JP2022545921A - 反復dnaに関連する障害の治療のための組成物及び方法 - Google Patents

反復dnaに関連する障害の治療のための組成物及び方法 Download PDF

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Abstract

トリヌクレオチドリピートを切除する治療のための、ならびにトリヌクレオチドリピートに関連する疾患及び障害を治療するための組成物及び方法が含まれる。【選択図】なし

Description

本出願は、2019年8月27日出願の米国仮出願第62/892,445号、2020年3月23日出願の米国仮出願第62/993,616号、及び2020年8月19日出願の米国仮出願第63/067,489号に対する優先権の利益を主張し、これらはすべて、参照によりその全体が組み込まれている。
EFS-WEB経由で提出された配列表の参照
本出願には、電子的に提出された.txt形式の配列表が含まれている。.txtファイルには、2020年8月25日に作成された「2020-08-25 01245-0002-00PCT_ST25.txt」という表題の配列表が含まれており、サイズは11.7MBである。この.txtファイルに含まれる配列表は明細書の一部であり、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
序説及び概要
トリヌクレオチドリピート及び自己相補性を有する他の配列を含む反復DNA配列は、顕著な遺伝的不安定性を示す傾向があり、神経学的及び神経筋疾患の主な原因として認識されている。特に、種々の遺伝子内またはその近くのトリヌクレオチドリピート(TNR)は、筋緊張性ジストロフィー1型(DM1)、ハンチントン病、及び種々のタイプの脊髄小脳失調症などの変性状態を含む、多くの神経学的及び神経筋的状態に関連している。
CRISPRベースのゲノム編集は、RNA標的化エンドヌクレアーゼ及びガイドRNAを使用してゲノムDNAの配列特異的切断を提供することができる。哺乳動物細胞では、RNA標的化エンドヌクレアーゼによる切断は、DNA依存性セリン/スレオニンプロテインキナーゼ(DNA-PK)依存性である非相同末端結合(NHEJ)経路を介して最も一般的に修復される。トリヌクレオチドリピートまたは自己相補的領域の近くの個々の二本鎖切断のNHEJ修復によって、通常、次のトリヌクレオチドリピートまたは自己相補的領域の切除が生じず、このことは、ゲノム編集を適用して問題のあるトリヌクレオチドリピートまたは自己相補的遺伝子型を改善することは簡単ではないことを意味する。トリヌクレオチドリピートまたは自己相補的領域のいずれかの側で切断する1対のガイドRNAを提供すると、NHEJを介してある程度切除されるが、切断は単純に再封止され、かなりの数の細胞において介在リピートまたは自己相補的配列は失われない。したがって、反復DNA配列を切除するための改善された組成物及び方法が必要である。
本明細書に開示されるのは、RNA標的化エンドヌクレアーゼと、エンドヌクレアーゼを、トリヌクレオチドリピートまたは自己相補的領域内またはその近くの標的に標的化させて、DNAからリピートまたは自己相補的配列を切除する少なくとも1つのガイドRNAと、任意選択でDNA-PK阻害剤を使用する組成物及び方法である。このような方法により、とりわけ、トリヌクレオチドリピートに関連する遺伝子型を改善することができる。反復配列中またはその近くのDNAの切断と組み合わせたDNA-PKの阻害によって、増加した頻度での反復配列の切除が提供されることが見出された。DNA-PK阻害剤を用いる場合または用いない場合において、トリヌクレオチドリピートを切除する方法における使用に特に好適なガイドRNA及びガイドRNAの組み合わせも開示されている。
したがって、以下の実施形態が提供される。
実施形態1
組成物であって、
i)スペーサー配列を含むガイドRNA、または前記ガイドRNAをコードする核酸であって、
a.配列番号4018、4010、4002、4042、4034、4026、3954、3946、3994、3914、3978、3906、3898、3938、3922、3858、3850、3882、3826、3818、3842、3794、3786、3762、3810、3746、3778、3738、3770、3722、3754、3690、3666、3658、3634、3586、3546、3530、3642、3514、3506、3490、3618、3610、3602、3578、3442、3522、3410、3378、3434、3370、3426、3418、3394、3386、3330、3354、3346、3314、3930、3890、3834、3802、3706、3698、3682、3674、3570、3554、3538、3498、3482、3458、3474、3450、2667、2666、2650、2642、2626、2618、2706、2690、2682、2610、2674、2658、2602、2594、2634、2554、2546、2586、2538、2578、2570、2522、2498、2490、2466、2458、2450、2514、2506、2418、2482、2474、2394、2442、2434、2370、2378、2354、2346、2338、2314、2298、2282、2274、2266、2330、2258、2322、2242、2234、2290、2250、2218、2226、2210、2194、2146、2138、2122、2106、2098、2090、2130、2114、2034、2026、2058、2050、2042、1914、1786、1778、1770、1842、1738、1706、1690、1746、1714、1650、1642、1610、1586、1562、1546、1578、1538、1378、1370、1922、1898、1906、1794、1762、1698、1674、1722、1362、1450、2202、2178、2170、2162、2018、2010、1890、1962、1946、1850、1818、1658、1634、1602、1554、1434、1426、1338、1346、1978、1994、1986、1970、1938、1930、1810、1834、1826、1802、1626、1594、1514、1498、1490、1482、1474、1458、1442、1418、1410、1402、1394、及び1386から選択されるスペーサー配列;または
b.配列番号3330、3914、3418、3746、3778、3394、4026、3690、3794、3386、3938、3682、3818、3658、3722、3802、3858、3514、3770、3370、3354、4010、2202、1706、2210、2170、1778、2258、2114、2178、1642、1738、1746、2322、1770、1538、2514、2458、2194、2594、2162、及び2618から選択されるスペーサー配列;または
c.配列番号3746、3778、3394、3386、3938、3818、3722、3858、3370、1706、2210、2114、1538、及び2594から選択されるスペーサー配列;または
d.配列番号3330、3746、3778、3394、4026、3386、3938、3818、3722、3802、3858、3514、3770、3370、2202、1706、2210、1778、2114、1738、1746、2322、1538、2514、2458、2194、及び2594から選択されるスペーサー配列;または
e.配列番号3330、3914、3418、3746、3778、3394、4026、3690、3794、3386、3938、3682、3818、3658、及び3722から選択されるスペーサー配列;または
f.配列番号2202、1706、2210、2170、1778、2258、2114、2178、1642、1738、1746、及び2322から選択されるスペーサー配列;または
g.配列番号3778、4026、3794、4010、3906、3746、1778、1746、1770、1586、1914、及び2210から選択されるスペーサー配列;または
h.配列番号3378、3354、3346、3330、3314、2658、2690、2546、2554、2498、及び2506から選択されるスペーサー配列;または
i.配列番号3330、3314、2658、2690、2554、及び2498から選択されるスペーサー配列;または
j.配列番号3314、2690、2554、及び2498から選択されるスペーサー配列;または
k.配列番号3914、3514、1778、2458、3858、3418、1706、及び2258から選択されるスペーサー配列;または
l.配列番号3914及び3418から選択されるスペーサー配列;または
m.配列番号3938;または
n.配列番号3916、3420、及び3940から選択されるスペーサー配列;または
o.a)からn)までの前記スペーサー配列のいずれか1つの少なくとも17、18、19、もしくは20個の連続したヌクレオチドを含むスペーサー配列;または
p.a)からo)の前記スペーサー配列のいずれか1つと少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、94%、93%、92%、91%、または90%同一であるスペーサー配列、を含む、前記スペーサー配列を含む前記ガイドRNA、または前記ガイドRNAをコードする前記核酸;
あるいは
ii)第1及び第2のスペーサー配列を含む1対のガイドRNA、または前記1対のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸であって、
a.配列番号2202及び3418;2202及び3370;2202及び3514;2202及び3658;2178及び3418;2178及び3370;2178及び3514;2178及び3658;2170及び3418;2170及び3370;2170及び3514;2170及び3658;2162及び3418;2162及び3370;2162及び3514;2162及び3658;2202及び4010;2202及び4026;2202及び3914;2202及び3938;2202及び3858;2202及び3818;2202及び3794;2202及び3802;2202及び3746;2202及び3778;2202及び3770;2202及び3722;2202及び3690;2202及び3682;2202及び3330;2202及び3354;2202及び3394;2202及び3386;2178及び4010;2178及び4026;2178及び3914;2178及び3938;2178及び3858;2178及び3818;2178及び3794;2178及び3802;2178及び3746;2178及び3778;2178及び3770;2178及び3722;2178及び3690;2178及び3682;2178及び3330;2178及び3354;2178及び3394;2178及び3386;2170及び4010;2170及び4026;2170及び3914;2170及び3938;2170及び3858;2170及び3818;2170及び3794;2170及び3802;2170及び3746;2170及び3778;2170及び3770;2170及び3722;2170及び3690;2170及び3682;2170及び3330;2170及び3354;2170及び3394;2170及び3386;2162及び4010;2162及び4026;2162及び3914;2162及び3938;2162及び3858;2162及び3818;2162及び3794;2162及び3802;2162及び3746;2162及び3778;2162及び3770;2162及び3722;2162及び3690;2162及び3682;2162及び3330;2162及び3354;2162及び3394;2162及び3386;1706及び3418;1706及び3370;1706及び3514;1706及び3658;1706及び4010;1706及び4026;1706及び3914;1706及び3938;1706及び3858;1706及び3818;1706及び3794;1706及び3802;1706及び3746;1706及び3778;1706及び3770;1706及び3722;1706及び3690;1706及び3682;1706及び3330;1706及び3354;1706及び3394;1706及び3386;2210及び3418;2210及び3370;2210及び3514;2210及び3658;2210及び4010;2210及び4026;2210及び3914;2210及び3938;2210及び3858;2210及び3818;2210及び3794;2210及び3802;2210及び3746;2210及び3778;2210及び3770;2210及び3722;2210及び3690;2210及び3682;2210及び3330;2210及び3354;2210及び3394;2210及び3386;1778及び3418;1778及び3370;1778及び3514;1778及び3658;1778及び4010;1778及び4026;1778及び3914;1778及び3938;1778及び3858;1778及び3818;1778及び3794;1778及び3802;1778及び3746;1778及び3778;1778及び3770;1778及び3722;1778及び3690;1778及び3682;1778及び3330;1778及び3354;1778及び3394;1778及び3386;2258及び3418;2258及び3370;2258及び3514;2258及び3658;2258及び4010;2258及び4026;2258及び3914;2258及び3938;2258及び3858;2258及び3818;2258及び3794;2258及び3802;2258及び3746;2258及び3778;2258及び3770;2258及び3722;2258及び3690;2258及び3682;2258及び3330;2258及び3354;2258及び3394;2258及び3386;2114及び3418;2114及び3370;2114及び3514;2114及び3658;2114及び4010;2114及び4026;2114及び3914;2114及び3938;2114及び3858;2114及び3818;2114及び3794;2114及び3802;2114及び3746;2114及び3778;2114及び3770;2114及び3722;2114及び3690;2114及び3682;2114及び3330;2114及び3354;2114及び3394;2114及び3386;1642及び3418;1642及び3370;1642及び3514;1642及び3658;1642及び4010;1642及び4026;1642及び3914;1642及び3938;1642及び3858;1642及び3818;1642及び3794;1642及び3802;1642及び3746;1642及び3778;1642及び3770;1642及び3722;1642及び3690;1642及び3682;1642及び3330;1642及び3354;1642及び3394;1642及び3386;1738及び3418;1738及び3370;1738及び3514;1738及び3658;1738及び4010;1738及び4026;1738及び3914;1738及び3938;1738及び3858;1738及び3818;1738及び3794;1738及び3802;1738及び3746;1738及び3778;1738及び3770;1738及び3722;1738及び3690;1738及び3682;1738及び3330;1738及び3354;1738及び3394;1738及び3386;2258及び3418;2258及び3370;2258及び3514;2258及び3658;2258及び4010;2258及び4026;2258及び3914;2258及び3938;2258及び3858;2258及び3818;2258及び3794;2258及び3802;2258及び3746;2258及び3778;2258及び3770;2258及び3722;2258及び3690;2258及び3682;2258及び3330;2258及び3354;2258及び3394;2258及び3386;2114及び3418;2114及び3370;2114及び3514;2114及び3658;2114及び4010;2114及び4026;2114及び3914;2114及び3938;2114及び3858;2114及び3818;2114及び3794;2114及び3802;2114及び3746;2114及び3778;2114及び3770;2114及び3722;2114及び3690;2114及び3682;2114及び3330;2114及び3354;2114及び3394;1706及び3386;1642及び3418;1642及び3370;1642及び3514;1642及び3658;1642及び4010;1642及び4026;1642及び3914;1642及び3938;1642及び3858;1642及び3818;1642及び3794;1642及び3802;1642及び3746;1642及び3778;1642及び3770;1642及び3722;1642及び3690;1642及び3682;1642及び3330;1642及び3354;1642及び3394;1642及び3386;1738及び3418;1738及び3370;1738及び3514;1738及び3658;1738及び4010;1738及び4026;1738及び3914;1738及び3938;1738及び3858;1738及び3818;1738及び3794;1738及び3802;1738及び3746;1738及び3778;1738及び3770;1738及び3722;1738及び3690;1738及び3682;1738及び3330;1738及び3354;1738及び3394;1738及び3386;1746及び3418;1746及び3370;1746及び3514;1746及び3658;1746及び4010;1746及び4026;1746及び3914;1746及び3938;1746及び3858;1746及び3818;1746及び3794;1746及び3802;1746及び3746;1746及び3778;1746及び3770;1746及び3722;1746及び3690;1746及び3682;1746及び3330;1746及び3354;1746及び3394;1746及び3386;2322及び3418;2322及び3370;2322及び3514;2322及び3658;2322及び4010;2322及び4026;2322及び3914;2322及び3938;2322及び3858;2322及び3818;2322及び3794;2322及び3802;2322及び3746;2322及び3778;2322及び3770;2322及び3722;2322及び3690;2322及び3682;2322及び3330;2322及び3354;2322及び3394;2322及び3386;1770及び3418;1770及び3370;1770及び3514;1770及び3658;1770及び4010;1770及び4026;1770及び3914;1770及び3938;1770及び3858;1770及び3818;1770及び3794;1770及び3802;1770及び3746;1770及び3778;1770及び3770;1770及び3722;1770及び3690;1770及び3682;1770及び3330;1770及び3354;1770及び3394;1770及び3386;1538及び3418;1538及び3370;1538及び3514;1538及び3658;1538及び4010;1538及び4026;1538及び3914;1538及び3938;1538及び3858;1538及び3818;1538及び3794;1538及び3802;1538及び3746;1538及び3778;1538及び3770;1538及び3722;1538及び3690;1538及び3682;1538及び3330;1538及び3354;1538及び3394;1538及び3386;2514及び3418;2514及び3370;2514及び3514;2514及び3658;2514及び4010;2514及び4026;2514及び3914;2514及び3938;2514及び3858;2514及び3818;2514及び3794;2514及び3802;2514及び3746;2514及び3778;2514及び3770;2514及び3722;2514及び3690;2514及び3682;2514及び3330;2514及び3354;2514及び3394;2514及び3386;2458及び3418;2458及び3370;2458及び3514;2458及び3658;2458及び4010;2458及び4026;2458及び3914;2458及び3938;2458及び3858;2458及び3818;2458及び3794;2458及び3802;2458及び3746;2458及び3778;2458及び3770;2458及び3722;2458及び3690;2458及び3682;2458及び3330;2458及び3354;2458及び3394;2458及び3386;2194及び3418;2194及び3370;2194及び3514;


2194及び3658;2194及び4010;2194及び4026;2194及び3914;2194及び3938;2194及び3858;2194及び3818;2194及び3794;2194及び3802;2194及び3746;2194及び3778;2194及び3770;2194及び3722;2194及び3690;2194及び3682;2194及び3330;2194及び3354;2194及び3394;2194及び3386;2594及び3418;2594及び3370;2594及び3514;2594及び3658;2594及び4010;2594及び4026;2594及び3914;2594及び3938;2594及び3858;2594及び3818;2594及び3794;2594及び3802;2594及び3746;2594及び3778;2594及び3770;2594及び3722;2594及び3690;2594及び3682;2594及び3330;2594及び3354;2594及び3394;2594及び3386;2618及び3418;2618及び3370;2618及び3514;2618及び3658;2618及び4010;2618及び4026;2618及び3914;2618及び3938;2618及び3858;2618及び3818;2618及び3794;2618及び3802;2618及び3746;2618及び3778;2618及び3770;2618及び3722;2618及び3690;2618及び3682;2618及び3330;2618及び3354;2618及び3394;ならびに2618及び3386から選択される第1及び第2のスペーサー配列;または
b.配列番号2202及び3418;2202及び3370;2202及び3514;2202及び3658;2178及び3418;2178及び3370;2178及び3514;2178及び3658;2170及び3418;2170及び3370;2170及び3514;2170及び3658;2162及び3418;2162及び3370;2162及び3514;2162及び3658;2202及び4010;2202及び4026;2202及び3914;2202及び3938;2202及び3858;2202及び3818;2202及び3794;2202及び3802;2202及び3746;2202及び3778;2202及び3770;2202及び3722;2202及び3690;2202及び3682;2202及び3330;2202及び3354;2202及び3394;2202及び3386;2178及び4010;2178及び4026;2178及び3914;2178及び3938;2178及び3858;2178及び3818;2178及び3794;2178及び3802;2178及び3746;2178及び3778;2178及び3770;2178及び3722;2178及び3690;2178及び3682;2178及び3330;2178及び3354;2178及び3394;2178及び3386;2170及び4010;2170及び4026;2170及び3914;2170及び3938;2170及び3858;2170及び3818;2170及び3794;2170及び3802;2170及び3746;2170及び3778;2170及び3770;2170及び3722;2170及び3690;2170及び3682;2170及び3330;2170及び3354;2170及び3394;2170及び3386;2162及び4010;2162及び4026;2162及び3914;2162及び3938;2162及び3858;2162及び3818;2162及び3794;2162及び3802;2162及び3746;2162及び3778;2162及び3770;2162及び3722;2162及び3690;2162及び3682;2162及び3330;2162及び3354;2162及び3394;及び2162;ならびに3386から選択される第1及び第2のスペーサー配列;または
c.配列番号2202及び3418;2202及び3370;2202及び3514;2202及び3658;2178及び3418;2178及び3370;2178及び3514;2178及び3658;2170及び3418;2170及び3370;2170及び3514;2170及び3658;2162及び3418;2162及び3370;2162及び3514;ならびに2162及び3658から選択される第1及び第2のスペーサー配列;または
d.配列番号3778及び2514;3778及び2258;3778及び2210;3386及び2514;3386及び2258;3386及び2210;3354及び2514;3354及び2258;ならびに3354及び2210から選択される第1及び第2のスペーサー配列;または
e.配列番号3778及び2258;3778及び2210;3386及び2258;3386及び2210;ならびに3354及び2514から選択される第1及び第2のスペーサー配列;または
f.配列番号3346及び2554;3346及び2498;3330及び2554;3330及び2498;3330及び2506;ならびに3330及び2546から選択される第1及び第2のスペーサー配列;または
g.配列番号1153及び1129;または
h.配列番号3346及び2554;3346及び2498;3330及び2554;3330及び2498;3354及び2546;3354及び2506;3378及び2546;ならびに3378及び2506から選択される第1及び第2のスペーサー配列;または
i.配列番号3346及び2554;3346及び2498;3330及び2554;ならびに3330及び2498から選択される第1及び第2のスペーサー配列;または
j.a)からi)までの前記第1及び第2のスペーサー配列のいずれかの少なくとも17、18、19、もしくは20個の連続したヌクレオチドを含む第1及び第2のスペーサー配列;または
k.a)からj)までの前記第1及び第2のスペーサー配列のいずれかと少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、94%、93%、92%、91%、または90%同一である第1及び第2のスペーサー配列、を含む、前記第1及び第2のスペーサー配列を含む前記1対のガイドRNA、または前記1対のガイドRNAをコードする前記1つ以上の核酸、
を含む、前記組成物。
実施形態2
組成物であって、
1対のスペーサー配列を含む1対のガイドRNA、または前記1対のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸を含み、前記1対のスペーサー配列が、
a.配列番号2856、2864、2880、2896、2904、2912、2936、2944、2960、2992、3016、3024、3064、3096、3112、3128、3136、3144、3160、3168、3192、3200、3208、3216、3224、3232、3240、3248、3256、3264、3314、3330、3346、3354、3370、3378、3386、3394、3410、3418、3426、3434、3442、3450、3458、3474、3482、3490、3498、3506、3514、3522、3530、3538、3546、3554、3570、3578、3586、3602、3610、3618、3634、3642、3658、3674、3682、3690、3698、3706、3722、3746、3762、3770、3778、3794、3802、3818、3826、3834、3850、3858、3890、3898、3906、3914、3922、3930、3938、3946、3994、4010、4018、4026、4034、4042、4208、及び4506から選択される第1のスペーサー配列、ならびに配列番号560、584、608、616、656、672、688、696、712、744、752、760、840、864、960、976、984、1008、1056、1128、1136、1152、1224、1240、1272、1338、1346、1370、1378、1386、1394、1402、1410、1418、1426、1434、1442、1458、1474、1482、1490、1498、1514、1538、1546、1554、1562、1578、1586、1594、1602、1610、1626、1634、1642、1650、1658、1690、1706、1714、1738、1746、1770、1778、1786、1802、1810、1818、1826、1834、1842、1850、1890、1914、1930、1938、1946、1962、1970、1978、1986、1994、2010、2018、2026、2042、2050、2058、2090、2114、2130、2162、2170、2178、2202、2210、2226、2242、2258、2266、2274、2282、2298、2314、2322、2330、2338、2346、2354、2370、2378、2394、2418、2434、2442、2458、2466、2474、2498、2506、2514、2522、2546、2554、2570、2586、2658、4989、4990、4991、及び4992から選択される第2のスペーサー配列または;
b.配列番号3778、4026、3794、4010、3906及び3746から選択される第1のスペーサー配列、ならびに配列番号1778、1746、1770、1586、1914、及び2210から選択される第2のスペーサー配列;または
c.配列番号3778及び1778;3778及び1746;3778及び1770;3778及び1586;3778及び1914;3778及び2210;4026及び1778;4026及び1746;4026及び1770;4026及び1586;4026及び1914;4026及び2210;3794及び1778;3794及び1746;3794及び1770;3794及び1586;3794及び1586;3794及び1914;3794及び2210;4010及び1778;4010及び1770;4010及び1746;4010及び1586;4010及び1914;4010及び2210;3906及び1778;3906及び1778;3906及び1746;3906及び1770;3906及び1586;3906及び1914;3906及び2210;3746及び1778;3746及び1746;3746及び1770;3746及び1586;3746及び1914;ならびに3746及び2210から選択される第1及び第2のスペーサー配列;または
d.配列番号3256、2896、3136、及び3224から選択される第1のスペーサー配列、ならびに4989、560、672、976、760、984、及び616から選択される第2のスペーサー配列;または
e.配列番号3256及び4989;3256及び984;3256及び616;2896及び4989;2896及び672;2896及び760;3136及び4989;3136及び560;3224及び4989;3224及び976;ならびに3224及び760から選択される第1及び第2のスペーサー配列;または
f.a)からe)までの前記第1及び第2のスペーサー配列のいずれかの少なくとも17、18、19、もしくは20個の連続したヌクレオチドを含む第1及び第2のスペーサー配列;または
g.a)からf)までの前記第1及び第2のスペーサー配列のいずれかと少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、94%、93%、92%、91%、または90%同一である第1及び第2のスペーサー配列、を含む、前記組成物。
実施形態2bは、1対のスペーサー配列を含む1対のガイドRNA、または前記1対のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸を含む組成物であって、ここで、前記1対のスペーサー配列は、配列番号2709~4076から選択される第1のスペーサー配列、及び配列番号101~2708から選択される第2のスペーサー配列を含む。実施形態2.2709~実施形態2.4076は、追加の特徴を含む実施形態12bによる実施形態である。実施形態2.2709~実施形態2.4076、実施形態2.05070~実施形態2.05334、及び実施形態2.46768~実施形態2.52898では、略語は次のように使用される:「emb.」は、実施形態を意味する;「s.s.」は、スペーサー配列を意味する;「SID」は、配列番号を意味する。emb.2.2709において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2709及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2710において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2710及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2711において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2711及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2712において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2712及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2713において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2713及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2714において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2714及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2715において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2715及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2716において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2716及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2717において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2717及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2718において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2718及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2719において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2719及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2720において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2720及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2721において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2721及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2722において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2722及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2723において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2723及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2724において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2724及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2725において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2725及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2726において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2726及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2727において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2727及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2728において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2728及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2729において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2729及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2730において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2730及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2731において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2731及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2732において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2732及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2733において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2733及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2734において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2734及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2735において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2735及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2736において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2736及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2737において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2737及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2738において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2738及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2739において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2739及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2740において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2740及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2741において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2741及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2742において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2742及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2743において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2743及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2744において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2744及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2745において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2745及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2746において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2746及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2747において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2747及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2748において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2748及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2749において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2749及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2750において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2750及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2751において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2751及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2752において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2752及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2753において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2753及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2754において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2754及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2755において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2755及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2756において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2756及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2757において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2757及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2758において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2758及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2759において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2759及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2760において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2760及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2761において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2761及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2762において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2762及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2763において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2763及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2764において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2764及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2765において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2765及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2766において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2766及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2767において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2767及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2768において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2768及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2769において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2769及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2770において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2770及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2771において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2771及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2772において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2772及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2773において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2773及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2774において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2774及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2775において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2775及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2776において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2776及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2777において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2777及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2778において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2778及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2779において


、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2779及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2780において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2780及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2781において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2781及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2782において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2782及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2783において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2783及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2784において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2784及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2785において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2785及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2786において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2786及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2787において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2787及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2788において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2788及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2789において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2789及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2790において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2790及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2791において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2791及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2792において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2792及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2793において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2793及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2794において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2794及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2795において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2795及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2796において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2796及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2797において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2797及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2798において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2798及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2799において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2799及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2800において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2800及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2801において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2801及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2802において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2802及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2803において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2803及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2804において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2804及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2805において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2805及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2806において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2806及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2807において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2807及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2808において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2808及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2809において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2809及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2810において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2810及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2811において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2811及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2812において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2812及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2813において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2813及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2814において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2814及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2815において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2815及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2816において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2816及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2817において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2817及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2818において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2818及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2819において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2819及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2820において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2820及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2821において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2821及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2822において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2822及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2823において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2823及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2824において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2824及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2825において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2825及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2826において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2826及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2827において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2827及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2828において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2828及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2829において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2829及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2830において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2830及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2831において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2831及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2832において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2832及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2833において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2833及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2834において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2834及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2835において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2835及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2836において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2836及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2837において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2837及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2838において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2838及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2839において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2839及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2840において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2840及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2841において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2841及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2842において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2842及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2843において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2843及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2844において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2844及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2845において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2845及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2846において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2846及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2847において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2847及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2848において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2848及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2849において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2849及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2850において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2850及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2851において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2851及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2852において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2852及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2853において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2853及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2854において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれS


ID2854及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2855において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2855及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2856において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2856及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2857において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2857及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2858において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2858及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2859において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2859及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2860において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2860及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。6 emb.2.2861において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2861及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2862において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2862及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2863において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2863及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2864において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2864及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2865において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2865及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2866において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2866及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2867において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2867及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2868において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2868及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2869において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2869及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2870において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2870及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2871において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2871及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2872において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2872及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2873において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2873及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2874において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2874及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2875において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2875及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2876において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2876及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2877において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2877及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2878において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2878及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2879において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2879及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2880において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2880及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2881において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2881及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2882において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2882及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2883において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2883及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2884において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2884及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2885において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2885及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2886において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2886及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2887において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2887及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2888において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2888及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2889において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2889及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2890において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2890及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2891において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2891及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2892において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2892及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2893において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2893及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2894において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2894及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2895において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2895及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2896において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2896及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2897において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2897及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2898において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2898及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2899において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2899及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2900において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2900及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2901において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2901及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2902において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2902及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2903において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2903及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2904において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2904及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2905において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2905及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2906において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2906及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2907において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2907及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2908において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2908及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2909において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2909及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2910において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2910及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2911において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2911及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2912において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2912及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2913において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2913及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2914において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2914及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2915において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2915及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2916において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2916及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2917において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2917及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2918において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2918及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2919において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2919及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2920において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2920及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2921において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2921及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2922において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2922及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2923において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2923及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2924において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2924及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2925において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2925及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2926において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2926及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2927において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2927及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2928において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2928及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2929において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2929及びSID101~2708


のうちのいずれか1つである。emb.2.2930において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2930及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2931において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2931及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2932において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2932及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2933において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2933及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2934において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2934及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2935において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2935及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2936において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2936及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2937において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2937及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2938において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2938及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2939において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2939及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2940において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2940及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2941において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2941及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2942において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2942及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2943において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2943及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2944において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2944及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2945において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2945及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2946において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2946及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2947において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2947及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2948において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2948及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2949において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2949及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2950において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2950及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2951において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2951及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2952において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2952及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2953において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2953及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2954において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2954及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2955において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2955及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2956において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2956及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2957において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2957及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2958において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2958及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2959において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2959及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2960において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2960及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2961において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2961及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2962において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2962及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2963において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2963及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2964において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2964及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2965において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2965及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2966において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2966及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2967において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2967及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2968において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2968及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2969において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2969及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2970において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2970及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2971において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2971及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2972において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2972及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2973において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2973及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2974において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2974及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2975において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2975及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2976において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2976及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2977において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2977及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2978において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2978及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2979において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2979及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2980において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2980及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2981において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2981及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2982において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2982及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2983において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2983及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2984において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2984及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2985において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2985及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2986において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2986及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2987において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2987及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2988において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2988及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2989において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2989及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2990において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2990及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2991において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2991及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2992において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2992及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2993において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2993及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2994において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2994及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2995において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2995及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2996において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2996及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2997において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2997及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2998において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2998及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.2999において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID2999及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3000において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3000及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3001において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3001及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3002において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3002及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3003において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3003及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3004において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3004及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3


005において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3005及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3006において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3006及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3007において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3007及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3008において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3008及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3009において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3009及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3010において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3010及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3011において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3011及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3012において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3012及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3013において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3013及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3014において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3014及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3015において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3015及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3016において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3016及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3017において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3017及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3018において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3018及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3019において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3019及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3020において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3020及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3021において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3021及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3022において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3022及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3023において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3023及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3024において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3024及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3025において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3025及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3026において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3026及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3027において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3027及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3028において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3028及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3029において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3029及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3030において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3030及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3031において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3031及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3032において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3032及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3033において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3033及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3034において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3034及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3035において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3035及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3036において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3036及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3037において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3037及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3038において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3038及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3039において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3039及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3040において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3040及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3041において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3041及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3042において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3042及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3043において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3043及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3044において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3044及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3045において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3045及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3046において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3046及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3047において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3047及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3048において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3048及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3049において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3049及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3050において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3050及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3051において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3051及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3052において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3052及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3053において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3053及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3054において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3054及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3055において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3055及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3056において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3056及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3057において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3057及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3058において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3058及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3059において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3059及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3060において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3060及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3061において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3061及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3062において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3062及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3063において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3063及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3064において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3064及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3065において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3065及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3066において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3066及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3067において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3067及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3068において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3068及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3069において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3069及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3070において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3070及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3071において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3071及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3072において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3072及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3073において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3073及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3074において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3074及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3075において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3075及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3076において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3076及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3077において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3077及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3078において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3078及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3079において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3079及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3080において、前記第1及び第2のs.s.


は、それぞれSID3080及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3081において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3081及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3082において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3082及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3083において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3083及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3084において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3084及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3085において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3085及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3086において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3086及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3087において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3087及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3088において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3088及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3089において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3089及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3090において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3090及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3091において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3091及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3092において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3092及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3093において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3093及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3094において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3094及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3095において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3095及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3096において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3096及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3097において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3097及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3098において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3098及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3099において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3099及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3100において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3100及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3101において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3101及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3102において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3102及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3103において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3103及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3104において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3104及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3105において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3105及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3106において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3106及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3107において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3107及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3108において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3108及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3109において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3109及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3110において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3110及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3111において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3111及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3112において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3112及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3113において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3113及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。311 emb.2.3114において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3114及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3115において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3115及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3116において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3116及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3117において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3117及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3118において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3118及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3119において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3119及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3120において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3120及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3121において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3121及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3122において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3122及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。312 emb.2.3123において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3123及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3124において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3124及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3125において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3125及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3126において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3126及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3127において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3127及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3128において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3128及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3129において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3129及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3130において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3130及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3131において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3131及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3132において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3132及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3133において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3133及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3134において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3134及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3135において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3135及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3136において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3136及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3137において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3137及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3138において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3138及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3139において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3139及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3140において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3140及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3141において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3141及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3142において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3142及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3143において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3143及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3144において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3144及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3145において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3145及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3146において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3146及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3147において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3147及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3148において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3148及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3149において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3149及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3150において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3150及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3151において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3151及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3152において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3152及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3153において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3153及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3154において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3154及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3155において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3155


及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3156において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3156及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3157において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3157及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3158において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3158及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3159において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3159及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3160において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3160及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3161において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3161及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3162において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3162及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3163において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3163及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3164において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3164及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3165において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3165及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3166において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3166及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3167において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3167及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3168において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3168及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3169において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3169及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3170において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3170及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3171において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3171及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3172において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3172及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3173において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3173及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3174において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3174及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3175において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3175及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3176において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3176及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3177において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3177及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3178において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3178及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3179において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3179及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3180において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3180及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3181において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3181及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3182において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3182及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3183において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3183及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3184において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3184及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3185において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3185及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3186において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3186及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3187において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3187及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3188において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3188及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3189において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3189及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3190において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3190及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3191において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3191及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3192において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3192及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3193において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3193及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3194において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3194及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3195において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3195及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3196において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3196及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3197において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3197及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3198において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3198及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3199において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3199及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3200において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3200及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3201において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3201及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3202において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3202及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3203において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3203及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3204において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3204及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3205において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3205及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3206において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3206及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3207において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3207及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3208において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3208及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3209において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3209及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3210において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3210及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3211において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3211及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3212において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3212及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3213において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3213及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3214において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3214及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3215において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3215及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3216において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3216及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3217において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3217及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3218において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3218及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3219において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3219及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3220において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3220及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3221において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3221及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3222において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3222及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3223において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3223及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3224において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3224及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3225において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3225及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3226において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3226及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3227において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3227及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3228において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3228及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3229において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3229及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3230において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3230及びSID101~2708のうちのいずれか


1つである。emb.2.3231において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3231及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3232において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3232及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3233において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3233及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3234において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3234及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3235において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3235及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3236において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3236及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3237において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3237及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3238において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3238及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3239において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3239及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3240において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3240及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3241において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3241及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3242において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3242及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3243において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3243及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3244において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3244及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3245において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3245及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3246において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3246及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3247において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3247及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3248において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3248及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3249において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3249及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3250において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3250及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3251において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3251及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3252において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3252及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3253において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3253及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3254において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3254及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3255において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3255及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3256において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3256及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3257において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3257及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3258において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3258及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3259において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3259及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。325 emb.2.3260において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3260及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3261において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3261及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3262において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3262及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3263において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3263及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3264において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3264及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3265において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3265及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3266において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3266及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3267において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3267及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3268において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3268及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3269において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3269及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3270において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3270及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3271において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3271及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3272において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3272及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3273において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3273及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3274において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3274及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。327 emb.2.3275において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3275及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3276において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3276及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3277において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3277及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3278において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3278及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3279において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3279及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3280において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3280及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。8 emb.2.3281において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3281及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3282において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3282及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3283において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3283及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3284において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3284及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3285において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3285及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3286において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3286及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3287において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3287及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3288において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3288及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3289において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3289及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3290において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3290及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3291において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3291及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3292において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3292及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3293において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3293及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3294において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3294及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3295において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3295及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3296において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3296及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3297において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3297及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3298において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3298及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3299において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3299及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3300において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3300及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3301において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3301及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3302において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3302及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3303において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3303及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3304において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3304及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3305において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3305及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2


.3306において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3306及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3307において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3307及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3308において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3308及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3309において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3309及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3310において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3310及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3311において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3311及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3312において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3312及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3313において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3313及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3314において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3314及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3315において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3315及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3316において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3316及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3317において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3317及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3318において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3318及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3319において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3319及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3320において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3320及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3321において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3321及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3322において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3322及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3323において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3323及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3324において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3324及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3325において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3325及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3326において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3326及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3327において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3327及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3328において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3328及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3329において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3329及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3330において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3330及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3331において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3331及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3332において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3332及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3333において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3333及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3334において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3334及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3335において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3335及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3336において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3336及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3337において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3337及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3338において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3338及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3339において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3339及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3340において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3340及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3341において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3341及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3342において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3342及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3343において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3343及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3344において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3344及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3345において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3345及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3346において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3346及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3347において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3347及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3348において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3348及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3349において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3349及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3350において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3350及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3351において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3351及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3352において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3352及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3353において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3353及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3354において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3354及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3355において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3355及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3356において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3356及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3357において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3357及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3358において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3358及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3359において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3359及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3360において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3360及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3361において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3361及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3362において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3362及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3363において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3363及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3364において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3364及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3365において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3365及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3366において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3366及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3367において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3367及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3368において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3368及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3369において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3369及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3370において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3370及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3371において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3371及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3372において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3372及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3373において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3373及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3374において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3374及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3375において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3375及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3376において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3376及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3377において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3377及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3378において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3378及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3379において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3379及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3380において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3380及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3381において、前記第1及び第2のs.


s.は、それぞれSID3381及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3382において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3382及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3383において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3383及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3384において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3384及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3385において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3385及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3386において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3386及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3387において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3387及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3388において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3388及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3389において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3389及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3390において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3390及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3391において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3391及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3392において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3392及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3393において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3393及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3394において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3394及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3395において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3395及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3396において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3396及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3397において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3397及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3398において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3398及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3399において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3399及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3400において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3400及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3401において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3401及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3402において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3402及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3403において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3403及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3404において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3404及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3405において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3405及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3406において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3406及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3407において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3407及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3408において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3408及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3409において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3409及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3410において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3410及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3411において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3411及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3412において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3412及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3413において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3413及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3414において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3414及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3415において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3415及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3416において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3416及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3417において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3417及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3418において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3418及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3419において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3419及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3420において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3420及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3421において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3421及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3422において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3422及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3423において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3423及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3424において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3424及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3425において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3425及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3426において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3426及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3427において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3427及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3428において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3428及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3429において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3429及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3430において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3430及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3431において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3431及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3432において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3432及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3433において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3433及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3434において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3434及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3435において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3435及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3436において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3436及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3437において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3437及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3438において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3438及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3439において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3439及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3440において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3440及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3441において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3441及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3442において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3442及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3443において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3443及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3444において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3444及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3445において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3445及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3446において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3446及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3447において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3447及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3448において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3448及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3449において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3449及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3450において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3450及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3451において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3451及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3452において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3452及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3453において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3453及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3454において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3454及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3455において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3455及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3456において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3456及びSID1


01~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3457において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3457及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3458において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3458及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3459において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3459及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3460において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3460及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3461において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3461及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3462において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3462及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3463において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3463及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3464において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3464及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3465において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3465及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3466において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3466及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3467において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3467及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3468において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3468及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3469において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3469及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3470において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3470及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3471において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3471及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3472において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3472及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3473において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3473及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3474において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3474及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3475において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3475及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3476において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3476及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3477において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3477及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3478において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3478及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3479において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3479及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3480において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3480及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3481において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3481及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3482において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3482及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3483において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3483及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3484において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3484及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3485において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3485及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3486において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3486及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3487において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3487及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3488において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3488及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3489において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3489及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3490において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3490及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3491において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3491及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3492において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3492及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3493において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3493及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3494において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3494及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3495において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3495及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3496において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3496及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3497において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3497及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3498において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3498及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3499において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3499及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3500において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3500及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3501において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3501及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3502において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3502及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3503において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3503及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3504において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3504及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3505において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3505及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3506において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3506及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3507において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3507及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3508において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3508及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3509において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3509及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3510において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3510及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3511において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3511及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3512において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3512及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3513において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3513及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3514において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3514及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3515において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3515及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3516において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3516及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3517において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3517及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3518において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3518及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3519において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3519及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3520において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3520及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3521において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3521及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3522において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3522及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3523において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3523及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3524において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3524及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3525において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3525及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3526において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3526及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3527において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3527及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3528において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3528及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3529において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3529及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3530において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3530及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3531において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3531及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。


emb.2.3532において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3532及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3533において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3533及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3534において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3534及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3535において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3535及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3536において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3536及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3537において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3537及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3538において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3538及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3539において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3539及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3540において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3540及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3541において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3541及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3542において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3542及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3543において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3543及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3544において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3544及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3545において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3545及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3546において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3546及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3547において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3547及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3548において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3548及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3549において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3549及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3550において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3550及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3551において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3551及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3552において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3552及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3553において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3553及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3554において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3554及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3555において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3555及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3556において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3556及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3557において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3557及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3558において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3558及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3559において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3559及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3560において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3560及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3561において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3561及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3562において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3562及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3563において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3563及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3564において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3564及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3565において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3565及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3566において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3566及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3567において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3567及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3568において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3568及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3569において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3569及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3570において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3570及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3571において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3571及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3572において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3572及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3573において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3573及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3574において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3574及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3575において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3575及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3576において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3576及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3577において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3577及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3578において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3578及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3579において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3579及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3580において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3580及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3581において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3581及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3582において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3582及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3583において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3583及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3584において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3584及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3585において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3585及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3586において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3586及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3587において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3587及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3588において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3588及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3589において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3589及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3590において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3590及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3591において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3591及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3592において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3592及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3593において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3593及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3594において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3594及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3595において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3595及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3596において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3596及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3597において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3597及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3598において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3598及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3599において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3599及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3600において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3600及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3601において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3601及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3602において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3602及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3603において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3603及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3604において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3604及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3605において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3605及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3606において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3606及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3607において、前記第1及び


第2のs.s.は、それぞれSID3607及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3608において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3608及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3609において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3609及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3610において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3610及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3611において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3611及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3612において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3612及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3613において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3613及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3614において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3614及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3615において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3615及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3616において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3616及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3617において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3617及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3618において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3618及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3619において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3619及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3620において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3620及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3621において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3621及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3622において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3622及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3623において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3623及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3624において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3624及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3625において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3625及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3626において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3626及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3627において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3627及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3628において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3628及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3629において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3629及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3630において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3630及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3631において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3631及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3632において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3632及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3633において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3633及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3634において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3634及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3635において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3635及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3636において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3636及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3637において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3637及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3638において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3638及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3639において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3639及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3640において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3640及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3641において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3641及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3642において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3642及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3643において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3643及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3644において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3644及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3645において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3645及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3646において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3646及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3647において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3647及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3648において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3648及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3649において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3649及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3650において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3650及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3651において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3651及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3652において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3652及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3653において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3653及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3654において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3654及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3655において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3655及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3656において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3656及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3657において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3657及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3658において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3658及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3659において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3659及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3660において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3660及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3661において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3661及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3662において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3662及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3663において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3663及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3664において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3664及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3665において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3665及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3666において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3666及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3667において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3667及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3668において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3668及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3669において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3669及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3670において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3670及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3671において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3671及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3672において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3672及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3673において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3673及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3674において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3674及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3675において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3675及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3676において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3676及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3677において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3677及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3678において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3678及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3679において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3679及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3680において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3680及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3681において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3681及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3682において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3682及


びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3683において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3683及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3684において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3684及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3685において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3685及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3686において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3686及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3687において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3687及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3688において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3688及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3689において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3689及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3690において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3690及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3691において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3691及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3692において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3692及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3693において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3693及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3694において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3694及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3695において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3695及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3696において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3696及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3697において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3697及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3698において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3698及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3699において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3699及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3700において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3700及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3701において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3701及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3702において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3702及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3703において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3703及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3704において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3704及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3705において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3705及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3706において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3706及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3707において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3707及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3708において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3708及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3709において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3709及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3710において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3710及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3711において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3711及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3712において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3712及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3713において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3713及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3714において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3714及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3715において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3715及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3716において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3716及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3717において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3717及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3718において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3718及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3719において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3719及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3720において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3720及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3721において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3721及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3722において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3722及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3723において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3723及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3724において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3724及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3725において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3725及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3726において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3726及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3727において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3727及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3728において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3728及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3729において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3729及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3730において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3730及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3731において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3731及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3732において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3732及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3733において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3733及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3734において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3734及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3735において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3735及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3736において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3736及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3737において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3737及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3738において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3738及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3739において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3739及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3740において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3740及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3741において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3741及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3742において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3742及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3743において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3743及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3744において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3744及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3745において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3745及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3746において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3746及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3747において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3747及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3748において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3748及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3749において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3749及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3750において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3750及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3751において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3751及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3752において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3752及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3753において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3753及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3754において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3754及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3755において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3755及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3756において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3756及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3757において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3757及びSID101~2708のうちのいずれか1


つである。emb.2.3758において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3758及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3759において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3759及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3760において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3760及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3761において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3761及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3762において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3762及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3763において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3763及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3764において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3764及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3765において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3765及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3766において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3766及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3767において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3767及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3768において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3768及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3769において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3769及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3770において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3770及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3771において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3771及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3772において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3772及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3773において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3773及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3774において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3774及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3775において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3775及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3776において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3776及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3777において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3777及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3778において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3778及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3779において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3779及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3780において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3780及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3781において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3781及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3782において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3782及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3783において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3783及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3784において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3784及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3785において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3785及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3786において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3786及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3787において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3787及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3788において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3788及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3789において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3789及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3790において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3790及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3791において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3791及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3792において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3792及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3793において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3793及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3794において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3794及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3795において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3795及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3796において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3796及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3797において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3797及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3798において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3798及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3799において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3799及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3800において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3800及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3801において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3801及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3802において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3802及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3803において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3803及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3804において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3804及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3805において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3805及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3806において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3806及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3807において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3807及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3808において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3808及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3809において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3809及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3810において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3810及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3811において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3811及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3812において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3812及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3813において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3813及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3814において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3814及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3815において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3815及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3816において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3816及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3817において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3817及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3818において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3818及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3819において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3819及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3820において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3820及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3821において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3821及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3822において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3822及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3823において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3823及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3824において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3824及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3825において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3825及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3826において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3826及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3827において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3827及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3828において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3828及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3829において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3829及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3830において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3830及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3831において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3831及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3832において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3832及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3833において、前


記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3833及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3834において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3834及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3835において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3835及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3836において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3836及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3837において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3837及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3838において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3838及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3839において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3839及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3840において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3840及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3841において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3841及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3842において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3842及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3843において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3843及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3844において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3844及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3845において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3845及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3846において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3846及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3847において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3847及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3848において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3848及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3849において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3849及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3850において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3850及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3851において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3851及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3852において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3852及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3853において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3853及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3854において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3854及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3855において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3855及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3856において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3856及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3857において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3857及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3858において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3858及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3859において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3859及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3860において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3860及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3861において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3861及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3862において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3862及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3863において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3863及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3864において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3864及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3865において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3865及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3866において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3866及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3867において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3867及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3868において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3868及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3869において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3869及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3870において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3870及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3871において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3871及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3872において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3872及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3873において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3873及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3874において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3874及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3875において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3875及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3876において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3876及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3877において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3877及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3878において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3878及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3879において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3879及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3880において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3880及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3881において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3881及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3882において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3882及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3883において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3883及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3884において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3884及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3885において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3885及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3886において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3886及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3887において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3887及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3888において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3888及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3889において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3889及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3890において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3890及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3891において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3891及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3892において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3892及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3893において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3893及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3894において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3894及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3895において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3895及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3896において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3896及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3897において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3897及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3898において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3898及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3899において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3899及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3900において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3900及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3901において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3901及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3902において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3902及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3903において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3903及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3904において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3904及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3905において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3905及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3906において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3906及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3907において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3907及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3908において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID


3908及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3909において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3909及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3910において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3910及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3911において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3911及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3912において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3912及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3913において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3913及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3914において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3914及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3915において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3915及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3916において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3916及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3917において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3917及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3918において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3918及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3919において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3919及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3920において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3920及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3921において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3921及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3922において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3922及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3923において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3923及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3924において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3924及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3925において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3925及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3926において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3926及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3927において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3927及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3928において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3928及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3929において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3929及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3930において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3930及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3931において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3931及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3932において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3932及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3933において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3933及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3934において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3934及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3935において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3935及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3936において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3936及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3937において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3937及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3938において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3938及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3939において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3939及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3940において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3940及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3941において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3941及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3942において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3942及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3943において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3943及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3944において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3944及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3945において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3945及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3946において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3946及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3947において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3947及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3948において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3948及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3949において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3949及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3950において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3950及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3951において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3951及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3952において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3952及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3953において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3953及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3954において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3954及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3955において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3955及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3956において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3956及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3957において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3957及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3958において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3958及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3959において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3959及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3960において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3960及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3961において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3961及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3962において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3962及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3963において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3963及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3964において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3964及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3965において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3965及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3966において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3966及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3967において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3967及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3968において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3968及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3969において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3969及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3970において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3970及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3971において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3971及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3972において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3972及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3973において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3973及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3974において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3974及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3975において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3975及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3976において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3976及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3977において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3977及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3978において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3978及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3979において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3979及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3980において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3980及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3981において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3981及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3982において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3982及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3983において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3983及びSID101~2708のうちの


いずれか1つである。emb.2.3984において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3984及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3985において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3985及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3986において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3986及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3987において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3987及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3988において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3988及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3989において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3989及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3990において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3990及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3991において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3991及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3992において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3992及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3993において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3993及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3994において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3994及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3995において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3995及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3996において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3996及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3997において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3997及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3998において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3998及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.3999において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID3999及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4000において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4000及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4001において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4001及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4002において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4002及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4003において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4003及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4004において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4004及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4005において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4005及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4006において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4006及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4007において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4007及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4008において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4008及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4009において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4009及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4010において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4010及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4011において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4011及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4012において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4012及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4013において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4013及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4014において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4014及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4015において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4015及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4016において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4016及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4017において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4017及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4018において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4018及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4019において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4019及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4020において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4020及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4021において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4021及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4022において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4022及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4023において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4023及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4024において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4024及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4025において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4025及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4026において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4026及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4027において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4027及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4028において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4028及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4029において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4029及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4030において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4030及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4031において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4031及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4032において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4032及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4033において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4033及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4034において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4034及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4035において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4035及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4036において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4036及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4037において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4037及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4038において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4038及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4039において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4039及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4040において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4040及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4041において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4041及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4042において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4042及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4043において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4043及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4044において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4044及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4045において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4045及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4046において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4046及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4047において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4047及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4048において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4048及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4049において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4049及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4050において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4050及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4051において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4051及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4052において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4052及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4053において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4053及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4054において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4054及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4055において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4055及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4056において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4056及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4057において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4057及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4058において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4058及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4059に


おいて、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4059及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4060において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4060及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4061において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4061及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4062において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4062及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4063において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4063及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4064において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4064及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4065において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4065及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4066において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4066及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4067において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4067及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4068において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4068及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4069において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4069及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4070において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4070及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4071において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4071及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4072において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4072及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4073において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4073及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4074において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4074及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4075において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4075及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。emb.2.4076において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID4076及びSID101~2708のうちのいずれか1つである。
実施形態2cは、1対のスペーサー配列を含む1対のガイドRNA、または1対のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸を含む組成物であって、ここで、前記1対のスペーサー配列は、配列番号5001~5496から選択される第1のスペーサー配列、及び配列番号5497~6080から選択される第2のスペーサー配列を含む。実施形態2.05070~実施形態2.05334は、追加の特徴を含む実施形態12cによる実施形態である。略語の意味については、上記を参照のこと。emb.2.05070において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID5070及びSID5497~6080のうちのいずれか1つである。emb.2.05262において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID5262及びSID5497~6080のうちのいずれか1つである。emb.2.05310において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID5310及びSID5497~6080のうちのいずれか1つである。emb.2.05334において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID5334及びSID5497~6080のうちのいずれか1つである。
実施形態2dは、1対のスペーサー配列を含む1対のガイドRNA、または前記1対のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸を含む組成物であって、ここで、前記1対のスペーサー配列は、配列番号46597~53028から選択される第1のスペーサー配列、及び配列番号7301~46596から選択される第2のスペーサー配列を含む。実施形態2.46768~実施形態2.52898は、追加の特徴を含む実施形態12dによる実施形態である。略語の意味については、上記を参照のこと。emb.2.46768において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID46768及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.46967において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID46967及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.47032において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID47032及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.47047において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID47047及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.50538において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID50538及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.50674において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID50674及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.50682において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID50682及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.50706において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID50706及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.50714において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID50714及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.50898において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID50898及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.50978において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID50978及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.51058において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID51058及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.51162において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID51162及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.51362において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID51362及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.51394において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID51394及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.51466において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID51466及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.51474において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID51474及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.51490において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID51490及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.51498において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID51498及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.51506において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID51506及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.51650において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID51650及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.51658において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID51658及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.51682において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID51682及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.51706において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID51706及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.51746において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID51746及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.51754において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID51754及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.51762において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID51762及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.51810において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID51810及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.51898において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID51898及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.51914において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID51914及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.51930において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID51930及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.51954において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID51954及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.52066において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID52066及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.52082において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID52082及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.52090において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID52090及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.52098において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID52098及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.52106において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID52106及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.52250において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID52250及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.52258において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID52258及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.52266において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID52266及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.52290において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID52290及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.52298において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID52298及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.52306において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID52306及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.52354において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID52354及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.52386において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID52386及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.52418において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID52418及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.52434において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID52434及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.52458において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID52458及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.52474において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID52474及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.52498において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID52498及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.52506において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID52506及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.52522において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID52522及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.52530において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID52530及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.52546において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID52546及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.52554において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID52554及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.52594において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID52594及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.52610において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID52610及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.52618において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID52618及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.52634において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID52634及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.52666において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID52666及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。emb.2.52898において、前記第1及び第2のs.s.は、それぞれSID52898及びSID7301~46596のうちのいずれか1つである。
実施形態3
組成物であって、
i)スペーサー配列を含むガイドRNA、または前記ガイドRNAをコードする核酸であって、
a.配列番号5262、5782、5830、5926、5950、5998、6022、5310、及び5334から選択されるスペーサー配列;または
b.配列番号5830、6022、5262、及び5310から選択されるスペーサー配列;または
c.配列番号5262、5334、及び5830から選択されるスペーサー配列;または
d.配列番号5262;または
e.配列番号5264、5336、5832、6024、及び5312から選択されるスペーサー配列;または
f.a)からe)までの前記スペーサー配列のいずれか1つの少なくとも17、18、19、もしくは20個の連続したヌクレオチドを含むスペーサー配列;または
g.a)からf)までの前記スペーサー配列のいずれか1つと少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、94%、93%、92%、91%、または90%同一であるスペーサー配列を含む、前記スペーサー配列を含む前記ガイドRNA、または前記ガイドRNAをコードする前記核酸;あるいは
ii)第1及び第2のスペーサー配列を含む1対のガイドRNA、または前記1対のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸であって、
a.配列番号5782及び5262;5830及び5262;5926及び5262;5950及び5262;ならびに5998及び5262から選択される第1及び第2のスペーサー配列;または
b.配列番号5830及び5262;ならびに6022及び5310から選択される第1及び第2のスペーサー配列;または
c.配列番号:5334及び5830;または
d.a)からc)までの前記第1及び第2のスペーサー配列のいずれかの少なくとも17、18、19、もしくは20個の連続したヌクレオチドを含む第1及び第2のスペーサー配列;または
e.a)からd)までの前記第1及び第2のスペーサー配列のいずれかと少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、94%、93%、92%、91%、または90%同一である第1及び第2のスペーサー配列、を含む、第1及び第2のスペーサー配列を含む1対のガイドRNA、または1対のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸を含む、組成物。
実施形態4
組成物であって、
i)スペーサー配列を含むガイドRNA、または前記ガイドRNAをコードする核酸であって、
a.配列番号28130、34442、45906、26562、52666、51322、46599、52898、26546、7447、47047、49986、51762、51754、52290、52298、51474、52306、50682、51706、52098、50714、51498、52498、50978、51746、52106、51506、50674、52082、52506、50538、52066、52386、52090、52266、52474、52258、52434、50706、51490、52458、51466、52354、51914、51362、51058、50170、51954、52250、51930、51682、52594、52610、51162、49162、50898、49226、51658、52554、52634、51394、49034、52546、52522、52618、52530、28322、26530、26578、26602、26634、26626、26698、26746、26754、26786、26882、27722、27730、27738、27770、27754、27762、27802、27850、27842、27922、27946、27986、28114、28122、28146、28186、28194、28338、28346、28322、28378、28370、28458、28506、28634、28642、28650、34442、及び45906から選択されるスペーサー配列;または
b.配列番号51706、51058、51754、52090、52594、52098、52298、52106、51682、52066、52354、52458、52290、52498、51658、51930、51162、52506、51762、51746、52386、52258、52530、52634、27850、28634、26882、28650、28370、28194、26626、26634、26786、26754、27770、26578、28130、27738、28338、28642、26602、27754、27730、及び28122から選択されるスペーサー配列;または
c.配列番号47047、7447、7463、46967、46768、7680、及び47032から選択されるスペーサー配列;または
d.配列番号47045、7445、7461、46766、7678、及び47030から選択されるスペーサー配列;または
e.a)からd)までの前記スペーサー配列のいずれか1つの少なくとも17、18、19、もしくは20個の連続したヌクレオチドを含むスペーサー配列;または
f.a)からe)までの前記スペーサー配列のいずれか1つと少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、94%、93%、92%、91%、または90%同一であるスペーサー配列、を含む、前記スペーサー配列を含む前記ガイドRNA、または前記ガイドRNAをコードする前記核酸;あるいは
ii)第1及び第2のスペーサー配列を含む1対のガイドRNA、または前記1対のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸であって、
a.配列番号47047及び7447;7463及び46967;46768及び7680;ならびに47032及び7447から選択される第1及び第2のスペーサー配列;または
b.配列番号:47047及び7447;または
c.配列番号52898及び26546;または
d.a)からc)までの前記第1及び第2のスペーサー配列のいずれかの少なくとも17、18、19、もしくは20個の連続したヌクレオチドを含む第1及び第2のスペーサー配列;または
e.a)からd)までの前記第1及び第2のスペーサー配列のいずれかと少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、94%、93%、92%、91%、または90%同一である第1及び第2のスペーサー配列、を含む、前記第1及び第2のスペーサー配列を含む前記1対のガイドRNA、または前記1対のガイドRNAをコードする前記1つ以上の核酸を含む、前記組成物。
実施形態5
RNA標的化エンドヌクレアーゼ、または前記RNA標的化エンドヌクレアーゼをコードする核酸をさらに含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態6
前記RNA標的化エンドヌクレアーゼがCasヌクレアーゼである、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態7
前記CasヌクレアーゼがCas9である、実施形態6に記載の組成物。
実施形態8
前記Cas9ヌクレアーゼがStreptococcus pyogenesに由来する、実施形態7に記載の組成物。
実施形態9
前記Cas9ヌクレアーゼがStaphylococcus aureusに由来する、実施形態7に記載の組成物。
実施形態10
前記CasヌクレアーゼがCpf1ヌクレアーゼである、実施形態6に記載の組成物。
実施形態11
DNA-PK阻害剤をさらに含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態12
前記ガイドRNAがsgRNAである、先行実施形態のいずれかに記載の組成物。
実施形態13
前記sgRNAが修飾されている、実施形態12に記載の組成物。
実施形態14
前記修飾により、1つ以上の2’位置及び/またはホスホジエステル結合が改変される、実施形態13に記載の組成物。
実施形態15
前記修飾により、前記sgRNAの最初の3つのヌクレオチドのうちの1つ以上、またはすべてが改変される、実施形態13~14のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態16
前記修飾により、前記sgRNAの最後の3つのヌクレオチドのうちの1つ以上、またはすべてが改変される、実施形態13~15のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態17
前記修飾が、ホスホロチオエート修飾、2’-OMe修飾、2’-O-MOE修飾、2’-F修飾、2’-O-メチン-4’ブリッジ修飾、3’-チオホスホノアセテート修飾、または2’-デオキシ修飾のうちの1つ以上を含む、実施形態13~16のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態18
先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物であって、薬学的に許容される賦形剤をさらに含む、前記組成物。
実施形態19
前記ガイドRNAが脂質ナノ粒子(LNP)またはウイルスベクターと会合している、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態20
前記ウイルスベクターが、アデノ随伴ウイルスベクター、レンチウイルスベクター、インテグラーゼ欠損レンチウイルスベクター、アデノウイルスベクター、ワクシニアウイルスベクター、アルファウイルスベクター、または単純ヘルペスウイルスベクターである、実施形態19に記載の組成物。
実施形態21
前記ウイルスベクターがアデノ随伴ウイルス(AAV)ベクターである、実施形態19に記載の組成物。
実施形態22
前記AAVベクターがAAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAVrh10、AAVrh74、またはAAV9ベクターであり、AAVに続く番号がAAV血清型を示す、実施形態21に記載の組成物。
実施形態23
前記AAVベクターがAAV血清型9ベクターである、実施形態22に記載の組成物。
実施形態24
前記AAVベクターがAAVrh10ベクターである、実施形態22に記載の組成物。
実施形態25
前記AAVベクターがAAVrh74ベクターである、実施形態22に記載の組成物。
実施形態26
前記ウイルスベクターが組織特異的プロモーターを含む、実施形態19~25のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態27
ウイルスベクターを含み、前記ウイルスベクターが筋肉特異的プロモーターを含み、任意選択で、前記筋肉特異的プロモーターが筋肉クレアチンキナーゼプロモーター、デスミンプロモーター、MHCK7プロモーター、SPc5-12プロモーター、またはCK8eプロモーターである、実施形態19~26のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態28
前記ウイルスベクターがニューロン特異的プロモーターを含み、任意選択で前記ニューロン特異的プロモーターがエノラーゼプロモーターである、実施形態19~25のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態29
DNA中のトリヌクレオチドリピート(TNR)を特徴とする疾患または障害を治療する方法であって、TNRを含む細胞に、i)RNA標的化エンドヌクレアーゼを前記TNRにまたはその近くに誘導する、スペーサー配列もしくは1対のスペーサー配列を含むガイドRNAもしくは1対のガイドRNA、または前記ガイドRNAもしくは前記1対のガイドRNAをコードする核酸;ii)RNA標的化エンドヌクレアーゼまたは前記RNA標的化エンドヌクレアーゼをコードする核酸;及びiii)DNA-PK阻害剤、を送達することを含む、前記方法。
実施形態30
DNA中の自己相補的領域を切除する方法であって、前記自己相補的領域を含む細胞に、i)RNA標的化エンドヌクレアーゼを前記自己相補的領域にまたはその近くに誘導する、スペーサー配列もしくは1対のスペーサー配列を含むガイドRNAもしくは1対のガイドRNA、または前記ガイドRNAもしくは1対のガイドRNAをコードする核酸;ii)RNA標的化エンドヌクレアーゼまたは前記RNA標的化エンドヌクレアーゼをコードする核酸;及びiii)DNA-PK阻害剤、を送達することを含み、前記自己相補的領域が切除される、前記方法。
実施形態31
DNA中のトリヌクレオチドリピート(TNR)を切除する方法であって、前記TNRを含む細胞に、i)RNA標的化エンドヌクレアーゼを前記TNRにまたはその近くに誘導する、スペーサー配列もしくは1対のスペーサー配列を含むガイドRNAもしくは1対のガイドRNA、または前記ガイドRNAもしくは前記1対のガイドRNAをコードする核酸;ii)RNA標的化エンドヌクレアーゼまたは前記RNA標的化エンドヌクレアーゼをコードする核酸;及びiii)DNA-PK阻害剤、を送達することを含み、少なくとも1つのTNRが切除される、前記方法。
実施形態32
前記自己相補的領域が、パリンドローム配列、同一方向リピート、逆方向リピート、GCリッチ配列、またはATリッチ配列を含み、任意選択で、GCリッチネスまたはATリッチネスは、ループ形成配列によって任意選択で中断される少なくとも10ヌクレオチドの長さ全体の少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、または95%である、実施形態30に記載の方法。
実施形態33
前記RNA標的化エンドヌクレアーゼをTNRまたは自己相補的領域にまたはその近くに送達する、1対のスペーサー配列を含む1対のガイドRNAを含む、または前記1対のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸が前記細胞に送達される、実施形態29~32のいずれか1つに記載の方法。
実施形態34
前記標的が(i)前記TNRもしくは前記自己相補的領域内にあるか、または(ii)前記TNRもしくは前記自己相補的領域の10、15、20、25、30、40、もしくは50ヌクレオチド内にある、実施形態29~33のいずれか1つに記載の方法。
実施形態35
DM1、HD、FA、FXS、FXTAS、FXPOI、FXES、XSBMA、SCA1、SCA2、SCA3、SCA6、SCA7、SCA8、SCA12、SCA17、またはDRPLAを有するヒト対象を治療するための医薬を調製するための実施形態29~34のいずれか1つに記載の方法。
実施形態36
前記TNRが、DMPK遺伝子の3’非翻訳領域(UTR)におけるCTGである、実施形態29または31~35のいずれか1つに記載の方法。
実施形態37
DMPK遺伝子の3’UTRの少なくとも一部を切除することを含み、前記切除が筋緊張性ジストロフィー1型(DM1)の治療をもたらす、実施形態36に記載の方法。
実施形態38
前記TNRがFMR1遺伝子内にある、実施形態29または31~35のいずれか1つに記載の方法。
実施形態39
前記切除が脆弱X症候群の治療をもたらす、実施形態38に記載の方法。
実施形態40
前記TNRがFXN遺伝子内にある、実施形態29または31~35のいずれか1つに記載の方法。
実施形態41
前記切除がフリードライヒ運動失調症(FA)の治療をもたらす、実施形態40に記載の方法。
実施形態42
前記TNRが、ハンチンチン、フラタキシン(FXN)、脆弱X精神遅滞1(FMR1)、脆弱X精神遅滞2(FMR2)、アンドロゲン受容体(AR)、アリスタレス関連ホメオボックス(ARX)、アタキシン1(ATXN1)、アタキシン2(ATXN2)、アタキシン3(ATXN3)、カルシウム電位依存性チャネルサブユニットアルファ1A(CACNA1A)、アタキシン7(ATXN7)、ATXN8反対鎖lncRNA(ATXN8OS)、セリン/スレオニンタンパク質ホスファターゼ2A 55kDa調節サブユニットBベータアイソフォーム(PPP2R2B)、TATA結合タンパク質(TBP)、もしくはアトロフィン-1(ATN1)遺伝子内にあるか、または前記TNRが、FMR2の5’UTRに隣接している、実施形態29または31~35のいずれか1つに記載の方法。
実施形態43
ハンチンチン(HTT)における切除により、ハンチントン病(HD)の治療がもたらされる;FXNにおける切除により、フリードライヒ運動失調症(FA)の治療がもたらされる;FMR1における切除により、脆弱X症候群(FXS)、脆弱X関連原発性卵巣機能不全(FXPOI)、または脆弱X関連振戦/運動失調症候群(FXTAS)の治療がもたらされる;FMR2におけるまたはFMR2の5’UTRに隣接する切除により、脆弱XE症候群(FXES)の治療がもたらされる;ARにおける切除により、X連鎖性球脊髄性筋萎縮症(XSBMA)の治療がもたらされる;ATXN1における切除により、脊髄小脳失調症1型(SCA1)の治療がもたらされる;ATXN2における切除により、脊髄小脳失調症2型(SCA2)の治療がもたらされる;ATXN3における切除により、脊髄小脳失調症3型(SCA3)の治療がもたらされる;CACNA1Aにおける切除により、脊髄小脳失調症6型(SCA6)の治療がもたらされる;ATXN7における切除により、脊髄小脳失調症7型(SCA7)の治療がもたらされる;ATXN8OSにおける切除により、脊髄小脳失調症8型(SCA8)の治療がもたらされる;PPP2R2Bにおける切除により、脊髄小脳失調症12型(SCA12)の治療がもたらされる;TBPにおける切除により、脊髄小脳失調症17型(SCA17)の治療がもたらされる;またはATN1における切除により、歯状核赤核淡蒼球ルイ体萎縮症(DRPLA)の治療がもたらされる、実施形態42に記載の方法。
実施形態44
少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1500、2000、3000、4000、5000、6000、7000、8000、9000、または10,000TNRが切除される、実施形態29または31~43のいずれか1つに記載の方法。
実施形態45
1~5、5~10、10~20、20~30、40~60、60~80、80~100、100~150、150~200、200~300、300~500、500~700、700~1000、1000~1500、1500~2000、2000~3000、3000~4000、4000~5000、5000~6000、6000~7000、7000~8000、8000~9000、または9000~10,000TNRが切除される、実施形態29または31~43のいずれか1つに記載の方法。
実施形態46
前記TNRがDMPK遺伝子内にあり、前記TNRの切除により、伸長リピートDMPK遺伝子に関連する1つ以上の表現型が改善され、前記改善は、筋緊張性ジストロフィータンパク質キナーゼ活性の増加;ホスホレンマン、ジヒドロピリジン受容体、ミオジェニン、L型カルシウムチャネルベータサブユニット、及び/またはミオシンホスファターゼ標的化サブユニットのリン酸化の増加;ミオシンホスファターゼの阻害の増加;及び/または筋肉喪失、筋衰弱、過眠症、1つ以上の実行機能障害、インスリン抵抗性、白内障形成、禿毛、または男性不妊症もしくは受精能低下の改善、のうちの1つ以上を任意選択で含む、実施形態29または31~35のいずれか1つに記載の方法。
実施形態47
前記TNRがHTT遺伝子内にあり、前記TNRの切除により、伸長リピートHTT遺伝子に関連する1つ以上の表現型が改善され、前記改善は、線条体ニューロン喪失、不随意運動、易刺激性、うつ病、小不随意運動、協調性の欠如、新しい情報の学習や意思決定の困難、歩行、発話、及び/または嚥下の困難、及び/または思考及び/または推論能力の低下、のうちの1つ以上を改善することを任意選択で含む、実施形態29または31~35のいずれか1つに記載の方法。
実施形態48
前記TNRが、FMR1遺伝子内にあり、前記TNRの切除により、伸長リピートFMR1遺伝子に関連する1つ以上の表現型が改善され、前記改善は、異常なFMR1転写物または脆弱X精神遅滞タンパク質レベル、通常FMRPに関連するmRNAの翻訳調節不全、ホスホコフィリン(CFL1)のレベルの低下、ホスホコフィリンホスファターゼPPP2CAのレベルの上昇、神経シナプスへのmRNA輸送の低下、HSP27、HSP70、及び/またはCRYABの発現の増加、ラミンA/Cアイソフォームの異常な細胞分布、40歳未満の閉経などの早期発症閉経、卵巣の発達または機能の欠陥、血清ゴナドトロピン(例えばFSH)のレベルの上昇、進行性意図振戦、パーキンソニズム、認知機能低下、全身性脳萎縮、インポテンス、及び/または発達遅延、のうちの1つ以上を改善することを任意選択で含む、実施形態29または31~35のいずれか1つに記載の方法。
実施形態49
前記TNRがFMR2遺伝子内にあるか、またはFMR2の5’UTRに隣接しており、前記TNRの切除により、FMR2遺伝子内にあるかまたはFMR2遺伝子に隣接する伸長リピートに関連する1つ以上の表現型が改善され、前記改善は、異常なFMR2発現、発達遅延、アイコンタクト不良、言語の反復使用、及びハンドフラッピング、のうちの1つ以上を改善することを任意選択で含む、実施形態29または31~35のいずれか1つに記載の方法。
実施形態50
前記TNRが、AR遺伝子内にあり、前記TNRの切除により、伸長リピートAR遺伝子に関連する1つ以上の表現型が改善され、前記改善は、異常なAR発現、アンドロゲン受容体タンパク質のC末端短縮化断片の生成;カスパーゼ-3及び/またはユビキチン-プロテアソーム経路を介したアンドロゲン受容体タンパク質のタンパク質分解;CREB結合タンパク質を含む核内封入体の形成;p44/42、p38、及び/またはSAPK/JNKの異常なリン酸化;筋衰弱;筋消耗;歩行、嚥下、及び/または発話の困難;女性化乳房;及び/または男性不妊症、のうちの1つ以上を改善することを任意選択で含む、実施形態29または31~35のいずれか1つに記載の方法。
実施形態51
前記TNRが、ATXN1遺伝子内にあり、前記TNRの切除により、伸長リピートATXN1遺伝子に関連する1つ以上の表現型が改善され、前記改善は、ATXN1を含む凝集体の形成;プルキンエ細胞死;運動失調;筋肉のこわばり;急速な、不随意の眼球運動;手足のしびれ、うずき、または疼痛;及び/または筋肉の痙攣、のうちの1つ以上を改善することを任意選択で含む、実施形態29または31~35のいずれか1つに記載の方法。
実施形態52
前記TNRが、ATXN2遺伝子内にあり、前記TNRの切除により、伸長リピートATXN2遺伝子に関連する1つ以上の表現型が改善され、前記改善は、異常なATXN2産生;プルキンエ細胞死;運動失調;発話または嚥下の困難;手足の感覚喪失及び脱力;認知症;筋消耗;制御不良の筋緊張;及び/または不随意の筋反射運動、のうちの1つ以上を改善することを任意選択で含む、実施形態29または31~35のいずれか1つに記載の方法。
実施形態53
前記TNRが、ATXN3遺伝子内にあり、前記TNRの切除により、伸長リピートATXN3遺伝子に関連する1つ以上の表現型が改善され、前記改善は、異常なATXN3レベル;異常なベクリン-1レベル;オートファジーの阻害;スーパーオキシドジスムターゼ2の調節障害;運動失調;嚥下困難;手足の感覚喪失及び脱力;認知症;筋肉のこわばり;制御不良の筋緊張;振戦;レストレスレッグス症候群;及び/または筋肉の痙攣、のうちの1つ以上を改善することを任意選択で含む、実施形態29または31~35のいずれか1つに記載の方法。
実施形態54
前記TNRが、CACNA1A遺伝子内にあり、前記TNRの切除により、伸長リピートCACNA1A遺伝子に関連する1つ以上の表現型が改善され、前記改善は、CACNA1A発現細胞における異常なCaV2.1電位依存性カルシウムチャネル;運動失調;発話困難;不随意の眼球運動;複視;腕協調運動の喪失;振戦;及び/または制御不良の筋緊張、のうちの1つ以上を改善することを任意選択で含む、実施形態29または31~35のいずれか1つに記載の方法。
実施形態55
前記TNRが、ATXN7遺伝子内にあり、前記TNRの切除により、伸長リピートATXN7遺伝子に関連する1つ以上の表現型が改善され、前記改善は、異常なヒストンアセチル化;異常なヒストン脱ユビキチン化;CRXによるトランス活性化の障害;ATXN7を含む核内封入体の形成;運動失調;歩行の協調運動障害;手、発話及び/または眼球運動の不十分な協調;網膜変性;及び/または色素性黄斑ジストロフィー、のうちの1つ以上を改善することを任意選択で含む、実施形態29または31~35のいずれか1つに記載の方法。
実施形態56
前記TNRが、ATXN8OS遺伝子内にあり、前記TNRの切除により、伸長リピートATXN8OS遺伝子に関連する1つ以上の表現型が改善され、前記改善は、ATXN8OS mRNAを含むリボ核封入体の形成;異常なKLHL1タンパク質発現;運動失調;発話及び/または歩行困難;及び/または不随意の眼球運動、のうちの1つ以上を改善することを任意選択で含む、実施形態29または31~35のいずれか1つに記載の方法。
実施形態57
前記TNRが、PPP2R2B遺伝子内にあり、前記TNRの切除により、伸長リピートPPP2R2B遺伝子に関連する1つ以上の表現型が改善され、前記改善は、異常なPPP2R2B発現;異常なホスファターゼ2活性;運動失調;小脳変性;歩行困難;及び/または手、発話及び/または眼球運動の不十分な協調、のうちの1つ以上を改善することを任意選択で含む、実施形態29または31~35のいずれか1つに記載の方法。
実施形態58
前記TNRが、TBP遺伝子内にあり、前記TNRの切除により、伸長リピートTBP遺伝子に関連する1つ以上の表現型が改善され、前記改善は、異常な転写開始;異常なTBPタンパク質の蓄積(例えば、小脳ニューロンにおける);異常な小脳ニューロン細胞死;運動失調;歩行困難;筋力低下;及び/または認知能力の喪失、のうちの1つ以上を改善することを任意選択で含む、実施形態29または31~35のいずれか1つに記載の方法。
実施形態59
前記TNRが、ATN1遺伝子内にあり、前記TNRの切除により、伸長リピートATN1遺伝子に関連する1つ以上の表現型が改善され、前記改善は、異常な転写調節;異常なATN1タンパク質の蓄積(例えば、ニューロンにおける);異常なニューロン細胞死;不随意運動;及び/または認知能力の喪失、のうちの1つ以上を改善することを任意選択で含む、実施形態29または31~35のいずれか1つに記載の方法。
実施形態60
実施形態1~28のいずれか1つの組成物を含む医薬組成物。
実施形態61
DMPK遺伝子の3’UTRにおけるトリヌクレオチドリピート(TNR)を特徴とする疾患または障害を治療する方法であって、実施形態1~2、2b、2.2709~2.4076、または5~28のいずれか1つに記載の組成物、または実施形態60に記載の医薬製剤を投与することを含む、前記方法。
実施形態62
DMPK遺伝子の3’UTRにおけるトリヌクレオチドリピート(TNR)を切除する方法であって、実施形態1~2、2b、2.2709~2.4076、または5~28のいずれか1つに記載の組成物、または実施形態60に記載の医薬製剤を投与することを含む、前記方法。
実施形態63
1つのgRNAのみが投与され、DMPK遺伝子の3’UTRにおけるCTGリピートが切除される、実施形態61または62に記載の方法。
実施形態64
前記gRNAが、
a.配列番号3746、3778、3394、3386、3938、3818、3722、3858、3370、1706、2210、2114、1538、及び2594から選択されるスペーサー配列;または
b.配列番号3330、3746、3778、3394、4026、3386、3938、3818、3722、3802、3858、3514、3770、3370、2202、1706、2210、1778、2114、1738、1746、2322、1538、2514、2458、2194、及び2594から選択されるスペーサー配列;または
c.配列番号3330、3314、2658、2690、2554、及び2498から選択されるスペーサー配列;または
d.配列番号3314、2690、2554、及び2498から選択されるスペーサー配列;または
e.配列番号3914、3514、1778、2458、3858、3418、1706、及び2258から選択されるスペーサー配列;または
f.配列番号3914;または
g.配列番号3418;または
h.配列番号3938;または
i.配列番号3916、3420、及び3940から選択されるスペーサー配列、を含むスペーサー配列を含む、実施形態63に記載の方法。
実施形態65
FMR1遺伝子の5’UTRにおけるトリヌクレオチドリピート(TNR)を特徴とする疾患または障害を治療する方法であって、実施形態2c、2.05070~2.05334、3、もしくは5~28のいずれか1つに記載の組成物、または実施形態60に記載の医薬製剤を投与することを含む、前記方法。
実施形態66
FMR1遺伝子の5’UTRにおけるトリヌクレオチドリピート(TNR)を切除する方法であって、実施形態2c、2.05070~2.05334、3、もしくは5~28のいずれか1つに記載の組成物、または実施形態60に記載の医薬製剤を投与することを含む、前記方法。
実施形態67
1つのgRNAのみが投与され、FMR1遺伝子の5’UTRにおけるTNRが切除される、実施形態65または実施形態66に記載の方法。
実施形態68
前記gRNAが、
a.配列番号5830、6022、5262、及び5310から選択されるスペーサー配列;または
b.配列番号5262、5334、及び5830から選択されるスペーサー配列;または
c.配列番号5262、
d.配列番号5264、5336、5832、6024、及び5312から選択されるスペーサー配列、を含むスペーサー配列を含む、実施形態67に記載の方法。
実施形態69
FXN遺伝子のイントロンにおけるトリヌクレオチドリピート(TNR)を特徴とする疾患または障害を治療する方法であって、実施形態2d、2.46768~2.52898、4~28のいずれか1つに記載の組成物、または実施形態60に記載の医薬製剤を投与することを含む、前記方法。
実施形態70
FXN遺伝子の5’UTRにおけるトリヌクレオチドリピート(TNR)を切除する方法であって、実施形態2d、2.46768~2.52898、4~28のいずれか1つに記載の組成物、または実施形態60に記載の医薬製剤を投与することを含む、前記方法。
実施形態71
1つのgRNAのみが投与され、FXN遺伝子の5’UTRにおけるTNRが切除される、実施形態69または実施形態70に記載の方法。
実施形態72
前記gRNAが、
a.配列番号47047、7447、7463、46967、46768、7680、及び47032から選択されるスペーサー配列;または
b.配列番号47045、7445、7461、46766、7678、及び47030から選択されるスペーサー配列、を含むスペーサー配列を含む、実施形態71に記載の方法。
実施形態73
DNA-PK阻害剤を投与することをさらに含む、実施形態29~59または61~72のいずれか1つに記載の方法。
実施形態74
前記DNA-PK阻害剤が化合物6である、実施形態73に記載の方法。
実施形態75
前記DNA-PK阻害剤が化合物3である、実施形態73に記載の方法。
実施形態76
DMPK遺伝子の3’UTRにおけるトリヌクレオチドリピート(TNR)を切除する方法であって、1対のスペーサー配列を含む1対のガイドRNAを投与することを含み、第1のスペーサー配列は、RNAガイド型DNAヌクレアーゼを、配列の第1のストレッチ内の任意のヌクレオチドに誘導し、ここで、前記第1のストレッチは、
a.spCas9によるDMPK-U29切断部位の1ヌクレオチドから開始し、前記リピートまで続くか;または
b.spCas9によるDMPK-U30切断部位の1ヌクレオチドから開始し、DMPK-U56切断部位の1ヌクレオチド前まで続くか;または
c.spCas9によるDMPK-U30切断部位の1ヌクレオチドから開始し、DMPK-U52切断部位の1ヌクレオチド前まで続くか;または
d.配列番号53413であるか;または
e.配列番号53414であるか;または
f.配列番号53415である、前記方法。
実施形態77
DMPK遺伝子の3’UTRにおけるトリヌクレオチドリピート(TNR)を切除する方法であって、1対のスペーサー配列を含む1対のガイドRNAを投与することを含み、第2のスペーサー配列は、RNAガイド型DNAヌクレアーゼを、配列の第2のストレッチ内の任意のヌクレオチドに誘導し、ここで、前記第2のストレッチは、
a.spCas9によるDMPK-D15切断部位の1ヌクレオチドから開始し、DMPK-D51切断部位の1ヌクレオチド前まで続くか;または
b.spCas9によるDMPK-D35切断部位の1ヌクレオチドから開始し、DMPK-D51切断部位の1ヌクレオチド前まで続くか;または
c.配列番号53416であるか;または
d.配列番号53417である、前記方法。
実施形態78
DMPK遺伝子の3’UTRにおけるトリヌクレオチドリピート(TNR)を切除する方法であって、1対のスペーサー配列を含む1対のガイドRNAを投与することを含み、
i.第1のスペーサー配列は、RNAガイド型DNAヌクレアーゼを、配列の第1のストレッチ内の任意のヌクレオチドに誘導し、ここで、前記第1のストレッチは、
a.spCas9によるDMPK-U29切断部位の1ヌクレオチドから開始し、前記リピートまで続くか;または
b.spCas9によるDMPK-U30切断部位の1ヌクレオチドから開始し、DMPK-U56切断部位の1ヌクレオチド前まで続くか;または
c.spCas9によるDMPK-U30切断部位の1ヌクレオチドから開始し、DMPK-U52切断部位の1ヌクレオチド前まで続くか;または
d.配列番号53413であるか;または
e.配列番号53414であるか;または
f.配列番号53415であり;及び
ii.第2のスペーサー配列は、RNAガイド型DNAヌクレアーゼを、配列の第2のストレッチ内の任意のヌクレオチドに誘導し、ここで、前記第2のストレッチは、
a.spCas9によるDMPK-D15切断部位の1ヌクレオチドから開始し、DMPK-D51切断部位の1ヌクレオチド前まで続くか;または
b.spCas9によるDMPK-D35切断部位の1ヌクレオチドから開始し、DMPK-D51切断部位の1ヌクレオチド前まで続くか;または
c.配列番号53416であるか;または
d.配列番号53417である、前記方法。
実施形態79
DNA-PK阻害剤を投与することをさらに含む、実施形態76~78に記載の方法。
実施形態80
前記DNA-PK阻害剤が化合物6である、実施形態79に記載の方法。
実施形態81
前記DNA-PK阻害剤が化合物3である、実施形態79に記載の方法。
実施形態82
RNA標的化エンドヌクレアーゼ、または前記RNA標的化エンドヌクレアーゼをコードする核酸を投与することをさらに含む、実施形態76~81のいずれか1つに記載の方法。
実施形態83
前記RNA標的化エンドヌクレアーゼがCasヌクレアーゼである、実施形態82に記載の方法。
実施形態84
前記CasヌクレアーゼがCas9である、実施形態83に記載の方法。
実施形態85
前記Cas9ヌクレアーゼがStreptococcus pyogenesに由来する、実施形態84に記載の方法。
実施形態86
前記Cas9ヌクレアーゼがStaphylococcus aureusに由来する、実施形態84に記載の方法。
実施形態87
前記CasヌクレアーゼがCpf1ヌクレアーゼである、実施形態83に記載の方法。
実施形態88
実施形態76~87のいずれか1つに記載の方法であって、
(i)前記U29切断部位は、chr19上のヌクレオチド45,770,383と45,770,384との間にあり、これは、以下の配列:ttcacaaccgctccgagcgtggg中のに対応しており;
(ii)前記U30切断部位は、chr19:45,770,385と45,770,386との間にあり、これは、以下の配列:gctgggcggagacccacgctcgg中のに対応しており;
(iii)前記D15切断部位は、chr19:45,770,154と45,770,155との間にあり、これは、以下の配列:ggctgaggccctgacgtggatgg中のに対応しており;
(iv)前記D35切断部位は、chr19:45,770,078と45,770,079との間にあり、これは、以下の配列:cacgcacccccacctatcgttgg中のに対応している、前記方法。
実施形態89
DNAのTNRまたは自己相補的領域を切除することができるガイドRNAをスクリーニングする方法であって、
a)i.細胞を、ガイドRNA、RNA標的化エンドヌクレアーゼ、及びDNA-PK阻害剤と接触させることと;
ii.i)で使用されたものと同じタイプの細胞を、前記ガイドRNA、前記RNA標的化エンドヌクレアーゼと接触させるがDNA-PK阻害剤は用いないことと;
b)ステップa)i)で接触させた前記細胞からの前記TNRまたは自己相補的領域の前記切除をステップa)ii)で接触させた前記細胞と比較することと;
c)前記DNA-PK阻害剤を用いない場合と比較して、前記DNA-PK阻害剤の存在下で前記切除が改善されるガイドRNAを選択することと、を含む、前記方法。
実施形態90
TNRまたは自己相補的領域を切除することができる1対のガイドRNAをスクリーニングする方法であって、
a.i.細胞を、1対のガイドRNA、RNA標的化エンドヌクレアーゼ、及びDNA-PK阻害剤と接触させることと;
ii.i)で使用されたものと同じタイプの細胞を、前記ガイドRNA、前記RNA標的化エンドヌクレアーゼと接触させるがDNA-PK阻害剤を用いないことと;
b.ステップa)i)で接触させた前記細胞からの前記TNRまたは自己相補的領域の前記切除をステップa)ii)で接触させた前記細胞と比較することと;
c.前記DNA-PK阻害剤を用いない場合と比較して、前記DNA-PK阻害剤の存在下で前記切除が改善される1対のガイドRNAを選択することと、を含む、前記方法。
実施形態91
前記DNA-PK阻害剤が化合物6である、実施形態89または実施形態90に記載の方法。
実施形態92
前記DNA-PK阻害剤が化合物3である、実施形態89または実施形態90に記載の方法。
実施形態93
前記ガイドRNAまたは1対のガイドRNAが、前記RNA標的化エンドヌクレアーゼをDMPK遺伝子の3’UTRに誘導する、実施形態89~92のいずれか1つに記載の方法。
実施形態94
前記ガイドRNAまたは1対のガイドRNAが、前記RNA標的化エンドヌクレアーゼをFMR1遺伝子の5’UTRに誘導する、実施形態89~92のいずれか1つに記載の方法。
実施形態95
前記ガイドRNAまたは1対のガイドRNAが、前記RNA標的化エンドヌクレアーゼをFXN遺伝子の5’UTRに誘導する、実施形態89~92のいずれか1つに記載の方法。
5’非翻訳領域(UTR)、イントロン、エクソン、または3’UTRのいずれかに位置する伸長トリヌクレオチド配列(三角形)を含む遺伝子の例示的な構造の概略図を示す。トリヌクレオチドリピート伸長の例には、FMR1遺伝子の5’UTRにおける(CGG)、HTT遺伝子のエクソン1における(CAG)、FXN遺伝子の最初のイントロンにおける(GAA)、及びDMPK遺伝子の3’UTRにおける(CTG)が含まれる。 A~Bは、2つのgRNAを使用したトリヌクレオチドリピート切除の概要を示す。Aは、エラーが発生しやすいNHEJによって媒介される種々のDNA修復結果を伴う2つのgRNA戦略を示す。Bにおいて、DNA-PKiでNHEJ修復を阻害することにより、トリヌクレオチドリピート切除を改善した。NHEJ:非相同末端結合;MMEJ:マイクロホモロジー媒介末端結合。 単一gRNAを使用したトリヌクレオチドリピート切除の概要を示す。DNA-PKiでNHEJ修復機構を阻害することにより、MMEJ修復を強化し、トリヌクレオチドリピート切除を改善した。 ウイルスのパッケージング及び送達に関して、1つのgRNAを使用するトリヌクレオチドリピート切除のためのAAVベクターの概要を示す。 DNA対の二本鎖切断が誘導された後の、カノニカルな非相同末端結合(C-NHEJ)及びマイクロホモロジー媒介末端結合(MMEJ)DNA修復経路の概略概要を示す。編集条件、遺伝子座配列構成、及び細胞型に応じて、MMEJ以外の経路(HDRを含むがこれに限定されない)がMRE11-RAD50-NBS1複合体(MRN)の下流で活性化される場合がある。 DM1におけるCTGトリヌクレオチド伸長の単一gRNA切除のモデルを示す。DNA二本鎖切断(DSB)により、C-NHEJ及びMMEJ(または他の代替)経路が活性化される。MMEJは、DSB周辺の既存のマイクロホモロジー(ボックス)に依存している。MRN(MRE11-RAD50-NBS1複合体)/CtIP刺激による5’切除及びCTG二次構造の切断は、DNA-PKが阻害される場合の主要な修復経路である。編集条件、遺伝子座配列構成、及び細胞型に応じて、MMEJ以外の経路(HDRを含むがこれに限定されない)がMRN/CtIPの下流で活性化される場合がある。 SpCas9 RNPエレクトロポレーション後の野生型心筋細胞における野生型及び切除されたDNAのDNAゲル電気泳動による分離を示す。gRNA対A~Hのうちの1つによる標的化後のPCR増幅されたDMPK1 CTGリピート遺伝子座が示されている(表6を参照)。 1対のgRNAアプローチを使用するDM1の疾患モデルにおけるCTGリピート切除を示す。DM1心筋細胞におけるSpCas9 RNPエレクトロポレーションは、CTGリピートの切除を示す。左端のパネルは、図7のバンドB及びCの複製である。DNAゲル電気泳動により、PCR増幅されたDMPK1遺伝子座の野生型と切除されたDNAが分離される。2つのgRNA対(DM1対1及び2)の例を示す。 1対のgRNAアプローチを使用するDM1の疾患モデルにおけるCTGリピート切除を示す。初代線維芽細胞におけるSpCas9 RNPエレクトロポレーションは、CTGリピートの切除を示す。DNAゲル電気泳動により、PCR増幅されたDMPK1遺伝子座の野生型と切除されたDNAが分離される。2つのgRNA対(DM1対1及び2)の例を示す。 1対のgRNAアプローチを使用するDM1の疾患モデルにおけるCTGリピート切除を示す。サンガーシーケンシングによる、CTGリピートを含むウィンドウの切除の確認を示す。 A~Bは、2つのgRNA及びSpCas9による初代DM1線維芽細胞におけるCTGリピート切除後の表現型の救済を示す。Aは、FISHによって示される対照(-)と比較して減少したCUG RNA増殖巣を示す。Bは、免疫蛍光によって示される対照(-)と比較して減少したMBNL1タンパク質増殖巣を示す。 原発性DM1線維芽細胞におけるデュアルgRNA CTGリピート切除後の疾患表現型の救済を示す。MBNL1 mRNAにおけるRNAスプライシングの部分的回復を示すqPCR結果を示す。縦軸は、野生型比に正規化された、全転写物に対するミススプライシングされた転写物の比として表されている(すなわち、野生型細胞は、正規化比1を与える)。 原発性DM1線維芽細胞におけるデュアルgRNA CTGリピート切除後の疾患表現型の救済を示す。NCOR2 mRNAにおけるRNAスプライシングの部分的回復を示すqPCR結果を示す。縦軸は、野生型比に正規化された、全転写物に対するミススプライシングされた転写物の比として表されている(すなわち、野生型細胞は、正規化比1を与える)。 原発性DM1線維芽細胞におけるデュアルgRNA CTGリピート切除後の疾患表現型の救済を示す。FN1 mRNAにおけるRNAスプライシングの部分的回復を示すqPCR結果を示す。縦軸は、野生型比に正規化された、全転写物に対するミススプライシングされた転写物の比として表されている(すなわち、野生型細胞は、正規化比1を与える)。 原発性DM1線維芽細胞におけるデュアルgRNA CTGリピート切除後の疾患表現型の救済を示す。KIF13A mRNAにおけるRNAスプライシングの部分的回復を示すqPCR結果を示す。縦軸は、野生型比に正規化された、全転写物に対するミススプライシングされた転写物の比として表されている(すなわち、野生型細胞は、正規化比1を与える)。 原発性DM1線維芽細胞におけるデュアルgRNA CTGリピート切除後の疾患表現型の救済を示す。線維芽細胞におけるミススプライシング補正の定量分析を示しており、救済のパーセンテージとして表される(つまり、100%の救済は編集された患者と非治療の健康な者が等しいことを意味し、50%の救済は編集された患者には非治療の健康な者の2倍のミススプライシングがあることを意味するような、健康な未治療の者と編集された患者の値との間の比)。 原発性DM1線維芽細胞におけるCUG増殖巣の数に対する示されたガイド対の効果を示す。FISHで示されているように、非編集対照細胞(白いバー)と比較して、細胞核のCUG増殖巣が0である細胞数の増加が示されている。4つのDM1 sgRNA対(5つ入っている各セットの2番目から5番目のバーとして対A~D)の例がSpCas9について示されている。 hTert形質転換DM1線維芽細胞における対のgRNA CTGリピート切除が、DNA-PKi化合物6(10uM)により改善されることを示す。DMPK1遺伝子座はPCRによって増幅され、野生型DNAはDNAゲル電気泳動によって分離された。条件ごとに3つの生物学的複製が示されている(1~3)。 hTert形質転換DM1線維芽細胞において単一gRNAを使用したCTGリピート切除(左、阻害剤なし)及びDNA-PK阻害後の強化されたリピート切除(右、10uM化合物6)を示す。DNAゲル電気泳動により、野生型を切除されたDNAから分離する。6つの個々のgRNA(4、5、6、7、9、及び10)のリピート切除実験が示されている。 A~Eは、形質転換DM1線維芽細胞におけるCUG増殖巣の数に対する、示されたガイド対プラスまたはマイナスDNA-PK阻害剤の効果を示す。SpCas9を使用するガイド対A、B、C、及びDを、それぞれ、図14B、14C、14D、及び14Eに示す。FISHによって示されるように、非編集対照細胞(図14A)と比較して、細胞核のCUG増殖巣が0である細胞数の増加が示されている。x軸は、核ごとのCUG増殖巣の数を示す。この効果は、DNA-PKi(10uM化合物6)の存在下でさらに強化される。 形質転換されたDM1線維芽細胞においてgRNA対を使用したCTGリピート切除後の疾患表現型の救済を示す。RNAスプライシングの部分的な回復は、MBNL1でのqPCRによって確認され、観察された効果はDNA-PKi(10uM、化合物6)の存在下でさらに増強される。モック処理(M)及びAAVS1(NT)を標的とする対照ガイドで処理された細胞も分析した。 形質転換されたDM1線維芽細胞においてgRNA対を使用したCTGリピート切除後の疾患表現型の救済を示す。RNAスプライシングの部分的な回復は、NCOR2でのqPCRによって確認され、観察された効果はDNA-PKi(10uM、化合物6)の存在下でさらに増強される。モック処理(M)及びAAVS1(NT)を標的とする対照ガイドで処理された細胞も分析した。 形質転換されたDM1線維芽細胞においてgRNA対を使用したCTGリピート切除後の疾患表現型の救済を示す。RNAスプライシングの部分的な回復は、FM1でのqPCRによって確認され、観察された効果はDNA-PKi(10uM、化合物6)の存在下でさらに増強される。モック処理(M)及びAAVS1(NT)を標的とする対照ガイドで処理された細胞も分析した。 形質転換されたDM1線維芽細胞においてgRNA対を使用したCTGリピート切除後の疾患表現型の救済を示す。さらに、編集によって、標的化DMPK遺伝子の発現は有意に変化しない(図15D)。モック処理(M)及びAAVS1(NT)を標的とする対照ガイドで処理された細胞も分析した。 ヒトDMPK遺伝子座における単一gRNA CTGリピート切除に使用されるgRNAの概要を示す。gRNAは、CTGリピートの5’または3’の部位を標的とするように設計された。例示的なガイドのみが示されている。 FMR1の5’UTR領域及びCGGnリピートに対する例示的な試験されたgRNAの概略図を示す。 M28 CHOC2及びモザイクCHOC1ニューロン前駆細胞(NPC)におけるCGGリピート切除を示す。5つの可能な5’gRNAがリピートの左側に示され、1つの可能な3’gRNAがリピートの右側に示されている。SpCas9 RNPエレクトロポレーション後、細胞を3’gRNAと組み合わせたgRNA a~e(5’gRNA)のうちの1つで処理した。ΔCGG:CGG切除iPSCに由来する対照。C1及びC2:CHOC1の非編集対照。注:C1対照レーンについてのPCRは失敗した。 ある特定のガイド配列の標的配列と重複するCHOC1 NPCの小さな既存の欠失(CHOC1Δ)の位置を示す5’UTR遺伝子型決定の結果を示す。図19はまた、例示的なガイド位置に対するCHOC1Δの概略図を含む。 単一gRNA(配列番号5262)を使用した切除後の単一CHOC1クローンからのシーケンシングリードの表示を示す。 SpCas9 RNPエレクトロポレーション後の単一または対のgRNAを使用したCGGリピート切除の証拠を示す。分化した有糸分裂後のCHOC2ニューロンにおけるDNA-PK阻害剤による治療を伴わないCGGリピート切除を示す。矢印は、サンガーシーケンシングによって確認された切除されたDNAバンドを示す。 SpCas9 RNPエレクトロポレーション後の単一または対のgRNAを使用したCGGリピート切除の証拠を示す。CHOC2ニューロン前駆細胞(NPC)におけるSpCas9を用いた単一ガイド切除実験を示す。PCR増幅FMR1 DNAを、Agilentの2200 TapeStationを使用した電気泳動によって分離させた。gRNA GDG_Cas9_Fmr1_1(配列番号5262)(レーンB1=DMSO;レーンA2=化合物6)は、CGGリピートの切除を示す。 Cpf1またはSpCas9を伴う1対のgRNAアプローチにおけるDNA-PK阻害剤(「+阻害剤」;1uM化合物3)により処置されたiPS細胞(4670及び68FA)におけるフラタキシン遺伝子座でのGAAリピート切除に対する効果を示す。 フラタキシン遺伝子座でのDNA-PK阻害剤(1uM化合物3)及び1対のガイドGAAリピート切除によりiPS細胞を処理したときに観察された全NHEJ修復から50%MMEJ修復へのシフトを示す。点線は予想される切断部位を示す。太字及び下線付きの文字は、挿入されたヌクレオチドを示す(NHEJ修復で一般的)。太字は、修復の両端のマイクロホモロジーを強調している(明確にするために両端に示されているが、実際の配列にはマイクロ相同配列のコピーが1つだけ保存されている)。 A~Cは、DNA-PK阻害剤を伴う(「+Inh.」)かまたは伴わない(「-Inh.」)SpCas9による FA iPSCにおけるGAA切除後のFXNレベルの上昇を示す。Aは、iPSCにおけるCas9媒介遺伝子編集のワークフローを示す。Bは、対照と比較した対のgRNA切除後の0.4、1.5、5及び11kbフラグメントの代表的なウエスタンブロット(AAVS1 gRNA、スペーサー配列 配列番号31)である。Cは、未編集対照と比較した、FACSによってソートされた個々のクローンの分析を示す。 脆弱X遺伝子座でのMMEJベースのCGGリピート切除のモデルを示す。単一gRNAを使用した切断及び5’DNA切除により、CGGリピート部位の上流部位へマイクロホモロジーを含む末端(ボックス)がもたらされ、MMEJ修復が容易になる。 リポフェクタミン3000トランスフェクションによるHEK293T細胞における上流sgRNAを含む、DMPKの3’UTRを標的とするsgRNAの編集効率(インデル%)を示す。トランスフェクションの72時間後にゲノムDNAを単離し、編集効率をサンガーシーケンシング及びTIDE分析によって評価した(エラーバー=3回の繰り返しからのSEM)。 リポフェクタミン3000トランスフェクションによるHEK293T細胞における下流sgRNAを含む、DMPKの3’UTRを標的とするsgRNAの編集効率(インデル%)を示す。トランスフェクションの72時間後にゲノムDNAを単離し、編集効率をサンガーシーケンシング及びTIDE分析によって評価した(エラーバー=3回の繰り返しからのSEM)。 リポフェクタミン3000トランスフェクションによるHEK293T細胞における下流sgRNAを含む、DMPKの3’UTRを標的とするsgRNAの編集効率(インデル%)を示す。トランスフェクションの72時間後にゲノムDNAを単離し、編集効率をサンガーシーケンシング及びTIDE分析によって評価した(エラーバー=3回の繰り返しからのSEM)。 リポフェクタミン3000トランスフェクションによるHEK293T細胞におけるCTGリピート伸長内に位置するかまたはそれに隣接するsgRNAを含む、DMPKの3’UTRを標的とするsgRNAの編集効率(インデル%)を示す。トランスフェクションの72時間後にゲノムDNAを単離し、編集効率をサンガーシーケンシング及びTIDE分析によって評価した(エラーバー=3回の繰り返しからのSEM)。 リポフェクタミン2000トランスフェクションによるHEK293T細胞における、上流sgRNAを含む、DMPKの3’UTRを標的とするsgRNAの編集効率(インデル%)を示す。トランスフェクションの48時間後にゲノムDNAを単離し、編集効率をサンガーシーケンシングとTIDE分析によって評価した(エラーバー=4回の繰り返しからのSEM)。 リポフェクタミン2000トランスフェクションによるHEK293T細胞における、上流sgRNAを含む、DMPKの3’UTRを標的とするsgRNAの編集効率(インデル%)を示す。トランスフェクションの48時間後にゲノムDNAを単離し、編集効率をサンガーシーケンシングとTIDE分析によって評価した(エラーバー=4回の繰り返しからのSEM)。 リポフェクタミン2000トランスフェクションによるHEK293T細胞における、下流sgRNAを含む、DMPKの3’UTRを標的とするsgRNAの編集効率(インデル%)を示す。トランスフェクションの48時間後にゲノムDNAを単離し、編集効率をサンガーシーケンシングとTIDE分析によって評価した(エラーバー=4回の繰り返しからのSEM)。 リポフェクタミン2000トランスフェクションによるHEK293T細胞における、下流sgRNAを含む、DMPKの3’UTRを標的とするsgRNAの編集効率(インデル%)を示す。トランスフェクションの48時間後にゲノムDNAを単離し、編集効率をサンガーシーケンシングとTIDE分析によって評価した(エラーバー=4回の繰り返しからのSEM)。 リポフェクタミン2000トランスフェクションによるHEK293T細胞における、CTGリピート伸長内に位置するかまたはそれに隣接するsgRNAを含む、DMPKの3’UTRを標的とするsgRNAの編集効率(インデル%)を示す。トランスフェクションの48時間後にゲノムDNAを単離し、編集効率をサンガーシーケンシングとTIDE分析によって評価した(エラーバー=4回の繰り返しからのSEM)。 TIDE分析による、1:6のCas9:sgRNAの比率でCas9の3つの濃度(10pmole(三角形)、20pmole(正方形)、及び30pmol(円))でのDM1筋芽細胞におけるDMPKの3’UTRを標的とする個々のsgRNAの編集効率を示す。編集効率のパーセントは、Y軸として表示される。 TIDE分析による、1:6のCas9:sgRNAの比率でCas9の3つの濃度(10pmole(三角形)、20pmole(正方形)、及び30pmol(円))でのDM1筋芽細胞におけるDMPKの3’UTRを標的とする個々のsgRNAの編集効率を示す。編集効率のパーセントは、ヒートマップとして表示される。 HEK293T細胞及びDM1筋芽細胞における42個の個々のsgRNAの編集効率の結果のスピアマン相関を示す。スピアマン相関値、rho=0.528。p値=0.0002。 DM1筋芽細胞にRNP(20pmol)で送達された個々のsgRNA及びCas9を使用して誘導された低頻度の大きなインデルを示す。DMPK 3’UTR領域は、GoTaq PCRによって増幅され、DNAゲル電気泳動によって視覚化された;PCR産物を切除し、サンガーシーケンシングにかけた。 RNPでDM1筋芽細胞に送達された個々のsgRNA及びCas9を使用して誘導された低頻度の大きなインデルをしたものを示す。sgRNA配列番号3938(DMPK-U14)及びDM383対照のサンガーシーケンシングトレースを示す。 RNPでDM1筋芽細胞に送達された個々のsgRNA及びCas9を使用して誘導された低頻度の大きなインデルをしたものを示す。DM1筋芽細胞をCas9の2つの濃度(20pmol及び30pmol)でsgRNA及びCas9により処理した後のDNAゲル電気泳動によるPCR産物を示す。 DM1筋芽細胞にRNPで送達された、DMPKの3’UTRを標的とする個々のsgRNA及びCas9によって誘導される例示的な大きなインデル、及び大きなインデルを誘導することによってCTGリピートをさらに切除する例示的なsgRNAを示す。矢印は、各sgRNAのゲノム標的部位を示す。 DM1筋芽細胞における対のsgRNAを使用するCTGリピート切除を示す。WT及びDMPKの疾患対立遺伝子における選択されたsgRNAの標的部位の概略図を示す。U1は配列番号3778(DMPK-U27)であり;U2は配列番号3386(DMPK-U56)であり;U3は配列番号3354(DMPK-U58)であり;D1は配列番号2514(DMPK-D15)であり;D2は配列番号2258(DMPK-D34)であり;D3は配列番号2210(DMPK-D42)である。対1は、sgRNA配列番号3778(DMPK-U27)及びsgRNA配列番号2258(DMPK-D34)に対応し;対2は、sgRNA配列番号3778(DMPK-U27)及びsgRNA配列番号2210(DMPK-D42)に対応し;対3は、sgRNA配列番号3386(DMPK-U56)及びsgRNA配列番号2258(DMPK-D34)に対応し;対4は、sgRNA配列番号3386(DMPK-U56)及びsgRNA配列番号2210(DMPK-D42)に対応し;対5は、sgRNA配列番号3354(DMPK-U58)及びsgRNA配列番号2514(DMPK-D15)に対応する。 DM1筋芽細胞における対のsgRNAを使用するCTGリピート切除を示す。野生型DNA及び切除されたDNA(「DoubleCut編集対立遺伝子」と呼ばれる)のDNAゲル電気泳動によるPCR産物の分離を示す。U1は配列番号3778(DMPK-U27)であり;U2は配列番号3386(DMPK-U56)であり;U3は配列番号3354(DMPK-U58)であり;D1は配列番号2514(DMPK-D15)であり;D2は配列番号2258(DMPK-D34)であり;D3は配列番号2210(DMPK-D42)である。対1は、sgRNA配列番号3778(DMPK-U27)及びsgRNA配列番号2258(DMPK-D34)に対応し;対2は、sgRNA配列番号3778(DMPK-U27)及びsgRNA配列番号2210(DMPK-D42)に対応し;対3は、sgRNA配列番号3386(DMPK-U56)及びsgRNA配列番号2258(DMPK-D34)に対応し;対4は、sgRNA配列番号3386(DMPK-U56)及びsgRNA配列番号2210(DMPK-D42)に対応し;対5は、sgRNA配列番号3354(DMPK-U58)及びsgRNA配列番号2514(DMPK-D15)に対応する。 DM1筋芽細胞における対のsgRNAを使用するCTGリピート切除を示す。シグナル喪失ddPCRアッセイによって測定された個々のsgRNA及び対のgRNAについてのCTGリピート切除効率を示す。U1は配列番号3778(DMPK-U27)であり;U2は配列番号3386(DMPK-U56)であり;U3は配列番号3354(DMPK-U58)であり;D1は配列番号2514(DMPK-D15)であり;D2は配列番号2258(DMPK-D34)であり;D3は配列番号2210(DMPK-D42)である。対1は、sgRNA配列番号3778(DMPK-U27)及びsgRNA配列番号2258(DMPK-D34)に対応し;対2は、sgRNA配列番号3778(DMPK-U27)及びsgRNA配列番号2210(DMPK-D42)に対応し;対3は、sgRNA配列番号3386(DMPK-U56)及びsgRNA配列番号2258(DMPK-D34)に対応し;対4は、sgRNA配列番号3386(DMPK-U56)及びsgRNA配列番号2210(DMPK-D42)に対応し;対5は、sgRNA配列番号3354(DMPK-U58)及びsgRNA配列番号2514(DMPK-D15)に対応する。 A~Bは、DM1及び健康な対照試料と比較した、FISHによる個々のsgRNAまたは対のsgRNAを使用したDM1筋芽細胞における(CUG)リピートRNA増殖巣の減少を示す。Aでは、免疫蛍光は、シングルカットsgRNA1及び対4で示されている。Bでは、結果は、sgRNA1~6及び対1~5の核ごとに観察された(CUG)リピートRNA増殖巣の数の%相対頻度として示されている。sgRNA1は配列番号3778(DMPK-U27)であり;sgRNA2は配列番号3386(DMPK-U56)であり;sgRNA3は配列番号3354(DMPK-U58)であり;sgRNA4は配列番号2514(DMPK-D15)であり;sgRNA5は配列番号2258(DMPK-D34)であり;sgRNA6は配列番号2210(DMPK-D42)である。対1は、sgRNA配列番号3778(DMPK-U27)及びsgRNA配列番号2258(DMPK-D34)に対応し;対2は、sgRNA配列番号3778(DMPK-U27)及びsgRNA配列番号2210(DMPK-D42)に対応し;対3は、sgRNA配列番号3386(DMPK-U56)及びsgRNA配列番号2258(DMPK-D34)に対応し;対4は、sgRNA配列番号3386(DMPK-U56)及びsgRNA配列番号2210(DMPK-D42)に対応し;対5は、sgRNA配列番号3354(DMPK-U58)及びsgRNA配列番号2514(DMPK-D15)に対応する。 A~Bは、DM1及び健康な対照と比較した、FISHによる個々のsgRNAまたは対のsgRNAを使用したDM1筋管における(CUG)リピートRNA増殖巣の減少を示す。Aでは、sgRNA1(配列番号3778、DMPK-U27)及び対4(sgRNA配列番号3386(DMPK-U56)及びsgRNA配列番号2210(DMPK-D42))の場合の、DAPI、ミオジェニン、MBLN1、及び(CUG) RNA増殖巣に対する蛍光抗体法を示す。Bでは、結果は、sgRNA1~6及び対1~5の核ごとに観察された(CUG)リピートRNA増殖巣の数の%相対頻度として示されている。sgRNA1は配列番号3778(DMPK-U27)であり;sgRNA2は配列番号3386(DMPK-U56)であり;sgRNA3は配列番号3354(DMPK-U58)であり;sgRNA4は配列番号2514(DMPK-D15)であり;sgRNA5は配列番号2258(DMPK-D34)であり;sgRNA6は配列番号2210(DMPK-D42)である。対1は、sgRNA配列番号3778(DMPK-U27)及びsgRNA配列番号2258(DMPK-D34)に対応し;対2は、sgRNA配列番号3778(DMPK-U27)及びsgRNA配列番号2210(DMPK-D42)に対応し;対3は、sgRNA配列番号3386(DMPK-U56)及びsgRNA配列番号2258(DMPK-D34)に対応し;対4は、sgRNA配列番号3386(DMPK-U56)及びsgRNA配列番号2210(DMPK-D42)に対応し;対5は、sgRNA配列番号3354(DMPK-U58)及びsgRNA配列番号2514(DMPK-D15)に対応する。 A~Dは、DM1筋管における対のsgRNAを使用するCTGリピート切除によるミススプライシングの補正を示す。結果は、Aでは、BIN1、Bでは、DMD、Cでは、KIF13A、及びDでは、CACNA2D1のmRNAにおけるRNAスプライシングの部分的な回復を示すqPCRデータを示す。 DM1筋芽細胞におけるSpCas9を用いる単一ガイド切除実験を示す。図37は、切除されたCTGリピート+/-3uM化合物6及び8個の個々のガイド(DMPK-U10(配列番号3914)、DMPK-U40(配列番号:3514)、DMPK-D59(配列番号1778)、DMPK-D13(配列番号2458)、DMPK-U16(配列番号3858)、DMPK-U54(配列番号3418)、DMPK-D63(配列番号1706)、またはDMPK-D34(配列番号2258))の例示的トレースに関するAgilentの2200 TapeStationを使用した電気泳動によって分離されたPCR増幅DMPK DNAを示す。化合物6で処理した試料のより顕著なバンドは、DMSO対照と比較して、切除率が高いことを示す(丸で囲んだ部分)。 A~Cにおいて、Aは、ガイド対(配列番号3330及び2554)を用いてSpCas9 RNPを、+/-3uM化合物6(白丸(+Inh)、黒丸(-Inh))で送達した後の、デュアルgRNA CTGリピート切除後のDM1筋芽細胞におけるミススプライシング補正を示す。BではAAVS1 gRNA及びCではモックエレクトロポレーション細胞を対照として使用した。ミススプライシング補正を、遺伝子GFTP1、BIN1、MBNL2、DMD、NFIX、GOLGA4、及びKIF13Aについて評価した。所与のスプライシングイベントの頻度をNGSによって測定した;データは、モック処理に正規化されている。 A~Bは、AでspCas9及びガイド対(配列番号3330(GDG_DMPK3)及び配列番号2506(CRISPR-3);またはBで配列番号3330(GDG_DMPK3)及び配列番号2546(CRISPR-4))を含有するRNPで処理されたDM1患者線維芽細胞におけるCTGリピート切除に対するDNA-PK阻害剤の用量応答を示す。線維芽細胞は、化合物6(30nM、300nM、3μM及び10μM)またはDMSOの用量を増加して処理した。切除された産物は、DNAゲル電気泳動によるバンドとして観察される。 DM1患者線維芽細胞における2つのgRNA(配列番号1153(gRNA1)、配列番号1129(gRNA2))についての、化合物6を用いる場合及び用いない場合のSaCas9による単一gRNA切除の例示的なDNA電気泳動を示す。 DMPK遺伝子の3’UTRを標的とする42の個々のSpCas9 sgRNAで編集されたDM1患者筋芽細胞からのDMPKのPCR増幅3’UTR領域のエレクトロフェログラムのコンポジットを示す。エレクトロポレーション後、細胞をDMSO(上段)または3uM化合物6(下段)と24時間インキュベートした。矢印は、未編集の健康な対立遺伝子の予想サイズを示す。未編集疾患(伸長CTG対立遺伝子は増幅しない)。矢印下のバンドは、推定上の編集対立遺伝子である。モック=RNPなしでエレクトロポレーションされている。ゲノムの他の場所を標的とするRNPを用いてエレクトロポレーションしたNTC(非標的対照)。Aは複製1を示す。 DMPK遺伝子の3’UTRを標的とする42の個々のSpCas9 sgRNAで編集されたDM1患者筋芽細胞からのDMPKのPCR増幅3’UTR領域のエレクトロフェログラムのコンポジットを示す。エレクトロポレーション後、細胞をDMSO(上段)または3uM化合物6(下段)と24時間インキュベートした。矢印は、未編集の健康な対立遺伝子の予想サイズを示す。未編集疾患(伸長CTG対立遺伝子は増幅しない)。矢印下のバンドは、推定上の編集対立遺伝子である。モック=RNPなしでエレクトロポレーションされている。ゲノムの他の場所を標的とするRNPを用いてエレクトロポレーションしたNTC(非標的対照)。Bは複製2を示す。 DNA-PK阻害を伴う場合及び伴わない場合のシングルカット切除実験の例示的なPacBioシーケンシング結果を示す。モックガイドを用いた結果を示す。結果は、健康な対立遺伝子の読み取り計数を示す。1195bpアンプリコン(プラス鎖に表示された)にまたがる、各条件のリードパイルアップ図。黒い実線の領域は3’UTRを表し、パターン化された領域はリピートを表す。破線はsgRNAの切断部位を表す。目的領域でのリピートがゼロの各条件での読み取りのおよその割合(つまり、リピート切除を伴うリードの割合)。これは、(品質管理を実行した後)反復領域に対応するCIGAR文字列の部分を抽出することによって計算された。ガイドは、アンプリコンに沿った切断部位の位置順に並べられている。品質管理後の各条件のリード長分布。 DNA-PK阻害を伴う場合及び伴わない場合のシングルカット切除実験の例示的なPacBioシーケンシング結果を示す。ガイドDMPK-D43を用いた結果を示す。結果は、健康な対立遺伝子の読み取り計数を示す。1195bpアンプリコン(プラス鎖に表示された)にまたがる、各条件のリードパイルアップ図。黒い実線の領域は3’UTRを表し、パターン化された領域はリピートを表す。破線はsgRNAの切断部位を表す。目的領域でのリピートがゼロの各条件での読み取りのおよその割合(つまり、リピート切除を伴うリードの割合)。これは、(品質管理を実行した後)反復領域に対応するCIGAR文字列の部分を抽出することによって計算された。ガイドは、アンプリコンに沿った切断部位の位置順に並べられている。品質管理後の各条件のリード長分布。 DNA-PK阻害を伴う場合及び伴わない場合のシングルカット切除実験の例示的なPacBioシーケンシング結果を示す。DMPK-D51を用いた結果を示す。結果は、健康な対立遺伝子の読み取り計数を示す。1195bpアンプリコン(プラス鎖に表示された)にまたがる、各条件のリードパイルアップ図。黒い実線の領域は3’UTRを表し、パターン化された領域はリピートを表す。破線はsgRNAの切断部位を表す。目的領域でのリピートがゼロの各条件での読み取りのおよその割合(つまり、リピート切除を伴うリードの割合)。これは、(品質管理を実行した後)反復領域に対応するCIGAR文字列の部分を抽出することによって計算された。ガイドは、アンプリコンに沿った切断部位の位置順に並べられている。品質管理後の各条件のリード長分布。 DNA-PK阻害を伴う場合及び伴わない場合のシングルカット切除実験の例示的なPacBioシーケンシング結果を示す。ガイドDMPK-U10を用いた結果を示す。結果は、健康な対立遺伝子の読み取り計数を示す。1195bpアンプリコン(プラス鎖に表示された)にまたがる、各条件のリードパイルアップ図。黒い実線の領域は3’UTRを表し、パターン化された領域はリピートを表す。破線はsgRNAの切断部位を表す。目的領域でのリピートがゼロの各条件での読み取りのおよその割合(つまり、リピート切除を伴うリードの割合)。これは、(品質管理を実行した後)反復領域に対応するCIGAR文字列の部分を抽出することによって計算された。ガイドは、アンプリコンに沿った切断部位の位置順に並べられている。品質管理後の各条件のリード長分布。 DNA-PK阻害を伴う場合及び伴わない場合のシングルカット切除実験の例示的なPacBioシーケンシング結果を示す。ガイドDMPK-U52を用いた結果を示す。結果は、健康な対立遺伝子の読み取り計数を示す。1195bpアンプリコン(プラス鎖に表示された)にまたがる、各条件のリードパイルアップ図。黒い実線の領域は3’UTRを表し、パターン化された領域はリピートを表す。破線はsgRNAの切断部位を表す。目的領域でのリピートがゼロの各条件での読み取りのおよその割合(つまり、リピート切除を伴うリードの割合)。これは、(品質管理を実行した後)反復領域に対応するCIGAR文字列の部分を抽出することによって計算された。ガイドは、アンプリコンに沿った切断部位の位置順に並べられている。品質管理後の各条件のリード長分布。 DNA-PK阻害を伴う場合及び伴わない場合のシングルカット切除実験の例示的なPacBioシーケンシング結果を示す。結果ガイドDMPK-U58を示す。結果は、健康な対立遺伝子の読み取り計数を示す。1195bpアンプリコン(プラス鎖に表示された)にまたがる、各条件のリードパイルアップ図。黒い実線の領域は3’UTRを表し、パターン化された領域はリピートを表す。破線はsgRNAの切断部位を表す。目的領域でのリピートがゼロの各条件での読み取りのおよその割合(つまり、リピート切除を伴うリードの割合)。これは、(品質管理を実行した後)反復領域に対応するCIGAR文字列の部分を抽出することによって計算された。ガイドは、アンプリコンに沿った切断部位の位置順に並べられている。品質管理後の各条件のリード長分布。 DMPK遺伝子の3’UTRを標的とする42個のSpCas9 sgRNAのすべてのペアワイズ組み合わせで編集されたDM1患者線維芽細胞からのDMPKのPCR増幅3’UTR領域のエレクトロフェログラムのコンポジットを示す(CTGリピートの上流に22sgRNA、下流に20)。各ガイド対を事前ロードしたRNPでエレクトロポレーションした後、細胞を、DMSO(各対の上段)または3uM化合物6(各対の下段)と24時間インキュベートした。矢印は、未編集の健康な対立遺伝子の予想サイズを示す。未編集の患者の対立遺伝子は増幅していない。矢印下のバンドは、推定上の編集対立遺伝子である;健康なラインより上のバンドは、推定上の複製または他の複雑な再編成である。スクリーニングのプレート1を示す。 DMPK遺伝子の3’UTRを標的とする42個のSpCas9 sgRNAのすべてのペアワイズ組み合わせで編集されたDM1患者線維芽細胞からのDMPKのPCR増幅3’UTR領域のエレクトロフェログラムのコンポジットを示す(CTGリピートの上流に22sgRNA、下流に20)。各ガイド対を事前ロードしたRNPでエレクトロポレーションした後、細胞を、DMSO(各対の上段)または3uM化合物6(各対の下段)と24時間インキュベートした。矢印は、未編集の健康な対立遺伝子の予想サイズを示す。未編集の患者の対立遺伝子は増幅していない。矢印下のバンドは、推定上の編集対立遺伝子である;健康なラインより上のバンドは、推定上の複製または他の複雑な再編成である。スクリーニングのプレート2を示す。 DMPK遺伝子の3’UTRを標的とする42個のSpCas9 sgRNAのすべてのペアワイズ組み合わせで編集されたDM1患者線維芽細胞からのDMPKのPCR増幅3’UTR領域のエレクトロフェログラムのコンポジットを示す(CTGリピートの上流に22sgRNA、下流に20)。各ガイド対を事前ロードしたRNPでエレクトロポレーションした後、細胞を、DMSO(各対の上段)または3uM化合物6(各対の下段)と24時間インキュベートした。矢印は、未編集の健康な対立遺伝子の予想サイズを示す。未編集の患者の対立遺伝子は増幅していない。矢印下のバンドは、推定上の編集対立遺伝子である;健康なラインより上のバンドは、推定上の複製または他の複雑な再編成である。スクリーニングのプレート3を示す DMPK遺伝子の3’UTRを標的とする42個のSpCas9 sgRNAのすべてのペアワイズ組み合わせで編集されたDM1患者線維芽細胞からのDMPKのPCR増幅3’UTR領域のエレクトロフェログラムのコンポジットを示す(CTGリピートの上流に22sgRNA、下流に20)。各ガイド対を事前ロードしたRNPでエレクトロポレーションした後、細胞を、DMSO(各対の上段)または3uM化合物6(各対の下段)と24時間インキュベートした。矢印は、未編集の健康な対立遺伝子の予想サイズを示す。未編集の患者の対立遺伝子は増幅していない。矢印下のバンドは、推定上の編集対立遺伝子である;健康なラインより上のバンドは、推定上の複製または他の複雑な再編成である。スクリーニングのプレート4を示す。 DMPK遺伝子の3’UTRを標的とする42個のSpCas9 sgRNAのすべてのペアワイズ組み合わせで編集されたDM1患者線維芽細胞からのDMPKのPCR増幅3’UTR領域のエレクトロフェログラムのコンポジットを示す(CTGリピートの上流に22sgRNA、下流に20)。各ガイド対を事前ロードしたRNPでエレクトロポレーションした後、細胞を、DMSO(各対の上段)または3uM化合物6(各対の下段)と24時間インキュベートした。矢印は、未編集の健康な対立遺伝子の予想サイズを示す。未編集の患者の対立遺伝子は増幅していない。矢印下のバンドは、推定上の編集対立遺伝子である;健康なラインより上のバンドは、推定上の複製または他の複雑な再編成である。スクリーニングのプレート5を示す。 FAリンパ芽球様細胞株(LCL)におけるCas9及びsgRNA濃度を変化させた条件のスクリーニングにおけるFXN遺伝子を標的とするsgRNAのインデル効率%のヒートマップを示す。 2つの患者細胞株(GM14518及びGM03665)におけるFXN遺伝子のGAAリピートの上流を標的とする56個の個々のsgRNAのインデル効率(%)を表すヒートマップを示す。送達されるRNPの濃度は、「高」(15pmol Cas9+45pmol sgRNA)または「低」(7.5pmol Cas9+22.5pmol sgRNA)として示されている。 2つの患者細胞株(GM14518及びGM03665)におけるFXN遺伝子のGAAリピートの下流を標的とする40個の個々のsgRNAのインデル効率(%)を表すヒートマップを示す。送達されるRNPの濃度は、「高」(15pmol Cas9+45pmol sgRNA)または「低」(7.5pmol Cas9+22.5pmol sgRNA)として示されている。sgRNA配列番号26562(FXN-D25)のインデル効率は、標的化ガイドRNA配列内にあるGM14518患者株に存在するSNP(一塩基多型)のために計算することができなかった。CDC42BPB及びRELAは、それぞれ既知の高効率及び中程度の効率のため、実験アッセイ対照として使用した。 A~Cは、GAAリピート(配列番号52666及び26562)に隣接するガイド対を用いたRNPエレクトロポレーションを使用した、FA心筋細胞におけるSpCas9を用いたデュアルガイド切除実験を示す。Aでは、GAA切除は、3uM化合物6により有意に改善され、これによりBでより高いFXN mRNAレベル(GAA+Inh)及びCでより高いFXNタンパク質レベル(GAA+Inh)がもたらされた。「NTC」は、非ターゲティング制御を指す。「GAA」は、GAAリピートに隣接する対のガイドを指す。 RNPエレクトロポレーションを使用した、野生型(WT)及びFA iPSCにおけるCpf1(Cas12a)及びSpCas9を用いたデュアルガイド切除実験を示す。図48は、Cpf1(ボックス、GD1&2(配列番号47047及び7447))及びSpCas9(Cas9 LG5&11(配列番号52666及び26562))によるGAAリピート切除後の切除されたDNAバンドを示すDNAゲル電気泳動を示す。 野生型iPSC由来の皮質ニューロンにおけるCpf1(Cas12a)を用いたデュアルガイド切除実験を示す。DNAゲル電気泳動は、以下のガイド対:ガイド1&2(配列番号47047及び7447)。ガイド3&4(配列番号7463及び46967);ガイド5&6(配列番号46768及び7680);ガイド7&2(配列番号47032及び7447)、を用いたRNPエレクトロポレーションを使用したCpf1によるGAAリピート切除後の切除されたDNAバンドを示す。 成体YG8+/-マウスのニューロンを標的とするための例示的なAAVベクター設計を示す。hSynapsin1プロモーターは、ニューロンにおけるAsCpf1(Cas12a、ベクター1)及びmCherry-KASH(ベクター2)の発現を促進する。2つのCpf1 gRNA(配列番号47047及び7447)は、GAAリピートを切除するために1つのU6プロモーターの制御下でタンデムでクローン化された。 成体YG8+/-マウスの線条体へのデュアルAAV送達(1:1比)を伴う、フリードライヒ運動失調症のインビボマウスモデルにおけるAsCpf1(Cas12a)を用いたデュアルガイド切除実験を示す。mCherry陽性線条体を示す定位注射の2週間後の脳組織学を示す。 成体YG8+/-マウスの線条体へのデュアルAAV送達(1:1比)を伴う、フリードライヒ運動失調症のインビボマウスモデルにおけるAsCpf1(Cas12a)を用いたデュアルガイド切除実験を示す。FACSによる標的ニューロンの核ソーティングを示す。 成体YG8+/-マウスの線条体へのデュアルAAV送達(1:1比)を伴う、フリードライヒ運動失調症のインビボマウスモデルにおけるAsCpf1(Cas12a)を用いたデュアルガイド切除実験を示す。標的化ニューロン(mCherry+)対非標的化細胞(mCherry-)におけるCpf1によるGAAリピート切除後の切除されたDNAバンドを示すDNAゲル電気泳動を示す。 CTGリピート領域を確認するためにゲノムDNAをBgl Iで消化した後のサザンブロット分析による、野生型iPSC細胞株と比較したDM1 iPSC細胞株SB1の特性決定を示す。SB1細胞には、約300 CTGリピートのCTGリピート領域が含まれている(CTGリピート対立遺伝子は約4.4kBで示されている)。 DMPK遺伝子の3’UTRにおけるCTGリピート領域の欠失を検出するために使用される2つのシグナル喪失(LOS)デジタルドロップレットPCR(ddPCR)アッセイ(5’LOS ddPCRアッセイ及び3’LOS ddPCRアッセイ)の概略図を示す。 DM1 iPSC細胞株SB1におけるSpCas9による編集効率の評価のために選択された6つの上流gRNA(CTGリピート領域の5’側)(配列番号3778、4026、3794、4010、3906、及び3746)及び6つの下流gRNA(CTGリピート領域の3’側)(配列番号1778、1746、1770、1586、1914、及び2210)の概略図を示す。 DM1 iPSC細胞株SB1におけるSpCas9による6つの上流gRNA(配列番号3778、4026、3794、4010、3906、及び3746)及び6つの下流gRNA(配列番号1778、1746、1770、1586、1914、及び2210)の編集効率パーセントの結果を示す。 2つのLOSddPCRアッセイ(5’及び3’)によるDM1 iPSC細胞株SB1におけるSpCas9による、個々のgRNAとして試験されたgRNA、及び6つの上流gRNA(配列番号3778、4026、3794、4010、3906、及び3746)のそれぞれと6つの下流gRNA(配列番号1778、1746、1770、1586、1914、及び2210)のそれぞれとの36対の組み合わせについてのCTGリピート領域の欠失パーセントを示す。示されている欠失%は、両方のLOS ddPCRアッセイからの平均リピート欠失の組み合わせである。 DM1 iPSC細胞株SB1におけるSpCas9 gRNA対及び個々のgRNAにわたる5’及び3’LOS ddPCRの結果の比較を示す。結果は欠失パーセントとして示される。 DM1 iPSC細胞株SB1におけるSpCas9 gRNA対及び個々のgRNAにわたる5’及び3’LOS ddPCRの結果の比較を示す。結果は欠失パーセントとして示される。 DM1 iPSC細胞株4033-4におけるSpCas9による編集効率の評価のために選択された5つの上流gRNA(配列番号3778、4026、3794、3906、及び3746)及び5つの下流gRNA(配列番号1778、1746、1770、1586、及び2210)の概略図を示す。 2つのLOSddPCRアッセイ(5’及び3’)によるDM1 iPSC細胞株4033-4におけるSpCas9による、個々のgRNAとして試験されたgRNA、及び5つの上流gRNA(配列番号3778、4026、3794、3906、及び3746)と5つの下流gRNA(配列番号:1778、1746、1770、1586、及び2210)との25対の組み合わせについてのCTGリピート領域の欠失パーセントを示す。結果は、5’及び3’LOS ddPCRアッセイの両方の欠失パーセントとして示されている。 2つのLOSddPCRアッセイ(5’及び3’)によるDM1 iPSC細胞株4033-4におけるSpCas9による、個々のgRNAとして試験されたgRNA、及び5つの上流gRNA(配列番号3778、4026、3794、3906、及び3746)と5つの下流gRNA(配列番号:1778、1746、1770、1586、及び2210)との25対の組み合わせについてのCTGリピート領域の欠失パーセントを示す。結果は、5’及び3’LOS ddPCRアッセイの両方の欠失パーセントとして示されている。 SB1細胞(約1kb CTGリピート対立遺伝子)(n=1)における、SpCas9を用いたgRNA対及び個々のgRNA全体の平均リピート欠失を示す。5’及び3’LOS ddPCRアッセイの両方を各実験に使用した。 4033-4細胞(約7.5kb CTGリピート対立遺伝子)(n=2)における、SpCas9を用いたgRNA対及び個々のgRNA全体の平均リピート欠失を示す。5’及び3’LOS ddPCRアッセイの両方を各実験に使用した。 DM1心筋細胞におけるSpCas9を用いた編集効率の評価のために選択された5つの上流gRNA(配列番号3778、4026、3794、3906、及び3746)及び5つの下流gRNA(配列番号1778、1746、1770、1586、及び2210)の概略図を示す。 DM1 iPSC SB1細胞の編集効率と比較した、DM1心筋細胞におけるSpCas9を用いた5つの上流gRNA(配列番号3778、4026、3794、3906、及び3746)及び5つの下流gRNA(配列番号1778、1746、1770、1586、及び2210)の編集効率を示す。編集効率は、パーセントインデル(n=1)として示される。 DM1心筋細胞(「CM」)及びDM1 iPSC SB1細胞(「iPSC」)におけるSpCas9を用いた3つのgRNA対(配列番号3746/2210、4026/1586、及び3778/1778)についてのCTGリピート領域の欠失パーセントを示す(n=1)。 2つのLOSddPCRアッセイ(5’及び3’)によるDM1 iPSC細胞株SB1におけるSpCas9を用いた、個々のgRNAとして試験されたgRNA、及び6つの上流gRNA(配列番号3778、4026、3794、4010、3906、及び3746)と6つの下流gRNA(配列番号1778、1746、1770、1586、1914、及び2210)の36対の組み合わせについてのCTGリピート領域の欠失パーセントを示す。矢印は、ハイブリッド捕捉オフターゲット分析に基づいて、「クリーン」(白)、「オフターゲット<1%」(灰色)、または「オフターゲット>1%」(黒)として同定されたgRNA対を示す。 DM1 iPSC細胞株SB1におけるSaCas9を用いた編集効率の評価のために選択された30の上流gRNA及び30の下流gRNAの概略図を示す。 野生型iPSC細胞におけるSaCas9を用いた30の上流gRNA及び30の下流gRNAの編集効率パーセントの結果を示す。 DM1 iPSC細胞株SB1におけるSaCas9を用いたCTGリピート欠失の評価のために選択された4つの上流gRNA(配列番号3256、2896、3136、及び3224)及び6つの下流gRNA(配列番号4989、560、672、976、760、984、及び616)の概略図を示す。 A~Bにおいて、Aは、saCas9 gRNAのCTGリピート欠失パーセント及びBは編集効率を示す。3’LOS ddPCRアッセイからの対及び個々のsaCas9 gRNAのリピート欠失パーセントデータを示す。spCas9 gRNA対(配列番号3746及び2210)を対照として使用した。Bにおいて、#2はgRNA Sa2を指し、#3はgRNA Sa3を指し、#4はgRNA Sa4を指し、#21はgRNA Sa21を指し、#1はgRNA Sa1を指し、#10はgRNA Sa10を指し、#17はgRNA Sa17を指し、#19はgRNA Sa19を指し、#25はgRNA Sa25を指し、#29はgRNA Sa29を指す(表21も参照のこと)。
ここで、本発明のある特定の実施形態を詳細に参照し、その実施例を添付の図面に示す。本発明は、例示された実施形態と併せて説明されるが、それらは、本発明をそれらの実施形態に限定することを意図するものではないことを理解されたい。逆に、本発明は、添付の特許請求の範囲及び含まれる実施形態によって定義されるように本発明に含まれ得るすべてのすべての代替形態、修正形態、及び均等物を網羅することが意図されている。
本教示を詳細に説明する前に、本開示は特定の組成物またはプロセスステップに限定されず、それ自体が変化する可能性があることを理解されたい。本明細書及び添付の特許請求の範囲で使用される場合、単数形「a」、「an」及び「the」は、特に明確に記載のない限り、複数形の参照を含むことに留意されたい。したがって、例えば、「a guide(ガイド)」への言及は、複数のガイドを含み、「a cell(細胞)」への言及は、複数の細胞を含み、その他も同様である。
数値範囲は、その範囲を定義する数を含むものとする。測定された値及び測定可能な値は、有効数字及び測定に関連する誤差を考慮して、概算値であると理解されている。また、「含む(comprise)」、「含む(comprises)」、「含む(comprising)」、「含有する(contain)」、「含有する(contains)」、「含有する(containing)」、「含む(include)」、「含む(includes)」、及び「含む(including)」の使用は、限定することを意図するものではない。前述の一般的な説明及び詳細な説明の両方は、例示的かつ説明的なものに過ぎず、教示を限定するものではないことを理解されたい。
本明細書に特に記載されていない限り、種々の成分を「含む(comprising)」と記載する明細書の実施形態は、記載された成分「からなる」または「から本質的になる」と企図され;種々の成分「からなる」と記載する明細書の実施形態はまた、記載された成分「を含む」または「から本質的になる」と企図され;種々の成分を「から本質的になる」と記載する明細書の実施形態は、また記載された成分「からなる」または「を含む」と企図される(この互換性は、特許請求の範囲におけるこれらの用語の使用には適用されない)。「または」という用語は、特に明確に記載のない限り、包括的意味で使用され、すなわち、「及び/または」と同等である。
本明細書中で使用する節の見出しは編成を目的としたものに過ぎず、所望の主題をいかようにも限定するものとして解釈すべきではない。参照により組み込まれた資料が、本明細書または本明細書の他の明示的な内容で定義された用語と矛盾する場合、この本明細書が優先される。本教示を様々な実施形態と併せて説明しているが、これは本教示がそのような実施形態に限定されることを意図するものではない。それどころか、本教示は、当業者には理解されるように、様々な代替形態、修正形態、及び均等物を包含する。
I.定義
別途示されない限り、本明細書に使用される以下の用語及び語句は、以下の意味を有することが意図される。
「ポリヌクレオチド」及び「核酸」は、本明細書において、従来のRNA、DNA、混合RNA-DNA、及びそのアナログであるポリマーを含む、骨格に沿って互いに連結された窒素性複素環式塩基または塩基アナログを有するヌクレオシドまたはヌクレオシドアナログを含む多量体化合物を指すために使用される。核酸「骨格」は、1つ以上の糖-ホスホジエステル連結、ペプチド-核酸結合(「ペプチド核酸」またはPNA;PCT番号WO95/32305)、ホスホロチオエート連結、メチルホスホネート連結、またはそれらの組み合わせを含む様々な連結から構成することができる。核酸の糖部分は、リボース、デオキシリボース、または置換、例えば、2’メトキシまたは2’ハロゲン化物置換を有する類似の化合物であり得る。窒素塩基は、従来の塩基(A、G、C、T、U)、そのアナログ(例えば、5-メトキシウリジン、シュードウリジン、またはN1-メチルシュードウリジンなどの修飾ウリジンなど);イノシン;プリンまたはピリミジンの誘導体(例えば、N4-メチルデオキシグアノシン、デアザ-またはアザ-プリン、デアザ-またはアザ-ピリミジン、5または6位に置換基を有するピリミジン塩基(例えば、5-メチルシトシン)、2、6、または8位に置換基を持つプリン塩基、2-アミノ-6-メチルアミノプリン、O-メチルグアニン、4-チオ-ピリミジン、4-アミノ-ピリミジン、4-ジメチルヒドラジン-ピリミジン、及びO-アルキル-ピリミジン;米国特許第5,378,825号及びPCT番号WO93/13121)であり得る。一般的な考察については、The Biochemistry of the Nucleic Acids 5-36, Adams et al., ed., 11th ed., 1992を参照のこと。核酸は、骨格がポリマーの位置(複数可)のための窒素塩基を含まない1つ以上の「非塩基性」残基を含むことができる(米国特許第5,585,481号)。核酸は、従来のRNAまたはDNA糖、塩基及び連結のみを含むことができ、または従来の成分及び置換の両方を含むことができる(例えば、2’メトキシ連結を有する従来の塩基、または従来の塩基と1つ以上の塩基アナログの両方を含むポリマー)。核酸には、「ロックド核酸」(LNA)が含まれ、これは、糖の立体構造を模倣したRNAにロックされた二環式フラノース単位を有する1つ以上のLNAヌクレオチドモノマーを含有するアナログであり、相補的RNA及びDNA配列に対するハイブリダイゼーション親和性を高める(Vester and Wengel, 2004, Biochemistry 43(42):13233-41)。RNA及びDNAは異なる糖部分を有し、RNA中のウラシルまたはそのアナログとDNA中のチミンまたはそのアナログの存在によって異なる場合がある。
「ガイドRNA」、「gRNA」、及び単に「ガイド」は、本明細書では交換可能に使用され、crRNA(CRISPR RNAとしても知られる)、またはcrRNAとtrRNA(tracrRNAとしても知られる)との組み合わせのいずれかを指す。crRNA及びtrRNAは、単一RNA分子(単一ガイドRNA、sgRNA)として会合してもよく、または2つの別々のRNA分子(デュアルガイドRNA、dgRNA)であってもよい。「ガイドRNA」または「gRNA」は、各タイプを指す。trRNAは、天然に存在する配列、または天然に存在する配列と比較して修飾またはバリエーションを有するtrRNA配列であり得る。
本明細書で使用される場合、「スペーサー配列」は、本明細書及び文献において「ガイド配列」または「標的指向性配列」とも呼ばれることがあり、標的配列に相補的であり、RNA標的化エンドヌクレアーゼによる切断のためにガイドRNAを標的配列に誘導するように機能するガイドRNA内の配列である。ガイド配列は、例えば、Streptococcus pyogenes(すなわち、Spy Cas9、SpCas9)及び関連するCas9ホモログ/オルソログの場合、長さが20塩基対であり得る。より短いまたはより長い配列もガイドとして使用することができ、例えば、15、16、17、18、19、21、22、23、24、または25ヌクレオチドの長さである。例えば、いくつかの実施形態において、ガイド配列は、配列番号101~4988、5001~7264、または7301~53372から選択される配列の少なくとも17、18、19、20、21、22、23、24、または25個の連続するヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、ガイド配列は、配列番号101~4988、5001~7264、または7301~53372から選択される配列を含む。いくつかの実施形態において、標的配列は、例えば、遺伝子内または染色体上にあり、ガイド配列に相補的である。いくつかの実施形態において、ガイド配列とその対応する標的配列との間の相補性または同一性の程度は、約75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%であり得る。例えば、いくつかの実施形態において、ガイド配列は、配列番号101~4988、5001~7264、または7301~53372から選択される配列の少なくとも17、18、19、20、21、22、23、24、または25個の連続したヌクレオチドと、約75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一である配列を含む。いくつかの実施形態において、ガイド配列は、配列番号101~4988、5001~7264、または7301~53372から選択される配列と、約75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一である配列を含む。いくつかの実施形態において、ガイド配列及び標的領域は、100%相補的または同一であり得る。他の実施形態において、ガイド配列及び標的領域は、少なくとも1つのミスマッチを含有し得る。例えば、ガイド配列及び標的配列は、1、2、3、または4つのミスマッチを含有する場合があり、ここで、標的配列の全長は、少なくとも17、18、19、20またはそれ以上の塩基対である。いくつかの実施形態において、ガイド配列及び標的領域は、1~4のミスマッチを含む場合があり、ここで、ガイド配列は、少なくとも17、18、19、20またはそれ以上のヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、ガイド配列及び標的領域は、1、2、3、または4つのミスマッチを含み得、ここで、ガイド配列は、20ヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態において、ガイド配列は、配列番号101~4988、5001~7264、または7301~53372から選択される配列を含み、ここで、5’末端ヌクレオチドがグアニンでない場合、1つ以上のグアニン(g)がその5’末端で配列に付加される。5’gまたはggは、転写、例えばRNAポリメラーゼIII依存性U6プロモーターまたはT7プロモーターによる発現に必要な場合がある。いくつかの実施形態において、5’グアニンは、本明細書に開示されるガイド配列またはガイド配列対のいずれか1つに付加される。
RNA標的化エンドヌクレアーゼの核酸基質は二本鎖核酸であるため、RNA標的化エンドヌクレアーゼの標的配列には、ゲノムDNAのプラス鎖とマイナス鎖の両方(すなわち、与えられた配列とその配列の逆相補体)が含まれる。したがって、ガイド配列が「標的配列に対して相補的である」と言われる場合、ガイド配列は、ガイドRNAを標的配列の逆相補体に結合するように誘導することができることが理解され得る。したがって、ガイド配列が標的配列の逆相補体に結合するいくつかの実施形態において、ガイド配列は、ガイド配列においてTの代わりにUを用いることを除いて、標的配列のある特定のヌクレオチド(例えば、PAMを含まない標的配列)と同一である。
本明細書で使用される場合、「1対のガイドRNA」または「ガイド対」または「gRNA対」または「対のガイドRNA」は、同一のスペーサー配列を有さない2つのガイドRNAを指す。第1のスペーサー配列は、対のgRNAの一方のスペーサー配列を指し、第2のスペーサー配列は、対の他方のgRNAのスペーサー配列を指す。いくつかの実施形態において、1対のガイドRNAの使用は、「ダブルカット」または「DoubleCut」戦略とも呼ばれ、この戦略では、2つの切断が行われる。対照的に、いくつかの実施形態において、1つのガイドRNAのみの使用は、「シングルカット」または「SingleCut」戦略と呼ばれ、そこでは、1つの切断が行われる。
本明細書で使用される場合、「RNA標的化エンドヌクレアーゼ」は、RNA及びDNA結合活性及びDNA切断活性を有するポリペプチドまたはポリペプチドの複合体、またはそのような複合体のDNA結合サブユニットを意味し、ここで、DNA結合活性は配列特異的であり、RNAの配列に依存する。例示的なRNA標的化エンドヌクレアーゼとしては、Casクリーバーゼ/ニッカーゼが挙げられる。本明細書で使用される「Casタンパク質」とも呼ばれる「Casヌクレアーゼ」は、Casクリーバーゼ及びCasニッカーゼを包含する。Casクリーバーゼ/ニッカーゼには、タイプIII CRISPRシステムのCsmまたはCmr複合体、そのCas10、Csm1、またはCmr2サブユニット、タイプI CRISPRシステムのカスケード複合体、そのCas3サブユニット、及びクラス2 Casヌクレアーゼが含まれる。いくつかの実施形態において、RNA標的化エンドヌクレアーゼは、クラス1 Casヌクレアーゼである。いくつかの実施形態において、RNA標的化エンドヌクレアーゼは、クラス2 Casヌクレアーゼである。本明細書で使用される場合、「クラス2 Casヌクレアーゼ」は、RNA標的化エンドヌクレアーゼ活性を有する一本鎖ポリペプチドである。クラス2 Casヌクレアーゼにはクラス2 Casクリーバーゼ/ニッカーゼ(例えば、H840A、D10A、またはN863Aバリアント)が含まれ、これらはさらにRNAガイド型DNAクリーバーゼまたはニッカーゼ活性を有する。クラス2 Casヌクレアーゼとしては、例えば、Cas9、Cpf1、C2c1、C2c2、C2c3、HF Cas9(例えば、N497A、R661A、Q695A、Q926Aバリアント)、HypaCas9(例えば、N692A、M694A、Q695A、H698Aバリアント)、eSPCas9(1.0)(例えば、K810A、K1003A、R1060Aバリアント)、及びeSPCas9(1.1)(例えば、K848A、K1003A、R1060Aバリアント)タンパク質及びその修飾が挙げられる。Cpf1タンパク質、Zetsche et al., Cell, 163: 1-13 (2015)、は、Cas9と相同であり、RuvC様ヌクレアーゼドメインを含有している。ZetscheのCpf1配列は、参照によりその全体が組み込まれる。例えば、Zetscheの表S1及びS3を参照のこと。例えば、Makarova et al., Nat Rev Microbiol, 13(11): 722-36 (2015);Shmakov et al., Molecular Cell, 60:385-397 (2015)を参照のこと。クラス1は、タイプI、III、及びIVのCasヌクレアーゼに分類される。クラス2は、タイプII、V、及びVIのCasヌクレアーゼに分類される。いくつかの実施形態において、RNA標的化エンドヌクレアーゼは、タイプI、II、III、IV、V、またはVI Casヌクレアーゼである。
本明細書で使用される場合、「リボ核タンパク質」(RNP)または「RNP複合体」は、Casヌクレアーゼ、例えば、CasクリーバーゼまたはCasニッカーゼ(例えば、Cas9)などのRNA標的化エンドヌクレアーゼと共にガイドRNAを指す。いくつかの実施形態において、ガイドRNAは、Cas9などのRNA標的化エンドヌクレアーゼを標的配列にガイドし、ガイドRNAは、標的配列とハイブリダイズし、薬剤が標的配列に結合し、その後、標的配列を切断またはニッキングすることができる。
本明細書で使用される場合、「自己相補的領域」は、例えば、領域に少なくとも1つの自由二本鎖端がある場合、それ自体へのハイブリダイゼーションを介して二次構造(例えば、ヘアピン、十字型など)を形成することができる核酸の任意の部分を指す。種々の形態のリピート及びGCリッチまたはATリッチ核酸は、自己相補的であると見なされ、二次構造を形成する可能性がある。いくつかのミスマッチ塩基及び/または非カノニカル塩基対が存在するにもかかわらず二次構造が形成される可能性があるため、自己相補性は完全な自己相補性を必要としない。いくつかの実施形態において、自己相補的領域は、40ヌクレオチドを含む。自己相補的領域は、必ずしも自己相補的ではなく、ヘアピンまたは他の二次構造でステムを形成する自己相補的領域のセグメント間に一本鎖状態で存在し得るループ形成配列によって中断され得る。
本明細書で使用される場合、第1の配列の第2の配列へのアラインメントが、第2の配列の位置の全体のX%以上が第1の配列と一致することを示す場合、第1の配列は、第2の配列「と少なくともX%同一である配列を含む」と考えられる。例えば、配列AAGAは、配列AAGに対して100%の同一性を有する配列を含む、なぜなら、アラインメントは、第2の配列の3つの位置すべてに一致するという点で100%の同一性を与えるからである。RNAとDNAの違い(一般に、ウリジンのチミジンへの交換、またはその逆)、及び修飾ウリジンなどのヌクレオシドアナログの存在は、関連するヌクレオチド(チミジン、ウリジン、または修飾ウリジンなど)が同じ補体を有する限り(例えば、すべてのチミジン、ウリジン、または修飾ウリジンのアデノシン;別の例は、シトシンと5-メチルシトシンであり、どちらもグアノシンまたは修飾グアノシンを補体として有する)、ポリヌクレオチド間の同一性または相補性の違いに寄与しない。したがって、例えば、Xがシュードウリジン、N1-メチルシュードウリジン、または5-メトキシウリジンなどの任意の修飾ウリジンである配列5’-AXGは、両方が同じ配列(5’-CAU)に完全に相補的であるという点で、AUGと100%同一であると考えられる。例示的なアラインメントアルゴリズムは、当技術分野でよく知られているスミス-ウォーターマン及びニードルマン-ブンシュアルゴリズムである。当業者は、アラインメントされる配列の所与の対に対して、アルゴリズム及びパラメータ設定のどの選択が適切であるかを理解するであろう;一般的に、類似した長さであり、アミノ酸の場合は>50%、ヌクレオチドの場合は>75%の同一性が予想される配列の場合、www.ebi.ac.ukウェブサーバーでEBIによって提供されるニードルマン-ブンシュアルゴリズムインターフェイスのデフォルト設定を使用したニードルマン-ブンシュアルゴリズムが一般的に適切である。
「mRNA」は、DNAではなく、ポリペプチドに翻訳することができる(すなわち、リボソーム及びアミノアシル化tRNAによる翻訳のための基質として機能することができる)オープンリーディングフレームを含むポリヌクレオチドを指すために本明細書で使用される。mRNAは、リボース残基またはその類似体、例えば、2’-メトキシリボース残基を含むリン酸-糖骨格を含み得る。いくつかの実施形態において、mRNAリン酸-糖骨格の糖は、リボース残基、2’-メトキシリボース残基、またはそれらの組み合わせから本質的になる。
本明細書に記載のガイドRNA組成物及び方法に有用なガイド配列は、表2及び配列表に、ならびに本出願全体にわたって示されている。
本明細書で使用される場合、「標的配列」は、gRNAのガイド配列に対して相補性を有する標的遺伝子中の核酸の配列を指す。標的配列とガイド配列との相互作用により、RNA標的化エンドヌクレアーゼが、標的配列内で結合し、潜在的にニックまたは切断(薬剤の活性に応じて)するように誘導される。
本明細書で使用される場合、「治療」は、対象における疾患または障害の治療薬の任意の投与または適用を指し、疾患または疾患の発症(例えば、疾患は対象が疾患の発症の可能性がある、または発症する可能性が高い遺伝子型を有する場合、疾患が正式に診断される前または後に起こり得る)を阻害すること、その発症を阻止すること、疾患の1つ以上の症状を緩和すること、疾患を治癒すること、または疾患の1つ以上の症状の再発を予防することを含む。例えば、DM1の治療は、DM1の症状を緩和することを含み得る。
本明細書で使用される場合、「改善する」とは、表現型または症状に対する任意の有益な効果、例としてその重症度の低下、その発症の緩徐または遅延、その発症の阻止、またはその部分的もしくは完全な逆転もしくは排除、を指す。発現レベルなどの定量的表現型の場合、改善することは、健康な細胞もしくは個体または影響を受けていない細胞もしくは個体で見られる発現レベルに近づくように発現レベルを変更することを包含する。
本明細書で使用される場合、標的の切断とそれに続くMMEJまたは他の非NHEJ修復が検出可能な程度までトリヌクレオチドリピートまたは自己相補的配列の切除をもたらす場合、標的配列はトリヌクレオチドリピートまたは自己相補的配列に「近い」ものである。いくつかの実施形態において、標的配列は、トリヌクレオチドリピートまたは自己相補的配列の10、20、30、40、50または100ヌクレオチド以内にあり、標的からトリヌクレオチドリピートまたは自己相補的配列までの距離は、トリヌクレオチドリピートまたは自己相補的配列の最も近いヌクレオチドと、切断を受ける標的内の部位との間のヌクレオチドの数として測定される。
本明細書で使用される場合、配列の「切除」は、配列が元々生じた核酸(例えば、gDNAなどのDNA)からの配列の除去を生じるプロセスを意味し、これには、限定されないが、1つまたは2つの二本鎖切断イベント、または2つ以上のニッキングイベントを含むプロセスが挙げられ、それにいずれかの修復プロセス(その配列は修復産物には含まれない)が続き、これには、遠位末端のライゲーション(例えば、図5)、切除(例えば、図5及び6)、または切除された領域の少なくとも一部による二次構造の形成(例えば、図6)を含み得る。
本明細書で使用される場合、「伸長アミノ酸リピート」は、ポリペプチドの野生型バージョンで通常見られるよりも多くのアミノ酸が存在しているポリペプチド中の所与のアミノ酸(例えば、グルタミン、アラニンなどの1つ)のセグメントを指す。エクソンで発生するものとして列挙されている表1のトリヌクレオチドリピートの場合、正常範囲は、対応するポリペプチドの野生型バージョンで通常見られるよりも(多くの)アミノ酸の存在範囲を示す。
本明細書で使用される場合、「DM1筋芽細胞」は、DM1に関連する遺伝子型を有する筋細胞の前駆体を指し、例えば、DM1を有する対象に由来するかまたはそれから単離された細胞を含む。DM1筋芽細胞には、初代細胞、培養細胞、または細胞株が含まれる。
「薬学的に許容される担体」とは、有効成分ではない、医薬製剤に含まれる薬剤を指す。薬学的に許容される賦形剤は、例えば、薬物送達を支援するか、または安定性もしくは生物学的利用能を支持または増強し得る。
「約」または「およそ」という用語は、その値がどのように測定または決定されるかに一部依存する、当業者によって決定される特定の値の許容誤差を意味する。
II.反復DNA切除の概要
本明細書に開示されるのは、RNA指向性エンドヌクレアーゼが、エンドヌクレアーゼをTNRに隣接する部位に標的化する単一または対のガイドRNAと組み合わさって、トリヌクレオチドリピートまたは自己相補的領域を切除できるという我々の発見、ならびにDNA-PK阻害剤がそのような配列の切除改善を提供するという我々の発見に基づく組成物及び方法である。図2A~Bに示されるように、DNA-PKを阻害すると、おそらくマイクロホモロジー媒介末端結合(MMEJ)を含む1つ以上の代替経路が支持され、非相同末端結合(NHEJ)経路を介した修復が低減または排除されると考えられる。
さらに、図3に示すように、DNA-PK阻害剤により、1つのgRNAと組み合わさったCas9またはCpf1などのRNA誘導型ヌクレアーゼによるトリヌクレオチドリピートの切除を促進することができることも見出された。この場合も、DNA-PKを阻害すると、1つ以上の代替経路が支持され、1つのgRNAのみが使用される場合、一般にトリヌクレオチドリピート切除をもたらさない、非相同末端結合(NHEJ)経路を介した修復が低減または排除されると考えられる。代替の修復経路には、切断部位でのDNA末端のエキソヌクレアーゼによる切除が含まれ、これによりトリヌクレオチドリピートの切除が行われる。図4に示されるように、単一gRNAを提供することにより、AAVベクターなどのより小さなベクターの使用が容易になる。
図5は、RNA誘導型ヌクレアーゼによる2つの部位での切断後の修復経路をより詳細に示している。カノニカルなNHEJ(C-NHEJ)は通常、より高速な経路であり、DNA-PKに依存する。切断部位がTNRに隣接している場合、C-NHEJは、両方の二本鎖切断(DSB)の再封止、TNRの保持、またはTNRを含まないDNAの末端の単一結合をもたらし、こうして切除することができる。DNA-PKの阻害により、末端切除を含むMRE11-RAD50-NBS1複合体(MRN)による作用の機会が増加する。マイクロホモロジー検索はMMEJ経路の一部として行われ、これによりTNRが切除された修復産物を得ることができる。
図6は、RNA誘導型ヌクレアーゼによる1つの部位での切断後の修復経路をより詳細に示している。C-NHEJにより、二本鎖切断の再封止及び、場合によっては小さな挿入または欠失(インデル)の導入がもたらされ、TNRが完全にまたは実質的に維持される場合がある。DNA-PKの阻害により、MRE11-RAD50-NBS1複合体(MRN)による作用の機会が増加し、これには、末端切除及び潜在的なCtIP刺激による5’切除及びCTG二次構造の切断が含まれる。マイクロホモロジー検索はMMEJ経路の一部として行われ、これによりTNRが切除された修復産物を得ることができる。
本明細書で提供される方法及び組成物を使用して、トリヌクレオチドリピートまたは自己相補的配列を切除して、種々の障害に関連する遺伝子型を改善することができる。表1は、例示的な遺伝子、障害、及びトリヌクレオチドリピートに関する情報を提供する。
Figure 2022545921000001
Figure 2022545921000002
Figure 2022545921000003
Figure 2022545921000004
III.トリヌクレオチドリピート及び自己相補的領域を切除する方法;治療方法
本開示は、トリヌクレオチドリピートまたは自己相補的領域を切除すること、及び/またはDNA中のトリヌクレオチドリピート(TNR)を特徴とする疾患または障害を治療することに使用するための組成物、及び方法を提供する。いくつかの実施形態において、本明細書に記載される1つ以上のgRNA(例えば、1対のgRNA)またはgRNAをコードするベクターは、RNA標的化エンドヌクレアーゼまたはRNA標的化エンドヌクレアーゼをコードする核酸と組み合わさって細胞に送達される。例示的なgRNA、ベクター、及びRNA標的化エンドヌクレアーゼは、本明細書、例えば、要約及び組成物のセクションに記載されている。いくつかの実施形態において、本方法は、DNA-PK阻害剤を細胞に送達することをさらに含む。
DNA中のトリヌクレオチドリピート(TNR)を特徴とする疾患または障害を治療する方法であって、TNRを含む細胞に、i)RNA標的化エンドヌクレアーゼをTNRにまたはその近くに誘導する、スペーサー配列もしくは1対のスペーサー配列を含むガイドRNAもしくは1対のガイドRNA、またはガイドRNAもしくは1対のガイドRNAをコードする核酸;ii)RNA標的化エンドヌクレアーゼまたはRNA標的化エンドヌクレアーゼをコードする核酸;及び任意選択でiii)DNA-PK阻害剤、を送達することを含む、方法を提供する。いくつかの実施形態において、本方法は、DNA-PK阻害剤を含む。いくつかの実施形態において、DNA-PK阻害剤は、化合物3または化合物6である。
いくつかの実施形態において、DNA中のトリヌクレオチドリピート(TNR)を特徴とする疾患または障害を治療する方法であって、TNRを含む細胞に、i)RNA標的化エンドヌクレアーゼをTNRにまたはその近くに誘導する、スペーサーもしくは1対のスペーサー配列を含むガイドRNAもしくは1対のガイドRNA、またはガイドRNAもしくは1対のガイドRNAをコードする核酸;ii)RNA標的化エンドヌクレアーゼまたはRNA標的化エンドヌクレアーゼをコードする核酸;及びiii)化合物3または化合物6であるDNA-PK阻害剤、を送達することを含む、方法を提供する。
自己相補的領域を切除する方法であって、自己相補的領域を含む細胞に、i)RNA標的化エンドヌクレアーゼを自己相補的領域にまたはその近くに誘導する、スペーサーもしくは1対のスペーサー配列を含むガイドRNAもしくは1対のガイドRNA、またはガイドRNAもしくは1対のガイドRNAをコードする核酸;ii)RNA標的化エンドヌクレアーゼまたはRNA標的化エンドヌクレアーゼをコードする核酸;及び任意選択でiii)DNA-PK阻害剤、を送達することを含み、自己相補的領域が切除される、方法もまた提供する。いくつかの実施形態において、本方法は、DNA-PK阻害剤を含む。いくつかの実施形態において、DNA-PK阻害剤は、化合物3または化合物6である。
いくつかの実施形態において、DNA中のトリヌクレオチドリピート(TNR)を切除する方法であって、TNRを含む細胞に、i)RNA標的化エンドヌクレアーゼをTNRにまたはその近くに誘導する、スペーサーを含むガイドRNA、またはガイドRNAをコードする核酸;ii)RNA標的化エンドヌクレアーゼまたはRNA標的化エンドヌクレアーゼをコードする核酸;及び任意選択でiii)DNA-PK阻害剤、を送達することを含み、少なくとも1つのTNRが切除される、方法を提供する。いくつかの実施形態において、本方法は、DNA-PK阻害剤を含む。いくつかの実施形態において、DNA-PK阻害剤は、化合物3または化合物6である。
いくつかの実施形態において、DNA中の自己相補的領域を切除する方法及び/またはTNRを切除する方法は、表1に提供される疾患または障害の治療のためのものである。
また、DMPK遺伝子の3’UTRにおけるトリヌクレオチドリピート(TNR)を特徴とする疾患または障害を治療する方法であって、DMPK遺伝子の3’UTRにおけるTNRを含む細胞に、i)配列番号101~4988のいずれか1つの配列を含むスペーサーを含むガイドRNA、またはガイドRNAをコードする核酸;ii)RNA標的化エンドヌクレアーゼまたはRNA標的化エンドヌクレアーゼをコードする核酸;及びiii)任意選択でDNA-PK阻害剤、を送達することを含む、方法も提供する。いくつかの実施形態において、本方法は、DNA-PK阻害剤を含む。いくつかの実施形態において、DNA-PK阻害剤は、化合物3または化合物6である。
また、DMPK遺伝子の3’UTRにおけるトリヌクレオチドリピート(TNR)を特徴とする疾患または障害を治療する方法であって、DMPK遺伝子の3’UTRにおけるTNRを含む細胞に、i)配列番号4018、4010、4002、4042、4034、4026、3954、3946、3994、3914、3978、3906、3898、3938、3922、3858、3850、3882、3826、3818、3842、3794、3786、3762、3810、3746、3778、3738、3770、3722、3754、3690、3666、3658、3634、3586、3546、3530、3642、3514、3506、3490、3618、3610、3602、3578、3442、3522、3410、3378、3434、3370、3426、3418、3394、3386、3330、3354、3346、3314、3930、3890、3834、3802、3706、3698、3682、3674、3570、3554、3538、3498、3482、3458、3474、3450、2667、2666、2650、2642、2626、2618、2706、2690、2682、2610、2674、2658、2602、2594、2634、2554、2546、2586、2538、2578、2570、2522、2498、2490、2466、2458、2450、2514、2506、2418、2482、2474、2394、2442、2434、2370、2378、2354、2346、2338、2314、2298、2282、2274、2266、2330、2258、2322、2242、2234、2290、2250、2218、2226、2210、2194、2146、2138、2122、2106、2098、2090、2130、2114、2034、2026、2058、2050、2042、1914、1786、1778、1770、1842、1738、1706、1690、1746、1714、1650、1642、1610、1586、1562、1546、1578、1538、1378、1370、1922、1898、1906、1794、1762、1698、1674、1722、1362、1450、2202、2178、2170、2162、2018、2010、1890、1962、1946、1850、1818、1658、1634、1602、1554、1434、1426、1338、1346、1978、1994、1986、1970、1938、1930、1810、1834、1826、1802、1626、1594、1514、1498、1490、1482、1474、1458、1442、1418、1410、1402、1394、もしくは1386、のいずれか1つの配列を含むスペーサーを含むガイドRNA、またはガイドRNAをコードする核酸;ii)RNA標的化エンドヌクレアーゼまたはRNA標的化エンドヌクレアーゼをコードする核酸;及びiii)任意選択でDNA-PK阻害剤、を送達することを含む、方法も提供する。また、DMPK遺伝子の3’UTRにおけるトリヌクレオチドリピート(TNR)を切除する方法であって、TNRを含む細胞に、i)配列番号4018、4010、4002、4042、4034、4026、3954、3946、3994、3914、3978、3906、3898、3938、3922、3858、3850、3882、3826、3818、3842、3794、3786、3762、3810、3746、3778、3738、3770、3722、3754、3690、3666、3658、3634、3586、3546、3530、3642、3514、3506、3490、3618、3610、3602、3578、3442、3522、3410、3378、3434、3370、3426、3418、3394、3386、3330、3354、3346、3314、3930、3890、3834、3802、3706、3698、3682、3674、3570、3554、3538、3498、3482、3458、3474、3450、2667、2666、2650、2642、2626、2618、2706、2690、2682、2610、2674、2658、2602、2594、2634、2554、2546、2586、2538、2578、2570、2522、2498、2490、2466、2458、2450、2514、2506、2418、2482、2474、2394、2442、2434、2370、2378、2354、2346、2338、2314、2298、2282、2274、2266、2330、2258、2322、2242、2234、2290、2250、2218、2226、2210、2194、2146、2138、2122、2106、2098、2090、2130、2114、2034、2026、2058、2050、2042、1914、1786、1778、1770、1842、1738、1706、1690、1746、1714、1650、1642、1610、1586、1562、1546、1578、1538、1378、1370、1922、1898、1906、1794、1762、1698、1674、1722、1362、1450、2202、2178、2170、2162、2018、2010、1890、1962、1946、1850、1818、1658、1634、1602、1554、1434、1426、1338、1346、1978、1994、1986、1970、1938、1930、1810、1834、1826、1802、1626、1594、1514、1498、1490、1482、1474、1458、1442、1418、1410、1402、1394、もしくは1386、のいずれか1つの配列を含むスペーサーを含むガイドRNA、またはガイドRNAをコードする核酸;ii)RNA標的化エンドヌクレアーゼまたはRNA標的化エンドヌクレアーゼをコードする核酸;及びiii)任意選択でDNA-PK阻害剤、を送達することを含み、少なくとも1つのTNRが切除される、方法も提供する。いくつかの実施形態において、gRNAは、配列番号3330、3914、3418、3746、3778、3394、4026、3690、3794、3386、3938、3682、3818、3658、3722、3802、3858、3514、3770、3370、3354、4010、2202、1706、2210、2170、1778、2258、2114、2178、1642、1738、1746、2322、1770、1538、2514、2458、2194、2594、2162、または2618のいずれか1つの配列を含むスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、gRNAは、配列番号3746、3778、3394、3386、3938、3818、3722、3858、3370、1706、2210、2114、1538、または2594のいずれか1つの配列を含むスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、gRNAは、配列番号3330、3746、3778、3394、4026、3386、3938、3818、3722、3802、3858、3514、3770、3370、2202、1706、2210、1778、2114、1738、1746、2322、1538、2514、2458、2194、または2594のいずれか1つの配列を含むスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、gRNAは、配列番号3330、3914、3418、3746、3778、3394、4026、3690、3794、3386、3938、3682、3818、3658、または3722のいずれか1つの配列を含むスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、gRNAは、配列番号2202、1706、2210、2170、1778、2258、2114、2178、1642、1738、1746、または2322のいずれか1つの配列を含むスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、gRNAは、配列番号3778、4026、3794、4010、3906、3746、1778、1746、1770、1586、1914、または2210のいずれか1つの配列を含むスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、gRNAは、配列番号3378、3354、3346、3330、3314、2658、2690、2546、2554、2498、または2506のいずれか1つの配列を含むスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、gRNAは、配列番号3330、3314、2658、2690、2554、または2498のいずれか1つの配列を含むスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、gRNAは、配列番号3314、2690、2554、または2498のいずれか1つの配列を含むスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、gRNAは、配列番号3914、3514、1778、2458、3858、3418、1706、または2258のいずれか1つの配列を含むスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、gRNAは、配列番号3916、3420、または3940のいずれか1つの配列を含むスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、gRNAは、配列番号3914を含むスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、gRNAは、配列番号3418を含むスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、gRNAは、配列番号3938を含むスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、本方法は、DNA-PK阻害剤を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態において、DNA-PK阻害剤は、化合物6である。いくつかの実施形態において、DNA-PK阻害剤は、化合物3である。
また、FMR1遺伝子の5’UTRにおけるトリヌクレオチドリピート(TNR)を特徴とする疾患または障害を治療する方法であって、FMR1遺伝子の5’UTRにおけるTNRを含む細胞に、i)配列番号5001~7264のいずれか1つの配列を含むスペーサーを含むガイドRNA、またはガイドRNAをコードする核酸;ii)RNA標的化エンドヌクレアーゼまたはRNA標的化エンドヌクレアーゼをコードする核酸;及びiii)任意選択でDNA-PK阻害剤、を送達することを含む、方法も提供する。いくつかの実施形態において、本方法は、DNA-PK阻害剤を含む。いくつかの実施形態において、DNA-PK阻害剤は、化合物3または化合物6である。
また、FMR1遺伝子の5’UTRにおけるトリヌクレオチドリピート(TNR)を特徴とする疾患または障害を治療する方法であって、TNRを含む細胞に、i)配列番号5262、5782、5830、5926、5950、5998、6022、5310、及び5334のいずれか1つの配列を含むスペーサーを含むガイドRNA、またはガイドRNAをコードする核酸;ii)RNA標的化エンドヌクレアーゼまたはRNA標的化エンドヌクレアーゼをコードする核酸;及びiii)任意選択でDNA-PK阻害剤、を送達することを含む、方法も提供する。また、FMR1遺伝子の5’UTRにおけるトリヌクレオチドリピート(TNR)を切除する方法であって、TNRを含む細胞に、i)配列番号5262、5782、5830、5926、5950、5998、6022、5310、及び5334のいずれか1つの配列を含むスペーサーを含むガイドRNA、またはガイドRNAをコードする核酸;ii)RNA標的化エンドヌクレアーゼまたはRNA標的化エンドヌクレアーゼをコードする核酸;及びiii)任意選択でDNA-PK阻害剤、を送達することを含み、少なくとも1つのTNRが切除される、方法も提供する。いくつかの実施形態において、gRNAは、配列番号5830、6022、5262、または5310のいずれか1つの配列を含むスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、gRNAは、配列番号5262、5334、及び5830のいずれか1つの配列を含むスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、gRNAは、配列番号5264、5336、5832、6024、または5312のいずれか1つの配列を含むスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、gRNAは、配列番号5262を含むスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、gRNAは、配列番号5264を含むスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、本方法は、DNA-PK阻害剤を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態において、DNA-PK阻害剤は、化合物6である。いくつかの実施形態において、DNA-PK阻害剤は、化合物3である。
また、FXN遺伝子の5’UTRにおけるトリヌクレオチドリピート(TNR)を特徴とする疾患または障害を治療する方法であって、FXN遺伝子の5’UTRにおけるTNRを含む細胞に、i)配列番号7301~53372のいずれか1つの配列を含むスペーサーを含むガイドRNA、またはガイドRNAをコードする核酸;ii)RNA標的化エンドヌクレアーゼまたはRNA標的化エンドヌクレアーゼをコードする核酸;及びiii)任意選択でDNA-PK阻害剤、を送達することを含む、方法も提供する。いくつかの実施形態において、本方法は、DNA-PK阻害剤を含む。いくつかの実施形態において、DNA-PK阻害剤は、化合物3または化合物6である。
また、FXN遺伝子のイントロンにおけるトリヌクレオチドリピート(TNR)を特徴とする疾患または障害を治療する方法であって、TNRを含む細胞に、i)配列番号28130、34442、45906、26562、52666、51322、46599、52898、26546、7447、47047、49986、51762、51754、52290、52298、51474、52306、50682、51706、52098、50714、51498、52498、50978、51746、52106、51506、50674、52082、52506、50538、52066、52386、52090、52266、52474、52258、52434、50706、51490、52458、51466、52354、51914、51362、51058、50170、51954、52250、51930、51682、52594、52610、51162、49162、50898、49226、51658、52554、52634、51394、49034、52546、52522、52618、52530、28322、26530、26578、26602、26634、26626、26698、26746、26754、26786、26882、27722、27730、27738、27770、27754、27762、27802、27850、27842、27922、27946、27986、28114、28122、28146、28186、28194、28338、28346、28322、28378、28370、28458、28506、28634、28642、28650、34442、または45906のいずれか1つの配列を含むスペーサーを含むガイドRNA、またはガイドRNAをコードする核酸;ii)RNA標的化エンドヌクレアーゼまたはRNA標的化エンドヌクレアーゼをコードする核酸;及びiii)任意選択でDNA-PK阻害剤、を送達することを含む、方法も提供する。また、FXN遺伝子の5’UTRにおけるトリヌクレオチドリピート(TNR)を切除する方法であって、TNRを含む細胞に、i)配列番号28130、34442、45906、26562、52666、51322、46599、52898、26546、7447、47047、49986、51762、51754、52290、52298、51474、52306、50682、51706、52098、50714、51498、52498、50978、51746、52106、51506、50674、52082、52506、50538、52066、52386、52090、52266、52474、52258、52434、50706、51490、52458、51466、52354、51914、51362、51058、50170、51954、52250、51930、51682、52594、52610、51162、49162、50898、49226、51658、52554、52634、51394、49034、52546、52522、52618、52530、28322、26530、26578、26602、26634、26626、26698、26746、26754、26786、26882、27722、27730、27738、27770、27754、27762、27802、27850、27842、27922、27946、27986、28114、28122、28146、28186、28194、28338、28346、28322、28378、28370、28458、28506、28634、28642、28650、34442、または45906のいずれか1つの配列を含むスペーサーを含むガイドRNA、またはガイドRNAをコードする核酸;ii)RNA標的化エンドヌクレアーゼまたはRNA標的化エンドヌクレアーゼをコードする核酸;及びiii)任意選択でDNA-PK阻害剤、を送達することを含み、少なくとも1つのTNRが切除される、方法も提供する。いくつかの実施形態において、gRNAは、配列番号51706、51058、51754、52090、52594、52098、52298、52106、51682、52066、52354、52458、52290、52498、51658、51930、51162、52506、51762、51746、52386、52258、52530、52634、27850、28634、26882、28650、28370、28194、26626、26634、26786、26754、27770、26578、28130、27738、28338、28642、26602、27754、27730、及び28122のいずれか1つの配列を含むスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、gRNAは、配列番号47047、7447、7463、46967、46768、7680、及び47032のいずれか1つの配列を含むスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、gRNAは、配列番号47045、7445、7461、46766、7678、及び47030のいずれか1つの配列を含むスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、本方法は、DNA-PK阻害剤を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態において、DNA-PK阻害剤は、化合物6である。いくつかの実施形態において、DNA-PK阻害剤は、化合物3である。
本明細書に記載の方法のいくつかの実施形態において、1つのgRNAのみまたは1つのgRNAのみをコードするベクターが提供または送達される、すなわち、この方法は、TNRまたは自己相補的領域の近くで切断を促進する2つ以上のガイドを提供することを伴わない。
いくつかの実施形態において、DMPK遺伝子の3’UTRにおけるトリヌクレオチドリピート(TNR)を特徴とする疾患を治療するための方法であって、1つのガイドRNAのみ、またはガイドRNAをコードするベクターを投与することを含む、方法が提供される。いくつかの実施形態において、DMPK遺伝子の3’UTRにおけるトリヌクレオチドリピート(TNR)を切除する方法であって、1つのガイドRNAのみ、またはガイドRNAをコードするベクターを投与することを含む、方法が提供される。いくつかの実施形態において、1つのgRNAのみを投与するための方法であって、DMPK遺伝子の3’UTRのCTGリピートが切除される、方法が提供される。1つのgRNAのみであり、DMPK遺伝子の3’UTRのCTGリピートが切除されるいくつかの実施形態において、gRNAは、配列番号3746、3778、3394、3386、3938、3818、3722、3858、3370、1706、2210、2114、1538、及び2594から選択される配列を含むスペーサー配列を含む。1つのgRNAのみであり、DMPK遺伝子の3’UTRのCTGリピートが切除されるいくつかの実施形態において、gRNAは、配列番号3330、3746、3778、3394、4026、3386、3938、3818、3722、3802、3858、3514、3770、3370、2202、1706、2210、1778、2114、1738、1746、2322、1538、2514、2458、2194、及び2594から選択される配列を含むスペーサー配列を含む。1つのgRNAのみであり、DMPK遺伝子の3’UTRのCTGリピートが切除されるいくつかの実施形態において、gRNAは、配列番号3330、3314、2658、2690、2554、及び2498から選択される配列を含むスペーサー配列を含む。1つのgRNAのみであり、DMPK遺伝子の3’UTRのCTGリピートが切除されるいくつかの実施形態において、gRNAは、配列番号3314、2690、2554、及び2498から選択される配列を含むスペーサー配列を含む。1つのgRNAのみであり、DMPK遺伝子の3’UTRのCTGリピートが切除されるいくつかの実施形態において、gRNAは、配列番号3914、3514、1778、2458、3858、3418、1706、及び2258から選択される配列を含むスペーサー配列を含む。1つのgRNAのみであり、DMPK遺伝子の3’UTRのCTGリピートが切除されるいくつかの実施形態において、gRNAは、配列番号3914、3418、または3938から選択される配列を含むスペーサー配列を含む。1つのgRNAのみであり、DMPK遺伝子の3’UTRのCTGリピートが切除されるいくつかの実施形態において、gRNAは、配列番号3916、3420、または3940から選択される配列を含むスペーサー配列を含む。1つのgRNAのみであり、DMPK遺伝子の3’UTRのCTGリピートが切除されるいくつかの実施形態において、gRNAは、配列番号3914の配列を含む。1つのgRNAのみであり、DMPK遺伝子の3’UTRのCTGリピートが切除されるいくつかの実施形態において、gRNAは、配列番号3418の配列を含む。1つのgRNAのみであり、DMPK遺伝子の3’UTRのCTGリピートが切除されるいくつかの実施形態において、gRNAは、配列番号3938の配列を含む。いくつかの実施形態において、本方法は、DNA-PK阻害剤を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態において、DNA-PK阻害剤は、化合物6である。いくつかの実施形態において、DNA-PK阻害剤は、化合物3である。
いくつかの実施形態において、FMR1遺伝子の5’UTRにおけるトリヌクレオチドリピート(TNR)を特徴とする疾患を治療するための方法であって、1つのガイドRNAのみ、またはガイドRNAをコードするベクターを投与することを含む、方法が提供される。いくつかの実施形態において、FMR1遺伝子の5’UTRにおけるトリヌクレオチドリピート(TNR)を切除する方法であって、1つのガイドRNAのみ、またはガイドRNAをコードするベクターを投与することを含む、方法が提供される。いくつかの実施形態において、1つのgRNAのみを投与するための方法であって、FMR1遺伝子の5’UTRにおけるTNRが切除される、方法が提供される。1つのgRNAのみであり、FMR1遺伝子の5’UTRにおけるTNRが切除されるいくつかの実施形態において、gRNAは、配列番号5830、6022、5262、及び5310から選択される配列を含むスペーサー配列を含む。1つのgRNAのみであり、FMR1遺伝子の5’UTRにおけるTNRが切除されるいくつかの実施形態において、gRNAは、配列番号5262、5334、及び5830から選択される配列を含むスペーサー配列を含む。1つのgRNAのみであり、FMR1遺伝子の5’UTRにおけるTNRが切除されるいくつかの実施形態において、gRNAは、配列番号5264、5336、5832、6024、または5312から選択される配列を含むスペーサー配列を含む。1つのgRNAのみであり、FMR1遺伝子の5’UTRにおけるTNRが切除されるいくつかの実施形態において、gRNAは、配列番号5262の配列を含む。1つのgRNAのみであり、FMR1遺伝子の5’UTRにおけるTNRが切除されるいくつかの実施形態において、gRNAは、配列番号5264の配列を含む。いくつかの実施形態において、本方法は、DNA-PK阻害剤を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態において、DNA-PK阻害剤は、化合物6である。いくつかの実施形態において、DNA-PK阻害剤は、化合物3である。
いくつかの実施形態において、FXN遺伝子の5’UTRにおけるトリヌクレオチドリピート(TNR)を特徴とする疾患を治療するための方法であって、1つのガイドRNAのみ、またはガイドRNAをコードするベクターを投与することを含む、方法が提供される。いくつかの実施形態において、FXN遺伝子の5’UTRにおけるトリヌクレオチドリピート(TNR)を切除する方法であって、1つのガイドRNAのみ、またはガイドRNAをコードするベクターを投与することを含む、方法が提供される。いくつかの実施形態において、1つのgRNAのみを投与するための方法であって、FXN遺伝子の5’UTRにおけるTNRが切除される、方法が提供される。1つのgRNAのみであり、FXN遺伝子の5’UTRにおけるTNRが切除されるいくつかの実施形態において、gRNAは、配列番号47047、7447、7463、46967、46768、7680、及び47032から選択される配列を含むスペーサー配列を含む。1つのgRNAのみであり、FXN遺伝子の5’UTRにおけるTNRが切除されるいくつかの実施形態において、gRNAは、配列番号47045、7445、7461、46766、7678、及び47030から選択される配列を含むスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、本方法は、DNA-PK阻害剤を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態において、DNA-PK阻害剤は、化合物6である。いくつかの実施形態において、DNA-PK阻害剤は、化合物3である。
本明細書に記載の方法のいくつかの実施形態において、RNA標的化エンドヌクレアーゼをTNRにまたはTNRの近くに送達する、第1及び第2のスペーサーを含む1対のガイドRNA、または1対のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸が細胞に提供または送達される。例えば、TNRがDMPK遺伝子の3’UTRにある場合、第1及び第2のスペーサーは、以下の対の配列番号2202及び3418;2202及び3370;2202及び3514;2202及び3658;2178及び3418;2178及び3370;2178及び3514;2178及び3658;2170及び3418;2170及び3370;2170及び3514;2170及び3658;2162及び3418;2162及び3370;2162及び3514;2162及び3658;2202及び4010;2202及び4026;2202及び3914;2202及び3938;2202及び3858;2202及び3818;2202及び3794;2202及び3802;2202及び3746;2202及び3778;2202及び3770;2202及び3722;2202及び3690;2202及び3682;2202及び3330;2202及び3354;2202及び3394;2202及び3386;2178及び4010;2178及び4026;2178及び3914;2178及び3938;2178及び3858;2178及び3818;2178及び3794;2178及び3802;2178及び3746;2178及び3778;2178及び3770;2178及び3722;2178及び3690;2178及び3682;2178及び3330;2178及び3354;2178及び3394;2178及び3386;2170及び4010;2170及び4026;2170及び3914;2170及び3938;2170及び3858;2170及び3818;2170及び3794;2170及び3802;2170及び3746;2170及び3778;2170及び3770;2170及び3722;2170及び3690;2170及び3682;2170及び3330;2170及び3354;2170及び3394;2170及び3386;2162及び4010;2162及び4026;2162及び3914;2162及び3938;2162及び3858;2162及び3818;2162及び3794;2162及び3802;2162及び3746;2162及び3778;2162及び3770;2162及び3722;2162及び3690;2162及び3682;2162及び3330;2162及び3354;2162及び3394;2162及び3386;1706及び3418;1706及び3370;1706及び3514;1706及び3658;1706及び4010;1706及び4026;1706及び3914;1706及び3938;1706及び3858;1706及び3818;1706及び3794;1706及び3802;1706及び3746;1706及び3778;1706及び3770;1706及び3722;1706及び3690;1706及び3682;1706及び3330;1706及び3354;1706及び3394;1706及び3386;2210及び3418;2210及び3370;2210及び3514;2210及び3658;2210及び4010;2210及び4026;2210及び3914;2210及び3938;2210及び3858;2210及び3818;2210及び3794;2210及び3802;2210及び3746;2210及び3778;2210及び3770;2210及び3722;2210及び3690;2210及び3682;2210及び3330;2210及び3354;2210及び3394;2210及び3386;1778及び3418;1778及び3370;1778及び3514;1778及び3658;1778及び4010;1778及び4026;1778及び3914;1778及び3938;1778及び3858;1778及び3818;1778及び3794;1778及び3802;1778及び3746;1778及び3778;1778及び3770;1778及び3722;1778及び3690;1778及び3682;1778及び3330;1778及び3354;1778及び3394;1778及び3386;2258及び3418;2258及び3370;2258及び3514;2258及び3658;2258及び4010;2258及び4026;2258及び3914;2258及び3938;2258及び3858;2258及び3818;2258及び3794;2258及び3802;2258及び3746;2258及び3778;2258及び3770;2258及び3722;2258及び3690;2258及び3682;2258及び3330;2258及び3354;2258及び3394;2258及び3386;2114及び3418;2114及び3370;2114及び3514;2114及び3658;2114及び4010;2114及び4026;2114及び3914;2114及び3938;2114及び3858;2114及び3818;2114及び3794;2114及び3802;2114及び3746;2114及び3778;2114及び3770;2114及び3722;2114及び3690;2114及び3682;2114及び3330;2114及び3354;2114及び3394;2114及び3386;1642及び3418;1642及び3370;1642及び3514;1642及び3658;1642及び4010;1642及び4026;1642及び3914;1642及び3938;1642及び3858;1642及び3818;1642及び3794;1642及び3802;1642及び3746;1642及び3778;1642及び3770;1642及び3722;1642及び3690;1642及び3682;1642及び3330;1642及び3354;1642及び3394;1642及び3386;1738及び3418;1738及び3370;1738及び3514;1738及び3658;1738及び4010;1738及び4026;1738及び3914;1738及び3938;1738及び3858;1738及び3818;1738及び3794;1738及び3802;1738及び3746;1738及び3778;1738及び3770;1738及び3722;1738及び3690;1738及び3682;1738及び3330;1738及び3354;1738及び3394;1738及び3386;2258及び3418;2258及び3370;2258及び3514;2258及び3658;2258及び4010;2258及び4026;2258及び3914;2258及び3938;2258及び3858;2258及び3818;2258及び3794;2258及び3802;2258及び3746;2258及び3778;2258及び3770;2258及び3722;2258及び3690;2258及び3682;2258及び3330;2258及び3354;2258及び3394;2258及び3386;2114及び3418;2114及び3370;2114及び3514;2114及び3658;2114及び4010;2114及び4026;2114及び3914;2114及び3938;2114及び3858;2114及び3818;2114及び3794;2114及び3802;2114及び3746;2114及び3778;2114及び3770;2114及び3722;2114及び3690;2114及び3682;2114及び3330;2114及び3354;2114及び3394;1706及び3386;1642及び3418;1642及び3370;1642及び3514;1642及び3658;1642及び4010;1642及び4026;1642及び3914;1642及び3938;1642及び3858;1642及び3818;1642及び3794;1642及び3802;1642及び3746;1642及び3778;1642及び3770;1642及び3722;1642及び3690;1642及び3682;1642及び3330;1642及び3354;1642及び3394;1642及び3386;1738及び3418;1738及び3370;1738及び3514;1738及び3658;1738及び4010;1738及び4026;1738及び3914;1738及び3938;1738及び3858;1738及び3818;1738及び3794;1738及び3802;1738及び3746;1738及び3778;1738及び3770;1738及び3722;1738及び3690;1738及び3682;1738及び3330;1738及び3354;1738及び3394;1738及び3386;1746及び3418;1746及び3370;1746及び3514;1746及び3658;1746及び4010;1746及び4026;1746及び3914;1746及び3938;1746及び3858;1746及び3818;1746及び3794;1746及び3802;1746及び3746;1746及び3778;1746及び3770;1746及び3722;1746及び3690;1746及び3682;1746及び3330;1746及び3354;1746及び3394;1746及び3386;2322及び3418;2322及び3370;2322及び3514;2322及び3658;2322及び4010;2322及び4026;2322及び3914;2322及び3938;2322及び3858;2322及び3818;2322及び3794;2322及び3802;2322及び3746;2322及び3778;2322及び3770;2322及び3722;2322及び3690;2322及び3682;2322及び3330;2322及び3354;2322及び3394;2322及び3386;1770及び3418;1770及び3370;1770及び3514;1770及び3658;1770及び4010;1770及び4026;1770及び3914;1770及び3938;1770及び3858;1770及び3818;1770及び3794;1770及び3802;1770及び3746;1770及び3778;1770及び3770;1770及び3722;1770及び3690;1770及び3682;1770及び3330;1770及び3354;1770及び3394;1770及び3386;1538及び3418;1538及び3370;1538及び3514;1538及び3658;1538及び4010;1538及び4026;1538及び3914;1538及び3938;1538及び3858;1538及び3818;1538及び3794;1538及び3802;1538及び3746;1538及び3778;1538及び3770;1538及び3722;1538及び3690;1538及び3682;1538及び3330;1538及び3354;1538及び3394;1538及び3386;2514及び3418;2514及び3370;2514及び3514;2514及び3658;2514及び4010;2514及び4026;2514及び3914;2514及び3938;2514及び3858;2514及び3818;2514及び3794;2514及び3802;2514及び3746;2514及び3778;2514及び3770;2514及び3722;2514及び3690;2514及び3682;2514及び3330;2514及び3354;2514及び3394;2514及び3386;2458及び3418;2458及び3370;2458及び3514;2458及び3658;2458及び4010;2458及び4026;2458及び3914;2458及び3938;2458及び3858;2458及び


3818;2458及び3794;2458及び3802;2458及び3746;2458及び3778;2458及び3770;2458及び3722;2458及び3690;2458及び3682;2458及び3330;2458及び3354;2458及び3394;2458及び3386;2194及び3418;2194及び3370;2194及び3514;2194及び3658;2194及び4010;2194及び4026;2194及び3914;2194及び3938;2194及び3858;2194及び3818;2194及び3794;2194及び3802;2194及び3746;2194及び3778;2194及び3770;2194及び3722;2194及び3690;2194及び3682;2194及び3330;2194及び3354;2194及び3394;2194及び3386;2594及び3418;2594及び3370;2594及び3514;2594及び3658;2594及び4010;2594及び4026;2594及び3914;2594及び3938;2594及び3858;2594及び3818;2594及び3794;2594及び3802;2594及び3746;2594及び3778;2594及び3770;2594及び3722;2594及び3690;2594及び3682;2594及び3330;2594及び3354;2594及び3394;2594及び3386;2618及び3418;2618及び3370;2618及び3514;2618及び3658;2618及び4010;2618及び4026;2618及び3914;2618及び3938;2618及び3858;2618及び3818;2618及び3794;2618及び3802;2618及び3746;2618及び3778;2618及び3770;2618及び3722;2618及び3690;2618及び3682;2618及び3330;2618及び3354;2618及び3394;ならびに2618及び3386のいずれか1つの配列を有し得る。いくつかの実施形態において、本方法は、DNA-PK阻害剤を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態において、DNA-PK阻害剤は、化合物6である。いくつかの実施形態において、DNA-PK阻害剤は、化合物3である。
さらなる例では、TNRがFMR1遺伝子の5’UTRにある場合、第1及び第2のスペーサーは、以下の対の配列番号5782及び5262;5830及び5262;5926及び5262;5950及び5262;ならびに5998及び5262のいずれか1つの配列を有し得る。いくつかの実施形態において、本方法は、DNA-PK阻害剤を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態において、DNA-PK阻害剤は、化合物6である。いくつかの実施形態において、DNA-PK阻害剤は、化合物3である。
TNRがFXN遺伝子のイントロンにあるさらなる例では、第1及び第2のスペーサーは、以下の対の配列番号47047及び7447;7463及び46967;46768及び7680;47032及び7447のいずれか1つの配列を有し得る。いくつかの実施形態において、本方法は、DNA-PK阻害剤を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態において、DNA-PK阻害剤は、化合物6である。いくつかの実施形態において、DNA-PK阻害剤は、化合物3である。
いくつかの実施形態において、DMPK遺伝子の3’UTRにおけるトリヌクレオチドリピート(TNR)を特徴とする疾患を治療する方法であって、第1及び第2のスペーサー配列を含む1対のガイドRNA、または1対のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸を含む組成物を投与することを含む、方法を提供する。いくつかの実施形態において、DMPK遺伝子の3’UTRにおけるトリヌクレオチドリピート(TNR)を切除する方法であって、第1及び第2のスペーサー配列を含む1対のガイドRNA、または1対のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸を含む組成物を投与することを含む、方法を提供する。いくつかの実施形態において、ガイドRNAの対は、配列番号2202及び3418;2202及び3370;2202及び3514;2202及び3658;2178及び3418;2178及び3370;2178及び3514;2178及び3658;2170及び3418;2170及び3370;2170及び3514;2170及び3658;2162及び3418;2162及び3370;2162及び3514;2162及び3658;2202及び4010;2202及び4026;2202及び3914;2202及び3938;2202及び3858;2202及び3818;2202及び3794;2202及び3802;2202及び3746;2202及び3778;2202及び3770;2202及び3722;2202及び3690;2202及び3682;2202及び3330;2202及び3354;2202及び3394;2202及び3386;2178及び4010;2178及び4026;2178及び3914;2178及び3938;2178及び3858;2178及び3818;2178及び3794;2178及び3802;2178及び3746;2178及び3778;2178及び3770;2178及び3722;2178及び3690;2178及び3682;2178及び3330;2178及び3354;2178及び3394;2178及び3386;2170及び4010;2170及び4026;2170及び3914;2170及び3938;2170及び3858;2170及び3818;2170及び3794;2170及び3802;2170及び3746;2170及び3778;2170及び3770;2170及び3722;2170及び3690;2170及び3682;2170及び3330;2170及び3354;2170及び3394;2170及び3386;2162及び4010;2162及び4026;2162及び3914;2162及び3938;2162及び3858;2162及び3818;2162及び3794;2162及び3802;2162及び3746;2162及び3778;2162及び3770;2162及び3722;2162及び3690;2162及び3682;2162及び3330;2162及び3354;2162及び3394;2162及び3386;1706及び3418;1706及び3370;1706及び3514;1706及び3658;1706及び4010;1706及び4026;1706及び3914;1706及び3938;1706及び3858;1706及び3818;1706及び3794;1706及び3802;1706及び3746;1706及び3778;1706及び3770;1706及び3722;1706及び3690;1706及び3682;1706及び3330;1706及び3354;1706及び3394;1706及び3386;2210及び3418;2210及び3370;2210及び3514;2210及び3658;2210及び4010;2210及び4026;2210及び3914;2210及び3938;2210及び3858;2210及び3818;2210及び3794;2210及び3802;2210及び3746;2210及び3778;2210及び3770;2210及び3722;2210及び3690;2210及び3682;2210及び3330;2210及び3354;2210及び3394;2210及び3386;1778及び3418;1778及び3370;1778及び3514;1778及び3658;1778及び4010;1778及び4026;1778及び3914;1778及び3938;1778及び3858;1778及び3818;1778及び3794;1778及び3802;1778及び3746;1778及び3778;1778及び3770;1778及び3722;1778及び3690;1778及び3682;1778及び3330;1778及び3354;1778及び3394;1778及び3386;2258及び3418;2258及び3370;2258及び3514;2258及び3658;2258及び4010;2258及び4026;2258及び3914;2258及び3938;2258及び3858;2258及び3818;2258及び3794;2258及び3802;2258及び3746;2258及び3778;2258及び3770;2258及び3722;2258及び3690;2258及び3682;2258及び3330;2258及び3354;2258及び3394;2258及び3386;2114及び3418;2114及び3370;2114及び3514;2114及び3658;2114及び4010;2114及び4026;2114及び3914;2114及び3938;2114及び3858;2114及び3818;2114及び3794;2114及び3802;2114及び3746;2114及び3778;2114及び3770;2114及び3722;2114及び3690;2114及び3682;2114及び3330;2114及び3354;2114及び3394;2114及び3386;1642及び3418;1642及び3370;1642及び3514;1642及び3658;1642及び4010;1642及び4026;1642及び3914;1642及び3938;1642及び3858;1642及び3818;1642及び3794;1642及び3802;1642及び3746;1642及び3778;1642及び3770;1642及び3722;1642及び3690;1642及び3682;1642及び3330;1642及び3354;1642及び3394;1642及び3386;1738及び3418;1738及び3370;1738及び3514;1738及び3658;1738及び4010;1738及び4026;1738及び3914;1738及び3938;1738及び3858;1738及び3818;1738及び3794;1738及び3802;1738及び3746;1738及び3778;1738及び3770;1738及び3722;1738及び3690;1738及び3682;1738及び3330;1738及び3354;1738及び3394;1738及び3386;2258及び3418;2258及び3370;2258及び3514;2258及び3658;2258及び4010;2258及び4026;2258及び3914;2258及び3938;2258及び3858;2258及び3818;2258及び3794;2258及び3802;2258及び3746;2258及び3778;2258及び3770;2258及び3722;2258及び3690;2258及び3682;2258及び3330;2258及び3354;2258及び3394;2258及び3386;2114及び3418;2114及び3370;2114及び3514;2114及び3658;2114及び4010;2114及び4026;2114及び3914;2114及び3938;2114及び3858;2114及び3818;2114及び3794;2114及び3802;2114及び3746;2114及び3778;2114及び3770;2114及び3722;2114及び3690;2114及び3682;2114及び3330;2114及び3354;2114及び3394;1706及び3386;1642及び3418;1642及び3370;1642及び3514;1642及び3658;1642及び4010;1642及び4026;1642及び3914;1642及び3938;1642及び3858;1642及び3818;1642及び3794;1642及び3802;1642及び3746;1642及び3778;1642及び3770;1642及び3722;1642及び3690;1642及び3682;1642及び3330;1642及び3354;1642及び3394;1642及び3386;1738及び3418;1738及び3370;1738及び3514;1738及び3658;1738及び4010;1738及び4026;1738及び3914;1738及び3938;1738及び3858;1738及び3818;1738及び3794;1738及び3802;1738及び3746;1738及び3778;1738及び3770;1738及び3722;1738及び3690;1738及び3682;1738及び3330;1738及び3354;1738及び3394;1738及び3386;1746及び3418;1746及び3370;1746及び3514;1746及び3658;1746及び4010;1746及び4026;1746及び3914;1746及び3938;1746及び3858;1746及び3818;1746及び3794;1746及び3802;1746及び3746;1746及び3778;1746及び3770;1746及び3722;1746及び3690;1746及び3682;1746及び3330;1746及び3354;1746及び3394;1746及び3386;2322及び3418;2322及び3370;2322及び3514;2322及び3658;2322及び4010;2322及び4026;2322及び3914;2322及び3938;2322及び3858;2322及び3818;2322及び3794;2322及び3802;2322及び3746;2322及び3778;2322及び3770;2322及び3722;2322及び3690;2322及び3682;2322及び3330;2322及び3354;2322及び3394;2322及び3386;1770及び3418;1770及び3370;1770及び3514;1770及び3658;1770及び4010;1770及び4026;1770及び3914;1770及び3938;1770及び3858;1770及び3818;1770及び3794;1770及び3802;1770及び3746;1770及び3778;1770及び3770;1770及び3722;1770及び3690;1770及び3682;1770及び3330;1770及び3354;1770及び3394;1770及び3386;1538及び3418;1538及び3370;1538及び3514;1538及び3658;1538及び4010;1538及び4026;1538及び3914;1538及び3938;1538及び3858;1538及び3818;1538及び3794;1538及び3802;1538及び3746;1538及び3778;1538及び3770;1538及び3722;1538及び3690;1538及び3682;1538及び3330;1538及び3354;1538及び3394;1538及び3386;2514及び3418;2514及び3370;2514及び3514;2514及び3658;2514及び4010;2514及び4026;2514及び3914;2514及び3938;2514及び3858;2514及び3818;2514及び3794;2514及び3802;2514及び3746;2514及び3778;2514及び3770;2514及び3722;2514及び3690;2514及び3682;2514及び3330;251


4及び3354;2514及び3394;2514及び3386;2458及び3418;2458及び3370;2458及び3514;2458及び3658;2458及び4010;2458及び4026;2458及び3914;2458及び3938;2458及び3858;2458及び3818;2458及び3794;2458及び3802;2458及び3746;2458及び3778;2458及び3770;2458及び3722;2458及び3690;2458及び3682;2458及び3330;2458及び3354;2458及び3394;2458及び3386;2194及び3418;2194及び3370;2194及び3514;2194及び3658;2194及び4010;2194及び4026;2194及び3914;2194及び3938;2194及び3858;2194及び3818;2194及び3794;2194及び3802;2194及び3746;2194及び3778;2194及び3770;2194及び3722;2194及び3690;2194及び3682;2194及び3330;2194及び3354;2194及び3394;2194及び3386;2594及び3418;2594及び3370;2594及び3514;2594及び3658;2594及び4010;2594及び4026;2594及び3914;2594及び3938;2594及び3858;2594及び3818;2594及び3794;2594及び3802;2594及び3746;2594及び3778;2594及び3770;2594及び3722;2594及び3690;2594及び3682;2594及び3330;2594及び3354;2594及び3394;2594及び3386;2618及び3418;2618及び3370;2618及び3514;2618及び3658;2618及び4010;2618及び4026;2618及び3914;2618及び3938;2618及び3858;2618及び3818;2618及び3794;2618及び3802;2618及び3746;2618及び3778;2618及び3770;2618及び3722;2618及び3690;2618及び3682;2618及び3330;2618及び3354;2618及び3394;ならびに2618及び3386から選択される第1及び第2のスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、ガイドRNAの対は、配列番号2202及び3418;2202及び3370;2202及び3514;2202及び3658;2178及び3418;2178及び3370;2178及び3514;2178及び3658;2170及び3418;2170及び3370;2170及び3514;2170及び3658;2162及び3418;2162及び3370;2162及び3514;2162及び3658;2202及び4010;2202及び4026;2202及び3914;2202及び3938;2202及び3858;2202及び3818;2202及び3794;2202及び3802;2202及び3746;2202及び3778;2202及び3770;2202及び3722;2202及び3690;2202及び3682;2202及び3330;2202及び3354;2202及び3394;2202及び3386;2178及び4010;2178及び4026;2178及び3914;2178及び3938;2178及び3858;2178及び3818;2178及び3794;2178及び3802;2178及び3746;2178及び3778;2178及び3770;2178及び3722;2178及び3690;2178及び3682;2178及び3330;2178及び3354;2178及び3394;2178及び3386;2170及び4010;2170及び4026;2170及び3914;2170及び3938;2170及び3858;2170及び3818;2170及び3794;2170及び3802;2170及び3746;2170及び3778;2170及び3770;2170及び3722;2170及び3690;2170及び3682;2170及び3330;2170及び3354;2170及び3394;2170及び3386;2162及び4010;2162及び4026;2162及び3914;2162及び3938;2162及び3858;2162及び3818;2162及び3794;2162及び3802;2162及び3746;2162及び3778;2162及び3770;2162及び3722;2162及び3690;2162及び3682;2162及び3330;2162及び3354;2162及び3394;2162及び3386から選択される第1及び第2のスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、ガイドRNAの対は、配列番号2202及び3418;2202及び3370;2202及び3514;2202及び3658;2178及び3418;2178及び3370;2178及び3514;2178及び3658;2170及び3418;2170及び3370;2170及び3514;2170及び3658;2162及び3418;2162及び3370;2162及び3514;ならびに2162及び3658から選択される第1及び第2のスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、ガイドRNAの対は、配列番号3778及び2514;3778及び2258;3778及び2210;3386及び2514;3386及び2258;3386及び2210;3354及び2514;3354及び2258;ならびに3354及び2210から選択される第1及び第2のスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、ガイドRNAの対は、配列番号3778及び2258;3778及び2210;3386及び2258;3386及び2210;ならびに3354及び2514から選択される第1及び第2のスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、ガイドRNAの対は、配列番号3346及び2554;3346及び2498;3330及び2554;3330及び2498;3330及び2506;ならびに3330及び2546から選択される第1及び第2のスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、ガイドRNAの対は、配列番号3346及び2554;3346及び2498;3330及び2554;3330及び2498;3354及び2546;3354及び2506;3378及び2546;3378及び2506から選択される第1及び第2のスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、配列番号3346及び2554;3346及び2498;3330及び2554;ならびに3330及び2498から選択される第1及び第2のスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、ガイドRNAの対は、配列番号1153及び1129を含む第1及び第2のスペーサーを含む。いくつかの実施形態において、ガイドRNAの対は、第1及び第2のスペーサー配列を含み、この1対のスペーサー配列は、配列番号2856、2864、2880、2896、2904、2912、2936、2944、2960、2992、3016、3024、3064、3096、3112、3128、3136、3144、3160、3168、3192、3200、3208、3216、3224、3232、3240、3248、3256、3264、3314、3330、3346、3354、3370、3378、3386、3394、3410、3418、3426、3434、3442、3450、3458、3474、3482、3490、3498、3506、3514、3522、3530、3538、3546、3554、3570、3578、3586、3602、3610、3618、3634、3642、3658、3674、3682、3690、3698、3706、3722、3746、3762、3770、3778、3794、3802、3818、3826、3834、3850、3858、3890、3898、3906、3914、3922、3930、3938、3946、3994、4010、4018、4026、4034、4042、4208、または4506から選択される第1のスペーサー配列、及び配列番号560、584、608、616、656、672、688、696、712、744、752、760、840、864、960、976、984、1008、1056、1128、1136、1152、1224、1240、1272、1338、1346、1370、1378、1386、1394、1402、1410、1418、1426、1434、1442、1458、1474、1482、1490、1498、1514、1538、1546、1554、1562、1578、1586、1594、1602、1610、1626、1634、1642、1650、1658、1690、1706、1714、1738、1746、1770、1778、1786、1802、1810、1818、1826、1834、1842、1850、1890、1914、1930、1938、1946、1962、1970、1978、1986、1994、2010、2018、2026、2042、2050、2058、2090、2114、2130、2162、2170、2178、2202、2210、2226、2242、2258、2266、2274、2282、2298、2314、2322、2330、2338、2346、2354、2370、2378、2394、2418、2434、2442、2458、2466、2474、2498、2506、2514、2522、2546、2554、2570、2586、2658、4989、4990、4991、または4992から選択される第2のスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、ガイドRNAの対は、第1及び第2のスペーサー配列を含み、この1対のスペーサー配列は、配列番号3778、4026、3794、4010、3906及び3746から選択される第1のスペーサー配列、ならびに配列番号1778、1746、1770、1586、1914、及び2210から選択される第2のスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、ガイドRNAの対は、第1及び第2のスペーサー配列を含み、この1対のスペーサー配列は、配列番号3778及び1778;3778及び1746;3778及び1770;3778及び1586;3778及び1914;3778及び2210;4026及び1778;4026及び1746;4026及び1770;4026及び1586;4026及び1914;4026及び2210;3794及び1778;3794及び1746;3794及び1770;3794及び1586;3794及び1586;3794及び1914;3794及び2210;4010及び1778;4010及び1770;4010及び1746;4010及び1586;4010及び1914;4010及び2210;3906及び1778;3906及び1778;3906及び1746;3906及び1770;3906及び1586;3906及び1914;3906及び2210;3746及び1778;3746及び1746;3746及び1770;3746及び1586;3746及び1914;ならびに3746及び2210から選択される第1及び第2のスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、ガイドRNAの対は、第1及び第2のスペーサー配列を含み、この1対のスペーサー配列は、配列番号3256、2896、3136、及び3224から選択される第1のスペーサー配列、ならびに配列番号4989、560、672、976、760、984、及び616から選択される第2のスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、ガイドRNAの対は、第1及び第2のスペーサー配列を含み、この1対のスペーサー配列は、配列番号3256及び4989;3256及び984;3256及び616;2896及び49


89;2896及び672;2896及び760;3136及び4989;3136及び560;3224及び4989;3224及び976;ならびに3224及び760から選択される第1及び第2のスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、本方法は、DNA-PK阻害剤を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態において、DNA-PK阻害剤は、化合物6である。いくつかの実施形態において、DNA-PK阻害剤は、化合物3である。
いくつかの実施形態において、FMR1遺伝子の5’UTRにおけるトリヌクレオチドリピート(TNR)を特徴とする疾患を治療する方法であって、第1及び第2のスペーサー配列を含む1対のガイドRNA、または1対のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸を含む組成物を投与することを含む、方法を提供する。いくつかの実施形態において、FMR1遺伝子の5’UTRにおけるトリヌクレオチドリピート(TNR)を切除する方法であって、第1及び第2のスペーサー配列を含む1対のガイドRNA、または1対のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸を含む組成物を投与することを含む、方法を提供する。いくつかの実施形態において、ガイドRNAの対は、配列番号5782及び5262;5830及び5262;5926及び5262;5950及び5262;ならびに5998及び5262から選択される第1及び第2のスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、ガイドRNAの対は、配列番号5830及び5262;ならびに6022及び5310から選択される第1及び第2のスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、ガイドRNAの対は、配列番号5334及び5830を含む第1及び第2のスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、本方法は、DNA-PK阻害剤を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態において、DNA-PK阻害剤は、化合物6である。いくつかの実施形態において、DNA-PK阻害剤は、化合物3である。
いくつかの実施形態において、FXN遺伝子の5’UTRにおけるトリヌクレオチドリピート(TNR)を特徴とする疾患を治療する方法であって、第1及び第2のスペーサー配列を含む1対のガイドRNA、または1対のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸を含む組成物を投与することを含む、方法を提供する。いくつかの実施形態において、FXN遺伝子の5’UTRにおけるトリヌクレオチドリピート(TNR)を切除する方法であって、第1及び第2のスペーサー配列を含む1対のガイドRNA、または1対のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸を含む組成物を投与することを含む、方法を提供する。いくつかの実施形態において、ガイドRNAの対は、配列番号47047及び7447;7463及び46967;46768及び7680;47032及び7447から選択される第1及び第2のスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、ガイドRNAの対は、配列番号47047及び7447を含む第1及び第2のスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、ガイドRNAの対は、配列番号52898及び36546を含む第1及び第2のスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、本方法は、DNA-PK阻害剤を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態において、DNA-PK阻害剤は、化合物6である。いくつかの実施形態において、DNA-PK阻害剤は、化合物3である。
いくつかの実施形態において、DMPK遺伝子の3’UTRにおけるトリヌクレオチドリピート(TNR)を切除する方法であって、1対のスペーサー配列を含む1対のガイドRNAを投与することを含み、第1のスペーサー配列は、RNAガイド型DNAヌクレアーゼを、配列の第1のストレッチ内の任意のヌクレオチドに誘導し、ここで、第1のストレッチは、spCas9によるDMPK-U29切断部位の1ヌクレオチドから開始し、リピートまで続く。いくつかの実施形態において、第1のストレッチは、spCas9によるDMPK-U30切断部位の1ヌクレオチドから開始し、DMPK-U56切断部位の1ヌクレオチド前まで続く。いくつかの実施形態において、第1のストレッチは、spCas9によるDMPK-U30切断部位の1ヌクレオチドから開始し、DMPK-U52切断部位の1ヌクレオチド前まで続く。いくつかの実施形態において、第1のストレッチは、配列番号53413である。いくつかの実施形態において、第1のストレッチは、配列番号53414である。いくつかの実施形態において、第1のストレッチは、配列番号53415である。
いくつかの実施形態において、DMPK遺伝子の3’UTRにおけるトリヌクレオチドリピート(TNR)を切除する方法であって、1対のスペーサー配列を含む1対のガイドRNAを投与することを含み、第2のスペーサー配列は、RNAガイド型DNAヌクレアーゼを、配列の第2のストレッチ内の任意のヌクレオチドに誘導し、ここで、第2のストレッチは、spCas9によるDMPK-D15切断部位の1ヌクレオチドから開始し、DMPK-D51切断部位の1ヌクレオチド前まで続く。いくつかの実施形態において、第2のストレッチは、spCas9でDMPK-D35切断部位の1ヌクレオチドから開始し、DMPK-D51切断部位の1ヌクレオチド前まで続く。いくつかの実施形態において、第2のストレッチは、配列番号53416である。いくつかの実施形態において、第2のストレッチは、配列番号53417である。
いくつかの実施形態において、DMPK遺伝子の3’UTRにおけるトリヌクレオチドリピート(TNR)を切除する方法であって、1対のスペーサー配列を含む1対のガイドRNAを投与することを含み、第1のスペーサー配列は、RNAガイド型DNAヌクレアーゼを、配列の第1のストレッチ内の任意のヌクレオチドに誘導し、第2のスペーサー配列は、配列の第2のストレッチ内の任意のヌクレオチドにRNAガイド型DNAヌクレアーゼを誘導する。いくつかの実施形態において、第1のストレッチは、spCas9によるDMPK-U29切断部位の1ヌクレオチドから開始し、リピートまで続く。いくつかの実施形態において、第1のストレッチは、spCas9によるDMPK-U30切断部位の1ヌクレオチドから開始し、DMPK-U56切断部位の1ヌクレオチド前まで続く。いくつかの実施形態において、第1のストレッチは、spCas9によるDMPK-U30切断部位の1ヌクレオチドから開始し、DMPK-U52切断部位の1ヌクレオチド前まで続く。いくつかの実施形態において、第1のストレッチは、配列番号53413である。いくつかの実施形態において、第1のストレッチは、配列番号53414である。いくつかの実施形態において、第1のストレッチは、配列番号53415である。いくつかの実施形態において、第2のストレッチは、spCas9によるDMPK-D15切断部位の1ヌクレオチドから開始し、DMPK-D51切断部位の1ヌクレオチド前まで続く。いくつかの実施形態において、第2のストレッチは、spCas9でDMPK-D35切断部位の1ヌクレオチドから開始し、DMPK-D51切断部位の1ヌクレオチド前まで続く。いくつかの実施形態において、第2のストレッチは、配列番号53416である。いくつかの実施形態において、第2のストレッチは、配列番号53417である。いくつかの実施形態において、本方法は、DNA-PK阻害剤を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態において、DNA-PK阻害剤は、化合物6である。いくつかの実施形態において、DNA-PK阻害剤は、化合物3である。
いくつかの実施形態において、方法は、RNA標的化エンドヌクレアーゼ、またはRNA標的化エンドヌクレアーゼをコードする核酸を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態において、RNA標的化エンドヌクレアーゼは、Casヌクレアーゼである。いくつかの実施形態において、Casヌクレアーゼは、Cas9である。いくつかの実施形態において、Cas9ヌクレアーゼは、Streptococcus pyogenesに由来する(spCas9)。いくつかの実施形態において、Cas9ヌクレアーゼは、Staphylococcus aureusに由来する。いくつかの実施形態において、Casヌクレアーゼは、Cpf1である。
前述の方法のいずれか及び本明細書に記載のその他の方法は、上記のセクション、以下の考察、及び実施例を含む、本明細書に記載の追加の特徴のいずれかと実行可能な程度で組み合わせることができる。
いくつかの実施形態において、1つ以上のgRNAは、RNA標的化エンドヌクレアーゼを、TNRまたは自己相補的領域内またはその近くの部位に誘導する。例えば、RNA標的化エンドヌクレアーゼを、TNRまたは自己相補的領域の10、20、30、40、または50ヌクレオチド内で切断するように誘導することができる。
いくつかの実施形態において、RNA標的化エンドヌクレアーゼを、TNRまたは自己相補的領域に隣接する(すなわち、その反対側にある)1対の部位に誘導する、少なくとも1対のgRNAが提供される。例えば、TNRまたは自己相補的領域に隣接する対の部位は、それぞれ、TNRまたは自己相補的領域の10、20、30、40、または50ヌクレオチド内であるが、それらの反対側にあり得る。
本明細書に開示される方法でDNA-PK阻害剤が使用される場合、それは、当技術分野で知られている任意のDNA-PK阻害剤であり得る。DNA-PK阻害剤は、例えば、WO2014/159690;WO2013/163190;WO2018/013840;WO2019/143675;WO2019/143677;WO2019/143678;及びRobert et al., Genome Medicine (2015) 7:93、で詳細に議論されており、これらのそれぞれは参照により本明細書に組み込まれる。いくつかの実施形態において、DNA-PK阻害剤は、NU7441、KU-0060648、または化合物1、2、3、4、5、もしくは6(以下に示す構造)のいずれか1つであり、これらのそれぞれは、前述の引用の少なくとも1つに記載されている。いくつかの実施形態において、DNA-PK阻害剤は、化合物6である。いくつかの実施形態において、DNA-PK阻害剤は、化合物3である。例示的なDNA-PK阻害剤の構造は、表1Aにおいて以下のとおりである。特に明記しない限り、名称または構造によるDNA-PK阻害剤への言及は、その薬学的に許容される塩を包含する。
Figure 2022545921000005
Figure 2022545921000006
DNA-PK阻害剤が使用される前述の実施形態のいずれかにおいて、DNA-PK阻害剤は、切除を促進するために、1つのgRNAのみと、または1つのgRNAのみをコードするベクターと組み合わせて使用することができる、すなわち、この方法は、TNRまたは自己相補的領域の近くで切断を促進する2つ以上のガイドを提供することを必ずしも伴わない。
いくつかの実施形態において、トリヌクレオチドリピートまたは自己相補的領域は、トリヌクレオチドリピート伸長障害であり得るリピート伸長障害などの障害に関連する遺伝子座または遺伝子から切除される。リピート伸長障害とは、罹患していない個体が正常範囲内のリピート数を含む対立遺伝子を有し、障害を有するか障害のリスクがある個体は、正常範囲に比べてより増加した範囲のリピート数を含む1つまたは2つの対立遺伝子を有する障害である。例示的なリピート伸長障害は、表1に列挙され、記載されている。いくつかの実施形態において、リピート伸長障害は、表1に列挙された障害のいずれか1つである。いくつかの実施形態において、リピート伸長障害は、DM1である。いくつかの実施形態において、リピート伸長障害は、HDである。いくつかの実施形態において、リピート伸長障害は、FXSである。いくつかの実施形態において、リピート伸長障害は、脊髄小脳失調症である。いくつかの実施形態において、トリヌクレオチドリピートが切除される遺伝子座または遺伝子は、表1に列挙された遺伝子である。いくつかの実施形態において、トリヌクレオチドリピートが切除される遺伝子座または遺伝子は、DMPKである。いくつかの実施形態において、トリヌクレオチドリピートが切除される遺伝子座または遺伝子は、HTTである。いくつかの実施形態において、トリヌクレオチドリピートが切除される遺伝子座または遺伝子は、フラタキシンである。いくつかの実施形態において、トリヌクレオチドリピートが切除される遺伝子座または遺伝子は、FMR1である。いくつかの実施形態において、トリヌクレオチドリピートが切除される遺伝子座または遺伝子は、アタキシンである。いくつかの実施形態において、トリヌクレオチドリピートが切除される遺伝子座または遺伝子は、あるタイプの脊髄小脳失調症に関連する遺伝子である。
切除されるリピートの数は、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1500、2000、3000、4000、5000、6000、7000、8000、9000、もしくは10,000、または前述の数値のいずれか2つで囲まれた範囲(両端を含む)、または上記の概要に列挙されている範囲のいずれかであり得る。いくつかの実施形態において、切除されるリピートの数は、例えば、病理学的、前変異、リスクのある、または中間の範囲として、表1に列挙された範囲内にある。
いくつかの実施形態において、リピートもしくは自己相補的領域の切除により、リピートもしくは自己相補的領域に関連するか、またはリピートもしくは自己相補的領域に関連する障害に関連する少なくとも1つの表現型もしくは症状を改善する。これには、リピートもしくは自己相補的領域を包含するかまたはその近くの遺伝子の異常な発現の改善、またはリピートもしくは自己相補的領域を包含する遺伝子によってコードされる遺伝子産物(非コードRNA、mRNA、またはポリペプチド)の異常な活性の改善が含まれ得る。
例えば、TNRがDMPK遺伝子内にある場合、TNRの切除により、伸長リピートDMPK遺伝子に関連する1つ以上の表現型、例えば、筋緊張性ジストロフィータンパク質キナーゼ活性の増加;ホスホレンマン、ジヒドロピリジン受容体、ミオジェニン、L型カルシウムチャネルベータサブユニット、及び/またはミオシンホスファターゼ標的化サブユニットのリン酸化の増加;ミオシンホスファターゼの阻害の増加;及び/または筋肉喪失、筋衰弱、過眠症、1つ以上の実行機能障害、インスリン抵抗性、白内障形成、禿毛、または男性不妊症または受精能低下の改善、のうちの1つ以上など、が改善される。
TNRがHTT遺伝子内にある場合、TNRの切除により、伸長リピートHTT遺伝子に関連する1つ以上の表現型、例えば、線条体ニューロン喪失、不随意運動、易刺激性、うつ病、小不随意運動、協調性の欠如、新しい情報の学習や意思決定の困難、歩行、発話、及び/または嚥下の困難、及び/または思考及び/または推論能力の低下、のうちの1つ以上など、が改善される。
TNRがFMR1遺伝子内にある場合、TNRの切除により、伸長リピートFMR1遺伝子に関連する1つ以上の表現型、例えば、異常なFMR1転写物または脆弱X精神遅滞タンパク質レベル、通常FMRPに関連するmRNAの翻訳調節不全、ホスホコフィリン(CFL1)のレベルの低下、ホスホコフィリンホスファターゼPPP2CAのレベルの上昇、神経シナプスへのmRNA輸送の低下、HSP27、HSP70、及び/またはCRYABの発現の増加、ラミンA/Cアイソフォームの異常な細胞分布、40歳未満の閉経などの早期発症閉経、卵巣の発達または機能の欠陥、血清ゴナドトロピン(例えばFSH)のレベルの上昇、進行性意図振戦、パーキンソニズム、認知機能低下、全身性脳萎縮、インポテンス、及び/または発達遅延、のうちの1つ以上など、が改善される。
TNRがFMR2遺伝子内またはFMR2の5’UTRに隣接している場合、TNRの切除により、FMR2遺伝子内またはFMR2遺伝子に隣接している伸長リピートに関連する1つ以上の表現型、例えば、異常なFMR2発現、発達遅延、アイコンタクト不良、言語の反復使用、及びハンドフラッピング、のうちの1つ以上など、が改善される。
TNRがAR遺伝子内にある場合、TNRの切除により、伸長リピートAR遺伝子に関連する1つ以上の表現型、例えば、異常なAR発現、アンドロゲン受容体タンパク質のC末端短縮化断片の生成;カスパーゼ-3及び/またはユビキチン-プロテアソーム経路を介したアンドロゲン受容体タンパク質のタンパク質分解;CREB結合タンパク質を含む核内封入体の形成;p44/42、p38、及び/またはSAPK/JNKの異常なリン酸化;筋衰弱;筋消耗;歩行、嚥下、及び/または発話の困難;女性化乳房;及び/または男性不妊症、のうちの1つ以上など、が改善される。
TNRがATXN1遺伝子内にある場合、TNRの切除により、伸長リピートATXN1遺伝子に関連する1つ以上の表現型、例えば、ATXN1を含む凝集体の形成;プルキンエ細胞死;運動失調;筋肉のこわばり;急速な、不随意の眼球運動;手足のしびれ、うずき、または疼痛;及び/または筋肉の痙攣、のうちの1つ以上など、が改善される。
TNRがATXN2遺伝子内にある場合、TNRの切除により、伸長リピートATXN2遺伝子に関連する1つ以上の表現型、例えば、異常なATXN2産生;プルキンエ細胞死;運動失調;発話もしくは嚥下の困難;手足の感覚喪失及び脱力;認知症;筋消耗;制御不良の筋緊張;及び/または不随意の筋反射運動、のうちの1つ以上など、が改善される。
TNRがATXN3遺伝子内にある場合、TNRの切除により、伸長リピートATXN3遺伝子に関連する1つ以上の表現型、例えば、異常なATXN3レベル;異常なベクリン-1レベル;オートファジーの阻害;スーパーオキシドジスムターゼ2の調節障害;運動失調;嚥下困難;手足の感覚喪失及び脱力;認知症;筋肉のこわばり;制御不良の筋緊張;振戦;レストレスレッグス症候群;及び/または筋肉の痙攣、のうちの1つ以上など、が改善される。
TNRがCACNA1A遺伝子内にある場合、TNRの切除により、伸長リピートCACNA1A遺伝子に関連する1つ以上の表現型、例えば、CACNA1A発現細胞における異常なCaV2.1電位依存性カルシウムチャネル;運動失調;発話困難;不随意の眼球運動;複視;腕協調運動の喪失;振戦;及び/または制御不良の筋緊張、のうちの1つ以上など、が改善される。
TNRがATXN7遺伝子内にある場合、TNRの切除により、伸長リピートATXN7遺伝子に関連する1つ以上の表現型、例えば、異常なヒストンアセチル化;異常なヒストン脱ユビキチン化;CRXによるトランス活性化の障害;ATXN7を含む核内封入体の形成;運動失調;歩行の協調運動障害;手、発話及び/または眼球運動の不十分な協調;網膜変性;及び/または色素性黄斑ジストロフィー、のうちの1つ以上など、が改善される。
TNRがATXN8OS遺伝子内にある場合、TNRの切除により、伸長リピートATXN8OS遺伝子に関連する1つ以上の表現型、例えば、ATXN8OS mRNAを含むリボ核封入体の形成;異常なKLHL1タンパク質発現;運動失調;発話及び/または歩行困難;及び/または不随意の眼球運動、のうちの1つ以上など、が改善される。
TNRがPPP2R2B遺伝子内にある場合、TNRの切除により、伸長リピートPPP2R2B遺伝子に関連する1つ以上の表現型、例えば、異常なPPP2R2B発現;異常なホスファターゼ2活性;運動失調;小脳変性;歩行困難;及び/または手、発話及び/または眼球運動の不十分な協調、のうちの1つ以上など、が改善される。
TNRがTBP遺伝子内にある場合、TNRの切除により、伸長リピートTBP遺伝子に関連する1つ以上の表現型、例えば、異常な転写開始;異常なTBPタンパク質の蓄積(例えば、小脳ニューロンにおける);異常な小脳ニューロン細胞死;運動失調;歩行困難;筋力低下;及び/または認知能力の喪失、のうちの1つ以上など、が改善される。
TNRがATN1遺伝子内にある場合、TNRの切除により、伸長リピートATN1遺伝子に関連する1つ以上の表現型、例えば、異常な転写調節;異常なATN1タンパク質の蓄積(例えば、ニューロンにおける);異常なニューロン細胞死;不随意運動;及び/または認知能力の喪失、のうちの1つ以上など、が改善される。
いくつかの実施形態において、本明細書に記載のgRNA、ベクター、DNA-PK阻害剤、組成物、または医薬製剤のいずれか1つ以上は、本明細書に開示される方法において、あるいは対象における疾患もしくは障害を治療または予防するための医薬を調製する際に、使用するためのものである。いくつかの実施形態において、治療及び/または予防は、医薬/組成物の単回投与、例えば、1回の治療で達成される。
いくつかの実施形態において、本発明は、本明細書に記載のgRNA、ベクター、組成物、または医薬製剤のいずれか1つ以上を投与することを含む、対象における疾患または障害を治療または予防する方法を含む。いくつかの実施形態において、本明細書に記載のgRNA、ベクター、組成物、または医薬製剤は、単回用量として、例えば、一度に投与される。いくつかの実施形態において、単回投与により、持続的治療及び/または予防が達成される。いくつかの実施形態において、本方法により、持続的治療及び/または予防が達成される。本明細書で使用される持続的治療及び/または予防には、少なくともi)3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、もしくは15週間;ii)1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、18、24、30、もしくは36か月;またはiii)1、2、3、4、5、6、7、8、9、もしくは10年延長する治療及び/または予防が含まれる。いくつかの実施形態において、本明細書に記載のgRNA、ベクター、組成物、または医薬製剤の単回投与は、対象の生涯にわたって本明細書に記載の適応症のいずれかを治療及び/または予防するのに十分である。
いくつかの実施形態において、TNRを切除する方法であって、配列番号101~4988、5001~7264、または7301~53372のうちの任意の1つ以上のガイド配列を含む、ガイドRNA、またはガイドRNAをコードするベクターを含む組成物を投与することを含む、方法を提供する。いくつかの実施形態において、配列番号101~4988、5001~7264、または7310-53372のガイド配列のうちの任意の1つ以上を含むgRNAを投与して、TNRを切除する。ガイドRNAは、Casヌクレアーゼ(例えば、Cas9)などのRNAガイド型DNAヌクレアーゼ、またはCasヌクレアーゼ(例えば、Cas9)などのRNAガイド型DNAヌクレアーゼをコードするmRNAまたはベクターと一緒に投与することができる。これらの方法のいずれも、例えば、本明細書に記載の方法のいずれかのように、DNA-PK阻害剤を投与することをさらに含み得る。
いくつかの実施形態において、TNR関連疾患または障害を治療する方法であって、配列番号101~4988、5001~7264、または7301~53372のガイド配列のうちの任意の1つ以上を含むガイドRNAを含む組成物を投与することを含む、方法が提供される。ガイドRNAは、Casヌクレアーゼ(例えば、Cas9)などのRNAガイド型DNAヌクレアーゼ、またはCasヌクレアーゼ(例えば、Cas9)などのRNAガイド型DNAヌクレアーゼをコードするmRNAまたはベクターと一緒に投与することができる。これらの方法のいずれも、例えば、本明細書に記載の方法のいずれかのように、DNA-PK阻害剤を投与することをさらに含み得る。
いくつかの実施形態において、伸長トリヌクレオチドリピートを含むmRNAの産生を低減または排除する方法であって、101~4988、5001~7264、または7301~53372のガイド配列のうちの任意の1つ以上を含むガイドRNAを投与することを含む、方法が提供される。ガイドRNAは、Casヌクレアーゼ(例えば、Cas9)などのRNAガイド型DNAヌクレアーゼ、またはCasヌクレアーゼ(例えば、Cas9)などのRNAガイド型DNAヌクレアーゼをコードするmRNAまたはベクターと一緒に投与することができる。これらの方法のいずれも、例えば、本明細書に記載の方法のいずれかのように、DNA-PK阻害剤を投与することをさらに含み得る。
いくつかの実施形態において、伸長アミノ酸リピートを含むタンパク質の産生を低減または排除する方法であって、101~4988、5001~7264、または7301~53372のガイド配列のうちの任意の1つ以上を含むガイドRNAを投与することを含む、方法が提供される。ガイドRNAは、Casヌクレアーゼ(例えば、Cas9)などのRNAガイド型DNAヌクレアーゼ、またはCasヌクレアーゼ(例えば、Cas9)などのRNAガイド型DNAヌクレアーゼをコードするmRNAまたはベクターと一緒に投与することができる。これらの方法のいずれも、例えば、本明細書に記載の方法のいずれかのように、DNA-PK阻害剤を投与することをさらに含み得る。
いくつかの実施形態において、配列番号101~4988、5001~7264、または7301~53372のガイド配列のうちの任意の1つ以上を含むgRNAを投与して、伸長アミノ酸リピートを含むポリペプチドの発現を低減する。gRNAは、Casヌクレアーゼ(例えば、Cas9)などのRNAガイド型DNAヌクレアーゼ、またはCasヌクレアーゼ(例えば、Cas9)などのRNAガイド型DNAヌクレアーゼをコードするmRNAまたはベクターと一緒に投与することができる。これらの方法のいずれも、例えば、本明細書に記載の方法のいずれかのように、DNA-PK阻害剤を投与することをさらに含み得る。
いくつかの実施形態において、Casヌクレアーゼ及びなどのRNAガイド型DNAヌクレアーゼ及びDNA-PK阻害剤と共に表2または配列表のガイド配列を含むgRNAは、DSBを誘導し、修復中にマイクロホモロジー媒介末端結合(MMEJ)により、標的遺伝子の変異がもたらされる。いくつかの実施形態において、MMEJにより、トリヌクレオチドリピートまたは自己相補的配列の切除がもたらされる。
いくつかの実施形態において、対象は哺乳動物である。いくつかの実施形態において、対象はヒトである。いくつかの実施形態において、対象は、ウシ、ブタ、サル、ヒツジ、イヌ、ネコ、魚、または家禽である。
いくつかの実施形態において、表2及び/または配列表におけるガイド配列の任意の1つ以上を含むガイドRNAの使用(例えば、本明細書で提供される組成物における)が、DM1などの表1に列挙されている障害を有するヒト対象を治療するための医薬の調製のために提供される。そのような使用は、本明細書に記載されているもののいずれかなど、DNA-PK阻害剤の投与と組み合わせてもよい。
いくつかの実施形態において、ガイドRNA、組成物、及び製剤は、静脈内投与される。いくつかの実施形態において、ガイドRNA、組成物、及び製剤は、筋肉内投与される。いくつかの実施形態において、ガイドRNA、組成物、及び製剤は、頭蓋内投与される。いくつかの実施形態において、ガイドRNA、組成物、及び製剤は、エクスビボで細胞に投与される。DNA-PK阻害剤が投与される場合、それは、ガイドRNAを含む組成物と同じかまたは異なる組成物で投与してもよく、ガイドRNAと同じかまたは異なる経路によって投与してもよい。いくつかの実施形態において、DNA-PK阻害剤は、静脈内投与され得る。いくつかの実施形態において、DNA-PK阻害剤は、経口投与され得る。
いくつかの実施形態において、ガイドRNA、組成物、及び製剤は、DNA-PK阻害剤と同時に投与される。いくつかの実施形態において、DNA-PK阻害剤は、それ自体の投薬スケジュールに従って投与される。
いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるガイドRNAを含む組成物の単回投与は、TNRまたは自己相補的領域を切除するのに十分である。他の実施形態において、本明細書で提供されるガイドRNAを含む組成物の2回以上の投与は、治療効果を最大化するために有益であり得る。
併用療法
いくつかの実施形態において、本発明は、本明細書に記載の方法のいずれか(例えば、表2及び/または配列表に開示されるガイド配列のいずれか1つ以上を含む1つ以上のgRNA)(例えば、本明細書で提供される組成物における)と、上記のような、標的化遺伝子及び/またはその1つ以上の症状に関連する障害を改善するのに好適な追加の療法とを一緒に含む、併用療法を含む。表1に列挙されている障害などの種々の障害、及び/またはその1つ以上の症状の改善に使用するのに好適な追加の療法が、当技術分野で知られている。
gRNA組成物の送達
本明細書に開示される方法及び使用は、本明細書に記載されるgRNA及び組成物を送達するための任意の適切なアプローチを使用することができる。例示的な送達アプローチとしては、ウイルスベクターなどのベクター;脂質ナノ粒子;トランスフェクション;及びエレクトロポレーションが挙げられる。いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるgRNAに関連するベクターまたはLNPは、疾患または障害を治療するための医薬を調製する際に使用するためのものである。
ベクターが使用される場合、それは、非組み込み型ウイルスベクターなどのウイルスベクターであり得る。いくつかの実施形態において、ウイルスベクターは、アデノ随伴ウイルスベクター、レンチウイルスベクター、インテグラーゼ欠損レンチウイルスベクター、アデノウイルスベクター、ワクシニアウイルスベクター、アルファウイルスベクター、または単純ヘルペスウイルスベクターである。いくつかの実施形態において、ウイルスベクターは、アデノ随伴ウイルス(AAV)ベクターである。いくつかの実施形態において、AAVベクターは、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAVrh10である(例えば、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、US9,790,472の配列番号81を参照のこと)、AAVrh74(例えば、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、US2015/0111955の配列番号1を参照のこと)、またはAAV9ベクターであり、ここで、AAVに続く番号は、AAV血清型を示す。自己相補的AAV(scAAV)ベクターなどのAAVベクターまたはその血清型の任意のバリアントは、一般用語AAVベクター、AAV1ベクターなどに含まれる。例えば、McCarty et al., Gene Ther. 2001;8:1248-4, Naso et al., BioDrugs 2017;31:317-334、及び種々のAAVベクターの詳細な考察のためにそこに引用されている参考文献を参照のこと。
いくつかの実施形態において、ベクター(例えば、アデノ随伴ウイルスベクターなどのウイルスベクター)は、例えば、gRNAをコードする配列に作動可能に連結されている組織特異的(例えば、筋肉特異的)プロモーターを含む。いくつかの実施形態において、筋肉特異的プロモーターは、筋肉クレアチンキナーゼプロモーター、デスミンプロモーター、MHCK7プロモーター、またはSPc5-12プロモーターである。いくつかの実施形態において、筋肉特異的プロモーターは、CK8プロモーターである。いくつかの実施形態において、筋肉特異的プロモーターは、CK8eプロモーターである。筋肉特異的プロモーターは、例えば、US2004/0175727A1;Wang et al., Expert Opin Drug Deliv. (2014) 11, 345-364;Wang et al., Gene Therapy (2008) 15, 1489-1499に詳細に記載されている。いくつかの実施形態において、組織特異的プロモーターは、エノラーゼプロモーターなどのニューロン特異的プロモーターである。例えば、Naso et al., BioDrugs 2017;31:317-334;Dashkoff et al., Mol Ther Methods Clin Dev. 2016;3:16081、及びニューロン特異的プロモーターを含む組織特異的プロモーターの詳細な考察のためにそこに引用されている参考文献を参照のこと。
いくつかの実施形態において、ガイドRNA配列に加えて、ベクターは、ガイドRNAをコードしない核酸をさらに含む。ガイドRNAをコードしない核酸としては、プロモーター、エンハンサー、調節配列、及びCas9などのヌクレアーゼであり得るRNAガイド型DNAヌクレアーゼをコードする核酸が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態において、ベクターは、crRNA、trRNA、またはcrRNA及びtrRNAをコードする1つ以上のヌクレオチド配列(複数可)を含む。いくつかの実施形態において、ベクターは、sgRNAをコードする1つ以上のヌクレオチド配列(複数可)、及びCas9またはCpf1などのCasヌクレアーゼであり得るRNAガイド型DNAヌクレアーゼをコードするmRNAを含む。いくつかの実施形態において、ベクターは、crRNA、trRNAをコードする1つ以上のヌクレオチド配列、及びCas9またはCas9などのCasタンパク質であり得るRNAガイド型DNAヌクレアーゼをコードするmRNAを含む。一実施形態において、Cas9は、Streptococcus pyogenes(すなわち、Spy Cas9またはSpCas9)に由来する。いくつかの実施形態において、crRNA、trRNA、またはcrRNA及びtrRNA(sgRNAであり得る)をコードするヌクレオチド配列は、天然に存在するCRISPR/Casシステムからのリピート配列のすべてまたは一部が隣接するガイド配列を含むかまたはそれからなる。crRNA、trRNA、またはcrRNA及びtrRNAを含むかまたはそれらからなる核酸は、ベクター配列をさらに含み得、ここで、ベクター配列は、crRNA、trRNA、またはcrRNA及びtrRNAと一緒に天然に見出されない核酸を含むかまたはそれらからなる。
脂質ナノ粒子(LNP)は、ヌクレオチド及びタンパク質カーゴを送達するための既知の手段であり、本明細書に開示されるガイドRNA、組成物、または医薬製剤の送達に使用することができる。いくつかの実施形態において、LNPは、核酸、タンパク質、または核酸をタンパク質と一緒に送達する。
いくつかの実施形態において、本発明は、本明細書に開示されるgRNAのいずれか1つを対象に送達するための方法であって、gRNAが、LNPと会合している、方法を含む。いくつかの実施形態において、gRNA/LNPはまた、Cas9またはCas9をコードするmRNAと会合している。
いくつかの実施形態において、本発明は、開示されたgRNAのいずれか1つ及びLNPを含む組成物を含む。いくつかの実施形態において、組成物は、Cas9またはCas9をコードするmRNAをさらに含む。
エレクトロポレーションは、カーゴを送達するための周知の手段であり、本明細書に開示されるgRNAのいずれか1つを送達するために、任意のエレクトロポレーション方法論を使用することができる。いくつかの実施形態において、エレクトロポレーションを使用して、本明細書に開示されるgRNAのいずれか1つ及びCas9またはCas9をコードするmRNAを送達することができる。
いくつかの実施形態において、本発明は、本明細書に開示されるgRNAのいずれか1つをエクスビボ細胞に送達するための方法であって、gRNAが、ベクターによってコードされる、LNPと会合している、または水溶液中にある、方法を含む。いくつかの実施形態において、gRNA/LNPまたはgRNAはまた、Cas9またはCas9をコードする配列に会合している(例えば、同じベクター、LNP、または溶液中)。
DNA-PK阻害剤を含むgRNA組成物のスクリーニング
いくつかの実施形態において、TNRまたは自己相補的領域を切除することができるガイドRNAをスクリーニングするための方法であって、a)細胞を、ガイドRNA、RNA標的化エンドヌクレアーゼ、及びDNA-PK阻害剤と接触させることと;b)ステップa)をDNA-PK阻害剤を用いないで繰り返すことと;c)ステップa)で接触させた細胞からのTNRまたは自己相補的領域の切除をステップb)で接触させた細胞と比較することと;d)DNA-PK阻害剤を用いない場合と比較して、DNA-PK阻害剤の存在下で切除が改善されるガイドRNAを選択することと、を含む、方法を提供する。
いくつかの実施形態において、DNA中のTNRまたは自己相補的領域を切除することができるガイドRNAをスクリーニングするための方法であって、a)i)細胞(筋芽細胞など)を、ガイドRNA、RNA標的化エンドヌクレアーゼ、及びDNA-PK阻害剤と接触させることと;a)i)で使用されたものと同じタイプの細胞を、ガイドRNA、RNA標的化エンドヌクレアーゼと、ただしDNA-PK阻害剤を用いないで接触させることと;b)ステップa)i)で接触させた細胞からのDNA中のTNRまたは自己相補的領域の切除をステップa)ii)で接触させた細胞と比較することと;c)DNA-PK阻害剤を用いない場合と比較して、DNA-PK阻害剤の存在下で切除が改善されるガイドRNAを選択することと、を含む、方法を提供する。
いくつかの実施形態において、DNA中のTNRまたは自己相補的領域を切除することができる1対のガイドRNAをスクリーニングするための方法であって、a)細胞を、1対のガイドRNA、RNA標的化エンドヌクレアーゼ、及びDNA-PK阻害剤と接触させることと;b)ステップa)をDNA-PK阻害剤を用いないで繰り返すことと;c)ステップa)で接触させた細胞からのDNA中のTNRまたは自己相補的領域の切除をステップb)で接触させた細胞と比較することと;d)DNA-PK阻害剤を用いない場合と比較して、DNA-PK阻害剤の存在下で切除が改善される1対のガイドRNAを選択することと、を含む、方法を提供する。いくつかの実施形態において、DNA中のTNRまたは自己相補的領域を切除することができる1対のガイドRNAをスクリーニングするための方法であって、a)i)細胞(筋芽細胞など)を、1対のガイドRNA、RNA標的化エンドヌクレアーゼ、及びDNA-PK阻害剤と接触させることと;a)i)で使用されたものと同じタイプの細胞を、1対のガイドRNA、RNA標的化エンドヌクレアーゼと、ただしDNA-PK阻害剤を用いないで接触させることと;b)ステップa)i)で接触させた細胞からのDNA中のTNRまたは自己相補的領域の切除をステップa)ii)で接触させた細胞と比較することと;c)DNA-PK阻害剤を用いない場合と比較して、DNA-PK阻害剤の存在下で切除が改善される1対のガイドRNAを選択することと、を含む、方法を提供する。
本明細書で使用される場合、「切除が改善される」または「切除の改善」は、DNA中のTNRまたは自己相補的領域のより大量の切除、及び/またはより所望の切除産物(例えば、欠失のサイズまたは位置に基づく)を指すことができる。いくつかの実施形態において、ガイドRNAまたは1対のガイドRNAによって、細胞のDNAからのDNAにおけるTNRまたは自己相補的領域の切除が改善されたかどうかの判定は、DNA中のTNRまたは自己相補的領域を取り囲むDNAの領域を増幅するように設計されたプライマーを使用する細胞のゲノムDNAのPCRによって行うことができる。PCR産物を、DNAゲル電気泳動によって評価し、DNA中のTNRまたは自己相補的領域の切除について分析する。いくつかの実施形態において、DNA中のTNRまたは自己相補的領域の切除を、シーケンシング法(例えば、サンガーシーケンシング、PacBioシーケンシング)によって評価することができる。いくつかの実施形態において、DNAにおけるTNRまたは自己相補的領域の欠失パーセントを、ddPCRアッセイを使用して決定することができる(例えば、図53を参照のこと)。いくつかの実施形態において、「切除が改善される」または「切除の改善」は、DMPKの場合、CUG増殖巣減少、MBNL1増殖巣減少などの細胞特徴、またはMBNL1、NCOR2、FN1及び/またはKIF13AのmRNAのスプライシング効率の改善を評価することによって判定される。
いくつかの実施形態において、ガイドRNAまたは1対のガイドRNAは、RNA標的化エンドヌクレアーゼをDMPK遺伝子の3’UTRに誘導する。いくつかの実施形態において、ガイドRNAまたは1対のガイドRNAは、RNA標的化エンドヌクレアーゼをFMR1遺伝子の5’UTRに誘導する。いくつかの実施形態において、ガイドRNAまたは1対のガイドRNAは、RNA標的化エンドヌクレアーゼをFXN遺伝子の5’UTRに誘導する。
いくつかの実施形態において、DNA-PK阻害剤は、化合物6または化合物3である。いくつかの実施形態において、細胞は、野生型細胞、例えば、野生型iPSC細胞である。いくつかの実施形態において、細胞は、疾患細胞、例えば、患者に由来する細胞、例えば、DM1 iPSC細胞、DM1筋芽細胞、DM1線維芽細胞である。スクリーニングには、単一ガイド切除でのDNA-PK阻害の増強を評価するために、用量を増加させてDNA-PK阻害剤を加えることを含めてもよい。スクリーニングには、対のガイド切除でのDNA-PK阻害の増強を評価するために、用量を増加させてDNA-PK阻害剤を加えることを含めてもよい。
IV.組成物
ガイドRNA(gRNA)を含む組成物
本明細書で提供されるのは、例えば、RNA標的化エンドヌクレアーゼ(例えば、CRISPR/Casシステム)と共に、1つ以上のガイドRNAまたは1つ以上のガイドRNAをコードする核酸を使用する、DNAのトリヌクレオチドリピート(TNR)または自己相補的領域に関連する疾患及び障害(例えば、表1の疾患及び障害)を治療するために、ならびにDNAからトリヌクレオチドリピートまたは自己相補的領域を切除するために有用な組成物である。組成物は、ガイドRNA(複数可)またはガイドRNA(複数可)をコードするベクター(複数可)を含むことができ、トリヌクレオチドリピートまたは自己相補的領域に関連する疾患を有するかまたは有すると疑われる対象に投与することができ、さらに本明細書に記載されているもののいずれかなどのDNA-PK阻害剤を含むか、またはそれと組み合わせて投与することができる。例示的なガイド配列は、表2及び配列番号101~4988、5001~7264、または7301~53372の配列表に示されている。
いくつかの実施形態において、1つ以上のgRNAは、RNA標的化エンドヌクレアーゼを、TNRまたは自己相補的領域内またはその近くの部位に誘導する。例えば、RNA標的化エンドヌクレアーゼを、TNRまたは自己相補的領域の10、20、30、40、または50ヌクレオチド内で切断するように誘導することができる。
いくつかの実施形態において、RNA標的化エンドヌクレアーゼを、TNRまたは自己相補的領域に隣接する(すなわち、その反対側にある)1対の部位に誘導する、少なくとも1対のgRNAが提供される。例えば、TNRまたは自己相補的領域に隣接する対の部位は、それぞれ、TNRまたは自己相補的領域の10、20、30、40、または50ヌクレオチド内であるが、それらの反対側にあり得る。いくつかの実施形態において、表2及び/または配列表からのガイド配列を含み、前述の実施形態のいずれかに従って、RNA標的化エンドヌクレアーゼを1対の部位に誘導する1対のgRNAが提供される。
配列番号101~4988、5001~7264、または7301~53372で表2及び配列表に示されるガイド配列のそれぞれは、例えば、使用されているRNA標的化エンドヌクレアーゼに適した任意の既知の配列を使用する、crRNAを形成またはコードするための追加のヌクレオチドをさらに含み得る。いくつかの実施形態において、crRNAは、(5’から3’)少なくともスペーサー配列及び第1の相補性ドメインを含む。第1の相補的ドメインは、第2の相補性ドメインに十分に相補的であり、これは、sgRNAの場合は同じ分子の一部であり、デュアルまたはモジュラーgRNAの場合はtracrRNAにあり、二重鎖を形成する。第1及び第2の相補性ドメインを含むcrRNA及びgRNAドメインの詳細な考察については、例えば、US2017/0007679を参照のこと。例えば、その3’末端でガイド配列に続くためにSpCas9と共に使用するのに好適な例示的な配列は、5’から3’方向のGUUUUAGAGCUAUGCUGUUUUG(配列番号99)である。いくつかの実施形態において、ガイド配列の3’末端に続くためにSpCas9と共に使用するための例示的な配列は、少なくとも80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%配列番号99と同一である配列であるか、または1、2、3、4または5以下のヌクレオチドが配列番号99と異なる配列である。tracrRNAが使用される場合、いくつかの実施形態において、それは、(5’から3’)第2の相補的ドメイン及び近位ドメインを含む。sgRNAの場合、上記のガイド配列は、例えば、使用されているRNA標的化エンドヌクレアーゼに適した任意の既知の配列を使用する、sgRNAを形成またはコード化するための追加のヌクレオチドをさらに含み得る。いくつかの実施形態において、sgRNAは、(5’から3’)少なくともスペーサー配列、第1の相補的ドメイン、連結ドメイン、第2の相補的ドメイン、及び近位ドメインを含む。sgRNAまたはtracrRNAは、テールドメインをさらに含み得る。連結ドメインは、ヘアピン形成であり得る。第2の相補性ドメイン、連結ドメイン、近位ドメイン、及びテールドメインなど、crRNA及びgRNAドメインの詳細な考察及び例については、例えばUS2017/0007679を参照のこと。例えば、ガイド配列の3’末端に続くためにSpCas9と共に使用するのに好適な例示的な配列は、5’から3’方向のGUUUUAGAGCUAGAAAUAGCAAGUUAAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGC(配列番号100)である。いくつかの実施形態において、ガイド配列の3’末端に続くためにSpCas9と共に使用するための例示的な配列は、少なくとも80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%配列番号100と同一である配列であるか、または1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10以下のヌクレオチドだけ配列番号100と異なる配列である。
一般に、gRNAをコードするDNAベクターの場合、本明細書に記載の任意のRNA配列中のU残基は、T残基で置き換えることができる。
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SIDは配列番号を意味する。表2では、記載は以下の意味を有する。標的遺伝子座が最初に示され、その後にガイドが(フォワード鎖の方向で)リピート領域の5’または3’での切断を誘導するかどうかを示す5もしくは3、またはガイドがリピート内にあるかもしくはリピートが発生する領域もしくはセグメントの外側(UTRまたはイントロンなど)にあることを示すOが続き、その後に配列が対応する鎖を示す「フォワード」または「リバース」が続き、その後に配列のゲノム座標(バージョンGRCh38のヒトゲノム)が続く。したがって、例えば、配列番号101の場合、「DMPK 3フォワード19:45769716-45769738」という呼称は、ガイドがDMPKのリピート領域の3’切断を指示し、19番染色体の位置45769716~45769738のフォワード鎖の配列に対応することを意味する。As/LbCpf1は、本明細書ではCpf1と呼ばれることもある。ガイドの組み合わせを使用してリピート領域の5’及び3’での切断を誘導する場合、当業者は、DMPK、FMR1、FXNなどの所与の標的に対して、本明細書に開示される5’ガイド及び本明細書に開示される3’ガイドの組み合わせを選択することができる。
本明細書で提供されるのは、1つ以上のガイドRNAまたは1つ以上のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸を含む組成物である。そのような組成物は、本明細書に開示されるスペーサー配列のうちの任意の1つ以上を含み得る(例えば、表2及び配列表を参照されたい)。
以下は、DMPKに誘導されたガイド配列である:配列番号101~4988。いくつかの実施形態において、ガイドRNAまたはガイドRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ガイドRNAは、配列番号101~4988のいずれか1つを含むスペーサー配列を含む。ガイドRNAまたはガイドRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ガイドRNAは、配列番号101~4988のいずれか1つのスペーサー配列を含む。以下は、FMR1に誘導されたガイド配列である:配列番号5001~7264。いくつかの実施形態において、ガイドRNAまたはガイドRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ガイドRNAは、配列番号5001~7264のいずれか1つを含むスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、ガイドRNAまたはガイドRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ガイドRNAは、配列番号5001~7264のいずれか1つのスペーサー配列を含む。以下は、FXNに誘導されたガイド配列である:配列番号7301~53372。いくつかの実施形態において、ガイドRNAまたはガイドRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ガイドRNAは、配列番号7301~53372のいずれか1つを含むスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、ガイドRNAまたはガイドRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ガイドRNAは、配列番号7301~53372のいずれか1つのスペーサー配列を含む。
いくつかの実施形態において、1つ以上のガイドRNA(gRNA)、または1つ以上のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸を含む組成物が提供され、ここで、ガイドRNAは、RNA標的化エンドヌクレアーゼ(例えば、Cas9などのCasヌクレアーゼ)を、筋緊張性ジストロフィー1型に関連する筋緊張性ジストロフィータンパク質キナーゼ遺伝子(DMPK)におけるCTGリピート領域内またはその近くの標的DNA配列に誘導するガイド配列を含む。いくつかの実施形態において、gRNA、またはgRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ここで、gRNAは、配列番号101~4988で表2または配列表に示されるDMPKガイド配列を含む。いくつかの実施形態において、gRNA、またはgRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ここで、gRNAは、配列番号101~4988で表2または配列表に示されるDMPKガイド配列の17、18、19、または20個の連続するヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態において、gRNA、またはgRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ここで、gRNAは、配列番号4018、4010、4002、4042、4034、4026、3954、3946、3994、3914、3978、3906、3898、3938、3922、3858、3850、3882、3826、3818、3842、3794、3786、3762、3810、3746、3778、3738、3770、3722、3754、3690、3666、3658、3634、3586、3546、3530、3642、3514、3506、3490、3618、3610、3602、3578、3442、3522、3410、3378、3434、3370、3426、3418、3394、3386、3330、3354、3346、3314、3930、3890、3834、3802、3706、3698、3682、3674、3570、3554、3538、3498、3482、3458、3474、3450、2667、2666、2650、2642、2626、2618、2706、2690、2682、2610、2674、2658、2602、2594、2634、2554、2546、2586、2538、2578、2570、2522、2498、2490、2466、2458、2450、2514、2506、2418、2482、2474、2394、2442、2434、2370、2378、2354、2346、2338、2314、2298、2282、2274、2266、2330、2258、2322、2242、2234、2290、2250、2218、2226、2210、2194、2146、2138、2122、2106、2098、2090、2130、2114、2034、2026、2058、2050、2042、1914、1786、1778、1770、1842、1738、1706、1690、1746、1714、1650、1642、1610、1586、1562、1546、1578、1538、1378、1370、1922、1898、1906、1794、1762、1698、1674、1722、1362、1450、2202、2178、2170、2162、2018、2010、1890、1962、1946、1850、1818、1658、1634、1602、1554、1434、1426、1338、1346、1978、1994、1986、1970、1938、1930、1810、1834、1826、1802、1626、1594、1514、1498、1490、1482、1474、1458、1442、1418、1410、1402、1394、または1386のいずれか1つの17、18、19、または20個の連続するヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態において、gRNA、またはgRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ここで、gRNAは、表2または配列表に示されているDMPKガイド配列の少なくとも17、18、19、もしくは20個の連続したヌクレオチドに対して約75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有する配列を含む。いくつかの実施形態において、gRNA、またはgRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ここで、表2に示されているガイド配列に対してgRNAは、約75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%の同一性を有する配列を含む。いくつかの実施形態において、gRNA、またはgRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ここで、gRNAはtrRNAをさらに含む。本明細書に記載の各組成物及び方法の実施形態において、crRNA(スペーサー配列を含む)及びtrRNAは、単一RNA(sgRNA)として会合することができるか、または別個のRNA(dgRNA)上にあり得る。sgRNAとの関係において、crRNA及びtrRNA成分は、例えば、ホスホジエステル結合または他の共有結合を介して共有結合され得る。
いくつかの実施形態において、gRNA、またはgRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ここで、gRNAは、配列番号4018、4010、4002、4042、4034、4026、3954、3946、3994、3914、3978、3906、3898、3938、3922、3858、3850、3882、3826、3818、3842、3794、3786、3762、3810、3746、3778、3738、3770、3722、3754、3690、3666、3658、3634、3586、3546、3530、3642、3514、3506、3490、3618、3610、3602、3578、3442、3522、3410、3378、3434、3370、3426、3418、3394、3386、3330、3354、3346、3314、3930、3890、3834、3802、3706、3698、3682、3674、3570、3554、3538、3498、3482、3458、3474、3450、2667、2666、2650、2642、2626、2618、2706、2690、2682、2610、2674、2658、2602、2594、2634、2554、2546、2586、2538、2578、2570、2522、2498、2490、2466、2458、2450、2514、2506、2418、2482、2474、2394、2442、2434、2370、2378、2354、2346、2338、2314、2298、2282、2274、2266、2330、2258、2322、2242、2234、2290、2250、2218、2226、2210、2194、2146、2138、2122、2106、2098、2090、2130、2114、2034、2026、2058、2050、2042、1914、1786、1778、1770、1842、1738、1706、1690、1746、1714、1650、1642、1610、1586、1562、1546、1578、1538、1378、1370、1922、1898、1906、1794、1762、1698、1674、1722、1362、1450、2202、2178、2170、2162、2018、2010、1890、1962、1946、1850、1818、1658、1634、1602、1554、1434、1426、1338、1346、1978、1994、1986、1970、1938、1930、1810、1834、1826、1802、1626、1594、1514、1498、1490、1482、1474、1458、1442、1418、1410、1402、1394、または1386から選択されるスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、gRNA、またはgRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ここで、gRNAは、配列番号3330、3914、3418、3746、3778、3394、4026、3690、3794、3386、3938、3682、3818、3658、3722、3802、3858、3514、3770、3370、3354、4010、2202、1706、2210、2170、1778、2258、2114、2178、1642、1738、1746、2322、1770、1538、2514、2458、2194、2594、2162、及び2618から選択されるスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、gRNA、またはgRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ここで、gRNAは、配列番号3746、3778、3394、3386、3938、3818、3722、3858、3370、1706、2210、2114、1538、及び2594から選択されるスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、gRNA、またはgRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ここで、gRNAは、配列番号3330、3746、3778、3394、4026、3386、3938、3818、3722、3802、3858、3514、3770、3370、2202、1706、2210、1778、2114、1738、1746、2322、1538、2514、2458、2194、及び2594から選択されるスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、gRNA、またはgRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ここで、gRNAは、配列番号3330、3914、3418、3746、3778、3394、4026、3690、3794、3386、3938、3682、3818、3658、及び3722から選択されるスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、gRNA、またはgRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ここで、gRNAは、配列番号2202、1706、2210、2170、1778、2258、2114、2178、1642、1738、1746、及び2322から選択されるスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、gRNA、またはgRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ここで、gRNAは、配列番号3778、4026、3794、4010、3906、3746、1778、1746、1770、1586、1914、及び2210から選択されるスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、gRNA、またはgRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ここで、gRNAは、配列番号3378、3354、3346、3330、3314、2658、2690、2546、2554、2498、及び2506から選択されるスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、gRNA、またはgRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ここで、gRNAは、配列番号3330、3314、2658、2690、2554、及び2498から選択されるスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、gRNA、またはgRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ここで、gRNAは、配列番号3314、2690、2554、及び2498から選択されるスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、gRNA、またはgRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ここで、gRNAは、配列番号3914、3514、1778、2458、3858、3418、1706、及び2258から選択されるスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、gRNA、またはgRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ここで、gRNAは、配列番号3914、2114、2618、及び3418から選択されるスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、gRNA、またはgRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ここで、gRNAは、配列番号3916,3420、及び3940から選択されるスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、gRNA、またはgRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ここで、gRNAは、配列番号3914及び3418から選択されるスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、gRNA、またはgRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ここで、gRNAは、配列番号3938を含む。
いくつかの実施形態において、gRNA、またはgRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ここで、gRNAは、配列番号4018、4010、4002、4042、4034、4026、3954、3946、3994、3914、3978、3906、3898、3938、3922、3858、3850、3882、3826、3818、3842、3794、3786、3762、3810、3746、3778、3738、3770、3722、3754、3690、3666、3658、3634、3586、3546、3530、3642、3514、3506、3490、3618、3610、3602、3578、3442、3522、3410、3378、3434、3370、3426、3418、3394、3386、3330、3354、3346、3314、3930、3890、3834、3802、3706、3698、3682、3674、3570、3554、3538、3498、3482、3458、3474、3450、2667、2666、2650、2642、2626、2618、2706、2690、2682、2610、2674、2658、2602、2594、2634、2554、2546、2586、2538、2578、2570、2522、2498、2490、2466、2458、2450、2514、2506、2418、2482、2474、2394、2442、2434、2370、2378、2354、2346、2338、2314、2298、2282、2274、2266、2330、2258、2322、2242、2234、2290、2250、2218、2226、2210、2194、2146、2138、2122、2106、2098、2090、2130、2114、2034、2026、2058、2050、2042、1914、1786、1778、1770、1842、1738、1706、1690、1746、1714、1650、1642、1610、1586、1562、1546、1578、1538、1378、1370、1922、1898、1906、1794、1762、1698、1674、1722、1362、1450、2202、2178、2170、2162、2018、2010、1890、1962、1946、1850、1818、1658、1634、1602、1554、1434、1426、1338、1346、1978、1994、1986、1970、1938、1930、1810、1834、1826、1802、1626、1594、1514、1498、1490、1482、1474、1458、1442、1418、1410、1402、1394、または1386から選択されるFXNガイド配列の17、18、19、または20個の連続するヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態において、gRNAは、DNA-PK阻害によるDMPK遺伝子からのTNRのシングルカット切除に有用である。いくつかの実施形態において、DNA-PK阻害剤は、シングルカット切除を増強する。いくつかの実施形態において、gRNA、またはgRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ここで、gRNAは、配列番号3914の配列を含むスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、gRNA、またはgRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ここで、gRNAは、配列番号3418の配列を含む。いくつかの実施形態において、gRNA、またはgRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ここで、gRNAは、配列番号3938の配列を含む。いくつかの実施形態において、gRNA、またはgRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ここで、gRNAは、配列番号3916の配列を含む。いくつかの実施形態において、gRNA、またはgRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ここで、gRNAは、配列番号3420の配列を含む。いくつかの実施形態において、gRNA、またはgRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ここで、gRNAは、配列番号3940の配列を含む。
1対のガイドRNAまたはガイド1対のRNAの対をコードする1つ以上の核酸は、1つ以上の組成物として提供され、ガイドRNAの対は、配列番号2202及び3418;2202及び3370;2202及び3514;2202及び3658;2178及び3418;2178及び3370;2178及び3514;2178及び3658;2170及び3418;2170及び3370;2170及び3514;2170及び3658;2162及び3418;2162及び3370;2162及び3514;2162及び3658;2202及び4010;2202及び4026;2202及び3914;2202及び3938;2202及び3858;2202及び3818;2202及び3794;2202及び3802;2202及び3746;2202及び3778;2202及び3770;2202及び3722;2202及び3690;2202及び3682;2202及び3330;2202及び3354;2202及び3394;2202及び3386;2178及び4010;2178及び4026;2178及び3914;2178及び3938;2178及び3858;2178及び3818;2178及び3794;2178及び3802;2178及び3746;2178及び3778;2178及び3770;2178及び3722;2178及び3690;2178及び3682;2178及び3330;2178及び3354;2178及び3394;2178及び3386;2170及び4010;2170及び4026;2170及び3914;2170及び3938;2170及び3858;2170及び3818;2170及び3794;2170及び3802;2170及び3746;2170及び3778;2170及び3770;2170及び3722;2170及び3690;2170及び3682;2170及び3330;2170及び3354;2170及び3394;2170及び3386;2162及び4010;2162及び4026;2162及び3914;2162及び3938;2162及び3858;2162及び3818;2162及び3794;2162及び3802;2162及び3746;2162及び3778;2162及び3770;2162及び3722;2162及び3690;2162及び3682;2162及び3330;2162及び3354;2162及び3394;2162及び3386;1706及び3418;1706及び3370;1706及び3514;1706及び3658;1706及び4010;1706及び4026;1706及び3914;1706及び3938;1706及び3858;1706及び3818;1706及び3794;1706及び3802;1706及び3746;1706及び3778;1706及び3770;1706及び3722;1706及び3690;1706及び3682;1706及び3330;1706及び3354;1706及び3394;1706及び3386;2210及び3418;2210及び3370;2210及び3514;2210及び3658;2210及び4010;2210及び4026;2210及び3914;2210及び3938;2210及び3858;2210及び3818;2210及び3794;2210及び3802;2210及び3746;2210及び3778;2210及び3770;2210及び3722;2210及び3690;2210及び3682;2210及び3330;2210及び3354;2210及び3394;2210及び3386;1778及び3418;1778及び3370;1778及び3514;1778及び3658;1778及び4010;1778及び4026;1778及び3914;1778及び3938;1778及び3858;1778及び3818;1778及び3794;1778及び3802;1778及び3746;1778及び3778;1778及び3770;1778及び3722;1778及び3690;1778及び3682;1778及び3330;1778及び3354;1778及び3394;1778及び3386;2258及び3418;2258及び3370;2258及び3514;2258及び3658;2258及び4010;2258及び4026;2258及び3914;2258及び3938;2258及び3858;2258及び3818;2258及び3794;2258及び3802;2258及び3746;2258及び3778;2258及び3770;2258及び3722;2258及び3690;2258及び3682;2258及び3330;2258及び3354;2258及び3394;2258及び3386;2114及び3418;2114及び3370;2114及び3514;2114及び3658;2114及び4010;2114及び4026;2114及び3914;2114及び3938;2114及び3858;2114及び3818;2114及び3794;2114及び3802;2114及び3746;2114及び3778;2114及び3770;2114及び3722;2114及び3690;2114及び3682;2114及び3330;2114及び3354;2114及び3394;2114及び3386;1642及び3418;1642及び3370;1642及び3514;1642及び3658;1642及び4010;1642及び4026;1642及び3914;1642及び3938;1642及び3858;1642及び3818;1642及び3794;1642及び3802;1642及び3746;1642及び3778;1642及び3770;1642及び3722;1642及び3690;1642及び3682;1642及び3330;1642及び3354;1642及び3394;1642及び3386;1738及び3418;1738及び3370;1738及び3514;1738及び3658;1738及び4010;1738及び4026;1738及び3914;1738及び3938;1738及び3858;1738及び3818;1738及び3794;1738及び3802;1738及び3746;1738及び3778;1738及び3770;1738及び3722;1738及び3690;1738及び3682;1738及び3330;1738及び3354;1738及び3394;1738及び3386;2258及び3418;2258及び3370;2258及び3514;2258及び3658;2258及び4010;2258及び4026;2258及び3914;2258及び3938;2258及び3858;2258及び3818;2258及び3794;2258及び3802;2258及び3746;2258及び3778;2258及び3770;2258及び3722;2258及び3690;2258及び3682;2258及び3330;2258及び3354;2258及び3394;2258及び3386;2114及び3418;2114及び3370;2114及び3514;2114及び3658;2114及び4010;2114及び4026;2114及び3914;2114及び3938;2114及び3858;2114及び3818;2114及び3794;2114及び3802;2114及び3746;2114及び3778;2114及び3770;2114及び3722;2114及び3690;2114及び3682;2114及び3330;2114及び3354;2114及び3394;1706及び3386;1642及び3418;1642及び3370;1642及び3514;1642及び3658;1642及び4010;1642及び4026;1642及び3914;1642及び3938;1642及び3858;1642及び3818;1642及び3794;1642及び3802;1642及び3746;1642及び3778;1642及び3770;1642及び3722;1642及び3690;1642及び3682;1642及び3330;1642及び3354;1642及び3394;1642及び3386;1738及び3418;1738及び3370;1738及び3514;1738及び3658;1738及び4010;1738及び4026;1738及び3914;1738及び3938;1738及び3858;1738及び3818;1738及び3794;1738及び3802;1738及び3746;1738及び3778;1738及び3770;1738及び3722;1738及び3690;1738及び3682;1738及び3330;1738及び3354;1738及び3394;1738及び3386;1746及び3418;1746及び3370;1746及び3514;1746及び3658;1746及び4010;1746及び4026;1746及び3914;1746及び3938;1746及び3858;1746及び3818;1746及び3794;1746及び3802;1746及び3746;1746及び3778;1746及び3770;1746及び3722;1746及び3690;1746及び3682;1746及び3330;1746及び3354;1746及び3394;1746及び3386;2322及び3418;2322及び3370;2322及び3514;2322及び3658;2322及び4010;2322及び4026;2322及び3914;2322及び3938;2322及び3858;2322及び3818;2322及び3794;2322及び3802;2322及び3746;2322及び3778;2322及び3770;2322及び3722;2322及び3690;2322及び3682;2322及び3330;2322及び3354;2322及び3394;2322及び3386;1770及び3418;1770及び3370;1770及び3514;1770及び3658;1770及び4010;1770及び4026;1770及び3914;1770及び3938;1770及び3858;1770及び3818;1770及び3794;1770及び3802;1770及び3746;1770及び3778;1770及び3770;1770及び3722;1770及び3690;1770及び3682;1770及び3330;1770及び3354;1770及び3394;1770及び3386;1538及び3418;1538及び3370;1538及び3514;1538及び3658;1538及び4010;1538及び4026;1538及び3914;1538及び3938;1538及び3858;1538及び3818;1538及び3794;1538及び3802;1538及び3746;1538及び3778;1538及び3770;1538及び3722;1538及び3690;1538及び3682;1538及び3330;1538及び3354;1538及び3394;1538及び3386;2514及び3418;2514及び3370;2514及び3514;2514及び3658;2514及び4010;2514及び4026;2514及び3914;2514及び3938;2514及び3858;2514及び3818;2514及び3794;2514及び3802;2514及び3746;2514及び3778;2514及び3770;2514及び3722;2514及び3690;2514及び3682;2514及び3330;2514及び3354;2514及び3394;2514及び3386;2458及び3418;2458及び3370;2458及び3514;2458及び3658;2458及び4010;2458及び4026;2458及び3914;2458及び3938;2458及び3858;2458及び3818;2458及び3794;2458及び3802;2458及び3746;2458及び3778;2458及び3770;2458及び3722;2458及び3690;2458及び3682;2458及び3330;245


8及び3354;2458及び3394;2458及び3386;2194及び3418;2194及び3370;2194及び3514;2194及び3658;2194及び4010;2194及び4026;2194及び3914;2194及び3938;2194及び3858;2194及び3818;2194及び3794;2194及び3802;2194及び3746;2194及び3778;2194及び3770;2194及び3722;2194及び3690;2194及び3682;2194及び3330;2194及び3354;2194及び3394;2194及び3386;2594及び3418;2594及び3370;2594及び3514;2594及び3658;2594及び4010;2594及び4026;2594及び3914;2594及び3938;2594及び3858;2594及び3818;2594及び3794;2594及び3802;2594及び3746;2594及び3778;2594及び3770;2594及び3722;2594及び3690;2594及び3682;2594及び3330;2594及び3354;2594及び3394;2594及び3386;2618及び3418;2618及び3370;2618及び3514;2618及び3658;2618及び4010;2618及び4026;2618及び3914;2618及び3938;2618及び3858;2618及び3818;2618及び3794;2618及び3802;2618及び3746;2618及び3778;2618及び3770;2618及び3722;2618及び3690;2618及び3682;2618及び3330;2618及び3354;2618及び3394;ならびに2618及び3386から選択される第1及び第2のスペーサー配列を含む。
いくつかの実施形態において、1対のガイドRNAまたは1対のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸は、1つ以上の組成物として提供され、ガイドRNAの対は、配列番号2202及び3418;2202及び3370;2202及び3514;2202及び3658;2178及び3418;2178及び3370;2178及び3514;2178及び3658;2170及び3418;2170及び3370;2170及び3514;2170及び3658;2162及び3418;2162及び3370;2162及び3514;2162及び3658;2202及び4010;2202及び4026;2202及び3914;2202及び3938;2202及び3858;2202及び3818;2202及び3794;2202及び3802;2202及び3746;2202及び3778;2202及び3770;2202及び3722;2202及び3690;2202及び3682;2202及び3330;2202及び3354;2202及び3394;2202及び3386;2178及び4010;2178及び4026;2178及び3914;2178及び3938;2178及び3858;2178及び3818;2178及び3794;2178及び3802;2178及び3746;2178及び3778;2178及び3770;2178及び3722;2178及び3690;2178及び3682;2178及び3330;2178及び3354;2178及び3394;2178及び3386;2170及び4010;2170及び4026;2170及び3914;2170及び3938;2170及び3858;2170及び3818;2170及び3794;2170及び3802;2170及び3746;2170及び3778;2170及び3770;2170及び3722;2170及び3690;2170及び3682;2170及び3330;2170及び3354;2170及び3394;2170及び3386;2162及び4010;2162及び4026;2162及び3914;2162及び3938;2162及び3858;2162及び3818;2162及び3794;2162及び3802;2162及び3746;2162及び3778;2162及び3770;2162及び3722;2162及び3690;2162及び3682;2162及び3330;2162及び3354;2162及び3394;2162及び3386から選択される第1及び第2のスペーサー配列を含む第1及び第2のスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、1対のガイドRNAまたは1対のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸は、1つ以上の組成物として提供され、ガイドRNAの対は、配列番号2202及び3418;2202及び3370;2202及び3514;2202及び3658;2178及び3418;2178及び3370;2178及び3514;2178及び3658;2170及び3418;2170及び3370;2170及び3514;2170及び3658;2162及び3418;2162及び3370;2162及び3514;ならびに2162及び3658から選択される第1及び第2のスペーサー配列を含む第1及び第2のスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、1対のガイドRNAまたは1対のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸は、1つ以上の組成物として提供され、ガイドRNAの対は、配列番号3778及び2514;3778及び2258;3778及び2210;3386及び2514;3386及び2258;3386及び2210;3354及び2514;3354及び2258;ならびに3354及び2210から選択される第1及び第2のスペーサー配列を含む第1及び第2のスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、1対のガイドRNAまたは1対のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸は、1つ以上の組成物として提供され、ガイドRNAの対は、配列番号3778及び2258;3778及び2210;3386及び2258;3386及び2210;ならびに3354及び2514から選択される第1及び第2のスペーサー配列を含む第1及び第2のスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、1対のガイドRNAまたは1対のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸は、1つ以上の組成物として提供され、ガイドRNAの対は、配列番号3346及び2554;3346及び2498;3330及び2554;3330及び2498;3330及び2506;及び3330及び2546から選択される第1及び第2のスペーサー配列を含む第1及び第2のスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、1対のガイドRNAまたは1対のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸は、1つ以上の組成物として提供され、ガイドRNAの対は、配列番号3346及び2554;3346及び2498;3330及び2554;3330及び2498;3354及び2546;3354及び2506;3378及び2546;3378及び2506から選択される第1及び第2のスペーサー配列を含む第1及び第2のスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、1対のガイドRNAまたは1対のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸は、1つ以上の組成物として提供され、ガイドRNAの対は、配列番号3346及び2554;3346及び2498;3330及び2554;ならびに3330及び2498から選択される第1及び第2のスペーサー配列を含む第1及び第2のスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、1対のガイドRNAまたは1対のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸は、1つ以上の組成物として提供され、ガイドRNAの対は、配列番号1153及び1129を含む第1及び第2のスペーサー配列を含む。
いくつかの実施形態において、1対のガイドRNAまたは1対のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸は、1つ以上の組成物として提供され、ガイドRNAの対は、配列番号2856、2864、2880、2896、2904、2912、2936、2944、2960、2992、3016、3024、3064、3096、3112、3128、3136、3144、3160、3168、3192、3200、3208、3216、3224、3232、3240、3248、3256、3264、3314、3330、3346、3354、3370、3378、3386、3394、3410、3418、3426、3434、3442、3450、3458、3474、3482、3490、3498、3506、3514、3522、3530、3538、3546、3554、3570、3578、3586、3602、3610、3618、3634、3642、3658、3674、3682、3690、3698、3706、3722、3746、3762、3770、3778、3794、3802、3818、3826、3834、3850、3858、3890、3898、3906、3914、3922、3930、3938、3946、3994、4010、4018、4026、4034、4042、4208、及び4506から選択される第1のスペーサー配列、ならびに配列番号560、584、608、616、656、672、688、696、712、744、752、760、840、864、960、976、984、1008、1056、1128、1136、1152、1224、1240、1272、1338、1346、1370、1378、1386、1394、1402、1410、1418、1426、1434、1442、1458、1474、1482、1490、1498、1514、1538、1546、1554、1562、1578、1586、1594、1602、1610、1626、1634、1642、1650、1658、1690、1706、1714、1738、1746、1770、1778、1786、1802、1810、1818、1826、1834、1842、1850、1890、1914、1930、1938、1946、1962、1970、1978、1986、1994、2010、2018、2026、2042、2050、2058、2090、2114、2130、2162、2170、2178、2202、2210、2226、2242、2258、2266、2274、2282、2298、2314、2322、2330、2338、2346、2354、2370、2378、2394、2418、2434、2442、2458、2466、2474、2498、2506、2514、2522、2546、2554、2570、2586、2658、4989、4990、4991、及びに4992から選択される第2のスペーサー配列を含む、第1及び第2のスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、1対のガイドRNAまたは1対のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸は、1つ以上の組成物として提供され、ガイドRNAの対は、配列番号3778、4026、3794、4010、3906及び3746から選択される第1のスペーサー配列、ならびに配列番号1778、1746、1770、1586、1914、及び2210から選択される第2のスペーサー配列を含む、第1及び第2のスペーサー配列を含む。
いくつかの実施形態において、1対のガイドRNAまたは1対のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸は、1つ以上の組成物として提供され、ガイドRNAの対は、配列番号3778及び1778;3778及び1746;3778及び1770;3778及び1586;3778及び1914;3778及び2210;4026及び1778;4026及び1746;4026及び1770;4026及び1586;4026及び1914;4026及び2210;3794及び1778;3794及び1746;3794及び1770;3794及び1586;3794及び1586;3794及び1914;3794及び2210;4010及び1778;4010及び1770;4010及び1746;4010及び1586;4010及び1914;4010及び2210;3906及び1778;3906及び1778;3906及び1746;3906及び1770;3906及び1586;3906及び1914;3906及び2210;3746及び1778;3746及び1746;3746及び1770;3746及び1586;3746及び1914;ならびに3746及び2210から選択される第1及び第2のスペーサー配列を含む第1及び第2のスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、1対のガイドRNAまたは1対のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸は、1つ以上の組成物として提供され、ガイドRNAの対は、配列番号3256、2896、3136、及び3224から選択される第1のスペーサー配列、ならびに配列番号4989、560、672、976、760、984、及び616から選択される第2のスペーサー配列を含む第1及び第2のスペーサー配列を含む第1及び第2のスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、1対のガイドRNAまたは1対のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸は、1つ以上の組成物として提供され、ガイドRNAの対は、配列番号3256及び4989;3256及び984;3256及び616;2896及び4989;2896及び672;2896及び760;3136及び4989;3136及び560;3224及び4989;3224及び976;ならびに3224及び760から選択される第1及び第2のスペーサー配列を含む第1及び第2のスペーサー配列を含む。
いくつかの実施形態において、ガイドRNAまたはガイドRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ガイドRNAはスペーサー配列を含み、スペーサー配列は、RNAガイド型DNAヌクレアーゼを配列のストレッチ内の任意のヌクレオチドに誘導し、ストレッチはDMPK-U29切断部位の1ヌクレオチドから始まり、リピートまで続く。
いくつかの実施形態において、ガイドRNAまたはガイドRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ガイドRNAはスペーサー配列を含み、スペーサー配列は、RNAガイド型DNAヌクレアーゼを配列のストレッチ内の任意のヌクレオチドに誘導しここで、ストレッチは配列番号53413:gtgggtctccgcccagctccagtcctgtgatccgggcccgccccctagcggccggggagggaggggccgggtccgcggccggcgaacggggctcgaagggtccttgtagccgggaatgctgctgctgである。
いくつかの実施形態において、ガイドRNAまたはガイドRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ガイドRNAはスペーサー配列を含み、スペーサー配列は、RNAガイド型DNAヌクレアーゼを配列のストレッチ内の任意のヌクレオチドに誘導し、ストレッチはDMPK-U30切断部位の1ヌクレオチドから始まり、DMPK-U56切断部位の1ヌクレオチド前まで続く。
いくつかの実施形態において、ガイドRNAまたはガイドRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ガイドRNAはスペーサー配列を含み、スペーサー配列は、RNAガイド型DNAヌクレアーゼを配列のストレッチ内の任意のヌクレオチドに誘導し、ストレッチは配列番号53414:tgggtctccgcccagctccagtcctgtgatccgggcccgccccctagcggccggggagggaggggccgggtccgcggccggcgaacggggである。
いくつかの実施形態において、ガイドRNAまたはガイドRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ガイドRNAはスペーサー配列を含み、スペーサー配列は、RNAガイド型DNAヌクレアーゼを配列のストレッチ内の任意のヌクレオチドに誘導し、ストレッチはDMPK-U30切断部位の1ヌクレオチドから始まり、DMPK-U52切断部位の1ヌクレオチド前まで続く。
いくつかの実施形態において、ガイドRNAまたはガイドRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ガイドRNAはスペーサー配列を含み、スペーサー配列は、RNAガイド型DNAヌクレアーゼを配列のストレッチ内の任意のヌクレオチドに誘導し、ストレッチは配列番号53415:tgggtctccgcccagctccagtcctgtgatccgggcccgccccctagcggccggggagggaggggccgggtccgcggccggcである。
いくつかの実施形態において、ガイドRNAまたはガイドRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ガイドRNAはスペーサー配列を含み、スペーサー配列は、RNAガイド型DNAヌクレアーゼを配列のストレッチ内の任意のヌクレオチドに誘導し、ストレッチはDMPK-D15切断部位の1ヌクレオチドから始まり、DMPK-D51切断部位の1ヌクレオチド前まで続く。
いくつかの実施形態において、ガイドRNAまたはガイドRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ガイドRNAはスペーサー配列を含み、スペーサー配列は、RNAガイド型DNAヌクレアーゼを配列のストレッチ内の任意のヌクレオチドに誘導し、ストレッチは配列番号53416:gatgggcaaactgcaggcctgggaaggcagcaagccgggccgtccgtgttccatcctccacgcacccccacctatcgttggttcgcaaagtgcaaagctttcttgtgcatgacgccctgctctggggagcgtctggcgcgatctctgcctgcttである。
いくつかの実施形態において、ストレッチは、DMPK-D35切断部位の1ヌクレオチドから開始し、DMPK-D51切断部位の1ヌクレオチド前まで続く。
いくつかの実施形態において、ガイドRNAまたはガイドRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ガイドRNAはスペーサー配列を含み、スペーサー配列は、RNAガイド型DNAヌクレアーゼを配列のストレッチ内の任意のヌクレオチドに誘導し、ストレッチは配列番号53417:gttggttcgcaaagtgcaaagctttcttgtgcatgacgccctgctctggggagcgtctggcgcgatctctgcctgcttである。
U29切断部位は、chr19:ヌクレオチド45,770,383と45,770,384(Hg38座標を使用)との間にあり、これは、以下の配列:ttcacaaccgctccgagcgtggg中の*に対応している。
U30切断部位は、chr19:ヌクレオチド45,770,385と45,770,386(Hg38座標を使用)との間にあり、これは、以下の配列:gctgggcggagacccacgctcgg中のに対応している。
D15切断部位は、chr19:ヌクレオチド45,770,154と45,770,155(Hg38座標を使用)との間にあり、これは、以下の配列:ggctgaggccctgacgtggatgg中のに対応している。
D35切断部位は、chr19:ヌクレオチド45,770,078と45,770,079(Hg38座標を使用)との間にあり、これは、以下の配列:cacgcacccccacctatcgttgg中のに対応している。
いくつかの実施形態において、1つ以上のガイドRNA(gRNA)、または1つ以上のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸を含む組成物が提供され、ここで、1つ以上のガイドRNAは、RNA標的化エンドヌクレアーゼ(例えば、Cas9などのCasヌクレアーゼ)を、筋緊張性ジストロフィー1型に関連する筋緊張性ジストロフィータンパク質キナーゼ遺伝子(FXN)におけるCTGリピート領域内またはその近くの標的DNA配列に誘導するガイド配列を含む。いくつかの実施形態において、gRNA、またはgRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ここで、gRNAは、表2または配列表に示されるFXNガイド配列を含むcrRNAを含む。いくつかの実施形態において、gRNA、またはgRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、gRNAは、表2または配列表に示されるFXNガイド配列の17、18、19、または20個の連続するヌクレオチドを含むcrRNAを含む。いくつかの実施形態において、gRNA、またはgRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ここで、gRNAは、表2または配列表に示されているFXNガイド配列の少なくとも17、18、19、もしくは20個の連続したヌクレオチドに対して約75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有する配列を含むcrRNAを含む。いくつかの実施形態において、gRNA、またはgRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ここで、gRNAは、表2または配列表に示されているガイド配列に対して約75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有する配列を含むcrRNAを含む。いくつかの実施形態において、gRNA、またはgRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ここで、gRNAは、trRNAをさらに含む。本明細書に記載の各組成物及び方法の実施形態において、crRNA及びtrRNAは、単一RNA(sgRNA)として会合することができるか、または別個のRNA(dgRNA)上にあり得る。sgRNAとの関係において、crRNA及びtrRNA成分は、例えば、ホスホジエステル結合または他の共有結合を介して共有結合され得る。
いくつかの実施形態において、gRNA、またはgRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ここで、gRNAは、配列番号28130、34442、45906、26562、52666、51322、46599、52898、26546、7447、47047、49986、51762、51754、52290、52298、51474、52306、50682、51706、52098、50714、51498、52498、50978、51746、52106、51506、50674、52082、52506、50538、52066、52386、52090、52266、52474、52258、52434、50706、51490、52458、51466、52354、51914、51362、51058、50170、51954、52250、51930、51682、52594、52610、51162、49162、50898、49226、51658、52554、52634、51394、49034、52546、52522、52618、52530、28322、26530、26578、26602、26634、26626、26698、26746、26754、26786、26882、27722、27730、27738、27770、27754、27762、27802、27850、27842、27922、27946、27986、28114、28122、28146、28186、28194、28338、28346、28322、28378、28370、28458、28506、28634、28642、28650、34442、または45906から選択されるスペーサー配列を含むスペーサー配列を含む。
いくつかの実施形態において、gRNA、またはgRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ここで、gRNAは、配列番号28130、34442、45906、26562、52666、51322、46599、52898、26546、7447、47047、49986、51762、51754、52290、52298、51474、52306、50682、51706、52098、50714、51498、52498、50978、51746、52106、51506、50674、52082、52506、50538、52066、52386、52090、52266、52474、52258、52434、50706、51490、52458、51466、52354、51914、51362、51058、50170、51954、52250、51930、51682、52594、52610、51162、49162、50898、49226、51658、52554、52634、51394、49034、52546、52522、52618、52530、28322、26530、26578、26602、26634、26626、26698、26746、26754、26786、26882、27722、27730、27738、27770、27754、27762、27802、27850、27842、27922、27946、27986、28114、28122、28146、28186、28194、28338、28346、28322、28378、28370、28458、28506、28634、28642、28650、34442、または45906から選択されるFXNガイド配列の17、18、19、または20個の連続するヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態において、gRNA、またはgRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ここで、gRNAは、配列番号51706、51058、51754、52090、52594、52098、52298、52106、51682、52066、52354、52458、52290、52498、51658、51930、51162、52506、51762、51746、52386、52258、52530、52634、27850、28634、26882、28650、28370、28194、26626、26634、26786、26754、27770、26578、28130、27738、28338、28642、26602、27754、27730、及び28122から選択されるスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、gRNA、またはgRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ここで、gRNAは、配列番号47047、7447、7463、46967、46768、7680、及び47032から選択されるスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、gRNA、またはgRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ここで、gRNAは、配列番号47045、7445、7461、46766、7678、及び47030から選択されるスペーサー配列を含む。
いくつかの実施形態において、1対のガイドRNAまたは1対のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸は、1つ以上の組成物として提供され、ガイドRNAの対は、配列番号47047及び7447;7463及び46967;46768及び7680;47032及び7447から選択される第1及び第2のスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、1対のガイドRNAまたは1対のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸は、1つ以上の組成物として提供され、ガイドRNAの対は、配列番号47047及び7447を含む。いくつかの実施形態において、1対のガイドRNAまたは1対のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸は、1つ以上の組成物として提供され、ガイドRNAの対は、配列番号52898及び26546を含む。
いくつかの実施形態において、1つ以上のガイドRNA(gRNA)、または1つ以上のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸を含む組成物が提供され、ここで、1つ以上のガイドRNAは、RNA標的化エンドヌクレアーゼ(例えば、Cas9などのCasヌクレアーゼ)を、筋緊張性ジストロフィー1型に関連する筋緊張性ジストロフィータンパク質キナーゼ遺伝子(FMR1)におけるCTGリピート領域内またはその近くの標的DNA配列に誘導するガイド配列を含む。いくつかの実施形態において、gRNA、またはgRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ここで、gRNAは、表2または配列表に示されるFMR1ガイド配列を含むcrRNAを含む。いくつかの実施形態において、gRNA、またはgRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、gRNAは、表2または配列表に示されるFMR1ガイド配列の17、18、19、または20個の連続するヌクレオチドを含むcrRNAを含む。いくつかの実施形態において、gRNA、またはgRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ここで、gRNAは、表2または配列表に示されているFMR1ガイド配列の少なくとも17、18、19、もしくは20個の連続したヌクレオチドに対して約75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有する配列を含むcrRNAを含む。いくつかの実施形態において、gRNA、またはgRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ここで、gRNAは、表2または配列表に示されているガイド配列に対して約75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の同一性を有する配列を含む。いくつかの実施形態において、gRNA、またはgRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ここで、gRNAは、trRNAをさらに含む。本明細書に記載の各組成物及び方法の実施形態において、crRNA及びtrRNAは、単一RNA(sgRNA)として会合することができるか、または別個のRNA(dgRNA)上にあり得る。sgRNAとの関係において、crRNA及びtrRNA成分は、例えば、ホスホジエステル結合または他の共有結合を介して共有結合され得る。
いくつかの実施形態において、gRNA、またはgRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ここで、gRNAは、配列番号5262、5782、5830、5926、5950、5998、6022、5310、及び5334から選択されるスペーサー配列を含むスペーサー配列を含む。
いくつかの実施形態において、gRNA、またはgRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ここで、gRNAは、配列番号5830、6022、5262、及び5310から選択されるスペーサー配列を含むスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、gRNA、またはgRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ここで、gRNAは、配列番号5262、5334、及び5830から選択されるスペーサー配列を含むスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、gRNA、またはgRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ここで、gRNAは、配列番号5264、5336、5832、6024、及び5312から選択されるスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、gRNA、またはgRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ここで、gRNAは、配列番号5262を含むスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、gRNA、またはgRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ここで、gRNAは、配列番号5264から選択されるスペーサー配列を含むスペーサー配列を含む。
いくつかの実施形態において、gRNA、またはgRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ここで、gRNAは、配列番号5262、5782、5830、5926、5950、5998、6022、5310、または5334から選択されるFMR1ガイド配列の17、18、19、もしくは20個の連続したヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態において、1対のガイドRNAまたは1対のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸は、1つ以上の組成物として提供され、ガイドRNAの対は、配列番号5782及び5262;5830及び5262;5926及び5262;5950及び5262;及び5998及び5262から選択される第1及び第2のスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、1対のガイドRNAまたは1対のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸は、1つ以上の組成物として提供され、ガイドRNAの対は、配列番号5830及び5262;ならびに6022及び5310から選択される第1及び第2のスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態において、1対のガイドRNAまたは1対のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸は、1つ以上の組成物として提供され、ガイドRNAの対は、配列番号5334及び5830を含む。
いくつかの実施形態において、1つ以上のガイドRNA(gRNA)または1つ以上のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸を含む組成物が提供され、ここで、1つ以上のガイドRNAは、RNA標的化エンドヌクレアーゼ(例えば、Cas9などのCasヌクレアーゼ)を、ハンチントン病に関連するハンチンチン(HTT)遺伝子におけるリピート領域内またはその近くの標的DNA配列に誘導するガイド配列を含む。
いくつかの実施形態において、1つ以上のガイドRNA(gRNA)または1つ以上のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸を含む組成物が提供され、ここで、1つ以上のガイドRNAは、RNA標的化エンドヌクレアーゼ(例えば、Cas9などのCasヌクレアーゼ)を、脆弱XE症候群に関連する脆弱X精神遅滞2(FMR2)遺伝子におけるリピート領域内またはその近くの標的DNA配列に誘導するガイド配列を含む。
いくつかの実施形態において、1つ以上のガイドRNA(gRNA)または1つ以上のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸を含む組成物が提供され、ここで、1つ以上のガイドRNAは、RNA標的化エンドヌクレアーゼ(例えば、Cas9などのCasヌクレアーゼ)を、X連鎖性球脊髄性筋萎縮症(ケネディ病)に関連するアンドロゲン受容体(AR)遺伝子におけるリピート領域内またはその近くの標的DNA配列に誘導するガイド配列を含む。
いくつかの実施形態において、1つ以上のガイドRNA(gRNA)または1つ以上のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸を含む組成物が提供され、ここで、1つ以上のガイドRNAは、RNA標的化エンドヌクレアーゼ(例えば、Cas9などのCasヌクレアーゼ)を、ARX関連乳児てんかん性脳症、早期乳児てんかん性脳症1、大田原症候群、パーティントン症候群、またはウェスト症候群に関連するアリスタレス関連ホメオボックス(ARX)遺伝子におけるリピート領域内またはその近くの標的DNA配列に誘導するガイド配列を含む。
いくつかの実施形態において、1つ以上のガイドRNA(gRNA)または1つ以上のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸を含む組成物が提供され、ここで、1つ以上のガイドRNAは、RNA標的化エンドヌクレアーゼ(例えば、Cas9などのCasヌクレアーゼ)を、脊髄小脳失調症の一形態に関連するアタキシン1(ATXN1)、アタキシン2(ATXN2)、アタキシン3(ATXN3)、カルシウム電圧ゲートチャネルサブユニットアルファ1 A(CACNA1A)、アタキシン7(ATXN7)、ATXN8反対鎖lncRNA(ATXN8OS/SCA8)、セリン/スレオニンタンパク質ホスファターゼ2A 55kDa調節サブユニットBベータアイソフォーム(PPP2R2B)、またはTATA結合タンパク質(TBP)遺伝子におけるリピート領域内またはその近くの標的DNA配列に誘導するガイド配列を含む。
いくつかの実施形態において、1つ以上のガイドRNA(gRNA)または1つ以上のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸を含む組成物が提供され、ここで、1つ以上のガイドRNAは、RNA標的化エンドヌクレアーゼ(例えば、Cas9などのCasヌクレアーゼ)を、歯状核赤核淡蒼球ルイ体萎縮症(DRPLA)に関連するアトロフィン-1(ATN1)遺伝子におけるリピート領域内またはその近くの標的DNA配列に誘導するガイド配列を含む。
本明細書に記載の組成物、使用、及び方法の実施形態のそれぞれにおいて、ガイドRNAは、「デュアルガイドRNA」または「dgRNA」として2つのRNA分子を含み得る。dgRNAは、例えば、表2及び配列表に示されるガイド配列を含むcrRNAを含む第1のRNA分子と、trRNAを含む第2のRNA分子とを含む。第1及び第2のRNA分子は共有結合していない場合があるが、crRNAの一部とtrRNAとの間の塩基対を介してRNA二重鎖を形成していてもよい。
本明細書に記載の組成物、使用、及び方法の実施形態のそれぞれにおいて、ガイドRNAは、「単一ガイドRNA」または「sgRNA」として単一RNA分子を含み得る。sgRNAは、trRNAに共有結合された表2に示されるガイド配列を含むcrRNA(またはその一部)を含み得る。sgRNAは、表2及び配列表に示されているガイド配列の17、18、19、もしくは20個の連続したヌクレオチドを含み得る。いくつかの実施形態において、crRNA及びtrRNAは、リンカーを介して共有結合している。いくつかの実施形態において、sgRNAは、crRNAの部分とtrRNAとの間の塩基対形成を介してステムループ構造を形成する。いくつかの実施形態において、crRNA及びtrRNAは、ホスホジエステル結合ではない1つ以上の結合を介して共有結合している。
いくつかの実施形態において、trRNAは、天然に存在するCRISPR/Casシステムに由来するtrRNA配列のすべてまたは一部を含み得る。いくつかの実施形態において、trRNAは、短縮されたまたは修飾された野生型trRNAを含む。trRNAの長さは、使用するCRISPR/Casシステムによって異なる。いくつかの実施形態において、trRNAは、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25、30、40、50、60、70、80、90、100、または100を超えるヌクレオチドを含むか、またはそれらからなる。いくつかの実施形態において、trRNAは、例えば、1つ以上のヘアピンもしくはステムループ構造、または1つ以上のバルジ構造などのある特定の二次構造を含み得る。
いくつかの実施形態において、1以上のガイドRNA(または1つ以上のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸)を含む組成物が提供され、1つ以上のgRNAは、配列番号101~4988、5001~7264、または7301~53372のいずれか1つのガイド配列を含む。
一態様では、配列番号101~4988、5001~7264、または7301~53372の核酸のいずれかと、少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、94%、93%、92%、91%、または90%同一であるガイド配列を含むgRNAまたはgRNAをコードするベクターを含む組成物が提供される。
他の実施形態において、組成物は、少なくとも1つ、例えば、少なくとも2つのgRNA、または少なくとも1つ、例えば、少なくとも2つのgRNAをコードする1つ以上の核酸を含み、gRNAは、配列番号101~4988、5001~7264、または7301~53372のガイド配列のうちの任意の2つ以上から選択されるガイド配列を含む。いくつかの実施形態において、組成物は、それぞれが、配列番号101~4988、5001~7264、または7301~53372の核酸のいずれかと、少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、94%、93%、92%、91%、または90%同一であるガイド配列を含む少なくとも2つのgRNAを含む。
いくつかの実施形態において、ガイドRNAをコードする核酸を含む組成物が提供され、ガイドRNAをコードする核酸はベクターである。いくつかの実施形態において、1つ以上のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸を含む組成物が提供され、1つ以上のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸は、1つ以上のベクターである。
本明細書に記載されているもののいずれかなど、任意のタイプのベクターを使用することができる。いくつかの実施形態において、組成物は、本明細書に記載の1つ以上のgRNAをコードする1つ以上の核酸を含む。いくつかの実施形態において、ベクターは、ウイルスベクターである。いくつかの実施形態において、ウイルスベクターは、非組み込み型ウイルスベクターである(すなわち、ベクターから宿主染色体に配列を挿入しない)。いくつかの実施形態において、ウイルスベクターは、アデノ随伴ウイルスベクター、レンチウイルスベクター、インテグラーゼ欠損レンチウイルスベクター、アデノウイルスベクター、ワクシニアウイルスベクター、アルファウイルスベクター、または単純ヘルペスウイルスベクターである。いくつかの実施形態において、ベクターは、筋肉特異的プロモーターを含む。例示的な筋肉特異的プロモーターには、筋肉クレアチンキナーゼプロモーター、デスミンプロモーター、MHCK7プロモーター、またはSPc5-12プロモーターが含まれる。US2004/0175727A1;Wang et al., Expert Opin Drug Deliv. (2014) 11, 345-364;Wang et al., Gene Therapy (2008) 15, 1489-1499を参照のこと。いくつかの実施形態において、筋肉特異的プロモーターは、CK8プロモーターである。いくつかの実施形態において、筋肉特異的プロモーターは、CK8eプロモーターである。前述の実施形態のいずれかにおいて、ベクターは、アデノ随伴ウイルスベクターであり得る。
本明細書に開示されるガイドRNA組成物は、DMPK遺伝子におけるトリヌクレオチドリピートまたは自己相補的領域などのトリヌクレオチドリピートまたは自己相補的領域内またはその近くの標的配列を認識する(例えば、ハイブリダイズする)ように設計されている。例えば、標的配列を、ガイドRNAを含む提供されたCasクリーバーゼによって認識させ、切断することができる。いくつかの実施形態において、CasクリーバーゼなどのRNA標的化エンドヌクレアーゼは、ガイドRNAによって標的配列に誘導されてもよく、ここで、ガイドRNAのガイド配列は標的配列とハイブリダイズし、CasクリーバーゼなどのRNA標的化エンドヌクレアーゼが標的配列を切断する。
いくつかの実施形態において、1つ以上のガイドRNAの選択は、トリヌクレオチドリピート伸長疾患に関連する任意の遺伝子などの目的の遺伝子内の標的配列に基づいて決定される。例示的な目的の遺伝子を、表1に列挙する。
特定の理論に拘束されることなく、変異(例えば、ヌクレアーゼ媒介DSBの修復から生じる切除)は、遺伝子のある特定の領域で切断が起こる場合、より効率的に提供され、及び/またはより良好に許容され得るので、DSBの位置は、生じる可能性のある切除後対立遺伝子の重要な要因である。
いくつかの実施形態において、ガイド配列は、目的のヒト遺伝子に存在する標的配列と少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、94%、93%、92%、91%、または90%同一である。いくつかの実施形態において、標的配列は、ガイドRNAのガイド配列に相補的であり得る。いくつかの実施形態において、ガイドRNAのガイド配列とその対応する標的配列との間の相補性または同一性の程度は、少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%であり得る。いくつかの実施形態において、gRNAの標的配列及びガイド配列は、100%相補的または同一であり得る。他の実施形態において、gRNAの標的配列及びガイド配列は、少なくとも1つのミスマッチを含有し得る。例えば、gRNAの標的配列及びガイド配列は、1、2、3、または4つのミスマッチを含有する場合があり、ガイド配列の全長は20である。いくつかの実施形態において、gRNAの標的配列及びガイド配列は、1~4のミスマッチを含有する場合があり、ガイド配列は、20ヌクレオチドである。
いくつかの実施形態において、本明細書に開示される組成物または製剤は、本明細書に記載のCasヌクレアーゼなどのRNA標的化エンドヌクレアーゼをコードするオープンリーディングフレーム(ORF)を含むmRNAを含む。いくつかの実施形態において、CasヌクレアーゼなどのRNA標的化エンドヌクレアーゼをコードするORFを含むmRNAは、提供、使用、または投与される。
修飾gRNA
いくつかの実施形態において、gRNAは化学的に修飾されている。1つ以上の修飾ヌクレオシドまたはヌクレオチドを含むgRNAは、「修飾」gRNAまたは「化学修飾」gRNAと呼ばれ、カノニカルなA、G、C、及びU残基の代わりにまたはそれらに加えて使用される1つ以上の非天然及び/または天然に存在する成分または配置の存在を説明する。いくつかの実施形態において、修飾gRNAは、非カノニカルなヌクレオシドまたはヌクレオチドを用いて合成され、ここでは「修飾された」と呼ばれる。修飾ヌクレオシド及びヌクレオチドとしては、(i)ホスホジエステル骨格結合における非結合ホスフェート酸素の一方または両方の、及び/または結合ホスフェート酸素の1つ以上の改変、例えば、置換(例示的な骨格修飾);(ii)リボース糖の成分、例えば、リボース糖上の2’ヒドロキシルの改変、例えば、置換(例示的な糖修飾);(iii)ホスフェート部分の「デホスホ」リンカーによる大規模な置換(例示的な骨格修飾);(iv)非カノニカル核酸塩基を含む天然に存在する核酸塩基の修飾または置換(例示的な塩基修飾);(v)リボース-ホスフェート骨格の置換または修飾(例示的な骨格修飾);(vi)オリゴヌクレオチドの3’末端もしくは5’末端の修飾、例えば、末端リン酸基の除去、修飾もしくは置換、または部分、キャップもしくはリンカーのコンジュゲーション(そのような3’もしくは5’キャップ修飾には、糖及び/または骨格修飾が含まれる);ならびに(vii)糖の修飾または置換(例示的な糖修飾)のうちの1つ以上を挙げることができる。
上記のような化学修飾を組み合わせて、2、3、4、またはそれ以上の修飾を有することができるヌクレオシド及びヌクレオチド(総称して「残基」)を含む修飾gRNAを提供することができる。例えば、修飾残基は、修飾糖及び修飾核酸塩基、または修飾糖及び修飾ホスホジエステルを有することができる。いくつかの実施形態において、gRNAのすべての塩基は修飾されており、例えば、すべての塩基は、ホスホロチオエート基などの修飾リン酸基を有する。ある特定の実施形態において、gRNA分子のリン酸基のすべて、または実質的にすべてが、ホスホロチオエート基で置き換えられている。いくつかの実施形態において、修飾gRNAは、RNAの5’末端またはその近くに少なくとも1つの修飾残基を含む。いくつかの実施形態において、修飾gRNAは、RNAの3’末端またはその近くに少なくとも1つの修飾残基を含む。
いくつかの実施形態において、gRNAは、1つ、2つ、3つ、またはそれ以上の修飾残基を含む。いくつかの実施形態において、修飾gRNAにおける位置の少なくとも5%(例えば、少なくとも5%、少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、または100%)は、修飾ヌクレオシドまたはヌクレオチドである。
非修飾核酸は、例えば、細胞内ヌクレアーゼまたは血清中に見られるものによって分解されやすい可能性がある。例えば、ヌクレアーゼは核酸のホスホジエステル結合を加水分解することができる。したがって、一態様では、本明細書に記載のgRNAは、例えば、細胞内または血清ベースのヌクレアーゼに対する安定性を導入するために、1つ以上の修飾ヌクレオシドまたはヌクレオチドを含有することができる。いくつかの実施形態において、本明細書に記載の修飾gRNA分子は、インビボ及びエクスビボの両方で、細胞の集団に導入された場合、自然免疫応答の低下を示す可能性がある。「自然免疫応答」という用語は、サイトカイン、特にインターフェロンの発現及び放出、ならびに細胞死の誘発を含む、一本鎖核酸を含む外因性核酸に対する細胞応答を含む。
骨格修飾のいくつかの実施形態において、修飾残基のリン酸基は、1つ以上の酸素を異なる置換基で置き換えることによって修飾することができる。さらに、修飾残基、例えば、修飾核酸中に存在する修飾残基は、本明細書に記載されるように、非修飾リン酸部分の修飾リン酸基による大規模な置換を含み得る。いくつかの実施形態において、リン酸骨格の骨格修飾は、非荷電リンカーまたは非対称電荷分布を有する荷電リンカーのいずれかをもたらす改変を含み得る。
修飾リン酸基の例としては、ホスホロチオエート、ホスホロセレネート、ボラノホスフェート、ボラノホスフェートエステル、水素ホスホネート、ホスホロアミデート、アルキルまたはアリールホスホネート及びホスホトリエステルが挙げられる。非修飾リン酸基のリン原子はアキラルである。しかし、非架橋酸素の1つを上記の原子または原子の群のうちの1つに置き換えると、リン原子がキラルになる可能性がある。不斉リン原子は、「R」配置(ここではRp)または「S」配置(ここではSp)のいずれかを有することができる。骨格は、架橋酸素(すなわち、リン酸をヌクレオシドに連結する酸素)を窒素(架橋ホスホロアミデート)、硫黄(架橋ホスホロチオエート)、及び炭素(架橋メチレンホスホネート)で置き換えることによっても修飾することができる。置換は、連結酸素の一方でまたは連結酸素の両方で起こり得る。
リン酸基は、ある特定の骨格修飾において、リン非含有接続部で置き換えることができる。いくつかの実施形態において、荷電リン酸基は、中性部分によって置き換えることができる。リン酸基を置換することができる部分の例としては、例えば、メチルホスホネート、ヒドロキシルアミノ、シロキサン、カーボネート、カルボキシメチル、カルバメート、アミド、チオエーテル、エチレンオキシドリンカー、スルホネート、スルホンアミド、チオホルムアセタール、ホルムアセタール、オキシム、メチレンイミノ、メチレンメチルイミノ、メチレンヒドラゾ、メチレンジメチルヒドラゾ及びメチレンオキシメチルイミノ、を挙げることができるが、これらに限定されない。
核酸を模倣することができる足場はまた、ホスフェートリンカー及びリボース糖がヌクレアーゼ耐性ヌクレオシドまたはヌクレオチドサロゲートによって置き換えられるように構築することができる。そのような修飾は、骨格修飾及び糖修飾を含み得る。いくつかの実施形態において、核酸塩基は、サロゲート骨格によって繋ぐことができる。例として、モルホリノ、シクロブチル、ピロリジン、及びペプチド核酸(PNA)ヌクレオシドサロゲートが挙げられるが、これらに限定されない。
修飾ヌクレオシド及び修飾ヌクレオチドは、糖基への1つ以上の修飾、すなわち糖修飾を含むことができる。例えば、2’ヒドロキシル基(OH)を修飾することができ、例えば、複数の異なる「オキシ」または「デオキシ」置換基で置き換えることができる。いくつかの実施形態において、2’-ヒドロキシル基への修飾は、ヒドロキシルがもはや脱プロトン化されて2’-アルコキシドイオンを形成することができないので、核酸の安定性を高めることができる。
2’ヒドロキシル基修飾の例としては、アルコキシまたはアリールオキシ(OR、ここで、「R」は、例えば、アルキル、シクロアルキル、アリール、アラルキル、ヘテロアリールまたは糖であり得る);ポリエチレングリコール(PEG)、O(CHCHO)CHCHOR(式中、Rは、例えば、Hもしくは任意選択で置換されたアルキルであり得、nは、0~20(例えば、0~4、0~8、0~10、0~16、1~4、1~8、1~10、1~16、1~20、2~4、2~8、2~10、2~16、2~20、4~8、4~10、4~16、及び4~20)の整数であり得る)、を挙げることができる。いくつかの実施形態において、2’ヒドロキシル基修飾は、2’-O-Meであり得る。いくつかの実施形態において、2’ヒドロキシル基修飾は、2’-ヒドロキシル基をフッ化物で置き換える2’-フルオロ修飾であり得る。いくつかの実施形態において、2’ヒドロキシル基修飾は、2’ヒドロキシルが、例えば、CアルキレンまたはC1-6ヘテロアルキレンブリッジによって同じリボース糖の4’炭素に接続され得る「ロックされた」核酸(LNA)を含むことができ、ここで、例示的なブリッジとして、メチレン、プロピレン、エーテル、またはアミノブリッジ;O-アミノ(アミノは、例えば、NH;アルキルアミノ、ジアルキルアミノ、ヘテロシクリル、アリールアミノ、ジアリールアミノ、ヘテロアリールアミノ、もしくはジヘテロアリールアミノ、エチレンジアミン、またはポリアミノであり得る)及びアミノアルコキシ、O(CH)n-アミノ、(ここで、アミノは、例えば、NH;アルキルアミノ、ジアルキルアミノ、ヘテロシクリル、アリールアミノ、ジアリールアミノ、ヘテロアリールアミノ、もしくはジヘテロアリールアミノ、エチレンジアミン、またはポリアミノであり得る)を挙げることができる。いくつかの実施形態において、2’ヒドロキシル基修飾は、リボース環がC2’-C3’結合を欠く「アンロックされた」核酸(UNA)を含むことができる。いくつかの実施形態において、2’ヒドロキシル基修飾は、メトキシエチル基(MOE)(OCHCHOCH、例えば、PEG誘導体)を含み得る。
「デオキシ」2’修飾としては、水素(すなわち、例えば、部分的にdsRNAのオーバーハング部分におけるデオキシリボース糖);ハロ(例えば、ブロモ、クロロ、フルオロ、またはヨード);アミノ(ここで、アミノは、例えば、NH;アルキルアミノ、ジアルキルアミノ、ヘテロシクリル、アリールアミノ、ジアリールアミノ、ヘテロアリールアミノ、ジヘテロアリールアミノ、またはアミノ酸であり得る);NH(CHCHNH)CH2CH-アミノ(ここで、アミノは、例えば、本明細書に記載のようなものであり得る)、-NHC(O)R(ここで、Rは、例えば、アルキル、シクロアルキル、アリール、アラルキル、ヘテロアリールまたは糖であり得る)、シアノ;メルカプト;アルキル-チオ-アルキル;チオアルコキシ;ならびにアルキル、シクロアルキル、アリール、アルケニル及びアルキニルであって、例えば、本明細書に記載のアミノで任意選択で置換することができるもの、を挙げることができる。
糖修飾は、リボース中の対応する炭素とは反対の立体化学的配置を有する1つ以上の炭素を含有することもできる糖基を含むことができる。したがって、修飾核酸は、糖として、例えば、アラビノースを含有するヌクレオチドを含むことができる。修飾核酸はまた、脱塩基糖を含み得る。これらの脱塩基糖はまた、糖の構成原子の1つ以上でさらに修飾することができる。修飾された核酸はまた、例えば、L-ヌクレオシドなど、L型である1つ以上の糖を含むことができる。
修飾核酸に組み込むことができる、本明細書に記載の修飾ヌクレオシド及び修飾ヌクレオチドは、修飾塩基を含むことができ、核酸塩基とも呼ばれる。核酸塩基の例としては、これらに限定されないが、アデニン(A)、グアニン(G)、シトシン(C)、及びウラシル(U)が挙げられる。これらの核酸塩基は、修飾されるか、または完全に置換されて、修飾核酸に組み込むことができる修飾残基を提供することができる。ヌクレオチドの核酸塩基は、プリン、ピリミジン、プリンアナログ、またはピリミジンアナログから独立して選択することができる。いくつかの実施形態において、核酸塩基は、例えば、塩基の天然に存在する合成誘導体を含むことができる。
デュアルガイドRNAを使用する実施形態において、crRNA及びtracrRNAのそれぞれは、修飾を含有することができる。そのような修飾は、crRNA及び/またはtracrRNAの一端または両端にあり得る。sgRNAを含む実施形態において、sgRNAの一端または両端の1つ以上の残基を化学的に修飾することができ、及び/または内部ヌクレオシドを修飾することができ、及び/またはsgRNA全体を化学的に修飾することができる。ある特定の実施形態は、5’末端修飾を含む。ある特定の実施形態は、3’末端修飾を含む。
2’-O-メチルの修飾が含まれる。
ヌクレオチド糖環に影響を与えることが示されている別の化学修飾は、ハロゲン置換である。例えば、ヌクレオチド糖環の2’-フルオロ(2’-F)置換は、オリゴヌクレオチド結合親和性及びヌクレアーゼ安定性を高めることができる。2’-フルオロ(2’-F)の修飾が含まれる。
ホスホロチオエート(PS)連結または結合とは、ホスホジエステル結合、例えばヌクレオチド塩基間の結合において、硫黄が1つの非架橋リン酸酸素の代わりに使用される結合を指す。ホスホロチオエートを使用してオリゴヌクレオチドを生成する場合、修飾オリゴヌクレオチドはS-オリゴと呼ばれることもある。
脱塩基ヌクレオチドは、窒素塩基を欠くヌクレオチドを指す。
逆塩基は、通常の5’から3’への連結と逆になっている連結(すなわち、5’から5’への連結または3’から3’への連結のいずれか)を有するものを指す。
脱塩基ヌクレオチドは、逆連結で結合することができる。例えば、脱塩基ヌクレオチドは、5’から5’への連結を介して末端5’ヌクレオチドに結合することができるか、または脱塩基ヌクレオチドは、3’から3’への結合を介して末端3’ヌクレオチドに結合することができる。末端5’ヌクレオチドまたは末端3’ヌクレオチドのいずれかにある逆脱塩基ヌクレオチドは、逆脱塩基エンドキャップと呼ばれることもある。
いくつかの実施形態において、5’末端の最初の3、4、または5ヌクレオチドのうちの1つ以上、及び3’末端の最後の3、4、または5ヌクレオチドのうちの1つ以上が修飾される。いくつかの実施形態において、修飾は、2’-O-Me、2’-F、逆脱塩基ヌクレオチド、PS結合、または安定性及び/または性能を高めるための当技術分野で周知の他のヌクレオチド修飾である。
いくつかの実施形態において、5’末端の最初の4つのヌクレオチド、及び3’末端の最後の4つのヌクレオチドは、ホスホロチオエート(PS)結合で連結されている。
いくつかの実施形態において、5’末端の最初の3つのヌクレオチド、及び3’末端の最後の3つのヌクレオチドは、2’-O-メチル(2’-O-Me)修飾ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、5’末端の最初の3つのヌクレオチド、及び3’末端の最後の3つのヌクレオチドは、2’-フルオロ(2’-F)修飾ヌクレオチドを含む。
リボ核タンパク質複合体
いくつかの実施形態において、組成物は、表2または配列表からの1つ以上のガイド配列を含む1つ以上のgRNA、及びRNA標的化エンドヌクレアーゼ、例えば、Cas9などのCasヌクレアーゼなどのヌクレアーゼを含む。いくつかの実施形態において、RNA標的化エンドヌクレアーゼは、二本鎖エンドヌクレアーゼ活性とも呼ぶことができるクリーバーゼ活性を有する。いくつかの実施形態において、RNA標的化エンドヌクレアーゼは、Casヌクレアーゼを含む。Cas9ヌクレアーゼの例としては、S.pyogenes、S.aureus、及び他の原核生物のタイプII CRISPRシステム(例えば、次の段落のリストを参照のこと)、ならびにそれらの修飾(例えば、操作または変異)バージョンのものが挙げられる。例えば、US2016/0312198A1;US2016/0312199A1を参照のこと。Casヌクレアーゼの他の例としては、タイプIII CRISPRシステムのCsmもしくはCmr複合体、またはそのCas10、Csm1、またはCmr2サブユニット、及びタイプI CRISPRシステムのカスケード複合体またはそのCas3サブユニットが挙げられる。いくつかの実施形態において、Casヌクレアーゼは、タイプIIA、タイプIIB、またはタイプIICシステムに由来し得る。種々のCRISPRシステム及びCasヌクレアーゼの考察については、例えば、Makarova et al., Nat. Rev. Microbiol. 9:467-477 (2011);Makarova et al., Nat. Rev. Microbiol, 13: 722-36 (2015);Shmakov et al., Molecular Cell, 60:385-397 (2015)を参照のこと。
Casヌクレアーゼが由来し得る非限定的な例示的な種としては 、Streptococcus pyogenes、Streptococcus thermophilus、Streptococcus sp.、Staphylococcus aureus、Listeria innocua、Lactobacillus gasseri、Francisella novicida、Wolinella succinogenes、Sutterella wadsworthensis、Gammaproteobacterium、Neisseria meningitidis、Campylobacter jejuni、Pasteurella multocida、Fibrobacter succinogene、Rhodospirillum rubrum、Nocardiopsis dassonvillei、Streptomyces pristinaespiralis、Streptomyces viridochromogenes、Streptomyces viridochromogenes、Streptosporangium roseum、Streptosporangium roseum、Alicyclobacillus acidocaldarius、Bacillus pseudomycoides、Bacillus selenitireducens、Exiguobacterium sibiricum、Lactobacillus delbrueckii、Lactobacillus salivarius、Lactobacillus buchneri、Treponema denticola、Microscilla marina、Burkholderiales bacterium、Polaromonas naphthalenivorans、Polaromonas sp.、Crocosphaera watsonii、Cyanothece sp.、Microcystis aeruginosa、Synechococcus sp.、Acetohalobium arabaticum、Ammonifex degensii、Caldicelulosiruptor becscii、Candidatus Desulforudis、Clostridium botulinum、Clostridium difficile、Finegoldia magna、Natranaerobius thermophilus、Pelotomaculum thermopropionicum、Acidithiobacillus caldus、Acidithiobacillus ferrooxidans、Allochromatium vinosum、Marinobacter sp.、Nitrosococcus halophilus、Nitrosococcus watsoni、Pseudoalteromonas haloplanktis、Ktedonobacter racemifer、Methanohalobium evestigatum、Anabaena variabilis、Nodularia spumigena、Nostoc sp.、Arthrospira maxima、Arthrospira platensis、Arthrospira sp.、Lyngbya sp.、Microcoleus chthonoplastes、Oscillatoria sp.、Petrotoga mobilis、Thermosipho africanus、Streptococcus pasteurianus、Neisseria cinerea、Campylobacter lari、Parvibaculum lavamentivorans、Corynebacterium diphtheria、Acidaminococcus sp.、Lachnospiraceae bacterium ND2006、及びAcaryochloris marinaが挙げられる。
いくつかの実施形態において、Casヌクレアーゼは、Streptococcus pyogenes由来のCas9ヌクレアーゼである。いくつかの実施形態において、Casヌクレアーゼは、Streptococcus thermophilus由来のCas9ヌクレアーゼである。いくつかの実施形態において、Casヌクレアーゼは、Neisseria meningitidis由来のCas9ヌクレアーゼである。いくつかの実施形態において、Casヌクレアーゼは、Staphylococcus aureus由来のCas9ヌクレアーゼである。いくつかの実施形態において、Casヌクレアーゼは、Francisella novicida由来のCpf1ヌクレアーゼである。いくつかの実施形態において、Casヌクレアーゼは、Acidaminococcus sp.由来のCpf1ヌクレアーゼである。いくつかの実施形態において、Casヌクレアーゼは Lachnospiraceae bacterium ND2006由来のCpf1ヌクレアーゼである。さらなる実施形態において、Casヌクレアーゼは、Francisella tularensis、Lachnospiraceae bacterium、Butyrivibrio proteoclasticus、Peregrinibacteria bacterium、Parcubacteria bacterium、Smithella、Acidaminococcus、Candidatus Methanoplasma termitum、Eubacterium eligens、Moraxella bovoculi、Leptospira inadai、Porphyromonas crevioricanis、Prevotella disiens、またはPorphyromonas macacae由来のCpf1ヌクレアーゼである。ある特定の実施形態において、Casヌクレアーゼは、Acidaminococcus またはLachnospiraceae由来のCpf1ヌクレアーゼである。
いくつかの実施形態において、RNA標的化エンドヌクレアーゼと共にgRNAは、リボ核タンパク質複合体(RNP)と呼ばれる。いくつかの実施形態において、RNA標的化エンドヌクレアーゼは、Casヌクレアーゼである。いくつかの実施形態において、Casヌクレアーゼと共にgRNAは、Cas RNPと呼ばれる。いくつかの実施形態において、RNPは、タイプI、タイプII、タイプIII、タイプIV、またはタイプVの成分を含む。いくつかの実施形態において、Casヌクレアーゼは、Cas12またはCas12a(以前はCpf1として知られていた)などのタイプVシステムに由来し得る。いくつかの実施形態において、Casヌクレアーゼは、タイプII CRISPR/CasシステムからのCas9タンパク質である。いくつかの実施形態において、Cas9と共にgRNAは、Cas9 RNPと呼ばれる。
野生型Cas9には、RuvCとHNHの2つのヌクレアーゼドメインがある。RuvCドメインは非標的DNA鎖を切断し、HNHドメインはDNAの標的鎖を切断する。いくつかの実施形態において、Cas9タンパク質は、2つ以上のRuvCドメイン及び/または2つ以上のHNHドメインを含む。いくつかの実施形態において、Cas9タンパク質は、野生型Cas9である。組成物、使用、及び方法の実施形態のそれぞれにおいて、Casは標的DNAにおける二本鎖切断を誘導する。
いくつかの実施形態において、タンパク質の1つのドメインまたは領域が異なるタンパク質の一部によって置き換えられているキメラCasヌクレアーゼが使用される。いくつかの実施形態において、Casヌクレアーゼドメインは、Fok1などの異なるヌクレアーゼからのドメインで置き換えることができる。いくつかの実施形態において、Casヌクレアーゼは、修飾ヌクレアーゼであり得る。
他の実施形態において、Casヌクレアーゼは、タイプI CRISPR/Casシステムに由来し得る。いくつかの実施形態において、Casヌクレアーゼは、タイプI CRISPR/Casシステムのカスケード複合体の成分であり得る。いくつかの実施形態において、Casヌクレアーゼは、Cas3タンパク質であり得る。いくつかの実施形態において、Casヌクレアーゼは、タイプIII CRISPR/Casシステムに由来し得る。いくつかの実施形態において、Casヌクレアーゼは、RNA切断活性を有し得る。
いくつかの実施形態において、RNA標的化エンドヌクレアーゼは、一本鎖ニッカーゼ活性を有する、すなわち、1つのDNA鎖を切断して、「ニック」としても知られる一本鎖切断を生成することができる。いくつかの実施形態において、RNA標的化エンドヌクレアーゼは、Casニッカーゼを含む。ニッカーゼは、dsDNAにニックを作成する酵素である、すなわち、一方の鎖を切断するが、DNA二重らせんのもう一方は切断しない。いくつかの実施形態において、Casニッカーゼは、例えば、触媒ドメインにおける1つ以上の改変(例えば、点変異)によって、エンドヌクレアーゼ活性部位が不活性化される、Casヌクレアーゼ(例えば、上記のCasヌクレアーゼ)のバージョンである。例えば、Casニッカーゼ及び例示的な触媒ドメインの変化の考察については、米国特許第8,889,356号を参照のこと。いくつかの実施形態において、Cas9ニッカーゼなどのCasニッカーゼは、不活化RuvCまたはHNHドメインを有する。
いくつかの実施形態において、RNA標的化エンドヌクレアーゼは、1つの機能的ヌクレアーゼドメインのみを含有するように修飾される。例えば、薬剤タンパク質を、ヌクレアーゼドメインの1つが変異するか、または完全にまたは部分的に削除されて、その核酸切断活性を低下させるように修飾することができる。いくつかの実施形態において、活性が低下したRuvCドメインを有するニッカーゼが使用される。いくつかの実施形態において、不活性RuvCドメインを有するニッカーゼが使用される。いくつかの実施形態において、活性が低下したHNHドメインを有するニッカーゼが使用される。いくつかの実施形態において、不活性HNHドメインを有するニッカーゼが使用される。
いくつかの実施形態において、Casタンパク質ヌクレアーゼドメイン内の保存アミノ酸は、ヌクレアーゼ活性を低減または改変するために置換される。いくつかの実施形態において、Casヌクレアーゼは、RuvCまたはRuvC様ヌクレアーゼドメインにおけるアミノ酸置換を含み得る。RuvCまたはRuvC様ヌクレアーゼドメインにおける例示的なアミノ酸置換には、D10A(S.pyogenes Cas9タンパク質に基づく)が含まれる。例えば、Zetsche et al. (2015) Cell Oct 22:163(3): 759-771を参照のこと。いくつかの実施形態において、Casヌクレアーゼは、HNHまたはHNH様ヌクレアーゼドメインにおけるアミノ酸置換を含み得る。HNHまたはHNH様ヌクレアーゼドメインにおける例示的なアミノ酸置換には、E762A、H840A、N863A、H983A、及びD986A(S.pyogenes Cas9タンパク質に基づく)が含まれる。例えば、Zetsche et al. (2015)を参照のこと。さらなる例示的なアミノ酸置換には、D917A、E1006A、及びD1255A(Francisella novicida U112 Cpf1(FnCpf1)配列(UniProtKB-A0Q7Q2(CPF1_FRATN)に基づく)が含まれる。
いくつかの実施形態において、ニッカーゼをコードするmRNAは、それぞれ、標的配列のセンス鎖及びアンチセンス鎖に相補的である1対のガイドRNAと組み合わせて提供される。この実施形態において、ガイドRNAは、ニッカーゼを標的配列に誘導し、標的配列の反対の鎖にニックを生成することによってDSBを導入する(すなわち、二重ニッキング)。いくつかの実施形態において、二重ニッキングの使用により、特異性を改善し、オフターゲット効果を低減することができる。いくつかの実施形態において、ニッカーゼは、DNAの反対の鎖を標的とする2つの別個のガイドRNAと共に使用されて、標的DNAに二重ニックを生成する。いくつかの実施形態において、ニッカーゼを、近接するように選択される2つの別個のガイドRNAと共に使用して、標的DNAにおいて二重ニックを生成する。
いくつかの実施形態において、RNA標的化エンドヌクレアーゼは、クリーバーゼ及びニッカーゼ活性を欠いている。いくつかの実施形態において、RNA標的化エンドヌクレアーゼは、dCas DNA結合ポリペプチドを含む。dCasポリペプチドは、本質的に触媒(クリーバーゼ/ニッカーゼ)活性を欠いているが、DNA結合活性を有する。いくつかの実施形態において、dCasポリペプチドは、dCas9ポリペプチドである。いくつかの実施形態において、クリーバーゼ及びニッカーゼ活性を欠くRNA標的化エンドヌクレアーゼまたはdCas DNA結合ポリペプチドは、例えば、触媒ドメインにおける1つ以上の改変(例えば、点変異)によって、エンドヌクレアーゼ活性部位が不活性化される、Casヌクレアーゼ(例えば、上記のCasヌクレアーゼ)のバージョンである。例えば、US2014/0186958A1;US2015/0166980A1を参照のこと。
いくつかの実施形態において、RNA標的化エンドヌクレアーゼは、1つ以上の異種機能的ドメインを含む(例えば、融合ポリペプチドであるか、またはそれを含む)。
いくつかの実施形態において、異種機能ドメインにより、細胞の核へのRNA標的化エンドヌクレアーゼの輸送を促進することができる。例えば、異種機能ドメインは核局在化シグナル(NLS)であり得る。いくつかの実施形態において、RNA標的化エンドヌクレアーゼは、1~10のNLS(複数可)と融合することができる。いくつかの実施形態において、RNA標的化エンドヌクレアーゼは、1~5のNLS(複数可)と融合することができる。いくつかの実施形態において、RNA標的化エンドヌクレアーゼは、1つのNLSと融合することができる。1つのNLSが使用される場合、NLSを、RNA標的化エンドヌクレアーゼ配列のN末端またはC末端で連結することができる。RNA標的化エンドヌクレアーゼ配列内に挿入することもできる。いくつかの実施形態において、RNA標的化エンドヌクレアーゼは、1つを超えるNLSと融合することができる。いくつかの実施形態において、RNA標的化エンドヌクレアーゼは、2、3、4、または5つのNLSと融合することができる。いくつかの実施形態において、RNA標的化エンドヌクレアーゼは、2つのNLSと融合することができる。ある特定の状況では、2つのNLSは、同じ(例えば、2つのSV40 NLS)であってもまたは異なっていてもよい。いくつかの実施形態において、RNA標的化エンドヌクレアーゼは、カルボキシ末端で連結された2つのSV40 NLS配列に融合される。いくつかの実施形態において、RNA標的化エンドヌクレアーゼは、2つのNLSと融合され得、1つはN末端で連結され、そして1つはC末端で連結され得る。いくつかの実施形態において、RNA標的化エンドヌクレアーゼは、3つのNLSと融合することができる。いくつかの実施形態において、RNA標的化エンドヌクレアーゼは、NLSと融合しなくてもよい。
いくつかの実施形態において、異種機能ドメインにより、RNA標的化エンドヌクレアーゼの細胞内半減期を改変することができる場合がある。いくつかの実施形態において、RNA標的化エンドヌクレアーゼの半減期を、増加させることができる。いくつかの実施形態において、RNA標的化エンドヌクレアーゼの半減期を短縮することができる。いくつかの実施形態において、異種機能ドメインは、RNA標的化エンドヌクレアーゼの安定性を増加させることができる場合がある。いくつかの実施形態において、異種機能ドメインにより、RNA標的化エンドヌクレアーゼの安定性を抑制することができる場合がある。いくつかの実施形態において、異種機能ドメインは、タンパク質分解のためのシグナルペプチドとして作用し得る。いくつかの実施形態において、タンパク質分解は、例えば、プロテアソーム、リソソームプロテアーゼ、またはカルパインプロテアーゼなどのタンパク質分解酵素によって媒介され得る。いくつかの実施形態において、異種機能ドメインは、PEST配列を含み得る。いくつかの実施形態において、RNA標的化エンドヌクレアーゼは、ユビキチンまたはポリユビキチン鎖の付加によって修飾され得る。いくつかの実施形態において、ユビキチンは、ユビキチン様タンパク質(UBL)であり得る。ユビキチン様タンパク質の非限定的な例としては、小ユビキチン様修飾因子(SUMO)、ユビキチン交差反応性タンパク質(UCRP、インターフェロン刺激遺伝子-15(ISG15)としても知られる)、ユビキチン関連修飾因子-1(URM1)、ニューロン前駆細胞発現発生下方制御タンパク質-8(neuronal-precursor-cell-expressed developmentally downregulated protein-8 )(NEDD8、S. cerevisiaeではRub1とも呼ばれる)、ヒト白血球抗原F関連(FAT10)、オートファジー-8(ATG8)及び-12(ATG12)、Fauユビキチン様タンパク質(FUB1)、膜アンカー型UBL(MUB)、ユビキチン折り畳み修飾因子-1(UFM1)、及びユビキチン様タンパク質-5(UBL5)、が挙げられる。
いくつかの実施形態において、異種機能ドメインは、マーカードメインであり得る。マーカードメインの非限定的な例には、蛍光タンパク質、精製タグ、エピトープタグ、及びレポーター遺伝子配列が含まれる。いくつかの実施形態において、マーカードメインは、蛍光タンパク質であり得る。適切な蛍光タンパク質の非限定的な例としては、緑色蛍光タンパク質(例えば、GFP、GFP-2、tagGFP、turboGFP、sfGFP、EGFP、Emerald、Azami Green、Monomeric Azami Green、CopGFP、AceGFP、ZsGreen1)、黄色蛍光タンパク質(例えば、YFP、EYFP、Citrine、Venus、YPet、PhiYFP、ZsYellow1)、青色蛍光タンパク質(例えば、EBFP、EBFP2、Azurite、mKalamal、GFPuv、Sapphire、T-sapphire,)、シアン蛍光タンパク質(例えば、ECFP、Cerulean、CyPet、AmCyan1、Midoriishi-Cyan)、赤色蛍光タンパク質(例えば、mKate、mKate2、mPlum、DsRed monomer、mCherry、mRFP1、DsRed-Express、DsRed2、DsRed-Monomer、HcRed-Tandem、HcRed1、AsRed2、eqFP611、mRasberry、mStrawberry、Jred)、及びオレンジ色蛍光タンパク質(mOrange、mKO、Kusabira-Orange、Monomeric Kusabira-Orange、mTangerine、tdTomato)またはその他の適切な蛍光タンパク質、が挙げられる。他の実施形態において、マーカードメインは、精製タグ及び/またはエピトープタグであり得る。非限定的な例示的なタグとしては、グルタチオン-S-トランスフェラーゼ(GST)、キチン結合タンパク質(CBP)、マルトース結合タンパク質(MBP)、チオレドキシン(TRX)、ポリ(NANP)、タンデムアフィニティー精製(TAP)タグ、myc、AcV5、AU1、AU5、E、ECS、E2、FLAG、HA、nus、Softag 1、Softag 3、Strep、SBP、Glu-Glu、HSV、KT3、S、S1、T7、V5、VSV-G、6xHis、8xHis、ビオチンカルボキシルキャリアタンパク質(BCCP)、ポリ-His、及びカルモジュリンが挙げられる。非限定的な例示的なレポーター遺伝子としては、グルタチオン-S-トランスフェラーゼ(GST)、西洋ワサビペルオキシダーゼ(HRP)、クロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ(CAT)、ベータ-ガラクトシダーゼ、ベータ-グルクロニダーゼ、ルシフェラーゼ、または蛍光タンパク質が挙げられる。
追加の実施形態において、異種機能ドメインは、RNA標的化エンドヌクレアーゼを特定の細胞小器官、細胞型、組織、または器官に標的化することができる。いくつかの実施形態において、異種機能ドメインは、RNA標的化エンドヌクレアーゼを筋肉に標的化することができる。
さらなる実施形態において、異種機能ドメインは、エフェクタードメインであり得る。RNA標的化エンドヌクレアーゼがその標的配列に誘導される場合、例えば、CasヌクレアーゼがgRNAによって標的配列に誘導される場合、エフェクタードメインは標的配列を修飾するかまたは標的配列に影響を及ぼすことができる。いくつかの実施形態において、エフェクタードメインは、核酸結合ドメインまたはヌクレアーゼドメイン(例えば、非Casヌクレアーゼドメイン)から選択され得る。いくつかの実施形態において、異種機能ドメインは、FokIヌクレアーゼなどのヌクレアーゼである。例えば、米国特許第9,023,649号を参照のこと。
gRNAの有効性の決定
いくつかの実施形態において、gRNAの有効性は、RNPを形成する他の成分と一緒に送達されるかまたは発現するときに決定される。いくつかの実施形態において、gRNAは、Casタンパク質、例えば、Cas9などのRNA標的化エンドヌクレアーゼと共に発現する。いくつかの実施形態において、gRNAは、Casヌクレアーゼまたはニッカーゼ、例えば、Cas9ヌクレアーゼまたはニッカーゼなどのRNAガイド型DNAヌクレアーゼをすでに安定して発現している細胞株に送達されるか、または細胞株において発現する。いくつかの実施形態において、gRNAは、RNPの一部として細胞に送達される。いくつかの実施形態において、gRNAは、Casヌクレアーゼまたはニッカーゼ、例えば、Cas9ヌクレアーゼまたはニッカーゼなどのRNA誘導DNAヌクレアーゼをコードするmRNAと共に細胞に送達される。
本明細書に記載されるように、本明細書に開示されるRNAガイド型DNAヌクレアーゼ及び1つ以上のガイドRNAの使用により、例えば、DNA-PK阻害剤の存在下で、細胞機構による修復時に、トリヌクレオチドリピートまたは自己相補的領域の切除を生じ得るDNAの二本鎖切断をもたらすことができる。
いくつかの実施形態において、特定のgRNAの有効性は、インビトロモデルに基づいて決定される。いくつかの実施形態において、インビトロモデルは、標的トリヌクレオチドリピートまたは自己相補的領域を含む細胞株であり、例えば、以下の実施例のセクションに記載される任意のそのような細胞株である。
いくつかの実施形態において、特定のgRNAの有効性は、gRNA選択プロセスのための複数のインビトロ細胞モデルにわたって決定される。いくつかの実施形態において、選択されたgRNAに関するデータの細胞株比較を実施する。いくつかの実施形態において、複数の細胞モデルにおけるクロススクリーニングを実施する。
いくつかの実施形態において、特定のgRNAの有効性は、インビトロモデルに基づいて決定される。いくつかの実施形態において、インビボモデルは齧歯動物モデルである。いくつかの実施形態において、齧歯動物モデルは、伸長トリヌクレオチドリピートまたは自己相補的領域を含む遺伝子を発現するマウスである。遺伝子は、表1に列挙された遺伝子のいずれかのヒトバージョンまたは齧歯類(例えば、マウス)ホモログであり得る。いくつかの実施形態において、遺伝子は、ヒトDMPKである。いくつかの実施形態において、遺伝子は、DMPKの齧歯類(例えば、マウス)ホモログである。いくつかの実施形態において、インビボモデルは、非ヒト霊長類、例えば、カニクイザルである。
いくつかの実施形態において、ガイドRNAの有効性は、目的のトリヌクレオチドリピートの切除量によって測定される。切除の量は、任意の適切な方法、例えば、定量的シーケンシング;定量的PCR;サザンブロットの定量分析;などによって決定することができる。
追加の実施形態が提供される:
実施形態1Aは、DNA中のトリヌクレオチドリピート(TNR)を特徴とする疾患または障害を治療する方法であって、TNRを含む細胞に、i)RNA標的化エンドヌクレアーゼを前記TNRにまたはその近くに誘導する、スペーサーを含むガイドRNA、または前記ガイドRNAをコードする核酸;ii)RNA標的化エンドヌクレアーゼまたは前記RNA標的化エンドヌクレアーゼをコードする核酸;及びiii)任意選択でDNA-PK阻害剤、を送達することを含む、前記方法である。
実施形態2Aは、DNAにおける自己相補的領域を切除する方法であって、前記自己相補的領域を含む細胞に、i)RNA標的化エンドヌクレアーゼを前記自己相補的領域にまたはその近くに誘導する、スペーサーを含むガイドRNA、または前記ガイドRNAをコードする核酸;ii)RNA標的化エンドヌクレアーゼまたは前記RNA標的化エンドヌクレアーゼをコードする核酸;及びiii)任意選択でDNA-PK阻害剤、を送達することを含み、前記自己相補的領域が切除される、前記方法である。
実施形態3Aは、DNA中のトリヌクレオチドリピート(TNR)を切除する方法であって、前記TNRを含む細胞に、i)RNA標的化エンドヌクレアーゼを前記TNRにまたはその近くに誘導する、スペーサーを含むガイドRNA、または前記ガイドRNAをコードする核酸;ii)RNA標的化エンドヌクレアーゼまたは前記RNA標的化エンドヌクレアーゼをコードする核酸;及び任iii)任意選択でDNA-PK阻害剤、を送達することを含み、少なくとも1つのTNRが切除される、前記方法である。
実施形態4A
前記自己相補的領域が、パリンドローム配列、同一方向リピート、逆方向リピート、GCリッチ配列、またはATリッチ配列を含み、任意選択で、GCリッチネスまたはATリッチネスは、ループ形成配列によって任意選択で中断される少なくとも10ヌクレオチドの長さ全体の少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、または95%である、実施形態2Aに記載の方法。
実施形態5A
前記RNA標的化エンドヌクレアーゼをTNRまたは自己相補的領域にまたはその近くに送達する、第1及び第2のスペーサーを含む1対のガイドRNA、または前記1対のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸が前記細胞に送達される、先行実施形態のいずれか1つに記載の方法。
実施形態6A
前記標的が(i)前記TNRもしくは前記自己相補的領域内にあるか、または(ii)前記TNRもしくは前記自己相補的領域の10、15、20、25、30、40、もしくは50ヌクレオチド内にある、先行実施形態のいずれか1つに記載の方法。
実施形態7A
前記TNRが、DMPK遺伝子の3’非翻訳領域(UTR)におけるCTGである、実施形態1A、3A、5A、及び6Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態8A
前記切除が筋緊張性ジストロフィー1型(DM1)の治療をもたらす、実施形態7Aに記載の方法。
実施形態9A
前記TNRが、ハンチンチン、フラタキシン(FXN)、脆弱X精神遅滞1(FMR1)、脆弱X精神遅滞2(FMR2)、及びアンドロゲン受容体(AR)、アリスタレス関連ホメオボックス(ARX)、アタキシン1(ATXN1)、アタキシン2(ATXN2)、アタキシン3(ATXN3)、カルシウム電位依存性チャネルサブユニットアルファ1A(CACNA1A)、アタキシン7(ATXN7)、ATXN8反対鎖lncRNA(ATXN8OS)、セリン/スレオニンタンパク質ホスファターゼ2A 55kDa調節サブユニットBベータアイソフォーム(PPP2R2B)、TATA結合タンパク質(TBP)、もしくはアトロフィン-1(ATN1)遺伝子内にあるか、または前記TNRが、FMR2の5’UTRに隣接している、実施形態1A、3A、5A、及び6Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態10A
ハンチンチン(HTT)における切除により、ハンチントン病(HD)の治療がもたらされる;FXNにおける切除により、フリードライヒ運動失調症(FA)の治療がもたらされる;FMR1における切除により、脆弱X症候群(FXS)、脆弱X関連原発性卵巣機能不全(FXPOI)、または脆弱X関連振戦/運動失調症候群(FXTAS)の治療がもたらされる;FMR2におけるまたはFMR2の5’UTRに隣接する切除により、脆弱XE症候群(FXES)の治療がもたらされる;ARにおける切除により、X連鎖性球脊髄性筋萎縮症(XSBMA)の治療がもたらされる;ATXN1における切除により、脊髄小脳失調症1型(SCA1)の治療がもたらされる;ATXN2における切除により、脊髄小脳失調症2型(SCA2)の治療がもたらされる;ATXN3における切除により、脊髄小脳失調症3型(SCA3)の治療がもたらされる;CACNA1Aにおける切除により、脊髄小脳失調症6型(SCA6)の治療がもたらされる;ATXN7における切除により、脊髄小脳失調症7型(SCA7)の治療がもたらされる;ATXN8OSにおける切除により、脊髄小脳失調症8型(SCA8)の治療がもたらされる;PPP2R2Bにおける切除により、脊髄小脳失調症12型(SCA12)の治療がもたらされる;TBPにおける切除により、脊髄小脳失調症17型(SCA17)の治療がもたらされる;またはATN1における切除により、歯状核赤核淡蒼球ルイ体萎縮症(DRPLA)の治療がもたらされる、実施形態9Aに記載の方法。
実施形態11A
DNA-PK阻害剤を投与することを含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の方法。
実施形態12A
組成物であって、
スペーサー配列を含むガイドRNA、または前記ガイドRNAをコードする核酸であって、前記スペーサー配列が以下:
配列番号101~4988、5001~7264、もしくは7301~53372から選択されるスペーサー配列;または、
配列番号101~4988、5001~7264、もしくは7301~53372から選択される配列の少なくとも17、18、19、もしくは20個の連続するヌクレオチドを有するスペーサー配列;または
配列番号101~4988、5001~7264、もしくは7301~53372から選択された配列と少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、94%、93%、92%、91%、または90%同一であるスペーサー配列、を含む、前記スペーサー配列を含む前記ガイドRNA、または前記ガイドRNAをコードする前記核酸;あるいは
1対のスペーサー配列を含む1対のガイドRNA、または前記1対のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸であって、前記1対のスペーサー配列が、以下:
配列番号2709~4076から選択される第1のスペーサー配列、及び配列番号101~2708から選択される第2のスペーサー配列;または
配列番号2709~4076から選択される配列の少なくとも17、18、19、または20個の連続するヌクレオチドを有する第1のスペーサー配列、及び配列番号101~2708から選択される配列の少なくとも17、18、19、または20個の連続するヌクレオチドを有する第2のスペーサー配列;または
配列番号2709~4076から選択される配列と少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、94%、93%、92%、91%、または90%同一である第1のスペーサー配列、及び配列番号101~2708から選択される配列と少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、94%、93%、92%、91%、または90%同一である第2のスペーサー配列、を含む、前記1対のスペーサー配列を含む前記1対のガイドRNA、または前記1対のガイドRNAをコードする前記1つ以上の核酸;あるいは
1対のスペーサー配列を含む1対のガイドRNA、または前記ガイドRNAをコードする1つ以上の核酸であって、前記1対のスペーサー配列が、以下:
配列番号5001~5496から選択される第1のスペーサー配列、及び配列番号5497~6080から選択される第2のスペーサー配列;または
配列番号5001~5496から選択される配列の少なくとも17、18、19、または20個の連続するヌクレオチドを有する第1のスペーサー配列、及び配列番号5497~6080から選択される配列の少なくとも17、18、19、または20個の連続するヌクレオチドを有する第2のスペーサー配列;または
配列番号5001~5496から選択される配列と少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、94%、93%、92%、91%、または90%同一である第1のスペーサー配列、及び配列番号5497~6080から選択される配列と少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、94%、93%、92%、91%、または90%同一である第2のスペーサー配列、を含む、前記1対のスペーサー配列を含む前記1対のガイドRNA、または前記ガイドRNAをコードする前記1つ以上の核酸;あるいは
1対のスペーサー配列を含む1対のガイドRNA、または前記ガイドRNAをコードする1つ以上の核酸であって、前記1対のスペーサー配列が、以下:
配列番号46597~53028から選択される第1のスペーサー配列、及び配列番号7301~46596から選択される第2のスペーサー配列;または
配列番号46597~53028から選択される配列の少なくとも17、18、19、または20個の連続するヌクレオチドを有する第1のスペーサー配列、及び配列番号7301~46596から選択される配列の少なくとも17、18、19、または20個の連続するヌクレオチドを有する第2のスペーサー配列;または
配列番号46597~53028から選択される配列と少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、94%、93%、92%、91%、または90%同一である第1のスペーサー配列、及び配列番号7301~46596から選択される配列と少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、94%、93%、92%、91%、または90%同一である第2のスペーサー配列、を含む、前記1対のスペーサー配列を含む前記1対のガイドRNA、または前記ガイドRNAをコードする前記1つ以上の核酸、を含む、前記組成物。
実施形態13Aは、スペーサー配列を含むガイドRNAを含み、ここで、前記スペーサー配列は、配列番号3378、3354、3346、3330、3314、2658、2690、2546、2554、2498、2506、4010、4026、3914、3938、3858、3818、3794、3746、3778、3770、3722、3690、3658、3514、3370、3418、3394、3386、3802、3682、2618、2594、2458、2514、2258、2322、2210、2194、2114、1914、1778、1770、1738、1706、1746、1642、1538、2202、2178、2170、または2162のうちのいずれか1つである、実施形態12Aに記載の組成物である。
実施形態14A
前記スペーサー配列が配列番号3378の配列を有する、実施形態13Aに記載の組成物。
実施形態15A
前記スペーサー配列が配列番号3354の配列を有する、実施形態13Aに記載の組成物。
実施形態16A
前記スペーサー配列が配列番号3346の配列を有する、実施形態13Aに記載の組成物。
実施形態17A
前記スペーサー配列が配列番号3330の配列を有する、実施形態13Aに記載の組成物。
実施形態18A
前記スペーサー配列が配列番号3314の配列を有する、実施形態13Aに記載の組成物。
実施形態19A
前記スペーサー配列が配列番号2658の配列を有する、実施形態13Aに記載の組成物。
実施形態20A
前記スペーサー配列が配列番号2690の配列を有する、実施形態13Aに記載の組成物。
実施形態21A
前記スペーサー配列が配列番号2546の配列を有する、実施形態13Aに記載の組成物。
実施形態22A
前記スペーサー配列が配列番号2554の配列を有する、実施形態13Aに記載の組成物。
実施形態23A
前記スペーサー配列が配列番号2498の配列を有する、実施形態13Aに記載の組成物。
実施形態24A
前記スペーサー配列が配列番号2506の配列を有する、実施形態13Aに記載の組成物。
実施形態25A
前記スペーサー配列が配列番号4010の配列を有する、実施形態13Aに記載の組成物。
実施形態26A
前記スペーサー配列が配列番号4026の配列を有する、実施形態13Aに記載の組成物。
実施形態27A
前記スペーサー配列が配列番号3914の配列を有する、実施形態13Aに記載の組成物。
実施形態28A
前記スペーサー配列が配列番号3938の配列を有する、実施形態13Aに記載の組成物。
実施形態29A
前記スペーサー配列が配列番号3858の配列を有する、実施形態13Aに記載の組成物。
実施形態30A
前記スペーサー配列が配列番号3818の配列を有する、実施形態13Aに記載の組成物。
実施形態31A
前記スペーサー配列が配列番号3794の配列を有する、実施形態13Aに記載の組成物。
実施形態32A
前記スペーサー配列が配列番号3746の配列を有する、実施形態13Aに記載の組成物。
実施形態33A
前記スペーサー配列が配列番号3778の配列を有する、実施形態13Aに記載の組成物。
実施形態34A
前記スペーサー配列が配列番号3770の配列を有する、実施形態13Aに記載の組成物。
実施形態35A
前記スペーサー配列が配列番号3272の配列を有する、実施形態13Aに記載の組成物。
実施形態36A
前記スペーサー配列が配列番号3690の配列を有する、実施形態13Aに記載の組成物。
実施形態37A
前記スペーサー配列が配列番号3658の配列を有する、実施形態13Aに記載の組成物。
実施形態38A
前記スペーサー配列が配列番号3514の配列を有する、実施形態13Aに記載の組成物。
実施形態39A
前記スペーサー配列が配列番号3370の配列を有する、実施形態13Aに記載の組成物。
実施形態40A
前記スペーサー配列が配列番号3418の配列を有する、実施形態13Aに記載の組成物。
実施形態41A
前記スペーサー配列が配列番号3394の配列を有する、実施形態13Aに記載の組成物。
実施形態42A
前記スペーサー配列が配列番号3386の配列を有する、実施形態13Aに記載の組成物。
実施形態43A
前記スペーサー配列が配列番号3802の配列を有する、実施形態13Aに記載の組成物。
実施形態44A
前記スペーサー配列が配列番号3682の配列を有する、実施形態13Aに記載の組成物。
実施形態45A
前記スペーサー配列が配列番号2618の配列を有する、実施形態13Aに記載の組成物。
実施形態46A
前記スペーサー配列が配列番号2954の配列を有する、実施形態13Aに記載の組成物。
実施形態47A
前記スペーサー配列が配列番号2458の配列を有する、実施形態13Aに記載の組成物。
実施形態48A
前記スペーサー配列が配列番号2514の配列を有する、実施形態13Aに記載の組成物。
実施形態49A
前記スペーサー配列が配列番号2258の配列を有する、実施形態13Aに記載の組成物。
実施形態50A
前記スペーサー配列が配列番号2322の配列を有する、実施形態13Aに記載の組成物。
実施形態51A
前記スペーサー配列が配列番号2210の配列を有する、実施形態13Aに記載の組成物。
実施形態52A
前記スペーサー配列が配列番号2194の配列を有する、実施形態13Aに記載の組成物。
実施形態53A
前記スペーサー配列が配列番号2114の配列を有する、実施形態13Aに記載の組成物。
実施形態54A
前記スペーサー配列が配列番号1914の配列を有する、実施形態13Aに記載の組成物。
実施形態55A
前記スペーサー配列が配列番号1778の配列を有する、実施形態13Aに記載の組成物。
実施形態56A
前記スペーサー配列が配列番号1770の配列を有する、実施形態13Aに記載の組成物。
実施形態57A
前記スペーサー配列が配列番号1738の配列を有する、実施形態13Aに記載の組成物。
実施形態58A
前記スペーサー配列が配列番号1706の配列を有する、実施形態13Aに記載の組成物。
実施形態59A
前記スペーサー配列が配列番号1746の配列を有する、実施形態13Aに記載の組成物。
実施形態60A
前記スペーサー配列が配列番号1642の配列を有する、実施形態13Aに記載の組成物。
実施形態61A
前記スペーサー配列が配列番号1538の配列を有する、実施形態13Aに記載の組成物。
実施形態62A
前記スペーサー配列が配列番号2202の配列を有する、実施形態13Aに記載の組成物。
実施形態63A
前記スペーサー配列が配列番号2178の配列を有する、実施形態13Aに記載の組成物。
実施形態64A
前記スペーサー配列が配列番号2170の配列を有する、実施形態13Aに記載の組成物。
実施形態65A
スペーサー配列が配列番号2162の配列を有する、実施形態13Aに記載の組成物。
実施形態66A
1対のスペーサー配列を含む1対のガイドRNAを含む、実施形態12Aの組成物であって、
第1のスペーサー配列は配列番号3346であり、第2のスペーサー配列は配列番号2554であるか、または
第1のスペーサー配列は配列番号3346であり、第2のスペーサー配列は配列番号1498であるか、または
第1のスペーサー配列は配列番号3330であり、第2のスペーサー配列は配列番号2554であるか、または
第1のスペーサー配列は配列番号3330であり、第2のスペーサー配列は配列番号2498であるか、または
第1のスペーサー配列は配列番号3378であり、第2のスペーサー配列は配列番号2546であるか、または
第1のスペーサー配列は配列番号3354であり、第2のスペーサー配列は配列番号2546であるか、または
第1のスペーサー配列は配列番号3354であり、第2のスペーサー配列は配列番号2506である、前記組成物。
実施形態67A
RNA標的化エンドヌクレアーゼ、または前記RNA標的化エンドヌクレアーゼをコードする核酸をさらに含む、実施形態12Aに記載の組成物。
実施形態68A
DNA-PK阻害剤をさらに含む、実施形態12Aまたは67Aに記載の組成物。
実施形態69A
前記ガイドRNAがsgRNAである、先行実施形態のいずれかに記載の方法または組成物。
実施形態70A
前記sgRNAが修飾されている、実施形態69Aに記載の方法または組成物。
実施形態71A
前記修飾により、1つ以上の2’位置及び/またはホスホジエステル結合が改変される、実施形態70Aの方法または組成物。
実施形態72A
前記修飾により、前記sgRNAの最初の3つのヌクレオチドのうちの1つ以上、またはすべてが改変される、実施形態70A~71Aのいずれか1つに記載の方法または組成物。
実施形態73A
前記修飾により、前記sgRNAの最後の3つのヌクレオチドのうちの1つ以上、またはすべてが改変される、実施形態70A~72Aのいずれか1つに記載の方法または組成物。
実施形態74A
前記修飾が、ホスホロチオエート修飾、2’-OMe修飾、2’-O-moe修飾、2’-F修飾、2’-O-メチン-4’ブリッジ修飾、3’-チオホスホノアセテート修飾、及び2’-デオキシ修飾のうちの1つ以上を含む、実施形態70A~73Aのいずれか1つに記載の方法または組成物。
実施形態75A
前記DNA-PK阻害剤がNU7441、KU-0060648、化合物1、化合物2、化合物3、化合物4、化合物5、または化合物6である、先行実施形態のいずれかに記載の方法または組成物。
実施形態76A
前記DNA-PK阻害剤が化合物3または化合物6である、実施形態75Aに記載の方法または組成物。
実施形態77A
少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1500、2000、3000、4000、5000、6000、7000、8000、9000、または10,000TNRが切除される、先行実施形態のいずれかに記載の方法または組成物。
実施形態78A
1~5、5~10、10~20、20~30、40~60、60~80、80~100、100~150、150~200、200~300、300~500、500~700、700~1000、1000~1500、1500~2000、2000~3000、3000~4000、4000~5000、5000~6000、6000~7000、7000~8000、8000~9000、または9000~10,000TNRが切除される、先行実施形態のいずれかに記載の方法または組成物。
実施形態79A
前記TNRがDMPK遺伝子内にあり、前記TNRの切除により、伸長リピートDMPK遺伝子に関連する1つ以上の表現型が改善され、前記改善は、筋緊張性ジストロフィータンパク質キナーゼ活性の増加;ホスホレンマン、ジヒドロピリジン受容体、ミオジェニン、L型カルシウムチャネルベータサブユニット、及び/またはミオシンホスファターゼ標的化サブユニットのリン酸化の増加;ミオシンホスファターゼの阻害の増加;及び/または筋肉喪失、筋衰弱、過眠症、1つ以上の実行機能障害、インスリン抵抗性、白内障形成、禿毛、または男性不妊症もしくは受精能低下の改善、のうちの1つ以上を任意選択で含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の方法または組成物。
実施形態80A
前記TNRがHTT遺伝子内にあり、前記TNRの切除により、伸長リピートHTT遺伝子に関連する1つ以上の表現型が改善され、前記改善は、線条体ニューロン喪失、不随意運動、易刺激性、うつ病、小不随意運動、協調性の欠如、新しい情報の学習や意思決定の困難、歩行、発話、及び/または嚥下の困難、及び/または思考及び/または推論能力の低下、のうちの1つ以上を改善することを任意選択で含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の方法または組成物。
実施形態81A
前記TNRが、FMR1遺伝子内にあり、前記TNRの切除により、伸長リピートFMR1遺伝子に関連する1つ以上の表現型が改善され、前記改善は、異常なFMR1転写物または脆弱X精神遅滞タンパク質レベル、通常FMRPに関連するmRNAの翻訳調節不全、ホスホコフィリン(CFL1)のレベルの低下、ホスホコフィリンホスファターゼPPP2CAのレベルの上昇、神経シナプスへのmRNA輸送の低下、HSP27、HSP70、及び/またはCRYABの発現の増加、ラミンA/Cアイソフォームの異常な細胞分布、40歳未満の閉経などの早期発症閉経、卵巣の発達または機能の欠陥、血清ゴナドトロピン(例えばFSH)のレベルの上昇、進行性意図振戦、パーキンソニズム、認知機能低下、全身性脳萎縮、インポテンス、及び/または発達遅延、のうちの1つ以上を改善することを任意選択で含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の方法または組成物。
実施形態82A
前記TNRがFMR2遺伝子内にあるか、またはFMR2の5’UTRに隣接しており、前記TNRの切除により、FMR2遺伝子内またはFMR2遺伝子に隣接する伸長リピートに関連する1つ以上の表現型が改善され、前記改善は、異常なFMR2発現、発達遅延、アイコンタクト不良、言語の反復使用、及びハンドフラッピング、のうちの1つ以上を改善することを任意選択で含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の方法または組成物。
実施形態83A
前記TNRが、AR遺伝子内にあり、前記TNRの切除により、伸長リピートAR遺伝子に関連する1つ以上の表現型が改善され、前記改善は、異常なAR発現、アンドロゲン受容体タンパク質のC末端短縮化断片の生成;カスパーゼ-3及び/またはユビキチン-プロテアソーム経路を介したアンドロゲン受容体タンパク質のタンパク質分解;CREB結合タンパク質を含む核内封入体の形成;p44/42、p38、及び/またはSAPK/JNKの異常なリン酸化;筋衰弱;筋消耗;歩行、嚥下、及び/または発話の困難;女性化乳房;及び/または男性不妊症、のうちの1つ以上を改善することを任意選択で含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の方法または組成物。
実施形態84A
前記TNRが、ATXN1遺伝子内にあり、前記TNRの切除により、伸長リピートATXN1遺伝子に関連する1つ以上の表現型が改善され、前記改善は、ATXN1を含む凝集体の形成;プルキンエ細胞死;運動失調;筋肉のこわばり;急速な、不随意の眼球運動;手足のしびれ、うずき、または疼痛;及び/または筋肉の痙攣、のうちの1つ以上を改善することを任意選択で含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の方法または組成物。
実施形態85A
前記TNRが、ATXN2遺伝子内にあり、前記TNRの切除により、伸長リピートATXN2遺伝子に関連する1つ以上の表現型が改善され、前記改善は、異常なATXN2産生;プルキンエ細胞死;運動失調;発話または嚥下の困難;手足の感覚喪失及び脱力;認知症;筋消耗;制御不良の筋緊張;及び/または不随意の筋反射運動、のうちの1つ以上を改善することを任意選択で含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の方法または組成物。
実施形態86A
前記TNRが、ATXN3遺伝子内にあり、前記TNRの切除により、伸長リピートATXN3遺伝子に関連する1つ以上の表現型が改善され、前記改善は、異常なATXN3レベル;異常なベクリン-1レベル;オートファジーの阻害;スーパーオキシドジスムターゼ2の調節障害;運動失調;嚥下困難;手足の感覚喪失及び脱力;認知症;筋肉のこわばり;制御不良の筋緊張;振戦;レストレスレッグス症候群;及び/または筋肉の痙攣、のうちの1つ以上を改善することを任意選択で含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の方法または組成物。
実施形態87A
前記TNRが、CACNA1A遺伝子内にあり、前記TNRの切除により、伸長リピートCACNA1A遺伝子に関連する1つ以上の表現型が改善され、前記改善は、CACNA1A発現細胞における異常なCaV2.1電位依存性カルシウムチャネル;運動失調;発話困難;不随意の眼球運動;複視;腕協調運動の喪失;振戦;及び/または制御不良の筋緊張、のうちの1つ以上を改善することを任意選択で含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の方法または組成物。
実施形態88A
前記TNRが、ATXN7遺伝子内にあり、前記TNRの切除により、伸長リピートATXN7遺伝子に関連する1つ以上の表現型が改善され、前記改善は、異常なヒストンアセチル化;異常なヒストン脱ユビキチン化;CRXによるトランス活性化の障害;ATXN7を含む核内封入体の形成;運動失調;歩行の協調運動障害;手、発話及び/または眼球運動の不十分な協調;網膜変性;及び/または色素性黄斑ジストロフィー、のうちの1つ以上を改善することを任意選択で含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の方法または組成物。
実施形態89A
前記TNRが、ATXN8OS遺伝子内にあり、前記TNRの切除により、伸長リピートATXN8OS遺伝子に関連する1つ以上の表現型が改善され、前記改善は、ATXN8OS mRNAを含むリボ核封入体の形成;異常なKLHL1タンパク質発現;運動失調;発話及び/または歩行困難;及び/または不随意の眼球運動、のうちの1つ以上を改善することを任意選択で含む、のうちの1つ以上を改善することを任意選択で含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の方法または組成物。
実施形態90A
前記TNRが、PPP2R2B遺伝子内にあり、前記TNRの切除により、伸長リピートPPP2R2B遺伝子に関連する1つ以上の表現型が改善され、前記改善は、異常なPPP2R2B発現;異常なホスファターゼ2活性;運動失調;小脳変性;歩行困難;及び/または手、発話及び/または眼球運動の不十分な協調、のうちの1つ以上を改善することを任意選択で含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の方法または組成物。
実施形態91A
前記TNRが、TBP遺伝子内にあり、前記TNRの切除により、伸長リピートTBP遺伝子に関連する1つ以上の表現型が改善され、前記改善は、異常な転写開始;異常なTBPタンパク質の蓄積(例えば、小脳ニューロンにおける);異常な小脳ニューロン細胞死;運動失調;歩行困難;筋力低下;及び/または認知能力の喪失、のうちの1つ以上を改善することを任意選択で含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の方法または組成物。
実施形態92A
前記TNRが、ATN1遺伝子内にあり、前記TNRの切除により、伸長リピートATN1遺伝子に関連する1つ以上の表現型が改善され、前記改善は、異常な転写調節;異常なATN1タンパク質の蓄積(例えば、ニューロンにおける);異常なニューロン細胞死;不随意運動;及び/または認知能力の喪失、のうちの1つ以上を改善することを任意選択で含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の方法または組成物。
実施形態93A
前記組成物が薬学的に許容される賦形剤をさらに含む、先行実施形態のいずれか1つに記載の方法または組成物。
実施形態94A
前記ガイドRNAが脂質ナノ粒子(LNP)と会合している、またはウイルスベクターによってコードされている、先行実施形態のいずれか1つに記載の方法または組成物。
実施形態95A
前記ウイルスベクターが、アデノ随伴ウイルスベクター、レンチウイルスベクター、インテグラーゼ欠損レンチウイルスベクター、アデノウイルスベクター、ワクシニアウイルスベクター、アルファウイルスベクター、または単純ヘルペスウイルスベクターである、実施形態94Aに記載の方法または組成物。
実施形態96A
前記ウイルスベクターがアデノ随伴ウイルス(AAV)ベクターである、実施形態95Aに記載の方法または組成物。
実施形態97A
前記AAVベクターがAAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、またはAAV9ベクターであり、AAVに続く番号がAAV血清型を示す、実施形態96Aに記載の方法または組成物。
実施形態98A
前記AAVベクターがAAV血清型9ベクターである、実施形態96Aに記載の方法または組成物。
実施形態99A
前記ウイルスベクターが組織特異的プロモーターを含む、実施形態94A~98Aのいずれか1つに記載の方法または組成物。
実施形態100A
前記ウイルスベクターが筋肉特異的プロモーターを含み、任意選択で、前記筋肉特異的プロモーターが筋肉クレアチンキナーゼプロモーター、デスミンプロモーター、MHCK7プロモーター、またはSPc5-12プロモーターである、実施形態94A~99Aのいずれか1つに記載の方法または組成物。
実施形態101A
前記ウイルスベクターがニューロン特異的プロモーターを含み、任意選択で前記ニューロン特異的プロモーターがエノラーゼプロモーターである、実施形態94A~100Aのいずれか1つに記載の方法または組成物。
実施形態102A
DM1、HD、FA、FXS、FXTAS、FXPOI、FXES、XSBMA、SCA1、SCA2、SCA3、SCA6、SCA7、SCA8、SCA12、SCA17、またはDRPLAを有するヒト対象を治療するための医薬を調製するための、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物の使用。
実施形態103A
DNA中のトリヌクレオチドリピート(TNR)を特徴とする疾患または障害を治療する方法であって、TNRを含む細胞に、i)RNA標的化エンドヌクレアーゼを前記TNRにまたはその近くに誘導する、スペーサーを含むガイドRNA、または前記ガイドRNAをコードする核酸;ii)RNA標的化エンドヌクレアーゼまたは前記RNA標的化エンドヌクレアーゼをコードする核酸;及びiii)化合物3または化合物6であるDNA-PK阻害剤、を送達することを含む、前記方法。
実施形態104A
DNAにおける自己相補的領域を切除する方法であって、前記自己相補的領域を含む細胞に、i)RNA標的化エンドヌクレアーゼを前記自己相補的領域にまたはその近くに誘導する、スペーサーを含むガイドRNA、または前記ガイドRNAをコードする核酸;ii)RNA標的化エンドヌクレアーゼまたは前記RNA標的化エンドヌクレアーゼをコードする核酸;及びiii)化合物3または化合物6であるDNA-PK阻害剤、を送達することを含み、前記自己相補的領域が切除される、前記方法。
実施形態105A
DNA中のトリヌクレオチドリピート(TNR)を切除する方法であって、前記TNRを含む細胞に、i)RNA標的化エンドヌクレアーゼを前記TNRにまたはその近くに誘導する、スペーサーを含むガイドRNA、または前記ガイドRNAをコードする核酸;ii)RNA標的化エンドヌクレアーゼまたは前記RNA標的化エンドヌクレアーゼをコードする核酸;及び任iii)化合物3または化合物6であるDNA-PK阻害剤、を送達することを含み、少なくとも1つのTNRが切除される、前記方法。
実施形態106A
前記DNA-PK阻害剤が化合物3である、実施形態103Aまたは105Aに記載の方法。
実施形態107A
前記TNRがフラタキシン遺伝子内にある、実施形態106Aに記載の方法。
実施形態108A
前記DNA-PK阻害剤が化合物6である、実施形態103Aまたは105Aに記載の方法。
実施形態109A
前記TNRがDMPK遺伝子の3’UTRにおけるCTGである、実施形態108Aの方法。
実施形態110A
前記TNRがフラタキシン遺伝子内にある、実施形態108Aの方法。
実施形態111A
前記RNA標的化エンドヌクレアーゼをTNRまたは自己相補的領域にまたはその近くに送達する、第1及び第2のスペーサーを含む1対のガイドRNA、または前記1対のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸が前記細胞に送達される、実施形態103A~110Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態112A
DMPK遺伝子の3’UTRにおけるトリヌクレオチドリピート(TNR)を特徴とする疾患または障害を治療する方法であって、TNRを含む細胞に、i)配列番号3378、3354、3346、3330、3314、2658、2690、2546、2554、2498、2506、4010、4026、3914、3938、3858、3818、3794、3746、3778、3770、3722、3690、3658、3514、3370、3418、3394、3386、3802、3682、2618、2594、2458、2514、2258、2322、2210、2194、2114、1914、1778、1770、1738、1706、1746、1642、1538、2202、2178、2170、または2162のいずれか1つの配列を含むスペーサーを含むガイドRNA、または前記ガイドRNAをコードする核酸;ii)RNA標的化エンドヌクレアーゼまたは前記RNA標的化エンドヌクレアーゼをコードする核酸;及びiii)任意選択でDNA-PK阻害剤、を送達することを含む、前記方法。
実施形態113A
DMPK遺伝子の3’UTRにおけるトリヌクレオチドリピート(TNR)を切除する方法であって、TNRを含む細胞に、i)配列番号3378、3354、3346、3330、3314、2658、2690、2546、2554、2498、2506、4010、4026、3914、3938、3858、3818、3794、3746、3778、3770、3722、3690、3658、3514、3370、3418、3394、3386、3802、3682、2618、2594、2458、2514、2258、2322、2210、2194、2114、1914、1778、1770、1738、1706、1746、1642、1538、2202、2178、2170、または2162のいずれか1つの配列を含むスペーサーを含むガイドRNA、または前記ガイドRNAをコードする核酸;ii)RNA標的化エンドヌクレアーゼまたは前記RNA標的化エンドヌクレアーゼをコードする核酸;及びiii)任意選択でDNA-PK阻害剤、を送達することを含み、少なくとも1つのTNRが切除される、前記方法。
実施形態114A
前記DNA-PK阻害剤が送達される、実施形態112Aまたは113Aに記載の方法。
実施形態115A
前記DNA-PK阻害剤が化合物6である、実施形態114Aに記載の方法。
実施形態116A
前記スペーサー配列が配列番号3378の配列を有する、実施形態112A~115Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態117A
前記スペーサー配列が配列番号3354の配列を有する、実施形態112A~115Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態118A
前記スペーサー配列が配列番号3346の配列を有する、実施形態112A~115Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態119A
前記スペーサー配列が配列番号3330の配列を有する、実施形態112A~115Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態120A
前記スペーサー配列が配列番号3314の配列を有する、実施形態112A~115Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態121A
前記スペーサー配列が配列番号2658の配列を有する、実施形態112A~115Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態122A
前記スペーサー配列が配列番号2690の配列を有する、実施形態112A~115Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態123A
前記スペーサー配列が配列番号2546の配列を有する、実施形態112A~115Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態124A
前記スペーサー配列が配列番号2554の配列を有する、実施形態112A~115Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態125A
前記スペーサー配列が配列番号2498の配列を有する、実施形態112A~115Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態126A
前記スペーサー配列が配列番号2506の配列を有する、実施形態112A~115Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態127A
前記スペーサー配列が配列番号4010の配列を有する、実施形態112A~115Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態128A
前記スペーサー配列が配列番号4026の配列を有する、実施形態112A~115Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態129A
前記スペーサー配列が配列番号3914の配列を有する、実施形態112A~115Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態130A
前記スペーサー配列が配列番号3938の配列を有する、実施形態112A~115Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態131A
前記スペーサー配列が配列番号3858の配列を有する、実施形態112A~115Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態132A
前記スペーサー配列が配列番号3818の配列を有する、実施形態112A~115Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態133A
前記スペーサー配列が配列番号3794の配列を有する、実施形態112A~115Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態134A
前記スペーサー配列が配列番号3746の配列を有する、実施形態112A~115Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態135A
前記スペーサー配列が配列番号3778の配列を有する、実施形態112A~115Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態136A
前記スペーサー配列が配列番号3770の配列を有する、実施形態112A~115Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態137A
前記スペーサー配列が配列番号3722の配列を有する、実施形態112A~115Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態138A
前記スペーサー配列が配列番号3690の配列を有する、実施形態112A~115Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態139A
前記スペーサー配列が配列番号3658の配列を有する、実施形態112A~115Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態140A
前記スペーサー配列が配列番号3514の配列を有する、実施形態112A~115Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態141A
前記スペーサー配列が配列番号3370の配列を有する、実施形態112A~115Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態142A
前記スペーサー配列が配列番号3418の配列を有する、実施形態112A~115Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態143A
前記スペーサー配列が配列番号3394の配列を有する、実施形態112A~115Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態144A
前記スペーサー配列が配列番号3386の配列を有する、実施形態112A~115Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態145A
前記スペーサー配列が配列番号3802の配列を有する、実施形態112A~115Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態146A
前記スペーサー配列が配列番号3682の配列を有する、実施形態112A~115Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態147A
前記スペーサー配列が配列番号2618の配列を有する、実施形態112A~115Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態148A
前記スペーサー配列が配列番号2594の配列を有する、実施形態112A~115Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態149A
前記スペーサー配列が配列番号2458の配列を有する、実施形態112A~115Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態150A
前記スペーサー配列が配列番号2514の配列を有する、実施形態112A~115Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態151A
前記スペーサー配列が配列番号2258の配列を有する、実施形態112A~115Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態152A
前記スペーサー配列が配列番号2322の配列を有する、実施形態112A~115Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態153A
前記スペーサー配列が配列番号2210の配列を有する、実施形態112A~115Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態154A
前記スペーサー配列が配列番号2194の配列を有する、実施形態112A~115Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態155A
前記スペーサー配列が配列番号2114の配列を有する、実施形態112A~115Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態156A
前記スペーサー配列が配列番号1914の配列を有する、実施形態112A~115Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態157A
前記スペーサー配列が配列番号1778の配列を有する、実施形態112A~115Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態158A
前記スペーサー配列が配列番号1770の配列を有する、実施形態112A~115Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態159A
前記スペーサー配列が配列番号1738の配列を有する、実施形態112A~115Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態160A
前記スペーサー配列が配列番号1706の配列を有する、実施形態112A~115Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態161A
前記スペーサー配列が配列番号1746の配列を有する、実施形態112A~115Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態162A
前記スペーサー配列が配列番号1642の配列を有する、実施形態112A~115Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態163A
前記スペーサー配列が配列番号1538の配列を有する、実施形態112A~115Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態164A
前記スペーサー配列が配列番号2202の配列を有する、実施形態112A~115Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態165A
前記スペーサー配列が配列番号2178の配列を有する、実施形態112A~115Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態166A
前記スペーサー配列が配列番号2170の配列を有する、実施形態112A~115Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態167A
前記スペーサー配列が配列番号2162の配列を有する、実施形態112A~115Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態168A
前記RNA標的化エンドヌクレアーゼをTNRまたは自己相補的領域にまたはその近くに送達する、第1及び第2のスペーサーを含む1対のガイドRNA、または前記1対のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸が前記細胞に送達される、実施形態112A~167Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態169A
前記第1及び第2のスペーサーが配列番号3346及び2554の配列を有する、実施形態168Aに記載の方法。
実施形態170A
前記第1及び第2のスペーサーが配列番号3346及び2498の配列を有する、実施形態168Aに記載の方法。
実施形態171A
前記第1及び第2のスペーサーが配列番号3330及び2554の配列を有する、実施形態168Aに記載の方法。
実施形態172A
前記第1及び第2のスペーサーが配列番号3330及び2498の配列を有する、実施形態168Aに記載の方法。
実施形態173A
前記第1及び第2のスペーサーが配列番号3378及び2546の配列を有する、実施形態168Aに記載の方法。
実施形態174A
前記第1及び第2のスペーサーが配列番号3378及び2506の配列を有する、実施形態168Aに記載の方法。
実施形態175A
前記第1及び第2のスペーサーが配列番号3354及び2546の配列を有する、実施形態168Aに記載の方法。
実施形態176A
前記第1及び第2のスペーサーが配列番号3354及び2506の配列を有する、実施形態168Aに記載の方法。
実施形態177A
FMR1遺伝子の5’UTRにおけるトリヌクレオチドリピート(TNR)を特徴とする疾患または障害を治療する方法であって、TNRを含む細胞に、i)配列番号5830、6022、5070、5310、5334、5622、5926、5950、または5998のいずれか1つの配列を有するスペーサーを含むガイドRNA、または前記ガイドRNAをコードする核酸;ii)RNA標的化エンドヌクレアーゼまたは前記RNA標的化エンドヌクレアーゼをコードする核酸;及びiii)任意選択でDNA-PK阻害剤、を送達することを含む、前記方法。
実施形態178A
FMR1遺伝子の5’UTRにおけるトリヌクレオチドリピート(TNR)を切除する方法であって、前記TNRを含む細胞に、i)配列番号5830、6022、5070、5310、5334、5622、5926、5950、または5998のいずれか1つの配列を有するスペーサーを含むガイドRNA、または前記ガイドRNAをコードする核酸;ii)RNA標的化エンドヌクレアーゼまたは前記RNA標的化エンドヌクレアーゼをコードする核酸;及びiii)任意選択でDNA-PK阻害剤、を送達することを含み、少なくとも1つのTNRが切除される、前記方法。
実施形態179A
前記DNA-PK阻害剤が送達される、実施形態177Aまたは178Aに記載の方法。
実施形態180A
前記スペーサー配列が配列番号5830の配列を有する、実施形態177A~179Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態181A
前記スペーサー配列が配列番号6022の配列を有する、実施形態177A~179Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態182A
前記スペーサー配列が配列番号5070の配列を有する、実施形態177A~179Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態183A
前記スペーサー配列が配列番号5310の配列を有する、実施形態177A~179Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態184A
前記スペーサー配列が配列番号5334の配列を有する、実施形態177A~179Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態185A
前記スペーサー配列が配列番号5622の配列を有する、実施形態177A~179Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態186A
前記スペーサー配列が配列番号5926の配列を有する、実施形態177A~179Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態187A
前記スペーサー配列が配列番号5950の配列を有する、実施形態177A~179Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態188A
前記スペーサー配列が配列番号5998の配列を有する、実施形態177A~179Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態189A
前記RNA標的化エンドヌクレアーゼをTNRまたは自己相補的領域にまたはその近くに送達する、第1及び第2のスペーサーを含む1対のガイドRNA、または前記1対のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸が前記細胞に送達される、実施形態177A~188Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態190A
前記第1及び第2のスペーサーが配列番号5830及び5070の配列を有する、実施形態189Aに記載の方法。
実施形態191A
前記第1及び第2のスペーサーが配列番号6022及び5310の配列を有する、実施形態189Aに記載の方法。
実施形態192A
前記第1及び第2のスペーサーが配列番号5622及び5070の配列を有する、実施形態189Aに記載の方法。
実施形態193A
前記第1及び第2のスペーサーが配列番号5926及び5070の配列を有する、実施形態189Aに記載の方法。
実施形態194A
前記第1及び第2のスペーサーが配列番号5950及び5070の配列を有する、実施形態189Aに記載の方法。
実施形態195A
前記第1及び第2のスペーサーが配列番号5998及び5070の配列を有する、実施形態189Aに記載の方法。
実施形態196A
FXN遺伝子のイントロンにおけるトリヌクレオチドリピート(TNR)を特徴とする疾患または障害を治療する方法であって、TNRを含む細胞に、i)配列番号16690、34442、45906、15994、52666、51322、46599、52898、26546、7447、47047、または49986のいずれか1つの配列を有するスペーサーを含むガイドRNA、または前記ガイドRNAをコードする核酸;ii)RNA標的化エンドヌクレアーゼまたは前記RNA標的化エンドヌクレアーゼをコードする核酸;及びiii)任意選択でDNA-PK阻害剤、を送達することを含む、前記方法。
実施形態197A
FMR1遺伝子の5’UTRにおけるトリヌクレオチドリピート(TNR)を切除する方法であって、TNRを含む細胞に、i)配列番号16690、34442、45906、15994、52666、51322、46599、52898、26546、7447、47047、または49986のいずれか1つの配列を有するスペーサーを含むガイドRNA、または前記ガイドRNAをコードする核酸;ii)RNA標的化エンドヌクレアーゼまたは前記RNA標的化エンドヌクレアーゼをコードする核酸;及びiii)任意選択でDNA-PK阻害剤、を送達することを含み、少なくとも1つのTNRが切除される、前記方法。
実施形態198A
前記DNA-PK阻害剤が送達される、実施形態196Aまたは197Aに記載の方法。
実施形態199A
前記DNA-PK阻害剤が化合物3である、実施形態198Aに記載の方法。
実施形態200A
前記スペーサー配列が、配列番号16690の配列を有する、実施形態196A~199Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態201A
前記スペーサー配列が、配列番号34442の配列を有する、実施形態196A~199Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態202A
前記スペーサー配列が配列番号45906の配列を有する、実施形態196A~199Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態203A
前記スペーサー配列が配列番号15994の配列を有する、実施形態196A~199Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態204A
前記スペーサー配列が配列番号52666の配列を有する、実施形態196A~199Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態205A
前記スペーサー配列が配列番号51322の配列を有する、実施形態196A~199Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態206A
前記スペーサー配列が配列番号46599の配列を有する、実施形態196A~199Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態207A
前記スペーサー配列が配列番号49986の配列を有する、実施形態196A~199Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態208A
前記スペーサー配列が配列番号52898の配列を有する、実施形態196A~199Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態209A
前記スペーサー配列が配列番号26546の配列を有する、実施形態196A~199Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態210A
前記スペーサー配列が配列番号7447の配列を有する、実施形態196A~199Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態211A
前記スペーサー配列が配列番号47047の配列を有する、実施形態196A~199Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態212A
前記RNA標的化エンドヌクレアーゼを前記TNRにまたはその近くに送達する、第1及び第2のスペーサーを含む1対のガイドRNA、または前記1対のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸が前記細胞に送達される、実施形態196A~211Aのいずれか1つに記載の方法。
実施形態213A
前記第1及び第2のスペーサーが配列番号52898及び26546の配列を有する、実施形態212Aの方法。
実施形態214A
前記第1及び第2のスペーサーが配列番号47047及び7447の配列を有する、実施形態212Aの方法。
実施形態215A
前記第1及び第2のスペーサーが配列番号52666及び15994の配列を有する、実施形態212Aの方法。
実施形態216A
1つのgRNAのみまたは1つのgRNAのみをコードするベクターが提供または送達される、実施形態1A~4A、6A~167A、177A~188A、または196A~211Aのいずれか1つに記載の方法または組成物。
実施形態1Bは、1対のスペーサー配列を含む1対のガイドRNA、または前記1対のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸を含む組成物であって、前記1対のスペーサー配列は、
i.配列番号2856、2864、2880、2896、2904、2912、2936、2944、2960、2992、3016、3024、3064、3096、3112、3128、3136、3144、3160、3168、3192、3200、3208、3216、3224、3232、3240、3248、3256、3264、3314、3330、3346、3354、3370、3378、3386、3394、3410、3418、3426、3434、3442、3450、3458、3474、3482、3490、3498、3506、3514、3522、3530、3538、3546、3554、3570、3578、3586、3602、3610、3618、3634、3642、3658、3674、3682、3690、3698、3706、3722、3746、3762、3770、3778、3794、3802、3818、3826、3834、3850、3858、3890、3898、3906、3914、3922、3930、3938、3946、3994、4010、4018、4026、4034、4042、4208、または4506から選択される第1のスペーサー配列、及び配列番号560、584、608、616、656、672、688、696、712、744、752、760、840、864、960、976、984、1008、1056、1128、1136、1152、1224、1240、1272、1338、1346、1370、1378、1386、1394、1402、1410、1418、1426、1434、1442、1458、1474、1482、1490、1498、1514、1538、1546、1554、1562、1578、1586、1594、1602、1610、1626、1634、1642、1650、1658、1690、1706、1714、1738、1746、1770、1778、1786、1802、1810、1818、1826、1834、1842、1850、1890、1914、1930、1938、1946、1962、1970、1978、1986、1994、2010、2018、2026、2042、2050、2058、2090、2114、2130、2162、2170、2178、2202、2210、2226、2242、2258、2266、2274、2282、2298、2314、2322、2330、2338、2346、2354、2370、2378、2394、2418、2434、2442、2458、2466、2474、2498、2506、2514、2522、2546、2554、2570、2586、2658、4989、4990、4991、または4992から選択される第2のスペーサー配列;及び/または
ii. 配列番号2856、2864、2880、2896、2904、2912、2936、2944、2960、2992、3016、3024、3064、3096、3112、3128、3136、3144、3160、3168、3192、3200、3208、3216、3224、3232、3240、3248、3256、3264、3314、3330、3346、3354、3370、3378、3386、3394、3410、3418、3426、3434、3442、3450、3458、3474、3482、3490、3498、3506、3514、3522、3530、3538、3546、3554、3570、3578、3586、3602、3610、3618、3634、3642、3658、3674、3682、3690、3698、3706、3722、3746、3762、3770、3778、3794、3802、3818、3826、3834、3850、3858、3890、3898、3906、3914、3922、3930、3938、3946、3994、4010、4018、4026、4034、4042、4208、または4506から選択される配列の少なくとも17、18、19、もしくは20個の連続するヌクレオチドを有する第1のスペーサー配列、及び配列番号560、584、608、616、656、672、688、696、712、744、752、760、840、864、960、976、984、1008、1056、1128、1136、1152、1224、1240、1272、1338、1346、1370、1378、1386、1394、1402、1410、1418、1426、1434、1442、1458、1474、1482、1490、1498、1514、1538、1546、1554、1562、1578、1586、1594、1602、1610、1626、1634、1642、1650、1658、1690、1706、1714、1738、1746、1770、1778、1786、1802、1810、1818、1826、1834、1842、1850、1890、1914、1930、1938、1946、1962、1970、1978、1986、1994、2010、2018、2026、2042、2050、2058、2090、2114、2130、2162、2170、2178、2202、2210、2226、2242、2258、2266、2274、2282、2298、2314、2322、2330、2338、2346、2354、2370、2378、2394、2418、2434、2442、2458、2466、2474、2498、2506、2514、2522、2546、2554、2570、2586、2658、4989、4990、4991、または4992から選択される配列の少なくとも17、18、19、もしくは20個の連続するヌクレオチドを有する第2のスペーサー配列;及び/または
iii.配列番号2856、2864、2880、2896、2904、2912、2936、2944、2960、2992、3016、3024、3064、3096、3112、3128、3136、3144、3160、3168、3192、3200、3208、3216、3224、3232、3240、3248、3256、3264、3314、3330、3346、3354、3370、3378、3386、3394、3410、3418、3426、3434、3442、3450、3458、3474、3482、3490、3498、3506、3514、3522、3530、3538、3546、3554、3570、3578、3586、3602、3610、3618、3634、3642、3658、3674、3682、3690、3698、3706、3722、3746、3762、3770、3778、3794、3802、3818、3826、3834、3850、3858、3890、3898、3906、3914、3922、3930、3938、3946、3994、4010、4018、4026、4034、4042、4208、または4506から選択される配列と少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、94%、93%、92%、91%、もしくは90%同一である第1のスペーサー配列、及び配列番号560、584、608、616、656、672、688、696、712、744、752、760、840、864、960、976、984、1008、1056、1128、1136、1152、1224、1240、1272、1338、1346、1370、1378、1386、1394、1402、1410、1418、1426、1434、1442、1458、1474、1482、1490、1498、1514、1538、1546、1554、1562、1578、1586、1594、1602、1610、1626、1634、1642、1650、1658、1690、1706、1714、1738、1746、1770、1778、1786、1802、1810、1818、1826、1834、1842、1850、1890、1914、1930、1938、1946、1962、1970、1978、1986、1994、2010、2018、2026、2042、2050、2058、2090、2114、2130、2162、2170、2178、2202、2210、2226、2242、2258、2266、2274、2282、2298、2314、2322、2330、2338、2346、2354、2370、2378、2394、2418、2434、2442、2458、2466、2474、2498、2506、2514、2522、2546、2554、2570、2586、2658、4989、4990、4991、もしくは4992から選択される配列と少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、94%、93%、92%、91%、または90%同一である第2のスペーサー配列、を含む前記組成物である。
実施形態2Bは、
1対のスペーサー配列を含む1対のガイドRNA、または前記1対のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸を含む組成物であって、前記1対のスペーサー配列は、
iv.配列番号3778、4026、3794、4010、3906または3746から選択される第1のスペーサー配列、及び配列番号1778、1746、1770、1586、1914、または2210から選択される第2のスペーサー配列;及び/または
v.配列番号3256、2896、3136、または3224,から選択される第1のスペーサー配列、及び4989、560、672、976、760、984、または616から選択される第2のスペーサー配列;及び/または
vi.配列番号3778及び1778;3778及び1746;3778及び1770;3778及び1586;3778及び1914;3778及び2210;4026及び1778;4026及び1746;4026及び1770;4026及び1586;4026及び1914;4026及び2210;3794及び1778;3794及び1746;3794及び1770;3794及び1586;3794及び1586;3794及び1914;3794及び2210;4010及び1778;4010及び1770;4010及び1746;4010及び1586;4010及び1914;4010及び2210;3906及び1778;3906及び1778;3906及び1746;3906及び1770;3906及び1586;3906及び1914;3906及び2210;3746及び1778;3746及び1746;3746及び1770;3746及び1586;3746及び1914;または3746及び2210から選択される第1のスペーサー配列及び第2のスペーサー配列;及び/または
vii.配列番号3256及び4989;3256及び984;3256及び616;2896及び4989;2896及び672;2896及び760;3136及び4989;3136及び560;3224及び4989;3224及び976;または3224及び760から選択される第1のスペーサー配列及び第2のスペーサー配列を含む、前記組成物である。
実施形態3Bは、RNA標的化エンドヌクレアーゼ、または前記RNA標的化エンドヌクレアーゼをコードする核酸をさらに含む、実施形態1Bまたは2Bに記載の組成物である。
実施形態4Bは、前記ガイドRNAがsgRNAである、先行実施形態のいずれかに記載の組成物である。
実施形態5Bは、前記sgRNAが修飾されている、実施形態4Bに記載の組成物である。
実施形態6Bは、前記修飾により、1つ以上の2’位置及び/またはホスホジエステル結合が改変される、実施形態5Bに記載の組成物である。
実施形態7Bは、前記修飾により、前記sgRNAの最初の3つのヌクレオチドのうちの1つ以上、またはすべてが改変される、実施形態5B~6Bのいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態8Bは、前記修飾により、前記sgRNAの最後の3つのヌクレオチドのうちの1つ以上、またはすべてが改変される、実施形態5B~7Bのいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態9Bは、前記修飾が、ホスホロチオエート修飾、2’-OMe修飾、2’-O-MOE修飾、2’-F修飾、2’-O-メチン-4’ブリッジ修飾、3’-チオホスホノアセテート修飾、及び2’-デオキシ修飾のうちの1つ以上を含む、実施形態5B~8Bのいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態10Bは、前記組成物が薬学的に許容される賦形剤をさらに含む、先行実施形態のいずれかに記載の組成物である。
実施形態11Bは、前記ガイドRNAが脂質ナノ粒子(LNP)と会合している、またはウイルスベクターによってコードされている、先行実施形態のいずれかに記載の組成物である。
実施形態12Bは、前記ウイルスベクターが、アデノ随伴ウイルスベクター、レンチウイルスベクター、インテグラーゼ欠損レンチウイルスベクター、アデノウイルスベクター、ワクシニアウイルスベクター、アルファウイルスベクター、または単純ヘルペスウイルスベクターである、実施形態11Bに記載の組成物である。
実施形態13Bは、前記ウイルスベクターがアデノ随伴ウイルス(AAV)ベクターである、実施形態12Bに記載の組成物である。
実施形態14Bは、前記AAVベクターがAAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAVrh10、AAVrh74、またはAAV9ベクターであり、AAVに続く番号がAAV血清型を示す、実施形態13Bに記載の組成物である。
実施形態15Bは、前記AAVベクターがAAV血清型9ベクターである、実施形態14Bに記載の組成物である。
実施形態16Bは、前記ウイルスベクターが組織特異的プロモーターを含む、実施形態11B~15Bのいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態17Bは、前記ウイルスベクターが筋肉特異的プロモーターを含み、任意選択で、前記筋肉特異的プロモーターが筋肉クレアチンキナーゼプロモーター、デスミンプロモーター、MHCK7プロモーター、またはSPc5-12プロモーターである、実施形態11B~16Bのいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態18Bは、前記ウイルスベクターがニューロン特異的プロモーターを含み、任意選択で前記ニューロン特異的プロモーターがエノラーゼプロモーターである、実施形態11B~17Bのいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態19Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号560の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態20Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号584の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態21Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号608の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態22Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号616の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態23Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号656の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態24Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号672の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態25Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号688の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態26Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号696の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態27Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号712の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態28Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号744の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態29Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号752の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態30Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号760の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態31Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号840の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態32Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号864の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態33Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号960の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態34Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号976の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態35Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号984の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態36Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1008の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態37Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1056の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態38Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1128の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態39Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1136の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態40Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1152の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態41Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1224の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態42Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1240の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態43Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1272の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態44Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1338の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態45Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1346の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態46Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1370の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態47Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1378の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態48Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1386の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態49Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1394の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態50Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1402の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態51Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1410の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態52Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1418の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態53Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1426の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態54Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1434の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態55Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1442の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態56Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1458の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態57Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1474の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態58Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1482の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態59Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1490の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態60Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1498の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態61Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1514の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態62Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1538の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態63Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1546の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態64Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1554の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態65Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1562の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態66Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1578の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態67Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1586の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態68Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1594の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態69Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1602の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態70Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1610の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態71Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1626の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態72Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1634の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態73Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1642の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態74Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1650の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態75Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1658の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態76Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1690の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態77Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1706の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態78Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1714の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態79Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1738の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態80Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1746の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態81Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1770の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態82Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1778の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態83Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1786の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態84Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1802の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態85Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1810の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態86Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1818の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態87Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1826の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態88Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1834の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態89Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1842の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態90Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1850の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態91Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1890の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態92Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1914の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態93Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1930の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態94Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1938の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態95Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1946の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態96Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1962の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態97Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1970の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態98Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1978の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態99Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1986の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態100Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号1994の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態101Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号2010の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態102Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号2018の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態103Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号2026の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態104Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号2042の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態105Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号2050の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態106Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号2058の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態107Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号2090の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態108Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号2114の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態109Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号2130の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態110Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号2162の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態111Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号2170の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態112Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号2178の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態113Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号2202の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態114Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号2210の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態115Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号2226の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態116Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号2242の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態117Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号2258の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態118Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号2266の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態119Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号2274の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態120Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号2282の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態121Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号2298の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態122Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号2314の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態123Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号2322の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態124Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号2330の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態125Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号2338の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態126Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号2346の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態127Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号2354の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態128Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号2370の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態129Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号2378の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態130Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号2394の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態131Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号2418の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態132Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号2434の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態133Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号2442の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態134Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号2458の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態135Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号2466の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態136Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号2474の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態137Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号2498の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態138Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号2506の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態139Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号2514の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態140Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号2522の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態141Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号2546の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態142Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号2554の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態143Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号2570の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態144Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号2586の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態145Bは、前記第2のスペーサー配列が、配列番号2658の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態146Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号2856の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態147Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号2864の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態148Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号2880の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態149Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号2896の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態150Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号2904の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態151Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号2912の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態152Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号2936の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態153Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号2944の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態154Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号2960の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態155Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号2992の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態156Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3016の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態157Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3024の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態158Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3064の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態159Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3096の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態160Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3112の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態161Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3128の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態162Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3136の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態163Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3144の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態164Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3160の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態165Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3168の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態166Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3192の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態167Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3200の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態168Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3208の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態169Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3216の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態170Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3224の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態171Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3232の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態172Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3240の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態173Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3248の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態174Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3256の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態175Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3264の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態176Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3314の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態177Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3330の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態178Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3346の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態179Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3354の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態180Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3370の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態181Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3378の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態182Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3386の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態183Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3394の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態184Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3410の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態185Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3418の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態186Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3426の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態187Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3434の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態188Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3442の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態189Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3450の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態190Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3458の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態191Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3474の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態192Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3482の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態193Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3490の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態194Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3498の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態195Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3506の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態196Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3514の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態197Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3522の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態198Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3530の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態199Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3538の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態200Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3546の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態201Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3554の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態202Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3570の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態203Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3578の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態204Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3586の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態205Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3602の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態206Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3610の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態207Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3618の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態208Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3634の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態209Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3642の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態210Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3658の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態211Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3674の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態212Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3682の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態213Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3690の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態214Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3698の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態215Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3706の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態216Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3722の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態217Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3746の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態218Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3762の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態219Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3770の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態220Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3778の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態221Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3794の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態222Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3802の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態223Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3818の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態224Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3826の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態225Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3834の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態226Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3850の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態227Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3858の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態228Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3890の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態229Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3898の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態230Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3906の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態231Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3914の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態232Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3922の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態233Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3930の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態234Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3938の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態235Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3946の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態236Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号3994の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態237Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号4010の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態238Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号4018の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態239Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号4026の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態240Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号4034の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態241Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号4042の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態242Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号4208の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態243Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号4506の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態244Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号4989の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態245Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号4990の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態246Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号4991の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態247Bは、前記第1のスペーサー配列が、配列番号4992の配列を有する、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物である。
実施形態248Bは、DM1を有するヒト対象を治療するための医薬を調製するための、先行実施形態のいずれか1つに記載の組成物の使用である。
実施形態249Bは、DMPK遺伝子の3’UTRにおけるトリヌクレオチドリピート(TNR)を特徴とする筋ジストロフィーを治療する方法であって、DMPK遺伝子の3’UTRにTNRを含む細胞に、1対のスペーサー配列を含む1対のガイドRNA、または前記ガイドRNAの対をコードする1つ以上の核酸であって、前記1対のスペーサー配列は、
i.配列番号2856、2864、2880、2896、2904、2912、2936、2944、2960、2992、3016、3024、3064、3096、3112、3128、3136、3144、3160、3168、3192、3200、3208、3216、3224、3232、3240、3248、3256、3264、3314、3330、3346、3354、3370、3378、3386、3394、3410、3418、3426、3434、3442、3450、3458、3474、3482、3490、3498、3506、3514、3522、3530、3538、3546、3554、3570、3578、3586、3602、3610、3618、3634、3642、3658、3674、3682、3690、3698、3706、3722、3746、3762、3770、3778、3794、3802、3818、3826、3834、3850、3858、3890、3898、3906、3914、3922、3930、3938、3946、3994、4010、4018、4026、4034、4042、4208、もしくは4506から選択される第1のスペーサー配列、及び配列番号560、584、608、616、656、672、688、696、712、744、752、760、840、864、960、976、984、1008、1056、1128、1136、1152、1224、1240、1272、1338、1346、1370、1378、1386、1394、1402、1410、1418、1426、1434、1442、1458、1474、1482、1490、1498、1514、1538、1546、1554、1562、1578、1586、1594、1602、1610、1626、1634、1642、1650、1658、1690、1706、1714、1738、1746、1770、1778、1786、1802、1810、1818、1826、1834、1842、1850、1890、1914、1930、1938、1946、1962、1970、1978、1986、1994、2010、2018、2026、2042、2050、2058、2090、2114、2130、2162、2170、2178、2202、2210、2226、2242、2258、2266、2274、2282、2298、2314、2322、2330、2338、2346、2354、2370、2378、2394、2418、2434、2442、2458、2466、2474、2498、2506、2514、2522、2546、2554、2570、2586、2658、4989、4990、4991、もしくは4992から選択される第2のスペーサー配列を含む、前記1対のスペーサー配列を含む前記1対のガイドRNA、または前記ガイドRNAの対をコードする前記1つ以上の核酸;及びii)RNA標的化エンドヌクレアーゼもしくは前記RNA標的化エンドヌクレアーゼをコードする核酸、を送達することを含む、前記方法である。
実施形態250Bは、DMPK遺伝子の3’UTRにおけるトリヌクレオチドリピート(TNR)を切除する方法であって、DMPK遺伝子の3’UTRに前記TNRを含む細胞に、1対のスペーサー配列を含む1対のガイドRNA、または前記ガイドRNAの対をコードする1つ以上の核酸であって、前記1対のスペーサー配列は、
ii. 配列番号2856、2864、2880、2896、2904、2912、2936、2944、2960、2992、3016、3024、3064、3096、3112、3128、3136、3144、3160、3168、3192、3200、3208、3216、3224、3232、3240、3248、3256、3264、3314、3330、3346、3354、3370、3378、3386、3394、3410、3418、3426、3434、3442、3450、3458、3474、3482、3490、3498、3506、3514、3522、3530、3538、3546、3554、3570、3578、3586、3602、3610、3618、3634、3642、3658、3674、3682、3690、3698、3706、3722、3746、3762、3770、3778、3794、3802、3818、3826、3834、3850、3858、3890、3898、3906、3914、3922、3930、3938、3946、3994、4010、4018、4026、4034、4042、4208、もしくは4506から選択される第1のスペーサー配列、及び配列番号560、584、608、616、656、672、688、696、712、744、752、760、840、864、960、976、984、1008、1056、1128、1136、1152、1224、1240、1272、1338、1346、1370、1378、1386、1394、1402、1410、1418、1426、1434、1442、1458、1474、1482、1490、1498、1514、1538、1546、1554、1562、1578、1586、1594、1602、1610、1626、1634、1642、1650、1658、1690、1706、1714、1738、1746、1770、1778、1786、1802、1810、1818、1826、1834、1842、1850、1890、1914、1930、1938、1946、1962、1970、1978、1986、1994、2010、2018、2026、2042、2050、2058、2090、2114、2130、2162、2170、2178、2202、2210、2226、2242、2258、2266、2274、2282、2298、2314、2322、2330、2338、2346、2354、2370、2378、2394、2418、2434、2442、2458、2466、2474、2498、2506、2514、2522、2546、2554、2570、2586、2658、4989、4990、4991、もしくは4992から選択される第2のスペーサー配列を含む、前記1対のスペーサー配列を含む前記1対のガイドRNA、または前記ガイドRNAの対をコードする前記1つ以上の核酸;及びii)RNA標的化エンドヌクレアーゼもしくは前記RNA標的化エンドヌクレアーゼをコードする核酸、を送達することを含む、前記方法である。
実施形態251Bは、前記RNA標的化エンドヌクレアーゼをTNRまたは自己相補的領域にまたはその近くに送達する、第1及び第2のスペーサーを含む1対のガイドRNA、または前記1対のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸が前記細胞に送達される、実施形態249B~250Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態252Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号3778及び1778の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態253Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号3778及び1746の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態254Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号3778及び1770の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態255Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号3778及び1586の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態256Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号3778及び1914の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態257Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号3778及び2210の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態258Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号4026及び1778の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態259Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号4026及び1746の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態260Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号4026及び1770の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態261Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号4026及び1586の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態262Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号4026及び1914の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態263Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号4026及び2210の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態264Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号3794及び1778の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態265Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号3794及び1746の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態266Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号3794及び1770の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態267Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号3794及び1586の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態268Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号3794及び1914の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態269Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号3794及び2210の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態270Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号4010及び1778の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態271Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号4010及び1746の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態272Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号4010及び1770の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態273Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号4010及び1586の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態274Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号4010及び1914の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態275Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号4010及び2210の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態276Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号3906及び1778の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態277Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号3906及び1746の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態278Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号3906及び1770の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態279Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号3906及び1586の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態280Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号3906及び1914の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態281Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号3906及び2210の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態282Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号3746及び1778の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態283Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号3746及び1746の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態284Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号3746及び1770の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態285Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号3746及び1586の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態286Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号3746及び1914の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態287Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号3746及び2210の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態288Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号3256及び4989の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態289Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号3256及び560の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態290Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号3256及び672の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態291Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号3256及び976の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態292Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号3256及び760の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態293Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号3256及び984の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態294Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号3256及び616の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態295Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号2896及び4989の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態296Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号2896及び560の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態297Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号2896及び672の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態298Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号2896及び976の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態299Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号2896及び760の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態300Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号2896及び984の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態301Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号2896及び616の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態302Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号3136及び4989の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態303Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号3136及び560の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態304Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号3136及び672の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態305Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号3136及び976の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態306Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号3136及び760の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態307Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号3136及び984の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態308Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号3136及び616の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態309Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号3224及び4989の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態310Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号3224及び560の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態311Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号3224及び672の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態312Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号3224及び976の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態313Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号3224及び760の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態314Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号3224及び984の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態315Bは、前記第1及び第2のスペーサー配列が、配列番号3224及び616の配列を有する、実施形態249B~251Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態316Bは、RNA標的化エンドヌクレアーゼ、または前記RNA標的化エンドヌクレアーゼをコードする核酸をさらに含む、実施形態249B~315Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態317Bは、前記ガイドRNAがsgRNAである、実施形態249B~316Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態318Bは、前記sgRNAが修飾されている、実施形態317Bに記載の方法である。
実施形態319Bは、前記修飾により、1つ以上の2’位置及び/またはホスホジエステル結合が改変される、実施形態318Bに記載の方法である。
実施形態320Bは、前記修飾により、前記sgRNAの最初の3つのヌクレオチドのうちの1つ以上、またはすべてが改変される、実施形態318B~319Bに記載の方法である。
実施形態321Bは、前記修飾により、前記sgRNAの最後の3つのヌクレオチドのうちの1つ以上、またはすべてが改変される、実施形態318B~320Bに記載の方法である。
実施形態322Bは、前記修飾が、ホスホロチオエート修飾、2’-OMe修飾、2’-O-MOE修飾、2’-F修飾、2’-O-メチン-4’ブリッジ修飾、3’-チオホスホノアセテート修飾、及び2’-デオキシ修飾のうちの1つ以上を含む、実施形態318B~321Bに記載の方法である。
実施形態323Bは、前記組成物が薬学的に許容される賦形剤をさらに含む、実施形態249B~322Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態324Bは、前記ガイドRNAが脂質ナノ粒子(LNP)と会合しているか、またはウイルスベクターによってコードされている、実施形態249B~323Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態325Bは、前記ウイルスベクターが、アデノ随伴ウイルスベクター、レンチウイルスベクター、インテグラーゼ欠損レンチウイルスベクター、アデノウイルスベクター、ワクシニアウイルスベクター、アルファウイルスベクター、または単純ヘルペスウイルスベクターである、実施形態324Bに記載の方法である。
実施形態326Bは、前記ウイルスベクターがアデノ随伴ウイルス(AAV)ベクターである、実施形態325Bに記載の方法である。
実施形態327Bは、前記AAVベクターがAAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAVrh10、AAVrh74、またはAAV9ベクターであり、AAVに続く番号がAAV血清型を示す、実施形態326Bに記載の方法である。
実施形態328Bは、前記AAVベクターがAAV血清型9ベクターである、実施形態327Bの方法である。
実施形態329Bは、前記ウイルスベクターが組織特異的プロモーターを含む、実施形態324B~328Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態330Bは、前記ウイルスベクターが筋肉特異的プロモーターを含み、任意選択で、前記筋肉特異的プロモーターが筋肉クレアチンキナーゼプロモーター、デスミンプロモーター、MHCK7プロモーター、またはSPc5-12プロモーターである、実施形態324B~329Bのいずれか1つに記載の方法である。
実施形態331Bは、前記ウイルスベクターがニューロン特異的プロモーターを含み、任意選択で前記ニューロン特異的プロモーターがエノラーゼプロモーターである、実施形態324B~330Bのいずれか1つに記載の組成物である。
以下の実施例は、ある特定の開示された実施形態を説明するために提供されており、いかなる方法においても本開示の範囲を限定するものとして解釈されるべきではない。
1.材料及び方法
ガイドRNA及びプライマー配列。プライマー配列は、追加配列の表に示されている。Cas9ガイドRNAは、単一ガイド形式(sgRNA)として特に示されていない限り、デュアルガイド(dgRNA)形式として使用された。crRNAは、追加配列の表に列挙されているスペーサー配列を含有し、AltR-crRNAとしてIDTから取得された。SpCas9で使用されたtracrRNAはAltR-tracrRNA(IDTカタログ番号1072534)であった。
線維芽細胞の不死化。2x10個の線維芽細胞(GM04033及びGM07492、Coriell Institute)を6ウェルプレートに播種した。翌日、線維芽細胞に、10ug/mLポリブレンを含むhTERT-neoレンチウイルスをMOI 5で形質導入した。媒体を、形質導入の24時間後に交換した。細胞を、MEM+15%FBS+NEAAでの形質導入の48時間後に、0.5mg/mlのG418により選択した。
不死化線維芽細胞エレクトロポレーション及びDNA-PK阻害剤処理(対ガイド)。200uM crRNA(IDTE、IDTカタログ番号11-01-02-05中に再懸濁)と200uM tracrRNA(IDTデュプレックス緩衝液、カタログ番号11-01-03-01中に再懸濁)を1:1で混合し、事前アニーリングした(95℃で5分間インキュベートした後、室温まで冷却した)。特に明記されていない限り、RNP集合体は、1対のガイドの対を使用した場合、2μLの100μM事前アニーリング5’ガイド、2μLの100μM事前アニーリング3’ガイド、及び2μLのヌクレアーゼ、または1つのガイドのみを使用した場合、4μLの100μM事前アニーリングガイド及び2μLのヌクレアーゼを使用して実行した。各RNPを3回構築した。SpCas9(IDT)ストック溶液の濃度は10ug/ulであった。
ガイド(100uM事前アニーリング)及びSpCas9タンパク質(10ug/ul IDT)を、1.7mlエッペンドルフチューブ内の各ヌクレオフェクションに対して混合し、室温で約10分間インキュベートして、RNPを事前構築した。(注:実験は一般に、条件ごとに生物学的に3回実行した。)
20ulのP2ヌクレオフェクション溶液(Lonza、カタログ番号V4XP-2032;室温に予熱し、付属のサプリメントを加えて調製した)を、各RNP混合物に加えた。
細胞調製:04033 hTert形質転換DM1患者線維芽細胞及び7492 hTert形質転換健康対照線維芽細胞を、T175フラスコ内でコンフルエントになるまで増殖させた。細胞をPBS-で1回洗浄し、5mlの1×TrypLE Expressで7分間処理し、25mlの血清含有培地(GlutaMAXを含むMEM、15%FBS、1xNEAA)で洗い流した。
細胞を500gで5分間スピンダウンし、新鮮な培地に再懸濁した。懸濁液を44uMフィルターでろ過し、単一細胞懸濁液を確保した。細胞を計数し、15mlコニカルチューブ内にエレクトロポレーション条件ごとに約300,000で分注した。すべてのアリコートを500gで5分間ペレット化し、ヌクレオフェクションの直前に培地を除去した。
ヌクレオフェクション:20ulのRNP/P2混合物を使用して300,000細胞ペレットを再懸濁し、得られた懸濁液を16ウェルエレクトロポレーションキュベットに移した。ヌクレオフェクションを、Lonza Xユニット(Lonza Bioscience)で、溶液P2及びパルスコードEN150の設定で実行した。
プレーティング:各ヌクレオフェクション処理ウェル(20ul中約300,000細胞)を、1mlの予熱した(1)プレーン培地または(2)10uMの化合物6を補充した培地を含有する12ウェルプレートの2ウェル(ウェルあたり8ul)に分割した。プレーティングの24時間後にすべてのウェルで、培地をプレーン培地(化合物6なし)に変更した。ほとんどのウェルがコンフルエンスに近づくまで、細胞を、3日ごとに培地を交換しながら10日間増殖させた。
採取:ヌクレオフェクション後10日目に、細胞をPBS-で1回洗浄し、200ulの1xTrypLE Expressで7分間処理し、2mlの血清含有培地で洗い流した。細胞を500gで5分間ペレット化し、1mlの新鮮な培地に再懸濁した。
CUG増殖巣FISHアッセイ:細胞を計数し、384ウェルのハイコンテントイメージングプレートに、ウェルあたり5,000細胞で4連にてプレーティングした。細胞を一晩付着させた後、固定させた。
遺伝子型決定用の試料の調製:100ulの細胞懸濁液を1.7mlチューブ内で500gにて5分間ペレット化した。細胞ペレットを100ulのLucigen QuickExtract緩衝液に再懸濁し、65℃で15分間溶解した後、98℃で2分間熱失活させた。抽出物を、-80℃で保存した。
スプライシングアッセイ用の試料の調製:残りのすべての細胞を1.7mlチューブ内で500gにて5分間ペレット化した。培地を除去し、RNA処理までペレットを凍結させた。
遺伝子型決定:PCRマスターミックスを20ulの反応のために以下のように調製した:10ulのPhusion 2×マスターミックス、1ulの10uM DMPK-nest-Fプライマー、1ulの10uM DMPK-nest-Rプライマー、7ulの水。QuickExtract DNA抽出緩衝液中の3ulの試料を、各反応用の17ulのマスターミックスに加えた。サイクルを、タッチダウンプログラムとして実行した:98℃で30秒間、続いて98℃で10秒間の融解、72℃で10秒間のアニーリング(サイクルごとに0.5Cずつ低下)、72℃で30秒間の伸長を8サイクル。続いて、98℃で10秒間、68℃で10秒間、72℃で30秒間の27サイクル。72℃で10分間の最終伸長。産物を、2%アガロースゲルでの電気泳動によって分析した。
エレクトロポレーション及びDNAPK-I処理(個々のガイド)
プロトコルは、本明細書に示されている場合を除いて、対のガイドプロトコルについて上に記載されたとおりであった。エレクトロポレーションを、P3溶液及びパルスコードCA137を使用して実行し、10uM化合物6を伴う場合と伴わない場合で24ウェルプレートにて増殖させた。RNP構築を、上記のように4μLの事前アニーリングした100μMのガイド及び2μLのCas9を使用して実行した。採取:ヌクレオフェクションの48時間後に、細胞をPBS-で1回洗浄し、200ulの1xTrypLE Expressで7分間処理し、2mlの血清含有培地で洗い流した。細胞を500gで5分間ペレット化し、1mlの新鮮な培地に再懸濁した。
遺伝子型決定のために、50ulの細胞懸濁液を1.7mlチューブ内で500gにて5分間ペレット化した。細胞ペレットを100ulのLucigen QuickExtract緩衝液に再懸濁し、65℃で15分間溶解した後、98℃で2分間熱失活させた。抽出物を、-80℃で保存した。
蛍光インサイチュハイブリダイゼーション(FISH)/IF共染色
MBNL1/(CUG)n増殖巣イメージングを、直交法として使用して、DM1線維芽細胞におけるDMPKガイドRNAによるCTGリピート切除を評価した。
細胞を、4%PFAを用いて室温にて15分間固定し、室温にて1×PBSで10分間5回洗浄した。直ちにプローブしない場合、細胞を4℃で保存した。
蛍光インサイチュハイブリダイゼーション(FISH)手順では、細胞を1×PBS中の0.5%トリトンX-100で室温にて5分間透過処理した。
細胞を30%ホルムアミド、2×SSCで室温にて10分間前洗浄した。次に、細胞を、30%ホルムアミド中の1ng/uLのAlexa546-(CAG)10プローブ、2×SSC、2ug/mL BSA、66ug/mL酵母tRNA、2mMバナジル錯体を用いて37℃で2時間プローブした。
次に、細胞を、30%ホルムアミド、2×SSCで42℃にて30分間洗浄し、次に30%ホルムアミド、2×SSCで37℃にて30分間、次に1×SSCで室温にて10分間洗浄し、最後に1×PBSで室温にて10分間洗浄した。次に、細胞を、1×PBS+1%BSA中の抗MBNL1抗体(1:1000希釈、santacruz、3A4)により4℃にて一晩プローブした。細胞を、1×PBSで室温にて10分間、2回洗浄した。細胞を、1×PBS+1%BSA(1:500希釈)中のヤギ抗ウサギAlexa 647と共に、室温で1時間インキュベートした。細胞を、1×PBSで室温にて10分間、2回洗浄した。細胞をHoechst溶液(0.1mg/ml)で5分間染色した後、1×PBSで5分間、1回洗浄した。
PBSを吸引し、ウェルごとに新鮮なPBS(100ul)を加えた。イメージングプレートを粘着性アルミニウムホイルで密封し、MetaXpress(Molecular Devices)を使用してイメージング処理した。
iPS細胞のエレクトロポレーション
iPS細胞へのエレクトロポレーション用のSpCas9 RNPを、以下のように調製した。SpCas9 crRNAを、IDTEに200μMで再懸濁し、tracrRNAを二本鎖緩衝液に200μMで再懸濁した。等量の200uM crRNA及び200uM tracrRNAをPCRチューブ内で混合し、95℃に加熱し、室温まで冷却して、100μMのガイド複合体を得た。
Cpf1ガイドをIDTEに100mMで再懸濁した。
図22に対応する実験用のRNP複合体を、5’ガイド、3’ガイド、及びヌクレアーゼのそれぞれ2μLを合わせることによって調製した。
図24に対応する実験用のRNP複合体を、5’ガイド及び3’ガイドのそれぞれ4μL(または1つのガイドのみを使用した場合は8μLの1つのガイド)、及び3μLのヌクレアーゼを合わせることによって調製した。
細胞ペレットを100ulの事前混合P3ヌクレオフェクション溶液に再懸濁し、事前構築したRNPを含有するチューブに移した。100ulのRNP/細胞混合物をヌクレオフェクションキュベットに移した。ヌクレオフェクションは、溶液P3及びパルスコードCA137に設定したLonza X-unitを使用して実行した。細胞をキュベットからラミニンコーティングプレートにおける予熱培地に迅速に移動させ、各ヌクレオフェクションを、プレーン培地または3uM 化合物6(図24に対応する実験の場合)もしくは1μM 化合物3(図22及び23に対応する実験の場合)を補充した培地に分割した。翌日、培地をStemFlex+10uMロック阻害剤に変更した。翌日、媒体を、再びロック阻害剤を伴わないStemFlexに変更した。培養を合計5日間続けた。
ReLeSRを37℃で6分間使用して細胞を剥離させ、2mlのStemFlexで洗い流した。さらに培養及びクローン単離を行うために、200μlを2ml StemFlex+4ul Lamin 411を含む新しい6ウェルディッシュに入れた。残りを、以下のように1.7mlチューブに分割した:タンパク質用には600ul;DNA抽出用には100ul。
DNAを、Qiagen Blood and Tissue Kitを製造元のプロトコルに従って使用して抽出した。遺伝子型決定を、ネステッドPCRとして実行した。
Figure 2022545921000133
Figure 2022545921000134
完了後、PCRを1:10に希釈し、2ulを次の反応(PCR2)の投入物として使用した。
Figure 2022545921000135
Figure 2022545921000136
製品を、2%アガロースゲルで分析した。
心筋細胞分化プロトコル
心筋細胞を、以下のように調製した。iPSCの培養物を、吸引によって分化した細胞から精製し、次にアキュターゼで処理した。細胞を、ROCKiを含むStemFlex(最終濃度10uM)に0.133×10細胞/cmでプレーティングし、さらに2日間StemFlexを供給した。次に(「0日目」に)培地を、低分子CHIR99021(StemCell Tech.カタログ番号72052)を含むRPMI/B27-インスリンに変更した(濃度は株によって異なる)。1~3日目は、培地をRPMI/B27-インスリンに変更した。3~5日目は、培地を、小分子IWP2(Tocrisカタログ番号3533)(5uM)を含むRPMI/B27-インスリンに変更した。5~7日目は、培地をRPMI/B27-インスリンに変更した。7~11日目は、培地をRPMI/B27+インスリンに変更した。11~15日目、培地をCDM3Lに変更した。
Figure 2022545921000137
心筋細胞ヌクレオフェクションプロトコル
プレートを、以下のように調製した。1mg/mlフィブロネクチンをPBSで1:100に希釈し、24ウェルプレートのウェルごとに200ul加えた。プレートを室温で2時間放置した。フィブロネクチンを除去し、500ulのiCell心筋細胞維持培地を各ウェルに加え、37℃で予熱した。
RNPを、本質的に、線維芽細胞実験のために上記に記載された手順に従って調製した。RNP複合体の構築に続いて、20ulのP3溶液(サプリメントを添加)を各RNPに加え、1ulのエレクトロポレーション促進剤(IDT)を各RNP混合物に加えた。
細胞を調製するために、6ウェルディッシュで増殖させたiPSC由来の心筋細胞から培地を吸引し、ウェルあたり2mlのPBSで細胞を1回洗浄した。ウェルごとに1mlのTrypLE(商標)Select Enzyme(10×)を加え、細胞を37℃で10分間インキュベートした。
細胞を穏やかにピペットで取り、6ウェルプレートのウェルあたり1ml FBS+8ml PBSで15mLチューブに加え、TrypLE酵素を不活性化した。細胞を1000RPMで5分間スピンダウンし、PBSを吸引し、細胞を新鮮なiCell心筋細胞維持培地に再懸濁した。細胞を100umフィルターに通して50mLチューブに入れ、再懸濁した細胞をゆっくりとピペットに取って通した。細胞を計数し、15mlチューブにヌクレオフェクションあたり約100,000の心筋細胞を分注した。細胞を1000RPMで5分間ペレット化し、ヌクレオフェクションの前に培地を除去した。
20ulのRNP/P3混合物を使用して、約100,000の細胞ペレットを再懸濁し、懸濁液を16ウェルエレクトロポレーションキュベットに移した。ヌクレオフェクションを、溶液をP3に設定し、パルスコードをCA137に設定して、Lonza X-unitで実行した。ヌクレオフェクション後、細胞を、調製した24ウェルプレートにプレーティングし、48時間回復させた後、採取した。
培地を除去し、100ulのQuickExtract DNA抽出緩衝液を各ウェルに加え、上下にピペットで移してすべての細胞を除去した後、PCRチューブに移した。溶解を65℃で15分間実行し、続いて98℃で2分間不活性化した。溶解物は-80℃で保存した。
神経前駆細胞の調製
基本培地を、以下のように調製した:
Figure 2022545921000138
以下の培地も使用した。培地2:基本培地+1μM LDN 193189+10μM SB431542。培地3:基本培地+1μM LDN 193189+10μM SB431542+1μMシクロパミン+10ng/mL FGF2。培地4:基本培地+1μM シクロパミン+10ng/mL FGF2。培地5:基本培地+10ng/mL FGF2。NPC成熟播種培地:基本培地+1:100ラミニン+1:1,000 Y-27632ROCK阻害剤。BrainPhys成熟培地:
Figure 2022545921000139
神経の再パターン化のためにiPSCを播種するために、ヒトiPSCを、播種時にラミニン5-1-1(1:400)を補充したStemFlex培地を使用して、6ウェルプレートでおよそ80%のコンフルエンスまで継代培養した。培養アーチファクトの伝播を防ぐために、毎月のマイコプラズマ分析及び定期的な核型分析(5~10継代)を全般的に実行した。
分化のための播種の日(0日目として定義)に、iPS細胞の異常な自発的分化を検査した。一般に、培養物の10%未満が、分化したかまたは緩い形態を示す必要がある。培地を吸引し、細胞を3mLのダルベッコのPBS(DPBS、二価カチオン非含有、Thermo Fisher#14190144)で1回すすいだ。DPBSを吸引し、1mLの加温した(25~35℃)アキュターゼ溶液(Thermo Fisher#A1110501)を直ちに分注した。プレートを穏やかに回転させて均一に完全に解離させた後、37℃のインキュベーターで10分間インキュベートした。iPSCコロニーがプレートから解離するように、プレートを3~5分ごとにしっかりと叩いた(taped)。
アキュターゼを、少なくとも2mLの加温した(25~35℃)培養培地、通常はStemFlex(StemCell Tech#85850)またはStemFlex(Thermo Fisher#A3349401)で中和した。細胞溶液を穏やかに粉砕して、凝集した細胞をさらに解離させた。
細胞溶液をきれいな50mLコニカルチューブに移し、約150RCFで5分間遠心分離して細胞をペレット化した。
上清を吸引した後、Y-27632 ROCK阻害剤(1:1000 v/v)を補充した1mLの加温したStemFlexを加え、チューブを手の甲に軽く叩くことにより、細胞ペレットを分解させた。さらに9mLの培養培地を加え、穏やかに逆さにして混合した。生細胞数を、ViCell Cell Viability Analyzerまたは同等のデバイスを使用して取得した。6E6生細胞を、Y-27632 ROCK阻害剤(1:1000)を補充した合計12mLのiPSC培養培地で希釈した後、マトリゲルコーティング6ウェルプレートの各ウェルに2mLの細胞溶液を分注し(ウェルあたり1E6細胞の播種密度)、次にプレートを各方向(左から右、前から後ろ)に垂直に3~4回揺り動かして、各ウェルに細胞を均一に分散させた。培養を、37℃、5%CO、85%RHインキュベーターで維持した。次に、播種後少なくとも3時間、プレートを静置した。毎日、培地を完全に吸引し、次の培地スケジュールに従って交換した(12日目については以下を参照)。6ウェルプレートごとに、少なくとも12~13mLの培地(ウェルあたり2mL)を調製して加温する。培養物を、形態学的不均一性(最初の週以降は低いはずである)またはマトリゲル層の破壊について検査した。培地スケジュール:
Figure 2022545921000140
再パターン化されたNPCの継代
12日目に、培養物の形態的不均一性を検査した後、培地を吸引し、細胞を3mLのダルベッコPBS(DPBS、二価カチオン非含有、Thermo Fisher#14190144)で1回すすいだ。次に、DPBSを吸引し、その後1mLの加温した(25~35℃)アキュターゼ溶液(Thermo Fisher#A1110501)を直ちに分注した。プレートを穏やかに回転させて均一に完全に解離させた後、37℃のインキュベーターで10分間インキュベートした。iPSCコロニーがプレートから解離するように、プレートを3~5分ごとにしっかりと叩いた。アキュターゼを、少なくとも2mLの加温した(25~35℃)培地4で中和した。細胞溶液を穏やかに粉砕して、凝集した細胞をさらに解離させた。
細胞溶液をきれいな50mLコニカルチューブに移す。300RCFで5分間遠心分離して細胞をペレット化する。上清を吸引して、Y-27632 ROCK阻害剤(1:1000 v/v)を補充した1mLの加温したStemFlexを加え、チューブを手の甲に軽く叩くことにより、細胞ペレットを分解させた。さらに9mLの培養培地を加え、チューブを穏やかに逆さにして細胞溶液を混合した。細胞を計数し、9E6生細胞を、Y-27632 ROCK阻害剤(1:1000)を補充した合計12mLのiPSC培地に希釈した。2mLの細胞溶液をマトリゲルコーティング6ウェルプレートの各ウェルに分注した(ウェルあたり1.5E6細胞の維持密度)。プレートを各方向(左から右、前から後ろ)に垂直に3~4回揺り動かして、各ウェルに細胞を均一に分散させた。培養を、37℃、5%CO、85%RHインキュベーターで維持した。播種後少なくとも3時間、プレートを静置した。
毎日、培地を完全に吸引し、上記の培地スケジュールに従って交換した(ウェルあたり2mLの培地)。
NPCを週に1回継代し、最終NPCのFACSソーティング(継代3の間に行われる)の前に2回継代した。
NPCフローサイトメトリー標識プロトコル
単一細胞懸濁液を生成し、NPCが高密度であり(9E6/6ウェルプレートに播種され、5~7日間増殖させた)、形態学的に均質であることが確認された。培地を吸引し、細胞を2価カチオン非含有ダルベッコPBS(Thermo Fisher、#14190250)で1回洗浄した後、吸引し、1mLの加温した(25~35℃)アキュターゼ(Thermo Fisher、#A1110501)を加え、次に37℃で10~15分間インキュベートした。プレートをしっかりと叩いて、付着したNPCを取り除いた。
2mLの加温した(約35℃)DMEM-F12(Thermo Fisher、#11320033)を加えることにより、アキュターゼを中和した。細胞を、22℃で5分間、300×gで遠心分離することによりペレット化した。上清を吸引し、NPCを5mLの加温したDMEM-F12に再懸濁した。細胞計数は、ViCell Cell Countingシステムを使用して行った。
NPCを免疫標識するために、以下の手順を使用した:2~5E7細胞を50mLコニカルチューブに分注する;300×gで5分間室温で遠心分離して細胞をペレット化する;細胞ペレットを乱さないように注意しながら、上清を吸引する;カチオン非含有DPBSで細胞を1回洗浄する;細胞を穏やかに粉砕して凝集塊を分解する;300×gで5分間室温にて遠心分離して細胞をペレット化する;上清を吸引する。固定可能な色素Zombie Aqua(BioLegend、#423102)を使用して、各ウェルに100μLの希釈(1:250)色素を分注することにより、生/死細胞に標識する(自家蛍光対照または蛍光マイナス1対照を除く)。細胞をホイルで包み、4℃で15~30分間インキュベートする;300×gで5分間室温にて遠心分離して細胞をペレット化する;上清を吸引する;カチオン非含有DPBSで細胞を1回洗浄する。細胞を穏やかに粉砕して凝集塊を分解する;300×gで5分間室温にて遠心分離して細胞をペレット化する;上清を吸引する。低温(4℃)Cell Staining Buffer(BioLegend、#420201)を使用して4℃で30分間非特異的標識をブロックする(ホイルで包む)。分注後、細胞を穏やかに粉砕して凝集塊を分解する。300×gで5分間、室温で遠心分離して細胞をペレット化する。上清を吸引する。Cell Staining Bufferで希釈した5E6全細胞あたり100μLの抗体(下表を参照)を各試料に分注する(自家蛍光対照または蛍光マイナス1対照を除く)。分注後、細胞を穏やかに粉砕して凝集塊を分解する。試料をホイルに包み、4℃で30分間インキュベートする。注:単一染色の補正対照は、水溶解細胞(Zombie Aqua L/D)または抗体捕捉ビーズ(Thermo Fisher、#A10497)のいずれかを使用して作製することができる。
Figure 2022545921000141
インキュベーション後、5mLのCell Staining Bufferで細胞を洗浄する。細胞を穏やかに粉砕して凝集塊を分解し、均一に洗浄する。300×gで5分間、室温にて遠心分離して細胞をペレット化する。上清を吸引する。低温Cell Staining Bufferで細胞をもう一度洗浄する。細胞を穏やかに粉砕して凝集塊を分解する。300×gで5分間、室温にて遠心分離して細胞をペレット化する。上清を吸引する。
Normocin(1:500)を補充したPre-Sort Buffer(BD Bioscience、#563503)に細胞を再懸濁し、最終濃度を1mLあたり7~10E6細胞にする。BD FACSAria Fusionでソートするまで(1~2時間以内)、ホイルに包み4℃で保存する。15mLのコニカルチューブに事前コートし、Y-27632 ROCK阻害剤(1:1000)、Normocin(1:500)、及び15mモル濃度HEPES(Thermo Fisher#15630080、1Mストックの1:67希釈)を補充した7mLの培地5を充填し、冷却してソートする
NPCフローサイトメトリーのソーティング及び分析
以下の手順を、NPCのソーティング及び分析に使用した。300RPMの試料撹拌及び4℃の試料保存を伴い、100ミクロンノズル(100μm~20psi)の標準設定を使用して、機器(BD FACSAria Fusion)をセットアップする。ビーズ(BD Biosciences、#655051;350μL DPBSに1滴)を使用してCS&Tを実行する。CS&T設定から電圧を変更しないこと。Accudrop較正を実行する(BD Biosciences、#345249;500μL DPBSで1滴)。左偏向板の位置は、較正の場合は32に、ソーティングの場合は58~60に設定する必要がある。液滴が70%エタノールで7mLに充填された15mLコニカルチューブの中心に当たることを確認する。試料ごとに、P1スキャッターゲートを停止ゲートとして、10,000の事前ソートイベントを収集する。以下のようにゲートを設定する。収集:FSC-A/SSC-A P1-> SSC-H/SSC-W P2-> FSC-H/FSC-W P3-> L/D Zombie Aqua(-)(生細胞)-> CD184(+)-> Tra-1-60(-)/SSEA4(-)(非iPSC)-> CD44(-)/CD271(-)(非グリア、非神経堤)-> CD24(+)/CD15(低/中)(NPC)。各株から1.5~2E6細胞をソートする。ソートの前後にすべての試料を冷却しておくこと。Y-27632 ROCK阻害剤(1:1000)を加えた2mLの培地5に懸濁した1.5E6の生NPCを、マトリゲルコーティング6ウェルプレートに播種する。
NPCスケールアップ
以下の手順を使用してNPCをスケールアップした:週に1回NPCを継代する。継代4(FACSソーティング後の最初の継代)の場合:NPCが高密度であり(9E6/6ウェルプレートに播種され、5~7日間増殖させる)、形態学的に均質であることを確認する。培地を吸引し、2価カチオン非含有ダルベッコPBS(Thermo Fisher、#14190250)で1回洗浄する。DPBSを吸引し、1mLの加温した(25~35℃)アキュターゼ(Thermo Fisher、#A1110501)を分注する。37℃で8~10分間インキュベートする。しっかりと叩いて、付着したNPCを取り除く。Y-27632 ROCK阻害剤(1:1,000)を加えた1mLの加温した(約35℃)培地5を加えて、アキュターゼを中和する。細胞を、22℃で5分間、300×gで遠心分離することによりペレット化する。上清を吸引し、Y-27632 ROCK阻害剤(1:1,000)を補充した5mLの加温した培地5にNPCを再懸濁する。ViCell Cell Countingシステムを使用して細胞計数を行った。Y-27632 ROCK阻害剤(1:1,000)を補充した12mLの培地5に9E6の生NPCを再懸濁する。マトリゲルコーティング6ウェルプレートの各ウェルに2mLを分注する。5継代目については、上記の手順を繰り返すが、Y-27632 ROCKi(1:1,000)を加えた15mLの培地5に12.5E6 NPCを播種するようにスケールアップする。すべての細胞をマトリゲルコーティングT75フラスコに分注する。
NPCバンキング/凍結保存
NPCのバンキング/凍結保存には、以下の手順を使用した:NPCが高密度であり(T75形式で12.5E6/プレートで播種し、5~7日間増殖させる)、形態学的に均質であることを確認する。培地を吸引し、2価カチオン非含有ダルベッコPBS(Thermo Fisher、#14190250)で1回洗浄する。DPBSを吸引し、1mLの加温した(25~35℃)アキュターゼ(Thermo Fisher、#A1110501)を分注する。37℃で10~15分間インキュベートする。しっかりと叩いて、付着したNPCを取り除く。Y-27632 ROCK阻害剤(1:1,000)を補充した2mLの加温した(約35℃)基本培地を加えて、アキュターゼを中和する。
細胞を、22℃で5分間、300×gで遠心分離することによりペレット化する。上清を吸引し、Y-27632 ROCK阻害剤(1:1,000)を補充した5mLの加温した基本培地にNPCを再懸濁する。ViCell Cell Countingシステムを使用して細胞計数を行った。NPCは、1mL CryoStor10(StemCell Technologies、#07930)に12.5E6/mLでバンク保存される。バンク保存されたアリコートの所望数を満たすために必要な細胞数を計算し、Y-27632 ROCK阻害剤(1:1,000)を補充したNPC含有基本培地の必要量を新しい50mLコニカルチューブに分注する。細胞を、22℃で5分間、300×gで遠心分離することによりペレット化する。NPCを必要な量のCryoStor10(所望のアリコートあたり1mL)に再懸濁し、2mLのクライオバイアル(Corning、#430659)に分注する。充填されたクライオバイアルをMr.Frosty凍結容器(Thermo、#5100-0001)に迅速に移す。-80℃で少なくとも24時間保存してから、液体窒素での長期保存に移す。
ニューロンの成熟
以下の手順を使用して、ポリエチレンイミンコーティングプレートを調製した:474mLの滅菌蒸留水に、25mLのホウ酸緩衝液pH8.2(20×;Sigma、#08059)及び1mLのポリエチレンイミン(50%;Sigma、#03880)を加える。StripetteでPEIをかき混ぜる。滅菌フィルターを使用し、4℃で1か月未満保存する。0.1%PEIを細胞培養プレートに分注し、室温で1時間インキュベートする。PEIを吸引する。滅菌蒸留水で4回洗浄する。吸引して乾燥させる。細胞培養フードで一晩風乾させる。4℃で2週間未満保存する。
ニューロンの成熟には、以下の手順を使用した:再播種の日に、NPCが高密度であり(12.5E6/T75フラスコで播種し、5~7日間増殖させる)、形態学的に均質であることを確認する。培地を吸引し、2価カチオン非含有ダルベッコPBS(Thermo Fisher、#14190250)で1回洗浄する。DPBSを吸引し、1mLの加温した(25~35℃)アキュターゼ(Thermo Fisher、#A1110501)を分注する。37℃で8~10分間インキュベートする。しっかりと叩いて、付着したNPCを取り除く。Y-27632 ROCK阻害剤(1:1,000)を補充した2mLの加温した(約35℃)基本培地を加えて、アキュターゼを中和する。細胞を、22℃で5分間、300×gで遠心分離することによりペレット化する。上清を吸引し、Y-27632 ROCK阻害剤(1:1,000)を補充した5mLの加温した基本培地にNPCを再懸濁する。ViCell Cell Countingシステムを使用して細胞計数を行った(または当量)。
ラミニン(1:100)及びY-27632 ROCK阻害剤(1:1,000)を補充した基本培地に必要な数の生NPCを再懸濁する。細胞溶液をポリエチレンイミンコーティング容器に分注する。翌日(DIV1)は、ラミニン(1:1,000)を使用して基本培地の完全な培地交換を実行する。DIV 2で、基本培地とラミニン(1:1,000)との50:50混合と、PD 0332991(1:5,000)、DAPT(1:2,500)、ラミニン(1:1,000)を補充したBrainPhysとの完全な培地交換を実行する。DIV 3~5から、PD 0332991(1:5,000)、DAPT(1:2,500)、ラミニン(1:1,000)を補充したBrainPhysを使用して毎日完全な培地交換を実行する。DIV7+から、PD 0332991(1:5,000)、DAPT(1:2,500)、ラミニン(1:1,000)を補充したBrainPhysと1/2培地交換を週に2~3回実行する。
NPCヌクレオフェクション
RNP複合体は、線維芽細胞実験のために本質的に上記のように調製された。
以下の手順を使用して細胞を調製した。基本培地調製の場合:500mLのNeurobasalを500mLのAdvanced DMEM/F12と合わせてから、20mLのSM1サプリメント(VitA非含有)、10mLのN2-Bサプリメント、10mLのGlutaMax、及び2mLのNormocinを加えた。
細胞培養容器をコーティングするために:マトリゲルを氷上で4℃で一晩解凍する。5mLのマトリゲルを495mLの低温DMEM(1%vol/vol)に希釈し、4℃で保存する。12ウェルプレートのウェルあたり0.5mLを分注し、室温で1時間インキュベートする。細胞プレーティングの直前にマトリゲル溶液を吸引する。
細胞を調製するために:培地を吸引し、2価カチオン非含有ダルベッコPBSで1回洗浄する。DPBSを吸引し、1mLの加温した(25~35℃)アキュターゼを分注する。37℃で10~15分間インキュベートする。フラスコを軽く叩いて付着したNPCを取り除く。2mLの加温した(約35℃)基本培地を加えてアキュターゼを中和する(上記のとおり)。細胞を、22℃で5分間、300×gで遠心分離することによりペレット化する。上清を吸引し、NPCを5mLの加温した基本培地(上記のとおり)に再懸濁し、40umセルストレーナーを通過させて計数する。ヌクレオフェクションあたり2.5E6で15mlチューブに細胞を分注する。
ヌクレオフェクションするために:細胞ペレットを100ulの事前混合P3ヌクレオフェクション溶液に再懸濁し、事前構築したRNPを含有するチューブに移す。100ulのRNP/細胞混合物をヌクレオフェクションキュベットに移す。Lonza X-unitを使用したヌクレオフェクションを行う。溶液をP3に設定し、パルスコードCA137を使用する。DPBSで細胞を1回洗浄する。細胞をキュベットから、Rock阻害剤を含む予熱した培地を含む12ウェルプレコートディッシュに迅速に移動させる。回復のために、翌日、培地を10ng/mLFGF-2を補充した基本培地に交換する。上記のように、10ng/mL FGF-2を補充した毎日の培地交換で、合計5日間培養を続ける。採取の場合:アキュターゼを37℃で10分間使用して細胞を剥離する。DPBSでペレット化した細胞を1回洗浄し、PBSを除去し、ペレットを-80℃で凍結する。
DNAを、Qiagen Blood and Tissue Kitを製造元のプロトコルに従って使用して抽出した。DNAをHindIIIで消化し、標準的手法を使用してPCR/アガロース電気泳動でサイズを決定した。PCRプライマー: 5’-AGTTCAGCGGCCGCGCTCAGCTCCGTTTCGGTTTCACTTCCGGT-3’(配列番号55);5’-CAAGTCGCGGCCGCCTTGTAGAAAGCGCCATTGGAGCCCCGCA-3’(配列番号56)。
ニューロンヌクレオフェクション
ニューロン(例えば、上記のようにNPCから分化した)は、以下のようにヌクレオフェクションされた。RNP複合体を、線維芽細胞実験のために本質的に上記のように調製した。
同封のサプリメントをAD1ヌクレオフェクション溶液に加え、350ulの溶液を各RNP複合チューブに加えた。ヌクレオフェクションの直前に、7.5ulの100uMエレクトロポレーション促進剤を各RNPチューブに加えた。
培地を一度に1ウェルずつ細胞から除去し、350ulのRNP含有ヌクレオフェクション溶液と交換した。すべてのウェルを交換したら、気泡を避けて電極をウェルに穏やかに挿入した。細胞を、溶液AD1及びパルスコードEH-158に設定されたLonza Y-unit nucleofectorを使用してヌクレオフェクションした。ヌクレオフェクション後、RNP溶液を穏やかに除去し、事前加温した新鮮なBrainphys培地(成熟プロトコルに記載)と交換した。細胞を37℃で72時間回復させた後、採取した。培地を採取するために、細胞を500ulのPBSに再懸濁し、ペレット化し、PBSを除去し、ペレットを凍結させた。
DNA抽出及び遺伝子型決定を、NPCヌクレオフェクションについて上記のように実行した。
ウエスタンブロットプロトコル
細胞ペレットを、プロテアーゼ及びホスファターゼ阻害剤を補充した1×MSD溶解緩衝液に再懸濁した。50μlの溶解緩衝液を200,000細胞に使用した。
溶解物をボルテックスし、20Ampで短時間(5~10秒)超音波処理した後(Cole Parmer超音波ソニケーターを使用)、21000×g、4℃で10分間遠心分離して清澄化した。得られた上清は、タンパク質推定(BCAアッセイ)に使用することができる。
清澄化した上清に4×LDS緩衝液を加えて、1×LDSの最終濃度を得た後、100℃で5分間煮沸した。
5~15μgの細胞溶解物を1× MES SDS泳動緩衝液を含む4~12%NuPage Bis-trisゲルで泳動させた後、Transblot Turboシステム(カタログ番号1704150の取扱説明書)を使用して、0.2μMニトロセルロースメンブレンに転写した。ブロットは、LiCoR PBSブロッキング緩衝液(カタログ番号927-40000)を使用して室温で1時間ブロックした。1時間後、0.2%Tween(登録商標)-20を含むLiCor PBSブロッキング緩衝液中の一次抗体で、4℃でロッキングしながら一晩インキュベートした。濃度は一次抗体の効率によって異なった。
翌日、メンブレンをPBS-T(0.1%tween(登録商標)-20)で3回洗浄した後、0.1%Tween(登録商標)-20を含むLiCoR PBSブロッキング緩衝液で1:10000に希釈した二次抗体(LiCor IRdye 800または680)で1時間インキュベートした。メンブレンをPBS-T(0.1% tween(登録商標)-20)で3回洗浄し、Odyssey CLx検出器を使用したLiCor蛍光のシグナル検出に進んだ。使用した抗体(Abcam): ビンキュリン:ab129002(1:5000);フラタキシン:ab110328(1:250)。
RNA抽出及びqRT-PCR
ミススプライシング補正を、DM1線維芽細胞のデュアルDMPKガイドRNAによるCTGリピート切除の機能的読み出しとして使用した。Quick-RNA 96 kitを使用して20ulの体積で総RNAを抽出した(ZYMO Research)。10ulのRNAを使用して、high capacity cDNA RT kit(Thermo Fisher 4368814)の2×RTマスターミックス10ulと混合して第1鎖cDNAを生成した。反応混合物をスピンダウンして気泡を除去し、サーマルサイクラーにロードした。
逆転写は、25℃で10分、37℃で120分、85℃で5分からなる3ステッププログラムを使用して実行し、続いて4℃で保持した。
スプライシングを、Quantstudio 12K FlexリアルタイムPCRシステムでPowerUp SYBR green mastermix(Thermo Fisher A25742)を使用したqRT-PCRによって評価した。10ulの1×反応の組成を以下の表3に示す。プライマー配列は、追加配列の表に列挙されている。
Figure 2022545921000142
材料の供給源
表4に列挙されている材料は、指定された販売者から入手したものである。
Figure 2022545921000143
Figure 2022545921000144
Figure 2022545921000145
2.対のgRNAを使用した心筋細胞及び線維芽細胞におけるDMPKのTNR切除
PCR及びゲル電気泳動による切除の分析。心筋細胞は、上記のようにエレクトロポレーションを介して、spCas9及びDMPK1のCTGリピート遺伝子座に隣接する部位を標的とする1対のgRNAを含むRNPで処理された。表5及び6に示すように、gRNA対は対A~Hの1つであった。
Figure 2022545921000146
Figure 2022545921000147
以下の18量体スペーサー配列を含むガイドの対を試験した:配列番号:3348及び2556;配列番号:3348及び2500;配列番号:3332及び2556;配列番号:3332及び2500;配列番号:3356及び2548;配列番号:3356及び2508;配列番号:3380及び2548;配列番号:3380及び2508。より具体的には、試験されたガイドは、表6に示されるように、図7で試験された20量体のガイド対であった。
処理は、図7に示される程度までのCTGリピート遺伝子座の切除をもたらし、これは、DMPK1のCTGリピート遺伝子座に隣接するプライマーを使用するPCR産物の電気泳動分離を示す。
野生型及びヘテロ接合型DM1患者の心筋細胞をiPSCから調製し、上記のようにエレクトロポレーションを介して、DMPK1のCTGリピート遺伝子座に隣接する部位を標的とするspCas9及び1対のgRNAを含むRNPで処理した。gRNA対は、表6に示されるように、それぞれ対B及び対Cと同じである対1または対2(図8Aに示される)の1つであった。処理は、図8Aに示される程度までのCTGリピート遺伝子座の切除をもたらし、これは、DMPK1のCTGリピート遺伝子座に隣接するプライマーを使用するPCR産物の電気泳動分離を示す。
野生型及びヘテロ接合型DM1患者の線維芽細胞は、上記のようにエレクトロポレーションを介して、DMPK1のCTGリピート遺伝子座に隣接する部位を標的とするspCas9及び1対のgRNAを含むRNPで処理された。gRNA対は、表6に示されるように、対1または対2(図8Bに示される)の1つであった。処理は、図8Bに示される程度までのCTGリピート遺伝子座の切除をもたらし、これは、DMPK1のCTGリピート遺伝子座に隣接するプライマーを使用するPCR産物の電気泳動分離を示す。
CTGリピート遺伝子座の切除は、代表的な産物についてのサンガーシーケンシングによって確認された(図8C)。
CUG増殖巣に対するFISHによる切除及びMBNL1増殖巣に対する免疫蛍光の分析。初代DM1及び野生型線維芽細胞を、上記のエレクトロポレーションを介してDMPK1のCTGリピート遺伝子座に隣接する部位を標的とするspCas9及びgRNAの対を含むRNPを用いて処理するか、またはgRNAを含めないで(陰性対照)処理した。gRNA対は、表6に示すように対A~Dの1つであった。処理した細胞の試料を、上記のようにDMPK1 mRNAのCUGリピート領域に対してAlexa546-(CAG)10プローブ(IDTからカスタムオーダー)を使用してFISHによりアッセイした。処理された細胞の試料をまた、MBNL1タンパク質増殖巣についての免疫蛍光によってアッセイした。
核あたりのCUG増殖巣の数が決定され、図9Aに示され、ガイド対A~Dのそれぞれが、陰性対照と比較して核あたりのCUG増殖巣の減少を提供する。処理された各細胞集団及び未編集細胞における核あたりのCUG増殖巣の数のヒストグラムを図11に示す。
核あたりのMBNL1増殖巣の数が決定され、図9Bに示され、ガイド対A~Dのそれぞれが、陰性対照と比較して核あたりのMBNL1増殖巣の減少を提供する。
RNAスプライシングの分析。初代DM1線維芽細胞は、上記のようにgRNA対7(表6の対Cと同一)を含有するRNPで処理するか、gRNAを含めずモック処理するか、または処理しなかった。スプライシングを、MBNL1(図10A)、NCOR2(図10B)、FN1(図10C)及びKIF13A(図10D)のmRNAでアッセイした。結果は、gRNA対7を含有するRNPを用いて処理した後の各アッセイmRNAのミススプライシングの減少を示した。図10Eは、切除されたDM1線維芽細胞の救出パーセンテージとして表されるミススプライシング補正の定量分析を示す。
3.DNA-PKの阻害を伴うDMPKのTNR切除
hTert形質転換DM1線維芽細胞を、10uMのDNA-PK阻害剤化合物6を用いるかまたは用いないで、DMPK gRNA対A~D(表6を参照)の1つを含有するRNPを用いて上記のように処理した。処理は、図12に示される程度までのCTGリピート遺伝子座の切除をもたらし、これは、DMPK1のCTGリピート遺伝子座に隣接するプライマーを使用するPCR産物の電気泳動分離を示す。化合物6で処理された試料では、切除産物を表すバンドは著しく強く、野生型産物を表すバンドは著しく弱かった。
配列番号3332、3316、2660、2692、2556、及び2500の18量体スペーサー配列を含むgRNAを試験した。より具体的には、試験されたガイドは、表5及び表6に示すように20量体ガイドであった。
hTert形質転換DM1線維芽細胞を、10uMのDNA-PK阻害剤化合物6を用いるかまたは用いないで、及び以下のDMPK gRNA:DMPK-U57(配列番号3330)(gRNA#4)、DMPK-U60(配列番号3314)(gRNA#5)、DMPK-R12(配列番号2658)(gRNA#6)、DMPK-R08(配列番号2690)(gRNA#7)、DMPK-D03(配列番号2554)(gRNA#9)、またはDMPK-D10(配列番号2498)(gRNA#10)(表5、図13、図16を参照)のうちの1つを含有するRNPを用いて上記のように処理した。処理は、図13に示される程度までのCTGリピート遺伝子座の切除をもたらし、これは、DMPK1のCTGリピート遺伝子座に隣接するプライマーを使用するPCR産物の電気泳動分離を示す。化合物6で処理された試料では、切除産物を表すバンドは、ガイドDMPK-U60、DMPK-R08、DMPK-D03、及びDMPK-D10で著しく強く、野生型産物を表すバンドは、ガイドDMPK-U60、DMPK-R12、及びDMPK-R08で著しく弱かった。
hTert形質転換DM1線維芽細胞を、10uMのDNA-PK阻害剤化合物6を用いるかまたは用いないで、以下のDMPK gRNA対:A、B、C、またはD(表6を参照)の1つを含有するRNPを用いて上記のように処理した。上記のように、FISHによって核あたりのCUG増殖巣について細胞をアッセイした。図14は、gRNA対A、B、C、またはDを用いた3回の実験、ならびに未編集の健康な細胞及び患者の細胞の核あたりのCUG増殖巣のヒストグラムを示す。化合物6の存在下での各ガイド対による処理は、化合物6の非存在下でガイド対により処理された細胞よりも増殖巣が0の細胞の頻度が高く、未編集患者細胞よりも増殖巣が0の細胞の頻度が高かったことを示した。
hTert形質転換DM1線維芽細胞を、10uMのDNA-PK阻害剤化合物6を用いるかまたは用いないで、以下のDMPK gRNA対:A、B、C、またはD(表6を参照)の1つを含有するRNPを用いて上記のように処理した。対A=ガイドDMPK-U59及びDMPK-D03;対B=ガイドDMPK-U59及びDMPK-D10;対C=ガイドDMPK-U57及びDMPK-D03;対D=ガイドDMPK-U57及びDMPK-D10((上記の配列、表5、及び配列表)。モック処理(M)及びAAVS1(NT)を標的とする対照ガイド(スペーサー配列:accccacagtggggccacta、配列番号31)で処理した細胞も分析した。ミススプライシングされた転写物のパーセンテージを、上記のように、MBNL1(図15A)、NCOR2(図15B)、及びFM1(図15C)について決定した。相対DMPK発現も決定した(図15D)。RNAスプライシングの部分的な回復は、MBNL1、NCOR2、及びFM1のそれぞれのqPCRによって確認され、多くの結果は、化合物6の存在下でさらに増強されることを示している。編集によって、DMPKの発現は有意に変化しなかった。
図16は、ヒトDMPK遺伝子座における単一gRNA CTGリピート切除に使用される例示的なgRNAの概要を示す。gRNAは、CTGリピートの部位5’または3’を標的とするように設計され、例えば、配列番号3378(gRNA#1)、配列番号3354(gRNA#2)、配列番号3346(gRNA#3)、配列番号3330(gRNA#4)、配列番号3314(gRNA#5)、配列番号2658(gRNA#6)、配列番号2690(gRNA#7)、配列番号2546(gRNA#8)、配列番号2554(gRNA#9)、配列番号2498(gRNA#10)、及び配列番号2506(gRNA#11)、を含むガイドを含む。
4.トリヌクレオチドリピートと重複するガイド対を使用したFMR1のリピートの切除
M28 CHOC2及びモザイクCHOC1ニューロン前駆細胞(NPC)を、エレクトロポレーションを介して5’及び3’FMR1 gRNAとSpCas9との組み合わせを用いて処理した。種々のガイドが対象とするFMR1の位置を図17に示す。以下のようにガイドにより処理した細胞からDNAを単離した。レーンA~Eのそれぞれの3’ガイドは、配列番号5262のスペーサー配列を有していた。5’ガイドは、レーンA~Eに対して、それぞれ、配列番号5782、5830、5926、5950、または5998のスペーサー配列を有していた。切除を、PCR及びゲル電気泳動によって分析した(図18)。試験されたガイドの組み合わせそれぞれに対し、切除産物が目視された。
5.CHOC1細胞及びCHOC2細胞におけるFMR1のCGGリピートの切除
a.CHOC1細胞におけるFMR1のCGGリピートの切除
標的遺伝子座のPCR及び電気泳動を使用してCHOC1細胞の遺伝子型決定をし(図19)、5’UTRに既存の欠失があることが明らかになった。欠失は、ある特定のgRNA結合部位を排除するCGGリピート領域の5’側の71bpの喪失としてシーケンシングによって特徴付けた(データは示されていない)。
それにもかかわらず、FMR1のCGGリピート領域の3’部位を標的とする1つのgRNAによるCHOC1細胞の処理は、欠失領域の配列を標的とする5’ガイドと対になっており、したがって効果がないはずであったが、それでもリピート切除をもたらし、このことは、1つの効果的なガイドを使用してリピートを切除することができることを示している。単一ガイドRNA(配列番号5262)によりそのような切除を受けたクローンからの配列を、図20に示す。接合配列は、MMEJ経路を介した修復と一致していた。
b.CHOC2細胞におけるFMR1のCGGリピートの切除
CGGリピート切除を、SpCas9 RNPエレクトロポレーション後の分化した有糸分裂後のCHOC2ニューロンで単一または対のgRNAを使用して評価した。CHOC2有糸分裂後ニューロンを、DNA-PK阻害を用いないで、spCas9及び以下の表7aに示されるようなガイドを含むRNPで処理した。スペーサー領域配列には配列番号が記載されている。配列については、表2及び/または配列表を参照のこと。
Figure 2022545921000148
CGGリピートの切除を、PCRによって分析した(図21A)。3’ガイド配列番号5262を用いた実験により、サンガーシーケンシング(図示せず)によって確認された、CGGリピート切除産物(図21A、レーン3)を表すバンドが目視された。
FMR1のCGGリピートの切除は、DNA-PK阻害剤の治療についてさらに評価された。CHOC2ニューロン前駆細胞(NPC)を、以下の表7bに示すように、spCas9及びガイドを含むRNPを用いて処理した。スペーサー領域配列には配列番号が記載されている。配列については、表2及び/または配列表を参照のこと。エレクトロポレーション後、以下の表7bに示すように、CHOC2 NPCをDMSOまたは3μM DNA-PK阻害剤(化合物6)で処理した。
Figure 2022545921000149
CGGリピートの切除を、PCRによってFMR1 DNAを増幅し、Agilentの2200 TapeStationを使用した電気泳動によってPCR産物を分離することによって分析した(図21B)。3’ガイド配列番号5262を用いた実験は、CGGリピートの切除を示した(図21B、レーンB1及びA2)。注目すべきことに、図21Bのより顕著なバンド(小さな矢印)、レーンA2は、DMSO対照と比較して、3uM化合物6によるCTG切除の増強を示している。
配列番号5264、5336、5832、6024、及び5312の18量体スペーサー配列を含むgRNAを試験した。より具体的には、試験されたガイドは、表7a及び表7bに示すような20量体ガイドであった。
6.FXNのフラタキシン遺伝子座でのGAAリピートの切除
iPS細胞(野生型、4670、または68FA)を、RNA標的化エンドヌクレアーゼ(Cpf1またはCas9)及び、フラタキシン遺伝子座におけるGAAリピートに隣接する以下のようなフラタキシンgRNAを用い、1μMの化合物3を伴うかまたは伴わないで処理した。Cpf1 FXN gRNA1及び2:配列番号:それぞれ47047及び7447;SpCas9 FXN gRNA1及び2:配列番号52898及び26546。リピート切除を、PCR及び電気泳動によって分析した(図22)。化合物3の存在下でGAAリピート切除が改善された。切除を受けたクローンは、フラタキシン遺伝子座で配列決定された(図23)。化合物3の非存在下で切除を受けたクローンからの配列は、NHEJのみによる修復と一致していた。化合物3の存在下で切除を受けたクローンからの配列の50%は、MMEJによる修復を示し、50%は、NHEJによる修復を示した。したがって、化合物3を用いる処理により、MMEJ修復が支持され、NHEJ修復の頻度が減少した。
FXN遺伝子座のリピートにおける切除により、FXNレベルの上昇がもたらされた(図24B~C)。具体的には、図24Aのワークフローに示されるように、FA iPSCを、0.4、1.5、5または11kbフラグメントの切除を生じさせるために標的化されたSpCas9及びガイド対を含むRNPを用いてエレクトロポレーションし、これを化合物6(図24Aにおける「Inh」)を用いるか用いない場合で増殖させ、バルクで(図24B)またはFACSによって単離された単一細胞のクローン増殖後(図24C)のいずれかでウエスタンブロットによって分析された。試験されたガイド対は以下のとおりであった:対1(配列番号52666及び26562)。対2(GDG_SpCas9_FA_680bp_5(配列番号51322)及びGDG_SpCas9_FA_880bp_3(配列番号28130));対3(GDG_SpCas9_FA_1kb_5(配列番号50394)及びGDG_SpCas9_FA_4kb_3(配列番号34442));対4(GDG_SpCas9_FA_1.3kb_5(配列番号49986)及びGDG_SpCas9_FA_10kb_3(配列番号45906))。バルクFXN発現は、すべてのDNA-PK阻害剤処理集団において対照と比較して著しく増加した(図24B)。DNA-PK阻害剤で処理されていない集団から、発現が増加した複数のクローンを単離した。
7.FMR1の脆弱X遺伝子座でのMMEJベースのCGGリピート切除のモデル
図25は、FMR1の脆弱X遺伝子座でのMMEJ経路を介したCGGリピート切除のメカニズムを示している。示された位置での切断に続いて、DNAの5’末端切除が行われ、これにより、最後の2つのヌクレオチドがG及びA(5’から3’方向)である3’末端が露出する。マイクロホモロジー検索により、相補鎖内のいくつかのTCジヌクレオチドの1つを特定することができる(図25においてボックス及び太い矢印で示されている)。MMEJでこれらのTCジヌクレオチドのいずれかを使用した結果生じる修復産物は、リピート領域を欠いている。
8.DMPKの3’UTRでのsgRNAスクリーニング
a.材料及び方法
sgRNAの選択。DMPK遺伝子の3’非翻訳領域(UTR)を走査して、センス鎖またはアンチセンス鎖のいずれかでNGGまたはNAG SpCas9プロトスペーサー隣接モチーフ(PAM)を探索し、PAMに隣接する20ヌクレオチドのsgRNAスペーサー配列を同定した。HEK293T細胞の編集効率を評価するために、NGG PAMを含む172個のsgRNAとNAG PAMを含む46個のsgRNAを選択した(表8)。
プラスミド。sgRNA、SpCas9、及びEGFPを発現するオールインワン発現ベクターpU6-sgRNA-Cbh-SpCas9-2A-EGFPを使用して、個々のsgRNAをサブクローニングした。各sgRNAの上部及び下部鎖オリゴをアニーリングし、前述のようにpU6-sgRNA-Cbh-SpCas9-2A-EGFPベクターのBbsI制限部位にサブクローニングした(Ran, F.A. et al. (2013) Nat. Protoc. 8:2281-2308;PMID: 24157548)。
トランスフェクション及びPCR増幅。個々のsgRNAを含有するpU6-sgRNA-Cbh-SpCas9-2A-EGFPベクターを、製造元のプロトコルに従ったトランスフェクション試薬(Thermo Fisher Scientific)としてLipofectamine 3000(及び72時間のトランスフェクション時間)またはLipofectamine 2000(及び48時間のトランスフェクション時間)のいずれかを使用して、CELLSTARブラック96ウェルプレート(Greiner)に播種したHEK293T細胞にトランスフェクトした。トランスフェクション後、0.5mg/mlのプロテイナーゼK(Viagen)を補充したDirectPCR溶解試薬(Viagen)を使用してゲノムDNAを単離し、その後のPCRのテンプレートとして使用した。DMPK 3’UTR領域は、GoTaq Green Master Mix(Promega)及び3’UTR領域に隣接するPCRプライマー(配列番号32及び33)を使用して増幅された(追加配列の表)。増幅は、以下のサイクリングパラメータを使用して実施した:95℃で2分間の1サイクル。95℃で30秒間、63℃で30秒間、72℃で90秒間を40サイクル。72℃で5分間の1サイクル。
サンガーシーケンシング及びTIDE分析。PCR産物を、精製及びサンガーシーケンシングのためにGeneWizに送った。シーケンシングプライマーUTRsF3(配列番号34)を、CTGリピートの上流のsgRNAに使用し、リバースPCRプライマー(配列番号33)を、下流のsgRNA及びCTGリピート領域と重複する13個のsgRNAに使用した。リバースPCRプライマー(配列番号33)の近くに位置するsgRNA(DMPK-D75、DMPK-D76、DMPK-D85、DMPK-D86、DMPK-D102、DMPK-D103、DMPK-D104、DMPK-D105、DMPK-D119、DMPK-D120、DMPK-D121、DMPK-D122、DMPK-D123、DMPK-D124、DMPK-D125、DMPK-D126、DMPK-D127、DMPK-D128、DMPKD129)を、シーケンシングプライマーUTRsF2(配列番号35)を使用して配列決定した。インデル値を、サンガーシーケンシングから得られた電気泳動図を使用したTIDE分析アルゴリズム(DeskGen/Vertex)を使用して推定した。TIDEは、シーケンシング電気泳動図からのインデルのスペクトルの回復に基づいて、テンプレート媒介編集イベントの割合を定量化する方法である(Brinkman, E.A. et al. (2014) Nucleic Acids Res. 42: e168;PMID: 25300484)。
sgRNAのオフターゲットスコアリング。オフターゲット部位は、hg38ヒト参照スゲノム、具体的には、NGGまたはNAGのプロトスペーサー配列及びプロトスペーサー隣接モチーフ(PAM)配列に対して、最大3つのミスマッチ、または最大2つのミスマッチ及び1つのDNA/RNAバルジがあると同定された任意の部位との配列類似性に基づいて、各sgRNAについて計算により予測された。次に、これらの計算により予測されたオフターゲット部位に基づいて、各sgRNAのオフターゲットスコアを計算した。
具体的には、各オフターゲット部位には、標的部位とそのPAMシーケンスに対する部位の配列類似度に基づいて、編集される確率を表す重みが与えられた:(i)不一致の数に基づく重み付けは、Haeussler, M. et. Al. (2016) Genome Biol., 17(148);PMID: 27380939で公開された経験的データのメタアナリシスから計算された(DNA/RNAバルジがオフターゲット部位に存在する場合、DNA/RNAバルジのある部位でのオフターゲット編集がミスマッチよりも少ない頻度で観察されるという経験的データに基づいて、バルジは2つの追加のミスマッチとして計数された);また(ii)PAMシーケンスに基づく重み付けには、Doench, J. G. et. Al. (2016) Nat Biotechnol., 34 (2): 184-191;PMID: 26780180からの切断頻度決定モデルを使用した。各オフターゲット部位の重みは、不一致の数に基づく部位の重みとPAM配列に基づく部位の重みを掛けることによって計算された。各sgRNAの全体のオフターゲットスコアは、関連するすべての予測されたオフターゲット部位の重みの合計として計算された。全体として、sgRNAのオフターゲットスコアは、そのsgRNAのオフターゲット部位数の期待値に対応する。オフターゲットスコアが高いほど、オフターゲット編集を行う可能性が高いsgRNAに対応する。
b.結果
DMPK遺伝子のCTGリピート伸長に隣接する218個のsgRNA(表8)を、CTGリピート伸長を編集するために選択した。DMPKコード配列及びmRNA成熟への干渉を回避するために、選択されたすべてのsgRNAは、終止コドンと最後のエクソンの終端の間のDMPK遺伝子の3’UTR内に配置された。これらの218個のsgRNAのうち、76個(DMPK-U01~DMPK-U76)はCTGリピート伸長の上流(終止コドンとCTGリピート伸長の間)に位置しており、129個のsgRNA(DMPK-D01~DMPK-D129)はCTGリピート伸長の下流(CTGリピート伸長とDMPKの最後のエクソンの末端の間)に位置しており、及び13のsgRNA(DMPK-R01~DMPK-R13)は、CTGリピート伸長と完全にまたは部分的に重複している。
配列番号4020、4012、4004、4044、4036、4028、3956、3948、3996、3916、3980、3908、3900、3940、3852、3884、2828、3820、3844、3796、3788、3764、3812、3748、3780、3740、3772、3724、3756、3692、3668、3660、3636、3588、3548、3532、3644、3516、3508、3492、3620、3612、3604、3580、3444、3524、3412、3380、3436、3372、3428、3420、3396、3388、3332、3356、3348、3316、3932、3892、3836、3804、3708、3700、3684、3676、3572、3556、3540、3500、3484、3460、3476、3452、2669、2668、2652、2644、2628、2620、2708、2692、2684、2612、2676、2660、2604、2596、2636、2556、2548、2588、2540、2580、2572、2524、2500、2492、2468、2460、2452、2516、2508、2420、2484、2476、2696、2444、2436、2372、2380、2356、2348、2340、2316、2300、2284、2276、2268、2332、2260、2324、2244、2236、2292、2252、2220、2228、2212、2196、2148、2140、2124、2108、2100、2092、2132、2116、2036、2028、2060、2052、2044、1916、1788、1780、1772、1844、1740、1708、1692、1748、1716、1652、1644、1612、1588、1564、1548、1580、1540、1380、1372、1924、1900、1908、1796、1764、1700、1676、1724、1364、1452、2204、2180、2172、2164、2020、2012、1892、1964、1948、1852、1820、1660、1636、1604、1556、1436、1428、1340、1348、1980、1996、1988、1972、1940、1932、1812、1836、1828、1804、1628、1596、1516、1500、1492、1484、1476、1460、1444、1420、1412、1404、1396、及び1388の18量体スペーサー配列を含むガイドが試験された。より具体的には、例示されたガイドは、表8に示されるように、20量体のガイドであった。
編集効率を評価するために、個々のsgRNAをpU6-sgRNA-Cbh-SpCas9-2A-EGFPベクターにサブクローニングし、両方の対立遺伝子のDMPK遺伝子に5つのCTGリピートを含有するHEK293T細胞にトランスフェクトした。トランスフェクションの48時間後(Lipofectamine 2000の場合)または72時間後(Lipofectamine 3000の場合)にゲノムDNAを抽出し、CTGリピート伸長及びsgRNAの標的部位を包摂する1174bpの配列をPCRで増幅した。次に、サンガーシーケンシング及びTIDE分析を使用して、各sgRNAによって生成されたインデルの頻度を定量化した。上流ガイド(図26A)、下流ガイド(図26B)、及びCTGリピート伸長内にまたはそれに隣接して配置されたガイド(図26C)に対するリポフェクタミン3000のトランスフェクションの結果が示されている。上流ガイド(図27A)、下流ガイド(図27B)、及びCTGリピート伸長内にまたはそれ隣接して配置されたガイド(図27C)に対するリポフェクタミン2000のトランスフェクションの結果もまた示されている。Lipofectamine 2000トランスフェクションでは、13個の上流sgRNAが40%を超えるインデルを誘導し、36個の上流sgRNAが20%を超えるインデルを誘導し、DMPK-U32が最高の活性(65%インデル値)を示した(図27A)。5つの下流sgRNAは40%を超えるインデルを誘導し、51の下流sgRNAは20%を超えるインデルを誘導し、DMPK-D87は最高の活性(60%インデル値)を示した(図27B)。CTGリピート領域と重複する13個のsgRNAのうち8個は、5個を超える連続したCTGまたはCAGリピート配列を含有しているため、HEK293T細胞ではインデルを生成しなかった(図27C)。残りの5つのCTGリピート領域sgRNAの中で、DMPK-R06によって、20%の最高のインデル値がもたらされた(図27C)。表8も参照のこと、これは、図26及び27に示されている生データ、ならびにオフターゲットスコアを示している。
Figure 2022545921000150
Figure 2022545921000151
Figure 2022545921000152
Figure 2022545921000153
Figure 2022545921000154
Figure 2022545921000155
9.DNA-PK阻害を伴うかまたは伴わないDMPKのCTGリピート切除
a.材料及び方法
DM1筋芽細胞及び筋管の調製。健康なヒト筋芽細胞(P01431-18F)及びDM1患者の筋芽細胞(03001-32F)は、Cook myositeから入手した。初代ヒト筋芽細胞は、Myotonic(商標)基本培地(Cook myosite、MB-2222)及びMyoTonic(商標)Growth Supplement(Cook myosite、MS-3333)からなる増殖培地で培養された。筋芽細胞の分化は、培養培地をMYOTONIC分化培地(Cook myoite、MD-5555)に変更することによって誘導された。分化培地に変更した後に筋管が形成され、分化誘導の7日後に筋管試料を収集した。初代ヒト筋芽細胞を、ヌクレオフェクションの3日前に製造元のプロトコルに従って、EasySep Human CD56 Positive Selection Kit II(StemCell Tech 17855)でさらに精製し、RNPのヌクレオフェクションまで増殖培地で維持した。
sgRNAの選択。DM1筋芽細胞においてさらに評価するために、HEK293 T細胞(実施例8)のDMPK 3’UTRスクリーニングから42個のsgRNAを選択した。sgRNAを、HEK293 T細胞の編集効率、インシリコオフターゲットスコア、及びCTGリピート領域に隣接する領域のカバレッジに基づいて選択した。42個のsgRNAのうち、22個の上流及び20個の下流のsgRNAが選択された(表9)。
RNPの調製。Cas9及びsgRNAを含有するRNPは、Cas:sgRNAを1:6(シングルカットスクリーニング)及び1:3(ダブルカットスクリーニング)の比率で調製した。シングルカットスクリーニングでは、RNP複合体を、10uLのエレクトロポレーション緩衝液中のそれぞれ30、20、または10pモルのCas9と180、120、または60pモルのsgRNAを用いて構築した。室温で20分間インキュベートした後、10uLのこの溶液を10uLヌクレオフェクション緩衝液中の3×10個の初代筋芽細胞と混合した。ダブルカットスクリーニングでは、最初にRNP複合体を、個々のsgRNAに対し5uLのエレクトロポレーション緩衝液中の10pモルのCas9及び30pモルのsgRNA用いて構築した。室温で20分間インキュベートした後、2つのRNPを1:1の比率で混合し、次に10uLのエレクトロポレーション緩衝液中で2×10個の初代筋芽細胞と混合した。
DM1筋芽細胞へのRNPの送達。DM1筋芽細胞(Cook myosite 03001-32F;シングルカットスクリーニングの場合は反応あたり3×10細胞;ダブルカットスクリーンの場合は反応あたり2×10細胞)を、Cas9/sgRNARNPでヌクレオフェクションした。Lonza Nucleofector 96ウェルシャトルシステムを使用して、Cas9(Aldevron)及び化学的に修飾されたsgRNA(Synthego)を送達した。シングルカットスクリーニングでは、Cas9の3つの用量(10、20、または30pmol)を評価した。ダブルカットスクリーニングでは、20pmolのCas9を使用した。エレクトロポレーション後、ヌクレオフェクションシャトルデバイスの各ウェルからの筋芽細胞を、96ウェル細胞培養プレートの6つの同一ウェルに分割した。エレクトロポレーションの24時間後、新鮮な培地と交換した。これらの筋芽細胞は、エレクトロポレーション後72時間まで37℃/5%COで培養し、次にDNA抽出及び蛍光インサイチュハイブリダイゼーション(FISH)染色のために採取するか、さらに7日間、培地をMYOTONIC分化培地(Cook myoite、MD-5555)に置き換えることで筋管分化を誘導した。次に、DM1筋管をFISH用に固定するか、RNA抽出用に採取した。
PCR増幅。ヌクレオフェクション後3日目に、DM1筋芽細胞のゲノムDNAを単離し、実施例8に記載されているように増幅した。
サンガーシーケンシング及びTIDE分析。実施例8に記載されているように、PCR産物を分析した。
PacBioシーケンシング。PacBioロングリードシーケンシングを使用して、DMPK CTGリピートの近くのCas9遺伝子編集に対するガイド及びDNAPK阻害剤処理の影響を調査した。Illuminaのショートリードシーケンシング(<<300NTリード)よりもロングリードシーケンシングを選択して、約1.2kbのアンプリコンでの複雑な編集を完全に捕捉した。DMPK遺伝子のCTGリピートを中心とする1219NTアンプリコンを増幅する遺伝子特異的プライマーCGCTAGGAAGCAGCCAATGA(配列番号53374)及びTAGCTCCTCCCAGACCTTCG(配列番号53375)に、PacBio特異的16NTインデックスを付加した。フォワード及びリバースプライマーの最終フォーマットは、/5Phos/GGGT(16NT_index)CGCTAGGAAGCAGCCAATGA(配列番号53376)及び/5Phos/CAGT(16NT_index)TAGCTCCTCCCAGACCTTCG(配列番号53377)であった。5’リン酸化は、SMRTBellアダプターのライゲーションを促進し、フォワードまたはリバースプライマーに付加されたGGGTまたはCAGT塩基は、ライゲーション効率を正規化し、逆多重化を促進するのに役立つ。
PacBioライブラリを生成するために、WTまたはDM1細胞を96ウェルプレートでガイド及び/または化合物を用いて処理した。DNAを、DirectPCR Lysis Reagent(Viagen Bio、301-C)を製造元の指示に従って使用して回復させ、将来の使用のために凍結した。この溶解物の2μlを、NEBの2XQ5 PCRミックス(New England Biolabs、M0491)を含む25μlのPCR反応液においてにおいて使用した。インデックス付きプライマーはそれぞれ250nMで含まれていた。使用したすべてのプライマー及びインデックスを以下に示す。勾配を使用して69℃の最適なアニーリング温度を特定し、合計30サイクルを使用して、編集分布を歪める可能性のある不要な増幅を最小限に抑えながら、SMRTBellライゲーションに十分なアンプリコンを生成した。使用したサイクリングパラメータは以下のとおりである。
Figure 2022545921000156
PCR反応液を、分子生物学グレードの水で1:10に希釈し、高感度D5000テープ(Agilent、5067-5592)を使用してAgilent 4200 TapeStation(Agilent、G2991AA)で実行した。いくつかの試料では、約1200ヌクレオチド(NT)の顕著なピーク及び、欠失を示している、いくつかのより小さなバンドが検出された。試料をプールし、2つの連続した0.7×比のAmpureXPビーズステップ(Beckman Coulter、A63880)で精製した。連続溶出を、製造元のプロトコルに従って100μl及び25μlのTEで実行した。試料をSMRTBellアダプターにライゲーションし、PacBio Sequel II(Fornax Biosciences)で8M SMRTCellを使用してシーケンシングを行い、10時間のデータ収集を行った。配列の逆多重化、アダプターの削除、及びサブリードの循環コンセンサス配列への処理を、Fornax Biosciencesによって実行した。PacBioバーコードプライマー-インデックス(IDT Technologies)を表9に示す。
Figure 2022545921000157
Figure 2022545921000158
PacBioデータを、PacBio SMRTToolsコマンドラインプログラムを使用して処理した。循環コンセンサス配列を、それぞれccsツール及びlimaツールを使用してコールし、逆多重化させた。次に、pbmm2(mimimap2のラッパー)を使用して、リードをアンプリコンにアラインメントさせた。アラインメントには、pbmm2のRNAシーケンシングプリセットを使用し、これらの設定により、大きな欠失をより正確に検出できると想定される(RNAシーケンシングアラインメントはイントロンを検出するようにすでに設定されているため)。
品質管理のために、マッピングスコア(MAPQ)が少なくとも30の参照アンプリコンにマッピングされなかったすべてのリードを削除した。400未満または1500超塩基対の長さのリードも削除した。さらに、複数のアラインメントに分割されたリード、アラインメントの最初または末端に20を超えるソフトクリップされた塩基を含むリード、及びCIGARストリング全体にまたがる少なくとも10bp以内に存在しなかったリードを削除した。
CIGAR文字列を解析して、各リードで観察されたすべてのバリアントをコールした。ホモポリマー領域の短いインデルは、スプリアスである可能性が高いとフラグが付けられ、これは、PacBioシーケンシングがそのような領域で比較的高いエラー率を示すことが知られているためである。パイルアップは、bedtools genomecovツールを使用して生成した。
ドロップレットデジタルPCR(ddPCR)。ddPCRプライマー及びプローブ配列を、Primer3Plus(http://www.bioinformatics.nl/cgi-bin/primer3plus/primer3plus.cgi)を使用して設計した。標的プライマー/プローブセットを使用してCTGリピート切除を検出し、参照プライマー/プローブセットを対照として使用して、DMPK遺伝子のエクソン1にある領域を増幅させた。プライマー及びプローブの配列を以下の表10に示す。
Figure 2022545921000159
24uLのddPCR反応物は、12μLのSupermixfor Probes(dUTP非含有)(Bio-Rad Laboratories)、1μLの参照プライマーミックス(21.6μM)、1μLの参照プローブ(6μM)、1μLの標的プライマーミックス(21.6μM)、1μLの標的プローブ(6μM)、及び8μLの試料ゲノムDNA、で構成されていた。液滴を、QX200 Droplet Generator(Bio-Rad Laboratories)を用いてプローブオイルを使用して生成した。液滴を96ウェルPCRプレートに移し、密封し、C1000ディープウェルThermocycler(Bio-Rad Laboratories)で、以下のサイクリングプロトコルでサイクリングした:95℃にて10分間、続いて94℃で30秒間(変性)及び58℃で1分間(アニーリング)の40サイクル、続いて98℃で10分間のサイクリング後ステップ(酵素の不活性化)及び4℃での無限の保持。次に、サイクルプレートを移し、ディープウェルブロックを備えたC1000 Thermal Cycler(Bio-Rad Laboratories)で実行されるBio-Rad QX200 Droplet リーダーを使用して、FAM及びHEXチャネルで読み取った。すべてのddPCR反応を、以下の熱サイクリング条件下で実行した:1)95℃で10分間;2)94℃で30秒間;3)58℃で1分間;4)ステップ2と3を39回繰り返した;5)98℃で10分間。ddPCR分析を、Bio-Rad QuantaSoft Proソフトウェアによって実行した。
蛍光インサイチュハイブリダイゼーション(FISH)
MBNL1/(CUG)n増殖巣イメージングを、直交法として使用して、DM1筋芽細胞におけるDMPK sgRNAによるCTGリピート切除を評価した。ミオジェニン抗体を使用して、筋芽細胞から分化した筋管の筋核を同定した。
細胞を、4%PFAを用いて室温にて15分間固定し、室温にてそれぞれ1×PBSで10分間5回洗浄した。直ちにプローブしない場合、細胞を4℃で保存した。
FISH手順では、細胞を1×PBS中の0.5%トリトンX-100で室温にて5分間透過処理した。
細胞を30%ホルムアミド、2×SSCで室温にて10分間前洗浄した。次に、細胞を、80℃で15分間、30%ホルムアミド中の1ng/μLのCy3-PNA(CAG)プローブ(PNA Bio、F5001)、2×SSC、2μg/mLのBSA、66μg/mLの酵母tRNA、2mMバナジル複合体でプローブした。
次に、細胞を、30%ホルムアミド、2×SSCで42℃にて30分間洗浄し、次に30%ホルムアミド、2×SSCで37℃にて30分間、次に1×SSCで室温にて10分間洗浄し、最後に1×PBSで室温にて10分間洗浄した。次に、細胞を1×PBS+1%BSA中の抗MBNL1抗体(1:1000希釈、Santacruz、3A4)抗ミオジェニン抗体(1:500希釈、Abcam-Myotube試料のみ)で4℃にて一晩プローブした。細胞を、それぞれ1×PBSで室温にて10分間、2回洗浄した。細胞を、1×PBS+1%BSA(1:500希釈)中のヤギ抗ウサギAlexa647及びヤギ抗ウサギAlexa488(筋管のみ)と共に室温で1時間インキュベートした。細胞を、それぞれ1×PBSで室温にて10分間、2回洗浄した。細胞をHoechst溶液(0.1mg/ml)で5分間染色した後、1×PBSで5分間、1回洗浄した。
PBSを吸引し、ウェルごとに新鮮なPBS(100μl)を加えた。イメージングプレートを粘着性アルミニウムホイルで密封し、MetaXpress(Molecular Devices)を使用してイメージング処理した。
RNA抽出及びqRT-PCR。ミススプライシング補正を、DM1筋管のsgRNAの対によるCTGリピート切除の機能的読み出しとして使用した。RNAを、TaqMan(登録商標)GeneExpression Cells-to-CT(商標)Kit(Thermal Fisher、AM1728)を使用して製造元のプロトコルに従って抽出し、実施例1で説明したようにqRT-PCRで分析した。
プライマー配列は、追加配列の表に列挙されている。
b.DM1筋芽細胞におけるDMPKの編集効率のためのsgRNAのスクリーニング
DMPK遺伝子のCTGリピート伸長に隣接する42個のsgRNAを、CTGリピート伸長を編集するために選択した。これらの42個のsgRNAのうち、22個はCTGリピート伸長の上流(停止コドンとCTGリピート伸長の間)に配置し、20個はCTGリピート伸長の下流(CTGリピート伸長とDMPKの最後のエクソンの末端の間、または、CTGリピート伸長と部分的に重複している)に配置した。
配列番号3332、3916、3420、3748、3780、3396、4028、3692、3796、3388、3940、3684、3820、3660、3724、3804、3860、3516、3772、3372、3356、4012、2204、1708、2212、2172、1780、2260、2116、2180、1644、1740、1748、2324、1772、1540、2516、2460、2196、2596、2164、または2620の18量体スペーサー配列を含むgRNAが試験された。より具体的には、試験されたガイドは、表11に示すように例示的な20量体ガイドであった。
編集効率を評価するために、個々のsgRNAをspCas9と共にRNPとして調製し、DM1筋芽細胞に送達した。ゲノムDNAを細胞から分離し、PCRで増幅させた。サンガーシーケンシング及びTIDE分析を使用して、各sgRNAによって生成されたインデルの頻度を定量化した。結果は、TIDE分析による編集効率%として、3つのspCas9濃度(10、20、または30pmol)で上流及び下流ガイドについて示されている(図28A、図28B)。20pmol spCas9での編集効率%を表11に示す。
Figure 2022545921000160
Figure 2022545921000161
DM1筋芽細胞の編集効率を、スピアマン相関を使用してHEK293T細胞で得られた効率と比較した(分析で使用したHEK293 T細胞データについては実施例8を参照のこと)。図29は、両方の細胞型で試験された42個の上流及び下流ガイドRNAのスピアマン相関プロット(x軸に筋芽細胞及びy軸にHEK293 T細胞)を示す。比較の結果、スピアマンの相関値はrho-0.528、p値は0.0002になった。
DMPKの3’UTRを標的とする個々のsgRNAの編集効率を視覚化するために、処理したDM1筋芽細胞のゲノムDNAからのPCR産物を、DNAゲル電気泳動により分離した(図30)。一部のsgRNAでは、DM1筋芽細胞において誘導される低頻度の大きなインデル(>50bp)のため、高い編集効率がTIDEスコアに反映されなかった。例えば、sgRNA DMPK-U14(配列番号3938)は、サンガーシーケンシング(図31A)及びDNAゲル電気泳動(図31B)によって証明されるように、低頻度の大きなインデルを誘導することが見出された。他のsgRNAも、表11に示され、図32に示されているように、DM1筋芽細胞に大きなインデルを誘導した。重要なことに、いくつかの個々のsgRNAは、CTGリピート領域の切除をもたらす大きなインデルを誘導した(表11、図32を参照)。
DM1筋芽細胞のTIDEスコアに基づいて(例えば、>30%の編集効率、表11)、15個の上流sgRNA(DMPK-U57、DMPK-U10、DMPK-U54、DMPK-U26、DMPK-U27、DMPK-U55、DMPK-U6、DMPK-U32、DMPK-U22、DMPK-U56、DMPK-U14、DMPK-U67、DMPK-U20、DMPK-U34、DMPK-U30)及び11個の下流sgRNA(DMPK-D87、DMPK-D63、DMPK-D42、DMPK-D89、DMPK-D59、DMPK-D34、DMPK-D51、DMPK-D88、DMPK-D68、DMPK-D62、DMPK-D35)が、DM1筋芽細胞において対としてスクリーニングのために同定された。
c.DM1筋芽細胞における例示的なガイド対を用いたDMPKのCTGリピート切除
3つの上流sgRNA(配列番号3778、3386、3354)及び3つの下流sgRNA(配列番号2514、2258、2210)を含む、DM1筋芽細胞におけるCTGリピート切除の効率についてsgRNAの対を選択して試験した。各sgRNAは個別に試験され、以下のsgRNAは対として試験された(配列番号3778及び2258(対1);3778及び2210(対2);3386及び2258(対3);3386及び2210(対4);3354及び2514(対5))。
CTGリピート切除効率を評価するために、sgRNAの対をspCas9(20pmol)と共にRNPとして調製し、ヌクレオフェクションによってDM1筋芽細胞に送達した。CTGリピート切除を、個々のsgRNA(配列番号:3778、3386、3354、2514、2258、2210)またはsgRNA対(配列番号:3778及び2258;3778及び2210;3386及び2258;3386及び2210;3354及び2514)を用いて処理されたDM1患者筋芽細胞における野生型対立遺伝子(図33Aにおける概略)のPCRによって評価し、健康な筋芽細胞と比較した。野生型対立遺伝子とダブルカット編集対立遺伝子を、DNAゲル電気泳動によって分離させた(図33B)。
CTGリピート切除を、シグナル喪失ddPCRアッセイ(図33Aの概略図)を使用してさらに測定した。疾患対立遺伝子の補正%は、個々のsgRNAと比較して、試験されたsgRNAの対の方が大きかった(図33C)。
DM1筋芽細胞(図34)及びDM1筋管(図35)におけるsgRNA対または個々のsgRNAを用いた処理後のFISHによる(CUG)RNA増殖巣の減少を測定することにより、CTGリピート切除をさらに評価した。一般に、CTGリピートの変異転写物を有する細胞は核RNA増殖巣に拘束される。したがって、CTGリピートを切除するsgRNAにより処理された筋芽細胞は、(CUG)RNA増殖巣の減少を示す。
CUGリピートRNAの蓄積は、スプライシングを正常に調節するタンパク質の機能を破壊し、他の遺伝子のミススプライシングmRNA産物の発現をもたらす可能性がある。他の遺伝子のスプライシングに対するDMPKでのCTGリピート切除の効果を、sgRNA対(配列番号3386/2210)を使用してDM1筋管で評価した。結果は、qPCRによるBIN1(図36A)、DMD(図36B)、KIF13A(図36C)、及びCACNA2D1(図36D)mRNAにおけるRNAスプライシングの部分的な回復を示すことを示した。
d.DNA-PK阻害を伴うDM1筋芽細胞におけるDMPKのCTGリピート切除
DM1筋芽細胞の編集効率に関するスクリーニングからの個々のガイドRNAを、DNA-PK阻害を伴う場合及び伴わない場合でCTGリピート切除についてさらに分析した。具体的には、DM1筋芽細胞を、spCas9及びガイドRNA(DMPK-U10(配列番号3914)、DMPK-U40(配列番号3514)、DMPK-D59(配列番号1778)、DMPK-D13(配列番号2458)、DMPK-U16(配列番号3858)、DMPK-U54(配列番号3418)、DMPK-D63(配列番号1706)、またはDMPK-D34(配列番号:2258))を含有するRNPを用い、3μM化合物6またはDMSOを伴って処理した。試料を、PCR及びTapeStation電気泳動によって処理した。化合物6で処理した試料のより顕著なバンドは、DMSO対照と比較して切除率が高いことを示す(図37、丸で囲んだ部分)。
ミススプライシング補正を、DNA-PK阻害を伴う場合及び伴わない場合で、デュアルgRNA CTGリピート切除後のDM1筋芽細胞でも評価した。DM1筋芽細胞を、spCas9及びガイドRNA(DMPK-U57及びGDG_Cas9_Dmpk3とも呼ばれる配列番号3330、DMPK-D03及びGDG_Cas9_Dmpk_6とも呼ばれる配列番号2554)を含むRNPを用い、3μMの化合物6を伴うかまたは伴わない場合で、処理した。gRNAの対(図38A)、AAVS1 gRNA(図38B)、またはモックエレクトロポレーション(図38C)で処理した細胞における遺伝子GFTP1、BIN1、MBNL2、DMD、NFIX、GOLGA4、及びKIF13Aのミススプライシング補正を評価した。
e.例示的なガイド対を用いたDNA-PK阻害剤の用量反応
DMPKのCTGリピート切除に対するDNA-PK阻害の用量反応を、DM1患者の線維芽細胞(上記の実施例1に記載の細胞)において評価した。細胞を、spCas9及びガイド対(配列番号3330(GDG_DMPK3)及び配列番号2506(CRISPR-3);または配列番号3330(GDG_DMPK3)及び配列番号2546(CRISPR-4))を含有するRNP、及び用量を増加させた化合物6(30nM、300nM、3μM、及び10μM)、またはDMSOを用いて処理した。DNA-PKiの用量を増加させると、切除された産物に対応するより強いバンドが両方の対で観察された(図39A及び図39B)。
f.SaCas9及びDNA-PK阻害剤によるDMPKのCTGリピート切除
単一ガイド切除を、saCas9を使用して、DNA-PK阻害剤(化合物6)を用いる場合と用いない場合で、DM1患者の線維芽細胞(上記の実施例1で説明した細胞)において評価した。細胞を、saCas9及び個々のガイド(図40B)を含有するRNPを用いて処理した(配列番号1153(gRNA1);配列番号1129(gRNA2))。
g.DNA-PK阻害を伴う個々のsgRNAによるCTGリピート切除のスクリーニング
DMPKの3’UTRを標的とする42個の個々のSpCas9 sgRNAのスクリーニング(表11)を、DMSOまたは3uMの化合物6を用いてDM1筋芽細胞において実施した。エレクトロポレーション後、細胞をDMSOまたは3uM化合物6と24時間インキュベートした。図41A~Bは、2回の反復実験からの編集細胞からのDMPKのPCR増幅された3’UTR領域のエレクトロフェログラムの複合体を示す。非標的指向性対照gRNAには、CDC42BPB gRNA(GAGCCGCACCUUGGCCGACA)(配列番号53408)及びRELA gRNA(GAUCUCCACAUAGGGGCCAG)(配列番号53409)が含まれていた。シングルカット切除実験の例示的なPacBioシーケンシングリードパイルアップの結果は、DNA-PK阻害による切除の改善及び増強を示している(図42A~F)。
h.DNA-PK阻害を伴うガイド対によるCTGリピート切除のスクリーニング
DMPK遺伝子の3’UTRを標的とする42個のSpCas9 sgRNAのすべてのペアワイズの組み合わせのスクリーニング(表11、CTGリピートの上流に22個のsgRNA、下流に20個のsgRNA)をDM1患者の線維芽細胞(上記の実施例1で説明した細胞)において実施した。各ガイド対を事前ロードしたRNPを用いたエレクトロポレーション後、細胞をDMSOまたは3uM化合物6と共に24時間インキュベートした。図43A~Eは、編集細胞からのDMPKのPCR増幅3’UTR領域のエレクトロフェログラムの複合体を示す。以下の表12A~Eに示されるように、試料(図42A~Eに示される結果に対応する)を、5つのプレート上で実行した。
Figure 2022545921000162
Figure 2022545921000163
Figure 2022545921000164
Figure 2022545921000165
Figure 2022545921000166
10.個々のフラタキシンsgRNAのスクリーニング
a.材料及び方法
sgRNAの選択。FXN遺伝子のイントロン1内にGAAリピートを含有する選択された領域を、センス鎖(+1)またはアンチセンス鎖(-1)のいずれかでNGG SpCas9プロトスペーサー隣接モチーフ(PAM)について走査し、PAMに隣接する20ヌクレオチドのsgRNAスペーサー配列に基づいてガイド配列を生成した。GAAリピートの上流領域(chr9:69 035 950~69 037 295)内で218個のsgRNAが同定され、GAAリピートの下流領域(chr9:69 037 307~69 038 600)内で173個のsgRNAが同定された(表13)。社内アルゴリズムを使用した計算によるオフターゲット予測を、上流領域と下流領域の両方で各sgRNAに対して実行した。合計391個のsgRNAのうち、96個のsgRNAのサブセットを選択して、Cas9/sgRNA RNP濃度のスクリーニングのための2つのRNP(リボ核タンパク質)複合体濃度(図44を参照)で、長いリピート長の2つの患者細胞株における編集効果を評価するスクリーニングに進んだ。sgRNAの選択基準には、低いオフターゲットスコア及びゲノム位置が含まれていた。このシングルカットsgRNAスクリーニングから、合計45個のsgRNA(GAAリピートの上流に25個のsgRNA、GAAリピートの下流に20個のsgRNA)を選択して、sgRNA対の組み合わせスクリーニングに進んだ(表14)。選択基準には、試験された条件全体での高い編集効果、ゲノム位置、及びSNP(一塩基多型)の存在が含まれていた。
FA患者細胞へのRNP複合体のエレクトロポレーション。Lonza Nucleofector 96ウェルシャトルシステムを使用して、Cas9(Aldevron)及び化学修飾sgRNA(Synthego)を、GAAリピートが長い2人の患者に由来する2つの細胞株(GM14518(リンパ芽細胞株)及びGM03665(線維芽細胞株)(Coriell Institute)に送達した。最初に、12uLの体積のエレクトロポレーション緩衝液に、36pmolのCas9及び108pmolのsgRNAを含むRNP複合体を構築した。室温で30分間インキュベートした後、この溶液を2つの希釈で細胞と混合し、各細胞株に対して2つの濃度のRNPを送達した:1つは15pmol Cas9+45pmol sgRNA(「高」)、もう1つは7.5pmol Cas9+22.5pmol sgRNA(「低」)。エレクトロポレーション後、細胞を37℃/5%COで72時間培養し、DNA抽出のために採取した。
サンガーシーケンシング及びICE分析。各ガイドに関連する遺伝子座を、PCRによって増幅し、産物をサンガーシーケンシングのためにGeneWizに送った。分析される遺伝子座の長さ及び複雑性のために、シーケンシングプライマーを、各sgRNA用にカスタマイズした。適切な遺伝子座の増幅及び配列決定に使用されるプライマー配列は、追加の配列の表(配列番号36~54)に示されている。インデル値を、ICE(CRISPR編集の推論)分析アルゴリズム(Synthego)を使用して推定した。ICE分析は、サンガーシーケンシングデータを使用してインデルの同一性及び頻度を定量化する方法である(Hsiau, T. et al. (2018) bioRxiv https://www.biorxiv.org/content/10.1101/251082v3)。
b.フラタキシンsgRNAのシングルカットスクリーニングの結果
FXN遺伝子のGAAリピートに隣接する96個のsgRNAを包含するセットが、編集有効性評価のために選択された。これらの中で、56個のsgRNAがGAAリピートの上流に配置され、40個のsgRNAがGAAリピートの下流に配置された。編集の有効性を評価するために、化学修飾sgRNA及びCas9タンパク質を含有するRNP複合体を、ヌクレオフェクションによって患者の細胞株に送達した。2つのRNP濃度を使用して、編集効率の包括的な概要を取得し、最高の切断効率を有する主要なsgRNAを区別した。さらに、異なる細胞型/ドナー間のインデル効果の一貫性を、各sgRNAについて評価した。これらの細胞型は、長いリピート長の患者のリンパ芽球及び線維芽細胞で構成されていた。図45 8は、GAAリピート伸長の上流に位置する56個のsgRNAのインデル効果を示す。これらのうち、29個のsgRNAは、50%を超えるインデル効果を示し、これは試験された条件間で一貫していた。図46は、GAAリピートの下流に位置する40個のsgRNAのインデル効果を示しており、21個のsgRNAはすべての条件で50%を超える効果を有している。これらの結果は、ゲノム位置及びSNP評価に加えて、リピート切除効率のsgRNA対組み合わせスクリーニングで評価するための45個のsgRNAのセット(GAAリピートの上流に25個のsgRNA、GAAリピートの下流に20のsgRNA)を選択する基準を提供した。評価される他の読み出しには、FXN mRNA及びタンパク質レベルの救出が含まれる。sgRNA対スクリーニングでは、選択された25個の上流sgRNAと20個の下流sgRNAのすべての可能な組み合わせを評価し、合計500個の組み合わせが得られる。
Figure 2022545921000167
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Figure 2022545921000178
Figure 2022545921000179
11.DNA-PK阻害を伴う心筋細胞のFXNのフラタキシン遺伝子座でのGAAリピート切除
FA有糸分裂後の心筋細胞を、実施例1に記載されているように、iPSCの培養物から調製した。
細胞を、spCas9及びGAAリピート(配列番号52666及び26562)に隣接するガイド対及び化合物6(3μM)で24時間またはDMSOにより処理した。リピート切除の比率は、7日目及び14日目にddPCRアッセイによって評価された(図47A)。14日目のFXNmRNAの相対レベルをqPCRで評価し(図47B)、14日目にウエスタンブロットでフラタキシンタンパク質のレベルを測定した(図47C)。DNA-PK阻害剤による治療は、有糸分裂後の心筋細胞におけるGAAリピート切除率を高め、FXN mRNAレベル及びフラタキシンタンパク質の増加をもたらした。
12.FA iPSCにおけるFXNのフラタキシン遺伝子座でのGAAリピート切除
GAAリピート切除を、RNPエレクトロポレーションを使用した野生型(WT)及びFA iPSC(4670)において、Cpf1(Cas12a)及びSpCas9について評価した。DNAゲル電気泳動は、Cpf1ガイドRNA(GD1&2)(配列番号47047及び7447)及びSpCas9ガイドRNA(Cas9 LG5&11)(配列番号52666及び26562)を使用して、Cpf1(ボックス、図48)によりGAAリピートを切除した後の切除されたDNAバンドを示した。
13.Cpf1を用いた皮質ニューロンのFXNのフラタキシン遺伝子座でのGAAリピート切除
以下の表15に示すように、iPSC由来の皮質ニューロンにおけるGAAリピート切除のために、追加のCpf1ガイド対を選択した。
Figure 2022545921000180
配列番号47045、7445、7461、46766、7678、及び47030の18量体スペーサー配列を含むgRNAを試験した。より具体的には、試験されたガイドは、表15に示すように試験された20量体ガイドであった。
gRNAの対を、iPSC由来の皮質ニューロンでCpf1(Cas12a)を使用して試験した。以下のガイド対を使用した:ガイド1&2(配列番号47047及び7447)。ガイド3&4(配列番号7463及び46967);ガイド5&6(配列番号46768及び7680);ガイド7&2(配列番号47032及び7447)。PCR産物のDNAゲル電気泳動は、GAAリピート切除後に切除されたDNAバンドを示した(図49)。
GAAリピート切除を、Cpf1及びgRNA(配列番号47047及び7447)を使用して、野生型iPSC由来皮質ニューロンの単一細胞核でさらに確認した。細胞核を、Nuclei Isolation Kit:Nuclei EZ prep(Sigma、NUC101)を製造元のプロトコルに従って使用して調製した。マウスの脳から核を分離するために、組織試料を、それぞれ乳棒Aと乳棒B(Sigma)を用いて2mlの溶解緩衝液に2×25×でダウンスした。次に、溶解物を5分間、氷上の1mlファルコンチューブに移した。溶解物を500×gで5分間スピンダウンし、ペレットを1mlの溶解緩衝液に再懸濁し、さらに3mlの溶解緩衝液を加えて氷上で5分間保持した。溶解物を500×gで5分間スピンダウンし、ペレットを1mlの再懸濁緩衝液に再懸濁した。核の蛍光標識のために、Vybrant DyeCycle Ruby Stain(Thermo Fisher、V10309、1:800)またはHoechst(Invitrogen、H3570、1:10,000)を加えた。次に、単離された核を、BD FACSMelody Cell Sorter(BD Biosciences)を使用してQuickExtract DNA Extraction Solution(Lucigen、QE9050)にソートした。シーケンシングの結果は、均一なGAAリピート切除を伴う8/10の核と、不均一なGAA切除を伴う2/10の核を示した。
14.成体マウスの脳におけるFXNのフラタキシン遺伝子座でのインビボGAAリピート切除
AAVベクターを、成体YG8+/-マウスのニューロンを標的とするように設計した(図50)。YG8+/-マウスは、伸長GAAリピートを含むヒトフラタキシン導入遺伝子を有する。hSynapsin 1プロモーターは、ニューロンにおけるAsCpf1(Cas12a、ベクター1)及びmCherry-KASH(ベクター2)の発現を促進する。2つのCpf1 gRNA(配列番号47047及び7447)は、GAAリピートを切除するために1つのU6プロモーターの制御下でタンデムでクローン化された。
成体YG8+/-マウスの線条体(stratum)へのデュアルAAV送達(1:1比)を伴うフリードライヒ運動失調症のマウスモデルで、AsCpf1(Cas12a)を使用してデュアルガイド切除実験を実施した。
ヘテロ接合性の成体雄FXNem2.1LutzyTg(FXN)YG8Pook/Jマウス(Jackson laboratory、030930)に麻酔をかけ、IACUC承認手順に従って開頭術を行った。1ulの混合AAV(1:1)を線条体(Bregma0.5mm、側部1.5mm、深さ2.5mm)に注射した。漏れを防ぐために、ピペットは引き込む前に3分間そのままにした。切開を縫合し、術後鎮痛薬を投与し、IACUC承認プロトコル及び動物の安楽死のためのAVMAガイドラインに従って、AAV注射の2週間後にマウスを安楽死させた。脳試料を、mCherry-KASH標識化線条体ニューロンのビブラトームセクショニング及び蛍光イメージングのために、4%PFAで固定した。核の単離及びFACSのために、線条体を解剖し、ショック凍結した。以下のAAV1ベクターが使用されている:a)hSyn-Cas12a及びb)Cas12a sgRNA(SapI)_hSyn_mCh-KASH(SignaGen、約2.5×10^6Vg/ml)(以下の表16及び配列番号53411及び53412をそれぞれ参照)。
すべてのAAVコンストラクトを、Genescriptによって合成した。Cas12a及びgRNAアレイ配列は他の場所で公開されている(Zetsche et al.、Nat Biotech、2017)。gRNAアレイDNAオリゴは、一方向アニーリングを使用し、他の場所で説明されているように、粘着末端設計及びCas12a sgRNAベクターのSapI制限を使用してクローン化した(Zetsche et al.、Nat Biotech、2017)。
デュアルCas12a sgRNAアレイをクローニングするための以下のfwオリゴを使用した:
Figure 2022545921000181
結果は、デュアルCas12a sgRNAを使用したインビボでのニューロンにおけるGAAリピートの切除の成功を示した。定位注射の2週間後の脳の組織学は、mCherry陽性線条体を示した(図51A)。標的化ニューロンの核は、FACSによってソートされた(図51B)。DNAゲル電気泳動は、標的化ニューロン(mCherry+)対非標的化細胞(mCherry-)におけるCpf1によるGAAリピート切除後の切除されたDNAバンドを示した(図51C)。切除されたDNAバンドの単一クローンサンガーシーケンシング分析によって、インビボでのニューロンのGAAリピート切除の成功が示された。
Figure 2022545921000182
Figure 2022545921000183
Figure 2022545921000184
Figure 2022545921000185
15.DMPKにおけるガイド対を用いたCTGリピート切除
a.材料及び方法
ガイド及びプライマー配列。プライマー配列は、追加配列の表(配列番号55~62)に示されている。SpCas9と共にgRNAに使用されたcrRNA及びtracrRNAは
GUUUUAGAGCUAGAAAUAGCAAGUUAAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUU(配列番号98)であった。SaCas9と共にgRNAに使用されたcrRNA及びtracrRNAは、GUUUUAGUACUCUGGAAACAGAAUCUACUAAAACAAGGCAAAAUGCCGUGUUUAUCUCGUCAACUUGUUGGCGAGAU(配列番号97)であった。
SpCas9を発現するHEK293T細胞の調製及びトランスフェクション。CRISPR Cas9ヌクレアーゼを安定して発現する細胞株は、Genecopoeiaから購入した。Cas9は、ヒトAAVS1セーフハーバー遺伝子座(PPP1R2Cとしても知られている)に組み込まれている。この細胞株は、copGFP及びピューロマイシン耐性遺伝子も発現している。別々にトランスフェクトまたは形質導入された単一ガイドRNA(sgRNA)と組み合わせて、この細胞株は標的化ゲノム部位で二本鎖DNA切断(DSB)を維持する。Cas9発現HEK 293 T細胞に、MessengerMaxリポフェクタミンベース送達を使用して個々のIVT gRNAをトランスフェクトした。ゲノムDNAを細胞から分離し、PCRで増幅させた。サンガーシーケンシング及びTIDE分析を使用して、各sgRNAによって生成されたインデルの頻度を定量化した。
DM1 iPSC細胞株の調製及びエレクトロポレーション。SB1細胞株:成人女性DM1患者の末梢血単核細胞(Nicholas E. Johnson (Virginia Commonwealth University)からの細胞源)から細胞を分離し、CytoTune(登録商標)-iPS Sendai再プログラミングキットで再プログラミングした。クローンSB1を含む個々のiPSCクローンを単離した。SB1細胞株は、ナノストリングアッセイによるiPSC細胞株と一致する多能性シグネチャーを有していた。高解像度のaCGH核型分析では、肉眼的ゲノム異常は見られなかった。サザン分析により、SB1細胞株に病原性CTGリピート伸長(約300 CTGリピート)が含まれていることが確認された(図52)。
4033-4細胞株:成人DM1男性(GM04033、Coriell Institute)に由来する親線維芽細胞株を、CytoTune(登録商標)-iPS Sendai再プログラミングキットを使用して再プログラミングした。クローン4033-4を含む個々のiPSCクローンを単離した。サザンブロット分析により、4033-4細胞株に病原性CTGリピート伸長(約3000 CTGリピート)が含まれていることが確認された。
DM1 iPSC細胞のエレクトロポレーション:DM1 iPSC細胞(反応あたり200,000)を以下のように調製したRNPと混合した。
概して、図54~60及び図67~68に対応する実験用のRNP複合体は、それぞれ1.5μgの5’ガイド、3’ガイド、及び3μgのSpCas9(図54~60)またはSaCas9ヌクレアーゼ(図67~68)を合わせることによって調製した。ガイドRNAを1.5μg/μlに希釈し、Cas9ヌクレアーゼを3μg/μlに希釈し、各成分の1μlを合わせて、室温で最低10分間複合体化した。
図55~56に対応する実験用のRNP複合体は、2μgのガイド及び2μgのSaCas9ヌクレアーゼを合わせることによって調製した。個々の化学的に合成されたRNAを2μg/μlに希釈し、Cas9ヌクレアーゼを2μg/μlに希釈し、各成分の1μlを合わせて、室温で最低10分間複合体化した。
Lonza Nucleofector(CA-137設定)で細胞をエレクトロポレーションし、エレクトロポレーションの72時間後に採取した。ゲノムDNAを単離し、TIDE分析及びddPCR欠失分析のための後続のPCRのテンプレートとして使用した。
シーケンシング及びTIDE分析。PCRは以下のようにゲノムDNAに対して行った。
Figure 2022545921000186
PCR産物を、AMPureビーズベースのPCR精製(Beckman Coulter)を使用してクリーンアップした。AMPureビーズボトルをボルテックスし、ファルコンチューブに分注した。室温で30分間インキュベートした後、85μLのビーズをPCR産物の各ウェルに加え、10回ピペットで上下させ、10分間インキュベートした。次に、ビーズ混合物を磁石上に5分間置いた。液体を吸引し、プレートを磁石上に置いたまま、ビーズを70%EtOHで2回洗浄した。次に、プレートを磁石から取り外し、20μLのdH2Oをビーズに加え、ピペットで上下させて混合した。5~10分間のインキュベーション後、プレートを磁石上に1分間置いた。DNAを含有するdH2Oを除去し、PCR濃度をnanodropで分析した。
PCR産物を、フォワードプライマー(配列番号57)及びリバースプライマー(配列番号58)を使用して配列決定するために送った。インデル値を、TIDE分析アルゴリズムを使用して推定した。TIDEは、シーケンシング電気泳動図からのインデルのスペクトルの回復に基づいて、テンプレート媒介編集イベントの割合を定量化する方法である(Brinkman, E.A. et al. (2014) Nucleic Acids Res. 42: e168;PMID: 25300484)。
2つのシグナル喪失(LOS)ドロップレットデジタル(ddPCR)アッセイ。シグナル喪失ddPCRアッセイは、CTGリピート領域の5’またはCTG領域の3’であるDMPKの3’UTRの領域を増幅し、CTGリピート領域の欠失が成功した結果として、増幅された領域を標的とするプローブのシグナル喪失を検出する。(アッセイの図53の概略図を参照のこと)。「デュアル」または「2」LOS ddPCRアッセイは、5’LOS及び3’LOSアッセイの両方からの結果を指す。
5’LOS ddPCRアッセイでは、フォワードプライマー(配列番号59)、リバースプライマー(配列番号60)、及びプローブ(配列番号61)を使用した。
3’LOS ddPCRアッセイでは、フォワードプライマー(配列番号62)、リバースプライマー(配列番号63)、及びプローブ(配列番号64)を使用した。
ddPCR試料を、室温でセットアップした。DNA試料を、10~20ng/μLの濃度に希釈した。希釈したDNA(4μL)を21μLのddPCRミックスに加えた。
Figure 2022545921000187
プレートをヒートシールで密封し、ボルテックスで混合した後、短時間遠心分離した。最終体積は25μLであった。
試料を、自動デジタル生成のために96ウェルプレートに移した。液滴(40μL)を生成し、プレートをPCR機械に移した。
3ステップサイクリングプロトコルを実行した。
Figure 2022545921000188
5’及び3’シグナル喪失(LOS)ddPCRに使用された参照遺伝子は、RPP30であった。
DM1心筋細胞の分化プロトコル。DM1心筋細胞は、DM1 iSPC細胞株SB1から調製した。細胞をWnt(4μM CHIR)で2日間活性化し、続いてWnt(4μM WNT-C59)で2日間非活性化した。細胞をCDM3培地で6日間の回復期間休止させた。次に、細胞を、代謝選択のために1日間CDM3グルコース非含有培地に移した。
DM1心筋細胞(反応あたり250,000)を以下のように調製したRNPと混合した。個々の化学的に合成されたガイドRNAを1.5μg/μlに希釈し、Cas9ヌクレアーゼを3μg/μlに希釈し、各成分の1μlを合わせて、室温で最低10分間複合体化した。
図61~64に対応する実験用のRNP複合体は、それぞれ1.5μgの5’ガイド、3’ガイド、及び3μgのSpCas9ヌクレアーゼを合わせることによって調製した。
細胞をLonza Nucleofector(CA-137設定)でエレクトロポレーションし、iCell維持培地でインキュベートした。エレクトロポレーションの72時間後に細胞を採取した。ゲノムDNAを単離し、TIDE分析及びddPCR欠失分析のための後続のPCRのテンプレートとして使用した。
オフターゲット分析及びハイブリッド捕捉アッセイ。相同性依存オフターゲット部位の指名。3つの予測アルゴリズム;CCTop、CRISPOR、COSMIDを使用して、hg38ヒト参照ゲノムとの配列類似性及びプロトスペーサー隣接モチーフ(PAM)配列の存在に基づいて、各sgRNAのオフターゲット部位を計算により予測した。CCTop及びCRISPORを使用して、sgRNA配列に対して最大3つのミスマッチを含む潜在的なオフターゲット部位を指定した。COSMIDアルゴリズムは、ギャップを含むオフターゲット部位を指定することができ、これをsgRNA配列に対して最大3つのミスマッチ(ギャップなし)または最大2つのミスマッチ(1つのギャップ)を含む潜在的なオフターゲット部位を指定するために使用した。3つのアルゴリズムはすべて、最適なSpCas9 NGG PAMを使用して潜在的なオフターゲット部位を指定した。代替PAMも、COSMID(NAG)及びCCTop(NAG、NGA、NAA、NCG、NGC、NTG、及びNGT)を使用した検索に含まれていた。低複雑度領域は、無差別なプローブ濃縮及びシーケンシングエラーの影響を受け、誤ったリードマッピング及びインデルコールをもたらすため、予測されたオフターゲット部位を、これらの領域と重複する部位を除外するためにフィルタリングした。合計577個の潜在的なオフターゲット部位が12個のsgRNA全体で指名された(配列番号:3778、4026、3794、4010、3906、3746、1778、1746、1770、1586、1914、及び2210)。
ハイブリッド捕捉プローブライブラリの設計。オンターゲット部位及びオフターゲット部位での編集率を、ハイブリッド捕捉アッセイを使用して測定した。ハイブリッド捕捉プローブを生成して、オンターゲット部位及び予測されたオフターゲットを含有するゲノムの領域を濃縮した。各部位について、100bpの隣接領域を、部位の上流と下流の両方に付加し、次に120bpのプローブを、両方の隣接領域を含む部位全体にタイリングした。予測されるすべてのオフターゲット部位及びオンターゲット部位について、部位ごとに複数のプローブを設計した。12個すべてのsgRNAからのハイブリッド捕捉プローブを一緒にプールし、1つのAgilent SureSelectプローブセットを順に並べた。ハイブリッド捕捉ライブラリの合計標的領域は124.85キロベースであった。
編集済み試料及び対照試料の生成。ハイブリッド捕捉アッセイ試料を、2つのWTドナーiPSC株(反応あたり1000,000細胞)に、10μgのsgRNAと10μgのSpCas9ヌクレアーゼを合わせて調製したRNPをエレクトロポレーションすることによって生成した。Lonza Nucleofector(CA-137設定)を用いて細胞をエレクトロポレーションし、エレクトロポレーションの72時間後に採取した。試料を、12個のsgRNA(配列番号3778、4026、3794、4010、3906、3746、1778、1746、1770、1586、1914、及び2210)に対して生成した。わずか10μgのSpCas9ヌクレアーゼでエレクトロポレーションされた対照試料も生成した。ハイブリッド捕捉及びそれに続くシーケンシングのために、ゲノムDNAを単離した(QIAamp UCP Microキット)。sgRNA配列番号2210に利用できるドナーは1つだけであった。
ハイブリッド捕捉ライブラリの調製。ハイブリッド捕捉プローブを使用したオンターゲット及びオフターゲット領域のハイブリッド捕捉濃縮を、Agilent SureSelectXT HS製造元プロトコル (Agilent Technologies、Santa Clara、CA、USA)において200ngの入力ゲノムDNA試料について説明されている試料調製に従って実行した。簡単に説明すると、ゲノムDNAを、CovarisLE220機器を使用した音響せん断によって断片化した。DNAフラグメントは末端が修復され、3’末端がアデニル化された。5’及び3’特異的アダプターをDNAフラグメントにライゲーションし、アダプターライゲーションDNAフラグメントを増幅し、インデックスプライマーを使用してインデックスを作成した。アダプターライゲーションDNAフラグメントを、Agilent 4200 TapeStationでAgilent D1000 ScreenTapeアッセイを使用して検証し、Qubit dsDNA BRアッセイキットを備えたQubit3.0蛍光光度計を使用して定量化した。1000ngのアダプターライゲーションDNAフラグメントを、製造推奨事項に従って1.5時間、事前プログラム化thermocyclerを使用してビオチン化RNAベイトとハイブリダイズした。ハイブリダイズされたDNAは、ストレプトアビジンコーティング磁気ビーズ(Dynabeads MyOneストレプトアビジンT1)によって捕捉された。徹底的に洗浄した後、捕捉されたDNAフラグメントを、制限サイクルPCRにより濃縮した。捕捉後のDNAライブラリを、Agilent 4200 TapeStationでAgilent D1000 ScreenTapeアッセイを使用して検証し、Qubit dsDNA HSアッセイキットを備えたQubit3.0蛍光光度計を使用して定量化した。ライブラリは50ng/ライブラリの濃度でサブプールされ、サブプールあたり4~5個のライブラリが存在していた。サブプールを10mM Tris-HCl pH8.0で1:10に希釈し、KAPA Library Quantificationキット-Universalを使用してqPCRにより定量した。サブプールを4nMに正規化し、均等に合わせて最終シーケンシングプールを作成した。
ハイブリッド捕捉ライブラリのシーケンシング及び分析。最終シーケンシングプールは、Illumina NextSeqマシン (Illumina、San Diego、CA、USA)に最終濃度1.8pMでロードされ、5%PhiXがスパイクされ、以下の構成のIllumina高出力v2.5試薬キット:150×8×8×150で、3000Xカバレッジを実現、を使用して配列決定された。
IlluminaのベースコールをFASTQ形式に変換し、bcl2fastq Conversationソフトウェアを使用して試料固有のバーコードによって逆多重化した。ヒトゲノムビルドhg38に対するデフォルトパラメータを用いたBWA MEMアルゴリズムを用いて、シーケンシングデータをアラインメントさせた。アラインメントされたリードの重複排除は、SAMtoolsを使用して完了した。各オンターゲット部位及び予測されるオフターゲット部位について、部位及び両端に追加の20塩基を包含するプライマリリードアラインメントが、インデルの定量化のために考慮された。潜在的なSpCas9切断部位から10bp以内にインデルを含有するすべてのリードの合計を、フィルタリング基準に合格した切断部位にアラインされたリードの総数で割って、その候補切断部位でのインデル頻度を求めた。編集済み試料及び対照試料の少なくとも1つの対の間に少なくとも0.2%のインデル頻度の差がある部位を、有意なCRISPR/Cas9編集を示す可能性のある部位を同定するために統計的検定にかけた。このような部位について、片側の対応のあるスチューデントのt検定を実行して、対照と比較して編集済み試料における編集が有意に多いかどうかを試験した。試験結果がP<0.05で有意であった場合、この部位は確認されたオフターゲットと見なされた。11個のsgRNAについては2つのドナーしか利用できず、12番目のsgRNA(配列番号2210)については1つのドナーしか利用できなかったため、統計的検定に失敗した部位を手動で検査し、必要に応じて「潜在的なオフターゲット部位」と注釈を付けた。より多くのドナー及びより高いシーケンシング深度でさらに調査することができる。
ハイブリッド捕捉アッセイ試料を、以下に示すように調製した。
Figure 2022545921000189
b.SpCas9を用いたHEK293T細胞におけるgRNAのスクリーニング
個々のgRNAの編集効率を評価するために、DMPK遺伝子のCTGリピート領域に隣接する169個のgRNAを選択して、SpCas9を発現するHEK293T細胞においてスクリーニングした。リポフェクタミンベースの送達を使用して、細胞に個々のgRNAをトランスフェクトした。ゲノムDNAを細胞から分離し、PCRで増幅させた。サンガーシーケンシング及びTIDE分析を使用して、各sgRNAによって生成されたインデルの頻度を定量化した。結果は、TIDE分析による編集効率%として示されている(表17)。
Figure 2022545921000190
Figure 2022545921000191
Figure 2022545921000192
Figure 2022545921000193
Figure 2022545921000194
c.SpCas9を用いたDM1 iPSC細胞株におけるgRNAのスクリーニング
ガイドRNAを、2つのDM1 iPSC細胞株(SB1及び4033-4)においてスクリーニングするために選択した。両方の細胞株には、病原性CTGリピート領域が含まれている。
6つの上流gRNA(CTGリピート領域の5’側)(配列番号3778、4026、3794、4010、3906、及び3746)及び6つの下流gRNA(CTGリピート領域の3’側))(配列番号1778、1746、1770、1586、1914、及び2210)(図54の概略図を参照)を、SpCas9と共にRNPとして送達されるSB1細胞における編集効率について試験した。結果を、編集効率パーセントとして示す(図55)。
同じgRNAを、DMPK遺伝子のCTGリピート領域を単独またはSB1細胞の対で欠失させる能力についてさらに評価した。36対の組み合わせを、CTGリピート領域の欠失について評価した。2つのシグナル喪失ddPCRアッセイを使用して、リピート欠失を検出した(図53の概略図を参照)。CTGリピート領域の欠失のパーセンテージは、SB1細胞の36対全体で27%~65%の範囲であった(表18)。図56に示されている欠失%は、個々のgRNA及び対の両方のLOSアッセイからの平均リピート欠失の組み合わせである。5’及び3’LOSアッセイのそれぞれから得られた欠失効率、及び両方のLOSアッセイからの平均リピート欠失を、個々のgRNA及び対について表18に示す。SpCas9対及び個々のgRNAにわたる5’及び3’のLOS ddPCRの結果の比較を、図57に示す。ガイドRNA(T34)は、個々のガイドとしてCTGリピート領域の欠失活性を示し、単独でリピート欠失を引き起こすことができる(図56、図57)。
Figure 2022545921000195
Figure 2022545921000196
別のDM1 iPSC細胞株(4033-4)においてSpCas9を用いてさらに試験するために、ガイドRNAを選択した。5つの上流gRNA(配列番号3778、4026、3794、3906、及び3746)及び5つの下流gRNA(配列番号1778、1746、1770、1586、及び2210)を選択した(図58の概略図を参照)。2つのシグナル喪失ddPCRアッセイを使用して、リピート欠失を検出した(図53の概略図を参照)。図59は、4033-4細胞におけるSpCas9 gRNA対及び個々のgRNAにわたる5’及び3’LOS ddPCRの結果の比較を示す。結果は欠失パーセントとして示される。
同様のCTGリピート欠失が、DM1 iPSC細胞株SB1(図60A)とDM1 iPSC細胞株4033-4(図60B)の間で観察された。さらに、DM1 iPSC細胞株SB1は約1kbのCTGリピート対立遺伝子を有し、DM1 iPSC細胞株4033-4は約7.5kbのCTGリピート対立遺伝子を有すると判定された。
d.SpCas9を用いたDM1心筋細胞におけるgRNA対のスクリーニング
SpCas9を用いたDM1心筋細胞におけるさらなる試験のためにガイドRNAを選択した。DMPKの3’UTRにおけるCTGリピートに対し5つの上流gRNA(配列番号3778、4026、3794、3906、及び3746)及び5つの下流gRNA(配列番号1778、1746、1770、1586、及び2210)(図61の概略図を参照)を、DM1心筋細胞におけるSpCas9を用いた個々の編集効率について最初に評価した(図62)。編集結果は、DM1心筋細胞でも、DM1 iPSC SB1細胞について得られたのと同様であった(図62)。
3対のgRNA(配列番号3746及び2210;4026及び1586;3778及び1778)を、DM1心筋細胞におけるCTGリピート欠失について試験して、5’LOS ddPCR及び3’LOS ddPCRによってDM1 iPSC SB1細胞について得られたのと同様の欠失%を示した(図63)
e.オフターゲット分析
ハイブリッド捕捉アッセイ(配列番号3778、4026、3794、4010、3906、3746、1778、1746、1770、1586、1914、及び2210)を使用して、12個のガイドRNAをSpCas9と共にオフターゲット活性について試験した。表19に、オンターゲット部位での編集結果と、部位及び2つのドナーにわたる最大オフターゲット編集の結果を示す。
Figure 2022545921000197
オフターゲットデータに基づいて、gRNAの対を、「クリーン」、「オフターゲット<1%」、または「オフターゲット>1%」として同定した。SpCas9との複数の「クリーンな」gRNA対が同定され、SB1細胞でも25%を超えるCTGリピート欠失が見られた(図64)。
f.SaCas9を用いたgRNAのスクリーニング
DMPKの3’UTRにおけるCTGリピートの30個の上流gRNAと30個の下流gRNAを選択し(図65の概略図を参照)、野生型iPSC株(図66、表20)において、SaCas9を用いて個々の編集効率をTIDE分析により試験した。使用されている野生型iPSC細胞、細胞株番号0052は、Rutgers UniversityのCell and DNA Repositoryから入手できるGMPグレードのiPSC株である。
Figure 2022545921000198
Figure 2022545921000199
4つの上流gRNA(配列番号3256、2896、3136、及び3224)及び6つの下流gRNA(配列番号4989、560、672、976、760、984、及び616)を、SACas9を用いたDM1 iPSC SB1細胞におけるCTGリピート領域の欠失の評価のために選択した。(図67の概略図を参照)。3’LOS ddPCRアッセイの結果に基づいて、saCas9 gRNA対及び個々のsaCas9gRNAに対するCTGリピート領域の欠失のパーセンテージを図68Aに示す。5’LOSアッセイは、単一gRNAがddPCRプライマー部位をノックアウトしたために、欠失を正確に示さなかった(n=1)。5’及び3’LOS ddPCRのデータを表21に示す。spCas9 gRNA対(配列番号3746/2210)を対照として使用した。図68Bには、個々のsaCas9gRNAの編集効率パーセントが示されている。
Figure 2022545921000200
この説明及び例示的な実施形態は、限定として解釈されるべきではない。本明細書及び添付の特許請求の範囲の目的のために、特に明記しない限り、数量、パーセンテージ、または割合を表すすべての数値、ならびに明細書及び特許請求の範囲で使用される他の数値は、すべての場合において、「約」という用語によって、それらがまだそのように修飾されていない範囲で、修飾されているものとして、理解されるべきである。したがって、特に異議を唱えない限り、以下の明細書及び添付の特許請求の範囲に記載される数値パラメータは、得られることが求められる所望の特性に応じて変化し得る近似値である。最低限において、また特許請求の範囲と同等である原理の適用を限定する試みとしてではなく、各数値パラメータは少なくとも、通常の丸め技術を適用することによって、報告される有効桁数を考慮して解釈されるべきである。
本明細書及び添付の特許請求の範囲で使用される場合、単数形「a」、「an」、及び「the」、ならびに任意の単語の単数形の使用は、明示的かつ明確に1つの指示対象に限定されない限り、複数の指示対象を含むことに留意されたい。本明細書で使用される場合、「含む(include)」という用語及びその文法上の変形は、リスト内の項目の列挙が、列挙された項目に置換または追加することができる他の同様の項目を除外しないように、非限定的であることを意図している。
Figure 2022545921000201
Figure 2022545921000202
Figure 2022545921000203
Figure 2022545921000204
Figure 2022545921000205
プライマーは、それぞれFとRを使用したフォワードまたはリバースプライマーとして示されている。所定の形態のmRNAに特異的な産物を増幅するためのqPCRプライマーには、例えば「Ex5in」、これは、プライマーが示されたmRNAのエクソン5の存在下で産物を与えることを示している、などのテキストを含む説明がある。予想されるすべての形態のmRNAからの産物を増幅するためのqPCRプライマーには、「トータル」を含む記述がある。

Claims (95)

  1. 組成物であって、
    i)スペーサー配列を含むガイドRNA、または前記ガイドRNAをコードする核酸であって、
    a.配列番号4018、4010、4002、4042、4034、4026、3954、3946、3994、3914、3978、3906、3898、3938、3922、3858、3850、3882、3826、3818、3842、3794、3786、3762、3810、3746、3778、3738、3770、3722、3754、3690、3666、3658、3634、3586、3546、3530、3642、3514、3506、3490、3618、3610、3602、3578、3442、3522、3410、3378、3434、3370、3426、3418、3394、3386、3330、3354、3346、3314、3930、3890、3834、3802、3706、3698、3682、3674、3570、3554、3538、3498、3482、3458、3474、3450、2667、2666、2650、2642、2626、2618、2706、2690、2682、2610、2674、2658、2602、2594、2634、2554、2546、2586、2538、2578、2570、2522、2498、2490、2466、2458、2450、2514、2506、2418、2482、2474、2394、2442、2434、2370、2378、2354、2346、2338、2314、2298、2282、2274、2266、2330、2258、2322、2242、2234、2290、2250、2218、2226、2210、2194、2146、2138、2122、2106、2098、2090、2130、2114、2034、2026、2058、2050、2042、1914、1786、1778、1770、1842、1738、1706、1690、1746、1714、1650、1642、1610、1586、1562、1546、1578、1538、1378、1370、1922、1898、1906、1794、1762、1698、1674、1722、1362、1450、2202、2178、2170、2162、2018、2010、1890、1962、1946、1850、1818、1658、1634、1602、1554、1434、1426、1338、1346、1978、1994、1986、1970、1938、1930、1810、1834、1826、1802、1626、1594、1514、1498、1490、1482、1474、1458、1442、1418、1410、1402、1394、及び1386から選択されるスペーサー配列;または
    b.配列番号3330、3914、3418、3746、3778、3394、4026、3690、3794、3386、3938、3682、3818、3658、3722、3802、3858、3514、3770、3370、3354、4010、2202、1706、2210、2170、1778、2258、2114、2178、1642、1738、1746、2322、1770、1538、2514、2458、2194、2594、2162、及び2618から選択されるスペーサー配列;または
    c.配列番号3746、3778、3394、3386、3938、3818、3722、3858、3370、1706、2210、2114、1538、及び2594から選択されるスペーサー配列;または
    d.配列番号3330、3746、3778、3394、4026、3386、3938、3818、3722、3802、3858、3514、3770、3370、2202、1706、2210、1778、2114、1738、1746、2322、1538、2514、2458、2194、及び2594から選択されるスペーサー配列;または
    e.配列番号3330、3914、3418、3746、3778、3394、4026、3690、3794、3386、3938、3682、3818、3658、及び3722から選択されるスペーサー配列;または
    f.配列番号2202、1706、2210、2170、1778、2258、2114、2178、1642、1738、1746、及び2322から選択されるスペーサー配列;または
    g.配列番号3778、4026、3794、4010、3906、3746、1778、1746、1770、1586、1914、及び2210から選択されるスペーサー配列;または
    h.配列番号3378、3354、3346、3330、3314、2658、2690、2546、2554、2498、及び2506から選択されるスペーサー配列;または;
    i.配列番号3330、3314、2658、2690、2554、及び2498から選択されるスペーサー配列;または
    j.配列番号3314、2690、2554、及び2498から選択されるスペーサー配列;または
    k.配列番号3914、3514、1778、2458、3858、3418、1706、及び2258から選択されるスペーサー配列;または
    l.配列番号3914;または
    m.配列番号3418;または
    n.配列番号3938;または
    o.配列番号3916、3420、及び3940から選択されるスペーサー配列;または
    p.a)からo)までの前記スペーサー配列のいずれか1つの少なくとも17、18、19、もしくは20個の連続したヌクレオチドを含むスペーサー配列;または
    q.a)からp)までの前記スペーサー配列のいずれか1つと少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、94%、93%、92%、91%、または90%同一であるスペーサー配列を含む、前記スペーサー配列を含む前記ガイドRNA、または前記ガイドRNAをコードする前記核酸;あるいは
    ii)第1及び第2のスペーサー配列を含む1対のガイドRNA、または前記1対のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸であって、
    a.配列番号2202及び3418;2202及び3370;2202及び3514;2202及び3658;2178及び3418;2178及び3370;2178及び3514;2178及び3658;2170及び3418;2170及び3370;2170及び3514;2170及び3658;2162及び3418;2162及び3370;2162及び3514;2162及び3658;2202及び4010;2202及び4026;2202及び3914;2202及び3938;2202及び3858;2202及び3818;2202及び3794;2202及び3802;2202及び3746;2202及び3778;2202及び3770;2202及び3722;2202及び3690;2202及び3682;2202及び3330;2202及び3354;2202及び3394;2202及び3386;2178及び4010;2178及び4026;2178及び3914;2178及び3938;2178及び3858;2178及び3818;2178及び3794;2178及び3802;2178及び3746;2178及び3778;2178及び3770;2178及び3722;2178及び3690;2178及び3682;2178及び3330;2178及び3354;2178及び3394;2178及び3386;2170及び4010;2170及び4026;2170及び3914;2170及び3938;2170及び3858;2170及び3818;2170及び3794;2170及び3802;2170及び3746;2170及び3778;2170及び3770;2170及び3722;2170及び3690;2170及び3682;2170及び3330;2170及び3354;2170及び3394;2170及び3386;2162及び4010;2162及び4026;2162及び3914;2162及び3938;2162及び3858;2162及び3818;2162及び3794;2162及び3802;2162及び3746;2162及び3778;2162及び3770;2162及び3722;2162及び3690;2162及び3682;2162及び3330;2162及び3354;2162及び3394;2162及び3386;1706及び3418;1706及び3370;1706及び3514;1706及び3658;1706及び4010;1706及び4026;1706及び3914;1706及び3938;1706及び3858;1706及び3818;1706及び3794;1706及び3802;1706及び3746;1706及び3778;1706及び3770;1706及び3722;1706及び3690;1706及び3682;1706及び3330;1706及び3354;1706及び3394;1706及び3386;2210及び3418;2210及び3370;2210及び3514;2210及び3658;2210及び4010;2210及び4026;2210及び3914;2210及び3938;2210及び3858;2210及び3818;2210及び3794;2210及び3802;2210及び3746;2210及び3778;2210及び3770;2210及び3722;2210及び3690;2210及び3682;2210及び3330;2210及び3354;2210及び3394;2210及び3386;1778及び3418;1778及び3370;1778及び3514;1778及び3658;1778及び4010;1778及び4026;1778及び3914;1778及び3938;1778及び3858;1778及び3818;1778及び3794;1778及び3802;1778及び3746;1778及び3778;1778及び3770;1778及び3722;1778及び3690;1778及び3682;1778及び3330;1778及び3354;1778及び3394;1778及び3386;2258及び3418;2258及び3370;2258及び3514;2258及び3658;2258及び4010;2258及び4026;2258及び3914;2258及び3938;2258及び3858;2258及び3818;2258及び3794;2258及び3802;2258及び3746;2258及び3778;2258及び3770;2258及び3722;2258及び3690;2258及び3682;2258及び3330;2258及び3354;2258及び3394;2258及び3386;2114及び3418;2114及び3370;2114及び3514;2114及び3658;2114及び4010;2114及び4026;2114及び3914;2114及び3938;2114及び3858;2114及び3818;2114及び3794;2114及び3802;2114及び3746;2114及び3778;2114及び3770;2114及び3722;2114及び3690;2114及び3682;2114及び3330;2114及び3354;2114及び3394;2114及び3386;1642及び3418;1642及び3370;1642及び3514;1642及び3658;1642及び4010;1642及び4026;1642及び3914;1642及び3938;1642及び3858;1642及び3818;1642及び3794;1642及び3802;1642及び3746;1642及び3778;1642及び3770;1642及び3722;1642及び3690;1642及び3682;1642及び3330;1642及び3354;1642及び3394;1642及び3386;1738及び3418;1738及び3370;1738及び3514;1738及び3658;1738及び4010;1738及び4026;1738及び3914;1738及び3938;1738及び3858;1738及び3818;1738及び3794;1738及び3802;1738及び3746;1738及び3778;1738及び3770;1738及び3722;1738及び3690;1738及び3682;1738及び3330;1738及び3354;1738及び3394;1738及び3386;2258及び3418;2258及び3370;2258及び3514;2258及び3658;2258及び4010;2258及び4026;2258及び3914;2258及び3938;2258及び3858;2258及び3818;2258及び3794;2258及び3802;2258及び3746;2258及び3778;2258及び3770;2258及び3722;2258及び3690;2258及び3682;2258及び3330;2258及び3354;2258及び3394;2258及び3386;2114及び3418;2114及び3370;2114及び3514;2114及び3658;2114及び4010;2114及び4026;2114及び3914;2114及び3938;2114及び3858;2114及び3818;2114及び3794;2114及び3802;2114及び3746;2114及び3778;2114及び3770;2114及び3722;2114及び3690;2114及び3682;2114及び3330;2114及び3354;2114及び3394;1706及び3386;1642及び3418;1642及び3370;1642及び3514;1642及び3658;1642及び4010;1642及び4026;1642及び3914;1642及び3938;1642及び3858;1642及び3818;1642及び3794;1642及び3802;1642及び3746;1642及び3778;1642及び3770;1642及び3722;1642及び3690;1642及び3682;1642及び3330;1642及び3354;1642及び3394;1642及び3386;1738及び3418;1738及び3370;1738及び3514;1738及び3658;1738及び4010;1738及び4026;1738及び3914;1738及び3938;1738及び3858;1738及び3818;1738及び3794;1738及び3802;1738及び3746;1738及び3778;1738及び3770;1738及び3722;1738及び3690;1738及び3682;1738及び3330;1738及び3354;1738及び3394;1738及び3386;1746及び3418;1746及び3370;1746及び3514;1746及び3658;1746及び4010;1746及び4026;1746及び3914;1746及び3938;1746及び3858;1746及び3818;1746及び3794;1746及び3802;1746及び3746;1746及び3778;1746及び3770;1746及び3722;1746及び3690;1746及び3682;1746及び3330;1746及び3354;1746及び3394;1746及び3386;2322及び3418;2322及び3370;2322及び3514;2322及び3658;2322及び4010;2322及び4026;2322及び3914;2322及び3938;2322及び3858;2322及び3818;2322及び3794;2322及び3802;2322及び3746;2322及び3778;2322及び3770;2322及び3722;2322及び3690;2322及び3682;2322及び3330;2322及び3354;2322及び3394;2322及び3386;1770及び3418;1770及び3370;1770及び3514;1770及び3658;1770及び4010;1770及び4026;1770及び3914;1770及び3938;1770及び3858;1770及び3818;1770及び3794;1770及び3802;1770及び3746;1770及び3778;1770及び3770;1770及び3722;1770及び3690;1770及び3682;1770及び3330;1770及び3354;1770及び3394;1770及び3386;1538及び3418;1538及び3370;1538及び3514;1538及び3658;1538及び4010;1538及び4026;1538及び3914;1538及び3938;1538及び3858;1538及び3818;1538及び3794;1538及び3802;1538及び3746;1538及び3778;1538及び3770;1538及び3722;1538及び3690;1538及び3682;1538及び3330;1538及び3354;1538及び3394;1538及び3386;2514及び3418;2514及び3370;2514及び3514;2514及び3658;2514及び4010;2514及び4026;2514及び3914;2514及び3938;2514及び3858;2514及び3818;2514及び3794;2514及び3802;2514及び3746;2514及び3778;2514及び3770;2514及び3722;2514及び3690;2514及び3682;2514及び3330;2514及び3354;2514及び3394;2514及び3386;2458及び3418;2458及び3370;2458及び3514;2458及び3658;2458及び4010;2458及び4026;2458及び3914;2458及び3938;2458及び3858;2458及び3818;2458及び3794;2458及び3802;2458及び3746;2458及び3778;2458及び3770;2458及び3722;2458及び3690;2458及び3682;2458及び3330;2458及び3354;2458及び3394;2458及び3386;2194及び3418;2194及び3370;2194及び3514;


    2194及び3658;2194及び4010;2194及び4026;2194及び3914;2194及び3938;2194及び3858;2194及び3818;2194及び3794;2194及び3802;2194及び3746;2194及び3778;2194及び3770;2194及び3722;2194及び3690;2194及び3682;2194及び3330;2194及び3354;2194及び3394;2194及び3386;2594及び3418;2594及び3370;2594及び3514;2594及び3658;2594及び4010;2594及び4026;2594及び3914;2594及び3938;2594及び3858;2594及び3818;2594及び3794;2594及び3802;2594及び3746;2594及び3778;2594及び3770;2594及び3722;2594及び3690;2594及び3682;2594及び3330;2594及び3354;2594及び3394;2594及び3386;2618及び3418;2618及び3370;2618及び3514;2618及び3658;2618及び4010;2618及び4026;2618及び3914;2618及び3938;2618及び3858;2618及び3818;2618及び3794;2618及び3802;2618及び3746;2618及び3778;2618及び3770;2618及び3722;2618及び3690;2618及び3682;2618及び3330;2618及び3354;2618及び3394;ならびに2618及び3386から選択される第1及び第2のスペーサー配列;または
    b.配列番号2202及び3418;2202及び3370;2202及び3514;2202及び3658;2178及び3418;2178及び3370;2178及び3514;2178及び3658;2170及び3418;2170及び3370;2170及び3514;2170及び3658;2162及び3418;2162及び3370;2162及び3514;2162及び3658;2202及び4010;2202及び4026;2202及び3914;2202及び3938;2202及び3858;2202及び3818;2202及び3794;2202及び3802;2202及び3746;2202及び3778;2202及び3770;2202及び3722;2202及び3690;2202及び3682;2202及び3330;2202及び3354;2202及び3394;2202及び3386;2178及び4010;2178及び4026;2178及び3914;2178及び3938;2178及び3858;2178及び3818;2178及び3794;2178及び3802;2178及び3746;2178及び3778;2178及び3770;2178及び3722;2178及び3690;2178及び3682;2178及び3330;2178及び3354;2178及び3394;2178及び3386;2170及び4010;2170及び4026;2170及び3914;2170及び3938;2170及び3858;2170及び3818;2170及び3794;2170及び3802;2170及び3746;2170及び3778;2170及び3770;2170及び3722;2170及び3690;2170及び3682;2170及び3330;2170及び3354;2170及び3394;2170及び3386;2162及び4010;2162及び4026;2162及び3914;2162及び3938;2162及び3858;2162及び3818;2162及び3794;2162及び3802;2162及び3746;2162及び3778;2162及び3770;2162及び3722;2162及び3690;2162及び3682;2162及び3330;2162及び3354;2162及び3394;及び2162;ならびに3386から選択される第1及び第2のスペーサー配列;または
    c.配列番号2202及び3418;2202及び3370;2202及び3514;2202及び3658;2178及び3418;2178及び3370;2178及び3514;2178及び3658;2170及び3418;2170及び3370;2170及び3514;2170及び3658;2162及び3418;2162及び3370;2162及び3514;ならびに2162及び3658から選択される第1及び第2のスペーサー配列;または
    d.配列番号3778及び2514;3778及び2258;3778及び2210;3386及び2514;3386及び2258;3386及び2210;3354及び2514;3354及び2258;ならびに3354及び2210から選択される第1及び第2のスペーサー配列;または
    e.配列番号3778及び2258;3778及び2210;3386及び2258;3386及び2210;ならびに3354及び2514から選択される第1及び第2のスペーサー配列;または
    f.配列番号3346及び2554;3346及び2498;3330及び2554;3330及び2498;3330及び2506;ならびに3330及び2546から選択される第1及び第2のスペーサー配列;または
    g.配列番号1153及び1129;または
    h.配列番号3346及び2554;3346及び2498;3330及び2554;3330及び2498;3354及び2546;3354及び2506;3378及び2546;ならびに3378及び2506から選択される第1及び第2のスペーサー配列;または
    i.配列番号3346及び2554;3346及び2498;3330及び2554;ならびに3330及び2498から選択される第1及び第2のスペーサー配列;または
    j.a)からi)までの前記第1及び第2のスペーサー配列のいずれかの少なくとも17、18、19、もしくは20個の連続したヌクレオチドを含む第1及び第2のスペーサー配列;または
    k.a)からj)までの前記第1及び第2のスペーサー配列のいずれかと少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、94%、93%、92%、91%、または90%同一である第1及び第2のスペーサー配列、を含む、前記第1及び第2のスペーサー配列を含む前記1対のガイドRNA、または前記1対のガイドRNAをコードする前記1つ以上の核酸、を含む、前記組成物。
  2. 組成物であって、
    1対のスペーサー配列を含む1対のガイドRNA、または前記1対のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸を含み、前記1対のスペーサー配列が、
    a.配列番号2856、2864、2880、2896、2904、2912、2936、2944、2960、2992、3016、3024、3064、3096、3112、3128、3136、3144、3160、3168、3192、3200、3208、3216、3224、3232、3240、3248、3256、3264、3314、3330、3346、3354、3370、3378、3386、3394、3410、3418、3426、3434、3442、3450、3458、3474、3482、3490、3498、3506、3514、3522、3530、3538、3546、3554、3570、3578、3586、3602、3610、3618、3634、3642、3658、3674、3682、3690、3698、3706、3722、3746、3762、3770、3778、3794、3802、3818、3826、3834、3850、3858、3890、3898、3906、3914、3922、3930、3938、3946、3994、4010、4018、4026、4034、4042、4208、及び4506から選択される第1のスペーサー配列、ならびに配列番号560、584、608、616、656、672、688、696、712、744、752、760、840、864、960、976、984、1008、1056、1128、1136、1152、1224、1240、1272、1338、1346、1370、1378、1386、1394、1402、1410、1418、1426、1434、1442、1458、1474、1482、1490、1498、1514、1538、1546、1554、1562、1578、1586、1594、1602、1610、1626、1634、1642、1650、1658、1690、1706、1714、1738、1746、1770、1778、1786、1802、1810、1818、1826、1834、1842、1850、1890、1914、1930、1938、1946、1962、1970、1978、1986、1994、2010、2018、2026、2042、2050、2058、2090、2114、2130、2162、2170、2178、2202、2210、2226、2242、2258、2266、2274、2282、2298、2314、2322、2330、2338、2346、2354、2370、2378、2394、2418、2434、2442、2458、2466、2474、2498、2506、2514、2522、2546、2554、2570、2586、2658、4989、4990、4991、及び4992から選択される第2のスペーサー配列または;
    b.配列番号3778、4026、3794、4010、3906及び3746から選択される第1のスペーサー配列、ならびに配列番号1778、1746、1770、1586、1914、及び2210から選択される第2のスペーサー配列;または
    c.配列番号3778及び1778;3778及び1746;3778及び1770;3778及び1586;3778及び1914;3778及び2210;4026及び1778;4026及び1746;4026及び1770;4026及び1586;4026及び1914;4026及び2210;3794及び1778;3794及び1746;3794及び1770;3794及び1586;3794及び1586;3794及び1914;3794及び2210;4010及び1778;4010及び1770;4010及び1746;4010及び1586;4010及び1914;4010及び2210;3906及び1778;3906及び1778;3906及び1746;3906及び1770;3906及び1586;3906及び1914;3906及び2210;3746及び1778;3746及び1746;3746及び1770;3746及び1586;3746及び1914;ならびに3746及び2210から選択される第1及び第2のスペーサー配列;または
    d.配列番号3256、2896、3136、及び3224から選択される第1のスペーサー配列、ならびに4989、560、672、976、760、984、及び616から選択される第2のスペーサー配列;または
    e.配列番号3256及び4989;3256及び984;3256及び616;2896及び4989;2896及び672;2896及び760;3136及び4989;3136及び560;3224及び4989;3224及び976;ならびに3224及び760から選択される第1及び第2のスペーサー配列;または
    f.a)からe)までの前記第1及び第2のスペーサー配列のいずれかの少なくとも17、18、19、もしくは20個の連続したヌクレオチドを含む第1及び第2のスペーサー配列;または
    g.a)からf)までの前記第1及び第2のスペーサー配列のいずれかと少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、94%、93%、92%、91%、または90%同一である第1及び第2のスペーサー配列、を含む、前記組成物。
  3. 組成物であって、
    i)スペーサー配列を含むガイドRNA、または前記ガイドRNAをコードする核酸であって、
    a.配列番号5262、5782、5830、5926、5950、5998、6022、5310、及び5334から選択されるスペーサー配列;または
    b.配列番号5830、6022、5262、及び5310から選択されるスペーサー配列;または
    c.配列番号5262、5334、及び5830から選択されるスペーサー配列;または
    d.配列番号5262;または
    e.配列番号5264、5336、5832、6024、及び5312から選択されるスペーサー配列;または
    f.a)からe)までの前記スペーサー配列のいずれか1つの少なくとも17、18、19、もしくは20個の連続したヌクレオチドを含むスペーサー配列;または
    g.a)からf)までの前記スペーサー配列のいずれか1つと少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、94%、93%、92%、91%、または90%同一であるスペーサー配列を含む、前記スペーサー配列を含む前記ガイドRNA、または前記ガイドRNAをコードする前記核酸;あるいは
    ii)第1及び第2のスペーサー配列を含む1対のガイドRNA、または前記1対のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸であって、
    a.配列番号5782及び5262;5830及び5262;5926及び5262;5950及び5262;ならびに5998及び5262から選択される第1及び第2のスペーサー配列;または
    b.配列番号5830及び5262;ならびに6022及び5310から選択される第1及び第2のスペーサー配列;または
    c.配列番号:5334及び5830;または
    d.a)からc)までの前記第1及び第2のスペーサー配列のいずれかの少なくとも17、18、19、もしくは20個の連続したヌクレオチドを含む第1及び第2のスペーサー配列;または
    e.a)からd)までの前記第1及び第2のスペーサー配列のいずれかと少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、94%、93%、92%、91%、または90%同一である第1及び第2のスペーサー配列、を含む、前記第1及び第2のスペーサー配列を含む前記1対のガイドRNA、または前記1対のガイドRNAをコードする前記1つ以上の核酸、を含む、前記組成物。
  4. 組成物であって、
    i)スペーサー配列を含むガイドRNA、または前記ガイドRNAをコードする核酸であって、
    a.配列番号28130、34442、45906、26562、52666、51322、46599、52898、26546、7447、47047、49986、51762、51754、52290、52298、51474、52306、50682、51706、52098、50714、51498、52498、50978、51746、52106、51506、50674、52082、52506、50538、52066、52386、52090、52266、52474、52258、52434、50706、51490、52458、51466、52354、51914、51362、51058、50170、51954、52250、51930、51682、52594、52610、51162、49162、50898、49226、51658、52554、52634、51394、49034、52546、52522、52618、52530、28322、26530、26578、26602、26634、26626、26698、26746、26754、26786、26882、27722、27730、27738、27770、27754、27762、27802、27850、27842、27922、27946、27986、28114、28122、28146、28186、28194、28338、28346、28322、28378、28370、28458、28506、28634、28642、28650、34442、及び45906から選択されるスペーサー配列;または
    b.配列番号51706、51058、51754、52090、52594、52098、52298、52106、51682、52066、52354、52458、52290、52498、51658、51930、51162、52506、51762、51746、52386、52258、52530、52634、27850、28634、26882、28650、28370、28194、26626、26634、26786、26754、27770、26578、28130、27738、28338、28642、26602、27754、27730、及び28122から選択されるスペーサー配列;または
    c.配列番号47047、7447、7463、46967、46768、7680、及び47032から選択されるスペーサー配列;または
    d.配列番号47045、7445、7461、46766、7678、及び47030から選択されるスペーサー配列;または
    e.a)からd)までの前記スペーサー配列のいずれか1つの少なくとも17、18、19、もしくは20個の連続したヌクレオチドを含むスペーサー配列;または
    f.a)からe)までの前記スペーサー配列のいずれか1つと少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、94%、93%、92%、91%、または90%同一であるスペーサー配列を含む、前記スペーサー配列を含む前記ガイドRNA、または前記ガイドRNAをコードする前記核酸;あるいは
    ii)第1及び第2のスペーサー配列を含む1対のガイドRNA、または前記1対のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸であって、
    a.配列番号47047及び7447;7463及び46967;46768及び7680;ならびに47032及び7447から選択される第1及び第2のスペーサー配列;または
    b.配列番号:47047及び7447;または
    c.配列番号52898及び26546;または
    d.a)からc)までの前記第1及び第2のスペーサー配列のいずれかの少なくとも17、18、19、もしくは20個の連続したヌクレオチドを含む第1及び第2のスペーサー配列;または
    e.a)からd)までの前記第1及び第2のスペーサー配列のいずれかと少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、94%、93%、92%、91%、または90%同一である第1及び第2のスペーサー配列、を含む、前記第1及び第2のスペーサー配列を含む前記1対のガイドRNA、または前記1対のガイドRNAをコードする前記1つ以上の核酸を含む、前記組成物。
  5. RNA標的化エンドヌクレアーゼ、または前記RNA標的化エンドヌクレアーゼをコードする核酸をさらに含む、先行請求項のいずれか1項に記載の組成物。
  6. 前記RNA標的化エンドヌクレアーゼがCasヌクレアーゼである、先行請求項のいずれか1項に記載の組成物。
  7. 前記CasヌクレアーゼがCas9である、請求項6に記載の組成物。
  8. 前記Cas9ヌクレアーゼがStreptococcus pyogenesに由来する、請求項7に記載の組成物。
  9. 前記Cas9ヌクレアーゼがStaphylococcus aureusに由来する、請求項7に記載の組成物。
  10. 前記CasヌクレアーゼがCpf1ヌクレアーゼである、請求項6に記載の組成物。
  11. DNA-PK阻害剤をさらに含む、先行請求項のいずれか1項に記載の組成物。
  12. 前記ガイドRNAがsgRNAである、先行請求項のいずれかに記載の組成物。
  13. 前記sgRNAが修飾されている、請求項12に記載の組成物。
  14. 前記修飾により、1つ以上の2’位置及び/またはホスホジエステル結合が改変される、請求項13に記載の組成物。
  15. 前記修飾により、前記sgRNAの最初の3つのヌクレオチドのうちの1つ以上、またはすべてが改変される、請求項13~14のいずれか1項に記載の組成物。
  16. 前記修飾により、前記sgRNAの最後の3つのヌクレオチドのうちの1つ以上、またはすべてが改変される、請求項13~15のいずれか1項に記載の組成物。
  17. 前記修飾が、ホスホロチオエート修飾、2’-OMe修飾、2’-O-MOE修飾、2’-F修飾、2’-O-メチン-4’ブリッジ修飾、3’-チオホスホノアセテート修飾、または2’-デオキシ修飾のうちの1つ以上を含む、請求項13~16のいずれか1項に記載の組成物。
  18. 先行請求項のいずれか1項に記載の組成物であって、薬学的に許容される賦形剤をさらに含む、前記組成物。
  19. 前記ガイドRNAが脂質ナノ粒子(LNP)またはウイルスベクターと会合している、先行請求項のいずれか1項に記載の組成物。
  20. 前記ウイルスベクターが、アデノ随伴ウイルスベクター、レンチウイルスベクター、インテグラーゼ欠損レンチウイルスベクター、アデノウイルスベクター、ワクシニアウイルスベクター、アルファウイルスベクター、または単純ヘルペスウイルスベクターである、請求項19に記載の組成物。
  21. 前記ウイルスベクターがアデノ随伴ウイルス(AAV)ベクターである、請求項19に記載の組成物。
  22. 前記AAVベクターがAAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAVrh10、AAVrh74、またはAAV9ベクターであり、AAVに続く番号がAAV血清型を示す、請求項21に記載の組成物。
  23. 前記AAVベクターがAAV血清型9ベクターである、請求項22に記載の組成物。
  24. 前記AAVベクターがAAVrh10ベクターである、請求項22に記載の組成物。
  25. 前記AAVベクターがAAVrh74ベクターである、請求項22に記載の組成物。
  26. 前記ウイルスベクターが組織特異的プロモーターを含む、請求項19~25のいずれか1項に記載の組成物。
  27. ウイルスベクターを含み、前記ウイルスベクターが筋肉特異的プロモーターを含み、任意選択で、前記筋肉特異的プロモーターが筋肉クレアチンキナーゼプロモーター、デスミンプロモーター、MHCK7プロモーター、SPc5-12プロモーター、またはCK8eプロモーターである、請求項19~26のいずれか1項に記載の組成物。
  28. 前記ウイルスベクターがニューロン特異的プロモーターを含み、任意選択で前記ニューロン特異的プロモーターがエノラーゼプロモーターである、請求項19~25のいずれか1項に記載の組成物。
  29. DNA中のトリヌクレオチドリピート(TNR)を特徴とする疾患または障害を治療する方法であって、TNRを含む細胞に、i)RNA標的化エンドヌクレアーゼを前記TNRにまたはその近くに誘導する、スペーサー配列もしくは1対のスペーサー配列を含むガイドRNAもしくは1対のガイドRNA、または前記ガイドRNAもしくは前記1対のガイドRNAをコードする核酸;ii)RNA標的化エンドヌクレアーゼまたは前記RNA標的化エンドヌクレアーゼをコードする核酸;及びiii)DNA-PK阻害剤、を送達することを含む、前記方法。
  30. DNA中の自己相補的領域を切除する方法であって、前記自己相補的領域を含む細胞に、i)RNA標的化エンドヌクレアーゼを前記自己相補的領域にまたはその近くに誘導する、スペーサー配列もしくは1対のスペーサー配列を含むガイドRNAもしくは1対のガイドRNA、または前記ガイドRNAもしくは前記1対のガイドRNAをコードする核酸;ii)RNA標的化エンドヌクレアーゼまたは前記RNA標的化エンドヌクレアーゼをコードする核酸;及びiii)DNA-PK阻害剤、を送達することを含み、前記自己相補的領域が切除される、前記方法。
  31. DNA中のトリヌクレオチドリピート(TNR)を切除する方法であって、前記TNRを含む細胞に、i)RNA標的化エンドヌクレアーゼを前記TNRにまたはその近くに誘導する、スペーサー配列もしくは1対のスペーサー配列を含むガイドRNAもしくは1対のガイドRNA、または前記ガイドRNAもしくは前記1対のガイドRNAをコードする核酸;ii)RNA標的化エンドヌクレアーゼまたは前記RNA標的化エンドヌクレアーゼをコードする核酸;及びiii)DNA-PK阻害剤、を送達することを含み、少なくとも1つのTNRが切除される、前記方法。
  32. 前記自己相補的領域が、パリンドローム配列、同一方向リピート、逆方向リピート、GCリッチ配列、またはATリッチ配列を含み、任意選択で、GCリッチネスまたはATリッチネスは、ループ形成配列によって任意選択で中断される少なくとも10ヌクレオチドの長さ全体の少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、または95%である、請求項30に記載の方法。
  33. 前記RNA標的化エンドヌクレアーゼをTNRまたは自己相補的領域にまたはその近くに送達する、1対のスペーサー配列を含む1対のガイドRNAを含む、または前記1対のガイドRNAをコードする1つ以上の核酸が前記細胞に送達される、請求項29~32のいずれか1項に記載の方法。
  34. 前記標的が(i)前記TNRもしくは前記自己相補的領域内にあるか、または(ii)前記TNRもしくは前記自己相補的領域の10、15、20、25、30、40、もしくは50ヌクレオチド内にある、請求項29~33のいずれか1項に記載の方法。
  35. DM1、HD、FA、FXS、FXTAS、FXPOI、FXES、XSBMA、SCA1、SCA2、SCA3、SCA6、SCA7、SCA8、SCA12、SCA17、またはDRPLAを有するヒト対象を治療するための医薬を調製するための、請求項29~34のいずれか1項に記載の方法。
  36. 前記TNRが、DMPK遺伝子の3’非翻訳領域(UTR)におけるCTGである、請求項29または31~35のいずれか1項に記載の方法。
  37. DMPK遺伝子の3’UTRの少なくとも一部を切除することを含み、前記切除が筋緊張性ジストロフィー1型(DM1)の治療をもたらす、請求項36に記載の方法。
  38. 前記TNRがFMR1遺伝子内にある、請求項29または31~35のいずれか1項に記載の方法。
  39. 前記切除が脆弱X症候群の治療をもたらす、請求項38に記載の方法。
  40. 前記TNRがFXN遺伝子内にある、請求項29または31~35のいずれか1項に記載の方法。
  41. 前記切除がフリードライヒ運動失調症(FA)の治療をもたらす、請求項40に記載の方法。
  42. 前記TNRが、ハンチンチン、フラタキシン(FXN)、脆弱X精神遅滞1(FMR1)、脆弱X精神遅滞2(FMR2)、アンドロゲン受容体(AR)、アリスタレス関連ホメオボックス(ARX)、アタキシン1(ATXN1)、アタキシン2(ATXN2)、アタキシン3(ATXN3)、カルシウム電位依存性チャネルサブユニットアルファ1A(CACNA1A)、アタキシン7(ATXN7)、ATXN8反対鎖lncRNA(ATXN8OS)、セリン/スレオニンタンパク質ホスファターゼ2A 55kDa調節サブユニットBベータアイソフォーム(PPP2R2B)、TATA結合タンパク質(TBP)、もしくはアトロフィン-1(ATN1)遺伝子内にあるか、または前記TNRが、FMR2の5’UTRに隣接している、請求項29または31~35のいずれか1項に記載の方法。
  43. ハンチンチン(HTT)における切除により、ハンチントン病(HD)の治療がもたらされる;FXNにおける切除により、フリードライヒ運動失調症(FA)の治療がもたらされる;FMR1における切除により、脆弱X症候群(FXS)、脆弱X関連原発性卵巣機能不全(FXPOI)、または脆弱X関連振戦/運動失調症候群(FXTAS)の治療がもたらされる;FMR2におけるまたはFMR2の5’UTRに隣接する切除により、脆弱XE症候群(FXES)の治療がもたらされる;ARにおける切除により、X連鎖性球脊髄性筋萎縮症(XSBMA)の治療がもたらされる;ATXN1における切除により、脊髄小脳失調症1型(SCA1)の治療がもたらされる;ATXN2における切除により、脊髄小脳失調症2型(SCA2)の治療がもたらされる;ATXN3における切除により、脊髄小脳失調症3型(SCA3)の治療がもたらされる;CACNA1Aにおける切除により、脊髄小脳失調症6型(SCA6)の治療がもたらされる;ATXN7における切除により、脊髄小脳失調症7型(SCA7)の治療がもたらされる;ATXN8OSにおける切除により、脊髄小脳失調症8型(SCA8)の治療がもたらされる;PPP2R2Bにおける切除により、脊髄小脳失調症12型(SCA12)の治療がもたらされる;TBPにおける切除により、脊髄小脳失調症17型(SCA17)の治療がもたらされる;またはATN1における切除により、歯状核赤核淡蒼球ルイ体萎縮症(DRPLA)の治療がもたらされる、請求項42に記載の方法。
  44. 少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1500、2000、3000、4000、5000、6000、7000、8000、9000、または10,000TNRが切除される、請求項29または31~43のいずれか1項に記載の方法。
  45. 1~5、5~10、10~20、20~30、40~60、60~80、80~100、100~150、150~200、200~300、300~500、500~700、700~1000、1000~1500、1500~2000、2000~3000、3000~4000、4000~5000、5000~6000、6000~7000、7000~8000、8000~9000、または9000~10,000TNRが切除される、請求項29または31~43のいずれか1項に記載の方法。
  46. 前記TNRがDMPK遺伝子内にあり、前記TNRの切除により、伸長リピートDMPK遺伝子に関連する1つ以上の表現型が改善され、前記改善は、筋緊張性ジストロフィータンパク質キナーゼ活性の増加;ホスホレンマン、ジヒドロピリジン受容体、ミオジェニン、L型カルシウムチャネルベータサブユニット、及び/またはミオシンホスファターゼ標的化サブユニットのリン酸化の増加;ミオシンホスファターゼの阻害の増加;及び/または筋肉喪失、筋衰弱、過眠症、1つ以上の実行機能障害、インスリン抵抗性、白内障形成、禿毛、または男性不妊症もしくは受精能低下の改善、のうちの1つ以上を任意選択で含む、請求項29または31~35のいずれか1項に記載の方法。
  47. 前記TNRがHTT遺伝子内にあり、前記TNRの切除により、伸長リピートHTT遺伝子に関連する1つ以上の表現型が改善され、前記改善は、線条体ニューロン喪失、不随意運動、易刺激性、うつ病、小不随意運動、協調性の欠如、新しい情報の学習や意思決定の困難、歩行、発話、及び/または嚥下の困難、及び/または思考及び/または推論能力の低下、のうちの1つ以上を改善することを任意選択で含む、請求項29または31~35のいずれか1項に記載の方法。
  48. 前記TNRが、FMR1遺伝子内にあり、前記TNRの切除により、伸長リピートFMR1遺伝子に関連する1つ以上の表現型が改善され、前記改善は、異常なFMR1転写物または脆弱X精神遅滞タンパク質レベル、通常FMRPに関連するmRNAの翻訳調節不全、ホスホコフィリン(CFL1)のレベルの低下、ホスホコフィリンホスファターゼPPP2CAのレベルの上昇、神経シナプスへのmRNA輸送の低下、HSP27、HSP70、及び/またはCRYABの発現の増加、ラミンA/Cアイソフォームの異常な細胞分布、40歳未満の閉経などの早期発症閉経、卵巣の発達または機能の欠陥、血清ゴナドトロピン(例えばFSH)のレベルの上昇、進行性意図振戦、パーキンソニズム、認知機能低下、全身性脳萎縮、インポテンス、及び/または発達遅延、のうちの1つ以上を改善することを任意選択で含む、請求項29または31~35のいずれか1項に記載の方法。
  49. 前記TNRがFMR2遺伝子内にあるか、またはFMR2の5’UTRに隣接しており、前記TNRの切除により、FMR2遺伝子内にあるかまたはFMR2遺伝子に隣接する伸長リピートに関連する1つ以上の表現型が改善され、前記改善は、異常なFMR2発現、発達遅延、アイコンタクト不良、言語の反復使用、及びハンドフラッピング、のうちの1つ以上を改善することを任意選択で含む、請求項29または31~35のいずれか1項に記載の方法。
  50. 前記TNRが、AR遺伝子内にあり、前記TNRの切除により、伸長リピートAR遺伝子に関連する1つ以上の表現型が改善され、前記改善は、異常なAR発現、アンドロゲン受容体タンパク質のC末端短縮化断片の生成;カスパーゼ-3及び/またはユビキチン-プロテアソーム経路を介したアンドロゲン受容体タンパク質のタンパク質分解;CREB結合タンパク質を含む核内封入体の形成;p44/42、p38、及び/またはSAPK/JNKの異常なリン酸化;筋衰弱;筋消耗;歩行、嚥下、及び/または発話の困難;女性化乳房;及び/または男性不妊症、のうちの1つ以上を改善することを任意選択で含む、請求項29または31~35のいずれか1項に記載の方法。
  51. 前記TNRが、ATXN1遺伝子内にあり、前記TNRの切除により、伸長リピートATXN1遺伝子に関連する1つ以上の表現型が改善され、前記改善は、ATXN1を含む凝集体の形成;プルキンエ細胞死;運動失調;筋肉のこわばり;急速な、不随意の眼球運動;手足のしびれ、うずき、または疼痛;及び/または筋肉の痙攣、のうちの1つ以上を改善することを任意選択で含む、請求項29または31~35のいずれか1項に記載の方法。
  52. 前記TNRが、ATXN2遺伝子内にあり、前記TNRの切除により、伸長リピートATXN2遺伝子に関連する1つ以上の表現型が改善され、前記改善は、異常なATXN2産生;プルキンエ細胞死;運動失調;発話または嚥下の困難;手足の感覚喪失及び脱力;認知症;筋消耗;制御不良の筋緊張;及び/または不随意の筋反射運動、のうちの1つ以上を改善することを任意選択で含む、請求項29または31~35のいずれか1項に記載の方法。
  53. 前記TNRが、ATXN3遺伝子内にあり、前記TNRの切除により、伸長リピートATXN3遺伝子に関連する1つ以上の表現型が改善され、前記改善は、異常なATXN3レベル;異常なベクリン-1レベル;オートファジーの阻害;スーパーオキシドジスムターゼ2の調節障害;運動失調;嚥下困難;手足の感覚喪失及び脱力;認知症;筋肉のこわばり;制御不良の筋緊張;振戦;レストレスレッグス症候群;及び/または筋肉の痙攣、のうちの1つ以上を改善することを任意選択で含む、請求項29または31~35のいずれか1項に記載の方法。
  54. 前記TNRが、CACNA1A遺伝子内にあり、前記TNRの切除により、伸長リピートCACNA1A遺伝子に関連する1つ以上の表現型が改善され、前記改善は、CACNA1A発現細胞における異常なCaV2.1電位依存性カルシウムチャネル;運動失調;発話困難;不随意の眼球運動;複視;腕協調運動の喪失;振戦;及び/または制御不良の筋緊張、のうちの1つ以上を改善することを任意選択で含む、請求項29または31~35のいずれか1項に記載の方法。
  55. 前記TNRが、ATXN7遺伝子内にあり、前記TNRの切除により、伸長リピートATXN7遺伝子に関連する1つ以上の表現型が改善され、前記改善は、異常なヒストンアセチル化;異常なヒストン脱ユビキチン化;CRXによるトランス活性化の障害;ATXN7を含む核内封入体の形成;運動失調;歩行の協調運動障害;手、発話及び/または眼球運動の不十分な協調;網膜変性;及び/または色素性黄斑ジストロフィー、のうちの1つ以上を改善することを任意選択で含む、請求項29または31~35のいずれか1項に記載の方法。
  56. 前記TNRが、ATXN8OS遺伝子内にあり、前記TNRの切除により、伸長リピートATXN8OS遺伝子に関連する1つ以上の表現型が改善され、前記改善は、ATXN8OS mRNAを含むリボ核封入体の形成;異常なKLHL1タンパク質発現;運動失調;発話及び/または歩行困難;及び/または不随意の眼球運動、のうちの1つ以上を改善することを任意選択で含む、請求項29または31~35のいずれか1項に記載の方法。
  57. 前記TNRが、PPP2R2B遺伝子内にあり、前記TNRの切除により、伸長リピートPPP2R2B遺伝子に関連する1つ以上の表現型が改善され、前記改善は、異常なPPP2R2B発現;異常なホスファターゼ2活性;運動失調;小脳変性;歩行困難;及び/または手、発話及び/または眼球運動の不十分な協調、のうちの1つ以上を改善することを任意選択で含む、請求項29または31~35のいずれか1項に記載の方法。
  58. 前記TNRが、TBP遺伝子内にあり、前記TNRの切除により、伸長リピートTBP遺伝子に関連する1つ以上の表現型が改善され、前記改善は、異常な転写開始;異常なTBPタンパク質の蓄積(例えば、小脳ニューロンにおける);異常な小脳ニューロン細胞死;運動失調;歩行困難;筋力低下;及び/または認知能力の喪失、のうちの1つ以上を改善することを任意選択で含む、請求項29または31~35のいずれか1項に記載の方法。
  59. 前記TNRが、ATN1遺伝子内にあり、前記TNRの切除により、伸長リピートATN1遺伝子に関連する1つ以上の表現型が改善され、前記改善は、異常な転写調節;異常なATN1タンパク質の蓄積(例えば、ニューロンにおける);異常なニューロン細胞死;不随意運動;及び/または認知能力の喪失、のうちの1つ以上を改善することを任意選択で含む、請求項29または31~35のいずれか1項に記載の方法。
  60. 請求項1~28のいずれか1項に記載の組成物を含む医薬組成物。
  61. DMPK遺伝子の3’UTRにおけるトリヌクレオチドリピート(TNR)を特徴とする疾患または障害を治療する方法であって、請求項1~2または5~28のいずれか1項に記載の組成物、または請求項60に記載の医薬製剤を投与することを含む、前記方法。
  62. 前記DMPK遺伝子の3’UTRにおけるトリヌクレオチドリピート(TNR)を切除する方法であって、請求項1~2、または5~28のいずれか1項に記載の組成物、または請求項60に記載の医薬製剤を投与することを含む、前記方法。
  63. 1つのgRNAのみが投与され、DMPK遺伝子の3’UTRにおけるCTGリピートが切除される、請求項61または62に記載の方法。
  64. 前記gRNAが、
    a.配列番号3746、3778、3394、3386、3938、3818、3722、3858、3370、1706、2210、2114、1538、及び2594から選択されるスペーサー配列;または
    b.配列番号3330、3746、3778、3394、4026、3386、3938、3818、3722、3802、3858、3514、3770、3370、2202、1706、2210、1778、2114、1738、1746、2322、1538、2514、2458、2194、及び2594から選択されるスペーサー配列;または
    c.配列番号3330、3314、2658、2690、2554、及び2498から選択されるスペーサー配列;または
    d.配列番号3314、2690、2554、及び2498から選択されるスペーサー配列;または
    e.配列番号3914、3514、1778、2458、3858、3418、1706、及び2258から選択されるスペーサー配列;または
    f.配列番号3914;または
    g.配列番号3418;または
    h.配列番号3938;または
    i.配列番号3916、3420、及び3940から選択されるスペーサー配列、を含むスペーサー配列を含む、請求項63に記載の方法。
  65. FMR1遺伝子の5’UTRにおけるトリヌクレオチドリピート(TNR)を特徴とする疾患または障害を治療する方法であって、請求項3または5~28のいずれか1項に記載の組成物、または請求項60に記載の医薬製剤を投与することを含む、前記方法。
  66. FMR1遺伝子の5’UTRにおけるトリヌクレオチドリピート(TNR)を切除する方法であって、請求項3、または5~28のいずれか1項に記載の組成物、または請求項60に記載の医薬製剤を投与することを含む、前記方法。
  67. 1つのgRNAのみが投与され、FMR1遺伝子の5’UTRにおけるTNRが切除される、請求項65または請求項66に記載の方法。
  68. 前記gRNAが、
    a.配列番号5830、6022、5262、及び5310から選択されるスペーサー配列;または
    b.配列番号5262、5334、及び5830から選択されるスペーサー配列;または
    c.配列番号5262、
    d.配列番号5264、5336、5832、6024、及び5312から選択されるスペーサー配列、を含むスペーサー配列を含む、請求項67に記載の方法。
  69. FXN遺伝子のイントロンにおけるトリヌクレオチドリピート(TNR)を特徴とする疾患または障害を治療する方法であって、請求項4~28のいずれか1項に記載の組成物、または請求項60に記載の医薬製剤を投与することを含む、前記方法。
  70. FXN遺伝子の5’UTRにおけるトリヌクレオチドリピート(TNR)を切除する方法であって、請求項4~28のいずれか1項に記載の組成物、または請求項60に記載の医薬製剤を投与することを含む、前記方法。
  71. 1つのgRNAのみが投与され、FXN遺伝子の5’UTRにおけるTNRが切除される、請求項69または請求項70に記載の方法。
  72. 前記gRNAが、
    a.配列番号47047、7447、7463、46967、46768、7680、及び47032から選択されるスペーサー配列;または
    b.配列番号47045、7445、7461、46766、7678、及び47030から選択されるスペーサー配列、を含むスペーサー配列を含む、請求項71に記載の方法。
  73. DNA-PK阻害剤を投与することをさらに含む、請求項29~59または61~72のいずれか1項に記載の方法。
  74. 前記DNA-PK阻害剤が化合物6である、請求項73に記載の方法。
  75. 前記DNA-PK阻害剤が化合物3である、請求項73に記載の方法。
  76. DMPK遺伝子の3’UTRにおけるトリヌクレオチドリピート(TNR)を切除する方法であって、1対のスペーサー配列を含む1対のガイドRNAを投与することを含み、第1のスペーサー配列は、RNAガイド型DNAヌクレアーゼを、配列の第1のストレッチ内の任意のヌクレオチドに誘導し、ここで、前記第1のストレッチは、
    a.spCas9によるDMPK-U29切断部位の1ヌクレオチドから開始し、前記リピートまで続くか;または
    b.spCas9によるDMPK-U30切断部位の1ヌクレオチドから開始し、DMPK-U56切断部位の1ヌクレオチド前まで続くか;または
    c.spCas9によるDMPK-U30切断部位の1ヌクレオチドから開始し、DMPK-U52切断部位の1ヌクレオチド前まで続くか;または
    d.配列番号53413であるか;または
    e.配列番号53414であるか;または
    f.配列番号53415である、前記方法。
  77. DMPK遺伝子の3’UTRにおけるトリヌクレオチドリピート(TNR)を切除する方法であって、1対のスペーサー配列を含む1対のガイドRNAを投与することを含み、第2のスペーサー配列は、RNAガイド型DNAヌクレアーゼを、配列の第2のストレッチ内の任意のヌクレオチドに誘導し、ここで、前記第2のストレッチは、
    a.spCas9によるDMPK-D15切断部位の1ヌクレオチドから開始し、DMPK-D51切断部位の1ヌクレオチド前まで続くか;または
    b.spCas9によるDMPK-D35切断部位の1ヌクレオチドから開始し、DMPK-D51切断部位の1ヌクレオチド前まで続くか;または
    c.配列番号53416であるか;または
    d.配列番号53417である、前記方法。
  78. DMPK遺伝子の3’UTRにおけるトリヌクレオチドリピート(TNR)を切除する方法であって、1対のスペーサー配列を含む1対のガイドRNAを投与することを含み、
    i.第1のスペーサー配列は、RNAガイド型DNAヌクレアーゼを、配列の第1のストレッチ内の任意のヌクレオチドに誘導し、ここで、前記第1のストレッチは、
    a.spCas9によるDMPK-U29切断部位の1ヌクレオチドから開始し、前記リピートまで続くか;または
    b.spCas9によるDMPK-U30切断部位の1ヌクレオチドから開始し、DMPK-U56切断部位の1ヌクレオチド前まで続くか;または
    c.spCas9によるDMPK-U30切断部位の1ヌクレオチドから開始し、DMPK-U52切断部位の1ヌクレオチド前まで続くか;または
    d.配列番号53413であるか;または
    e.配列番号53414であるか;または
    f.配列番号53415であり;及び
    ii.第2のスペーサー配列は、RNAガイド型DNAヌクレアーゼを、配列の第2のストレッチ内の任意のヌクレオチドに誘導し、ここで、前記第2のストレッチは、
    a.spCas9によるDMPK-D15切断部位の1ヌクレオチドから開始し、DMPK-D51切断部位の1ヌクレオチド前まで続くか;または
    b.spCas9によるDMPK-D35切断部位の1ヌクレオチドから開始し、DMPK-D51切断部位の1ヌクレオチド前まで続くか;または
    c.配列番号53416であるか;または
    d.配列番号53417である、前記方法。
  79. DNA-PK阻害剤を投与することをさらに含む、請求項76~78に記載の方法。
  80. 前記DNA-PK阻害剤が化合物6である、請求項79に記載の方法。
  81. 前記DNA-PK阻害剤が化合物3である、請求項79に記載の方法。
  82. RNA標的化エンドヌクレアーゼ、または前記RNA標的化エンドヌクレアーゼをコードする核酸を投与することをさらに含む、請求項76~81のいずれか1項に記載の方法。
  83. 前記RNA標的化エンドヌクレアーゼがCasヌクレアーゼである、請求項82に記載の方法。
  84. 前記CasヌクレアーゼがCas9である、請求項83に記載の方法。
  85. 前記Cas9ヌクレアーゼがStreptococcus pyogenesに由来する、請求項84に記載の方法。
  86. 前記Cas9ヌクレアーゼがStaphylococcus aureusに由来する、請求項84に記載の方法。
  87. 前記CasヌクレアーゼがCpf1ヌクレアーゼである、請求項83に記載の方法。
  88. a.前記U29切断部位は、chr19:ヌクレオチド45,770,383と45,770,384との間にあり、これは、以下の配列:ttcacaaccgctccgagcgtggg中のに対応しており;
    b.前記U30切断部位は、chr19:45,770,385と45,770,386との間にあり、これは、以下の配列:gctgggcggagacccacgctcgg中のに対応しており;
    c.前記D15切断部位は、chr19:45,770,154と45,770,155との間にあり、これは、以下の配列:ggctgaggccctgacgtggatgg中のに対応しており;
    d.前記D35切断部位は、chr19:45,770,078と45,770,079との間にあり、これは、以下の配列:cacgcacccccacctatcgttgg中のに対応している、請求項76~87のいずれか一項に記載の方法。
  89. TNRまたは自己相補的領域を切除することができるガイドRNAをスクリーニングする方法であって、
    a.i.細胞を、ガイドRNA、RNA標的化エンドヌクレアーゼ、及びDNA-PK阻害剤と接触させることと;
    ii.i)で使用されたものと同じタイプの細胞を、前記ガイドRNA、前記RNA標的化エンドヌクレアーゼと接触させるがDNA-PK阻害剤は用いないことと;
    b.ステップa)i)で接触させた前記細胞からの前記TNRまたは自己相補的領域の前記切除をステップa)ii)で接触させた前記細胞と比較することと;
    c.前記DNA-PK阻害剤を用いない場合と比較して、前記DNA-PK阻害剤の存在下で前記切除が改善されるガイドRNAを選択することと、を含む、前記方法。
  90. TNRまたは自己相補的領域を切除することができる1対のガイドRNAをスクリーニングする方法であって、
    a.i.細胞を、1対のガイドRNA、RNA標的化エンドヌクレアーゼ、及びDNA-PK阻害剤と接触させることと;
    ii.i)で使用されたものと同じタイプの細胞を、前記ガイドRNA、前記RNA標的化エンドヌクレアーゼと接触させるがDNA-PK阻害剤を用いないことと;
    b.ステップa)i)で接触させた前記細胞からの前記TNRまたは自己相補的領域の前記切除をステップa)ii)で接触させた前記細胞と比較することと;
    c.前記DNA-PK阻害剤を用いない場合と比較して、前記DNA-PK阻害剤の存在下で前記切除が改善される1対のガイドRNAを選択することと、を含む、前記方法。
  91. 前記DNA-PK阻害剤が化合物6である、請求項89または請求項90に記載の方法。
  92. 前記DNA-PK阻害剤が化合物3である、請求項89または請求項90に記載の方法。
  93. 前記ガイドRNAまたは1対のガイドRNAが、前記RNA標的化エンドヌクレアーゼをDMPK遺伝子の3’UTRに誘導する、請求項89~92のいずれか1項に記載の方法。
  94. 前記ガイドRNAまたは1対のガイドRNAが、前記RNA標的化エンドヌクレアーゼをFMR1遺伝子の5’UTRに誘導する、請求項89~92のいずれか1項に記載の方法。
  95. 前記ガイドRNAまたは1対のガイドRNAが、前記RNA標的化エンドヌクレアーゼをFXN遺伝子の5’UTRに誘導する、請求項89~92のいずれか1項に記載の方法。
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Families Citing this family (10)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2022098933A1 (en) * 2020-11-06 2022-05-12 Vertex Pharmaceuticals Incorporated Compositions and methods for treatment of dm1 with slucas9 and sacas9
TW202246510A (zh) * 2021-02-26 2022-12-01 美商維泰克斯製藥公司 以crispr/slucas9治療第1型肌強直性營養不良之組合物及方法
TW202302848A (zh) * 2021-02-26 2023-01-16 美商維泰克斯製藥公司 以crispr/sacas9治療第1型肌強直性營養不良之組合物及方法
WO2022234519A1 (en) * 2021-05-05 2022-11-10 Crispr Therapeutics Ag Compositions and methods for using sacas9 scaffold sequences
WO2023010133A2 (en) * 2021-07-30 2023-02-02 Tune Therapeutics, Inc. Compositions and methods for modulating expression of frataxin (fxn)
WO2023015014A1 (en) * 2021-08-05 2023-02-09 Prime Medicine, Inc. Genome editing compositions and methods for treatment of myotonic dystrophy
WO2023018637A1 (en) * 2021-08-09 2023-02-16 Vertex Pharmaceuticals Incorporated Gene editing of regulatory elements
WO2023081426A1 (en) * 2021-11-05 2023-05-11 Prime Medicine, Inc. Genome editing compositions and methods for treatment of friedreich's ataxia
WO2023086558A1 (en) * 2021-11-11 2023-05-19 Prime Medicine, Inc. Genome editing compositions and methods for treatment of fragile x syndrome
WO2024077247A1 (en) * 2022-10-07 2024-04-11 The Broad Institute, Inc. Base editing methods and compositions for treating triplet repeat disorders

Family Cites Families (28)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5585481A (en) 1987-09-21 1996-12-17 Gen-Probe Incorporated Linking reagents for nucleotide probes
US5378825A (en) 1990-07-27 1995-01-03 Isis Pharmaceuticals, Inc. Backbone modified oligonucleotide analogs
DK1695979T3 (da) 1991-12-24 2011-10-10 Isis Pharmaceuticals Inc Gappede modificerede oligonukleotider
WO1995032305A1 (en) 1994-05-19 1995-11-30 Dako A/S Pna probes for detection of neisseria gonorrhoeae and chlamydia trachomatis
PL220644B1 (pl) 2001-11-13 2015-11-30 Univ Pennsylvania Wirus stowarzyszony z adenowirusem (AAV), kompozycja, wyizolowane białko kapsydowe, wyizolowane lub syntetyczne cząsteczki kwasu nukleinowego, sposób wytwarzania zrekombinowanego wirusa, komórka gospodarza
US20040175727A1 (en) 2002-11-04 2004-09-09 Advisys, Inc. Synthetic muscle promoters with activities exceeding naturally occurring regulatory sequences in cardiac cells
CN104520428B (zh) 2012-02-17 2018-09-21 费城儿童医院 将基因转移到细胞、器官和组织的aav载体组合物和方法
CN106977495B (zh) 2012-04-24 2020-08-04 沃泰克斯药物股份有限公司 Dna-pk抑制剂
US20140310830A1 (en) 2012-12-12 2014-10-16 Feng Zhang CRISPR-Cas Nickase Systems, Methods And Compositions For Sequence Manipulation in Eukaryotes
ES2576128T3 (es) 2012-12-12 2016-07-05 The Broad Institute, Inc. Modificación por tecnología genética y optimización de sistemas, métodos y composiciones para la manipulación de secuencias con dominios funcionales
IL308158A (en) 2012-12-17 2023-12-01 Harvard College RNA-guided human genome engineering
JP6491113B2 (ja) * 2013-02-25 2019-03-27 サンガモ セラピューティクス, インコーポレイテッド ヌクレアーゼ媒介性遺伝子破壊を増強するための方法および組成物
ES2900061T3 (es) 2013-03-12 2022-03-15 Vertex Pharma Inhibidores de DNA-PK
US9840699B2 (en) 2013-12-12 2017-12-12 President And Fellows Of Harvard College Methods for nucleic acid editing
CA2932472A1 (en) * 2013-12-12 2015-06-18 Massachusetts Institute Of Technology Compositions and methods of use of crispr-cas systems in nucleotide repeat disorders
EP3129484A1 (en) 2014-03-25 2017-02-15 Editas Medicine, Inc. Crispr/cas-related methods and compositions for treating hiv infection and aids
KR101823661B1 (ko) * 2014-04-24 2018-01-30 기초과학연구원 마이크로 상동 기반의 유전자 녹아웃을 위한 뉴클레아제 표적 서열을 확인하는 방법
WO2015173436A1 (en) * 2014-05-16 2015-11-19 Vrije Universiteit Brussel Genetic correction of myotonic dystrophy type 1
EP3858990A1 (en) 2015-03-03 2021-08-04 The General Hospital Corporation Engineered crispr-cas9 nucleases with altered pam specificity
WO2016174056A1 (en) * 2015-04-27 2016-11-03 Genethon Compositions and methods for the treatment of nucleotide repeat expansion disorders
EP3420080B1 (en) * 2016-02-22 2019-08-21 Caribou Biosciences, Inc. Methods for modulating dna repair outcomes
US11427838B2 (en) * 2016-06-29 2022-08-30 Vertex Pharmaceuticals Incorporated Materials and methods for treatment of myotonic dystrophy type 1 (DM1) and other related disorders
WO2018013840A1 (en) 2016-07-13 2018-01-18 Vertex Pharmaceuticals Incorporated Methods, compositions and kits for increasing genome editing efficiency
WO2018078131A1 (en) * 2016-10-28 2018-05-03 Genethon Compositions and methods for the treatment of myotonic dystrophy
JP7157052B2 (ja) * 2016-10-28 2022-10-19 ジェネトン 筋緊張性ジストロフィーの治療のための組成物および方法
KR20200110687A (ko) 2018-01-17 2020-09-24 버텍스 파마슈티칼스 인코포레이티드 유전체 편집 효율을 증가시키기 위한 퀴녹살리논 화합물, 조성물, 방법 및 키트
IL276080B2 (en) 2018-01-17 2023-10-01 Vertex Pharma DNA-PK suppressor compounds, UTP-containing preparations and their uses
WO2019143675A1 (en) 2018-01-17 2019-07-25 Vertex Pharmaceuticals Incorporated Dna-pk inhibitors

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