JP2020514378A - 処置方法 - Google Patents
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Abstract
Description
本願は、2017年11月8日に出願された米国仮出願第62/583,233号、2017年4月11日に出願された米国仮出願第62/484,258号、および2017年3月20日に出願された米国仮出願第62/473,899号の利益を主張し、これらそれぞれの内容全体が、参照によって本明細書に援用される。
治療は、1つまたは複数の化学療法剤の投与を含む;および/または、がん治療は、放射線照射を含む;および/または、がん治療は、外科的切除を含む;および/または、がん治療は、細胞に基づく治療を含む;および/または、細胞に基づく治療は、樹状細胞、キメラ抗原受容体T(CAR−T)細胞、T細胞受容体形質導入細胞、腫瘍浸潤性リンパ球(TIL)、またはナチュラルキラー(NK)細胞の投与を含む;および/または、がん治療は、局所温熱療法または低温療法を含む;および/または、がん治療は、1つまたは複数の抗腫瘍抗体の投与を含む;および/または、抗腫瘍抗体は、二重特異性抗体を含む;および/または、がん治療は、1つまたは複数の抗血管新生剤の投与を含む;および/または、がん治療は、免疫チェックポイント遮断による治療、免疫抑制遮断による治療、免疫活性化による治療、アジュバント治療、腫瘍溶解性ウイルスによる治療、化学療法薬による治療、放射線照射による治療、外科的治療、細胞に基づく治療、温熱療法による治療、低温療法による治療、抗腫瘍抗体による治療、および抗血管新生治療の任意の組合せを含む。
活性化する:本明細書で使用される場合、抗原提示細胞(APC)によって提示されるペプチドに抗原特異的認識が起こることが可能になる条件下で曝露した後にリンパ球活性が検出可能にモジュレートされる場合、APCによって提示されるペプチドは、リンパ球を「活性化する」。リンパ球活性の任意のインジケーターを評価して、リンパ球が活性化されるかどうか、例えば、T細胞増殖、受容体のリン酸化または脱リン酸化、カルシウム流、細胞骨格再構成、サイトカインまたは可溶性メディエーターなどの免疫メディエーターの発現および/または分泌の増大または減少、1つまたは複数の細胞表面マーカーの発現の増大または減少を決定する。
ライブラリーは、メンバー(例えば、ウイルス粒子、リポソーム、またはビーズ(例えば、in vitroで翻訳されたポリペプチドなどのポリペプチドでコーティングされたビーズ、例えば、親和性ビーズ、例えば、抗体でコーティングされたビーズ、もしくは目的のポリペプチドと結合したNTA−Niビーズ)などの細胞または非細胞粒子)の収集物である。本開示によると、ライブラリーのメンバーは、本明細書に記載の目的のポリペプチドを含む(例えば、内部で発現するまたは保有する)。一部の実施形態では、ライブラリーのメンバーは、本明細書に記載の目的のポリペプチドを内部で発現する細胞である。一部の実施形態では、ライブラリーのメンバーは粒子であり、目的のポリペプチドを保有し、かつ/またはそれと結合している。アッセイ系におけるライブラリーの使用により、in vitroにおいて多数の候補抗原に対する細胞応答を同時評価することが可能になる。本開示によると、ライブラリーは、ヒト抗原提示細胞によって内部に取り込まれ、したがって、内部で発現された目的のポリペプチド由来のペプチドを含めたライブラリーメンバー由来のペプチドが、T細胞による認識のために抗原提示細胞のMHC分子上に提示されるように設計される。
一部の実施形態では、本明細書に記載の方法および組成物を使用して、目的のポリペプチドに対する免疫応答を同定および/または検出することができる。一部の実施形態では、目的のポリペプチドは、標的腫瘍細胞由来のORFによってコードされ、ライブラリーのメンバーは、標的腫瘍細胞由来のORFを含む(例えば、内部で発現するまたは保有する)。一部のそのような実施形態では、ライブラリーを本明細書に記載の方法において使用して、1つまたは複数のORFによってコードされる1つまたは複数の目的のポリペプチドに対する免疫応答を評価することができる。一部の実施形態では、本開示の方法により、1つまたは複数の目的のポリペプチドが刺激性抗原(例えば、免疫応答、例えば、T細胞応答、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を刺激するもの)として同定される。一部の実施形態では、本開示の方法により、免疫応答(例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌)に対する影響が最小であるまたは影響を及ぼさない1つまたは複数の目的のポリペプチドが抗原または潜在的な抗原として同定される。一部の実施形態では、本開示の方法により、1つまたは複数の目的のポリペプチドが阻害性および/または抑制性抗原(例えば、免疫応答、例えば、T細胞応答、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を阻害する、抑制する、下方制御する、損なう、かつ/または妨げる)として同定される。一部の実施形態では、本開示の方法により、1つまたは複数の目的のポリペプチドが腫瘍抗原または潜在的な腫瘍抗原、例えば、腫瘍特異的抗原(TSA、もしくは新抗原)、腫瘍関連抗原(TAA)、または、がん/精巣抗原(CTA)として同定される。
本明細書に記載の方法およびシステムにおいて使用される目的のポリペプチドは、腫瘍抗原および潜在的な腫瘍抗原、例えば、腫瘍特異的抗原(TSA、または新抗原)、腫瘍関連抗原(TAA)、および/または、がん/精巣抗原(CTA)を含む。例示的な腫瘍抗原としては、例えば、MART−1/MelanA(MART−IまたはMLANA)、gp100(Pmel 17またはSILV)、チロシナーゼ、TRP−1、TRP−2、MAGE−1、MAGE−3(HIP8としても公知)、BAGE、GAGE−1、GAGE−2、p15、カルシトニン、カルレチニン、癌胎児性抗原(CEA)、クロモグラニン、サイトケラチン、デスミン、上皮の膜タンパク質(EMA)、第VIII因子、グリア線維酸性タンパク質(GFAP)、肉眼的嚢胞性疾患体液タンパク質(Gross cystic disease fluid protein)(GCDFP−15)、HMB−45、ヒト絨毛膜ゴナドトロピン(hCG)、インヒビン、リンパ球マーカー、MART−1(メランA)、Myo D1、筋肉特異的アクチン(MSA)、ニューロフィラメント、神経特異的エノラーゼ(NSE)、胎盤アルカリホスファターゼ(PLAP)、前立腺特異的抗原、PTPRC(CD45)、S100タンパク質、平滑筋アクチン(SMA)、シナプトフィジン、サイログロブリン、甲状腺転写因子−1、腫瘍M2−PK、ビメンチン、p53、Ras、HER−2/neu、BCR−ABL、E2A−PRL、H4−RET、IGH−IGK、MYL−RAR、エプスタイン・バーウイルス抗原(例えば、EBNA1)、ヒトパピローマウイルス(HPV)抗原E6またはE7(HPV_E6またはHPV_E7)、TSP−180、MAGE−4、MAGE−5、MAGE−6、RAGE、NY−ESO−1(CTAG1Bとしても公知)、erbB、p185erbB2、p180erbB−3、c−met、nm−23H1、PSA、TAG−72、CA 19−9、CA 72−4、CAM 17.1、NuMa、K−ras、ベータカテニン、CDK4、Mum−1、p15、p16、43−9F、5T4、791Tgp72、アルファ−フェトプロテイン(AFP)、ベータ−HCG、BCA225、BTAA、CA 125、CA 15−3\CA 27.29\BCAA、CA 195、CA 242、CA−50、CAM43、CD68\P1、CO−029、FGF−5、G250、Ga733\EpCAM、HTgp−175、M344、MA−50、MG7−Ag、MOV18、NB/70K、NY−CO−1、RCAS1、SDCCAG16、TA−90\Mac−2結合性タンパク質\シクロフィリンC関連タンパク質、TAAL6、TAG72、TLP、MUC16、IL13Rα2、FRα、VEGFR2、Lewis Y、FAP、EphA2、CEACAM5、EGFR、CA6、CA9、GPNMB、EGP1、FOLR1、内皮受容体、STEAP1、SLC44A4、Nectin−4、AGS−16、グアニリルシクラーゼ(guanalyl cyclase)C、MUC−1、CFC1B、インテグリンアルファ3鎖(a3b1、ラミニン受容体鎖)、TPS、CD19、CD20、CD22、CD30、CD31、CD72、CD180、CD171(L1CAM)、CD123、CD133、CD138、CD37、CD70、CD79a、CD79b、CD56、CD74、CD166、CD71、CD34、CD99、CD117、CD80、CD28、CD13、CD15、CD25、CD10、CLL−1/CLEC12A、ROR1、グリピカン3(GPC3)、メソテリン、CD33/IL3Ra、c−Met、PSCA、PSMA、糖脂質F77、EGFRvIII、BCMA、GD−2、PSAP、プロステイン(P501Sとしても公知)、PSMA、サバイビン(BIRC5としても公知)、およびMAGE−A3、MAGEA2、MAGEA4、MAGEA6、MAGEA9、MAGEA10、MAGEA12、BIRC5、CDH3、CEACAM3、CGB_アイソフォーム2、ELK4、ERBB2、HPSE1、HPSE2、KRAS_アイソフォーム1、KRAS_アイソフォーム2、MUC1、SMAD4、TERT.2、TERT.3、TGFBR2、EGAG9_アイソフォーム1、TP53、CGB_アイソフォーム1、IMPDH2、LCK、アンジオポエチン−1(Ang1)(ANGPT1としても公知)、XIAP(BIRC4としても公知)、ガレクチン−3(LGALS3としても公知)、VEGF−A(VEGFとしても公知)、ATP6S1(ATP6AP1としても公知)、MAGE−A1、cIAP−1(BIRC2としても公知)、マクロファージ遊走阻止因子(MIF)、ガレクチン−9(LGALS9としても公知)、プログラニュリンPGRN(グラニュリンとしても公知)、OGFR、MLIAP(BIRC7としても公知)、TBX4(ICPPS、SPSまたはT−ボックス4としても公知)、分泌型白血球タンパク質阻害物質(secretory leukocyte protein inhibitor)(Slpi)(抗ロイコプロテイナーゼ(antileukoproteinase)としても公知)、Ang2(ANGPT2としても公知)、ガレクチン−1(LGALS1としても公知)、TRP−2(DCTとしても公知)、hTERT(テロメラーゼ逆転写酵素)チロシナーゼ関連タンパク質1(TRP−1、TYRP1)、NOR−90/UBF−2(UBTFとしても公知)、LGMN、SPA17、PRTN3、TRRAP_1、TRRAP_2、TRRAP_3、TRRAP_4、MAGEC2、PRAME、SOX10、RAC1、HRAS、GAGE4、AR、CYP1B1、MMP8、TYR、PDGFRB、KLK3、PAX3、PAX5、ST3GAL5、PLAC1、RhoC、MYCN、REG3A、CSAG2、CTAG2−1a、CTAG2−1b、PAGE4、BRAF、GRM3、ERBB4、KIT、MAPK1、MFI2、SART3、ST8SIA1、WDR46、AKAP−4、RGS5、FOSL1、PRM2、ACRBP、CTCFL、CSPG4、CCNB1、MSLN、WT1、SSX2、KDR、ANKRD30A、MAGED1、MAP3K9、XAGE1B、PREX2、CD276、TEK、AIM1、ALK、FOLH1、GRIN2A MAP3K5および任意の前述の腫瘍抗原の1つまたは複数のアイソフォームが挙げられる。例示的な腫瘍抗原を付随的な配列の一覧に提示する。
ライブラリースクリーニング
本発明は、とりわけ、ヒト免疫細胞によって認識される腫瘍抗原を同定するための組成物および方法を提供する。ヒト抗原提示細胞は、ヒトリンパ球上の抗原受容体および他の免疫活性化分子のリガンドを発現する。MHCペプチド結合特異性および抗原プロセシング酵素の種間での差異を考慮すると、ヒト細胞によってプロセシングされ、提示される抗原は、非ヒト系において同定された抗原よりもin vivoにおいてヒト抗原と生理的に関連する可能性が高い。したがって、これらの抗原を同定する方法では、候補腫瘍抗原ポリペプチドを提示させるためにヒト細胞を使用する。ライブラリーメンバーを内部に取り込まれ、ライブラリーメンバーによって発現されるポリペプチドをMHC分子上に提示する任意のヒト細胞を、本開示に従って抗原提示細胞として使用することができる。一部の実施形態では、抗原の提示のために使用されるヒト細胞は、初代ヒト細胞である。細胞は、ヒトの末梢血単核細胞(PBMC)を含み得る。一部の実施形態では、抗原提示アッセイにおいて使用する前に末梢血液細胞をサブセット(例えば、樹状細胞、マクロファージ、単球、B細胞、またはこれらの組合せを含むサブセット)に分離する。一部の実施形態では、MHCクラスIIを発現する細胞のサブセットを末梢血から選択する。一実施例では、樹状細胞を含む細胞集団を末梢血から単離する。一部の実施形態では、樹状細胞のサブセットを単離する(例えば、形質細胞様、骨髄性、またはそのサブセット)。ヒト樹状細胞マーカーとしては、CD1c、CD1a、CD303、CD304、CD141、およびCD209が挙げられる。細胞は、これらのマーカーの1つまたは複数の発現に基づいて選択することができる(例えば、CD303、CD1c、およびCD141を発現する細胞)。
本開示の方法では、ヒトリンパ球を、抗原提示細胞、例えば、上記の通り目的のポリペプチドを発現するライブラリーと一緒にインキュベートした抗原提示細胞に対する抗原特異的反応性について試験する。本開示の方法により、個体から単離されたリンパ球、または当該細胞の後代のプールを使用してヒト抗原を迅速に同定することが可能になる。抗原特異的応答の検出は、個々のT細胞クローンを単離するために労力を要する手順に依拠するものではない。一部の実施形態では、ヒトリンパ球は、初代リンパ球である。一部の実施形態では、ヒトリンパ球は、NKT細胞、ガンマ−デルタT細胞、またはNK細胞である。抗原提示細胞を抗原提示アッセイにおいて使用する前にサブセットに分離することができるのと同じく、特定のマーカーまたは他の特徴を有するリンパ球の集団を使用することができる。一部の実施形態では、Tリンパ球の集団を単離する。一部の実施形態では、CD4+T細胞の集団を単離する。一部の実施形態では、CD8+T細胞の集団を単離する。CD8+T細胞は、MHCクラスI分子との関連で提示されるペプチド抗原を認識する。したがって、一部の実施形態では、CD8+T細胞を、目的のポリペプチドに加えて細胞溶解素ポリペプチドを同時発現するライブラリー宿主細胞に曝露させた抗原提示細胞と共に使用する。例えば、特定の表現型を有する細胞をもたらすために、他の細胞表面マーカーを発現するT細胞サブセットを単離することもできる。これらとしては、CLA(皮膚ホーミングT細胞に関して)、CD25、CD30、CD69、CD154(活性化T細胞に関して)、CD45RO(メモリーT細胞に関して)、CD294(Th2細胞に関して)、γ/δTCR発現細胞、CD3およびCD56(NK T細胞に関して)が挙げられる。他のサブセットを選択することもできる。
抗原提示アッセイでは、T細胞を上記の方法に従って調製した抗原提示細胞と一緒に、抗原提示細胞上のMHC分子によって提示されるペプチドのT細胞による認識が可能になる条件下で培養する。一部の実施形態では、T細胞を抗原提示細胞と一緒に、37℃で12〜48時間(例えば、24時間)インキュベートする。一部の実施形態では、T細胞を抗原提示細胞と一緒に、37℃で3日間、4日間、5日間、6日間、7日間、または8日間インキュベートする。抗原提示細胞およびT細胞の数は、変動させることができる。一部の実施形態では、所与のアッセイにおけるT細胞の抗原提示細胞に対する比は、1:10、1:5、1:2、1:1、2:1、5:1、10:1、20:1、25:1、30:1、32:1、35:1または40:1である。一部の実施形態では、抗原提示細胞をアレイにおいて提供し(例えば、96ウェルプレート中)、アレイの各場所の細胞は、各セットが異なる目的のポリペプチドを含むライブラリー細胞のセットと接触させたものである。ある特定の実施形態では、アレイ内の各場所に抗原提示細胞1×103〜1×106個を含め、当該細胞をT細胞1×103〜1×106個と接触させる。
本明細書に記載の方法の1つの利点は、臨床的に意義のあるヒト抗原を同定できることである。がんを有するヒトは、以前の曝露から生じる適応免疫応答の産物である、腫瘍抗原を特異的に認識するリンパ球を有する可能性がある。一部の実施形態では、これらの細胞は、がんを有さない個体由来の細胞よりも高い発生頻度で存在し、かつ/または、これらの細胞は、妥当な抗原性刺激に再曝露すると容易に再活性化される(例えば、細胞は、「メモリー」細胞である)。したがって、がんを有するまたはがんを有していたヒトは、in vitroにおいて抗原を同定するための細胞の特に有用なドナーである。個体は、がんから回復した個体であり得る。一部の実施形態では、個体は、最近がんと診断された(例えば、個体は、リンパ球および/または抗原提示細胞を当該個体から単離する前1年未満、3カ月未満、2カ月未満、1カ月未満、または2週間未満のうちに診断された)。一部の実施形態では、個体は、リンパ球および/または抗原提示細胞を単離する3カ月前よりも前、6カ月前よりも前、または1年前よりも前にがんを有すると最初に診断された。
他の実施形態では、対象における腫瘍抗原に対して応答性のT細胞を同定し、単離することが有用である。単離されたT細胞をex vivoで増大させ、がん治療または予防法のために対象に投与することができる。
本開示は、1または複数の対象(例えば、試験対象、または標的対象)の免疫応答を同定する方法を提供する。一部の実施形態では、1または複数の対象(例えば、試験対象または標的対象)の免疫応答を、a)腫瘍抗原(例えば、公知の腫瘍抗原、本明細書に記載の腫瘍抗原、または本明細書に記載の方法を使用して同定された腫瘍抗原、潜在的な腫瘍抗原、および/もしくは他の目的のポリペプチド)のパネルを含む本明細書に記載のライブラリーを提供し、b)ライブラリーを対象由来の抗原提示細胞と接触させ、c)抗原提示細胞を対象由来のリンパ球と接触させ、d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数の抗原提示細胞によって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって刺激されるのか、阻害および/または抑制されるのか、活性化されるのか、またはそれに対して非応答性であるのかを決定することによって決定する。一部の実施形態では、ライブラリーは、約1種、約3種、約5種、約10種、約15種、約20種、約25種、約30種、約40種、約50種、約60種、約70種、約80種、約90種、約100種、またはそれよりも多くの腫瘍抗原を含む。
本開示は、試験対象から対象応答プロファイル(「対象応答プロファイル」)を得るための方法を提供する。
一部の実施形態では、対象応答プロファイルを、標的対象、例えばがん治療に対して臨床的に応答するおよび/または応答したがん対象;がん治療に対して臨床的に応答しないおよび/または応答しなかったがん対象;がんに対する自然応答を有する、または有していた対象;またはがんと診断されていない対象由来の対応する応答プロファイル(標的対象の「標的応答プロファイル」)と比較する。
リンパ球
一部の実施形態では、対象応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激する同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激する同定された腫瘍抗原と1以下、2以下、3以下、4以下、5以下、10以下、15以下、20以下、または25以下異なる場合;対象応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激しない同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激しない同定された腫瘍抗原と1以下、2以下、3以下、4以下、5以下、10以下、15以下、20以下、または25以下異なる場合;対象応答プロファイルにおけるリンパ球を阻害および/または抑制する同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイルにおけるリンパ球を阻害および/または抑制する同定された腫瘍抗原と1以下、2以下、3以下、4以下、5以下、10以下、15以下、20以下、または25以下異なる場合;対象応答プロファイルにおけるリンパ球を活性化する同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイルにおけるリンパ球を活性化する同定された腫瘍抗原と1以下、2以下、3以下、4以下、5以下、10以下、15以下、20以下、または25以下異なる場合;ならびに/または、対象応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激しないまたはリンパ球がそれに対して非応答性である同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイルにおけるリンパ球がそれに対して応答性ではないまたは最小に応答性である同定された腫瘍抗原と1以下、2以下、3以下、4以下、5以下、10以下、15以下、20以下、または25以下異なる場合、対象応答プロファイルは標的応答プロファイルと類似している。
一部の実施形態では、標的応答プロファイルは、サイトカインの産生、発現および/または分泌を刺激する、刺激しない、阻害および/もしくは抑制する、またはそれに対して影響を及ぼさないもしくはそれに対する影響が最小である1つまたは複数のサイトカインおよび腫瘍抗原の総数(例えば、対象応答プロファイルに含まれるものと同じ腫瘍抗原の総数)の数量化、同定、および/または表示を含み得る。一部の実施形態では、標的応答プロファイルは、異なるサイトカインのパネル(例えば、対象応答プロファイルに含まれるサイトカインのうちの1種、2種、3種、4種、5種、6種、7種、8種、9種、10種、12種、14種、16種、18種、20種、またはそれよりも多く(例えば、全て))、ならびにサイトカインのパネルの産生、発現および/または分泌を刺激する、刺激しない、阻害および/もしくは抑制する、またはそれに対して影響を及ぼさないもしくはそれに対する影響が最小である腫瘍抗原の総数(例えば、対象応答プロファイルに含まれるものと同じ腫瘍抗原の総数)の数量化、同定、および/または表示を含み得る。
本開示は、試験対象、例えば、がん対象を、がん治療(例えば、本明細書に記載のがん治療)の開始、継続、改変、および/または中止または一部の場合では不開始のために同定する方法を提供する。一般に、そのような方法は、がん治療を受けていないがん対象(またはがん治療に対して臨床的に応答しなかったおよび/または応答していないおよび/または負に応答したがん対象)の1つまたは複数の免疫応答を、(i)がん治療に対して臨床的に正に応答するまたは応答したがん対象(「応答性対象」);(ii)がん治療に対して臨床的に応答しなかったおよび/または応答していないおよび/または負に応答したがん対象(「非応答性対象」);(iii)がんに対して自然に応答するまたは応答したがん対象(「自然対象」);ならびに/または、(vi)がんと診断されていない対象(「正常な対象」)であり得る標的対象の1つまたは複数の免疫応答と比較することを含む。
一般に、免疫応答は、それらの統合された機能的な最終的効果に関して有用に定義することができる。Dhabarら(2014年)は、免疫応答を、免疫保護性、免疫病理学的、および免疫制御性/阻害性とカテゴリー化できることを提唱した。これらのカテゴリーにより、観念を組織化するための有用な構築物がもたらされるが、全体的なin vivo免疫応答は、各カテゴリーが様々な量で優勢になるいくつかの応答の型からなる可能性が高い。免疫保護性または有益な応答は、効率的な創傷治癒を促進し、感染およびがんを除外し、また、ワクチンにより誘導される免疫記憶を媒介する応答と定義される。これらの応答は、例えばIFN−ガンマ、IL−12、IL−2、グランザイムB、CD107などのサイトカインおよびメディエーターに関連する。免疫病理学的または有害な応答は、自己に向けられるもの(多発性硬化症、関節炎、ループスのような自己免疫疾患)または無害な抗原(喘息、アレルギー)および慢性の非消散性炎症を伴う応答を増大させるものと定義される。これらの応答は、免疫保護性応答に関係づけられる分子に関連する場合もあるが、例えばTNF−アルファ、IL−10、IL−13、IL−17、IL−4、IgE、ヒスタミンなどの免疫メディエーターも含む。免疫制御性応答は、他の免疫細胞の機能を制御する(大部分は下方制御する)免疫細胞および因子を伴うものと定義される。最近の試験により、免疫応答を阻害するように機能する免疫系のアームが存在することが示唆される。例えば、制御性CD4+CD25+FoxP3+T細胞、IL−10、およびTGF−ベータは、とりわけ、免疫制御性/阻害性機能を有することが示されている。これらの因子の生理機能は、炎症促進性応答、アレルギー性応答、および自己免疫応答を抑えることであるが、これらはまた、抗腫瘍免疫の抑制もし、がんについての負の予後を示すものである。腫瘍に関しては、共刺激分子の発現が多くの場合に減少し、共阻害リガンドの発現が増大する。MHC分子は、多くの場合、腫瘍細胞において下方制御され、これはそれらのエスケープに好都合である。間質細胞を含めた腫瘍微小環境、腫瘍に関連する免疫細胞、および他の細胞型により、IL−10、TGF−β、およびIDOなどの多くの阻害性因子が産生される。T reg、Tr1細胞、未成熟DC(iDC)、pDC、およびMDSCを含めた阻害性免疫細胞が腫瘍微小環境において見出され得る(Y Li UT GSBS Thesis、2016年)。メディエーターの例およびそれらの免疫効果を表2に示す。
一部の実施形態では、対象応答プロファイルを、がん治療に対して臨床的に応答するおよび/または応答したがん対象由来の対応する応答プロファイル(本明細書に記載の応答性対象の「標的応答プロファイル」)と比較する。一部の実施形態では、対象応答プロファイルを、がんと診断されていない標的対象由来の標的応答プロファイルと比較する。一部の実施形態では、対象応答プロファイルを、がんに対する有益な応答を有する(または有していた)標的対象由来の標的応答プロファイルと比較する。一部の実施形態では、対象は、がん治療または治療の組合せに対する正の臨床応答を有する(または有していた)。一部の実施形態では、対象は、がんに対する自然応答を有していた。一部の実施形態では、対象は、がんの部分寛解または完全寛解の状態にある。一部の実施形態では、対象のがんが取り除かれている。一部の実施形態では、対象は、がんの再燃も再発も転移も有していない。一部の実施形態では、対象は正のがん予後を有する。一部の実施形態では、対象は、がん治療または治療の組合せに対する毒性の応答も副作用も経験していない。
一部の実施形態では、対象応答プロファイルを、がん治療に対して臨床的に応答しないおよび/または応答しなかったがん対象由来の対応する応答プロファイル(本明細書に記載の非応答性対象の「標的応答プロファイル」)と比較する。一部の実施形態では、対象応答プロファイルを、がんに対する有害な応答または有益でない応答を有する(または有していた)標的対象由来の標的応答プロファイルと比較する。一部の実施形態では、対象は、がん治療または治療の組合せに対する負の臨床応答を有する(または有していた)。一部の実施形態では、対象のがんは取り除かれていない。一部の実施形態では、対象は、がんの再燃、再発または転移を有していた。一部の実施形態では、対象は、負のがん予後を有する。一部の実施形態では、対象は、がん治療または治療の組合せに対する毒性の応答または副作用を経験した。
十分に確立された腫瘍では、多くの場合、内在性の抗腫瘍T細胞応答の活性化は完全な腫瘍退縮をもたらすためには不十分である。さらに、腫瘍微小環境の状況で訓練されたT細胞は、時には、最適以下に活性化され、低結合活性を有し、最終的に、抗原を発現する腫瘍細胞を認識できない。さらに、腫瘍は複雑であり、突然変異した遺伝子の発現の程度が変動する多数の細胞型を含み、これにより、腫瘍成長のコントロールに適したポリクローナルT細胞応答を生じさせることが難しくなっている。結果として、当分野の研究者により、がん対象においては、がん対象において当該対象のT細胞によって認識されることが確認されているものに加えて、「潜在的な腫瘍抗原」である突然変異を同定することが重要であることが提唱された。
本開示は、本明細書に記載の方法によって同定または選択された腫瘍抗原(1つまたは複数)を含む組成物、腫瘍抗原をコードする核酸、および組成物を使用する方法を提供する。一部の実施形態では、組成物は、8〜40アミノ酸、8〜60アミノ酸、8〜100、8〜150または8〜200アミノ酸の長さのペプチド(例えば、MHC結合性ペプチド、例えば、23〜29、24〜28、25〜27、8〜30、8〜29、8〜28、8〜27、8〜26、8〜25、8〜24、8〜23、8〜22、8〜21、8〜20、8〜15、8〜12アミノ酸の長さのペプチド)である腫瘍抗原を含む。一部の実施形態では、組成物は、全長ポリペプチドの長さの約70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%である1つまたは複数の腫瘍抗原を含む。一部の実施形態では、組成物は、全長ポリペプチドと比べて約1アミノ酸、約2アミノ酸、約3アミノ酸、約4アミノ酸、約5アミノ酸、約10アミノ酸、約15アミノ酸、約20アミノ酸、約25アミノ酸、約30アミノ酸、約35アミノ酸、約40アミノ酸、約45アミノ酸、約50アミノ酸、またはそれよりも多くのアミノ酸が短縮された1つまたは複数の腫瘍抗原を含む。組成物は、MHCクラスI結合性ペプチド、MHCクラスII結合性ペプチド、またはMHCクラスI結合性ペプチドとMHCクラスII結合性ペプチドの両方であるまたはそれを含む腫瘍抗原を含み得る。組成物は、単一の腫瘍抗原、または多数の腫瘍抗原を含み得る。一部の実施形態では、組成物は、2種、3種、4種、5種、6種、7種、8種、9種、10種、またはそれよりも多くの腫瘍抗原のセットを含む。一部の実施形態では、組成物は、10種、15種、20種、25種、30種、またはそれよりも多くの腫瘍抗原を含む。一部の実施形態では、腫瘍抗原またはペプチドは、1つまたは複数の融合タンパク質として提供される。一部の実施形態では、組成物は、腫瘍抗原をコードする核酸またはペプチドを含む。一部の実施形態では、腫瘍抗原をコードする核酸またはペプチドは、1つまたは複数の融合構築物として提供される。
本開示の任意の方法または組成物での使用に適した腫瘍抗原は、組換えによってまたは合成的になどの任意の利用可能な手段によって産生することができる(例えば、Jaradat Amino Acids、50巻:39〜68頁(2018年);Behrendtら、J. Pept. Sci.、22巻:4〜27頁(2016年)を参照されたい)。例えば、腫瘍抗原コード核酸を発現するように工学的に操作された宿主細胞系を利用することにより、腫瘍抗原を組換えによって産生させることができる。その代わりにまたはそれに加えて、内在性遺伝子を活性化することによって腫瘍抗原を産生させることができる。その代わりにまたはそれに加えて、化学合成によって腫瘍抗原を部分的にまたは完全に調製することができる。
一部の実施形態では、本開示は、それを必要とする対象に投与するための免疫原性組成物を製造する方法であって、a)複数の抗原を含む複数の抗原性組成物を提供する、調製する、または得るステップであって、各組成物が、異なる抗原を含む、ステップと、b)標的応答プロファイルを提供する、調製する、または得るステップであって、標的応答プロファイルが、複数の抗原に関連する(例えば、それと共に決定、測定、観察される)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む、ステップと、c)対象応答プロファイルを提供する、調製する、または得るステップであって、対象応答プロファイルが、複数の抗原に関連する(例えば、それと共に決定、測定、観察される)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む、ステップと、d)標的応答プロファイルと対象応答プロファイルを比較するステップと、e)比較に基づいて1つまたは複数の抗原を選択するステップと、f)1つまたは複数の選択された抗原を含む1つまたは複数の抗原性組成物の少なくとも一部分を医薬組成物として製剤化するステップとを含む方法を提供する。
本開示は、腫瘍などのがんを有するまたはそれと診断された対象に関する方法およびシステムを提供する。一部の実施形態では、腫瘍は、これだけに限定されないが、急性リンパ芽球性白血病、急性骨髄性白血病、慢性リンパ球性白血病、慢性骨髄性白血病、ヘアリー細胞白血病、AIDS関連リンパ腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、ランゲルハンス細胞組織球増殖症、多発性骨髄腫、または骨髄増殖性新生物を含めた血液の悪性腫瘍であるまたはそれを含む。
ATLAS黒色腫腫瘍関連抗原(TAA)ライブラリーに対する免疫応答−単一の患者の応答
ATLAS黒色腫TAAライブラリーの生成
23種の全長遺伝子(Un001〜023と標識、以下の表3に示す通り公知のTAAをコードする)をHarvard Medical SchoolにあるDNAリソースコアから得、ATLAS発現ベクター(Genocea Biosciences)に再クローニングし、配列を検証した。各TAAをE.coliにおいて組換えにより発現させた。各オープンリーディングフレームのC末端、終止コドンの上流に挿入されたC57BL/6マウスT細胞エピトープSIINFEKLを認識する代理T細胞アッセイ(B3Zハイブリドーマ)を使用してタンパク質発現を検証した。陽性対照(抗原提示細胞上にパルスされた最小のSIINFEKLエピトープ)の5%を超えるB3Z応答を誘導したタンパク質を、発現されたとみなした。
同意を得た、以前にチェックポイント阻害剤(ペムブロリズマブ)を用いた治療を受け、治療に応答した黒色腫患者から末梢血試料を採取した。末梢血単核細胞(PBMC)を密度勾配遠心分離によって濃縮した。抗体をコンジュゲートした磁気ビーズを使用してCD4+T細胞およびCD8+T細胞を選別し、抗CD3および抗CD28刺激で非特異的に増大させた。単球を樹状細胞(MDDC)に分化させた。
バックグラウンドと統計学的に異なり(ウィルコクソン順位和、p<0.05)、陰性対照GFPクローンの平均(N=10)の3標準偏差(SD)を超える平均IFNγ応答を誘導したクローンを抗原とみなした。
チェックポイント遮断治療後の黒色腫患者における防御免疫に関連するTAAに対するコホート特異的T細胞応答
多数の対象を試験に動員し、チェックポイント阻害剤による治療後の臨床転帰に基づいてコホート化した。安定疾患または腫瘍退縮を有した対象を、防御されたとみなし、疾患の悪化(腫瘍成長)を有した対象を、防御されなかったとみなした。腫瘍イメージングスキャンによって臨床的決定を行った。
バックグラウンドと統計学的に異なり(ウィルコクソン順位和、p<0.05)、陰性対照GFPクローンに対する平均応答(N=10)の3標準偏差(SD)を超える平均サイトカイン応答を誘導したクローンを抗原とみなした。各コホートが各サイトカインを伴って応答した抗原の平均数を比較して、防御された(応答者)コホートと防御されなかった(非応答者)コホートの間に差異があるかどうかを決定した。
非小細胞肺がん(NSCLC)患者においてATLASを使用して同定された新抗原に対する免疫応答
ATLAS新抗原ライブラリーの生成
ATLAS(Genocea Biosciences)を適用して、同意を得た、ペムブロリズマブ(αPD−1抗体(Ab)、0日目に開始して隔週)を用いて首尾よく処置されたNSCLC患者の腫瘍において同定された突然変異の全必要数をスクリーニングした。この患者に独特の突然変異202種のうち201種を発現するATLASライブラリーを作り上げた。各クローンに構築物の中心付近に突然変異が位置する113アミノ酸を含有させ、配列を検証した。各クローンをE.coliにおいて組換えにより発現させた。各オープンリーディングフレームのC末端、終止コドンの上流に挿入されたC57BL/6マウスT細胞エピトープSIINFEKLを認識する代理T細胞アッセイ(B3Zハイブリドーマ)を使用してタンパク質発現を検証した。陽性対照(抗原提示細胞上にパルスされた最小のSIINFEKLエピトープ)の5%を超えるB3Z応答を誘導したタンパク質を、発現されたとみなした。
チェックポイント遮断治療の前後のNSCLC患者から末梢血試料を採取した。末梢血単核細胞(PBMC)を密度勾配遠心分離によって濃縮した。抗体をコンジュゲートした磁気ビーズを使用してCD4+T細胞およびCD8+T細胞を選別し、抗CD3および抗CD28刺激で非特異的に増大させた。単球を樹状細胞(MDDC)に分化させた。
バックグラウンドと統計学的に異なり(ウィルコクソン順位和、p<0.05)、陰性対照Neon Greenクローンに対する平均応答(N=20)の3標準偏差(SD)を超える平均サイトカイン応答を誘導したクローンを抗原とみなした(水平の点線で示されている)。
ATLAS結腸直腸がん(CRC)腫瘍関連抗原(TAA)ライブラリーに対する免疫応答−単一の患者の応答
ATLAS結腸直腸がんTAAライブラリーの生成
26種のTAA遺伝子(23種の独特の遺伝子を表す;「taa1〜26」と標識し、以下の表5に示す)を、ATLAS発現ベクター(Genocea Biosciences)にクローニングし、配列を検証した。各TAAをE.coliにおいて組換えにより発現させた。各オープンリーディングフレームのC末端、終止コドンの上流に挿入されたC57BL/6マウスT細胞エピトープSIINFEKLを認識する代理T細胞アッセイ(B3Zハイブリドーマ)を使用してタンパク質発現を検証した。陽性対照(抗原提示細胞上にパルスされた最小のSIINFEKLエピトープ)の5%を超えるB3Z応答を誘導したタンパク質を、発現されたとみなした。
凍結末梢血単核細胞(PBMC)バイアルをBioreclamation IVTから購入した。PBMCは、ステージIV結腸直腸がんを有する50歳のコーカサス人男性に由来するものであった。CD8+T細胞を、抗体をコンジュゲートした磁気ビーズを使用して選別し、抗CD3および抗CD28刺激で非特異的に増大させた。単球を樹状細胞(MDDC)に分化させた。
各サイトカインの標準曲線に関して検出の下限を下回った測定値を遮蔽した。陰性対照neon green(NG)クローンの平均(N=13)の3標準偏差(SD)を超える平均IFNγまたはTNFα応答を誘導したクローンを抗原とみなした。
CRC患者のコホートにおけるCRC TAAに対するT細胞応答
CRC患者21名由来のPBMCを26種の公知のTAA(表5に示されている)のライブラリーに対してスクリーニングした。CD4+T細胞およびCD8+T細胞を選別し、抗CD3および抗CD28でコーティングしたマイクロビーズを使用して非特異的に増大させ、CD14+単球を樹状細胞(MDDC)に分化させた。ライブラリークローンを、MDDC 5,000個およびT細胞80,000個を使用し、E.coli:MDDC比率100:1で、2連でスクリーニングした;neon green(NG)を発現するE.coliの13反復を陰性対照として含めた。アッセイ上清を24時間の時点で回収し、−80℃で保管した。上清サイトカインを、Meso Scale Discovery V−PLEX Proinflammatory Panel1(ヒト)Kitを使用して分析した。
陰性対照NGクローンに対する平均応答(N=10)の3標準偏差(SD)を超える平均サイトカイン応答を誘導したクローンを抗原とみなした。
結腸直腸がん(CRC)患者においてATLASを使用して同定された新抗原に対する免疫応答
ATLAS新抗原ライブラリーの生成
ATLASを適用して、同意を得た結腸直腸がん患者の腫瘍において同定された突然変異の全必要数をスクリーニングした。この患者に独特である31種の突然変異を発現するATLASライブラリーを作り上げた。各クローンに構築物の中心付近に突然変異が位置する113アミノ酸を含有させ、配列を検証した。各クローンをE.coliにおいて組換えにより発現させ、ウエスタンブロットを使用してタンパク質発現を検証した。
凍結末梢血単核細胞(PBMC)をConversant Bioから購入した。解凍後、CD8+T細胞を、抗体をコンジュゲートした磁気ビーズを使用して選別し、抗CD3および抗CD28刺激で非特異的に増大させた。CD14+単球も抗体をコンジュゲートした磁気ビーズを使用して選別し、in vitroで樹状細胞(MDDC)に分化させた。
陰性対照であるNeon Greenクローンに対する応答中央値(N=2)の3中央絶対偏差(MAD)を超えるサイトカイン応答中央値を誘導したクローン(図11において水平の点線で示されている)を抗原とみなした。サイトカイン応答中央値を陰性対照応答中央値を3MAD下回るまで低減したクローンを阻害性および/または抑制性抗原とみなした。
結腸直腸癌患者におけるT細胞応答プロファイリングにより、腫瘍関連抗原に特異的な応答の濃縮が明らかになる
ATLAS腫瘍関連抗原ライブラリーの生成
ATLAS(商標)を適用して、種々のステージのCRCおよび前悪性病変を有する対象34名における、HLA非依存的な、腫瘍関連抗原(TAA)のセットに対するT細胞想起応答をプロファイルした。26種のTAA遺伝子(23種の独特の遺伝子を表す、表5に示されている)を、ATLAS発現ベクターにクローニングし、配列を検証した。各TAAをE.coliにおいて組換えにより発現させ、ウエスタンブロット分析を使用して発現を検証した。
凍結末梢血単核細胞(PBMC)をConversant Bio(Alabama)から購入したか、またはMayo Clinicの共同研究者から入手した。解凍後、CD8+T細胞を、抗体をコンジュゲートした磁気ビーズを使用して選別し、抗CD3および抗CD28刺激で非特異的に増大させた。抗体をコンジュゲートした磁気ビーズを使用してCD14+単球も選別し、in vitroで樹状細胞(MDDC)に分化させた。
陰性対照であるNeon Green(NG)クローンに対する応答中央値(N=10)の2中央絶対偏差(MAD)を超えるサイトカイン応答中央値を誘導したクローン(図14において垂直の点線で、および図17において水平の点線で示されている)を抗原とみなした。サイトカイン応答中央値を陰性対照応答中央値を2MAD下回るまで低減したクローンを阻害性および/または抑制性抗原とみなした。CRC患者では、26種の試験したTAAに対する想起応答の幅は変動したが、3種のTAAのサブセットに対するCD4+T細胞応答およびCD8+T細胞応答が強力に濃縮され、これは、健康な個体では見られなかった。
チェックポイント阻害剤を用いた処置を受けた肺がん患者における腫瘍関連抗原に対するT細胞応答のプロファイリング
ATLAS腫瘍関連抗原ライブラリーの生成
ATLASを適用して、ICI治療を受けている肺がん患者の多様な試料における腫瘍関連抗原(TAA)に対するT細胞応答を特徴付け、プロファイルした。76種のTAA遺伝子(74種の独特の遺伝子を表す、表7に示されている)を、ATLAS発現ベクターにクローニングし、配列を検証した。各TAAをE.coliにおいて組換えにより発現させ、ウエスタンブロット分析を使用して発現を検証した。
同意を得た、ICI治療を受けている患者13名から血液試料を採取した。凍結末梢血単核細胞(PBMC)をBioreclamation(New York)から購入した。解凍後、抗体をコンジュゲートした磁気ビーズを使用してCD4+T細胞およびCD8+T細胞を選別し、抗CD3および抗CD28刺激で非特異的に増大させた。抗体をコンジュゲートした磁気ビーズを使用してCD14+単球も選別し、in vitroで樹状細胞(MDDC)に分化させた。
陰性対照であるNeon Greenクローンに対する応答中央値(N=10)の2中央絶対偏差(MAD)を超えるサイトカイン応答中央値を誘導したクローン(図18および図19において水平の点線によって示されている)を抗原とみなした。サイトカイン応答中央値を陰性対照応答中央値を2MAD下回るまで低減したクローンを阻害性および/または抑制性抗原とみなした。
多数の腫瘍型にわたるATLASTを使用した新抗原同定
ATLAS新抗原ライブラリーの生成
がん患者の多様なセットにおける腫瘍特異的突然変異に対する既存のT細胞応答を特徴付け、プロファイルするためにATLASを適用した。同意を得た患者19名から腫瘍生検材料および正常な組織試料を採取した。腫瘍試料の全エキソームおよびRNAシーケンシングならびにマッチさせた正常な試料の全エキソームシーケンシングにより、腫瘍に独特であり、患者の生殖細胞系列には存在しない突然変異が同定された。体細胞タンパク質を変更させる突然変異のそれぞれを、ATLAS発現ベクターで個々のクローンにおいて発現させ、配列を検証した。各クローンをE.coliにおいて組換えにより発現させ、ウエスタンブロット分析を使用して発現を検証した。
同意を得た患者19名から血液試料を採取し、PBMCを標準の手順を使用して単離した。凍結末梢血単核細胞(PBMC)をConversant(Alabama)から購入したか、または共同研究者から入手した。解凍後、抗体をコンジュゲートした磁気ビーズを使用してCD4+T細胞およびCD8+T細胞を選別し、抗CD3および抗CD28刺激で非特異的に増大させた。抗体をコンジュゲートした磁気ビーズを使用してCD14+単球も選別し、in vitroで骨髄性樹状細胞(MDDC)に分化させた。
陰性対照であるNeon Greenクローンに対する応答中央値の2中央絶対偏差(MAD)を超えるサイトカイン応答中央値を誘導したクローン(図22において水平の点線で示されている)を刺激性新抗原とみなした。サイトカイン応答中央値を陰性対照応答中央値を2MAD下回るまで低減したクローンを阻害性および/または抑制性新抗原とみなした。
膵がん患者における、ATLASを使用して同定された異なる新抗原に対する異なるサイトカイン応答
ATLAS新抗原ライブラリーの生成
ATLASを適用して、同意を得た膵がん患者の腫瘍において同定された突然変異の全必要数をスクリーニングした。この患者に独特である22種の突然変異を発現するATLASライブラリーを作り上げた。各クローンに構築物の中心付近に突然変異が位置する113アミノ酸を含有させ、配列を検証した。各クローンをE.coliにおいて組換えにより発現させ、ウエスタンブロットを使用してタンパク質発現を検証した。
凍結末梢血単核細胞(PBMC)をConversant Bioから購入した。解凍後、CD8+T細胞を、抗体をコンジュゲートした磁気ビーズを使用して選別し、抗CD3および抗CD28刺激で非特異的に増大させた。抗体をコンジュゲートした磁気ビーズを使用してCD14+単球も選別し、in vitroで樹状細胞(MDDC)に分化させた。
図28は、患者由来のCD8+T細胞のスクリーニングにおいて6種の代表的な新抗原によって引き出された異なるCM−CSF、IFNγ、IL−10、MIF、TNFα、およびTRAIL応答プロファイルを示す。各パネルは、1種の新抗原に対応する(G−3618、G−3624、G−3620、G−3627、G−3617、およびG−3632と示されている)。各パネルの横線は、陰性対照に対する応答中央値を示す。横線の上の棒は、サイトカイン分泌の刺激を示す。横線の下の棒は、サイトカイン分泌の阻害および/または抑制を示す。パネルは、各新抗原によって引き出される異なるサイトカイン応答を例示する。
がん患者および健康なドナーのコホートにおける、VEGFに対するT細胞応答
がん患者8名(肺がん7名、結腸直腸がん1名)および健康なドナー13名由来のPBMCを、公知のTAAであるVEGFに対して2連でスクリーニングした。CD8+T細胞を選別し、抗CD3および抗CD28でコーティングしたマイクロビーズを使用して非特異的に増大させ、CD14+単球を樹状細胞(MDDC)に分化させた。ライブラリークローンを、MDDC 5,000個およびT細胞80,000個を使用し、E.coli:MDDC比率100:1で、2連でスクリーニングした;neon green(NG)を発現するE.coliの反復を陰性対照として含めた。アッセイ上清を24時間の時点で回収し、−80℃で保管した。上清サイトカインを、Meso Scale Discovery V−PLEX Proinflammatory Panel1(ヒト)Kitを使用して分析した。
陰性対照であるNGクローンに対する応答中央値(N=10)の2中央値平均偏差(MAD)を超える平均サイトカイン応答を誘導したクローンを抗原とみなした。図29は、健康なドナー(黒色の棒)およびがん患者(白色の棒)についてのCD8+T細胞データを示す。各対象コホートについてneon greenに対して正規化された中央値対数サイトカイン応答が示されている。IFNγ分泌によって分析した場合、健康なドナーコホートでは大きな阻害性応答があり、これは、がん患者コホートにおける阻害性応答を著しく超えるものであった。逆に、TNFα分泌を考察した場合には、がんコホートにおける阻害性応答の中央値がより大きかった。
3種のTAAの組合せを使用したin vitro免疫
in vitro免疫についてのプロトコール
健康なドナー由来のPBMCを標準のプロトコールを使用して濃縮する。洗浄したPBMCを補充RPMI−1640培地に再懸濁させる。細胞100μL(1mL当たり細胞2×106個)を96ウェル平底アッセイプレートの各ウェルに添加する。TAAであるHPSE1、HPSE2、SMAD4、MUC1、MAGEA3、およびTP53に対応する重複するペプチドを培養物に最終濃度50μg/mLで添加する。培養物を5日間インキュベートし、ペプチド含有培地を除去し、次いで、培養物にヒトIL−2(10U/mL)を提供して11日間置き、IL−2含有培地を3日ごとに補給した。ペプチドと共に5日間プラスIL−2と共に11日間のインキュベート時間で1サイクルが構成される。その後、16日目に初代培養物を同じペプチド(50ng/mL)で再刺激して次のサイクルを開始する。照射した(4000rad)自己由来末梢血単核細胞(5×105)をAPCとして体積50μLで完全培地に添加する。各サイクルの最後にELISPOTを細胞の一定分量に対して実施して、ペプチドに対する新規の応答を観察する。
本開示は、その詳細な説明と併せて記載されているが、前述の説明は、添付の特許請求の範囲の範囲によって定義される本発明の範囲を例示するものであり、限定するものではないことが理解されるべきである。他の態様、利点、および改変は、以下の特許請求の範囲の範囲内に入る:
Claims (282)
- 対象応答プロファイルを得るまたは生成する方法であって、
a)複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、
b)前記ライブラリーの前記細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
c)前記APCを、前記対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害、および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを得るまたは生成するステップと
を含む方法。 - 前記対象応答プロファイルが、前記複数の腫瘍抗原に関連する前記1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む、請求項1に記載の方法。
- 標的応答プロファイルを得るまたは生成する方法であって、
a)複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、
b)前記ライブラリーの前記細菌細胞またはビーズを、がんに対する応答を示すまたは以前示した対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
c)前記APCを、前記対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、標的応答プロファイルを得るまたは生成するステップと
を含む方法。 - 前記対象が、がんに対して少なくとも1つの有益な応答を示すまたは以前示した、請求項3に記載の方法。
- 前記有益な応答が、がん治療または治療の組合せに対する正の臨床応答、例えば、1つまたは複数の正の臨床的エンドポイントを含む、請求項4に記載の方法。
- 前記有益な応答が、がんに対する自然応答を含む、請求項4に記載の方法。
- 前記有益な応答が、がんのクリアランス、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスに関連する1つまたは複数の臨床的尺度を含む、請求項4に記載の方法。
- 前記有益な応答が、例えば所定の期間(例えば、少なくとも1週間、2週間、3週間、4週間、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、または少なくとも1カ月、2カ月、3カ月、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、12カ月、または少なくとも1年、2年、3年、4年、5年、6年、7年、8年、9年、10年、11年、12年)にわたって、がんの再燃、再発、および/または転移がないことを含む、請求項4に記載の方法。
- 前記有益な応答が、正のがん予後を含む、請求項4に記載の方法。
- 前記有益な応答が、がん治療または治療の組合せに対する測定可能な毒性の応答または副作用がないことを含む、請求項4に記載の方法。
- 前記対象が、がんに対して少なくとも1つの有害な応答または有益でない応答を示すまたは以前示した、請求項3に記載の方法。
- 前記有害な応答が、がん治療または治療の組合せに対する負の臨床応答および/または応答不全を含む、請求項11に記載の方法。
- 前記有害な応答が、がんのクリアランスの欠如、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスの欠如に関連する1つまたは複数の臨床的尺度を含む、請求項11に記載の方法。
- 前記有害な応答が、がんの再燃、再発、および/または転移の少なくとも1つを含む、請求項11に記載の方法。
- 前記有害な応答が、負のがん予後を含む、請求項11に記載の方法。
- 前記有害な応答が、がん治療または治療の組合せに対する1つまたは複数の毒性の応答または副作用(例えば、1つまたは複数の測定可能な毒性の応答または副作用)を含む、請求項11に記載の方法。
- 前記標的応答プロファイルを得るために使用される前記ライブラリーが、請求項1に記載の対象応答プロファイルを得るために使用されるものと同じライブラリーである、請求項3から16までのいずれか一項に記載の方法。
- 追加的な対象由来の抗原提示細胞(APC)および/またはリンパ球を用いてステップa)からe)を繰り返して、集団に基づくまたは複合的な標的応答プロファイルを得るステップをさらに含む、請求項3から17までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記標的応答プロファイルが、前記複数の腫瘍抗原に関連する前記1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む、請求項2から18までのいずれか一項に記載の方法。
- 対象をがん治療の候補として同定する方法であって、
a)複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、
b)前記細菌細胞またはビーズを前記対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
c)前記APCを、前記対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを得るまたは生成するステップと、
f)前記対象応答プロファイルを標的応答プロファイルと比較して、前記対象をがん治療の開始、継続、改変、中止または不開始の候補対象として選択するステップと
を含む方法。 - 前記対象応答プロファイルが、前記複数の腫瘍抗原に関連する前記1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む、請求項20に記載の方法。
- g)前記細菌細胞またはビーズを標的対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
h)前記APCを、前記標的対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
i)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
j)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、前記標的応答プロファイルを得るまたは生成するステップと
を含む方法によって前記標的応答プロファイルを生成するステップをさらに含む、請求項20または21に記載の方法。 - 前記標的応答プロファイルが、前記複数の腫瘍抗原に関連する前記1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む、請求項22に記載の方法。
- 前記標的応答プロファイルが、がんに対する少なくとも1つの有益な応答を示すまたは以前示した1または複数の標的対象に由来する、請求項20から23までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記有益な応答が、がん治療または治療の組合せに対する正の臨床応答を含む、請求項24に記載の方法。
- 前記有益な応答が、がんに対する自然応答を含む、請求項24に記載の方法。
- 前記有益な応答が、がんのクリアランス、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスに関連する1つまたは複数の臨床的尺度を含む、請求項24に記載の方法。
- 前記有益な応答が、例えば所定の期間(例えば、少なくとも1週間、2週間、3週間、4週間、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、または少なくとも1カ月、2カ月、3カ月、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、12カ月、または少なくとも1年、2年、3年、4年、5年、6年、7年、8年、9年、10年、11年、12年)にわたって、がんの再燃、再発、および/または転移がないことを含む、請求項24に記載の方法。
- 前記有益な応答が、正のがん予後を含む、請求項24に記載の方法。
- 前記有益な応答が、がん治療または治療の組合せに対する1つまたは複数の毒性の応答および/または副作用(例えば、1つまたは複数の測定可能な毒性の応答または副作用)がないことを含む、請求項24に記載の方法。
- 前記標的応答プロファイルが、がんに対する1つまたは複数の有害な応答および/または有益でない応答を示すまたは以前示した1または複数の標的対象に由来する、請求項20から23までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記有害な応答および/または有益でない応答が、がん治療または治療の組合せに対する負の臨床応答および/または応答不全を含む、請求項31に記載の方法。
- 前記有害な応答および/または有益でない応答が、がんのクリアランスの欠如、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスの欠如に関連する1つまたは複数の臨床的尺度を含む、請求項31に記載の方法。
- 前記有害な応答および/または有益でない応答が、がんの再燃、再発、および/または転移の少なくとも1つを含む、請求項31に記載の方法。
- 前記有害な応答および/または有益でない応答が、負のがん予後を含む、請求項31に記載の方法。
- 前記有害な応答および/または有益でない応答が、がん治療または治療の組合せに対する1つまたは複数の毒性の応答および/または副作用(例えば、1つまたは複数の測定可能な毒性の応答および/または副作用)を含む、請求項31に記載の方法。
- がん治療またはがん治療の組合せの開始のための前記候補対象を選択するステップをさらに含む、請求項20から36までのいずれかに記載の方法。
- がん治療またはがん治療の組合せの継続のための前記候補対象を選択するステップをさらに含む、請求項20から36までのいずれかに記載の方法。
- (i)前記対象応答プロファイルが、前記がん治療または組合せに対する1つまたは複数の有益な応答を示すまたは以前示した標的対象由来の標的応答プロファイルと類似している場合、および/または(ii)前記対象応答プロファイルが、前記がん治療または組合せに対する1つまたは複数の有害な応答を示すまたは以前示した前記標的対象由来の標的応答プロファイルと類似していない場合、前記対象を候補対象として選択するステップを含む、請求項37または請求項38に記載の方法。
- 前記候補対象を、がん治療の改変のために選択するステップをさらに含む、請求項20から36までのいずれかに記載の方法。
- 前記候補対象を、がん治療の中止または不開始のために選択するステップをさらに含む、請求項20から36までのいずれかに記載の方法。
- (i)前記対象応答プロファイルが、前記がん治療に対する1つまたは複数の有害な応答を示すまたは以前示した標的対象由来の前記標的応答プロファイルと類似している場合、および/または(ii)前記対象応答プロファイルが、前記がん治療に対する1つまたは複数の有益な応答を示すまたは以前示した標的対象由来の前記標的応答プロファイルと類似していない場合、前記対象をがん治療の改変、中止、および/または不開始の候補対象として選択するステップを含む、請求項40または41に記載の方法。
- 前記がん治療またはがん治療の組合せを前記候補対象に施行するステップをさらに含む、請求項37から39までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記候補対象に施行する前記がん治療を改変するステップをさらに含む、請求項40から42までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記候補対象に対する前記がん治療を中止するまたは開始しないステップをさらに含む、請求項40から42までのいずれか一項に記載の方法。
- 腫瘍抗原を選択する方法であって、
a)複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、
b)前記細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
c)前記APCを、前記対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害、および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを得るまたは生成するステップと、
f)前記対象応答プロファイルを標的応答プロファイルと比較するステップと、
g)前記比較に基づいて1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップと
を含む方法。 - 前記対象応答プロファイルが、前記複数の腫瘍抗原に関連する前記1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む、請求項46に記載の方法。
- h)前記細菌細胞またはビーズを標的対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
i)前記APCを、前記標的対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
j)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
k)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、前記標的応答プロファイルを得るまたは生成するステップと
を含む方法によって前記標的応答プロファイルを生成するステップをさらに含む、請求項46または47に記載の方法。 - 前記標的応答プロファイルが、前記複数の腫瘍抗原に関連する前記1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む、請求項48に記載の方法。
- 前記標的応答プロファイルが、がんに対する1つまたは複数の有益な応答を示すまたは以前示した1または複数の標的対象に由来する、請求項46から49までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記有益な応答が、がん治療または治療の組合せに対する正の臨床応答を含む、請求項50に記載の方法。
- 前記有益な応答が、がんに対する自然応答を含む、請求項50に記載の方法。
- 前記有益な応答が、がんのクリアランス、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスに関連する1つまたは複数の臨床的尺度を含む、請求項50に記載の方法。
- 前記有益な応答が、例えば、所定の期間(例えば、少なくとも1週間、2週間、3週間、4週間、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、または少なくとも1カ月、2カ月、3カ月、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、12カ月、または少なくとも1年、2年、3年、4年、5年、6年、7年、8年、9年、10年、11年、12年)にわたる、がんの再燃、再発、および/または転移を含む、請求項50に記載の方法。
- 前記有益な応答が、正のがん予後を含む、請求項50に記載の方法。
- 前記有益な応答が、がん治療または治療の組合せに対する1つまたは複数の毒性の応答および/または副作用(例えば、1つまたは複数の測定可能な毒性の応答および/または副作用)がないことを含む、請求項50に記載の方法。
- 前記標的応答プロファイルが、がんに対する1つまたは複数の有害な応答または有益でない応答を示すまたは以前示した1または複数の標的対象に由来する、請求項46から49までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記有害な応答および/または有益でない応答が、がん治療または治療の組合せに対する負の臨床応答および/または応答不全を含む、請求項57に記載の方法。
- 前記有害な応答および/または有益でない応答が、がんのクリアランスの欠如、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスの欠如に関連する1つまたは複数の臨床的尺度を含む、請求項57に記載の方法。
- 前記有害な応答および/または有益でない応答が、がんの再燃、再発、および/または転移の少なくとも1つを含む、請求項57に記載の方法。
- 前記有害な応答および/または有益でない応答が、負のがん予後を含む、請求項57に記載の方法。
- 前記有害な応答および/または有益でない応答が、がん治療または治療の組合せに対する1つまたは複数の毒性の応答および/または副作用(例えば、1つまたは複数の測定可能な毒性の応答および/または副作用)を含む、請求項57に記載の方法。
- がんに対する有益な応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップ、および/または、がんに対する有害な応答または有益でない応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップを含む、請求項46から62までのいずれか一項に記載の方法。
- がんに対する有害な応答または有益でない応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップ、および/または、がんに対する有益な応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップを含む、請求項46から62までのいずれか一項に記載の方法。
- 第1の対象に、前記選択された抗原またはその免疫原性断片の1つまたは複数を含む免疫原性組成物を投与するステップをさらに含む、請求項63に記載の方法。
- 前記第1の対象に、前記選択された抗原またはその免疫原性断片の1つまたは複数を含まない免疫原性組成物を投与するステップをさらに含む、請求項64に記載の方法。
- 前記第1の対象に、がん治療または治療の組合せを施行するステップをさらに含む、請求項65または66に記載の方法。
- 対象における免疫応答を誘導する方法であって、
a)複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、
b)前記細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
c)前記APCを、前記対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇またはレベルの低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを得るまたは生成するステップと、
f)前記対象応答プロファイルを標的応答プロファイルと比較するステップと、
g)前記比較に基づいて1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップと、
h)前記対象に、前記選択された抗原またはその免疫原性断片の1つまたは複数を含む免疫原性組成物を投与するステップと
を含む方法。 - 前記対象応答プロファイルが、前記複数の腫瘍抗原に関連する前記1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む、請求項68に記載の方法。
- i)前記細菌細胞またはビーズを標的対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
j)前記APCを、前記標的対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
k)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
l)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、前記標的応答プロファイルを得るまたは生成するステップと
を含む方法によって前記標的応答プロファイルを生成するステップをさらに含む、請求項68または69に記載の方法。 - 前記標的応答プロファイルが、前記複数の腫瘍抗原に関連する前記1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む、請求項70に記載の方法。
- 前記標的応答プロファイルが、がんに対する少なくとも1つの有益な応答を示すまたは以前示した1または複数の標的対象に由来する、請求項68から71までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記有益な応答が、がん治療または治療の組合せに対する正の臨床応答を含む、請求項72に記載の方法。
- 前記有益な応答が、がんに対する自然応答を含む、請求項72に記載の方法。
- 前記有益な応答が、がんのクリアランス、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスに関連する1つまたは複数の臨床的尺度を含む、請求項72に記載の方法。
- 前記有益な応答が、例えば所定の期間(例えば、少なくとも1週間、2週間、3週間、4週間、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、または少なくとも1カ月、2カ月、3カ月、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、12カ月、または少なくとも1年、2年、3年、4年、5年、6年、7年、8年、9年、10年、11年、12年)にわたって、がんの再燃、再発、および/または転移がないことを含む、請求項72に記載の方法。
- 前記有益な応答が、正のがん予後を含む、請求項72に記載の方法。
- 前記有益な応答が、がん治療または治療の組合せに対する1つまたは複数の毒性の応答および/または副作用(例えば、1つまたは複数の測定可能な毒性の応答または副作用)がないことを含む、請求項72に記載の方法。
- (i)がんに対する1つまたは複数の有益な応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の腫瘍抗原、および/または(i)がんに対する1つまたは複数の有害な応答または有益でない応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の腫瘍抗原を選択し、投与するステップを含む、請求項68から78までのいずれか一項に記載の方法。
- 対象における免疫応答を誘導する方法であって、
a)複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、
b)前記細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
c)前記APCを、前記対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを得るまたは生成するステップと、
f)前記対象応答プロファイルを標的応答プロファイルと比較するステップと、
g)前記比較に基づいて1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップと、
h)前記対象に、前記選択された抗原またはその免疫原性断片の1つまたは複数を含まない免疫原性組成物を投与するステップと
を含む方法。 - 前記対象応答プロファイルが、前記複数の腫瘍抗原に関連する前記1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む、請求項80に記載の方法。
- i)前記細菌細胞またはビーズを標的対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
j)前記APCを、前記標的対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
k)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
l)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、前記標的応答プロファイルを得るまたは生成するステップと
を含む方法によって前記標的応答プロファイルを生成するステップをさらに含む、請求項80または81に記載の方法。 - 前記標的応答プロファイルが、前記複数の腫瘍抗原に関連する前記1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む、請求項82に記載の方法。
- 前記標的応答プロファイルが、がんに対する1つまたは複数の有害な応答および/または有益でない応答を示すまたは以前示した1または複数の標的対象に由来する、請求項80から83までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記有害な応答および/または有益でない応答が、がん治療または治療の組合せに対する負の臨床応答および/または応答不全を含む、請求項84に記載の方法。
- 前記有害な応答および/または有益でない応答が、がんのクリアランスの欠如、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスの欠如に関連する1つまたは複数の臨床的尺度を含む、請求項84に記載の方法。
- 前記有害な応答および/または有益でない応答が、がんの再燃、再発、および/または転移の少なくとも1つを含む、請求項84に記載の方法。
- 前記有害な応答および/または有益でない応答が、負のがん予後を含む、請求項84に記載の方法。
- 前記有害な応答および/または有益でない応答が、がん治療または治療の組合せに対する1つまたは複数の毒性の応答および/または副作用(例えば、1つまたは複数の測定可能な毒性の応答および/または副作用)を含む、請求項84に記載の方法。
- がんに対する有害な応答または有益でない応答に関連する免疫メディエーターの発現または分泌を上昇させる1つまたは複数の腫瘍抗原、および/または、がんに対する有益な応答に関連する免疫メディエーターの発現または分泌を阻害および/または抑制する1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップを含む、請求項80から89までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記対象に、がん治療または治療の組合せを施行するステップをさらに含む、請求項56から90までのいずれか一項に記載の方法。
- 腫瘍抗原を選択する方法であって、
a)複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、
b)前記細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
c)前記APCを、前記対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるかどうかを、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを得るステップと、
f)前記同定された腫瘍抗原の中から、がんに対する少なくとも1つの有益な応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の抗原を選択する、および/または、がんに対する少なくとも1つの有害な応答および/または有益でない応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップと
を含む方法。 - 前記対象応答プロファイルを標的応答プロファイルと比較するステップと、前記比較に基づいて1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップとをさらに含む、請求項92に記載の方法。
- 前記標的応答プロファイルが、がんに対する少なくとも1つの有益な応答を示すまたは以前示した1または複数の標的対象に由来する、請求項93に記載の方法。
- 前記有益な応答が、がん治療または治療の組合せに対する正の臨床応答を含む、請求項94に記載の方法。
- 前記有益な応答が、がんに対する自然応答を含む、請求項94に記載の方法。
- 前記有益な応答が、がんのクリアランス、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスに関連する1つまたは複数の臨床的尺度を含む、請求項94に記載の方法。
- 前記有益な応答が、例えば所定の期間(例えば、少なくとも1週間、2週間、3週間、4週間、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、または少なくとも1カ月、2カ月、3カ月、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、12カ月、または少なくとも1年、2年、3年、4年、5年、6年、7年、8年、9年、10年、11年、12年)にわたって、がんの再燃、再発、および/または転移がないことを含む、請求項94に記載の方法。
- 前記有益な応答が、正のがん予後を含む、請求項94に記載の方法。
- 前記有益な応答が、がん治療または治療の組合せに対する1つまたは複数の毒性の応答および/または副作用(例えば、1つまたは複数の測定可能な毒性の応答または副作用)がないことを含む、請求項94に記載の方法。
- 前記対象に、前記選択された抗原またはその免疫原性断片の1つまたは複数を含む免疫原性組成物を投与するステップをさらに含む、請求項92から101までのいずれか一項に記載の方法。
- 腫瘍抗原を選択する方法であって、
a)複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、
b)前記細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
c)前記APCを、前記対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるかどうかを、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを得るステップと、
f)前記同定された腫瘍抗原の中から、(i)がんに対する少なくとも1つの有害な応答および/または有益でない応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の抗原、ならびに/または(ii)がんに対する少なくとも1つの有益な応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップと
を含む方法。 - 前記対象応答プロファイルを標的応答プロファイルと比較するステップと、前記比較に基づいて1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップとをさらに含む、請求項102に記載の方法。
- 前記標的応答プロファイルが、がんに対する1つまたは複数の有害な応答および/または有益でない応答を示すまたは以前示した1または複数の標的対象に由来する、請求項103に記載の方法。
- 前記有害な応答および/または有益でない応答が、がん治療または治療の組合せに対する負の臨床応答および/または応答不全を含む、請求項104に記載の方法。
- 前記有害な応答および/または有益でない応答が、がんのクリアランスの欠如、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスの欠如に関連する1つまたは複数の臨床的尺度を含む、請求項104に記載の方法。
- 前記有害な応答および/または有益でない応答が、がんの再燃、再発、および/または転移の少なくとも1つを含む、請求項104に記載の方法。
- 前記有害な応答および/または有益でない応答が、負のがん予後を含む、請求項104に記載の方法。
- 前記有害な応答および/または有益でない応答が、がん治療または治療の組合せに対する1つまたは複数の毒性の応答および/または副作用(例えば、1つまたは複数の測定可能な毒性の応答および/または副作用)を含む、請求項104に記載の方法。
- 前記対象に、前記選択された抗原またはその免疫原性断片の1つまたは複数を含まない免疫原性組成物を投与するステップをさらに含む、請求項102から109までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記対象に、がん治療または治療の組合せを施行するステップをさらに含む、請求項101または110に記載の方法。
- 対象における免疫応答を誘導する方法であって、
a)複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、
b)前記細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
c)前記APCを、前記対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを得るステップと、
f)前記同定された腫瘍抗原の中から、(i)がんに対する少なくとも1つの有益な応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の抗原、ならびに/または(ii)がんに対する少なくとも1つの有害な応答または有益でない応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップと、
g)前記対象に、前記選択された抗原またはその免疫原性断片の1つまたは複数を含む免疫原性組成物を投与するステップと
を含む方法。 - 前記免疫原性組成物を投与するステップの前に、前記対象応答プロファイルを標的応答プロファイルと比較するステップと、前記比較に基づいて1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップとをさらに含む、請求項112に記載の方法。
- 前記標的応答プロファイルが、がんに対する少なくとも1つの有益な応答を示すまたは以前示した1または複数の標的対象に由来する、請求項113に記載の方法。
- 前記有益な応答が、がん治療または治療の組合せに対する正の臨床応答を含む、請求項113に記載の方法。
- 前記有益な応答が、がんに対する自然応答を含む、請求項113に記載の方法。
- 前記有益な応答が、がんのクリアランス、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスに関連する1つまたは複数の臨床的尺度を含む、請求項113に記載の方法。
- 前記有益な応答が、例えば所定の期間(例えば、少なくとも1週間、2週間、3週間、4週間、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、または少なくとも1カ月、2カ月、3カ月、4カ月、5カ月、6カ月、7カ月、8カ月、9カ月、10カ月、11カ月、12カ月、または少なくとも1年、2年、3年、4年、5年、6年、7年、8年、9年、10年、11年、12年)にわたって、がんの再燃、再発、および/または転移がないことを含む、請求項113に記載の方法。
- 前記有益な応答が、正のがん予後を含む、請求項113に記載の方法。
- 前記有益な応答が、がん治療または治療の組合せに対する1つまたは複数の毒性の応答および/または副作用(例えば、1つまたは複数の測定可能な毒性の応答または副作用)がないことを含む、請求項113に記載の方法。
- 対象における免疫応答を誘導する方法であって、
a)複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、
b)前記細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
c)前記APCを、前記対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを得るステップと、
f)前記対象応答プロファイルを標的応答プロファイルと比較するステップと、
g)前記同定された腫瘍抗原の中から、(i)がんに対する少なくとも1つの有害な応答および/または有益でない応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の抗原、ならびに/または(ii)がんに対する少なくとも1つの有益な応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップと、
h)前記対象に、前記選択された抗原またはその免疫原性断片の1つまたは複数を含まない免疫原性組成物を投与するステップと
を含む方法。 - 前記対象応答プロファイルを標的応答プロファイルと比較するステップと、前記比較に基づいて1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップとをさらに含む、請求項121に記載の方法。
- 前記標的応答プロファイルが、がんに対する1つまたは複数の有害な応答および/または有益でない応答を示すまたは以前示した1または複数の標的対象に由来する、請求項122に記載の方法。
- 前記有害な応答および/または有益でない応答が、がん治療または治療の組合せに対する負の臨床応答および/または応答不全を含む、請求項122に記載の方法。
- 前記有害な応答および/または有益でない応答が、がんのクリアランスの欠如、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスの欠如に関連する1つまたは複数の臨床的尺度を含む、請求項122に記載の方法。
- 前記有害な応答および/または有益でない応答が、がんの再燃、再発、および/または転移の少なくとも1つを含む、請求項122に記載の方法。
- 前記有害な応答および/または有益でない応答が、負のがん予後を含む、請求項122に記載の方法。
- 前記有害な応答および/または有益でない応答が、がん治療または治療の組合せに対する1つまたは複数の毒性の応答および/または副作用(例えば、1つまたは複数の測定可能な毒性の応答および/または副作用)を含む、請求項122に記載の方法。
- 前記対象に、がん治療または治療の組合せを施行するステップをさらに含む、請求項112、113、121または122のいずれか一項に記載の方法。
- 腫瘍抗原を同定する方法であって、
a)細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、対象のがんまたは腫瘍細胞において発現される1つまたは複数の突然変異、スプライスバリアント、または転座を含む異なる異種ポリペプチドを含む、ステップと、
b)前記細菌細胞またはビーズを前記対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
c)前記APCを、前記対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示されるポリペプチドによるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドによって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドに対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数のポリペプチドを同定するステップであって、刺激、阻害および/または抑制により、前記ポリペプチドが腫瘍抗原であることが示される、ステップと
を含む方法。 - 腫瘍抗原を選択する方法であって、
a)細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを提供するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、対象のがんまたは腫瘍細胞において発現される1つまたは複数の突然変異、スプライスバリアント、または転座を含む異なる異種ポリペプチドを含む、ステップと、
b)前記細菌細胞またはビーズを前記対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
c)前記APCを、前記対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示されるポリペプチドによるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドによって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドに対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数のポリペプチドを同定するステップであって、刺激、阻害および/または抑制により、前記ポリペプチドが腫瘍抗原であることが示される、ステップと、
f)前記同定された腫瘍抗原の中から、(i)がんに対する少なくとも1つの有益な応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の腫瘍抗原、および/または(ii)がんに対する少なくとも1つの有害な応答および/または有益でない応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップと
を含む方法。 - 前記同定されたポリペプチドの中から、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数のポリペプチドを選択するステップをさらに含む、請求項131に記載の方法。
- 潜在的な腫瘍抗原を選択する方法であって、
a)細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、対象のがんまたは腫瘍細胞において発現される1つまたは複数の突然変異、スプライスバリアント、または転座を含む異種ポリペプチドを含む、ステップと、
b)前記細菌細胞またはビーズを前記対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
c)前記APCを、前記対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示されるポリペプチドによるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドによって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドに対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数のポリペプチドを同定し、刺激、阻害および/または抑制する1つまたは複数のポリペプチドを腫瘍抗原として同定するステップと、
f)前記同定されたポリペプチドの中から、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数のポリペプチドを選択するステップ
を含む方法。 - APCへの曝露の1つまたは複数の前のラウンドを受けた、前記対象由来のリンパ球を用いて、ステップb)からe)まで、またはステップc)からe)を繰り返すステップをさらに含む、請求項133に記載の方法。
- 前記同定された腫瘍抗原の中から、(i)がんに対する少なくとも1つの有益な応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の腫瘍抗原、および/または(ii)がんに対する少なくとも1つの有害な応答および/または有益でない応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップをさらに含む、請求項133または134に記載の方法。
- 前記対象に、前記選択された腫瘍抗原または選択されたポリペプチドまたはその免疫原性断片の1つまたは複数を含む免疫原性組成物を投与するステップをさらに含む、請求項133から135までのいずれかに記載の方法。
- 前記対象に前記選択された腫瘍抗原および選択されたポリペプチドまたはその免疫原性断片の1つまたは複数の組合せを含む免疫原性組成物を投与するステップをさらに含む、請求項133から135までのいずれかに記載の方法。
- 前記対象に、がん治療または治療の組合せを施行するステップをさらに含む、請求項136または137に記載の方法。
- 腫瘍抗原を選択する方法であって、
a)細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、対象のがんまたは腫瘍細胞において発現されるがんまたは腫瘍細胞において発現される1つまたは複数の突然変異、スプライスバリアント、または転座を含む異なる異種ポリペプチドを含む、ステップと、
b)前記細菌細胞またはビーズを前記対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
c)前記APCを、前記対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示されるポリペプチドによるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドによって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドに対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数のポリペプチドを同定し、刺激、阻害および/または抑制する1つまたは複数のポリペプチドを腫瘍抗原として同定するステップと、
f)前記同定された腫瘍抗原の中から、(i)がんに対する少なくとも1つの有害な応答および/または有益でない応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の腫瘍抗原、および/または(ii)がんに対する少なくとも1つの有益な応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップ
を含む方法。 - 前記対象に、前記選択された腫瘍抗原またはその免疫原性断片の1つまたは複数を含まない免疫原性組成物を投与するステップをさらに含む、請求項139に記載の方法。
- 前記対象に、がん治療または治療の組合せを施行するステップをさらに含む、請求項140に記載の方法。
- 前記APCが、前記対象から単離されたヒトAPCである、請求項1から141までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記細菌細胞が、細胞溶解素ポリペプチドをさらに含む、請求項1から142までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記細胞溶解素ポリペプチドが、リステリオリジンO(LLO)である、請求項143に記載の方法。
- 前記APCがアレイにおいて提供され、前記アレイの各位置にある前記APCが、各セットが異なる腫瘍抗原を含む細菌細胞のセットと接触される、請求項1から144までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記APCおよびリンパ球が、末梢血から単離されたものである、請求項1から145までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記APCが、不死化細胞を含む、請求項1から145までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記リンパ球が、がんまたは腫瘍に由来するものである、請求項1から147までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記腫瘍抗原が、がんまたは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、または転座をコードする全長ポリペプチドを含む、請求項1から148までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記腫瘍抗原が、がんまたは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、または転座をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む、請求項1から148までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記腫瘍抗原が、がんまたは腫瘍に存在するウイルスまたは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドを含む、請求項1から148までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記腫瘍抗原が、がんまたは腫瘍に存在するウイルスまたは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む、請求項1から148までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記腫瘍抗原が、がんまたは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドを含む、請求項1から148までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記腫瘍抗原が、がんまたは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む、請求項1から148までのいずれか一項に記載の方法。
- 対象における免疫応答を誘導する方法であって、
a)細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、対象のがんまたは腫瘍細胞において発現される1つまたは複数の突然変異、スプライスバリアント、または転座を含む異なる異種ポリペプチドを含む、ステップと、
b)前記細菌細胞またはビーズを前記対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
c)前記APCを、前記対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示されるポリペプチドによるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドによって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドに対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数のポリペプチドを同定し、刺激、阻害および/または抑制するポリペプチドを腫瘍抗原として同定するステップと、
f)前記同定された腫瘍抗原の中から、(i)がんに対する少なくとも1つの有益な応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の腫瘍抗原、および/または(ii)がんに対する少なくとも1つの有害な応答および/または有益でない応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップと、
g)前記対象に、前記選択された抗原またはその免疫原性断片の1つまたは複数を含む免疫原性組成物を投与するステップと
を含む方法。 - 対象における免疫応答を誘導する方法であって、
a)細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、対象のがんまたは腫瘍細胞において発現される1つまたは複数の突然変異、スプライスバリアント、または転座を含む異なる異種ポリペプチドを含む、ステップと、
b)前記細菌細胞またはビーズを前記対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
c)前記APCを、前記対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示されるポリペプチドによるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドによって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドに対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数のポリペプチドを同定するステップであって、刺激、阻害および/または抑制により、前記ポリペプチドが腫瘍抗原であることが示される、ステップと、
f)前記同定されたポリペプチドの中から、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数のポリペプチドを選択するステップと、
g)前記対象に、前記選択されたポリペプチドまたはその免疫原性断片の1つまたは複数を含む免疫原性組成物を投与するステップと
を含む方法。 - 対象における免疫応答を誘導する方法であって、
a)細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、対象のがんまたは腫瘍細胞において発現される1つまたは複数の突然変異、スプライスバリアント、または転座を含む異なる異種ポリペプチドを含む、ステップと、
b)前記細菌細胞またはビーズを前記対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
c)前記APCを、前記対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示されるポリペプチドによるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドによって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドに対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数のポリペプチドを同定するステップであって、刺激、阻害および/または抑制により、前記ポリペプチドが腫瘍抗原であることが示される、ステップと、
f)前記同定された腫瘍抗原およびポリペプチドから、(i)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数のポリペプチド、(ii)がんに対する少なくとも1つの有益な応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の腫瘍抗原、および/または(iii)がんに対する少なくとも1つの有害な応答および/または有益でない応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップと、
g)前記対象に、前記選択された腫瘍抗原およびポリペプチドまたはその免疫原性断片の1つまたは複数を含む免疫原性組成物を投与するステップと
を含む方法。 - 対象における免疫応答を誘導する方法であって、
a)細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、対象のがんまたは腫瘍細胞において発現される1つまたは複数の突然変異、スプライスバリアント、または転座を含む異なる異種ポリペプチドを含む、ステップと、
b)前記細菌細胞またはビーズを前記対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
c)前記APCを、前記対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示されるポリペプチドによるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
d)1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドによって活性化されるのか、または1つまたは複数のAPCによって提示される1つまたは複数のポリペプチドに対して応答性ではないのかを、例えば、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベル(例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下)を評価する(例えば、検出または測定する)ことによって決定するステップと、
e)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数のポリペプチドを同定し、刺激、阻害および/または抑制するポリペプチドを腫瘍抗原として同定するステップと、
f)前記同定された腫瘍抗原の中から、(i)がんに対する少なくとも1つの有害な応答および/または有益でない応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の腫瘍抗原、および/または(ii)がんに対する少なくとも1つの有益な応答に関連する1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップと、
g)前記対象に、前記選択された抗原またはその免疫原性断片の1つまたは複数を含まない免疫原性組成物を投与するステップと
を含む方法。 - 前記対象に、がん治療または治療の組合せを施行するステップをさらに含む、請求項156から158までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記複数の腫瘍抗原が、少なくとも1種、3種、5種、10種、15種、20種、25種、30種、50種、100種、150種、250種、500種、750種、1000種またはそれよりも多くの異なる腫瘍抗原、またはその一部分を含む、請求項1から159までのいずれか一項に記載の方法。
- 1つまたは複数のリンパ球が、1つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または1つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを決定するステップが、1つまたは複数の免疫メディエーターのレベルを測定することを含む、請求項1から160までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記1つまたは複数の免疫メディエーターが、前記リンパ球によって発現されるサイトカイン、可溶性メディエーター、および細胞表面マーカーからなる群から選択される、請求項1から161までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記1つまたは複数の免疫メディエーターが、サイトカインである、請求項1から162までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記1つまたは複数のサイトカインが、TRAIL、IFN−ガンマ、IL−12p70、IL−2、TNF−アルファ、MIP1−アルファ、MIP1−ベータ、CXCL9、CXCL10、MCP1、RANTES、IL−1ベータ、IL−4、IL−6、IL−8、IL−9、IL−10、IL−13、IL−15、CXCL11、IL−3、IL−5、IL−17、IL−18、IL−21、IL−22、IL−23A、IL−24、IL−27、IL−31、IL−32、TGF−ベータ、CSF、GM−CSF、TRANCE(RANK Lとしても公知)、MIP3−アルファ、およびフラクタルカインからなる群から選択される、請求項163に記載の方法。
- 前記1つまたは複数の免疫メディエーターが、可溶性メディエーターである、請求項1から164までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記1つまたは複数の可溶性メディエーターが、グランザイムA、グランザイムB、sFas、sFasL、パーフォリン、およびグラニュライシンからなる群から選択される、請求項165に記載の方法。
- 前記1つまたは複数の免疫メディエーターが、細胞表面マーカーである、請求項1から164までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記1つまたは複数の細胞表面マーカーが、CD107a、CD107b、CD25、CD69、CD45RA、CD45RO、CD137(4−1BB)、CD44、CD62L、CD27、CCR7、CD154(CD40L)、KLRG−1、CD71、HLA−DR、CD122(IL−2RB)、CD28、IL7Ra(CD127)、CD38、CD26、CD134(OX−40)、CTLA−4(CD152)、LAG−3、TIM−3(CD366)、CD39、PD1(CD279)、FoxP3、TIGIT、CD160、BTLA、2B4(CD244)、およびKLRG1からなる群から選択される、請求項167に記載の方法。
- 前記リンパ球が、CD4+T細胞を含む、請求項1から168までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記リンパ球が、CD8+T細胞を含む、請求項1から168までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記リンパ球が、NKT細胞、ガンマ−デルタT細胞、またはNK細胞を含む、請求項1から168までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記リンパ球が、CD4+T細胞、CD8+T細胞、NKT細胞、ガンマ−デルタT細胞、およびNK細胞の任意の組合せを含む、請求項1から168までのいずれか一項に記載の方法。
- リンパ球活性化が、対照レベルよりも少なくとも20%、40%、60%、80%、100%、120%、140%、160%、180%、または200%高いまたは低い、1つまたは複数の発現または分泌された免疫メディエーターのレベルを評価することにより決定される、請求項1から172までのいずれか一項に記載の方法。
- リンパ球活性化が、対照レベルの平均よりも少なくとも1、2、または3標準偏差高いまたは低い、1つまたは複数の発現または分泌された免疫メディエーターのレベルを評価することにより決定される、請求項1から172までのいずれか一項に記載の方法。
- リンパ球活性化が、対照に対する応答レベル中央値よりも少なくとも1、2、3、4または5中央絶対偏差(MAD)高いまたは低い、1つまたは複数の発現または分泌された免疫メディエーターのレベルを評価することにより決定される、請求項1から172までのいずれか一項に記載の方法。
- リンパ球非応答性が、1つまたは複数の発現または分泌された免疫メディエーターのレベルが対照レベルの5%以内、10%、15%、または20%であることを評価することにより決定される、請求項1から172までのいずれか一項に記載の方法。
- リンパ球非応答性が、対照レベルの平均よりも1標準偏差未満または2標準偏差未満高いまたは低い、1つまたは複数の発現または分泌された免疫メディエーターのレベルを評価することにより決定される、請求項1から172までのいずれか一項に記載の方法。
- リンパ球非応答性が、対照に対する応答レベル中央値よりも1中央絶対偏差(MAD)未満または2中央絶対偏差(MAD)よりも高いまたはそれよりも低い、1つまたは複数の発現または分泌された免疫メディエーターのレベルを評価することにより決定される、請求項1から172までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記対象応答プロファイルが、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の異なる腫瘍抗原を含む、請求項1から178までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記対象応答プロファイルが、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の異なる腫瘍抗原を含む、請求項1から178までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記対象応答プロファイルが、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の異なる腫瘍抗原を含む、請求項1から178までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記対象応答プロファイルが、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の異なる腫瘍抗原の組合せを含む、請求項1から178までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記標的応答プロファイルが、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる1つまたは複数の異なる腫瘍抗原を含む、請求項1から182までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記標的応答プロファイルが、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する1つまたは複数の異なる腫瘍抗原を含む、請求項1から182までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記標的応答プロファイルが、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の異なる腫瘍抗原を含む、請求項1から182までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記標的応答プロファイルが、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である1つまたは複数の異なる腫瘍抗原の組合せを含む、請求項1から182までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記標的応答プロファイルが、前記がん治療に臨床的に応答する対象の集団由来の、または前記がん治療に臨床的に応答することができない対象由来の、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを上昇させる異なる腫瘍抗原の平均数を含む、請求項1から182までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記標的応答プロファイルが、前記がん治療に臨床的に応答する対象の集団由来の、または前記がん治療に臨床的に応答することができない対象由来の1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルを阻害および/または抑制する異なる腫瘍抗原の平均数を含む、請求項1から182までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記標的応答プロファイルが、前記がん治療に臨床的に応答する対象の集団由来の、または前記がん治療に臨床的に応答することができない対象由来の、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である異なる腫瘍抗原の平均数を含む、請求項1から182までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記標的応答プロファイルが、前記がん治療に臨床的に応答する対象の集団由来の、または前記がん治療に臨床的に応答することができない対象の集団由来の、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小である異なる腫瘍抗原の組合せを含む、請求項1から182までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記対象応答プロファイルの腫瘍抗原の数が、前記標的応答プロファイルの抗原の数と1以下、2以下、3以下、4以下、5以下、または10以下異なる場合、前記対象応答プロファイルが前記標的応答プロファイルと類似している、請求項1から190までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記対象応答プロファイルが、活性化リンパ球および/または非応答性リンパ球によって発現および/または分泌される複数のサイトカインのそれぞれに対する異なる腫瘍抗原の数を含む、請求項1から191までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記標的応答プロファイルが、対応する複数のサイトカインのそれぞれに対する抗原の数を含む、請求項192に記載の方法。
- 前記標的応答プロファイルが、前記がん治療に臨床的に応答する対象の集団由来の活性化リンパ球および/または非応答性リンパ球によって発現および/または分泌される、対応する複数のサイトカインのそれぞれに対する抗原の平均数を含む、請求項192に記載の方法。
- 前記標的応答プロファイルが、前記がん治療に臨床的に応答することができない対象の集団由来の活性化リンパ球および/または非応答性リンパ球によって発現および/または分泌される、対応する複数のサイトカインのそれぞれに対する抗原の平均数を含む、請求項192に記載の方法。
- 前記標的応答プロファイルが、前記がん治療に臨床的に応答する対象の集団由来の、または前記がん治療に臨床的に応答することができない対象の集団由来の活性化リンパ球および/または非応答性リンパ球によって発現および/または分泌される、対応する複数のサイトカインのそれぞれに対する抗原の組合せを含む、請求項192に記載の方法。
- 前記対象応答プロファイルの複数のサイトカインのうちの少なくとも2つに対する腫瘍抗原の数が、前記標的応答プロファイルの対応する複数のサイトカインに対する抗原の数と1以下、2以下、3以下、4以下、5以下、または10以下異なるである場合、前記対象応答プロファイルが前記標的応答プロファイルと類似している、請求項1から190までのいずれか一項に記載の方法。
- 対象が、前記がん治療に対する臨床的応答性の尺度または指標の少なくとも1つを示す、請求項1から197までのいずれか一項に記載の方法。
- 対象が、前記がん治療に対する臨床的応答不全の尺度または指標の少なくとも1つを示す、請求項1から197までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記がん治療が、免疫チェックポイント遮断治療を含む、請求項1から199までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記免疫チェックポイント遮断治療が、ペムブロリズマブ、ニボルマブ、イピリムマブ、アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、トレメリムマブ、またはセミプリマブの投与を含む、請求項200に記載の方法。
- 前記免疫チェックポイント遮断治療が、2つまたはそれよりも多くの免疫チェックポイント阻害剤の投与を含む、請求項200または201に記載の方法。
- 前記がん治療が、免疫抑制遮断治療を含む、請求項1から202までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記免疫抑制遮断治療が、Vista(B7−H5、T細胞活性化のv−ドメインIgサプレッサー)阻害剤、Lag−3(リンパ球活性化遺伝子3、CD223)阻害剤、IDO(インドールアミン−ピロール−2,3−ジオキシゲナーゼ−1,2)阻害剤、またはKIR受容体ファミリー(キラー細胞免疫グロブリン様受容体)阻害剤、CD47阻害剤、またはTigit(IgおよびITIMドメインを有するT細胞免疫受容体)阻害剤の投与を含む、請求項203に記載の方法。
- 前記免疫抑制遮断治療が、2つまたはそれよりも多くの免疫抑制阻害剤の投与を含む、請求項203または204に記載の方法。
- 前記がん治療が、免疫活性化治療を含む、請求項1から205までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記免疫活性化治療が、CD40アゴニスト、GITR(グルココルチコイド誘導性TNF−R関連タンパク質、CD357)アゴニスト、OX40(CD134)アゴニスト、4−1BB(CD137)アゴニスト、ICOS(誘導性T細胞刺激物質、CD278)アゴニスト、IL−2(インターロイキン2)アゴニスト、またはインターフェロンアゴニストの投与を含む、請求項206に記載の方法。
- 免疫活性化が、2つまたはそれよりも多くの免疫活性化因子の投与を含む、請求項206または207に記載の方法。
- 前記がん治療が、アジュバント治療を含む、請求項1から208までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記アジュバント治療が、TLRアゴニスト(例えば、CpGまたはポリI:C)、STINGアゴニスト、自然免疫の非特異的刺激、樹状細胞、GM−CSF、IL−12、IL−7、Flt−3、または他のサイトカインの投与を含む、請求項209に記載の方法。
- 前記がん治療が、腫瘍溶解性ウイルス治療を含む、請求項1から210までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記腫瘍溶解性ウイルス治療が、タリモジーン・ラハーパレプベックの投与を含む、請求項211に記載の方法。
- 前記がん治療が、1つまたは複数の化学療法剤の投与を含む、請求項1から212までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記がん治療が、放射線照射を含む、請求項1から213までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記がん治療が、外科的切除を含む、請求項1から214までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記がん治療が、細胞に基づく治療を含む、請求項1から215までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記細胞に基づく治療が、樹状細胞、キメラ抗原受容体T(CAR−T)細胞、T細胞受容体形質導入細胞、腫瘍浸潤性リンパ球(TIL)、またはナチュラルキラー(NK)細胞の投与を含む、請求項216に記載の方法。
- 前記がん治療が、局所温熱療法または低温療法を含む、請求項1から217までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記がん治療が、1つまたは複数の抗腫瘍抗体の投与を含む、請求項1から218までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記抗腫瘍抗体が、二重特異性抗体を含む、請求項219に記載の方法。
- 前記がん治療が、1つまたは複数の抗血管新生剤の投与を含む、請求項1から220までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記がん治療が、免疫チェックポイント遮断による治療、免疫抑制遮断による治療、免疫活性化による治療、アジュバント治療、腫瘍溶解性ウイルスによる治療、化学療法薬による治療、放射線照射による治療、外科的治療、細胞に基づく治療、温熱療法による治療、低温療法による治療、抗腫瘍抗体による治療、および抗血管新生治療の任意の組合せを含む、請求項1から221までのいずれか一項に記載の方法。
- 1つまたは複数の選択された抗原を用いて対象における免疫応答を誘導する方法であって、
a)複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、
b)前記細菌細胞またはビーズを第1の対象由来の抗原提示細胞(APC)と接触させるステップであって、前記APCが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
c)前記APCを、前記第1の対象由来のリンパ球と、1つまたは複数のAPCによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の刺激または阻害および/もしくは抑制に適した条件下で接触させるステップと、
d)リンパ球を刺激する1つまたは複数の刺激性腫瘍抗原を同定し、リンパ球を刺激しない1つまたは複数の非刺激性腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを生成するステップと、
e)前記対象応答プロファイルを標的応答プロファイルと比較するステップであって、前記標的応答プロファイルが、がん治療に臨床的に応答する第2の対象由来のものであり、前記標的応答プロファイルが、リンパ球を刺激する1つまたは複数の同定された刺激性腫瘍抗原を含み、かつ、リンパ球を刺激しない1つまたは複数の同定された非刺激性腫瘍抗原を含む、ステップと、
f)1つまたは複数の抗原を選択するステップであって、前記1つまたは複数の抗原が前記対象応答プロファイルにおいて非刺激性であると同定され、同じ1つまたは複数の抗原が前記標的応答プロファイルにおいて刺激性であると同定される、ステップと、
g)前記第1の対象に、前記選択された抗原の1つまたは複数を含む免疫原性組成物を投与するステップと
を含む方法。 - がん治療を前記対象に施行するステップをさらに含む、請求項223に記載の方法。
- 前記対象応答プロファイルが、前記複数の腫瘍抗原に関連する前記1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む、請求項223または224に記載の方法。
- 請求項1から225までのいずれか一項に従って得られたまたは作成された標的応答プロファイルの1つまたは複数の抗原を含む本発明の免疫原性組成物。
- 請求項1から225までのいずれか一項に従って選択された1つまたは複数の抗原を含む本発明の免疫原性組成物。
- (i)1つまたは複数のヘパラナーゼポリペプチドまたはその免疫原性断片および(ii)SMAD4ポリペプチドまたはその免疫原性断片を含む免疫原性組成物。
- 前記1つまたは複数のヘパラナーゼポリペプチドまたは断片および前記SMAD4ポリペプチドまたは断片が、それぞれ8〜29アミノ酸の長さである、請求項228に記載の免疫原性組成物。
- 前記ヘパラナーゼポリペプチドが、配列番号6または配列番号7のアミノ酸配列を含む、請求項229または229に記載の免疫原性組成物。
- 前記SMAD4ポリペプチドが、配列番号8のアミノ酸配列を含む、請求項228から230までのいずれか一項に記載の免疫原性組成物。
- 配列番号6、配列番号7、または配列番号8のアミノ酸の総数の約70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、または99%からなる1つまたは複数の免疫原性断片を含む、請求項228から231までのいずれか一項に記載の免疫原性組成物。
- 約1アミノ酸、約2アミノ酸、約3アミノ酸、約4アミノ酸、約5アミノ酸、約10アミノ酸、約15アミノ酸、約20アミノ酸、約25アミノ酸、約30アミノ酸、約35アミノ酸、約40アミノ酸、約45アミノ酸、約50アミノ酸、またはそれよりも多くのアミノ酸を欠く配列番号6、配列番号7、または配列番号8からなる1つまたは複数の免疫原性断片を含む、請求項228から232までのいずれか一項に記載の免疫原性組成物。
- 前記1つまたは複数のヘパラナーゼポリペプチドが、配列番号6または配列番号7と少なくとも85%、90%、95%、97%、または99%同一であるアミノ酸配列を含む、請求項228から233までのいずれか一項に記載の免疫原性組成物。
- 前記SMAD4ポリペプチドが、配列番号8と少なくとも85%、90%、95%、97%、または99%同一であるアミノ酸配列を含む、請求項228から234までのいずれか一項に記載の免疫原性組成物。
- ヘパラナーゼアイソフォーム1ポリペプチドまたは免疫原性断片、ヘパラナーゼアイソフォーム2ポリペプチドまたは免疫原性断片、およびSMAD4ポリペプチドまたは免疫原性断片を含む免疫原性組成物。
- 前記ヘパラナーゼアイソフォーム1ポリペプチドまたは免疫原性断片、前記ヘパラナーゼアイソフォーム2ポリペプチドまたは免疫原性断片および前記SMAD4ポリペプチドまたは免疫原性断片が、それぞれ8〜29アミノ酸の長さである、請求項236に記載の免疫原性組成物。
- 前記ヘパラナーゼアイソフォーム1ポリペプチドが、配列番号1のアミノ酸配列を含み、前記ヘパラナーゼアイソフォーム2ポリペプチドが、配列番号2のアミノ酸配列を含む、請求項236または237に記載の免疫原性組成物。
- 前記SMAD4ポリペプチドが、配列番号3のアミノ酸配列を含む、請求項236から238までのいずれか一項に記載の免疫原性組成物。
- 配列番号6、配列番号7、または配列番号8のアミノ酸の総数の約70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、または99%からなる1つまたは複数の免疫原性断片を含む、請求項236から239までのいずれか一項に記載の免疫原性組成物。
- 約1アミノ酸、約2アミノ酸、約3アミノ酸、約4アミノ酸、約5アミノ酸、約10アミノ酸、約15アミノ酸、約20アミノ酸、約25アミノ酸、約30アミノ酸、約35アミノ酸、約40アミノ酸、約45アミノ酸、約50アミノ酸、またはそれよりも多くのアミノ酸を欠く配列番号6、配列番号7、または配列番号8からなる1つまたは複数の免疫原性断片を含む、請求項236から240までのいずれか一項に記載の免疫原性組成物。
- 前記ヘパラナーゼアイソフォーム1ポリペプチドが、配列番号6と少なくとも85%、90%、95%、97%、または99%同一であるアミノ酸配列を含み、前記ヘパラナーゼアイソフォーム1ポリペプチドが、配列番号7と少なくとも85%、90%、95%、97%、または99%同一であるアミノ酸配列を含む、請求項236から241までのいずれか一項に記載の免疫原性組成物。
- 前記SMAD4ポリペプチドが、配列番号8と少なくとも85%、90%、95%、97%、または99%同一であるアミノ酸配列を含む、請求項236から242までのいずれか一項に記載の免疫原性組成物。
- アジュバントをさらに含む、請求項288から242までのいずれか一項に記載の免疫原性組成物。
- がんを処置する方法であって、対象に請求項228から244までのいずれか一項に記載の免疫原性組成物を投与するステップを含む方法。
- 前記対象が、がんを有するかもしくはがんのリスクがあり、および/または1つまたは複数のがんの徴候または症状を示し、および/または1つまたは複数のがんの危険因子を示す、請求項245に記載の方法。
- 前記がんが、結腸直腸がん、黒色腫、または肺がんである、請求項245または246に記載の方法。
- 対象における免疫応答を誘導する方法であって、対象に請求項228から244までのいずれか一項に記載の免疫原性組成物を投与するステップを含む方法。
- 前記免疫応答が、1つまたは複数のリンパ球の活性化を含む、請求項248に記載の方法。
- 前記1つまたは複数のリンパ球が、CD4+T細胞を含む、請求項249に記載の方法。
- 前記1つまたは複数のリンパ球が、CD8+T細胞を含む、請求項249または250に記載の方法。
- 前記1つまたは複数のリンパ球が、NKT細胞、ガンマ−デルタT細胞、またはNK細胞を含む、請求項249から251までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記1つまたは複数のリンパ球が、CD4+T細胞、CD8+T細胞、NKT細胞、ガンマ−デルタT細胞、およびNK細胞の任意の組合せを含む、請求項249から252までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記免疫応答が、対照と比べた1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌の増大を含む、請求項248に記載の方法。
- リンパ球シグナル伝達分子が免疫メディエーターの中から選択される、請求項254に記載の方法。
- 前記1つまたは複数の免疫メディエーターが、サイトカインである、請求項254または255に記載の方法。
- 前記1つまたは複数のサイトカインが、TRAIL、IFN−ガンマ、IL−12p70、IL−2、TNF−アルファ、MIP1−アルファ、MIP1−ベータ、CXCL9、CXCL10、MCP1、RANTES、IL−1ベータ、IL−4、IL−6、IL−8、IL−9、IL−10、IL−13、IL−15、CXCL11、IL−3、IL−5、IL−17、IL−18、IL−21、IL−22、IL−23A、IL−24、IL−27、IL−31、IL−32、TGF−ベータ、CSF、GM−CSF、TRANCE(RANK Lとしても公知)、MIP3−アルファ、MCP1、およびフラクタルカインから選択される、請求項255または256に記載の方法。
- 前記1つまたは複数の免疫メディエーターが、可溶性メディエーターである、請求項254または255に記載の方法。
- 前記1つまたは複数の可溶性メディエーターが、グランザイムA、グランザイムB、sFas、sFasL、パーフォリン、およびグラニュライシンから選択される、請求項255または258に記載の方法。
- 前記1つまたは複数の免疫メディエーターが、細胞表面マーカーである、請求項254または255に記載の方法。
- 前記1つまたは複数の細胞表面マーカーが、CD107a、CD107b、CD25、CD69、CD45RA、CD45RO、CD137(4−1BB)、CD44、CD62L、CD27、CCR7、CD154(CD40L)、KLRG−1、CD71、HLA−DR、CD122(IL−2RB)、CD28、IL7Ra(CD127)、CD38、CD26、CD134(OX−40)、CTLA−4(CD152)、LAG−3、TIM−3(CD366)、CD39、PD1(CD279)、FoxP3、TIGIT、CD160、BTLA、2B4(CD244)、およびKLRG1から選択される、請求項255または260に記載の方法。
- 1つまたは複数の発現または分泌された免疫メディエーターのレベルが、対照レベルよりも少なくとも20%、40%、60%、80%、100%、120%、140%、160%、180%、または200%高い、請求項248から261までのいずれか一項に記載の方法。
- 対照レベルの平均よりも少なくとも1、2、または3標準偏差高い、1つまたは複数の発現または分泌された免疫メディエーターのレベルが、リンパ球活性化を示す、請求項248から261までのいずれか一項に記載の方法。
- 対照に対する応答レベル中央値よりも少なくとも1、2、3、4または5中央絶対偏差(MAD)高いまたは低い、1つまたは複数の発現または分泌された免疫メディエーターのレベルが、リンパ球活性化を示す、請求項248から261までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記免疫応答が、体液性応答および/または細胞応答を含む、請求項248に記載の方法。
- 前記体液性応答が、応答の大きさの増大または抗原特異的免疫グロブリンG(IgG)レベルおよび/または抗原特異的中和抗体レベルのベースラインからの倍の上昇を含む、請求項254に記載の方法。
- 前記体液性応答が、IgG力価のベースラインから4倍またはそれよりも大きな上昇を含む、請求項265または266に記載の方法。
- 前記体液性応答が、50%中和抗体力価のベースラインから2倍またはそれよりも大きな上昇を含む、請求項265から267までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記細胞応答が、グランザイムB(GrB)の分泌を含む、請求項265から268までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記細胞応答が、応答の大きさの増大またはグランザイムB(GrB)レベルのベースラインからの倍の上昇を含む、請求項265から269までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記細胞応答が、T細胞のIFN−ガンマ分泌の増大を含む、請求項265から270までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記対象が、がんを有するかもしくはがんのリスクがあり、および/または1つまたは複数のがんの徴候または症状を示し、および/または1つまたは複数のがんの危険因子を示す、請求項248から271までのいずれか一項に記載の方法。
- 前記がんが、結腸直腸がん、黒色腫、または肺がんである、請求項272に記載の方法。
- 免疫原性組成物を製造するための方法であって、請求項1から255までに記載の方法によって同定された1つまたは複数の抗原と担体を組み合わせるステップを含む方法。
- 前記抗原が、適切な宿主細胞において組換えDNA技術を使用して産生される、請求項274に記載の方法。
- 前記免疫原性組成物を医薬組成物として製剤化するステップを含む、請求項274または275に記載の方法。
- それを必要とする対象に投与するための免疫原性組成物を製造するための方法であって、
a.複数の抗原を含む複数の抗原性組成物を提供する、調製する、または得るステップであって、各組成物が、異なる抗原を含む、ステップと、
b.標的応答プロファイルを提供する、調製する、または得るステップであって、前記標的応答プロファイルが、前記複数の抗原に関連する(例えば、それと共に決定、測定、観察される)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む、ステップと、
c.対象応答プロファイルを提供する、調製する、または得るステップであって、前記対象応答プロファイルが、前記複数の抗原に関連する(例えば、それと共に決定、測定、観察される)1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルの表示を含む、ステップと、
d.前記標的応答プロファイルと前記対象応答プロファイルを比較するステップと、
e.前記比較に基づいて1つまたは複数の抗原を選択するステップと、
f.前記1つまたは複数の選択された抗原を含む1つまたは複数の抗原性組成物の少なくとも一部分を医薬組成物として製剤化するステップと
を含む方法。 - 前記選択するステップが、がんに対する有益な応答に関連する免疫メディエーターの発現または分泌を増大させる1つまたは複数の抗原、ならびに/または、がんに対する有害な応答または有益でない応答に関連する免疫メディエーターの発現または分泌を阻害および/または抑制する1つまたは複数の抗原を選択することを含む、請求項277に記載の方法。
- 前記複数の抗原性組成物が、溶液であるか、凍結乾燥されたものであるか、または合成マトリックス上にある、請求項277または278に記載の方法。
- それを必要とする対象に投与するための免疫原性組成物を製造する方法であって、
請求項1から225までのいずれか一項に記載の方法によって同定された1つまたは複数の抗原またはその断片を調製するステップと、
1つまたは複数の抗原またはその断片を組み合わせるステップであって、前記1つまたは複数の抗原またはその断片が、前記対象の応答プロファイルに従って選択される、ステップと、
前記免疫原性組成物を医薬組成物として製剤化するステップと
を含む方法。 - それを必要とする対象に投与するための免疫原性組成物を製造する方法であって、
請求項1から225までのいずれか一項に記載の方法によって同定された1つまたは複数の抗原またはその断片を調製するステップと、
1つまたは複数の抗原またはその断片を組み合わせるステップであって、前記1つまたは複数の抗原またはその断片は、前記1つまたは複数の抗原が前記対象のリンパ球により、1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌を、刺激、阻害および/もしくは抑制する、ならびに/または1つまたは複数の免疫メディエーターの発現および/または分泌のレベルに対する影響が最小であることが示されているか否かに従って選択される、ステップと、
前記免疫原性組成物を医薬組成物として製剤化するステップと
を含む方法。 - それを必要とする対象に投与するための免疫原性組成物を製造する方法であって、
請求項1から225までのいずれか一項に記載の方法によって同定された1つまたは複数の抗原またはその断片を調製するステップと、
1つまたは複数の抗原またはその断片を組み合わせるステップであって、前記1つまたは複数の抗原またはその断片が、前記対象の応答プロファイルに従って選択される、ステップと、
前記免疫原性組成物を医薬組成物として製剤化するステップと
を含む方法。
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"Genome-scale neoantigen using ATLAS(TM) prioritizes candidates for immunotherapy in a non-small cell", 31ST ANNUAL MEETING ABSTRACTS SITC 2016, JPN6022009549, November 2016 (2016-11-01), pages 331 - 332, ISSN: 0004909838 * |
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