疫チェックポイント遮断治療が、ペムブロリズマブ、ニボルマブ、イピリムマブ、アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、トレメリムマブ、またはセミプリマブの投与を含む、項目200に記載の方法。
(項目202)
前記免疫チェックポイント遮断治療が、2つまたはそれよりも多くの免疫チェックポイント阻害剤の投与を含む、項目200または201に記載の方法。
(項目203)
前記がん治療が、免疫抑制遮断治療を含む、項目1から202までのいずれか一項に記載の方法。
(項目204)
前記免疫抑制遮断治療が、Vista(B7-H5、T細胞活性化のv-ドメインIgサプレッサー)阻害剤、Lag-3(リンパ球活性化遺伝子3、CD223)阻害剤、IDO(インドールアミン-ピロール-2,3-ジオキシゲナーゼ-1,2)阻害剤、またはKIR受容体ファミリー(キラー細胞免疫グロブリン様受容体)阻害剤、CD47阻害剤、またはTigit(IgおよびITIMドメインを有するT細胞免疫受容体)阻害剤の投与を含む、項目203に記載の方法。
(項目205)
前記免疫抑制遮断治療が、2つまたはそれよりも多くの免疫抑制阻害剤の投与を含む、項目203または204に記載の方法。
(項目206)
前記がん治療が、免疫活性化治療を含む、項目1から205までのいずれか一項に記載の方法。
(項目207)
前記免疫活性化治療が、CD40アゴニスト、GITR(グルココルチコイド誘導性TNF-R関連タンパク質、CD357)アゴニスト、OX40(CD134)アゴニスト、4-1BB(CD137)アゴニスト、ICOS(誘導性T細胞刺激物質、CD278)アゴニスト、IL-2(インターロイキン2)アゴニスト、またはインターフェロンアゴニストの投与を含む、項目206に記載の方法。
(項目208)
免疫活性化が、2つまたはそれよりも多くの免疫活性化因子の投与を含む、項目206または207に記載の方法。
(項目209)
前記がん治療が、アジュバント治療を含む、項目1から208までのいずれか一項に記載の方法。
(項目210)
前記アジュバント治療が、TLRアゴニスト(例えば、CpGまたはポリI:C)、STINGアゴニスト、自然免疫の非特異的刺激、樹状細胞、GM-CSF、IL-12、IL-7、Flt-3、または他のサイトカインの投与を含む、項目209に記載の方法。
(項目211)
前記がん治療が、腫瘍溶解性ウイルス治療を含む、項目1から210までのいずれか一項に記載の方法。
(項目212)
前記腫瘍溶解性ウイルス治療が、タリモジーン・ラハーパレプベックの投与を含む、項目211に記載の方法。
(項目213)
前記がん治療が、1つまたは複数の化学療法剤の投与を含む、項目1から212までのいずれか一項に記載の方法。
(項目214)
前記がん治療が、放射線照射を含む、項目1から213までのいずれか一項に記載の方法。
(項目215)
前記がん治療が、外科的切除を含む、項目1から214までのいずれか一項に記載の方法。
(項目216)
前記がん治療が、細胞に基づく治療を含む、項目1から215までのいずれか一項に記載の方法。
(項目217)
前記細胞に基づく治療が、樹状細胞、キメラ抗原受容体T(CAR-T)細胞、T細胞受容体形質導入細胞、腫瘍浸潤性リンパ球(TIL)、またはナチュラルキラー(NK)細胞の投与を含む、項目216に記載の方法。
(項目218)
前記がん治療が、局所温熱療法または低温療法を含む、項目1から217までのいずれか一項に記載の方法。
(項目219)
前記がん治療が、1つまたは複数の抗腫瘍抗体の投与を含む、項目1から218までのいずれか一項に記載の方法。
(項目220)
前記抗腫瘍抗体が、二重特異性抗体を含む、項目219に記載の方法。
(項目221)
前記がん治療が、1つまたは複数の抗血管新生剤の投与を含む、項目1から220までのいずれか一項に記載の方法。
(項目222)
前記がん治療が、免疫チェックポイント遮断による治療、免疫抑制遮断による治療、免疫活性化による治療、アジュバント治療、腫瘍溶解性ウイルスによる治療、化学療法薬による治療、放射線照射による治療、外科的治療、細胞に基づく治療、温熱療法による治療、低温療法による治療、抗腫瘍抗体による治療、および抗血管新生治療の任意の組合せを含む、項目1から221までのいずれか一項に記載の方法。
(項目223)
1つまたは複数の選択された抗原を用いて対象における免疫応答を誘導する方法であって、
a)複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、
b)前記細菌細胞またはビーズを第1の対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
c)前記APCを、前記第1の対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の刺激または阻害および/もしくは抑制に適した条件下で接触させるステップと、
d)リンパ球を刺激する1つまたは複数の刺激性腫瘍抗原を同定し、リンパ球を刺激しない1つまたは複数の非刺激性腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを生成するステップと、
e)前記対象応答プロファイルを標的応答プロファイルと比較するステップであって、前記標的応答プロファイルが、がん治療に臨床的に応答する第2の対象由来のものであり、前記標的応答プロファイルが、リンパ球を刺激する1つまたは複数の同定された刺激性腫瘍抗原を含み、かつ、リンパ球を刺激しない1つまたは複数の同定された非刺激性腫瘍抗原を含む、ステップと、
f)1つまたは複数の抗原を選択するステップであって、前記1つまたは複数の抗原が前記対象応答プロファイルにおいて非刺激性であると同定され、同じ1つまたは複数の抗原が前記標的応答プロファイルにおいて刺激性であると同定される、ステップと、
g)前記第1の対象に、前記選択された抗原の1つまたは複数を含む免疫原性組成物を投与するステップと
を含む方法。
(項目224)
がん治療を前記対象に施行するステップをさらに含む、項目223に記載の方法。
(項目225)
前記対象応答プロファイルが、前記複数の腫瘍抗原に関連する前記1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む、項目223または224に記載の方法。
(項目226)
項目1から225までのいずれか一項に従って得られたまたは作成された標的応答プロファイルの1つまたは複数の抗原を含む本発明の免疫原性組成物。
(項目227)
項目1から225までのいずれか一項に従って選択された1つまたは複数の抗原を含む本発明の免疫原性組成物。
(項目228)
(i)1つまたは複数のヘパラナーゼポリペプチドまたはその免疫原性断片および(ii)SMAD4ポリペプチドまたはその免疫原性断片を含む免疫原性組成物。
(項目229)
前記1つまたは複数のヘパラナーゼポリペプチドまたは断片および前記SMAD4ポリペプチドまたは断片が、それぞれ8~29アミノ酸の長さである、項目228に記載の免疫原性組成物。
(項目230)
前記ヘパラナーゼポリペプチドが、配列番号6または配列番号7のアミノ酸配列を含む、項目229または229に記載の免疫原性組成物。
(項目231)
前記SMAD4ポリペプチドが、配列番号8のアミノ酸配列を含む、項目228から230までのいずれか一項に記載の免疫原性組成物。
(項目232)
配列番号6、配列番号7、または配列番号8のアミノ酸の総数の約70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、または99%からなる1つまたは複数の免疫原性断片を含む、項目228から231までのいずれか一項に記載の免疫原性組成物。
(項目233)
約1アミノ酸、約2アミノ酸、約3アミノ酸、約4アミノ酸、約5アミノ酸、約10アミノ酸、約15アミノ酸、約20アミノ酸、約25アミノ酸、約30アミノ酸、約35アミノ酸、約40アミノ酸、約45アミノ酸、約50アミノ酸、またはそれよりも多くのアミノ酸を欠く配列番号6、配列番号7、または配列番号8からなる1つまたは複数の免疫原性断片を含む、項目228から232までのいずれか一項に記載の免疫原性組成物。
(項目234)
前記1つまたは複数のヘパラナーゼポリペプチドが、配列番号6または配列番号7と少なくとも85%、90%、95%、97%、または99%同一であるアミノ酸配列を含む、項目228から233までのいずれか一項に記載の免疫原性組成物。
(項目235)
前記SMAD4ポリペプチドが、配列番号8と少なくとも85%、90%、95%、97%、または99%同一であるアミノ酸配列を含む、項目228から234までのいずれか一項に記載の免疫原性組成物。
(項目236)
ヘパラナーゼアイソフォーム1ポリペプチドまたは免疫原性断片、ヘパラナーゼアイソフォーム2ポリペプチドまたは免疫原性断片、およびSMAD4ポリペプチドまたは免疫原性断片を含む免疫原性組成物。
(項目237)
前記ヘパラナーゼアイソフォーム1ポリペプチドまたは免疫原性断片、前記ヘパラナーゼアイソフォーム2ポリペプチドまたは免疫原性断片および前記SMAD4ポリペプチドまたは免疫原性断片が、それぞれ8~29アミノ酸の長さである、項目236に記載の免疫原性組成物。
(項目238)
前記ヘパラナーゼアイソフォーム1ポリペプチドが、配列番号1のアミノ酸配列を含み、前記ヘパラナーゼアイソフォーム2ポリペプチドが、配列番号2のアミノ酸配列を含む、項目236または237に記載の免疫原性組成物。
(項目239)
前記SMAD4ポリペプチドが、配列番号3のアミノ酸配列を含む、項目236から238までのいずれか一項に記載の免疫原性組成物。
(項目240)
配列番号6、配列番号7、または配列番号8のアミノ酸の総数の約70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、または99%からなる1つまたは複数の免疫原性断片を含む、項目236から239までのいずれか一項に記載の免疫原性組成物。
(項目241)
約1アミノ酸、約2アミノ酸、約3アミノ酸、約4アミノ酸、約5アミノ酸、約10アミノ酸、約15アミノ酸、約20アミノ酸、約25アミノ酸、約30アミノ酸、約35アミノ酸、約40アミノ酸、約45アミノ酸、約50アミノ酸、またはそれよりも多くのアミノ酸を欠く配列番号6、配列番号7、または配列番号8からなる1つまたは複数の免疫原性断片を含む、項目236から240までのいずれか一項に記載の免疫原性組成物。
(項目242)
前記ヘパラナーゼアイソフォーム1ポリペプチドが、配列番号6と少なくとも85%、90%、95%、97%、または99%同一であるアミノ酸配列を含み、前記ヘパラナーゼアイソフォーム1ポリペプチドが、配列番号7と少なくとも85%、90%、95%、97%、または99%同一であるアミノ酸配列を含む、項目236から241までのいずれか一項に記載の免疫原性組成物。
(項目243)
前記SMAD4ポリペプチドが、配列番号8と少なくとも85%、90%、95%、97%、または99%同一であるアミノ酸配列を含む、項目236から242までのいずれか一項に記載の免疫原性組成物。
(項目244)
アジュバントをさらに含む、項目288から242までのいずれか一項に記載の免疫原性組成物。
(項目245)
がんを処置する方法であって、対象に項目228から244までのいずれか一項に記載の免疫原性組成物を投与するステップを含む方法。
(項目246)
前記対象が、がんを有するかもしくはがんのリスクがあり、および/または1つまたは複数のがんの徴候または症状を示し、および/または1つまたは複数のがんの危険因子を示す、項目245に記載の方法。
(項目247)
前記がんが、結腸直腸がん、黒色腫、または肺がんである、項目245または246に記載の方法。
(項目248)
対象における免疫応答を誘導する方法であって、対象に項目228から244までのいずれか一項に記載の免疫原性組成物を投与するステップを含む方法。
(項目249)
前記免疫応答が、1つまたは複数のリンパ球の活性化を含む、項目248に記載の方法。
(項目250)
前記1つまたは複数のリンパ球が、CD4+T細胞を含む、項目249に記載の方法。
(項目251)
前記1つまたは複数のリンパ球が、CD8+T細胞を含む、項目249または250に記載の方法。
(項目252)
前記1つまたは複数のリンパ球が、NKT細胞、ガンマ-デルタT細胞、またはNK細胞を含む、項目249から251までのいずれか一項に記載の方法。
(項目253)
前記1つまたは複数のリンパ球が、CD4+T細胞、CD8+T細胞、NKT細胞、ガンマ-デルタT細胞、およびNK細胞の任意の組合せを含む、項目249から252までのいずれか一項に記載の方法。
(項目254)
前記免疫応答が、対照と比べた1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌の増大を含む、項目248に記載の方法。
(項目255)
リンパ球シグナル伝達分子が免疫メディエーターの中から選択される、項目254に記載の方法。
(項目256)
前記1つまたは複数の免疫メディエーターが、サイトカインである、項目254または255に記載の方法。
(項目257)
前記1つまたは複数のサイトカインが、TRAIL、IFN-ガンマ、IL-12p70、IL-2、TNF-アルファ、MIP1-アルファ、MIP1-ベータ、CXCL9、CXCL10、MCP1、RANTES、IL-1ベータ、IL-4、IL-6、IL-8、IL-9、IL-10、IL-13、IL-15、CXCL11、IL-3、IL-5、IL-17、IL-18、IL-21、IL-22、IL-23A、IL-24、IL-27、IL-31、IL-32、TGF-ベータ、CSF、GM-CSF、TRANCE(RANK Lとしても公知)、MIP3-アルファ、MCP1、およびフラクタルカインから選択される、項目255または256に記載の方法。
(項目258)
前記1つまたは複数の免疫メディエーターが、可溶性メディエーターである、項目254または255に記載の方法。
(項目259)
前記1つまたは複数の可溶性メディエーターが、グランザイムA、グランザイムB、sFas、sFasL、パーフォリン、およびグラニュライシンから選択される、項目255または258に記載の方法。
(項目260)
前記1つまたは複数の免疫メディエーターが、細胞表面マーカーである、項目254または255に記載の方法。
(項目261)
前記1つまたは複数の細胞表面マーカーが、CD107a、CD107b、CD25、CD69、CD45RA、CD45RO、CD137(4-1BB)、CD44、CD62L、CD27、CCR7、CD154(CD40L)、KLRG-1、CD71、HLA-DR、CD122(IL-2RB)、CD28、IL7Ra(CD127)、CD38、CD26、CD134(OX-40)、CTLA-4(CD152)、LAG-3、TIM-3(CD366)、CD39、PD1(CD279)、FoxP3、TIGIT、CD160、BTLA、2B4(CD244)、およびKLRG1から選択される、項目255または260に記載の方法。
(項目262)
1つまたは複数の発現または分泌された免疫メディエーターのレベルが、対照レベルよりも少なくとも20%、40%、60%、80%、100%、120%、140%、160%、180%、または200%高い、項目248から261までのいずれか一項に記載の方法。
(項目263)
対照レベルの平均よりも少なくとも1、2、または3標準偏差高い、1つまたは複数の発現または分泌された免疫メディエーターのレベルが、リンパ球活性化を示す、項目248から261までのいずれか一項に記載の方法。
(項目264)
対照に対する応答レベル中央値よりも少なくとも1、2、3、4または5中央絶対偏差(MAD)高いまたは低い、1つまたは複数の発現または分泌された免疫メディエーターのレベルが、リンパ球活性化を示す、項目248から261までのいずれか一項に記載の方法。
(項目265)
前記免疫応答が、体液性応答および/または細胞応答を含む、項目248に記載の方法。
(項目266)
前記体液性応答が、応答の大きさの増大または抗原特異的免疫グロブリンG(IgG)レベルおよび/または抗原特異的中和抗体レベルのベースラインからの倍の上昇を含む、項目254に記載の方法。
(項目267)
前記体液性応答が、IgG力価のベースラインから4倍またはそれよりも大きな上昇を含む、項目265または266に記載の方法。
(項目268)
前記体液性応答が、50%中和抗体力価のベースラインから2倍またはそれよりも大きな上昇を含む、項目265から267までのいずれか一項に記載の方法。
(項目269)
前記細胞応答が、グランザイムB(GrB)の分泌を含む、項目265から268までのいずれか一項に記載の方法。
(項目270)
前記細胞応答が、応答の大きさの増大またはグランザイムB(GrB)レベルのベースラインからの倍の上昇を含む、項目265から269までのいずれか一項に記載の方法。
(項目271)
前記細胞応答が、T細胞のIFN-ガンマ分泌の増大を含む、項目265から270までのいずれか一項に記載の方法。
(項目272)
前記対象が、がんを有するかもしくはがんのリスクがあり、および/または1つまたは複数のがんの徴候または症状を示し、および/または1つまたは複数のがんの危険因子を示す、項目248から271までのいずれか一項に記載の方法。
(項目273)
前記がんが、結腸直腸がん、黒色腫、または肺がんである、項目272に記載の方法。
(項目274)
免疫原性組成物を製造するための方法であって、項目1から255までに記載の方法によって同定された1つまたは複数の抗原と担体を組み合わせるステップを含む方法。
(項目275)
前記抗原が、適切な宿主細胞において組換えDNA技術を使用して産生される、項目274に記載の方法。
(項目276)
前記免疫原性組成物を医薬組成物として製剤化するステップを含む、項目274または275に記載の方法。
(項目277)
それを必要とする対象に投与するための免疫原性組成物を製造するための方法であって、
a.複数の抗原を含む複数の抗原性組成物を提供する、調製する、または得るステップであって、各組成物が、異なる抗原を含む、ステップと、
b.標的応答プロファイルを提供する、調製する、または得るステップであって、前記標的応答プロファイルが、前記複数の抗原に関連する(例えば、それと共に決定、測定、観察される)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む、ステップと、
c.対象応答プロファイルを提供する、調製する、または得るステップであって、前記対象応答プロファイルが、前記複数の抗原に関連する(例えば、それと共に決定、測定、観察される)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む、ステップと、
d.前記標的応答プロファイルと前記対象応答プロファイルを比較するステップと、
e.前記比較に基づいて1つまたは複数の抗原を選択するステップと、
f.前記1つまたは複数の選択された抗原を含む1つまたは複数の抗原性組成物の少なくとも一部分を医薬組成物として製剤化するステップと
を含む方法。
(項目278)
前記選択するステップが、がんに対する有益な応答に関連する免疫メディエーターの発現または分泌を増大させる1つまたは複数の抗原、ならびに/または、がんに対する有害な応答または有益でない応答に関連する免疫メディエーターの発現または分泌を阻害および/または抑制する1つまたは複数の抗原を選択することを含む、項目277に記載の方法。
(項目279)
前記複数の抗原性組成物が、溶液であるか、凍結乾燥されたものであるか、または合成マトリックス上にある、項目277または278に記載の方法。
(項目280)
それを必要とする対象に投与するための免疫原性組成物を製造する方法であって、
項目1から225までのいずれか一項に記載の方法によって同定された1つまたは複数の抗原またはその断片を調製するステップと、
1つまたは複数の抗原またはその断片を組み合わせるステップであって、前記1つまたは複数の抗原またはその断片が、前記対象の応答プロファイルに従って選択される、ステップと、
前記免疫原性組成物を医薬組成物として製剤化するステップと
を含む方法。
(項目281)
それを必要とする対象に投与するための免疫原性組成物を製造する方法であって、
項目1から225までのいずれか一項に記載の方法によって同定された1つまたは複数の抗原またはその断片を調製するステップと、
1つまたは複数の抗原またはその断片を組み合わせるステップであって、前記1つまたは複数の抗原またはその断片は、前記1つまたは複数の抗原が前記対象のリンパ球により、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小であることが示されているか否かに従って選択される、ステップと、
前記免疫原性組成物を医薬組成物として製剤化するステップと
を含む方法。
(項目282)
それを必要とする対象に投与するための免疫原性組成物を製造する方法であって、
項目1から225までのいずれか一項に記載の方法によって同定された1つまたは複数の抗原またはその断片を調製するステップと、
1つまたは複数の抗原またはその断片を組み合わせるステップであって、前記1つまたは複数の抗原またはその断片が、前記対象の応答プロファイルに従って選択される、ステップと、
前記免疫原性組成物を医薬組成物として製剤化するステップと
を含む方法。
本発明は、例えば以下の項目を提供する。
(項目1)
対象応答プロファイルを得るまたは生成する方法であって、
a)複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、
b)前記ライブラリーの前記細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
c)前記APCを、前記対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害、および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを得るまたは生成するステップと
を含む方法。
(項目2)
前記対象応答プロファイルが、前記複数の腫瘍抗原に関連する前記1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む、項目1に記載の方法。
(項目3)
標的応答プロファイルを得るまたは生成する方法であって、
a)複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、
b)前記ライブラリーの前記細菌細胞またはビーズを、がんに対する応答を示すまたは以前示した対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
c)前記APCを、前記対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、標的応答プロファイルを得るまたは生成するステップと
を含む方法。
(項目4)
前記対象が、がんに対して少なくとも1つの有益な応答を示すまたは以前示した、項目3に記載の方法。
(項目5)
前記有益な応答が、がん治療または治療の組合せに対する正の臨床応答、例えば、1つまたは複数の正の臨床的エンドポイントを含む、項目4に記載の方法。
(項目6)
前記有益な応答が、がんに対する自然応答を含む、項目4に記載の方法。
(項目7)
前記有益な応答が、がんのクリアランス、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスに関連する1つまたは複数の臨床的尺度を含む、項目4に記載の方法。
(項目8)
前記有益な応答が、例えば所定の期間(例えば、少なくとも1週間、2週間、3週間、4週間、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、または少なくとも1カ月、2カ月、3カ月、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、12カ月、または少なくとも1年、2年、3年、4年、5年、6年、7年、8年、9年、10年、11年、12年)にわたって、がんの再燃、再発、および/または転移がないことを含む、項目4に記載の方法。
(項目9)
前記有益な応答が、正のがん予後を含む、項目4に記載の方法。
(項目10)
前記有益な応答が、がん治療または治療の組合せに対する測定可能な毒性の応答または副作用がないことを含む、項目4に記載の方法。
(項目11)
前記対象が、がんに対して少なくとも1つの有害な応答または有益でない応答を示すまたは以前示した、項目3に記載の方法。
(項目12)
前記有害な応答が、がん治療または治療の組合せに対する負の臨床応答および/または応答不全を含む、項目11に記載の方法。
(項目13)
前記有害な応答が、がんのクリアランスの欠如、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスの欠如に関連する1つまたは複数の臨床的尺度を含む、項目11に記載の方法。
(項目14)
前記有害な応答が、がんの再燃、再発、および/または転移の少なくとも1つを含む、項目11に記載の方法。
(項目15)
前記有害な応答が、負のがん予後を含む、項目11に記載の方法。
(項目16)
前記有害な応答が、がん治療または治療の組合せに対する1つまたは複数の毒性の応答または副作用(例えば、1つまたは複数の測定可能な毒性の応答または副作用)を含む、項目11に記載の方法。
(項目17)
前記標的応答プロファイルを得るために使用される前記ライブラリーが、項目1に記載の対象応答プロファイルを得るために使用されるものと同じライブラリーである、項目3から16までのいずれか一項に記載の方法。
(項目18)
追加的な対象由来の抗原提示細胞(APC)および/またはリンパ球を用いてステップa)からe)を繰り返して、集団に基づくまたは複合的な標的応答プロファイルを得るステップをさらに含む、項目3から17までのいずれか一項に記載の方法。
(項目19)
前記標的応答プロファイルが、前記複数の腫瘍抗原に関連する前記1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む、項目2から18までのいずれか一項に記載の方法。
(項目20)
対象をがん治療の候補として同定する方法であって、
a)複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、
b)前記細菌細胞またはビーズを前記対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
c)前記APCを、前記対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを得るまたは生成するステップと、
f)前記対象応答プロファイルを標的応答プロファイルと比較して、前記対象をがん治療の開始、継続、改変、中止または不開始の候補対象として選択するステップと
を含む方法。
(項目21)
前記対象応答プロファイルが、前記複数の腫瘍抗原に関連する前記1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む、項目20に記載の方法。
(項目22)
g)前記細菌細胞またはビーズを標的対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
h)前記APCを、前記標的対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
i)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
j)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、前記標的応答プロファイルを得るまたは生成するステップと
を含む方法によって前記標的応答プロファイルを生成するステップをさらに含む、項目20または21に記載の方法。
(項目23)
前記標的応答プロファイルが、前記複数の腫瘍抗原に関連する前記1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む、項目22に記載の方法。
(項目24)
前記標的応答プロファイルが、がんに対する少なくとも1つの有益な応答を示すまたは以前示した1または複数の標的対象に由来する、項目20から23までのいずれか一項に記載の方法。
(項目25)
前記有益な応答が、がん治療または治療の組合せに対する正の臨床応答を含む、項目24に記載の方法。
(項目26)
前記有益な応答が、がんに対する自然応答を含む、項目24に記載の方法。
(項目27)
前記有益な応答が、がんのクリアランス、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスに関連する1つまたは複数の臨床的尺度を含む、項目24に記載の方法。
(項目28)
前記有益な応答が、例えば所定の期間(例えば、少なくとも1週間、2週間、3週間、4週間、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、または少なくとも1カ月、2カ月、3カ月、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、12カ月、または少なくとも1年、2年、3年、4年、5年、6年、7年、8年、9年、10年、11年、12年)にわたって、がんの再燃、再発、および/または転移がないことを含む、項目24に記載の方法。
(項目29)
前記有益な応答が、正のがん予後を含む、項目24に記載の方法。
(項目30)
前記有益な応答が、がん治療または治療の組合せに対する1つまたは複数の毒性の応答および/または副作用(例えば、1つまたは複数の測定可能な毒性の応答または副作用)がないことを含む、項目24に記載の方法。
(項目31)
前記標的応答プロファイルが、がんに対する1つまたは複数の有害な応答および/または有益でない応答を示すまたは以前示した1または複数の標的対象に由来する、項目20から23までのいずれか一項に記載の方法。
(項目32)
前記有害な応答および/または有益でない応答が、がん治療または治療の組合せに対する負の臨床応答および/または応答不全を含む、項目31に記載の方法。
(項目33)
前記有害な応答および/または有益でない応答が、がんのクリアランスの欠如、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスの欠如に関連する1つまたは複数の臨床的尺度を含む、項目31に記載の方法。
(項目34)
前記有害な応答および/または有益でない応答が、がんの再燃、再発、および/または転移の少なくとも1つを含む、項目31に記載の方法。
(項目35)
前記有害な応答および/または有益でない応答が、負のがん予後を含む、項目31に記載の方法。
(項目36)
前記有害な応答および/または有益でない応答が、がん治療または治療の組合せに対する1つまたは複数の毒性の応答および/または副作用(例えば、1つまたは複数の測定可能な毒性の応答および/または副作用)を含む、項目31に記載の方法。
(項目37)
がん治療またはがん治療の組合せの開始のための前記候補対象を選択するステップをさらに含む、項目20から36までのいずれかに記載の方法。
(項目38)
がん治療またはがん治療の組合せの継続のための前記候補対象を選択するステップをさらに含む、項目20から36までのいずれかに記載の方法。
(項目39)
(i)前記対象応答プロファイルが、前記がん治療または組合せに対する1つまたは複数の有益な応答を示すまたは以前示した標的対象由来の標的応答プロファイルと類似している場合、および/または(ii)前記対象応答プロファイルが、前記がん治療または組合せに対する1つまたは複数の有害な応答を示すまたは以前示した前記標的対象由来の標的応答プロファイルと類似していない場合、前記対象を候補対象として選択するステップを含む、項目37または項目38に記載の方法。
(項目40)
前記候補対象を、がん治療の改変のために選択するステップをさらに含む、項目20から36までのいずれかに記載の方法。
(項目41)
前記候補対象を、がん治療の中止または不開始のために選択するステップをさらに含む、項目20から36までのいずれかに記載の方法。
(項目42)
(i)前記対象応答プロファイルが、前記がん治療に対する1つまたは複数の有害な応答を示すまたは以前示した標的対象由来の前記標的応答プロファイルと類似している場合、および/または(ii)前記対象応答プロファイルが、前記がん治療に対する1つまたは複数の有益な応答を示すまたは以前示した標的対象由来の前記標的応答プロファイルと類似していない場合、前記対象をがん治療の改変、中止、および/または不開始の候補対象として選択するステップを含む、項目40または41に記載の方法。
(項目43)
前記がん治療またはがん治療の組合せを前記候補対象に施行するステップをさらに含む、項目37から39までのいずれか一項に記載の方法。
(項目44)
前記候補対象に施行する前記がん治療を改変するステップをさらに含む、項目40から42までのいずれか一項に記載の方法。
(項目45)
前記候補対象に対する前記がん治療を中止するまたは開始しないステップをさらに含む、項目40から42までのいずれか一項に記載の方法。
(項目46)
腫瘍抗原を選択する方法であって、
a)複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、
b)前記細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
c)前記APCを、前記対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害、および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを得るまたは生成するステップと、
f)前記対象応答プロファイルを標的応答プロファイルと比較するステップと、
g)前記比較に基づいて1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップと
を含む方法。
(項目47)
前記対象応答プロファイルが、前記複数の腫瘍抗原に関連する前記1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む、項目46に記載の方法。
(項目48)
h)前記細菌細胞またはビーズを標的対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
i)前記APCを、前記標的対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
j)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
k)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、前記標的応答プロファイルを得るまたは生成するステップと
を含む方法によって前記標的応答プロファイルを生成するステップをさらに含む、項目46または47に記載の方法。
(項目49)
前記標的応答プロファイルが、前記複数の腫瘍抗原に関連する前記1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む、項目48に記載の方法。
(項目50)
前記標的応答プロファイルが、がんに対する1つまたは複数の有益な応答を示すまたは以前示した1または複数の標的対象に由来する、項目46から49までのいずれか一項に記載の方法。
(項目51)
前記有益な応答が、がん治療または治療の組合せに対する正の臨床応答を含む、項目50に記載の方法。
(項目52)
前記有益な応答が、がんに対する自然応答を含む、項目50に記載の方法。
(項目53)
前記有益な応答が、がんのクリアランス、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスに関連する1つまたは複数の臨床的尺度を含む、項目50に記載の方法。
(項目54)
前記有益な応答が、例えば、所定の期間(例えば、少なくとも1週間、2週間、3週間、4週間、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、または少なくとも1カ月、2カ月、3カ月、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、12カ月、または少なくとも1年、2年、3年、4年、5年、6年、7年、8年、9年、10年、11年、12年)にわたる、がんの再燃、再発、および/または転移を含む、項目50に記載の方法。
(項目55)
前記有益な応答が、正のがん予後を含む、項目50に記載の方法。
(項目56)
前記有益な応答が、がん治療または治療の組合せに対する1つまたは複数の毒性の応答および/または副作用(例えば、1つまたは複数の測定可能な毒性の応答および/または副作用)がないことを含む、項目50に記載の方法。
(項目57)
前記標的応答プロファイルが、がんに対する1つまたは複数の有害な応答または有益でない応答を示すまたは以前示した1または複数の標的対象に由来する、項目46から49までのいずれか一項に記載の方法。
(項目58)
前記有害な応答および/または有益でない応答が、がん治療または治療の組合せに対する負の臨床応答および/または応答不全を含む、項目57に記載の方法。
(項目59)
前記有害な応答および/または有益でない応答が、がんのクリアランスの欠如、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスの欠如に関連する1つまたは複数の臨床的尺度を含む、項目57に記載の方法。
(項目60)
前記有害な応答および/または有益でない応答が、がんの再燃、再発、および/または転移の少なくとも1つを含む、項目57に記載の方法。
(項目61)
前記有害な応答および/または有益でない応答が、負のがん予後を含む、項目57に記載の方法。
(項目62)
前記有害な応答および/または有益でない応答が、がん治療または治療の組合せに対する1つまたは複数の毒性の応答および/または副作用(例えば、1つまたは複数の測定可能な毒性の応答および/または副作用)を含む、項目57に記載の方法。
(項目63)
がんに対する有益な応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップ、および/または、がんに対する有害な応答または有益でない応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップを含む、項目46から62までのいずれか一項に記載の方法。
(項目64)
がんに対する有害な応答または有益でない応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップ、および/または、がんに対する有益な応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップを含む、項目46から62までのいずれか一項に記載の方法。
(項目65)
第1の対象に、前記選択された抗原またはその免疫原性断片の1つまたは複数を含む免疫原性組成物を投与するステップをさらに含む、項目63に記載の方法。
(項目66)
前記第1の対象に、前記選択された抗原またはその免疫原性断片の1つまたは複数を含まない免疫原性組成物を投与するステップをさらに含む、項目64に記載の方法。
(項目67)
前記第1の対象に、がん治療または治療の組合せを施行するステップをさらに含む、項目65または66に記載の方法。
(項目68)
対象における免疫応答を誘導する方法であって、
a)複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、
b)前記細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
c)前記APCを、前記対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇またはレベルの低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを得るまたは生成するステップと、
f)前記対象応答プロファイルを標的応答プロファイルと比較するステップと、
g)前記比較に基づいて1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップと、
h)前記対象に、前記選択された抗原またはその免疫原性断片の1つまたは複数を含む免疫原性組成物を投与するステップと
を含む方法。
(項目69)
前記対象応答プロファイルが、前記複数の腫瘍抗原に関連する前記1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む、項目68に記載の方法。
(項目70)
i)前記細菌細胞またはビーズを標的対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
j)前記APCを、前記標的対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
k)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
l)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、前記標的応答プロファイルを得るまたは生成するステップと
を含む方法によって前記標的応答プロファイルを生成するステップをさらに含む、項目68または69に記載の方法。
(項目71)
前記標的応答プロファイルが、前記複数の腫瘍抗原に関連する前記1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む、項目70に記載の方法。
(項目72)
前記標的応答プロファイルが、がんに対する少なくとも1つの有益な応答を示すまたは以前示した1または複数の標的対象に由来する、項目68から71までのいずれか一項に記載の方法。
(項目73)
前記有益な応答が、がん治療または治療の組合せに対する正の臨床応答を含む、項目72に記載の方法。
(項目74)
前記有益な応答が、がんに対する自然応答を含む、項目72に記載の方法。
(項目75)
前記有益な応答が、がんのクリアランス、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスに関連する1つまたは複数の臨床的尺度を含む、項目72に記載の方法。
(項目76)
前記有益な応答が、例えば所定の期間(例えば、少なくとも1週間、2週間、3週間、4週間、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、または少なくとも1カ月、2カ月、3カ月、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、12カ月、または少なくとも1年、2年、3年、4年、5年、6年、7年、8年、9年、10年、11年、12年)にわたって、がんの再燃、再発、および/または転移がないことを含む、項目72に記載の方法。
(項目77)
前記有益な応答が、正のがん予後を含む、項目72に記載の方法。
(項目78)
前記有益な応答が、がん治療または治療の組合せに対する1つまたは複数の毒性の応答および/または副作用(例えば、1つまたは複数の測定可能な毒性の応答または副作用)がないことを含む、項目72に記載の方法。
(項目79)
(i)がんに対する1つまたは複数の有益な応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の腫瘍抗原、および/または(i)がんに対する1つまたは複数の有害な応答または有益でない応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の腫瘍抗原を選択し、投与するステップを含む、項目68から78までのいずれか一項に記載の方法。
(項目80)
対象における免疫応答を誘導する方法であって、
a)複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、
b)前記細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
c)前記APCを、前記対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを得るまたは生成するステップと、
f)前記対象応答プロファイルを標的応答プロファイルと比較するステップと、
g)前記比較に基づいて1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップと、
h)前記対象に、前記選択された抗原またはその免疫原性断片の1つまたは複数を含まない免疫原性組成物を投与するステップと
を含む方法。
(項目81)
前記対象応答プロファイルが、前記複数の腫瘍抗原に関連する前記1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む、項目80に記載の方法。
(項目82)
i)前記細菌細胞またはビーズを標的対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
j)前記APCを、前記標的対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
k)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
l)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、前記標的応答プロファイルを得るまたは生成するステップと
を含む方法によって前記標的応答プロファイルを生成するステップをさらに含む、項目80または81に記載の方法。
(項目83)
前記標的応答プロファイルが、前記複数の腫瘍抗原に関連する前記1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む、項目82に記載の方法。
(項目84)
前記標的応答プロファイルが、がんに対する1つまたは複数の有害な応答および/または有益でない応答を示すまたは以前示した1または複数の標的対象に由来する、項目80から83までのいずれか一項に記載の方法。
(項目85)
前記有害な応答および/または有益でない応答が、がん治療または治療の組合せに対する負の臨床応答および/または応答不全を含む、項目84に記載の方法。
(項目86)
前記有害な応答および/または有益でない応答が、がんのクリアランスの欠如、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスの欠如に関連する1つまたは複数の臨床的尺度を含む、項目84に記載の方法。
(項目87)
前記有害な応答および/または有益でない応答が、がんの再燃、再発、および/または転移の少なくとも1つを含む、項目84に記載の方法。
(項目88)
前記有害な応答および/または有益でない応答が、負のがん予後を含む、項目84に記載の方法。
(項目89)
前記有害な応答および/または有益でない応答が、がん治療または治療の組合せに対する1つまたは複数の毒性の応答および/または副作用(例えば、1つまたは複数の測定可能な毒性の応答および/または副作用)を含む、項目84に記載の方法。
(項目90)
がんに対する有害な応答または有益でない応答に関連する免疫メディエーターの発現または分泌を上昇させる1つまたは複数の腫瘍抗原、および/または、がんに対する有益な応答に関連する免疫メディエーターの発現または分泌を阻害および/または抑制する1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップを含む、項目80から89までのいずれか一項に記載の方法。
(項目91)
前記対象に、がん治療または治療の組合せを施行するステップをさらに含む、項目56から90までのいずれか一項に記載の方法。
(項目92)
腫瘍抗原を選択する方法であって、
a)複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、
b)前記細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
c)前記APCを、前記対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるかどうかを、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを得るステップと、
f)前記同定された腫瘍抗原の中から、がんに対する少なくとも1つの有益な応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の抗原を選択する、および/または、がんに対する少なくとも1つの有害な応答および/または有益でない応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップと
を含む方法。
(項目93)
前記対象応答プロファイルを標的応答プロファイルと比較するステップと、前記比較に基づいて1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップとをさらに含む、項目92に記載の方法。
(項目94)
前記標的応答プロファイルが、がんに対する少なくとも1つの有益な応答を示すまたは以前示した1または複数の標的対象に由来する、項目93に記載の方法。
(項目95)
前記有益な応答が、がん治療または治療の組合せに対する正の臨床応答を含む、項目94に記載の方法。
(項目96)
前記有益な応答が、がんに対する自然応答を含む、項目94に記載の方法。
(項目97)
前記有益な応答が、がんのクリアランス、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスに関連する1つまたは複数の臨床的尺度を含む、項目94に記載の方法。
(項目98)
前記有益な応答が、例えば所定の期間(例えば、少なくとも1週間、2週間、3週間、4週間、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、または少なくとも1カ月、2カ月、3カ月、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、12カ月、または少なくとも1年、2年、3年、4年、5年、6年、7年、8年、9年、10年、11年、12年)にわたって、がんの再燃、再発、および/または転移がないことを含む、項目94に記載の方法。
(項目99)
前記有益な応答が、正のがん予後を含む、項目94に記載の方法。
(項目100)
前記有益な応答が、がん治療または治療の組合せに対する1つまたは複数の毒性の応答および/または副作用(例えば、1つまたは複数の測定可能な毒性の応答または副作用)がないことを含む、項目94に記載の方法。
(項目101)
前記対象に、前記選択された抗原またはその免疫原性断片の1つまたは複数を含む免疫原性組成物を投与するステップをさらに含む、項目92から101までのいずれか一項に記載の方法。
(項目102)
腫瘍抗原を選択する方法であって、
a)複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、
b)前記細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
c)前記APCを、前記対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるかどうかを、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを得るステップと、
f)前記同定された腫瘍抗原の中から、(i)がんに対する少なくとも1つの有害な応答および/または有益でない応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の抗原、ならびに/または(ii)がんに対する少なくとも1つの有益な応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップと
を含む方法。
(項目103)
前記対象応答プロファイルを標的応答プロファイルと比較するステップと、前記比較に基づいて1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップとをさらに含む、項目102に記載の方法。
(項目104)
前記標的応答プロファイルが、がんに対する1つまたは複数の有害な応答および/または有益でない応答を示すまたは以前示した1または複数の標的対象に由来する、項目103に記載の方法。
(項目105)
前記有害な応答および/または有益でない応答が、がん治療または治療の組合せに対する負の臨床応答および/または応答不全を含む、項目104に記載の方法。
(項目106)
前記有害な応答および/または有益でない応答が、がんのクリアランスの欠如、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスの欠如に関連する1つまたは複数の臨床的尺度を含む、項目104に記載の方法。
(項目107)
前記有害な応答および/または有益でない応答が、がんの再燃、再発、および/または転移の少なくとも1つを含む、項目104に記載の方法。
(項目108)
前記有害な応答および/または有益でない応答が、負のがん予後を含む、項目104に記載の方法。
(項目109)
前記有害な応答および/または有益でない応答が、がん治療または治療の組合せに対する1つまたは複数の毒性の応答および/または副作用(例えば、1つまたは複数の測定可能な毒性の応答および/または副作用)を含む、項目104に記載の方法。
(項目110)
前記対象に、前記選択された抗原またはその免疫原性断片の1つまたは複数を含まない免疫原性組成物を投与するステップをさらに含む、項目102から109までのいずれか一項に記載の方法。
(項目111)
前記対象に、がん治療または治療の組合せを施行するステップをさらに含む、項目101または110に記載の方法。
(項目112)
対象における免疫応答を誘導する方法であって、
a)複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、
b)前記細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
c)前記APCを、前記対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを得るステップと、
f)前記同定された腫瘍抗原の中から、(i)がんに対する少なくとも1つの有益な応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の抗原、ならびに/または(ii)がんに対する少なくとも1つの有害な応答または有益でない応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップと、
g)前記対象に、前記選択された抗原またはその免疫原性断片の1つまたは複数を含む免疫原性組成物を投与するステップと
を含む方法。
(項目113)
前記免疫原性組成物を投与するステップの前に、前記対象応答プロファイルを標的応答プロファイルと比較するステップと、前記比較に基づいて1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップとをさらに含む、項目112に記載の方法。
(項目114)
前記標的応答プロファイルが、がんに対する少なくとも1つの有益な応答を示すまたは以前示した1または複数の標的対象に由来する、項目113に記載の方法。
(項目115)
前記有益な応答が、がん治療または治療の組合せに対する正の臨床応答を含む、項目113に記載の方法。
(項目116)
前記有益な応答が、がんに対する自然応答を含む、項目113に記載の方法。
(項目117)
前記有益な応答が、がんのクリアランス、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスに関連する1つまたは複数の臨床的尺度を含む、項目113に記載の方法。
(項目118)
前記有益な応答が、例えば所定の期間(例えば、少なくとも1週間、2週間、3週間、4週間、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、または少なくとも1カ月、2カ月、3カ月、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、12カ月、または少なくとも1年、2年、3年、4年、5年、6年、7年、8年、9年、10年、11年、12年)にわたって、がんの再燃、再発、および/または転移がないことを含む、項目113に記載の方法。
(項目119)
前記有益な応答が、正のがん予後を含む、項目113に記載の方法。
(項目120)
前記有益な応答が、がん治療または治療の組合せに対する1つまたは複数の毒性の応答および/または副作用(例えば、1つまたは複数の測定可能な毒性の応答または副作用)がないことを含む、項目113に記載の方法。
(項目121)
対象における免疫応答を誘導する方法であって、
a)複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、
b)前記細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
c)前記APCを、前記対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを得るステップと、
f)前記対象応答プロファイルを標的応答プロファイルと比較するステップと、
g)前記同定された腫瘍抗原の中から、(i)がんに対する少なくとも1つの有害な応答および/または有益でない応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の抗原、ならびに/または(ii)がんに対する少なくとも1つの有益な応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップと、
h)前記対象に、前記選択された抗原またはその免疫原性断片の1つまたは複数を含まない免疫原性組成物を投与するステップと
を含む方法。
(項目122)
前記対象応答プロファイルを標的応答プロファイルと比較するステップと、前記比較に基づいて1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップとをさらに含む、項目121に記載の方法。
(項目123)
前記標的応答プロファイルが、がんに対する1つまたは複数の有害な応答および/または有益でない応答を示すまたは以前示した1または複数の標的対象に由来する、項目122に記載の方法。
(項目124)
前記有害な応答および/または有益でない応答が、がん治療または治療の組合せに対する負の臨床応答および/または応答不全を含む、項目122に記載の方法。
(項目125)
前記有害な応答および/または有益でない応答が、がんのクリアランスの欠如、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスの欠如に関連する1つまたは複数の臨床的尺度を含む、項目122に記載の方法。
(項目126)
前記有害な応答および/または有益でない応答が、がんの再燃、再発、および/または転移の少なくとも1つを含む、項目122に記載の方法。
(項目127)
前記有害な応答および/または有益でない応答が、負のがん予後を含む、項目122に記載の方法。
(項目128)
前記有害な応答および/または有益でない応答が、がん治療または治療の組合せに対する1つまたは複数の毒性の応答および/または副作用(例えば、1つまたは複数の測定可能な毒性の応答および/または副作用)を含む、項目122に記載の方法。
(項目129)
前記対象に、がん治療または治療の組合せを施行するステップをさらに含む、項目112、113、121または122のいずれか一項に記載の方法。
(項目130)
腫瘍抗原を同定する方法であって、
a)細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、対象のがんまたは腫瘍細胞において発現される1つまたは複数の突然変異、スプライスバリアント、または転座を含む異なる異種ポリペプチドを含む、ステップと、
b)前記細菌細胞またはビーズを前記対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
c)前記APCを、前記対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示されるポリペプチドによるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドによって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドに対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数のポリペプチドを同定するステップであって、刺激、阻害および/または抑制により、前記ポリペプチドが腫瘍抗原であることが示される、ステップと
を含む方法。
(項目131)
腫瘍抗原を選択する方法であって、
a)細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを提供するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、対象のがんまたは腫瘍細胞において発現される1つまたは複数の突然変異、スプライスバリアント、または転座を含む異なる異種ポリペプチドを含む、ステップと、
b)前記細菌細胞またはビーズを前記対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
c)前記APCを、前記対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示されるポリペプチドによるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドによって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドに対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数のポリペプチドを同定するステップであって、刺激、阻害および/または抑制により、前記ポリペプチドが腫瘍抗原であることが示される、ステップと、
f)前記同定された腫瘍抗原の中から、(i)がんに対する少なくとも1つの有益な応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の腫瘍抗原、および/または(ii)がんに対する少なくとも1つの有害な応答および/または有益でない応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップと
を含む方法。
(項目132)
前記同定されたポリペプチドの中から、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数のポリペプチドを選択するステップをさらに含む、項目131に記載の方法。
(項目133)
潜在的な腫瘍抗原を選択する方法であって、
a)細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、対象のがんまたは腫瘍細胞において発現される1つまたは複数の突然変異、スプライスバリアント、または転座を含む異種ポリペプチドを含む、ステップと、
b)前記細菌細胞またはビーズを前記対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
c)前記APCを、前記対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示されるポリペプチドによるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドによって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドに対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数のポリペプチドを同定し、刺激、阻害および/または抑制する1つまたは複数のポリペプチドを腫瘍抗原として同定するステップと、
f)前記同定されたポリペプチドの中から、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数のポリペプチドを選択するステップ
を含む方法。
(項目134)
APCへの曝露の1つまたは複数の前のラウンドを受けた、前記対象由来のリンパ球を用いて、ステップb)からe)まで、またはステップc)からe)を繰り返すステップをさらに含む、項目133に記載の方法。
(項目135)
前記同定された腫瘍抗原の中から、(i)がんに対する少なくとも1つの有益な応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の腫瘍抗原、および/または(ii)がんに対する少なくとも1つの有害な応答および/または有益でない応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップをさらに含む、項目133または134に記載の方法。
(項目136)
前記対象に、前記選択された腫瘍抗原または選択されたポリペプチドまたはその免疫原性断片の1つまたは複数を含む免疫原性組成物を投与するステップをさらに含む、項目133から135までのいずれかに記載の方法。
(項目137)
前記対象に前記選択された腫瘍抗原および選択されたポリペプチドまたはその免疫原性断片の1つまたは複数の組合せを含む免疫原性組成物を投与するステップをさらに含む、項目133から135までのいずれかに記載の方法。
(項目138)
前記対象に、がん治療または治療の組合せを施行するステップをさらに含む、項目136または137に記載の方法。
(項目139)
腫瘍抗原を選択する方法であって、
a)細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、対象のがんまたは腫瘍細胞において発現されるがんまたは腫瘍細胞において発現される1つまたは複数の突然変異、スプライスバリアント、または転座を含む異なる異種ポリペプチドを含む、ステップと、
b)前記細菌細胞またはビーズを前記対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
c)前記APCを、前記対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示されるポリペプチドによるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドによって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドに対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数のポリペプチドを同定し、刺激、阻害および/または抑制する1つまたは複数のポリペプチドを腫瘍抗原として同定するステップと、
f)前記同定された腫瘍抗原の中から、(i)がんに対する少なくとも1つの有害な応答および/または有益でない応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の腫瘍抗原、および/または(ii)がんに対する少なくとも1つの有益な応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップ
を含む方法。
(項目140)
前記対象に、前記選択された腫瘍抗原またはその免疫原性断片の1つまたは複数を含まない免疫原性組成物を投与するステップをさらに含む、項目139に記載の方法。
(項目141)
前記対象に、がん治療または治療の組合せを施行するステップをさらに含む、項目140に記載の方法。
(項目142)
前記APCが、前記対象から単離されたヒトAPCである、項目1から141までのいずれか一項に記載の方法。
(項目143)
前記細菌細胞が、細胞溶解素ポリペプチドをさらに含む、項目1から142までのいずれか一項に記載の方法。
(項目144)
前記細胞溶解素ポリペプチドが、リステリオリジンO(LLO)である、項目143に記載の方法。
(項目145)
前記APCがアレイにおいて提供され、前記アレイの各位置にある前記APCが、各セットが異なる腫瘍抗原を含む細菌細胞のセットと接触される、項目1から144までのいずれか一項に記載の方法。
(項目146)
前記APCおよびリンパ球が、末梢血から単離されたものである、項目1から145までのいずれか一項に記載の方法。
(項目147)
前記APCが、不死化細胞を含む、項目1から145までのいずれか一項に記載の方法。
(項目148)
前記リンパ球が、がんまたは腫瘍に由来するものである、項目1から147までのいずれか一項に記載の方法。
(項目149)
前記腫瘍抗原が、がんまたは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、または転座をコードする全長ポリペプチドを含む、項目1から148までのいずれか一項に記載の方法。
(項目150)
前記腫瘍抗原が、がんまたは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、または転座をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む、項目1から148までのいずれか一項に記載の方法。
(項目151)
前記腫瘍抗原が、がんまたは腫瘍に存在するウイルスまたは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドを含む、項目1から148までのいずれか一項に記載の方法。
(項目152)
前記腫瘍抗原が、がんまたは腫瘍に存在するウイルスまたは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む、項目1から148までのいずれか一項に記載の方法。
(項目153)
前記腫瘍抗原が、がんまたは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドを含む、項目1から148までのいずれか一項に記載の方法。
(項目154)
前記腫瘍抗原が、がんまたは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む、項目1から148までのいずれか一項に記載の方法。
(項目155)
対象における免疫応答を誘導する方法であって、
a)細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、対象のがんまたは腫瘍細胞において発現される1つまたは複数の突然変異、スプライスバリアント、または転座を含む異なる異種ポリペプチドを含む、ステップと、
b)前記細菌細胞またはビーズを前記対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
c)前記APCを、前記対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示されるポリペプチドによるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドによって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドに対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数のポリペプチドを同定し、刺激、阻害および/または抑制するポリペプチドを腫瘍抗原として同定するステップと、
f)前記同定された腫瘍抗原の中から、(i)がんに対する少なくとも1つの有益な応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の腫瘍抗原、および/または(ii)がんに対する少なくとも1つの有害な応答および/または有益でない応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップと、
g)前記対象に、前記選択された抗原またはその免疫原性断片の1つまたは複数を含む免疫原性組成物を投与するステップと
を含む方法。
(項目156)
対象における免疫応答を誘導する方法であって、
a)細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、対象のがんまたは腫瘍細胞において発現される1つまたは複数の突然変異、スプライスバリアント、または転座を含む異なる異種ポリペプチドを含む、ステップと、
b)前記細菌細胞またはビーズを前記対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
c)前記APCを、前記対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示されるポリペプチドによるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドによって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドに対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数のポリペプチドを同定するステップであって、刺激、阻害および/または抑制により、前記ポリペプチドが腫瘍抗原であることが示される、ステップと、
f)前記同定されたポリペプチドの中から、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数のポリペプチドを選択するステップと、
g)前記対象に、前記選択されたポリペプチドまたはその免疫原性断片の1つまたは複数を含む免疫原性組成物を投与するステップと
を含む方法。
(項目157)
対象における免疫応答を誘導する方法であって、
a)細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、対象のがんまたは腫瘍細胞において発現される1つまたは複数の突然変異、スプライスバリアント、または転座を含む異なる異種ポリペプチドを含む、ステップと、
b)前記細菌細胞またはビーズを前記対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
c)前記APCを、前記対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示されるポリペプチドによるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドによって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドに対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数のポリペプチドを同定するステップであって、刺激、阻害および/または抑制により、前記ポリペプチドが腫瘍抗原であることが示される、ステップと、
f)前記同定された腫瘍抗原およびポリペプチドから、(i)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数のポリペプチド、(ii)がんに対する少なくとも1つの有益な応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の腫瘍抗原、および/または(iii)がんに対する少なくとも1つの有害な応答および/または有益でない応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップと、
g)前記対象に、前記選択された腫瘍抗原およびポリペプチドまたはその免疫原性断片の1つまたは複数を含む免疫原性組成物を投与するステップと
を含む方法。
(項目158)
対象における免疫応答を誘導する方法であって、
a)細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、対象のがんまたは腫瘍細胞において発現される1つまたは複数の突然変異、スプライスバリアント、または転座を含む異なる異種ポリペプチドを含む、ステップと、
b)前記細菌細胞またはビーズを前記対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
c)前記APCを、前記対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示されるポリペプチドによるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドによって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドに対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数のポリペプチドを同定し、刺激、阻害および/または抑制するポリペプチドを腫瘍抗原として同定するステップと、
f)前記同定された腫瘍抗原の中から、(i)がんに対する少なくとも1つの有害な応答および/または有益でない応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の腫瘍抗原、および/または(ii)がんに対する少なくとも1つの有益な応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップと、
g)前記対象に、前記選択された抗原またはその免疫原性断片の1つまたは複数を含まない免疫原性組成物を投与するステップと
を含む方法。
(項目159)
前記対象に、がん治療または治療の組合せを施行するステップをさらに含む、項目156から158までのいずれか一項に記載の方法。
(項目160)
前記複数の腫瘍抗原が、少なくとも1種、3種、5種、10種、15種、20種、25種、30種、50種、100種、150種、250種、500種、750種、1000種またはそれよりも多くの異なる腫瘍抗原、またはその一部分を含む、項目1から159までのいずれか一項に記載の方法。
(項目161)
1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または1つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを決定するステップが、1つまたは複数の免疫メディエーターのレベルを測定することを含む、項目1から160までのいずれか一項に記載の方法。
(項目162)
前記1つまたは複数の免疫メディエーターが、前記リンパ球によって発現されるサイトカイン、可溶性メディエーター、および細胞表面マーカーからなる群から選択される、項目1から161までのいずれか一項に記載の方法。
(項目163)
前記1つまたは複数の免疫メディエーターが、サイトカインである、項目1から162までのいずれか一項に記載の方法。
(項目164)
前記1つまたは複数のサイトカインが、TRAIL、IFN-ガンマ、IL-12p70、IL-2、TNF-アルファ、MIP1-アルファ、MIP1-ベータ、CXCL9、CXCL10、MCP1、RANTES、IL-1ベータ、IL-4、IL-6、IL-8、IL-9、IL-10、IL-13、IL-15、CXCL11、IL-3、IL-5、IL-17、IL-18、IL-21、IL-22、IL-23A、IL-24、IL-27、IL-31、IL-32、TGF-ベータ、CSF、GM-CSF、TRANCE(RANK Lとしても公知)、MIP3-アルファ、およびフラクタルカインからなる群から選択される、項目163に記載の方法。
(項目165)
前記1つまたは複数の免疫メディエーターが、可溶性メディエーターである、項目1から164までのいずれか一項に記載の方法。
(項目166)
前記1つまたは複数の可溶性メディエーターが、グランザイムA、グランザイムB、sFas、sFasL、パーフォリン、およびグラニュライシンからなる群から選択される、項目165に記載の方法。
(項目167)
前記1つまたは複数の免疫メディエーターが、細胞表面マーカーである、項目1から164までのいずれか一項に記載の方法。
(項目168)
前記1つまたは複数の細胞表面マーカーが、CD107a、CD107b、CD25、CD69、CD45RA、CD45RO、CD137(4-1BB)、CD44、CD62L、CD27、CCR7、CD154(CD40L)、KLRG-1、CD71、HLA-DR、CD122(IL-2RB)、CD28、IL7Ra(CD127)、CD38、CD26、CD134(OX-40)、CTLA-4(CD152)、LAG-3、TIM-3(CD366)、CD39、PD1(CD279)、FoxP3、TIGIT、CD160、BTLA、2B4(CD244)、およびKLRG1からなる群から選択される、項目167に記載の方法。
(項目169)
前記リンパ球が、CD4+T細胞を含む、項目1から168までのいずれか一項に記載の方法。
(項目170)
前記リンパ球が、CD8+T細胞を含む、項目1から168までのいずれか一項に記載の方法。
(項目171)
前記リンパ球が、NKT細胞、ガンマ-デルタT細胞、またはNK細胞を含む、項目1から168までのいずれか一項に記載の方法。
(項目172)
前記リンパ球が、CD4+T細胞、CD8+T細胞、NKT細胞、ガンマ-デルタT細胞、およびNK細胞の任意の組合せを含む、項目1から168までのいずれか一項に記載の方法。
(項目173)
リンパ球活性化が、対照レベルよりも少なくとも20%、40%、60%、80%、100%、120%、140%、160%、180%、または200%高いまたは低い、1つまたは複数の発現または分泌された免疫メディエーターのレベルを評価することにより決定される、項目1から172までのいずれか一項に記載の方法。
(項目174)
リンパ球活性化が、対照レベルの平均よりも少なくとも1、2、または3標準偏差高いまたは低い、1つまたは複数の発現または分泌された免疫メディエーターのレベルを評価することにより決定される、項目1から172までのいずれか一項に記載の方法。
(項目175)
リンパ球活性化が、対照に対する応答レベル中央値よりも少なくとも1、2、3、4または5中央絶対偏差(MAD)高いまたは低い、1つまたは複数の発現または分泌された免疫メディエーターのレベルを評価することにより決定される、項目1から172までのいずれか一項に記載の方法。
(項目176)
リンパ球非応答性が、1つまたは複数の発現または分泌された免疫メディエーターのレベルが対照レベルの5%以内、10%、15%、または20%であることを評価することにより決定される、項目1から172までのいずれか一項に記載の方法。
(項目177)
リンパ球非応答性が、対照レベルの平均よりも1標準偏差未満または2標準偏差未満高いまたは低い、1つまたは複数の発現または分泌された免疫メディエーターのレベルを評価することにより決定される、項目1から172までのいずれか一項に記載の方法。
(項目178)
リンパ球非応答性が、対照に対する応答レベル中央値よりも1中央絶対偏差(MAD)未満または2中央絶対偏差(MAD)よりも高いまたはそれよりも低い、1つまたは複数の発現または分泌された免疫メディエーターのレベルを評価することにより決定される、項目1から172までのいずれか一項に記載の方法。
(項目179)
前記対象応答プロファイルが、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の異なる腫瘍抗原を含む、項目1から178までのいずれか一項に記載の方法。
(項目180)
前記対象応答プロファイルが、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の異なる腫瘍抗原を含む、項目1から178までのいずれか一項に記載の方法。
(項目181)
前記対象応答プロファイルが、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の異なる腫瘍抗原を含む、項目1から178までのいずれか一項に記載の方法。
(項目182)
前記対象応答プロファイルが、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の異なる腫瘍抗原の組合せを含む、項目1から178までのいずれか一項に記載の方法。
(項目183)
前記標的応答プロファイルが、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の異なる腫瘍抗原を含む、項目1から182までのいずれか一項に記載の方法。
(項目184)
前記標的応答プロファイルが、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の異なる腫瘍抗原を含む、項目1から182までのいずれか一項に記載の方法。
(項目185)
前記標的応答プロファイルが、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の異なる腫瘍抗原を含む、項目1から182までのいずれか一項に記載の方法。
(項目186)
前記標的応答プロファイルが、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の異なる腫瘍抗原の組合せを含む、項目1から182までのいずれか一項に記載の方法。
(項目187)
前記標的応答プロファイルが、前記がん治療に臨床的に応答する対象の集団由来の、または前記がん治療に臨床的に応答することができない対象由来の、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる異なる腫瘍抗原の平均数を含む、項目1から182までのいずれか一項に記載の方法。
(項目188)
前記標的応答プロファイルが、前記がん治療に臨床的に応答する対象の集団由来の、または前記がん治療に臨床的に応答することができない対象由来の1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する異なる腫瘍抗原の平均数を含む、項目1から182までのいずれか一項に記載の方法。
(項目189)
前記標的応答プロファイルが、前記がん治療に臨床的に応答する対象の集団由来の、または前記がん治療に臨床的に応答することができない対象由来の、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である異なる腫瘍抗原の平均数を含む、項目1から182までのいずれか一項に記載の方法。
(項目190)
前記標的応答プロファイルが、前記がん治療に臨床的に応答する対象の集団由来の、または前記がん治療に臨床的に応答することができない対象の集団由来の、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である異なる腫瘍抗原の組合せを含む、項目1から182までのいずれか一項に記載の方法。
(項目191)
前記対象応答プロファイルの腫瘍抗原の数が、前記標的応答プロファイルの抗原の数と1以下、2以下、3以下、4以下、5以下、または10以下異なる場合、前記対象応答プロファイルが前記標的応答プロファイルと類似している、項目1から190までのいずれか一項に記載の方法。
(項目192)
前記対象応答プロファイルが、活性化リンパ球および/または非応答性リンパ球によって発現および/または分泌される複数のサイトカインのそれぞれに対する異なる腫瘍抗原の数を含む、項目1から191までのいずれか一項に記載の方法。
(項目193)
前記標的応答プロファイルが、対応する複数のサイトカインのそれぞれに対する抗原の数を含む、項目192に記載の方法。
(項目194)
前記標的応答プロファイルが、前記がん治療に臨床的に応答する対象の集団由来の活性化リンパ球および/または非応答性リンパ球によって発現および/または分泌される、対応する複数のサイトカインのそれぞれに対する抗原の平均数を含む、項目192に記載の方法。
(項目195)
前記標的応答プロファイルが、前記がん治療に臨床的に応答することができない対象の集団由来の活性化リンパ球および/または非応答性リンパ球によって発現および/または分泌される、対応する複数のサイトカインのそれぞれに対する抗原の平均数を含む、項目192に記載の方法。
(項目196)
前記標的応答プロファイルが、前記がん治療に臨床的に応答する対象の集団由来の、または前記がん治療に臨床的に応答することができない対象の集団由来の活性化リンパ球および/または非応答性リンパ球によって発現および/または分泌される、対応する複数のサイトカインのそれぞれに対する抗原の組合せを含む、項目192に記載の方法。
(項目197)
前記対象応答プロファイルの複数のサイトカインのうちの少なくとも2つに対する腫瘍抗原の数が、前記標的応答プロファイルの対応する複数のサイトカインに対する抗原の数と1以下、2以下、3以下、4以下、5以下、または10以下異なるである場合、前記対象応答プロファイルが前記標的応答プロファイルと類似している、項目1から190までのいずれか一項に記載の方法。
(項目198)
対象が、前記がん治療に対する臨床的応答性の尺度または指標の少なくとも1つを示す、項目1から197までのいずれか一項に記載の方法。
(項目199)
対象が、前記がん治療に対する臨床的応答不全の尺度または指標の少なくとも1つを示す、項目1から197までのいずれか一項に記載の方法。
(項目200)
前記がん治療が、免疫チェックポイント遮断治療を含む、項目1から199までのいずれか一項に記載の方法。
(項目201)
前記免疫チェックポイント遮断治療が、ペムブロリズマブ、ニボルマブ、イピリムマブ、アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、トレメリムマブ、またはセミプリマブの投与を含む、項目200に記載の方法。
(項目202)
前記免疫チェックポイント遮断治療が、2つまたはそれよりも多くの免疫チェックポイント阻害剤の投与を含む、項目200または201に記載の方法。
(項目203)
前記がん治療が、免疫抑制遮断治療を含む、項目1から202までのいずれか一項に記載の方法。
(項目204)
前記免疫抑制遮断治療が、Vista(B7-H5、T細胞活性化のv-ドメインIgサプレッサー)阻害剤、Lag-3(リンパ球活性化遺伝子3、CD223)阻害剤、IDO(インドールアミン-ピロール-2,3-ジオキシゲナーゼ-1,2)阻害剤、またはKIR受容体ファミリー(キラー細胞免疫グロブリン様受容体)阻害剤、CD47阻害剤、またはTigit(IgおよびITIMドメインを有するT細胞免疫受容体)阻害剤の投与を含む、項目203に記載の方法。
(項目205)
前記免疫抑制遮断治療が、2つまたはそれよりも多くの免疫抑制阻害剤の投与を含む、項目203または204に記載の方法。
(項目206)
前記がん治療が、免疫活性化治療を含む、項目1から205までのいずれか一項に記載の方法。
(項目207)
前記免疫活性化治療が、CD40アゴニスト、GITR(グルココルチコイド誘導性TNF-R関連タンパク質、CD357)アゴニスト、OX40(CD134)アゴニスト、4-1BB(CD137)アゴニスト、ICOS(誘導性T細胞刺激物質、CD278)アゴニスト、IL-2(インターロイキン2)アゴニスト、またはインターフェロンアゴニストの投与を含む、項目206に記載の方法。
(項目208)
免疫活性化が、2つまたはそれよりも多くの免疫活性化因子の投与を含む、項目206または207に記載の方法。
(項目209)
前記がん治療が、アジュバント治療を含む、項目1から208までのいずれか一項に記載の方法。
(項目210)
前記アジュバント治療が、TLRアゴニスト(例えば、CpGまたはポリI:C)、STINGアゴニスト、自然免疫の非特異的刺激、樹状細胞、GM-CSF、IL-12、IL-7、Flt-3、または他のサイトカインの投与を含む、項目209に記載の方法。
(項目211)
前記がん治療が、腫瘍溶解性ウイルス治療を含む、項目1から210までのいずれか一項に記載の方法。
(項目212)
前記腫瘍溶解性ウイルス治療が、タリモジーン・ラハーパレプベックの投与を含む、項目211に記載の方法。
(項目213)
前記がん治療が、1つまたは複数の化学療法剤の投与を含む、項目1から212までのいずれか一項に記載の方法。
(項目214)
前記がん治療が、放射線照射を含む、項目1から213までのいずれか一項に記載の方法。
(項目215)
前記がん治療が、外科的切除を含む、項目1から214までのいずれか一項に記載の方法。
(項目216)
前記がん治療が、細胞に基づく治療を含む、項目1から215までのいずれか一項に記載の方法。
(項目217)
前記細胞に基づく治療が、樹状細胞、キメラ抗原受容体T(CAR-T)細胞、T細胞受容体形質導入細胞、腫瘍浸潤性リンパ球(TIL)、またはナチュラルキラー(NK)細胞の投与を含む、項目216に記載の方法。
(項目218)
前記がん治療が、局所温熱療法または低温療法を含む、項目1から217までのいずれか一項に記載の方法。
(項目219)
前記がん治療が、1つまたは複数の抗腫瘍抗体の投与を含む、項目1から218までのいずれか一項に記載の方法。
(項目220)
前記抗腫瘍抗体が、二重特異性抗体を含む、項目219に記載の方法。
(項目221)
前記がん治療が、1つまたは複数の抗血管新生剤の投与を含む、項目1から220までのいずれか一項に記載の方法。
(項目222)
前記がん治療が、免疫チェックポイント遮断による治療、免疫抑制遮断による治療、免疫活性化による治療、アジュバント治療、腫瘍溶解性ウイルスによる治療、化学療法薬による治療、放射線照射による治療、外科的治療、細胞に基づく治療、温熱療法による治療、低温療法による治療、抗腫瘍抗体による治療、および抗血管新生治療の任意の組合せを含む、項目1から221までのいずれか一項に記載の方法。
(項目223)
1つまたは複数の選択された抗原を用いて対象における免疫応答を誘導する方法であって、
a)複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、
b)前記細菌細胞またはビーズを第1の対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
c)前記APCを、前記第1の対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の刺激または阻害および/もしくは抑制に適した条件下で接触させるステップと、
d)リンパ球を刺激する1つまたは複数の刺激性腫瘍抗原を同定し、リンパ球を刺激しない1つまたは複数の非刺激性腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを生成するステップと、
e)前記対象応答プロファイルを標的応答プロファイルと比較するステップであって、前記標的応答プロファイルが、がん治療に臨床的に応答する第2の対象由来のものであり、前記標的応答プロファイルが、リンパ球を刺激する1つまたは複数の同定された刺激性腫瘍抗原を含み、かつ、リンパ球を刺激しない1つまたは複数の同定された非刺激性腫瘍抗原を含む、ステップと、
f)1つまたは複数の抗原を選択するステップであって、前記1つまたは複数の抗原が前記対象応答プロファイルにおいて非刺激性であると同定され、同じ1つまたは複数の抗原が前記標的応答プロファイルにおいて刺激性であると同定される、ステップと、
g)前記第1の対象に、前記選択された抗原の1つまたは複数を含む免疫原性組成物を投与するステップと
を含む方法。
(項目224)
がん治療を前記対象に施行するステップをさらに含む、項目223に記載の方法。
(項目225)
前記対象応答プロファイルが、前記複数の腫瘍抗原に関連する前記1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む、項目223または224に記載の方法。
(項目226)
項目1から225までのいずれか一項に従って得られたまたは作成された標的応答プロファイルの1つまたは複数の抗原を含む本発明の免疫原性組成物。
(項目227)
項目1から225までのいずれか一項に従って選択された1つまたは複数の抗原を含む本発明の免疫原性組成物。
(項目228)
(i)1つまたは複数のヘパラナーゼポリペプチドまたはその免疫原性断片および(ii)SMAD4ポリペプチドまたはその免疫原性断片を含む免疫原性組成物。
(項目229)
前記1つまたは複数のヘパラナーゼポリペプチドまたは断片および前記SMAD4ポリペプチドまたは断片が、それぞれ8~29アミノ酸の長さである、項目228に記載の免疫原性組成物。
(項目230)
前記ヘパラナーゼポリペプチドが、配列番号6または配列番号7のアミノ酸配列を含む、項目229または229に記載の免疫原性組成物。
(項目231)
前記SMAD4ポリペプチドが、配列番号8のアミノ酸配列を含む、項目228から230までのいずれか一項に記載の免疫原性組成物。
(項目232)
配列番号6、配列番号7、または配列番号8のアミノ酸の総数の約70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、または99%からなる1つまたは複数の免疫原性断片を含む、項目228から231までのいずれか一項に記載の免疫原性組成物。
(項目233)
約1アミノ酸、約2アミノ酸、約3アミノ酸、約4アミノ酸、約5アミノ酸、約10アミノ酸、約15アミノ酸、約20アミノ酸、約25アミノ酸、約30アミノ酸、約35アミノ酸、約40アミノ酸、約45アミノ酸、約50アミノ酸、またはそれよりも多くのアミノ酸を欠く配列番号6、配列番号7、または配列番号8からなる1つまたは複数の免疫原性断片を含む、項目228から232までのいずれか一項に記載の免疫原性組成物。
(項目234)
前記1つまたは複数のヘパラナーゼポリペプチドが、配列番号6または配列番号7と少なくとも85%、90%、95%、97%、または99%同一であるアミノ酸配列を含む、項目228から233までのいずれか一項に記載の免疫原性組成物。
(項目235)
前記SMAD4ポリペプチドが、配列番号8と少なくとも85%、90%、95%、97%、または99%同一であるアミノ酸配列を含む、項目228から234までのいずれか一項に記載の免疫原性組成物。
(項目236)
ヘパラナーゼアイソフォーム1ポリペプチドまたは免疫原性断片、ヘパラナーゼアイソフォーム2ポリペプチドまたは免疫原性断片、およびSMAD4ポリペプチドまたは免疫原性断片を含む免疫原性組成物。
(項目237)
前記ヘパラナーゼアイソフォーム1ポリペプチドまたは免疫原性断片、前記ヘパラナーゼアイソフォーム2ポリペプチドまたは免疫原性断片および前記SMAD4ポリペプチドまたは免疫原性断片が、それぞれ8~29アミノ酸の長さである、項目236に記載の免疫原性組成物。
(項目238)
前記ヘパラナーゼアイソフォーム1ポリペプチドが、配列番号1のアミノ酸配列を含み、前記ヘパラナーゼアイソフォーム2ポリペプチドが、配列番号2のアミノ酸配列を含む、項目236または237に記載の免疫原性組成物。
(項目239)
前記SMAD4ポリペプチドが、配列番号3のアミノ酸配列を含む、項目236から238までのいずれか一項に記載の免疫原性組成物。
(項目240)
配列番号6、配列番号7、または配列番号8のアミノ酸の総数の約70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、または99%からなる1つまたは複数の免疫原性断片を含む、項目236から239までのいずれか一項に記載の免疫原性組成物。
(項目241)
約1アミノ酸、約2アミノ酸、約3アミノ酸、約4アミノ酸、約5アミノ酸、約10アミノ酸、約15アミノ酸、約20アミノ酸、約25アミノ酸、約30アミノ酸、約35アミノ酸、約40アミノ酸、約45アミノ酸、約50アミノ酸、またはそれよりも多くのアミノ酸を欠く配列番号6、配列番号7、または配列番号8からなる1つまたは複数の免疫原性断片を含む、項目236から240までのいずれか一項に記載の免疫原性組成物。
(項目242)
前記ヘパラナーゼアイソフォーム1ポリペプチドが、配列番号6と少なくとも85%、90%、95%、97%、または99%同一であるアミノ酸配列を含み、前記ヘパラナーゼアイソフォーム1ポリペプチドが、配列番号7と少なくとも85%、90%、95%、97%、または99%同一であるアミノ酸配列を含む、項目236から241までのいずれか一項に記載の免疫原性組成物。
(項目243)
前記SMAD4ポリペプチドが、配列番号8と少なくとも85%、90%、95%、97%、または99%同一であるアミノ酸配列を含む、項目236から242までのいずれか一項に記載の免疫原性組成物。
(項目244)
アジュバントをさらに含む、項目288から242までのいずれか一項に記載の免疫原性組成物。
(項目245)
がんを処置する方法であって、対象に項目228から244までのいずれか一項に記載の免疫原性組成物を投与するステップを含む方法。
(項目246)
前記対象が、がんを有するかもしくはがんのリスクがあり、および/または1つまたは複数のがんの徴候または症状を示し、および/または1つまたは複数のがんの危険因子を示す、項目245に記載の方法。
(項目247)
前記がんが、結腸直腸がん、黒色腫、または肺がんである、項目245または246に記載の方法。
(項目248)
対象における免疫応答を誘導する方法であって、対象に項目228から244までのいずれか一項に記載の免疫原性組成物を投与するステップを含む方法。
(項目249)
前記免疫応答が、1つまたは複数のリンパ球の活性化を含む、項目248に記載の方法。
(項目250)
前記1つまたは複数のリンパ球が、CD4+T細胞を含む、項目249に記載の方法。
(項目251)
前記1つまたは複数のリンパ球が、CD8+T細胞を含む、項目249または250に記載の方法。
(項目252)
前記1つまたは複数のリンパ球が、NKT細胞、ガンマ-デルタT細胞、またはNK細胞を含む、項目249から251までのいずれか一項に記載の方法。
(項目253)
前記1つまたは複数のリンパ球が、CD4+T細胞、CD8+T細胞、NKT細胞、ガンマ-デルタT細胞、およびNK細胞の任意の組合せを含む、項目249から252までのいずれか一項に記載の方法。
(項目254)
前記免疫応答が、対照と比べた1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌の増大を含む、項目248に記載の方法。
(項目255)
リンパ球シグナル伝達分子が免疫メディエーターの中から選択される、項目254に記載の方法。
(項目256)
前記1つまたは複数の免疫メディエーターが、サイトカインである、項目254または255に記載の方法。
(項目257)
前記1つまたは複数のサイトカインが、TRAIL、IFN-ガンマ、IL-12p70、IL-2、TNF-アルファ、MIP1-アルファ、MIP1-ベータ、CXCL9、CXCL10、MCP1、RANTES、IL-1ベータ、IL-4、IL-6、IL-8、IL-9、IL-10、IL-13、IL-15、CXCL11、IL-3、IL-5、IL-17、IL-18、IL-21、IL-22、IL-23A、IL-24、IL-27、IL-31、IL-32、TGF-ベータ、CSF、GM-CSF、TRANCE(RANK Lとしても公知)、MIP3-アルファ、MCP1、およびフラクタルカインから選択される、項目255または256に記載の方法。
(項目258)
前記1つまたは複数の免疫メディエーターが、可溶性メディエーターである、項目254または255に記載の方法。
(項目259)
前記1つまたは複数の可溶性メディエーターが、グランザイムA、グランザイムB、sFas、sFasL、パーフォリン、およびグラニュライシンから選択される、項目255または258に記載の方法。
(項目260)
前記1つまたは複数の免疫メディエーターが、細胞表面マーカーである、項目254または255に記載の方法。
(項目261)
前記1つまたは複数の細胞表面マーカーが、CD107a、CD107b、CD25、CD69、CD45RA、CD45RO、CD137(4-1BB)、CD44、CD62L、CD27、CCR7、CD154(CD40L)、KLRG-1、CD71、HLA-DR、CD122(IL-2RB)、CD28、IL7Ra(CD127)、CD38、CD26、CD134(OX-40)、CTLA-4(CD152)、LAG-3、TIM-3(CD366)、CD39、PD1(CD279)、FoxP3、TIGIT、CD160、BTLA、2B4(CD244)、およびKLRG1から選択される、項目255または260に記載の方法。
(項目262)
1つまたは複数の発現または分泌された免疫メディエーターのレベルが、対照レベルよりも少なくとも20%、40%、60%、80%、100%、120%、140%、160%、180%、または200%高い、項目248から261までのいずれか一項に記載の方法。
(項目263)
対照レベルの平均よりも少なくとも1、2、または3標準偏差高い、1つまたは複数の発現または分泌された免疫メディエーターのレベルが、リンパ球活性化を示す、項目248から261までのいずれか一項に記載の方法。
(項目264)
対照に対する応答レベル中央値よりも少なくとも1、2、3、4または5中央絶対偏差(MAD)高いまたは低い、1つまたは複数の発現または分泌された免疫メディエーターのレベルが、リンパ球活性化を示す、項目248から261までのいずれか一項に記載の方法。
(項目265)
前記免疫応答が、体液性応答および/または細胞応答を含む、項目248に記載の方法。
(項目266)
前記体液性応答が、応答の大きさの増大または抗原特異的免疫グロブリンG(IgG)レベルおよび/または抗原特異的中和抗体レベルのベースラインからの倍の上昇を含む、項目254に記載の方法。
(項目267)
前記体液性応答が、IgG力価のベースラインから4倍またはそれよりも大きな上昇を含む、項目265または266に記載の方法。
(項目268)
前記体液性応答が、50%中和抗体力価のベースラインから2倍またはそれよりも大きな上昇を含む、項目265から267までのいずれか一項に記載の方法。
(項目269)
前記細胞応答が、グランザイムB(GrB)の分泌を含む、項目265から268までのいずれか一項に記載の方法。
(項目270)
前記細胞応答が、応答の大きさの増大またはグランザイムB(GrB)レベルのベースラインからの倍の上昇を含む、項目265から269までのいずれか一項に記載の方法。
(項目271)
前記細胞応答が、T細胞のIFN-ガンマ分泌の増大を含む、項目265から270までのいずれか一項に記載の方法。
(項目272)
前記対象が、がんを有するかもしくはがんのリスクがあり、および/または1つまたは複数のがんの徴候または症状を示し、および/または1つまたは複数のがんの危険因子を示す、項目248から271までのいずれか一項に記載の方法。
(項目273)
前記がんが、結腸直腸がん、黒色腫、または肺がんである、項目272に記載の方法。
(項目274)
免疫原性組成物を製造するための方法であって、項目1から255までに記載の方法によって同定された1つまたは複数の抗原と担体を組み合わせるステップを含む方法。
(項目275)
前記抗原が、適切な宿主細胞において組換えDNA技術を使用して産生される、項目274に記載の方法。
(項目276)
前記免疫原性組成物を医薬組成物として製剤化するステップを含む、項目274または275に記載の方法。
(項目277)
それを必要とする対象に投与するための免疫原性組成物を製造するための方法であって、
a.複数の抗原を含む複数の抗原性組成物を提供する、調製する、または得るステップであって、各組成物が、異なる抗原を含む、ステップと、
b.標的応答プロファイルを提供する、調製する、または得るステップであって、前記標的応答プロファイルが、前記複数の抗原に関連する(例えば、それと共に決定、測定、観察される)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む、ステップと、
c.対象応答プロファイルを提供する、調製する、または得るステップであって、前記対象応答プロファイルが、前記複数の抗原に関連する(例えば、それと共に決定、測定、観察される)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む、ステップと、
d.前記標的応答プロファイルと前記対象応答プロファイルを比較するステップと、
e.前記比較に基づいて1つまたは複数の抗原を選択するステップと、
f.前記1つまたは複数の選択された抗原を含む1つまたは複数の抗原性組成物の少なくとも一部分を医薬組成物として製剤化するステップと
を含む方法。
(項目278)
前記選択するステップが、がんに対する有益な応答に関連する免疫メディエーターの発現または分泌を増大させる1つまたは複数の抗原、ならびに/または、がんに対する有害な応答または有益でない応答に関連する免疫メディエーターの発現または分泌を阻害および/または抑制する1つまたは複数の抗原を選択することを含む、項目277に記載の方法。
(項目279)
前記複数の抗原性組成物が、溶液であるか、凍結乾燥されたものであるか、または合成マトリックス上にある、項目277または278に記載の方法。
(項目280)
それを必要とする対象に投与するための免疫原性組成物を製造する方法であって、
項目1から225までのいずれか一項に記載の方法によって同定された1つまたは複数の抗原またはその断片を調製するステップと、
1つまたは複数の抗原またはその断片を組み合わせるステップであって、前記1つまたは複数の抗原またはその断片が、前記対象の応答プロファイルに従って選択される、ステップと、
前記免疫原性組成物を医薬組成物として製剤化するステップと
を含む方法。
(項目281)
それを必要とする対象に投与するための免疫原性組成物を製造する方法であって、
項目1から225までのいずれか一項に記載の方法によって同定された1つまたは複数の抗原またはその断片を調製するステップと、
1つまたは複数の抗原またはその断片を組み合わせるステップであって、前記1つまたは複数の抗原またはその断片は、前記1つまたは複数の抗原が前記対象のリンパ球により、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小であることが示されているか否かに従って選択される、ステップと、
前記免疫原性組成物を医薬組成物として製剤化するステップと
を含む方法。
(項目282)
それを必要とする対象に投与するための免疫原性組成物を製造する方法であって、
項目1から225までのいずれか一項に記載の方法によって同定された1つまたは複数の抗原またはその断片を調製するステップと、
1つまたは複数の抗原またはその断片を組み合わせるステップであって、前記1つまたは複数の抗原またはその断片が、前記対象の応答プロファイルに従って選択される、ステップと、
前記免疫原性組成物を医薬組成物として製剤化するステップと
を含む方法。
定義
活性化する:本明細書で使用される場合、抗原提示細胞(APC)によって提示されるペプチドに抗原特異的認識が起こることが可能になる条件下で曝露した後にリンパ球活性が検出可能にモジュレートされる場合、APCによって提示されるペプチドは、リンパ球を「活性化する」。リンパ球活性の任意のインジケーターを評価して、リンパ球が活性化されるかどうか、例えば、T細胞増殖、受容体のリン酸化または脱リン酸化、カルシウム流、細胞骨格再構成、サイトカインまたは可溶性メディエーターなどの免疫メディエーターの発現および/または分泌の増大または減少、1つまたは複数の細胞表面マーカーの発現の増大または減少を決定する。
活性化する:本明細書で使用される場合、抗原提示細胞(APC)によって提示されるペプチドに抗原特異的認識が起こることが可能になる条件下で曝露した後にリンパ球活性が検出可能にモジュレートされる場合、APCによって提示されるペプチドは、リンパ球を「活性化する」。リンパ球活性の任意のインジケーターを評価して、リンパ球が活性化されるかどうか、例えば、T細胞増殖、受容体のリン酸化または脱リン酸化、カルシウム流、細胞骨格再構成、サイトカインまたは可溶性メディエーターなどの免疫メディエーターの発現および/または分泌の増大または減少、1つまたは複数の細胞表面マーカーの発現の増大または減少を決定する。
投与:本明細書で使用される場合、「投与」という用語は、一般には、対象または系への組成物の投与を指す。当業者は、妥当な状況下で、対象、例えば、ヒトへの投与のために利用することができる種々の経路を認識するであろう。例えば、一部の実施形態では、投与は、全身的または局所的であり得る。一部の実施形態では、投与は、経腸または非経口であり得る。一部の実施形態では、投与は、注射(例えば、筋肉内、静脈内、または皮下注射)によるものであり得る。一部の実施形態では、注射は、ボーラス注射、点滴、灌流、または注入を伴い得る。一部の実施形態では、投与は局部的であり得る。当業者は、例えば、www.fda.govに列挙されているものの中から、本明細書に記載の特定の治療と共
に使用するための妥当な投与経路を認識するであろう。これらとしては、耳介(耳)、頬側、結膜、皮膚、歯、子宮頸管内、洞内(endosinusial)、気管内、経腸、硬膜外、羊膜外、体外、間質性、腹腔内(intra-abdominal)、羊膜内、動脈内、関節内、胆管内、気管支内、滑液包内、心臓内、軟骨内、尾内、空洞内、腔内(intracavitary)、脳内、大槽内、角膜内、歯冠内、海綿体内、皮内、結節内、円板内、管内(intraductal)、十二指腸内、硬膜内、表皮内、食道内、胃内、歯肉内、病巣内、腔内(intraluminal)、リンパ内、髄内、髄膜内、筋肉内、眼内、卵巣内、心膜内、腹腔内(intraperitoneal)、胸膜内、前立腺内、肺内、洞内(intrasinal)、脊髄内、滑液包内、腱内、精巣内、髄腔内、胸腔内、管内(intratubular)、腫瘍内、中耳内、子宮内、血管内、静脈内、静脈内ボーラス、点滴静注、脳室内、硝子体内、喉頭、経鼻、経鼻胃、点眼、経口、中咽頭、非経口、経皮(percutaneous)、関節周囲、硬膜外、神経周囲、歯周、直腸、呼吸器(例えば、吸入)、眼球後、軟部組織、くも膜下、結膜下、皮下、舌下、粘膜下、局部、経皮(transdermal)、経粘膜、経胎盤性、経気管、尿管、尿道、または膣が挙げられる。一部の実施形態では、投与は、電気浸透、血液透析、浸潤、イオン導入、洗浄、および/または密封包帯を伴い得る。一部の実施形態では、投与は、断続的投薬(例えば、時間が隔てられた複数回投薬)および/または周期的投薬(例えば、共通の期間で隔てられた個々の投薬)を伴い得る。一部の実施形態では、投与は、継続的投薬を伴い得る。
に使用するための妥当な投与経路を認識するであろう。これらとしては、耳介(耳)、頬側、結膜、皮膚、歯、子宮頸管内、洞内(endosinusial)、気管内、経腸、硬膜外、羊膜外、体外、間質性、腹腔内(intra-abdominal)、羊膜内、動脈内、関節内、胆管内、気管支内、滑液包内、心臓内、軟骨内、尾内、空洞内、腔内(intracavitary)、脳内、大槽内、角膜内、歯冠内、海綿体内、皮内、結節内、円板内、管内(intraductal)、十二指腸内、硬膜内、表皮内、食道内、胃内、歯肉内、病巣内、腔内(intraluminal)、リンパ内、髄内、髄膜内、筋肉内、眼内、卵巣内、心膜内、腹腔内(intraperitoneal)、胸膜内、前立腺内、肺内、洞内(intrasinal)、脊髄内、滑液包内、腱内、精巣内、髄腔内、胸腔内、管内(intratubular)、腫瘍内、中耳内、子宮内、血管内、静脈内、静脈内ボーラス、点滴静注、脳室内、硝子体内、喉頭、経鼻、経鼻胃、点眼、経口、中咽頭、非経口、経皮(percutaneous)、関節周囲、硬膜外、神経周囲、歯周、直腸、呼吸器(例えば、吸入)、眼球後、軟部組織、くも膜下、結膜下、皮下、舌下、粘膜下、局部、経皮(transdermal)、経粘膜、経胎盤性、経気管、尿管、尿道、または膣が挙げられる。一部の実施形態では、投与は、電気浸透、血液透析、浸潤、イオン導入、洗浄、および/または密封包帯を伴い得る。一部の実施形態では、投与は、断続的投薬(例えば、時間が隔てられた複数回投薬)および/または周期的投薬(例えば、共通の期間で隔てられた個々の投薬)を伴い得る。一部の実施形態では、投与は、継続的投薬を伴い得る。
抗原:「抗原」という用語は、本明細書で使用される場合、特異的な免疫応答を引き出す分子(例えば、ポリペプチド)を指す。抗原特異的免疫学的応答は、適応免疫応答としても公知であり、抗原受容体(例えば、T細胞受容体、B細胞受容体)を発現するリンパ球(例えば、T細胞、B細胞、NK細胞)によって媒介される。ある特定の実施形態では、抗原はT細胞抗原であり、細胞性免疫応答を引き出す。ある特定の実施形態では、抗原はB細胞抗原であり、体液性(すなわち、抗体)応答を引き出す。ある特定の実施形態では、抗原はT細胞抗原およびB細胞抗原の両方である。本明細書で使用される場合、「抗原」という用語は、全長ポリペプチドもポリペプチドの一部分または免疫原性断片もどちらも、およびポリペプチド内のペプチドエピトープ(例えば、主要組織適合性遺伝子複合体(MHC)分子(例えば、MHCクラスI、またはMHCクラスII)が結合するペプチドエピトープ)を包含する。
抗原提示細胞:「抗原提示細胞」または「APC」とは、T細胞による認識のためにMHCクラスIおよび/またはMHCクラスII分子上にペプチドを提示する細胞を指す。APCは、ナイーブなリンパ球を刺激する能力を有するプロフェッショナルAPC(例えば、樹状細胞、マクロファージ、B細胞)と、非プロフェッショナルAPC(例えば、線維芽細胞、上皮細胞、内皮細胞、グリア細胞)の両方を含む。ある特定の実施形態では、APCは、候補抗原として異種ポリペプチドを発現するライブラリーのメンバー(例えば、細菌細胞のライブラリーの細胞)を内部に取り込む(例えば、エンドサイトーシスにより取り込む)ことができる。
自己溶菌酵素ポリペプチド:「自己溶菌酵素ポリペプチド」は、真核細胞によって内部に取り込まれた細胞(例えば、細菌細胞)の自己分解を容易にするまたは媒介するポリペプチドである。一部の実施形態では、自己溶菌酵素ポリペプチドは、細菌の自己溶菌酵素ポリペプチドである。自己溶菌酵素ポリペプチドとしては、GenBank(登録商標)に受託番号NP_388823.1、NP_266427.1、およびP0AGC3.1の下で配列が開示されているポリペプチドが挙げられ、これらに限定されない。
がん:本明細書で使用される場合、「がん」という用語は、細胞が、比較的異常な、コントロールされていない、および/または自律的な成長を示し、したがって、細胞増殖のコントロールの有意な喪失を特徴とする異常に上昇した増殖率および/または異常な成長表現型を示す疾患、障害、または状態を指す。一部の実施形態では、がんは、1つまたは複数の腫瘍を特徴とし得る。例えば、副腎皮質癌、星状細胞腫、基底細胞癌、カルチノイド、心臓、胆管細胞癌、脊索腫、慢性骨髄増殖性新生物、頭蓋咽頭腫、非浸潤性乳管癌、上衣腫、眼内黒色腫、消化管カルチノイド腫瘍、消化管間質腫瘍(GIST)、妊娠性栄養膜疾患、神経膠腫、組織球増殖症、白血病(例えば、急性リンパ芽球性白血病(ALL)、急性骨髄性白血病(AML)、慢性リンパ球性白血病(CLL)、慢性骨髄性白血病(CML)、ヘアリー細胞白血病、骨髄性白血病(myelogenous leukemia)、骨髄性白血病(myeloid leukemia))、リンパ腫(例えば、バーキットリンパ腫[非ホジキンリンパ腫]、皮膚T細胞リンパ腫、ホジキンリンパ腫、菌状息肉腫、セザリー症候群、AIDS関連リンパ腫、濾胞性リンパ腫、びまん性大細胞型B細胞性リンパ腫)、黒色腫、メルケル細胞癌、中皮腫、骨髄腫(例えば、多発性骨髄腫)、骨髄異形成症候群、乳頭腫症、傍神経節腫、褐色細胞腫、胸膜肺芽腫、網膜芽細胞腫、肉腫(例えば、ユーイング肉腫、カポジ肉腫、骨肉腫、横紋筋肉腫、子宮肉腫、血管の肉腫)、ウィルムス腫瘍、および/または副腎皮質、肛門、虫垂、胆管、膀胱、骨、脳、乳房、気管支、中枢神経系、子宮頸部、結腸、子宮内膜、食道、眼、卵管、胆嚢、胃腸管、生殖細胞、頭頸部、心臓、腸、腎臓(例えば、ウィルムス腫瘍)、喉頭、肝臓、肺(例えば、非小細胞肺がん、小細胞肺がん)、口、鼻腔、口腔、卵巣、膵臓、直腸、皮膚、胃、精巣、のど、甲状腺、陰茎、咽頭、腹膜、下垂体、前立腺、直腸、唾液腺、尿管、尿道、子宮、膣、もしくは外陰部のがんを含めた種々の型のがんを当業者は承知している。
細胞溶解素ポリペプチド:「細胞溶解素ポリペプチド」は、真核細胞の膜内に細孔を形成する能力を有するポリペプチドである。細胞溶解素ポリペプチドは、真核細胞によって内部に取り込まれた宿主細胞(例えば、細菌細胞)において発現されると、宿主細胞成分(例えば、宿主細胞ポリペプチドなどの宿主細胞巨大分子)の、内部に取り込まれている細胞の細胞質基質内への放出を容易にする。一部の実施形態では、細胞溶解素ポリペプチドは、細菌細胞溶解素ポリペプチドである。一部の実施形態では、細胞溶解素ポリペプチドは、細胞質細胞溶解素ポリペプチドである。細胞溶解素ポリペプチドとしては、米国特許第6,004,815号において、およびGenBank(登録商標)において受託番号NP_463733.1、NP_979614、NP_834769、YP_084586、YP_895748、YP_694620、YP_012823、NP_346351、YP_597752、BAB41212.2、NP_561079.1、YP_001198769、およびNP_359331.1の下で配列が開示されているポリペプチドが挙げられ、これらに限定されない。
細胞質細胞溶解素ポリペプチド:「細胞質細胞溶解素ポリペプチド」は、真核細胞の膜内に細孔を形成する能力を有し、また、細菌細胞において細胞質ポリペプチドとして発現される細胞溶解素ポリペプチドである。細胞質細胞溶解素ポリペプチドは、細菌細胞によって有意には分泌されない。細胞質細胞溶解素ポリペプチドは、種々の手段によってもたらすことができる。一部の実施形態では、細胞質細胞溶解素ポリペプチドは、細胞質細胞溶解素ポリペプチドをコードする核酸としてもたらされる。一部の実施形態では、細胞質細胞溶解素ポリペプチドは、ビーズに付着した状態でもたらされる。一部の実施形態では、細胞質細胞溶解素ポリペプチドは、分泌された細胞溶解素ポリペプチドの配列と比べて変更された(例えば、非機能性になるように欠失またはシグナル配列の変更によって変更された)配列を有する。一部の実施形態では、細胞質細胞溶解素ポリペプチドは、分泌インコンピテント細胞において発現されることから、細胞質細胞溶解素ポリペプチドである。一部の実施形態では、細胞質細胞溶解素ポリペプチドは、細胞において発現されることから、細胞溶解素ポリペプチドと連結したシグナル配列の分泌を認識および媒介しない細胞質細胞溶解素ポリペプチドである。一部の実施形態では、細胞質細胞溶解素ポリペプチドは、細菌細胞溶解素ポリペプチドである。
異種:「異種」という用語は、遺伝子またはポリペプチドに言及するために本明細書で使用される場合、それが存在し、かつ/もしくは発現される生物体に天然には存在せず、かつ/または人間の手によって生物体に導入された遺伝子またはポリペプチドを指す。一部の実施形態では、異種ポリペプチドは、本明細書に記載の腫瘍抗原である。
免疫メディエーター:本明細書で使用される場合、「免疫メディエーター」という用語は、免疫応答に関与する細胞およびプロセスに影響を及ぼす任意の分子を指す。免疫メディエーターとしては、サイトカイン、ケモカイン、可溶性タンパク質、および細胞表面マーカーが挙げられる。
改善する、増大させる、阻害する、刺激する、抑制する、または低減する:本明細書で使用される場合、「改善する」、「増大させる」、「阻害する」、「刺激する」、「抑制する」、「低減する」という用語またはその文法上の等価表現は、ベースラインまたは他の参照測定値と比べた値を示す。一部の実施形態では、妥当な参照測定値は、特定の作用剤または処置が存在しないかまたは存在し(例えば、その前および/または後)、他の点では同等の条件下での、または、妥当な同等の参照作用剤の存在下での、特定の系(例えば、単一の個体)における測定値であり得るまたはそれを含み得る。特定の作用剤または処置の影響は、直接的または間接的であり得る。一部の実施形態では、妥当な参照測定値は、関連性のある作用剤または処置の存在下で、特定の方法で応答することが分かっているまたは応答することが予測される同等の系における測定値であり得るまたはそれを含み得る。一部の実施形態では、抗原提示細胞(APC)によって提示されるペプチドは、リンパ球が、APCによって提示されるペプチドに、抗原特異的認識が起こることが可能になる条件下で曝露した後、例えば、対照と比べたT細胞増殖、受容体のリン酸化または脱リン酸化、カルシウム流、細胞骨格再構成、サイトカインまたは可溶性メディエーターなどの免疫メディエーターの発現および/または分泌の増大または減少、1つまたは複数の細胞表面マーカーの発現の増大または減少によって観察される通り、活性化されて有益な応答に関連する表現型になる場合、リンパ球を「刺激する」またはそれに対して「刺激性」である。一部の実施形態では、抗原提示細胞によって提示されるペプチドは、リンパ球が、APCによって提示されるペプチドに、抗原特異的認識が起こることが可能になる条件下で曝露した後、例えば、対照と比べた受容体のリン酸化または脱リン酸化、カルシウム流、細胞骨格再構成、サイトカインまたは可溶性メディエーターなどの免疫メディエーターの発現および/または分泌の増大または減少、1つまたは複数の細胞表面マーカーの発現の増大または減少によって観察される通り、活性化されて有害な応答または有益でない応答に関連する表現型になる場合、リンパ球を「抑制する」、「阻害する」またはそれに対して「阻害性」である。
インベイシンポリペプチド:「インベイシンポリペプチド」は、真核細胞による細胞(例えば、細菌細胞)の取り込みを容易にするまたは媒介するポリペプチドである。非侵襲的な細菌細胞におけるインベイシンポリペプチドの発現により、細胞に、真核細胞に侵入する能力が付与される。一部の実施形態では、インベイシンポリペプチドは、細菌インベイシンポリペプチドである。一部の実施形態では、インベイシンポリペプチドは、Yersiniaインベイシンポリペプチド(例えば、GenBank(登録商標)において受託番号YP_070195.1の下で開示されている配列を含むYersiniaインベイシンポリペプチド)である。
リステリオリジンO(LLO):「リステリオリジンO」または「LLO」という用語は、Listeria monocytogenesのリステリオリジンOポリペプチドおよび細孔形成能を保持するその短縮形態(例えば、シグナル配列を欠く短縮形態を含めた細胞質形態のLLO)を指す。一部の実施形態では、LLOは、細胞質LLOである。例示的なLLO配列を下の表1に示す。
ポリペプチド:「ポリペプチド」という用語は、本明細書で使用される場合、一般に、少なくとも3つのアミノ酸のポリマーという、その当技術分野で認められている意味を有する。しかし、「ポリペプチド」という用語は、本明細書(または本明細書に具体的に記載されている参考文献もしくはデータベース)において列挙されている完全な配列を有するポリペプチドを包含するだけでなく、そのような完全なポリペプチドの機能性断片(すなわち、少なくとも1つの活性を保持する断片)および免疫原性断片であるポリペプチドも包含することが十分に一般的であることが意図されていることが当業者には理解されよう。さらに、タンパク質配列は、一般に、活性を破壊しないいくつかの置換が許容されることが当業者には理解される。したがって、活性を保持し、かつ、同じクラスの別のポリペプチドに対して、少なくとも約30~40%の全体的な配列同一性、多くの場合には約50%、60%、70%、または80%を超える全体的な配列同一性を共有し、さらに通常は、通常少なくとも3~4個、および多くの場合には20個に至るまでまたはそれよりも多くのアミノ酸を包含する1つまたは複数の高度に保存された領域内の、同一性がはるかに高い、多くの場合には90%を超えるまたはさらには95%、96%、97%、98%、または99%である少なくとも1つの領域を含む任意のポリペプチドが、本明細書で使用される、関連する用語「ポリペプチド」に包含される。類似点および/または同一性の他の領域は、当業者が種々のポリペプチドの配列を分析することによって決定することができる。
初代細胞:本明細書で使用される場合、「初代細胞」は、in vitroで不死化されていない生物体由来の細胞を指す。一部の実施形態では、初代細胞は、対象(例えば、ヒト)から直接取得した細胞である。一部の実施形態では、初代細胞は、対象から取得した細胞の後代(例えば、in vitroで継代された細胞)である。初代細胞は、培養物中で刺激して増殖させた細胞を含む。
応答:対象(患者または実験用生物体)に関して本明細書で使用される場合、「応答」、「応答性の」、または「応答性」とは、処置の結果として生じるまたは処置と相関する、対象の状態の変更を指す。ある特定の実施形態では、応答は、有益な応答である。ある特定の実施形態では、有益な応答は、対象の状態の安定化(例えば、処置しなければ生じることが予測されるまたは典型的に観察される悪変の防止または遅延)、状態の1つまたは複数の症状の好転(例えば、発生頻度および/または強度の低減)、ならびに/または状態が治癒する見込みの改善などを含み得る。ある特定の実施形態では、がんを有する対象に関しては、有益な応答は、以下を含み得る:対象が、がん治療または治療の組合せに対する正の臨床応答を有する;対象が、がんに対する自然応答を有する;対象が、がんの部分寛解または完全寛解の状態にある;対象のがんが取り除かれている;対象が、がんの再燃も再発も転移も有していない;対象が、正のがん予後を有する;対象が、がん治療または治療の組合せに対する毒性の応答も副作用も経験していない。ある特定の実施形態では、がんを有していた対象に関しては、有益な応答は、過去に生じたものまたは進行中のものである。
ある特定の実施形態では、応答は、有害な応答または有益でない応答である。ある特定の実施形態では、有害な応答または有益でない応答は、対象の状態の悪変、状態の1つまたは複数の症状が好転しないこと(例えば、発生頻度および/または強度が低減しないこと)、ならびに/または状態が治癒する見込みの低下などを含み得る。ある特定の実施形態では、がんを有する対象に関しては、有害な応答または有益でない応答は、以下を含み得る:対象が、がん治療または治療の組合せに対する負の臨床応答を有する;対象が、がんの寛解の状態にない;対象のがんが取り除かれていない;対象が、がんの再燃、再発または転移を有していた;対象が、負のがん予後を有する;対象が、がん治療または治療の組合せに対する毒性の応答または副作用を経験した。ある特定の実施形態では、がんを有していた対象に関しては、有害な応答または有益でない応答は過去に生じたものまたは進行中のものである。
細胞、器官、組織、または細胞成分、例えばリンパ球に関して本明細書で使用される場合、「応答」、「応答性の」、または「応答性」とは、作用剤、例えば腫瘍抗原の投与またはそれへの曝露の結果として生じるまたはそれと相関する細胞活性の変更を指す。ある特定の実施形態では、有益な応答は、対象における正の臨床応答または転帰に関連する免疫メディエーターの発現および/または分泌の増大を含み得る。ある特定の実施形態では、有益な応答は、対象における負の臨床応答または転帰に関連する免疫メディエーターの発現および/または分泌の減少を含み得る。ある特定の実施形態では、有害な応答または有益でない応答は、対象における負の臨床応答または転帰に関連する免疫メディエーターの発現および/または分泌の増大を含み得る。ある特定の実施形態では、有害な応答または有益でない応答は、対象における正の臨床応答または転帰に関連する免疫メディエーターの発現および/または分泌の減少を含み得る。ある特定の実施形態では、応答は、臨床応答である。ある特定の実施形態では、応答は、細胞応答である。ある特定の実施形態では、応答は、直接的な応答である。ある特定の実施形態では、応答は、間接的な応答である。ある特定の実施形態では、「非応答」、「非応答性の」、または「非応答性」とは、応答が最小であることまたは検出可能な応答がないことを意味する。ある特定の実施形態では、「応答が最小であること」は、検出可能な応答がないことを含む。ある特定の実施形態では、応答の存在、程度、および/または性質を特定の判断基準に従って測定し、かつ/または特徴付けることができる。ある特定の実施形態では、そのような判断基準は、臨床的な判断基準および/または客観的な判断基準を含み得る。ある特定の実施形態では、応答を評価するための技法としては、これだけに限定されないが、臨床検査、陽電子放出断層撮影法、胸部X線、CTスキャン、MRI、超音波、内視鏡検査、腹腔鏡検査、試料中の特定のマーカーの存在もしくはレベル、細胞診、および/または組織学的検査を挙げることができる。目的の応答が治療に対する腫瘍の応答である場合、当業者は、例えば、腫瘍負荷量、腫瘍サイズ、腫瘍のステージを決定するためのものなどを含めた、そのような応答を評価するための種々の確立された技法を認識するであろう。処置に対する応答を評価するための方法およびガイドラインは、Therasseら、J.Natl. Cancer Inst.、2
000年、92巻(3号):205~216頁;およびSeymourら、Lancet Oncol.、2017年、18巻:e143~52頁において考察されている。正確な応答の判断基準は、腫瘍、患者もしくは実験用生物体、および/または細胞、器官、組織、もしくは細胞成分の群を比較する場合に、比較される群を、応答率を決定するための同じまたは同等の判断基準に基づいて評価するという条件で、任意の適切な様式で選択することができる。当業者は妥当な判断基準を選択することができるであろう。
000年、92巻(3号):205~216頁;およびSeymourら、Lancet Oncol.、2017年、18巻:e143~52頁において考察されている。正確な応答の判断基準は、腫瘍、患者もしくは実験用生物体、および/または細胞、器官、組織、もしくは細胞成分の群を比較する場合に、比較される群を、応答率を決定するための同じまたは同等の判断基準に基づいて評価するという条件で、任意の適切な様式で選択することができる。当業者は妥当な判断基準を選択することができるであろう。
腫瘍:本明細書で使用される場合、「腫瘍」という用語は、細胞または組織の異常な成長を指す。一部の実施形態では、腫瘍は、前がん性(例えば、良性)、悪性、前転移性、転移性、および/または非転移性である細胞を含み得る。一部の実施形態では、腫瘍は、がんに関連する、または、がんの顕在化である。一部の実施形態では、腫瘍は、分散腫瘍または液性腫瘍であり得る。一部の実施形態では、腫瘍は、固形腫瘍であり得る。
がん免疫療法のためのイピリムマブ、ニボルマブ、およびペムブロリズマブなどの免疫チェックポイント阻害剤による治療における最近の進歩の結果、他の適応症の中でもNSCLCに罹患している対象において劇的な有効性がもたらされている。ニボルマブおよびペムブロリズマブ(pembroluzimab)は、以前に化学療法を用いて処置されていた進行N
SCLCの患者における使用に関してFood and Drug Administration(FDA)および欧州医薬品庁(European Medicines Agency)(EMA)により認可されている。これらにより、腫瘍のコントロールにおけるT細胞応答の重要性が固められた。正常なヒトゲノムが全くない潜在的ながん拒絶反応抗原である新抗原が腫瘍コントロールに関連すると仮定される。しかし、当該新抗原および腫瘍クリアランスにおけるそれらの役割を定義するための試みは、それらを生物学的に関連する不偏の方法で定義するために利用可能なツールが不足していることにより妨げられている(SchumacherおよびSchreiber、2015年、Science、348巻:69~74頁、Gilchukら、2015年、CurrOpin Immunol、34巻:43~51頁)。
SCLCの患者における使用に関してFood and Drug Administration(FDA)および欧州医薬品庁(European Medicines Agency)(EMA)により認可されている。これらにより、腫瘍のコントロールにおけるT細胞応答の重要性が固められた。正常なヒトゲノムが全くない潜在的ながん拒絶反応抗原である新抗原が腫瘍コントロールに関連すると仮定される。しかし、当該新抗原および腫瘍クリアランスにおけるそれらの役割を定義するための試みは、それらを生物学的に関連する不偏の方法で定義するために利用可能なツールが不足していることにより妨げられている(SchumacherおよびSchreiber、2015年、Science、348巻:69~74頁、Gilchukら、2015年、CurrOpin Immunol、34巻:43~51頁)。
非小細胞肺癌(NSCLC)を例として、ペムブロリズマブを用いた処置を受けた患者由来のNSCLC腫瘍の全エキソームシーケンシングから、腫瘍において同義でない突然変異負荷量がより高いことが、客観的応答、恒久的な臨床的有用性、および無増悪生存期間の改善に関連づけられることが示された(Rizviら、(2015年)Science、348巻(6230号):124~8頁)。この試験では、同義でない突然変異負荷量の中央値は発見コホートでは209であり、検証コホートでは200であった。しかし、単に、突然変異はシーケンシングによって同定されたので、それにより創出されるエピトープがT細胞によって認識され得るまたはT細胞応答に対する防御抗原としての機能を果たし得ることを意味するわけではなく(Gilchukら、2015年、CurrOpin Immunol、34巻:43~51頁)、これにより、新抗原という単語の使用がいくらか誤称になる。NSCLCにおけるT細胞の潜在的な標的は200種またはそれよりも多く、突然変異のいずれが新抗原としての機能を果たすか、およびいずれの新抗原が腫瘍コントロールの臨床的エビデンスに関連するかを決定するためにあらゆる予測されるエピトープを試験することは実行可能ではない。最近、McGranahanらによる試験から、原発性肺腺癌におけるクローン新抗原負荷量および全生存が関連することが示された。しかし、クローン新抗原の濃縮でさえ、結果としてもたらされる潜在的な抗原標的は50種からおよそ400種の範囲である(McGranahanら、2016年、Science、351巻:1463~69頁)。イピリムマブによ
る治療に応答した黒色腫患者について(Snyderら、2015年、NEJM;VanAllenら、2015年、Science)、およびペムブロリズマブを用いた処置を受けた、ミスマッチ修復欠
損結腸直腸がんを有する患者において(Leら、2015年、NEJM)、類似の所見が記載されている。
る治療に応答した黒色腫患者について(Snyderら、2015年、NEJM;VanAllenら、2015年、Science)、およびペムブロリズマブを用いた処置を受けた、ミスマッチ修復欠
損結腸直腸がんを有する患者において(Leら、2015年、NEJM)、類似の所見が記載されている。
本開示は、T細胞応答を引き出し、特にヒトT細胞応答を引き出す腫瘍抗原(例えば、腫瘍特異的抗原(TSA、または新抗原)、腫瘍関連抗原(TAA)、または、がん/精巣抗原(CTA))、ならびに、潜在的な腫瘍抗原であるポリペプチドを迅速に同定するための方法およびシステムを提供する。本開示の目的に関して、「腫瘍抗原」とは、腫瘍抗原および潜在的な腫瘍抗原の両方を含む。本明細書に記載の通り、本開示の方法により、公知のアルゴリズムによって同定されなかった刺激性腫瘍抗原が同定された。さらに、本開示の方法により、公知のアルゴリズムによって同定可能でない抑制性および/または阻害性腫瘍抗原が同定された。本開示の方法により、潜在的な腫瘍抗原であるポリペプチド、すなわち、非がん性対象のT細胞は活性化するが、がんに罹患している対象のT細胞は活性化しないポリペプチドも同定された。本開示は、腫瘍抗原および潜在的な腫瘍抗原を選択する方法、選択された腫瘍抗原および潜在的な腫瘍抗原を使用する方法、選択された腫瘍抗原および潜在的な腫瘍抗原を含む免疫原性組成物、ならびに免疫原性組成物を製造する方法も提供する。本開示は、例えば、がん治療の開始、継続、改変、および/または中止に関して対象を同定または選択するために、がん対象における免疫応答を評価する方法も提供する。
ライブラリー生成
ライブラリーは、メンバー(例えば、ウイルス粒子、リポソーム、またはビーズ(例えば、in vitroで翻訳されたポリペプチドなどのポリペプチドでコーティングされたビーズ、例えば、親和性ビーズ、例えば、抗体でコーティングされたビーズ、もしくは目的のポリペプチドと結合したNTA-Niビーズ)などの細胞または非細胞粒子)の収集物である。本開示によると、ライブラリーのメンバーは、本明細書に記載の目的のポリペプチドを含む(例えば、内部で発現するまたは保有する)。一部の実施形態では、ライブラリーのメンバーは、本明細書に記載の目的のポリペプチドを内部で発現する細胞である。一部の実施形態では、ライブラリーのメンバーは粒子であり、目的のポリペプチドを保有し、かつ/またはそれと結合している。アッセイ系におけるライブラリーの使用により、in vitroにおいて多数の候補抗原に対する細胞応答を同時評価することが可能になる。本開示によると、ライブラリーは、ヒト抗原提示細胞によって内部に取り込まれ、したがって、内部で発現された目的のポリペプチド由来のペプチドを含めたライブラリーメンバー由来のペプチドが、T細胞による認識のために抗原提示細胞のMHC分子上に提示されるように設計される。
ライブラリーは、メンバー(例えば、ウイルス粒子、リポソーム、またはビーズ(例えば、in vitroで翻訳されたポリペプチドなどのポリペプチドでコーティングされたビーズ、例えば、親和性ビーズ、例えば、抗体でコーティングされたビーズ、もしくは目的のポリペプチドと結合したNTA-Niビーズ)などの細胞または非細胞粒子)の収集物である。本開示によると、ライブラリーのメンバーは、本明細書に記載の目的のポリペプチドを含む(例えば、内部で発現するまたは保有する)。一部の実施形態では、ライブラリーのメンバーは、本明細書に記載の目的のポリペプチドを内部で発現する細胞である。一部の実施形態では、ライブラリーのメンバーは粒子であり、目的のポリペプチドを保有し、かつ/またはそれと結合している。アッセイ系におけるライブラリーの使用により、in vitroにおいて多数の候補抗原に対する細胞応答を同時評価することが可能になる。本開示によると、ライブラリーは、ヒト抗原提示細胞によって内部に取り込まれ、したがって、内部で発現された目的のポリペプチド由来のペプチドを含めたライブラリーメンバー由来のペプチドが、T細胞による認識のために抗原提示細胞のMHC分子上に提示されるように設計される。
ライブラリーは、ヒトMHCクラスIおよびMHCクラスII分子によって提示されるペプチドを検出するアッセイにおいて使用することができる。内部に取り込まれたライブラリーメンバーによって発現されるポリペプチドは、ヒト細胞の細胞内エンドサイトーシス区画(例えば、ファゴソーム、エンドソーム、リソソーム)内で消化され、MHCクラスII分子上に提示され、これが、ヒトCD4+T細胞によって認識される。一部の実施形態では、ライブラリーメンバーは、目的のポリペプチドに加えて、細胞溶解素ポリペプチドを含む。一部の実施形態では、ライブラリーメンバーは、目的のポリペプチドに加えて、インベイシンポリペプチドを含む。一部の実施形態では、ライブラリーメンバーは、目的のポリペプチドに加えて、自己溶菌酵素ポリペプチドを含む。一部の実施形態では、ライブラリーメンバーは、細胞溶解素ポリペプチドを発現する細胞と共にもたらされる(すなわち、細胞溶解素と目的のポリペプチドを同じ細胞においては発現させず、抗原提示細胞を、細胞溶解素を含むメンバーおよび目的のポリペプチドを含むメンバーに曝露させ、その結果、両方が抗原提示細胞によって内部に取り込まれ、その結果、細胞溶解素により、目的のポリペプチドの抗原提示細胞のMHCクラスI経路への送達が容易になる)。細胞溶解素ポリペプチドは、細胞において構成的に発現させることもでき、誘導性発現系(例えば、誘導性プロモーター)のコントロール下に置くこともできる。一部の実施形態では、細胞溶解素を発現する細胞に対する細胞傷害性を最小にするために、細胞溶解素を誘導性プロモーターのコントロール下で発現させる。
細胞溶解素ポリペプチドは、ヒト細胞によって内部に取り込まれると、ヒト細胞内の細胞内区画に貫入し、それにより、ライブラリーメンバーによって発現されたポリペプチドがヒト細胞の細胞質基質に接近することが可能になる。細胞質基質中に放出されたポリペプチドは、MHCクラスI分子上に提示され、それがCD8+T細胞によって認識される。
ライブラリーは、本明細書に記載の方法における使用のための抗原提示細胞によって内部に取り込まれ、目的のポリペプチド(および、細胞溶解素ポリペプチドが望ましい適用では、細胞溶解素ポリペプチド)を送達することが可能な任意の細胞型または粒子を含み得る。「細胞」という用語は、本明細書全体を通して、ライブラリーメンバーに言及するために使用されるが、一部の実施形態では、ライブラリーメンバーはウイルス粒子、リポソーム、またはビーズなどの非細胞粒子であることが理解される。一部の実施形態では、ライブラリーのメンバーは、目的のポリペプチド(および細胞溶解素ポリペプチド)をコードし、抗原提示細胞によって内部に取り込まれる前、および/またはその間に目的のポリペプチド(および細胞溶解素ポリペプチド)を発現するように誘導することが可能なポリヌクレオチドを含む。
一部の実施形態では、細胞溶解素ポリペプチドは、それを発現させるライブラリー細胞に対して異種であり、ライブラリー細胞によって発現されるポリペプチドの、ライブラリー細胞が内部に取り込まれたヒト細胞の細胞質基質への送達を容易にするものである。細胞溶解素ポリペプチドとしては、リステリオリジンO(LLO)、ストレプトリジンO(SLO)、およびパーフリンゴリジンO(PFO)などの細菌細胞溶解素ポリペプチドが挙げられる。追加的な細胞溶解素ポリペプチドは、米国特許第6,004,815号に記載されている。ある特定の実施形態では、ライブラリーメンバーは、LLOを発現する。一部の実施形態では、細胞溶解素ポリペプチドは、ライブラリー細胞によって有意には分泌されない(例えば、細胞によって産生される細胞溶解素ポリペプチドの20%未満、10%未満、5%未満、または1%未満が分泌される)。例えば、細胞溶解素ポリペプチドは、細胞質LLOポリペプチド(例えば、N末端シグナル配列を欠くLLOの一形態、Higginsら、Mol.Microbiol.、31巻(6号):1631~1641頁、1999年に記載)などの細胞質細胞溶解素ポリペプチドである。例示的な細胞溶解素ポリペプチド配列を表1に示す。表1の2行目に示されているリステリオリジンO(Δ3-25)配列は、表1の1行目に示されているLLO配列と比べて残基3~25の欠失を有し、また、細胞質LLOポリペプチドである。一部の実施形態では、細胞溶解素をライブラリー宿主細胞において構成的に発現させる。他の実施形態では、細胞溶解素を誘導性プロモーターのコントロール下で発現させる。細胞溶解素ポリペプチドは、ライブラリー細胞において目的のポリペプチドと同じベクターから発現させることもでき、異なるベクターから発現させることもできる。
一部の実施形態では、ライブラリーメンバー(例えば、細菌細胞であるライブラリーメンバー)は、抗原提示細胞による取り込みを容易にするインベイシンを含む。一部の実施形態では、ライブラリーメンバーは、抗原提示細胞内でのライブラリーメンバーの自己分解を容易にする自己溶菌酵素を含む。一部の実施形態では、ライブラリーメンバーは、インベイシンおよび自己溶菌酵素の両方を含む。一部の実施形態では、E.coli細胞であるライブラリーメンバーは、インベイシンおよび/または自己溶菌酵素を含む。種々の実施形態では、インベイシンおよび/または自己溶菌酵素を発現するライブラリー細胞を、細胞株由来の非プロフェッショナル抗原提示細胞または抗原提示細胞も使用する方法において使用する。Isbergら(Cell、1987年、50巻:769~778頁)、Sizemoreら(Science、1995年、270巻:299~302頁)およびCourvalinら(C.R.Acad. Sci. Paris、1995年、318巻:1207~12頁)は、標的細胞による細菌の
エンドサイトーシスをもたらすためのインベイシンの発現を記載している。自己溶菌酵素は、Caoら、Infect. Immun. 1998年、66巻(6号):2984~2986頁;Margotら、J.Bacteriol.、1998年、180巻(3号):749~752頁;Buistら、Appl. Environ. Microbiol.、1997年、63巻(7号):2722~2728頁;Yamanakaら、FEMSMicrobiol. Lett.、1997年、150巻(2号):269~275頁;Romeroら、FEMS Microbiol. Lett.、1993年、108巻(1号):87~92頁;BetznerおよびKeck、Mol.Gen.Genet.、1989年、219巻(3号):489~491頁;Lubitzら、J. Bacteriol.、1984年、159巻(1号):385~387頁;およびTomaszら、J.Bacteriol.、1988年、170巻(12号):5931~5934頁によ
って記載されている。一部の実施形態では、自己溶菌酵素は、溶解の遅延を許容する特徴を有し、例えば、自己溶菌酵素は、温度感受性または時間感受性である(例えば、Chang
ら、1995年、J. Bact.、177巻、3283~3294頁;Raabら、1985年、J.
Mol. Biol.、19巻、95~105頁;Gerdsら、1995年、Mol. Microbiol.、17
巻、205~210頁を参照されたい)。有用な細胞溶解素としては、嗜癖(毒物/解毒薬)自己溶菌酵素も挙げられる(例えば、Magnuson Rら、1996年、J.Biol. Chem.、271巻(31号)、18705~18710頁;Smith A Sら、1997年、Mol. Microbiol.、26巻(5号)、961~970頁を参照されたい)。
エンドサイトーシスをもたらすためのインベイシンの発現を記載している。自己溶菌酵素は、Caoら、Infect. Immun. 1998年、66巻(6号):2984~2986頁;Margotら、J.Bacteriol.、1998年、180巻(3号):749~752頁;Buistら、Appl. Environ. Microbiol.、1997年、63巻(7号):2722~2728頁;Yamanakaら、FEMSMicrobiol. Lett.、1997年、150巻(2号):269~275頁;Romeroら、FEMS Microbiol. Lett.、1993年、108巻(1号):87~92頁;BetznerおよびKeck、Mol.Gen.Genet.、1989年、219巻(3号):489~491頁;Lubitzら、J. Bacteriol.、1984年、159巻(1号):385~387頁;およびTomaszら、J.Bacteriol.、1988年、170巻(12号):5931~5934頁によ
って記載されている。一部の実施形態では、自己溶菌酵素は、溶解の遅延を許容する特徴を有し、例えば、自己溶菌酵素は、温度感受性または時間感受性である(例えば、Chang
ら、1995年、J. Bact.、177巻、3283~3294頁;Raabら、1985年、J.
Mol. Biol.、19巻、95~105頁;Gerdsら、1995年、Mol. Microbiol.、17
巻、205~210頁を参照されたい)。有用な細胞溶解素としては、嗜癖(毒物/解毒薬)自己溶菌酵素も挙げられる(例えば、Magnuson Rら、1996年、J.Biol. Chem.、271巻(31号)、18705~18710頁;Smith A Sら、1997年、Mol. Microbiol.、26巻(5号)、961~970頁を参照されたい)。
一部の実施形態では、ライブラリーのメンバーは、細菌細胞を含む。ある特定の実施形態では、ライブラリーは、非病原性、非病毒性細菌細胞を含む。ライブラリーメンバーとして使用するための細菌の例としては、E.coli、マイコバクテリウム属、Listeria monocytogenes、Shigella flexneri、Bacillus subtilis、またはサルモネラ属が挙げられる。
一部の実施形態では、ライブラリーのメンバーは、真核細胞(例えば、酵母細胞)を含む。一部の実施形態では、ライブラリーのメンバーは、ウイルス(例えば、バクテリオファージ)を含む。一部の実施形態では、ライブラリーのメンバーは、リポソームを含む。細胞溶解素および他の作用剤を含むリポソームを調製するための方法は、Kyung-Dallら、米国特許第5,643,599号に記載されている。一部の実施形態では、ライブラリーのメンバーは、ビーズを含む。ビーズで構成されるライブラリーを調製するための方法は、例えば、Lamら、Nature、354巻:82~84頁、1991年、米国特許第5,51
0,240号および第7,262,269号、およびそこで引用されている参考文献に記載されている。
0,240号および第7,262,269号、およびそこで引用されている参考文献に記載されている。
ある特定の実施形態では、目的のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、またはその一部分を、ライブラリーの細胞において目的のポリペプチドを発現するベクターにクローニングすることによってライブラリーを構築する。ポリヌクレオチドは、合成的に合成することができる。ポリヌクレオチドは、ポリヌクレオチドを増幅するプライマーを設計することによってクローニングすることができる。プライマーは、Primer3Plus(以下のURLから入手可能:bioinformatics.nl/cgi-bin/primer3plus/primer3plus.cgi;RozenおよびSkaletsky、KrawetzS、In:Misener S(編)BioinformaticsMethods and Protocols: Methods in Molecular Biology.Humana Press、Totowa、NJ、365~
386頁、2000年を参照されたい)などの利用可能なソフトウェアを使用して設計することができる。プライマーを設計するための他の方法は、当業者に公知である。一部の実施形態では、効率的な発現が促進されるように、短縮され、かつ/または疎水性領域(例えば、シグナル配列または膜貫通領域)を欠くポリペプチドが産生されるようにプライマーを構築する。所与のオープンリーディングフレーム(ORF)配列内の予測されるシグナル配列および予測されるシグナル配列切断部位の場所は、利用可能なソフトウェアを使用して決定することができる。例えば、Dyrlovら、J.Mol. Biol.、340巻:783
~795頁、2004年、および以下のURL:cbs.dtu.dk/services/SignalP/を参照されたい。例えば、シグナル配列が、所与のポリペプチド配列のN末端の20アミノ酸に存在することが予測される場合、プライマーを、N末端の20アミノ酸をコードするヌクレオチドの下流のコード配列とアニーリングするように設計し、したがって、増幅される配列は、このシグナル配列を欠く産物をコードする。
386頁、2000年を参照されたい)などの利用可能なソフトウェアを使用して設計することができる。プライマーを設計するための他の方法は、当業者に公知である。一部の実施形態では、効率的な発現が促進されるように、短縮され、かつ/または疎水性領域(例えば、シグナル配列または膜貫通領域)を欠くポリペプチドが産生されるようにプライマーを構築する。所与のオープンリーディングフレーム(ORF)配列内の予測されるシグナル配列および予測されるシグナル配列切断部位の場所は、利用可能なソフトウェアを使用して決定することができる。例えば、Dyrlovら、J.Mol. Biol.、340巻:783
~795頁、2004年、および以下のURL:cbs.dtu.dk/services/SignalP/を参照されたい。例えば、シグナル配列が、所与のポリペプチド配列のN末端の20アミノ酸に存在することが予測される場合、プライマーを、N末端の20アミノ酸をコードするヌクレオチドの下流のコード配列とアニーリングするように設計し、したがって、増幅される配列は、このシグナル配列を欠く産物をコードする。
プライマーは、その後のクローニングステップを容易にする配列を含むように設計することもできる。ORFは、ゲノムDNA(例えば、腫瘍細胞のゲノムDNA)から直接増幅させることもでき、腫瘍細胞によって発現されるmRNAの逆転写(RT-PCR)によって産生されるポリヌクレオチドから増幅させることもできる。mRNAのRT-PCRは、例えば、目的のゲノム配列がイントロン領域を含有する場合に有用である。PCRで増幅させたORFを妥当なベクターにクローニングし、免疫学的アッセイにおいて使用する前にORFのサイズ、配列、および発現を検証することができる。
一部の実施形態では、目的のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを、タグ(例えば、N末端もしくはC末端エピトープタグ)またはレポータータンパク質(例えば、蛍光タンパク質)をコードする配列と連結する。エピトープタグおよびレポータータンパク質により、発現されたポリペプチドの精製が容易になり、また、所与のポリペプチドがライブラリー宿主細胞において適正に発現されていることを、例えば、細胞をスクリーニングにおいて使用する前に、検証することが可能になり得る。有用なエピトープタグとしては、例えば、ポリヒスチジン(His)タグ、パラミクソウイルスのPタンパク質およびVタンパク質由来のV5エピトープタグ、赤血球凝集素(HA)タグ、mycタグ、およびその他が挙げられる。一部の実施形態では、目的のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを、公知の抗原エピトープ(例えば、オボアルブミンなどのモデル抗原のMHCクラスI制限T細胞エピトープおよび/またはMHCクラスII制限T細胞エピトープ)であるタグをコードする配列と融合し、これを、目的のポリペプチドが発現されていること、および、抗原提示アッセイにおいてポリペプチド-タグ融合タンパク質が処理され、提示されることを検証するために使用することができる。一部の実施形態では、タグは、マウスT細胞(例えば、マウスT細胞株)のT細胞エピトープを含む。一部の実施形態では、目的のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを、精製を容易にするタグおよび公知の抗原エピトープであるタグに連結する。有用なレポータータンパク質としては、天然に存在する蛍光タンパク質およびそれらの誘導体、例えば、緑色蛍光タンパク質(Aequorea Victoria)およびNeon Green(Branchiostoma lanceolatum)が挙げられる。合成的に導き出した蛍光および発色性タンパク質のパネルも商業的な供給源から入手可能である。
目的のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを、ライブラリー宿主細胞への導入のために発現ベクターにクローニングする。Gateway(登録商標)クローニングシステム(Invitrogen)などの、ポリヌクレオチドのクローニングおよび操作を容易にする種々のベクター系が入手可能である。当業者には公知の通り、発現ベクターは、ライブラリー宿主細胞においてポリヌクレオチドによってコードされる目的のポリペプチドの産生を駆動するエレメント(例えば、プロモーターおよび他の制御エレメント)を含む。一部の実施形態では、ポリペプチド発現を、誘導性エレメント(例えば、ほんの数例を挙げると、誘導性プロモーター、例えば、IPTG誘導性プロモーターもしくはアラビノース誘導性プロモーター、またはIPTG誘導性ファージT7 RNAポリメラーゼ系、ラクトース(lac)プロモーター、トリプトファン(trp)プロモーター、tacプロモーター、trcプロモーター、ファージラムダプロモーター、アルカリホスファターゼ(phoA)プロモーター;Cantrell、Meth.in Mol. Biol.、235巻:257
~276頁、Humana Press、CasaliおよびPreston編を参照されたい)によってコントロ
ールする。一部の実施形態では、ポリペプチドを、細胞質ポリペプチドとして発現させる。一部の実施形態では、ポリペプチド発現のために使用されるベクターは、ライブラリー宿主細胞におけるコピー数が大きいベクターである。一部の実施形態では、発現のために使用されるベクターのコピー数は、細胞当たり25コピーよりも多く、50コピーよりも多く、75コピーよりも多く、100コピーよりも多く、150コピーよりも多く、200コピーよりも多く、または250コピーよりも多くである。一部の実施形態では、発現のために使用されるベクターは、ColE1複製開始点を有する。細菌におけるポリペプチド発現のために有用なベクターとしては、pETベクター(Novagen)、Gateway(登録商標)pDESTベクター(Invitrogen)、pGEXベクター(Amersham Biosciences)、pPROベクター(BD Biosciences)、pBADベクター(Invitrogen)、pLEXベクター(Invitrogen)、pMAL(商標)ベクター(New England BioLabs)、pGEMEXベクター(Promega)、およびpQEベクター(Qiagen)が挙げられる。ファージライブラリーを作製するためのベクター系は公知であり、それらとして、Novagen T7Select(登録商標)ベクター、およびNew England Biolabs Ph.D.(商標)Peptide Display
Cloning Systemが挙げられる。
~276頁、Humana Press、CasaliおよびPreston編を参照されたい)によってコントロ
ールする。一部の実施形態では、ポリペプチドを、細胞質ポリペプチドとして発現させる。一部の実施形態では、ポリペプチド発現のために使用されるベクターは、ライブラリー宿主細胞におけるコピー数が大きいベクターである。一部の実施形態では、発現のために使用されるベクターのコピー数は、細胞当たり25コピーよりも多く、50コピーよりも多く、75コピーよりも多く、100コピーよりも多く、150コピーよりも多く、200コピーよりも多く、または250コピーよりも多くである。一部の実施形態では、発現のために使用されるベクターは、ColE1複製開始点を有する。細菌におけるポリペプチド発現のために有用なベクターとしては、pETベクター(Novagen)、Gateway(登録商標)pDESTベクター(Invitrogen)、pGEXベクター(Amersham Biosciences)、pPROベクター(BD Biosciences)、pBADベクター(Invitrogen)、pLEXベクター(Invitrogen)、pMAL(商標)ベクター(New England BioLabs)、pGEMEXベクター(Promega)、およびpQEベクター(Qiagen)が挙げられる。ファージライブラリーを作製するためのベクター系は公知であり、それらとして、Novagen T7Select(登録商標)ベクター、およびNew England Biolabs Ph.D.(商標)Peptide Display
Cloning Systemが挙げられる。
一部の実施形態では、ライブラリー宿主細胞は、目的のポリペプチドを、総細胞タンパク質の少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、または70%まで発現する(選択される発現系に応じて、構成的に、または誘導された場合に、のいずれかで)。一部の実施形態では、ライブラリーメンバー(例えば、細胞、ウイルス粒子、リポソーム、ビーズ)の中または上で利用可能なポリペプチドのレベルは、十分な数量のライブラリーメンバーに曝露した抗原提示細胞により、MHC分子上に、ポリペプチドエピトープが、精製されたペプチドでパルスした抗原提示細胞によって提示される密度と同等の密度で提示されるようなレベルである。
ライブラリーの効率的な大規模作製のための方法が利用可能である。例えば、部位特異的リコンビナーゼまたはレアカッティング(rare-cutting)制限酵素を使用して、発現ベクター間のポリヌクレオチドを妥当な配向および読み枠に移行させることができる(Walhoutら、Meth.Enzymol.、328巻:575~592頁、2000年;Marsischkyら、Genome Res.、14巻:2020~202頁、2004年;Blommelら、Protein
Expr. Purif.、47巻:562~570頁、2006年)。
Expr. Purif.、47巻:562~570頁、2006年)。
リポソームライブラリーを作製するために、発現されたポリペプチド(例えば、精製されたまたは部分的に精製されたポリペプチド)を、例えば、Wassefら、米国特許第4,863,874号;Wheatleyら、米国特許第4,921,757号;Huangら、米国特許第
4,925,661号;またはMartinら、米国特許第5,225,212号に記載されている通り、リポソーム膜中に閉じ込めることができる。
4,925,661号;またはMartinら、米国特許第5,225,212号に記載されている通り、リポソーム膜中に閉じ込めることができる。
ライブラリーは、全長ポリペプチドおよび/またはポリペプチドの一部分を含むように設計することができる。全長ポリペプチドの発現により、ヒト抗原提示細胞による提示に利用可能なエピトープが最大になり、それにより、抗原が同定される可能性が増大する。しかし、一部の実施形態では、効率的な発現を実現するために、ポリペプチドの一部分または他の点で変更されたポリペプチドを発現させることが有用である。例えば、一部の実施形態では、伸長した疎水性領域、シグナルペプチド、膜貫通ドメイン、または細胞毒性を引き起こすドメインを有する大きな(例えば、1,000アミノ酸よりも大きな)ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを修飾して(例えば、C末端短縮、N末端短縮、または内部の欠失)、細胞傷害性を低減し、ライブラリー細胞での効率的な発現を可能にし、それにより今度はコードされるポリペプチドのヒト細胞上での提示を容易にする。点突然変異またはコドン最適化などの他の型の修飾も、発現を増強するために使用することができる。
ライブラリーに含まれるポリペプチドの数は、変動させることができる。例えば、一部の実施形態では、標的細胞(例えば、腫瘍細胞)においてORFの少なくとも5%、10%、15%、20%、25%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%、99%、またはそれよりも多くからポリペプチドが発現されるようにライブラリーを設計することができる。一部の実施形態では、ライブラリーは、少なくとも10種、15種、20種、25種、30種、40種、50種、75種、100種、150種、200種、250種、300種、350種、400種、450種、500種、550種、600種、650種、700種、750種、800種、850種、900種、950種、1000種、2500種、5000種、10,000種、またはそれよりも多くの異なる目的のポリペプチドを発現し、そのそれぞれが、単一の全長ポリヌクレオチドまたはその一部分によってコードされるポリペプチドであり得る。
一部の実施形態では、アッセイは、例えば、体液性免疫応答および細胞媒介性免疫応答のどちらの標的にもなり得る抗原を同定するために、分泌型ポリペプチド、細胞表面で発現されたポリペプチド、または病毒性決定因子である抗原を同定することに焦点を当てたものであり得る。
ライブラリーは、目的のポリペプチドに加えて、目的のポリペプチドのMHC提示を容易に精製、分析、または評価することを可能にするタグまたはレポータータンパク質を含み得る。一部の実施形態では、ライブラリーによって発現されるポリペプチドは、ニワトリオボアルブミン(OVA)などのモデル抗原由来のMHCクラスI制限T細胞エピトープおよびMHCクラスII制限T細胞エピトープの両方を含むC末端タグを含む。ライブラリーによるタンパク質発現およびMHC提示をこれらのエピトープを使用して検証する。一部の実施形態では、エピトープは、それぞれ、GenBank(登録商標)において受託番号NP_990483の下で見いだされるアミノ酸配列内の位置に対応するOVA247~265およびOVA258~265である。連結したORFの発現および提示を、これらのエピトープを特異的に認識するT細胞ハイブリドーマ(例えば、H2-Kb制限型であるB3Z Tハイブリドーマ細胞、およびH2-Ak制限型であるKZO Tハイブリドーマ細胞)を使用した抗原提示アッセイを用いて検証することができる。
ライブラリーメンバー(例えば、細菌細胞)のセットは、アレイ上(例えば、96ウェルプレートなどの固体支持体上)に提供し、各場所のメンバーが異なる目的のポリペプチド、または目的のポリペプチドの異なるセットを発現するように分離することができる。
T細胞抗原を同定するためにライブラリーメンバーを使用する方法は、下で詳述されている。これらの方法に加えて、ライブラリーメンバーには、B細胞抗原を同定するためのアッセイにおける有用性もある。例えば、対象において存在する抗体が目的のポリペプチドと反応するかどうかを決定するために、目的のポリペプチドを含むライブラリーメンバーから調製された溶解物を使用して、対象(例えば、目的の感染因子に曝露された対象、がんを有する対象、および/または対照の対象)由来の抗体を含む試料(例えば、血清試料)をスクリーニングすることができる。抗体反応性を評価するために適した方法は公知であり、それらとして、例えば、ELISAアッセイが挙げられる。
目的のポリペプチド
一部の実施形態では、本明細書に記載の方法および組成物を使用して、目的のポリペプチドに対する免疫応答を同定および/または検出することができる。一部の実施形態では、目的のポリペプチドは、標的腫瘍細胞由来のORFによってコードされ、ライブラリーのメンバーは、標的腫瘍細胞由来のORFを含む(例えば、内部で発現するまたは保有する)。一部のそのような実施形態では、ライブラリーを本明細書に記載の方法において使用して、1つまたは複数のORFによってコードされる1つまたは複数の目的のポリペプチドに対する免疫応答を評価することができる。一部の実施形態では、本開示の方法により、1つまたは複数の目的のポリペプチドが刺激性抗原(例えば、免疫応答、例えば、T細胞応答、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を刺激するもの)として同定される。一部の実施形態では、本開示の方法により、免疫応答(例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌)に対する影響が最小であるまたは影響を及ぼさない1つまたは複数の目的のポリペプチドが抗原または潜在的な抗原として同定される。一部の実施形態では、本開示の方法により、1つまたは複数の目的のポリペプチドが阻害性および/または抑制性抗原(例えば、免疫応答、例えば、T細胞応答、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を阻害する、抑制する、下方制御する、損なう、かつ/または妨げる)として同定される。一部の実施形態では、本開示の方法により、1つまたは複数の目的のポリペプチドが腫瘍抗原または潜在的な腫瘍抗原、例えば、腫瘍特異的抗原(TSA、もしくは新抗原)、腫瘍関連抗原(TAA)、または、がん/精巣抗原(CTA)として同定される。
一部の実施形態では、本明細書に記載の方法および組成物を使用して、目的のポリペプチドに対する免疫応答を同定および/または検出することができる。一部の実施形態では、目的のポリペプチドは、標的腫瘍細胞由来のORFによってコードされ、ライブラリーのメンバーは、標的腫瘍細胞由来のORFを含む(例えば、内部で発現するまたは保有する)。一部のそのような実施形態では、ライブラリーを本明細書に記載の方法において使用して、1つまたは複数のORFによってコードされる1つまたは複数の目的のポリペプチドに対する免疫応答を評価することができる。一部の実施形態では、本開示の方法により、1つまたは複数の目的のポリペプチドが刺激性抗原(例えば、免疫応答、例えば、T細胞応答、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を刺激するもの)として同定される。一部の実施形態では、本開示の方法により、免疫応答(例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌)に対する影響が最小であるまたは影響を及ぼさない1つまたは複数の目的のポリペプチドが抗原または潜在的な抗原として同定される。一部の実施形態では、本開示の方法により、1つまたは複数の目的のポリペプチドが阻害性および/または抑制性抗原(例えば、免疫応答、例えば、T細胞応答、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を阻害する、抑制する、下方制御する、損なう、かつ/または妨げる)として同定される。一部の実施形態では、本開示の方法により、1つまたは複数の目的のポリペプチドが腫瘍抗原または潜在的な腫瘍抗原、例えば、腫瘍特異的抗原(TSA、もしくは新抗原)、腫瘍関連抗原(TAA)、または、がん/精巣抗原(CTA)として同定される。
一部の実施形態では、目的のポリペプチドは、推定上の腫瘍抗原であり、本明細書に記載の方法および組成物を使用して、1つまたは複数の推定上の腫瘍抗原に対する免疫応答を同定および/または検出することができる。例えば、ライブラリーのメンバーは、推定上の腫瘍抗原(例えば、以前に腫瘍抗原として同定された(例えば、第3者によって)ポリペプチド、例えば、本開示の方法以外の方法を使用して腫瘍抗原として同定されたポリペプチド)を含む(例えば、内部で発現するまたは保有する)。一部の実施形態では、推定上の腫瘍抗原は、本明細書に記載の腫瘍抗原である。一部のそのような実施形態では、そのようなライブラリーを使用して、そのような推定上の腫瘍抗原が免疫応答を媒介するかどうか、および/またはその程度を評価することができる。一部の実施形態では、本開示の方法により、1つまたは複数の推定上の腫瘍抗原が刺激性抗原として同定される。一部の実施形態では、本開示の方法により、1つまたは複数の推定上の腫瘍抗原が免疫応答に対する影響が最小であるまたは影響を及ぼさない抗原として同定される。一部の実施形態では、本開示の方法により、1つまたは複数の推定上の腫瘍抗原が阻害性および/または抑制性抗原として同定される。
一部の実施形態では、目的のポリペプチドは、予め選択された腫瘍抗原であり、本明細書に記載の方法および組成物を使用して、1つまたは複数の予め選択された腫瘍抗原に対する免疫応答を同定および/または検出することができる。例えば、一部の実施形態では、ライブラリーのメンバーは、本開示の方法を使用して、かつ/または本開示の方法以外の方法を使用して腫瘍抗原として同定された1つまたは複数のポリペプチドを含む(例えば、内部で発現するまたは保有する)。一部のそのような実施形態では、本明細書に記載の1つまたは複数の応答プロファイルを得るために、そのようなライブラリーを使用して、そのような腫瘍抗原が、1または複数の対象(例えば、がんを有する対象および/または対照の対象)由来の免疫細胞による免疫応答を媒介するかどうか、ならびに/またはその程度を評価することができる。一部の実施形態では、本開示の方法により、1つまたは複数の予め選択された腫瘍抗原が、1または複数の対象にとっての刺激性抗原として同定される。一部の実施形態では、本開示の方法により、1つまたは複数の予め選択された腫瘍抗原が、1または複数の対象にとっての免疫応答に対する影響が最小であるまたは影響を及ぼさない抗原として同定される。一部の実施形態では、本開示の方法により、1つまたは複数の予め選択された腫瘍抗原が、1または複数の対象にとっての阻害性および/または抑制性抗原として同定される。
一部の実施形態では、目的のポリペプチドは、公知の腫瘍抗原であり、本明細書に記載の方法および組成物を使用して、1つまたは複数の公知の腫瘍抗原に対する免疫応答を同定および/または検出することができる。例えば、一部の実施形態では、ライブラリーのメンバーは、本開示の方法を使用して、かつ/または本開示の方法以外の方法を使用して腫瘍抗原として同定された1つまたは複数のポリペプチドを含む(例えば、内部で発現するまたは保有する)。一部のそのような実施形態では、本明細書に記載の1つまたは複数の応答プロファイルを得るために、そのようなライブラリーを使用して、そのような腫瘍抗原が、1または複数の対象(例えば、がんを有する対象および/または対照の対象)由来の免疫細胞による免疫応答を媒介するかどうか、および/またはその程度を評価することができる。一部の実施形態では、本開示の方法により、1つまたは複数の公知の腫瘍抗原が1または複数の対象にとっての刺激性抗原として同定される。一部の実施形態では、本開示の方法により、1つまたは複数の公知の腫瘍抗原が1または複数の対象にとっての免疫応答に対する影響が最小であるまたは影響を及ぼさない抗原として同定される。一部の実施形態では、本開示の方法により、1つまたは複数の公知の腫瘍抗原が1または複数の対象にとっての阻害性および/または抑制性抗原として同定される。
一部の実施形態では、目的のポリペプチドは、潜在的な腫瘍抗原であり、本明細書に記載の方法および組成物を使用して、1つまたは複数の潜在的な腫瘍抗原に対する免疫応答を同定および/または検出することができる。例えば、一部の実施形態では、ライブラリーのメンバーは、本開示の方法を使用し、かつ/または本開示の方法以外の方法を使用して、目的のものであること、例えば、腫瘍に関連する突然変異をコードすることが同定された1つまたは複数のポリペプチドを含む(例えば、内部で発現するまたは保有する)。一部のそのような実施形態では、本明細書に記載の1つまたは複数の応答プロファイルを得るために、そのようなライブラリーを使用して、そのようなポリペプチドのいずれが1または複数の対象(例えば、がんを有する対象および/または対照の対象)由来の免疫細胞による免疫応答を媒介するか、および/またはその程度を評価することができる。一部の実施形態では、本開示の方法により、1つまたは複数のポリペプチドが1または複数の対象にとっての刺激性抗原として同定される。一部の実施形態では、本開示の方法により、1つまたは複数のポリペプチドが1または複数の対象にとっての免疫応答に対する影響が最小であるまたは影響を及ぼさない抗原として同定される。一部の実施形態では、本開示の方法により、1つまたは複数のポリペプチドが1または複数の対象にとっての阻害性および/または抑制性抗原として同定される。
腫瘍抗原
本明細書に記載の方法およびシステムにおいて使用される目的のポリペプチドは、腫瘍抗原および潜在的な腫瘍抗原、例えば、腫瘍特異的抗原(TSA、または新抗原)、腫瘍関連抗原(TAA)、および/または、がん/精巣抗原(CTA)を含む。例示的な腫瘍抗原としては、例えば、MART-1/MelanA(MART-IまたはMLANA)、gp100(Pmel 17またはSILV)、チロシナーゼ、TRP-1、TRP-2、MAGE-1、MAGE-3(HIP8としても公知)、BAGE、GAGE-1、GAGE-2、p15、カルシトニン、カルレチニン、癌胎児性抗原(CEA)、クロモグラニン、サイトケラチン、デスミン、上皮の膜タンパク質(EMA)、第VIII因子、グリア線維酸性タンパク質(GFAP)、肉眼的嚢胞性疾患体液タンパク質(Gross cystic disease fluid protein)(GCDFP-15)、HMB-45、ヒト絨毛膜ゴナドトロピン(hCG)、インヒビン、リンパ球マーカー、MART-1(メランA)、Myo D1、筋肉特異的アクチン(MSA)、ニューロフィラメント、神経特異的エノラーゼ(NSE)、胎盤アルカリホスファターゼ(PLAP)、前立腺特異的抗原、PTPRC(CD45)、S100タンパク質、平滑筋アクチン(SMA)、シナプトフィジン、サイログロブリン、甲状腺転写因子-1、腫瘍M2-PK、ビメンチン、p53、Ras、HER-2/neu、BCR-ABL、E2A-PRL、H4-RET、IGH-IGK、MYL-RAR、エプスタイン・バーウイルス抗原(例えば、EBNA1)、ヒトパピローマウイルス(HPV)抗原E6またはE7(HPV_E6またはHPV_E7)、TSP-180、MAGE-4、MAGE-5、MAGE-6、RAGE、NY-ESO-1(CTAG1Bとしても公知)、erbB、p185erbB2、p180erbB-3、c-met、nm-23H1、PSA、TAG-72、CA 19-9、CA 72-4、CAM 17.1、NuMa、K-ras、ベータカテニン、CDK4、Mum-1、p15、p16、43-9F、5T4、791Tgp72、アルファ-フェトプロテイン(AFP)、ベータ-HCG、BCA225、BTAA、CA 125、CA 15-3\CA 27.29\BCAA、CA 195、CA 242、CA-50、CAM43、CD68\P1、CO-029、FGF-5、G250、Ga733\EpCAM、HTgp-175、M344、MA-50、MG7-Ag、MOV18、NB/70K、NY-CO-1、RCAS1、SDCCAG16、TA-90\Mac-2結合性タンパク質\シクロフィリンC関連タンパク質、TAAL6、TAG72、TLP、MUC16、IL13Rα2、FRα、VEGFR2、Lewis Y、FAP、EphA2、CEACAM5、EGFR、CA6、CA9、GPNMB、EGP1、FOLR1、内皮受容体、STEAP1、SLC44A4、Nectin-4、AGS-16、グアニリルシクラーゼ(guanalylcyclase)C、MUC-1、CFC1B、インテグリンアルファ3鎖(a3b1、ラミニン受容体鎖)、TPS、CD19、CD20、CD22、CD30、CD31、CD72、CD180、CD171(L1CAM)、CD123、CD133、CD138、CD37、CD70、CD79a、CD79b、CD56、CD74、CD166、CD71、CD34、CD99、CD117、CD80、CD28、CD13、CD15、CD25、CD10、CLL-1/CLEC12A、ROR1、グリピカン3(GPC3)、メソテリン、CD33/IL3Ra、c-Met、PSCA、PSMA、糖脂質F77、EGFRvIII、BCMA、GD-2、PSAP、プロステイン(P501Sとしても公知)、PSMA、サバイビン(BIRC5としても公知)、およびMAGE-A3、MAGEA2、MAGEA4、MAGEA6、MAGEA9、MAGEA10、MAGEA12、BIRC5、CDH3、CEACAM3、CGB_アイソフォーム2、ELK4、ERBB2、HPSE1、HPSE2、KRAS_アイソフォーム1、KRAS_アイソフォーム2、MUC1、SMAD4、TERT.2、TERT.3、TGFBR2、EGAG9_アイソフォーム1、TP53、CGB_アイソフォーム1、IMPDH2、LCK、アンジオポエチン-1(Ang1)(ANGPT1としても公知)、XIAP(BIRC4としても公知)、ガレクチン-3(LGALS3としても公知)、VEGF-A(VEGFとしても公知)、ATP6S1(ATP6AP1としても公知)、MAGE-A1、cIAP-1(BIRC2としても公知)、マクロファージ遊走阻止因子(MIF)、ガレクチン-9(LGALS9としても公知)、プログラニュリンPGRN(グラニュリンとしても公知)、OGFR、MLIAP(BIRC7としても公知)、TBX4(ICPPS、SPSまたはT-ボックス4としても公知)、分泌型白血球タンパク質阻害物質(secretory leukocyte protein inhibitor)(Slpi)(抗ロイコプロテイナーゼ(antileukoproteinase)としても公知)、Ang2(ANGPT2としても公知)、ガレクチン-1(LGALS1としても公知)、TRP-2(DCTとしても公知)、hTERT(テロメラーゼ逆転写酵素)チロシナーゼ関連タンパク質1(TRP-1、TYRP1)、NOR-90/UBF-2(UBTFとしても公知)、LGMN、SPA17、PRTN3、TRRAP_1、TRRAP_2、TRRAP_3、TRRAP_4、MAGEC2、PRAME、SOX10、RAC1、HRAS、GAGE4、AR、CYP1B1、MMP8、TYR、PDGFRB、KLK3、PAX3、PAX5、ST3GAL5、PLAC1、RhoC、MYCN、REG3A、CSAG2、CTAG2-1a、CTAG2-1b、PAGE4、BRAF、GRM3、ERBB4、KIT、MAPK1、MFI2、SART3、ST8SIA1、WDR46、AKAP-4、RGS5、FOSL1、PRM2、ACRBP、CTCFL、CSPG4、CCNB1、MSLN、WT1、SSX2、KDR、ANKRD30A、MAGED1、MAP3K9、XAGE1B、PREX2、CD276、TEK、AIM1、ALK、FOLH1、GRIN2A MAP3K5および任意の前述の腫瘍抗原の1つまたは複数のアイソフォームが挙げられる。例示的な腫瘍抗原を付随的な配列の一覧に提示する。
本明細書に記載の方法およびシステムにおいて使用される目的のポリペプチドは、腫瘍抗原および潜在的な腫瘍抗原、例えば、腫瘍特異的抗原(TSA、または新抗原)、腫瘍関連抗原(TAA)、および/または、がん/精巣抗原(CTA)を含む。例示的な腫瘍抗原としては、例えば、MART-1/MelanA(MART-IまたはMLANA)、gp100(Pmel 17またはSILV)、チロシナーゼ、TRP-1、TRP-2、MAGE-1、MAGE-3(HIP8としても公知)、BAGE、GAGE-1、GAGE-2、p15、カルシトニン、カルレチニン、癌胎児性抗原(CEA)、クロモグラニン、サイトケラチン、デスミン、上皮の膜タンパク質(EMA)、第VIII因子、グリア線維酸性タンパク質(GFAP)、肉眼的嚢胞性疾患体液タンパク質(Gross cystic disease fluid protein)(GCDFP-15)、HMB-45、ヒト絨毛膜ゴナドトロピン(hCG)、インヒビン、リンパ球マーカー、MART-1(メランA)、Myo D1、筋肉特異的アクチン(MSA)、ニューロフィラメント、神経特異的エノラーゼ(NSE)、胎盤アルカリホスファターゼ(PLAP)、前立腺特異的抗原、PTPRC(CD45)、S100タンパク質、平滑筋アクチン(SMA)、シナプトフィジン、サイログロブリン、甲状腺転写因子-1、腫瘍M2-PK、ビメンチン、p53、Ras、HER-2/neu、BCR-ABL、E2A-PRL、H4-RET、IGH-IGK、MYL-RAR、エプスタイン・バーウイルス抗原(例えば、EBNA1)、ヒトパピローマウイルス(HPV)抗原E6またはE7(HPV_E6またはHPV_E7)、TSP-180、MAGE-4、MAGE-5、MAGE-6、RAGE、NY-ESO-1(CTAG1Bとしても公知)、erbB、p185erbB2、p180erbB-3、c-met、nm-23H1、PSA、TAG-72、CA 19-9、CA 72-4、CAM 17.1、NuMa、K-ras、ベータカテニン、CDK4、Mum-1、p15、p16、43-9F、5T4、791Tgp72、アルファ-フェトプロテイン(AFP)、ベータ-HCG、BCA225、BTAA、CA 125、CA 15-3\CA 27.29\BCAA、CA 195、CA 242、CA-50、CAM43、CD68\P1、CO-029、FGF-5、G250、Ga733\EpCAM、HTgp-175、M344、MA-50、MG7-Ag、MOV18、NB/70K、NY-CO-1、RCAS1、SDCCAG16、TA-90\Mac-2結合性タンパク質\シクロフィリンC関連タンパク質、TAAL6、TAG72、TLP、MUC16、IL13Rα2、FRα、VEGFR2、Lewis Y、FAP、EphA2、CEACAM5、EGFR、CA6、CA9、GPNMB、EGP1、FOLR1、内皮受容体、STEAP1、SLC44A4、Nectin-4、AGS-16、グアニリルシクラーゼ(guanalylcyclase)C、MUC-1、CFC1B、インテグリンアルファ3鎖(a3b1、ラミニン受容体鎖)、TPS、CD19、CD20、CD22、CD30、CD31、CD72、CD180、CD171(L1CAM)、CD123、CD133、CD138、CD37、CD70、CD79a、CD79b、CD56、CD74、CD166、CD71、CD34、CD99、CD117、CD80、CD28、CD13、CD15、CD25、CD10、CLL-1/CLEC12A、ROR1、グリピカン3(GPC3)、メソテリン、CD33/IL3Ra、c-Met、PSCA、PSMA、糖脂質F77、EGFRvIII、BCMA、GD-2、PSAP、プロステイン(P501Sとしても公知)、PSMA、サバイビン(BIRC5としても公知)、およびMAGE-A3、MAGEA2、MAGEA4、MAGEA6、MAGEA9、MAGEA10、MAGEA12、BIRC5、CDH3、CEACAM3、CGB_アイソフォーム2、ELK4、ERBB2、HPSE1、HPSE2、KRAS_アイソフォーム1、KRAS_アイソフォーム2、MUC1、SMAD4、TERT.2、TERT.3、TGFBR2、EGAG9_アイソフォーム1、TP53、CGB_アイソフォーム1、IMPDH2、LCK、アンジオポエチン-1(Ang1)(ANGPT1としても公知)、XIAP(BIRC4としても公知)、ガレクチン-3(LGALS3としても公知)、VEGF-A(VEGFとしても公知)、ATP6S1(ATP6AP1としても公知)、MAGE-A1、cIAP-1(BIRC2としても公知)、マクロファージ遊走阻止因子(MIF)、ガレクチン-9(LGALS9としても公知)、プログラニュリンPGRN(グラニュリンとしても公知)、OGFR、MLIAP(BIRC7としても公知)、TBX4(ICPPS、SPSまたはT-ボックス4としても公知)、分泌型白血球タンパク質阻害物質(secretory leukocyte protein inhibitor)(Slpi)(抗ロイコプロテイナーゼ(antileukoproteinase)としても公知)、Ang2(ANGPT2としても公知)、ガレクチン-1(LGALS1としても公知)、TRP-2(DCTとしても公知)、hTERT(テロメラーゼ逆転写酵素)チロシナーゼ関連タンパク質1(TRP-1、TYRP1)、NOR-90/UBF-2(UBTFとしても公知)、LGMN、SPA17、PRTN3、TRRAP_1、TRRAP_2、TRRAP_3、TRRAP_4、MAGEC2、PRAME、SOX10、RAC1、HRAS、GAGE4、AR、CYP1B1、MMP8、TYR、PDGFRB、KLK3、PAX3、PAX5、ST3GAL5、PLAC1、RhoC、MYCN、REG3A、CSAG2、CTAG2-1a、CTAG2-1b、PAGE4、BRAF、GRM3、ERBB4、KIT、MAPK1、MFI2、SART3、ST8SIA1、WDR46、AKAP-4、RGS5、FOSL1、PRM2、ACRBP、CTCFL、CSPG4、CCNB1、MSLN、WT1、SSX2、KDR、ANKRD30A、MAGED1、MAP3K9、XAGE1B、PREX2、CD276、TEK、AIM1、ALK、FOLH1、GRIN2A MAP3K5および任意の前述の腫瘍抗原の1つまたは複数のアイソフォームが挙げられる。例示的な腫瘍抗原を付随的な配列の一覧に提示する。
腫瘍特異的抗原(TSA、または新抗原)は、正常な宿主ゲノムにおいてはコードされない腫瘍抗原である(例えば、Yarchoanら、Nat. Rev.Cancer.、2017年2月24日
、doi:10.1038/nrc.2016.154;Gubinら、J. Clin. Invest.、
125巻:3413~3421頁(2015年)を参照されたい)。一部の実施形態では、TSAは、体細胞突然変異および/または他の遺伝学的変更から生じる。一部の実施形態では、TSAは、ミスセンスまたはインフレーム突然変異から生じる。一部の実施形態では、TSAは、フレームシフト突然変異または終止コドン消失(loss-of-stop-codon)突然変異から生じる。一部の実施形態では、TSAは、挿入または欠失突然変異から生じる。一部の実施形態では、TSAは、重複または反復拡大突然変異から生じる。一部の実施形態では、TSAは、スプライスバリアントまたは不適切なスプライシングから生じる。一部の実施形態では、TSAは、遺伝子融合から生じる。一部の実施形態では、TSAは、転座から生じる。一部の実施形態では、TSAは、腫瘍形成ウイルスタンパク質を含む。例えば、メルケル細胞ポリオーマウイルス(MCPyV)に関連するメルケル細胞癌(MCC)ならびにヒトパピローマウイルス(HPV)に関連する子宮頸部、中咽頭および他の部位のがんと同様に、TSAは、ウイルスオープンリーディングフレームによってコードされるタンパク質を含む。本開示の目的に関して、「突然変異」および「突然変異(複数可)」という用語は、対象のがんまたは腫瘍細胞のゲノムではコードされるが、同じ対象の正常なまたは非がん性細胞ではコードされない抗原に生じ得る全ての突然変異および遺伝学的変更を包含する。一部の実施形態では、TSAは、対象に特異的(個人的)である。一部の実施形態では、TSAは、1よりも多くの対象、例えば、がんに罹患している対象の1%未満、1~3%未満、1~5%未満、1~10%未満、またはそれよりも多くにより共有される。一部の実施形態では、1よりも多くの対象により共有されるTSAは、公知のものであり得るまたは予め選択され得る。
、doi:10.1038/nrc.2016.154;Gubinら、J. Clin. Invest.、
125巻:3413~3421頁(2015年)を参照されたい)。一部の実施形態では、TSAは、体細胞突然変異および/または他の遺伝学的変更から生じる。一部の実施形態では、TSAは、ミスセンスまたはインフレーム突然変異から生じる。一部の実施形態では、TSAは、フレームシフト突然変異または終止コドン消失(loss-of-stop-codon)突然変異から生じる。一部の実施形態では、TSAは、挿入または欠失突然変異から生じる。一部の実施形態では、TSAは、重複または反復拡大突然変異から生じる。一部の実施形態では、TSAは、スプライスバリアントまたは不適切なスプライシングから生じる。一部の実施形態では、TSAは、遺伝子融合から生じる。一部の実施形態では、TSAは、転座から生じる。一部の実施形態では、TSAは、腫瘍形成ウイルスタンパク質を含む。例えば、メルケル細胞ポリオーマウイルス(MCPyV)に関連するメルケル細胞癌(MCC)ならびにヒトパピローマウイルス(HPV)に関連する子宮頸部、中咽頭および他の部位のがんと同様に、TSAは、ウイルスオープンリーディングフレームによってコードされるタンパク質を含む。本開示の目的に関して、「突然変異」および「突然変異(複数可)」という用語は、対象のがんまたは腫瘍細胞のゲノムではコードされるが、同じ対象の正常なまたは非がん性細胞ではコードされない抗原に生じ得る全ての突然変異および遺伝学的変更を包含する。一部の実施形態では、TSAは、対象に特異的(個人的)である。一部の実施形態では、TSAは、1よりも多くの対象、例えば、がんに罹患している対象の1%未満、1~3%未満、1~5%未満、1~10%未満、またはそれよりも多くにより共有される。一部の実施形態では、1よりも多くの対象により共有されるTSAは、公知のものであり得るまたは予め選択され得る。
一部の実施形態では、TSAは、ウイルス由来のオープンリーディングフレームによってコードされる。例えば、ライブラリーを、以下のウイルスのうちの1つからポリペプチドが発現されるように設計することができる:免疫不全ウイルス(例えば、ヒト免疫不全ウイルス(HIV)、例えば、HIV-1、HIV-2)、肝炎ウイルス(例えば、B型肝炎ウイルス(HBV)、C型肝炎ウイルス(HCV)、A型肝炎ウイルス、非A型肝炎ウイルスおよび非B型肝炎ウイルス)、ヘルペスウイルス(例えば、単純ヘルペスウイルスI型(HSV-1)、HSV-2、水痘帯状疱疹ウイルス、エプスタイン・バーウイルス、ヒトサイトメガロウイルス、ヒトヘルペスウイルス6(HHV-6)、HHV-7、HHV-8)、ポックスウイルス(例えば、痘瘡、ワクシニア、サル痘、伝染性軟属腫ウイルス)、インフルエンザウイルス、ヒトパピローマウイルス、アデノウイルス、ライノウイルス、コロナウイルス、呼吸器合胞体ウイルス、狂犬病ウイルス、コクサッキーウイルス、ヒトT細胞白血病ウイルス(I型、II型およびIII型)、パラインフルエンザウイルス、パラミクソウイルス、ポリオウイルス、ロタウイルス、ライノウイルス、風疹ウイルス、麻疹ウイルス、流行性耳下腺炎ウイルス、アデノウイルス、黄熱ウイルス、ノーウォークウイルス、西ナイルウイルス、デングウイルス、重症急性呼吸器症候群コロナウイルス(SARS-CoV)、ブニヤウイルス、エボラウイルス、マールブルグウイルス、東部ウマ脳炎ウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、日本脳炎ウイルス、セントルイス脳炎ウイルス、フニンウイルス、ラッサウイルス、およびリンパ球性脈絡髄膜炎ウイルス。他のウイルスのライブラリーも作製し、本明細書に記載の方法に従って使用することができる。
腫瘍特異的抗原は、当技術分野で公知であり、そのいずれも、本明細書に記載の方法において使用することができる。一部の実施形態では、潜在的なまたは推定上の新抗原であるポリペプチドをコードする遺伝子配列を、がんを有する対象由来の腫瘍組織および健康な組織のゲノムおよび/またはエキソームを次世代シーケンシング技術を使用してシーケンシングすることによって決定する。一部の実施形態では、突然変異の発生頻度および潜在的なまたは推定上の新抗原をコードする能力に基づいて選択される遺伝子を、次世代シーケンシング技術を使用してシーケンシングする。次世代シーケンシングは、ゲノムシーケンシング、ゲノムリシーケンシング、トランスクリプトームプロファイリング(RNA-Seq)、DNA-タンパク質相互作用(ChIP-シーケンシング)、およびエピゲノム特徴付けに当てはまる(deMagalhaesら(2010年)Ageing Research Reviews、
9巻(3号):315~323頁;Hall N(2007年)J. Exp. Biol. 209巻(Pt9):1518~1525頁;Church(2006年)Sci.Am.、294巻(1号):46~54頁;ten Boschら(2008年)Journal of MolecularDiagnostics、10巻(6号):484~492頁;TuckerTら(2009年)The American Journal of Human Genetics、85巻(2号):142~154頁)。次世代シーケンシングを使用して、個々の腫瘍におけるコーディング突然変異、例えば、単一のアミノ酸の変化(例えば、ミスセンス突然変異、インフレーム突然変異)またはフレームシフト挿入、欠失、遺伝子融合、終止コドンのリードスルー突然変異、重複もしくは反復拡大突然変異、およびスプライスバリアントもしくは不適切にスプライスされたイントロンの翻訳、および転座(例えば、「neoORF」)によって生じる新規のアミノ酸のひと続きなどの、別個の突然変異の存在を急速に明らかにすることができる。
9巻(3号):315~323頁;Hall N(2007年)J. Exp. Biol. 209巻(Pt9):1518~1525頁;Church(2006年)Sci.Am.、294巻(1号):46~54頁;ten Boschら(2008年)Journal of MolecularDiagnostics、10巻(6号):484~492頁;TuckerTら(2009年)The American Journal of Human Genetics、85巻(2号):142~154頁)。次世代シーケンシングを使用して、個々の腫瘍におけるコーディング突然変異、例えば、単一のアミノ酸の変化(例えば、ミスセンス突然変異、インフレーム突然変異)またはフレームシフト挿入、欠失、遺伝子融合、終止コドンのリードスルー突然変異、重複もしくは反復拡大突然変異、およびスプライスバリアントもしくは不適切にスプライスされたイントロンの翻訳、および転座(例えば、「neoORF」)によって生じる新規のアミノ酸のひと続きなどの、別個の突然変異の存在を急速に明らかにすることができる。
潜在的なまたは推定上の新抗原を同定するための別の方法は、直接タンパク質シーケンシングである。タンデム質量分析(MS/MS)を含む多次元MS技法(MSn)を使用した酵素的消化物のタンパク質シーケンシングを使用して新抗原を同定することもできる。そのようなプロテオミクス手法を迅速な、高度に自動化された分析のために使用することができる(例えば、Gevaertら、Electrophoresis、21巻:1145~1154頁(2000年)を参照されたい)。発現された潜在的なまたは推定上の新抗原を同定するために、未知のタンパク質の新規シーケンシングのためのハイスループットな方法を使用して対象の腫瘍のプロテオームを分析することもできる。例えば、メタショットガンタンパク質シーケンシングを使用して、発現された潜在的なまたは推定上の新抗原を同定することができる(例えば、Guthalsら(2012年)Molecularand CellularProteomics、11
巻(10号):1084~96頁を参照されたい)。
巻(10号):1084~96頁を参照されたい)。
新抗原特異的T細胞応答を同定するために、MHC多量体を使用して潜在的なまたは推定上の新抗原を同定することもできる。例えば、患者試料における新抗原特異的T細胞応答のハイスループットな分析を、MHC四量体に基づくスクリーニング技法を使用して実施することができる(例えば、Hombrinkら(2011年)PLoSOne;6巻(8号):e22523頁;Hadrupら(2009年)Nature Methods、6巻(7号):520~26頁;van Rooijら(2013年)Journalof ClinicalOncology、31巻:1~4頁;およびHeemskerkら(2013年)EMBO Journal、32巻(2号):194~203頁を参照され
たい)。
たい)。
一部の実施形態では、これらの方法のうちの1つを使用して同定された1つまたは複数の公知のまたは予め選択された腫瘍特異的抗原、または1つまたは複数の潜在的なまたは推定上の腫瘍特異的抗原を本明細書に記載のライブラリーに含めることができる。
腫瘍関連抗原(TAA)は、正常なゲノムにおいてコードされるタンパク質を含む(例えば、Wardら、Adv. Immunol.、130巻:25~74頁(2016年)を参照されたい
)。一部の実施形態では、TAAは、正常分化抗原または異常に発現された正常なタンパク質のいずれかである。ウィルムス腫瘍1(WT1)(Ohminamiら、Blood、95巻:2
86~293頁(2000年))またはHer2/neu(Kawashimaら、Cancer Res.、59巻:431~435頁(1999年))などの、成長/生存促進機能を保有する過剰発現された正常なタンパク質は、腫瘍形成プロセスに直接関与するTAAである。タンパク質のリン酸化などの翻訳後修飾によってもTAAの形成が導かれる可能性がある(Doyle、J.Biol. Chem.、281巻:32676~32683頁(2006年);Cobbold、Sci. Transl. Med.、5巻:203ra125(2013年))。TAAは、一般に、1よ
りも多くの対象、例えば、がんに罹患している対象の1%未満、1~3%未満、1~5%未満、1~10%未満、1~20%未満、またはそれよりも多くによって共有される。一部の実施形態では、TAAは、公知のまたは予め選択された腫瘍抗原である。一部の実施形態では、個々の対象に関して、TAAは、潜在的なまたは推定上の腫瘍抗原である。がん/精巣抗原(CTA)は、種々の腫瘍型によって、および生殖組織(例えば、精巣、胎児卵巣および栄養膜)によって発現されるが、成体では他の正常組織における発現は限られている、または検出可能な発現はなく、一般に、正常な生殖細胞には存在せず、これは、これらの組織がMHCクラスI分子を発現しないからである(例えば、Coulieら、Nat.
Rev. Cancer、14巻:135~146頁(2014年);Simpsonら、Nat. Rev. Cancer、5巻:615~625頁(2005年);Scanlanら、Immunol.Rev.、188巻:22~32頁(2002年)を参照されたい)。
ライブラリースクリーニング
)。一部の実施形態では、TAAは、正常分化抗原または異常に発現された正常なタンパク質のいずれかである。ウィルムス腫瘍1(WT1)(Ohminamiら、Blood、95巻:2
86~293頁(2000年))またはHer2/neu(Kawashimaら、Cancer Res.、59巻:431~435頁(1999年))などの、成長/生存促進機能を保有する過剰発現された正常なタンパク質は、腫瘍形成プロセスに直接関与するTAAである。タンパク質のリン酸化などの翻訳後修飾によってもTAAの形成が導かれる可能性がある(Doyle、J.Biol. Chem.、281巻:32676~32683頁(2006年);Cobbold、Sci. Transl. Med.、5巻:203ra125(2013年))。TAAは、一般に、1よ
りも多くの対象、例えば、がんに罹患している対象の1%未満、1~3%未満、1~5%未満、1~10%未満、1~20%未満、またはそれよりも多くによって共有される。一部の実施形態では、TAAは、公知のまたは予め選択された腫瘍抗原である。一部の実施形態では、個々の対象に関して、TAAは、潜在的なまたは推定上の腫瘍抗原である。がん/精巣抗原(CTA)は、種々の腫瘍型によって、および生殖組織(例えば、精巣、胎児卵巣および栄養膜)によって発現されるが、成体では他の正常組織における発現は限られている、または検出可能な発現はなく、一般に、正常な生殖細胞には存在せず、これは、これらの組織がMHCクラスI分子を発現しないからである(例えば、Coulieら、Nat.
Rev. Cancer、14巻:135~146頁(2014年);Simpsonら、Nat. Rev. Cancer、5巻:615~625頁(2005年);Scanlanら、Immunol.Rev.、188巻:22~32頁(2002年)を参照されたい)。
ライブラリースクリーニング
抗原の提示のためのヒト細胞
本発明は、とりわけ、ヒト免疫細胞によって認識される腫瘍抗原を同定するための組成物および方法を提供する。ヒト抗原提示細胞は、ヒトリンパ球上の抗原受容体および他の免疫活性化分子のリガンドを発現する。MHCペプチド結合特異性および抗原プロセシング酵素の種間での差異を考慮すると、ヒト細胞によってプロセシングされ、提示される抗原は、非ヒト系において同定された抗原よりもin vivoにおいてヒト抗原と生理的に関連する可能性が高い。したがって、これらの抗原を同定する方法では、候補腫瘍抗原ポリペプチドを提示させるためにヒト細胞を使用する。ライブラリーメンバーを内部に取り込まれ、ライブラリーメンバーによって発現されるポリペプチドをMHC分子上に提示する任意のヒト細胞を、本開示に従って抗原提示細胞として使用することができる。一部の実施形態では、抗原の提示のために使用されるヒト細胞は、初代ヒト細胞である。細胞は、ヒトの末梢血単核細胞(PBMC)を含み得る。一部の実施形態では、抗原提示アッセイにおいて使用する前に末梢血液細胞をサブセット(例えば、樹状細胞、マクロファージ、単球、B細胞、またはこれらの組合せを含むサブセット)に分離する。一部の実施形態では、MHCクラスIIを発現する細胞のサブセットを末梢血から選択する。一実施例では、樹状細胞を含む細胞集団を末梢血から単離する。一部の実施形態では、樹状細胞のサブセットを単離する(例えば、形質細胞様、骨髄性、またはそのサブセット)。ヒト樹状細胞マーカーとしては、CD1c、CD1a、CD303、CD304、CD141、およびCD209が挙げられる。細胞は、これらのマーカーの1つまたは複数の発現に基づいて選択することができる(例えば、CD303、CD1c、およびCD141を発現する細胞)。
本発明は、とりわけ、ヒト免疫細胞によって認識される腫瘍抗原を同定するための組成物および方法を提供する。ヒト抗原提示細胞は、ヒトリンパ球上の抗原受容体および他の免疫活性化分子のリガンドを発現する。MHCペプチド結合特異性および抗原プロセシング酵素の種間での差異を考慮すると、ヒト細胞によってプロセシングされ、提示される抗原は、非ヒト系において同定された抗原よりもin vivoにおいてヒト抗原と生理的に関連する可能性が高い。したがって、これらの抗原を同定する方法では、候補腫瘍抗原ポリペプチドを提示させるためにヒト細胞を使用する。ライブラリーメンバーを内部に取り込まれ、ライブラリーメンバーによって発現されるポリペプチドをMHC分子上に提示する任意のヒト細胞を、本開示に従って抗原提示細胞として使用することができる。一部の実施形態では、抗原の提示のために使用されるヒト細胞は、初代ヒト細胞である。細胞は、ヒトの末梢血単核細胞(PBMC)を含み得る。一部の実施形態では、抗原提示アッセイにおいて使用する前に末梢血液細胞をサブセット(例えば、樹状細胞、マクロファージ、単球、B細胞、またはこれらの組合せを含むサブセット)に分離する。一部の実施形態では、MHCクラスIIを発現する細胞のサブセットを末梢血から選択する。一実施例では、樹状細胞を含む細胞集団を末梢血から単離する。一部の実施形態では、樹状細胞のサブセットを単離する(例えば、形質細胞様、骨髄性、またはそのサブセット)。ヒト樹状細胞マーカーとしては、CD1c、CD1a、CD303、CD304、CD141、およびCD209が挙げられる。細胞は、これらのマーカーの1つまたは複数の発現に基づいて選択することができる(例えば、CD303、CD1c、およびCD141を発現する細胞)。
樹状細胞は、市販のキット(例えば、Miltenyi Biotec Inc.)を使用し、末梢血からの正の選択によって単離することができる。一部の実施形態では、樹状細胞を、アッセイにおいて使用する前にex vivoで増大させる。樹状細胞は、in vitroにおける単球前駆体の樹状細胞への分化が促進される条件下で末梢血液細胞を培養することによっても作製することができる。これらの条件は、一般には、細胞をGM-CSFおよびIL-4などのサイトカインの存在下で培養することを含む(例えば、Inabaら、Isolationof dendritic cells、Curr. Protoc. Immunol. May;第3章:第
3.7部、2001年を参照されたい)。造血幹細胞および造血前駆細胞(例えば、骨髄または末梢血から取得したもの)のin vitroにおける増大、ならびに、これらの細胞のin vitroにおける樹状細胞への分化の手順は、米国特許第5,199,942号、および米国特許公開第20030077263号に記載されている。簡単に述べると、CD34+造血幹細胞および造血前駆細胞を末梢血または骨髄から単離し、in vitroにおいて、Flt3-L、IL-1、IL-3、およびc-kitリガンドの1つまたは複数を含む培養条件で増大させる。
3.7部、2001年を参照されたい)。造血幹細胞および造血前駆細胞(例えば、骨髄または末梢血から取得したもの)のin vitroにおける増大、ならびに、これらの細胞のin vitroにおける樹状細胞への分化の手順は、米国特許第5,199,942号、および米国特許公開第20030077263号に記載されている。簡単に述べると、CD34+造血幹細胞および造血前駆細胞を末梢血または骨髄から単離し、in vitroにおいて、Flt3-L、IL-1、IL-3、およびc-kitリガンドの1つまたは複数を含む培養条件で増大させる。
一部の実施形態では、ヒトMHC分子(例えば、ヒト細胞、またはヒトMHC分子を発現するように工学的に操作された非ヒト細胞)を発現する不死化細胞を抗原提示のために使用する。例えば、ヒトMHC分子をトランスフェクトしたCOS細胞、またはHeLa細胞をアッセイに使用することができる。
一部の実施形態では、方法において使用される抗原提示細胞および免疫細胞はどちらも同じ対象に由来するものである(例えば、自己由来T細胞およびAPCを使用する)。これらの実施形態では、アッセイに利用可能な細胞の収率を最大にするために、対象の末梢血由来の細胞のサブセットを逐次的に単離することが有利であり得る。例えば、まず、CD4+T細胞サブセットおよびCD8+T細胞サブセットを末梢血から単離することができる。次に、樹状細胞(DC)をT細胞枯渇細胞集団から単離する。残りのT枯渇およびDC枯渇細胞を、アッセイへのDCの補充に使用するか、または、単独で抗原提示細胞として使用する。一部の実施形態では、DCをT枯渇およびDC枯渇細胞と共に、1:2、1:3、1:4、または1:5の比率でアッセイに使用する。一部の実施形態では、方法において使用される抗原提示細胞および免疫細胞は、異なる対象に由来するものである(例えば、異種T細胞およびAPCを使用する)。
抗原提示細胞は、末梢血以外の供給源から単離することができる。例えば、抗原提示細胞は、スクリーニングアッセイにおいて使用するために、粘膜組織(例えば、鼻、口、気管支組織、気管組織、胃腸管、生殖路(例えば、膣組織)、または関連するリンパ組織)、腹膜腔、リンパ節、脾臓、骨髄、胸腺、肺、肝臓、腎臓、ニューロン組織、内分泌組織、または他の組織から取得することができる。一部の実施形態では、細胞を免疫応答が活発な部位である組織(例えば、潰瘍、びらん、または膿瘍)から取得する。細胞は、外科的に、洗浄によって、または他の手段で取り出した組織から単離することができる。
本明細書に記載の方法において有用な抗原提示細胞は、「プロフェッショナル」抗原提示細胞に限定されない。一部の実施形態では、非プロフェッショナル抗原提示細胞を本開示の方法の実施において有効に利用することができる。非プロフェッショナル抗原提示細胞としては、線維芽細胞、上皮細胞、内皮細胞、ニューロン/グリア細胞、プロフェッショナル抗原提示細胞ではないリンパ系または骨髄細胞(例えば、T細胞、好中球)、筋肉細胞、肝細胞、および他の型の細胞が挙げられる。
抗原提示細胞を、目的のポリペプチド(および、所望であれば、細胞溶解素ポリペプチド)を発現するライブラリーメンバーと一緒に、抗原提示細胞によりライブラリーメンバーによって発現されるポリペプチドが内部に取り込まれ、プロセシングされ、MHC分子上に提示される条件下で培養する。一部の実施形態では、ライブラリーメンバーを、抗原提示細胞と一緒に培養する前に死滅させるまたは不活化する。細胞またはウイルスは、任意の適切な作用剤によって不活化することができる(例えば、有機溶媒を用いた固定、照射、凍結)。一部の実施形態では、ライブラリーメンバーは、タグ(例えば、1つまたは複数の公知のT細胞エピトープを含むタグ)またはレポータータンパク質と連結したORFを発現する細胞であり、その発現は培養前に検証されている。
一部の実施形態では、抗原提示細胞をライブラリーメンバーと一緒に37℃で30分から5時間の間にわたって(例えば、45分~1.5時間にわたって)インキュベートする。インキュベート後、抗原提示細胞を洗浄して、内部に取り込まれなかったライブラリーメンバーを除去することができる。ある特定の実施形態では、抗原提示細胞は非接着性であり、洗浄には細胞の遠心分離が必要になる。洗浄された抗原提示細胞を、抗原プロセシングを可能にするために、リンパ球に曝露させる前に37℃でさらなる期間(例えば、30分~2時間)にわたってインキュベートすることができる。一部の実施形態では、抗原提示細胞を、リンパ球に曝露させる前に固定し、死滅させることが望ましい(例えば、細胞を1%パラホルムアルデヒドで処理することによって)。
抗原提示細胞およびライブラリーメンバーの数は、ライブラリーメンバーによりMHC分子上への提示に十分な数量の目的のポリペプチドがもたらされる限りは、変動させることができる。一部の実施形態では、抗原提示細胞をアレイにおいて提供し、各セットが異なる目的のポリペプチドを発現するライブラリー細胞のセットと接触させる。ある特定の実施形態では、アレイ内の各場所に抗原提示細胞を1×103~1×106個含め、細胞を、細菌細胞であるライブラリー細胞1×103~1×108個と接触させる。
本明細書に記載の実施形態のいずれかでは、抗原提示細胞を、ライブラリー細胞と一緒にインキュベートする前またはライブラリー細胞と一緒にインキュベートした後に、新鮮に単離し、培養物で維持し、かつ/または凍結保管から解凍することができる。
ヒトリンパ球
本開示の方法では、ヒトリンパ球を、抗原提示細胞、例えば、上記の通り目的のポリペプチドを発現するライブラリーと一緒にインキュベートした抗原提示細胞に対する抗原特異的反応性について試験する。本開示の方法により、個体から単離されたリンパ球、または当該細胞の後代のプールを使用してヒト抗原を迅速に同定することが可能になる。抗原特異的応答の検出は、個々のT細胞クローンを単離するために労力を要する手順に依拠するものではない。一部の実施形態では、ヒトリンパ球は、初代リンパ球である。一部の実施形態では、ヒトリンパ球は、NKT細胞、ガンマ-デルタT細胞、またはNK細胞である。抗原提示細胞を抗原提示アッセイにおいて使用する前にサブセットに分離することができるのと同じく、特定のマーカーまたは他の特徴を有するリンパ球の集団を使用することができる。一部の実施形態では、Tリンパ球の集団を単離する。一部の実施形態では、CD4+T細胞の集団を単離する。一部の実施形態では、CD8+T細胞の集団を単離する。CD8+T細胞は、MHCクラスI分子との関連で提示されるペプチド抗原を認識する。したがって、一部の実施形態では、CD8+T細胞を、目的のポリペプチドに加えて細胞溶解素ポリペプチドを同時発現するライブラリー宿主細胞に曝露させた抗原提示細胞と共に使用する。例えば、特定の表現型を有する細胞をもたらすために、他の細胞表面マーカーを発現するT細胞サブセットを単離することもできる。これらとしては、CLA(皮膚ホーミングT細胞に関して)、CD25、CD30、CD69、CD154(活性化T細胞に関して)、CD45RO(メモリーT細胞に関して)、CD294(Th2細胞に関して)、γ/δTCR発現細胞、CD3およびCD56(NK T細胞に関して)が挙げられる。他のサブセットを選択することもできる。
本開示の方法では、ヒトリンパ球を、抗原提示細胞、例えば、上記の通り目的のポリペプチドを発現するライブラリーと一緒にインキュベートした抗原提示細胞に対する抗原特異的反応性について試験する。本開示の方法により、個体から単離されたリンパ球、または当該細胞の後代のプールを使用してヒト抗原を迅速に同定することが可能になる。抗原特異的応答の検出は、個々のT細胞クローンを単離するために労力を要する手順に依拠するものではない。一部の実施形態では、ヒトリンパ球は、初代リンパ球である。一部の実施形態では、ヒトリンパ球は、NKT細胞、ガンマ-デルタT細胞、またはNK細胞である。抗原提示細胞を抗原提示アッセイにおいて使用する前にサブセットに分離することができるのと同じく、特定のマーカーまたは他の特徴を有するリンパ球の集団を使用することができる。一部の実施形態では、Tリンパ球の集団を単離する。一部の実施形態では、CD4+T細胞の集団を単離する。一部の実施形態では、CD8+T細胞の集団を単離する。CD8+T細胞は、MHCクラスI分子との関連で提示されるペプチド抗原を認識する。したがって、一部の実施形態では、CD8+T細胞を、目的のポリペプチドに加えて細胞溶解素ポリペプチドを同時発現するライブラリー宿主細胞に曝露させた抗原提示細胞と共に使用する。例えば、特定の表現型を有する細胞をもたらすために、他の細胞表面マーカーを発現するT細胞サブセットを単離することもできる。これらとしては、CLA(皮膚ホーミングT細胞に関して)、CD25、CD30、CD69、CD154(活性化T細胞に関して)、CD45RO(メモリーT細胞に関して)、CD294(Th2細胞に関して)、γ/δTCR発現細胞、CD3およびCD56(NK T細胞に関して)が挙げられる。他のサブセットを選択することもできる。
リンパ球は、当技術分野で公知の任意の手段によって単離し、分離することができる(例えば、磁気ビーズ分離、パニング、またはフローサイトメトリーを使用するものなどの、抗体に基づく方法を使用して)。ヒトリンパ球およびそのサブセットを同定し、単離するための試薬は周知であり、市販されている。
本明細書に記載の方法における使用のためのリンパ球は、末梢血単核細胞から単離することもでき、ヒトの他の組織から単離することもできる。一部の実施形態では、リンパ球を腫瘍、リンパ節、粘膜組織(例えば、鼻、口、気管支組織、気管組織、胃腸管、生殖路(例えば、膣組織)、または関連するリンパ組織)、腹膜腔、脾臓、胸腺、肺、肝臓、腎臓、ニューロン組織、内分泌組織、腹膜腔、骨髄、または他の組織から取得する。一部の実施形態では、細胞を免疫応答が活発な部位である組織(例えば、潰瘍、びらん、または膿瘍)から取得する。細胞は、外科的に、洗浄によって、または他の手段で取り出した組織から単離することができる。
個体から取得したリンパ球は、抗原提示アッセイにおいて使用するまで培養物中で維持することもでき、凍結させることもできる。一部の実施形態では、新鮮に単離したリンパ球を、in vitroにおいて、上記の通りライブラリー細胞に曝露させた抗原提示細胞によって刺激することができる。一部の実施形態では、これらのリンパ球は、事前の非抗原特異的増大を必要とせずに、検出可能な刺激を示す。しかし、初代リンパ球では、最初にin vitroにおいて非特異的に刺激した時に検出可能な抗原特異的応答も引き出される。したがって、一部の実施形態では、リンパ球を抗原提示アッセイにおいて使用する前にin vitroで非抗原特異的に刺激して増殖させる。リンパ球を抗原提示アッセイにおいて使用する前に抗原特異的に刺激することもできる。一部の実施形態では、細胞をライブラリーによって刺激して増殖させる(例えば、ライブラリーを使用する抗原提示アッセイにおいて使用する前に)。細胞をin vitroで増大させることにより、アッセイにおいて使用するための細胞がより多数もたらされる。初代T細胞を、例えば、フィトヘマグルチニンまたはコンカナバリンなどのポリクローナルT細胞マイトジェンに曝露させることによって、増殖を刺激する抗体で処理することによって、または抗体でコーティングされた粒子で処理することによって、刺激して増大させることができる。一部の実施形態では、T細胞を、抗CD2抗体、抗CD3抗体、および抗CD28抗体で処理することによって増大させる。一部の実施形態では、T細胞を、インターロイキン2で処理することによって増大させる。一部の実施形態では、リンパ球を、抗原提示細胞と接触させる前に、凍結保管から解凍し、増大させる(例えば、例えば、非抗原特異的にまたは抗原特異的に、刺激して増殖させる)。一部の実施形態では、リンパ球を、抗原提示細胞と接触させる前に凍結保管から解凍し、増大させない。一部の実施形態では、リンパ球を、抗原提示細胞と接触させる前に、新鮮に単離し、増大させる(例えば、例えば、非抗原特異的にまたは抗原特異的に、刺激して増殖させる)。
抗原提示アッセイ
抗原提示アッセイでは、T細胞を上記の方法に従って調製した抗原提示細胞と一緒に、抗原提示細胞上のMHC分子によって提示されるペプチドのT細胞による認識が可能になる条件下で培養する。一部の実施形態では、T細胞を抗原提示細胞と一緒に、37℃で12~48時間(例えば、24時間)インキュベートする。一部の実施形態では、T細胞を抗原提示細胞と一緒に、37℃で3日間、4日間、5日間、6日間、7日間、または8日間インキュベートする。抗原提示細胞およびT細胞の数は、変動させることができる。一部の実施形態では、所与のアッセイにおけるT細胞の抗原提示細胞に対する比は、1:10、1:5、1:2、1:1、2:1、5:1、10:1、20:1、25:1、30:1、32:1、35:1または40:1である。一部の実施形態では、抗原提示細胞をアレイにおいて提供し(例えば、96ウェルプレート中)、アレイの各場所の細胞は、各セットが異なる目的のポリペプチドを含むライブラリー細胞のセットと接触させたものである。ある特定の実施形態では、アレイ内の各場所に抗原提示細胞1×103~1×106個を含め、当該細胞をT細胞1×103~1×106個と接触させる。
抗原提示アッセイでは、T細胞を上記の方法に従って調製した抗原提示細胞と一緒に、抗原提示細胞上のMHC分子によって提示されるペプチドのT細胞による認識が可能になる条件下で培養する。一部の実施形態では、T細胞を抗原提示細胞と一緒に、37℃で12~48時間(例えば、24時間)インキュベートする。一部の実施形態では、T細胞を抗原提示細胞と一緒に、37℃で3日間、4日間、5日間、6日間、7日間、または8日間インキュベートする。抗原提示細胞およびT細胞の数は、変動させることができる。一部の実施形態では、所与のアッセイにおけるT細胞の抗原提示細胞に対する比は、1:10、1:5、1:2、1:1、2:1、5:1、10:1、20:1、25:1、30:1、32:1、35:1または40:1である。一部の実施形態では、抗原提示細胞をアレイにおいて提供し(例えば、96ウェルプレート中)、アレイの各場所の細胞は、各セットが異なる目的のポリペプチドを含むライブラリー細胞のセットと接触させたものである。ある特定の実施形態では、アレイ内の各場所に抗原提示細胞1×103~1×106個を含め、当該細胞をT細胞1×103~1×106個と接触させる。
T細胞を抗原提示細胞と一緒にインキュベートした後、培養物を活性化についてアッセイする。リンパ球活性化は、当技術分野で公知の任意の手段、例えば、T細胞増殖、受容体のリン酸化または脱リン酸化、カルシウム流、細胞骨格再構成、サイトカインまたは可溶性メディエーターなどの免疫メディエーターの発現および/または分泌の増大または減少、1つまたは複数の細胞表面マーカーの発現の増大または減少によって検出することができる。一部の実施形態では、培養上清を回収し、活性化に関連する1つまたは複数のポリペプチド、例えば、サイトカイン、可溶性メディエーター、細胞表面マーカー、または他の免疫メディエーターの発現および/または分泌の増大および/または減少についてアッセイする。一部の実施形態では、1つまたは複数のサイトカインは、TRAIL、IFN-ガンマ、IL-12p70、IL-2、TNF-アルファ、MIP1-アルファ、MIP1-ベータ、CXCL9、CXCL10、MCP1、RANTES、IL-1ベータ、IL-4、IL-6、IL-8、IL-9、IL-10、IL-13、IL-15、CXCL11、IL-3、IL-5、IL-17、IL-18、IL-21、IL-22、IL-23A、IL-24、IL-27、IL-31、IL-32、TGF-ベータ、CSF、GM-CSF、TRANCE(RANK Lとしても公知)、MIP3-アルファ、およびフラクタルカインから選択される。一部の実施形態では、1つまたは複数の可溶性メディエーターは、グランザイムA、グランザイムB、sFas、sFasL、パーフォリン、およびグラニュライシンから選択される。一部の実施形態では、1つまたは複数の細胞表面マーカーは、CD107a、CD107b、CD25、CD69、CD45RA、CD45RO、CD137(4-1BB)、CD44、CD62L、CD27、CCR7、CD154(CD40L)、KLRG-1、CD71、HLA-DR、CD122(IL-2RB)、CD28、IL7Ra(CD127)、CD38、CD26、CD134(OX-40)、CTLA-4(CD152)、LAG-3、TIM-3(CD366)、CD39、PD1(CD279)、FoxP3、TIGIT、CD160、BTLA、2B4(CD244)、およびKLRG1から選択される。培養上清中のサイトカイン分泌は、例えば、ELISA、ビーズアレイによって、例えば、Luminex(登録商標)アナライザーを用いて検出することができる。サイトカイン産生も、T細胞から単離されたmRNAのRT-PCRによって、またはT細胞によって放出されたサイトカインのELISPOT分析によってアッセイすることができる。一部の実施形態では、培養物中でのT細胞の増殖を決定する(例えば、3Hチミジンの組み入れを検出することによって)。一部の実施形態では、標的細胞溶解を決定する(例えば、Na2
51CrO4で標識された抗原提示細胞のT細胞依存的溶解を検出することによって)。標的細胞溶解アッセイは、一般にはCD8+T細胞を用いて実施される。これらの検出方法に関するプロトコールは公知である。例えば、CurrentProtocols In Immunology、John E.Coliganら
(編)、Wiley and Sons、NewYork、N.Y.、2007年を参照されたい。これらの検出方
法では、例えば、非抗原特異的バックグラウンド活性化を調整するため、抗原提示細胞の提示能力を確認するため、およびリンパ球の生存能力を確認するために妥当な対照を使用することが当業者には理解される。
(編)、Wiley and Sons、NewYork、N.Y.、2007年を参照されたい。これらの検出方
法では、例えば、非抗原特異的バックグラウンド活性化を調整するため、抗原提示細胞の提示能力を確認するため、およびリンパ球の生存能力を確認するために妥当な対照を使用することが当業者には理解される。
一部の実施形態では、方法において使用される抗原提示細胞およびリンパ球は、同じ個体由来である。一部の実施形態では、方法において使用される抗原提示細胞およびリンパ球は、異なる個体由来である。
一部の実施形態では、例えば、応答の検出を増強するため、または弱い最初の応答を増強するために、抗原提示細胞への曝露の1つまたは複数の前のラウンドを受けた同じ個体由来のリンパ球を使用して抗原提示アッセイを繰り返す。一部の実施形態では、例えば、応答の検出を増強するため、または弱い最初の応答を増強するために、ライブラリーへの曝露の1つまたは複数の前のラウンドを受けた同じ個体由来の抗原提示細胞を使用して抗原提示アッセイを繰り返す。一部の実施形態では、例えば、応答の検出を増強するため、または弱い最初の応答を増強するために、抗原提示細胞への曝露の1つまたは複数の前のラウンドを受けた同じ個体由来のリンパ球、およびライブラリーへの曝露の1つまたは複数の前のラウンドを受けた同じ個体由来の抗原提示細胞を使用して抗原提示アッセイを繰り返す。一部の実施形態では、例えば、多数の個体によって認識される抗原を同定する、または個体間で異なる反応性を比較するために、異なる個体由来の抗原提示細胞およびリンパ球を使用して抗原提示アッセイを繰り返す。
腫瘍抗原を同定する方法
本明細書に記載の方法の1つの利点は、臨床的に意義のあるヒト抗原を同定できることである。がんを有するヒトは、以前の曝露から生じる適応免疫応答の産物である、腫瘍抗原を特異的に認識するリンパ球を有する可能性がある。一部の実施形態では、これらの細胞は、がんを有さない個体由来の細胞よりも高い発生頻度で存在し、かつ/または、これらの細胞は、妥当な抗原性刺激に再曝露すると容易に再活性化される(例えば、細胞は、「メモリー」細胞である)。したがって、がんを有するまたはがんを有していたヒトは、in vitroにおいて抗原を同定するための細胞の特に有用なドナーである。個体は、がんから回復した個体であり得る。一部の実施形態では、個体は、最近がんと診断された(例えば、個体は、リンパ球および/または抗原提示細胞を当該個体から単離する前1年未満、3カ月未満、2カ月未満、1カ月未満、または2週間未満のうちに診断された)。一部の実施形態では、個体は、リンパ球および/または抗原提示細胞を単離する3カ月前よりも前、6カ月前よりも前、または1年前よりも前にがんを有すると最初に診断された。
本明細書に記載の方法の1つの利点は、臨床的に意義のあるヒト抗原を同定できることである。がんを有するヒトは、以前の曝露から生じる適応免疫応答の産物である、腫瘍抗原を特異的に認識するリンパ球を有する可能性がある。一部の実施形態では、これらの細胞は、がんを有さない個体由来の細胞よりも高い発生頻度で存在し、かつ/または、これらの細胞は、妥当な抗原性刺激に再曝露すると容易に再活性化される(例えば、細胞は、「メモリー」細胞である)。したがって、がんを有するまたはがんを有していたヒトは、in vitroにおいて抗原を同定するための細胞の特に有用なドナーである。個体は、がんから回復した個体であり得る。一部の実施形態では、個体は、最近がんと診断された(例えば、個体は、リンパ球および/または抗原提示細胞を当該個体から単離する前1年未満、3カ月未満、2カ月未満、1カ月未満、または2週間未満のうちに診断された)。一部の実施形態では、個体は、リンパ球および/または抗原提示細胞を単離する3カ月前よりも前、6カ月前よりも前、または1年前よりも前にがんを有すると最初に診断された。
一部の実施形態では、メンバーが目的のポリペプチドを発現するまたは保有する、細胞のライブラリーと接触させた抗原提示細胞に対してリンパ球をスクリーニングし、リンパ球は、がんと診断されていない個体由来のものである。一部の実施形態では、そのようなリンパ球を使用して、バックグラウンド(すなわち、非抗原特異的な)反応性を決定する。一部の実施形態では、そのようなリンパ球を使用して、非がん個体に存在する、当該リンパ球に反応性の抗原を同定する。
多数のドナー(例えば、がんを有する多数の対象)由来の細胞を採取し、本明細書に記載の方法においてアッセイすることができる。一部の実施形態では、所与の腫瘍抗原が集団の広範な部分において反応性であるかどうかを決定するため、または集団の広範な部分で有効である免疫原性組成物を作製するために後で組み合わせることができる多数の腫瘍抗原を同定するために、多数のドナー由来の細胞をアッセイする。
抗原提示アッセイは、感染性疾患および非感染性疾患のどちらの状況においても有用である。本明細書に記載の方法は、ヒト細胞性免疫の迅速な評価が有益である任意の状況に適用可能である。一部の実施形態では、新生細胞(例えば、腫瘍細胞)によって示差的に発現されるポリペプチドに対する抗原反応性を評価する。新生細胞によって示差的に発現される核酸のセットがサブトラクティブハイブリダイゼーションなどの確立された技法を使用して同定されている。本明細書に記載の方法を使用して、抗腫瘍免疫応答が生じた対象において機能的であった抗原を同定することができる。他の実施形態では、方法を使用して、対象が腫瘍抗原または腫瘍抗原のセットと反応するリンパ球を有するかどうかを評価する。
一部の実施形態では、抗原提示アッセイを使用して、個体、例えば、自己免疫性状態の素因がある、またはそれに罹患している個体の細胞における自己抗原に対する反応性を調査する。そのような方法を、個体の病態に関する診断または予後インジケーターをもたらすため、または自己抗原を同定するために使用することができる。これらのアッセイのために、一部の実施形態では、ヒトポリペプチドのアレイを含むライブラリーを調製する。一部の実施形態では、自己抗原に対する交差反応性応答を引き出す疑いがある感染因子由来のポリペプチドを含むライブラリーを調製する。交差反応性自己免疫応答を引き出すと考えられる感染因子由来の抗原の例については、Barzilaiら、CurrOpin Rheumatol.、19巻(6号):636~43頁、2007年;Ayadaら、Ann N Y Acad Sci.、1108巻:594~602頁、2007年;Drouinら、MolImmunol.、45巻(1号):180~9頁、2008年;およびBach、J Autoimmun.、25巻補遺:74~80頁、2005年を参照されたい。
考察の通り、本開示は、目的のポリペプチドをライブラリー内に含める(例えば、ライブラリー細胞において発現させるまたは粒子もしくはビーズ中もしくは上に保有させる)方法を含む。ライブラリーのメンバーが抗原提示細胞によって内部に取り込まれた後、目的のポリペプチドは抗原提示細胞内でタンパク質分解によりプロセシングされ、ポリペプチドのペプチド断片が抗原提示細胞において発現されるMHC分子上に提示される。本明細書に記載のアッセイにおいてヒトリンパ球を刺激するポリペプチドの同一性は、刺激を生じさせた抗原提示細胞にもたらされたライブラリー細胞のセットの調査から決定することができる。一部の実施形態では、観察された刺激を生じさせるためにMHC分子が結合するポリペプチド内のエピトープをマッピングすることが有用である。このエピトープ、またはそれが由来するより長いポリペプチド(どちらも本明細書では「抗原」と称される)は、免疫原性組成物のための、または今後の抗原提示アッセイにおける抗原性刺激のための基礎を形成し得る。
MHC分子が結合するペプチドを同定する方法は公知である。一部の実施形態では、目的のポリペプチドの欠失突然変異体を生成し、これらを、リンパ球を刺激する能力について試験することによってエピトープを同定する。抗原提示細胞によってプロセシングされ、提示された時にリンパ球を刺激する能力を失う欠失では、ペプチドエピトープが失われている。一部の実施形態では、目的のポリペプチドの一部分に対応するペプチドを合成し、ペプチドを、リンパ球を刺激する能力について試験すること(例えば、抗原提示細胞をペプチドでパルスする抗原提示アッセイにおいて)によってエピトープを同定する。MHCが結合するペプチドを同定する他の方法は、抗原性ペプチドを含む抗原提示細胞の溶解、細胞溶解物由来のMHC分子のアフィニティー精製、ならびにその後の、MHCからのペプチドの溶出および分析を伴う(Falk,K.ら、Nature、351巻:290頁、1991年、および米国特許第5,989,565号)。
他の実施形態では、抗原に応答して増大したクローンT細胞受容体を同定することが有用である。クローンT細胞受容体は、T細胞受容体レパートリーのDNAシーケンシングによって同定される(Howieら、2015年、SciTrans Med、7巻:301頁)。TCR特異性および機能を同定することにより、TCRを他の細胞型にトランスフェクトし、機能的研究においてまたは新規の免疫療法のために使用することができる。
他の実施形態では、対象における腫瘍抗原に対して応答性のT細胞を同定し、単離することが有用である。単離されたT細胞をex vivoで増大させ、がん治療または予防法のために対象に投与することができる。
他の実施形態では、対象における腫瘍抗原に対して応答性のT細胞を同定し、単離することが有用である。単離されたT細胞をex vivoで増大させ、がん治療または予防法のために対象に投与することができる。
対象の免疫応答を同定する方法
本開示は、1または複数の対象(例えば、試験対象、または標的対象)の免疫応答を同定する方法を提供する。一部の実施形態では、1または複数の対象(例えば、試験対象または標的対象)の免疫応答を、a)腫瘍抗原(例えば、公知の腫瘍抗原、本明細書に記載の腫瘍抗原、または本明細書に記載の方法を使用して同定された腫瘍抗原、潜在的な腫瘍抗原、および/もしくは他の目的のポリペプチド)のパネルを含む本明細書に記載のライブラリーを提供し、b)ライブラリーを対象由来の抗原提示細胞と接触させ、c)抗原提示細胞を対象由来のリンパ球と接触させ、d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数の抗原提示細胞によって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって刺激されるのか、阻害および/または抑制されるのか、活性化されるのか、またはそれに対して非応答性であるのかを決定することによって決定する。一部の実施形態では、ライブラリーは、約1種、約3種、約5種、約10種、約15種、約20種、約25種、約30種、約40種、約50種、約60種、約70種、約80種、約90種、約100種、またはそれよりも多くの腫瘍抗原を含む。
本開示は、1または複数の対象(例えば、試験対象、または標的対象)の免疫応答を同定する方法を提供する。一部の実施形態では、1または複数の対象(例えば、試験対象または標的対象)の免疫応答を、a)腫瘍抗原(例えば、公知の腫瘍抗原、本明細書に記載の腫瘍抗原、または本明細書に記載の方法を使用して同定された腫瘍抗原、潜在的な腫瘍抗原、および/もしくは他の目的のポリペプチド)のパネルを含む本明細書に記載のライブラリーを提供し、b)ライブラリーを対象由来の抗原提示細胞と接触させ、c)抗原提示細胞を対象由来のリンパ球と接触させ、d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数の抗原提示細胞によって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって刺激されるのか、阻害および/または抑制されるのか、活性化されるのか、またはそれに対して非応答性であるのかを決定することによって決定する。一部の実施形態では、ライブラリーは、約1種、約3種、約5種、約10種、約15種、約20種、約25種、約30種、約40種、約50種、約60種、約70種、約80種、約90種、約100種、またはそれよりも多くの腫瘍抗原を含む。
一部の実施形態では、試験対象は、(i)がん治療を受けていないがん対象;(ii)がん治療に対して、臨床的に、応答しなかったおよび/または応答していないおよび/または負に応答した、がん対象;または(iii)がんと診断されていない対象である。
一部の実施形態では、標的対象は、(i)がん治療に対して臨床的に正に応答するまたは応答したがん対象(「応答性対象」);(ii)がん治療に対して臨床的に応答しなかったおよび/または応答していないおよび/または負に応答したがん対象(「非応答性対象」);(iii)がんに対して自然に応答するまたは応答したがん対象(「自然標的対象」);または(vi)がんと診断されていない対象(「正常な対象」)である。
一部の実施形態では、リンパ球の刺激、非刺激、阻害および/もしくは抑制、活性化、ならびに/または非応答性を、本明細書に記載の1つまたは複数の発現または分泌されたサイトカインまたは他の免疫メディエーターのレベルを評価することによって決定する。一部の実施形態では、対照レベルよりも少なくとも20%、40%、60%、80%、100%、120%、140%、160%、180%、200%またはそれよりも大きく高い、1つまたは複数の発現または分泌されたサイトカインのレベルにより、リンパ球の刺激が示される。一部の実施形態では、対照レベルの平均よりも少なくとも1、2、3、4または5標準偏差大きい、1つまたは複数の発現または分泌されたサイトカインのレベルにより、リンパ球の刺激が示される。一部の実施形態では、対照に対する応答レベル中央値よりも少なくとも1、2、3、4または5中央絶対偏差(MAD)大きい、1つまたは複数の発現または分泌されたサイトカインのレベルにより、リンパ球の刺激が示される。一部の実施形態では、対照は、陰性対照、例えば、Neon Green(NG)を発現するクローンである。一部の実施形態では、対照レベルよりも少なくとも20%、40%、60%、80%、100%、120%、140%、160%、180%、200%またはそれよりも大きく低い、1つまたは複数の発現または分泌されたサイトカインのレベルにより、リンパ球の阻害および/または抑制が示される。一部の実施形態では、対照レベルの平均より少なくとも1、2、3、4または5標準偏差低い、1つまたは複数の発現または分泌されたサイトカインのレベルにより、リンパ球の阻害および/または抑制が示される。一部の実施形態では、対照に対する応答レベル中央値より少なくとも1、2、3、4または5中央絶対偏差(MAD)低い、1つまたは複数の発現または分泌されたサイトカインのレベルにより、リンパ球の阻害および/または抑制が示される。一部の実施形態では、対照は、陰性対照、例えば、Neon Green(NG)を発現するクローンである。一部の実施形態では、対照レベルより少なくとも20%、40%、60%、80%、100%、120%、140%、160%、180%、200%またはそれよりも大きく高いまたは低い、1つまたは複数の発現または分泌されたサイトカインのレベルにより、リンパ球活性化が示される。一部の実施形態では、対照レベルの平均より少なくとも1、2、3、4または5標準偏差高いまたは低い、1つまたは複数の発現または分泌されたサイトカインのレベルにより、リンパ球活性化が示される。一部の実施形態では、対照に対する応答レベル中央値よりも少なくとも1、2、3、4または5中央絶対偏差(MAD)高いまたは低い、1つまたは複数の発現または分泌されたサイトカインのレベルにより、リンパ球活性化が示される。一部の実施形態では、対照は、陰性対照、例えば、Neon Green(NG)を発現するクローンである。一部の実施形態では、対照レベルの約20%、15%、10%、5%、またはそれ未満の範囲内である、1つまたは複数の発現または分泌されたサイトカインのレベルにより、リンパ球の非応答性または非刺激が示される。一部の実施形態では、対照レベルの平均より1標準偏差未満または2標準偏差未満高いまたは低い、1つまたは複数の発現または分泌されたサイトカインのレベルにより、リンパ球の非応答性または非刺激が示される。一部の実施形態では、対照に対する応答レベル中央値より1中央絶対偏差(MAD)未満または2中央絶対偏差(MAD)未満高いまたは低い、1つまたは複数の発現または分泌されたサイトカインのレベルにより、リンパ球の非応答性または非刺激が示される。一部の実施形態では、対象応答プロファイルは、異なるサイトカイン(例えば、1種、2種、3種、4種、5種、6種、7種、8種、9種、10種、12種、14種、16種、18種、20種、またはそれよりも多くのサイトカイン)のパネル、ならびに、サイトカインのパネルの各メンバーの産生、発現または分泌を刺激する、刺激しない、阻害および/もしくは抑制する、活性化する、またはそれに対して影響を及ぼさないもしくはそれに対する影響が最小である腫瘍抗原の総数(例えば、ライブラリー由来の異なる腫瘍抗原の全部または一部分の総数)の数量化、同定、および/または表示を含み得る。
対象応答プロファイルを得る方法
本開示は、試験対象から対象応答プロファイル(「対象応答プロファイル」)を得るための方法を提供する。
本開示は、試験対象から対象応答プロファイル(「対象応答プロファイル」)を得るための方法を提供する。
一部の実施形態では、試験対象の対象応答プロファイルを、a)腫瘍抗原(例えば、公知の腫瘍抗原、本明細書に記載の腫瘍抗原、または本明細書に記載の方法を使用して同定された腫瘍抗原、潜在的な腫瘍抗原、および/もしくは他の目的のポリペプチド)のパネルを含む本明細書に記載のライブラリーを提供し、b)ライブラリーを試験対象由来の抗原提示細胞と接触させ、c)抗原提示細胞を試験対象由来のリンパ球と接触させ、d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数の抗原提示細胞によって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって刺激されるのか、阻害および/または抑制されるのか、活性化されるのか、またはそれに対して非応答性であるのかを決定して、対象応答プロファイルを得ることによって得る。一部の実施形態では、ライブラリーは、約1種、約3種、約5種、約10種、約15種、約20種、約25種、約30種、約40種、約50種、約60種、約70種、約80種、約90種、約100種、約150種、約200種、約250種、約500種、約1000種、またはそれよりも多くの腫瘍抗原を含む。
対象応答プロファイルは、リンパ球を刺激する、リンパ球を刺激しない、リンパ球を阻害および/または抑制する、リンパ球を活性化する、またはリンパ球がそれに対して非応答性である、本開示の方法によって同定される腫瘍抗原のパネルの全部または一部分の数量化、同定、および/または表示を含み得る。一部の実施形態では、対象応答プロファイルは、1つまたは複数の免疫メディエーター、例えば、1つまたは複数のサイトカインの発現または分泌のレベルの数量化、同定、および/または表示をさらに含む。
一部の実施形態では、対象応答プロファイルは、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現または分泌を刺激する、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現または分泌を阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または免疫メディエーターの発現または分泌に影響を及ぼさないもしくは最小の影響を及ぼす、本開示の方法によって同定される腫瘍抗原のパネルの全部または一部分の数量化、同定、および/または表示を含む。一部の実施形態では、対象応答プロファイルは、1つまたは複数の免疫メディエーター、例えば、1つまたは複数のサイトカインの発現または分泌のレベルの数量化、同定、および/または表示をさらに含む。
標的応答プロファイルを得る方法
一部の実施形態では、対象応答プロファイルを、標的対象、例えばがん治療に対して臨床的に応答するおよび/または応答したがん対象;がん治療に対して臨床的に応答しないおよび/または応答しなかったがん対象;がんに対する自然応答を有する、または有していた対象;またはがんと診断されていない対象由来の対応する応答プロファイル(標的対象の「標的応答プロファイル」)と比較する。
一部の実施形態では、対象応答プロファイルを、標的対象、例えばがん治療に対して臨床的に応答するおよび/または応答したがん対象;がん治療に対して臨床的に応答しないおよび/または応答しなかったがん対象;がんに対する自然応答を有する、または有していた対象;またはがんと診断されていない対象由来の対応する応答プロファイル(標的対象の「標的応答プロファイル」)と比較する。
本開示は、標的対象から標的応答プロファイルを得るための方法を提供する。標的対象の標的応答プロファイルを、a)対象応答プロファイルを生成するために使用されるのと同じ腫瘍抗原(例えば、公知の腫瘍抗原、本明細書に記載の腫瘍抗原、または本明細書に記載の方法を使用して同定された腫瘍抗原、潜在的な腫瘍抗原、および/もしくは他の目的のポリペプチド)のパネルの全部または一部分を含む本明細書に記載のライブラリーを提供し、b)ライブラリーを標的対象由来の抗原提示細胞と接触させ、c)抗原提示細胞を標的対象由来のリンパ球と接触させ、d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数の抗原提示細胞によって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって刺激されるのか、阻害および/もしくは抑制されるのか、それによって活性化されるのか、またはそれに対して非応答性であるのかを決定して、標的応答プロファイルを得ることによって得る。
標的応答プロファイルは、標的対象由来の細胞の、対象応答プロファイルに含まれるものと同じ腫瘍抗原のパネルに対する免疫応答の数量化、同定、および/または表示を含む。
一部の実施形態では、標的応答プロファイルは、リンパ球を刺激する、リンパ球を刺激しない、リンパ球を阻害および/もしくは抑制する、リンパ球を活性化する、ならびに/またはリンパ球がそれに対して非応答性である腫瘍抗原のパネルの全部または一部分の数量化、同定、および/または表示を含む。一部の実施形態では、対象応答プロファイルは、1つまたは複数の免疫メディエーター、例えば、1つまたは複数のサイトカインの発現または分泌のレベルの数量化、同定、および/または表示をさらに含む。
一部の実施形態では、標的応答プロファイルは、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を刺激する、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現または分泌を阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または免疫メディエーターの発現および/または分泌に影響を及ぼさないもしくは最小の影響を及ぼす、本開示の方法によって同定される腫瘍抗原のパネルの全部または一部分の数量化、同定、および/または表示を含む。一部の実施形態では、対象応答プロファイルは、1つまたは複数の免疫メディエーター、例えば、1つまたは複数のサイトカインの発現または分泌のレベルの数量化、同定、および/または表示をさらに含む。
対象応答プロファイルと標的応答プロファイルの比較
リンパ球
一部の実施形態では、対象応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激する同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激する同定された腫瘍抗原と1以下、2以下、3以下、4以下、5以下、10以下、15以下、20以下、または25以下異なる場合;対象応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激しない同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激しない同定された腫瘍抗原と1以下、2以下、3以下、4以下、5以下、10以下、15以下、20以下、または25以下異なる場合;対象応答プロファイルにおけるリンパ球を阻害および/または抑制する同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイルにおけるリンパ球を阻害および/または抑制する同定された腫瘍抗原と1以下、2以下、3以下、4以下、5以下、10以下、15以下、20以下、または25以下異なる場合;対象応答プロファイルにおけるリンパ球を活性化する同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイルにおけるリンパ球を活性化する同定された腫瘍抗原と1以下、2以下、3以下、4以下、5以下、10以下、15以下、20以下、または25以下異なる場合;ならびに/または、対象応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激しないまたはリンパ球がそれに対して非応答性である同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイルにおけるリンパ球がそれに対して応答性ではないまたは最小に応答性である同定された腫瘍抗原と1以下、2以下、3以下、4以下、5以下、10以下、15以下、20以下、または25以下異なる場合、対象応答プロファイルは標的応答プロファイルと類似している。
リンパ球
一部の実施形態では、対象応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激する同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激する同定された腫瘍抗原と1以下、2以下、3以下、4以下、5以下、10以下、15以下、20以下、または25以下異なる場合;対象応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激しない同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激しない同定された腫瘍抗原と1以下、2以下、3以下、4以下、5以下、10以下、15以下、20以下、または25以下異なる場合;対象応答プロファイルにおけるリンパ球を阻害および/または抑制する同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイルにおけるリンパ球を阻害および/または抑制する同定された腫瘍抗原と1以下、2以下、3以下、4以下、5以下、10以下、15以下、20以下、または25以下異なる場合;対象応答プロファイルにおけるリンパ球を活性化する同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイルにおけるリンパ球を活性化する同定された腫瘍抗原と1以下、2以下、3以下、4以下、5以下、10以下、15以下、20以下、または25以下異なる場合;ならびに/または、対象応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激しないまたはリンパ球がそれに対して非応答性である同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイルにおけるリンパ球がそれに対して応答性ではないまたは最小に応答性である同定された腫瘍抗原と1以下、2以下、3以下、4以下、5以下、10以下、15以下、20以下、または25以下異なる場合、対象応答プロファイルは標的応答プロファイルと類似している。
一部の実施形態では、対象応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激する同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激する同定された腫瘍抗原と5を超える、6を超える、7を超える、8を超える、9を超える、10を超える、20を超える、またはそれよりも大きく異なる場合;対象応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激しない同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激しない同定された腫瘍抗原と5を超える、6を超える、7を超える、8を超える、9を超える、10を超える、20を超える、またはそれよりも大きく異なる場合;対象応答プロファイルにおけるリンパ球を阻害および/または抑制する同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイルにおけるリンパ球を阻害および/または抑制する同定された腫瘍抗原と5を超える、6を超える、7を超える、8を超える、9を超える、10を超える、20を超える、またはそれよりも大きく異なる場合;対象応答プロファイルにおけるリンパ球を活性化する同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイルにおけるリンパ球を活性化する同定された腫瘍抗原と5を超える、6を超える、7を超える、8を超える、9を超える、10を超える、20を超える、またはそれよりも大きく異なる場合;ならびに/または、対象応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激しないまたはリンパ球がそれに対して非応答性である同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイルにおけるリンパ球がそれに対して応答性ではないまたは最小に応答性である同定された腫瘍抗原と5を超える、6を超える、7を超える、8を超える、9を超える、10を超える、20を超える、またはそれよりも大きく異なる場合、対象応答プロファイルは標的応答プロファイルと類似していない。
一部の実施形態では、対象応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激する同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激する同定された腫瘍抗原と1%以下、2%以下、3%以下、4%以下、5%以下、10%以下、15%以下、20%以下、または25%以下異なる場合;対象応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激しない同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激しない同定された腫瘍抗原と1%以下、2%以下、3%以下、4%以下、5%以下、10%以下、15%以下、20%以下、または25%以下異なる場合;対象応答プロファイルにおけるリンパ球を阻害および/または抑制する同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイルにおけるリンパ球を阻害および/または抑制する同定された腫瘍抗原と1%以下、2%以下、3%以下、4%以下、5%以下、10%以下、15%以下、20%以下、または25%以下異なる場合;対象応答プロファイルにおけるリンパ球を活性化する同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイルにおけるリンパ球を活性化する同定された腫瘍抗原と1%以下、2%以下、3%以下、4%以下、5%以下、10%以下、15%以下、20%以下、または25%以下異なる場合;ならびに/または、対象応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激しないまたはリンパ球がそれに対して非応答性である同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイルにおけるリンパ球がそれに対して応答性ではないまたは最小に応答性である同定された腫瘍抗原と1%以下、2%以下、3%以下、4%以下、5%以下、10%以下、15%以下、20%以下、または25%以下異なる場合、対象応答プロファイルは標的応答プロファイルと類似している。
一部の実施形態では、対象応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激する同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激する同定された腫瘍抗原と5%を超える、6%を超える、7%を超える、8%を超える、9%を超える、10%を超える、20%を超える、またはそれよりも大きく異なる場合;対象応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激しない同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激しない同定された腫瘍抗原と5%を超える、6%を超える、7%を超える、8%を超える、9%を超える、10%を超える、20%を超える、またはそれよりも大きく異なる場合;ならびに/または、対象応答プロファイルにおけるリンパ球を阻害および/または抑制する同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイルにおけるリンパ球を阻害および/または抑制する同定された腫瘍抗原と5%を超える、6%を超える、7%を超える、8%を超える、9%を超える、10%を超える、20%を超える、またはそれよりも大きく異なる場合;対象応答プロファイルにおけるリンパ球を活性化する同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイルにおけるリンパ球を活性化する同定された腫瘍抗原と5%を超える、6%を超える、7%を超える、8%を超える、9%を超える、10%を超える、20%を超える、またはそれよりも大きく異なる場合;ならびに/または、対象応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激しないまたはリンパ球がそれに対して非応答性である同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイルにおけるリンパ球がそれに対して応答性ではないまたは最小に応答性である同定された腫瘍抗原と5%を超える、6%を超える、7%を超える、8%を超える、9%を超える、10%を超える、20%を超える、またはそれよりも大きく異なる場合、対象応答プロファイルは標的応答プロファイルと類似していない。
サイトカイン
一部の実施形態では、標的応答プロファイルは、サイトカインの産生、発現および/または分泌を刺激する、刺激しない、阻害および/もしくは抑制する、またはそれに対して影響を及ぼさないもしくはそれに対する影響が最小である1つまたは複数のサイトカインおよび腫瘍抗原の総数(例えば、対象応答プロファイルに含まれるものと同じ腫瘍抗原の総数)の数量化、同定、および/または表示を含み得る。一部の実施形態では、標的応答プロファイルは、異なるサイトカインのパネル(例えば、対象応答プロファイルに含まれるサイトカインのうちの1種、2種、3種、4種、5種、6種、7種、8種、9種、10種、12種、14種、16種、18種、20種、またはそれよりも多く(例えば、全て))、ならびにサイトカインのパネルの産生、発現および/または分泌を刺激する、刺激しない、阻害および/もしくは抑制する、またはそれに対して影響を及ぼさないもしくはそれに対する影響が最小である腫瘍抗原の総数(例えば、対象応答プロファイルに含まれるものと同じ腫瘍抗原の総数)の数量化、同定、および/または表示を含み得る。
一部の実施形態では、標的応答プロファイルは、サイトカインの産生、発現および/または分泌を刺激する、刺激しない、阻害および/もしくは抑制する、またはそれに対して影響を及ぼさないもしくはそれに対する影響が最小である1つまたは複数のサイトカインおよび腫瘍抗原の総数(例えば、対象応答プロファイルに含まれるものと同じ腫瘍抗原の総数)の数量化、同定、および/または表示を含み得る。一部の実施形態では、標的応答プロファイルは、異なるサイトカインのパネル(例えば、対象応答プロファイルに含まれるサイトカインのうちの1種、2種、3種、4種、5種、6種、7種、8種、9種、10種、12種、14種、16種、18種、20種、またはそれよりも多く(例えば、全て))、ならびにサイトカインのパネルの産生、発現および/または分泌を刺激する、刺激しない、阻害および/もしくは抑制する、またはそれに対して影響を及ぼさないもしくはそれに対する影響が最小である腫瘍抗原の総数(例えば、対象応答プロファイルに含まれるものと同じ腫瘍抗原の総数)の数量化、同定、および/または表示を含み得る。
一部の実施形態では、対象応答プロファイルに含まれる1つまたは複数のサイトカインの発現および/または分泌を刺激する抗原の総数が、標的応答プロファイルに含まれる同じ1つまたは複数のサイトカインを刺激する抗原の総数と1以下、2以下、3以下、4以下、5以下、10以下、15以下、20以下、または25以下異なる場合;対象応答プロファイルに含まれる1つまたは複数のサイトカインの発現および/または分泌を刺激しない抗原の総数が、標的応答プロファイルに含まれる同じ1つまたは複数のサイトカインを刺激しない抗原の総数と1以下、2以下、3以下、4以下、5以下、10以下、15以下、20以下、または25以下異なる場合;対象応答プロファイルに含まれる1つまたは複数のサイトカインを阻害および/または抑制する抗原の総数が、標的応答プロファイルに含まれる同じ1つまたは複数のサイトカインの発現および/または分泌を阻害および/または抑制する抗原の総数と1以下、2以下、3以下、4以下、5以下、10以下、15以下、20以下、または25以下異なる場合;ならびに/または、対象応答プロファイルに含まれる1つまたは複数のサイトカインの発現および/または分泌に対して影響を及ぼさないまたはそれに対する影響が最小である抗原の総数が、標的応答プロファイルに含まれる同じ1つまたは複数のサイトカインに対して影響を及ぼさないまたはそれに対する影響が最小である抗原の総数と1以下、2以下、3以下、4以下、5以下、10以下、15以下、20以下、または25以下異なる場合、対象応答プロファイルは標的応答プロファイルと類似している。
一部の実施形態では、対象応答プロファイルに含まれる1つまたは複数のサイトカインの発現および/または分泌を刺激する抗原の総数が、標的応答プロファイルに含まれる同じ1つまたは複数のサイトカインを刺激する抗原の総数と5を超える、6を超える、7を超える、8を超える、9を超える、10を超える、20を超える、またはそれよりも大きく異なる場合;対象応答プロファイルに含まれる1つまたは複数のサイトカインの発現および/または分泌を刺激しない抗原の総数が、標的応答プロファイルに含まれる同じ1つまたは複数のサイトカインを刺激しない抗原の総数と5を超える、6を超える、7を超える、8を超える、9を超える、10を超える、20を超える、またはそれよりも大きく異なる場合;対象応答プロファイルに含まれる1つまたは複数のサイトカインの発現および/または分泌を阻害および/または抑制する抗原の総数が、標的応答プロファイルに含まれる同じ1つまたは複数のサイトカインを阻害および/または抑制する抗原の総数と5を超える、6を超える、7を超える、8を超える、9を超える、10を超える、20を超える、またはそれよりも大きく異なる場合;ならびに/または、対象応答プロファイルに含まれる1つまたは複数のサイトカインの発現および/または分泌に対して影響を及ぼさないまたはそれに対する影響が最小である抗原の総数が、標的応答プロファイルに含まれる同じ1つまたは複数のサイトカインに対して影響を及ぼさないまたはそれに対する影響が最小である抗原の総数と5を超える、6を超える、7を超える、8を超える、9を超える、10を超える、20を超える、またはそれよりも大きく異なる場合、対象応答プロファイルは標的応答プロファイルと類似していない。
前述の方法は、潜在的な腫瘍抗原であるポリペプチド、ならびに腫瘍抗原をコードするライブラリーを用いて得られる対象応答プロファイルおよび標的応答プロファイルに適用される。
対象をがん治療のために同定/選択する方法
本開示は、試験対象、例えば、がん対象を、がん治療(例えば、本明細書に記載のがん治療)の開始、継続、改変、および/または中止または一部の場合では不開始のために同定する方法を提供する。一般に、そのような方法は、がん治療を受けていないがん対象(またはがん治療に対して臨床的に応答しなかったおよび/または応答していないおよび/または負に応答したがん対象)の1つまたは複数の免疫応答を、(i)がん治療に対して臨床的に正に応答するまたは応答したがん対象(「応答性対象」);(ii)がん治療に対して臨床的に応答しなかったおよび/または応答していないおよび/または負に応答したがん対象(「非応答性対象」);(iii)がんに対して自然に応答するまたは応答したがん対象(「自然対象」);ならびに/または、(vi)がんと診断されていない対象(「正常な対象」)であり得る標的対象の1つまたは複数の免疫応答と比較することを含む。
本開示は、試験対象、例えば、がん対象を、がん治療(例えば、本明細書に記載のがん治療)の開始、継続、改変、および/または中止または一部の場合では不開始のために同定する方法を提供する。一般に、そのような方法は、がん治療を受けていないがん対象(またはがん治療に対して臨床的に応答しなかったおよび/または応答していないおよび/または負に応答したがん対象)の1つまたは複数の免疫応答を、(i)がん治療に対して臨床的に正に応答するまたは応答したがん対象(「応答性対象」);(ii)がん治療に対して臨床的に応答しなかったおよび/または応答していないおよび/または負に応答したがん対象(「非応答性対象」);(iii)がんに対して自然に応答するまたは応答したがん対象(「自然対象」);ならびに/または、(vi)がんと診断されていない対象(「正常な対象」)であり得る標的対象の1つまたは複数の免疫応答と比較することを含む。
応答性対象の1つまたは複数の免疫応答と同じまたは類似している、および/または、非応答性対象の1つまたは複数の免疫応答と類似していない試験対象の1つまたは複数の免疫応答により、試験対象が、がん治療を開始するべきである、および/または継続するべきである、および/または改変する(例えば、増大させる、および/または1つまたは複数の他のモダリティと組み合わせる)べきであることが示される。応答性対象の1つまたは複数の免疫応答と類似していない、および/または、非応答性対象の1つまたは複数の免疫応答と類似している(または同じである)試験対象の1つまたは複数の免疫応答により、がん対象が、がん治療を開始するべきでない、および/または中止するべきである、および/または改変する(例えば、低減する、および/または1つまたは複数の他のモダリティと組み合わせる)べきである、および/または代替がん治療を開始するべきである、または一部の場合では、がん治療を開始するべきでないことが示される。
一部の実施形態では、標的応答プロファイル(応答性対象のもの)と類似している対象応答プロファイルにより、試験対象が、がん治療を開始するべきである、および/または継続するべきである、および/または改変する(例えば、増大させる、および/または1つまたは複数の他のモダリティと組み合わせる)べきであることが示される。一部の実施形態では、本明細書に記載の方法は、試験対象を、対象応答プロファイルが標的応答プロファイル(応答性対象のもの)と類似している場合に、がん治療の開始および/または継続および/または改変(例えば、増大および/または1つまたは複数の他のモダリティとの組合せ)のために選択することを含む。一部の実施形態では、本明細書に記載の方法は、対象応答プロファイルが標的応答プロファイル(応答性対象のもの)と類似している場合に、試験対象へのがん治療の施行を開始する、および/または継続する、および/または改変する(例えば、増大させる、および/または1つまたは複数の他のモダリティと組み合わせる)ことを含む。一部の実施形態では、本明細書に記載の方法は、対象応答プロファイルが標的応答プロファイル(応答性対象のもの)と類似している場合に、試験対象にがん治療を施行することを含む。一部の実施形態では、本明細書に記載の方法は、対象応答プロファイルが標的応答プロファイル(応答性対象のもの)と類似している場合に、試験対象へのがん治療の施行を改変する(例えば、増大させる、および/または1つまたは複数の他のモダリティと組み合わせる)ことを含む。
一部の実施形態では、標的応答プロファイル(応答性対象のもの)と類似していない対象応答プロファイルにより、試験対象が、がん治療を開始するべきでない、および/または改変する(例えば、低減する、および/または1つまたは複数の他のモダリティと組み合わせる)べきである、および/または中止するべきである、および/または代替がん治療を開始するべきであることが示される。一部の実施形態では、本明細書に記載の方法は、対象応答プロファイルが標的応答プロファイル(応答性対象のもの)と類似していない場合には、試験対象を、開始のために選択せず、および/または、試験対象を、がん治療の改変(例えば、低減および/または1つまたは複数の他のモダリティとの組合せ)および/または中止および/または代替がん治療の開始のために選択することを含む。一部の実施形態では、本明細書に記載の方法は、対象応答プロファイルが標的応答プロファイル(応答性対象のもの)と類似していない場合には、試験対象へのがん治療の施行を開始しないことおよび/または改変すること(例えば、低減することおよび/または1つまたは複数の他のモダリティと組み合わせること)、および/または中止すること、および/または代替がん治療の開始を含む。一部の実施形態では、本明細書に記載の方法は、対象応答プロファイルが標的応答プロファイル(応答性対象のもの)と類似していない場合には、試験対象にがん治療を施行しないことを含む。一部の実施形態では、本明細書に記載の方法は、対象応答プロファイルが標的応答プロファイル(応答性対象のもの)と類似していない場合には、試験対象へのがん治療の施行を改変すること(例えば、低減することおよび/または1つまたは複数の他のモダリティと組み合わせること)を含む。一部の実施形態では、本明細書に記載の方法は、対象応答プロファイルが標的応答プロファイル(応答性対象のもの)と類似していない場合には、試験対象に代替がん治療を施行することを含む。
一部の実施形態では、対象応答プロファイルを、がん治療に対して臨床的に応答しなかったおよび/または応答していないおよび/または負に応答するがん対象由来の対応する応答プロファイル(非応答性対象の「標的応答プロファイル」)と比較する。一部の実施形態では、標的応答プロファイル(非応答性対象のもの)を、対象応答プロファイルを生成するために使用されるのと同じ腫瘍抗原(例えば、公知の腫瘍抗原、本明細書に記載されているまたは本明細書に記載の方法を使用して同定される腫瘍抗原)のパネルの全部または一部分を含む本明細書に記載のライブラリーを提供し、ライブラリーを非応答性対象由来の抗原提示細胞と接触させ、抗原提示細胞を非応答性対象由来のリンパ球と接触させ、1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数の抗原提示細胞によって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって刺激されるのか、阻害および/もしくは抑制されるのか、またはそれに対して非応答性であるのかを決定することによって得る。標的応答プロファイル(非応答性対象のもの)は、非応答性がん対象由来の細胞の、対象応答プロファイルに含まれるものと同じ腫瘍抗原のパネルに対する免疫応答の数量化、同定、および/または表示を含む。
対象応答プロファイルを標的応答プロファイルと比較するための方法、ならびに対象応答プロファイルと標的応答プロファイルの類似点および非類似点を決定するためのパラメータは本開示において提供される。
一部の実施形態では、標的応答プロファイル(非応答性対象のもの)は、リンパ球を刺激する、リンパ球を刺激しない、ならびに/またはリンパ球を阻害および/または抑制する腫瘍抗原のパネルの全部または一部分の数量化、同定、および/または表示を含む。一部の実施形態では、対象応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激する同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイル(非応答性対象のもの)におけるリンパ球を刺激する同定された腫瘍抗原と1以下、2以下、3以下、4以下、5以下、10以下、15以下、20以下、または25以下異なる場合;対象応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激しない同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイル(非応答性対象のもの)におけるリンパ球を刺激しない同定された腫瘍抗原と1以下、2以下、3以下、4以下、5以下、10以下、15以下、20以下、または25以下異なる場合;ならびに/または、対象応答プロファイルにおけるリンパ球を阻害および/または抑制する同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイル(非応答性対象のもの)におけるリンパ球を阻害および/または抑制する同定された腫瘍抗原と1以下、2以下、3以下、4以下、5以下、10以下、15以下、20以下、または25以下異なる場合、対象応答プロファイルは標的応答プロファイル(非応答性対象のもの)と類似している。一部の実施形態では、対象応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激する同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイル(非応答性対象のもの)におけるリンパ球を刺激する同定された腫瘍抗原と5を超える、6を超える、7を超える、8を超える、9を超える、10を超える、20を超える、またはそれよりも大きく異なる場合;対象応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激しない同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイル(非応答性対象のもの)におけるリンパ球を刺激しない同定された腫瘍抗原と5を超える、6を超える、7を超える、8を超える、9を超える、10を超える、20を超える、またはそれよりも大きく異なる場合;ならびに/または、対象応答プロファイルにおけるリンパ球を阻害および/または抑制する同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイル(非応答性対象のもの)におけるリンパ球を阻害および/または抑制する同定された腫瘍抗原と5を超える、6を超える、7を超える、8を超える、9を超える、10を超える、20を超える、またはそれよりも大きく異なる場合、対象応答プロファイルは標的応答プロファイルと類似していない。一部の実施形態では、対象応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激する同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイル(非応答性対象のもの)におけるリンパ球を刺激する同定された腫瘍抗原と1%以下、2%以下、3%以下、4%以下、5%以下、10%以下、15%以下、20%以下、または25%以下異なる場合;対象応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激しない同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイル(非応答性対象のもの)におけるリンパ球を刺激しない同定された腫瘍抗原と1%以下、2%以下、3%以下、4%以下、5%以下、10%以下、15%以下、20%以下、または25%以下異なる場合;ならびに/または、対象応答プロファイルにおけるリンパ球を阻害および/または抑制する同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイル(非応答性対象のもの)におけるリンパ球を阻害および/または抑制する同定された腫瘍抗原と1%以下、2%以下、3%以下、4%以下、5%以下、10%以下、15%以下、20%以下、または25%以下異なる場合、対象応答プロファイルは標的応答プロファイル(非応答性対象のもの)と類似している。一部の実施形態では、対象応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激する同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイル(非応答性対象のもの)におけるリンパ球を刺激する同定された腫瘍抗原と5%を超える、6%を超える、7%を超える、8%を超える、9%を超える、10%を超える、20%を超える、またはそれよりも大きく異なる場合;対象応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激しない同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイル(非応答性対象のもの)におけるリンパ球を刺激しない同定された腫瘍抗原と5%を超える、6%を超える、7%を超える、8%を超える、9%を超える、10%を超える、20%を超える、またはそれよりも大きく異なる場合;ならびに/または、対象応答プロファイルにおけるリンパ球を阻害および/または抑制する同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイル(非応答性対象のもの)におけるリンパ球を阻害および/または抑制する同定された腫瘍抗原と5%を超える、6%を超える、7%を超える、8%を超える、9%を超える、10%を超える、20%を超える、またはそれよりも大きく異なる場合、対象応答プロファイルは標的応答プロファイル(非応答性対象のもの)と類似していない。
一部の実施形態では、標的応答プロファイル(非応答性対象のもの)は、1つまたは複数のサイトカイン、ならびに、サイトカインの産生、発現および/または分泌を刺激する、刺激しない、ならびに/または阻害および/もしくは抑制する腫瘍抗原の総数(例えば、対象応答プロファイルに含まれるものと同じ腫瘍抗原の総数)の数量化、同定、および/または表示を含み得る。一部の実施形態では、標的応答プロファイル(非応答性対象のもの)は、サイトカインのパネルの産生、発現および/または分泌を刺激する、刺激しない、ならびに/または阻害および/もしくは抑制する異なるサイトカインのパネル(例えば、対象応答プロファイルに含まれるサイトカインのうちの1種、2種、3種、4種、5種、6種、7種、8種、9種、10種、12種、14種、16種、18種、20種、またはそれよりも多く(例えば、全て))および腫瘍抗原の総数(例えば、対象応答プロファイルに含まれるものと同じ腫瘍抗原の総数)の数量化、同定、および/または表示を含み得る。一部の実施形態では、対象応答プロファイルに含まれる1つまたは複数のサイトカインを刺激する抗原の総数が、標的応答プロファイル(非応答性対象のもの)に含まれる同じ1つまたは複数のサイトカインを刺激する抗原の総数と1以下、2以下、3以下、4以下、5以下、10以下、15以下、20以下、または25以下異なる場合;対象応答プロファイルに含まれる1つまたは複数のサイトカインを刺激しない抗原の総数が、標的応答プロファイル(非応答性対象のもの)に含まれる同じ1つまたは複数のサイトカインを刺激しない抗原の総数と1以下、2以下、3以下、4以下、5以下、10以下、15以下、20以下、または25以下異なる場合;ならびに/または、対象応答プロファイルに含まれる1つまたは複数のサイトカインを阻害および/または抑制する抗原の総数が、標的応答プロファイル(非応答性対象のもの)に含まれる同じ1つまたは複数のサイトカインを阻害および/または抑制する抗原の総数と1以下、2以下、3以下、4以下、5以下、10以下、15以下、20以下、または25以下異なる場合、対象応答プロファイルは標的応答プロファイル(非応答性対象のもの)と類似している。一部の実施形態では、対象応答プロファイルに含まれる1つまたは複数のサイトカインを刺激する抗原の総数が、標的応答プロファイル(非応答性対象のもの)に含まれる同じ1つまたは複数のサイトカインを刺激する抗原の総数と5を超える、6を超える、7を超える、8を超える、9を超える、10を超える、またはそれよりも大きく異なる場合;対象応答プロファイルに含まれる1つまたは複数のサイトカインを刺激しない抗原の総数が、標的応答プロファイル(非応答性対象のもの)に含まれる同じ1つまたは複数のサイトカインを刺激しない抗原の総数と5を超える、6を超える、7を超える、8を超える、9を超える、10を超える、またはそれよりも大きく異なる場合;ならびに/または、対象応答プロファイルに含まれる1つまたは複数のサイトカインを阻害および/または抑制する抗原の総数が、標的応答プロファイル(非応答性対象のもの)に含まれる同じ1つまたは複数のサイトカインを阻害および/または抑制する抗原の総数と5を超える、6を超える、7を超える、8を超える、9を超える、10を超える、20を超える、またはそれよりも大きく異なる場合、対象応答プロファイルは標的応答プロファイル(非応答性対象のもの)と類似していない。
一部の実施形態では、標的応答プロファイル(非応答性対象のもの)と類似していない対象応答プロファイルにより、試験対象が、がん治療を開始する、および/または継続する、および/または改変する(例えば、増大させる、および/または1つまたは複数の他のモダリティと組み合わせる)べきであることが示される。一部の実施形態では、本明細書に記載の方法は、対象応答プロファイルが標的応答プロファイル(非応答性対象のもの)と類似していない場合に、試験対象を、がん治療の開始および/または継続および/または改変(例えば、増大および/または1つまたは複数の他のモダリティとの組合せ)のために選択することを含む。一部の実施形態では、本明細書に記載の方法は、対象応答プロファイルが標的応答プロファイル(非応答性対象のもの)と類似していない場合に、試験対象へのがん治療の施行を開始する、および/または継続する、および/または改変する(例えば、増大させる、および/または1つまたは複数の他のモダリティと組み合わせる)ことを含む。一部の実施形態では、本明細書に記載の方法は、対象応答プロファイルが標的応答プロファイル(非応答性対象のもの)と類似していない場合に、試験対象にがん治療を施行することを含む。一部の実施形態では、本明細書に記載の方法は、対象応答プロファイルが標的応答プロファイル(非応答性対象のもの)と類似していない場合に、試験対象へのがん治療の施行を改変する(例えば、増大させる、および/または1つまたは複数の他のモダリティと組み合わせる)ことを含む。
一部の実施形態では、標的応答プロファイル(非応答性対象のもの)と類似している対象応答プロファイルにより、試験対象が、がん治療を開始するべきでない、および/または改変する(例えば、低減する、および/または1つまたは複数の他のモダリティと組み合わせる)べきである、および/またはがん治療を中止するべきである、および/または代替がん治療を開始するべきであることが示される。一部の実施形態では、本明細書に記載の方法は、対象応答プロファイルが標的応答プロファイル(非応答性対象のもの)と類似している場合に、試験対象を、開始のために選択せず、および/または、試験対象を、がん治療の改変(例えば、低減および/または1つまたは複数の他のモダリティとの組合せ)および/または中止および/または代替がん治療の開始のために選択することを含む。一部の実施形態では、本明細書に記載の方法は、対象応答プロファイルが標的応答プロファイル(非応答性対象のもの)と類似している場合に、試験対象へのがん治療の施行を開始しないことおよび/または改変すること(例えば、低減することおよび/または1つまたは複数の他のモダリティと組み合わせること)、および/または中止することおよび/または代替がん治療を開始することを含む。一部の実施形態では、本明細書に記載の方法は、対象応答プロファイルが標的応答プロファイル(非応答性対象のもの)と類似している場合に、試験対象にがん治療を施行しないことを含む。一部の実施形態では、本明細書に記載の方法は、対象応答プロファイルが標的応答プロファイル(非応答性対象のもの)と類似している場合に、試験対象へのがん治療の施行を改変すること(例えば、低減することおよび/または1つまたは複数の他のモダリティと組み合わせること)を含む。一部の実施形態では、本明細書に記載の方法は、対象応答プロファイルが標的応答プロファイル(非応答性対象のもの)と類似している場合に、試験対象に代替がん治療を施行することを含む。
一部の実施形態では、本明細書に記載の対象応答プロファイルを、1または複数の応答性対象の、および/または1または複数の(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、またはそれよりも多くの)非応答性対象の1つまたは複数の(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、またはそれよりも多くの)標的応答プロファイルと比較する。一部の実施形態では、本明細書に記載の標的応答プロファイル(例えば、応答性対象または非応答性対象のもの)は、それぞれ応答性対象の集団または非応答性対象の集団由来の1つまたは複数の免疫応答(本明細書に記載のもの)の平均を含む。一部の実施形態では、試験対象の1つまたは複数の(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、またはそれよりも多くの)対象応答プロファイルを得る(例えば、がん治療の施行の開始、改変、および/または中止の前、その間、および/またはその後に)。
腫瘍抗原を選択する方法および対象における免疫応答を誘導する方法
一般に、免疫応答は、それらの統合された機能的な最終的効果に関して有用に定義することができる。Dhabarら(2014年)は、免疫応答を、免疫保護性、免疫病理学的、および免疫制御性/阻害性とカテゴリー化できることを提唱した。これらのカテゴリーにより、観念を組織化するための有用な構築物がもたらされるが、全体的なin vivo免疫応答は、各カテゴリーが様々な量で優勢になるいくつかの応答の型からなる可能性が高い。免疫保護性または有益な応答は、効率的な創傷治癒を促進し、感染およびがんを除外し、また、ワクチンにより誘導される免疫記憶を媒介する応答と定義される。これらの応答は、例えばIFN-ガンマ、IL-12、IL-2、グランザイムB、CD107などのサイトカインおよびメディエーターに関連する。免疫病理学的または有害な応答は、自己に向けられるもの(多発性硬化症、関節炎、ループスのような自己免疫疾患)または無害な抗原(喘息、アレルギー)および慢性の非消散性炎症を伴う応答を増大させるものと定義される。これらの応答は、免疫保護性応答に関係づけられる分子に関連する場合もあるが、例えばTNF-アルファ、IL-10、IL-13、IL-17、IL-4、IgE、ヒスタミンなどの免疫メディエーターも含む。免疫制御性応答は、他の免疫細胞の機能を制御する(大部分は下方制御する)免疫細胞および因子を伴うものと定義される。最近の試験により、免疫応答を阻害するように機能する免疫系のアームが存在することが示唆される。例えば、制御性CD4+CD25+FoxP3+T細胞、IL-10、およびTGF-ベータは、とりわけ、免疫制御性/阻害性機能を有することが示されている。これらの因子の生理機能は、炎症促進性応答、アレルギー性応答、および自己免疫応答を抑えることであるが、これらはまた、抗腫瘍免疫の抑制もし、がんについての負の予後を示すものである。腫瘍に関しては、共刺激分子の発現が多くの場合に減少し、共阻害リガンドの発現が増大する。MHC分子は、多くの場合、腫瘍細胞において下方制御され、これはそれらのエスケープに好都合である。間質細胞を含めた腫瘍微小環境、腫瘍に関連する免疫細胞、および他の細胞型により、IL-10、TGF-β、およびIDOなどの多くの阻害性因子が産生される。T reg、Tr1細胞、未成熟DC(iDC)、pDC、およびMDSCを含めた阻害性免疫細胞が腫瘍微小環境において見出され得る(YLi UT GSBS Thesis、2016年)。メディエーターの例およびそれらの免疫効果を表2に示す
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一般に、免疫応答は、それらの統合された機能的な最終的効果に関して有用に定義することができる。Dhabarら(2014年)は、免疫応答を、免疫保護性、免疫病理学的、および免疫制御性/阻害性とカテゴリー化できることを提唱した。これらのカテゴリーにより、観念を組織化するための有用な構築物がもたらされるが、全体的なin vivo免疫応答は、各カテゴリーが様々な量で優勢になるいくつかの応答の型からなる可能性が高い。免疫保護性または有益な応答は、効率的な創傷治癒を促進し、感染およびがんを除外し、また、ワクチンにより誘導される免疫記憶を媒介する応答と定義される。これらの応答は、例えばIFN-ガンマ、IL-12、IL-2、グランザイムB、CD107などのサイトカインおよびメディエーターに関連する。免疫病理学的または有害な応答は、自己に向けられるもの(多発性硬化症、関節炎、ループスのような自己免疫疾患)または無害な抗原(喘息、アレルギー)および慢性の非消散性炎症を伴う応答を増大させるものと定義される。これらの応答は、免疫保護性応答に関係づけられる分子に関連する場合もあるが、例えばTNF-アルファ、IL-10、IL-13、IL-17、IL-4、IgE、ヒスタミンなどの免疫メディエーターも含む。免疫制御性応答は、他の免疫細胞の機能を制御する(大部分は下方制御する)免疫細胞および因子を伴うものと定義される。最近の試験により、免疫応答を阻害するように機能する免疫系のアームが存在することが示唆される。例えば、制御性CD4+CD25+FoxP3+T細胞、IL-10、およびTGF-ベータは、とりわけ、免疫制御性/阻害性機能を有することが示されている。これらの因子の生理機能は、炎症促進性応答、アレルギー性応答、および自己免疫応答を抑えることであるが、これらはまた、抗腫瘍免疫の抑制もし、がんについての負の予後を示すものである。腫瘍に関しては、共刺激分子の発現が多くの場合に減少し、共阻害リガンドの発現が増大する。MHC分子は、多くの場合、腫瘍細胞において下方制御され、これはそれらのエスケープに好都合である。間質細胞を含めた腫瘍微小環境、腫瘍に関連する免疫細胞、および他の細胞型により、IL-10、TGF-β、およびIDOなどの多くの阻害性因子が産生される。T reg、Tr1細胞、未成熟DC(iDC)、pDC、およびMDSCを含めた阻害性免疫細胞が腫瘍微小環境において見出され得る(YLi UT GSBS Thesis、2016年)。メディエーターの例およびそれらの免疫効果を表2に示す
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一部の実施形態では、腫瘍抗原は、対象にとって有益である1つまたは複数のリンパ球応答を刺激する。一部の実施形態では、腫瘍抗原は、対象にとって有害であるまたは有益でない1つまたは複数のリンパ球応答を阻害および/または抑制する。有益な抗腫瘍応答を導き得る免疫応答の例としては、これだけに限定されないが、1)がん細胞を有効に死滅させ、メディエーターであるパーフォリンおよび/またはグランザイムを放出して、腫瘍細胞死を駆動することができる細胞傷害性CD8+T細胞;および2)宿主防御において重要な役割を果たし、IL-2、IFN-ガンマおよびTNF-アルファを分泌することができるCD4+Th1 T細胞が挙げられる。これらは、他のサイトカインの中でもIL-12、IL-2、およびIFNガンマによって誘導される。
一部の実施形態では、腫瘍抗原は、対象にとって有害であるまたは有益でない1つまたは複数のリンパ球応答を刺激する。一部の実施形態では、腫瘍抗原は、対象にとって有益である1つまたは複数のリンパ球応答を阻害および/または抑制する。有害なまたは有益でない抗腫瘍応答を導き得る免疫応答の例としては、これだけに限定されないが、1)免疫応答を抑制し、TGF-ベータおよびIL-10などの免疫抑制性サイトカインを分泌し、かつ、分子CD25およびFoxP3を発現することができるT細胞の集団である制御性T細胞;ならびに2)アレルゲンに対する応答を標的とするが、がんに対しては増殖性でないTh2細胞が挙げられる。これらは、IL-4およびIL-10の増大によって誘導され、IL-4、IL-5、IL-6、IL-9およびIL-13を分泌することができる。
本開示は、腫瘍抗原を同定し、選択するための方法およびシステムを提供する。一部の実施形態では、本明細書に記載の方法およびシステムにより、がん治療を受けていないがん対象(またはがん治療に対して臨床的に応答しなかった、および/または応答していないがん対象)において、それに対する1つまたは複数の免疫応答が刺激される、1つまたは複数の腫瘍抗原を同定し、選択することができる。一部の実施形態では、本明細書に記載の方法およびシステムにより、がん治療を受けていないがん対象(またはがん治療に対して臨床的に応答しなかった、および/または応答していないがん対象)において、それに対する1つまたは複数の免疫応答が刺激されない、1つまたは複数の腫瘍抗原を同定し、選択することができる。一部の実施形態では、本明細書に記載の方法およびシステムにより、がん治療を受けていないがん対象(またはがん治療に対して臨床的に応答しなかった、および/または応答していないがん対象)において、それに対する1つまたは複数の免疫応答が阻害および/または抑制される、1つまたは複数の腫瘍抗原を同定し、選択することができる。一部の実施形態では、本明細書に記載の方法およびシステムにより、がん治療を受けていないがん対象(またはがん治療に対して臨床的に応答しなかった、および/または応答していないがん対象)において、免疫応答を引き出さないまたは最小の免疫応答を引き出す1つまたは複数の腫瘍抗原を同定し、選択することができる。
一部の実施形態では、1つまたは複数の選択された腫瘍抗原を含む組成物を、がん対象に、がん治療の施行の前、その間、および/またはその後に投与する。
本開示は、本発明の方法によって同定された腫瘍抗原を、対象応答プロファイルと標的応答プロファイルの比較に基づいて選択するための方法を提供する。本開示は、本発明の方法によって同定された腫瘍抗原を、望ましいまたは有益な応答との関連に基づいて選択(または選択解除)するための方法も提供する。本開示は、本発明の方法によって同定された腫瘍抗原を、望ましくない、有害な応答または有益でない応答との関連に基づいて選択(または選択解除)するための方法も提供する。一部の実施形態では、腫瘍抗原を選択するための方法を組み合わせる。方法は、任意の順序で組み合わせることができ、例えば、対象応答プロファイルと標的応答プロファイルの比較による選択を行い、その後、望ましい(もしくは望ましくない)応答との関連に基づく選択を行うこともでき、または望ましい(もしくは望ましくない)応答との関連に基づく選択を行い、その後、対象応答プロファイルと標的応答プロファイルの比較を行うこともできる。
腫瘍抗原および潜在的な腫瘍抗原を同定する方法が本明細書に提示される。対象応答プロファイルを生成するまたは得るための方法が本明細書に提示される。標的応答プロファイル、例えば、集団に基づくまたは複合的な標的応答プロファイルを生成するまたは得るための方法が本明細書に提示される。対象応答プロファイルを標的応答プロファイルと比較するための方法が本明細書に提示される。対象応答プロファイルが標的応答プロファイルと類似しているかどうかを決定するための方法が本明細書に提示される。
一部の実施形態では、対象応答プロファイルおよび標的応答プロファイルを、同じ複数の目的のポリペプチドを使用して生成するまたは得る。一部の実施形態では、対象応答プロファイルおよび標的応答プロファイルを、同じ複数の腫瘍抗原を使用して生成するまたは得る。
標的応答プロファイルは、リンパ球を刺激する、リンパ球を刺激しない、リンパ球を阻害および/もしくは抑制する、リンパ球を活性化する、ならびに/またはリンパ球がそれに対して非応答性である、1つまたは複数の腫瘍抗原の数量化、同定、および/または表示を含む。
一部の実施形態では、1つまたは複数の腫瘍抗原が、試験対象においてリンパ球を阻害および/または抑制するとして同定され(例えば、対象応答プロファイルから同定される)、同じ1つまたは複数の腫瘍抗原が、標的対象においてリンパ球を刺激するとして同定される(例えば、標的応答プロファイルから同定される)。一部の実施形態では、1つまたは複数の腫瘍抗原が、試験対象においてリンパ球を刺激するとして同定され(例えば、対象応答プロファイルから同定される)、同じ1つまたは複数の腫瘍抗原が、標的対象においてリンパ球を阻害および/または抑制するとして同定される(例えば、標的応答プロファイルから同定される)。一部の実施形態では、1つまたは複数の腫瘍抗原または潜在的な腫瘍抗原が、試験対象においてリンパ球から最小の応答を引き出すまたは応答を引き出さないとして同定され(例えば、対象応答プロファイルから同定される)、同じ1つまたは複数の腫瘍抗原が、標的対象においてリンパ球を刺激するまたは阻害および/もしくは抑制するとして同定される(例えば、標的応答プロファイルから同定される)。一部の実施形態では、1つまたは複数の腫瘍抗原が、試験対象においてリンパ球を刺激するまたは阻害および/もしくは抑制するとして同定され(例えば、対象応答プロファイルから同定される)、同じ1つまたは複数の腫瘍抗原が、標的対象においてリンパ球から最小の応答を引き出すまたは応答を引き出さないとして同定される(例えば、標的応答プロファイルから同定される)。
腫瘍抗原は、対象応答プロファイルと標的応答プロファイルの類似点または非類似点に基づいて同定および/または選択することができる。腫瘍抗原は、望ましいまたは有益な応答との関連に基づいて同定および/または選択(もしくは選択解除)することができる。腫瘍抗原は、望ましくない、有害な応答または有益でない応答との関連に基づいて同定および/または選択(もしくは選択解除)することができる。腫瘍抗原は、任意の順序で適用される、前述の方法の組合せに基づいて同定および/または選択(もしくは選択解除)することができる。
全ての正の応答者
一部の実施形態では、対象応答プロファイルを、がん治療に対して臨床的に応答するおよび/または応答したがん対象由来の対応する応答プロファイル(本明細書に記載の応答性対象の「標的応答プロファイル」)と比較する。一部の実施形態では、対象応答プロファイルを、がんと診断されていない標的対象由来の標的応答プロファイルと比較する。一部の実施形態では、対象応答プロファイルを、がんに対する有益な応答を有する(または有していた)標的対象由来の標的応答プロファイルと比較する。一部の実施形態では、対象は、がん治療または治療の組合せに対する正の臨床応答を有する(または有していた)。一部の実施形態では、対象は、がんに対する自然応答を有していた。一部の実施形態では、対象は、がんの部分寛解または完全寛解の状態にある。一部の実施形態では、対象のがんが取り除かれている。一部の実施形態では、対象は、がんの再燃も再発も転移も有していない。一部の実施形態では、対象は正のがん予後を有する。一部の実施形態では、対象は、がん治療または治療の組合せに対する毒性の応答も副作用も経験していない。
一部の実施形態では、対象応答プロファイルを、がん治療に対して臨床的に応答するおよび/または応答したがん対象由来の対応する応答プロファイル(本明細書に記載の応答性対象の「標的応答プロファイル」)と比較する。一部の実施形態では、対象応答プロファイルを、がんと診断されていない標的対象由来の標的応答プロファイルと比較する。一部の実施形態では、対象応答プロファイルを、がんに対する有益な応答を有する(または有していた)標的対象由来の標的応答プロファイルと比較する。一部の実施形態では、対象は、がん治療または治療の組合せに対する正の臨床応答を有する(または有していた)。一部の実施形態では、対象は、がんに対する自然応答を有していた。一部の実施形態では、対象は、がんの部分寛解または完全寛解の状態にある。一部の実施形態では、対象のがんが取り除かれている。一部の実施形態では、対象は、がんの再燃も再発も転移も有していない。一部の実施形態では、対象は正のがん予後を有する。一部の実施形態では、対象は、がん治療または治療の組合せに対する毒性の応答も副作用も経験していない。
一部の実施形態では、標的応答プロファイルの同じ腫瘍抗原によって引き出される応答とは異なる、または類似していない応答を引き出す、対象応答プロファイルの1つまたは複数の腫瘍抗原を選択する。一部の実施形態では、望ましいまたは有益な免疫応答との関連に基づいて、1つまたは複数の腫瘍抗原を選択(または選択解除)する。一部の実施形態では、望ましくない、有害な、または有益でない免疫応答との関連に基づいて、1つまたは複数の腫瘍抗原を選択(または選択解除)する。
それによって腫瘍抗原またはその免疫原性断片が(i)対象にとって有益なリンパ球応答を刺激する、(ii)対象にとって有益なサイトカインの発現を刺激する、(iii)対象にとって有害であるまたは有益でないリンパ球応答を阻害および/または抑制する、または(iv)対象にとって有害であるまたは有益でないサイトカインの発現を阻害および/または抑制する応答は、「有益な応答」と称される。
一部の実施形態では、選択された腫瘍抗原は、対象にとって有益である1つまたは複数のリンパ球応答を刺激する。一部の実施形態では、選択された腫瘍抗原は、対象にとって有害であるまたは有益でない1つまたは複数のリンパ球応答を阻害および/または抑制する。
一部の実施形態では、選択された腫瘍抗原は、対象にとって有益であるサイトカインの発現および/または分泌を増大させる。一部の実施形態では、選択された腫瘍抗原は、対象にとって有害であるまたは有益でないサイトカインの発現を阻害および/または抑制する。
一部の実施形態では、対象への1つまたは複数の選択された腫瘍抗原の投与により、対象の免疫応答が引き出される。一部の実施形態では、対象への1つまたは複数の選択された腫瘍抗原の投与により、対象の有益な免疫応答が引き出される。一部の実施形態では、対象への1つまたは複数の選択された腫瘍抗原の投与により、対象の有益な応答が引き出される。一部の実施形態では、対象への1つまたは複数の選択された腫瘍抗原の投与により、対象のがん治療に対する臨床応答が改善される。
全ての負の応答者
一部の実施形態では、対象応答プロファイルを、がん治療に対して臨床的に応答しないおよび/または応答しなかったがん対象由来の対応する応答プロファイル(本明細書に記載の非応答性対象の「標的応答プロファイル」)と比較する。一部の実施形態では、対象応答プロファイルを、がんに対する有害な応答または有益でない応答を有する(または有していた)標的対象由来の標的応答プロファイルと比較する。一部の実施形態では、対象は、がん治療または治療の組合せに対する負の臨床応答を有する(または有していた)。一部の実施形態では、対象のがんは取り除かれていない。一部の実施形態では、対象は、がんの再燃、再発または転移を有していた。一部の実施形態では、対象は、負のがん予後を有する。一部の実施形態では、対象は、がん治療または治療の組合せに対する毒性の応答または副作用を経験した。
一部の実施形態では、対象応答プロファイルを、がん治療に対して臨床的に応答しないおよび/または応答しなかったがん対象由来の対応する応答プロファイル(本明細書に記載の非応答性対象の「標的応答プロファイル」)と比較する。一部の実施形態では、対象応答プロファイルを、がんに対する有害な応答または有益でない応答を有する(または有していた)標的対象由来の標的応答プロファイルと比較する。一部の実施形態では、対象は、がん治療または治療の組合せに対する負の臨床応答を有する(または有していた)。一部の実施形態では、対象のがんは取り除かれていない。一部の実施形態では、対象は、がんの再燃、再発または転移を有していた。一部の実施形態では、対象は、負のがん予後を有する。一部の実施形態では、対象は、がん治療または治療の組合せに対する毒性の応答または副作用を経験した。
それによって腫瘍抗原またはその免疫原性断片が(i)対象にとって有害であるまたは有益でないリンパ球応答を刺激する、(ii)対象にとって有害であるまたは有益でないサイトカインの発現を刺激する、(iii)対象にとって有益であるリンパ球応答を阻害および/または抑制する、または(iv)対象にとって有益なサイトカインの発現を阻害および/または抑制する応答は、「有害な応答または有益でない応答」と称される。
一部の実施形態では、標的応答プロファイルの同じ腫瘍抗原によって引き出される応答と同じである、または類似の応答を引き出す対象応答プロファイルの1つまたは複数の腫瘍抗原を選択する。一部の実施形態では、望ましいまたは有益な免疫応答との関連に基づいて、1つまたは複数の腫瘍抗原を選択(または選択解除)する。一部の実施形態では、望ましくない、有害な、または有益でない免疫応答との関連に基づいて、1つまたは複数の腫瘍抗原を選択(または選択解除)する。
一部の実施形態では、選択された腫瘍抗原は、対象にとって有害であるまたは有益でない1つまたは複数のリンパ球応答を刺激する。一部の実施形態では、選択された腫瘍抗原は、対象にとって有益である1つまたは複数のリンパ球応答を阻害および/または抑制する。
一部の実施形態では、選択された腫瘍抗原は、対象にとって有害であるまたは有益でないサイトカインの発現および/または分泌を増大させる。一部の実施形態では、選択された腫瘍抗原は、対象にとって有益なサイトカインの発現を阻害および/または抑制する。
一部の実施形態では、本発明の方法によって1つまたは複数の腫瘍抗原を選択解除する。
一部の実施形態では、1つまたは複数の選択された腫瘍抗原を対象への投与から除外する。
潜在的な腫瘍抗原を選択する方法
十分に確立された腫瘍では、多くの場合、内在性の抗腫瘍T細胞応答の活性化は完全な腫瘍退縮をもたらすためには不十分である。さらに、腫瘍微小環境の状況で訓練されたT細胞は、時には、最適以下に活性化され、低結合活性を有し、最終的に、抗原を発現する腫瘍細胞を認識できない。さらに、腫瘍は複雑であり、突然変異した遺伝子の発現の程度が変動する多数の細胞型を含み、これにより、腫瘍成長のコントロールに適したポリクローナルT細胞応答を生じさせることが難しくなっている。結果として、当分野の研究者により、がん対象においては、がん対象において当該対象のT細胞によって認識されることが確認されているものに加えて、「潜在的な腫瘍抗原」である突然変異を同定することが重要であることが提唱された。
十分に確立された腫瘍では、多くの場合、内在性の抗腫瘍T細胞応答の活性化は完全な腫瘍退縮をもたらすためには不十分である。さらに、腫瘍微小環境の状況で訓練されたT細胞は、時には、最適以下に活性化され、低結合活性を有し、最終的に、抗原を発現する腫瘍細胞を認識できない。さらに、腫瘍は複雑であり、突然変異した遺伝子の発現の程度が変動する多数の細胞型を含み、これにより、腫瘍成長のコントロールに適したポリクローナルT細胞応答を生じさせることが難しくなっている。結果として、当分野の研究者により、がん対象においては、がん対象において当該対象のT細胞によって認識されることが確認されているものに加えて、「潜在的な腫瘍抗原」である突然変異を同定することが重要であることが提唱された。
現在のところ、潜在的な腫瘍抗原を包括的に同定する信頼できる方法は存在しない。何が抗原であるかを予測するための試みにおいて、コンピュータによる方法が開発されてきたが、これらの手法には多くの限定が存在する。第1に、エピトープ予測および提示のモデリングには、MHC分子をコードするHLA対立遺伝子を12,000種よりも多く考慮にいれる必要があり、各対象は、それらのうちの14種も発現し、それらの全てが異なるエピトープ親和性を有する。第2に、予測されるエピトープの大部分は、質量分析を使用して評価した場合に、腫瘍によって提示されて見いだすことができない。第3に、予測アルゴリズムでは、抗原のT細胞による認識を考慮にいれず、大多数の予測されるエピトープは、存在している場合であっても、T細胞応答を引き出すことができない。最後に、細胞性免疫の第2のアームであるCD4+T細胞サブセットは、多くの場合、見過ごされる;大多数のin silicoツールは、MHCクラスI結合物質に焦点を当てたものである。MHCクラスIIエピトープを予測するためのツールが開発中であり、より可変的である。
本開示は、a)本開示の抗原提示アッセイにおいて潜在的な腫瘍抗原であるポリペプチドを同定するため、およびb)ポリペプチドを抗原性の潜在性に基づいて選択するための方法を提供する。方法は、何がT細胞応答の標的になり得るかまたはMHCによって提示され得るかに関する予測を行わずに、また、デコンボリューションを必要とせずに実施される。方法は、免疫原性組成物またはワクチン製剤に含めるのに最も適したこれらの潜在的な腫瘍抗原を同定するために、対象と同じMHC対立遺伝子を共有する健康な対象における抗原性の潜在性を探究するために拡張することができる。方法により、潜在的な腫瘍抗原が対象MHC分子との関連でプロセシングされ、提示されること、およびT細胞が、潜在的な腫瘍抗原に正しい条件下で曝露された場合に、潜在的な腫瘍抗原に応答し得ること(例えば、アジュバントまたは送達系からの強力な危険シグナルを伴うワクチンの状況で)が確実になる。
腫瘍抗原を選択するための前述の方法は、対象のがんまたは腫瘍細胞に存在するまたはそこで発現される潜在的な腫瘍抗原、すなわち1つまたは複数の突然変異をコードするポリペプチドの選択に適用することができる。
免疫原性組成物およびその使用
本開示は、本明細書に記載の方法によって同定または選択された腫瘍抗原(1つまたは複数)を含む組成物、腫瘍抗原をコードする核酸、および組成物を使用する方法を提供する。一部の実施形態では、組成物は、8~40アミノ酸、8~60アミノ酸、8~100、8~150または8~200アミノ酸の長さのペプチド(例えば、MHC結合性ペプチド、例えば、23~29、24~28、25~27、8~30、8~29、8~28、8~27、8~26、8~25、8~24、8~23、8~22、8~21、8~20、8~15、8~12アミノ酸の長さのペプチド)である腫瘍抗原を含む。一部の実施形態では、組成物は、全長ポリペプチドの長さの約70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%である1つまたは複数の腫瘍抗原を含む。一部の実施形態では、組成物は、全長ポリペプチドと比べて約1アミノ酸、約2アミノ酸、約3アミノ酸、約4アミノ酸、約5アミノ酸、約10アミノ酸、約15アミノ酸、約20アミノ酸、約25アミノ酸、約30アミノ酸、約35アミノ酸、約40アミノ酸、約45アミノ酸、約50アミノ酸、またはそれよりも多くのアミノ酸が短縮された1つまたは複数の腫瘍抗原を含む。組成物は、MHCクラスI結合性ペプチド、MHCクラスII結合性ペプチド、またはMHCクラスI結合性ペプチドとMHCクラスII結合性ペプチドの両方であるまたはそれを含む腫瘍抗原を含み得る。組成物は、単一の腫瘍抗原、または多数の腫瘍抗原を含み得る。一部の実施形態では、組成物は、2種、3種、4種、5種、6種、7種、8種、9種、10種、またはそれよりも多くの腫瘍抗原のセットを含む。一部の実施形態では、組成物は、10種、15種、20種、25種、30種、またはそれよりも多くの腫瘍抗原を含む。一部の実施形態では、腫瘍抗原またはペプチドは、1つまたは複数の融合タンパク質として提供される。一部の実施形態では、組成物は、腫瘍抗原をコードする核酸またはペプチドを含む。一部の実施形態では、腫瘍抗原をコードする核酸またはペプチドは、1つまたは複数の融合構築物として提供される。
本開示は、本明細書に記載の方法によって同定または選択された腫瘍抗原(1つまたは複数)を含む組成物、腫瘍抗原をコードする核酸、および組成物を使用する方法を提供する。一部の実施形態では、組成物は、8~40アミノ酸、8~60アミノ酸、8~100、8~150または8~200アミノ酸の長さのペプチド(例えば、MHC結合性ペプチド、例えば、23~29、24~28、25~27、8~30、8~29、8~28、8~27、8~26、8~25、8~24、8~23、8~22、8~21、8~20、8~15、8~12アミノ酸の長さのペプチド)である腫瘍抗原を含む。一部の実施形態では、組成物は、全長ポリペプチドの長さの約70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%である1つまたは複数の腫瘍抗原を含む。一部の実施形態では、組成物は、全長ポリペプチドと比べて約1アミノ酸、約2アミノ酸、約3アミノ酸、約4アミノ酸、約5アミノ酸、約10アミノ酸、約15アミノ酸、約20アミノ酸、約25アミノ酸、約30アミノ酸、約35アミノ酸、約40アミノ酸、約45アミノ酸、約50アミノ酸、またはそれよりも多くのアミノ酸が短縮された1つまたは複数の腫瘍抗原を含む。組成物は、MHCクラスI結合性ペプチド、MHCクラスII結合性ペプチド、またはMHCクラスI結合性ペプチドとMHCクラスII結合性ペプチドの両方であるまたはそれを含む腫瘍抗原を含み得る。組成物は、単一の腫瘍抗原、または多数の腫瘍抗原を含み得る。一部の実施形態では、組成物は、2種、3種、4種、5種、6種、7種、8種、9種、10種、またはそれよりも多くの腫瘍抗原のセットを含む。一部の実施形態では、組成物は、10種、15種、20種、25種、30種、またはそれよりも多くの腫瘍抗原を含む。一部の実施形態では、腫瘍抗原またはペプチドは、1つまたは複数の融合タンパク質として提供される。一部の実施形態では、組成物は、腫瘍抗原をコードする核酸またはペプチドを含む。一部の実施形態では、腫瘍抗原をコードする核酸またはペプチドは、1つまたは複数の融合構築物として提供される。
本開示は、2種または3種のTAA:HPSE1(配列番号6)、HPSE2(配列番号7)、および/またはSMAD4(配列番号8)の任意の組合せを含む免疫原性組成物を提供する。
HPSEは、ヘパラン硫酸プロテオグリカン(HSPG)をヘパラン硫酸側鎖と中心部プロテオグリカンに切断するエンドグリコシダーゼであるヘパリナーゼをコードする。HPSEは、細胞外マトリックス(ECM)分解およびリモデリングに関与する。単一の機能的なヘパリナーゼ:543アミノ酸のタンパク質であるHPSEアイソフォーム1(HPSE1)が存在する。スプライスバリアントであるHPSEアイソフォーム2(HPSE2)は酵素活性を有さないが、HPSE1活性を制御することができる。HPSE1の活性なタンパク質形態は、非共有結合により連結した8kDaのサブユニットと50kDaのサブユニットのヘテロ二量体である。このタンパク質のTIMバレルフォールドドメインは活性部位を有し、C末端ドメインは非酵素的シグナル伝達および分泌機能に関与する。HPSE内の潜在的なT細胞エピトープが記載されている(Tang.In vitro and ex vivo evaluation of a multi-epitope heparinase vaccine forvarious malignancies.
Cancer Sci、105巻(2014年)9~17頁)。HPSE1およびHPSE2のタ
ンパク質配列は、公的に利用可能なデータベース、UniProt(World Wide Web上、それぞれhttp://www.uniprot.org/uniprot/Q9Y251)およびhttp://www.uniprot.org/uniprot/Q8WWQ2)において検索することによって見いだすことができる。HPSE1およびHPSE2のDNA配列は、公的に利用可能なデータベース、Entrez(World Wide Web上、それぞれhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/10855およびhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/60495)において検索することによって見いだすことができる。
Cancer Sci、105巻(2014年)9~17頁)。HPSE1およびHPSE2のタ
ンパク質配列は、公的に利用可能なデータベース、UniProt(World Wide Web上、それぞれhttp://www.uniprot.org/uniprot/Q9Y251)およびhttp://www.uniprot.org/uniprot/Q8WWQ2)において検索することによって見いだすことができる。HPSE1およびHPSE2のDNA配列は、公的に利用可能なデータベース、Entrez(World Wide Web上、それぞれhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/10855およびhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/60495)において検索することによって見いだすことができる。
SMAD4は、TGFbシグナル伝達経路における下流の転写アウトプットの中心的なメディエーターであるシグナルトランスダクションタンパク質および腫瘍サプレッサー遺伝子であるMothers against decapentaplegicホモログ4をコードする。SMAD4は、552アミノ酸、60.4KDaのタンパク質である。SMAD4は、TGF-ベータ活性化の不在下では単量体として存在し、TGF-ベータ活性化に際してヘテロ二量体として存在する。SMAD4は、C末端リン酸化されたR-SMAD分子、SMAD2またはSMAD3の2つの分子、およびSMAD4の1つの分子で構成されて、転写性の活性なSMAD2/SMAD3-SMAD4複合体を形成する。SMAD4は、DNAへの結合、Smad結合性エレメント(SBE)と称される8bpのパリンドローム配列(GTCTAGAC)の認識を通じて、いくつもの標的遺伝子の転写を制御する。タンパク質は、腫瘍サプレッサーとして作用し、上皮細胞増殖を阻害する。SMAD4のタンパク質およびDNA配列は、公的に利用可能なデータベース、UniProtおよびEntrez(World Wide Web上、それぞれhttp://www.uniprot.org/uniprot/Q13485およびhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/4089)におい
て検索することによって見いだすことができる。
て検索することによって見いだすことができる。
本開示は、腫瘍抗原をコードする核酸も提供する。この核酸を使用して、例えば、腫瘍抗原の組換えによる産生のため、またはin vivoにおける核酸に基づく投与(例えば、DNAワクチン接種)のための発現ベクターを作製することができる。
一部の実施形態では、腫瘍抗原を診断アッセイにおいて使用する。これらのアッセイに関しては、腫瘍抗原を含む組成物を、例えば、個体由来の試料における抗体反応性、または細胞反応性を検出するためのキットとして提供することができる。
一部の実施形態では、腫瘍抗原組成物を使用して、対象における免疫応答を誘導する。一部の実施形態では、対象は、ヒトである。一部の実施形態では、対象は、非ヒト動物である。腫瘍抗原組成物を使用して、例えば、診断アッセイにおける使用のため、および治療への適用のための抗体を生じさせることができる(例えば、マウス、ラット、ハムスター、またはヤギなどの非ヒト動物において)。治療的使用の例に関しては、本明細書に記載の方法によって発見された腫瘍抗原は、強力なT細胞および/またはB細胞抗原であり得る。抗体の調製物は、対象を腫瘍抗原で免疫し、対象から抗血清を単離することによって作製することができる。高力価、高親和性の抗原特異的抗体を引き出すため、および腫瘍抗原特異的抗体を抗血清から単離するための方法は、当技術分野で公知である。一部の実施形態では、腫瘍抗原組成物を使用して、モノクローナル抗体、例えば、ヒトモノクローナル抗体を生じさせる。
一部の実施形態では、治療応答をもたらすために、腫瘍抗原組成物を使用してヒト対象における免疫応答を誘導する。一部の実施形態では、腫瘍抗原組成物を使用して、望ましくない免疫応答を方向付け直すヒト対象における免疫応答を誘導する。一部の実施形態では、腫瘍抗原組成物により、対象が、例えば、腫瘍抗原組成物を投与されていない対象と比較して本明細書に記載の正の臨床応答を有するようにする免疫応答が引き出される。一部の実施形態では、腫瘍抗原組成物により、対象が、例えば、腫瘍抗原組成物を投与されていない対象と比較して改善された臨床応答を有するようにする免疫応答が引き出される。一部の実施形態では、待機的効果のために、腫瘍抗原組成物を使用してヒト対象における免疫応答を誘導する。応答は、完全な治療または部分的な治療であり得る。
一部の実施形態では、予防的応答をもたらすために、腫瘍抗原組成物を使用してヒト対象における免疫応答を誘導する。応答は、完全な保護または部分的な保護であり得る。
一部の実施形態では、腫瘍抗原の免疫原性をin vivoで評価する。一部の実施形態では、腫瘍抗原に対する体液性応答を評価する(例えば、投与された腫瘍抗原に対する抗体価を検出することによって)。一部の実施形態では、腫瘍抗原に対する細胞性免疫応答を、例えば、対象由来の試料中の抗原特異的細胞の頻度を検出することによって(例えば、対象由来のT細胞を、抗原性ペプチドを含有するMHC/ペプチド四量体で染色して、抗原特異的T細胞を検出することによって、または本明細書に記載のアッセイなどの抗原提示アッセイを使用して抗原特異的細胞を検出することによって)評価する。一部の実施形態では、動物モデルにおいて、腫瘍抗原または抗原の保護的または治療的免疫を引き出す能力を評価する。一部の実施形態では、動物モデルにおいて、腫瘍抗原または抗原の免疫を刺激する、または抑制および/もしくは阻害する能力を評価する。
一部の実施形態では、組成物は、薬学的に許容される担体または賦形剤を含む。免疫原性組成物は、製剤の免疫原性を増強するためのアジュバント(例えば、水中油、不完全フロイントアジュバント、リン酸アルミニウム、水酸化アルミニウム、サポニンアジュバント、toll様受容体アゴニスト、またはムラミルジペプチド)も含み得る。他のアジュバントは、当技術分野で公知である。
一部の実施形態では、免疫原性組成物は、担体タンパク質と連結した腫瘍抗原を含む。担体タンパク質の例としては、例えば、突然変異体であってもよく突然変異体でなくてもよい毒素およびトキソイド(化学的なまたは遺伝学的な)、例えば、炭疽毒素、PAおよびDNI(PharmAthene,Inc.)、ジフテリアトキソイド(Massachusetts State Biological Labs;Serum Institute of India,Ltd.)またはCRM 197、破傷風毒素、破傷風トキソイド(Massachusetts State Biological Labs;Serum Institute of India,Ltd.)、破傷風毒素断片Z、Pseudomonas aeruginosaの外毒素Aまたは外毒素Aの突然変異体、細菌フラジェリン、ニューモリシン、Neisseria meningitidis(ATCC(American Type Culture Collection、Manassas、Va.)から入手可能な株)の外膜タンパク質、Pseudomonas aeruginosa Hcp1タンパク質、E.coli熱不安定エンテロトキシン、志賀毒素様毒素、ヒトLTBタンパク質、細菌細胞全体からのタンパク質抽出物、およびリンカーによって架橋することができる任意の他のタンパク質が挙げられる。他の有用な担体タンパク質としては、高密度リポタンパク質(HDL)、ウシ血清アルブミン(BSA)、P40、およびニワトリリボフラビンが挙げられる。多くの担体タンパク質は、市販されている(例えば、Sigma Aldrich.から)。
一部の実施形態では、本明細書に記載の方法によって同定される腫瘍抗原を含む免疫原性組成物を、入手可能なワクチンと併せて使用する。例えば、本明細書に記載の通り同定された抗原を、ワクチン製剤の補足成分として、またはワクチン接種プロトコールにおける追加免疫抗原として使用することができる。
一部の実施形態では、免疫原性組成物は、皮下注射用に約0.5mLの体積であるか、皮内注射用に0.1mLであるか、または経皮(percutaneous)投与用に0.002~0.02mLである。0.5ml用量の組成物は、およそ2~500μgの腫瘍抗原を含み得る。
一部の実施形態では、免疫原性組成物を非経口的に投与する(例えば、皮下注射、筋肉内注射、静脈内注射、または皮内注射によって)。一部の実施形態では、皮膚層を物理的に透過する手段による送達を使用する(例えば、ニードル、エアガン、または摩擦)。
一部の実施形態では、免疫原性組成物を対象に、例えば、筋肉内注射、皮内注射、または妥当な免疫アジュバントを用いた経皮(transcutaneous)免疫によって投与する。組成物は、1回または複数回投与することができ、多くの場合、対象における免疫応答が追加免疫されるように設計された第2の投与が含まれる。組成物の投薬の頻度および数量は、組成物の特異的活性および対象の臨床応答に応じて変動し得、常套的な実験によって決定することができる。
免疫原性組成物の製剤は、単位用量または複数回用量容器、例えば、密閉されたアンプルおよびバイアルに入れて提供し、使用する直前に滅菌された液体担体を添加することしか必要としないフリーズドライ(凍結乾燥)した状態で保管することができる。
腫瘍抗原の産生
本開示の任意の方法または組成物での使用に適した腫瘍抗原は、組換えによってまたは合成的になどの任意の利用可能な手段によって産生することができる(例えば、JaradatAmino Acids、50巻:39~68頁(2018年);Behrendtら、J. Pept. Sci.、22巻:4~27頁(2016年)を参照されたい)。例えば、腫瘍抗原コード核酸を発現するように工学的に操作された宿主細胞系を利用することにより、腫瘍抗原を組換えによって産生させることができる。その代わりにまたはそれに加えて、内在性遺伝子を活性化することによって腫瘍抗原を産生させることができる。その代わりにまたはそれに加えて、化学合成によって腫瘍抗原を部分的にまたは完全に調製することができる。
本開示の任意の方法または組成物での使用に適した腫瘍抗原は、組換えによってまたは合成的になどの任意の利用可能な手段によって産生することができる(例えば、JaradatAmino Acids、50巻:39~68頁(2018年);Behrendtら、J. Pept. Sci.、22巻:4~27頁(2016年)を参照されたい)。例えば、腫瘍抗原コード核酸を発現するように工学的に操作された宿主細胞系を利用することにより、腫瘍抗原を組換えによって産生させることができる。その代わりにまたはそれに加えて、内在性遺伝子を活性化することによって腫瘍抗原を産生させることができる。その代わりにまたはそれに加えて、化学合成によって腫瘍抗原を部分的にまたは完全に調製することができる。
タンパク質を組換えによって産生させる場合、任意の発現系を使用することができる。いくつか例を挙げると、公知の発現系として、例えば、E.coli、卵、バキュロウイルス、植物、酵母、または哺乳動物細胞が挙げられる。
一部の実施形態では、本発明に適した組換え腫瘍抗原を哺乳動物細胞において産生させる。本発明に従って使用することができる哺乳動物細胞の非限定的な例としては、BALB/cマウス骨髄腫株(NSO/1、ECACC No:85110503);ヒト網膜芽細胞(PER.C6、CruCell、Leiden、The Netherlands);SV40によって形質転換されたサル腎臓CV1株(COS-7、ATCC CRL 1651);ヒト胎児由来腎臓株(懸濁培養物における成長のためにサブクローニングされたHEK293または293細胞、Grahamら、J.Gen Virol.、36巻:59頁、
1977年);ヒト線維肉腫細胞株(例えば、HT1080);ベビーハムスター腎臓細胞(BHK21、ATCC CCL 10);チャイニーズハムスター卵巣細胞+/-DHFR(CHO、UrlaubおよびChasin、Proc.Natl.Acad. Sci. USA、77巻:4216
頁、1980年);マウスセルトリ細胞(TM4、Mather、Biol. Reprod.、23巻:2
43~251頁、1980年);サル腎臓細胞(CV1 ATCC CCL 70);アフリカミドリザル腎臓細胞(VERO-76、ATCC CRL-1 587);ヒト子宮頸癌細胞(HeLa、ATCC CCL 2);イヌ腎臓細胞(MDCK、ATCC CCL 34);バッファローラット肝細胞(BRL 3A、ATCC CRL 1442);ヒト肺細胞(W138、ATCC CCL 75);ヒト肝細胞(Hep G2、HB 8065);マウス乳房腫瘍(MMT 060562、ATCC CCL51);TRI細胞(Matherら、AnnalsN.Y. Acad. Sci.、383巻:44~68頁、1982年);MRC 5細胞;FS4細胞;およびヒトヘパトーマ株(Hep G2)が挙げられる。
1977年);ヒト線維肉腫細胞株(例えば、HT1080);ベビーハムスター腎臓細胞(BHK21、ATCC CCL 10);チャイニーズハムスター卵巣細胞+/-DHFR(CHO、UrlaubおよびChasin、Proc.Natl.Acad. Sci. USA、77巻:4216
頁、1980年);マウスセルトリ細胞(TM4、Mather、Biol. Reprod.、23巻:2
43~251頁、1980年);サル腎臓細胞(CV1 ATCC CCL 70);アフリカミドリザル腎臓細胞(VERO-76、ATCC CRL-1 587);ヒト子宮頸癌細胞(HeLa、ATCC CCL 2);イヌ腎臓細胞(MDCK、ATCC CCL 34);バッファローラット肝細胞(BRL 3A、ATCC CRL 1442);ヒト肺細胞(W138、ATCC CCL 75);ヒト肝細胞(Hep G2、HB 8065);マウス乳房腫瘍(MMT 060562、ATCC CCL51);TRI細胞(Matherら、AnnalsN.Y. Acad. Sci.、383巻:44~68頁、1982年);MRC 5細胞;FS4細胞;およびヒトヘパトーマ株(Hep G2)が挙げられる。
一部の実施形態では、本発明は、ヒト細胞から産生された組換え腫瘍抗原を提供する。一部の実施形態では、本発明は、CHO細胞またはHT1080細胞から産生された組換え腫瘍抗原を提供する。
一般には、組換え腫瘍抗原を発現するように工学的に操作された細胞は、本明細書に記載の組換え腫瘍抗原をコードする導入遺伝子を含み得る。組換え腫瘍抗原をコードする核酸は、組換え腫瘍抗原を発現させるための制御配列、遺伝子対照配列、プロモーター、非コード配列および/または他の妥当な配列を含有し得ることが理解されるべきである。一般には、コード領域をこれらの核酸成分の1つまたは複数と作動可能に連結する。
導入遺伝子のコード領域は、特定の細胞型に対するコドン使用を最適化するための1つまたは複数のサイレント突然変異を含み得る。例えば、腫瘍抗原導入遺伝子のコドンを脊椎動物細胞における発現のために最適化することができる。一部の実施形態では、腫瘍抗原導入遺伝子のコドンを哺乳動物細胞における発現のために最適化することができる。一部の実施形態では、腫瘍抗原導入遺伝子のコドンをヒト細胞における発現のために最適化することができる。
免疫原性組成物を製造する方法
一部の実施形態では、本開示は、それを必要とする対象に投与するための免疫原性組成物を製造する方法であって、a)複数の抗原を含む複数の抗原性組成物を提供する、調製する、または得るステップであって、各組成物が、異なる抗原を含む、ステップと、b)標的応答プロファイルを提供する、調製する、または得るステップであって、標的応答プロファイルが、複数の抗原に関連する(例えば、それと共に決定、測定、観察される)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む、ステップと、c)対象応答プロファイルを提供する、調製する、または得るステップであって、対象応答プロファイルが、複数の抗原に関連する(例えば、それと共に決定、測定、観察される)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む、ステップと、d)標的応答プロファイルと対象応答プロファイルを比較するステップと、e)比較に基づいて1つまたは複数の抗原を選択するステップと、f)1つまたは複数の選択された抗原を含む1つまたは複数の抗原性組成物の少なくとも一部分を医薬組成物として製剤化するステップとを含む方法を提供する。
一部の実施形態では、本開示は、それを必要とする対象に投与するための免疫原性組成物を製造する方法であって、a)複数の抗原を含む複数の抗原性組成物を提供する、調製する、または得るステップであって、各組成物が、異なる抗原を含む、ステップと、b)標的応答プロファイルを提供する、調製する、または得るステップであって、標的応答プロファイルが、複数の抗原に関連する(例えば、それと共に決定、測定、観察される)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む、ステップと、c)対象応答プロファイルを提供する、調製する、または得るステップであって、対象応答プロファイルが、複数の抗原に関連する(例えば、それと共に決定、測定、観察される)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む、ステップと、d)標的応答プロファイルと対象応答プロファイルを比較するステップと、e)比較に基づいて1つまたは複数の抗原を選択するステップと、f)1つまたは複数の選択された抗原を含む1つまたは複数の抗原性組成物の少なくとも一部分を医薬組成物として製剤化するステップとを含む方法を提供する。
一部の例では、約1、2、5、10、20、40、60、80、100、150、200またはそれよりも多くの、抗原性組成物を提供する、調製する、または得る。例えば、複数の抗原を、本明細書に記載の方法を使用して、例えば、組換えによってまたは合成的に産生することができる。抗原を溶液または凍結乾燥された組成物などの適切な組成物として提供することができる。一部の例では、抗原を合成的に産生することができる。一部の例では、合成的に産生された抗原は、固体支持体に付着したままである。一部の例では、抗原を製剤化するステップは、抗原性組成物の一部分の一定分量を取ること、凍結乾燥された抗原性組成物の少なくとも一部分を再構成すること、および/または合成的に産生された抗原を固体支持体から放出させることを含む。
抗原性組成物を調製するまたは得て、懸濁液中、溶液中、または凍結乾燥された形態などの種々の形態で保管することができる。抗原性組成物は、-80℃未満から約室温までにわたる温度、例えば約-80℃、約-20℃、約-15℃、約-10℃、約4℃または約室温で保管することができる。一部の実施形態では、抗原性組成物は、担体、賦形剤、安定剤、防腐剤および/またはアジュバントを含み得る。
複数の抗原は、標的応答プロファイルが複数の抗原に関連する(例えば、決定される、測定される、観察される)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む場合、標的応答プロファイルに由来し得る。
複数の抗原は、対象応答プロファイルが複数の抗原に関連する(例えば、決定される、測定される、観察される)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む場合、対象応答プロファイルに由来し得る。
一部の実施形態では、標的応答プロファイルと対象応答プロファイルを比較し、比較に基づいて1つまたは複数の抗原を選択する。一部の実施形態では、がんに対する有益な応答に関連する免疫メディエーターの発現または分泌を増大させる1つまたは複数の抗原、ならびに/または、がんに対する有害な応答または有益でない応答に関連する免疫メディエーターの発現または分泌を阻害および/もしくは抑制する1つまたは複数の抗原を選択する。選択された抗原または選択された抗原の一部分を医薬組成物として製剤化することができる。
がんおよびがん治療
本開示は、腫瘍などのがんを有するまたはそれと診断された対象に関する方法およびシステムを提供する。一部の実施形態では、腫瘍は、これだけに限定されないが、急性リンパ芽球性白血病、急性骨髄性白血病、慢性リンパ球性白血病、慢性骨髄性白血病、ヘアリー細胞白血病、AIDS関連リンパ腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、ランゲルハンス細胞組織球増殖症、多発性骨髄腫、または骨髄増殖性新生物を含めた血液の悪性腫瘍であるまたはそれを含む。
本開示は、腫瘍などのがんを有するまたはそれと診断された対象に関する方法およびシステムを提供する。一部の実施形態では、腫瘍は、これだけに限定されないが、急性リンパ芽球性白血病、急性骨髄性白血病、慢性リンパ球性白血病、慢性骨髄性白血病、ヘアリー細胞白血病、AIDS関連リンパ腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、ランゲルハンス細胞組織球増殖症、多発性骨髄腫、または骨髄増殖性新生物を含めた血液の悪性腫瘍であるまたはそれを含む。
一部の実施形態では、腫瘍は、これだけに限定されないが、乳癌、扁平上皮細胞癌、結腸がん、頭頸部がん、卵巣がん、肺がん、中皮腫、尿生殖器のがん、直腸がん、胃がん、または食道がんを含めた固形腫瘍であるまたはそれを含む。
一部の特定の実施形態では、腫瘍は、進行腫瘍および/または不応性腫瘍であるまたはそれを含む。一部の実施形態では、腫瘍は、腫瘍において(例えば、腫瘍から得た生検試料などの組織試料において)ある特定の病理が観察された場合、および/または、そのような腫瘍を有するがん患者が従来の化学療法の候補にならないと一般に考えられる場合、進行したものと特徴付けられる。一部の実施形態では、腫瘍を進行したものと特徴付ける病理は、腫瘍サイズ、遺伝子マーカーの発現の変更、腫瘍細胞による隣接器官および/またはリンパ節への浸潤を含み得る。一部の実施形態では、腫瘍は、そのような腫瘍を有する患者が1つまたは複数の公知の治療モダリティ(例えば、1つまたは複数の従来の化学療法レジメン)に対して抵抗性である場合、および/または、特定の患者が、1つまたは複数のそのような公知の治療モダリティに対して抵抗性(例えば、応答性の欠如)を示した場合、不応性と特徴付けられる。
一部の実施形態では、本開示は、がん治療に関する方法およびシステムを提供する。本開示は、特異的ながん治療のいずれにも限定されず、また、任意の公知のまたは開発されたがん治療が本開示に包含される。公知のがん治療としては、例えば、化学療法剤、放射線療法、外科的切除、腫瘍の外科的切除後の化学療法、アジュバント治療、局所低温療法または温熱療法、抗腫瘍抗体、および抗血管新生剤の投与が挙げられる。一部の実施形態では、がんおよび/またはアジュバント治療は、TLRアゴニスト(例えば、CpG、ポリI:Cなど、例えば、Wittigら、Crit.Rev. Oncol. Hematol.、94巻:31~44頁(2015年);Huenら、Curr. Opin. Oncol.、26巻:237~44頁(2014年);Kaczanowskaら、J.Leukoc. Biol.、93巻:847~863頁(2013年)を参照
されたい)、STINGアゴニスト(例えば、US20160362441;US20140329889;Fuら、Sci. Transl. Med.、7巻:283ra52(2015年);
およびWO2014189805を参照されたい)、自然免疫および/もしくは樹状細胞の非特異的刺激、またはGM-CSF、インターロイキン-12、インターロイキン-7、Flt-3、もしくは他のサイトカインの投与を含む。一部の実施形態では、がん治療は、腫瘍溶解性ウイルス治療、例えば、タリモジーン・ラハーパレプベックであるまたはそれを含む(例えば、Fukuharaら、CancerSci.、107巻:1373~1379頁(2
016年)を参照されたい)。一部の実施形態では、がん治療は、二重特異性抗体療法であるまたはそれを含む(例えば、Choiら、2011年、Expert OpinBiol Ther;Huehls
ら、2015年、Immunol and Cell Biol)。一部の実施形態では、がん治療は、キメラ
抗原受容体T(CAR-T)細胞、TCRを形質導入されたT細胞、樹状細胞、腫瘍浸潤性リンパ球(TIL)、またはナチュラルキラー(NK)細胞などの細胞療法であるまたはそれを含む(例えば、SharpeおよびMount、2015年、DisModel Mech、8巻:33
7~50頁に概説されている通り)。
されたい)、STINGアゴニスト(例えば、US20160362441;US20140329889;Fuら、Sci. Transl. Med.、7巻:283ra52(2015年);
およびWO2014189805を参照されたい)、自然免疫および/もしくは樹状細胞の非特異的刺激、またはGM-CSF、インターロイキン-12、インターロイキン-7、Flt-3、もしくは他のサイトカインの投与を含む。一部の実施形態では、がん治療は、腫瘍溶解性ウイルス治療、例えば、タリモジーン・ラハーパレプベックであるまたはそれを含む(例えば、Fukuharaら、CancerSci.、107巻:1373~1379頁(2
016年)を参照されたい)。一部の実施形態では、がん治療は、二重特異性抗体療法であるまたはそれを含む(例えば、Choiら、2011年、Expert OpinBiol Ther;Huehls
ら、2015年、Immunol and Cell Biol)。一部の実施形態では、がん治療は、キメラ
抗原受容体T(CAR-T)細胞、TCRを形質導入されたT細胞、樹状細胞、腫瘍浸潤性リンパ球(TIL)、またはナチュラルキラー(NK)細胞などの細胞療法であるまたはそれを含む(例えば、SharpeおよびMount、2015年、DisModel Mech、8巻:33
7~50頁に概説されている通り)。
抗腫瘍抗体治療(すなわち、1つまたは複数の抗腫瘍抗体作用剤の投与を伴う治療レジメン)は、急速に、多くの腫瘍を処置するための標準治療になっている。抗体作用剤は、腫瘍抗原、特に腫瘍細胞の表面で発現されるものに結合するように設計または選択されている。有用な抗腫瘍抗体作用剤が記載されている種々の総説が公開されている(例えば、Adlerら、Hematol. Oncol. Clin. North Am.、26巻:447~81頁(2012年);Liら、DrugDiscov. Ther.、7巻:178~84頁(2013年);Scottら、Cancer Immun.、12巻:14頁(2012年);およびSliwkowskiら、Science、341巻:11
92~1198頁(2013年)を参照されたい)。以下の表8に、公知の入手可能な抗体作用剤によって標的とされるある特定のヒト抗原の非包括的一覧を提示し、適応がんを示す。
92~1198頁(2013年)を参照されたい)。以下の表8に、公知の入手可能な抗体作用剤によって標的とされるある特定のヒト抗原の非包括的一覧を提示し、適応がんを示す。
一部の実施形態では、がん治療は、免疫チェックポイント遮断治療(例えば、Martin-Liberalら、Cancer Treat. Rev.、54巻:74~86頁(2017年);Menonら、Cancers(Basel)8巻:106頁(2016年)を参照されたい)、または免疫抑制遮断治療である、またはそれを含む。ある特定のがん細胞は、特に腫瘍抗原に対して特異的であるT細胞に対する免疫抵抗性の主要な機構として免疫チェックポイント経路を利用することによってよく育つ。例えば、ある特定のがん細胞は、細胞傷害性T細胞応答の阻害に関与する1つまたは複数の免疫チェックポイントタンパク質を過剰発現し得る。したがって、阻害性シグナルを克服し、がん細胞に対する免疫攻撃を可能にするおよび/または強化するために免疫チェックポイント遮断治療を施行することができる。免疫チェックポイント遮断治療により、負の免疫応答制御因子(例えば、CTLA-4)によるシグナル伝達を低下させるか、阻害するか、または抑止することによって、がん細胞に対する免疫細胞応答を容易にすることができる。一部の実施形態では、がん治療により、免疫応答の正の制御因子(例えば、CD28)のシグナル伝達を刺激または増強することができる。
免疫チェックポイント遮断および免疫抑制遮断治療の例としては、A2AR、B7-H4、BTLA、CTLA-4、CD28、CD40、CD137、GITR、IDO、KIR、LAG-3、PD-1、PD-L1、OX40、TIM-3、およびVISTAの1つまたは複数を標的とする作用剤が挙げられる。免疫チェックポイント遮断剤の特定の例としては、以下のモノクローナル抗体:イピリムマブ(標的CTLA-4);トレメリムマブ(標的CTLA-4);アテゾリズマブ(標的PD-L1);ペムブロリズマブ(標的PD-1);ニボルマブ(標的PD-1);アベルマブ;デュルバルマブ;およびセミプリマブが挙げられる。
免疫抑制遮断剤の特定の例としては、Vista(B7-H5、T細胞活性化のv-ドメインIgサプレッサー)阻害剤;Lag-3(リンパ球活性化遺伝子3、CD223)阻害剤;IDO(インドールアミン-ピロール-2,3-ジオキシゲナーゼ-1,2)阻害剤;KIR受容体ファミリー(キラー細胞免疫グロブリン様受容体)阻害剤;CD47阻害剤;およびTigit(IgおよびITIMドメインを有するT細胞免疫受容体)阻害剤が挙げられる。
一部の実施形態では、がん治療は、免疫活性化治療であるまたはそれを含む。免疫活性化因子の特定の例としては、CD40アゴニスト;GITR(グルココルチコイド誘導性TNF-R関連タンパク質、CD357)アゴニスト;OX40(CD134)アゴニスト;4-1BB(CD137)アゴニスト;ICOS(誘導性T細胞刺激物質);CD278アゴニスト;IL-2(インターロイキン2)アゴニスト;およびインターフェロンアゴニストが挙げられる。
一部の実施形態では、がん治療は、1つまたは複数の免疫チェックポイント遮断剤、免疫抑制遮断剤、および/または免疫活性化因子の組合せ、または1つまたは複数の免疫チェックポイント遮断剤、免疫抑制遮断剤、および/または免疫活性化因子、および他のがん治療の組合せであるまたはそれを含む。
本明細書で考察する通り、一部の実施形態では、本開示は、がん治療に対して応答しないおよび/もしくは応答しなかった;または応答するおよび/もしくは応答した(例えば、臨床的に応答性である、例えば、臨床的に正に応答性または臨床的に負に応答性である)対象に関する方法およびシステムを提供する。一部の実施形態では、対象は、がん治療に対して臨床的に正に応答するおよび/または応答した。一部の実施形態では、対象は、がん治療に対して臨床的に負に応答するおよび/または応答した。一部の実施形態では、対象は、がん治療に対して応答しないおよび/または応答しなかった(例えば、臨床的に非応答性である)。
対象が、がん治療に対して正に応答するか、負に応答するか、および/または応答できないかを特定の判断基準に従って測定し、かつ/または特徴付けることができる。ある特定の実施形態では、そのような判断基準は、臨床的な判断基準および/または客観的な判断基準を含み得る。ある特定の実施形態では、応答を評価するための技法としては、これだけに限定されないが、臨床検査、陽電子放出断層撮影法、胸部X線、CTスキャン、MRI、超音波、内視鏡検査、腹腔鏡検査、試料中の特定のマーカーの存在もしくはレベル、細胞診、および/または組織学的検査を挙げることができる。治療に対する腫瘍の正の応答、負の応答、および/または不応答は、当業者が、例えば、腫瘍負荷量、腫瘍サイズ、腫瘍のステージなどのうちの1つまたは複数を決定するためのものを含めた、そのような応答を評価するための種々の確立された技法を使用して評価することができる。処置に対する応答を評価するための方法およびガイドラインは、Therasseら、J.Natl. Cancer Inst.、2000年、92巻(3号):205~216頁;およびSeymourら、Lancet Oncol.、2017年、18巻:e143~52頁において考察されている。
一部の実施形態では、応答性対象は、がん治療が施行されると、腫瘍負荷量、腫瘍サイズ、および/または腫瘍のステージの低下を示す。一部の実施形態では、非応答性対象は、がん治療が施行されても、腫瘍負荷量、腫瘍サイズ、または腫瘍のステージのいずれの低下も示さない。一部の実施形態では、非応答性対象は、がん治療が施行されても、腫瘍負荷量、腫瘍サイズ、または腫瘍のステージの増大を示す。
一部の実施形態では、がん対象を、本明細書に記載のがん治療の施行のために同定および/または選択する。一部の実施形態では、がん治療を対象に施行する。一部の実施形態では、がん治療が施行されると、対象は、がん治療に対する正の臨床応答を示す、例えば、1つまたは複数の臨床的な判断基準および/または客観的な判断基準に基づいた改善を示す(例えば、腫瘍負荷量、腫瘍サイズ、および/または腫瘍のステージの低下を示す)。一部の実施形態では、臨床応答は、がん治療を開始するべきでない、および/または改変する(例えば、低減する、および/または1つもしくは複数の他のモダリティと組み合わせる)べきである、および/または中止するべきである、および/または代替がん治療を開始するべきである、がん対象として同定される(本明細書に記載の方法を使用して)がん対象に施行されたがん治療に対する臨床応答よりも大きく正である。
本明細書に記載の方法は、電子形態、ウェブに基づく形態、または紙形態などの報告書を作成および/または提供することを含み得る。報告書は、本明細書に記載の方法、例えば、本明細書に記載の対象応答プロファイルからの1つまたは複数のアウトプットを含み得る。一部の実施形態では、報告書は、がん患者、および必要に応じて、推奨されるがん治療の経過に関して、1つまたは複数の腫瘍抗原(例えば、本明細書に記載の、1つまたは複数の刺激性および/または阻害性および/もしくは抑制性腫瘍抗原、またはリンパ球が応答性ではない腫瘍抗原)の存在または非存在を同定する、紙または電子形態などで生成される。一部の実施形態では、報告書は、がん患者に対する識別子を含む。一実施形態では、報告書は、ウェブに基づく形態である。
一部の実施形態では、それに加えて、またはその代わりに、報告書は、予後、抵抗性、または潜在的なもしくは示唆される治療選択肢に関する情報を含む。報告書は、治療選択肢の可能性のある効果、治療選択肢の許容性、または治療選択肢を、例えば、報告書において同定されているがん患者に適用することの可否に関する情報を含み得る。例えば、報告書は、がん治療の施行、例えば、予め選択された投与量または予め選択された処置レジメンで、例えば、1つまたは複数の代替がん治療と組み合わせて患者に施行することに関する情報、または推奨を含み得る。報告書は、例えば、本明細書に記載の実体に、本明細書に記載の方法の実施から7日以内、14日以内、21日以内、30日以内、または45日以内に送達することができる。一部の実施形態では、報告書は、個人向けのがん処置報告書である。
一部の実施形態では、報告書は、がん対象が本明細書に記載の方法を使用して検査されることを毎回記録するために生成される。がん対象を、毎月、2カ月ごと、6カ月ごと、または1年ごとなどの間隔で、またはより高いもしくは低い頻度で再評価して、対象を、がん治療に対する応答性について、および/または例えば本明細書に記載されている1つまたは複数のがん症状の改善についてモニタリングすることができる。一部の実施形態では、報告書には少なくともがん対象の処置履歴を記録することができる。
一実施形態では、方法は、報告書を別の関係者に提供することをさらに含む。他の関係者は、例えば、がん対象、介護者、医師、腫瘍専門医、病院、診療所、第三者支払人、保険会社または官庁であり得る。
本明細書において言及されている全ての刊行物、特許出願、特許、および他の参考文献は、その全体が参照により組み込まれる。さらに、材料、方法および実施例は単に例示的なものであり、それに限定されるものではない。特に定義されていなければ、本明細書において使用される全ての科学技術用語は、本発明が属する技術分野の当業者に一般に理解されているものと同じ意味を有する。本明細書に記載のものと類似しているまたは同等である方法および材料を本発明の実施または試験に使用することができるが、適切な方法および材料が本明細書に記載されている。
本開示を以下の実施例によってさらに例示する。実施例は、例示する目的でのみ提供される。実施例は、本開示の範囲または内容をどのようにしても限定するものとは解釈されない。
(実施例1)
ATLAS黒色腫腫瘍関連抗原(TAA)ライブラリーに対する免疫応答-単一の患者の応答
ATLAS黒色腫TAAライブラリーの生成
23種の全長遺伝子(Un001~023と標識、以下の表3に示す通り公知のTAAをコードする)をHarvard Medical SchoolにあるDNAリソースコアから得、ATLAS発現ベクター(Genocea Biosciences)に再クローニングし、配列を検証した。各TAAをE.coliにおいて組換えにより発現させた。各オープンリーディングフレームのC末端、終止コドンの上流に挿入されたC57BL/6マウスT細胞エピトープSIINFEKLを認識する代理T細胞アッセイ(B3Zハイブリドーマ)を使用してタンパク質発現を検証した。陽性対照(抗原提示細胞上にパルスされた最小のSIINFEKLエピトープ)の5%を超えるB3Z応答を誘導したタンパク質を、発現されたとみなした。
ATLAS黒色腫腫瘍関連抗原(TAA)ライブラリーに対する免疫応答-単一の患者の応答
ATLAS黒色腫TAAライブラリーの生成
23種の全長遺伝子(Un001~023と標識、以下の表3に示す通り公知のTAAをコードする)をHarvard Medical SchoolにあるDNAリソースコアから得、ATLAS発現ベクター(Genocea Biosciences)に再クローニングし、配列を検証した。各TAAをE.coliにおいて組換えにより発現させた。各オープンリーディングフレームのC末端、終止コドンの上流に挿入されたC57BL/6マウスT細胞エピトープSIINFEKLを認識する代理T細胞アッセイ(B3Zハイブリドーマ)を使用してタンパク質発現を検証した。陽性対照(抗原提示細胞上にパルスされた最小のSIINFEKLエピトープ)の5%を超えるB3Z応答を誘導したタンパク質を、発現されたとみなした。
ATLASライブラリースクリーニング
同意を得た、以前にチェックポイント阻害剤(ペムブロリズマブ)を用いた治療を受け、治療に応答した黒色腫患者から末梢血試料を採取した。末梢血単核細胞(PBMC)を密度勾配遠心分離によって濃縮した。抗体をコンジュゲートした磁気ビーズを使用してCD4+T細胞およびCD8+T細胞を選別し、抗CD3および抗CD28刺激で非特異的に増大させた。単球を樹状細胞(MDDC)に分化させた。
同意を得た、以前にチェックポイント阻害剤(ペムブロリズマブ)を用いた治療を受け、治療に応答した黒色腫患者から末梢血試料を採取した。末梢血単核細胞(PBMC)を密度勾配遠心分離によって濃縮した。抗体をコンジュゲートした磁気ビーズを使用してCD4+T細胞およびCD8+T細胞を選別し、抗CD3および抗CD28刺激で非特異的に増大させた。単球を樹状細胞(MDDC)に分化させた。
ライブラリークローンを、MDDC 5,000個およびT細胞80,000個を使用し、E.coli:MDDC比率100:1で、反復でスクリーニングした。24時間インキュベートした後、アッセイ上清を回収し、-80℃で保管した。上清サイトカインを、Meso Scale Discovery V-PLEX Proinflammatory Panel1(ヒト)Kitを使用して分析した。
データ分析
バックグラウンドと統計学的に異なり(ウィルコクソン順位和、p<0.05)、陰性対照GFPクローンの平均(N=10)の3標準偏差(SD)を超える平均IFNγ応答を誘導したクローンを抗原とみなした。
バックグラウンドと統計学的に異なり(ウィルコクソン順位和、p<0.05)、陰性対照GFPクローンの平均(N=10)の3標準偏差(SD)を超える平均IFNγ応答を誘導したクローンを抗原とみなした。
図1は、単一の黒色腫患者についての代表的な結果を示す。バックグラウンドと統計学的に異なり(ウィルコクソン順位和、p<0.05)、陰性対照GFPクローンの平均(N=10)の3標準偏差(SD)を超える平均IFNγ応答を誘導したクローンを抗原とみなした(水平の点線で示されている)。CEF=陽性対照ペプチドプール。GFP=緑色蛍光タンパク質。各符号は、個々の測定値を表し、横線=平均値である。Un022およびUn023はCD8+ライブラリーに含まれなかった。
(実施例2)
チェックポイント遮断治療後の黒色腫患者における防御免疫に関連するTAAに対するコホート特異的T細胞応答
多数の対象を試験に動員し、チェックポイント阻害剤による治療後の臨床転帰に基づいてコホート化した。安定疾患または腫瘍退縮を有した対象を、防御されたとみなし、疾患の悪化(腫瘍成長)を有した対象を、防御されなかったとみなした。腫瘍イメージングスキャンによって臨床的決定を行った。
チェックポイント遮断治療後の黒色腫患者における防御免疫に関連するTAAに対するコホート特異的T細胞応答
多数の対象を試験に動員し、チェックポイント阻害剤による治療後の臨床転帰に基づいてコホート化した。安定疾患または腫瘍退縮を有した対象を、防御されたとみなし、疾患の悪化(腫瘍成長)を有した対象を、防御されなかったとみなした。腫瘍イメージングスキャンによって臨床的決定を行った。
簡単に述べると、同意を得た、以前にチェックポイント阻害剤による治療を受けた黒色腫患者32名から血液試料を採取した(対象1名から2つの別々の採取物を得た)。末梢血単核細胞(PBMC)を密度勾配遠心分離によって濃縮した。CD4+T細胞およびCD8+T細胞を選別し、抗CD3および抗CD28でコーティングしたマイクロビーズを使用して非特異的に増大させ、CD14+単球を樹状細胞(MDDC)に分化させた。公知のTAA(表3において上記の通りUn001~023と標識されている)を含むライブラリークローンを、MDDC 5,000個およびT細胞80,000個を使用し、E.coli:MDDC比率100:1で、2連でスクリーニングした;GFPを発現するE.coliの10反復を陰性対照として含めた。アッセイ上清を24時間の時点で回収し、-80℃で保管した。上清サイトカインを、Meso Scale Discovery V-PLEX Proinflammatory Panel1(ヒト)Kitを使用して分析した。
データ分析
バックグラウンドと統計学的に異なり(ウィルコクソン順位和、p<0.05)、陰性対照GFPクローンに対する平均応答(N=10)の3標準偏差(SD)を超える平均サイトカイン応答を誘導したクローンを抗原とみなした。各コホートが各サイトカインを伴って応答した抗原の平均数を比較して、防御された(応答者)コホートと防御されなかった(非応答者)コホートの間に差異があるかどうかを決定した。
バックグラウンドと統計学的に異なり(ウィルコクソン順位和、p<0.05)、陰性対照GFPクローンに対する平均応答(N=10)の3標準偏差(SD)を超える平均サイトカイン応答を誘導したクローンを抗原とみなした。各コホートが各サイトカインを伴って応答した抗原の平均数を比較して、防御された(応答者)コホートと防御されなかった(非応答者)コホートの間に差異があるかどうかを決定した。
図2は、CD4+T細胞サブセットについてのコホートデータを示す。対象を、疾患の臨床的評価に基づいて「応答者」群(灰色の棒)または「非応答者」群(黒色の棒)にコホート化した。患者ごとに評価した各サイトカインについて陰性対照応答の平均を上回る3SDのカットオフを使用し、各対象がそれらのCD4+T細胞サブセットを伴って応答したTAAの数を表した。応答者コホートとは対照的に、非応答者群は、ライブラリーに含まれたTAAのいずれに対しても、評価されたサイトカインの大多数による最小の識別可能なCD4+T細胞応答を有した。データは、各コホートが測定された各サイトカインを伴って応答したTAAの平均数(±SE)として示されている。
図3は、CD8+T細胞サブセットについてのコホートデータを示す。対象を、疾患の臨床的評価に基づいて「応答者」群(灰色の棒)または「非応答者」群(黒色の棒)にコホート化した。患者ごとに評価した各サイトカインについて陰性対照応答の平均を上回る3SDのカットオフを使用し、各対象がそれらのCD8+T細胞サブセットを伴って応答したTAAの数を表した。IFNγを分泌するCD8+T細胞は、非応答者では検出不可能であったが、応答者は、平均で約2種のTAAに応答した。データは、各コホートが測定された各サイトカインを伴って応答したTAAの平均数(±SE)として示されている。
(実施例3)
非小細胞肺がん(NSCLC)患者においてATLASを使用して同定された新抗原に対する免疫応答
ATLAS新抗原ライブラリーの生成
ATLAS(Genocea Biosciences)を適用して、同意を得た、ペムブロリズマブ(αPD-1抗体(Ab)、0日目に開始して隔週)を用いて首尾よく処置されたNSCLC患者の腫瘍において同定された突然変異の全必要数をスクリーニングした。この患者に独特の突然変異202種のうち201種を発現するATLASライブラリーを作り上げた。各クローンに構築物の中心付近に突然変異が位置する113アミノ酸を含有させ、配列を検証した。各クローンをE.coliにおいて組換えにより発現させた。各オープンリーディングフレームのC末端、終止コドンの上流に挿入されたC57BL/6マウスT細胞エピトープSIINFEKLを認識する代理T細胞アッセイ(B3Zハイブリドーマ)を使用してタンパク質発現を検証した。陽性対照(抗原提示細胞上にパルスされた最小のSIINFEKLエピトープ)の5%を超えるB3Z応答を誘導したタンパク質を、発現されたとみなした。
非小細胞肺がん(NSCLC)患者においてATLASを使用して同定された新抗原に対する免疫応答
ATLAS新抗原ライブラリーの生成
ATLAS(Genocea Biosciences)を適用して、同意を得た、ペムブロリズマブ(αPD-1抗体(Ab)、0日目に開始して隔週)を用いて首尾よく処置されたNSCLC患者の腫瘍において同定された突然変異の全必要数をスクリーニングした。この患者に独特の突然変異202種のうち201種を発現するATLASライブラリーを作り上げた。各クローンに構築物の中心付近に突然変異が位置する113アミノ酸を含有させ、配列を検証した。各クローンをE.coliにおいて組換えにより発現させた。各オープンリーディングフレームのC末端、終止コドンの上流に挿入されたC57BL/6マウスT細胞エピトープSIINFEKLを認識する代理T細胞アッセイ(B3Zハイブリドーマ)を使用してタンパク質発現を検証した。陽性対照(抗原提示細胞上にパルスされた最小のSIINFEKLエピトープ)の5%を超えるB3Z応答を誘導したタンパク質を、発現されたとみなした。
ATLASライブラリースクリーニング
チェックポイント遮断治療の前後のNSCLC患者から末梢血試料を採取した。末梢血単核細胞(PBMC)を密度勾配遠心分離によって濃縮した。抗体をコンジュゲートした磁気ビーズを使用してCD4+T細胞およびCD8+T細胞を選別し、抗CD3および抗CD28刺激で非特異的に増大させた。単球を樹状細胞(MDDC)に分化させた。
チェックポイント遮断治療の前後のNSCLC患者から末梢血試料を採取した。末梢血単核細胞(PBMC)を密度勾配遠心分離によって濃縮した。抗体をコンジュゲートした磁気ビーズを使用してCD4+T細胞およびCD8+T細胞を選別し、抗CD3および抗CD28刺激で非特異的に増大させた。単球を樹状細胞(MDDC)に分化させた。
処置の0日目および42日目(3回目の注射後)のCD4+T細胞およびCD8+T細胞を、それぞれライブラリークローン201種のうち195種および201種に対して、ならびに陰性対照である、Neon Green(NG)を発現するクローン20種に対してスクリーニングした。ライブラリークローンを、MDDC 2,000個およびT細胞80,000個を使用し、E.coli:MDDC比率250:1で、2連でスクリーニングした。24時間インキュベートした後、アッセイ上清を回収し、-80℃で保管した。上清サイトカインを、Meso Scale Discovery V-PLEX Proinflammatory Panel1(ヒト)Kitを使用して分析した。
データ分析
バックグラウンドと統計学的に異なり(ウィルコクソン順位和、p<0.05)、陰性対照Neon Greenクローンに対する平均応答(N=20)の3標準偏差(SD)を超える平均サイトカイン応答を誘導したクローンを抗原とみなした(水平の点線で示されている)。
バックグラウンドと統計学的に異なり(ウィルコクソン順位和、p<0.05)、陰性対照Neon Greenクローンに対する平均応答(N=20)の3標準偏差(SD)を超える平均サイトカイン応答を誘導したクローンを抗原とみなした(水平の点線で示されている)。
図4は、CD8+T細胞応答についてのサイトカインIFNγおよびTNFαの2連の測定値間の良好なアラインメントを示し、反復の74%よりも多くが互いから1.5倍以内に入った。
図5は、処置前および処置後のCD8+T細胞についてのIFNγおよびTNFαについての結果を示す(それぞれ左側のパネルおよび右側のパネル)。このNSCLC患者では、スクリーニングされた突然変異の5%(201種のうち9種)が、処置前および処置後に取得した当該患者の末梢血CD8+T細胞によって認識される新抗原として同定された。同定された新抗原で処置前および処置後の両方で見いだされたものは1%だけであった。上の点線の上の点は、CD8+T細胞応答を刺激する新抗原を示す。下の点線の下の点は、CD8+T細胞応答を抑制および/または阻害する新抗原を示す。
図6は、処置前および処置後のCD4+T細胞についてのIFNγおよびTNFαについての結果を示す(それぞれ左側のパネルおよび右側のパネル)。このNSCLC患者では、スクリーニングされた突然変異の10%(195種のうち20種)が、処置前に取得された当該患者の末梢血CD4+T細胞によって認識される新抗原と同定され、処置後には、スクリーニングされた突然変異の17%(195種のうち33種)に増大した。同定された新抗原の5パーセントが処置前および処置後の両方で見いだされた。上の点線の上の点は、CD4+T細胞応答を刺激する新抗原を示す。下の点線の下の点は、CD4+T細胞応答を抑制および/または阻害する新抗原を示す。これらの結果から、特にIFNγに関して、チェックポイント阻害剤による治療後に、新抗原に対するCD4+T細胞応答の幅が増大したことが示される。
図7は、ATLASおよびエピトープ予測アルゴリズムによって同定されたCD8+特異的T細胞新抗原間の限定された重複を示す。MHCクラスIエピトープを、NSCLC患者由来のスクリーニングされた新抗原全てについて、一般に使用されるアルゴリズム3種:NetMHC、NetCTLpanおよびIEDBを使用して、ならびに患者に特異的なハプロタイプHLA-A*02:01/*32:01、HLA-B*40:01:02/*45:01:01、HLAC*06:02/*03:041を使用して予測した(Rizviら、(2015年)Science.、348巻(6230号):124~8頁を参照され
たい)。ATLASによって同定された抗原のうち8種は、NetMHC、NetCTLpan、またはIEDBのいずれによっても予測されなかった(MHCクラスIIエピトープは現在利用可能なアルゴリズムを使用して有効に予測することはできないことに留意されたい)。
たい)。ATLASによって同定された抗原のうち8種は、NetMHC、NetCTLpan、またはIEDBのいずれによっても予測されなかった(MHCクラスIIエピトープは現在利用可能なアルゴリズムを使用して有効に予測することはできないことに留意されたい)。
図8は、エピトープ予測では、偽陽性率が高いこと、関連性のある刺激性新抗原が見落とされること、および抑制性および/または阻害性新抗原を同定できないことをさらに示す。少なくとも1種のアルゴリズムによって予測された新抗原137種のうち、15種(または11%)のみが、NSCLC患者におけるCD8+T細胞応答をもたらすことがATLASによって確認された。これらの15種の新抗原のうち6種は、抑制性および/または阻害性であることが見いだされた。総じて、ATLASでは、9+8種の刺激性新抗原、および6+3種の抑制性および/または阻害性新抗原が同定された。したがって、ATLASによって見いだされた刺激性抗原の47%がアルゴリズムでは見落とされ、ATLASによって見いだされた抑制性および/または阻害性新抗原の33%がアルゴリズムでは同定できなかった。
(実施例4)
ATLAS結腸直腸がん(CRC)腫瘍関連抗原(TAA)ライブラリーに対する免疫応答-単一の患者の応答
ATLAS結腸直腸がんTAAライブラリーの生成
26種のTAA遺伝子(23種の独特の遺伝子を表す;「taa1~26」と標識し、以下の表5に示す)を、ATLAS発現ベクター(Genocea Biosciences)にクローニングし、配列を検証した。各TAAをE.coliにおいて組換えにより発現させた。各オープンリーディングフレームのC末端、終止コドンの上流に挿入されたC57BL/6マウスT細胞エピトープSIINFEKLを認識する代理T細胞アッセイ(B3Zハイブリドーマ)を使用してタンパク質発現を検証した。陽性対照(抗原提示細胞上にパルスされた最小のSIINFEKLエピトープ)の5%を超えるB3Z応答を誘導したタンパク質を、発現されたとみなした。
ATLAS結腸直腸がん(CRC)腫瘍関連抗原(TAA)ライブラリーに対する免疫応答-単一の患者の応答
ATLAS結腸直腸がんTAAライブラリーの生成
26種のTAA遺伝子(23種の独特の遺伝子を表す;「taa1~26」と標識し、以下の表5に示す)を、ATLAS発現ベクター(Genocea Biosciences)にクローニングし、配列を検証した。各TAAをE.coliにおいて組換えにより発現させた。各オープンリーディングフレームのC末端、終止コドンの上流に挿入されたC57BL/6マウスT細胞エピトープSIINFEKLを認識する代理T細胞アッセイ(B3Zハイブリドーマ)を使用してタンパク質発現を検証した。陽性対照(抗原提示細胞上にパルスされた最小のSIINFEKLエピトープ)の5%を超えるB3Z応答を誘導したタンパク質を、発現されたとみなした。
ATLASライブラリースクリーニング
凍結末梢血単核細胞(PBMC)バイアルをBioreclamation IVTから購入した。PBMCは、ステージIV結腸直腸がんを有する50歳のコーカサス人男性に由来するものであった。CD8+T細胞を、抗体をコンジュゲートした磁気ビーズを使用して選別し、抗CD3および抗CD28刺激で非特異的に増大させた。単球を樹状細胞(MDDC)に分化させた。
凍結末梢血単核細胞(PBMC)バイアルをBioreclamation IVTから購入した。PBMCは、ステージIV結腸直腸がんを有する50歳のコーカサス人男性に由来するものであった。CD8+T細胞を、抗体をコンジュゲートした磁気ビーズを使用して選別し、抗CD3および抗CD28刺激で非特異的に増大させた。単球を樹状細胞(MDDC)に分化させた。
ライブラリークローンを、MDDC 5,000個およびT細胞80,000個を使用し、E.coli:MDDC比率100:1で、反復でスクリーニングした。24時間インキュベートした後、アッセイ上清を回収し、-80℃で保管した。陰性対照は、neon green(NG)を発現するE.coliの13反復を含んだ。上清サイトカインを、Meso Scale Discovery V-PLEX Proinflammatory Panel1(ヒト)Kitを使用して分析した。
データ分析
各サイトカインの標準曲線に関して検出の下限を下回った測定値を遮蔽した。陰性対照neon green(NG)クローンの平均(N=13)の3標準偏差(SD)を超える平均IFNγまたはTNFα応答を誘導したクローンを抗原とみなした。
各サイトカインの標準曲線に関して検出の下限を下回った測定値を遮蔽した。陰性対照neon green(NG)クローンの平均(N=13)の3標準偏差(SD)を超える平均IFNγまたはTNFα応答を誘導したクローンを抗原とみなした。
図9は、単一のCRC患者についての代表的な結果を示す。陰性対照NGクローンの平均(N=10)の3標準偏差(SD)を超える平均IFNγおよび/またはTNFα応答を誘導したクローンを抗原とみなした(水平の点線、黒色の符号で示されている)。NG=neon green。各符号は、個々の測定値を表し、小さな横線=2連の測定値の平均値である。TAAコード付け規約を下の表5に示す。
(実施例5)
CRC患者のコホートにおけるCRC TAAに対するT細胞応答
CRC患者21名由来のPBMCを26種の公知のTAA(表5に示されている)のライブラリーに対してスクリーニングした。CD4+T細胞およびCD8+T細胞を選別し、抗CD3および抗CD28でコーティングしたマイクロビーズを使用して非特異的に増大させ、CD14+単球を樹状細胞(MDDC)に分化させた。ライブラリークローンを、MDDC 5,000個およびT細胞80,000個を使用し、E.coli:MDDC比率100:1で、2連でスクリーニングした;neon green(NG)を発現するE.coliの13反復を陰性対照として含めた。アッセイ上清を24時間の時点で回収し、-80℃で保管した。上清サイトカインを、Meso Scale Discovery V-PLEX Proinflammatory Panel1(ヒト)Kitを使用して分析した。
CRC患者のコホートにおけるCRC TAAに対するT細胞応答
CRC患者21名由来のPBMCを26種の公知のTAA(表5に示されている)のライブラリーに対してスクリーニングした。CD4+T細胞およびCD8+T細胞を選別し、抗CD3および抗CD28でコーティングしたマイクロビーズを使用して非特異的に増大させ、CD14+単球を樹状細胞(MDDC)に分化させた。ライブラリークローンを、MDDC 5,000個およびT細胞80,000個を使用し、E.coli:MDDC比率100:1で、2連でスクリーニングした;neon green(NG)を発現するE.coliの13反復を陰性対照として含めた。アッセイ上清を24時間の時点で回収し、-80℃で保管した。上清サイトカインを、Meso Scale Discovery V-PLEX Proinflammatory Panel1(ヒト)Kitを使用して分析した。
データ分析
陰性対照NGクローンに対する平均応答(N=10)の3標準偏差(SD)を超える平均サイトカイン応答を誘導したクローンを抗原とみなした。
陰性対照NGクローンに対する平均応答(N=10)の3標準偏差(SD)を超える平均サイトカイン応答を誘導したクローンを抗原とみなした。
図10は、CD4+T細胞サブセット(灰色の棒)およびCD8+T細胞サブセット(黒色の棒)の両方についてのデータを示す。平均陰性対照(NG)応答の3標準偏差を超えるIFNγ分泌によって測定された各TAAに応答した対象のパーセンテージが表されている。全体的に、26種の抗原のうち9種が、CRC患者の少なくとも1名からCD8+T細胞応答を誘導した。3種のTAA(HPSE1、HPSE2、SMAD4)が、スクリーニングされたほぼ全ての対象由来のCD8+T細胞に対する抗原であり、2種のTAA(HPSE1、HPSE2)も各対象のCD4+T細胞サブセットに対する抗原であった。結果を以下の表5に要約する。
(実施例6)
結腸直腸がん(CRC)患者においてATLASを使用して同定された新抗原に対する免疫応答
ATLAS新抗原ライブラリーの生成
ATLASを適用して、同意を得た結腸直腸がん患者の腫瘍において同定された突然変異の全必要数をスクリーニングした。この患者に独特である31種の突然変異を発現するATLASライブラリーを作り上げた。各クローンに構築物の中心付近に突然変異が位置する113アミノ酸を含有させ、配列を検証した。各クローンをE.coliにおいて組換えにより発現させ、ウエスタンブロットを使用してタンパク質発現を検証した。
結腸直腸がん(CRC)患者においてATLASを使用して同定された新抗原に対する免疫応答
ATLAS新抗原ライブラリーの生成
ATLASを適用して、同意を得た結腸直腸がん患者の腫瘍において同定された突然変異の全必要数をスクリーニングした。この患者に独特である31種の突然変異を発現するATLASライブラリーを作り上げた。各クローンに構築物の中心付近に突然変異が位置する113アミノ酸を含有させ、配列を検証した。各クローンをE.coliにおいて組換えにより発現させ、ウエスタンブロットを使用してタンパク質発現を検証した。
ATLASライブラリースクリーニング
凍結末梢血単核細胞(PBMC)をConversant Bioから購入した。解凍後、CD8+T細胞を、抗体をコンジュゲートした磁気ビーズを使用して選別し、抗CD3および抗CD28刺激で非特異的に増大させた。CD14+単球も抗体をコンジュゲートした磁気ビーズを使用して選別し、in vitroで樹状細胞(MDDC)に分化させた。
凍結末梢血単核細胞(PBMC)をConversant Bioから購入した。解凍後、CD8+T細胞を、抗体をコンジュゲートした磁気ビーズを使用して選別し、抗CD3および抗CD28刺激で非特異的に増大させた。CD14+単球も抗体をコンジュゲートした磁気ビーズを使用して選別し、in vitroで樹状細胞(MDDC)に分化させた。
CD8+T細胞を、ライブラリークローン31種に対して、ならびに陰性対照である、Neon Green(NG)を発現するクローン2種に対してスクリーニングした。ライブラリークローンを、MDDC 1,500個およびT細胞80,000個を使用し、E.coli:MDDC比率333:1でスクリーニングした。24時間インキュベートした後、アッセイ上清を回収し、-80℃で保管した。上清サイトカインを、Meso Scale Discoveryカスタムプレートを使用して分析した。
データ分析
陰性対照であるNeon Greenクローンに対する応答中央値(N=2)の3中央絶対偏差(MAD)を超えるサイトカイン応答中央値を誘導したクローン(図11において水平の点線で示されている)を抗原とみなした。サイトカイン応答中央値を陰性対照応答中央値を3MAD下回るまで低減したクローンを阻害性および/または抑制性抗原とみなした。
陰性対照であるNeon Greenクローンに対する応答中央値(N=2)の3中央絶対偏差(MAD)を超えるサイトカイン応答中央値を誘導したクローン(図11において水平の点線で示されている)を抗原とみなした。サイトカイン応答中央値を陰性対照応答中央値を3MAD下回るまで低減したクローンを阻害性および/または抑制性抗原とみなした。
図11は、患者のCD8+T細胞由来のIFNγおよびTNFαについての結果を示す。Xは、陰性対照に対する応答中央値を示す。上の点線の上の点は、CD8+T細胞応答を刺激する新抗原を示す(黒い丸)。下の点線の下の点は、CD8+T細胞応答を阻害および/または抑制する新抗原を示す(黒色の四角)。この患者では、スクリーニングされた突然変異の16%(31種のうち5種)が、当該患者の末梢血CD8+T細胞によって認識される新抗原として同定された。さらに、スクリーニングされた突然変異の13%(31種のうち4種)が阻害性および/または抑制性新抗原として同定された。TNFαと比較して、IFNγを誘導した新抗原の重複はなかったが、阻害性新抗原のうちの2種がIFNγおよびTNFαの両方を抑制した。
図12Aおよび12Bは、ATLASおよびエピトープ予測アルゴリズムによって同定されたCD8+特異的T細胞新抗原間の限定された重複を表すベン図を示す。MHCクラスIエピトープを、スクリーニングされた新抗原全てについて、一般に使用されるアルゴリズム3種:NetMHC、NetCTLpanおよびIEDBを使用して、ならびに患者に特異的なハプロタイプHLA-A*30:02/*32:01、B*18:01/*14:01、C*05:01/*08:02を使用して予測した。図12Aは、突然変異体ペプチド(新抗原)には500nMを下回ると推定される結合親和性を有したが、その野生型対応物に対してはそれを有さず、また、IEDBパーセンタイル順位が突然変異体ペプチドについては≦1であったが野生型については≦1でないことが予測されたエピトープを表す。図12Bは、野生型対応物予測とは無関係に、結合親和性が500nMを下回る、またはIEDBパーセンタイル順位が≦1であることが予測されたエピトープを表す。前者の場合では、ATLASによって同定された新抗原のいずれもアルゴリズムでは予測されず、経験的には同定されなかった6種のエピトープが予測された(偽陽性率100%および偽陰性率100%)。後者に関しては、ATLASを使用して同定され、使用された3種全てのアルゴリズムによっても予測された新抗原が1種あった。残りの4種の新抗原は、いずれのアルゴリズムによっても予測されなかった。予測されたエピトープの26種はATLASでは確認することができなかった(したがって、アルゴリズムの偽陽性率は96%であり、偽陰性率は80%であった)。
図13Aおよび13Bは、ATLASおよびエピトープ予測アルゴリズムによって同定されたCD8+特異的T細胞阻害性および/または抑制性新抗原間の限定された重複を表すベン図を示す。エピトープ予測では、刺激性抗原または阻害性および/もしくは抑制性抗原が識別されず、したがって、図12Aおよび12Bに関して使用されたものと同じMHC予測を、刺激性新抗原ではなく阻害性および/または抑制性新抗原に適用した。図13Aは、突然変異体ペプチド(新抗原)には500nMを下回ると推定される結合親和性を有したが、その野生型対応物に対してはそれを有さず、また、IEDBパーセンタイル順位が突然変異体ペプチドについては≦1であったが野生型については≦1でないことが予測されたエピトープを表す。図13Bは、野生型対応物予測とは無関係に、結合親和性が500nMを下回る、またはIEDBパーセンタイル順位が≦1であることが予測されたエピトープを表す。前者の場合では、ATLASによって同定された阻害性および/または抑制性新抗原のいずれもアルゴリズムでは予測されず、予測されたエピトープ6種が経験的には同定されなかった(偽陽性率100%および偽陰性率100%)。後者に関しては、ATLASを使用して同定され、アルゴリズム3種のうち1種(netMHCpan_MT)によっても予測された新抗原が1種あった。ATLASを用いて経験的に同定された残りの3種の新抗原は、いかなるアルゴリズムでも予測されなかった。繰り返すと、予測されたエピトープの26種がATLASでは確認することができなかった。
(実施例7)
結腸直腸癌患者におけるT細胞応答プロファイリングにより、腫瘍関連抗原に特異的な応答の濃縮が明らかになる
ATLAS腫瘍関連抗原ライブラリーの生成
ATLAS(商標)を適用して、種々のステージのCRCおよび前悪性病変を有する対象34名における、HLA非依存的な、腫瘍関連抗原(TAA)のセットに対するT細胞想起応答をプロファイルした。26種のTAA遺伝子(23種の独特の遺伝子を表す、表5に示されている)を、ATLAS発現ベクターにクローニングし、配列を検証した。各TAAをE.coliにおいて組換えにより発現させ、ウエスタンブロット分析を使用して発現を検証した。
結腸直腸癌患者におけるT細胞応答プロファイリングにより、腫瘍関連抗原に特異的な応答の濃縮が明らかになる
ATLAS腫瘍関連抗原ライブラリーの生成
ATLAS(商標)を適用して、種々のステージのCRCおよび前悪性病変を有する対象34名における、HLA非依存的な、腫瘍関連抗原(TAA)のセットに対するT細胞想起応答をプロファイルした。26種のTAA遺伝子(23種の独特の遺伝子を表す、表5に示されている)を、ATLAS発現ベクターにクローニングし、配列を検証した。各TAAをE.coliにおいて組換えにより発現させ、ウエスタンブロット分析を使用して発現を検証した。
ATLASライブラリースクリーニング
凍結末梢血単核細胞(PBMC)をConversant Bio(Alabama)から購入したか、またはMayo Clinicの共同研究者から入手した。解凍後、CD8+T細胞を、抗体をコンジュゲートした磁気ビーズを使用して選別し、抗CD3および抗CD28刺激で非特異的に増大させた。抗体をコンジュゲートした磁気ビーズを使用してCD14+単球も選別し、in vitroで樹状細胞(MDDC)に分化させた。
凍結末梢血単核細胞(PBMC)をConversant Bio(Alabama)から購入したか、またはMayo Clinicの共同研究者から入手した。解凍後、CD8+T細胞を、抗体をコンジュゲートした磁気ビーズを使用して選別し、抗CD3および抗CD28刺激で非特異的に増大させた。抗体をコンジュゲートした磁気ビーズを使用してCD14+単球も選別し、in vitroで樹状細胞(MDDC)に分化させた。
凍結末梢血単核細胞(PBMC)をConversant Bio(Alabama)から購入したか、またはMayo Clinicの共同研究者から入手した。解凍後、CD8+T細胞を、抗体をコンジュゲートした磁気ビーズを使用して選別し、抗CD3および抗CD28刺激で非特異的に増大させた。抗体をコンジュゲートした磁気ビーズを使用してCD14+単球も選別し、in vitroで樹状細胞(MDDC)に分化させた。
CD4+T細胞およびCD8+T細胞を、ライブラリークローン26種に対して、ならびに陰性対照である、Neon Green(NG)を発現するクローン10種に対してスクリーニングした。ライブラリークローンを、MDDC 1,000~5,000個およびT細胞80,000個を使用し、E.coli:MDDC比率333:1でスクリーニングした。24時間インキュベートした後、アッセイ上清を回収し、-80℃で保管した。上清サイトカインレベルを、Meso Scale Discoveryカスタムプレートを使用して分析した。
データ分析
陰性対照であるNeon Green(NG)クローンに対する応答中央値(N=10)の2中央絶対偏差(MAD)を超えるサイトカイン応答中央値を誘導したクローン(図14において垂直の点線で、および図17において水平の点線で示されている)を抗原とみなした。サイトカイン応答中央値を陰性対照応答中央値を2MAD下回るまで低減したクローンを阻害性および/または抑制性抗原とみなした。CRC患者では、26種の試験したTAAに対する想起応答の幅は変動したが、3種のTAAのサブセットに対するCD4+T細胞応答およびCD8+T細胞応答が強力に濃縮され、これは、健康な個体では見られなかった。
陰性対照であるNeon Green(NG)クローンに対する応答中央値(N=10)の2中央絶対偏差(MAD)を超えるサイトカイン応答中央値を誘導したクローン(図14において垂直の点線で、および図17において水平の点線で示されている)を抗原とみなした。サイトカイン応答中央値を陰性対照応答中央値を2MAD下回るまで低減したクローンを阻害性および/または抑制性抗原とみなした。CRC患者では、26種の試験したTAAに対する想起応答の幅は変動したが、3種のTAAのサブセットに対するCD4+T細胞応答およびCD8+T細胞応答が強力に濃縮され、これは、健康な個体では見られなかった。
図14は、CRC患者にわたる、25種のCRC関連TAAに対する応答プロファイルを示す。疾患のステージ全てにわたるCRC患者由来のCD4+T細胞およびCD8+T細胞を25種のTAAに対する応答についてプロファイルし、推定上の抗原に対する想起応答についてのインジケーターとしてTNF-αおよびIFN-γ分泌を使用した。各抗原に応答して放出された、正規化されたサイトカイン濃度の分布が示されており、各行が1つの抗原を表す。縦の破線は、NG陰性対照抗原に応答したサイトカイン放出の中央値から2MADを示す。プロットの右側へのシフトによって示される正の値は、刺激性T細胞の想起応答を示す。プロットの左側へのシフトによって示される負の値は、阻害性および/または抑制性T細胞の想起応答を示す。
図15Aおよび15Bは、アルゴリズムによって以前同定されなかった3種のTAAに対する高頻度のT細胞応答を示す。CRCの個体における、治療用ワクチンとして臨床開発中であるまたは臨床開発中であった3種のTAAと比較した、ATLASにより同定されたTAA3種に対する応答率。図15Aは、CD4+T細胞およびCD8+T細胞のHPSE1およびHPSE2に対する応答率を、MUC1、MAGEA3、およびTP53と比較して示す。図15Bは、CD8+T細胞のHPSE1、HPSE2およびSMAD4に対する応答率を、MUC1、MAGEA3、およびTP53と比較して示す。刺激性(上のパネル)ならびに阻害性および/または抑制性(下のパネル)T細胞想起応答が示されている。
図16は、早期または後期疾患を有するCRC患者における選択されたTAAに対するT細胞応答を示す(NR、不応答者)。4種の選択されたTAAに対する刺激性応答率がCD4+T細胞サブセットおよびCD8+T細胞サブセットの両方について、ならびにTNF-αおよびIFN-γサイトカイン放出について示されている(パネルA=HPSE1;パネルB=HPSE2;パネルC=TP53;パネルD=MAGEA3)。患者を疾患のステージによって群分けし、早期は、ステージIおよびII、すなわち、局所領域的疾患を表し、後期は、ステージIIIおよびIV、すなわち、リンパ節または遠位部位への転移を伴うものを表す。刺激性応答(示されている)または阻害性および/もしくは抑制性応答(示されていない)のいずれについても早期疾患と後期疾患の間で応答率に有意な差異はなかった。がんのステージはT細胞応答サインに影響を及ぼさなかった。
図17は、種々の病態を有する健康な個体およびドナーにおける選択されたTAAに対するT細胞応答を示す。3コホートにおける、4種の選択されたTAAに応答して放出された、正規化されたサイトカイン濃度がCD4+T細胞サブセットおよびCD8+T細胞サブセットについて、ならびにTNF-αおよびIFN-γ放出について示されている(パネルA=HPSE1;パネルB=HPSE2;パネルC=TP53;パネルD=MAGEA3)。各データポイントは1個体を表す。異なるコホートにおけるIFN-γ放出をウィルコクソン順位和検定を使用して比較した。アスタリスクは、別段の指定のない限り、健康なドナーにおけるサイトカイン放出と比較した統計的有意性を示す。*p<0.05;**p<0.01;***p<0.001。TNF-αレベルに基づく有意差を同じ群にわたって検出した(示されていない)。重要なことに、前悪性腺腫性ポリープを有する個体におけるTAAのサブセット(HPSE1、HPSE2、SMAD4)に対するT細胞応答は、CRC患者におけるものと類似しており、健康な個体における稀な応答とは明白に区別可能であった。このパターンは、治療用ワクチンとして現在調査されているまたは以前に調査されたTAA(MUC1、TP53、MAGEA3)に対する応答については観察されなかった。
(実施例8)
チェックポイント阻害剤を用いた処置を受けた肺がん患者における腫瘍関連抗原に対するT細胞応答のプロファイリング
ATLAS腫瘍関連抗原ライブラリーの生成
ATLASを適用して、ICI治療を受けている肺がん患者の多様な試料における腫瘍関連抗原(TAA)に対するT細胞応答を特徴付け、プロファイルした。76種のTAA遺伝子(74種の独特の遺伝子を表す、表7に示されている)を、ATLAS発現ベクターにクローニングし、配列を検証した。各TAAをE.coliにおいて組換えにより発現させ、ウエスタンブロット分析を使用して発現を検証した。
チェックポイント阻害剤を用いた処置を受けた肺がん患者における腫瘍関連抗原に対するT細胞応答のプロファイリング
ATLAS腫瘍関連抗原ライブラリーの生成
ATLASを適用して、ICI治療を受けている肺がん患者の多様な試料における腫瘍関連抗原(TAA)に対するT細胞応答を特徴付け、プロファイルした。76種のTAA遺伝子(74種の独特の遺伝子を表す、表7に示されている)を、ATLAS発現ベクターにクローニングし、配列を検証した。各TAAをE.coliにおいて組換えにより発現させ、ウエスタンブロット分析を使用して発現を検証した。
ATLASライブラリースクリーニング
同意を得た、ICI治療を受けている患者13名から血液試料を採取した。凍結末梢血単核細胞(PBMC)をBioreclamation(New York)から購入した。解凍後、抗体をコンジュゲートした磁気ビーズを使用してCD4+T細胞およびCD8+T細胞を選別し、抗CD3および抗CD28刺激で非特異的に増大させた。抗体をコンジュゲートした磁気ビーズを使用してCD14+単球も選別し、in vitroで樹状細胞(MDDC)に分化させた。
同意を得た、ICI治療を受けている患者13名から血液試料を採取した。凍結末梢血単核細胞(PBMC)をBioreclamation(New York)から購入した。解凍後、抗体をコンジュゲートした磁気ビーズを使用してCD4+T細胞およびCD8+T細胞を選別し、抗CD3および抗CD28刺激で非特異的に増大させた。抗体をコンジュゲートした磁気ビーズを使用してCD14+単球も選別し、in vitroで樹状細胞(MDDC)に分化させた。
CD4+T細胞およびCD8+T細胞を、ライブラリークローン76種に対して、ならびに陰性対照である、Neon Green(NG)を発現するクローン10種に対してスクリーニングした。ライブラリークローンを、MDDC 1,000~5,000個およびT細胞80,000個を使用し、E.coli:MDDC比率333:1でスクリーニングした。24時間インキュベートした後、アッセイ上清を回収し、-80℃で保管した。上清サイトカインレベルを、Meso Scale Discoveryカスタムプレートを使用して分析した。
データ分析
陰性対照であるNeon Greenクローンに対する応答中央値(N=10)の2中央絶対偏差(MAD)を超えるサイトカイン応答中央値を誘導したクローン(図18および図19において水平の点線によって示されている)を抗原とみなした。サイトカイン応答中央値を陰性対照応答中央値を2MAD下回るまで低減したクローンを阻害性および/または抑制性抗原とみなした。
陰性対照であるNeon Greenクローンに対する応答中央値(N=10)の2中央絶対偏差(MAD)を超えるサイトカイン応答中央値を誘導したクローン(図18および図19において水平の点線によって示されている)を抗原とみなした。サイトカイン応答中央値を陰性対照応答中央値を2MAD下回るまで低減したクローンを阻害性および/または抑制性抗原とみなした。
図18は、プロファイルされたTAAに対するT細胞応答の例示的な経験的決定を示す。単一の肺がん患者についての例示的なデータが示されている。T細胞応答を、MSD標準曲線から逆算し、陰性対照タンパク質に対する患者の応答に対して正規化した自然対数濃度として報告した。刺激性応答を、濃度中央値が陰性対照反復の中央値を2MADよりも大きく上回るTAAと定義した。この閾値は上の横の破線として示されており、刺激性応答が黒塗りの丸として示されている。阻害性および/または抑制性応答を、陰性対照反復の中央値を下回る陰性対照反復の2MADよりも大きい濃度中央値を有するTAAと定義した。この閾値は下の横の破線として示されており、阻害性および/または抑制性応答が黒塗りの三角形として示されている。
図19は、以前に記載されたTAAと比較した、新規のTAAに対する高頻度のCD4+T細胞応答を示す。患者にわたって、2種の新規TAA(新規のTAA1=HPSE1;新規のTAA2=HPSE2)に対するIFN-γ CD4+T細胞応答は、肺がん患者の処置に関する臨床試験においてがんワクチンに利用された3種のTAAであるNY-ESO-1、MUC1、およびMAGEA3に対する応答よりも強力であると思われた。各点は、無関連の陰性対照タンパク質に対する患者の応答に対して正規化された、そのTAAに対する患者の応答を表す。上の水平の点線によって示される2×MADカットオフを上回る刺激性応答が黒色に色付けされている。正規化された濃度の中央値およびこれらの2種のTAAに対する刺激性応答の割合の両方が3種の他のTAAのものよりも高かった。これらの5種のTAAに対するCD8+応答は患者にわたってより類似していた(示されていない)。
図20は、肺がん患者において広範囲のTAAに対するCD4+T細胞応答およびCD8+T細胞応答が発生することを示す。肺がん患者にわたって、少なくとも1個体において、76種のプロファイルされたTAAの明らかに大多数に対する刺激性CD4+および/またはCD8+T細胞応答が観察された。各TAAに対する刺激性T細胞応答が生じた患者のパーセントがCD4+T細胞(灰色の棒)およびCD8+T細胞(黒色の棒)について別々に示されている。IFN-γ応答が上の2つのパネルに示されており、TNF-α応答が下の2つのパネルに示されている。患者でCD4+T細胞応答およびCD8+T細胞応答の両方が発生した抗原(左側のパネル)を患者でCD4+T細胞応答またはCD8+T細胞応答のいずれかが発生した抗原(右側のパネル)と区別した。
図21は、プロファイルされたTAAの大多数に関して阻害性および/または抑制性T細胞応答が検出されたことを示す。プロファイルされた肺がん患者にわたって、TAAに対する阻害性および/または抑制性T細胞応答が高頻度で観察された。プロファイルされたTAAそれぞれについて、陰性対照タンパク質に対する応答よりも2MAD低い応答と定義される阻害性および/または抑制性T細胞応答が生じた患者のパーセントがCD4+T細胞(白色の棒)およびCD8+T細胞(灰色の棒)について示されている。IFN-γ応答が上の2つのパネルに示されており、TNF-α応答が下の2つのパネルに示されている。患者でCD4+T細胞応答およびCD8+T細胞応答の両方が発生した抗原(左側のパネル)を患者でCD4+T細胞応答またはCD8+T細胞応答のいずれかが発生した抗原(右側のパネル)と区別した。
(実施例9)
多数の腫瘍型にわたるATLASTを使用した新抗原同定
ATLAS新抗原ライブラリーの生成
がん患者の多様なセットにおける腫瘍特異的突然変異に対する既存のT細胞応答を特徴付け、プロファイルするためにATLASを適用した。同意を得た患者19名から腫瘍生検材料および正常な組織試料を採取した。腫瘍試料の全エキソームおよびRNAシーケンシングならびにマッチさせた正常な試料の全エキソームシーケンシングにより、腫瘍に独特であり、患者の生殖細胞系列には存在しない突然変異が同定された。体細胞タンパク質を変更させる突然変異のそれぞれを、ATLAS発現ベクターで個々のクローンにおいて発現させ、配列を検証した。各クローンをE.coliにおいて組換えにより発現させ、ウエスタンブロット分析を使用して発現を検証した。
多数の腫瘍型にわたるATLASTを使用した新抗原同定
ATLAS新抗原ライブラリーの生成
がん患者の多様なセットにおける腫瘍特異的突然変異に対する既存のT細胞応答を特徴付け、プロファイルするためにATLASを適用した。同意を得た患者19名から腫瘍生検材料および正常な組織試料を採取した。腫瘍試料の全エキソームおよびRNAシーケンシングならびにマッチさせた正常な試料の全エキソームシーケンシングにより、腫瘍に独特であり、患者の生殖細胞系列には存在しない突然変異が同定された。体細胞タンパク質を変更させる突然変異のそれぞれを、ATLAS発現ベクターで個々のクローンにおいて発現させ、配列を検証した。各クローンをE.coliにおいて組換えにより発現させ、ウエスタンブロット分析を使用して発現を検証した。
ATLASライブラリースクリーニング
同意を得た患者19名から血液試料を採取し、PBMCを標準の手順を使用して単離した。凍結末梢血単核細胞(PBMC)をConversant(Alabama)から購入したか、または共同研究者から入手した。解凍後、抗体をコンジュゲートした磁気ビーズを使用してCD4+T細胞およびCD8+T細胞を選別し、抗CD3および抗CD28刺激で非特異的に増大させた。抗体をコンジュゲートした磁気ビーズを使用してCD14+単球も選別し、in vitroで骨髄性樹状細胞(MDDC)に分化させた。
同意を得た患者19名から血液試料を採取し、PBMCを標準の手順を使用して単離した。凍結末梢血単核細胞(PBMC)をConversant(Alabama)から購入したか、または共同研究者から入手した。解凍後、抗体をコンジュゲートした磁気ビーズを使用してCD4+T細胞およびCD8+T細胞を選別し、抗CD3および抗CD28刺激で非特異的に増大させた。抗体をコンジュゲートした磁気ビーズを使用してCD14+単球も選別し、in vitroで骨髄性樹状細胞(MDDC)に分化させた。
CD4+T細胞およびCD8+T細胞を、個体の特異的なライブラリークローンに対して、ならびに、多数の陰性対照である、Neon Green(NG)を発現するクローンに対してスクリーニングした。ライブラリークローンを、MDDC 1,000~5,000個およびT細胞80,000個を使用し、E.coli:MDDC比率333:1でスクリーニングした。24時間インキュベートした後、アッセイ上清を回収し、-80℃で保管した。上清サイトカインレベルを、Meso Scale Discoveryカスタムプレートを使用して分析した。
データ分析
陰性対照であるNeon Greenクローンに対する応答中央値の2中央絶対偏差(MAD)を超えるサイトカイン応答中央値を誘導したクローン(図22において水平の点線で示されている)を刺激性新抗原とみなした。サイトカイン応答中央値を陰性対照応答中央値を2MAD下回るまで低減したクローンを阻害性および/または抑制性新抗原とみなした。
陰性対照であるNeon Greenクローンに対する応答中央値の2中央絶対偏差(MAD)を超えるサイトカイン応答中央値を誘導したクローン(図22において水平の点線で示されている)を刺激性新抗原とみなした。サイトカイン応答中央値を陰性対照応答中央値を2MAD下回るまで低減したクローンを阻害性および/または抑制性新抗原とみなした。
図22は、例示的な患者に特異的なCD4+T細胞応答およびCD8+T細胞応答を同定するATLASを用いた新抗原スクリーニングを示す。1名の膵がん対象について、各候補新抗原に応答して観察されたCD4+T細胞応答およびCD8+T細胞応答が示されている。各ドットは、技術的反復を表す。水平の点線は、それぞれ+3および-3中央絶対偏差(MAD)である、刺激性新抗原ならびに阻害性および/または抑制性新抗原を定義するために使用したカットオフを示す。
図23A、23B、23C、および23Dは、MHCクラスI結合を予測するアルゴリズムではCD8+T細胞応答または応答の型が正確に予測されなかったことを示す。図は、MHCクラスIアルゴリズムに基づく結合予測(結合親和性カットオフ<500nMを用いたNetMHCpan予測)と、ATLASにおいて最初の対象11名にわたっておよび19名の対象全員にわたって観察されたT細胞応答を比較するものである。図23Aおよび23Cは、それぞれ最初の対象11名についておよび19名の対象全員についての、アルゴリズムによって予測された新抗原とATLASにおいて観察された新抗原の総数および重複を示す。図23Bおよび23Dは、それぞれ最初の対象11名についておよび19名の対象全員についての、強い結合(<150nM)、弱い結合(<500nM)、または結合せず(≧500nM)の予測の内訳を示す。結合予測群にわたって、CD8+T細胞における刺激性応答または阻害性および/もしくは抑制性応答のいずれの濃縮もなかった。
図24Aおよび24Bは、候補刺激性新抗原に対する、ATLASによって同定されたCD8+T細胞応答がいずれの突然変異型についても濃縮されなかったことを示す。図24Aでは、最初の対象11名についての突然変異型をミスセンス、インフレーム、またはフレームシフトと定義した。図24Bでは、19名の対象全員についての突然変異型を、短いバリアント(野生型遺伝子配列と比べて1~2アミノ酸の変化をもたらすミスセンス突然変異とインフレーム突然変異の組合せ)およびneoORF(野生型遺伝子配列と比べて3アミノ酸またはそれよりも多くのアミノ酸の変化をもたらすフレームシフトと終止コドン消失突然変異の組合せ)と定義した。本実施例では、候補阻害性および/または抑制性新抗原は、ミスセンスのまたは短いバリアント突然変異と関連する頻度がいくらか高かった。
図25Aおよび25Bは、DNA突然変異体対立遺伝子の発生頻度が低いことがCD8+T細胞応答の発生頻度に中等度に関連することを示す(P値=0.037)。突然変異体DNA対立遺伝子の発生頻度を全エキソームシーケンシングから導き出し、観察される応答型と比較した。図25Aは、最初の対象11名についての結果を示す。図25Bは、19名の対象全員についての結果を示す。
図26Aおよび26Bは、RNAにおける突然変異の検出では刺激性または阻害性/抑制性抗原の候補がCD8+T細胞において想起応答を有するかどうかが予測されなかったことを示す。RNA-seqを腫瘍材料に対して実施した。体細胞突然変異を全エキソームシーケンシングによって同定し、RNA-seqデータを、DNAにおいて同定される突然変異の存在または非存在について調べた。図26Aは、最初の対象11名のうち8名についての結果を示す。図26Bは、19名の対象全員についての結果を示す。
図27Aおよび27Bは、候補新抗原に対してATLASによって同定されたCD8+T細胞応答が遺伝子発現と相関しなかったことを示す。RNA-seqを腫瘍材料に対して実施した;候補新抗原を有する各遺伝子について定量的遺伝子発現値を算出し、正規化されたサイトカイン測定値と比較した。図27Aは、最初の対象11名のうち10名についての結果を示す。図27Bは、19名の対象全員についての結果を示す。
(実施例10)
膵がん患者における、ATLASを使用して同定された異なる新抗原に対する異なるサイトカイン応答
ATLAS新抗原ライブラリーの生成
ATLASを適用して、同意を得た膵がん患者の腫瘍において同定された突然変異の全必要数をスクリーニングした。この患者に独特である22種の突然変異を発現するATLASライブラリーを作り上げた。各クローンに構築物の中心付近に突然変異が位置する113アミノ酸を含有させ、配列を検証した。各クローンをE.coliにおいて組換えにより発現させ、ウエスタンブロットを使用してタンパク質発現を検証した。
膵がん患者における、ATLASを使用して同定された異なる新抗原に対する異なるサイトカイン応答
ATLAS新抗原ライブラリーの生成
ATLASを適用して、同意を得た膵がん患者の腫瘍において同定された突然変異の全必要数をスクリーニングした。この患者に独特である22種の突然変異を発現するATLASライブラリーを作り上げた。各クローンに構築物の中心付近に突然変異が位置する113アミノ酸を含有させ、配列を検証した。各クローンをE.coliにおいて組換えにより発現させ、ウエスタンブロットを使用してタンパク質発現を検証した。
ATLASライブラリースクリーニング
凍結末梢血単核細胞(PBMC)をConversant Bioから購入した。解凍後、CD8+T細胞を、抗体をコンジュゲートした磁気ビーズを使用して選別し、抗CD3および抗CD28刺激で非特異的に増大させた。抗体をコンジュゲートした磁気ビーズを使用してCD14+単球も選別し、in vitroで樹状細胞(MDDC)に分化させた。
凍結末梢血単核細胞(PBMC)をConversant Bioから購入した。解凍後、CD8+T細胞を、抗体をコンジュゲートした磁気ビーズを使用して選別し、抗CD3および抗CD28刺激で非特異的に増大させた。抗体をコンジュゲートした磁気ビーズを使用してCD14+単球も選別し、in vitroで樹状細胞(MDDC)に分化させた。
CD8+T細胞を、22種のライブラリークローンに対して、ならびに陰性対照である、Neon Green(NG)を発現するクローンに対してスクリーニングした。ライブラリークローンを、MDDC 5,000個およびT細胞80,000個を使用し、E.coli:MDDC比率333:1でスクリーニングした。19.5時間インキュベートした後、アッセイ上清を回収し、-80℃で保管した。上清サイトカインCM-CSF、IFNγ、IL-10、MIF、TNFα、およびTRAILを、Meso Scale Discoveryカスタムプレートを使用して分析した。
データ分析
図28は、患者由来のCD8+T細胞のスクリーニングにおいて6種の代表的な新抗原によって引き出された異なるCM-CSF、IFNγ、IL-10、MIF、TNFα、およびTRAIL応答プロファイルを示す。各パネルは、1種の新抗原に対応する(G-3618、G-3624、G-3620、G-3627、G-3617、およびG-3632と示されている)。各パネルの横線は、陰性対照に対する応答中央値を示す。横線の上の棒は、サイトカイン分泌の刺激を示す。横線の下の棒は、サイトカイン分泌の阻害および/または抑制を示す。パネルは、各新抗原によって引き出される異なるサイトカイン応答を例示する。
図28は、患者由来のCD8+T細胞のスクリーニングにおいて6種の代表的な新抗原によって引き出された異なるCM-CSF、IFNγ、IL-10、MIF、TNFα、およびTRAIL応答プロファイルを示す。各パネルは、1種の新抗原に対応する(G-3618、G-3624、G-3620、G-3627、G-3617、およびG-3632と示されている)。各パネルの横線は、陰性対照に対する応答中央値を示す。横線の上の棒は、サイトカイン分泌の刺激を示す。横線の下の棒は、サイトカイン分泌の阻害および/または抑制を示す。パネルは、各新抗原によって引き出される異なるサイトカイン応答を例示する。
(実施例11)
がん患者および健康なドナーのコホートにおける、VEGFに対するT細胞応答
がん患者8名(肺がん7名、結腸直腸がん1名)および健康なドナー13名由来のPBMCを、公知のTAAであるVEGFに対して2連でスクリーニングした。CD8+T細胞を選別し、抗CD3および抗CD28でコーティングしたマイクロビーズを使用して非特異的に増大させ、CD14+単球を樹状細胞(MDDC)に分化させた。ライブラリークローンを、MDDC 5,000個およびT細胞80,000個を使用し、E.coli:MDDC比率100:1で、2連でスクリーニングした;neon green(NG)を発現するE.coliの反復を陰性対照として含めた。アッセイ上清を24時間の時点で回収し、-80℃で保管した。上清サイトカインを、Meso Scale Discovery V-PLEX Proinflammatory Panel1(ヒト)Kitを使用して分析した。
がん患者および健康なドナーのコホートにおける、VEGFに対するT細胞応答
がん患者8名(肺がん7名、結腸直腸がん1名)および健康なドナー13名由来のPBMCを、公知のTAAであるVEGFに対して2連でスクリーニングした。CD8+T細胞を選別し、抗CD3および抗CD28でコーティングしたマイクロビーズを使用して非特異的に増大させ、CD14+単球を樹状細胞(MDDC)に分化させた。ライブラリークローンを、MDDC 5,000個およびT細胞80,000個を使用し、E.coli:MDDC比率100:1で、2連でスクリーニングした;neon green(NG)を発現するE.coliの反復を陰性対照として含めた。アッセイ上清を24時間の時点で回収し、-80℃で保管した。上清サイトカインを、Meso Scale Discovery V-PLEX Proinflammatory Panel1(ヒト)Kitを使用して分析した。
データ分析
陰性対照であるNGクローンに対する応答中央値(N=10)の2中央値平均偏差(MAD)を超える平均サイトカイン応答を誘導したクローンを抗原とみなした。図29は、健康なドナー(黒色の棒)およびがん患者(白色の棒)についてのCD8+T細胞データを示す。各対象コホートについてneon greenに対して正規化された中央値対数サイトカイン応答が示されている。IFNγ分泌によって分析した場合、健康なドナーコホートでは大きな阻害性応答があり、これは、がん患者コホートにおける阻害性応答を著しく超えるものであった。逆に、TNFα分泌を考察した場合には、がんコホートにおける阻害性応答の中央値がより大きかった。
陰性対照であるNGクローンに対する応答中央値(N=10)の2中央値平均偏差(MAD)を超える平均サイトカイン応答を誘導したクローンを抗原とみなした。図29は、健康なドナー(黒色の棒)およびがん患者(白色の棒)についてのCD8+T細胞データを示す。各対象コホートについてneon greenに対して正規化された中央値対数サイトカイン応答が示されている。IFNγ分泌によって分析した場合、健康なドナーコホートでは大きな阻害性応答があり、これは、がん患者コホートにおける阻害性応答を著しく超えるものであった。逆に、TNFα分泌を考察した場合には、がんコホートにおける阻害性応答の中央値がより大きかった。
(実施例12)
3種のTAAの組合せを使用したin vitro免疫
in vitro免疫についてのプロトコール
健康なドナー由来のPBMCを標準のプロトコールを使用して濃縮する。洗浄したPBMCを補充RPMI-1640培地に再懸濁させる。細胞100μL(1mL当たり細胞2×106個)を96ウェル平底アッセイプレートの各ウェルに添加する。TAAであるHPSE1、HPSE2、SMAD4、MUC1、MAGEA3、およびTP53に対応する重複するペプチドを培養物に最終濃度50μg/mLで添加する。培養物を5日間インキュベートし、ペプチド含有培地を除去し、次いで、培養物にヒトIL-2(10U/mL)を提供して11日間置き、IL-2含有培地を3日ごとに補給した。ペプチドと共に5日間プラスIL-2と共に11日間のインキュベート時間で1サイクルが構成される。その後、16日目に初代培養物を同じペプチド(50ng/mL)で再刺激して次のサイクルを開始する。照射した(4000rad)自己由来末梢血単核細胞(5×105)をAPCとして体積50μLで完全培地に添加する。各サイクルの最後にELISPOTを細胞の一定分量に対して実施して、ペプチドに対する新規の応答を観察する。
3種のTAAの組合せを使用したin vitro免疫
in vitro免疫についてのプロトコール
健康なドナー由来のPBMCを標準のプロトコールを使用して濃縮する。洗浄したPBMCを補充RPMI-1640培地に再懸濁させる。細胞100μL(1mL当たり細胞2×106個)を96ウェル平底アッセイプレートの各ウェルに添加する。TAAであるHPSE1、HPSE2、SMAD4、MUC1、MAGEA3、およびTP53に対応する重複するペプチドを培養物に最終濃度50μg/mLで添加する。培養物を5日間インキュベートし、ペプチド含有培地を除去し、次いで、培養物にヒトIL-2(10U/mL)を提供して11日間置き、IL-2含有培地を3日ごとに補給した。ペプチドと共に5日間プラスIL-2と共に11日間のインキュベート時間で1サイクルが構成される。その後、16日目に初代培養物を同じペプチド(50ng/mL)で再刺激して次のサイクルを開始する。照射した(4000rad)自己由来末梢血単核細胞(5×105)をAPCとして体積50μLで完全培地に添加する。各サイクルの最後にELISPOTを細胞の一定分量に対して実施して、ペプチドに対する新規の応答を観察する。
均等物
本開示は、その詳細な説明と併せて記載されているが、前述の説明は、添付の特許請求の範囲の範囲によって定義される本発明の範囲を例示するものであり、限定するものではないことが理解されるべきである。他の態様、利点、および改変は、以下の特許請求の範囲の範囲内に入る:
本開示は、その詳細な説明と併せて記載されているが、前述の説明は、添付の特許請求の範囲の範囲によって定義される本発明の範囲を例示するものであり、限定するものではないことが理解されるべきである。他の態様、利点、および改変は、以下の特許請求の範囲の範囲内に入る:
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- 明細書に記載の発明。
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