JP2023017930A - 免疫調節タンパク質発現のための多重遺伝子構築物および使用方法 - Google Patents

免疫調節タンパク質発現のための多重遺伝子構築物および使用方法 Download PDF

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Abstract

【課題】免疫調節タンパク質発現のための多重遺伝子構築物および使用方法の提供。【解決手段】IL-12 p35およびIL-12 p40タンパク質をコードする発現ベクター構築物が提供され、各タンパク質またはその成分は、適切なプロモーターおよび/または翻訳修飾因子を利用して発現され得る。発現ベクターについての使用方法も提供される。P-A-T-A’によって表される式を含む発現ベクターが記載され、Pはプロモーターであり、Aはヒトインターロイキン-12(IL-12)p35をコードし、TはP2A翻訳修飾要素をコードし、A’はヒトIL-12p40をコードする。【選択図】なし

Description

関連出願の相互参照
本出願は、2018年12月11日に出願された米国仮出願第62/778,027号の優先権を主張し、それは参照により本明細書に組み込まれる。
EFS WEBを介してテキストファイルとして提出された配列表への参照
本明細書に添付して電子的に提出された配列表も、参照によってその全体が本明細書に組み込まれる(ファイル名:541462_SequenceListing_ST25.txt、作成日:2019年12月10日、ファイルサイズ:57KB)。
治療的に活性な多量体の融合ポリペプチドをコードする3つの遺伝子の腫瘍内送達のための組換え発現ベクターが記載される。翻訳調節要素によって分離されたポリペプチドをコードする核酸が提供される。送達方法も提供される。
E.coliプラスミドは、研究者および業界で使用される組換えDNA分子の重要な供給源であった。今日、プラスミドDNAは、次世代のバイオテクノロジー製品(例えば、遺伝子医薬品およびDNAワクチン)が臨床試験に、最終的には医薬品市場へと前進するにつれて、益々重要になっている。発現プラスミドDNAは、治療が必要とされる患者における部位、例えば腫瘍に治療的タンパク質を送達するためのビヒクルとしての用途を見出し得る。
この「腫瘍内送達」とは、たびたび腫瘍微小環境への免疫調節剤の送達を含むことがある。免疫療法は、腫瘍を治療するための手術、化学療法、および放射線療法に続く4番目の方法として最近注目を集めている。免疫療法は、ヒトに固有の免疫力を利用しているため、患者の身体的負担は、免疫療法の方が他の療法よりも少ないと言われている。免疫療法として知られる治療的アプローチは、例えば、外因的に誘導された細胞傷害性Tリンパ球(CTL)または末梢血リンパ球から様々な方法を使用する拡張培養によって得られるリンホカイン活性化細胞、ナチュラルキラーT細胞またはγδT細胞などの細胞が転移される細胞転移療法、抗原特異的CTLのインビボ誘導が期待される樹状細胞転移療法またはペプチドワクチン療法、Th1細胞療法、および様々な効果が期待される遺伝子をエクスビボで上記細胞に導入し、インビボでそれらを転移する免疫遺伝子療法を含む。これらの免疫療法において、CD4陽性T細胞およびCD8陽性T細胞が重要な役割を果たすことが伝統的に知られている。
インビボエレクトロポレーションは、プラスミドDNAを多くの異なる組織に効率的に送達するために首尾よく使用されてきた遺伝子送達技術である。研究によって、B16メラノーマおよび他の腫瘍組織にプラスミドDNAを送達するためのインビボエレクトロポレーションの実施が報告されてきた。プラスミドによってコードされる遺伝子またはcDNAの全身的および局所的発現は、インビボエレクトロポレーションの実施により得ることができる。インビボエレクトロポレーションの使用は、腫瘍組織におけるプラスミドDNAの取り込みを増強し、腫瘍内での発現をもたらし、プラスミドを筋肉組織に送達し、全身のサイトカイン発現をもたらす。
エレクトロポレーションは、インビボでプラスミドDNAを細胞にトランスフェクションするために使用し得ることが示されている。最近の研究は、エレクトロポレーションが抗腫瘍剤としてのプラスミドDNAの送達を増強することができることを示した。エレクトロポレーションは、げっ歯類モデルにおける肝細胞癌、腺癌、乳癌、扁平上皮細胞癌、およびB16.F10黒色腫の治療のために施されてきた。B16.F10マウス黒色腫モデルは、組換えタンパク質として、または遺伝子療法によってサイトカインを含む免疫調節分子を送達するための潜在的な免疫療法プロトコルをテストするために広く使用されている。
当技術分野で知られている様々なプロトコルは、癌の治療のためのインビボエレクトロポレーションを利用する免疫調節タンパク質をコードするプラスミドの送達に利用され得る。当技術分野で知られているプロトコルは、低電圧および長パルス電流を利用する、腫瘍内および筋肉内の両方でのインビボエレクトロポレーション媒介サイトカインベースの遺伝子療法を述べている。
癌免疫サイクルのさまざまな段階を含む併用免疫療法は、腫瘍細胞が免疫系による排除を回避する複数のメカニズムを標的とすることにより、免疫回避を防ぐ能力を高める可能性があり、より広い患者集団において改善された有効性を提供し得る相乗効果を有する。多くの場合、これらの併用治療的免疫調節タンパク質は、1つ以上のホモまたはヘテロ二量体鎖、例えば、IL-12、遺伝的アジュバントをコードする融合タンパク質、および腫瘍またはウイルス抗原を含む複雑な分子である。治療学としての複数のタンパク質の投与は、複雑で費用がかかる。発現プラスミドを使用した複数のコードされたタンパク質の腫瘍内送達の使用は、より単純でより費用効果が高い。さらに、適切な翻訳要素および最適化されたエレクトロポレーションパラメーターの使用は、ヘテロ二量体免疫刺激性サイトカインを含む複数のタンパク質の発現の改善をもたらし、プラスミド治療薬の治療的投与の頻度を減らし得る。ただし、現在の発現プラスミド構築物は、各免疫調節タンパク質の適切な産生の必要性に対処していない。適切に配置されたプロモーターおよび翻訳修飾因子を有し、ヘテロ二量体サイトカインIL-12のみをコードし、腫瘍抗原に融合されたFLT3リガンドを有する発現ベクターを提供することによってこの必要性に対処する化合物および化合物を使用する方法が記載される。
P-A-T-A’によって表される式を含む発現ベクターが記載され、Pはプロモーターであり、Aはヒトインターロイキン-12(IL-12)p35をコードし、TはP2A翻訳修飾要素をコードし、A’はヒトIL-12p40をコードする。A、T、およびA’は、単一のプロモーターに機能的に連結されている。いくつかの実施形態において、発現ベクターはプラスミドである。いくつかの実施形態において、発現ベクターは、配列番号8、配列番号13、または配列番号14の核酸配列を含む。いくつかの実施形態において、発現ベクターは、配列番号9のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列をコードする。腫瘍細胞などの細胞に送達されると、記載の発現ベクターは、単一のポリシストロンメッセージからヒトIL-12p35(hIL-12p35)およびヒトIL-12p40(hIL-12p40)を発現する。hIL-12p35およびhIL-12p40タンパク質は、細胞から分泌され、活性なIL-12p70ヘテロ二本鎖を形成する。
少なくとも1回の腫瘍内エレクトロポレーションパルスを使用して、腫瘍への記載の発現ベクターのうちの1つ以上の送達を含む、対象における腫瘍を治療する方法も記載される。いくつかの実施形態において、腫瘍内エレクトロポレーションパルスは、約200V/cm~1500V/cmの場の強度を有する。いくつかの実施形態において、対象はヒトである。いくつかの実施形態において、腫瘍は、黒色腫、トリプルネガティブ乳癌、メルケル細胞癌、皮膚T細胞リンパ腫(CTCL)、および頭頸部扁平上皮細胞癌(HNSCC)であり得るが、これらに限定されない。いくつかの実施形態において、エレクトロポレーションパルスは、電気化学的インピーダンス分光法が可能な発生器によって送達される。
インターロイキン-12(IL-12)をコードする記載の発現ベクターのいずれかを送達する少なくとも1つの低電圧腫瘍内エレクトロポレーション(IT-EP)処置を含む対象における腫瘍を治療するための方法が記載される。いくつかの実施形態において、IT-EPは、200V/Cm~500V/cmの場の強度および約100μs(マイクロ秒)~約50ms(ミリ秒)のパルス長である。いくつかの実施形態において、処置は、少なくとも400V/cmの場の強度および約10ミリ秒のパルス長での少なくとも1つのIT-EP処置を含む。IRESモチーフを含むIL-12コード化プラスミドと比較した場合、P2Aを含むIL-12コード化プラスミドの低電圧IT-EP処置が、以下のうちの少なくとも1つを含むことも企図される:a)IL-12の少なくとも3.6倍高い腫瘍内発現、b)処置された腫瘍病変におけるより低い平均腫瘍体積、c)未処置の対側腫瘍病変におけるより低い平均腫瘍体積、d)腫瘍へのリンパ球のより高い流入、e)循環腫瘍特異的CD8+T細胞の増加、f)腫瘍におけるリンパ球および単球細胞表面マーカーの発現の増加、g)表23および24の遺伝子のうちの1つ以上またはすべてなどのINF-g関連遺伝子のmRNAレベルの増加。
ヒトIL-12およびFLT3L-NYESO1融合タンパク質の両方を発現させるためのpOMI-PIIM(OncoSec Medical Incorporated-Polycistronic IL-12 Immune Modulator)と呼ばれるベクターのプラスミドマップを示している。 HEK Blueレポーター細胞を用いて測定したpOMI-PIIMから発現した分泌型IL-12p70ヘテロダイマーを含む組織培養細胞馴化培地の活性を示している。参照(中和抗IL12抗体の添加、トランスフェクションされていない細胞由来の馴化培地)は点線で示されている。 マウスにおける原発性(処置)および対側(未処置)の両方のB16-F10腫瘍の増殖を制御するpOMI-PIIMの腫瘍内エレクトロポレーションの能力を示している(黒線)。比較のために示したpUMVC3(空のベクター参照)の腫瘍内エレクトロポレーション(点線)。 インビトロでヒト樹状細胞を成熟させるpOMI-PIIMから産生されたFlt3L融合タンパク質の能力を示している。空のベクター(EV)および不活性変異体Flt3L(H8R)参照と比較して、Flt3L-NY-ESO-1は初代ヒト未成熟樹状細胞でのA.CD80およびB.CD86の発現を有意に増加させた:*=p<0.05、**=p<0.01、***=p<0.001。 A.TNF-α陽性細胞%またはB.未処置、NY-ESO-1(157-165)処置、EV単独処置、Flt3L-NY-ESO-1処置、もしくはFlt3L-NY-ESO-1(H8R)処置後のIFN-γ陽性細胞%を示している:*=p<0.05、**=p<0.01、***=p<0.001。 HEK293細胞におけるpOMIP2AおよびpOMI-PIベクターからのhIL-12p70の発現を示すグラフ。pOMIP2Aは、IL-12p35コード配列において、制限酵素部位を除去し、クローニングを容易にするNotIおよびBamHI制限部位を追加した5つのサイレント変異を含む。pOMI-PIは、内因性のIL-12p35およびIL-12p40コード配列を含み、NotIおよびBamHI制限部位を追加せずに作成された。
添付の特許請求の範囲を含めて本明細書で使用される場合、「a」、「an」、および「the」などの単数形の単語は、文脈が明確に別段の指示をしない限り、対応する複数の参照を含む。
本明細書で引用されるすべての参考文献は、個々の刊行物、特許出願、または特許が、参照により組み込まれることが具体的かつ個別に示された場合と同程度に、参照により組み込まれる。
I.定義.
分子の「活性」は、リガンドまたは受容体への分子の結合、触媒活性、遺伝子発現を刺激する能力、抗原活性、他の分子の活性の調節などと説明し得るまたはそれらを指す。分子の「活性」はまた、細胞と細胞との相互作用、例えば、接着を調節または維持する活性、または細胞の構造、例えば、細胞膜または細胞骨格を維持する活性を指し得る。「活性」はまた、比活性、例えば、[触媒活性]/[mgタンパク質]、または[免疫学的活性]/[mgタンパク質]などを意味し得る。
本明細書で使用される「翻訳調節要素」または「翻訳修飾因子」は、特定の翻訳開始因子またはリボソームスキッピング制御因子を意味し、新生ポリペプチド鎖におけるピコルナウイルス由来配列が次のアミノ酸との共有アミド結合を妨げる。この配列を組み込みは、翻訳されたポリペプチドのモルレベルが等しいヘテロ二量体タンパク質の各鎖の共発現をもたらす。いくつかの実施形態において、翻訳修飾因子は、リボソームスキッピング制御因子の2Aファミリーである。変更された2A翻訳は、P2A、T2A、E2A、およびF2Aであり得るが、これらに限定されず、これらのすべてはPG/P切断部位を共有する(表5参照)。いくつかの実施形態において、翻訳修飾因子は、内部リボソーム侵入部位(IRES)である。
本発明によれば、当技術分野の技術の範囲内で、従来の分子生物学、微生物学、および組換えDNA技術を使用し得る。そのような技術は文献で説明されている。例えば、Sambrook,Fritsch&Maniatis,分子クローニング:A Laboratory Manual,Second Edition(1989)Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring
Harbor,N.Y.(本明細書では「Sambrook,et al.,1989」)、DNAクローニング:A Practical Approach,Volumes I and II(D.N.Glover ed.1985)、オリゴヌクレオチド合成(M.J.Gait ed.1984)、核酸ハイブリダイゼーション(B.D.Hames&S.J.Higgins eds.(1985))、転写および翻訳(B.D.Hames&S.J.Higgins,eds.(1984))、動物細胞培養(R.I.Freshney,ed.(1986))、固定化された細胞と酵素(IRL Press,(1986))、B.Perbal,A Practical Guide To Molecular Cloning(1984)、F.M.Ausubel,et
al.(eds.),Current Protocols in Molecular Biology,John Wiley&Sons,Inc.(1994)を参照されたい。
本明細書で互換的に使用される、「核酸」、「ヌクレオチド配列」および「ポリヌクレオチド」という用語は、リボヌクレオチド、デオキシリボヌクレオチド、またはそれらの類似体もしくは修飾型を含む、任意の長さのヌクレオチドのポリマー形態を指す。これらには、一本鎖、二本鎖、および多重鎖DNAまたはRNA、ゲノムDNA、cDNA、DNA-RNAハイブリッド、およびプリン塩基、ピリミジン塩基、または他の天然、化学修飾、生化学修飾、非天然、もしくは誘導体化されたヌクレオチド塩基を含むポリマーが含まれる。
「ポリヌクレオチド配列」、「核酸配列」または「ヌクレオチド配列」は、DNAまたはRNAなどの核酸における一連のヌクレオチドであり、2つ以上のヌクレオチドの任意の鎖を意味する。
1つのモノヌクレオチドペントース環の5’リン酸塩がホスホジエステル結合を介して一方向で、その隣の3’酸素に結合する手法でオリゴヌクレオチドを作製するように、モノヌクレオチドが反応するため、核酸は、「5’末端」および「3’末端」を有すると言われている。オリゴヌクレオチドの末端は、モノヌクレオチドペントース環の5’リン酸塩がモノヌクレオチドペントース環の3’酸素に連結されていない場合、「5’末端」と呼ばれる。オリゴヌクレオチドの末端は、その3’酸素が別のモノヌクレオチドペントース環の5’リン酸塩に連結されていない場合、「3’末端」と呼ばれる。核酸配列は、より大きなオリゴヌクレオチドの内部に存在するとしても、5’および3’末端を有するとも言われ得る。線状または環状DNA分子のいずれかにおいて、別個の要素は、「上流」または「下流」の5’もしくは3’要素であると呼ばれる。
「コード配列」またはRNAまたはペプチド(複数可)(例えば、免疫グロブリン鎖またはIL-12タンパク質)などの発現産物を「コードする」配列は、発現したときに1つまた複数の産物の産生をもたらす、オリゴヌクレオチド配列である。
本明細書で使用される場合、「オリゴヌクレオチド」という用語は、概して約300ヌクレオチド以下(例えば、30、40、50、60、70、80、90、150、175、200、250または300)の核酸を指し、それは、目的の遺伝子、mRNA、cDNA、または他の核酸をコードする、ゲノムDNA分子、cDNA分子、またはmRNA分子にハイブリダイズし得る。オリゴヌクレオチドは通常、一本鎖であるが、二本鎖の場合もある。オリゴヌクレオチドは、例えば、32Pヌクレオチド、3Hヌクレオチド、14Cヌクレオチド、35Sヌクレオチド、またはビオチンなどの標識が共有結合でコンジュゲートしているヌクレオチドの組み込みによって標識され得る。いくつかの実施形態において、標識されたオリゴヌクレオチドは、核酸の存在を検出するためのプローブとして使用され得る。他の実施形態において、オリゴヌクレオチド(その一方または両方が標識され得る)は、遺伝子の全長または断片をクローニングするため、または核酸の存在を検出するためのPCRプライマーとして使用され得る。一般に、オリゴヌクレオチドは、例えば、核酸合成機で合成的に調製される。
「作動可能な連結」または「作動可能に連結されている」とは、その両方の成分が正常に機能し、かつ成分の少なくとも1つが他の成分のうちの少なくとも1つに及ぶ機能を媒介し得る可能性を許すような、2つ以上の成分(例えば、プロモーターおよび別の配列要素)の並列を指す。例えば、プロモーターが、1つ以上の転写調節因子の存在または非存在に応じてコード配列の転写のレベルを制御する場合、そのプロモーターは、コード配列に作動可能に連結され得る。作動可能な連結は、そのような配列が相互に近接していること、またはトランスに作用する(例えば、制御配列が、コード配列の転写を制御するために離れて作用し得る)ことを含み得る。
「プラスミド」または「ベクター」という用語には、細菌送達ベクター、ウイルスベクター送達ベクター、ペプチド免疫療法送達ベクター、DNA免疫療法送達ベクター、エピソームプラスミド、組み込み型プラスミド、またはファージベクターを含む、任意の既知の送達ベクターが含まれる。「ベクター」という用語は、宿主細胞において、1つ以上のポリペプチドを送達し、任意に、発現することができる構築物を指す。いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、環状pOMIP2A、pOMI-PIIM、またはpOMI-PIプラスミドである。
「タンパク質配列」、「ペプチド配列」、または「ポリペプチド配列」、または「アミノ酸配列」は、タンパク質、ペプチド、またはポリペプチドにおける一連の2つ以上のアミノ酸を指す。
本明細書で互換的に使用される、「タンパク質」、「ポリペプチド」、および「ペプチド」という用語は、コード化および非コード化アミノ酸ならびに化学的または生化学的に修飾または誘導体化したアミノ酸を含む、任意の長さのアミノ酸のポリマー形態を指す。これらの用語には、修飾されたペプチド骨格を有するポリペプチドなどの修飾されたポリマーが含まれる。
タンパク質は、「N末端」および「C末端」を有すると言われている。「N末端」という用語は、遊離アミン基(-NH2)を有するアミノ酸によって終端されたタンパク質またはポリペプチドの開始部に関する。「C末端」という用語は、遊離カルボキシル基(-COOH)によって終端されたアミノ酸鎖(タンパク質またはポリペプチド)の末端部に関する。
「融合タンパク質」という用語は、ペプチド結合または他の化学結合によって一緒に連結されている2つ以上のペプチドを含むタンパク質を指す。ペプチドは、ペプチドまたは他の化学結合によって直接一緒に連結し得る。例えば、キメラ分子は、一本鎖融合タンパク質として組換え発現され得る。あるいは、ペプチドは、2つ以上のペプチド間の1つ以上のアミノ酸などの「リンカー」または別の適切なリンカーによって一緒に連結し得る。
「単離されたポリヌクレオチド」または「単離されたポリペプチド」という用語には、それぞれ、細胞において、または組換えDNA発現システムにおいて通常見られる他の成分、またはその他の汚染物質から部分的または完全に分離されたポリヌクレオチド(例えば、RNAまたはDNA分子、または混合ポリマー)またはポリペプチドが含まれる。これらの成分は、細胞膜、細胞壁、リボソーム、ポリメラーゼ、血清成分、および外来ゲノム配列を含むが、これらに限定されない。
単離されたポリヌクレオチド(例えば、pOMI-PIIMまたはpOMI-PI)またはポリペプチドは、好ましくは、本質的に分子の均一な組成物であるが、いくらかの不均一性を含み得る。
「宿主細胞」という用語には、細胞による物質の産生、例えば、細胞による遺伝子、環状プラスミド(例えば、pOMI-PIIMまたはpOMI-PI)またはRNAなどのポリヌクレオチド、またはタンパク質の発現または複製のために、任意の方法で選択、改変、トランスフェクション、形質転換、増殖、または使用もしくは操作された任意の生物の任意の細胞を含む。例えば、宿主細胞は、哺乳動物細胞または細菌細胞(例えば、E.coli)、または記載の発現ベクターを維持し、発現ベクターによってコードされるポリペプチドの発現を促進することができる任意の単離された細胞であり得る。
pOMI-PIIMまたはpOMI-PIなどのベクターは、当技術分野で知られている多くの技術、例えば、デキストラン媒介トランスフェクション、ポリブレン媒介トランスフェクション、プロトプラスト融合、エレクトロポレーション、リン酸カルシウム共-沈殿、リポフェクション、核へのベクターの直接マイクロインジェクション、または特定の宿主細胞型に適したその他の手段のいずれかに従って宿主細胞に導入され得る。
「カセット」または「発現カセット」は、ベクターに挿入され得る、発現産物(例えば、ペプチドまたはRNA)をコードするDNAコード配列またはDNAのセグメントを指す。発現カセットは、DNAコード配列に作動可能に連結されたプロモーターおよび/またはターミネーターおよび/またはポリAシグナルを含み得る。
概して、「プロモーター」または「プロモーター配列」は、細胞におけるRNAポリメラーゼに結合することができ(例えば、直接的に、または他のプロモーター結合タンパク質もしくは物質を介して)、コード配列の転写を開始することができるDNA調節領域である。プロモーター配列は、概して、その3’末端で転写開始部位によって境界が定められ、上流(5’方向)に伸びて、任意のレベルで転写を開始するために必要な最小数の塩基または要素を含む。プロモーターは、エンハンサーを含むがそれに限定されない、転写開始速度に影響を与える1つ以上の追加の領域または要素を含み得る。プロモーター配列内には、転写開始部位と同様にRNAポリメラーゼの結合を担うタンパク質結合ドメインが見られ得る。プロモーターは、エンハンサーおよびリプレッサー配列を含む他の発現制御配列、または発現される核酸と作動可能に関連するか、または作動可能に連結され得る。発現制御配列は、それが該プロモーターからの発現を調節する場合、プロモーターに作動可能に関連するか、または作動可能に連結される。
プロモーターは、構成的に活性なプロモーター、条件付きプロモーター、誘導性プロモーター、または細胞型特異的プロモーターであり得るが、これらに限定されない。プロモーターの例は、例えば、WO2013/176772において見出すことができる。プロモーターは、CMVプロモーター、Igκプロモーター、mPGKプロモーター、SV40プロモーター、β-アクチンプロモーター、α-アクチンプロモーター、SRαプロモーター、ヘルペスチミジンキナーゼプロモーター、単純ヘルペスウイルス(HSV)プロモーター、マウス乳癌ウイルス長末端反復(LTR)プロモーター、アデノウイルス主要後期プロモーター(Ad MLP)、ラウス肉腫ウイルス(RSV)プロモーター、およびEF1αプロモーターであり得るが、これらに限定されない。CMVプロモーターは、CMV前初期プロモーター、ヒトCMVプロモーター、マウスCNVプロモーター、およびサルCMVプロモーターであり得るが、これらに限定されない。
いくつかの実施形態において、pOMI-PIIMまたはpOMI-PIにおける遺伝子発現に使用されるプロモーターは、ヒトCMV前初期プロモーターである(Boshart et al.,Cell 41:521-530(1985)、Foecking
et al.,Gene45:101-105(1986)。hCMVプロモーターは、様々な哺乳動物細胞型で高レベルの発現を提供する。
コード配列は、配列が配列の発現を指示または調節する場合、細胞における転写および翻訳制御配列の「制御下にある」、「機能的に関連する」、「作動可能に連結される」、または「作動可能に関連する」。例えば、遺伝子に操作可能に連結されたプロモーターは、RNAポリメラーゼを介したコード配列のRNA、好ましくはmRNAへの転写を指示し、次にスプライシングされ得(それがイントロンを含む場合)、任意に、コード配列によってコードされるタンパク質に翻訳され得る。遺伝子に操作可能に連結されたターミネーター/ポリAシグナルは、遺伝子のRNAへの転写を終結させ、ポリAシグナルのRNAへの付加を指示する。
「発現する」および「発現」という用語は、遺伝子、RNA、またはDNAの配列中の情報を顕在化することを可能にするか、または引き起こすことを意味し、例えば、対応する遺伝子の転写および翻訳に含まれる細胞機能を活性化することによってタンパク質を産生する。「発現する」および「発現」は、DNAからRNAへの転写およびRNAからタンパク質への翻訳を含む。DNA配列は、細胞において、または細胞によって発現され、RNA(例えば、mRNA)またはタンパク質などの「発現産物」を生成する。発現産物それ自体は、細胞によって発現されたとも言われ得る。
「形質転換」という用語は、細胞への核酸の導入を意味する。導入された遺伝子または配列は「クローン」と呼ばれ得る。導入されたDNAまたはRNAを受け取る宿主細胞は「形質転換」されており、「形質転換体」または「クローン」である。宿主細胞に導入されるDNAまたはRNAは、宿主細胞と同じ属または種の細胞を含む任意の供給源から、または異なる属または種の細胞から得られ得る。当技術分野で非常によく知られている形質転換法の例には、リポソーム送達、エレクトロポレーション、CaPO形質転換、DEAE-デキストラン形質転換、マイクロインジェクションおよびウイルス感染が含まれる。
ポリヌクレオチドを含む発現ベクターが、本明細書に開示される。「ベクター」という用語は、宿主を形質転換し、任意で、導入された配列の発現および/または複製を促進するために、DNAまたはRNA配列を宿主細胞に導入することができるビヒクル(例えば、プラスミド)を指し得る。
記載のポリヌクレオチドは、発現系で発現され得る。「発現系」という用語は、ベクターによって運ばれ、宿主細胞に導入されるタンパク質または核酸を適切な条件下で発現し得る宿主細胞および適合性ベクターを意味する。一般的な発現系は、E.coli宿主細胞およびプラスミドベクター、昆虫宿主細胞およびバキュロウイルスベクター、および、哺乳動物宿主細胞およびプラスミド、コスミド、BAC、YACなどのベクター、および、アデノウイルスおよびアデノ随伴ウイルス(AAV)などのウイルスを含む。
「免疫刺激性サイトカイン」または「免疫刺激性サイトカイン(cytokines)」という用語は、免疫応答を刺激する能力を有する免疫に関与する細胞によって自然に分泌されるタンパク質を指す。
「抗原」という用語は、本明細書において、対象または生物と接触させた場合に(例えば、対象または生物中に存在する場合に、またはそれによって検出された場合に)、対象または生物から検出可能な免疫応答が生じる物質を指すために本明細書で使用される。「抗原ペプチド」は、対象または生物において存在するか、またはそれによって検出された場合に、対象または生物において免疫応答の開始をもたらすペプチドを指す。例えば、そのような「抗原ペプチド」は、宿主細胞の表面上のMHCクラスIおよび/またはクラスII分子上に負荷され、そこで提示され、宿主の免疫細胞によって認識または検出され得、それによって、そのタンパク質に対する免疫応答の実行をもたらすタンパク質を包含し得る。そのような免疫応答は、同じタンパク質を発現する宿主内の他の細胞、例えば、罹患細胞(例えば、腫瘍または癌細胞)にも広がり得る。
本明細書で使用される「共有腫瘍抗原を含む遺伝的アジュバント」という句は、表1に記載されるように、細胞表面受容体に結合する分子にAgを遺伝的に融合することにより、DNAによってコードされるAgを標的とすることを指す。遺伝的アジュバントの追加のターゲティング成分が表2に記載される。本明細書に記載の遺伝的アジュバントは、特定の抗原と組み合わせて使用すると、抗原特異的免疫応答を加速、延長、増強、または変更するように作用し得る。
2つのポリヌクレオチドまたはポリペプチド配列の文脈における「配列同一性」または「同一性」は、特定の比較ウィンドウで最大の一致のためにアラインさせる場合、同じである2つの配列の残基について言及する。タンパク質に関して、配列同一性のパーセンテージを使用する場合、同一ではない残基位置は多くの場合に、保存的アミノ酸置換によって異なることが認められ、その保存的アミノ酸置換では、アミノ酸残基は同様の化学的特性(例えば、電荷または疎水性)を有する他のアミノ酸残基で置換されており、したがって、分子の機能特性を変化させない。配列が保存的置換で異なる場合、配列同一性パーセントを、置換の保存的性質について補正するために、上方に調整してもよい。そのような保存的置換によって異なる配列は、「配列類似性」または「類似性」を有すると言われている。この調整を行う手段は、周知である。典型的には、これは、保存的置換を完全なミスマッチではなく部分的なミスマッチとしてスコアリングして、それによって、配列同一性パーセンテージを増加させることを含む。したがって、例えば、同一のアミノ酸が1のスコアを与えられ、非保存的置換がゼロのスコアを与えられる場合に、保存的置換は、ゼロから1の間のスコアを与えられる。保存的置換のスコアリングは、例えば、プログラムPC/GENE(Intelligenetics,マウンテンビュー、カリフォルニア)で実行されるように計算される。
「配列同一性のパーセンテージ」は、比較ウィンドウにわたって2つの最適にアラインされた配列(完全にマッチする残基の数が最大)を比較することによって決定される値を指し、比較ウィンドウにおけるポリヌクレオチド配列の部分は、2つの配列の最適アラインメントのための(付加また欠失を含まない)参照配列と比較した場合に、付加または欠失(すなわち、ギャップ)を含んでもよい。パーセンテージは、同一の核酸塩基またはアミノ酸残基が両方の配列中に発生する位置の数を決定して一致した位置の数を得ること、一致した位置の数を比較のウィンドウにおける位置の総数で割ること、および結果に100を掛けて配列同一性のパーセンテージを得ることによって計算される。特に明記しない限り(例えば、短い方の配列が、連結された非相同配列を含む)、比較ウィンドウは、比較される2つの配列のうちの短い方の全長である。
特に明記しない限り、配列同一性/類似性の値は、パラメーター:50のGAP重量および3の長さ重量、およびnwsgapdna.cmpスコアリングマトリックスを使用するヌクレオチド配列の同一性%および類似性%;8のGAP重量および2の長さ重量、およびBLOSUM62スコアリングマトリックスを使用するアミノ酸配列の同一性%および類似性%;またはその任意の同等のプログラムを使用し、GAPバージョン10を使用して得られた値を指す。「同等のプログラム」は、問題の任意の2つの配列について、GAPバージョン10によって生成された対応するアラインメントと比較した場合、同一のヌクレオチドまたはアミノ酸残基の一致および同一のパーセント配列同一性を有するアラインメントを生成する任意の配列比較プログラムを含む。
「保存的アミノ酸置換」という用語は、配列中に通常存在するアミノ酸の、類似のサイズ、電荷、または極性の、異なるアミノ酸との置換を指す。保存的置換の例には、イソロイシン、バリン、またはロイシンなどの非極性(疎水性)残基の、別の非極性残基との置換が含まれる。同様に、保存的置換の例には、アルギニンとリジンの間、グルタミンとアスパラギンの間、またはグリシンとセリンの間などの、1つの極性(親水性)残基の別のものとの置換が含まれる。加えて、リシン、アルギニン、もしくはヒスチジンなどの塩基性残基から別のものへの置換、またはアスパラギン酸もしくはグルタミン酸などのある酸性残基から別の酸性残基への置換は、保存的置換の追加の例である。非保存的置換の例には、非極性(疎水性)アミノ酸残基、例えば、イソロイシン、バリン、ロイシン、アラニン、またはメチオニンから極性(親水性)残基、例えば、システイン、グルタミン、グルタミン酸、またはリシンへの、および/または極性残基から非極性残基への置換が含まれる。典型的なアミノ酸の分類を以下で要約する。
Figure 2023017930000001
「相同」配列(例えば、核酸配列)は、例えば、既知の参照配列と少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるような、既知の参照配列と同一か、または実質的に同様である配列を指す。
「インビトロ」という用語は、人工環境、および人工環境(例えば、試験管)内で生じるプロセスまたは反応を指す。
「インビボ」という用語は、天然環境(例えば、細胞または生物または身体)、および天然環境内で生じるプロセスまたは反応を指す。
1つ以上の列挙された要素を「含む(comprising)」または「含む(including)」組成物または方法は、具体的に列挙されていない他の要素を含み得る。例えば、タンパク質を「含む(comprises)」または「含む(includes)」組成物は、タンパク質を単独で、または他の成分との組み合わせで含有し得る。
値の範囲の指定は、その範囲内の、またはその範囲を定義するすべての整数、およびその範囲内の整数によって定義されるすべての部分範囲を含む。
文脈から別段に明確ではない限り、「約」という用語は、規定の値の測定の標準誤差(例えば、SEM)内、または指定の値から±0.5%、±1%、±5%、または±10%の変化内の値を包含する。
冠詞「a」、「an」、および「the」の単数形は、文脈が別段に明確に規定していない限り、複数形の言及を含む。例えば、「抗原」または「少なくとも1つの抗原」という用語は、それらの混合物を含む、複数の抗原を含み得る。
II.総則。
腫瘍微小環境において、インビボ細胞、特に腫瘍細胞または他の細胞、例えば免疫細胞のトランスフェクション後に複数のタンパク質の発現を可能にする発現ベクターが記載される。
それらの有効性および安全性を改善するように設計された、本明細書に記載の改変のいくつかまたはすべてを含むベクターが提供される。ベクターの最適化は、適切なペプチドをコードする配列の組み込み、および遺伝子発現を改善するための部位の調整を含む。ペプチドは、サイズ、および、例えば、グリコシル化およびリン酸化のような、翻訳後修飾されているかどうかに関係なく、任意の翻訳産物であると理解される。
発現される遺伝子配列に作動可能に連結された、1つ以上の翻訳制御要素、例えば、P2Aを含む発現ベクターが記載される。いくつかの実施形態において、発現ベクターは、転写および翻訳される少なくとも2つの核酸配列または発現カセットを含み、翻訳制御要素は、翻訳される配列のうちの少なくとも1つに作動可能に連結される。いくつかの実施形態において、発現ベクターは、転写および翻訳される少なくとも3つの核酸配列または発現カセットを含み、翻訳制御要素は、翻訳される配列のうちの少なくとも2つに作動可能に連結される。ベクターは、既知であるか、または当業者によって構築され得、以下の本明細書の実施例に示されるように、本明細書に記載の配列に加えて、配列の所望の転写を達成するために必要なすべての発現要素を含む。ベクターは、その用途に応じて、原核生物または真核生物の宿主系における使用のための要素を含む。当業者は、どの宿主系が特定のベクターと互換性があるかを知っているであろう。
組換え遺伝子の発現は、適切な遺伝子の転写およびメッセージの効率的な翻訳に依存する。これらのプロセスのうちのいずれかひとつが正しく実行されないと、特定の遺伝子の発現の失敗、または遺伝子の発現の低下をもたらし得る。単一のプラスミドから複数の遺伝子を発現させることが望ましい場合、これはさらに複雑になる。伝統的に、内部リボソーム侵入部位(IRES)は、発現される遺伝子間で使用されていた。IRESはサイズの制限があり、2番目の遺伝子の翻訳効率は最初の遺伝子よりもはるかに低い。最近の研究では、ピコルナウイルスポリプロテイン2A(「P2A」)ペプチドを使用は、1対1の化学量論でP2Aペプチドに隣接する複数のタンパク質の発現をもたらすことがわかっている(たとえば、Kim et al(2011)PloS One 6:318556を参照)。組換えDNAは、制限酵素部位を追加するまたは削除することによるなど、制限酵素を使用したクローニングを容易にするために配列を変更することによって頻繁に作成される。そのような変更された配列は、核酸配列およびコードされたタンパク質配列を変更し得、またはそれらは、コードするタンパク質配列を変更せずにヌクレオチド配列を変更し得る。転写産物に沿ったまれな、または非定型のコドンの存在は、非効率的な翻訳につながり、異種タンパク質産生のレベルを低下させ得る。さらに、まれな、または非定型のコドンの存在はまた、翻訳精度に影響を与え得る。組換えDNAが治療薬として使用されるべき場合、特にヒトにおける使用については、できるだけ多くの天然コード配列を保持することが望ましい。本明細書に記載の発現ベクターは、制限酵素クローニング以外の方法を使用して作製され、IL-12p35およびIL-12p40の内因性コード配列を保持し、単一のポリシストロン契約からの2つのタンパク質の発現に不要な任意の追加のコード配列を最小限に抑える。
いくつかの実施形態において、例えば、IL-12(GenBank参照番号NP_000873.2、NP_002178.2)などのヘテロ二量体タンパク質および遺伝的アジュバント、例えば、共有腫瘍抗原を含むFLT3リガンド細胞外ドメイン(FLT3L、GenBank番号XM_017026533.1)、例えば、FLT3L-NYESO1融合タンパク質を含む多様な免疫調節剤の発現のための発現ベクターが記載される。いくつかの実施形態において、発現ベクターは、インビボエレクトロポレーションを介して腫瘍に送達される(腫瘍内送達)。
Figure 2023017930000002
Figure 2023017930000003
追加の遺伝的アジュバントも検討されている(表2)。
Figure 2023017930000004
いくつかの実施形態において、配列番号2のアミノ酸配列を含むポリペプチド、または配列番号2のアミノ酸配列と少なくとも70%の同一性を有するポリペプチド、をコードする発現ベクターを記載する。いくつかの実施形態において、発現ベクターは、配列番号2のアミノ酸配列と70%超、72%、75%、78%、80%、82%、83%、85%、87%、88%、90%、92%、93%、95%、96%、97%、98%、または99%の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態において、発現ベクターは、配列番号2のアミノ酸配列と少なくとも80%、少なくとも85%、および少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも97%、または少なくとも99%の相同性を有するポリペプチドをコードする。
いくつかの実施形態において、配列番号3のアミノ酸配列を含むポリペプチド、または配列番号3のアミノ酸配列と少なくとも70%の同一性を有するポリペプチド、をコードする発現ベクターを記載する。いくつかの実施形態において、発現ベクターは、配列番号3のアミノ酸配列と70%超、72%、75%、78%、80%、82%、83%、85%、87%、88%、90%、92%、93%、95%、96%、97%、98%、または99%の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態において、発現ベクターは、配列番号3のアミノ酸配列と少なくとも80%、少なくとも85%、および少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも97%、または少なくとも99%の相同性を有するポリペプチドをコードする。
いくつかの実施形態において、配列番号4のアミノ酸配列を含むポリペプチド、または配列番号4のアミノ酸配列と少なくとも70%の同一性を有するポリペプチド、をコードする発現ベクターを記載する。いくつかの実施形態において、発現カベクターは、配列番号4のアミノ酸配列と70%超、72%、75%、78%、80%、82%、83%、85%、87%、88%、90%、92%、93%、95%、96%、97%、98%、または99%の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態において、発現ベクターは、配列番号4のアミノ酸配列と少なくとも80%、少なくとも85%、および少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも97%、または少なくとも99%の相同性を有するポリペプチドをコードする。
いくつかの実施形態において、配列番号2および配列番号3のアミノ酸配列を含むポリペプチド、または配列番号2および配列番号3のアミノ酸配列に対して少なくとも70%の同一性を有するポリペプチド、をコードする発現ベクターを記載する。いくつかの実施形態において、発現ベクターは、配列番号2および3のアミノ酸配列と70%超、72%、75%、78%、80%、82%、83%、85%、87%、88%、90%、92%、93%、95%、96%、97%、98%、または99%の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態において、発現ベクターは、配列番号2および配列番号3のアミノ酸配列と少なくとも80%、少なくとも85%、および少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも97%、または少なくとも99%の相同性を有するポリペプチドをコードする。
いくつかの実施形態において、配列番号2、配列番号3、および配列番号4のアミノ酸配列を含むポリペプチド、または配列番号2、配列番号3、および配列番号4のアミノ酸配列と少なくとも70%の同一性を有するポリペプチドをコードする発現ベクターを記載する。いくつかの実施形態において、発現ベクターは、配列番号2、配列番号3、および配列番号4のアミノ酸配列と70%超、72%、75%、78%、80%、82%、83%、85%、87%、88%、90%、92%、93%、95%、96%、97%、98%、または99%の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態において、発現ベクターは、配列番号2、配列番号3、および配列番号4のアミノ酸配列と少なくとも80%、少なくとも85%、および少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも97%、または少なくとも99%の相同性を有するポリペプチドをコードする。
いくつかの実施形態において、配列番号9のアミノ酸配列を含むポリペプチド、または配列番号9のアミノ酸配列と少なくとも70%の同一性を有するポリペプチド、をコードする発現ベクターを記載する。いくつかの実施形態において、発現ベクターは、配列番号9のアミノ酸配列と70%超、72%、75%、78%、80%、82%、83%、85%、87%、88%、90%、92%、93%、95%、96%、97%、98%、または99%の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態において、発現ベクターは、配列番号9のアミノ酸配列と少なくとも80%、少なくとも85%、および少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも97%、または少なくとも99%の相同性を有するポリペプチドをコードする。
いくつかの実施形態において、配列番号11のアミノ酸配列を含むポリペプチド、または配列番号11のアミノ酸配列と少なくとも70%の同一性を有するポリペプチド、をコードする発現ベクターを記載する。いくつかの実施形態において、発現ベクターは、配列番号11のアミノ酸配列と70%超、72%、75%、78%、80%、82%、83%、85%、87%、88%、90%、92%、93%、95%、96%、97%、98%、または99%の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態において、発現ベクターは、配列番号11のアミノ酸配列と少なくとも80%、少なくとも85%、および少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも97%、または少なくとも99%の相同性を有するポリペプチドをコードする。
いくつかの実施形態において、配列番号5のヌクレオチド配列、または配列番号5のヌクレオチド配列と少なくとも70%の同一性を有するヌクレオチド配列、を含む発現ベクターを記載する。いくつかの実施形態において、発現ベクターは、配列番号5のヌクレオチド配列と70%超、72%、75%、78%、80%、82%、83%、85%、87%、88%、90%、92%、93%、95%、96%、97%、98%、または99%の同一性を有する配列を含む。いくつかの実施形態において、配列番号5のヌクレオチド配列、または配列番号5のヌクレオチド配列と少なくとも70%の同一性を有するヌクレオチド配列は、これに限定されないが、CMVプロモーターなどのプロモーターに操作可能に連結されている。
いくつかの実施形態において、配列番号6のヌクレオチド配列、または配列番号6のヌクレオチド配列と少なくとも70%の同一性を有するヌクレオチド配列、を含む発現ベクターを記載する。いくつかの実施形態において、発現ベクターは、配列番号6のヌクレオチド配列と70%超、72%、75%、78%、80%、82%、83%、85%、87%、88%、90%、92%、93%、95%、96%、97%、98%、または99%の同一性を有する配列を含む。いくつかの実施形態において、配列番号6のヌクレオチド配列、または配列番号6のヌクレオチド配列と少なくとも70%の同一性を有するヌクレオチド配列は、これに限定されないが、CMVプロモーターなどのプロモーターに操作可能に連結されている。
いくつかの実施形態において、配列番号7のヌクレオチド配列、または配列番号7のヌクレオチド配列と少なくとも70%の同一性を有するヌクレオチド配列、を含む発現ベクターを記載する。いくつかの実施形態において、発現ベクターは、配列番号7のヌクレオチド配列と70%超、72%、75%、78%、80%、82%、83%、85%、87%、88%、90%、92%、93%、95%、96%、97%、98%、または99%の同一性を有する配列を含む。いくつかの実施形態において、配列番号7のヌクレオチド配列、または配列番号7のヌクレオチド配列と少なくとも70%の同一性を有するヌクレオチド配列は、これに限定されないが、CMVプロモーターなどのプロモーターに操作可能に連結されている。
いくつかの実施形態において、配列番号8のヌクレオチド配列、または配列番号8のヌクレオチド配列と少なくとも70%の同一性を有するヌクレオチド配列、を含む発現ベクターを記載する。いくつかの実施形態において、発現ベクターは、配列番号8のヌクレオチド配列と70%超、72%、75%、78%、80%、82%、83%、85%、87%、88%、90%、92%、93%、95%、96%、97%、98%、または99%の同一性を有する配列を含む。いくつかの実施形態において、配列番号8のヌクレオチド配列、または配列番号8のヌクレオチド配列と少なくとも70%の同一性を有するヌクレオチド配列は、これに限定されないが、CMVプロモーターなどのプロモーターに操作可能に連結されている。
いくつかの実施形態において、配列番号14のヌクレオチド配列、または配列番号14のヌクレオチド配列と少なくとも70%の同一性を有するヌクレオチド配列、を含む発現ベクターを記載する。いくつかの実施形態において、発現ベクターは、配列番号14のヌクレオチド配列と70%超、72%、75%、78%、80%、82%、83%、85%、87%、88%、90%、92%、93%、95%、96%、97%、98%、または99%の同一性を有する配列を含む。
いくつかの実施形態において、配列番号10のヌクレオチド配列、または配列番号10のヌクレオチド配列と少なくとも70%の同一性を有するヌクレオチド配列、を含む発現ベクターを記載する。いくつかの実施形態において、発現ベクターは、配列番号10のヌクレオチド配列と70%超、72%、75%、78%、80%、82%、83%、85%、87%、88%、90%、92%、93%、95%、96%、97%、98%、または99%の同一性を有する配列を含む。いくつかの実施形態において、配列番号10のヌクレオチド配列、または配列番号10のヌクレオチド配列と少なくとも70%の同一性を有するヌクレオチド配列は、CMVプロモーターに操作可能に連結されている。
いくつかの実施形態において、配列番号12のヌクレオチド配列、または配列番号12のヌクレオチド配列と少なくとも70%の同一性を有するヌクレオチド配列、を含む発現ベクターを記載する。いくつかの実施形態において、発現ベクターは、配列番号12のヌクレオチド配列と70%超、72%、75%、78%、80%、82%、83%、85%、87%、88%、90%、92%、93%、95%、96%、97%、98%、または99%の同一性を有する配列を含む。
いくつかの実施形態において、配列番号1のヌクレオチド配列または配列番号1のヌクレオチド配列に対して少なくとも70%の同一性を有するヌクレオチド配列、を含む発現ベクターを記載する。いくつかの実施形態において、発現ベクターは、配列番号1のヌクレオチド配列と70%超、72%、75%、78%、80%、82%、83%、85%、87%、88%、90%、92%、93%、95%、96%、97%、98%、または99%の同一性を有する配列を含む、それから本質的になる、またはそれからなる。
いくつかの実施形態において、配列番号13のヌクレオチド配列、または配列番号13のヌクレオチド配列と少なくとも70%の同一性を有するヌクレオチド配列、を含む発現ベクターを記載する。いくつかの実施形態において、発現ベクターは、配列番号13のヌクレオチド配列と70%超、72%、75%、78%、80%、82%、83%、85%、87%、88%、90%、92%、93%、95%、96%、97%、98%、または99%の同一性を有する配列を含む。いくつかの実施形態において、配列番号13のヌクレオチド配列からなる発現ベクターを記載する。
III.デバイスおよび用途
いくつかの実施形態において、記載の発現ベクターは、腫瘍内遺伝子エレクトロトランスファーによって送達される。記載の発現ベクターは、多量体サイトカインまたは多量体サイトカインの組み合わせ、天然または操作された形態の共刺激分子、共有腫瘍抗原を含む遺伝的アジュバントなどのような、十分な濃度のいくつかの組換え発現免疫調節分子を生成するために使用され得る。組織、例えば腫瘍への発現ベクターの転移を達成するために、エレクトロポレーションデバイスが採用され得る。
本実施形態のデバイスおよび方法は、電気療法を連続的におよび/またはパルスで、ほんの1秒から数日、数週間、および/または数ヶ月の範囲の期間、腫瘍に送達することによって癌性腫瘍を治療するように機能する。いくつかの実施形態において、電気療法は、直流電気療法である。
本明細書で使用される「エレクトロポレーション」(すなわち、細胞膜を透過性にする)という用語は、(例えば、医薬品、溶液、遺伝子およびその他の薬剤などの分子を生細胞に拡散させるために)細胞膜に穴を開けるのに十分な任意の期間に患者に送達される任意の量のクーロン、電圧、および/または電流によって引き起こされ得る。
組織への電気療法の送達は、一連の生物学的および電気化学的反応を引き起こす。十分に高い電圧では、細胞構造および細胞代謝は、電気療法の適用によってひどく乱される。癌性および非癌性の細胞の両方が特定のレベルの電気療法で破壊されるが、腫瘍細胞は、非癌性細胞よりも微小環境における変化に敏感である。電気療法の結果として、マクロ要素およびミクロ要素の分布が変化する。エレクトロポレーションの近くの細胞の破壊は、不可逆エレクトロポレーションとして知られている。
可逆的エレクトロポレーションの使用も企図される。可逆的エレクトロポレーションは、電極に印加された電気が標的組織の電場閾値を下回ったときに発生する。印加された電気は細胞の閾値を下回っているため、細胞は、リン脂質二重層を修復し、通常の細胞機能を継続し得る。可逆的エレクトロポレーションは、通常、薬物または遺伝子(または通常は細胞膜を透過しない他の分子)を細胞に取り込むことを含む処置で行われる。(Garcia,et al.(2010)「Non-thermal irreversible electroporation for deep intracranial disorders」2010 Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology:2743-6.)
単一電極構成において、電圧は、リード電極および発電機ハウジングの間にほんの数秒から数時間、印加され得、癌性組織の破壊を開始し得る。所与の電圧の印加は、一連のパルスであり得、各パルスはほんの1秒から数分続く。いくつかの実施形態において、パルス持続時間または幅は、約10μs~約100msであり得る。低電圧は、ほんの数秒から数分の持続時間で印加され得、それは白血球を腫瘍部位に引き付け得る。このようにして、細胞性免疫系は、死んだ腫瘍細胞を取り除き得、腫瘍細胞に対する抗体を発達させ得る。さらに、刺激された免疫系は、境界腫瘍細胞および転移を攻撃し得る。
宿主種に応じて、免疫応答を増加させるために様々なアジュバントが使用され得、フロイントアジュバント(完全および不完全)、水酸化アルミニウムまたはリン酸アルミニウムなどの無機塩、さまざまなサイトカイン、リゾレシチン、プルロニック(登録商標)ポリオール、ポリアニオン、ペプチド、オイルエマルジョンなどの表面活性物質、およびBCG(bacille Calmette-Guerin)およびCorynebacterium parvumなどの潜在的に有用なヒトアジュバントを含むが、これらに限定されない。あるいは、免疫応答は、キーホールリンペットヘモシアニン、破傷風トキソイド、ジフテリアトキソイド、オボアルブミン、コレラ毒素またはそれらの断片などの分子との組み合わせおよびまたはカップリングによって増強され得る。
Draghia-Akli,et al.による米国特許第7,245,963号は、身体または植物における選択された組織の細胞への生体分子の導入を容易にするためのモジュラー電極システムおよびそれらの使用について説明している。モジュラー電極システムは、複数の針電極、皮下注射針、プログラム可能な定電流パルスコントローラから複数の針電極への導電性連結を提供する電気コネクタ、および電源を含む。オペレータは、支持構造に取り付けられた複数の針電極をつかみ、それらを身体または植物における選択された組織にそれらをしっかりと挿入し得る。次に、生体分子は皮下注射針を介して選択された組織に送達される。プログラム可能な定電流パルスコントローラが作動し、定電流電気パルスが複数の針電極に印加される。印加された定電流電気パルスは、複数の電極間の細胞への生体分子の導入を容易にする。米国特許第7,245,963号の全内容は、参照により本明細書に組み込まれる。
米国特許公開第2005/0052630号は、身体または植物における選択された組織の細胞への生体分子の導入を効果的に促進するために使用され得るエレクトロポレーションデバイスを記載している。エレクトロポレーションデバイスは、動作がソフトウェアまたはファームウェアによって指定される動電学的デバイス(「EKDデバイス」)を含む。EKDデバイスは、ユーザー制御およびパルスパラメーターの入力に基づいて、アレイにおける電極間に一連のプログラム可能な定電流パルスパターンを産生し、電流波形データの保存および取得を可能にする。エレクトロポレーションデバイスはまた、針電極のアレイを有する交換可能な電極ディスク、注射針用の中央注射チャネル、および取り外し可能なガイドディスク(例えば、米国特許公開第2005/0052630号参照)を含み、参照により本明細書に組み込まれる。
米国特許第7,245,963号および米国特許公開第2005/0052630号に記載されている電極アレイおよび方法は、筋肉などの組織だけでなく、他の組織または器官への深い浸透にも適合している。電極アレイの構成により、(選択した生体分子を送達するための)注射針も完全に標的器官に挿入され、注入は、電極によって事前に線引きされた領域で、標的の問題に対して垂直に投与される。
電気化学的インピーダンス分光法(「EIS」)を組み込んだエレクトロポレーションデバイスも含まれる。そのようなデバイスは、インビボ、特に腫瘍内エレクトロポレーション効率のリアルタイムの情報を提供し、条件の最適化を可能にする。EISを組み込んだエレクトロポレーションデバイスの例は、例えば、参照により本明細書に組み込まれるWO2016161201に見出され得る。
他の代替エレクトロポレーション技術もまた企図される。インビボプラスミド送達はまた、コールドプラズマを使用して実施することができる。プラズマは、物質の4つの基本的な状態の1つであり、その他は固体、液体、気体である。プラズマは、結合していない正および負の粒子の電気的に中性の媒体である(つまり、プラズマの全体的な電荷はほぼゼロである)。プラズマは、レーザーまたはマイクロ波発生器を使用して、ガスを加熱する、または強力な電磁場に供することによって作成され得る。これは、電子の数を増減し、イオンと呼ばれる正または負の荷電粒子を生成し(Luo,et al.(1998)Phys.Plasma 5:2868-2870)、分子結合が存在する場合はその解離が同時に起こる。
コールドプラズマ(すなわち、非熱プラズマ)は、パルス化された高電圧信号を適切な電極に送達することによって生成される。コールドプラズマデバイスは、ガスジェットデバイスまたは誘電体バリア放電(DBD)デバイスの形をとり得る。コールドプラズマは、比較的低いガス温度でプラズマを供給する長所により、多くの熱意と関心を集めてきた。このような温度でのプラズマの供給は、創傷治癒、抗菌プロセス、他のさまざまな医学的治療および滅菌を含む、さまざまな用途にとって興味深いものである。前述のように、コールドプラズマ(すなわち、非熱プラズマ)は、パルス化された高電圧信号を適切な電極に供給することによって生成される。コールドプラズマデバイスは、ガスジェットデバイス、誘電体バリア放電(DBD)デバイス、または多周波高調波リッチ電源の形をとり得る。
誘電体バリア放電デバイスは、コールドプラズマを生成するために別のプロセスに依存している。誘電体バリア放電(DBD)デバイスは、誘電体層で覆われた少なくとも1つの導電性電極を含む。電気的帰路は、コールドプラズマ処置を受けるターゲット基板によって提供され得る接地によって、または電極に内蔵の接地を提供することによって形成される。誘電体バリア放電デバイスのエネルギーは、上記のような高電圧電源によって提供され得る。より一般的には、エネルギーは、プラズマ放電を形成するために、パルス化されたDC電圧の形で誘電体バリア放電デバイスに入力される。誘電体層の長所により、放電は、導電性電極から分離され、電極のエッチングおよびガス加熱が低減される。パルス化されたDC電圧は、様々な動作領域を達成するために振幅および周波数が変化され得る。コールドプラズマ生成のそのような原理を組み込んだ任意のデバイス(例えば、DBD電極デバイス)は、様々な記載の実施形態の範囲内である。
コールドプラズマは、細胞を外来核酸でトランスフェクションするために採用されてきた。特に、腫瘍細胞のトランスフェクション(例えば、Connolly,et al.(2012)Human Vaccines&Immunotherapeutics 8:1729-1733、およびConnolly et al(2015)Bioelectrochemistry 103:15-21参照)。
デバイスは、癌または他の非癌性(良性)増殖に苦しむ患者における使用について企図されている。これらの増殖は、病変、ポリープ、新生物(例えば、乳頭状尿路上皮新生物)、乳頭腫、悪性腫瘍、腫瘍(例えば、クラトスキン腫瘍、肺門腫瘍、非浸潤性乳頭状尿路上皮腫瘍、胚細胞腫瘍、ユーイング腫瘍、アスキン腫瘍、原始神経外胚葉性腫瘍、レイディグ細胞腫瘍、ウィルムス腫瘍、セルトリ細胞腫瘍)、肉腫、癌腫(例えば、扁平上皮細胞癌、総排泄孔癌、腺癌、腺扁平上皮癌、胆管癌、肝細胞癌、浸潤性乳頭状尿路上皮癌、扁平尿路上皮癌)、しこり、または任意の他のタイプの癌性もしくは非癌性の増殖のいずれかとして現れ得る。本実施形態のデバイスおよび方法で治療される腫瘍は、非侵襲性、侵襲性、表在性、乳頭状、平坦、転移性、限局性、単中心性、多中心性、低悪性度、および高悪性度のうちのいずれかであり得る。
デバイスは、多くの種類の悪性腫瘍(すなわち、癌)および良性腫瘍での使用について企図されている。例えば、本明細書に記載のデバイスおよび方法は、副腎皮質癌、肛門癌、胆管癌(例えば、末梢癌(periphilar cancer)、遠位胆管癌、肝内胆管癌)膀胱癌、良性および癌性骨癌(例えば、骨腫、類骨骨腫、骨芽細胞腫、骨軟骨腫、血管腫、軟骨粘液性線維腫、骨肉腫、軟骨肉腫、線維肉腫、悪性線維性組織球腫、骨の巨大細胞腫瘍、脊索腫、リンパ腫、多発性骨髄腫)、脳および中枢神経系癌(例えば、髄膜腫、星状細胞腫(astocytoma)、乏突起神経膠腫、上衣腫、神経膠腫、髄芽細胞腫、神経節神経膠腫、神経鞘腫、胚細胞腫、頭蓋咽頭腫)、乳癌(例えば、非浸潤性乳管癌、浸潤性乳管癌、浸潤性小葉癌、非浸潤性小葉癌、女性化乳房症、トリプルネガティブ乳癌(TNBC))、キャッスルマン病(例えば、巨大リンパ節過形成、血管濾胞性リンパ節過形成)、子宮頸癌、大腸癌、子宮内膜癌(例えば、子宮内膜腺癌、腺類癌、乳頭状漿液性腺癌、明細胞)食道癌、胆嚢癌(粘液性腺癌、小細胞癌)、消化管カルチノイド腫瘍(例えば、絨毛癌、破壊性絨毛腺腫)、ホジキン病、非ホジキンリンパ腫、皮膚T細胞リンパ腫(CTCL)、カポジ肉腫、腎臓癌(例えば、腎細胞癌)、肝臓癌(例えば、血管腫、肝細胞腺腫、限局性結節性過形成、肝細胞癌)、肺癌(例えば、小細胞肺癌、非小細胞肺癌)、中皮腫、形質細胞腫、頭頸部の扁平上皮細胞癌(鼻腔および副鼻腔癌(例えば、鼻腔神経芽細胞腫、正中線肉芽腫)、唾液腺癌、鼻咽腔癌、神経芽細胞腫、喉頭および下咽頭癌、口腔癌および口腔咽頭癌を含むが、これらに限定されない)、卵巣癌、膵臓癌、陰茎癌、下垂体癌、前立腺癌、網膜芽細胞腫、横紋筋肉腫(例えば、胎児性横紋筋肉腫、胞巣状横紋筋肉腫、多形性横紋筋肉腫)、皮膚癌、黒色腫および非黒色腫皮膚癌の両方(メルケル細胞癌を含む)、胃癌、精巣癌(例えば、精上皮腫、非精上皮腫胚細胞癌)、胸腺癌、甲状腺癌(例えば、濾胞腺癌、未分化癌、低分化癌、甲状腺髄様癌、甲状腺リンパ腫)、膣癌、外陰癌、および子宮癌(例えば、子宮平滑筋肉腫)における使用が企図される。
IV.腫瘍内エレクトロポレーションパラメーター
典型的には、インビボ細胞エレクトロポレーション、特に腫瘍内エレクトロポレーション(IT-EP)に必要な電場は、概して、インビトロでの細胞に必要な電場の大きさが類似している。いくつかの実施形態において、電場の大きさは、約10V/cm~約1500V/cm、約200V/cm~1500V/cm、約200V/cm~800V/cm約200V/cm~500V/cmの範囲である。いくつかの実施形態において、場の強度は、約200V/cm~約400V/cmである。いくつかの実施形態において、場の強度は約400V/cmである。
パルス長または周波数は、約10μs~約100ms、約100μs~約50ms、約500μs~10msであり得る。いくつかの実施形態において、場の強度は約400V/cmであり、パルス長は約10msである。任意の所望の数のパルスがあり得、典型的には1秒あたり1~100パルスである。パルスセット間の間隔は、1秒などの任意の所望の時間であり得る。波形、電場強度、およびパルス持続時間はまた、細胞のタイプおよびエレクトロポレーションを介して細胞に入る分子のタイプに依存し得る。
プラスミドにコードされた免疫刺激性サイトカインは、各サイクルまたは交互のサイクルの少なくとも1、2、または3日間のエレクトロポレーションによって送達される。いくつかの実施形態において、サイトカインは、各サイクルの1、5、および8日目に送達される。いくつかの実施形態において、サイトカインは、奇数のサイクルごとの1、3、および8日目に送達される。いくつかの実施形態において、プラスミドがP2A翻訳要素を含む場合、プラスミドにコードされたサイトカインは、1日目にのみ単一の処置として送達される。
免疫刺激性サイトカインをコードするプラスミドを含むP2Aは、約1μg~100μg、約10μg~約50μg、約10μg~約25μgで投与される。いくつかの実施形態において、プラスミドの量は、標的腫瘍体積の計算によって決定され、この体積の1/4のプラスミドを含むP2Aの0.5mg/ml溶液を投与する。
IV.併用療法
本開示は、ヒト対象における癌を治療する方法を包含し、方法は、治療有効量の記載の発現ベクターのうちの1つ以上を対象に投与するステップ(複数可)を含む。いくつかの実施形態において、記載の発現ベクターは、エレクトロポレーションと組み合わせて投与される。
いくつかの実施形態において、記載の治療法のいずれかが、1つまたは複数の追加の(すなわち、第2の)治療学または治療と組み合わされる。発現ベクターおよび追加の治療学は、単一の組成物で投与され得、またはそれらは、別々に投与され得る。追加の治療学の非限定的な例は、抗癌剤、抗癌生物製剤、抗体、抗PD-1阻害剤、抗CTLA4アンタゴニストAb、腫瘍ワクチン、または当技術分野で知られている他の療法を含むが、これらに限定されない。
免疫調節タンパク質をコードするDNAの腫瘍内エレクトロポレーション(IT-EP)は、他の治療実体と共に投与され得ることが企図される。表3は可能な組み合わせを提供する。併用療法の実施は、エレクトロポレーションのみ、またはエレクトロポレーションと全身性の送達の組み合わせによって達成され得る。
Figure 2023017930000005
記載の発現ベクターおよび/または組成物は、癌の治療的処置のための方法において使用され得る。癌は、黒色腫、乳癌、トリプルネガティブ乳癌、メルケル細胞癌、CTCL、頭頸部扁平上皮細胞癌、または上記の他の癌であり得るが、これらに限定されない。そのような方法は、エレクトロポレーションによる発現ベクターの投与を含む。
いくつかの実施形態において、記載の発現ベクターのうちの少なくとも1つは、腫瘍におけるIL12およびFLT3L-NY-ESOの発現に利益をもたらすであろう対象の治療のための医薬組成物(すなわち、薬剤)の調製において使用される。いくつかの実施形態において、記載の医薬組成物は、対象における癌を治療するために使用される。
本明細書で使用される場合、医薬組成物または薬剤は、薬理学的有効量の記載の発現ベクターの少なくとも1つを含む。いくつかの実施形態において、医薬組成物または薬剤は、1つまたは複数の薬学的に許容される賦形剤をさらに含む。薬学的に許容される賦形剤(賦形剤)とは、医薬品有効成分(API、治療薬、発現ベクターなど)以外の物質であり、安全性が適切に評価されており、薬物送達システムに意図的に含まれている。賦形剤は、意図された投与量で治療効果を発揮しないか、または発揮することが意図されていない。賦形剤は、a)製造の際に薬物送達システムの処理を助け、b)APIの安定性、生物学的利用能、もしくは患者の許容性を保護、支援、もしくは強化し、c)製品の識別を補助し、および/またはd)保存もしくは使用の際にAPIの全体的な安全性、有効性、送達の任意の他の属性を強化するために作用し得る。薬学的に許容される賦形剤は、不活性物質であり得るか、またはそうではないことがある。
賦形剤は、吸収促進剤、付着防止剤、消泡剤、酸化防止剤、結合剤、緩衝剤、担体、コーティング剤、着色剤、送達促進剤、デキストラン、デキストロース、希釈剤、崩壊剤、乳化剤、増量剤、充填剤、香料、流動促進剤、保湿剤、潤滑剤、油、ポリマー、保存剤、生理食塩水、塩、溶剤、糖、懸濁化剤、徐放性マトリックス、甘味料、増粘剤、等張化剤、ビヒクル、撥水剤、および湿潤剤を含むが、これらに限定されない。
医薬組成物は、医薬組成物に一般的に見られる他の追加の成分を含み得る。そのような追加の成分は、鎮痒剤、収斂剤、局所麻酔薬、または抗炎症剤(例えば、抗ヒスタミン剤、ジフェンヒドラミンなど)を含むが、これらに限定されない。本明細書に記載の発現ベクターを発現または含む細胞は「医薬組成物」として使用され得ることもまた想定される。本明細書で使用される場合、「薬理学的有効量」、「治療有効量」、または単に「有効量」は、意図された薬理学的、治療的または予防的結果を生じるための発現ベクターのその量を指す。
いくつかの実施形態において、記載の発現ベクターは、処置された腫瘍病変における平均腫瘍体積をより低くし、未処置の対側腫瘍病変における均腫瘍体積をより低くし、腫瘍へのリンパ球の流入を誘発し、循環腫瘍特異的CD8+T細胞の増加を誘発し、腫瘍におけるリンパ球および単球の細胞表面マーカーの発現を増加させ、および/または表23および24のINF-γ関連遺伝子のいずれかのmRNAレベルを増加させるために使用され得る。
いくつかの実施形態において、IL-12の腫瘍内発現は、発現ベクターを投与される前の対象または発現ベクターを受けていない対象と比較して、少なくとも約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、または98%増加する。いくつかの実施形態において、IL-12の腫瘍内発現は、発現ベクターを投与される前の対象または発現ベクターを受けていない対象と比較して、少なくとも1倍、少なくとも2倍、少なくとも3倍、少なくとも3.6倍、少なくとも4倍、または少なくとも5倍増加する。
いくつかの実施形態において、処置された腫瘍病変における平均腫瘍体積は、発現ベクターを投与される前の対象または発現ベクターを受けていない対象と比較して、少なくとも約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、または98%減少する。
いくつかの実施形態において、未処置の対側腫瘍病変における平均腫瘍体積は、発現ベクターを投与される前の対象または発現ベクターを受けていない対象と比較して、少なくとも約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、または98%減少する。
いくつかの実施形態において、腫瘍へのリンパ球の流入は、発現ベクターを投与される前の対象または発現ベクターを受けていない対象と比較して、少なくとも約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、または98%増加する。いくつかの実施形態において、腫瘍へのリンパ球の流入は、発現ベクターを投与される前の対象または発現ベクターを受けていない対象と比較して、少なくとも1倍、少なくとも2倍、少なくとも3倍、少なくとも4倍、または少なくとも5倍増加する。
いくつかの実施形態において、対象における循環腫瘍特異的CD8+T細胞は、発現ベクターを投与される前の対象または発現ベクターを受けていない対象と比較して、少なくとも約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、または98%増加する。いくつかの実施形態において、対象における循環腫瘍特異的CD8+T細胞は、発現ベクターを投与される前の対象または発現ベクターを受けていない対象と比較して、少なくとも1倍、少なくとも2倍、少なくとも3倍、少なくとも4倍、または少なくとも5倍増加する。
いくつかの実施形態において、腫瘍におけるリンパ球および単球の細胞表面マーカーの発現は、発現ベクターを投与される前の対象または発現ベクターを受けていない対象と比較して、少なくとも約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、または98%増加する。いくつかの実施形態において、腫瘍におけるリンパ球および単球の細胞表面マーカーの発現は、発現ベクターを投与される前の対象または発現ベクターを受けていない対象と比較して、少なくとも1倍、少なくとも2倍、少なくとも3倍、少なくとも4倍、または少なくとも5倍増加する。
いくつかの実施形態において、腫瘍における表23および24のINF-γ関連遺伝子のいずれかのmRNAレベルは、発現ベクターを投与される前の対象または発現ベクターを受けていない対象と比較して、少なくとも約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、または98%増加する。いくつかの実施形態において、腫瘍における表23および24のINF-γ関連遺伝子のいずれかのmRNAレベルは、発現ベクターを投与される前の対象または発現ベクターを受けていない対象と比較して、少なくとも1倍、少なくとも2倍、少なくとも3倍、または少なくとも5倍増加する。
いくつかの実施形態において、記載の発現ベクターまたは発現ベクターを含む組成物は、エレクトロポレーションによって腫瘍または腫瘍病変に送達され得る。概して、核酸分子を(インビトロまたはインビボ)送達するために当技術分野で認識されている任意の適切なエレクトロポレーション方法は、記載の発現ベクターでの使用に適合させ得る。
記載の発現ベクターおよび本明細書に開示の発現ベクターを含む医薬組成物は、キット、容器、パック、またはディスペンサーに梱包され得るまたは含まれ得る。発現ベクターおよび発現ベクターを含む医薬組成物は、事前に充填された注射器またはバイアルに梱包され得る。キットは、本明細書に開示の方法を実施する際に利用される試薬を含み得る。キットはまた、本明細書に開示される組成物、ツール、または器具を含み得る。例えば、そのようなキットは、記載の発現ベクターのいずれかを含み得る。いくつかの実施形態において、キットは、1つ以上の記載の発現ベクターおよびエレクトロポレーションデバイスを含む。いくつかの実施形態において、キットは、1つ以上の記載の発現ベクター、ならびに1つ以上の電極ディスク、針電極、および注射針を含む。モデルキットを以下に説明するが、他の有用なキットの内容は、本開示を考慮して明白であるであろう。
上記または下記で引用されているすべての特許出願、ウェブサイト、他の刊行物、アクセッション番号などは、各項目が、参照により組み込まれることが具体的にかつ個別に示されたのと同じ程度に、すべての目的に関して、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。配列の異なるバージョンが違う時間にアクセッション番号に関連付けられている場合、本出願の有効な出願日においてアクセッション番号に関連付けられるバージョンを意味する。有効な出願日とは、該当する場合、アクセッション番号に関する実際の出願日以前または優先出願の出願日を意味する。同様に、刊行物、ウェブサイトなどの異なるバージョンが違う時間に公開されている場合、別段の指定のない限り、本出願の有効な出願日の直近に公開されたバージョンを意味する。本明細書に記載の任意の特徴、ステップ、要素、実施形態、または態様は、別段に他の指示がない限り、任意の他のものと組み合わせて使用され得る。実施形態は、明瞭さおよび理解の目的のために、図表および例を手段としていくらか詳細に記載されるが、添付の特許請求の範囲内で、ある特定の変更および修正が実施され得ることは明らかであろう。
実施形態の列挙
本明細書に開示される主題には、以下の実施形態が含まれるが、これらに限定されない。
1.配列番号1の核酸配列を含む、発現ベクター。
2.配列番号9のアミノ酸配列と少なくとも70%の同一性を有するアミノ酸を含むポリペプチドをコードする核酸を含む、発現ベクター。
3.ポリペプチドが、配列番号9のアミノ酸配列を含む、実施形態2に記載の発現ベクター。
4.核酸が、配列番号8のヌクレオチド配列と少なくとも70%の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、実施形態2または3に記載の発現ベクター。
5.核酸が、配列番号8のヌクレオチド配列を含む、実施形態4に記載の発現ベクター。
6.核酸が、P2A翻訳修飾要素をコードする核酸および少なくとも1つの抗原に融合したFLT-3Lペプチドをコードする核酸に作動可能に連結されている、実施形態4または5に記載の発現ベクター。
7.抗原が、NYESO-1、NY-ESO-1のアミノ酸80~180、Ny-ESO-1のアミノ酸157~165、MAGE-A1、MAGE-A2、MAGE-A3、MAGE-A10、SSX-2、MART-1、チロシナーゼ、Gp100、サバイビン、TERT、hTERT、WT1、PSMA、PRS pan-DR、B7-H6、HPV E7、HPV16 E6/E7、HPV11 E6、HPV6b/11 E7、HCV-NS3、インフルエンザHA、インフルエンザNA、ポリオーマウイルスMCPyV
LTA、ポリオーマウイルスVP1、ポリオーマウイルスLTA、ポリオーマウイルスSTA、OVA、RNEU、Melan-A、LAGE-1、CEAペプチドCAP-1、およびHPVワクチンペプチド、またはそれらの抗原性ペプチドからなる群から選択される、実施形態6に記載の発現ベクター。
8.抗原が、NYESO-1である、実施形態7に記載の発現ベクター。
9.核酸が、CMVプロモーターに作動可能に連結されている、実施形態2~8のいずれか1つに記載の発現ベクター。
10.ポリペプチドが、配列番号11のアミノ酸配列と少なくとも70%の同一性を有するアミノ酸配列を含む、実施形態2~9のいずれか1つに記載の発現ベクター。
11.ポリペプチドが、配列番号11のアミノ酸配列を含む、実施形態10に記載の発現ベクター。
12.核酸が、配列番号10のヌクレオチド配列と少なくとも70%の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、実施形態10または11に記載の発現ベクター。
13.核酸が、配列番号10のヌクレオチド配列を含む、実施形態12に記載の発現ベクター。
14.核酸が、CMVプロモーターに作動可能に連結されている、実施形態12または13に記載の発現ベクター。
15.発現ベクターが、配列番号12のヌクレオチド配列と少なくとも70%の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、実施形態14に記載の発現ベクター。
16.発現ベクターが、配列番号12のヌクレオチド配列を含む、実施形態15に記載の発現ベクター。
17.少なくとも1回の腫瘍内エレクトロポレーションパルスを使用して、発現ベクター実施形態1~16のいずれか1つを腫瘍に送達することを含む、対象における腫瘍を治療する、方法。
18.腫瘍内エレクトロポレーションパルスが、約200V/cm~約1500V/cmの場の強度を有する、実施形態17に記載の方法。
19.対象が、ヒトである、実施形態17または18に記載の方法。
20.腫瘍が、黒色腫、トリプルネガティブ乳癌、メルケル細胞癌、皮膚T細胞リンパ腫(CTCL)、および頭頸部扁平上皮細胞癌の群から選択される、実施形態17~19のいずれか1つに記載の方法。
21.エレクトロポレーションパルスが、電気化学的インピーダンス分光法が可能な発生器によって送達される、実施形態17~20のいずれか1つに記載の方法。
22.以下を含む発現ベクターを送達する少なくとも1つの低電圧腫瘍内エレクトロポレーション(IT-EP)処置を施すことを含む、対象における腫瘍を治療する、方法:
a.配列番号1、配列番号8、配列番号10、もしくは配列番号12のヌクレオチド配列、
b.配列番号1、配列番号8、配列番号10、もしくは配列番号12のヌクレオチド配列と少なくとも70%の同一性を有するヌクレオチド配列、
c.配列番号9もしくは配列番号11のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするヌクレオチド配列、または
d.配列番号9もしくは配列番号11のアミノ酸配列と少なくとも70%の同一性を有するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列。
23.IT-EP処置が、約200V/cm~約500V/cmの場の強度および約100μs~約50msのパルス長を含む、実施形態22に記載の方法。
24.処置が、1つのIT-EP処置であり、約350~450V/cmの場の強度および約10msのパルス長を含む、実施形態23に記載の方法。
25.処置が、1つのIT-EP処置であり、約400V/cmの場の強度および約10msのパルス長を含む、実施形態24に記載の方法。
26.処置が、1~10回の10msのエレクトロポレーションパルスを含む、実施形態17~25のいずれか1つに記載の方法。
27.処置が、5~10回の10msのエレクトロポレーションパルスを含む、実施形態26に記載の方法。
28.処置が、8回の10msのエレクトロポレーションパルスを含む、実施形態27に記載の方法。
29.処置が、IRESモチーフを含むIL-12をコードするプラスミドでの低電圧IT-EP処置と比較した場合、以下のうちの1つ以上またはすべてをもたらす、実施形態17~28のいずれか1つに記載の方法:
a.IL-12の少なくとも3.6倍高い腫瘍内発現、
b.処置された腫瘍病変におけるより低い平均腫瘍体積、
c.未処置の対側腫瘍病変におけるより低い平均腫瘍体積、
d.腫瘍へのリンパ球のより高い流入、
e.循環腫瘍特異的CD8+T細胞の増加、
f.腫瘍におけるリンパ球および単球の細胞表面マーカーの発現の増加、ならびに
g.表23および24のINF-g関連遺伝子のmRNAレベルの増加。
30.治療が、少なくとも1回の腫瘍内エレクトロポレーションパルスを使用して発現ベクターを腫瘍に送達することを含む、対象における腫瘍の治療に使用するための実施形態1~16のいずれかに記載の発現ベクター。
31.腫瘍内エレクトロポレーションパルスが、少なくとも1つの低電圧腫瘍内エレクトロポレーション(IT-EP)処置を含む、実施形態30に記載の発現ベクター。
32.IT-EP処置が、200V/cm~500V/cmの場の強度および約100μs~約50msのパルス長を含む、実施形態31に記載の発現ベクター。
33.処置が、1つのIT-EP処置であり、350~450V/cmの場の強度および約10msのパルス長を含む、実施形態32に記載の発現ベクター。
34.処置が、1つのIT-EP処置であり、約400V/cmの場の強度および約10msのパルス長を含む、実施形態33に記載の発現ベクター。
35.処置が、1~10回の10msのエレクトロポレーションパルスを含む、実施形態30~34のいずれかに記載の発現ベクター。
36.処置が、5~10回の10msのエレクトロポレーションパルスを含む、実施形態35に記載の発現ベクター。
37.処置が、8回の10msのエレクトロポレーションパルスを含む、実施形態36に記載の発現ベクター。
38.以下の式によって定義される複数の発現カセットを含む発現プラスミド:
P-A-T-A’-T-Bであって、
式中、
a)PがヒトCMVプロモーターであり、
b)AおよびA’がそれぞれインターロイキン-12(IL-12)p35およびIL-12 p40であり、
c)Bが表1の少なくとも1つの抗原に融合したFLT-3Lであり、
d)TがP2A翻訳修飾要素である、発現プラスミド。
39.発現プラスミドが、配列番号2のアミノ酸配列を含むポリペプチドおよび配列番号3のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする、実施形態38に記載の発現プラスミド。
40.発現プラスミドが、配列番号4のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする、実施形態39または40に記載の発現プラスミド。
41.プラスミドが、配列番号1のヌクレオチド配列、または配列番号1のヌクレオチド配列と少なくとも70%、72%、75%、78%、80%、82%、83%、85%、87%、88%、90%、92%、93%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の同一性を有するヌクレオチド配列、を含む、実施形態38~40のいずれかに記載の発現プラスミド。
42.抗原が、NYESO-1、NY-ESO-1のアミノ酸80~180、Ny-ESO-1のアミノ酸157~165、MAGE-A1、MAGE-A2、MAGE-A3、MAGE-A10、SSX-2、MART-1、チロシナーゼ、Gp100、サバイビン、TERT、hTERT、WT1、PSMA、PRS pan-DR、B7-H6、HPV E7、HPV16 E6/E7、HPV11 E6、HPV6b/11 E7、HCV-NS3、インフルエンザHA、インフルエンザNA、ポリオーマウイルスMCPyV LTA、ポリオーマウイルスVP1、ポリオーマウイルスLTA、ポリオーマウイルスSTA、OVA、RNEU、Melan-A、LAGE-1、CEAペプチドCAP-1、およびHPVワクチンペプチド、またはそれらの抗原性ペプチドからなる群から選択される、実施形態38および39のいずれかに記載の発現ベクター。
43.抗原が、NYESO-1である、実施形態42に記載の発現ベクター。
44.少なくとも1回の腫瘍内エレクトロポレーションパルスを使用して、実施形態38~43のいずれかに記載の発現プラスミドを腫瘍に送達することを含む、対象における腫瘍を治療する、方法。
45.腫瘍内エレクトロポレーションパルスが、約200V/cm~1500V/cmの場の強度を有する、実施形態44に記載の方法。
46.対象がヒトである、実施形態44または45に記載の方法。
47.腫瘍が、黒色腫、トリプルネガティブ乳癌、メルケル細胞癌、CTCL、および頭頸部扁平上皮細胞癌の群から選択される、実施形態44~46のいずれかに記載の方法。
48.エレクトロポレーションパルスが、電気化学的インピーダンス分光法が可能な発生器によって送達される、実施形態44~47のいずれかに記載の方法。
49.インターロイキン-12(IL-12)をコードする発現プラスミドを送達する少なくとも1つの低電圧腫瘍内エレクトロポレーション(IT-EP)処置を含む、対象の腫瘍を治療する方法であって、プラスミドがP2Aエクソンスキッピングモチーフを含む、方法。
50.IT-EP処置が、200V/cm~500V/cmの場の強度および約100μs~約50msのパルス長を含む、実施形態49に記載の方法。
51.処置が、1つのIT-EP処置であり、少なくとも400V/cmの場の強度および約10msのパルス長を含む、実施形態50に記載の方法。
52.P2Aを含むIL-12コード化プラスミドのIT-EP処置が、IRESモチーフを含むIL-12コード化プラスミドと比較した場合、以下のうちの少なくとも1つを含む、実施形態49~51のいずれかに記載の方法:
a)IL-12の少なくとも3.6倍高い腫瘍内発現、
b)処置された腫瘍病変におけるより低い平均腫瘍体積、
c)未処置の対側腫瘍病変におけるより低い平均腫瘍体積、
d)腫瘍へのリンパ球のより高い流入、
e)循環腫瘍特異的CD8+T細胞の増加、
f)腫瘍におけるリンパ球および単球の細胞表面マーカーの発現の増加、ならびに
g)表23および24のINF-g関連遺伝子のmRNAレベルの増加。
53.CMVプロモーターに作動可能に連結されたIL12 p35-P2A-IL12p40についてのコード配列を含む発現プラスミドであって、IL12 p35-P2Aは、配列番号2のアミノ酸配列を含む、発現プラスミド。
54.プラスミドが、配列番号3のアミノ酸配列をさらにコードする、実施形態53に記載の発現プラスミド。
55.プラスミドが、配列番号4のアミノ酸配列をさらにコードする、実施形態54に記載の発現プラスミド。
56.プラスミドが、配列番号9のアミノ酸配列をコードする、実施形態53に記載の発現プラスミド。
57.プラスミドが、配列番号11のアミノ酸配列をコードする、実施形態53に記載の発現プラスミド。
58.発現プラスミドを送達することが、初代未成熟ヒト樹状細胞の成熟をもたらす、実施形態44に記載の方法。
59.配列番号13の核酸配列を含む、発現ベクター。
60.発現ベクターが、配列番号13の核酸配列からなる、実施形態59に記載の発現ベクター。
61.配列番号9のアミノ酸配列からなるアミノ酸配列をコードする核酸配列を含む、発現ベクター。
62.核酸配列が、配列番号8のヌクレオチド配列、または配列番号8のヌクレオチド配列と少なくとも70%、72%、75%、78%、80%、82%、83%、85%、87%、88%、90%、92%、93%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の同一性を有するヌクレオチド配列、を含む、実施形態61に記載の発現ベクター。
63.核酸が、配列番号8のヌクレオチド配列、または配列番号8のヌクレオチド配列と少なくとも70%、72%、75%、78%、80%、82%、83%、85%、87%、88%、90%、92%、93%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の同一性を有するヌクレオチド配列、を含む、実施形態61に記載の発現ベクター。
64.核酸配列が、プロモーターに作動可能に連結されている、実施形態61~63のいずれか1つに記載の発現ベクター。
65.プロモーターが、CMVプロモーター、Igκプロモーター、mPGKプロモーター、SV40プロモーター、β-アクチンプロモーター、α-アクチンプロモーター、SRαプロモーター、ヘルペスチミジンキナーゼプロモーター、単純ヘルペスウイルス(HSV)プロモーター、マウス乳癌ウイルス長末端反復(LTR)プロモーター、アデノウイルス主要後期プロモーター(Ad MLP)、ラウス肉腫ウイルス(RSV)プロモーター、およびEF1αプロモーターからなる群から選択される、実施形態64に記載の発現ベクター。
66.プロモーターが、CMVプロモーターである、実施形態65に記載の発現ベクター。
67.発現ベクターが、配列番号14のヌクレオチド配列を含む、実施形態66に記載の発現ベクター。
68.実施形態58~67のいずれか1つの発現ベクターの治療有効量を含む、医薬組成物。
69.実施形態68の医薬組成物を腫瘍に注射することと、腫瘍に少なくとも1回のエレクトロポレーションパルスを施すこととを含む、対象における腫瘍を治療する、方法。
70.エレクトロポレーションパルスが、約200V/cm~約1500V/cmの場の強度を有する、実施形態69に記載の方法。
71.エレクトロポレーションパルスが、約100μs~約50msのパルス長を有する、実施形態70に記載の方法。
72.少なくとも1回のエレクトロポレーションパルスを施すことが、1~10回のパルスを施すことを含む、実施形態71に記載の方法。
73.少なくとも1回のエレクトロポレーションパルスを施すことが、6~8回のパルスを施すことを含む、実施形態72に記載の方法。
74.エレクトロポレーションパルスが、200V/cm~500V/cmの場の強度および100μs~50msのパルス長を有する、実施形態70に記載の方法。
75.エレクトロポレーションパルスが、約350~450V/cmの場の強度および約10msのパルス長を有する、実施形態74に記載の方法。
76.腫瘍に少なくとも1回のエレクトロポレーションパルスを施すことが、約400V/cmの場の強度および約10msのパルス長を有する8回のエレクトロポレーションパルスを施すことを含む、実施形態69に記載の方法。
77.エレクトロポレーションパルスが、電気化学的インピーダンス分光法が可能な発生器によって送達される、実施形態69~76のいずれか1つに記載の方法。
78.対象が、ヒトである、実施形態69~77のいずれか1つに記載の方法。
79.腫瘍が、黒色腫、乳癌、トリプルネガティブ乳癌、メルケル細胞癌、皮膚T細胞リンパ腫(CTCL)、および頭頸部扁平上皮細胞癌の群から選択される、実施形態69~78のいずれか1つに記載の方法。
80.対象における癌の治療に使用するための実施形態68に記載の医薬組成物。
81.癌を治療するための薬剤の製造における実施形態68に記載の医薬組成物の、使用。
82.医薬組成物が、腫瘍への注射および少なくとも1回のエレクトロポレーションパルスの実施による腫瘍への送達のために製剤化される、実施形態68に記載の医薬組成物。
配列識別子
Figure 2023017930000006
上記で提供された実施形態および項目は、以下の非限定的な実施例で示されている。
I.一般的な方法。
分子生物学の標準的な方法が記載される。Maniatis et al.(1982)Molecular Cloning,A Laboratory Manual,Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,N.Y.、Sambrook and Russell (2001)Molecular Cloning,3rd ed.,Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,N.Y.、Wu(1993)Recombinant DNA,Vol.217,Academic Press,San Diego,Calif.Standard methods also appear in Ausbel et al.(2001)Current Protocols in Molecular Biology,Vols.1-4,John Wiley and Sons,Inc.New York,N.Y.、それは、細菌細胞のクローニングとDNA変異誘発(Vol.1)、哺乳類細胞および酵母でのクローニング(Vol.2)、複合糖質とタンパク質発現(Vol.3)、バイオインフォマティクス(Vol.4)を記載している。
免疫沈降、クロマトグラフィー、電気泳動、遠心分離、および結晶化を含むタンパク質精製の方法が記載されている。Coligan et al.(2000)Current Protocols in Protein Science,Vol.1,John Wiley and Sons,Inc.,New York。化学分析、化学修飾、翻訳後修飾、融合タンパク質の生成、およびタンパク質のグリコシル化が記載される。例えば、Coligan et al.(2000)Current Protocols in Protein Science,Vol.2,John Wiley and Sons,Inc.,New York、Ausubel et al.(2001)Current Protocols in Molecular Biology,Vol.3,John Wiley and Sons,Inc.,NY,NY,pp.16.0.5-16.22.17、Sigma-Aldrich,Co.(2001)Products for Life Science Research,St.Louis,Mo.、pp.45-89、Amersham Pharmacia Biotech(2001)BioDirectory,Piscataway,N.J.,pp.384-391を参照されたい。ポリクローナル抗体およびモノクローナル抗体の産生、精製、および断片化が記載される。Coligan et al.(2001)Current Protocols in Immunology,Vol.1,John Wiley and Sons,Inc.,New York、Harlow and Lane(1999)Using Antibodies,Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,N.Y.、Harlow and Lane、前出。リガンド/受容体の相互作用を特徴づけるための標準的な技術が利用可能である。例えば、Coligan et al.(2001)Current Protocols in Immunology,Vol.4,John Wiley,Inc.,New Yorkを参照されたい。
蛍光活性化セルソーティング検出システム(FACS(登録商標))を含むフローサイトメトリーの方法が利用可能である。例えば、Owens et al.(1994)Flow Cytometry Principles for Clinical Laboratory Practice,John Wiley and Sons,Hoboken,N.J.、Givan(2001)Flow Cytometry,2nd
ed.、Wiley-Liss,Hoboken,N.J.、Shapiro(2003)Practical Flow Cytometry,John Wiley and Sons,Hoboken,N.J.を参照されたい。例えば診断試薬としての使用のための、核酸プライマーおよびプローブ、ポリペプチド、および抗体を含む、核酸を修飾するのに適した蛍光試薬が利用可能である。Molecular Probes(2003)Catalogue,Molecular Probes,Inc.,Eugene,Oreg.、Sigma-Aldrich(2003)Catalogue,St.Louis,Mo.
免疫系の組織学の標準的な方法が記載される。例えば、Muller-Harmelink(ed.)(1986)Human Thymus:Histopathology
and Pathology,Springer Verlag,New York,N.Y.、Hiatt,et al.(2000)Color Atlas of Histology,Lippincott,Williams,and Wilkins,Phila,Pa.、Louis,et al.(2002)Basic Histology:Text and Atlas,McGraw-Hill,New York,N.Y.を参照されたい。
例えば、抗原性断片、リーダー配列、タンパク質フォールディング、機能的ドメイン、グリコシル化部位、および配列アラインメントを決定するためのソフトウェアパッケージおよびデータベースが利用可能である。例えば、GenBank,Vector NTI(登録商標)Suite(Informax,Inc,Bethesda,Md.)、GCG Wisconsin Package (Accelrys,Inc.,San Diego,Calif.)、DECYPHER(登録商標)(TimeLogic Corp.,Crystal Bay,Nev.)、Menne et al.(2000)Bioinformatics 16:741-742、Menne et al.(2000)Bioinformatics Applications Note 16:741-742、Wren et al.(2002)Comput.Methods
Programs Biomed.68:177-181、von Heijne(1983)Eur.J.Biochem.133:17-21、von Heijne(1986)Nucleic Acids Res.14:4683-4690を参照されたい。
II.ヒトIL-12p35およびp40サブユニットのpOMIP2Aへのサブクローニング。
pUMVC3骨格は、Aldevron(Fargo、ND)から購入された。インフレームでhIL12p40(P2A-hIL12p40)に連結された翻訳調節要素P2Aをコードする1071bp DNA断片(遺伝子ブロック)は、IDT(Coralville、IA)から購入された。p40遺伝子ブロックは、Phusionポリメラーゼ(NEB、イプスウィッチMA、カタログ番号M0530S)を使用してPCR増幅され、標準の制限酵素ペアリングおよびT4 DNAリガーゼ(Life Technologies、グランドアイランド、NY、カタログ番号15224-017)を使用して、CMVプロモーター/エンハンサーの下流のpUMVC3にライゲーションされた。P2A-hIL12p40/pOMIP2Aの陽性クローンは、制限酵素消化によって同定され、DNAシーケンシングで検証された。
ヒトp35は、IDT(Coralville IA)からクローニングを容易にするために内部のBamH1、BglII、およびXba1部位が削除された789bpの遺伝子ブロックとして注文された。p35遺伝子ブロックは、上記のようにPCR増幅され、P2A-hIL12p40/pOMIP2Aにおけるp40遺伝子ブロックの上流にライゲーションされた。hIL12p35-P2A-p40/pOMIP2Aの陽性クローンは、制限酵素消化によって同定され、DNAシーケンシングで検証された。
インビボイメージングおよびエクスビボフローサイトメトリー用のレポーター遺伝子を含む同様の構築物が作製された。pOMI-Luc2p-P2A-mCherryを生成するために、Luc2Pは、pGL4.32[luc2P/NF-κB-RE/Hygro](Promega)からPCR増幅され、mCherryは、遺伝子ブロック断片(IDT)から増幅された。増幅されたDNA断片は、精製され、消化され、pUMVC3にライゲーションされた。陽性クローンは、制限酵素消化によって同定され、DNAシーケンシングで検証された。
III.FLT3L-抗原融合タンパク質構築物の生成
FMS様チロシンキナーゼ3リガンド(FLT3L)は、T細胞への優先的提示のために抗原を抗原提示細胞(APC)に向けることが示されている(Kim et al.Nat Comm.2014,Kreiter et al.,Cancer Res.2011,71:6132)。可溶性の分泌型のFLT3Lは、様々なタンパク質またはペプチド抗原に融合されている(表1、Kim et al.Nat Comm.2014)。
FLT3L-NY-ESO-1融合タンパク質構築物を生成するためのプロトコル例を示す。3つの遺伝子ブロックがIDTから得られ、それぞれはIgκシグナルペプチド配列、それに続くFLT3LのECD、短いヒンジ領域、およびNY-ESO-1抗原の3つの異なるセグメントを含む。隣接する制限部位を追加し、これら3つの融合タンパク質構築物をpUMVC3に導入するためにPCRが使用された。FLT3Lは、マウスでの前臨床試験のために、オボアルブミン遺伝子からのSIINFEKLペプチド抗原を含む3つのペプチドのコンカテマーにも融合された。pUMVC3から、これらの融合構築物がpOMIP2Aに導入される(以下で説明)。
他の共有腫瘍またはウイルス抗原を使用する代替融合タンパク質(表1)は、同じ方法を使用して構築される。
同定された共有腫瘍抗原に加えて、患者特異的新生抗原が同定され得、その患者に合わせた免疫原性ペプチド抗原が、腫瘍内エレクトロポレーションを介した個別治療のためにFLT3Lに融合され得る(例えば、Beckhove et al.,J.Clin.Invest.2010,120:2230を参照されたい)。
すべての免疫調節タンパク質のバージョンは、マウスホモログ配列を使用して並行して構築され、前臨床試験で使用される。
IV.単一の転写産物から3つのタンパク質を発現させるためのpOMI-2xP2Aの生成。
サブクローニングプロトコルの例は、IL-12ヘテロダイマーサイトカインおよびFLT3L-NY-ESO-1について示されている。FLT3L-NYESO-1をコードするDNA遺伝子ブロック(IDT)は、上流のP2A部位および隣接する制限部位でPCR増幅され、hIL-12p40の下流でライゲーションされた。p40の3’側の停止部位を削除するためにQuikchange変異誘発(Agilent、サンタクララ、米国)が実行された。陽性クローンは、制限酵素消化によって同定され、DNAシーケンシングで検証された。
4番目の遺伝子は、同じ方法を使用して、ポリシストロンメッセージにすでに含まれている3つの遺伝子の上流または下流に追加され得る。
V.pOMI-PIIMの生成
pOMI-PIIMプラスミドの概略図を図1に示す。OMI-PIIMは、OncoSec Medical Incorporated-Polycistronic IL-12 Immune Modulatorの略である。3つの遺伝子はすべて同じプロモーターから発現され、エクソンスキッピングモチーフが介在して、3つのタンパク質すべてが単一のポリシストロンメッセージから生成されるようにする。
ベクターpUMVC3は、Kpn1制限酵素消化によって線形化された。hIL12p35は、線形化されたpUMVC3の5’配列に一致する24bpのオーバーラップおよび3’部分P2A配列を有して、臨床hIL12-IRES/pUMVC3プラスミドAldevron(Fargo、ND)からのPCRによって増幅された。hIL12p40は、5’P2A配列および線形化されたpUMVC3との3’24bpオーバーラップを有して、hIL12-2A/pUMVC3プラスミド(上記)からのPCRによって増幅された。p35-P2A(部分的)およびP2A-p40 PCR産物の間の配列のオーバーラップは14bpであった。3つの部品のギブソンアセンブリは、製造元の推奨事項(New England Biolabs E2611S/L)に従って実行され、hIL12-2A-seamless/pUMVC3の陽性クローンは、制限酵素消化によってスクリーニングされ、DNA配列によって検証された。pOMI-PIIM発現プラスミドは、前のプラスミド(pOMIP2A、実施例IIを参照)に存在するIL-12 p35コード配列と比較して、IL-12 p35コード配列に5つのサイレントコドン変化を含む。IL-12 p35コード配列のクローニングを容易にするために、pOMIP2Aにおいて5つのサイレント点変異が作成された。これらの5つの点変異により、内因性IL-12p35ヌクレオチド配列に存在する制限酵素部位が除去された。これらの変異を持たないhIL-12発現ベクターを生成するために、ギブソンアセンブリクローニング法を使用した。ギブソンクローニング法を使用すると、制限部位の除去が不要であり、内因性IL-12p35コード配列を使用してポリシストロンhIL-12発現ベクターを作成することができた。内因性配列の使用は、クローニングの目的で作成された非最適化コドンの代わりに最適化された内因性コドンを使用することにより、ヒト被験者におけるIL-12p35および下流のIL-12p40配列の発現の改善につながり得る。ギブソンアセンブリはさらに、PT2要素に隣接するNotIおよびBamHI制限酵素部位を追加せずにpOMI-PIIM発現プラスミドを作成することを可能にした。NotIおよびBamHI部位は、P2Aコード領域の前後にそれぞれGCGGCCGCA(GCGGCCGC認識サイト)およびGGATCC配列を追加した。GCGGCCGCA配列は、pOMIP2Aプラスミドから発現するIL-12p35およびIL-12p40タンパク質のC末端にAla-Ala-Alaトリペプチドを追加し、GGATCC配列は、IL-12p40およびFlt3-Lタンパク質のN末端シグナル配列にGly-Serジペプチドを追加した。これらの配列は通常、IL12 p35、IL12 p40、またはFlt3リガンドには存在せず、インビボで発現したIL-12p35、IL-12 p40、またはFlt3-Lタンパク質の発現、フォールディング、活性、または分泌を変化させ得る。追加のアミノ酸が、発現したタンパク質に対する免疫反応を引き起こし得る可能性がある。ギブソンアセンブリクローニングの使用は、サイレント核酸配列変異または余分なアミノ酸を含まない発現ベクターを生成するために使用され、その機能は不明であり、その存在は不要であり、潜在的に阻害的である。続いて、この構築物は、Not1で消化され、hIL12p40停止部位の3’側で線形化された。テンプレートとしてhIL12~hFLT3L-NYESO1を使用して(上記)、P2A-FLT3L-NYESO(80-180aa)は、hIL12p40の末端との5’28bpオーバーラップ(停止部位を削除)および線形化されたpUMVC3との3’28bpオーバーラップを有して、PCRにより増幅された。ギブソンアセンブリ(New England Biolabs E2611S/L)はメーカーの推奨に従って実行され、hIL12~hFLT3L-NYESO(80-180aa)-seamless/pUMVC3の陽性クローンは制限酵素消化によってスクリーニングされ、DNAシーケンシング(pOMI-PIIM、配列番号1)によって検証された。
FLT3受容体に結合できないFLT3Lの変異型は、機能研究のための対照として生成された(Graddis et al.,1998,J.Biol.Chem.273:17626)。Graddis(上記)に記載の点変異およびテンプレートとしてのpOMI-PIIMを作成するために、Quikchange変異誘発(Agilent、サンタクララ、米国)が使用された。
並行して、前臨床試験のために、マウスIL-12でpOMI-PIIMのバージョンが構築された。
VIIa.pOMI-PIの生成。
ポリシストロンベクター上でhIL-12p35およびhIL12-p40をコードするpOMI-PIは、2番目のPT2要素およびhFLT3L-NYESO1コード配列の代わりにIL-12 p40コード配列の直後に終止コドンが挿入されたことを除いて、pOMI-PIIMと同様の方法で作成された。したがって、pOMI-PI発現ベクターは、内因性hIL-12 p35コード配列、P2A要素コード配列、および内因性hIL-12 p40コード配列を含む。hIL-12 p35、P2A要素、hIL-12 p40コード配列は、単一のプロモーターから転写される。pOMI-PIは、PTA要素の前後にpOMIP2Aに存在するGCGGCCGCAおよびGGATCC配列を含まないため、翻訳されたIL-12 p35タンパク質のC末端にAla-Ala-Alaトリペプチドを、または翻訳されたIL-12 p40のN末端シグナル配列にGly-Serジペプチドを追加しない。ELISA分析は、hIL-12 p70がインビトロでHEK293細胞においてpOMI-PI発現ベクターから効率的に発現されたことを示した(図6参照)。
VI.ELISA
pUMVC3-IL12(Aldevron、ファーゴ、ND)およびpOMI-IL12P2Aは、TransIT LT-1(Mirus、マディソン WI、カタログ番号MIR2300)を使用して、製造元の推奨に従ってHEK293細胞にトランスフェクションされた。2日後、上清が回収され、3000rpmで5分間回転させ、細胞の破片をすべて除去した。清澄化した上清は等分され、-86℃で凍結された。馴化培地中のhIL-12p70ヘテロ二量体タンパク質のレベルは、複合体を特異的に検出するELISA(R&D Systems、ミネアポリス MN カタログ番号DY1270)を使用して定量化された。
Figure 2023017930000007
pOMI-IL12P2Aは、一定量のトランスフェクションされたプラスミドについての培養上清においてpUMVC3-IL12よりも3.6倍多くのヒトIL12p70分泌タンパク質を生成した。
pOMI-PIIMのクローンは、TransIT LT-1(Mirus、マディソン WI、カタログ番号MIR2300)を使用して、製造元の推奨に従って、HEK293細胞にトランスフェクションされた。2日後、上清が回収され、3000rpmで5分間回転させ、細胞の破片をすべて除去した。清澄化した上清は新しいチューブに移され、分注して-86℃で凍結された。馴化培地中のhIL-12p70ヘテロ二量体タンパク質のレベルは、複合体を特異的に検出するELISA(R&D Systems、ミネアポリス MN カタログ番号DY1270)を使用して定量化された。FLT3L-NYESO-1融合タンパク質のレベルは、抗FLT3L抗体(R&D Systems、ミネアポリス MN、カタログ番号DY308)を使用したELISAによって定量化された。
顕著なレベルのp70 IL-12およびFLT3L融合タンパク質の両方が、pOMI-PIIMでトランスフェクションされた細胞から産生された(表5)
Figure 2023017930000008
VII.インビトロ機能アッセイ
pOMI-IL12P2AおよびpOMI-PIIMを発現する細胞からの組織培養上清は、HEK-Blue細胞を使用して機能的なIL-12 p70の発現について試験された。これらの細胞は、ヒトIL-12受容体、およびSTAT4駆動の分泌型のアルカリホスファターゼを発現するように設計されている。
このレポーターアッセイは、製造元のプロトコル(HEK-Blue IL-12細胞、InvivoGenカタログ番号hkb-il12)に従って実行された。分泌型アルカリホスファターゼ(SEAP)の発現は、製造元のプロトコル(Quanti-Blue、InvivoGenカタログ番号rep-qbl)に従って測定された。
同量のヒトpOMI-IL12P2AまたはpUMVC3-IL12(Aldevron)のいずれかでトランスフェクションされたHEK293細胞からの培養上清の異なる希釈物が、このアッセイで比較された。平均EC50は、pOMI-IL12P2A試料において>2倍低かった(n=3、マンホイットニー、**p<0.01)これらのデータは、所定の用量のプラスミドについて、pOMI-IL12P2AがpUMVC3-IL12よりもより機能的なヒトIL-12p70タンパク質の産生をもたらしたことを示している。
pOMI-PIIMポリシストロンベクターから発現および分泌されたIL-12 p70タンパク質もまた、SEAPタンパク質の誘導において強い活性を示した(図2)。この活性は、rhIL-12タンパク質対照に匹敵し、中和IL-12抗体(R&Dシステム、AB-219-NA)によって遮断された(図2)。
pOMIP2Aベクターから発現され、HEK293細胞の培地に分泌されたヒトFLT3LおよびFLT3L-NYESO1融合タンパク質は、表面THP-1単球細胞に発現したFLT3受容体への結合について試験された。
Mirus TransIT LT-1を使用して、HEK細胞は、pOMIP2A-hFLT3LまたはpOMIP2A-hFLT3L-NYESO1(80-180aa)をトランスフェクションされた。上清は、72時間後に回収された。分泌されたFLT3Lタンパク質の量は、hFLT3L ELISA(R&D Systems カタログ番号DY308)を使用して定量化された。
THP-1単球細胞株は、RPMI+10%FBS+1%P/S(ATCC、カタログ番号TIB-202)中で培養された。各実験について、750,000個のTHP-1細胞が、Fcバッファー(PBS+5%フィルター処理FBS+0.1%NaN3)で洗浄され、ヒトFcブロック(TruStain FcX、Biolegend 422301)と10分間プレインキュベートされた後、150ngの組換えhFLT3L-Fc(R&D Systems、カタログ番号AAA17999.1)で、または150ngのhFLT3LもしくはhFLT3L-NYESO1タンパク質を含み、4℃で1時間インキュベートしたHEK293馴化培地で、インキュベートした。次に、細胞は、Fcバッファーで洗浄され、ビオチン化抗hFLT3L抗体(R&D Systems、カタログ番号BAF308)で1時間インキュベートされた。次に、細胞は、Fcバッファーで洗浄され、streptactin-AlexaFluor-647 2Ab(ThermoFisher、番号S32357)で1時間インキュベートした。細胞は、再度洗浄され、Red-RチャネルでGuava 12HTサイトメーター(Millipore)を使用したフローサイトメトリーによって分析された。FLT3受容体を発現しないHEK293細胞も陰性対照として試験された。
Figure 2023017930000009
THP-1細胞の90%以上が、pOMIP2Aベクターから発現したhFLT3LおよびhFLT3L-NYESO1融合タンパク質の両方で平均蛍光強度の増加を示し、これらの組換えタンパク質が細胞表面のFLT3受容体に効率的に結合することを示している(表6)。
組換えFLT3Lタンパク質の機能をさらに試験するために、HEK293馴化培地が使用され、マウス脾細胞における樹状細胞成熟の誘導について試験した。
脾臓は、B16-F10腫瘍を有するC58/BL6マウスから切除された。無菌条件下で、脾臓は70ミクロンセルストレーナー(Miltenyi)に入れたDMEM培地に入れられ、プランジャーのゴム製チップを使用して3ml注射器から機械的に分離された。脾臓が完全に解離されたら、10%FBS(PFB)ワッド(wad)を含む10mlのHBSSがストレーナーを洗浄するために使用された。フロースルーは、遠心分離機で300×gで10分間回転させ、細胞をペレット化した。細胞は、PFBで1回洗浄された。赤血球は、製造元の指示(Thermo Fisher A1049201)に従ってACK溶解バッファーで溶解された。細胞は、40ミクロンのセルストレーナーを通して15mlのコニカルチューブにろ過され、300×gの遠心分離機で回転させた。脾臓からの単一細胞懸濁液は、完全RPMI-10培地に再懸濁された。150万個の脾細胞は、12ウェルプレートに播種され、約3時間プレートに接着させた。非接着細胞が除去され、マウスGMCSF(100ng/ml)およびマウスIL-4(50ng/ml)を含む2mlの完全RPMI-10培地が加えられた。培地は1週間2日ごとに交換された。接着樹状細胞は、3つのウェルで1mlのHEK293馴化上清(100ng/ml Flt3L-NYESO1融合タンパク質を含む)で7日間処置された。100ngのヒトFLT3リガンド組換えタンパク質は、陽性対照として比較された(R&Dシステム、AAA17999.1)。細胞は、プレートから静かにこすり取られ、CD11c細胞の数はフローサイトメトリー分析によって決定された。
CD3(-)CD11c(+)樹状細胞の数を表にすると、pOMI-FLT3L-NYESO1プラスミドでトランスフェクションされた細胞からの馴化培地は、トランスフェクションされていない細胞からの馴化培地でインキュベートされた脾細胞と比較して、これらの細胞の数を有意に増加させた。
この結果は、FLT3L-NYESO1融合タンパク質が、マウス脾細胞においてエクスビボでFLT3受容体を介した樹状細胞の成熟を刺激するように機能し得ることを示した。
VIII.腫瘍およびマウス
6~8週齢の雌のC57Bl/6JまたはBalb/cマウスは、ジャクソン研究所から入手され、AALAMガイドラインに従って飼育された。
B16-F10細胞は、10%FBSおよび50μg/mlゲンタマイシンを添加したマッコイの5A培地(2mM L-グルタミン)で培養された。細胞は、0.25%トリプシンで回収され、ハンクス平衡塩類溶液(HBSS)に再懸濁された。麻酔をかけたマウスは、各マウスの右脇腹に総量0.1mlの100万個の細胞を皮下注射された。総量0.1mlの0.25百万個の細胞が、各マウスの左脇腹に皮下注射された。
腫瘍の成長は、平均腫瘍体積が約100mmに達するまで、8日目からデジタルノギス測定によって観察された。腫瘍が所望の体積に分類分けされると、非常に大きなまたは小さな腫瘍を有するマウスが淘汰された。残りのマウスは、それぞれ10匹のマウスのグループに分けられ、右脇腹に移植された腫瘍体積によって無作為化された。
C57Bl/6JマウスのB16OVAと同様にBalb/cマウスのCT26および4T1を含む追加の腫瘍細胞型が試験された。
このプロトコルは、処置された腫瘍(原発)と未処置(対側)への影響を同時に試験するための標準モデルとして使用された。肺転移は、4T1腫瘍を有するBalb/cマウスでも定量化された。
IX.腫瘍内処置
マウスは、処置のためにイソフルランで麻酔された。環状プラスミドDNAは、滅菌0.9%生理食塩水で1μg/μlに希釈された。26Gaの針を備えた1mlの注射器を使用して、50μlのプラスミドDNAが原発腫瘍の中心に注射された。注射直後にエレクトロポレーションが行われた。DNAのエレクトロポレーションは、1500V/cm、100μsパルス、0.5cm、6針電極の臨床エレクトロポレーションパラメーターを備えたMedpulserを使用して達成された。使用された代替パラメーターは、400V/cm、10msパルスであり、上記のように、BTXジェネレーターまたはインピーダンス分光法を組み込んだジェネレーターのいずれかを使用した。腫瘍体積は、週に2回測定された。一次および対側の総腫瘍量が2000mmに達したとき、マウスを安楽死させた。
X.腫瘍内発現
インビボイメージング。先にpOMI-Luc2p-P2A-mCherryプラスミドで処置された腫瘍の発光を定量化するために光学イメージングシステム(Lago、Spectral Instruments)が使用された。マウスは、様々な時点でイメージ化された。イメージングを実行するために、動物は、500ml/分の酸素中2%イソフルランに曝露されることによって麻酔された。麻酔をかけた後、滅菌D-PBSで調製された15mg/mlのD-ルシフェリン(ゴールドバイオ)溶液の200μlが、27ゲージ注射器を用いた腹腔内注射によって投与された。次に、動物は、37℃の加熱ステージでの麻酔マニホールドに移され、500ml/分の酸素中2%イソフルランを受け続けた。発光画像は、-90℃に冷却されたCCDカメラへの5秒間の露光を使用して、注射の20分後に取得された。各腫瘍から放出された総光子は、半径0.5cmの関心領域を使用した後処理(AmiView、Spectral Instruments)によって決定された。
Figure 2023017930000010
低電圧条件下のEPでのpOMI-Luc2p-P2A-mCherryプラスミドの導入は、インビボイメージングで視覚化されるように、エレクトロポレーションされた腫瘍においてほぼ10倍高いレベルのルシフェラーゼ活性に至った(表7)。
フローサイトメトリー分析のための腫瘍の解離。単細胞懸濁液は、B16-F10腫瘍から調製された。マウスは、COで屠殺され、腫瘍は慎重に皮膚および背後の非腫瘍組織を残して切除された。次に、切除された腫瘍は、さらなる処理のために氷冷HBSS(Gibco)に保存された。腫瘍は、細かく切り刻まれ、1.25mg/mlコラゲナーゼIV、0.125mg/mlヒアルロニダーゼおよび25U/ml DNase IVを含む5mlのHBSS中で、37℃で20~30分間穏やかに攪拌しながらインキュベートされた。酵素的解離後、懸濁液は、40μmナイロンセルストレーナー(Corning)に通し、赤血球はACK溶解バッファー(Quality Biological)で除去された。単一細胞は、PBSフローバッファー(PFB:2%FCSおよび1mM EDTAを含み、Ca++およびMg++を含まないPBS)で洗浄され、遠心分離によってペレット化され、即時フローサイトメトリー分析のためにPFBに再懸濁された。
Figure 2023017930000011
RFPレポーター遺伝子を使用して見られるように、高電圧条件はタンパク質を発現する腫瘍細胞の約2%をもたらし、低電圧、より長いパルス条件はタンパク質を発現する細胞の8%超をもたらした。低電圧条件での割合は、ウイルスベクターの形質導入効率に近づいている(Currier,M.A.et al.,Cancer Gene Ther 12,407-416,doi:10.1038/sj.cgt.7700799(2005)。
タンパク質抽出のための腫瘍溶解。IT-EP(400v/cm、8回の10msパルス)の1日後、2日後、または7日後に、腫瘍組織は屠殺したマウスから単離され、導入遺伝子の発現を決定した。腫瘍は、マウスから解剖され、液体窒素中のクライオチューブに移された。凍結した腫瘍は、300μLの腫瘍溶解バッファー(50mM TRIS pH7.5、150mM NaCl、1mM EDTA、0.5%Triton(登録商標) X-100、プロテアーゼ阻害剤カクテル)を含む4mlチューブに移され、氷上に置いて、30秒ホモジナイズされた(LabGen 710ホモジナイザー)。溶解液は、1.5mlの遠心チューブに移され、10,000×gで10分間4℃で回転させた。上清は、新しいチューブに移された。回転および移す手順は、3回繰り返された。腫瘍抽出物は、製造元の指示(マウスサイトカイン/ケモカイン磁気ビーズパネルMCYTOMAG-70K、Millipore)に従って直ちに分析されるか、または-80℃で凍結された。組換えFlt3L-OVAタンパク質は、捕捉用の抗FLT3L抗体(R&D Systems、ミネアポリス MN、カタログ番号DY308)および検出用のオボアルブミン抗体(ThermoFisher、カタログ番号PA1-196)を使用した標準ELISAプロトコル(R&Dシステム)によって検出された。
Figure 2023017930000012
FLT3L追跡抗原融合タンパク質の発現および機能を試験するために、OMIP2AベクターにおけるFLT3L(細胞外ドメイン)およびのオボアルブミン遺伝子からのペプチドの融合を構築し、上記のように腫瘍内エレクトロポレーションした。
Figure 2023017930000013
免疫調節タンパク質のマウスホモログを含むpOMIP2Aベクターの腫瘍内エレクトロポレーション後、ELISAによって腫瘍ホモジネートにおいて有意なレベルのIL-12p70(表9)およびFLT3L-OVA組換えタンパク質(表10)が検出された。
XI.腫瘍退縮
マウスIl-12を含むOMIP2Aプラスミドは、並行して生成され、前臨床マウスモデルにおける腫瘍退縮および宿主免疫系の変化に関してインビボ生物学的活性を試験するために使用された。
反対側の脇腹に2つの腫瘍を持つマウスを作成するための上記のプロトコルが、処置された腫瘍(原発)と未処置(対側)への影響を同時に試験するための標準モデルとして使用された。肺転移は、4T1腫瘍を有するBalb/cマウスでも定量化された。
Figure 2023017930000014
表11のデータは、P2Aエクソンスキッピングモチーフを持つIL12サブユニットを発現する新しいプラスミドデザインを使用したIT-EPは、高電圧での内部リボソーム侵入部位(IRES)の使用と比較して、より効率的な発現により、予想通り、腫瘍増殖(処置された原発腫瘍および遠隔の未処置腫瘍の両方)のより良い制御が得られたことを示している(表4)。
Figure 2023017930000015
表12のデータは、エレクトロポレーションがより低い電圧、より長いパルス条件で実行された場合、エレクトロポレーションされた腫瘍病変だけでなく遠隔の未処置の病変の両方で、特に遠隔の未処置の腫瘍でより良い腫瘍増殖阻害が見られたことを示している。これらのデータは、より高い電圧、より短いパルス条件と比較して、優れた全身性腫瘍免疫が生成されたことを示唆した。
新しいプラスミド設計および低電圧EPパラメーターを使用して、腫瘍細胞移植後10日目に1回だけ投与した後、さまざまな投与量のpOMI-IL12P2Aプラスミドを試験した。
Figure 2023017930000016
原発の処置された腫瘍および遠隔の未処置の腫瘍の両方の退縮の程度は、pOMI-mIL12P2Aプラスミドの用量を増加させるエレクトロポレーションで増加した。pOMI-IL12P2Aでは、最大の効果を得るには10μgのプラスミドで十分であり、新しいプラスミド設計および低電圧エレクトロポレーション条件による単回投与で有意な腫瘍増殖制御が見られた。
Figure 2023017930000017
pIL12-P2A+低電圧処置マウスにおいて原発(処置)および対側(未処置)の腫瘍の両方が、腫瘍増殖の抑制の増強を示した。EP低電圧での腫瘍内エレクトロポレーションpOMI-IL12P2Aの改善された治療効果は、統計的に有意な延命効果にも反映された(pOMI-IL12P2A/低Vでは5/6マウスが研究終了まで生存したのに対してpUMVC3-IL12/高Vについては1/6であった)。
表14のデータは、新しいプラスミド設計と最適化されたエレクトロポレーションパラメーターとの組み合わせで、有意な腫瘍増殖制御だけでなく、対側の未処置の腫瘍への影響によって測定される全身腫瘍免疫が、単一のEP処置で達成されたことを示している。
pOMI-mIL12P2AのIT-EPがBalb/cマウスにおける4T1原発腫瘍増殖および肺転移に影響を及ぼす能力も試験された。
100万個の4T1細胞がマウスの右側腹部に皮下注射され、0.25万個の4T1細胞が左側腹部に注射された。右側腹部のより大きな腫瘍は、空のベクター(pUMVC3、Aldevron)またはpOMI-mIL12P2AでのIT-EPの対象であった。腫瘍体積を2日ごとに測定し、19日目にマウスを犠牲にし、肺を切除して体重を測定した。
Figure 2023017930000018
全身性IL-12処置が4T1腫瘍を有するマウスにおける肺転移を減少させ得ることが以前に報告されている(Shi et al.,J Immunol.2004,172:4111))。我々の発見は、腫瘍の局所IT-EP処置もまた、このモデルにおいてこれらの腫瘍細胞の肺への転移を減少させたことを示している(表15)。
B16F10腫瘍に加えて、pOMI-mIL12P2Aのエレクトロポレーションはまた、原発(処置)および対側(未処置)のB16OVAおよびCT26腫瘍の両方の退縮をもたらす。4T1腫瘍モデルにおいて、原発腫瘍はEP/pOMI-mIL12P2Aの後に退縮し、マウスは、肺転移の減少を示す肺重量の有意な減少を示した。OMI-mIL12P2AのIT-EPは、2つの異なる系統のマウスにおける4つの異なる腫瘍モデルにおいて、腫瘍量を減少し得ることを示している。
Figure 2023017930000019
Figure 2023017930000020
マウスIL-12p70およびヒトFLT3L-NY-ESO-1融合タンパク質の両方を発現するpOMI-PIIMのエレクトロポレーションは、単一の処置で原発の処置された腫瘍および遠隔の未処置腫瘍の両方の増殖を有意に減少させた(表17および図3)。
エレクトロポレーションによって免疫調節遺伝子が導入されたマウスにおいて、空のベクター対照のエレクトロポレーションと比較して、原発腫瘍および対側腫瘍の両方の体積が大幅に減少し、処置された腫瘍微小環境内の局所効果だけでなく、全身免疫の増加も示している。
XII.フローサイトメトリー
IT-pIL12-EP処置後の様々な時点で、マウスは屠殺され、腫瘍および脾臓の組織が外科的に切除された。
脾臓細胞は、70ミクロンのフィルターを通して脾臓を圧搾し、続いて赤血球溶解(RBC溶解バッファー、VWR、420301OBL)、およびlympholyte(Cedarlane CL5035)分画によって、単離された。リンパ球は、SIINFEKL-テトラマー(MBL International T03002)で染色された後、抗CD3(Biolegend 100225)、抗CD4(Biolegend
100451)、抗CD8a(Biolegend 100742)、抗CD19(Biolegend 115546)、および生体染色(live-dead Aqua、Thermo-Fisher L-34966)を含む抗体カクテルで染色された。細胞は、固定され、LSR IIフローサイトメーター(Beckman)で分析された。
腫瘍は、腫瘍用Gentle-MACS(Miltenyi腫瘍解離キット130-096-730、C-tubes、130-093-237)を使用して解離し、Miltenyi gentleMACS(商標)Octo Dissociator with
Heaters(130-096-427)を使用してホモジナイズされた。細胞は、4℃で5分間、800×gでペレット化され、5mLのPBS+2%FBS+1mM EDTA(PFB)に再懸濁され、5mLのLympholyte-M(Cedarlane)に重層された。Lympholyteカラムは、遠心分離機で1500×g、室温、ブレーキなしで20分間回転させた。リンパ球層は、PBFで洗浄された。細胞ペレットは、Fcブロック(BD Biosciences 553142)を有する500μLのPFBに穏やかに再懸濁された。96ウェルプレートにおいて、細胞は、製造元の指示に従って、B16OVA腫瘍における免疫優勢抗原を表すSIINFEKLテトラマー(MBL)の溶液と混合され、室温で10分間インキュベートされた。以下の抗CD45-AF488(Biolegend 100723)、抗CD3-BV785(Biolegend 100232)、抗CD4-PE(eBioscience 12-0041)、抗CD8a-APC(eBioscience 17-0081)、抗CD44-APC-Cy7(Biolegend 103028)、抗CD19-BV711(Biolegend 11555)、抗CD127(135010)、抗KLRG1(138419)を含む抗体染色カクテルが添加され、室温で30分間インキュベートされた。細胞は、PFBで3回洗浄された。細胞は、1%パラホルムアルデヒドを含むPFB中で、氷上で1分間固定された。細胞は、PFBで2回洗浄され、暗所で4℃で保存された。試料は、LSR IIフローサイトメーター(Beckman)で分析された。
Figure 2023017930000021
腫瘍増殖の減少に加えて、pOMI-mIL12P2A/EP低Vは、pUMVC3-mIL12/EP高Vと比較して、原発の処置された腫瘍におけるリンパ球の流入も増加させ、TIL集団内のCD4+/CD8+比を減少させた。
pOMI-IL12P2A/EP低V処置後の全身性腫瘍免疫は、脾臓および遠隔の未処置腫瘍でさらに評価された。
Figure 2023017930000022
IT-pOMI-mIL12P2A-EPは、B16OVA腫瘍の優性抗原であるオボアルブミンに由来するSIINFEKLペプチドに対して向けられた循環CD8+T細胞の増加を誘導する。これらのデータは、局所的なIL-12療法がマウスの全身性腫瘍免疫につながり得ることを示している。
Figure 2023017930000023
原発腫瘍へのOMI-mIL12P2Aのエレクトロポレーションは、対側の未処置腫瘍内のTILの組成を大幅に変え得る(表20)。これらの結果は、OMI-mIL12P2Aによる腫瘍内処置が未処置の腫瘍の免疫環境に影響を与え得、局所処置が全身性の抗腫瘍免疫応答につながることを示している。この結論は、脾臓における腫瘍抗原特異的CD8T細胞の検出の増加(表19)、対側腫瘍退縮(表11、12、13、14)、および肺転移の減少(表15)によって裏付けられている。
XIII.マウス遺伝子発現の分析
NANOSTRING(登録商標)は、pOMI-mIL12P2A、pOMI-PIIM(マウスIL-12を使用したバージョン)、およびpOMI-FLT3L-NYESO1プラスミドのIT-EPによって誘発された、原発の処置された、および遠隔の未処置腫瘍における遺伝子発現の変化の分析のために使用された。腫瘍組織は、手術用メスを使用してマウスから注意深く採取され、液体窒素で瞬間冷凍された。組織は、天びん(Mettler Toledo、モデルML54)を使用して重さを量られた。1mlのTrizol(Thermo Fisher Scientific、ウォルサム MA)が組織に添加され、氷上でプローブホモジナイザーを使用してホモジナイズされた。RNAは、製造元の指示を使用してTrizolから抽出された。混入しているDNAは、DNase(Thermo Fisher、カタログ番号EN0525)処置によって除去された。全RNA濃度は、NanoDrop ND-1000分光光度計(Thermo Fisher Scientific)を使用して決定された。遺伝子発現プロファイリングは、NANOSTRING(登録商標)技術を使用して実行された。簡単に説明すると、50ngの全RNAは、96℃で一晩NCOUNTER(登録商標)(マウス免疫「v1」発現パネルNANOSTRING(登録商標)技術)とハイブリダイズされた。このパネルでは、561の免疫学関連マウス遺伝子と2種類の組み込み対照(陽性対照(アッセイ全体のパフォーマンスを評価するための様々な濃度のスパイクRNA)および15の陰性対照(全RNA入力の違いを正規化するため))をプロファイルする。次に、ハイブリダイズした試料は、nCounter SPRINT(商標)プロファイラーを使用して各RNA種の頻度についてデジタル分析された。生のmRNA存在頻度は、NSOLVER(商標)分析ソフトウェア2.5パックを使用して分析された。このプロセスにおいて、ハウスキーピング遺伝子の幾何平均、陰性対照の平均、および陽性対照の幾何平均から導出された正規化係数が使用された。
Figure 2023017930000024
Figure 2023017930000025
pOMI-mIL12P2Aエレクトロポレーション後の4T1およびMC-38腫瘍モデルにおける原発の処置された、および遠隔の未処置の腫瘍からの抽出物の追加のNANOSTRING(登録商標)遺伝子発現分析は、リンパ球および単球細胞表面マーカーだけでなくINF-γ調節遺伝子の同様の上方制御を明らかにし、腫瘍微小環境でのIL-12のこれらの効果は、複数のマウス腫瘍モデルに一般化できることを示している。
原発の処置された、および遠隔の未処置の腫瘍からの組織の遺伝子発現分析は、pOMIP2A-mIL12のIT-EPによる腫瘍TILの堅牢な増加を示すフローサイトメトリー分析を裏付けている。さらに、インターフェロンガンマ調節遺伝子の増加は、腫瘍内の免疫刺激環境の誘導を示唆している。チェックポイントタンパク質の発現の顕著な増加は、IT-pOMI-mIL12P2A-EPが組み合わせて使用されるチェックポイント阻害剤の作用についての基質を増加させ得ることを示している。
400V/cmおよび8回の10msパルスを使用したpOMI-PIIMによるB16-F10腫瘍の腫瘍内エレクトロポレーションの7日後、腫瘍は外科的に除去され、IL-12およびFLT3L-NYESO1腫瘍内発現の組み合わせによって媒介される遺伝子発現変化の分析のために抽出されたRNA。
Figure 2023017930000026
複数の遺伝子を発現させるためのプラスミドのエレクトロポレーション後のIL-12タンパク質の腫瘍内発現は、堅牢な適応免疫応答に関連する遺伝子発現の顕著な変化を依然として誘発した。FLT3L-NYESO1融合タンパク質の腫瘍内発現の追加は、処置された腫瘍における抗原提示に関連する遺伝子の発現の測定可能な増加を誘発した。
Figure 2023017930000027
mIL-12およびFLT3L-NYESO1の両方をコードするプラスミドの腫瘍内エレクトロポレーションは、局所および全身の両方の抗腫瘍免疫の増加と一致する腫瘍内遺伝子発現の有意な変化を示し、このマウスモデルにおける原発の処置された、および遠隔の未処置の腫瘍の両方の増殖の制御に対するこの療法の強力な効果を裏付ける(表17および図3)。
ヒトFLT3L-NYESO1融合タンパク質のみをコードするOMIプラスミドの腫瘍内エレクトロポレーションも、腫瘍の退縮および腫瘍TILの免疫表現型の変化に影響を及ぼした。
Figure 2023017930000028
Figure 2023017930000029
Figure 2023017930000030
Figure 2023017930000031
Figure 2023017930000032
Flt3L-NYESO1融合タンパク質を発現するためのプラスミドの腫瘍内エレクトロポレーションは、IL-12共発現の非存在下で免疫細胞およびAPM関連遺伝子発現に測定可能な効果を示し、IT-EPによって導入された場合にFlt3L-NYESO1は腫瘍内免疫調節に対して独立した効果を有することを示している(表26、27、28、29)。
XIV.フローサイトメトリーによる追跡抗原に対する宿主応答の検出
Flt3Lに融合した追跡抗原をコードするプラスミドのエレクトロポレーションに対する宿主応答を試験するために、B16-F10腫瘍は、pOMI-mIL12P2A-FLT3L-OVAでエレクトロポレーションされ、OVA抗原に対する宿主応答が測定された。マウスは、右側腹部に100万個のB16-F10細胞を注射された。7日後、腫瘍は、pOMI-mIL12P2A-FLT3L-OVA、空のベクターをエレクトロポレーションされるか、未処置のままにされた。エレクトロポレーションは、電気化学インピーダンスセンシング(EIS)を備えたジェネレーター、例えば、WO2016/161201を参照、400V/cm、8回の10msのパルスを使用して行われた。マウスIL-12を含むpOMI-PIIMと同様に(表17)、この実験においてpOMI-mIL12P2A-FLT3L-OVAで腫瘍の退縮が観察された。
マウスにおける追跡抗原特異的CD8+T細胞の検出は、腫瘍へのmIL12およびFLT3L-OVA融合タンパク質をコードするプラスミドのIT-EPの7日後に鼠径部リンパ節において試験された。
マウスは屠殺され、鼠径部リンパ節が切除され、PBS+2%FBS+1mM EDTA(PFB)中ですりつぶされ、70マイクロフィルターで濾された。細胞は、4℃、300×gの遠心分離機でペレット化され、PFBで洗浄され、Cellometer(Nexcelom)で数えられた。
リンパ節細胞ペレットは、Fcブロック(BD Biosciences 553142)を有するPFBに穏やかに再懸濁された。次に、製造業者の指示に従って、細胞は、SIINFEKLテトラマー(MBL)の溶液と混合され、室温で10分間インキュベートされた。以下Live/Dead Aqua(Thermo Fisher L34966)、抗CD3(Biolegend 100228)、抗CD19(Biolegend 115555)、抗CD127(Biolegend)、抗CD8a(MBL D271-4)、抗CD44(Biolegend 103028)、抗PD-1(Biolegend 109110)、抗CD4(Biolegend 100547)、抗KLRG1(138419)、抗CD62L(Biolegend 104448)を含む抗体染色カクテルが添加され、4°で30分間インキュベートされた。細胞は、PFBで洗浄された。細胞は、1%パラホルムアルデヒドを含むPFB中で、氷上で1分間固定された。細胞は、PFBで3回洗浄され、フローサイトメトリー(LSR Fortessa X-20)によって分析された。
Figure 2023017930000033
マウスの代理追跡抗原としてOVAを使用して、FLT3L融合タンパク質として腫瘍にエレクトロポレーションされた追跡抗原に対して向けられた循環T細胞を容易に検出し得ることを示す(表30)。
XV.マウスの尾静脈への流体力学的注射によるプラスミドの導入
OMIプラスミドから発現されたFLT3L融合タンパク質のインビボ活性は、C57Bl/6Jマウスの尾静脈への5μgのプラスミドの流体力学的注射によって試験された。7日後、マウスは屠殺され、脾臓は切除され、重さを量られ、そしてフローサイトメトリーによる細胞組成の変化の分析のために解離された。
脾細胞は、上記のように単離され、PFBで洗浄され、Fcブロック(BD Biosciences 553142)を有するPFBに再懸濁され、室温で10分間インキュベートされた。以下抗NK1.1(Biolegend 108731)、Live/Dead Aqua(Thermo Fisher L34966)、抗CD4(Biolegend 100547)、抗F4/80(Biolegend 123149)、抗CD19(Biolegend 115555)、抗I-A/I-E(Biolegend 107645)、抗CD8(MBL International D271-4)、抗CD80(Biolegend 104722)、抗CD3(Biolegend 117308)、抗CD40(Biolegend 124630)、抗GR-1(Biolegend 108424)、抗CD11c(Biolegend 117324)、抗CD86(Biolegend 105024)、抗CD11b(Biolegend 101212)を含む抗体カクテルが添加された。37℃でインキュベート。細胞は、PFBで3回洗浄され、フローサイトメトリー(LSR Fortessa X-20)によって分析された。
Figure 2023017930000034
NY-ESO-1タンパク質の一部(80-180aa)に融合したヒトFLT3LまたはヒトFLT3Lをコードするプラスミドの導入は、脾臓におけるCD11c樹状細胞(DC)の増加をもたらす(表31)。さらに、これらのDCの大部分は、高レベルのMHCクラスIIを示し、成熟したDCであることを示している。さらに、これらのDCの一部は、より高いレベルの細胞表面CD86発現を示し、それらが活性化されたことを示している。
これらのデータは、これらのプラスミドから発現され、インビボでのDC成熟および活性化をもたらす活性FLT3リガンドへの曝露と一致している(Maraskovsky
et al.,2000.Blood 96:878)
XVI.Flt3L融合タンパク質でのインビトロヒト樹状細胞の成熟
pOMI-PIIMから発現されたヒトFlt3L-NY-ESO1融合タンパク質は、エクスビボ培養された未成熟なヒトDCを成熟させる能力について試験された。これを達成するために、DCは、標準プロトコル(Pollack SM JR et al.,(2013)Tetramer Guided Cell Sorter Assisted Production of NY-ESO-1 Specific Cells for the Treatment of Synovial Sarcoma and Myxoid Round Cell Liposarcoma.Connective Tissue Oncology Society Meeting)を使用して培養され、最初に健康なドナー末梢血単核細胞(PBMC)から単球を分離し、次にそれらの単球をGM-CSFおよびIL-4を有する無血清培地で5~7日間培養してから処置した。次に、これらの未成熟DCは、未処置のままか、またはpOMI-PIIM、空の陰性対照ベクター(EV)、もしくは、Flt3に結合できず、ゆえに不活性であるべきであるFlt3L-NYESO1融合タンパク質の発現の変異遺伝子(Flt3L-NY-ESO-1(H8R)を持つ対照ベクターのいずれかで事前にトランスフェクションしたHEK293細胞で馴化した培地で、同様に陽性対照として使用した組換え精製FLT3Lで、48時間処置された。
フローサイトメトリーによって測定されたとおり、CD80およびCD86細胞表面マーカーは、CD11cDC-SIGNであるすべての細胞に対するFLT3Lを介したDC活性についての主要な測定基準として使用された。pOMI-PIIMでトランスフェクションされた細胞由来の馴化培地は、空のベクターまたはFlt3L(H8R)不活性変異体をコードするベクターを有する細胞由来のいずれかの培地と比較して、CD80およびCD86の両方の誘導が顕著に多かった(図4)。pOMI-PIIMプラスミドでトランスフェクションされた細胞からの培養上清は、陽性対照として使用された組換えFlt3Lタンパク質と比較して同様の活性を有した。これらの研究は、再現性を確保するために繰り返された。未処置と比較して、対照上清(任意のプラスミド由来タンパク質を含まない)の添加で、いくつかのCD80/CD86発現の非特異的誘導が観察された。
Flt3L-NYESO形質導入DCとの共培養によるNY-ESO-1特異的T細胞の刺激。事前に確立されたNY-ESO-1特異的CTL系統は、形質導入されたDC(セクションXVIで説明)を使用して刺激され、細胞内サイトカイン、TNFαおよびINF-γについてフローサイトメトリー染色によって分析された。これらのデータは、プラスミド由来のFlt3L-NY-ESO-1でパルスされたDCは、不活性な変異体(Flt3L-NY-ESO-1(H8R))ではなく、NY-ESO-1特異的CTL株を活性化し得ることを示している(図5)。
これらのデータは、pOMI-PIIMから発現されたヒトFlt3L-NY-ESO1融合タンパク質は、初代未成熟ヒト樹状細胞の成熟を誘導し得ることを示した。
本発明は、例えば以下の項目を提供する。
(項目1)
配列番号13の核酸配列を含む、発現ベクター。
(項目2)
発現ベクターが、前記配列番号13の核酸配列からなる、項目1に記載の発現ベクター。
(項目3)
配列番号9のアミノ酸配列からなるアミノ酸配列をコードする核酸配列を含む、発現ベクター。
(項目4)
前記核酸配列が、配列番号8のヌクレオチド配列を含む、項目3に記載の発現ベクター。
(項目5)
前記核酸配列が、プロモーターに作動可能に連結されている、項目3または4に記載の発現ベクター。
(項目6)
前記プロモーターが、CMVプロモーター、Igκプロモーター、mPGKプロモーター、SV40プロモーター、β-アクチンプロモーター、α-アクチンプロモーター、SRαプロモーター、ヘルペスチミジンキナーゼプロモーター、単純ヘルペスウイルス(HSV)プロモーター、マウス乳癌ウイルス長末端反復(LTR)プロモーター、アデノウイルス主要後期プロモーター(Ad MLP)、ラウス肉腫ウイルス(RSV)プロモーター、およびEF1αプロモーターからなる群から選択される、項目5に記載の発現ベクター。
(項目7)
前記プロモーターが、CMVプロモーターである、項目6に記載の発現ベクター。
(項目8)
前記発現ベクターが、配列番号14のヌクレオチド配列を含む、項目7に記載の発現ベクター。
(項目9)
項目1~8のいずれか一項に記載の治療有効量の発現ベクターを含む、医薬組成物。
(項目10)
項目9に記載の医薬組成物を腫瘍に注射することと、前記腫瘍に少なくとも1回のエレクトロポレーションパルスを施すこととを含む、対象における腫瘍を治療する、方法。
(項目11)
前記エレクトロポレーションパルスが、約200V/cm~約1500V/cmの場の強度を有する、項目10に記載の方法。
(項目12)
前記エレクトロポレーションパルスが、約100μs~約50msのパルス長を有する、項目11に記載の方法。
(項目13)
少なくとも1回のエレクトロポレーションパルスを施すことが、1~10回のパルスを施すことを含む、項目12に記載の方法。
(項目14)
少なくとも1回のエレクトロポレーションパルスを施すことが、6~8回のパルスを施すことを含む、項目13に記載の方法。
(項目15)
前記エレクトロポレーションパルスが、200V/cm~500V/cmの場の強度および100μs~50msのパルス長を有する、項目11に記載の方法。
(項目16)
前記エレクトロポレーションパルスが、約350~450V/cmの場の強度および約10msのパルス長を有する、項目15に記載の方法。
(項目17)
前記腫瘍に少なくとも1回のエレクトロポレーションパルスを施すことが、約400V/cmの場の強度および約10msのパルス長を有する8回のエレクトロポレーションパルスを施すことを含む、項目10に記載の方法。
(項目18)
前記エレクトロポレーションパルスが、電気化学的インピーダンス分光法が可能な発生器によって送達される、項目10~17のいずれか一項に記載の方法。
(項目19)
前記対象が、ヒトである、項目10~18のいずれか一項に記載の方法。
(項目20)
前記腫瘍が、黒色腫、乳癌、トリプルネガティブ乳癌、メルケル細胞癌、皮膚T細胞リンパ腫(CTCL)、および頭頸部扁平上皮細胞癌の群から選択される、項目10~19のいずれか一項に記載の方法。
(項目21)
対象における癌の治療において使用するための、項目9に記載の医薬組成物。
(項目22)
癌を治療するための薬剤の製造における、項目9に記載の医薬組成物の、使用。
(項目23)
前記医薬組成物が、前記腫瘍への注射、および少なくとも1回のエレクトロポレーションパルスの実施による前記腫瘍への送達のために製剤化される、項目9に記載の医薬組成物。

Claims (19)

  1. 配列番号9のアミノ酸配列からなるアミノ酸配列をコードする核酸配列を含む、発現ベクター。
  2. 前記核酸配列が、配列番号8のヌクレオチド配列を含む、請求項1に記載の発現ベクター。
  3. 前記核酸配列が、プロモーターに作動可能に連結されている、請求項1または2に記載の発現ベクター。
  4. 前記プロモーターが、CMVプロモーター、Igκプロモーター、mPGKプロモーター、SV40プロモーター、β-アクチンプロモーター、α-アクチンプロモーター、SRαプロモーター、ヘルペスチミジンキナーゼプロモーター、単純ヘルペスウイルス(HSV)プロモーター、マウス乳癌ウイルス長末端反復(LTR)プロモーター、アデノウイルス主要後期プロモーター(Ad MLP)、ラウス肉腫ウイルス(RSV)プロモーター、およびEF1αプロモーターからなる群から選択される、請求項3に記載の発現ベクター。
  5. 前記プロモーターが、CMVプロモーターである、請求項4に記載の発現ベクター。
  6. 請求項1~5のいずれか一項に記載の治療有効量の発現ベクターを含む、医薬組成物。
  7. 対象における腫瘍を治療するための請求項6に記載の医薬組成物であって、前記医薬組成物を前記腫瘍に注射することと、前記腫瘍に少なくとも1回のエレクトロポレーションパルスを施すこととを特徴とする、医薬組成物。
  8. 前記エレクトロポレーションパルスが、約200V/cm~約1500V/cmの場の強度を有する、請求項7に記載の医薬組成物。
  9. 前記エレクトロポレーションパルスが、約100μs~約50msのパルス長を有する、請求項8に記載の医薬組成物。
  10. 少なくとも1回のエレクトロポレーションパルスを施すことが、1~10回のパルスを施すことを含む、請求項9に記載の医薬組成物。
  11. 少なくとも1回のエレクトロポレーションパルスを施すことが、6~8回のパルスを施すことを含む、請求項10に記載の医薬組成物。
  12. 前記エレクトロポレーションパルスが、200V/cm~500V/cmの場の強度および100μs~50msのパルス長を有する、請求項8に記載の医薬組成物。
  13. 前記エレクトロポレーションパルスが、約350~450V/cmの場の強度および約10msのパルス長を有する、請求項12に記載の医薬組成物。
  14. 前記腫瘍に少なくとも1回のエレクトロポレーションパルスを施すことが、約400V/cmの場の強度および約10msのパルス長を有する8回のエレクトロポレーションパルスを施すことを含む、請求項7に記載の医薬組成物。
  15. 前記エレクトロポレーションパルスが、電気化学的インピーダンス分光法が可能な発生器によって送達される、請求項7~14のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  16. 前記対象が、ヒトである、請求項7~15のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  17. 前記腫瘍が、黒色腫、乳癌、トリプルネガティブ乳癌、メルケル細胞癌、皮膚T細胞リンパ腫(CTCL)、および頭頸部扁平上皮細胞癌の群から選択される、請求項7~16のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  18. 対象における癌の治療において使用するための、請求項6に記載の医薬組成物。
  19. 前記医薬組成物が、腫瘍への注射、および少なくとも1回のエレクトロポレーションパルスの実施による前記腫瘍への送達のために製剤化される、請求項6に記載の医薬組成物。
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