JP2022537700A - 細胞媒介細胞傷害性療法と生存促進性ｂｃｌ２ファミリータンパク質の阻害剤との併用療法 - Google Patents

細胞媒介細胞傷害性療法と生存促進性ｂｃｌ２ファミリータンパク質の阻害剤との併用療法 Download PDF

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Abstract

がんを有するまたは有する疑いのある対象を処置するための、免疫療法および細胞療法、例えば養子細胞療法、例えばT細胞療法と、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤、例えばBCL2阻害剤の使用とを伴う併用療法の方法、使用および製造品、ならびに関連する方法、使用、および製造品を提供する。T細胞療法は、組換え受容体、例えばキメラ抗原受容体（CAR）を発現する細胞を含む。

Description

関連出願の相互参照
本出願は、米国仮特許出願第62/860,748号（2019年6月12日出願、発明の名称「細胞媒介細胞傷害性療法と生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤との併用療法」）、および米国仮特許出願第62/890,594号（2019年8月22日出願、発明の名称「細胞媒介細胞傷害性療法と生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤との併用療法」）の優先権を主張する（これらの内容は事実上それらの全体で参照により組み入れられる）。
配列表の参照による組込み
本出願は電子的フォーマットでの配列表と一緒に提出されている。配列表は、735042021340SeqList.TXT（2020年6月8日作成、サイズ：35,272バイト）と題されるファイルとして提供される。配列表の電子的フォーマットでの情報はその全体が参照により組み入れられる。
分野
本開示は、いくつかの局面では、白血病およびリンパ腫などのがんを有する対象を処置するための治療法、例えば免疫療法または細胞療法、例えばT細胞療法と、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤、例えばBCL2阻害剤の使用とを伴う併用療法の方法および使用、ならびに関連する方法、使用、および製造品に関する。T細胞療法は、キメラ抗原受容体（CAR）などの組換え受容体を発現する細胞を含む。
背景
がんを処置するための免疫療法および細胞療法、例えば養子細胞療法のために、対象となる疾患または障害に特異的なキメラ受容体、例えばキメラ抗原受容体（CAR）および／または他の組換え抗原受容体を発現している細胞のみならず、他の養子免疫細胞および養子T細胞療法の投与を伴うものを含む様々な戦略が利用可能である。がんのサブセットは、そのような療法に対して抵抗性である、または抵抗性を発生する。その結果、例えばこの抵抗性に打ち勝ち、そのような方法の有効性を増加させるために、改善された方法が必要になる。そのような必要性に対処する方法および使用が提供される。
概要
慢性リンパ性白血病（CLL）、非ホジキンリンパ腫（NHL）、またはそのサブタイプなどのがんを有するまたは有する疑いのある対象を処置するための併用療法を伴う方法および使用が、本明細書に提供される。いくつかの態様では、がんは小リンパ球性リンパ腫（SLL）である。該方法および他の態様は、一般的に、対象に免疫療法または細胞療法である療法と、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤、例えばBCL2阻害剤とを投与することを伴う組み合わせに関する。いくつかの局面では、提供される方法および使用は、B細胞上に発現された抗原に結合する抗原結合ドメインを含むCAR発現T細胞などのT細胞療法の投与を伴う。
がんを有する対象に細胞傷害性療法を投与する工程であって、細胞傷害性療法が、免疫療法または細胞療法であり、かつがんの細胞に関連する抗原、それによって発現される抗原、またはその上に存在する抗原に特異的に結合する、工程；ならびに細胞傷害性療法の投与開始の1日もしくは約1日から、14日もしくは約14日後に、および／または細胞傷害性療法の投与に続いて細胞傷害性療法のピークレベルが対象の血液中に検出可能になる前に、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤の定常状態濃度（Css）を達成するために十分な投与レジメンで該阻害剤を対象に投与する工程を含む、がんを処置する方法が本明細書に提供される。
細胞傷害性療法の投与開始の1日もしくは約1日から、14日もしくは約14日後に、および／または細胞傷害性療法の投与に続いて細胞傷害性療法のピークレベルが対象の血液中に検出可能になる前に、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤の定常状態濃度（Css）を達成するために十分な投与レジメンで該阻害剤を、がんを有する対象に投与する工程を含む、がんを処置する方法が、本明細書に提供され、その際、細胞傷害性療法は、免疫療法または細胞療法であり、かつがんの細胞に関連する抗原、それによって発現される抗原、またはその上に存在する抗原に特異的に結合する。
がんを有する対象に細胞傷害性療法を投与する工程であって、細胞傷害性療法が、免疫療法または細胞療法であり、かつがんの細胞に関連する抗原、それによって発現される抗原、またはその上に存在する抗原に特異的に結合する、工程；および細胞傷害性療法の投与開始の7日または約7日前から、14日または約14日後での生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤の投与開始を含む投与レジメンで該阻害剤を対象に投与する工程を含む、がんを処置する方法が、本明細書に提供される。
がんを有する対象に生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤を投与する工程を含む、がんを処置する方法が、本明細書に提供され、その際、阻害剤は、細胞傷害性療法の投与開始の7日または約7日前から、14日または約14日後での阻害剤の投与開始を含む投与レジメンで投与され、細胞傷害性療法は、免疫療法または細胞療法であり、かつがんの細胞に関連する抗原、それによって発現される抗原、またはその上に存在する抗原に特異的に結合する。
がんを有する対象に細胞傷害性療法を投与する工程を含む、対象におけるがんを処置する方法が、本明細書に提供され、その際、細胞傷害性療法は、免疫療法または細胞療法であり、かつがんの細胞に関連する抗原、それによって発現される抗原、またはその上に存在する抗原に特異的に結合し、対象は、細胞傷害性療法の投与開始の7日または約7日前から、14日または約14日後での生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤の投与開始を含む投与レジメンで該阻害剤を、ある期間投与されるかまたは投与されることになる。いくつかの態様では、阻害剤の投与レジメンは、細胞傷害性療法の投与開始の7日または約7日前から、14日または約14日後での阻害剤の投与開始を含む。いくつかの態様では、阻害剤の投与レジメンは、細胞傷害性療法の投与開始の3日または約3日前から、14日または約14日後での阻害剤の投与開始を含む。いくつかの態様では、阻害剤の投与レジメンは、細胞傷害性療法の投与開始の1日または約1日前から、8日または約8日後での阻害剤の投与開始を含む。
態様のいずれかのいくつかでは、阻害剤の投与レジメンは、細胞傷害性療法の投与後の阻害剤の投与開始を含む。いくつかの態様では、投与レジメンは、細胞傷害性療法の投与開始の約1日前～約8日後の阻害剤の投与開始を含む。がんを有する対象の処置のための医薬の製造に使用するための細胞傷害性療法を含む組成物もまた本明細書に提供され、その際、細胞傷害性療法は、免疫療法または細胞療法であり、かつがんの細胞に関連する抗原、それによって発現される抗原、またはその上に存在する抗原に特異的に結合し；組成物は、細胞傷害性療法の投与開始の1日または約1日前から、8日または約8日後の生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤の投与開始を含む投与レジメンでの該阻害剤との併用のためのものである。がんを有する対象の処置のための医薬の製造に使用するための生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤を含む組成物が、本明細書に提供され、その際、組成物は、細胞傷害性療法との併用のためのものであり、細胞傷害性療法は、免疫療法または細胞療法であり、かつがんの細胞に関連する抗原、それによって発現される抗原、またはその上に存在する抗原に特異的に結合し；組成物は、細胞傷害性療法の投与開始の1日または約1日前から、8日または約8日後の組成物の投与開始を含む投与レジメンに使用するためのものである。いくつかの態様では、細胞傷害性療法は組換え受容体発現細胞療法である。いくつかの態様では、阻害剤は、細胞傷害性療法の投与開始後約7日以内の組成物の投与開始を含む投与レジメンに使用するためのものである。いくつかの態様では、阻害剤はベネトクラクスである。いくつかの態様では、阻害剤は、細胞傷害性療法の投与開始の約7日後での組成物の投与開始を含む投与レジメンに使用するためのものである。いくつかの態様では、阻害剤はベネトクラクスである。
（i）生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤および／または免疫療法もしくは細胞療法であり、かつがんの細胞に関連する、それによって発現される、もしくはその上に存在する抗原に特異的に結合する細胞傷害性療法；ならびに（ii）キットを使用して、がんを有する対象を処置するための説明書を含むキットもまた、本明細書に提供され、その際、説明書は、阻害剤が細胞傷害性療法との併用のためのものであり；かつ阻害剤が、細胞傷害性療法の投与開始の1日または約1日前から、8日または約8日後に投与されるべきであることを明記する。いくつかの態様では、細胞傷害性療法は、組換え受容体を発現しているT細胞を含む細胞療法である。いくつかの態様では、説明書は、阻害剤が細胞傷害性療法の投与開始後約7日以内に投与されるべきであると特定する。いくつかの態様では、説明書は、阻害剤が細胞傷害性療法の投与開始の約7日後に投与されるべきであると特定する。いくつかの態様では、阻害剤はベネトクラクスである。
いくつかの態様では、阻害剤の投与レジメンは、細胞傷害性療法の投与開始後7日以内の阻害剤の投与開始を含む。いくつかの態様では、阻害剤の投与レジメンは、細胞傷害性療法の投与開始後3日以内の阻害剤の投与開始を含む。いくつかの態様では、阻害剤の投与レジメンは、細胞療法の投与開始に続いて細胞療法の細胞の活性化誘導細胞死（AICD）がピークになったときまたはその後での阻害剤の投与開始を含む。いくつかの態様では、阻害剤の投与レジメンは、細胞療法の投与開始に続いて細胞療法の細胞の活性化誘導細胞死（AICD）がピークになったときの阻害剤の投与開始を含む。いくつかの態様では、阻害剤の投与レジメンは、細胞療法の投与開始に続いて細胞療法の細胞の活性化誘導細胞死（AICD）がピークになった後の阻害剤の投与開始を含む。
いくつかの態様では、投与レジメンにおける阻害剤の少なくとも1つの用量は、細胞傷害性療法と同時および／または細胞傷害性療法と同じ日に投与される。いくつかの態様では、阻害剤の投与レジメンは、細胞傷害性療法の投与開始の1日もしくは約1日から、14日もしくは約14日後および／または細胞傷害性療法の投与に続いて細胞傷害性療法のピークレベルが対象の血液中に検出可能になる前に、阻害剤の定常状態濃度（Css）を達成するために十分である。
いくつかの態様では、対象は、細胞傷害性療法の投与開始前7日以内にリツキシマブおよび／またはイブルチニブを投与されておらず、その投与を受けてもいない。
いくつかの態様では、細胞傷害性療法は、がんの1つまたは複数の細胞の細胞媒介性細胞傷害が可能であるかまたはそれをもたらす。いくつかの態様では、細胞傷害性療法は、がんの1つまたは複数の細胞のパーフォリン媒介性アポトーシスおよび／またはグランザイム媒介性アポトーシスが可能であるかまたはそれを媒介する。
いくつかの態様では、細胞傷害性療法は免疫療法である。いくつかの態様では、免疫療法は、T細胞の活性を刺激する能力があるT細胞エンゲージング療法である。いくつかの態様では、細胞傷害性療法は二重特異性T細胞エンゲージャー（BiTE）療法である。
いくつかの態様では、細胞傷害性療法は細胞療法である。いくつかの態様では、細胞療法は、対象に対して自家である細胞を含む。いくつかの態様では、細胞療法は、腫瘍浸潤リンパ球（TIL）療法、内因性T細胞療法、ナチュラルキル（NK）細胞療法、トランスジェニックTCR療法、および任意でキメラ抗原受容体（CAR）発現細胞療法である組換え受容体発現細胞療法からなる群より選択される。いくつかの態様では、細胞傷害性療法は組換え受容体発現細胞療法である。いくつかの態様では、細胞傷害性療法はキメラ抗原受容体（CAR）発現細胞療法である。
いくつかの態様では、細胞療法は、抗原に特異的に結合する組換え受容体を発現している細胞の用量を含む。いくつかの態様では、細胞療法の投与は、1×105個もしくは約1×105個～5×108個の細胞療法の総細胞、組換え受容体発現細胞、総T細胞、もしくは総末梢血単核細胞（PBMC）；1×105個もしくは約1×105個～2×108個の細胞療法の総細胞、組換え受容体発現細胞、総T細胞、もしくは総末梢血単核細胞（PBMC）；1×106個もしくは約1×106個～1×108個の細胞療法の総細胞、組換え受容体発現細胞、総T細胞、もしくは総末梢血単核細胞（PBMC）；または1×106個～5×107個の細胞療法の総細胞、組換え受容体発現細胞、総T細胞、もしくは総末梢血単核細胞（PBMC）の投与を含む。
いくつかの態様では、細胞傷害性療法の投与は、それぞれが両端の値を含む1×105個もしくは約1×105個から、5×108個もしくは約5×108個の総組換え受容体発現T細胞もしくは総T細胞、1×105個もしくは約1×105個から、1×108個もしくは約1×108個の総組換え受容体発現T細胞もしくは総T細胞、5×105個もしくは約5×105個から、1×107個もしくは約1×107個の総組換え受容体発現T細胞もしくは総T細胞、または1×106個もしくは約1×106個から、1×107個もしくは約1×107個の総組換え受容体発現T細胞もしくは総T細胞の投与を含む。いくつかの態様では、細胞傷害性療法の投与は、1×105個または約1×105個から、5×108個または約5×108個の総組換え受容体発現T細胞または総T細胞の投与を含む。いくつかの態様では、細胞傷害性療法の投与は、1×105個または約1×105個から、1×108個または約1×108個の総組換え受容体発現T細胞または総T細胞の投与を含む。いくつかの態様では、細胞傷害性療法の投与は、5×105個または約5×105個から、1×107個または約1×107個の総組換え受容体発現T細胞または総T細胞の投与を含む。いくつかの態様では、細胞傷害性療法の投与は、1×106個または約1×106個から、1×107個または約1×107個の総組換え受容体発現T細胞または総T細胞の投与を含む。いくつかの態様では、細胞の用量は、T細胞を含むまたはT細胞が濃縮されている。いくつかの態様では、T細胞は、CD4+ T細胞、CD8+ T細胞、またはCD4+およびCD8+ T細胞である。いくつかの態様では、T細胞はCD4+ T細胞である。いくつかの態様では、T細胞はCD8+ T細胞である。いくつかの態様では、T細胞は、CD4+ T細胞およびCD8+ T細胞である。いくつかの態様では、細胞の用量の投与は、抗原に特異的に結合する受容体、任意でCARを含むCD4+およびCD8+ T細胞を、CD4+およびCD8+ T細胞毎に個別に投与することを含み、その際、投与は、複数の別々の組成物を投与することを含み、複数の別々の組成物は、CD8+ T細胞を含むかまたはそれについて濃縮されている第1の組成物およびCD4+ T細胞を含むかまたはそれについて濃縮されている第2の組成物を含む。
いくつかの態様では、CD4+およびCD8+ T細胞の用量は、1：1もしくはおよそ1：1であるかまたはおよそ1：3～およそ3：1である所定の比の組換え受容体を発現しているCD4+細胞と組換え受容体を発現しているCD8+細胞と、および／またはCD4+細胞とCD8+細胞と；ならびに／あるいは1：1もしくはおよそ1：1であるかまたはおよそ1：3～およそ3：1である所定の比で存在する、第1および第2の組成物の一方の中の受容体を含むCD4+ T細胞と、第1および第2の組成物の他方の中の受容体を含むCD8+ T細胞と；ならびに／あるいは1：1もしくはおよそ1：1であるかまたはおよそ1：3～およそ3：1である所定の比で存在する、第1および第2の組成物として投与される受容体を含むCD4+ T細胞と、受容体を含むCD8+ T細胞とを含む。いくつかの態様では、比は、およそ1：3～およそ3：1である。いくつかの態様では、比は、1：1またはおよそ1：1である。いくつかの態様では、細胞の用量は、ナチュラルキラー（NK）細胞を含むかまたはそれについて濃縮されている。いくつかの態様では、細胞の用量は、iPS由来細胞を含む。
いくつかの態様では、組換え受容体は、T細胞受容体（TCR）または機能的非T細胞受容体である。いくつかの態様では、組換え受容体はキメラ抗原受容体（CAR）である。
いくつかの態様では、細胞療法は、それぞれが両端の値を含む1×105個または約1×105個～5×108個の総CAR発現T細胞、1×106個～2.5×108個の総CAR発現T細胞、5×106個～1×108個の総CAR発現T細胞、1×107個～2.5×108個の総CAR発現T細胞、5×107個～1×108個の総CAR発現T細胞の投与を含む。いくつかの態様では、細胞療法は、少なくとも1×105個もしくは少なくとも約1×105個のCAR発現細胞、少なくとも2.5×105個もしくは少なくとも約2.5×105個のCAR発現細胞、少なくとも5×105個もしくは少なくとも約5×105個のCAR発現細胞、少なくとも1×106個もしくは少なくとも約1×106個のCAR発現細胞、少なくとも2.5×106個もしくは少なくとも約2.5×106個のCAR発現細胞、少なくとも5×106個もしくは少なくとも約5×106個のCAR発現細胞、少なくとも1×107個もしくは少なくとも約1×107個のCAR発現細胞、少なくとも2.5×107個もしくは少なくとも約2.5×107個のCAR発現細胞、少なくとも5×107個もしくは少なくとも約5×107個のCAR発現細胞、少なくとも1×108個もしくは少なくとも約1×108個のCAR発現細胞、少なくとも2.5×108個もしくは少なくとも約2.5×108個のCAR発現細胞、または少なくとも5×108個もしくは少なくとも約5×108個のCAR発現細胞の投与を含む。いくつかの態様では、細胞療法は、5×107個または約5×107個の総CAR発現T細胞の投与を含む。いくつかの態様では、細胞療法は、1×108個または約1×108個のCAR発現細胞の投与を含む。
いくつかの態様では、CARは、抗原に特異的に結合する細胞外抗原認識ドメインと、ITAMを含む細胞内シグナル伝達ドメインとを含む。いくつかの態様では、抗原は、腫瘍抗原であるか、またはがん細胞上に発現される。いくつかの態様では、抗原は、αvβ6インテグリン（avb6インテグリン）、B細胞成熟抗原（BCMA）、B7-H3、B7-H6、炭酸脱水酵素9（CA9、これはCAIXまたはG250としてもまた知られている）、癌精巣抗原、癌／精巣抗原1B（CTAG、これはNY-ESO-1およびLAGE-2としてもまた知られている）、癌胎児性抗原（CEA）、サイクリン、サイクリンA2、C-Cモチーフケモカインリガンド1（CCL-1）、CD19、CD20、CD22、CD23、CD24、CD30、CD33、CD38、CD44、CD44v6、CD44v7/8、CD123、CD133、CD138、CD171、コンドロイチン硫酸プロテオグリカン4（CSPG4）、上皮増殖因子タンパク質（EGFR）、III型上皮増殖因子受容体変異（EGFR vIII）、上皮糖タンパク質2（EPG-2）、上皮糖タンパク質40（EPG-40）、エフリンB2、エフリン受容体A2（EPHa2）、エストロゲン受容体、Fc受容体様5（FCRL5；これはFc受容体ホモログ5またはFCRH5としてもまた知られている）、胎児アセチルコリン受容体（胎児AchR）、葉酸結合タンパク質（FBP）、葉酸受容体アルファ、ガングリオシドGD2、O-アセチル化GD2（OGD2）、ガングリオシドGD3、糖タンパク質100（gp100）、グリピカン-3（GPC3）、Gタンパク質共役受容体5D（GPRC5D）、Her2/neu（受容体型チロシンキナーゼerb-B2）、Her3（erb-B3）、Her4（erb-B4）、erbB二量体、ヒト高分子量メラノーマ関連抗原（HMW-MAA）、B型肝炎表面抗原、ヒト白血球抗原A1（HLA-A1）、ヒト白血球抗原A2（HLA-A2）、IL-22受容体アルファ（IL-22Rα）、IL-13受容体アルファ2（IL-13Rα2）、キナーゼインサートドメイン受容体（kdr）、カッパ軽鎖、L1細胞接着分子（L1-CAM）、L1-CAMのCE7エピトープ、ロイシンリッチリピート含有8ファミリーメンバーA（LRRC8A）、Lewis Y、メラノーマ関連抗原（MAGE）-A1、MAGE-A3、MAGE-A6、MAGE-A10、メソテリン（MSLN）、c-Met、マウスサイトメガロウイルス（CMV）、ムチン1（MUC1）、MUC16、ナチュラルキラーグループ2メンバーD（NKG2D）リガンド、メランA（MART-1）、神経細胞接着分子（NCAM）、腫瘍胎児性抗原、メラノーマの優先発現抗原（PRAME）、プロゲステロン受容体、前立腺特異抗原、前立腺幹細胞抗原（PSCA）、前立腺特異的膜抗原（PSMA）、受容体型チロシンキナーゼ様オーファン受容体1（ROR1）、サバイビン、トロホブラスト糖タンパク質（TPBG、これは5T4としてもまた知られている）、腫瘍関連糖タンパク質72（TAG72）、チロシナーゼ関連タンパク質1（TRP1、これはTYRP1またはgp75としてもまた知られている）、チロシナーゼ関連タンパク質2（TRP2、これはドパクロムトートメラーゼ、ドパクロムデルタイソメラーゼまたはDCTとしてもまた知られている）、血管内皮増殖因子受容体（VEGFR）、血管内皮増殖因子受容体2（VEGFR2）、ウィルムス腫瘍1（WT-1）より選択される。いくつかの態様では、抗原はB細胞悪性腫瘍に関連し、任意で抗原は、ヒトB細胞上に発現される。いくつかの態様では、B細胞抗原は、CD20、CD19、CD22、ROR1、CD45、CD21、CD5、CD33、Igカッパ、Igラムダ、CD79a、CD79bまたはCD30である。いくつかの態様では、抗原はCD19である。
いくつかの態様では、細胞内シグナル伝達ドメインは、CD3ゼータ（CD3ζ）鎖の細胞内ドメインを含む。いくつかの態様では、細胞内シグナル伝達領域は、共刺激性のシグナル伝達領域をさらに含む。いくつかの態様では、共刺激性のシグナル伝達領域は、CD28または4-1BBの、任意でヒトCD28またはヒト4-1BBの、シグナル伝達ドメインを含む。いくつかの態様では、共刺激ドメインは、CD28のシグナル伝達ドメインであるかまたはそれを含む。いくつかの態様では、共刺激ドメインは、4-1BBのシグナル伝達ドメインであるかまたはそれを含む。いくつかの態様では、共刺激性のシグナル伝達領域は、4-1BBのシグナル伝達ドメインを含む。いくつかの態様では、共刺激性のシグナル伝達領域は、CD28のシグナル伝達ドメインを含む。いくつかの態様では、CARは、抗原に結合する細胞外抗原結合ドメインと、膜貫通ドメインと、CD3ゼータ（CD3ζ）鎖の細胞内シグナル伝達ドメインおよび共刺激性のシグナル伝達ドメインを含む細胞内シグナル伝達領域とを含む。
いくつかの態様では、細胞療法は、対象からの自家細胞を含む。いくつかの態様では、方法は、阻害剤の投与開始前に、対象から自家細胞を含む生物学的試料を収集する工程を含む。いくつかの態様では、対象からの生物学的試料は、全血試料、バフィーコート試料、末梢血単核細胞（PBMC）試料、未分画T細胞試料、リンパ球試料、白血球試料、アフェレーシス産物、または白血球アフェレーシス産物であるかまたはそれを含む。いくつかの態様では、対象からの生物学的試料は、末梢血単核細胞（PBMC）試料であるかまたはそれを含む。いくつかの態様では、対象からの生物学的試料は、アフェレーシス産物であるかまたはそれを含む。いくつかの態様では、対象からの生物学的試料は、白血球アフェレーシス産物であるかまたはそれを含む。
いくつかの態様では、細胞傷害性療法の投与開始時に、対象は、（i）測定可能病変、任意で、最大横径（GTD）が1.5センチメートルよりも大きなリンパ節、または末梢血（PB）、骨髄（BM）、肝臓、もしくは脾臓における評価可能もしくは測定可能病変を示す。いくつかの態様では、ブリッジング療法の投与開始時に、対象は、（i）測定可能病変、任意で、最大横径（GTD）が1.5センチメートルよりも大きなリンパ節、または末梢血（PB）、骨髄（BM）、肝臓、もしくは脾臓における評価可能もしくは測定可能病変を示す。いくつかの態様では、細胞傷害性療法の投与開始時に、対象は、末梢血中に10-4より大きいまたはそれと等しい最小残余病変（MRD）を示す。いくつかの態様では、ブリッジング療法の投与開始時に、対象は、末梢血中に10-4より大きいまたはそれと等しい最小残余病変（MRD）を示す。
いくつかの態様では、細胞傷害性療法の投与開始時に、対象は、（i）測定可能病変、任意で、最大横径（GTD）が1.5センチメートルよりも大きなリンパ節、または末梢血（PB）、骨髄（BM）、肝臓、もしくは脾臓における評価可能もしくは測定可能病変；および（ii）末梢血中に10-4より大きいまたはそれと等しい最小残余病変（MRD）を示す。いくつかの態様では、ブリッジング療法の投与開始時に、対象は、（i）測定可能病変、任意で、最大横径（GTD）が1.5センチメートルよりも大きなリンパ節、または末梢血（PB）、骨髄（BM）、肝臓、もしくは脾臓における評価可能もしくは測定可能病変；および（ii）末梢血中に10-4より大きいまたはそれと等しい最小残余病変（MRD）を示す。
いくつかの態様では、リンパ球枯渇療法は、細胞傷害性療法の投与開始の2～7日前に完了する。いくつかの態様では、リンパ球枯渇療法は、フルダラビンおよび／またはシクロホスファミドの投与を含む。いくつかの態様では、リンパ球枯渇療法は、フルダラビンの投与を含む。いくつかの態様では、リンパ球枯渇療法は、シクロホスファミドの投与を含む。いくつかの態様では、リンパ球枯渇療法は、フルダラビンおよびシクロホスファミドの投与を含む。いくつかの態様では、リンパ球枯渇療法は、両端の値を含む約200～400mg/m2、任意で300mg/m2もしくは約300mg/m2のシクロホスファミド、および／または約20～40mg/m2、任意で30mg/m2のフルダラビンの毎日2～4日間、任意で3日間の投与を含む、あるいはリンパ球枯渇療法は、約500mg/m2のシクロホスファミドの投与を含む。いくつかの態様では、リンパ球枯渇療法は、300mg/m2または約300mg/m2のシクロホスファミドおよび約30mg/m2のフルダラビンの毎日3日間の投与を含み；かつ／あるいはリンパ球枯渇療法は、500mg/m2または約500mg/m2のシクロホスファミドおよび約30mg/m2のフルダラビンの毎日3日間の投与を含む。いくつかの態様では、リンパ球枯渇療法は、300または約300mg/m2のシクロホスファミドおよび約30mg/m2のフルダラビンの毎日3日間の投与を含む。いくつかの態様では、リンパ球枯渇療法は、500mg/m2または約500mg/m2のシクロホスファミドおよび約30mg/m2のフルダラビンの毎日3日間の投与を含む。
いくつかの態様では、阻害剤の投与開始は、細胞傷害性療法の投与開始前3日または約3日以内である。いくつかの態様では、阻害剤の投与開始は、細胞傷害性療法の投与開始前2日または約2日以内である。いくつかの態様では、阻害剤の投与開始は、細胞傷害性療法の投与開始前1日または約1日以内である。いくつかの態様では、阻害剤の投与開始は、阻害剤の投与開始と同時または同じ日である。いくつかの態様では、阻害剤の投与開始は、細胞傷害性療法の投与開始後2日を超えず、任意で、阻害剤の投与開始は、細胞傷害性療法の投与開始後1日以内である。いくつかの態様では、阻害剤の投与開始は、細胞傷害性療法の投与開始後約7日以内である。いくつかの態様では、阻害剤の投与開始は、細胞傷害性療法の投与開始の約1日後～約7日後である。いくつかの態様では、阻害剤の投与開始は、細胞傷害性療法の投与開始の約2日後である。いくつかの態様では、阻害剤の投与開始は、細胞傷害性療法の投与開始の約3日後である。いくつかの態様では、阻害剤の投与開始は、細胞傷害性療法の投与開始の約4日後である。いくつかの態様では、阻害剤の投与開始は、細胞傷害性療法の投与開始の約5日後である。いくつかの態様では、阻害剤の投与開始は、細胞傷害性療法の投与開始の約6日後である。いくつかの態様では、阻害剤の投与開始は、細胞傷害性療法の投与開始の約7日後である。いくつかの態様では、阻害剤の投与開始は、細胞傷害性療法の投与開始の約8日後である。
いくつかの態様では、阻害剤の投与レジメンは、治療量未満の量の阻害剤を含み；阻害剤の投与レジメンは、細胞傷害性療法との併用投与の非存在下で単独療法として投与された場合、対象における腫瘍負荷量を低減するのに不十分であるか、または腫瘍負荷量を10％未満低減し；かつ／あるいは阻害剤の投与レジメンは、細胞傷害性療法との併用投与の非存在下で単独療法として投与された場合、同様に処置された対象の群に完全もしくは部分奏効をもたらさない、またはそのような対象の多くて10％にそのような応答をもたらす。いくつかの態様では、阻害剤の投与レジメンは治療量未満の量の阻害剤を含む。いくつかの態様では、細胞傷害性療法との併用投与の非存在下で単独療法として投与された場合、阻害剤の投与レジメンは、対象における腫瘍負荷量を低減するために不十分であるか、または腫瘍負荷量を10％未満低減する。いくつかの態様では、細胞傷害性療法との併用投与の非存在下で単独療法として投与された場合、阻害剤の投与レジメンは、同様に処置された対象の群に完全もしくは部分奏効をもたらさない、またはそのような対象の多くて10％にそのような応答をもたらす。
いくつかの態様では、阻害剤の投与レジメンは、1日1回の投薬を含む。いくつかの態様では、1日1回の用量は、それぞれが両端の値を含む20mgまたは約20mgから、800mgまたは約800mg、20mgまたは約20mgから、400mgまたは400mg、20mgまたは約20mgから、350mgまたは約350mg、20mgまたは約20mgから、300mgまたは約300mg、20mgまたは約20mgから、250mgまたは約250mg、20mgまたは約20mgから、200mgまたは約200mg、20mgまたは約20mgから、150mgまたは約150mg、20mgまたは約20mgから、100mgまたは約100mg、20mgまたは約20mgから、50mgまたは約50mg、20mgまたは約20mgから、40mgまたは約40mg、40mgまたは約40mgから、800mgまたは約800mg、40mgまたは約40mgから、400mgまたは400mg、40mgまたは約40mgから、350mgまたは約350mg、40mgまたは約40mgから、300mgまたは約300mg、40mgまたは約40mgから、250mgまたは約250mg、40mgまたは約40mgから、200mgまたは約200mg、40mgまたは約40mgから、150mgまたは約150mg、40mgまたは約40mgから、100mgまたは約100mg、40mgまたは約40mgから、50mgまたは約50mg、50mgまたは約50mgから、800mgまたは約800mg、50mgまたは約50mgから、400mgまたは約400mg、50mgまたは約50mgから、350mgまたは約350mg、50mgまたは約50mgから、300mgまたは約300mg、50mgまたは約50mgから、250mgまたは約250mg、50mgまたは約50mgから、200mgまたは約200mg、50mgまたは約50mgから、150mgまたは約150mg、50mgまたは約50mgから、100mgまたは約100mg、100mgまたは約100mgから、800mgまたは約800mg、100mgまたは約100mgから、400mgまたは約400mg、100mgまたは約100mgから、350mgまたは約350mg、100mgまたは約100mgから、300mgまたは約300mg、100mgまたは約100mgから、250mgまたは約250mg、100mgまたは約100mgから、200mgまたは約200mg、100mgまたは約100mgから、150mgまたは約150mg、150mgまたは約150mgから、800mgまたは約800mg、150mgまたは約150mgから、400mgまたは約400mg、150mgまたは約150mgから、350mgまたは約350mg、150mgまたは約150mgから、300mgまたは約300mg、150mgまたは約150mgから、250mgまたは約250mg、150mgまたは約150mgから、200mgまたは約200mg、200mgまたは約200mgから、800mgまたは約800mg、200mgまたは約200mgから、400mgまたは約400mg、200mgまたは約200mgから、350mgまたは約350mg、200mgまたは約200mgから、300mgまたは約300mg、200mgまたは約200mgから、250mgまたは約250mg、250mgまたは約250mgから、300mgまたは約300mg、300mgまたは約300mgから、350mgまたは約350mg、300mgまたは約300mgから、400mgまたは約400mg、300mgまたは約300mgから、800mgまたは約800mg、350mgまたは約350mgから、400mgまたは約400mg、および350mgまたは約350mgから、800mgまたは約800mgの阻害剤の量である。いくつかの態様では、1日1回の用量は、両端の値を含む20mgまたは約20mgから、100mgまたは約100mgの阻害剤の量である。
いくつかの態様では、1日1回の用量は、両端の値を含む20mgまたは約20mgから400mgまたは400mgである。いくつかの態様では、1日1回の用量は、両端の値を含む40mgまたは約40mgから、200mgまたは約200mgの阻害剤の量である。いくつかの態様では、1日1回の用量は、両端の値を含む40mgまたは約40mgから、400mgまたは約400mgの阻害剤の量である。
いくつかの態様では、1日1回の用量は、両端の値を含む40mgまたは約40mgから、100mgまたは約100mgの阻害剤の量である。いくつかの態様では、1日1回の用量は、両端の値を含む50mgまたは約50mgから、100mgまたは約100mgの阻害剤の量である。いくつかの態様では、1日1回の用量は、20mgまたは約20mgの阻害剤の量である。いくつかの態様では、1日1回の用量は、40mgまたは約40mgの阻害剤の量である。いくつかの態様では、1日1回の用量は、50mgまたは約50mgの阻害剤の量である。いくつかの態様では、1日1回の用量は、100mgまたは約100mgの阻害剤の量である。いくつかの態様では、1日1回の用量は200mgまたは約200mgである。いくつかの態様では、1日1回の用量は300mgまたは約300mgである。いくつかの態様では、1日1回の用量は400mgまたは約400mgである。いくつかの態様では、阻害剤の投与レジメンは1日1回の投薬を含み、1日1回の用量の量は、200mgを少なくとも約11週間である。いくつかの態様では、阻害剤の投与レジメンは、1日1回の投薬を含み、1日1回の用量の量は、細胞傷害性療法の投与開始の少なくとも約12週間後まで与えられる200mgである。
いくつかの態様では、阻害剤は、阻害剤の投与レジメンの投与前に用量増量スケジュールで投与される。いくつかの態様では、阻害剤による事前または以前の処置は、阻害剤の漸増する量の投与を含む用量増量スケジュールである。いくつかの態様では、阻害剤の漸増する量は、最大で1日1回の用量の量である。いくつかの態様では、阻害剤による事前または以前の処置は、細胞、例えば、対象からの自家細胞などのT細胞の収集から、細胞傷害性療法の投与前にブリッジング療法として対象にリンパ球枯渇療法を投与する前までに投与される。いくつかの態様では、細胞、例えば、自家細胞などのT細胞の収集は、アフェレーシスまたは白血球アフェレーシスによる。いくつかの態様では、阻害剤の以前の処置は、用量増量スケジュールで投与され、その際、用量増量スケジュールは、阻害剤の漸増用量の投与を含む。いくつかの態様では、阻害剤は、1日100mgの最大用量に到達するまで対象に漸増用量で投与される。いくつかの態様では、漸増用量は、約20mg／日である第1の用量、約50mg／日である第2の用量、および約100mg／日である第3の用量を含む。いくつかの態様では、阻害剤は、1日200mgの最大用量に到達するまで対象に漸増用量で投与される。いくつかの態様では、漸増用量は、約20mg／日である第1の用量、約50mg／日である第2の用量、約100mg／日である第3の用量、および200mg／日または約200mg／日である第4の用量を含む。いくつかの態様では、阻害剤は、1日400mgの最大用量に到達するまで対象に漸増用量で投与される。いくつかの態様では、漸増用量は、約20mg／日である第1の用量、約50mg／日である第2の用量、約100mg／日である第3の用量、200mg／日または約200mg／日である第4の用量、および400mgまたは約400mgである第5の用量を含む。いくつかの態様では、用量増量スケジュールの最終の漸増用量は、1日1回1週間またはブリッジング療法の終わりまで投与される。いくつかの態様では、各漸増用量（例えば、第1、第2、第3）は1日1回1週間投与され、最終の漸増用量は、1日1回1週間またはブリッジング療法の終わりまで投与される。いくつかの態様では、阻害剤による以前の処置は、リンパ球枯渇療法の投与の少なくとも1日前に停止される。
いくつかの態様では、方法は、細胞傷害性療法の投与前に、対象にリンパ球枯渇剤またはリンパ球枯渇療法を投与する工程を含む。いくつかの態様では、対象は、生存促進性Bcl-2ファミリータンパク質の阻害剤で以前に処置されており、任意で対象は、ベネトクラクスで以前に処置されていた。いくつかの態様では、阻害剤による以前の処置は、自家細胞の収集とリンパ球枯渇療法の前との間の時点で投与される。いくつかの態様では、阻害剤による以前の処置は、リンパ球枯渇療法の投与前に少なくとも3日もしくは約3日間または少なくとも4日もしくは少なくとも約4日間、および／あるいは少なくとも、対象の血流中の阻害剤の濃度が約3または約4半減期だけ低減されるまでの期間および／あるいは少なくとも、阻害剤が対象の血流から消失するまでの期間、停止される。
いくつかの態様では、阻害剤は、BCL2、BCLXL、BCLW、BCLB、MCL1、およびそれらの組み合わせからなる群より選択される1つまたは複数の生存促進性BCL2ファミリータンパク質を阻害する。いくつかの態様では、阻害剤は、BCL2、BCLXL、BCLW、BCLB、BFL1、MCL1、およびそれらの組み合わせからなる群より選択される1つまたは複数の生存促進性BCL2ファミリータンパク質を阻害する。いくつかの態様では、1つまたは複数の生存促進性BCL2ファミリータンパク質は、BCL2、BCLXL、および／またはBCLWである。いくつかの態様では、1つまたは複数の生存促進性BCL2ファミリータンパク質は、BCL2、BCLXL、BCLW、および／またはBFL1である。いくつかの態様では、1つまたは複数の生存促進性BCL2ファミリータンパク質はBCL2である。いくつかの態様では、阻害剤は、1000nM、900nM、800nM、600nM、500nM、400nM、300nM、200nM、100nM、50nM未満もしくは約1000nM、900nM、800nM、600nM、500nM、400nM、300nM、200nM、100nM、50nM未満、または10nM未満もしくは約10nM未満の最大半量阻害剤濃度（IC50）で1つまたは複数の生存促進性BCL2ファミリータンパク質を阻害する。
いくつかの態様では、阻害剤は、ベネトクラクス、ナビトクラクス、ABT737、マリトクラクス（maritoclax）、オバトクラクス、およびクリトシン（clitocine）より選択される。いくつかの態様では、阻害剤はナビトクラクスである。いくつかの態様では、阻害剤はベネトクラクスである。
いくつかの態様では、がんは血液悪性腫瘍である。いくつかの態様では、がんはB細胞悪性腫瘍である。いくつかの態様では、がんは、骨髄腫、白血病またはリンパ腫である。いくつかの態様では、がんは骨髄腫である。いくつかの態様では、がんは白血病である。いくつかの態様では、がんはリンパ腫である。いくつかの態様では、がんは、急性リンパ芽球性白血病（ALL）、成人ALL、慢性リンパ性白血病（CLL）、小リンパ球性リンパ腫（SLL）、非ホジキンリンパ腫（NHL）、または大細胞型B細胞性リンパ腫である。いくつかの態様では、がんは慢性リンパ性白血病（CLL）である。いくつかの態様では、がんは非ホジキンリンパ腫（NHL）である。いくつかの態様では、NHLはびまん性大細胞型B細胞性リンパ腫（DLBCL）である。いくつかの態様では、がんは小リンパ球性リンパ腫（SLL）である。いくつかの態様では、がんは、縦隔原発B細胞性リンパ腫（PMBCL）または濾胞性リンパ腫（FL）、任意で濾胞性リンパ腫グレード3B（FL3B）である。いくつかの態様では、がんは縦隔原発B細胞性リンパ腫（PMBCL）である。いくつかの態様では、がんは濾胞性リンパ腫（FL）である。いくつかの態様では、がんは濾胞性リンパ腫グレード3B（FL3B）である。
いくつかの態様では、対象は、がんを処置するための1つまたは複数の以前の療法による処置後の寛解に続いて再発した、または該処置に不応性になった、それが不成功であった、かつ／もしくはそれに不耐性であった。いくつかの態様では、がんは、細胞傷害性療法による処置単独に抵抗性である。いくつかの態様では、がんは、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤単独による処置に抵抗性である。いくつかの態様では、がんは、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の過剰発現または異常発現を示す。いくつかの態様では、がんは、阻害剤によって標的とされる生存促進性BCL2ファミリータンパク質の過剰発現を示す。いくつかの態様では、がんは、BCL2の過剰発現または異常発現を示す。いくつかの態様では、がんは、BCLXLの過剰発現または異常発現を示す。いくつかの態様では、がんは、MCL1の過剰発現または異常発現を示す。いくつかの態様では、がんは、BFL1の過剰発現または異常発現を示す。
いくつかの態様では、阻害剤の投与レジメンは、細胞傷害性療法の投与の開始後、任意で1日1回、最大6ヶ月の阻害剤の投与を含む。いくつかの態様では、阻害剤の投与レジメンは、細胞傷害性療法の投与の開始後1日1回、最大約6ヶ月の阻害剤の投与を含む。いくつかの態様では、阻害剤の投与レジメンは、細胞傷害性療法の投与の開始後、任意で1日1回、少なくとも3ヶ月の期間の阻害剤の投与を含む。いくつかの態様では、阻害剤の投与レジメンは、細胞傷害性療法の投与の開始後、任意で1日1回、最大3ヶ月の阻害剤の投与を含む。いくつかの態様では、阻害剤の投与レジメンは、細胞傷害性療法の投与の開始後1日1回、少なくとも約3ヶ月の阻害剤の投与を含む。いくつかの態様では、阻害剤の投与レジメンは、細胞傷害性療法の投与の開始後1日1回、最大約12ヶ月の阻害剤の投与を含む。いくつかの態様では、阻害剤の投与レジメンは、細胞傷害性療法の投与の開始後1日1回、最大約24ヶ月の阻害剤の投与を含む。いくつかの態様では、対象が臨床的寛解を示す場合に、投与レジメンにおける阻害剤の投与は中止される。いくつかの態様では、対象が臨床的寛解を示す場合に、投与レジメンにおける阻害剤の投与は、期間の終わりに中止される。いくつかの態様では、期間は3ヶ月である。いくつかの態様では、期間の終わりに対象が臨床的寛解を示さない場合に、方法は、阻害剤の投与レジメンの継続投与をさらに含む。いくつかの態様では、期間の終わりに対象が部分奏効（PR）を示す場合に、方法は、阻害剤の投与レジメンの継続投与をさらに含む。いくつかの態様では、期間の終わりに対象が安定（SD）を示す場合に、方法は、阻害剤の投与レジメンの継続投与をさらに含む。いくつかの態様では、期間の終わりに対象が10-4より大きいまたはそれと等しい微小残存病変（MRD）を示す場合に、方法は、阻害剤の投与レジメンの継続投与をさらに含む。いくつかの態様では、期間は3ヶ月である。
いくつかの態様では、方法は、阻害剤の投与を伴わない方法と比較して細胞傷害性療法の細胞傷害活性を増加させ；かつ／または方法は、阻害剤の投与を伴わない方法と比較して、任意でパーフォリン媒介性アポトーシスおよび／もしくはグランザイム媒介性アポトーシスを介して、1つもしくは複数のがん細胞の細胞溶解死を増加させる。
いくつかの態様では、該方法により処置された対象の少なくとも35％、少なくとも40％または少なくとも50％は、持続性の完全奏効（CR）を、またはCRを達成している対象の少なくとも60、70、80、90、もしくは95％において持続性の、完全奏効（CR）を、6ヶ月もしくは6ヶ月より長くまたは9ヶ月もしくは9ヶ月より長く達成し；かつ／あるいは6ヶ月までにCRを達成している対象の少なくとも60、70、80、90、または95％は、3ヶ月もしくは3ヶ月より長くおよび／または6ヶ月もしくは6ヶ月より長くおよび／または9ヶ月もしくは9ヶ月より長く応答を続ける、CRを続ける、および／または生存するかもしくは進行せずに生存し；かつ／あるいは該方法により処置された対象の少なくとも50％、少なくとも60％または少なくとも70％は、客観的奏効（OR）を達成し、任意でORは、6ヶ月もしくは6ヶ月より長くまたは9ヶ月もしくは9ヶ月より長く持続性である、またはORを達成している対象の少なくとも60、70、80、90、もしく95％において持続性であり；かつ／あるいは6ヶ月までにORを達成している対象の少なくとも60、70、80、90、または95％は、3ヶ月もしくは3ヶ月より長く、および／または6ヶ月もしくは6ヶ月より長く応答または生存を続ける。
いくつかの態様では、対象はヒトである。
（a）がんを有するまたは有する疑いのある対象からの生物学的試料中の1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量を評価する工程；（b）1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量が遺伝子参照値を下回る場合に、細胞傷害性療法による処置のための対象を選択する工程；および（c）選択された患者に細胞傷害性療法を投与する工程を含む、細胞傷害性療法による処置の方法が、本明細書に提供され、その際、細胞傷害性療法は、免疫療法または細胞療法であり、かつがんの細胞に関連する、それによって発現される、またはその上に存在する抗原と結合する。いくつかの態様では、細胞傷害性療法は組換え受容体発現細胞療法である。いくつかの態様では、生存促進性遺伝子の阻害剤は、細胞傷害性療法の投与の開始時にも開始後にも対象に投与されない。いくつかの態様では、生存促進性遺伝子の阻害剤は、細胞傷害性療法の投与後7日、14日または28日以内に対象に投与されない。
（a）対象からの生物学的試料中の1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量を評価する工程であって、（i）1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量が、1つまたは複数の生存促進性遺伝子によってコードされるタンパク質および／またはポリヌクレオチドのレベルまたは量であり；（ii）対象が細胞傷害性療法の投与を受けることになり、細胞傷害性療法が、免疫療法または細胞療法であり、かつがんの細胞に関連する抗原、それによって発現される抗原、またはその上に存在する抗原に特異的に結合し；かつ（iii）生物学的試料が、細胞傷害性療法の投与前に対象から得られる、工程；ならびに（b）1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量が遺伝子参照値を上回る場合に、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤による処置のためにがんを有する対象を選択する工程を含む、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤による処置のためにがんを有する対象を選択する方法が、本明細書に提供され、阻害剤は、細胞傷害性療法の投与開始の1日または約1日前から、8日または約8日後までの阻害剤の投与開始を含む投与レジメンで投与される。いくつかの態様では、細胞傷害性療法は、組換え受容体発現細胞療法である。いくつかの態様では、阻害剤の投与レジメンは、細胞傷害性療法の投与開始後約7日以内の阻害剤の投与開始を含む。いくつかの態様では、阻害剤の投与レジメンは、細胞傷害性療法の投与開始の約7日後の阻害剤の投与開始を含む。いくつかの態様では、阻害剤はベネトクラクスである。いくつかの態様では、対象が阻害剤による処置のために選択されない場合に、方法は、対象に細胞傷害性療法だけを投与する工程を含む。いくつかの態様では、対象が阻害剤による処置のために選択される場合に、方法は、対象に阻害剤および細胞傷害性療法を投与する工程をさらに含む。
（a）対象からの生物学的試料中の1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量を評価する工程であって、（i）1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量が、1つまたは複数の生存促進性遺伝子によってコードされるタンパク質および／またはポリヌクレオチドのレベルまたは量であり；（ii）対象が、細胞傷害性療法の用量の投与の候補であり、細胞傷害性療法が、免疫療法または細胞療法であり、かつがんの細胞に関連する抗原、それによって発現される抗原、またはその上に存在する抗原に特異的に結合し；（iii）生物学的試料が、細胞傷害性療法の投与前に対象から得られる、工程；ならびに（b）1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量が遺伝子参照値を上回る場合に、細胞傷害性療法による処置に抵抗性と予測されるがんを有すると対象を同定する工程を含む、細胞傷害性療法による処置に抵抗性と予測されるがんを有する対象を同定する方法が、本明細書に提供される。
いくつかの態様では、細胞傷害性療法は、組換え受容体発現細胞療法である。いくつかの態様では、対象が、細胞傷害性療法による処置に抵抗性と予測されるがんを有すると同定される場合に、方法は、同定される対象に代替処置を投与する工程をさらに含み、その際、代替処置は、細胞傷害性療法と、細胞傷害性療法の活性をモジュレートもしくは増加させる追加的な物質とを含む併用処置；増加した用量の細胞傷害性療法；および／または化学療法剤より選択される。いくつかの態様では、代替処置は、細胞傷害性療法と、T細胞療法の活性をモジュレートまたは増加させる追加的な物質とを含む併用処置であり、任意で、追加的な物質は、免疫チェックポイント阻害剤、代謝経路のモジュレーター、アデノシン受容体拮抗薬、キナーゼ阻害剤、抗TGFベータ抗体もしくは抗TGFベータR抗体、サイトカイン、および／または生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤である。いくつかの態様では、代替処置は、細胞傷害性療法と生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤とを含む併用処置である。いくつかの態様では、代替処置は、細胞傷害性療法による処置に抵抗性と予測されないがんを有すると同定された対象に与えられる細胞傷害性療法の用量と比較して、増加した用量の細胞傷害性療法を含む。いくつかの態様では、増加した用量の細胞傷害性療法は、細胞傷害性療法による処置に抵抗性と予測されないがんを有すると同定された対象に与えられる細胞傷害性療法の用量と比較して、増加した細胞数の細胞傷害性療法を含む。いくつかの態様では、代替処置は化学療法剤である。いくつかの態様では、化学療法剤は、シクロホスファミド、ドキソルビシン、プレドニゾン、ビンクリスチン、フルダラビン、ベンダムスチン、および／またはリツキシマブである。いくつかの態様では、対象が、細胞傷害性療法による処置に抵抗性と予測されないがんを有すると同定される場合に、方法は、対象に細胞傷害性療法だけを投与する工程を含む。提供される態様のいずれかでは、方法は、同定された対象に生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤を投与する工程をさらに含む。いくつかの態様では、遺伝子参照値は、（a）がんを有しない対象の集団、または（b）がんを有しかつ療法を投与された対象の集団であって、療法の投与に続いて部分奏効（PR）もしくは完全奏効（CR）を示した対象の集団、における1つまたは複数の遺伝子の平均レベルまたは量の25％以内、20％以内、15％以内、10％以内、または5％以内である。いくつかの態様では、がんを有する対象の集団は、療法の投与に続いてPRまたはCRを少なくとも1ヶ月、2ヶ月、3ヶ月、4ヶ月、5ヶ月、6ヶ月、7ヶ月、8ヶ月、9ヶ月、またはそれ以上示した。いくつかの態様では、1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量は、リンパ球枯渇療法が対象に投与される前に、任意でリンパ球枯渇療法が対象に投与される前7日、前6日、前5日、前4日、前3日、前2日、前1日、前16時間、前12時間、前6時間、前2時間、または前1時間以内に、生物学的試料中で評価される。
（a）がんを有する対象からの生物学的試料中の1つまたは複数の生存促進性遺伝子の発現のレベルまたは量を評価する工程であって、（i）1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量が、1つまたは複数の生存促進性遺伝子によってコードされるタンパク質および／またはポリヌクレオチドのレベルまたは量であり；（ii）該生物学的試料が、対象が細胞傷害性療法を投与される前に対象から1回目に得られ、細胞傷害性療法が、免疫療法または細胞療法であり、かつがんの細胞に関連する、それによって発現される、またはその上に存在する抗原と結合し；（iii）対象が、細胞傷害性療法による処置を受けることになる、工程；（b）対象への細胞傷害性療法の投与後に対象からの2回目の生物学的試料中の1つまたは複数の生存促進性遺伝子の発現のレベルまたは量を評価する工程であって、（i）1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量が、1つまたは複数の生存促進性遺伝子によってコードされるタンパク質および／またはポリヌクレオチドのレベルまたは量であり；（ii）該生物学的試料が、対象への細胞傷害性療法の投与後に2回目に得られ；かつ（iii）（b）の評価する工程の前に対象が細胞傷害性療法を投与されていた、工程；ならびに（c）2回目の1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量が、1回目の1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量よりも低い場合に、対象が療法に応答性であると決定する工程を含む、細胞傷害性療法に対するがんを有する対象の応答性を決定する方法が、本明細書に提供される。
いくつかの態様では、1つまたは複数の生存促進性遺伝子は、MYCファミリー遺伝子、p53、およびzesteホモログ2エンハンサー（EZH2）からなる群より選択される。いくつかの態様では、1つまたは複数の生存促進性遺伝子はMYCファミリー遺伝子である。いくつかの態様では、1つまたは複数の生存促進性遺伝子はp53である。いくつかの態様では、1つまたは複数の生存促進性遺伝子はEZH2である。
本明細書に提供される態様のいずれかでは、阻害剤は、細胞傷害性療法と、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤とを投与する工程を含む、本明細書に提供される組み合わせ方法のいずれかにより、細胞傷害性療法と組み合わせて投与される。
（1）がんを有する対象に細胞傷害性療法を投与する工程であって、細胞傷害性療法が、T細胞を含むかまたはそれについて濃縮されているT細胞療法であり、かつがんの細胞に関連する抗原、それによって発現される抗原、またはその上に存在する抗原に特異的に結合する、工程；および（2）対象に生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤を、細胞傷害性療法の投与開始の1日または約1日前から、8日または約8日後での阻害剤の投与開始を含む投与レジメンで投与する工程を含む、がんを処置する方法もまた、本明細書に提供される。
がんを有する対象に生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤を投与する工程を含む、がんを処置する方法もまた、本明細書に提供され、その際、阻害剤は、細胞傷害性療法の投与開始の1日または約1日前から、8日または約8日後での阻害剤の投与開始を含む投与レジメンで投与され、細胞傷害性療法は、T細胞を含むかまたはそれについて濃縮されているT細胞療法であり、かつがんの細胞に関連する抗原、それによって発現される抗原、またはその上に存在する抗原に特異的に結合する。
がんを有する対象に細胞傷害性療法を投与する工程を含む、対象におけるがんを処置する方法もまた、本明細書に提供され、その際、細胞傷害性療法は、T細胞を含むかまたはそれについて濃縮されているT細胞療法であり、かつがんの細胞に関連する抗原、それによって発現される抗原、またはその上に存在する抗原に特異的に結合し、対象は、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤を、細胞傷害性療法の投与開始の1日または約1日前から、8日または約8日後での阻害剤の投与開始を含む投与レジメンで、ある期間投与されるまたは投与されることになる。
いくつかの態様では、阻害剤の投与レジメンは、細胞傷害性療法の投与後の阻害剤の投与開始を含む。いくつかの態様では、阻害剤の投与レジメンは、細胞傷害性療法の投与開始後7日以内の阻害剤の投与開始を含む。いくつかの態様では、阻害剤の投与レジメンは、細胞傷害性療法の投与開始後3日以内の阻害剤の投与開始を含む。いくつかの態様では、阻害剤の投与開始は、細胞傷害性療法の投与開始後2日を超えない。いくつかの態様では、阻害剤の投与開始は、細胞傷害性療法の投与開始後1日以内である。いくつかの態様では、阻害剤の投与レジメンは、細胞療法の投与開始に続いて細胞療法の細胞の活性化誘導細胞死（AICD）がピークになったときまたはその後での阻害剤の投与開始を含む。いくつかの態様では、投与レジメンにおける阻害剤の少なくとも1つの用量は、細胞傷害性療法と同時および／または細胞傷害性療法と同じ日に投与される。
いくつかの態様では、対象は、細胞傷害性療法の投与開始前7日以内にリツキシマブおよび／またはイブルチニブを投与されておらず、その投与を受けてもいない。
いくつかの態様では、細胞傷害性療法は、がんの1つまたは複数の細胞の細胞媒介性細胞傷害が可能であるかまたはそれをもたらす。いくつかの態様では、細胞傷害性療法は、がんの1つまたは複数の細胞のパーフォリン媒介性アポトーシスおよび／またはグランザイム媒介性アポトーシスが可能であるかまたはそれを媒介する。
いくつかの態様では、細胞療法は、対象に対して自家である細胞を含む。いくつかの態様では、細胞療法は、腫瘍浸潤リンパ球（TIL）療法、トランスジェニックTCR療法、およびキメラ抗原受容体（CAR）発現細胞療法からなる群より選択される。いくつかの態様では、細胞療法は、抗原に特異的に結合する組換え受容体を発現している細胞の用量を含む。
いくつかの態様では、細胞傷害性療法の投与は、それぞれが両端の値を含む1×105個もしくは約1×105個から、5×108個もしくは約5×108個の総組換え受容体発現T細胞もしくは総T細胞、1×105個もしくは約1×105個から、1×108個もしくは約1×108個の総組換え受容体発現T細胞もしくは総T細胞、5×105個もしくは約5×105個から、1×107個もしくは約1×107個の総組換え受容体発現T細胞もしくは総T細胞、または1×106個もしくは約1×106個から、1×107個もしくは約1×107個の総組換え受容体発現T細胞もしくは総T細胞の投与を含む。
いくつかの態様では、細胞療法は、CD3+、CD4+、CD8+、もしくはCD4+およびCD8+ T細胞を含むかまたはそれについて濃縮されている。いくつかの態様では、細胞療法は、CD4+およびCD8+ T細胞を含むかまたはそれについて濃縮されている。いくつかの態様では、細胞療法のCD4+およびCD8+ T細胞は、1：1もしくはおよそ1：1であるかまたはおよそ1：3～およそ3：1である所定の比のCD4+組換え受容体発現T細胞とCD8+組換え受容体発現T細胞とを含む。いくつかの態様では、細胞療法は、CD4+およびCD8+ T細胞を投与することを含み、その際、各用量のT細胞は、抗原に特異的に結合する組換え受容体を含み、投与は、複数の別々の組成物を投与することを含み、複数の別々の組成物は、CD8+ T細胞を含むかまたはそれについて濃縮されている第1の組成物と、CD4+ T細胞を含むかまたはそれについて濃縮されている第2の組成物とを含む。いくつかの態様では、第1および第2の組成物の一方の中の組換え受容体を含むCD4+ T細胞と、第1および第2の組成物の他方の中の組換え受容体を含むCD8+ T細胞とは、1：1もしくはおよそ1：1であるかまたはおよそ1：3～およそ3：1である所定の比で存在する。いくつかの態様では、第1および第2の組成物として投与される組換え受容体を含むCD4+ T細胞と組換え受容体を含むCD8+ T細胞とは、1：1もしくはおよそ1：1であるかまたはおよそ1：3～およそ3：1である所定の比で存在する。いくつかの態様では、組換え受容体はCARである。
いくつかの態様では、組換え受容体は、T細胞受容体（TCR）または機能的非T細胞受容体である。いくつかの態様では、組換え受容体はキメラ抗原受容体（CAR）である。
いくつかの態様では、細胞療法は、それぞれが両端の値を含む1×105個または約1×105個～5×108個の総CAR発現T細胞、1×106個～2.5×108個の総CAR発現T細胞、5×106個～1×108個の総CAR発現T細胞、1×107個～2.5×108個の総CAR発現T細胞、5×107個～1×108個の総CAR発現T細胞の投与を含む。いくつかの態様では、細胞療法は、1×108個または約1×108個のCAR発現細胞の投与を含む。
いくつかの態様では、抗原は腫瘍抗原である。いくつかの態様では、抗原は、αvβ6インテグリン（avb6インテグリン）、B細胞成熟抗原（BCMA）、B7-H3、B7-H6、炭酸脱水酵素9（CA9、これはCAIXまたはG250としてもまた知られている）、癌精巣抗原、癌／精巣抗原1B（CTAG、これはNY-ESO-1およびLAGE-2としてもまた知られている）、癌胎児性抗原（CEA）、サイクリン、サイクリンA2、C-Cモチーフケモカインリガンド1（CCL-1）、CD19、CD20、CD22、CD23、CD24、CD30、CD33、CD38、CD44、CD44v6、CD44v7/8、CD123、CD133、CD138、CD171、コンドロイチン硫酸プロテオグリカン4（CSPG4）、上皮増殖因子タンパク質（EGFR）、III型上皮増殖因子受容体変異（EGFR vIII）、上皮糖タンパク質2（EPG-2）、上皮糖タンパク質40（EPG-40）、エフリンB2、エフリン受容体A2（EPHa2）、エストロゲン受容体、Fc受容体様5（FCRL5；これはFc受容体ホモログ5またはFCRH5としてもまた知られている）、胎児アセチルコリン受容体（胎児AchR）、葉酸結合タンパク質（FBP）、葉酸受容体アルファ、ガングリオシドGD2、O-アセチル化GD2（OGD2）、ガングリオシドGD3、糖タンパク質100（gp100）、グリピカン-3（GPC3）、Gタンパク質共役受容体5D（GPRC5D）、Her2/neu（受容体型チロシンキナーゼerb-B2）、Her3（erb-B3）、Her4（erb-B4）、erbB二量体、ヒト高分子量メラノーマ関連抗原（HMW-MAA）、B型肝炎表面抗原、ヒト白血球抗原A1（HLA-A1）、ヒト白血球抗原A2（HLA-A2）、IL-22受容体アルファ（IL-22Rα）、IL-13受容体アルファ2（IL-13Rα2）、キナーゼインサートドメイン受容体（kdr）、カッパ軽鎖、L1細胞接着分子（L1-CAM）、L1-CAMのCE7エピトープ、ロイシンリッチリピート含有8ファミリーメンバーA（LRRC8A）、Lewis Y、メラノーマ関連抗原（MAGE）-A1、MAGE-A3、MAGE-A6、MAGE-A10、メソテリン（MSLN）、c-Met、マウスサイトメガロウイルス（CMV）、ムチン1（MUC1）、MUC16、ナチュラルキラーグループ2メンバーD（NKG2D）リガンド、メランA（MART-1）、神経細胞接着分子（NCAM）、腫瘍胎児性抗原、メラノーマの優先発現抗原（PRAME）、プロゲステロン受容体、前立腺特異抗原、前立腺幹細胞抗原（PSCA）、前立腺特異的膜抗原（PSMA）、受容体型チロシンキナーゼ様オーファン受容体1（ROR1）、サバイビン、トロホブラスト糖タンパク質（TPBG、これは5T4としてもまた知られている）、腫瘍関連糖タンパク質72（TAG72）、チロシナーゼ関連タンパク質1（TRP1、これはTYRP1またはgp75としてもまた知られている）、チロシナーゼ関連タンパク質2（TRP2、これはドパクロムトートメラーゼ、ドパクロムデルタイソメラーゼまたはDCTとしてもまた知られている）、血管内皮増殖因子受容体（VEGFR）、血管内皮増殖因子受容体2（VEGFR2）、ウィルムス腫瘍1（WT-1）より選択される。いくつかの態様では、抗原はB細胞悪性腫瘍に関連する。いくつかの態様では、抗原はヒトB細胞上に発現される。いくつかの態様では、抗原は、CD20、CD19、CD22、ROR1、CD45、CD21、CD5、CD33、Igカッパ、Igラムダ、CD79a、CD79bまたはCD30である。いくつかの態様では、抗原はCD19である。
いくつかの態様では、CARは、抗原に結合する細胞外抗原結合ドメインと、膜貫通ドメインと、CD3ゼータ（CD3ζ）鎖の細胞内シグナル伝達ドメインおよび共刺激性のシグナル伝達ドメインを含む細胞内シグナル伝達領域とを含む。いくつかの態様では、共刺激性のシグナル伝達領域は、4-1BBのシグナル伝達ドメインを含む。いくつかの態様では、共刺激性のシグナル伝達領域は、CD28のシグナル伝達ドメインを含む。
いくつかの態様では、方法は、細胞傷害性療法の投与前に、対象にリンパ球枯渇剤またはリンパ球枯渇療法を投与する工程を含む。いくつかの態様では、リンパ球枯渇療法は、細胞傷害性療法の投与開始の2～7日前に完了される。いくつかの態様では、リンパ球枯渇療法は、フルダラビンおよび／またはシクロホスファミドの投与を含む。いくつかの態様では、リンパ球枯渇療法は、約200～400mg/m2のシクロホスファミドの投与を含む。いくつかの態様では、リンパ球枯渇療法は、両端の値を含む300mg/m2もしくは約300mg/m2のシクロホスファミドおよび／または約20～40mg/m2、任意で30mg/m2のフルダラビンの毎日2～4日間の投与を含む；あるいはリンパ球枯渇療法は、約500mg/m2のシクロホスファミドの投与を含む。いくつかの態様では、フルダラビンは3日間投与される。いくつかの態様では、リンパ球枯渇療法は、300mg/m2または約300mg/m2のシクロホスファミドおよび約30mg/m2のフルダラビンの毎日3日間の投与を含む。いくつかの態様では、リンパ球枯渇療法は、500mg/m2または約500mg/m2のシクロホスファミドおよび約30mg/m2のフルダラビンの毎日3日間の投与を含む。
いくつかの態様では、阻害剤の投与レジメンは、治療量未満の量の阻害剤を含む。いくつかの態様では、阻害剤の投与レジメンは、細胞傷害性療法との併用投与の非存在下で単独療法として投与された場合、対象における腫瘍負荷量を低減するのに不十分であるか、または腫瘍負荷量を10％未満低減する。いくつかの態様では、阻害剤の投与レジメンは、細胞傷害性療法との併用投与の非存在下の単独療法として投与された場合、同様に処置された対象の群において完全奏効も部分奏効ももたらさないか、またはそのような対象の多くて10％にそのような応答をもたらす。
いくつかの態様では、阻害剤の投与レジメンは、1日1回の投薬を含む。いくつかの態様では、1日1回の用量は、両端の値を含む20mgまたは約20mgから、400mgまたは400mgである。いくつかの態様では、1日1回の用量は、両端の値を含む20mgまたは約20mgから、200mgまたは約200mgである。いくつかの態様では、1日1回の用量は、両端の値を含む50mgまたは約50mgから、100mgまたは約100mgの阻害剤の量である。いくつかの態様では、1日1回の用量は50mgまたは約50mgである。いくつかの態様では、1日1回の用量は100mgまたは約100mgである。いくつかの態様では、1日1回の用量は200mgまたは約200mgである。いくつかの態様では、1日1回の用量は400mgまたは約400mgである。
いくつかの態様では、阻害剤の投与レジメンの投与前に、対象は、生存促進性Bcl-2ファミリータンパク質の阻害剤で以前に処置されていた。いくつかの態様では、阻害剤はベネトクラクスである。いくつかの態様では、阻害剤による以前の処置は、対象からの自家細胞を収集したときから、細胞傷害性療法の投与前のブリッジング療法として対象にリンパ球枯渇療法を投与する前に投与される。いくつかの態様では、収集は、アフェレーシスまたは白血球アフェレーシスによる。いくつかの態様では、阻害剤の以前の処置は、用量増量スケジュールで投与され、その際、用量増量スケジュールは、阻害剤の漸増用量の投与を含む。いくつかの態様では、阻害剤は、1日100mgの最大用量に達するまで漸増用量で対象に投与される。いくつかの態様では、漸増用量は、約20mg／日である第1の用量、約50mg／日である第2の用量、および約100mg／日である第3の用量を含む。いくつかの態様では、各漸増用量は1日1回1週間投与され、および／または最終の漸増用量は、1日1回1週間もしくはブリッジング療法の終わりまで投与される。いくつかの態様では、阻害剤による以前の処置は、リンパ球枯渇療法の投与の少なくとも1日前に停止される。
いくつかの態様では、阻害剤による以前の処置は、リンパ球枯渇療法の投与前に少なくとも3日もしくは少なくとも約3日間または少なくとも4日もしくは少なくとも約4日間；少なくとも、対象の血流中の阻害剤の濃度が約3半減期または約4半減期だけ低減されるまでの期間；あるいは少なくとも、阻害剤が対象の血流から消失するまでの期間、停止される。
いくつかの態様では、阻害剤は、BCL2、BCLXL、BCLW、BCLB、MCL1、およびそれらの組み合わせからなる群より選択される1つまたは複数の生存促進性BCL2ファミリータンパク質を阻害する。いくつかの態様では、1つまたは複数の生存促進性BCL2ファミリータンパク質は、BCL2、BCLXL、および／またはBCLWである。いくつかの態様では、阻害剤は、ベネトクラクス、ナビトクラクス、ABT737、マリトクラクス、オバトクラクス、およびクリトシンからなる群より選択される。いくつかの態様では、阻害剤はベネトクラクスである。
いくつかの態様では、がんは血液悪性腫瘍である。いくつかの態様では、がんはB細胞悪性腫瘍である。いくつかの態様では、がんは、骨髄腫、白血病またはリンパ腫である。いくつかの態様では、がんは、急性リンパ芽球性白血病（ALL）、成人ALL、慢性リンパ芽球性白血病（CLL）、小リンパ球性リンパ腫（SLL）、非ホジキンリンパ腫（NHL）、大細胞型B細胞性リンパ腫である。いくつかの態様では、がんは慢性リンパ性白血病（CLL）である。いくつかの態様では、がんは小リンパ球性リンパ腫（SLL）である。いくつかの態様では、がんは非ホジキンリンパ腫（NHL）である。いくつかの態様では、NHLはびまん性大細胞型B細胞性リンパ腫である。
いくつかの態様では、対象は、がんを処置するための1つまたは複数の以前の療法による処置後の寛解に続いて再発した、または該処置に不応性になった、それが不成功であった、かつ／もしくはそれに不耐性であった。いくつかの態様では、がんは、阻害剤によって標的とされる生存促進性BCL2ファミリータンパク質の過剰発現を示す。
いくつかの態様では、阻害剤の投与レジメンは、細胞傷害性療法の投与の開始後1日1回、少なくとも3ヶ月の期間の阻害剤の投与を含む。いくつかの態様では、期間の終わりに対象が臨床的寛解を示さない場合に、例えば、対象が部分奏効（PR）もしくは安定（SD）を示す、または10-4より大きいまたはそれと等しい微小残存病変（MRD）を有する場合に、方法は、阻害剤の投与レジメンの継続投与をさらに含む。いくつかの態様では、対象が臨床的寛解を示す場合に、投与レジメンにおける阻害剤の投与は期間の終わりに中止される。いくつかの態様では、期間は3ヶ月である。
いくつかの態様では、方法は、阻害剤の投与を伴わない方法と比較して細胞傷害性療法の細胞傷害活性を増加させる。いくつかの態様では、方法は、細胞溶解死を増加させる。いくつかの態様では、細胞溶解死は、阻害剤の投与を伴わない方法と比較して1つまたは複数のがん細胞のパーフォリン媒介性アポトーシスおよび／またはグランザイム媒介性アポトーシスを介して増加する。
いくつかの態様では、方法により処置された対象の少なくとも35％、少なくとも40％または少なくとも50％は、持続性の完全奏効（CR）を、またはCRを達成している対象の少なくとも60、70、80、90、もしくは95％において持続性の完全奏効（CR）を、6ヶ月もしくは6ヶ月より長くまたは9ヶ月もしくは9ヶ月より長く達成する。いくつかの態様では、6ヶ月までにCRを達成している対象の少なくとも60、70、80、90、または95％は、3ヶ月もしくは3ヶ月より長くおよび／または6ヶ月もしくは6ヶ月より長くおよび／または9ヶ月もしくは9ヶ月より長く応答を続ける、CRを続ける、および／または生存するかもしくは進行せずに生存する。いくつかの態様では、方法により処置された対象の少なくとも50％、少なくとも60％または少なくとも70％は、奏効（OR）を達成する。いくつかの態様では、ORは、6ヶ月もしくは6ヶ月より長くまたは9ヶ月もしくは9ヶ月より長く、持続性である、またはORを達成している対象の少なくとも60、70、80、90、もしくは95％において持続性である。いくつかの態様では、6ヶ月までにORを達成している対象の少なくとも60、70、80、90、または95％は、3ヶ月もしくは3ヶ月より長くおよび／または6ヶ月もしくは6ヶ月より長く応答または生存を続ける。
いくつかの態様では、対象はヒトである。
（a）がんを有するまたは有する疑いのある対象からの生物学的試料中の1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量を評価する工程であって、1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量が、1つまたは複数の生存促進性遺伝子によってコードされるタンパク質またはポリヌクレオチドのレベルまたは量である、工程；（b）1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量が遺伝子参照値を下回る場合に、細胞傷害性療法による処置のために対象を選択する工程であって、細胞傷害性療法が、T細胞を含むかまたはそれについて濃縮されているT細胞療法であり、かつがんの細胞に関連する抗原、それによって発現される抗原、またはその上に存在する抗原に特異的に結合する、工程；および（c）選択された患者に細胞傷害性療法を投与する工程を含む、細胞傷害性療法による処置の方法が、本明細書に提供される。
いくつかの態様では、生存促進性遺伝子の阻害剤は、細胞傷害性療法の投与の開始時にも開始後にも対象に投与されない。いくつかの態様では、阻害剤は、細胞傷害性療法の投与後7日、14日または28日以内に投与されない。
（a）がんを有するまたは有する疑いのある対象からの生物学的試料中の1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量を評価する工程であって、1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量が、1つまたは複数の生存促進性遺伝子によってコードされるタンパク質またはポリヌクレオチドのレベルまたは量であり、対象が、細胞傷害性療法の投与を受けることになり、細胞傷害性療法が、T細胞を含むかまたはそれについて濃縮されているT細胞療法であり、かつがんの細胞に関連する抗原、それによって発現される抗原、またはその上に存在する抗原に特異的に結合し、生物学的試料が、細胞傷害性療法の投与前に対象から得られる、工程；および（b）1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量が遺伝子参照値を上回る場合に、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤による処置のために対象を選択する工程を含む、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤を投与するためにがんを有する対象を選択する方法が、本明細書に提供される。
いくつかの態様では、方法は、選択された対象に細胞傷害性療法と組み合わせて阻害剤を投与する工程をさらに含む。
（a）対象からの生物学的試料中の1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量を評価する工程であって、1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量が、1つまたは複数の生存促進性遺伝子によってコードされるタンパク質およびポリヌクレオチドのレベルまたは量であり、対象が、細胞傷害性療法の用量の投与の候補であり、細胞傷害性療法がT細胞療法であり、T細胞療法が、T細胞を含むかまたはそれについて濃縮されており、かつがんの細胞に関連する抗原、それによって発現される抗原、またはその上に存在する抗原に特異的に結合し、生物学的試料が、細胞傷害性療法の投与前に対象から得られる、工程；ならびに（b）1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量が遺伝子参照値を上回る場合に、細胞傷害性療法による処置に抵抗性と予測されるがんを有すると対象を同定する工程を含む、細胞傷害性療法による処置に抵抗性と予測されるがんを有する対象を同定する方法が、本明細書に提供される。
いくつかの態様では、対象は、細胞傷害性療法による処置に抵抗性と予測されるがんを有すると同定され、方法は、同定された対象に代替処置を投与する工程をさらに含み、代替処置は、細胞傷害性療法と、細胞傷害性療法の活性をモジュレートもしくは増加させる追加的な物質とを含む併用処置；増加した用量の細胞傷害性療法；および／または化学療法剤より選択される。いくつかの態様では、代替処置は、細胞傷害性療法と、T細胞療法の活性をモジュレートまたは増加させる追加的な物質とを含む併用処置である。いくつかの態様では、追加的な物質は、免疫チェックポイント阻害剤、代謝経路のモジュレーター、アデノシン受容体拮抗薬、キナーゼ阻害剤、抗TGFβ抗体もしくは抗TGFβR抗体、サイトカイン、または生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤である。いくつかの態様では、代替処置は、細胞傷害性療法と、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤とを含む併用処置である。いくつかの態様では、方法は、選択された対象に細胞傷害性療法と組み合わせて阻害剤を投与する工程をさらに含む。
いくつかの態様では、遺伝子参照値は、（a）がんを有しない対象の集団、または（b）がんを有しかつ細胞傷害性療法を投与された対象の集団であって、療法の投与に続いて部分奏効（PR）もしくは完全奏効（CR）を示した対象の集団、における1つまたは複数の生存促進性遺伝子の平均レベルまたは量の25％以内、20％以内、15％以内、10％以内、または5％以内である。
いくつかの態様では、がんを有する対象の集団は、細胞傷害性療法の投与に続いてPRまたはCRを少なくとも1ヶ月、2ヶ月、3ヶ月、4ヶ月、5ヶ月、6ヶ月、7ヶ月、8ヶ月、9ヶ月、またはそれ以上示した。いくつかの態様では、1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量は、リンパ球枯渇療法が対象に投与される前に、任意でリンパ球枯渇療法が対象に投与される前7日、前6日、前5日、前4日、前3日、前2日、前1日、前16時間、前12時間、前6時間、前2時間、または前1時間以内に、生物学的試料中で評価される。
細胞傷害性療法に対する、がんを有する対象の応答性を決定する方法が本明細書に提供され、その際、細胞傷害性療法はT細胞療法であり、T細胞療法は、T細胞を含むかまたはそれについて濃縮されており、かつがんの細胞に関連する抗原、それによって発現される抗原、またはその上に存在する抗原に特異的に結合し、方法は、（a）対象からの生物学的試料中の1つまたは複数の生存促進性遺伝子の発現のレベルまたは量を評価する工程であって、1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量が、1つまたは複数の生存促進性遺伝子によってコードされるタンパク質またはポリヌクレオチドのレベルまたは量であり、該生物学的試料が、対象が細胞傷害性療法を投与される前に1回目に対象から得られ、対象が、細胞傷害性療法による処置を受けることになる、工程；（b）対象への細胞傷害性療法の投与後に対象からの2回目の生物学的試料中の1つまたは複数の生存促進性遺伝子の発現のレベルまたは量を評価する工程であって、1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量が、1つまたは複数の生存促進性遺伝子によってコードされるタンパク質および／またはポリヌクレオチドのレベルまたは量であり、該生物学的試料が、対象への細胞傷害性療法の投与後に2回目に得られ、対象が、（b）における評価する工程の前に細胞傷害性療法を投与されていた、工程；ならびに（c）2回目の1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量が、1回目の1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量よりも低い場合に、対象が療法に応答性であると決定する工程を含む。
いくつかの態様では、方法は、（b）における評価する工程の前に、対象に細胞傷害性療法を投与する工程をさらに含む。いくつかの態様では、生物学的試料は、リンパ球枯渇療法が対象に投与される前に対象から得られる。いくつかの態様では、生物学的試料は、リンパ球枯渇療法が対象に投与される前7日、前6日、前5日、前4日、前3日、前2日、前1日、前16時間、前12時間、前6時間、前2時間、または前1時間以内に得られる。
いくつかの態様では、1つまたは複数の生存促進性遺伝子は、mycファミリー遺伝子、p53、およびzesteホモログ2エンハンサー（EZH2）より選択される。いくつかの態様では、1つまたは複数の生存促進性遺伝子は、mycファミリー遺伝子であるかまたはそれを含む。いくつかの態様では、mycファミリー遺伝子は、c-myc、l-myc、およびn-mycの1つまたは複数を含む。いくつかの態様では、1つまたは複数の生存促進性遺伝子は、p53であるかまたはそれを含む。いくつかの態様では、1つまたは複数の生存促進性遺伝子は、EZH2であるかまたはそれを含む。
いくつかの態様では、細胞傷害性療法は、対象に対して自家である細胞を含む。いくつかの態様では、細胞傷害性療法は、腫瘍浸潤リンパ球（TIL）療法、トランスジェニックTCR療法、およびキメラ抗原受容体（CAR）発現細胞療法からなる群より選択される。いくつかの態様では、細胞傷害性療法は、抗原に特異的に結合する組換え受容体を発現している細胞の用量を含む。
いくつかの態様では、細胞傷害性療法は、CD3+、CD4+、CD8+、もしくはCD4+およびCD8+ T細胞を含むかまたはそれについて濃縮されている。いくつかの態様では、細胞傷害性療法は、CD4+およびCD8+ T細胞を含むかまたはそれについて濃縮されている。いくつかの態様では、細胞傷害性療法のCD4+およびCD8+ T細胞は、1：1もしくはおよそ1：1であるかまたはおよそ1：3～およそ3：1である所定の比のCD4+組換え受容体発現T細胞とCD8+ CAR発現T細胞と、および／またはCD4+ 組換え発現T細胞とCD8+ CAR発現T細胞とを含む。
いくつかの態様では、組換え受容体は、T細胞受容体（TCR）または機能的非T細胞受容体である。いくつかの態様では、組換え受容体はキメラ抗原受容体（CAR）である。いくつかの態様では、CARは、抗原に結合する細胞外抗原結合ドメインと、膜貫通ドメインと、CD3ゼータ（CD3ζ）鎖の細胞内シグナル伝達ドメインおよび共刺激性のシグナル伝達ドメインを含む細胞内シグナル伝達領域とを含む。いくつかの態様では、共刺激性のシグナル伝達領域は、4-1BBのシグナル伝達ドメインを含む。いくつかの態様では、共刺激性領域は、CD28のシグナル伝達ドメインを含む。
いくつかの態様では、阻害剤は、提供される方法のいずれかにより細胞傷害性療法と組み合わせて投与される。
いくつかの態様では、生存促進性遺伝子の阻害剤はBCL2ファミリータンパク質阻害剤であり、阻害剤は、BCL2、BCLXL、BCLW、BCLB、MCL1、およびそれらの組み合わせからなる群より選択される1つまたは複数の生存促進性BCL2ファミリータンパク質を阻害する。いくつかの態様では、1つまたは複数の生存促進性BCL2ファミリータンパク質は、BCL2、BCLXL、および／またはBCLWである。
いくつかの態様では、阻害剤は、ベネトクラクス、ナビトクラクス、ABT737、マリトクラクス、オバトクラクス、およびクリトシンからなる群より選択される。いくつかの態様では、阻害剤はベネトクラクスである。
いくつかの態様では、がんは血液悪性腫瘍である。いくつかの態様では、がんはB細胞悪性腫瘍である。いくつかの態様では、がんは、骨髄腫、白血病またはリンパ腫である。いくつかの態様では、がんは、急性リンパ芽球性白血病（ALL）、成人ALL、慢性リンパ芽球性白血病（CLL）、小リンパ球性リンパ腫（SLL）、非ホジキンリンパ腫（NHL）、大細胞型B細胞性リンパ腫である。いくつかの態様では、がんは慢性リンパ性白血病（CLL）である。いくつかの態様では、がんは小リンパ球性リンパ腫（SLL）である。いくつかの態様では、がんは非ホジキンリンパ腫（NHL）である。いくつかの態様では、NHLはびまん性大細胞型B細胞性リンパ腫（DLBCL）である。いくつかの態様では、対象は、がんを処置するための1つまたは複数の以前の療法による処置後の寛解に続いて再発した、または該処置に不応性になった、それが不成功であった、かつ／もしくはそれに不耐性であった。いくつかの態様では、生物学的試料は腫瘍生検である。いくつかの態様では、試料はリンパ節生検である。いくつかの態様では、対象はヒトである。
漸増するエフェクター細胞対標的細胞比（E：T）で抗CD19 CAR T細胞と共培養されたヒトCD19発現リンパ腫および白血病標的細胞株の細胞生存率を示す。 CD19標的化CAR T細胞と共に0.25：1、0.5：1および1：1のE：T比で共培養された非ホジキンリンパ腫（NHL）RL細胞株から経時的に生成したスフェロイドのサイズを示す。 CD19標的化CAR T細胞と共に2.5：1のE：T比で120時間共培養されたヒトCD19発現白血病およびリンパ腫標的細胞株の細胞カウントの変化倍率を示す。 例示的なBCL2阻害剤で96時間処置された抗CD19 CAR発現T細胞の細胞生存率を示す。 単独で、CD19標的化CAR T細胞と共に2.5：1のE：T比で、例示的なBCL2阻害剤と共に、または両者と共に、培養されたヒトCD19発現リンパ腫細胞株の細胞カウントを示す。 単独で、抗CD19 CAR T細胞と共に1：1という最適未満のE：Tで、例示的なBCL2阻害剤と共に、または両者と共に、培養されたCD19発現Granta-519リンパ腫標的細胞の細胞カウントを示す。 単独で、CD19標的化CAR T細胞と共に1：1のE：T比で、例示的なBCL2阻害剤と共に、または両者と共に、培養されたRL細胞の細胞カウントを示す。 単独で、CD19標的化CAR T細胞と共に1：1のE：T比で、例示的なBCL2阻害剤と共に、または両者と共に、培養されたRLスフェロイドの腫瘍体積を示す。 漸増する濃度の例示的なBCL2阻害剤の存在下で単独でまたはCD19標的化CAR T細胞と共に、9日間培養されたRLスフェロイドの腫瘍体積を示す。 例示的なBCL2阻害剤の存在下または非存在下で単独で、または抗イディオタイプ抗体コーティングビーズと一緒のインキュベーションによる慢性刺激に以前に供されていた抗CD19 CAR T細胞と共に（1：1のE：T比で）8日間培養されたRL細胞数を示す。 例示的なBCL2阻害剤の存在下または非存在下で単独で、または抗イディオタイプ抗体コーティングビーズと一緒のインキュベーションによる慢性刺激に以前に供された抗CD19 CAR T細胞と共に（1：1のE：T比で）8日間培養されたRLスフェロイドの腫瘍体積を示す。 CD19標的化CAR T細胞療法のための臨床試験に登録された36人のDLBCL患者からの腫瘍生検の遺伝子発現データを示す。細胞療法の投与の3ヶ月後に、対象の30％（11人／36人）が応答せず、対象の70％（25人／36人）が応答すると仮定する仮説上のしきいを設定した。完全奏効（CR）、部分奏効（PR）、進行（PD）、または状態入手不能（入手不能）と呼んで、実際の応答を示す。 3人の健康ヒトドナーから生成された抗CD19 CAR発現T細胞組成物によるBCL2の、平均蛍光強度（MFI）によって示される発現をFMO（fluorescence minus one）コントロールと比較して示す。 抗イディオタイプ抗体コーティングビーズとのインキュベーションによる慢性刺激および漸増する濃度の例示的なBCL2阻害剤への曝露に続く、3人の健康ヒトドナー（各点は個々のドナーを表す）から生成されるCD19 CAR T細胞組成物中のCAR+カスパーゼ3+細胞のパーセントを示す。 図8Cおよび8Dは、抗イディオタイプ抗体コーティングビーズとのインキュベーションによる慢性刺激および例示的なBCL2阻害剤への曝露に続くCD19標的化CAR T細胞の細胞生存率および拡大増殖動態をそれぞれ示す。 図8Cの説明を参照のこと。 単独で、CD19標的化CAR T細胞と共に、例示的なBCL2阻害剤と共に、または両者と共に、培養されたJeKo-1マントル細胞リンパ腫（MCL）標的細胞を示す。 5％、10％、または20％血清と一緒に培養された抗CD19 CAR T細胞に対する例示的なBCL2阻害剤のIC50を示す。 図11Aおよび11Bは、-7日目にJeKo-1 MCL細胞を注射され、0日目～21日目に例示的なBCL2阻害剤で毎日処置されたNOD scidガンマ（NSG）マウスの腫瘍負荷量および体重をそれぞれ示す。 図12A～Cは、-7日目にJeKo-1 MCL細胞を注射され、0日目～21日目まで毎日例示的なBCL2阻害剤により（図12B）、-1日目および0日目に抗CD19 CAR T細胞により（図12C）、または両者（図12C）により、処置されたNSGマウスにおける腫瘍負荷量（図12A）および生存率を示す。 図12Aの説明を参照のこと。 図12Aの説明を参照のこと。 JeKo-1 MCL細胞を注射され、7、13、および19日目に例示的なBCL2阻害剤の存在下または非存在下、CD19標的化CAR T細胞で処置されたNSGマウスの血液中のCD4+CAR+およびCD8+CAR+細胞の数を示す。 図14Aおよび14Bは、6日の共培養後のCD3+CAR+ T細胞およびRL標的細胞の数をそれぞれ示す。共培養の開始時、または開始の24、48、もしくは72時間後に共培養物中に様々な濃度の例示的なBCL2阻害剤を提供した。 図14Aの説明を参照のこと。
詳細な説明
がんを処置するための免疫療法または細胞療法（例えばT細胞療法、例えばCAR-T細胞）と、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤、例えばBCL2阻害剤との投与を伴う、がんを有する対象を処置するための併用療法が、本明細書に提供される。いくつかの態様では、免疫療法または細胞療法は、がんの細胞に関連する抗原、それによって発現される抗原、またはその上に存在する抗原に特異的に結合する任意のそのような療法を含む。特定の態様では、免疫療法または細胞療法は、例えば標的細胞アポトーシスによるがん細胞の細胞溶解エフェクター媒介死滅をもたらす療法である、またはそれを伴う（以下に「細胞傷害性療法」という）。提供される態様の中に、T細胞の機能または活性を伴う免疫療法、例えばT細胞エンゲージング療法またはT細胞療法（例えば、CAR発現T細胞）の投与と、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤、例えばBCL2阻害剤の投与とを伴う併用療法がある。いくつかの態様では、細胞傷害性療法は、T細胞療法、例えばCAR-T細胞である。特定の態様では、提供される併用療法および方法は、阻害剤がアポトーシスに対する腫瘍細胞などのがん細胞の感受性を増加させ、それにより、細胞を細胞溶解エフェクター媒介死滅により大きく感受性にする活性によって、免疫療法または細胞療法に対する応答を改善する。
療法を含む組成物および／または生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばBCL2阻害剤、例えばベネトクラクスもしくはナビトクラクスを含む組成物を含有する組み合わせおよび製造品、例えばキット、ならびにB細胞悪性腫瘍などのがんを治療または予防するためのそのような組成物および組み合わせの使用もまた、提供される。
T細胞ベース療法、例えば養子T細胞療法などの細胞療法（対象となるがんに特異的なキメラ受容体、例えばキメラ抗原受容体（CAR）および／または他の組換え抗原受容体を発現している細胞の投与を伴うもののみならず、他の養子免疫細胞および養子T細胞療法を含む）は、B細胞悪性腫瘍などの疾患および障害の処置に有効であることができる。T細胞表面の組換え受容体、例えばキメラ抗原受容体（CAR）の操作された発現は、T細胞の特異性の向け直しを可能にする。臨床試験において、CAR-T細胞、例えば抗CD19 CAR-T細胞は、白血病患者およびリンパ腫患者の両者において持続性の完全奏効を生じた（Porter et al. (2015) Sci Transl Med., 7:303ra139; Kochenderfer （2015） J. Clin. Oncol., 33: 540-9; Lee et al. (2015) Lancet, 385:517-28; Maude et al. (2014) N Engl J Med, 371：1507-17）。
ある状況では、養子細胞療法のために利用可能なアプローチは、必ずしも完全に満足なものではない場合がある。いくつかの状況では、最適な効力は、投与された細胞が標的、例えば標的抗原を認識し、それに結合して、がん細胞の細胞傷害死滅およびサイトカインなどの様々な因子の分泌を含む様々なエフェクター機能を発揮する能力に依存することができる。しかし場合によっては、ある種のがん細胞は、免疫療法および細胞療法などのある種の療法に対する抵抗性を示す。特に本明細書における結果は、ある種のがんがCAR T細胞媒介死滅に抵抗性であるのに対し、他のものはより感受性が高いことを実証している。
いくつかの局面では、提供される方法、組み合わせおよび使用は、免疫療法または細胞療法の投与のみを伴うが、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤（例えばベネトクラクス）と組み合わせない代替法などの代替法と比較して、改善されたまたはより大きな持続性応答または効力を提供するまたはそれを達成する。いくつかの態様では、方法は、免疫療法または細胞療法（例えば、CAR-T細胞などのT細胞療法）の投与の少し前（例えば7日以内）またはそれと同時に生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤（例えばベネトクラクス）を投与し、それにより、腫瘍を感受性にし、かつ／または免疫療法もしくは細胞療法による処置に腫瘍をより低く抵抗性にするもしくはより高く感受性にすることにより有利である。提供される方法のいくつかの態様では、細胞傷害性療法は細胞療法（例えばCAR-T細胞などのT細胞療法）であり、細胞療法による処置に腫瘍を感受性にし、かつ／または腫瘍をより低く抵抗性もしくはより高く感受性にする有利な効果が、細胞療法の細胞に対する阻害剤の有害作用を最小限にするまたはそれを回避するために細胞療法の投与開始後の時間窓であっても、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤（例えばベネトクラクス）の投与を開始することによって達成できることがさらに見出されている。特に、本明細書における観察は、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤（例えばベネトクラクス）が、特に高すぎる投薬量で与えられた場合に、細胞療法の細胞の活性化誘導細胞死（AICD）を悪化させる可能性があることを実証している。しかし、AICDがピークである後またはピークに達した後またはピークから低下した後まで生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤（例えばベネトクラクス）の投与を遅らせることで、細胞療法の細胞（例えばCAR-T細胞）による腫瘍のT細胞媒介死滅を実質的に改善、例えば相乗的に増加させながら、細胞療法の細胞への有害作用を回避することができる。
提供される方法は、CAR T細胞媒介死滅に抵抗性である、ある種のがんが、生存促進性腫瘍抑制因子p53および生存促進性細胞周期経路に関与する他の遺伝子の高い発現を示すという観察に基づく。生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤、例えばBCL2阻害剤、例えばベネトクラクスの存在が、特にT細胞療法（例えばCAR T細胞）単独への曝露に続いて抵抗性を示すがんの中で、T細胞療法（例えばCAR T細胞）によるがん細胞のT細胞媒介死滅を改善することが、本明細書において見出されている。そのような結果は、単独で投与されたときに腫瘍にいかなる活性も示さなかった低用量の阻害剤で観察された。これらの結果は、治療量未満の用量を含む生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤の投与が、T細胞エンゲージャーまたはT細胞療法などのある種のエフェクター媒介免疫療法に対する応答を改善する場合があることを証明している。
T細胞療法媒介細胞死（例えばCART細胞）単独には抵抗性を示すがんなどにおいて、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤、例えばBCL2阻害剤、例えばベネトクラクスの存在は、阻害剤の投与開始がT細胞療法（例えばCAR T細胞）の投与の後または投与に続く場合であってもT細胞療法（例えばCAR T細胞）によるT細胞媒介死滅に対するがん細胞の感受性を増大させることが、本明細書において追加的に見出されている。したがって、場合によっては、BCL2阻害剤、例えばベネトクラクスと、T細胞療法（例えばCAR T細胞）との細胞傷害効果は相乗的であり得、そうでなければT細胞療法単独による処置に抵抗性の細胞の細胞死をもたらす。場合によっては、細胞療法の投与後7日以内または約7日後に投与された場合、阻害剤、例えばベネトクラクスの投与は、そうでなければCAR T細胞媒介死滅に抵抗性であるがん細胞を感受性にする場合がある。例えば、実施例9に実証されるように、ベネトクラクスの非存在下で、腫瘍細胞は、CAR T細胞によって媒介される細胞死に比較的抵抗性であった。同時または24時間目に与えられた治療用量のベネトクラクスは、CAR-T細胞の数および活性を低減したが、腫瘍細胞とCAR T細胞との共培養の開始の48または72時間後に投与された治療用量のベネトクラクスは、CAR T細胞に対する有害作用が観察されずに腫瘍細胞をCAR T細胞媒介死滅に対して感受性にすることが可能であった。驚くことにこれらの結果は、細胞療法の細胞に及ぼす生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤、例えばベネトクラクスによる有害作用を治療用量であっても回避または最小化することができ、その一方でT細胞療法に対する腫瘍の感受性を増加させる阻害剤の能力を維持する時間窓が、細胞療法（例えばCAR-T細胞）の開始後にあることを示していた。これらの結果は、例えばT細胞療法の投与後7日以内または約7日での治療用量を含む生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤、例えばベネトクラクスの投与が、T細胞に顕著な有害作用を及ぼさずにT細胞療法に対する応答を改善する場合があることを示している。
ベネトクラクス（ABT-199）は、B細胞リンパ腫2（BCL2）タンパク質の活性を遮断する小分子阻害剤（SMI）である。ベネトクラクスは、慢性リンパ性白血病（CLL）および小リンパ球性白血病（SLL）に、ならびに少なくとも75歳の成人、または集中的な導入化学療法の使用を妨げる共存症を有する成人における新規診断された急性骨髄性白血病（AML）に対してアザシチジン、デシタビン、または低用量シタラビンとの併用で、使用が承認されている。別の生存促進性BCL2阻害剤であるナビトクラクス（ABT-263）は、BCL2タンパク質、巨大B細胞性リンパ腫（BCLXL）タンパク質、およびBCL2様タンパク質2（BCLW）タンパク質の活性を遮断するSMIである。他のBCL2阻害剤は、ABT-737、AT-101/GDC-0199（ゴシポール）、アポゴシポール、TW-37、G3139（ゲナセンス）、GX15-070（オバトクラクス）、サブトクラクス（sabutoclax）、HA14-1、アンチマイシンA、BH3I-1、YC137、マリトクラクス、クリトシン、UMI-77、WEHI-539、および544563を含むが、それに限定されるわけではない。
BCL2ファミリーのメンバーは、アポトーシス促進タンパク質および抗アポトーシスタンパク質の両者を含み、細胞のアポトーシスに対する感受性がより高いかまたは抵抗性がより高いかを決定することができるのは、これらの2群の間のシグナル伝達のバランスである。場合によっては、1つまたは複数の生存促進性BCL2ファミリータンパク質（例えばBCL2）の過剰発現は、増加した抗アポトーシスシグナル伝達および細胞死に対する抵抗性をもたらす可能性がある。例えば、場合によっては、BCL2の過剰発現は、（14;18）（q32;q21）転座によって引き起こされ得る。場合によっては、BCL2の過剰発現は、BCL2タンパク質をコードする遺伝子の増幅によって引き起こされ得る。細胞死に対する抵抗性は、場合によっては、生存促進性（抗アポトーシス）BCL2タンパク質（例えばBCL2、BCLXL、BCLB、BCLW、BFL1、MCL1）のシグナル伝達がアポトーシス促進BCL2タンパク質（例えばBAX、BAK、BIG、BIM、NOXA、PUMA）のシグナル伝達より勝る場合、例えば1つまたは複数の生存促進性BCL2タンパク質が過剰発現される場合、起こり得る。ある特定の局面では、1つまたは複数の生存促進性BCL2ファミリータンパク質の過剰発現は、がん細胞の生存を支援し、増加させる可能性がある。いくつかの局面では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の発現増加は、アポトーシス促進BCL2ファミリータンパク質を遮断し、がん細胞の内在性（ミトコンドリア）アポトーシス経路を阻害する。
提供される態様の中で、方法は、がん細胞の死滅を標的とするまたはそれに向けられた療法、例えばCAR T細胞療法などの細胞傷害性療法と、BCL2ファミリータンパク質の阻害剤との併用療法を伴う。いくつかの局面では、阻害剤は、生存促進性（抗アポトーシス）BCL2ファミリータンパク質、例えばBCL2、巨大B細胞性リンパ腫（BCLXL）、BCL2関連タンパク質A1（BFL1）、BCL2様タンパク質2（BCLW）、BCL2様タンパク質10（BCLB）、誘導骨髄性白血病細胞分化タンパク質（MCL1）であるBCL2ファミリータンパク質、またはそれらの組み合わせの活性を阻害する。いくつかの局面では、がんは、生存促進性BCL2ファミリータンパク質が過剰発現されているものである。いくつかの局面では、阻害剤は、アポトーシス促進BCL2ファミリータンパク質であるBCL2ファミリータンパク質、例えばBCL2関連X（BAX）、BCL2アンタゴニスト／キラー1（BAK）、DIVA、BCLXS、BCL2相互作用キラー（BIK）、BCL2様タンパク質11（BIM）、細胞死BCL2関連アゴニスト（BAD）、またはそれらの組み合わせの活性を阻害または低減しない。いくつかの局面では、がんは、アポトーシス促進BCL2ファミリータンパク質が過小発現されているまたはその活性が阻害されているものである。
いくつかの局面では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の過剰発現は、膀胱がん、脳がん、乳がん、子宮頸がん、結腸直腸がん、子宮内膜がん、頭頸部がん、肺がん、卵巣がん、膵がん、腎がん、皮膚がん、ならびに血液悪性腫瘍、例えば白血病およびリンパ腫を含むいくつかのがんと関連付けられている（例えば、国際公開公報第2005/049593号；同第2005/024636号を参照されたい）。場合によっては、1つまたは複数の生存促進性BCL2ファミリータンパク質の過剰発現または異常発現は、過剰発現がアポトーシス促進シグナル伝達を弱めてがん細胞の生存を促進する、白血病、リンパ腫、および固形腫瘍の根底にあるメカニズムである（例えば、Campbell, K.J. and Tait, S.W.G. (2018) Open Biol., 8:180002を参照されたい）。多くの場合、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばBCL2阻害剤、例えばベネトクラクスを採用する既存の方法は、様々ながんを処置するための治療薬としての該阻害剤の使用を伴う。例えば、ベネトクラクスは、増量期間および数ヶ月～数年間延長することができる期間の後に1日400～800ミリグラムの用量でB細胞リンパ腫などのある種のがんの処置に適応されている。
しかし、報告は、生存促進性BCL2ファミリータンパク質のある種の阻害剤がT細胞への直接細胞傷害を含む有害作用を有する場合があることを示している（Karlsson et al. (2013) Cancer Gene Ther., 20:386-93）。さらに、BCL2は、T細胞の生存に関与し、それを調節することが知られている（Wilson et al. (2010) Lancet Oncol., 11:70261-8）。T細胞へのBCL2、BCLXL、およびBCLWの阻害剤であるナビトクラクスの効果を検討する研究は、ナビトクラクスへの曝露がマウスの末梢血中のCD3+CD4+およびCD3+CD8+ T細胞の相対的および絶対的低減を誘導したことを見出した（Cippa et al., （2012） Cell Death and Disease, 3:e299）。ナビトクラクスの第I相臨床試験（（NCT00406809）では、試験の患者が、200ミリグラム／日またはそれよりも多い用量でのナビトクラクスへの薬物曝露の14日後にT細胞の相対的に急速および実質的な減少（241個CD3+細胞／μLの平均減少）を示し、薬物曝露の平均89日後に行われた患者の最終来院でそれが維持されていたことを報告した（Wilson et al. （2010） Lancet Oncol., 11:70261-8）。
T細胞療法およびBCL2ファミリー阻害剤の組み合わせが、特に治療用量の生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤では、実行可能な治療戦略でない場合があることをこれらの報告は示している。特にそのような観察は、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤とCAR T細胞療法との組み合わせがCAR T細胞の減少をもたらすことを示している。CAR T細胞のインビボ増殖および残留は、T細胞療法の分野における課題に相当し続けているので、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤などのT細胞に細胞傷害性の作用物質の添加は、CAR発現T細胞の増殖および残留を低減することによってCAR T細胞療法の効力を低下させることから、好まれないであろう。
加えて、CAR発現T細胞療法は、活性化誘導細胞死（AICD）を受ける場合がある。具体的には、報告は、CAR T細胞が、例えば過剰なT細胞刺激を受けたときに、Fas、FasL、DR5、およびTRAILの発現のアップレギュレーションを受けやすく、それにより、プログラム細胞死が生じる場合があることを示している（Tschumi et al., J. Immunother. Cancer (2018) 71:6）。このために、抗アポトーシスシグナル伝達を遮断するBCL2阻害剤（例えばベネトクラクス）との併用処置は、CAR T細胞で観察されるプログラム細胞死を悪化させる可能性もある。これにもかかわらず、本明細書における観察は、CAR T細胞に有害作用を発揮する能力がある治療用量の阻害剤であっても、CAR-T細胞療法などのT細胞療法を含む療法、例えば細胞傷害性療法の組み合わせが有利であることを示している。CAR T細胞の活性化誘導細胞死がピークになったとき（例えばCAR T細胞の投与の2～7日後）に阻害剤（例えばベネトクラクス）が投与された場合、CAR T細胞に対する有害作用が観察されなかったばかりでなく、CAR T細胞は、強力な抗腫瘍効果を示した（実施例9を参照されたい）。いくつかの局面では、方法は、T細胞療法の投与に続いて（例えば、T細胞療法の投与後7日以内または約7日）、BCL2阻害剤を治療用量で、例えば、阻害剤がT細胞にT細胞の生存率を含む有害作用を発揮すると予想される用量で投与することにより有利である。いくつかの局面では、提供される方法および使用は、ある種の代替方法と比較して、改善されたまたはより持続性の応答または効力を提供するまたは達成する。
さらに、本明細書における観察は、CAR-T細胞療法などのT細胞療法を含む療法、例えば細胞傷害性療法の組み合わせが、治療量未満またはより低い用量の阻害剤であっても有利であることを示している。本明細書における結果はまた、ある種の用量の阻害剤がT細胞の生存率に影響しないことを示している。いくつかの局面では、方法は、治療量未満の用量、例えば阻害剤単独が対象における腫瘍負荷量を低減すると予想されないまたは低減しない用量でBCL2阻害剤を投与することにより有利である。いくつかの局面では、提供される方法および使用は、ある種の代替方法と比較して、改善されたまたはより大きな持続性の応答または効力を提供するまたは達成する。いくつかの局面では、提供される方法は、T細胞エンゲージング療法またはT細胞療法（例えばCAR発現T細胞）の投与に関連するような、がん細胞に対するT細胞の、1つまたは複数のがん細胞に向けた、例えばパーフォリン媒介性アポトーシスおよび／またはグランザイム媒介性アポトーシスを介する細胞傷害活性を増強またはモジュレートする。いくつかの態様では、本明細書における観察は、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばBCL2阻害剤、例えばベネトクラクスが、治療用量および／または治療量未満の用量でCAR T細胞媒介性細胞傷害の活性化を改善し得ることを示している。提供された結果は、T細胞を伴う、例えば養子T細胞療法の投与を伴う方法における阻害剤の併用療法が、T細胞療法の機能改善を達成することを示している。いくつかの態様では、細胞療法（例えば、操作T細胞の投与）と、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えば、BCL2阻害剤および／またはMCL1阻害剤との組み合わせは、T細胞療法の1つまたは複数の機能および／または効果、例えば細胞傷害および／または治療成績、例えば腫瘍または他の疾患または標的細胞を死滅させるまたはその負荷を低減する能力を改善または増強する。
いくつかの局面では、腫瘍または疾患または標的細胞自体が、それぞれ単独で投与した場合の療法、例えば細胞傷害性療法、例えばT細胞エンゲージング療法もしくはT細胞療法（例えばCAR T細胞）を含む免疫療法または阻害剤の用量に非感受性、抵抗性および／またはそうでなければ応答不十分であるにもかかわらず、そのような効果が観察される。いくつかの態様では、がんは、がんの死滅に向けられたまたはがんの死滅を標的とする、がんを処置するための療法、例えば細胞傷害性療法、例えばT細胞エンゲージング療法またはT細胞療法（例えばCAR T細胞療法）を含む免疫療法による処置に非感受性である、またはそれに抵抗性になっている。いくつかの態様では、がん細胞がアポトーシス促進シグナル伝達を抑制することにより、がんはそのような療法に非感受性である、またはそれに抵抗性になっている。例えば、いくつかの態様では、がんは、癌関連抗原、例えばCD19を標的化するCAR T細胞に非感受性である、またはそれに抵抗性になっている。いくつかの態様では、提供される併用療法は、該療法、例えば細胞傷害性療法の投与、または同じ投与レジメン、例えば同じ用量および頻度で与えられる生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤の投与だけを伴う療法と比較して、相乗的な効果および活性を達成する。
いくつかの態様では、提供される方法、使用および併用療法は、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤または別の生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤をすでに投与されていた対象におけるがんの死滅に向けられたまたはがんの死滅を標的とする、がんを処置するための療法、例えば細胞傷害性療法、例えばT細胞エンゲージング療法またはT細胞療法（例えばCAR T細胞療法）を含む免疫療法と組み合わせた生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤の投与を含む。いくつかの態様では、併用療法、方法および使用は、阻害剤、例えばベネトクラクスの投与を以前に受けていたが、がんの死滅に向けられたまたはがんの死滅を標的とする、がんを処置するための療法、例えば細胞傷害性療法、例えばT細胞エンゲージング療法またはT細胞療法（例えばCAR T細胞療法）を含む免疫療法の非存在下で（または併用せずに）受けていた対象におけるT細胞療法（例えばCAR+ T細胞）と組み合わせた生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えば、ベネトクラクスの継続投与を含む。いくつかの態様では、併用療法の方法は、以前の処置よりも低い用量の生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えば、ベネトクラクスの投与を含むまたはそれを伴う。
いくつかの態様では、方法および組み合わせは、がん細胞に対するT細胞媒介性細胞傷害の改善をもたらす。いくつかの態様では、方法および組み合わせは、任意でパーフォリン媒介性アポトーシスおよび／またはグランザイム媒介性アポトーシスを増加させることによってがん細胞に対するT細胞媒介性細胞傷害の改善をもたらす。そのような改善は、いくつかの局面では、機能性、例えば、CAR-T細胞の機能性、増殖、および／または残留の1つまたは複数の他の所望の性質を損なわない、または実質的に損なわない結果となる。いくつかの態様では、阻害剤との組み合わせは、T細胞の細胞傷害を改善するものの、例えば、阻害剤が存在しないこと以外は同じ条件下で培養されたそのような細胞と比較して、インビトロアッセイで測定されたとき細胞が活性化する、1つもしくは複数の望ましいサイトカインを分泌する、拡大増殖する、および／または残留する能力を低減しない。
いくつかの態様では、提供される態様は、療法の投与後まで継続される投与レジメンでの、がんの死滅に向けられたまたはがんの死滅を標的とする、がんを処置するための療法、例えば細胞傷害性療法、例えばT細胞エンゲージング療法またはT細胞療法（例えばCAR T細胞療法）を含む免疫療法の投与の前に、それと同時にまたはその直後に、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばBCL2阻害剤、例えばベネトクラクスの投与を開始することを伴う。いくつかの態様では、阻害剤は、細胞傷害性療法の投与開始の1日もしくは約1日から、14日もしくは約14日後に、および／または細胞傷害性療法の投与に続いて細胞傷害性療法のピークレベルが対象の血液中に検出可能になる前に、阻害剤の定常状態濃度（Css）を達成するための時間および投与レジメンで投与される。いくつかの態様では、阻害剤の投与開始は、細胞傷害性療法の投与開始の7日もしくは約7日前から、14日もしくは約14日後、細胞傷害性療法の投与開始の3日もしくは約3日前から、14日もしくは約14日後、または細胞傷害性療法の投与開始の1日もしくは約1日前から、8日もしくは約8日後である。特定の態様では、提供される併用療法の方法における阻害剤の投与は、細胞傷害性療法の投与開始の1日または約1日前から、1日または約1日後、例えば細胞傷害性療法の投与開始の1日もしくは約1日前、その当日または1日後に開始される。
いくつかの態様では、提供される態様は、投与レジメンにおける細胞傷害性療法（例えばCAR T細胞療法）の投与後に生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばBCL2阻害剤、例えばベネトクラクスの投与を開始することを伴う。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばBCL2阻害剤、例えばベネトクラクスの投与の開始は、細胞傷害性療法の投与後、例えばがんを処置するための療法の投与の約1日後～約7日後である。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばBCL2阻害剤、例えばベネトクラクスの投与の開始は、細胞傷害性療法の細胞の活性化誘導細胞死（AICD）がピークになってからである。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばBCL2阻害剤、例えばベネトクラクスの投与は、細胞傷害性療法の投与の約1日～約7日、約2日～約6日、または約3日～約5日後になってからである。いくつかの態様では、阻害剤の投与開始は、細胞傷害性療法の投与開始の1日または約1日後から、7日または約7日後である。いくつかの態様では、阻害剤の投与開始は、細胞傷害性療法の投与開始の2日または約2日後から、6日または約6日後である。いくつかの態様では、阻害剤の投与開始は、細胞傷害性療法の投与開始の3日または約3日後から、5日または約5日後である。いくつかの態様では、阻害剤の投与開始は、細胞傷害性療法の投与開始の少なくとも1日または少なくとも約1日後である。いくつかの態様では、阻害剤の投与開始は、細胞傷害性療法の投与開始の2日または約2日後である。いくつかの態様では、阻害剤の投与開始は、細胞傷害性療法の投与開始の3日または約3日後である。いくつかの態様では、阻害剤の投与開始は、細胞傷害性療法の投与開始の4日または約4日後である。いくつかの態様では、阻害剤の投与開始は、細胞傷害性療法の投与開始の5日または約5日後である。いくつかの態様では、阻害剤の投与開始は、細胞傷害性療法の投与開始の6日または約6日後である。いくつかの態様では、阻害剤の投与開始は、細胞傷害性療法の投与開始の7日または約7日後である。
場合によっては、併用療法は、対象が療法、例えば細胞傷害性療法の投与を受けた後、最大1ヶ月、2ヶ月、3ヶ月、4ヶ月、5ヶ月、6ヶ月、7ヶ月、8ヶ月、9ヶ月、10ヶ月、11ヶ月、12もしくはそれ以上、または約1ヶ月、2ヶ月、3ヶ月、4ヶ月、5ヶ月、6ヶ月、7ヶ月、8ヶ月、9ヶ月、10ヶ月、11ヶ月、12もしくはそれ以上の阻害剤の投与を伴う。いくつかの局面では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスは、がんの死滅に向けられたまたはそれを標的とする、がんを処置するための療法、例えば細胞傷害性療法、例えばT細胞エンゲージング療法またはT細胞療法（例えばCAR T細胞療法）を含む免疫療法の投与の後に、多くて3ヶ月投与される。いくつかの態様では、阻害剤は、T細胞療法（例えばCAR T細胞）と組み合わせて投与され、阻害剤の投与は、T細胞療法の細胞が対象においてピークレベルに達し、かつ／または対象に残留している後までの阻害剤の継続投与を含む投与レジメンで継続される。いくつかの局面では、提供される態様の利点はまた、阻害剤、例えばベネトクラクスの投薬もしくは投与をモジュレートする能力、または対象における耐容性に応じて阻害剤、例えばベネトクラクスの投与を除去もしくは中断することを含む。いくつかの局面では、例えば生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスによる併用処置を伴う、提供される態様は、腫瘍負荷量を低減することを助け、かつ／またはある種の細胞傷害性療法、例えば細胞療法、例えばCAR T細胞療法に対するがん細胞の抵抗性を緩和することができる。
いくつかの態様では、提供される方法はCAR-T細胞療法を強化することができ、該療法は、いくつかの局面で他の療法に抵抗性もしくは不応性であり、アグレッシブもしくは高リスクがんであり、かつ／または阻害剤なしで投与されたときにCAR-T細胞療法に対して比較的低い奏効率を示すもしくは示す可能性があるがんを有する対象の処置についての成績を改善することができる。いくつかの局面では、提供される方法に従って生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスを投与することは、CAR T細胞療法に対するがん細胞の抵抗性を低減することによりT細胞の細胞傷害を増加させることによって、任意でがん細胞のパーフォリン媒介性アポトーシスおよび／またはグランザイム媒介性アポトーシスを増加させることによって、がん、例えばCLLまたはNHLなどのB細胞悪性腫瘍、例えばDLBCLまたはSLLを処置するためのCAR発現細胞の活性を増加させることもできる。いくつかの局面では、ヒトリンパ腫細胞に対する投与されたCAR+ T細胞の抗腫瘍活性が改善する。
併用療法
1）生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤（例えばベネトクラクス）と、2）細胞傷害性療法、例えば免疫療法または細胞療法、例えばT細胞療法（例えばCAR発現T細胞）との併用療法を対象に投与する工程を含む、疾患または状態、例えば増殖性疾患（例えばがん）を処置するための併用療法のための方法が、本明細書に提供される。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質は、生存を促進し、かつ／またはアポトーシス促進シグナル伝達を緩和する能力を有するBCL2ファミリータンパク質である。
いくつかの態様では、細胞傷害性療法は、がん細胞に関連する、それによって発現されるまたはその上に存在する抗原を特異的に認識し、かつ／またはそれに結合するT細胞（例えばCAR発現T細胞）を含む養子免疫細胞療法などの免疫療法または細胞療法である。T細胞療法を含む組成物および／または生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤を含む組成物を含有する組み合わせおよび製造品、例えばキット、ならびに血液悪性腫瘍を含むがんなどの状態または疾患を治療または予防するためのそのような組成物および組み合わせの使用もまた提供される。
いくつかの態様では、方法は、細胞傷害性療法の投与（例えば投与開始）の前、それと同時、その間、その経過中（その経過中の1回および／もしくは定期的を含む）、ならびに／またはそれに続く阻害剤（例えばベネトクラクス）の投与を含むことができ、その際、該療法は、がん細胞に関連する、それによって発現されるもしくはその上に存在する抗原に特異的に結合し、阻害剤は、療法の投与開始前約7日～後約14日以内に阻害剤の定常状態濃度を達成するために十分な投与レジメンで投与され、かつ／または阻害剤は、療法の投与に続いて対象の血液中で療法のピークレベルが検出可能になる前に投与される。いくつかの態様では、定常状態濃度は、作用物質、例えば化合物の濃度が、継続処置または投薬を受けている対象において安定または均一であり続ける時間または期間を指す。いくつかの態様では、定常状態濃度は、対象の処置または投薬の継続を受けてプラトーに達している作用物質または化合物の濃度を含むまたはそれによって表される場合がある。いくつかの態様では、定常状態濃度は、投薬の際に投与される作用物質または化合物の量が、各用量の間で対象の体から出る作用物質または化合物の量と等しい状態、すなわち取込み速度（rate in）が消失速度（rate out）と等しい状態を記述する場合がある。
いくつかの態様では、方法は、細胞傷害性療法の投与（例えば投与開始）の前、それと同時、その間、その経過中（その経過中に1回および／もしくは定期的を含む）、ならびに／またはそれに続く阻害剤（例えばベネトクラクス）の投与を含むことができ、その際、療法は、がん細胞に関連する、それによって発現されるまたはその上に存在する抗原に特異的に結合し、阻害剤は、療法の投与開始前約7日～後約14日以内に阻害剤の定常状態濃度を達成するために十分な投与レジメンで投与される。
いくつかの態様では、方法は、細胞傷害性療法の投与（例えば投与開始）の前、それと同時、その間、その経過中（その経過中に1回および／もしくは定期的を含む）、ならびに／またはそれに続く阻害剤（例えばベネトクラクス）の投与を含むことができ、その際、療法は、がん細胞に関連する、それによって発現されるもしくはその上に存在する抗原に特異的に結合し、阻害剤は、療法のピークレベルが療法の投与に続いて対象の血液中に検出可能になる前に投与される。
いくつかの態様では、阻害剤（例えばベネトクラクス）は、阻害剤の約4半減期の期間投与された場合、定常状態濃度（Css）に達している。いくつかの態様では、「半減期」は、対象の血漿／血液中の作用物質もしくは化合物の初濃度または対象の体内の作用物質もしくは化合物の初期総量が2分の1だけ低減するためにかかる期間を指す。いくつかの態様では、阻害剤は、毎日約2日、約3日、約4日、または約5日間投与された場合、定常状態濃度に達している。いくつかの態様では、阻害剤は、毎日約3日間投与された場合、定常状態濃度に達している。いくつかの態様では、対象の血漿中の阻害剤の濃度または対象の体内の阻害剤の総量が連続投薬を受けて比較的安定である場合、定常状態濃度に達している。
いくつかの態様では、阻害剤（例えばベネトクラクス）は、対象に単剤療法として投与される。いくつかの態様では、阻害剤は、対象に細胞傷害性療法と組み合わせて単剤療法（例えば単独療法）として投与される。いくつかの態様では、単独療法としての投与は、特に提供される場合を除き、疾患または状態を処置するための1種類の処置単独からなる。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤は、単独療法として提供され、その結果、疾患または状態を処置するために他の処置は提供されない。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤は、免疫療法または細胞療法との単独療法として提供され、その結果、（1）阻害剤および（2）免疫療法または細胞療法の提供以外に、疾患または状態を処置するために他の処置は提供されない。
いくつかの態様では、対象は、細胞傷害性療法の投与と同時、その間、またはその経過中にリツキシマブおよび／またはイブルチニブを投与されておらず、その投与を受けてもいない。いくつかの態様では、対象は、細胞傷害性療法の投与開始の約7日以内のリツキシマブおよび／またはイブルチニブを投与されておらず、その投与を受けてもいない。
いくつかの態様では、細胞傷害性療法は養子細胞療法である。いくつかの態様では、細胞療法は、腫瘍浸潤リンパ球（TIL）療法、トランスジェニックTCR療法または組換え受容体発現細胞療法（任意でT細胞療法）であるかまたはそれを含み、それは任意で、キメラ抗原受容体（CAR）発現細胞療法である。いくつかの態様では、療法は、CD19を標的とするまたはB細胞標的化療法である。いくつかの態様では、細胞および細胞を投与するための投与レジメンは、以下のサブセクションBの「免疫療法または細胞療法の投与」の下に記載されるいずれかを含むことができる。
いくつかの態様では、細胞傷害性療法は、細胞の内因性ミトコンドリア媒介アポトーシス経路を媒介および／または誘導する能力がある。いくつかの態様では、細胞傷害性療法は、細胞のパーフォリン媒介性アポトーシスおよび／またはグランザイム媒介性アポトーシス経路を媒介および／または誘導する能力がある。いくつかの態様では、がん細胞は、内因性アポトーシス経路に抵抗性である。いくつかの態様では、阻害剤は、内因性アポトーシス経路を介して細胞をアポトーシスに感受性にする。いくつかの態様では、阻害剤は、細胞傷害性療法によって媒介または誘導される場合のアポトーシスに細胞を感受性にする。何らかの方法で、阻害剤は、細胞傷害性療法に対する細胞のアポトーシス抵抗性を低下させる。
いくつかの態様では、細胞傷害性療法は養子細胞療法（例えばT細胞療法）である。いくつかの態様では、養子細胞療法は、対象に対して自家である細胞を含む。いくつかの態様では、対象に対して自家である細胞は、キメラ抗原受容体（CAR）を発現するように操作される。いくつかの態様では、CAR発現自家T細胞が対象に提供される。
いくつかの態様では、細胞傷害性療法、例えばT細胞療法（例えばCAR発現T細胞）またはT細胞エンゲージング療法と阻害剤とは、対象への投与のための薬学的組成物として提供される。いくつかの態様では、薬学的組成物は、併用療法のための作用物質、例えば、記載される養子細胞療法のためのT細胞および阻害剤の一方または両方の治療有効量を含有する。いくつかの態様では、薬学的組成物は、併用療法のための作用物質、例えば、記載される養子細胞療法のためのT細胞および阻害剤の一方または両方の治療有効量未満の量を含有する。いくつかの態様では、作用物質は、別々の薬学的組成物中としての投与のために製剤化される。いくつかの態様では、本明細書に提供される薬学的組成物のいずれかを各投与経路に適した剤形で製剤化することができる。
いくつかの態様では、細胞傷害性療法（例えばCAR-T細胞療法などの操作細胞を含むT細胞療法）と阻害剤とを投与することを含む併用療法は、がんを有するまたはがんのリスクがある対象または患者に投与される。いくつかの局面では、方法は、免疫療法または細胞療法によって認識される、例えば操作T細胞によって認識される抗原を発現しているがんにおける腫瘍負荷量を減らすことなどによって、疾患または状態を処置する、例えばその1つまたは複数の症状を回復させる。
いくつかの態様では、処置される疾患または状態は、抗原の発現ががんなどの疾患、状態または障害の病因に関連および／または関与する、例えばそのような疾患、状態または障害を引き起こす、悪化させるまたは別の方法でそれに関与するいずれかであることができる。例示的な疾患および状態は、悪性腫瘍または細胞の形質転換（例えばがん）に関連する疾患または状態を含むことができる。処置することができる様々な疾患および状態に関連する抗原を含む例示的な抗原は、本明細書に記載される任意の抗原を含む。特定の態様では、キメラ抗原受容体またはトランスジェニックTCRを含む併用療法の操作細胞上に発現される組換え受容体は、がんに関連する抗原に特異的に結合する。
いくつかの態様では、がんなどの疾患または障害に関連する抗原は、ROR1、B細胞成熟抗原（BCMA）、tEGFR、Her2、L1-CAM、CD19、CD20、CD22、メソテリン、CEA、およびB型肝炎表面抗原、抗葉酸受容体、CD23、CD24、CD30、CD33、CD38、CD44、EGFR、EGP-2、EGP-4、EPHa2、ErbB2、3もしくは4、erbB二量体、EGFR vIII、FBP、FCRL5、FCRH5、胎児アセチルコリンe受容体、GD2、GD3、Gタンパク質共役受容体5D（GPCR5D）、HMW-MAA、IL-22R-アルファ、IL-13R-アルファ2、kdr、カッパ軽鎖、Lewis Y、L1-細胞接着分子（L1-CAM）、メラノーマ関連抗原（MAGE）-A1、MAGE-A3、MAGE-A6、メラノーマの優先的発現抗原（PRAME）、サバイビン、EGP2、EGP40、TAG72、B7-H6、IL-13受容体a2（IL-13Ra2）、CA9、GD3、HMW-MAA、CD171、G250/CAIX、HLA-AI MAGE Al、HLA-A2 NY-ESO-1、PSCA、葉酸受容体-a、CD44v6、CD44v7/8、avb6インテグリン、8H9、NCAM、VEGF受容体、5T4、胎児AchR、NKG2Dリガンド、CD44v6、二重抗原、およびユニバーサルタグに関連する抗原、癌精巣抗原、メソテリン、MUC1、MUC16、PSCA、NKG2Dリガンド、NY-ESO-1、MART-1、gp100、Gタンパク質共役受容体5D（GPCR5D）、腫瘍胎児性抗原、ROR1、TAG72、VEGF-R2、癌胎児性抗原（CEA）、前立腺特異抗原、PSMA、Her2/neu、エストロゲン受容体、プロゲステロン受容体、エフリンB2、CD123、c-Met、GD-2、O-アセチル化GD2（OGD2）、CE7、ウィルムス腫瘍1（WT-1）、サイクリン、サイクリンA2、CCL-1、CD138、ならびに病原体特異的抗原からなる群より選択される。いくつかの態様では、抗原はユニバーサルタグに結合しているまたはユニバーサルタグである。
いくつかの態様では、疾患または状態は、がんまたは増殖性疾患である。いくつかの態様では、がんまたは増殖性疾患は、腫瘍、例えば固形腫瘍、リンパ腫、白血病、血液腫瘍、転移性腫瘍、または他のがんもしくは腫瘍型である。いくつかの態様では、がんは血液悪性腫瘍である。いくつかの態様では、がんはB細胞悪性腫瘍である。いくつかの態様では、がんは白血病またはリンパ腫である。いくつかの態様では、がんは白血病である。いくつかの態様では、がんは白血病、例えば小リンパ球性リンパ腫（SLL）を含むことができる慢性リンパ性白血病（CLL）である。いくつかの態様では、がんは小リンパ球性リンパ腫（SLL）である。いくつかの態様では、がんは慢性リンパ性白血病（CLL）である。いくつかの態様では、がんは白血病、例えば急性リンパ芽球性白血病（ALL）である。いくつかの態様では、がんは白血病、例えば急性骨髄性白血病（AML）である。いくつかの態様では、がんは白血病、例えば慢性骨髄性白血病（CML）である。いくつかの態様では、がんは骨髄異形成症候群（MDS）である。いくつかの態様では、がんは多発性骨髄腫である。いくつかの態様では、がんはリンパ腫である。いくつかの態様では、がんはリンパ腫、例えば非ホジキンリンパ腫（NHL）である。いくつかの態様では、NHLは、NHLのサブタイプ、例えばびまん性大細胞型B細胞性リンパ腫（DLBCL）である。いくつかの態様では、NHLは、NHLのサブタイプ、例えばSLLである。
いくつかの態様では、米国東海岸癌臨床試験グループ（Eastern Cooperative Oncology Group）（ECOG）パフォーマンスステータス指標を使用して、処置のための対象、例えば以前の療法からの成績が不振であった対象を評価または選択することができる（例えば、Oken et al. (1982) Am J Clin Oncol. 5:649-655を参照されたい）。ECOGパフォーマンスステータススケールは、患者が身のまわりのことをする能力、日常活動、および身体能力（例えば、歩行、作業など）に関して患者の機能レベルを記述する。いくつかの態様では、ECOGパフォーマンスステータス0は、対象が通常の活動を行えることを示す。いくつかの局面では、ECOGパフォーマンスステータス1の対象は、身体活動にいくらか制限を示すが、対象は十分に歩行可能である。いくつかの局面では、ECOGパフォーマンスステータス2の患者は、50％超歩行可能である。場合によっては、ECOGパフォーマンスステータス2の対象は、身のまわりのことをする能力があり得る；例えば、Sorensen et al., (1993) Br J Cancer 67(4) 773-775を参照されたい。ECOGパフォーマンスステータスを反映する基準を下の表1に説明する。
（表１）ECOGパフォーマンスステータスの基準
Figure 2022537700000001
いくつかの態様における受容体（例えばCAR）によって標的とされる抗原は、いくつかの公知B細胞マーカーのいずれかなどのB細胞悪性腫瘍に関連する抗原を含む。いくつかの態様では、抗原は、CD20、CD19、CD22、ROR1、CD45、CD21、CD5、CD33、Igカッパ、Igラムダ、CD79a、CD79bまたはCD30であるかまたはそれを含む。いくつかの態様では、抗原はCD19である。
特に、提供される態様の中に、CLLまたはSLLを有する対象を処置する方法がある。提供される方法のいくつかの態様では、対象は、高リスクのCLLまたはSLLを有する。提供される方法のいくつかの態様では、対象は、高リスクのCLLを有する。提供される方法のいくつかの態様では、対象は、高リスクのSLLを有する。いくつかの態様では、対象は、強力に前処置された高リスクCLL（またはSLL）を有する対象集団であって、その全員がイブルチニブを含む1つまたは複数の前治療を受けていた。
いくつかの態様では、CLLを有する対象は、慢性リンパ性白血病国際ワークショップ（iwCLL）ガイドラインに基づく治療指標および臨床的測定可能病変（リンパ球の骨髄浸潤率が>30％、>5×109/Lの末梢血リンパ球増加症、ならびに／あるいは測定可能なリンパ節および／または肝もしくは脾腫大）によりCLLと診断された対象を含む。いくつかの態様では、SLLを有する対象は、診断時にリンパ節腫大および／または脾腫大と、末梢血中<5×109個のCD19+ CD5+ Bリンパ球クローン／L［<5000個／μL］とに基づきSLLと診断され、少なくとも1つの病変の最大横径が>1.5cmと定義される測定可能病変を有し、それが生検で証明されたSLLである対象を含む。
場合によっては、高リスクおよび超高リスクの対象のための既存の処置戦略は、フルダラビン+シクロホスファミド+リツキシマブ（FCR）、ブルトン型チロシンキナーゼ（BTK）阻害剤（例えばイブルチニブ）、および／または同種幹細胞移植を含み得る（Puiggros et al., BioMed Research International, Volume 2014 (2014), Article ID 435983）。既存の治療法の多くは経口標的化薬を含み、それは、一部のCLL患者に対して改善された治療成績を有する。それにもかかわらず、一部の患者は、療法への不耐性もしくは抵抗性を示し、かつ／またはMRD陰性（uMRD）を伴う完全奏効を達成できない。いくつかの局面では、利用可能な療法による処置後に進行疾患を有する対象は、転帰不良を有する。例えばいくつかの局面では、CLLに対して処置された対象は、長期転帰不良を示す。例えば場合によっては、不応性（R/R）高リスクCLL対象は、イブルチニブ中止後に低い生存率を示す（Jain et al. (2015) Blood 125(13):2062-2067）。CLLを処置する改良法の必要性があり、いくつかの局面では、高リスクおよび／もしくは超高リスクCLLならびに／または再発したもしくは複数の以前の療法に不応性になった対象を処置するために適した方法が必要である。
慢性リンパ性白血病（CLL）は、一般的に、可変性の疾患である。CLLを有する対象の中には、処置なしに生存し得る対象もあり、即時の介入を必要とし得る対象もある。場合によっては、CLLを有する対象は、疾患予後および／または推奨される処置戦略を知らせ得る群に分類される場合がある。場合によっては、これらの群は、「低リスク」、「中リスク」、「高リスク」および／または「超高リスク」の場合があり、患者は、遺伝的異常および／または形態学的もしくは身体的特徴を含むが、それに限定されるわけではないいくつかの要因に依存してそのように分類される場合がある。いくつかの態様では、方法により処置される対象は、CLLのリスクに基づき分類または同定される。いくつかの態様では、対象は高リスクCLLを有する対象である。
いくつかの態様では、提供される方法および使用は、例えば、処置される対象の特定群において、例えば高リスク疾患を有する患者を含む、CLLまたはSLLなどの白血病を有する患者において、ある種の代替法と比較して改善されたまたはより持続性の応答または効力を提供するまたはそれを達成する。いくつかの態様では、方法は、T細胞療法、例えば、養子細胞療法のための細胞、例えば、CAR発現T細胞、例えば抗CD19 CAR+ T細胞などを含む組成物と、生存促進性BCL2タンパク質の阻害剤（例えばベネトクラクス）とを投与することにより有利である。いくつかの態様では、方法はまた、T細胞療法の前に、リンパ球枯渇療法、例えばシクロホスファミド、フルダラビン、またはそれらの組み合わせなどを含む。
いくつかの態様では、処置される対象は、イブルチニブでの初期の寛解に続いて再発した対象またはイブルチニブによる処置に不応性もしくは不耐性である対象を含む。特定の態様では、処置される対象は、寛解に続いて再発した対象、またはイブルチニブに加えて1つもしくは複数のさらなる以前の療法、例えば1、2、3、4、5もしくはそれ以上の以前の療法に不応性もしくは不耐性である対象を含む。いくつかの態様では、対象は、イブルチニブおよびベネトクラクスの両者の以前の処置から再発したまたはそれに不応性である。いくつかの態様では、そのような処置に不応性である対象は、1つまたは複数の以前の療法に続いて進行した。いくつかの態様では、1つまたは複数の以前の療法（例えばイブルチニブおよび／またはベネトクラクス）により処置された対象を含む、処置された対象は、TP53変異、複雑核型（すなわち、少なくとも3つの染色体変化）およびdel17（p）を含む高リスク細胞遺伝的性質を有する対象を含む。
提供される方法のいずれかのいくつかの態様では、対象はCLLを有するもしくはCLLを有する疑いがある；または対象は、CLLを有すると同定もしくは選択されている。提供される方法のいずれかのいくつかの態様では、対象はCLLを有するまたはCLLを有する疑いがある。提供される方法のいずれかのいくつかの態様では、対象は、CLLを有すると同定または選択されている。いくつかの態様では、CLLは再発性または不応性CLLである。特にCLLは、一般的に不治と見なされ、患者はしばしば最終的に再発するまたは利用可能な療法に不応性になる（Dighiero and Hamblin (2008) The Lancet, 371:1017-1029）。
いくつかの態様では、対象は、SLLを有するもしくはSLLを有する疑いがある；または対象は、SLLを有すると同定もしくは選択されている。いくつかの態様では、対象は、SLLを有するまたはSLLを有する疑いがある。いくつかの態様では、対象は、SLLを有すると同定または選択されている。いくつかの態様では、SLLは再発性または不応性SLLである。
いくつかの態様では、操作T細胞の用量の投与前に、対象は、該療法、例えばCARを発現している細胞の用量、またはリンパ球枯渇療法以外に、CLLまたはSLLに対する1つまたは複数の以前の療法により処置されていた。いくつかの態様では、操作T細胞の用量の投与前に、対象は、該療法、例えばCARを発現している細胞の用量、またはリンパ球枯渇療法以外に、CLLに対する1つまたは複数の以前の療法により処置されていた。いくつかの態様では、操作T細胞の用量の投与前に、対象は、該療法、例えばCARを発現している細胞の用量、またはリンパ球枯渇療法以外に、SLLに対する1つまたは複数の以前の療法により処置されていた。いくつかの態様では、1つまたは複数の以前の療法は、少なくとも2つの以前の療法、任意で、3、4、5、6、7、8、9つまたはそれ以上を含む。
いくつかの態様では、細胞の用量の投与時にまたはその直前に、対象は、CLLに対する1つまたは複数の以前の療法による処置後の寛解に続いて再発した、または該処置に不応性になった、それが不成功であった、かつ／もしくはそれに不耐性であった。いくつかの態様では、対象は、2つまたはそれ以上の以前の療法による処置後の寛解に続いて再発した、または該処置に不応性になった、それが不成功であった、かつ／もしくはそれに不耐性であった。いくつかの態様では、細胞の用量の投与時にまたはその直前に、対象は、3つまたはそれ以上の以前の療法による処置後の寛解に続いて再発した、または該処置に不応性になった、それが不成功であった、かつ／もしくはそれに不耐性であった。いくつかの態様では、以前の療法は、キナーゼ阻害剤、任意でブルトン型チロシンキナーゼ（BTK）の阻害剤、任意でイブルチニブ；ベネトクラクス；フルダラビンおよびリツキシマブを含む併用療法；放射線療法；ならびに造血幹細胞移植（HSCT）より選択される。いくつかの態様では、以前の療法は、イブルチニブおよび／またはベネトクラクスを含む。いくつかの態様では、以前の療法は、イブルチニブおよびベネトクラクスを含む。いくつかの態様では、以前の療法は、イブルチニブを含む。いくつかの態様では、以前の療法は、ベネトクラクスを含む。
いくつかの態様では、対象は、イブルチニブおよび／もしくはベネトクラクスによる処置後の寛解に続いて再発した、該処置に不応性になった～それが不成功であった、ならびに／またはイブルチニブおよび／もしくはベネトクラクスに不耐性である。いくつかの態様では、対象は、イブルチニブによる処置後の寛解に続いて再発した、該処置に不応性になった～それが不成功であった、ならびに／またはイブルチニブに不耐性である。いくつかの態様では、対象は、ベネトクラクスによる処置後の寛解に続いて再発した、該処置に不応性になった～それが不成功であった、ならびに／またはベネトクラクスに不耐性である。いくつかの態様では、対象は、イブルチニブおよびベネトクラクスによる処置後の寛解に続いて再発した、該処置に不応性になった～それが不成功であった、ならびに／またはイブルチニブおよびベネトクラクスに不耐性である。
いくつかの態様では、提供される方法の前に生存促進性Bcl-2ファミリータンパク質の阻害剤（例えばベネトクラクス）により以前に処置されていた対象は、ベネトクラクスに不耐性ではない。いくつかの態様では、対象は、提供される方法の前6ヶ月以内に、例えば、リンパ球枯渇療法を受ける前または細胞傷害性療法の投与を受ける前に生存促進性Bcl-2ファミリータンパク質の阻害剤（例えばベネトクラクス）により処置されていた。いくつかの態様では、対象は、提供される方法の前6ヶ月以内に、生存促進性Bcl-2ファミリータンパク質の阻害剤（例えばベネトクラクス）により処置されており、進行（PD）を有しない。いくつかの態様では、対象は、阻害剤による処置の間に進行を示さなかった。いくつかの態様では対象は、提供される方法の前6ヶ月以内に生存促進性Bcl-2ファミリータンパク質の阻害剤（例えばベネトクラクス）により処置されており、阻害剤による処置の間に進行を示さなかった。
いくつかの態様では、対象は、対象からの自家細胞の収集の直後におよび／または対象へのリンパ球枯渇療法の投与の直前に阻害剤（例えばベネトクラクス）に不耐性ではない。いくつかの態様では、対象は、細胞傷害性療法の投与開始時に阻害剤（例えばベネトクラクス）に不耐性ではない。いくつかの態様では、対象は、対象からの自家細胞の収集の直後および／または対象へのリンパ球枯渇療法の投与の直前にBCL2に変異を有しない。いくつかの態様では、対象は、細胞傷害性療法の投与開始時にBCL2に変異を有しない。
いくつかの態様では、対象は、対象からの自家細胞の収集の直後および／または対象へのリンパ球枯渇療法の投与の直前に、測定可能病変または末梢血（PB）、骨髄（BM）、肝臓、もしくは脾臓に評価可能もしくは測定可能病変を示す。いくつかの態様では、細胞傷害性療法の開始時に、対象は、測定可能病変または末梢血（PB）、骨髄（BM）、肝臓、もしくは脾臓中に評価可能もしくは測定可能病変を示す。いくつかの態様では、測定可能病変は、最大横径（GTD）が1.0センチメートルよりも大きなリンパ節であるかまたはそれを含む。いくつかの態様では、測定可能病変は、最大横径（GTD）が1.5センチメートルよりも大きなリンパ節であるかまたはそれを含む。いくつかの態様では、測定可能病変は、最大横径（GTD）が2.0センチメートルよりも大きなリンパ節であるかまたはそれを含む。
いくつかの態様では、対象は、対象からの自家細胞の収集の直後および／または対象へのリンパ球枯渇療法の投与の直前に末梢血中に10-4より大きいまたはそれと等しい最小残余病変（MRD）を示す。いくつかの態様では、細胞傷害性療法の開始時に、対象は、末梢血中に10-4より大きいまたはそれと等しい最小残余病変（MRD）を示す。
いくつかの態様では、対象は、対象からの自家細胞の収集の直後および／または対象へのリンパ球枯渇療法の投与の直前に、測定可能病変または末梢血（PB）、骨髄（BM）、肝臓、もしくは脾臓中に評価可能もしくは測定可能病変および末梢血中に10-4より大きいまたはそれと等しい最小残余病変（MRD）を示す。いくつかの態様では、細胞傷害性療法の投与開始時に、対象は、測定可能病変または末梢血（PB）、骨髄（BM）、肝臓、もしくは脾臓中に評価可能もしくは測定可能病変および末梢血中に10-4より大きいまたはそれと等しい最小残余病変（MRD）を示す。いくつかの態様では、測定可能病変は、最大横径（GTD）が1.0センチメートルよりも大きなリンパ節であるかまたはそれを含む。いくつかの態様では、測定可能病変は、最大横径（GTD）が1.5センチメートルよりも大きなリンパ節であるかまたはそれを含む。いくつかの態様では、測定可能病変は、最大横径（GTD）が2.0センチメートルよりも大きなリンパ節であるかまたはそれを含む。
いくつかの態様では、細胞の用量の投与時または投与前に：対象は、任意で複雑核型または細胞遺伝的異常、del 17p、未変異IGVH遺伝子、およびTP53変異より選択される高リスクCLLに任意で関連する1つまたは複数の細胞遺伝的異常を有すると同定されるまたは同定されており；対象は、高リスクCLLを有すると同定されるまたは同定されている。いくつかの態様では、細胞傷害性療法の投与開始時またはその前に、対象は、1つまたは複数の細胞遺伝的異常を有すると同定されるまたは同定されている。いくつかの態様では、1つまたは複数の細胞遺伝的異常は、高リスクCLLに関連する。いくつかの態様では、1つまたは複数の細胞遺伝的異常は、複雑核型または細胞遺伝的異常、del 17p、未変異IGVH遺伝子、およびTP53変異より選択される。いくつかの態様では、細胞傷害性療法の投与開始時またはその前に、対象は、高リスクCLLを有すると同定されるまたは同定されている。
いくつかの態様では、対象は、0もしくは1のECOGステータスを有すると同定されるもしくは同定されており；かつ／または対象は、>1のECOGステータスを有しない。いくつかの態様では、操作細胞またはリンパ球枯渇療法の用量の投与時またはその直前に、対象は、CLLまたはSLLのリヒター転化を有しない。
いくつかの態様では、方法は、リンパ腫もしくは白血病、またはB細胞悪性腫瘍、例えば大細胞型B細胞性リンパ腫もしくは非ホジキンリンパ腫（NHL）を有する対象を処置することを伴う。
いくつかの態様では、提供される方法は、対象の特定の群またはサブセット、例えば、高リスク疾患、例えば、高リスクNHLまたは高リスク大細胞型B細胞性リンパ腫を有すると同定された対象を処置することを伴う。いくつかの局面では、方法は、アグレッシブおよび／または予後不良B細胞非ホジキンリンパ腫（NHL）、例えば標準療法から再発したもしくはそれに不応性（R/R）であり、かつ／または予後不良を有するNHLの形態を有する対象を処置する。
いくつかの態様では、対象は、B細胞悪性腫瘍、例えばB細胞リンパ腫および／または非ホジキンリンパ腫（NHL）を有する。いくつかの態様では、対象は、B細胞悪性腫瘍、例えば大細胞型B細胞性リンパ腫、例えば再発／不応性（R/R）大細胞型B細胞性リンパ腫を有する。いくつかの態様では、対象は、大細胞型B細胞性リンパ腫、例えばびまん性大細胞型B細胞性リンパ腫（DLBCL）（例えば、DLBCL非特定型（NOS；デノボもしくはインドレントからの転化）または他のDLBCL）を有する。いくつかの態様では、対象は、縦隔原発B細胞性リンパ腫（PMBCL）または濾胞性リンパ腫、例えば濾胞性リンパ腫グレード3B（FL3B）を有する。いくつかの局面では、B細胞リンパ腫は、びまん性大細胞型B細胞性リンパ腫（DLBCL）、濾胞性リンパ腫またはPBMCLであるかまたはそれを含む。いくつかの局面では、対象は、DLBCL、非特定型（NOS）であるDLBCLを有する。いくつかの態様では、リンパ腫、例えばDLBCLはデノボである。いくつかの態様では、リンパ腫、例えばDLBCLは、別のインドレントリンパ腫からの転化である。いくつかの態様では、リンパ腫、例えばDLBCLは、濾胞性リンパ腫（tFL）からの転化である。
いくつかの態様では、方法は、0～1または0～2の米国東海岸癌臨床試験グループパフォーマンスステータス（ECOG）を有する対象を処置することを伴う。いくつかの態様では、対象は、0～2の米国東海岸癌臨床試験グループ（ECOG）スコアを有する。いくつかの態様では、対象は、2のECOGスコアに基づき排除されない。いくつかの態様では、方法は、1つもしくは複数の、例えば2もしくは3つの染色体転座を有する対象（例えば、通常はt（14;18）（q32;q21）bcl-2遺伝子もしくは／およびBCL6/3q27染色体転座と組み合わせてMYC/8q24座位の転座を有するいわゆる「ダブルヒット」もしくは「トリプルヒット」リンパ腫；例えば、Xu et al. (2013) Int J Clin Exp Pathol. 6(4): 788-794）を参照されたい）、および／または自家幹細胞移植（ASCT）の施与に続いて再発した、例えば12ヶ月以内に再発した対象、および／または化学療法不応性をみなされた対象などの、療法または特定の参照療法に対して一般的に応答不良のDLBCL患者またはその対象の予後不良集団を処置する。
いくつかの態様では、対象は、療法、例えば組換え受容体を発現している細胞の投与前に、疾患または状態、例えば大細胞型B細胞性リンパ腫またはNHLを標的とする療法または治療剤で以前に処置されていた。いくつかの態様では、対象は、造血幹細胞移植（HSCT）、例えば同種HSCTまたは自家HSCTにより以前に処置されていた。いくつかの態様では、対象は、標準療法による処置後に予後不良であった、および／または1つもしくは複数の種類の以前の療法が不成功であった。いくつかの態様では、対象は、疾患または障害、例えば大細胞型B細胞性リンパ腫またはNHLを処置するためのリンパ球枯渇療法および／または該療法、例えば抗原受容体を発現している細胞の用量以外に、少なくとも1、2、3、もしくは4つ、または少なくとも約1、2、3、もしくは4つ、または約1、2、3、もしくは4つの他の療法で処置されていたまたは以前にそれを受けていた。いくつかの態様では、対象は、アントラサイクリン、CD20標的化剤、および／またはイブルチニブを含む療法により処置されているまたは以前に該療法を受けていた。
いくつかの態様では、対象は、化学療法または放射線療法により以前に処置されていた。いくつかの局面では、対象は、他の療法または治療剤に不応性または非応答性である。いくつかの態様では、対象は、例えば、化学療法または放射線照射を含む別の療法または治療的介入による処置に続いて、持続性または再発疾患を有する。
いくつかの態様では、対象は、移植に適格な、例えば造血幹細胞移植（HSCT）、例えば同種HSCTに適格な対象である。いくつかのそのような態様では、対象は、本明細書に提供される対象への、療法、例えば操作細胞（例えばCAR-T細胞）を含有する細胞療法または該細胞を含有する組成物の投与前に、適格であるにもかかわらず、以前に移植片を受けていなかった。いくつかのそのような態様では、対象は、以前に同種幹細胞移植（SCT）を受けていた。いくつかのそのような態様では、対象は、以前に同種幹細胞移植（SCT）を受けていなかった。いくつかの態様では、対象は、以前の同種幹細胞移植（SCT）に基づき除外されない。
いくつかの態様では、対象は、移植に不適格な対象であり、例えば造血幹細胞移植（HSCT）、例えば同種HSCTに不適格な対象である。
いくつかの態様では、対象は、中枢神経系（CNS）併発に関連するまたはそれを伴うリンパ腫を有する。いくつかの態様では、対象は、中枢神経系（CNS）併発に関連するまたはそれを伴うリンパ腫を有し、対象は、抗痙攣薬、例えばレベチラセタムで以前に処置されていた。いくつかの態様では、対象は、二次中枢神経系（CNS）併発に基づき除外されない。
いくつかの態様では、対象は、アフェレーシスについてリンパ球絶対カウント（ALC）の最低限を有する必要がない。
いくつかの態様では、方法は、高リスク大細胞型B細胞性リンパ腫または高リスクNHLを有すると選択または同定された対象への細胞の投与を含む。いくつかの態様では、対象は、例えばB細胞悪性腫瘍、例えば高リスクB細胞リンパ腫または高リスクNHLに関連する1つまたは複数の細胞遺伝的異常を示す。いくつかの態様では、対象は、アグレッシブNHL、びまん性大細胞型B細胞性リンパ腫（DLBCL）、縦隔原発大細胞型B細胞性リンパ腫（PMBCL）、T細胞／組織球豊富型大細胞型B細胞性リンパ腫（TCHRBCL）、バーキットリンパ腫（BL）、マントル細胞リンパ腫（MCL）、および／または濾胞性リンパ腫（FL）と特徴付けられたまたはそれと決定された疾患または状態を有することに基づき選択または同定される。特定の態様では、本明細書に提供される方法を使用して処置されるべき対象は、アグレッシブ大細胞型B細胞性リンパ腫またはアグレッシブNHLを有する、特にびまん性大細胞型B細胞性リンパ腫（DLBCL）非特定型（NOS；デノボまたはインドレントからの転化）、縦隔原発B細胞性リンパ腫（PMBCL）または濾胞性リンパ腫グレード3B（FL3B）を有する対象を含む。特定の態様では、本明細書に提供される方法を使用して処置されるべき対象は、濾胞性リンパ腫（FL）から転化したDLBCLまたは別のインドレントリンパ腫を有する対象を含む。いくつかの態様では、対象は、辺縁帯リンパ腫（MZL）または慢性リンパ性白血病（CLL）から転化した（例えば、リヒターの）DLBCLを有する。いくつかの態様では、CLLからの転化を有する対象は、CLLのアグレッシブリンパ腫、もっとも一般的にびまん性大細胞型B細胞性リンパ腫（DLBCL）への転化として定義されるリヒター症候群（RS）を示すことができる（例えば、Parikh et al. Blood 2014 123:1647-1657を参照されたい）。いくつかの態様では、対象はマントル細胞リンパ腫（MCL）を有する。いくつかの態様では、対象は、≧1種類の以前の治療後に不成功であった（再発／不応性、R/R）マントル細胞リンパ腫（MCL）を有する。いくつかの態様では、対象は、R/R疾患を有するサイクリンD1発現MCLと確定されていた。
いくつかの態様では、対象は、パフォーマンスステータス不良を有する。いくつかの局面では、処置されるべき集団は、0～2のどれかである米国東海岸癌臨床試験グループパフォーマンスステータス（ECOG）を有する対象を含む。態様のいずれかの他の局面では、処置されるべき対象は、0～1のECOGを含んでいた、またはECOG 2の対象を含まない。態様のいずれかのいくつかの局面では、処置されるべき対象は、2つまたはそれ以上の以前の療法が不成功であった。いくつかの態様では、対象は、辺縁帯リンパ腫（MZL）または慢性リンパ性白血病（CLL）から転化した（例えばリヒターの）DLBCLを有しない。いくつかの態様では、対象は、全生存率不良と相関する特徴を有する。いくつかの態様では、対象は、完全奏効（CR）を決して達成しなかった、自家幹細胞移植（ASCT）を決して受けなかった、1つもしくはそれ以上の2次療法に不応性である、原発性不応性疾患を有する、および／またはECOGパフォーマンススコア2もしくはECOGスコア0～1を有する。
いくつかの態様では、処置されるべき対象は、デノボまたはインドレントリンパ腫から転化した（非特定型、NOS）びまん性大細胞型B細胞性リンパ腫（DLBCL）、縦隔原発大細胞型b細胞性リンパ腫（PMBCL）、および2種類の治療の不成功後の濾胞性リンパ腫グレード3B（FL3B）、ならびにECOGスコア0～2を有する対象の群を含み、対象は、任意で、同種幹細胞移植（SCT）により以前に処置されていた場合がある。いくつかの態様では、処置されるべき対象は、デノボまたはインドレントリンパ腫から転化した（非特定型、NOS）びまん性大細胞型B細胞性リンパ腫（DLBCL）、縦隔原発大細胞型b細胞性リンパ腫（PMBCL）、および2種類の治療の不成功後の濾胞性リンパ腫グレード3b（FL3B）、ならびにECOGスコア0～2を有する対象の群を含む。いくつかの態様では、対象は、任意で同種幹細胞移植（SCT）により以前に処置されていた場合がある。いくつかの態様では、対象が、パフォーマンスステータス不良（例えばECOG 2）および／または辺縁帯リンパ腫（MZL）もしくは慢性リンパ性白血病（CLL、リヒター）から転化したDLBCLを有する場合に、対象は、処置のために選択されない、または処置から除外される。したがって、いくつかの態様では、対象が、びまん性大細胞型B細胞性リンパ腫（DLBCL）、デノボまたはインドレントリンパ腫から転化した（NOS）びまん性大細胞型B細胞性リンパ腫、縦隔原発大細胞型b細胞性リンパ腫（PMBCL）、および2種類の治療の不成功後の濾胞性リンパ腫グレード3b（FL3B）、ならびにECOGスコア0または1を有する場合に、対象は処置のために選択され、対象は、任意で同種幹細胞移植（SCT）により以前に処置されていた場合があるが、辺縁帯リンパ腫（MZL）または慢性リンパ性白血病（CLL、リヒター）から転化したDLBCLを有しない。
いくつかの態様では、がんは、1つまたは複数の生存促進性BCL2ファミリータンパク質の過剰発現または異常発現によって特徴付けられる。いくつかの態様では、がんは、BCL2の過剰発現または異常発現によって特徴付けられる。場合によっては、BCL2の過剰発現は、（14;18）（q32;q21）転座によって起こる場合がある。場合によっては、BCL2の過剰発現は、BCL2タンパク質をコードする遺伝子の増幅によって起こる場合がある。いくつかの態様では、がんは、BCLXL、MCL1、および／またはBFL1の過剰発現または異常発現によって特徴付けられる。いくつかの態様では、がんは、生存促進性BCL2ファミリータンパク質をコードする1つまたは複数の遺伝子における変異によって特徴付けられる。いくつかの態様では、がんは、BCL2タンパク質をコードする遺伝子内の変異によって特徴付けられる。場合によっては、変異は（14;18）（q32;q21）転座である。いくつかの態様では、がんは、免疫療法または細胞療法による処置に抵抗性である。いくつかの態様では、がんは、細胞療法、例えばCAR発現T細胞療法による処置に抵抗性である。いくつかの態様では、がんは、CD19標的化CAR T細胞療法による処置に抵抗性である。いくつかの態様では、阻害剤は、がんを免疫療法または細胞療法による処置に感受性にする。いくつかの態様では、阻害剤は、がんを細胞療法、例えばCAR発現T細胞療法による処置に感受性にする。いくつかの態様では、阻害剤は、がんをCD19標的化CAR T細胞療法による処置に感受性にする。
いくつかの態様では、がんまたは増殖性疾患は非血液がんである。いくつかの態様では、がんは固形がんまたは腫瘍である。いくつかの態様では、がんは膀胱がんである。いくつかの態様では、がんは脳がんである。いくつかの態様では、がんは乳がんである。いくつかの態様では、がんは子宮頸がんである、いくつかの態様では、がんは結腸直腸がんである。いくつかの態様では、がんは子宮内膜がんである。いくつかの態様では、がんは頭部および／または頸部のがんである。いくつかの態様では、がんは肺がんである。いくつかの態様では、がんは卵巣がんである。いくつかの態様では、がんは膵がんである。いくつかの態様では、がんは腎がんである。いくつかの態様では、がんは皮膚がんである。
いくつかの態様では、本明細書に提供される併用療法は、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤、例えばBCL2阻害剤、例えばベネトクラクスで以前に処置されていたが、T細胞療法（例えばCAR+ T細胞）またはT細胞エンゲージング療法の投与の非存在下であった対象で行われる。場合によっては、そのような以前の処置の後、対象は、そのような以前の処置に不応性であり、かつ／もしくはそれに対する抵抗性を発生する、寛解に続いて再発した、そのような以前の処置を受けた後少なくとも6ヶ月間CRを達成しなかった、ならびに／またはアグレッシブ疾患および／もしくはがんの高リスク特徴を示す。したがって、提供される併用療法を、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤、例えばBCL2阻害剤、例えばベネトクラクスの投与を以前に受けた対象において行うことができると理解されている。本開示における阻害剤の投与のタイミングへの参照は、提供される併用療法の方法による免疫療法または免疫療法剤、例えばT細胞療法（例えばCAR+ T細胞）またはT細胞エンゲージング療法と比べたその投与のタイミングを指し、対象が、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤、例えばBCL2阻害剤、例えばベネトクラクスを追加的に以前に投与されていた可能性を排除しない。
疾患の予防または治療のために、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤および／または免疫療法、例えばT細胞療法（例えばCAR発現T細胞）またはT細胞エンゲージング療法の適切な投薬量は、処置されるべき疾患の種類、特定の阻害剤、細胞および／または細胞上に発現される組換え受容体、疾患の重症度および経過、投与経路、阻害剤および／または免疫療法、例えばT細胞療法が、予防目的それとも治療目的で投与されるか、以前の療法、投与頻度、対象の臨床歴および細胞に対する応答、ならびに担当医師の判断に依存し得る。組成物および細胞は、いくつかの態様では、対象に1回でまたは一連の処置にわたり適切に投与される。提供される併用療法のための例示的な投薬レジメンおよびスケジュールが記載される。
いくつかの態様では、免疫療法、例えばT細胞療法と、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤とは、さらなる併用処置の部分として投与され、さらなる併用処置は、別の治療的介入と同時または任意の順序で順次に投与することができる。いくつかの状況では、免疫療法、例えば操作T細胞、例えばCAR発現T細胞は、別の療法と十分に近い時間で共投与され、その結果、免疫療法は、1つもしくは複数の追加的な治療剤の効果を増強する、またはその逆である。いくつかの態様では、細胞は、1つまたは複数の追加的な治療剤の前に投与される。いくつかの態様では、免疫療法、例えば操作T細胞、例えばCAR発現T細胞は、1つまたは複数の追加的な治療剤の後に投与される。いくつかの態様では、併用療法の方法は、リンパ球枯渇療法、例えば化学療法剤の投与をさらに含む。いくつかの態様では、併用療法は、別の治療剤、例えば抗がん剤、チェックポイント阻害剤、または別の免疫モジュレート剤を投与することをさらに含む。使用は、そのような方法および処置における併用療法の使用、ならびにそのような併用療法の方法を行うための医薬の調製におけるそのような組成物の使用を含む。いくつかの態様では、方法および使用は、それにより対象における疾患または状態または障害、例えばがんまたは増殖性疾患を処置する。
いくつかの態様では、免疫療法、例えばT細胞療法と、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤とは、いかなる他の併用処置もなしに投与される。いくつかの態様では、免疫療法、例えばT細胞療法と、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤とは、いかなる他の併用処置、例えばイブルチニブおよび／またはリツキシマブもなしに投与される。
免疫療法（例えばT細胞療法、例えばCAR-T細胞療法）および／または生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤の投与の前、その間、またはそれに続いて、免疫療法の生物学的活性、例えば操作細胞集団の生物学的活性が、いくつかの態様で例えばいくつかの公知の方法のいずれかによって測定される。評価すべきパラメーターは、操作細胞が標的細胞を破壊する能力、残留およびT細胞活性の他の尺度を含み、例えば、当技術分野において公知の任意の適切な方法、例えば下のセクションIIIにさらに下に記載されるアッセイを使用して測定されるものを含む。いくつかの態様では、細胞、例えば、T細胞ベース療法のために投与されるT細胞の生物学的活性は、例えば抗原により再刺激された場合の、細胞傷害性細胞死滅、1つまたは複数のサイトカインの発現および／または分泌、増殖または拡大増殖をアッセイすることによって測定される。いくつかの局面では、生物学的活性は、疾病負荷および／または臨床成績、例えば腫瘍負荷量または負荷の低減を評価することによって測定される。いくつかの局面では、生物学的活性は、対象における好中球減少の存在を評価することによって測定される。いくつかの態様では、併用療法の一方もしくは両方の作用物質の投与および／または該療法の任意の反復投与を、併用療法の一方または両方の作用物質の投与の前、その間、その経過中またはその後のアッセイの結果に基づき決定することができる。
いくつかの態様では、細胞療法と組み合わせた阻害剤の併用効果は、阻害剤のみまたは細胞療法による単独療法を伴う処置と比較して相乗的であることができる。いくつかの態様では、治療有効量未満の阻害剤を細胞療法と組み合わせた併用効果は、阻害剤のみまたは細胞療法による単独療法を伴う処置と比較して相乗的であることができる。いくつかの態様では、治療有効量未満の阻害剤を治療有効量未満の細胞療法と組み合わせた併用効果は、阻害剤のみまたは細胞療法による単独療法を伴う処置と比較して相乗的であることができる。例えば、いくつかの態様では、本明細書において提供される方法、組成物および製造品は、所望の治療効果における増加または改善、例えばがんに関連する1つまたは複数の症状の低減または阻害における増加または改善をもたらす。
いくつかの態様では、阻害剤は、操作T細胞、例えばCAR T細胞の拡大増殖、増殖、または細胞傷害を増加させる。いくつかの態様では、拡大増殖、増殖、または細胞傷害における増加は、対象への投与時にインビボで観察される。いくつかの態様では、操作T細胞、例えばCAR-T細胞の数の増加は、1.2倍、1.5倍、2.0倍、3.0倍、4.0倍、5.0倍、6.0倍、7.0倍、8.0倍、9.0倍、10.0倍もしくはそれ以上よりも大きく、または約1.2倍、1.5倍、2.0倍、3.0倍、4.0倍、5.0倍、6.0倍、7.0倍、8.0倍、9.0倍、10.0倍もしくはそれ以上よりも大きく増加される。いくつかの態様では、がん細胞に対する操作T細胞、例えばCAR-T細胞の細胞傷害における増加は、1.2倍、1.5倍、2.0倍、3.0倍、4.0倍、5.0倍、6.0倍、7.0倍、8.0倍、9.0倍、10.0倍もしくはそれ以上よりも大きく、または約1.2倍、1.5倍、2.0倍、3.0倍、4.0倍、5.0倍、6.0倍、7.0倍、8.0倍、9.0倍、10.0倍もしくはそれ以上よりも大きく増加される。
A. 生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤の投与
提供される併用療法の方法、組み合わせ、キット、および使用は、免疫療法または細胞療法の投与、例えば、キメラ抗原受容体（CAR）を発現するT細胞の投与前に、投与後に、投与中に、投与と同時に、もしくは投与とほぼ同時に、逐次および／もしくは断続的に投与することができる、ならびに／またはその投与をT細胞療法の投与前に開始し、そして、T細胞療法の投与を開始するまで継続するかもしくはT細胞療法の投与を開始した後に開始することができる、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤（例えば、ベネトクラクス）の投与を含む。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質は、生存を促進する能力および／またはアポトーシス促進性シグナル伝達を軽減する能力を有するBCL2ファミリータンパク質である。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質は、抗アポトーシス性のBCL2ファミリータンパク質である。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質は、がん細胞の生存を促進する能力を有するBCL2ファミリータンパク質である。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質は、がん細胞のアポトーシス促進性シグナルを減弱させる能力を有するBCL2ファミリータンパク質である。
いくつかの態様では、併用療法における阻害剤は、いくつかの場合において細胞の内在性アポトーシス経路を介する等して細胞における抗アポトーシス性（生存促進性）シグナル伝達の制御および施行に関与する、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤（例えば、ベネトクラクス）である。いくつかの場合では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質は、ミトコンドリアを介し、細胞の内在性アポトーシス経路を介した抗アポトーシス性（生存促進性）シグナル伝達を含む、アポトーシス性シグナル伝達に関与している。いくつかの場合では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質は、ミトコンドリアにおけるグランザイムおよび／またはパーフォリンが媒介するアポトーシスを介した抗アポトーシス性（生存促進性）シグナル伝達に関与している。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤（例えば、ベネトクラクス）は、BCL2、B細胞リンパ腫特大（BCLXL）、BCL2関連タンパク質A1（BFL1）、BCL2様タンパク質2（BCLW）、BCL2様タンパク質10（BCLB）、および誘導骨髄性白血病細胞分化タンパク質（MCL1）を含む、BCL2ファミリーの1つまたは複数の生存促進性タンパク質の阻害剤である。
いくつかの態様では、阻害剤（例えば、ベネトクラクス）は、BCL2ホモロジー（BH）ドメインと相互作用する。いくつかの態様では、阻害剤は、BH3の模倣物である。いくつかの態様では、阻害剤は、BH3結合ドメインを占有するBH3模倣物である。いくつかの態様では、阻害剤は、BH3結合ドメインを占有するおよび／またはアポトーシス促進性BH3-onlyタンパク質をBCL2から移動させるBH3模倣物である。いくつかの態様では、阻害剤は、BCL2とBH3ドメインを有するタンパク質との間の相互作用をブロックまたは低減する。いくつかの態様では、阻害剤は、BH3結合ドメインを占有して、BCL2またはBCLXL等の生存促進性BCL2ファミリータンパク質と、BAD、BAX、またはBAK等のアポトーシス促進性BCL2ファミリータンパク質とのヘテロ二量化をブロックまたは低減する。いくつかの態様では、阻害剤は、BCL2のリン酸化を低減またはブロックする。
いくつかの態様では、阻害剤（例えば、ベネトクラクス）は、生存促進性（抗アポトーシス性）シグナル伝達を低減する。いくつかの場合では、生存促進性シグナル伝達の低減により、細胞のアポトーシス閾値が低下する。いくつかの場合では、細胞の内在性のミトコンドリアが媒介するアポトーシス経路によってアポトーシスが達成される。いくつかの場合では、生存促進性シグナル伝達の低減および／またはアポトーシス閾値の低下は、細胞を細胞死に対して感受性にさせるおよび／または細胞死を増加させる。いくつかの場合では、生存促進性シグナル伝達の低減および／またはアポトーシス閾値の低下は、1つもしくは複数の他の作用物質による細胞死に対して細胞を感受性にさせるおよび／または1つもしくは複数の他の作用物質による細胞死を増加させる。いくつかの場合では、生存促進性シグナル伝達の低減および／またはアポトーシス閾値の低下は、BAXおよび／またはBAK依存性アポトーシスを誘導することによって達成される。いくつかの場合では、生存促進性シグナル伝達の低減および／またはアポトーシス閾値の低下により、免疫療法または細胞療法（例えば、CAR発現T細胞療法）等の細胞傷害性療法による細胞死に対して細胞を感受性にさせる。いくつかの場合では、生存促進性シグナル伝達の低減および／またはアポトーシス閾値の低下により、パーフォリンおよびグランザイムが媒介する経路を含む、CAR T細胞を標的とした細胞死経路に対して細胞が感受性にされる（Benmabarek et al. (2019) Intl. J. Mol. Sci.(20):1283)。
いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤（例えば、ベネトクラクス）は、選択的BCL2阻害剤である。いくつかの態様では、選択的BCL2阻害剤は、他の生存促進性BCL2ファミリータンパク質（例えば、BCLXL、BCLW、BCLB、MCL1）よりも大きくBCL2活性および／またはシグナル伝達を低減またはブロックする投薬レジメン（例えば、用量および／または期間）で提供することができる、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤等の化合物または作用物質である。いくつかの場合では、選択的BCL2阻害剤は、ある投薬レジメンで提供されたときにBCL2シグナル伝達および／または活性を低減またはブロックするが、同じ投薬レジメンで提供されたときに他の生存促進性BCL2ファミリータンパク質のシグナル伝達および／または活性は低減もブロックもしない。いくつかの場合では、選択的BCL2阻害剤は、ある投薬レジメンで提供されたときに、他の生存促進性BCL2ファミリータンパク質の活性および／またはシグナル伝達に対して最小限の効果しか発揮しないまたは全く効果を発揮しない。
いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤は、非選択的BCL2阻害剤である。いくつかの態様では、非選択的BCL2阻害剤は、1種より多い生存促進性BCL2ファミリータンパク質の活性を低減またはブロックする、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤等の化合物または作用物質である。いくつかの場合では、非選択的BCL2阻害剤は、ある投薬レジメン（例えば、用量および／または期間）で提供することができ、生存促進性BCL2ファミリータンパク質、例えばBCL2の活性および／またはシグナル伝達を低減またはブロックし、更に、1種または複数種の他の生存促進性BCL2ファミリータンパク質（例えば、BCLXL、BCLW、BCLB、MCL1）の活性および／またはシグナル伝達を低減またはブロックする、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤等の化合物または作用物質である。いくつかの場合では、非選択的BCL2阻害剤は、ある投薬レジメンで提供されたときに生存促進性BCL2ファミリータンパク質（例えば、BCL2）の活性および／またはシグナル伝達を低減またはブロックし、また、同じ投薬レジメンで提供されたときに1種または複数種の他の生存促進性BCL2ファミリータンパク質（例えば、BCLXL、BCLW、BCLB、MCL1）のシグナル伝達および／または活性も低減またはブロックする。
いくつかの態様では、阻害剤は、1000nM未満もしくは約1000nM未満、900nM未満もしくは約900nM未満、800nM未満もしくは約800nM未満、700nM未満もしくは約700nM未満、600nM未満もしくは約600nM未満、500nM未満もしくは約500nM未満、400nM未満もしくは約400nM未満、300nM未満もしくは約300nM未満、200nM未満もしくは約200nM未満、100nM未満もしくは約100nM未満、90nM未満もしくは約90nM未満、80nM未満もしくは約80nM未満、70nM未満もしくは約70nM未満、60nM未満もしくは約60nM未満、50nM未満もしくは約50nM未満、40nM未満もしくは約40nM未満、30nM未満もしくは約30nM未満、20nM未満もしくは約20nM未満、10nM未満もしくは約10nM未満、9nM未満もしくは約9nM未満、8nM未満もしくは約8nM未満、7nM未満もしくは約7nM未満、6nM未満もしくは約6nM未満、5nM未満もしくは約5nM未満、4nM未満もしくは約4nM未満、3nM未満もしくは約3nM未満、2nM未満もしくは約2nM未満、1nM未満もしくは約1nM未満、0.9nM未満もしくは約0.9nM未満、0.8nM未満もしくは約0.8nM未満、0.7nM未満もしくは約0.7nM未満、0.6nM未満もしくは約0.6nM未満、0.5nM未満もしくは約0.5nM未満、0.4nM未満もしくは約0.4nM未満、0.3nM未満もしくは約0.3nM未満、0.2nM未満もしくは約0.2nM未満、0.1nM未満もしくは約0.1nM未満、または0.01nM未満もしくは約0.01nM未満の最大半量阻害濃度(IC50)でBCL2を阻害する。いくつかの態様では、阻害剤は、1000nM未満もしくは約1000nM未満、900nM未満もしくは約900nM未満、800nM未満もしくは約800nM未満、700nM未満もしくは約700nM未満、600nM未満もしくは約600nM未満、500nM未満もしくは約500nM未満、400nM未満もしくは約400nM未満、300nM未満もしくは約300nM未満、200nM未満もしくは約200nM未満、100nM未満もしくは約100nM未満、90nM未満もしくは約90nM未満、80nM未満もしくは約80nM未満、70nM未満もしくは約70nM未満、60nM未満もしくは約60nM未満、50nM未満もしくは約50nM未満、40nM未満もしくは約40nM未満、30nM未満もしくは約30nM未満、20nM未満もしくは約20nM未満、10nM未満もしくは約10nM未満、9nM未満もしくは約9nM未満、8nM未満もしくは約8nM未満、7nM未満もしくは約7nM未満、6nM未満もしくは約6nM未満、5nM未満もしくは約5nM未満、4nM未満もしくは約4nM未満、3nM未満もしくは約3nM未満、2nM未満もしくは約2nM未満、1nM未満もしくは約1nM未満、0.9nM未満もしくは約0.9nM未満、0.8nM未満もしくは約0.8nM未満、0.7nM未満もしくは約0.7nM未満、0.6nM未満もしくは約0.6nM未満、0.5nM未満もしくは約0.5nM未満、0.4nM未満もしくは約0.4nM未満、0.3nM未満もしくは約0.3nM未満、0.2nM未満もしくは約0.2nM未満、0.1nM未満もしくは約0.1nM未満、または0.01nM未満もしくは約0.01nM未満の最大半量阻害濃度（IC50）でBCLXL、BCLW、BCLB、および／またはMCL1等の1種または複数種の他の生存促進性BCL2ファミリータンパク質を阻害する。
いくつかの態様では、BCL2に対する阻害剤の阻害定数（Ki）は、BCLXL、BCLW、BCLB、および／またはMCL1等の1種または複数種の他の生存促進性BCL2ファミリータンパク質に対する阻害剤の阻害定数（Ki）よりも低い。いくつかの態様では、BCL2に対する阻害剤の阻害定数（Ki）は、BCLXL、BCLW、BCLB、および／またはMCL1等の1種または複数種の他の生存促進性BCL2ファミリータンパク質に対する阻害剤の阻害定数（Ki）よりも少なくとも10倍低い、少なくとも100倍低い、少なくとも1,000倍低い、少なくとも5,000倍低い、少なくとも10,000倍低い、または少なくとも20,000倍低い。いくつかの態様では、BCL2に対する阻害剤の阻害定数（Ki）は、BCLXL、BCLW、BCLB、および／またはMCL1等の1種または複数種の他の生存促進性BCL2ファミリータンパク質に対する阻害剤の阻害定数（Ki）よりも少なくとも1,000倍低い。いくつかの態様では、BCL2に対する阻害剤の阻害定数（Ki）は、BCLXL、BCLW、BCLB、および／またはMCL1等の1種または複数種の他の生存促進性BCL2ファミリータンパク質に対する阻害剤の阻害定数（Ki）よりも少なくとも5,000倍低い。いくつかの態様では、BCL2に対する阻害剤の阻害定数（Ki）は、BCLXL、BCLW、BCLB、および／またはMCL1等の1種または複数種の他の生存促進性BCL2ファミリータンパク質に対する阻害剤の阻害定数（Ki）よりも少なくとも10,000倍低い。いくつかの態様では、BCL2に対する阻害剤の阻害定数（Ki）は、BCLXL、BCLW、BCLB、および／またはMCL1等の1種または複数種の他の生存促進性BCL2ファミリータンパク質に対する阻害剤の阻害定数（Ki）よりも少なくとも20,000倍低い。いくつかの態様では、BCL2に対する阻害剤の阻害定数（Ki）は、BCLXLに対する阻害剤の阻害定数（Ki）よりも少なくとも1,000倍低い。いくつかの態様では、BCL2に対する阻害剤の阻害定数（Ki）は、BCLXLに対する阻害剤の阻害定数（Ki）よりも少なくとも4,000倍低い。いくつかの態様では、BCL2に対する阻害剤の阻害定数（Ki）は、BCLWに対する阻害剤の阻害定数（Ki）よりも少なくとも20,000倍低い。
いくつかの態様では、BCL2に対する阻害剤の阻害定数（Ki）は、約10μM未満である。いくつかの態様では、BCL2に対する阻害剤の阻害定数（Ki）は、約1μM未満である。いくつかの態様では、BCL2に対する阻害剤の阻害定数（Ki）は、約0.1μM未満である。いくつかの態様では、BCL2に対する阻害剤の阻害定数（Ki）は、約10nM未満である。いくつかの態様では、BCL2に対する阻害剤の阻害定数（Ki）は、約1.0μM未満である。いくつかの態様では、BCL2に対する阻害剤の阻害定数（Ki）は、約0.1nM未満である。いくつかの態様では、BCL2に対する阻害剤の阻害定数（Ki）は、約0.01nM未満である。いくつかの態様では、BCLXL、BCLW、BCLB、および／またはMCL1等の1種または複数種の他の生存促進性BCL2ファミリータンパク質に対する阻害剤の阻害定数（Ki）は、約10μM未満である。いくつかの態様では、BCLXL、BCLW、BCLB、および／またはMCL1等の1種または複数種の他の生存促進性BCL2ファミリータンパク質に対する阻害剤の阻害定数（Ki）は、約1μM未満である。いくつかの態様では、BCLXL、BCLW、BCLB、および／またはMCL1等の1種または複数種の他の生存促進性BCL2ファミリータンパク質に対する阻害剤の阻害定数（Ki）は、約0.1μM未満である。いくつかの態様では、BCLXL、BCLW、BCLB、および／またはMCL1等の1種または複数種の他の生存促進性BCL2ファミリータンパク質に対する阻害剤の阻害定数（Ki）は、約10nM未満である。いくつかの態様では、BCLXL、BCLW、BCLB、および／またはMCL1等の1種または複数種の他の生存促進性BCL2ファミリータンパク質に対する阻害剤の阻害定数（Ki）は、約1.0nM未満である。いくつかの態様では、BCLXL、BCLW、BCLB、および／またはMCL1等の1種または複数種の他の生存促進性BCL2ファミリータンパク質に対する阻害剤の阻害定数（Ki）は、約0.1nM未満である。いくつかの態様では、BCLXL、BCLW、BCLB、および／またはMCL1等の1種または複数種の他の生存促進性BCL2ファミリータンパク質に対する阻害剤の阻害定数（Ki）は、約0.01nM未満である。
いくつかの態様では、IC50、Kd、および／またはKiは、インビトロアッセイを用いて測定されるまたは求められる。記載されているプロテインチロシンキナーゼ阻害剤の活性を評価または定量または測定するためのアッセイは、当技術分野において公知である。このようなアッセイは、インビトロで行うことができ、そして、特定の生物学的または生化学的な機能を阻害する作用物質の能力を評価するためのアッセイを含む。いくつかの態様では。いくつかの態様では、キナーゼ活性試験を実施してよい。プロテインチロシンキナーゼは、アデノシン三リン酸（ATP）の末端リン酸基の、キナーゼ自身または別のタンパク質基質のチロシン残基の水酸基への転移を触媒する。いくつかの態様では、ATPの存在下でキナーゼを基質（例えば、阻害剤）と共にインキュベートすることによって、キナーゼ活性を測定することができる。いくつかの態様では、比色、放射活性、および蛍光の検出を含むいくつかのレポーター系によって、特定のキナーゼによりリン酸化された基質の測定を評価することができる。（Johnson, S.A. & T. Hunter (2005) Nat. Methods 2:17.）いくつかの態様では、競合リガンド結合アッセイを使用すること等によって、阻害剤を特定のキナーゼに対する親和性について評価することができる（Ma et al., Expert Opin Drug Discov.2008 Jun; 3(6):607-621）これらアッセイから、最大半量阻害濃度（IC50）を算出することができる。IC50とは、生物学的または生化学的な反応または機能をその最大値の50％まで低減する濃度である。キナーゼ活性試験等のいくつかの場合では、IC50は、標的キナーゼ活性を50％阻害するのに必要な化合物の濃度である。いくつかの場合では、追加でまたは代わりに解離定数（Kd）および／または阻害定数（Ki値）を求めてもよい。IC50およびKdは、当技術分野において公知の任意の数の手段によって算出することができる。阻害定数（Ki値）は、Cheng-Prusoffの式：Ki=IC50/(1+L/Kd)（式中、Lは、阻害剤の濃度である）（Biochem Pharmacol 22: 3099-3108, 1973）に従ってIC50値およびKd値から算出することができる。Kiは、リガンドまたは他の競合物質の非存在下で存在する結合部位の50％を占有するであろう非標識阻害剤の濃度である。
いくつかの態様では、阻害剤は、低分子である。
いくつかの態様では、阻害剤は、それぞれその全体が参照により組み入れられる米国特許第9,174,982号、米国特許第8,546,399号、米国特許第7,030,115号、米国特許第7,390,799号、米国特許第7,709,467号、米国特許第8,624,027号、米国特許第7,906,505号、米国特許第6,720,338号、国際公開公報第13/096060号、国際公開公報第02/097053号、米国特許出願公開第2016/0220573号、米国特許第7,354,928号、米国特許出願公開第2015/0056186号、および国際公開公報第05/049594号に記載されているものを含むがそれに限定されるわけではない生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤である。
いくつかの態様では、マリトクラクス等の阻害剤は、MCL1を阻害する。いくつかの態様では、ナビトクラクス等の阻害剤は、BCL2、BCLXL、およびBCLWを阻害する。いくつかの態様では、ベネトクラクス等の阻害剤は、BCL2を阻害する。
いくつかの態様では、阻害剤は、BCL2、BCLXL、BCLW、BCLB、BFL1、および／またはMCL1の活性を阻害または低減する。いくつかの場合では、マリトクラクス等の阻害剤は、MCL1の活性を阻害または低減する。いくつかの場合では、阻害剤は、MCL1のプロテアソーム分解を誘導する。いくつかの場合では、阻害剤は、MCL1の蓄積を誘導する。いくつかの場合では、阻害剤は、マリトクラクスである。いくつかの場合では、阻害剤は、構造
Figure 2022537700000002
またはその薬学的に許容される塩、溶媒和物、水和物、立体異性体、互変異性体、もしくはラセミ体混合物を有し、そして、これらの組成物を含む。
いくつかの態様では、ナビトクラクス等の阻害剤は、BCL2、BCLXL、およびBCLWの活性を阻害または低減する。いくつかの場合では、阻害剤は、ナビトクラクスである。いくつかの場合では、阻害剤は、がんを有する対象を処置するための、構造
Figure 2022537700000003
またはその薬学的に許容される塩、溶媒和物、水和物、立体異性体、互変異性体、もしくはラセミ体混合物を有し、そして、これらの組成物を含む。
いくつかの態様では、ベネトクラクス等の阻害剤は、BCL2の活性を阻害または低減する。いくつかの場合では、阻害剤は、ベネトクラクスである。いくつかの場合では、阻害剤は、構造
Figure 2022537700000004
またはその薬学的に許容される塩、溶媒和物、水和物、立体異性体、互変異性体、もしくはラセミ体混合物を有し、そして、これらの組成物を含む。
例示的な生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤は、ベネトクラクス（ABT-199）、ナビトクラクス（ABT-263）、ABT-737、AT-101/GDC-0199（ゴシポール）、アポゴシポール、TW-37、G3139（ゲナセンス）、GX15-070（オバトクラクス）、サブトクラクス、HA14-1、アンチマイシンA、BH3I-1、YC137、マリトクラクス（マリノピロールA）、クリトシン、UMI-77、WEHI-539、および544563等を含むが、それに限定されるわけでない。
1. 組成物および製剤
本明細書で提供される併用療法の方法、組み合わせ、キット、および使用のいくつかの態様では、併用療法は、1つまたは複数の組成物、例えば、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤、例えばBCL2阻害剤を含有する薬学的組成物、および／または細胞傷害性療法、例えばT細胞療法で投与することができる。
いくつかの態様では、組成物、例えば、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクス等のBCL2阻害剤を含有する薬学的組成物は、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクス等のBCL2阻害剤、および／または細胞と共に投与される、希釈剤、アジュバント、賦形剤、またはビヒクル等の担体を含んでいてよい。好適な薬学的担体の例は、E. W. Martinによる「Remington's Pharmaceutical Sciences」に記載されている。このような組成物は、患者に適切に投与するための形態を提供するために、好適な量の担体と共に、一般的に純粋な形態の生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクス等のBCL2阻害剤を治療的有効量含有する。このような薬学的担体は、滅菌液体、例えば、水、および石油、動物、植物、または合成の起源のものを含む油、例えば、ピーナッツ油、ダイズ油、鉱油、およびゴマ油等であってよい。生理食塩水、ならびにデキストロースおよびグリセロールの水溶液を、特に注射液のための液体担体として使用することもできる。薬学的組成物は、希釈剤、アジュバント、付着防止剤、結合剤、コーティング、充填剤、着香剤、着色剤、滑沢剤、流動促進剤、保存剤、洗剤、吸着剤、乳化剤、薬学的賦形剤、pH緩衝剤、または甘味剤、およびこれらの組み合わせのいずれか1つまたは複数を含有することができる。いくつかの態様では、薬学的組成物は、液体、固体、凍結乾燥した粉末、ゲル形態、および／またはこれらの組み合わせであってよい。いくつかの局面では、担体の選択は、具体的な阻害剤および／または投与方法によって部分的に決定される。
薬学的に許容される担体は、一般的に、使用される投薬量および濃度でレシピエントにとって無毒であり、そして、リン酸塩、クエン酸塩、および他の有機酸等の緩衝剤；アスコルビン酸およびメチオニンを含む抗酸化剤；保存剤（例えば、オクタデシルジメチルベンジルアンモニウムクロリド；ヘキサメトニウムクロリド；塩化ベンザルコニウム；塩化ベンゼトニウム；フェノール、ブチルまたはベンジルアルコール；メチルまたはプロピルパラベン等のアルキルパラベン；カテコール；レゾルシノール；シクロヘキサノール；3－ペンタノール；およびm－クレゾール）；低分子量（約10残基未満）のポリペプチド；血清アルブミン、ゼラチン、もしくはイムノグロブリン等のタンパク質；ポリビニルピロリドン等の親水性ポリマー；グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニン、もしくはリシン等のアミノ酸；グルコース、マンノース、もしくはデキストリンを含む、単糖類、二糖類、および他の炭水化物；EDTA等のキレート剤；スクロース、マンニトール、トレハロース、もしくはソルビトール等の糖類；ナトリウム等の塩形成対イオン；金属錯体（例えば、Zn-タンパク質錯体）；ならびに／またはポリエチレングリコール（PEG））等の非イオン性界面活性剤、安定剤、および／もしくは保存剤を含むが、それに限定されるわけではない。生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクス等のBCL2阻害剤を含有する組成物は、凍結乾燥してもよい。
いくつかの態様では、薬学的組成物は、筋肉内、静脈内、皮内、病巣内、腹腔内への注射、皮下、腫瘍内、硬膜外、鼻腔内、口腔内、膣内、直腸内、局所、局部、耳内、吸入、頬側（例えば舌下）、および経皮への投与、または任意の経路を含む、当業者に公知の任意の経路による投与のために製剤化することができる。いくつかの態様では、他の投与モードも企図される。いくつかの態様では、投与は、ボーラス注入、注射、例えば、静脈内または皮下への注射、眼内注射、眼窩周囲注射、網膜下注射、硝子体内注射、経中隔注射、強膜下注射、脈絡膜内注射、前房内注射、結膜下（subconjectval）注射、結膜下注射、テノン嚢下注射、眼球後注射、眼球周囲注射、または後強膜近傍送達によるものである。いくつかの態様では、投与は、非経口、肺内、および鼻腔内、そして局部的な処置が望ましい場合は病巣内投与によって行われる。非経口注入は、筋肉内、静脈内、動脈内、腹腔内、または皮下への投与を含む。
いくつかの態様では、組成物は、他の生物学的活性作用物質と共に逐次、断続的に、または同じ組成物で投与してもよい。いくつかの態様では、投与には、徐放製剤を含む徐放系、および例えばポンプを用いる等のデバイス徐放も含まれ得る。いくつかの態様では、投与は経口である。
いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクス等のBCL2阻害剤は、典型的には、単位剤形または複数剤形で製剤化され、そして、投与される。各単位用量は、所望の処置効果をもたらすのに十分な所定の量の処置的に活性のある生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスを、必要な薬学的担体、ビヒクル、または希釈剤と共に含有する。いくつかの態様では、単位剤形は、好適な量の生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスを含有する、錠剤、カプセル剤、丸剤、粉剤、顆粒剤、滅菌非経口の溶液または懸濁液、および経口の溶液または懸濁液、ならびに油水エマルションを含むがそれに限定されるわけではない。単位剤形は、アンプルおよびシリンジ、または個別に包装された錠剤またはカプセル剤に収容されていてよい。単位用量は、それを分割してまたは複数投与してもよい。いくつかの態様では、複数剤形は、分離された単位用量形態で投与される単一の容器に包装された複数の同一の単位剤形である。複数剤形の例は、バイアル、錠剤もしくはカプセル剤の瓶、またはパイントもしくはガロンの瓶を含む。
2. 投薬
いくつかの態様では、提供される併用療法の方法は、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクス等のBCL2阻害剤と、免疫療法または細胞療法（例えば、CAR発現T細胞）等の細胞傷害性療法と、対象に投与することを含む。
いくつかの態様では、提供される併用療法の方法は、T細胞療法（例えば、CAR発現T細胞）等の細胞傷害性療法の開始の前に、後に、間に、経過中に、同時に、ほぼ同時に、逐次、一斉に、および／または断続的に、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクス等のBCL2阻害剤の投与を開始することを含む。いくつかの態様では、提供される態様は、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクス等のBCL2阻害剤の投与を療法の投与前に開始し、そして、療法の投与開始まで継続するか、または療法の投与開始後に開始することを含む。いくつかの態様では、「一斉に」とは、併用療法における阻害剤の投与および細胞傷害性療法の投与が互いに重複していること、阻害剤の少なくとも1回の投薬が細胞傷害性療法の1回の投薬と重複していること、ならびに／または阻害剤の投与開始が細胞傷害性療法の投与開始と同時期（例えば、同日および／または同時）であること、ならびに／または阻害剤の投与および細胞傷害性療法の開始が阻害剤の約3～約4半減期（例えば、2～5日）以内であることを示す。いくつかの態様では、「一斉に」とは、細胞傷害性療法が対象に投与されたが、未だピーク拡大には達していないのと同時期に、阻害剤が定常状態濃度（Css）で対象中に存在するような投与レジメンを指す。
いくつかの態様では、提供される併用療法の方法は、T細胞療法（例えば、CAR発現T細胞）等の細胞傷害性療法の開始の約7日前から約14日後の時期に、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクス等のBCL2阻害剤の投与を開始することを含む。いくつかの態様では、提供される併用療法の方法は、T細胞療法（例えば、CAR発現T細胞）等の細胞傷害性療法の開始の約3日前から約14日後の時期に、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクス等のBCL2阻害剤の投与を開始することを含む。いくつかの態様では、提供される併用療法の方法は、T細胞療法（例えば、CAR発現T細胞）等の細胞傷害性療法の開始の約1日前から約14日後の時期に、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクス等のBCL2阻害剤の投与を開始することを含む。
いくつかの態様では、提供される併用療法の方法は、T細胞療法（例えば、CAR発現T細胞）等の細胞傷害性療法の開始の約1日前から約8日後の時期に、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクス等のBCL2阻害剤の投与を開始することを含む。
いくつかの態様では、提供される併用療法の方法は、T細胞療法（例えば、CAR発現T細胞）等の細胞傷害性療法の開始と一斉（例えば、同日および／または同時）に、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクス等のBCL2阻害剤の投与を開始することを含む。
いくつかの態様では、提供される併用療法の方法は、T細胞療法（例えば、CAR発現T細胞）等の細胞傷害性療法の投与開始後14日以下以内に、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクス等のBCL2阻害剤の投与を開始することを含む。
いくつかの態様では、提供される併用療法の方法は、T細胞療法（例えば、CAR発現T細胞）等の細胞傷害性療法の投与開始後約7日以内に、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクス等のBCL2阻害剤の投与を開始することを含む。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスは、細胞傷害性療法（例えば、CAR-T細胞療法等のT細胞療法）の投与期間の前に、間に、経過中に、および／または後に、一定間隔で複数用量で投与される。
いくつかの態様では、方法は、細胞傷害性療法の投与前に、任意で療法の投与開始前7日以内、任意で療法の投与開始前3日以内、任意で療法の投与開始前1日以内に、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクス等のBCL2阻害剤の投与を開始することを含む。
いくつかの態様では、方法は、細胞傷害性療法（例えばCAR T細胞療法）の投与後に、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスの投与を開始することを含む。いくつかの態様では、方法は、細胞傷害性療法（例えば、CAR T細胞療法）の投与後、任意で細胞傷害性療法の投与開始後14日以内、任意で細胞傷害性療法の投与開始後11日以内、任意で細胞傷害性療法の投与開始後7日以内、任意で細胞傷害性療法の投与開始後3日以内、任意で細胞傷害性療法の投与開始後1日以内に、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスの投与を開始することを含む。
いくつかの態様では、方法は、細胞傷害性療法（例えばCAR T細胞療法）の投与開始後14日以内の細胞傷害性療法の投与後に、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスの投与を開始することを含む。いくつかの態様では、方法は、細胞傷害性療法（例えばCAR T細胞療法）の投与開始後11日以内の細胞傷害性療法の投与後に、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスの投与を開始することを含む。いくつかの態様では、方法は、細胞傷害性療法（例えばCAR T細胞療法）の投与開始後7日以内の細胞傷害性療法の投与後に、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスの投与を開始することを含む。いくつかの態様では、方法は、細胞傷害性療法（例えばCAR T細胞療法）の投与開始後3日以内の細胞傷害性療法の投与後に、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスの投与を開始することを含む。いくつかの態様では、方法は、細胞傷害性療法（例えばCAR T細胞療法）の投与開始後2日以内の細胞傷害性療法の投与後に、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスの投与を開始することを含む。いくつかの態様では、方法は、細胞傷害性療法（例えばCAR T細胞療法）の投与開始後1日以内の細胞傷害性療法の投与後に、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスの投与を開始することを含む。
いくつかの局面では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクス等のBCL2阻害剤の投与の開始は、細胞傷害性療法（例えばCAR T細胞療法）の投与の約1日～約7日後である。いくつかの局面では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクス等のBCL2阻害剤の投与の開始は、細胞傷害性療法（例えばCAR T細胞療法）の投与の約7日後である。いくつかの局面では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクス等のBCL2阻害剤の投与の開始は、細胞傷害性療法（例えばCAR T細胞療法）の投与後7日以内である。いくつかの局面では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクス等のBCL2阻害剤の投与の開始は、細胞傷害性療法（例えばCAR T細胞療法）の投与の1日後または約1日後である。いくつかの局面では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクス等のBCL2阻害剤の投与の開始は、細胞傷害性療法（例えばCAR T細胞療法）の投与の2日後または約2日後である。いくつかの局面では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクス等のBCL2阻害剤の投与の開始は、細胞傷害性療法（例えばCAR T細胞療法）の投与の3日後または約3日後である。いくつかの局面では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクス等のBCL2阻害剤の投与の開始は、細胞傷害性療法（例えばCAR T細胞療法）の投与の4日後または約4日後である。いくつかの局面では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクス等のBCL2阻害剤の投与の開始は、細胞傷害性療法（例えばCAR T細胞療法）の投与の5日後または約5日後である。いくつかの局面では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクス等のBCL2阻害剤の投与の開始は、細胞傷害性療法（例えばCAR T細胞療法）の投与の6日後または約6日後である。いくつかの局面では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクス等のBCL2阻害剤の投与の開始は、細胞傷害性療法（例えばCAR T細胞療法）の投与の7日後または約7日後である。
いくつかの態様では、方法は、細胞傷害性療法の投与開始後、細胞傷害性療法の細胞（例えばCAR T細胞）の活性化誘導細胞死（AICD）のピーク時またはピーク後に、阻害剤（例えばベネトクラクス）の投与を開始することを含み得る。いくつかの態様では、方法は、傷害性療法の投与開始後、細胞傷害性療法の細胞（例えばCAR T細胞）の活性化誘導細胞死（AICD）のピーク時に、阻害剤（例えばベネトクラクス）の投与を開始することを含み得る。いくつかの態様では、方法は、傷害性療法の投与開始後、細胞傷害性療法の細胞（例えばCAR T細胞）の活性化誘導細胞死（AICD）のピーク後に、阻害剤（例えばベネトクラクス）の投与を開始することを含み得る。
いくつかの態様では、投薬スケジュールは、細胞傷害性療法の開始前および開始後に、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスの投与を継続することを含む。いくつかの態様では、投薬スケジュールは、細胞傷害性療法の開始前約7日および開始後約14日以内に、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスの投与を開始することを含む。いくつかの態様では、投薬スケジュールは、細胞傷害性療法の開始前約3日および開始後約14日以内に、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスの投与を開始することを含む。いくつかの態様では、投薬スケジュールは、細胞傷害性療法の開始前約1日および開始後約14日以内に、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスの投与を開始することを含む。いくつかの態様では、投薬スケジュールは、細胞傷害性療法の開始後約14日以内に、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスの投与を開始することを含む。いくつかの態様では、投薬スケジュールは、細胞傷害性療法の開始後約11日以内に、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスの投与を開始することを含む。いくつかの態様では、投薬スケジュールは、細胞傷害性療法の開始後約7日以内に、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスの投与を開始することを含む。いくつかの態様では、投薬スケジュールは、細胞傷害性療法の開始後約6日以内に、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスの投与を開始することを含む。いくつかの態様では、投薬スケジュールは、細胞傷害性療法の開始後約5日以内に、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスの投与を開始することを含む。いくつかの態様では、投薬スケジュールは、細胞傷害性療法の開始後約4日以内に、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスの投与を開始することを含む。いくつかの態様では、投薬スケジュールは、細胞傷害性療法の開始後約3日以内に、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスの投与を開始することを含む。いくつかの態様では、投薬スケジュールは、細胞傷害性療法の開始後約2日以内に、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスの投与を開始することを含む。いくつかの態様では、投薬スケジュールは、細胞傷害性療法の開始後約1日以内に、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスの投与を開始することを含む。
いくつかの態様では、投薬スケジュールは、細胞傷害性療法の開始と一斉に、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスの投与を開始することを含む。いくつかの態様では、投薬スケジュールは、細胞傷害性療法の投与と同時に、投与促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスを投与することを含む。
いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスの投与は、一定期間にわたって、例えば決定された時点までまたは特定の転帰が達成されるまで、継続および／または更に投与される。
いくつかの場合では、併用療法は、対象が療法、例えば細胞傷害性療法の投与を受けた後最長3ヶ月または約3ヶ月間、阻害剤（例えばベネトクラクス）を投与することを含む。いくつかの場合では、併用療法は、対象が療法、例えば細胞傷害性療法の投与を受けた後少なくとも3ヶ月間、阻害剤（例えば、ベネトクラクス）を投与することを含む。いくつかの場合では、併用療法は、対象が療法、例えば細胞傷害性療法の投与を受けた後最長6ヶ月または約6ヶ月間、阻害剤（例えばベネトクラクス）を投与することを含む。いくつかの場合では、対象が療法、例えば細胞傷害性療法の投与を受けた後少なくとも約6ヶ月間、阻害剤（例えば、ベネトクラクス）を投与することを含む。いくつかの場合では、併用療法は、対象が療法、例えば細胞傷害性療法の投与を受けた後最長12ヶ月または約12ヶ月間、阻害剤（例えばベネトクラクス）を投与することを含む。いくつかの場合では、併用療法は、対象が療法、例えば細胞傷害性療法の投与を受けた後少なくとも約12ヶ月間、阻害剤（例えばベネトクラクス）を投与することを含む。いくつかの場合では、併用療法は、対象が療法、例えば細胞傷害性療法の投与を受けた後最長24ヶ月または約24ヶ月間、阻害剤（例えばベネトクラクス）を投与することを含む。いくつかの場合では、併用療法は、対象が療法、例えば細胞傷害性療法の投与を受けた後少なくとも約24ヶ月間、阻害剤（例えばベネトクラクス）を投与することを含む。
いくつかの場合では、対象が望ましい応答（例えば、完全応答）を呈した場合、細胞傷害性療法の投与の約3ヶ月後に阻害剤を中止する。いくつかの場合では、細胞傷害性療法の投与の約3ヶ月後に阻害剤を中止する。いくつかの場合では、細胞傷害性療法の投与の約6ヶ月後に阻害剤を中止する。いくつかの場合では、細胞傷害性療法の投与の約12ヶ月後に阻害剤を中止する。いくつかの場合では、細胞傷害性療法の投与の約24ヶ月後に阻害剤を中止する。いくつかの場合では、以下およびセクションIIIで説明される通り、転帰は望ましい処置応答である。
いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスの投与は、細胞傷害性療法（例えばCAR T細胞療法）の投与開始の少なくとも約3ヶ月または約3ヶ月後まで継続および／または更に投与される。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスの投与は、細胞傷害性療法（例えばCAR T細胞療法）の投与開始の少なくとも約6ヶ月または約6ヶ月後まで継続および／または更に投与される。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスの投与は、細胞傷害性療法（例えばCAR T細胞療法）の投与開始の少なくとも約9ヶ月または約9ヶ月後まで継続および／または更に投与される。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスの投与は、細胞傷害性療法（例えばCAR T細胞療法）の投与開始の少なくとも約12ヶ月または約12ヶ月後まで継続および／または更に投与される。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスの投与は、細胞傷害性療法（例えばCAR T細胞療法）の投与開始の少なくとも約24ヶ月または約24ヶ月後まで継続および／または更に投与される。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスの投与は、細胞傷害性療法（例えばCAR T細胞療法）の投与開始後3ヶ月間超、そして、所望の処置転帰（例えば、完全応答）が達成されるまで、継続および／または更に投与される。いくつかの場合では、CAR T細胞療法の投与開始の6以内に所望の処置（例えば、完全応答）転帰が達成される。いくつかの場合では、CAR T細胞療法の投与開始の12以内に所望の処置（例えば、完全応答）転帰が達成される。いくつかの場合では、CAR T細胞療法の投与開始の24以内に所望の処置（例えば、完全応答）転帰が達成される。
いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスは、複数用量で複数回投与される。いくつかの態様では、促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスは、一定期間にわたって、例えば決定された時点までまたは特定の転帰が達成されるまで、複数回投与される。いくつかの場合では、以下およびセクションIIIで説明される通り、転帰は望ましい処置応答である。
がんの処置等について所望の処置結果は、腫瘍の大きさ、嵩、転移、骨髄中の芽球の割合、または分子的に検出可能なB細胞の悪性度の低減、および／あるいは予後もしくは生存率または腫瘍量に関連する他の症状の改善を含むが、それに限定されるわけではない。がんの処置等について所望の処置結果は、更に、阻害剤ががん細胞のアポトーシスを誘導するおよび／またはがん細胞のアポトーシスを増加させる能力を含み得る。がんの処置等について所望の処置結果が達成されたかどうかを確認および判定する方法は、セクションIIIに記載されているいずれかを含むが、それに限定されるわけではない。
いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスは、細胞傷害性療法（例えば、CAR-T細胞療法等のT細胞療法）の投与の開始前、開始と一斉に、および／または開始後に、1日6回、1日5回、1日4回、1日3回、1日2回、1日1回、1日おき、3日おき、1週間に2回、1週間に1回、または1ヶ月に1回投与される。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスは、細胞傷害性療法（例えば、CAR-T細胞療法等のT細胞療法）の投与の開始前、開始と一斉に、および／または開始後に、1日1回投与される。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスは、細胞傷害性療法（例えば、CAR-T細胞療法等のT細胞療法）の投与の開始後に、1日1回投与される。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスは、細胞傷害性療法（例えば、CAR-T細胞療法等のT細胞療法）の投与期間の前に、間に、経過中に、および／または後に、一定間隔で複数用量で投与される。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤剤、例えば、例えばベネトクラクスは、細胞傷害性療法（例えば、CAR-T細胞療法等のT細胞療法）の投与前に一定間隔で1または複数用量で投与される。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスは、細胞傷害性療法（例えば、CAR-T細胞処置等のT細胞処置）の投与後に一定間隔で1または複数用量で投与される。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスの用量のうちの1つまたは複数は、細胞傷害性療法（例えば、CAR-T細胞療法等のT細胞療法）の用量の投与と同時に行ってよい。いくつかの態様では、このような方法は、細胞傷害性療法（例えば、CAR発現T細胞）の投与（例えば、投与開始）の前に、同時に、間に、経過中に（経過中に1回および／または定期的にを含む）、および／または後に、阻害剤を投与することを含み得る。いくつかの態様では、投与は、逐次または断続的に阻害剤および／または細胞傷害性療法、例えばT細胞療法を投与することを含み得る。いくつかの態様では、投与は、阻害剤および／または免疫療法もしくは細胞療法、例えばT細胞療法を逐次または断続的に1日1回投与することを含み得る。
いくつかの態様では、細胞傷害性療法の投与の開始は、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤が定常状態濃度（Css）に達した時期に行われる。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤の投与の方法により、阻害剤は、細胞傷害性療法の投与の開始前約7日および開始後約14日以内に定常状態濃度（Css）に達する。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤の投与の方法により、阻害剤は、細胞傷害性療法の投与の開始前約3日および開始後約14日以内に定常状態濃度（Css）に達する。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤の投与の方法により、阻害剤は、細胞傷害性療法の投与開始前約1日および開始後約14日以内に定常状態濃度（Css）に達する。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤の投与の方法により、阻害剤は、細胞傷害性療法の投与開始後約14日以内に定常状態濃度（Css）に達する。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤の投与の方法により、阻害剤は、細胞傷害性療法の投与開始後約7日以内に定常状態濃度（Css）に達する。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤の投与の方法により、阻害剤は、細胞傷害性療法の投与開始後約3日以内に定常状態濃度（Css）に達する。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤の投与の方法により、阻害剤は、細胞傷害性療法の投与開始後約1日以内に定常状態濃度（Css）に達する。いくつかの態様では、阻害剤は、細胞傷害性療法の投与後、対象の血液中で細胞傷害性療法のピークレベルが検出可能になる前の時期に既に定常状態濃度（Css）に達している。いくつかの態様では、阻害剤は、阻害剤の約4半減期の間投与されたとき、既に定常状態濃度に達している。いくつかの態様では、阻害剤の半減期は、約10時間～約30時間である。いくつかの態様では、阻害剤の半減期は、約14時間～約26時間である。いくつかの態様では、阻害剤の半減期は、約14時間～約18時間である。いくつかの態様では、阻害剤の半減期は、約16時間～約19時間である。いくつかの態様では、阻害剤は、約2日、約3日、約4日、または約5日間毎日投与されたとき、定常状態濃度に達している。いくつかの態様では、阻害剤は、約3日間毎日投与されたとき、定常状態濃度に達している。いくつかの態様では、阻害剤は、約4日間毎日投与されたとき、定常状態濃度に達している。いくつかの態様では、対象の血漿中の阻害剤の濃度または対象の体内の阻害剤の総量が、継続的な投薬によって比較的安定しているとき、定常状態濃度に達している。
いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクス等のBCL2阻害剤の投与の用量、頻度、期間、タイミング、および／または順序は、セクションIII等、本明細書に記載されているスクリーニング工程および／または処置転帰の評価の結果の特定の閾値または基準に基づいて決定される。
いくつかの態様では、方法は、治療的有効量または1もしくは複数の用量の生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスを以前に投与されたことがある対象に、細胞傷害性療法を投与することを含む。いくつかの態様では、方法は、治療的有効量未満または1もしくは複数の用量の生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスを以前に投与されたことがある対象に、細胞傷害性療法を投与することを含む。いくつかの態様では、組換え受容体を発現するある用量の細胞を対象に投与する前に、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えば、ベネトクラクスを対象に投与する。いくつかの態様では、1または複数の用量の生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスを、ある用量の細胞の投与開始と同時期に投与する。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスを、ある用量の細胞の投与開始後に投与する。いくつかの態様では、併用療法の処置効果が高まるように、免疫療法または細胞療法の前に十分な時間で阻害剤を投与する。いくつかの態様では、方法は、T細胞療法の投与前に、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクス等のBCL2阻害剤を投与することを含む。いくつかの態様では、方法は、T細胞療法の投与後に、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えば、ベネトクラクスを投与することを含む。いくつかの態様では、方法は、T細胞療法の投与開始前に、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクス等のBCL2阻害剤の投与を開始することを含む。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスは、細胞療法の開始までまたは開始後等、リンパ球枯渇療法中に中止または一時停止した後に、継続および／または更に投与される。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスは、阻害剤の約3～約4半減期に等しい期間、リンパ球枯渇療法の前に中止される。いくつかの態様では、方法は、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクス等のBCL2阻害剤の投与を継続することを含む。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスの継続および／または更なる投与は、複数の用量の生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスの投与を含む。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスは、細胞療法の開始後に継続もされず、更に投与されることもない。いくつかの態様では、投薬スケジュールは、細胞処置の開始の前および後に生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤を投与することを含む。いくつかの態様では、投薬スケジュールは、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスを、細胞療法の投与と同時に投与することを含む。いくつかの場合では、細胞療法は、T細胞療法、例えばCAR発現T細胞である。
いくつかの場合では、阻害剤は、治療的有効量で投与される。いくつかの場合では、治療的有効量は、例えば疾患、病態、もしくは障害の処置についての所望の処置結果、および／または処置の薬物動態学的もしくは薬力学的な効果を達成する。がんの処置等についての所望の処置結果は、腫瘍の大きさ、嵩、転移、骨髄中の芽球の割合、または分子的に検出可能なB細胞の悪性度の低減、および／あるいは予後もしくは生存率または腫瘍量に関連する他の症状の改善を含むが、それに限定されるわけではない。がんの処置等について所望の処置結果は、更に、阻害剤ががん細胞のアポトーシスを誘導するおよび／またはがん細胞のアポトーシスを増加させる能力を含み得る。いくつかの場合では、治療的有効量によって、軽度、中等度、または重度の好中球減少症等の好中球減少症が生じる。いくつかの場合では、軽度の好中球減少症は、1,000～1,5000/μLの絶対好中球数と定義される。いくつかの場合では、中等度の好中球減少症は、500～1,000/μLの絶対好中球数と定義される。いくつかの場合では、重度の好中球減少症は、500/μL未満の絶対好中球数と定義される。がんの処置等について所望の処置結果が達成されたかどうかを確認および判定する方法は、セクションIIIに記載されているいずれかを含むが、それに限定されるわけではない。いくつかの場合では、阻害剤は、20mgまたは約20mgから、800mgまたは約800mg、20mgまたは約20mgから、400mgまたは約400mg、20mgまたは約20mgから、350mgまたは約350mg、20mgまたは約20mgから、300mgまたは約300mg、20mgまたは約20mgから、250mgまたは約250mg、20mgまたは約20mgから、200mgまたは約200mg、20mgまたは約20mgから、150mgまたは約150mg、20mgまたは約20mgから、100mgまたは約100mg、20mgまたは約20mgから、50mgまたは約50mg、20mgまたは約20mgから、40mgまたは約40mg、40mgまたは約40mgから、800mgまたは約800mg、40mgまたは約40mgから、400mgまたは約400mg、40mgまたは約40mgから、350mgまたは約350mg、40mgまたは約40mgから、300mgまたは約300mg、40mgまたは約40mgから、250mgまたは約250mg、40mgまたは約40mgから、200mgまたは約200mg、40mgまたは約40mgから、150mgまたは約150mg、40mgまたは約40mgから、100mgまたは約100mg、40mgまたは約40mgから、50mgまたは約50mg、50mgまたは約50mgから、800mgまたは約800mg、50mgまたは約50mgから、400mgまたは約400mg、50mgまたは約50mgから、350mgまたは約350mg、50mgまたは約50mgから、300mgまたは約300mg、50mgまたは約50mgから、250mgまたは約250mg、50mgまたは約50mgから、200mgまたは約200mg、50mgまたは約50mgから、150mgまたは約150mg、50mgまたは約50mgから、100mgまたは約100mg、100mgまたは約100mgから、800mgまたは約800mg、100mgまたは約100mgから、400mgまたは約400mg、100mgまたは約100mgから、350mgまたは約350mg、100mgまたは約100mgから、300mgまたは約300mg、100mgまたは約100mgから、250mgまたは約250mg、100mgまたは約100mgから、200mgまたは約200mg、100mgまたは約100mgから、150mgまたは約150mg、150mgまたは約150mgから、800mgまたは約800mg、150mgまたは約150mgから、400mgまたは約400mg、150mgまたは約150mgから、350mgまたは約350mg、150mgまたは約150mgから、300mgまたは約300mg、150mgまたは約150mgから、250mgまたは約250mg、150mgまたは約150mgから、200mgまたは約200mg、200mgまたは約200mgから、800mgまたは約800mg、200mgまたは約200mgから、400mgまたは約400mg、200mgまたは約200mgから、350mgまたは約350mg、200mgまたは約200mgから、300mgまたは約300mg、200mgまたは約200mgから、250mgまたは約250mg、250mgまたは約250mgから、300mgまたは約300mg、300mgまたは約300mgから、350mgまたは約350mg、300mgまたは約300mgから、400mgまたは約400mg、300mgまたは約300mgから、800mgまたは約800mg、350mgまたは約350mgから、400mgまたは約400mg、および350mgまたは約350mgから、800mgまたは約800mg（両端の値を含む）の用量で対象に投与される。いくつかの場合では、阻害剤は、約20ミリグラム／日の用量で対象に投与される。いくつかの場合では、阻害剤は、約40ミリグラム／日の用量で対象に投与される。いくつかの場合では、阻害剤は、約50ミリグラム／日の用量で対象に投与される。いくつかの場合では、阻害剤は、約100ミリグラム／日の用量で対象に投与される。いくつかの場合では、阻害剤は、約150ミリグラム／日の用量で対象に投与される。いくつかの場合では、阻害剤は、約200ミリグラム／日の用量で対象に投与される。いくつかの場合では、阻害剤は、約250ミリグラム／日の用量で対象に投与される。いくつかの場合では、阻害剤は、約300ミリグラム／日の用量で対象に投与される。いくつかの場合では、阻害剤は、約350ミリグラム／日の用量で対象に投与される。いくつかの場合では、阻害剤は、約400ミリグラム／日の用量で対象に投与される。いくつかの場合では、阻害剤は、約800ミリグラム／日の用量で対象に投与される。
いくつかの場合では、阻害剤は、一定用量（例えば、1日1回の用量）で対象に投与される。いくつかの場合では、一定用量は、約20mg/日～1200mg/日、約20mg/日～800mg/日、約20mg/日～400mg/日、約20mg/日～350mg/日、約20mg/日～300mg/日、約20mg/日～250mg/日、約20mg/日～200mg/日、約20mg/日～100mg/日、約20mg/日～50mg/日、約20mg/日～40mg/日、約40mg/日～1200mg/日、約40mg/日～800mg/日、約40mg/日～400mg/日、約40mg/日～350mg/日、約40mg/日～300mg/日、約40mg/日～250mg/日、約40mg/日～200mg/日、約40mg/日～100mg/日、約40mg/日～50mg/日、約50mg～1200mg/日、約50mg～800mg/日、約50mg～400mg/日、約50mg～350mg/日、約50mg～300mg/日、約50mg～250mg/日、約50mg～200mg/日、約50mg～150mg/日、約50mg～100mg/日、約100mg～1200mg/日、約100mg～800mg/日、約100mg～400mg/日、約100mg～350mg/日、約100mg～300mg/日、約100mg～250mg/日、約100mg～200mg/日、約100mg～150mg/日、約150mg～1200mg/日、約150mg～800mg/日、約150mg～400mg/日、約150mg～350mg/日、約150mg～300mg/日、約150mg～250mg/日、約150mg～200mg/日、約200mg～1200mg/日、約200mg～800mg/日、約200mg～400mg/日、約200mg～350mg/日、約200mg～300mg/日、約200mg～250mg/日、約250mg～1200mg/日、約250mg～800mg/日、約250mg～400mg/日、約250mg～350mg/日、約250mg～300mg/日、約300mg～1200mg/日、約300mg～800mg/日、約300mg～400mg/日、約300mg～350mg/日、約350mg～1200mg/日、約350mg～800mg/日、約350mg～400mg、約400mg～1200mg/日、約400mg～800mg/日、または約800～1200mg/日（両端の値を含む）である。いくつかの場合では、一定用量は、20mgである。いくつかの場合では、一定用量は、40mgである。いくつかの場合では、一定用量は、50mgである。いくつかの場合では、一定用量は、100mgである。いくつかの場合では、一定用量は、150mgである。いくつかの場合では、一定用量は、200mgである。いくつかの場合では、一定用量は、250mgである。いくつかの場合では、一定用量は、300mgである。いくつかの場合では、一定用量は、325mgである。いくつかの場合では、一定用量は、350mgである。いくつかの場合では、一定用量は、400mgである。いくつかの場合では、一定用量は、500mgである。いくつかの場合では、一定用量は、600mgである。いくつかの場合では、一定用量は、700mgである。いくつかの場合では、一定用量は、800mgである。
いくつかの場合では、一定用量（例えば、1日1回の用量）の阻害剤は、1週間～24ヶ月、1週間～12年、1週間～6ヶ月、1週間～3ヶ月、1週間～2ヶ月、1週間～6週間、1週間～4週間、1週間～3週間、1週間～2週間、対象に投与される。いくつかの場合では、一定用量（例えば、1日1回の用量）の阻害剤は、1週間、対象に投与される。いくつかの場合では、一定用量（例えば、1日1回の用量）の阻害剤は、2週間、対象に投与される。いくつかの場合では、一定用量（例えば、1日1回の用量）の阻害剤は、3週間、対象に投与される。いくつかの場合では、一定用量（例えば、1日1回の用量）の阻害剤は、4週間、対象に投与される。いくつかの場合では、一定用量（例えば、1日1回の用量）の阻害剤は、6週間、対象に投与される。いくつかの場合では、一定用量（例えば、1日1回の用量）の阻害剤は、2ヶ月間、対象に投与される。いくつかの場合では、一定用量（例えば、1日1回の用量）の阻害剤は、3ヶ月間、対象に投与される。いくつかの場合では、一定用量（例えば、1日1回の用量）の阻害剤は、6ヶ月間、対象に投与される。いくつかの場合では、一定用量（例えば、1日1回の用量）の阻害剤は、12ヶ月間、対象に投与される。いくつかの場合では、一定用量（例えば、1日1回の用量）の阻害剤は、24ヶ月間、対象に投与される。
いくつかの場合では、阻害剤（例えば、ベネトクラクス）は、1週間～2年、1週間～1年、1週間～6ヶ月、1週間～3ヶ月、1週間～5週間、1週間～4週間、1週間～3週間、1週間～2週間、対象に投与され得る。いくつかの態様では、阻害剤（例えば、ベネトクラクス）は、少なくとも1週間、対象に投与される。いくつかの態様では、阻害剤（例えば、ベネトクラクス）は、少なくとも2週間、対象に投与される。いくつかの態様では、阻害剤（例えば、ベネトクラクス）は、少なくとも3週間、対象に投与される。いくつかの態様では、阻害剤（例えば、ベネトクラクス）は、少なくとも4週間、対象に投与される。いくつかの態様では、阻害剤（例えば、ベネトクラクス）は、少なくとも5週間、対象に投与される。いくつかの態様では、阻害剤（例えば、ベネトクラクス）は、少なくとも2ヶ月間、対象に投与される。いくつかの態様では、阻害剤（例えば、ベネトクラクス）は、少なくとも3ヶ月間、対象に投与される。いくつかの態様では、阻害剤（例えば、ベネトクラクス）は、少なくとも6ヶ月間、対象に投与される。いくつかの態様では、阻害剤は、少なくとも1年間、対象に投与される。いくつかの態様では、阻害剤（例えば、ベネトクラクス）は、少なくとも2年間、対象に投与される。
いくつかの場合では、阻害剤（例えば、ベネトクラクス）は、細胞傷害性療法の投与開始後、1週間～2年、1週間～1年、1週間～6ヶ月、1週間～3ヶ月、1週間～5週間、1週間～4週間、1週間～3週間、または1週間～2週間、対象に投与され得る。いくつかの態様では、細胞傷害性療法の投与開始後、阻害剤（例えば、ベネトクラクス）は、少なくとも1週間、少なくとも2週間、少なくとも3週間、少なくとも4週間、少なくとも5週間、少なくとも6週間、少なくとも2ヶ月、少なくとも3ヶ月、少なくとも6ヶ月、少なくとも1年、または少なくとも2年間、対象に投与される。いくつかの態様では、細胞傷害性療法の投与開始後、阻害剤（例えば、ベネトクラクス）は、約3週間、対象に投与される。いくつかの態様では、細胞傷害性療法の投与開始後、阻害剤（例えば、ベネトクラクス）は、約3ヶ月間、対象に投与される。いくつかの態様では、細胞傷害性療法の投与開始後、阻害剤（例えば、ベネトクラクス）は、約6ヶ月間、対象に投与される。いくつかの態様では、細胞傷害性療法の投与開始後、阻害剤（例えば、ベネトクラクス）は、約12ヶ月間、対象に投与される。いくつかの態様では、細胞傷害性療法の投与開始後、阻害剤（例えば、ベネトクラクス）は、約24ヶ月間、対象に投与される。
いくつかの場合では、阻害剤は、治療的有効量未満で投与される。いくつかの場合では、投与の状況において、治療的有効量未満とは、同じ作用物質の「治療的有効量」と比較して、例えば、疾患、病態、もしくは障害の処置についての所望の処置結果、および／または処置の薬物動態学的もしくは薬力学的な効果を達成するのに必要な投薬量および／または期間において有効性が低い量を指す。いくつかの場合では、治療的有効量未満の量は、例えば疾患、病態、もしくは障害の処置についての所望の処置結果、および／または処置の薬物動態学的もしくは薬力学的な効果を達成しない、またはより低い結果および／もしくは効果しか達成しない。いくつかの場合では、所望の処置結果は、腫瘍の大きさ、嵩、転移、骨髄中の芽球の割合、または分子的に検出可能なB細胞の悪性度の低減、および／あるいは予後もしくは生存率または腫瘍量に関連する他の症状の改善である。いくつかの場合では、所望の処置結果は、阻害剤ががん細胞のアポトーシスを誘導するおよび／またはがん細胞のアポトーシスを増加させる能力である。いくつかの場合では、治療的有効量未満の量によって、軽度または中等度の好中球減少症が生じる。いくつかの場合では、治療的有効量未満の量によって、重度の好中球減少症は生じない。いくつかの場合では、軽度の好中球減少症は、1,000～1,5000/μLの絶対好中球数と定義される。いくつかの場合では、中等度の好中球減少症は、500～1,000/μLの絶対好中球数と定義される。いくつかの場合では、重度の好中球減少症は、500/μL未満の絶対好中球数と定義される。
がんの処置等について所望の処置結果が達成されたかどうかを確認および判定する方法は、セクションIIIに記載されているいずれかを含むが、それに限定されるわけではない。治療的有効量未満の量は、疾患の状態、対象の年齢、性別、および体重、ならびに投与される細胞の集団等の要因に応じて変化し得る。
いくつかの態様では、提供される方法は、細胞および／または組成物を有効量未満、例えば、治療的有効量未満で投与することを含む。いくつかの態様では、提供される方法は、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤、例えば、ベネトクラクス等のBCL2阻害剤、遺伝子操作細胞（例えば、細胞療法）、または組成物を、有効量未満、例えば、治療的有効量未満で投与することを含む。いくつかの場合では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤は、治療量未満で投与される、すなわち、投薬レジメン（例えば、用量および／または期間）は、治療的または予防的な結果を達成するために臨床医によって一般的に処方される投薬レジメンよりも少ない。
いくつかの場合では、阻害剤は、1日約20ミリグラムから1日約100ミリグラムの一定（例えば、1日1回）用量で投与される。いくつかの場合では、阻害剤は、1日約20mgから1日約40mgの用量で投与される。いくつかの場合では、阻害剤は、1日約20mgから1日約50mgの用量で投与される。いくつかの場合では、阻害剤は、1日約40ミリグラムから1日約100ミリグラムの一定（例えば、1日1回）用量で投与される。いくつかの場合では、阻害剤は、1日約40mgから1日約50mgの用量で投与される。いくつかの場合では、阻害剤は、1日約50ミリグラムから1日約100ミリグラムの一定（例えば、1日1回）用量で投与される。いくつかの場合では、阻害剤は、1日約20mg以下の用量で投与される。いくつかの場合では、阻害剤は、1日約20mgの用量で投与される。いくつかの場合では、阻害剤は、1日約40mg以下の用量で投与される。いくつかの場合では、阻害剤は、1日約40mgの用量で投与される。いくつかの場合では、阻害剤は、1日約50mg以下の用量で投与される。いくつかの場合では、阻害剤は、1日約50mgの用量で投与される。いくつかの場合では、阻害剤は、1日約100mg以下の用量で投与される。いくつかの場合では、阻害剤は、1日約100mgの用量で投与される。いくつかの場合では、阻害剤は、1日約200mg以下の用量で投与される。いくつかの場合では、阻害剤は、1日約200mgの用量で投与される。いくつかの場合では、阻害剤は、1日約400mg以下の用量で投与される。いくつかの場合では、阻害剤は、1日約400mgの用量で投与される。
いくつかの態様では、一定用量（例えば、1日1回の用量）は、2週間～24ヶ月間、対象に投与される。いくつかの態様では、一定用量（例えば、1日1回の用量）は、4週間～24ヶ月間、対象に投与される。いくつかの態様では、一定用量（例えば、1日1回の用量）は、6週間～24ヶ月間、対象に投与される。いくつかの態様では、一定用量（例えば、1日1回の用量）は、2ヶ月～24ヶ月間、対象に投与される。いくつかの態様では、一定用量（例えば、1日1回の用量）は、3ヶ月～24ヶ月間、対象に投与される。いくつかの態様では、一定用量（例えば、1日1回の用量）は、6ヶ月～24ヶ月間、対象に投与される。いくつかの態様では、一定用量（例えば、1日1回の用量）は、12ヶ月～24ヶ月間、対象に投与される。いくつかの態様では、一定用量（例えば、1日1回の用量）は、18ヶ月～24ヶ月間、対象に投与される。いくつかの態様では、一定用量（例えば、1日1回の用量）は、少なくとも2週間、対象に投与される。いくつかの態様では、一定用量（例えば、1日1回の用量）は、少なくとも3週間、対象に投与される。いくつかの態様では、一定用量（例えば、1日1回の用量）は、少なくとも4週間、対象に投与される。いくつかの態様では、一定用量（例えば、1日1回の用量）は、少なくとも6週間、対象に投与される。いくつかの態様では、一定用量（例えば、1日1回の用量）は、少なくとも2ヶ月間、対象に投与される。いくつかの態様では、一定用量（例えば、1日1回の用量）は、少なくとも3ヶ月間、対象に投与される。いくつかの態様では、一定用量（例えば、1日1回の用量）は、少なくとも6ヶ月間、対象に投与される。いくつかの態様では、一定用量（例えば、1日1回の用量）は、少なくとも12ヶ月間、対象に投与される。いくつかの態様では、一定用量（例えば、1日1回の用量）は、少なくとも24ヶ月間、対象に投与される。
生存促進性BCL-2ファミリータンパク質阻害剤の前投与、例えば、用量漸増
本明細書で提供される方法のいずれかにおいて、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤（例えば、ベネトクラクス）は、本明細書で提供される阻害剤の投薬レジメンの投与前に用量漸増スケジュールで投与される。いくつかの態様では、用量漸増スケジュールは、段階的に増大する用量の阻害剤を投与することを含む。
いくつかの態様では、方法は、T細胞療法（例えば、CAR T細胞）等の細胞傷害性療法の投与開始前に、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクス等のBCL2阻害剤の投与を開始することを含む。いくつかの態様では、阻害剤、例えばベネトクラクスは、用量漸増スケジュールで、T細胞療法（例えばCAR T細胞）等の細胞傷害性療法を投与する前、例えば、処置される対象から自己細胞を回収した後およびリンパ球枯渇療法（以下、「ブリッジング療法」）を投与する前に投与される。いくつかの局面では、セクションI.C.に記載の通り、対象にリンパ球枯渇療法を投与する前に、阻害剤を与えることができる。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスは、細胞傷害性療法の開始までまたは開始後等、リンパ球枯渇療法中に中止または一時停止した後に更に投与される。したがって、いくつかの場合では、対象は、自己細胞の回収（例えば、白血球除去）、阻害剤（例えば、ベネトクラクス）によるブリッジング療法、リンパ球枯渇、CAR T細胞の投与開始、および阻害剤（例えば、ベネトクラクス）の投薬レジメンの投与開始を、この順序で受ける。
いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えば、ベネトクラクスの投与は、阻害剤の約3半減期～約4半減期の期間等、リンパ球枯渇療法の前に中止または休止される。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えば、ベネトクラクスの投与は、阻害剤の約3半減期～約4半減期の期間等、リンパ球枯渇療法の前に中止または休止され、そして、細胞傷害性療法の開始時または開始後に阻害剤の投与が再開される。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスの投与は、リンパ球枯渇療法の少なくとも1日前に中止される。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスの投与は、リンパ球枯渇療法の少なくとも2日前に中止される。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスの投与は、リンパ球枯渇療法の少なくとも3日前に中止される。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスの投与は、リンパ球枯渇療法の少なくとも4日前に中止される。
いくつかの局面では、方法は、例えば、投与のためのT細胞療法を生成するために対象からT細胞を含むサンプルを得る阻害剤の4半減期もしくは少なくとも約4半減期前、または最低阻害剤の4半減期もしくは約4半減期前に休止または終了される、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスの投与を含む。いくつかの局面では、方法は、例えば、投与のためのT細胞療法を生成するために対象からT細胞を含むサンプルを得る3日もしくは少なくとも約3日前、または最低3日もしくは約3日前に休止または終了される、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスの投与を含む。いくつかの局面では、方法は、例えば、投与のためのT細胞療法を生成するために対象からT細胞を含むサンプルを得る1日もしくは少なくとも約1日前、または最低1日もしくは約1日前に休止または終了される、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスの投与を含む。いくつかの局面では、方法は、例えば、投与のためのT細胞療法を生成するために対象からT細胞を含むサンプルを得る4日もしくは少なくとも約4日前、または最低4日もしくは約4日前に休止または終了される、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスの投与を含む。いくつかの局面では、T細胞療法は、対象からT細胞を含むサンプルを得ることと、本明細書に記載の任意の核酸分子等のCARをコードしている核酸分子を、T細胞を含む組成物に導入することとを含むプロセスによって生成される。
いくつかの態様では、ブリッジング療法は、段階的増大または「漸増」投薬を含む。いくつかの場合では、阻害剤は、段階的増大用量で対象に投与される。いくつかの場合では、阻害剤は、一定用量（例えば、1日1回の用量）で対象に投与される前に、段階的増大用量で対象に投与される。いくつかの場合では、阻害剤は、一定用量で対象に投与される前に、低用量または「漸増」用量で対象に投与される。いくつかの場合では、阻害剤は、細胞傷害性療法が対象に投与される前に、段階的増大用量で対象に投与される。いくつかの場合では、阻害剤は、細胞傷害性療法が対象に投与される前に、一定用量で対象に投与される。いくつかの場合では、細胞傷害性療法が対象に投与される前に、阻害剤が、段階的増大用量および一定用量で対象に投与される。いくつかの場合では、阻害剤は、細胞傷害性療法と一斉に対象に投与される。いくつかの場合では、阻害剤は、細胞傷害性療法の投与後に対象に投与される。いくつかの場合では、阻害剤は、細胞傷害性療法の投与の前および同時期に対象に投与される。いくつかの場合では、阻害剤は、細胞傷害性療法の投与の前および後に対象に投与される。いくつかの場合では、阻害剤は、細胞傷害性療法の投与と一斉にまたは後に投与される。いくつかの場合では、阻害剤は、細胞傷害性療法の投与の前、一斉、および後に投与される。いくつかの場合では、阻害剤は、細胞傷害性療法の投与の前、一斉、および／または後に投与される。
いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えば、例えばベネトクラクスの再開投与は、複数用量の生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスの投与を含む。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスの投与は、細胞傷害性療法の開始の約7日以内前まで再開されない。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスの投与は、細胞傷害性療法の開始の約3日以内前まで再開されない。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスの投与は、細胞傷害性療法の開始の約1日以内前まで再開されない。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスの投与は、細胞傷害性療法の開始までにも開始後にも再開されない。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスの投与は、細胞傷害性療法の開始後まで再開されない。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスの投与は、細胞傷害性療法の開始の約14日以内後まで再開されない。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスの投与は、細胞傷害性療法の開始の約11日以内後まで再開されない。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスの投与は、細胞傷害性療法の開始の約7日以内後まで再開されない。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスの投与は、細胞傷害性療法の開始の約6日以内後まで再開されない。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスの投与は、細胞傷害性療法の開始の約5日以内後まで再開されない。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスの投与は、細胞傷害性療法の開始の約4日以内後まで再開されない。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスの投与は、細胞傷害性療法の開始の約3日以内後まで再開されない。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスの投与は、細胞傷害性療法の開始の約2日以内後まで再開されない。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばベネトクラクスの投与は、細胞傷害性療法の開始の約1日以内後まで再開されない。
いくつかの場合では、阻害剤は、5週間にわたって段階的増大または「漸増」用量で対象に投与される。したがって、いくつかの場合では、ブリッジング療法は、5週間の段階的増大用量を含む。いくつかの場合では、阻害剤は、400mg/日の最大用量に達するように5週間にわたって段階的増大用量で対象に投与される。いくつかの場合では、阻害剤は、第1週目は20ミリグラム／日、第2週目は40または50ミリグラム／日、第3週目は100ミリグラム／日、第4週目は200ミリグラム／日、および第5週目は400ミリグラム／日で対象に投与される。いくつかの場合では、阻害剤は、1日40mgの最大用量に達するまで、段階的増大用量で対象に投与される。いくつかの場合では、阻害剤は、1日50mgの最大用量に達するまで、段階的増大用量で対象に投与される。いくつかの場合では、阻害剤は、1日100mgの最大用量に達するまで、段階的増大用量で対象に投与される。いくつかの態様では、阻害剤は、約1週間、約2週間、約3週間、約4週間、または約5週間、段階的増大用量で対象に投与される。
いくつかの場合では、阻害剤は、3週間にわたって段階的増大用量で対象に投与される。したがって、いくつかの場合では、ブリッジング療法は、3週間の段階的増大用量を含む。いくつかの場合では、阻害剤は、400mg/日の最大用量に達するように3週間にわたって段階的増大用量で対象に投与される。いくつかの場合では、第1週目の1日目に20ミリグラム／日の阻害剤を対象に投与し、第1週目の2日目または3日目に40または50ミリグラム／日に増加させ、第1週目の4日目～7日目に100ミリグラム／日に増加させ、第2週目の1日目に200ミリグラム／日に増加させ、そして、第3週目の1日目に400ミリグラム／日に増加させる。いくつかの場合では、阻害剤は、1日40mgの最大用量に達するまで、段階的増大用量で対象に投与される。いくつかの場合では、阻害剤は、1日50mgの最大用量に達するまで、段階的増大用量で対象に投与される。いくつかの場合では、阻害剤は、1日100mgの最大用量に達するまで、段階的増大用量で対象に投与される。いくつかの態様では、阻害剤は、約1週間、約2週間、または約3週間、段階的増大用量で対象に投与される。
いくつかの態様では、ブリッジング療法は、阻害剤、例えばベネトクラクスを、第1週目は第1の用量で、第2週目は第2の用量で、そして、第3週目は第3の用量で対象に投与することを含む。いくつかの態様では、段階的増大用量は、約20mg/日の第1の用量、約50mg/日の第2の用量、および約100mg/日の第3の用量を含む。いくつかの態様では、段階的増大用量は、約20mg/日であり、そして、第1週目に投薬される第1の用量、約50mg/日であり、そして、第2週目に投薬される第2の用量、および約100mg/日であり、そして、第3週目に投薬される第3の用量を含む。したがって、いくつかの場合では、ブリッジング療法は、阻害剤、例えばベネトクラクスを、第1週目は20mg/日で、第2週目は50mg/日で、そして、第3週目は100mg/日で投与することを含む。いくつかの態様では、各段階的増大用量は、1週間1日1回投与される、および／または最後の段階的増大用量は、1週間もしくはブリッジング療法の終了まで1日1回投与される。
いくつかの場合では、段階的増大用量の阻害剤を投与した後、ブリッジング療法を停止するまで、対象は最大の段階的増大用量で阻害剤を服用し続ける。いくつかの場合では、阻害剤、例えばベネトクラクスを、第1週目は20mg/日で、第2週目は50mg/日で、そして、第3週目は100mg/日で投与した後、対象は、ブリッジング療法が終了するまで、100mg/日の用量で阻害剤を服用し続ける。いくつかの場合では、段階的増大用量の阻害剤を投与した後、ブリッジング療法を停止するまで、対象は最高の段階的増大用量よりも高用量の阻害剤を服用する。いくつかの場合では、阻害剤、例えばベネトクラクスを、第1週目は20mg/日で、第2週目は50mg/日で、そして、第3週目は100mg/日で投与した後、対象は、ブリッジング療法を停止するまで、100mg/日よりも高用量（例えば、200mg/日または400mg/日）の阻害剤を服用する。いくつかの態様では、リンパ球枯渇療法の投与の少なくとも1日前に、ブリッジング療法を停止する。いくつかの態様では、リンパ球枯渇療法の投与の少なくとも2日前に、ブリッジング療法を停止する。いくつかの態様では、リンパ球枯渇療法の投与の少なくとも3日前に、ブリッジング療法を停止する。いくつかの態様では、リンパ球枯渇療法の投与の少なくとも4日前に、ブリッジング療法を停止する。
いくつかの場合では、段階的増大用量を投与した後に、一定（例えば1日1回）用量の阻害剤を対象に投与する。いくつかの場合では、段階的増大用量を投与した後に、約400mg/日～800mg/日の一定用量を対象に投与する。いくつかの場合では、段階的増大用量を投与した後に、約400mg/日の一定用量を対象に投与する。いくつかの場合では、段階的増大用量を投与した後の時期に少なくとも1週間、約400mg/日の一定用量を対象に投与する。いくつかの場合では、段階的増大用量を投与した後の時期に少なくとも2週間、約400mg/日の一定用量を対象に投与する。いくつかの場合では、段階的増大用量を投与した後の時期に少なくとも4週間、約400mg/日の一定用量を対象に投与する。いくつかの場合では、段階的増大用量を投与した後の時期に少なくとも2ヶ月間、約400mg/日の一定用量を対象に投与する。いくつかの場合では、段階的増大用量を投与した後の時期に少なくとも3ヶ月間、約400mg/日の一定用量を対象に投与する。いくつかの場合では、段階的増大用量を投与した後の時期に少なくとも6ヶ月間、約400mg/日の一定用量を対象に投与する。いくつかの場合では、段階的増大用量を投与した後の時期に少なくとも12ヶ月間、約400mg/日の一定用量を対象に投与する。いくつかの場合では、段階的増大用量を投与した後の時期に少なくとも18ヶ月間、約400mg/日の一定用量を対象に投与する。いくつかの場合では、段階的増大用量を投与した後の時期に少なくとも24ヶ月間、約400mg/日の一定用量を投与する。いくつかの場合では、3週間にわたって段階的増大用量を投与した後に、400または800mg/日の一定用量を対象に投与する。いくつかの場合では、3週間にわたって段階的増大用量を投与した後に、400mg/日の一定用量を対象に投与する。いくつかの場合では、5週間にわたって段階的増大用量を投与した後に、400または800mg/日の一定用量を対象に投与する。いくつかの場合では、5週間にわたって段階的増大用量を投与した後に、400mg/日の一定用量を対象に投与する。
いくつかの場合では、阻害剤は、約1週間～約5週間、「漸増」用量で対象に投与される。いくつかの場合では、阻害剤は、約1～約3週間、漸増用量として対象に投与される。いくつかの場合では、阻害剤は、約1～約2週間、漸増用量として対象に投与される。いくつかの場合では、阻害剤は、約1週間、漸増用量として対象に投与される。いくつかの場合では、阻害剤は、7～21日間、漸増用量として対象に投与される。いくつかの場合では、漸増用量は、約20mg/日～400mg/日、約40mg/日～400mg/日、約50mg/日～400mg/日、約150mg/日～300mg/日、約200mg/日～300mg/日である。いくつかの場合では、漸増用量は、150mg/日である。いくつかの場合では、漸増用量は、7日間150mg/日である。いくつかの場合では、漸増用量は、14日間150mg/日である。いくつかの場合では、漸増用量は、21日間150mg/日である。いくつかの場合では、漸増用量は、150mg/日であり、そして、約7日～約21日間連続して投与される。いくつかの場合では、漸増用量は、1日20mg以下である。いくつかの場合では、漸増用量は、1日40mg以下である。いくつかの場合では、漸増用量は、1日50mg以下である。いくつかの場合では、漸増用量は、1日100mg以下である。
いくつかの場合では、漸増用量を投与した後に、一定（例えば1日1回）用量の阻害剤を対象に投与する。いくつかの場合では、漸増用量を投与した後に、約100mg/日～500mg/日の一定用量を対象に投与する。いくつかの場合では、漸増用量を投与した後に、約150mg/日～425mg/日の一定用量を対象に投与する。いくつかの場合では、漸増用量を投与した後に、少なくとも約150mg/日の一定用量を対象に投与する。いくつかの場合では、漸増用量を投与した後に、少なくとも約200mg/日の一定用量を対象に投与する。いくつかの場合では、漸増用量を投与した後に、約325mg/日の一定用量を対象に投与する。いくつかの場合では、漸増用量を投与した後に、約425mg/日の一定用量を対象に投与する。いくつかの場合では、漸増用量を投与した後の時期に少なくとも1週間、約325mg/日の一定用量を対象に投与する。いくつかの場合では、漸増用量を投与した後の時期に少なくとも2週間、約325mg/日の一定用量を対象に投与する。いくつかの場合では、漸増用量を投与した後の時期に少なくとも3週間、約325mg/日の一定用量を対象に投与する。いくつかの場合では、漸増用量を投与した後の時期に少なくとも2ヶ月間、約325mg/日の一定用量を対象に投与する。いくつかの場合では、漸増用量を投与した後の時期に少なくとも3ヶ月間、約325mg/日の一定用量を対象に投与する。いくつかの場合では、漸増用量を投与した後の時期に少なくとも6ヶ月間、約325mg/日の一定用量を対象に投与する。いくつかの場合では、漸増用量を投与した後の時期に少なくとも12ヶ月間、約325mg/日の一定用量を対象に投与する。いくつかの場合では、漸増用量を投与した後の時期に少なくとも18ヶ月間、約325mg/日の一定用量を対象に投与する。いくつかの場合では、漸増用量を投与した後の時期に少なくとも24ヶ月間、約325mg/日の一定用量を対象に投与する。いくつかの場合では、150mg/日の漸増用量に続いて、約325mg/日の一定用量を対象に投与する。いくつかの場合では、150mg/日の漸増用量に続いて、14日間投与して7日間休む、または21日間連続して投与するという1または複数サイクルにわたって、約325mg/日の一定用量を対象に投与する。
当業者であれば、例えば、具体的な作用物質および投与経路に応じて、より多いまたはより少ない投薬量の阻害剤を、提供される方法のいずれかにおいて使用できることを認識するであろう。いくつかの態様では、阻害剤は、単独で、または化合物が1つもしくは複数の薬学的に許容される担体、賦形剤、もしくは希釈剤と混和もしくは混合された薬学的組成物の形態で投与され得る。いくつかの態様では、阻害剤は、全身にまたは処置される器官または組織に局部的に投与してよい。例示的な投与経路は、局所、注射（皮下、筋肉内、皮内、腹腔内、腫瘍内、および静脈内等）、経口、舌下、直腸内、経皮、鼻腔内、膣内、および吸入の経路等を含むが、それに限定されるわけではない。いくつかの態様では、投与の経路は、経口、非経口、直腸内、鼻腔内、局所、もしくは眼球内の経路、または吸入によるものである。いくつかの態様では、阻害剤は、経口投与される。いくつかの態様では、阻害剤は、カプセル剤、錠剤、および粉剤等の固体剤形、またはエリキシル剤、シロップ剤、および懸濁剤等の液体剤形で経口投与される。
一旦患者の疾患が改善したら、予防的または維持的処置用に用量を調整してよい。例えば、投薬量もしくは投与頻度またはこれらの両方を、症状に応じて、所望の治療または予防の効果が維持されるレベルに低減してよい。症状が適切なレベルまで緩和された場合、処置を停止してもよい。しかし、患者は、症状の任意の再発時には、長期的に断続的な処置を必要とする場合もある。また、患者は、長期的に慢性処置を必要とする場合もある。
B. 免疫療法または細胞療法の投与
本明細書で提供される方法、組成物、組み合わせ、キット、および使用のいくつかの態様では、併用療法は、療法、例えば、免疫療法または細胞療法等の細胞傷害性療法を対象に投与することを含む。いくつかの態様では、療法は、T細胞療法（例えば、CAR発現T細胞）またはT細胞エンゲージング療法である。このような療法は、記載されているような生存促進性BCL2ファミリータンパク質の1つまたは複数の阻害剤の投与の前、後、または同時に投与することができる。
1. T細胞エンゲージング療法
いくつかの態様では、免疫療法は、T細胞上で発現する表面分子に結合することができる結合分子であるかまたはそれを含むT細胞エンゲージング療法であるかまたはそれを含む。いくつかの態様では、表面分子は、T細胞受容体複合体の構成要素等、T細胞の活性化構成要素である。いくつかの態様では、表面分子は、CD3またはCD2である。いくつかの態様では、T細胞エンゲージング療法は、抗体もしくは抗原結合断片であるかまたはそれを含む。
いくつかの態様では、T細胞エンゲージング療法は、T細胞の活性化構成要素（例えば、T細胞表面分子、例えば、CD3またはCD2）に結合する少なくとも1つの抗原結合ドメインと、標的細胞上の表面抗原、例えば、腫瘍またはがん細胞上の表面抗原、例えば、CD19等の本明細書に記載の列挙された抗原のいずれかに結合する少なくとも1つの抗原結合ドメインとを含有する二重特異性抗体である。いくつかの態様では、このような抗体がその標的の両方に同時にまたはほぼ同時に結合することで、標的細胞とT細胞の間に一時的な相互作用が生じ、それによって、T細胞の例えば細胞傷害性活性が活性化され、続いて、標的細胞が溶解する。
いくつかの態様では、提供される方法、使用、製品に関連して、二重特異性T細胞エンゲージャー（BiTE）が使用される。いくつかの態様では、二重特異性T細胞エンゲージャーは、2つの特定の抗原（またはマーカーもしくはリガンド）に対する特異性を有する。いくつかの態様では、抗原は、特定の種類の細胞の表面上で発現する。特定の態様では、第1の抗原は、免疫細胞または遺伝子操作免疫細胞と会合し、そして、第2の抗原は、がん等の特定の疾患または病態の標的細胞と会合する。
2つの異なるハイブリドーマの融合（Milstein and Cuello, Nature 1983;305:537-540）およびヘテロ二官能性架橋剤を通した化学的テザリング（Staerz et al. Nature 1985; 314:628-631）を含む、二重特異性T細胞エンゲージャーを生成する方法が数多く知られている。例示的な二重特異性抗体T細胞エンゲージング分子の中には、柔軟性リンカーによって融合したタンデムscFv分子（例えば、Nagorsen and Bauerle, Exp Cell Res 317, 1255-1260 (2011)を参照；例えば、柔軟性リンカーを介して互いに融合し、そして、安定的に会合することができる第1および第2のサブユニットで構成されるFcドメインを更に含有するタンデムscFv分子（国際公開公報第2013026837号）；タンデムダイアボディを含む、ダイアボディおよびその誘導体（Holliger et al, Prot Eng 9, 299-305 (1996); Kipriyanov et al, J Mol Biol 293, 41-66 (1999)）；C末端ジスルフィド架橋を有するダイアボディフォーマットを含み得る二重親和性再ターゲティング（DART）分子；またはハイブリッドマウス／ラットIgG分子全体を含むトリオマブ（Seimetz et al, Cancer Treat Rev 36, 458-467 (2010)を含有するものがある。
ある特定の態様では、二重特異性T細胞エンゲージャーは、ポリペプチドコンストラクトによってコードされている分子である。ある特定の態様では、ポリペプチドコンストラクトは、免疫細胞または遺伝子操作免疫細胞の活性化部分に結合する抗原結合ドメインを含む第1の構成要素と、特定の疾患または病態（例えば、がん）に関連する表面抗原（例えば、標的または腫瘍関連抗原（TAA））に結合する抗原結合ドメインを含む第2の構成要素とを含有する。いくつかの態様では、第1のおよび第2の構成要素はリンカーによってカップリングされる。いくつかの態様では、第1の構成要素は、CD33シグナルペプチドをコードしているリーダー配列にカップリングされる。
いくつかの態様では、ポリペプチドは、N末端からC末端に向かって：T細胞の活性化部分に結合する抗原結合ドメインを含む第1の構成要素と、ペプチドリンカーと、疾患または病態（例えば、がん）に関連する表面抗原（例えば、標的または腫瘍関連抗原（TAA））に結合する抗原結合ドメインを含む第2の構成要素とを含有するコンストラクトである。
いくつかの局面では、T細胞の活性化構成要素は、CD3またはCD2等のT細胞表面分子である。いくつかの態様では、標的細胞の表面抗原は、腫瘍関連抗原（TAA）である。いくつかの局面では、TAAは、1つまたは複数のエピトープを含有する。いくつかの態様では、ペプチドリンカーは、切断可能なペプチドリンカーであるかまたはそれを含む。
いくつかの態様では、二重特異性T細胞エンゲージャーの第1の構成要素の抗原結合ドメインは、腫瘍の周辺における内因性免疫細胞上の受容体とエンゲージする。いくつかの態様では、内因性免疫細胞は、T細胞である。いくつかの局面では、内因性T細胞受容体のエンゲージメントにより、内因性T細胞が腫瘍に対してリダイレクトされる。いくつかの局面では、内因性T細胞受容体のエンゲージメントにより、腫瘍浸潤リンパ球（TIL）が腫瘍に動員される。いくつかの局面では、内因性T細胞受容体の会合により、内因性免疫レパートリーが活性化される。
いくつかの態様では、二重特異性T細胞エンゲージャーがその標的の両方（例えば、免疫細胞およびTAA）に同時にまたはほぼ同時に結合した結果、標的細胞とT細胞の間に一時的な相互作用が生じ、それによって、T細胞が活性化（例えば、細胞傷害性活性、サイトカイン放出）され、続いて、標的細胞が溶解する。
いくつかの態様では、二重特異性T細胞エンゲージャーの第1の構成要素は、T細胞の活性化構成要素に結合する抗原結合ドメインであるかまたはそれを含む。いくつかの態様では、T細胞の活性化構成要素は、表面分子である。いくつかの態様では、表面分子は、T細胞抗原であるかまたはそれを含む。例示的なT細胞抗原は、CD2、CD3、CD4、CD5、CD6、CD8、CD25、CD28、CD30、CD40、CD44、CD45、CD69、およびCD90を含むが、それに限定されるわけではない。いくつかの局面では、二重特異性T細胞エンゲージング分子とT細胞抗原との結合が、T細胞を刺激および／または活性化する。
いくつかの態様では、抗T細胞結合ドメインは、Fab断片、F(ab')2断片、Fv断片、scFv、scAb、dAb、単一ドメイン重鎖抗体、および単一ドメイン軽鎖抗体からなる群より選択される抗体またはその抗原結合断片を含む。
いくつかの態様では、二重特異性T細胞エンゲージャー上のT細胞結合ドメインは、抗CD3である。いくつかの局面では、抗CD3ドメインは、scFvである。いくつかの態様では、二重特異性T細胞エンゲージャーの抗CD3ドメインは、T細胞上の受容体におけるCD3複合体のサブユニットに結合する。いくつかの局面では、受容体は、内因性T細胞上にある。いくつかの態様では、受容体は、組み換え受容体を更に発現する遺伝子操作免疫細胞上にある。T細胞のCD3エンゲージメントの効果は、当技術分野において公知であり、そして、T細胞の活性化および他の下流の細胞シグナル伝達を含むが、それに限定されるわけではない。本明細書で提供される開示では、このような二重特異性T細胞エンゲージャーのいずれを使用してもよい。
いくつかの態様では、疾患または病態に関連する表面抗原に結合する抗原結合ドメインを含む二重特異性T細胞エンゲージャーの第2の構成要素は、腫瘍またはがんの抗原である。いくつかの態様では、二重特異性T細胞エンゲージャーが標的とする抗原の中には、養子細胞療法を介して標的とされる疾患、病態、または細胞の種類の状況で発現するものがある。疾患および病態の中には、増殖性、新生物性、および悪性の疾患および障害があり、血液がん、免疫系のがん、例えば、リンパ腫、白血病、および／または骨髄腫、例えばB、T、および骨髄性の白血病、リンパ腫、ならびに多発性骨髄腫を含むがんおよび腫瘍が含まれる。
いくつかの態様では、抗原は、αvβ6インテグリン（avb6インテグリン）、B細胞成熟抗原（BCMA）、B7-H3、B7-H6、炭酸脱水素酵素9（CA9；CAIXまたはG250としても知られている）、癌－精巣抗原、癌／精巣抗原1B（CTAG；NY-ESO-1およびLAGE-2としても知られている）、癌胎児抗原（CEA）、サイクリン、サイクリンA2、C-Cモチーフケモカインリガンド1（CCL-1）、CD19、CD20、CD22、CD23、CD24、CD30、CD33、CD38、CD44、CD44v6、CD44v7/8、CD123、CD133、CD138、CD171、コンドロイチン硫酸プロテオグリカン4（CSPG4）、上皮成長因子タンパク質（EGFR）、切断型上皮成長因子タンパク質（tEGFR）、III型上皮成長因子受容体変異（EGFRvIII）、上皮糖タンパク質2（EPG-2）、上皮糖タンパク質40（EPG-40）、エフリンB2、エフリン受容体A2（EPHa2）、エストロゲン受容体、Fc受容体様5（FCRL5；Fc受容体ホモログ5またはFCRH5としても知られている）、胎児アセチルコリン受容体（胎児AchR）、葉酸結合タンパク質（FBP）、葉酸受容体アルファ、ガングリオシドGD2、O-アセチル化GD2（OGD2）、ガングリオシドGD3、糖タンパク質100（gp100）、グリピカン-3（GPC3）、Gタンパク質共役受容体5D（GPCR5D）、Her2/neu（受容体型チロシンキナーゼerb-B2）、Her3（erb-B3）、Her4（erb-B4）、erbB二量体、ヒト高分子量メラノーマ関連抗原（HMW-MAA）、B型肝炎表面抗原、ヒト白血球抗原A1（HLA-A1）、ヒト白血球抗原A2（HLA-A2）、IL-22受容体アルファ（IL-22Rα）、IL-13受容体アルファ2（IL-13Rα2）、キナーゼ挿入ドメイン受容体（kdr）、カッパ軽鎖、L1細胞接着分子（L1-CAM）、L1-CAMのCE7エピトープ、ロイシンリッチリピート含有8ファミリーメンバーA（LRRC8A）、ルイスY、メラノーマ関連抗原（MAGE）-A1、MAGE-A3、MAGE-A6、MAGE-A10、メソセリン（MSLN）、c-Met、マウスサイトメガロウイルス（CMV）、ムチン1（MUC1）、MUC16、ナチュラルキラーグループ2メンバーD（NKG2D）リガンド、melan A（MART-1）、神経細胞接着分子（NCAM）、腫瘍胎児抗原、メラノーマ優先発現抗原（PRAME）、プロゲステロン受容体、前立腺特異的抗原、前立腺幹細胞抗原（PSCA）、前立腺特異的膜抗原（PSMA）、受容体型チロシンキナーゼ様オーファン受容体1（ROR1）、サバイビン、栄養膜糖タンパク質（TPBG；5T4としても知られている）、腫瘍関連糖タンパク質72（TAG72）、チロシナーゼ関連タンパク質1（TRP1；TYRP1またはgp75としても知られている）、チロシナーゼ関連タンパク質2（TRP2；ドパクロムトートメラーゼ、ドパクロムデルタイソメラーゼ、又はDCTとしても知られている）、血管内皮成長因子受容体（VEGFR）、血管内皮成長因子受容体2（VEGFR2）、ウィルムス腫瘍1（WT-1）、病原体特異的もしくは病原体発現抗原、またはユニバーサルタグ関連抗原、および／またはビオチン化分子、および／またはHIV、HCV、HBVもしくは他の病原体により発現される分子を含む。いくつかの態様における受容体が標的とする抗原は、多数の公知のB細胞マーカーのいずれか等、B細胞悪性腫瘍に関連する抗原を含む。いくつかの態様では、抗原は、CD20、CD19、CD22、ROR1、CD45、CD21、CD5、CD33、Igカッパ、Igラムダ、CD79a、CD79b、もしくはCD30であるかまたはそれを含む。いくつかの態様では、抗原は、CD19である。
いくつかの態様では、第1の抗原結合ドメインおよび第2の抗原結合ドメインを含む両抗原結合ドメインが、抗体または抗原結合断片を構成する。
用語「抗体」は、本明細書では最も広義の意味で使用され、そして、断片抗原結合（Fab）断片、F(ab')2断片、Fab'断片、Fv断片、組み換えIgG（rIgG）断片、抗原に特異的に結合することができる可変重鎖（VH）領域、一本鎖可変断片（scFv）を含む一本鎖抗体断片、および単一ドメイン抗体（例えば、sdAb、sdFv）、または断片を含む、インタクトな抗体および機能的な（抗原結合）抗体断片を含む、ポリクローナル抗体およびモノクローナル抗体を含む。該用語は、遺伝子操作および／または他の方法で改変された形態の免疫グロブリン、例えば、イントラボディ、ペプチボディ、キメラ抗体、完全ヒト抗体、ヒト化抗体、およびヘテロコンジュゲート抗体、多重特異性、例えば二重特異性抗体、ダイアボディ、トリアボディ、およびテトラボディ、タンデムジscFv、タンデムトリscFvを包含する。特に記載がない限り、用語「抗体」は、その機能的な抗体断片を包含すると理解されるべきである。また、該用語は、IgGおよびそのサブクラス、IgM、IgE、IgA、およびIgDを含む任意のクラスまたはサブクラスの抗体を含む、インタクトまたは完全長の抗体を包含する。
いくつかの態様では、抗原結合タンパク質、抗体およびその抗原結合断片は、完全長抗体の抗原を特異的に認識する。いくつかの態様では、抗体の重鎖および軽鎖は完全長であってもよく、または抗原結合部分（Fab、F(ab')2、Fv、または一本鎖Fv断片（scFv））であってもよい。他の態様では、抗体重鎖定常領域は、例えば、IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgM、IgA1、IgA2、IgD、およびIgEから選択され、具体的には、例えば、IgG1、IgG2、IgG3、およびIgG4から選択され、より具体的には、IgG1（例えば、ヒトIgG1）である。別の態様では、抗体軽鎖定常領域は、例えば、カッパまたはラムダから選択され、特にカッパである。
提供される抗体の中には、抗体断片がある。「抗体断片」とは、インタクトな抗体が結合する抗原に結合する該インタクトな抗体の一部を含む、インタクトな抗体以外の分子を指す。抗体断片の例は、Fv、Fab、Fab’、Fab'-SH、F(ab')2；ダイアボディ；線状抗体；可変重鎖（VH）領域、scFvおよび単一ドメインVH単一抗体等の一本鎖抗体分子；ならびに抗体断片から形成される多重特異性抗体を含むが、それに限定されるわけではない。特定の態様では、抗体は、scFv等の可変重鎖領域および／または可変軽鎖領域を含む一本鎖抗体断片である。
用語「可変領域」または「可変ドメイン」とは、抗体の抗原への結合に関与する抗体の重鎖または軽鎖のドメインを指す。ネイティブ抗体の重鎖および軽鎖の可変ドメイン（それぞれ、VHおよびVL）は、一般的に類似の構造を有し、各ドメインは、4つの保存フレームワーク領域（FR）および3つのCDRを含む。(例えば、Kindt et al. Kuby Immunology, 6th ed., W.H. Freeman and Co., page 91 (2007)を参照。単一のVHまたはVLドメインは、抗原結合特異性を付与するのに十分であり得る。更に、それぞれ相補的なVLまたはVHのドメインのライブラリをスクリーニングするために特定の抗原に結合する抗体由来のVHまたはVLのドメインを用いて、該抗原に結合する抗体を単離することができる。例えば、Portolano et al., J. Immunol.150:880-887 (1993); Clarkson et al., Nature 352:624-628 (1991)を参照。
単一ドメイン抗体（sdAb）は、抗体の重鎖可変ドメインの全てもしくは一部または軽鎖可変ドメインの全てもしくは一部を含む抗体断片である。ある特定の態様では、単一ドメイン抗体は、ヒト単一ドメイン抗体である。いくつかの態様では、二重特異性T細胞エンゲージャーは、本明細書に記載されているかまたは公知の標的抗原のいずれか等、腫瘍細胞またはがん細胞等、標的となる細胞または疾患のがんマーカーまたは細胞表面抗原等の抗原に特異的に結合する抗体重鎖ドメインを含む。例示的なシングルドメイン抗体は、sdFv、ナノボディ、VHH、またはVNARを含む。
抗体断片は、インタクトな抗体のタンパク質分解消化ならびに組換え宿主細胞による生成を含むがそれに限定されるわけではない、様々な技術によって作製することができる。いくつかの態様では、抗体は、組み換えにより生成された断片、例えば、2つまたはそれ以上の抗体の領域または鎖が合成リンカー、例えばペプチドリンカーによって接合されたもの等、天然には存在しない配置を含む断片、および／または天然に存在するインタクトな抗体の酵素消化では生成することができない断片等である。いくつかの態様では、抗体断片は、scFvである。
「ヒト化」抗体は、全てまたは実質的に全てのCDRアミノ酸残基が非ヒトCDRに由来し、そして、全てまたは実質的に全てのFRアミノ酸残基がヒトFRに由来する抗体である。ヒト化抗体は、任意で、ヒト抗体に由来する抗体定常領域の少なくとも一部を含んでいてもよい。非ヒト抗体の「ヒト化型」とは、親の非ヒト抗体の特異性および親和性を保持しながら、典型的にはヒトに対する免疫原性を低下させるためにヒト化を受けた非ヒト抗体のバリアントを指す。いくつかの態様では、例えば抗体の特異性または親和性を回復させるまたは改善するために、ヒト化抗体における一部のFR残基を非ヒト抗体（例えば、CDR残基が由来する抗体）における対応する残基で置換する。
ある特定の態様では、抗原結合ドメインは、一本鎖可変断片（scFv）である。いくつかの態様では、scFvは、重鎖および軽鎖を含有するタンデムscFvである。いくつかの態様では、重鎖および軽鎖は、ペプチドリンカーによって接続されている。いくつかの態様では、リンカーは、主にセリンおよびグリシンで構成される。いくつかの局面では、重鎖および軽鎖の連結によって、単一のポリペプチド抗原結合ドメインが形成される。
ある特定の態様では、二重特異性T細胞エンゲージャーの第1の抗原結合ドメインは、抗CD3 scFvである。ある特定の態様では、二重特異性T細胞エンゲージャーの第2の抗原結合ドメインは、抗CD19 scFvである。
いくつかの局面では、二重特異性T細胞エンゲージャーポリペプチドコンストラクトは、T細胞の活性化部分に結合する抗原結合ドメインを含む第1の構成要素を、特定の疾患または病態に関連する表面抗原（例えば、標的または腫瘍関連抗原（TAA））に結合する抗原結合ドメインを含む第2の構成要素に接合するリンカーを含有する。いくつかの局面では、リンカーは、短い、中程度の、または長いリンカーである。
いくつかの態様では、リンカーは、切断可能なペプチドリンカーである。いくつかの局面では、切断可能なリンカーは、プロテアーゼの基質となる配列を含む。いくつかの態様では、配列は、インビボ条件下で破壊され得る結合を含む。いくつかの場合では、リンカー配列は、生理学的環境に存在するプロテアーゼによって選択的に切断される。いくつかの局面では、環境は、腫瘍の微小環境から分離している。いくつかの態様では、プロテアーゼは、腫瘍の周辺部にみられる。
いくつかの態様では、選択的に切断可能なリンカーは、腫瘍と共局在しない細胞によって生成されるプロテアーゼによって切断される。いくつかの態様では、選択的に切断可能なリンカーは、腫瘍の微小環境に近接しているプロテアーゼによって切断されない。いくつかの態様では、プロテアーゼによってリンカーが切断されると、二重特異性T細胞エンゲージング分子は不活性になる。いくつかの態様では、プロテアーゼは、対象の循環血液中にみられる。いくつかの態様では、プロテアーゼは、内在性または外在性の凝固経路の一部である。いくつかの局面では、プロテアーゼは、セリンプロテアーゼである。いくつかの局面では、プロテアーゼは、トロンビン、第X因子、第XI因子、第XII因子、およびプラスミンを含むが、それに限定されるわけではない。
このような例示的な二重特異性抗体T細胞エンゲージャーの中には、柔軟性リンカーによって融合したタンデムscFv分子（例えば、Nagorsen and Bauerle, Exp Cell Res 317, 1255-1260 (2011)を参照；例えば、柔軟性リンカーを介して互いに融合し、そして、安定的に会合することができる第1および第2のサブユニットで構成されるFcドメインを更に含有するタンデムscFv分子（国際公開公報第2013026837号）；タンデムダイアボディを含む、ダイアボディおよびその誘導体（Holliger et al, Prot Eng 9, 299-305 (1996); Kipriyanov et al, J Mol Biol 293, 41-66 (1999)）；C末端ジスルフィド架橋を有するダイアボディフォーマットを含み得る二重親和性再ターゲティング（DART）分子；またはハイブリッドマウス／ラットIgG分子全体を含むトリオマブ（Seimetz et al, Cancer Treat Rev 36, 458-467 (2010)を含有する二重特異性T細胞エンゲージャー（BiTE）分子がある。いくつかの態様では、T細胞エンゲージング療法は、ブリナツモマブまたはAMG 330である。このようなT細胞エンゲージャーのいずれを、提供される方法で使用してもよい。
免疫系刺激因子および／またはT細胞エンゲージング療法は、例えば、ボーラス注入、注射、例えば、静脈内または皮下への注射、眼内注射、眼窩周囲注射、網膜下注射、硝子体内注射、経中隔注射、強膜下注射、脈絡膜内注射、前房内注射、結膜下（subconjectval）注射、結膜下注射、テノン嚢下注射、眼球後注射、眼球周囲注射、または後強膜近傍送達による等の任意の好適な手段によって投与することができる。いくつかの態様では、免疫療法は、非経口、肺内、および鼻腔内、そして局部的な処置が望ましい場合は、病巣内投与によって投与される。非経口注入は、筋肉内、静脈内、動脈内、腹腔内、胸腔内、頭蓋内、または皮下への投与を含む。
ある特定の態様では、1または複数の用量のT細胞エンゲージング療法が投与される。特定の態様では、0.001μgもしくは約0.001μgから、5,000μgもしくは約5,000μg（両端の値を含む）のT細胞エンゲージング療法が投与される。特定の態様では、0.001μg～1,000μg、0.001μg～1μg、0.01μg～1μg、0.1μg～10μg、0.01μg～1μg、0.1μg～5μg、0.1μg～50μg、1μg～100μg、10μg～100μg、50μg～500μg、100μg～1,000μg、1,000μg～2,000μg、もしくは2,000μg～5,000μg、または約0.001μg～1,000μg、約0.001μg～1μg、約0.01μg～1μg、約0.1μg～10μg、約0.01μg～1μg、約0.1μg～5μg、約0.1μg～50μg、約1μg～100μg、約10μg～100μg、約50μg～500μg、約100μg～1,000μg、約1,000μg～2,000μg、もしくは約2,000μg～5,000μgのT細胞エンゲージング療法が投与される。いくつかの態様では、T細胞エンゲージング療法の用量は、0.01μg/kg～100mg/kg、0.1μg/kg～10μg/kg、10μg/kg～50μg/kg、50μg/kg～100μg/kg、0.1mg/kg～1mg/kg、1mg/kg～10mg/kg,10mg/kg～100mg/kg、100mg/kg～500mg/kg、200mg/kg～300mg/kg、100mg/kg～250mg/kg、200mg/kg～400mg/kg、250mg/kg～500mg/kg、250mg/kg～750mg/kg、50mg/kg～750mg/kg、1mg/kg～10mg/kg、もしくは100mg/kg～1,000mg/kg、または約0.01μg/kg～100mg/kg、約0.1μg/kg～10μg/kg、約10μg/kg～50μg/kg、約50μg/kg～100μg/kg、約0.1mg/kg～1mg/kg、約1mg/kg～10mg/kg、10mg/kg～100mg/kg、約100mg/kg～500mg/kg、約200mg/kg～300mg/kg、約100mg/kg～250mg/kg、約200mg/kg～400mg/kg、約250mg/kg～500mg/kg、約250mg/kg～750mg/kg、約50mg/kg～750mg/kg、約1mg/kg～10mg/kg、もしくは約100mg/kg～1,000mg/kg（両端の値を含む）であるかまたはそれを含む。いくつかの態様では、T細胞エンゲージング療法の投与量は、少なくとも0.1μg/kg、0.5μg/kg、1μg/kg、5μg/kg、10μg/kg、20μg/kg、30μg/kg、40μg/kg、50μg/kg、60μg/kg、70μg/kg、80μg/kg、90μg/kg、0.1mg/kg、0.5mg/kg、1mg/kg、2.5mg/kg、5mg/kg、10mg/kg、15mg/kg、20mg/kg、25mg/kg、30mg/kg、35mg/kg、40mg/kg、45mg/kg、50mg/kg、55mg/kg、60mg/kg、65mg/kg、70mg/kg、75mg/kg、80mg/kg、85mg/kg、90mg/kg、95mg/kg、100mg/kg、200mg/kg、300mg/kg、400mg/kg、500mg/kg、600mg/kg、700mg/kg、800mg/kg、900mg/kg、もしくは1,000mg/kg、または少なくとも約0.1μg/kg、0.5μg/kg、1μg/kg、5μg/kg、10μg/kg、20μg/kg、30μg/kg、40μg/kg、50μg/kg、60μg/kg、70μg/kg、80μg/kg、90μg/kg、0.1mg/kg、0.5mg/kg、1mg/kg、2.5mg/kg、5mg/kg、10mg/kg、15mg/kg、20mg/kg、25mg/kg、30mg/kg、35mg/kg、40mg/kg、45mg/kg、50mg/kg、55mg/kg、60mg/kg、65mg/kg、70mg/kg、75mg/kg、80mg/kg、85mg/kg、90mg/kg、95mg/kg、100mg/kg、200mg/kg、300mg/kg、400mg/kg、500mg/kg、600mg/kg、700mg/kg、800mg/kg、900mg/kg、もしくは1,000mg/kg、または0.1μg/kg、0.5μg/kg、1μg/kg、5μg/kg、10μg/kg、20μg/kg、30μg/kg、40μg/kg、50μg/kg、60μg/kg、70μg/kg、80μg/kg、90μg/kg、0.1mg/kg、0.5mg/kg、1mg/kg、2.5mg/kg、5mg/kg、10mg/kg、15mg/kg、20mg/kg、25mg/kg、30mg/kg、35mg/kg、40mg/kg、45mg/kg、50mg/kg、55mg/kg、60mg/kg、65mg/kg、70mg/kg、75mg/kg、80mg/kg、85mg/kg、90mg/kg、95mg/kg、100mg/kg、200mg/kg、300mg/kg、400mg/kg、500mg/kg、600mg/kg、700mg/kg、800mg/kg、900mg/kg、もしくは1,000mg/kg、または約0.1μg/kg、0.5μg/kg、1μg/kg、5μg/kg、10μg/kg、20μg/kg、30μg/kg、40μg/kg、50μg/kg、60μg/kg、70μg/kg、80μg/kg、90μg/kg、0.1mg/kg、0.5mg/kg、1mg/kg、2.5mg/kg、5mg/kg、10mg/kg、15mg/kg、20mg/kg、25mg/kg、30mg/kg、35mg/kg、40mg/kg、45mg/kg、50mg/kg、55mg/kg、60mg/kg、65mg/kg、70mg/kg、75mg/kg、80mg/kg、85mg/kg、90mg/kg、95mg/kg、100mg/kg、200mg/kg、300mg/kg、400mg/kg、500mg/kg、600mg/kg、700mg/kg、800mg/kg、900mg/kg、もしくは1,000mg/kgである。特定の態様では、T細胞エンゲージング療法は、経口、静脈内、腹腔内、経皮、髄腔内、筋肉内、鼻腔内、経粘膜、皮下、または直腸に投与される。
2. 細胞療法
いくつかの態様では、療法、例えば細胞傷害性療法は、腫瘍またはがん等の病変の表面上で発現する分子を標的とする免疫細胞、例えばT細胞またはNK細胞等の細胞の投与であるかまたはそれを含む細胞ベースの療法である。いくつかの局面では、細胞療法は、腫瘍浸潤リンパ球（TIL）療法、ナチュラルキル（NK）細胞療法、トランスジェニックTCR療法、または組み換え受容体発現細胞療法であり、これは、任意でT細胞療法であり、任意でキメラ抗原受容体（CAR）発現細胞療法である。いくつかの態様では、T細胞療法は、キメラ抗原受容体（CAR）を発現するように遺伝子操作されたT細胞を投与することを含む。いくつかの局面では、T細胞療法は、B細胞悪性腫瘍、例えば慢性リンパ球性白血病（CLL）もしくは非ホジキンリンパ腫（NHL）またはそのサブタイプに関連する抗原等、がんに関連する抗原を特異的に認識および／または標的とするT細胞を含む養子T細胞療法である。いくつかの局面では、T細胞療法は、B細胞悪性腫瘍、例えば慢性リンパ球性白血病（CLL）に関連する抗原等、がんに関連する抗原を特異的に認識および／または標的とするT細胞を含む養子T細胞療法である。いくつかの局面では、T細胞療法は、B細胞悪性腫瘍、例えば小リンパ球性リンパ腫（SLL）に関連する抗原等、がんに関連する抗原を特異的に認識および／または標的とするT細胞を含む養子T細胞療法である。いくつかの局面では、T細胞療法は、抗原に結合する、例えば特異的に結合する抗原結合ドメインを含むキメラ抗原受容体（CAR）で遺伝子操作されたT細胞を含む。いくつかの場合では、T細胞療法の標的となる抗原は、CD19である。
いくつかの態様では、免疫細胞は、T細胞受容体（TCR）または他の抗原結合受容体を発現する。いくつかの態様では、免疫細胞は、トランスジェニックTCRまたはキメラ抗原受容体（CAR）等の組換え受容体を発現する。いくつかの態様では、細胞は、対象に対して自己である。いくつかの態様では、細胞は、対象と同種である。提供される方法で使用するためのこのような細胞療法、例えばT細胞療法の例示を以下に記載する。
いくつかの態様では、提供される細胞は、リガンド結合ドメインもしくはその結合断片を含有するものを含む組換え受容体、ならびにT細胞受容体（TCR）およびその構成要素、ならびに／またはキメラ抗原受容体（CAR）等の機能的な非TCR抗原受容体等の受容体を発現するおよび／または発現するように遺伝子操作される。いくつかの態様では、組換え受容体は、抗原に特異的に結合する細胞外リガンド結合ドメインを含有する。いくつかの態様では、組換え受容体は、抗原に特異的に結合する細胞外抗原認識ドメインを含有するCARである。いくつかの態様では、抗原等のリガンドは、細胞の表面上で発現するタンパク質である。いくつかの態様では、CARは、TCR様CARであり、そして、抗原は、TCRのように主要組織適合性複合体（MHC）分子の状況において細胞表面上で認識される、細胞内タンパク質のペプチド抗原等の加工されたペプチド抗原である。
いくつかの態様では、提供される方法に関連して使用するまたは投与するための細胞は、遺伝子操作受容体、例えばキメラ抗原受容体（CAR）等の遺伝子操作抗原受容体、またはT細胞受容体（TCR）を含有するまたは含有するように遺伝子操作される。組成物の中には、養子細胞療法用等、投与のための薬学的組成物および製剤がある。また、提供された方法、および／または提供された製品もしくは組成物を踏まえて、対象、例えば患者に細胞および組成物を投与する処置方法も提供される。
組み換え受容体を含有する遺伝子操作細胞を含む遺伝子操作細胞の中には、以下のセクションIIで説明されるものがある。CARおよび組換えTCRを含む組換え受容体、ならびに受容体を遺伝子操作し、そして、細胞に導入するための方法の例示は、例えば、国際公開公報第200014257号、国際公開公報第2013126726号、国際公開公報第2012/129514号、国際公開公報第2014031687号、国際公開公報第2013/166321号、国際公開公報第2013/071154号、国際公開公報第2013/123061号、米国特許出願公開第2002131960号、米国特許出願公開第2013287748号、米国特許出願公開第20130149337号、米国特許第6,451,995号、同第7,446,190号、同第8,252,592号、同第8,339,645号、同第8,398,282号、同第7,446,179号、同第6,410,319号、同第7,070,995号、同第7,265,209号、同第7,354,762号、同第7,446,191号、同第8,324,353号、および同第8,479,118号、ならびに欧州特許出願第2537416号に記載されているもの、ならびに／またはSadelain et al., Cancer Discov. 2013 April; 3(4): 388-398; Davila et al. (2013) PLoS ONE 8(4): e61338; Turtle et al., Curr. Opin. Immunol., 2012 October; 24(5): 633-39; Wu et al., Cancer, 2012 March 18(2): 160-75に記載されているものを含む。いくつかの局面では、遺伝子操作された抗原受容体は、米国特許第7,446,190号に記載されているCAR、および国際公開公報第2014055668 A1号に記載されているものを含む。
養子細胞療法のために細胞を投与する方法は公知であり、そして、提供される方法、組成物、および製品、およびキットと関連して使用することができる。例えば、養子T細胞療法の方法は、例えば、Gruenbergらの米国特許出願公開第2003/0170238号；Rosenbergの米国特許第4,690,915号；Rosenberg (2011) Nat Rev Clin Oncol．8(10):577-85)に記載されている。例えば、Themeli et al. (2013) Nat Biotechnol. 31(10): 928-933; Tsukahara et al. (2013) Biochem Biophys Res Commun 438(1): 84-9; Davila et al. (2013) PLoS ONE 8(4): e61338を参照。
いくつかの態様では、細胞療法を受ける予定の対象またはこのような対象に由来するサンプルから細胞を単離および／または他の方法で調製する細胞療法、例えば養子T細胞療法は、自己移植によって実行される。したがって、いくつかの局面では、細胞は、処置を必要とする対象、例えば患者に由来し、そして、細胞は、単離および加工の後、同じ対象に投与される。
いくつかの態様では、細胞療法、例えば養子T細胞療法は、細胞療法を受ける予定の対象または最終的に受ける対象以外の対象、例えば第1の対象から細胞を単離および／または他の方法で調製する同種移植によって実行される。このような態様では、細胞は、次いで、同じ種の異なる対象、例えば、第2の対象に投与される。いくつかの態様では、第1および第2の対象は、遺伝的に同一である。いくつかの態様では、第1および第2の対象は、遺伝的に類似している。いくつかの態様では、第2の対象は、第1の対象と同じHLAクラスまたはスーパータイプを発現する。
T細胞療法の細胞は、投与のために製剤化された組成物で投与されてもよく、あるいは、別々の投与のために製剤化された1つより多い組成物（例えば、2つの組成物）で投与されてもよい。細胞の用量は、特定の数もしくは相対数の細胞もしくは遺伝子操作細胞、および／またはCD4T細胞対CD8 T細胞等、規定の比もしくは組成の組成物内の2つもしくはそれ以上のサブタイプを含み得る。
細胞は、任意の好適な手段によって投与することができる。細胞は、腫瘍量の低減等の処置効果を達成するための投薬レジメンで投与される。投薬および投与は、細胞療法、例えばCAR T細胞療法等のT細胞療法の投与を開始する前、後、および／または同時に投与することができる、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤の投与スケジュールに部分的に依存し得る。細胞療法の様々な投薬スケジュールは、単回投与または様々な時点に及ぶ複数回投与、ボーラス投与、およびパルス注入を含むが、それに限定されるわけではない。
A. 組成物および製剤
いくつかの態様では、組換え抗原受容体、例えばCARまたはTCRで操作された細胞を含むT細胞療法などの細胞療法の細胞の用量は、薬学的組成物または製剤などの組成物または製剤として提供される。そのような組成物は、B細胞悪性腫瘍の治療などにおいて、提供される方法および/または提供される製品もしくは組成物に従って使用することができる。
「薬学的製剤」という用語は、その中に含まれる有効成分の生物学的活性が有効であることを可能にするような形態であり、および製剤が投与される対象に対して許容できないほどに毒性であるさらなる成分を含まない調製物を示す。
「薬学的に許容される担体」は、対象に対して非毒性である、有効成分以外の薬学的製剤中の成分を指す。薬学的に許容される担体には、緩衝剤、賦形剤、安定剤または防腐剤が含まれるが、これらに限定されるわけではない。
いくつかの態様では、操作されたT細胞（例えばCAR T細胞）などの細胞療法は、薬学的に許容される担体と共に製剤化される。いくつかの局面では、担体の選択は、一部には特定の細胞もしくは剤によって、および/または投与方法によって決定される。したがって、種々の適切な製剤が存在する。例えば、薬学的組成物は防腐剤を含み得る。適切な防腐剤としては、例えば、メチルパラベン、プロピルパラベン、安息香酸ナトリウム、および塩化ベンザルコニウムが挙げられ得る。いくつかの局面では、2つまたはそれ以上の防腐剤の混合物が使用される。防腐剤またはその混合物は、典型的には全組成物の約0.0001重量％から約2重量％の量で存在する。担体は、例えばRemington's Pharmaceutical Sciences 16th edition, Osol, A. Ed.（1980）に記載されている。薬学的に許容される担体は一般に、用いられる投与量および濃度でレシピエントに非毒性であり、以下のものが含まれるが、これらに限定されるわけではない:リン酸塩、クエン酸塩および他の有機酸などの緩衝剤;アスコルビン酸およびメチオニンを含む抗酸化剤;防腐剤（塩化オクタデシルジメチルベンジルアンモニウム、塩化ヘキサメトニウム、塩化ベンザルコニウム、塩化ベンゼトニウム、フェノール、ブチルもしくはベンジルアルコール、メチルもしくはプロピルパラベンなどのアルキルパラベン、カテコール、レゾルシノール、シクロヘキサノール、3-ペンタノールおよびm-クレゾールなど）;低分子量（約10残基未満）ポリペプチド;血清アルブミン、ゼラチンもしくは免疫グロブリンなどのタンパク質;ポリビニルピロリドンなどの親水性ポリマー;グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニンもしくはリジンなどのアミノ酸;単糖類、二糖類、およびグルコース、マンノースもしくはデキストリンを含む他の炭水化物;EDTAなどのキレート剤;スクロース、マンニトール、トレハロースもしくはソルビトールなどの糖類;ナトリウムなどの塩形成対イオン;金属錯体（例えばZn-タンパク質錯体）;ならびに/またはポリエチレングリコール（PEG）などの非イオン界面活性剤。
いくつかの局面では緩衝剤が組成物に含まれる。適切な緩衝剤としては、例えばクエン酸、クエン酸ナトリウム、リン酸、リン酸カリウム、ならびに他の様々な酸および塩が挙げられる。いくつかの局面では、2つまたはそれ以上の緩衝剤の混合物が使用される。緩衝剤またはその混合物は、典型的には全組成物の約0.001重量％から約4重量％の量で存在する。投与可能な薬学的組成物を調製するための方法は公知である。例示的な方法は、例えばRemington: The Science and Practice of Pharmacy, Lippincott Williams ＆Wilkins; 21st ed. （May 1,2005）においてより詳細に記載されている。
製剤は水溶液を含み得る。製剤または組成物はまた、それぞれの活性が互いに悪影響を及ぼさない場合、細胞または剤で治療される特定の適応症、疾患、または状態に有用な複数の活性成分を含み得る。そのような活性成分は、意図される目的に有効な量で組み合わせて適切に存在する。したがって、いくつかの態様では、薬学的組成物は、化学療法剤、例えばアスパラギナーゼ、ブスルファン、カルボプラチン、シスプラチン、ダウノルビシン、ドキソルビシン、フルオロウラシル、ゲムシタビン、ヒドロキシ尿素、メトトレキサート、パクリタキセル、リツキシマブ、ビンブラスチン、ビンクリスチンなどのような他の薬学的に活性な剤または薬物をさらに含む。
いくつかの態様で薬学的組成物は、治療上有効な量または予防上有効な量などの、疾患または状態を治療するために有効な量の細胞を含有する。いくつかの態様で治療有効性は、治療対象の定期的な評価によってモニタリングされる。数日間またはそれ以上にわたる反復投与については、状態に応じて、疾患の症状の所望の抑制が起こるまで、治療が繰り返される。しかしながら、他の投与レジメンも有用であり得、決定され得る。所望の投与量は、組成物の単回ボーラス投与によって、組成物の複数回ボーラス投与によって、または組成物の持続注入投与によって送達することができる。
細胞は、標準的な投与技術、製剤、および/または装置を用いて投与され得る。組成物の保存および投与のための、注射器およびバイアルなどの製剤および装置が提供される。細胞に関して、投与は自己由来または異種であり得る。例えば、免疫応答性細胞または前駆体は、一対象から得ることができ、同じ対象または異なる、適合性の対象に投与され得る。末梢血由来免疫応答性細胞またはそれらの子孫（例えばインビボ、エクスビボまたはインビトロ由来）は、カテーテル投与、全身注入、局所注入、静脈内注射、または非経口投与を含む局所注入によって投与することができる。治療用組成物（例えば遺伝子改変された免疫応答性細胞を含む薬学的組成物）を投与する場合、治療用組成物は一般に単位投与注射形態（溶液、懸濁液、エマルジョン）に製剤化される。
製剤には、経口投与、静脈内投与、腹腔内投与、皮下投与、肺投与、経皮投与、筋肉内投与、鼻腔内投与、口腔投与、舌下投与、または坐剤投与用のものが含まれる。いくつかの態様では、剤または細胞集団は非経口投与される。本明細書で使用される「非経口」という用語は、静脈内投与、筋肉内投与、皮下投与、直腸内投与、膣内投与、および腹腔内投与を含む。いくつかの態様では、剤または細胞集団は、静脈内、腹腔内、または皮下注射による末梢全身送達を用いて対象に投与される。
いくつかの態様で組成物は、いくつかの局面では選択されたpHに緩衝され得る、滅菌液体製剤、例えば等張水溶液、懸濁液、エマルジョン、分散液、または粘性組成物として提供される。液体製剤は通常、ゲル、他の粘性組成物、および固体組成物よりも調製が容易である。さらに、液体組成物は、特に注射によって投与するのにいくぶんより便利である。他方で、粘性組成物は、特定の組織とのより長い接触期間を提供する適切な粘度範囲内に製剤化することができる。液体または粘性組成物は担体を含むことができ、担体は、例えば水、食塩水、リン酸緩衝食塩水、ポリオール（例えばグリセロール、プロピレングリコール、液体ポリエチレングリコール）およびそれらの適切な混合物を含む溶媒または分散媒体であり得る。
滅菌注射溶液は、適切な担体、希釈剤、または賦形剤、例えば滅菌水、生理食塩水、グルコース、デキストロースなどとの混合物などの溶媒中に細胞を組み込むことによって調製することができる。
インビボ投与に使用される製剤は一般に無菌である。無菌性は、例えば滅菌濾過膜を通して濾過することによって容易に達成され得る。
B. 投薬
細胞は、任意の適切な手段、例えばボーラス注入によって、注射、例えば静脈内もしくは皮下注射、眼内注射、眼周囲注射、網膜下注射、硝子体内注射、経中隔注射、強膜下注射、脈絡膜内注射、前房内注射、結膜下注射、結膜下注射、テノン嚢下注射、眼球後注射、眼球周囲注射、または後傍強膜送達によって投与することができる。いくつかの態様では、それらは、非経口投与、肺内投与、および鼻腔内投与によって、ならびに局所治療のために所望する場合は、病巣内投与によって投与される。非経口注入には、筋肉内、静脈内、動脈内、腹腔内、または皮下投与が含まれる。いくつかの態様では、細胞の単回ボーラス投与によって所与の用量が投与される。いくつかの態様では、所与の用量は、例えば3日以下の期間にわたる細胞の複数回ボーラス投与によって、または細胞の持続注入投与によって投与される。いくつかの態様では、細胞用量の投与または任意のさらなる療法、例えばリンパ球除去療法、介入療法および/または併用療法の投与は、外来患者送達によって実施される。
疾患の治療のために、適切な投与量は、治療される疾患の種類、細胞または組換え受容体の種類、疾患の重症度および経過、過去の療法、対象の病歴および細胞に対する応答、ならびに主治医の裁量に依存し得る。組成物および細胞は、いくつかの態様では、一度にまたは一連の治療にわたって対象に適切に投与される。
いくつかの態様では、細胞の用量は、提供される方法に従って、および/または提供される製品もしくは組成物に従って対象に投与される。いくつかの態様では、用量のサイズまたはタイミングは、対象における特定の疾患または状態（例えばがん、例えばB細胞悪性腫瘍）に応じて決定される。いくつかの場合には、提供される説明を考慮して、特定の疾患の用量のサイズまたはタイミングは経験的に決定され得る。
いくつかの態様では、細胞の用量は、2×105細胞/kgもしくは約2×105細胞/kgから2×106細胞/kgもしくは約2×106細胞/kg、例えば4×105細胞/kgもしくは約4×105細胞/kgから1×106細胞/kgもしくは約1×106細胞/kg、または6×105細胞/kgもしくは約6×105細胞/kgから8×105細胞/kgもしくは約8×105細胞/kgを含む。いくつかの態様では、細胞の用量は、対象の体重1キログラム当たり（細胞/kg）2×105以下の細胞（例えばCAR発現細胞などの抗原発現細胞）、例えば3×105細胞/kg以下もしくは約3×105細胞/kg、4×105細胞/kg以下もしくは約4×105細胞/kg以下、5×105細胞/kg以下もしくは約5×105細胞/kg以下、6×105細胞/kg以下もしくは約6×105細胞/kg以下、7×105細胞/kg以下もしくは約7×105細胞/kg以下、8×105細胞/kg以下もしくは約8×105細胞/kg以下、9×105細胞/kg以下もしくは約9×105細胞/kg以下、1×106細胞/kg以下もしくは約1×106細胞/kg以下、または2×106細胞/kg以下もしくは約2×106細胞/kg以下を含む。いくつかの態様では、細胞の用量は、対象の体重1キログラム当たり（細胞/kg）少なくとも2×105細胞/kg（例えばCAR発現細胞などの抗原発現細胞）もしくは少なくとも約2×105細胞/kgもしくは2×105細胞/kgもしくは約2×105細胞/kg、例えば少なくとも3×105細胞/kgもしくは少なくとも約3×105細胞/kgもしくは3×105細胞/kgもしくは約3×105細胞/kg、少なくとも4×105細胞/kgもしくは少なくとも約4×105細胞/kgもしくは4×105細胞/kgもしくは約4×105細胞/kg、少なくとも5×105細胞/kgもしくは少なくとも約5×105細胞/kgもしくは5×105細胞/kgもしくは約5×105細胞/kg、少なくとも6×105細胞/kgもしくは少なくとも約6×105細胞/kgもしくは6×105細胞/kgもしくは約6×105細胞/kg、少なくとも7×105細胞/kgもしくは少なくとも約7×105細胞/kgもしくは7×105細胞/kgもしくは約7×105細胞/kg、少なくとも8×105細胞/kgもしくは少なくとも約8×105細胞/kgもしくは8×105細胞/kgもしくは約8×105細胞/kg、少なくとも9×105細胞/kgもしくは少なくとも約9×105細胞/kgもしくは9×105細胞/kgもしくは約9×105細胞/kg、少なくとも1×106細胞/kgもしくは少なくとも約1×106細胞/kgもしくは1×106細胞/kgもしくは約1×106細胞/kg、または少なくとも2×106細胞/kgもしくは少なくとも約2×106細胞/kgもしくは2×106細胞/kgもしくは約2×106細胞/kgを含む。
特定の態様では、細胞、または細胞のサブタイプの個々の集団は、100万個～1000億個もしくは約10万個～約1000億個の細胞の範囲で、および/または対象の体重1キログラム当たりその量の細胞で、例えば100万個～約500億個の細胞（例えば5百万個もしくは約5百万個の細胞、2500万個もしくは約2500万個の細胞、5億個もしくは約5億個の細胞、10億個もしくは約10億個の細胞、10億個もしくは約50億個の細胞、10億個もしくは約200億個の細胞、50億個もしくは約50億個の細胞、200億個もしくは約200億個の細胞、300億個もしくは約300億個の細胞、400億個もしくは約400億個の細胞、または前記値のいずれか2つによって定義される範囲）、100万個～500億個もしくは約100万個～約500億個の細胞（例えば100万個もしくは約500万個の細胞、2500万個もしくは約2500万個の細胞、5億個もしくは約5億個の細胞、10億個もしくは約10億個の細胞、50億個もしくは約50億個の細胞、200億個もしくは約200億個の細胞、300億個もしくは約300億個の細胞、400億個もしくは約400億個の細胞、または前記値のいずれか2つによって定義される範囲）、例えば1000万個～1000億個もしくは約1000万個～約1000億個の細胞（例えば2000万個もしくは約2000万個の細胞、3000万個もしくは約3000万個の細胞、4000万個もしくは約4000万個の細胞、6000万個もしくは約6000万個の細胞、7000万個もしくは約7000万個の細胞、8000万個もしくは約80000万個の細胞、9000万個もしくは約9000万個の細胞、100億個もしくは約100億個の細胞、250億個もしくは約250億個の細胞、500億個もしくは約500億個の細胞、750億個もしくは約750億個の細胞、900億個もしくは約900億個の細胞、または前記値のいずれか2つによって定義される範囲）の量で、およびいくつかの場合には、1億個の細胞～500億個の細胞もしくは約1億個の細胞～約500億個の細胞（例えば1億2000万個もしくは約1億2000万個の細胞、2億5000万個もしくは約2億5000万個の細胞、3億5000万個もしくは約3億5000万個の細胞、4億5000万個もしくは約4億5000万個の細胞、6億5000万個もしくは約6億5000万個の細胞、8億個もしくは約8億個の細胞、9億個もしくは約9億個の細胞、30億個もしくは約30億個の細胞、300億個もしくは約300億個の細胞、450億個もしくは約450億個の細胞）、またはこれらの範囲の間の任意の値および/または体重1キログラム当たりの任意の値の量で対象に投与される。投与量は、疾患もしくは障害および/または患者および/または他の治療に特有の属性に依存して異なり得る。
いくつかの態様では、細胞の用量は、1×105～5×108もしくは約1×105～約5×108の総CAR発現T細胞、1×105～2.5×108もしくは約1×105～約2.5×108の総CAR発現T細胞、1×105～1×108もしくは約1×105～約1×108の総CAR発現T細胞、1×105～5×107もしくは約1×105～約5×107の総CAR発現T細胞、1×105～2.5×107もしくは約1×105～約2.5×107の総CAR発現T細胞、1×105～1×107もしくは約1×105～約1×107の総CAR発現T細胞、1×105～5×106もしくは約1×105～約5×106の総CAR発現T細胞、1×105～2.5×106もしくは約1×105～約2.5×106の総CAR発現T細胞、1×105～1×106もしくは約1×105～約1×106の総CAR発現T細胞、1×106～5×108もしくは約1×106～約5×108の総CAR発現T細胞、1×106～2.5×108もしくは約1×106～約2.5×108の総CAR発現T細胞、1×106～1×108もしくは約1×106～約1×108の総CAR発現T細胞、1×106～5×107もしくは約1×106～約5×107の総CAR発現T細胞、1×106～2.5×107もしくは約1×106～約2.5×107の総CAR発現T細胞、1×106～1×107もしくは約1×106～約1×107の総CAR発現T細胞、1×106～5×106もしくは約1×106～約5×106の総CAR発現T細胞、1×106～2.5×106もしくは約1×106～約2.5×106の総CAR発現T細胞、2.5×106～5×108もしくは約2.5×106～約5×108の総CAR発現T細胞、2.5×106～2.5×108もしくは約2.5×106～約2.5×108の総CAR発現T細胞、2.5×106～1×108もしくは約2.5×106～約1×108の総CAR発現T細胞、2.5×106～5×107もしくは約2.5×106～約5×107の総CAR発現T細胞、2.5×106～2.5×107もしくは約2.5×106～約2.5×107の総CAR発現T細胞、2.5×106～1×107もしくは約2.5×106～約1×107の総CAR発現T細胞、2.5×106～5×106もしくは約2.5×106～約5×106の総CAR発現T細胞、5×106～5×108もしくは約5×106～約5×108の総CAR発現T細胞、5×106～2.5×108もしくは約5×106～約2.5×108の総CAR発現T細胞、5×106～1×108もしくは約5×106～約1×108の総CAR発現T細胞、5×106～5×107もしくは約5×106～約5×107の総CAR発現T細胞、5×106～2.5×107もしくは約5×106～約2.5×107の総CAR発現T細胞、5×106～1×107もしくは約5×106～約1×107の総CAR発現T細胞、1×107～5×108もしくは約1×107～約5×108の総CAR発現T細胞、1×107～2.5×108もしくは約1×107～約2.5×108の総CAR発現T細胞、1×107～1×108もしくは約1×107～約1×108の総CAR発現T細胞、1×107～5×107もしくは約1×107～約5×107の総CAR発現T細胞、1×107～2.5×107もしくは約1×107～約2.5×107の総CAR発現T細胞、2.5×107～5×108もしくは約2.5×107～約5×108の総CAR発現T細胞、2.5×107～2.5×108もしくは約2.5×107～約2.5×108の総CAR発現T細胞、2.5×107～1×108もしくは約2.5×107～約1×108の総CAR発現T細胞、2.5×107～5×107もしくは約2.5×107～約5×107の総CAR発現T細胞、5×107～5×108もしくは約5×107～約5×108の総CAR発現T細胞、5×107～2.5×108もしくは約5×107～約2.5×108の総CAR発現T細胞、5×107～1×108もしくは約5×107～約1×108の総CAR発現T細胞、1×108～5×108もしくは約1×108～約5×108の総CAR発現T細胞、1×108～2.5×108もしくは約1×108～約2.5×108の総CAR発現T細胞、2.5×108～5×108もしくは約2.5×108～約5×108の総CAR発現T細胞を含む。
いくつかの態様では、細胞の用量は、少なくとも1×105もしくは少なくとも約1×105のCAR発現細胞、少なくとも2.5×105もしくは少なくとも約2.5×105のCAR発現細胞、少なくとも5×105もしくは少なくとも約5×105のCAR発現細胞、少なくとも1×106もしくは少なくとも約1×106のCAR発現細胞、少なくとも2.5×106もしくは少なくとも約2.5×106のCAR発現細胞、少なくとも5×106もしくは少なくとも約5×106のCAR発現細胞、少なくとも1×107もしくは少なくとも約1×107のCAR発現細胞、少なくとも2.5×107もしくは少なくとも約2.5×107のCAR発現細胞、少なくとも5×107もしくは少なくとも約5×107のCAR発現細胞、少なくとも1×108もしくは少なくとも約1×108のCAR発現細胞、少なくとも2.5×108もしくは少なくとも約2.5×108のCAR発現細胞、または少なくとも5×108もしくは少なくとも約5×108のCAR発現細胞を含む。
いくつかの態様では、細胞の用量は、細胞の用量が対象の体表面積または体重にしばられないまたは基づかないように、細胞の均一な用量または細胞の固定された用量である。
いくつかの態様では、例えば対象がヒトである場合、用量は、5×108未満もしくは約5×108未満の総組換え受容体（例えばCAR）発現細胞、T細胞、または末梢血単核細胞（PBMC）、例えば1×106～5×108もしくは約1×106～約5×108の範囲のそのような細胞、例えば2×106もしくは約2×106、5×106もしくは約5×106、1×107もしくは約1×107、5×107もしくは約5×107、1×108もしくは約1×108、2×108もしくは約2×108、3×108もしくは約3×108、4×108もしくは約4×108、5×108もしくは約5×108のそのような総細胞、または前記値のいずれか2つの間の範囲のそのような細胞を含む。いくつかの態様では、対象がヒトである場合、用量は、1×106～3×108もしくは約1×106～約3×108の総組換え受容体（例えばCAR）発現細胞、例えば1×107～2×108もしくは約1×107～約2×108の範囲のそのような細胞、例えば1×107もしくは約1×107、5×107もしくは約5×107、1×108もしくは約1×108、または1.5×108もしくは約1.5×108のそのような総細胞、または前記値のいずれか2つの間の範囲のそのような総細胞を含む。いくつかの態様では、患者は複数用量を投与され、それぞれの用量または総用量は、前記値のいずれかの範囲内であり得る。いくつかの態様では、細胞の用量は、それぞれ両端の値を含む、1×105～5×108もしくは約1×105～約5×108の総組換え受容体（例えばCAR）発現T細胞もしくは総T細胞、1×105～1×108もしくは約1×105～約1×108の総組換え受容体（例えばCAR）発現T細胞もしくは総T細胞、5×105～1×107もしくは約5×105～約1×107の総組換え受容体（例えばCAR）発現T細胞もしくは総T細胞、または1×106～1×107もしくは約1×106～約1×107の総組換え受容体（例えばCAR）発現T細胞もしくは総T細胞の投与を含む。いくつかの態様では、細胞の用量は、2.5×107もしくは約2.5×107からの総組換え受容体（例えばCAR）発現T細胞の投与を含む。いくつかの態様では、細胞の用量は、1×108もしくは約1×108からの総組換え受容体（例えばCAR）発現T細胞の投与を含む。
いくつかの態様では、用量のT細胞は、CD4＋T細胞、CD8＋T細胞、またはCD4＋およびCD8＋T細胞を含む。
いくつかの態様では、例えば、対象がヒトである場合、CD4＋およびCD8＋T細胞を含む用量中を含む、用量のCD8＋T細胞は、1×106～1×108もしくは約1×106～約1×108の総組換え受容体（例えばCAR）発現CD8＋細胞、例えば5×106～1×108もしくは約5×106～約1×108のそのような細胞、例えば1×107もしくは約1×107のそのような細胞、2.5×107もしくは約2.5×107、5×107もしくは約5×107、7.5×107もしくは約7.5×107、1×108もしくは約1×108、または1.5×108もしくは約1.5×108、または5×108もしくは約5×108のそのような総細胞、または前記値のいずれか2つの間の範囲のそのような細胞を含む。いくつかの態様では、患者は複数用量を投与され、それぞれの用量または総用量は、前記値のいずれかの範囲内であり得る。いくつかの態様では、細胞の用量は、それぞれ両端の値を含む、1×107～0.75×108または約1×107～約0.75×108の総組換え受容体発現CD8＋T細胞、1×107～2.5×107または約1×107～約2.5×107の総組換え受容体発現CD8＋T細胞、1×107～0.75×108または約1×107～約0.75×108の総組換え受容体発現CD8＋T細胞の投与を含む。いくつかの態様では、細胞の用量は、1×107もしくは約1×107、2.5×107もしくは約2.5×107、5×107もしくは約5×107、7.5×107もしくは約7.5×107、1×108もしくは約1×108、1.5×108もしくは約1.5×108、または5×108もしくは約5×108の総組換え受容体発現CD8＋T細胞の投与を含む。
いくつかの態様では、例えば、対象がヒトである場合、CD4＋およびCD8＋T細胞を含む用量中を含む、用量のCD4＋T細胞は、1×106～1×108もしくは約1×106～約1×108の総組換え受容体（例えばCAR）発現CD4＋細胞、例えば5×106～1×108もしくは約5×106～約1×108のそのような細胞、例えば1×107もしくは約1×107、2.5×107もしくは約2.5×107、5×107もしくは約5×107、7.5×107もしくは約7.5×107、1×108もしくは約1×108、1.5×108もしくは約1.5×108、または5×108もしくは約5×108のそのような総細胞、または前記値のいずれか2つの間の範囲のそのような細胞を含む。いくつかの態様では、患者は複数用量を投与され、それぞれの用量または総用量は、前記値のいずれかの範囲内であり得る。いくつかの態様では、細胞の用量は、それぞれ両端の値を含む、1×107～0.75×108または約1×107～約0.75×108の総組換え受容体発現CD4＋T細胞、1×107～2.5×107または約1×107～約2.5×107の総組換え受容体発現CD4＋T細胞、1×107～0.75×108または約1×107～約0.75×108の総組換え受容体発現CD4＋T細胞の投与を含む。いくつかの態様では、細胞の用量は、1×107もしくは約1×107、2.5×107もしくは約2.5×107、5×107もしくは約5×107、7.5×107もしくは約7.5×107、1×108もしくは約1×108、1.5×108もしくは約1.5×108、または5×108もしくは約5×108の総組換え受容体発現CD4＋T細胞の投与を含む。
いくつかの態様では、細胞、例えば組換え受容体発現T細胞）の用量は、単一用量として対象に投与されるか、または2週間、1ヶ月、3ヶ月、6ヶ月、1年もしくはそれ以上の期間内に1回だけ投与される。
養子細胞療法の文脈において、所与の「用量」の投与は、単一組成物としての所与の量または数の細胞の投与、および/または単一の中断されない投与、例えば単回注射もしくは持続注入としての所与の量または数の細胞の投与を包含し、また、3日以下などの指定される期間にわたって複数の個別の組成物または注入で提供される、分割用量としてまたは複数の組成物としての所与の量または数の細胞の投与も包含する。したがって、いくつかの状況では、用量は、ある1つの時点で与えられるかまたは開始される、指定される数の細胞の単回投与または連続投与である。しかしながら、いくつかの状況では、用量は、3日間もしくは2日間の1日1回などの3日以下の期間にわたる複数回の注射もしくは注入で、または1日の期間にわたる複数回の注入によって投与される。
したがって、いくつかの局面では、用量の細胞は単一の薬学的組成物で投与される。いくつかの態様では、用量の細胞は、用量の細胞を集合的に含む複数の組成物で投与される。
「分割用量」という用語は、1日を超えて投与されるように分割されている用量を指す。この種の投与は本発明の方法に包含され、単一用量であると見なされる。
したがって、細胞の用量は、分割用量として、例えば経時的に投与される分割用量として投与され得る。例えば、いくつかの態様では、用量は、2日間または3日間にわたって対象に投与され得る。分割投与のための例示的な方法は、1日目に用量の25％を投与し、2日目に用量の残りの75％を投与する工程を含む。他の態様では、1日目に用量の33％を投与し、2日目に残りの67％を投与し得る。いくつかの局面では、1日目に用量の10％を投与し、2日目に用量の30％を投与し、3日目に用量の60％を投与する。いくつかの態様では、分割用量は3日間を超えない。
いくつかの態様では、用量の細胞は、それぞれが用量の一部の細胞を含む、第1および第2、任意でそれ以上などの、複数の組成物または溶液の投与によって投与され得る。いくつかの局面では、それぞれが細胞の異なる集団および/またはサブタイプを含む複数の組成物は、別々にまたは独立して、任意で特定の期間内に投与される。例えば、細胞の集団またはサブタイプは、それぞれCD8＋およびCD4＋T細胞、ならびに/またはそれぞれCD8＋および/またはCD4＋に富む集団、例えばそれぞれ個別に組換え受容体を発現するように遺伝子操作された細胞を含むCD4＋および/またはCD8＋T細胞を含み得る。いくつかの態様では、用量の投与は、用量のCD8＋T細胞または用量のCD4＋T細胞を含む第1の組成物の投与、ならびに用量のCD4＋T細胞およびCD8＋T細胞の他方を含む第2の組成物の投与を含む。
いくつかの態様では、組成物または用量の投与、例えば複数の細胞組成物の投与は、細胞組成物を別々に投与することを含む。いくつかの局面では、別々の投与は、同時に、または任意の順序で連続的に行われる。いくつかの態様では、用量は、第1の組成物と第2の組成物を含み、第1の組成物と第2の組成物は、0～12時間もしくは約0～約12時間の間隔で、0～6時間もしくは約0～約6時間の間隔で、または0～2時間もしくは約0～約2時間の間隔で投与される。いくつかの態様では、第1の組成物の投与開始と第2の組成物の投与開始は、2時間以内もしくは約2時間以内、1時間以内もしくは約1時間以内、または30分以内もしくは約30分以内、15分以内もしくは約15分以内、10分以内もしくは約10分以内、または5分以内もしくは約5分以内の間隔で行われる。いくつかの態様では、第1の組成物の投与の開始および/または完了ならびに第2の組成物の投与の完了および/または開始は、2時間以内もしくは約2時間以内、1時間以内もしくは約1時間以内、または30分以内もしくは約30分以内、15分以内もしくは約15分以内、10分以内もしくは約10分以内、または5分以内もしくは約5分以内の間隔で行われる。
いくつかの態様では、第1の組成物と第2の組成物は、対象への投与の前に混合される。いくつかの態様では、第1の組成物と第2の組成物は、投与の少し前に（例えば6時間以内もしくは約6時間以内、5時間以内もしくは約5時間以内、4時間以内もしくは約4時間以内、3時間以内もしくは約3時間以内、2時間以内もしくは約2時間以内、1.5時間以内もしくは約1.5時間以内、1時間以内もしくは約1時間以内、または0.5時間以内もしくは約0.5時間以内に）混合される。いくつかの態様では、第1の組成物と第2の組成物は、投与の直前に混合される。
いくつかの組成物では、第一の組成物、例えば前記用量の第一の組成物はCD4＋T細胞を含む。いくつかの組成物では、第一の組成物、例えば前記用量の第一の組成物はCD8＋T細胞を含む。いくつかの態様では、第一の組成物は第二の組成物の前に投与される。
いくつかの態様では、細胞の用量または組成物は、組換え受容体を発現するCD4＋細胞対組換え受容体を発現するCD8＋細胞、および/またはCD4＋細胞対CD8＋細胞の定義された比率または標的比率を含み、この比率は、任意で約1:1であるか、または約1:3～約3:1、例えば約1:1である。いくつかの局面では、異なる細胞集団の標的または所望の比率（例えばCD4＋:CD8＋比またはCAR＋CD4＋:CAR＋CD8＋比、例えば1:1）を有する組成物または用量の投与は、一方の集団を含む細胞組成物の投与、次いで他方の集団を含む別の細胞組成物の投与を含み、投与は標的または所望の比率またはそれに近い比率においてである。いくつかの局面において、定義された比率での細胞の用量または組成物の投与により、T細胞療法の改善された拡大、持続性および/または抗腫瘍活性がもたらされる。
いくつかの態様において、対象は、細胞の多数の用量、例えば、2つ以上の用量または多数の連続する用量を受ける。いくつかの態様において、2つの用量が対象に投与される。いくつかの態様において、対象は、連続する用量、例えば、2回目の用量を、最初の用量のおよそ4日後に、5日後に、6日後に、7日後に、8日後に、9日後に、10日後に、11日後に、12日後に、13日後に、14日後に、15日後に、16日後に、17日後に、18日後に、19日後に、20日後に、または21日後に受ける。いくつかの態様において、多数の連続する用量が最初の用量の後で投与され、その結果、さらなる1つまたは複数の用量が、前記連続する用量の投与の後で投与されるようにされる。いくつかの局面において、さらなる用量で対象に投与される細胞の数は、最初の用量および/または連続する用量と同じであり、あるいは類似している。いくつかの態様において、前記さらなる1つまたは複数の用量は以前の用量よりも大きい。
いくつかの局面において、最初の用量および/または連続する用量の大きさが、1つまたは複数の基準に基づいて、例えば、先行処置（例えば、化学療法）に対する対象の応答、対象における疾患負荷（例えば、腫瘍の量、嵩、大きさ、または転移の程度、範囲、もしくはタイプなど）、病期、ならびに/あるいは対象が毒性転帰（例えば、CRS、マクロファージ活性化症候群、腫瘍崩壊症候群、神経毒性、ならびに/あるいは細胞および/または組換え受容体が投与されることに対する宿主免疫応答）を発達させる可能性または発生頻度などに基づいて決定される。
いくつかの局面において、最初の用量の投与と、連続する用量の投与との間の期間が、約9日～約35日、約14日～約28日、または15日～27日である。いくつかの態様において、連続する用量の投与が、最初の用量を投与した後の約14日超で、約28日未満である時点においてである。いくつかの局面において、最初の用量と、連続する用量との間の期間が、約21日である。いくつかの態様において、さらなる1つまたは複数の用量（例えば、連続する用量）が、連続する用量を投与した後で投与される。いくつかの局面において、さらなる連続する1つまたは複数の用量は、以前の用量を投与した後の少なくとも約14日で、かつ約28日未満で投与される。いくつかの態様において、さらなる用量は、以前の用量の後の約14日未満で投与され、例えば、以前の投与の4日後に、5日後に、6日後に、7日後に、8日後に、9日後に、10日後に、11日後に、12日後に、または13日後に投与される。いくつかの態様において、用量は前回用量の後の約14日未満で投与されず、および/または、用量は前回用量の後の約28日を超えて投与されない。
いくつかの態様において、細胞（例えば、組換え受容体発現細胞）の用量は、T細胞の最初の用量と、T細胞の1つの連続する用量とを含む2つの用量（例えば、2回分の用量）を含み、この場合、最初の用量および2回目の用量の一方または両方がT細胞の分割用量の投与を含む。
いくつかの態様では、細胞の用量は一般に、疾患負荷を軽減するうえで有効であるのに十分な量である。
いくつかの態様では、細胞は所望の投与量で投与され、これは、いくつかの局面では所望の用量もしくは数の細胞もしくは細胞型（複数可）および/または所望の比率の細胞型を含む。したがって、いくつかの態様では細胞の投与量は、細胞の総数（または体重1kg当たりの数）および個々の集団またはサブタイプの所望の比率、例えばCD4＋対CD8＋比に基づく。いくつかの態様では、細胞の投与量は、個々の集団または個々の細胞型における細胞の所望の総数（または体重1kg当たりの数）に基づく。いくつかの態様では、投与量は、個々の集団における全細胞の所望の数、所望の比率、および細胞の所望の総数などの特徴の組み合わせに基づく。
いくつかの態様では、CD8＋およびCD4＋T細胞などの細胞の集団またはサブタイプは、T細胞の所望の用量などの全細胞の所望の用量の許容差でまたは許容差内で投与される。いくつかの態様では、所望の用量は、細胞の所望の数または細胞が投与される対象の単位体重当たりの細胞の所望の数、例えば細胞/kgである。いくつかの局面では、所望の用量は、細胞の最小数もしくは最小数より上、または単位体重当たりの細胞の最小数もしくは最小数より上である。いくつかの局面では、所望の用量で投与される全細胞のうち、個々の集団またはサブタイプは、所望の産生比（CD4＋対CD8＋比など）またはそれに近い比率で、例えばそのような比のある特定の許容差内または誤差内で存在する。
いくつかの態様では、細胞は、所望の用量のCD4＋細胞および/または所望の用量のCD8＋細胞などの、1つまたは複数の個々の集団またはサブタイプの細胞の所望の用量の許容差でまたは許容範囲内で投与される。いくつかの局面では、所望の用量は、サブタイプまたは集団の細胞の所望の数、または細胞が投与される対象の単位体重当たりのそのような細胞の所望の数、例えば細胞/kgである。いくつかの局面では、所望の用量は、集団もしくはサブタイプの細胞の最小数もしくは最小数より上、または単位体重当たりの集団もしくはサブタイプの細胞の最小数もしくは最小数より上である。
したがって、いくつかの態様では、投与量は、全細胞の所望の固定用量および所望の比率に基づき、ならびに/または個々のサブタイプもしくは亜集団の1つもしくは複数、例えば各々の、所望の固定用量に基づく。したがって、いくつかの態様では、投与量は、T細胞の所望の固定用量もしくは最小用量およびCD4＋対CD8＋細胞の所望の比率に基づき、ならびに/またはCD4＋および/またはCD8＋細胞の所望の固定用量もしくは最小用量に基づく。
いくつかの態様では、細胞は、CD4＋およびCD8＋細胞またはサブタイプなどの複数の細胞集団またはサブタイプの所望の産生比の許容範囲でまたは許容範囲内で投与される。いくつかの局面では、所望の比率は特定の比率であり得るかまたは比率の範囲であり得、例えばいくつかの態様では、所望の比率（例えばCD4＋対CD8＋細胞の比率）は、5:1～5:1もしくは約5:1～約5:1（もしくは約1:5より大きく約5:1より小さい）、または1:3～3:1もしくは約1:3～約3:1（もしくは約1:3より大きく約3:1より小さい）、例えば2:1～1:5もしくは約2:1～約1:5（もしくは約1:5より大きく約2:1より小さい、例えば5:1、4.5:1、4:1、3.5:1、3:1、2.5:1、2:1、1.9:1、1.8:1、1.7:1、1.6:1、1.5:1、1.4:1、1.3:1、1.2:1、1.1:1、1:1、1:1.1、1:1.2、1:1.3、1:1.4、1:1.5、1:1.6、1:1.7、1:1.8、1:1.9、1:2、1:2.5、1:3、1:3.5、1:4、1:4.5、もしくは1:5、またはおよそ前記比率である。いくつかの局面では、許容差は、所望の比率の約1％、約2％、約3％、約4％、約5％、約10％、約15％、約20％、約25％、約30％、約35％、約40％、約45％、約50％以内であり、これらの範囲の間の任意の値を含む。
特定の態様では、細胞の数および/または濃度は、組換え受容体（例えばCAR）発現細胞の数を指す。他の態様では、細胞の数および/または濃度は、投与されるすべての細胞、T細胞、または末梢血単核細胞（PBMC）の数または濃度を指す。
いくつかの局面では、投与量のサイズは、以前の治療、例えば化学療法に対する対象の応答、対象における疾患負荷、例えば腫瘍の量、体積、大きさ、または転移の程度、範囲もしくは種類、病期、および/または毒性転帰、例えばCRS、マクロファージ活性化症候群、腫瘍溶解症候群、神経毒性を発症する対象の可能性もしくは発生率、ならびに/または投与される細胞および/もしくは組換え受容体に対する宿主の免疫応答などの、1つまたは複数の基準に基づいて決定される。
いくつかの態様では、方法はまた、キメラ抗原受容体（CAR）を発現する細胞の1つもしくは複数の用量および/もしくはリンパ球除去療法を投与する工程を含み、ならびに/または方法の1つもしくは複数の工程が繰り返される。いくつかの態様では、1つまたは複数のさらなる用量は、初期用量と同じである。いくつかの態様では、1つまたは複数のさらなる用量は、初期用量とは異なり、例えば初期用量より高い、例えば2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍もしくは10倍もしくはそれ以上高いか、または初期用量より低い、例えば2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍もしくは10倍もしくはそれ以上低い。いくつかの態様では、1つまたは複数のさらなる用量の投与は、初期治療または任意の以前の治療に対する対象の応答、例えば対象における疾患負荷、例えば腫瘍の量、体積、大サイズ、または転移の程度、範囲もしくは種類、病期、ならびに/または毒性転帰、例えばCRS、マクロファージ活性化症候群、腫瘍溶解症候群、神経毒性、ならびに/または投与される細胞および/もしくは組換え受容体に対する宿主の免疫応答を発症する対象の可能性または発生率に基づいて決定される。
細胞の投与に続いて、いくつかの態様では操作された細胞集団の生物学的活性を、例えば多くの公知の方法のいずれかによって測定する。評価するパラメーターには、インビボでは、例えば画像化による、またはエクスビボでは、例えばELISAもしくはフローサイトメトリーによる、操作されたもしくは天然のT細胞または他の免疫細胞の抗原への特異的結合が含まれる。特定の態様では、操作された細胞が標的細胞を破壊する能力を、任意の適切な公知の方法を使用して、例えばKochenderfer et al., J. Immunotherapy, 32（7）: 689-702（2009）、およびHerman et al. J. Immunological Methods, 285（1）: 25-40（2004）に記載されている細胞毒性アッセイを使用して測定することができる。特定の態様では、細胞の生物学的活性は、CD107a、IFNγ、IL-2、およびTNFなどの1つまたは複数のサイトカインの発現および/または分泌を検定することによって測定される。いくつかの局面では、生物学的活性は、腫瘍負荷または腫瘍量の減少などの臨床転帰を評価することによって測定される。
C. リンパ球枯渇処置
いくつかの局面において、提供された方法は、1つまたは複数のリンパ球枯渇療法を、例えば、細胞傷害性療法、例えばT細胞療法（例えば、CAR発現T細胞）の投与の開始前または開始と同時などにおいて投与することをさらに含むことができる。いくつかの態様において、リンパ球枯渇療法は、ホスファミド（例えば、シクロホスファミドなど）を投与することを含む。いくつかの態様において、リンパ球枯渇療法は、フルダラビンを投与することを含むことができる。
いくつかの局面において、対象を免疫枯渇（例えば、リンパ球枯渇）療法によりプレコンディショニングすることは養子細胞療法（ACT）の効果を改善することができる。シクロスポリンおよびフルダラビンの組み合わせを含めて、リンパ球枯渇剤によるプレコンディショニングは、移入された細胞の応答および/または持続性を改善するためにであることを含めて、細胞療法における移入された腫瘍浸潤リンパ球（TIL）細胞の効力を改善することにおいてこれまで効果的であった。例えば、Dudley et al., Science, 298, 850-54（2002）; Rosenberg et al., Clin Cancer Res, 17（13）:4550-4557（2011）を参照のこと。同様に、CAR＋T細胞の状況において、いくつかの研究が、様々なリンパ球枯渇剤を、最も一般的にはシクロホスファミド、フルダラビン、ベンダムスチン、またはそれらの組み合わせを、時には低線量の照射を伴って組み入れている。Han et al. Journal of Hematology & Oncology, 6:47（2013）; Kochenderfer et al., Blood, 119: 2709-2720（2012）; Kalos et al., Sci Transl Med, 3（95）:95ra73（2011）; Clinical Trial Study Record Nos.: NCT02315612; NCT01822652を参照のこと。
そのようなプレコンディショニングを、治療の効力を弱め得るであろう様々な結果の1つまたは複数の危険性を減らすことを目的にして行うことができる。これらには、T細胞、B細胞、NK細胞が、恒常性、およびサイトカイン（例えば、IL-2、IL-7および/またはIL-15など）を活性化することについてTILと競合する「サイトカインシンク（cytokine sink）」として知られている現象;調節性T細胞、NK細胞、または免疫系の他の細胞によるTILの抑制;腫瘍微小環境における負の調節因子の影響が含まれる。Muranski et al., Nat Clin Pract Oncol. December; 3（12）: 668-681（2006）。
したがって、いくつかの態様において、提供された方法は、リンパ球枯渇療法を対象に投与することをさらに伴う。いくつかの態様において、方法は、リンパ球枯渇療法を、細胞の用量の投与を開始するのに先立って対象に投与することを伴う。いくつかの態様において、リンパ球枯渇療法は、化学療法剤（例えば、フルダラビンおよび/またはシクロホスファミドなど）を含有する。いくつかの態様において、細胞および/またはリンパ球枯渇療法の投与が、外来での送達により行われる。
いくつかの態様において、方法は、プレコンディショニング剤（例えば、リンパ球枯渇剤または化学療法剤など、例えば、シクロホスファミド、フルダラビンまたはそれらの組み合わせなど）を、細胞の用量の投与を開始するのに先立って対象に投与することを含む。例えば、対象が、最初の用量または後続用量の少なくとも2日前に、例えば、最初の用量または後続用量の少なくとも3日前、4日前、5日前、6日前または7日前などに、プレコンディショニング剤を投与される場合がある。いくつかの態様において、対象が、細胞の用量の投与を開始する最大でも7日前に、例えば、細胞の用量の投与を開始する最大でも6日前、5日前、4日前、3日前または2日前などに、プレコンディショニング剤を投与される。いくつかの態様において、対象が、細胞の用量の投与を開始する前の、両端の値を含む2日～7日の間で、例えば、細胞の用量の投与を開始する2日前、3日前、4日前、5日前、6日前または7日前などにおいて、プレコンディショニング剤を投与される。
いくつかの態様では、対象は、20mg/kg～100mg/kgまたは約20mg/kg～100mg/kg、例えば40mg/kg～80mg/kgまたは約40mg/kg～80mg/kgの用量のシクロホスファミドでプレコンディショニングされる。いくつかの局面では、対象は、60mg/kgまたは約60mg/kgのシクロホスファミドでプレコンディショニングされる。いくつかの態様では、シクロホスファミドは、単回投薬で投与してもよく、または毎日、1日おき、もしくは3日おきに与える等、複数回投薬で投与してもよい。いくつかの態様では、シクロホスファミドを1日1回、1または2日間投与する。いくつかの態様では、リンパ球枯渇剤がシクロホスファミドを含む場合、100mg/m2～500mg/m2または約100mg/m2～500mg/m2、例えば、200mg/m2～400mg/m2もしくは約200mg/m2～400mg/m2または250mg/m2～350mg/m2もしくは約250mg/m2～350mg/m2（両端の値を含む）の用量のシクロホスファミドを対象に投与する。いくつかの例では、対象に約300mg/m2のシクロホスファミドを投与する。いくつかの態様では、シクロホスファミドは、単回投薬で投与してもよく、または毎日、1日おき、もしくは3日おきに与える等、複数回投薬で投与してもよい。いくつかの態様では、シクロホスファミドを毎日、例えば1～5日間、例えば3～5日間投与する。いくつかの例では、細胞療法を開始する前に、約300mg/m2のシクロホスファミドを毎日3日間対象に投与する。
いくつかの態様では、リンパ球枯渇剤がフルダラビンを含む場合、1mg/m2～100mg/m2、または約1mg/m2～100mg/m2、例えば、10mg/m2～75mg/m2もしくは約10mg/m2～75mg/m2、15mg/m2～50mg/m2もしくは約15mg/m2～50mg/m2、20mg/m2～40mg/m2もしくは約20mg/m2～40mg/m2、24mg/m2～35mg/m2もしくは約24mg/m2～35mg/m2、20mg/m2～30mg/m2もしくは約20mg/m2～30mg/m2、または24mg/m2～26mg/m2もしくは約24mg/m2～26mg/m2の用量のフルダラビンを対象に投与する。いくつかの例では、対象に25mg/m2のフルダラビンを投与する。いくつかの例では、対象に約30mg/m2のフルダラビンを投与する。いくつかの態様では、フルダラビンは、単回投薬で投与してもよく、または毎日、1日おき、もしくは3日おきに与える等、複数回投薬で投与してもよい。いくつかの態様では、フルダラビンを毎日、例えば1～5日間、例えば3～5日間投与する。いくつかの例では、細胞療法を開始する前に、約30mg/m2のフルダラビンを毎日3日間対象に投与する。
いくつかの態様では、リンパ球枯渇剤は、シクロホスファミドおよびフルダラビンの組み合わせ等の作用物質の組み合わせを含む。したがって、作用物質の組み合わせは、上記のもの等の任意の用量または投与スケジュールのシクロホスファミドと、上記のもの等の任意の用量または投与スケジュールのフルダラビンとを含み得る。例えば、いくつかの局面では、細胞を投薬する前に、60mg/kg（約2g/m2）のシクロホスファミドと、25mg/m2のフルダラビン3～5回とを、対象に投与する。いくつかの態様では、約300mg/m2のシクロホスファミドおよび約30mg/m2のフルダラビンを、それぞれ3日間毎日対象に投与する。いくつかの態様では、プレコンディショニングの投与スケジュールは、用量の細胞の投与を開始する2、3、4、5、6、または7日前等、2～7日間前（両端の値を含む）に終了する。
例示的な一投薬レジメンでは、初回投薬を受ける前に、対象は、CAR発現細胞の初回投薬の少なくとも2日前、そして、一般的には細胞投与の7日以下前に投与される、シクロホスファミドおよびフルダラビン（CY/FLU）のリンパ球枯渇プレコンディショニング化学療法を受ける。いくつかの場合では、対象は、シクロホスファミドおよびフルダラビン（CY/FLU）のリンパ球枯渇プレコンディショニング化学療法を受ける前に、生存促進性BCL2ファミリー阻害剤で処置され、該阻害剤の処置は、対象がリンパ球枯渇療法を受ける少なくとも約3日前に休止または終了する。プレコンディショニング処置後、対象は、上記のように該用量のCAR発現T細胞を投与される。
いくつかの態様において、細胞の用量の注入に先立つプレコンディショニング剤の投与により、処置の転帰が改善される。例えば、いくつかの局面において、プレコンディショニングは用量による処置の効力を改善するか、または対象における組換え受容体発現細胞（例えば、CAR発現細胞、例えば、CAR発現T細胞など）の持続性を増大させる。いくつかの態様において、プレコンディショニング処置は、無病生存率（例えば、細胞の用量の後における所与の期間の後で生存しており、かつ最小限の残存疾患または分子的に検出可能な疾患を何ら示さない対象の割合など）を増大させる。いくつかの態様において、メジアン無病生存期間までの時間が増大する。
細胞が対象（例えば、ヒト）に投与されると、操作細胞集団の生物学的活性がいくつかの局面においては、多くの公知の方法のいずれかによって測定される。評価するパラメーターには、操作されたT細胞または天然のT細胞または他の免疫細胞の、抗原に対する特異的な結合であって、インビボでは、例えば、画像化による特異的な結合、またはエクスビボでは、例えば、ELISAもしくはフローサイトメトリーによる特異的な結合が含まれる。ある特定の態様において、操作された細胞が標的細胞を破壊し得るかを、当技術分野において公知である任意の好適な方法を使用して、例えば、Kochenderfer et al., J. Immunotherapy, 32（7）:689-702（2009）、およびHerman et al. J. Immunological Methods, 285（1）:25-40（2004）に記載される細胞傷害性アッセイなどを使用して測定することができる。ある特定の態様において、細胞の生物学的活性はまた、ある特定のサイトカイン（例えば、CD107a、IFNγ、IL-2およびTNFなど）の発現および/または分泌をアッセイすることによって測定することができる。いくつかの局面において、生物学的活性が、臨床転帰（例えば、腫瘍負荷量または腫瘍量における低下など）を評価することによって測定される。いくつかの局面において、毒性転帰、細胞の持続性および/または拡大、ならびに/あるいは宿主免疫応答の有無が評価される。
いくつかの態様において、細胞の用量の注入に先立つプレコンディショニング剤の投与は、処置の転帰を、例えば、用量による処置の効力を改善するなどによって改善するか、または対象における組換え受容体発現細胞（例えば、CAR発現細胞、例えば、CAR発現T細胞など）の持続性を増大させる。したがって、いくつかの態様において、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤および細胞療法による併用療法である方法において与えられるプレコンディショニング剤の用量は、Btk阻害剤を伴わない方法で与えられる用量よりも大きい。
細胞療法および細胞の遺伝子操作
いくつかの態様では、細胞は、遺伝子操作受容体、例えば、キメラ抗原受容体（CAR）等の遺伝子操作抗原受容体、またはT細胞受容体（TCR）を含有するまたは含有するように遺伝子操作される。また、このような細胞の集団、このような細胞を含有するおよび／またはこのような細胞が濃縮された組成物、例えば、T細胞またはCD8+もしくはCD4+細胞等の特定の種類の細胞が濃縮または選択された組成物も提供される。組成物の中には、養子細胞療法用等、投与のための薬学的組成物および製剤がある。また、対象、例えば患者に細胞および組成物を投与するための処置方法も提供される。
いくつかの態様では、細胞は、遺伝子操作によって導入された1つまたは複数の核酸を含み、それにより、そのような核酸の組換え産物または遺伝子操作された産物を発現する。いくつかの態様では、遺伝子導入は、例えばサイトカインまたは活性化マーカーの発現によって測定されるように、細胞を増殖、生存、および/または活性化などの応答を誘導する刺激と組み合わせることなどによって、最初に細胞を刺激し、続いて活性化された細胞を形質導入し、培養下で臨床適用に十分な数まで拡大させることによって達成される。
A. 組み換え受容体
いくつかの態様では、提供される併用療法の方法を踏まえて使用するための細胞療法、例えばT細胞療法は、がん等の疾患または病態に関連する分子を認識および／または特異的に結合し、そして、このような分子に結合したときにこのような分子に対する免疫応答等の応答が生じるように設計された組換え受容体を発現する遺伝子操作細胞を投与することを含む。受容体は、キメラ受容体、例えばキメラ抗原受容体（CAR）、およびトランスジェニックT細胞受容体（TCR）を含む他のトランスジェニック抗原受容体を含んでいてもよい。
1. キメラ抗原受容体
提供される方法および使用のいくつかの態様では、T細胞などの操作された細胞は、所望の抗原（例えば腫瘍抗原）に対する特異性を提供するリガンド結合ドメイン（例えば抗体または抗体断片）を細胞内シグナル伝達ドメインと組み合わせる1つまたは複数のドメインを含む、キメラ抗原受容体（CAR）などのキメラ受容体を発現する。いくつかの態様では、細胞内シグナル伝達ドメインは、T細胞活性化ドメインなどの活性化細胞内ドメイン部分であり、一次活性化シグナルを提供する。いくつかの態様では、細胞内シグナル伝達ドメインは、エフェクター機能を促進するための共刺激シグナル伝達ドメインを含むか、または付加的に含む。分子、例えば抗原に特異的に結合すると、受容体は一般に、ITAM形質導入シグナルなどの免疫刺激シグナルを細胞内に送達し、それにより疾患または状態を標的とする免疫応答を促進する。いくつかの態様では、免疫細胞に遺伝子操作された場合のキメラ受容体は、T細胞活性を調節することができ、いくつかの場合には、T細胞分化またはホメオスタシスを調節することができ、それにより、養子細胞療法の方法における使用などのために、インビボでの寿命、生存および/または持続性が改善された遺伝子操作細胞をもたらす。
CARを含む例示的な抗原受容体、およびそのような受容体を操作して細胞に導入するための方法は、例えば国際公開公報第200014257号、同第2013126726号、同第2012/129514号、同第2014031687号、同第2013/166321号、同第2013/071154号、同第2013/123061号、米国特許出願公開第2002131960号、同第2013287748号、同第20130149337号、米国特許第6,451,995号、同第7,446,190号、同第8,252,592号、同第8,339,645号、同第8,398,282号、同第7,446,179号、同第6,410,319号、同第7,070,995号、同第7,265,209号、同第7,354,762号、同第7,446,191号、同第8,324,353号、および同第8,479,118号、および欧州特許出願第2537416号に記載されているもの、ならびに/またはSadelain et al., Cancer Discov. 2013 April; 3（4）: 388-398; Davila et al.（2013）PLoS ONE 8（4）: e61338;Turtle et al., Curr. Opin. Immunol., 2012 October; 24（5）: 633-39; Wu et al., Cancer, 2012 March 18（2）:160-75によって記載されているものを含む。いくつかの局面では、抗原受容体は、米国特許第7,446,190号に記載されているCAR、および国際公開公報第2014055668 A1号に記載されているものを含む。CARの例には、国際公開公報第2014031687号、米国特許第8,339,645号、同第7,446,179号、米国特許出願公開第2013/0149337号、米国特許第7,446,190号、同第8,389,282号、Kochenderfer et al., 2013, Nature Reviews Clinical Oncology, 10, 267-276（2013）; Wang et al.（2012）J. Immunother. 35（9）: 689-701; およびBrentjens et al., Sci Transl Med. 2013 5（177）などの前述の刊行物のいずれかに開示されているCARが含まれる。国際公開公報第2014031687号、米国特許第8,339,645号、同第7,446,179号、米国特許出願公開第2013/0149337号、米国特許第7,446,190号、および米国特許第8,389,282号も参照のこと。
いくつかの態様では、T細胞などの操作された細胞は、特定の抗原（またはマーカーまたはリガンド）、例えば特定の細胞型の表面に発現される抗原に対する特異性を有するキメラ抗原受容体（CAR）などの組換え受容体を発現する。いくつかの態様では、受容体によって標的化される抗原はポリペプチドである。いくつかの態様では、抗原は炭水化物または他の分子である。いくつかの態様では、抗原は、正常または非標的化細胞または組織と比較して、疾患または状態の細胞、例えば腫瘍または病原性細胞上に選択的に発現されるかまたは過剰発現される。他の態様では、抗原は、正常細胞上に発現され、および/または操作された細胞上に発現される。
CARなどのキメラ受容体は、一般に、抗体分子の1つまたは複数の抗原結合部分である細胞外抗原結合ドメインを含む。いくつかの態様では、抗原結合ドメインは抗体分子の一部であり、一般に、抗体の可変重（VH）鎖領域および/または可変軽（VL）鎖領域、例えばscFv抗体断片である。いくつかの態様では、抗原結合ドメインは、sdFv、ナノボディ、VHHおよびVNARなどの単一ドメイン抗体（sdAb）である。いくつかの態様では、抗原結合断片は、柔軟なリンカーによって連結された抗体可変領域を含む。
CAR等のキメラ受容体は、一般的に、細胞外抗原結合ドメイン、例えば抗体分子の一部、一般的に抗体の可変重（VH）鎖領域および／または可変軽（VL）鎖領域、例えばscFv抗体断片を含む。いくつかの態様では、CARは、細胞の表面上で発現するインタクトな抗原等の抗原を特異的に認識する抗体または抗原結合断片（例えばscFv）を含有する。
抗原受容体の中には、TCR様CARと称される場合もある、ペプチド－MHC複合体に対してTCR様の特異性を呈する抗体または抗原結合断片等の細胞外抗原結合ドメインを含有するCARがある。いくつかの態様では、TCR様CARのMHC－ペプチド複合体に特異的な細胞外抗原結合ドメインは、いくつかの局面ではリンカーおよび／または膜貫通ドメインを介して、1つまたは複数の細胞内シグナル伝達構成要素に連結される。いくつかの態様では、このような分子は、典型的には、TCR等の天然抗原受容体を通じてシグナルを、任意で、共刺激性受容体と組み合わせてこのような受容体を通じてシグナルを模倣または近似することができる。
「主要組織適合複合体」（MHC）に対する言及は、いくつかの場合では、細胞機械によって加工されるペプチド抗原を含むポリペプチドのペプチド抗原と複合体を形成することができる、多形ペプチド結合部位または結合溝を含有するタンパク質、一般的には糖タンパク質を指す。いくつかの場合では、MHC分子は、TCRまたはTCR様抗体等のT細胞上の抗原受容体によって認識可能な高次構造で抗原を提示するために、ペプチドとの複合体、すなわちMHC－ペプチド複合体として、細胞表面上に提示または発現され得る。一般的に、MHCクラスI分子は、いくつかの場合では3つのαドメインを有する膜横断α鎖と、非共有結合的に会合しているβ2ミクログロブリンとを有するヘテロダイマーである。一般的に、MHCクラスII分子は、2つの膜貫通糖タンパク質αおよびβで構成され、これらはいずれも典型的には膜を横断している。MHC分子は、ペプチドに結合する抗原結合部位と、適切な抗原受容体による認識に必要な配列とを含有するMHCの有効部分を含んでいてよい。いくつかの態様では、MHCクラスI分子は、細胞質で発生したペプチドを細胞表面に送達し、そこで、MHC－ペプチド複合体が、一般的にはCD8+T細胞であるが、場合によってはCD4+T細胞等のT細胞によって認識される。いくつかの態様では、MHCクラスII分子は、小胞系で発生したペプチドを細胞表面に送達し、そこで典型的にはCD4+T細胞によって認識される。一般的に、MHC分子は、マウスではH-2、そして、ヒトではヒト白血球抗原（HLA）と総称される一群の連結した遺伝子座によってコードされている。したがって、典型的に、ヒトMHCは、ヒト白血球抗原（HLA）と呼ばれる場合もある。
用語「MHC－ペプチド複合体」もしくは「ペプチド－MHC複合体」、またはこれらの変形は、例えば、一般的にはMHC分子の結合溝または裂溝内でのペプチドの非共有結合性相互作用による、ペプチド抗原とMHC分子との複合体または会合を指す。いくつかの態様では、MHC－ペプチド複合体は、細胞の表面上に存在するまたは提示される。いくつかの態様では、MHC－ペプチド複合体は、TCR、TCR様CAR、またはその抗原結合部分等の抗原受容体によって特異的に認識され得る。
いくつかの態様では、ポリペプチドのペプチド抗原またはエピトープ等のペプチドは、抗原受容体による認識のため等に、MHC分子と会合することができる。一般的に、ペプチドは、ポリペプチドまたはタンパク質等、より長い生物学的分子の断片に由来するかまたはそれをベースにする。いくつかの態様では、ペプチドは、典型的には、約8～約24アミノ酸長である。いくつかの態様では、ペプチドは、MHCクラスII複合体での認識のために、9～22アミノ酸または約9～22アミノ酸の長さを有する。いくつかの態様では、ペプチドは、MHCクラスI複合体での認識のために、8～13アミノ酸または約8～13アミノ酸の長さを有する。いくつかの態様では、MHC－ペプチド複合体等のMHC分子の状況においてペプチドを認識すると、TCRまたはTCR様CAR等の抗原受容体が、T細胞増殖、サイトカイン産生、細胞傷害性T細胞応答、または他の応答等のT細胞応答を誘導するT細胞への活性化シグナルを生成または誘発する。
いくつかの態様では、TCR様抗体または抗原結合部分は、公知であるかまたは公知の方法によって生成され得る（例えば、米国公開出願公開第2002/0150914号；同第2003/0223994号；同第2004/0191260号；同第2006/0034850号；同第2007/00992530号；同第20090226474号；同第20090304679号；および国際公開公報第03/068201号を参照）。
いくつかの態様では、MHC－ペプチド複合体に特異的に結合する抗体またはその抗原結合部分は、特異的なMHC－ペプチド複合体を含有する有効量の免疫原で宿主を免疫することによって生成することができる。いくつかの場合では、MHC－ペプチド複合体のペプチドは、MHCに結合することができる抗原のエピトープであり、例えば、腫瘍抗原、例えばユニバーサル腫瘍抗原、骨髄腫抗原、または以下に記載する他の抗原である。いくつかの態様では、免疫応答を惹起するために、次いで、有効量の免疫原を宿主に投与し、該免疫原は、MHC分子の結合溝におけるペプチドの3次元提示に対して免疫応答を惹起するのに十分な期間、その3次元形態を保持する。次いで、宿主から回収した血清をアッセイして、MHC分子の結合溝におけるペプチドの3次元提示を認識する所望の抗体が生成されているかどうかを判定する。いくつかの態様では、生成された抗体を評価して、抗体が、MHC－ペプチド複合体をMHC分子単独、関心対象のペプチド単独、およびMHCと無関係なペプチドとの複合体と区別できることを確認することができる。次いで、所望の対象の抗体を単離することができる。
いくつかの態様では、MHC－ペプチド複合体に特異的に結合する抗体またはその抗原結合部分は、ファージ抗体ライブラリ等の抗体ライブラリディスプレイ法を使用することによって生成することができる。いくつかの態様では、例えば、ライブラリのメンバーが1つまたは複数のCDRの1つまたは複数の残基で変異している、変異体Fab、scFv、または他の抗体形態のファージディスプレイライブラリを生成することができる。例えば、米国公開出願公開第20020150914号、同第2014/0294841号；およびCohen CJ.et al. (2003) J Mol. Recogn. 16:324-332を参照。
用語「抗体」は、本明細書では最も広義の意味で使用され、そして、断片抗原結合（Fab）断片、F(ab')2断片、Fab'断片、Fv断片、組み換えIgG（rIgG）断片、抗原に特異的に結合することができる可変重鎖（VH）領域、一本鎖可変断片（scFv）を含む一本鎖抗体断片、および単一ドメイン抗体（例えば、sdAb、sdFv、ナノボディ）断片を含む、インタクトな抗体および機能的な（抗原結合）抗体断片を含む、ポリクローナル抗体およびモノクローナル抗体を含む。該用語は、遺伝子操作および／または他の方法で改変された形態の免疫グロブリン、例えば、イントラボディ、ペプチボディ、キメラ抗体、完全ヒト抗体、ヒト化抗体、およびヘテロコンジュゲート抗体、多重特異性、例えば二重特異性抗体、ダイアボディ、トリアボディ、およびテトラボディ、タンデムジscFv、タンデムトリscFvを包含する。特に記載がない限り、用語「抗体」は、その機能的な抗体断片を包含すると理解されるべきである。また、該用語は、IgGおよびそのサブクラス、IgM、IgE、IgA、およびIgDを含む任意のクラスまたはサブクラスの抗体を含む、インタクトまたは完全長の抗体を包含する。
いくつかの態様では、抗原結合タンパク質、抗体およびその抗原結合断片は、完全長抗体の抗原を特異的に認識する。いくつかの態様では、抗体の重鎖および軽鎖は完全長であってもよく、または抗原結合部分（Fab、F(ab')2、Fv、または一本鎖Fv断片（scFv））であってもよい。他の態様では、抗体重鎖定常領域は、例えば、IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgM、IgA1、IgA2、IgD、およびIgEから選択され、具体的には、例えば、IgG1、IgG2、IgG3、およびIgG4から選択され、より具体的には、IgG1（例えば、ヒトIgG1）である。別の態様では、抗体軽鎖定常領域は、例えば、カッパまたはラムダから選択され、特にカッパである。
提供される抗体の中には、抗体断片がある。「抗体断片」とは、インタクトな抗体が結合する抗原に結合する該インタクトな抗体の一部を含む、インタクトな抗体以外の分子を指す。抗体断片の例は、Fv、Fab、Fab’、Fab'-SH、F(ab')2；ダイアボディ；線状抗体;可変重鎖（VH）領域、scFvおよび単一ドメインVH単一抗体等の一本鎖抗体分子；ならびに抗体断片から形成される多重特異性抗体を含むが、それに限定されるわけではない。特定の態様では、抗体は、scFv等の可変重鎖領域および／または可変軽鎖領域を含む一本鎖抗体断片である。
「超可変領域」または「HVR」と同義である「相補性決定領域」および「CDR」という用語は、いくつかの場合には、抗原特異性および/または結合親和性を付与する抗体可変領域内のアミノ酸の非隣接配列を指すことが公知である。一般に、各重鎖可変領域には3つのCDR（CDR-H1、CDR-H2、CDR-H3）があり、各軽鎖可変領域には3つのCDR（CDR-L1、CDR-L2、CDR-L3）がある。「フレームワーク領域」および「FR」は、いくつかの場合には、重鎖および軽鎖の可変領域の非CDR部分を指すことが公知である。一般に、各完全長重鎖可変領域には4つのFR（FR-H1、FR-H2、FR-H3、およびFR-H4）があり、各完全長軽鎖可変領域には4つのFR（FR-L1、FR-L2、FR-L3、およびFR-L4）がある。
所与のCDRまたはFRの正確なアミノ酸配列の境界は、Kabat et al.（1991）, 「Sequences of Proteins of Immunological Interest」, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD（「Kabat」番号付けスキーム）; Al-Lazikani et al.,（1997）JMB 273, 927-948（「Chothia」番号付けスキーム）; MacCallum et al., J. Mol. Biol. 262: 732-745（1996）,「Antibody-antigen interactions: Contact analysis and binding site topography」, J. Mol. Biol. 262, 732-745”（「Contact」番号付けスキーム）; Lefranc MP et al.,「IMGT unique numbering for immunoglobulin and T cell receptor variable domains and Ig superfamily V-like domains」, Dev Comp Immunol, 2003 Jan; 27（1）: 55-77（「IMGT」番号付けスキーム）; Honegger A and Pluckthun A, 「Yet another numbering scheme for immunoglobulin variable domains: an automatic modeling and analysis tool」, J Mol Biol, 2001 Jun 8; 309（3）: 657-70（「Aho」番号付けスキーム）; Martin et al.,「Modeling antibody hypervariable loops: a combined algorithm」, PNAS, 1989, 86（23）: 9268-9272（「AbM」番号付けスキーム）によって記載されているものを含む、いくつかの周知のスキームのいずれかを用いて容易に決定することができる。
所与のCDRまたはFRの境界は、同定のために使用されるスキームによって異なり得る。例えば、Kabatスキームは構造アラインメントに基づいており、一方Chothiaスキームは構造情報に基づく。KabatスキームとChothiaスキームの両方の番号付けは、最も一般的な抗体領域の配列の長さに基づいており、挿入には挿入文字、例えば「30a」によって対応し、一部の抗体では欠失が出現する。2つのスキームは、特定の挿入と欠失（「インデル」）を異なる位置に配置するため、結果として異なる番号付けになる。Contactスキームは、複雑な結晶構造の分析に基づいており、多くの点でChothia番号付けスキームに類似する。AbMスキームは、Oxford MolecularのAbM抗体モデリングソフトウェアで使用されているものに基づく、KabatとChothiaの定義の折衷案である。
以下の表10は、それぞれKabat、Chothia、AbM、およびContactスキームによって同定されたCDR-L1、CDR-L2、CDR-L3およびCDR-H1、CDR-H2、CDR-H3の例示的な位置境界を列挙する。CDR-H1については、KabatとChothiaの両方の番号付けスキームを使用した残基番号付けが列挙されている。FRはCDRの間に位置し、例えばFR-L1はCDR-L1の前に位置し、FR-L2はCDR-L1とCDR-L2の間に位置し、FR-L3はCDR-L2とCDR-L3の間に位置する、などである。示されているKabat番号付けスキームではH35AとH35Bに挿入を配置しているため、示されているKabat番号付け規則を使用して番号付けした場合のChothia CDR-H1ループの末端は、ループの長さに依存してH32とH34の間で異なることに注意されたい。
（表１０）様々な番号付けスキームによるCDRの境界
Figure 2022537700000005
1-Kabat et al. （1991）,「Sequences of Proteins of Immunological Interest」, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD
2-Al-Lazikani et al.,（1997）JMB 273,927-948
したがって、特に指定されない限り、所与の抗体またはその領域、例えばその可変領域の「CDR」または「相補性決定領域」または個々の指定されるCDR（例えばCDR-H1、CDR-H2、CDR-H3）は、前述のスキームのいずれかまたは他の公知のスキームによって定義される、（または特定の）相補性決定領域を包含すると理解されるべきである。例えば、特定のCDR（例えばCDR-H3）が、所与のVHまたはVL領域のアミノ酸配列内の対応するCDRのアミノ酸配列を含むと述べられている場合、そのようなCDRは、前述のスキームのいずれかまたは他の公知のスキームによって定義される、可変領域内の対応するCDR（例えばCDR-H3）の配列を有すると理解される。いくつかの態様では、特定のCDR配列が指定される。提供される抗体の例示的なCDR配列は、様々な番号付けスキームを使用して表されるが、提供される抗体は、他の前述の番号付けスキームのいずれかまたは当業者に公知の他の番号付けスキームに従って表されるCDRを含み得ることが理解される。
同様に、特に指定されない限り、所与の抗体またはその領域、例えばその可変領域のFRまたは個々の指定されるFR（1つもしくは複数）（例えばFR-H1、FR-H2、FR-H3、FR-H4）は、公知のスキームのいずれかによって定義される、（または特定の）フレームワーク領域を包含すると理解されるべきである。いくつかの場合には、Kabat、Chothia、AbMもしくはContact法、または他の公知のスキームによって定義されるCDRなどの、特定のCDR（1つもしくは複数）またはFR（1つもしくは複数）を同定するためのスキームが指定される。他の場合には、CDRまたはFRの特定のアミノ酸配列が与えられる。
「可変領域」または「可変ドメイン」という用語は、抗体の抗原への結合に関与する抗体重鎖または軽鎖のドメインを指す。天然抗体の重鎖および軽鎖の可変ドメイン（それぞれVHおよびVL）は、一般に類似の構造を有し、各ドメインは4つの保存されたフレームワーク領域（FR）および3つのCDRを含む。（例えばKindt et al. Kuby Immunology, 6th ed., W.H. Freeman and Co., page 91（2007）参照。）単一のVHまたはVLドメインが、抗原結合特異性を付与するのに十分であり得る。さらに、特定の抗原に結合する抗体を、抗原に結合する抗体からのVHまたはVLドメインを用いて単離して、それぞれ相補的VLまたはVHドメインのライブラリをスクリーニングし得る。例えば、Portolano et al., J. Immunol. 150:880-887（1993）; Clarkson et al., Nature 352: 624-628（1991）参照。
単一ドメイン抗体は、抗体の重鎖可変ドメインの全部もしくは一部、または軽鎖可変ドメインの全部もしくは一部を含む抗体断片である。特定の態様では、単一ドメイン抗体はヒト単一ドメイン抗体である。いくつかの態様では、CARは、がんマーカーまたは標的化される細胞もしくは疾患、例えば腫瘍細胞もしくはがん細胞の細胞表面抗原などの抗原、例えば本明細書に記載されるもしくは公知の標的抗原のいずれかに特異的に結合する、抗体重鎖ドメインを含む。
抗体断片は、無傷の抗体のタンパク質分解消化、ならびに組換え宿主細胞による産生を含むがこれらに限定されるわけではない、様々な技術によって作製することができる。いくつかの態様では、抗体は、合成リンカー、例えばペプチドリンカーによって連結された2つもしくはそれ以上の抗体領域もしくは鎖を有するものなどの、天然には生じない配置を含む断片、および/または天然の無傷の抗体の酵素消化によっては生成され得ない断片などの、組換えによって作製された断片である。いくつかの態様では、抗体断片はscFvである。
「ヒト化」抗体は、すべてまたは実質的にすべてのCDRアミノ酸残基が非ヒトCDRに由来し、すべてまたは実質的にすべてのFRアミノ酸残基がヒトFRに由来する抗体である。ヒト化抗体は、任意で、ヒト抗体に由来する抗体定常領域の少なくとも一部を含み得る。非ヒト抗体の「ヒト化型」は、親の非ヒト抗体の特異性および親和性を保持しながら、典型的にはヒトに対する免疫原性を低下させるために、ヒト化を受けた非ヒト抗体の変異体を指す。いくつかの態様では、ヒト化抗体中のいくつかのFR残基は、例えば抗体特異性または親和性を回復または改善するために、非ヒト抗体（例えばCDR残基が由来する抗体）からの対応する残基で置換される。
いくつかの態様では、キメラ受容体（例えば、CAR）等の組換え受容体は、抗原（またはリガンド）に結合する、例えば特異的に結合する、抗体または抗原結合断片（例えば、scFv）などの細胞外抗原結合ドメインを含む。キメラ受容体が標的とする抗原の中には、養子細胞療法を介して標的とされる疾患、病態、または細胞の種類の状況で発現するものがある。疾患および病態の中には、増殖性、新生物性、および悪性の疾患および障害があり、血液がん、免疫系のがん、例えば、リンパ腫、白血病、および／または骨髄腫、例えばB、T、および骨髄性の白血病、リンパ腫、ならびに多発性骨髄腫を含むがんおよび腫瘍が含まれる。
いくつかの態様では、受容体が標的とする抗原は、αvβ6インテグリン（avb6インテグリン）、B細胞成熟抗原（BCMA）、B7-H3、B7-H6、炭酸脱水素酵素9（CA9；CAIXまたはG250としても知られている）、癌-精巣抗原、癌/精巣抗原1B（CTAG；NY-ESO-1およびLAGE-2としても知られている）、癌胎児抗原（CEA）、サイクリン、サイクリンA2、C-Cモチーフケモカインリガンド1（CCL-1）、CD19、CD20、CD22、CD23、CD24、CD30、CD33、CD38、CD44、CD44v6、CD44v7/8、CD123、CD133、CD138、CD171、コンドロイチン硫酸プロテオグリカン4（CSPG4）、上皮成長因子タンパク質（EGFR）、III型上皮成長因子受容体変異（EGFRvIII）、上皮糖タンパク質2（EPG-2）、上皮糖タンパク質40（EPG-40）、エフリンB2、エフリン受容体A2（EPHa2）、エストロゲン受容体、Fc受容体様5（FCRL5；Fc受容体ホモログ5またはFCRH5としても知られている）、胎児アセチルコリン受容体（胎児AchR）、葉酸結合タンパク質（FBP）、葉酸受容体アルファ、ガングリオシドGD2、O-アセチル化GD2（OGD2）、ガングリオシドGD3、糖タンパク質100（gp100）、グリピカン-3（GPC3）、Gタンパク質共役受容体5D（GPCR5D）、Her2/neu（受容体型チロシンキナーゼerb-B2）、Her3（erb-B3）、Her4（erb-B4）、erbB二量体、ヒト高分子量メラノーマ関連抗原（HMW-MAA）、B型肝炎表面抗原、ヒト白血球抗原A1（HLA-A1）、ヒト白血球抗原A2（HLA-A2）、IL-22受容体アルファ（IL-22Rα）、IL-13受容体アルファ2（IL-13Rα2）、キナーゼ挿入ドメイン受容体（kdr）、カッパ軽鎖、L1細胞接着分子（L1-CAM）、L1-CAMのCE7エピトープ、ロイシンリッチリピート含有8ファミリーメンバーA（LRRC8A）、ルイスY、メラノーマ関連抗原（MAGE）-A1、MAGE-A3、MAGE-A6、MAGE-A10、メソセリン（MSLN）、c-Met、マウスサイトメガロウイルス（CMV）、ムチン1（MUC1）、MUC16、ナチュラルキラーグループ2メンバーD（NKG2D）リガンド、melan A（MART-1）、神経細胞接着分子（NCAM）、腫瘍胎児抗原、メラノーマ優先発現抗原（PRAME）、プロゲステロン受容体、前立腺特異的抗原、前立腺幹細胞抗原（PSCA）、前立腺特異的膜抗原（PSMA）、受容体型チロシンキナーゼ様オーファン受容体1（ROR1）、サバイビン、栄養膜糖タンパク質（TPBG；5T4としても知られている）、腫瘍関連糖タンパク質72（TAG72）、チロシナーゼ関連タンパク質1（TRP1；TYRP1またはgp75としても知られている）、チロシナーゼ関連タンパク質2（TRP2；ドパクロムトートメラーゼ、ドパクロムデルタイソメラーゼ、又はDCTとしても知られている）、血管内皮成長因子受容体（VEGFR）、血管内皮成長因子受容体2（VEGFR2）、ウィルムス腫瘍1（WT-1）、病原体特異的もしくは病原体発現抗原、またはユニバーサルタグ関連抗原、および／またはビオチン化分子、および／またはHIV、HCV、HBVもしくは他の病原体により発現される分子から選択されるものであるかまたはそれを含む。いくつかの態様における受容体が標的とする抗原は、多数の公知のB細胞マーカーのいずれか等、B細胞悪性腫瘍に関連する抗原を含む。いくつかの態様では、受容体が標的とする抗原は、CD20、CD19、CD22、ROR1、CD45、CD21、CD5、CD33、Igカッパ、Igラムダ、CD79a、CD79b、もしくはCD30であるかまたはそれを含む。いくつかの態様では、疾患または病態は、大細胞型B細胞性リンパ腫（例えば、DLBCL）等のB細胞悪性腫瘍であり、そして、抗原はCD19である。
いくつかの態様における受容体が標的とする抗原は、多数の公知のB細胞マーカーのいずれか等、B細胞悪性腫瘍に関連する抗原を含む。いくつかの態様では、受容体が標的とする抗原は、CD20、CD19、CD22、ROR1、CD45、CD21、CD5、CD33、Igカッパ、Igラムダ、CD79a、CD79b、またはCD30である。特定の局面では、抗原は、CD19である。いくつかの態様では、このような抗原のいずれかが、ヒトB細胞上で発現する抗原である。
いくつかの態様では、抗体または抗原結合断片（例えば、scFvまたはVHドメイン）は、CD19等の抗原を特異的に認識する。いくつかの態様では、抗体または抗原結合断片は、CD19に特異的に結合する抗体または抗原結合断片に由来する、またはそのバリアントである。いくつかの態様では、抗原は、CD19である。いくつかの態様では、scFvは、CD19に特異的な抗体または抗体断片に由来するVHおよびVLを含有する。いくつかの態様では、CD19に結合する抗体または抗体断片は、FMC63およびSJ25C1等のマウス由来の抗体である。いくつかの態様では、抗体または抗体断片は、例えば、米国特許公開第2016/0152723号に記載されているようなヒト抗体である。
いくつかの態様では、抗原結合ドメインは、FMC63に由来するVHおよび／またはVLを含み、これは、いくつかの局面では、scFvであってよい。FMC63は、一般的に、ヒト起源のCD19を発現するNalm-1および-16細胞に対するマウスモノクローナルIgG1抗体を指す（Ling, N. R., et al. (1987). Leucocyte typing III. 302）。いくつかの態様では、FMC63抗体は、それぞれSEQ ID NO：38および39に記載のCDR-H1およびCDR-H2と、SEQ ID NO：40または54に記載のCDR-H3と、SEQ ID NO：35に記載のCDR-L1と、SEQ ID NO：36または55に記載のCDR-L2と、SEQ ID NO：37または56に記載のCDR-L3の配列とを含む。いくつかの態様では、FMC63抗体は、SEQ ID NO：41のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（VH）と、SEQ ID NO：42のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（VL）とを含む。
いくつかの態様では、scFvは、SEQ ID NO：35のCDR-L1配列、SEQ ID NO：36のCDR-L2配列、およびSEQ ID NO：37のCDR-L3配列を含有する可変軽鎖ならびに／もしくはSEQ ID NO：38のCDR-H1配列、SEQ ID NO：39のCDR-H2配列、およびSEQ ID NO：40のCDR-H3配列を含有する可変重鎖、またはそれに対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、もしくはそれ以上の配列同一性を有する前述のもののいずれかのバリアントを含む。いくつかの態様では、scFvは、SEQ ID NO：41に記載のFMC63の可変重鎖領域およびSEQ ID NO：42に記載のFMC63の可変軽鎖領域、またはそれに対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、もしくはそれ以上の配列同一性を有する前述のもののいずれかのバリアントを含む。いくつかの態様では、可変重鎖および可変軽鎖はリンカーによって接続される。いくつかの態様では、リンカーは、SEQ ID NO：59に記載されている。いくつかの態様では、scFvは、順に、VH、リンカー、およびVLを含む。いくつかの態様では、scFvは、順に、VL、リンカー、およびVHを含む。いくつかの態様では、scFvは、SEQ ID NO：57に記載のヌクレオチドの配列またはSEQ ID NO：57に対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を呈する配列によってコードされている。いくつかの態様では、scFvは、SEQ ID NO：43に記載のアミノ酸の配列またはSEQ ID NO：43に対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を呈する配列を含む。
いくつかの態様では、抗原結合ドメインは、SJ25C1に由来するVHおよび／またはVLを含み、これは、いくつかの局面では、scFvであってよい。SJ25C1は、ヒト起源のCD19を発現するNalm-1および-16細胞に対するマウスモノクローナルIgG1抗である（Ling, N. R., et al. (1987). Leucocyte typing III.302）。いくつかの態様では、SJ25C1抗体は、それぞれSEQ ID NOS：47～49に記載のCDR-H1、CDR-H2、およびCDR-H3と、それぞれSEQ ID NOS：44～46に記載のCDR-L1、CDR-L2、およびCDR-L3の配列とを含む。いくつかの態様では、SJ25C1抗体は、SEQ ID NO：50のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（VH）と、SEQ ID NO：51のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（VL）とを含む。いくつかの態様では、scFvは、SEQ ID NO：44のCDR-L1配列、SEQ ID NO：45のCDR-L2配列、およびSEQ ID NO：46のCDR-L3配列を含有する可変軽鎖ならびに／もしくはSEQ ID NO：47のCDR-H1配列、SEQ ID NO：48のCDR-H2配列、およびSEQ ID NO：49のCDR-H3配列を含有する可変重鎖、またはそれに対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、もしくはそれ以上の配列同一性を有する前述のもののいずれかのバリアントを含む。いくつかの態様では、scFvは、SEQ ID NO：50に記載のSJ25C1の可変重鎖領域およびSEQ ID NO：51に記載のSJ25C1の可変軽鎖領域、またはそれに対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、もしくはそれ以上の配列同一性を有する前述のもののいずれかのバリアントを含む。いくつかの態様では、可変重鎖および可変軽鎖はリンカーによって接続される。いくつかの態様では、リンカーは、SEQ ID NO：52に記載されている。いくつかの態様では、scFvは、順に、VH、リンカー、およびVLを含む。いくつかの態様では、scFvは、順に、VL、リンカー、およびVHを含む。いくつかの態様では、scFvは、SEQ ID NO：53に記載のアミノ酸の配列またはSEQ ID NO：53に対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を呈する配列を含む。
いくつかの態様では、抗原は、CD20である。いくつかの態様では、scFvは、CD20に特異的な抗体または抗体断片に由来するVHおよびVLを含有する。いくつかの態様では、CD20に結合する抗体または抗体断片は、リツキシマブであるかまたは由来する抗体である、例えば、リツキシマブscFvである。
いくつかの態様では、抗原は、CD22である。いくつかの態様では、scFvは、CD22に特異的な抗体または抗体断片に由来するVHおよびVLを含有する。いくつかの態様では、CD22に結合する抗体または抗体断片は、m971であるかまたは由来する抗体である、例えば、m971 scFvである。
いくつかの態様では、抗原または抗原結合ドメインは、BCMAである。いくつかの態様では、scFvは、BCMAに特異的な抗体または抗体断片に由来するVHおよびVLを含有する。いくつかの態様では、BCMAに結合する抗体または抗体断片は、国際公開公報第2016/090327号および国際公開公報第2016/090320号に記載されている抗体または抗体断片からのVHおよびVLであるかまたは含有する。
いくつかの態様では、抗原または抗原結合ドメインは、GPRC5Dである。いくつかの態様では、scFvは、GPRC5Dに特異的な抗体または抗体断片に由来するVHおよびVLを含有する。いくつかの態様では、GPRC5Dに結合する抗体または抗体断片は、国際公開公報第2016/090329号および国際公開公報第2016/090312号に記載されている抗体または抗体断片からのVHおよびVLであるかまたは含有する。
いくつかの局面では、組換え受容体、例えばキメラ抗原受容体は、抗体またはその断片等の1つまたは複数のリガンド（例えば、抗原）結合ドメインを含有する細胞外部分と、1つまたは複数の細胞内シグナル伝達の領域またはドメイン（互換的に細胞質シグナル伝達ドメインまたは領域とも呼ばれる）とを含む。いくつかの態様では、抗体または断片は、scFvを含む。いくつかの局面では、キメラ抗原受容体は、抗体または断片を含有する細胞外部分と、細胞内シグナル伝達領域とを含む。いくつかの態様では、細胞内シグナル伝達領域は、細胞内シグナル伝達ドメインを含む。いくつかの態様では、細胞内シグナル伝達ドメインは、一次シグナル伝達ドメイン、T細胞において一次活性化シグナルを誘導することができるシグナル伝達ドメイン、T細胞受容体（TCR）構成要素のシグナル伝達ドメイン、および／または免疫受容体チロシン系活性化モチーフ（ITAM）を含むシグナル伝達ドメインであるかまたはそれを含む。いくつかの局面では、組換え受容体、例えばCARは、スペーサーおよび／または膜貫通のドメインもしくは部分を更に含む。いくつかの局面では、スペーサーおよび／または膜貫通ドメインは、リガンド（例えば、抗原）結合ドメインを含有する細胞外部分と、細胞内シグナル伝達の領域またはドメインとを連結することができる。
いくつかの態様では、CARなどの組換え受容体は、スペーサーをさらに含み、スペーサーは、ヒンジ領域、例えばIgG4ヒンジ領域、ならびに/またはCH1/CLおよび/もしくはFc領域などの、免疫グロブリン定常領域の少なくとも一部またはその変異体もしくは修飾型であり得るかまたはそれを含み得る。いくつかの態様では、組換え受容体は、スペーサーおよび/またはヒンジ領域をさらに含む。いくつかの態様では、定常領域またはその部分は、IgG4またはIgG1などのヒトIgGのものである。いくつかの局面では、定常領域の一部は、抗原認識成分、例えばscFvと膜貫通ドメインとの間のスペーサー領域として機能する。スペーサーは、スペーサーが存在しない場合と比較して、抗原結合後の細胞の応答性の増加をもたらす長さのものであり得る。いくつかの例では、スペーサーは、12アミノ酸もしくは約12アミノ酸の長さであるか、または12アミノ酸以下の長さである。例示的なスペーサーには、少なくとも約10～229個のアミノ酸、少なくとも約10～200個のアミノ酸、少なくとも約10～175個のアミノ酸、少なくとも約10～150個のアミノ酸、少なくとも約10～125個のアミノ酸、少なくとも約10～100個のアミノ酸、少なくとも約10～75個のアミノ酸、少なくとも約10～50個のアミノ酸、少なくとも約10～40個のアミノ酸、少なくとも約10～30個のアミノ酸、少なくとも約10～20個のアミノ酸、または少なくとも約10～15個のアミノ酸を有するもの、および列挙された範囲のいずれかの両端の間の任意の整数個のアミノ酸を含むものが含まれる。いくつかの態様では、スペーサー領域は、約12個もしくはそれ以下のアミノ酸、約119個もしくはそれ以下のアミノ酸、または約229個もしくはそれ以下のアミノ酸を有する。例示的なスペーサーには、IgG4ヒンジ単独、CH2およびCH3ドメインに連結されたIgG4ヒンジ、またはCH3ドメインに連結されたIgG4ヒンジが含まれる。例示的なスペーサーには、Hudecek et al.（2013）Clin.Cancer Res.,19:3153、Hudecek et al.（2015）Cancer Immunol Res.3（2）:125-135、または国際公開公報第2014031687号、米国特許第8,822,647号、または公開出願番号US2014/0271635号に記載されているものが含まれるが、これらに限定されるわけではない。
いくつかの態様では、スペーサーは、SEQ ID NO:1に示され、SEQ ID NO:2に示される配列によってコードされるヒンジのみのスペーサーのような、IgG4またはIgG1のヒンジのみなどのIgGのヒンジ領域のみを含む。いくつかの態様では、スペーサーは、例えば、CH2および/またはCH3ドメインに連結されたIgヒンジ、例えばIgG4ヒンジである。いくつかの態様では、スペーサーは、SEQ ID NO:4に示されるような、CH2およびCH3ドメインに連結されたIgヒンジ、例えばIgG4ヒンジである。いくつかの態様では、スペーサーは、SEQ ID NO:3に示されるような、CH3ドメインのみに連結されたIgヒンジ、例えばIgG4ヒンジである。いくつかの態様では、スペーサーは、グリシン-セリンリッチ配列または公知の柔軟なリンカーなどの他の柔軟なリンカーであるか、またはこれを含む。いくつかの態様では、定常領域またはその部分は、IgDのものである。いくつかの態様では、スペーサーは、SEQ ID NO:5に示される配列を有する。いくつかの態様では、スペーサーは、SEQ ID NO:1、3、4および5のいずれかと少なくともまたは少なくとも約85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、またはそれ以上の配列同一性を示すアミノ酸配列を有する。
いくつかの局面では、スペーサーは、（a）免疫グロブリンヒンジの全部もしくは一部またはその修飾型を含むかまたはそれからなるか、または約15アミノ酸もしくはそれ以下のアミノ酸を含み、CD28細胞外領域またはCD8細胞外領域を含まず、（b）免疫グロブリンヒンジ、任意でIgG4ヒンジの全部もしくは一部またはその修飾型を含むかまたはそれからなり、および/または約15アミノ酸もしくはそれ以下のアミノ酸を含み、CD28細胞外領域またはCD8細胞外領域を含まず、あるいは（c）12アミノ酸長もしくは約12アミノ酸長であり、および/または免疫グロブリンヒンジ、任意でIgG4の全部もしくは一部またはその修飾型を含むかまたはそれからなり、あるいは（d）SEQ ID NO:1、3～5、27～34または58に示されるアミノ酸の配列、または前記配列と少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはそれ以上の配列同一性を有する前記配列のいずれかの変異体からなるかまたはそれを含み、あるいは（e）式X1PPX2Pを含むかまたはそれからなり、X1はグリシン、システインまたはアルギニンであり、X2はシステインまたはトレオニンである、ポリペプチドスペーサーである。
いくつかの態様では、抗原受容体は、細胞外ドメインに直接または間接的に連結された細胞内ドメインを含む。いくつかの態様では、キメラ抗原受容体は、細胞外ドメインと細胞内シグナル伝達ドメインを連結する膜貫通ドメインを含む。いくつかの態様では、細胞内シグナル伝達ドメインはITAMを含む。例えば、いくつかの局面では、抗原認識ドメイン（例えば細胞外ドメイン）は一般に、1つまたは複数の細胞内シグナル伝達成分、例えばCARの場合には、TCR複合体などの抗原受容体複合体を介して活性化を模倣し、および/または別の細胞表面受容体を介してシグナル伝達するシグナル伝達成分に連結されている。いくつかの態様では、キメラ受容体は、細胞外ドメイン（例えばscFv）と細胞内シグナル伝達ドメインとの間に連結または融合された膜貫通ドメインを含む。したがって、いくつかの態様では、抗原結合成分（例えば抗体）は、1つまたは複数の膜貫通ドメインおよび細胞内シグナル伝達ドメインに連結されている。
一態様では、受容体、例えばCAR中のドメインの1つと天然に関連する膜貫通ドメインが使用される。いくつかの場合には、膜貫通ドメインは、同じまたは異なる表面膜タンパク質の膜貫通ドメインへのそのようなドメインの結合を回避して、受容体複合体の他のメンバーとの相互作用を最小限に抑えるように選択されるかまたはアミノ酸置換によって改変される。
いくつかの態様における膜貫通ドメインは、天然供給源または合成供給源のいずれかに由来する。供給源が天然である場合、いくつかの局面におけるドメインは、任意の膜結合タンパク質または膜貫通タンパク質に由来する。膜貫通領域は、T細胞受容体、CD28、CD3ε、CD45、CD4、CD5、CD8、CD9、CD16、CD22、CD33、CD37、CD64、CD80、CD86、CD134、CD137（4-1BB）、またはCD154のα鎖、β鎖またはζ鎖に由来する（すなわち少なくともその膜貫通領域を含む）ものを含む。あるいは、いくつかの態様における膜貫通ドメインは合成である。いくつかの局面では、合成膜貫通ドメインは、ロイシンおよびバリンなどの疎水性残基を主に含む。いくつかの局面では、フェニルアラニン、トリプトファンおよびバリンのトリプレットが合成膜貫通ドメインの各末端に見出される。いくつかの態様では、結合は、リンカー、スペーサー、および/または膜貫通ドメイン（1つまたは複数）による。いくつかの局面では、膜貫通ドメインは、CD28の膜貫通部分またはその変異体を含む。細胞外ドメインと膜貫通ドメインは、直接または間接的に連結され得る。いくつかの態様では、細胞外ドメインと膜貫通ドメインは、本明細書に記載されるいずれかなどのスペーサーによって連結されている。
いくつかの態様では、受容体、例えばCARの膜貫通ドメインは、ヒトCD28の膜貫通ドメインまたはその変異体、例えばヒトCD28の27アミノ酸の膜貫通ドメイン（アクセッション番号:P10747.1）であるか、またはSEQ ID NO:8に示されているアミノ酸の配列、またはSEQ ID NO:8の配列と少なくともまたは少なくとも約85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、またはそれ以上の配列同一性を示すアミノ酸の配列を含む膜貫通ドメインである。いくつかの態様では、組換え受容体の膜貫通ドメイン含有部分は、SEQ ID NO:9に示されているアミノ酸の配列、またはSEQ ID NO:9の配列と少なくともまたは少なくとも約85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、またはそれ以上の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む。
いくつかの態様では、組換え受容体、例えばCARは、細胞内シグナル伝達領域またはドメインなどの少なくとも1つの細胞内シグナル伝達成分を含む。T細胞活性化は、いくつかの局面では、2つのクラスの細胞質シグナル伝達配列:TCRを介して抗原依存性の一次活性化を開始するもの（一次細胞質シグナル伝達配列）、および抗原非依存的に作用して二次または共刺激シグナルを提供するもの（二次細胞質シグナル伝達配列）によって媒介されると説明される。いくつかの局面では、CARは、そのようなシグナル伝達成分の一方または両方を含む。細胞内シグナル伝達領域の中には、天然の抗原受容体を介するシグナル、共刺激受容体と組み合わせてそのような受容体を介するシグナル、および/または共刺激受容体のみを介するシグナルを模倣するまたはそれらに近似するものがある。いくつかの態様では、短いオリゴペプチドリンカーまたはポリペプチドリンカー、例えばグリシンおよびセリンを含むもの、例えばグリシン-セリンダブレットなどの2～10アミノ酸長のリンカーが存在し、CARの膜貫通ドメインと細胞質シグナル伝達ドメインとの間の結合を形成する。
いくつかの態様では、CARの連結時に、CARの細胞質ドメインまたは細胞内シグナル伝達領域は、免疫細胞、例えばCARを発現するように操作されたT細胞の正常なエフェクター機能または応答の少なくとも1つを活性化する。例えば、いくつかの状況では、CARは、T細胞の機能、例えば細胞溶解活性またはTヘルパー活性、例えばサイトカインまたは他の因子の分泌を誘導する。いくつかの態様では、抗原受容体成分または共刺激分子の細胞内シグナル伝達領域の短縮部分は、例えばそれがエフェクター機能シグナルを伝達する場合、無傷の免疫刺激鎖の代わりに使用される。いくつかの態様では、例えば1つまたは複数の細胞内ドメインを含む細胞内シグナル伝達領域は、T細胞受容体（TCR）の細胞質配列を含み、ならびにいくつかの局面では、自然の状況において、そのような受容体と協調的に作用して抗原受容体係合後にシグナル伝達を開始する共受容体のもの、および/またはそのような分子の任意の誘導体もしくは変異体、および/または同じ機能的能力を有する任意の合成配列を含む。いくつかの態様では、例えば1つまたは複数の細胞内ドメインを含む細胞内シグナル伝達領域は、共刺激シグナルの提供に関与する領域またはドメインの細胞質配列を含む。
いくつかの局面では、CARは、TCR複合体の一次活性化を調節する一次細胞質シグナル伝達配列を含む。刺激性に作用する一次細胞質シグナル伝達配列は、免疫受容体チロシンベースの活性化モチーフまたはITAMとして公知のシグナル伝達モチーフを含み得る。一次細胞質シグナル伝達配列を含むITAMの例には、CD3ζ鎖、FcRγ、CD3γ、CD3δおよびCD3εに由来するものが含まれる。いくつかの態様では、CAR中の細胞質シグナル伝達分子（1つまたは複数）は、細胞質シグナル伝達ドメイン、その一部、またはCD3ζに由来する配列を含む。
いくつかの態様では、受容体は、T細胞活性化および細胞毒性を媒介するTCR CD3鎖、例えばCD3ζ鎖などの、TCR複合体の細胞内成分を含む。したがって、いくつかの局面では、抗原結合部分は、1つまたは複数の細胞シグナル伝達モジュールに連結されている。いくつかの態様では、細胞シグナル伝達モジュールは、CD3膜貫通ドメイン、CD3細胞内シグナル伝達ドメイン、および/または他のCD膜貫通ドメインを含む。いくつかの態様では、受容体、例えばCARは、Fc受容体γ、CD8α、CD8β、CD4、CD25、またはCD16などの1つまたは複数のさらなる分子の一部をさらに含む。例えば、いくつかの局面では、CARまたは他のキメラ受容体は、CD3ゼータ（CD3ζ）またはFc受容体γとCD8α、CD8β、CD4、CD25またはCD16との間のキメラ分子を含む。
いくつかの態様では、細胞内（または細胞質）シグナル伝達領域は、ヒトCD3鎖、任意でCD3ζ刺激シグナル伝達ドメインまたはその機能的変異体、例えばヒトCD3ζのアイソフォーム3の112アミノ酸細胞質ドメイン（アクセッション番号P20963.2）、または米国特許第7,446,190号もしくは米国特許第8,911,993号に記載されているCD3ζシグナル伝達ドメインを含む。いくつかの態様では、細胞内シグナル伝達領域は、SEQ ID NO:13、14もしくは15に示されているアミノ酸の配列、またはSEQ ID NO:13、14もしくは15と少なくともまたは少なくとも約85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、またはそれ以上の配列同一性を示すアミノ酸の配列を含む。
天然のTCRの状況では、完全な活性化は一般に、TCRを介したシグナル伝達だけでなく、共刺激シグナルも必要とする。したがって、いくつかの態様では、完全な活性化を促進するために、二次シグナルまたは共刺激シグナルを生成するための成分もCARに含まれる。他の態様では、CARは、共刺激シグナルを生成するための成分を含まない。いくつかの局面では、さらなるCARが同じ細胞中で発現され、二次シグナルまたは共刺激シグナルを生成するための成分を提供する。
いくつかの態様では、キメラ抗原受容体は、T細胞共刺激分子の細胞内ドメインを含む。いくつかの態様では、CARは、CD28、4-1BB、OX40（CD134）、CD27、DAP10、DAP12、ICOSおよび/または他の共刺激受容体などの共刺激受容体のシグナル伝達ドメインおよび/または膜貫通部分を含む。いくつかの態様では、CARは、CD28または4-1BB、例えばヒトCD28またはヒト4-1BBの共刺激領域またはドメインを含む。
いくつかの態様では、細胞内シグナル伝達領域またはドメインは、ヒトCD28の細胞内共刺激シグナル伝達ドメインまたはその機能的変異体またはその一部、例えばその41アミノ酸ドメインおよび/または天然CD28タンパク質の186～187位にLLからGGへの置換を有するそのようなドメインを含む。例えば、いくつかの態様では、細胞内シグナル伝達ドメインは、SEQ ID NO:10もしくは11に示されるアミノ酸の配列、またはSEQ ID NO:10もしくは11と少なくともまたは少なくとも約85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、またはそれ以上の配列同一性を示すアミノ酸の配列を含み得る。いくつかの態様では、細胞内領域は、4-1BBの細胞内共刺激シグナル伝達ドメインまたはその機能的変異体またはその一部、例えばヒト4-1BBの42アミノ酸の細胞質ドメイン（アクセッション番号Q07011.1）またはその機能的変異体もしくは一部、例えばSEQ ID NO:12に示されるアミノ酸の配列、またはSEQ ID NO:12と少なくともまたは少なくとも約85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、またはそれ以上の配列同一性を示すアミノ酸の配列を含む。
いくつかの局面では、同じCARは、一次（または活性化）細胞質シグナル伝達領域および共刺激シグナル伝達成分の両方を含む。
いくつかの態様では、活性化ドメインは1つのCAR内に含まれ、一方共刺激成分は、別の抗原を認識する別のCARによって提供される。いくつかの態様では、CARは、両方とも同じ細胞上に発現される、活性化または刺激性CAR、共刺激性CARを含む（国際公開公報第2014/055668号参照）。いくつかの局面では、細胞は、1つまたは複数の刺激性もしくは活性化CARおよび/または共刺激性CARを含む。いくつかの態様では、細胞は、阻害性CAR（iCAR、Fedorov et al.,Sci.Transl.Medicine,5（215）（December,2013）参照）、例えば疾患もしくは状態に関連するおよび/または疾患もしくは状態に特異的な抗原以外の抗原を認識するCARをさらに含み、それにより疾患標的化CARを介して送達される活性化シグナルが、阻害性CARのそのリガンドへの結合によって減少または阻害されて、例えばオフターゲット効果が低減される。
いくつかの態様では、2つの受容体はそれぞれ、細胞への活性化シグナルおよび阻害性シグナルを誘導し、その結果、一方の受容体によるその抗原への結合は、細胞を活性化するまたは応答を誘導するが、第2の阻害性受容体によるその抗原への結合は、その応答を抑制または減弱させるシグナルを誘導する。例は、活性化CARと阻害性CAR（iCAR）の組合せである。そのような戦略は、例えば、活性化CARが、疾患または状態において発現されるが正常細胞上でも発現される抗原に結合し、阻害性受容体が、正常細胞上で発現されるが疾患または状態の細胞上では発現されない別の抗原に結合する状況で、オフターゲット効果の可能性を低減するために使用され得る。
いくつかの局面では、キメラ受容体は、阻害性CAR（例えばiCAR）であるかまたはそれを含み、ならびに細胞内のITAMおよび/または共刺激促進応答などの免疫応答を減弱または抑制する細胞内成分を含む。そのような細胞内シグナル伝達成分の例は、PD-1、CTLA4、LAG3、BTLA、OX2R、TIM-3、TIGIT、LAIR-1、PGE2受容体、A2ARを含むEP2/4アデノシン受容体を含む、免疫チェックポイント分子上に見出されるものである。いくつかの局面では、操作された細胞は、そのような阻害分子のシグナル伝達ドメインまたはそのような阻害分子に由来するシグナル伝達ドメインを含む阻害性CARを含み、その結果、例えば活性化および/または共刺激性CARによって誘導される細胞の応答を減弱させる働きをする。
いくつかの場合には、CARは、第1、第2、および/または第3世代のCARと称される。いくつかの局面では、第1世代のCARは、抗原結合の際にCD3鎖誘導シグナルのみを提供するものである;いくつかの局面では、第2世代のCARは、そのようなシグナルと共刺激シグナルを提供するもの、例えばCD28またはCD137などの共刺激受容体由来の細胞内シグナル伝達ドメインを含むものである;いくつかの局面では、第3世代のCARは、異なる共刺激受容体の複数の共刺激ドメインを含むものである。
いくつかの態様では、CARは、細胞質部分に1つまたは複数、例えば2つまたはそれ以上の共刺激ドメインおよび活性化ドメイン、例えば一次活性化ドメインを包含する。例示的なCARは、CD3ζ、CD28、および4-1BBの細胞内成分を含む。
いくつかの態様では、抗原受容体はマーカーをさらに含み、および/またはCARもしくは他の抗原受容体を発現する細胞は、受容体を発現するための細胞の形質導入または操作を確認するために使用し得る細胞表面マーカーなどの代理マーカーをさらに含む。いくつかの局面では、マーカーは、CD34、NGFR、または上皮成長因子受容体の全部または一部（例えば切断型）、例えばそのような細胞表面受容体の切断型（例えばtEGFR）を含む。いくつかの態様では、マーカーをコードする核酸は、リンカー配列、例えば切断可能なリンカー配列、例えばT2Aをコードするポリヌクレオチドに機能的に連結されている。例えば、マーカー、および任意でリンカー配列は、国際公開公報第2014031687号に開示されている任意のものであり得る。例えば、マーカーは、任意でリンカー配列、例えばT2A切断可能リンカー配列に連結された切断型EGFR（tEGFR）であり得る。
切断型EGFR（例えばtEGFR）の例示的なポリペプチドは、SEQ ID NO:7もしくは16に示されるアミノ酸配列、またはSEQ ID NO:7もしくは16と少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはそれ以上の配列同一性を示すアミノ酸配列を含む。例示的なT2Aリンカー配列は、SEQ ID NO:6もしくは17に示されるアミノ酸配列、またはSEQ ID NO:6もしくは17と少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはそれ以上の配列同一性を示すアミノ酸配列を含む。
いくつかの態様では、マーカーは、天然ではT細胞上に見出されない、もしくは天然ではT細胞の表面上に見出されない分子、例えば細胞表面タンパク質、またはその一部である。いくつかの態様では、分子は非自己分子、例えば非自己タンパク質、すなわち細胞が養子移入される宿主の免疫系によって「自己」として認識されないものである。
いくつかの態様では、マーカーは、治療機能を果たさない、および/または例えば遺伝子操作のため、例えば成功裏に操作された細胞を選択するためのマーカーとして使用されること以外には作用をもたらさない。他の態様では、マーカーは、治療用分子または何らかの所望の作用を及ぼす分子、例えば細胞がインビボで遭遇するリガンド、例えば養子移入時およびリガンドとの遭遇時に細胞の応答を増強するおよび/または減弱させる共刺激分子または免疫チェックポイント分子であり得る。
いくつかの態様では、CARは、抗体、例えば抗体断片、CD28の膜貫通部分またはその機能的変異体であるかまたはそれを含む膜貫通ドメイン、ならびにCD28のシグナル伝達部分またはその機能的変異体およびCD3ζのシグナル伝達部分またはその機能的変異体を含む細胞内シグナル伝達ドメインを含む。いくつかの態様では、CARは、抗体、例えば抗体断片、CD28の膜貫通部分またはその機能的変異体であるかまたはそれを含む膜貫通ドメイン、ならびに4-1BBのシグナル伝達部分またはその機能的変異体およびCD3ζのシグナル伝達部分またはその機能的変異体を含む細胞内シグナル伝達ドメインを含む。いくつかのそのような態様では、受容体は、ヒトIg分子などのIg分子の一部、例えばIgヒンジ、例えばIgG4ヒンジを含むスペーサー、例えばヒンジのみのスペーサーをさらに含む。
いくつかの態様では、組換え受容体、例えばCARの膜貫通ドメインは、ヒトCD28（例えば、アクセッション番号P01747.1）またはそのバリアントの膜貫通ドメイン、例えば、SEQ ID NO：8に記載のアミノ酸の配列、またはSEQ ID NO：8に対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、もしくはそれ以上の配列同一性を呈するアミノ酸の配列を含む膜貫通ドメインであるかまたは含み；いくつかの態様では、組換え受容体の膜貫通ドメイン含有部分は、SEQ ID NO：9に記載のアミノ酸の配列、あるいはそれに対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、もしくはそれ以上、または少なくとも約85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、もしくはそれ以上の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む。
いくつかの態様では、組換え受容体、例えばCARの細胞内シグナル伝達構成要素は、ヒトCD28の細胞内共刺激性シグナル伝達ドメイン、またはその機能的バリアントもしくは部分、例えば、ネイティブCD28タンパク質の186～187位にLLからGGへの置換を有するドメインを含有する。例えば、細胞内シグナル伝達ドメインは、SEQ ID NO：10もしくは11に記載のアミノ酸の配列、またはSEQ ID NO：10もしくは11に対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、もしくはそれ以上の配列同一性を呈するアミノ酸の配列を含み得る。いくつかの態様では、細胞内ドメインは、4-1BBの細胞内共刺激性シグナル伝達ドメイン（例えば、アクセッション番号Q07011.1）またはその機能的バリアントもしくは部分、例えば、SEQ ID NO：12に記載のアミノ酸の配列、またはSEQ ID NO：12に対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、もしくはそれ以上の配列同一性を呈するアミノ酸の配列を含む。
いくつかの態様では、組換え受容体、例えばCARの細胞内シグナル伝達ドメインは、ヒトCD3ゼータ刺激性シグナル伝達ドメインまたはその機能的バリアント、例えば、ヒトCD3ζのアイソフォーム3の112AA細胞質ドメイン（アクセッション番号P20963.2）または米国特許第7,446,190号もしくは米国特許第8,911,993号に記載のCD3ゼータシグナル伝達ドメインを含む。例えば、いくつかの態様では、細胞内シグナル伝達ドメインは、SEQ ID NO：13、14、もしくは15に記載のアミノ酸の配列、またはSEQ ID NO：13、14、もしくは15に対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、もしくはそれ以上の配列同一性を呈するアミノ酸の配列を含む。
いくつかの態様では、スペーサーは、IgGのヒンジ領域のみ、例えば、IgG4またはIgG1のヒンジのみ、例えば、SEQ ID NO：1に記載のヒンジのみのスペーサーを含有し、そして、SEQ ID NO：2に記載の配列によってコードされている。いくつかの態様では、スペーサーは、CH2および／またはCH3ドメインに連結されたIgヒンジ、例えば、IgG4ヒンジである。いくつかの態様では、スペーサーは、例えばSEQ ID NO：4に記載されている、CH2およびCH3ドメインに連結されたIgヒンジ、例えばIgG4ヒンジである。いくつかの態様では、スペーサーは、例えばSEQ ID NO：3に記載されている、CH3ドメインのみに連結されたIgヒンジ、例えば、IgG4ヒンジである。いくつかの態様では、スペーサーは、グリシン-セリンリッチ配列または公知の柔軟性リンカー等の他の柔軟性リンカーであるかまたはそれを含む。いくつかの態様では、定常の領域または部分は、IgDのものである。いくつかの態様では、スペーサーは、SEQ ID NO：5に記載の配列を有する。いくつかの態様では、スペーサーは、SEQ ID NO：1、3、4、および5のいずれかに対して、少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、もしくはそれ以上、または少なくとも約85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、もしくはそれ以上の配列同一性を呈するアミノ酸の配列を有する。
例えば、いくつかの態様では、CARは、scFvを含む抗体断片等の抗体と、スペーサー、例えば、ヒンジ領域および／または重鎖分子の1つまたは複数の定常領域等の免疫グロブリン分子の一部を含有するスペーサー、例えばIgヒンジ含有スペーサーと、CD28由来の膜貫通ドメインの全てまたは一部を含有する膜貫通ドメインと、CD28由来の細胞内シグナル伝達ドメインと、CD3ゼータシグナル伝達ドメインとを含む。いくつかの態様では、CARは、抗体またはscFv等の断片と、Igヒンジ含有スペーサーのいずれか等のスペーサーと、CD28由来の膜貫通ドメインと、4-1BB由来の細胞内シグナル伝達ドメインと、CD3ゼータ由来のシグナル伝達ドメインとを含む。
いくつかの態様では、このようなCARコンストラクトをコードしている核酸分子は、例えば、CARをコードしている配列の下流に、T2Aリボソームスキップエレメントおよび／またはtEGFR配列をコードしている配列を更に含む。いくつかの態様では、配列は、SEQ ID NO：6もしくは17に記載のT2Aリボソームスキップエレメント、またはSEQ ID NO：6もしくは17に対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、もしくはそれ以上の配列同一性を呈するアミノ酸の配列をコードしている。いくつかの態様では、抗原受容体（例えばCAR）を発現するT細胞は、（例えば、同じコンストラクトから2つのタンパク質を発現させるためにT2Aリボソームスイッチによって分離されたCARおよびEGFRtをコードしているコンストラクトを導入することによって）非免疫原性選択エピトープとして切断型EGFR（EGFRt）を発現するように生成することもでき、これは、次いで、このような細胞を検出するためのマーカーとして使用することができる（例えば米国特許第8,802,374号を参照）。いくつかの態様では、配列は、SEQ ID NO：7もしくは16に記載のtEGFR配列、またはSEQ ID NO：7もしくは16に対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、もしくはそれ以上の配列同一性を呈するアミノ酸の配列をコードしている。いくつかの場合では、T2A等のペプチドが、リボソームに2AエレメントのC末端でのペプチド結合の合成をスキップ（リボソームスキッピング）させ、2A配列の末端と下流の次のペプチドとの間を分離させる場合がある（例えば、de Felipe. Genetic Vaccines and Ther. 2:13 (2004)およびdeFelipe et al.Traffic 5:616-626 (2004)を参照)。多くの2Aエレメントが公知である。本明細書に開示される方法および核酸で使用することができる2A配列の例は、米国特許出願公開第20070116690号に記載されている通り、口蹄疫ウイルス（F2A、例えばSEQ ID NO：21）、ウマ鼻炎Aウイルス（E2A、例えばSEQ ID NO：20）、Thosea asignaウイルス（T2A、例えばSEQ ID NO：6または17）、およびブタテッショウウイルス-1（P2A、例えばSEQ ID NO：18または19）からの2A配列を含むが、それに限定されるわけではない。
態様のいずれかのうちのいくつかでは、CARは、順に、抗原に特異的なscFv、膜貫通ドメイン、任意で4-1BBであるかまたはそれを含む共刺激性分子に由来する細胞質シグナル伝達ドメイン、および任意でCD3ゼータシグナル伝達ドメインであるかまたはそれを含む一次シグナル伝達ITAM含有分子に由来する細胞質シグナル伝達ドメインを含み、そして、任意で、膜貫通ドメインとscFvの間にスペーサーを更に含む。
態様のいずれかのうちのいくつかでは、CARは、順に、抗原に特異的なscFv、膜貫通ドメイン、任意で4-1BBシグナル伝達ドメインであるかまたはそれを含む共刺激性分子に由来する細胞質シグナル伝達ドメイン、および任意でCD3ゼータシグナル伝達ドメインである一次シグナル伝達ITAM含有分子に由来する細胞質シグナル伝達ドメインを含む。
態様のいずれかのうちのいくつかでは、CARは、順に、抗原に特異的なscFv、スペーサー、膜貫通ドメイン、任意で4-1BBシグナル伝達ドメインである共刺激性分子に由来する細胞質シグナル伝達ドメイン、および任意でCD3ゼータシグナル伝達ドメインであるかまたはそれを含む一次シグナル伝達ITAM含有分子に由来する細胞質シグナル伝達ドメインを含むかまたはそれらからなる。いくつかの局面では、スペーサーは、（a）免疫グロブリンヒンジもしくはその改変バージョンの全てもしくは一部を含むかもしくはからなる、または約15アミノ酸以下を含み、そして、CD28細胞外領域もCD8細胞外領域も含まない、（b）免疫グロブリンヒンジ、任意でIgG4ヒンジもしくはその改変バージョンの全てもしくは一部を含むかもしくはからなる、および／または約15アミノ酸以下を含み、そして、CD28細胞外領域もCD8細胞外領域も含まない、あるいは（c）12アミノ酸長もしくは約12アミノ酸長である、および／または免疫グロブリンヒンジ、任意でIgG4ヒンジもしくはその改変バージョンの全てもしくは一部を含むかもしくはからなる；あるいは（d）SEQ ID NO：1の配列、SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：30、SEQ ID NO：31、SEQ ID NO：32、SEQ ID NO：33、SEQ ID NO：34によってコードされている配列、またはそれに対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、もしくはそれ以上の配列同一性を有する前述のもののいずれかのバリアントを有するまたはからなる、あるいは（e）式X1PPX2P（式中、X1は、グリシン、システイン、またはアルギニンであり、そして、X2は、システインまたはスレオニンである）を含むまたはからなるポリペプチドスペーサーである；ならびに／あるいは共刺激性ドメインは、SEQ ID NO：12またはそれに対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、もしくはそれ以上の配列同一性を有するそのバリアントを含む；ならびに／あるいは一次シグナル伝達ドメインは、SEQ ID NO：13もしくは14もしくは15、またはそれに対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、もしくはそれ以上の配列同一性を有するこれらのバリアントを含む；ならびに/あるいはscFvは、RASQDISKYLN（SEQ ID NO：35）のCDRL1配列、SRLHSGV（SEQ ID NO：36）のCDRL2配列、および／またはGNTLPYTFG（SEQ ID NO：37）のCDRL3配列、および／またはDYGVS（SEQ ID NO：38）のCDRH1配列、
Figure 2022537700000006
のCDRH2配列、および／またはYAMDYWGのCDRH3配列（SEQ ID NO：40）を含む、あるいはscFvは、FMC63の可変重鎖領域およびFMC63の可変軽鎖領域、ならびに／もしくはFMC63のCDRL1配列、FMC63のCDRL2配列、FMC63のCDRL3配列、FMC63のCDRH1配列、FMC63のCDRH2配列、およびFMC63のCDRH3配列を含むか、または前述のもののいずれかと同じエピトープに結合するかもしくは前述のもののいずれかと結合について競合し、そして、任意で、scFvは、順に、VH、任意でSEQ ID NO.59を含むリンカー、およびVLを含む、ならびに／またはscFvは、柔軟性リンカーを含むおよび／もしくはSEQ ID NO：59に記載のアミノ酸配列を含む。
いくつかの態様では、スペーサーは、SEQ ID NO：1を含むかまたはからなり、共刺激性ドメインは、SEQ ID NO：12、またはそれに対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、もしくはそれ以上の配列同一性を有するそのバリアントを含み、膜貫通ドメインは、CD28のものであるか、あるいはSEQ ID NO：9、またはそれに対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、もしくはそれ以上の配列同一性を有するそのバリアントを含み、scFvは、FMC63の結合ドメインまたはCDRまたはVHおよびVLを含有し、一次シグナル伝達ドメインは、SEQ ID NO：13、14、もしくは15、またはそれに対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、もしくはそれ以上の配列同一性を有するそのバリアントを含有する。
いくつかの態様では、スペーサーは、SEQ ID NO：30を含むかまたはからなり、共刺激性ドメインは、SEQ ID NO：12、またはそれに対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、もしくはそれ以上の配列同一性を有するそのバリアントを含み、膜貫通ドメインは、CD28のものであるか、あるいはSEQ ID NO：9、またはそれに対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、もしくはそれ以上の配列同一性を有するそのバリアントを含み、scFvは、FMC63の結合ドメインまたはCDRまたはVHおよびVLを含有し、一次シグナル伝達ドメインは、SEQ ID NO：13、14、もしくは15、および／またはそれに対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、もしくはそれ以上の配列同一性を有するそのバリアントを含有する。
いくつかの態様では、スペーサーは、SEQ ID NO：31を含むかまたはからなり、共刺激性ドメインは、SEQ ID NO：12、またはそれに対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、もしくはそれ以上の配列同一性を有するそのバリアントを含み、膜貫通ドメインは、CD28のものであるか、あるいはSEQ ID NO：9、またはそれに対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、もしくはそれ以上の配列同一性を有するそのバリアントを含み、scFvは、FMC63の結合ドメインまたはCDRまたはVHおよびVLを含有し、一次シグナル伝達ドメインは、SEQ ID NO：13、14、もしくは15、および／またはそれに対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、もしくはそれ以上の配列同一性を有するそのバリアントを含有する。
いくつかの態様では、スペーサーは、SEQ ID NO：33を含むかまたはからなり、共刺激性ドメインは、SEQ ID NO：12、またはそれに対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、もしくはそれ以上の配列同一性を有するそのバリアントを含み、膜貫通ドメインは、CD28のものであるか、あるいはSEQ ID NO：9、またはそれに対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、もしくはそれ以上の配列同一性を有するそのバリアントを含み、scFvは、FMC63の結合ドメインまたはCDRまたはVHおよびVLを含有し、一次シグナル伝達ドメインは、SEQ ID NO：13、14、もしくは15、および／またはそれに対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、もしくはそれ以上の配列同一性を有するそのバリアントを含有する。
いくつかの態様では、スペーサーは、SEQ ID NO：34を含むかまたはからなり、共刺激性ドメインは、SEQ ID NO：12、またはそれに対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、もしくはそれ以上の配列同一性を有するそのバリアントを含み、膜貫通ドメインは、CD28のものであるか、あるいはSEQ ID NO：9、またはそれに対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、もしくはそれ以上の配列同一性を有するそのバリアントを含み、scFvは、FMC63の結合ドメインまたはCDRまたはVHおよびVLを含有し、一次シグナル伝達ドメインは、SEQ ID NO：13、14、もしくは15、および／またはそれに対して少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、もしくはそれ以上の配列同一性を有するそのバリアントを含有する。
対象に投与された細胞によって発現されるCAR等の組換え受容体は、一般的に、処置される疾患もしくは病態またはその細胞において発現する、会合する、および／または特異的な分子を認識するかまたは特異的に結合する。分子、例えば抗原に特異的に結合すると、受容体は、一般的に、ITAM形質導入シグナル等の免疫刺激シグナルを細胞内に送達し、それによって、疾患または病態を標的とした免疫応答を促進する。例えば、いくつかの態様では、細胞は、疾患もしくは病態の細胞もしくは組織が発現する、または疾患もしくは病態に関連する抗原に特異的に結合するCARを発現する。
2. T細胞受容体
いくつかの態様では、提供される方法、使用、製品、または組成物に関連して使用されるT細胞等の遺伝子操作細胞は、腫瘍、ウイルス、または自己免疫タンパク質の抗原等の標的ポリペプチドのペプチドエピトープまたはT細胞エピトープを認識するT細胞受容体（TCR）またはその抗原結合部分を発現する細胞である。
いくつかの態様では、「T細胞受容体」または「TCR」は、可変αおよびβ鎖（それぞれTCRαおよびTCRβとしても知られている）もしくは可変γおよびδ鎖（それぞれTCRαおよびTCRβとしても知られている）、またはその抗原結合部分を含有し、そして、MHC分子に結合したペプチドに特異的に結合することができる分子である。いくつかの態様では、TCRは、αβ型である。典型的には、αβ型およびγδ型で存在するTCRは、一般的に、構造的に類似しているが、それらを発現するT細胞は、異なる解剖学的な位置または機能を有する場合がある。TCRは、細胞の表面にみられる場合もあり、可溶性の形態である場合もある。一般的に、TCRは、T細胞（またはTリンパ球）の表面にみられ、一般的に、そこで主要組織適合性複合体（MHC）分子に結合した抗原を認識する役割を担っている。
特に断りのない限り、用語「TCR」は、完全なTCRだけでなく、その抗原結合部分または抗原結合断片も包含すると理解されるべきである。いくつかの態様では、TCRは、αβ型またはγδ型のTCRを含む、インタクトまたは完全長のTCRである。いくつかの態様では、TCRは、完全長TCRよりも短いが、MHC分子に結合した特定のペプチドに結合する、例えば、MHC－ペプチド複合体に結合する抗原結合部分である。いくつかの場合では、TCRの抗原結合部分または断片は、完全長またはインタクトなTCRの構造ドメインの一部しか含有し得ないが、完全なTCRが結合するMHC－ペプチド複合体等のペプチドエピトープに結合することができる。いくつかの場合では、抗原結合部分は、特定のMHC－ペプチド複合体に結合するための結合部位を形成するのに十分なTCRの可変ドメイン、例えば、TCRの可変α鎖および可変β鎖を含有する。一般的に、TCRの可変鎖は、ペプチド、MHCおよび／またはMHC－ペプチド複合体の認識に関与する相補性決定領域を含有する。
いくつかの態様では、TCRの可変ドメインは、超可変ループまたは相補性決定領域（CDR）を含有し、それは一般的に、抗原の認識および結合の能力および特異性に主に貢献する。いくつかの態様では、TCRのCDRまたはその組み合わせは、所与のTCR分子の抗原結合部位の全てまたは実質的に全てを形成する。TCR鎖の可変領域内の様々なCDRは、一般的に、フレームワーク領域（FR）によって分離されており、FRは、一般的に、CDRと比較してTCR分子間のばらつきが少ない（例えば、Jores et al., Proc. Nat'l Acad. Sci.U.S.A.87:9138, 1990; Chothia et al., EMBO J. 7:3745, 1988を参照；またLefranc et al., Dev. Comp. Immunol.27:55, 2003も参照）。いくつかの態様では、CDR3は、抗原結合もしくは特異性を担う主なCDRであるか、または抗原認識および／もしくはペプチド－MHC複合体の加工されたペプチド部分との相互作用のために、所与のTCR可変領域上の3つのCDRの中で最も重要である。いくつかの状況では、α鎖のCDR1は、特定の抗原ペプチドのN－末端部分と相互作用することができる。いくつかの状況では、β鎖のCDR1は、ペプチドのC末端部分と相互作用することができる。いくつかの状況では、CDR2は、MHC－ペプチド複合体のMHC部分との相互作用または認識に最も強く寄与するか、または担う主なCDRである。いくつかの態様では、β鎖の可変領域は、一般的に、超抗原結合に関与し、そして、抗原認識には関与しない更なる超可変領域（CDR4またはHVR4）を含有していてもよい（Kotb（1995）Clinical Microbiology Reviews, 8:411-426）。
いくつかの態様では、TCRは、定常ドメイン、膜貫通ドメイン、および／または短い細胞質尾部も含有し得る（例えば、Janeway et al., Immunobiology: The Immune System in Health and Disease, 3rd Ed., Current Biology Publications, p. 4:33, 1997を参照)。いくつかの局面では、TCRの各鎖は、1つのN末端免疫グロブリン可変ドメイン、1つの免疫グロブリン定常ドメイン、膜貫通領域、およびC末端の短い細胞質尾部を保有し得る。いくつかの態様では、TCRは、シグナル伝達の媒介に関与するCD3複合体のインバリアントタンパク質に会合する。
いくつかの態様では、TCR鎖は、1つまたは複数の定常ドメインを含有する。例えば、所与のTCR鎖（例えば、α鎖またはβ鎖）の細胞外部分は、2つの免疫グロブリン様ドメイン、例えば、可変ドメイン（例えば、VαまたはVβ；典型的には、Kabat付番Kabat et al., "Sequences of Proteins of Immunological Interest, US Dept. Health and Human Services, Public Health Service National Institutes of Health, 1991, 5th ed.に基づくアミノ酸1～116）と、細胞膜に隣接している定常ドメイン（例えば、α鎖定常ドメインもしくはCα、典型的には、Kabat付番に基づく鎖の117～259位、またはβ鎖定常ドメインもしくはCβ、典型的にはKabatに基づく鎖の117～295位）とを含有し得る。例えば、いくつかの場合では、2本の鎖によって形成されるTCRの細胞外部分は、2つの膜近位定常ドメインおよび2つの膜遠位可変ドメインを含有し、これら可変ドメインはそれぞれCDRを含有する。TCRの定常ドメインは、システイン残基がジスルフィド結合を形成し、それによって、TCRの2本の鎖を連結する短い接続配列を含有し得る。いくつかの態様では、TCRは、α鎖およびβ鎖のそれぞれに追加のシステイン残基を有していてもよく、その結果、TCRは定常ドメインに2つのジスルフィド結合を含有する。
いくつかの態様では、TCR鎖は、膜貫通ドメインを含有する。いくつかの態様では、膜貫通ドメインは、正に帯電している。いくつかの場合では、TCR鎖は、細胞質尾部を含有する。いくつかの場合では、この構造によって、TCRがCD3およびそのサブユニットのような他の分子と会合することが可能になる。例えば、膜貫通領域を有する定常ドメインを含有するTCRは、タンパク質を細胞膜に固定し、そして、CD3シグナル伝達装置または複合体のインバリアントサブユニットと会合することができる。CD3シグナルサブユニット（例えば、CD3γ、CD3δ、CD3ε、およびCD3ζの鎖）の細胞内尾部は、TCR複合体のシグナル伝達能力に関与する1つまたは複数の免疫受容体チロシン系活性化モチーフ、すなわちITAMを含有する。
いくつかの態様では、TCRは、2本の鎖αおよびβ（または任意でγおよびδ）のヘテロ二量体であってもよく、または一本鎖のTCRコンストラクトであってもよい。いくつかの態様では、TCRは、ジスルフィド結合等によって連結された2本の別々の鎖（α鎖およびβ鎖またはγ鎖およびδ鎖）を含有するヘテロ二量体である。
いくつかの態様では、TCRは、実質的に完全長のコーディング配列が容易に入手可能であるVα,β鎖の配列等の公知のTCR配列から生成することができる。V鎖配列を含む完全長TCR配列を細胞源から入手する方法は周知である。いくつかの態様では、TCRをコードしている核酸は、所与の細胞内のもしくは該細胞から単離されたTCRをコードしている核酸のポリメラーゼ連鎖反応（PCR）による増幅または公に入手可能なTCR DNA配列の合成等、様々な起源から入手することができる。
いくつかの態様では、TCRは、生物学的起源、例えば、T細胞（例えば、細胞傷害性T細胞）、T細胞ハイブリドーマ、または他の公に利用可能な起源等の細胞から入手される。いくつかの態様では、T細胞は、インビボで単離された細胞から入手することができる。いくつかの態様では、TCRは、胸腺で選択されたTCRである。いくつかの態様では、TCRは、ネオエピトープ拘束性TCRである。いくつかの態様では、T細胞は、培養されたT細胞ハイブリドーマまたはクローンであってよい。いくつかの態様では、TCR、またはその抗原結合部分、またはその抗原結合断片は、TCRの配列の知識から合成で生成することができる。
いくつかの態様では、TCRは、標的ポリペプチド抗原またはその標的T細胞エピトープに対する候補TCRのライブラリのスクリーニングから同定または選択されたTCRから生成される。TCRライブラリは、PBMC、脾臓、または他のリンパ器官に存在する細胞を含む、対象から単離されたT細胞からのVαおよびVβのレパートリーを増幅することによって生成することができる。いくつかの場合では、T細胞は、腫瘍浸潤リンパ球（TIL）から増幅することができる。いくつかの態様では、TCRライブラリは、CD4+細胞またはCD8+細胞から作製することができる。いくつかの態様では、TCRは、正常な健常対象のT細胞源、すなわち正常TCRライブラリから増幅することができる。いくつかの態様では、TCRは、疾患対象のT細胞源、すなわち、疾患TCRライブラリから増幅することができる。いくつかの態様では、ヒトから得られたT細胞等のサンプルにおいてRT-PCR等によってVαおよびVβの遺伝子レパートリーを増幅するために、縮重プライマーが使用される。いくつかの態様では、scTvライブラリは、リンカーによって分離されるように増幅産物がクローニングまたは組み立てられたナイーブなVαおよびVβライブラリから組み立てることができる。対象および細胞の起源によっては、ライブラリは、HLA対立遺伝子特異的であってもよい。あるいは、いくつかの態様では、TCRライブラリは、親またはスカフォールドのTCR分子の変異誘発または多様化によって生成することができる。いくつかの局面では、TCRは、例えばα鎖またはβ鎖の変異誘発等によって、指向性進化法に供される。いくつかの局面では、TCRのCDR内の特定の残基が変更される。いくつかの態様では、選択されたTCRを親和性成熟によって改変することができる。いくつかの態様では、ペプチドに対するCTL活性を評価するためのスクリーニング等により、抗原特異的T細胞を選択することができる。いくつかの局面では、例えば抗原特異的T細胞上に存在するTCRは、結合活性、例えば抗原に対する特定の親和性または結合力等によって選択されてもよい。
いくつかの態様では、TCRまたはその抗原結合部分は、改変または遺伝子操作されたものである。いくつかの態様では、特定のMHC－ペプチド複合体に対してより高い親和性を有する等、特性が変化したTCRを作製するために、指向性進化法が使用される。いくつかの態様では、指向性進化は、酵母ディスプレイ（Holler et al. (2003) Nat Immunol, 4, 55-62; Holler et al. (2000) Proc Natl Acad Sci U S A, 97, 5387-92)、ファージディスプレイ(Li et al.(2005) Nat Biotechnol, 23, 349-54）、またはT細胞ディスプレイ（Chervin et al.(2008) J Immunol Methods, 339, 175-84）を含むがそれに限定されるわけではないディスプレイ法によって達成される。いくつかの態様では、ディスプレイアプローチは、公知の親または参照のTCRを遺伝子操作または改変することを伴う。例えば、いくつかの場合では、CDRの1つまたは複数の残基が変異している変異誘発されたTCRを生成するためのテンプレートとして野生型TCRを使用することができ、そして、所望の標的抗原に対する高い親和性等、所望の変化した特性を有する変異体を選択する。
いくつかの態様では、関心対象のTCRの生成または作製において使用するための標的ポリペプチドのペプチドは、公知であるかまたは容易に同定することができる。いくつかの態様では、TCRまたは抗原結合部分の作製に使用するのに好適なペプチドは、以下に説明する標的ポリペプチド等の関心対象の標的ポリペプチドにおけるHLA拘束性モチーフの存在に基づいて決定することができる。いくつかの態様では、利用可能なコンピュータ予測モデルを用いてペプチドを同定する。いくつかの態様では、MHCクラスI結合部位を予測するために、このようなモデルは、ProPred1（Singh and Raghava (2001) Bioinformatics 17(12):1236-1237、およびSYFPEITHI（see Schuler et al. (2007) Immunoinformatics Methods in Molecular Biology, 409(1): 75-93 2007）を含むが、それに限定されるわけではない。いくつかの態様では、MHC拘束性エピトープはHLA-A0201であり、これは、全てのコーカサス人のおよそ39～46％で発現するので、TCRまたは他のMHC－ペプチド結合分子の調製に使用するためのMHC抗原の好適な選択肢となる。
コンピュータ予測モデルを用いたプロテアソームおよび免疫プロテアソームのためのHLA-A0201結合モチーフおよび切断部位は、公知である。MHCクラスI結合部位を予測するために、このようなモデルは、ProPred1（ProPred1（Singh and Raghava, ProPred: prediction of HLA-DR binding sites. BIOINFORMATICS 17(12):1236-1237 2001により詳細に記載）、およびSYFPEITHI（Schuler et al. SYFPEITHI, Database for Searching and T-Cell Epitope Prediction. in Immunoinformatics Methods in Molecular Biology, vol 409(1): 75-93 2007を参照）を含むが、それに限定されるわけではない。
いくつかの態様では、TCRまたはその抗原結合部分は、組換えで生成される天然タンパク質、または結合特徴等の1もしくは複数の特性が変化しているその変異型であってよい。いくつかの態様では、TCRは、ヒト、マウス、ラット、または他の哺乳類等の様々な動物種のうちの1つに由来していてよい。TCRは、細胞に結合していてもよく、可溶性の形態であってもよい。いくつかの態様では、提供される方法の目的のために、TCRは、細胞の表面上で発現する細胞結合型である。
いくつかの態様では、TCRは、完全長TCRである。いくつかの態様では、TCRは、抗原結合部分である。いくつかの態様では、TCRは、二量体TCR（dTCR）である。いくつかの態様では、TCRは、一本鎖TCR（sc-TCR）である。いくつかの態様では、dTCRまたはscTCRは、国際公開公報第03/020763号、国際公開公報第04/033685号、国際公開公報第2011/044186号に記載の構造を有する。
いくつかの態様では、TCRは、膜貫通配列に対応する配列を含有する。いくつかの態様では、TCRは、細胞質配列に対応する配列を含有する。いくつかの態様では、TCRは、CD3とTCR複合体を形成することができる。いくつかの態様では、dTCRまたはscTCRを含むTCRのいずれかが、T細胞の表面上で活性TCRをもたらすシグナル伝達ドメインに連結され得る。いくつかの態様では、TCRは、細胞の表面上で発現する。
いくつかの態様では、dTCRは、TCRα鎖の可変領域配列に対応する配列がTCRα鎖の定常領域の細胞外配列に対応する配列のN末端に融合している第1のポリペプチドと、TCRβ鎖の可変領域配列に対応する配列がTCRβ鎖の定常領域の細胞外配列に対応する配列のN末端に融合している第2のポリペプチドとを含有し、該第1のポリペプチドおよび該第2のポリペプチドは、ジスルフィド結合によって連結されている。いくつかの態様では、結合は、ネイティブな二量体αβTCRに存在するネイティブな鎖間ジスルフィド結合に対応し得る。いくつかの態様では、鎖間ジスルフィド結合は、ネイティブTCRには存在しない。例えば、いくつかの態様では、1つまたは複数のシステインをdTCRポリペプチド対の定常領域の細胞外配列に組み込むことができる。いくつかの場合では、ネイティブなジスルフィド結合および非ネイティブなジスルフィド結合の両方が望ましいこともある。いくつかの態様では、TCRは、膜に固定するための膜貫通配列を含有する。
いくつかの態様では、dTCRは、可変αドメイン、定常αドメイン、および定常αドメインのC末端に付着した第1の二量化モチーフを含有するTCRα鎖と、可変βドメイン、定常βドメイン、および定常βドメインのC末端に付着した第1の二量化モチーフを含むTCRβ鎖とを有し、第1および第2の二量化モチーフは、容易に相互作用して、第1の二量化モチーフのアミノ酸と第2の二量化モチーフのアミノ酸との間に共有結合を形成し、TCRα鎖とTCRβ鎖を互いに連結する。
いくつかの態様では、TCRは、scTCRである。典型的には、公知の方法を用いてscTCRを作製することができ、例えば、Soo Hoo, W. F. et al. PNAS (USA) 89, 4759 (1992); Wulfing, C. and Pluckthun, A., J. Mol. Biol. 242, 655 (1994); Kurucz, I. et al. PNAS (USA) 90 3830 (1993)；国際公開公報第96/13593号、国際公開公報第96/18105号、国際公開公報第99/60120号、国際公開公報第99/18129号、国際公開公報第03/020763号、国際公開公報第2011/044186号；およびSchlueter, C. J. et al. J. Mol. Biol.256, 859 (1996)を参照。いくつかの態様では、scTCRは、TCR鎖の会合を促進するために、導入された非ネイティブなジスルフィド鎖間結合を含有する（例えば、国際公開公報第03/020763号を参照）。いくつかの態様では、scTCRは、そのC末端に融合した異種ロイシンジッパーが鎖の会合を促進する、非ジスルフィド連結した切断型TCRである（例えば、国際公開公報第99/60120号を参照）。いくつかの態様では、scTCRは、ペプチドリンカーを介してTCRβ可変ドメインに共有結合性連結したTCRα可変ドメインを含有する（例えば、国際公開公報第99/18129号を参照）。
いくつかの態様では、scTCRは、TCRα鎖の可変領域に対応するアミノ酸配列によって構成された第1のセグメント、TCRβ鎖の定常ドメインの細胞外配列に対応するアミノ酸配列のN末端に融合したTCRβ鎖の可変領域の配列に対応するアミノ酸配列によって構成された第2のセグメント、および第1のセグメントのC末端を第2のセグメントのN末端に連結するリンカー配列を含有する。
いくつかの態様では、scTCRは、α鎖の細胞外定常ドメインの配列のN末端に融合したα鎖可変領域配列によって構成された第1のセグメント、配列β鎖の細胞外定常および膜貫通配列のN末端に融合したβ鎖の可変領域の配列によって構成された第2のセグメント、および任意で、第1のセグメントのC末端を第2のセグメントのN末端に連結するリンカー配列を含有する。
いくつかの態様では、scTCRは、β鎖の細胞外定常ドメインの配列のN末端に融合したTCRβ鎖の可変領域の配列によって構成された第1のセグメント、および配列α鎖の細胞外定常および膜貫通配列のN末端に融合したα鎖の可変領域の配列によって構成された第2のセグメント、および任意で、第1のセグメントのC末端を第2のセグメントのN末端に連結するリンカー配列を含有する。
いくつかの態様では、第1および第2のTCRセグメントを連結するscTCRのリンカーは、TCR結合特異性を保持しつつ、単一のポリペプチド鎖を形成することができる任意のリンカーであってよい。いくつかの態様では、リンカー配列は、例えば、式-P-AA-P-（式中、Pはプロリンであり、そして、AAはアミノ酸がグリシンおよびセリンであるアミノ酸配列を表す）を有していてよい。いくつかの態様では、第1および第2のセグメントは、その可変領域配列がこのような結合のために配向されるように対合する。したがって、いくつかの場合では、リンカーは、第1のセグメントのC末端と第2のセグメントのN末端との間の距離に及ぶのに十分な長さを有しており、逆もまた同様であるが、scTCRの標的リガンドへの結合をブロックまたは低減するほど長くはない。いくつかの態様では、リンカーは、10～45個のアミノ酸または約10～45個のアミノ酸、例えば10～30個のアミノ酸または26～41個のアミノ酸の残基、例えば29、30、31、または32個のアミノ酸を含有し得る。いくつかの態様では、リンカーは、式-PGGG-(SGGGG)5-P-（式中、Pはプロリンであり、Gはグリシンであり、Sはセリンである）（SEQ ID NO：22）を有する。いくつかの態様では、リンカーは、配列
Figure 2022537700000007
を有する。
いくつかの態様では、scTCRは、α鎖の定常ドメインの免疫グロブリン領域の残基をβ鎖の定常ドメインの免疫グロブリン領域の残基に連結させる共有結合性ジスルフィド結合を含有する。いくつかの態様では、ネイティブなTCRに鎖間ジスルフィド結合は存在しない。例えば、いくつかの態様では、1つまたは複数のシステインをscTCRポリペプチドの第1および第2のセグメントの定常領域の細胞外配列に組み込むことができる。いくつかの場合では、ネイティブなジスルフィド結合および非ネイティブなジスルフィド結合の両方が望ましいこともある。
導入された鎖間ジスルフィド結合を含有するdTCRまたはscTCRのいくつかの態様では、ネイティブなジスルフィド結合は存在しない。いくつかの態様では、ネイティブな鎖間ジスルフィド結合を形成するネイティブなシステインのうちの1つまたは複数が、セリンまたはアラニン等の別の残基に置換される。いくつかの態様では、第1および第2のセグメントにおける非システイン残基をシステインに変異させることによって、導入されたジスルフィド結合を形成することができる。例示的なTCRの非ネイティブなジスルフィド結合は、国際公開公報第2006/000830号に記載されている。
いくつかの態様では、TCRまたはその抗原結合断片は、標的抗原に対する平衡結合定数が10-5～10-12Mまたは約10-5～10-12M、およびその内の全ての個々の値および範囲である親和性を呈する。いくつかの態様では、標的抗原は、MHC－ペプチド複合体またはリガンドである。
いくつかの態様では、α鎖およびβ鎖等のTCRをコードしている核酸を、PCR、クローニング、または他の好適な手段によって増幅し、そして、好適な発現ベクターにクローニングすることができる。発現ベクターは、任意の好適な組み換え発現ベクターであってよく、そして、任意の好適な宿主を形質転換またはトランスフェクトするために使用することができる。好適なベクターは、プラスミドおよびウイルス等、伝播および拡大用、もしくは発現用、または両方のために設計されたものを含む。
いくつかの態様では、ベクターは、pUCシリーズ（Fermentas Life Sciences）、pBluescriptシリーズ（Stratagene, LaJolla, Calif.)、pETシリーズ（Novagen, Madison, Wis.)、pGEXシリーズ（Pharmacia Biotech, Uppsala, Sweden)、またはpEXシリーズ（Clontech, Palo Alto, Calif.）のベクターであってよい。いくつかの場合では、λG10、λGT11、λZapII（Stratagene）、λEMBL4、およびλNM1149等のバクテリオファージベクターを使用してもよい。いくつかの態様では、植物発現ベクターを使用してもよく、そして、pBI01、pBI101.2、pBI101.3、pBI121、およびpBIN19（Clontech）を含む。いくつかの態様では、動物発現ベクターは、pEUK-Cl、pMAM、およびpMAMneo（Clontech）を含む。いくつかの態様では、レトロウイルスベクター等のウイルスベクターが使用される。
いくつかの態様では、組換え発現ベクターは、標準的な組換えDNA技術を用いて調製することができる。いくつかの態様では、ベクターは、必要に応じて、そして、ベクターがDNAベースであるかRNAベースであるかを考慮して、ベクターが導入される宿主の種類（例えば、細菌、真菌、植物、または動物）に特異的な制御配列、例えば、転写および翻訳の開始および終止コドンを含有していてよい。いくつかの態様では、ベクターは、TCRまたは抗原結合部分（または他のMHC－ペプチド結合分子）をコードしているヌクレオチド配列に機能的に連結された非ネイティブプロモーターを含有していてよい。いくつかの態様では、プロモータは、非ウイルスプロモータであってもよく、ウイルスプロモータ、例えばサイトメガロウイルス（CMV）プロモータ、SV40プロモータ、RSVプロモータ、およびマウス幹細胞ウイルスの末端反復配列にみられるプロモータであってもよい。他の公知のプロモータも企図される。
いくつかの態様では、TCRをコードしているベクターを作製するために、関心対象のTCRを発現するT細胞クローンから単離された全cDNAからα鎖およびβ鎖をPCR増幅し、そして、発現ベクターにクローニングする。いくつかの態様では、α鎖およびβ鎖は、同じベクターにクローニングされる。いくつかの態様では、α鎖およびβ鎖は、異なるベクターにクローニングされる。いくつかの態様では、作製されたα鎖およびβ鎖は、レトロウイルス、例えばレンチウイルスのベクターに組み込まれる。遺伝的に操作された細胞および細胞の生成方法
いくつかの態様では、提供される方法は、組換え抗原受容体を発現する細胞を、疾患または病態を有する対象に投与することを伴う。遺伝的に操作された構成要素、例えば組み換え受容体、例えばCARまたはTCRを導入するための様々な方法は周知であり、そして、提供される方法および組成物と共に使用することができる。例示的な方法は、受容体をコードしている核酸を移入させるためのものを含み、ウイルス、例えばレトロウイルスまたはレンチウイルス、形質導入、トランスポゾン、およびエレクトロポレーション等を介するものが含まれる。
受容体を発現し、そして、提供される方法によって投与される細胞の中には、遺伝子操作細胞がある。遺伝子操作は、一般的に、レトロウイルス形質導入、トランスフェクション、または形質転換等により、組換えまたは遺伝子操作された構成要素をコードしている核酸を、細胞を含有する組成物に導入することを伴う。
B. 遺伝子操作の方法
特定の態様では、遺伝子操作細胞は、1つもしくは複数のインプット組成物からおよび／または単一の生物学的サンプルからT細胞を多く含むアウトプット組成物を作製するプロセスによって生成される。ある特定の態様では、アウトプット組成物は、組換え受容体、例えば、抗CD19 CAR等のCARを発現する細胞を含有する。特定の態様では、アウトプット組成物の細胞は、療法、例えば、自家細胞療法として対象に投与するのに好適である。いくつかの態様では、アウトプット組成物は、CD4+T細胞またはCD8+T細胞を多く含む組成物である。
いくつかの態様では、遺伝子操作細胞を作製または生成するためのプロセスは、生物学的サンプルを収集もしくは取得する工程；生物学的サンプルからインプット細胞を単離、選択、もしくは濃縮する工程；インプット細胞を凍結保存および保管する工程；刺激条件下でインプット細胞を解凍および／もしくはインキュベーションする工程；刺激された細胞を組換えポリヌクレオチド、例えばCAR等の組換え受容体をコードしているポリヌクレオチドを発現または含有するように遺伝子操作する工程；遺伝子操作された細胞を、例えば閾値の量、密度、もしくは拡大まで培養する工程；培養された細胞をアウトプット組成物に製剤化する工程；ならびに／または細胞が注入用に放出されるまでおよび／もしくは対象に投与するのに適した状態になるまで、製剤化されたアウトプット細胞を凍結保存および保管する工程のうちのいくつかまたは全てを含むプロセスによる。ある特定の態様では、プロセスは、同じ出発または初期の生物学的サンプルから別々に加工および遺伝子操作され、そして、規定の比、例えば1：1のCD4+T細胞のCD8+T細胞に対する比で対象に再注入される、濃縮T細胞の2つまたはそれ以上のインプット組成物、例えば別個のCD4+組成物および別個のCD8+組成物を用いて実施される。いくつかの態様では、濃縮T細胞は、遺伝子操作T細胞、例えば組換え受容体を発現するように形質導入されたT細胞であるかまたはそれらを含む。
特定の態様では、組換え受容体（例えば、抗CD19 CAR）を発現する遺伝子操作細胞のアウトプット組成物は、細胞の初期および／またはインプットの組成物から生成される。いくつかの態様では、インプット組成物は、濃縮CD3+T細胞、濃縮CD4+T細胞、および／または濃縮CD8+T細胞の組成物（以下、それぞれ濃縮T細胞の組成物、濃縮CD4+T細胞の組成物、および濃縮CD8+T細胞の組成物とも称される）である。いくつかの態様では、CD4+T細胞を多く含む組成物は、少なくとも60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、98％、99％、または99.9％のCD4+T細胞を含有する。特定の態様では、濃縮CD4+T細胞の組成物は、約100％のCD4+T細胞を含有する。ある特定の態様では、濃縮CD4+T細胞の組成物は、20％未満、10％未満、5％未満、1％未満、0.1％未満、または0.01％未満のCD8+T細胞を含むもしくは含有する、および／またはCD8+T細胞を含有しない、および／またはCD8+T細胞フリーであるかもしくは実質的にCD8+T細胞フリーである。いくつかの態様では、濃縮CD4+T細胞の集団は、CD4+T細胞から本質的になる。いくつかの態様では、CD8+T細胞を多く含む組成物は、少なくとも75％、80％、85％、90％、95％、98％、99％、もしくは99.9％のCD8+T細胞を含有する、または100％のCD8+T細胞を含有するもしくは約100％のCD8+T細胞を含有する。ある特定の態様では、濃縮CD8+T細胞の組成物は、20％未満、10％未満、5％未満、1％未満、0.1％未満、または0.01％未満のCD4+T細胞を含むもしくは含有する、および／またはCD4+T細胞を含有しない、および／またはCD4+T細胞フリーであるかもしくは実質的にCD4+T細胞フリーである。いくつかの態様では、濃縮CD8+T細胞の集団は、CD8+T細胞から本質的になる。
いくつかの態様では、CD3+T細胞を多く含む組成物は、少なくとも60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、98％、99％、または99.9％のCD3+T細胞を含有する。特定の態様では、濃縮CD3+T細胞の組成物は、約100％のCD3+T細胞を含有する。ある特定の態様では、濃縮CD3+T細胞の組成物は、およそ1：3～およそ3：1、例えばおよそ1：1のCD4+T細胞のCD8+T細胞に対する比でCD4+T細胞およびCD8+T細胞を含む。
ある特定の態様では、遺伝子操作細胞を生成するためのプロセスは、細胞、例えばインプット組成物の細胞を活性化および／もしくは刺激すること；活性化および／もしくは刺激された細胞を遺伝的に操作して、例えば、組換えタンパク質をコードしているポリヌクレオチドを形質導入もしくはトランスフェクションによって導入すること；ならびに／または遺伝子操作細胞を、例えば、増殖および／もしくは拡大を促進する条件下で培養すること、のうちの1つまたは複数を更に含んでいてもよい。特定の態様では、提供される方法は、細胞をインキュベーション、活性化、刺激、遺伝子操作、形質導入、トランスフェクション、および／または培養した後に生成されたアウトプット組成物を収集、回収、および／または製剤化することに関連して使用することができる。
いくつかの態様では、提供される方法に合わせて使用される抗CD19 CARを発現するもの等の遺伝子操作細胞は、細胞を選択、単離、活性化、刺激、拡大、培養、および／または製剤化するためのプロセスによって生成または作製される。いくつかの態様では、このような方法は、記載されているいずれかを含む。
いくつかの態様では、単一の生物学的サンプル、例えば、患者または健常個体等の同じドナーからのPBMCまたは他の白血球のサンプルから、濃縮CD4+T細胞の少なくとも1つの別個の組成物および濃縮CD8+T細胞の少なくとも1つの別個の組成物が単離、選択、濃縮、または取得される。いくつかの態様では、濃縮CD4+T細胞の別個の組成物および濃縮CD8+T細胞の別個の組成物は、単一の対象から取得、回収、および／または採取された単一の生物学的サンプル等の同じ生物学的サンプルを起源とする、例えば、最初に単離、選択、および／または濃縮される。いくつかの態様では、まず、陰性画分および陽性画分の両方を保持するCD4+T細胞の選択に生物学的サンプルを供し、そして、陰性画分をCD8+T細胞の選択に更に供する。他の態様では、まず、陰性画分および陽性画分の両方を保持するCD8+T細胞の選択に生物学的サンプルを供し、そして、陰性画分をCD4+T細胞の選択に更に供する。いくつかの態様では、選択の方法は、国際公開公報第2015/164675号に記載の通り実施される。いくつかの局面では、濃縮CD8+T細胞の少なくとも1つの組成物および濃縮CD4+T細胞の少なくとも1つの組成物が、同じ生物学的サンプル、例えば同じドナー患者または健常個体からの別個の組成物になるように、まず、生物学的サンプルをCD8+T細胞について正に選択して、濃縮CD8+T細胞の少なくとも1つの組成物を作製し、そして、次いで、陰性画分をCD4+T細胞について正に選択して、濃縮CD4+T細胞の少なくとも1つの組成物を作製する。いくつかの局面では、例えば、少なくとも1つが濃縮CD4+T細胞の組成物であり、そして、少なくとも1つが同じドナーからの濃縮CD8+T細胞の別個の組成物である、濃縮T細胞の2つまたはそれ以上の別個の組成物を、凍結保存媒体中で別々に凍結させる、例えば、凍結保護または凍結保存する。
いくつかの局面では、例えば、少なくとも1つが濃縮CD4+T細胞の組成物であり、そして、少なくとも1つが同じ生物学的サンプルからの濃縮CD8+T細胞の別個の組成物である、濃縮T細胞の2つまたはそれ以上の別個の組成物を、刺激試薬と接触させることにより（例えば、T細胞を活性化させるためのCD3/CD28コンジュゲート磁気ビーズと共にインキュベーションすることにより）活性化および／または刺激する。いくつかの局面では、活性化／刺激された細胞組成物のそれぞれを、例えば組換えタンパク質（例えばCAR）をコードしているウイルスベクターを用いて遺伝子操作、形質導入、および／またはトランスフェクションして、各細胞組成物のCD4+T細胞およびCD8+T細胞において同じ組換えタンパク質を発現させる。いくつかの局面では、方法は、刺激試薬、例えば磁気ビーズを細胞組成物から除去することを含む。いくつかの局面では、遺伝子操作CD4+T細胞を含有する細胞組成物および遺伝子操作CD8+T細胞を含有する細胞組成物を、例えば、その中のCD4+T細胞およびCD8+T細胞の集団を別々に拡大するために別々に培養する。ある特定の態様では、例えば、細胞組成物を製剤化バッファで洗浄することにより、培養からの細胞組成物を収集および／または回収および／または製剤化する。ある特定の態様では、CD4+T細胞を含む製剤化された細胞組成物およびCD8+T細胞を含む製剤化された細胞組成物を、凍結保存媒体中で凍結させる、例えば凍結保護または凍結保存する。いくつかの局面では、各製剤中の遺伝子操作されたCD4+T細胞およびCD8+T細胞は、同じドナーまたは生物学的サンプルを起源とし、そして、同じ組換えタンパク質（例えば、抗CD19 CAR等のCAR）を発現する。いくつかの局面では、別個の人工CD4+製剤および別個の人工CD8+製剤を、規定の比、例えば1：1で、同じドナー等のそれを必要とする対象に投与する。
いくつかの局面では、例えば、少なくとも1つが濃縮CD4+T細胞の組成物であり、そして、少なくとも1つが同じ生物学的サンプルからの濃縮CD8+T細胞の別個の組成物である、濃縮T細胞の2つまたはそれ以上の別個の組成物を、対象由来のサンプルから選択し、次いで、規定の比、例えば1：1で合わせる。いくつかの態様では、刺激試薬と接触させることにより（例えば、T細胞を活性化させるためのCD3/CD28コンジュゲート磁気ビーズと共にインキュベーションすることにより）、CD4+T細胞およびCD8+T細胞を多く含む、合わせられた組成物を活性化および／または刺激する。いくつかの局面では、活性化／刺激された細胞組成物を、例えば組換えタンパク質（例えばCAR）をコードしているウイルスベクターを用いて遺伝子操作、形質導入、および／またはトランスフェクションして、細胞組成物のCD4+T細胞およびCD8+T細胞において組換えタンパク質を発現させる。いくつかの局面では、方法は、刺激試薬、例えば磁気ビーズを細胞組成物から除去することを含む。いくつかの局面では、遺伝子操作CD4+T細胞および遺伝子操作CD8+T細胞を含有する細胞組成物を、例えば、その中のCD4+T細胞およびCD8+T細胞の集団を拡大するために培養する。ある特定の態様では、例えば、細胞組成物を製剤化バッファで洗浄することにより、培養からの細胞組成物を収集および／または回収および／または製剤化する。ある特定の態様では、組み換え受容体（例えばCAR）で遺伝子操作されたCD4+T細胞およびCD8+T細胞を含む製剤化された細胞組成物を、凍結保存媒体中で凍結させる、例えば凍結保護または凍結保存する。いくつかの局面では、製剤中の遺伝子操作されたCD4+T細胞およびCD8+T細胞は、同じドナーまたは生物学的サンプルを起源とし、そして、同じ組換えタンパク質（例えば、抗CD19 CAR)等のCAR）を発現する。
いくつかの局面では、濃縮CD3+T細胞の組成物は、対象からのサンプルから選択される。いくつかの態様では、刺激試薬と接触させることにより（例えば、T細胞を活性化させるためのCD3/CD28コンジュゲート磁気ビーズと共にインキュベーションすることにより）、CD3+T細胞を多く含む組成物を活性化および／または刺激する。いくつかの局面では、活性化／刺激された細胞組成物を、例えば組換えタンパク質（例えばCAR）をコードしているウイルスベクターを用いて遺伝子操作、形質導入、および／またはトランスフェクションして、細胞組成物のT細胞において組換えタンパク質を発現させる。いくつかの局面では、方法は、刺激試薬、例えば磁気ビーズを細胞組成物から除去することを含む。いくつかの局面では、遺伝子操作CD3+T細胞を含有する細胞組成物を、例えば、その中のT細胞の集団を拡大するために培養する。ある特定の態様では、例えば、細胞組成物を製剤化バッファで洗浄することにより、培養からの細胞組成物を収集および／または回収および／または製剤化する。ある特定の態様では、組み換え受容体（例えばCAR）で遺伝子操作されたCD3+T細胞を含む製剤化された細胞組成物を、凍結保存媒体中で凍結させる、例えば凍結保護または凍結保存する。いくつかの局面では、製剤中の遺伝子操作CD3+T細胞は、抗CD19 CAR等のCARを発現する。
1. 細胞および遺伝子操作のための細胞の調製
いくつかの態様では、提供される方法、使用、製品、または組成物に関連して使用されるT細胞等の細胞は、本明細書に記載の組換え受容体、例えばCARまたはTCRを発現するように遺伝的に操作された細胞である。いくつかの態様では、遺伝子操作細胞は、細胞療法、例えば、養子細胞療法の状況で使用される。いくつかの態様では、遺伝子操作細胞は、免疫細胞である。いくつかの態様では、遺伝子操作細胞は、CD4+およびCD8+T細胞、CD4+T細胞、またはCD8+T細胞等のT細胞である。
いくつかの態様では、組換え受容体をコードする核酸などの核酸は異種であり、すなわち通常は細胞または細胞から得られる試料中には存在せず、例えば操作されている細胞中に通常は認められない別の生物もしくは細胞、またはそのような細胞が由来する生物から得られるものである。いくつかの態様では、複数の異なる細胞型からの様々なドメインをコードする核酸のキメラ組み合わせを含有するものを含む、天然には認められない核酸などの核酸は、天然には存在しない。
細胞は通常、哺乳動物細胞などの真核細胞であり、典型的にはヒト細胞である。いくつかの態様では、細胞は、血液、骨髄、リンパ、またはリンパ系器官に由来し、先天性または適応免疫の細胞などの免疫系の細胞、例えばリンパ球を含む骨髄またはリンパ系細胞、典型的にはT細胞および/またはNK細胞である。他の例示的な細胞としては、人工多能性幹細胞（iPSC）を含む多能性幹細胞などの幹細胞が挙げられる。細胞は、典型的には、対象から直接単離されたもの、および/または対象から単離されて凍結されたものなどの初代細胞である。いくつかの態様では、細胞は、T細胞または他の細胞型の1つまたは複数のサブセット、例えば全T細胞集団、CD4＋細胞、CD8＋細胞、およびそれらの亜集団、例えば機能、活性化状態、成熟度、分化、拡大、再循環、局在化、および/もしくは持続能力についての潜在能、抗原特異性、抗原受容体の種類、特定の器官もしくは区画における存在、マーカーもしくはサイトカイン分泌プロフィール、ならびに/または分化の程度によって定義されるものを含む。治療される対象に関して、細胞は同種異系および/または自己由来であり得る。方法の中には、既製の方法が含まれる。既製の技術などに関するいくつかの局面では、細胞は、人工多能性幹細胞（iPSC）などの幹細胞のような多能性である。いくつかの態様では、方法は、凍結保存の前または後に、対象から細胞を単離すること、それらを調製し、処理し、培養し、および/または操作すること、ならびにそれらを同じ対象に再導入することを含む。
T細胞ならびに/またはCD4＋および/もしくはCD8＋T細胞のサブタイプおよび亜集団の中には、ナイーブT（TN）細胞、エフェクターT細胞（TEFF）、メモリーT細胞およびそのサブタイプ、例えば幹細胞メモリーT（TSCM）細胞、セントラルメモリーT（TCM）細胞、エフェクターメモリーT（TEM）細胞、または最終分化エフェクターメモリーT細胞、腫瘍浸潤リンパ球（TIL）、未熟T細胞、成熟T細胞、ヘルパーT細胞、細胞傷害性T細胞、粘膜関連インバリアントT（MAIT）細胞、自然発生および適応制御性T（Treg）細胞、ヘルパーT細胞、例えばTH1細胞、TH2細胞、TH3細胞、TH17細胞、TH9細胞、TH22細胞、濾胞性ヘルパーT細胞、α/βT細胞、およびδ/γT細胞がある。
いくつかの態様では、細胞はナチュラルキラー（NK）細胞である。いくつかの態様では、細胞は、単球または顆粒球、例えば骨髄細胞、マクロファージ、好中球、樹状細胞、肥満細胞、好酸球、および/または好塩基球である。
いくつかの態様では、細胞は、遺伝子操作によって導入された1つまたは複数の核酸を含み、それによってそのような核酸の組換え産物または遺伝子操作された産物を発現する。いくつかの態様では、核酸は異種であり、すなわち通常は細胞または細胞から得られる試料中には存在せず、例えば操作されている細胞中に通常は認められない別の生物もしくは細胞、またはそのような細胞が由来する生物から得られるものである。いくつかの態様では、複数の異なる細胞型からの様々なドメインをコードする核酸のキメラ組み合わせを含有するものを含む、天然には認められない核酸などの核酸は、天然には存在しない。
いくつかの態様では、操作された細胞の調製は、1つまたは複数の培養および/または調製工程を含む。CARなどのトランスジェニック受容体をコードする核酸を導入するための細胞は、生物学的試料などの試料、例えば対象から得られたまたは対象に由来するものから単離され得る。いくつかの態様では、細胞が単離される対象は、疾患もしくは状態を有するか、または細胞療法を必要とするか、または細胞療法が投与される対象である。いくつかの態様における対象は、細胞が単離、処理、および/または操作されている養子細胞療法などの特定の治療的介入を必要とするヒトである。
したがって、いくつかの態様における細胞は初代細胞、例えば初代ヒト細胞である。試料には、組織、体液、および対象から直接採取した他の試料、ならびに分離、遠心分離、遺伝子操作（例えばウイルスベクターによる形質導入）、洗浄、および/またはインキュベーションなどの1つまたは複数の処理工程から得られる試料が含まれる。生物学的試料は、生物学的供給源から直接得られた試料または処理された試料であり得る。生物学的試料には、血液、血漿、血清、脳脊髄液、滑液、尿および汗などの体液、組織および臓器に由来する処理された試料を含む組織および臓器試料が含まれるが、これらに限定されるわけではない。
いくつかの局面では、細胞が由来するまたは単離される試料は、血液もしくは血液由来の試料であるか、またはアフェレーシスもしくは白血球アフェレーシスの産物であるかもしくはそれに由来する。例示的な試料としては、全血、末梢血単核細胞（PBMC）、白血球、骨髄、胸腺、組織生検材料、腫瘍、白血病、リンパ腫、リンパ節、腸管関連リンパ組織、粘膜関連リンパ組織、脾臓、他のリンパ組織、肝臓、肺、胃、腸、結腸、腎臓、膵臓、乳房、骨、前立腺、子宮頸、精巣、卵巣、扁桃腺、または他の臓器、および/またはそれに由来する細胞が挙げられる。試料には、細胞療法、例えば養子細胞療法に関連して、自己由来および同種異系供給源由来の試料が含まれる。
いくつかの態様では、細胞は細胞株、例えばT細胞株に由来する。いくつかの態様における細胞は、異種供給源、例えばマウス、ラット、非ヒト霊長動物、およびブタから得られる。
いくつかの態様では、細胞の単離は、1つまたは複数の調製および/または非親和性ベースの細胞分離工程を含む。いくつかの例では、細胞は、例えば不要な成分を除去する、所望の成分を濃縮する、特定の試薬に感受性の細胞を溶解または除去するために、洗浄、遠心分離、および/または1つもしくは複数の試薬の存在下でインキュベートされる。いくつかの例では、細胞は、密度、付着特性、サイズ、感受性、および/または特定の成分に対する耐性などの1つまたは複数の特性に基づいて分離される。
いくつかの例では、対象の循環血液由来の細胞は、例えばアフェレーシスまたは白血球アフェレーシスによって得られる。試料は、いくつかの局面では、T細胞を含むリンパ球、単球、顆粒球、B細胞、他の有核白血球、赤血球、および/または血小板を含み、いくつかの局面では、赤血球および血小板以外の細胞を含む。
いくつかの態様では、対象から採集された血球を、例えば血漿画分を除去し、その後の処理工程のために細胞を適切な緩衝液または培地に入れるために洗浄する。いくつかの態様では、リン酸緩衝生理食塩水（PBS）で細胞を洗浄する。いくつかの態様では、洗浄溶液は、カルシウムおよび/またはマグネシウムおよび/または多くのもしくはすべての二価カチオンを含まない。いくつかの局面では、洗浄工程は、製造業者の指示に従って半自動「フロースルー」遠心分離機（例えばCobe 2991細胞プロセッサ、Baxter）によって達成される。いくつかの局面では、洗浄工程は、製造業者の指示に従って接線流ろ過（TFF）によって達成される。いくつかの態様では、細胞は、洗浄後に、例えばCa＋＋/Mg＋＋を含まないPBSなどの様々な生体適合性緩衝液に再懸濁される。特定の態様では、血球試料の成分を除去し、細胞を培地に直接再懸濁する。
いくつかの態様では、方法は、密度に基づく細胞分離方法、例えば赤血球を溶解することによる末梢血からの白血球の調製、およびパーコールまたはフィコール勾配による遠心分離を含む。
いくつかの態様では、選択工程の少なくとも一部は、細胞を選択試薬と共にインキュベーションすることを含む。例えば、1つまたは複数の特定の分子、例えば表面マーカー、例えば表面タンパク質、細胞内マーカー、または核酸等の細胞内または細胞上での発現または存在に基づいて1つまたは複数の異なる細胞型を選択するための1つまたは複数の選択試薬を使用して実施することができる選択方法の一部としての、選択試薬とのインキュベーション。いくつかの態様では、このようなマーカーに基づいて分離するための選択試薬を使用する任意の公知の方法を使用してよい。いくつかの態様では、選択試薬は、親和性または免疫親和性ベースの分離である分離をもたらす。例えば、選択は、いくつかの局面では、例えば、1つもしくは複数のマーカー、典型的には細胞表面マーカーに特異的に結合する抗体または結合パートナーと共にインキュベーションし、続いて、一般には洗浄工程を行い、そして、抗体または結合パートナーに結合していない細胞から抗体または結合パートナーに結合している細胞を分離することにより、細胞のこのようなマーカーの発現または発現レベルに基づいて細胞および細胞集団を分離するための試薬と共にインキュベーションすることを含む。
このようなプロセスのいくつかの局面では、ある体積の細胞を、ある量の所望の親和性ベースの選択試薬と混合する。免疫親和性ベースの選択は、分離される細胞と、細胞上のマーカーに特異的に結合する分子、例えば、粒子等の固体表面上の抗体または他の結合パートナーとの間に好ましいエネルギー的相互作用を生じさせる任意の系または方法を用いて実行することができる。いくつかの態様では、細胞のマーカーに特異的な選択作用物質（例えば抗体）でコーティングされた粒子、例えば、磁気ビーズ等のビーズを用いて方法を実行する。エネルギー的に好ましい相互作用の促進を支援するために一定の細胞密度対粒子（例えばビーズ）比で、振盪または混合しながら、チューブまたはバッグ等の容器内で粒子（例えばビーズ）を細胞とインキュベーションまたは混合してよい。他の場合では、方法は、遠心チャンバの内部キャビティ内で、例えば遠心回転下で選択の全てまたは一部が実行される、細胞の選択を含む。いくつかの態様では、遠心チャンバ内で、免疫親和性ベースの選択試薬等の選択試薬と共に細胞をインキュベーションする。ある特定の態様では、国際公開公報第2009/072003号または米国特許出願公開第20110003380 A1号に記載されているシステム、装置、または機器を使用して、単離または分離を実行実施する。一例では、システムは、国際公開公報第2016/073602号に記載のシステムである。
いくつかの態様では、このような選択工程またはその一部（例えば、抗体でコーティングされた粒子、例えば磁気ビーズとのインキュベーション）を遠心チャンバのキャビティ内で行うことにより、ユーザーは、様々な溶液の体積、加工中の溶液の添加およびそのタイミング等の特定のパラメータを管理することができ、これにより、他の利用可能な方法と比較して利点を提供することができる。例えば、インキュベーション中にキャビティ内の液体の体積を減少させる能力は、キャビティ内の細胞の総数に影響を与えることなく、選択に使用される粒子（例えばビーズ試薬）の濃度、ひいては溶液の化学ポテンシャルを高めることができる。これにより、次に、加工される細胞と選択に使用される粒子との間の対相互作用を強化することができる。いくつかの態様では、チャンバ内でインキュベーション工程を実行することで、例えば、本明細書において記載のシステム、回路、および管理に関連するとき、インキュベーション中の所望の時間にユーザーが溶液の撹拌を行うことが可能になり、これも相互作用を改善することができる。
いくつかの態様では、選択工程の少なくとも一部は遠心チャンバ内で実行され、これは、細胞を選択試薬と共にインキュベーションすることを含む。このようなプロセスのいくつかの局面では、製造業者の指示に従って、同じ数の細胞および／または同じ体積の細胞を選択するためにチューブまたは容器内で同様の選択を実施する際に通常使用される量よりもはるかに少ない量の所望の親和性ベースの選択試薬と、ある体積の細胞とを混合する。いくつかの態様では、製造業者の指示に従って、同じ数の細胞および／または同じ体積の細胞のためにチューブまたは容器ベースのインキュベーションにおいて細胞を選択するために使用される同じ選択試薬の量の5％以下、10％以下、15％以下、20％以下、25％以下、50％以下、60％以下、70％以下、または80％以下の量の選択試薬を使用する。
いくつかの態様では、細胞の選択、例えば免疫親和性ベースの選択の場合、選択試薬、例えば、濃縮および／または枯渇させることが望ましい細胞上の表面マーカーには特異的に結合するが、組成物中の他の細胞上の表面マーカーには結合しない分子、例えば、ポリマーまたは表面、例えばビーズ、例えば磁気ビーズ、例えばCD3、CD4、および／またはCD8に特異的なモノクローナル抗体にカップリングしている磁気ビーズ等のスカフォールドに任意でカップリングしていてもよい抗体を含む選択バッファも含有する組成物において、細胞をチャンバのキャビティ内でインキュベーションする。いくつかの態様では、記載した通り、振盪または回転させながらチューブ内で選択を実施する場合、典型的に使用されるか、または同じ数の細胞もしくは同じ体積の細胞の選択とほぼ同じもしくは類似の効率を達成するために必要となる選択試薬の量と比較して実質的に少ない量（例えば、5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、または80％以下の量）の選択試薬を、チャンバのキャビティ内の細胞に添加する。いくつかの態様では、例えば10mL～200mL、例えば少なくとも10mL、20mL、30mL、40mL、50mL、60mL、70mL、80mL、90mL、100mL、150mLもしくは200mL、または少なくとも約10mL、20mL、30mL、40mL、50mL、60mL、70mL、80mL、90mL、100mL、150mLもしくは200mLの試薬のインキュベーションで標的体積を達成するために、細胞および選択試薬に選択バッファを添加して、インキュベーションを実施する。いくつかの態様では、選択バッファおよび選択試薬は、細胞に添加する前に予め混合される。いくつかの態様では、選択バッファおよび選択試薬は、別々に細胞に添加される。いくつかの態様では、選択インキュベーションは、定期的に穏やかに混合する条件を用いて実行され、これは、エネルギー的に有利な相互作用の促進を支援することができ、そして、それによって高い選択効率を達成しながら、全体的な選択試薬の使用を少なくすることができる。
いくつかの態様では、選択試薬とのインキュベーションの合計時間は、5分～6時間または約5分～6時間、例えば30分～3時間、例えば少なくとも30分、60分、120分、もしくは180分、または少なくとも約30分、60分、120分、もしくは180分である。
いくつかの態様では、インキュベーションは、一般的に、一般的に比較的少ない力または遅い速度、例えば、細胞をペレット化するために使用される速度よりも遅い速度、例えば、600rpm～1700rpmまたは約600rpm～1700rpm（例えば、600rpm、1000rpm、もしくは1500rpm、もしくは1700rpm、または約600rpm、1000rpm、もしくは1500rpm、もしくは1700rpm、または少なくとも600rpm、1000rpm、もしくは1500rpm、もしくは1700rpm）で、例えば、80g～100gまたは約80g～100g（例えば、80g、85g、90g、95g、もしくは100g、または約80g、85g、90g、95g、もしくは100g、または少なくとも80g、85g、90g、95g、もしくは100g）のサンプルまたはチャンバもしくは他の容器の壁におけるRCFで、混合条件下、例えばスピンの存在下で実行される。いくつかの態様では、このような低速でのスピンに続く静止期間の繰り返し間隔、例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10秒間のスピンおよび／または静止を使用して、例えば、およそ1または2秒間スピンさせた後におよそ5、6、7、または8秒間静止させることによって、スピンを実行する。
いくつかの態様では、このようなプロセスは、チャンバが一体化している完全閉鎖系内で実行される。いくつかの態様では、このプロセスは（いくつかの局面では、1つまたは複数の追加工程、例えば、アフェレーシスサンプル等の細胞を含有するサンプルを洗浄する事前洗浄工程も）、自動化された方式で実施され、その結果、自動化されたプログラムを使用して単一の閉鎖系内で洗浄および結合の工程を完了するように、細胞、試薬、および他の構成要素が適切な時間にチャンバに引き込まれ、チャンバから押し出され、そして、遠心分離される。
いくつかの態様では、細胞と選択試薬とをインキュベートおよび／または混合した後、インキュベーションされた細胞を分離に供して、特定の試薬の存在または不在に基づいて細胞を選択する。いくつかの態様では、分離は、細胞を選択試薬と共にインキュベーションしたのと同じ閉鎖系で実施される。いくつかの態様では、選択試薬と共にインキュベーションした後、選択試薬が結合した細胞を含むインキュベーションされた細胞を、細胞の免疫親和性ベースの分離のための系に移す。いくつかの態様では、免疫親和性ベースの分離のための系は、磁気分離カラムであるか、または磁気分離カラムを含有する。
いくつかの態様では、単離方法は、表面マーカー、例えば表面タンパク質、細胞内マーカー、または核酸などの1つまたは複数の特定の分子の細胞における発現または存在に基づく種々の細胞型の分離を含む。いくつかの態様では、そのようなマーカーに基づく分離のための任意の公知の方法を使用し得る。いくつかの態様では、分離は、親和性または免疫親和性に基づく分離である。例えば、いくつかの局面における単離は、1つまたは複数のマーカー、典型的には細胞表面マーカーの細胞での発現または発現レベルに基づく細胞および細胞集団の分離、例えばそのようなマーカーに特異的に結合する抗体または結合パートナーとのインキュベーション、続いて一般に、洗浄工程および抗体または結合パートナーに結合していない細胞からの抗体または結合パートナーに結合した細胞の分離によるものを含む。
そのような分離工程は、試薬に結合した細胞をさらなる使用のために保持する陽性選択、および/または抗体もしくは結合パートナーに結合しなかった細胞を保持する陰性選択に基づき得る。いくつかの例では、両方の画分をさらなる使用のために保持する。いくつかの局面では、陰性選択は、分離が、所望の集団以外の細胞によって発現されるマーカーに基づいて最も良好に行われるように、異種集団において細胞型を特異的に同定する抗体が利用可能でない場合に特に有用であり得る。
分離は、特定の細胞集団または特定のマーカーを発現する細胞の100％の濃縮または除去をもたらす必要はない。例えば、マーカーを発現する細胞などの特定の種類の細胞の陽性選択または濃縮は、そのような細胞の数または割合を増加させることを指すが、マーカーを発現しない細胞の完全な非存在をもたらす必要はない。同様に、マーカーを発現する細胞などの特定の種類の細胞の陰性選択、除去、または枯渇は、そのような細胞の数または割合を減少させることを指すが、そのような細胞すべての完全な除去をもたらす必要はない。
いくつかの例では、1回の工程から陽性または陰性選択された画分が、その後の陽性または陰性選択などの別の分離工程に供される、複数回の分離工程が行われる。いくつかの例では、それぞれが陰性選択の標的となるマーカーに特異的な複数の抗体または結合パートナーと共に細胞をインキュベートすることなどによって、複数のマーカーを同時に発現する細胞を単一の分離工程で枯渇させることができる。同様に、様々な細胞型上に発現された複数の抗体または結合パートナーと共に細胞をインキュベートすることによって、複数の細胞型を同時に陽性選択することができる。
例えば、いくつかの局面では、T細胞の特定の亜集団、例えば陽性または高レベルの1つまたは複数の表面マーカー、例えばCD28＋、CD62L＋、CCR7＋、CD27＋、CD127＋、CD4＋、CD8＋、CD45RA＋、および/またはCD45RO＋T細胞を発現する細胞は、陽性または陰性選択技術によって単離される。
いくつかの態様では、単離は、陽性選択による特定の細胞集団の濃縮、または陰性選択による特定の細胞集団の枯渇によって行われる。いくつかの態様では、陽性または陰性選択は、それぞれ陽性または陰性選択された細胞上に発現される（マーカー＋）または比較的高いレベルで発現される（マーカー高）1つまたは複数の表面マーカーに特異的に結合する1つまたは複数の抗体または他の結合剤と共に細胞をインキュベートすることによって達成される。
特定の態様では、生物学的サンプル、例えばPBMCまたは他の白血球細胞のサンプルを、陰性画分および陽性画分の両方を保持するCD4+T細胞の選択に供する。ある特定の態様では、CD8+T細胞は、陰性画分から選択される。いくつかの態様では、生物学的サンプルを、陰性画分および陽性画分の両方を保持するCD8+T細胞の選択に供する。ある特定の態様では、CD4+T細胞は、陰性画分から選択される。
いくつかの態様では、T細胞は、B細胞、単球、またはCD14などの他の白血球のような非T細胞上に発現されるマーカーの陰性選択によってPBMC試料から分離される。いくつかの局面では、CD4＋またはCD8＋選択工程を用いてCD4＋ヘルパーT細胞とCD8＋細胞傷害性T細胞を分離する。そのようなCD4＋およびCD8＋集団は、1つまたは複数のナイーブT細胞、メモリーT細胞、および/またはエフェクターT細胞亜集団上に発現されるまたは比較的高い程度に発現されるマーカーについての陽性または陰性選択によって、さらに亜集団に分類することができる。
いくつかの態様では、CD8＋細胞は、それぞれの亜集団に関連する表面抗原に基づく陽性選択または陰性選択などによって、ナイーブ、セントラルメモリー、エフェクターメモリー、および/またはセントラルメモリー幹細胞がさらに濃縮または枯渇される。いくつかの態様では、セントラルメモリーT（TCM）細胞の濃縮は、いくつかの局面ではそのような亜集団において特に堅固である、投与後の長期生存、増殖、および/または生着を改善するためなどの有効性を高めるために行われる。Terakura et al., （2012） Blood.1:72-82;Wang et al.,（2012） J Immunother. 35（9）:689-701参照。いくつかの態様では、TCMに富むCD8＋T細胞とCD4＋T細胞とを組み合わせることは、有効性をさらに増強する。
態様では、メモリーT細胞は、CD8＋末梢血リンパ球のCD62L＋およびCD62L-サブセットの両方に存在する。PBMCは、例えば抗CD8抗体および抗CD62L抗体を使用して、CD62L-CD8＋および/またはCD62L＋CD8＋画分を濃縮または枯渇させることができる。
いくつかの態様では、セントラルメモリーT（TCM）細胞の濃縮は、CD45RO、CD62L、CCR7、CD28、CD3、および/またはCD127の陽性または高表面発現に基づく;いくつかの局面では、それは、CD45RAおよび/またはグランザイムBを発現するかまたは高発現する細胞についての陰性選択に基づく。いくつかの局面では、TCM細胞が濃縮されたCD8＋集団の単離は、CD4、CD14、CD45RAを発現する細胞の枯渇、およびCD62Lを発現する細胞の陽性選択または濃縮によって行われる。一局面では、セントラルメモリーT（TCM）細胞の濃縮は、CD4発現に基づいて選択された細胞の陰性画分から出発して、これをCD14およびCD45RAの発現に基づく陰性選択、ならびにCD62Lの発現に基づく陽性選択に供して行われる。いくつかの局面ではそのような選択は同時に行われ、他の局面では連続的にどちらの順序でも行われる。いくつかの局面では、CD8＋細胞集団または亜集団を調製するのに使用されるのと同じCD4発現に基づく選択工程が、任意で1つまたは複数のさらなる陽性または陰性選択工程後に、CD4に基づく分離からの陽性および陰性画分の両方が保持され、方法のその後の工程で使用されるように、CD4＋細胞集団または亜集団を生成するためにも用いられる。
特定の例では、PBMCの試料または他の白血球試料を、陰性画分と陽性画分の両方が保持されるCD4＋細胞の選択に供する。次いで、陰性画分を、CD14およびCD45RAまたはCD19の発現に基づく陰性選択、ならびにCD62LまたはCCR7などのセントラルメモリーT細胞に特徴的なマーカーに基づく陽性選択に供し、ここで陽性選択と陰性選択はどちらの順序でも行われる。
CD4＋Tヘルパー細胞は、細胞表面抗原を有する細胞集団を同定することによって、ナイーブ細胞、セントラルメモリー細胞、およびエフェクター細胞に分類される。CD4＋リンパ球は標準的な方法によって得ることができる。いくつかの態様では、ナイーブCD4＋Tリンパ球は、CD45RO-、CD45RA＋、CD62L＋、CD4＋T細胞である。いくつかの態様では、セントラルメモリーCD4＋細胞はCD62L＋およびCD45RO＋である。いくつかの態様では、エフェクターCD4＋細胞はCD62L-およびCD45RO-である。
一例では、陰性選択によってCD4＋細胞を濃縮するために、モノクローナル抗体カクテルは、典型的にはCD14、CD20、CD11b、CD16、HLA-DR、およびCD8に対する抗体を含む。いくつかの態様では、抗体または結合パートナーは、陽性および/または陰性選択のための細胞の分離を可能にする、磁気ビーズまたは常磁性ビーズなどの固体支持体またはマトリックスに結合される。例えば、いくつかの態様では、細胞および細胞集団は、免疫磁気（または親和性磁気）分離技術（Methods in Molecular Medicine, vol.58: Metastasis Research Protocols, Vol. 2: Cell Behavior In vitro and In vivo, p 17-25 Edited by: S.A. Brooks and U. Schumacher（著作権）Humana Press Inc., Totowa, NJに総説されている）を用いて分離または単離される。
いくつかの局面では、分離される細胞の試料または組成物は、小型の磁化可能または磁気応答性材料、例えば磁気応答性粒子または微粒子、例えば常磁性ビーズ（例えばDynalbeadsまたはMACSビーズなど）と共にインキュベートされる。磁気応答性材料、例えば粒子は、一般に、分離することを所望する、例えば陰性または陽性選択することを所望する1つまたは複数の細胞、または細胞集団上に存在する分子、例えば表面マーカーに特異的に結合する結合パートナー、例えば抗体に直接または間接的に結合される。
いくつかの態様では、磁性粒子またはビーズは、抗体または他の結合パートナーなどの特異的結合成員に結合した磁気応答性材料を含む。磁気分離方法に使用される多くの周知の磁気応答性材料がある。適切な磁性粒子としては、参照により本明細書に組み入れられる、Moldayの米国特許第4,452,773号、および欧州特許第452342B号に記載されているものが挙げられる。Owenの米国特許第4,795,698号およびLibertiらの米国特許第5,200,084号に記載されているもののようなコロイドサイズの粒子が他の例である。
インキュベーションは、一般に、抗体もしくは結合パートナー、または磁性粒子もしくはビーズに付着している、そのような抗体もしくは結合パートナーに特異的に結合する二次抗体もしくは他の試薬などの分子が、試料中の細胞上に存在する場合は細胞表面分子に特異的に結合する条件下で行われる。
いくつかの局面では、試料を磁場中に置き、磁気応答性粒子または磁化可能粒子が付着している細胞を磁石に引きつけ、非標識細胞から分離する。陽性選択の場合は、磁石に引き寄せられる細胞が保持される;陰性選択の場合は、引き寄せられない細胞（非標識細胞）が保持される。いくつかの局面では、陽性選択と陰性選択の組み合わせは同じ選択工程の間に行われ、この場合は陽性画分と陰性画分が保持され、さらに処理されるかまたはさらなる分離工程に供される。
特定の態様では、磁気応答性粒子は、一次抗体または他の結合パートナー、二次抗体、レクチン、酵素、またはストレプトアビジンで被覆されている。特定の態様では、磁性粒子は、1つまたは複数のマーカーに特異的な一次抗体のコーティングを介して細胞に付着している。特定の態様では、ビーズではなく細胞を一次抗体または結合パートナーで標識し、次いで細胞型特異的二次抗体または他の結合パートナー（例えばストレプトアビジン）で被覆した磁性粒子を添加する。特定の態様では、ストレプトアビジン被覆磁性粒子を、ビオチン化一次抗体または二次抗体と組み合わせて使用する。
いくつかの態様では、磁気応答性粒子は、その後インキュベート、培養および/または操作されることになる細胞に付着したままである;いくつかの局面では、粒子は患者への投与のための細胞に付着したままである。いくつかの態様では、磁化可能粒子または磁気応答性粒子は細胞から除去される。細胞から磁化可能粒子を除去する方法は公知であり、例えば競合する非標識抗体、および磁化可能粒子または切断可能なリンカーに結合した抗体の使用を含む。いくつかの態様では、磁化可能粒子は生分解性である。
いくつかの態様では、親和性に基づく選択は、磁気活性化細胞選別（MACS）（Miltenyi Biotec, Auburn, CA）による。磁気活性化細胞選別（MACS）システムは、磁化された粒子が付着した細胞の高純度の選択が可能である。特定の態様では、MACSは、外部磁場の印加後に非標的種と標的種が連続的に溶出されるモードで動作する。すなわち、磁化粒子に付着した細胞は、付着していない種が溶出されている間、適所に保持される。次に、この最初の溶出工程が完了した後、磁場に捕捉されて溶出が妨げられていた種は、それらが溶出され、回収され得るように何らかの方法で解放される。特定の態様では、非標的細胞は標識され、細胞の不均一な集団から除去される。
特定の態様では、単離または分離は、本発明の方法の単離、細胞調製、分離、処理、インキュベーション、培養、および/または製剤化工程のうちの1つまたは複数を実行するシステム、機器、または装置を用いて実施される。いくつかの局面では、システムは、例えばエラー、使用者の取り扱い、および/または汚染を最小限に抑えるために、これらの工程のそれぞれを閉鎖環境または無菌環境で実行するために使用される。一例では、システムは、国際特許出願公開番号第2009/072003号、またはUS20110003380A1号に記載されているシステムである。
いくつかの態様では、システムまたは装置は、統合システムもしくは自己完結型システムで、および/または自動化されたもしくはプログラム可能な方式で、単離、処理、操作、および製剤化工程のうちの1つまたは複数、例えば全部を実行する。いくつかの局面では、システムまたは装置は、システムまたは装置に接続されたコンピュータおよび/またはコンピュータプログラムを含み、これにより、使用者が処理、単離、操作および製剤化工程をプログラムする、制御する、そのアウトカムを評価する、および/またはその様々な局面を調整することが可能になる。
いくつかの局面では、分離および/または他の工程は、例えば閉鎖系および無菌系における臨床規模レベルでの細胞の自動分離のために、CliniMACSシステム（Miltenyi Biotec）を用いて行われる。構成要素には、統合マイクロコンピュータ、磁気分離ユニット、蠕動ポンプ、および様々なピンチバルブが含まれ得る。統合コンピュータは、いくつかの局面では、機器のすべての構成要素を制御し、標準化された順序で反復手順を実行するようにシステムに指示する。いくつかの局面における磁気分離ユニットは、可動永久磁石と選択カラム用のホルダとを含む。蠕動ポンプはチューブセット全体の流速を制御し、ピンチバルブと共に、システムを通る緩衝液の制御された流れおよび細胞の継続的な懸濁を確実にする。
いくつかの局面におけるCliniMACSシステムは、滅菌非発熱性溶液中で供給される抗体結合磁化可能粒子を使用する。いくつかの態様では、細胞を磁性粒子で標識した後、細胞を洗浄して過剰の粒子を除去する。続いて細胞調製バッグをチューブセットに接続し、次に緩衝剤を含むバッグおよび細胞収集バッグにチューブセットを接続する。チューブセットは、プレカラムと分離カラムを含むあらかじめ組み立てられた滅菌チューブからなり、使い捨て専用である。分離プログラムの開始後、システムは自動的に細胞試料を分離カラムに適用する。標識細胞はカラム内に保持され、非標識細胞は一連の洗浄工程によって除去される。いくつかの態様では、本明細書に記載の方法で使用するための細胞集団は標識されておらず、カラム内に保持されない。いくつかの態様では、本明細書に記載の方法で使用するための細胞集団は標識されており、カラム内に保持される。いくつかの態様では、本明細書に記載の方法で使用するための細胞集団は、磁場の除去後にカラムから溶出され、細胞収集バッグ内に収集される。
特定の態様では、分離および/または他の工程は、CliniMACS Prodigyシステム（Miltenyi Biotec）を使用して行われる。いくつかの局面におけるCliniMACS Prodigyシステムは、遠心分離による細胞の自動洗浄および分画を可能にする細胞処理ユニットを備える。CliniMACS Prodigyシステムはまた、ソース細胞産物の巨視的層を識別することによって最適な細胞分画エンドポイントを決定する搭載カメラおよび画像認識ソフトウェアを含み得る。例えば、末梢血は自動的に赤血球、白血球および血漿層に分離される。CliniMACS Prodigyシステムはまた、例えば細胞分化および増殖、抗原負荷、ならびに長期細胞培養などの細胞培養プロトコルを達成する統合細胞培養チャンバを含み得る。入力ポートは培地の無菌除去および補充を可能にし、細胞は統合顕微鏡を使用してモニタリングすることができる。例えばKlebanoff et al., （2012）J Immunother. 35（9）: 651-660, Terakura et al., Blood.（2012） 1: 72-82およびWang et al.,（2012）J Immunother. 35（9）: 689-701参照。
いくつかの態様では、本明細書に記載の細胞集団はフローサイトメトリーによって収集および濃縮（または枯渇）され、フローサイトメトリーでは、複数の細胞表面マーカーについて染色された細胞が流体流中で運ばれる。いくつかの態様では、本明細書に記載の細胞集団は、分取規模（FACS）選別によって収集および濃縮（または枯渇）される。特定の態様では、本明細書に記載の細胞集団は、FACSに基づく検出システムと組み合わせた微小電気機械システム（MEMS）チップの使用によって収集および濃縮（または枯渇）される（例えば国際公開公報第2010/033140号、Cho et al.,（2010）Lab Chip 10, 1567-1573;およびGodin et al.,（2008）J Biophoton. 1（5）: 355-376参照）。どちらの場合も、細胞を複数のマーカーで標識して、明確に定義されたT細胞サブセットを高純度で単離することができる。
いくつかの態様では、抗体または結合パートナーは、陽性選択および/または陰性選択のための分離を容易にするために、1つまたは複数の検出可能なマーカーで標識される。例えば、分離は蛍光標識抗体への結合に基づき得る。いくつかの例では、1つまたは複数の細胞表面マーカーに特異的な抗体または他の結合パートナーの結合に基づく細胞の分離は、例えばフローサイトメトリー検出システムと組み合わせた、分取規模（FACS）および/または微小電気機械システム（MEMS）チップを含む蛍光活性化細胞選別（FACS）などによって流体流中で行われる。そのような方法は、同時に複数のマーカーに基づく陽性選択および陰性選択を可能にする。
いくつかの態様では、調製方法は、単離、インキュベーション、および/または操作の前または後のいずれかに、細胞を凍結する、例えば凍結保存する工程を含む。いくつかの態様では、凍結およびその後の解凍工程は、細胞集団中の顆粒球および、ある程度まで、単球を除去する。いくつかの態様では、細胞は、例えば血漿および血小板を除去するための洗浄工程の後に、凍結溶液中に懸濁される。いくつかの局面では様々な公知の凍結溶液およびパラメーターのいずれを使用してもよい。一例は、20％DMSOおよび8％ヒト血清アルブミン（HSA）を含有するPBS、または他の適切な細胞凍結培地を使用することを含む。次にこれを培地で1:1に希釈して、DMSOおよびHSAの最終濃度がそれぞれ10％および4％になるようにする。次いで細胞を一般に毎分1度の速度で-80℃に凍結し、液体窒素貯蔵タンクの気相中で保存する。
いくつかの態様では、単離および／または選択の結果、濃縮T細胞、例えば、CD3+T細胞、CD4+T細胞、および／またはCD8+T細胞の1つまたは複数のインプット組成物が得られる。いくつかの態様では、単一の生物学的サンプルから、2つまたはそれ以上の別個のインプット組成物が単離、選択、濃縮、または取得される。いくつかの態様では、同じ対象から回収、採取、および／または取得された別個の生物学的サンプルから、別個のインプット組成物が単離、選択、濃縮、および／または取得される。
ある特定の態様では、1つまたは複数のインプット組成物は、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも98％、少なくとも99％、少なくとも99.5％、少なくとも99.9％、または100％もしくは約100％のCD3+T細胞を含む濃縮T細胞の組成物であるかまたはそれを含む。特定の態様では、濃縮T細胞のインプット組成物は、CD3+T細胞から本質的になる。
ある特定の態様では、1つまたは複数のインプット組成物は、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも98％、少なくとも99％、少なくとも99.5％、少なくとも99.9％、または100％もしくは約100％のCD4+T細胞を含む濃縮CD4+T細胞の組成物であるかまたはそれを含む。特定の態様では、CD4+T細胞のインプット組成物は、40％未満、35％未満、30％未満、25％未満、20％未満、15％未満、10％未満、5％未満、1％未満、0.1％未満、もしくは0.01％未満のCD8+T細胞を含む、および／またはCD8+T細胞を含有しない、および／またはCD8+T細胞フリーであるかもしくは実質的にCD8+T細胞フリーである。いくつかの態様では、濃縮T細胞の組成物は、CD4+T細胞から本質的になる。
ある特定の態様では、1つまたは複数の組成物は、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも98％、少なくとも99％、少なくとも99.5％、少なくとも99.9％、または100％もしくは約100％のCD8+T細胞であるかまたはそれらを含むCD8+T細胞の組成物であるかまたはそれを含む。ある特定の態様では、CD8+T細胞の組成物は、40％未満、35％未満、30％未満、25％未満、20％未満、15％未満、10％未満、5％未満、1％未満、0.1％未満、もしくは0.01％未満のCD4+T細胞を含有する、および／またはCD4+T細胞を含有しない、および／またはCD4+T細胞フリーであるかもしくは実質的にCD4+T細胞フリーである。いくつかの態様では、濃縮T細胞の組成物は、CD8+T細胞から本質的になる。
2. 活性化および刺激
いくつかの態様では、細胞は、遺伝子操作の前またはそれに関連してインキュベートおよび/または培養される。インキュベーション工程は、培養、刺激、活性化、および/または増殖を含み得る。インキュベーションおよび/または操作は、ユニット、チャンバ、ウェル、カラム、チューブ、チューブセット、バルブ、バイアル、培養皿、バッグ、または細胞を培養するための他の容器などの培養容器中で実施され得る。いくつかの態様では、組成物または細胞は、刺激条件または刺激物質の存在下でインキュベートされる。そのような条件には、集団中の細胞の増殖、拡大、活性化、および/もしくは生存を誘導する、抗原曝露を模倣する、ならびに/または組換え抗原受容体の導入などの遺伝子操作のために細胞をプライミングするように設計されたものが含まれる。
条件は、特定の培地、温度、酸素含量、二酸化炭素含量、時間、作用物質、例えば栄養素、アミノ酸、抗生物質、イオン、および/または刺激因子、例えばサイトカイン、ケモカイン、抗原、結合パートナー、融合タンパク質、組換え可溶性受容体、および細胞を活性化するように設計された他の任意の剤の1つまたは複数を含み得る。
いくつかの態様では、刺激条件または刺激物質は、TCR複合体の細胞内シグナル伝達ドメインを刺激または活性化することができる1つまたは複数の作用物質、例えばリガンドを含む。いくつかの局面では、作用物質は、T細胞におけるTCR/CD3細胞内シグナル伝達カスケードを作動または開始させる。そのような作用物質には、TCRに特異的なものなどの抗体、例えば抗CD3が含まれ得る。いくつかの態様では、刺激条件は、共刺激受容体、例えば抗CD28を刺激することができる1つまたは複数の作用物質、例えばリガンドを含む。いくつかの態様では、そのような作用物質および/またはリガンドは、ビーズなどの固体支持体および/または1つもしくは複数のサイトカインに結合し得る。任意で、増殖方法は、抗CD3抗体および/または抗CD28抗体を培地に（例えば少なくとも約0.5ng/mlの濃度で）添加する工程をさらに含み得る。いくつかの態様では、刺激物質は、IL-2、IL-15、および/またはIL-7を含む。いくつかの局面において、IL-2濃度は、少なくとも約10単位/mLである。
例えば、刺激条件は、抗CD3/抗CD28結合磁気ビーズ（例えばDYNABEADS（登録商標）M-450 CD3/CD28 T Cell Expander）を用いたインキュベーションを含み得る。
いくつかの局面では、インキュベーションは、Riddellらの米国特許第6,040,177号、Klebanoff et al.,（2012）J Immunother. 35（9）: 651-660,Terakura et al.,（2012） Blood.1:72-82および/またはWang et al.,（2012）J Immunother. 35（9）: 689-701に記載されているような技術に従って行われる。
いくつかの態様では、T細胞は、培養開始組成物に、非分裂末梢血単核細胞（PBMC）などのフィーダ細胞を添加すること（例えば、得られる細胞集団が、増殖させるべき初期集団中の各Tリンパ球につき少なくとも約5、10、20、または40またはそれ以上のPBMCフィーダ細胞を含むように）、および培養物をインキュベートすること（例えばT細胞の数を増やすのに十分な時間）によって増殖される。いくつかの局面では、非分裂フィーダ細胞は、γ線照射PBMCフィーダ細胞を含み得る。いくつかの態様では、PBMCは、細胞分裂を防ぐために約3000～3600ラドの範囲のγ線を照射される。いくつかの局面では、フィーダ細胞は、T細胞集団の添加の前に培地に添加される。
いくつかの態様では、刺激条件は、ヒトTリンパ球の増殖に適した温度、例えば少なくとも約25℃、一般に少なくとも約30℃、一般に37℃または約37℃を含む。任意で、インキュベーションは、非分裂EBV形質転換リンパ芽球様細胞（LCL）をフィーダ細胞として添加することをさらに含み得る。LCLは、約6000～10,000ラドの範囲のγ線で照射することができる。いくつかの局面におけるLCLフィーダ細胞は、少なくとも約10:1のLCLフィーダ細胞対初期Tリンパ球の比率などの、任意の適切な量で提供される。
態様では、抗原特異的CD4＋および/またはCD8＋T細胞などの抗原特異的T細胞は、ナイーブまたは抗原特異的Tリンパ球を抗原で刺激することによって得られる。例えば、サイトメガロウイルス抗原に対する抗原特異的T細胞株またはクローンは、感染した対象からT細胞を単離し、同じ抗原で細胞をインビトロで刺激することによって生成することができる。
いくつかの態様では、1つまたは複数の刺激条件または刺激性物質の存在下でのインキュべーションの少なくとも一部は、国際公開公報第WO2016/073602号に記載されているような、遠心チャンバーの内部キャビティ内、例えば、遠心回転下で行われる。いくつかの態様では、遠心チャンバー内で実施されるインキュべーションの少なくとも一部は、刺激および/または活性化を誘導する試薬（1つまたは複数）と混合することを含む。いくつかの態様では、細胞、例えば、選択された細胞は、遠心チャンバー内で刺激条件または刺激性物質と混合される。そのようなプロセスのいくつかの局面では、一定体積の細胞は、細胞培養プレートまたは他の系において同様の刺激を実施する際に通常使用されるよりもはるかに少ない量の1つまたは複数の刺激条件または刺激物質と混合される。
いくつかの態様では、刺激物質は、選択が、周期的に振盪または回転しながら遠心チャンバー内、例えば、チューブまたはバッグ内で混合することなく実施される場合に、同じ数の細胞または同じ体積の細胞の選択についてほぼ同じまたは同様の効率を達成するために典型的に使用されるまたは必要となるであろう刺激物質の量と比較して実質的により少ない量（例えば、5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％または80％以下の量）で、チャンバーのキャビティ内の細胞に加えられる。いくつかの態様では、インキュべーションは、細胞および刺激物質へのインキュべーション緩衝液の添加により実施されて、例えば、10mLから200mL、例えば少なくとも10mL、20mL、30mL、40mL、50mL、60mL、70mL、80mL、90mL、100mL、150mLもしくは200mL、または少なくとも約10mL、20mL、30mL、40mL、50mL、60mL、70mL、80mL、90mL、100mL、150mLもしくは200mL、または約10mL、20mL、30mL、40mL、50mL、60mL、70mL、80mL、90mL、100mL、150mLもしくは200mL、または10mL、20mL、30mL、40mL、50mL、60mL、70mL、80mL、90mL、100mL、150mLもしくは200mLの試薬のインキュベーションで標的体積を達成する。いくつかの態様では、インキュべーション緩衝液および刺激物質は、細胞に添加する前に予め混合される。いくつかの態様では、インキュべーション緩衝液および刺激物質は、細胞に別々に加えられる。いくつかの態様では、刺激インキュべーションは、周期的な穏やかな混合条件により行われ、このことは、エネルギー的に有利な相互作用を促進することを助け、それにより、細胞の刺激および活性化を達成しながら、より少ない全体的な刺激物質の使用を可能し得る。
いくつかの態様では、インキュべーションは、一般に、混合条件下、例えば、スピンの存在下、一般に比較的低い力または速度、例えば細胞をペレット化するために使用される速度よりも低い速度、例えば600rpmから1700rpmまたは約600rpmから1700rpm（例えば、600rpm、1000rpm、もしくは1500rpmもしくは1700rpm、または約600rpm、1000rpm、もしくは1500rpmもしくは1700rpm、または少なくとも600rpm、1000rpm、もしくは1500rpmもしくは1700rpm）で、例えばチャンバーまたは他の容器の試料または壁での80gから100gまたは約80gから100g（例えば、80g、85g、90g、95gもしくは100g、または約80g、85g、90g、95gもしくは100g、または少なくとも80g、85g、90g、95gもしくは100g）のRCFで行われる。いくつかの態様では、スピンは、そのような低い速度でのスピンとそれに続く休止期間、例えば1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10秒間のスピンおよび/または休止、例えば大体1または2秒間のスピンとそれに続く大体5、6、7、または8秒間の休止という間隔の繰り返しを用いて行われる。
いくつかの態様では、インキュべーション（例えば、刺激物質との）の総持続時間は、1時間～96時間、1時間～72時間、1時間～48時間、4時間～36時間、8時間～30時間もしくは12時間～24時間、または約1時間～96時間、1時間～72時間、1時間～48時間、4時間～36時間、8時間～30時間もしくは12時間～24時間、例えば少なくとも6時間、12時間、18時間、24時間、36時間もしくは72時間、または少なくとも約6時間、12時間、18時間、24時間、36時間もしくは72時間である。いくつかの態様では、さらなるインキュべーションは、1時間～48時間、4時間～36時間、8時間～30時間もしくは12時間～24時間（両端の値を含む）、または約1時間～48時間、4時間～36時間、8時間～30時間もしくは12時間～24時間（両端の値を含む）の時間である。
特定の態様では、刺激条件は、濃縮されたT細胞の組成物を1つまたは複数のサイトカインと共におよび/またはその存在下でインキュベートすること、培養すること（culturing）、および/またはカルチベーションすること（cultivating）を含む。特定の態様では、1つまたは複数のサイトカインは、組換えサイトカインである。いくつかの態様では、1つまたは複数のサイトカインは、ヒト組換えサイトカインである。ある特定の態様では、1つまたは複数のサイトカインは、T細胞によって発現されるおよび/またはそれに対して内因性である受容体に結合するおよび/またはそれに結合可能である。特定の態様では、1つまたは複数のサイトカインは、サイトカインの4-アルファ-ヘリックスバンドルファミリーのメンバーであるかまたはそれを含む。いくつかの態様では、サイトカインの4-アルファ-ヘリックスバンドルファミリーのメンバーは、インターロイキン-2（IL-2）、インターロイキン-4（IL-4）、インターロイキン-7（IL-7）、インターロイキン-9（IL-9）、インターロイキン12（IL-12）、インターロイキン15（IL-15）、顆粒球コロニー刺激因子（G-CSF）、および顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（GM-CSF）を含むが、それらに限定されない。
いくつかの態様では、刺激は、例えば、形質導入の前に、細胞の活性化および/または増殖をもたらす。
3. 遺伝子操作のためのベクターおよび方法
いくつかの態様では、提供される方法、使用、製造品または組成物に関連して使用される操作された細胞、例えばT細胞は、組換え受容体、例えば、本明細書に記載のCARまたはTCRを発現するように遺伝子操作されている細胞である。いくつかの態様では、細胞は、組換え受容体および/または他の分子をコードする核酸配列の導入、送達または移入によって操作される。
いくつかの態様では、操作された細胞を産生するための方法は、組換え受容体（例えば、抗CD19 CAR）をコードするポリヌクレオチドを、細胞、例えば、刺激された細胞または活性化された細胞などに導入することを含む。特定の態様では、組換えタンパク質は、組換え受容体、例えば、記載しているいずれかの組換え受容体である。組換え受容体などの組換えタンパク質をコードする核酸分子の細胞への導入は、多数の公知のベクターのいずれかを使用して行われ得る。そのようなベクターは、レンチウイルスおよびガンマレトロウイルスシステムのみならず、PiggyBacまたはSleeping Beauty系遺伝子移入システムなどのトランスポゾン系システムも含めた、ウイルスおよび非ウイルスのシステムを含む。例示的な方法は、ウイルス、例えば、レトロウイルスまたはレンチウイルス、形質導入、トランスポゾン、およびエレクトロポレーションを介することを含む、受容体をコードする核酸の移入のための方法を含む。いくつかの態様では、操作することは、濃縮されたT細胞の1つまたは複数の操作された組成物を産生する。
ある特定の態様では、刺激されたT細胞の1つまたは複数の組成物は、濃縮されたT細胞の2つの別々の刺激された組成物であるかまたはそれらを含む。特定の態様では、濃縮されたT細胞の2つの別々の組成物、例えば、同じ生体試料から選択、単離および/または濃縮されている濃縮されたT細胞の2つの別々の組成物は、別々に操作される。ある特定の態様では、2つの別々の組成物は、濃縮されたCD4+ T細胞の組成物を含む。特定の態様では、2つの別々の組成物は、濃縮されたCD8+ T細胞の組成物を含む。いくつかの態様では、濃縮されたCD4+ T細胞および濃縮されたCD8+ T細胞の2つの別々の組成物は、別々に遺伝子操作される。
いくつかの態様では、遺伝子移入は、最初に、増殖、生存および/または活性化などの応答を誘導する刺激（例えば、サイトカインまたは活性化マーカーの発現によって測定されるような）と組み合わせるなどによって細胞を刺激し、続いて、活性化された細胞を形質導入し、臨床適用に十分な数まで培養中で拡大増殖させることによって成し遂げられる。ある特定の態様では、遺伝子移入は、最初に、記載される方法のいずれかによるなど、細胞を刺激条件下でインキュベートすることによって成し遂げられる。
いくつかの態様では、遺伝子操作のための方法は、組成物の1つまたは複数の細胞と、組換えタンパク質、例えば、組換え受容体をコードする核酸分子とを接触させることによって行われる。いくつかの態様では、接触させることは、スピノキュレーション（例えば、遠心接種）などの遠心により達成することができる。そのような方法は、国際公開公報第WO2016/073602号に記載されているような方法のいずれかを含む。例示的な遠心チャンバーは、Sepax（登録商標）およびSepax（登録商標）2システムと共に使用するためのものを含め、Biosafe SAによって製造販売されているものを含み、A-200/FおよびA-200遠心チャンバーならびにそのようなシステムと共に使用するための様々なキットを含む。例示的なチャンバー、システムならびに処理機器およびキャビネットは、例えば、米国特許第6,123,655号、米国特許第6,733,433号および公開米国特許出願公開番号US 2008/0171951、ならびに公開国際特許出願公開番号WO 00/38762に記載されており、それらの各々の内容は、参照によりその全体が本明細書に組み入れられる。そのようなシステムと共に使用するための例示的なキットは、BioSafe SAによって製品名CS-430.1、CS-490.1、CS-600.1またはCS-900.2で販売されている使い捨てキットを含むが、それらに限定されない。
いくつかの態様では、接触させることは、スピノキュレーション（例えば、遠心接種）などの遠心により達成することができる。いくつかの態様では、細胞を含有する組成物、ベクター、例えば、ウイルス粒子および試薬を、一般に比較的低い力または速度、例えば細胞をペレット化するために使用される速度よりも低い速度、例えば600rpmから1700rpmまたは約600rpmから1700rpm（例えば、600rpm、1000rpm、もしくは1500rpmもしくは1700rpm、または約600rpm、1000rpm、もしくは1500rpmもしくは1700rpm、または少なくとも600rpm、1000rpm、もしくは1500rpmもしくは1700rpm）で回転させることができる。いくつかの態様では、回転は、例えばチャンバーまたはキャビティの内壁または外壁で測定された場合に100gから3200gまたは約100gから3200g（例えば、100g、200g、300g、400g、500g、1000g、1500g、2000g、2500g、3000gもしくは3200g、または約100g、200g、300g、400g、500g、1000g、1500g、2000g、2500g、3000gもしくは3200g、または少なくとも100g、200g、300g、400g、500g、1000g、1500g、2000g、2500g、3000gもしくは3200g、または少なくとも約100g、200g、300g、400g、500g、1000g、1500g、2000g、2500g、3000gもしくは3200g）の力、例えば、相対遠心力で行われる。「相対遠心力」またはRCFという用語は、一般に、回転軸と比較して、空間中の特定の点における、地球の重力に対する、物体または物質（細胞、試料もしくはペレットおよび／または回転させられるチャンバーもしくは他の容器中の点など）に加えられる有効力であると理解される。その値は、重力、回転速度および回転の半径（回転軸と、RCFが測定されるところの物体、物質または粒子との間の距離）を考慮に入れ、周知の公式を使用して決定され得る。
いくつかの態様では、システムは、形質導入工程およびシステムにおいて実施される1つまたは複数の様々な他の処理工程、例えば、本明細書または国際公開公報第WO2016/073602号に記載されるような遠心チャンバーシステムと共にまたはそれに関連して行うことができる1つまたは複数の処理工程の諸局面を操作、自動化、制御および/またはモニタリングするための機器を含む、他の機器と共に備えられるおよび/またはそれに関連して配置される。この機器は、いくつかの態様では、キャビネット内に含有される。いくつかの態様では、機器は、制御回路を含有する筺体を含むキャビネット、遠心機、カバー、モータ、ポンプ、センサ、ディスプレイおよびユーザインタフェースを含む。例示的なデバイスは、米国特許第6,123,655号、米国特許第6,733,433号およびUS 2008/0171951に記載されている。
いくつかの態様では、システムは、一連の容器、例えば、バッグ、チューブ、ストップコック、クランプ、コネクターおよび遠心チャンバーを含む。いくつかの態様では、容器、例えばバッグは、形質導入されるべき細胞およびウイルスベクター粒子を同じ容器または別々の容器、例えば同じバッグまたは別々のバッグに含有する、1つまたは複数の容器、例えばバッグを含む。いくつかの態様では、システムはさらに、チャンバーに引き込まれる媒体、例えば希釈剤および/もしくは洗浄液、ならびに/または、該方法の間に成分および/もしくは組成物を希釈、懸濁および/もしくは洗浄するための他の成分を含有する、1つまたは複数の容器、例えばバッグを含む。容器は、システム内の1つまたは複数の位置で、例えば、注入ライン、希釈剤ライン、洗浄ライン、廃棄物ラインおよび／または排出ラインに対応する位置で接続することができる。
いくつかの態様では、チャンバーは、遠心機に関連付けられ、チャンバーの、例えばその回転軸を中心にした回転が達成可能となる。回転は、細胞の形質導入に関連するインキュべーションの前、その途中および/もしくはその後で、ならびに/または、他の処理工程の1つもしくは複数において行われ得る。したがって、いくつかの態様では、様々な処理工程の1つまたは複数は、回転下で、例えば、特定の力で行われる。チャンバーは、典型的には、垂直またはほぼ垂直に回転可能であり、その結果、遠心中、チャンバーは垂直に座し、側壁および軸は垂直またはほぼ垂直でなり、端壁は水平またはほぼ水平である。
いくつかの態様では、遺伝子操作の少なくとも一部（例えば、形質導入）の間および/または遺伝子操作に続いて、細胞は、遺伝子操作された細胞の培養のために、例えば細胞のカルチベーションまたは拡大増殖のために、バイオリアクターバッグアセンブリに移される。
いくつかの態様では、組換え核酸は、組換え感染性ウイルス粒子、例えばシミアンウイルス40（SV40）、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス（AAV）に由来するベクターなどを使用して、細胞に移入される。いくつかの態様では、組換え核酸は、組換えレンチウイルスベクターまたはレトロウイルスベクター、例えばガンマ-レトロウイルスベクターを使用して、T細胞に移入される（例えば、Koste et al. (2014) Gene Therapy 2014 Apr 3. doi: 10.1038/gt.2014.25；Carlens et al. (2000) Exp Hematol 28(10): 1137-46；Alonso-Camino et al. (2013) Mol Ther Nucl Acids 2, e93；Park et al., Trends Biotechnol. 2011 November 29(11): 550-557を参照のこと）。
いくつかの態様では、レトロウイルスベクター、例えば、モロニーマウス白血病ウイルス（MoMLV）、骨髄増殖性肉腫ウイルス（MPSV）、マウス胚性幹細胞ウイルス（MESV）、マウス幹細胞ウイルス（MSCV）または脾臓フォーカス形成ウイルス（SFFV）に由来するレトロウイルスベクターは、長い末端反復配列（LTR）を有する。大部分のレトロウイルスベクターは、ネズミ科レトロウイルスに由来する。いくつかの態様では、レトロウイルスは、任意の鳥類または哺乳動物細胞源に由来するものを含む。レトロウイルスは、典型的には、両種指向性であり、このことは、これらがヒトを含むいくつかの種の宿主細胞に感染可能であることを意味する。一態様では、発現されるべき遺伝子は、レトロウイルスのgag、polおよび/またはenv配列と置き換わる。多数の例示的なレトロウイルスシステムが記載されている（例えば、米国特許第5,219,740号；第6,207,453号；第5,219,740号；Miller and Rosman (1989) BioTechniques 7:980-990；Miller, A. D. (1990) Human Gene Therapy 1:5-14；Scarpa et al. (1991) Virology 180:849-852；Burns et al. (1993) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:8033-8037；および Boris-Lawrie and Temin (1993) Cur. Opin. Genet. Develop. 3:102-109）。
レンチウイルスによる形質導入の方法は公知である。例示的な方法は、例えば、Wang et al. (2012) J. Immunother. 35(9): 689-701；Cooper et al. (2003) Blood. 101:1637-1644；Verhoeyen et al. (2009) Methods Mol Biol. 506: 97-114；および Cavalieri et al. (2003) Blood. 102(2): 497-505に記載されている。
いくつかの態様では、ウイルスベクター粒子は、レトロウイルスゲノム系ベクターに由来する、例えばレンチウイルスゲノム系ベクターに由来するゲノムを含有する。提供されるウイルスベクターのいくつかの局面では、抗原受容体（CARなど）などの組換え受容体をコードする異種核酸は、ベクターゲノムの5’LTR配列と3’LTR配列の間に含有されるおよび/または位置する。
いくつかの態様では、ウイルスベクターゲノムは、HIV-1ゲノムまたはSIVゲノムなどのレンチウイルスゲノムである。例えば、レンチウイルスベクターは、毒性遺伝子を多重弱毒化することによって生成されており、例えば、遺伝子env、vif、vpuおよびnefを欠失させることができ、このことにより、ベクターは治療目的により安全になる。レンチウイルスベクターは公知である。Naldini et al., (1996 and 1998)；Zufferey et al., (1997)；Dull et al., 1998、米国特許第6,013,516号；および第5,994,136号を参照されたい。いくつかの態様では、これらのウイルスベクターは、プラスミド系またはウイルス系であり、外来核酸の組み込み、選択および宿主細胞への核酸の移入に不可欠な配列を担持するように構成される。公知のレンチウイルスは、American Type Culture Collection（「ATCC」；10801 University Blvd., Manassas, Va. 20110-2209）などの寄託機関または保存機関から容易に得ることができ、または広く利用可能な技法を使用して公知の供給源から単離することができる。
レンチウイルスベクターの非限定例は、ヒト免疫不全ウイルス1（HIV-1）、HIV-2、サル免疫不全ウイルス（SIV）、ヒトTリンパ球指向性ウイルス1（HTLV-1）、HTLV-2またはウマ伝染性貧血ウイルス（E1AV）などのレンチウイルスに由来するものを含む。例えば、レンチウイルスベクターは、HIV毒性遺伝子を多重弱毒化することによって生成されており、例えば、遺伝子env、vif、vpr、vpuおよびnefを欠失させることで、ベクターは治療目的により安全になる。レンチウイルスベクターは当技術分野において公知であり、Naldini et al., (1996 and 1998)；Zufferey et al., (1997)；Dull et al., 1998、米国特許第6,013,516号；および第5,994,136号を参照されたい。いくつかの態様では、これらのウイルスベクターは、プラスミド系またはウイルス系であり、外来核酸の組み込み、選択および宿主細胞への核酸の移入に不可欠な配列を担持するように構成される。公知のレンチウイルスは、American Type Culture Collection（「ATCC」；10801 University Blvd., Manassas, Va. 20110-2209）などの寄託機関または保存機関から容易に得ることができ、または広く利用可能な技法を使用して公知の供給源から単離することができる。
いくつかの態様では、ウイルスゲノムベクターは、レンチウイルスなどのレトロウイルスの5’LTRおよび3’LTRの配列を含有することができる。いくつかの局面では、ウイルスゲノム構築物は、レンチウイルスの5’LTRおよび3’LTR由来の配列を含有し得、特に、レンチウイルスの5’LTR由来のRおよびU5配列ならびにレンチウイルス由来の不活性化されたまたは自己不活性化3’LTRを含有することができる。LTR配列は、任意の種由来の任意のレンチウイルス由来のLTR配列であることができる。例えば、これらは、HIV、SIV、FIVまたはBIV由来のLTR配列であり得る。典型的には、LTR配列は、HIV LTR配列である。
いくつかの態様では、HIVウイルスベクターなどのウイルスベクターの核酸は、追加の転写ユニットを欠いている。ベクターゲノムは、不活性化されたまたは自己不活性化3’LTRを含有することができる（Zufferey et al. J Virol 72: 9873, 1998；Miyoshi et al., J Virol 72:8150, 1998）。例えば、ウイルスベクターRNAを産生するために使用される核酸の3’LTRのU3領域における欠失を、自己不活性化（SIN）ベクターを生成するために使用することができる。次いで、この欠失は、逆転写の間にプロウイルスDNAの5’LTRに移入され得る。自己不活性化ベクターは、一般に、3’の長い末端反復配列（LTR）からのエンハンサーおよびプロモーター配列の欠失を有し、これは、ベクター組み込みの間に5’LTRの中にコピーされる。いくつかの態様では、TATAボックスの除去を含め、LTRの転写活性を無効にするのに十分な配列を排除することができる。これは、形質導入された細胞における完全長ベクターRNAの産生を防止することができる。いくつかの局面では、3’LTRのU3エレメントは、そのエンハンサー配列、TATAボックス、Sp1、およびNF-カッパB部位の欠失を含有する。自己不活性化3’LTRの結果として、侵入および逆転写の後に生成されたプロウイルスは、不活性化された5’LTRを含有する。このことは、ベクターゲノムの可動化のリスクおよび近傍の細胞性プロモーターへのLTRの影響を低減することによって安全性を改善することができる。自己不活性化3’LTRは、当技術分野において公知の任意の方法によって構築することができる。いくつかの態様では、このことは、ベクター力価またはベクターのインビトロもしくはインビボ特性に影響を及ぼさない。
任意で、レンチウイルスの5’LTR由来のU3配列を、ウイルス構築物中のプロモーター配列、例えば異種プロモーター配列と置き換えることができる。これは、パッケージング細胞株から回収されたウイルスの力価を増加させることができる。また、エンハンサー配列を含めることもできる。パッケージング細胞株中のウイルスRNAゲノムの発現を増加させる任意のエンハンサー/プロモーターの組み合わせが使用され得る。一例として、CMVエンハンサー/プロモーター配列が使用される（米国特許第5,385,839号および米国特許第5,168,062号）。
ある特定の態様では、レンチウイルスベクターゲノムなどのレトロウイルスベクターゲノムを組み込み欠陥となるように構築することによって、挿入変異誘発のリスクを最小限に抑えることができる。非組み込みベクターゲノムを産生するために多種多様なアプローチを遂行することができる。いくつかの態様では、不活性インテグラーゼを有するタンパク質をコードするように、pol遺伝子のインテグラーゼ酵素成分に変異を作り出すことができる。いくつかの態様では、ベクターゲノムそれ自体を、例えば、付着部位の一方もしくは両方を変異または欠失させるか、欠失または修飾を通じて3’LTR近位ポリプリントラクト（PPT）を非機能的にすることによって修飾して、組み込みを防止することができる。いくつかの態様では、非遺伝的アプローチが利用可能である；これらには、インテグラーゼの1つまたは複数の機能を阻害する薬理学的作用物質が含まれる。これらのアプローチは、相互排他的ではない；すなわち、それらの1つより多くを一度に使用することができる。例えば、インテグラーゼと付着部位の両方が非機能的であることも、またはインテグラーゼおよびPPT部位が非機能的であることも、または付着部位およびPPT部位が非機能的であることも、またはそれらのすべてが非機能的であることもできる。そのような方法およびウイルスベクターゲノムは、公知で利用可能である（Philpott and Thrasher, Human Gene Therapy 18:483, 2007；Engelman et al. J Virol 69:2729, 1995；Brown et al J Virol 73:9011 (1999)；WO 2009/076524；McWilliams et al., J Virol 77:11150, 2003；Powell and Levin J Virol 70:5288, 1996を参照のこと）。
いくつかの態様では、ベクターは、原核生物宿主細胞などの宿主細胞における伝播のための配列を含有する。いくつかの態様では、ウイルスベクターの核酸は、細菌細胞などの原核生物細胞における伝播のための1つまたは複数の複製起点を含有する。いくつかの態様では、原核生物の複製起点を含むベクターはまた、その発現が薬物耐性などの検出可能または選択可能なマーカーを付与する遺伝子を含有し得る。
ウイルスベクターゲノムは、典型的には、パッケージング細胞株または産生細胞株へトランスフェクトできるプラスミドの形態で構築される。そのゲノムがウイルスベクターゲノムのRNAコピーを含有するレトロウイルス粒子を産生するために、多種多様な公知の任意の方法を使用することができる。いくつかの態様では、ウイルス系遺伝子送達システムの作製に少なくとも2つの成分が関与する：第一、ウイルスベクター粒子を生成するのに必要な構造タンパク質ならびに酵素を包含する、パッケージングプラスミドと、第二、ウイルスベクターそれ自体、すなわち、移入されるべき遺伝子物質。これらの成分の一方または両方の設計においてバイオセーフティー予防措置を導入することができる。
いくつかの態様では、パッケージングプラスミドは、エンベロープタンパク質以外のすべてのレトロウイルス（例えば、HIV-1）タンパク質を含有することができる（Naldini et al., 1998）。他の態様では、ウイルスベクターは、追加のウイルス遺伝子、例えば病原性に関連するもの、例えば、vpr、vif、vpuおよびnef、ならびに/またはTat（HIVの一次トランス活性化因子）を欠き得る。いくつかの態様では、HIV系レンチウイルスベクターなどのレンチウイルスベクターは、親ウイルスの3つの遺伝子：gag、polおよびrevのみを含み、このことは、組換えによる野生型ウイルスの再構成の可能性を減らすかまたは排除する。
いくつかの態様では、ウイルスベクターゲノムは、ウイルスベクターゲノムから転写されたウイルスゲノムRNAをウイルス粒子にパッケージングするのに必要な成分すべてを含有するパッケージング細胞株に導入される。あるいは、ウイルスベクターゲノムは、関心対象の1つまたは複数の配列、例えば、組換え核酸に加えて、ウイルス成分をコードする1つまたは複数の遺伝子を含み得る。しかしながら、いくつかの局面では、標的細胞におけるゲノムの複製を防止するために、複製に必要とされる内因性ウイルス遺伝子は除去され、パッケージング細胞株に別々に提供される。
いくつかの態様では、パッケージング細胞株は、粒子を生成するのに必要な成分を含有する1つまたは複数のプラスミドベクターでトランスフェクトされる。いくつかの態様では、パッケージング細胞株は、LTR、シス作用型パッケージング配列および関心対象の配列、すなわちCARなどの抗原受容体をコードする核酸を含む、ウイルスベクターゲノムを含有するプラスミド；ならびにウイルス酵素成分および/または構造成分、例えばGag、polおよび/またはrevをコードする1つまたは複数のヘルパープラスミドでトランスフェクトされる。いくつかの態様では、レトロウイルスベクター粒子を生成する様々な遺伝成分を分離するために、複数のベクターが利用される。いくつかのそのような態様では、別々のベクターをパッケージング細胞に提供することは、他のやり方では複製能を有するウイルスを生成し得る組換え事象の機会を低減する。いくつかの態様では、レトロウイルス成分のすべてを有する単一のプラスミドベクターを使用することができる。
いくつかの態様では、レンチウイルスベクター粒子などのレトロウイルスベクター粒子は、宿主細胞の形質導入効率を高めるためにシュードタイピングされる。例えば、レンチウイルスベクター粒子などのレトロウイルスベクター粒子は、いくつかの態様では、VSV-G糖タンパク質でシュードタイピングされ、これは、形質導入できる細胞タイプを広げる広範な細胞宿主範囲を提供する。いくつかの態様では、パッケージング細胞株は、例えば異種指向性、多種指向性または両種指向性のエンベロープ、例えばSindbisウイルスエンベロープ、GALVまたはVSV-Gを含むように、非天然エンベロープ糖タンパク質をコードするプラスミドまたはポリヌクレオチドでトランスフェクトされる。
いくつかの態様では、パッケージング細胞株は、ウイルスゲノムRNAのレンチウイルスベクター粒子へのパッケージングにトランスで必要とされる、ウイルス調節タンパク質および構造タンパク質を含めた成分を提供する。いくつかの態様では、パッケージング細胞株は、レンチウイルスタンパク質を発現可能でかつ機能的レンチウイルスベクター粒子を産生可能な任意の細胞株であり得る。いくつかの局面では、適切なパッケージング細胞株は、293（ATCC CCL X）、293T、HeLA（ATCC CCL 2）、D17（ATCC CCL 183）、MDCK（ATCC CCL 34）、BHK（ATCC CCL-10）およびCf2Th（ATCC CRL 1430）細胞を含む。
いくつかの態様では、パッケージング細胞株は、ウイルスタンパク質を安定に発現する。例えば、いくつかの局面では、gag、pol、revおよび/または他の構造遺伝子を含有するがLTRおよびパッケージング成分のないパッケージング細胞株を構築することができる。いくつかの態様では、パッケージング細胞株は、異種タンパク質をコードする核酸分子、および/またはエンベロープ糖タンパク質をコードする核酸を含有するウイルスベクターゲノムと一緒に、1つまたは複数のウイルスタンパク質をコードする核酸分子で一過性にトランスフェクトすることができる。
いくつかの態様では、ウイルスベクターならびにパッケージングおよび/またはヘルパープラスミドは、トランスフェクションまたは感染を介してパッケージング細胞株に導入される。パッケージング細胞株は、ウイルスベクターゲノムを含有するウイルスベクター粒子を産生する。トランスフェクションまたは感染のための方法は周知である。非限定例は、リン酸カルシウム法、DEAE-デキストランおよびリポフェクション法、エレクトロポレーションならびにマイクロインジェクションを含む。
組換えプラスミドならびにレトロウイルスLTRおよびパッケージング配列が特定の細胞株に導入されると（例えば、リン酸カルシウム沈降などによって）、パッケージング配列は、組換えプラスミドのRNA転写物がウイルス粒子にパッケージングされることを可能にし、次いで、これが培養培地に分泌され得る。組換えレトロウイルスを含有する培地は、いくつかの態様では、その後、収集され、任意で濃縮され、遺伝子移入に使用される。例えば、いくつかの局面では、パッケージングプラスミドおよび移入ベクターのパッケージング細胞株への同時トランスフェクション後、培養培地からウイルスベクター粒子が回収され、当業者によって使用される標準法によって力価測定される。
いくつかの態様では、レンチウイルスベクターなどのレトロウイルスベクターは、レンチウイルス粒子の生成を可能にするプラスミドの導入によって、例示的なHEK 293T細胞株などのパッケージング細胞株において産生させることができる。いくつかの態様では、パッケージング細胞は、gagおよびpolをコードするポリヌクレオチド、ならびに抗原受容体（例えば、CAR）などの組換え受容体をコードするポリヌクレオチドでトランスフェクトされるおよび/またはこれらを含有する。いくつかの態様では、パッケージング細胞株は、任意でおよび/または追加で、revタンパク質をコードするポリヌクレオチドでトランスフェクトされるおよび/またはこれを含有する。いくつかの態様では、パッケージング細胞株は、任意でおよび/または追加で、VSV-Gなどの非天然エンベロープ糖タンパク質をコードするポリヌクレオチドでトランスフェクトされるおよび/またはこれを含有する。いくつかのそのような態様では、細胞、例えば、HEK 293T細胞のトランスフェクションの大体2日後、細胞上清は、組換えレンチウイルスベクターを含有し、これを回収および力価測定することができる。
回収および/または産生されたレトロウイルスベクター粒子を使用し、記載されるような方法を使用して標的細胞を形質導入することができる。標的細胞に入ると、ウイルスRNAは、逆転写され、核に輸送され、宿主ゲノムに安定に組み込まれる。ウイルスRNAの組み込みの1日または2日後、組換えタンパク質、例えば、抗原受容体（例えば、CAR）の発現を検出することができる。
いくつかの態様では、提供される方法は、複数の細胞を含む細胞組成物とウイルス粒子とを接触させる、例えば、インキュベートすることによって細胞を形質導入する方法を伴う。いくつかの態様では、トランスフェクトまたは形質導入されるべき細胞は、対象から得られた初代細胞、例えば対象から濃縮および/または選択された細胞であるかまたはそれを含む。
いくつかの態様では、組成物の形質導入されるべき細胞の濃度は、1.0×105個の細胞/mLから1.0×108個の細胞/mLまたは約1.0×105個の細胞/mLから1.0×108個の細胞/mL、例えば、少なくとも1.0×105個の細胞/mL、5×105個の細胞/mL、1×106個の細胞/mL、5×106個の細胞/mL、1×107個の細胞/mL、5×107個の細胞/mLもしくは1×108個の細胞/mL、または少なくとも約1.0×105個の細胞/mL、5×105個の細胞/mL、1×106個の細胞/mL、5×106個の細胞/mL、1×107個の細胞/mL、5×107個の細胞/mLもしくは1×108個の細胞/mL、または約1.0×105個の細胞/mL、5×105個の細胞/mL、1×106個の細胞/mL、5×106個の細胞/mL、1×107個の細胞/mL、5×107個の細胞/mLもしくは1×108個の細胞/mLである。
いくつかの態様では、ウイルス粒子は、ウイルスベクター粒子のコピーまたはその感染単位（IU）/形質導入される細胞の総数（IU/細胞）の特定の比率で提供される。例えば、いくつかの態様では、ウイルス粒子は、接触の間、0.5、1、2、3、4、5、10、15、20、30、40、50、もしくは60 IUのウイルスベクター粒子/細胞1個、または約0.5、1、2、3、4、5、10、15、20、30、40、50、もしくは60 IUのウイルスベクター粒子/細胞1個、または少なくとも0.5、1、2、3、4、5、10、15、20、30、40、50、もしくは60 IUのウイルスベクター粒子/細胞1個、または少なくとも約0.5、1、2、3、4、5、10、15、20、30、40、50、もしくは60 IUのウイルスベクター粒子/細胞1個で存在する。
いくつかの態様では、ウイルスベクター粒子の力価は、1×106 IU/mL～1×108 IU/mLまたは約1×106 IU/mL～1×108 IU/mL、例えば、5×106 IU/mL～5×107 IU/mLまたは約5×106 IU/mL～5×107 IU/mL、例えば、少なくとも6×106 IU/mL、7×106 IU/mL、8×106 IU/mL、9×106 IU/mL、1×107 IU/mL、2×107 IU/mL、3×107 IU/mL、4×107 IU/mL、または5×107 IU/mLである。
いくつかの態様では、形質導入は、100未満、例えば一般に60、50、40、30、20、10、5未満またはそれ以下の感染多重度（MOI）で達成することができる。
いくつかの態様では、該方法は、細胞とウイルス粒子とを接触させることまたはインキュベートすることを伴う。いくつかの態様では、接触させることは、30分間から72時間、例えば30分間から48時間、30分間から24時間または1時間から24時間、例えば少なくとも30分間、1時間、2時間、6時間、12時間、24時間、36時間もしくはそれ以上、または少なくとも約30分間、1時間、2時間、6時間、12時間、24時間、36時間もしくはそれ以上の期間である。
いくつかの態様では、接触させることは、溶液中で実施される。いくつかの態様では、細胞とウイルス粒子は、0.5mLから500mLまたは約0.5mLから500mL、例えば、0.5mLから200mL、0.5mLから100mL、0.5mLから50mL、0.5mLから10mL、0.5mLから5mL、5mLから500mL、5mLから200mL、5mLから100mL、5mLから50mL、5mLから10mL、10mLから500mL、10mLから200mL、10mLから100mL、10mLから50mL、50mLから500mL、50mLから200mL、50mLから100mL、100mLから500mL、100mLから200mLもしくは200mLから500mL、または約0.5mLから200mL、0.5mLから100mL、0.5mLから50mL、0.5mLから10mL、0.5mLから5mL、5mLから500mL、5mLから200mL、5mLから100mL、5mLから50mL、5mLから10mL、10mLから500mL、10mLから200mL、10mLから100mL、10mLから50mL、50mLから500mL、50mLから200mL、50mLから100mL、100mLから500mL、100mLから200mLもしくは200mLから500mLの体積で接触されられる。
ある特定の態様では、インプット細胞は、ウイルスDNAによってコードされる組換え受容体に結合するかそれを認識する結合分子を含む粒子で処理される、それとインキュベートされる、またはそれと接触させられる。
いくつかの態様では、細胞とウイルスベクター粒子とのインキュべーションは、ウイルスベクター粒子で形質導入された細胞を含むアウトプット組成物をもたらすまたは産生する。
いくつかの態様では、組換え核酸は、エレクトロポレーションを介してT細胞に移入される（例えば、Chicaybam et al, (2013) PLoS ONE 8(3): e60298 and Van Tedeloo et al. (2000) Gene Therapy 7(16): 1431-1437を参照のこと）。いくつかの態様では、組換え核酸は、転位を介してT細胞に移入される（例えば、Manuri et al. (2010) Hum Gene Ther 21(4): 427-437；Sharma et al. (2013) Molec Ther Nucl Acids 2, e74；および Huang et al. (2009) Methods Mol Biol 506: 115-126を参照のこと）。免疫細胞において遺伝子物質を導入および発現する他の方法は、リン酸カルシウムトランスフェクション（例えば、Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, New York. N.Y.に記載されているような）、プロトプラスト融合、カチオン性リポソーム媒介トランスフェクション；タングステン粒子促進微粒子衝突（Johnston, Nature, 346: 776-777 (1990)）；およびリン酸ストロンチウムDNA共沈（Brash et al., Mol. Cell Biol., 7: 2031-2034 (1987)）を含む。
組換え産物をコードする核酸の移入のための他のアプローチおよびベクターは、例えば、国際特許出願公開番号WO2014055668、および米国特許第7,446,190号に記載されているものである。
いくつかの態様では、細胞、例えば、T細胞は、拡大増殖の途中またはその後のいずれかに、例えば、T細胞受容体（TCR）またはキメラ抗原受容体（CAR）でトランスフェクトされ得る。所望の受容体の遺伝子の導入のためのこのトランスフェクションは、例えば、任意の適切なレトロウイルスベクターで行うことができる。次に、遺伝子改変された細胞集団を初期刺激（例えば、抗CD3/抗CD28刺激）から解放し、その後、第2のタイプの刺激で、例えばデノボ導入された受容体を介して刺激することができる。この第2のタイプの刺激は、ペプチド/MHC分子、遺伝子導入された受容体の同族（架橋）リガンド（例えば、CARの天然リガンド）または新たな受容体のフレームワーク内に直接結合する（例えば、受容体内の定常領域を認識することによって）任意のリガンド（例えば、抗体）の形態の抗原刺激を含み得る。例えば、Cheadle et al, “Chimeric antigen receptors for T-cell based therapy” Methods Mol Biol. 2012; 907:645-66またはBarrett et al., Chimeric antigen receptors Therapy for Cancer Annual Review of Medicine Vol. 65: 333-347 (2014) を参照されたい。
いくつかの場合に、細胞、例えば、T細胞が活性化されることを必要としないベクターが使用され得る。いくつかのそのような例では、細胞は、活性化の前に、選択および/または形質導入され得る。したがって、細胞は、細胞の培養の前にまたはそれに続いて、いくつかの場合には、培養の少なくとも一部と同じ時点またはその間に操作され得る。
中でも、追加の核酸、例えば、導入のための遺伝子は、移入された細胞の生存率および/または機能を促進するなどによって治療の有効性を改善するためのもの；インビボ生存または局在を評価するなどのための、細胞の選択および/または評価のための遺伝子マーカーを提供するための遺伝子；例えば細胞をインビボでの陰性選択に感受性にすることによって、安全性を改善する遺伝子である（Lupton S. D. et al., Mol. and Cell Biol., 11:6 (1991)；および Riddell et al., Human Gene Therapy 3:319-338 (1992)に記載されているとおり）；また、ドミナントな陽性選択可能マーカーと陰性選択可能マーカーとを融合することから誘導される二官能性の選択可能融合遺伝子の使用を説明しているLuptonらのPCT/US91/08442およびPCT/US94/05601の公開公報も参照されたい。例えば、Riddellらの米国特許第6,040,177号の14～17行を参照されたい。
4. 操作された細胞のカルチベーション、拡大増殖および製剤化
いくつかの態様では、提供される方法、使用、製造品または組成物のいずれかに従う操作された細胞（例えば、細胞療法のための）を生成するための方法は、細胞をカルチベーションするための、例えば、細胞を増殖および/または拡大増殖を促進する条件下でカルチベーションするための1つまたは複数の工程を含む。いくつかの態様では、細胞は、遺伝子操作する工程、例えば、組換えポリペプチドを形質導入またはトランスフェクションによって細胞に導入する工程に続いて、増殖および/または拡大増殖を促進する条件下でカルチベーションされる。特定の態様では、細胞は、細胞が刺激条件下でインキュベートされて組換えポリヌクレオチド、例えば、組換え受容体をコードするポリヌクレオチドで形質導入またはトランスフェクトされた後に、カルチベーションされる。したがって、いくつかの態様では、CARをコードする組換えポリヌクレオチドによる形質導入またはトランスフェクションによって操作されているCAR陽性T細胞の組成物は、増殖および/または拡大増殖を促進する条件下でカルチベーションされる。
ある特定の態様では、操作されたT細胞の1つまたは複数の組成物は、濃縮されたT細胞の2つの別々の組成物、例えば、組換え受容体（例えば、CAR）をコードするポリヌクレオチドで操作されている濃縮されたT細胞の2つの別々の組成物であるかまたはそれらを含む。特定の態様では、濃縮されたT細胞の2つの別々の組成物、例えば、同じ生体試料から選択、単離および/または濃縮された濃縮されたT細胞の2つの別々の組成物は、例えば、遺伝子操作する工程、例えば、組換えポリペプチドを形質導入またはトランスフェクションによって細胞に導入する工程に続いて、刺激条件下で別々にカルチベーションされる。ある特定の態様では、2つの別々の組成物は、濃縮されたCD4+ T細胞の組成物、例えば、組換え受容体（例えば、CAR）をコードするポリヌクレオチドで操作されている濃縮されたCD4+ T細胞の組成物を含む。特定の態様では、2つの別々の組成物は、濃縮されたCD8+ T細胞の組成物、例えば、組換え受容体（例えば、CAR）をコードするポリヌクレオチドで操作されている濃縮されたCD4+ T細胞の組成物を含む。いくつかの態様では、濃縮されたCD4+ T細胞および濃縮されたCD8+ T細胞の2つの別々の組成物、例えば、組換え受容体（例えば、CAR）をコードするポリヌクレオチドで各々別々に操作されている濃縮されたCD4+ T細胞の組成物および濃縮されたCD8+ T細胞の組成物は、例えば、増殖および/または拡大増殖を促進する条件下で、別々にカルチベーションされる。
いくつかの態様では、カルチベーションは、増殖および/または拡大増殖を促進する条件下で行われる。いくつかの態様では、そのような条件は、集団中の細胞の増殖、拡大増殖、活性化および/または生存を誘導するように設計され得る。特定の態様では、刺激条件は、特定の培地、温度、酸素含量、二酸化炭素含量、時間、作用物質、例えば、栄養素、アミノ酸、抗生物質、イオン、ならびに/または刺激因子、例えばサイトカイン、ケモカイン、抗原、結合パートナー、融合タンパク質、組換え可溶性受容体、ならびに細胞の成長、分裂および/または拡大増殖を促進するように設計された任意の他の作用物質の1つまたは複数を含むことができる。
特定の態様では、細胞は、1つまたは複数のサイトカインの存在下でカルチベーションされる。特定の態様では、1つまたは複数のサイトカインは、組換えサイトカインである。いくつかの態様では、1つまたは複数のサイトカインは、ヒト組換えサイトカインである。ある特定の態様では、1つまたは複数のサイトカインは、T細胞によって発現されるおよび/またはそれに対して内因性である受容体に結合するおよび/またはそれに結合可能である。特定の態様では、1つまたは複数のサイトカイン、例えば、組換えサイトカインは、サイトカインの4-アルファ-ヘリックスバンドルファミリーのメンバーであるかまたはそれを含む。いくつかの態様では、サイトカインの4-アルファ-ヘリックスバンドルファミリーのメンバーは、インターロイキン-2（IL-2）、インターロイキン-4（IL-4）、インターロイキン-7（IL-7）、インターロイキン-9（IL-9）、インターロイキン12（IL-12）、インターロイキン15（IL-15）、顆粒球コロニー刺激因子（G-CSF）、および顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（GM-CSF）を含むが、それらに限定されない。いくつかの態様では、1つまたは複数の組換えサイトカインは、IL-2、IL-7および/またはIL-15を含む。いくつかの態様では、細胞、例えば、操作された細胞は、サイトカイン、例えば、組換えヒトサイトカインの存在下、1 IU/mL～2,000 IU/mL、10 IU/mL～100 IU/mL、50 IU/mL～200 IU/mL、100 IU/mL～500 IU/mL、100 IU/mL～1,000 IU/mL、500 IU/mL～2,000 IU/mL、または100 IU/mL～1,500 IU/mLの濃度でカルチベーションされる。
いくつかの態様では、カルチベーションは、一般に、初代免疫細胞、例えばヒトTリンパ球の成長に適した温度、例えば、少なくとも約25セルシウス度、一般に少なくとも約30度、一般に37セルシウス度または約37セルシウス度を含む、条件下で実施される。いくつかの態様では、濃縮されたT細胞の組成物は、25から38℃、例えば30から37℃、例えば37℃±2℃または約37℃±2℃の温度でインキュベートされる。いくつかの態様では、インキュべーションは、培養、例えば、カルチベーションまたは拡大増殖が、所望または閾値の密度、数または用量の細胞をもたらすまで一定期間行われる。いくつかの態様では、インキュべーションは、24時間、48時間、72時間、96時間、5日間、6日間、7日間、8日間、9日間もしくはそれ以上を超える、または約24時間、48時間、72時間、96時間、5日間、6日間、7日間、8日間、9日間もしくはそれ以上を超える、あるいは、約24時間、48時間、72時間、96時間、5日間、6日間、7日間、8日間、9日間もしくはそれ以上、または24時間、48時間、72時間、96時間、5日間、6日間、7日間、8日間、9日間もしくはそれ以上の期間である。
特定の態様では、カルチベーションは、閉鎖系において実施される。ある特定の態様では、カルチベーションは、無菌条件下の閉鎖系において実施される。特定の態様では、カルチベーションは、提供されるシステムの1つまたは複数の工程と同じ閉鎖系において実施される。いくつかの態様では、濃縮されたT細胞の組成物は、閉鎖系から取り出され、カルチベーションのためにバイオリアクターに入れられるおよび/または接続される。カルチベーションのための適切なバイオリアクターの例は、GE Xuri W25、GE Xuri W5、Sartorius BioSTAT RM 20|50、Finesse SmartRockerバイオリアクターシステム、およびPall XRSバイオリアクターシステムを含むが、それらに限定されない。いくつかの態様では、バイオリアクターは、カルチベーション工程の少なくとも一部の間に細胞をかん流および/または混合するために使用される。
いくつかの態様では、混合は、揺動および/または運動であるかまたはそれを含む。いくつかの場合に、バイオリアクターを、運動または揺動に供することができ、このことは、いくつかの局面では、酸素移入を高めることができる。バイオリアクターを運動させることは、バイオリアクターの水平軸に沿って回転させること、垂直軸に沿って回転させること、斜めになったもしくは傾斜した水平軸に沿った揺動運動、またはそれらの任意の組み合わせを含み得るが、それらに限定されない。いくつかの態様では、インキュべーションの少なくとも一部は、揺動しながら行われる。揺動速度および揺動角度は、所望の撹拌を達成するために調整され得る。いくつかの態様では、揺動角度は、20°、19°、18°、17°、16°、15°、14°、13°、12°、11°、10°、9°、8°、7°、6°、5°、4°、3°、2°または1°である。ある特定の態様では、揺動角度は、6～16°である。他の態様では、揺動角度は、7～16°である。他の態様では、揺動角度は、8～12°である。いくつかの態様では、揺動速度は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40rpmである。いくつかの態様では、揺動速度は、4～12rpm、例えば4～6rpm（両端の値を含む）である。
いくつかの態様では、バイオリアクターは、0.01 L/分、0.05 L/分、0.1 L/分、0.2 L/分、0.3 L/分、0.4 L/分、0.5 L/分、1.0 L/分、1.5 L/分、もしくは2.0 L/分、約0.01 L/分、0.05 L/分、0.1 L/分、0.2 L/分、0.3 L/分、0.4 L/分、0.5 L/分、1.0 L/分、1.5 L/分、もしくは2.0 L/分、または少なくとも0.01 L/分、0.05 L/分、0.1 L/分、0.2 L/分、0.3 L/分、0.4 L/分、0.5 L/分、1.0 L/分、1.5 L/分、もしくは2.0 L/分、または2.0 L/分を超える定常空気流で温度を37℃または37℃近くに、CO2レベルを5％または5％近くに維持する。ある特定の態様では、カルチベーションの少なくとも一部は、例えば、カルチベーションの開始に関するタイミングおよび/またはカルチベーションされた細胞の密度に依存して、かん流により、例えば290ml/日、580ml/日および/または1160ml/日の速度で実施される。いくつかの態様では、細胞培養拡大増殖の少なくとも一部は、揺動運動により、例えば、5°～10°、例えば6°の角度で、一定の揺動速度、例えば5～15RPM、例えば6RMPまたは10RPMの速度で実施される。
いくつかの態様では、提供される方法、使用または製造品に従う、細胞療法および/または操作された細胞を製造、生成または生産するための方法は、インキュベート工程、操作工程およびカルチベーション工程の前または後の処理工程、ならびに/または記載されるような1つもしくは複数の他の処理工程から生じる、遺伝子操作された細胞の製剤化などの細胞の製剤化を含み得る。いくつかの態様では、細胞の製剤化を含む処理工程の1つまたは複数は、閉鎖系において行うことができる。いくつかの場合に、培養、例えば、カルチベーションおよび拡大増殖の前または後の形質導入処理工程、ならびに/または記載されるような1つもしくは複数の他の処理工程から生じる、遺伝子操作された細胞の製剤化などの細胞の製剤化を含み得る、細胞療法および/または操作された細胞を製造、生成または産生させるための1つまたは複数の工程（例えば、遠心チャンバーおよび/または閉鎖系において行われる）において、細胞が処理される。いくつかの態様では、遺伝子操作された細胞は、所与の用量またはその分割量で投与するための細胞数を含む単位剤形組成物として製剤化される。
いくつかの態様では、組換え抗原受容体（例えば、CARまたはTCR）で操作された細胞を含む細胞の用量は、組成物または製剤、例えば薬学的組成物または薬学的製剤として提供される。そのような組成物は、提供される方法に従って、例えば、疾患、病態および障害の処置において、または検出、診断および予後判定法において、ならびに使用および製造品に従って使用することができる。いくつかの場合に、細胞は、単回単位用量投与または複数回用量投与などの用量投与のための量で製剤化することができる。
いくつかの態様では、細胞は、バッグまたはバイアルなどの容器に製剤化することができる。いくつかの態様では、バイアルは、点滴用バイアルであり得る。いくつかの態様では、バイアルは、所与の用量またはその分割量で投与するための細胞数などを含む、操作された細胞の単回単位用量で製剤化される。
いくつかの態様では、細胞は、いくつかの局面では薬学的に許容される担体または賦形剤を含み得る薬学的に許容される緩衝液中に製剤化される。いくつかの態様では、処理は、薬学的に許容されるまたは対象への投与に望まれる培地または製剤化緩衝液への培地交換を含む。いくつかの態様では、処理工程は、形質導入および/または拡大増殖された細胞を洗浄して、その細胞を1つまたは複数の任意の薬学的に許容される担体または賦形剤を含むことができる薬学的に許容される緩衝液中へ入れ替えることを伴うことができる。薬学的に許容される担体または賦形剤を含む例示的なそのような薬学的形態は、細胞および組成物を対象に投与するのに許容される形態と併せて後述される任意のものであることができる。薬学的組成物は、いくつかの態様では、疾患または病態を処置または予防するのに有効な量、例えば、治療上有効な量または予防上有効な量で細胞を含有する。
いくつかの態様では、製剤化緩衝液は、凍結保存剤を含有する。いくつかの態様では、細胞は、1.0％～30％のDMSO溶液、例えば5％～20％のDMSO溶液または5％～10％のDMSO溶液を含有する凍結保存溶液で製剤化される。いくつかの態様では、凍結保存溶液は、例えば、20％のDMSOおよび8％のヒト血清アルブミン（HSA）を含有するPBSまたは他の適切な細胞凍結培地であるかまたはそれを含有する。いくつかの態様では、凍結保存溶液は、例えば、少なくとも7.5％または約7.5％のDMSOであるかまたはそれを含有する。いくつかの態様では、処理工程は、形質導入および/または拡大増殖された細胞を洗浄して、その細胞を凍結保存溶液中へ入れ替えることを伴うことができる。いくつかの態様では、細胞は、12.5％、12.0％、11.5％、11.0％、10.5％、10.0％、9.5％、9.0％、8.5％、8.0％、7.5％、7.0％、6.5％、6.0％、5.5％もしくは5.0％、または約12.5％、12.0％、11.5％、11.0％、10.5％、10.0％、9.5％、9.0％、8.5％、8.0％、7.5％、7.0％、6.5％、6.0％、5.5％もしくは5.0％、または1％～15％、6％～12％、5％～10％もしくは6％～8％のDMSO終濃度の培地および/または溶液中に凍結される、例えば、凍結保護または凍結保存される。特定の態様では、細胞は、5.0％、4.5％、4.0％、3.5％、3.0％、2.5％、2.0％、1.5％、1.25％、1.0％、0.75％、0.5％もしくは0.25％、または約5.0％、4.5％、4.0％、3.5％、3.0％、2.5％、2.0％、1.5％、1.25％、1.0％、0.75％、0.5％もしくは0.25％、または0.1％～5％、0.25％～4％、0.5％～2％もしくは1％～2％のHAS終濃度の培地および/または溶液中に凍結される、例えば、凍結保護または凍結保存される。
いくつかの態様では、製剤化は、細胞、例えば培養または拡大増殖された細胞を洗浄、希釈または濃縮することを含む1つまたは複数の処理工程を使用して行われる。いくつかの態様では、処理は、所望の濃度または数、例えば所与の用量またはその分割量で投与するための細胞数を含む単位剤形組成物へと細胞を希釈または濃縮することを含むことができる。いくつかの態様では、処理工程は、体積減少を含み、それによって細胞の濃度を望まれるように増加させることができる。いくつかの態様では、処理工程は、体積追加を含み、それによって細胞の濃度を望まれるように減少させることができる。いくつかの態様では、処理は、形質導入および/または拡大増殖された細胞に一定体積の製剤化緩衝液を加えることを含む。いくつかの態様では、その製剤化緩衝液の体積は、10mLから1000mLまたは約10mLから1000mL、例えば、少なくとも50mL、100mL、200mL、300mL、400mL、500mL、600mL、700mL、800mL、900mLもしくは1000mL、または少なくとも約50mL、100mL、200mL、300mL、400mL、500mL、600mL、700mL、800mL、900mLもしくは1000mL、または約50mL、100mL、200mL、300mL、400mL、500mL、600mL、700mL、800mL、900mLもしくは1000mL、または50mL、100mL、200mL、300mL、400mL、500mL、600mL、700mL、800mL、900mLもしくは1000mLである。
いくつかの態様では、細胞組成物を製剤化するためのそのような処理工程は、閉鎖系において行われる。例示的なそのような処理工程は、Sepax（登録商標）またはSepax 2（登録商標）細胞処理システムと共に使用するためのものを含め、Biosafe SAによって製造販売されている遠心チャンバーなどの細胞処理システムに関連する1つまたは複数のシステムまたはキットと組み合わされた遠心チャンバーを使用して実施することができる。例示的なシステムおよびプロセスは、国際公開公報第WO2016/073602号に記載されている。いくつかの態様では、該方法は、遠心チャンバーの内部キャビティからの、上述の態様のいずれかにおける製剤化された組成物（薬学的に許容される緩衝液などの製剤化緩衝液中に製剤化されたことで得られた細胞の組成物である）の圧出を達成することを含む。いくつかの態様では、製剤化された組成物の圧出は、閉鎖系の一部として遠心チャンバーと動作可能に連結されている容器への、例えば、本明細書に記載の医用材料ケースのバイアルへの圧出である。いくつかの態様では、医用材料ケースは、統合および/または動作可能な接続のために構成され、かつ/または、1つまたは複数の処理工程を行う閉鎖系またはデバイスに統合または動作可能に接続される。いくつかの態様では、医用材料ケースは、排出ラインまたは排出位置でシステムに接続される。いくつかの場合に、閉鎖系は、注入チューブで医用材料ケースのバイアルに接続される。本明細書に記載の医用材料ケースと共に使用するための例示的な閉鎖系は、Sepax（登録商標）およびSepax（登録商標）2システムを含む。
いくつかの態様では、閉鎖系、例えば、遠心チャンバーまたは細胞処理システムに関連する閉鎖系は、製剤化された組成物の圧出のために1つまたは複数の容器を接続することができるポートとチューブラインの各端部で接続された多方向チューブマニホールドを含有する、多ポート排出キットを含む。いくつかの局面では、所望の数または複数のバイアルを、1つまたは複数、一般に2つ以上、例えば少なくとも3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つまたはそれ以上の多ポート排出のポートに無菌的に接続することができる。例えば、いくつかの態様では、1つまたは複数の容器、例えば、医用材料ケースを、ポートに、または全ポートよりも少ないポートに取り付けることができる。したがって、いくつかの態様では、システムは、医用材料ケースの複数のバイアルへの排出組成物の圧出を達成することができる。
いくつかの局面では、細胞は、複数の排出容器、例えば、バイアルの1つまたは複数に、単回単位用量投与または複数回用量投与などの用量投与のための量で圧出させることができる。例えば、いくつかの態様では、バイアルは各々、所与の用量またはその分割量で投与するための細胞数を含有し得る。したがって、各バイアルは、いくつかの局面では、投与のための単回単位用量を含有してもよく、複数のバイアルのうち1を超える、例えば2つのバイアルまたは3つのバイアルが一緒になって投与のための一用量を構成するように所望の用量の分割量を含有してもよい。いくつかの態様では、4つのバイアルが一緒になって投与のための一用量を構成する。
したがって、容器、例えば、バッグまたはバイアルは、一般に、投与されるべき細胞、例えば、その1つまたは複数の単位用量を含有する。単位用量は、対象に投与されるべき細胞の量もしくは数、またはその投与されるべき細胞の数の2倍（もしくはそれ以上）であり得る。単位用量は、対象に投与されるだろう細胞の最低用量または最低可能用量であり得る。いくつかの局面では、提供される製造品は、複数の排出容器の1つまたは複数を含む。
いくつかの態様では、容器、例えば、バッグまたはバイアルの各々は、単位用量の細胞を別々に含む。したがって、いくつかの態様では、容器の各々は、同じまたは大体もしくは実質的に同じ数の細胞を含む。いくつかの態様では、各単位用量は、1×106、2×106、5×106、1×107、5×107もしくは1×108個、または約1×106、2×106、5×106、1×107、5×107もしくは1×108個、または少なくとも1×106、2×106、5×106、1×107、5×107もしくは1×108個、または少なくとも約1×106、2×106、5×106、1×107、5×107もしくは1×108個の操作された細胞、総細胞、T細胞、またはPBMCを含有する。いくつかの態様では、各単位用量は、1×106、2×106、5×106、1×107、5×107もしくは1×108個、または約1×106、2×106、5×106、1×107、5×107もしくは1×108個、または少なくとも1×106、2×106、5×106、1×107、5×107もしくは1×108個、または少なくとも約1×106、2×106、5×106、1×107、5×107もしくは1×108個のCAR+ T細胞（CD3+、例えばCD4+またはCD8+、またはその生存サブセットである）を含有する。いくつかの態様では、各容器、例えば、バッグまたはバイアル中の製剤化された細胞組成物の体積は、10mLまたは約10mL～100mLまたは約100mL、例えば、20mL、30mL、40mL、50mL、60mL、70mL、80mL、90mLもしくは100mL、または約20mL、30mL、40mL、50mL、60mL、70mL、80mL、90mLもしくは100mL、または少なくとも20mL、30mL、40mL、50mL、60mL、70mL、80mL、90mLもしくは100mL、または少なくとも約20mL、30mL、40mL、50mL、60mL、70mL、80mL、90mLもしくは100mLである。いくつかの態様では、各容器、例えば、バッグまたはバイアル中の製剤化された細胞組成物の体積は、1mLまたは約1mL～10mLまたは約10mL、例えば1mLまたは約1mL～5mLまたは約5mLである。いくつかの態様では、各容器、例えば、バッグまたはバイアル中の製剤化された細胞組成物の体積は、4mLまたは約4mL～5mLまたは約5mLである。いくつかの態様では、各容器、例えば、バッグまたはバイアル中の製剤化された細胞組成物の体積は、4.4mLであるかまたは約4.4mLである。いくつかの態様では、各容器、例えば、バッグまたはバイアル中の製剤化された細胞組成物の体積は、4.5mLであるかまたは約4.5mLである。いくつかの態様では、各容器、例えば、バッグまたはバイアル中の製剤化された細胞組成物の体積は、4.6mLであるかまたは約4.6mLである。いくつかの態様では、各容器、例えば、バッグまたはバイアル中の製剤化された細胞組成物の体積は、4.7mLであるかまたは約4.7mLである。いくつかの態様では、各容器、例えば、バッグまたはバイアル中の製剤化された細胞組成物の体積は、4.8mLであるかまたは約4.8mLである。いくつかの態様では、各容器、例えば、バッグまたはバイアル中の製剤化された細胞組成物の体積は、4.9mLであるかまたは約4.9mLである。いくつかの態様では、各容器、例えば、バッグまたはバイアル中の製剤化された細胞組成物の体積は、5.0mLであるかまたは約5.0mLである。
いくつかの態様では、製剤化された細胞組成物は、0.5×106個または約0.5×106個の組換え受容体発現（例えば、CAR+）/CD3+細胞またはそのような生存細胞/mLを超える、1.0×106個または約1.0×106個の組換え受容体発現（例えば、CAR+）/CD3+細胞またはそのような生存細胞/mLを超える、1.5×106個または約1.5×106個の組換え受容体発現（例えば、CAR+）/CD3+細胞またはそのような生存細胞/mLを超える、2.0×106個または約2.0×106個の組換え受容体発現（例えば、CAR+）/CD3+細胞またはそのような生存細胞/mLを超える、2.5×106個または約2.5×106個の組換え受容体発現（例えば、CAR+）/CD3+細胞またはそのような生存細胞/mLを超える、2.6×106個または約2.6×106個の組換え受容体発現（例えば、CAR+）/CD3+細胞またはそのような生存細胞/mLを超える、2.7×106個または約2.7×106個の組換え受容体発現（例えば、CAR+）/CD3+細胞またはそのような生存細胞/mLを超える、2.8×106個または約2.8×106個の組換え受容体発現（例えば、CAR+）/CD3+細胞またはそのような生存細胞/mLを超える、2.9×106個または約2.9×106個の組換え受容体発現（例えば、CAR+）/CD3+細胞またはそのような生存細胞/mLを超える、3.0×106個または約3.0×106個の組換え受容体発現（例えば、CAR+）/CD3+細胞またはそのような生存細胞/mLを超える、3.5×106個または約3.5×106個の組換え受容体発現（例えば、CAR+）/CD3+細胞またはそのような生存細胞/mLを超える、4.0×106個または約4.0×106個の組換え受容体発現（例えば、CAR+）/CD3+細胞またはそのような生存細胞/mLを超える、4.5×106個または約4.5×106個の組換え受容体発現（例えば、CAR+）/CD3+細胞またはそのような生存細胞/mLを超える、あるいは5×106個または約5×106個の組換え受容体発現（例えば、CAR+）/CD3+細胞またはそのような生存細胞/mLを超える濃度を有する。いくつかの態様では、CD3+細胞は、CD4+ T細胞である。いくつかの態様では、CD3+細胞は、CD8+ T細胞である。いくつかの態様では、CD3+ T細胞は、CD4+およびCD8+ T細胞である。
いくつかの態様では、容器、例えば、バッグまたはバイアル中の細胞を凍結保存することができる。いくつかの態様では、容器、例えば、バイアルは、さらなる使用まで液体窒素中で貯蔵することができる。
いくつかの態様では、該方法によって産生されたそのような細胞、またはそのような細胞を含む組成物は、疾患または病態を処置するために、例えば、本明細書に記載の方法、使用および製造品に従って対象に投与される。
処置のための対象を選択する方法または処置に対する応答を予測もしくはモニタリングする方法
また、併用療法による処置のためのおよび/または併用療法を継続するための対象を特定または選択するための、ならびに/または処置に対する応答（例えば、処置に対する応答性または耐性）を予測または評価するための、ならびに/または処置成果をモニタリングするための、1つまたは複数の評価またはスクリーニング工程を含む方法が、本明細書に提供される。提供される方法は、1つまたは複数の生存促進性遺伝子（すなわち、抗アポトーシス遺伝子）の発現が、CAR-T細胞などの細胞傷害性療法に対する耐性増加または応答性欠如に関連し得るという観察に基づく。いくつかの態様では、提供される方法は、対象の処置の応答または有効性の可能性、例えば、対象における細胞療法の可能性または応答または有効性を改善する。
いくつかの態様では、細胞傷害性療法、記載したようないずれかなど、例えば、CAR T細胞による処置のための対象を選択することを含む方法が、本明細書に提供される。いくつかの態様では、該方法は、（a）がんを有するまたは有する疑いがある対象由来の生体試料中の1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量を評価する段階；（b）1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量が遺伝子基準値を下回る場合、その対象を、細胞傷害性療法による処置のために選択する段階；および（c）選択された患者に、がんの細胞に関連する、それによって発現されるまたはその上に存在する抗原に結合する細胞傷害性療法を投与する段階を含む。
いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤による処置のための対象を選択する方法であって、対象が細胞傷害性療法、記載したようないずれかなど、例えば、CAR T細胞の投与を受けるための対象である、方法が本明細書に提供される。いくつかの態様では、対象は、がんを有する。いくつかの態様では、該方法は、（a）対象由来の生体試料中の1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量を評価する段階であって、1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量が、1つまたは複数の生存促進性遺伝子によってコードされるタンパク質および/またはポリヌクレオチドのレベルまたは量であり、対象が、がんの細胞に関連する、それによって発現されるまたはその上に存在する抗原に特異的に結合する免疫療法または細胞療法である細胞傷害性療法の投与を受けるための対象であり、かつ、生体試料が、細胞傷害性療法の投与の前に対象から得られる、段階；ならびに（b）1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量が遺伝子基準値を上回る場合、がんを有する対象を、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤による処置のために選択する段階を含む。いくつかの場合に、該方法はさらに、選択された対象に、該阻害剤を細胞傷害性療法と組み合わせて、例えば提供される方法のいずれかに従って投与する段階を含む。他の場合に、対象が提供される方法に従う阻害剤による処置に選択されない場合、その対象に、該阻害剤との併用投与なしに細胞傷害性療法だけ投与される。
いくつかの態様では、細胞傷害性療法による処置に対して耐性であると予測されるがんを有する対象を特定する方法であって、(1）そのように予測された場合、その対象に、細胞傷害性療法の計画されたまたは予定された投薬に代わる処置を提供し、（2）そのように予測されなかった場合、その対象に、細胞傷害性療法、例えば計画されたまたは予定された投薬を提供する、方法が本明細書に提供される。そのような態様では、該方法は、（a）対象由来の生体試料中の1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量を評価する段階であって、1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量が、1つまたは複数の生存促進性遺伝子によってコードされるタンパク質および/またはポリヌクレオチドのレベルまたは量であり、対象が、細胞傷害性療法の一用量の投与の候補であり、細胞傷害性療法が、がんの細胞に関連する、それによって発現されるまたはその上に存在する抗原に特異的に結合する免疫療法または細胞療法であり、かつ、生体試料が、細胞傷害性療法の投与の前に対象から得られる、段階；ならびに（b）1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量が遺伝子基準値を上回る場合、その対象を、細胞傷害性療法による処置に対して耐性であると予測されるがんを有すると特定する段階を含む。
いくつかの態様では、対象が、細胞傷害性療法による処置に対して耐性であると予測されるがんを有すると特定された場合、該方法はさらに、特定された対象に代替処置を投与する段階であって、代替処置が、以下：細胞傷害性療法と細胞傷害性療法の活性をモジュレートまたは増加させる追加の作用物質とを含む併用処置；増加した用量の細胞傷害性療法；および/または化学療法剤の中から選択される、段階を含む。いくつかの態様では、代替処置は、細胞傷害性療法による処置に対して耐性であると予測されるがんを有すると特定されない対象に与えられる細胞傷害性療法の用量と比較して増加した用量の細胞傷害性療法である。いくつかの局面では、増加した用量の細胞傷害性療法は、細胞傷害性療法による処置に対して耐性であると予測されないがんを有すると特定された対象に与えられる細胞傷害性療法の用量と比較して増加した数の細胞の細胞傷害性療法を含む。いくつかの態様では、代替処置は、シクロホスファミド、ドキソルビシン、プレドニゾン、ビンクリスチン、フルダラビン、ベンダムスチンおよび/またはリツキシマブなどの化学療法剤よる処置である。いくつかの態様では、代替処置は、細胞傷害性療法と、T細胞療法の活性をモジュレートまたは増加させる追加の作用物質、例えば、免疫チェックポイント阻害剤、代謝経路のモジュレーター、アデノシン受容体アンタゴニスト、キナーゼ阻害剤、抗TGFβ抗体または抗TGFβR抗体、サイトカインである追加の作用物質とを含む併用処置である。いくつかの態様では、代替処置は、細胞傷害性療法と生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤の、例えば提供される方法のいずれかに従う、併用処置を含む。任意のそのような態様のいくつかでは、細胞傷害性療法は、がんの細胞に関連する、それによって発現されるまたはその上に存在する抗原に結合する組換え受容体を発現する細胞を含む。
いくつかの態様では、対象が、細胞傷害性療法による処置に対して耐性であると予測されないがんを有すると特定された場合、対象に、計画された用量または予定の細胞傷害性療法が投与される。
いくつかの態様では、がんを有する対象の細胞傷害性療法に対する応答性を判定するための方法であって、対象が、細胞傷害性療法の投与を受けている対象である、方法が本明細書に提供される。いくつかの態様では、該方法は、（a）対象由来の生体試料中の1つまたは複数の生存促進性遺伝子の発現のレベルまたは量を評価する段階であって、1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量が、1つまたは複数の生存促進性遺伝子によってコードされるタンパク質および/またはポリヌクレオチドのレベルまたは量であり、生体試料が、対象に細胞傷害性療法が投与される前の第1の時点に対象から得られ、かつ、対象が、細胞傷害性療法による処置を受けるための対象である、段階；（b）細胞傷害性療法の対象への投与後の第2の時点に、対象由来の生体試料中の1つまたは複数の生存促進性遺伝子の発現のレベルまたは量を評価する段階であって、1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量が、1つまたは複数の生存促進性遺伝子によってコードされるタンパク質および/またはポリヌクレオチドのレベルまたは量であり、生体試料が、細胞傷害性療法の対象への投与後の第2の時点に得られ、かつ、（b）における評価の前に、対象に細胞傷害性療法が投与されている、段階；ならびに（c）第2の時点での1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量が第1の時点での1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量よりも低い場合、対象がその療法に応答性であると判定する段階を含む。そのような方法において、対象は、（b）における投与の前に細胞傷害性療法の投与を受けている。
以下のサブセクションは、提供される方法のいずれかを行うための特定の特徴を提供する。
A. 試料
ある特定の態様では、1つまたは複数の遺伝子産物の発現は、試料中で測定される、評価されるおよび/または判定される。提供される態様では、試料は、対象から採取される、収集されるおよび/または得られる生体試料である。特定の態様では、試料は、腫瘍試料、例えば、腫瘍生検試料である。特定の態様では、試料は、血液試料である。ある特定の態様では、対象は、疾患または病態を有する、および/または、疾患または病態を有する疑いがある。いくつかの態様では、対象は、療法を受けたことがある、受けるだろうまたは受ける候補である。特定の態様では、試料は、療法を投与されたことがある、投与されるだろうまたは投与される候補である対象から、採取される、収集されるおよび/または得られる。特定の態様では、試料は、療法による処置または投与の前に、採取される、収集されるおよび/または得られる。
特定の態様では、対象は、療法をまだ受けていない。いくつかの態様では、対象は、評価後の後続の時点で、療法を受ける予定があるまたは療法を受けるだろう。他の態様では、対象は、療法を受けるための候補であり、提供される方法に従う評価の結果に応じて、療法を受けてもよく、代替の療法または処置を受けてもよい。そのような態様のいずれかでは、試料は、療法の投与を受ける前の対象由来の試料である。いくつかの態様では、試料は、腫瘍試料、例えば、腫瘍生検試料である。いくつかの態様では、試料は、血液試料である。
ある特定の態様では、該方法は、療法の投与を受けている対象における応答をモニタリングすることを伴う。そのような態様では、該方法は、療法の投与前の時点での第1の試料と療法を投与した後の時点での第2の試料の評価を含む。いくつかの態様では、第1の試料は、療法の投与を受ける前の対象由来の試料である。いくつかの態様では、第2の試料は、療法の投与を受けた後の対象由来の試料である。いくつかの態様では、試料は、腫瘍試料、例えば、生検試料である。いくつかの態様では、試料は、血液試料である。
いくつかの態様では、療法は、細胞療法の投与である。特定の態様では、療法は、免疫療法の投与である。特定の態様では、療法は、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害の投与である。特定の態様では、療法は、細胞療法と生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤の投与を含む併用療法である。特定の態様では、療法は、免疫療法と生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤の投与を含む併用療法である。ある特定の態様では、細胞療法は、疾患または病態を処置するおよび/または処置可能である。いくつかの態様では、療法は、1つまたは複数の操作された細胞を含有する細胞療法である。いくつかの態様では、操作された細胞は、組換え受容体を発現する。特定の態様では、組換え受容体は、キメラ抗原受容体（CAR）である。ある特定の態様では、免疫療法は、疾患または病態を処置するおよび/または処置可能である。いくつかの態様では、免疫療法は、T細胞エンゲージ療法（T cell-engaging therapy）、例えば、二重特異性T細胞エンゲージャー（BiTE）療法である。
特定の態様では、試料は、療法を投与されたことがある、投与されるだろうまたは投与される候補である対象から、採取される、収集されるおよび/または得られる。特定の態様では、試料は、細胞傷害性療法、例えば、細胞療法または免疫療法による処置または投与の前に、採取される、収集されるおよび/または得られる。本明細書に記載の方法、キットおよび製造品に従って、臨床成果と関連するおよび/または相関する1つまたは複数の遺伝子産物について、試料を評価することができる。免疫療法または細胞療法を受けた後に対象から収集または得られた試料中の発現に基づく臨床成果の可能性および/または確率と関連するおよび/または相関する例示的な遺伝子産物は、1つまたは複数の生存促進性遺伝子（すなわち、該遺伝子は、抗アポトーシス効果を有する）、例えばmycファミリー遺伝子（c-myc、l-mycおよびn-myc）、p53、およびEZH2を含む。したがって、いくつかの局面では、提供される方法は、細胞傷害性療法（例えば、細胞療法、CAR-T細胞など）を受ける前に、特定の臨床成果、例えば、完全奏効（CR）、部分奏効（PR）または病勢進行（PD）を達成する可能性が高いであろう対象を特定することに関する。本明細書の他の箇所に記載しているように、該方法は、対象が細胞傷害性療法の投与の候補であるかどうか、対象が細胞傷害性療法と生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤とを含む併用療法の投与の候補であるかどうか、および/または、対象が、療法に応答して臨床成果を、例えば、細胞傷害性療法の投与に応答してCR、PRまたはPDを示す可能性が高いかどうかを判定するために使用することができる。
いくつかの局面では、提供される方法は、細胞療法（例えば、CAR-T細胞療法）などの療法を受ける前に、細胞療法に対して完全奏効（CR）もしくは部分奏効（PR）などの応答を示し得る対象または療法の投与に対して完全奏効（CR）もしくは部分奏効（PR）を示す可能性が高いであろう対象を特定することに関する。いくつかの局面では、提供される方法は、細胞療法（例えば、CAR-T細胞療法）などの療法を受ける前に、療法に対して耐性であり得るまたはそのように予測される対象、例えば、療法に対して非応答/病勢安定（NR/SD）、療法に対して不完全奏効/病勢安定（SD）または療法後に病勢進行（PD）を示し得るまたはそのように予測される対象、および/または、療法の投与に対して完全奏効（CR）または部分奏効（PR）を示す可能性が高くないであろう対象を特定することに関する。本明細書の他の箇所に記載しているように、該方法は、対象が、療法、例えば、細胞療法または免疫療法の投与に応答して完全奏効（CR）、部分奏効（PR）、非応答/病勢安定（NR/SD）、不完全奏効/病勢安定（SD）および/または病勢進行（PD）を示す可能性が高いかどうかを判定するために使用することができる。
いくつかの態様では、試料は、療法、例えば、免疫療法または細胞療法による処置または投与の前に、採取される、収集されるおよび/または得られる。本明細書に記載の方法、キットおよび製造品に従って、療法を受けた後の臨床成果（例えば、CR、PRまたはPD）と関連するおよび/または相関する1つまたは複数の遺伝子産物について、試料を評価することができる。免疫療法または細胞療法を受けた後に対象から収集または得られた試料中の発現に基づく臨床成果の可能性および/または確率と関連するおよび/または相関する例示的な遺伝子産物は、1つまたは複数の生存促進性遺伝子（すなわち、該遺伝子は、抗アポトーシス効果を有する）、例えばmycファミリー遺伝子（c-myc、l-mycおよびn-myc）、p53、およびEZH2を含む。いくつかの態様では、試料は、療法、例えば、免疫療法または細胞療法の投与の開始前、0、1、2、3、4、5、6、9、12、18もしくは24時間、または2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、14、21、28日間またはそれより長い時間内に、または約0、1、2、3、4、5、6、9、12、18もしくは24時間、または2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、14、21、28日間またはそれより長い時間内に、または約0、1、2、3、4、5、6、9、12、18もしくは24時間、または2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、14、21、28日間またはそれより長い時間の時点に収集される。
いくつかの態様では、試料は、療法、例えば、免疫療法または細胞療法による処置または投与に続いて、採取される、収集されるおよび/または得られる。本明細書に記載の方法、キットおよび製造品に従って、療法を受けた後の臨床成果（例えば、CR、PRまたはPD）と関連するおよび/または相関する1つまたは複数の遺伝子産物について、試料を評価することができる。免疫療法または細胞療法を受けた後に対象から収集または得られた試料中の発現に基づく臨床成果の可能性および/または確率と関連するおよび/または相関する例示的な遺伝子産物は、1つまたは複数の生存促進性遺伝子（すなわち、該遺伝子は、抗アポトーシス効果を有する）、例えばmycファミリー遺伝子（c-myc、l-mycおよびn-myc）、p53、およびEZH2を含む。いくつかの態様では、試料は、療法の投与の開始後、0、1、2、3、4、5、6、9、12、18もしくは24時間、または2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、14、21、28日間またはそれより長い時間内に、または約0、1、2、3、4、5、6、9、12、18もしくは24時間、または2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、14、21、28日間またはそれより長い時間内に、または約0、1、2、3、4、5、6、9、12、18もしくは24時間、または2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、14、21、28日間またはそれより長い時間の時点に対象から収集される、採取されるおよび/または得られる。いくつかの局面では、試料は、対象が療法の投与後にCR、PR、NR/SD、SDおよび/またはPDなどの応答の兆候または症状を示す前に、収集される。
いくつかの態様では、試料は、病態または疾患を有するまたは有する疑いがある対象から、採取される、収集されるおよび/または得られる。いくつかの態様では、対象は、がんまたは増殖性疾患を有するまたは有する疑いがある。特定の態様では、対象は、抗原に関連するおよび/または該抗原を発現する疾患細胞に関連する疾患または病態を有するか、疾患または病態を有する疑いがある。いくつかの態様では、疾患または病態、例えば、がんまたは増殖性障害は、αvβ6インテグリン（avb6インテグリン）、B細胞成熟抗原（BCMA）、B7-H3、B7-H6、炭酸脱水素酵素9（CA9、CAIXまたはG250としても公知）、がん精巣抗原、がん/精巣抗原1B（CTAG、NY-ESO-1およびLAGE-2としても公知）、がん胎児抗原（CEA）、サイクリン、サイクリンA2、C-Cモチーフケモカインリガンド1（CCL-1）、CD19、CD20、CD22、CD23、CD24、CD30、CD33、CD38、CD44、CD44v6、CD44v7/8、CD123、CD133、CD138、CD171、サイクリン依存性キナーゼ4（CDK4）、コンドロイチン硫酸プロテオグリカン4（CSPG4）、上皮成長因子タンパク質（EGFR）、III型上皮成長因子受容体変異（EGFR vIII）、上皮糖タンパク質2（EPG-2）、上皮糖タンパク質40（EPG-40）、エフリンB2、エフリン受容体A2（EPHa2）、エストロゲン受容体、zesteホモログ2エンハンサー（EZH2）、Fc受容体様5（FCRL5；Fc受容体ホモログ5またはFCRH5としても公知）、胎児アセチルコリン受容体（胎児AchR）、葉酸結合タンパク質（FBP）、葉酸受容体アルファ、ガングリオシドGD2、O-アセチル化GD2（OGD2）、ガングリオシドGD3、糖タンパク質100（gp100）、グリピカン-3（GPC3）、Gタンパク質共役受容体5D（GPRC5D）、Her2/neu（受容体型チロシンキナーゼerbB2）、Her3（erb-B3）、Her4（erb-B4）、erbB二量体、ヒト高分子量黒色腫関連抗原（HMW-MAA）、B型肝炎表面抗原、ヒト白血球抗原A1（HLA-A1）、ヒト白血球抗原A2（HLA-A2）、IL-22受容体アルファ(IL-22Rα）、IL-13受容体アルファ2（IL-13Rα2）、キナーゼ挿入ドメイン受容体（kdr）、カッパ軽鎖、L1細胞接着分子（L1CAM）、L1-CAMのCE7エピトープ、ロイシンリッチリピート含有8ファミリーメンバーA（LRRC8A）、ルイスY、黒色腫関連抗原（MAGE)-A1、MAGE-A3、MAGE-A6、MAGE-A10、メソセリン（MSLN）、c-Met、マウスサイトメガロウイルス（CMV）、ムチン1（MUC1）、MUC16、ナチュラルキラーグループ2メンバーD（NKG2D）リガンド、melan A（MART-1）、神経細胞接着分子（NCAM）、腫瘍胎児抗原、黒色腫優先発現抗原（PRAME）、プロゲステロン受容体、前立腺特異抗原、前立腺幹細胞抗原（PSCA）、前立腺特異膜抗原（PSMA）、受容体型チロシンキナーゼ様オーファン受容体1（ROR1）、サバイビン、栄養膜糖タンパク質（TPBG、5T4としても公知）、腫瘍関連糖タンパク質72（TAG72）、チロシナーゼ関連タンパク質1（TRP1、TYRP1またはgp75としても公知）、チロシナーゼ関連タンパク質2（TRP2、ドパクロムトートメラーゼ、ドパクロムデルタイソメラーゼまたはDCTとしても公知）、血管内皮成長因子受容体（VEGFR）、血管内皮成長因子受容体2（VEGFR2）、ウィルムス腫瘍1（WT-1）、および/または病原体特異的もしくは病原体発現抗原に関連する。いくつかの態様では、抗原は、ウイルス抗原（例えば、HIV、HCV、HBVなど由来のウイルス抗原）、細菌抗原、および/または寄生虫抗原である。ある特定の態様では、対象は、CD19に関連するおよび/またはCD19を発現する疾患細胞に関連する疾患または病態を有するか、疾患または病態を有する疑いがある。ある特定の態様では、対象は、生存促進性BCL2ファミリータンパク質に関連するおよび/または生存促進性BCL2ファミリータンパク質を発現する疾患細胞に関連する疾患または病態を有するか、疾患または病態を有する疑いがある。ある特定の態様では、対象は、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の過剰発現に関連するおよび/または生存促進性BCL2ファミリータンパク質を過剰発現する疾患細胞に関連する疾患または病態を有するか、疾患または病態を有する疑いがある。
いくつかの態様では、試料は、B細胞悪性腫瘍または血液悪性腫瘍であるがんまたは増殖性疾患を有するまたは有する疑いがある対象から、採取される、収集されるおよび/または得られる。いくつかの態様では、がんまたは増殖性疾患は、骨髄腫、例えば、多発性骨髄腫（MM）、リンパ腫または白血病、リンパ芽球性白血病（ALL）、非ホジキンリンパ腫（NHL）、慢性リンパ性白血病（CLL）、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫（DLBCL）、濾胞性リンパ腫（FL）および/または急性骨髄性白血病（AML）である。いくつかの態様では、がんまたは増殖性疾患は、慢性リンパ性白血病（CLL）である。いくつかの態様では、がんまたは増殖性疾患は、小リンパ球性リンパ腫（SLL）である。いくつかの態様では、がんまたは増殖性障害は、NHLである。いくつかの態様では、対象は、NHLを有するまたは有する疑いがある。いくつかの態様では、NHLは、DLBCLである。いくつかの態様では、NHLは、DLBCLの胚中心B細胞様（GCB）サブタイプである。いくつかの態様では、NHLは、DLBCLの活性化B細胞（ABC）サブタイプではない。いくつかの態様では、NHLは、成人DLBCLである。特定の態様では、NHLは、FLである。特定の態様では、NHLは、SLLである。特定の態様では、NHLは、小児FLである。
ある特定の態様では、試料は、生体試料である。ある特定の態様では、試料は、組織試料である。特定の態様では、試料は、疾患または病態に罹患しているまたは罹患している疑いがある組織であるかまたはそれを含む。いくつかの態様では、試料は、がんまたは増殖性疾患に罹患しているまたは罹患している疑いがある組織であるかまたはそれを含む。いくつかの態様では、試料は、生検である。
ある特定の態様では、試料は、腫瘍を有するまたは有する疑いがある組織から収集される。特定の態様では、試料は、腫瘍および/または腫瘍微小環境であるかまたはそれを含む。特定の態様では、腫瘍は、前がん性またはがん性であるか、がん性または前がん性である疑いがある。ある特定の態様では、腫瘍は、原発腫瘍であり、すなわち、腫瘍は、病変が最初に発生または出現した解剖学的部位に見いだされる。いくつかの態様では、腫瘍は、二次性腫瘍、例えば、身体の異なる部位内に位置する原発腫瘍内の細胞から生じたがん性腫瘍である。いくつかの態様では、試料は、がん細胞および/または腫瘍細胞である1つまたは複数の細胞を含有する。
特定の態様では、試料は、非血液がん、例えば、固形腫瘍に関連するかそれによって引き起こされるまたはそれに関連するかそれによって引き起こされる疑いがある、病変および/または腫瘍から収集される。いくつかの態様では、腫瘍は、膀胱、肺、脳、黒色腫（例えば、小細胞肺、黒色腫）、乳房、子宮頸部、卵巣、大腸、膵臓、子宮内膜、食道、腎臓、肝臓、前立腺、皮膚、甲状腺、リンパ節、または子宮のがんに関連するかそれによって引き起こされる、またはそれに関連するかそれによって引き起こされる疑いがある。いくつかの態様では、病変は、膵臓がん、膀胱がん、大腸がん、乳がん、前立腺がん、腎がん、肝細胞がん、肺がん、卵巣がん、子宮頸部がん、膵臓がん、直腸がん、甲状腺がん、子宮がん、胃がん、食道がん、頭頸部がん、黒色腫、神経内分泌がん、CNSがん、脳腫瘍、骨がん、または軟組織肉腫に関連するかそれによって引き起こされる。ある特定の態様では、試料は、リンパ節組織、例えば、リンパ節生検を含有する。ある特定の態様では、試料は、1つまたは複数のがん細胞を含有する。いくつかの態様では、試料は、がん性である疑いがある1つまたは複数の細胞を含有する。
いくつかの態様では、試料は、B細胞悪性腫瘍または血液悪性腫瘍に関連するかそれによって引き起こされる病変または腫瘍から収集される。いくつかの態様では、病変または腫瘍は、骨髄腫、例えば、多発性骨髄腫（MM）、リンパ腫または白血病、リンパ芽球性白血病（ALL）、非ホジキンリンパ腫（NHL）、慢性リンパ性白血病（CLL）、および/または急性骨髄性白血病（AML）に関連する。いくつかの態様では、病変または腫瘍は、CLLに関連する。いくつかの態様では、病変または腫瘍は、NHL、例えば、DLBCLまたはFLに関連するかそれによって引き起こされる。いくつかの態様では、病変または腫瘍は、小リンパ球性リンパ腫（SLL）に関連するかそれによって引き起こされる。いくつかの態様では、病変または腫瘍は、DLBCLである。いくつかの態様では、病変または腫瘍は、FLである。いくつかの態様では、病変または腫瘍は、SLLである。
いくつかの態様では、試料は、組織試料、例えば、組織生検である。特定の態様では、試料は、結合組織、筋組織、神経組織または上皮組織から得られる、収集されるまたは採取される。ある特定の態様では、病変は、心臓、血管系、唾液腺、食道、胃、肝臓、胆嚢、膵臓、腸、結腸、直腸、視床下部、下垂体、松果腺、甲状腺、副甲状腺、副腎、腎臓、尿管、膀胱、乳房、尿道、リンパ系、皮膚、筋肉、脳、脊髄、神経、卵巣、子宮、精巣、前立腺、咽頭、喉頭、気管、気管支、肺、横隔膜、骨、軟骨、靱帯、または腱上に存在する。特定の態様では、試料は、骨髄から得られる、収集されるまたは採取される。いくつかの態様では、試料は、骨髄穿刺液である。
いくつかの態様では、試料は、対象由来の体液である。いくつかの態様では、試料は、血液、血清、血漿または尿試料である。いくつかの態様では、試料は、血漿試料である。
特定の態様では、試料は、療法、例えば、細胞療法または免疫療法を含有しない。特定の態様では、試料は、細胞療法のいかなる細胞、例えば、操作された細胞も含有しない。特定の態様では、療法は、T細胞療法を含み、試料は、療法のいかなる操作されたT細胞および/またはいかなるT細胞も含有しない。特定の態様では、試料は、組換え受容体、例えば、CARを発現するいかなる操作された細胞も含有しない。いくつかの態様では、試料は、CARを発現する細胞を含有しない。
提供される態様のいずれかでは、試料は、NHLを有する対象またはNHLを有する可能性が高いかそれを有する疑いがある対象に由来する骨髄穿刺液であり、遺伝子産物は、ポリヌクレオチド、例えば、RNA、例えば、mRNAである。提供される態様のいずれかでは、試料は、NHLを有する対象またはNHLを有する可能性が高いかそれを有する疑いがある対象に由来する骨髄穿刺液であり、遺伝子産物はタンパク質である。提供される態様のいずれかでは、試料は、DLBCLを有する対象またはDLBCLを有する可能性が高いかそれを有する疑いがある対象に由来する骨髄穿刺液であり、遺伝子産物は、ポリヌクレオチド、例えば、RNA、例えば、mRNAである。提供される態様のいずれかでは、試料は、DLBCLを有する対象またはDLBCLを有する可能性が高いかそれを有する疑いがある対象に由来する骨髄穿刺液であり、遺伝子産物はタンパク質である。提供される態様のいずれかでは、試料は、FLを有する対象またはFLを有する可能性が高いかそれを有する疑いがある対象に由来する骨髄穿刺液であり、遺伝子産物は、ポリヌクレオチド、例えば、RNA、例えば、mRNAである。提供される態様のいずれかでは、試料は、FLを有する対象またはFLを有する可能性が高いかそれを有する疑いがある対象に由来する骨髄穿刺液であり、遺伝子産物はタンパク質である。提供される態様のいずれかでは、試料は、SLLを有する対象またはSLLを有する可能性が高いかそれを有する疑いがある対象に由来する骨髄穿刺液であり、遺伝子産物は、ポリヌクレオチド、例えば、RNA、例えば、mRNAである。提供される態様のいずれかでは、試料は、SLLを有する対象またはSLLを有する可能性が高いかそれを有する疑いがある対象に由来する骨髄穿刺液であり、遺伝子産物はタンパク質である。
提供される態様のいずれかでは、試料は、白血病を有する対象または白血病を有する可能性が高いかそれを有する疑いがある対象に由来する骨髄穿刺液であり、遺伝子産物は、ポリヌクレオチド、例えば、RNA、例えば、mRNAである。提供される態様のいずれかでは、試料は、白血病を有する対象または白血病を有する可能性が高いかそれを有する疑いがある対象に由来する骨髄穿刺液であり、遺伝子産物はタンパク質である。提供される態様のいずれかでは、試料は、CLLを有する対象またはCLLを有する可能性が高いかそれを有する疑いがある対象に由来する骨髄穿刺液であり、遺伝子産物は、ポリヌクレオチド、例えば、RNA、例えば、mRNAである。提供される態様のいずれかでは、試料は、CLLを有する対象またはCLLを有する可能性が高いかそれを有する疑いがある対象に由来する骨髄穿刺液であり、遺伝子産物はタンパク質である。
提供される態様のいずれかでは、試料は、NHLを有する対象またはNHLを有する可能性が高いかそれを有する疑いがある対象に由来するリンパ節生検であり、遺伝子産物は、ポリヌクレオチド、例えば、RNA、例えば、mRNAである。提供される態様のいずれかでは、試料は、NHLを有する対象またはNHLを有する可能性が高いかそれを有する疑いがある対象に由来するリンパ節生検であり、遺伝子産物はタンパク質である。提供される態様のいずれかでは、試料は、DLBCLを有する対象またはDLBCLを有する可能性が高いかそれを有する疑いがある対象に由来するリンパ節生検であり、遺伝子産物は、ポリヌクレオチド、例えば、RNA、例えば、mRNAである。提供される態様のいずれかでは、試料は、DLBCLを有する対象またはDLBCLを有する可能性が高いかそれを有する疑いがある対象に由来するリンパ節生検であり、遺伝子産物はタンパク質である。提供される態様のいずれかでは、試料は、FLを有する対象またはFLを有する可能性が高いかそれを有する疑いがある対象に由来するリンパ節生検であり、遺伝子産物は、ポリヌクレオチド、例えば、RNA、例えば、mRNAである。提供される態様のいずれかでは、試料は、FLを有する対象またはFLを有する可能性が高いかそれを有する疑いがある対象に由来するリンパ節生検であり、遺伝子産物はタンパク質である。提供される態様のいずれかでは、試料は、SLLを有する対象またはSLLを有する可能性が高いかそれを有する疑いがある対象に由来するリンパ節生検であり、遺伝子産物は、ポリヌクレオチド、例えば、RNA、例えば、mRNAである。提供される態様のいずれかでは、試料は、SLLを有する対象またはSLLを有する可能性が高いかそれを有する疑いがある対象に由来するリンパ節生検であり、遺伝子産物はタンパク質である。
提供される態様のいずれかでは、試料は、白血病を有する対象または白血病を有する可能性が高いかそれを有する疑いがある対象に由来するリンパ節生検であり、遺伝子産物は、ポリヌクレオチド、例えば、RNA、例えば、mRNAである。提供される態様のいずれかでは、試料は、白血病を有する対象または白血病を有する可能性が高いかそれを有する疑いがある対象に由来するリンパ節生検であり、遺伝子産物はタンパク質である。提供される態様のいずれかでは、試料は、CLLを有する対象またはCLLを有する可能性が高いかそれを有する疑いがある対象に由来するリンパ節生検であり、遺伝子産物は、ポリヌクレオチド、例えば、RNA、例えば、mRNAである。提供される態様のいずれかでは、試料は、CLLを有する対象またはCLLを有する可能性が高いかそれを有する疑いがある対象に由来するリンパ節生検であり、遺伝子産物はタンパク質である。
提供される態様のいずれかでは、試料は、NHLを有する対象またはNHLを有する可能性が高いかそれを有する疑いがある対象に由来する体液試料であり、遺伝子産物はタンパク質である。提供される態様のいずれかでは、試料は、NHLを有する対象またはNHLを有する可能性が高いかそれを有する疑いがある対象に由来する体液試料であり、遺伝子産物はポリヌクレオチドである。提供される態様のいずれかでは、試料は、DLBCLを有する対象またはDLBCLを有する可能性が高いかそれを有する疑いがある対象に由来する体液試料であり、遺伝子産物はタンパク質である。提供される態様のいずれかでは、試料は、DLBCLを有する対象またはDLBCLを有する可能性が高いかそれを有する疑いがある対象に由来する体液試料であり、遺伝子産物はポリヌクレオチドである。提供される態様のいずれかでは、試料は、FLを有する対象またはFLを有する可能性が高いかそれを有する疑いがある対象に由来する体液試料であり、遺伝子産物はタンパク質である。提供される態様のいずれかでは、試料は、FLを有する対象またはFLを有する可能性が高いかそれを有する疑いがある対象に由来する体液試料であり、遺伝子産物はポリヌクレオチドである。提供される態様のいずれかでは、試料は、SLLを有する対象またはSLLを有する可能性が高いかそれを有する疑いがある対象に由来する体液試料であり、遺伝子産物はタンパク質である。提供される態様のいずれかでは、試料は、SLLを有する対象またはSLLを有する可能性が高いかそれを有する疑いがある対象に由来する体液試料であり、遺伝子産物はポリヌクレオチドである。いくつかの態様では、体液試料は、血漿試料である。いくつかの態様では、体液試料は、血液試料である。
提供される態様のいずれかでは、試料は、白血病を有する対象または白血病を有する可能性が高いかそれを有する疑いがある対象に由来する体液試料であり、遺伝子産物はタンパク質である。提供される態様のいずれかでは、試料は、白血病を有する対象または白血病を有する可能性が高いかそれを有する疑いがある対象に由来する体液試料であり、遺伝子産物はポリヌクレオチドである。提供される態様のいずれかでは、試料は、CLLを有する対象またはCLLを有する可能性が高いかそれを有する疑いがある対象に由来する体液試料であり、遺伝子産物はタンパク質である。提供される態様のいずれかでは、試料は、CLLを有する対象またはCLLLを有する可能性が高いかそれを有する疑いがある対象に由来する体液試料であり、遺伝子産物はポリヌクレオチドである。いくつかの態様では、体液試料は、血漿試料である。いくつかの態様では、体液試料は、血液試料である。
B. 遺伝子発現または遺伝子産物の測定または評価
ある特定の態様では、本明細書に提供される方法は、試料中の1つまたは複数の遺伝子の発現を評価、測定、判定および/または定量する1つまたは複数の工程を含む。いくつかの態様では、遺伝子、例えば、臨床成果と正にまたは負に相関する発現を有する遺伝子の発現は、試料中の遺伝子産物のレベル、量または濃度を評価、測定、判定および/または定量することであるかまたはそれを含む。いくつかの態様では、遺伝子発現は、遺伝子の情報が遺伝子産物の合成に使用されるプロセスであるかまたはそれを含む。したがって、いくつかの態様では、遺伝子産物は、遺伝子によってコードされる情報でアセンブル、生成および/または合成される任意の生体分子であり、ポリヌクレオチドおよび/またはポリペプチドを含み得る。特定の態様では、遺伝子発現を評価、測定および/または判定することは、遺伝子産物のレベル、量または濃度を判定または測定することであるかまたはそれを含む。ある特定の態様では、遺伝子産物のレベル、量または濃度は、変換（例えば、正規化）されても、直接分析（例えば、生）されてもよい。いくつかの態様では、遺伝子産物は、該遺伝子によってコードされるタンパク質である。ある特定の態様では、遺伝子産物は、該遺伝子によってコードされるポリヌクレオチド、例えば、mRNAまたはタンパク質である。
いくつかの態様では、遺伝子産物は、該遺伝子によって発現されるおよび/または該遺伝子によってコードされるポリヌクレオチドである。ある特定の態様では、ポリヌクレオチドは、RNAである。いくつかの態様では、遺伝子産物は、メッセンジャーRNA（mRNA）、トランスファーRNA（tRNA）、リボソームRNA、核内低分子RNA、核小体低分子RNA、アンチセンスRNA、長鎖非コードRNA、マイクロRNA、Piwi干渉RNA、低分子干渉RNA、および/または小ヘアピンRNAである。特定の態様では、遺伝子産物は、mRNAである。
特定の態様では、試料中のポリヌクレオチドの量またはレベルは、当技術分野において公知の任意の適切な手段によって評価、測定、判定および/または定量され得る。例えば、いくつかの態様では、ポリヌクレオチド遺伝子産物の量またはレベルは、以下によって評価、測定、判定および/または定量することができる：逆転写酵素（rt）PCR、ドロップレットデジタルPCR、リアルタイムおよび定量的PCR（qPCR）法を含むポリメラーゼ連鎖反応（PCR）（例えば、TAQMAN（登録商標）、モレキュラービーコン、LIGHTUP（商標）、SCORPION（商標）、SIMPLEPROBES（登録商標）を含む；例えば、米国特許第5,538,848号；第5,925,517号；第6,174,670号；第6,329,144号；第6,326,145号および第6,635,427号を参照のこと）；ノーザンブロッティング；サザンブロッティング（例えば、逆転写産物および誘導体の）；アレイに基づく方法（ブロットアレイ、マイクロアレイ、またはインサイチュー合成アレイを含む）；ならびにシーケンシング法、例えば、合成時解読法（sequencing by synthesis）、パイロシーケンシング法、ジデオキシシーケンシング法もしくはライゲーションによるシーケンシング法（sequencing by ligation）、または当技術分野において公知の任意の他の方法、例えば、HELICOS（登録商標）、ROCHE（登録商標）454、ILLUMINA（登録商標）/SOLEXA（登録商標）、ABI SOLiD（登録商標）、およびPOLONATOR（登録商標）シーケンシング法のような特殊なプラットフォームを含め、Shendure et al., Nat. Rev. Genet. 5:335-44 (2004)またはNowrousian, Euk. Cell 9(9): 1300-1310 (2010)において議論されているもの。特定の態様では、核酸遺伝子産物のレベルは、qRT-PCRなどの定量的PCR（qPCR）法によって測定される。いくつかの態様では、qRT-PCRは、各遺伝子について3つの核酸セットを使用し、ここで、3つの核酸は、プライマー対を、プライマーが結合する標的核酸の領域間で結合するプローブと一緒に含む（TAQMAN（登録商標）アッセイとして商用上知られている）。
特定の態様では、RNA遺伝子産物の量またはレベルを評価、測定、判定および/または定量することは、RNA遺伝子産物からcDNAポリヌクレオチドおよび/またはcDNAオリゴヌクレオチドを生成、重合および/または誘導する工程を含む。ある特定の態様では、RNA遺伝子産物は、RNA遺伝子産物から誘導されるcDNAポリヌクレオチドおよび/またはcDNAオリゴヌクレオチドを直接評価、測定、判定および/または定量することによって、評価、測定、判定および/または定量される。
いくつかの態様では、RNA遺伝子産物のレベル、量または濃度を評価、測定、判定および/または定量するために、1つまたは複数のオリゴヌクレオチドプライマーが、RNA遺伝子産物および/またはRNA遺伝子産物から誘導されるcDNAポリヌクレオチドもしくはオリゴヌクレオチドに接触させられる。いくつかの態様では、RNA遺伝子産物（またはそれらから誘導されるcDNA）のレベル、量または濃度を評価、測定、検出および/または定量するのに適したオリゴヌクレオチドプライマーが本明細書に提供される。ある特定の態様では、オリゴヌクレオチドプライマーは、RNA遺伝子産物および/またはそれらから誘導されるcDNAにハイブリダイズするおよび/またはハイブリダイズ可能である。ある特定の態様では、オリゴヌクレオチドは、1つまたは複数の生存促進性遺伝子（すなわち、該遺伝子は、抗アポトーシス効果を付与する）、例えばmycファミリー遺伝子（c-myc、l-mycおよびn-myc）、p53、およびEZH2によって発現されるおよび/またはコードされるRNA遺伝子産物、またはそれらから誘導されるcDNAにハイブリダイズするおよび/またはハイブリダイズ可能である。いくつかの態様では、1つまたは複数の生存促進性遺伝子（すなわち、該遺伝子は、抗アポトーシス効果を付与する）、例えばmycファミリー遺伝子（c-myc、l-mycおよびn-myc）、p53、およびEZH2によってコードされる、または本出願の任意の場所に記載されているRNA遺伝子産物のいずれかに対して、オリゴヌクレオチドプライマーのセットを調製してもよい。いくつかの態様では、所与のRNA遺伝子産物に特異的なプライマーに到達するために、分子生物学分野の通常の技能を使用してオリゴヌクレオチドプライマーを容易に設計することができる。いくつかの態様では、オリゴヌクレオチドプライマーは、約10～100ヌクレオチド長、例えば、約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、35、40、45、50、55、60、70、80、90、100ヌクレオチドまたはそれ以上を有し、所望の融解温度（「Tm」；例えば、約45～72℃、例えば、約45、50、55、60、65、70、72℃またはそれ以上）および特異性を達成するためにプライマーの配列を容易に調整することができる。当業者であれば、二次構造、プライマー二量体、塩濃度、核酸濃度などの要因の把握は容易であろう。本明細書に提供されるオリゴヌクレオチドプライマーは、天然に存在するデオキシリボヌクレオチドからなり得る（または本質的になり得る）か、任意で、非天然ヌクレオチド、人工骨格（PNAなど）および検出可能標識、例えば蛍光標識などの修飾を含み得る。特定の態様では、蛍光標識は、オリゴヌクレオチドプライマーに付着される、例えば、共有結合により付着される。
特定の態様では、遺伝子の2つ以上の発現が同時に測定または評価される。ある特定の態様では、マルチプレックスPCR、例えば、マルチプレックスrt-PCRは、2つ以上の遺伝子産物のレベル、量または濃度を評価し、または、マルチプレックス定量的PCR（qPCR）は、それらを測定、判定および/または定量する。いくつかの態様では、マイクロアレイ（例えば、AFFYMETRIX（登録商標）、AGILENT（登録商標）およびILLUMINA（登録商標）-スタイルアレイ）が、2つ以上の遺伝子産物のレベル、量または濃度を評価、測定、判定および/または定量するために使用される。いくつかの態様では、マイクロアレイが、RNA遺伝子産物から誘導されるcDNAポリヌクレオチドのレベル、量または濃度を評価、測定、判定および/または定量するために使用される。
いくつかの態様では、1つまたは複数の遺伝子産物、例えば、ポリヌクレオチド遺伝子産物の発現は、遺伝子産物をシーケンシングすることによって、および/または遺伝子産物から誘導されるcDNAポリヌクレオチドをシーケンシングすることによって判定される。いくつかの態様では、シーケンシングは、非サンガーシーケンシング法および/または次世代シーケンシング（NGS）技術によって実施される。次世代シーケンシング技術の例は、超並列シグネチャーシーケンシング（MPSS）、Polonyシーケンシング、パイロシーケンシング、リバーシブル・ダイ・ターミネーター・シーケンシング、SOLiDシーケンシング、イオン半導体シーケンシング、DNAナノボールシーケンシング、Helioscope単分子シーケンシング、単分子リアルタイム（SMRT）シーケンシング、単分子リアルタイム（RNAP）シーケンシング、およびナノポアDNAシーケンシングを含むが、それらに限定されない。
いくつかの態様では、NGS技術は、RNAシーケンシング（RNA-Seq）である。特定の態様では、1つまたは複数のポリヌクレオチド遺伝子産物の発現は、RNA-Seqによって測定、判定および/または定量される。全トランスクリプトームショットガンシーケンシングとも呼ばれるRNA-Seqは、試料中のRNAの存在および量を判定する。RNAシーケンシング法は、最も一般的なDNAシーケンシングプラットフォーム［HiSeqシステム（Illumina）、454 Genome Sequencer FLX System（Roche）、Applied Biosystems SOLiD（Life Technologies）、IonTorrent（Life Technologies）］に適応されている。これらのプラットフォームは、RNAからcDNAへの初期逆転写を必要とする。反対に、単分子シーケンサーHeliScope（Helicos BioSciences）は、シーケンシングの鋳型としてRNAを使用することができる。PacBio RSプラットフォームにおける直接RNAシーケンシングについての原理証明もまた実証されている（Pacific Bioscience）。いくつかの態様では、1つまたは複数のRNA遺伝子産物は、RNA-seqによって評価、測定、判定および/または定量される。
いくつかの態様では、RNA-seqは、タグベースのRNA-seqである。タグベースの方法では、各転写物は、固有のタグによって表される。当初、タグベースのアプローチは、タグ（カウント）の数がmRNA分子の存在量に直接対応すると仮定し、転写物存在量を測定して差次的に発現された遺伝子を特定する配列ベースの方法として開発された。明確な領域をシーケンシングすることによって得られる試料の複雑性の低下は、サンガーベースの方法を利用し易くするのに不可欠であった。NGS技術が利用可能になると、生成され得る多数のリードは、差次的遺伝子発現の分析を容易にした。ショットガン法に関して観察されるような遺伝子発現レベルの定量における転写物長の偏りは、タグベースの方法において遭遇することはない。すべてのタグベースの方法は、その名のとおり鎖特異的である。特定の態様では、1つまたは複数のRNA遺伝子産物は、タグベースのRNA-seqによって評価、測定、判定および/または定量される。
いくつかの態様では、RNA-seqは、ショットガンRNA-seqである。ショットガンRNA-seqに関して多数のプロトコルが記載されているが、これらは共通して多くの工程を有する：断片化（RNAレベルまたはcDNAレベルで行われ得る）、RNAからcDNAへの変換（オリゴdTまたはランダムプライマーによって実施される）、第2鎖合成、3’および5’末端でのアダプター配列のライゲーション（RNAまたはDNAレベルでの）および最終増幅。いくつかの態様では、RNA-seqは、ポリ(A)+ RNAが断片化の前に選択された場合には、ポリアデニル化RNA分子（主にmRNAであるが、一部、lncRNA、snoRNA、偽遺伝子およびヒストンも）にのみ焦点を合わせることができ、または選択が実施されない場合には非ポリアデニル化RNAを含んでもよい。後者の場合、リボソームRNA（総RNAプールの80％超）が断片化の前に枯渇される必要がある。それゆえ、トランスクリプトームのmRNA部分の捕捉に差があれば、検出される転写物のタイプに部分的な重なりが生じることは明らかである。さらに、異なるプロトコルは、配列決定されたリードの存在量および分布に影響を及ぼし得る。これは、異なるライブラリー調製プロトコルを用いた実験結果の比較を困難にする。
いくつかの態様では、各試料、例えば各リンパ節生検試料からRNAを得て、断片化し、これを使用して、シーケンシングのための相補的DNA（cDNA）試料、例えばcDNAライブラリーを生成する。リードを処理してヒトゲノムにアラインしてもよく、遺伝子/アイソフォーム当たりの予想されるマッピング数を推定し、これを使用してリードカウントを決定する。いくつかの態様では、リードカウントを、遺伝子/アイソフォームの長さおよびライブラリー中のリードの数によって正規化し、正規化されたFPKM（例えば、遺伝子/アイソフォームの長さおよびライブラリー中のリードによって）を得ると、遺伝子長および総マップリードに従って100万マップリード当たりのエクソンのキロベース当たりのフラグメント（FPKM）が得られる。いくつかの局面では、試料間正規化は、75th分位正規化などの正規化によって達成され、ここで、各試料は、全試料からの75th分位の中央値によってスケーリングされ、例えば、分位正規化FPKM（FPKQ）値が得られる。FPKQ値は、対数変換（log2）してもよい。
いくつかの態様では、ヌクレオチドアプタマーを伴う技術および方法が、ポリヌクレオチド遺伝子産物のレベル、量または濃度を測定、評価、定量および/または判定するために使用される。適切なヌクレオチドアプタマーは、公知であり、Cox and Ellington, Bioorganic & Medicinal Chemistry. (2001) 9 (10): 2525-2531；Cox et al., Combinatorial Chemistry & High Throughput Screening. (2002) 5 (4): 289-29；Cox et al., Nucleic Acids Research. (2002) 30(20): e108に記載されているものを含む。
いくつかの態様では、RNA-seqは、トータルRNA、例えば、試料のトータルRNAをシーケンシングするために実施される。特定の態様では、RNA-seqは、mRNA、tRNA、リボソームRNA、核内低分子RNA、核小体低分子RNA、アンチセンスRNA、長鎖非コードRNA、マイクロRNA、Piwi干渉RNA、低分子干渉RNAおよび/または小ヘアピンRNAの1つまたは複数をシーケンシングするために実施される。ある特定の態様では、RNA-seqは、mRNA、tRNA、リボソームRNA、核内低分子RNA、核小体低分子RNA、アンチセンスRNA、長鎖非コードRNA、マイクロRNA、Piwi干渉RNA、低分子干渉RNAおよび/または小ヘアピンRNAのみをシーケンシングするために実施される。特定の態様では、RNA-seqは、mRNA遺伝子産物をシーケンシングするために実施される。
いくつかの態様では、遺伝子産物は、該遺伝子によってコードされるおよび/またはそれによって発現される、タンパク質、すなわち、ポリペプチドであるかまたはそれを含む。特定の態様では、遺伝子産物は、細胞の表面に局在するおよび/または発現されるタンパク質をコードする。いくつかの態様では、タンパク質は、可溶性タンパク質である。ある特定の態様では、タンパク質は、細胞によって分泌される。
特定の態様では、遺伝子発現は、該遺伝子によってコードされるタンパク質の量、レベルおよび/または濃度である。ある特定の態様では、1つまたは複数のタンパク質遺伝子産物は、当技術分野において公知の任意の適切な手段によって測定される。1つまたは複数のタンパク質遺伝子産物のレベル、量または濃度を評価、測定、判定および/または定量するための適切な方法は、イムノアッセイ、核酸ベースまたはタンパク質ベースのアプタマー技術、HPLC（高精度液体クロマトグラフィー）、ペプチドシーケンシング（任意でHPLCに接続された、Edman分解シーケンシングまたは質量分析法（MS/MSなど）など）、および前述のいずれかのマイクロアレイ適応（核酸、抗体またはタンパク質-タンパク質（すなわち、非抗体）アレイを含む）による検出を含むが、それらに限定されない。いくつかの態様では、イムノアッセイは、タンパク質を免疫反応に基づいて、例えば、抗体または抗原結合抗体断片の遺伝子産物への結合を検出することによって検出する方法またはアッセイであるかまたはそれを含む。イムノアッセイは、定量的免疫細胞化学または免疫組織化学、ELISA（直接的、間接的、サンドイッチ、競合的、マルチプルおよびポータブルELISAを含む（例えば、米国特許第7,510,687号を参照のこと））、ウェスタンブロッティング（1、2またはより高次元ブロッティングまたは他のクロマトグラフ手段を含む、任意でペプチドシーケンシングを含む）、酵素イムノアッセイ（EIA）、RIA（ラジオイムノアッセイ）、およびSPR（表面プラズモン共鳴）を含むが、それらに限定されない。
いくつかの態様では、遺伝子発現産物は、タンパク質である。特定の態様では、遺伝子発現産物は、タンパク質、例えば、1つまたは複数の生存促進性遺伝子（すなわち、該遺伝子は、抗アポトーシス効果を付与する）、例えばmycファミリー遺伝子（c-myc、l-mycおよびn-myc）、p53、およびEZH2によってコードされるタンパク質の画分、部分、バリアント、バージョンおよび/またはアイソフォームである。特定の態様では、タンパク質の画分、部分、バリアント、バージョンおよび/またはアイソフォームは、可溶性である。いくつかの態様では、タンパク質の画分、部分、バリアント、バージョンおよび/またはアイソフォームは、膜貫通ドメインを欠いている。ある特定の態様では、タンパク質の画分、部分、バリアント、バージョンおよび/またはアイソフォームは、細胞の表面上またはその内部に発現されない。いくつかの態様では、タンパク質の画分、部分、バリアント、バージョンおよび/またはアイソフォームは、細胞の表面から切断されている。
本明細書に提供される方法、キットおよび組成物の実施はまた、従来の生物学方法、ソフトウェアおよびシステムを利用してもよい。例えば、生存促進性遺伝子（すなわち、該遺伝子は、抗アポトーシス効果を付与する）の1つまたは複数、例えばmycファミリー遺伝子（c-myc、l-mycおよびn-myc）、p53、およびEZH2の転写物または部分転写物の発現レベルを測定する手段；その発現レベルと、療法の投与後および/またはそれに関連した確率および/または可能性（例えば、臨床成果、例えば、CR、PRまたはPDの）の分類と相関させる手段；ならびに確率および/または可能性を出力する手段は、本明細書に記載されるまたは他の知られているような従来の生物学方法、ソフトウェアおよびシステムを利用してもよい。提供される方法、組成物およびキットと共に使用するためのコンピュータソフトウェア製品は、典型的には、本発明の方法の論理ステップを実施するためのコンピュータ実行命令を有するコンピュータ可読媒体を含む。適切なコンピュータ可読媒体は、フロッピーディスク、CD-ROM/DVD/DVD-ROM、ハードディスクドライブ、フラッシュメモリ、ROM/RAM、磁気テープなどを含む。コンピュータ実行命令は、適切なコンピュータ言語または数種の言語の組み合わせで書き込まれていてもよい。基本的な生物情報学的方法は、例えば、Setubal and Meidanis et al., Introduction to Computational Biology Methods (PWS Publishing Company, Boston, 1997)；Salzberg, Searles, Kasif, (Ed.), Computational Methods in Molecular Biology, (Elsevier, Amsterdam, 1998)；Rashidi and Buehler, Bioinformatics Basics: Application in Biological Science and Medicine (CRC Press, London, 2000) および Ouelette and Bzevanis Bioinformatics: A Practical Guide for Analysis of Gene and Proteins (Wiley & Sons, Inc., 2.sup.nd ed., 2001) に記載されている。米国特許第6,420,108号を参照されたい。
いくつかの態様では、本明細書に提供される方法は、試料中の1つまたは複数の遺伝子を、試料中の対応する1つまたは複数の遺伝子産物の量を評価、測定、判定および/または定量することによって評価する工程を含む。ある特定の態様では、臨床応答、例えば、CR、PRまたはPDと負に相関するおよび/または負に関連する試料中の1つまたは複数の遺伝子の発現は、試料中の1つまたは複数の対応する遺伝子産物の量またはレベルを判定することによって測定される。ある特定の態様では、試料中の遺伝子発現は、該遺伝子によってコードされる遺伝子産物のレベル、量または濃度である。
特定の態様では、臨床成果、例えば、CR、PRまたはPDと負に相関するおよび/または負に関連する1つまたは複数の遺伝子の発現は、試料中で測定される。いくつかの態様では、臨床成果と負に相関するおよび/または負に関連する1つまたは複数の遺伝子の発現は、該遺伝子によってコードされる、産生されるおよび/または発現される産物の量またはレベルを判定することによって評価、測定、判定および/または定量される。
いくつかの態様では、1つまたは複数の遺伝子産物は、1つまたは複数の生存促進性遺伝子（すなわち、該遺伝子は、抗アポトーシス効果を付与する）、例えばmycファミリー遺伝子（c-myc、l-mycおよびn-myc）、p53、およびEZH2によってコードされる、産生されるおよび/または発現される。ある特定の態様では、遺伝子産物は、遺伝子によってコードされる2つ以上のアイソフォームの1つである。特定の態様では、1つまたは複数の遺伝子産物は、1つまたは複数の生存促進性遺伝子（すなわち、該遺伝子は、抗アポトーシス効果を付与する）、例えばmycファミリー遺伝子（c-myc、l-mycおよびn-myc）、p53、およびEZH2、またはその部分の産物である。
特定の態様では、臨床成果、例えば、PDと負に相関するおよび/または負に関連する1つまたは複数の遺伝子の発現は、その1つまたは複数の遺伝子によってコードされる、産生されるおよび/または発現されるRNA産物の量またはレベルを判定することによって評価、測定、判定および/または定量される。ある特定の態様では、遺伝子産物は、mRNAである。ある特定の態様では、1つまたは複数の遺伝子産物は、1つまたは複数の生存促進性遺伝子（すなわち、該遺伝子は、抗アポトーシス効果を付与する）、例えばmycファミリー遺伝子（c-myc、l-mycおよびn-myc）、p53、およびEZH2によって産生されるまたはコードされるmRNAである。
特定の態様では、臨床成果、例えば、PDと負に相関するおよび/または負に関連する1つまたは複数の遺伝子の発現は、その1つまたは複数の遺伝子によってコードされるまたは発現されるタンパク質の量またはレベルを判定することによって評価、測定、判定および/または定量される。いくつかの態様では、1つまたは複数の遺伝子産物は、1つまたは複数の生存促進性遺伝子（すなわち、該遺伝子は、抗アポトーシス効果を付与する）、例えばmycファミリー遺伝子（c-myc、l-mycおよびn-myc）、p53、およびEZH2によってコードされる、産生されるおよび/または発現されるタンパク質、またはその部分もしくはバリアントである。
特定の態様では、臨床成果、例えば、CRまたはPRと正に相関するおよび/または正に関連する1つまたは複数の遺伝子の発現は、試料中で測定される。いくつかの態様では、毒性と正に相関するおよび/または正に関連する1つまたは複数の遺伝子の発現は、該遺伝子によってコードされる、産生されるおよび/または発現される産物の量またはレベルを判定することによって評価、測定、判定および/または定量される。いくつかの態様では、1つまたは複数の遺伝子産物は、1つまたは複数の生存促進性遺伝子（すなわち、該遺伝子は、抗アポトーシス効果を付与する）、例えばmycファミリー遺伝子（c-myc、l-mycおよびn-myc）、p53、およびEZH2によってコードされる、産生されるおよび/または発現される。ある特定の態様では、遺伝子産物は、遺伝子によってコードされる2つ以上のアイソフォームの1つである。特定の態様では、1つまたは複数の遺伝子産物は、1つまたは複数の生存促進性遺伝子（すなわち、該遺伝子は、抗アポトーシス効果を付与する）、例えばmycファミリー遺伝子（c-myc、l-mycおよびn-myc）、p53、およびEZH2の産物である。
特定の態様では、臨床成果、例えば、CRまたはPRと正に相関するおよび/または正に関連する1つまたは複数の遺伝子の発現は、その1つまたは複数の遺伝子によってコードされる、産生されるおよび/または発現されるRNA産物の量またはレベルを判定することによって評価、測定、判定および/または定量される。ある特定の態様では、1つまたは複数の遺伝子産物は、1つまたは複数の生存促進性遺伝子（すなわち、該遺伝子は、抗アポトーシス効果を付与する）、例えばmycファミリー遺伝子（c-myc、l-mycおよびn-myc）、p53、およびEZH2のmRNAまたはその部分または部分転写物の1つまたは複数である。
特定の態様では、臨床成果、例えば、CRまたはPRと正に相関するおよび/または正に関連する1つまたは複数の遺伝子の発現は、該遺伝子によってコードされるまたは発現されるタンパク質の量またはレベルを判定することによって評価、測定、判定および/または定量される。いくつかの態様では、遺伝子産物は、1つまたは複数の生存促進性遺伝子（すなわち、該遺伝子は、抗アポトーシス効果を付与する）、例えばmycファミリー遺伝子（c-myc、l-mycおよびn-myc）、p53、およびEZH2によってコードされる、産生されるおよび/または発現されるタンパク質である。
いくつかの態様では、試料中の遺伝子産物の1つまたは複数を測定、評価、判定および/または定量することは、試料が対象から収集された時点では、予測的ではなく、かつ/または、臨床成果（例えば、CR、PRまたはPD）と関連も相関もしない。いくつかの態様では、1つまたは複数の生存促進性遺伝子（すなわち、該遺伝子は、抗アポトーシス効果を付与する）、例えばmycファミリー遺伝子（c-myc、l-mycおよびn-myc）、p53、およびEZH2のいずれかの遺伝子発現プロファイルは、対象が療法、例えば、CAR-T細胞を含有する細胞療法による処置を受けている間またはその後に試料が収集されたときには、予測的ではなく、臨床成果（例えば、CR、PRまたはPD）と相関および/または関連しない。
1. 対照値に対する正規化
いくつかの態様では、試料の遺伝子産物、例えば、RNAまたはタンパク質遺伝子産物の評価、判定、測定および/または定量は、対照値に対して正規化される。ある特定の態様では、遺伝子の発現が上昇しているか減少しているかおよび/または高いか低いかが遺伝子産物の量またはレベルから示されるかを、1つまたは複数の対照値に対する正規化を実施して分析、評価または判定してもよい。特定の態様では、対照値に対する正規化を使用して、試料中の遺伝子の遺伝子発現を異なる試料の遺伝子発現と比較してもよい。
特定の態様では、対照値は、異なる遺伝子産物の測定値または測定の値である。いくつかの態様では、異なる遺伝子産物は、ハウスキーピング遺伝子の遺伝子産物である。ある特定の態様では、ハウスキーピング遺伝子は、構成的に活性な遺伝子、例えば、基本的な細胞機能の維持に必要とされる遺伝子である。適切なハウスキーピング遺伝子の例は、当技術分野において公知であり、ACTB（ベータ-アクチン）、B2M（ベータ-2-ミクログロブリン）、GAPDH（グリセルアルデヒド 3-リン酸デヒドロゲナーゼ）、RPLP0（60S酸性リボソームタンパク質P0）、GUSB（ベータ-グルクロニダーゼ）、HMBS（ヒドロキシメチル-ビランシンターゼ）、HPRT1（ヒポキサンチンホスホリボシルトランスフェラーゼ1）、RPL13A（リボソームタンパク質L13a）、SDHA、コハク酸デヒドロゲナーゼ複合体サブユニットA）、TBP（TATAボックス結合タンパク質）、TFRC（トランスフェリン受容体1）、およびUBC（ユビキチンC）をコードする遺伝子を含むが、それらに限定されない。いくつかの態様では、対照値は、遺伝子産物と同じ試料中で測定される。
ある特定の態様では、遺伝子産物は、同じ遺伝子からの遺伝子産物の測定値または測定の値である対照値と比較されるおよび/またはそれに対して正規化される。いくつかの態様では、対照値は、1つまたは複数の対照試料から得られる測定値または測定の値である。ある特定の態様では、遺伝子産物および対照値は、異なる試料中で測定される。いくつかの態様では、1つまたは複数の対照試料は、試料と同一、同じまたは同様の組織組成および/または細胞組成を有する。いくつかの態様では、試料と対照試料は、同じ対象からの同じ、同様および/または同一の組織由来の異なる試料である。特定の態様では、試料と対照試料は、異なる対象における同じ組織由来の異なる試料である。特定の態様では、試料と対照試料は、異なる対象からの同じ、同様および/または同一の組織由来の異なる試料である。いくつかの態様では、1つまたは複数の試料はリンパ節生検試料であり、1つまたは複数の対照試料はリンパ節生検試料である。特定の態様では、1つまたは複数の試料は血液試料、例えば、末梢血試料であり、1つまたは複数の対照試料は血液試料である。
ある特定の態様では、対照試料は、病態および/またはがんを有しない対象から得られる。いくつかの態様では、対照試料は、1つまたは複数の腫瘍細胞を有しないおよび/または有する疑いがない。特定の態様では、試料と対照試料は、異なる対象からの同じ、同様および/または同一の組織由来の異なる試料である。ある特定の態様では、対照試料は、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤で処置される対象から得られる。ある特定の態様では、対照試料は、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤で処置されない対象から得られる。
ある特定の態様では、対照試料は、療法、例えば、細胞療法または免疫療法による処置後、病勢進行（PD）を示す対象から得られる。いくつかの態様では、対照試料は、療法の投与後少なくとも1ヶ月、2ヶ月、3ヶ月、4ヶ月、5ヶ月、6ヶ月、7ヶ月、8ヶ月、9ヶ月またはそれ以上の時点でPDを示す対象から得られる。ある特定の態様では、対照試料は、療法、例えば、免疫療法または細胞療法による処置後、部分奏効（PR）または完全奏効（CR）を示す対象から得られる。いくつかの態様では、対照試料は、療法の投与後少なくとも1ヶ月、2ヶ月、3ヶ月、4ヶ月、5ヶ月、6ヶ月、7ヶ月、8ヶ月、9ヶ月またはそれ以上の時点でPRまたはCRを示す対象から得られる。
ある特定の態様では、試料の遺伝子産物、例えば、RNAまたはタンパク質遺伝子産物の評価、判定、測定および/または定量は、2つ以上の対照値に対して正規化されるおよび/または比較される。いくつかの態様では、2つ以上の対照値は、同じ遺伝子産物の測定値または測定の値である対照値と異なる遺伝子産物の測定値または測定の値である対照値を含む。
いくつかの態様では、対照値は、事前判定されている。ある特定の態様では、1つまたは複数の対照値は、試料中の1つまたは複数の遺伝子産物の評価、測定、判定および/または定量と並行して測定されるまたは得られる。
特定の態様では、対照値は、複数の対照試料から得られる1つまたは複数の遺伝子産物の発現の量またはレベルの平均値（例えば、算術平均値）または中央値である。いくつかの態様では、複数の対照試料は、個々の対照対象から得られる。特定の態様では、複数の個々の対照対象は、病態または疾患を有しないおよび/または有する疑いがない対象である。いくつかの態様では、複数の個々の対照対象は、がんを有しないおよび/または有する疑いがない対象である。いくつかの態様では、複数の個々の対照対象は、NHLを有しないおよび/または有する疑いがない対象である。特定の態様では、NHLのサブタイプは、NHLの濾胞性リンパ腫（FL）サブタイプである。特定の態様では、NHLのサブタイプは、NHLのびまん性大細胞型B細胞リンパ腫（DLBCL）サブタイプである。特定の態様では、NHLのサブタイプは、NHLの小リンパ球性リンパ腫（SLL）サブタイプである。いくつかの態様では、複数の個々の対照対象は、白血病を有しないおよび/または有する疑いがない対象である。特定の態様では、白血病のサブタイプは、慢性リンパ性白血病（CLL）である。
ある特定の態様では、複数の個々の対照対象は、がんを有するおよび/または有する疑いがある複数の対象である。いくつかの態様では、複数の個々の対照対象は、非ホジキンリンパ腫（NHL）を有するおよび/または有する疑いがある対象であるかまたはそれを含む。いくつかの態様では、複数の個々の対照対象は、NHLの特定のサブタイプを有するおよび/または有する疑いがある対象であるかまたはそれを含む。いくつかの態様では、複数の個々の対照対象は、NHLの特定のサブタイプではないNHLを有するおよび/または有する疑いがある対象であるかまたはそれを含む。特定の態様では、NHLのサブタイプは、ALLのDLBCLサブタイプである。いくつかの態様では、複数の個々の対照対象は、DLBCL対象であるかまたはそれを含む。特定の態様では、NHLのサブタイプは、ALLのFLサブタイプである。いくつかの態様では、複数の個々の対照対象は、FL対象であるかまたはそれを含む。特定の態様では、NHLのサブタイプは、SLLである。いくつかの態様では、複数の個々の対照対象は、SLL対象であるかまたはそれを含む。いくつかの態様では、複数の個々の対照対象は、白血病を有するおよび/または有する疑いがある対象であるかまたはそれを含む。いくつかの態様では、複数の個々の対照対象は、白血病の特定のタイプを有するおよび/または有する疑いがある対象であるかまたはそれを含む。いくつかの態様では、複数の個々の対照対象は、慢性リンパ性白血病（CLL）を有するおよび/または有する疑いがある対象であるかまたはそれを含む。特定の態様では、白血病のタイプは、CLLである。
ある特定の態様では、複数の個々の対照対象は、がんを有するおよび/または有する疑いがある複数の対象である。いくつかの態様では、複数の個々の対照対象は、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫（DLBCL）を有するおよび/または有する疑いがある対象であるかまたはそれを含む。いくつかの態様では、複数の個々の対照対象は、DLBCLの特定のサブタイプを有するおよび/または有する疑いがある対象であるかまたはそれを含む。いくつかの態様では、複数の個々の対照対象は、DLBCLの特定のサブタイプではないDLBCLを有するおよび/または有する疑いがある対象であるかまたはそれを含む。特定の態様では、DLBCLのサブタイプは、DLBCLの胚中心B細胞（GCB）サブタイプである。いくつかの態様では、複数の個々の対照対象は、GCB DLBCL対象であるかまたはそれを含む。特定の態様では、DLBCLのサブタイプは、DLBCLの活性化B細胞（ABC）サブタイプである。いくつかの態様では、複数の個々の対照対象は、ABC DLBCL対象であるかまたはそれを含む。
いくつかの態様では、対照値は、複数の対照試料から得られる。ある特定の態様では、複数の対照試料は、少なくとも2個、少なくとも3個、少なくとも5個、少なくとも10個、少なくとも15個、少なくとも20個、少なくとも25個、少なくとも30個、少なくとも40個、少なくとも50個、少なくとも100個、少なくとも200個、少なくとも300個、少なくとも400個、または少なくとも500個の対照試料を含有する。
ある特定の態様では、遺伝子発現、例えば、1つまたは複数の遺伝子産物の量またはレベルの評価、測定、判定または定量は、当技術分野における任意の手段によって分析することができる。いくつかの態様では、分析に先立って、生の遺伝子発現データ、例えば、遺伝子産物の測定および/または定量されたレベル、量または濃度の値を、正規化または変換する、例えば、対数正規化する、発現比として表す、パーセンタイル順位付けする、および/または分位スケーリングすることができる。いくつかの態様では、遺伝子発現データは、任意のノンパラメトリックデータスケーリングアプローチによってさらに修正してもよい。いくつかの態様では、1つまたは複数の遺伝子産物の発現の測定または評価の変換は、対照に対する任意の正規化に先立って行われる。ある特定の態様では、1つまたは複数の遺伝子産物の発現の測定または評価の変換は、対照値に対する正規化の後に行われる。いくつかの態様では、変換は、対数変換、べき変換、またはロジット変換である。いくつかの態様では、対数変換は、常用対数（log10(x)）、自然対数（ln(x)）、または二進対数（log2(x)）である。
発現パターンは、一般線形モデル（GLM）、ANOVA、回帰（ロジスティック回帰を含む）、サポートベクターマシン（SVM）、線形判別分析（LDA）、主成分分析（PCA）、k-近傍法（kNN）、ニューラルネットワーク（NN）、最近傍平均/重心法（NM）およびベイズ共変量予測子（BCP）などの多種多様な手段によって、評価および分類することができる。SVMなどのモデルを、本発明の教示に基づき本明細書に記載の遺伝子のサブセットおよび組み合わせのいずれかを使用して開発することができる。より特定の態様では、発現パターンは、該遺伝子の対数正規化された発現レベルの平均として評価される。
いくつかの態様では、正に相関する1つまたは複数の遺伝子と負に相関する1つまたは複数の遺伝子の組み合わせを測定して、臨床成果（例えば、CR、PRまたはPD）の可能性および/または確率が判定される。ある特定の態様では、発現プロファイルおよび/または遺伝子発現プロファイルは、少なくとも2つの遺伝子の発現であるか、それを評価、測定、判定および/または定量することによって示される。例えば、いくつかの態様では、試料の遺伝子発現プロファイルを評価または判定することは、臨床成果、例えば、CR、PRまたはPDと関連するおよび/または相関する少なくとも2つの遺伝子を評価、測定、判定および/または定量することを含み得る。ある特定の態様では、遺伝子発現プロファイルは、2つ以上の遺伝子の発現を測定、判定および/または定量することによって、例えば、臨床成果、例えば、CR、PRまたはPDを示す可能性および/または確率と正に相関する2つ以上の遺伝子の遺伝子産物を測定、判定および/または定量することによって得られる。
C. 遺伝子基準値
いくつかの態様では、1つまたは複数の遺伝子産物の測定値と1つまたは複数の遺伝子産物の基準値との比較は、療法の投与後および/またはそれに関連した臨床成果（例えば、CR、PRまたはPD）の確率および/または可能性の評価、測定および/または判定を可能にする。いくつかの態様では、試料中の遺伝子産物の発現が、基準値、例えば、遺伝子基準値と比較される。いくつかの態様では、遺伝子基準値は、遺伝子産物のレベル、量もしくは濃度の値、および/またはその変換値である。いくつかの態様では、遺伝子基準値は、RNA遺伝子産物またはタンパク質遺伝子産物の量またはレベルであるかまたはそれから導出される。特定の態様では、遺伝子基準値は、療法の投与後の臨床成果（例えば、CR、PRまたはPD）の可能性および/または臨床成果（例えば、CR、PRまたはPD）の増加した、上昇したもしくは高い確率を示す遺伝子産物の量もしくはレベルまたはその変換値と、療法の投与後の臨床成果（例えば、CR、PRまたはPD）の非存在もしくは低い可能性および/または減少した、低下したもしくは低い確率を示す遺伝子発現の値または測定値との間の境界値またはそれを区分する閾値である、遺伝子産物の量もしくはレベルまたはその変換値である。いくつかの態様では、遺伝子基準値は、1つまたは複数の臨床応答の大部分が起こるまたは過去に起こった遺伝子産物の量またはレベルと1つまたは複数の臨床応答の少数が起こるまたは過去に起こった遺伝子産物の量またはレベルと間の境界値、区分値、および/または閾値である。
ある特定の態様では、遺伝子基準値は、特定のタイプの臨床応答に関連する遺伝子産物の量もしくはレベルまたはその変換値と1つまたは複数の他のタイプの臨床応答に関連する量またはレベルとの間の境界値またはそれを区分する閾値である、遺伝子産物の量もしくはレベルまたはその変換値である。特定の態様では、遺伝子基準値は、CRおよび/またはPRに関連する遺伝子産物の量もしくはレベルまたはその変換値と他の臨床応答、例えば、CRU、NR/SD、SDおよび/またはPDに関連する量またはレベルと間の境界値またはそれを区分する閾値である、遺伝子産物の量もしくはレベルまたはその変換値である。特定の態様では、遺伝子基準値は、PDに関連する遺伝子産物の量もしくはレベルまたはその変換値と他の臨床応答、例えば、CRU、PR、NR/SD、SDおよび/またはCRに関連する量またはレベルと間の境界値またはそれを区分する閾値である、遺伝子産物の量もしくはレベルまたはその変換値である。
いくつかの態様では、遺伝子産物の発現が、基準値および/または遺伝子基準値と比較され、特定の臨床応答（例えば、CR、PRまたはPD）の上昇した、増加したおよび/または高い確率および/または可能性が示される。特定の態様では、遺伝子産物の発現が、遺伝子基準値と比較され、特定の臨床応答の低下した、減少したおよび/または低い確率および/または可能性が示される。ある特定の態様では、対照に対して正規化されている遺伝子産物の発現が、基準値および/または遺伝子基準値と比較され、特定の臨床応答の上昇した、増加したおよび/または高い確率および/または可能性が示される。特定の態様では、対照に対して正規化されている遺伝子産物の発現が、遺伝子基準値と比較され、特定の臨床応答の低下した、減少したおよび/または低い可能性および/または確率が示される。ある特定の態様では、正規化または変換されている遺伝子産物の発現の値が、基準値および/または遺伝子基準値と比較され、特定の臨床応答の上昇した、増加したおよび/または高い確率および/または可能性が示される。特定の態様では、正規化または変換されている遺伝子産物の発現の値が、遺伝子基準値と比較され、特定の臨床応答の低下した、減少したおよび/または低い確率および/または可能性が示される。いくつかの態様では、特定の臨床応答は、以下の中から選択される：CR、CRU、PR、NR/SD、SDおよび/またはPD。
いくつかの態様では、臨床応答（例えば、CR、PRまたはPD）と負に相関するおよび/または負に関連する遺伝子産物の発現が遺伝子基準値と比較される。ある特定の態様では、1つまたは複数の生存促進性遺伝子（すなわち、該遺伝子は、抗アポトーシス効果を有する）、例えばmycファミリー遺伝子（c-myc、l-mycおよびn-myc）、p53、およびEZH2の発現が遺伝子基準値よりも高い、それを超えるおよび/または上回る場合、PRまたはCRの減少した、低下したおよび/または低い確率および/または可能性が示される。特定の態様では、1つまたは複数の生存促進性遺伝子（すなわち、該遺伝子は、抗アポトーシス効果を有する）、例えばmycファミリー遺伝子（c-myc、l-mycおよびn-myc）、p53、およびEZH2の発現が遺伝子基準値未満、以下および/または下回る場合、PRまたはCRの上昇した、増加したおよび/または高い確率および/または可能性が示される。
特定の態様では、特定の臨床応答（例えば、CRまたはPD）と正に相関するおよび/または正に関連する遺伝子産物の発現が遺伝子基準値と比較される。いくつかの態様では、1つまたは複数の生存促進性遺伝子（すなわち、該遺伝子は、抗アポトーシス効果を有する）、例えばmycファミリー遺伝子（c-myc、l-mycおよびn-myc）、p53、およびEZH2の発現が遺伝子基準値よりも高い、それを超えるおよび/または上回る場合、PDの増加した、上昇したおよび/または高い確率および/または可能性が示される。ある特定の態様では、1つまたは複数の生存促進性遺伝子（すなわち、該遺伝子は、抗アポトーシス効果を有する）、例えばmycファミリー遺伝子（c-myc、l-mycおよびn-myc）、p53、およびEZH2の発現が遺伝子基準値未満、以下および/または下回る場合、PDの減少した、低下したおよび/または低い確率および/または可能性が示される。
いくつかの態様では、遺伝子基準値は、事前判定された値である。特定の態様では、遺伝子基準値は、研究のデータから算出および/または導出されている。いくつかの態様では、研究は、臨床研究である。特定の態様では、臨床研究は、完了済み臨床研究である。ある特定の態様では、研究のデータは、研究の対象から採取されたまたは得られた試料中の遺伝子発現、例えば、遺伝子産物の発現を含めた。特定の態様では、研究のデータは、研究中に対象が経験した臨床応答の数およびタイプを含む。ある特定の態様では、臨床研究の対象は、CR、CRU、PR、NR/SD、SDおよび/またはPDなどの臨床応答を有していたまたは有する。いくつかの態様では、臨床応答は、CRである。いくつかの態様では、臨床応答は、CRではない。ある特定の態様では、研究のデータは、疾患または病態、例えばがん（例えば、NHL）の数およびタイプを含む。特定の態様では、研究のデータは、研究中に対象が経験した処置の数およびタイプを含む。ある特定の態様では、対象は、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤で処置されるまたは処置された。ある特定の態様では、対象は、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤で処置されないまたは処置されなかった。
いくつかの態様では、遺伝子基準値は、事前判定された値である。特定の態様では、遺伝子基準値は、研究のデータから算出および/または導出されている。いくつかの態様では、研究は、臨床研究である。特定の態様では、臨床研究は、完了済み臨床研究である。ある特定の態様では、研究のデータは、研究の対象から採取されたまたは得られた試料中の遺伝子発現、例えば、遺伝子産物の発現を含めた。特定の態様では、研究のデータは、研究中に対象が経験した療法の数およびタイプを含む。ある特定の態様では、臨床研究の対象は、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤で処置されるまたは処置された。いくつかの態様では、臨床研究の対象は、生存促進性BCL2ファミリー阻害剤で処置されないまたは処置されなかった。ある特定の態様では、研究のデータは、疾患または病態、例えばがん（例えば、NHL）の数およびタイプを含む。特定の態様では、研究のデータは、研究中に対象が経験したCR、CRU、PR、NR/SD、SDおよび/またはPDなどの臨床応答の数およびタイプを含む。
いくつかの態様では、基準値は、遺伝子発現の最小検出レベル、値または量、例えば、陽性または陰性発現の境界値としての役割を果たす値であるかまたはそれを反映する。ある特定の態様では、遺伝子産物の発現の測定値が、遺伝子発現、例えば、遺伝子産物の発現の最小検出レベル、値または量であるかまたはそれを反映する基準値と比較され、測定値が基準値を上回る値であれば、該遺伝子は陽性発現されたと判定され、かつ/または、測定値が基準値を下回る値であれば、該遺伝子は陰性発現されたと判定される。
特定の態様では、対象から採取されたまたは得られた試料中の遺伝子産物の発現が、該対象と同じ疾患または病態を有する対象を含めた研究から算出および/または導出された遺伝子基準値と比較される。ある特定の態様では、同じ疾患または病態は、がんである。特定の態様では、同じ疾患または病態は、NHLである。特定の態様では、対象から採取されたまたは得られた試料中の遺伝子産物の発現が、該対象と同じ疾患または病態を有するが該対象と同じ疾患または病態の異なるサブタイプを有する対象を含めた研究から算出および/または導出された遺伝子基準値と比較される。ある特定の態様では、同じ疾患または病態は、がんである。特定の態様では、同じ疾患または病態は、NHLである。特定の態様では、NHLのDLBCLサブタイプを有する対象から採取されたまたは得られた試料中の遺伝子産物の発現が、NHLのFLサブタイプを有する対象を含めた研究から算出および/または導出された遺伝子基準値と比較される。特定の態様では、NHLのFLサブタイプを有する対象から採取されたまたは得られた試料中の遺伝子産物の発現が、NHLのDLBCLサブタイプを有する対象を含めた研究から算出および/または導出された遺伝子基準値と比較される。
特定の態様では、対象から採取されたまたは得られた試料中の遺伝子産物の発現が、該対象と同じ臨床応答を有する対象を含めた研究から算出および/または導出された遺伝子基準値と比較される。ある特定の態様では、同じ臨床応答は、CRおよび/またはPRである。ある特定の態様では、同じ臨床応答は、PDである。特定の態様では、CRおよび/またはPRを有する対象から採取されたまたは得られた試料中の遺伝子産物の発現が、PDを有する対象を含めた研究から算出および/または導出された遺伝子基準値と比較される。特定の態様では、PDを有する対象から採取されたまたは得られた試料中の遺伝子産物の発現が、CRおよび/またはPRを有する対象を含めた研究から算出および/または導出された遺伝子基準値と比較される。
特定の態様では、対象から採取されたまたは得られた試料中の遺伝子産物の発現が、該対象と同じ処置を有する対象を含めた研究から算出および/または導出された遺伝子基準値と比較される。ある特定の態様では、同じ処置は、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤の使用またはそれによる処置である。ある特定の態様では、同じ処置は、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤による使用でもそれによる処置でもない。特定の態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤で処置された対象から採取されたまたは得られた試料中の遺伝子産物の発現が、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤で処置されていない対象を含めた研究から算出および/または導出された遺伝子基準値と比較される。特定の態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤で処置されていない対象から採取されたまたは得られた試料中の遺伝子産物の発現が、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤で処置された対象を含めた研究から算出および/または導出された遺伝子基準値と比較される。
いくつかの態様では、遺伝子基準値は、1つの対照試料または複数の対照試料中の発現のレベル、濃度または量へのアルゴリズムの適用によって判定される。いくつかの態様では、1つの対照試料または複数の対照試料は、対象が臨床応答についてモニタリングされた完了済み研究、例えば、完了済み臨床試験の対象または対象の群から得られる。特定の態様では、1つの試料または複数の試料は、対象が療法を受ける前に収集された。いくつかの態様では、対象または対象の群は、療法が投与された後、引き続き臨床応答を示した。いくつかの態様では、対象または対象の群は、療法の投与の開始の1ヶ月以内、2ヶ月以内、3ヶ月以内、4ヶ月以内、5ヶ月以内、6ヶ月以内、7ヶ月以内、8ヶ月以内、9ヶ月以内またはそれ以上、引き続き臨床応答を示した。ある特定の態様では、対象または対象の群は、CR、CRU、PR、NR/SD、SDまたはPDの臨床応答を発現および/または経験した。いくつかの態様では、対象または対象の群は、CRの臨床応答を発現および/または経験した。ある特定の態様では、対象または対象の群は、CRUの応答を発現および/または経験した。ある特定の態様では、対象または対象の群は、PRの応答を発現および/または経験した。ある特定の態様では、対象または対象の群は、NR/SDの応答を発現および/または経験した。ある特定の態様では、対象または対象の群は、SDの応答を発現および/または経験した。ある特定の態様では、対象または対象の群は、PDの応答を発現および/または経験した。いくつかの態様では、遺伝子基準値は、2つ以上の異なる対象または異なる対象の群から得られる2つ以上の対照試料または複数へのアルゴリズムの適用によって判定される。
いくつかの態様では、遺伝子基準値は、1つの対照試料または複数の対照試料中の発現のレベル、濃度または量へのアルゴリズムの適用によって判定される。いくつかの態様では、1つの対照試料または複数の対照試料は、対象が処置のタイプ、例えば、生存促進性BCL2ファミリー阻害剤の使用またはそれによる処置についてモニタリングされた完了済み研究、例えば、完了済み臨床試験の対象または対象の群から得られる。特定の態様では、1つの試料または複数の試料は、対象が処置を受ける前に収集された。特定の態様では、1つの試料または複数の試料は、対象が処置を受けた後に収集された。いくつかの態様では、遺伝子基準値は、2つ以上の異なる対象または異なる対象の群から得られる2つ以上の対照試料または複数へのアルゴリズムの適用によって判定される。
ある特定の態様では、例示的なアルゴリズムは、主成分分析アルゴリズム、部分的最小二乗法および独立成分分析アルゴリズムなどの変数の数を減らす方法を含むが、それらに限定されない。例示的なアルゴリズムはさらに、統計的手法および機械学習技術に基づく方法などの多数の変数を直接扱う方法を含むが、それらに限定されない。統計的手法は、ペナルティ付加ロジスティック回帰、マイクロアレイの予測解析（PAM）、収縮重心法に基づく方法、サポートベクターマシン分析、および正則化線形判別分析を含む。機械学習技術は、バギング手順、ブースティング手順、ランダムフォレストアルゴリズム、およびそれらの組み合わせを含む。本発明のいくつかの態様では、マイクロアレイデータまたはRNA-seqデータの分類に、サポートベクターマシン（SVM）アルゴリズム、ランダムフォレストアルゴリズム、またはそれらの組み合わせが使用される。いくつかの態様では、試料またはサブタイプを識別する特定のマーカーは、統計学的有意性に基づいて選択される。いくつかの場合に、統計学的有意性選択は、偽発見率（FDR）にベンジャミンホックバーグ補正（Benjamini Hochberg correction）を適用した後に実施される。ある特定の態様では、アルゴリズム技術は、1つまたは複数の生存促進性遺伝子（すなわち、該遺伝子は、抗アポトーシス効果を有する）、例えばmycファミリー遺伝子（c-myc、l-mycおよびn-myc）、p53、およびEZH2などの試料中の1つまたは複数の遺伝子産物の発現プロファイルに適用してもよい。
いくつかの態様では、該アルゴリズムは、Fishel and Kaufman et al. 2007 Bioinformatics 23(13): 1599-606によって説明されているようなメタ解析アプローチによって補完してもよい。また、分類器アルゴリズムを、再現性解析などのメタ解析アプローチによって補完してもよい。いくつかの場合に、再現性解析は、少なくとも1つの予測発現産物マーカーセット中に現れるマーカーを選択する。
いくつかの態様では、遺伝子基準値は、臨床応答のすべてまたは大部分が起こるまたは過去に起こった遺伝子産物の量もしくはレベルまたはその変換値と臨床応答の少数が起こるまたは過去に起こった遺伝子産物の量もしくはレベルまたはその変換値との間の境界値またはそれを区分する閾値である、遺伝子産物の量もしくはレベルまたはその変換値である。特定の態様では、遺伝子基準値は、研究で生じた臨床応答、例えば、CR、PRまたはPDの症例の半分以上、および/または50％超、60％超、70％超、80％超、90％超、95％超または100％もしくは約100％に関連する遺伝子発現の値または測定値を仕切るまたは区分する。いくつかの態様では、臨床応答は、CR、CRU、PR、NR/SD、SDまたはPDである。いくつかの態様では、臨床応答は、CRである。いくつかの態様では、臨床応答は、PRである。いくつかの態様では、臨床応答は、PDである。いくつかの態様では、臨床応答は、CRでもPRでもない。いくつかの態様では、遺伝子基準値は、CR、CRU、PR、NR/SD、SDまたはPDなどの臨床応答の頻度少なくとも25％、少なくとも30％、少なくとも40％、少なくとも45％、少なくとも50％、少なくとも55％、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、または100％もしくは約100％に関連する遺伝子発現の値または測定値を仕切るまたは区分する。
いくつかの態様では、遺伝子基準値は、あるタイプの処置のすべてまたは大部分が行われるまたは過去に行われた遺伝子産物の量もしくはレベルまたはその変換値とあるタイプの処置の少数が行われるまたは過去に行われた遺伝子産物の量もしくはレベルまたはその変換値との間の境界値またはそれを区分する閾値である、遺伝子産物の量もしくはレベルまたはその変換値である。特定の態様では、遺伝子基準値は、研究で生じた生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤の使用またはそれによる処置の症例の半分以上、および/または50％超、60％超、70％超、80％超、90％超、95％超または100％もしくは約100％に関連する遺伝子発現の値または測定値を仕切るまたは区分する。いくつかの態様では、遺伝子基準値は、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤の使用またはそれによる処置の頻度少なくとも25％、少なくとも30％、少なくとも40％、少なくとも45％、少なくとも50％、少なくとも55％、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、または100％もしくは約100％に関連する遺伝子発現の値または測定値を仕切るまたは区分する。
特定の態様では、遺伝子基準値は、対照試料中の遺伝子発現の25％以内、20％以内、15％以内、10％以内または5％以内である。いくつかの態様では、遺伝子基準値は、複数の対照試料中の遺伝子発現のレベル、濃度または量の平均値または中央値の25％以内、20％以内、15％以内、10％以内または5％以内である。特定の態様では、遺伝子基準値は、複数の対照試料中の遺伝子発現のレベル、濃度または量の平均値または中央値の2、1.5、1.25、1、0.75、0.5、0.25、または0.1標準偏差以内であり、ここで、群の対象の各々は、同じ疾患または病態を処置するための細胞傷害性療法を受けた後、引き続き臨床応答、例えば、CR、PRまたはPDを示した。
いくつかの態様では、基準値は、療法の投与の前に対象から得られた対照試料から得られるおよび/またはそれから導出され、ここで、群の対象は、引き続きPDを示した。いくつかの態様では、遺伝子基準値は、療法、例えば、免疫療法または細胞療法、例えば1つまたは複数の生存促進性遺伝子（すなわち、該遺伝子は、抗アポトーシス効果を有する）、例えばmycファミリー遺伝子（c-myc、l-mycおよびn-myc）、p53、およびEZH2の投与後および/またはそれに関連したPDと正に相関するおよび/または正に関連する遺伝子の遺伝子産物の値である。
ある特定の態様では、遺伝子基準値は、複数の対照試料中の遺伝子産物の平均レベル、濃度または量を2倍以内、1.5倍以内、1.0倍、100％以内、50％以内、40％以内、30％以内、25％以内、20％以内、15％以内、10％以内、または5％以内上回る、および/または、平均レベル、濃度または量を2.0、1.5、1.25、1.0、0.75、0.5、または0.25標準偏差以内上回る。ある特定の態様では、遺伝子基準値は、複数の対照試料の中からの一試料中で観察された遺伝子産物の最も高いレベル、濃度または量を上回る。特定の態様では、遺伝子基準値は、複数の対照試料の中からの一試料中で観察された遺伝子産物の最も高いレベル、濃度または量を100％、75％、50％、40％、30％、25％、20％、10％、または5％以内上回る。いくつかの態様では、基準値は、複数の対照試料の中からの試料の少なくとも50％、少なくとも60％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、または少なくとも95％、または少なくとも98％で観察されたレベル、濃度または量を上回る。
いくつかの態様では、遺伝子基準値は、療法の投与後および/またはそれに関連したPDと負に相関するおよび/または負に関連する遺伝子の遺伝子産物の値であり、複数の対照試料は、療法を受ける前に対象の群から得られ、ここで、群の対象の各々は、引き続きPDを示さなかった。いくつかの態様では、対象は、引き続きCRを示した。いくつかの態様では、値は、複数の対照試料の中からの一試料中で観察された少なくとも1つの遺伝子産物の最も低いレベル、濃度または量を下回る。ある特定の態様では、基準値は、引き続きPDを示さなかった複数の対照試料の中からの一試料中で観察された遺伝子産物の最も低いレベル、濃度または量を下回る。いくつかの態様では、基準値は、引き続きPDを示さなかった複数の対照試料の中からの一試料中で観察された遺伝子産物の最も低いレベル、濃度または量を50％以内、40％以内、30％以内、25％以内、20％以内、15％以内、10％以内、または5％以内下回る。いくつかの態様では、基準値は、引き続きPDを示さなかった細胞療法を受ける前に対象の群から得られた複数の対照試料の中からの試料の少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、または少なくとも95％、または少なくとも98％で観察されたレベル、濃度または量を下回る。
いくつかの態様では、遺伝子基準値は、療法の投与の前に対象から得られた対照試料から得られるおよび/またはそれから導出され、ここで、群の対象は、引き続きCRを示した。いくつかの態様では、遺伝子基準値は、療法、例えば、免疫療法または細胞療法、例えば1つまたは複数の生存促進性遺伝子（すなわち、該遺伝子は、抗アポトーシス効果を有する）、例えばmycファミリー遺伝子（c-myc、l-mycおよびn-myc）、p53、およびEZH2の投与後および/またはそれに関連したCRと負に相関するおよび/または負に関連する遺伝子の遺伝子産物の値である。ある特定の態様では、遺伝子基準値は、複数の対照試料中の遺伝子産物の平均レベル、濃度または量を2倍以内、1.5倍以内、1.0倍、100％以内、50％以内、40％以内、30％以内、25％以内、20％以内、15％以内、10％以内、または5％以内上回る、および/または、平均レベル、濃度または量を2.0、1.5、1.25、1.0、0.75、0.5、または0.25標準偏差以内上回る。ある特定の態様では、遺伝子基準値は、複数の対照試料の中からの一試料中で観察された遺伝子産物の最も高いレベル、濃度または量を上回る。特定の態様では、遺伝子基準値は、複数の対照試料の中からの一試料中で観察された遺伝子産物の最も高いレベル、濃度または量を100％、75％、50％、40％、30％、25％、20％、10％、または5％以内上回る。いくつかの態様では、基準値は、複数の対照試料の中からの試料の少なくとも50％、少なくとも60％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、または少なくとも95％、または少なくとも98％で観察されたレベル、濃度または量を上回る。
いくつかの態様では、遺伝子基準値は、療法の投与後および/またはそれに関連したCRと負に相関するおよび/または負に関連する遺伝子の遺伝子産物の値であり、複数の対照試料は、療法を受ける前に対象の群から得られ、ここで、群の対象の各々は、引き続きCRを示さなかった。いくつかの態様では、対象は、引き続きPDを示した。いくつかの態様では、値は、複数の対照試料の中からの一試料中で観察された少なくとも1つの遺伝子産物の最も低いレベル、濃度または量を下回る。ある特定の態様では、基準値は、引き続きCRを示さなかった複数の対照試料の中からの一試料中で観察された遺伝子産物の最も低いレベル、濃度または量を下回る。いくつかの態様では、基準値は、引き続きCRを示さなかった複数の対照試料の中からの一試料中で観察された遺伝子産物の最も低いレベル、濃度または量を50％以内、40％以内、30％以内、25％以内、20％以内、15％以内、10％以内、または5％以内下回る。いくつかの態様では、基準値は、引き続きCRを示さなかった細胞療法を受ける前に対象の群から得られた複数の対照試料の中からの試料の少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、または少なくとも95％、または少なくとも98％で観察されたレベル、濃度または量を下回る。
いくつかの態様では、遺伝子基準値は、療法の投与後および/またはそれに関連した臨床応答と負に相関するおよび/または負に関連する遺伝子の遺伝子産物の値であり、複数の対照試料は、療法を受ける前に対象の群から得られ、ここで、群の対象の各々は、PDを発現しなかったまたは引き続き発現しなかった。いくつかの態様では、対象は、療法を受けた後、CRを示したまたは引き続き示した。いくつかの態様では、値は、複数の対照試料の中からの一試料中で観察された少なくとも1つの遺伝子産物の最も低いレベル、濃度または量を下回る。ある特定の態様では、基準値は、重度の神経毒性を経験しなかった複数の対照試料の中からの一試料中で観察された遺伝子産物の最も低いレベル、濃度または量を下回る。いくつかの態様では、基準値は、PDを示さなかった複数の対照試料の中からの一試料中で観察された遺伝子産物の最も低いレベル、濃度または量を50％以内、40％以内、30％以内、25％以内、20％以内、15％以内、10％以内、または5％以内下回る。いくつかの態様では、基準値は、PDを示さなかったまたは引き続き示さなかった細胞療法を受ける前に対象の群から得られた複数の対照試料の中からの試料の少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、または少なくとも95％、または少なくとも98％で観察されたレベル、濃度または量を下回る。
ある特定の態様では、基準値は、療法の投与の前に対象から得られた対照試料から得られるおよび/またはそれから導出され、ここで、群の対象は、引き続きPDを示した。いくつかの態様では、遺伝子基準値は、療法、例えば、免疫療法または細胞療法、例えば1つまたは複数の生存促進性遺伝子（すなわち、該遺伝子は、抗アポトーシス効果を有する）、例えばmycファミリー遺伝子（c-myc、l-mycおよびn-myc）、p53、およびEZH2の投与後および/またはそれに関連したPDと正に相関するおよび/または正に関連する遺伝子の遺伝子産物の値である。ある特定の態様では、遺伝子基準値は、複数の対照試料中の遺伝子産物の平均レベル、濃度または量を2倍以内、1.5倍以内、1.0倍、100％以内、50％以内、40％以内、30％以内、25％以内、20％以内、15％以内、10％以内、または5％以内下回る、および/または、平均レベル、濃度または量を2.0、1.5、1.25、1.0、0.75、0.5、または0.25標準偏差以内下回る。ある特定の態様では、遺伝子基準値は、複数の対照試料の中からの一試料中で観察された遺伝子産物の最も低いレベル、濃度または量を下回る。特定の態様では、遺伝子基準値は、複数の対照試料の中からの一試料中で観察された遺伝子産物の最も低いレベル、濃度または量を100％、75％、50％、40％、30％、25％、20％、10％、または5％以内下回る。いくつかの態様では、基準値は、複数の対照試料の中からの試料の少なくとも50％、少なくとも60％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、または少なくとも95％、または少なくとも98％で観察されたレベル、濃度または量を下回る。
いくつかの態様では、遺伝子基準値は、療法の投与後および/またはそれに関連した臨床応答と負に相関するおよび/または負に関連する遺伝子の遺伝子産物の値であり、複数の対照試料は、組換え受容体により遺伝子操作された細胞を含有する細胞療法を受ける前に対象の群から得られ、ここで、群の対象の各々は、引き続きCRを示した。いくつかの態様では、値は、複数の対照試料の中からの一試料中で観察された少なくとも1つの遺伝子産物の最も低いレベル、濃度または量を下回る。ある特定の態様では、値は、複数の対照試料の中からの一試料中で観察された少なくとも1つの遺伝子産物の最も低いレベル、濃度または量を100％以内、75％以内、50％以内、40％以内、30％以内、25％以内、20％以内、10％以内、または5％以内下回る。いくつかの態様では、基準値は、引き続きPDを示さなかった療法を受ける前に対象の群から得られた複数の対照試料の中からの試料の少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、または少なくとも95％、または少なくとも98％で観察されたレベル、濃度または量を上回る。
いくつかの態様では、対象から得られた試料中の少なくとも1個、少なくとも2個、少なくとも3個、少なくとも4個、少なくとも5個、少なくとも6個、少なくとも7個、少なくとも8個、少なくとも9個、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、少なくとも15個、少なくとも16個、少なくとも17個、少なくとも18個、少なくとも20個、少なくとも21個、少なくとも22個、少なくとも23個、少なくとも24個、少なくとも25個、少なくとも26個、少なくとも27個、少なくとも28個、少なくとも29個、少なくとも30個、少なくとも35個、少なくとも40個、少なくとも50個、少なくとも60個、少なくとも70個、少なくとも80個、少なくとも90個、少なくとも100個、または少なくとも120個の遺伝子産物の発現が、対応する遺伝子基準値、例えば、同じ遺伝子に対する遺伝子基準値と比較され、対象が臨床成果（例えば、CR、PRまたはPD）を示す確率、リスクまたは可能性が判定される。いくつかの態様では、少なくとも1個、少なくとも2個、少なくとも3個、少なくとも4個、少なくとも5個、少なくとも6個、少なくとも7個、少なくとも8個、少なくとも9個、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、少なくとも15個、少なくとも16個、少なくとも17個、少なくとも18個、少なくとも20個、少なくとも21個、少なくとも22個、少なくとも23個、少なくとも24個、少なくとも25個、少なくとも26個、少なくとも27個、少なくとも28個、少なくとも29個、少なくとも30個、少なくとも35個、少なくとも40個、少なくとも50個、少なくとも60個、少なくとも70個、少なくとも80個、少なくとも90個、少なくとも100個、または少なくとも120個の遺伝子産物の発現と対応する遺伝子基準値との比較から、発現が、臨床成果（例えば、CR、PRまたはPD）の上昇した、増加したおよび/または高いリスクに関連していると示されたならば、対象は、臨床成果（例えば、CR、PRまたはPD）の上昇した、増加したおよび/または高いリスクがある。
いくつかの態様では、臨床成果（例えば、CR、PRまたはPD）と正に相関するおよび/または正に関連する少なくとも1つの遺伝子産物の発現と、臨床成果（例えば、CR、PRまたはPD）と負に相関するおよび/または負に関連する少なくとも1つの遺伝子産物の発現が、対応する基準値と比較され、対象が臨床成果（例えば、CR、PRまたはPD）を経験する確率、リスクまたは可能性が判定される。
特定の態様では、成果、応答および/またはサブタイプと負に相関するおよび/または負に関連する1つまたは複数の遺伝子産物の発現が基準値を下回るならば、対象は、臨床成果（例えば、CR、PRまたはPD）の高い、上昇したおよび/または増加したリスクがあるおよび/またはそのリスクを有すると見なされる。ある特定の態様では、臨床成果と負に相関するおよび/または負に関連する少なくとも1個、少なくとも2個、少なくとも3個、少なくとも4個、少なくとも5個、少なくとも6個、少なくとも7個、少なくとも8個、少なくとも9個、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、少なくとも15個、少なくとも16個、少なくとも17個、少なくとも18個、少なくとも19個、少なくとも20個、少なくとも25個、少なくとも50個、少なくとも100個、または少なくとも120個の遺伝子産物の発現が基準値を下回るならば、対象は、臨床成果（例えば、CR、PRまたはPD）を発現する高い、上昇したおよび/または増加したリスクがあるおよび/またはそのリスクを有すると見なされる。
いくつかの態様では、臨床成果と正に相関するおよび/または正に関連する1つまたは複数の遺伝子産物の発現が基準値を上回るならば、対象は、臨床成果（例えば、CR、PRまたはPD）を発現する高い、上昇したおよび/または増加したリスクがあるおよび/またはそのリスクを有すると見なされる。ある特定の態様では、臨床成果と正に相関するおよび/または正に関連する少なくとも1個、少なくとも2個、少なくとも3個、少なくとも4個、少なくとも5個、少なくとも6個、少なくとも7個、少なくとも8個、少なくとも9個、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、少なくとも15個、少なくとも16個、少なくとも17個、少なくとも18個、少なくとも19個、少なくとも20個、少なくとも25個、少なくとも50個、少なくとも100個、または少なくとも120個の遺伝子産物の発現が基準値を上回るならば、対象は、臨床成果（例えば、CR、PRまたはPD）を発現する高い、上昇したおよび/または増加したリスクがあるおよび/またはそのリスクを有すると見なされる。
特定の態様では、臨床成果と負に相関するおよび/または負に関連する1つまたは複数の遺伝子産物の発現が基準値を上回るならば、対象は、臨床成果（例えば、CR、PRまたはPD）の低い、減少したおよび/または低下したリスクがあるおよび/またはそのリスクを有すると見なされる。ある特定の態様では、臨床成果と負に相関するおよび/または負に関連する少なくとも1個、少なくとも2個、少なくとも3個、少なくとも4個、少なくとも5個、少なくとも6個、少なくとも7個、少なくとも8個、少なくとも9個、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、少なくとも15個、少なくとも16個、少なくとも17個、少なくとも18個、少なくとも19個、少なくとも20個、少なくとも25個、少なくとも50個、少なくとも100個、または少なくとも120個の遺伝子産物の発現が基準値を上回るならば、対象は、臨床成果（例えば、CR、PRまたはPD）を発現する低い、減少したおよび/または低下したリスクがあるおよび/またはそのリスクを有すると見なされる。
いくつかの態様では、遺伝子産物は、タンパク質、例えば、細胞療法の投与の前にまたはそれに続いて対象から得られる血漿試料から測定されたタンパク質であり、遺伝子基準値は、タンパク質の血清中濃度である。ある特定の態様では、タンパク質は、PRおよび/またはCRと負に相関するおよび/または負に関連する遺伝子産物である。ある特定の態様では、タンパク質は、PRおよび/またはCRと正に相関するおよび/または正に関連する遺伝子産物である。ある特定の態様では、血漿試料は、細胞療法の投与の前、例えば1日前に対象から得られる。ある特定の態様では、血漿試料は、細胞療法の投与に続いて、例えば細胞療法の投与の2日、4日または7日後に対象から得られる。
ある特定の態様では、血漿試料は、細胞療法の投与の前に対象から得られる。ある特定の態様では、タンパク質は、1つまたは複数の生存促進性遺伝子（すなわち、該遺伝子は、抗アポトーシス効果を付与する）、例えばmycファミリー遺伝子（c-myc、l-mycおよびn-myc）、p53、およびEZH2のタンパク質または部分である。いくつかの態様では、遺伝子基準値は、遺伝子産物、例えば、タンパク質またはその部分の血清中濃度である。
D. 対象の選択
いくつかの態様では、細胞傷害性療法（例えば、細胞療法、CAR-T細胞療法など）の投与後に部分奏効（PR）または完全奏効（CR）を示すまたは引き続き示す高い、上昇したおよび/または増加した可能性を有する対象に、病勢進行（PD）を処置、予防、遅延または減弱させるための生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤が投与されることはない。いくつかの態様では、細胞傷害性療法（例えば、細胞療法、CAR-T細胞療法など）の投与後に病勢進行（PD）を示すまたは引き続き示す高い、上昇したおよび/または増加したリスクを有する対象に、（PD）を処置、予防、遅延または減弱させるための生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤が投与される。したがって、いくつかの態様では、細胞傷害性療法と病勢進行（PD）の発現またはそれを発現するリスクを処置、予防、遅延または減弱させるための生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤の投与を含む、併用療法が本明細書に提供される。また、該作用物質の1つまたは複数を含む組成物および製剤、例えば、薬学的製剤も提供される。
いくつかの態様では、本明細書に提供される方法は、細胞傷害性療法の投与後に病勢進行（PD）を発現するまたは経験する可能性を有するおよび/または増加したリスク、確率もしくは可能性を有する対象を特定することによって、併用療法、例えば、細胞傷害性療法と細胞傷害性療法の投与後の病勢進行（PD）の発現または発現のリスクを処置、予防、遅延、低下または減弱させるための生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤の投与のための対象の選択を可能にする。いくつかの態様では、該阻害剤は、対象への免疫療法または細胞療法の投与の開始の（i）前に、(ii）その1日、2日もしくは3日以内に、(iii）それと同時におよび/または（iv）それに続いて投与される。
いくつかの態様では、細胞傷害性療法の投与の前に、対象に、病勢進行（PD）の発現または発現のリスクを処置、予防、遅延、低下または減弱させることが可能な生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤が投与されることも提供されることもない。いくつかの態様では、細胞傷害性療法の投与の開始前の一定期間、対象に、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤が投与されることも提供されることもない。いくつかの態様では、その期間は、細胞傷害性療法の投与の前の1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14もしくは15日間であるか約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14もしくは15日間である、および/または1、2、3、4、5、6週間もしくは6週間超であるか約1、2、3、4、5、6週間もしくは6週間超である。いくつかの態様では、細胞傷害性療法の投与の前、対象が病勢進行（PD）の兆候もしくは症状を示す前、または対象が病勢進行（PD）の兆候もしくは症状を示す場合を除き、対象に、生存促進性BCL2ファミリー阻害剤が投与されることも提供されることもない。
いくつかの態様では、免疫療法または細胞療法の投与の前に、対象に、病勢進行（PD）の発現または発現のリスクを処置、予防、遅延、低下または減弱させることが可能な生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤が投与されるまたは提供される。いくつかの態様では、対象は、高い、増加したまたは上昇したPDのリスクを有すると判定されている。いくつかの態様では、細胞傷害性療法の投与の開始前の一定期間以内、例えば、細胞傷害性療法の投与の前の1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14もしくは15日間以内または約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14もしくは15日間以内、および/または1、2、3、4、5、6週間もしくは6週間超以内または約1、2、3、4、5、6週間もしくは6週間超以内に、対象に、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤が投与されるまたは提供される。いくつかの態様では、PDの最初の兆候または症状の時点で、対象に、該阻害剤が投与されるまたは提供される。
いくつかの態様では、対象は、対象における遺伝子転写またはタンパク質発現の量またはレベルに基づき、細胞傷害性療法の投与後に病勢進行（PD）を発現するまたは経験する可能性を有するおよび/または増加した確率もしくは可能性を有すると特定される。いくつかの態様では、1つまたは複数の生存促進性遺伝子（すなわち、該遺伝子は、抗アポトーシス効果を付与する）の遺伝子転写またはタンパク質発現の量またはレベルは、対象を、療法の投与後に病勢進行（PD）を発現するまたは経験する可能性を有するおよび/または増加した確率もしくは可能性を有すると特定する。いくつかの態様では、1つまたは複数の生存促進性遺伝子の遺伝子転写またはタンパク質発現の量またはレベルは、その量またはレベルが対照値と比較して増加したまたはより高い場合に、対象を、療法の投与後に病勢進行（PD）を発現するまたは経験する可能性を有するおよび/または増加した確率もしくは可能性を有すると特定する。いくつかの態様では、1つまたは複数の生存促進性遺伝子の遺伝子転写またはタンパク質発現の量またはレベルは、その量またはレベルが対照値と比較して減少したまたはより低い場合に、対象を、免疫療法または細胞療法の投与後に病勢進行（PD）を発現するまたは経験する可能性を有しないおよび/または増加した確率もしくは可能性を有しないと特定する。いくつかの態様では、1つまたは複数の生存促進性遺伝子は、mycファミリー遺伝子（c-myc、l-myc、n-myc）、p53、およびEZH2を含む。いくつかの態様では、1つまたは複数の生存促進性遺伝子は、mycファミリー遺伝子（c-myc、l-myc、n-myc）、p53、およびEZH2に関連する遺伝子を含む。
いくつかの態様では、試料の遺伝子産物、例えば、RNAまたはタンパク質遺伝子産物の評価、判定、測定および/または定量は、対照値に対して正規化される。ある特定の態様では、遺伝子の発現が上昇しているか減少しているかおよび/または高いか低いかが遺伝子産物の量またはレベルから示されるかを、1つまたは複数の対照値に対する正規化を実施して分析、評価または判定してもよい。特定の態様では、対照値に対する正規化を使用して、試料中の遺伝子の遺伝子発現を異なる試料の遺伝子発現と比較してもよい。
特定の態様では、対照値は、異なる遺伝子産物の測定値または測定の値である。いくつかの態様では、異なる遺伝子産物は、ハウスキーピング遺伝子の遺伝子産物である。ある特定の態様では、ハウスキーピング遺伝子は、構成的に活性な遺伝子、例えば、基本的な細胞機能の維持に必要とされる遺伝子である。適切なハウスキーピング遺伝子の例は、当技術分野において公知であり、ACTB（ベータ-アクチン）、B2M（ベータ-2-ミクログロブリン）、GAPDH（グリセルアルデヒド 3-リン酸デヒドロゲナーゼ）、RPLP0（60S酸性リボソームタンパク質P0）、GUSB（ベータ-グルクロニダーゼ）、HMBS（ヒドロキシメチル-ビランシンターゼ）、HPRT1（ヒポキサンチンホスホリボシルトランスフェラーゼ1）、RPL13A（リボソームタンパク質L13a）、SDHA、コハク酸デヒドロゲナーゼ複合体サブユニットA）、TBP（TATAボックス結合タンパク質）、TFRC（トランスフェリン受容体1）、およびUBC（ユビキチンC）をコードする遺伝子を含むが、それらに限定されない。いくつかの態様では、対照値は、遺伝子産物と同じ試料中で測定される。
ある特定の態様では、遺伝子産物は、同じ遺伝子からの遺伝子産物の測定値または測定の値である対照値と比較されるおよび/またはそれに対して正規化される。いくつかの態様では、対照値は、1つまたは複数の対照試料から得られる測定値または測定の値である。ある特定の態様では、遺伝子産物および対照値は、異なる試料中で測定される。いくつかの態様では、1つまたは複数の対照試料は、試料と同一、同じまたは同様の組織組成および/または細胞組成を有する。いくつかの態様では、試料と対照試料は、同じ対象からの同じ、同様および/または同一の組織由来の異なる試料である。特定の態様では、試料と対照試料は、異なる対象における同じ組織由来の異なる試料である。特定の態様では、試料と対照試料は、異なる対象からの同じ、同様および/または同一の組織由来の異なる試料である。いくつかの態様では、1つまたは複数の試料はリンパ節生検試料であり、1つまたは複数の対照試料はリンパ節生検試料である。特定の態様では、1つまたは複数の試料は血液試料、例えば、末梢血試料であり、1つまたは複数の対照試料は血液試料である。
ある特定の態様では、対照試料は、病態および/またはがんを有しない対象から得られる。特定の態様では、対照試料は、FLまたはDLBCLなどのNHLを有しない対象から得られる。いくつかの態様では、対照試料は、1つまたは複数の腫瘍細胞を有しないおよび/または有する疑いがない。特定の態様では、試料と対照試料は、異なる対象からの同じ、同様および/または同一の組織由来の異なる試料である。ある特定の態様では、対照試料は、EZH2阻害剤で処置される対象から得られる。ある特定の態様では、対照試料は、EZH2阻害剤で処置されない対象から得られる。ある特定の態様では、対照試料は、療法、例えば、細胞療法または免疫療法による処置後、完全奏効（CR）を示さない対象から得られる。ある特定の態様では、対照試料は、療法、例えば、免疫療法または細胞療法による処置後、病勢進行（PD）を示さない対象から得られる。ある特定の態様では、対照試料は、療法、例えば、免疫療法または細胞療法による処置後、腫瘍微小環境（TME）へのT細胞浸潤を示さない対象から得られる。ある特定の態様では、対照試料は、療法、例えば、免疫療法または細胞療法による処置後、腫瘍微小環境（TME）へのT細胞浸潤を示す対象から得られる。
ある特定の態様では、試料の遺伝子産物、例えば、RNAまたはタンパク質遺伝子産物の評価、判定、測定および/または定量は、2つ以上の対照値に対して正規化されるおよび/または比較される。いくつかの態様では、2つ以上の対照値は、同じ遺伝子産物の測定値または測定の値である対照値と、異なる遺伝子産物の測定値または測定の値である対照値を含む。
いくつかの態様では、対照値は、事前判定されている。ある特定の態様では、1つまたは複数の対照値は、試料中の1つまたは複数の遺伝子産物の評価、測定、判定および/または定量と並行して測定されるまたは得られる。
特定の態様では、対照値は、複数の対照試料から得られる1つまたは複数の遺伝子産物の発現の量またはレベルの平均値（例えば、算術平均値）または中央値である。いくつかの態様では、複数の対照試料は、個々の対照対象から得られる。特定の態様では、複数の個々の対照対象は、病態または疾患を有しないおよび/または有する疑いがない対象である。いくつかの態様では、複数の個々の対照対象は、がんを有しないおよび/または有する疑いがない対象である。いくつかの態様では、複数の個々の対照対象は、NHLを有しないおよび/または有する疑いがない対象である。いくつかの態様では、複数の個々の対照対象は、FLまたはDLBCLなどのNHLの特定のサブタイプを有しないおよび/または有する疑いがない対象である。いくつかの態様では、複数の個々の対照対象は、SLLなどのNHLの特定のサブタイプを有しないおよび/または有する疑いがない対象である。特定の態様では、NHLのサブタイプは、NHLの濾胞性リンパ腫（FL）サブタイプである。特定の態様では、NHLのサブタイプは、NHLのびまん性大細胞型B細胞リンパ腫（DLBCL）サブタイプである。特定の態様では、NHLのサブタイプは、NHLの小リンパ球性リンパ腫（SLL）サブタイプである。いくつかの態様では、複数の個々の対照対象は、NHLを有しないおよび/または有する疑いがない対象である。いくつかの態様では、複数の個々の対照対象は、CLLなどの白血病の特定のタイプを有しないおよび/または有する疑いがない対象である。いくつかの態様では、複数の個々の対照対象は、CLLを有しないおよび/または有する疑いがない対象である。
ある特定の態様では、複数の個々の対照対象は、がんを有するおよび/または有する疑いがある複数の対象である。いくつかの態様では、複数の個々の対照対象は、非ホジキンリンパ腫（NHL）を有するおよび/または有する疑いがある対象であるかまたはそれを含む。いくつかの態様では、複数の個々の対照対象は、NHLの特定のサブタイプを有するおよび/または有する疑いがある対象であるかまたはそれを含む。いくつかの態様では、複数の個々の対照対象は、NHLの特定のサブタイプではないNHLを有するおよび/または有する疑いがある対象であるかまたはそれを含む。特定の態様では、NHLのサブタイプは、ALLのDLBCLサブタイプである。いくつかの態様では、複数の個々の対照対象は、DLBCL対象であるかまたはそれを含む。特定の態様では、NHLのサブタイプは、ALLのFLサブタイプである。特定の態様では、NHLのサブタイプは、SLLのFLサブタイプである。いくつかの態様では、複数の個々の対照対象は、FL対象であるかまたはそれを含む。いくつかの態様では、複数の個々の対照対象は、白血病を有するおよび/または有する疑いがある対象であるかまたはそれを含む。いくつかの態様では、白血病は、慢性リンパ性白血病（CLL）である。
ある特定の態様では、複数の個々の対照対象は、がんを有するおよび/または有する疑いがある複数の対象である。いくつかの態様では、複数の個々の対照対象は、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫（DLBCL）を有するおよび/または有する疑いがある対象であるかまたはそれを含む。いくつかの態様では、複数の個々の対照対象は、DLBCLの特定のサブタイプを有するおよび/または有する疑いがある対象であるかまたはそれを含む。いくつかの態様では、複数の個々の対照対象は、DLBCLの特定のサブタイプではないDLBCLを有するおよび/または有する疑いがある対象であるかまたはそれを含む。特定の態様では、DLBCLのサブタイプは、DLBCLの胚中心B細胞（GCB）サブタイプである。いくつかの態様では、複数の個々の対照対象は、GCB DLBCL対象であるかまたはそれを含む。特定の態様では、DLBCLのサブタイプは、DLBCLの活性化B細胞（ABC）サブタイプである。いくつかの態様では、複数の個々の対照対象は、ABC DLBCL対象であるかまたはそれを含む。
いくつかの態様では、複数の個々の対照対象は、EZH2阻害剤で処置されないまたは処置されたことのない対象である。いくつかの態様では、複数の個々の対照対象は、EZH2阻害剤で処置されるまたは処置されたことのある対象である。いくつかの態様では、複数の個々の対照対象は、療法、例えば、免疫療法または細胞療法による処置後、CRを示さないまたは示していなかった対象である。いくつかの態様では、複数の個々の対照対象は、療法、例えば、免疫療法または細胞療法による処置後、PDを示さないまたは示していなかった対象である。いくつかの態様では、複数の個々の対照対象は、療法、例えば、免疫療法または細胞療法による処置後、T細胞応答、例えば、腫瘍微小環境へのT細胞浸潤を示さないまたは示していなかった対象である。いくつかの態様では、複数の個々の対照対象は、療法、例えば、免疫療法または細胞療法による処置後、T細胞応答、例えば、腫瘍微小環境へのT細胞浸潤を示すまたは示していた対象である。
いくつかの態様では、対照値は、複数の対照試料から得られる。ある特定の態様では、複数の対照試料は、少なくとも2個、少なくとも3個、少なくとも5個、少なくとも10個、少なくとも15個、少なくとも20個、少なくとも25個、少なくとも30個、少なくとも40個、少なくとも50個、少なくとも100個、少なくとも200個、少なくとも300個、少なくとも400個、または少なくとも500個の対照試料を含有する。
ある特定の態様では、遺伝子発現、例えば、1つまたは複数の遺伝子産物の量またはレベルの評価、測定、判定または定量は、当技術分野における任意の手段によって分析することができる。いくつかの態様では、分析に先立って、生の遺伝子発現データ、例えば、遺伝子産物の測定および/または定量されたレベル、量または濃度の値を、正規化もしくは変換する、例えば、対数正規化する、発現比として表す、パーセンタイル順位付けする、および/または分位スケーリングすることができる。いくつかの態様では、遺伝子発現データは、任意のノンパラメトリックデータスケーリングアプローチによってさらに修正してもよい。いくつかの態様では、1つまたは複数の遺伝子産物の発現の測定または評価の変換は、対照に対する任意の正規化に先立って行われる。ある特定の態様では、1つまたは複数の遺伝子産物の発現の測定または評価の変換は、対照値に対する正規化の後に行われる。いくつかの態様では、変換は、対数変換、べき変換、またはロジット変換である。いくつかの態様では、対数変換は、常用対数（log10(x)）、自然対数（ln(x)）、または二進対数（log2(x)）である。
発現パターンは、一般線形モデル（GLM）、ANOVA、回帰（ロジスティック回帰を含む）、サポートベクターマシン（SVM）、線形判別分析（LDA）、主成分分析（PCA）、k-近傍法（kNN）、ニューラルネットワーク（NN）、最近傍平均/重心法（NM）およびベイズ共変量予測子（BCP）などの多種多様な手段によって、評価および分類することができる。SVMなどのモデルを、本発明の教示に基づき本明細書に記載の遺伝子のサブセットおよび組み合わせのいずれかを使用して開発することができる。より特定の態様では、発現パターンは、該遺伝子の対数正規化された発現レベルの平均として評価される。
例示的な処置成果およびそれを評価するための方法
本明細書に提供される方法、組み合わせ、使用、キットおよび製造品のいくつかの態様では、提供される併用療法は、後述するような1つまたは複数の処置成果、例えば、療法または処置に関連するパラメーターのいずれか1つまたは複数に関連する特徴をもたらす。いくつかの態様では、該方法は、がん細胞に対するT細胞、例えば、T細胞ベース療法のために投与されるT細胞の細胞傷害性の評価を含む。いくつかの態様では、該方法は、T細胞、例えば、T細胞ベース療法のために投与されるT細胞の曝露、持続性および増殖の評価を含む。いくつかの態様では、本明細書に提供される方法における、細胞の曝露、または延長された拡大増殖および/もしくは持続性、ならびに/あるいは、細胞、例えば、免疫療法（例えば、T細胞療法）のために投与される細胞の細胞表現型または機能的活性の変化を、インビトロまたはエクスビボでT細胞の特性を評価することによって測定することができる。いくつかの態様では、そのようなアッセイを使用して、T細胞、例えば、T細胞療法の機能を、本明細書に提供される併用療法を投与する前、その途中またはその後に判定または確認することができる。
いくつかの態様では、併用療法はさらに、併用療法による処置のためのおよび/または併用療法を継続するための対象を特定する1つまたは複数のスクリーニング工程、ならびに/あるいは処置成果の評価および/または処置成果のモニタリングのための工程を含むことができる。いくつかの態様では、処置成果の評価のための工程は、処置を評価するおよび/またはモニタリングする工程、ならびに/あるいは、療法のさらなるまたは残りの工程の投与のためのおよび/または反復療法のための対象を特定する工程を含むことができる。いくつかの態様では、スクリーニング工程および/または処置成果の評価は、本明細書に提供される併用療法の用量、頻度、持続期間、タイミングおよび/または順序を判定するために使用することができる。
いくつかの態様では、本明細書に記載のスクリーニング工程および/または処置成果の評価はいずれも、提供される併用療法の1つまたは複数の工程の投与、例えば、T細胞療法（例えば、CAR発現T細胞）および/または生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばBCL2阻害剤、例えば、ベネトクラクスの投与の前、その途中、その経過途中、またはそれに続いて使用することができる。いくつかの態様では、評価は、本明細書に提供される方法のいずれかを実施する前、その途中、その経過途中、またはその後になされる。いくつかの態様では、評価は、本明細書に提供される方法を実施する前になされる。いくつかの態様では、評価は、本明細書に提供される方法の1つまたは複数の工程を実施した後になされる。いくつかの態様では、評価は、例えば、併用療法を受けることに適切および/または感受性の患者をスクリーニングおよび特定するために、提供される併用療法の1つまたは複数の工程の投与の前に実施される。いくつかの態様では、評価は、例えば、中間または最終処置成果を評価するために、例えば、処置の有効性を判定するためにおよび/または処置を継続するか反復するかを判定するためにおよび/または併用療法の残りの工程を投与するかどうかを判定するために、提供される併用療法の1つまたは複数の工程の投与の途中、その経過途中、またはそれに続いて実施される。
いくつかの態様では、処置成果は、改善された免疫機能、例えば、細胞ベース療法のために投与されるT細胞の免疫機能および/または体内の内因性T細胞の免疫機能を含む。いくつかの態様では、例示的な処置成果は、増強されたT細胞の増殖、増強されたT細胞の機能的活性、免疫細胞表現型マーカー発現の変化を含むが、それらに限定されず、例えば、そのような特徴は、対象に投与される操作されたT細胞、例えば、CAR-T細胞に関連する。いくつかの態様では、例示的な処置成果は、減少した疾病負荷、例えば、腫瘍負荷、改善された臨床成果および/または増強された療法の有効性を含む。
いくつかの態様では、スクリーニング工程および/または処置成果の評価は、細胞ベース療法のために投与されるT細胞の生存および/または機能を評価することを含む。いくつかの態様では、スクリーニング工程および/または処置成果の評価は、サイトカインまたは成長因子のレベルを評価することを含む。いくつかの態様では、スクリーニング工程および/または処置成果の評価は、疾病負荷および/または改善を評価すること、例えば、腫瘍負荷および/または臨床成果を評価することを含む。いくつかの態様では、スクリーニング工程および/または処置成果の評価のどちらも、本明細書に記載されるおよび/または当技術分野において公知の評価方法および/またはアッセイのいずれを含むことができ、そして、例えば、併用療法の1つまたは複数の工程の投与の前、その途中、その経過途中、またはそれに続いて、1回または複数回実施することができる。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において評価できる処置成果に関連する例示的なパラメーターのセットは、末梢血免疫細胞集団プロファイルおよび/または腫瘍負荷を含む。
いくつかの態様では、該方法は、対象における細胞療法の有効性に影響を与える。いくつかの態様では、該方法における細胞用量を生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤、例えばBCL2阻害剤、例えば、ベネトクラクスと共に投与した後の対象における組換え受容体発現（例えば、CAR発現）細胞の細胞傷害性は、阻害剤、例えば、ベネトクラクスの投与なしの方法を介して達成されたものと比較してより大きい。いくつかの態様では、該方法における細胞用量を生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤、例えばBCL2阻害剤、例えば、ベネトクラクスの治療上有効未満の量と共に投与した後の対象における組換え受容体発現（例えば、CAR発現）細胞の細胞傷害性は、阻害剤、例えば、ベネトクラクスの投与なしの方法を介して達成されたものと比較してより大きい。いくつかの態様では、投与されたT細胞療法、例えば、CAR発現T細胞の対象における細胞傷害性は、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤、例えば、ベネトクラクスの非存在下で対象にT細胞療法が投与される方法と比較して評価される。いくつかの態様では、該方法は、結果として、投与されたT細胞が、阻害剤、例えば、ベネトクラクスの非存在下で対象にT細胞療法が投与される方法と比較して対象において増加したまたは延長された細胞傷害性を示す。
いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤、例えば、ベネトクラクスの投与は、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えば、ベネトクラクスの非存在下で対象に組換え受容体を発現する細胞の用量が投与される方法と比較して、対象における疾病負荷、例えば、腫瘍負荷を減少させる。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤、例えば、ベネトクラクスの治療上有効未満の量の投与は、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えば、ベネトクラクスの非存在下で対象に組換え受容体を発現する細胞の用量が投与される方法と比較して、対象における疾病負荷、例えば、腫瘍負荷を減少させる。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えば、ベネトクラクスの投与は、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えば、ベネトクラクスの非存在下で対象に組換え受容体を発現する細胞の用量が投与される方法と比較して、対象における芽球髄（blast marrow）を減少させる。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えば、ベネトクラクスの投与は、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えば、ベネトクラクスの非存在下で対象に組換え受容体を発現する細胞の用量が投与される方法と比較して、改善された臨床成果、例えば、客観的奏効率（ORR）、無増悪生存期間（PFS）および全生存期間（OS）をもたらす。
いくつかの態様では、併用療法の1つまたは複数の工程の投与の前に対象をスクリーニングすることができる。例えば、併用療法を投与することに対する適合性、応答性および/または感受性を判定するために、併用療法の投与の前に、疾患の特徴および/または疾病負荷、例えば、腫瘍負荷について対象をスクリーニングすることができる。例えば、併用療法を投与することに対する適合性、応答性および/または感受性を判定するために、併用療法の投与の前に、疾患の特徴、例えば、生存促進性またはアポトーシス促進性BCL2ファミリータンパク質の過剰発現または異常発現について対象をスクリーニングすることができる。いくつかの態様では、スクリーニング工程および/または処置成果の評価は、本明細書に提供される併用療法の用量、頻度、持続期間、タイミングおよび/または順序を判定するために使用することができる。
いくつかの態様では、併用療法の残りの工程を受ける対象を判定および特定するためにならびに/または療法の有効性をモニタリングするために、併用療法の工程の1つの投与の後に対象をスクリーニングすることができる。いくつかの態様では、投与されたT細胞の数、レベルもしくは量ならびに/または投与されたT細胞の増殖および/もしくは活性が、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤、例えばBCL2阻害剤、例えば、ベネトクラクスの投与の前および/または投与の後に評価される。
いくつかの態様では、パラメーターまたは成果のレベル、値または測定値の、異なる評価時点、異なる条件、基準点および/または異なる対象における同じパラメーターまたは成果のレベル、値または測定値と比較した、変化および/または変更、例えば、増加、上昇、減少または低下が判定されるまたは評価される。例えば、いくつかの態様では、特定のパラメーター、例えば、BCL2ファミリータンパク質の発現の、異なる条件、例えば、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばBCL2阻害剤、例えば、ベネトクラクスの投与前における同じパラメーターと比較した、倍率変化、例えば、増加または減少を判定することができる。いくつかの態様では、2つ以上のパラメーターのレベル、値または測定値が判定され、相対レベルが比較される。いくつかの態様では、判定されたパラメーターのレベル、値または測定値は、対照試料または未処置試料からのレベル、値または測定値と比較される。いくつかの態様では、判定されたパラメーターのレベル、値または測定値は、同じ対象に由来するが異なる時点の試料からのレベルと比較される。個々のパラメーターの定量において得られた値を、例えば、マルチパラメトリック分析を使用することによりパラメーターのレベル、値または測定値に対して算術演算または論理演算を組み立てることによって、疾患評価の目的のために組み合わせることができる。いくつかの態様では、2つ以上の特定のパラメーターの比率を算出することができる。
T細胞の健康、機能、活性ならびに/または成果、例えば応答、有効性および/もしくは毒性成果に関連するパラメーターの評価および判定を、様々な時点で評価することができる。いくつかの局面では、評価は、例えば、細胞療法の投与の前、細胞の製造の前、その途中もしくはその後、および/または生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えば、ベネトクラクスの投与の開始時、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えば、ベネトクラクスの継続された投与、再開された投与および/もしくはさらなる投与の途中、細胞療法の投与の開始時および/または細胞療法の投与の開始の前、その途中もしくはその後に、複数回実施することができる。
いくつかの態様では、投与された細胞および/または細胞組成物の機能的属性は、モニタリング薬物動態（PK）パラメーター、細胞の拡大増殖および持続性、細胞機能性アッセイ（例えば、本明細書に記載しているいずれか、例えば、細胞傷害性アッセイ、サイトカイン分泌アッセイおよびインビボアッセイ）、高次元T細胞シグナル伝達評価、ならびにT細胞の疲弊表現型および/またはシグネチャの評価を含む。いくつかの局面では、評価またはモニタリングできる他の属性は、微小残存病変（MRD）をモニタリングすることおよびその評価を含む。いくつかの局面では、評価またはモニタリングできる他の属性は、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えば、ベネトクラクスの薬力学パラメーターを含む。
A. 応答、有効性、および生存
いくつかの態様では、スクリーニング工程および/または処置成果の評価および/または処置成果のモニタリングについて評価できるパラメーターを含めた、療法または処置成果に関連するパラメーターは、腫瘍または疾病負荷を含む。免疫療法もしくは細胞療法、例えばT細胞療法（例えば、CAR発現T細胞）である療法および/または生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばBCL2阻害剤、例えば、ベネトクラクスの投与は、対象における疾患または病態の増大または負荷を低減または防止することができる。例えば、疾患または病態が腫瘍である場合、該方法は、一般に、腫瘍サイズ、嵩、転移、骨髄における芽球の割合または分子的に検出可能なB細胞悪性腫瘍を低減する、および/あるいは予後もしくは生存または腫瘍負荷に関連する他の症状を改善する。
いくつかの局面では、提供される方法および/または提供される製造品もしくは組成物に従う投与は、一般に、対象における疾患または病態の増大または負荷を低減または防止する。例えば、疾患または病態が腫瘍である場合、該方法は、一般に、腫瘍サイズ、嵩、転移、骨髄における芽球の割合または分子的に検出可能なB細胞悪性腫瘍を低減する、および/あるいは予後もしくは生存または腫瘍負荷に関連する他の症状を改善する。
いくつかの態様では、提供される方法は、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばBCL2阻害剤、例えば、ベネトクラクスの投与なしで療法、例えばT細胞療法（例えば、CAR発現T細胞）が与えられる代替法と比較して、処置された対象において減少した腫瘍負荷をもたらす。いくつかの態様では、提供される方法は、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばBCL2阻害剤、例えば、ベネトクラクスの投与なしで免疫療法、例えばT細胞療法（例えば、CAR発現T細胞）が与えられる代替法と比較して、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤の治療上有効未満の量で処置された対象において減少した腫瘍負荷をもたらす。腫瘍負荷は、併用療法を受けるすべての対象において実際に低減する必要はないが、腫瘍負荷は、そのような併用療法で処置された対象の大多数が低減された腫瘍負荷を示す（例えば、併用療法で処置された対象の少なくとも50％、60％、70％、80％、90％、95％またはそれ以上が低減された腫瘍負荷を示す）臨床データに基づくなどして、処置された対象において平均して低減することが必要である。
いくつかの態様では、提供される方法は、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばBCL2阻害剤、例えば、ベネトクラクスの投与なしで療法、例えばT細胞療法（例えば、CAR発現T細胞）が与えられる代替法と比較して、細胞傷害性療法の増加した細胞傷害活性をもたらす。いくつかの態様では、提供される方法は、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばBCL2阻害剤、例えば、ベネトクラクスの投与なしで免疫療法、例えばT細胞療法（例えば、CAR発現T細胞）が与えられる代替法と比較して、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤の治療上有効未満の量で処置された対象において増加した細胞傷害性をもたらす。いくつかの場合に、提供される方法は、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばBCL2阻害剤、例えば、ベネトクラクスの投与なしで免疫療法、例えばT細胞療法（例えば、CAR発現T細胞）が与えられる代替法と比較して、任意でパーフォリン媒介性アポトーシスおよび/またはグランザイム媒介性アポトーシスを介した、1つまたは複数のがん細胞の細胞傷害性療法の増加した細胞傷害性をもたらす。細胞傷害性は、併用療法を受けるすべての対象において実際に増加する必要はないが、細胞傷害性は、そのような併用療法で処置された対象の大多数が低減された腫瘍負荷を示す（例えば、併用療法で処置された対象の少なくとも50％、60％、70％、80％、90％、95％またはそれ以上が低減された腫瘍負荷を示す）臨床データに基づくなどして、処置された対象において平均して増加することが必要である。
疾患負荷は、対象における、または対象の器官、組織もしくは体液、例えば腫瘍の器官もしくは組織もしくは、例えば転移を示す別の場所における、疾患の全細胞数を包含し得る。例えば、腫瘍細胞は、特定の血液学的悪性腫瘍の状況で血液、リンパまたは骨髄において検出および/または定量化され得る。疾患負荷は、いくつかの態様では、腫瘍の量、転移の数もしくは範囲および/または骨髄に存在する芽細胞の割合を含み得る。
いくつかの態様では、対象は、骨髄腫、リンパ腫または白血病を有する。疾患負荷の程度は、血液または骨髄における残存白血病の評価によって決定することができる。いくつかの態様では、対象は、非ホジキンリンパ腫（NHL）、急性リンパ芽球性白血病（ALL）、慢性リンパ性白血病（CLL）、小リンパ球性リンパ腫（SLL）、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫（DLBCL）または骨髄腫、例えば多発性骨髄腫（MM）を有する。いくつかの態様では、対象は白血病またはリンパ腫を有する。いくつかの態様では、対象は白血病を有する。いくつかの場合では、白血病はCLLである。いくつかの態様では、対象はリンパ腫を有する。いくつかの場合では、対象は、DBCBLを含むNHLを有する。いくつかの場合では、リンパ腫はSLLである。
いくつかの局面では、NHLを有する対象などの対象における奏効率は、Lugano基準に基づく。（Cheson et al.,（2014）JCO., 32（27）:3059-3067; Johnson et al.,（2015）Radiology 2: 323-338; Cheson, B.D. （2015）Chin Clin Oncol. 4（1）:5）。いくつかの局面では、応答評価は、臨床的方法、血液学的方法、および/または分子的方法のいずれかを利用する。いくつかの局面では、Lugano基準を使用して評価される応答は、必要に応じて陽電子放射断層撮影法（PET）-コンピュータ断層撮影法（CT）および/またはCTの使用を含む。PET-CT評価は、FDG-avidリンパ腫のためのフルオロデオキシグルコース（FDG）の使用をさらに含み得る。いくつかの局面では、FDG-avid組織学において応答を評価するためにPET-CTが使用される場合、5段階尺度が使用され得る。いくつかの点で、5段階尺度は以下の評価基準を含む；1、バックグラウンドを上回る取り込みなし；2、縦隔以下の取り込み；3、縦隔を超えるが肝臓以下の取り込み；4、肝臓を控えめに超える取り込み；5、取り込みは肝臓および/または新しい病変よりも著しく高い；X、リンパ腫に関連する可能性が低い新しい取り込み領域。
いくつかの局面では、Lugano基準を使用して表される完全奏効は、様々な測定可能な部位における完全な代謝的応答および完全な放射線学的応答を含む。いくつかの局面では、これらの部位にはリンパ節およびリンパ節外部位が含まれ、PET-CTが使用される場合、CRは、残留塊の有無にかかわらず、5段階尺度で1、2または3のスコアとして表される。いくつかの局面では、高い生理学的取り込みまたは脾臓内もしくは骨髄内での活性化（例えば化学療法または骨髄性コロニー刺激因子による）を有するワルダイエル輪またはリンパ節外部位では、取り込みは、正常な縦隔および/または肝臓を上回り得る。この状況では、組織が高い生理的取り込みを有する場合でも、最初の関与部位での取り込みが周囲の正常組織と同程度であれば、完全な代謝的応答が推測され得る。いくつかの局面では、応答はCTを使用してリンパ節で評価され、CRは疾患のリンパ節外部位がないと表され、標的リンパ節/リンパ節塊は、病変の最長横径（LDi）で1.5cm以下まで退縮しなければならない。さらなる評価部位には骨髄が含まれ、PET-CTに基づく評価は、骨髄におけるFDG-avid疾患の証拠の欠如を示すべきであり、CTに基づく評価は正常な形態を示すべきであり、これは、不確定な場合はIHC陰性であるべきである。さらなる部位には器官拡張の評価が含まれてもよく、これは正常まで退縮すべきである。いくつかの局面では、測定されていない病変と新しい病変が評価され、これらは、CRの場合には非存在でなければならない（Cheson et al.,（2014）JCO., 32（27）: 3059-3067; Johnson et al.,（2015）Radiology 2: 323-338; Cheson, B.D.（2015）Chin. Clin. Oncol. 4（1）: 5）。
いくつかの局面では、Lugano基準を使用して表される部分奏効（PR）は、様々な測定可能な部位における部分的な代謝的応答および/または放射線学的応答を含む。いくつかの局面では、これらの部位にはリンパ節およびリンパ節外部位が含まれ、PET-CTが使用される場合、PRは、ベースラインおよび任意のサイズの残留塊と比較して減少した取り込みを伴う4または5のスコアとして表される。暫定的に、そのような所見は応答性疾患を示す可能性がある。治療の終了時には、そのような所見は残存疾患を示す可能性がある。いくつかの局面では、応答は、CTを使用してリンパ節で評価され、PRは、標的となる6つまでの測定可能なリンパ節およびリンパ節外部位のSPDの50％以上の減少と表される。病変が小さすぎてCTで測定できない場合は、5mm×5mmがデフォルト値として割り当てられる;病変がもはや視認されない場合は、値は0mm×0mmである;5mm×5mmを超えるが、正常よりも小さいリンパ節については、実測値が計算に使用される。さらなる評価部位には骨髄が含まれ、PET-CTに基づく評価は、正常な骨髄での取り込みよりも大きいが、ベースラインと比較して減少した残留取り込み（許容される化学療法からの反応性変化と矛盾しない広範な取り込み）を示すべきである。いくつかの局面では、リンパ節応答の状況で骨髄に持続的な限局性変化がある場合、MRIもしくは生検によるさらなる評価、またはインターバルスキャンが検討されるべきである。いくつかの局面では、さらなる部位には器官拡張の評価が含まれてもよく、脾臓が正常を50％未満上回る長さに退縮していなければならない。いくつかの局面では、測定されていない病変と新しい病変が評価され、これらは、PRの場合には非存在/正常、退縮でなければならず、増加があってはならない。無反応/安定（SD）または進行性疾患（PD）もまた、PET-CTおよび/またはCTに基づく評価を使用して測定することができる。（Cheson et al.,（2014）JCO., 32（27）: 3059-3067; Johnson et al.,（2015）Radiology 2: 323-338; Cheson, B.D. 2015）Chin. Clin. Oncol., 4（1）:5）。
いくつかの点で、無増悪生存期間（PFS）は、B細胞悪性腫瘍などの疾患の治療中および治療後に、対象が疾患を有しながら生存するが、疾患が悪化しない期間の長さとして表される。いくつかの局面では、客観的奏効（OR）は測定可能な応答として表される。いくつかの局面では、客観的奏効率（ORR）は、CRまたはPRを達成した患者の割合として表される。いくつかの局面では、全生存期間（OS）は、B細胞悪性腫瘍などの疾患の診断日または治療開始日のいずれかからの、疾患と診断された対象が依然として生存している期間の長さとして表される。いくつかの局面では、無事象生存期間（EFS）は、B細胞悪性腫瘍の治療が終了した後に、対象が、治療が防止するまたは遅延させることを意図された特定の合併症または事象を有さないままである期間の長さとして表される。これらの事象には、B細胞悪性腫瘍の再発、または骨に転移したB細胞悪性腫瘍による骨の痛み、または死亡などの特定の症状の発症が含まれ得る。
いくつかの態様では、奏効期間（DOR）の測定尺度には、腫瘍応答の文書化から疾患進行までの時間が含まれる。いくつかの態様では、応答を評価するためのパラメーターは、持続性応答、例えば療法の開始からある一定期間後に持続する応答を含み得る。いくつかの態様では、持続性応答は、療法の開始後約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、18、または24ヶ月での奏効率によって示される。いくつかの態様では、応答は3ヶ月超または6ヶ月超にわたって持続性である。
いくつかの局面では、客観的腫瘍応答を決定するためにRECIST基準が使用される。（Eisenhauer et al., European Journal of Cancer 45（2009）228-247）。いくつかの局面では、RECIST基準は、標的病変についての客観的腫瘍応答を決定するために使用される。いくつかの点で、RECIST基準を使用して決定される完全奏効は、すべての標的病変の消失として表され、病的リンパ節はいずれも（標的または非標的にかかわらず）、短軸が10mm未満に減少しなければならない。他の局面では、RECIST基準を使用して決定される部分奏効は、ベースラインの合計直径を参照として、標的病変の直径の合計の少なくとも30％の減少として表される。他の局面では、進行性疾患（PD）は、試験時の最小合計を参照として（試験時に最小である場合はベースライン合計を含む）、標的病変の直径の合計の少なくとも20％の増加として表される。20％の相対的増加に加えて、合計はまた、少なくとも5mmの絶対的増加を示さなければならない（いくつかの局面では、1つまたは複数の新しい病変の出現も進行と見なされる）。他の局面では、安定（SD）は、試験中の最小合計直径を参照として、PRに適格とするための十分な収縮、またはPDに適格とするための十分な増加のいずれでもないと表される。
MMの場合、疾患負荷の程度を評価するための例示的なパラメーターには、クローン性形質細胞の数（例えば骨髄生検で、または他の組織からの生検の任意の量で＞10％;形質細胞腫）、血清または尿のいずれかにおけるモノクローナルタンパク質（パラプロテイン）の存在、形質細胞障害に関連すると考えられる末端器官障害の証拠（例えば高カルシウム血症（補正カルシウム＞2.75mmol/l）;骨髄腫に起因する腎不全;貧血（ヘモグロビン＜10g/dl）;および/または骨病変（溶解性病変または圧迫骨折を伴う骨粗鬆症）などのパラメーターが含まれる。
DLBCLの場合、疾患負荷の程度を評価するための例示的なパラメーターには、細胞形態（例えば、中心芽細胞、免疫芽細胞および未分化細胞）、遺伝子発現、miRNA発現、およびタンパク質発現（例えばBCL2、BCL6、MUM1、LMO2、MYCおよびp21の発現）などのパラメーターが含まれる。
いくつかの局面では、対象、例えばCLLを有する対象における奏効率は、慢性リンパ性白血病に関する国際ワークショップ（International Workshop on Chronic Lymphocytic Leukemia）（IWCLL）の応答基準に基づく（Hallek, et al., Blood 2008, Jun 15; 111（12）: 5446-5456）。いくつかの局面では、これらの基準は次のように表される:完全寛解（CR）、これは、いくつかの局面では免疫表現型検査による末梢血のクローン性リンパ球の非存在、リンパ節症の非存在、肝腫大または巨脾腫の非存在、全身症状の非存在および十分な血球数を必要とする;不完全な骨髄回復を伴う完全寛解（CRi）、これは、いくつかの局面では上記のCRと表されるが、正常な血球数を伴わない;部分寛解（PR）、これは、いくつかの局面では末梢血球数の改善を伴う、リンパ球数の50％以上の減少、リンパ節症の50％以上の減少、または肝臓もしくは脾臓の50％以上の減少として表される;進行性疾患（PD）、これは、いくつかの局面ではリンパ球数の5×109/Lを超える50％以上の増加、リンパ節症の50％以上の増加、肝臓もしくは脾臓のサイズの50％以上の増加、リヒター形質転換、またはCLLによる新たな血球減少症として表される;および安定疾患、これは、いくつかの局面ではCR、CRi、PRまたはPDの基準に合致しないものと表される。
いくつかの態様では、細胞の用量の投与から1ヶ月以内に、対象のリンパ節が20mm未満もしくは約20mm未満のサイズ、または10mm未満もしくは約10mm未満のサイズ、または10mm未満もしくは約10mm未満のサイズである場合、対象はCRまたはORを示す。
いくつかの態様では、CLLの指標クローンは、対象の骨髄において（または本方法に従って治療された対象の50％超、60％超、70％超、80％超、90％超、またはそれ以上の骨髄において）検出されない。いくつかの態様では、CLLの指標クローンは、IgHディープシークエンシングによって評価される。いくつかの態様では、指標クローンは、細胞の投与後1ヶ月もしくは約1ヶ月もしくは少なくとも1ヶ月もしくは少なくとも約1ヶ月、2ヶ月もしくは約2ヶ月もしくは少なくとも2ヶ月もしくは少なくとも約2ヶ月、3ヶ月もしくは約3ヶ月もしくは少なくとも3ヶ月もしくは少なくとも約3ヶ月、4ヶ月もしくは約4ヶ月もしくは少なくとも4ヶ月もしくは少なくとも約4ヶ月、5ヶ月もしくは約5ヶ月もしくは少なくとも5ヶ月もしくは少なくとも約5ヶ月、6ヶ月もしくは約6ヶ月もしくは少なくとも6ヶ月もしくは少なくとも約6ヶ月、12ヶ月もしくは約12ヶ月もしくは少なくとも12ヶ月もしくは少なくとも約12ヶ月、18ヶ月もしくは約18ヶ月もしくは少なくとも18ヶ月もしくは少なくとも約18ヶ月、または24ヶ月もしくは約24ヶ月もしくは少なくとも24ヶ月もしくは少なくとも約24ヶ月の時点で検出されない。
いくつかの態様では、例えば光学顕微鏡検査によって検出されるように、骨髄中に5％もしくはそれ以上の芽細胞、例えば骨髄中に10％もしくはそれ以上の芽細胞、骨髄中に20％もしくはそれ以上の芽細胞、骨髄中に30％もしくはそれ以上の芽細胞、骨髄中に40％もしくはそれ以上の芽細胞、または骨髄中に50％もしくはそれ以上の芽細胞が存在する場合、対象は形態学的疾患を示す。いくつかの態様では、5％未満の芽細胞が骨髄中に存在する場合、対象は完全寛解または臨床的寛解を示す。
いくつかの態様では、対象は完全寛解を示し得るが、小さな割合の形態学的に検出不能な（光学顕微鏡検査技術によって）残存白血病細胞が存在する。対象が骨髄中で5％未満の芽細胞を示し、分子的に検出可能なB細胞悪性腫瘍を示す場合、対象は最小残存病変（MRD）を示すと言われる。いくつかの態様では、分子的に検出可能なB細胞悪性腫瘍は、少数の細胞の高感度検出を可能にする様々な分子技術のいずれかを使用して評価することができる。いくつかの局面では、そのような技術は、染色体転座によって生成される独特のIg/T細胞受容体遺伝子再構成または融合転写物を決定することができるPCRアッセイを含む。いくつかの態様では、フローサイトメトリーは、白血病特異的な免疫表現型に基づいてB細胞悪性腫瘍の細胞を同定するために使用することができる。いくつかの態様では、B細胞悪性腫瘍の分子検出は、100,000個の正常な細胞中にわずか1個の白血病細胞を検出することができる。いくつかの態様では、PCRまたはフローサイトメトリーなどによって、100,000個の細胞中に少なくとも1個または1個より多い白血病細胞が検出される場合、対象は、分子的に検出可能なMRDを示す。いくつかの態様では、対象の疾患負荷は分子的に検出不可能またはMRD-であり、そのため、いくつかの場合には、PCRまたはフローサイトメトリー技術を用いて対象において白血病細胞を検出することができない。
白血病の場合、疾患負荷の程度は、血液または骨髄中の残存白血病の評価によって決定することができる。いくつかの態様では、例えば光学顕微鏡検査によって検出されるように、5％またはそれ以上の芽細胞が骨髄中に存在する場合、対象は形態学的疾患を示す。いくつかの態様では、5％未満の芽細胞が骨髄中に存在する場合、対象は完全寛解または臨床的寛解を示す。
いくつかの態様では、白血病の場合、対象は完全な寛解を示し得るが、小さな割合の形態学的に検出不可能な（光学顕微鏡検査技術によって）残存白血病細胞が存在する。対象が骨髄中で5％未満の芽細胞を示し、分子的に検出可能なB細胞悪性腫瘍を示す場合、対象は最小残存病変（MRD）を示すと言われる。いくつかの態様では、分子的に検出可能なB細胞悪性腫瘍は、少数の細胞の高感度検出を可能にする様々な分子技術のいずれかを使用して評価することができる。いくつかの局面では、そのような技術は、染色体転座によって生成される独特のIg/T細胞受容体遺伝子再構成または融合転写物を決定することができるPCRアッセイを含む。いくつかの態様では、フローサイトメトリーは、白血病特異的な免疫表現型に基づいてB細胞悪性腫瘍の細胞を同定するために使用することができる。いくつかの態様では、B細胞悪性腫瘍の分子検出は、100,000個の正常な細胞中にわずか1個の白血病細胞を検出することができる。いくつかの態様では、PCRまたはフローサイトメトリーなどによって、100,000個の細胞中に少なくとも1個または1個より多い白血病細胞が検出される場合、対象は、分子的に検出可能なMRDを示す。いくつかの態様では、対象の疾患負荷は分子的に検出不可能またはMRD-であり、そのため、いくつかの場合には、PCRまたはフローサイトメトリー技術を用いて対象において白血病細胞を検出することができない。
いくつかの態様では、細胞療法、例えばT細胞療法（例えば、CAR発現T細胞）および/または生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えばBCL2阻害剤、例えば、ベネトクラクスの方法および/または投与は、免疫療法、例えば、T細胞療法および/または生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えば、ベネトクラクスの投与の直前の時間の疾病負荷と比較して疾病負荷を減少させる。
いくつかの局面では、免疫療法、例えば、T細胞療法および/または生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えば、ベネトクラクスの投与は、疾病負荷の増加を防止し得、これは、疾病負荷の変化なしによって証明され得る。
いくつかの態様では、該方法は、疾患または病態の負荷、例えば、腫瘍細胞の数、腫瘍のサイズ、患者の生存期間または無イベント生存期間を、代替療法、例えば、対象が、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えば、ベネトクラクスの投与の非存在下で免疫療法、例えば、T細胞療法単独を受ける代替療法を使用した同等の方法により観察されるであろう低減と比較して、より大きな程度および/またはより長い期間まで低減する。いくつかの態様では、免疫療法、例えば、T細胞療法、および生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えば、ベネトクラクスの投与の併用療法後、疾病負荷は、作用物質の各々単独の投与、例えば、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えば、ベネトクラクスの、免疫療法、例えば、T細胞療法を受けていない対象への投与；または免疫療法、例えば、T細胞療法の、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えば、ベネトクラクスを受けていない対象への投与によって達成されるであろう低減と比較して、より大きな程度またはより長い期間まで低減する。
いくつかの態様では、対象における疾患または病態の負荷が検出、評価または測定される。疾病負荷は、いくつかの局面では、対象におけるまたは対象の臓器、組織もしくは体液（血液もしくは血清など）における疾患細胞または疾患関連細胞、例えば、腫瘍細胞の総数を検出することによって検出され得る。いくつかの態様では、疾病負荷、例えば、腫瘍負荷は、転移の数または程度を測定することによって評価される。いくつかの局面では、対象の生存、ある特定の期間内の生存、生存の程度、無事象生存もしくは無症状生存、または無再発生存の存在または継続期間が評価される。いくつかの態様では、疾患または病態の任意の症状が評価される。いくつかの態様では、疾患または病態の負荷の測定基準が規定される。いくつかの態様では、判定のための例示的なパラメーターは、疾患または病態、例えば、腫瘍における回復または改善の指標となる特定の臨床成果を含む。そのようなパラメーターは、完全奏効（CR）、部分奏効（PR）または病勢安定（SD）（例えば、固形腫瘍効果判定基準（RECIST）ガイドラインを参照のこと）を含めた疾患抑制期間、客観的奏効率（ORR）、無増悪生存期間（PFS）および全生存期間（OS）を含む。これらのパラメーターについての具体的な閾値を、本明細書に提供される併用療法の方法の有効性を判定するために設定することができる。
いくつかの局面では、疾病負荷は、免疫療法、例えば、T細胞療法の投与の前、免疫療法、例えば、T細胞療法の投与の後であるが生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えば、ベネトクラクスの投与の前、および/または、免疫療法、例えば、T細胞療法と生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えば、ベネトクラクスの両方の投与の後に測定または検出される。併用療法の1つまたは複数の工程の複数回投与という状況下で、いくつかの態様では、疾病負荷は、任意の工程、用量および/または投与サイクルの投与の前または後に測定されても、任意の工程、用量および/または投与サイクルの投与の間のある時点に測定されてもよい。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えば,ベネトクラクスの投与は、少なくとも2サイクル（例えば、28日サイクル）行われ、各サイクルの前、その途中および/またはその後に、疾病負荷が測定または検出される。
いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えば、ベネトクラクスおよび免疫療法、例えば、T細胞療法の投与の直前と比較して、提供される方法によって、負荷が、10、20、30、40、50、60、70、80、90もしくは100パーセント、または少なくとも10、20、30、40、50、60、70、80、90もしくは100パーセント、または少なくとも約10、20、30、40、50、60、70、80、90もしくは100パーセント減少する。いくつかの態様では、疾病負荷、腫瘍サイズ、腫瘍体積、腫瘍質量および/または腫瘍負荷もしくは嵩は、免疫療法、例えば、T細胞療法および生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えば、ベネトクラクスの投与後に、免疫療法、例えば、T細胞療法および/または生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤、例えば、ベネトクラクスの投与の直前と比較して、少なくとも10、20、30、40、50、60、70、80、90％もしくはそれ以上、または少なくとも約10、20、30、40、50、60、70、80、90％もしくはそれ以上低減する。
いくつかの態様では、本方法による疾患負荷の低減は、例えば併用療法の投与後、例えば開始後1ヶ月、2ヶ月、3ヶ月、4ヶ月、5ヶ月、6ヶ月、または6ヶ月超で評価されるように、形態学的完全寛解の誘導を含む。
いくつかの局面では、例えばマルチパラメトリックフローサイトメトリーによって測定されるような、微小残存病変についてのアッセイは陰性であるか、または微小残存病変のレベルは約0.3％未満、約0.2％未満、約0.1％未満、または約0.05％未満である。
いくつかの態様では、対象の無事象生存率または全生存率は、他の方法と比較して、本発明の方法によって改善される。例えば、いくつかの態様では、本明細書で提供される併用療法の方法後6ヶ月で、本方法によって治療された対象の無事象生存率または確率は、約40％超、約50％超、約60％超、約70％超、約80％超、約90％超、または約95％超である。いくつかの局面では、全生存率は、約40％超、約50％超、約60％超、約70％超、約80％超、約90％超、または約95％超である。いくつかの態様では、この方法で治療された対象は、少なくとも6ヶ月まで、または少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、もしくは10年までの無事象生存期間、無再発生存期間、または生存期間を示す。いくつかの態様では、進行までの時間が改善され、例えば進行までの時間は、6ヶ月超もしくは約6ヶ月超、または少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、もしくは10年である。
いくつかの態様では、本方法による治療後、他の方法と比較して再発の可能性が低下する。例えば、いくつかの態様では、併用療法の方法後6ヶ月での再発の可能性は、約80％未満、約70％未満、約60％未満、約50％未満、約40％未満、約30％未満、約20％未満、または約10％未満である。
いくつかの場合には、投与された細胞、例えば養子移入された細胞の薬物動態が、投与された細胞のアベイラビリティ、例えばバイオアベイラビリティを評価するために決定される。養子移入された細胞の薬物動態を決定するための方法は、操作された細胞を投与された対象から末梢血を採取し、末梢血中の操作された細胞の数または比率を決定することを含み得る。細胞を選択および/または単離するためのアプローチは、キメラ抗原受容体（CAR）特異的抗体（例えばBrentjens et al., Sci. Transl. Med. 2013 Mar; 5（177）:177ra38）、プロテインL（Zheng et al., J. Transl. Med. 2012 Feb; 10:29）、CARの特定の部位に直接導入され、それによりStrepタグの結合試薬を使用してCARを直接評価する、Strepタグ配列などのエピトープタグ（Liu et al. （2016） Nature Biotechnology, 34: 430; 国際公開公報第2015095895号）、およびCARポリペプチドに特異的に結合するモノクローナル抗体（国際公開公報第2014190273号参照）の使用を含み得る。外因性のマーカー遺伝子は、いくつかの場合には細胞の検出または選択を可能にするために、およびいくつかの場合には細胞自殺を促進するためにも、操作された細胞療法に関連して利用され得る。いくつかの場合には、切断型上皮増殖因子受容体（EGFRt）は、形質導入された細胞において関心対象の導入遺伝子（例えばCAR）と共発現させることができる（例えば米国特許第8,802,374号参照）。EGFRtは、抗体セツキシマブ（Erbitux（登録商標））または他の治療用抗EGFR抗体または結合分子によって認識されるエピトープを含み得、これは、EGFRt構築物およびキメラ抗原受容体（CAR）などの別の組換え受容体で操作された細胞の同定もしくは選択するために、ならびに/または受容体を発現する細胞を排除または分離するために使用することができる。米国特許第8,802,374号、およびLiu et al., Nature Biotech. 2016 April; 34（4）: 430-434参照。
いくつかの態様では、患者から得られた生物学的試料中、例えば血液中のCAR＋T細胞の数は、例えば細胞の薬物動態を決定するために、細胞療法の投与後の期間に決定され得る。いくつかの態様では、対象の血液中で、またはこの方法によってそのように治療された対象の大多数において検出可能なCAR＋T細胞、任意でCAR＋CD8＋T細胞および/またはCAR＋CD4＋T細胞の数は、1μL当たり1細胞を超えるか、1μL当たり5細胞を超えるか、または1μL当たり10細胞を超える。
製造品およびキット
生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤、例えばBCL2阻害剤、例えばベネトクラクスと、免疫療法または細胞療法のための成分、例えば、抗体もしくはその抗原結合断片、またはT細胞療法、例えば操作細胞、および／またはその組成物とを含有する製造品もまた、提供される。製造品は、容器と、容器上または容器に付随するラベルまたは添付文書とを含む場合がある。適切な容器は、例えば、ボトル、バイアル、シリンジ、IV溶液バッグなどを含む。容器は、ガラスまたはプラスチックなどの多様な材料から形成されている場合がある。容器は、いくつかの態様で、それ自体である、または状態を治療、予防および／もしくは診断するために有効な別の組成物と組み合わせた、組成物を収容する。いくつかの態様では、容器は無菌アクセスポートを有する。例示的な容器は、静脈内溶液バッグ、バイアル（注射針で刺通可能なストッパーを有するものを含む）、または経口投与される作用物質用のボトルもしくはバイアルを含む。ラベルまたは添付文書は、組成物が疾患または状態を処置するために使用されることを示す場合がある。
製造品は、（a）その中に含有される組成物を有する第1の容器であって、組成物が免疫療法、例えばT細胞療法のために使用される操作細胞を含む第1の容器；および（b）その中に含有される組成物を有する第2の容器であって、組成物が、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤、例えばBCL2阻害剤、例えばベネトクラクスを含む第2の容器を含み得る。
いくつかの態様では、第1の容器は、第1の組成物および第2の組成物を含み、その際、第1の組成物は、免疫療法、例えばCD4+ T細胞療法のために使用される操作細胞の第1の集団を含み、第2の組成物は、操作細胞の第2の集団を含み、第2の集団は、第1の集団と別に操作される場合があり、例えば、CD8+ T細胞療法であり得る。いくつかの態様では、第1および第2の細胞組成物は、所定の比の操作細胞、例えば、CD4+およびCD8+細胞（例えば、1：1比のCD4+:CD8+ CAR+ T細胞）を含有する。
製造品は、さらに、組成物が特定の状態を処置するために使用することができることを示す添付文書を含み得る。代替的または追加的に、製造品は、薬学的に許容される緩衝液を含む別の容器または同じ容器をさらに含み得る。これは、さらに、他の緩衝液、希釈剤、フィルター、針、および／またはシリンジなどの他の材料を含み得る。
定義
特に定義されないかぎり、本明細書において使用されるすべての専門用語、表記法、ならびに他の技術用語および科学用語または用語法は、請求された対象が関係する技術分野の当業者によって一般に理解されるのと同じ意味を有することが意図される。場合によっては、一般に理解されている意味を有する用語が、明快さのために、かつ／または即座の参照のために本明細書において定義されており、そして、そのような定義が本明細書に含まれることは、当技術分野において一般に理解されていることを超える実質的な違いを表すと必ずしも解釈されるべきではない。
「ポリペプチド」および「タンパク質」という用語は、互換的に使用されて、アミノ酸残基のポリマーを指し、最小長に限定されない。提供される受容体および他のポリペプチド、例えば、リンカーまたはペプチドを含むポリペプチドは、天然および／または非天然アミノ酸残基を含むアミノ酸残基を含み得る。これらの用語はまた、ポリペプチドの発現後修飾、例えば、グリコシル化、シアリル化、アセチル化、およびリン酸化を含む。いくつかの局面では、タンパク質が所望の活性を維持するかぎり、ポリペプチドはネイティブな配列または天然配列に関して修飾を含有する場合がある。これらの修飾は、部位特異的変異誘発により意図的な場合も、タンパク質を産生する宿主の変異またはPCR増幅によるエラーなどにより偶発的な場合がある。
本明細書において使用される「対象」は、哺乳動物、例えば、ヒトまたは他の動物であり、典型的にはヒトである。いくつかの態様では、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤、例えばBCL2阻害剤、例えばベネトクラクス、操作細胞または組成物が投与される対象、例えば患者は、哺乳動物、典型的には霊長類、例えばヒトである。いくつかの態様では、霊長類はサルまたは類人猿である。対象は雄性または雌性であることができ、乳児、若年、青年、成体および老齢の対象を含む任意の適切な年齢であることができる。いくつかの態様では、対象は非霊長類の哺乳動物、例えば、齧歯動物である。
本明細書において使用される「処置」（およびその文法上の変形、例えば、「処置する（treat）」または「処置すること（treating）」は、疾患もしくは状態もしくは障害、あるいはそれに伴う症状、有害作用もしくは転帰、または表現型の完全または部分的な改善または低減を指す。処置の望ましい効果には、疾患の発生または再発を予防すること、症状の軽減、疾患の任意の直接的または間接的な病理学的結果を軽減すること、転移を予防すること、疾患進行の速度を減少させること、病状の改善または緩和、および寛解または改善された予後が含まれるが、それに限定されるわけではない。これらの用語は、疾患を完全に治癒させること、あるいは任意の症状またはすべての症状もしくは結果に対する作用の完全な除去を暗示していない。
本明細書に使用される「疾患の発生を遅らせること」は、疾患（例えばがん）の発生を先延ばしすること、妨げること、遅くすること、遅延させること、安定させること、抑制すること、および／または延期させることを意味する。この遅れは、疾患歴および／または処置されている個体に依存して、様々な時間の長さであることができる。いくつかの態様では、十分または顕著な遅れは、事実上、個体が疾患を発生しない予防を包含することができる。例えば、末期がん、例えば転移の発生が遅くされる場合がある。
「予防すること」は、本明細書において使用する場合、疾患素因があり得るが、まだ該疾患と診断されていない対象における該疾患の発生または再発に関して予防を提供することを含む。いくつかの態様では、提供される細胞および組成物は、疾患の発生を遅らせるために、または疾患の進行を減速するために使用される。
本明細書に使用される、機能もしくは活性を「抑制する」ことは、対象となる条件もしくはパラメーターを除いて他の点では同じ条件と比較したときに、またはその代わりに別の条件と比較して、この機能もしくは活性を低減することである。例えば、腫瘍成長を抑制する細胞は、該細胞の非存在下での腫瘍の成長速度と比較して腫瘍の成長速度を低減する。
作用物質、例えば操作細胞もしくは生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤、またはその薬学的製剤もしくは組成物の「有効量」は、投与との関連において、所望の結果、例えば、治療結果または予防結果を達成するために必要な投薬量／量および期間で有効な量を指す。
作用物質、例えば操作細胞もしくは生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤、またはその薬学的製剤もしくは組成物の「治療有効量」は、例えば疾患、状態もしくは障害の処置のために望ましい治療結果および／または処置の薬物動態学的もしくは薬力学的効果を達成するための、必要な投薬量および期間で有効な量を指す。治療有効量は、対象の病状、年齢、性別および体重、ならびに投与される細胞集団などの要因に応じて変動する場合がある。いくつかの態様では、提供される方法は、細胞および／または組成物を有効量で、例えば治療有効量で投与することを伴う。いくつかの態様では、提供される方法は、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤、例えばBCL2阻害剤、例えばベネトクラクス、操作細胞（例えば細胞療法）、または組成物を有効量、例えば治療有効量で投与することを伴う。「予防有効量」は、所望の予防結果を達成するために必要な投薬量および期間での有効量を指す。典型的であるが、そうとは限らずに、予防用量は疾患の前または早期に対象に使用されるので、予防有効量は治療有効量よりも少ない。より低い腫瘍負荷量の状況において、予防有効量は、いくつかの局面で治療有効量よりも高い。
「薬学的に許容される担体」は、対象にとって非毒性である、活性成分以外の薬学的製剤中の成分を指す。薬学的に許容される担体には、緩衝液、賦形剤、安定化剤または保存剤が含まれるが、それに限定されるわけではない。
用語「約」は、本明細書に使用される場合、この技術分野における当業者には容易に分かるそれぞれの値についての通常の誤差範囲を指す。本明細書における「約」の付いた値またはパラメーターへの参照は、その値またはパラメーター自体に向けられる態様を含む（かつ記載する）。
本明細書において使用される単数形「1つの（a）」、「1つの（an）」および「その（the）」は、文脈が他のことを明確に示す場合を除き、複数形の指示対象を含む。例えば、「1つの（a）」または「1つの（an）」は、「少なくとも1つ」または「1つまたは複数」を意味する。本明細書において記載される局面および変形は、局面および変形から「なること」、ならびに／またはそれら「から本質的になること」を含むことが理解される。
本開示の全体を通して、請求される対象の様々な局面が範囲形式で示される。範囲形式での記載は単に便宜および簡潔性のためであると理解されるべきであり、請求された対象の範囲に関して柔軟性のない限定として解釈されるべきではない。したがって、範囲の記載は、可能な部分範囲のみならず、その範囲内の個々の数値をすべて具体的に開示したと見なされるべきである。例えば、値の範囲が提供される場合、その範囲の上限と、下限との間の各介在値、およびその指定された範囲内の任意の他の指定された値または介在値が、請求される対象の範囲内に包含されることが理解される。これらのより小さい範囲の上限および下限がこれらのより小さい範囲に独立して含まれる場合があり、これらもまた、指定された範囲内の任意の具体的に除外された限度を条件にして、請求される対象内に包含される。指定された範囲が限度の一方または両方を含む場合、それらの含まれる限度の一方または両方を除外する範囲もまた、請求される対象に含まれる。これは、範囲の広さにかかわらず、当てはまる。
本明細書に使用される場合、組成物は、細胞を含む、2つまたはそれよりも多い産物、物質、または化合物の任意の混合物を指す。それは、溶液、懸濁液、液体、粉末、ペースト、水性、非水性またはそれらの任意の組み合わせであり得る。
1つまたは複数の特定の細胞型または細胞集団を指す場合に本明細書に使用される「濃縮すること」は、例えば集団もしくは細胞によって発現されるマーカーに基づく正の選択によって、または枯渇されるべき細胞集団もしくは細胞上に存在しないマーカーに基づく負の選択によって、例えば、組成物中の総細胞数もしくは組成物の体積と比較して、または他の細胞型と比べて、細胞型または集団の数またはパーセンテージを増加させることを指す。この用語は、組成物からの他の細胞、細胞型、または集団の完全な除去を必要とせず、そのように濃縮された細胞が濃縮された組成物中に100％または100％近くであっても存在することを必要としない。
本明細書に使用される、細胞または細胞の集団が特定のマーカーについて「陽性」であるという記述は、特定のマーカー、典型的には表面マーカーが細胞上または細胞中に検出可能に存在することを指す。表面マーカーに言及する場合、この用語は、フローサイトメトリーによって、例えば、マーカーに特異的に結合する抗体を用いて染色し、前記抗体を検出することによって検出されるような表面発現の存在を指し、その際、染色は、フローサイトメトリーによって、アイソタイプがマッチする対照もしくはFMO（fluorescence minus one）ゲーティング対照をそれ以外の点では同一の条件下で用いる同じ手順を行って検出される染色を実質的に超えるレベルで、および／またはマーカーについて陽性であることが知られている細胞についてのレベルと実質的に類似のレベルで、および／またはマーカーについて陰性であることが知られている細胞についてのレベルよりも実質的に高いレベルで、検出可能である。
本明細書に使用される、細胞または細胞の集団が特定のマーカーについて「陰性」であるという記述は、特定のマーカー、典型的には表面マーカーが細胞上または細胞中に実質的に検出可能に存在しないことを指す。表面マーカーに言及する場合、この用語は、フローサイトメトリーによって、例えば、マーカーに特異的に結合する抗体を用いて染色し、前記抗体を検出することによって検出されるような表面発現の非存在を指し、その際、染色は、フローサイトメトリーによって、アイソタイプがマッチする対照もしくはFMO（fluorescence minus one）ゲーティング対照をそれ以外の点では同一の条件下で用いる同じ手順を行って検出される染色を実質的に超えるレベルで、および／またはマーカーについて陽性であることが知られている細胞についてのレベルよりも実質的に低いレベルで、および／またはマーカーについて陰性であることが知られている細胞についてのレベルと比較して実質的に類似するレベルで、検出されない。
用語「ベクター」は、本明細書において使用される場合、連結される別の核酸を増やす能力がある核酸分子を指す。この用語には、自己複製する核酸構造物としてのベクターのみならず、そのベクターが導入されている宿主細胞のゲノムに組み込まれたベクターが含まれる。ある種のベクターは、機能的に連結される核酸の発現を指示する能力がある。そのようなベクターは本明細書において「発現ベクター」と称される。
本明細書に使用される組成物は、細胞を含む2つまたはそれ以上の産物、物質、または生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤、例えばBCL2阻害剤、例えばベネトクラクスの任意の混合物を指す。それは、溶液、懸濁液、液体、粉末、ペースト、水性、非水性またはそれらの任意の組み合わせであり得る。
本明細書において使用される「対象」は、哺乳動物、例えば、ヒトまたは他の動物、典型的にはヒトである。
例示的な態様
提供される態様の中に以下が含まれる：
1. （1）がんを有する対象に細胞傷害性療法を投与する工程であって、細胞傷害性療法が、免疫療法または細胞療法であり、かつがんの細胞に関連する抗原、それによって発現される抗原、またはその上に存在する抗原に特異的に結合する、工程；ならびに
（2）細胞傷害性療法の投与開始の1日もしくは約1日から、14日もしくは約14日後に、および／または細胞傷害性療法の投与に続いて細胞傷害性療法のピークレベルが対象の血液中に検出可能になる前に、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤を、該阻害剤の定常状態濃度（Css）を達成するために十分な投与レジメンで対象に投与する工程
を含む、がんを処置する方法。
2. 方法が、細胞傷害性療法の投与開始の1日もしくは約1日から、14日もしくは約14日後に、および／または細胞傷害性療法の投与に続いて細胞傷害性療法のピークレベルが対象の血液中に検出可能になる前に、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤を、該阻害剤の定常状態濃度（Css）を達成するために十分な投与レジメンでがんを有する対象に投与する工程を含み、細胞傷害性療法が、免疫療法または細胞療法であり、かつがんの細胞に関連する抗原、それによって発現される抗原、またはその上に存在する抗原に特異的に結合する、がんを処置する方法。
3. （1）がんを有する対象に細胞傷害性療法を投与する工程であって、細胞傷害性療法が、免疫療法または細胞療法であり、かつがんの細胞に関連する抗原、それによって発現される抗原、またはその上に存在する抗原に特異的に結合する、工程；および
（2）生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤を、細胞傷害性療法の投与開始の7日または約7日前から、14日または約14日後での阻害剤の投与開始を含む投与レジメンで対象に投与する工程
を含む、がんを処置する方法。
4. 方法が、がんを有する対象に生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤を投与する工程を含み、阻害剤が、細胞傷害性療法の投与開始の7日または約7日前から、14日または約14日後での阻害剤の投与開始を含む投与レジメンで投与され、細胞傷害性療法が、免疫療法または細胞療法であり、かつがんの細胞に関連する抗原、それによって発現される抗原、またはその上に存在する抗原に特異的に結合する、がんを処置する方法。
5. 方法が、がんを有する対象に細胞傷害性療法を投与する工程を含み、細胞傷害性療法が、免疫療法または細胞療法であり、かつがんの細胞に関連する抗原、それによって発現される抗原、またはその上に存在する抗原に特異的に結合し、対象が、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤を、細胞傷害性療法の投与開始の7日または約7日前から、14日または約14日後での阻害剤の投与開始を含む投与レジメンで、ある期間投与されるかまたは投与されることになる、対象におけるがんを処置する方法。
6. 阻害剤の投与レジメンが、細胞傷害性療法の投与開始の7日または約7日前から、14日または約14日後での阻害剤の投与開始を含む、態様1または2記載の方法。
7. 阻害剤の投与レジメンが、細胞傷害性療法の投与開始の3日または約3日前から、14日または約14日後での阻害剤の投与開始を含む、態様1～6のいずれか記載の方法。
8. 阻害剤の投与レジメンが、細胞傷害性療法の投与開始の1日または約1日前から、8日または約8日後での阻害剤の投与開始を含む、態様1～7のいずれか記載の方法。
9. 投与レジメンにおける阻害剤の少なくとも1つの用量が、細胞傷害性療法と同時および／または細胞傷害性療法と同じ日に投与される、態様1～8のいずれか記載の方法。
10. 阻害剤の投与レジメンが、細胞傷害性療法の投与開始の1日もしくは約1日から、14日もしくは約14日後に、および／または細胞傷害性療法の投与に続いて細胞傷害性療法のピークレベルが対象の血液中に検出可能になる前に、阻害剤の定常状態濃度（Css）を達成するために十分である、態様3～9のいずれか記載の方法。
11. 対象が、細胞傷害性療法の投与開始前7日以内にリツキシマブおよび／またはイブルチニブを投与されておらず、その投与を受けてもいない、態様1～10のいずれか記載の方法。
12. 細胞傷害性療法が、がんの1つまたは複数の細胞の細胞媒介性細胞傷害が可能であるかまたはそれをもたらす、態様1～11のいずれか記載の方法。
13. 細胞傷害性療法が、がんの1つまたは複数の細胞のパーフォリン媒介性アポトーシスおよび／またはグランザイム媒介性アポトーシスが可能であるかまたはそれを媒介する、態様1～11のいずれか記載の方法。
14. 細胞傷害性療法が免疫療法である、態様1～13のいずれか記載の方法。
15. 免疫療法が、T細胞の活性を増加させるT細胞エンゲージング療法である、態様1～14のいずれか記載の方法。
16. 細胞傷害性療法が、二重特異性T細胞エンゲージャー（BiTE）療法である、態様1～15のいずれか記載の方法。
17. 細胞傷害性療法が細胞療法である、態様1～14のいずれか記載の方法。
18. 細胞療法が、対象に対して自家である細胞を含む、態様1～17のいずれか記載の方法。
19. 細胞療法が、腫瘍浸潤リンパ球（TIL）療法、内因性T細胞療法、ナチュラルキル（NK）細胞療法、トランスジェニックTCR療法、および任意でキメラ抗原受容体（CAR）発現細胞療法である組換え受容体発現細胞療法からなる群より選択される、態様1～18のいずれか記載の方法。
20. 細胞療法が、抗原に特異的に結合する組換え受容体を発現している細胞の用量を含む、態様1～19のいずれか記載の方法。
21. 細胞療法の投与が、1×105個もしくは約1×105個～5×108個の細胞療法の総細胞、組換え受容体発現細胞、総T細胞、もしくは総末梢血単核細胞（PBMC）；1×105個もしくは約1×105個～2×108個の細胞療法の総細胞、組換え受容体発現細胞、総T細胞、もしくは総末梢血単核細胞（PBMC）；1×106個もしくは約1×106個～1×108個の細胞療法の総細胞、組換え受容体発現細胞、総T細胞、もしくは総末梢血単核細胞（PBMC）；または1×106個～5×107個の細胞療法の総細胞、組換え受容体発現細胞、総T細胞、もしくは総末梢血単核細胞（PBMC）の投与を含む、態様1～20のいずれか記載の方法。
22. 細胞療法が、T細胞を含むかまたはそれについて濃縮されている、態様1～21のいずれか記載の方法。
23. 細胞療法が、CD3+、CD4+、CD8+またはCD4+およびCD8+ T細胞を含むかまたはそれについて濃縮されている、態様1～22のいずれか記載の方法。
24. 細胞療法が、CD4+およびCD8+ T細胞を含むかまたはそれについて濃縮されている、態様1～23のいずれか記載の方法。
25. 細胞療法のCD4+およびCD8+ T細胞が、1：1もしくはおよそ1：1であるかまたはおよそ1：3～およそ3：1である所定の比のCD4+ CAR発現T細胞とCD8+ CAR発現T細胞と、および／またはCD4+ CAR発現T細胞とCD8+ CAR発現T細胞とを含む、態様24記載の方法。
26. 細胞療法が、CD4+およびCD8+ T細胞を投与することを含み、各用量のT細胞が、抗原に特異的に結合する受容体、任意でCARを含み、投与が、複数の別々の組成物を投与することを含み、複数の別々の組成物が、CD8+ T細胞を含むかまたはそれについて濃縮されている第1の組成物およびCD4+ T細胞を含むかまたはそれについて濃縮されている第2の組成物を含む、態様1～25のいずれか記載の方法。
27. 第1および第2の組成物の一方の中の受容体を含むCD4+ T細胞と、第1および第2の組成物の他方の中の受容体を含むCD8+ T細胞とが、1：1もしくはおよそ1：1であるかまたはおよそ1：3～およそ3：1である所定の比で存在し；かつ／または
第1および第2の組成物として投与される受容体を含むCD4+ T細胞と受容体を含むCD8+ T細胞とが、1：1もしくはおよそ1：1であるかまたはおよそ1：3～およそ3：1である所定の比で存在する、
態様26記載の方法。
28. 細胞療法が、ナチュラルキラー（NK）細胞を含むかまたはそれについて濃縮されている、態様1～27のいずれか記載の方法。
29. 細胞療法が、iPS由来細胞を含むかまたはそれについて濃縮されている、態様1～28のいずれか記載の方法。
30. 組換え受容体が、T細胞受容体（TCR）または機能的非T細胞受容体である、態様20～29のいずれか記載の方法。
31. 組換え受容体がキメラ抗原受容体（CAR）である、態様20～30のいずれか記載の方法。
32. 細胞療法が、それぞれが両端の値を含む1×105個または約1×105個～5×108個の総CAR発現T細胞、1×106個～2.5×108個の総CAR発現T細胞、5×106個～1×108個の総CAR発現T細胞、1×107個～2.5×108個の総CAR発現T細胞、5×107個～1×108個の総CAR発現T細胞の投与を含む、態様1～31のいずれか記載の方法。
33. 細胞療法が、少なくとも1×105個もしくは少なくとも約1×105個のCAR発現細胞、少なくとも2.5×105個もしくは少なくとも約2.5×105個のCAR発現細胞、少なくとも5×105個もしくは少なくとも約5×105個のCAR発現細胞、少なくとも1×106個もしくは少なくとも約1×106個のCAR発現細胞、少なくとも2.5×106個もしくは少なくとも約2.5×106個のCAR発現細胞、少なくとも5×106個もしくは少なくとも約5×106個のCAR発現細胞、少なくとも1×107個もしくは少なくとも約1×107個のCAR発現細胞、少なくとも2.5×107個もしくは少なくとも約2.5×107個のCAR発現細胞、少なくとも5×107個もしくは少なくとも約5×107個のCAR発現細胞、少なくとも1×108個もしくは少なくとも約1×108個のCAR発現細胞、少なくとも2.5×108個もしくは少なくとも約2.5×108個のCAR発現細胞、または少なくとも5×108個もしくは少なくとも約5×108個のCAR発現細胞の投与を含む、態様1～32のいずれか記載の方法。
34. 細胞療法が、5×107個または約5×107個の総CAR発現T細胞の投与を含む、態様1～33のいずれか記載の方法。
35. 細胞療法が、1×108個または約1×108個のCAR発現細胞の投与を含む、態様1～34のいずれか記載の方法。
36. 細胞療法が、抗原に特異的に結合する細胞外抗原認識ドメインと、ITAMを含む細胞内シグナル伝達ドメインとを含むキメラ抗原受容体（CAR）を発現している細胞を含む、態様1～35のいずれか記載の方法。
37. 抗原が腫瘍抗原である、またはがんの細胞上に発現される、態様36記載の方法。
38. 抗原が、αvβ6インテグリン（avb6インテグリン）、B細胞成熟抗原（BCMA）、B7-H3、B7-H6、炭酸脱水酵素9（CA9、これはCAIXまたはG250としてもまた知られている）、癌精巣抗原、癌／精巣抗原1B（CTAG、これはNY-ESO-1およびLAGE-2としてもまた知られている）、癌胎児性抗原（CEA）、サイクリン、サイクリンA2、C-Cモチーフケモカインリガンド1（CCL-1）、CD19、CD20、CD22、CD23、CD24、CD30、CD33、CD38、CD44、CD44v6、CD44v7/8、CD123、CD133、CD138、CD171、コンドロイチン硫酸プロテオグリカン4（CSPG4）、上皮増殖因子タンパク質（EGFR）、III型上皮増殖因子受容体変異（EGFR vIII）、上皮糖タンパク質2（EPG-2）、上皮糖タンパク質40（EPG-40）、エフリンB2、エフリン受容体A2（EPHa2）、エストロゲン受容体、Fc受容体様5（FCRL5；これはFc受容体ホモログ5またはFCRH5としてもまた知られている）、胎児アセチルコリン受容体（胎児AchR）、葉酸結合タンパク質（FBP）、葉酸受容体アルファ、ガングリオシドGD2、O-アセチル化GD2（OGD2）、ガングリオシドGD3、糖タンパク質100（gp100）、グリピカン-3（GPC3）、Gタンパク質共役受容体5D（GPRC5D）、Her2/neu（受容体型チロシンキナーゼerb-B2）、Her3（erb-B3）、Her4（erb-B4）、erbB二量体、ヒト高分子量メラノーマ関連抗原（HMW-MAA）、B型肝炎表面抗原、ヒト白血球抗原A1（HLA-A1）、ヒト白血球抗原A2（HLA-A2）、IL-22受容体アルファ（IL-22Rα）、IL-13受容体アルファ2（IL-13Rα2）、キナーゼインサートドメイン受容体（kdr）、カッパ軽鎖、L1細胞接着分子（L1-CAM）、L1-CAMのCE7エピトープ、ロイシンリッチリピート含有8ファミリーメンバーA（LRRC8A）、Lewis Y、メラノーマ関連抗原（MAGE）-A1、MAGE-A3、MAGE-A6、MAGE-A10、メソテリン（MSLN）、c-Met、マウスサイトメガロウイルス（CMV）、ムチン1（MUC1）、MUC16、ナチュラルキラーグループ2メンバーD（NKG2D）リガンド、メランA（MART-1）、神経細胞接着分子（NCAM）、腫瘍胎児性抗原、メラノーマの優先発現抗原（PRAME）、プロゲステロン受容体、前立腺特異抗原、前立腺幹細胞抗原（PSCA）、前立腺特異的膜抗原（PSMA）、受容体型チロシンキナーゼ様オーファン受容体1（ROR1）、サバイビン、トロホブラスト糖タンパク質（TPBG、これは5T4としてもまた知られている）、腫瘍関連糖タンパク質72（TAG72）、チロシナーゼ関連タンパク質1（TRP1、これはTYRP1またはgp75としてもまた知られている）、チロシナーゼ関連タンパク質2（TRP2、これはドパクロムトートメラーゼ、ドパクロムデルタイソメラーゼまたはDCTとしてもまた知られている）、血管内皮増殖因子受容体（VEGFR）、血管内皮増殖因子受容体2（VEGFR2）、ウィルムス腫瘍1（WT-1）より選択される、態様1～37のいずれか記載の方法。
39. 抗原がCD19である、態様1～38のいずれか記載の方法。
40. 細胞内シグナル伝達ドメインが、CD3ゼータ（CD3ζ）鎖の細胞内ドメインを含む、態様36～39のいずれか記載の方法。
41. 細胞内シグナル伝達領域が、共刺激性のシグナル伝達領域をさらに含む、態様36～40のいずれか記載の方法。
42. 共刺激性のシグナル伝達領域が、CD28または4-1BB、任意でヒトCD28またはヒト4-1BBのシグナル伝達ドメインを含む、態様41記載の方法。
43. 共刺激ドメインが、CD28のシグナル伝達ドメインである、またはそれを含む、態様42記載の方法。
44. 細胞療法が、対象からの自家細胞を含む、態様1～43のいずれか記載の方法。
45. 阻害剤の投与開始前に、対象から自家細胞を含む生物学的試料を収集する工程を含む、態様44記載の方法。
46. 対象からの生物学的試料が、全血試料、バフィーコート試料、末梢血単核細胞（PBMC）試料、未分画T細胞試料、リンパ球試料、白血球試料、アフェレーシス産物、または白血球アフェレーシス産物であるかまたはそれを含む、態様45記載の方法。
47. 細胞傷害性療法の投与前に、対象にリンパ球枯渇剤またはリンパ球枯渇療法を投与する工程を含む、態様1～46のいずれか記載の方法。
48. 対象が、生存促進性Bcl-2ファミリータンパク質の阻害剤で以前に処置されていた、任意で対象が、ベネトクラクスで以前に処置されていた、態様1～47のいずれか記載の方法。
49. 阻害剤による以前の処置が、自家細胞の収集とリンパ球枯渇療法の前との間の時点で投与される、態様48記載の方法。
50. 阻害剤による以前の処置が、リンパ球枯渇療法の投与前に少なくとも3日もしくは少なくとも約3日間または少なくとも4日もしくは少なくとも約4日間、および／あるいは少なくとも、対象の血流中の阻害剤の濃度が約3半減期または約4半減期だけ低減されるまでの期間および／あるいは少なくとも、阻害剤が対象の血流から消失するまでの期間、停止される、態様49記載の方法。
51. リンパ球枯渇療法が、細胞傷害性療法の投与開始の2～7日前に完了される、態様47～50のいずれか記載の方法。
52. リンパ球枯渇療法が、フルダラビンおよび／またはシクロホスファミドの投与を含む、態様47～51のいずれか記載の方法。
53. リンパ球枯渇療法が、両端の値を含む約200～400mg/m2、任意で300mg/m2もしくは約300mg/m2のシクロホスファミド、および／または約20～40mg/m2、任意で30mg/m2のフルダラビンの毎日2～4日間、任意で3日間の投与を含む、あるいはリンパ球枯渇療法が、約500mg/m2のシクロホスファミドの投与を含む、態様47～52のいずれか記載の方法。
54. リンパ球枯渇療法が、300mg/m2もしくは約300mg/m2のシクロホスファミドおよび約30mg/m2のフルダラビンの毎日3日間の投与を含み；かつ／または
リンパ球枯渇療法が、500mg/m2もしくは約500mg/m2のシクロホスファミドおよび約30mg/m2のフルダラビンの毎日3日間の投与を含む、
態様47～53のいずれか1つに記載の方法。
55. 阻害剤の投与開始が、細胞傷害性療法の投与開始前3日以内または前約3日以内である、態様1～54のいずれか記載の方法。
56. 阻害剤の投与開始が、細胞傷害性療法の投与開始前2日以内または前約2日以内である、態様1～55のいずれか記載の方法。
57. 阻害剤の投与開始が、細胞傷害性療法の投与開始前1日以内または前約1日以内である、態様1～56のいずれか記載の方法。
58. 阻害剤の投与開始が、阻害剤の投与開始と同時または同じ日である、態様1～57のいずれか記載の方法。
59. 阻害剤の投与開始が、細胞傷害性療法の投与開始後2日を超えず、任意で阻害剤の投与開始が、細胞傷害性療法の投与開始後1日以内である、態様1～54のいずれか記載の方法。
60. 阻害剤の投与レジメンが、治療量未満の量の阻害剤を含み；
阻害剤の投与レジメンが、細胞傷害性療法との併用投与の非存在下で単独療法として投与された場合、対象における腫瘍負荷量を低減するのに不十分であるか、または腫瘍負荷量を10％未満低減し；かつ／あるいは
阻害剤の投与レジメンが、細胞傷害性療法との併用投与の非存在下で単独療法として投与された場合、同様に処置された対象の群に完全奏効も部分奏効ももたらさないか、またはそのような対象の多くて10％にそのような応答をもたらす、
態様1～59のいずれか記載の方法。
61. 阻害剤の投与レジメンが、1日1回の投薬を含む、態様1～60のいずれか記載の方法。
62. 1日1回の用量が、それぞれが両端の値を含む20mgまたは約20mgから、800mgまたは約800mg、20mgまたは約20mgから、400mgまたは400mg、20mgまたは約20mgから、350mgまたは約350mg、20mgまたは約20mgから、300mgまたは約300mg、20mgまたは約20mgから、250mgまたは約250mg、20mgまたは約20mgから、200mgまたは約200mg、20mgまたは約20mgから、150mgまたは約150mg、20mgまたは約20mgから、100mgまたは約100mg、20mgまたは約20mgから、50mgまたは約50mg、20mgまたは約20mgから、40mgまたは約40mg、40mgまたは約40mgから、800mgまたは約800mg、40mgまたは約40mgから、400mgまたは400mg、40mgまたは約40mgから、350mgまたは約350mg、40mgまたは約40mgから、300mgまたは約300mg、40mgまたは約40mgから、250mgまたは約250mg、40mgまたは約40mgから、200mgまたは約200mg、40mgまたは約40mgから、150mgまたは約150mg、40mgまたは約40mgから、100mgまたは約100mg、40mgまたは約40mgから、50mgまたは約50mg、50mgまたは約50mgから、800mgまたは約800mg、50mgまたは約50mgから、400mgまたは約400mg、50mgまたは約50mgから、350mgまたは約350mg、50mgまたは約50mgから、300mgまたは約300mg、50mgまたは約50mgから、250mgまたは約250mg、50mgまたは約50mgから、200mgまたは約200mg、50mgまたは約50mgから、150mgまたは約150mg、50mgまたは約50mgから、100mgまたは約100mg、100mgまたは約100mgから、800mgまたは約800mg、100mgまたは約100mgから、400mgまたは約400mg、100mgまたは約100mgから、350mgまたは約350mg、100mgまたは約100mgから、300mgまたは約300mg、100mgまたは約100mgから、250mgまたは約250mg、100mgまたは約100mgから、200mgまたは約200mg、100mgまたは約100mgから、150mgまたは約150mg、150mgまたは約150mgから、800mgまたは約800mg、150mgまたは約150mgから、400mgまたは約400mg、150mgまたは約150mgから、350mgまたは約350mg、150mgまたは約150mgから、300mgまたは約300mg、150mgまたは約150mgから、250mgまたは約250mg、150mgまたは約150mgから、200mgまたは約200mg、200mgまたは約200mgから、800mgまたは約800mg、200mgまたは約200mgから、400mgまたは約400mg、200mgまたは約200mgから、350mgまたは約350mg、200mgまたは約200mgから、300mgまたは約300mg、200mgまたは約200mgから、250mgまたは約250mg、250mgまたは約250mgから、300mgまたは約300mg、300mgまたは約300mgから、350mgまたは約350mg、300mgまたは約300mgから、400mgまたは約400mg、300mgまたは約300mgから、800mgまたは約800mg、350mgまたは約350mgから、400mgまたは約400mg、および350mgまたは約350mgから、800mgまたは約800mgの阻害剤の量である、態様1～61のいずれか記載の方法。
63. 1日1回の用量が、両端の値を含む20mgまたは約20mgから、100mgまたは約100mgの阻害剤の量である、態様1～62のいずれか記載の方法。
64. 1日1回の用量が、両端の値を含む40mgまたは約40mgから、100mgまたは約100mgの阻害剤の量である、態様1～63のいずれか記載の方法。
65. 1日1回の用量が、両端の値を含む50mgまたは約50mgから、100mgまたは約100mgの阻害剤の量である、態様1～64のいずれか記載の方法。
66. 1日1回の用量が、20mgまたは約20mgの阻害剤の量である、態様1～65のいずれか記載の方法。
67. 1日1回の用量が、40mgまたは約40mgの阻害剤の量である、態様1～65のいずれか記載の方法。
68. 1日1回の用量が、50mgまたは約50mgの阻害剤の量である、態様1～65のいずれか記載の方法。
69. 1日1回の用量が、100mgまたは約100mgの阻害剤の量である、態様1～65のいずれか記載の方法。
70. 阻害剤が、阻害剤の投与レジメンの投与前に用量増量スケジュールで投与され、任意で用量増量スケジュールが、1日1回の用量の量まで漸増する量の阻害剤の投与を含む、態様1～57のいずれか記載の方法。
71. 阻害剤が、BCL2、BCLXL、BCLW、BCLB、MCL1、およびそれらの組み合わせからなる群より選択される1つまたは複数の生存促進性BCL2ファミリータンパク質を阻害する、態様1～70のいずれか記載の方法。
72. 1つまたは複数の生存促進性BCL2ファミリータンパク質が、BCL2、BCLXL、および／またはBCLWである、態様1～71のいずれか記載の方法。
73. 阻害剤が、1つまたは複数の生存促進性BCL2ファミリータンパク質を1000nM、900nM、800nM、600nM、500nM、400nM、300nM、200nM、100nM、50nM未満、もしくは約1000nM、900nM、800nM、600nM、500nM、400nM、300nM、200nM、100nM、50nM未満、または10nM未満もしくは約10nM未満の最大半量阻害濃度（IC50）で阻害する、態様1～72のいずれか記載の方法。
74. 阻害剤が、ベネトクラクス、ナビトクラクス、ABT737、マリトクラクス、オバトクラクス、およびクリトシンからなる群より選択される、態様1～73のいずれか記載の方法。
75. 阻害剤がナビトクラクスである、態様1～74のいずれか記載の方法。
76. 阻害剤がベネトクラクスである、態様1～74のいずれか記載の方法。
77. がんが血液悪性腫瘍である、態様1～74のいずれか記載の方法。
78. がんがB細胞悪性腫瘍である、態様1～77のいずれか記載の方法。
79. がんが、骨髄腫、白血病またはリンパ腫である、態様1～78のいずれか記載の方法。
80. がんが、急性リンパ芽球性白血病（ALL）、成人ALL、慢性リンパ芽球性白血病（CLL）、小リンパ球性リンパ腫（SLL）、非ホジキンリンパ腫（NHL）、大細胞型B細胞性リンパ腫である、態様1～79のいずれか記載の方法。
81. がんが慢性リンパ性白血病（CLL）である、態様1～80のいずれか記載の方法。
82. がんが非ホジキンリンパ腫（NHL）である、態様1～80のいずれか記載の方法。
83. NHLがびまん性大細胞型B細胞性リンパ腫（DLBCL）である、態様82記載の方法。
84. がんが、縦隔原発B細胞性リンパ腫（PMBCL）または濾胞性リンパ腫（FL）、任意で濾胞性リンパ腫グレード3B（FL3B）である、態様1～80のいずれか記載の方法。
85. 対象が、がんを処置するための1つもしくは複数の以前の療法による処置後の寛解に続いて再発した、または該処置に不応性になった、それが不成功であった、かつ／もしくはそれに不耐性であった、態様1～84のいずれか記載の方法。
86. がんが、細胞傷害性療法単独による処置に抵抗性である、態様1～85のいずれか記載の方法。
87. がんが、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の過剰発現または異常発現を示す、態様1～86のいずれか記載の方法。
88. 阻害剤の投与レジメンが、細胞傷害性療法の投与の開始後最大6ヶ月の、任意で1日1回の阻害剤の投与を含む、態様1～87のいずれか記載の方法。
89. 阻害剤の投与レジメンが、細胞傷害性療法の投与の開始後最大3ヶ月の、任意で1日1回の阻害剤の投与を含む、態様1～88のいずれか記載の方法。
90. 対象が臨床的寛解を示す場合に、投与レジメンにおける阻害剤の投与が中止される、態様1～89のいずれか記載の方法。
91. 阻害剤の投与を伴わない方法と比較して細胞傷害性療法の細胞傷害活性を増加させ；かつ／または
阻害剤の投与を伴わない方法と比較して、任意でパーフォリン媒介性アポトーシスおよび／もしくはグランザイム媒介性アポトーシスを介して、1つもしくは複数のがん細胞の細胞溶解死を増加させる、
態様1～90のいずれか記載の方法。
92. 方法により処置された対象の少なくとも35％、少なくとも40％または少なくとも50％が、持続性の完全奏効（CR）を、またはCRを達成している対象の少なくとも60、70、80、90、もしくは95％において持続性の完全奏効（CR）を、6ヶ月もしくは6ヶ月よりも長くまたは9ヶ月もしくは9ヶ月よりも長く達成し；かつ／あるいは
6ヶ月までにCRを達成している対象の少なくとも60、70、80、90、または95％が、3ヶ月もしくは3ヶ月よりも長くおよび／または6ヶ月もしくは6ヶ月よりも長くおよび／または9ヶ月もしくは9ヶ月よりも長く応答を続ける、CRを続ける、かつ／または生存するかもしくは進行なしに生存し；かつ／あるいは
該方法により処置された対象の少なくとも50％、少なくとも60％または少なくとも70％が、客観的奏効（OR）を達成し、任意でORが、6ヶ月もしくは6ヶ月よりも長くまたは9ヶ月もしくは9ヶ月よりも長く持続性であるか、またはORを達成している対象の少なくとも60、70、80、90、もしくは95％で持続性であり；かつ／あるいは
6ヶ月までにORを達成している対象の少なくとも60、70、80、90、または95％が、3ヶ月もしくは3ヶ月よりも長くおよび／または6ヶ月もしくは6ヶ月よりも長く応答または生存を続ける、
態様1～91のいずれか記載の方法。
93. 対象がヒトである、態様1～92のいずれか1つに記載の方法。
94. （a）がんを有するまたは有する疑いのある対象からの生物学的試料中の1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量を評価する工程；
（b）1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量が遺伝子参照値を下回る場合に、細胞傷害性療法による処置のために対象を選択する工程；および
（c）選択された患者に、がんの細胞に関連する、それによって発現される、またはその上に存在する抗原と結合する細胞傷害性療法を投与する工程
を含む、細胞傷害性療法による処置の方法。
95. （a）対象からの生物学的試料中の1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量を評価する工程であって、
1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量が、1つまたは複数の生存促進性遺伝子によってコードされるタンパク質および／またはポリヌクレオチドのレベルまたは量であり、対象が、がんの細胞に関連する抗原、それによって発現される抗原、またはその上に存在する抗原に特異的に結合する免疫療法または細胞療法である細胞傷害性療法の投与を受けることになり、生物学的試料が、細胞傷害性療法の投与の前に対象から得られる、工程；ならびに
（b）1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量が遺伝子参照値を上回る場合、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤による処置のためにがんを有する対象を選択する工程
を含む、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤を投与するためにがんを有する対象を選択する方法。
96. 選択された対象に阻害剤を細胞傷害性療法と組み合わせて投与する工程をさらに含む、態様95記載の方法。
97. 対象が阻害剤による処置のために選択されない場合に、対象に細胞傷害性療法だけを投与する、態様95記載の方法。
98. （a）対象からの生物学的試料中の1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量を評価する工程であって、
1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量が、1つまたは複数の生存促進性遺伝子によってコードされるタンパク質および／またはポリヌクレオチドのレベルまたは量であり、対象が、細胞傷害性療法の用量の投与の候補であり、細胞傷害性療法が、がんの細胞に関連する抗原、それによって発現される抗原、またはその上に存在する抗原に特異的に結合する免疫療法または細胞療法であり、生物学的試料が、細胞傷害性療法の投与前に対象から得られる、工程；ならびに
（b）1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量が遺伝子参照値を上回る場合に、対象を、細胞傷害性療法による処置に抵抗性と予測されるがんを有すると同定する工程
を含む、細胞傷害性療法による処置に抵抗性と予測されるがんを有する対象を同定する方法。
99. 対象が、細胞傷害性療法による処置に抵抗性と予測されるがんを有すると同定される場合に、同定された対象に代替処置を投与する工程をさらに含み、代替処置が、細胞傷害性療法と、細胞傷害性療法の活性をモジュレートまたは増加させる追加的な物質とを含む併用処置；増加した用量の細胞傷害性療法；および／または化学療法剤より選択される、態様98記載の方法。
100. 代替処置が、細胞傷害性療法と、T細胞療法の活性をモジュレートまたは増加させる追加的な物質とを含む併用処置であり、任意で、追加的な物質が、免疫チェックポイント阻害剤、代謝経路のモジュレーター、アデノシン受容体拮抗薬、キナーゼ阻害剤、抗TGFb抗体もしくは抗TGFbR抗体、サイトカイン、および／または生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤である、態様99記載の方法。
101. 代替処置が、細胞傷害性療法と生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤とを含む併用処置である、態様99または100記載の方法。
102. 代替処置が、細胞傷害性療法による処置に抵抗性と予測されないがんを有すると同定された対象に与えられた細胞傷害性療法の用量と比較して増加した用量の細胞傷害性療法であり、任意で細胞傷害性療法が、がんの細胞に関連する、それによって発現される、またはその上に存在する抗原に結合する組換え受容体を発現している細胞を含む、態様99記載の方法。
103. 増加した用量の細胞傷害性療法が、細胞傷害性療法による処置に抵抗性と予測されないがんを有すると同定された対象に与えられる細胞傷害性療法の用量と比較して、増加した数の細胞傷害性療法の細胞を含む、態様102記載の方法。
104. 代替処置が、化学療法剤であり、任意で化学療法剤が、シクロホスファミド、ドキソルビシン、プレドニゾン、ビンクリスチン、フルダラビン、ベンダムスチン、および／またはリツキシマブである、態様99記載の方法。
105. 対象が、細胞傷害性療法による処置に抵抗性と予測されないがんを有すると同定される場合に、細胞傷害性療法の用量だけを対象に投与する、態様98記載の方法。
106. 同定された対象に生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤を投与する工程をさらに含む、態様98～100のいずれか記載の方法。
107. 遺伝子参照値が、（a）がんを有しない対象の集団、または（b）がんを有しかつ療法を投与された対象の集団であって、療法の投与に続いて部分奏効（PR）もしくは完全奏効（CR）を示した対象の集団、における1つまたは複数の遺伝子の平均レベルまたは量の25％以内、20％以内、15％以内、10％以内、または5％以内である、態様94～106のいずれか記載の方法。
108. がんを有する対象の集団が、療法の投与に続いてPRまたはCRを少なくとも1ヶ月、2ヶ月、3ヶ月、4ヶ月、5ヶ月、6ヶ月、7ヶ月、8ヶ月、9ヶ月、またはそれ以上示した、態様107記載の方法。
109. 1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量が、リンパ球枯渇療法が対象に投与される前に、任意でリンパ球枯渇療法が対象に投与される前7日、前6日、前5日、前4日、前3日、前2日、前1日、前16時間、前12時間、前6時間、前2時間、または前1時間以内に、生物学的試料中で評価される、態様94～108のいずれか記載の方法。
110. （a）対象からの生物学的試料中の1つまたは複数の生存促進性遺伝子の発現のレベルまたは量を評価する工程であって、
1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量が、1つまたは複数の生存促進性遺伝子によってコードされるタンパク質および／またはポリヌクレオチドのレベルまたは量であり、該生物学的試料が、対象が細胞傷害性療法を投与される前に1回目に対象から得られ、対象が、細胞傷害性療法による処置を受けることになる、工程；
（b）対象への細胞傷害性療法の投与後に対象からの2回目の生物学的試料中の1つまたは複数の生存促進性遺伝子の発現のレベルまたは量を評価する工程であって、
1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量が、1つまたは複数の生存促進性遺伝子によってコードされるタンパク質および／またはポリヌクレオチドのレベルまたは量であり、該生物学的試料が、対象への細胞傷害性療法の投与後に2回目に得られ、対象が、（b）の評価する工程の前に細胞傷害性療法を投与されていた、工程；ならびに
（c）2回目の1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量が、1回目の1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量よりも低い場合に、対象が該療法に応答性であると決定する工程
を含む、細胞傷害性療法に対するがんを有する対象の応答性を決定する方法。
111. （b）における評価する工程の前に、対象に細胞傷害性療法を投与する工程をさらに含む、態様110記載の方法。
112. リンパ球枯渇療法が対象に投与される前に、任意でリンパ球枯渇療法が対象に投与される前7日、前6日、前5日、前4日、前3日、前2日、前1日、前16時間、前12時間、前6時間、前2時間、または前1時間以内に、生物学的試料が対象から得られる、態様110または111記載の方法。
113. 1つまたは複数の生存促進性遺伝子が、mycファミリー遺伝子、p53、およびzesteホモログ2エンハンサー（EZH2）より選択される、態様94～112のいずれか記載の方法。
114. 1つまたは複数の生存促進性遺伝子がmycファミリー遺伝子である、態様113記載の方法。
115. mycファミリー遺伝子が、c-myc、l-myc、およびn-mycの1つまたは複数を含む、態様114記載の方法。
116. 1つまたは複数の生存促進性遺伝子がp53である、態様113～115のいずれか記載の方法。
117. 1つまたは複数の生存促進性遺伝子がEZH2である、態様113～116のいずれか記載の方法。
118. 細胞傷害性療法が細胞療法である、態様94～117のいずれか記載の方法。
119. 細胞傷害性療法が、対象に対して自家である細胞を含む、態様94～118のいずれか記載の方法。
120. 細胞傷害性療法が、腫瘍浸潤リンパ球（TIL）療法、内因性T細胞療法、ナチュラルキル（NK）細胞療法、トランスジェニックTCR療法、および任意でキメラ抗原受容体（CAR）発現細胞療法である組換え受容体発現細胞療法からなる群より選択される、態様94～119のいずれか記載の方法。
121. 細胞傷害性療法が、抗原に特異的に結合する組換え受容体を発現している細胞の用量を含む、態様94～120のいずれか記載の方法。
122. 対象が、細胞傷害性療法を投与される場合に、細胞傷害性療法の投与が、1×105個もしくは約1×105個～5×108個の細胞療法の総細胞、組換え受容体発現細胞、総T細胞、もしくは総末梢血単核細胞（PBMC）；1×105個もしくは約1×105個～2×108個の細胞療法の総細胞、組換え受容体発現細胞、総T細胞、もしくは総末梢血単核細胞（PBMC）；1×106個もしくは約1×106個～1×108個の細胞療法の総細胞、組換え受容体発現細胞、総T細胞、もしくは総末梢血単核細胞（PBMC）；または1×106個～5×107個の細胞療法の総細胞、組換え受容体発現細胞、総T細胞、もしくは総末梢血単核細胞（PBMC）の投与を含む、態様94～121のいずれか記載の方法。
123. 細胞傷害性療法が、T細胞を含むかまたはそれについて濃縮されている、態様94～122のいずれか記載の方法。
124. 細胞傷害性療法が、CD3+、CD4+、CD8+またはCD4+およびCD8+ T細胞を含むかまたはそれについて濃縮されている、態様94～123のいずれか記載の方法。
125. 細胞傷害性療法が、CD4+およびCD8+ T細胞を含むかまたはそれについて濃縮されている、態様94～124のいずれか記載の方法。
126. 細胞傷害性療法のCD4+およびCD8+ T細胞が、1：1もしくはおよそ1：1であるかまたはおよそ1：3～およそ3：1である所定の比のCD4+ CAR発現T細胞とCD8+ CAR発現T細胞と、および／またはCD4+ CAR発現T細胞とCD8+ CAR発現T細胞とを含む、態様125記載の方法。
127. 細胞傷害性療法が、CD4+およびCD8+ T細胞を投与することを含み、各用量のT細胞が、抗原に特異的に結合する受容体、任意でCARを含み、投与が、複数の別々の組成物を投与することを含み、複数の別々の組成物が、CD8+ T細胞を含むかまたはそれについて濃縮されている第1の組成物と、CD4+ T細胞を含むかまたはそれについて濃縮されている第2の組成物とを含む、態様94～126のいずれか記載の方法。
128. 第1および第2の組成物の一方の中の受容体を含むCD4+ T細胞と、第1および第2の組成物の他方の中の受容体を含むCD8+ T細胞とが、1：1もしくはおよそ1：1であるかまたはおよそ1：3～およそ3：1である所定の比で存在し；かつ／または
第1および第2の組成物として投与される、受容体を含むCD4+ T細胞と受容体を含むCD8+ T細胞とが、1：1もしくはおよそ1：1であるかまたはおよそ1：3～およそ3：1である所定の比で存在する、
態様127記載の方法。
129. 細胞傷害性療法が、ナチュラルキラー（NK）細胞を含むかまたはそれについて濃縮されている、態様94～128のいずれか記載の方法。
130. 細胞傷害性療法が、iPS由来細胞を含むかまたはそれについて濃縮されている、態様94～129のいずれか記載の方法。
131. 組換え受容体が、T細胞受容体（TCR）または機能的非T細胞受容体である、態様120～130のいずれか記載の方法。
132. 組換え受容体がキメラ抗原受容体（CAR）である、態様120～130のいずれか記載の方法。
133. 細胞傷害性療法が、それぞれが両端の値を含む1×105個または約1×105個～5×108個の総CAR発現T細胞、1×106個～2.5×108個の総CAR発現T細胞、5×106個～1×108個の総CAR発現T細胞、1×107個～2.5×108個の総CAR発現T細胞、5×107個～1×108個の総CAR発現T細胞の投与を含む、態様94～132のいずれか記載の方法。
134. 細胞傷害性療法が、少なくとも1×105個もしくは少なくとも約1×105個のCAR発現細胞、少なくとも2.5×105個もしくは少なくとも約2.5×105個のCAR発現細胞、少なくとも5×105個もしくは少なくとも約5×105個のCAR発現細胞、少なくとも1×106個もしくは少なくとも約1×106個のCAR発現細胞、少なくとも2.5×106個もしくは少なくとも約2.5×106個のCAR発現細胞、少なくとも5×106個もしくは少なくとも約5×106個のCAR発現細胞、少なくとも1×107個もしくは少なくとも約1×107個のCAR発現細胞、少なくとも2.5×107個もしくは少なくとも約2.5×107個のCAR発現細胞、少なくとも5×107個もしくは少なくとも約5×107個のCAR発現細胞、少なくとも1×108個もしくは少なくとも約1×108個のCAR発現細胞、少なくとも2.5×108個もしくは少なくとも約2.5×108個のCAR発現細胞、または少なくとも5×108個もしくは少なくとも約5×108個のCAR発現細胞の投与を含む、態様94～133のいずれか記載の方法。
135. 細胞傷害性療法が、5×107個または約5×107個の総CAR発現T細胞の投与を含む、態様94～134のいずれか記載の方法。
136. 細胞傷害性療法が、1×108個または約1×108個のCAR発現細胞の投与を含む、態様94～135のいずれか記載の方法。
137. 細胞傷害性療法が、抗原に特異的に結合する細胞外抗原認識ドメインと、ITAMを含む細胞内シグナル伝達ドメインとを含むキメラ抗原受容体（CAR）を発現している細胞を含む、態様94～136のいずれか記載の方法。
138. 抗原が、αvβ6インテグリン（avb6インテグリン）、B細胞成熟抗原（BCMA）、B7-H3、B7-H6、炭酸脱水酵素9（CA9、これはCAIXまたはG250としてもまた知られている）、癌精巣抗原、癌／精巣抗原1B（CTAG、これはNY-ESO-1およびLAGE-2としてもまた知られている）、癌胎児性抗原（CEA）、サイクリン、サイクリンA2、C-Cモチーフケモカインリガンド1（CCL-1）、CD19、CD20、CD22、CD23、CD24、CD30、CD33、CD38、CD44、CD44v6、CD44v7/8、CD123、CD133、CD138、CD171、コンドロイチン硫酸プロテオグリカン4（CSPG4）、上皮増殖因子タンパク質（EGFR）、III型上皮増殖因子受容体変異（EGFR vIII）、上皮糖タンパク質2（EPG-2）、上皮糖タンパク質40（EPG-40）、エフリンB2、エフリン受容体A2（EPHa2）、エストロゲン受容体、Fc受容体様5（FCRL5；これはFc受容体ホモログ5またはFCRH5としてもまた知られている）、胎児アセチルコリン受容体（胎児AchR）、葉酸結合タンパク質（FBP）、葉酸受容体アルファ、ガングリオシドGD2、O-アセチル化GD2（OGD2）、ガングリオシドGD3、糖タンパク質100（gp100）、グリピカン-3（GPC3）、Gタンパク質共役受容体5D（GPRC5D）、Her2/neu（受容体型チロシンキナーゼerb-B2）、Her3（erb-B3）、Her4（erb-B4）、erbB二量体、ヒト高分子量メラノーマ関連抗原（HMW-MAA）、B型肝炎表面抗原、ヒト白血球抗原A1（HLA-A1）、ヒト白血球抗原A2（HLA-A2）、IL-22受容体アルファ（IL-22Rα）、IL-13受容体アルファ2（IL-13Rα2）、キナーゼインサートドメイン受容体（kdr）、カッパ軽鎖、L1細胞接着分子（L1-CAM）、L1-CAMのCE7エピトープ、ロイシンリッチリピート含有8ファミリーメンバーA（LRRC8A）、Lewis Y、メラノーマ関連抗原（MAGE）-A1、MAGE-A3、MAGE-A6、MAGE-A10、メソテリン（MSLN）、c-Met、マウスサイトメガロウイルス（CMV）、ムチン1（MUC1）、MUC16、ナチュラルキラーグループ2メンバーD（NKG2D）リガンド、メランA（MART-1）、神経細胞接着分子（NCAM）、腫瘍胎児性抗原、メラノーマの優先発現抗原（PRAME）、プロゲステロン受容体、前立腺特異抗原、前立腺幹細胞抗原（PSCA）、前立腺特異的膜抗原（PSMA）、受容体型チロシンキナーゼ様オーファン受容体1（ROR1）、サバイビン、トロホブラスト糖タンパク質（TPBG、これは5T4としてもまた知られている）、腫瘍関連糖タンパク質72（TAG72）、チロシナーゼ関連タンパク質1（TRP1、これはTYRP1またはgp75としてもまた知られている）、チロシナーゼ関連タンパク質2（TRP2、これはドパクロムトートメラーゼ、ドパクロムデルタイソメラーゼまたはDCTとしてもまた知られている）、血管内皮増殖因子受容体（VEGFR）、血管内皮増殖因子受容体2（VEGFR2）、ウィルムス腫瘍1（WT-1）より選択される、態様94～137のいずれか記載の方法。
139. 抗原がCD19である、態様94～138のいずれか記載の方法。
140. 細胞内シグナル伝達ドメインが、CD3ゼータ（CD3ζ）鎖の細胞内ドメインを含む、態様137～139のいずれか記載の方法。
141. 細胞内シグナル伝達領域が、共刺激性のシグナル伝達領域をさらに含む、態様137～140のいずれか記載の方法。
142. 共刺激性のシグナル伝達領域が、CD28または4-1BB、任意でヒトCD28またはヒト4-1BBのシグナル伝達ドメインを含む、態様141記載の方法。
143. 共刺激ドメインが、CD28のシグナル伝達ドメインであるかまたはそれを含む、態様142記載の方法。
144. 細胞傷害性療法が、対象からの自家細胞を含む、態様94～143のいずれか記載の方法。
145. 対象が生存促進性BCL2ファミリータンパク質を投与される場合に、阻害剤の投与開始前に対象からの自家細胞を含む生物学的試料を収集する工程を含む、態様144記載の方法。
146. 対象からの生物学的試料が、全血試料、バフィーコート試料、末梢血単核細胞（PBMC）試料、未分画T細胞試料、リンパ球試料、白血球試料、アフェレーシス産物、または白血球アフェレーシス産物であるかまたはそれを含む、態様145記載の方法。
147. 対象が生存促進性BCL2ファミリータンパク質を投与される場合に、細胞傷害性療法の投与前に対象にリンパ球枯渇剤またはリンパ球枯渇療法を投与する工程をさらに含む、態様94～146のいずれか記載の方法。
148. 対象が、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤で以前に処置されており、任意で対象が、ベネトクラクスで以前に処置されていた、態様94～147のいずれか記載の方法。
149. 阻害剤による以前の処置が、自家細胞の収集とリンパ球枯渇療法の前との間の時点で投与される、態様148記載の方法。
150. 阻害剤による以前の処置がリンパ球枯渇療法の投与前に少なくとも3日もしくは少なくとも約3日間または少なくとも4日もしくは少なくとも約4日間および／あるいは少なくとも、対象の血流中の阻害剤の濃度が約3半減期または約4半減期だけ低減されるまでの期間および／あるいは少なくとも、阻害剤が対象の血流から消失するまでの期間、停止される、態様149記載の方法。
151. リンパ球枯渇療法が、細胞傷害性療法の投与開始の2～7日前に完了される、態様147～150のいずれか記載の方法。
152. リンパ球枯渇療法が、フルダラビンおよび／またはシクロホスファミドの投与を含む、態様147～151のいずれか記載の方法。
153. リンパ球枯渇療法が、両端の値を含む約200～400mg/m2、任意で300mg/m2もしくは約300mg/m2のシクロホスファミド、および／または約20～40mg/m2、任意で30mg/m2のフルダラビンの毎日2～4日間、任意で3日間の投与を含む、あるいはリンパ球枯渇療法が、約500mg/m2のシクロホスファミドの投与を含む、態様147～152のいずれか記載の方法。
154. リンパ球枯渇療法が、300mg/m2もしくは約300mg/m2のシクロホスファミドおよび約30mg/m2のフルダラビンの毎日3日間の投与を含み；かつ／または
リンパ球枯渇療法が、500mg/m2もしくは約500mg/m2のシクロホスファミドおよび約30mg/m2のフルダラビンの毎日3日間の投与を含む、
態様147～153のいずれか1つに記載の方法。
155. 対象が生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤を投与される場合に、阻害剤の投与開始が、細胞傷害性療法の投与開始前3日または約3日以内である、態様94～154のいずれか記載の方法。
156. 対象が生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤を投与される場合に、阻害剤の投与開始が、細胞傷害性療法の投与開始前2日または約2日以内である、態様95～155のいずれか記載の方法。
157. 対象が生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤を投与される場合に、阻害剤の投与開始が、細胞傷害性療法の投与開始前1日または約1日以内である、態様95～156のいずれか記載の方法。
158. 対象が生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤を投与される場合に、阻害剤の投与開始が、阻害剤の投与開始と同時または同じ日である、態様95～157のいずれか記載の方法。
159. 対象が生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤を投与される場合に、阻害剤の投与開始が、細胞傷害性療法の投与開始後2日を超えず、任意で阻害剤の投与開始が、細胞傷害性療法の投与開始後1日以内である、態様95～154のいずれか記載の方法。
160. 対象が生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤を投与される場合に：
阻害剤の投与レジメンが、治療量未満の量の阻害剤を含み；
阻害剤の投与レジメンが、細胞傷害性療法との併用投与の非存在下で単独療法として投与された場合、対象における腫瘍負荷量を低減するのに不十分であるか、または腫瘍負荷量を10％未満低減し；かつ／あるいは
阻害剤の投与レジメンが、細胞傷害性療法との併用投与の非存在下で単独療法として投与された場合、同様に処置された対象の群に完全奏効も部分奏効ももたらさないか、またはそのような対象の多くて10％にそのような応答をもたらす、
態様95～159のいずれか記載の方法。
161. 対象が生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤を投与される場合に、阻害剤の投与レジメンが、1日1回の投薬を含む、態様95～160のいずれか記載の方法。
162. 対象が生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤を投与される場合に、1日1回の用量が、それぞれが両端の値を含む20mgまたは約20mgから、800mgまたは約800mg、20mgまたは約20mgから、400mgまたは400mg、20mgまたは約20mgから、350mgまたは約350mg、20mgまたは約20mgから、300mgまたは約300mg、20mgまたは約20mgから、250mgまたは約250mg、20mgまたは約20mgから、200mgまたは約200mg、20mgまたは約20mgから、150mgまたは約150mg、20mgまたは約20mgから、100mgまたは約100mg、20mgまたは約20mgから、50mgまたは約50mg、20mgまたは約20mgから、40mgまたは約40mg、40mgまたは約40mgから、800mgまたは約800mg、40mgまたは約40mgから、400mgまたは400mg、40mgまたは約40mgから、350mgまたは約350mg、40mgまたは約40mgから、300mgまたは約300mg、40mgまたは約40mgから、250mgまたは約250mg、40mgまたは約40mgから、200mgまたは約200mg、40mgまたは約40mgから、150mgまたは約150mg、40mgまたは約40mgから、100mgまたは約100mg、40mgまたは約40mgから、50mgまたは約50mg、50mgまたは約50mgから、800mgまたは約800mg、50mgまたは約50mgから、400mgまたは約400mg、50mgまたは約50mgから、350mgまたは約350mg、50mgまたは約50mgから、300mgまたは約300mg、50mgまたは約50mgから、250mgまたは約250mg、50mgまたは約50mgから、200mgまたは約200mg、50mgまたは約50mgから、150mgまたは約150mg、50mgまたは約50mgから、100mgまたは約100mg、100mgまたは約100mgから、800mgまたは約800mg、100mgまたは約100mgから、400mgまたは約400mg、100mgまたは約100mgから、350mgまたは約350mg、100mgまたは約100mgから、300mgまたは約300mg、100mgまたは約100mgから、250mgまたは約250mg、100mgまたは約100mgから、200mgまたは約200mg、100mgまたは約100mgから、150mgまたは約150mg、150mgまたは約150mgから、800mgまたは約800mg、150mgまたは約150mgから、400mgまたは約400mg、150mgまたは約150mgから、350mgまたは約350mg、150mgまたは約150mgから、300mgまたは約300mg、150mgまたは約150mgから、250mgまたは約250mg、150mgまたは約150mgから、200mgまたは約200mg、200mgまたは約200mgから、800mgまたは約800mg、200mgまたは約200mgから、400mgまたは約400mg、200mgまたは約200mgから、350mgまたは約350mg、200mgまたは約200mgから、300mgまたは約300mg、200mgまたは約200mgから、250mgまたは約250mg、250mgまたは約250mgから、300mgまたは約300mg、300mgまたは約300mgから、350mgまたは約350mg、300mgまたは約300mgから、400mgまたは約400mg、300mgまたは約300mgから、800mgまたは約800mg、350mgまたは約350mgから、400mgまたは約400mg、および350mgまたは約350mgから、800mgまたは約800mgの阻害剤の量である、態様95～161のいずれか記載の方法。
163. 対象が生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤を投与される場合に、1日1回の用量が、両端の値を含む20mgまたは約20mgから、100mgまたは約100mgの阻害剤の量である、態様95～162のいずれか記載の方法。
164. 対象が生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤を投与される場合に、1日1回の用量が、両端の値を含む40mgまたは約40mgから、100mgまたは約100mgの阻害剤の量である、態様95～163のいずれか記載の方法。
165. 対象が生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤を投与される場合に、1日1回の用量が、両端の値を含む50mgまたは約50mgから、100mgまたは約100mgの阻害剤の量である、態様95～164のいずれか記載の方法。
166. 対象が生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤を投与される場合に、1日1回の用量が、20mgまたは約20mgの阻害剤の量である、態様94～165のいずれか記載の方法。
167. 対象が生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤を投与される場合に、1日1回の用量が40mgまたは約40mgの阻害剤の量である、態様94～165のいずれか記載の方法。
168. 対象が生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤を投与される場合に、1日1回の用量が50mgまたは約50mgの阻害剤の量である、態様94～165のいずれか記載の方法。
169. 対象が生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤を投与される場合に、1日1回の用量が100mgまたは約100mgの阻害剤の量である、態様95～165のいずれか記載の方法。
170. 対象が生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤を投与される場合に、阻害剤が、阻害剤の投与レジメンの投与前に用量増量スケジュールで投与され、任意で用量増量スケジュールが、1日1回の用量の量まで漸増する量の阻害剤の投与を含む、態様95～157のいずれか記載の方法。
171. 対象が生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤を投与される場合に、阻害剤が、BCL2、BCLXL、BCLW、BCLB、MCL1、およびそれらの組み合わせからなる群より選択される1つまたは複数の生存促進性BCL2ファミリータンパク質を阻害する、態様95～170のいずれか記載の方法。
172. 1つまたは複数の生存促進性BCL2ファミリータンパク質が、BCL2、BCLXL、および／またはBCLWである、態様171記載の方法。
173. 阻害剤が、1つまたは複数の生存促進性BCL2ファミリータンパク質を1000nM、900nM、800nM、600nM、500nM、400nM、300nM、200nM、100nM、50nM未満もしくは約1000nM、900nM、800nM、600nM、500nM、400nM、300nM、200nM、100nM、50nM未満または10nM未満もしくは約10nM未満の最大半量阻害濃度（IC50）で阻害する、態様95～172のいずれか記載の方法。
174. 阻害剤が、ベネトクラクス、ナビトクラクス、ABT737、マリトクラクス、オバトクラクス、およびクリトシンからなる群より選択される、態様95～173のいずれか記載の方法。
175. 阻害剤がナビトクラクスである、態様94～174のいずれか記載の方法。
176. 阻害剤がベネトクラクスである、態様95～174のいずれか記載の方法。
177. がんが血液悪性腫瘍である、態様95～174のいずれか記載の方法。
178. がんがB細胞悪性腫瘍である、態様94～177のいずれか記載の方法。
179. がんが、骨髄腫、白血病またはリンパ腫である、態様94～178のいずれか記載の方法。
180. がんが、急性リンパ芽球性白血病（ALL）、成人ALL、慢性リンパ芽球性白血病（CLL）、小リンパ球性リンパ腫（SLL）、非ホジキンリンパ腫（NHL）、大細胞型B細胞性リンパ腫である、態様94～179のいずれか記載の方法。
181. がんが慢性リンパ性白血病（CLL）である、態様94～810のいずれか記載の方法。
182. がんが非ホジキンリンパ腫（NHL）である、態様94～180のいずれか記載の方法。
183. NHLがびまん性大細胞型B細胞性リンパ腫（DLBCL）である、態様182記載の方法。
184. がんが、縦隔原発B細胞性リンパ腫（PMBCL）または濾胞性リンパ腫（FL）であり、任意で濾胞性リンパ腫グレード3B（FL3B）である、態様94～180のいずれか記載の方法。
185. 対象が、がんを処置するための1つまたは複数の以前の療法による処置後の寛解に続いて再発した、または該処置に不応性になった、それが不成功であった、かつ／もしくはそれに不耐性であった、態様94～184のいずれか記載の方法。
186. がんが、細胞傷害性療法単独による処置に抵抗性である、態様94～185のいずれか記載の方法。
187. がんが、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の過剰発現または異常発現を示す、態様96～186のいずれか記載の方法。
188. 対象が生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤を投与される場合に、阻害剤の投与レジメンが、細胞傷害性療法の投与の開始後に任意で1日1回、最大6ヶ月の阻害剤の投与を含む、態様95～187のいずれか記載の方法。
189. 対象が生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤を投与される場合に、阻害剤の投与レジメンが、細胞傷害性療法の投与の開始後に任意で1日1回、最大3ヶ月の阻害剤の投与を含む、態様95～188のいずれか記載の方法。
190. 対象が生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤を投与される場合に、対象が臨床的寛解を示すならば、投与レジメンにおける阻害剤の投与が中止される、態様95～189のいずれか記載の方法。
191. 対象が生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤を投与される場合に：
阻害剤の投与を伴わない方法と比較して細胞傷害性療法の細胞傷害活性を増加させ；かつ／または
阻害剤の投与を伴わない方法と比較して、任意でパーフォリン媒介性アポトーシスおよび／またはグランザイム媒介性アポトーシスを介して、1つまたは複数のがん細胞の細胞溶解死を増加させる、
態様95～190のいずれか記載の方法。
192. 方法により処置された対象の少なくとも35％、少なくとも40％または少なくとも50％が、持続性の完全奏効（CR）を、またはCRを達成している対象の少なくとも60、70、80、90、もしくは95％において持続性の完全奏効（CR）を、6ヶ月もしくは6ヶ月よりも長くまたは9ヶ月もしくは9ヶ月よりも長く達成し；かつ／あるいは
6ヶ月までにCRを達成している対象の少なくとも60、70、80、90、または95％が、3ヶ月もしくは3ヶ月よりも長くおよび／または6ヶ月もしくは6ヶ月よりも長くおよび／または9ヶ月よりも長く、応答を続ける、CRを続ける、および／または生存するかもしくは進行なしに生存し；かつ／あるいは
該方法により処置された対象の少なくとも50％、少なくとも60％または少なくとも70％が、客観的奏効（OR）を達成し、任意でORが、6ヶ月もしくは6ヶ月よりも長くまたは9ヶ月もしくは9ヶ月よりも長く持続性であるか、またはORを達成している対象の少なくとも60、70、80、90、もしくは95％で持続性であり；かつ／あるいは
6ヶ月までにORを達成している対象の少なくとも60、70、80、90、または95％が、3ヶ月もしくは3ヶ月よりも長くおよび／または6ヶ月もしくは6ヶ月よりも長く応答または生存を続ける、
態様94～191のいずれか記載の方法。
193. 生物学的試料が腫瘍生検、任意でリンパ節生検である、態様94～192のいずれか記載の方法。
194. 対象がヒトである、態様94～193のいずれか1つに記載の方法。
以下の実施例は、単に例示的な目的のために含まれるのであって、本発明の範囲を限定する意図はない。
実施例1：腫瘍細胞のCAR T媒介死滅の評価
試料からのT細胞（CD4+およびCD8+細胞を含む）の免疫親和性ベースの選択を含むプロセスにより2人のヒト成人ドナーからの白血球アフェレーシス試料から、抗CD19 CAR発現T細胞を含有するT細胞組成物を生成し、それぞれCD8+細胞およびCD4+細胞が濃縮された2つの組成物をもたらした。濃縮されたCD4+組成物およびCD8+組成物の細胞を抗CD3／抗CD28ビーズで別々に活性化し、抗CD19 CARをコードするベクターを用いたレンチウイルス形質導入に供した。抗CD19 CARは、マウス抗体由来の抗CD19 scFv（FMC63由来の可変領域）、免疫グロブリン由来スペーサー、CD28由来膜貫通ドメイン、4-1BB由来共刺激性領域、およびCD3ゼータ細胞内シグナル伝達ドメインを含有した。ウイルスベクター中の発現構築物は、T2Aリボソームスキップ配列によってCAR配列と隔てられた、CAR発現のための代用マーカーとして機能した切断型受容体をコードする配列をさらに含有した。次いで、形質導入された集団を、細胞の拡大増殖のための刺激試薬の存在下で別々にインキュベートした。拡大増殖されたCD8+細胞およびCD4+細胞を製剤化し、別々に凍結保存し、貯蔵した。
各ドナーからの凍結保存されたCD4+およびCD8+ 抗CD19 CAR発現細胞を解凍し、使用前におよそ1：1のCAR+ CD4+:CD8+比で組み合わせた。
抗CD19 CAR T細胞組成物を、CD19を発現するように形質導入されたK562細胞（K562.CD19）ならびにCD19発現リンパ腫細胞株DOHH2、WSU-FSCLL、およびRLを含むCD19発現標的細胞と共に培養した。対照として、抗CD19 CAR T細胞組成物を、CD19を発現していないK562細胞（K562親）と共に共培養した。CARを発現していないT細胞との共培養（モック）もまた対照として使用した。CAR+ T細胞組成物および細胞株を、0：1～10：1（0：1、0.3：1、1：1、3：1、および10：1）のエフェクター細胞対標的細胞比（E：T）で24時間共培養した。標的細胞をCellTrace Violet（CTV）で標識した。培養に続いて、標的細胞を回収し、LIVE/DEAD Fixable Near-IR Dead Cell Stainで染色し、フローサイトメトリーによって分析した。生存している標的細胞をCTV陽性、LIVE/DEAD陰性として同定した。図1Aに示されるように、抗CD19 CAR T細胞と、CD19発現DOHH2、WSU-FSCLL、およびK562.CD19標的細胞株との共培養物中のE：T比が増加すると共に、生存している標的細胞のパーセンテージは減少した。対照的に、RL細胞は、両方のドナーから生成された抗CD19 CAR T細胞による細胞溶解死に対する抵抗性がより高かった。
別に、NucLight Redを発現するようにレンチウイルス試薬で操作されたCD19発現RL細胞を培養プレート中で72時間培養することによってRLスフェロイドを生成した。実質的に上記のようにヒト成人ドナーから抗CD19 CAR発現T細胞組成物を生成した。抗CD19 CAR T細胞をRLスフェロイドと0.25：1、0.5：1、および1：1のE：T比で最大196時間、共培養した。赤色オブジェクトの総面積（μm2／画像）によってスフェロイドのサイズを経時的に測定した。抗CD19 CAR T細胞と共培養されたスフェロイドの経時的なサイズを図1Bに示す。
2つの追加的なCD19発現リンパ腫標的細胞株、SUDHL6およびWSU-DLCL2に対する抗CD19 CAR T細胞の細胞溶解活性を評価し、K562.CD19標的細胞に対する細胞溶解活性と比較した。顕微鏡法による標的細胞の追跡を可能にするためにNucLight Red（NLR）を発現するようにレンチウイルス試薬で標的細胞を操作した。実質的に上記のように2人のヒト成人ドナーから抗CD19 CAR発現T細胞組成物を生成した。標的細胞をドナー由来CAR T細胞組成物と2.5：1のE：T比で最大120時間共培養した。赤色の標的細胞カウントを生細胞イメージングにより経時的に追跡し、カウントをベースラインの赤色標的細胞数に対して正規化して、標的細胞における変化倍率を経時的に決定した。図2に示されるように、抗CD19 CAR T細胞は、K562.CD19およびSUDHL6リンパ腫標的細胞に対して実質的な細胞溶解活性を示した。しかし、WSU-DLCL2リンパ腫標的細胞の細胞カウントにおける変化倍率は、アッセイの経過にわたり増加した。これは、抗CD19 CAR T細胞による死滅に対するこれらの細胞の感受性がより低かったことを示している。これらの結果は、ある種のCD19発現細胞がCD19に向けられたCAR媒介細胞死滅に対して抵抗性であることを示し、いくつかのCD19発現腫瘍はCD19に向けられたCAR媒介細胞死滅に対する感受性がより低い場合があるという仮説を裏付けている。
抗CD19 CAR T細胞に対するBH3ファミリーメンバー（BCL-2）阻害剤の効果
実質的に実施例1に記載されるように、3人のヒト成人ドナーから抗CD19 CAR発現T細胞組成物を生成した。ジメチルスルホキシド（DMSO）中に可溶化した例示的なBCL2阻害剤ベネトクラクスの存在下、抗CD19 CAR T細胞を抗イディオタイプ抗体で96時間刺激した。対照抗CD19 CAR T細胞を等量のDMSOの存在下、抗イディオパシー抗体で96時間刺激した。具体的には、実施例1に記載された抗CD19 CAR発現T細胞のscFvに特異的な抗イディオタイプ抗体を濃度30μg/mlで予備コーティングしておいた96ウェルプレートのウェルに抗CD19 CAR発現細胞を添加した。5％ヒト血清の存在下で細胞を37℃および5％ CO2で培養した。96時間後、細胞を溶解させ、生存している細胞からのATPをルシフェリンレポーターアッセイにより検出し、相対発光単位として報告した。ベネトクラクス処理CAR T細胞カウントを評価し、DMSO対照のCAR T細胞カウントに対して正規化した。
図3に示されるように、ベネトクラクスの用量が増加すると共に、生存している抗CD19 CAR発現T細胞のパーセンテージは減少した。3人のドナーのうち、ベネトクラクスの平均IC50は7.9μMであり、ベネトクラクスの平均IC10は0.88μMであった。場合によっては、1日400ミリグラム用量のベネトクラクスが、臨床観察により2.4±1.3μMの最大血清濃度（Cmax）をもたらすことが明らかとなった。これらの結果は、ある特定の条件下で、CAR T-細胞の生存率に有害作用を有し得る濃度よりも低い濃度で、抗CD19 CAR-T細胞活性の強化を見ることができるという観察と一致する。
実施例2：CD19に向けられた腫瘍細胞抵抗性に対するBH3ファミリーメンバー（BCL-2）阻害剤の効果
実施例1に記載されたように抗CD19 CAR発現T細胞組成物を生成し、CD19発現リンパ腫標的細胞株であるSUDHL6、WSU-DLCL2、またはGranta-519のいずれかと共に2.5：1のE：T比で培養した。20nMまたは200nMの例示的なBCL2阻害剤、ベネトクラクスの存在下で共培養を行った。対照として、標的腫瘍細胞株を阻害剤または抗CD19 CAR T細胞だけの存在下でインキュベートした。標的細胞をNucLight Red（NLR）で標識して、顕微鏡法による標的細胞の追跡を可能にし、実質的に実施例1に記載されたように標的細胞の死滅を蛍光シグナルの減少によって経時的にモニタリングした。
図4Aに示されるように、抗CD19 CAR T細胞は、SUDHL6細胞に対して細胞溶解活性を示したが、WSU-DLCL2およびGranta-519細胞株の方がCD19に向けられたCAR T細胞死滅に対する抵抗性が高かった。20nMまたは200nMのいずれかのベネトクラクス単独の存在は、抵抗性腫瘍細胞株についてこのアッセイで腫瘍細胞死滅に実質的に影響しなかったとはいえ、200nMベネトクラクスと共にインキュベートされた培養物で感受性腫瘍細胞株SUDHL6の死滅が達成された。20または200nMベネトクラクスと共にインキュベートされた共培養物で、腫瘍抵抗性細胞株のCD19に向けられたCAR T細胞死滅が増強した。これらの結果は、低用量、例えば20nMのベネトクラクスでさえも、そうでなければ抵抗性である腫瘍細胞を、CD19に向けられたCAR T細胞媒介性細胞傷害に感受性にできることを示唆している。
さらなる実験では、上記のように生成された抗CD19 CAR発現T細胞組成物を、Granta-519 CD19発現リンパ腫標的細胞株と共に培養した。顕微鏡法による標的細胞の追跡を可能にするためにNucLight Red（NLR）を発現するようにGranta-519細胞をレンチウイルス試薬で操作した。上記のようにGranta-519細胞株は、CD19に向けられたCAR T細胞媒介性細胞傷害に比較的抵抗性であると決定され、その結果、CAR T細胞と標的細胞との1：1のE：T比での共培養は最適未満の用量のCAR T細胞を表した。最適未満の用量での共培養で抗CD19 CAR T細胞を提供し、0、0.01、0.1、または1μMの例示的なBCL2阻害剤ベネトクラクスの存在下で共培養を行った。比較のために、0、0.01、0.1、または1μMの阻害剤だけの存在下で標的腫瘍細胞株をインキュベートした。生細胞イメージングによって赤色標的細胞カウントを数え、経時的に追跡した。
図4Bに示されるように、リンパ腫標的細胞は、ベネトクラクスの非存在下での抗CD19 CAR T細胞との共培養に続く標的細胞数の中程度の減少によって示されるように、最適未満の用量のCAR T細胞で、CD19に向けられたCAR T細胞死滅に比較的抵抗性であった。0.01μMのベネトクラクス単独の存在は、このアッセイにおいて標的細胞数に実質的に影響しなかったのに対し、0.1μMおよび1.0μMのベネトクラクス単独の存在は、標的細胞数に中程度の効果を有した。しかし、0.01μMのベネトクラクスの存在下で標的リンパ腫細胞および抗CD19 CAR T細胞を含有する共培養物であっても、0.01μMの阻害剤だけで処理された標的細胞と比較して標的細胞数に減少を示した。これは、組み合わせの潜在的な相乗効果と一致する。標的リンパ腫細胞および抗CD19 CAR T細胞を0.1μMおよび1.0μMベネトクラクスの存在下で含有する共培養物は、CD19に向けられたCAR T細胞のより大きな死滅さえ示した。
これらの結果は、低用量のベネトクラクスが、そうでなければ最適未満の用量の抗CD19 CAR T細胞に比較的抵抗性である細胞を感受性にし得るという観察と一致する。
実施例3：CD19標的化CAR T細胞に対するRL細胞の抵抗性に及ぼすBH3ファミリーメンバー（BCL-2）阻害剤の効果
実施例1に記載されるように生成された抗CD19 CAR発現T細胞組成物を、CD19発現リンパ腫標的細胞株RLと共に培養した。NucLight Red（NLR）を発現するようにレンチウイルス試薬で標的細胞を操作して顕微鏡法による細胞の追跡を可能にした。RL細胞株は、CD19に向けられたCAR T細胞媒介性細胞傷害に比較的抵抗性であると決定され、その結果、CAR T細胞と標的細胞との1：1のE：T比での共培養は、最適未満の用量のCAR T細胞を表した。抗CD19 CAR T細胞を標的RL細胞と1：1のE：T比で共培養し、0.1μMの例示的なBCL2阻害剤ベネトクラクスの存在下で共培養を行った。比較のために、標的細胞をCAR T細胞または0.1μMの阻害剤のみの存在下でインキュベートした。
図5Aに示されるように、RL細胞は、CD19に向けられたCAR T細胞単独に比較的抵抗性であったが、0.1μMベネトクラクスの存在下で、CD19に向けられたCAR T細胞死滅に感受性になった。
CD19に向けられたCAR T細胞に対するRL細胞株の抵抗性を3D腫瘍モデルでさらに評価した。実質的に実施例1に記載されるようにヒト成人ドナーから抗CD19 CAR発現T細胞組成物を生成した。NLRを発現するように操作されたRL腫瘍細胞に72時間スフェロイドを形成させ、次いで、抗CD19 CAR T細胞と1：1のE：T比で9日間共培養した。治療量未満の濃度の例示的なBCL2阻害剤ベネトクラクス（0.1μM）を共培養の開始時に添加し、腫瘍体積を経時的に測定した（図5B）。当初の腫瘍体積が抗CD19 CAR T細胞単独の存在下で低減しなかったのに対し、0.1μMベネトクラクスの添加は減少した腫瘍体積をもたらした。
関係する実験で、記載されたCD19発現RL細胞からスフェロイドを生成し、抗CD19 CAR T細胞および漸増する濃度のベネトクラクス（0.01μM、0.1μM、もしくは1.0μM）と共に、または対応する濃度のベネトクラクスのみと共に9日間共培養した。図5Cに示されるように、共培養の9日目に、より高い濃度のベネトクラクスは、腫瘍サイズにより大きな減少をもたらした。しかし、抗CD19 CAR T細胞およびベネトクラクスの両者と共に培養されたRLスフェロイドのサイズは、ベネトクラクスだけと培養されたRLスフェロイドのサイズと比較して実質的により大きく減少した。
両者のRLスフェロイド実験では、ベネトクラクスと抗CD19 CAR T細胞との組み合わせは、腫瘍細胞のアポトーシスを誘導することが観察された（データは示さず）が、そのような効果は、CAR T細胞単独の存在下で観察されなかった。これらの結果は、ベネトクラクスが腫瘍細胞を抗CD19 CAR T細胞媒介細胞死に対して感受性にし得ることを示したが、それにより、この組み合わせは、ベネトクラクスまたは抗CD19 CAR T細胞単独よりも強力な抗腫瘍活性を表す。
実施例4：CD19に向けられた腫瘍細胞抵抗性に対する慢性刺激された抗CD19 CAR T細胞に及ぼすBCL-2阻害剤の効果
CARに対する抗イディオタイプ（抗ID）抗体でコーティングされたビーズと共に8日間インキュベーションすることによってT細胞活性を疲弊させる条件下で、上記のように健康なドナーから生成された抗CD19 CAR発現T細胞を慢性刺激した。8日の慢性刺激後、抗CD19 CAR発現T細胞を回収し、続いて、NLRを発現するように操作されたRL細胞と共に1：1のE：T比で8日間共培養した。対照として、抗CD19 CAR T細胞の非存在下でRL細胞を培養した。治療量未満の濃度の例示的なBCL2阻害剤ベネトクラクス（0.01μMまたは0.1μM）を培養物に添加し、経時的に細胞数を評価した（図6A）。
別の実験で、以前に記載されたようにCD19発現RL細胞からスフェロイドを生成し、それを抗CD19 CAR T細胞と1：1のE：T比で、漸増する濃度のベネトクラクス（0.01μM、0.1μM、もしくは1.0μM）と共に、またはそれを対応する濃度のベネトクラクスのみと共に、8日間共培養した。以前のように、RLスフェロイドと共培養する前に、抗CD19 CAR T細胞を抗ID抗体コーティングビーズで慢性刺激した。図6Bに示されるように、標的細胞をCD19標的化CAR T細胞の非存在下で培養したとき1μMのベネトクラクスでのみ腫瘍サイズの減少が観察された。それに比べて、標的細胞をCD19標的化CAR T細胞の存在下で培養したとき、ベネトクラクスの濃度が大きいほど腫瘍サイズに大きな減少が見られた。全体的に見て、ベネトクラクスだけと共に培養されたRLスフェロイドと比較して、抗CD19 CAR T細胞およびベネトクラクスの両方と共に培養されたRLスフェロイドのサイズは、より大きく減少し、より低い濃度のベネトクラクスで減少した。
これらのデータは、BCL2阻害剤による処置が、慢性刺激された抗CD19 CAR T細胞の効力を増強したことを示している。理論に縛られることを望むわけではなく、結果は、終末分化したCAR T細胞および／または高い疾病負荷を有する患者で見られる場合があるように、BCL2阻害剤の添加がCAR T細胞における消耗状態または慢性刺激状態を回復させるまたは後退させる場合があることを示している。
実施例5：びまん性大細胞型B細胞性リンパ腫を有する対象からの遺伝子発現データ
CD19に特異的なキメラ抗原受容体（CAR）を発現している自家T細胞を含有する治療用CAR T細胞組成物を、B細胞悪性腫瘍を有する対象に投与し、CAR T細胞組成物を投与された対象における応答と相関した処置前の腫瘍生検中の遺伝子発現を対象のサブセットについて決定した。
具体的には、びまん性大細胞型B細胞性リンパ腫（DLBCL）、デノボまたはインドレントリンパ腫からの転化（NOS）、MYCとBCL2および／またはBCL6との再構成を有し、DLBCLの組織型を有する高グレードB細胞リンパ腫（ダブル／トリプルヒット）、慢性リンパ性白血病（CLL）または辺縁帯リンパ腫（MZL）から転化したDLBCL、縦隔原発大細胞型b細胞性リンパ腫（PMBCL）、ならびに2種類の治療の不成功後の濾胞性リンパ腫グレード3b（FL3B）を含む、再発または不応性（R/R）アグレッシブ非ホジキンリンパ腫（NHL）を有する成人ヒト対象から抗CD19に向けられた自家治療用T細胞組成物を生成し、該対象を処置するためにそれを使用した。処置された対象の中に、0～2の米国東海岸癌臨床試験グループ（Eastern Cooperative Oncology Group）（ECOG）スコア（経過観察期間中央値3.2ヶ月）を有する対象が含まれた。以前の同種幹細胞移植（SCT）、二次中枢神経系（CNS）併発またはECOGスコア2に基づき排除された対象はおらず、アフェレーシスに関するリンパ球絶対カウント（ALC）の最低限は必要なかった。
処置されるべき個々の対象からの白血球アフェレーシス試料からのCD4+およびCD8+細胞の免疫親和性ベース（例えば、免疫磁気選択）の濃縮を含むプロセスによって、投与された治療用T細胞組成物を生成した。単離されたCD4+およびCD8+ T細胞を別々に活性化させ、抗CD19 CARをコードするウイルスベクター（例えば、レンチウイルスベクター）を独立して形質導入し、続いて操作細胞集団を別々に拡大増殖し、凍結保存した。CARは、マウス抗体由来の抗CD19 scFv（FMC63由来の可変領域、VL-リンカー-VHの向き）、免疫グロブリン由来スペーサー、CD28由来の膜貫通ドメイン、4-1BB由来の共刺激性領域、およびCD3ゼータ細胞内シグナル伝達ドメインを含有した。ウイルスベクターは、CAR発現のための代用マーカーとして役立った切断型受容体をコードする配列をさらに含有し、T2Aリボソームスキップ配列によってCAR配列から隔てられていた。
凍結保存された細胞組成物を静脈内投与前に解凍した。およそ1：1の標的比で投与される製剤化CD4+ CAR+細胞集団および製剤化CD8+ CAR+集団を投与することによって、治療用T細胞の用量を所定の細胞組成物として投与した。対象に、以下のように単回または2回用量（各単回用量は、それぞれCD4+ CAR発現T細胞およびCD8+ CAR発現T細胞の別々の注入による）のCAR発現T細胞を投与した：5×107個の総CAR発現T細胞を含有する用量レベル1（DL-1）の単回用量、各用量をおよそ14日離して投与した（1および14日目に投与）DL1の2回用量、または1×108個の総CAR発現T細胞を含有する用量レベル2（DL-2）の単回用量。投与された組成物についての標的用量レベルおよびT細胞サブセットの数を表E1に示す。
（表Ｅ１）抗CD19 CAR T細胞を含有する細胞組成物についての標的用量レベルおよびT細胞サブセットの数
Figure 2022537700000008
CAR+ T細胞注入の前に開始して、対象は、フルダラビン（flu、30mg/m2）およびシクロホスファミド（Cy、300mg/m2）によるリンパ球枯渇化学療法を3日間受けた。対象は、リンパ球枯渇の2～7日後にCAR発現T細胞の投与を受けた。
CAR T細胞組成物の投与後、投与の3ヶ月後を含む臨床応答について対象をモニタリングし、対象が進行（PD）、部分奏効（PR）、または完全奏効（CR）を有したかどうか評価することによって、CAR T細胞組成物に対する応答を決定した。
CAR T細胞の投与前に患者のサブセット（n=36）からの腫瘍生検を収集し、腫瘍生検から単離されたRNAから調製された相補的DNA（cDNA）試料での遺伝子発現についてRNAシークエンシング（RNA-seq）によって分析した。DESeq2正規化カウントから生成されたRNA-seqデータセットについて主成分分析（PCA）を行った。処置前腫瘍生検からのRNA-Seqによる遺伝子発現は、自家治療用CAR-T細胞組成物の投与に続く応答と事後に相関した。
進行中の臨床試験において対象のサブセットの間で分析された36個の腫瘍生検試料についての結果を図7に示す。CD19に向けられたCAR T細胞組成物の投与の3ヶ月後に対象の30％（11人／36人）がCAR-T細胞処置に応答せず、対象の70％（25人／36人）が応答することができると仮定する仮説上のしきいを設定した。実際の応答の結果を示す。結果は、処置に応答しなかった対象（対象は進行（PD）を示した；抵抗性腫瘍と称する）と、処置に対する応答がより大きかった対象（感受性腫瘍と称する）との遺伝子発現の分離を示している。抵抗性腫瘍を有する対象からの試料の中で、調節不全の細胞周期および細胞増殖経路に関連する遺伝子の発現増加が観察された。例えば、Myc標的、p53シグナル伝達およびEZH2アップレギュレーション遺伝子に関係してより高い遺伝子発現が観察された。これらの結果は、腫瘍細胞における抗アポトーシス因子などの生存機構のアップレギュレーションが、腫瘍標的化免疫療法に対する腫瘍抵抗性および応答不良につながる場合があるという知見と一致する。
実施例6：標的細胞と共培養された抗CD19 CAR T細胞に及ぼす慢性BCL2阻害の効果
実質的に実施例1に記載されるように、3人の健康ヒトドナーから抗CD19 CAR発現T細胞組成物を生成した。CAR T細胞によるBCL2の発現をフローサイトメトリーによって確認し、図8Aに示されるようにFMO（fluorescence minor one）コントロール（平均蛍光強度；MFI）と比較した。
健康なドナーからの抗CD19 CAR発現T細胞組成物を抗ID抗体コーティングビーズと共に漸増する濃度のベネトクラクス（0.01μM、0.1μM、1μM、または10μM）の存在下、37℃で48時間インキュベートした。対照として、同じ条件下であるが、ベネトクラクスの非存在下でCAR T細胞をインキュベートした。CAR T細胞のカスパーゼ3の発現、生存率、および拡大増殖動態を続いて評価した。図8Bに示されるように（各点は個々のドナーを表す）、刺激の48時間後に、ベネトクラクスの濃度が大きいほど、細胞死を示すカスパーゼ3発現CAR+ T細胞のより大きなパーセンテージがもたらされた。
抗IDビーズおよび任意でベネトクラクスとの培養に続いて、ベネトクラクス処置またはその用量にかかわらずCAR+ T細胞の類似の拡大増殖プロファイルが観察された（図8Cおよび8D）。さらに、JeKo-1標的細胞と1.0μMベネトクラクスの存在下で100時間共培養された場合、抗CD19 CAR T細胞の細胞溶解活性は影響されなかった。図9に示されるように、JeKo-1標的細胞数は、ベネトクラクス処置単独によって低減されなかったが、ベネトクラクスの存在下または非存在下でCD19標的化CAR T細胞と共培養されたときに実質的に減少した。理論に縛られることを望むわけでなく、データは、ベネトクラクスが抗CD19 CAR T細胞の細胞生存率に影響する場合があるが、生存しているCAR T細胞の生存率、拡大増殖動態、および細胞溶解活性は影響されないことを示している。
ベネトクラクスは、ヒト血漿タンパク質と結合することができる。したがって、血清濃度がCAR T細胞に対するベネトクラクスの効果をモジュレートし得るかどうかを決定するために、抗CD19 CAR T細胞を5％、10％、または20％血清の存在下で培養し、漸増する濃度のベネトクラクスで処理した。抗CD19 CAR T細胞に対するベネトクラクスのIC50は、血清濃度が漸増すると共に増加することが見出され（図10）、CAR T細胞の生存率に及ぼすベネトクラクスの効果が血清濃度に依存し得ることを示している。
実施例7：マントル細胞リンパ腫のマウスモデルにおける抗CD19 CAR T細胞に及ぼすBCL-2阻害剤の効果
NOD scidガンマ（NSG）マウスに2×106個のJeKo-1マントル細胞リンパ腫細胞を静脈内注射し（-7日目）、12.5、25、50、または100mg/kgの例示的なBCL2阻害剤ベネトクラクスで毎日21日間（0日目～21日目）処置した。処置の経過を通じて腫瘍負荷量（図11A）および体重（図11B）を評価した。
実施例7の結果と一致して、JeKo-1リンパ腫細胞株は、用量レベルに関わらずベネトクラクス単独による処置に抵抗性であることが観察された（図11Aは、生物発光イメージング（BLI）によって評価された腫瘍負荷量を示す）。
MCLのベネトクラクス抵抗性マウスモデルにおける抗CD19 CAR T細胞に対するベネトクラクスの効果を決定するために、-7日目にNSGマウスに2×106個のJeKo-1細胞を静脈内注射し、次いで、前記実施例に実質的に記載されたように生成された1×106個の抗CD19 CAR T細胞の-1日目および0日目の静脈内注入により処置した。ベネトクラクスを6.25、25、または100mg/kgで毎日21日間（0日目～21日目）投与した。対照として、マウスのサブセットをベネトクラクスのみで処置した。腫瘍負荷量（図12A）、生存率（図12Bおよび12C）、およびCAR T細胞の数（図13）を評価した。
未処置マウスおよびベネトクラクス単独で処置されたマウスにおいて腫瘍負荷量は同様に増加した。しかし、単独またはベネトクラクスと組み合わせたCD19標的化CAR T細胞による処置は、未処置およびベネトクラクスのみで処置されたマウスと比較して、すべての測定時点で低減した腫瘍体積をもたらした（図12A）。図12Bおよび12Cに示されるように、生存率に類似の効果が観察された。
単独でまたはベネトクラクスと組み合わせて7、13、および19日目にCD19標的化CAR T細胞で処置されたマウスにおいてCD4+およびCD8+ CAR T細胞数を評価した。ベネトクラクスの濃度が高いほど、CD4+およびCD8+ CAR T細胞サブセットの両者に用量依存的な（dose-wise）減少が観察された（図13）。
まとめると、これらのデータは、より高い用量の阻害剤で観察されたCAR T細胞の生存率の減少に関わらず、CD19標的化CAR Tの細胞溶解能が例示的なBCL2阻害剤ベネトクラクスの存在によって損なわれない場合があることを示している。
実施例8：抗CD19 CAR T細胞による処置に続くBCL2阻害剤の遅延投与
実質的に実施例1に記載されたように生成されたCD19標的化CAR T細胞とRL標的細胞を、例示的なBCL2阻害剤ベネトクラクス（0.01μM、0.1μM、または1.0μM）の非存在下または存在下で6日間共培養した。共培養と同時にまたは共培養の開始の24、48、もしくは72時間後にベネトクラクスを添加した。対照として、ベネトクラクスの存在下であるが、CAR T細胞なしにRL標的細胞を培養した。
共培養の6日後、CD3+ CAR T細胞および標的細胞の数を評価した。図14Aに示されるように、0.1μMまたは1.0μMのベネトクラクスを共培養と同時または共培養の24時間後に添加した場合、CAR T細胞数は低減した。対照的に、ベネトクラクスの濃度にかかわらず、共培養の48または72時間後にベネトクラクスを添加した場合、CD3+ CAR T細胞における低減は観察されなかった。評価したすべての時点について、0.01μMのベネトクラクスは、CD3+ CAR T細胞数を低減することが観察されなかった。図14Bに示されるように、ベネトクラクスのみの存在下で培養された標的細胞を除き、すべての条件について標的細胞数における類似の減少が観察された。
これらの結果は、BCL2阻害剤による処置を遅延させることが、CAR T細胞の生存率に及ぼす阻害剤の効果を低減し得る一方で、CAR T細胞の細胞溶解活性を保つことを示している。
実施例9：CD19標的化CAR T細胞およびベネトクラクスによる慢性リンパ性白血病および小リンパ球性リンパ腫の処置
CD19に特異的なキメラ抗原受容体（CAR）を発現している自家T細胞およびベネトクラクスを含有する治療用CAR T細胞組成物を、B細胞悪性腫瘍を有する対象に併用療法として投与する。
具体的には2種以上の前治療が不成功であった慢性リンパ性白血病（CLL）および小リンパ球性リンパ腫（SLL）を有する成人ヒト対象から、抗CD19に向けられた自家治療用T細胞組成物を生成し、それを使用して該対象を処置する。処置された対象は、BTKの阻害剤（例えばイブルチニブ）で以前に処置されており、ベネトクラクスで以前に処置されていなかった（ベネトクラクス未処置）か、ベネトクラクスで以前に処置されていたかのいずれかであった。ベネトクラクスで以前に処置されていた対象について、対象はベネトクラクス不耐性ではなく、前6ヶ月以内にベネトクラクスで処置されている間に進行（PD）を示さなかった。適格な対象は、測定可能病変（リンパ節のより大きな横径GTD>1.5cm）または末梢血（PB）、骨髄（BM）、肝臓、もしくは脾臓に評価可能もしくは測定可能病変を示さなければならず、かつPB中に10-4より大きいまたはそれと等しい最小残余病変（MRD）を有しなければならない。BCL-2ファミリータンパク質の発現についてのベースラインで対象をスクリーニングし、ベネトクラクスで以前に処置されていた対象をBCL2変異について追加的にスクリーニングする。BCL2変異状態に基づき対象は除外されない。
処置されるべき個々の対象からの白血球アフェレーシス試料からのCD4+および／またはCD8+細胞が濃縮されたT細胞組成物を対象に投与する。CD4+および／またはCD8+ T細胞が濃縮された組成物を活性化し、抗CD19 CARをコードするウイルスベクター（例えばレンチウイルスベクター）をそれに形質導入し、操作された細胞集団を続いて拡大増殖し、凍結保存する。CARは、抗CD19 scFv（例えば、マウス抗体FMC63由来の可変領域を含有する）、抗原結合ドメインを膜貫通ドメインと連結するスペーサー、膜貫通ドメイン（例えばCD28に由来する）、共刺激性領域（例えば4-1BBに由来する）、およびCD3ゼータ細胞内シグナル伝達ドメインを含有する。
凍結保存された細胞組成物を静脈内投与の前に解凍する。1×108個の総CAR発現T細胞の用量を対象に投与する（例えば、任意で1：1比のCD4+対CD8+細胞で提供される、CD4+ CAR発現T細胞およびCD8+ CAR発現T細胞の別々の注入を介する）。
CAR+ T細胞の注入前に、白血球アフェレーシス試料を対象から得る。次いで、リンパ球枯渇療法の前に対象にベネトクラクスブリッジング療法を3週間投与する。ブリッジング療法として、1週間目に20ミリグラム（mg）のベネトクラクスを毎日、2週間目に50mgのベネトクラクスを毎日、および3週間目に100mgのベネトクラクスを毎日対象に投与する。ベネトクラクスの休薬（例えば1～7日）に続いて、対象は、フルダラビン（Flu、30mg/m2）およびシクロホスファミド（Cy、300mg/m2）によるリンパ球枯渇化学療法を3日間受ける。対象は、リンパ球枯渇の2～7日後の0日目にCAR発現T細胞（例えば1×108個の総CAR発現T細胞）の用量を受ける。7日目に、ベネトクラクスの投与を開始する。CAR+ T細胞の投与開始の約3ヶ月後まで200mgのベネトクラクスを毎日投薬し、例えば、7日目に開始して1日1回、阻害剤による合計11週間の処置の間ベネトクラクスを投与する。
臨床応答について対象をモニタリングし、対象が進行（PD）、部分奏効（PR）、または完全奏効（CR）を示すかどうか評価することによって処置に対する応答を決定する。最小残余病変（MRD）（PBにおいて≧10-4）を有する対象または処置の終わりまで、例えば84日目までに完全奏効（CR）を示さない対象は、標準治療によるベネトクラクス処置を例えば12または24ヶ月の総処置期間で継続する場合がある。
本発明は、例えば本発明の様々な局面を例示するために提供される、特定の開示された態様に範囲を限定することを意図しない。記載される組成物および方法への様々な改変は、本明細書における説明および教示から明らかになるであろう。そのような変動は、本開示の真の範囲および精神から逸脱せずに実施される場合があり、本開示の範囲内に含まれることが意図される。
配列
Figure 2022537700000009
Figure 2022537700000010
Figure 2022537700000011
Figure 2022537700000012

Claims (119)

  1. 以下の工程を含む、がんを処置する方法：
    （1）がんを有する対象に細胞傷害性療法を投与する工程であって、
    該細胞傷害性療法が、
    T細胞を含むかまたはそれについて濃縮されているT細胞療法であり、かつ
    がんの細胞に関連する抗原、それによって発現される抗原、またはその上に存在する抗原に特異的に結合する、
    工程；および
    （2）該対象に生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤を、該細胞傷害性療法の投与開始の1日または約1日前から、8日または約8日後での該阻害剤の投与開始を含む投与レジメンで投与する工程。
  2. がんを有する対象に生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤を投与する工程を含む、がんを処置する方法であって、該阻害剤が、細胞傷害性療法の投与開始の1日または約1日前から、8日または約8日後での該阻害剤の投与開始を含む投与レジメンで投与され、該細胞傷害性療法が、T細胞を含むかまたはそれについて濃縮されているT細胞療法であり、かつがんの細胞に関連する抗原、それによって発現される抗原、またはその上に存在する抗原に特異的に結合する、方法。
  3. がんを有する対象に細胞傷害性療法を投与する工程を含む、該対象におけるがんを処置する方法であって、該細胞傷害性療法が、T細胞を含むかまたはそれについて濃縮されているT細胞療法であり、かつがんの細胞に関連する抗原、それによって発現される抗原、またはその上に存在する抗原に特異的に結合し、該対象が、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤を、細胞傷害性療法の投与開始の1日または約1日前から、8日または約8日後での該阻害剤の投与開始を含む投与レジメンで、ある期間投与されるかまたは投与されることになる、方法。
  4. 阻害剤の投与レジメンが、細胞傷害性療法の投与後の阻害剤の投与開始を含む、請求項1～3のいずれか一項記載の方法。
  5. 阻害剤の投与レジメンが、細胞傷害性療法の投与開始後7日以内の阻害剤の投与開始を含む、請求項1～4のいずれか一項記載の方法。
  6. 阻害剤の投与レジメンが、細胞傷害性療法の投与開始後3日以内の阻害剤の投与開始を含む、請求項1～4のいずれか一項記載の方法。
  7. 阻害剤の投与開始が、細胞傷害性療法の投与開始後2日を超えず、任意で、阻害剤の投与開始が、細胞傷害性療法の投与開始後1日以内である、請求項1～6のいずれか一項記載の方法。
  8. 阻害剤の投与レジメンが、細胞療法の投与開始に続いて細胞療法の細胞の活性化誘導細胞死（AICD）がピークになったときまたはその後での阻害剤の投与開始を含む、請求項1～7のいずれか一項記載の方法。
  9. 投与レジメンにおける阻害剤の少なくとも1つの用量が、細胞傷害性療法と同時および／または細胞傷害性療法と同じ日に投与される、請求項1～3のいずれか一項記載の方法。
  10. 対象が、細胞傷害性療法の投与開始前7日以内にリツキシマブおよび／またはイブルチニブを投与されておらず、その投与を受けてもいない、請求項1～9のいずれか一項記載の方法。
  11. 細胞傷害性療法が、がんの1つまたは複数の細胞の細胞媒介性細胞傷害が可能であるかまたはそれをもたらす、請求項1～10のいずれか一項記載の方法。
  12. 細胞傷害性療法が、がんの1つまたは複数の細胞のパーフォリン媒介性アポトーシスおよび／またはグランザイム媒介性アポトーシスが可能であるかまたはそれを媒介する、請求項1～11のいずれか一項記載の方法。
  13. 細胞療法が、対象に対して自家である細胞を含む、請求項1～12のいずれか一項記載の方法。
  14. 細胞療法が、腫瘍浸潤リンパ球（TIL）療法、トランスジェニックTCR療法、およびキメラ抗原受容体（CAR）発現細胞療法からなる群より選択される、請求項1～13のいずれか一項記載の方法。
  15. 細胞療法が、前記抗原に特異的に結合する組換え受容体を発現している細胞の用量を含む、請求項1～14のいずれか一項記載の方法。
  16. 細胞傷害性療法の投与が、それぞれが両端の値を含む1×105個もしくは約1×105個から、5×108個もしくは約5×108個の総組換え受容体発現T細胞もしくは総T細胞、1×105個もしくは約1×105個から、1×108個もしくは約1×108個の総組換え受容体発現T細胞もしくは総T細胞、5×105個もしくは約5×105個から、1×107個もしくは約1×107個の総組換え受容体発現T細胞もしくは総T細胞、または1×106個もしくは約1×106個から、1×107個もしくは約1×107個の総組換え受容体発現T細胞もしくは総T細胞の投与を含む、請求項1～15のいずれか一項記載の方法。
  17. 細胞療法が、CD3+、CD4+、CD8+、もしくはCD4+およびCD8+ T細胞を含むかまたはそれについて濃縮されている、請求項1～16のいずれか一項記載の方法。
  18. 細胞療法が、CD4+およびCD8+ T細胞を含むかまたはそれについて濃縮されている、請求項1～17のいずれか一項記載の方法。
  19. 細胞療法のCD4+およびCD8+ T細胞が、1：1もしくはおよそ1：1であるかまたはおよそ1：3～およそ3：1である所定の比のCD4+組換え受容体発現T細胞とCD8+組換え受容体発現T細胞とを含む、請求項19記載の方法。
  20. 細胞療法が、CD4+およびCD8+ T細胞を投与することを含み、各用量のT細胞が、前記抗原に特異的に結合する組換え受容体、任意でCARを含み、該投与が、複数の別々の組成物を投与することを含み、該複数の別々の組成物が、CD8+ T細胞を含むかまたはそれについて濃縮されている第1の組成物と、CD4+ T細胞を含むかまたはそれについて濃縮されている第2の組成物とを含む、請求項1～19のいずれか一項記載の方法。
  21. 第1および第2の組成物の一方の中の組換え受容体を含むCD4+ T細胞と、第1および第2の組成物の他方の中の組換え受容体を含むCD8+ T細胞とが、1：1もしくはおよそ1：1であるかまたはおよそ1：3～およそ3：1である所定の比で存在し；かつ／または
    第1および第2の組成物として投与される、組換え受容体を含むCD4+ T細胞と組換え受容体を含むCD8+ T細胞とが、1：1もしくはおよそ1：1であるかまたはおよそ1：3～およそ3：1である所定の比で存在する、請求項20記載の方法。
  22. 組換え受容体が、T細胞受容体（TCR）または機能的非T細胞受容体である、請求項15～21のいずれか一項記載の方法。
  23. 組換え受容体がキメラ抗原受容体（CAR）である、請求項15～22のいずれか一項記載の方法。
  24. 細胞療法が、それぞれが両端の値を含む1×105個または約1×105個から5×108個の総CAR発現T細胞、1×106個または約1×106個から2.5×108個の総CAR発現T細胞、5×106個または約5×106個から1×108個の総CAR発現T細胞、1×107個または約1×107個から2.5×108個の総CAR発現T細胞、5×107個または約5×107個から1×108個の総CAR発現T細胞の投与を含む、請求項23記載の方法。
  25. 細胞療法が、1×108個または約1×108個のCAR発現細胞の投与を含む、請求項23または24記載の方法。
  26. 抗原が腫瘍抗原である、請求項1～25のいずれか一項記載の方法。
  27. 抗原が、αvβ6インテグリン（avb6インテグリン）、B細胞成熟抗原（BCMA）、B7-H3、B7-H6、炭酸脱水酵素9（CA9、これはCAIXまたはG250としてもまた知られている）、癌精巣抗原、癌／精巣抗原1B（CTAG、これはNY-ESO-1およびLAGE-2としてもまた知られている）、癌胎児性抗原（CEA）、サイクリン、サイクリンA2、C-Cモチーフケモカインリガンド1（CCL-1）、CD19、CD20、CD22、CD23、CD24、CD30、CD33、CD38、CD44、CD44v6、CD44v7/8、CD123、CD133、CD138、CD171、コンドロイチン硫酸プロテオグリカン4（CSPG4）、上皮増殖因子タンパク質（EGFR）、III型上皮増殖因子受容体変異（EGFR vIII）、上皮糖タンパク質2（EPG-2）、上皮糖タンパク質40（EPG-40）、エフリンB2、エフリン受容体A2（EPHa2）、エストロゲン受容体、Fc受容体様5（FCRL5；これはFc受容体ホモログ5またはFCRH5としてもまた知られている）、胎児アセチルコリン受容体（胎児AchR）、葉酸結合タンパク質（FBP）、葉酸受容体アルファ、ガングリオシドGD2、O-アセチル化GD2（OGD2）、ガングリオシドGD3、糖タンパク質100（gp100）、グリピカン-3（GPC3）、Gタンパク質共役受容体5D（GPRC5D）、Her2/neu（受容体型チロシンキナーゼerb-B2）、Her3（erb-B3）、Her4（erb-B4）、erbB二量体、ヒト高分子量メラノーマ関連抗原（HMW-MAA）、B型肝炎表面抗原、ヒト白血球抗原A1（HLA-A1）、ヒト白血球抗原A2（HLA-A2）、IL-22受容体アルファ（IL-22Rα）、IL-13受容体アルファ2（IL-13Rα2）、キナーゼインサートドメイン受容体（kdr）、カッパ軽鎖、L1細胞接着分子（L1-CAM）、L1-CAMのCE7エピトープ、ロイシンリッチリピート含有8ファミリーメンバーA（LRRC8A）、Lewis Y、メラノーマ関連抗原（MAGE）-A1、MAGE-A3、MAGE-A6、MAGE-A10、メソテリン（MSLN）、c-Met、マウスサイトメガロウイルス（CMV）、ムチン1（MUC1）、MUC16、ナチュラルキラーグループ2メンバーD（NKG2D）リガンド、メランA（MART-1）、神経細胞接着分子（NCAM）、腫瘍胎児性抗原、メラノーマの優先発現抗原（PRAME）、プロゲステロン受容体、前立腺特異抗原、前立腺幹細胞抗原（PSCA）、前立腺特異的膜抗原（PSMA）、受容体型チロシンキナーゼ様オーファン受容体1（ROR1）、サバイビン、トロホブラスト糖タンパク質（TPBG、これは5T4としてもまた知られている）、腫瘍関連糖タンパク質72（TAG72）、チロシナーゼ関連タンパク質1（TRP1、これはTYRP1またはgp75としてもまた知られている）、チロシナーゼ関連タンパク質2（TRP2、これはドパクロムトートメラーゼ、ドパクロムデルタイソメラーゼまたはDCTとしてもまた知られている）、血管内皮増殖因子受容体（VEGFR）、血管内皮増殖因子受容体2（VEGFR2）、ウィルムス腫瘍1（WT-1）より選択される、請求項1～26のいずれか一項記載の方法。
  28. 抗原がB細胞悪性腫瘍と関連し、任意で、該抗原がヒトB細胞上に発現され、任意で、該抗原が、CD20、CD19、CD22、ROR1、CD45、CD21、CD5、CD33、Igカッパ、Igラムダ、CD79a、CD79bまたはCD30である、請求項1～26のいずれか一項記載の方法。
  29. 抗原がCD19である、請求項1～29のいずれか一項記載の方法。
  30. CARが、前記抗原に結合する細胞外抗原結合ドメインと、膜貫通ドメインと、CD3ゼータ（CD3ζ）鎖の細胞内シグナル伝達ドメインおよび共刺激性のシグナル伝達ドメインを含む細胞内シグナル伝達領域とを含む、請求項23～29のいずれか一項記載の方法。
  31. 共刺激性のシグナル伝達領域が、4-1BBのシグナル伝達ドメインを含む、請求項30記載の方法。
  32. 共刺激性のシグナル伝達領域が、CD28のシグナル伝達ドメインを含む、請求項31記載の方法。
  33. 細胞傷害性療法の投与前に、対象にリンパ球枯渇剤またはリンパ球枯渇療法を投与する工程を含む、請求項1～32のいずれか一項記載の方法。
  34. リンパ球枯渇療法が、細胞傷害性療法の投与開始の2～7日前に完了される、請求項33記載の方法。
  35. リンパ球枯渇療法が、フルダラビンおよび／またはシクロホスファミドの投与を含む、請求項33または34記載の方法。
  36. リンパ球枯渇療法が、両端の値を含む約200～400mg/m2、任意で300mg/m2もしくは約300mg/m2のシクロホスファミド、および／または約20～40mg/m2、任意で30mg/m2のフルダラビンの毎日2～4日間、任意で3日間の投与を含む；あるいは、該リンパ球枯渇療法が、約500mg/m2のシクロホスファミドの投与を含む、請求項33～35のいずれか一項記載の方法。
  37. リンパ球枯渇療法が、300mg/m2もしくは約300mg/m2のシクロホスファミドおよび約30mg/m2のフルダラビンの毎日3日間の投与を含み；かつ／または
    リンパ球枯渇療法が、500mg/m2もしくは約500mg/m2のシクロホスファミドおよび約30mg/m2のフルダラビンの毎日3日間の投与を含む、
    請求項32～36のいずれか一項記載の方法。
  38. 阻害剤の投与レジメンが、治療量未満の量の阻害剤を含み；
    阻害剤の投与レジメンが、細胞傷害性療法との併用投与の非存在下で単独療法として投与された場合、対象における腫瘍負荷量を低減するのに不十分であるか、または腫瘍負荷量を10％未満低減し；かつ／あるいは
    阻害剤の投与レジメンが、細胞傷害性療法との併用投与の非存在下で単独療法として投与された場合、同様に処置された対象の群に完全奏効も部分奏効ももたらさないか、またはそのような対象の多くて10％にそのような応答をもたらす、
    請求項1～537のいずれか一項記載の方法。
  39. 阻害剤の投与レジメンが、1日1回の投薬を含む、請求項1～38のいずれか一項記載の方法。
  40. 1日1回の用量が、両端の値を含む20mgまたは約20mgから、400mgまたは400mgである、請求項39記載の方法。
  41. 1日1回の用量が、両端の値を含む20mgまたは約20mgから、200mgまたは約200mgである、請求項39または40記載の方法。
  42. 1日1回の用量が、両端の値を含む50mgまたは約50mgから、100mgまたは約100mgの阻害剤の量である、請求項39～41のいずれか一項記載の方法。
  43. 1日1回の用量が50mgまたは約50mgである、請求項39～42のいずれか一項記載の方法。
  44. 1日1回の用量が100mgまたは約100mgである、請求項39～43のいずれか一項記載の方法。
  45. 1日1回の用量が200mgまたは約200mgである、請求項39～41のいずれか一項記載の方法。
  46. 1日1回の用量が400mgまたは約400mgである、請求項39または45記載の方法。
  47. 阻害剤の投与レジメンの投与前に、対象が生存促進性Bcl-2ファミリータンパク質の阻害剤で以前に処置されたことがあり、任意で、該対象がベネトクラクスで以前に処置されたことがある、請求項1～46のいずれか一項記載の方法。
  48. 阻害剤による以前の処置が、細胞傷害性療法の投与前のブリッジング療法として、対象からの自家細胞の収集と、該対象へのリンパ球枯渇療法を投与する前との間の時点で投与され、任意で、該収集がアフェレーシスまたは白血球アフェレーシスによる、請求項47記載の方法。
  49. 阻害剤の以前の処置が用量増量スケジュールで投与され、該用量増量スケジュールが、阻害剤の漸増用量の投与を含む、請求項48記載の方法。
  50. 阻害剤が、1日100mgの最大用量に達するまで漸増用量で対象に投与される、請求項48または49記載の方法。
  51. 漸増用量が、約20mg／日である第1の用量、約50mg／日である第2の用量、および約100mg／日である第3の用量を含む、請求項48～50のいずれか一項記載の方法。
  52. 各漸増用量が、1日1回1週間投与され、かつ／または最終の漸増用量が、1日1回1週間もしくはブリッジング療法の終わりまで投与される、請求項48～51のいずれか一項記載の方法。
  53. 阻害剤による以前の処置が、リンパ球枯渇療法の投与の少なくとも1日前に停止される、請求項48～52のいずれか一項記載の方法。
  54. 阻害剤による以前の処置が、
    リンパ球枯渇療法の投与前に少なくとも3日もしくは少なくとも約3日間または少なくとも4日もしくは少なくとも約4日間；
    少なくとも、対象の血流中の阻害剤の濃度が約3半減期または約4半減期だけ低減されるまでの期間；あるいは
    少なくとも、阻害剤が対象の血流から消失するまでの期間、
    停止される、請求項48～53のいずれか一項記載の方法。
  55. 阻害剤が、BCL2、BCLXL、BCLW、BCLB、MCL1、およびそれらの組み合わせからなる群より選択される1つまたは複数の生存促進性BCL2ファミリータンパク質を阻害する、請求項1～54のいずれか一項記載の方法。
  56. 1つまたは複数の生存促進性BCL2ファミリータンパク質が、BCL2、BCLXL、および／またはBCLWである、請求項1～55のいずれか一項記載の方法。
  57. 阻害剤が、ベネトクラクス、ナビトクラクス、ABT737、マリトクラクス（maritoclax）、オバトクラクス、およびクリトシン（clitocine）からなる群より選択される、請求項1～56のいずれか一項記載の方法。
  58. 阻害剤がベネトクラクスである、請求項1～56のいずれか一項記載の方法。
  59. がんが血液悪性腫瘍である、請求項1～58のいずれか一項記載の方法。
  60. がんがB細胞悪性腫瘍である、請求項1～59のいずれか一項記載の方法。
  61. がんが、骨髄腫、白血病またはリンパ腫である、請求項1～60のいずれか一項記載の方法。
  62. がんが、急性リンパ芽球性白血病（ALL）、成人ALL、慢性リンパ芽球性白血病（CLL）、小リンパ球性リンパ腫（SLL）、非ホジキンリンパ腫（NHL）、大細胞型B細胞性リンパ腫である、請求項1～61のいずれか一項記載の方法。
  63. がんが慢性リンパ性白血病（CLL）である、請求項1～62のいずれか一項記載の方法。
  64. がんが小リンパ球性リンパ腫（SLL）である、請求項1～62のいずれか一項記載の方法。
  65. がんが非ホジキンリンパ腫（NHL）であり、任意で、NHLがびまん性大細胞型B細胞性リンパ腫である、請求項1～62のいずれか一項記載の方法。
  66. 対象が、がんを処置するための1つまたは複数の以前の療法による処置後の寛解に続いて再発した、または該処置に不応性になった、それが不成功であった、かつ／もしくはそれに不耐性であった、請求項1～65のいずれか一項記載の方法。
  67. がんが、阻害剤によって標的とされる生存促進性BCL2ファミリータンパク質の過剰発現を示す、請求項1～66のいずれか一項記載の方法。
  68. 阻害剤の投与レジメンが、細胞傷害性療法の投与開始後、任意で1日1回、少なくとも3ヶ月の期間の阻害剤の投与を含む、請求項1～67のいずれか一項記載の方法。
  69. 期間の終わりに、任意で3ヶ月目または約3ヶ月目に、対象が臨床的寛解を示さない場合に、阻害剤の投与レジメンの継続投与をさらに含み、任意で、対象が、部分奏効（PR）もしくは安定（SD）を示すかまたは10-4より大きいもしくはそれと等しい微小残存病変（MRD）を有する、請求項68記載の方法。
  70. 対象が臨床的寛解を示す場合に、投与レジメンにおける阻害剤の投与が、期間の終わりに、任意で3ヶ月目もしくは約3ヶ月目に、中止される、請求項68記載の方法。
  71. 阻害剤の投与を伴わない方法と比較して細胞傷害性療法の細胞傷害活性を増加させ；かつ／または
    阻害剤の投与を伴わない方法と比較して、任意でパーフォリン媒介性アポトーシスおよび／もしくはグランザイム媒介性アポトーシスを介して、1つもしくは複数のがん細胞の細胞溶解死を増加させる、
    請求項1～70のいずれか一項記載の方法。
  72. 前記方法により処置された対象の少なくとも35％、少なくとも40％または少なくとも50％が、持続性の完全奏効（CR）を、またはCRを達成している対象の少なくとも60、70、80、90、もしくは95％において持続性の完全奏効（CR）を、6ヶ月もしくは6ヶ月よりも長くまたは9ヶ月もしくは9ヶ月よりも長く達成し；かつ／あるいは
    6ヶ月までにCRを達成している対象の少なくとも60、70、80、90、または95％が、3ヶ月もしくは3ヶ月よりも長くおよび／または6ヶ月もしくは6ヶ月よりも長くおよび／または9ヶ月もしくは9ヶ月よりも長く応答を続ける、CRを続ける、および／または生存するかもしくは進行なしに生存し；かつ／あるいは
    該方法により処置された対象の少なくとも50％、少なくとも60％または少なくとも70％が、客観的奏効（OR）を達成し、任意でORが、6ヶ月もしくは6ヶ月よりも長くまたは9ヶ月もしくは9ヶ月よりも長く持続性であるか、またはORを達成している対象の少なくとも60、70、80、90、もしくは95％において持続性であり；かつ／あるいは
    6ヶ月までにORを達成している対象の少なくとも60、70、80、90、または95％が、3ヶ月もしくは3ヶ月よりも長くおよび／または6ヶ月もしくは6ヶ月よりも長く応答または生存を続ける、
    請求項1～71のいずれか一項記載の方法。
  73. 対象がヒトである、請求項1～72のいずれか一項記載の方法。
  74. 以下の工程を含む、細胞傷害性療法による処置の方法：
    （a）がんを有するまたは有する疑いのある対象からの生物学的試料中の1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量を評価する工程であって、該1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量が、該1つまたは複数の生存促進性遺伝子によってコードされるタンパク質またはポリヌクレオチドのレベルまたは量である、工程；
    （b）該1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量が遺伝子参照値を下回る場合に、細胞傷害性療法による処置のために対象を選択する工程であって、該細胞傷害性療法が、T細胞を含むかまたはそれについて濃縮されているT細胞療法であり、かつがんの細胞に関連する抗原、それによって発現される抗原、またはその上に存在する抗原に特異的に結合する、工程；および
    （c）選択された患者に該細胞傷害性療法を投与する工程。
  75. 生存促進性遺伝子の阻害剤が、細胞傷害性療法の投与の開始時にも開始後にも対象に投与されず、任意で、細胞傷害性療法の投与後7日以内にも14日以内にも28日以内にも投与されない、請求項74記載の方法。
  76. 以下の工程を含む、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤を投与するための、がんを有する対象を選択する方法：
    （a）がんを有するまたは有する疑いのある対象からの生物学的試料中の1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量を評価する工程であって、
    該1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量が、該1つまたは複数の生存促進性遺伝子によってコードされるタンパク質またはポリヌクレオチドのレベルまたは量であり、該対象が、細胞傷害性療法の投与を受けることになり、該細胞傷害性療法が、T細胞を含むかまたはそれについて濃縮されているT細胞療法であり、かつがんの細胞に関連する抗原、それによって発現される抗原、またはその上に存在する抗原に特異的に結合するT細胞療法であり、該生物学的試料が、細胞傷害性療法の投与の前に対象から得られる、工程；および
    （b）該1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量が遺伝子参照値を上回る場合に、生存促進性BCL2ファミリータンパク質の阻害剤による処置のために対象を選択する工程。
  77. 選択された対象に細胞傷害性療法と組み合わせて阻害剤を投与する工程をさらに含む、請求項76記載の方法。
  78. 以下の工程を含む、細胞傷害性療法による処置に抵抗性と予測されるがんを有する対象を同定する方法：
    （a）対象からの生物学的試料中の1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量を評価する工程であって、
    該1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量が、該1つまたは複数の生存促進性遺伝子によってコードされるタンパク質およびポリヌクレオチドのレベルまたは量であり、該対象が、細胞傷害性療法の用量の投与の候補であり、該細胞傷害性療法がT細胞療法であり、該T細胞療法が、T細胞を含むかまたはそれについて濃縮されており、かつがんの細胞に関連する抗原、それによって発現される抗原、またはその上に存在する抗原に特異的に結合し、該生物学的試料が、該細胞傷害性療法の投与前に該対象から得られる、工程；ならびに
    （b）該1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量が遺伝子参照値を上回る場合に、細胞傷害性療法による処置に抵抗性と予測されるがんを有すると対象を同定する工程。
  79. 対象が、細胞傷害性療法による処置に抵抗性と予測されるがんを有すると同定される場合に、同定された対象に代替処置を投与する工程をさらに含み、該代替処置が、該細胞傷害性療法と、該細胞傷害性療法の活性をモジュレートまたは増加させる追加的な物質とを含む併用処置；増加した用量の該細胞傷害性療法；および／または化学療法剤より選択される、請求項78記載の方法。
  80. 代替処置が、細胞傷害性療法と、T細胞療法の活性をモジュレートまたは増加させる追加的な物質とを含む併用処置であり、任意で、該追加的な物質が、免疫チェックポイント阻害剤、代謝経路のモジュレーター、アデノシン受容体拮抗薬、キナーゼ阻害剤、抗TGFβ抗体もしくは抗TGFβR抗体、サイトカイン、または生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤である、請求項79記載の方法。
  81. 代替処置が、細胞傷害性療法と生存促進性BCL2ファミリータンパク質阻害剤とを含む併用処置である、請求項79または80記載の方法。
  82. 選択された対象に阻害剤を細胞傷害性療法と組み合わせて投与する工程をさらに含む、請求項81記載の方法。
  83. 遺伝子参照値が、
    （a）がんを有しない対象の集団または
    （b）がんを有しかつ細胞傷害性療法を投与された対象の集団であって、該療法の投与に続いて部分奏効（PR）または完全奏効（CR）を示した対象の集団
    における1つまたは複数の生存促進性遺伝子の平均レベルまたは量の25％以内、20％以内、15％以内、10％以内、または5％以内である、請求項74～82のいずれか一項記載の方法。
  84. がんを有する対象の集団が、細胞傷害性療法の投与に続いてPRまたはCRを少なくとも1ヶ月、2ヶ月、3ヶ月、4ヶ月、5ヶ月、6ヶ月、7ヶ月、8ヶ月、9ヶ月、またはそれ以上示した、請求項83記載の方法。
  85. 1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量が、リンパ球枯渇療法が対象に投与される前に、任意でリンパ球枯渇療法が対象に投与される前7日、前6日、前5日、前4日、前3日、前2日、前1日、前16時間、前12時間、前6時間、前2時間、または前1時間以内に、生物学的試料中で評価される、請求項74～84のいずれか一項記載の方法。
  86. 細胞傷害性療法に対するがんを有する対象の応答性を決定する方法であって、
    該細胞傷害性療法がT細胞療法であり、該T細胞療法が、T細胞を含むかまたはそれについて濃縮されており、かつがんの細胞に関連する抗原、それによって発現される抗原、またはその上に存在する抗原に特異的に結合し、該方法が、以下の工程：
    （a）該対象からの生物学的試料中の1つまたは複数の生存促進性遺伝子の発現のレベルまたは量を評価する工程であって、
    該1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量が、該1つまたは複数の生存促進性遺伝子によってコードされるタンパク質またはポリヌクレオチドのレベルまたは量であり、該生物学的試料が、該対象が該細胞傷害性療法を投与される前に1回目に該対象から得られ、該対象が、該細胞傷害性療法による処置を受けることになる、工程；
    （b）該対象への該細胞傷害性療法の投与後に該対象からの2回目の生物学的試料中の該1つまたは複数の生存促進性遺伝子の発現のレベルまたは量を評価する工程であって、
    該1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量が、該1つまたは複数の生存促進性遺伝子によってコードされるタンパク質および／またはポリヌクレオチドのレベルまたは量であり、該生物学的試料が、該対象への該細胞傷害性療法の投与後に2回目に得られ、該対象が、（b）の評価する工程の前に該細胞傷害性療法を投与されていた、工程；ならびに
    （c）2回目の1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量が、1回目の1つまたは複数の生存促進性遺伝子のレベルまたは量よりも低い場合に、該対象が該療法に応答性であると決定する工程
    を含む、方法。
  87. （b）における評価する工程の前に、対象に細胞傷害性療法を投与する工程をさらに含む、請求項86記載の方法。
  88. リンパ球枯渇療法が対象に投与される前に、任意でリンパ球枯渇療法が対象に投与される前7日、前6日、前5日、前4日、前3日、前2日、前1日、前16時間、前12時間、前6時間、前2時間、または前1時間以内に、生物学的試料が対象から得られる、請求項86または87記載の方法。
  89. 1つまたは複数の生存促進性遺伝子が、mycファミリー遺伝子、p53、およびzesteホモログ2エンハンサー（EZH2）より選択される、請求項74～88のいずれか一項記載の方法。
  90. 1つまたは複数の生存促進性遺伝子が、mycファミリー遺伝子であるかまたはそれを含む、請求項89記載の方法。
  91. mycファミリー遺伝子が、c-myc、l-myc、およびn-mycの1つまたは複数を含む、請求項90記載の方法。
  92. 1つまたは複数の生存促進性遺伝子が、p53であるかまたはそれを含む、請求項89記載の方法。
  93. 1つまたは複数の生存促進性遺伝子が、EZH2であるかまたはそれを含む、請求項89記載の方法。
  94. 細胞傷害性療法が、対象に対して自家である細胞を含む、請求項74～93のいずれか一項記載の方法。
  95. 細胞傷害性療法が、腫瘍浸潤リンパ球（TIL）療法、トランスジェニックTCR療法、およびキメラ抗原受容体（CAR）発現細胞療法からなる群より選択される、請求項74～94のいずれか一項記載の方法。
  96. 細胞傷害性療法が、前記抗原に特異的に結合する組換え受容体を発現している細胞の用量を含む、請求項74～95のいずれか一項記載の方法。
  97. 細胞傷害性療法が、CD3+、CD4+、CD8+、もしくはCD4+およびCD8+ T細胞を含むかまたはそれについて濃縮されている、請求項74～96のいずれか一項記載の方法。
  98. 細胞傷害性療法が、CD4+およびCD8+ T細胞を含むかまたはそれについて濃縮されている、請求項74～97のいずれか一項記載の方法。
  99. 細胞傷害性療法のCD4+およびCD8+ T細胞が、1：1もしくはおよそ1：1であるかまたはおよそ1：3～およそ3：1である所定の比のCD4+組換え受容体発現T細胞とCD8+ CAR発現T細胞と、および／またはCD4+組換え発現T細胞とCD8+ CAR発現T細胞とを含む、請求項98記載の方法。
  100. 組換え受容体がT細胞受容体（TCR）または機能的非T細胞受容体である、請求項96～99のいずれか一項記載の方法。
  101. 組換え受容体がキメラ抗原受容体（CAR）である、請求項96～100のいずれか一項記載の方法。
  102. CARが、前記抗原に結合する細胞外抗原結合ドメインと、膜貫通ドメインと、CD3ゼータ（CD3ζ）鎖の細胞内シグナル伝達ドメインおよび共刺激性のシグナル伝達ドメインを含む細胞内シグナル伝達領域とを含む、請求項101記載の方法。
  103. 共刺激性のシグナル伝達領域が、4-1BBのシグナル伝達ドメインを含む、請求項102記載の方法。
  104. 共刺激性領域が、CD28のシグナル伝達ドメインを含む、請求項103記載の方法。
  105. 阻害剤が、方法1～73のいずれか記載の細胞傷害性療法と組み合わせて投与される、請求項77、82～85および89～104のいずれか一項記載の方法。
  106. 生存促進性遺伝子の阻害剤がBCL2ファミリータンパク質阻害剤であり、該阻害剤が、BCL2、BCLXL、BCLW、BCLB、MCL1、およびそれらの組み合わせからなる群より選択される1つまたは複数の生存促進性BCL2ファミリータンパク質を阻害する、請求項75～105のいずれか一項記載の方法。
  107. 1つまたは複数の生存促進性BCL2ファミリータンパク質が、BCL2、BCLXL、および／またはBCLWである、請求項106記載の方法。
  108. 阻害剤が、ベネトクラクス、ナビトクラクス、ABT737、マリトクラクス、オバトクラクス、およびクリトシンからなる群より選択される、請求項106または107記載の方法。
  109. 阻害剤がベネトクラクスである、請求項75～108のいずれか一項記載の方法。
  110. がんが血液悪性腫瘍である、請求項74～109のいずれか一項記載の方法。
  111. がんがB細胞悪性腫瘍である、請求項74～110のいずれか一項記載の方法。
  112. がんが、骨髄腫、白血病またはリンパ腫である、請求項74～111のいずれか一項記載の方法。
  113. がんが、急性リンパ芽球性白血病（ALL）、成人ALL、慢性リンパ芽球性白血病（CLL）、小リンパ球性リンパ腫（SLL）、非ホジキンリンパ腫（NHL）、大細胞型B細胞性リンパ腫である、請求項74～112のいずれか一項記載の方法。
  114. がんが慢性リンパ性白血病（CLL）である、請求項74～113のいずれか一項記載の方法。
  115. がんが小リンパ球性リンパ腫（SLL）である、請求項74～113のいずれか一項記載の方法。
  116. がんが非ホジキンリンパ腫（NHL）であり、任意で、NHLがびまん性大細胞型B細胞性リンパ腫（DLBCL）である、請求項74～113のいずれか一項記載の方法。
  117. 対象が、がんを処置するための1つもしくは複数の以前の療法による処置後の寛解に続いて再発した、または該処置に不応性になった、それが不成功であった、かつ／もしくはそれに不耐性であった、請求項74～116のいずれか一項記載の方法。
  118. 生物学的試料が、腫瘍生検、任意でリンパ節生検である、請求項74～117のいずれか一項記載の方法。
  119. 対象がヒトである、請求項74～118のいずれか一項記載の方法。
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