JP2022541576A - Wrsタンパク質に特異的に結合する抗体及びその用途 - Google Patents

Wrsタンパク質に特異的に結合する抗体及びその用途 Download PDF

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Abstract

本発明は、WRS(tryptophanyl-tRNA synthetase)タンパク質に特異的に結合する抗体及びその用途に関し、より具体的には、WRS(tryptophanyl-tRNA synthetase)タンパク質において配列番号2で表されるアミノ酸配列のポリペプチドに特異的に結合する抗体又は抗体の断片、前記抗体を暗号化するポリヌクレオチド及びこれを含むベクター、これを用いて形質転換された細胞及びその用途に関する。

Description

本出願は、2019年7月18日に出願された大韓民国特許出願第10-2019-0087230号を優先権として主張し、前記明細書全体は本出願の参考文献である。
本発明は、WRS(tryptophanyl-tRNA synthetase)タンパク質に特異的に結合する抗体及びその用途に関し、より具体的には、WRS(tryptophanyl-tRNA synthetase)タンパク質において配列番号2で表されるアミノ酸配列のポリペプチドに特異的に結合する抗体又は抗体の断片、前記抗体を暗号化するポリヌクレオチド及びこれを含むベクター、これを用いて形質転換された細胞及びその用途に関する。
ARS(Aminoacyl-tRNA synthetase)は、特定のアミノ酸をその該当するtRNAにくっ付ける役割をする酵素であって、高等生物の場合、アミノ酸の種類による20個の酵素以外に、AIMP1(p43)、(AIMP2)p38、(AIMP3)p18などのマルチシンテターゼ複合体(multisynthetase complex)の形成に関与する3種類を含み、23種の酵素で構成されており、マルチシンテターゼ複合体に参加する酵素以外に、いくつかは遊離型(free form)の形態でも存在する。しかし、最近になって、基本的な機能以外に、特定の環境で多様な異なる活性機能を有していることが報告されたが、WRS(tryptophanyl-tRNA synthetase)がその一つである。
WRSは、細胞外に分泌され、サイトカイン(cytokine)活性を示すARSのうち最も先に報告されており、最近までも、大腸癌を始めとした多くの癌で重要なバイオマーカー(biomarker)としてのWRSの可能性に対して多くの論文が発表されている(Ghanipour,A et al The prognostic significance of tryptophanyl-tRNA synthetase in clorectal cancer(2009)Cancer Epidemiol Biomarkers Prev.18(11),2949-2955)。また、WRSは、バクテリア、ウイルス又はカビ(fungi)の感染による感染疾患の発生時、体内のWRSの水準が感染初期から速く増加し、特に、感染性炎症疾患を伴う場合は、WRSの水準が正常人に比べて大きく増加し、非感染性炎症疾患の場合は、WRSの水準と関連していないことなどから、WRSの水準は、感染疾患及びこれらの合併症を迅速且つ正確に診断できるマーカーとして使用可能であることが報告された(韓国公開特許第10-2017-0027313号)。
このような結果により、WRSは、癌及び感染性疾患患者の血清内に存在することができ、WRSがこれらの疾患の重要な診断バイオマーカーとして使用可能であることを示す。
しかし、WRSを始めとした各ARSに対するバイオマーカーとしての重要性にもかかわらず、各ARSは、タンパク質の構造上、類似する点が多いので、動物の免疫反応から得られる抗体は、他のARSにも結合する交差反応を示し、最初から高感度の抗体が生成されない場合が多い。
そこで、本発明者等は、WRSに特異的に結合する抗体を開発するために鋭意研究を重ねた結果、WRSタンパク質内で特定のアミノ酸配列を含むポリペプチドに特異的に結合しながら、特定のCDR(相補性決定部位)配列を有する各抗体がWRSに非常に高い結合特異性(specificity)及び結合親和力(affinity)を示し、その活用度が非常に高いことを発見し、本発明を完成した。
したがって、本発明の目的は、WRS(tryptophanyl-tRNA synthetase)タンパク質において配列番号2で表されるアミノ酸配列のポリペプチドに特異的に結合する抗体又は抗体の断片を提供することにある。
本発明の他の目的は、前記抗体又は抗体の断片を暗号化するポリヌクレオチド、これを含むベクター、及び前記ベクターで形質転換された細胞を提供することにある。
本発明の他の目的は、前記細胞を、ポリヌクレオチドが発現される条件下で培養し、軽鎖及び重鎖可変領域を含むポリペプチドを生産する段階、及び前記細胞又はこれを培養した培養培地から前記ポリペプチドを回収する段階を含むヒトWRSに結合する抗体又は抗体の断片生産方法を提供することにある。
本発明の他の目的は、抗体又は抗体の断片を含む癌、感染疾患又は感染合併症診断用組成物を提供することにある。
また、本発明の他の目的は、抗体又は抗体の断片からなる癌、感染疾患又は感染合併症診断用組成物を提供することにある。
また、本発明の他の目的は、必須的に抗体又は抗体の断片からなる癌、感染疾患又は感染合併症診断用組成物を提供することにある。
本発明の他の目的は、癌診断用製剤を製造するための抗体又は抗体の断片の用途を提供することにある。
本発明の他の目的は、
a)個体から試料を取得する段階;
b)前記試料において抗体又は抗体の断片でWRSタンパク質の発現量を測定する段階;及び
c)前記b)段階で測定したタンパク質の発現量が増加する場合、癌であると判断する段階;を含む癌診断方法を提供することにある。
本発明の他の目的は、感染疾患又は感染合併症診断用製剤を製造するための抗体又は抗体の断片の用途を提供することにある。
本発明の他の目的は、
a)個体から試料を取得する段階;
b)前記試料において抗体又は抗体の断片でWRSタンパク質の発現量を測定する段階;及び
c)前記b)段階で測定したタンパク質の発現量が増加する場合、感染疾患又は感染合併症であると判断する段階;を含む感染疾患又は感染合併症診断方法を提供することにある。
前記のような本発明の目的を達成するために、本発明は、WRS(tryptophanyl-tRNA synthetase)タンパク質において配列番号2で表されるアミノ酸配列のポリペプチドに特異的に結合する抗体又は抗体の断片を提供する。
本発明の他の目的を達成するために、本発明は、前記抗体又は抗体の断片を暗号化するポリヌクレオチド、これを含むベクター、及び前記ベクターで形質転換された細胞を提供する。
本発明の他の目的を達成するために、本発明は、前記細胞を、ポリヌクレオチドが発現される条件下で培養し、軽鎖及び重鎖可変領域を含むポリペプチドを生産する段階、及び前記細胞又はこれを培養した培養培地から前記ポリペプチドを回収する段階を含むヒトWRSに結合する抗体又は抗体の断片生産方法を提供する。
本発明の他の目的を達成するために、本発明は、抗体又は抗体の断片を含む癌、感染疾患又は感染合併症診断用組成物を提供する。
また、本発明は、抗体又は抗体の断片からなる癌、感染疾患又は感染合併症診断用組成物を提供する。
また、本発明は、必須的に抗体又は抗体の断片からなる癌、感染疾患又は感染合併症診断用組成物を提供する。
本発明の他の目的を達成するために、本発明は、癌診断用製剤を製造するための抗体又は抗体の断片の用途を提供する。
本発明の他の目的を達成するために、本発明は、
a)個体から試料を取得する段階;
b)前記試料において抗体又は抗体の断片でWRSタンパク質の発現量を測定する段階;及び
c)前記b)段階で測定したタンパク質の発現量が増加する場合、癌であると判断する段階;を含む癌診断方法を提供する。
本発明の他の目的を達成するために、本発明は、感染疾患又は感染合併症診断用製剤を製造するための抗体又は抗体の断片の用途を提供する。
本発明の他の目的を達成するために、本発明は、
a)個体から試料を取得する段階;
b)前記試料において抗体又は抗体の断片でWRSタンパク質の発現量を測定する段階;及び
c)前記b)段階で測定したタンパク質の発現量が増加する場合、感染疾患又は感染合併症であると判断する段階;を含む感染疾患又は感染合併症診断方法を提供する。
以下、本発明に対して詳細に説明する。
本発明は、WRS(tryptophanyl-tRNA synthetase)タンパク質において配列番号2で表されるアミノ酸配列のポリペプチドに特異的に結合する抗体又は抗体の断片を提供する。
本発明において、「WRS」は、トリプトファニルtRNA合成酵素(tryptophanyl-tRNA synthetase)を意味し、トリプトファンtRNA連結酵素(tryptophan-tRNA ligase)、TrpRS、WARSなどとしても知られている。WRSは、アミノ酸トリプトファンとtRNAのアミノアシル化(aminoacylation)反応を媒介する酵素である。WRSは、ヒトではWARS遺伝子によって暗号化され、タンパク質のアミノ酸配列とmRNA塩基配列は、Genbankアクセッション番号(accession number)NP_004175.2(タンパク質)、Genbankアクセッション番号NM_004184.3(mRNA塩基配列)などで公知となっている。WRSには、細胞質型(cytoplasmic form)(WARS又はtryptophanyl-tRNA synthetase、cytoplasmic)とミトコンドリア型(mitochondrial form)(WARS2又はtryptophanyl-tRNA synthetase、mitochondrial)の二つのアイソフォーム(isoform)がある。本発明におけるWRSは、好ましくは細胞質型である。
本発明において、「抗体(antibody)」は、免疫グロブリン(immunoglobulin、Ig)とも呼ばれ、抗原に選択的に作用し、生体免疫に関与するタンパク質の総称である。自然で発見される全抗体(whole antibody)は、一般に、多くのドメインからなるポリペプチドである軽鎖(light chain、LC)及び重鎖(heavy chain、HC)の2個のペアからなったり、これらのHC/LCの2個のペアからなる構造が基本単位として構成される。哺乳類の抗体を構成する重鎖の種類としては、ギリシア文字α、δ、ε、γ及びμで表される5つの類型があり、重鎖の種類によってそれぞれIgA、IgD、IgE、IgG及びIgMなどの異なる種類の抗体を構成するようになる。哺乳類の抗体を構成する軽鎖の種類としては、λ及びκで表される2つの種類が存在する。
抗体の重鎖と軽鎖は、構造的にアミノ酸配列の可変性によって可変領域と不変領域に区分される。重鎖の不変領域は、抗体の種類によってCH1、CH2及びCH3(IgA、IgD及びIgG抗体)及びCH4(IgE及びIgM抗体)などの3個又は4個の重鎖不変領域で構成されており、軽鎖は、1個の不変領域であるCLで構成されている。重鎖と軽鎖の可変領域は、それぞれ重鎖可変領域(VH)又は軽鎖可変領域(VL)の一つのドメインからなっている。軽鎖と重鎖は、それぞれの可変領域と不変領域が並んで整列され、1個の共有ジスルフィド結合(disulfide bond)によって連結され、軽鎖と結合した二つの分子の重鎖は、2個の共有ジスルフィド結合を通じて連結されることによって全抗体の形態を形成する。全抗体は、重鎖及び軽鎖の可変領域を通じて抗原に特異的に結合し、全抗体は、2個の重鎖及び軽鎖のペア(HC/LC)で構成されているので、一つの分子の全抗体は、二つの可変領域を通じて同一の二つの抗原に結合する2価の単一特異性を有するようになる。抗原に結合する抗体可変領域を抗体の抗原結合部位(antigen-binding site)と言い、抗原の表面で抗体によって認識される部分を抗原決定部(epitope)と言う。
抗原結合部位を含んでいる抗体の可変領域は、配列可変性の少ない骨格部位(framework region、FR)と、配列可変性の高い過可変性部位(hypervariable region)である相補性決定部位(complementary determining region、CDR)とに細分化される。VHとVLは、それぞれ3個のCDR及び4個のFRがN-末端からC-末端の方向にFR1-CDR1-FR2-CDR2-FR3-CDR3-FR4の順に配列されている。抗体の可変領域内でも、配列可変性が最も高いCDRは、抗原と直接結合する部位であって、抗体の抗原特異性において最も重要である。
本発明において、前記抗体又は抗体の断片は、WRSタンパク質又はその変異体タンパク質に特異的に結合する抗体又は抗体の断片であって、配列番号1で表されるWRSタンパク質の1番目乃至47番目のアミノ酸配列(配列番号2)を含むポリペプチドに特異的に結合することを特徴とする。
本発明の「抗体」は、「抗WRS抗体」、「ヒト化抗WRS抗体」及び「変形ヒト化抗WRS抗体」、「anti-WRS antibody」とも表現可能であり、本発明で最も広義の意味で使用される。具体的には、単一クローン抗体(モノクローナル抗体、完全長単一クローン抗体を含む)、多クローン抗体(ポリクローナル抗体)、多重特異抗体(例えば、二重特異抗体)、及び抗体の断片(例えば、可変領域及び目的とする生物活性(例えば、WRSとの結合)を示す抗体の他の部分)を含む。
本発明の抗体は、WRSと選択的に結合できるように特定のアミノ酸配列が軽鎖及び重鎖CDRに含まれている抗体であって、モノクローナル抗体及び多クローン抗体を全て含み、好ましくはモノクローナル抗体であり得る。また、本発明の抗体は、キメラ抗体、ヒト化された抗体、及びヒト抗体を全て含み、好ましくはヒト抗体であり得る。
本発明のモノクローナル抗体は、実質的に同質の抗体の集団から取得された抗体を示し、すなわち、集団を構成する個々の抗体は、少量で存在し得る、可能な天然的に存在する突然変異を除いては同一である。モノクローナル抗体は、単一抗原決定部に非常に特異的に結合する。
本発明において、「単一クローン」又は「モノクローナル」という用語は、抗体が実質的な相同性集団から取得されること及び抗体の特性を示しており、必ずしも抗体を特定の方法によって生産しなければならないことを意味するのではない。例えば、本発明の単一抗体は、文献(Kohler et al.(1975)Nature 256:495)に最初に記載されたハイブリドーマ方法によって製造したり、又は再組換えDNA方法(参照:米国特許第4,816,567号)によって製造することができる。また、本発明の単一抗体は、例えば、文献(参照:Clackson et al.(1991)Nature 352:624-628及びMarks et al.(1991)J.Mol.Biol.222:581-597及びPresta(2005)J.Allergy Clin.Immunol.116:731)に記述された技術を用いてファージ抗体ライブラリから分離することができる。
本発明の抗体は、具体的にはキメラ抗体を含み、この場合、重鎖及び/又は軽鎖の一部は、特定の種から起源したり、又は特定の抗体の相応する配列と同一であったり相同性を示すが、残りの部分は、本発明の抗体が好ましい生物学的活性(例えば、NRSとの選択的結合)を示す限り、他の種から起源したり、又は他の抗体の相応する配列と同一であったり相同性を示すものであっても構わない(米国特許第4,816,567号;及びMorrison et al.,(1984)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 81:6851-6855)。
ヒト化された抗体は、ヒト及び非ヒト(例:マウス、ラット)抗体の配列を全て含む抗体であって、一般に、抗原決定部と結合する部位(CDR)を除いた残りの部分はヒト抗体のものであって、抗原決定部と結合する部位(CDR)は非ヒト由来の配列を含むことができる。完全なヒト抗体は、ヒト免疫グロブリンタンパク質配列のみを含む抗体を言い、マウス、マウス細胞、又はマウス細胞から起源したハイブリドーマで生産したり、ファージディスプレイ方法で生産することができる。
前記ハイブリドーマ細胞は、当業界に公知となった方法を用いて製造することができる。具体的には、前記ハイブリドーマ細胞は、免疫原である配列番号2のアミノ酸配列のポリペプチドを動物に免疫させ、前記被免疫動物から由来した抗体生産細胞であるB細胞を骨髄腫細胞と融合させることによってハイブリドーマを製造した後、そのうち配列番号2のアミノ酸配列のポリペプチドに特異的に結合するモノクローナル抗体を生産するハイブリドーマを選択する方法で製造することができる。前記被免疫動物としては、マウスのみならず、ヤギ、ヒツジ、モルモット、ラット又はウサギなどの動物を使用することができる。
前記被免疫動物を免疫させる方法としては、当業界に既に公知となった方法を使用することができる。例えば、マウスを免疫させる場合、1回に1μg乃至100μgの免疫原を同量の生理食塩水及び/又はフロイントアジュバント(Freund’ adjuvant)などの抗原補助剤で乳化させ、前記被免疫原動物の腹部の皮下又は腹腔内に2週~5週ごとに2回~6回接種させる方法で行うことができる。被免疫動物を免疫させた後は、最終免疫から3日~5日後に脾臓又はリンパ節を摘出し、当業界に既に公知となっている細胞融合法により、融合促進剤の存在下でこれらの組織に含まれているB細胞を骨髄腫細胞と融合させるようになる。前記融合促進剤としては、例えば、ポリエチレングリコール(PEG)などの物質を使用することができる。前記骨髄腫細胞としては、例えば、P3U1、NS-1、P3x63.Ag 8.653、Sp2/0-Ag14などのマウス由来細胞、AG1、AG2などのラット由来細胞を使用することができる。また、前記当業界に公知となった細胞融合法は、例えば、B細胞と骨髄腫細胞を1:1~10:1の比率で混合させ、これに分子量1,000~6,000のPEGを10%~80%の濃度で添加し、30℃~37℃で1分~10分間培養する方法で行うことができる。また、前記配列番号2のアミノ酸配列のポリペプチドに特異的に結合するモノクローナル抗体を生産するハイブリドーマは、例えば、ハイブリドーマのみが生存可能なHAT培地などの選択培地で培養し、ハイブリドーマ培養上清液中の抗体活性をELISAなどの方法を用いて測定して選択することができる。最終的に、配列番号2のアミノ酸配列のポリペプチドに特異的に結合するモノクローナル抗体を生産するハイブリドーマは、例えば、配列番号2のアミノ酸配列のポリペプチドに特異的に結合するモノクローナル抗体を生産するハイブリドーマに対して、限界希釈などの方法によってクローニングを繰り返すことによって選別することができる。
また、本発明が提供するモノクローナル抗体又はその断片は、ファージディスプレイ技術[McCafferty et al.,Nature 348:552-553(1990)]を用いて非免疫化供与者からの免疫グロブリン可変領域遺伝子レパートリーから試験管内でヒト抗体と抗体の断片を生成することができる。このような技術により、抗体可変領域遺伝子をフィラメント状バクテリオファージ、例えば、M13又はfdのメジャー又はマイナー外被タンパク質内にフレーム内クローニングさせ、ファージ粒子の表面上に機能性抗体の断片をディスプレイする。フィラメント状粒子は、ファージゲノムの単一鎖DNA複製物を含有するので、抗体の機能的特性に基づいた選択により、これらの特性を示す抗体をコーディングする遺伝子が選別される。よって、前記ファージは、B-細胞のいくつかの特性を模写する。ファージディスプレイは、各種のフォーマットで行うことができる。これに対する考察は、文献[Johnson,Kevin S.and Chiswell,David J.Current Opinion in Structural Biology 3:564-571(1993)]を参照することができる。可変領域-遺伝子セグメントのいくつかの供給源をファージディスプレイに使用することができる。文献[Clackson et al.,Nature,352:624-628(1991)]では、免疫化されたマウスの脾臓から由来した可変領域遺伝子の小さい無作為な組み合わせライブラリから抗-オキサゾロン抗体の多様な配列を単離した。免疫化されていないヒト供与者からの可変領域遺伝子のレパートリーを作製することができ、文献[Marks et al.,J.Mol.Biol.222:581-597(1991)、or Griffith et al.,EMBO J.12:725-734(1993)]に記載の技術を必須的に行い、多様な配列の抗原(自家抗原を含む)に対する抗体を単離することができる[米国特許第5,565,332号及び第5,573,905号参照]。
本発明に係る抗体又は抗体の断片は、好ましくは、(1)配列番号5で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)L1、配列番号6で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)L2、及び配列番号7で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)L3を含む抗体軽鎖可変領域(VL)と、配列番号8で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)H1、配列番号9で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)H2、及び配列番号10で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)H3を含む抗体重鎖可変領域(VH)とを含む抗体又は抗体の断片;
(2)配列番号13で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)L1、配列番号14で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)L2、及び配列番号15で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)L3を含む抗体軽鎖可変領域(VL)と、配列番号16で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)H1、配列番号17で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)H2、及び配列番号18で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)H3を含む抗体重鎖可変領域(VH)とを含む抗体又は抗体の断片;
(3)配列番号21で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)L1、配列番号22で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)L2、及び配列番号23で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)L3を含む抗体軽鎖可変領域(VL)と、配列番号24で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)H1、配列番号25で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)H2、及び配列番号26で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)H3を含む抗体重鎖可変領域(VH)とを含む抗体又は抗体の断片;
(4)配列番号29で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)L1、配列番号30で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)L2、及び配列番号31で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)L3を含む抗体軽鎖可変領域(VL)と、配列番号32で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)H1、配列番号33で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)H2、及び配列番号34で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)H3を含む抗体重鎖可変領域(VH)とを含む抗体又は抗体の断片;
(5)配列番号37で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)L1、配列番号38で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)L2、及び配列番号39で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)L3を含む抗体軽鎖可変領域(VL)と、配列番号40で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)H1、配列番号41で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)H2、及び配列番号42で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)H3を含む抗体重鎖可変領域(VH)とを含む抗体又は抗体の断片;及び
(6)配列番号45で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)L1、配列番号46で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)L2、及び配列番号47で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)L3を含む抗体軽鎖可変領域(VL)と、配列番号48で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)H1、配列番号49で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)H2、及び配列番号50で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)H3を含む抗体重鎖可変領域(VH)とを含む抗体又は抗体の断片;からなる群から選ばれることを特徴とすることができる。
また、本発明に係る抗体又は抗体の断片は、前記軽鎖と重鎖のCDR構成を含みながら、
(1)配列番号3で表されるアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域(VL)と、配列番号4で表されるアミノ酸配列を含む重鎖可変領域(VH)とを含むことを特徴とする抗体又は抗体の断片;
(2)配列番号11で表されるアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域と、配列番号12で表されるアミノ酸配列を含む重鎖可変領域とを含むことを特徴とする抗体又は抗体の断片;
(3)配列番号19で表されるアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域と、配列番号20で表されるアミノ酸配列を含む重鎖可変領域とを含むことを特徴とする抗体又は抗体の断片;
(4)配列番号27で表されるアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域と、配列番号28で表されるアミノ酸配列を含む重鎖可変領域とを含むことを特徴とする抗体又は抗体の断片;
(5)配列番号35で表されるアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域と、配列番号36で表されるアミノ酸配列を含む重鎖可変領域とを含むことを特徴とする抗体又は抗体の断片;及び
(6)配列番号43で表されるアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域と、配列番号44で表されるアミノ酸配列を含む重鎖可変領域とを含むことを特徴とする抗体又は抗体の断片;からなる群から選ばれることを特徴とすることができる。
本発明に係る抗体又は抗体の断片は、前記CDR、VHとVL、又は軽鎖と重鎖の構成を有するものであればその種類に制限がなく、抗体は、IgG、IgA、IgM、IgE又はIgD形態の抗体であり得る。また、抗体は、好ましくはIgG形態の抗体であり得る。
本発明において、抗体の断片は、WRS特異的結合力を維持している抗体の断片を意味し、好ましくは、前記断片は、親抗体のWRSタンパク質親和性の少なくとも20%、50%、70%、80%、90%、95%、100%又はそれ以上を保有する。具体的には、前記断片は、Fab、F(ab)2、Fab'、F(ab')2、Fv、ダイアボディ(diabody)、scFvなどの形態であり得る。
Fab(fragment antigen-binding)は、抗体の抗原結合断片であって、重鎖と軽鎖のそれぞれの一つの可変ドメインと不変ドメインで構成されている。F(ab')2は、抗体をペプシンで加水分解させることによって生成される断片であって、二つのFabが、重鎖ヒンジにおいてジスルフィド結合で連結された形態をしている。F(ab')は、F(ab')2断片のジスルフィド結合を還元して分離させたFabに重鎖ヒンジが付加された形態の単量体抗体の断片である。Fv(variable fragment)は、重鎖と軽鎖のそれぞれの可変領域のみで構成された抗体の断片である。scFv(single chain variable fragment)は、重鎖可変領域(VH)と軽鎖可変領域(VL)が柔軟なペプチドリンカーで連結されている再組換え抗体の断片である。ダイアボディは、scFvのVHとVLが非常に短いリンカーで連結され、互いに結合できなく、同一の形態の他のscFvのVL及びVHにそれぞれ結合することによって二量体を形成している形態の断片を意味する。
本発明の目的上、抗体の断片は、WRSに対する結合特異性を維持しているものであればその構造や形態に制限がないが、好ましくはscFvであり得る。本発明に係るscFvは、前記WRSに特異的なCDR構成、又はVHとVLの構成を有するものであって、VHのC-末端とVLのN-末端がリンカーを通じて連結されたものであれば、その配列が特に制限されない。前記リンカーは、scFvに適用されるリンカーとして当業界に知られているものであれば、その種類が特に制限されない。
本発明の抗体又はその断片は、その生物学的活性を実質的に変更しない保存的アミノ酸置換(抗体の保存的変異体という)を含むことができる。
また、上述した本発明の抗体又はその断片は、酵素、蛍光物質、放射線物質及びタンパク質などと接合されたものであり得るが、これに限定されない。また、抗体に前記物質を接合する方法は当業界によく知られている。
本発明の抗体は、ヒトを含む哺乳動物、鳥類などを含む任意の動物から由来したものであり得る。好ましくは、前記抗体は、ヒト、マウス、ロバ、ヒツジ、ウサギ、ヤギ、モルモット、ラクダ、ウマ又はニワトリの抗体であり得る。また、前記抗体は、最も好ましくはヒト又はマウスであり得る。
また、本発明は、抗体又は抗体の断片を暗号化するポリヌクレオチドを提供する。
本発明において、「ポリヌクレオチド」は、オリゴヌクレオチド又は核酸と記載されることもあり、各DNA分子(例えば、cDNA又は誘電体(genomic DNA)、各RNA分子(例えば、mRNA)、各ヌクレオチド類似体を用いて生成された前記DNA又はRNAの各類似体(例えば、各ペプチド核酸及び非自然的に発生する各ヌクレオチド類似体)及びこれらの各ハイブリッドを含む。前記ポリヌクレオチドは、単一鎖(single-stranded)又は二本鎖(double-stranded)になり得る。前記ポリヌクレオチドは、前記配列番号2のポリペプチドに特異的なCDR構成、又はVHとVLの構成を有する重鎖及び軽鎖からなる抗体を暗号化する塩基配列を意味する。
本発明の抗体又はその断片を暗号化するポリヌクレオチドは、当業界によく知られている方法によって得ることができる。例えば、本発明の抗体又はその断片を暗号化するポリヌクレオチドは、前記抗体の重鎖及び軽鎖の一部分又は全部をコーディングするDNA配列又は該当のアミノ酸配列に基づいて、当分野によく知られているオリゴヌクレオチド合成技法、例えば、重合酵素連鎖反応(PCR)法などを用いて合成することができる。
また、本発明は、前記ポリヌクレオチドを含むベクターを提供する。
本発明の「ベクター(vector)」は、本発明の抗体又はその断片の再組換え生産のために、本発明のポリヌクレオチドの複製又は発現の目的で用いられ、一般に、シグナル配列、複製起源、一つ以上のマーカー遺伝子、エンハンサー要素、プロモーター及び転写終決配列のうち一つ以上を含む。本発明のベクターは、好ましくは発現ベクターであり得る。また、本発明のベクターは、さらに好ましくは、調節シーケンス、例えば、プロモーターに作動可能に連結された本発明のポリヌクレオチドを含むベクターであり得る。
ベクターの一種であるプラスミド(plasmid)は、外部の各ポリヌクレオチド断片が結合され得る線形又は円形の二重螺旋のDNA分子を意味する。ベクターの他の形態は、ウイルス性ベクター(viral vector;例えば、複製-欠乏レトロウイルス(replication defective retroviruses)、各アデノウイルス及び各アデノ-連関ウイルス(adeno-associated viruses))であって、ここで、付加の各DNA断片は、前記ウイルス性ゲノム(viral genome)内に導入され得る。特定の各ベクターは、その内部にこれらが導入される宿主細胞(例えば、バクテリア由来(bacterial orgin)及びエピソームの哺乳類ベクター(episomal mammalian vectors)を含む各バクテリア性ベクター(bacterial vectors))内での自家複製(autonomous replication)を行うことができる。他の各ベクター(例えば、非エピソームの各哺乳動物ベクター(non-episomal mammalian vectors))は、宿主細胞内への導入によって宿主細胞のゲノム内に統合され、それによって前記宿主ゲノムと共に複製される。
本発明において、前記「ベクター」は、「発現ベクター(expression vector)」と同一の意味で理解可能であり、これは、前記ポリヌクレオチドの発現可能なベクターの一つの形態である。一つのポリヌクレオチドシーケンスは、調節シーケンスが前記ポリヌクレオチドシーケンスの発現(例えば、水準、タイミング又は発現の位置)に影響を与える場合、前記調節シーケンス(regulatory sequence)に「作動可能に連結」される。前記調節シーケンスは、それが作動可能に連結される核酸の発現(例えば、水準、タイミング又は発現の位置)に影響を与える配列である。前記調節シーケンスは、例えば、調節された核酸に直接、又は、一つ又はそれ以上の他の分子(例えば、前記調節シーケンス及び/又は前記核酸に結合する各ポリペプチド)の作用を通じてその影響を及ぼすことができる。前記調節シーケンスには、プロモーター(promotors)、エンハンサー(enhancers)及び他の各発現調節要素が含まれる。本発明のベクターは、好ましくは、pOptiVECTM-TOPO及びpcDNATM3.3-TOPOであり得る。
また、本発明は、前記ベクターで形質転換された細胞を提供する。
本発明の細胞は、本発明の発現ベクターに含まれた抗体又はその断片を暗号化するポリヌクレオチドを発現するのに使用可能な細胞であれば、その種類が特に制限されない。本発明に係る発現ベクターで形質転換された細胞(宿主細胞)は、原核生物(例えば、大腸菌)、真核生物(例えば、酵母又は他の菌類)、植物細胞(例えば、タバコ又はトマト植物細胞)、動物細胞(例えば、ヒト細胞、サル細胞、ハムスター(hamster)細胞、ラット細胞(rat cell)、マウス細胞(mouce cell)、昆虫細胞又はこれらから由来したハイブリドーマでもあり得る。好ましくは、本発明に係る発現ベクターで形質転換された細胞(宿主細胞)は、ヒトを含む哺乳類から由来した細胞であり得る。
本目的に適した原核生物は、グラム陰性又はグラム陽性の有機体、例えば、エンテロバクテリアシー(Enterobacteriaceae)を含み、例えば、E.コライ(E.coli)、エンテロバクター(Enterobacter)、エルウィニア(Erwinia)、クレブシエラ(Klebsiella)及びプロテウス(Proteus)などのエスケリキア(Escherichia)、サルモネラ・ティフィムリウム(Salmonella typhimurium)などのサルモネラ(Salmonella)、セラチア・マルセッセンス(Serratia marcescens)及びシゲラ(Shigella)などのセラチア(Serratia)、B.サブチルス(B.subtilis)及びB.リケニフォルミス(B.licheniformis)などのバシリ(Bacilli)、P.エルギノーザ(P.aeruginosa)及びストレプトマイセス(Streptomyces)などのシュードモナス(Pseudomonas)を含む。本発明の細胞は、本発明のベクターを発現可能なものであれば特に制限されないが、好ましくはE.コライであり得る。
本発明の細胞として、真核生物は、サッカロミセス・セレビシエ(Saccharomyces cerevisiae)が最も頻繁に使用される。しかし、多くの他の属、種及び菌株としては、これに限定されないが、例えば、シゾサッカロミセス・ポンベ(Schizosaccharomyces pombe)、クルイベロマイセス宿主、例えば、K.ラクティス(K.lactis)、K.フラジリス(K.fragilis)(ATCC 12,424)、K.ブルガリカス(K.bulgaricus)(ATCC 16,045)、K.ウィッカラミイ(K.wickeramii)(ATCC 24,178)、K.ワルティ(K.waltii)(ATCC 56,500)、K.ドロソフィラルム(K.drosophilarum)(ATCC 36,906)、K.サーモトレランス(K.thermotolerans)及びK.マークシアヌス(K.marxianus);ヤロウイア(yarrowia)(EP 402,226);ピキア・パストリス(Pichia pastoris)(EP 183,070);カンジダ(Candida);トリコデルマ・リーゼイ(Trichoderma reesia)(EP 244,234));ノイロスポラ・クラサ(Neurospora crassa);シュワンニオマイセス(Schwanniomyces)、例えば、シュワンニオマイセス・オキシデンタリス(occidentalis);及びフィラメント性真菌、 例えば、ニューロスポーラ、ペニシリウム(Penicillium)、トリポクラジウム(Tolypocladium)及びアスペルギルス(Aspergillus)宿主、例えば、A.ニデュランス(A.nidulans)及びA.ニガー(A.niger)が使用可能である。
前記「形質転換(transformation)」という用語は、外来性ポリヌクレオチドの導入による宿主細胞の遺伝子型の変形を意味し、その形質転換に使用された方法と関係なく、外来性ポリヌクレオチドが宿主細胞内に導入されたことを意味する。宿主細胞内に導入された外来性ポリヌクレオチドは、宿主細胞のゲノム内に統合されて維持されたり、宿主細胞のゲノム内に統合されない状態で維持され得るが、本発明は両者を全て含む。
本発明に係るWRSタンパク質に特異的に結合する抗体又はその断片を発現できる再組換え発現ベクターは、当業界に公知となった方法、例えば、これに限定されないが、一時的形質感染(transient transfection)、微細注射、形質導入(transduction)、細胞融合、リン酸カルシウム沈殿法、リポソーム媒介形質感染(liposome-mediated transfection)、DEAEデキストラン-媒介形質感染(DEAE dextran-mediated transfection)、ポリブレン-媒介形質感染(polybrene-mediated transfection)、電気穿孔法(electroporation)、遺伝子銃(gene gun)及び細胞内に核酸を流入させるための公知の方法によって抗体又はその断片を生産するための細胞の内部に導入して形質転換することができる。
また、本発明の細胞は、本発明のポリヌクレオチド又はこれを含むベクターで形質転換されたり、又は形質感染され得る培養された細胞であって、これは、継続して前記宿主細胞内で発現され得る。再組換え細胞は、発現されなければならないポリヌクレオチドで形質転換されたり、又は形質感染された細胞を言う。また、本発明の細胞は、本発明のポリヌクレオチドを含むが、調節シーケンスが前記ポリヌクレオチドに作動可能に連結されるように前記細胞内に導入されない限り、これを所望の水準に発現しない細胞になり得る。
本発明の細胞は、多様な培地で培養され得る。商業的に利用可能な培地、例えば、ハム(Ham’s)F1O(Sigma-Aldrich Co.,St.Louis,MO)、最小必須培地(MEM、Sigma-Aldrich Co.)、RPMI-1640(Sigma-Aldrich Co.)、及びダルベッコ(Dulbecco’s)改質イーグル(Eagle’s)培地(DMEM、Sigma-Aldrich Co.)が細胞を培養するのに適している。前記培地には、必要であれば、ホルモン及び/又は他の成長因子、塩、緩衝液、ヌクレオチド、抗生剤、微量元素、及びグルコース又は同等のエネルギー源が追加され得る。
本発明は、前記細胞を、ポリヌクレオチドが発現される条件下で培養し、軽鎖及び重鎖可変領域を含むポリペプチドを生産する段階、及び前記細胞又はこれを培養した培養培地から前記ポリペプチドを回収する段階を含むWRSに結合する抗体又はその断片の生産方法を提供する。
本発明において、生産方法の細胞に対しては上述した通りであり、本発明の抗体を暗号化するポリヌクレオチドを含んでいる。前記生産方法のポリペプチドは、本発明の抗体又はその断片自体であってもよく、本発明の抗体又はその断片以外の他のアミノ酸配列が追加的に結合されたものであってもよい。
この場合、他のアミノ酸配列は、本技術分野の通常の技術者によく知られている方法を用いて本発明の抗体又はその断片から除去することができる。前記培養は、前記細胞の種類によって培地組成及び培養条件が変わり得る。また、培地組成及び培養条件は、本技術分野の通常の技術者が適宜選択及び調節することができる。
前記抗体分子は、細胞の細胞質内に蓄積されたり、細胞から分泌されたり、適切な信号配列によってペリプラズム又は細胞外培地(supernatant)に標的化(targeted)され得る。また、前記抗体分子は、ペリプラズム又は細胞外培地に標的化されることが好ましい。また、生産された抗体分子を本技術分野の通常の技術者によく知られている方法を用いてリフォールディング(refolding)させ、機能的形態(conformation)を持たせることが好ましい。前記ポリペプチドの回収は、生産されたポリペプチドの特性及び細胞の特性によって変わり得る。また、ポリペプチドの特性及び細胞の特性は、本技術分野の通常の知識を有する者が適宜選択及び調節することができる。
前記ポリペプチドは、細胞内、周辺細胞質空間に生産されたり、培地内に直接分泌され得る。ポリペプチドが細胞内で生産されると、この細胞は、第1段階としてタンパク質を放出するために破壊され得る。粒子状破片、宿主細胞又は溶解された断片は、例えば、遠心分離又は限外ろ過によって除去される。抗体が培地内に分泌される場合、このような発現システムからの上清液を、一般に先に商業的に利用可能なタンパク質濃縮フィルター、例えば、アミコン(Amicon)又はミリポアペリコン(Millipore Pellicon)の限外ろ過ユニットを用いて濃縮させる。タンパク質分解を抑制するために、プロテアーゼ抑制剤、例えば、PMSFが任意の先行段階に含まれてもよく、偶発的な汚染物の成長を防止するために抗生剤が含まれてもよい。細胞から製造された抗体は、例えば、ヒドロキシアパタイトクロマトグラフィー、ゲル電気泳動、透析及び親和性クロマトグラフィーを用いて精製することができ、本発明の抗体は、好ましくは親和性クロマトグラフィーを通じて精製することができる。
本発明の抗体又はその断片は、WRSと特異的に結合するので、例えば、特定の細胞、組織、又は血清内のWRS発現を検出する、WRSタンパク質を検出して定量するための診断分析に有用である。
したがって、本発明は、前記抗体又はその断片を試料と接触させる段階、及び前記抗体又はその断片を検出する段階を含むWRS特異的検出方法を提供する。前記抗体又はその断片を「検出」するために、抗体又はその断片は、一般に検出可能なモイアティで標識され得る。
例えば、放射性同位元素又は蛍光標識での標識は、文献[Current Protocols in Immunology,Volumes 1 and 2,1991,Coligen等,Ed.Wiley-Interscience,New York,N.Y.,Pubs]に記述された技術を用いて行うことができる。放射能は、例えば、シンチレーション計数(scintillation counting)によって測定され得る。また、蛍光は、蛍光計を用いて定量され得る。又は、多様な酵素-基質標識が利用可能であり、前記酵素的標識の例は、ショウジョウハエルシフェラーゼ及び細菌ルシフェラーゼ(米国特許第4,737,456号)などのルシフェラーゼ、ルシフェリン(luciferin)、2,3-ジヒドロフタルアジネジオン、マレートジヒドロゲナーゼ、ウレアーゼ(urase)、ホースラディッシュペルオキシダーゼ(HRPO)などのペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、β-ガラクトシダーゼ、グルコアミラーゼ、リゾチーム、サッカライドオキシダーゼ(例えば、グルコースオキシダーゼ、ガラクトースオキシダーゼ、及びグルコース-6-リン酸デヒドロゲナーゼ)、ヘテロサイクリックオキシダーゼ(例えば、ウリカーゼ及びキサンチンオキシダーゼ)、ラクトペルオキシダーゼ、マイクロペルオキシダーゼなどを含む。抗体に酵素を接合させる技術は、例えば、文献[O’Sullivan等,1981,Methods for the Preparation of Enzyme-抗体Conjugates for use in Enzyme Immunoassay,in Methods in Enzym.(J.Langone & H.Van Vunakis,eds.),Academic press,N.Y.,73:147-166]に記述されている。
標識は、多様な公知の技術を用いて抗体に間接的に接合され得る。例えば、抗体は、ビオチンに接合され得る。また、前記言及した3種の広範囲なカテゴリーに属する任意の各標識がアビジンと、又はその反対に接合され得る。ビオチンは、アビジンに選択的に結合し、したがって、この標識は、このような間接的な方式で抗体に接合され得る。又は、抗体への標識の間接的接合を達成するために、抗体は、小さいハプテン(hapten)(例えば、ジゴキシン[digoxin])と接合され得る。また、前記言及した互いに異なる類型の各標識の一つが抗-ハプテン抗体に接合され得る(例えば、抗-ジゴキシン抗体)。よって、抗体に対する標識の間接的接合が達成され得る。
本発明の抗体又はその断片は、競争的結合分析、直接及び間接サンドイッチ分析、及び免疫沈降分析などの任意の公知の分析方法に使用され得る。
本発明の抗体又はその断片は、診断キット、すなわち、診断分析を行うための診断キット、すなわち、使用説明書と共に予め指定された量で各試薬の包装された組み合わせに使用され得る。抗体が酵素で標識された場合、キットは、基質及び発色団又は蛍光団を提供する基質前駆体として酵素によって要求される補助因子(cofactor)を含むことができる。また、安定化剤、緩衝液(例えば、遮断緩衝液又は溶解緩衝液)などの他の添加剤が含まれ得る。多様な試薬の相対的な量は、分析の敏感度を十分に最適化させる試薬の溶液内の濃度を提供するために幅広く変化し得る。試薬は、溶解時に適切な濃度を有する試薬溶液を提供するようになる賦形剤を含む、一般に凍結・乾燥した乾燥粉末として提供され得る。
本発明の抗体によって検出されるWRSは、細胞外に分泌され、サイトカイン活性を示すARSのうち最も先に報告されており、最近までも、大腸癌を始めとした多くの癌で重要なバイオマーカーとしてのWRSの可能性に対する多くの論文が発表されている(Ghanipour,A et al The prognostic significancer of tryptophanyl-tRNA synthetase in clorectal cancer(2009)Cancer Epidemiol Biomarkers Prev.18(11),2949-2955)。
したがって、WRSは、検出を通じて特定の癌の診断、病気の進行状態及び治療前後の予後評価のための診断マーカーとして使用され得る。本発明に係る癌の診断及び予後評価は、生物学的試料のうちWRSタンパク質を検出することによって行うことができる。
したがって、本発明は、本発明の抗体又はその断片を有効成分として含む癌診断用組成物を提供する。
前記癌は、その種類が特に制限されなく、例えば、乳癌、大腸癌、肺癌、小細胞肺癌、胃癌、肝臓癌、血液癌、骨癌、膵臓癌、皮膚癌、頭部又は頸部癌、皮膚又は眼球内黒色腫、子宮癌、卵巣癌、直腸癌、肛門付近癌、結腸癌、乳癌、卵管癌腫、子宮内膜癌腫、子宮頸部癌、膣癌、陰門癌腫、ホジキン病、食道癌、小腸癌、内分泌腺癌、甲状腺癌、副甲状腺癌、副腎癌、軟部組織肉腫、尿道癌、陰茎癌、前立腺癌、慢性又は急性白血病、リンパ球リンパ腫、膀胱癌、腎臓又は輸尿管癌、腎臓細胞癌腫、腎臓骨盤癌腫、CNS腫瘍、1次CNSリンパ腫、脊髓腫瘍、脳幹神経膠腫及び脳下垂体腺腫であり得る。好ましくは、前記癌は、例えば、大腸癌や膵臓癌であり得る。
一方、WRSは、バクテリア、ウイルス又はカビによる感染によって発現水準が感染初期から急速に増加し、感染合併症として肺炎や敗血症などの症状が表れるようになる場合、正常人対照群よりも著しく増加することが報告された。さらに、敗血症患者の場合、WRSの発現水準は、敗血症の重症度及び予後と高い相関関係を有しており、WRSは、感染性炎症でのみ増加するので、感染性炎症疾患と非感染性炎症疾患を迅速且つ正確に区分することができ、新しい感染疾患及び感染合併症での診断マーカーとしての価値が非常に高い。特に、バクテリア又はカビ感染による敗血症又は敗血症性ショック患者の血清におけるWRSの量が健康な正常人対照群の血清に比べて著しく増加し、グラム-陰性菌バクテリア、グラム-陽性菌バクテリア及びカビ感染による敗血症患者のそれぞれにおいてWRSの増加傾向に統計学的に有意な差がないので、グラム-陰性菌バクテリア、グラム-陽性菌バクテリア又はカビ感染による敗血症の診断にWRSが全て有用に使用され得る。特に、全身性炎症反応症侯群(systemic inflammation reactive symptom、SIRS)、非感染性慢性炎症疾患である喘息及び関節リウマチ、シェーグレン症侯群などの自家免疫疾患患者の血清において、WRSの量は、正常人対照群と比較して統計的に有意な差がないと知られており、したがって、WRSの発現水準は、全ての炎症反応で増加するのではなく、バクテリア、ウイルス又はカビ感染で誘発された炎症反応でのみ特異的に増加する。また、WRSの水準は、敗血症患者よりも敗血症性ショック患者でさらに増加し、WRSの発現水準が敗血症の重症度とも関連している。すなわち、WRSの発現水準が高いほど、敗血症の症状が激しいと判断することができる(韓国公開特許第10-2017-0027313)。すなわち、生物学的試料のうちWRSの発現程度を検出することによって、感染疾患又は感染合併症を診断し、その予後を予測することができる。
したがって、本発明は、本発明の抗体又はその断片を有効成分として含む感染疾患又は感染合併症診断用組成物を提供する。
前記生物学的試料には、血液及び生物学的起源のその他の液状試料、生検標本、組織培養などの固形組織試料又はこれから由来した細胞が含まれる。より具体的には、前記生物学的試料は、例えば、これに限定されないが、組織、抽出物、細胞溶解物、全血、血漿、血清、唾、眼球液、脳脊髄液、汗、尿、乳、腹水液、滑液、腹膜液などであり得る。前記試料は個体から取得され得る。前記個体は、動物、好ましくは哺乳動物、最も好ましくはヒトを含む。前記試料は、検出に使用する前に前処理することができる。また、前記試料は、例えば、ろ過、蒸留、抽出、濃縮、妨害成分の不活性化、試薬の添加などを含むことができる。また、前記試料から核酸及びタンパク質を分離し、これを検出に使用することができる。
前記検出に関しては、上記で説明した通りである。
本発明において、感染は、一つ又は二種類以上の外因性バクテリア(細菌、グラム陰性菌又はグラム陽性菌を全て含む。)、ウイルス、カビ(菌)が体中に侵入し、定着、増殖、寄生状態になることを意味し、感染疾患は、病原体の感染の結果として生体で反応を起こすことによって発生する全ての疾患であり得る。感染疾患の結果として表れる反応としては、炎症、痛症、発熱、疲労感、浮腫、血圧降下などがあり得る。好ましくは、本発明の感染疾患は、サルモネラ症(salmonellosis)、食中毒、腸チフス、パラチフス、肺炎、肺結核、結核、敗血症(sepsis)、敗血症性ショック(septic shock)、尿路感染、膀胱炎、腎盂腎炎、尿道炎、前立腺炎、上気道感染、中耳炎であり得、さらに好ましくは、サルモネラ症、食中毒、肺炎、敗血症、敗血症性ショックであり得、最も好ましくは、敗血症又は敗血症性ショックであり得る。
本発明において、前記敗血症は、感染疾患の合併症として表れる全身性炎症反応症侯群であって、原因を早期に迅速且つ正確に診断できない場合は、重症敗血症(severe sepsis)や敗血症性ショック、肺、腎臓、肝臓、循環器などの機能障害まで引き起こされる多臓器機能障害症侯群(multiple organ dysfunction syndrome、MODS)、播種性血管内凝固症侯群(DIC)、急性呼吸促迫症侯群(ARDS)又は急性腎不全(AKI)に進行して死亡し得る致命的な疾患である。
本明細書で使用される敗血症は、敗血症の最終段階と関連した敗血症、重症敗血症、敗血症性ショック及び敗血症に伴う多臓器機能障害症侯群(MODS)、播種性血管内凝固症侯群(DIC)、急性呼吸促迫症侯群(ARDS)又は急性腎不全(AKI)の発病を含むが、これに制限されなく、敗血症の全ての段階を含む。
また、本発明は、癌診断用製剤を製造するための抗体又は抗体の断片の用途を提供する。
また、本発明は、
a)個体から試料を取得する段階;
b)前記試料において抗体又は抗体の断片でWRSタンパク質の発現量を測定する段階;及び
c)前記b)段階で測定したタンパク質の発現量が増加する場合、癌であると判断する段階;を含む癌診断方法を提供する。
一つの実施様態において、本発明は、下記の段階を含む個体(被検体)の癌診断及び治療方法を提供する:
i)個体から試料を取得する段階;
ii)前記試料からWRSタンパク質の発現水準を測定する段階;
iii)前記ii)段階で測定されたタンパク質が全て発現された場合、癌であると判断する段階;及び
iv)前記判断された個体に癌を治療するための治療薬物(抗癌剤など)を投与したり、放射線手術を行うことによって癌を治療する段階。
前記i)乃至iv)段階を含む各方法は、上述したa)乃至c)段階を含む方法に準じて理解される。
前記iv)段階は、前記iii)段階で疾患が診断された個体に抗癌剤などの治療薬物を投与したり、放射線照射を照射したり、手術などを行うことによって前記疾患の治療を行う段階である。
また、本発明は、感染疾患又は感染合併症診断用製剤を製造するための抗体又は抗体の断片の用途を提供する。
また、本発明は、
a)個体から試料を取得する段階;
b)前記試料において抗体又は抗体の断片でWRSタンパク質の発現量を測定する段階;及び
c)前記b)段階で測定したタンパク質の発現量が増加する場合、感染疾患又は感染合併症であると判断する段階;を含む感染疾患又は感染合併症診断方法を提供する。
一つの実施様態において、本発明は、下記の段階を含む個体(被検体)の感染疾患又は感染合併症診断及び治療方法を提供する:
i)個体から試料を取得する段階;
ii)前記試料からWRSタンパク質の発現水準を測定する段階;
iii)前記ii)段階で測定されたタンパク質が全て発現された場合、感染疾患又は感染合併症であると判断する段階;及び
iv)前記判断された個体に感染疾患又は感染合併症を治療するための治療薬物を投与したり、手術を行うことによって感染疾患又は感染合併症を治療する段階。
前記i)乃至iv)段階を含む各方法は、上述したa)乃至c)段階を含む方法に準じて理解される。
前記iv)段階は、前記iii)段階で疾患が診断された個体に治療薬物を投与したり、手術などを行うことによって前記疾患の治療を行う段階である。
本発明の前記「治療」は、癌又は癌の症状/感染疾患、感染合併症又はその症状を改善することを包括的に称し、これは、前記疾患を治癒したり、前記疾患を実質的に予防したり、又は前記疾患の状態を改善することを含むことができ、前記疾患から始まった一つの症状又はほとんどの症状を緩和、治癒又は予防することを含むが、これに制限されない。
本発明において、「~を含む(comprising)」という用語は、「含有する」又は「特徴とする」と同一に使用され、組成物又は方法において、言及していない追加的な成分要素又は方法段階などを排除しない。「~からなる(consisting of)」という用語は、別途に記載されていない追加的な要素、段階又は成分などを除外することを意味する。「必須的に~からなる(essentially consisting of)」という用語は、組成物又は方法の範囲において、記載された成分要素又は段階と共に、その基本的な特性に実質的に影響を及ぼさない成分要素又は段階などを含むことを意味する。
本発明の抗体又はその断片は、WRSに特異的に結合し、同一のARSファミリーを含む他のタンパク質との交差反応性がなく、WRS検出及び抑制が可能であるので、WRS検出及びWRSと関連する疾患である癌、炎症性疾患又は感染疾患の診断に効果的に使用することができる。
本発明の実施例1及び2で選別されたWRSに特異的に結合するモノクローナル抗体の軽鎖及び重鎖可変領域のアミノ酸配列及びこれを暗号化するヌクレオチド配列を示した図である。
配列番号1のアミノ酸配列で表されるWRSタンパク質(1-471)及びその各断片ペプチド(48-471、1-104、1-154及び48-154)を製作した後、電気泳動を通じて大略的な分子量及びバンド位置を確認した結果を示した図である。
本発明の実施例で製造された6種のモノクローナル抗体が特異的に認識するWRS内のポリペプチド配列を確認するために、各抗体を用いたウェスタンブロッティングを通じてWRSタンパク質(1-471)及びその各断片ペプチド(48-471、1-104、1-154及び48-154)を検出した結果を示した図である。
図8の実験結果で確認されたウェスタンブロッティング実験結果に基づいて、本発明の実施例で製造された各モノクローナル抗体が特異的に認識するWRS内のポリペプチドを表示した模式図である。
本発明の実施例で製造された6種のモノクローナル抗体のWRSに対する結合特異性を2種の商用抗体と比較した結果を示した図である。
本発明の実施例で製造された6種のモノクローナル抗体の交差反応性の有無を間接ELISAアッセイ(indirect ELISA assay)で評価した結果を示した図である。
以下、本発明を下記の実施例によって詳細に説明する。但し、下記の実施例は、本発明を例示するためのものに過ぎなく、本発明がこれらによって制限されることはない。
実施例1:ハイブリドーマ細胞を用いたモノクローナル抗体の製造
(1)ハイブリドーマ細胞の製作
1)動物免疫化と細胞融合
-免疫原の準備:1.5mg~2mgのWRSタンパク質(純度>75%、濃度>0.4mg/ml)
-動物免疫化:Balb/cマウスに免疫原を接種し、抗体生産を誘発した。
-細胞融合:マウスから得たB細胞とマウスの骨髄腫細胞(myeloma cell)を電気融合(electro-fusion)し、少なくとも10,000個のハイブリドーマ細胞を得た。
2)ハイブリドーマ細胞の選別
-1次選別:間接ELISAを通じて抗原に結合する抗体を生産するハイブリドーマ細胞を選別した。
-2次選別:1次選別で得た陽性クローンを用いて、ウェスタンブロッティングで抗原に結合するハイブリドーマ細胞株3種を選別した。
-アイソタイピング(Isotyping):選別作業中、最も結果が良いクローン5個を選び、アイソタイピングを進行した。
3)サブクローニング(Subcloning)、細胞増量、凍結保管、抗体生産
-サブクローニング、細胞増量、凍結保管:結果が良いクローンに対してサブクローニング、細胞増量、凍結保管を進行した。
-抗体生産:選別作業中、最も結果が良いハイブリドーマ細胞株において少なくとも2mgの抗体が生産されるように抗体を生産した。
2.腹水(Ascites)の製作
1)マウスが3日以上の適応期間を経ると、プリスタンアジュバント(Pristane adjuvant)を100μl/mouceで投与した。ハイブリドーマ細胞株は、プリスタンアジュバントを投与してから5日~7日が経過したときに注入できるように培養した。
2)培養したハイブリドーマ細胞株を50mlのチューブに集め、10mlのPBSで3回洗浄して遠心分離した。
3)遠心分離が終了すると、上清液は、サクションで除去した後、必要な量の細胞が100μlに入るように計算し、1X PBSを入れてよく混ぜた後、これを1.5mlのチューブに移して収容した。
4)1mlのシリンジに前記溶液を置いた後、針が上に向かうようにし、シリンジ内の空気を除去した。
5)Balb/cマウス1匹当たり100μlの溶液を腹腔に注射した後、これをケージに入れ、腹水が充填されるかどうかを観察した。
6)ハイブリドーマ細胞株を注入したマウスに対して、注入してから5日が経過した後からは毎日観察し、腹が膨らんだかどうかを確認した。
7)腹が膨らんだ場合、注射針が23G以下である製品(3ml又は5mlのシリンジ)を用いてマウスの腹腔を刺し、腹水を収集した。
8)収集し、チューブに入れた腹水に対しては、赤血球が凝集されるようにRTで10分間インキュベートして遠心分離した。
9)遠心分離が終了すると、上清液のみを新しい1.5mlのチューブに入れ、これを-70℃で保管した。
3.抗体の生産
1)生産した腹水は、-70℃で取り出し、4℃で溶かし、精製する抗体のサブタイプ(subtype)を確認し、使用するビードを決定した。使用されるビードの量は、腹水の0.5volumeであった。
2)5mlのクロマトグラフィーカラムによく混ぜたプロテインAビードやGビードを計算した通りに入れ、1X PBS 5mlをカラムに流し、ビード洗浄を進行した。
3)洗浄が全て終了すると、溶かした腹水を入れ、カラムのキャップを被せた。
4)ビードと抗体が結合されるように、4℃で1時間にわたって回転結合(rotation binding)を進行した。
5)回転結合が終了した後、全ての溶液はフロースルー(flow through)過程を経た。
6)1X PBS 100mlを入れ、カラム洗浄を進行した。
7)1.5mlのチューブに中和バッファー(neutralization buffer)を100μlずつ入れ、カラムに1mlのIgG溶出バッファー(elution buffer)を加えた後、IgGが溶出されると直ぐ中和できるようにした。同一の条件で、合計10個の断片(fraction)を受け取った。
8)各断片の一部を12%のSDS-PAGEゲルにローディングし、ゲル染色を通じてバンドを確認した。染色する間、断片は4℃で保管した。
9)バンドが明確な断片を集め、透析チューブ(dialysis tubing)に入れ、クリップで漏れないように密封した。1X PBS 1Lが入っているビーカーに透析チューブと攪拌子(stirrer bar)を入れ、1時間にわたって4℃でスターラー(stirrer)を用いて透析を進行した。
10)新しい1X PBS 1Lを用いて、一晩中(overnight)(15時間)前記9)と同じ条件で透析を進行した。
11)翌日、透析チューブで溶液を収集した後、直ぐBCAアッセイキットを用いて定量した。
前記方法により、WRSに特異的に結合するモノクローナル抗体を生産する3種類のハイブリドーマ細胞株が選別された。前記選別された各ハイブリドーマ細胞株で生産される抗体は、3B10H5、6A3B4及び1D4C3と命名した。
実施例2:ファージディスプレイ(Phage display)を通じたモノクローナル抗体の選別
(1)ScFvファージディスプレイバイオパニング
1)免疫チューブ(Immunotube)に1mlの1X PBSとWRS抗原10μgを入れ、これをボルテックス(vortexing)した後、テープで入口を封じ、200rpm及び37℃で1時間にわたってコーティングする。
2)ER2537 E.coli細胞を、SB培地(media)20mlに50μl接種した後、OD600=0.5になるまで200rpm及び37℃でインキュベートする。
3)コーディング溶液(Coating solution)を捨てた後、水道水(tap water)を用いて1回洗浄した後、3%の脱脂乳(skim milk)5mlを用いてRTで1時間にわたってブロックする。このとき、ファージライブラリ(phage library)(1チューブ当たり400l)にもそれぞれ600lの3%の脱脂乳を入れ、これをRTで1時間にわたってブロックする。
4)ブロックが終了したAgコーティングチューブ(coating tube)にブロックしたファージを入れ(入力テスト(input test)のために約5μl残す。)、1時間30分間にわたって150rpm及び37℃で振盪培養器(shaking incubator)を用いて結合を進行する。
5)ファージ結合(Phage binding)が終了したAgコーティングチューブの溶液を除去し、2回水道水で充填してから捨てる洗浄を進行する。その後、0.05%のPBSTを用いて2回洗浄する。0.05%のPBST洗浄は、PBSTを1ml程度入れてからボルテックスした後、PBSTで充填してから捨てる方式で進行する。(第2ラウンド以降からは、洗浄を5回に増やす。)
6)抗原に結合したファージを溶出するために、100mMのトリエチルアミン(triethylamine)(TEA水溶液)を1ml入れ、これをRTで8分間インキュベートする。
7)インキュベートを進行する間、50mlのチューブに0.5mlの1Mトリス(Tris)-HCl(pH.7.4)を入れた後、インキュベートが終了すると、溶出したファージ溶液を入れ、これをピペット操作(pipetting)で混ぜて中和する。
8)2)で育てたER2537 E.coli細胞を中和されたファージに8.5ml入れ、120rpm及び37℃で1時間にわたって感染(infection)過程を進行する(出力)。
9)出力サンプル(Output sample)を3,000rpm及び4℃で5分間遠心分離した後、スープ(soup)を捨て、100lのSB培地を用いてペレットに対するピペット操作をし、150mmの皿(LB寒天プレート(agar plate)、Amp+)に拡散させる。
10)入力、出力滴定(titration)
-入力力価(Input titer):SB 500μl内のステップ6から左のライブラリストック2.32μl→SB 500μl内の2.32μl→SB 500μl内の2.32μl→E.coli細胞100μl内の1μl→100μl拡散→翌日、コロニー数カウント(n)→入力=n10-10
-出力力価(Output titer):SB 1ml内の出力サンプル1μl(出力1)→SB 100μl内の10l(出力2)→出力1、2(n1、n2)いずれも100μlずつ拡散→出力1=n110-5、出力2=n210-6
11)翌日、出力サンプルを拡散させておいた150mmの出力皿に5mlのSB培地を入れ、スクレーパー(scraper)で全てのコロニーを掻き集める。
12)その後、15mlのチューブに掻いたバクテリア溶液(bacteria solution)を3ml入れ、50%のグリセロール(glycerol)(オートクレーブ)を1.5mlずつ入れて混ぜ、これを3個のバイアル(vial)に分け、-70℃でストックとして保管する。
13)20mlのSB-アンピシリン(ampicillin)を入れた50mlのチューブに50μlのパニング出力ストック(panning output stock)を入れ、200rpm及び37℃でOD600<1程度になるまで育てる。
14)ヘルパーファージ(Helper phage)1mlを入れた後、120rpm及び37℃で1時間にわたって感染させる。
15)カナマイシンを最終的に70μg/mlになるように入れ、200rpm及び30℃で一晩中(15時間)インキュベートする。
16)翌日、一晩中培養した出力ファージ溶液(output phage solution)を4℃及び12,000rpmで20分間遠心分離する。上清液(Supernatant)を5mlの5X PEGバッファーが入っている50mlのチューブに入れ、これを反転(inverting)させた後、アイスで30分間インキュベートする。
17)インキュベートした出力ファージ溶液を4℃及び12,000rpmで20分間遠心分離する。上清液を捨て、ペレットを400μlのPBSに再懸濁(re-suspension)し、これを1.5mlのマイクロチューブ(micro tube)に移した後、14,000rpm及び4℃で2分間遠心分離を進行する。上清液を新しいチューブに移した後、次のラウンドのパニングの入力ライブラリ(input library)として使用する。
18)各ラウンド別にストックを作り、これを-70℃で保管する。
-第2ラウンドからは、WRS抗原の量を減らして使用する。
-第2ライブラリを使用するときは、ER2537 E.coli細胞の代わりにTG1 E.coli細胞を使用する。
前記方法によるバイオパニングを通じて、ファージライブラリから2,112個の候補群を選定した。
(2)ELISAスクリーニング
1)強化(Enrich)されたラウンドのストックを-70℃で取り出して溶かす。
2)単一コロニーを得るために溶かしたストックを1/1,000、1/10,000で希釈し、これを90mmのLB(+Amp)プレートに拡散させ、培養器を用いて37℃で一晩中(15時間)インキュベートする。
3)翌日、96ウェル細胞培養プレートに1ウェル当たり200μlのSB(+Amp.)を入れ(実験用プレート)、ストック用に使用されるコピー96ウェルプレートには、1ウェル当たり150μlのSB(+Amp.)を入れる。
4)コピープレート(Copy plate)は、しばらく4℃で保管し、実験用プレートに、滅菌された楊枝を用いて90mmのLBプレートにある単一コロニーを取った後、これを1個のウェルに入れる。
5)実験用プレートをプレートシェーカー(plate shaker)に置き、速度2.5で、80%以上が白っぽく育つまで振盪培養(shaking incubation)を進行する。
6)コピープレートを取り出した後、96ピンレプリケーター(pin replicator)を用いて実験用プレートの育った細胞を複製した後、コピープレートに再度複製する。
7)実験用プレートには、IPTGを1mMになるように入れ(1M IPTG 11μl per SB(+Amp.)1ml)、コピープレートと共に、30℃及び一晩中(15時間)プレートシェーカーを用いて速度2で振盪培養を進行する。
8)翌日、一晩中育てたコピープレートは、1ウェル当たり75μlの50%グリセロールを入れた後、-70℃で保管する。一晩中、誘導(induction)を進行した実験用プレートは取り出し、4℃及び3,500rpmで20分間遠心分離を進行する。
9)遠心分離を進行する間、スクリーニングに必要な抗原4μg/mlを、96ウェルハーフプレート(well half plate)に37℃で1時間にわたってコーティングする。ネガティブコントロール(Negative control)として、抗原がコーティングされていないプレートを使用する。
10)遠心分離を進行した実験用プレートは、上清液を捨て、水気をティッシュペーパで軽く拭き取った後、1ウェル当たり60μlの1X TESバッファーを入れ、37℃で20分間プレートシェーカーを用いて速度4で振盪を進行する。
11)1個の実験用プレートウェル当たり90μlの0.2X TESバッファーをさらに入れ、37℃で5分間プレートシェーカーを用いて速度2.5で振盪を進行する。
12)実験用プレートをアイスで30分以上インキュベートする。
13)抗原がコーティングされたプレートに溶液を捨て、水道水で1回洗った後、水気をティッシュペーパで拭き取る。
14)抗原がコーティングされたプレートに3%の脱脂乳を1ウェル当たり130μl入れ、RTで1時間にわたってブロックする。
15)ブロック時間(Blocking time)が20分程度残ったとき、アイスにインキュベートしておいた実験用プレートに対して3,500rpm及び4℃で20分間遠心分離を進行する。
16)抗原がコーティングされたプレートのブロッキング溶液(blocking solution)を除去し、水道水で1回洗った後、水気をティッシュペーパで拭き取る。
17)実験用プレートで抗原がコーティングされたプレートとネガティブコントロールプレートに、それぞれ1ウェル当たり25μlの上清液を入れる。このとき、ウェルの同じ位置に上清液を入れた後、RTで1時間にわたって結合過程を進行する。
18)結合過程を進行する間、二次抗体(Secondary antibody)(Anti-HA HRP、1:2,000)を予め準備し、これを4℃で保管する。
19)抗原がコーティングされたプレートの結合溶液(binding solution)を捨てた後、1X PBS-Tを1ウェル当たり130μl入れた後で捨てる(洗浄過程)。この過程を2回さらに繰り返す(合計3回)。最後は、乾燥したティッシュペーパで水気を軽く拭き取る。
20)二次抗体を1ウェル当たり100μl入れた後、RTで1時間にわたって結合過程を進行する。
21)19)の洗浄過程を繰り返す。
22)TMB溶液を1ウェル当たり50μl入れ、RTで最大15分間インキュベートした後、停止液(stop solution)(HSO)を1ウェル当たり50μl入れ、反応を終了し、ELISAリーダー(reader)を用いてOD450nmで値を測定する。
前記方法を通じて、209個のscFv候補群を再度選別した。
(3)ScFvクローンの精製
1)前記選別されたモノクローナルファージ(Monoclonal Phage)を-70℃で保管中のストックから5μl取り出し、3mlのSBが入っている14mlのチューブに入れる。
2)200rpm及び37℃で2時間にわたってインキュベートを進行する。その後、100mlのSBが入っているフラスコ(flask)に細胞を全て入れ、OD600<1になるように200rpm及び37℃で育てる。
3)1MのIPTGを最終的に1mMになるように100μl入れ、200rpm及び30℃で一晩中(15時間)誘導を進行する。
4)翌日、細胞を50mlの2個のチューブに集めた後、3,500rpm及び4℃で15分間遠心分離を進行し、上清液は捨て、ペレットのみを使用する。
5)ペレットを3mlの1X TESでよく懸濁した後、4.5mlの0.2X TESを入れ、アイスで30分以上インキュベートを進行する。
6)12,000rpm及び4℃で30分間遠心分離を進行し、上清液(生エキス(crude extract))に対して0.45μmのフィルターを用いてフィルタリングを進行する。
7)カラムに200lのNi-NTAビードを入れ、5mlの1X PBSを入れた後、ビード洗浄を進行する。
8)その後、フィルタリングしたエキスを再度フィルタリングし、Ni-NTAビードへの結合を進行する。
9)結合が終了すると、30mlの洗浄バッファー(PBS内のイミダゾール5mM)を入れ、洗浄を進行する。
10)5mlの溶出バッファー(PBS内のイミダゾール200mM)を入れた後、1mlの溶離液(eluent)を1個の1.5mlのチューブに集め、0.5mlの溶離液を4個の1.5mlのチューブに集める。
11)5個の新しい1.5mlのチューブに5Xサンプルバッファーを4μlずつ入れ、溶離液を16μlずつ入れた後、チューブを100℃で7分間沸騰させる。
12)10%のSDS-PAGEゲルをカセットに組み立て後でタンクに入れ、ゲルの内側と外側のタンクに1Xランニングバッファー(Running buffer)を充填する。
13)タンパク質マーカー(Protein marker)5μl、5個のサンプル20μlを順次ローディングする。
14)電気泳動を実施する。
15)ローディングが終了すると、カセットからゲルを分離し、ゲルが浸るまでインスタントブルー染色液(instant blue staining solution)を用いて染色を進行する。
16)染色が終了すると、バンドの太さを確認する。バンドが現れる断片の溶液に対して、透析チューブ(dialysis tube)に置き、1X PBSを用いて4℃で1時間にわたって透析を進行する。
17)1時間後、新しい1X PBS 1Lに取り替えた後、4℃で一晩中(15時間)透析を進行する。
18)翌日、サンプルを取り出した後、透析チューブの上側の入口を開放し、サンプルの収集を進行する。
19)BCAテストを用いてタンパク質の定量を進行する。
20)定量が終了した精製されたscFvは、-70℃で保管する。
前記精製過程以降、ヒト細胞溶解物(human cell lysate)を用いたウェスタンブロット、免疫沈降法(immunoprecipitaion)及びIgGエンジニアリング(engineering)を通じて、最終的に3個のscFvクローンを選別した。
実施例3:配列シーケンシング(sequencing)
前記実施例1で選別されたハイブリドーマ細胞の総RNAは、TRIzol試薬の技術マニュアルによって分離した。PrimeScript 1st Strand cDNA Synthesis Kitの技術マニュアルにより、汎用プライマーを用いて総RNAをcDNAに逆転写させた。重鎖可変領域(VH)及び軽鎖可変領域(VL)の抗体の断片は、RACD(rapid amplification of cDNA ends)によって増幅した。増幅された抗体の断片を標準クローニングベクターに別途にクローニングした。コロニーPCRは、正確な大きさの挿入物を有するクローンをスクリーニングするために行われた。正確な大きさのインサートを有する5個以上のコロニーがそれぞれの断片に対して配列化された。異なるクローンの配列を整列し、これらのクローンのコンセンサス配列を提供した。
前記実施例2で選別された各scFv単クローンファージに対して、HiYield Plasmid Mini kit(Real Biotech corporation、YPD100)を用いて製造社の指示に従ってプラスミドDNAを抽出した後、シーケンシングを進行した。
前記方法により、実施例1及び実施例2で選別された合計6種のモノクローナル抗体の軽鎖及び重鎖可変領域のアミノ酸配列及びこれを暗号化するポリヌクレオチドの配列を確認し、その各一例を図1乃至図6に示した(図1乃至図3:実施例1の方法によって選別されたモノクローナル抗体、図4乃至図6:実施例2の方法によって選別されたモノクローナル抗体)。
実施例4:モノクローナル抗体が特異的に結合するWRS内のポリペプチドの確認
前記実施例1及び2で製造したモノクローナル抗体が認識するポリペプチド領域を確認するために、471個のアミノ酸からなる配列番号1のWRSタンパク質(1-471)及びタンパク質の断片(1-104、1-154、48-154及び48-471)を次のような方法で準備した。
1)WRSフラグメントタンパク質(fragment protein)を精製するために、pET28aベクターにWRSフラグメント遺伝子(fragment gene)がクローニングされたプラスミドをタンパク質発現のためのコンピテントセル(competent cell)に形質転換する。
2)形質転換された細胞は、LB(+Kanamycin)プレートに拡散させた後、37℃で15時間培養する。
3)翌日、1個のコロニーを3mlのLB(+Kan)に接種した後、200rpm及び37℃で3時間培養する。
4)小さく培養した細胞を500mlのLB(+Kan)に全て入れ、37℃及び200rpmで4時間培養する。
5)0.8<OD値<1と測定されるとき、1MのIPTGストックを250μlずつ入れ(最終的に0.5mMのIPTG)、18℃及び200rpmで一晩中(15時間)誘導する。
6)翌日、誘導を進行した細胞を4,000rpmで10分間遠心分離する。
7)上清液を除去し、それぞれのペレットに洗浄バッファー1を10mlずつ入れ、ペレットを懸濁する。
8)ソニケーター(Sonicator)を用いて細胞を溶解(lysis)する。AMPL35%で2秒間進行し、1分間アイスに保管する。この方式を14回繰り返す。(合計15回の超音波処理(sonication))
9)15,000rpm及び4℃で30分間遠心分離し、ペレットと上清液を分離する。
10)ポリプレップクロマトグラフィーカラム(Poly-Prep Chromatography Columns)にNi-NTAビードを200μl入れ、5mlの洗浄バッファー1を入れた後、均衡(equilibrium)状態にする。
11)遠心分離が終了した50mlのチューブにおいて、上清液を0.45μmのフィルターを用いてフィルタリングし、ビードが入っているカラムに流入させる。これを再度進行する。
12)洗浄バッファー1を入れ、洗浄を進行する。
13)洗浄バッファー2を入れ、洗浄を進行する。
14)洗浄バッファー3を入れ、洗浄を進行する。
15)洗浄バッファー4を入れ、洗浄を進行する。
16)1.5mlのチューブに洗浄が終了したカラムを載せ、溶出バッファーを入れた後、溶出液(eluate)を集める。
17)5mlのチューブに5Xサンプルバッファー及びDWを入れてフロースルー過程を行い、洗浄バッファー及び溶出液を入れた後、5分間ヒートブロック(heat block)で沸騰させる。
18)予め作っておいた15comb及び15%のSDS-PAGEゲルをカセットに組み立て後、これをタンクに入れ、ゲルの内側と外側のタンクに1Xランニングバッファーを充填する。
19)タンパク質マーカー及びサンプルを順次ローディングする。
20)ゲルをローディングする間、透析チューブを100℃で10分間DWに湯煎する。新しいDWに取り替えた後、2回さらに繰り返し、これを冷たくなった1X PBS 200mlに入れて冷す。
21)ローディングが終了すると、カセットからゲルを分離し、ゲルが浸るまでインスタントブルー(instant blue)を注ぎ、染色を進行する。(図7)
前記方法を通じて製造したWRSタンパク質、その各断片、及び1次抗体として前記実施例1及び2で製造された6種のモノクローナル抗体を用いて通常の方法によってウェスタンブロットを行った。
その結果、図8及び図9に示したように、前記モノクローナル抗体は、配列番号1のアミノ酸配列からなるWRSタンパク質の1-471アミノ酸のうち1-47番目のアミノ酸からなる断片(配列番号2)を特異的に認識することを確認することができた。
実施例5:抗体の結合親和性分析
前記実施例1及び2で製造された6種のモノクローナル抗体及び商用抗体2種(Abnova、抗-WRS抗体(Cat# H00007453-M02)及びNovus biological、抗-WRS抗体(Cat# NBP2-32186))の結合親和性を評価するために、配列番号1の全長(full-length)WRSタンパク質に対する間接ELISAアッセイを行った。
簡略には、次のような方法によって抗体の結合親和性を評価した:
1)WRSタンパク質は、PBSで1μg/mlに希釈し、96-ウェルプレートに100μl/wellローディングした後、常温で1時間反応させることによってウェルにコーティングする。
2)コーティングが完了すると、PBST(0.05% tween-20)バッファーで1回洗浄した後、3%BSA及びPBST(0.1% tween-20)を分注し、常温で1時間反応させることによってブロッキングを行う。
3)ビオチン(Biotin)が付着した抗体を各濃度によってブロッキングバッファー(blocking buffer)で希釈した後、これを常温で1時間反応させる。
4)PBST(0.05% tween-20)で洗浄を行う。
5)ストレプトアビジン(Streptavidin)-HRPをブロッキングバッファーで希釈した後、これを常温で1時間反応させる。
6)PBST(0.05% tween-20)で5回洗浄を行い、付着していない残余物質を全て除去する。
7)TMBを50μl/well入れ、これを常温で5分間反応した後、2MのHSOを同量添加することによって反応を終了させる。
8)分光光度計(Spectrophotometer)(Sunrise、Tecan)で吸光度を測定する。(450nm)
9)8)の結果を通じてEC50値を計算する。
これに対する結果を下記の表1に示した。
Figure 2022541576000002
前記表1で確認できるように、本発明に係る抗体6種は、商用抗体2種と比較してWRSタンパク質に対する親和性が著しく高いことを確認することができた。
実施例6:抗体の結合特異性分析
前記実施例1及び2で製造された6種の各モノクローナル抗体及び商用抗体2種(Abnova、抗体-WRS抗体(Cat# H00007453-M02)及びNovus biological、抗-WRS抗体(Cat# NBP2-32186))の結合特異性を評価するために、HCT116細胞の溶解物20μgに対して下記の条件によるそれぞれの1次抗体及び2次抗体を処理し、通常の方法によってウェスタンブロットを行った:
*1次抗体(常温、1時間)
3B6、4G4、4H9、1D4C4、3B10H5、6A3B4:1μg/ml
Abnova Ab:1:5,000dilution
Novus Ab:1:10,000dilution
*2次抗体(常温、1時間)
抗ヒト(Anti human)HRP(Genscript、A00166):1:5,000dilution:4H9、3B6、4G4
抗マウス(Anti-mouse)HRP(Millipore、AP181P):1:10,000dilution:Abnova、1D4C3、3B10H5、6A3B4
抗ウサギ(Anti-rabbit)HRP(Millipore、AP187P):1:10,000dilution:Novus
これに対する結果を図10に示した。
図10に示したように、本発明に係る抗体6種がいずれも単一バンドを示す一方で、商用抗体2種の場合は、複数個のバンドを示すことが確認された。
すなわち、本発明に係る抗体の結合特異性は、各商用抗体と比較して著しく高いことを確認することができた。
実施例7:交差反応性検証
前記実施例1及び2で製造された6種のモノクローナル抗体が、WRS以外に細胞外に分泌される更に他のARS(Aminoacyl-tRNA synthetase)タンパク質であるCRS(Cysteinyl-tRNA synthetase)、AIMP1(Aminoacyl tRNA synthase complex-interacting multifunctional protein 1)、GRS(Glycyl tRNA synthetase)及びKRS(Lysyl tRNA synthetase)に対して交差反応性を示すかどうかを確認するために、次のような方法によって間接ELISAアッセイを行った:
1)抗原コーティング:PBS内の1μg/ml、100μl/well、4℃、一晩コーティング(overnight coating)
2)洗浄:0.05%PBST(0.05% tween 20)、200μl/well、3回
3)ブロッキング:0.05%PBST内の0.5%BSA、200μl/well、RT、1時間
4)1次抗体結合:0.05%PBST内の500ng/ml、100μl/well、RT、1時間
5)2次抗体結合:0.05%PBST内の抗マウスHRP(AP160P)1:10,000、100μl/well、RT、1時間
6)TMB検出
7)反応中止(2M HSO
8)吸光度測定:450nm
これに対する結果を図11に示した。
図11に示したように、本発明に係る抗体6種は、WRS以外の他のARSタンパク質には結合しないことが確認された。
本発明の抗体又はその断片は、WRSに特異的に結合し、同一のARSファミリーを含む他のタンパク質との交差反応性がなく、WRS検出及び抑制が可能であるので、WRS検出及びWRSと関連した疾患である癌、炎症性疾患又は感染疾患の診断に効果的に使用することができ、産業上の利用可能性が高い。

Claims (18)

  1. WRS(tryptophanyl-tRNA synthetase)タンパク質において配列番号2で表されるアミノ酸配列のポリペプチドに特異的に結合する抗体又は抗体の断片。
  2. 前記抗体又は抗体の断片は、
    (1)配列番号5で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)L1、配列番号6で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)L2、及び配列番号7で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)L3を含む抗体軽鎖可変領域(VL)と、配列番号8で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)H1、配列番号9で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)H2、及び配列番号10で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)H3を含む抗体重鎖可変領域(VH)と、を含む抗体又は抗体の断片;
    (2)配列番号13で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)L1、配列番号14で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)L2、及び配列番号15で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)L3を含む抗体軽鎖可変領域(VL)と、配列番号16で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)H1、配列番号17で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)H2、及び配列番号18で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)H3を含む抗体重鎖可変領域(VH)と、を含む抗体又は抗体の断片;
    (3)配列番号21で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)L1、配列番号22で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)L2、及び配列番号23で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)L3を含む抗体軽鎖可変領域(VL)と、配列番号24で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)H1、配列番号25で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)H2、及び配列番号26で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)H3を含む抗体重鎖可変領域(VH)と、を含む抗体又は抗体の断片;
    (4)配列番号29で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)L1、配列番号30で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)L2、及び配列番号31で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)L3を含む抗体軽鎖可変領域(VL)と、配列番号32で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)H1、配列番号33で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)H2、及び配列番号34で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)H3を含む抗体重鎖可変領域(VH)と、を含む抗体又は抗体の断片;
    (5)配列番号37で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)L1、配列番号38で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)L2、及び配列番号39で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)L3を含む抗体軽鎖可変領域(VL)と、配列番号40で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)H1、配列番号41で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)H2、及び配列番号42で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)H3を含む抗体重鎖可変領域(VH)と、を含む抗体又は抗体の断片;及び
    (6)配列番号45で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)L1、配列番号46で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)L2、及び配列番号47で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)L3を含む抗体軽鎖可変領域(VL)と、配列番号48で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)H1、配列番号49で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)H2、及び配列番号50で表されるアミノ酸配列を含む相補性決定部位(CDR)H3を含む抗体重鎖可変領域(VH)と、を含む抗体又は抗体の断片;からなる群から選ばれることを特徴とする、請求項1に記載の抗体又は抗体の断片。
  3. 前記抗体又は抗体の断片は、
    (1)配列番号3で表されるアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域と、配列番号4で表されるアミノ酸配列を含む重鎖可変領域と、を含むことを特徴とする抗体又は抗体の断片;
    (2)配列番号11で表されるアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域と、配列番号12で表されるアミノ酸配列を含む重鎖可変領域と、を含むことを特徴とする抗体又は抗体の断片;
    (3)配列番号19で表されるアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域と、配列番号20で表されるアミノ酸配列を含む重鎖可変領域と、を含むことを特徴とする抗体又は抗体の断片;
    (4)配列番号27で表されるアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域と、配列番号28で表されるアミノ酸配列を含む重鎖可変領域と、を含むことを特徴とする抗体又は抗体の断片;
    (5)配列番号35で表されるアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域と、配列番号36で表されるアミノ酸配列を含む重鎖可変領域と、を含むことを特徴とする抗体又は抗体の断片;及び
    (6)配列番号43で表されるアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域と、配列番号44で表されるアミノ酸配列を含む重鎖可変領域と、を含むことを特徴とする抗体又は抗体の断片;からなる群から選ばれることを特徴とする、請求項1に記載の抗体又は抗体の断片。
  4. 前記抗体は、モノクローナル抗体であることを特徴とする、請求項1に記載の抗体又は抗体の断片。
  5. 前記抗体は、IgG、IgA、IgM、IgE及びIgDからなる群から選ばれることを特徴とする、請求項1に記載の抗体又は抗体の断片。
  6. 前記抗体の断片は、ダイアボディ、Fab、Fab'、F(ab)2、F(ab')2、Fv及びscFvからなる群から選ばれることを特徴とする、請求項1に記載の抗体又は抗体の断片。
  7. 請求項1~6のいずれか1項に記載の抗体又は抗体の断片をコードするポリヌクレオチド。
  8. 請求項7に記載のポリヌクレオチドを含むベクター。
  9. 請求項8に記載のベクターで形質転換された細胞。
  10. 請求項9に記載の細胞をポリヌクレオチドが発現される条件下で培養し、軽鎖及び重鎖可変領域を含むポリペプチドを生産する段階、及び前記細胞又はこれを培養した培養培地から前記ポリペプチドを回収する段階を含むWRSに結合する抗体又は抗体の断片生産方法。
  11. 請求項1~6のいずれか1項に記載の抗体又は抗体の断片を含む癌診断用組成物。
  12. 請求項1~6のいずれか1項に記載の抗体又は抗体の断片を含む感染疾患又は感染合併症診断用組成物。
  13. 前記感染疾患は感染性炎症疾患であることを特徴とする、請求項12に記載の診断用組成物。
  14. 前記感染性炎症疾患は、敗血症又は敗血症性ショックであることを特徴とする、請求項13に記載の診断用組成物。
  15. 癌診断用製剤を製造するための請求項1~6のいずれか1項に記載の抗体又は抗体の断片の使用。
  16. a)個体から試料を取得する段階;
    b)前記試料において請求項1~6のいずれか1項に記載の抗体又は抗体の断片でWRSタンパク質の発現量を測定する段階;及び
    c)前記b)段階で測定したタンパク質の発現量が増加する場合、癌であると判断する段階;を含む癌診断方法。
  17. 感染疾患又は感染合併症診断用製剤を製造するための請求項1~6のいずれか1項に記載の抗体又は抗体の断片の使用。
  18. a)個体から試料を取得する段階;
    b)前記試料において請求項1~6のいずれか1項に記載の抗体又は抗体の断片でWRSタンパク質の発現量を測定する段階;及び
    c)前記b)段階で測定したタンパク質の発現量が増加する場合、感染疾患又は感染合併症であると判断する段階;を含む感染疾患又は感染合併症診断方法。
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