KR20220034782A - 세포 매개 세포 독성 요법 및 친생존 ｂｃｌ2 패밀리 단백질 억제제의 병용 요법 - Google Patents

세포 매개 세포 독성 요법 및 친생존 ｂｃｌ2 패밀리 단백질 억제제의 병용 요법 Download PDF

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KR20220034782A
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마이클 포츠
에반 폴 토마스
루페시 아민
제이슨 두봅스키
로날드 두보위
알차나 브라만담
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주노 쎄러퓨티크스 인코퍼레이티드
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Abstract

암을 앓거나 앓는 것으로 의심되는 대상체의 치료를 위해 면역 요법 및 세포 요법, 예컨대 입양 세포 요법, 예를 들어, T 세포 요법 및 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제, 예를 들어 BCL2 억제제의 사용을 수반하는 병용 요법의 방법, 용도 및 제조 물품 및 관련 방법, 용도 및 제조 물품이 제공된다. T 세포 요법은, 키메라 항원 수용체(chimeric antigen receptor, CAR)와 같은 재조합 수용체를 발현하는 세포를 포함한다.

Description

세포 매개 세포 독성 요법 및 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제의 병용 요법
본 발명은, 일부 측면에서, 암, 예컨대 백혈병 및 림프종을 앓는 대상체를 치료하기 위한 요법, 예컨대 면역 요법 또는 세포 요법, 예를 들어, T 세포 요법 및 친생존(prosurvival) BCL2 패밀리 단백질의 억제제, 예를 들어, BCL2 억제제의 사용을 수반하는 병용 요법의 방법 및 용도 및 관련 방법, 용도 및 제조 물품에 관한 것이다. T 세포 요법은, 키메라 항원 수용체(chimeric antigen receptor, CAR)와 같은 재조합 수용체를 발현하는 세포를 포함한다.
암을 치료하기 위한 면역 요법 및 세포 요법, 예를 들어, 키메라 항원 수용체(CAR) 및/또는 다른 재조합 항원 수용체와 같은 관심 질병 또는 장애에 특이적인 키메라 수용체를 발현하는 세포의 투여를 수반하는 것을 포함한 입양 세포 요법뿐만 아니라 다른 입양 면역 세포 및 입양 T 세포 요법을 위해 다양한 전략이 이용 가능하다. 암의 하위 세트가 상기 요법에 내성이 있거나 상기 요법에 대하여 내성을 발달시킨다. 따라서, 예를 들어 상기 내성을 극복하고, 상기 방법의 효능을 증가시키기 위해 개선된 방법이 필요하다. 상기 요구를 충족시키는 방법 및 용도가 제공된다.
관련 출원에 대한 상호 참조
본 출원은, 2019년 6월 12일에 출원된 미국 가출원 제62/860,748호(발명의 명칭 "세포 매개 세포 독성 요법 및 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제의 병용 요법") 및 미국 가출원 2019년 8월 22일에 출원된 제62/890,594호(발명의 명칭 "세포 매개 세포 독성 요법 및 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제의 병용 요법")의 우선권을 주장하고, 이의 내용은 그 전문이 모든 목적을 위해 참조로 포함된다.
서열 목록의 참조 포함
본 출원은 전자 형식의 서열 목록과 함께 출원된다. 서열 목록은 2020년 6월 8일에 생성된 735042021340SeqList.TXT라는 제목의 파일로 제공되며, 이의 크기는 35,272 바이트이다. 서열 목록의 전자 형식의 정보는 그 전체가 참조로 포함된다.
요약
암, 예컨대 만성 림프구성 백혈병(chronic lymphocytic leukemia, CLL), 비호지킨 림프종(non-Hodgkin lymphoma, NHL) 또는 이의 하위 유형을 앓거나 앓는 것으로 의심되는 대상체를 치료하기 위한 병용 요법을 수반하는 방법 및 용도가 여기 제공된다. 일부 구현예에서, 암은 작은 림프구성 림프종(SLL)이다. 방법 및 다른 구현예는 일반적으로 면역 요법 또는 세포 요법인 요법 및 BCL2 억제제와 같은 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제를 대상체에 투여하는 것을 수반하는 병용과 관련된다. 일부 측면에서, 제공된 방법 및 용도는, B 세포 상에 발현된 항원과 결합하는 항원 결합 도메인을 포함하는 CAR 발현T 세포와 같은 T 세포 요법의 투여를 포함한다.
암을 앓는 대상체에 세포 독성 요법을 투여하는 단계 - 여기서 상기 세포 독성 요법은 면역 요법 또는 세포 요법이고, 암 세포와 연관된, 암세포에 의해 발현되는 또는 암세포의 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합함 - ; 및 세포 독성 요법의 투여 개시 후 (약) 1 일 내지 (약) 14 일 사이의 시기 및/또는 세포 독성 요법의 정점 수준이 세포 독성 요법의 투여 후 대상체의 혈액에서 검출 가능하기 전 시기에 억제제의 정상 상태 농도(steady state concentration, Css)를 달성하기 충분한 투약 방식으로 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제를 대상체에 투여하는 단계;를 포함한 암을 치료하는 방법이 여기 제공된다.
암을 앓는 대상체에 세포 독성 요법의 투여 개시 후 (약) 1 일 내지 (약) 14 일 사이의 시기 및/또는 세포 독성 요법의 정점 수준이 세포 독성 요법의 투여 후 대상체의 혈액에서 검출 가능하기 전 시기에 억제제의 정상 상태 농도(Css)를 달성하기 충분한 투약 방식으로 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제를 투여하는 것을 포함한 암을 치료하는 방법이 여기 제공되며, 여기서 상기 세포 독성 요법은 면역 요법 또는 세포 요법이고, 암 세포와 연관된, 암세포에 의해 발현되는 또는 암세포의 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합한다.
암을 앓는 대상체에 세포 독성 요법을 투여하는 단계 - 여기서 상기 세포 독성 요법은 면역 요법 또는 세포 요법이고, 암 세포와 연관된, 암세포에 의해 발현되는 또는 암세포의 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합함 - ; 및 세포 독성 요법의 투여 개시 전 (약) 7 일 내지 세포 독성 요법의 투여 개시 후 (약) 14 일 사이의 시기에 억제제의 투여 개시를 포함한 투약 방식으로 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제를 대상체에 투여하는 단계;를 포함한 암을 치료하는 방법이 여기 제공된다.
암을 앓는 대상체에 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제를 투여하는 것을 포함한 암을 치료하는 방법이 여기 제공되며, 여기서 상기 억제제는 세포 독성 요법의 투여 개시 전 (약) 7 일 내지 세포 독성 요법의 투여 개시 후 (약) 14 일 사이의 시기에 억제제의 투여 개시를 포함한 투약 방식으로 투여되며, 여기서 상기 세포 독성 요법은 면역 요법 또는 세포 요법이고, 암 세포와 연관된, 암세포에 의해 발현되는 또는 암세포의 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합한다.
암을 앓는 대상체에 세포 독성 요법을 투여하는 것을 포함한 대상체의 암을 치료하는 방법이 여기 제공되고, 여기서 상기 세포 독성 요법은 면역 요법 또는 세포 요법이고, 암 세포와 연관된, 암세포에 의해 발현되는 또는 암세포의 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합하며, 여기서 상기 대상체에 세포 독성 요법의 투여 개시 전 (약) 7 일 내지 세포 독성 요법의 투여 개시 후 (약) 14 일 사이의 시기에 억제제의 투여 개시를 포함한 투약 방식으로 일정 기간 동안 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제가 투여되거나 투여될 예정이다. 일부 구현예에서, 억제제의 투약 방식은, 세포 독성 요법의 투여 개시 전 (약) 7 일 내지 세포 독성 요법의 투여 개시 후 (약) 14 일 사이의 시기에 억제제의 투여 개시를 포함한다. 일부 구현예에서, 억제제의 투약 방식은, 세포 독성 요법의 투여 개시 전 (약) 3 일 내지 세포 독성 요법의 투여 개시 후 (약) 14 일 사이의 시기에 억제제의 투여 개시를 포함한다. 일부 구현예에서, 억제제의 투약 방식은, 세포 독성 요법의 투여 개시 전 (약) 1 일 내지 세포 독성 요법의 투여 개시 후 (약) 8 일 사이의 시기에 억제제의 투여 개시를 포함한다.
임의의 구현예 중 일부에서, 억제제의 투약 방식은, 세포 독성 요법의 투여 후 억제제의 투여 개시를 포함한다. 일부 구현예에서, 투약 방식은, 세포 독성 요법의 투여 개시 전 약 1 일 내지 세포 독성 요법의 투여 개시 후 약 8 일 사이에 억제제의 투여 개시를 포함한다. 암을 앓는 대상체를 치료하는 약제의 제조에 사용하기 위한 세포 독성 요법을 포함하는 조성물이 또한 여기 제공되고, 여기서 상기 세포 독성 요법은 면역 요법 또는 세포 요법이고, 암 세포와 연관된, 암세포에 의해 발현되는 또는 암세포의 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합하며; 상기 조성물은, 세포 독성 요법의 투여 개시 전 (약) 1 일 내지 세포 독성 요법의 투여 개시 후 (약) 8 일 사이에 억제제의 투여 개시를 포함한 투약 방식으로 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제와 병용하여 사용하기 위한 것이다. 암을 앓는 대상체를 치료하는 약제의 제조에 사용하기 위한 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제를 포함하는 조성물이 여기 제공되고, 여기서 상기 조성물은 면역 요법 또는 세포 요법이고, 암 세포와 연관된, 암세포에 의해 발현되는 또는 암세포의 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합하는 세포 독성 요법과 병용하여 사용하기 위한 것이며; 상기 조성물은, 세포 독성 요법의 투여 개시 전 (약) 1 일 내지 세포 독성 요법의 투여 개시 후 (약) 8 일 사이에 조성물의 투여 개시를 포함한 투약 방식으로 사용하기 위한 것이다. 일부 구현예에서, 세포 독성 요법은 재조합 수용체 발현 세포 요법이다. 일부 구현예에서, 억제제는, 세포 독성 요법의 투여 개시 후 약 7 일 이내에 조성물의 투여 개시를 포함한 투약 방식으로 사용하기 위한 것이다. 일부 구현예에서, 억제제는 베네토클락스이다. 일부 구현예에서, 억제제는, 세포 독성 요법의 투여 개시 후 약 7 일에 조성물의 투여 개시를 포함한 투약 방식으로 사용하기 위한 것이다. 일부 구현예에서, 억제제는 베네토클락스이다.
(i) 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제 및/또는 면역 요법 또는 세포 요법이고, 암 세포와 연관된, 암세포에 의해 발현되는 또는 암세포의 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합하는 세포 독성 요법; 및 (ii) 암을 앓는 대상체를 치료하는 키트를 사용하기 위한 지침;을 포함하는 키트가 또한 여기 제공되고, 여기서 상기 지침은: 억제제가 세포 독성 요법과 병용으로 사용하기 위한 것이고; 억제제는 세포 독성 요법의 투여 개시 전 (약) 1 일 내지 세포 독성 요법의 투여 개시 후 (약) 8 일 사이에 투여될 수 있음;을 명시한다. 일부 구현예에서, 세포 독성 요법은 재조합 수용체를 발현하는 T 세포를 포함하는 세포 요법이다. 일부 구현예에서, 지침은, 억제제가 세포 독성 요법의 투여 개시 후 약 7 일 이내에 투여될 수 있음을 명시한다. 일부 구현예에서, 지침은, 억제제가 세포 독성 요법의 투여 개시 후 약 7 일에 투여될 수 있음을 명시한다. 일부 구현예에서, 억제제는 베네토클락스이다.
일부 구현예에서, 억제제의 투약 방식은, 세포 독성 요법의 투여 개시 후 7 일 이내에 억제제의 투여 개시를 포함한다. 일부 구현예에서, 억제제의 투약 방식은, 세포 독성 요법의 투여 개시 후 3 일 이내에 억제제의 투여 개시를 포함한다. 일부 구현예에서, 억제제의 투약 방식은, 세포 요법의 투여 개시 후 세포 요법 세포의 활성화 유도된 세포 사멸(activation-induced cell death, AICD)이 정점 또는 정점 이후에 억제제의 투여 개시를 포함한다. 일부 구현예에서, 억제제의 투약 방식은, 세포 요법의 투여 개시 후 세포 요법 세포의 활성화 유도된 세포 사멸(AICD)이 정점인 시기에 억제제의 투여 개시를 포함한다. 일부 구현예에서, 억제제의 투약 방식은, 세포 요법의 투여 개시 후 세포 요법 세포의 활성화 유도된 세포 사멸(AICD)이 정점에 도달한 이후에 억제제의 투여 개시를 포함한다.
일부 구현예에서, 투약 방식에서 하나 이상의 용량의 억제제가 세포 독성 요법과 동시에 및/또는 세포 독성 요법과 동일한 날에 투여된다. 일부 구현예에서, 억제제의 투약 방식은, 세포 독성 요법의 투여 개시 후 (약) 1 일 내지 (약) 14 일 사이의 시기 및/또는 세포 독성 요법의 정점 수준이 세포 독성 요법의 투여 후 대상체의 혈액에서 검출 가능하기 전 시기에 억제제의 정상 상태 농도(Css)를 달성하기에 충분하다.
일부 구현예에서, 대상체에 세포 독성 요법의 투여 개시 전 7 일 이내에 리툭시맙 및/또는 이브루티닙이 투여되지 않거나 투여되지 않았다.
일부 구현예에서, 세포 독성 요법은 하나 이상의 암 세포의 세포 매개 세포 독성을 초래하거나 초래할 수 있다. 일부 구현예에서, 세포 독성 요법은 하나 이상의 암 세포의 페르포린- 및/또는 그랜자임-매개 세포 자멸사를 매개할 수 있거나 매개한다.
일부 구현예에서, 세포 독성 요법은 면역 요법이다. 일부 구현예에서, 면역 요법은 T 세포의 활성을 자극할 수 있는 T 세포 관여 요법이다. 일부 구현예에서, 세포 독성 요법은 이중 특이적 T 세포 관여자(bispecific T cell engager, BiTE) 요법이다.
일부 구현예에서, 세포 독성 요법은 세포 요법이다. 일부 구현예에서, 세포 요법은 대상체에 대해 자가 조직인 세포를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 요법은, 종양 침윤성 림프구(tumor infiltrating lymphocytic, TIL) 요법, 내인성 T 세포 요법, 자연 살해(natural kill, NK) 세포 요법, 전이 유전자 TCR 요법 및 선택적으로 키메라 항원 수용체(CAR) 발현 세포 요법인 재조합 수용체 발현 세포 요법으로 구성된 군에서 선택된다. 일부 구현예에서, 세포 독성 요법은 재조합 수용체 발현 세포 요법이다. 일부 구현예에서, 세포 독성 요법은 키메라 항원 수용체(CAR) 발현 세포 요법이다.
일부 구현예에서, 세포 요법은 항원에 특이적으로 결합하는 재조합 수용체를 발현하는 세포 용량을 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 요법의 투여는, 세포 요법, 재조합 수용체 발현 세포, 총 T 세포 또는 총 말초 혈액 단핵 세포(PBMC) 중 (약) 1 x 105 내지 5 x 108개의 총 세포; 세포 요법, 재조합 수용체 발현 세포, 총 T 세포 또는 총 말초 혈액 단핵 세포(PBMC) 중 (약) 1 x 105 내지 2 x 108 개의 총 세포; 세포 요법, 재조합 수용체 발현 세포, 총 T 세포 또는 총 말초 혈액 단핵 세포(PBMC) 중 (약) 1 x 106 내지 1 x 108 개의 총 세포; 또는 세포 요법, 재조합 수용체 발현 세포, 총 T 세포 또는 총 말초 혈액 단핵 세포(PBMC) 중 (약) 1 x 106 내지 5 x 107 개의 총 세포;의 투여를 포함한다.
일부 구현예에서, 세포 독성 요법의 투여는, (약) 1 x 105 내지 (약) 5 x 108개의 총 재조합 수용체 발현 T 세포 또는 총 T 세포, (약) 1 x 105 내지 (약) 1 x 108개의 총 재조합 수용체 발현 T 세포 또는 총 T 세포, (약) 5 x 105 내지 (약) 1 x 107개의 총 재조합 수용체 발현 T 세포 또는 총 T 세포, 또는 (약) 1 x 106 내지 (약) 1 x 107개의 총 재조합 수용체 발현 T 세포 또는 총 T 세포의 투여(각각의 수치 포함)를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 독성 요법의 투여는, (약) 1 x 105 내지 (약) 5 x 108개의 총 재조합 수용체 발현 T 세포 또는 총 T 세포의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 독성 요법의 투여는, (약) 1 x 105 내지 (약) 1 x 108개의 총 재조합 수용체 발현 T 세포 또는 총 T 세포의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 독성 요법의 투여는, (약) 5 x 105 내지 (약) 1 x 107개의 총 재조합 수용체 발현 T 세포 또는 총 T 세포의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 독성 요법의 투여는, (약) 1 x 106 내지 (약) 1 x 107개의 총 재조합 수용체 발현 T 세포 또는 총 T 세포의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포의 용량은 T 세포를 포함하거나 T 세포로 농축된다(또는 'T 세포가 풍부하다'). 일부 구현예에서, T 세포는 CD4+ T 세포, CD8+ T 세포 또는 CD4+ 및 CD8+ T 세포이다. 일부 구현예에서, T 세포는 CD4+ T 세포이다. 일부 구현예에서, T 세포는 CD8+ T 세포이다. 일부 구현예에서, T 세포는 CD4+ T 세포 및 CD8+ T 세포이다. 일부 구현예에서, 세포 용량의 투여는 CD4+ 및 CD8+ T 세포의 투여를 포함하고, 각각의 CD4+ 및 CD8+ T 세포는 항원에 특이적으로 결합하는 수용체, 선택적으로 CAR을 개별적으로 포함하고, 여기서 상기 투여는 복수의 별개의 조성물을 투여하는 것을 포함하며, 상기 복수의 별개의 조성물은 CD8+ T 세포를 포함하거나 이로 농축된(또는 'T 세포가 풍부한') 제1 조성물 및 CD4+ T 세포를 포함하거나 이로 농축된 제2 조성물을 포함한다.
일부 구현예에서, CD4+ 및 CD8+ T 세포의 용량은, (약) 1:1 또는 약 1:3 내지 약 3:1인 재조합 수용체를 발현하는 CD4+ 세포 대 재조합 수용체를 발현하는 CD8+ 세포의 정해진 비율 및/또는 CD4+ 세포 대 CD8+ 세포의 정해진 비율을 포함하고/거나 제1 및 제2 조성물 중 하나에 수용체를 포함하는 CD4+ T 세포 및 제1 및 제2 조성물 중 나머지 다른 하나에 수용체를 포함하는 CD8+ T 세포가 (약) 1:1 또는 약 1:3 내지 약 3:1의 정해진 비율로 존재하고/거나 수용체를 포함하는 CD4+ T 세포 및 제1 및 제2 조성물로 투여된 수용체를 포함하는 CD8+ T 세포가 (약) 1:1 또는 약 1:3 내지 약 3:1의 정해진 비율로 존재한다. 일부 구현예에서, 비율은 약 1:3 내지 약 3:1이다. 일부 구현예에서, 비율은 (약) 1:1이다. 일부 구현예에서, 세포의 용량은 자연 살해(NK) 세포를 포함하거나 이로 농축된다. 일부 구현예에서, 세포의 용량은 iPS 유래 세포를 포함한다.
일부 구현예에서, 재조합 수용체는 T 세포 수용체(TCR) 또는 기능성 비-T 세포 수용체이다. 일부 구현예에서, 재조합 수용체는 키메라 항원 수용체(CAR)이다.
일부 구현예에서, 세포 요법은, (약) 1 x 105 내지 5 x 108 개의 총 CAR 발현 T 세포, 1 x 106 내지 2.5 x 108 개의 총 CAR 발현 T 세포, 5 x 106 내지 1 x 108 개의 총 CAR 발현 T 세포, 1 x 107 내지 2.5 x 108 개의 총 CAR 발현 T 세포, 5 x 107 내지 1 x 108 개의 총 CAR 발현 T 세포의 투여(각각의 수치 포함)를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 요법은, (약) 1 x 105 개 이상의 CAR 발현 세포, (약) 2.5 x 105 개 이상의 CAR 발현 세포, (약) 5 x 105 개 이상의 CAR 발현 세포, (약) 1 x 106 개 이상의 CAR 발현 세포, (약) 2.5 x 106 개 이상의 CAR 발현 세포, (약) 5 x 106 개 이상의 CAR 발현 세포, (약) 1 x 107 개 이상의 CAR 발현 세포, (약) 2.5 x 107 개 이상의 CAR 발현 세포, (약) 5 x 107 개 이상의 CAR 발현 세포, (약) 1 x 108 개 이상의 CAR 발현 세포, (약) 2.5 x 108 개 이상의 CAR 발현 세포, 또는 (약) 5 x 108 개 이상의 CAR 발현 세포의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 요법은, (약) 5 x 107 개의 총 CAR 발현 T 세포의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 요법은, (약) 1 x 108 개의 CAR 발현 세포의 투여를 포함한다.
일부 구현예에서, CAR은 항원에 특이적으로 결합하는 세포 외 항원 인식 도메인 및 ITAM을 포함하는 세포 내 신호 전달 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, 항원은 종양 항원이거나 암 세포 상에 발현된다. 일부 구현예에서, 항원은, αvβ6 인테그린(avb6 인테그린), B세포 성숙 항원(BCMA), B7-H3, B7-H6, 탄산 탈수 효소 9(CA9, 또한 CAIX 또는 G250으로 공지), 암 고환 항원, 암/고환 항원 1B(CTAG, 또한 NY-ESO-1 및 LAGE-2로 공지), 암배아 항원(CEA), 사이클린, 사이클린 A2, C-C 모티프 케모카인 리간드 1(CCL-1), CD19, CD20, CD22, CD23, CD24, CD30, CD33, CD38, CD44, CD44v6, CD44v7/8, CD123, CD133, CD138, CD171, 콘드로이틴 황산염 프로테오글리칸 4(CSPG4), 표피 성장 인자 단백질(EGFR), 유형 III 표피 성장 인자 수용체 돌연변이(EGFR vIII), 표피 당단백질 2(EPG-2), 표피 당단백질 40(EPG-40), 에프린B2, 에프린 수용체 A2(EPHa2), 에스트로겐 수용체, Fc 수용체 유사 5(FCRL5; 또한 FC 수용체 상동물 5 또는 FCRH5로 공지), 태아 아세틸콜린 수용체(태아 AchR), 엽산 결합 단백질(FBP), 엽산 수용체 알파, 강글리오사이드 GD2, O-아세틸화 GD2(OGD2), 강글리오사이드 GD3, 당단백질 100(gp100), 글리피칸-3(GPC3), G 단백질 결합 수용체 5D(GPRC5D), Her2/neu(수용체 티로신 키나제 erb-B2), Her3(erb-B3), Her4(erb-B4), erbB 2량체, 인간 고분자량 흑색종 관련 항원(HMW-MAA), B형 간염 표면 항원, 인간 백혈구 항원 A1(HLA-A1), 인간 백혈구 항원 A2(HLA-A2), IL-22 수용체 알파(IL-22Rα), IL-13 수용체 알파 2(IL-13Rα2), 키나제 삽입 도메인 수용체(kdr), 카파 경쇄, L1 세포 부착 분자(L1-CAM), L1-CAM의 CE7 에피토프, 8 패밀리 멤버 A를 함유하는 루신 리치 반복(LRRC8A), 루이스 Y, 흑색종 관련 항원(MAGE)-A1, MAGE-A3, MAGE-A6, MAGE-A10, 메소텔린(MSLN), c-Met, 뮤린 시토메갈로 바이러스(CMV), 뮤신 1(MUC1), MUC16, 천연 킬러 2 군 D 멤버(NKG2D) 리간드, 멜란 A(MART-1), 신경 세포 부착 분자(NCAM), 종양태아성 항원, 흑색종 우선 발현 항원(PRAME), 프로게스트론 수용체, 전립선 특이적 항원, 전립선 줄기 세포 항원(PSCA), 전립선 특이적 막 항원(PSMA), 수용체 티로신 키나제 유사 고아 수용체 1(ROR1), 서바이빈(survivin), 영양막 당단백질(TPBG, 또한 5T4로 공지), 종양 관련 당단백질 72(TAG72), 티로시나제 관련 단백질 1(TRP1, 또한 TYRP1 또는 gp75로 공지), 티로시나제 관련 단백질 2(TRP2, 또한 도파크롬 타우토머라제, 도파크롬 델타 이성화 효소 또는 DCT로 공지), 혈관 내피 성장 인자 수용체(VEGFR), 혈관 내피 성장 인자 수용체 2(VEGFR2), 빌름스 종양 1(WT-1) 중에서 선택된다. 일부 구현예에서, 항원은 B 세포 악성 종양과 연관되고, 선택적으로 상기 항원은 인간 B 세포 상에 발현된다. 일부 구현예에서, B 세포 항원은 CD20, CD19, CD22, ROR1, CD45, CD21, CD5, CD33, Ig카파, Ig람다, CD79a, CD79b 또는 CD30이다. 일부 구현예에서, 항원은 CD19이다.
일부 구현예에서, 세포 내 신호 전달 도메인은 CD3-제타(CD3ζ) 사슬의 세포 내 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 내 신호 전달 영역은 공자극 신호 전달 영역을 더 포함한다. 일부 구현예에서, 공자극 신호 전달 영역은 CD28 또는 4-1BB, 선택적으로 인간 CD28 또는 인간 4-1BB의 신호 전달 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, 공자극 도메인은 CD28의 신호 전달 도메인이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 공자극 도메인은 4-1BB의 신호 전달 도메인이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 공자극 신호 전달 영역은 4-1BB의 신호 전달 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, 공자극 신호 전달 영역은 CD28의 신호 전달 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, CAR은 항원에 결합하는 세포 외 항원 결합 도메인, 막관통 도메인 및 CD3-제타(CD3ζ) 사슬의 세포 내 신호 전달 도메인 및 공자극 신호 전달 도메인을 포함하는 세포 내 신호 전달 영역을 포함한다.
일부 구현예에서, 세포 요법은 대상체 유래 자가 조직 세포를 포함한다. 일부 구현예에서, 방법은, 억제제의 투여 개시 전에 자가 조직 세포를 포함한 대상체 유래 생물학적 샘플을 수집하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 생물학적 샘플은 전체 혈액 샘플, 연막(buffy coat) 샘플, 말초 혈액 단핵세포(peripheral blood mononuclear cell, PBMC) 샘플, 비분획화 T 세포 샘플, 림프구 샘플, 백혈구 샘플, 성분 채집술 생성물 또는 백혈구 성분 채집술 생성물이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 대상체 유래 생물학적 샘플은 말초 혈액 단핵세포(PBMC) 샘플이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 대상체 유래 생물학적 샘플은 성분 채집술 생성물이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 대상체 유래 생물학적 샘플은 백혈구 성분 채집술 생성물이거나 이를 포함한다.
일부 구현예에서, 세포 독성 요법의 투여 개시의 시기에, 대상체는 (i) 측정 가능한 질병, 선택적으로 가장 긴 횡경(greatest transverse diameter, GTD)으로 1.5 센티미터 초과의 림프절 또는 말초 혈액(peripheral blood, PB), 골수(bone marrow, BM), 간 또는 비장에서 평가 가능하거나 측정 가능한 질병을 나타낸다. 일부 구현예에서, 가교 요법의 투여 개시의 시기에, 대상체는 (i) 측정 가능한 질병, 선택적으로 가장 긴 횡경(GTD)으로 1.5 센티미터 초과의 림프절 또는 말초 혈액(PB), 골수(BM), 간 또는 비장에서 평가 가능하거나 측정 가능한 질병을 나타낸다. 일부 구현예에서, 세포 독성 요법의 투여 개시의 시기에, 대상체는 10-4 이상의 말초 혈액 내 최소 잔류 질병(minimum residual disease, MRD)을 나타낸다. 일부 구현예에서, 가교 요법의 투여 개시의 시기에, 대상체는 10-4 이상의 말초 혈액 내 최소 잔류 질병(MRD)을 나타낸다.
일부 구현예에서, 세포 독성 요법의 투여 개시의 시기에, 대상체는 (i) 측정 가능한 질병, 선택적으로 가장 긴 횡경(GTD)으로 1.5 센티미터 초과의 림프절 또는 말초 혈액(PB), 골수(BM), 간 또는 비장에서 평가 가능하거나 측정 가능한 질병; 및 10-4 이상의 말초 혈액 내 최소 잔류 질병(MRD);을 나타낸다. 일부 구현예에서, 가교 요법의 투여 개시의 시기에, 대상체는 (i) 측정 가능한 질병, 선택적으로 가장 긴 횡경(GTD)으로 1.5 센티미터 초과의 림프절 또는 말초 혈액(PB), 골수(BM), 간 또는 비장에서 평가 가능하거나 측정 가능한 질병; 및 10-4 이상의 말초 혈액 내 최소 잔류 질병(MRD);을 나타낸다.
일부 구현예에서, 림프구 고갈 요법은 세포 독성 요법의 투여 개시 전 2 내지 7 일에 완료된다. 일부 구현예에서, 림프구 고갈 요법은 플루다라빈 및/또는 사이클로포스파미드의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 림프구 고갈 요법은 플루다라빈의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 림프구 고갈 요법은 사이클로포스파미드의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 림프구 고갈 요법은 플루다라빈 및 사이클로포스파미드의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 림프구 고갈 요법은 약 200-400 mg/m2, 선택적으로 (약) 300 mg/m2(수치 포함)의 사이클로포스파미드 및/또는 약 20-40 mg/m2, 선택적으로 30 mg/m2의 플루다라빈을 2-4 일 동안, 선택적으로 3 일 동안 매일 투여하는 것을 포함하거나, 림프구 고갈 요법은 약 500 mg/m2의 사이클로포스파미드 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 림프구 고갈 요법은 (약) 300 mg/m2의 사이클로포스파미드 및 약 30 mg/m2의 플루다라빈을 3 일 동안 매일 투여하는 것을 포함하고/거나; 림프구 고갈 요법은 (약) 500 mg/m2의 사이클로포스파미드 및 약 30 mg/m2의 플루다라빈을 3 일 동안 매일 투여하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 림프구 고갈 요법은 (약) 300 mg/m2의 사이클로포스파미드 및 약 30 mg/m2의 플루다라빈을 3 일 동안 매일 투여하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 림프구 고갈 요법은 (약) 500 mg/m2의 사이클로포스파미드 및 약 30 mg/m2의 플루다라빈을 3 일 동안 매일 투여하는 것을 포함한다.
일부 구현예에서, 억제제의 투여 개시는, 세포 독성 요법의 투여 개시 전 (약) 3 일 이내이다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 개시는, 세포 독성 요법의 투여 개시 전 (약) 2 일 이내이다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 개시는, 세포 독성 요법의 투여 개시 전 (약) 1 일 이내이다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 개시는, 억제제의 투여 개시와 동시 또는 동일한 날이다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 개시는 세포 독성 요법의 투여 개시 후 2 일 이내이고, 선택적으로 상기 억제제의 투여 개시는 세포 독성 요법의 투여 개시 후 1 일 이내이다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 개시는 세포 독성 요법의 투여 개시 후 약 7 일 이내이다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 개시는 세포 독성 요법의 투여 개시 후 약 1 일 내지 약 7 일 사이이다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 개시는 세포 독성 요법의 투여 개시 후 약 2 일이다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 개시는 세포 독성 요법의 투여 개시 후 약 3 일이다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 개시는 세포 독성 요법의 투여 개시 후 약 4 일이다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 개시는 세포 독성 요법의 투여 개시 후 약 5 일이다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 개시는 세포 독성 요법의 투여 개시 후 약 6 일이다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 개시는 세포 독성 요법의 투여 개시 후 약 7 일이다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 개시는 세포 독성 요법의 투여 개시 후 약 8 일이다.
일부 구현예에서, 억제제의 투약 방식은 하위 치료량의 억제제를 포함하며; 억제제의 투약 방식은, 세포 독성 요법과 병용 투여 부재 시 단일 요법으로 투여될 경우 대상체의 종양 부담을 감소시키기에 충분하지 않거나 10% 미만으로 종양 부담을 감소시키고/거나; 억제제의 투약 방식은, 세포 독성 요법과 병용 투여 부재 시 단일 요법으로 투여될 경우 유사하게 치료된 대상체 그룹에서 완전하거나 부분적인 반응을 초래하지 않거나 상기 대상체의 10% 이내로 상기 반응을 초래한다. 일부 구현예에서, 억제제의 투약 방식은 하위 치료량의 억제제를 포함한다. 일부 구현예에서, 억제제의 투약 방식은, 세포 독성 요법과 병용 투여 부재 시 단일 요법으로 투여될 경우 대상체의 종양 부담을 감소시키기에 충분하지 않거나 10% 미만으로 종양 부담을 감소시킨다. 일부 구현예에서, 억제제의 투약 방식은, 세포 독성 요법과 병용 투여 부재 시 단일 요법으로 투여될 경우 유사하게 치료된 대상체의 그룹에서 완전하거나 부분적인 반응을 초래하지 않거나 상기 대상체의 10% 이내로 상기 반응을 초래한다.
일부 구현예에서, 억제제의 투약 방식은 매일 1회 투약을 포함한다. 일부 구현예에서, 매일 1회 용량은, (약) 20 mg 내지 (약) 800 mg, (약) 20 mg 내지 (약) 400 mg, (약) 20 mg 내지 (약) 350 mg, (약) 20 mg 내지 (약) 300 mg, (약) 20 mg 내지 (약) 250 mg, (약) 20 mg 내지 (약) 200 mg, (약) 20 mg 내지 (약) 150 mg, (약) 20 mg 내지 (약) 100 mg, (약) 20 mg 내지 (약) 50 mg, (약) 20 mg 내지 (약) 40 mg, (약) 40 mg 내지 (약) 800 mg, (약) 40 mg 내지 (약) 400 mg, (약) 40 mg 내지 (약) 350 mg, (약) 40 mg 내지 (약) 300 mg, (약) 40 mg 내지 (약) 250 mg, (약) 40 mg 내지 (약) 200 mg, (약) 40 mg 내지 (약) 150 mg, (약) 40 mg 내지 (약) 100 mg, (약) 40 mg 내지 (약) 50 mg, (약) 50 mg 내지 (약) 800 mg, (약) 50 mg 내지 (약) 400 mg, (약) 50 mg 내지 (약) 350 mg, (약) 50 mg 내지 (약) 300 mg, (약) 50 mg 내지 (약) 250 mg, (약) 50 mg 내지 (약) 200 mg, (약) 50 mg 내지 (약) 150 mg, (약) 50 mg 내지 (약) 100 mg, (약) 100 mg 내지 (약) 800 mg, (약) 100 mg 내지 (약) 400 mg, (약) 100 mg 내지 (약) 350 mg, (약) 100 mg 내지 (약) 300 mg, (약) 100 mg 내지 (약) 250 mg, (약) 100 mg 내지 (약) 200 mg, (약) 100 mg 내지 (약) 150 mg, (약) 150 mg 내지 (약) 800 mg, (약) 150 mg 내지 (약) 400 mg, (약) 150 mg 내지 (약) 350 mg, (약) 150 mg 내지 (약) 300 mg, (약) 150 mg 내지 (약) 250 mg, (약) 150 mg 내지 (약) 200 mg, (약) 200 mg 내지 (약) 800 mg, (약) 200 mg 내지 (약) 400 mg, (약) 200 mg 내지 (약) 350 mg, (약) 200 mg 내지 (약) 300 mg, (약) 200 mg 내지 (약) 250 mg, (약) 250 mg 내지 (약) 300 mg, (약) 300 mg 내지 (약) 350 mg, (약) 300 mg 내지 (약) 400 mg, (약) 300 mg 내지 (약) 800 mg, (약) 350 mg 내지 (약) 400 mg, 및 (약) 350 mg 내지 (약) 800 mg(각각의 수치 포함)의 억제제의 양이다. 일부 구현예에서, 매일 1회 용량은 (약) 20 mg 내지 (약) 100 mg(수치 포함)의 억제제의 양이다.
일부 구현예에서, 매일 1회 용량은 (약) 20 mg 내지 (약) 400 mg(수치 포함)이다. 일부 구현예에서, 매일 1회 용량은 (약) 40 mg 내지 (약) 200 mg(수치 포함)의 억제제의 양이다. 일부 구현예에서, 매일 1회 용량은 (약) 40 mg 내지 (약) 400 mg(수치 포함)의 억제제의 양이다.
일부 구현예에서, 매일 1회 용량은 (약) 40 mg 내지 (약) 100 mg(수치 포함)의 억제제의 양이다. 일부 구현예에서, 매일 1회 용량은 (약) 50 mg 내지 (약) 100 mg(수치 포함)의 억제제의 양이다. 일부 구현예에서, 매일 1회 용량은 (약) 20 mg의 억제제의 양이다. 일부 구현예에서, 매일 1회 용량은 (약) 40 mg의 억제제의 양이다. 일부 구현예에서, 매일 1회 용량은 (약) 50 mg의 억제제의 양이다. 일부 구현예에서, 매일 1회 용량은 (약) 100 mg의 억제제의 양이다. 일부 구현예에서, 매일 1회 용량은 (약) 200 mg이다. 일부 구현예에서, 매일 1회 용량은 (약) 300 mg이다. 일부 구현예에서, 매일 1회 용량은 (약) 400 mg이다. 일부 구현예에서, 억제제의 투약 방식은 매일 1회 투약을 포함하고, 매일 1회 용량은 약 11 주 이상 동안 200 mg이다. 일부 구현예에서, 억제제의 투약 방식은 매일 1회 투약을 포함하고, 매일 1회 용량은 세포 독성 요법의 투여 개시 후 약 12 주 이상까지 200 mg으로 주어진다.
일부 구현예에서, 억제제는 억제제의 투약 방식의 투여 전에 용량 증량 일정으로 투여된다. 일부 구현예에서, 억제제 전 또는 억제제로의 사전 치료는 증가하는 양의 억제제의 투여를 포함하는 용량 증량 일정이다. 일부 구현예에서, 증가하는 양의 억제제는 최대 매일 1회 용량의 양이다. 일부 구현예에서, 억제제 전 또는 억제제로의 사전 치료는, 대상체 유래 세포, 예를 들어 T 세포, 예컨대 자가 조직 세포의 수집과 가교 요법으로 세포 독성 요법의 투여 전 대상체에 림프구 고갈 요법을 투여하기 전의 시기에 투여된다. 일부 구현예에서, 세포, 예를 들어 T 세포, 예컨대 자가 조직 세포의 수집은 성분 채집술 또는 백혈구 성분 채집술에 의한다. 일부 구현예에서, 억제제의 사전 치료는 용량 증량 일정으로 투여되고, 여기서 상기 용량 증량 일정은 증가하는 용량의 억제제의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 억제제는, 매일 100 mg의 최대 용량에 도달할 때까지 증가하는 용량으로 대상체에 투여된다. 일부 구현예에서, 증가하는 용량은 하루에 약 20 mg의 제1 용량, 하루에 약 50 mg의 제2 용량 및 하루에 약 100 mg의 제3 용량을 포함한다. 일부 구현예에서, 억제제는, 매일 200 mg의 최대 용량에 도달할 때까지 증가하는 용량으로 대상체에 투여된다. 일부 구현예에서, 증가하는 용량은 하루에 약 20 mg의 제1 용량, 하루에 약 50 mg의 제2 용량, 하루에 약 100 mg의 제3 용량 및 하루에 (약) 200 mg의 제4 용량을 포함한다. 일부 구현예에서, 억제제는, 매일 400 mg의 최대 용량에 도달할 때까지 증가하는 용량으로 대상체에 투여된다. 일부 구현예에서, 증가하는 용량은 하루에 약 20 mg의 제1 용량, 하루에 약 50 mg의 제2 용량, 하루에 약 100 mg의 제3 용량, 하루에 (약) 200 mg의 제4 용량 및 하루에 (약) 400 mg의 제5 용량을 포함한다. 일부 구현예에서, 용량 증량 일정의 마지막 증가하는 용량은 가교 요법의 종료까지 또는 1 주일 동안 매일 1회 투여된다. 일부 구현예에서, 각각의 증가하는 용량(예를 들어, 제1, 제2, 제3)은 1 주일 동안 매일 1회 투여되고, 마지막 증가하는 용량은 가교 요법의 종료까지 또는 1 주일 동안 매일 1회 투여된다. 일부 구현예에서, 억제제로의 사전 치료는 림프구 고갈 요법의 투여 전 1 일 이상에 중단된다.
일부 구현예에서, 방법은, 세포 독성 요법의 투여 전에 림프구 고갈 제제 또는 요법을 대상체에 투여하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 대상체는 친생존 Bcl-2 패밀리 단백질의 억제제로 사전 치료되었고, 선택적으로 여기서 상기 대상체는 베네토클락스로 사전 치료되었다. 일부 구현예에서, 억제제로의 사전 치료는 자가 조직 세포의 수집과 림프구 고갈 요법 전 사이의 시기에 투여된다. 일부 구현예에서, 억제제로의 사전 치료는, 림프구 고갈 요법의 투여 전 (약) 3 일 이상 동안 또는 (약) 4 일 이상 동안 및/또는 대상체의 혈류 내 억제제의 농도가 약 3 또는 약 4 반감기로 감소될 때까지 최소한의 시간 동안 및/또는 억제제가 대상체의 혈류에서 제거될 때까지 최소한의 시간 동안 중단된다.
일부 구현예에서, 억제제는, BCL2, BCLXL, BCLW, BCLB, MCL1 및 이의 조합물들로 구성된 군 중에서 선택된 하나 이상의 친생존 BCL2 패밀리 단백질을 억제한다. 일부 구현예에서, 억제제는, BCL2, BCLXL, BCLW, BCLB, BFL1, MCL1 및 이의 조합물들로 구성된 군 중에서 선택된 하나 이상의 친생존 BCL2 패밀리 단백질을 억제한다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 친생존 BCL2 패밀리 단백질은 BCL2, BCLXL, 및/또는 BCLW이다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 친생존 BCL2 패밀리 단백질은 BCL2, BCLXL, BCLW, 및/또는 BFL1이다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 친생존 BCL2 패밀리 단백질은 BCL2이다. 일부 구현예에서, 억제제는 (약) 1000 nM, 900 nM, 800 nM, 600 nM, 500 nM, 400 nM, 300 nM, 200 nM, 100 nM, 50 nM 미만 또는 (약) 10 nM 미만의 반-최대 억제 농도(IC50)로 하나 이상의 친생존 BCL2 패밀리 단백질을 억제한다.
일부 구현예에서, 억제제는 베네토클락스, 나비토클락스, ABT737, 마리토클락스, 오바토클락스 및 클리토신 중에서 선택된다. 일부 구현예에서, 억제제는 나비토클락스이다. 일부 구현예에서, 억제제는 베네토클락스이다.
일부 구현예에서, 암은 혈액암이다. 일부 구현예에서, 암은 B 세포 악성 종양이다. 일부 구현예에서, 암은 골수종, 백혈병 또는 림프종이다. 일부 구현예에서, 암은 골수종이다. 일부 구현예에서, 암은 백혈병이다. 일부 구현예에서, 암은 림프종이다. 일부 구현예에서, 암은 급성 림프아구성 백혈병(acute lymphoblastic leukemia, ALL), 성인 ALL, 만성 림프구성 백혈병(chronic lymphocytic leukemia, CLL), 작은 림프구성 림프종(small lymphocytic lymphoma, SLL), 비호지킨 림프종(non-Hodgkin lymphoma, NHL) 또는 거대 B 세포 림프종이다. 일부 구현예에서, 암은 만성 림프구성 백혈병(CLL)이다. 일부 구현예에서, 암은 비호지킨 림프종(NHL)이다. 일부 구현예에서, NHL은 미만성 거대 B 세포 림프종(DLBCL)이다. 일부 구현예에서, 암은 작은 림프구성 림프종(SLL)이다. 일부 구현예에서, 암은 1차 종격동 B 세포 림프종(primary mediastinal B-cell lymphoma, PMBCL) 또는 여포성 림프종(follicular lymphoma, FL), 선택적으로 여포성 림프종 등급 3B(follicular lymphoma grade 3B, FL3B)이다. 일부 구현예에서, 암은 1차 종격동 B 세포 림프종(PMBCL)이다. 일부 구현예에서, 암은 여포성 림프종(FL)이다. 일부 구현예에서, 암은 여포성 림프종 등급 3B(FL3B)이다.
일부 구현예에서, 대상체는 암을 치료하기 위한 하나 이상의 선행 요법을 이용한 치료로 치료 후 완화 후에 재발했거나, 이에 대해 난치성이 되었거나, 이에 대해 실패했고/거나 이에 대한 과민증이 있었다. 일부 구현예에서, 암은 세포 독성 요법 단독으로의 치료에 대한 내성이 있다. 일부 구현예에서, 암은 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제 단독으로의 치료에 대한 내성이 있다. 일부 구현예에서, 암은 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 과발현 또는 비정상적인 발현을 나타낸다. 일부 구현예에서, 암은, 억제제에 의해 표적화되는 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 과발현을 나타낸다. 일부 구현예에서, 암은 BCL2의 과발현 또는 비정상적인 발현을 나타낸다. 일부 구현예에서, 암은 BCLXL의 과발현 또는 비정상적인 발현을 나타낸다. 일부 구현예에서, 암은 MCL1의 과발현 또는 비정상적인 발현을 나타낸다. 일부 구현예에서, 암은 BFL1의 과발현 또는 비정상적인 발현을 나타낸다.
일부 구현예에서, 억제제의 투약 방식은, 세포 독성 요법의 투여 개시 후 선택적으로 최대 6 개월 동안 매일 1회 억제제의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 억제제의 투약 방식은, 세포 독성 요법의 투여 개시 후 최대 약 6 개월 동안 매일 1회 억제제의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 억제제의 투약 방식은, 세포 독성 요법의 투여 개시 후 선택적으로 3 개월 이상의 기간 동안 매일 1회 억제제의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 억제제의 투약 방식은, 세포 독성 요법의 투여 개시 후 선택적으로 최대 3 개월 동안 매일 1회 억제제의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 억제제의 투약 방식은, 세포 독성 요법의 투여 개시 후 약 3 개월 이상 동안 매일 1회 억제제의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 억제제의 투약 방식은, 세포 독성 요법의 투여 개시 후 최대 약 12 개월 동안 매일 1회 억제제의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 억제제의 투약 방식은, 세포 독성 요법의 투여 개시 후 최대 약 24 개월 동안 매일 1회 억제제의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 투약 방식 중 억제제의 투여는, 대상체가 임상적 완화를 나타낼 경우 중단된다. 일부 구현예에서, 투약 방식 중 억제제의 투여는, 대상체가 임상적 완화를 나타낼 경우 기간의 종료 시에 중단된다. 일부 구현예에서, 기간은 3 개월이다. 일부 구현예에서, 방법은, 기간의 종료 시에 대상체가 임상적 완화를 나타내지 않을 경우 억제제의 투약 방식의 지속적인 투여를 더 포함한다. 일부 구현예에서, 방법은, 기간의 종료 시에 대상체가 부분 반응(partial response, PR)을 나타낼 경우 억제제의 투약 방식의 지속적인 투여를 더 포함한다. 일부 구현예에서, 방법은, 기간의 종료 시에 대상체가 안정적인 질병(stable disease, SD)을 나타낼 경우 억제제의 투약 방식의 지속적인 투여를 더 포함한다. 일부 구현예에서, 방법은, 기간의 종료 시에 대상체가 10-4 이상의 최소 잔류 질병(MRD)을 나타낼 경우 억제제의 투약 방식의 지속적인 투여를 더 포함한다. 일부 구현예에서, 기간은 3 개월이다.
일부 구현예에서, 방법은, 억제제의 투여를 수반하지 않는 방법과 비교하여 세포 독성 요법의 세포 독성 활성을 증가시키고/거나; 방법은, 억제제의 투여를 수반하지 않는 방법과 비교하여 선택적으로 페르포린- 및/또는 그랜자임-매개 세포 자멸사를 통해 하나 이상의 암세포의 세포 용해 사멸을 증가시킨다.
일부 구현예에서, 방법에 따라 치료된 35% 이상, 40% 이상 또는 50% 이상의 대상체가 6 개월 또는 6 개월 초과 또는 9 개월 또는 9 개월 초과 동안 지속하거나 또는 CR을 달성한 대상체 중 60, 70, 80, 90, 또는 95 % 이상에서 지속하는 완전 반응(complete response, CR)을 달성하고/거나; 여기서 6 개월까지 CR을 달성한 대상체 중 60, 70, 80, 90, 또는 95 % 이상이 3 개월 또는 3 개월 초과 및/또는 6 개월 또는 6 개월 초과 및/또는 9 개월 또는 9 개월 초과 동안 반응에 머무르거나 CR에 머무르고/거나 생존 또는 진행하지 않고 생존하고/거나; 방법에 따라 치료된 50% 이상, 60% 이상 또는 70% 이상의 대상체가 객관적인 반응(objective response, OR)을 달성하고, 선택적으로 여기서 OR은 6 개월 또는 6 개월 초과 또는 9 개월 또는 9 개월 초과 동안 지속하거나, OR을 달성한 대상체 중 60, 70, 80, 90, 또는 95 % 이상에서 지속하고/거나; 여기서 6 개월까지 OR을 달성한 대상체 중 60, 70, 80, 90, 또는 95 % 이상이 3 개월 또는 3 개월 초과 및/또는 6 개월 또는 6 개월 초과 동안 반응에 머무르거나 생존을 유지한다.
일부 구현예에서, 대상체는 인간이다.
세포 독성 요법으로 치료하는 방법이 여기 제공되고, 상기 방법은, (a) 암을 앓거나 앓는 것으로 의심되는 대상체 유래 생물학적 샘플 내 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양을 평가하는 단계; (b) 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양이 유전자 기준 값 이하인 경우 세포 독성 요법으로 치료를 위해 대상체를 선택하는 단계; 및 (c) 세포 독성 요법을 선택된 환자에 투여하는 단계 - 여기서 상기 세포 독성 요법은 면역 요법 또는 세포 요법이고, 암 세포와 연관된, 암세포에 의해 발현되는 또는 암세포의 상에 존재하는 항원에 결합함 - ;를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 독성 요법은 재조합 수용체 발현 세포 요법이다. 일부 구현예에서, 친생존 유전자의 억제제가, 세포 독성 요법의 투여 개시 또는 후에 대상체에 투여되지 않는다. 일부 구현예에서, 친생존 유전자의 억제제가, 세포 독성 요법의 투여 후 7 일, 14 일 또는 28 일 이내에 대상체에 투여되지 않는다.
친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제로 치료하기 위해 암을 앓는 대상체를 선택하는 방법이 여기 제공되고, 상기 방법은, (a) 대상체 유래 생물학적 샘플 내 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양을 평가하는 단계 - 여기서: (i) 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양이 하나 이상의 친생존 유전자에 의해 암호화된 단백질 및/또는 폴리뉴클레오티드의 수준 또는 양이고; (ii) 대상체가, 면역 요법 또는 세포 요법이고, 암 세포와 연관된, 암세포에 의해 발현되는 또는 암세포의 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합하는 세포 독성 요법의 투여를 받을 예정이고; (iii) 생물학적 샘플이 세포 독성 요법의 투여 전에 대상체에서 수득됨 - ; 및 (b) 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양이 유전자 기준 값 이상인 경우 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제로 치료하기 위해 암을 앓는 대상체를 선택하는 단계 - 여기서 상기 억제제는, 세포 독성 요법의 투여 개시 전 (약) 1 일 내지 세포 독성 요법의 투여 개시 후 (약) 8 일 사이에 억제제의 투여 개시를 포함하는 투약 방식으로 투여됨 - ;을 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 독성 요법은 재조합 수용체 발현 세포 요법이다. 일부 구현예에서, 억제제의 투약 방식은, 세포 독성 요법의 투여 개시 후 약 7 일 이내에 억제제의 투여 개시를 포함한다. 일부 구현예에서, 억제제의 투약 방식은, 세포 독성 요법의 투여 개시 후 약 7 일에 억제제의 투여 개시를 포함한다. 일부 구현예에서, 억제제는 베네토클락스이다. 일부 구현예에서, 대상체가 억제제로 치료하기 위해 선택되지 않을 경우, 방법은 대상체에 세포 독성 요법만을 투여하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 대상체가 억제제로 치료하기 위해 선택된 경우, 방법은 대상체에 억제제 및 세포 독성 요법을 투여하는 것을 더 포함한다.
세포 독성 요법으로의 치료에 대해 내성이 있을 것으로 예상되는 암을 앓는 대상체를 확인하는 방법이 여기 제공되고, 상기 방법은, (a) 대상체 유래 생물학적 샘플 내 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양을 평가하는 단계 - 여기서: (i) 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양이 하나 이상의 친생존 유전자에 의해 암호화된 단백질 및/또는 폴리뉴클레오티드의 수준 또는 양이고; (ii) 대상체가, 면역 요법 또는 세포 요법이고, 암 세포와 연관된, 암세포에 의해 발현되는 또는 암세포의 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합하는 세포 독성 요법의 용량의 투여를 위한 후보이고; (iii) 생물학적 샘플이 세포 독성 요법의 투여 전에 대상체에서 수득됨 - ; 및 (b) 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양이 유전자 기준 값 이상인 경우 세포 독성 요법으로의 치료에 대해 내성이 있을 것으로 예상되는 암을 앓는 것으로 대상체를 확인하는 단계;를 포함한다.
일부 구현예에서, 세포 독성 요법은 재조합 수용체 발현 세포 요법이다. 일부 구현예에서, 대상체가 세포 독성 요법으로의 치료에 대해 내성이 있을 것으로 예상되는 암을 앓는 것으로 확인된 경우, 상기 방법은 확인된 대상체에 대해 대안적인 치료를 투여하는 것을 더 포함하고, 여기서 상기 대안적인 치료는: 세포 독성 요법 및 세포 독성 요법의 활성을 조절 또는 증가시키는 추가 제제를 포함하는 병용 치료; 세포 독성 요법의 증가된 용량; 및/또는 화학 치료제; 중에서 선택된다. 일부 구현예에서, 대안적인 치료는 세포 독성 요법 및 T 세포 요법의 활성을 조절 또는 증가시키는 추가 제제를 포함하는 병용 치료이고, 선택적으로 여기서 상기 추가 제제는, 면역 체크포인트 억제제, 대사 경로의 조절제, 아데노신 수용체 길항제, 키나제 억제제, 항-TGF베타 항체 또는 항-TGF베타R 항체, 사이토카인 및/또는 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제이다. 일부 구현예에서, 대안적인 치료는 세포 독성 요법 및 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제를 포함하는 병용 치료이다. 일부 구현예에서, 대안적인 치료는, 세포 독성 요법으로의 치료에 대해 내성이 있을 것을 예상되지 않는 암을 앓는 것으로 확인된 대상체에 주어진 세포 독성 요법의 용량과 비교하여 증가된 용량의 세포 독성 요법을 포함한다. 일부 구현예에서, 증가된 용량의 세포 독성 요법은, 세포 독성 요법으로의 치료에 대해 내성이 있을 것을 예상되지 않는 암을 앓는 것으로 확인된 대상체에 주어진 세포 독성 요법의 용량과 비교하여 증가된 수의 세포 독성 요법의 세포를 포함한다. 일부 구현예에서, 대안적인 치료는 화학 치료제이다. 일부 구현예에서, 화학 치료제는 사이클로포스파미드, 독소루비신, 프레드니손, 빈크리스틴, 플루다라빈, 벤다무스틴 및/또는 리툭시맙이다. 일부 구현예에서, 대상체가 세포 독성 요법으로의 치료에 대해 내성이 있을 것을 예상되지 않는 암을 앓는 것으로 확인된 경우, 방법은 대상체에 세포 독성 요법만을 투여하는 것을 포함한다. 임의의 제공된 구현예에서, 방법은 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제를 확인된 대상체에 투여하는 것을 더 포함한다. 일부 구현예에서, 유전자 기준 값은, (a) 암을 앓지 않는 대상체 집단 또는 (b) 암을 앓고 요법이 투여되었으며 요법의 투여 후에 부분 반응(PR) 또는 완전 반응(CR)을 계속 나타내는 대상체 집단에서 하나 이상의 유전자의 평균 수준 또는 양의 25% 이내, 20% 이내, 15% 이내, 10% 이내 또는 5% 이내이다. 일부 구현예에서, 암을 앓는 대상체 집단은, 요법의 투여 후에 최소한 1 개월, 2 개월, 3 개월, 4 개월, 5 개월, 6 개월, 7 개월, 8 개월, 9 개월 이상 PR 또는 CR을 계속 나타냈다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양이, 림프구 고갈 요법이 대상체에 투여되기 전, 선택적으로 림프구 고갈 요법이 대상체에 투여되기 7 일 전, 6 일 전, 5 일 전, 4 일 전, 3 일 전, 2 일 전, 1 일 전, 16 시간 전, 12 시간 전, 6 시간 전, 2 시간 전 또는 1 시간 전 이내에 생물학적 샘플에서 평가된다.
세포 독성 요법에 대해 암을 앓는 대상체의 반응성을 결정하는 방법이 여기 제공되고, 상기 방법은, (a) 암을 앓는 대상체 유래 생물학적 샘플 내 하나 이상의 친생존 유전자의 발현 수준 또는 양을 평가하는 단계 - 여기서: (i) 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양이 하나 이상의 친생존 유전자에 의해 암호화된 단백질 및/또는 폴리뉴클레오티드의 수준 또는 양이고; (ii) 생물학적 샘플은, 세포 독성 요법이 대상체에 투여되기 전 처음으로 대상체에서 수득되며 - 여기서 상기 세포 독성 요법은 면역 요법 또는 세포 요법이고, 암 세포와 연관된, 암세포에 의해 발현되는 또는 암세포의 상에 존재하는 항원에 결합함 - ; 및 (iii) 대상체는 세포 독성 요법으로 치료를 받음 - ; (b) 대상체에 세포 독성 요법의 투여 후 두번째로 대상체 유래 생물학적 샘플에서 하나 이상의 친생존 유전자의 발현 수준 또는 양을 평가하는 단계 - 여기서: (i) 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양이 하나 이상의 친생존 유전자에 의해 암호화된 단백질 및/또는 폴리뉴클레오티드의 수준 또는 양이고; (ii) 생물학적 샘플은, 세포 독성 요법이 대상체에 투여된 후 두번째로 수득되며; (iii) 대상체에 (b) 단계의 평가 전에 세포 독성 요법을 투여했음 - ; 및 (c) 두번째에 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양이 처음에 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양보다 더 적은 경우 대상체가 요법에 대해 반응성인 것으로 결정하는 단계;를 포함한다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 친생존 유전자는, MYC 패밀리 유전자, p53 및 EZH2(zeste homolog 2)의 인핸서로 구성된 군에서 선택된다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 친생존 유전자는 MYC 패밀리 유전자이다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 친생존 유전자는 p53이다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 친생존 유전자는 EZH2이다.
여기 제공된 임의의 구현예에서, 억제제는, 세포 독성 요법 및 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제를 투여하는 것을 포함하는 여기 제공된 임의의 병용 방법과 부합되게 세포 독성 요법과 조합으로 투여된다.
(1) 암을 앓는 대상체에 세포 독성 요법을 투여하고 - 여기서 상기 세포 독성 요법은 T 세포를 포함하거나 이로 농축된 T 세포 요법이고, 암 세포와 연관된, 암세포에 의해 발현되는 또는 암세포의 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합함 - ; 및 (2) 세포 독성 요법의 투여 개시 전 (약) 1 일 내지 세포 독성 요법의 투여 개시 후 (약) 8 일 사이의 시기에 억제제의 투여 개시를 포함한 투약 방식으로 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제를 대상체에 투여하는 것;을 포함한 암을 치료하는 방법이 또한 여기 제공된다.
암을 치료하는 방법이 여기 또한 제공되고, 상기 방법은 암을 앓는 대상체에 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제를 투여하는 것을 포함하며, 여기서 상기 억제제는 세포 독성 요법의 투여 개시 전 (약) 1 일 내지 세포 독성 요법의 투여 개시 후 (약) 8 일 사이의 시기에 억제제의 투여 개시를 포함한 투약 방식으로 투여되며, 여기서 상기 세포 독성 요법은 T 세포를 포함하거나 이로 농축된 T 세포 요법이고, 암 세포와 연관된, 암세포에 의해 발현되는 또는 암세포의 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합한다.
대상체의 암을 치료하는 방법이 여기 또한 제공되고, 상기 방법은 암을 앓는 대상체에 세포 독성 요법을 투여하는 것을 포함하며, 여기서 상기 세포 독성 요법은 T 세포를 포함하거나 이로 농축된 T 세포 요법이고, 암 세포와 연관된, 암세포에 의해 발현되는 또는 암세포의 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합하며, 여기서 상기 대상체에 세포 독성 요법의 투여 개시 전 (약) 1 일 내지 세포 독성 요법의 투여 개시 후 (약) 8 일 사이의 시기에 억제제의 투여 개시를 포함한 투약 방식으로 일정 기간 동안 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제가 투여되거나 투여될 예정이다.
일부 구현예에서, 억제제의 투약 방식은, 세포 독성 요법의 투여 후 억제제의 투여 개시를 포함한다. 일부 구현예에서, 억제제의 투약 방식은, 세포 독성 요법의 투여 개시 후 7 일 이내에 억제제의 투여 개시를 포함한다. 일부 구현예에서, 억제제의 투약 방식은, 세포 독성 요법의 투여 개시 후 3 일 이내에 억제제의 투여 개시를 포함한다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 개시는 세포 독성 요법의 투여 개시 후 2 일 이내이다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 개시는 세포 독성 요법의 투여 개시 후 1 일 이내이다. 일부 구현예에서, 억제제의 투약 방식은, 세포 요법의 투여 개시 후 세포 요법 세포의 활성화 유도된 세포 사멸(AICD)이 정점 또는 정점 이후에 억제제의 투여 개시를 포함한다. 일부 구현예에서, 투약 방식에서 하나 이상의 용량의 억제제가 세포 독성 요법과 동시에 및/또는 세포 독성 요법과 동일한 날에 투여된다.
일부 구현예에서, 대상체에 세포 독성 요법의 투여 개시 전 7 일 이내에 리툭시맙 및/또는 이브루티닙이 투여되지 않거나 투여하지 않았다.
일부 구현예에서, 세포 독성 요법은 하나 이상의 암 세포의 세포 매개 세포 독성을 초래하거나 초래할 수 있다. 일부 구현예에서, 세포 독성 요법은 하나 이상의 암 세포의 페르포린- 및/또는 그랜자임-매개 세포 자멸사를 매개할 수 있거나 매개한다.
일부 구현예에서, 세포 요법은 대상체 자가 조직인 세포를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 요법은, 종양 침윤성 림프구(TIL) 요법, 전이 유전자 TCR 요법 및 키메라 항원 수용체(CAR) 발현 세포 요법으로 구성된 군에서 선택된다. 일부 구현예에서, 세포 요법은 항원에 특이적으로 결합하는 재조합 수용체를 발현하는 세포의 용량을 포함한다.
일부 구현예에서, 세포 독성 요법의 투여는, (약) 1 x 105 내지 (약) 5 x 108개의 총 재조합 수용체 발현 T 세포 또는 총 T 세포, (약) 1 x 105 내지 (약) 1 x 108개의 총 재조합 수용체 발현 T 세포 또는 총 T 세포, (약) 5 x 105 내지 (약) 1 x 107개의 총 재조합 수용체 발현 T 세포 또는 총 T 세포, 또는 (약) 1 x 106 내지 (약) 1 x 107개의 총 재조합 수용체 발현 T 세포 또는 총 T 세포의 투여(각각의 수치 포함)를 포함한다.
일부 구현예에서, 세포 요법은 CD3+, CD4+, CD8+, 또는 CD4+ 및 CD8+ T 세포를 포함하거나 이로 농축된다. 일부 구현예에서, 세포 요법은 CD4+ 및 CD8+ T 세포를 포함하거나 이로 농축된다. 일부 구현예에서, 세포 요법의 CD4+ 및 CD8+ T 세포는, (약) 1:1 또는 약 1:3 내지 약 3:1인 CD4+ 재조합 수용체 발현 T 세포 대 CD8+ 재조합 수용체 발현 T 세포의 정해진 비율을 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 요법은 CD4+ 및 CD8+ T 세포의 투여를 포함하고, 각 용량의 T 세포는 항원에 특이적으로 결합하는 재조합 수용체를 포함하며, 여기서 상기 투여는 복수의 별개의 조성물을 투여하는 것을 포함하며, 상기 복수의 별개의 조성물은 CD8+ T 세포를 포함하거나 이로 농축된 제1 조성물 및 CD4+ T 세포를 포함하거나 이로 농축된 제2 조성물을 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 및 제2 조성물 중 하나에 있는 재조합 수용체를 포함하는 CD4+ T 세포 및 제1 및 제2 조성물 중 나머지 다른 하나에 있는 재조합 수용체를 포함하는 CD8+ T 세포는, (약) 1:1 또는 약 1:3 내지 약 3:1의 정해진 비율로 존재한다. 일부 구현예에서, 제1 및 제2 조성물로 투여된 재조합 수용체를 포함하는 CD4+ T 세포 및 재조합 수용체를 포함하는 CD8+ T 세포는 정해진 비율로 존재하고, 이의 비율은 (약) 1:1 또는 약 1:3 내지 약 3:1이다. 일부 구현예에서, 재조합 수용체는 CAR이다.
일부 구현예에서, 재조합 수용체는 T 세포 수용체(TCR) 또는 기능성 비-T 세포 수용체이다. 일부 구현예에서, 재조합 수용체는 키메라 항원 수용체(CAR)이다.
일부 구현예에서, 세포 요법은, (약) 1 x 105 내지 5 x 108 개의 총 CAR 발현 T 세포, 1 x 106 내지 2.5 x 108 개의 총 CAR 발현 T 세포, 5 x 106 내지 1 x 108 개의 총 CAR 발현 T 세포, 1 x 107 내지 2.5 x 108 개의 총 CAR 발현 T 세포, 5 x 107 내지 1 x 108 개의 총 CAR 발현 T 세포의 투여(각각의 수치 포함)를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 요법은, (약) 1 x 108 개의 CAR 발현 세포의 투여를 포함한다.
일부 구현예에서, 항원은 종양 항원이다. 일부 구현예에서, 항원은, αvβ6 인테그린(avb6 인테그린), B세포 성숙 항원(BCMA), B7-H3, B7-H6, 탄산 탈수 효소 9(CA9, 또한 CAIX 또는 G250으로 공지), 암 고환 항원, 암/고환 항원 1B(CTAG, 또한 NY-ESO-1 및 LAGE-2로 공지), 암배아 항원(CEA), 사이클린, 사이클린 A2, C-C 모티프 케모카인 리간드 1(CCL-1), CD19, CD20, CD22, CD23, CD24, CD30, CD33, CD38, CD44, CD44v6, CD44v7/8, CD123, CD133, CD138, CD171, 콘드로이틴 황산염 프로테오글리칸 4(CSPG4), 표피 성장 인자 단백질(EGFR), 유형 III 표피 성장 인자 수용체 돌연변이(EGFR vIII), 표피 당단백질 2(EPG-2), 표피 당단백질 40(EPG-40), 에프린B2, 에프린 수용체 A2(EPHa2), 에스트로겐 수용체, Fc 수용체 유사 5(FCRL5; 또한 FC 수용체 상동물 5 또는 FCRH5로 공지), 태아 아세틸콜린 수용체(태아 AchR), 엽산 결합 단백질(FBP), 엽산 수용체 알파, 강글리오사이드 GD2, O-아세틸화 GD2(OGD2), 강글리오사이드 GD3, 당단백질 100(gp100), 글리피칸-3(GPC3), G 단백질 결합 수용체 5D(GPRC5D), Her2/neu(수용체 티로신 키나제 erb-B2), Her3(erb-B3), Her4(erb-B4), erbB 2량체, 인간 고분자량 흑색종 관련 항원(HMW-MAA), B형 간염 표면 항원, 인간 백혈구 항원 A1(HLA-A1), 인간 백혈구 항원 A2(HLA-A2), IL-22 수용체 알파(IL-22Rα), IL-13 수용체 알파 2(IL-13Rα2), 키나제 삽입 도메인 수용체(kdr), 카파 경쇄, L1 세포 부착 분자(L1-CAM), L1-CAM의 CE7 에피토프, 8 패밀리 멤버 A를 함유하는 루신 리치 반복(LRRC8A), 루이스 Y, 흑색종 관련 항원(MAGE)-A1, MAGE-A3, MAGE-A6, MAGE-A10, 메소텔린(MSLN), c-Met, 뮤린 시토메갈로 바이러스(CMV), 뮤신 1(MUC1), MUC16, 천연 킬러 2 군 D 멤버(NKG2D) 리간드, 멜란 A(MART-1), 신경 세포 부착 분자(NCAM), 종양태아성 항원, 흑색종 우선 발현 항원(PRAME), 프로게스트론 수용체, 전립선 특이적 항원, 전립선 줄기 세포 항원(PSCA), 전립선 특이적 막 항원(PSMA), 수용체 티로신 키나제 유사 고아 수용체 1(ROR1), 서바이빈(survivin), 영양막 당단백질(TPBG, 또한 5T4로 공지), 종양 관련 당단백질 72(TAG72), 티로시나제 관련 단백질 1(TRP1, 또한 TYRP1 또는 gp75로 공지), 티로시나제 관련 단백질 2(TRP2, 또한 도파크롬 타우토머라제, 도파크롬 델타 이성화 효소 또는 DCT로 공지), 혈관 내피 성장 인자 수용체(VEGFR), 혈관 내피 성장 인자 수용체 2(VEGFR2), 빌름스 종양 1(WT-1) 중에서 선택된다. 일부 구현예에서, 항원은 B 세포 악성 종양과 연관된다. 일부 구현예에서, 항원은 인간 B 세포 상에서 발현된다. 일부 구현예에서, 항원은 CD20, CD19, CD22, ROR1, CD45, CD21, CD5, CD33, Ig카파, Ig람다, CD79a, CD79b 또는 CD30이다. 일부 구현예에서, 항원은 CD19이다.
일부 구현예에서, CAR은 항원에 결합하는 세포 외 항원 결합 도메인, 막관통 도메인 및 CD3-제타(CD3ζ) 사슬의 세포 내 신호 전달 도메인 및 공자극 신호 전달 도메인을 포함하는 세포 내 신호 전달 영역을 포함한다. 일부 구현예에서, 공자극 신호 전달 영역은 4-1BB의 신호 전달 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, 공자극 신호 전달 영역은 CD28의 신호 전달 도메인을 포함한다.
일부 구현예에서, 방법은, 세포 독성 요법의 투여 전에 림프구 고갈 제제 또는 요법을 대상체에 투여하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 림프구 고갈 요법은 세포 독성 요법의 투여 개시 전 2 내지 7 일에 완료된다. 일부 구현예에서, 림프구 고갈 요법은 플루다라빈 및/또는 사이클로포스파미드의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 림프구 고갈 요법은 약 200-400 mg/m2로 사이클로포스파미드의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 림프구 고갈 요법은 (약) 300 mg/m2(수치 포함)의 사이클로포스파미드 및/또는 약 20-40 mg/m2, 선택적으로 30 mg/m2의 플루다라빈을 2-4일 동안 매일 투여하는 것을 포함하거나; 또는 림프구 고갈 요법은 약 500 mg/m2의 사이클로포스파미드 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 플루다라빈이 3 일 동안 투여된다. 일부 구현예에서, 림프구 고갈 요법은 (약) 300 mg/m2의 사이클로포스파미드 및 약 30 mg/m2의 플루다라빈을 3 일 동안 매일 투여하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 림프구 고갈 요법은 (약) 500 mg/m2의 사이클로포스파미드 및 약 30 mg/m2의 플루다라빈을 3 일 동안 매일 투여하는 것을 포함한다.
일부 구현예에서, 억제제의 투약 방식은 하위 치료량의 억제제를 포함한다. 일부 구현예에서, 억제제의 투약 방식은, 세포 독성 요법과 병용 투여 부재 시 단일 요법으로 투여될 경우 대상체의 종양 부담을 감소시키기에 충분하지 않거나 10% 미만으로 종양 부담을 감소시킨다. 일부 구현예에서, 억제제의 투약 방식은, 세포 독성 요법과 병용 투여 부재 시 단일 요법으로 투여될 경우 유사하게 치료된 대상체의 그룹에서 완전하거나 부분적인 반응을 초래하지 않거나 상기 대상체의 10% 이내로 상기 반응을 초래한다.
일부 구현예에서, 억제제의 투약 방식은 매일 1회 투약을 포함한다. 일부 구현예에서, 매일 1회 용량은 (약) 20 mg 내지 (약) 400 mg(수치 포함)이다. 일부 구현예에서, 매일 1회 용량은 (약) 20 mg 내지 (약) 200 mg(수치 포함)이다. 일부 구현예에서, 매일 1회 용량은 (약) 50 mg 내지 (약) 100 mg(수치 포함)의 억제제의 양이다. 일부 구현예에서, 매일 1회 용량은 (약) 50 mg이다. 일부 구현예에서, 매일 1회 용량은 (약) 100 mg이다. 일부 구현예에서, 매일 1회 용량은 (약) 200 mg이다. 일부 구현예에서, 매일 1회 용량은 (약) 400 mg이다.
일부 구현예에서, 억제제의 투약 방식 투여 전에, 대상체는 친생존 Bcl-2 패밀리 단백질의 억제제로 사전 치료되었다. 일부 구현예에서, 억제제는 베네토클락스이다. 일부 구현예에서, 억제제로의 사전 치료는, 대상체 유래 자가 조직 세포의 수집과 가교 요법으로 세포 독성 요법의 투여 전 대상체에 림프구 고갈 요법을 투여하기 전 사이의 시기에 투여된다. 일부 구현예에서, 수집은 성분 채집술 또는 백혈구 성분 채집술에 의한다. 일부 구현예에서, 억제제의 사전 치료는 용량 증량 일정으로 투여되고, 여기서 상기 용량 증량 일정은 증가하는 용량의 억제제의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 억제제는, 매일 100 mg의 최대 용량에 도달할 때까지 증가하는 용량으로 대상체에 투여된다. 일부 구현예에서, 증가하는 용량은 하루에 약 20 mg의 제1 용량, 하루에 약 50 mg의 제2 용량 및 하루에 약 100 mg의 제3 용량을 포함한다. 일부 구현예에서, 각각의 점증 용량은 1 주일 동안 매일 1 회 투여되고/거나, 마지막 점증 용량은 가교 요법의 종료까지 또는 1 주일 동안 매일 1 회 투여된다. 일부 구현예에서, 억제제로의 사전 치료는 림프구 고갈 요법의 투여 전 1 일 이상에 중단된다.
일부 구현예에서, 억제제로의 사전 치료는: 림프구 고갈 요법의 투여 전 (약) 3 일 이상 동안 또는 (약) 4 일 이상 동안; 대상체의 혈류 내 억제제의 농도가 약 3 반감기 또는 약 4 반감기로 감소될 때까지 최소한의 시간 동안; 또는 억제제가 대상체의 혈류에서 제거될 때까지 최소한의 시간 동안; 중단된다.
일부 구현예에서, 억제제는, BCL2, BCLXL, BCLW, BCLB, MCL1 및 이의 조합물들로 구성된 군 중에서 선택된 하나 이상의 친생존 BCL2 패밀리 단백질을 억제한다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 친생존 BCL2 패밀리 단백질은 BCL2, BCLXL, 및/또는 BCLW이다. 일부 구현예에서, 억제제는 베네토클락스, 나비토클락스, ABT737, 마리토클락스, 오바토클락스 및 클리토신으로 구성된 군 중에서 선택된다. 일부 구현예에서, 억제제는 베네토클락스이다.
일부 구현예에서, 암은 혈액암이다. 일부 구현예에서, 암은 B 세포 악성 종양이다. 일부 구현예에서, 암은 골수종, 백혈병 또는 림프종이다. 일부 구현예에서, 암은 급성 림프아구성 백혈병(ALL), 성인 ALL, 만성 림프아구성 백혈병(CLL), 작은 림프구성 림프종(SLL), 비호지킨 림프종(NHL), 거대 B 세포 림프종이다. 일부 구현예에서, 암은 만성 림프구성 백혈병(CLL)이다. 일부 구현예에서, 암은 작은 림프구성 림프종(SLL)이다. 일부 구현예에서, 암은 비호지킨 림프종(NHL)이다. 일부 구현예에서, NHL은 미만성 거대 B 세포 림프종이다.
일부 구현예에서, 대상체는 암을 치료하기 위한 하나 이상의 선행 요법을 이용한 치료로 치료 후 완화 후에 재발했거나, 이에 대해 난치성이 되었거나, 이에 대해 실패했고/거나 이에 대한 과민증이 있었다. 일부 구현예에서, 암은, 억제제에 의해 표적화되는 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 과발현을 나타낸다.
일부 구현예에서, 억제제의 투약 방식은, 세포 독성 요법의 투여 개시 후 3 개월 이상의 기간 동안 매일 1회 억제제의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 방법은, 기간의 종료 시에 대상체가 임상적 완화를 나타내지 않을 경우, 예컨대 대상체가 부분 반응(PR) 또는 안정적인 질병(SD)을 나타내거나 또는 10-4 이상의 최소 잔류 질병(MRD)을 나타낼 경우 억제제의 투약 방식의 지속적인 투여를 더 포함한다. 일부 구현예에서, 투약 방식 중 억제제의 투여는, 대상체가 임상적 완화를 나타낼 경우 기간의 종료 시에 중단된다. 일부 구현예에서, 기간은 3 개월이다.
일부 구현예에서, 방법은, 억제제의 투여를 수반하지 않는 방법과 비교하여 세포 독성 요법의 세포 독성 활성을 증가시킨다. 일부 구현예에서, 방법은 세포 용해 사멸을 증가시킨다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여를 수반하지 않는 방법과 비교하여 페르포린- 및/또는 그랜자임-매개 세포 자멸사를 통해 하나 이상의 암세포의 세포 용해 사멸이 증가된다.
일부 구현예에서, 방법에 따라 치료된 대상체 중 35% 이상, 40% 이상 또는 50% 이상이, 6개월 또는 6 개월 초과 또는 9 개월 또는 9 개월 초과 동안 지속적이거나 또는 CR을 달성한 대상체 중 60, 70, 80, 90, 또는 95 % 이상에서 지속적인 완전 반응(CR)을 달성한다. 일부 구현예에서, 6 개월까지 CR을 달성한 대상체 중 60, 70, 80, 90, 또는 95 % 이상이 3 개월 또는 3 개월 초과 및/또는 6개월 또는 6 개월 초과 및/또는 9 개월 또는 9 개월 초과 동안 반응에 머무르거나, CR에 머무르고/거나 생존하거나 진행없이 생존한다. 일부 구현예에서, 방법에 따라 치료된 대상체 중 50% 이상, 60% 이상 또는 70% 이상이 객관적인 반응(OR)을 달성한다. 일부 구현예에서, OR이, 6개월 또는 6 개월 초과 또는 9 개월 또는 9 개월 초과 동안 지속적이거나 또는 OR을 달성한 대상체 중 60, 70, 80, 90, 또는 95 % 이상에서 지속적이다. 일부 구현예에서, 6 개월까지 OR을 달성한 대상체 중 60, 70, 80, 90, 또는 95 % 이상이 3 개월 또는 3 개월 초과 및/또는 6개월 또는 6 개월 초과 동안 반응에 머무르거나 생존을 유지한다.
일부 구현예에서, 대상체는 인간이다.
(a) 암을 앓거나 앓는 것으로 의심되는 대상체 유래 생물학적 샘플 내 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양을 평가하는 단계 - 여기서 상기 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양은 하나 이상의 친생존 유전자에 의해 암호화된 단백질 또는 폴리뉴클레오티드의 수준 또는 양임 - ; (b) 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양이 유전자 기준 값 이하인 경우 세포 독성 요법으로 치료를 위해 대상체를 선택하는 단계 - 여기서 상기 세포 독성 요법은 T 세포를 포함하거나 이로 농축된 T 세포 요법이고, 암 세포와 연관된, 이에 의해 발현된 또는 이의 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합함 - ; 및 (c) 세포 독성 요법을 선택된 환자에 투여하는 단계;를 포함하는 세포 독성 요법으로 치료하는 방법이 여기 제공된다.
일부 구현예에서, 친생존 유전자의 억제제가, 세포 독성 요법의 투여 개시 또는 후에 대상체에 투여되지 않는다. 일부 구현예에서, 억제제가, 세포 독성 요법의 투여 후 7 일, 14 일 또는 28 일 이내에 투여되지 않는다.
(a) 암을 앓거나 앓을 것으로 의심되늰 대상체 유래 생물학적 샘플 내 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양을 평가하는 단계 - 여기서 상기 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양이 하나 이상의 친생존 유전자에 의해 암호화된 단백질 또는 폴리뉴클레오티드의 수준 또는 양이고, 여기서 상기 대상체가, T 세포를 포함하거나 이로 농축된 T 세포 요법이고, 암 세포와 연관된, 암세포에 의해 발현되는 또는 암세포의 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합하는 세포 독성 요법의 투여를 받을 예정이며, 여기서 상기 생물학적 샘플이 세포 독성 요법의 투여 전에 대상체에서 수득됨 - ; 및 (b) 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양이 유전자 기준 값 이상인 경우 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제로 치료하기 위해 대상체를 선택하는 단계;를 포함하는 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제를 투여하기 위해 암을 앓는 대상체를 선택하는 방법이 여기 제공된다.
일부 구현예에서, 방법은 세포 독성 요법과 병용으로 억제제를 선택된 대상체에 투여하는 것을 더 포함한다.
(a) 대상체 유래 생물학적 샘플 내 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양을 평가하는 단계 - 여기서 상기 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양이 하나 이상의 친생존 유전자에 의해 암호화된 단백질 및 폴리뉴클레오티드의 수준 또는 양이고, 여기서 상기 대상체는 세포 독성 요법 용량의 투여를 위한 후보이며, 여기서 상기 세포 독성 요법은 T 세포를 포함하거나 이로 농축된 T 세포 요법이고, 암 세포와 연관된, 암세포에 의해 발현되는 또는 암세포의 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합하며, 여기서 상기 생물학적 샘플이 세포 독성 요법의 투여 전에 대상체에서 수득됨 - ; 및 (b) 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양이 유전자 기준 값 이상인 경우 세포 독성 요법으로의 치료에 대해 내성이 있을 것으로 예상되는 암을 앓는 것으로 대상체를 확인하는 단계;를 포함하는 세포 독성 요법으로의 치료에 대해 내성이 있을 것으로 예상되는 암을 앓는 대상체를 확인하는 방법이 여기 제공된다.
일부 구현예에서, 대상체가 세포 독성 요법으로의 치료에 대해 내성이 있을 것으로 예상되는 암을 앓는 것으로 확인되고, 확인된 대상체에 대해 대안적인 치료를 투여하는 것을 더 포함하며, 여기서 상기 대안적인 치료는: 세포 독성 요법 및 세포 독성 요법의 활성을 조절 또는 증가시키는 추가 제제를 포함하는 병용 치료; 세포 독성 요법의 증가된 용량; 및/또는 화학 치료제; 중에서 선택된다. 일부 구현예에서, 대안적인 치료는 세포 독성 요법 및 T 세포 요법의 활성을 조절 또는 증가시키는 추가 제제를 포함하는 병용 치료이다. 일부 구현예에서, 추가 제제는, 면역 체크포인트 억제제, 대사 경로의 조절제, 아데노신 수용체 길항제, 키나제 억제제, 항-TGFβ 항체 또는 항-TGFβR 항체, 사이토카인 또는 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제이다. 일부 구현예에서, 대안적인 치료는 세포 독성 요법 및 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제를 포함하는 병용 치료이다. 일부 구현예에서, 방법은 세포 독성 요법과 병용으로 억제제를 선택된 대상체에 투여하는 것을 더 포함한다.
일부 구현예에서, 유전자 기준 값은, (a) 암을 앓지 않는 대상체 집단 또는 (b) 암을 앓고 요법이 투여되었으며 요법의 투여 후에 부분 반응(PR) 또는 완전 반응(CR)을 계속 나타내는 대상체 집단에서 하나 이상의 친생존 유전자의 평균 수준 또는 양의 25% 이내, 20% 이내, 15% 이내, 10% 이내 또는 5% 이내이다.
일부 구현예에서, 암을 앓는 대상체 집단은, 세포 독성 요법의 투여 후에 최소한 1 개월, 2 개월, 3 개월, 4 개월, 5 개월, 6 개월, 7 개월, 8 개월, 9 개월 이상 PR 또는 CR을 계속 나타냈다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양이, 림프구 고갈 요법이 대상체에 투여되기 전, 선택적으로 림프구 고갈 요법이 대상체에 투여되기 7 일 전, 6 일 전, 5 일 전, 4 일 전, 3 일 전, 2 일 전, 1 일 전, 16 시간 전, 12 시간 전, 6 시간 전, 2 시간 전 또는 1 시간 전 이내에 생물학적 샘플에서 평가된다.
세포 독성 요법에 대해 암을 앓는 대상체의 반응성을 결정하는 방법이 여기 제공되고, 여기서 상기 세포 독성 요법은 T 세포를 포함하거나 이로 농축된 T 세포 요법이고, 암 세포와 연관된, 암세포에 의해 발현되는 또는 암세포의 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합하며, 상기 방법은: (a) 대상체 유래 생물학적 샘플 내 하나 이상의 친생존 유전자의 발현 수준 또는 양을 평가하는 단계 - 여기서 상기 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양이 하나 이상의 친생존 유전자에 의해 암호화된 단백질 또는 폴리뉴클레오티드의 수준 또는 양이고, 상기 생물학적 샘플은, 세포 독성 요법이 대상체에 투여되기 전 처음으로 대상체에서 수득되며, 상기 대상체는 세포 독성 요법으로 치료를 받을 예정임 - ; (b) 대상체에 세포 독성 요법의 투여 후 두번째로 대상체 유래 생물학적 샘플에서 하나 이상의 친생존 유전자의 발현 수준 또는 양을 평가하는 단계 - 여기서 상기 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양이 하나 이상의 친생존 유전자에 의해 암호화된 단백질 및/또는 폴리뉴클레오티드의 수준 또는 양이고, 상기 생물학적 샘플은, 세포 독성 요법이 대상체에 투여된 후 두번째로 수득되며, 상기 대상체에 (b) 단계의 평가 전에 세포 독성 요법이 투여되었음 - ; 및 (c) 두번째 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양이 처음 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양보다 더 적은 경우 대상체가 요법에 대해 반응성인 것으로 결정하는 단계;를 포함한다.
일부 구현예에서, 방법은 (b) 단계 평가 전에 세포 독성 요법을 대상체에 투여하는 것을 더 포함한다. 일부 구현예에서, 생물학적 샘플은 림프구 고갈 요법이 대상체에 투여되기 전 시기에 대상체에서 수득된다. 일부 구현예에서, 생물학적 샘플은, 림프구 고갈 요법이 대상체에 투여되기 7 일 전, 6 일 전, 5 일 전, 4 일 전, 3 일 전, 2 일 전, 1 일 전, 16 시간 전, 12 시간 전, 6 시간 전, 2 시간 전 또는 1 시간 전 이내에 수득된다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 친생존 유전자가 myc 패밀리 유전자, p53 및 EZH2(zeste homolog 2)의 인핸서 중에서 선택된다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 친생존 유전자는 myc 패밀리 유전자이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, myc 패밀리 유전자는 c-myc, l-myc, 및 n-myc 중 하나 이상을 포함한다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 친생존 유전자는 p53이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 친생존 유전자는 EZH2이거나 이를 포함한다.
일부 구현예에서, 세포 독성 요법은 대상체에 대해 자가 조직인 세포를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 독성 요법은, 종양 침윤성 림프구(TIL) 요법, 전이 유전자 TCR 요법 및 키메라 항원 수용체(CAR) 발현 세포 요법으로 구성된 군에서 선택된다. 일부 구현예에서, 세포 독성 요법은 항원에 특이적으로 결합하는 재조합 수용체를 발현하는 세포의 용량을 포함한다.
일부 구현예에서, 세포 독성 요법은 CD3+, CD4+, CD8+, 또는 CD4+ 및 CD8+ T 세포를 포함하거나 이로 농축된다. 일부 구현예에서, 세포 독성 요법은 CD4+ 및 CD8+ T 세포를 포함하거나 이로 농축된다. 일부 구현예에서, 세포 독성 요법의 CD4+ 및 CD8+ T 세포는, (약) 1:1 또는 약 1:3 내지 약 3:1인, CD4+ 재조합 수용체 발현 T 세포 대 CD8+ CAR-발현 T 세포 및/또는 CD4+ 재조합 발현 T 세포 대 CD8+ CAR-발현 T 세포의 정의된 비율을 포함한다.
일부 구현예에서, 재조합 수용체는 T 세포 수용체(TCR) 또는 기능성 비-T 세포 수용체이다. 일부 구현예에서, 재조합 수용체는 키메라 항원 수용체(CAR)이다. 일부 구현예에서, CAR은 항원에 결합하는 세포 외 항원 결합 도메인, 막관통 도메인 및 CD3-제타(CD3ζ) 사슬의 세포 내 신호 전달 도메인 및 공자극 신호 전달 도메인을 포함하는 세포 내 신호 전달 영역을 포함한다. 일부 구현예에서, 공자극 신호 전달 영역은 4-1BB의 신호 전달 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, 공자극 영역은 CD28의 신호 전달 도메인을 포함한다.
일부 구현예에서, 억제제는 임의의 제공된 방법과 부합되게 세포 독성 요법과 병용으로 투여된다.
일부 구현예에서, 친생존 유전자의 억제제는 BCL2 패밀리 단백질 억제제이고, 여기서 상기 억제제는 BCL2, BCLXL, BCLW, BCLB, MCL1 및 이의 조합물들로 구성된 군 중에서 선택된 하나 이상의 친생존 BCL2 패밀리 단백질을 억제한다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 친생존 BCL2 패밀리 단백질은 BCL2, BCLXL, 및/또는 BCLW이다.
일부 구현예에서, 억제제는 베네토클락스, 나비토클락스, ABT737, 마리토클락스, 오바토클락스 및 클리토신으로 구성된 군 중에서 선택된다. 일부 구현예에서, 억제제는 베네토클락스이다.
일부 구현예에서, 암은 혈액암이다. 일부 구현예에서, 암은 B 세포 악성 종양이다. 일부 구현예에서, 암은 골수종, 백혈병 또는 림프종이다. 일부 구현예에서, 암은 급성 림프아구성 백혈병(ALL), 성인 ALL, 만성 림프아구성 백혈병(CLL), 작은 림프구성 림프종(SLL), 비호지킨 림프종(NHL), 거대 B 세포 림프종이다. 일부 구현예에서, 암은 만성 림프구성 백혈병(CLL)이다. 일부 구현예에서, 암은 작은 림프구성 림프종(SLL)이다. 일부 구현예에서, 암은 비호지킨 림프종(NHL)이다. 일부 구현예에서, NHL은 미만성 거대 B 세포 림프종(DLBCL)이다. 일부 구현예에서, 대상체는 암을 치료하기 위한 하나 이상의 선행 요법을 이용한 치료로 치료 후 완화 후에 재발했거나, 이에 대해 난치성이 되었거나, 이에 대해 실패했고/거나 이에 대한 과민증이 있었다. 일부 구현예에서, 생물학적 샘플은 종양 생검이다. 일부 구현예에서, 샘플은 림프절 생검이다. 일부 구현예에서, 대상체는 인간이다.
도 1a는, 증가하는 비율의 이펙터 세포 대 표적 세포(E:T)로 항-CD19 CAR T 세포와 공배양된 인간 CD19 발현 림프종 및 백혈병 표적 세포주의 세포 생존 능력을 도시한다.
도 1b는, 0.25:1, 0.5:1 및 1:1의 E:T 비율로 CD19 표적화 CAR T 세포와 공배양된 시간의 흐름에 따른 비호지킨 림프종(NHL) RL 세포주에서 생성된 회전 타원체의 크기를 도시한다.
도 2는, 2.5:1의 E:T 비율로 CD19 표적화 CAR T 세포와 120 시간 동안 공배양된 인간 CD19 발현 백혈병 및 림프종 표적 세포주의 세포 계수에서 배수 변화를 도시한다.
도 3은, 예시적인 BCL2 억제제와 96 시간 동안 처리된 항-CD19 CAR 발현 T 세포의 세포 생존 능력을 도시한다.
도 4a는, 단독으로, 2.5:1의 E:T 비율로 CD19 표적화 CAR T 세포와 함께, 예시적인 BCL2 억제제와 함께 또는 둘 다와 함께 배양된 인간 CD19 발현 림프종 세포주의 세포 계수를 도시한다.
도 4b는, 단독으로, 1:1의 차선의 E:T 비율로 항-CD19 CAR T 세포와 함께, 예시적인 BCL2 억제제와 함께 또는 둘 다와 함께 배양된 CD19 발현 Granta-519 림프종 표적 세포의 세포 계수를 도시한다.
도 5a는, 단독으로, 1:1의 E:T 비율로 CD19 표적화 CAR T 세포와 함께, 예시적인 BCL2 억제제와 함께 또는 둘 다와 함께 배양된 RL 세포의 세포 계수를 도시한다.
도 5b는, 단독으로, 1:1의 E:T 비율로 CD19 표적화 CAR T 세포와 함께, 예시적인 BCL2 억제제와 함께 또는 둘 다와 함께 배양된 RL 회전 타원체의 종양 부피를 도시한다.
도 5c는, 증가하는 농도의 예시적인 BCL2 억제제의 존재 하에 9 일 동안 단독으로 또는 CD19 표적화 CAR T 세포와 함께 배양된 RL 회전 타원체의 종양 부피를 도시한다.
도 6a는, 예시적인 BCL2 억제제의 존재 또는 부재 하에 항-이디오타입 항체 코팅된 비드와 함께 인큐베이션함으로써 이전에 만성 자극된 항-CD19 CAR T 세포와 함께(1:1의 E:T 비율) 또는 단독으로 8 일 동안 배양된 RL 세포의 수를 도시한다.
도 6b는, 예시적인 BCL2 억제제의 존재 또는 부재 하에 항-이디오타입 항체 코팅된 비드와 함께 인큐베이션함으로써 이전에 만성 자극된 항-CD19 CAR T 세포와 함께(1:1의 E:T 비율) 또는 단독으로 8 일 동안 배양된 RL 회전 타원체의 종양 부피를 도시한다.
도 7은, CD19 표적화 CAR T 세포 요법에 대한 임상 시험에 등록된 36 명의 DLBCL 환자 유래 종양 생검의 유전자 발현 데이터를 도시한다. 세포 요법의 투여 후 3 개월에, 30%(11/36)의 대상체가 반응하지 않고 70%(25/36)의 대상체가 반응할 것이라고 가정하여 가상 임계값을 설정했다. 완전 반응(CR), 부분 반응(PR), 진행성 질병(progressive disease, PD) 또는 유효하지 않은 상태(유효하지 않음)로 표시된 실제 반응이 도시된다.
도 8a는, FMO(fluorescence minus one) 대조군과 비교하여 평균 형광 강도(mean fluorescence intensity, MFI)로 나타낸 3명의 건강한 인간 도너에서 생성된 항-CD19 CAR 발현 T 세포 조성물에 의한 BCL2의 발현을 도시한다.
도 8b는, 항-이디오타입 항체 코팅된 비드와 함께 인큐베이션함으로써 만성 자극 및 증가하는 농도의 예시적인 BCL2 억제제에 노출 후 3명의 건강한 인간 도너(각각의 점이 개별 도너를 나타냄)에서 생성된 CD19 CAR T 세포 조성물 중 CAR+카스파제 3+ 세포의 백분율을 도시한다.
도 8c 및 8d는, 항-이디오타입 항체 코팅된 비드와 함께 인큐베이션함으로써 만성 자극 및 예시적인 BCL2 억제제에 노출 후 CD19 표적화 CAR T 세포의 세포 생존 능력 및 증폭 동력학을 각각 도시한다.
도 9는, 단독으로, CD19 표적화 CAR T 세포와 함께, 예시적인 BCL2 억제제와 함께 또는 둘 다와 함께 배양된 JeKo-1 맨틀 세포 림프종(mantle cell lymphoma, MCL) 표적 세포를 도시한다.
도 10은, 5%, 10%, 또는 20% 혈청과의 배양으로 항-CD19 CAR T 세포에 대한 예시적인 BCL2 억제제의 IC50을 도시한다.
도 11a 및 11b는, 0 일부터 21 일까지 예시적인 BCL2 억제제로 매일 처리되고, 7 일에 JeKo-1 MCL 세포가 주사된 NOD scid 감마(NOD scid gamma, NSG) 마우스의 종양 부담 및 체중을 각각 도시한다.
도 12a-12c는, 0 일부터 21 일까지 예시적인 BCL2 억제제로 매일(도 12b), 0 일 및 1 일에 항-CD19 CAR T 세포로(도 12c) 또는 둘 다로(도 12c) 처리되고, 7 일에 JeKo-1 MCL 세포가 주사된 NSG 마우스의 종양 부담(도 12a) 및 생존을 도시한다.
도 13은, 7, 13, 및 19 일에 예시적인 BCL2 억제제의 존재 또는 부재 하에 CD19 표적화 CAR T 세포로 처리되고 JeKo-1 MCL 세포가 주사된 NSG 마우스의 혈액 내 CD4+CAR+ 및 CD8+CAR+ 세포의 수를 도시한다.
도 14a 및 14b는, 공배양 6 일 후에 CD3+CAR+ T 세포 및 RL 표적 세포의 수를 각각 도시한다. 예시적인 BCL2 억제제의 다양한 농도가, 공배양 개시 후 개시 시 또는 24, 48, 또는 72 시간에 공배양물에 제공되었다.
암을 치료하기 위한 면역 요법 또는 세포 요법(예를 들어, T 세포 요법, 예컨대 CAR-T 세포) 및 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제, 예컨대 BCL2 억제제의 투여를 수반하는 암을 앓는 대상체를 치료하기 위한 병용 요법이 여기 제공된다. 일부 구현예에서, 면역 요법 또는 세포 요법은 암 세포와 연관된, 이에 의해 발현된 또는 이의 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합하는 임의의 상기 요법을 포함한다. 특정 구현예에서, 면역 요법 또는 세포 요법은, 예컨대 표적 세포의 세포 자멸사(이후 "세포 독성 요법(cytotoxic therapy)")에 의해 암 세포의 세포 용해 이펙터 매개 사멸을 초래하는 요법이거나 이를 수반한다. 제공된 구현예 중 T 세포 기능 또는 활성을 수반하는 면역 요법, 예컨대 T 세포 관여 요법 또는 T 세포 요법(예를 들어, CAR 발현 T 세포)의 투여 및 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제, 예컨대 BCL2 억제제의 투여를 수반하는 병용 요법이 있다. 일부 구현예에서, 세포 독성 요법은 CAR-T 세포와 같은 T 세포 요법이다. 특정 구현예에서, 제공된 병용 요법 및 방법은 세포 자멸사에 대한 종양 세포와 같은 암 세포의 민감성을 증가시키는 억제제의 활성에 의해 면역 요법 또는 세포 요법에 대한 반응을 개선함으로써 세포를 세포 용해 이펙터 매개 사멸에 더 민감하게 만든다.
요법을 포함하는 조성물 및/또는 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예컨대 BCL2 억제제, 예를 들어, 베네토클락스 또는 나비토클락스를 포함하는 조성물을 함유하는 병용물 및 제조 물품, 예컨대 키트 및 B 세포 악성 종양과 같은 암을 치료 또는 예방하기 위한 상기 조성물 및 병용물의 용도가 또한 제공된다.
T 세포 기반 요법과 같은 세포 요법, 예를 들어 입양 T 세포 요법(다른 입양 면역 세포 요법 및 입양 T 세포 요법뿐만 아니라 키메라 항원 수용체(CAR) 및/또는 다른 재조합 항원 수용체와 같은 관심 암에 특이적인 키메라 수용체를 발현하는 세포의 투여를 수반하는 것을 포함)은 B 세포 악성 종양과 같은 질병 및 장애의 치료에 효과적일 수 있다. T 세포의 표면 상에 키메라 항원 수용체(CAR)와 같은 재조합 수용체의 조작된 발현이 T 세포 특이성의 방향 수정을 가능하게 한다. 임상 연구에서, CAR-T 세포, 예를 들어 항-CD19 CAR-T 세포는 백혈병과 림프종 환자 모두에서 지속적인, 완전한 반응을 생성했다(Porter et al. (2015) Sci Transl Med., 7:303ra139; Kochenderfer (2015) J. Clin. Oncol., 33: 540-9; Lee et al. (2015) Lancet, 385:517-28; Maude et al. (2014) N Engl J Med, 371:1507-17).
특정 맥락에서, 입양 세포 요법에 대한 이용 가능한 접근이 항상 완전히 만족스럽지 않을 수 있다. 일부 맥락에서, 최적의 효능은, 투여된 세포가 표적, 예를 들어 표적 항원을 인식하고 결합하는 능력 및 암 세포의 세포 독성 사멸 및 사이토카인과 같은 다양한 인자의 분비를 포함한 다양한 이펙터 기능을 발휘하는 능력에 따라 달라질 수 있다. 그러나, 일부 경우에, 특정 암 세포가 특정 요법, 예컨대 면역 요법 및 세포 요법에 대해 내성을 나타낸다. 특히 여기 결과가, 특정 암이 CAR T 세포 매개 사멸에 내성이 있는 반면 다른 것은 보다 민감하다는 것을 입증한다.
일부 측면에서, 제공된 방법, 조합 및 용도는, 면역 요법 또는 세포 요법의 투여만을 수반하고 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제(예를 들어, 베네토클락스)와 병용하지 않는 대안적인 방법과 같은 대안적인 방법과 비교하여 개선되거나 보다 지속적인 반응 또는 효능을 제공하거나 달성한다. 일부 구현예에서, 방법은, 면역 요법 또는 세포 요법(예를 들어, CAR-T 세포와 같은 T 세포 요법)의 투여 직전(예를 들어, 7 일 이내) 또는 이와 동시에 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제(예를 들어, 베네토클락스)를 투여함으로써 면역 요법 또는 세포 요법으로의 치료에 종양을 민감하게 하고/거나 이에 대해 종양이 덜 내성을 갖게 만들거나 이에 대해 더 민감하게 만들기 때문에 유리하다. 제공된 방법의 일부 구현예에서, 세포 독성 요법은 세포 요법(예를 들어, CAR-T 세포와 같은 T 세포 요법)이고, 세포 요법으로의 치료에 종양을 민감하게 하고/거나 이에 대해 종양이 덜 내성을 갖게 만들거나 이에 대해 더 민감하게 만드는 유리한 효과가, 세포 요법의 세포에 대한 억제제의 유해한 효과를 최소화하거나 피하도록 세포 요법의 투여 개시 후에도 시간의 창에서 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제(예를 들어, 베네토클락스)의 투여를 개시함으로써 달성될 수 있음이 추가로 발견된다. 특히, 여기 관찰은, 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제(예를 들어, 베네토클락스)가 특히 너무 많은 투여량으로 주어질 경우 세포 요법 세포의 활성화 유도 세포 죽음(AICD)을 악화시킬 수 있음을 입증한다. 그러나, AICD가 정점이거나 정점에 도달했거나 또는 정점에 도달한 후 감소된 이후의 시간까지 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제(예를 들어, 베네토클락스)의 투여를 지연시키면 세포 요법의 세포(예를 들어, CAR-T 세포)에 의한 종양의 T 세포 매개 사멸을 실질적으로 개선, 예를 들어 상승적으로 증가시키면서 세포 요법의 세포에 대한 유해한 효과를 피할 수 있다.
제공된 방법은, CAR T 세포 매개 사멸에 내성인 특정 암이 친생존 종양 억제제 p53 및 친생존 세포 주기 경로에 관여된 다른 유전자의 높은 발현을 나타낸다는 관찰에 근거한다. 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제, 예컨대 BCL2 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 존재가 특히 T 세포 요법(예를 들어, CAR T 세포) 단독에 대한 노출 후 내성을 나타내는 암 중에서 T 세포 요법(예를 들어, CAR T 세포)에 의한 암 세포의 T 세포 매개 사멸이 개선된다는 것이 여기서 발견된다. 상기 결과가, 단독으로 투여될 경우 종양에 어떠한 활성도 나타내지 않는 낮은 용량의 억제제로 관찰되었다. 상기 결과로, 하위 치료 용량을 포함한 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제의 투여가 T 세포 관여자 또는 T 세포 요법과 같은 특정 이펙터 매개 면역 요법에 대한 반응을 개선할 수 있음이 입증된다.
친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제, 예컨대 BCL2 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 존재가, 억제제의 투여 개시가 T 세포 요법(예를 들어, CAR T 세포)의 투여 후 또는 후속적인 경우에서조차 예컨대 T 세포 요법 매개 세포 사멸(예를 들어, CAR T 세포) 단독에 내성을 나타내는 암 중에서 T 세포 요법(예를 들어, CAR T 세포)에 의한 T 세포 매개 사멸에 대해 암 세포의 민감성을 증가시킨다는 것이 추가적으로 여기서 발견된다. 따라서, 일부 경우에, BCL2 억제제, 예를 들어 베네토클락스 및 T 세포 요법(예를 들어, CAR T 세포)의 세포 독성 효과가 상승적이어서 그렇지 않으면 T 세포 요법 단독으로의 치료에 대해 내성인 세포의 세포 사멸을 초래할 수 있다. 일부 경우에, 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여가, 세포 요법의 투여 후 (약) 7 일 이내에 투여될 경우 CAR T 세포 매개 사멸에 대해 그렇지 않으면 내성인 암 세포을 민감하게 할 수 있다. 예를 들어, 실시예 9에서 실증된 바와 같이, 베네토클락스의 부재 하에 종양 세포는 CAR T 세포에 의해 매개된 세포 사멸에 대해 상대적으로 내성이 있었다. 동시 또는 24 시간에 주어진 치료 용량의 베네토클락스는 CAR T 세포 수 및 활성을 감소시켰으나, 종양 세포 및 CAR T 세포의 공배양 개시 후 48 또는 72 시간에 투여된 치료 용량의 베네토클락스는 관찰된 CAR T 세포에 대한 악영향없이 CAR T 세포 매개 사멸에 대해 종양 세포를 민감하게 만들 수 있었다. 상기 결과는, T 세포 요법에 대한 종양의 민감성을 증가시키는 억제제의 능력을 유지하면서 치료 용량이긴 하나 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제, 예를 들어 베네토클락스에 의한 세포 요법 세포에 대한 해로운 영향을 피하거나 최소화할 수 있는 세포 요법(예를 들어, CAR-T 세포)의 개시 후 시간의 창이 존재한다는 것을 의외로 나타냈다. 상기 결과는, 치료 용량을 포함한 T 세포 요법의 투여 후 예컨대 (약) 7 일 이내에 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여가, T 세포에 대한 상당한 해로운 영향을 발휘하지 않고 T 세포 요법에 대한 반응을 개선할 수 있음을 나타낸다.
베네토클락스(ABT-199)는 B 세포 림프종 2(B-cell lymphoma 2, BCL2) 단백질의 활성을 차단하는 작은 분자 단백질(small molecule inhibitor, SMI)이다. 베네토클락스는 만성 림프구성 백혈병(CLL), 작은 림프구성 백혈병(SLL)에의 사용 및 75 세 이상이거나 집중 유도 화학 요법의 사용이 불가능한 동반 질환을 갖는 성인에서 새롭게 진단된 급성 골수성 백혈병(AML)에 대해 아자시티딘, 데시타빈 또는 낮은 용량의 시타라빈과의 병용 사용에 대해 승인된다. 또 다른 친생존 BCL2 억제제인 나비토클락스(ABT-263)는 BCL2, BCLXL(B-cell lymphoma extra-large) 및 BCL2-유사 단백질 2(BCLW) 단백질의 활성을 차단하는 SMI이다. 다른 BCL2 억제제는, ABT-737, AT-101/GDC-0199(Gossypol), 아포고시폴(apogossypol), TW-37, G3139(Genasense), GX15-070(obatoclax), 사부토클락스, HA14-1, 안티마이신 A, BH3I-1, YC137, 마리토클락스, 클리토신, UMI-77, WEHI-539, 및 544563을 포함하나 이에 국한되지 않는다.
BCL2 패밀리의 멤버는 전-세포 자멸사 및 항-세포 자멸사 단백질 둘 다를 포함하고, 이는 세포가 세포 자멸사에 대해 보다 예민하거나 보다 내성을 갖는지를 결정할 수 있는 상기 2 그룹 사이의 신호 전달의 균형이다. 일부 경우에, 하나 이상의 친생존 BCL2 패밀리 단백질(예를 들어 BCL2)의 과발현이 항-세포 자멸사 신호 전달의 증가 및 세포 사멸에 대한 내성을 초래할 수 있다. 예를 들어, 일부 경우에, BCL2의 과발현이 (14;18)(q32;q21) 전위에 의해 야기될 수 있다. 일부 경우에, BCL2의 과발현이 BCL2 단백질을 암호화하는 유전자의 증폭에 의해 야기될 수 있다. 일부 경우에, 세포 사멸에 대한 내성은, 친생존(항-세포 자멸사) BCL2 단백질(예를 들어, BCL2, BCLXL, BCLB, BCLW, BFL1, MCL1)의 신호 전달이 전-세포 자멸사 BCL2 단백질(예를 들어, BAX, BAK, BIG, BIM, NOXA, PUMA)의 신호 전달을 능가할 때, 예컨대 하나 이상의 친생존 BCL2 단백질이 과발현될 때 발생한다. 특정 측면에서, 하나 이상의 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 과발현이 암 세포 생존을 지지 및 증가시킬 수 있다. 일부 측면에서, 증가된 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 발현이 전-세포 자멸사 BCL2 패밀리 단백질을 차단하고, 암 세포의 내인성(미토콘드리아) 세포 자멸사 경로를 억제한다.
제공된 구현예 중, 방법은 암 세포의 사멸을 표적화하거나 이로 지시된 요법, 예를 들어 세포 독성 요법, 예컨대 CAR T 세포 요법, BCL2 패밀리 단백질의 억제제의 병용 용법을 수반한다. 일부 측면에서, 억제제는, 친생존(항세포 자멸사) BCL2 패밀리 단백질, 예컨대 BCL2, BCLXL(B-cell lymphoma extra-large), BCL2 관련 단백질 A1(BFL1), BCL2 유사 단백질 2(BCLW), BCL2 유사 단백질 10(BCLB), 유도된 골수성 백혈병 세포 분화 단백질(MCL1) 또는 이의 조합물인 BCL2 패밀리 단백질의 활성을 억제한다. 일부 측면에서, 암은 친생존 BCL2 패밀리 단백질이 과발현된 것이다. 일부 측면에서, 억제제는, 전세포자멸사 BCL2 패밀리 단백질, 예컨대 BCL2 연관된 X(BAX), BCL2 길항제/킬러 1(BAK), DIVA, BCLXS, BCL2 상호 작용 킬러(BIK), BCL2 유사 단백질 11(BIM), 세포 죽음의 BCL2 연관된 작용제(BAD) 또는 이의 조합물인 BCL2 패밀리 단백질의 활성을 억제 또는 감소시키지 않는다. 일부 측면에서, 암은 전세포자멸사 BCL2 패밀리 단백질이 과소발현되거나 이의 활성이 억제된 암이다.
일부 측면에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 과발현이, 방광암, 뇌암, 유방암, 자궁 경부암, 결장직장암, 내막암, 두경부암, 폐암, 난소암, 췌장암, 신장암, 피부암 및 혈액암, 예컨대 백혈병 및 림프종을 포함한 다수의 암에 연루된다(예를 들어, 국제 출원 WO 2005/049593; WO2005/024636 참조). 일부 경우에, 하나 이상의 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 과발현 또는 이상 발현이, 백혈병, 림프종 및 고형 종양의 기저 메커니즘이고, 과발현이 전세포자멸사 신호 전달을 약화시켜 암 세포의 생존을 촉진한다(예를 들어, 문헌[Campbell, K.J. and Tait, S.W.G. (2018) Open Biol., 8:180002] 참조). 많은 경우, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예컨대 BCL2 억제제, 예를 들어, 베네토클락스를 이용하는 기존 방법은 다양한 암을 치료하기 위한 치료제로서 억제제의 사용을 수반한다. 예를 들어, 베네토클락스는, 용량 증량 기간 후 및 수 개월 내지 수 년까지 연장될 수 있는 시간 동안 하루에 400 내지 800 밀리그램의 용량으로 B 세포 림프종과 같은 특정 암의 치료를 위해 표시된다.
그러나, 보고에 따르면 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 특정 억제제가 T 세포에 대한 직접적인 세포 독성을 포함한 유해한 영향을 미칠 수 있다(Karlsson et al. (2013) Cancer Gene Ther., 20:386-93). 추가로 BCL2는 T 세포의 생존에 관여하고 이를 조절하는 것으로 알려져 있다(Wilson et al. (2010) Lancet Oncol., 11:70261-8). T 세포에 대한 BCL2, BCLXL 및 BCLW의 억제제인 나비토클락스의 효과를 조사한 연구에서 나비토클락스에 대한 노출이 마우스의 말초 혈액에서 CD3+CD4+ 및 CD3+CD8+ T 세포의 상대적 및 절대적인 감소를 유도하는 것으로 나타났다(Cippa et al., (2012) Cell Death and Disease, 3:e299). 나비토클락스(NCT00406809)의 임상 1상 시험에서, 시험 중 환자들이, 약물 노출 후 평균 89일에 발생한 환자의 최종 방문 시점에 유지된 200 밀리그램/일 이상의 용량으로 나비토클락스에 대한 약물 노출 14일 후, T 세포의 상대적으로 빠른 및 실질적인 감소(평균 241 CD3+ 세포/μL의 감소)를 나타낸 것으로 보고되었다(Wilson et al. (2010) Lancet Oncol., 11:70261-8).
상기 보고는, T 세포 요법 및 BCL2 패밀리 억제제의 병용이 특히 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제의 치료 용량에서 실행 가능한 치료 전략이 아닐 수 있음을 나타낸다. 특히, 상기 관찰은, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제 및 CAR T 세포 요법의 병용이 CAR T 세포의 손실을 초래함을 나타낸다. 생체 내에서 CAR T 세포의 증식 및 지속성이 T 세포 요법 분야에서 계속되는 도전을 나타내기 때문에, 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제와 같은 T 세포에 대한 세포 독성인 제제의 추가가, CAR 발현 T 세포의 증식 및 지속성을 감소시킴으로써 CAR T 세포 요법의 효능을 감소시킴으로 선호되지 않는다.
또한, CAR 발현 T 세포 요법은 활성화 유도 세포 죽음(AICD)을 겪을 수 있다. 특히, 보고에 따르면 CAR T 세포는, 예컨대 과도한 T 세포 자극 시 Fas, FasL, DR5 및 TRAIL의 발현의 상향 조절되는 경향이 있어 프로그램된 세포 사멸을 초래할 수 있다(Tschumi et al., J. Immunother. Cancer (2018) 71:6). 상기 목적을 위해, 항-세포자멸사 신호 전달을 차단하는 BCL2 억제제(예를 들어, 베네토클락스)와의 병용 치료가 CAR T 세포에서 관찰된 프로그램된 세포 사멸을 악화시킬 수 있다. 그럼에도 불구하고, 여기의 관찰은, CAR-T 세포 요법과 같은 T 세포 요법을 포함하는 요법, 예를 들어 세포 독성 요법의 병용이, CAR T 세포에 유해한 효과를 발휘할 수 있는 억제제의 치료 용량에서도 유리함을 나타낸다. CAR T 세포의 활성화 유도 세포 죽음이 정점에 이른 시점(예를 들어, CAR T 세포의 투여 후 2-7일)에 억제제(예를 들어, 베네토클락스)를 투여하는 경우, CAR T 세포에 대한 유해한 영향이 관찰되지 않았을 뿐만 아니라, CAR T 세포는 강력한 항종양 효과를 입증했다(실시예 9 참조). 일부 측면에서, 방법은, T 세포 요법의 투여 후 (예를 들어, T 세포 요법의 투여 후 약 7 일 또는 약 7 일 이내에) 치료 용량으로 예컨대, 억제제가 T 세포 생존 능력을 포함하여 T 세포에 해로운 영향을 발휘할 것으로 예상되는 용량으로 BCL2 억제제를 투여함으로써 유리하다. 일부 측면에서, 제공된 방법 및 용도는 특정 대안적 방법과 비교하여 개선되거나 보다 지속되는 반응 또는 효능을 제공하거나 달성한다.
또한, 여기의 관찰은, CAR-T 세포 요법과 같은 T 세포 요법을 포함한 요법, 예를 들어 세포 독성 요법의 병용이, 억제제의 하위 치료 용량 또는 보다 낮은 용량에서도 유리함을 나타낸다. 여기의 결과는, 억제제의 특정 용량이 T 세포의 생존 능력에 영향을 미치지 않음을 또한 나타낸다. 일부 측면에서, 방법은 BCL2 억제제를 하위 치료 용량으로, 예컨대 억제제 단독으로는 대상체의 종양 부담을 감소시킬 것으로 예상되지 않거나 감소시키지 않는 용량으로 투여함으로써 유리하다. 일부 측면에서, 제공된 방법 및 용도는 특정 대안적 방법과 비교하여 개선되거나 보다 지속되는 반응 또는 효능을 제공하거나 달성한다. 일부 측면에서, 제공된 방법은, 예컨대 T 세포 관여 요법 또는 T 세포 요법(예를 들어, CAR-발현 T 세포)의 투여와 연관된 암세포에 대한 T 세포 암의 하나 이상의 세포에 대한, 예컨대 페르포린- 및/또는 그랜자임-매개 세포 자멸사를 통해 세포 독성 활성을 향상시키거나 조절한다. 일부 구현예에서, 여기의 관찰은, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예컨대 BCL2 억제제, 예를 들어 베네토클락스가 치료 용량 및/또는 하위 치료 용량에서 CAR T 세포 매개 세포 독성 활성을 개선할 수 있음을 나타낸다. 제공된 발견은, T 세포를 수반하는, 예컨대 입양 T 세포 요법의 투여를 수반하는 방법에서 억제제의 병용 요법이 T 세포 요법의 개선된 기능을 달성한다는 것을 나타낸다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 BCL2 억제제 및/또는 MCL1 억제제와 세포 요법(예를 들어, 조작된 T 세포의 투여)의 병용이, 세포 독성 및/또는 치료적 결과, 예를 들어 종양 부담 또는 다른 질병 또는 표적 세포를 사멸 또는 감소시키는 능력과 같은 T 세포 요법의 하나 이상의 기능 및/또는 효과를 개선 또는 향상시킨다.
일부 측면에서, 종양 또는 질병 또는 표적 세포 자체가 요법, 예를 들어 세포 독성 요법, 예컨대 T 세포 관여 요법 또는 T 세포 요법(예를 들어, CAR T 세포)을 포함한 면역 요법에 대해, 또는 각각이 단독으로 투여되는 경우 억제제의 용량에 대해 둔감하고, 내성이 있고/거나 그렇지 않으면 충분히 반응적이지 않음에도 불구하고 상기 효과가 관찰된다. 일부 구현예에서, 암은, 암의 사멸로 지시되거나 이를 표적화하는 암을 치료하기 위한 요법, 예를 들어 세포 독성 요법, 예컨대 T 세포 관여 요법 또는 T 세포 요법(예를 들어, CAR T 세포)을 포함한 면역 요법으로의 치료에 대해 둔감하거나 이에 내성이 있다. 일부 구현예에서, 암은 전-세포자멸사 신호 전달을 억제하는 암 세포를 통해 상기 요법에 대해 둔감하거나 이에 내성이 있다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 암은, 암 관련 항원, 예를 들어 CD19를 표적화하는 CAR T 세포에 대해 둔감하거나 이에 내성이 있다. 일부 구현예에서, 제공된 병용 요법은, 동일한 투약 방식, 예를 들어 용량 및 빈도로 주어진 요법, 예를 들어 세포 독성 요법의 투여 또는 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제의 투여만을 수반하는 요법과 비교하여 상승적인 효과 및 활성을 달성한다.
일부 구현예에서, 제공된 방법, 용도 및 병용 요법은, 억제제 또는 또 다른 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제를 이미 투여받은 대상체에서 암의 사멸로 지시되거나 이를 표적화하는 암을 치료하기 위한 요법, 예를 들어 세포 독성 요법, 예컨대 T 세포 관여 요법 또는 T 세포 요법(예를 들어, CAR T 세포 요법)을 포함한 면역 요법과의 병용으로 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제를 투여하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 병용 요법, 방법 및 용도는, 암의 사멸로 지시되거나 이를 표적화하는 암을 치료하기 위한 요법, 예를 들어 세포 독성 요법, 예컨대 T 세포 관여 요법 또는 T 세포 요법(예를 들어, CAR T 세포 요법)을 포함한 면역 요법의 부재 하에(또는 이와 병용이 아닌) 억제제, 예를 들어 베네토클락스를 이전에 투여받은 대상체에서 T 세포 요법(예를 들어, CAR+ T 세포)와 병용으로 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 지속적인 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 병용 요법은, 이전 치료보다 더 낮은 용량의 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여를 포함하거나 수반한다.
일부 구현예에서, 방법 및 조합물은 암 세포에 대한 T 세포 매개 세포 독성의 개선을 초래한다. 일부 구현예에서, 방법 및 조합물은, 선택적으로 페르포린- 및/또는 그랜자임-매개 세포 자멸사를 증가시킴으로써 암 세포에 대한 T 세포 매개 세포 독성의 개선을 초래한다. 일부 측면에서, 상기 개선은, 하나 이상의 다른 바람직한 기능성의 특성, 예를 들어 CAR-T 세포 기능성, 증식 및/또는 지속성의 특성을 타협하지 않거나 실질적으로 타헙하지 않으면서 발생한다. 일부 구현예에서, 억제제와의 병용은, T 세포의 세포 독성을 개선하나, 예를 들어, 억제제의 부재로 그렇지 않으면 동일한 조건 하에 배양된 상기 세포와 비교하여 시험관 내 분석에서 측정되었을 때 활성화, 하나 이상의 바람직한 사이토카인의 분비, 증폭 및/또는 지속하는 세포의 능력을 감소시키지 않는다.
일부 구현예에서, 제공된 구현예는, 요법의 투여 후까지 지속된 투약 방식에서 암의 사멸로 지시되거나 이를 표적화하는 암을 치료하기 위한 요법, 예를 들어 세포 독성 요법, 예컨대 T 세포 관여 요법 또는 T 세포 요법(예를 들어, CAR T 세포 요법)을 포함한 면역 요법의 투여 전 또는 이와 동시에 또는 직후에 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예컨대 BCL2 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여 개시를 수반한다. 일부 구현예에서, 억제제는, 세포 독성 요법의 투여 개시 후 (약) 1 일 내지 (약) 14 일 사이의 시기 및/또는 세포 독성 요법의 정점 수준이 세포 독성 요법의 투여 후 대상체의 혈액에서 검출 가능하기 전 시기에 억제제의 정상 상태 농도(Css)를 달성한 시기 및 투약 방식으로 투여된다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 개시는, 세포 독성 요법의 투여 개시 전 (약) 7 일 내지 세포 독성 요법의 투여 개시 후 (약) 14 일, 세포 독성 요법의 투여 개시 전 (약) 3 일 내지 세포 독성 요법의 투여 개시 후 (약) 14 일 또는 세포 독성 요법의 투여 개시 전 (약) 1 일 내지 세포 독성 요법의 투여 개시 후 (약) 8 일 사이의 시기이다. 특정 구현예에서, 제공된 병용 요법 방법에서 억제제의 투여는, 세포 독성 요법의 투여 개시 전 (약) 1 일 내지 세포 독성 요법의 투여 개시 후 (약) 1 일, 예컨대 세포 독성 요법의 투여 개시 전 (약) 1 일, 그와 동일한 날 또는 세포 독성 요법의 투여 개시 후의 날에 개시된다.
일부 구현예에서, 제공된 구현예는, 투약 방식으로 세포 독성 요법(예를 들어, CAR T 세포 요법)의 투여 후에 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예컨대 BCL2 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여 개시를 수반한다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예컨대 BCL2 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여 개시는, 암을 치료하기 위한 세포 독성 요법의 투여 후, 예컨대 요법의 투여 후 약 1 일 내지 약 7 일 사이이다. 일부 구현예에서, 세포 독성 요법 세포의 활성화 유도 세포 죽음(AICD)이 정점에 도달할 때까지 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예컨대 BCL2 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여가 개시되지 않는다. 일부 구현예에서, 세포 독성 요법의 투여 후 약 1 일 내지 약 7 일, 약 2 일 내지 약 6 일 또는 약 3 일 내지 약 5 일까지 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예컨대 BCL2 억제제, 예를 들어 베네토클락스가 투여되지 않는다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 개시는, 세포 독성 요법의 투여 개시 후 (약) 1 일 내지 (약) 7 일 사이의 시기이다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 개시는, 세포 독성 요법의 투여 개시 후 (약) 2 일 내지 (약) 6 일 사이의 시기이다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 개시는, 세포 독성 요법의 투여 개시 후 (약) 3 일 내지 (약) 5 일 사이의 시기이다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 개시는, 세포 독성 요법의 투여 개시 후 (약) 1 일 이상인 시기이다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 개시는, 세포 독성 요법의 투여 개시 후 (약) 2 일인 시기이다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 개시는, 세포 독성 요법의 투여 개시 후 (약) 3 일인 시기이다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 개시는, 세포 독성 요법의 투여 개시 후 (약) 4 일인 시기이다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 개시는, 세포 독성 요법의 투여 개시 후 (약) 5 일인 시기이다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 개시는, 세포 독성 요법의 투여 개시 후 (약) 6 일인 시기이다. 일부 구현예에서, 억제제의 투여 개시는, 세포 독성 요법의 투여 개시 후 (약) 7 일인 시기이다.
일부 경우에, 병용 요법은, 대상체가 요법, 예를 들어 세포 독성 요법을 투여받은 후 최대 또는 약 1 개월, 2 개월, 3 개월, 4 개월, 5 개월, 6 개월, 7 개월, 8 개월, 9 개월, 10 개월, 11 개월, 12 개월 이상에 억제제의 투여를 수반한다. 일부 측면에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스가, 암의 사멸로 지시되거나 이를 표적화하는 암을 치료하기 위한 요법, 예를 들어 세포 독성 요법, 예컨대 T 세포 관여 요법 또는 T 세포 요법(예를 들어, CAR T 세포 요법)을 포함한 면역 요법의 투여 후 3 개월 이하 동안 투여된다. 일부 구현예에서, 억제제가 T 세포 요법(예를 들어, CAR T 세포)과 병용으로 투여되고, 억제제의 투여가, T 세포 요법의 세포가 대상체에서 정점에 도달했고/거나 대상체에서 지속된 후의 시기까지 억제제의 계속적인 투여를 포함하는 투약 방식으로 계속된다. 일부 측면에서, 제공된 구현예의 장점은, 대상체의 내인성에 따라 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투약 또는 투여를 조절하는 능력 또는 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여를 제거 또는 중단하는 것을 또한 포함한다. 일부 측면에서, 예를 들어 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스와 병용 치료를 수반하는 제공된 구현예는 종양 부담의 감소 및/또는 특정 세포 독성 요법, 예컨데 세포 요법, 예를 들어 CAR T 세포 요법에 대한 암 세포 내성의 완화를 도와줄 수 있다.
일부 구현예에서, 제공된 방법은, 일부 측면에서, 억제제없이 투여될 경우 다른 요법에 대해 내성이거나 난치성이고/거나, 공격적이거나 고위험 암이고/거나 CAR-T 세포 요법에 대해 상대적으로 보다 낮은 반응율을 나타내거나 나타낼 가능성이 있는 암을 앓는 대상체의 치료 결과를 개선할 수 있는 CAR-T 세포 요법을 강력하게 할 수 있다. 일부 측면에서, 제공된 방법에 따른 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여가, 선택적으로 암 세포의 페르포린- 및/또는 그랜자임-매개 세포 자멸사를 증가시킴으로써 CAR T 세포 요법에 대한 암 세포의 내성을 감소시킴으로써 T 세포의 세포 독성을 증가시킴으로써 암, 예를 들어 B 세포 악성 종양, 예컨대 CLL 또는 NHL, 예를 들어 DLBCL 또는 SLL을 치료하기 위한 CAR 발현 세포의 활성을 증가시킬 수 있다. 일부 측면에서, 인간 림프종 세포에 대해 투여된 CAR+ T 세포의 항-종양 활성이 개선된다.
병용 요법
1) 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제(예를 들어, 베네토클락스) 및 2) 세포 독성 요법, 예컨대 면역 요법 또는 세포 요법, 예를 들어, T 세포 요법(예를 들어, CAR 발현 T 세포)의 병용 요법을 대상체에 투여하는 것을 포함하는 증식성 질병(예를 들어, 암)과 같은 질병 또는 병태를 치료하는 병용 요법을 위한 방법이 여기 제공된다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질은, 생존을 촉진하고/거나 전-세포자멸사 신호 전달을 완화하는 능력을 갖는 BCL2 패밀리 단백질이다.
일부 구현예에서, 세포 독성 요법은, 암 세포와 연관된, 이에 의해 발현된 또는 이의 상에 존재하는 항원을 특이적으로 인식하고/거나 결합하는 T 세포(예를 들어, CAR 발현 T 세포)를 포함하는 입양 면역 세포 요법과 같은 면역 요법 또는 세포 요법이다. T 세포 요법을 포함하는 조성물 및/또는 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제를 포함하는 조성물을 함유하는 병용물 및 키트와 같은 제조 물품 및 혈액암을 포함한 암과 같은 병태 또는 질병을 치료 또는 예방하는 상기 조성물 및 병용물의 용도가 또한 제공된다.
일부 구현예에서, 방법은, 세포 독성 요법의 투여(예를 들어, 투여 개시) 전, 이와 동시에, 중, (이의 과정 중 한번 및/또는 주기적으로를 포함한) 과정 중 및/또는 후속적으로 억제제(예를 들어, 베네토클락스)의 투여를 포함할 수 있고, 여기서 상기 요법은 암 세포와 연관된, 이에 의해 발현된 또는 이의 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합하며, 상기 억제제는 요법의 투여 개시 전 약 7 일 내지 후 약 14 일 내에 억제제의 정상 상태 농도를 달성하기에 충분한 투약 방식으로 투여되고/거나, 상기 억제제는 요법의 정점 수준이 요법의 투여 후 대상체의 혈액에서 검출 가능하기 전 시기에 투여된다. 일부 구현예에서, 정상 상태 농도는, 화합물과 같은 제제의 농도가 계속된 치료 또는 투약으로 대상체에서 계속 안정적 또는 일관적이거나 상기 동안의 시간을 지칭한다. 일부 구현예에서, 정상 상태 농도는, 대상체의 계속된 치료 또는 투약으로 안정 상태를 유지하는 제제 또는 화합물의 농도를 포함하거나 이로 표시될 수 있다. 일부 구현예에서, 정상 상태 농도는, 투약 기회 시 투여된 제제 또는 화합물의 양이 각 용량 사이에 대상체의 신체를 벗어나는 제제 또는 화합물의 양과 동등한 상태, 즉 상기 비율이 빠져나가는 비율과 동등한 상태를 설명할 수 있다.
일부 구현예에서, 방법은, 세포 독성 요법의 투여(예를 들어, 투여 개시) 전, 이와 동시에, 중, (이의 과정 중 한번 및/또는 주기적으로를 포함한) 과정 중 및/또는 후속적으로 억제제(예를 들어, 베네토클락스)의 투여를 포함할 수 있고, 여기서 상기 요법은 암 세포와 연관된, 이에 의해 발현된 또는 이의 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합하며, 상기 억제제는 요법의 투여 개시 전 약 7 일 내지 후 약 14 일 내에 억제제의 정상 상태 농도를 달성하기에 충분한 투약 방식으로 투여된다.
일부 구현예에서, 방법은, 세포 독성 요법의 투여(예를 들어, 투여 개시) 전, 이와 동시에, 중, (이의 과정 중 한번 및/또는 주기적으로를 포함한) 과정 중 및/또는 후속적으로 억제제(예를 들어, 베네토클락스)의 투여를 포함할 수 있고, 여기서 상기 요법은 암 세포와 연관된, 이에 의해 발현된 또는 이의 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합하며, 상기 억제제는 요법의 정점 수준이 요법의 투여 후 대상체의 혈액에서 검출 가능하기 전 시기에 투여된다.
일부 구현예에서, 억제제(예를 들어, 베네토클락스)는, 억제제의 약 4 반감기 지속 기간 동안 투여되었을 때 정상 상태 농도(Css)에 도달했다. 일부 구현예에서, "반감기(half-life)"는 대상체의 혈장/혈액 내 제제 또는 화합물의 초기 농도 또는 대상체의 체내 제제 또는 화합물의 초기 농도가 절반으로 감소되는 데 걸리는 시간의 양을 지칭한다. 일부 구현예에서, 억제제는 약 2 일, 약 3 일, 약 4 일 또는 약 5 일 동안 매일 투여되었을 때 정상 상태 농도에 도달했다. 일부 구현예에서, 억제제는 약 3 일 동안 매일 투여되었을 때 정상 상태 농도에 도달했다. 일부 구현예에서, 대상체의 혈장 내 억제제의 농도 또는 대상체의 체내 억제제의 총량이 계속된 투약으로 상대적으로 안정적인 경우 정상 상태 농도가 달성되었다.
일부 구현예에서, 억제제(예를 들어, 베네토클락스)가 단일 제제 요법으로 대상체에 투여된다. 일부 구현예에서, 억제제가 세포 독성 요법과 병용으로 단일 제제 요법(예를 들어, 단일 요법)으로 대상체에 투여된다. 일부 구현예에서, 단일 요법으로 투여는, 달리 제공된 경우를 제외하고 질병 또는 병태를 치료하기 위해 단일 유형의 치료 단독으로 구성된다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제가 단일 요법으로 제공되어 다른 어떤 치료도 질병 또는 병태를 치료하기 위해 제공되지 않는다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제가 면역 요법 또는 세포 요법과 함께 단일 요법으로 제공되어 (1) 억제제 및 (2) 면역 요법 또는 세포 요법의 제공 이상으로 질병 또는 병태를 치료하기 위해 다른 어떤 치료도 제공되지 않는다.
일부 구현예에서, 대상체에 세포 독성 요법의 투여와 동시에, 중 또는 상기 과정 중 리툭시맙 및/또는 이브루티닙이 투여되지 않거나 투여하지 않았다. 일부 구현예에서, 대상체에 세포 독성 요법의 투여 개시 약 7 일 이내에 리툭시맙 및/또는 이브루티닙이 투여되지 않거나 투여하지 않았다.
일부 구현예에서, 세포 독성 요법은 입양 세포 요법이다. 일부 구현예에서, 세포 요법은, 종양 침윤성 림프구(TIL) 요법, 전이 유전자 TCR 요법 또는 선택적으로 키메라 항원 수용체(CAR) 발현 세포 요법인 재조합 수용체 발현 세포 요법(선택적으로 T 세포 요법)이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 요법은 CD19를 표적화하거나 B 세포 표적화된 요법이다. 일부 구현예에서, 세포 및 세포를 투여하기 위한 투여 요법은 "면역 요법 또는 세포 요법의 투여.(Administration of an Immunotherapy or Cell Therapy.)" 하에 하기 하위 섹션 B에 기재된 바와 같은 임의의 것을 포함할 수 있다.
일부 구현예에서, 세포 독성 요법은 세포의 내인성, 미토콘드리아 매개 세포 자멸사 경로를 매개 및/또는 유도할 수 있다. 일부 구현예에서, 세포 독성 요법은 세포의 페르포린- 및 또는 그랜자임-매개 세포 자멸사 경로를 매개 및/또는 유도할 수 있다. 일부 구현예에서, 암 세포는 내인성 세포 자멸사 경로에 내성이 있다. 일부 구현예에서, 억제제가 내인성 세포 자멸사 경로를 통해 세포 자멸사에 대해 세포를 민감하게 만든다. 일부 구현예에서, 억제제가 세포 독성 요법에 의해 매개 또는 유도된 바와 같이 세포 자멸사에 대해 세포를 민감하게 만든다. 어떤 면에서, 억제제는 세포 독성 요법에 대한 세포의 세포 자멸사 내성을 낮춘다.
일부 구현예에서, 세포 독성 요법은 입양 세포 요법(예를 들어, T 세포 요법)이다. 일부 구현예에서, 입양 세포 요법은 대상체에 대해 자가 조직인 세포를 포함한다. 일부 구현예에서, 대상체에 대해 자가 조직인 세포가 조작되어 키메라 항원 수용체(CAR)를 발현한다. 일부 구현예에서, CAR 발현 자가 조직 T 세포가 대상체에 제공된다.
일부 구현예에서, 세포 독성 요법, 예컨대 T 세포 요법(예를 들어, CAR 발현 T 세포) 또는 T 세포 관여 요법 및 억제제가 대상체 투여를 위해 약학 조성물로 제공된다. 일부 구현예에서, 약학 조성물은 기재된 바와 같은 병용 요법을 위한 제제, 예를 들어, 입양 세포 요법을 위한 T 세포 및 억제제 중 하나 또는 둘 다의 치료적 유효량을 함유한다. 일부 구현예에서, 약학 조성물은 기재된 바와 같은 병용 요법을 위한 제제, 예를 들어, 입양 세포 요법을 위한 T 세포 및 억제제 중 하나 또는 둘 다의 하위 치료적 유효량을 함유한다. 일부 구현예에서, 제제는 별개의 약학 조성물로 투여를 위해 제형화된다. 일부 구현예에서, 여기 제공된 임의의 약학 조성물은 각각의 투여 경로에 적합한 투여 형태로 제형화될 수 있다.
일부 구현예에서, 세포 독성 요법(예를 들어, 조작된 세포, 예컨대 CAR-T 세포 요법을 포함한 T 세포 요법) 및 억제제의 투여를 포함하는 병용 요법이 암 또는 암에 대한 위험을 갖는 대상체 또는 환자에 투여된다. 일부 측면에서, 방법은, 예컨대 면역 요법 또는 세포 요법에 의해 인식되는, 예를 들어 조작된 T 세포에 의해 인식되는 항원을 발현하는 암에서 종양 부담을 감소시킴으로써 질병 또는 병태의 하나 이상의 증상을 치료, 예를 들어, 개선한다.
일부 구현예에서, 치료되는 질병 또는 병태는 항원의 발현이 예를 들어 질병, 병태 또는 장애의 원인, 악화 또는 그렇지 않으면 이에 수반되며, 암과 같은 상기 질병, 병태 또는 장애의 병인과 연관되고/거나 병인에 수반되는 임의의 것일 수 있다. 예시적인 질병 및 병태는 세포의 악성 종양 또는 형질 전환(예를 들어, 암)과 연관된 질병 또는 병태를 포함할 수 있다. 치료될 수 있는 다양한 질병 및 병태와 연관된 항원을 포함하는 예시적인 항원은 여기 기재된 임의의 항원을 포함한다. 특정 구현예에서, 키메라 항원 수용체 또는 전이 유전자 TCR을 포함한 병용 요법의 조작된 세포 상에 발현된 재조합 수용체가 암과 연관된 항원에 특이적으로 결합한다.
일부 구현예에서, 암과 같은 질병 또는 장애와 연관된 항원은, ROR1, B 세포 성숙 항원(BCMA), tEGFR, Her2, L1-CAM, CD19, CD20, CD22, 메소텔린, CEA 및 B 형 간염 표면 항원, 항 엽산 수용체, CD23, CD24, CD30, CD33, CD38, CD44, EGFR, EGP-2, EGP-4, EPHa2, ErbB2, 3, 또는 4, erbB 2량체, EGFR vIII, FBP, FCRL5, FCRH5, 태아 아세틸콜린 수용체, GD2, GD3, G 단백질 결합 수용체 5D(GPCR5D), HMW-MAA, IL-22R-알파, IL-13R-알파2, kdr, 카파 경쇄, 루이스 Y, L1-세포 부착 분자(L1-CAM), 흑색종 관련 항원(MAGE)-A1, MAGE-A3, MAGE-A6, 흑색종 우선 발현 항원(PRAME ), 서바이빈(survivin), EGP2, EGP40, TAG72, B7-H6, IL-13 수용체 a2 (IL-13Ra2), CA9, GD3, HMW-MAA, CD171, G250/CAIX, HLA-AI MAGE Al, HLA-A2 NY-ESO-1, PSCA, 엽산 수용체-a, CD44v6, CD44v7/8, avb6 인테그린, 8H9, NCAM, VEGF 수용체, 5T4, 태아 AchR, NKG2D 리간드, CD44v6, 이중 항원 및 범용 태그 관련 항원, 암-고환 항원, 메소텔린, MUC1, MUC16, PSCA, NKG2D 리간드, NY-ESO-1, MART-1, gp100, G 단백질 결합 수용체 5D(GPCR5D), 종양태아성 항원, ROR1, TAG72, VEGF-R2, 암배아 항원(CEA), 전립선 특이적 항원, PSMA, Her2/neu, 에스트로겐 수용체, 프로게스테론 수용체, 에프린B2, CD123, c-Met, GD-2, O-아세틸화 GD2(OGD2), CE7, 빌름스 종양 1(WT-1), 사이클린, 사이클린 A2, CCL-1, CD138 및 병원체 특이적 항원으로 구성된 군에서 선택된다. 일부 구현예에서, 항원은 범용 태그이거나 이와 관련된다.
일부 구현예에서, 질병 또는 병태는 암 또는 증식성 질병이다. 일부 구현예에서, 암 또는 증식성 질병은 종양, 예컨대 고형 종양, 림프종, 백혈병, 혈액 종양, 전이성 종양 또는 기타 암 또는 종양 유형이다. 일부 구현예에서, 암은 혈액암이다. 일부 구현예에서, 암은 B 세포 악성 종양이다. 일부 구현예에서, 암은 백혈병 또는 림프종이다. 일부 구현예에서, 암은 백혈병이다. 일부 구현예에서, 암은 백혈병, 예컨대 만성 림프구성 백혈병(CLL)이고, 이는 작은 림프구성 림프종(SLL)을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 암은 작은 림프구성 림프종(small lymphocytic lymphoma, SLL)이다. 일부 구현예에서, 암은 만성 림프구성 백혈병(chronic lymphocytic leukemia, CLL)이다. 일부 구현예에서, 암은 백혈병, 예컨대 급성 림프아구성 백혈병(acute lymphoblastic leukemia, ALL)이다. 일부 구현예에서, 암은 백혈병, 예컨대 급성 골수성 백혈병(acute myelogenous leukemia, AML)이다. 일부 구현예에서, 암은 백혈병, 예컨대 만성 골수성 백혈병(chronic myelogenous leukemia, AML)이다. 일부 구현예에서, 암은 골수 이형성 증후군(myelodysplastic syndrome, MDS)이다. 일부 구현예에서, 암은 다발성 골수종이다. 일부 구현예에서, 암은 림프종이다. 일부 구현예에서, 암은 림프종, 예컨대 비호지킨 림프종(non-Hodgkin lymphoma, NHL)이다. 일부 구현예에서, NHL은 NHL의 하위 유형, 예컨대 미만성 거대 B 세포 림프종(diffuse large B-cell lymphoma, DLBCL)이다. 일부 구현예에서, NHL은 NHL의 하위 유형, 예컨대 SLL이다.
일부 구현예에서, 동부 종양학 그룹 협회(Eastern Cooperative Oncology Group, ECOG) 성과 상태 지표를 사용하여 치료를 위한 대상체, 예를 들어 선행 요법으로부터 성과가 좋지 않았던 대상체를 평가하거나 선택할 수 있다(예를 들어, Oken et al.(1982) Am J Clin Oncol. 5:649-655 참조). 성과 상태의 ECOG 척도는 스스로를 돌보는 능력, 일상 활동 및 신체 능력(예를 들어 걷기, 일하기 등)의 관점에서 환자의 기능 수준을 설명한다.. 일부 구현예에서, ECOG 성과 상태 0은 대상체가 정상적인 활동을 수행할 수 있음을 나타낸다. 일부 측면에서, 1의 ECOG 수행 상태를 갖는 대상체는 신체 활동에 일부 제한을 보이나 대상체는 완전히 걸을 수 있다. 일부 측면에서, 2의 ECOG 수행 상태를 갖는 환자는 50% 이상 걸을 수 있다. 일부 경우에, 2의 ECOG 수행 상태를 갖는 대상체는 스스로를 돌볼 수도 있다; 예를 들어, 문헌[Sørensen et al., (1993) Br J Cancer 67(4) 773-775]을 참조한다. ECOG 수행 상태를 반영하는 기준이 하기 표 1에 기재되어 있다.
[표 1]
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일부 구현예에서, 수용체(예를 들어, CAR)에 의해 표적화된 항원은 다수의 공지된 임의의 B 세포 마커와 같은 B 세포 악성 종양과 연관된 항원을 포함한다. 일부 구현예에서, 항원은 CD20, CD19, CD22, ROR1, CD45, CD21, CD5, CD33, Ig카파, Ig람다, CD79a, CD79b 또는 CD30이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 항원은 CD19이다.
특히, 제공된 구현예 중 CLL 또는 SLL을 앓는 대상체를 치료하는 방법이 있다. 제공된 방법의 일부 구현예에서, 대상체는 CLL 또는 SLL의 위험이 높다. 제공된 방법의 일부 구현예에서, 대상체는 CLL의 위험이 높다. 제공된 방법의 일부 구현예에서, 대상체는 SLL의 위험이 높다. 일부 구현예에서, 대상체는 CLL(또는 SLL)의 위험이 높은 대상체 중 과도하게 사전 치료된 집단이고, 이들 모두는 이브루티닙을 포함한 하나 이상의 선행 요법을 받았다.
일부 구현예에서, CLL을 앓는 대상체는 iwCLL(International Workshop on Chronic Lymphocytic Leukemia) 가이드라인에 근거한 치료 징후 및 임상 측정 가능한 질병(> 30% 림프구까지 골수 관여, > 5x109/L 말초 혈액 림프구 증가증) 및/또는 측정 가능한 림프절 및/또는 간 또는 비장 비대증을 갖는 CLL 진단된 대상체를 포함한다. 일부 구현예에서, SLL을 앓는 대상체는, 가장 긴 횡경으로 > 1.5 cm 하나 이상의 병소로 정의된 측정 가능한 질병을 갖는 진단 시 말초 혈액 내 < 5Х109 CD19+ CD5+ B 림프구 클론[< 5000/μL] 및 비장 비대증 및/또는 림프절 병증에 근거하여 SLL로 진단되고 생검으로 입증된 SLL을 앓는 대상체를 포함한다.
일부 경우에, 고위험 및 매우 고위험 대상체에 대한 기존 치료 전략은, 플루다라빈, 사이클로포스파미드 및 리툭시맙(FCR), 브루톤의 티로신 키나제(Bruton's tyrosine kinase, BTK) 억제제(예를 들어, 이브루티닙) 및/또는 동종 이계 줄기 세포 이식을 포함할 수 있다(Puiggros et al., BioMed Research International, Volume 2014 (2014), Article ID 435983). 많은 기존 요법은 일부 CLL 환자의 경우 개선된 치료 결과를 갖는 경구-표적화된 약물을 포함한다. 그럼에도 불구하고, 일부 환자는 요법에 대한 내성 또는 과민증이 있는 것으로 입증되고/거나 검출 가능하지 않은 MRD(uMRD)를 갖는 완전한 반응을 달성하는 데 실패한다. 일부 측면에서, 이용 가능한 요법으로 치료 후 진행성 질병을 갖는 대상체는 불량한 결과를 갖는다. 예를 들어, 일부 측면에서, CLL에 대해 치료된 대상체는 불량한 장기 결과를 나타낸다. 예를 들어, 일부 경우에, 난치성(R/R) 고위험 CLL 대상체는 이브루티닙 중단 후에 불량한 생존을 나타낸다(Jain et al. (2015) Blood 125(13):2062-2067). CLL을 치료하는 개선된 방법이 필요하고, 일부 측면에서 다중 선행 요법에 대해 재발했거나 난치성이 된 대상체 및/또는 고위험 및/또는 매우 고위험 CLL의 치료에 적절한 개선된 방법이 필요하다.
만성 림프구성 백혈병(CLL)은 일반적으로 가변적인 질병이다. CLL을 앓는 일부 대상체는 치료없이 생존할 수 있으나, 다른 대상체는 즉각적인 개입이 필요할 수 있다. 일부 경우에, CLL을 앓는 대상체는 질병 예후 및/또는 권장되는 치료 전략을 알려줄 수 있는 그룹으로 분류될 수 있다. 일부 경우에, 상기 그룹은 "낮은 위험(low risk)", " "중간 위험(intermediate risk)", "고위험(high risk)" 및/또는 "매우 고위험(very high risk)"일 수 있고, 환자는 유전적 이상 및/또는 형태학적 또는 물리적 특성을 포함하되 이에 국한되지 않는 여러 요인에 따라 분류될 수 있다. 일부 구현예에서, 방법에 부합되게 치료된 대상체는 CLL의 위험에 근거하여 분류 또는 확인된다. 일부 구현예에서, 대상체는 고위험 CLL을 갖는다.
일부 구현예에서, 제공된 방법 및 용도는, 예컨대 고위험 질병을 앓는 이를 포함하여 치료된 특정 그룹의 대상체, 예컨대 백혈병, 예컨대 CLL 또는 SLL을 앓는 환자에서 특정 대안적인 방법과 비교하여 개선되거나 보다 지속적인 반응 또는 효능을 제공하거나 달성한다. 일부 구현예에서, 방법은, T 세포 요법, 예컨대 입양 세포 요법을 위한 세포, 예를 들어 CAR 발현 T 세포, 예를 들어 항-CD19 CAR+ T 세포를 포함하는 조성물 및 친생존 BCL2 단백질의 억제제(예를 들어, 베네토클락스)의 투여를 통해 유리하다. 일부 구현예에서, 방법은 T 세포 요법 전에 림프구 고갈 요법, 예를 들어 사이클로포스파미드, 플루다라빈 또는 이의 조합물을 또한 포함한다.
일부 구현예에서, 치료된 대상체는, 이브루티닙에 대해 초기 완화 후 재발했거나 이브루티닙으로 치료에 대해 난치성이거나 과민증이 있는 대상체를 포함한다. 특정 구현예에서, 치료된 대상체는 이브루티닙 외에 하나 이상의 추가 선행 요법, 예컨대 1, 2, 3, 4, 5 개 이상의 선행 요법에 대해 완화 후 재발했거나 이에 대해 난치성이거나 과민증이 있는 대상체를 포함한다. 일부 구현예에서, 대상체는 이브루티닙 및 베네토클락스의 선행 치료 둘 다에 대해 재발했거나 난치성이다. 일부 구현예에서, 상기 치료에 대해 난치성인 대상체는 하나 이상의 선행 요법 후 진행되었다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 선행 요법(예를 들어, 이브루티닙 및/또는 베네토클락스)로 치료된 대상체를 포함한 치료된 대상체는, TP53 돌연변이, 복잡한 핵형(즉, 3 개 이상의 염색체 변경) 및 del17(p)을 포함한 고위험 세포 유전학을 갖는 대상체를 포함한다.
제공된 임의의 방법 중 일부 구현예에서, 대상체는 CLL을 앓거나 CLL을 앓을 것으로 의심되거나; 또는 대상체는 CLL을 앓는 것으로 확인 또는 선택된다. 제공된 임의의 방법 중 일부 구현예에서, 대상체는 CLL을 앓거나 CLL을 앓을 것으로 의심된다. 제공된 임의의 방법 중 일부 구현예에서, 대상체는 CLL을 앓는 것으로 확인 또는 선택된다. 일부 구현예에서, CLL은 재발성 또는 난치성 CLL이다. 특히, CLL은 일반적으로 치유할 수 없는 것으로 간주되고, 환자는 이용 가능한 요법에 대해 종종 결국 재발하거나 난치성이 된다(Dighiero and Hamblin (2008) The Lancet, 371:1017-1029).
일부 구현예에서, 대상체는 SLL을 앓거나 SLL을 앓을 것으로 의심되거나; 또는 대상체는 SLL을 앓는 것으로 확인 또는 선택된다. 일부 구현예에서, 대상체는 SLL을 앓거나 SLL을 앓을 것으로 의심된다. 일부 구현예에서, 대상체는 SLL을 앓는 것으로 확인 또는 선택된다. 일부 구현예에서, SLL은 재발성 또는 난치성 SLL이다.
일부 구현예에서, 조작된 T 세포의 용량을 투여하기 전에, 대상체는 CLL 또는 SLL에 대해 요법, 예를 들어 CAR을 발현하는 세포 용량 또는 림프구 고갈 요법이 아닌 하나 이상의 선행 요법으로 치료되었다. 일부 구현예에서, 조작된 T 세포의 용량을 투여하기 전에, 대상체는 CLL에 대해 요법, 예를 들어 CAR을 발현하는 세포 용량 또는 림프구 고갈 요법이 아닌 하나 이상의 선행 요법으로 치료되었다. 일부 구현예에서, 조작된 T 세포의 용량을 투여하기 전에, 대상체는 SLL에 대해 요법, 예를 들어 CAR을 발현하는 세포 용량 또는 림프구 고갈 요법이 아닌 하나 이상의 선행 요법으로 치료되었다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 선행 요법은 2 개 이상, 선택적으로 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 개 이상의 선행 요법을 포함한다.
일부 구현예에서, 세포 용량의 투여 시기 또는 직전에, 대상체는 CLL에 대해 하나 이상의 선행 요법을 이용한 치료로 치료 후 완화 후에 재발했거나, 이에 대해 난치성이 되었거나, 이에 대해 실패했고/거나 이에 대한 과민증이 있었다. 일부 구현예에서, 대상체는 2 개 이상의 선행 요법을 이용한 치료로 치료 후 완화 후에 재발했거나, 이에 대해 난치성이 되었거나, 이에 대해 실패했고/거나 이에 대한 과민증이 있었다. 일부 구현예에서, 세포 용량의 투여 시기 또는 직전에, 대상체는 3 개 이상의 선행 요법을 이용한 치료로 치료 후 완화 후에 재발했거나, 이에 대해 난치성이 되었거나, 이에 대해 실패했고/거나 이에 대한 과민증이 있었다. 일부 구현예에서, 선행 요법은, 키나제 억제제, 선택적으로 브루톤의 티로신 키나제(BTK)의 억제제, 선택적으로 이브루티닙; 베네토클락스; 플루다라빈 및 리툭시맙을 포함하는 병용 요법; 방사선 요법; 및 조혈 줄기 세포 이식(hematopoietic stem cell transplantation, HSCT);에서 선택된다. 일부 구현예에서, 선행 요법은 이브루티닙 및/또는 베네토클락스를 포함한다. 일부 구현예에서, 선행 요법은 이브루티닙 및 베네토클락스를 포함한다. 일부 구현예에서, 선행 요법은 이브루티닙을 포함한다. 일부 구현예에서, 선행 요법은 베네토클락스를 포함한다.
일부 구현예에서, 대상체는 이브루티닙 및/또는 베네토클락스를 이용한 치료 후 완화 후에 재발했거나, 이에 대해 난치성이 되었거나, 이를 이용한 치료에 실패했고/거나 이에 대한 과민증이 있다. 일부 구현예에서, 대상체는 이브루티닙을 이용한 치료 후 완화 후에 재발했거나, 이에 대해 난치성이 되었거나, 이를 이용한 치료에 실패했고/거나 이에 대한 과민증이 있다. 일부 구현예에서, 대상체는 베네토클락스를 이용한 치료 후 완화 후에 재발했거나, 이에 대해 난치성이 되었거나, 이를 이용한 치료에 실패했고/거나 이에 대한 과민증이 있다. 일부 구현예에서, 대상체는 이브루티닙 및 베네토클락스를 이용한 치료 후 완화 후에 재발했거나, 이에 대해 난치성이 되었거나, 이를 이용한 치료에 실패했고/거나 이에 대한 과민증이 있다.
일부 구현예에서, 대상체는 친생존 Bcl-2 패밀리 단백질의 억제제(예를 들어, 베네토클락스)로 사전 치료되었고, 제공된 방법 전에 베네토클락스에 대해 과민증이 없다. 일부 구현예에서, 대상체는, 제공된 방법 전, 예를 들어 림프구 고갈 요법을 받기 전 또는 세포 독성 요법을 투여받기 전 6 개월 내에 친생존 Bcl-2 패밀리 단백질의 억제제(예를 들어, 베네토클락스)로 치료되었다. 일부 구현예에서, 대상체는 제공된 방법 전 6 개월 내에 친생존 Bcl-2 패밀리 단백질의 억제제(예를 들어, 베네토클락스)로 치료되었고, 진행성 질병(PD)을 갖지 않는다. 일부 구현예에서, 대상체는 억제제로 치료 중 진행성 질병을 나타내지 않았다. 일부 구현예에서, 대상체는 제공된 방법 전 6 개월 내에 친생존 Bcl-2 패밀리 단백질의 억제제(예를 들어, 베네토클락스)로 치료되었고, 억제제로 치료 중 진행성 질병을 나타내지 않았다.
일부 구현예에서, 대상체는, 대상체에서 자가 조직 세포를 수집한 직후 및/또는 대상체에 림프구 고갈 요법의 투여 직전 시기에 억제제(예를 들어, 베네토클락스)에 대한 과민증이 없다. 일부 구현예에서, 대상체는 세포 독성 요법의 투여 개시 시기에 억제제(예를 들어, 베네토클락스)에 대한 과민증이 없다. 일부 구현예에서, 대상체는, 대상체에서 자가 조직 세포를 수집한 직후 및/또는 대상체에 림프구 고갈 요법의 투여 직전 시기에 BCL2 내 돌연 변이를 갖지 않는다. 일부 구현예에서, 대상체는 세포 독성 요법의 투여 개시 시기에 BCL2 내 돌연 변이를 갖지 않는다.
일부 구현예에서, 대상체는, 대상체에서 자가 조직 세포를 수집한 직후 및/또는 대상체에 림프구 고갈 요법을 투여하기 직전 시기에 말초 혈액(PB), 골수(BM), 간 또는 비장에 측정 가능한 질병 또는 평가 가능하거나 측정 가능한 질병을 나타낸다. 일부 구현예에서, 세포 독성 요법의 개시 시기에, 대상체는 말초 혈액(PB), 골수(BM), 간 또는 비장에 측정 가능한 질병 또는 평가 가능하거나 측정 가능한 질병을 나타낸다. 일부 구현예에서, 측정 가능한 질병은 가장 긴 횡경(GTD)으로 1.0 센티미터를 초과하는 림프절이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 측정 가능한 질병은 가장 긴 횡경(GTD)으로 1.5 센티미터를 초과하는 림프절이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 측정 가능한 질병은 가장 긴 횡경(GTD)으로 2.0 센티미터를 초과하는 림프절이거나 이를 포함한다.
일부 구현예에서, 대상체는, 대상체에서 자가 조직 세포를 수집한 직후 및/또는 대상체에 림프구 고갈 요법을 투여하기 직전 시기에 10-4 이상의 말초 혈액 내 최소 잔류 질병(MRD)을 나타낸다. 일부 구현예에서, 세포 독성 요법의 개시의 시기에, 대상체는 10-4 이상의 말초 혈액 내 최소 잔류 질병(MRD)을 나타낸다.
일부 구현예에서, 대상체는, 대상체에서 자가 조직 세포를 수집한 직후 및/또는 대상체에 림프구 고갈 요법을 투여하기 직전 시기에 10-4 이상의 말초 혈액 내 최소 잔류 질병(MRD) 및 말초 혈액(PB), 골수(BM), 간 또는 비장 내 측정 가능한 질병 또는 평가 가능하거나 측정 가능한 질병을 나타낸다. 일부 구현예에서, 세포 독성 요법의 투여 개시의 시기에, 대상체는, 10-4 이상의 말초 혈액 내 최소 잔류 질병(MRD) 및 말초 혈액(PB), 골수(BM), 간 또는 비장 내 측정 가능한 질병 또는 평가 가능하거나 측정 가능한 질병을 나타낸다. 일부 구현예에서, 측정 가능한 질병은 가장 긴 횡경(GTD)으로 1.0 센티미터를 초과하는 림프절이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 측정 가능한 질병은 가장 긴 횡경(GTD)으로 1.5 센티미터를 초과하는 림프절이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 측정 가능한 질병은 가장 긴 횡경(GTD)으로 2.0 센티미터를 초과하는 림프절이거나 이를 포함한다.
일부 구현예에서, 세포 용량의 투여 또는 전에: 대상체는, 선택적으로 고위험 CLL과 연관된, 선택적으로 복잡한 핵형 또는 세포 유전학적 이상, del 17p, 돌연변이되지 않은 IGVH 유전자 및 TP53 돌연변이 중에서 선택된 하나 이상의 세포 유전학적 이상이거나 이를 갖는 것으로 확인되었거나; 대상체는 고위험 CLL이거나 이를 갖는 것으로 확인되었다. 일부 구현예에서, 세포 독성 요법의 투여 개시 또는 전에, 대상체는 하나 이상의 세포 유전학적 이상이거나 이를 갖는 것으로 확인되었다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 세포 유전학적 이상은 고위험 CLL과 연관된다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 세포 유전학적 이상은 복잡한 핵형 또는 세포 유전학적 이상, del 17p, 돌연변이되지 않은 IGVH 유전자 및 TP53 돌연변이 중에서 선택된다. 일부 구현예에서, 세포 독성 요법의 투여 개시 또는 전에, 대상체는 고위험 CLL이거나 이를 갖는 것으로 확인되었다.
일부 구현예에서, 대상체는 0 또는 1의 ECOG 상태이거나 이를 갖는 것으로 확인되었고/거나; 대상체는 >1의 ECOG 상태를 갖지 않는다. 일부 구현예에서, 조작된 세포 용량 또는 림프구 고갈 요법의 투여 또는 직전에, 대상체는 CLL 또는 SLL의 리히터의 변형(Richter's transformation)을 갖지 않는다.
일부 구현예에서, 방법은, 림프종 또는 백혈병 또는 B 세포 악성 종양, 예컨대 거대 B 세포 림프종 또는 비호지킨 림프종(NHL)을 앓는 대상체를 치료하는 것을 포함한다.
일부 구현예에서, 제공된 방법은 특정 그룹 또는 하위 세트의 대상체, 예를 들어, 고위험 질병, 예를 들어 고위험 NHL 또는 고위험 거대 B 세포 림프종을 앓는 것으로 확인된 대상체를 치료하는 것을 포함한다. 일부 측면에서, 방법은 표준 요법에 대해 재발했거나 난치성(R/R)이고/거나 불량한 예후를 갖는 NHL과 같은 공격적이고/거나 불량한 예후의 B 세포 비호지킨 림프종(NHL)의 형태를 갖는 대상체를 치료한다.
일부 구현예에서, 대상체는 B 세포 악성 종양, 예컨대 B 세포 림프종 및/또는 비호지킨 림프종(NHL)을 앓는다. 일부 구현예에서, 대상체는 B 세포 악성 종양, 예컨대 거대 B 세포 림프종, 예를 들어 재발성/난치성(R/R) 거대 B 세포 림프종을 앓는다. 일부 구현예에서, 대상체는 거대 B 세포 림프종, 예컨대 미만성 거대 B 세포 림프종(DLBCL) (예를 들어, 달리 명시되지 않은 DLBCL(NOS; 새롭거나 무통성에서 형질전환된) 또는 기타 DLBCL)을 앓는다. 일부 구현예에서, 대상체는 1차 종격동 B 세포 림프종(primary mediastinal B-cell lymphoma, PMBCL) 또는 여포성 림프종, 예컨대 여포성 림프종 등급 3B(FL3B)를 앓는다. 일부 측면에서, B 세포 림프종은 미만성 거대 B 세포 림프종(DLBCL), 여포성 림프종 또는 PBMCL이거나 이를 포함한다. 일부 측면에서, 대상체는 DLBCL이나 달리 명시되지 않은(not otherwise specified, NOS) DLBCL을 앓는다. 일부 구현예에서, DLBCL과 같은 림프종은 새로 시작된다. 일부 구현예에서, DLBCL과 같은 림프종은 또 다른 무통성 림프종에서 형질 전환된다. 일부 구현예에서, DLBCL과 같은 림프종은 여포성 림프종에서 형질 전환된다(tFL).
일부 구현예에서, 방법은 0-1 또는 0-2의 ECOG(Eastern Cooperative Oncology Group Performance Status)를 갖는 대상체를 치료하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 대상체는 0 내지 2의 ECOG(Eastern Cooperative Oncology Group) 점수를 갖는다. 일부 구현예에서, 대상체는 2의 ECOG 점수에 근거하여 제외되지 않는다. 일부 구현예에서, 방법은 하나 이상, 예컨대 2 또는 3 개의 염색체 전위(예컨대 소위 "이중-히트(double-hit)" 또는 "삼중-히트(triple-hit)" 림프종; 보통 t(14; 18) (q32; q21) bcl-2 유전자 및/또는 BCL6/3q27 염색체 전위와 조합으로 MYC/8q24 유전자 좌 전위를 가짐; 예를 들어 문헌[Xu et al. (2013) Int J Clin Exp Pathol. 6(4): 788-794] 참조)를 갖고/거나 자가 줄기 세포 이식(ASCT) 투여 후 재발, 예컨대 12 개월 이내에 재발하였고/거나 화학 요법 불응성으로 간주되어온 집단과 같이 요법 또는 특정 기준 요법에 대해 일반적으로 불량하게 반응하는 불량한 예후 집단 또는 DLBCL 환자 또는 이의 대상체 집단을 치료한다.
일부 구현예에서, 대상체는, 요법, 예를 들어 재조합 수용체를 발현하는 세포의 투여 전에 질병 또는 병태, 예를 들어 거대 B 세포 림프종 또는 NHL을 표적화하는 요법 또는 치료제로 앞서 치료되었다. 일부 구현예에서, 대상체는 조혈 줄기 세포 이식(HSCT), 예를 들어, 동종 이계 HSCT 또는 자가 HSCT로 앞서 치료되었다. 일부 구현예에서, 대상체는 표준 요법으로 치료 후 예후가 좋지 않았고/거나 선행 요법 중 하나 이상의 방식에 실패하였다. 일부 구현예에서, 대상체는 림프구 고갈 요법 및/또는 요법, 예를 들어 항원 수용체를 발현하는 세포 용량이 아닌 질병 또는 장애, 예컨대 거대 B 세포 림프종 또는 NHL을 치료하기 위해 (약) 1, 2, 3, 또는 4 가지 (이상)의 다른 요법으로 치료되었거나 앞서 이를 받았다. 일부 구현예에서, 대상체는 안트라사이클린, CD20 표적제 및/또는 이브루티닙을 포함하는 요법으로 치료되었거나 앞서 이를 받았다.
일부 구현예에서, 대상체는 화학요법 또는 방사선 요법으로 앞서 치료되었다. 일부 측면에서, 대상체는 다른 요법 또는 치료제에 대해 난치성이거나 비-반응성이다. 일부 구현예에서, 대상체는 예를 들어, 화학요법 또는 방사선을 포함한 또 다른 요법 또는 치료적 개입으로 치료 후, 질병이 지속되거나 재발하였다.
일부 구현예에서, 대상체는 이식에 적합한, 예컨대 조혈 줄기 세포 이식(HSCT), 예를 들어, 동종이계 HSCT에 적합한 대상체이다. 상기 일부 구현예에서, 대상체는, 요법, 예컨대 조작된 세포(예를 들어, CAR-T 세포)를 함유하는 세포 요법 또는 세포를 함유하는 조성물을 여기 제공된 바와 같은 대상체에 투여하기 전에 적합함에도 불구하고 앞서 이식을 받지 않았다. 상기 일부 구현예에서, 대상체는 동종이계 줄기 세포 이식(stem cell transplantation, SCT)을 앞서 받았다. 상기 일부 구현예에서, 대상체는 동종이계 줄기 세포 이식(SCT)을 앞서 받지 않았다. 일부 구현예에서, 대상체는 선행 동종이계 줄기 세포 이식(SCT)에 근거하여 제외되지 않는다.
일부 구현예에서, 대상체는 조혈 줄기 세포 이식(HSCT), 예를 들어, 동종이계 HSCT에 적합하지 않은 것과 같이 이식에 적합하지 않은 대상체이다.
일부 구현예에서, 대상체는 중추 신경계(central nervous system, CNS) 관여와 연관되거나 이를 수반하는 림프종을 앓는다. 일부 구현예에서, 대상체는 중추 신경계(CNS) 관여와 연관되거나 이를 수반하는 림프종을 앓고, 대상체는 항경련제, 예컨대 레베티라세탐으로 앞서 치료되었다. 일부 구현예에서, 대상체는 제2 중추 신경계(CNS) 관여에 근거하여 제외되지 않는다.
일부 구현예에서, 대상체는 성분 채집술을 위해 최소 절대 림프구 수치(absolute lymphocyte count, ALC)를 가질 필요가 없다.
일부 구현예에서, 방법은, 고위험 거대 B 세포 림프종 또는 고위험 NHL을 갖는 것으로 선택되거나 확인된 대상체에 세포의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 대상체는, 예컨대 B 세포 악성 종양, 예컨대 고위험 B 세포 림프종 또는 고위험 NHL과 연관된 하나 이상의 세포유전학적 이상을 나타낸다. 일부 구현예에서, 대상체는, 공격적인 NHL, 미만성 거대 B 세포 림프종(DLBCL), 1차 종격동 거대 B 세포 림프종(PMBCL), T 세포/조직세포 풍부 거대 B 세포 림프종(TCHRBCL), 버키트 림프종(BL), 맨틀 세포 림프종(MCL) 및/또는 여포성 림프종(FL)으로 특징지어지거나 이로 결정된 질병 또는 병태를 갖는 것에 근거하여 선택되거나 확인된다. 특정 구현예에서, 여기 제공된 방법을 사용하여 치료될 대상체는, 공격적인 거대 B 세포 림프종 또는 공격적인 NHL, 특히, 달리 명시되지 않은(NOS; 새롭거나 무통성에서 형질 전환된) 미만성 거대 B 세포 림프종(DLBCL), 1차 종격동 B 세포 림프종(PMBCL) 또는 여포성 림프종 등급 3B(FL3B)를 앓는 대상체를 포함한다. 특정 구현예에서, 여기 제공된 방법을 사용하여 치료될 대상체는, 여포성 림프종(FL) 또는 또 다른 무통성 림프종에서 형질 전환된 DLBCL을 앓는 대상체를 포함한다. 일부 구현예에서, 대상체는 변연부 림프종(MZL) 또는 만성 림프구성 백혈병(CLL) (예를 들어, 리히터)에서 형질 전환된 DLBCL을 앓는다. 일부 구현예에서, CLL로부터 형질 전환을 갖는 대상체는, 가장 일반적으로 미만성 거대 B 세포 림프종(DLBCL), 공격적인 림프종으로 CLL의 형질 전환으로 정의된 리히터 증후군(Richter's syndrome, RS)을 나타낼 수 있다(예를 들어, 문헌[Parikh et al. Blood 2014 123:1647-1657] 참조). 일부 구현예에서, 대상체는 맨틀 세포 림프종(mantle cell lymphoma, MCL)을 앓는다. 일부 구현예에서, 대상체는, ≥ 1 선행 요법 방식 후 실패(재발성/난치성, R/R)한 맨틀 세포 림프종(MCL)을 앓는다. 일부 구현예에서, 대상체에서 R/R 질병과 함께 MCL을 발현하는 사이클린 D1이 확인되었다.
일부 구현예에서, 대상체는 불량한 수행 상태를 갖는다. 일부 측면에서, 치료될 집단은 0-2 중 임의의 ECOG(Eastern Cooperative Oncology Group Performance Status)를 갖는 대상체를 포함한다. 임의의 구현예 중 다른 측면에서, 치료될 대상체는 ECOG 0-1을 포함하거나 ECOG 2 대상체를 포함하지 않는다. 임의의 구현예 중 일부 측면에서, 치료될 대상체는 2 개 이상의 선행 요법에 실패했다. 일부 구현예에서, 대상체는 변연부 림프종(MZL) 및 만성 림프구성 백혈병(CLL) (예를 들어, 리히터)에서 형질 전환된 DLBCL을 앓지 않는다. 일부 구현예에서, 대상체는 전반적으로 불량한 생존과 연관성이 있는 특징을 가진다. 일부 구현예에서, 대상체는 완전한 반응(CR)을 달성한 적이 없으며, 자가 줄기 세포 이식(ASCT)을 받은 적이 없고, 1 개 이상의 제2 방식 요법에 난치성이며, 1차 난치성 질병을 앓고/거나 2 또는 0 내지 1의 ECOG 수행 점수를 갖는다.
일부 구현예에서, 치료될 대상체는, 2 치료 방식의 실패 및 0-2의 ECOG 점수 후 미만성 거대 B 세포 림프종(DLBCL), 새롭거나 무통성 림프종에서 형질 전환(달리 명시되지 않은, NOS), 1차 종격동 거대 B 세포 림프종(PMBCL) 및 여포성 림프종 등급 3B(FL3B)를 앓는 대상체 그룹을 포함하고, 대상체는 선택적으로 동종 이계 줄기 세포 이식(SCT)으로 앞서 치료되었다. 일부 구현예에서, 치료될 대상체는, 2 치료 방식의 실패 및 0-2의 ECOG 점수 후 미만성 거대 B 세포 림프종(DLBCL), 새롭거나 무통성 림프종에서 형질 전환(달리 명시되지 않은, NOS), 1차 종격동 거대 B 세포 림프종(PMBCL) 및 여포성 림프종 등급 3B(FL3B)를 앓는 대상체 그룹을 포함한다. 일부 구현예에서, 대상체는 선택적으로 동종 이계 줄기 세포 이식(SCT)으로 앞서 치료되었다. 일부 구현예에서, 대상체는, 대상체가 불량한 수행 상태(예를 들어, ECOG 2)를 갖고/거나 변연부 림프종(MZL) 또는 만성 림프구성 백혈병(CLL, 리히터)에서 형질 전환된 DLBCL을 앓는 경우 치료를 위해 선택되지 않거나 치료에서 제외된다. 따라서, 일부 구현예에서, 대상체는, 대상체가 2 치료 방식의 실패 및 0 또는 1의 ECOG 점수 후 미만성 거대 B 세포 림프종(DLBCL), 새롭거나 무통성 림프종에서 형질 전환(NOS), 1차 종격동 거대 B 세포 림프종(PMBCL) 및 여포성 림프종 등급 3B(FL3B)를 앓는 경우 치료를 위해 선택되고, 대상체는 선택적으로 동종 이계 줄기 세포 이식(SCT)으로 앞서 치료되었으나 연부 림프종(MZL) 또는 만성 림프구성 백혈병(CLL, 리히터)에서 형질 전환된 DLBCL을 앓지 않는다.
일부 구현예에서, 암은 하나 이상의 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 과발현 또는 이상 발현에 의해 특성화된다. 일부 구현예에서, 암은 BCL2의 과발현 또는 이상 발현에 의해 특성화된다. 일부 경우에, BCL2의 과발현이 (14;18)(q32;q21) 전위에 의해 야기될 수 있다. 일부 경우에, BCL2의 과발현이 BCL2 단백질을 암호화하는 유전자의 증폭에 의해 야기될 수 있다. 일부 구현예에서, 암은 BCLXL, MCL1, 및/또는 BFL1의 과발현 또는 이상 발현에 의해 특성화된다. 일부 구현예에서, 암은 친생존 BCL2 패밀리 단백질을 암호화하는 하나 이상의 유전자 내 돌연변이로 특성화된다. 일부 구현예에서, 암은 BCL2 단백질을 암호화하는 유전자 내 돌연변이로 특성화된다. 일부 경우에, 돌연변이는 (14;18)(q32;q21) 전위이다. 일부 구현예에서, 암은 면역 요법 또는 세포 요법으로의 치료에 대해 내성이 있다. 일부 구현예에서, 암은 세포 요법, 예컨대 CAR 발현 T 세포 요법으로의 치료에 대해 내성이 있다. 일부 구현예에서, 암은 CD19 표적화 CAR T 세포 요법으로의 치료에 대해 내성이 있다. 일부 구현예에서, 억제제는 면역 요법 또는 세포 요법으로의 치료에 대해 암을 민감하게 한다. 일부 구현예에서, 억제제는 세포 요법, 예컨대 CAR 발현 T 세포 요법으로의 치료에 대해 암을 민감하게 한다. 일부 구현예에서, 억제제는 CD19 표적화 CAR T 세포 요법으로의 치료에 대해 암을 민감하게 한다.
일부 구현예에서, 암 또는 증식성 질병은 비-혈액암이다. 일부 구현예에서, 암은 고형 암 또는 종양이다. 일부 구현예에서, 암은 방광암이다. 일부 구현예에서, 암은 뇌암이다. 일부 구현예에서, 암은 유방암이다. 일부 구현예에서, 암은 자궁 경부암이다. 일부 구현예에서, 암은 결장직장암이다. 일부 구현예에서, 암은 내막암이다. 일부 구현예에서, 암은 두부 및/또는 경부의 암이다. 일부 구현예에서, 암은 폐암이다. 일부 구현예에서, 암은 난소암이다. 일부 구현예에서, 암은 췌장암이다. 일부 구현예에서, 암은 신장암이다. 일부 구현예에서, 암은 피부암이다.
일부 구현예에서, 여기 제공된 병용 요법은, T 세포 요법(예를 들어, CAR+ T 세포) 또는 T 세포 관여 요법의 투여 부재 하에 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제, 예를 들어 BCL2 억제제, 예컨대 베네토클락스로 사전 치료된 대상체에서 수행된다. 일부 경우에, 상기 사전 치료 후, 대상체는 6 개월 이상 동안 상기 사전 치료를 받은 후 난치성 및/또는 이에 대한 내성이 발달, 완화 후 재발, CR을 달성하지 못했고/거나 공격적인 질병 및/또는 암의 고위험 특징을 나타낸다. 따라서, 제공된 병용 요법이 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제, 예를 들어 BCL2 억제제, 예컨대 베네토클락스를 사전에 투여받았던 대상체에서 수행될 수 있음이 이해된다. 본 발명에서 억제제의 투여 시기에 대한 기준은 제공된 병용 요법 방법과 부합되게 면역 요법 또는 면역제, 예를 들어 T 세포 요법(예를 들어, CAR+ T 세포) 또는 T 세포 관여 요법에 관한 투여 시기를 참조하고, 대상체가 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제, 예를 들어 BCL2 억제제, 예컨대 베네토클락스를 추가적으로 사전에 투여받았을 가능성을 배제하지 않는다.
질병의 예방 또는 치료를 위해, 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제 및/또는 면역 요법, 예컨대 T 세포 요법(예를 들어, CAR 발현 T 세포) 또는 T 세포 관여 요법의 적절한 투여량이, 치료될 질병의 유형, 특정 억제제, 세포 및/또는 세포 상에 발현된 재조합 수용체, 질병의 중증도 및 진행 과정, 투여 경로, 억제제 및/또는 면역 요법, 예를 들어 T 세포 요법이 예방 또는 치료 목적으로 투여되는지 여부, 사전 요법, 투여 빈도, 대상체의 임상 이력 및 세포에 대한 반응 및 주치의의 판단에 따라 달라질 수 있다. 일부 구현예에서, 조성물 및 세포가 한 번에 또는 일련의 치료에 걸쳐 대상체에 적합하게 투여된다. 제공된 병용 요법을 위한 예시적인 투여량 요법 및 일정이 설명된다.
일부 구현예에서, 면역 요법, 예를 들어, T 세포 요법 및 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제가, 또 다른 치료적 개입과 동시에 또는 순차적으로 어떠한 순서로든 투여될 수 있는 추가 병용 치료의 일부로 투여된다. 일부 상황에서, 면역 요법, 예를 들어 조작된 T 세포, 예컨대 CAR 발현 T 세포가, 면역 요법이 하나 이상의 추가 치료제의 효과를 향상(또는 반대로)시키도록 시간에 있어 충분히 가깝게 또 다른 요법과 공투여된다. 일부 구현예에서, 세포가 하나 이상의 추가 치료제보다 앞서 투여된다. 일부 구현예에서, 면역 요법, 예를 들어 조작된 T 세포, 예컨대 CAR 발현 T 세포가 하나 이상의 추가 치료제 후에 투여된다. 일부 구현예에서, 병용 요법 방법은 림프구 고갈 요법, 예컨대 화학 치료제의 투여를 더 포함한다. 일부 구현예에서, 병용 요법은 또 다른 치료제, 예컨대 항암제, 체크포인트 억제제 또는 또 다른 면역 조절제의 투여를 더 포함한다. 용도는 상기 방법 및 치료에서 병용 요법의 용도 및 상기 병용 요법 방법을 수행하기 위한 약제의 제조에서 상기 조성물의 용도를 포함한다. 일부 구현예에서, 방법 및 용도는 대상체 내 질병 또는 병태 또는 장애, 예컨대 암 또는 증식성 질병을 이로써 치료한다.
일부 구현예에서, 면역 요법, 예를 들어, T 세포 요법 및 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제가 임의의 다른 병용 치료없이 투여된다. 일부 구현예에서, 면역 요법, 예를 들어, T 세포 요법 및 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제가 임의의 다른 병용 치료, 예컨대 이브루티닙 및/또는 리툭시맙없이 투여된다.
일부 구현예에서, 면역 요법(예를 들어, T 세포 요법, 예컨대 CAR-T 세포 요법) 및/또는 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제의 투여 전, 중, 또는 후에, 면역 요법의 생물학적 활성, 예를 들어 조작된 세포 집단의 생물학적 활성이, 예를 들어 다수의 임의의 공지된 방법에 의해 측정된다. 평가 파라미터는, 조작된 세포가 표적 세포를 파괴하는 능력, 예컨대 당업계에 공지된 임의의 적합한 방법을 사용하여 측정된 T 세포 활성의 지속성 및 다른 측정, 예컨대 하기 섹션 III에 더 기재된 분석을 포함한다. 일부 구현예에서, T 세포 기반 요법을 위해 투여된 세포, 예를 들어 T 세포의 생물학적 활성이, 예컨대 항원으로 재자극시 세포 독성 세포 사멸, 하나 이상의 사이토카인의 발현 및/또는 분비, 증식 또는 증폭을 분석함으로써 측정된다. 일부 측면에서, 생물학적 활성이 질병 부담 및/또는 임상 결과, 예컨대 종양 부담 또는 부하 감소를 분석함으로써 측정된다. 일부 측면에서, 생물학적 활성이 대상체의 호중구 감소증의 존재를 분석함으로써 측정된다. 일부 구현예에서, 병용 요법 중 하나 또는 2 개의 제제 모두의 투여 및/또는 요법의 임의의 반복 투여가, 병용 요법 중 하나 또는 2 개의 제제 모두의 투여 전, 중, 이의 과정 중 또는 후 분석의 결과에 근거하여 결정될 수 있다.
일부 구현예에서, 세포 요법과 조합으로 억제제의 병용 효과가, 억제제 또는 세포 요법 단독 요법만을 수반하는 치료와 비교하여 상승적일 수 있다. 일부 구현예에서, 세포 요법과 조합으로 억제제의 하위 치료적 유효량의 병용 효과가, 억제제 또는 세포 요법으로 단독 요법만을 수반하는 치료와 비교하여 상승적일 수 있다. 일부 구현예에서, 세포 요법의 하위 치료적 유효량과 조합으로 억제제의 하위 치료적 유효량의 병용 효과가, 억제제 또는 세포 요법으로 단독 요법만을 수반하는 치료와 비교하여 상승적일 수 있다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 여기 제공된 방법, 조성물 및 제조 물품이, 바람직한 치료 효과의 증가 또는 개선, 예컨대 암과 연관된 하나 이상의 증상의 감소 또는 억제에서 증가 또는 개선을 초래한다.
일부 구현예에서, 억제제가 조작된 T 세포, 예컨대 CAR T 세포의 증폭, 증식 또는 세포 독성을 증가시킨다. 일부 구현예에서, 증폭, 증식 또는 세포 독성의 증가가 대상체에 투여 시 생체 내에서 관찰된다. 일부 구현예에서, 조작된 T 세포, 예를 들어 CAR T 세포 수의 증가가, (약) 1.2 배, 1.5 배, 2.0 배, 3.0 배, 4.0 배, 5.0 배, 6.0 배, 7.0 배, 8.0 배, 9.0 배, 10.0 배 이상을 초과하여 증가된다. 일부 구현예에서, 암 세포에 대한 조작된 T 세포, 예를 들어 CAR T 세포의 세포 독성의 증가가, (약) 1.2 배, 1.5 배, 2.0 배, 3.0 배, 4.0 배, 5.0 배, 6.0 배, 7.0 배, 8.0 배, 9.0 배, 10.0 배 이상을 초과하여 증가된다.
A. 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제의 투여
제공된 병용 요법 방법, 병용물, 키트 및 용도는, 면역 요법 또는 세포 요법, 예를 들어, 키메라 항원 수용체(CAR)를 발현하는 T 세포의 투여 및/또는 T 세포 요법의 투여 전에 시작하고 T 세포 요법의 투여 개시까지 또는 T 세포 요법의 투여 개시 후 계속될 수 있는 투여 전, 후, 중, 동시에 또는 거의 동시에, 연속적으로 및/또는 간헐적으로 투여될 수 있는 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제(예를 들어, 베네토클락스)의 투여를 수반한다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질은, 생존을 촉진하고/거나 전-세포자멸사 신호 전달을 완화하는 능력을 갖는 BCL2 패밀리 단백질이다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질은 항-세포자멸사인 BCL2 패밀리 단백질이다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질은 암 세포의 생존을 촉진하는 능력을 갖는 BCL2 패밀리 단백질이다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질은 암 세포의 전-세포자멸사 신호 전달을 약화시키는 능력을 갖는 BCL2 패밀리 단백질이다.
일부 구현예에서, 병용 요법의 억제제는, 일부 경우에, 예컨대 세포의 내인성 세포 자멸사 경로를 통해 세포 내 항-세포자멸사(친생존) 신호 전달의 조절 및 보급에 관련된 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제(예를 들어, 베네토클락스)이다. 일부 경우에, 친생존 BCL2 패밀리 단백질은, 세포의 내인성 세포 자멸사 경로를 통해, 미토콘드리아를 통해 항세포자멸사(친생존) 신호 전달을 포함한 세포 자멸사 신호 전달에 관련된다. 일부 경우에, 친생존 BCL2 패밀리 단백질은, 미토콘드리아 내 그랜자임 및/또는 페르포린-매개 세포 자멸사를 통한 항세포자멸사(친생존) 신호 전달에 관련된다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제(예를 들어, 베네토클락스)는, BCL2, BCLXL(B-cell lymphoma extra-large), BCL2 관련 단백질 A1(BFL1), BCL2 유사 단백질 2(BCLW), BCL2 유사 단백질 10(BCLB) 및 유도된 골수성 백혈병 세포 분화 단백질(MCL1)을 포함한 BCL2 패밀리의 하나 이상의 친생존 단백질의 억제제이다.
일부 구현예에서, 억제제(예를 들어, 베네토클락스)는 BCL2 상동성(BH) 도메인과 상호 작용한다. 일부 구현예에서, 억제제는 BH3의 모방체이다. 일부 구현예에서, 억제제는 BH3 결합 도메인을 차지하는 BH3 모방체이다. 일부 구현예에서, 억제제는 BH3 결합 도메인을 차지하고/거나 BCL2로부터 전-세포자멸사 BH3 단독 단백질을 전치하는 BH3 모방체이다. 일부 구현예에서, 억제제는 BCL2와 BH3 도메인을 갖는 단백질 사이 상호 작용을 차단 또는 감소시킨다. 일부 구현예에서, 억제제가 BH3 결합 도메인을 차지하여 친생존 BCL2 패밀리 단백질, 예컨대 BCL2 또는 BCLXL와 전-세포자멸사 BCL2 패밀리 단백질, 예컨대 BAD, BAX, 또는 BAK의 이종이량체화를 차단 또는 감소시킨다. 일부 구현예에서, 억제제가 BCL2의 인산화를 감소 또는 차단한다.
일부 구현예에서, 억제제(예를 들어, 베네토클락스)가 친생존(항세포자멸사) 신호 전달을 감소시킨다. 일부 경우에, 친생존 신호 전달의 감소가 세포의 세포자멸사 역치를 낮춘다. 일부 경우에, 세포자멸사가 세포의 내인성 미토콘드리아-매개 세포 자멸사 경로에 의해 달성된다. 일부 경우에, 친생존 신호 전달의 감소 및/또는 세포자멸사 역치값의 감소가 세포를 세포 사멸에 민감하게 하고/거나 세포 사멸을 증가시킨다. 일부 경우에, 친생존 신호 전달의 감소 및/또는 세포자멸사 역치값의 감소가 세포를 하나 이상의 다른 제제에 의한 세포 사멸에 민감하게 하고/거나 하나 이상의 다른 제제에 의한 세포 사멸을 증가시킨다. 일부 경우에, 친생존 신호 전달의 감소 및/또는 세포자멸사 역치값의 감소가 BAX를 유도함으로써 및/또는 BAK 의존적 세포 자멸사에 의해 달성된다. 일부 경우에, 친생존 신호 전달의 감소 및/또는 세포자멸사 역치값의 감소가, 세포를 세포 독성 요법, 예컨대 면역 요법 또는 세포 요법(예를 들어, CAR 발현 T 세포 요법)에 의한 세포 사멸에 민감하게 한다. 일부 경우에, 친생존 신호 전달의 감소 및/또는 세포자멸사 역치값의 감소가, 페르포린 및 그랜자임-매개 경로를 포함한 세포 사멸 경로 표적화된 CAR T 세포에 세포를 민감하게 한다(Benmabarek et al. (2019) Intl. J. Mol. Sci. (20):1283).
일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제(예를 들어, 베네토클락스)는 선택적인 BCL2 억제제이다. 일부 구현예에서, 선택적인 BCL2 억제제는, 다른 친생존 BCL2 패밀리 단백질(예를 들어, BCLXL, BCLW, BCLB, MCL1)의 억제제보다 더 높은 정도로 BCL2 활성 및/또는 신호 전달을 감소 또는 차단하는 투약 방식(예를 들어, 용량 및/또는 지속 기간)으로 제공될 수 있는 화합물 또는 제제, 예컨대 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제이다. 일부 경우에, 선택적인 BCL2 억제제는 투약 방식으로 제공될 때 BCL2 신호 전달의 활성 및/또는 활성을 감소 또는 차단하나, 동일한 투약 방식으로 제공될 때 다른 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 신호 전달 및/또는 활성을 감소 또는 차단하지 않는다. 일부 경우에, 선택적인 BCL2 억제제는 투약 방식으로 제공될 때 다른 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 활성 및/또는 신호 전달에 최소한의 영향을 발휘하거나 또는 어떠한 영향도 발휘하지 않는다.
일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제는 비선택적인 BCL2 억제제이다. 일부 구현예에서, 비선택적인 BCL2 억제제는, 하나 이상의 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 활성을 감소 또는 차단하는 화합물 또는 제제, 예컨대 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제이다. 일부 경우에, 비선택적인 BCL2 억제제는, 친생존 BCL2 패밀리 단백질, 예를 들어, BCL2의 활성 및/또는 신호 전달을 감소 또는 차단하고, 하나 이상의 다른 친생존 BCL2 패밀리 단백질(예를 들어, BCLXL, BCLW, BCLB, MCL1)의 활성 및/또는 신호 전달을 추가적으로 감소 또는 차단하는 투약 방식(예를 들어, 용량 및/또는 지속 기간)으로 제공될 수 있는 화합물 또는 제제, 예컨대 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제이다. 일부 경우에, 비선택적인 BCL2 억제제는 투약 방식으로 제공될 때 친생존 BCL2 패밀리 단백질(예를 들어, BCL2)의 활성 및/또는 신호 전달을 감소 또는 차단하고, 동일한 투약 방식으로 제공될 때 하나 이상의 다른 친생존 BCL2 패밀리 단백질(예를 들어, BCLXL, BCLW, BCLB, MCL1)의 신호 전달 및/또는 활성을 또한 감소 또는 차단한다.
일부 구현예에서, 억제제는, (약) 1000 nM 미만, (약) 900 nM 미만, (약) 800 nM 미만, (약) 700 nM 미만, (약) 600 nM 미만, (약) 500 nM 미만, (약) 400 nM 미만, (약) 300 nM 미만, (약) 200 nM 미만, (약) 100 nM 미만, (약) 90 nM 미만, (약) 80 nM 미만, (약) 70 nM 미만, (약) 60 nM 미만, (약) 50 nM 미만, (약) 40 nM 미만, (약) 30 nM 미만, (약) 20 nM 미만, (약) 10 nM 미만, (약) 9 nM 미만, (약) 8 nM 미만, (약) 7 nM 미만, (약) 6 nM 미만, (약) 5 nM 미만, (약) 4 nM 미만, (약) 3 nM 미만, (약) 2 nM 미만, (약) 1 nM 미만, (약) 0.9 nM 미만, (약) 0.8 nM 미만, (약) 0.7 nM 미만, (약) 0.6 nM 미만, (약) 0.5 nM 미만, (약) 0.4 nM 미만, (약) 0.3 nM 미만, (약) 0.2 nM 미만, (약) 0.1 nM 미만, 또는 (약) 0.01 nM 미만의 반최대 억제 농도(IC50)로 BCL2를 억제한다. 일부 구현예에서, 억제제는, (약) 1000 nM 미만, (약) 900 nM 미만, (약) 800 nM 미만, (약) 700 nM 미만, (약) 600 nM 미만, (약) 500 nM 미만, (약) 400 nM 미만, (약) 300 nM 미만, (약) 200 nM 미만, (약) 100 nM 미만, (약) 90 nM 미만, (약) 80 nM 미만, (약) 70 nM 미만, (약) 60 nM 미만, (약) 50 nM 미만, (약) 40 nM 미만, (약) 30 nM 미만, (약) 20 nM 미만, (약) 10 nM 미만, (약) 9 nM 미만, (약) 8 nM 미만, (약) 7 nM 미만, (약) 6 nM 미만, (약) 5 nM 미만, (약) 4 nM 미만, (약) 3 nM 미만, (약) 2 nM 미만, (약) 1 nM 미만, (약) 0.9 nM 미만, (약) 0.8 nM 미만, (약) 0.7 nM 미만, (약) 0.6 nM 미만, (약) 0.5 nM 미만, (약) 0.4 nM 미만, (약) 0.3 nM 미만, (약) 0.2 nM 미만, (약) 0.1 nM 미만, 또는 (약) 0.01 nM 미만의 반최대 억제 농도(IC50)로 하나 이상의 다른 친생존 BCL2 패밀리 단백질, 예컨대 BCLXL, BCLW, BCLB, 및/또는 MCL1을 억제한다.
일부 구현예에서, BCL2에 대한 억제제의 억제 상수(Ki)가, 하나 이상의 다른 친생존 BCL2 패밀리 단백질, 예컨대 BCLXL, BCLW, BCLB, 및/또는 MCL1에 대한 억제제의 억제 상수(Ki)보다 더 작다. 일부 구현예에서, BCL2에 대한 억제제의 억제 상수(Ki)가, 하나 이상의 다른 친생존 BCL2 패밀리 단백질, 예컨대 BCLXL, BCLW, BCLB, 및/또는 MCL1에 대한 억제제의 억제 상수(Ki)보다 10 배 이상, 100 배 이상, 1,000 배 이상, 5,000 배 이상, 10,000 배 이상, 20,000 배 이상 더 작다. 일부 구현예에서, BCL2에 대한 억제제의 억제 상수(Ki)가, 하나 이상의 다른 친생존 BCL2 패밀리 단백질, 예컨대 BCLXL, BCLW, BCLB, 및/또는 MCL1에 대한 억제제의 억제 상수(Ki)보다 1,000 배 이상 더 작다. 일부 구현예에서, BCL2에 대한 억제제의 억제 상수(Ki)가, 하나 이상의 다른 친생존 BCL2 패밀리 단백질, 예컨대 BCLXL, BCLW, BCLB, 및/또는 MCL1에 대한 억제제의 억제 상수(Ki)보다 5,000 배 이상 더 작다. 일부 구현예에서, BCL2에 대한 억제제의 억제 상수(Ki)가, 하나 이상의 다른 친생존 BCL2 패밀리 단백질, 예컨대 BCLXL, BCLW, BCLB, 및/또는 MCL1에 대한 억제제의 억제 상수(Ki)보다 10,000 배 이상 더 작다. 일부 구현예에서, BCL2에 대한 억제제의 억제 상수(Ki)가, 하나 이상의 다른 친생존 BCL2 패밀리 단백질, 예컨대 BCLXL, BCLW, BCLB, 및/또는 MCL1에 대한 억제제의 억제 상수(Ki)보다 20,000 배 이상 더 작다. 일부 구현예에서, BCL2에 대한 억제제의 억제 상수(Ki)가, BCLXL에 대한 억제제의 억제 상수(Ki)보다 1,000 배 이상 더 작다. 일부 구현예에서, BCL2에 대한 억제제의 억제 상수(Ki)가, BCLXL에 대한 억제제의 억제 상수(Ki)보다 4,000 배 이상 더 작다. 일부 구현예에서, BCL2에 대한 억제제의 억제 상수(Ki)가, BCLW에 대한 억제제의 억제 상수(Ki)보다 20,000 배 이상 더 작다.
일부 구현예에서, BCL2에 대한 억제제의 억제 상수(Ki)가, 약 10 μM 미만이다. 일부 구현예에서, BCL2에 대한 억제제의 억제 상수(Ki)가, 약 1 μM 미만이다. 일부 구현예에서, BCL2에 대한 억제제의 억제 상수(Ki)가, 약 0.1 μM 미만이다. 일부 구현예에서, BCL2에 대한 억제제의 억제 상수(Ki)가, 약 10 nM 미만이다. 일부 구현예에서, BCL2에 대한 억제제의 억제 상수(Ki)가, 약 1.0 nM 미만이다. 일부 구현예에서, BCL2에 대한 억제제의 억제 상수(Ki)가, 약 0.1 nM 미만이다. 일부 구현예에서, BCL2에 대한 억제제의 억제 상수(Ki)가, 약 0.01 nM 미만이다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 다른 친생존 BCL2 패밀리 단백질, 예컨대 BCLXL, BCLW, BCLB, 및/또는 MCL1에 대한 억제제의 억제 상수(Ki)가 약 10 μM 미만이다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 다른 친생존 BCL2 패밀리 단백질, 예컨대 BCLXL, BCLW, BCLB, 및/또는 MCL1에 대한 억제제의 억제 상수(Ki)가 약 1 μM 미만이다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 다른 친생존 BCL2 패밀리 단백질, 예컨대 BCLXL, BCLW, BCLB, 및/또는 MCL1에 대한 억제제의 억제 상수(Ki)가 약 0.1 μM 미만이다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 다른 친생존 BCL2 패밀리 단백질, 예컨대 BCLXL, BCLW, BCLB, 및/또는 MCL1에 대한 억제제의 억제 상수(Ki)가 약 10 nM 미만이다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 다른 친생존 BCL2 패밀리 단백질, 예컨대 BCLXL, BCLW, BCLB, 및/또는 MCL1에 대한 억제제의 억제 상수(Ki)가 약 1.0 nM 미만이다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 다른 친생존 BCL2 패밀리 단백질, 예컨대 BCLXL, BCLW, BCLB, 및/또는 MCL1에 대한 억제제의 억제 상수(Ki)가 약 0.1 nM 미만이다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 다른 친생존 BCL2 패밀리 단백질, 예컨대 BCLXL, BCLW, BCLB, 및/또는 MCL1에 대한 억제제의 억제 상수(Ki)가 약 0.01 nM 미만이다.
일부 구현예에서, IC50, Kd 및/또는 Ki가 시험관 내 분석을 이용하여 측정 또는 결정된다. 기재된 바와 같은 단백질 티로신 키나제 억제제의 활성을 평가 또는 정량화 또는 측정하는 분석이 당업계에 공지되어 있다. 상기 분석은 시험관 내에서 시행될 수 있고, 특정 생물학적 또는 생화학적 기능을 억제하는 항원의 능력을 평가하는 분석을 포함한다. 일부 구현예에서, 키나제 활성 연구가 수행될 수 있다. 단백질 티로신 키나제는, ATP(adenosine triphosphate)로부터 키나제 자체 또는 또 다른 단백질 기질의 티로신 잔기의 히드록실기로 말단 인산기의 전달을 촉매한다. 일부 구현예에서, 키나제 활성이 ATP의 존재 하에 기질(예를 들어, 억제제)과 키나제를 인큐베이션함으로써 측정될 수 있다. 일부 구현예에서, 특정 키나제에 의한 인산화된 기질의 측정이, 비색, 방사능 및 형광 검출을 포함한 몇몇 리포터 시스템에 의해 분석될 수 있다(Johnson, S.A. & T. Hunter (2005) Nat. Methods 2:17). 일부 구현예에서, 억제제가, 예컨대 경쟁 리간드 결합 분석을 이용함으로써 특정 키나제 또는 키나제에 대한 이의 친화도에 대해 분석될 수 있다(Ma et al., Expert Opin Drug Discov. 2008 Jun; 3(6):607-621). 상기 분석으로부터, 반최대 억제 농도(IC50)가 계산될 수 있다. IC50은 최대값의 50%까지 생물학적 또는 생화학적 반응 또는 기능을 감소시키는 농도이다. 일부 경우에, 예컨대 키나제 활성 연구에서, IC50은 50%까지 표적 키나제 활성을 억제하는 데 필요한 화합물의 농도이다.　일부 경우에, 해리 상수(Kd) 및/또는 억제 상수(Ki 값)가 추가적 또는 대안적으로 결정될 수 있다. IC50 및 Kd가 당업계에 공지된 임의의 수의 방법으로 계산될 수 있다. 억제 상수(Ki 값)가, Cheng-Prusoff 방정식: Ki = IC50/(1+L/Kd)에 따라 IC50 및 Kd로부터 계산될 수 있고, 여기서 L은 억제제의 농도이다(Biochem Pharmacol 22: 3099-3108, 1973). Ki는 리간드 또는 다른 경쟁자의 부재 하에 존재하는 결합 부위 중 50%의 점유를 야기하는 비표지 억제제의 농도이다.
일부 구현예에서, 억제제는 소분자이다.
일부 구현예에서, 억제제는, 이의 전문이 참조로 각각 포함된 문헌[미국 특허 번호 9,174,982, 미국 특허 번호 8,546,399, 미국 특허 번호 7,030,115, 미국 특허 번호 7,390,799, 미국 특허 번호 7,709,467, 미국 특허 번호 8,624,027, 미국 특허 번호 7,906,505, 미국 특허 번호 6,720,338, PCT 출원 공개 번호 WO 13/096060, PCT 출원 공개 번호 WO 02/097053, 미국 출원 공개 번호 US 2016/0220573, 미국 특허 번호 7,354,928, 미국 출원 공개 번호 2015/0056186, 및 PCT 출원 공개 번호 WO 05/049594]에 기재된 것을 포함하나 이에 국한되지 않는 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제이다.
일부 구현예에서, 억제제는 MCL1, 예컨대 마리토클락스(maritoclax)를 억제한다. 일부 구현예에서, 억제제는 BCL2, BCLXL, 및 BCLW, 예컨대 나비토클락스를 억제한다. 일부 구현예에서, 억제제는 BCL2, 예컨대 베네토클락스를 억제한다.
일부 구현예에서, 억제제는 BCL2, BCLXL, BCLW, BCLB, BFL1, 및/또는 MCL1의 활성을 억제 또는 감소시킨다. 일부 구현예에서, 억제제는 MCL1, 예컨대 마리토클락스의 활성을 억제 또는 감소시킨다. 일부 경우에, 억제제는 MCL1의 단백질분해효소복합체의 분해를 유도한다. 일부 경우에, 억제제는 MCL1의 축적을 유도한다. 일부 경우에, 억제제는 마리토클락스이다. 일부 경우에, 억제제는 구조
Figure pct00002
또는 이의 약학적으로 허용 가능한 염, 용매화물, 수화물, 입체 이성질체, 호변 이성질체 또는 라세미 혼합물을 갖고, 이의 조성물을 포함한다.
일부 구현예에서, 억제제는 BCL2, BCLXL, 및 BCLW, 예컨대 나비토클락스의 활성을 억제 또는 감소시킨다. 일부 경우에, 억제제는 나비토클락스이다. 일부 경우에, 억제제는, 암을 앓는 대상체의 치료를 위해 구조
Figure pct00003
또는 이의 약학적으로 허용 가능한 염, 용매화물, 수화물, 입체 이성질체, 호변 이성질체 또는 라세미 혼합물을 갖고, 이의 조성물을 포함한다.
일부 구현예에서, 억제제는 BCL2, 예컨대 베네토클락스의 활성을 억제 또는 감소시킨다. 일부 경우에, 억제제는 베네토클락스이다. 일부 경우에, 억제제는 구조
Figure pct00004
또는 이의 약학적으로 허용 가능한 염, 용매화물, 수화물, 입체 이성질체, 호변 이성질체 또는 라세미 혼합물을 갖고, 이의 조성물을 포함한다.
예시적인 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제는, 베네토클락스(ABT-199), 나비토클락스(ABT-263), ABT-737, AT-101/GDC-0199 (Gossypol), 아포고시폴(apogossypol), TW-37, G3139(Genasense), GX15-070(obatoclax), 사부토클락스, HA14-1, 안티마이신 A, BH3I-1, YC137, 마리토클락스(marinopyyrole A), 클리토신, UMI-77, WEHI-539, 및 544563을 포함하나 이에 국한되지 않는다.
1. 조성물 및 제형
여기 제공된 병용 요법 방법, 병용물, 키트 및 용도의 일부 구현예에서, 병용 요법은 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제, 예를 들어 BCL2 억제제 및/또는 세포 독성 요법, 예를 들어 T 세포 요법을 함유하는 하나 이상의 조성물, 예를 들어 약학 조성물로 투여될 수 있다.
일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예컨대 BCL2 억제제, 예를 들어 베네토클락스를 함유하는 조성물, 예를 들어 약학 조성물은, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예컨대 BCL2 억제제, 예를 들어 베네토클락스 및/또는 세포가 이와 함께 투여되는 담체, 예컨대 희석제, 보조제, 부형제 또는 비히클을 포함할 수 있다. 적합한 약학적 담체의 예가 문헌["Remington's Pharmaceutical Sciences" by E. W. Martin]에 기재되어 있다. 상기 조성물은 환자에 적절한 투여를 위한 형태를 제공하기 위해 적합한 양의 담체와 함께 일반적으로 정제된 형태로, 치료적 유효량의 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예컨대 BCL2 억제제, 예를 들어 베네토클락스를 함유할 것이다. 상기 약학적 담체는 땅콩유, 대두유, 광유 및 참기름과 같은 석유, 동물, 식물 또는 합성 기원의 것을 포함한 오일 및 물과 같은 멸균 액체일 수 있다. 식염 용액 및 수성 덱스트로오스 및 글리세롤 용액이 액체 담체로, 특히 주사용 용액으로 또한 이용될 수 있다. 약학 조성물은 희석제(들), 보조제(들), 항점착제(들), 결합제(들), 코팅제(들), 충진제(들), 풍미제(들), 착색제(들), 윤활제(들), 활공제(들), 방부제(들), 세정제(들), 흡착제(들), 유화제(들), 약학적 부형제(들), pH 완충제(들) 또는 감미료(들) 및 이의 조합물 중 어느 하나 이상을 함유할 수 있다. 일부 구현예에서, 약학 조성물은 액체, 고체, 동결 분말, 겔 형태 및/또는 이의 조합물일 수 있다. 일부 측면에서, 담체의 선택은 특정 억제제 및/또는 투여 방법에 의해 부분적으로 결정된다.
약학적으로 허용 가능한 담체는 일반적으로 사용된 투여량 및 농도에서 수용체에 비독성이며, 인산염, 구연산염 및 기타 유기산과 같은 완충제; 아스코르브산 및 메티오닌을 포함한 항산화제; 방부제(예컨대 옥타데실디메틸벤질 암모늄 클로라이드; 헥사메토늄 클로라이드; 벤잘코늄 클로라이드; 벤제토늄 클로라이드; 페놀, 부틸 또는 벤질 알코올; 메틸 또는 프로필 파라벤과 같은 알킬 파라벤; 카테콜; 레조르시놀; 시클로헥사놀; 3-펜탄올; 및 m-크레졸); 저분자량(약 10 잔기 미만) 폴리펩티드; 혈청 알부민, 젤라틴 또는 면역 글로불린과 같은 단백질; 폴리비닐피롤리돈과 같은 친수성 중합체; 글리신, 글루타민, 아스파라긴, 히스티딘, 아르기닌 또는 리신과 같은 아미노산; 글루코오스, 만노오스 또는 덱스트린을 포함하는 단당류, 이당류 및 기타 탄수화물; EDTA와 같은 킬레이팅제; 수크로오스, 만니톨, 트레할로스 또는 솔비톨과 같은 당; 나트륨과 같은 염 형성 카운터 이온; 금속 착물(예를 들어, Zn-단백질 복합체); 및/또는 폴리에틸렌 글리콜(PEG)과 같은 비이온 계면활성제, 안정화제 및/또는 방부제를 포함하나 이에 국한되지 않는다. 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예컨대 BCL2 억제제, 예를 들어 베네토클락스를 함유하는 조성물이 또한 동결 건조될 수 있다.
일부 구현예에서, 약학 조성물은 근육내, 정맥내, 피내, 병변내, 복강내 주사, 피하, 종양내, 경막외, 비강, 구강, 질, 직장, 국소, 국부, 귀, 흡입, 볼(예를 들어, 설하) 및 경피 투여 또는 임의의 경로를 포함하여 당업자에게 공지된 임의의 경로에 의한 투여를 위해 제형화될 수 있다. 일부 구현예에서, 다른 투여 방식이 또한 고려된다. 일부 구현예에서, 투여는, 볼루스 주입, 주사, 예를 들어 정맥내 또는 피하 주사, 안구내(intraocular) 주사, 안구주위(periocular) 주사, 망막하(subretinal) 주사, 유리체내(intravitreal) 주사, 중격경유성(trans-septal) 주사, 공막하(subscleral) 주사, 맥락막내(intrachoroidal) 주사, 전방내(intracameral) 주사, 결막하 주사(subconjectval injection, subconjuntival injection), 서브 테논(sub-Tenon) 주사, 안구뒤(retrobulbar) 주사, 안구주위(peribulbar) 주사 또는 후부 점막 주사(posterior juxtascleral) 전달에 의한다. 일부 구현예에서, 투여는 비경구, 폐내 및 비강내 및 국소 치료가 바람직한 경우 병변내 투여에 의한다. 비경구 주입은 근육내, 정맥내, 동맥내, 복강내 또는 피하 투여를 포함한다.
일부 구현예에서, 조성물은 다른 생물학적 활성제와 함께 순차적으로, 간헐적으로 또는 동일한 조성물로 또한 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 투여는 펌프에 의한 것과 같은 제어 방출 디바이스 및 제어 방출 제형을 포함한 제어 방출 시스템을 또한 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 투여는 경구이다.
일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예컨대 BCL2 억제제, 예를 들어 베네토클락스가 전형적으로 단위 투여량 형태 또는 다중 투여량 형태로 제형화되고 투여된다. 각 단위 용량은 필요한 약학적 담체, 비히클 또는 희석제와 함께 원하는 치료 효과를 생성하기에 충분한 미리 결정된 양의 치료적 활성 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스를 함유한다. 일부 구현예에서, 단위 투여량 형태는, 적합한 양의 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스를 함유하는 정제, 캡슐, 환약, 분말, 과립, 멸균 비경구 용액 또는 현탁액 및 경구 용액 또는 현탁액 및 오일 물 유화액을 포함하나 이에 국한되지 않는다. 단위 용량 형태는 앰플 및 주사기 또는 개별 포장된 정제 또는 캡슐에 함유될 수 있다. 단위 용량 형태는 분획 또는 이의 다수로 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 다중 용량 형태는 분리된 단위 용량 형태로 투여될 단일 컨테이너에 포장된 복수의 동일한 단위 투여량 형태이다. 다중 용량 형태의 예는 바이알, 정제 또는 캡슐 병 또는 파인트 또는 갤런 병을 포함한다.
2. 투약
일부 구현예에서, 제공된 병용 요법 방법은, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예컨대 BCL2 억제제, 예를 들어 베네토클락스 및 세포 독성 요법, 예컨대 면역 요법 또는 세포 요법(예를 들어, CAR 발현 T 세포)를 대상체에 투여하는 것을 포함한다.
일부 구현예에서, 제공된 병용 요법 방법은, 세포 독성 요법, 예컨대 T 세포 요법(예를 들어, CAR 발현 T 세포)의 개시 전, 후, 중, 이의 과정 중, 동시에, 거의 동시에, 순차적으로, 함께 및/또는 간헐적으로 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예컨대 BCL2 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여 개시를 포함한다. 일부 구현예에서, 제공된 구현예는, 요법의 투여 전에 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예컨대 BCL2 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여 개시를 포함하고, 요법의 투여 개시 또는 요법의 투여 개시 후까지 계속된다. 일부 구현예에서, "동시에(concurrently)"는, 병용 요법에서 억제제의 투여 및 세포 독성 요법의 투여가, 억제제의 하나 이상의 용량이 세포 독성 요법의 하나의 용량과 겹치고/거나 억제제의 투여 개시가 세포 독성 요법의 투여 개시와 동일한 시간에(예를 들어, 동일한 날 및/또는 동시에) 발생하고/거나 억제제의 투여 및 세포 독성 요법의 개시가 억제제의 약 3 내지 약 4 반감기 이내(예를 들어, 2 내지 5 일)인 점에서 서로 중복됨을 나타낸다. 일부 구현예에서, "동시에(concurrently)"는, 세포 독성 요법이 대상체에 투여되었으나 아직 정점 증폭에 도달하지 않은 동시에 정상 상태 농도(Css)로 대상체에 억제제가 존재하도록 투여하는 요법을 지칭한다.
일부 구현예에서, 제공된 병용 요법 방법은, 세포 독성 요법, 예컨대 T 세포 요법(예를 들어, CAR 발현 T 세포)의 개시 전 약 7 일 또는 후 약 14 일 사이의 시기에 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예컨대 BCL2 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여 개시를 포함한다. 일부 구현예에서, 제공된 병용 요법 방법은, 세포 독성 요법, 예컨대 T 세포 요법(예를 들어, CAR 발현 T 세포)의 개시 전 약 3 일 또는 후 약 14 일 사이의 시기에 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예컨대 BCL2 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여 개시를 포함한다. 일부 구현예에서, 제공된 병용 요법 방법은, 세포 독성 요법, 예컨대 T 세포 요법(예를 들어, CAR 발현 T 세포)의 개시 전 약 1 일 또는 후 약 14 일 사이의 시기에 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예컨대 BCL2 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여 개시를 포함한다.
일부 구현예에서, 제공된 병용 요법 방법은, 세포 독성 요법, 예컨대 T 세포 요법(예를 들어, CAR 발현 T 세포)의 개시 전 약 1 일 또는 후 약 8 일 사이의 시기에 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예컨대 BCL2 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여 개시를 포함한다.
일부 구현예에서, 제공된 병용 요법 방법은, 세포 독성 요법, 예컨대 T 세포 요법(예를 들어, CAR 발현 T 세포)의 개시와 동시에(예를 들어, 동일한 날 또는 함께) 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예컨대 BCL2 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여 개시를 포함한다.
일부 구현예에서, 제공된 병용 요법 방법은, 세포 독성 요법, 예컨대 T 세포 요법(예를 들어, CAR 발현 T 세포)의 투여 개시 후 14 일 이하 내에 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예컨대 BCL2 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여 개시를 포함한다.
일부 구현예에서, 제공된 병용 요법 방법은, 세포 독성 요법, 예컨대 T 세포 요법(예를 들어, CAR 발현 T 세포)의 투여 개시 후 약 7 일 이내에 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예컨대 BCL2 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여 개시를 포함한다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스가, 세포 독성 요법(예를 들어, T 세포 요법, 예컨대 CAR-T 세포 요법)의 투여 시기 전, 중, 이의 과정 중 및/또는 후에 일정한 간격으로 다중 용량으로 투여된다.
일부 구현예에서, 방법은, 세포 독성 요법의 투여 전, 선택적으로 요법의 투여 개시 전 7 일 이내, 선택적으로 요법의 투여 개시 전 3 일 이내, 선택적으로 요법의 투여 개시 전 1 일 이내에 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예컨대 BCL2 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여 개시를 포함한다.
일부 구현예에서, 방법은 세포 독성 요법(예를 들어, CAR T 세포 요법)의 투여 후에 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여 개시를 포함한다. 일부 구현예에서, 방법은, 세포 독성 요법(예를 들어, CAR T 세포 요법)의 투여 후, 선택적으로 세포 독성 요법의 투여 개시 후 14 일 이내, 선택적으로 세포 독성 요법의 투여 개시 후 11 일 이내, 선택적으로 세포 독성 요법의 투여 개시 후 7 일 이내, 선택적으로 세포 독성 요법의 투여 개시 후 3 일 이내, 선택적으로 세포 독성 요법의 투여 개시 후 1 일 이내에 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여 개시를 포함한다.
일부 구현예에서, 방법은, 세포 독성 요법(예를 들어, CAR T 세포 요법)의 투여 후, 세포 독성 요법의 투여 개시 후 14 일 이내에 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여 개시를 포함한다. 일부 구현예에서, 방법은, 세포 독성 요법(예를 들어, CAR T 세포 요법)의 투여 후, 세포 독성 요법의 투여 개시 후 11 일 이내에 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여 개시를 포함한다. 일부 구현예에서, 방법은, 세포 독성 요법(예를 들어, CAR T 세포 요법)의 투여 후, 세포 독성 요법의 투여 개시 후 7 일 이내에 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여 개시를 포함한다. 일부 구현예에서, 방법은, 세포 독성 요법(예를 들어, CAR T 세포 요법)의 투여 후, 세포 독성 요법의 투여 개시 후 3 일 이내에 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여 개시를 포함한다. 일부 구현예에서, 방법은, 세포 독성 요법(예를 들어, CAR T 세포 요법)의 투여 후, 세포 독성 요법의 투여 개시 후 2 일 이내에 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여 개시를 포함한다. 일부 구현예에서, 방법은, 세포 독성 요법(예를 들어, CAR T 세포 요법)의 투여 후, 세포 독성 요법의 투여 개시 후 1 일 이내에 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여 개시를 포함한다.
일부 측면에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예컨대 BCL2 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여 개시는, 세포 독성 요법(예를 들어, CAR T 세포 요법)의 투여 후 약 1 일 내지 약 7 일 사이이다. 일부 측면에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예컨대 BCL2 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여 개시는, 세포 독성 요법(예를 들어, CAR T 세포 요법)의 투여 후 약 7 일이다. 일부 측면에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예컨대 BCL2 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여 개시는, 세포 독성 요법(예를 들어, CAR T 세포 요법)의 투여 후 7 일 이내이다. 일부 측면에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예컨대 BCL2 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여 개시는, 세포 독성 요법(예를 들어, CAR T 세포 요법)의 투여 후 (약) 1 일이다. 일부 측면에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예컨대 BCL2 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여 개시는, 세포 독성 요법(예를 들어, CAR T 세포 요법)의 투여 후 (약) 2 일이다. 일부 측면에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예컨대 BCL2 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여 개시는, 세포 독성 요법(예를 들어, CAR T 세포 요법)의 투여 후 (약) 3 일이다. 일부 측면에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예컨대 BCL2 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여 개시는, 세포 독성 요법(예를 들어, CAR T 세포 요법)의 투여 후 (약) 4 일이다. 일부 측면에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예컨대 BCL2 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여 개시는, 세포 독성 요법(예를 들어, CAR T 세포 요법)의 투여 후 (약) 5 일이다. 일부 측면에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예컨대 BCL2 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여 개시는, 세포 독성 요법(예를 들어, CAR T 세포 요법)의 투여 후 (약) 6 일이다. 일부 측면에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예컨대 BCL2 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여 개시는, 세포 독성 요법(예를 들어, CAR T 세포 요법)의 투여 후 (약) 7 일이다.
일부 구현예에서, 방법은, 세포 독성 요법의 투여 개시 후, 세포 독성 요법의 세포(예를 들어, CAR T 세포)의 활성화 유도 세포 죽음(AICD)의 정점 또는 후에 억제제(예를 들어, 베네토클락스)의 투여 개시를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 방법은, 세포 독성 요법의 투여 개시 후, 세포 독성 요법의 세포(예를 들어, CAR T 세포)의 활성화 유도 세포 죽음(AICD)의 정점에 억제제(예를 들어, 베네토클락스)의 투여 개시를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 방법은, 세포 독성 요법의 투여 개시 후, 세포 독성 요법의 세포(예를 들어, CAR T 세포)의 활성화 유도 세포 죽음(AICD)의 정점 후에 억제제(예를 들어, 베네토클락스)의 투여 개시를 포함할 수 있다.
일부 구현예에서, 투여 일정은, 세포 독성 요법의 개시 전 및 후에 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여를 계속하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 투여 일정은, 세포 독성 요법의 개시 전 약 7 일 이내 및 후 약 14 일 이내에 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여 개시를 포함한다. 일부 구현예에서, 투여 일정은, 세포 독성 요법의 개시 전 약 3 일 이내 및 후 약 14 일 이내에 친생존 BCL14 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여 개시를 포함한다. 일부 구현예에서, 투여 일정은, 세포 독성 요법의 개시 전 약 1 일 이내 및 후 약 14 일 이내에 친생존 BCL14 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여 개시를 포함한다. 일부 구현예에서, 투여 일정은, 세포 독성 요법의 개시 후 약 14 일 이내에 친생존 BCL14 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여 개시를 포함한다. 일부 구현예에서, 투여 일정은, 세포 독성 요법의 개시 후 약 11 일 이내에 친생존 BCL14 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여 개시를 포함한다. 일부 구현예에서, 투여 일정은, 세포 독성 요법의 개시 후 약 7 일 이내에 친생존 BCL14 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여 개시를 포함한다. 일부 구현예에서, 투여 일정은, 세포 독성 요법의 개시 후 약 6 일 이내에 친생존 BCL14 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여 개시를 포함한다. 일부 구현예에서, 투여 일정은, 세포 독성 요법의 개시 후 약 5 일 이내에 친생존 BCL14 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여 개시를 포함한다. 일부 구현예에서, 투여 일정은, 세포 독성 요법의 개시 후 약 4 일 이내에 친생존 BCL14 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여 개시를 포함한다. 일부 구현예에서, 투여 일정은, 세포 독성 요법의 개시 후 약 3 일 이내에 친생존 BCL14 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여 개시를 포함한다. 일부 구현예에서, 투여 일정은, 세포 독성 요법의 개시 후 약 2 일 이내에 친생존 BCL14 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여 개시를 포함한다. 일부 구현예에서, 투여 일정은, 세포 독성 요법의 개시 후 약 1 일 이내에 친생존 BCL14 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여 개시를 포함한다.
일부 구현예에서, 투여 일정은, 세포 독성 요법의 개시와 동시에 친생존 BCL14 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여 개시를 포함한다. 일부 구현예에서, 투여 일정은, 세포 독성 요법의 투여와 동시에 친생존 BCL14 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여를 포함한다.
일부 구현예에서, 친생존 BCL14 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여가 기간에 걸쳐, 예를 들어, 결정된 시점까지 또는 특정 결과를 달성할 때까지 계속되고/거나 더 투여된다.
일부 경우에, 병용 요법은, 대상체가 요법, 예를 들어 세포 독성 요법을 투여받은 후 최대 또는 약 3 개월에 억제제(예를 들어, 베네토클락스)의 투여를 포함한다. 일부 경우에, 병용 요법은, 대상체가 요법, 예를 들어 세포 독성 요법을 투여받은 후 약 3 개월 이상 동안 억제제(예를 들어, 베네토클락스)의 투여를 포함한다. 일부 경우에, 병용 요법은, 대상체가 요법, 예를 들어 세포 독성 요법을 투여받은 후 최대 또는 약 6 개월에 억제제(예를 들어, 베네토클락스)의 투여를 포함한다. 일부 경우에, 병용 요법은, 대상체가 요법, 예를 들어 세포 독성 요법을 투여받은 후 약 6 개월 이상에 억제제(예를 들어, 베네토클락스)의 투여를 포함한다. 일부 경우에, 병용 요법은, 대상체가 요법, 예를 들어 세포 독성 요법을 투여받은 후 최대 또는 약 12 개월에 억제제(예를 들어, 베네토클락스)의 투여를 포함한다. 일부 경우에, 병용 요법은, 대상체가 요법, 예를 들어 세포 독성 요법을 투여받은 후 약 12 개월 이상 동안 억제제(예를 들어, 베네토클락스)의 투여를 포함한다. 일부 경우에, 병용 요법은, 대상체가 요법, 예를 들어 세포 독성 요법을 투여받은 후 최대 또는 약 24 개월에 억제제(예를 들어, 베네토클락스)의 투여를 포함한다. 일부 경우에, 병용 요법은, 대상체가 요법, 예를 들어 세포 독성 요법을 투여받은 후 약 24 개월 이상 동안 억제제(예를 들어, 베네토클락스)의 투여를 포함한다.
일부 경우에, 대상체가 바람직한 반응(예를 들어, 완전 반응)을 나타낼 경우, 세포 독성 요법의 투여 후 약 3 개월에 억제제가 중단된다. 일부 경우에, 세포 독성 요법의 투여 후 약 3 개월에 억제제가 중단된다. 일부 경우에, 세포 독성 요법의 투여 후 약 6 개월에 억제제가 중단된다. 일부 경우에, 세포 독성 요법의 투여 후 약 12 개월에 억제제가 중단된다. 일부 경우에, 세포 독성 요법의 투여 후 약 24 개월에 억제제가 중단된다. 일부 경우에, 결과는 하기 및 섹션 III에 기재된 바와 같은 바람직한 치료적 반응이다.
일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여가, 세포 독성 요법(예를 들어, CAR T 세포 요법)의 투여 개시 후 약 3 개월 (이상)까지 계속되고/거나 더 투여된다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여가, 세포 독성 요법(예를 들어, CAR T 세포 요법)의 투여 개시 후 약 6 개월 (이상)까지 계속되고/거나 더 투여된다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여가, 세포 독성 요법(예를 들어, CAR T 세포 요법)의 투여 개시 후 약 9 개월 (이상)까지 계속되고/거나 더 투여된다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여가, 세포 독성 요법(예를 들어, CAR T 세포 요법)의 투여 개시 후 약 12 개월 (이상)까지 계속되고/거나 더 투여된다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여가, 세포 독성 요법(예를 들어, CAR T 세포 요법)의 투여 개시 후 약 24 개월 (이상)까지 계속되고/거나 더 투여된다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여가, 세포 독성 요법(예를 들어, CAR T 세포 요법)의 투여 개시 후 3 개월 이상 동안 및 바람직한 치료적 결과(예를 들어, 완전 반응)에 도달할 때까지 계속되고/거나 더 투여된다. 일부 경우에, 바람직한 치료적 결과(예를 들어, 완전 반응)이 CAR T 세포 요법의 투여 개시 6 개월 이내에 달성된다. 일부 경우에, 바람직한 치료적 결과(예를 들어, 완전 반응)이 CAR T 세포 요법의 투여 개시의 12 개월 이내에 달성된다. 일부 경우에, 바람직한 치료적 결과(예를 들어, 완전 반응)이 CAR T 세포 요법의 투여 개시의 24 개월 이내에 달성된다.
일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스가 다중 용량으로 복수 회 투여된다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스가 기간에 걸쳐, 예를 들어, 결정된 시점까지 또는 특정 결과를 달성할 때까지 복수 회 투여된다. 일부 경우에, 결과는 하기 및 섹션 III에 기재된 바와 같은 바람직한 치료적 반응이다.
예컨대 암의 치료의 경우 바람직한 치료적 결과는, 골수 또는 분자로 검출 가능한 B 세포 악성 종양에서 종양 크기, 규모, 전이, 아형 비율의 감소 및/또는 예후 또는 생존 또는 종양 부담과 연관된 다른 징후의 개선을 포함하나 이에 국한되지 않는다. 예컨대 암의 치료의 경우 바람직한 치료적 결과는 암 세포에서 세포 자멸사를 유도하고/거나 암 세포의 세포 자멸사를 증가시키는 억제제의 능력을 추가로 포함할 수 있다. 암의 치료를 위한 바람직한 치료적 결과가 달성되는지 여부를 확인 및 결정하기 위한 방법은 섹션 III에 기재된 바와 같은 임의의 것을 포함하나 이에 국한되지 않는다.
일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스가, 세포 독성 요법(예를 들어, T 세포 요법, 예컨대 CAR-T 세포 요법)의 투여 개시 전, 이와 동시에 및/또는 후속적으로 매일 6 회, 매일 5 회, 매일 4 회, 매일 3 회, 매일 2 회, 매일 1 회, 격일로, 3 일 마다, 주 2 회, 주 1 회 또는 월 1회 투여된다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스가, 세포 독성 요법(예를 들어, T 세포 요법, 예컨대 CAR-T 세포 요법)의 투여 개시 전, 이와 동시에 및/또는 후속적으로 매일 1 회 투여된다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스가, 세포 독성 요법(예를 들어, T 세포 요법, 예컨대 CAR-T 세포 요법)의 투여 개시 후에 매일 1 회 투여된다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스가, 세포 독성 요법(예를 들어, T 세포 요법, 예컨대 CAR-T 세포 요법)의 투여 시기 전, 중, 이의 과정 중 및/또는 후에 일정한 간격으로 다중 용량으로 투여된다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스가, 세포 독성 요법(예를 들어, T 세포 요법, 예컨대 CAR-T 세포 요법)의 투여 전에 일정한 간격으로 하나 이상의 용량으로 투여된다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스가, 세포 독성 요법(예를 들어, T 세포 요법, 예컨대 CAR-T 세포 요법)의 투여 후 일정한 간격으로 하나 이상의 용량으로 투여된다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 하나 이상의 용량이, 세포 독성 요법(예를 들어, T 세포 요법, 예컨대 CAR-T 세포 요법) 용량의 투여와 동시에 발생할 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 방법은, 세포 독성 요법(예를 들어, CAR 발현 T 세포)의 투여(예를 들어, 투여 개시) 전, 이와 동시에, 중, 이의 과정 중(이의 과정 중 1 회 및/또는 주기적으로를 포함함) 및/또는 후속적으로 억제제의 투여를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 투여는 억제제 및/또는 세포 독성 요법, 예를 들어, T 세포 요법의 연속적 또는 간헐적 투여를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 투여는 억제제 및/또는 면역 요법 또는 세포 요법, 예를 들어, T 세포 요법의 연속적 또는 간헐적인 매일 1 회 투여를 포함할 수 있다.
일부 구현예에서, 세포 독성 요법의 투여 개시는, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제가 정상 상태 농도(Css)에 도달한 시기이다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제의 투여 방법은, 세포 독성 요법의 투여 개시 전 약 7 일 이내 및 후 약 14 일에 억제제가 정상 상태 농도(Css)에 도달하는 것을 초래한다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제의 투여 방법은, 세포 독성 요법의 투여 개시 전 약 3 일 이내 및 후 약 14 일에 억제제가 정상 상태 농도(Css)에 도달하는 것을 초래한다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제의 투여 방법은, 세포 독성 요법의 투여 개시 전 약 1 일 이내 및 후 약 14 일에 억제제가 정상 상태 농도(Css)에 도달하는 것을 초래한다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제의 투여 방법은, 세포 독성 요법의 투여 개시 후 약 14 일 이내에 억제제가 정상 상태 농도(Css)에 도달하는 것을 초래한다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제의 투여 방법은, 세포 독성 요법의 투여 개시 후 약 7 일 이내에 억제제가 정상 상태 농도(Css)에 도달하는 것을 초래한다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제의 투여 방법은, 세포 독성 요법의 투여 개시 후 약 3 일 이내에 억제제가 정상 상태 농도(Css)에 도달하는 것을 초래한다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제의 투여 방법은, 세포 독성 요법의 투여 개시 후 약 1 일 이내에 억제제가 정상 상태 농도(Css)에 도달하는 것을 초래한다. 일부 구현예에서, 세포 독성 요법의 투여 후 대상체의 혈액에서 세포 독성 요법의 정점 수준이 검출 가능하기 전 시기에 억제제가 정상 상태 농도(Css)에 도달했다. 일부 구현예에서, 억제제의 약 4 반감기 지속 기간 동안 투여되었을 때 억제제가 정상 상태 농도(Css)에 도달했다. 일부 구현예에서, 억제제의 반감기는 약 10 시간 내지 약 30 시간이다. 일부 구현예에서, 억제제의 반감기는 약 14 시간 내지 약 26 시간이다. 일부 구현예에서, 억제제의 반감기는 약 14 시간 내지 약 18 시간이다. 일부 구현예에서, 억제제의 반감기는 약 16 시간 내지 약 19 시간이다. 일부 구현예에서, 억제제는 약 2 일, 약 3 일, 약 4 일 또는 약 5 일 동안 매일 투여되었을 때 정상 상태 농도에 도달했다. 일부 구현예에서, 억제제는 약 3 일 동안 매일 투여되었을 때 정상 상태 농도에 도달했다. 일부 구현예에서, 억제제는 약 4 일 동안 매일 투여되었을 때 정상 상태 농도에 도달했다. 일부 구현예에서, 대상체의 혈장 내 억제제의 농도 또는 대상체의 체내 억제제의 총량이 계속된 투약으로 상대적으로 안정적인 경우 정상 상태 농도가 달성되었다.
일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예컨대 BCL2 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여 용량, 빈도, 지속 기간, 시기 및/또는 순서는, 여기, 예컨대 섹션 III에 기재된 특정 임계값 또는 스크리닝 단계 결과의 기준 및/또는 치료 결과의 평가에 근거하여 결정된다.
일부 구현예에서, 방법은, 치료적 유효량 또는 하나 이상의 용량의 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스를 사전에 투여받았던 대상체에 세포 독성 요법을 투여하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 방법은, 하위 치료적 유효량 또는 하나 이상의 용량의 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스를 사전에 투여받았던 대상체에 세포 독성 요법을 투여하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락가 대상체에 재조합 수용체를 발현하는 세포 용량을 투여하기 전에 대상체에 투여된다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 용량의 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스가 세포 용량의 투여 개시와 동시에 투여된다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스가 세포 용량의 투여 개시 후에 투여된다. 일부 구현예에서, 병용 요법의 치료 효과가 증가하도록 억제제가 면역 요법 또는 세포 표법 전 충분한 시간에 투여된다. 일부 구현예에서, 방법은, T 세포 요법의 투여 전에 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예컨대 BCL2 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 방법은, T 세포 요법의 투여 후에 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 방법은, T 세포 요법의 투여 개시 전에 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예컨대 BCL2 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여 개시를 포함한다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스가, 림프구 고갈 요법 중 중단 또는 일시 중지 후, 예컨대 세포 요법의 개시까지 또는 세포 요법의 개시 후에 계속되고/거나 더 투여된다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스가, 억제제의 약 3 내지 약 4 반감기와 같은 기간 동안 림프구 고갈 요법 전에 중단된다. 일부 구현예에서, 방법은, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예컨대 BCL2 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 계속적인 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 계속적인 및/또는 추가 투여는 다중 용량의 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스가 세포 요법의 개시 후에 계속되지 않거나 더 투여된다. 일부 구현예에서, 투여 일정은, 세포 요법의 개시 전 및 후에 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 투여 일정은, 세포 요법의 투여와 동시에 친생존 BCL14 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여를 포함한다. 일부 경우에, 세포 요법은 T 세포 요법, 예를 들어 CAR 발현 T 세포이다.
일부 경우에, 억제제가 치료적 유효량으로 투여된다. 일부 경우에, 치료적 유효량은, 예컨대 질병, 병태 또는 장애의 치료 및/또는 약동학 또는 약력학적 치료 효과에 대해 바람직한 치료 결과를 달성한다. 예컨대 암의 치료의 경우 바람직한 치료적 결과는, 골수 또는 분자로 검출 가능한 B 세포 악성 종양에서 종양 크기, 규모, 전이, 아형 비율의 감소 및/또는 예후 또는 생존 또는 종양 부담과 연관된 다른 징후의 개선을 포함하나 이에 국한되지 않는다. 예컨대 암의 치료의 경우 바람직한 치료적 결과는 암 세포에서 세포 자멸사를 유도하고/거나 암 세포의 세포 자멸사를 증가시키는 억제제의 능력을 추가로 포함할 수 있다. 일부 경우에, 치료적 유효량은 호중구 감소증, 예컨대 약한, 중간의 또는 중증의 호중구 감소증을 초래한다. 일부 경우에, 약한 호중구 감소증은 1,000 내지 1,5000/μL의 절대 호중구 총수로 정의된다. 일부 경우에, 중간 호중구 감소증은 500 내지 1,000/μL의 절대 호중구 총수로 정의된다. 일부 경우에, 중증 호중구 감소증은 500/μL 미만의 절대 호중구 총수로 정의된다. 암의 치료를 위한 바람직한 치료적 결과가 달성되는지 여부를 확인 및 결정하기 위한 방법은 섹션 III에 기재된 바와 같은 임의의 것을 포함하나 이에 국한되지 않는다. 일부 경우에, 억제제는, (약) 20 mg 내지 (약) 800 mg, (약) 20 mg 내지 (약) 400 mg, (약) 20 mg 내지 (약) 350 mg, (약) 20 mg 내지 (약) 300 mg, (약) 20 mg 내지 (약) 250 mg, (약) 20 mg 내지 (약) 200 mg, (약) 20 mg 내지 (약) 150 mg, (약) 20 mg 내지 (약) 100 mg, (약) 20 mg 내지 (약) 50 mg, (약) 20 mg 내지 (약) 40 mg, (약) 40 mg 내지 (약) 800 mg, (약) 40 mg 내지 (약) 400 mg, (약) 40 mg 내지 (약) 350 mg, (약) 40 mg 내지 (약) 300 mg, (약) 40 mg 내지 (약) 250 mg, (약) 40 mg 내지 (약) 200 mg, (약) 40 mg 내지 (약) 150 mg, (약) 40 mg 내지 (약) 100 mg, (약) 40 mg 내지 (약) 50 mg, (약) 50 mg 내지 (약) 800 mg, (약) 50 mg 내지 (약) 400 mg, (약) 50 mg 내지 (약) 350 mg, (약) 50 mg 내지 (약) 300 mg, (약) 50 mg 내지 (약) 250 mg, (약) 50 mg 내지 (약) 200 mg, (약) 50 mg 내지 (약) 150 mg, (약) 50 mg 내지 (약) 100 mg, (약) 100 mg 내지 (약) 800 mg, (약) 100 mg 내지 (약) 400 mg, (약) 100 mg 내지 (약) 350 mg, (약) 100 mg 내지 (약) 300 mg, (약) 100 mg 내지 (약) 250 mg, (약) 100 mg 내지 (약) 200 mg, (약) 100 mg 내지 (약) 150 mg, (약) 150 mg 내지 (약) 800 mg, (약) 150 mg 내지 (약) 400 mg, (약) 150 mg 내지 (약) 350 mg, (약) 150 mg 내지 (약) 300 mg, (약) 150 mg 내지 (약) 250 mg, (약) 150 mg 내지 (약) 200 mg, (약) 200 mg 내지 (약) 800 mg, (약) 200 mg 내지 (약) 400 mg, (약) 200 mg 내지 (약) 350 mg, (약) 200 mg 내지 (약) 300 mg, (약) 200 mg 내지 (약) 250 mg, (약) 250 mg 내지 (약) 300 mg, (약) 300 mg 내지 (약) 350 mg, (약) 300 mg 내지 (약) 400 mg, (약) 300 mg 내지 (약) 800 mg, (약) 350 mg 내지 (약) 400 mg, 및 (약) 350 mg 내지 (약) 800 mg(각각의 수치 포함)의 용량으로 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 억제제는 하루에 약 20 밀리그램의 용량으로 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 억제제는 하루에 약 40 밀리그램의 용량으로 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 억제제는 하루에 약 50 밀리그램의 용량으로 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 억제제는 하루에 약 100 밀리그램의 용량으로 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 억제제는 하루에 약 150 밀리그램의 용량으로 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 억제제는 하루에 약 200 밀리그램의 용량으로 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 억제제는 하루에 약 250 밀리그램의 용량으로 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 억제제는 하루에 약 300 밀리그램의 용량으로 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 억제제는 하루에 약 350 밀리그램의 용량으로 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 억제제는 하루에 약 400 밀리그램의 용량으로 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 억제제는 하루에 약 800 밀리그램의 용량으로 대상체에 투여된다.
일부 경우에, 억제제가 대상체에 꾸준한 용량(예를 들어, 매일 1 회 용량)으로 투여된다. 일부 경우에, 꾸준한 용량은, 약 20 mg/일 내지 1200 mg/일, 약 20 mg/일 내지 800 mg/일, 약 20 mg/일 내지 400 mg/일, 약 20 mg/일 내지 350 mg/일, 약 20 mg/일 내지 300 mg/일, 약 20 mg/일 내지 250 mg/일, 약 20 mg/일 내지 200 mg/일, 약 20 mg/일 내지 100 mg/일, 약 20 mg/일 내지 50 mg/일, 약 20 mg/일 내지 40 mg/일, 약 40 mg/일 내지 1200 mg/일, 약 40 mg/일 내지 800 mg/일, 약 40 mg/일 내지 400 mg/일, 약 40 mg/일 내지 350 mg/일, 약 40 mg/일 내지 300 mg/일, 약 40 mg/일 내지 250 mg/일, 약 40 mg/일 내지 200 mg/일, 약 40 mg/일 내지 100 mg/일, 약 40 mg/일 내지 50 mg/일,약 50 mg 내지 1200 mg/일, 약 50 mg 내지 800 mg/일, 약 50 mg 내지 400 mg/일, 약 50 mg 내지 350 mg/일, 약 50 mg 내지 300 mg/일, 약 50 mg 내지 250 mg/일, 약 50 mg 내지 200 mg/일, 약 50 mg 내지 150 mg/일, 약 50 mg 내지 100 mg/일, 약 100 mg 내지 1200 mg/일, 약 100 mg 내지 800 mg/일, 약 100 mg 내지 400 mg/일, 약 100 mg 내지 350 mg/일, 약 100 mg 내지 300 mg/일, 약 100 mg 내지 250 mg/일, 약 100 mg 내지 200 mg/일, 약 100 mg 내지 150 mg/일, 약 150 mg 내지 1200 mg/일, 약 150 mg 내지 800 mg/일, 약 150 mg 내지 400 mg/일, 약 150 mg 내지 350 mg/일, 약 150 mg 내지 300 mg/일, 약 150 mg 내지 250 mg/일, 약 150 mg 내지 200 mg/일, 약 200 mg 내지 1200 mg/일, 약 200 mg 내지 800 mg/일, 약 200 mg 내지 400 mg/일, 약 200 mg 내지 350 mg/일, 약 200 mg 내지 300 mg/일, 약 200 mg 내지 250 mg/일, 약 250 mg 내지 1200 mg/일, 약 250 mg 내지 800 mg/일, 약 250 mg 내지 400 mg/일, 약 250 mg 내지 350 mg/일, 약 250 mg 내지 300 mg/일, 약 300 mg 내지 1200 mg/일, 약 300 mg 내지 800 mg/일, 약 300 mg 내지 400 mg/일, 약 300 mg 내지 350 mg/일, 약 350 mg 내지 1200 mg/일, 약 350 mg 내지 800 mg/일, 약 350 mg 내지 400 mg, 약 400 mg 내지 1200 mg/일, 약 400 mg 내지 800 mg/일, 또는 약 800 내지 1200 mg/일(각각의 수치 포함)이다. 일부 경우에, 꾸준한 용량은 약 20 mg이다. 일부 경우에, 꾸준한 용량은 약 40 mg이다. 일부 경우에, 꾸준한 용량은 약 50 mg이다. 일부 경우에, 꾸준한 용량은 약 100 mg이다. 일부 경우에, 꾸준한 용량은 약 150 mg이다. 일부 경우에, 꾸준한 용량은 약 200 mg이다. 일부 경우에, 꾸준한 용량은 약 250 mg이다. 일부 경우에, 꾸준한 용량은 약 300 mg이다. 일부 경우에, 꾸준한 용량은 약 325 mg이다. 일부 경우에, 꾸준한 용량은 약 350 mg이다. 일부 경우에, 꾸준한 용량은 약 400 mg이다. 일부 경우에, 꾸준한 용량은 약 500 mg이다. 일부 경우에, 꾸준한 용량은 약 600 mg이다. 일부 경우에, 꾸준한 용량은 약 700 mg이다. 일부 경우에, 꾸준한 용량은 약 800 mg이다.
일부 경우에, 꾸준한 용량(예를 들어, 매일 1 회 용량)의 억제제가 1 주 내지 24 개월, 1 주 내지 12 년, 1 주 내지 6 개월, 1 주 내지 3 개월, 1 주 내지 2 개월, 1 주 내지 6 주, 1 주 내지 4 주, 1 주 내지 3 주, 1 주 내지 2 주 동안 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 꾸준한 용량(예를 들어, 매일 1 회 용량)의 억제제가 1 주 동안 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 꾸준한 용량(예를 들어, 매일 1 회 용량)의 억제제가 2 주 동안 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 꾸준한 용량(예를 들어, 매일 1 회 용량)의 억제제가 3 주 동안 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 꾸준한 용량(예를 들어, 매일 1 회 용량)의 억제제가 4 주 동안 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 꾸준한 용량(예를 들어, 매일 1 회 용량)의 억제제가 6 주 동안 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 꾸준한 용량(예를 들어, 매일 1 회 용량)의 억제제가 2 개월 동안 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 꾸준한 용량(예를 들어, 매일 1 회 용량)의 억제제가 3 개월 동안 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 꾸준한 용량(예를 들어, 매일 1 회 용량)의 억제제가 6 개월 동안 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 꾸준한 용량(예를 들어, 매일 1 회 용량)의 억제제가 12 개월 동안 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 꾸준한 용량(예를 들어, 매일 1 회 용량)의 억제제가 24 개월 동안 대상체에 투여된다.
일부 경우에, 억제제(예를 들어 베네토클락스)가 1 주 내지 2 년, 1 주 내지 1 년, 1 주 내지 6 개월, 1 주 내지 3 개월, 1 주 내지 5 주, 1 주 내지 4 주, 1 주 내지 3 주, 1 주 내지 2 주 동안 대상체에 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 억제제(예를 들어, 베네토클락스)가 1 주 이상 동안 대상체에 투여된다. 일부 구현예에서, 억제제(예를 들어, 베네토클락스)가 2 주 이상 동안 대상체에 투여된다. 일부 구현예에서, 억제제(예를 들어, 베네토클락스)가 3 주 이상 동안 대상체에 투여된다. 일부 구현예에서, 억제제(예를 들어, 베네토클락스)가 4 주 이상 동안 대상체에 투여된다. 일부 구현예에서, 억제제(예를 들어, 베네토클락스)가 5 주 이상 동안 대상체에 투여된다. 일부 구현예에서, 억제제(예를 들어, 베네토클락스)가 2 개월 이상 동안 대상체에 투여된다. 일부 구현예에서, 억제제(예를 들어, 베네토클락스)가 3 개월 이상 동안 대상체에 투여된다. 일부 구현예에서, 억제제(예를 들어, 베네토클락스)가 6 개월 이상 동안 대상체에 투여된다. 일부 구현예에서, 억제제가 1 년 이상 동안 대상체에 투여된다. 일부 구현예에서, 억제제(예를 들어, 베네토클락스)가 2 년 이상 동안 대상체에 투여된다.
일부 경우에, 억제제(예를 들어 베네토클락스)가, 세포 독성 요법의 투여 개시 후 1 주 내지 2 년, 1 주 내지 1 년, 1 주 내지 6 개월, 1 주 내지 3 개월, 1 주 내지 5 주, 1 주 내지 4 주, 1 주 내지 3 주, 또는 1 주 내지 2 주 동안 대상체에 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 세포 독성 요법의 투여 개시 후, 억제제(예를 들어 베네토클락스)가 1 주 이상, 2 주 이상, 3 주 이상, 4 주 이상, 5 주 이상, 6 주 이상, 2 개월 이상, 3 개월 이상, 6 개월 이상, 1 년 이상 또는 2 년 이상 동안 대상체에 투여된다. 일부 구현예에서, 세포 독성 요법의 투여 개시 후, 억제제(예를 들어 베네토클락스)가 약 3 주 동안 대상체에 투여된다. 일부 구현예에서, 세포 독성 요법의 투여 개시 후, 억제제(예를 들어 베네토클락스)가 약 3 개월 동안 대상체에 투여된다. 일부 구현예에서, 세포 독성 요법의 투여 개시 후, 억제제(예를 들어 베네토클락스)가 약 6 개월 동안 대상체에 투여된다. 일부 구현예에서, 세포 독성 요법의 투여 개시 후, 억제제(예를 들어 베네토클락스)가 약 12 개월 동안 대상체에 투여된다. 일부 구현예에서, 세포 독성 요법의 투여 개시 후, 억제제(예를 들어 베네토클락스)가 약 24 개월 동안 대상체에 투여된다.
일부 경우에, 억제제가 하위 치료적 유효량으로 투여된다. 일부 경우에, 투여의 상황에서, 하위 치료적 유효량은, 동일한 제제의 "치료적 유효량(therapeutically effective amount)"과 비교하여 예컨대 질병, 병태 또는 장애의 치료 및/또는 약동학적 또는 약력학적 치료 효과에 있어 바람직한 치료 결과를 달성하는 데 필요한 투여량 및/또는 기간 동안 덜 효과적인 양을 지칭한다. 일부 경우에, 하위 치료적 유효량은, 예컨대 질병, 병태 또는 장애의 치료 및/또는 약동학 또는 약력학적 치료 효과에 있어 바람직한 치료 결과를 달성하지 못하거나 바람직한 치료 결과 미만을 달성한다. 일부 경우에, 바람직한 치료적 결과는, 골수 또는 분자로 검출 가능한 B 세포 악성 종양에서 종양 크기, 규모, 전이, 아형 비율의 감소 및/또는 예후 또는 생존 또는 종양 부담과 연관된 다른 징후의 개선을 초래한다. 일부 경우에, 바람직한 치료적 결과는 암 세포에서 세포 자멸사를 유도하고/거나 암 세포의 세포 자멸사를 증가시키는 억제제의 능력이다. 일부 경우에, 하위 치료적 유효량은 약한 또는 중간의 호중구 감소증을 초래한다. 일부 경우에, 하위 치료적 유효량은 중증 호중구 감소증을 초래하지 않는다. 일부 경우에, 약한 호중구 감소증은 1,000 내지 1,5000/μL의 절대 호중구 총수로 정의된다. 일부 경우에, 중간 호중구 감소증은 500 내지 1,000/μL의 절대 호중구 총수로 정의된다. 일부 경우에, 중증 호중구 감소증은 500/μL 미만의 절대 호중구 총수로 정의된다.
암의 치료를 위한 바람직한 치료적 결과가 달성되는지 여부를 확인 및 결정하기 위한 방법은 섹션 III에 기재된 바와 같은 임의의 것을 포함하나 이에 국한되지 않는다. 하위 치료적 유효량은 대상체의 질병 상태, 연령, 성별 및 체중 및 투여된 세포 집단과 같은 인자에 따라 달라질 수있다.
일부 구현예에서, 제공된 방법은 세포 및/또는 조성물을 하위 유효량, 예를 들어 하위 치료적 유효량으로 투여하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 제공된 방법은, 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제, 예컨대 BCL2 억제제, 예를 들어 베네토클락스, 조작된 세포(예를 들어, 세포 요법) 또는 조성물을 하위 유효량, 예를 들어 하위 치료적 유효량으로 투여하는 것을 포함한다. 일부 경우에, 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제가 하위 치료량으로 투여된다, 즉, 투약 방식(예를 들어, 용량 및/또는 지속 기간)이 치료 또는 예방적 결과를 달성하기 위해 임상의에 의해 일반적으로 처방되는 투약 방식보다 적다.
일부 경우에, 억제제가 매일 약 20 밀리그램 내지 매일 약 100 밀리그램의 꾸준한 용량(예를 들어, 매일 1 회)으로 투여된다. 일부 경우에, 억제제가 매일 약 20 mg 내지 매일 약 40 mg의 용량으로 투여된다. 일부 경우에, 억제제가 매일 약 20 mg 내지 매일 약 50 mg의 용량으로 투여된다. 일부 경우에, 억제제가 매일 약 40 밀리그램 내지 매일 약 100 밀리그램의 꾸준한 용량(예를 들어, 매일 1 회)으로 투여된다. 일부 경우에, 억제제가 매일 약 40 mg 내지 매일 약 50 mg의 용량으로 투여된다. 일부 경우에, 억제제가 매일 약 50 밀리그램 내지 매일 약 100 밀리그램의 꾸준한 용량(예를 들어, 매일 1 회)으로 투여된다. 일부 경우에, 억제제가 매일 약 20 mg 이내의 용량으로 투여된다. 일부 경우에, 억제제가 매일 약 20 mg의 용량으로 투여된다. 일부 경우에, 억제제가 매일 약 40 mg 이내의 용량으로 투여된다. 일부 경우에, 억제제가 매일 약 40 mg의 용량으로 투여된다. 일부 경우에, 억제제가 매일 약 50 mg 이내의 용량으로 투여된다. 일부 경우에, 억제제가 매일 약 50 mg의 용량으로 투여된다. 일부 경우에, 억제제가 매일 약 100 mg 이내의 용량으로 투여된다. 일부 경우에, 억제제가 매일 약 100 mg의 용량으로 투여된다. 일부 경우에, 억제제가 매일 약 200 mg 이내의 용량으로 투여된다. 일부 경우에, 억제제가 매일 약 200 mg의 용량으로 투여된다. 일부 경우에, 억제제가 매일 약 400 mg 이내의 용량으로 투여된다. 일부 경우에, 억제제가 매일 약 400 mg의 용량으로 투여된다.
일부 구현예에서, 꾸준한 용량(예를 들어, 매일 1 회 용량)이 2 주 내지 24 개월 동안 대상체에 투여된다. 일부 구현예에서, 꾸준한 용량(예를 들어, 매일 1 회 용량)이 4 주 내지 24 개월 동안 대상체에 투여된다. 일부 구현예에서, 꾸준한 용량(예를 들어, 매일 1 회 용량)이 6 주 내지 24 개월 동안 대상체에 투여된다. 일부 구현예에서, 꾸준한 용량(예를 들어, 매일 1 회 용량)이 2 개월 내지 24 개월 동안 대상체에 투여된다. 일부 구현예에서, 꾸준한 용량(예를 들어, 매일 1 회 용량)이 3 개월 내지 24 개월 동안 대상체에 투여된다. 일부 구현예에서, 꾸준한 용량(예를 들어, 매일 1 회 용량)이 6 개월 내지 24 개월 동안 대상체에 투여된다. 일부 구현예에서, 꾸준한 용량(예를 들어, 매일 1 회 용량)이 12 개월 내지 24 개월 동안 대상체에 투여된다. 일부 구현예에서, 꾸준한 용량(예를 들어, 매일 1 회 용량)이 18 개월 내지 24 개월 동안 대상체에 투여된다. 일부 구현예에서, 꾸준한 용량(예를 들어, 매일 1 회 용량)이 2 주 이상 동안 대상체에 투여된다. 일부 구현예에서, 꾸준한 용량(예를 들어, 매일 1 회 용량)이 3 주 이상 동안 대상체에 투여된다. 일부 구현예에서, 꾸준한 용량(예를 들어, 매일 1 회 용량)이 4 주 이상 동안 대상체에 투여된다. 일부 구현예에서, 꾸준한 용량(예를 들어, 매일 1 회 용량)이 6 주 이상 동안 대상체에 투여된다. 일부 구현예에서, 꾸준한 용량(예를 들어, 매일 1 회 용량)이 2 개월 이상 동안 대상체에 투여된다. 일부 구현예에서, 꾸준한 용량(예를 들어, 매일 1 회 용량)이 3 개월 이상 동안 대상체에 투여된다. 일부 구현예에서, 꾸준한 용량(예를 들어, 매일 1 회 용량)이 6 개월 이상 동안 대상체에 투여된다. 일부 구현예에서, 꾸준한 용량(예를 들어, 매일 1 회 용량)이 12 개월 이상 동안 대상체에 투여된다. 일부 구현예에서, 꾸준한 용량(예를 들어, 매일 1 회 용량)이 24 개월 이상 동안 대상체에 투여된다.
친생존 BCL-2 패밀리 단백질 억제제의 선행 투여, 예를 들어 용량 증량
여기 제공된 임의의 방법에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제(예를 들어, 베네토클락스)가, 여기 제공된 바와 같은 억제제의 투약 방식의 투여 전에 용량 증량(dose-ramp up) 일정으로 투여된다. 일부 구현예에서, 용량 증량 일정은 점증하는 용량의 억제제 투여를 포함한다.
일부 구현예에서, 방법은, 세포 독성 요법, 예컨대 T 세포 요법(예를 들어, CAR T 세포)의 투여 개시 전에 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예컨대 BCL2 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여 개시를 포함한다. 일부 구현예에서, 억제제, 예를 들어 베네토클락스가, 예컨대 치료될 대상체에서 자가 조직 세포의 수집 후 및 림프구 고갈 요법의 투여(이후 "가교 요법(bridging therapy)") 전에 용량 증량 일정으로 세포 독성 요법, 예컨대 T 세포 요법(예를 들어, CAR T 세포)의 투여 전에 투여된다. 일부 측면에서, 억제제가 섹션 I.C에 기재된 바와 같이 대상체에 림프구 고갈 요법의 투여 전에 주어질 수 있다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스가, 림프구 고갈 요법 중 중단 또는 일시 중지 후, 예컨대 세포 독성 요법의 개시까지 또는 세포 요법의 개시 후에 더 투여된다. 따라서, 일부 경우에, 대상체는, 자가 조직 세포의 수집(예를 들어, 백혈구 성분 채집술), 억제제(예를 들어, 베네토클락스)와의 가교 요법, 림프구 고갈, CAR T 세포의 투여 개시 및 억제제(예를 들어, 베네토클락스)의 투약 방식의 투여 개시 순서로 겪는다.
일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여가, 예컨대 억제제의 약 3 반감기 내지 약 4 반감기의 지속 기간 동안 림프구 고갈 요법 전에 중단 또는 일시 중지된다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여가, 예컨대 억제제의 약 3 반감기 내지 약 4 반감기의 지속 기간 동안 림프구 고갈 요법 전에 중단 또는 일시 중지되며, 억제제의 투여가 세포 독성 요법의 개시 또는 이의 후에 재개된다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여가, 림프구 고갈 요법 전 1 일 이상 중단된다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여가, 림프구 고갈 요법 전 2 일 이상 중단된다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여가, 림프구 고갈 요법 전 3 일 이상 중단된다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여가, 림프구 고갈 요법 전 4 일 이상 중단된다.
일부 측면에서, 방법은, 예를 들어 투여를 위한 T 세포 요법을 생성하기 위해 대상체에서 T 세포를 포함하는 샘플을 수득하기 전에 억제제의 4 반감기 또는 약 4 반감기 이상 또는 최소 (약) 4 반감기로 일시 중지되거나 끝내지는 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여를 포함한다. 일부 측면에서, 방법은, 예를 들어 투여를 위한 T 세포 요법을 생성하기 위해 대상체에서 T 세포를 포함하는 샘플을 수득하기 전에 3 일 또는 약 3 일 이상 또는 최소 (약) 3 일에 일시 중지되거나 끝내지는 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여를 포함한다. 일부 측면에서, 방법은, 예를 들어 투여를 위한 T 세포 요법을 생성하기 위해 대상체에서 T 세포를 포함하는 샘플을 수득하기 전에 1 일 또는 약 1 일 이상 또는 최소 (약) 1 일에 일시 중지되거나 끝내지는 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여를 포함한다. 일부 측면에서, 방법은, 예를 들어 투여를 위한 T 세포 요법을 생성하기 위해 대상체에서 T 세포를 포함하는 샘플을 수득하기 전에 4 일 또는 약 4 일 이상 또는 최소 (약) 4 일에 일시 중지되거나 끝내지는 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여를 포함한다. 일부 측면에서, T 세포 요법은, 대상체에서 T 세포를 포함하는 샘플을 수득하고, CAR을 암호화하는 핵산 분자, 예컨대 여기 기재된 임의의 핵산 분자를 T 세포를 포함하는 조성물 내로 도입하는 것을 포함하는 프로세스에 의해 생성된다.
일부 구현예에서, 가교 요법은 점증하거나 "증량(ramp-up)" 투약을 포함한다. 일부 경우에, 억제제가 점증하는 용량으로 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 억제제가 꾸준한 용량(예를 들어, 매일 1 회 용량)으로 대상체에 투여되기 전에 점증하는 용량으로 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 억제제가 꾸준한 용량으로 대상체에 투여되기 전에 적은 또는 "증량(ramp-up)" 용량으로 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 세포 독성 요법이 대상체에 투여되기 전에 억제제가 점증하는 용량으로 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 세포 독성 요법이 대상체에 투여되기 전에, 억제제가 꾸준한 용량으로 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 대상체에 세포 독성 요법의 투여 전, 억제제가 점증하는 용량 및 꾸준한 용량으로 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 억제제가 세포 독성 요법과 동시에 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 억제제가 세포 독성 요법의 투여 후 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 억제제가 세포 독성 요법의 투여 전 및 이와 동시에 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 억제제가 세포 독성 요법의 투여 전 및 후에 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 억제제가 세포 독성 요법의 투여와 동시 및 후에 투여된다. 일부 경우에, 억제제가 세포 독성 요법의 투여 전, 이와 동시 및 후에 투여된다. 일부 경우에, 억제제가 세포 독성 요법의 투여 전, 이와 동시 및/또는 후에 투여된다.
일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여 재개는 다중 용량의 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL14 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여가, 세포 독성 요법의 개시 전 약 7 일 이내까지 재개되지 않는다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL14 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여가, 세포 독성 요법의 개시 전 약 3 일 이내까지 재개되지 않는다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL14 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여가, 세포 독성 요법의 개시 전 약 1 일 이내까지 재개되지 않는다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL14 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여가, 세포 독성 요법의 개시까지 또는 이의 후에 재개되지 않는다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL14 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여가, 세포 독성 요법의 개시 후까지 재개되지 않는다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL14 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여가, 세포 독성 요법의 개시 후 약 14 일 이내까지 재개되지 않는다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL14 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여가, 세포 독성 요법의 개시 후 약 11 일 이내까지 재개되지 않는다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL14 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여가, 세포 독성 요법의 개시 후 약 7 일 이내까지 재개되지 않는다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL14 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여가, 세포 독성 요법의 개시 후 약 6 일 이내까지 재개되지 않는다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL14 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여가, 세포 독성 요법의 개시 후 약 5 일 이내까지 재개되지 않는다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL14 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여가, 세포 독성 요법의 개시 후 약 4 일 이내까지 재개되지 않는다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL14 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여가, 세포 독성 요법의 개시 후 약 3 일 이내까지 재개되지 않는다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL14 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여가, 세포 독성 요법의 개시 후 약 2 일 이내까지 재개되지 않는다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL14 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여가, 세포 독성 요법의 개시 후 약 1 일 이내까지 재개되지 않는다.
일부 경우에, 억제제가 5 주의 과정을 거쳐 점증 또는 "증량(ramp up)" 용량으로 대상체에 투여된다. 따라서, 일부 경우에, 가교 요법은 5 주의 점증하는 용량을 포함한다. 일부 경우에, 억제제가 5 주의 과정을 거쳐 점증하는 용량으로 대상체에 투여되어 하루에 400 mg의 최대 용량에 도달한다. 일부 경우에, 억제제가 제1 주 동안 하루에 20 밀리그램, 제2 주 동안 하루에 40 또는 50 밀리그램, 제3 주 동안 하루에 100 밀리그램, 제4 주 동안 하루에 200 밀리그램 및 제5 주 동안 하루에 400 밀리그램으로 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 억제제가, 매일 40 mg의 최대 용량에 도달할 때까지 점증하는 용량으로 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 억제제가, 매일 50 mg의 최대 용량에 도달할 때까지 점증하는 용량으로 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 억제제가, 매일 100 mg의 최대 용량에 도달할 때까지 점증하는 용량으로 대상체에 투여된다. 일부 구현예에서, 억제제가 약 1 주, 약 2 주, 약 3 주, 약 4 주 또는 약 5 주 동안 점증하는 용량으로 대상체에 투여된다.
일부 경우에, 억제제가 3 주의 과정을 거쳐 점증하는 용량으로 대상체에 투여된다. 따라서, 일부 경우에, 가교 요법은 3 주의 점증하는 용량을 포함한다. 일부 경우에, 억제제가 3 주의 과정을 거쳐 점증하는 용량으로 대상체에 투여되어 하루에 400 mg의 최대 용량에 도달한다. 일부 경우에, 억제제가 제1 주의 1 일에 하루에 20 밀리그램; 제1 주의 2 일 또는 3 일에 하루에 40 또는 50 밀리그램까지 증가; 제1 주의 4 일 내지 7 일에 하루에 100 밀리그램까지 증가; 제2 주의 1 일에 하루에 200 밀리그램까지 증가; 및 제3 주의 1 일에 하루에 400 밀리그램까지 증가로 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 억제제가, 매일 40 mg의 최대 용량에 도달할 때까지 점증하는 용량으로 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 억제제가, 매일 50 mg의 최대 용량에 도달할 때까지 점증하는 용량으로 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 억제제가, 매일 100 mg의 최대 용량에 도달할 때까지 점증하는 용량으로 대상체에 투여된다. 일부 구현예에서, 억제제가 약 1 주, 약 2 주, 또는 약 3 주 동안 점증하는 용량으로 대상체에 투여된다.
일부 구현예에서, 가교 요법은, 제1 주 동안 제1 용량, 제2 주 동안 제2 용량 및 제3 주 동안 제3 용량으로 대상체에 억제제, 예를 들어 베네토클락스를 투여하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 점증하는 용량은 하루에 약 20 mg의 제1 용량, 하루에 약 50 mg의 제2 용량 및 하루에 약 100 mg의 제3 용량을 포함한다. 일부 구현예에서, 점증하는 용량은, 하루에 약 20 mg이고 제1 주 동안 투여되는 제1 용량, 하루에 약 50 mg이고 제2 주 동안 투여되는 제2 용량 및 하루에 약 100 mg이고 제3 주 동안 투여되는 제3 용량을 포함한다. 따라서, 일부 경우에, 가교 요법은, 제1 주 동안 하루에 20 mg, 제2 주 동안 하루에 50 mg 및 제3 주 동안 하루에 100 mg의 억제제, 예를 들어 베네토클락스를 투여하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 각각의 점증 용량은 1 주일 동안 매일 1 회 투여되고/거나, 마지막 점증 용량은 가교 요법의 종료까지 또는 1 주일 동안 매일 1 회 투여된다.
일부 경우에, 억제제의 점증 용량 투여 후, 대상체는 가교 요법이 중단될 때까지 최대 점증 용량으로 억제제를 계속 받는다. 일부 경우에, 제1 주 동안 하루에 20 mg, 제2 주 동안 하루에 50 mg 및 제3 주 동안 하루에 100 mg으로 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여 후에, 대상체는 가교 요법이 끝날 때까지 하루에 100 mg의 용량으로 억제제를 계속 받는다. 일부 경우에, 억제제의 점증 용량 투여 후, 대상체는 가교 요법이 중단될 때까지 최대 점증 용량보다 더 많은 용량으로 억제제를 받는다. 일부 경우에, 제1 주 동안 하루에 20 mg, 제2 주 동안 하루에 50 mg 및 제3 주 동안 하루에 100 mg으로 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여 후에, 대상체는 가교 요법이 중단될 때까지 하루에 100 mg보다 더 많은 용량(예를 들어, 200 mg/일 또는 400 mg/일)으로 억제제를 받는다. 일부 구현예에서, 가교 요법은 림프구 고갈 요법의 투여 전 1 일 이상에 중단된다. 일부 구현예에서, 가교 요법은 림프구 고갈 요법의 투여 전 2 일 이상에 중단된다. 일부 구현예에서, 가교 요법은 림프구 고갈 요법의 투여 전 3 일 이상에 중단된다. 일부 구현예에서, 가교 요법은 림프구 고갈 요법의 투여 전 4 일 이상에 중단된다.
일부 경우에, 꾸준한(예를 들어, 매일 1 회) 용량의 억제제가 점증하는 용량의 투여 후에 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 점증하는 용량의 투여 후에 약 400 mg/일 내지 800 mg/일의 꾸준한 용량이 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 점증하는 용량의 투여 후에 약 400 mg/일의 꾸준한 용량이 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 점증하는 용량의 투여 후인 시기에 1 주일 이상 동안 약 400 mg/일의 꾸준한 용량이 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 점증하는 용량의 투여 후인 시기에 2 주 이상 동안 약 400 mg/일의 꾸준한 용량이 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 점증하는 용량의 투여 후인 시기에 4 주 이상 동안 약 400 mg/일의 꾸준한 용량이 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 점증하는 용량의 투여 후인 시기에 2 개월 이상 동안 약 400 mg/일의 꾸준한 용량이 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 점증하는 용량의 투여 후인 시기에 3 개월 이상 동안 약 400 mg/일의 꾸준한 용량이 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 점증하는 용량의 투여 후인 시기에 6 개월 이상 동안 약 400 mg/일의 꾸준한 용량이 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 점증하는 용량의 투여 후인 시기에 12 개월 이상 동안 약 400 mg/일의 꾸준한 용량이 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 점증하는 용량의 투여 후인 시기에 18 개월 이상 동안 약 400 mg/일의 꾸준한 용량이 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 점증하는 용량의 투여 후인 시기에 24 개월 이상 동안 약 400 mg/일의 꾸준한 용량이 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 3 주에 걸쳐 점증하는 용량의 투여 후에 400 또는 800 mg/일의 꾸준한 용량이 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 3 주에 걸쳐 점증하는 용량의 투여 후에 400 mg/일의 꾸준한 용량이 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 5 주에 걸쳐 점증하는 용량의 투여 후에 400 또는 800 mg/일의 꾸준한 용량이 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 5 주에 걸쳐 점증하는 용량의 투여 후에 400 mg/일의 꾸준한 용량이 대상체에 투여된다.
일부 경우에, 억제제가 약 1 주 내지 약 5 주 동안 "증량(ramp up)" 용량으로 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 억제제가 약 1 내지 약 3 주 동안 증량 용량으로 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 억제제가 약 1 내지 약 2 주 동안 증량 용량으로 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 억제제가 약 1 주 동안 증량 용량으로 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 억제제가 7 내지 21 일 동안 증량 용량으로 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 증량 용량은 약 20 mg/일 내지 400 mg/일, 약 40 mg/일 내지 400 mg/일, 약 50 mg/일 내지 400 mg/일, 약 150 mg/일 내지 300 mg/일, 약 200 mg/일 내지 300 mg/일이다. 일부 경우에, 증량 용량은 150 mg/일이다. 일부 경우에, 증량 용량은 7 일 동안 150 mg/일이다. 일부 경우에, 증량 용량은 14 일 동안 150 mg/일이다. 일부 경우에, 증량 용량은 21 일 동안 150 mg/일이다. 일부 경우에, 증량 용량은 150 mg/일이고, 약 7 일 내지 약 21 일 동안 계속 투여된다. 일부 경우에, 증량 용량은 매일 20 mg 이하이다. 일부 경우에, 증량 용량은 매일 40 mg 이하이다. 일부 경우에, 증량 용량은 매일 50 mg 이하이다. 일부 경우에, 증량 용량은 매일 100 mg 이하이다.
일부 경우에, 꾸준한(예를 들어, 매일 1 회) 용량의 억제제가 증량 용량의 투여 후에 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 증량 용량의 투여 후에 약 100 mg/일 내지 500 mg/일의 꾸준한 용량이 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 증량 용량의 투여 후에 약 150 mg/일 내지 425 mg/일의 꾸준한 용량이 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 증량 용량의 투여 후에 약 150 mg/일 이상의 꾸준한 용량이 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 증량 용량의 투여 후에 약 200 mg/일 이상의 꾸준한 용량이 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 증량 용량의 투여 후에 약 325 mg/일의 꾸준한 용량이 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 증량 용량의 투여 후에 약 425 mg/일의 꾸준한 용량이 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 증량 용량의 투여 후인 시기에 1 주일 이상 동안 약 325 mg/일의 꾸준한 용량이 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 증량 용량의 투여 후인 시기에 2 주일 이상 동안 약 325 mg/일의 꾸준한 용량이 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 증량 용량의 투여 후인 시기에 3 주일 이상 동안 약 325 mg/일의 꾸준한 용량이 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 증량 용량의 투여 후인 시기에 2 개월 이상 동안 약 325 mg/일의 꾸준한 용량이 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 증량 용량의 투여 후인 시기에 3 개월 이상 동안 약 325 mg/일의 꾸준한 용량이 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 증량 용량의 투여 후인 시기에 6 개월 이상 동안 약 325 mg/일의 꾸준한 용량이 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 증량 용량의 투여 후인 시기에 12 개월 이상 동안 약 325 mg/일의 꾸준한 용량이 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 증량 용량의 투여 후인 시기에 18 개월 이상 동안 약 325 mg/일의 꾸준한 용량이 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 증량 용량의 투여 후인 시기에 24 개월 이상 동안 약 325 mg/일의 꾸준한 용량이 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 150 mg/일의 증량 용량 후에 약 325 mg/일의 꾸준한 용량이 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 150 mg/일의 증량 용량 후에 14 일 투여 및 7 일 쉬거나 또는 21 일 연속해서 투여하는 1 회 이상의 주기 동안 약 325 mg/일의 꾸준한 용량이 대상체에 투여된다.
당업자는, 예를 들어 특정 제제 및 투여 경로에 따라 보다 많거나 보다 적은 억제제의 투여량이 제공된 임의의 방법에 사용될 수 있음을 인식할 것이다. 일부 구현예에서, 억제제는 단독으로 또는 약학 조성물의 형태로 투여될 수 있고, 여기서 상기 화합물은 하나 이상의 약학적으로 허용 가능한 담체, 부형제 또는 희석제와 섞여있거나 혼합물이다. 일부 구현예에서, 억제제는 치료될 기관 또는 조직에 대해 전신으로 또는 국소적으로 투여될 수 있다. 투여의 예시적인 경로는 국소, 주사(예컨대 피하, 근육내, 피내, 복강내, 종양내 및 정맥내), 구강, 설하, 직장, 경피, 비강내, 질 및 흡입 경로를 포함하나 이에 국한되지 않는다. 일부 구현예에서, 투여 경로는, 경구, 비경구, 직장, 비강, 국소 또는 안구 경로 또는 흡입에 의한다. 일부 구현예에서, 억제제는 경구로 투여된다. 일부 구현예에서, 억제제는 고형 투여 형태, 예컨대 캡슐, 정제 및 분말 또는 액체 투여 형태, 예컨대 엘릭시르, 시럽 및 현탁액으로 경구로 투여된다.
환자의 질병이 개선되면, 용량이 예방 또는 유지 치료를 위해 조절될 수 있다. 예를 들어, 투여량 또는 투여 빈도 또는 둘 다가 바람직한 치료 또는 예방 효과가 유지되는 수준까지 증상의 함수로 감소될 수 있다. 증상이 적절한 수준까지 완화되면 치료가 중단될 수 있다. 그러나 환자는 임의의 증상 재발 시 장기 단위로 간헐적인 치료가 필요할 수 있다. 환자는 장기 단위로 만성적인 치료가 또한 필요할 수 있다.
B. 면역 요법 또는 세포 요법의 투여
여기 제공된 방법, 조성물, 병용물, 키트 및 용도의 일부 구현예에서, 병용 요법은 요법, 예를 들어 세포 독성 요법, 예컨대 면역 요법 또는 세포 요법을 대상체에 투여하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 요법은 T 세포 요법(예를 들어, CAR 발현 T 세포) 또는 T 세포 관여 요법이다. 상기 요법은, 기재된 바와 같은 하나 이상의 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제의 투여 전, 후속적으로, 이와 동시에 투여될 수 있다.
1. T 세포 관여 요법
일부 구현예에서, 면역 요법은 T 세포 상에 발현된 표면 분자에 결합할 수 있는 결합 분자이거나 이를 포함하는 T 세포 관여 요법이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 표면 분자는 T 세포의 활성화 구성 요소, 예컨대 T 세포 수용체 복합체의 구성 요소이다. 일부 구현예에서, 표면 분자는 CD3이거나 CD2이다. 일부 구현예에서, T 세포 관여 요법은 항체 또는 항원 결합 단편이거나 이를 포함한다.
일부 구현예에서, T 세포 관여 요법은, T 세포의 활성화 구성 요소에 결합하는 하나 이상의 항원 결합 도메인(예를 들어, T 세포 표면 분자, 예를 들어, CD3 또는 CD2) 및 표적 세포 상의 표면 항원, 예컨대 종양 또는 암 세포 상의 표면 항원, 예를 들어 여기 기재된 바와 같이 열거된 임의의 항원, 예를 들어 CD19에 결합하는 하나 이상의 항원 결합 도메인을 함유하는 이중 특이적 항체이다. 일부 구현예에서, 표적 중 둘 다에 상기 항체의 동시 또는 거의 동시 결합이 표적 세포와 T 세포 사이의 일시적인 상호 작용을 초래함으로써 T 세포의 활성화, 예를 들어 세포 독성 활성 및 후속적인 표적 세포의 용해를 초래한다.
일부 구현예에서, 이중 특이적 T 세포 관여자(bi-specific T cell engagers, BiTE)가 제공된 방법, 용도, 제조 물품과 관련하여 사용된다. 일부 구현예에서, 이중 특이적 T 세포 관여자가 2 개의 특정 항원(또는 마커 또는 리간드)를 향한 특이성을 갖는다. 일부 구현예에서, 항원이 특정 세포 유형의 표면 상에 발현된다. 특정 구현예에서, 제1 항원이 면역 세포 또는 조작된 면역 세포와 연관되고, 제2 항원이 특정 질병 또는 병태, 예컨대 암의 표적 세포와 연관된다.
2 개의 상이한 하이브리도마의 융합(Milstein and Cuello, Nature 1983;305:537-540) 및 이종 이중 기능성 교차 결합을 통한 화학적 테더링(Staerz et al. Nature 1985; 314:628-631)을 포함한, 이중 특이적 T 세포 관여자를 생성하는 수많은 방법이 공지되어 있다. 예시적인 이중 특이적 항체 T 세포 관여 분자 중에, 가요성 링커에 의해 융합된 탠덤 scFv 분자(예를 들어, 문헌[Nagorsen and Bauerle, Exp Cell Res 317, 1255-1260 (2011)] 참조); 예를 들어, 가용성 링커를 통해 서로 융합된 탠덤 scFv 분자를 함유하고, 안정적인 결합이 가능한 제1 및 제2 하위 단위로 구성된 Fc 도메인(WO2013026837); 탠덤 디아바디(Holliger et al, Prot Eng 9, 299-305 (1996); Kipriyanov et al, J Mol Biol 293, 41-66 (1999)); C-말단 이황화물 가교를 갖는 디아바디 형태를 포함할 수 있는 이중 친화도 재표적화(dual affinity retargeting, DART) 분자; 또는 하이브리드 마우스/래트 IgG 전체 분자를 포함하는 트리오맙(Seimetz et al, Cancer Treat Rev 36, 458-467 (2010));을 포함하는 디아바디 및 이의 유도체;를 더 함유하는 것이 있다.
특정 구현예에서, 이중 특이적 T 세포 관여자는 폴리펩티드 작제물에 의해 암호화된 분자이다. 특정 구현예에서, 폴리펩티드 작제물은, 면역 세포 또는 조작된 면역 세포의 활성화 부분에 결합하는 항원 결합 도메인을 포함하는 제1 구성 요소 및 특정 질병 또는 병태(예를 들어, 암)와 연관된 표면 항원(예를 들어, 표적 또는 종양 관련 항원(tumor associated antigen, TAA))에 결합하는 항원 결합 도메인을 포함하는 제2 구성 요소를 함유한다. 일부 구현예에서, 제1 및 제2 구성 요소는 링커에 의해 결합된다. 일부 구현예에서, 제1 구성 요소는 CD33 신호 펩티드를 암호화하는 리더 서열에 결합된다.
일부 구현예에서, 폴리펩티드는, N-말단에서 C-말단으로: T 세포의 활성화 부분에 결합하는 항원 결합 도메인을 포함하는 제1 구성 요소, 펩티드 링커 및 질병 또는 병태(예를 들어, 암)와 연관된 표면 항원(예를 들어, 표적 또는 종양 관련 항원(TAA))에 결합하는 항원 결합 도메인을 포함하는 제2 구성 요소;를 함유하는 작제물이다.
일부 측면에서, T 세포의 활성화 구성 요소는 T 세포 표면 분자, 예컨대 CD3 또는 CD2이다. 일부 구현예에서, 표적 세포의 표면 항원은 종양 관련 항원(TAA)이다. 일부 측면에서, TAA는 하나 이상의 에피토프를 함유한다. 일부 구현예에서, 펩티드 링커는 절단 가능한 펩티드 링커이거나 이를 포함한다.
일부 구현예에서, 이중 특이적 T 세포 관여자의 제1 구성 요소의 항원 결합 도메인이 종양의 주변에 내인성 면역 세포 상의 수용체를 차지한다. 일부 구현예에서, 내인성 면역 세포는 T 세포이다. 일부 측면에서, 내인성 T 세포 수용체의 관여가 내인성 T 세포를 종양으로 재지시한다. 일부 측면에서, 내인성 T 세포 수용체의 관여가 종양 침윤성 림프구들(tumor infiltrating lymphocytes, TILs)을 종양으로 모집한다. 일부 측면에서, 내인성 T 세포 수용체의 관여가 내인성 면역 레퍼토리를 활성화한다.
일부 구현예에서, 이의 표적 중 둘 다에 이중 특이적 T 세포 관여자의 동시 또는 거의 동시 결합이 표적 세포와 T 세포 사이의 일시적인 상호 작용을 초래함으로써 T 세포의 활성화(예를 들어, 세포 독성 활성, 사이토카인 방출) 및 후속적인 표적 세포의 용해를 초래한다.
일부 구현예에서, 이중 특이적 T 세포 관여자의 제1 구성 요소는 T 세포의 활성화 구성 요소에 결합하는 항원 결합 도메인이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, T 세포의 활성화 구성 요소는 표면 분자이다. 일부 구현예에서, 표면 분자는 T 세포 항원이거나 이를 포함한다. 예시적인 T 세포 항원은 CD2, CD3, CD4, CD5, CD6, CD8, CD25, CD28, CD30, CD40, CD44, CD45, CD69 및 CD90을 포함하나 이에 국한되지 않는다. 일부 측면에서, 이중 특이적 T 세포 관여 분자의 T 세포 항원과의 결합이 T 세포를 자극 및/또는 활성화한다.
일부 구현예에서, 항-T 세포 결합 도메인은, Fab 단편, F(ab')2 단편, Fv 단편, scFv, scAb, dAb, 단일 도메인 중쇄 항체 및 단일 도메인 경쇄 항체로 구성된 군에서 선택된 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 포함한다.
일부 구현예에서, 이중 특이적 T 세포 관여자 상의 T 세포 결합 도메인은 항-CD3이다. 일부 측면에서, 항-CD3 도메인은 scFv이다. 일부 구현예에서, 이중 특이적 T 세포 관여자의 항-CD3 도메인이 T 세포 상의 수용체의 CD3 복합체의 하위 단위에 결합한다. 일부 측면에서, 수용체는 내인성 T 세포 상에 있다. 일부 구현예에서, 수용체는 재조합 수용체를 더 발현하는 조작된 면역 세포 상에 있다. T 세포의 CD3 관여 효과가 당업계에 잘 알려져있고, T 세포 활성화 및 기타 하류 세포 신호 전달을 포함하나 이에 국한되지 않는다. 상기 임의의 이중 특이적 T 세포 관여자가 여기 제공된 발명에 사용될 수 있다.
일부 구현예에서, 질병 또는 병태와 연관된 표면 항원에 결합하는 항원 결합 도메인을 포함하는 이중 특이적 T 세포 관여자의 제2 구성 요소는 종양 또는 암 항원이다. 일부 구현예에서, 이중 특이적 T 세포 관여자에 의해 표적화된 항원 중에 입양 세포 요법을 통해 표적화될 질병, 병태 또는 세포 유형의 상황에서 발현되는 것이 있다. 질병 및 병태 중에는 혈액 암, 면역계 암, 예컨대 림프종, 백혈병 및/또는 골수종, 예컨대 B, T 및 골수성 백혈병, 림프종 및 다발성 골수종을 포함한 암 및 종양을 포함한 증식성, 신생물성 및 악성 질병 및 장애가 있다.
일부 구현예에서, 항원은, αvβ6 인테그린(avb6 인테그린), B세포 성숙 항원(BCMA), B7-H3, B7-H6, 탄산 탈수 효소 9(CA9, CAIX 또는 G250으로도 공지), 암 고환 항원, 암/고환 항원 1B(CTAG, NY-ESO-1 및 LAGE-2로도 공지), 암배아 항원(CEA), 사이클린, 사이클린 A2, C-C 모티프 케모카인 리간드 1(CCL-1), CD19, CD20, CD22, CD23, CD24, CD30, CD33, CD38, CD44, CD44v6, CD44v7/8, CD123, CD133, CD138, CD171, 콘드로이틴 황산염 프로테오글리칸 4(CSPG4), 표피 성장 인자 단백질(EGFR), 절단형 표피 성장 인자 단백질(tEGFR), III형 표피 성장 인자 수용체 돌연변이(EGFR vIII), 표피 당단백질 2(EPG-2), 표피 당단백질 40(EPG-40), 에프린B2, 에프린 수용체 A2(EPHa2), 에스트로겐 수용체, Fc 수용체 유사 5(FCRL5; FC 수용체 상동물 5 또는 FCRH5로도 공지), 태아 아세틸콜린 수용체(태아 AchR), 엽산 결합 단백질(FBP), 엽산 수용체 알파, 강글리오사이드 GD2, O-아세틸화 GD2(OGD2), 강글리오사이드 GD3, 당단백질 100(gp100), 글리피칸-3(GPC3), G 단백질 결합 수용체 5D(GPRC5D), Her2/neu(수용체 티로신 키나제 erb-B2), Her3(erb-B3), Her4(erb-B4), erbB 2량체, 인간 고분자량 흑색종 관련 항원(HMW-MAA), B형 간염 표면 항원, 인간 백혈구 항원 A1(HLA-A1), 인간 백혈구 항원 A2(HLA-A2), IL-22 수용체 알파(IL-22Rα), IL-13 수용체 알파 2(IL-13Rα2), 키나제 삽입 도메인 수용체(kdr), 카파 경쇄, L1 세포 부착 분자(L1-CAM), L1-CAM의 CE7 에피토프, 패밀리 8 멤버 A를 함유하는 루신 리치 반복(Leucine Rich Repeat Containing 8 Family Member A, LRRC8A), 루이스 Y, 흑색종 관련 항원(MAGE)-A1, MAGE-A3, MAGE-A6, MAGE-A10, 메소텔린(MSLN), c-Met, 뮤린 시토메갈로바이러스(CMV), 뮤신 1(MUC1), MUC16, 자연 살해 2 군 D 멤버(NKG2D) 리간드, 멜란 A (MART-1), 신경 세포 부착 분자(NCAM), 종양태아성 항원, 흑색종 우선 발현 항원(PRAME), 프로게스트론 수용체, 전립선 특이적 항원, 전립선 줄기 세포 항원(PSCA), 전립선 특이적 막 항원(PSMA), 수용체 티로신 키나제 유사 고아 수용체 1(ROR1), 서바이빈(survivin), 영양막 당단백질(TPBG, 5T4로도 공지), 종양 관련 당단백질 72(TAG72), 티로시나제 관련 단백질 1(TRP1, TYRP1 또는 gp75로도 공지), 티로시나제 관련 단백질 2(TRP2, 도파크롬 타우토머라제, 도파크롬 델타 이성화 효소 또는 DCT로도 공지), 혈관 내피 성장 인자 수용체(VEGFR), 혈관 내피 성장 인자 수용체 2(VEGFR2), 빌름스 종양 1(WT-1), 병원체 특이적 또는 병원체 발현 항원 또는 범용 태그 관련 항원 및/또는 비오티닐화 분자 및/또는 HIV, HCV, HBV 또는 기타 병원체 발현 분자를 포함한다. 일부 구현예에서, 수용체에 의해 표적화된 항원은 다수의 공지된 임의의 B 세포 마커와 같은 B 세포 악성 종양과 연관된 항원을 포함한다. 일부 구현예에서, 항원은 CD20, CD19, CD22, ROR1, CD45, CD21, CD5, CD33, Ig카파, Ig람다, CD79a, CD79b 또는 CD30이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 항원은 CD19이다.
일부 구현예에서, 제1 항원 결합 도메인 및 제2 항원 결합 도메인을 포함한 항원 결합 도메인 둘 다가 항체 또는 항원 결합 단편을 포함한다.
여기서 용어 "항체(antibody)"는 가장 넓은 의미로 사용되며, 온전한 항체 및 기능성(항원-결합) 항체 단편을 포함하는 다클론 및 단클론 항체를 포함하며, 항원에 특이적으로 결합할 수 있는 단편 항원 결합(Fab) 단편, F(ab')2 단편, Fab' 단편, Fv 단편, 재조합 IgG(rIgG) 단편, 가변 중쇄(VH) 영역, 단일 사슬 가변 단편(scFv)을 포함한 단일 사슬 항체 단편 및 단일 도메인 항체(예를 들어, sdAb, sdFv) 또는 단편을 포함한다. 용어는, 유전자 조작되고/거나 달리 변형된 형태의 면역 글로불린, 예컨대 인트라바디(intrabodies), 펩티바디(peptibodies), 키메라 항체, 완전한 인간 항체, 인간화된 항체 및 이종 접합 항체, 다중 특이적, 예를 들어, 이중 특이적 항체, 디아바디(diabodies), 트리아바디(triabodies) 및 테트라바디(tetrabodies), 탠덤 디-scFv(tandem di-scFv), 탠덤 트리-scFv를 포괄한다. 달리 언급되지 않는 한, 용어 "항체(antibody)"는 이의 기능성 항체 단편을 포함하는 것으로 이해되어야 한다. 용어는 손상되지 않거나 또는 전장 항체를 또한 포괄하고, 임의의 클래스 또는 하위 클래스의 항체를 포함하며, IgG 및 이의 하위 클래스, IgM, IgE, IgA 및 IgD를 포함한다.
일부 구현예에서, 항원 결합 단백질, 항체 및 이의 항원 결합 단편은 전장 항체의 항원을 특이적으로 인식한다. 일부 구현예에서, 항체의 중쇄 및 경쇄는 전장일 수 있거나 또는 항원 결합 부분(Fab, F(ab')2, Fv 또는 단일 사슬 FV 단편(scFv))일 수 있다. 다른 구현예에서, 항체 중쇄 불변 영역이, 예를 들어, IgG1, IgG2, IgG3, IgG4, IgM, IgA1, IgA2, IgD 및 IgE에서 선택되고, 특히 예를 들어, IgG1, IgG2, IgG3 및 IgG4, 보다 특히, IgG1(예를 들어, 인간 IgG1)에서 선택된다. 또 다른 구현예에서, 항체 경쇄 불변 영역이 예를 들어, 카파 또는 람다, 특히 카파에서 선택된다.
제공된 항체 중에는 항체 단편이 있다. "항체 단편(antibody fragment)"은 온전한 항체가 결합하는 항원에 결합하는 온전한 항체의 일부를 포함하는 온전한 항체가 아닌 분자를 지칭한다. 항체 단편의 예는, Fv, Fab, Fab', Fab'-SH, F(ab')2 ; 디아바디; 선형 항체; 가변 중쇄(VH) 영역, scFv와 같은 단일 사슬 항체 분자 및 단일 도메인 VH 단일 항체; 및 항체 단편에서 형성된 다중 특이적 항체;를 포함하나 이에 국한되지 않는다. 특정 구현예에서, 항체는 가변 중쇄 영역 및/또는 가변 경쇄 영역을 포함하는 단일 사슬 항체 단편, 예컨대 scFv이다.
용어 "가변 영역(variable region)" 또는 "가변 도메인(ariable domain)"은, 항체가 항원에 결합하는 데 관여하는 항체 중쇄 또는 경쇄의 도메인을 지칭한다. 천연 항체의 중쇄 및 경쇄의 가변 도메인(각각 VH 및 VL )은, 일반적으로 유사한 구조를 가지며, 각각의 도메인이 4 개의 보존된 프레임워크 영역(framework region, FR) 및 3 개의 CDR을 포함한다(예를 들어, 문헌[Kindt et al. Kuby Immunology, 6th ed., W.H. Freeman and Co., 91 페이지(2007)]을 참조한다). 단일 VH 또는 VL 도메인이 항원 결합 특이성을 부여하기에 충분할 수 있다. 또한, 특정 항원에 결합하는 항체가, 항원에 결합하는 항체 유래 VH 또는 VL 도메인을 사용하여 단리되어 각각 상보성 VL 또는 VH 도메인의 라이브러리를 스크리닝할 수 있다(예를 들어, 문헌[Portolano et al., J. Immunol. 150:880-887 (1993); Clarkson et al., Nature 352:624-628 (1991)]을 참조한다).
단일 도메인 항체(sdAb)는, 항체의 중쇄 가변 도메인의 전부 또는 일부 또는 경쇄 가변 도메인의 전부 또는 일부를 포함하는 항체 단편이다. 특정 구현예에서, 단일 도메인 항체는 인간 단일 도메인 항체이다. 일부 구현예에서, 이중 특이적 T 세포 관여자는, 항원, 예컨대 종양 세포 또는 암세포와 같은 표적화될 세포 또는 질병의 암 마커 또는 세포 표면 항원, 예컨대 여기에 기재되거나 공지된 임의의 표적 항원에 특이적으로 결합하는 항체 중쇄 도메인을 포함한다. 예시적인 단일 도메인 항체는 sdFv, 나노바디, VHH 또는 VNAR을 포함한다.
항체 단편이 온전한 항체의 단백질 분해 소화 및 재조합 숙주 세포에 의한 생산을 포함하나 이에 국한되지 않는 다양한 기술에 의해 제조될 수 있다. 일부 구현예에서, 항체는 재조합으로 생성된 단편, 예컨대 합성 링커, 예를 들어 펩티드 링커에 의해 연결된 2 개 이상의 항체 영역 또는 사슬을 갖는 것과 같이 자연적으로 발생하지 않고/거나 자연적으로 발생하는 온전한 항체의 효소 분해에 의해 생성되지 않을 수 있는 배열을 포함하는 단편이다. 일부 구현예에서, 항체 단편은 scFv이다.
"인간화된(humanized)" 항체는 모든 또는 실질적으로 모든 CDR 아미노산 잔기가 비인간 CDR에서 유래되고, 모든 또는 실질적으로 모든 FR 아미노산 잔기가 인간 FR에서 유래된 항체이다. 인간화된 항체는 인간 항체에서 유래된 항체 불변 영역의 적어도 일부를 선택적으로 포함할 수 있다. 비인간 항체의 "인간화된 형태(humanized form)"는 인간화를 거쳐 인간에 대한 면역원성이 전형적으로 감소되었으나 모체 비인간 항체의 특이성 및 친화도를 보유한 비인간 항체의 변이체를 지칭한다. 일부 구현예에서, 인간화된 항체의 일부 FR 잔기가 비인간 항체(예를 들어, CDR 잔기가 유래된 항체) 유래 대응하는 잔기로 치환되어 예를 들어, 항체 특이성 또는 친화도가 회복 또는 개선된다.
특정 구현예에서, 항원 결합 도메인은 단일 사슬 가변 단편(scFv)이다. 일부 구현예에서, scFv는 중쇄 및 경쇄를 함유하는 탠덤 scFv이다. 일부 구현예에서, 중쇄 및 경쇄는 펩티드 링커에 의해 연결된다. 일부 구현예에서, 링커는 세린 및 글리신으로 주로 구성된다. 일부 측면에서, 중쇄 및 경쇄의 연결이 단일 폴리펩티드 항원 결합 도메인을 형성한다.
특정 구현예에서, 이중 특이적 T 세포 관여자의 제1 항원 결합 도메인은 항-CD3 scFv이다. 특정 구현예에서, 이중 특이적 T 세포 관여자의 제2 항원 결합 도메인은 항-CD19 scFv이다.
일부 측면에서, 이중 특이적 T 세포 관여자 폴리펩티드 작제물은, T 세포의 활성화 부분에 결합하는 항원 결합 도메인을 포함하는 제1 구성 요소와 특정 질병 또는 병태와 연관된 표면 항원(예를 들어, 표적 또는 종양 관련 항원(TAA))에 결합하는 항원 결합 도메인을 포함하는 제2 구성 요소를 연결하는 링커를 함유한다. 일부 측면에서, 링커는 짧은, 중간 또는 긴 링커이다.
일부 구현예에서, 링커는 절단 가능한 펩티드 링커이다. 일부 측면에서, 절단 가능한 링커는 프로테아제에 대한 기질인 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 서열은 생체 내 조건 하에서 끊어질 수 있는 결합을 포함한다. 일부 경우에, 링커는 생리적 환경에 존재하는 프로테아제에 의해 선택적으로 절단된다. 일부 측면에서, 환경은 종양 미세 환경과 별개이다. 일부 구현예에서, 프로테아제는 종양의 주변에서 발견된다.
일부 구현예에서, 선택적으로 절단 가능한 링커는 종양과 공동 국소화되지 않는 세포에 의해 생성된 프로테아제에 의해 절단된다. 일부 구현예에서, 선택적으로 절단 가능한 링커는 종양 미세 환경에 근접해 있는 프로테아제에 의해 절단되지 않는다. 일부 구현예에서, 프로테아제에 의한 링커의 절단이 이중 특이적 T 세포 관여 분자를 비활성화되게 한다. 일부 구현예에서, 프로테아제는 대상체의 순환 혈액에서 발견된다. 일부 구현예에서, 프로테아제는 내인성 또는 외인성 응고 경로의 일부이다. 일부 측면에서, 프로테아제는 세린 프로테아제이다. 일부 측면에서, 프로테아제는 트롬빈, 인자 X, 인자 XI, 인자 XII 및 플라스민을 포함하나 이에 국한되지 않는다.
상기 예시적인 이중 특이적 항체 T 세포 관여 분자 중에, 가요성 링커에 의해 융합된 탠덤 scFv 분자(예를 들어, 문헌[Nagorsen and Bauerle, Exp Cell Res 317, 1255-1260 (2011)] 참조); 예를 들어, 가용성 링커를 통해 서로 융합된 탠덤 scFv 분자를 함유하고, 안정적인 결합이 가능한 제1 및 제2 하위 단위로 구성된 Fc 도메인(WO2013026837); 탠덤 디아바디(Holliger et al, Prot Eng 9, 299-305 (1996); Kipriyanov et al, J Mol Biol 293, 41-66 (1999)); C-말단 이황화물 가교를 갖는 디아바디 형태를 포함할 수 있는 이중 친화도 재표적화(dual affinity retargeting, DART) 분자; 또는 하이브리드 마우스/래트 IgG 전체 분자를 포함하는 트리오맙(Seimetz et al, Cancer Treat Rev 36, 458-467 (2010));을 포함하는 디아바디 및 이의 유도체;를 더 함유하는 이중 특이적 T 세포 관여자(BiTE) 분자가 있다. 일부 구현예에서, T 세포 관여 요법은 블리나투모맙 또는 AMG 330이다. 상기 임의의 T 세포 관여자가 제공된 방법에서 사용될 수 있다.
면역계 자극제 및/또는 T 세포 관여 요법이, 임의의 적합한 수단, 예를 들어 볼루스 주입, 주사, 예를 들어 정맥내 또는 피하 주사, 안구내 주사, 안구주위(periocular) 주사, 망막하 주사, 유리체내 주사, 중격경유성 주사, 공막하 주사, 맥락막내 주사, 전방내 주사, 결막 하 주사(subconjectval injection, subconjuntival injection), 서브 테논(sub-Tenon) 주사, 안구뒤 주사, 안구주위(peribulbar) 주사 또는 후부 점막 주사 전달에 의해 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 면역 요법이 비경구, 폐내 및 비강내 및 국소 치료가 바람직한 경우 병변내 투여에 의해 투여된다. 비경구 주입은 근육내, 정맥내, 동맥내, 복강내, 흉곽내, 두개내 또는 피하 투여를 포함한다.
특정 구현예에서, 하나 이상의 용량의 T 세포 관여 요법이 투여된다. 특정 구현예에서, (약) 0.001 μg 내지 약 5,000 μg(수치 포함)의 T 세포 관여 요법이 투여된다. 특정 구현예에서, (약) 0.001 μg 내지 1,000 μg, 0.001 μg 내지 1 μg, 0.01 μg 내지 1 μg, 0.1 μg 내지 10 μg, 0.01 μg 내지 1 μg, 0.1 μg 내지 5 μg, 0.1 μg 내지 50 μg, 1 μg 내지 100 μg, 10 μg 내지 100 μg, 50 μg 내지 500 μg, 100 μg 내지 1,000 μg, 1,000 μg 내지 2,000 μg, 또는 2,000 μg 내지 5,000 μg의 T 세포 관여 요법이 투여된다. 일부 구현예에서, T 세포 관여 요법의 용량은, (약) 0.01 μg/kg 내지 100 mg/kg, 0.1 μg/kg 내지 10 μg/kg, 10 μg/kg 내지 50 μg/kg, 50 μg/kg 내지 100 μg/kg, 0.1 mg/kg 내지 1 mg/kg, 1 mg/kg 내지 10 mg/kg,10 mg/kg 내지 100 mg/kg, 100 mg/kg 내지 500 mg/kg, 200 mg/kg 내지 300 mg/kg, 100 mg/kg 내지 250 mg/kg, 200 mg/kg 내지 400 mg/kg, 250 mg/kg 내지 500 mg/kg, 250 mg/kg 내지 750 mg/kg, 50 mg/kg 내지 750 mg/kg, 1 mg/kg 내지 10 mg/kg, 또는 100 mg/kg 내지 1,000 mg/kg(각각의 수치 포함)이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, T 세포 관여 요법의 용량은, (약) 0.1 ㎍/kg, 0.5 ㎍/kg, 1 ㎍/kg, 5 ㎍/kg, 10 ㎍/kg, 20 ㎍/kg, 30 ㎍/kg, 40 ㎍/kg, 50 ㎍/kg, 60 ㎍/kg, 70 ㎍/kg, 80 ㎍/kg, 90 ㎍/kg, 0.1 mg/kg, 0.5 mg/kg, 1 mg/kg, 2.5 mg/kg, 5 mg/kg, 10 mg/kg, 15 mg/kg, 20 mg/kg, 25 mg/kg, 30 mg/kg, 35 mg/kg, 40 mg/kg, 45 mg/kg, 50 mg/kg, 55 mg/kg, 60 mg/kg, 65 mg/kg, 70 mg/kg, 75 mg/kg, 80 mg/kg, 85 mg/kg, 90 mg/kg, 95 mg/kg, 100 mg/kg, 200 mg/kg, 300 mg/kg, 400 mg/kg, 500 mg/kg, 600 mg/kg, 700 mg/kg, 800 mg/kg, 900 mg/kg, 또는 1,000 mg/kg (이상)이다. 특정 구현예에서, T 세포 관여 요법이 경구로, 정맥내로, 복강내로, 경피로, 척추 강내로, 근육내로, 비강내로, 점막 경유로, 피하내로 또는 직장으로 투여된다.
2. 세포 요법
일부 구현예에서, 요법, 예를 들어 세포 독성 요법은, 종양 또는 암과 같은 병소의 표면 상에 발현된 분자를 표적화하는 세포, 예컨대 면역 세포, 예를 들어 T 세포 또는 NK 세포의 투여이거나 이를 포함하는 세포 기반 요법이다. 일부 측면에서, 세포 요법은, 종양 침윤성 림프구(TIL) 요법, 자연 살해(NK) 세포 요법, 전이 유전자 TCR 요법 또는 선택적으로 T 세포 요법이고, 선택적으로 키메라 항원 수용체(CAR) 발현 세포 요법인 재조합 수용체 발현 세포 요법이다. 일부 구현예에서, T 세포 요법은 키메라 항원 수용체(CAR)를 발현하도록 조작된 T 세포를 투여하는 것을 포함한다. 일부 측면에서, T 세포 요법은, 암과 연관된 항원, 예컨대 B 세포 악성 종양, 예를 들어 만성 림프구성 백혈병(CLL) 또는 비호지킨 림프종(NHL) 또는 이의 하위 유형과 연관된 항원을 특이적으로 인식 및/또는 표적화하는 T 세포를 포함하는 입양 T 세포 요법이다. 일부 측면에서, T 세포 요법은, 암과 연관된 항원, 예컨대 B 세포 악성 종양, 예를 들어 만성 림프구성 백혈병(CLL)과 연관된 항원을 특이적으로 인식 및/또는 표적화하는 T 세포를 포함하는 입양 T 세포 요법이다. 일부 측면에서, T 세포 요법은, 암과 연관된 항원, 예컨대 B 세포 악성 종양, 예를 들어 작은 림프구성 백혈병(SLL)과 연관된 항원을 특이적으로 인식 및/또는 표적화하는 T 세포를 포함하는 입양 T 세포 요법이다. 일부 측면에서, T 세포 요법은, 항원에 결합, 예컨대 특이적으로 결합하는 항원 결합 도메인을 포함하는 키메라 항원 수용체(CAR)로 조작된 T 세포를 포함한다. 일부 경우에, T 세포 요법에 의해 표적화된 항원은 CD19이다.
일부 구현예에서, 면역 세포는 T 세포 수용체(TCR) 또는 다른 항원 결합 수용체를 발현한다. 일부 구현예에서, 면역 세포는 재조합 수용체, 예컨대 전이 유전자 TCR 또는 키메라 항원 수용체(CAR)를 발현한다. 일부 구현예에서, 세포는 대상체에 대해 자가 조직이다. 일부 구현예에서, 세포는 대상체에 대해 동종 이계이다. 제공된 방법에 사용하기 위한 예시적인 상기 세포 요법, 예를 들어 T 세포 요법이 하기 기재된다.
일부 구현예에서, 제공된 세포는, 리간드 결합 도메인 또는 이의 결합 단편 및 T 세포 수용체들(TCRs) 및 이의 구성 요소 및/또는 기능성 비-TCR 항원 수용체, 예컨대 키메라 항원 수용체들(CARs)을 함유하는 것을 포함한 수용체, 예컨대 재조합 수용체를 발한하고/거나 발현하도록 조작된다. 일부 구현예에서, 재조합 수용체는 항원에 특이적으로 결합하는 세포 외 리간드 결합 도메인을 함유한다. 일부 구현예에서, 재조합 수용체는 항원에 특이적으로 결합하는 세포 외 항원 인식 도메인을 함유하는 CAR이다. 일부 구현예에서, 리간드, 예컨대 항원은 세포의 표면 상에 발현된 단백질이다. 일부 구현예에서, CAR은 TCR 유사 CAR이고, 항원은 프로세싱된 펩티드 항원, 예컨대 TCR과 마찬가지로 주요 조직적합성 복합체(MHC) 분자의 상황에서 세포 표면 상에서 인식되는 세포 내 단백질의 펩티드 항원이다.
일부 구현예에서, 제공된 방법과 관련하여 사용 또는 투여되는 세포는, 조작된 수용체, 예를 들어 키메라 항원 수용체(CAR)와 같은 조작된 항원 수용체 또는 T 세포 수용체(TCR)를 함유하거나 함유하도록 조작된다. 조성물 중에는, 예컨대 입양 세포 요법에 대한 투여를 위한 약학 조성물 및 제형이 있다. 제공된 방법 및/또는 제공된 제조 물품 또는 조성물과 부합되게 대상체, 예를 들어 환자에 세포 및 조성물을 투여하기 위한 치료 방법이 또한 제공된다.
재조합 수용체를 함유하는 조작된 세포를 포함한 조작된 세포 중 하기 섹션 II에 기재된 것이 있다. CAR 및 재조합 TCR을 포함한 예시적인 재조합 수용체뿐만 아니라 수용체를 조작하고 세포 내로 도입하는 방법은, 예를 들어 문헌[국제 특허 출원 공개 번호 WO200014257, WO2013126726, WO2012/129514, WO2014031687, WO2013/166321, WO2013/071154, WO2013/123061, 미국 특허 출원 공개 번호 US2002131960, US2013287748, US20130149337, 미국 특허 번호: 6,451,995, 7,446,190, 8,252,592, 8,339,645, 8,398,282, 7,446,179, 6,410,319, 7,070,995, 7,265,209, 7,354,762, 7,446,191, 8,324,353, 및 8,479,118 및 유럽 특허 출원 번호 EP2537416]에 기재된 것들 및/또는 문헌[Sadelain et al., Cancer Discov. 2013 April; 3(4): 388-398; Davila et al. (2013) PLoS ONE 8(4): e61338; Turtle et al., Curr. Opin. Immunol., 2012 October; 24(5): 633-39; Wu et al., Cancer, 2012 March 18(2): 160-75]에 기재된 것들을 포함한다. 일부 측면에서, 유전자 조작된 항원 수용체는 문헌[미국 특허 번호 제7,446,190호]에 기재된 바와 같은 CAR 및 문헌[국제 특허 출원 공개 번호 WO/2014055668 A1]에 기재된 것을 포함한다.
입양 세포 요법을 위한 세포의 투여 방법이 공지되어 있으며, 제공된 방법, 조성물 및 제조 물품 및 키트와 관련하여 사용될 수 있다. 예를 들어, 입양 T 세포 요법 방법은, 예를 들어 문헌[미국 특허 출원 공개 번호 2003/0170238(Gruenberg et al); 미국 특허 번호 4,690,915(Rosenberg); Rosenberg (2011) Nat Rev Clin Oncol. 8(10):577-85)]에 기재되어 있다. 예를 들어, 문헌[Themeli et al. (2013) Nat Biotechnol. 31(10): 928-933; Tsukahara et al. (2013) Biochem Biophys Res Commun 438(1): 84-9; Davila et al. (2013) PLoS ONE 8(4): e61338]을 참조한다.
일부 구현예에서, 세포 요법, 예를 들어, 입양 T 세포 요법은 자가 조직 전달에 의해 수행되며, 상기 세포는 세포 요법을 받을 대상체 또는 상기 대상체에서 유래된 샘플로부터 단리되고/거나 그렇지 않으면 제조된다. 따라서, 일부 측면에서, 세포는 치료가 필요한 대상체, 예를 들어 환자에서 유래되고, 세포는 단리 및 프로세싱 후에 동일한 대상체에 투여된다.
일부 구현예에서, 세포 요법, 예를 들어, 입양 T 세포 요법은 동종 이계 전달에 의해 수행되며, 상기 세포는 세포 요법을 받을 예정이거나 최종적으로 받은 대상체, 예를 들어 제1 대상체가 아닌 대상체에서 단리되고/거나 그렇지 않으면 제조된다. 상기 구현예에서, 이어서 세포는 상이한 대상체, 예를 들어, 같은 종의 제2 대상체에 투여된다. 일부 구현예에서, 제1 및 제2 대상체는 유전적으로 동일하다. 일부 구현예에서, 제1 및 제2 대상체는 유전적으로 유사하다. 일부 구현예에서, 제2 대상체가 제1 대상체와 동일한 HLA 클래스 또는 수퍼타입(supertype)을 발현한다.
T 세포 요법의 세포는 투여를 위해 제형화된 조성물 또는 대안적으로 별도의 투여를 위해 제형화된 하나 이상의 조성물(예를 들어, 2 개의 조성물)로 투여될 수 있다. 세포의 용량(들)은, 특정 수 또는 상대적인 수의 세포 또는 조작된 세포 및/또는 CD4 대 CD8 T 세포와 같은 조성물 내 2 개 이상의 하위 유형의 정의된 비율 또는 조성물을 포함할 수 있다.
세포는 임의의 적합한 수단에 의해 투여될 수 있다. 세포가 투약 방식으로 투여되어 치료 효과, 예컨대 종양 부담의 감소를 달성한다. 투여량 및 투여는, 세포 요법, 예컨대 T 세포 요법, 예를 들어, CAR T 세포 요법의 투여 개시 전, 후속적 및/또는 이와 동시에 투여될 수 있는 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제의 투여 일정에 부분적으로 의존할 수 있다. 세포 요법의 다양한 투약 일정은 다양한 시점에 걸쳐 단일 또는 다중 투여, 볼루스 투여 및 펄스 주입을 포함하나 이에 국한되지 않는다.
A. 조성물 및 제형
일부 구현예에서, 재조합 항원 수용체, 예를 들어, CAR 또는 TCR로 조작된 세포를 포함하는 T 세포 요법과 같은 세포 요법의 세포 용량은, 약학 조성물 또는 제형와 같은 조성물 또는 제형으로 제공된다. 상기 조성물은, 예컨대 B 세포 악성 종양의 치료에서 제공된 방법 및/또는 제공된 제조 물품 또는 조성물과 부합되게 사용될 수 있다.
용어 "약학 제형(pharmaceutical formulation)"은 그 안에 함유된 활성 성분의 생물학적 활성이 효과적이게 하는 그런 형태의 제제이고, 제형이 투여될 대상체에 허용 가능하지 않게 독성이 있는 추가 성분을 함유하지 않는 제제를 지칭한다.
"약학적으로 허용 가능한 담체(pharmaceutically acceptable carrier)"는, 대상체에 무독성인 활성 성분이 아닌 약학 제형 내 성분을 지칭한다. 약학적으로 허용 가능한 담체는 완충제, 부형제, 안정화제 또는 방부제를 포함하나 이에 국한되지 않는다.
일부 구현예에서, 조작된 T 세포(예를 들어, CAR T 세포)와 같은 세포 요법은 약학적으로 허용 가능한 담체로 제형화된다. 일부 측면에서, 담체의 선택은 특정 세포 또는 제제에 의해 및/또는 투여 방법에 의해 부분적으로 결정된다. 따라서, 적합한 다양한 제형이 존재한다. 예를 들어, 약학 조성물은 방부제를 함유할 수 있다. 적합한 방부제는 예를 들어, 메틸파라벤, 프로필파라벤, 벤조산 나트륨 및 염화벤잘코늄을 포함할 수 있다. 일부 측면에서, 2 개 이상의 방부제의 혼합물이 사용된다. 방부제 또는 이의 혼합물은 전형적으로 전체 조성물의 약 0.0001 중량% 내지 약 2 중량%의 양으로 존재한다. 담체는 예를 들어, 문헌[Remington's Pharmaceutical Sciences 16th edition, Osol, A. Ed. (1980)]에 기재되어 있다. 약학적으로 허용 가능한 담체는 사용된 투여량 및 농도에서 수용체에 일반적으로 무독성이며, 인산염, 구연산염 및 기타 유기산과 같은 완충제; 아스코르브산 및 메티오닌을 포함한 항산화제; 방부제(예컨대 옥타데실디메틸벤질 암모늄 클로라이드; 헥사메토늄 클로라이드; 벤잘코늄 클로라이드; 벤제토늄 클로라이드; 페놀, 부틸 또는 벤질 알코올; 메틸 또는 프로필 파라벤과 같은 알킬 파라벤; 카테콜; 레조르시놀; 시클로헥사놀; 3-펜탄올; 및 m-크레졸); 저분자량(약 10 잔기 미만) 폴리펩티드; 혈청 알부민, 젤라틴 또는 면역 글로불린과 같은 단백질; 폴리비닐피롤리돈과 같은 친수성 중합체; 글리신, 글루타민, 아스파라긴, 히스티딘, 아르기닌 또는 리신과 같은 아미노산; 글루코오스, 만노오스 또는 덱스트린을 포함하는 단당류, 이당류 및 기타 탄수화물; EDTA와 같은 킬레이팅제; 수크로오스, 만니톨, 트레할로스 또는 소르비톨과 같은 당; 나트륨과 같은 염 형성 카운터 이온; 금속 착물(예를 들어, Zn-단백질 복합체); 및/또는 폴리에틸렌 글리콜(PEG)과 같은 비이온 계면활성제;를 포함하나 이에 국한되지 않는다.
일부 측면에서, 완충제가 조성물에 포함된다. 적합한 완충제는, 예를 들어, 구연산, 구연산 나트륨, 인산, 인산 칼륨 및 다양한 기타 산 및 염을 포함한다. 일부 측면에서, 2 개 이상의 완충제 혼합물이 사용된다. 완충제 또는 이의 혼합물이 전형적으로 전체 조성물의 약 0.001 중량% 내지 약 4 중량%의 양으로 존재한다. 투여 가능한 약학 조성물의 제조 방법이 공지되어 있다. 예시적인 방법이 예를 들어, 문헌[Remington: The Science and Practice of Pharmacy, Lippincott Williams & Wilkins; 21st ed. (May 1, 2005)]에 보다 상세하게 기재되어 있다.
제형은 수용액을 포함할 수 있다. 제형 또는 조성물은, 세포 또는 제제로 치료될 특정 징후, 질병 또는 병태에 유용한 하나 이상의 활성 성분을 또한 함유할 수 있으며, 여기서 각각의 활성이 서로 악영향을 미치지 않는다. 상기 활성 성분이 의도된 목적에 유효한 양으로 조합하여 적합하게 존재한다. 따라서, 일부 구현예에서, 약학 조성물은, 화학 요법제, 예를 들어, 아스파라기나제, 부술판, 카르보플라틴, 시스플라틴, 다우노루비신, 독소루비신, 플루오로우라실, 겜시타빈, 히드록시우레아, 메토트렉세이트, 파클리탁셀, 리툭시맙, 빈블라스틴, 빈크리스틴 등과 같은 다른 약학적 활성제 또는 약물을 더 포함한다.
일부 구현예에서, 약학 조성물은 치료적 유효량 또는 예방적 유효량과 같이 질병 또는 병태를 치료하기에 효과적인 양으로 세포를 함유한다. 일부 구현예에서, 치료 효능은 치료된 대상체의 주기적인 평가에 의해 모니터링된다. 병태에 따라 며칠 또는 그 이상에 걸쳐 반복 투여되는 경우, 질병 증상의 원하는 억제가 발생할 때까지 치료가 반복된다. 그러나, 다른 투약 방식이 유용할 수 있고 결정될 수 있다. 바람직한 투여량이, 조성물의 단일 볼루스 투여, 조성물의 다중 볼루스 투여 또는 조성물의 연속적인 주입 투여에 의해 전달될 수 있다.
세포가 표준 투여 기술, 제형 및/또는 장치를 사용하여 투여될 수 있다. 조성물의 보관 및 투여를 위해 주사기 및 바이알과 같은 제형 및 장치가 제공된다. 세포에 관하여, 투여는 자가 조직 또는 이종 기원일 수 있다. 예를 들어, 면역 반응성 세포 또는 전구체가 하나의 대상체에서 수득될 수 있고, 동일한 대상체 또는 상이한, 양립 가능한 대상체에 투여될 수 있다. 말초 혈액 유래 면역 반응성 세포 또는 이의 자손(예를 들어, 생체 내, 생체 외 또는 시험관 내 유래)은 카테터 투여, 전신 주사, 국소 주사, 정맥 주사 또는 비경구 투여를 포함하는 국소 주사를 통해 투여될 수 있다. 치료 조성물(예를 들어, 유전자 변형된 면역 반응성 세포를 함유하는 약학 조성물)을 투여할 때, 일반적으로 이는 주사 가능한 단위 투여량 형태(용액, 현탁액, 유화액)으로 제형화될 것이다.
제형은 경구, 정맥내, 복강내, 피하, 폐, 경피, 근육내, 비강내, 볼, 설하 또는 좌약 투여를 위한 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 제제 또는 세포 집단이 비경구적으로 투여된다. 여기에 사용된 바와 같은 용어 "비경구(parenteral)"는 정맥내, 근육내, 피하, 직장, 질 및 복강내 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 제제 또는 세포 집단이, 정맥내, 복강내 또는 피하 주사에 의한 말초 전신 전달을 이용하여 대상체에 투여된다.
일부 구현예에서, 조성물은 멸균 액체 제제, 예를 들어, 등장성 수용액, 현탁액, 유화액, 분산액 또는 점성 조성물로서 제공되며, 이는 일부 측면에서 선택된 pH로 완충될 수 있다. 액체 제제는 일반적으로 겔, 다른 점성 조성물 및 고체 조성물보다 제조가 더 용이하다. 또한, 액체 조성물은 특히 주사에 의해 투여하기가 다소 더 편리하다. 반면에, 점성 조성물은 적절한 점도 범위 내로 제형화되어 특정 조직과 보다 긴 접촉 기간을 제공할 수 있다. 액체 또는 점성 조성물은, 예를 들어, 물, 식염제, 인산 완충 식염수, 폴리올(예를 들어, 글리세롤, 프로필렌 글리콜, 액상 폴리에틸렌 글리콜) 및 이의 적합한 혼합물을 함유하는 용매 또는 분산 매체일 수 있는 담체를 포함할 수 있다.
멸균 주사용 용액이, 용매에, 예컨대 적합한 담체, 희석제 또는 부형제, 예컨대 멸균수, 생리 식염수, 포도당, 덱스트로스 등과의 혼화물에 세포를 통합함으로써 제조될 수 있다.
생체 내 투여에 사용될 제형은 일반적으로 무균이다. 멸균은, 예를 들어 무균 여과 막을 통한 여과에 의해 용이하게 달성될 수 있다.
B. 투약
세포가, 임의의 적합한 수단, 예를 들어 볼루스 주입, 주사, 예를 들어 정맥내 또는 피하 주사, 안구내 주사, 안구주위 주사, 망막하 주사, 유리체내 주사, 중격경유성 주사, 공막하 주사, 맥락막내 주사, 전방내 주사, 결막 하 주사(subconjectval injection, subconjuntival injection), 서브 테논(sub-Tenon) 주사, 안구뒤 주사, 안구주위 주사 또는 후부 점막 주사 전달에 의해 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 상기는 비경구, 폐내 및 비강내 및 국소 치료가 바람직한 경우 병변내 투여에 의해 투여된다. 비경구 주입은 근육내, 정맥내, 동맥내, 복강내 또는 피하 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 주어진 용량이 세포의 단일 볼루스 투여에 의해 투여된다. 일부 구현예에서, 이는 예를 들어, 3 일 이내의 기간에 걸쳐 세포의 다중 볼루스 투여에 의해, 또는 세포의 지속적인 주입 투여에 의해 투여된다. 일부 구현예에서, 세포 용량 또는 임의의 추가 요법, 예를 들어, 림프구 고갈 요법, 중재 요법 및/또는 병용 요법의 투여가 외래 환자 전달을 통해 수행된다.
질병 치료의 경우, 적절한 투여량이, 치료될 질병의 유형, 세포 또는 재조합 수용체의 유형, 질병의 중증도 및 진행 과정, 선행 요법, 대상체의 임상 이력 및 세포에 대한 반응 및 주치의의 판단에 따라 달라질 수 있다. 일부 구현예에서, 조성물 및 세포가 한 번에 또는 일련의 치료에 걸쳐 대상체에 적합하게 투여된다.
일부 구현예에서, 세포의 용량이 제공된 방법 및/또는 제공된 제조 물품 또는 조성물과 부합되게 대상체에 투여된다. 일부 구현예에서, 용량의 크기 또는 시기가, 대상체의 특정 질병 또는 병태(예를 들어, 암, 예를 들어, B 세포 악성 종양)의 작용으로 결정된다. 일부 경우에, 제공된 설명의 관점에서 특정 질병에 대한 용량의 크기 또는 시기가 경험적으로 결정될 수 있다.
일부 구현예에서, 세포의 용량이, (약) 2 x 105의 세포/kg 내지 (약) 2 x 106의 세포/kg, 예컨대 (약) 4 x 105의 세포/kg 내지 (약) 1 x 106의 세포/kg 또는 (약) 6 x 105의 세포/kg 내지 (약) 8 x 105의 세포/kg를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포의 용량이, 대상체의 체중 1 킬로그램 당 2 x 105 이내의 세포(세포/kg)(예를 들어, 항원 발현, 예컨대 CAR 발현 세포), 예컨대 (약) 3 x 105 이내의 세포/kg, (약) 4 x 105 이내의 세포/kg, (약) 5 x 105 이내의 세포/kg, (약) 6 x 105 이내의 세포/kg, (약) 7 x 105 이내의 세포/kg, (약) 8 x 105 이내의 세포/kg, (약) 9 x 105 이내의 세포/kg, (약) 1 x 106 이내의 세포/kg 또는 (약) 2 x 106 이내의 세포/kg를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포의 용량이, 대상체의 체중 킬로그램 당 (약) 2 x 105 개 (이상)의 세포(세포/kg)(예를 들어, 항원 발현, 예컨대 CAR 발현 세포), 예컨대 (약) 3 x 105 개 (이상)의 세포/kg, (약) 4 x 105 개 (이상)의 세포/kg, (약) 5 x 105 개 (이상)의 세포/kg, (약) 6 x 105 개 (이상)의 세포/kg, (약) 7 x 105 개 (이상)의 세포/kg, (약) 8 x 105 개 (이상)의 세포/kg, (약) 9 x 105 개 (이상)의 세포/kg, (약) 1 x 106 개 (이상)의 세포/kg 또는 (약) 2 x 106 개 (이상)의 세포/kg을 포함한다.
특정 구현예에서, 세포 또는 개별 집단의 하위 유형의 세포가, (약) 1 백만 내지 (약) 1000 억 개 세포의 범위로 및/또는 체중 1kg 당 예를 들어, (약) 1 백만 내지 (약) 500 억 개의 세포(예를 들어, (약) 5 백만 개의 세포, (약) 2 천 5 백만 개의 세포, (약) 5 억 개의 세포, (약) 10 억 개의 세포, (약) 50 억 개의 세포, (약) 200 억 개의 세포, (약) 300 억 개의 세포, (약) 400 억 개의 세포 또는 전술한 수치 중 임의의 2 개에 의해 정의된 범위), (약) 1 백만 내지 (약) 500 억 개의 세포(예를 들어, (약) 5 백만 개의 세포, (약) 2 천 5 백만 개의 세포, (약) 5 억 개의 세포, (약) 10 억 개의 세포, (약) 50 억 개의 세포, (약) 200 억 개의 세포, (약) 300 억 개의 세포, (약) 400 억 개의 세포 또는 전술한 수치 중 임의의 2 개에 의해 정의된 범위), 예컨대 (약) 1 천만 내지 (약) 1000 억 개의 세포(예를 들어, (약) 2 천만 개의 세포, (약) 3 천만 개의 세포, (약) 4 천만 개의 세포, (약) 6 천만 개의 세포, (약) 7 천만 개의 세포, (약) 8 천만 개의 세포, (약) 9 천만 개의 세포, (약) 100 억 개의 세포, (약) 250 억 개의 세포, (약) 500 억 개의 세포, (약) 750 억 개의 세포, (약) 900 억 개의 세포 또는 전술한 수치 중 임의의 2 개에 의해 정의된 범위) 및 일부 경우에 (약) 1 억 개의 세포 내지 (약) 500 억 개의 세포(예를 들어, (약) 1 억 2 천만 개의 세포, (약) 2 억 5 천만 개의 세포, (약) 3 억 5 천만 개의 세포, (약) 4 억 5 천만 개의 세포, (약) 6 억 5 천만 개의 세포, (약) 8 억 개의 세포, (약) 9 억 개의 세포, (약) 30 억 개의 세포, (약) 300 억 개의 세포, (약) 450 억 개의 세포) 또는 상기 범위 사이의 임의의 수치와 같은 세포의 양으로 및/또는 체중 1kg 당 세포의 양으로 대상체에 투여된다. 투여량이 질병 또는 장애에 대한 특정 속성 및/또는 환자 및/또는 다른 치료에 따라 달라질 수 있다.
일부 구현예에서, 세포의 용량이, (약) 1 x 105 내지 (약) 5 x 108 개의 총 CAR 발현 T 세포, (약) 1 x 105 내지 (약) 2.5 x 108 개의 총 CAR 발현 T 세포, (약) 1 x 105 내지 (약) 1 x 108 개의 총 CAR 발현 T 세포, (약) 1 x 105 내지 (약) 5 x 107 개의 총 CAR 발현 T 세포, (약) 1 x 105 내지 (약) 2.5 x 107 개의 총 CAR 발현 T 세포, (약) 1 x 105 내지 (약) 1 x 107 개의 총 CAR 발현 T 세포, (약) 1 x 105 내지 (약) 5 x 106 개의 총 CAR 발현 T 세포, (약) 1 x 105 내지 (약) 2.5 x 106 개의 총 CAR 발현 T 세포, (약) 1 x 105 내지 (약) 1 x 106 개의 총 CAR 발현 T 세포, (약) 1 x 106 내지 (약) 5 x 108 개의 총 CAR 발현 T 세포, (약) 1 x 106 내지 (약) 2.5 x 108 개의 총 CAR 발현 T 세포, (약) 1 x 106 내지 (약) 1 x 108 개의 총 CAR 발현 T 세포, (약) 1 x 106 내지 (약) 5 x 107 개의 총 CAR 발현 T 세포, (약) 1 x 106 내지 (약) 2.5 x 107 개의 총 CAR 발현 T 세포, (약) 1 x 106 내지 (약) 1 x 107 개의 총 CAR 발현 T 세포, (약) 1 x 106 내지 (약) 5 x 106 개의 총 CAR 발현 T 세포, (약) 1 x 106 내지 (약) 2.5 x 106 개의 총 CAR 발현 T 세포, (약) 2.5 x 106 내지 (약) 5 x 108 개의 총 CAR 발현 T 세포, (약) 2.5 x 106 내지 (약) 2.5 x 108 개의 총 CAR 발현 T 세포, (약) 2.5 x 106 내지 (약) 1 x 108 개의 총 CAR 발현 T 세포, (약) 2.5 x 106 내지 (약) 5 x 107 개의 총 CAR 발현 T 세포, (약) 2.5 x 106 내지 (약) 2.5 x 107 개의 총 CAR 발현 T 세포, (약) 2.5 x 106 내지 (약) 1 x 107 개의 총 CAR 발현 T 세포, (약) 2.5 x 106 내지 (약) 5 x 106 개의 총 CAR 발현 T 세포, (약) 5 x 106 내지 (약) 5 x 108 개의 총 CAR 발현 T 세포, (약) 5 x 106 내지 (약) 2.5 x 108 개의 총 CAR 발현 T 세포, (약) 5 x 106 내지 (약) 1 x 108 개의 총 CAR 발현 T 세포, (약) 5 x 106 내지 (약) 5 x 107 개의 총 CAR 발현 T 세포, (약) 5 x 106 내지 (약) 2.5 x 107 개의 총 CAR 발현 T 세포, (약) 5 x 106 내지 (약) 1 x 107 개의 총 CAR 발현 T 세포, (약) 1 x 107 내지 (약) 5 x 108 개의 총 CAR 발현 T 세포, (약) 1 x 107 내지 (약) 2.5 x 108 개의 총 CAR 발현 T 세포, (약) 1 x 107 내지 (약) 1 x 108 개의 총 CAR 발현 T 세포, (약) 1 x 107 내지 (약) 5 x 107 개의 총 CAR 발현 T 세포, (약) 1 x 107 내지 (약) 2.5 x 107 개의 총 CAR 발현 T 세포, (약) 2.5 x 107 내지 (약) 5 x 108 개의 총 CAR 발현 T 세포, (약) 2.5 x 107 내지 (약) 2.5 x 108 개의 총 CAR 발현 T 세포, (약) 2.5 x 107 내지 (약) 1 x 108 개의 총 CAR 발현 T 세포, (약) 2.5 x 107 내지 (약) 5 x 107 개의 총 CAR 발현 T 세포, (약) 5 x 107 내지 (약) 5 x 108 개의 총 CAR 발현 T 세포, (약) 5 x 107 내지 (약) 2.5 x 108 개의 총 CAR 발현 T 세포, (약) 5 x 107 내지 (약) 1 x 108 개의 총 CAR 발현 T 세포, (약) 1 x 108 내지 (약) 5 x 108 개의 총 CAR 발현 T 세포, (약) 1 x 108 내지 (약) 2.5 x 108 개의 총 CAR 발현 T 세포, 또는 (약) 2.5 x 108 내지 (약) 5 x 108 개의 총 CAR 발현 T 세포를 포함한다.
일부 구현예에서, 세포의 용량이, (약) 1 x 105 개 이상의 CAR 발현 세포, (약) 2.5 x 105 개 이상의 CAR 발현 세포, (약) 5 x 105 개 이상의 CAR 발현 세포, (약) 1 x 106 개 이상의 CAR 발현 세포, (약) 2.5 x 106 개 이상의 CAR 발현 세포, (약) 5 x 106 개 이상의 CAR 발현 세포, (약) 1 x 107 개 이상의 CAR 발현 세포, (약) 2.5 x 107 개 이상의 CAR 발현 세포, (약) 5 x 107 개 이상의 CAR 발현 세포, (약) 1 x 108 개 이상의 CAR 발현 세포, (약) 2.5 x 108 개 이상의 CAR 발현 세포 또는 (약) 5 x 108 개 이상의 CAR 발현 세포를 포함한다.
일부 구현예에서, 세포의 용량은 편평한 세포 용량 또는 고정된 세포 용량이어서 세포의 용량이 대상체의 체표면적 또는 체중에 근거하거나 이에 결부되지 않는다.
일부 구현예에서, 예를 들어, 대상체가 인간인 경우, 용량은, (약) 5 x 108 개 미만의 총 재조합 수용체(예를 들어, CAR) 발현 세포, T 세포 또는 말초 혈액 단핵세포(PBMC)를, 예를 들어, (약) 1 x 106 내지 (약) 5 x 108 개의 상기 세포, 예컨대 (약) 2 x 106, 5 x 106, 1 x 107, 5 x 107, 1 x 108 2 x 108, 3 x 108, 4 x 108 또는 5 x 108 개의 총 상기 세포의 범위 또는 전술한 수치 중 임의의 2 개 사이 범위로 포함한다. 일부 구현예에서, 대상체가 인간인 경우, 용량은, (약) 1 x 106 내지 3 x 108 개의 총 재조합 수용체(예를 들어, CAR) 발현 세포를, 예를 들어, (약) 1 x 107 내지 (약) 2 x 108 개의 상기 세포, 예컨대 (약) 1 x 107, 5 x 107, 1 x 108 또는 1.5 x 108 개의 총 상기 세포의 범위로 또는 전술한 수치 중 임의의 2 개 사이 범위로 포함한다. 일부 구현예에서, 환자는 다중 용량으로 투여되고, 각각의 용량 또는 총 용량이 전술한 임의의 수치 내에 있을 수 있다. 일부 구현예에서, 세포의 용량은, (약) 1 x 105 내지 (약) 5 x 108 개의 총 재조합 수용체(예를 들어, CAR) 발현 T 세포 또는 총 T 세포, (약) 1 x 105 내지 (약) 1 x 108 개의 총 재조합 수용체(예를 들어, CAR) 발현 T 세포 또는 총 T 세포, (약) 5 x 105 내지 (약) 1 x 107 개의 총 재조합 수용체(예를 들어, CAR) 발현 T 세포 또는 총 T 세포, 또는 (약) 1 x 106 내지 (약) 1 x 107 개의 총 재조합 수용체(예를 들어, CAR) 발현 T 세포 또는 총 T 세포(각각의 수치 포함)의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포의 용량은, (약) 2.5 x 107 개의 총 재조합 수용체(예를 들어, CAR) 발현 T 세포의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포의 용량은, (약) 1 x 108 개의 총 재조합 수용체(예를 들어, CAR) 발현 T 세포의 투여를 포함한다.
일부 구현예에서, T 세포의 용량은 CD4+ T 세포, CD8+ T 세포 또는 CD4+ 및 CD8+ T 세포를 포함한다.
일부 구현예에서, 예를 들어 대상체가 인간인 경우, CD8+ T 세포의 용량은, CD4+ 및 CD8+ T 세포를 포함하는 용량으로 포함하고, (약) 1 x 106 내지 (약) 1 x 108 개의 총 재조합 수용체(예를 들어, CAR) 발현 CD8+ 세포를, 예를 들어, (약) 5 x 106 내지 (약) 1 x 108 개의 상기 세포, 예컨대 (약) 1 x 107, 2.5 x 107, 5 x 107, 7.5 x 107, 1 x 108, 1.5 x 108, 또는 5 x 108 개의 총 상기 세포의 범위로 또는 전술한 수치 중 임의의 2 개 사이의 범위로 포함한다. 일부 구현예에서, 환자는 다중 용량으로 투여되고, 각각의 용량 또는 총 용량이 전술한 임의의 수치 내에 있을 수 있다. 일부 구현예에서, 세포의 용량이, (약) 1 x 107 내지 (약) 0.75 x 108 개의 총 재조합 수용체 발현 CD8+ T 세포, (약) 1 x 107 내지 (약) 2.5 x 107 개의 총 재조합 수용체 발현 CD8+ T 세포, (약) 1 x 107 내지 (약) 0.75 x 108 개의 총 재조합 수용체 발현 CD8+ T 세포(각각의 수치 포함)의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포의 용량이, (약) 1 x 107, 2.5 x 107, 5 x 107, 7.5 x 107, 1 x 108, 1.5 x 108, 또는 5 x 108 개의 총 재조합 수용체 발현 CD8+ T 세포의 투여를 포함한다.
일부 구현예에서, 예를 들어 대상체가 인간인 경우, CD4+ T 세포의 용량이 CD4+ 및 CD8+ T 세포를 포함하는 용량으로 포함하고, (약) 1 x 106 내지 (약) 1 x 108 개의 총 재조합 수용체(예를 들어, CAR) 발현 CD4+ 세포를, 예를 들어, (약) 5 x 106 내지 (약) 1 x 108 개의 상기 세포, 예컨대 1 x 107, 2.5 x 107, 5 x 107, 7.5 x 107, 1 x 108, 1.5 x 108, 또는 5 x 108 개의 총 상기 세포의 범위 또는 전술한 수치 중 임의의 2 개 사이의 범위로 포함한다. 일부 구현예에서, 환자는 다중 용량으로 투여되고, 각각의 용량 또는 총 용량이 전술한 임의의 수치 내에 있을 수 있다. 일부 구현예에서, 세포의 용량이, (약) 1 x 107 내지 (약) 0.75 x 108 개의 총 재조합 수용체 발현 CD4+ T 세포, (약) 1 x 107 내지 (약) 2.5 x 107 개의 총 재조합 수용체 발현 CD4+ T 세포, (약) 1 x 107 내지 (약) 0.75 x 108 개의 총 재조합 수용체 발현 CD4+ T 세포(각각의 수치 포함)의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포의 용량이, (약) 1 x 107, 2.5 x 107, 5 x 107 7.5 x 107, 1 x 108, 1.5 x 108, 또는 5 x 108 개의 총 재조합 수용체 발현 CD4+ T 세포의 투여를 포함한다.
일부 구현예에서, 세포의 용량이, 예를 들어, 재조합 수용체 발현 T 세포가 단일 용량으로 대상체에 투여되거나, 2 주, 1 개월, 3 개월, 6 개월, 1 년 이상의 기간 내에 1 회만 투여된다.
입양 세포 요법의 상황에서, 주어진 "용량(dose)"의 투여는 단일 조성물 및/또는 단일 비중단 투여, 예를 들어 단일 주사 또는 연속 주입으로 주어진 세포의 양 또는 수의 투여를 포괄하며, 다중 개별 조성물 또는 주입으로 제공된 경우 특정 기간에 걸쳐, 예컨대 3 일 이내에 걸쳐 분할 용량 또는 복수의 조성물로 주어진 세포의 양 또는 수의 투여를 또한 포괄한다. 따라서, 일부 상황에서, 용량은 단일 시점에 주어지거나 개시된, 특정 세포 수의 단일 또는 연속 투여이다. 그러나, 일부 상황에서, 용량이, 3 일 동안 또는 2 일 동안 하루에 한 번과 같이 3 일 이내의 기간에 걸쳐 다중 주사 또는 주입으로 또는 하루의 기간에 걸쳐 다중 주입에 의해 투여된다.
따라서, 일부 측면에서, 세포 용량이 단일 약학 조성물로 투여된다. 일부 구현예에서, 세포의 용량이 세포 용량을 집합적으로 함유하는 복수의 조성물로 투여된다.
일부 구현예에서, 용어 "분할 용량(split dose)"은 1 일 이상에 걸쳐 투여되도록 분할된 용량을 지칭한다. 상기 유형의 투약이 본 방법에 포함되고, 단일 용량으로 간주된다.
따라서, 세포의 용량이 분할 용량, 예를 들어, 시간에 걸쳐 투여되는 분할 용량으로 투여될 수 있다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 용량이 2 일 또는 3 일에 걸쳐 대상체에 투여될 수 있다. 분할 투약에 대한 예시적인 방법은 제1 일에 용량의 25%를 투여하고, 제2 일에 용량의 나머지 75%를 투여하는 것을 포함한다. 다른 구현예에서, 용량의 33%가 제1 일에 투여되고, 나머지 67%가 제2 일에 투여될 수 있다. 일부 측면에서, 용량의 10%가 제1 일에 투여되고, 용량의 30%가 제2 일에 투여되며, 용량의 60%가 제3 일에 투여된다. 일부 구현예에서, 분할 용량이 3 일 이상에 걸쳐 확대되지 않는다.
일부 구현예에서, 세포의 용량이 복수의 조성물 또는 용액, 예컨대 제1 및 제2, 선택적으로 그 이상의 투여로 투여될 수 있고, 각각이 세포의 용량을 일부 함유할 수 있다. 일부 측면에서, 각각이 상이한 세포 집단 및/또는 하위 유형의 세포를 함유하는 복수의 조성물이 선택적으로 특정 기간 내에 개별적으로 또는 독립적으로 투여된다. 예를 들어, 세포 집단 및/또는 하위 유형의 세포가, 각각 CD8+ 및 CD4+ T 세포 및/또는 각각 CD8+ 및 CD4+-농축 집단, 예를 들어 CD4+ 및/또는 CD8+ T 세포를 포함할 수 있고, 각각이 재조합 수용체를 발현하도록 유전자 조작된 세포를 개별적으로 포함한다. 일부 구현예에서, 투여 용량이, CD8+ T 세포의 용량 또는 CD4+ T 세포의 용량을 포함하는 제1 조성물의 투여 및 CD4+ T 세포 및 CD8+ T 세포의 다른 용량을 포함하는 제2 조성물의 투여를 포함한다.
일부 구현예에서, 조성물 또는 용량의 투여, 예를 들어, 복수의 세포 조성물의 투여는 별도로 세포 조성물의 투여를 수반한다. 일부 측면에서, 별도의 투여는 동시 또는 순차적으로 어떠한 순서로든 수행된다. 일부 구현예에서, 용량은 제1 조성물 및 제2 조성물을 포함하고, 제1 조성물 및 제2 조성물은 (약) 0 내지 (약) 12시간 간격, (약) 0 내지 (약) 6시간 간격 또는 (약) 0 내지 (약) 2시간 간격으로 투여된다. 일부 구현예에서, 제1 조성물의 투여 개시 및 제2 조성물의 투여 개시는 (약) 2 시간 이내, (약) 1 시간 이내 또는 (약) 30 분 이내의 간격, (약) 15 분 이내, (약) 10 분 이내 또는 (약) 5 분 이내의 간격으로 수행된다. 일부 구현예에서, 제1 조성물의 투여 개시 및/또는 완료 및 제2 조성물의 투여 완료 및/또는 개시가, (약) 2 시간 이내, (약) 1 시간 이내 또는 (약) 30 분 이내의 간격, (약) 15 분 이내, (약) 10 분 이내 또는 (약) 5 분 이내의 간격으로 수행된다.
일부 구현예에서, 제1 조성물 및 제2 조성물이 대상체에 투여되기 전에 혼합된다. 일부 구현예에서, 제1 조성물 및 제2 조성물은 투여 전 바로(예를 들어, (약) 6 시간, 5 시간, 4 시간, 3 시간, 2 시간, 1.5 시간, 1 시간 또는 0.5 시간 이내에) 혼합된다. 일부 구현예에서, 제1 조성물 및 제2 조성물은 투여 직전에 혼합된다.
일부 조성물에서, 제1 조성물, 예를 들어, 제1 조성물의 용량은 CD4+ T 세포를 포함한다. 일부 조성물에서, 제1 조성물, 예를 들어, 제1 조성물의 용량은 CD8+ T 세포를 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 조성물이 제2 조성물 전에 투여된다.
일부 구현예에서, 세포의 용량 또는 조성물은, 재조합 수용체를 발현하는 CD4+ 세포 대 재조합 수용체를 발현하는 CD8+ 세포 및/또는 CD4+ 세포 대 CD8+ 세포의 정의된 또는 표적 비율을 포함하고, 상기 비율은 선택적으로 대략 1:1이거나 대략 1:3 내지 대략 3:1, 예컨대 대략 1:1이다. 일부 측면에서, 표적 또는 원하는 비율의 상이한 세포 집단(예컨대 CD4+:CD8+ 비율 또는 CAR+CD4+:CAR+CD8+ 비율, 예를 들어, 1:1)을 갖는 조성물 또는 용량의 투여는, 집단 중 하나를 함유하는 세포 조성물의 투여 후 나머지 다른 하나의 집단을 포함하는 별도의 세포 조성물의 투여를 수반하고, 여기서 상기 투여는 (약) 표적 비율 또는 원하는 비율이다. 일부 측면에서, 정의된 비율로 세포 용량 또는 세포 조성물의 투여가 T 세포 요법의 증폭, 지속성 및/또는 항종양 활성의 개선으로 이어진다.
일부 구현예에서, 대상체는 다중 용량, 예를 들어, 2 이상의 용량 또는 다중 연속 용량의 세포를 받는다. 일부 구현예에서, 2 용량이 대상체에 투여된다. 일부 구현예에서, 대상체는, 제1 용량 후 약 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20 또는 21 일에 연속 용량, 예를 들어 제2 용량을 받는다. 일부 구현예에서, 다중 연속 용량이 제1 용량 후에 투여되어 추가 용량 또는 용량들이 연속 용량의 투여 후에 투여된다. 일부 측면에서, 추가 용량으로 대상체에 투여되는 세포의 수가, 제1 용량 및/또는 연속 용량과 동일하거나 이와 유사하다. 일부 구현예에서, 추가 용량 또는 용량들은 선행 용량보다 더 많다.
일부 측면에서, 제1 및/또는 연속 용량의 크기가, 하나 이상의 기준, 예컨대 선행 치료, 예를 들어 화학요법에 대한 대상체의 반응, 대상체의 질병 부담, 예컨대 종양 부하, 부피, 크기 또는 전이의 등급, 정도 또는 유형, 단계 및/또는 대상체가 독성 결과, 예를 들어 CRS, 대식세포 활성화 증후군, 종양 용해 증후군, 신경 독성을 발달시킬 가능성 또는 발생률 및/또는 투여될 세포 및/또는 재조합 수용체에 대한 숙주 면역 반응에 근거하여 결정된다.
일부 측면에서, 제1 용량의 투여와 연속 용량의 투여 사이의 시간이, 약 9 내지 약 35 일, 약 14 내지 약 28 일 또는 15 내지 27 일이다. 일부 구현예에서, 연속 용량의 투여는, 제1 용량의 투여 후 약 14 일 이상 및 약 28 일 미만의 시점이다. 일부 측면에서, 제1 용량 및 연속 용량 사이 시간이 약 21 일이다. 일부 구현예에서, 추가 용량 또는 용량들, 예를 들어, 연속 용량들이 연속 용량의 투여 후에 투여된다. 일부 측면에서, 추가 연속 용량 또는 용량들이, 선행 용량의 투여 후 약 14 일 이상 및 약 28 일 미만에 투여된다. 일부 구현예에서, 추가 용량이, 선행 용량 후 약 14 일 미만, 예를 들어, 선행 용량 후 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 또는 13 일에 투여된다. 일부 구현예에서, 선행 용량 후 약 14 일 미만 및/또는 선행 용량 후 약 28 일 이상에 어떤 용량도 투여되지 않는다.
일부 구현예에서, 세포, 예를 들어 재조합 수용체 발현 세포의 용량이, T 세포의 제1 용량 및 T 세포의 연속 용량을 포함하는 2 용량(예를 들어, 2배 용량)을 포함하며, 여기서 제1 용량 및 제2 용량 중 하나 또는 둘 다가 T 세포의 분할 용량의 투여를 포함한다.
일부 구현예에서, 세포의 용량은 일반적으로 질병 부담을 감소시키는 데 효과적일 만큼 충분히 많다.
일부 구현예에서, 세포는 원하는 투여량으로 투여되며, 이는 일부 측면에서 원하는 용량 또는 세포 수 또는 세포 유형(들) 및/또는 원하는 비율의 세포 유형을 포함한다. 따라서, 일부 구현예에서, 세포의 투여량은, 세포의 총 수(또는 체중 1kg 당 수) 및 원하는 비율의 개별 집단 또는 하위 유형, 예컨대 CD4+ 대 CD8+ 비율에 근거한다. 일부 구현예에서, 세포의 투여량은, 개별 집단 내 세포 또는 개별 세포 유형의 원하는 총 수(또는 체중 1kg당 수)에 근거한다. 일부 구현예에서, 투여량은 개별 집단의 상기 특성, 예컨대 총 세포의 원하는 수, 원하는 비율 및 원하는 총 세포의 수의 조합에 근거한다.
일부 구현예에서, 세포 집단 또는 하위 유형의 세포, 예컨대 CD8+ 및 CD4+ T 세포가, T 세포의 원하는 용량과 같은 총 세포의 원하는 용량의 허용된 차이 또는 이내로 투여된다. 일부 측면에서, 원하는 용량은 원하는 세포 수 또는 세포가 투여되는 대상체의 체중 단위 당 원하는 세포 수, 예를 들어 세포/kg이다. 일부 측면에서, 원하는 용량은 최소 세포 수 또는 체중 단위 당 최소 세포 수 또는 그 이상이다. 일부 측면에서, 원하는 용량으로 투여된 총 세포 중, 개별 집단 또는 하위 유형이, 원하는 산출 비율(예컨대 CD4+ 대 CD8+ 비율) 또는 근처로 예를 들어, 상기 비율의 특정 허용된 차이 또는 오류 내에 존재한다.
일부 구현예에서, 세포가, 하나 이상의 개별 집단 또는 하위 유형의 세포의 원하는 용량, 예컨대 CD4+ 세포의 원하는 용량 및/또는 CD8+ 세포의 원하는 용량의 허용된 차이 또는 이내로 투여된다. 일부 측면에서, 원하는 용량은, 하위 유형 또는 집단의 원하는 세포 수 또는 세포가 투여되는 대상체의 체중 단위 당 상기 세포, 예를 들어 세포/kg의 원하는 수이다. 일부 측면에서, 원하는 용량은, 집단 또는 하위 유형의 최소 세포 수 또는 체중 단위 당 집단 또는 하위 유형의 최소 세포 수 또는 그 이상이다.
따라서, 일부 구현예에서, 투여량은 총 세포의 원하는 고정 용량 및 원하는 비율에 근거하고/거나 하나 이상, 예를 들어 개별 하위 유형 또는 하위 집단 각각의 원하는 고정 용량에 근거한다. 따라서, 일부 구현예에서, 투여량은 T 세포의 원하는 고정 또는 최소 용량 및 CD4+ 대 CD8+ 세포의 원하는 비율에 근거하고/거나 CD4+ 및/또는 CD8+ 세포의 원하는 고정 또는 최소 용량에 근거한다.
일부 구현예에서, 세포가, 다중 세포 집단 또는 하위 유형, 예컨대 CD4+ 및 CD8+ 세포 또는 하위 유형의 원하는 산출 비율의 허용 범위 또는 이내로 투여된다. 일부 측면에서, 원하는 비율이 특정 비율일 수 있거나 비율의 범위일 수 있다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 원하는 비율(예를 들어, CD4+ 대 CD8+ 세포의 비율)은, (약) 5:1 내지 (약) 5:1(또는 약 1:5 초과 내지 약 5:1 미만) 또는 (약) 1:3 내지 (약) 3:1(또는 약 1:3 초과 내지 약 3:1 미만), 예컨대 (약) 2:1 내지 (약) 1:5(또는 약 1:5 초과 내지 약 2:1 미만), 예컨대 (약) 5:1, 4.5:1, 4:1, 3.5:1, 3:1, 2.5:1, 2:1, 1.9:1, 1.8:1, 1.7:1, 1.6:1, 1.5:1, 1.4:1, 1.3:1, 1.2:1, 1.1:1, 1:1, 1:1.1, 1:1.2, 1:1.3, 1:1.4, 1:1.5, 1:1.6, 1:1.7, 1:1.8, 1:1.9: 1:2, 1:2.5, 1:3, 1:3.5, 1:4, 1:4.5 또는 1:5이다. 일부 측면에서, 허용된 차이는, 원하는 비율의 약 1%, 약 2%, 약 3%, 약 4% 약 5%, 약 10%, 약 15%, 약 20%, 약 25%, 약 30%, 약 35%, 약 40%, 약 45%, 약 50% 이내이고, 상기 범위 사이의 임의의 수치를 포함한다.
특정 구현예에서, 세포의 수 및/또는 농도는 재조합 수용체(예를 들어, CAR) 발현 세포의 수를 지칭한다. 다른 구현예에서, 세포의 수 및/또는 농도는 투여된 모든 세포, T 세포 또는 말초 혈액 단핵 세포(PBMC)의 수 또는 농도를 지칭한다.
일부 측면에서, 용량의 크기는, 하나 이상의 기준, 예컨대 선행 요법, 예를 들어 화학요법에 대한 대상체의 반응, 대상체에서 질병 부담, 예컨대 종양 부하, 부피, 크기 또는 전이의 등급, 정도 또는 유형, 단계 및/또는 대상체가 독성 결과, 예를 들어 CRS, 대식세포 활성화 증후군, 종양 용해 증후군, 신경 독성을 발달시킬 가능성 또는 발생률 및/또는 투여될 세포 및/또는 재조합 수용체에 대한 숙주 면역 반응에 근거하여 결정된다.
일부 구현예에서, 방법은 키메라 항원 수용체(CAR)를 발현하는 세포의 하나 이상의 추가 용량 및/또는 림프구 고갈 요법의 투여를 또한 포함하고/거나 방법 중 하나 이상의 단계가 반복된다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 추가 용량이 초기 용량과 동일하다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 추가 용량은 초기 단위 용량과 상이하며, 예를 들어, 초기 용량보다 2 배, 3 배, 4 배, 5 배, 6 배, 7 배, 8 배, 9 배 또는 10 배 이상과 같이 더 많거나, 초기 용량보다 예를 들어 2 배, 3 배, 4 배, 5 배, 6 배, 7 배, 8 배, 9 배 또는 10 배 이상과 같이 더 적다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 추가 용량의 투여가, 초기 치료 또는 임의의 선행 치료에 대한 대상체의 반응, 대상체의 질병 부담, 예컨대 종양 부하, 부피, 크기 또는 전이의 등급, 정도 또는 유형, 단계 및/또는 대상체가 독성 결과, 예를 들어 CRS, 대식세포 활성화 증후군, 종양 용해 증후군, 신경 독성을 발달시킬 가능성 또는 발생률 및/또는 투여될 세포 및/또는 재조합 수용체에 대한 숙주 면역 반응에 근거하여 결정된다.
일부 구현예에서, 세포의 투여 후에, 조작된 세포 집단의 생물학적 활성이 예를 들어, 공지된 다수의 임의의 방법에 의해 측정된다. 평가 파라미터는 생체 내에서, 예를 들어 영상화에 의해 또는 생체 외에서, 예를 들어 ELISA 또는 유세포 분석에 의해 항원에 대한 조작된 또는 천연 T 세포 또는 다른 면역 세포의 특이적 결합을 포함한다. 특정 구현예에서, 조작된 세포가 표적 세포를 파괴하는 능력은, 예를 들어 문헌[Kochenderfer et al., J. Immunotherapy, 32(7): 689-702 (2009), 및 Herman et al. J. Immunological Methods, 285(1): 25-40 (2004)]에 기재된 세포 독성 평가와 같은 공지된 임의의 적합한 방법을 사용하여 측정될 수 있다. 특정 구현예에서, 세포의 생물학적 활성이, 하나 이상의 사이토카인, 예컨대 CD107a, IFNγ, IL-2 및 TNF의 발현 및/또는 분비를 분석함으로써 측정된다. 일부 측면에서, 생물학적 활성이 종양 부담 또는 부하 감소와 같은 임상 결과를 분석함으로써 측정된다.
C. 림프구 고갈 치료
일부 측면에서, 제공된 방법은, 예컨대 세포 독성 요법, 예컨대 T 세포 요법(예를 들어, CAR 발현 T 세포)의 투여 개시 전 또는 이와 동시에 하나 이상의 림프구 고갈 요법의 투여를 더 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 림프구 고갈 요법은 포스파미드, 예컨대 사이클로포스파미드의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 림프구 고갈 요법은 플루다라빈의 투여를 포함할 수 있다.
일부 측면에서, 면역 고갈(예를 들어, 림프구 고갈) 요법으로 대상체를 사전 조절하는 것은 입양 세포 요법(adoptive cell therapy, ACT)의 효과를 개선할 수 있다. 사이클로스포린 및 플루다라빈의 병용을 포함한 림프구 고갈제로의 사전 조절은, 전달된 세포의 반응 및/또는 지속성의 개선을 포함하는 세포 요법에서 전달된 종양 침윤성 림프구(TIL) 세포의 효능을 개선하는 데 효과적이었다. 예를 들어, 문헌[Dudley et al., Science, 298, 850-54 (2002); Rosenberg et al., Clin Cancer Res, 17(13):4550-4557 (2011)]을 참조한다. 마찬가지로, CAR+ T 세포의 상황에서, 몇몇 연구는, 때때로 저선량 조사가 수반된 림프구 고갈제, 가장 일반적으로 사이클로포스파미드, 플루다라빈, 벤다무스틴 또는 이의 병용물을 포함했다. 문헌[Han et al. Journal of Hematology & Oncology, 6:47 (2013); Kochenderfer et al., Blood, 119: 2709-2720 (2012); Kalos et al., Sci Transl Med, 3(95):95ra73 (2011); Clinical Trial Study Record Nos.: NCT02315612; NCT01822652]을 참조한다.
상기 사전 조절은, 요법의 효능을 약화시킬 수 있는 하나 이상의 다양한 결과의 위험을 감소시키는 목적으로 수행될 수 있다. 이는, T 세포, B 세포, NK 세포가 항상성 및 활성화 사이토카인, 예컨대 IL-2, IL-7, 및/또는 IL-15에 대해 TIL과 경쟁하는 "사이토카인 싱크(cytokine sink)"로 공지된 현상; 면역계의 조절 T 세포, NK 세포 또는 다른 세포에 의한 TIL의 억제; 종양 미세 환경내 음성 조절자의 영향;을 포함한다(Muranski et al., Nat Clin Pract Oncol. December; 3(12): 668-681 (2006)).
따라서, 일부 구현예에서, 제공된 방법은 대상체에 림프구 고갈 요법을 투여하는 것을 더 포함한다. 일부 구현예에서, 방법은 세포 용량의 투여 개시 전에 대상체에 림프구 고갈 요법을 투여하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 림프구 고갈 요법은 화합 치료제, 예컨대 플루다라빈 및/또는 사이클로포스파미드를 함유한다. 일부 구현예에서, 세포 및/또는 림프구 고갈 요법의 투여는 외래 환자 전달을 통해 수행된다.
일부 구현예에서, 방법은, 세포 용량의 투여 개시 전에 대상체에 사전 조절제, 예컨대 림프구 고갈제 또는 화학 치료제, 예컨대 사이클로포스파미드, 플루다라빈, 또는 이의 병용물을 투여하는 것을 포함한다. 예를 들어, 대상체에 제1 또는 후속 용량 전 2 일 이상, 예컨대 3, 4, 5, 6 또는 7 일 이상 전에 사전 조절제를 투여할 수 있다. 일부 구현예에서, 대상체에 세포 용량의 투여 개시 전 7 일 이하, 예컨대 6, 5, 4, 3 또는 2 일 이하 전에 사전 조절제가 투여된다. 일부 구현예에서, 대상체에 세포 용량의 투여 개시 전 2 내지 7 일(수치 포함), 예컨대 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7 일 전에 사전 조절제가 투여된다.
일부 구현예에서, 대상체가, (약) 20 mg/kg 내지 100 mg/kg, 예컨대 (약) 40 mg/kg 내지 80 mg/kg의 용량의 사이클로포스파미드로 사전 조절된다. 일부 측면에서, 대상체가 (약) 60 mg/kg의 사이클로포스파미드로 사전 조절된다. 일부 구현예에서, 사이클로포스파미드가 예컨대 매일, 격일 또는 3 일마다 주어진 단일 용량으로 투여될 수 있거나 복수의 용량으로 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 사이클로포스파미드가 1 일 또는 2 일 동안 매일 1 회 투여된다. 일부 구현예에서, 림프구 고갈제가 사이클로포스파미드를 포함하는 경우, (약) 100 mg/m2 내지 500 mg/m2, 예컨대 (약) 200 mg/m2 내지 400 mg/m2 또는 250 mg/m2 내지 350 mg/m2의 용량(수치 포함)으로 사이클로포스파미드가 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 약 300 mg/m2의 사이클로포스파미드가 대상체에 투여된다. 일부 구현예에서, 사이클로포스파미드가 예컨대 매일, 격일 또는 3 일마다 주어진 단일 용량으로 투여될 수 있거나 복수의 용량으로 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 사이클로포스파미드가 예컨대 1-5 일 동안, 예를 들어 3 내지 5 일 동안 매일 투여된다. 일부 경우에, 세포 요법의 개시 전 3 일 동안 매일 약 300 mg/m2의 사이클로포스파미드가 대상체에 투여된다.
일부 구현예에서, 림프구 고갈제가 플루다라빈을 포함하는 경우, (약) 1 mg/m2 내지 100 mg/m2, 예컨대 (약) 10 mg/m2 내지 75 mg/m2, 15 mg/m2 내지 50 mg/m2, 20 mg/m2 내지 40 mg/m2, 24 mg/m2 내지 35 mg/m2, 20 mg/m2 내지 30 mg/m2, 또는 24 mg/m2 내지 26 mg/m2의 용량으로 플루다라빈이 대상체에 투여된다. 일부 경우에, 대상체에 25 mg/m2의 플루다라빈이 투여된다. 일부 경우에, 약 30 mg/m2의 플루다라빈이 대상체에 투여된다. 일부 구현예에서, 플루다라빈이 예컨대 매일, 격일 또는 3 일마다 주어진 단일 용량으로 투여될 수 있거나, 복수의 용량으로 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 플루다라빈이 예컨대 1-5 일 동안, 예를 들어 3 내지 5 일 동안 매일 투여된다. 일부 경우에, 세포 요법의 개시 전 3 일 동안 매일 약 30 mg/m2의 플루다라빈이 대상체에 투여된다.
일부 구현예에서, 림프구 고갈제는 사이클로포스파미드 및 플루다라빈의 병용물과 같은 제제의 병용물을 포함한다. 따라서, 제제의 병용물은 상기 기재된 바와 같은 임의의 용량 또는 투여 일정으로 사이클로포스파미드 및 상기 기재된 바와 같은 임의의 용량 또는 투여 일정으로 플루다라빈을 포함할 수 있다. 예를 들어, 일부 측면에서, 세포의 용량 전에 60 mg/kg(~2 g/m2)의 사이클로포스파미드 및 3 내지 5 용량의 25 mg/m2 플루다라빈이 대상체에 투여된다. 일부 구현예에서, 약 300 mg/m2 사이클로포스파미드 및 약 30 mg/m2 플루다라빈이 각각 3 일 동안 매일 대상체에 투여된다. 일부 구현예에서, 사전 조절 투여 일정이, 세포 용량의 투여 개시 전 2 내지 7 일(수치 포함), 예컨대 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7 일 전에 종료된다.
예시적인 일 투여량 요법에서, 제1 용량을 받기 전에 대상체는, 제1 용량의 CAR 발현 세포 전 2 일 이상 및 일반적으로 세포 투여 전 7 일 이내에 투여되는 사이클로포스파미드 및 플루다라빈(CY/FLU)의 림프구 고갈 사전 조절 화학 요법을 받는다. 일부 경우에, 대상체는, 사이클로포스파미드 및 플루다라빈(CY/FLU)의 림프구 고갈 사전 조절 화학 요법을 받기 전에 친생존 BCL2 패밀리 억제제로 치료되며, 여기서 억제제 치료는, 대상체가 림프구 고갈 요법을 받기 약 3 일 이상 전에 일시 중지 또는 종료된다. 사전 조절 치료 후에, 상기 기재된 바와 같은 CAR 발현 T 세포 용량이 대상체에 투여된다.
일부 구현예에서, 세포 용량의 주입 전에 사전 조절제의 투여가 치료 결과를 개선한다. 예를 들어, 일부 측면에서, 사전 조절은 대상체 내 재조합 수용체 발현 세포(예를 들어, CAR 발현 세포, 예컨대 CAR 발현 T 세포)의 용량으로 치료의 효능을 개선하거나 이의 지속성을 증가시킨다. 일부 구현예에서, 사전 조절 치료는, 세포 용량 후 주어진 기간 후 무질병 생존, 예컨대 살아있고 최소 잔여 또는 분자적으로 검출 가능한 질병을 나타내지 않는 대상체의 백분율을 증가시킨다. 일부 구현예에서, 무질병 생존 중간값에 대한 시간이 증가한다.
세포가 대상체(예를 들어, 인간)에 투여되면, 일부 측면에서 조작된 세포 집단의 생물학적 활성이 다수의 공지된 임의의 방법에 의해 측정된다. 평가 파라미터는 생체 내에서, 예를 들어 영상화에 의해 또는 생체 외에서, 예를 들어 ELISA 또는 유세포 분석에 의해 항원에 대한 조작된 또는 천연 T 세포 또는 다른 면역 세포의 특이적 결합을 포함한다. 특정 구현예서, 조작된 세포가 표적 세포를 파괴하는 능력은, 예를 들어 문헌[Kochenderfer et al., J. Immunotherapy, 32(7): 689-702 (2009) 및 Herman et al. J. Immunological Methods, 285(1): 25-40 (2004)]에 기재된 세포 독성 평가와 같은 당업계에 공지된 임의의 적합한 방법을 사용하여 측정될 수 있다. 특정 구현예에서, 세포의 생물학적 활성이, 특정 사이토카인, 예컨대 CD 107a, IFNγ, IL-2 및 TNF의 발현 및/또는 분비를 분석함으로써 또한 측정될 수 있다. 일부 측면에서, 생물학적 활성이 종양 부담 또는 부하 감소와 같은 임상 결과를 분석함으로써 측정된다. 일부 측면에서, 세포의 독성 결과, 지속성 및/또는 증폭 및/또는 숙주 면역 반응의 존재 또는 부재가 분석된다.
일부 구현예에서, 세포 용량의 주입 전에 사전 조절제의 투여는, 예컨대 대상체 내 재조합 수용체 발현 세포(예를 들어, CAR 발현 세포, 예컨대 CAR 발현 T 세포)의 용량으로 치료의 효능을 개선하거나 이의 지속성을 증가시킴으로써 치료 결과를 개선한다. 따라서, 일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제 및 세포 요법의 병용 요법인 방법에서 주어진 사전 조절제의 용량이 억제제가 없는 방법에 주어진 용량보다 더 많다.
세포 요법 및 세포 조작
일부 구현예에서, 세포가 조작된 수용체, 예를 들어 키메라 항원 수용체(CAR)와 같은 조작된 항원 수용체 또는 T 세포 수용체(TCR)를 함유하거나 함유하도록 조작된다. 예컨대 T 세포 또는 CD8+ 또는 CD4+ 세포와 같은 특정 유형의 세포가 농축되거나 선택된 상기 세포의 집단, 상기 세포를 함유하고/거나 상기 세포에 대해 농축된 조성물이 또한 제공된다. 조성물 중에는, 예컨대 입양 세포 요법에 대한 투여를 위한 약학 조성물 및 제형이 있다. 대상체, 예를 들어 환자에게 세포 및 조성물을 투여하기 위한 치료 방법이 또한 제공된다.
따라서, 일부 구현예에서, 세포는 유전자 조작을 통해 도입된 하나 이상의 핵산을 포함함으로써 상기 핵산의 재조합 또는 유전자 조작된 생성물을 발현한다. 일부 구현예에서, 유전자 전달은, 예를 들어, 사이토카인 또는 활성화 마커의 발현에 의해 측정된 바와 같이, 예컨대 증식, 생존 및/또는 활성화와 같은 반응을 유도하는 자극과 조합함으로써 세포를 먼저 자극하고, 이어서 활성화된 세포의 형질 도입 및 임상 적용에 충분한 수로 배양에서 증폭함으로써 달성된다.
A. 재조합 수용체
일부 구현예에서, 제공된 병용 요법 방법에 부합하는 용도를 위한 세포 요법, 예를 들어, T 세포 요법은, 질병 또는 병태, 예컨대 암과 연관된 분자를 인식하고/거나 이에 특이적으로 결합하고 상기 분자에 결합 시 상기 분자에 대한 면역 반응과 같은 반응을 초래하도록 설계된 재조합 수용체를 발현하는 조작된 세포를 투여하는 것을 포함한다. 수용체는 키메라 수용체, 예를 들어, 키메라 항원 수용체(CAR) 및 전이 유전자 T 세포 수용체(TCR)를 포함한 기타 전이 유전자 항원 수용체를 포함할 수 있다.
1. 키메라 항원 수용체
제공된 방법 및 용도의 일부 구현예에서, 조작된 세포, 예컨대 T 세포가, 세포 내 신호 전달 도메인을 갖는 원하는 항원(예를 들어, 종양 항원)에 대한 특이성을 제공하는 리간드 결합 도메인(예를 들어, 항체 또는 항체 단편)을 조합한 하나 이상의 도메인을 함유하는 키메라 수용체, 예컨대 키메라 항원 수용체(CAR)를 발현한다. 일부 구현예에서, 세포 내 신호 전달 도메인은 1차 활성화 신호를 제공하는 활성화 세포 내 도메인 부분, 예컨대 T 세포 활성화 도메인이다. 일부 구현예에서, 세포 내 신호 전달 도메인은 공자극 신호 전달 도메인을 함유하거나 추가적으로 함유하여 이펙터 기능을 촉진한다. 분자, 예를 들어 항원에 대한 특이적 결합 시, 수용체가 일반적으로 세포 내로 면역 자극 신호, 예컨대 ITAM 유도 신호를 전달함으로써 질병 또는 병태에 대해 표적화된 면역 반응을 촉진한다. 일부 구현예에서, 면역 세포 내로 유전자 조작된 경우 키메라 수용체는 T 세포 활성을 조절할 수 있고, 일부 경우에 T 세포 분화 또는 항상성을 조절함으로써 예컨대 입양 세포 요법 방법에 사용하기 위한 시험관 내에서 수명, 생존 및/또는 지속성이 개선된 유전자 조작된 세포를 초래할 수 있다.
CAR을 포함하는 예시적 항원 수용체 및 상기 수용체를 조작하고 세포 내로 도입하기 위한 방법은, 예를 들어 문헌[국제 특허 출원 공개 번호 WO200014257, WO2013126726, WO2012/129514, WO2014031687, WO2013/166321, WO2013/071154, WO2013/123061 및 미국 특허 출원 공개 번호 US2002131960, US2013287748, US20130149337, 미국 특허 번호 6,451,995, 7,446,190, 8,252,592, 8,339,645, 8,398,282, 7,446,179, 6,410,319, 7,070,995, 7,265,209, 7,354,762, 7,446,191, 8,324,353 및 8,479,118 및 유럽 특허 출원 번호 EP2537416]에 기재된 것들 및/또는 문헌[Sadelain et al., Cancer Discov. 2013 April; 3(4): 388-398; Davila et al. (2013) PLoS ONE 8(4): e61338; Turtle et al., Curr. Opin. Immunol., 2012 October; 24(5): 633-39; Wu et al., Cancer, 2012 March 18(2): 160-75]에 기재된 것들을 포함한다. 일부 측면에서, 항원 수용체는 문헌[미국 특허 번호 제7,446,190호]에 기재된 바와 같은 CAR 및 문헌[국제 특허 출원 공개 번호 WO/2014055668 A1]에 기재된 것을 포함한다. CAR의 예는, 임의의 전술한 간행물, 예컨대 문헌[WO2014031687, US 8,339,645, US 7,446,179, US 2013/0149337, 미국 특허 번호: 7,446,190, 미국 특허 번호: 8,389,282, Kochenderfer et al., 2013, Nature Reviews Clinical Oncology, 10, 267-276 (2013); Wang et al. (2012) J. Immunother. 35(9): 689-701; 및 Brentjens et al., Sci Transl Med. 2013 5(177)]에 개시된 바와 같은 CAR을 포함한다. 문헌[WO2014031687, US 8,339,645, US 7,446,179, US 2013/0149337, 미국 특허 번호: 7,446,190 및 미국 특허 번호: 8,389,282]을 또한 참조한다.
일부 구현예에서, T 세포와 같은 조작된 세포는, 특정 세포 유형의 표면 상에 발현된 항원과 같은 특정 항원(또는 마커 또는 리간드)에 대한 특이성을 갖는 키메라 항원 수용체(CAR)와 같은 재조합 수용체를 발현한다. 일부 구현예에서, 수용체에 의해 표적화된 항원은 폴리펩티드이다. 일부 구현예에서, 이는 탄수화물 또는 다른 분자이다. 일부 구현예에서, 항원은, 정상 또는 비-표적화 세포 또는 조직과 비교하여 질병 또는 병태의 세포, 예를 들어 종양 또는 병원성 세포 상에서 선택적으로 발현되거나 과발현된다. 다른 구현예에서, 항원은 정상 세포 상에서 발현되고/거나 조작된 세포 상에서 발현된다.
CAR과 같은 키메라 수용체는 일반적으로 항체 분자의 항원 결합 부분 또는 부분들인 세포 외 항원 결합 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, 항원 결합 도메인은 항체 분자의 일부, 일반적으로 항체의 가변 중쇄(VH) 영역 및/또는 가변 경쇄(VL) 영역, 예를 들어 scFv 항체 단편이다. 일부 구현예에서, 항원 결합 도메인은 단일 도메인 항체(sdAb), 예컨대 sdFv, 나노바디, VHH 및 VNAR이다. 일부 구현예에서, 항원 결합 단편은 가요성 링커에 의해 연결된 항체 가변 영역을 포함한다.
키메라 수용체, 예컨대 CAR은 일반적으로 세포 외 항원 결합 도메인, 예컨대 항체 분자의 일부, 일반적으로 항체의 가변 중쇄(VH) 영역 및/또는 가변 경쇄(VL) 영역, 예를 들어 scFv 항체 단편을 포함한다. 일부 구현예에서, CAR은, 세포 표면 상에 발현된 온전한 항원과 같은 항원을 특이적으로 인식하는 항체 또는 항원 결합 단편(예를 들어, scFv)을 함유한다.
항원 수용체 중에 TCR 유사 CAR로도 지칭될 수 있는 펩티드-MHC 복합체에 대해 지시된 TCR 유사 특이성을 나타내는 세포 외 항원 결합 도메인, 예컨대 항체 또는 항원 결합 단편을 함유하는 CAR이 있다. 일부 구현예에서, TCR 유사 CAR의 MHC-펩티드 복합체에 특이적인 세포 외 항원 결합 도메인은, 일부 측면에서 링커 및/또는 막관통 도메인(들)을 통해 하나 이상의 세포 내 신호 전달 구성 요소에 연결된다. 일부 구현예에서, 상기 분자가 TCR과 같은 천연 항원 수용체를 통한 신호 및 선택적으로 공자극 수용체와 조합하여 상기 수용체를 통한 신호를 전형적으로 모방하거나 이와 유사할 수 있다.
"주요 조직 적합성 복합체(Major histocompatibility complex, MHC)"에 대한 언급은, 일부 경우에, 세포 기구에 의해 프로세싱된 펩티드 항원을 포함한 폴리펩티드의 펩티드 항원과 복합체를 형성할 수 있는 다형성 펩티드 결합 부위 또는 결합 그루브(groove)를 함유하는 단백질, 일반적으로 당단백질을 지칭한다. 일부 경우에, MHC 분자가, TCR 또는 TCR 유사 항체와 같은 T 세포 상의 항원 수용체에 의해 인식 가능한 형태로 항원 제시를 위해 펩티드와의 복합체로, 즉 MHC 펩티드 복합체를 포함하면서 세포 표면 상에 제시되거나 발현될 수 있다. 일반적으로, MHC 클래스 I 분자는, 일부 경우에, 3 개의 α 도메인을 갖는 막에 걸쳐있는 α 사슬 및 비공유 결합된 β2 마이크로글로불린을 갖는 이종 2량체이다. 일반적으로 MHC 클래스 II 분자는 2 개의 막관통 당단백질, α 및 β로 구성되며, 이들 둘 다 전형적으로 막에 걸쳐 있다. MHC 분자는, 펩티드에 결합하기 위한 항원 결합 부위 또는 부위들 및 적절한 항원 수용체에 의한 인식에 필요한 서열을 함유하는 MHC의 유효 부분을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, MHC 클래스 I 분자는 시토졸에서 유래한 펩티드를 세포 표면으로 전달하고, 여기서 MHC-펩티드 복합체는 T 세포, 예컨대 일반적으로 CD8+ T 세포이나, 일부 경우에 CD4+ T 세포에 의해 인식된다. 일부 구현예에서, MHC 클래스 II 분자는 소포 시스템에서 유래한 펩티드를 세포 표면으로 전달하며, 여기서 이들은 전형적으로 CD4+ T 세포에 의해 인식된다. 일반적으로, MHC 분자는, 마우스에서 H-2 및 인간에서 인간 백혈구 항원(human leukocyte antigen, HLA)으로 통칭되는 연관된 유전자 좌 그룹에 의해 암호화된다. 따라서, 전형적으로 인간 MHC는 인간 백혈구 항원(HLA)으로도 지칭될 수 있다.
용어 "MHC-펩티드 복합체(MHC-peptide complex)" 또는 "펩티드-MHC 복합체(peptide-MHC complex)" 또는 이의 변형은, 예컨대 일반적으로 MHC 분자의 결합 그루브(groove) 또는 틈에서 펩티드의 비공유 상호작용에 의한 펩티드 항원과 MHC 분자의 복합체 또는 결합을 지칭한다. 일부 구현예에서, MHC-펩티드 복합체가 세포의 표면 상에 존재하거나 제시된다. 일부 구현예에서, MHC-펩티드 복합체가, TCR, TCR 유사 CAR 또는 이의 항원 결합 부분과 같은 항원 수용체에 의해 특이적으로 인식될 수 있다.
일부 구현예에서, 폴리펩티드의 펩티드, 예컨대 펩티드 항원 또는 에피토프가, 예컨대 항원 수용체에 의한 인식을 위해 MHC 분자와 결합할 수 있다. 일반적으로, 펩티드는 폴리펩티드 또는 단백질과 같은 보다 긴 생물학적 분자의 단편에서 유래하거나 이에 근거한다. 일부 구현예에서, 펩티드는 전형적으로 약 8 내지 약 24 개의 아미노산 길이이다. 일부 구현예에서, 펩티드는, MHC 클래스 II 복합체에서 인식을 위해 (약) 9 내지 22 개의 아미노산 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, 펩티드는, MHC 클래스 I 복합체에서 인식을 위해 (약) 8 내지 13 개의 아미노산 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, MHC-펩티드 복합체와 같은 MHC 분자의 상황에서 펩티드의 인식 시, 항원 수용체, 예컨대 TCR 또는 TCR 유사 CAR이, T 세포 반응, 예컨대 T 세포 증식, 사이토카인 생성, 세포 독성 T 세포 반응 또는 다른 반응을 유도하는 T 세포에 대한 활성화 신호를 생성하거나 유발한다.
일부 구현예에서, TCR 유사 항체 또는 항원 결합 부분이 공지되어 있거나, 공지된 방법에 의해 제조될 수 있다(예를 들어, 문헌[미국 공개 출원 번호 US 2002/0150914; US 2003/0223994; US 2004/0191260; US 2006/0034850; US 2007/00992530; US20090226474; US20090304679; 및 국제 PCT 공개 번호 WO 03/068201] 참조).
일부 구현예에서, MHC-펩티드 복합체에 특이적으로 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 부분이 특정 MHC-펩티드 복합체를 함유하는 유효량의 면역원으로 숙주를 면역화함으로써 생성될 수 있다. 일부 경우에, MHC-펩티드 복합체의 펩티드는 종양 항원, 예를 들어 하기 기재된 바와 같은 범용 종양 항원, 골수종 항원 또는 기타 항원과 같이 MHC에 결합할 수 있는 항원의 에피토프이다. 일부 구현예에서, 이어서 유효량의 면역원이 면역 반응을 유도하기 위해 숙주에 투여되고, 여기서 면역원은, MHC 분자의 결합 그루브에서 펩티드의 3차원 제시에 대하여 면역 반응을 유도하기에 충분한 기간 동안 이의 3차원 형태를 유지한다. 이어서 숙주에서 수집된 혈청을 분석하여 MHC 분자의 결합 그루브에서 펩티드의 3차원 제시를 인식하는 바람직한 항체가 생성되고 있는지 여부를 결정한다. 일부 구현예에서, 생성된 항체를 분석하여 항체가 MHC-펩티드 복합체와 MHC 분자 단독, 관심 펩티드 단독 및 MHC와 무관한 펩티드의 복합체를 구별할 수 있는지를 확인할 수 있다. 이어서 바람직한 항체를 단리할 수 있다.
일부 구현예에서, MHC-펩티드 복합체에 특이적으로 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 부분이 파지 항체 라이브러리와 같은 항체 라이브러리 디스플레이 방법을 이용함으로써 생성될 수 있다. 일부 구현예에서, 돌연변이 Fab, scFv 또는 다른 항체 형태의 파지 디스플레이 라이브러리가 생성될 수 있고, 예를 들어 여기서 상기 라이브러리의 멤버가 CDR 또는 CDR들의 하나 이상의 잔기에서 돌연변이된다. 예를 들어, 문헌[미국 출원 공개 번호 US20020150914, US2014/0294841; 및 Cohen CJ. et al. (2003) J Mol. Recogn. 16:324-332]을 참조한다.
여기서 용어 "항체(antibody)"는 가장 넓은 의미로 사용되며, 온전한 항체 및 기능성(항원-결합) 항체 단편을 포함하는 다클론 및 단클론 항체를 포함하며, 항원에 특이적으로 결합할 수 있는 단편 항원 결합(Fab) 단편, F(ab')2 단편, Fab' 단편, Fv 단편, 재조합 IgG(rIgG) 단편, 가변 중쇄(VH) 영역, 단일 사슬 가변 단편(scFv)을 포함한 단일 사슬 항체 단편 및 단일 도메인 항체(예를 들어, sdAb, sdFv, 나노바디) 단편을 포함한다. 용어는, 유전자 조작되고/거나 달리 변형된 형태의 면역 글로불린, 예컨대 인트라바디(intrabodies), 펩티바디(peptibodies), 키메라 항체, 완전한 인간 항체, 인간화된 항체 및 이종 접합 항체, 다중 특이적, 예를 들어, 이중 특이적 항체, 디아바디(diabodies), 트리아바디(triabodies) 및 테트라바디(tetrabodies), 탠덤 디-scFv(tandem di-scFv), 탠덤 트리-scFv를 포괄한다. 달리 언급되지 않는 한, 용어 "항체(antibody)"는 이의 기능성 항체 단편을 포함하는 것으로 이해되어야 한다. 용어는 손상되지 않거나 또는 전장 항체를 또한 포괄하고, 임의의 클래스 또는 하위 클래스의 항체를 포함하며, IgG 및 이의 하위 클래스, IgM, IgE, IgA 및 IgD를 포함한다.
일부 구현예에서, 항원 결합 단백질, 항체 및 이의 항원 결합 단편은 전장 항체의 항원을 특이적으로 인식한다. 일부 구현예에서, 항체의 중쇄 및 경쇄는 전장일 수 있거나 또는 항원 결합 부분(Fab, F(ab')2, Fv 또는 단일 사슬 FV 단편(scFv))일 수 있다. 다른 구현예에서, 항체 중쇄 불변 영역이, 예를 들어, IgG1, IgG2, IgG3, IgG4, IgM, IgA1, IgA2, IgD 및 IgE에서 선택되고, 특히 예를 들어, IgG1, IgG2, IgG3 및 IgG4, 보다 특히, IgG1(예를 들어, 인간 IgG1)에서 선택된다. 또 다른 구현예에서, 항체 경쇄 불변 영역이 예를 들어, 카파 또는 람다, 특히 카파에서 선택된다.
제공된 항체 중에는 항체 단편이 있다. "항체 단편(antibody fragment)"은 온전한 항체가 결합하는 항원에 결합하는 온전한 항체의 일부를 포함하는 온전한 항체가 아닌 분자를 지칭한다. 항체 단편의 예는, Fv, Fab, Fab', Fab'-SH, F(ab')2 ; 디아바디; 선형 항체; 가변 중쇄(VH) 영역, scFv와 같은 단일 사슬 항체 분자 및 단일 도메인 VH 단일 항체; 및 항체 단편에서 형성된 다중 특이적 항체;를 포함하나 이에 국한되지 않는다. 특정 구현예에서, 항체는 가변 중쇄 영역 및/또는 가변 경쇄 영역을 포함하는 단일 사슬 항체 단편, 예컨대 scFv이다.
일부 경우에, 용어 "초가변 영역(hypervariable region)" 또는 "HVR"과 동의어인 "상보성 결정 영역(complementarity determining region)" 및 "CDR"은 항원 특이성 및/또는 결합 친화도를 부여하는 항체 가변 영역 내의 비인접 아미노산 서열을 지칭하는 것으로 공지되어 있다. 일반적으로, 각각의 중쇄 가변 영역에는 3 개의 CDR(CDR-H1, CDR-H2, CDR-H3)이 있고 각각의 경쇄 가변 영역에는 3 개의 CDR(CDR-L1, CDR-L2, CDR-L3)이 있다. 일부 경우에, "프레임워크 영역(Framework region)" 및 "FR"은 중쇄 및 경쇄의 가변 영역의 비-CDR 부분을 지칭하는 것으로 공지되어 있다. 일반적으로, 각각의 전장 중쇄 가변 영역에는 4 개의 FR(FR-H1, FR-H2, FR-H3 및 FR-H4)이 있고, 각각의 전장 경쇄 가변 영역에는 4 개의 FR(FR-L1, FR-L2, FR-L3 및 FR-L4)이 있다.
주어진 CDR 또는 FR의 정확한 아미노산 서열 경계는, 문헌[Kabat et al. (1991), "Sequences of Proteins of Immunological Interest," 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD ("Kabat" 넘버링 체계); Al-Lazikani et al., (1997) JMB 273,927-948 ("Chothia" 넘버링 체계); MacCallum et al., J. Mol. Biol. 262:732-745 (1996), "Antibody-antigen interactions: Contact analysis and binding site topography," J. Mol. Biol. 262, 732-745." ("Contact" 넘버링 체계); Lefranc MP et al., "IMGT unique numbering for immunoglobulin and T cell receptor variable domains and Ig superfamily V-like domains," Dev Comp Immunol, 2003 Jan;27(1):55-77 ("IMGT" 넘버링 체계); Honegger A and Pl
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ckthun A, "Yet another numbering scheme for immunoglobulin variable domains: an automatic modeling and analysis tool," J Mol Biol, 2001 Jun 8;309(3):657-70, ("Aho" 넘버링 체계); 및 Martin et al., "Modeling antibody hypervariable loops: a combined algorithm," PNAS, 1989, 86(23):9268-9272, ("AbM" 넘버링 체계)]에 기재된 것을 포함한 다수의 잘 알려진 체계 중 어느 하나를 사용하여 용이하게 결정될 수 있다.
주어진 CDR 또는 FR의 경계는 식별에 사용된 체계에 따라 달라질 수 있다. 예를 들어, Kabat 체계는 구조적 정렬을 기반으로 하는 반면, Chothia 체계는 구조 정보를 기반으로 한다. Kabat 및 Chothia 체계 둘 다에 대한 넘버링은, 삽입 문자, 예를 들어 "30a"에 의해 제공된 삽입 및 일부 항체에서 나타나는 결실을 갖는 가장 일반적인 항체 영역 서열 길이에 근거한다. 2 가지 체계는 상이한 위치에 특정 삽입 및 결실("인델(indel)")을 배치하여 차별적인 넘버링을 초래한다. Contact 체계는 복잡한 결정 구조의 분석에 근거하며, 여러 측면에서 Chothia 넘버링 체계와 유사하다. AbM 체계는 Oxford Molecular's AbM 항체 모델링 소프트웨어에 의해 사용된 것에 근거한 Kabat와 Chothia 정의 사이의 절충안이다.
하기 표 10은 Kabat, Chothia, AbM 및 Contact 체계에 의해 각각 확인된 바와 같은 CDR-L1, CDR-L2, CDR-L3 및 CDR-H1, CDR-H2, CDR-H3의 예시적인 위치 경계를 열거한다. CDR-H1의 경우, Kabat 및 Chothia 넘버링 체계 둘 다를 사용하여 잔기 넘버링이 열거된다. FR은, 예를 들어 CDR-L1 앞에 위치한 FR-L1, CDR-L1과 CDR-L2 사이에 위치한 FR-L2, CDR-L2와 CDR-L3 사이에 위치한 FR-L3과 같은 식으로 CDR 사이에 위치한다. 도시된 Kabat 넘버링 체계는 H35A 및 H35B에 삽입을 배치하기 때문에, 도시된 Kabat 넘버링 관례를 사용하여 넘버링될 때 Chothia CDR-H1 루프의 끝은 루프의 길이에 따라 H32와 H34 사이에서 변함에 주의한다.
[표 10]
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따라서, 달리 명시되지 않는 한, 주어진 항체 또는 이의 영역, 예컨대 이의 가변 영역의 "CDR" 또는 "상보적 결정 영역(complementary determining region)" 또는 개별 명시된 CDR(예를 들어, CDR-H1, CDR-H2, CDR-H3)은, 상기 체계 중 어느 하나 또는 다른 공지된 체계에 의해 정의된 바와 같은 (또는 특정) 상보성 결정 영역을 포괄하는 것으로 이해되어야 한다. 예를 들어, 특정 CDR(예를 들어, CDR-H3)이 주어진 V H 또는 VL 영역 아미노산 서열 내 대응 CDR의 아미노산 서열을 함유한다고 언급될 경우, 이는 상기 CDR이 상기 언급된 체계 중 어느 하나 또는 다른 공지된 체계에 의해 정의된 바와 같은 가변 영역 내에 대응하는 CDR(예를 들어, CDR-H3)의 서열을 갖는 것으로 이해된다. 일부 구현예에서, 특정 CDR 서열이 명시된다. 제공된 항체의 예시적인 CDR 서열이 다양한 넘버링 체계를 사용하여 기재되나, 제공된 항체가 상기 언급된 다른 넘버링 체계 중 어느 하나 또는 당업자에게 공지된 다른 넘버링 체계에 따라 기재된 바와 같은 CDR을 포함할 수 있는 것으로 이해된다.
마찬가지로, 달리 명시되지 않는 한, 주어진 항체 또는 이의 영역, 예컨대 이의 가변 영역의 FR 또는 개별 명시된 FR(들)(예를 들어, FR-H1, FR-H2, FR-H3, FR-H4)은, 공지된 체계 중 어느 하나에 의해 정의된 바와 같은 (또는 특정) 프레임워크 영역을 포함하는 것으로 이해되어야 한다. 일부 경우에, 특정 CDR, FR 또는 FR들 또는 CDR들의 식별을 위한 체계가, 예컨대 Kabat, Chothia, AbM 또는 Contact 방법 또는 다른 공지된 체계에 의해 정의된 바와 같이 CDR을 명시한다. 다른 경우에, CDR 또는 FR의 특정 아미노산 서열이 제공된다.
용어 "가변 영역(variable region)" 또는 "가변 도메인(ariable domain)"은, 항체가 항원에 결합하는 데 관여하는 항체 중쇄 또는 경쇄의 도메인을 지칭한다. 천연 항체의 중쇄 및 경쇄의 가변 도메인(각각 VH 및 VL )은, 일반적으로 유사한 구조를 가지며, 각각의 도메인이 4 개의 보존된 프레임워크 영역(framework region, FR) 및 3 개의 CDR을 포함한다(예를 들어, 문헌[Kindt et al. Kuby Immunology, 6th ed., W.H. Freeman and Co., 91 페이지(2007)]을 참조한다). 단일 VH 또는 VL 도메인이 항원 결합 특이성을 부여하기에 충분할 수 있다. 또한, 특정 항원에 결합하는 항체가 항원에 결합하는 항체 유래 VH 또는 VL 도메인을 사용하여 단리되어 각각 상보적인 VL 또는 VH 도메인의 라이브러리를 스크리닝할 수 있다. 예를 들어, 문헌[Portolano et al., J. Immunol. 150:880-887 (1993); Clarkson et al., Nature 352:624-628 (1991)]을 참조한다.
단일 도메인 항체는, 항체의 중쇄 가변 도메인의 전부 또는 일부 또는 경쇄 가변 도메인의 전부 또는 일부를 포함하는 항체 단편이다. 특정 구현예에서, 단일 도메인 항체는 인간 단일 도메인 항체이다. 일부 구현예에서, CAR이, 항원, 예컨대 종양 세포 또는 암세포와 같은 표적화될 세포 또는 질병의 암 마커 또는 세포 표면 항원, 예컨대 여기에 기재되거나 공지된 임의의 표적 항원에 특이적으로 결합하는 항체 중쇄 도메인을 포함한다.
항체 단편이 온전한 항체의 단백질 분해 소화 및 재조합 숙주 세포에 의한 생산을 포함하나 이에 국한되지 않는 다양한 기술에 의해 제조될 수 있다. 일부 구현예에서, 항체는 합성 링커, 예를 들어 펩티드 링커에 의해 연결된 2 이상의 항체 영역 또는 사슬을 갖는 것과 같이 자연적으로 발생하지 않고/거나 자연적으로 발생하는 온전한 항체의 효소 소화에 의해 생성되지 않을 수 있는 배열을 포함하는 단편과 같은 재조합으로 생성된 단편이다. 일부 구현예에서, 항체 단편은 scFv이다.
"인간화된(humanized)" 항체는 모든 또는 실질적으로 모든 CDR 아미노산 잔기가 비인간 CDR에서 유래되고, 모든 또는 실질적으로 모든 FR 아미노산 잔기가 인간 FR에서 유래된 항체이다. 인간화된 항체는 인간 항체에서 유래된 항체 불변 영역의 적어도 일부를 선택적으로 포함할 수 있다. 비인간 항체의 "인간화된 형태(humanized form)"는 인간화를 거쳐 인간에 대한 면역원성이 전형적으로 감소되었으나 모체 비인간 항체의 특이성 및 친화도를 보유한 비인간 항체의 변이체를 지칭한다. 일부 구현예에서, 인간화된 항체의 일부 FR 잔기가 비인간 항체(예를 들어, CDR 잔기가 유래된 항체) 유래 대응하는 잔기로 치환되어 예를 들어, 항체 특이성 또는 친화도가 회복 또는 개선된다.
일부 구현예에서, 키메라 수용체(예를 들어, CAR)와 같은 재조합 수용체는, 항원(또는 리간드)에 특이적으로 결합하는 것과 같이 결합하는 세포 외 항원 결합 도메인, 예컨대 항체 또는 항원 결합 단편(예를 들어, scFv)을 포함한다. 키메라 수용체에 의해 표적화된 항원 중에는 입양 세포 요법을 통해 표적화될 질병, 병태 또는 세포 유형의 상황에서 발현되는 것이 있다. 질병 및 병태 중에는 혈액 암, 면역계 암, 예컨대 림프종, 백혈병 및/또는 골수종, 예컨대 B, T 및 골수성 백혈병, 림프종 및 다발성 골수종을 포함한 암 및 종양을 포함한 증식성, 신생물성 및 악성 질병 및 장애가 있다.
일부 구현예에서, 수용체에 의해 표적화되는 항원은, αvβ6 인테그린(avb6 인테그린), B세포 성숙 항원(BCMA), B7-H3, B7-H6, 탄산 탈수 효소 9(CA9, 또한 CAIX 또는 G250으로 공지), 암 고환 항원, 암/고환 항원 1B(CTAG, 또한 NY-ESO-1 및 LAGE-2로 공지), 암배아 항원(CEA), 사이클린, 사이클린 A2, C-C 모티프 케모카인 리간드 1(CCL-1), CD19, CD20, CD22, CD23, CD24, CD30, CD33, CD38, CD44, CD44v6, CD44v7/8, CD123, CD133, CD138, CD171, 콘드로이틴 황산염 프로테오글리칸 4(CSPG4), 표피 성장 인자 단백질(EGFR), 유형 III 표피 성장 인자 수용체 돌연변이(EGFR vIII), 표피 당단백질 2(EPG-2), 표피 당단백질 40(EPG-40), 에프린B2, 에프린 수용체 A2(EPHa2), 에스트로겐 수용체, Fc 수용체 유사 5(FCRL5; 또한 FC 수용체 상동물 5 또는 FCRH5로 공지), 태아 아세틸콜린 수용체(태아 AchR), 엽산 결합 단백질(FBP), 엽산 수용체 알파, 강글리오사이드 GD2, O-아세틸화 GD2(OGD2), 강글리오사이드 GD3, 당단백질 100(gp100), 글리피칸-3(GPC3), G 단백질 결합 수용체 5(GPRC5D), Her2/neu(수용체 티로신 키나제 erb-B2), Her3(erb-B3), Her4(erb-B4), erbB 2량체, 인간 고분자량 흑색종 관련 항원(HMW-MAA), B형 간염 표면 항원, 인간 백혈구 항원 A1(HLA-A1), 인간 백혈구 항원 A2(HLA-A2), IL-22 수용체 알파(IL-22Rα), IL-13 수용체 알파 2(IL-13Rα2), 키나제 삽입 도메인 수용체(kdr), 카파 경쇄, L1 세포 부착 분자(L1-CAM), L1-CAM의 CE7 에피토프, 8 패밀리 멤버 A를 함유하는 루신 리치 반복(Leucine Rich Repeat Containing 8 Family Member A, LRRC8A), 루이스 Y, 흑색종 관련 항원(MAGE)-A1, MAGE-A3, MAGE-A6, MAGE-A10, 메소텔린(MSLN), c-Met, 뮤린 시토메갈로 바이러스(CMV), 뮤신 1(MUC1), MUC16, 천연 킬러 2 그룹 D 멤버(NKG2D) 리간드, 멜란 A(MART-1), 신경 세포 부착 분자(NCAM), 종양태아성 항원, 흑색종 우선 발현 항원(PRAME), 프로게스트론 수용체, 전립선 특이적 항원, 전립선 줄기 세포 항원(PSCA), 전립선 특이적 막 항원(PSMA), 수용체 티로신 키나제 유사 고아 수용체 1(ROR1), 서바이빈(survivin), 영양막 당단백질(TPBG, 또한 5T4로 공지), 종양 관련 당단백질 72(TAG72), 티로시나제 관련 단백질 1(TRP1, 또한 TYRP1 또는 gp75로 공지), 티로시나제 관련 단백질 2(TRP2, 또한 도파크롬 타우토메라제, 도파크롬 델타 이성화 효소 또는 DCT로 공지), 혈관 내피 성장 인자 수용체(VEGFR), 혈관 내피 성장 인자 수용체 2(VEGFR2), 빌름스 종양 1(WT-1), 병원체 특이적 또는 병원체 발현 항원 또는 범용 태그 및/또는 비오티닐화 분자 및/또는 HIV, HCV, HBV 또는 다른 병원체 발현 분자와 관련된 항원 중에서 선택되거나 선택된 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 수용체에 의해 표적화된 항원은 다수의 공지된 임의의 B 세포 마커와 같은 B 세포 악성 종양과 연관된 항원을 포함한다. 일부 구현예에서, 수용체에 의해 표적화되는 항원은 CD20, CD19, CD22, ROR1, CD45, CD21, CD5, CD33, Ig카파, Ig람다, CD79a, CD79b 또는 CD30이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 질병 또는 병태는 B 세포 악성 종양, 예컨대 거대 B 세포 림프종(예를 들어, DLBCL)이고, 항원은 CD19이다.
일부 구현예에서, 수용체에 의해 표적화된 항원은 다수의 공지된 임의의 B 세포 마커와 같은 B 세포 악성 종양과 연관된 항원을 포함한다. 일부 구현예에서, 수용체에 의해 표적화되는 항원은 CD20, CD19, CD22, ROR1, CD45, CD21, CD5, CD33, Ig카파, Ig람다, CD79a, CD79b 또는 CD30이다. 특정 측면에서, 항원은 CD19이다. 일부 구현예에서, 상기 임의의 항원은 인간 B 세포 상에 발현된 항원이다.
일부 구현예에서, 항체 또는 항원 결합 단편(예를 들어, scFv 또는 VH 도메인)은 CD19와 같은 항원을 특이적으로 인식한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 항원 결합 단편은, CD19에 특이적으로 결합하는 항체 또는 항원 결합 단편에서 유래하거나 이의 변이체이다. 일부 구현예에서, 항원은 CD19이다. 일부 구현예에서, scFv는 CD19에 특이적인 항체 또는 항체 단편에서 유래된 VH 및 VL을 함유한다. 일부 구현예에서, CD19에 결합하는 항체 또는 항체 단편은 FMC63 및 SJ25C1과 같은 마우스 유래 항체이다. 일부 구현예에서, 항체 또는 항체 단편은, 예를 들어, 문헌[미국 특허 공개 번호 US 2016/0152723]에 기재된 바와 같은 인간 항체이다.
일부 구현예에서, 항원 결합 도메인은, 일부 측면에서, scFv일 수 있는 FMC63에서 유래된 VH 및/또는 VL을 포함한다. FMC63은, 인간 기원의 CD19를 발현하는 Nalm-1 및 -16 세포에 대하여 발생된 마우스 단클론 IgG1 항체를 일반적으로 지칭한다(Ling, N. R., et al. (1987). Leucocyte typing III. 302). 일부 구현예에서, FMC63 항체는 서열 번호: 38 및 39에 각각 제시된 CDR-H1 및 CDR-H2 및 서열 번호: 40 또는 54에 제시된 CDR-H3 및 서열 번호: 35에 제시된 CDR-L1 및 서열 번호: 36 또는 55에 제시된 CDR-L2 및 서열 번호: 37 또는 56에 제시된 CDR-L3을 포함한다. 일부 구현예에서, FMC63 항체는 서열 번호: 41의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역(VH) 및 서열 번호: 42의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역(VL)을 포함한다.
일부 구현예에서, scFv는 서열 번호: 35의 CDR-L1 서열, 서열 번호: 36의 CDR-L2 서열 및 서열 번호: 37의 CDR-L3 서열을 함유하는 가변 경쇄 및/또는 서열 번호: 38의 CDR-H1 서열, 서열 번호: 39의 CDR-H2 서열 및 서열 번호: 40의 CDR-H3 서열을 함유하는 가변 중쇄 또는 상기에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 갖는 상기 중 어느 하나의 변이체를 포함한다. 일부 구현예에서, scFv는 서열 번호: 41에 제시된 FMC63의 가변 중쇄 영역 및 서열 번호: 42에 제시된 FMC63의 가변 경쇄 영역 또는 상기에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 갖는 상기 중 어느 하나의 변이체를 포함한다. 일부 구현예에서, 가변 중쇄 및 가변 경쇄는 링커에 의해 연결된다. 일부 구현예에서, 링커는 서열 번호: 59에 제시된다. 일부 구현예에서, scFv는 VH, 링커 및 VL 순서로 포함한다. 일부 구현예에서, scFv는 VL, 링커 및 VH 순서로 포함한다. 일부 구현예에서, scFv는, 서열 번호: 57에 제시된 뉴클레오티드 서열 또는 서열 번호: 57에 대해 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 이상의 서열 동일성을 나타내는 서열에 의해 암호화된다. 일부 구현예에서, scFv는, 서열 번호: 43에 제시된 아미노산 서열 또는 서열 번호: 43에 대해 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 이상의 서열 동일성을 나타내는 서열을 포함한다.
일부 구현예에서, 항원 결합 도메인은, 일부 측면에서, scFv일 수 있는 SJ25C1에서 유래된 VH 및/또는 VL을 포함한다. SJ25C1은 인간 기원의 CD19를 발현하는 Nalm-1 및 -16 세포에 대하여 발생된 마우스 단클론 IgG1 항체이다(Ling, N. R., et al. (1987). Leucocyte typing III. 302). 일부 구현예에서, SJ25C1 항체는 서열 번호: 47-49에 각각 제시된 CDR-H1, CDR-H2 및 CDR-H3 및 서열 번호: 44-46에 각각 제시된 CDR-L1, CDR-L2 및 CDR-L3 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, SJ25C1 항체는 서열 번호: 50의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역(VH) 및 서열 번호: 51의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역(VL)을 포함한다. 일부 구현예에서, scFv는 서열 번호: 44의 CDR-L1 서열, 서열 번호: 45의 CDR-L2 서열 및 서열 번호: 46의 CDR-L3 서열을 함유하는 가변 경쇄 및/또는 서열 번호: 47의 CDR-H1 서열, 서열 번호: 48의 CDR-H2 서열 및 서열 번호: 49의 CDR-H3 서열을 함유하는 가변 중쇄 또는 상기에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 갖는 상기 중 어느 하나의 변이체를 포함한다. 일부 구현예에서, scFv는 서열 번호: 50에 제시된 SJ25C1의 가변 중쇄 영역 및 서열 번호: 51에 제시된 SJ25C1의 가변 경쇄 영역 또는 상기에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 갖는 상기 중 어느 하나의 변이체를 포함한다. 일부 구현예에서, 가변 중쇄 및 가변 경쇄는 링커에 의해 연결된다. 일부 구현예에서, 링커는 서열 번호: 52에 제시된다. 일부 구현예에서, scFv는 VH, 링커 및 VL 순서로 포함한다. 일부 구현예에서, scFv는 VL, 링커 및 VH 순서로 포함한다. 일부 구현예에서, scFv는, 서열 번호: 53에 제시된 아미노산 서열 또는 서열 번호: 53에 대해 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 이상의 서열 동일성을 나타내는 서열을 포함한다.
일부 구현예에서, 항원이 CD20이다. 일부 구현예에서, scFv가 CD20에 특이적인 항체 또는 항체 단편에서 유래된 VH 및 VL을 함유한다. 일부 구현예에서, CD20에 결합하는 항체 또는 항체 단편은 리툭시맙이거나 이로부터 유래된, 예컨대 리툭시맙 scFv인 항체이다.
일부 구현예에서, 항원이 CD22이다. 일부 구현예에서, scFv가 CD22에 특이적인 항체 또는 항체 단편에서 유래된 VH 및 VL을 함유한다. 일부 구현예에서, CD22에 결합하는 항체 또는 항체 단편은 m971이거나 이로부터 유래된, 예컨대 m971 scFv인 항체이다.
일부 구현예에서, 항원 또는 항원 결합 도메인은 BCMA이다. 일부 구현예에서, scFv는 BCMA에 특이적인 항체 또는 항체 단편에서 유래된 VH 및 VL을 함유한다. 일부 구현예에서, BCMA에 결합하는 항체 또는 항체 단편은, 문헌[국제 특허 출원 공개 번호 WO 2016/090327 및 WO 2016/090320]에 제시된 항체 또는 항체 단편 유래 VH 및 VL이거나 이를 함유한다.
일부 구현예에서, 항원 또는 항원 결합 도메인은 GPRC5D이다. 일부 구현예에서, scFv가 GPRC5D에 특이적인 항체 또는 항체 단편에서 유래된 VH 및 VL을 함유한다. 일부 구현예에서, GPRC5D에 결합하는 항체 또는 항체 단편은, 문헌[국제 특허 출원 공개 번호 WO 2016/090329 및 WO 2016/090312]에 제시된 항체 또는 항체 단편 유래 VH 및 VL이거나 이를 함유한다.
일부 측면에서, 재조합 수용체, 예를 들어 키메라 항원 수용체는, 항체 또는 이의 단편과 같은 하나 이상의 리간드-(예를 들어, 항원-) 결합 도메인을 함유하는 세포 외 부분 및 하나 이상의 세포 내 신호 전달 영역 또는 도메인(상호교환적으로 세포질 신호 전달 도메인 또는 영역으로도 명명)을 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 단편은 scFv를 포함한다. 일부 측면에서, 키메라 항원 수용체는, 항체 또는 단편을 함유하는 세포 외 부분 및 세포 내 신호 전달 영역을 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 내 신호 전달 영역은 세포 내 신호 전달 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 내 신호 전달 도메인은, 1차 신호 전달 도메인, T 세포에서 1차 활성화 신호를 유도할 수 있는 신호 전달 도메인, T 세포 수용체(TCR) 성분의 신호 전달 도메인 및/또는 면역수용체 티로신 기반 활성화 모티프(ITAM)를 포함하는 신호 전달 도메인이거나 이를 포함한다. 일부 측면에서, 재조합 수용체, 예를 들어 CAR이 스페이서 및/또는 막관통 도메인 또는 부분을 더 포함한다. 일부 측면에서, 스페이서 및/또는 막관통 도메인이 리간드-(예를 들어, 항원-) 결합 도메인을 함유하는 세포 외 부분과 세포 내 신호 전달 영역(들) 또는 도메인(들)을 연결할 수 있다.
일부 구현예에서, 재조합 수용체 예컨대 CAR은, 면역 글로불린 불변 영역 또는 이의 변이체 또는 변형된 버전의 적어도 일부, 예컨대 힌지 영역, 예를 들어 IgG4 힌지 영역 및/또는 CH1/CL 및/또는 Fc 영역이거나 이를 포함할 수 있는 스페이서를 더 포함한다. 일부 구현예에서, 재조합 수용체가 스페이서 및/또는 힌지 영역을 더 포함한다. 일부 구현예에서, 불변 영역 또는 일부는 IgG4 또는 IgG1과 같은 인간 IgG의 것이다. 일부 측면에서, 불변 영역의 일부는 항원-인식 구성 요소, 예를 들어, scFv와 막 관통 도메인 사이에서 스페이서 영역으로 기능한다. 스페이서는, 스페이서의 부재 시와 비교하여 항원 결합 후 세포의 반응성 증가를 제공하는 길이일 수 있다. 일부 예에서, 스페이서는 (약) 12 개 아미노산 길이이거나 또는 12 개 이내의 아미노산 길이이다. 예시적인 스페이서는, 약 10 내지 229 개 아미노산, 약 10 내지 200 개 아미노산, 약 10 내지 175 개 아미노산, 약 10 내지 150 개 아미노산, 약 10 내지 125 개 아미노산, 약 10 내지 100 개 아미노산, 약 10 내지 75 개 아미노산, 약 10 내지 50 개 아미노산, 약 10 내지 40 개 아미노산, 약 10 내지 30 개 아미노산, 약 10 내지 20 개 아미노산, 또는 약 10 내지 15 개 이상의 아미노산을 갖는 것을 포함하고, 열거된 범위 중 임의의 종점 사이 임의의 정수를 포함한다. 일부 구현예에서, 스페이서 영역은 약 12 개 이하의 아미노산, 약 119 개 이하의 아미노산 또는 약 229 개 이하의 아미노산을 갖는다. 예시적인 스페이서는, IgG4 힌지 단독, CH2 및 CH3 도메인에 연결된 IgG4 힌지 또는 CH3 도메인에 연결된 IgG4 힌지를 포함한다. 예시적인 스페이서는, 문헌[Hudecek et al. (2013) Clin. Cancer Res., 19:3153, Hudecek et al. (2015) Cancer Immunol Res. 3(2): 125-135 또는 국제 특허 출원 공개 번호 WO2014031687, 미국 특허 번호 8,822,647 또는 특허 출원 공개 번호 US2014/0271635]에 기재된 것을 포함하나 이에 국한되지 않는다.
일부 구현예에서, 스페이서는, IgG의 힌지 영역 단독, 예컨대 IgG4 또는 IgG1의 힌지 단독, 예컨대 서열 번호: 1에 제시된 힌지 단독 스페이서를 함유하고, 서열 번호: 2에 제시된 서열에 의해 암호화된다. 일부 구현예에서, 스페이서는 CH2 및/또는 CH3 도메인에 연결된 Ig 힌지, 예를 들어, IgG4 힌지이다. 일부 구현예에서, 스페이서는 서열 번호: 4에 제시된 바와 같은 CH2 및 CH3 도메인에 연결된 Ig 힌지, 예를 들어 IgG4 힌지이다. 일부 구현예에서, 스페이서는 서열 번호: 3에 제시된 바와 같은 CH3 도메인에만 연결된 Ig 힌지, 예를 들어 IgG4 힌지이다. 일부 구현예에서, 스페이서는 글리신-세린 풍부 서열 또는 공지된 가요성 링커와 같은 다른 가요성 링커이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 불변 영역 또는 부분은 IgD의 것이다. 일부 구현예에서, 스페이서는 서열 번호: 5에 제시된 서열을 갖는다. 일부 구현예에서, 스페이서는, 서열 번호: 1, 3, 4 및 5 중 어느 하나에 대해 적어도 (약) 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 나타내는 아미노산 서열을 갖는다.
일부 측면에서, 스페이서는, (a) 면역 글로불린 힌지의 전부 또는 일부 또는 이의 변형된 버전을 포함하거나 이로 구성되거나, 또는 약 15개 이하의 아미노산을 포함하고, CD28 세포 외 영역 또는 CD8 세포 외 영역을 포함하지 않거나; (b) 면역글로불린 힌지, 선택적으로 IgG4 힌지의 전부 또는 일부 또는 이의 변형된 버전을 포함하거나, 이로 구성되고/거나 약 15개 이하의 아미노산을 포함하고, CD28 세포 외 영역 또는 CD8 세포 외 영역을 포함하지 않거나; (c) (약) 12개의 아미노산 길이이고/거나 면역글로불린 힌지, 선택적으로 IgG4의 전부 또는 일부 또는 이의 변형된 버전를 포함하거나 이로 구성되거나; (d) 서열 번호: 1, 3-5, 27-34 또는 58에 제시된 아미노산 서열 또는 이에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 갖는 상기 중 어느 하나의 변이체로 구성되거나 이를 포함하거나; 또는 (e) 화학식 X1PPX2P(여기에서 X1은 글리신, 시스테인 또는 아르기닌이고 X2는 시스테인 또는 트레오닌임)을 포함하거나 이로 구성되는; 폴리펩티드 스페이서이다.
일부 구현예에서, 항원 수용체는 세포 외 도메이에 직접 또는 간접적으로 연결된 세포 내 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, 키메라 항원 수용체는 세포 외 도메인과 세포 내 신호 전달 도메인을 연결하는 막관통 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 내 신호 전달 도메인은 ITAM을 포함한다. 예를 들어, 일부 측면에서, 항원 인식 도메인(예를 들어, 세포 외 도메인)은 일반적으로 CAR의 경우에 TCR 복합체와 같은 항원 수용체 복합체를 통한 활성화 및/또는 또 다른 세포 표면 수용체를 통한 신호를 모방하는 신호 전달 구성 요소와 같은 하나 이상의 세포 내 신호 전달 구성 요소에 연결된다. 일부 구현예에서, 키메라 수용체는, 세포 외 도메인(예를 들어, scFv)과 세포 내 신호 전달 도메인 사이에 연결되거나 융합된 막관통 도메인을 포함한다. 따라서, 일부 구현예에서, 항원 결합 성분(예를 들어, 항체)은 하나 이상의 막관통 영역 및 세포 내 신호 전달 도메인에 연결된다.
일 구현예에서, 수용체, 예를 들어 CAR에 있는 도메인 중 하나와 자연적으로 결합된 막 관통 도메인이 사용된다. 일부 경우에, 막관통 도메인이 동일하거나 상이한 표면 막 단백질의 막관통 도메인에 대한 상기 도메인의 결합을 회피하는 아미노산 치환에 의해 선택되거나 변형되어 수용체 복합체의 다른 멤버와의 상호 작용이 최소화된다.
일부 구현예에서, 막 관통 도메인이 천연 또는 합성 출처에서 유래된다. 출처가 천연인 경우, 일부 측면에서 도메인이 임의의 막결합 또는 막관통 단백질에서 유래된다. 막관통 영역은, T 세포 수용체의 알파, 베타 또는 제타 사슬, CD28, CD3 엡실론, CD45, CD4, CD5, CD8, CD9, CD16, CD22, CD33, CD37, CD64, CD80, CD86, CD134, CD137(4-1BB), CD154에서 유래된 것을 포함한다(즉, 적어도 이의 막관통 영역(들)을 포함한다). 대안적으로 일부 구현예에서, 막관통 도메인은 합성이다. 일부 측면에서, 합성 막관통 도메인은 루신 및 발린과 같은 소수성 잔기를 주로 포함한다. 일부 측면에서, 페닐알라닌, 트립토판 및 발린의 트리플릿(triplet)이 합성 막관통 도메인의 각 말단에서 발견될 것이다. 일부 구현예에서, 연결은 링커, 스페이서 및/또는 막관통 도메인(들)에 의한다. 일부 측면에서, 막관통 도메인은 CD28 또는 이의 변이체의 막관통 부분을 함유한다. 세포 외 도메인 및 막관통은 직접 또는 간접적으로 연결될 수 있다. 일부 구현예에서, 세포 외 도메인 및 막관통은 여기 기재된 어느 하나와 같은 스페이서에 의해 연결된다.
일부 구현예에서, 수용체, 예를 들어 CAR의 막관통 도메인은, 인간 CD28 또는 이의 변이체의 막관통 도메인, 예를 들어, 인간 CD28의 27-아미노산 막관통 도메인(수탁 번호: P10747.1)이거나 또는 서열 번호: 8에 제시된 아미노산 서열 또는 서열 번호: 8에 대해 (약) 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 나타내는 아미노산 서열을 포함하는 막관통 도메인이다. 일부 구현예에서, 재조합 수용체의 일부를 함유하는 막관통 도메인은, 서열 번호: 9에 제시된 아미노산 서열 또는 이에 대해 (약) 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 갖는아미노산 서열을 포함한다.　
일부 구현예에서, 재조합 수용체, 예를 들어 CAR은, 하나 이상의 세포 내 신호 전달 구성 요소 또는 구성 요소들, 예컨대 세포 내 신호 전달 영역 또는 도메인을 포함한다. 일부 측면에서, T 세포 활성화는 2 종류의 세포질 신호 전달 서열: TCR을 통한 항원-의존적 1차 활성화를 개시하는 것(1차 세포질 신호 전달 서열) 및 항원-비의존적 방식으로 작용하여 2차 또는 공자극 신호를 제공하는 것(2차 세포질 신호 전달 서열)에 의해 매개되는 것으로 설명된다. 일부 측면에서, CAR이 상기 신호 전달 구성 요소 중 하나 또는 둘 다를 포함한다. 세포 내 신호 전달 영역 중에 천연 항원 수용체를 통한 신호, 공자극 수용체와 조합으로 상기 수용체를 통한 신호 및/또는 공자극 수용체 단독을 통한 신호를 모방하거나 이와 유사한 것이 있다. 일부 구현예에서, 짧은 올리고- 또는 폴리펩티드 링커, 예를 들어 글리신 및 세린, 예를 들어 글리신-세린 더블릿을 함유하는 것과 같은 2 내지 10 개 아미노산 길이의 링커가, CAR의 막관통 도메인과 세포질 신호 전달 도메인 사이에 존재하고 연결을 형성한다.
일부 구현예에서, CAR의 결찰 시, CAR의 세포질 도메인 또는 세포 내 신호 전달 영역은, 면역 세포, 예를 들어 CAR을 발현하도록 조작된 T 세포의 정상 이펙터 기능 또는 반응 중 하나 이상을 활성화시킨다. 예를 들어, 일부 상황에서, CAR이 T 세포의 기능, 예컨대 세포 용해 활성 또는 T-헬퍼 활성, 예컨대 사이토카인 또는 다른 인자의 분비를 유도한다. 일부 구현예에서, 항원 수용체 성분 또는 공자극 분자의 세포 내 신호 전달 영역의 절단 부분이, 예를 들어 그것이 이펙터 기능 신호를 형질 도입하는 경우 온전한 면역 자극 사슬 대신에 사용된다. 일부 구현예에서, 예를 들어 세포 내 도메인 또는 도메인들을 포함하는 세포 내 신호 전달 영역은, T 세포 수용체(TCR)의 세포질 서열 및 일부 측면에서, 천연 상황에서 항원 수용체 결합 후에 신호 전달을 개시하기 위해 상기 수용체와 협력하여 작용하는 공-수용체 및/또는 상기 분자의 임의의 유도체 또는 변이체 및/또는 동일한 기능적 능력을 갖는 임의의 합성 서열의 세포질 서열을 또한 포함한다. 일부 구현예에서, 예를 들어 세포 내 도메인 또는 도메인들을 포함하는 세포 내 신호 전달 영역이, 공자극 신호 제공에 관여된 영역 또는 도메인의 세포질 서열을 포함한다.
일부 측면에서, CAR은 TCR 복합체의 1차 활성화를 조절하는 1차 세포질 신호 전달 서열을 포함한다. 자극 방식으로 작용하는 1차 세포질 신호 전달 서열은, 면역 수용체 티로신-기반 활성화 모티프 또는 ITAM으로 공지된 신호 전달 모티프를 함유할 수 있다. 1차 세포질 신호 전달 서열을 함유하는 ITAM의 예는, CD3 제타 사슬, FcR 감마, CD3 감마, CD3 델타 및 CD3 엡실론에서 유래된 것을 포함한다. 일부 구현예에서, CAR의 세포질 신호 전달 분자(들)는, CD3 제타에서 유래된 세포질 신호 전달 도메인, 이의 일부 또는 서열을 함유한다.
일부 구현예에서, 수용체는, T 세포 활성화 및 세포 독성을 매개하는 TCR CD3 사슬, 예를 들어 CD3 제타 사슬과 같은 TCR 복합체의 세포 내 구성 요소를 포함한다. 따라서, 일부 측면에서, 항원 결합 부분이 하나 이상의 세포 신호 전달 모듈에 연결된다. 일부 구현예에서, 세포 신호 전달 모듈은, CD3 막관통 도메인, CD3 세포 내 신호 전달 도메인 및/또는 기타 CD 막관통 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, 수용체, 예를 들어 CAR은, 하나 이상의 추가 분자의 일부, 예컨대 Fc 수용체 γ, CD8알파, CD8베타, CD4, CD25 또는 CD16을 더 포함한다. 예를 들어, 일부 측면에서, CAR 또는 다른 키메라 수용체는, CD3-제타(CD3-ζ) 또는 Fc 수용체 γ와 CD8알파, CD8베타, CD4, CD25 또는 CD16 사이에 키메라 분자를 포함한다.
일부 구현예에서, 세포 내 (또는 세포질) 신호 전달 영역은, 인간 CD3 사슬, 선택적으로 CD3 제타 자극성 신호 전달 도메인 또는 이의 기능성 변이체, 예컨대 인간 CD3ζ의 동형 단백질 3의 112 AA 세포질 도메인(수탁 번호: P20963.2) 또는 문헌[미국 특허 번호 7,446,190 또는 미국 특허 번호 8,911,993]에 기재된 바와 같은 CD3 제타 신호 전달 도메인을 포함한다.　일부 구현예에서, 세포 내 신호 전달 영역은, 서열 번호: 13, 14 또는 15에 제시된 아미노산 서열 또는 서열 번호: 13, 14 또는 15에 대해 적어도 (약) 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 나타내는 아미노산 서열을 포함한다.
천연 TCR의 상황에서, 완전한 활성화는 일반적으로 TCR을 통한 신호 전달뿐만 아니라 공자극 신호도 필요로 한다. 따라서, 일부 구현예에서, 완전한 활성화를 촉진하기 위해, 2차 또는 공자극 신호를 생성하기 위한 구성 요소가 CAR에 또한 포함된다. 다른 구현예에서, CAR은 공자극 신호를 생성하기 위한 구성 요소를 포함하지 않는다. 일부 측면에서, 추가의 CAR이 동일한 세포에서 발현되고, 2차 또는 공자극 신호를 생성하는 구성 요소를 제공한다.
일부 구현예에서, 키메라 항원 수용체는 T 세포 공자극 분자의 세포 내 도메인을 함유한다. 일부 구현예에서, CAR은 공자극 수용체, 예컨대 CD28, 4-1BB, OX40(CD134), CD27, DAP10, DAP12, ICOS 및/또는 다른 공자극 수용체의 신호 전달 도메인 및/또는 막관통 부분을 포함한다. 일부 구현예에서, CAR은, CD28 또는 4-1BB, 예컨대 인간 CD28 또는 인간 4-1BB의 공자극 영역 또는 도메인을 포함한다.
일부 구현예에서, 세포 내 신호 전달 영역 또는 도메인은, 인간 CD28의 세포 내 공자극 신호 전달 도메인 또는 이의 기능성 변이체 또는 이의 일부, 예컨대 이의 41 개 아미노산 도메인 및/또는 천연 CD28 단백질의 186-187번 위치에서 LL의 GG로의 치환을 갖는 상기 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 내 신호 전달 도메인이, 서열 번호: 10 또는 11에 제시된 아미노산 서열 또는 서열 번호: 10 또는 11에 대해 적어도 (약) 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 나타내는 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 세포 내 영역은, 4-1BB의 세포 내 공자극 신호 전달 도메인 또는 이의 기능성 변이체 또는 이의 일부, 예컨대 인간 4-1BB의 42-아미노산 세포질 도메인(수탁 번호: Q07011.1) 또는 이의 기능성 변이체 또는 이의 일부, 예컨대 서열 번호: 12에 제시된 아미노산 서열 또는 서열 번호: 12에 대해 적어도 (약) 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 나타내는 아미노산 서열을 포함한다.
일부 측면에서, 동일한 CAR이, 1차 (또는 활성화) 세포질 신호 전달 영역 및 공자극 신호 전달 구성 요소 둘 다를 포함한다.
일부 구현예에서, 활성화 도메인은 하나의 CAR 내에 포함되는 반면, 공자극 구성 요소는 또 다른 항원을 인식하는 또 다른 CAR에 의해 제공된다. 일부 구현예에서, CAR은 활성화 또는 자극성 CAR, 공자극 CAR을 포함하며, 둘 다 동일한 세포 상에 발현된다(WO2014/055668 참조). 일부 측면에서, 세포는 하나 이상의 자극성 또는 활성화 CAR 및/또는 공자극 CAR을 포함한다. 일부 구현예에서, 세포는 억제성 CAR(iCAR, 문헌[Fedorov et al., Sci. Transl. Medicine, 5(215) (2013)] 참조), 예컨대 질병 또는 병태에 특이적이고/거나 이와 연관된 것이 아닌 항원을 인식함으로써 질병 표적화 CAR을 통해 전달된 활성화 신호가 이의 리간드에 억제성 CAR의 결합에 의해 감소 또는 억제되어 예를 들어 표적외 효과를 감소시키는 CAR을 더 포함한다.
일부 구현예에서, 2 개의 수용체가 세포에 대한 활성화 및 억제 신호를 각각 유도하여, 이의 항원에 대한 수용체 중 하나의 결찰은 세포를 활성화하거나 반응을 유도하나, 이의 항원에 대한 제2 억제성 수용체의 결찰은 반응을 억제하거나 약화시키는 신호를 유도한다. 활성화 CAR 및 억제 CAR(iCAR)의 조합물의 예가 있다. 상기 전략이 사용되어, 예를 들어, 활성화 CAR이 질병 또는 병태에서 발현되나 정상 세포 상에서도 발현되는 항원에 결합하고, 억제 수용체가 정상 세포에서 발현되나 질병 또는 병태의 세포에서 발현되지 않는 별개의 항원에 결합하는 정황으로 표적외 효과의 가능성을 감소시킬 수 있다.
일부 측면에서, 키메라 수용체는 억제 CAR(예를 들어, iCAR)이거나 이를 포함하고, 면역 반응, 예컨대 세포에서 ITAM- 및/또는 공자극-촉진 반응을 약화 또는 억제하는 세포 내 구성 요소를 포함한다. 상기 세포 내 신호 전달 구성 요소의 예는, 면역 체크포인트 분자 상에서 발견되는 것이고, 이는 PD-1, CTLA4, LAG3, BTLA, OX2R, TIM-3, TIGIT, LAIR-1, PGE2 수용체, EP2/4 아데노신 수용체를 포함하며, A2AR을 포함한다. 일부 측면에서, 조작된 세포가 상기 억제 분자 또는 이로부터 유래된 신호 전달 도메인을 포함하는 억제 CAR를 포함하여, 이것이 예를 들어, 활성화 및/또는 공자극 CAR에 의해 유도된 세포의 반응을 약화시키는 역할을 한다.
일부 경우에, CAR은 제1, 제2 및/또는 제3 세대 CAR로 지칭된다. 일부 측면에서, 제1 세대 CAR은 항원 결합 시 CD3-사슬 유도 신호만을 제공하는 것이고; 일부 측면에서, 제2 세대 CAR은 CD28 또는 CD137과 같은 공자극 수용체 유래 세포 내 신호 전달 도메인을 포함하는 것과 같은 상기 신호 및 공자극 신호를 제공하는 것이고; 일부 측면에서, 제3 세대 CAR은 일부 측면에서, 상이한 공자극 수용체의 다중 공자극 도메인을 포함하는 것이다.
일부 구현예에서, CAR은 세포질 부분에 1개 이상, 예를 들어 2개 이상의 공자극 도메인 및 활성화 도메인, 예를 들어 1차 활성화 도메인을 포함한다. 예시적인 CAR은 CD3-제타, CD28 및 4-1BB의 세포 내 구성 요소를 포함한다.
일부 구현예에서, 항원 수용체는 마커를 더 포함하고/거나 CAR 또는 다른 항원 수용체를 발현하는 세포는 세포 표면 마커와 같은 대리 마커를 더 포함하고, 이는 수용체를 발현하는 세포의 형질도입 또는 조작을 확인하는 데 사용될 수 있다. 일부 측면에서, 마커는 CD34, NGFR 또는 표피 성장 인자 수용체의 전부 또는 일부(예를 들어, 절단 형태), 예컨대 상기 세포 표면 수용체의 절단 버전(예를 들어, tEGFR)을 포함한다. 일부 구현예에서, 마커를 암호화하는 핵산은 링커 서열, 예컨대 절단 가능한 링커 서열, 예를 들어 T2A를 암호화하는 폴리뉴클레오티드에 작동 가능하게 연결된다. 예를 들어, 마커 및 선택적으로 링커 서열은, 문헌[특허 출원 공개 번호 WO2014031687]에 개시된 바와 같은 어느 하나일 수 있다. 예를 들어, 마커는, 링커 서열, 예컨대 T2A 절단 가능한 링커 서열에 선택적으로 연결된 절단형 EGFR(tEGFR)일 수 있다.
절단형 EGFR(예를 들어 tEGFR)에 대한 예시적인 폴리펩티드는, 서열 번호: 7 또는 16에 제시된 아미노산 서열 또는 서열 번호: 7 또는 16에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 나타내는 아미노산 서열을 포함한다. 예시적인 T2A 링커 서열은, 서열 번호: 6 또는 17에 제시된 아미노산 서열 또는 서열 번호: 6 또는 17에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 나타내는 아미노산 서열을 포함한다.
일부 구현예에서, 마커는, T 세포 상에서 자연적으로 발견되지 않거나 또는 T 세포 표면 상에서 자연적으로 발견되지 않는 분자, 예를 들어 세포 표면 단백질 또는 이의 일부이다. 일부 구현예에서, 분자는 비-자기 분자, 예를 들어 비-자기 단백질, 즉 세포가 입양적으로 전달될 숙주의 면역 시스템에 의해 "자기(self)"로 인식되지 않는 것이다.
일부 구현예에서, 마커는 치료 기능을 제공하지 않고/거나 유전자 조작, 예를 들어 성공적으로 조작된 세포를 선택하기 위한 마커로서 사용되는 것이 아닌 어떠한 효과도 생성하지 않는다. 다른 구현예에서, 마커는, 치료 분자 또는 그렇지 않으면 일부 바람직한 효과를 발휘하는 분자, 예컨대 생체 내에서 세포가 조우하게 될 리간드, 예컨대 입양 전달 및 리간드와의 조우 시 세포의 반응을 강화하고/거나 약화시키는 공자극 또는 면역 체크 포인트 분자일 수 있다.
일부 구현예에서, CAR은, 항체, 예를 들어, 항체 단편, CD28의 막관통 부분 또는 이의 기능성 변이체이거나 이를 함유하는 막관통 도메인 및 CD28의 신호 전달 부분 또는 이의 기능성 변이체 및 CD3 제타의 신호 전달 부분 또는 이의 기능성 변이체를 함유하는 세포 내 신호 전달 도메인을 함유한다. 일부 구현예에서, CAR은, 항체, 예를 들어, 항체 단편, CD28의 막관통 부분 또는 이의 기능성 변이체이거나 이를 함유하는 막관통 도메인 및 4-1BB의 신호 전달 부분 또는 이의 기능성 변이체 및 CD3 제타의 신호 전달 부분 또는 이의 기능성 변이체를 함유하는 세포 내 신호 전달 도메인을 함유한다. 상기 일부 구현예에서, 수용체는, Ig 분자, 예컨대 인간 Ig 분자의 일부, 예컨대 Ig 힌지, 예를 들어 IgG4 힌지를 함유하는 스페이서, 예컨대 힌지 단독 스페이서를 더 포함한다.
일부 구현예에서, 재조합 수용체, 예를 들어 CAR의 막관통 도메인은, 인간 CD28의 막관통 도메인(예를 들어, 수탁 번호: P01747.1) 또는 이의 변이체, 예컨대 서열 번호: 8에 제시된 아미노산 서열 또는 서열 번호: 8에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 나타내는 아미노산 서열을 포함하는 막관통 도메인이거나 이를 포함하며; 일부 구현예에서, 재조합 수용체의 일부를 함유하는 막관통 도메인은, 서열 번호: 9에 제시된 아미노산 서열 또는 이에 대해 적어도 (약) 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함한다.
일부 구현예에서, 재조합 수용체, 예를 들어, CAR의 세포 내 신호 전달 구성 요소(들)는, 인간 CD28의 세포 내 공자극 신호 전달 도메인 또는 이의 기능성 변이체 또는 이의 일부, 예컨대 천연 CD28 단백질의 186-187 위치에서 LL이 GG로 치환된 도메인을 함유한다. 예를 들어, 세포 내 신호 전달 도메인은, 서열 번호: 10 또는 11에 제시된 아미노산 서열 또는 서열 번호: 10 또는 11에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 나타내는 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 세포 내 도메인은, 4-1BB의 세포 내 공자극 신호 전달 도메인(예를 들어, 수탁 번호: Q07011.1) 또는 이의 기능성 변이체 또는 이의 일부, 예컨대 서열 번호: 12에 제시된 아미노산 서열 또는 서열 번호: 12에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 나타내는 아미노산 서열을 포함한다.
일부 구현예에서, 재조합 수용체, 예를 들어, CAR의 세포 내 신호 전달 도메인은, 인간 CD3 제타 자극성 신호 전달 도메인 또는 이의 기능성 변이체, 예컨대 인간 CD3ζ의 동형 단백질 3의 112 AA 세포질 도메인(수탁 번호: P20963.2) 또는 문헌[미국 특허 번호 7,446,190 또는 미국 특허 번호 8,911,993]에 기재된 바와 같은 CD3 제타 신호 전달 도메인을 포함한다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 세포 내 신호 전달 도메인은, 서열 번호: 13, 14 또는 15에 제시된 아미노산 서열 또는 서열 번호: 13, 14 또는 15에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 나타내는 아미노산 서열을 포함한다.
일부 구현예에서, 스페이서는, IgG의 힌지 영역 단독, 예컨대 IgG4 또는 IgG1의 힌지 단독, 예컨대 서열 번호: 1에 제시된 힌지 단독 스페이서를 함유하고, 서열 번호: 2에 제시된 서열에 의해 암호화된다. 일부 구현예에서, 스페이서는 CH2 및/또는 CH3 도메인에 연결된 Ig 힌지, 예를 들어, IgG4 힌지이다. 일부 구현예에서, 스페이서는, 서열 번호: 4에 제시된 바와 같은 CH2 및 CH3 도메인에 연결된 Ig 힌지, 예를 들어 IgG4 힌지이다. 일부 구현예에서, 스페이서는 서열 번호: 3에 제시된 바와 같은 CH3 도메인에만 연결된 Ig 힌지, 예를 들어 IgG4 힌지이다. 일부 구현예에서, 스페이서는 글리신-세린 풍부 서열 또는 공지된 가요성 링커와 같은 다른 가요성 링커이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 불변 영역 또는 부분은 IgD의 것이다. 일부 구현예에서, 스페이서는 서열 번호: 5에 제시된 서열을 갖는다. 일부 구현예에서, 스페이서는, 서열 번호: 1, 3, 4 및 5 중 어느 하나에 대해 적어도 (약) 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 나타내는 아미노산 서열을 갖는다.
예를 들어, 일부 구현예에서, CAR은, scFv를 포함하는 항체 단편과 같은 항체, 스페이서, 예컨대 면역 글로불린 분자의 일부, 예컨대 힌지 영역 및/또는 중쇄 분자의 하나 이상의 불변 영역을 함유하는 스페이서, 예컨대 Ig-힌지 함유 스페이서, CD28 유래 막관통 도메인의 전부 또는 일부를 함유하는 막관통 도메인, CD28 유래 세포 내 신호 전달 도메인 및 CD3 제타 신호 전달 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, CAR은, 항체 또는 단편, 예컨대 scFv, 스페이서, 예컨대 임의의 Ig-힌지 함유 스페이서, CD28 유래 막관통 도메인, 4-1BB 유래 세포 내 신호 전달 도메인 및 CD3 제타 유래 신호 전달 도메인을 포함한다.
일부 구현예에서, 상기 CAR 작제물을 암호화하는 핵산 분자는, 예를 들어, CAR을 암호화하는 서열의 하류에 T2A 리보솜 건너뛰기 요소 및/또는 tEGFR 서열을 암호화하는 서열을 더 포함한다. 일부 구현예에서, 서열은, 서열 번호: 6 또는 17 또는 서열 번호: 6 또는 17에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 나타내는 아미노산 서열로 제시된 T2A 리보솜 건너뛰기 요소를 암호화한다. 일부 구현예에서, 항원 수용체(예를 들어, CAR)를 발현하는 T 세포가 생성되어 (예를 들어, T2A 리보솜 스위치에 의해 분리된 CAR 및 EGFRt를 암호화하는 작제물을 도입하여 동일한 작제물에서 2 개의 단백질을 발현함으로써) 비-면역원성 선택 에피토프로 절단형 EGFR(EGFRt)을 또한 발현할 수 있고, 이어서 이것이 마커로 사용되어 상기 세포를 검출할 수 있다(예를 들어, 문헌[미국 특허 번호 8,802,374] 참조). 일부 구현예에서, 서열은, 서열 번호: 7 또는 16에 제시된 tEGFR 서열 또는 서열 번호: 7 또는 16에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 나타내는 아미노산 서열을 암호화한다. 일부 경우에, T2A와 같은 펩티드는, 리보솜이 2A 요소의 C-말단에서 펩티드 결합의 합성을 건너뛰도록(리보솜 건너뛰기) 유발할 수 있으며, 이는 2A 서열의 말단과 다음 펩티드 하류 사이의 분리로 이어진다(예를 들어, 문헌[de Felipe. Genetic Vaccines and Ther. 2:13 (2004) and deFelipe et al. Traffic 5:616-626 (2004)]을 참조한다). 많은 2A 요소가 공지되어 있다. 여기 개시된 방법 및 핵산에 사용될 수 있는 2A 서열의 예는, 비제한적으로, 문헌[미국 특허 공개 번호 20070116690]에 개시된 바와 같은 구제역 바이러스(F2A, 예를 들어, 서열번호: 21), 말 비염 A 바이러스(E2A, 예를 들어, 서열번호: 20), 토세아 아시그나 바이러스(T2A, 예를 들어, 서열번호: 6 또는 17) 및 돼지 테스코 바이러스-1(P2A, 예를 들어, 서열번호: 18 또는 19) 유래 2A 서열이다.
임의의 구현예 중 일부에서, CAR은, 항원에 특이적인 scFv, 막관통 도메인, 선택적으로 4-1BB이거나 이를 포함하는 공자극 분자에서 유래된 세포질 신호 전달 도메인 및 선택적으로 CD3제타 신호 전달 도메인이거나 이를 포함하는 1차 신호 전달 ITAM 함유 분자에서 유래된 세포질 신호 전달 도메인 순서로 포함하고, 선택적으로 막관통 도메인과 scFv 사이에 스페이서를 더 포함한다.
임의의 구현예 중 일부에서, CAR은, 항원에 특이적인 scFv, 막관통 도메인, 선택적으로 4-1BB 신호 전달 도메인이거나 이를 포함하는 공자극 분자에서 유래된 세포질 신호 전달 도메인 및 선택적으로 CD3제타 신호 전달 도메인인 1차 신호 전달 ITAM 함유 분자에서 유래된 세포질 신호 전달 도메인 순서로 포함한다.
임의의 구현예 중 일부에서, CAR은, 항원에 특이적인 scFv, 스페이서, 막관통 도메인, 선택적으로 4-1BB 신호 전달 도메인인 공자극 분자에서 유래된 세포질 신호 전달 도메인 및 선택적으로 CD3제타 신호 전달 도메인이거나 이를 포함하는 1차 신호 전달 ITAM 함유 분자에서 유래된 세포질 신호 전달 도메인 순서로 포함한다. 일부 측면에서, 스페이서는, (a) 면역글로불린 힌지의 전부 또는 일부 또는 이의 변형된 버전을 포함하거나 이로 구성되거나, 약 15 개 이하의 아미노산을 포함하고, CD28 세포 외 영역 또는 CD8 세포 외 영역을 포함하지 않거나, (b) 면역글로불린 힌지의 전부 또는 일부, 선택적으로 IgG4 힌지 또는 이의 변형된 버전을 포함하거나, 이로 구성되고/거나 약 15 개 이하의 아미노산을 포함하고, CD28 세포 외 영역 또는 CD8 세포 외 영역을 포함하지 않거나 (c) (약) 12 개의 아미노산 길이이고/거나 면역글로불린 힌지의 전부 또는 일부, 선택적으로 IgG4 또는 이의 변형된 버전을 포함하거나 이로 구성되거나; (d) 서열 번호: 1의 서열, 서열 번호: 2에 의해 암호화된 서열, 서열 번호: 30, 서열 번호: 31, 서열 번호: 32, 서열 번호: 33, 서열 번호: 34 또는 이에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 갖는 상기 중 어느 하나의 변이체를 갖거나 이로 구성되거나; (e) 화학식 X1PPX2P(여기에서, X1은 글리신, 시스테인 또는 아르기닌 및 X2는 시스테인 또는 트레오닌임)를 포함하거나 이로 구성되고/거나; 공자극 도메인이 서열 번호: 12 또는 이에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 갖는 이의 변이체를 포함하고/거나; 1차 신호 전달 도메인이 서열 번호: 13 또는 14 또는 15 또는 이에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 갖는 이의 변이체를 포함하고/거나; scFv가 RASQDISKYLN(서열 번호: 35)의 CDRL1 서열, SRLHSGV(서열 번호: 36)의 CDRL2 서열 및/또는 GNTLPYTFG(서열 번호: 37)의 CDRL3 서열 및/또는 DYGVS(서열 번호: 38)의 CDRH1 서열, VIWGSETTYYNSALKS(서열 번호: 39)의 CDRH2 서열 및/또는 YAMDYWG(서열 번호: 40)의 CDRH3 서열을 포함하거나 여기서 scFv가 FMC63의 가변 중쇄 영역 및 FMC63의 가변 경쇄 영역 및/또는 FMC63의 CDRL1 서열, FMC63의 CDRL2 서열, FMC63의 CDRL3 서열, FMC63의 CDRH1 서열, FMC63의 CDRH2 서열 및 FMC63의 CDRH3 서열을 포함하거나 상기 중 어느 하나와 결합을 두고 경쟁하거나 이와 동일한 에피토프에 결합하고 선택적으로 여기서 scFv는 VH, 선택적으로 서열 번호: 59를 포함하는 링커 및 VL 순서로 포함하고/거나 scFv는 가요성 링커를 포함하고/거나 서열 번호: 59에 제시된 아미노산 서열을 포함한다.
일부 구현예에서, 스페이서는 서열 번호: 1을 포함하거나 이로 구성되며, 공자극 도메인은 서열 번호: 12 또는 이에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 갖는 이의 변이체를 포함하며, 막관통 도메인은 CD28의 막관통 도메인이거나 서열 번호: 9 또는 이에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 갖는 이의 변이체를 포함하며, scFv는 FMC63의 결합 도메인 또는 이의 CDR 또는 이의 VH 및 VL을 함유하며, 1차 신호 전달 도메인은 서열 번호: 13, 14, 또는 15 및/또는 이에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 갖는 이의 변이체를 함유한다.
일부 구현예에서, 스페이서는 서열 번호: 30을 포함하거나 이로 구성되며, 공자극 도메인은 서열 번호: 12 또는 이에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 갖는 이의 변이체를 포함하며, 막관통 도메인은 CD28의 막관통 도메인이거나 서열 번호: 9 또는 이에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 갖는 이의 변이체를 포함하며, scFv는 FMC63의 결합 도메인 또는 이의 CDR 또는 이의 VH 및 VL을 함유하며, 1차 신호 전달 도메인은 서열 번호: 13, 14, 또는 15 및/또는 이에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 갖는 이의 변이체를 함유한다.
일부 구현예에서, 스페이서는 서열 번호: 31을 포함하거나 이로 구성되며, 공자극 도메인은 서열 번호: 12 또는 이에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 갖는 이의 변이체를 포함하며, 막관통 도메인은 CD28의 막관통 도메인이거나 서열 번호: 9 또는 이에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 갖는 이의 변이체를 포함하며, scFv는 FMC63의 결합 도메인 또는 이의 CDR 또는 이의 VH 및 VL을 함유하며, 1차 신호 전달 도메인은 서열 번호: 13, 14, 또는 15 및/또는 이에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 갖는 이의 변이체를 함유한다.
일부 구현예에서, 스페이서는 서열 번호: 33을 포함하거나 이로 구성되며, 공자극 도메인은 서열 번호: 12 또는 이에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 갖는 이의 변이체를 포함하며, 막관통 도메인은 CD28의 막관통 도메인이거나 서열 번호: 9 또는 이에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 갖는 이의 변이체를 포함하며, scFv는 FMC63의 결합 도메인 또는 이의 CDR 또는 이의 VH 및 VL을 함유하며, 1차 신호 전달 도메인은 서열 번호: 13, 14, 또는 15 및/또는 이에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 갖는 이의 변이체를 함유한다.
일부 구현예에서, 스페이서는 서열 번호: 34를 포함하거나 이로 구성되며, 공자극 도메인은 서열 번호: 12 또는 이에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 갖는 이의 변이체를 포함하며, 막관통 도메인은 CD28의 막관통 도메인이거나 서열 번호: 9 또는 이에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 갖는 이의 변이체를 포함하며, scFv는 FMC63의 결합 도메인 또는 이의 CDR 또는 이의 VH 및 VL을 함유하며, 1차 신호 전달 도메인은 서열 번호: 13, 14, 또는 15 및/또는 이에 대해 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 동일성을 갖는 이의 변이체를 함유한다.
대상체에 투여된 세포에 의해 발현된 재조합 수용체, 예컨대 CAR은 일반적으로 치료될 질병 또는 병태 또는 이의 세포에서 발현, 이와 연관된 및/또는 이에 특이적인 분자를 인식하거나 이에 특이적으로 결합한다. 분자, 예를 들어 항원에 대한 특이적 결합 시, 수용체가 일반적으로 세포 내로 면역 자극 신호, 예컨대 ITAM 유도 신호를 전달함으로써 질병 또는 병태에 대해 표적화된 면역 반응을 촉진한다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 세포가, 질병 또는 병태의 세포 또는 조직에 의해 발현되거나 또는 질병 또는 병태와 연관된 항원에 특이적으로 결합하는 CAR을 발현한다.
2. T 세포 수용체
일부 구현예에서, 제공된 방법, 용도, 제조 물품 또는 조성물과 관련하여 사용된 조작된 세포, 예컨대 T 세포는, 종양, 바이러스 또는 자가 면역 단백질의 항원과 같은 표적 폴리펩티드의 펩티드 에피토프 또는 T 세포 에피토프를 인식하는 T 세포 수용체(TCR) 또는 이의 항원 결합 부분을 발현하는 세포이다.
일부 구현예에서, "T 세포 수용체(T cell receptor)" 또는 "TCR"은, 가변 α 및 β 사슬(각각 TCRα 및 TCRβ로도 공지) 또는 가변 γ 및 δ 사슬(각각 TCRα 및 TCRβ로도 공지) 또는 이의 항원 결합 부분을 함유하는 분자이고, 이는 MHC 분자에 결합된 펩티드에 특이적으로 결합할 수 있다. 일부 구현예에서, TCR은 αβ 형태이다. 전형적으로, αβ 및 γδ 형태로 존재하는 TCR은 일반적으로 구조적으로 유사하나, 이를 발현하는 T 세포는 별개의 해부학적 위치 또는 기능을 가질 수 있다. TCR은 세포의 표면 상에서 또는 가용성 형태로 발견될 수 있다. 일반적으로, TCR은 T 세포(또는 T 림프구)의 표면 상에서 발견되며, 이는 일반적으로 주요 조직 적합성 복합체(MHC) 분자에 결합된 항원의 인식을 담당한다.
달리 언급되지 않는 한, 용어 "TCR"은 전체 TCR뿐만 아니라 이의 항원 결합 부분 또는 항원 결합 단편을 포괄하는 것으로 이해되어야 한다. 일부 구현예에서, TCR은 αβ 형태 또는 γδ 형태의 TCR을 포함한 온전한 또는 전장 TCR이다. 일부 구현예에서, TCR은 전장 미만의 TCR이나 MHC-펩티드 복합체에 결합하는 것과 같이 MHC 분자에 결합된 특정 펩티드에 결합하는 항원 결합 부분이다. 일부 경우에, TCR의 항원 결합 부분 또는 단편은 전장 또는 온전한 TCR의 구조 도메인의 일부만을 함유할 수 있으나, 그럼에도 전체 TCR이 결합하는 MHC-펩티드 복합체와 같은 펩티드 에피토프에 결합할 수 있다. 일부 경우에, 항원 결합 부분은 특정 MHC-펩티드 복합체에 결합하기 위한 결합 부위를 형성하기에 충분한 TCR의 가변 도메인, 예컨대 TCR의 가변 α 사슬 및 가변 β 사슬을 함유한다. 일반적으로, TCR의 가변 사슬은 펩티드, MHC 및/또는 MHC-펩티드 복합체의 인식에 관여하는 상보성 결정 영역을 함유한다.
일부 구현예에서, TCR의 가변 도메인은 초 가변 루프 또는 상보성 결정 영역(CDR)을 함유하며, 이는 일반적으로 항원 인식 및 결합 능력 및 특이성에 대한 1차 기여자이다. 일부 구현예에서, TCR의 CDR 또는 이의 조합물이 주어진 TCR 분자의 항원 결합 부위의 전부 또는 실질적으로 전부를 형성한다. TCR 사슬의 가변 영역 내 다양한 CDR이, CDR과 비교하여 TCR 분자 중에서 일반적으로 가변성을 덜 나타내는 프레임워크 영역(FR)에 의해 분리된다(예를 들어, 문헌[Jores et al., Proc. Nat'l Acad. Sci. U.S.A. 87:9138, 1990; Chothia et al., EMBO J. 7:3745, 1988] 참조; 또한 문헌[Lefranc et al., Dev. Comp. Immunol. 27:55, 2003] 참조). 일부 구현예에서, CDR3이 항원 결합 또는 특이성을 담당하는 주요 CDR이거나, 항원 인식 및/또는 펩티드-MHC 복합체의 프로세싱된 펩티드 부분과의 상호 작용을 위한 주어진 TCR 가변 영역 상에서 3 개의 CDR 중 가장 중요하다. 일부 상황에서, 알파 사슬의 CDR1이 특정 항원 펩티드의 N-말단 부분과 상호 작용할 수 있다. 일부 상황에서, 베타 사슬의 CDR1이 펩티드의 C-말단 부분과 상호 작용할 수 있다. 일부 상황에서, CDR2가 MHC-펩티드 복합체의 MHC 부분과의 상호 작용 또는 이의 인식에 가장 강력하게 기여하거나 이를 담당하는 주요 CDR이다. 일부 구현예에서, β 사슬의 가변 영역이 추가 초 가변 영역(CDR4 또는 HVR4)을 함유할 수 있으며, 이는 일반적으로 항원 인식이 아닌 초 항원 결합에 관여한다(Kotb (1995) Clinical Microbiology Reviews, 8:411-426).
일부 구현예에서, TCR은 불변 도메인, 막관통 도메인 및/또는 짧은 세포질 꼬리를 또한 함유할 수 있다(예를 들어, 문헌[Janeway et al., Immunobiology: The Immune System in Health and Disease, 3rd Ed., Current Biology Publications, p. 4:33, 1997] 참조). 일부 측면에서, TCR 각 사슬은 1 개의 N 말단 면역 글로불린 가변 도메인, 1 개의 면역 글로불린 불변 도메인, 막관통 영역 및 C 말단 끝에 짧은 세포질 꼬리를 소유할 수 있다. 일부 구현예에서, TCR은 신호 전달 매개에 관여하는 CD3 복합체의 불변 단백질과 결합한다.
일부 구현예에서, TCR 사슬은 하나 이상의 불변 도메인을 함유한다. 예를 들어, 주어진 TCR 사슬(예를 들어, α-사슬 또는 β-사슬)의 세포 외 부분은, 세포막에 인접한 2 개의 면역 글로불린 유사 도메인, 예컨대 가변 도메인(예를 들어, Vα 또는 Vβ; Kabat 넘버링(Kabat et al., "Sequences of Proteins of Immunological Interest, US Dept. Health and Human Services, Public Health Service National Institutes of Health, 1991, 5th ed.)에 근거한 전형적으로 1 내지 116 개의 아미노산) 및 불변 도메인(예를 들어, α 사슬 불변 도메인 또는 Cα, Kabat 넘버링에 근거한 전형적으로 사슬의 117 내지 259번 위치 또는 β 사슬 불변 도메인 또는 Cβ, Kabat에 근거한 전형적으로 사슬의 117 내지 295번 위치)을 함유할 수 있다. 예를 들어, 일부 경우에, 2 개의 사슬에 의해 형성된 TCR의 세포 외 부분은, 2 개의 막 근위 불변 도메인과 2 개의 막 원위 가변 도메인을 함유하고, 상기 가변 도메인 각각이 CDR을 함유한다. TCR의 불변 도메인은 시스테인 잔기가 이황화물 결합을 형성함으로써 2 개의 TCR 사슬을 연결하는 짧은 연결 서열을 함유할 수 있다. 일부 구현예에서, TCR은 α 및 β 사슬 각각에 추가 시스테인 잔기를 가질 수 있어서, TCR은 불변 도메인에 2 개의 이황화물 결합을 함유한다.
일부 구현예에서, TCR 사슬은 막관통 도메인을 함유한다. 일부 구현예에서, 막관통 도메인은 양으로 하전된다. 일부 경우에, TCR 사슬은 세포질 꼬리를 함유한다. 일부 경우에, 구조가 TCR이 CD3 및 이의 하위 단위와 같은 다른 분자와 결합하게 한다. 예를 들어, 막관통 영역을 가진 불변 도메인을 함유하는 TCR은 세포막에 단백질을 고정하고, CD3 신호 전달 장치 또는 복합체의 불변 하위 단위와 결합할 수 있다. CD3 신호 전달 하위 단위(예를 들어, CD3γ, CD3δ, CD3ε 및 CD3ζ 사슬)의 세포 내 꼬리는 TCR 복합체의 신호 전달 용량에 관련된 하나 이상의 면역 수용체 티로신 기반 활성화 모티프 또는 ITAM을 함유한다.
일부 구현예에서, TCR은 2 개의 사슬 α 및 β(또는 선택적으로 γ 및 δ)의 이종2량체일 수 있거나 단일 사슬 TCR 작제물일 수 있다. 일부 구현예에서, TCR은 예컨대 이황화물 결합 또는 이황화물 결합들에 의해 연결되는 2 개의 별개의 사슬(α 및 β 사슬 또는 γ 및 δ 사슬)을 함유하는 이종 2량체이다.
일부 구현예에서, TCR은 Vα,β 사슬의 서열과 같은 공지된 TCR 서열(들)로부터 생성될 수 있으며, 이를 위해 실질적으로 전장 코딩 서열이 용이하게 이용될 수 있다. 세포 출처에서 V 사슬 서열을 포함한 전장 TCR 서열을 수득하는 방법이 잘 알려져 있다. 일부 구현예에서, TCR을 암호화하는 핵산이, 예컨대 주어진 세포 또는 세포들 내 또는 이로부터 단리된 TCR 암호화 핵산의 중합 효소 연쇄 반응(PCR) 증폭에 의해 또는 공개적으로 이용 가능한 TCR DNA 서열의 합성에 의해 다양한 출처에서 수득될 수 있다.
일부 구현예에서, TCR은, 생물학적 출처, 예컨대 세포, 예컨대 T 세포(예를 들어, 세포 독성 T 세포), T 세포 하이브리도마 또는 기타 공개적으로 이용 가능한 출처에서 수득된다. 일부 구현예에서, T 세포가 생체 내에서 단리된 세포에서 수득될 수 있다. 일부 구현예에서, TCR은 흉선에서 선택된 TCR이다. 일부 구현예에서, TCR은 네오에피토프 제한(neoepitope-restricted) TCR이다. 일부 구현예에서, T 세포는 배양된 T 세포 하이브리도마(hybridoma) 또는 클론일 수 있다. 일부 구현예에서, TCR 또는 이의 항원 결합 부분 또는 이의 항원 결합 단편이 TCR의 서열에 대한 지식으로부터 합성으로 생성될 수 있다.
일부 구현예에서, TCR은, 표적 폴리펩티드 항원 또는 이의 표적 T 세포 에피토프에 대한 후보 TCR의 라이브러리를 스크리닝하여 확인되거나 선택된 TCR에서 생성된다. TCR 라이브러리가 PBMC, 비장 또는 기타 림프구 기관에 존재하는 세포를 포함하여 대상체에서 단리된 T 세포의 Vα 및 Vβ 레퍼토리를 증폭하여 생성될 수 있다. 일부 경우에, T 세포가 종양 침윤성 림프구(TIL)에서 증폭될 수 있다. 일부 구현예에서, TCR 라이브러리가 CD4+ 또는 CD8+ 세포에서 생성될 수 있다. 일부 구현예에서, TCR는 정상적인 건강한 대상체의 T 세포 출처, 즉 정상 TCR 라이브러리로부터 증폭될 수 있다. 일부 구현예에서, TCR는 유병 대상체의 T 세포 출처, 즉 유병 TCR 라이브러리로부터 증폭될 수 있다. 일부 구현예에서, 퇴화(degenerate) 프라이머가 사용되어 인간에서 수득된 T 세포와 같은 샘플에서 예컨대, RT-PCR에 의해 Vα 및 Vβ의 유전자 레퍼토리가 증폭된다. 일부 구현예에서, scTv 라이브러리는, 증폭된 생성물이 클로닝되거나 조립되어 링커에 의해 분리되는 나이브(na¿ve) Vα 및 Vβ 라이브러리로부터 조립될 수 있다. 대상체 및 세포의 출처에 따라, 라이브러리는 HLA 대립 유전자 특이적일 수 있다. 대안적으로, 일부 구현예에서, TCR 라이브러리가 부모 또는 스캐폴드 TCR 분자의 돌연변이 발생 또는 다양화에 의해 생성될 수 있다. 일부 측면에서, TCR은, 예를 들어 α 또는 β 사슬의 예컨대 돌연변이 유발에 의해 유도 진화의 대상이 된다. 일부 측면에서, TCR의 CDR 내 특정 잔기가 변경된다. 일부 구현예에서, 선택된 TCR이 친화도 성숙에 의해 변형될 수 있다. 일부 구현예에서, 항원 특이적 T 세포가 예컨대, 스크리닝에 의해 선택되어 펩티드에 대한 CTL 활성을 분석할 수 있다. 일부 측면에서, 예를 들어 항원 특이적 T 세포에 존재하는 TCR은, 예컨대 항원에 대한 결합 활성, 예를 들어 특정 친화도 또는 친화력에 의해 선택될 수 있다.
일부 구현예에서, TCR 또는 이의 항원 결합 부분은 변형되었거나 조작된 것이다. 일부 구현예에서, 유도 진화 방법이 사용되어 예컨대, 특정 MHC-펩티드 복합체에 대한 보다 높은 친화도를 갖는 변경된 특성을 가진 TCR이 생성된다. 일부 구현예에서, 유도 진화가, 효모 디스플레이(Holler et al. (2003) Nat Immunol, 4, 55-62; Holler et al. (2000) Proc Natl Acad Sci U S A, 97, 5387-92), 파지 디스플레이(Li et al. (2005) Nat Biotechnol, 23, 349-54) 또는 T 세포 디스플레이(Chervin et al. (2008) J Immunol Methods, 339, 175-84)를 포함하나 이에 국한되지 않는 디스플레이 방법에 의해 달성된다. 일부 구현예에서, 디스플레이 접근법은 공지된, 부모 또는 기준 TCR을 조작 또는 변형하는 것을 수반한다. 예를 들어, 일부 경우에, 야생형 TCR이, CDR의 하나 이상의 잔기에서 돌연변이된 돌연변이를 일으킨 TCR을 생성하기 위한 주형으로 이용될 수 있고, 원하는 변경된 특성, 예컨대 원하는 표적 항원에 대한 보다 높은 친화도를 갖는 돌연변이가 선택된다.
일부 구현예에서, 관심 TCR의 제조 또는 생성에 사용하기 위한 표적 폴리펩티드의 펩티드가 공지되어 있거나 용이하게 확인될 수 있다. 일부 구현예에서, TCR 또는 항원 결합 부분을 생성하는 데 사용하기에 적합한 펩티드가, 하기 기재된 표적 폴리펩티드와 같은 관심 표적 폴리펩티드에서 HLA 제한 모티프의 존재에 근거하여 결정될 수 있다. 일부 구현예에서, 펩티드가 이용 가능한 컴퓨터 예측 모델을 사용하여 확인된다. 일부 구현예에서, MHC 클래스 I 결합 부위를 예측하기 위해, 상기 모델은 ProPred1(Singh and Raghava (2001) Bioinformatics 17(12):1236-1237) 및 SYFPEITHI(Schuler et al. (2007) Immunoinformatics Methods in Molecular Biology, 409(1): 75-93 2007 참조)를 포함하나 이에 국한되지 않는다. 일부 구현예에서, MHC-제한 에피토프는 HLA-A0201이며, 이는 모든 백인의 약 39-46%에서 발현되고 따라서, TCR 또는 다른 MHC-펩티드 결합 분자의 제조에 사용하기 위한 MHC 항원의 적합한 선택을 나타낸다.
컴퓨터 예측 모델을 사용한 프로테아좀 및 면역 프로테아좀에 대한 HLA-A0201 결합 모티프 및 절단 부위가 공지되어 있다. MHC 클래스 I 결합 부위를 예측하기 위해, 상기 모델은 ProPred1(문헌[Singh and Raghava, ProPred: prediction of HLA-DR binding sites. BIOINFORMATICS 17(12):1236-1237 2001]에 보다 상세하게 기재됨) 및 SYFPEITHI(문헌[Schuler et al. SYFPEITHI, Database for Searching and T-Cell Epitope Prediction. in Immunoinformatics Methods in Molecular Biology, vol 409(1): 75-93 2007] 참조)을 포함하나 이에 국한되지 않는다.
일부 구현예에서, TCR 또는 이의 항원 결합 부분은, 결합 특성과 같은 하나 이상의 특질이 변경된 재조합으로 생성된 천연 단백질 또는 이의 돌연변이 형태일 수 있다. 일부 구현예에서, TCR은 인간, 마우스, 래트 또는 다른 포유동물과 같은 다양한 동물 종 중 하나에서 유래될 수 있다. TCR은 세포 결합 또는 가용성 형태일 수 있다. 일부 구현예에서, 제공된 방법의 목적을 위해, TCR이 세포의 표면 상에 발현된 세포 결합 형태이다.
일부 구현예에서, TCR은 전장 TCR이다. 일부 구현예에서, TCR은 항원 결합 부분이다. 일부 구현예에서, TCR은 2량체 TCR(dimeric TCR, dTCR)이다. 일부 구현예에서, TCR은 단일 사슬 TCR(sc-TCR)이다. 일부 구현예에서, dTCR 또는 scTCR은 문헌[WO 03/020763, WO 04/033685, WO2011/044186]에 기재된 바와 같은 구조를 가지고 있다.
일부 구현예에서, TCR은 막관통 서열에 대응하는 서열을 함유한다. 일부 구현예에서, TCR은 세포질 서열에 대응하는 서열을 함유한다. 일부 구현예에서, TCR은 CD3과 TCR 복합체를 형성할 수 있다. 일부 구현예에서, dTCR 또는 scTCR을 포함하는 임의의 TCR은, T 세포 표면 상에 활성 TCR을 생성하는 신호 전달 도메인에 연결될 수 있다. 일부 구현예에서, TCR은 세포의 표면 상에 발현된다.
일부 구현예에서, dTCR은, TCR α 사슬 가변 영역 서열에 대응하는 서열이 TCR α 사슬 불변 영역 세포 외 서열에 대응하는 서열의 N 말단에 융합된 제1 폴리펩티드 및 TCR β 사슬 가변 영역 서열에 대응하는 서열이 TCR β 사슬 불변 영역 세포 외 서열에 대응하는 N 말단 서열에 융합된 제2 폴리펩티드를 함유하고, 제1 및 제2 폴리펩티드는 이황화물 결합에 의해 연결된다. 일부 구현예에서, 결합이 천연 2량체 αβ TCR에 존재하는 천연 사슬 간 이황화물 결합에 대응할 수 있다. 일부 구현예에서, 사슬 간 이황화물 결합은 천연 TCR에 존재하지 않는다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 하나 이상의 시스테인이 dTCR 폴리펩티드 쌍의 불변 영역 세포 외 서열 내로 편입될 수 있다. 일부 경우에, 천연 및 비천연 이황화물 결합 둘 다가 바람직할 수 있다. 일부 구현예에서, TCR이 막관통 서열을 함유하여 막에 고정된다.
일부 구현예에서, dTCR은, 가변 α 도메인, 불변 α 도메인 및 불변 α 도메인의 C-말단에 부착된 제1 2량체화 모티프를 함유하는 TCR α 사슬 및 가변 β 도메인, 불변 β 도메인 및 불변 β 도메인의 C-말단에 부착된 제1 2량체화 모티프를 포함하는 TCR β 사슬을 함유하고, 여기에서 제1 및 제2 2량체화 모티프는 용이하게 상호 작용하여 TCR α 사슬과 TCR β 사슬을 서로 연결하는 제1 2량체화 모티프에 있는 아미노산과 제2 2량체화 모티프에 있는 아미노산 간의 공유 결합을 형성한다.
일부 구현예에서, TCR은 scTCR이다. 전형적으로, scTCR은 공지된 방법을 이용하여 생성될 수 있다(예를 들어, 문헌[Soo Hoo, W. F. et al. PNAS (USA) 89, 4759 (1992); W
Figure pct00007
lfing, C. and Pl
Figure pct00008
ckthun, A., J. Mol. Biol. 242, 655 (1994); Kurucz, I. et al. PNAS (USA) 90 3830 (1993); 국제 출원 공개 번호 WO 96/13593, WO 96/18105, WO99/60120, WO99/18129, WO 03/020763, WO2011/044186; 및 Schlueter, C. J. et al. J. Mol. Biol. 256, 859 (1996)] 참조). 일부 구현예에서, scTCR은 도입된 비천연 사슬 간 이황화물 결합을 함유하여 TCR 사슬의 결합을 촉진한다(예를 들어, 문헌[국제 출원 공개 번호 WO 03/020763] 참조). 일부 구현예에서, scTCR은, 이의 C-말단에 융합된 이종 루신 지퍼(leucine zipper)가 사슬 결합을 촉진하는 비-이황화물 연결 절단형 TCR이다(예를 들어, 문헌[국제 출원 공개 번호 WO99/60120] 참조). 일부 구현예에서, scTCR은 펩티드 링커를 통해 TCRβ 가변 도메인에 공유적으로 연결된 TCRα 가변 도메인을 함유한다(예를 들어, 문헌[국제 출원 공개 번호 WO99/18129] 참조).
일부 구현예에서, scTCR은, TCR α 사슬 가변 영역에 대응하는 아미노산 서열로 구성된 제1 세그먼트, TCR β 사슬 불변 도메인 세포 외 서열에 대응하는 아미노산 서열의 N 말단에 융합된 TCR β 사슬 가변 영역 서열에 대응하는 아미노산 서열로 구성된 제2 세그먼트 및 제2 세그먼트의 N 말단에 제1 세그먼트의 C 말단을 연결하는 링커 서열을 함유한다.
일부 구현예에서, scTCR은, α 사슬 세포 외 불변 도메인 서열의 N 말단에 융합된 α 사슬 가변 영역 서열로 구성된 제1 세그먼트 및 β 사슬 세포 외 불변 서열의 N 말단에 융합된 β 사슬 가변 영역 서열로 구성된 제2 세그먼트 및 막관통 서열 및 선택적으로 제2 세그먼트의 N 말단에 제1 세그먼트의 C 말단을 연결하는 링커 서열을 함유한다.
일부 구현예에서, scTCR은, β 사슬 세포 외 불변 도메인 서열의 N 말단에 융합된 TCRβ 사슬 가변 영역 서열로 구성된 제1 세그먼트 및 α 사슬 세포 외 불변 서열의 N 말단에 융합된 α 사슬 가변 영역 서열로 구성된 제2 세그먼트 및 막관통 서열 및 선택적으로 제2 세그먼트의 N 말단에 제1 세그먼트의 C 말단을 연결하는 링커 서열을 함유한다.
일부 구현예에서, 제1 및 제2 TCR 세그먼트를 연결하는 scTCR의 링커는, TCR 결합 특이성을 유지하면서 단일 폴리펩티드 가닥을 형성할 수 있는 임의의 링커일 수 있다. 일부 구현예에서, 링커 서열은, 예를 들어, 화학식 -P-AA-P-를 가질 수 있고, 여기서 P는 프롤린이고 AA는 아미노산 서열을 나타내며 상기 아미노산은 글리신과 세린이다. 일부 구현예에서, 제1 및 제2 세그먼트가 쌍을 이루어 이의 가변 영역 서열이 상기 결합을 위해 배향된다. 따라서, 일부 경우에, 링커는 제1 세그먼트의 C 말단과 제2 세그먼트의 N 말단 사이의 거리를 포괄하기에 충분한 길이를 가지나(또는 그 반대도 마찬가지), 표적 리간드에 대한 scTCR의 결합을 차단하거나 감소시킬 정도로 너무 길지 않다. 일부 구현예에서, 링커는 (약) 10 내지 45 개의 아미노산, 예컨대 10 내지 30 개의 아미노산 또는 26 내지 41 개의 아미노산 잔기, 예를 들어 29, 30, 31 또는 32 개의 아미노산을 함유할 수 있다. 일부 구현예에서, 링커는 화학식 -PGGG-(SGGGG)5-P-을 갖고, 여기서 P는 프롤린이고, G는 글리신이며, S는 세린이다(서열 번호: 22). 일부 구현예에서, 링커는 서열 GSADDAKKDAAKKDGKS(서열 번호: 23)을 갖는다.
일부 구현예에서, scTCR은 α 사슬의 불변 도메인의 면역글로불린 영역의 잔기를 β 사슬의 불변 도메인의 면역글로불린 영역의 잔기에 연결하는 공유 이황화물 결합을 함유한다. 일부 구현예에서, 천연 TCR 내 사슬 간 이황화물 결합은 존재하지 않는다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 하나 이상의 시스테인이 scTCR 폴리펩티드의 제1 및 제2 세그먼트의 불변 영역 세포 외 서열 내로 편입될 수 있다. 일부 경우에, 천연 및 비천연 이황화물 결합 둘 다가 바람직할 수 있다.
일부 구현예에서, 도입된 사슬 간 이황화물 결합, 천연 이황화물 결합을 함유하는 dTCR 또는 scTCR은 존재하지 않는다. 일부 구현예에서, 천연 사슬 간 이황화물 결합을 형성하는 하나 이상의 천연 시스테인이 또 다른 잔기, 예컨대 세린 또는 알라닌으로 치환된다. 일부 구현예에서, 도입된 이황화물 결합은 제1 및 제2 세그먼트 상의 비-시스테인 잔기를 시스테인으로 돌연변이시킴으로써 형성될 수 있다. TCR의 예시적인 비-천연 이황화물 결합이 문헌[국제 PCT 출원 공개 번호 WO2006/000830]에 기재되어 있다.
일부 구현예에서, TCR 또는 이의 항원 결합 단편은, 표적 항원에 대해 (약) 10-5 내지 10-12 M 및 그 안의 모든 개별 수치 및 범위의 평형 결합 상수를 갖는 친화도를 나타낸다. 일부 구현예에서, 표적 항원은 MHC-펩티드 복합체 또는 리간드이다.
일부 구현예에서, α 및 β 사슬과 같은 TCR을 암호화하는 핵산 또는 핵산들은, PCR, 클로닝 또는 기타 적합한 수단에 의해 증폭될 수 있고 적합한 발현 벡터 또는 벡터들로 클로닝될 수 있다. 발현 벡터는 임의의 적합한 재조합 발현 벡터일 수 있으며, 임의의 적합한 숙주를 형질 전환하거나 형질 감염시키는데 사용될 수 있다. 적합한 벡터는, 플라스미드 및 바이러스와 같이 번식 및 증폭을 위해 또는 발현 또는 둘 다를 위해 설계된 것을 포함한다.
일부 구현예에서, 벡터는, pUC 시리즈(Fermentas Life Sciences), pBluescript 시리즈(Stratagene, LaJolla, Calif.), pET 시리즈(Novagen, Madison, Wis.), pGEX 시리즈(Pharmacia Biotech, Uppsala, Sweden) 또는 pEX 시리즈(Clontech, Palo Alto, Calif.)의 벡터일 수 있다. 일부 경우에, λG10, λGT11, λZapII(Stratagene), λEMBL4 및 λNM1149와 같은 박테리오파지 벡터도 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, 식물 발현 벡터가 사용될 수 있고, pBI01, pBI101.2, pBI101.3, pBI121 및 pBIN19(Clontech)를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 동물 발현 벡터는 pEUK-Cl, pMAM 및 pMAMneo(Clontech)를 포함한다. 일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터와 같은 바이러스 벡터가 사용된다.
일부 구현예에서, 재조합 발현 벡터가 표준 재조합 DNA 기술을 사용하여 제조될 수 있다. 일부 구현예에서, 벡터는, 조절 서열, 예컨대 벡터가 도입될 숙주 유형(예를 들어, 박테리아, 곰팡이, 식물 또는 동물)에 특이적인 전사 및 번역 개시 및 종결 코돈을, 벡터가 DNA 또는 RNA 기반인지 고려하여 적절한 것으로 함유할 수 있다. 일부 구현예에서, 벡터는, TCR 또는 항원 결합 부분(또는 다른 MHC-펩티드 결합 분자)를 암호화하는 뉴클레오티드 서열에 작동 가능하게 연결된 비천연 프로모터를 함유할 수 있다. 일부 구현예에서, 프로모터는, 비-바이러스 프로모터 또는 바이러스 프로모터, 예컨대 시토메갈로바이러스(CMV) 프로모터, SV40 프로모터, RSV 프로모터 및 뮤린 줄기 세포 바이러스의 긴 말단 반복에서 발견되는 프로모터일 수 있다. 다른 공지된 프로모터도 고려된다.
일부 구현예에서, TCR을 암호화하는 벡터를 생성하기 위해, α 및 β 사슬이 관심 TCR을 발현하는 T 세포 클론에서 단리된 총 cDNA로부터 PCR 증폭되고 발현 벡터 내로 클로닝된다. 일부 구현예에서, α 및 β 사슬이 동일한 벡터 내로 클로닝된다. 일부 구현예에서, α 및 β 사슬이 상이한 벡터 내로 클로닝된다. 일부 구현예에서, 생성된 α 및 β 사슬이 레트로바이러스, 예를 들어 렌티바이러스, 벡터 내로 편입된다. 유전자 조작된 세포 및 세포를 생성하는 방법.
일부 구현예에서, 제공된 방법은 재조합 항원 수용체를 발현하는 세포를 질병 또는 병태를 앓는 대상체에 투여하는 것을 포함한다. 유전자 조작된 성분, 예를 들어, 재조합 수용체, 예를 들어, CAR 또는 TCR 도입을 위한 다양한 방법이 공지되어 있고, 제공된 방법 및 조성물과 함께 사용될 수 있다. 예시적인 방법은, 바이러스, 예를 들어 레트로바이러스 또는 렌티바이러스, 형질 도입, 트랜스포손 및 전기천공을 통한 것을 포함하여 수용체를 암호화하는 핵산의 전달을 위한 방법을 포함한다.
제공된 방법에 의해 투여되고 수용체를 발현하는 세포 중에 조작된 세포가 있다. 유전자 조작은 일반적으로, 예컨대 레트로바이러스 형질 도입, 형질 감염 또는 형질 전환에 의해 세포를 함유하는 조성물 내로 재조합 또는 조작된 성분을 암호화하는 핵산의 도입을 포함한다.
B. 조작 방법
특정 구현예에서, 조작된 세포는, 하나 이상의 입력 조성물 및/또는 단일 생물학적 샘플로부터 농축된 T 세포의 산출 조성물을 생성하는 프로세스에 의해 생성된다. 특정 구현예에서, 산출 조성물은, 재조합 수용체, 예를 들어 CAR, 예컨대 항-CD19 CAR을 발현하는 세포를 함유한다. 특정 구현예에서, 산출 조성물의 세포는 요법, 예를 들어 자가 세포 요법으로 대상체에 투여하기에 적합하다. 일부 구현예에서, 산출 조성물은 농축된 CD4+ 또는 CD8+ T 세포 조성물이다.
일부 구현예에서, 조작된 세포를 생성 또는 생산하는 프로세스는, 생물학적 샘플의 수집 또는 수득; 생물학적 샘플 유래 입력 세포의 단리, 선택 또는 농축; 입력 세포의 동결 보존 및 보관; 자극 조건 하에서 입력 세포의 해동 및/또는 인큐베이션; 자극된 세포가 재조합 폴리뉴클레오티드, 예를 들어 CAR과 같은 재조합 수용체를 암호화하는 폴리뉴클레오티드를 발현하거나 함유하도록 조작; 조작된 세포를 예를 들어, 임계량, 밀도까지 배양 또는 증폭; 배양된 세포를 산출 조성물로 제형화; 및/또는 세포가 주입을 위해 방출 및/또는 대상체에 투여되기에 적합할 때까지 제형화된 산출 세포를 동결 보존 및 보관;하는 단계 중 일부 또는 전부를 포함하는 프로세스에 의한다. 특정 구현예에서, 프로세스는, 동일한 출발 또는 초기 생물학적 샘플에서 별개로 프로세싱되고 조작되고, 정해질 비율, 예를 들어 1:1의 CD4+ 대 CD8+ T 세포의 비율로 대상체 내로 다시 재주입된 농축된 T 세포의 2 개 이상의 입력 조성물, 예컨대 별개의 CD4+ 조성물 및 별개의 CD8+ 조성물로 수행된다. 일부 구현예에서, 농축된 T 세포는, 조작된 T 세포, 예를 들어 재조합 수용체를 발현하도록 형질 도입된 T 세포이거나 이를 포함한다.
특정 구현예에서, 재조합 수용체(예를 들어, 항-CD19 CAR)를 발현하는 조작된 세포의 산출 조성물이 초기 및/또는 입력 세포 조성물에서 생성된다. 일부 구현예에서, 입력 조성물은, 농축된 CD3+ T 세포, 농축된 CD4+ T 세포 및/또는 농축된 CD8+ T 세포의 조성물(여기서 이후 각각 농축된 T 세포 조성물, 농축된 CD4+ T 세포 조성물 및 농축된 CD8+ T 세포 조성물로도 지칭됨)이다. 일부 구현예에서, CD4+ T 세포로 농축된 조성물은, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98%, 99% 또는 99.9% 이상의 CD4+ T 세포를 함유한다. 특정 구현예에서, 농축된 CD4+ T 세포의 조성물은 약 100% CD4+ T 세포를 함유한다. 특정 구현예에서, 농축된 CD4+ T 세포의 조성물은 20% 미만, 10% 미만, 5% 미만, 1% 미만, 0.1% 미만, 0.01% 미만의 CD8+ T 세포를 포함 또는 함유하고/거나 CD8+ T 세포를 전혀 함유하지 않고/거나 CD8+ T 세포가 없거나 실질적으로 없다. 일부 구현예에서, 농축된 CD4+ T 세포의 집단은 실질적으로 CD4+ T 세포로 구성된다. 일부 구현예에서, CD8+ T 세포로 농축된 조성물은, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98%, 99% 또는 99.9% 이상의 CD8+ T 세포를 함유하거나 (약) 100% CD8+ T 세포를 함유한다. 특정 구현예에서, 농축된 CD8+ T 세포의 조성물은 20% 미만, 10% 미만, 5% 미만, 1% 미만, 0.1% 미만 또는 0.01% 미만의 CD4+ T 세포를 포함 또는 함유하고/거나 CD4+ T 세포를 전혀 함유하지 않고/거나 CD4+ T 세포가 없거나 실질적으로 없다. 일부 구현예에서, 농축된 CD8+ T 세포의 집단은 실질적으로 CD8+ T 세포로 구성된다.
일부 구현예에서, CD3+ T 세포로 농축된 조성물은, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98%, 99% 또는 99.9% 이상의 CD3+ T 세포를 함유한다. 특정 구현예에서, 농축된 CD3+ T 세포의 조성물은 약 100% CD3+ T 세포를 함유한다. 특정 구현예에서, 농축된 CD3+ T 세포의 조성물은, CD4+ T 세포 대 CD8+ T 세포의 비율이 약 1:3 내지 약 3:1, 예컨대 약 1:1인 CD4+ 및 CD8+ T 세포를 포함한다.
특정 구현예에서, 조작된 세포를 생성하는 프로세스는, 세포, 예를 들어 입력 조성물의 세포를 활성화 및/또는 자극; 활성화 및/또는 자극된 세포를 유전자 조작하여, 예를 들어 형질 도입 또는 형질 감염에 의해 재조합 단백질을 암호화하는 폴리뉴클레오티드의 도입; 및/또는 예를 들어, 증식 및/또는 증폭을 촉진하는 조건 하에서 조작된 세포의 배양; 중 하나 이상을 더 포함할 수 있다. 특정 구현예에서, 제공된 방법은, 세포가 인큐베이션, 활성화, 자극, 조작, 형질 도입, 형질 감염 및/또는 배양된 후 생성된 산출 조성물의 수확, 수집 및/또는 제형화와 관련하여 사용될 수 있다.
일부 구현예에서, 제공된 방법에 부합되게 사용된 항-CD19 CAR을 발현하는 것과 같은 조작된 세포가, 세포의 선택, 단리, 활성화, 자극, 증폭, 배양 및/또는 제형화를 위한 프로세스에 의해 생산 또는 생성된다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 기재된 바와 같은 임의의 것을 포함한다.
일부 구현예에서, 농축된 CD4+ T 세포의 하나 이상의 별개 조성물 및 농축된 CD8+ T 세포의 하나 이상의 별개 조성물이, 단일 생물학적 샘플, 예를 들어 환자 또는 건강한 개체와 같은 동일한 도너 유래 PBMC 또는 다른 백혈구 샘플에서 단리, 선택, 농축 또는 수득된다. 일부 구현예에서, 농축된 CD4+ T 세포의 별개 조성물 및 농축된 CD8+ T 세포의 별개 조성물이, 동일한 생물학적 샘플, 예컨대 단일 대상체에서 수득, 수집 및/또는 채취된 단일 생물학적 샘플에서 유래, 예를 들어 초기에 단리, 선택 및/또는 농축된다. 일부 구현예에서, 생물학적 샘플은 먼저 CD4+ T 세포의 선택의 대상이 되고, 여기서 음성 및 양성 분획 둘 다가 보유되며, 음성 분획은 추가로 CD8+ T 세포의 선택의 대상이 된다. 일부 구현예에서, 생물학적 샘플이 먼저 CD8+ T 세포의 선택의 대상이 되고, 여기서 음성 및 양성 분획 둘 다가 보유되며, 음성 분획은 추가로 CD4+ T 세포의 선택의 대상이 된다. 일부 구현예에서, 선택 방법은 문헌[국제 PCT 공개 번호 WO2015/164675]에 기재된 바와 같이 수행된다. 일부 측면에서, 생물학적 샘플은 CD8+ T 세포에 대해 먼저 양성 선택되어 농축된 CD8+ T 세포의 하나 이상의 조성물을 생성하고, 이어서 음성 분획이 CD4+ T 세포에 대해 양성 선택되어 농축된 CD4+ T 세포의 하나 이상의 조성물을 생성하여, 농축된 CD8+ T 세포의 하나 이상의 조성물 및 농축된 CD4+ T 세포의 하나 이상의 조성물은 동일한 생물학적 샘플, 예를 들어 동일한 도너 환자 또는 건강한 개체 유래 별개 조성물이다. 일부 측면에서, 동일한 도너 유래 농축된 T 세포의 2 개 이상의 별개 조성물, 예를 들어 농축된 CD4+ T 세포의 조성물인 하나 이상 및 농축된 CD8+ T 세포의 별개 조성물인 하나 이상이, 동결 보존 배지에서 별개로 동결, 예를 들어 동결 방지 또는 동결 보존된다.
일부 측면에서, 동일한 생물학적 샘플 유래 농축된 T 세포의 2 개 이상의 별개 조성물, 예를 들어 농축된 CD4+ T 세포의 조성물인 하나 이상 및 농축된 CD8+ T 세포의 별개 조성물인 하나 이상이, (예를 들어, T 세포 활성화를 위해 CD3/CD28 접합된 자성 비드와 인큐베이션에 의해) 자극 시약과 접촉함으로써 활성화 및/또는 자극된다. 일부 측면에서, 각각의 활성화/자극된 세포 조성물이, 예를 들어 재조합 단백질(예를 들어, CAR)을 암호화하는 바이러스 벡터를 사용하여 조작, 형질 도입 및/또는 형질 감염되어, 각각의 세포 조성물 중 CD4+ T 세포 및 CD8+ T 세포에서 동일한 재조합 단백질을 발현한다. 일부 측면에서, 방법은 세포 조성물에서 자극 시약, 예를 들어 자성 비드의 제거를 포함한다. 일부 측면에서, 조작된 CD4+ T 세포를 함유하는 세포 조성물 및 조작된 CD8+ T 세포를 함유하는 세포 조성물이, 예를 들어 그 안의 CD4+ T 세포 및 CD8+ T 세포 집단의 별도의 증폭을 위해 별개로 배양된다. 특정 구현예에서, 배양 유래 세포 조성물이, 예를 들어 제형화 완충제로 세포 조성물을 세척함으로써 수확 및/또는 수집 및/또는 제형화된다. 특정 구현예에서, CD4+ T 세포를 포함하는 제형화된 세포 조성물 및 CD8+ T 세포를 포함하는 제형화된 세포 조성물은, 동결 보존 배지에서 동결, 예를 들어 동결 방지 또는 동결 보존된다. 일부 측면에서, 각 제형 내 조작된 CD4+ T 세포 및 CD8+ T 세포는, 동일한 도너 또는 생물학적 샘플에서 유래하고, 동일한 재조합 단백질(예를 들어, CAR, 예컨대 항-CD19 CAR)을 발현한다. 일부 측면에서, 별도의 조작된 CD4+ 제형 및 별도의 조작된 CD8+ 제형이 정의된 비율, 예를 들어, 1:1로 이를 필요로하는 대상체, 예컨대 동일한 도너에 투여된다.
일부 측면에서, 동일한 생물학적 샘플 유래 농축된 T 세포의 2 개 이상의 별개 조성물, 예를 들어 농축된 CD4+ T 세포의 조성물인 하나 이상 및 농축된 CD8+ T 세포의 별개 조성물인 하나 이상이, 대상체 유래 샘플에서 선택되고, 이어서 정의된 비율, 예를 들어, 1:1로 조합된다. 일부 구현예에서, CD4+ 및 CD8+ T 세포로 농축된 조합된 조성물이 자극 시약과의 접촉에 의해 (예를 들어, T 세포 활성화를 위해 CD3/CD28 접합된 자성 비드와의 인큐베이션에 의해) 활성화 및/또는 자극된다. 일부 측면에서, 활성화/자극된 세포 조성물이, 예를 들어 재조합 단백질(예를 들어, CAR)을 암호화하는 바이러스 벡터를 사용하여 조작, 형질 도입 및/또는 형질 감염되어, 세포 조성물 중 CD4+ T 세포 및 CD8+ T 세포에서 재조합 단백질을 발현한다. 일부 측면에서, 방법은 세포 조성물에서 자극 시약, 예를 들어 자성 비드의 제거를 포함한다. 일부 측면에서, 조작된 CD4+ T 세포 및 조작된 CD8+ T 세포를 함유하는 세포 조성물이, 예를 들어, 그 안의 CD4+ T 세포 및 CD8+ T 세포 집단의 증폭을 위해 배양된다. 특정 구현예에서, 배양 유래 세포 조성물이, 예를 들어 제형화 완충제로 세포 조성물을 세척함으로써 수확 및/또는 수집 및/또는 제형화된다. 특정 구현예에서, 조작된 CD4+ T 세포 및 CD8+ T 세포 내 재조합 수용체(예를 들어, CAR)를 포함하는 제형화된 세포 조성물이, 동결 보존 배지에서 동결, 예를 들어 동결 방지 또는 동결 보존된다. 일부 측면에서, 제형 내 조작된 CD4+ T 세포 및 CD8+ T 세포는, 동일한 도너 또는 생물학적 샘플에서 유래하고, 동일한 재조합 단백질(예를 들어, CAR, 예컨대 항-CD19 CAR)을 발현한다.
일부 측면에서, 농축된 CD3+ T 세포의 조성물이 대상체 유래 샘플에서 선택된다. 일부 구현예에서, CD3+ T 세포로 농축된 조성물이 자극 시약과의 접촉에 의해 (예를 들어, T 세포 활성화를 위해 CD3/CD28 접합된 자성 비드와의 인큐베이션에 의해) 활성화 및/또는 자극된다. 일부 측면에서, 활성화/자극된 세포 조성물이, 예를 들어 재조합 단백질(예를 들어, CAR)을 암호화하는 바이러스 벡터를 사용하여 조작, 형질 도입 및/또는 형질 감염되어, 세포 조성물의 T 세포에서 재조합 단백질을 발현한다. 일부 측면에서, 방법은 세포 조성물에서 자극 시약, 예를 들어 자성 비드의 제거를 포함한다. 일부 측면에서, 조작된 CD3+ T 세포를 함유하는 세포 조성물이, 예를 들어, 그 안의 T 세포 집단의 증폭을 위해 배양된다. 특정 구현예에서, 배양 유래 세포 조성물이, 예를 들어 제형화 완충제로 세포 조성물을 세척함으로써 수확 및/또는 수집 및/또는 제형화된다. 특정 구현예에서, 조작된 CD3+ T 세포 내 재조합 수용체(예를 들어, CAR)를 포함하는 제형화된 세포 조성물이, 동결 보존 배지에서 동결, 예를 들어 동결 방지 또는 동결 보존된다. 일부 측면에서, 제형 중 조작된 CD3+ T 세포는 CAR, 예컨대 항-CD19 CAR을 발현한다.
1. 유전자 조작을 위한 세포 및 세포의 제조
일부 구현예에서, 제공된 방법, 용도, 제조 물품 또는 조성물과 관련하여 사용된 세포, 예컨대 T 세포는, 여기 기재된 재조합 수용체, 예를 들어, CAR 또는 TCR을 발현하도록 유전자 조작된 세포이다. 일부 구현예에서, 조작된 세포는 세포 요법, 예를 들어 입양 세포 요법의 상황에서 사용된다. 일부 구현예에서, 조작된 세포는 면역 세포이다. 일부 구현예에서, 조작된 세포는 T 세포, 예컨대 CD4+ 및 CD8+ T 세포, CD4+ T 세포, 또는 CD8+ T 세포이다.
일부 구현예에서, 핵산, 예컨대 재조합 수용체를 암호화하는 핵산은 이종 기원이다, 즉 예를 들어, 조작된 세포 및/또는 상기 세포가 유래한 유기체에서 보통 발견되지 않는 또 다른 유기체 또는 세포에서 수득된 것과 같은 세포 또는 세포에서 수득된 샘플에는 정상적으로 존재하지 않는다. 일부 구현예에서, 핵산은 자연에서 발견되지 않는 핵산과 같이 천연 발생이 아니고, 복수의 상이한 세포 유형으로부터 다양한 도메인을 암호화하는 핵산의 키메라 조합을 포함하는 것을 포함한다.
세포는 일반적으로 포유류 세포와 같은 진핵 세포이며, 전형적으로 인간 세포이다. 일부 구현예에서, 세포는 혈액, 골수, 림프 또는 림프 기관에서 유래되며, 선천적 또는 적응성 면역 세포와 같은 면역 계통의 세포, 예를 들어 림프구, 전형적으로 T 세포 및/또는 NK 세포를 포함한 골수 또는 림프 세포이다. 다른 예시적인 세포는, 유도된 다능성 줄기 세포(induced pluripotent stem cell, iPSC)를 포함한, 다분화능 및 다능성 줄기 세포와 같은 줄기 세포를 포함한다. 세포는 전형적으로 대상체에서 직접 단리되고/거나 대상체에서 단리되고 동결된 세포와 같은 1차 세포이다. 일부 구현예에서, 세포는 T 세포 또는 다른 세포 유형의 하나 이상의 하위 세트, 예컨대 전체 T 세포 집단, CD4+ 세포, CD8+ 세포 및 이의 하위 집단, 예컨대 기능, 활성화 상태, 성숙도, 분화 가능성, 증폭, 재순환, 국소화 및/또는 지속 용량, 항원 특이성, 항원 수용체의 유형, 특정 기관 또는 구획에의 존재, 마커 또는 사이토카인 분비 프로필 및/또는 분화 정도에 의해 정의되는 것을 포함한다. 치료될 대상체와 관련하여, 세포는 동종 이계 및/또는 자가 조직일 수 있다. 방법 중 기성품 방법이 포함된다. 일부 측면에서, 예컨대 기성품 기술의 경우, 세포는 다능성 및/또는 다분화능, 예컨대 줄기 세포, 예컨대 유도된 다능성 줄기 세포(iPSC)이다. 일부 구현예에서, 방법은 대상체에서 세포를 단리하고, 세포를 제조, 프로세싱, 배양 및/또는 조작하고, 동결 보존 전 또는 후에 동일한 대상체 내로 세포를 재도입하는 것을 포함한다.
T 세포 및/또는 CD4+ 및/또는 CD8+ T 세포의 하위 유형 및 하위 집단 중에는 나이브 T(TN) 세포, 이펙터 T 세포(TEFF), 기억 T 세포 및 이의 하위 유형, 예컨대 줄기 세포 기억 T(TSCM), 중앙 기억 T(TCM), 이펙터 기억 T(TEM) 또는 말단 분화된 이펙터 기억 T 세포, 종양 침윤성 림프구(TIL), 미성숙 T 세포, 성숙 T 세포, 헬퍼 T 세포, 세포 독성 T 세포, 점막 관련 불변 T(mucosa-associated invariant T, MAIT) 세포, 천연 발생 및 적응성 조절 T(Treg) 세포, 헬퍼 T 세포, 예컨대 TH1 세포, TH2 세포, TH3 세포, TH17 세포, TH9 세포, TH22 세포, 여포성 헬퍼 T 세포, 알파/베타 T 세포 및 델타/감마 T 세포가 있다.
일부 구현예에서, 세포는 자연 살해(NK) 세포이다. 일부 구현예에서, 세포는 단핵구 또는 과립구, 예를 들어 골수 세포, 대식 세포, 호중구, 수지상 세포, 비만 세포, 호산구 및/또는 호염구이다.
일부 구현예에서, 세포는 유전자 조작을 통해 도입된 하나 이상의 핵산을 포함함으로써 상기 핵산의 재조합 또는 유전자 조작된 생성물을 발현한다. 일부 구현예에서, 핵산은 이종 기원이다, 즉 예를 들어, 조작될 세포 및/또는 상기 세포가 유래된 유기체에서 보통 발견되지 않는 또 다른 유기체 또는 세포에서 수득된 것과 같이 세포 또는 세포에서 수득된 샘플에는 정상적으로 존재하지 않는다. 일부 구현예에서, 핵산은 자연에서 발견되지 않는 핵산과 같이 천연 발생이 아니고, 복수의 상이한 세포 유형으로부터 다양한 도메인을 암호화하는 핵산의 키메라 조합을 포함하는 것을 포함한다.
일부 구현예에서, 조작된 세포의 제조는 하나 이상의 배양 및/또는 제조 단계를 포함한다. CAR과 같은 전이 유전자 수용체를 암호화하는 핵산의 도입을 위한 세포가, 생물학적 샘플, 예를 들어 대상체에서 수득되거나 유래된 것과 같은 샘플에서 단리될 수 있다. 일부 구현예에서, 세포가 단리되는 대상체는, 질병 또는 병태를 앓거나 세포 요법이 필요하거나 또는 세포 요법이 투여될 대상체이다. 일부 구현예에서, 대상체는, 세포가 단리, 프로세싱 및/또는 조작되는 입양 세포 요법과 같은 특정 치료적 개입이 필요한 인간이다.
따라서, 일부 구현예에서 세포는 1차 세포, 예를 들어 1차 인간 세포이다. 샘플은, 대상체에서 직접 채취된 조직, 유체 및 기타 샘플뿐만 아니라 분리, 원심분리, 유전적 조작(예를 들어, 바이러스 벡터로 형질 도입), 세척 및/또는 인큐베이션과 같은 하나 이상의 프로세싱 단계에서 초래된 샘플을 포함한다. 생물학적 샘플은, 생물학적 출처에서 직접 수득된 샘플 또는 프로세싱된 샘플일 수 있다. 생물학적 샘플은, 체액, 예컨대 혈액, 혈장, 혈청, 뇌척수액, 활액, 소변 및 땀, 조직 및 기관 샘플을 포함하며, 이로부터 유래된 프로세싱된 샘플을 포함하나, 이에 국한되지 않는다.
일부 측면에서, 세포가 유래되거나 단리된 샘플은 혈액 또는 혈액 유래 샘플이거나, 성분 채집술 또는 백혈구 성분 채집술 생성물이거나 이로부터 유래된다. 예시적인 샘플은, 전혈, 말초 혈액 단핵 세포(PBMC), 백혈구, 골수, 흉선, 조직 생검, 종양, 백혈병, 림프종, 림프절, 장 관련 림프 조직, 점막 관련 림프 조직, 비장, 기타 림프 조직, 간, 폐, 위, 내장, 결장, 신장, 췌장, 유방, 뼈, 전립선, 자궁 경부, 고환, 난소, 편도선 또는 기타 기관 및/또는 이로부터 유래된 세포를 포함한다. 샘플은, 세포 요법, 예를 들어, 입양 세포 요법의 상황에서 자가 및 동종이계 출처의 샘플을 포함한다.
일부 구현예에서, 세포는 세포주, 예를 들어 T 세포주에서 유래된다. 일부 구현예에서, 세포가 이종 발생 출처, 예를 들어 마우스, 래트, 비인간 영장류 및 돼지에서 수득된다.
일부 구현예에서, 세포의 단리는 하나 이상의 제조 및/또는 비친화도 기반 세포 분리 단계를 포함한다. 일부 예에서, 세포가 세척, 원심 분리 및/또는 하나 이상의 시약의 존재 하에 인큐베이션되어, 예를 들어 원치 않는 성분의 제거, 원하는 성분의 농축, 특정 시약에 민감한 세포를 용해시키거나 제거한다. 일부 예에서, 세포는 하나 이상의 특성, 예컨대 밀도, 부착 특성, 크기, 특정 성분에 대한 민감성 및/또는 내성에 근거하여 분리된다.
일부 예에서, 대상체의 순환 혈액 유래 세포가, 예를 들어, 성분 채집술 또는 백혈구 성분 채집술에 의해 수득된다. 일부 측면에서, 샘플은 림프구를 함유하고, T 세포, 단핵구, 과립구, B 세포, 기타 핵 형성 백혈구, 적혈구 및/또는 혈소판을 포함하며, 일부 측면에서 적혈구 및 혈소판이 아닌 세포를 함유한다.
일부 구현예에서, 대상체에서 수집된 혈액 세포가 세척되어, 예를 들어 혈장 분획을 제거하고, 후속 프로세스 단계를 위한 적절한 완충제 또는 배지에 세포를 배치한다. 일부 구현예에서, 세포가 인산 완충 식염수(PBS)로 세척된다. 일부 구현예에서, 세척 용액은 칼슘 및/또는 마그네슘 및/또는 많은 또는 모든 2가 양이온이 없다. 일부 측면에서, 세척 단계가 제조업체의 지침에 따라 반자동 "플로우-쓰루(flow-through)" 원심 분리기(예를 들어, Cobe 2991 세포 프로세서, Baxter)로 달성된다. 일부 측면에서, 세척 단계가 제조업체의 지침에 따라 접선 흐름 여과(tangential flow filtration, TFF)에 의해 달성된다. 일부 구현예에서, 세포가 세척 후, 예를 들어 Ca++/Mg++이 없는 PBS와 같은 다양한 생체 적합성 완충제로 재현탁된다. 특정 구현예에서, 혈액 세포 샘플의 성분이 제거되고, 세포가 배양 배지로 직접 재현탁된다.
일부 구현예에서, 방법은 적혈구를 용해시키고 Percoll 또는 Ficoll 구배를 통한 원심 분리에 의해 말초 혈액에서 백혈구를 준비하는 것과 같은 밀도 기반 세포 분리 방법을 포함한다.
일부 구현예에서, 선택 단계의 적어도 일부는 선택 시약과 세포의 인큐베이션을 포함한다. 예를 들어, 하나 이상의 상이한 세포 유형의 선택을 위한 하나 이상의 선택 시약을 이용하여 수행될 수 있는 선택 방법의 일부로 선택 시약 또는 시약들과의 인큐베이션은, 하나 이상의 특정 분자, 예컨대 표면 마커, 예를 들어 표면 단백질, 세포 내 마커 또는 핵산의 세포 상 또는 세포 내 발현 또는 존재에 근거한다. 일부 구현예에서, 상기 마커에 근거한 분리를 위한 선택 시약 또는 시약들을 사용하는 임의의 공지된 방법이 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, 선택 시약 또는 시약들은 친화도- 또는 면역친화도-기반 분리인 분리를 초래한다. 예를 들어, 일부 측면에서, 선택은, 예를 들어 마커에 특이적으로 결합하는 항체 또는 결합 파트너와의 인큐베이션 후 일반적으로 세척 단계 및 항체 또는 결합 파트너와 결합하지 않은 세포로부터 항체 또는 결합 파트너와 결합한 세포의 분리에 의해, 하나 이상의 상기 마커, 전형적으로 세포 표면 마커의 세포의 발현 또는 발현 수준에 근거한 세포 및 세포 집단의 분리를 위해 시약 또는 시약들과의 인큐베이션을 포함한다.
상기 프로세스의 일부 측면에서, 세포의 부피가 원하는 선호도 기반 선택 시약의 양과 혼합된다. 면역 친화도 기반 선택은, 분리될 세포와 세포 상의 마커, 예를 들어 고체 표면, 예를 들어 입자 상의 항체 또는 기타 결합 파트너에 특이적으로 결합하는 분자 간의 유리한 활발한 상호작용을 초래하는 임의의 시스템 또는 방법을 사용하여 수행될 수 있다. 일부 구현예에서, 방법은, 세포의 마커에 특이적인 선택 제제(예를 들어, 항체)로 코팅된 입자 예컨대 비드, 예를 들어 자성 비드를 사용하여 수행된다. 입자(예를 들어, 비드)는, 일정한 세포 밀도 대 입자(예를 들어, 비드) 비율로 흔들거나 혼합하면서 튜브나 백과 같은 컨테이너의 세포와 인큐베이션 또는 혼합되어 활발하게 선호되는 상호 작용의 촉진을 도울 수 있다. 다른 경우에, 방법은, 선택의 전부 또는 일부가 원심 분리 챔버의 내부 공동에서 예를 들어, 원심 분리 회전 하에 수행되는 세포의 선택을 포함한다. 일부 구현예에서, 면역 친화도 기반 선택 시약과 같은 선택 시약과 함께 세포의 인큐베이션이 원심 분리 챔버에서 수행된다. 특정 구현예에서, 문헌[국제 특허 출원, 공개 번호 WO2009/072003 또는 미국 20110003380 A1]에 기재된 시스템, 디바이스 또는 장치를 이용하여 단리 또는 분리가 수행된다. 일 예에서, 시스템은 문헌[국제 공개 번호 WO2016/073602]에 기재된 바와 같은 시스템이다.
일부 구현예에서, 상기 선택 단계 또는 이의 일부(예를 들어, 항체 코팅된 입자, 예를 들어 자성 비드와의 인큐베이션)를 원심분리기 챔버의 공동에서 수행함으로써, 사용자는 다양한 용액의 부피, 프로세싱 중 용액의 첨가 및 이의 타이밍과 같은 특정 파라미터를 제어할 수 있으며, 이는 다른 이용 가능한 방법에 비해 장점을 제공할 수 있다. 예를 들어, 인큐베이션 중 공동의 액체 부피를 감소시키는 능력은, 선택에 사용되는 입자(예를 들어, 비드 시약)의 농도를 증가시킬 수 있어서 공동 내 세포의 총 수에는 영향을 주지 않고 용액의 화학적 전위를 증가시킬 수 있다. 이는 차례로 프로세싱되는 세포와 선택에 사용된 입자 사이의 쌍 상호 작용을 향상시킬 수 있다. 일부 구현예에서, 예를 들어, 여기에 기재된 바와 같은 시스템, 회로 및 제어와 연관된 경우, 챔버에서의 인큐베이션 단계 수행은, 사용자가 인큐베이션 중 원하는 시간(들)에 용액의 교반에 영향을 미칠 수 있게 하고, 이는 또한 상호작용을 개선할 수 있다.
일부 구현예에서, 선택 단계의 적어도 일부는 원심분리기 챔버에서 수행되고, 이는 선택 시약과 세포의 인큐베이션을 포함한다. 상기 프로세스의 일부 측면에서, 세포의 부피가, 제조 업체의 지시에 따라 동일한 수의 세포 및/또는 동일한 부피의 세포의 선택을 위해 튜브 또는 컨테이너에서 유사한 선택을 수행할 때 일반적으로 사용되는 것보다 훨씬 적은 원하는 친화도 기반 선택 시약의 양과 혼합된다. 일부 구현예에서, 제조사의 지시에 따라 동일한 수의 세포 및/또는 동일한 부피의 세포에 대해 튜브 또는 컨테이너 기반 인큐베이션에서 세포의 선택을 위해 사용되는 동일한 선택 시약(들)의 양의 5% 이내, 10% 이내, 15% 이내, 20% 이내, 25% 이내, 50% 이내, 60% 이내, 70% 이내 또는 80% 이내인 선택 시약 또는 시약들의 양이 사용된다.
일부 구현예에서, 선택, 예를 들어 세포의 면역 친화도 기반 선택을 위해, 세포가, 선택적으로 스캐폴드, 예컨대 중합체 또는 표면, 예를 들어 비드, 예를 들어 자성 비드, 예컨대 CD3, CD4 및/또는 CD8에 특이적인 단클론 항체에 결합된 자성 비드에 결합된 항체와 같은 조성물 내 다른 세포 상에는 없으나, 농축 및/또는 고갈이 바림직한 세포 상의 표면 마커에 특이적으로 결합하는 분자와 같은 선택 시약을 갖는 선택 완충제를 또한 함유하는 조성물 내 챔버의 공동에서 인큐베이션된다. 일부 구현예에서, 기재된 바와 같은 선택 시약이, 선택이 흔들거나 회전하는 튜브에서 수행될 경우, 동일한 수의 세포 또는 동일한 부피의 세포의 대략 동일하거나 유사한 선택 효율을 달성하기 위해 전형적으로 사용되거나 필요한 선택 시약의 양과 비교하여 실질적으로 보다 적은 양(예를 들어, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70% 또는 80% 이내의 양)으로 챔버의 공동에 있는 세포에 첨가된다. 일부 구현예에서, 인큐베이션이 세포 및 선택 시약에 선택 완충제의 첨가로 수행되어, 예를 들어 10 mL 내지 200 mL, 예컨대 (약) 10 mL, 20 mL, 30 mL, 40 mL, 50 mL, 60 mL, 70 mL, 80 mL, 90 mL, 100 mL, 150 mL 또는 200 mL 이상의 시약의 인큐베이션을 갖는 표적 부피를 달성한다. 일부 구현예에서, 선택 완충제 및 선택 시약은 세포에 첨가되기 전에 미리 혼합된다. 일부 구현예에서, 선택 완충제 및 선택 시약은 세포에 별도로 첨가된다. 일부 구현예에서, 선택 인큐베이션은 주기적인 부드러운 혼합 조건으로 수행되며, 이는 활발하게 선호되는 상호 작용을 촉진하는 데 도움이 될 수 있으며, 이로써 높은 선택 효율을 달성하면서 전반적으로 보다 적은 선택 시약의 사용이 가능할 수 있다.
일부 구현예에서, 선택 시약과 인큐베이션의 총 지속 기간은, (약) 5 분 내지 6 시간, 예컨대 30 분 내지 3 시간, 예를 들어 (약) 30 분, 60 분, 120 분 또는 180 분 이상이다.
일부 구현예에서, 인큐베이션은 일반적으로 회전의 존재와 같은 혼합 조건 하에서, 일반적으로 상대적으로 낮은 힘 또는 속도, 예컨대 세포를 펠릿화하기 위해 사용되는 것보다 더 낮은 속도, 예컨대 (약) 600 rpm 내지 1700 rpm(예를 들어, (약) 600 rpm, 1000 rpm 또는 1500 rpm 또는 1700 rpm 또는 600 rpm, 1000 rpm 또는 1500 rpm 또는 1700 rpm 이상), 예컨대 챔버 또는 다른 컨테이너의 벽 또는 샘플에서 (약) 80g 내지 100g(예를 들어, (약) 80 g, 85 g, 90 g, 95 g 또는 100 g 또는 80 g, 85 g, 90 g, 95 g 또는 100 g 이상)의 RCF로 수행된다. 일부 구현예에서, 회전은, 상기 느린 속도에서 회전 후 휴식 기간의 반복된 간격, 예컨대 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10 초 동안의 회전 및/또는 휴식, 예컨대 대략 1 또는 2 초 회전 후 대략 5, 6, 7 또는 8 초 동안의 휴식을 이용하여 수행된다.
일부 구현예에서, 상기 프로세스는 챔버가 내장된 완전히 폐쇄된 시스템 내에서 수행된다. 일부 구현예에서, 상기 프로세스(및 일부 측면에서 또한 하나 이상의 추가 단계, 예컨대 세포, 예컨대 성분 채집술 샘플을 함유하는 샘플을 세척하는 선행 세척 단계)는 자동화된 방식으로 수행되어, 자동화 프로그램을 사용하여 단일 폐쇄 시스템에서 세척 및 결합 단계를 완료하기 위해 세포, 시약 및 기타 성분이 적절한 시간에 챔버 내로 유입되고 챔버 밖으로 밀어내어지고 원심분리가 달성된다.
일부 구현예에서, 세포 및 선택 시약 및/또는 시약들의 인큐베이션 및/또는 혼합 후, 인큐베이션된 세포가 분리의 대상이 되어 특정 시약 또는 시약들의 존재 또는 부재에 근거하여 세포를 선택한다. 일부 구현예에서, 분리가 선택 시약과 세포의 인큐베이션이 수행되었던 동일한 폐쇄 시스템에서 수행된다. 일부 구현예에서, 선택 시약과 인큐베이션 후, 선택 시약이 결합된 세포를 포함하는 인큐베이션된 세포가 세포의 면역 친화도 기반 분리를 위한 시스템으로 옮겨진다. 일부 구현예에서, 면역 친화도 기반 분리를 위한 시스템은 자성 분리 컬럼이거나 이를 함유한다.
일부 구현예에서, 단리 방법은, 표면 마커, 예를 들어, 표면 단백질, 세포 내 마커 또는 핵산과 같은 하나 이상의 특정 분자의 세포 내 발현 또는 존재에 근거한 상이한 세포 유형의 분리를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 마커에 근거한 분리를 위한 임의의 공지된 방법이 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, 분리는 친화도- 또는 면역 친화도-기반 분리이다. 예를 들어, 일부 측면에서, 단리는, 예를 들어 마커에 특이적으로 결합하는 항체 또는 결합 파트너와 인큐베이션 후 일반적으로 항체 또는 결합 파트너에 결합하지 않은 세포로부터 항체 또는 결합 파트너에 결합한 세포의 세척 단계 및 분리에 의해 하나 이상의 상기 마커, 전형적으로 세포 표면 마커의 세포 발현 또는 발현 수준에 근거한 세포 및 세포 집단의 분리를 포함한다.
상기 분리 단계는, 시약에 결합된 세포가 추가 사용을 위해 보유되는 양성 선택 및/또는 항체 또는 결합 파트너에 결합되지 않은 세포가 보유되는 음성 선택에 근거할 수 있다. 일부 예에서, 두 분획 모두 추가 사용을 위해 보유된다. 일부 측면에서, 음성 선택은 이질적인 집단에서 세포 유형을 특이적으로 식별하는 어떤 항체도 이용 가능하지 않은 경우에 특히 유용할 수 있어서, 분리가 원하는 집단이 아닌 세포에 의해 발현된 마커에 근거하여 가장 잘 수행된다.
분리는 특정 마커를 발현하는 특정 세포 집단 또는 세포의 100% 농축 또는 제거를 초래할 필요가 없다. 예를 들어, 마커를 발현하는 것과 같은 특정 유형의 세포에 대한 양성 선택 또는 이의 농축은, 상기 세포의 수 또는 백분율을 증가시키는 것을 지칭하나, 마커를 발현하지 않는 세포의 완전한 부재를 초래할 필요는 없다. 마찬가지로, 마커를 발현하는 것과 같은 특정 유형의 세포의 음성 선택, 제거 또는 고갈은, 상기 세포의 수 또는 백분율을 감소시키는 것을 지칭하나, 상기 모든 세포의 완전한 제거를 초래할 필요는 없다.
일부 예에서, 다중 라운드의 분리 단계가 수행되고, 여기서 한 단계에서 양성 또는 음성 선택된 분획이 후속적인 양성 또는 음성 선택과 같은 또 다른 분리 단계의 대상이 된다. 일부 예에서, 단일 분리 단계가, 예컨대 음성 선택을 위해 표적화된 마커에 대해 각각 특이적인 복수의 항체 또는 결합 파트너와 세포를 인큐베이션함으로써 동시에 다중 마커를 발현하는 세포를 고갈시킬 수 있다. 마찬가지로, 다중 세포 유형이, 다양한 세포 유형에서 발현되는 복수의 항체 또는 결합 파트너와 세포를 인큐베이션함으로써 동시에 양성으로 선택될 수 있다.
예를 들어, 일부 측면에서, T 세포의 특정 하위 집단, 예컨대 하나 이상의 표면 마커, 예를 들어 CD28+, CD62L+, CCR7+, CD27+, CD127+, CD4+, CD8+, CD45RA+ 및/또는 CD45RO+ T 세포를 높은 수준으로 발현하거나 이에 대해 양성인 세포가, 양성 또는 음성 선택 기술에 의해 단리된다.
일부 구현예에서, 단리가, 양성 선택에 의한 특정 세포 집단에 대한 농축 또는 음성 선택에 의한 특정 세포 집단의 고갈에 의해 수행된다. 일부 구현예에서, 양성 또는 음성 선택이, 각각 양성 또는 음성으로 선택된 세포 상에서 발현(마커+)되거나 또는 상대적으로 보다 높은 수준으로 발현(마커고)된 하나 이상의 표면 마커에 특이적으로 결합하는 하나 이상의 항체 또는 다른 결합제와 세포를 인큐베이션함으로써 달성된다.
특정 구현예에서, 생물학적 샘플, 예를 들어 PBMC 샘플 또는 다른 백혈구 샘플이 CD4+ T 세포 선택의 대상이 되고, 여기에서 음성 및 양성 분획 둘 다가 유지된다. 특정 구현예에서, CD8+ T 세포가 음성 분획에서 선택된다. 일부 구현예에서, 생물학적 샘플이 CD8+ T 세포 선택의 대상이 되고, 여기서 음성 및 양성 분획 둘 다가 유지된다. 특정 구현예에서, CD4+ T 세포가 음성 분획에서 선택된다.
일부 구현예에서, T 세포가 비-T 세포, 예컨대 B 세포, 단핵구 또는 다른 백혈구 상에 발현된 마커, 예컨대 CD14의 음성 선택에 의해 PBMC 샘플에서 분리된다. 일부 측면에서, CD4+ 또는 CD8+ 선택 단계가 사용되어 CD4+ 헬퍼 및 CD8+ 세포 독성 T 세포가 분리된다. 상기 CD4+ 및 CD8+ 집단이, 하나 이상의 나이브(naive), 기억 및/또는 이펙터 T 세포 하위 집단 상에 발현된 또는 상대적으로 보다 높은 정도로 발현된 마커에 대해 양성 또는 음성 선택에 의해 하위 집단으로 더 분류될 수 있다.
일부 구현예에서, CD8+ 세포가, 예컨대 각각의 하위 집단과 연관된 표면 항원에 근거한 양성 또는 음성 선택에 의해 나이브, 중앙 기억, 이펙터 기억 및/또는 중앙 기억 줄기 세포로 더 농축되거나 고갈된다. 일부 구현예에서, 중앙 기억 T(TCM) 세포로 농축이 수행되어 투여 후의 장기간 생존, 증폭 및/또는 생착이 개선되는 것과 같이 효능이 증가하고, 이는 일부 측면에서 상기 하위 집단에서 특히 강력하다. 문헌[Terakura et al. (2012) Blood.1:72-82; Wang et al. (2012) J Immunother. 35(9):689-701]을 참조한다. 일부 구현예에서, TCM-농축 CD8+ T 세포 및 CD4+ T 세포의 조합물이 효능을 더 향상시킨다.
구현예에서, 기억 T 세포가 CD8+ 말초 혈액 림프구의 CD62L+ 및 CD62L- 하위 세트 둘 다에 존재한다. PBMC가, 예컨대 항-CD8 및 항-CD62L 항체를 사용하여 CD62L-CD8+ 및/또는 CD62L+CD8+ 분획으로 농축되거나 고갈될 수 있다.
일부 구현예에서, 중앙 기억 T(TCM) 세포로 농축이 CD45RO, CD62L, CCR7, CD28, CD3 및/또는 CD127의 표면 발형 양성 또는 이의 많은 표면 발현에 근거하고; 일부 측면에서, 이는 CD45RA 및/또는 그랜자임 B를 발현하거나 고도로 발현하는 세포에 대한 음성 선택에 근거한다. 일부 측면에서, TCM 세포로 농축된 CD8+ 집단의 단리가, CD4, CD14, CD45RA를 발현하는 세포의 고갈 및 CD62L을 발현하는 세포에 대한 양성 선택 또는 이의 농축에 의해 수행된다. 일 측면에서, 중앙 기억 T(TCM) 세포에 대한 농축이, CD4 발현에 근거하여 선택된 세포의 음성 분획으로 시작하여 수행되며, 이는 CD14 및 CD45RA의 발현에 근거한 음성 선택 및 CD62L에 근거한 양성 선택의 대상이 된다. 일부 측면에서, 상기 선택이 동시에 수행되며, 다른 측면에서 순차적으로, 어떠한 순서로든 수행된다. 일부 측면에서, CD8+ 세포 집단 또는 하위 집단을 제조하는 데 사용된 동일한 CD4 발현 기반 선택 단계가 또한 사용되어 CD4+ 세포 집단 또는 하위 집단을 생성하여, CD4 기반 분리 유래 양성 및 음성 분획 둘 다가 보유되고, 선택적으로 하나 이상의 추가 양성 또는 음성 선택 단계 후, 후속 단계의 방법에 사용된다.
특정 예에서, PBMC 샘플 또는 다른 백혈구 샘플이 CD4+ 세포의 선택의 대상이 되고, 여기서 음성 및 양성 분획 둘 다가 보유된다. 이어서 음성 분획이 CD14 및 CD45RA 또는 CD19의 발현에 근거한 음성 선택 및 CD62L 또는 CCR7과 같은 중앙 기억 T 세포에 특징적인 마커에 근거한 양성 선택의 대상이 되고, 여기서 양성 및 음성 선택은 어느 순서로든 수행된다.
CD4+ T 헬퍼 세포가 세포 표면 항원을 갖는 세포 집단을 식별함으로써 나이브, 중앙 기억 및 이펙터 세포로 분류된다. CD4+ 림프구가 표준 방법으로 수득될 수 있다. 일부 구현예에서, 나이브 CD4+ T 림프구는 CD45RO-, CD45RA+, CD62L+, CD4+ T 세포이다. 일부 구현예에서, 중앙 기억 CD4+ 세포는 CD62L+ 및 CD45RO+이다. 일부 구현예에서, 이펙터 CD4+ 세포는 CD62L- 및 CD45RO-이다.
일 예에서, 음성 선택에 의해 CD4+ 세포를 농축하기 위해, 단클론 항체 칵테일은 전형적으로 CD14, CD20, CD11b, CD16, HLA-DR 및 CD8에 대한 항체를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체 또는 결합 파트너가 자성 비드 또는 상자성 비드와 같은 고체 지지체 또는 매트릭스에 결합되어 양성 및/또는 음성 선택을 위한 세포 분리를 가능하게 한다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 세포 및 세포 집단이 면역자성(또는 자성친화도) 분리 기술을 사용하여 분리되거나 단리된다(문헌[Methods in Molecular Medicine, vol. 58: Metastasis Research Protocols, Vol. 2: Cell Behavior In vitro and In vivo, p 17-25 Edited by: S. A. Brooks and U. Schumacherⓒ Humana Press Inc., Totowa, NJ]에서 검토됨).
일부 측면에서, 분리될 세포 샘플 또는 세포 조성물이, 작고, 자화 가능 또는 자성 반응 물질, 예컨대 자성 반응 입자 또는 미세입자, 예컨대 상자성 비드(예를 들어, Dynalbeads 또는 MACS 비드)와 함께 인큐베이션된다. 자성 반응 물질, 예를 들어 입자가, 분리가 바람직한, 예를 들어 음성 또는 양성 선택이 바람직한 세포, 세포들 또는 세포 집단 상에 존재하는 분자, 예를 들어 표면 마커에 특이적으로 결합하는 결합 파트너, 예를 들어 항체에 일반적으로 직접 또는 간접적으로 부착된다.
일부 구현예에서, 자성 입자 또는 비드가, 항체 또는 다른 결합 파트너와 같은 특정 결합 멤버에 결합된 자성 반응 물질을 포함한다. 자성 분리 방법에 사용되는 잘 알려진 많은 자성 반응 물질이 있다. 적합한 자성 입자는, 여기에 참조로 통합된 문헌[Molday, 미국 특허 번호 4,452,773 및 유럽 특허 명세서 EP 452342 B]에 기재된 것을 포함한다. 콜로이드 크기의 입자, 예컨대 문헌[Owen 미국 특허 번호 4,795,698 및 Liberti et al., 미국 특허 번호 5,200,084]에 기재된 것이 다른 예이다.
항체 또는 결합 파트너 또는 분자, 예컨대 자성 입자 또는 비드에 부착된, 상기 항체 또는 결합 파트너에 특이적으로 결합하는 2차 항체 또는 다른 시약이 샘플 내의 세포 상에 존재하는 경우 세포 표면 분자에 특이적으로 결합하는 조건 하에서, 인큐베이션이 일반적으로 수행된다.
일부 측면에서, 샘플이 자기장에 배치되고, 이에 부착된 자성 반응 입자 또는 자화 가능 입자를 갖는 상기 세포가 자석에 끌리고 비표지 세포로부터 분리될 것이다. 양성 선택의 경우, 자석에 끌린 세포가 보유되고; 음성 선택의 경우, 끌리지 않은 세포(비표지 세포)가 보유된다. 일부 측면에서, 양성 및 음성 선택의 조합이 동일한 선택 단계 중 수행되며, 여기서 양성 및 음성 분획이 보유되고, 추가 분리 단계로 더 프로세싱되거나 이의 대상이 된다.
특정 구현예에서, 자성 반응 입자가, 1차 항체 또는 다른 결합 파트너, 2차 항체, 렉틴, 효소 또는 스트렙타비딘으로 코팅된다. 특정 구현예에서, 자성 입자가 하나 이상의 마커에 특이적인 1차 항체의 코팅을 통해 세포에 부착된다. 특정 구현예에서, 비드보다는 세포가 1차 항체 또는 결합 파트너로 표지되고, 이어서 세포 유형 특이적 2차 항체- 또는 다른 결합 파트너(예를 들어, 스트렙타비딘)-코팅된 자성 입자가 첨가된다. 특정 구현예에서, 스트렙타비딘 코팅된 자성 입자가 비오티닐화된 1차 또는 2차 항체와 함께 사용된다.
일부 구현예에서, 자성 반응 입자가 후속적으로 인큐베이션, 배양 및/또는 조작될 세포에 부착되어 남아있고; 일부 측면에서, 입자가 환자에게 투여하기 위한 세포에 부착되어 남아있다. 일부 구현예에서, 자화 가능 또는 자성 반응 입자가 세포에서 제거된다. 세포로부터 자화 가능 입자를 제거하는 방법이 공지되어 있고, 예를 들어 경쟁 비-표지 항체 및 절단 가능한 링커에 접합된 자화 가능 입자 또는 항체의 사용을 포함한다. 일부 구현예에서, 자화 가능 입자는 생분해성이다.
일부 구현예에서, 친화도 기반 선택은 자성 활성화 세포 분류(magnetic-activated cell sorting, MACS)(Miltenyi Biotec, Auburn, CA)를 통한 것이다. 자성 활성화 세포 분류(MACS) 시스템은 이에 부착된 자화된 입자를 갖는 세포를 고순도로 선택할 수 있다. 특정 구현예에서, MACS가 모드에서 작동하며, 여기에서 외부 자기장의 적용 후에 비-표적 및 표적 종이 순차적으로 용리된다. 즉, 자화된 입자에 부착된 세포가 부착되지 않은 종이 용리되는 동안 제자리에 유지된다. 이어서, 상기 제1 용리 단계가 완료된 후, 자기장에 포획되고 용리가 방지된 종이 상당한 방식으로 해제되어 용리 및 회수될 수 있다. 특정 구현예에서, 비-표적 세포가 표지되고, 이종 세포 집단으로부터 고갈된다.
특정 구현예에서, 단리 또는 분리가, 방법 중 단리, 세포 제조, 분리, 프로세싱, 인큐베이션, 배양 및/또는 제형화 단계 중 하나 이상을 수행하는 시스템, 장치 또는 기구를 사용하여 수행된다. 일부 측면에서, 시스템이 폐쇄 또는 멸균 환경에서 상기 단계 각각을 수행하는 데 사용되어 예를 들어, 오류, 사용자 취급 및/또는 오염이 최소화된다. 일 예에서, 시스템은 문헌[국제 특허 출원, 공개 번호 WO2009/072003 또는 미국 20110003380 A1]에 기재된 바와 같은 시스템이다.
일부 구현예에서, 시스템 또는 기구가 통합되거나 독립적인 시스템 및/또는 자동화되거나 프로그램 가능한 방식으로 단리, 프로세싱, 조작 및 제형화 단계 중 하나 이상, 예를 들어 모두를 수행한다. 일부 측면에서, 시스템 또는 기구가, 사용자가 프로세싱, 단리, 조작 및 제형화 단계의 결과를 프로그램, 제어, 평가 및/또는 프로세싱, 단리, 조작 및 제형화 단계의 다양한 측면의 조정을 가능하게 하는 시스템 또는 기구와 통신하는 컴퓨터 및/또는 컴퓨터 프로그램을 포함한다.
일부 측면에서, 분리 및/또는 다른 단계가, 예를 들어 폐쇄 및 멸균 시스템에서 임상 규모 수준으로 세포의 자동 분리를 위해 CliniMACS 시스템(Miltenyi Biotec)을 사용하여 수행된다. 구성 요소는 통합 마이크로 컴퓨터, 자기 분리 유닛, 연동 펌프 및 다양한 핀치 밸브를 포함할 수 있다. 일부 측면에서, 통합된 컴퓨터가 기기의 모든 구성 요소를 제어하고 시스템이 표준화된 순서로 반복된 절차를 수행하도록 지시한다. 일부 측면에서, 자기 분리 유닛은 이동 가능한 영구 자석 및 선택 칼럼을 위한 홀더를 포함한다. 연동 펌프가 튜브 세트 전체의 유량을 제어하고, 핀치 밸브와 함께 시스템을 통한 완충제의 흐름 제어와 세포의 지속적인 현탁을 보장한다.
일부 측면에서, CliniMACS 시스템은 멸균, 비-발열성 용액으로 공급되는 항체 결합된 자화 가능 입자를 사용한다. 일부 구현예에서, 자성 입자로 세포를 표지한 후, 세포를 세척하여 과량의 입자를 제거한다. 이어서, 세포 제조 백이 튜브 세트에 연결되고, 이는 차례로 완충제를 함유하는 백 및 세포 수집 백에 연결된다. 튜브 세트는 사전 컬럼 및 분리 컬럼을 포함한 사전 조립된 멸균 튜브로 구성되며, 일회용이다. 분리 프로그램이 시작된 후, 시스템이 세포 샘플을 분리 컬럼 상에 자동으로 적용한다. 표지된 세포는 컬럼 내에 보유되나, 비표지 세포는 일련의 세척 단계에 의해 제거된다. 일부 구현예에서, 여기에 기재된 방법과 함께 사용하기 위한 세포 집단이 표지되지 않고 칼럼에 보유되지 않는다. 일부 구현예에서, 여기에 기재된 방법과 함께 사용하기 위한 세포 집단이 표지되고 칼럼에 보유된다. 일부 구현예에서, 여기에 기재된 방법과 함께 사용하기 위한 세포 집단이 자기장을 제거한 후 칼럼에서 용리되고, 세포 수집 백 내에 수집된다.
특정 구현예에서, 분리 및/또는 다른 단계가 CliniMACS Prodigy 시스템(Miltenyi Biotec)을 사용하여 수행된다. 일부 측면에서, CliniMACS Prodigy 시스템에는 원심 분리에 의한 세포의 자동 세척 및 세포의 분획화를 가능하게 하는 세포 프로세싱 단일체가 구비되어 있다. CliniMACS Prodigy 시스템은, 출처 세포 생성물의 거시 층을 식별함으로써 최적의 세포 분획화 종점을 결정하는 온보드 카메라 및 이미지 인식 소프트웨어를 또한 포함할 수 있다. 예를 들어, 말초 혈액이 적혈구, 백혈구 및 혈장 층으로 자동 분리된다. CliniMACS Prodigy 시스템은, 예를 들어, 세포 분화 및 증폭, 항원 로딩 및 장기 세포 배양과 같은 세포 배양 프로토콜을 완수하는 통합된 세포 배양 챔버를 또한 포함할 수 있다. 입력 포트가 배지의 멸균 제거 및 보충을 가능하게 할 수 있고, 통합된 현미경을 사용하여 세포를 모니터링할 수 있다. 예를 들어, 문헌[Klebanoff et al. (2012) J Immunother. 35(9): 651-660, Terakura et al. (2012) Blood.1:72-82, 및 Wang et al. (2012) J Immunother. 35(9):689-701]을 참조한다.
일부 구현예에서, 여기에 기재된 세포 집단이 유세포 분석을 통해 수집 및 농축(또는 고갈)되고, 여기서 다중 세포 표면 마커에 대해 염색된 세포가 유체 스트림으로 운반된다. 일부 구현예에서, 여기에 기재된 세포 집단이 분취 규모(FACS) 분류를 통해 수집 및 농축(또는 고갈)된다. 특정 구현예에서, 여기에 기재된 세포 집단이, FACS 기반 검출 시스템과 조합된 미세전자기계 시스템(microelectromechanical system, MEMS) 칩을 사용함으로써 수집 및 농축(또는 고갈)된다(예를 들어, 문헌[국제 출원 WO 2010/033140), Cho et al. (2010) Lab Chip 10, 1567-1573; 및 Godin et al. (2008) J Biophoton. 1(5):355-376] 참조). 두 경우 모두, 세포가 고순도로 잘 정의된 T 세포 하위 세트의 단리를 가능하게 하는 다중 마커로 표지될 수 있다.
일부 구현예에서, 항체 또는 결합 파트너가 하나 이상의 검출 가능한 마커로 표지되어, 양성 및/또는 음성 선택을 위한 분리가 촉진된다. 예를 들어, 분리가 형광 표지된 항체에 대한 결합에 근거할 수 있다. 일부 예에서, 하나 이상의 세포 표면 마커에 특이적인 항체 또는 다른 결합 파트너의 결합에 근거한 세포의 분리가, 예를 들어 유세포 분석 검출 시스템과 조합으로 예컨대, 분취 규모(FACS) 및/또는 미세전자기계 시스템(MEMS) 칩을 포함한 형광 활성화 세포 분류(fluorescence-activated cell sorting, FACS)에 의해 유체 스트림에서 수행된다. 상기 방법은 다중 마커에 근거한 양성 및 음성 선택을 동시에 가능하게 한다.
일부 구현예에서, 제조 방법은 단리, 인큐베이션 및/또는 조작 전이든 후이든 세포를 동결, 예를 들어, 동결 보존하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 동결 및 후속적인 해동 단계가 세포 집단에서 과립구 및 어느 정도 단핵구를 제거한다. 일부 구현예에서, 세포가 예를 들어, 혈장 및 혈소판을 제거하기 위한 세척 단계 후에 동결 용액에 현탁된다. 일부 측면에서, 공지된 다양한 임의의 동결 용액 및 파라미터가 사용될 수 있다. 일 예는 20% DMSO 및 8% 인간 혈청 알부민(human serum albumin, HSA)을 함유하는 PBS 또는 다른 적합한 세포 동결 배지를 사용하는 것을 수반한다. 이어서, 이는 배지를 이용하여 1:1로 희석되어 DMSO 및 HSA의 최종 농도가 각각 10% 및 4%가 된다. 이어서 세포를 일반적으로 분 당 1°의 속도로 -80 ℃까지 동결시키고, 액체 질소 보관 탱크의 기상에서 보관한다.
일부 구현예에서, 단리 및/또는 선택이, 농축된 T 세포, 예를 들어 CD3+ T 세포, CD4+ T 세포 및/또는 CD8+ T 세포 중 하나 이상의 입력 조성물을 초래한다. 일부 구현예에서, 2 개 이상의 별개의 입력 조성물이 단일 생물학적 샘플에서 단리, 선택, 농축 또는 수득된다. 일부 구현예에서, 별개의 입력 조성물이 동일한 대상체에서 수집, 채취 및/또는 수득된 별개의 생물학적 샘플에서 단리, 선택, 농축 및/또는 수득된다.
특정 구현예에서, 하나 이상의 입력 조성물은, 60% 이상, 65% 이상, 70% 이상, 75% 이상, 80% 이상, 85% 이상, 90% 이상, 95% 이상, 98% 이상, 99% 이상, 99.5% 이상, 99.9% 이상 또는 (약) 100%의 CD3+ T 세포를 포함하는 농축된 T 세포 조성물이거나 이를 포함한다. 특정 구현예에서, 농축된 T 세포 입력 조성물은 실질적으로 CD3+ T 세포로 구성된다.
특정 구현예에서, 하나 이상의 입력 조성물은, 60% 이상, 65% 이상, 70% 이상, 75% 이상, 80% 이상, 85% 이상, 90% 이상, 95% 이상, 98% 이상, 99% 이상, 99.5% 이상, 99.9% 이상 또는 (약) 100%의 CD4+ T 세포를 포함하는 농축된 CD4+ T 세포 조성물이거나 이를 포함한다. 특정 구현예에서, CD4+ T 세포의 입력 조성물은 40% 미만, 35% 미만, 30% 미만, 25% 미만, 20% 미만, 15% 미만, 10% 미만, 5% 미만, 1% 미만, 0.1% 미만, 0.01% 미만의 CD8+ T 세포를 포함하고/거나 CD8+ T 세포를 전혀 함유하지 않고/거나 CD8+ T 세포가 없거나 실질적으로 없다. 일부 구현예에서, 농축된 T 세포 조성물은 실질적으로 CD4+ T 세포로 구성된다.
특정 구현예에서, 하나 이상의 조성물은, 60% 이상, 65% 이상, 70% 이상, 75% 이상, 80% 이상, 85% 이상, 90% 이상, 95% 이상, 98% 이상, 99% 이상, 99.5% 이상, 99.9% 이상 또는 (약) 100%의 CD8+ T 세포이거나 이를 포함하는 CD8+ T 세포 조성물이거나 이를 포함한다. 특정 구현예에서, CD8+ T 세포의 조성물은, 40% 미만, 35% 미만, 30% 미만, 25% 미만, 20% 미만, 15% 미만, 10% 미만, 5% 미만, 1% 미만, 0.1% 미만 또는 0.01% 미만의 CD4+ T 세포를 함유하고/거나 CD4+ T 세포를 전혀 함유하지 않고/거나 CD4+ T 세포가 없거나 실질적으로 없다. 일부 구현예에서, 농축된 T 세포 조성물은 실질적으로 CD8+ T 세포로 구성된다.
2. 활성화 및 자극
일부 구현예에서, 세포가 유전자 조작과 관련하여 또는 그 전에 인큐베이션 및/또는 배양된다. 인큐베이션 단계는 배양, 양성, 자극, 활성화 및/또는 번식을 포함할 수 있다. 인큐베이션 및/또는 조작이, 배양 용기, 예컨대 유닛, 챔버, 웰, 컬럼, 튜브, 튜브 세트, 밸브, 바이알, 배양 접시, 백 또는 세포 배양 또는 세포 양성을 위한 다른 컨테이너에서 수행될 수 있다. 일부 구현예에서, 조성물 또는 세포가 자극 조건 또는 자극제의 존재 하에 인큐베이션된다. 상기 조건은, 집단 내 세포의 증식, 증폭, 활성화 및/또는 생존을 유도하고/거나, 항원 노출을 모방하고/거나 재조합 항원 수용체의 도입과 같은 유전자 조작을 위해 세포를 프라이밍하도록 설계된 것을 포함한다.
조건은, 특정 배지, 온도, 산소 함량, 이산화탄소 함량, 시간, 제제, 예를 들어 영양소, 아미노산, 항생제, 이온 및/또는 자극 인자, 예컨대 사이토카인, 케모카인, 항원, 결합 파트너, 융합 단백질, 재조합 가용성 수용체 및 세포를 활성화하도록 설계된 기타 임의의 제제 중 하나 이상을 포함할 수 있다.
일부 구현예에서, 자극 조건 또는 제제는, TCR 복합체의 세포 내 신호 전달 도메인을 자극 또는 활성화할 수 있는 하나 이상의 제제, 예를 들어 리간드를 포함한다. 일부 측면에서, 제제는 T 세포에서 TCR/CD3 세포 내 신호 전달 캐스케이드를 켜거나 개시한다. 상기 제제는 항체, 예컨대 TCR에 특이적인 것, 예를 들어 항-CD3을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 자극 조건은 공자극 수용체, 예를 들어 항-CD28을 자극할 수 있는 하나 이상의 제제, 예를 들어 리간드를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 제제 및/또는 리간드는 고체 지지체, 예컨대 비드 및/또는 하나 이상의 사이토카인에 결합될 수 있다. 선택적으로, 증폭 방법은, 배양 배지에 항-CD3 및/또는 항-CD28 항체를 (예를 들어, 약 0.5 ng/ml 이상의 농도로) 첨가하는 단계를 더 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 자극제는 IL-2, IL-15 및/또는 IL-7을 포함한다. 일부 측면에서, IL-2 농도는 약 10 유닛/mL 이상이다.
예를 들어, 자극 조건은, 항-CD3/항-CD28 접합 자성 비드(예를 들어, DYNABEADS® M-450 CD3/CD28 T Cell Expander)를 이용한 인큐베이션을 포함할 수 있다.
일부 측면에서, 인큐베이션은, 문헌[미국 특허 번호 6,040,177(Riddell et al.), Klebanoff et al.(2012) J Immunother. 35(9): 651-660, Terakura et al. (2012) Blood.1:72-82, 및/또는 Wang et al. (2012) J Immunother. 35(9):689-701]에 기재된 것과 같은 기술과 부합되게 수행된다.
일부 구현예에서, T 세포가, (예를 들어, 생성된 세포 집단이 증폭될 초기 집단 내 각각의 T 림프구에 대해 적어도 약 5, 10, 20 또는 40 개 이상의 PBMC 배양보조 세포를 함유하도록) 배양 개시 조성물 배양보조 세포, 예컨대 비분열 말초 혈액 단핵 세포(PBMC)에 첨가하고; 상기 배양물을 (예를 들어, T 세포 수를 증폭하기에 충분한 시간 동안) 인큐베이션함으로써; 증폭된다. 일부 측면에서, 비분열 배양보조 세포는 감마 조사된 PBMC 배양보조 세포를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, PBMC가 약 3000 내지 3600 라드(rad) 범위의 감마선으로 조사되어 세포 분열이 방지된다. 일부 측면에서, 배양보조 세포가 T 세포 집단에 첨가하기 전에 배양 배지에 첨가된다.
일부 구현예에서, 자극 조건은, 인간 T 림프구의 성장에 적합한 온도, 예를 들어, 약 25 ℃ 이상, 일반적으로 약 30 ℃ 이상 및 일반적으로 (약) 37 ℃를 포함한다. 선택적으로, 인큐베이션은 배양보조 세포로서 비분열 EBV 형질 전환된 림프모구 세포(LCL)를 첨가하는 것을 더 포함할 수 있다. LCL은 약 6000 내지 10,000 라드 범위의 감마선으로 조사될 수 있다. 일부 측면에서, LCL 배양보조 세포가 임의의 적합한 양, 예컨대 약 10:1 이상의 LCL 배양보조 세포 대 초기 T 림프구의 비율로 제공된다.
구현예에서, 항원 특이적 T 세포, 예컨대 항원 특이적 CD4+ 및/또는 CD8+ T 세포가 항원으로 나이브 또는 항원 특이적 T 림프구를 자극함으로써 수득된다. 예를 들어, 항원 특이적 T 세포주 또는 클론이, 감염된 대상체에서 T 세포를 단리하고 동일한 항원으로 시험관 내에서 세포를 자극함으로써 사이토메갈로바이러스 항원에 대해 생성될 수 있다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 자극 조건 또는 자극제의 존재 하에 인큐베이션의 적어도 일부는, 예를 들어 문헌[국제 출원 공개 번호 WO2016/073602]에 기재된 바와 같은 원심 분리 회전 하에서, 원심 분리 챔버의 내부 공동에서 수행된다. 일부 구현예에서, 원심분리기 챔버에서 수행되는 인큐베이션의 적어도 일부는 자극 및/또는 활성화를 유도하기 위한 시약 또는 시약들과 혼합하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 선택된 세포와 같은 세포가 원심분리기 챔버에서 자극 조건 또는 자극제와 혼합된다. 상기 프로세스의 일부 측면에서, 세포의 부피는 세포 배양 플레이트 또는 다른 시스템에서 유사한 자극을 수행할 때 일반적으로 사용되는 것보다 훨씬 적은 하나 이상의 자극 조건 또는 제제의 양과 혼합된다.
일부 구현예에서, 자극제가, 선택이 원심분리기 챔버, 예를 들어 주기적으로 흔들거나 회전하는 튜브나 백에서 혼합되지 않고 수행될 경우, 동일한 수의 세포 또는 동일한 부피의 세포와 대략 동일하거나 유사한 선택 효율을 달성하는 데 전형적으로 사용되거나 필요한 자극제의 양과 비교하여 실질적으로 보다 적은 양(예를 들어 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70% 또는 80% 이내의 양)으로 챔버의 공동에 있는 세포에 첨가된다. 일부 구현예에서, 인큐베이션이 세포 및 자극제에 인큐베이션 완충제의 첨가로 수행되어, 예를 들어 10 mL 내지 200 mL, 예컨대 (약) 10 mL, 20 mL, 30 mL, 40 mL, 50 mL, 60 mL, 70 mL, 80 mL, 90 mL, 100 mL, 150 mL 또는 200 mL (이상)의 시약의 인큐베이션으로 표적 부피를 달성한다. 일부 구현예에서, 인큐베이션 완충제 및 자극제가 세포에 첨가되기 전에 미리 혼합된다. 일부 구현예에서, 인큐베이션 완충제 및 자극제가 세포에 별도로 첨가된다. 일부 구현예에서, 자극 인큐베이션은 주기적인 부드러운 혼합 조건으로 수행되며, 이는 선호하는 상호 작용을 활발하게 촉진하는데 도움이 될 수 있으며, 이로써 세포의 자극 및 활성화를 달성하면서 전반적으로 자극제의 보다 적은 사용이 가능할 수 있다.
일부 구현예에서, 인큐베이션은 일반적으로 회전의 존재와 같은 혼합 조건 하에서, 일반적으로 상대적으로 낮은 힘 또는 속도, 예컨대 세포를 펠릿화하기 위해 사용되는 것보다 더 낮은 속도, 예컨대 (약) 600 rpm 내지 1700 rpm(예를 들어, (약) 600 rpm, 1000 rpm 또는 1500 rpm 또는 1700 rpm 또는 600 rpm, 1000 rpm 또는 1500 rpm 또는 1700 rpm 이상), 예컨대 챔버 또는 다른 컨테이너의 벽 또는 샘플에서 (약) 80g 내지 100g(예를 들어, (약) 80 g, 85 g, 90 g, 95 g 또는 100 g 또는 80 g, 85 g, 90 g, 95 g 또는 100 g 이상)의 RCF로 수행된다. 일부 구현예에서, 회전은, 상기 느린 속도에서 회전 후 휴식 기간의 반복된 간격, 예컨대 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10 초 동안의 회전 및/또는 휴식, 예컨대 대략 1 또는 2 초 회전 후 대략 5, 6, 7 또는 8 초 동안의 휴식을 이용하여 수행된다.
일부 구현예에서, 예를 들어 자극제와 인큐베이션의 총 지속 시간은, (약) 1시간 내지 96시간, 1시간 내지 72시간, 1시간 내지 48시간, 4시간 내지 36시간, 8시간 내지 30시간 또는 12시간 내지 24시간, 예컨대 (약) 6시간, 12시간, 18시간, 24시간, 36시간 또는 72시간 이상이다. 일부 구현예에서, 추가 인큐베이션은 (약) 1시간 내지 48시간, 4시간 내지 36시간, 8시간 내지 30시간 또는 12시간 내지 24시간(수치 포함)의 시간 동안이다.
특정 구현예에서, 자극 조건은, 하나 이상의 사이토카인과 함께 및/또는 하나 이상의 사이토카인 존재 하에 농축된 T 세포 조성물을 인큐베이션, 배양 및/또는 양성을 포함한다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 사이토카인은 재조합 사이토카인이다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 사이토카인은 인간 재조합 사이토카인이다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 사이토카인은 T 세포 대해 내인성이고/거나 T 세포에 의해 발현되는 수용체에 결합하고/거나 결합할 수 있다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 사이토카인은 4-알파-헬릭스 번들 패밀리의 사이토카인 멤버이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 4-알파-헬릭스 번들 패밀리의 사이토카인 멤버는, 인터루킨-2(IL-2), 인터루킨-4(IL-4), 인터루킨-7(IL-7), 인터루킨-9 (IL-9), 인터루킨 12(IL-12), 인터루킨 15(IL-15), 과립구 콜로니 자극 인자(G-CSF) 및 과립구 대식세포 콜로니 자극 인자(GM-CSF)를 포함하되 이에 국한되지 않는다.
일부 구현예에서, 자극은, 예를 들어 형질 도입 전 세포의 활성화 및/또는 증식을 초래한다.
3. 유전자 조작을 위한 벡터 및 방법
일부 구현예에서, 제공된 방법, 용도, 제조 물품 또는 조성물과 관련하여 사용된 조작된 세포, 예컨대 T 세포는, 여기 기재된 재조합 수용체, 예를 들어, CAR 또는 TCR을 발현하도록 유전자 조작된 세포이다. 일부 구현예에서, 세포가, 재조합 수용체 및/또는 다른 분자를 암호화하는 핵산 서열의 도입, 전달 또는 이동에 의해 조작된다.
일부 구현예에서, 조작된 세포를 생성하는 방법은, 예를 들어 자극 또는 활성화된 세포와 같은 세포 내로 재조합 수용체(예를 들어, 항-CD19 CAR)를 암호화하는 폴리뉴클레오티드의 도입을 포함한다. 특정 구현예에서, 재조합 단백질은 기재된 어느 하나와 같은 재조합 수용체이다. 세포에서 재조합 수용체와 같은 재조합 단백질을 암호화하는 핵산 분자의 도입은, 공지된 다수의 임의의 벡터를 사용하여 수행될 수 있다. 상기 벡터는, 렌티바이러스 및 감마레트바이러스 시스템을 포함한 바이러스 및 비-바이러스 시스템뿐만 아니라 피기백(PiggyBac) 또는 슬리핑 뷰티(Sleeping Beauty) 기반 유전자 전달 시스템과 같은 트랜스포손 기반 시스템을 포함한다. 예시적인 방법은, 바이러스, 예를 들어 레트로바이러스 또는 렌티바이러스, 형질 도입, 트랜스포손 및 전기천공을 통한 것을 포함하여 수용체를 암호화하는 핵산 전달을 위한 방법을 포함한다. 일부 구현예에서, 조작은 농축된 T 세포의 하나 이상의 조작된 조성물을 생성한다.
특정 구현예에서, 하나 이상의 자극된 T 세포 조성물은, 농축된 T 세포의 2 개의 별개 자극 조성물이거나 이를 포함한다. 특정 구현예에서, 농축된 T 세포의 2 개의 별개 조성물, 예를 들어 동일한 생물학적 샘플에서 선택, 단리 및/또는 농축된 2 개의 별개 농축된 T 세포 조성물은 별개로 조작된다. 특정 구현예에서, 2 개의 별개 조성물은 농축된 CD4+ T 세포 조성물을 포함한다. 특정 구현예에서, 2 개의 별개 조성물은 농축된 CD8+ T 세포 조성물을 포함한다. 일부 구현예에서, 농축된 CD4+ T 세포 및 농축된 CD8+ T 세포의 2 개의 별개 조성물은 별개로 유전자 조작된다.
일부 구현예에서, 유전자 전달이, 예를 들어 사이토카인 또는 활성화 마커의 발현에 의해 측정된 바와 같이, 예컨대 증식, 생존 및/또는 활성화와 같은 반응을 유도하는 자극과 이를 조합함으로써 세포를 먼저 자극한 뒤 활성화된 세포의 형질 도입 및 임상 적용에 충분한 수로 배양에서 증폭함으로써 달성된다. 특정 구현예에서, 유전자 전달은, 예컨대 기재된 임의의 방법에 의해 자극 조건 하에서 세포를 먼저 인큐베이션함으로써 달성된다.
일부 구현예에서, 유전자 조작을 위한 방법이, 재조합 단백질, 예를 들어 재조합 수용체를 암호화하는 핵산 분자와 조성물의 하나 이상의 세포를 접촉시킴으로써 수행된다. 일부 구현예에서, 접촉은 회전 접종(예를 들어, 원심분리 접종)과 같은 원심분리로 달성될 수 있다. 상기 방법은 문헌[국제 출원 공개 번호 WO2016/073602]에 기재된 바와 같은 임의의 것을 포함한다. 예시적인 원심분리 챔버는, Biosafe SA사에 의해 생산 및 판매되는 챔버를 포함하며, Sepax® 및 Sepax® 2 시스템과 함께 사용하기 위한 챔버를 포함하고, A-200/F 및 A-200 원심분리 챔버 및 상기 시스템과 함께 사용하기 위한 다양한 키트를 포함한다. 예시적인 챔버, 시스템 및 프로세스 기기 및 캐비닛이, 예를 들어 문헌[미국 특허 번호 6,123,655, 미국 특허 번호 6,733,433 및 미국 특허 출원 공개 번호 2008/0171951 및 국제 특허 출원 공개 번호 WO 00/38762]에 기재되어 있고, 각각의 내용은 전문이 참조로 여기에 포함된다. 상기 시스템과 함께 사용하기 위한 예시적인 키트는 제품명 CS-430.1, CS-490.1, CS-600.1 또는 CS-900.2로 BioSafe SA사에서 판매되는 일회용 키트를 포함하나 이에 국한되지 않는다.
일부 구현예에서, 접촉은 회전 접종(예를 들어, 원심분리 접종)과 같은 원심분리로 달성될 수 있다. 일부 구현예에서, 세포, 벡터, 예를 들어 바이러스 입자 및 시약을 함유하는 조성물을 일반적으로 상대적으로 작은 힘 또는 낮은 속도, 예컨대 세포를 펠릿화하는 데 사용되는 것보다 더 낮은 속도, 예컨대 (약) 600 rpm 내지 1700 rpm(예를 들어, (약) 600 rpm, 1000 rpm 또는 1500 rpm 또는 1700 rpm 또는 600 rpm, 1000 rpm 또는 1500 rpm 또는 1700 rpm 이상)으로 회전시킬 수 있다. 일부 구현예에서, 회전은, 예를 들어 챔버 또는 공동의 내벽 또는 외벽에서 측정된 바와 같은 힘, 예를 들어 (약) 100 g 내지 3200 g(예를 들어, (약) 100 g, 200 g, 300 g, 400 g, 500 g, 1000 g, 1500 g, 2000 g, 2500 g, 3000 g 또는 3200 g (이상))의 상대적인 원심력으로 수행된다. 용어 "상대적인 원심력(relative centrifugal force)" 또는 RCF는, 일반적으로 회전축과 비교하여 공간의 특정 지점에서 지구의 중력에 대해 물체 또는 물질(예컨대 세포, 샘플 또는 펠릿 및/또는 회전되는 챔버 또는 다른 컨테이너의 지점)에 부여된 유효한 힘으로 이해된다. 값은, 중력, 회전 속도 및 회전 반경(RCF가 측정되는 회전 축 및 물체, 물질 또는 입자의 거리)을 고려하여 잘 알려진 수식을 사용하여 결정될 수 있다.
일부 구현예에서, 시스템이, 형질 도입 단계 및 시스템에서 수행되는 하나 이상의 다양한 다른 프로세스 단계, 예를 들어 여기 또는 문헌[국제 공개 번호 WO2016/073602]에 기재된 바와 같은 원심분리기 챔버 시스템으로 수행되거나 이와 관련하여 수행될 수 있는 하나 이상의 프로세스 단계의 측면을 작동, 자동화, 제어 및/또는 모니터링하는 기기를 포함하여 다른 기기와 함께 포함되고/거나 이와 관련하여 배치된다. 일부 구현예에서, 상기 기기가 캐비닛 내에 함유된다. 일부 구현예에서, 기기는 제어 회로, 원심분리기, 커버, 모터, 펌프, 센서, 디스플레이 및 사용자 인터페이스를 함유하는 하우징을 포함하는 캐비닛을 포함한다. 예시적인 디바이스가 문헌[미국 특허 번호 6,123,655, 미국 특허 번호 6,733,433 및 US 2008/0171951]에 기재되어 있다.
일부 구현예에서, 시스템은 일련의 컨테이너, 예를 들어 백, 튜브, 스톱콕, 클램프, 커넥터 및 원심분리기 챔버를 포함한다. 일부 구현예에서, 백과 같은 컨테이너는, 동일한 백 또는 별도의 백과 같은 동일한 컨테이너 또는 별도의 컨테이너에 형질 도입될 세포 및 바이러스 벡터 입자를 함유하는 백과 같은 하나 이상의 컨테이너를 포함한다. 일부 구현예에서, 시스템은, 챔버 내로 들어오는 희석제 및/또는 세척 용액과 같은 배지 및/또는 방법 중 성분 및/또는 조성물을 희석, 재현탁 및/또는 세척하기 위한 다른 성분을 함유하는 백과 같은 하나 이상의 컨테이너를 더 포함한다. 컨테이너는, 예컨대 입력 라인, 희석 라인, 세척 라인, 폐기물 라인 및/또는 산출 라인에 대응하는 위치에서 시스템의 하나 이상의 위치에 연결될 수 있다.
일부 구현예에서, 챔버는 원심분리기와 연관되고, 이는 예컨대 회전축 주위에서 챔버의 회전에 영향을 미칠 수 있다. 회전은 세포의 형질 도입과 관련하여 및/또는 다른 프로세스 단계 중 하나 이상에서 인큐베이션 전, 중 및/또는 후에 발생할 수 있다. 따라서, 일부 구현예에서, 하나 이상의 다양한 프로세스 단계가 예를 들어, 특정 힘으로 회전 하에 수행된다. 챔버는 전형적으로 수직 또는 일반적으로 수직 회전할 수 있어서, 챔버는 원심 분리 중에 수직으로 위치하고 측면 벽과 축은 수직 또는 일반적으로 수직이며, 말단 벽(들)은 수평 또는 일반적으로 수평이다.
일부 구현예에서, 유전자 조작, 예를 들어 형질 도입 및/또는 후속적인 유전자 조작의 적어도 일부 중에, 세포가 유전자 조작된 세포의 배양, 예컨대 세포의 배양 또는 증폭을 위해 생물 반응기 백 어셈블리로 전달된다.
일부 구현예에서, 재조합 핵산이, 예를 들어, 시미안 바이러스 40(SV40), 아데노바이러스, 아데노-관련 바이러스(adeno-associated virus, AAV)에서 유래된 벡터와 같은 재조합 감염성 바이러스 입자를 사용하여 세포 내로 전달된다. 일부 구현예에서, 재조합 핵산이, 재조합 렌티바이러스 벡터 또는 레트로바이러스 벡터, 예컨대 감마-레트로바이러스 벡터를 사용하여 T 세포 내로 전달된다(예를 들어, 문헌[Koste et al. (2014) Gene Therapy 2014 Apr 3. doi: 10.1038/gt.2014.25; Carlens et al. (2000) Exp Hematol 28(10): 1137-46; Alonso-Camino et al. (2013) Mol Ther Nucl Acids 2, e93; Park et al., Trends Biotechnol. 2011 November 29(11): 550-557]을 참조한다).
일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터는, 긴 말단 반복 서열(long terminal repeat sequence, LTR), 예를 들어 몰로니 뮤린 백혈병 바이러스(Moloney murine leukemia virus, MoMLV), 골수 증식육종 바이러스(myeloproliferative sarcoma virus, MPSV), 뮤린 배아 줄기 세포 바이러스(murine embryonic stem cell virus, MESV), 뮤린 줄기 세포 바이러스(murine stem cell virus, MSCV) 또는 비장 초점 형성 바이러스(spleen focus forming virus, SFFV)에서 유래된 레트로바이러스 벡터를 갖는다. 대부분의 레트로바이러스 벡터는 뮤린 레트로바이러스에서 유래된다. 일부 구현예에서, 레트로바이러스는 임의의 조류 또는 포유류 세포 출처에서 유래된 것을 포함한다. 레트로바이러스는 전형적으로 인간을 포함하여 몇몇 종의 숙주 세포를 감염시킬 수 있음을 의미하는, 암포트로픽(amphotropic)이다. 일 구현예에서, 발현될 유전자가 레트로바이러스의 gag, pol 및/또는 env 서열을 대체한다. 다수의 예시적인 레트로바이러스 시스템이 문헌[예를 들어, 미국 특허 번호 5,219,740; 6,207,453; 5,219,740; Miller and Rosman (1989) BioTechniques 7:980-990; Miller, A. D. (1990) Human Gene Therapy 1:5-14; Scarpa et al. (1991) Virology 180:849-852; Burns et al. (1993) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:8033-8037; 및 Boris-Lawrie and Temin (1993) Cur. Opin. Genet. Develop. 3:102-109]에 기재되어 있다.
렌티바이러스 형질 도입 방법이 공지되어 있다. 예시적인 방법이, 예를 들어, 문헌[Wang et al. (2012) J. Immunother. 35(9): 689-701; Cooper et al. (2003) Blood. 101:1637-1644; Verhoeyen et al. (2009) Methods Mol Biol. 506: 97-114; 및 Cavalieri et al. (2003) Blood. 102(2): 497-505]에 기재되어 있다.
일부 구현예에서, 바이러스 벡터 입자는 렌티바이러스 게놈 기반 벡터에서 유래된 것과 같은 레트로바이러스 게놈 기반 벡터에서 유래된 게놈을 함유한다. 제공된 바이러스 벡터의 일부 측면에서, CAR과 같은 항원 수용체와 같은 재조합 수용체를 암호화하는 이종 핵산이, 벡터 게놈의 5′ LTR 및 3′ LTR 서열 사이에 함유되고/거나 위치한다.
일부 구현예에서, 바이러스 벡터 게놈은 HIV-1 게놈 또는 SIV 게놈과 같은 렌티바이러스 게놈이다. 예를 들어, 렌티바이러스 벡터는 독성 유전자를 약화시켜 배가시킴으로써 생성되었으며, 예를 들어, 유전자 env, vif, vpu 및 nef가 결실되어 치료 목적을 위해 벡터를 더 안전하게 만들 수 있다. 렌티바이러스 벡터는 공지되어 있다. 문헌[Naldini et al., (1996 및 1998); Zufferey et al., (1997); Dull et al., 1998, 미국 특허 번호 6,013,516; 및 5,994,136]을 참조한다. 일부 구현예에서, 상기 바이러스 벡터는 플라스미드 기반 또는 바이러스 기반이며, 숙주 세포 내로 핵산을 전달하기 위한, 선택을 위한 및 외부 핵산을 통합하기 위한 필수 서열을 운반하도록 구성된다. 공지된 렌티바이러스는, 미국형 배양 컬렉션("ATCC(American Type Culture Collection)"; 10801 University Blvd., Manassas, Va. 20110-2209)과 같은 기탁 기관 또는 컬렉션으로부터 용이하게 수득될 수 있거나 일반적으로 이용 가능한 기술을 사용하여 공지된 출처로부터 단리될 수 있다.
렌티바이러스 벡터의 비제한적인 예는, 인간 면역결핍 바이러스 1(Human Immunodeficiency Virus 1, HIV-1), HIV-2, 시미안 면역결핍 바이러스(Simian Immunodeficiency Virus, SIV), 인간 T 림프친화 바이러스 1(Human T-lymphotropic virus 1, HTLV-1), HTLV-2 또는 말 감염 빈혈 바이러스(equine infection anemia virus, E1AV)와 같은 렌티바이러스에서 유래된 것을 포함한다. 예를 들어, 렌티바이러스 벡터는 HIV 독성 유전자를 약화시켜 배가시킴으로써 생성되었으며, 예를 들어, 유전자 env, vif, vpr, vpu 및 nef가 결실되어 치료 목적을 위해 벡터를 더 안전하게 만든다. 렌티바이러스 벡터는 당업계에 공지되어 있으며, 문헌[Naldini et al., (1996 및 1998); Zufferey et al., (1997); Dull et al., 1998, 미국 특허 번호 6,013,516; 및 5,994,136]을 참조한다. 일부 구현예에서, 상기 바이러스 벡터는 플라스미드 기반 또는 바이러스 기반이며, 숙주 세포 내로 핵산을 전달하기 위한, 선택을 위한 및 외부 핵산을 통합하기 위한 필수 서열을 운반하도록 구성된다. 공지된 렌티바이러스는, 미국형 배양 컬렉션("ATCC(American Type Culture Collection)"; 10801 University Blvd., Manassas, Va. 20110-2209)과 같은 기탁 기관 또는 컬렉션으로부터 용이하게 수득될 수 있거나 일반적으로 이용 가능한 기술을 사용하여 공지된 출처로부터 단리될 수 있다.
일부 구현예에서, 바이러스 게놈 벡터는, 렌티바이러스와 같은 레트로바이러스의 5' 및 3' LTR 서열을 함유할 수 있다. 일부 측면에서, 바이러스 게놈 작제물은 렌티 바이러스의 5' 및 3' LTR 유래 서열을 함유할 수 있고, 특히 렌티바이러스의 5' LTR 유래 R 및 U5 서열 및 렌티바이러스 유래 비활성화되거나 자가 비활성화 3' LTR을 함유할 수 있다. LTR 서열은 임의의 종으로부터 임의의 렌티바이러스 유래 LTR 서열일 수 있다. 예를 들어, 이는 HIV, SIV, FIV 또는 BIV 유래 LTR 서열일 수 있다. 전형적으로, LTR 서열은 HIV LTR 서열이다.
일부 구현예에서, HIV 바이러스 벡터와 같은 바이러스 벡터의 핵산은 추가 전사 단위가 없다. 벡터 게놈은 비활성화되거나 또는 자가 비활성화 3' LTR을 함유할 수 있다(Zufferey et al. J Virol 72: 9873, 1998; Miyoshi et al., J Virol 72:8150, 1998).　예를 들어, 바이러스 벡터 RNA를 생성하는 데 사용되는 핵산의 3' LTR의 U3 영역의 결실이 자가 비활성화(self-inactivating, SIN) 벡터를 생성하는 데 사용될 수 있다. 이어서 상기 결실이 역전사 중 프로바이러스(proviral) DNA의 5' LTR로 전달될 수 있다. 자가 비활성화 벡터는 일반적으로 벡터 통합 중 5' LTR 내로 복사되는 3' 긴 말단 반복(long terminal repeat, LTR)으로부터 인핸서 및 프로모터 서열의 결실을 갖는다. 일부 구현예에서, 충분한 서열이 TATA 박스의 제거를 포함하여 제거되어 LTR의 전사 활성이 폐지될 수 있다. 이는 형질 도입된 세포에서 전장 벡터 RNA의 생산을 방지할 수 있다. 일부 측면에서, 3' LTR의 U3 요소는 인핸서 서열, TATA 박스, Sp1 및 NF-카파 B 부위의 결실을 함유한다. 자가 비활성화 3' LTR의 결과로, 도입 및 역전사 후에 생성된 프로바이러스는 비활성화된 5' LTR을 함유한다. 이는 벡터 게놈의 이동 위험 및 근처 세포 프로모터에 대한 LTR의 영향을 감소시킴으로써 안전성을 개선할 수 있다. 자가 비활성화 3' LTR은 당업계에 공지된 임의의 방법에 의해 작제될 수 있다. 일부 구현예에서, 이는 벡터 역가 또는 벡터의 시험관 내 또는 생체 내 특성에 영향을 미치지 않는다.
선택적으로, 렌티바이러스 5' LTR 유래 U3 서열이, 이종 프로모터 서열과 같은 바이러스 작제물의 프로모터 서열로 대체될 수 있다. 이는 패키징 세포주에서 회수되는 바이러스 역가를 증가시킬 수 있다. 인핸서 서열도 포함될 수 있다. 패키징 세포주에서 바이러스 RNA 게놈의 발현을 증가시키는 임의의 인핸서/프로모터 조합이 사용될 수 있다. 일 예에서, CMV 인핸서/프로모터 서열이 사용된다(미국 특허 번호 5,385,839 및 미국 특허 번호 5,168,062).
특정 구현예에서, 삽입 돌연변이 발생의 위험이, 렌티바이러스 벡터 게놈과 같은 레트로바이러스 벡터 게놈을 통합 결함이 있는 것으로 작제함으로써 최소화될 수 있다. 비-통합 벡터 게놈을 생성하기 위한 다양한 접근법을 추구할 수 있다. 일부 구현예에서, 비활성 인테그라제인 단백질을 암호화하도록 pol 유전자의 인테그라제 효소 성분 내로 돌연변이(들)가 조작될 수 있다. 일부 구현예에서, 벡터 게놈 자체가 변형되어, 예를 들어 하나 또는 둘 다의 부착 부위를 돌연변이 또는 결실시키거나 3′ LTR 근위 폴리푸린 트랙(polypurine tract, PPT)을 결실 또는 변형을 통해 비-기능성으로 만들어 통합을 방지할 수 있다. 일부 구현예에서, 비-유전적 접근법이 이용 가능하고; 이는 인테그라제의 하나 이상의 기능을 억제하는 약리학 제제를 포함한다. 접근법들은 상호 배타적이지 않다; 즉, 상기 중 하나 이상을 한 번에 사용할 수 있다. 예를 들어, 인테그라제와 부착 부위 모두 비기능성일 수 있거나, 인테그라제와 PPT 부위가 비기능성일 수 있거나 또는 부착 부위와 PPT 부위가 비기능성일 수 있거나 또는 이들 모두가 비기능성일 수 있다. 상기 방법 및 바이러스 벡터 게놈이 공지되어 있고 이용 가능하다(문헌[Philpott and Thrasher, Human Gene Therapy 18:483, 2007; Engelman et al. J Virol 69:2729, 1995; Brown et al J Virol 73:9011 (1999); WO 2009/076524; McWilliams et al., J Virol 77:11150, 2003; Powell and Levin J Virol 70:5288, 1996] 참조).
일부 구현예에서, 벡터는 원핵생물 숙주 세포와 같은 숙주 세포에서 번식을 위한 서열을 함유한다. 일부 구현예에서, 바이러스 벡터의 핵산은, 세균 세포와 같은 원핵 세포에서 번식을 위한 하나 이상의 복제 기원을 함유한다. 일부 구현예에서, 원핵 생물 복제 기원을 포함하는 벡터는, 이의 발현이 약물 내성과 같은 검출 가능하거나 선택 가능한 마커를 부여하는 유전자를 또한 함유할 수 있다.
바이러스 벡터 게놈은 전형적으로 패키징 또는 생산자 세포주 내로 형질 감염될 수 있는 플라스미드 형태로 구축된다. 공지된 다양한 임의의 방법이 사용되어 이의 게놈이 바이러스 벡터 게놈의 RNA 카피를 함유하는 레트로바이러스 입자를 생성할 수 있다. 일부 구현예에서, 2 개 이상의 성분이 바이러스 기반 유전자 전달 시스템을 제조하는 데 관여한다: 첫째, 구조 단백질뿐만 아니라 바이러스 벡터 입자를 생성하는 데 필요한 효소를 포함하는 패키징 플라스미드, 및 둘째, 바이러스 벡터 자체, 즉, 전달될 유전 물질이다. 생물학적 안전 보호 장치를 상기 성분 중 하나 또는 둘 다의 설계에 도입할 수 있다.
일부 구현예에서, 패키징 플라스미드는, 모든 레트로바이러스, 예컨대 HIV-1의 외피 단백질이 아닌 단백질을 함유할 수 있다(Naldini et al., 1998). 다른 구현예에서, 바이러스 벡터는 독성과 관련된 것과 같은 추가 바이러스 유전자, 예를 들어 HIV의 vpr, vif, vpu 및 nef 및/또는 Tat, 1 차 전이활성제(transactivator)가 결여될 수 있다. 일부 구현예에서, HIV 기반 렌티바이러스 벡터와 같은 렌티바이러스 벡터는, 부모 바이러스의 3 가지 유전자: gag, pol 및 rev만을 포함하며, 이는 재조합을 통한 야생형 바이러스의 재구성 가능성을 감소시키거나 제거한다.
일부 구현예에서, 바이러스 벡터 게놈은 바이러스 게놈 RNA를 패키징하는 데 필요한 모든 성분을 함유하는 패키징 세포주 내로 도입되고, 바이러스 벡터 게놈에서 바이러스 입자 내로 전사된다. 대안적으로, 바이러스 벡터 게놈은, 하나 이상의 관심 서열, 예를 들어, 재조합 핵산외에 바이러스 성분을 암호화하는 하나 이상의 유전자를 포함할 수 있다. 그러나, 일부 측면에서, 표적 세포에서 게놈의 복제를 방지하기 위하여, 복제에 필요한 내인성 바이러스 유전자가 제거되고 패키징 세포주에서 별도로 제공된다.
일부 구현예에서, 패키징 세포주가, 입자를 생성하는 데 필요한 성분을 함유하는 하나 이상의 플라스미드 벡터로 형질 감염된다. 일부 구현예에서, 패키징 세포주는, LTR, 시스 작용(cis-acting) 패키징 서열 및 관심 서열, 즉 CAR과 같은 항원 수용체를 암호화하는 핵산을 포함한 바이러스 벡터 게놈을 함유하는 플라스미드; 및 바이러스 효소 성분 및/또는 구조 성분, 예컨대 Gag, pol 및/또는 rev를 암호화하는 하나 이상의 헬퍼 플라스미드로 형질 감염된다. 일부 구현예에서, 다중 벡터를 이용하여 레트로바이러스 벡터 입자를 생성하는 다양한 유전자 성분을 분리한다. 상기 일부 구현예에서, 패키징 세포에 별도의 벡터를 제공하는 것은 그렇지 않으면 복제 능력이 있는 바이러스를 생성할 수 있는 재조합 사건의 기회를 감소시킨다. 일부 구현예에서, 모든 레트로바이러스 성분을 갖는 단일 플라스미드 벡터를 사용할 수 있다.
일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터 입자, 예컨대 렌티바이러스 벡터 입자는 숙주 세포의 형질 도입 효율을 증가시키는 유사형(pseudotyped)이다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터 입자, 예컨대 렌티바이러스 벡터 입자는 VSV-G 당단백질을 갖는 유사형이고, 이는 형질 도입될 수 있는 세포 유형을 확장하여 광범위한 숙주 세포 범위를 제공한다. 일부 구현예에서, 패키징 세포주는 비천연 외피 당단백질을 암호화하는 플라스미드 또는 폴리뉴클레오티드로 형질 감염되어 신드비스(Sindbis) 바이러스 외피, GALV 또는 VSV-G와 같은 이방성, 다방성 또는 양쪽성 외피를 포함한다.
일부 구현예에서, 패키징 세포주는, 바이러스 게놈 RNA를 렌티바이러스 벡터 입자 내로 패키징하기 위해 트랜스로 필요한 바이러스의 조절 및 구조 단백질을 포함한 성분을 제공한다. 일부 구현예에서, 패키징 세포주는 렌티바이러스 단백질을 발현할 수 있고, 기능성 렌티바이러스 벡터 입자를 생성할 수 있는 임의의 세포주일 수 있다. 일부 측면에서, 적합한 패키징 세포주는 293(ATCC CCL X), 293T, HeLa(ATCC CCL 2), D17(ATCC CCL 183), MDCK(ATCC CCL 34), BHK(ATCC CCL-10) 및 Cf2Th(ATCC CRL 1430) 세포를 포함한다.
일부 구현예에서, 패키징 세포주는 안정적으로 바이러스 단백질(들)을 발현한다. 예를 들어, 일부 측면에서, gag, pol, rev 및/또는 기타 구조 유전자를 함유하나 LTR 및 패키징 성분은 함유하지 않는 패키징 세포주가 작제될 수 있다. 일부 구현예에서, 패키징 세포주는, 이종 단백질을 암호화하는 핵산 분자 및/또는 외피 당단백질을 암호화하는 핵산을 함유하는 바이러스 벡터 게놈과 함께 하나 이상의 바이러스 단백질을 암호화하는 핵산 분자로 일시적으로 형질 감염될 수 있다.
일부 구현예에서, 바이러스 벡터 및 패키징 및/또는 헬퍼 플라스미드가 패키징 세포주 내로 형질 감염 또는 감염을 통해 도입된다. 패키징 세포주는 바이러스 벡터 게놈을 함유하는 바이러스 벡터 입자를 생산한다. 형질 감염 또는 감염을 위한 방법이 잘 알려져 있다. 비제한적인 예는 인산 칼슘, DEAE-덱스트란 및 리포펙션(lipofection) 방법, 전기 천공 및 미세 주입을 포함한다.
재조합 플라스미드 및 레트로바이러스 LTR 및 패키징 서열이 특정 세포주로 (예를 들어, 인산 칼슘 침전에 의해) 도입될 경우, 패키징 서열이 재조합 플라스미드의 RNA 전사물이 바이러스 입자 내로 패키징되도록 허용할 수 있으며, 이어서 이는 배양 배지 내로 분비될 수 있다. 일부 구현예에서, 재조합 레트로바이러스를 함유하는 배지가 이어서 수집되고, 선택적으로 농축 및 유전자 전달을 위해 사용된다. 예를 들어, 일부 측면에서, 패키징 세포주로 패키징 플라스미드 및 전달 벡터의 공형질 감염 후, 바이러스 벡터 입자가 배양 배지에서 회수되고, 당업자에 의해 사용되는 표준 방법에 의해 적정된다.
일부 구현예에서, 렌티바이러스 벡터와 같은 레트로바이러스 벡터는, 렌티바이러스 입자의 생성을 허용하는 플라스미드의 도입에 의해 예시적인 HEK 293T 세포주와 같은 패키징 세포주에서 생성될 수 있다. 일부 구현예에서, 패키징 세포는 형질 감염되고/거나 gag 및 pol을 암호화하는 폴리뉴클레오티드 및 재조합 수용체, 예컨대 항원 수용체, 예를 들어 CAR을 암호화하는 폴리뉴클레오티드를 함유한다. 일부 구현예에서, 패키징 세포주는 rev 단백질을 암호화하는 폴리뉴클레오티드로 선택적 및/또는 추가적으로 형질 감염되고/거나 이를 함유한다. 일부 구현예에서, 패키징 세포주는, VSV-G와 같은 비천연 외피 당단백질을 암호화하는 폴리뉴클레오티드로 선택적 및/또는 추가적으로 형질 감염되고/거나 이를 함유한다. 상기 일부 구현예에서, 세포, 예를 들어, HEK 293T 세포의 형질 감염 후 대략 2 일에, 세포 상청액은 재조합 렌티바이러스 벡터를 함유하고, 이는 회수되고 적정될 수 있다.
회수 및/또는 생성된 레트로바이러스 벡터 입자가 사용되어 기재된 바와 같은 방법을 사용하여 표적 세포를 형질 도입할 수 있다. 일단 표적 세포에 존재하게 되면, 바이러스 RNA는 역전사되고, 핵 내로 들어가며, 숙주 게놈 내로 안정적으로 통합된다. 바이러스 RNA의 통합 후 1 또는 2 일에, 재조합 단백질, 예를 들어 항원 수용체, 예컨대 CAR의 발현이 검출될 수 있다.
일부 구현예에서, 제공된 방법은, 바이러스 입자와 복수의 세포를 포함하는 세포 조성물을 접촉, 예를 들어, 인큐베이션함으로써 세포를 형질 도입시키는 방법을 포함한다. 일부 구현예에서, 형질 감염 또는 형질 도입될 세포는, 대상체로부터 농축 및/또는 선택된 세포와 같은 대상체에서 수득된 1차 세포이거나 이를 포함한다.
일부 구현예에서, 조성물 중 형질 도입될 세포의 농도는 (약) 1.0 x 105 세포/mL 내지 1.0 x 108 세포/mL, 예컨대 (약) 1.0 x 105 세포/mL, 5 x 105 세포/mL, 1 x 106 세포/mL, 5 x 106 세포/mL, 1 x 107 세포/mL, 5 x 107 세포/mL 또는 1 x 108 세포/mL (이상)이다.
일부 구현예에서, 바이러스 입자는 형질 도입될 총 세포수 당 바이러스 벡터 입자 카피의 특정 비율 또는 이의 감염 단위(IU)로 제공된다(IU/세포). 예를 들어, 일부 구현예에서, 바이러스 입자는, 접촉하는 동안 하나의 세포 당 (약) 0.5, 1, 2, 3, 4, 5, 10, 15, 20, 30, 40, 50 또는 60 IU (이상)의 바이러스 벡터 입자로 존재한다.
일부 구현예에서, 바이러스 벡터 입자의 역가는, (약) 1 x 106 IU/mL 내지 1 x 108 IU/mL, 예컨대 (약) 5 x 106 IU/mL 내지 5 x 107 IU/mL, 예컨대 6 x 106 IU/mL, 7 x 106 IU/mL, 8 x 106 IU/mL, 9 x 106 IU/mL, 1 x 107 IU/mL, 2 x 107 IU/mL, 3 x 107 IU/mL, 4 x 107 IU/mL 또는 5 x107 IU/mL 이상이다.
일부 구현예에서, 형질 도입은 100 미만, 예컨대 일반적으로 60, 50, 40, 30, 20, 10, 5 이하 미만의 감염 다중도(multiplicity of infection, MOI)를 달성할 수 있다.
일부 구현예에서, 방법은 바이러스 입자와 세포를 접촉 또는 인큐베이션하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 접촉은, 30 분 내지 72 시간, 예컨대 30 분 내지 48 시간, 30 분 내지 24 시간 또는 1 시간 내지 24 시간, 예컨대 적어도 (약) 30 분, 1 시간, 2 시간, 6 시간, 12 시간, 24 시간, 36 시간 이상 동안이다.
일부 구현예에서, 접촉은 용액에서 수행된다. 일부 구현예에서, 세포 및 바이러스 입자는, (약) 0.5 mL 내지 500 mL, 예컨대 (약) 0.5 mL 내지 200 mL, 0.5 mL 내지 100 mL, 0.5 mL 내지 50 mL, 0.5 mL 내지 10 mL, 0.5 mL 내지 5 mL, 5 mL 내지 500 mL, 5 mL 내지 200 mL, 5 mL 내지 100 mL, 5 mL 내지 50 mL, 5 mL 내지 10 mL, 10 mL 내지 500 mL, 10 mL 내지 200 mL, 10 mL 내지 100 mL, 10 mL 내지 50 mL, 50 mL 내지 500 mL, 50 mL 내지 200 mL, 50 mL 내지 100 mL, 100 mL 내지 500 mL, 100 mL 내지 200 mL 또는 200 mL 내지 500 mL의 부피에서 접촉된다.
특정 구현예에서, 입력 세포는, 바이러스 DNA에 의해 암호화되는 재조합 수용체에 결합하거나 이를 인식하는 결합 분자를 포함하는 입자로 처리, 인큐베이션 또는 접촉된다.
일부 구현예에서, 바이러스 벡터 입자와 세포의 인큐베이션은, 바이러스 벡터 입자로 형질 도입된 세포를 포함하는 산출 조성물을 초래하거나 생성한다.
일부 구현예에서, 재조합 핵산은 전기 천공을 통해 T 세포 내로 전달된다(예를 들어, 문헌[Chicaybam et al, (2013) PLoS ONE 8(3): e60298 및 Van Tedeloo et al. (2000) Gene Therapy 7(16): 1431-1437] 참조). 일부 구현예에서, 재조합 핵산이 전위를 통해 T 세포 내로 전달된다(예를 들어, 문헌[Manuri et al. (2010) Hum Gene Ther 21(4): 427-437; Sharma et al. (2013) Molec Ther Nucl Acids 2, e74; 및 Huang et al. (2009) Methods Mol Biol 506: 115-126] 참조). 면역 세포에서 유전 물질을 도입하고 발현시키는 다른 방법은, 인산칼슘 형질 감염(예를 들어, 문헌[Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, New York. N.Y.]에 기재된 바와 같음), 원형질체 융합, 양이온 리포좀 매개 형질 감염; 텅스텐 입자 촉진 미세 입자 충격(Johnston, Nature, 346: 776-777 (1990)); 및 인산 스트론튬 DNA 공침전(Brash et al., Mol. Cell Biol., 7: 2031-2034 (1987))을 포함한다.
재조합 생성물을 암호화하는 핵산의 전달을 위한 다른 접근법 및 벡터는, 예를 들어, 문헌[국제 특허 출원 공개 번호: WO2014055668 및 미국 특허 번호 7,446,190]에 기재된 것이다.
일부 구현예에서, 세포, 예를 들어, T 세포는, 증폭 중 또는 증폭 후에 예를 들어, T 세포 수용체(TCR) 또는 키메라 항원 수용체(CAR)로 형질 감염될 수 있다. 원하는 수용체 유전자의 도입을 위한 상기 형질 감염은, 예를 들어 임의의 적합한 레트로바이러스 벡터로 수행될 수 있다. 이어서 유전자 변형 세포 집단은 초기 자극(예를 들어, 항-CD3/항-CD28 자극)에서 벗어날 수 있으며, 제2 유형의 자극, 예를 들어 새로이 도입된 수용체를 통해 후속적으로 자극될 수 있다. 상기 제2 유형의 자극은, 펩티드/MHC 분자, 유전자 도입된 수용체의 같은 기원 (교차 결합) 리간드(예를 들어, CAR의 천연 리간드) 또는 (예를 들어, 수용체 내 불변 영역을 인지함으로써) 새로운 수용체의 프레임워크 내에 직접 결합하는 임의의 리간드(예컨대 항체) 형태의 항원 자극을 포함할 수 있다. 예를 들어, 문헌[Cheadle et al, "Chimeric antigen receptors for T-cell based therapy" Methods Mol Biol. 2012; 907:645-66 또는 Barrett et al., Chimeric Antigen Receptor Therapy for Cancer Annual Review of Medicine Vol. 65: 333-347 (2014)]을 참조한다.
일부 경우에, 세포, 예를 들어, T 세포가 활성화되는 것이 필요하지 않은 벡터가 사용될 수 있다. 상기 일부 경우에, 세포는 활성화 전에 선택 및/또는 형질 도입될 수 있다. 따라서, 세포는 세포 배양 이전에 또는 후속적으로 조작될 수 있고, 일부 경우에는 배양의 적어도 일부와 동시에 또는 그 동안에 조작될 수 있다.
추가 핵산, 예를 들어 도입을 위한 유전자 중에, 예컨대 전달된 세포의 생존 능력 및/또는 기능을 촉진함으로써 요법의 효능을 개선하는 유전자; 세포의 선택 및/또는 평가, 예컨대 생체 내에서 생존 또는 국소화를 평가하기 위한 유전자 마커를 제공하는 유전자; 예를 들어, 문헌[Lupton S. D. et al., Mol. and Cell Biol., 11:6 (1991); and Riddell et al., Human Gene Therapy 3:319-338 (1992)]에 기재된 바와 같이 생체 내에서 음성 선택에 세포를 취약하게 함으로써 안전성을 개선하는 유전자;가 있고; 우성 양성 선택 가능한 마커의 음성 선택 가능한 마커와의 융합에서 유래된 이중 기능의 선택 가능한 융합 유전자의 용도를 기재한 문헌[국제 출원 공보 PCT/US91/08442 및 PCT/US94/05601 by Lupton et al.]을 또한 참조한다. 예를 들어, 문헌[Riddell et al., 미국 특허 번호 6,040,177의 14-17 열]을 참조한다.
4. 조작된 세포의 배양, 증폭 및 제형화
일부 구현예에서, 예를 들어 제공된 방법, 용동, 제조 물품 또는 조성물 중 어느 하나에 따른 세포 요법을 위한 조작된 세포를 생성하는 방법은, 세포 배양, 예를 들어 증식 및/또는 증폭을 촉진하는 조건 하에서 세포를 배양하기 위한 하나 이상의 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포가, 증식 및/또는 증폭 후, 예를 들어 형질 도입 또는 형질 감염에 의해 재조합 폴리펩티드를 세포에 도입하는 유전자 조작 단계를 촉진하는 조건 하에서 배양된다. 특정 구현예에서, 세포가 자극 조건 하에서 인큐베이션되고, 재조합 폴리뉴클레오티드, 예를 들어, 재조합 수용체를 암호화하는 폴리뉴클레오티드로 형질 도입되거나 형질 감염된 후, 세포가 배양된다. 따라서, 일부 구현예에서, CAR을 암호화하는 재조합 폴리뉴클레오티드로 형질 도입 또는 형질 감염에 의해 조작된 CAR 양성 T 세포 조성물이 증식 및/또는 증폭을 촉진하는 조건 하에서 배양된다.
특정 구현예에서, 하나 이상의 조작된 T 세포 조성물은, 농축된 T 세포의 2 개의 별개 조성물, 예컨대 재조합 수용체, 예를 들어 CAR을 암호화하는 폴리뉴클레오티드로 조작된 농축된 T 세포의 2 개의 별개 조성물이거나 이를 포함한다. 특정 구현예에서, 농축된 T 세포의 2 개의 별개 조성물, 예를 들어 동일한 생물학적 샘플에서 선택, 단리 및/또는 농축된 T 세포의 2 개의 별개 농축된 조성물이, 예를 들어 형질 도입 또는 형질 감염에 의해 세포로 재조합 폴리뉴클레오티드를 도입하는 예컨대 유전자 조작 단계에 이어 자극 조건 하에서 별개로 배양된다. 특정 구현예에서, 2 개의 별개 조성물은, 농축된 CD4+ T 세포의 조성물, 예컨대 재조합 수용체, 예를 들어 CAR을 암호화하는 폴리뉴클레오티드로 조작된 농축된 CD4+ T 세포의 조성물을 포함한다. 특정 구현예에서, 2 개의 별개 조성물은, 농축된 CD8+ T 세포의 조성물, 예컨대 재조합 수용체, 예를 들어 CAR을 암호화하는 폴리뉴클레오티드로 조작된 농축된 CD4+ T 세포의 조성물을 포함한다. 일부 구현예에서, 농축된 CD4+ T 세포 및 농축된 CD8+ T 세포의 2 개의 별개 조성물, 예컨대 재조합 수용체, 예를 들어 CAR을 암호화하는 폴리뉴클레오티드로 각각 별개로 조작된 농축된 CD4+ T 세포 조성물 및 농축된 CD8+ T 세포 조성물이, 예를 들어 증식 및/또는 증폭을 촉진하는 조건 하에서 별개로 배양된다.
일부 구현예에서, 배양은 증식 및/또는 증폭을 촉진하는 조건 하에서 수행된다. 일부 구현예에서, 상기 조건은 집단 내 세포의 증식, 증폭, 활성화 및/또는 생존을 유도하도록 설계될 수 있다. 특정 구현예에서, 자극 조건은, 특정 배지, 온도, 산소 함량, 이산화탄소 함량, 시간, 제제(agents), 예를 들어 영양소, 아미노산, 항생제, 이온 및/또는 자극 인자, 예컨대 사이토카인, 케모카인(chemokines), 항원, 결합 파트너, 융합 단백질, 재조합 가용성 수용체 및 세포의 성장, 분열 및/또는 증폭을 촉진하도록 설계된 임의의 기타 제제 중 하나 이상을 포함할 수 있다.
특정 구현예에서, 세포는 하나 이상의 사이토카인의 존재 하에 배양된다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 사이토카인은 재조합 사이토카인이다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 사이토카인은 인간 재조합 사이토카인이다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 사이토카인은 T 세포 대해 내인성이고/거나 T 세포에 의해 발현되는 수용체에 결합하고/거나 결합할 수 있다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 사이토카인, 예를 들어 재조합 사이토카인은 4-알파-헬릭스 번들 패밀리의 사이토카인 멤버이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 4-알파-헬릭스 번들 패밀리의 사이토카인 멤버는, 인터루킨-2(IL-2), 인터루킨-4(IL-4), 인터루킨-7(IL-7), 인터루킨-9 (IL-9), 인터루킨 12(IL-12), 인터루킨 15(IL-15), 과립구 콜로니 자극 인자(G-CSF) 및 과립구 대식세포 콜로니 자극 인자(GM-CSF)를 포함하되 이에 국한되지 않는다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 재조합 사이토카인은 IL-2, IL-7 및/또는 L-15를 포함한다. 일부 구현예에서, 세포, 예를 들어, 조작된 세포는, 1 IU/mL 내지 2,000 IU/mL, 10 IU/mL 내지 100 IU/mL, 50 IU/mL 내지 200 IU/mL, 100 IU/mL 내지 500 IU/mL, 100 IU/mL 내지 1,000 IU/mL, 500 IU/mL 내지 2,000 IU/mL 또는 100 IU/mL 내지 1,500 IU/mL의 농도로 사이토카인, 예를 들어 재조합 인간 사이토카인의 존재 하에 배양된다.
일부 구현예에서, 배양은, 일반적으로 인간 T 림프구와 같은 1차 면역 세포의 성장에 적합한 온도, 예를 들어, 약 25 ℃ 이상, 일반적으로 약 30 ℃ 이상 및 일반적으로 (약) 37 ℃를 포함하는 조건 하에서 수행된다. 일부 구현예에서, 농축된 T 세포의 조성물은, 25 내지 38 ℃, 예컨대 30 내지 37 ℃, 예를 들어 (약) 37 ℃ ± 2 ℃의 온도에서 인큐베이션된다. 일부 구현예에서, 인큐베이션은, 배양, 예를 들어, 양성 또는 증폭이 세포의 바람직한 또는 임계 밀도, 수 또는 용량을 초래할 때까지의 기간 동안 수행된다. 일부 구현예에서, 인큐베이션은, (약) 24 시간, 48 시간, 72 시간, 96 시간, 5 일, 6 일, 7 일, 8 일, 9 일 이상을 (초과)한다.
특정 구현예에서, 배양은 폐쇄 시스템에서 수행된다. 특정 구현예에서, 배양은 멸균 조건 하에서 폐쇄 시스템으로 수행된다. 특정 구현예에서, 배양은 제공된 시스템의 하나 이상의 단계와 동일한 폐쇄 시스템에서 수행된다. 일부 구현예에서, 농축된 T 세포 조성물은 폐쇄 시스템에서 제거되고, 배양을 위한 생물 반응기에 배치되고/거나 이에 연결된다. 배양에 적합한 생물 반응기의 예는, GE Xuri W25, GE Xuri W5, Sartorius BioSTAT RM 20 | 50, Finesse SmartRocker Bioreactor Systems 및 Pall XRS Bioreactor Systems을 포함하나 이에 국한되지 않는다. 일부 구현예에서, 생물 반응기가 사용되어 배양 단계 중 적어도 일부 동안 세포를 관류 및/또는 혼합한다.
일부 구현예에서, 혼합은 흔들림 및/또는 움직임이거나 이를 포함한다. 일부 경우에, 생물 반응기는 움직임이나 흔들림에 노출될 수 있고, 이는 일부 측면에서, 산소 전달을 증가시킬 수 있다. 생체 반응기를 움직이는 것은 수평 축을 따라 회전하는 것, 수직 축을 따라 회전하는 것, 생물 반응기의 경사진 또는 기울어진 수평 축을 따라 흔들리는 움직임 또는 이의 임의의 조합을 포함할 수 있으나 이에 국한되지 않는다. 일부 구현예에서, 인큐베이션의 적어도 일부는 흔들리면서 수행된다. 흔들리는 속도 및 흔들리는 각도는 원하는 교반을 달성하기 위해 조정될 수 있다. 일부 구현예에서, 흔들기 각도는 20°, 19°, 18°, 17°, 16°, 15°, 14°, 13°, 12°, 11°, 10°, 9°, 8°, 7°, 6°, 5°, 4°, 3°, 2° 또는 1°이다. 특정 구현예에서, 흔들기 각도는 6-16°이다. 다른 구현예에서, 흔들기 각도는 7-16°이다. 다른 구현예에서, 흔들기 각도는 8-12°이다. 일부 구현예에서, 흔들림 속도는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40 rpm이다. 일부 구현예에서, 흔들림 속도는 4 내지 12 rpm, 예컨대 4 내지 6 rpm(수치 포함)이다.
일부 구현예에서, 생물 반응기는, (약) 0.01 L/min, 0.05 L/min, 0.1 L/min, 0.2 L/min, 0.3 L/min, 0.4 L/min, 0.5 L/min, 1.0 L/min, 1.5 L/min 또는 2.0 L/min 또는 2.0 L/min 초과 또는 적어도 0.01 L/min, 0.05 L/min, 0.1 L/min, 0.2 L/min, 0.3 L/min, 0.4 L/min, 0.5 L/min, 1.0 L/min, 1.5 L/min 또는 2.0 L/min 또는 2.0 L/min 초과의 안정적인 공기 흐름으로 37 ℃ 또는 근방의 온도 및 5% 또는 근방의 CO2 수준을 유지한다. 특정 구현예에서, 배양의 적어도 일부는, 예를 들어, 배양의 시작 및/또는 배양된 세포의 밀도와 관련한 시기에 따라, 관류, 예컨대 290 ml/일, 580 ml/일 및/또는 1160 ml/일의 속도로 수행된다. 일부 구현예에서, 세포 배양 증폭의 적어도 일부는, 흔들림 동작, 예컨대 5° 내지 10°, 예컨대 6°의 각도에서, 일정한 흔들림 속도, 예컨대 5 내지 15 RPM, 예컨대 6 RMP 또는 10 RPM의 속도로 수행된다.
일부 구현예에서, 제공된 방법, 용도 또는 제조 물품과 부합하는 세포 요법 및/또는 조작된 세포를 제조, 생성 또는 생산하기 위한 방법은, 기재된 바와 같은 인큐베이션, 조작 및 배양 및/또는 하나 이상의 다른 프로세스 단계 전 또는 후의 프로세스 단계에서 초래된 유전자 조작된 세포의 제형과 같은 세포의 제형을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 세포의 제형을 포함하는 하나 이상의 프로세스 단계가 폐쇄 시스템에서 수행될 수 있다. 일부 경우에, 세포 요법 및/또는 조작된 세포를 제조, 생성 또는 생산하기 위한 하나 이상의 단계로 프로세싱된 (예를 들어, 원심분리 챔버 및/또는 폐쇄 시스템에서 수행된) 세포는, 기재된 바와 같은 배양, 예를 들어 양성 및 증폭 및/또는 하나 이상의 다른 프로세스 단계 전 또는 후의 형질 도입 프로세스 단계에서 초래된 유전자 조작된 세포의 제형과 같은 세포의 제형을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 유전자 조작된 세포는, 주어진 용량 또는 이의 분획으로 투여하기 위해 세포 수를 포함하는 단위 용량 형태 조성물로 제형화된다.
일부 구현예에서, 재조합 항원 수용체, 예를 들어, CAR 또는 TCR로 조작된 세포를 포함하는 세포의 용량은 약학 조성물 또는 제형와 같은 조성물 또는 제형으로 제공된다. 상기 조성물은, 예컨대 질병, 병태 및 장애의 치료 또는 검출, 진단 및 예후 방법에서 제공된 방법 및 용도 및 제조 물품과 부합되게 사용될 수 있다. 일부 경우에, 세포는, 단일 단위 투여량 투여 또는 다중 투여량 투여를 위한 것과 같은 투여량 투여를 위한 양으로 제형화될 수 있다.
일부 구현예에서, 세포는 컨테이너, 예컨대 백 또는 바이알 내로 제형화될 수 있다. 일부 구현예에서, 바이알은 주입 바이알일 수 있다. 일부 구현예에서, 바이알은, 예컨대 주어진 용량 또는 이의 분획으로 투여를 위한 세포의 수를 포함하는 단일 단위 용량의 조작된 세포로 제형화된다.
일부 구현예에서, 세포는 약학적으로 허용 가능한 완충제로 제형화되며, 이는 일부 측면에서 약학적으로 허용 가능한 담체 또는 부형제를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 프로세스는, 약학적으로 허용 가능하거나 대상체에 투여하기에 바람직한 배지 또는 제형화 완충제로 배지의 교환을 포함한다. 일부 구현예에서, 프로세스 단계는 형질 도입 및/또는 증폭된 세포를 세척하는 것을 수반하여 하나 이상의 선택적인 약학적으로 허용 가능한 담체 또는 부형제를 포함할 수 있는 약학적으로 허용 가능한 완충제로 세포를 교체할 수 있다. 약학적으로 허용 가능한 담체 또는 부형제를 포함한 상기 예시적인 약학적 형태는, 대상체에 세포 및 조성물을 투여하기에 허용 가능한 형태와 함께 하기 기재된 임의의 것일 수 있다. 일부 구현예에서, 약학 조성물은, 치료적 유효량 또는 예방적 유효량과 같이 질병 또는 병태를 치료 또는 예방하기에 효과적인 양으로 세포를 함유한다.
일부 구현예에서, 제형화 완충제는 동결 보존제를 함유한다. 일부 구현예에서, 세포는 1.0% 내지 30% DMSO 용액, 예컨대 5% 내지 20% DMSO 용액 또는 5% 내지 10% DMSO 용액을 함유하는 동결 보존 용액으로 제형화된다. 일부 구현예에서, 동결 보존 용액은, 예를 들어, 20% DMSO 및 8% 인간 혈청 알부민(HSA)을 함유하는 PBS 또는 기타 적합한 세포 동결 배지이거나 이를 함유한다. 일부 구현예에서, 동결 보존 용액은, 예를 들어 약 또는 7.5% 이상 DMSO이거나 이를 함유한다. 일부 구현예에서, 프로세스 단계는 형질 도입 및/또는 증폭된 세포를 세척하는 것을 수반하여 동결 보존 용액으로 세포를 교체할 수 있다. 일부 구현예에서, 세포는, (약) 12.5%, 12.0%, 11.5%, 11.0%, 10.5%, 10.0%, 9.5%, 9. 0%, 8.5%, 8.0%, 7.5%, 7.0%, 6.5%, 6.0%, 5.5% 또는 5.0% DMSO 또는 1% 내지 15%, 6% 내지 12%, 5% 내지 10% 또는 6% 내지 8% DMSO의 최종 농도를 갖는 배지 및/또는 용액으로 동결, 예를 들어 동결 방지 또는 동결 보존된다. 특정 구현예에서, 세포는, (약) 5.0%, 4.5%, 4.0%, 3.5%, 3.0%, 2.5%, 2.0%, 1.5%, 1.25%, 1.0%, 0.75%, 0.5% 또는 0.25% HSA 또는 0.1% 내지 5%, 0.25% 내지 4%, 0.5% 내지 2% 또는 1% 내지 2% HSA의 최종 농도를 갖는 배지 및/또는 용액으로 동결, 예를 들어 동결 방지 또는 동결 보존된다.
일부 구현예에서, 제형화는, 배양 또는 증폭된 세포와 같은 세포를 세척, 희석 또는 농축시키는 것을 포함하는 하나 이상의 프로세싱 단계를 이용하여 수행된다. 일부 구현예에서, 프로세스는 주어진 용량 또는 이의 분획으로 투여를 위한 세포의 수를 포함하는 단위 용량 형태 조성물과 같은 원하는 농도 또는 수로 세포의 희석 또는 농축을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 프로세스 단계는 부피 감소를 포함하여 이로써 원하는 만큼 세포의 농도를 증가시킬 수 있다. 일부 구현예에서, 프로세스 단계는 부피 추가를 포함하여 이로써 원하는 만큼 세포의 농도를 감소시킬 수 있다. 일부 구현예에서, 프로세스는 형질 도입 및/또는 증폭된 세포에 제형화 완충제의 부피를 추가하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 제형화 완충제의 부피는, (약) 10 mL 내지 1000 mL, 예컨대 (약) 50 mL, 100 mL, 200 mL, 300 mL, 400 mL, 500 mL, 600 mL, 700 mL, 800 mL, 900 mL 또는 1000 mL (이상)이다.
일부 구현예에서, 세포 조성물을 제형화하기 위한 상기 프로세스 단계는 폐쇄 시스템에서 수행된다. 상기 예시적인 프로세스 단계는, Sepax® 또는 Sepax 2® 세포 처리 시스템과 사용하기 위한 것을 포함하여 Biosafe SA사에 의해 생산 및 판매되는 원심분리기 챔버와 같은 세포 처리 시스템과 관련된 하나 이상의 시스템 또는 키트와 함께 원심분리기 챔버를 사용하여 수행될 수 있다. 예시적인 시스템 및 프로세스가 문헌[국제 공개 번호 WO2016/073602]에 기재되어 있다. 일부 구현예에서, 방법은, 기재된 바와 같은 상기 임의의 구현예에서 제형 완충제, 예컨대 약학적으로 허용 가능한 완충제로 제형화된 세포의 생성된 조성물인 제형화된 조성물을 원심분리기 챔버의 내부 공동에서 발현을 초래하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 제형화된 조성물의 발현은, 원심 분리기 챔버를 가진 폐쇄 시스템의 일부로서 작동 가능하게 연결된, 여기 기재된 생물 의학 재료 용기의 바이알과 같은 컨테이너에 대한 것이다. 일부 구현예에서, 생물 의학 재료 용기는, 하나 이상의 프로세스 단계를 수행하는 폐쇄 시스템 또는 디바이스에 통합 및 또는 작동 가능한 연결을 위해 구성되고/거나 이에 통합되거나 작동 가능하게 연결된다. 일부 구현예에서, 생물 의학 재료 용기는 산출 라인 또는 산출 위치에서 시스템에 연결된다. 일부 경우에, 폐쇄 시스템은 입구 튜브에서 생물 의학 재료 용기의 바이알에 연결된다. 여기 기재된 생물 의학 재료 용기와 함께 사용하기 위한 예시적인 폐쇄 시스템은 Sepax® 및 Sepax® 2 시스템을 포함한다.
일부 구현예에서, 예컨대 원심 분리기 챔버 또는 세포 처리 시스템과 연관된 폐쇄 시스템은, 하나 또는 복수의 컨테이너가 제형화된 조성물의 발현을 위해 연결될 수 있는 포트를 가진 튜브 라인의 각 말단에 결합된 다중 튜브 매니폴드를 함유하는 다중 포트 산출 키트를 포함한다. 일부 측면에서, 원하는 수 또는 복수의 바이알이, 다중 포트 출력 중 하나 이상, 일반적으로 2 개 이상, 예컨대 적어도 3, 4, 5, 6, 7, 8 개 이상의 포트에 멸균적으로 연결될 수 있다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 하나 이상의 컨테이너, 예를 들어, 생물 의학 재료 용기가 포트들 또는 모든 포트보다 더 적은 포트에 부착될 수 있다. 따라서, 일부 구현예에서, 시스템은 생물 의학 재료 용기 중 복수의 바이알 내로 산출 조성물의 발현을 달성할 수 있다.
일부 측면에서, 세포는, 투여량 투여, 예컨대 단일 단위 투여량 투여 또는 다중 투여량 투여를 위한 양으로 복수의 산출 컨테이너, 예를 들어 바이알 중 하나 이상에 대해 발현될 수 있다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 바이알은 주어진 용량 또는 이의 분획으로 투여하기 위한 세포 수를 각각 함유할 수 있다. 따라서, 일부 측면에서, 각 바이알은 투여를 위한 단일 단위 용량을 함유할 수 있거나 또는 원하는 용량의 분획을 함유하여 복수의 바이알 중 하나 이상, 예컨대 2 개의 바이알 또는 3 개의 바이알이 함께 투여를 위한 용량을 구성할 수 있다. 일부 구현예에서, 4 개의 바이알이 함께 투여를 위한 용량을 구성한다.
따라서, 컨테이너, 예를 들어 백 또는 바이알은 일반적으로 투여될 세포, 예를 들어, 하나 이상의 이의 단위 용량을 함유한다. 단위 용량은 대상체에 투여될 세포의 양 또는 수 또는 투여될 세포의 2 배(이상)의 수일 수 있다. 이는 대상체에 투여될 세포의 가장 적은 용량 또는 가능한 가장 적은 용량일 수 있다. 일부 측면에서, 제공된 제조 물품은 복수의 산출 컨테이너 중 하나 이상을 포함한다.
일부 구현예에서, 각각의 컨테이너, 예를 들어 백 또는 바이알은 개별적으로 단위 용량의 세포를 포함한다. 따라서 일부 구현예에서, 각각의 컨테이너는 동일하거나 대략 또는 실질적으로 동일한 수의 세포를 포함한다. 일부 구현예에서, 각 단위 용량은, (약) 1 x 106, 2 x 106, 5 x 106, 1 x 107, 5 x 107 또는 1 x 108 개 (이상)의 조작된 세포, 총 세포, T 세포 또는 PBMC를 함유한다. 일부 구현예에서, 각 단위 용량은 CD3+, 예컨대 CD4+ 또는 CD8+ 또는 이의 생존 가능한 하위 세트인, (약) 1 x 106, 2 x 106, 5 x 106, 1 x 107, 5 x 107 또는 1 x 108 개 (이상)의 CAR+ T 세포를 함유한다. 일부 구현예에서, 각 컨테이너, 예를 들어 백 또는 바이알 내 제형화된 세포 조성물의 부피는, (약) 10 mL 내지 (약) 100 mL, 예컨대 (약) 20 mL, 30 mL, 40 mL, 50 mL, 60 mL, 70 mL, 80 mL, 90 mL 또는 100 mL (이상)이다. 일부 구현예에서, 각 컨테이너, 예를 들어 백 또는 바이알 내 제형화된 세포 조성물의 부피는, (약) 1 mL 내지 (약) 10 mL, 예컨대 (약) 1 mL 내지 (약) 5 mL이다. 일부 구현예에서, 각 컨테이너, 예를 들어 백 또는 바이알 내 제형화된 세포 조성물의 부피는, (약) 4 mL 내지 (약) 5 mL이다. 일부 구현예에서, 각 컨테이너, 예를 들어 백 또는 바이알 내 제형화된 세포 조성물의 부피는 (약) 4.4 mL이다. 일부 구현예에서, 각 컨테이너, 예를 들어 백 또는 바이알 내 제형화된 세포 조성물의 부피는 (약) 4.5 mL이다. 일부 구현예에서, 각 컨테이너, 예를 들어 백 또는 바이알 내 제형화된 세포 조성물의 부피는 (약) 4.6 mL이다. 일부 구현예에서, 각 컨테이너, 예를 들어 백 또는 바이알 내 제형화된 세포 조성물의 부피는 (약) 4.7 mL이다. 일부 구현예에서, 각 컨테이너, 예를 들어 백 또는 바이알 내 제형화된 세포 조성물의 부피는 (약) 4.8 mL이다. 일부 구현예에서, 각 컨테이너, 예를 들어 백 또는 바이알 내 제형화된 세포 조성물의 부피는 (약) 4.9 mL이다. 일부 구현예에서, 각 컨테이너, 예를 들어 백 또는 바이알 내 제형화된 세포 조성물의 부피는 (약) 5.0 mL이다.
일부 구현예에서, 제형화된 세포 조성물은, (약) 0.5 x 106 개 초과의 재조합 수용체 발현(예를 들어, CAR+)/CD3+ 세포 또는 생존 가능한 상기 세포/mL, (약) 1 x 106 개 초과의 재조합 수용체 발현(예를 들어, CAR+)/CD3+ 세포 또는 생존 가능한 상기 세포/mL, (약) 1.5 x 106 개 초과의 재조합 수용체 발현(예를 들어, CAR+)/CD3+ 세포 또는 생존 가능한 상기 세포/mL, (약) 2.0 x 106 개 초과의 재조합 수용체 발현(예를 들어, CAR+)/CD3+ 세포 또는 생존 가능한 상기 세포/mL, (약) 2.5 x 106 개 초과의 재조합 수용체 발현(예를 들어, CAR+)/CD3+ 세포 또는 생존 가능한 상기 세포/mL, (약) 2.6 x 106 개 초과의 재조합 수용체 발현(예를 들어, CAR+)/CD3+ 세포 또는 생존 가능한 상기 세포/mL, (약) 2.7 x 106 개 초과의 재조합 수용체 발현(예를 들어, CAR+)/CD3+ 세포 또는 생존 가능한 상기 세포/mL, (약) 2.8 x 106 개 초과의 재조합 수용체 발현(예를 들어, CAR+)/CD3+ 세포 또는 생존 가능한 상기 세포/mL, (약) 2.9 x 106 개 초과의 재조합 수용체 발현(예를 들어, CAR+)/CD3+ 세포 또는 생존 가능한 상기 세포/mL, (약) 3.0 x 106 개 초과의 재조합 수용체 발현(예를 들어, CAR+)/CD3+ 세포 또는 생존 가능한 상기 세포/mL, (약) 3.5 x 106 개 초과의 재조합 수용체 발현(예를 들어, CAR+)/CD3+ 세포 또는 생존 가능한 상기 세포/mL, (약) 4.0 x 106 개 초과의 재조합 수용체 발현(예를 들어, CAR+)/CD3+ 세포 또는 생존 가능한 상기 세포/mL, (약) 4.5 x 106 개 초과의 재조합 수용체 발현(예를 들어, CAR+)/CD3+ 세포 또는 생존 가능한 상기 세포/mL 또는 (약) 5 x 106 개 초과의 재조합 수용체 발현(예를 들어, CAR+)/CD3+ 세포 또는 생존 가능한 상기 세포/mL의 농도를 갖는다. 일부 구현예에서, CD3+ 세포는 CD4+ T 세포이다. 일부 구현예에서, CD3+ 세포는 CD8+ T 세포이다. 일부 구현예에서, CD3+ T 세포는 CD4+ 및 CD8+ T 세포이다.
일부 구현예에서, 컨테이너, 예를 들어 백 또는 바이알 내 세포가 동결 보존될 수 있다. 일부 구현예에서, 컨테이너, 예를 들어 바이알은 추가 사용 시까지 액체 질소에 보관될 수 있다.
일부 구현예에서, 방법에 의해 생성된 상기 세포 또는 상기 세포를 포함하는 조성물이, 예를 들어 여기 기재된 방법, 용도 및 제조 물품과 부합되게 질병 또는 병태를 치료하기 위해 대상체에 투여된다.
치료를 위해 대상체를 선택하거나 치료에 대한 반응을 예상 또는 모니터링하는 방법
병용 요법으로 치료하기 위한 및/또는 병용 요법을 계속하기 위한 대상체를 확인 또는 선택 및/또는 치료에 대한 반응(예를 들어, 치료에 대한 반응성 또는 내성)을 예상 또는 평가 및/또는 치료 결과를 모니터링하기 위한 하나 이상의 분석 또는 스크리닝 단계를 포함하는 방법이 여기에 또한 제공된다. 제공된 방법은, 하나 이상의 친생존 유전자(즉, 항-세포자멸사 유전자)의 발현이 세포 독성 요법, 예컨대 CAR-T 세포에 대한 내성의 증가 또는 반응의 결여와 연관될 수 있다는 관찰에 근거한다. 일부 구현예에서, 제공된 방법은, 대상체의 치료 반응 또는 효능의 가능성, 예컨대 대상체에서 세포 요법의 가능성 또는 반응 또는 효능을 개선한다.
일부 구현예에서, 세포 독성 요법, 예컨대 기재된 바와 같은 어느 하나, 예를 들어 CAR T 세포로 치료하기 위한 대상체의 선택을 포함하는 방법이 여기 제공된다. 일부 구현예에서, 방법은, (a) 암을 앓거나 앓는 것으로 의심되는 대상체 유래 생물학적 샘플 내 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양을 평가하는 단계; (b) 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양이 유전자 기준 값 이하인 경우 세포 독성 요법으로 치료를 위해 대상체를 선택하는 단계; 및 (c) 암 세포와 연관된, 암세포에 의해 발현되는 또는 암세포의 상에 존재하는 항원에 결합하는 세포 독성 요법을 선택된 환자에 투여하는 단계;를 포함한다.
일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제로 치료하기 위해 대상체를 선택하는 방법이 여기 제공되고, 상기 대상체는 세포 독성 요법, 예컨대 기재된 바와 같은 어느 하나, 예를 들어 CAR T 세포를 투여받을 수 있다. 일부 구현예에서, 대상체는 암을 앓는다. 일부 구현예에서, 방법은, (a) 대상체 유래 생물학적 샘플 내 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양을 평가하는 단계 - 여기서 상기 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양이 하나 이상의 친생존 유전자에 의해 암호화된 단백질 및/또는 폴리뉴클레오티드의 수준 또는 양이고, 여기서 상기 대상체가, 암 세포와 연관된, 암세포에 의해 발현되는 또는 암세포의 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합하는 면역 요법 또는 세포 요법인 세포 독성 요법의 투여를 받을 예정이며, 여기서 상기 생물학적 샘플이 세포 독성 요법의 투여 전에 대상체에서 수득됨 - ; 및 (b) 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양이 유전자 기준 값 이상인 경우 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제로 치료하기 위해 암을 앓는 대상체를 선택하는 단계;를 포함한다. 일부 경우에, 방법은, 예컨대 제공된 임의의 방법과 부합되게 세포 독성 요법과 병용으로 억제제를 선택된 대상체에 투여하는 것을 더 포함한다. 다른 경우에, 대상체가 제공된 방법과 부합되게 억제제로 치료받기 위해 선택되지 않은 경우, 대상체는 억제제와 병용 투여하지 않고 세포 독성 요법만을 투여받는다.
일부 구현예에서, 세포 독성 요법으로의 치료에 대해 내성이 있을 것을 예상되는 암을 앓는 대상체를 확인하는 방법이 여기 제공되고, 여기서, (1) 그렇게 예상되는 경우, 세포 독성 요법의 계획되거나 예정된 투약보다 대안적인 치료를 대상체에 제공하고, (2) 그렇게 예상되지 않는 경우, 예컨대 계획되거나 예정된 투약으로 세포 독성 요법을 대상체에 제공한다. 상기 구현예에서, 방법은, (a) 대상체 유래 생물학적 샘플 내 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양을 평가하는 단계 - 여기서 상기 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양이 하나 이상의 친생존 유전자에 의해 암호화된 단백질 및/또는 폴리뉴클레오티드의 수준 또는 양이고, 여기서 상기 대상체는 세포 독성 요법의 용량의 투여를 위한 후보이며, 여기서 세포 독성 요법은 암 세포와 연관된, 암세포에 의해 발현되는 또는 암세포의 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합하는 면역 요법 또는 세포 요법이며, 여기서 생물학적 샘플이 세포 독성 요법의 투여 전에 대상체에서 수득됨 - ; 및 (b) 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양이 유전자 기준 값 이상인 경우, 세포 독성 요법으로 치료에 대해 내성일 것으로 예상되는 암을 앓는 것으로 대상체를 확인하는 단계;를 포함한다.
일부 구현예에서, 대상체가 세포 독성 요법으로 치료에 대해 내성일 것으로 예상되는 암을 앓는 것으로 확인된 경우, 방법은 확인된 대상체에 대해 대안적인 치료를 투여하는 것을 더 포함하고, 여기서 대안적인 치료는: 세포 독성 요법 및 세포 독성 요법의 활성을 조절 또는 증가시키는 추가 제제를 포함하는 병용 치료; 세포 독성 요법의 증가된 용량; 및/또는 화학 치료제; 중에서 선택된다. 일부 구현예에서, 대안적인 치료는, 세포 독성 요법으로 치료에 대해 내성일 것으로 예상되는 암을 앓는 것으로 확인되지 않는 대상체에 주어진 세포 독성 요법의 용량과 비교하여 세포 독성 요법의 용량이 증가된다. 일부 측면에서, 증가된 용량의 세포 독성 요법은, 세포 독성 요법으로 치료에 대해 내성이 있을 것으로 예상되지 않는 암을 앓는 것으로 확인된 대상체에 주어진 세포 독성 요법의 용량과 비교하여 증가된 세포 수의 세포 독성 요법을 포함한다. 일부 구현예에서, 대안적인 치료는 화학 치료제, 예컨대, 사이클로포스파미드, 독소루비신, 프레드니손, 빈크리스틴, 플루다라빈, 벤다무스틴 및/또는 리툭시맙으로의 치료이다 일부 구현예에서, 대안적인 치료는, 세포 독성 요법 및 T 세포 요법의 활성을 조절 또는 증가시키는 추가 제제, 예컨대, 면역 체크포인트 억제제, 대사 경로의 조절제, 아데노신 수용체 길항제, 키나제 억제제, 항-TGFβ 항체 또는 항-TGFβR 항체, 사이토카인인 추가 제제를 포함하는 병용 치료이다. 일부 구현예에서, 대안적인 치료는, 예컨대 임의의 제공된 방법과 부합되게 세포 독성 요법 및 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제의 병용 치료를 포함한다. 상기 임의의 구현예 중 일부에서, 세포 독성 요법은, 암 세포와 연관된, 이에 의해 발현된 또는 이의 상에 존재하는 항원과 결합하는 재조합 수용체를 발현하는 세포를 포함한다.
일부 구현예에서, 대상체가 세포 독성 요법으로의 치료에 대해 내성이 있을 것을 예상되지 않는 암을 앓는 것으로 확인된 경우, 대상체에 세포 독성 요법의 계획된 용량 또는 일정을 투여한다.
일부 구현예에서, 세포 독성 요법에 대해 암을 앓는 대상체의 반응성을 결정하기 위한 방법이 여기 제공되고, 상기 대상체는 세포 독성 요법을 투여받은 적이 있다. 일부 구현예에서, 방법은, (a) 대상체 유래 생물학적 샘플 내 하나 이상의 친생존 유전자의 발현 수준 또는 양을 평가하는 단계 - 여기서 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양은 하나 이상의 친생존 유전자에 의해 암호화된 단백질 및/또는 폴리뉴클레오티드의 수준 또는 양이고, 여기서 생물학적 샘플은, 세포 독성 요법이 대상체에 투여되기 전 처음으로 대상체에서 수득되며, 상기 대상체는 세포 독성 요법으로 치료를 받을 예정임 - ; (b) 대상체에 세포 독성 요법의 투여 후 두번째로 대상체 유래 생물학적 샘플에서 하나 이상의 친생존 유전자의 발현 수준 또는 양을 평가하는 단계 - 여기서 상기 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양은 하나 이상의 친생존 유전자에 의해 암호화된 단백질 및/또는 폴리뉴클레오티드의 수준 또는 양이고, 여기서 생물학적 샘플은, 세포 독성 요법이 대상체에 투여된 후 두번째로 수득되며, 상기 대상체에 (b) 단계의 평가 전에 세포 독성 요법이 투여되었음 - ; 및 (c) 두번째 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양이 처음 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양보다 더 적은 경우 대상체가 요법에 대해 반응성인 것으로 결정하는 단계;를 포함한다. 상기 방법에서, 대상체는 (b) 단계에서 투여 전에 세포 독성 요법을 투여받았다.
하기 하위 섹션은 제공된 임의의 방법을 수행하기 위한 특정 특징을 제공한다.
A. 샘플
특정 구현예에서, 하나 이상의 유전자 생성물의 발현이 샘플에서 측정, 평가 및/또는 결정된다. 제공된 구현예에서, 샘플은 대상체에서 채취, 수집 및/또는 수득된 생물학적 샘플이다. 특정 구현예에서, 샘플은 종양 샘플, 예를 들어, 종양 생검 샘플이다. 특정 구현예에서, 샘플은 혈액 샘플이다. 특정 구현예에서, 대상체는 질병 또는 병태를 앓고/거나 질병 또는 병태를 앓을 것으로 의심된다. 일부 구현예에서, 대상체는 요법을 받았거나 받을 것이거나 또는 받을 후보이다. 특정 구현예에서, 샘플은 요법의 투여를 받았거나 받을 것이거나 또는 받을 후보인 대상체에서 채취, 수집 및/또는 수득된다. 특정 구현예에서, 샘플은 요법으로 치료 또는 투여되기 전에 채취, 수집 및/또는 수득된다.
특정 구현예에서, 대상체는 요법을 아직 받지 않았다. 일부 구현예에서, 대상체는 평가 후 후속적인 시기에 요법을 받을 예정이거나 받을 것이다. 다른 구현예에서, 대상체는 요법을 받을 후보이고, 제공된 방법에 따른 평가 결과에 따라 요법을 받을 수 있거나 대안적인 요법 또는 치료를 받을 수 있다. 상기 임의의 구현예에서, 샘플은 요법을 투여받기 전 대상체 유래 샘플이다. 일부 구현예에서, 샘플은 종양 샘플, 예를 들어, 종양 생검 샘플이다. 일부 구현예에서, 샘플은 혈액 샘플이다.
특정 구현예에서, 방법은 대상체에서 반응을 모니터링하는 것을 수반하며, 상기 대상체는 요법을 투여받았다. 상기 구현예에서, 방법은, 요법의 투여 전 시기에 제1 샘플의 평가 및 요법의 투여 후 시기에 제2 샘플의 평가를 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 샘플은 요법을 투여받기 전 대상체 유래 샘플이다. 일부 구현예에서, 제2 샘플은 요법을 투여받은 후 대상체 유래 샘플이다. 일부 구현예에서, 샘플은 종양 샘플, 예를 들어, 종양 생검 샘플이다. 일부 구현예에서, 샘플은 혈액 샘플이다.
일부 구현예에서, 요법은 세포 요법의 투여이다. 특정 구현예에서, 요법은 면역 요법의 투여이다. 특정 구현예에서, 요법은 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제의 투여이다. 특정 구현예에서, 요법은, 세포 요법 및 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제의 투여를 포함하는 병용 요법이다. 특정 구현예에서, 요법은, 면역 요법 및 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제의 투여를 포함하는 병용 요법이다. 특정 구현예에서, 세포 요법은 질병 또는 병태를 치료하거나 치료할 수 있다. 일부 구현예에서, 요법은 하나 이상의 조작된 세포를 함유하는 세포 요법이다. 일부 구현예에서, 조작된 세포는 재조합 수용체를 발현한다. 특정 구현예에서, 재조합 수용체는 키메라 항원 수용체(CAR)이다. 특정 구현예에서, 면역 요법은 질병 또는 병태를 치료하고/거나 치료할 수 있다. 일부 구현예에서, 면역 요법은 T 세포 관여 요법, 예를 들어 이중 특이적 T 세포 관여자(bi-specific T-cell engager, BiTE) 요법이다.
특정 구현예에서, 샘플은 요법의 투여를 받았거나 받을 것이거나 또는 받을 후보인 대상체에서 채취, 수집 및/또는 수득된다. 특정 구현예에서, 샘플은, 세포 독성 요법, 예를 들어 세포 요법 또는 면역 요법으로 치료 또는 투여되기 전에 채취, 수집 및/또는 수득된다. 여기 기재된 방법, 키트 및 제조 물품과 부합되게, 샘플이 임상 결과와 연관된 및/또는 상관 관계가 있는 하나 이상의 유전자 생성물에 대해 평가될 수 있다. 후속적으로 면역 요법 또는 세포 요법을 받을 대상체에서 수집 또는 수득된 샘플 내 발현에 근거한 임상 결과 가능성 및/또는 확률과 연관 및/또는 상관 관계가 있는 예시적인 유전자 생성물은, 하나 이상의 친생존 유전자(즉, 항-세포자멸사 효과를 갖는 유전자), 예컨대 myc 패밀리 유전자(c-myc, l-myc, 및 n-myc,) p53, 및 EZH2를 포함한다. 따라서, 일부 측면에서, 제공된 방법은, 세포 독성 요법(예를 들어, 세포 요법, 예컨대 CAR-T 세포)을 받기 전에 특정 임상 결과, 예를 들어 완전 반응(CR), 부분 반응(PR) 또는 진행성 질병(PD)을 달성할 가능성이 있을 수 있는 대상체를 확인하는 것과 관련된다. 여기 다른 곳에 기재된 바와 같은 방법을 사용하여, 대상체가 세포 독성 요법의 투여를 위한 후보인지 여부, 대상체가 세포 독성 요법 및 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제를 포함하는 병용 요법의 투여를 위한 후보인지 여부 및/또는 대상체가 요법에 대한 반응으로 임상 결과, 예를 들어 세포 독성 요법의 투여에 대한 반응으로 CR, PR, 또는 PD를 나타낼 가능성 여부를 결정할 수 있다.
일부 측면에서, 제공된 방법은, 요법, 예컨대 세포 요법(예를 들어, CAR-T 세포 요법)을 받기 전에 세포 요법에 대한 반응, 예컨대 완전 반응(CR) 또는 부분 반응(PR)을 나타낼수 있거나 또는 요법의 투여에 대해 완전 반응(CR) 또는 부분 반응(PR)을 나타낼 가능성이 있을 수 있는 대상체를 확인하는 것과 관련된다. 일부 측면에서, 제공된 방법은, 요법, 예컨대 세포 요법(예를 들어, CAR-T 세포 요법)을 받기 전에, 요법에 대해 내성이 있을 수 있거나 내성이 예상되는, 예컨대 요법에 대한 비-반응/안정적인 질병(non-response/stable disease, NR/SD), 요법에 대한 불완전 반응/안정적인 질병(SD) 또는 요법 후에 진행성 질병(PD)을 나타낼 수 있거나 나타낼 것으로 예상되는 대상체 및/또는 요법의 투여에 대해 완전 반응(CR) 또는 부분 반응(PR)을 나타낼 가능성이 없을 수 있는 대상체를 확인하는 것과 관련된다. 여기 다른 곳에 기재된 바와 같은 방법을 사용하여, 대상체가 요법, 예를 들어 세포 요법 또는 면역 요법의 투여에 대한 반응으로 완전 반응(CR), 부분 반응(PR), 비반응/안정적인 질병(NR/SD), 불완전 반응/안정적인 질병(SD) 및/또는 진행성 질병(PD)을 나타낼 가능성이 있는지 여부를 결정할 수 있다.
일부 구현예에서, 샘플은, 요법, 예를 들어 세포 요법 또는 면역 요법으로 치료 또는 투여되기 전에 채취, 수집 및/또는 수득된다. 여기 기재된 방법, 키트 및 제조 물품과 부합되게, 샘플이, 요법을 받은 후에 임상 결과(예를 들어, CR, PR, 또는 PD)와 연관된 및/또는 이와 상관 관계가 있는 하나 이상의 유전자 생성물에 대해 평가될 수 있다. 후속적으로 면역 요법 또는 세포 요법을 받을 대상체에서 수집 또는 수득된 샘플 내 발현에 근거한 임상 결과의 가능성 및/또는 확률과 연관 및/또는 상관 관계가 있는 예시적인 유전자 생성물은, 하나 이상의 친생존 유전자(즉, 상기 유전자는 항-세포자멸사 효과를 갖는다), 예컨대 myc 패밀리 유전자(c-myc, l-myc, 및 n-myc,) p53, 및 EZH2를 포함한다. 일부 구현예에서, 샘플은, 요법, 예를 들어 면역 요법 또는 세포 요법의 투여 개시 전 (약) 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 9, 12, 18 또는 24 시간, 또는 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 14, 21, 28 일 이상(이내)에 수집된다.
일부 구현예에서, 샘플은, 요법, 예를 들어 면역 요법 또는 세포 요법으로 치료 또는 투여 후에 채취, 수집 및/또는 수득된다. 여기 기재된 방법, 키트 및 제조 물품과 부합되게, 샘플이, 요법을 받은 후에 임상 결과(예를 들어, CR, PR, 또는 PD)와 연관된 및/또는 이와 상관 관계가 있는 하나 이상의 유전자 생성물에 대해 평가될 수 있다. 후속적으로 면역 요법 또는 세포 요법을 받을 대상체에서 수집 또는 수득된 샘플 내 발현에 근거한 임상 결과의 가능성 및/또는 확률과 연관 및/또는 상관 관계가 있는 예시적인 유전자 생성물은, 하나 이상의 친생존 유전자(즉, 상기 유전자는 항-세포자멸사 효과를 갖는다), 예컨대 myc 패밀리 유전자(c-myc, l-myc, 및 n-myc,) p53, 및 EZH2를 포함한다. 일부 구현예에서, 샘플은, 요법의 투여 개시 후 (약) 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 9, 12, 18 또는 24 시간 또는 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 14, 21, 28 일 이상(이내)에 대상체에서 수집, 채취 및/또는 수득된다. 일부 측면에서, 샘플은, 요법의 투여 후 대상체가 반응의 징후 또는 증상, 예컨대 CR, PR, NR/SD, SD, 및/또는 PD를 나타내기 전에 수집된다.
일부 구현예에서, 샘플은, 질병 또는 병태를 앓거나 앓는 것으로 의심되는 대상체에서 채취, 수집 및/또는 수득된다. 일부 구현예에서, 대상체는 암 또는 증식성 질병을 앓거나 이를 앓을 것으로 의심된다. 특정 구현예에서, 대상체는, 항원을 발현하는 질병 세포와 연관되고/거나 항원과 연관된 질병 또는 병태를 앓거나 질병 또는 병태를 앓을 것으로 의심된다. 일부 구현예에서, 질병 또는 병태, 예를 들어 암 또는 증식성 장애는, αvβ6 인테그린(avb6 인테그린), B세포 성숙 항원(BCMA), B7-H3, B7-H6, 탄산 탈수 효소 9(CA9, 또한 CAIX 또는 G250으로 공지), 암 고환 항원, 암/고환 항원 1B(CTAG, 또한 NY-ESO-1 및 LAGE-2로 공지), 암배아 항원(CEA), 사이클린, 사이클린 A2, C-C 모티프 케모카인 리간드 1(CCL-1), CD19, CD20, CD22, CD23, CD24, CD30, CD33, CD38, CD44, CD44v6, CD44v7/8, CD123, CD133, CD138, CD171, 사이클린 의존성 키나제 4(CDK4), 콘드로이틴 황산염 프로테오글리칸 4(CSPG4), 표피 성장 인자 단백질(EGFR), 유형 III 표피 성장 인자 수용체 돌연변이(EGFR vIII), 표피 당단백질 2(EPG-2), 표피 당단백질 40(EPG-40), 에프린B2, 에프린 수용체 A2(EPHa2), 에스트로겐 수용체, zeste 상동물 2의 인핸서(EZH2), Fc 수용체 유사 5(FCRL5; 또한 FC 수용체 상동물 5 또는 FCRH5로 공지), 태아 아세틸콜린 수용체(태아 AchR), 엽산 결합 단백질(FBP), 엽산 수용체 알파, 강글리오사이드 GD2, O-아세틸화 GD2(OGD2), 강글리오사이드 GD3, 당단백질 100(gp100), 글리피칸-3(GPC3), G 단백질 결합 수용체 5D(GPRC5D), Her2/neu(수용체 티로신 키나제 erb-B2), Her3(erb-B3), Her4(erb-B4), erbB 2량체, 인간 고분자량 흑색종 관련 항원(HMW-MAA), B형 간염 표면 항원, 인간 백혈구 항원 A1(HLA-A1), 인간 백혈구 항원 A2(HLA-A2), IL-22 수용체 알파(IL-22Rα), IL-13 수용체 알파 2(IL-13Rα2), 키나제 삽입 도메인 수용체(kdr), 카파 경쇄, L1 세포 부착 분자(L1-CAM), L1-CAM의 CE7 에피토프, 패밀리 8 멤버 A를 함유하는 루신 리치 반복(LRRC8A), 루이스 Y, 흑색종 관련 항원(MAGE)-A1, MAGE-A3, MAGE-A6, MAGE-A10, 메소텔린(MSLN), c-Met, 뮤린 사이토메갈로바이러스(CMV), 뮤신 1(MUC1), MUC16, 천연 킬러 그룹 2 멤버 D(NKG2D) 리간드, 멜란 A(MART-1), 신경 세포 부착 분자(NCAM), 종양태아성 항원, 흑색종 우선 발현 항원(PRAME), 프로게스트론 수용체, 전립선 특이적 항원, 전립선 줄기 세포 항원(PSCA), 전립선 특이적 막 항원(PSMA), 수용체 티로신 키나제 유사 고아 수용체 1(ROR1), 서바이빈(survivin), 영양막 당단백질(TPBG, 또한 5T4로 공지), 종양 관련 당단백질 72(TAG72), 티로시나제 관련 단백질 1(TRP1, 또한 TYRP1 또는 gp75로 공지), 티로시나제 관련 단백질 2(TRP2, 또한 도파크롬 타우토메라제, 도파크롬 델타 이성화 효소 또는 DCT로 공지), 혈관 내피 성장 인자 수용체(VEGFR), 혈관 내피 성장 인자 수용체 2(VEGFR2), 빌름스 종양 1(WT-1), 및/또는 병원체 특이적 또는 병원체 발현 항원과 연관된다. 일부 구현예에서, 항원은 바이러스 항원(예컨대 HIV, HCV, HBV 등 유래 바이러스 항원), 세균 항원 및/또는 기생충 항원이다. 특정 구현예에서, 대상체는, CD19를 발현하는 질병 세포와 연관되고/거나 CD19와 연관된 질병 또는 병태를 앓거나 질병 또는 병태를 앓을 것으로 의심된다. 특정 구현예에서, 대상체는, 친생존 BCL2 패밀리 단백질을 발현하는 질병 세포와 연관되고/거나 친생존 BCL2 패밀리 단백질과 연관된 질병 또는 병태를 앓거나 질병 또는 병태를 앓을 것으로 의심된다. 특정 구현예에서, 대상체는, 친생존 BCL2 패밀리 단백질을 과발현하는 질병 세포와 연관되고/거나 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 과발현과 연관된 질병 또는 병태를 앓거나 질병 또는 병태를 앓을 것으로 의심된다.
일부 구현예에서, 샘플은, B 세포 악성 종양 또는 혈액암인 암 또는 증식성 질병을 앓거나 앓는 것으로 의심되는 대상체에서 채취, 수집 및/또는 수득된다. 일부 구현예에서, 암 또는 증식성 질병은, 골수종, 예를 들어, 다발성 골수종(MM), 림프종 또는 백혈병, 림프아구성 백혈병(ALL), 비호지킨 림프종(NHL), 만성 림프구성 백혈병(CLL), 미만성 거대 B 세포 림프종(DLBCL), 여포성 림프종(FL) 및/또는 급성 골수성 백혈병(AML)이다. 일부 구현예에서, 암 또는 증식성 질병은 만성 림프구성 백혈병(CLL)이다. 일부 구현예에서, 암 또는 증식성 질병은 작은 림프구성 림프종(SLL)이다. 일부 구현예에서, 암 또는 증식성 질병은 NHL이다. 일부 구현예에서, 대상체는 NHL을 앓거나 이를 앓을 것으로 의심된다. 일부 구현예에서, NHL은 DLBCL이다. 일부 구현예에서, NHL은 DLBCL의 배중심 B 세포 유사(germinal center B-cell like, GCB) 하위 유형이다. 일부 구현예에서, NHL은 DLBCL의 활성화된 B 세포(activated B-cell, ABC) 하위 유형이 아니다. 일부 구현예에서, NHL은 성인 DLBCL이다. 특정 구현예에서, NHL은 FL이다. 특정 구현예에서, NHL은 SLL이다. 특정 구현예에서, NHL은 소아 FL이다.
특정 구현예에서, 샘플은 생물학적 샘플이다. 특정 구현예에서, 샘플은 조직 샘플이다. 특정 구현예에서, 샘플은 질병 또는 병태에 영향을 받거나 영향을 받은 것으로 의심되는 조직이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 샘플은 암 또는 증식성 질병에 영향을 받거나 영향을 받은 것으로 의심되는 조직이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 샘플은 생검이다.
특정 구현예에서, 샘플은 종양을 앓거나 앓는 것으로 의심되는 조직에서 수집된다. 특정 구현예에서, 샘플은 종양 및/또는 종양 미세 환경이거나 이를 포함한다. 특정 구현예에서, 종양은 전암 또는 암이거나 암 또는 전암으로 의심된다. 특정 구현예에서, 종양은 1차 종양이다, 즉 종양은 병변이 초기에 발달하거나 나타나는 해부학적 부위에서 발견된다. 일부 구현예에서, 종양은 2차 종양, 예를 들어 체내 상이한 부위 내에 위치한 1차 종양 내의 세포에서 기원한 암성 종양이다. 일부 구현예에서, 샘플은 암 세포 및/또는 종양 세포인 하나 이상의 세포를 함유한다.
특정 구현예에서, 샘플이, 비-혈액암, 예를 들어 고형 종양과 연관되거나 이에 의해 야기되는 또는 이와 연관되거나 이에 의해 야기되는 것으로 의심되는 병소 및/또는 종양에서 수집된다. 일부 구현예에서, 종양은, 방광, 폐, 뇌, 흑색종(예를 들어, 소-세포 폐, 흑색종), 유방, 자궁 경부, 난소, 결장직장, 췌장, 자궁 내막, 식도, 신장, 간, 전립선, 피부, 갑상선, 림프절 또는 자궁암과 연관되거나 이에 의해 야기되는 또는 이와 연관되거나 이에 의해 야기되는 것으로 의심된다. 일부 구현예에서, 병소는, 췌장암, 방광암, 결장직장암, 유방암, 전립선암, 신장암, 간세포 암, 폐암, 난소암, 자궁 경부암, 췌장암, 직장암, 갑상선암, 자궁암, 위암, 식도암, 두경부암, 흑색종, 신경 내분비암, CNS 암, 뇌 종양, 뼈암 또는 연조직 육종과 연관되거나 이에 의해 야기된다. 특정 구현예에서, 샘플은 림프절 조직, 예를 들어 림프절 생검을 함유한다. 특정 구현예에서, 샘플은 하나 이상의 암 세포를 함유한다. 일부 구현예에서, 샘플은 암으로 의심되는 하나 이상의 세포를 함유한다.
일부 구현예에서, 샘플은 B 세포 악성 종양 또는 혈액암과 연관되거나 이에 의해 야기되는 병소 또는 종양에서 수집된다. 일부 구현예에서, 병소 또는 종양은, 골수종, 예를 들어, 다발성 골수종(MM), 림프종 또는 백혈병, 림프아구성 백혈병(ALL), 비호지킨 림프종(NHL), 만성 림프구성 백혈병(CLL), 및/또는 급성 골수성 백혈병(AML)과 연관된다. 일부 구현예에서, 병소 또는 종양은 CLL과 연관된다. 일부 구현예에서, 병소 또는 종양은 NHL, 예를 들어 DLBCL 또는 FL과 연관되거나 이에 의해 야기된다. 일부 구현예에서, 병소 또는 종양은 작은 림프구성 림프종(SLL)과 연관되거나 이에 의해 야기된다. 일부 구현예에서, 병소 또는 종양은 DLBCL이다. 일부 구현예에서, 병소 또는 종양은 FL이다. 일부 구현예에서, 병소 또는 종양은 SLL이다.
일부 구현예에서, 샘플은 조직 샘플, 예를 들어 조직 생검이다. 특정 구현예에서, 샘플은 결합 조직, 근육 조직, 신경 조직 또는 상피 조직에서 수득, 수집 또는 채취된다. 특정 구현예에서, 병소는, 심장, 맥관 구조, 타액선, 식도, 위, 간, 담낭, 췌장, 내장, 결장, 직장, 시상 하부, 뇌하수체, 송과선, 갑성선, 부갑상선, 부신, 신장, 요관, 방광, 유방, 요도, 림프계, 피부, 근육, 뇌, 척수, 신경, 난소, 자궁, 고환, 전립선, 인두, 후두, 기도, 기관지, 폐, 격막, 뼈, 연골, 인대 또는 심줄 상에 존재한다. 특정 구현예에서, 샘플은 골수에서 수득, 수집 또는 채취된다. 일부 구현예에서, 샘플은 골수 흡인물이다.
일부 구현예에서, 샘플은 대상체 유래 체액이다. 일부 구현예에서, 샘플은 혈액, 혈청, 혈장 또는 소변 샘플이다. 일부 구현예에서, 샘플은 혈장 샘플이다.
특정 구현예에서, 샘플은 요법, 예를 들어 세포 요법 또는 면역 요법을 함유하지 않는다. 특정 구현예에서, 샘플은 세포 요법의 임의의 세포, 예를 들어 조작된 세포를 함유하지 않는다. 특정 구현예에서, 요법은 T 세포 요법을 포함하고, 샘플은 요법의 임의의 조작된 T 세포 및/또는 임의의 T 세포를 함유하지 않는다. 특정 구현예에서, 샘플은 재조합 수용체, 예를 들어, CAR을 발현하는 임의의 조작된 세포를 함유하지 않는다. 일부 구현예에서, 샘플은 CAR을 발현하는 세포를 함유하지 않는다.
제공된 임의의 구현예에서, 샘플은, NHL을 앓는 대상체 또는 NHL을 앓을 가능성이 있거나 또는 NHL을 앓는 것으로 의심되는 대상체 유래 골수 흡인물이고, 유전자 생성물은 폴리뉴클레오티드, 예컨대 RNA, 예를 들어 mRNA이다. 제공된 임의의 구현예에서, 샘플은, NHL을 앓거나 또는 NHL을 앓을 가능성이 있거나 또는 NHL을 앓는 것으로 의심되는 대상체 유래 골수 흡인물이고, 유전자 생성물은 단백질이다. 제공된 임의의 구현예에서, 샘플은, DLBCL을 앓는 대상체 또는 DLBCL을 앓을 가능성이 있거나 또는 DLBCL을 앓는 것으로 의심되는 대상체 유래 골수 흡인물이고, 유전자 생성물은 폴리뉴클레오티드, 예컨대 RNA, 예를 들어 mRNA이다. 제공된 임의의 구현예에서, 샘플은, DLBCL을 앓거나 또는 DLBCL을 앓을 가능성이 있거나 또는 DLBCL을 앓는 것으로 의심되는 대상체 유래 골수 흡인물이고, 유전자 생성물은 단백질이다. 제공된 임의의 구현예에서, 샘플은, FL을 앓는 대상체 또는 FL을 앓을 가능성이 있거나 또는 FL을 앓는 것으로 의심되는 대상체 유래 골수 흡인물이고, 유전자 생성물은 폴리뉴클레오티드, 예컨대 RNA, 예를 들어 mRNA이다. 제공된 임의의 구현예에서, 샘플은, FL을 앓거나 또는 FL을 앓을 가능성이 있거나 또는 FL을 앓는 것으로 의심되는 대상체 유래 골수 흡인물이고, 유전자 생성물은 단백질이다. 제공된 임의의 구현예에서, 샘플은, SLL을 앓는 대상체 또는 SLL을 앓을 가능성이 있거나 또는 SLL을 앓는 것으로 의심되는 대상체 유래 골수 흡인물이고, 유전자 생성물은 폴리뉴클레오티드, 예컨대 RNA, 예를 들어 mRNA이다. 제공된 임의의 구현예에서, 샘플은, SLL을 앓거나 또는 SLL을 앓을 가능성이 있거나 또는 SLL을 앓는 것으로 의심되는 대상체 유래 골수 흡인물이고, 유전자 생성물은 단백질이다.
제공된 임의의 구현예에서, 샘플은, 백혈병을 앓는 대상체 또는 백혈병을 앓을 가능성이 있거나 또는 백혈병을 앓는 것으로 의심되는 대상체 유래 골수 흡인물이고, 유전자 생성물은 폴리뉴클레오티드, 예컨대 RNA, 예를 들어 mRNA이다. 제공된 임의의 구현예에서, 샘플은, 백혈병을 앓거나 또는 백혈병을 앓을 가능성이 있거나 또는 백혈병을 앓는 것으로 의심되는 대상체 유래 골수 흡인물이고, 유전자 생성물은 단백질이다. 제공된 임의의 구현예에서, 샘플은, CLL을 앓는 대상체 또는 CLL을 앓을 가능성이 있거나 또는 CLL을 앓는 것으로 의심되는 대상체 유래 골수 흡인물이고, 유전자 생성물은 폴리뉴클레오티드, 예컨대 RNA, 예를 들어 mRNA이다. 제공된 임의의 구현예에서, 샘플은, CLL을 앓거나 또는 CLL을 앓을 가능성이 있거나 또는 CLL을 앓는 것으로 의심되는 대상체 유래 골수 흡인물이고, 유전자 생성물은 단백질이다.
제공된 임의의 구현예에서, 샘플은, NHL을 앓는 대상체 또는 NHL을 앓을 가능성이 있거나 또는 NHL을 앓는 것으로 의심되는 대상체 유래 림프절 생검이고, 유전자 생성물은 폴리뉴클레오티드, 예컨대 RNA, 예를 들어 mRNA이다. 제공된 임의의 구현예에서, 샘플은, NHL을 앓거나 또는 NHL을 앓을 가능성이 있거나 또는 NHL을 앓는 것으로 의심되는 대상체 유래 림프절 생검이고, 유전자 생성물은 단백질이다. 제공된 임의의 구현예에서, 샘플은, DLBCL을 앓는 대상체 또는 DLBCL을 앓을 가능성이 있거나 또는 DLBCL을 앓는 것으로 의심되는 대상체 유래 림프절 생검이고, 유전자 생성물은 폴리뉴클레오티드, 예컨대 RNA, 예를 들어 mRNA이다. 제공된 임의의 구현예에서, 샘플은, DLBCL을 앓거나 또는 DLBCL을 앓을 가능성이 있거나 또는 DLBCL을 앓는 것으로 의심되는 대상체 유래 림프절 생검이고, 유전자 생성물은 단백질이다. 제공된 임의의 구현예에서, 샘플은, FL을 앓는 대상체 또는 FL을 앓을 가능성이 있거나 또는 FL을 앓는 것으로 의심되는 대상체 유래 림프절 생검이고, 유전자 생성물은 폴리뉴클레오티드, 예컨대 RNA, 예를 들어 mRNA이다. 제공된 임의의 구현예에서, 샘플은, FL을 앓거나 또는 FL을 앓을 가능성이 있거나 또는 FL을 앓는 것으로 의심되는 대상체 유래 림프절 생검이고, 유전자 생성물은 단백질이다. 제공된 임의의 구현예에서, 샘플은, SLL을 앓는 대상체 또는 SLL을 앓을 가능성이 있거나 또는 SLL을 앓는 것으로 의심되는 대상체 유래 림프절 생검이고, 유전자 생성물은 폴리뉴클레오티드, 예컨대 RNA, 예를 들어 mRNA이다. 제공된 임의의 구현예에서, 샘플은, SLL을 앓거나 또는 SLL을 앓을 가능성이 있거나 또는 SLL을 앓는 것으로 의심되는 대상체 유래 림프절 생검이고, 유전자 생성물은 단백질이다.
제공된 임의의 구현예에서, 샘플은, 백혈병을 앓는 대상체 또는 백혈병을 앓을 가능성이 있거나 또는 백혈병을 앓는 것으로 의심되는 대상체 유래 림프절 생검이고, 유전자 생성물은 폴리뉴클레오티드, 예컨대 RNA, 예를 들어 mRNA이다. 제공된 임의의 구현예에서, 샘플은, 백혈병을 앓거나 또는 백혈병을 앓을 가능성이 있거나 또는 백혈병을 앓는 것으로 의심되는 대상체 유래 림프절 생검이고, 유전자 생성물은 단백질이다. 제공된 임의의 구현예에서, 샘플은, CLL을 앓는 대상체 또는 CLL을 앓을 가능성이 있거나 또는 CLL을 앓는 것으로 의심되는 대상체 유래 림프절 생검이고, 유전자 생성물은 폴리뉴클레오티드, 예컨대 RNA, 예를 들어 mRNA이다. 제공된 임의의 구현예에서, 샘플은, CLL을 앓거나 또는 CLL을 앓을 가능성이 있거나 또는 CLL을 앓는 것으로 의심되는 대상체 유래 림프절 생검이고, 유전자 생성물은 단백질이다.
제공된 임의의 구현예에서, 샘플은, NHL을 앓거나 또는 NHL을 앓을 가능성이 있거나 또는 NHL을 앓는 것으로 의심되는 대상체 유래 체액 샘플이고, 유전자 생성물은 단백질이다. 제공된 임의의 구현예에서, 샘플은, NHL을 앓는 대상체 또는 NHL을 앓을 가능성이 있거나 또는 NHL을 앓는 것으로 의심되는 대상체 유래 체액 샘플이고, 유전자 생성물은 폴리뉴클레오티드이다. 제공된 임의의 구현예에서, 샘플은, DLBCL을 앓는 대상체 또는 DLBCL을 앓을 가능성이 있거나 또는 DLBCL을 앓는 것으로 의심되는 대상체 유래 체액 샘플이고, 유전자 생성물은 단백질이다. 제공된 임의의 구현예에서, 샘플은, DLBCL을 앓는 대상체 또는 DLBCL을 앓을 가능성이 있거나 또는 DLBCL을 앓는 것으로 의심되는 대상체 유래 체액 샘플이고, 유전자 생성물은 폴리뉴클레오티드이다. 제공된 임의의 구현예에서, 샘플은, FL을 앓는 대상체 또는 FL을 앓을 가능성이 있거나 또는 FL을 앓는 것으로 의심되는 대상체 유래 체액 샘플이고, 유전자 생성물은 단백질이다. 제공된 임의의 구현예에서, 샘플은, FL을 앓는 대상체 또는 FL을 앓을 가능성이 있거나 또는 FL을 앓는 것으로 의심되는 대상체 유래 체액 샘플이고, 유전자 생성물은 폴리뉴클레오티드이다. 제공된 임의의 구현예에서, 샘플은, SLL을 앓는 대상체 또는 SLL을 앓을 가능성이 있거나 또는 SLL을 앓는 것으로 의심되는 대상체 유래 체액 샘플이고, 유전자 생성물은 단백질이다. 제공된 임의의 구현예에서, 샘플은, SLL을 앓는 대상체 또는 SLL을 앓을 가능성이 있거나 또는 SLL을 앓는 것으로 의심되는 대상체 유래 체액 샘플이고, 유전자 생성물은 폴리뉴클레오티드이다. 일부 구현예에서, 체액 샘플은 혈장 샘플이다. 일부 구현예에서, 체액 샘플은 혈액 샘플이다.
제공된 임의의 구현예에서, 샘플은, 백혈병을 앓는 대상체 또는 백혈병을 앓을 가능성이 있거나 또는 백혈병을 앓는 것으로 의심되는 대상체 유래 체액 샘플이고, 유전자 생성물은 단백질이다. 제공된 임의의 구현예에서, 샘플은, 백혈병을 앓는 대상체 또는 백혈병을 앓을 가능성이 있거나 또는 백혈병을 앓는 것으로 의심되는 대상체 유래 체액 샘플이고, 유전자 생성물은 폴리뉴클레오티드이다. 제공된 임의의 구현예에서, 샘플은, CLL을 앓는 대상체 또는 CLL을 앓을 가능성이 있거나 또는 CLL을 앓는 것으로 의심되는 대상체 유래 체액 샘플이고, 유전자 생성물은 단백질이다. 제공된 임의의 구현예에서, 샘플은, CLL을 앓는 대상체 또는 CLL을 앓을 가능성이 있거나 또는 CLL을 앓는 것으로 의심되는 대상체 유래 체액 샘플이고, 유전자 생성물은 폴리뉴클레오티드이다. 일부 구현예에서, 체액 샘플은 혈장 샘플이다. 일부 구현예에서, 체액 샘플은 혈액 샘플이다.
B. 유전자 발현 또는 유전자 생성물의 측정 또는 평가
특정 구현예에서, 여기 제공된 방법은, 샘플 내 하나 이상의 유전자의 발현을 평가, 측정, 결정 및/또는 정량화하는 하나 이상의 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 유전자의 발현, 예를 들어 임상 결과와 양성 또는 음성의 상관 관계가 있는 발현을 하는 유전자는, 샘플 내 유전자 생성물의 수준, 양 또는 농도를 평가, 측정, 결정 및/또는 정량화하는 것이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 유전자 발현은, 유전자의 정보가 유전자 생성물의 합성에 사용되는 프로세스이거나 이를 포함한다. 따라서, 일부 구현예에서, 유전자 생성물은, 유전자에 의해 암호화된 정보로 조립, 생성 및/또는 합성되는 임의의 생체 분자이고, 폴리뉴클레오티드 및/또는 폴리펩티드를 포함할 수 있다. 특정 구현예에서, 유전자 발현을 평가, 측정 및/또는 결정하는 것은 유전자 생성물의 수준, 양 또는 농도를 결정 또는 측정하는 것이거나 이를 포함한다. 특정 구현예에서, 유전자 생성물의 수준, 양 또는 농도가 변환(예를 들어, 정규화) 또는 직접 분석(예를 들어, 미가공)될 수 있다. 일부 구현예에서, 유전자 생성물은 유전자에 의해 암호화된 단백질이다. 특정 구현예에서, 유전자 생성물은 유전자에 의해 암호화된 폴리뉴클레오티드, 예를 들어 mRNA 또는 단백질이다.
일부 구현예에서, 유전자 생성물은 유전자에 의해 발현 및/또는 암호화된 폴리뉴클레오티드이다. 특정 구현예에서, 폴리뉴클레오티드는 RNA이다. 일부 구현예에서, 유전자 생성물은, 메신저 RNA(mRNA), 전달 RNA(tRNA), 리보솜 RNA, 작은 핵 RNA, 작은 핵인 RNA, 안티센스 RNA, 긴 비-코딩 RNA, 마이크로RNA, Piwi-상호 작용 RNA, 작은 간섭 RNA, 및/또는 짧은 헤어핀 RNA이다. 특정 구현예에서, 유전자 생성물은 mRNA이다.
특정 구현예에서, 샘플 내 폴리뉴클레오티드의 양 또는 수준이 당업계에 공지된 임의의 적합한 수단에 의해 평가, 측정, 결정 및/또는 정량화될 수 있다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 폴리뉴클레오티드 유전자 생성물의 양 또는 수준이, 역전사 효소(rt) PCR, 액적 디지털 PCR, 실시간 및 정량화 PCR(qPCR) 방법을 포함한 중합효소 연쇄 반응(PCR) (예를 들어, TAQMAN®, 분자 비콘, LIGHTUP?, SCORPION?, SIMPLEPROBES®을 포함하며; 예를 들어, 문헌[미국 특허 번호 5,538,848; 5,925,517; 6,174,670; 6,329,144; 6,326,145 및 6,635,427]을 참조한다); 노던 블롯팅; 예를 들어, 역전사 생성물 및 파생물의 서던 블롯팅; 블롯 어레이, 마이크로 어레이 또는 원위치 합성 어레이를 포함한 어레이 기반 방법; 및 시퀀싱, 예를 들어 합성에 의한 시퀀싱, 파이로시퀀싱, 디디옥시 시퀀싱 또는 결찰에 의한 시퀀싱 또는 예컨대 문헌[Shendure et al., Nat. Rev. Genet. 5:335-44 (2004) or Nowrousian, Euk. Cell 9(9): 1300-1310 (2010)]에 논의된 당업계에 공지된 임의의 기타 방법에 의해 평가, 측정, 결정 및/또는 정량화될 수 있으며, HELICOS®, ROCHE® 454, ILLUMINA®/SOLEXA®, ABI SOLiD® 및 POLONATOR® 시퀀싱과 같은 상기 특정 플랫폼을 포함한다. 특정 구현예에서, 핵산 유전자 생성물의 수준이 정량화 PCR(qPCR) 방법, 상기 qRT-PCR에 의해 측정된다. 일부 구현예에서, qRT-PCR은 각각의 유전자에 대해 3 개의 핵산 세트를 사용하며, 여기서 3 개의 핵산은 TAQMAN® 분석으로 상업적으로 공지된 프라이머가 결합하는 표적 핵산의 영역 사이에 결합하는 프로브와 함께 프라이머 쌍을 포함한다.
특정 구현예에서, RNA 유전자 생성물의 양 또는 수준의 평가, 측정, 결정 및/또는 정량화는, RNA 유전자 생성물로부터 cDNA 폴리뉴클레오티드 및/또는 cDNA 올리고뉴클레오티드를 생성, 중합체화 및/또는 얻는 단계를 포함한다. 특정 구현예에서, RNA 유전자 생성물에서 유래된 cDNA 폴리뉴클레오티드 및/또는 cDNA 올리고뉴클레오티드를 직접 평가, 측정, 결정 및/또는 정량화함으로써 RNA 유전자 생성물이 평가, 측정, 결정 및/또는 정량화된다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 프라이머가, RNA 유전자 생성물 및/또는 RNA 유전자 생성물에서 유래된 cDNA 폴리뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드에 접촉되어 RNA 유전자 생성물의 수준, 양 또는 농도를 평가, 측정, 결정 및/또는 정량화한다. 일부 구현예에서, RNA 유전자 생성물(또는 이로부터 유래된 cDNA)의 수준, 양 또는 농도를 평가, 측정, 검출 및/또는 정량화하는 데 적합한 올리고뉴클레오티드 프라이머가 여기 제공된다. 특정 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 프라이머가 RNA 유전자 생성물 및/또는 이로부터 유래된 cDNA와 혼성화하고/거나 혼성화할 수 있다. 특정 구현예에서, 올리고뉴클레오티드가, 하나 이상의 친생존 유전자(즉, 항-세포자멸사 효과를 부여하는 유전자), 예컨대 myc 패밀리 유전자(c-myc, l-myc, 및 n-myc), p53, 및 EZH2에 의해 발현되고/거나 암호화된 RNA 유전자 생성물 또는 이로부터 유래된 cDNA와 혼성화하고/거나 혼성화할 수 있다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트가, 하나 이상의 친생존 유전자(즉, 항-세포자멸사 효과를 부여하는 유전자), 예컨대 myc 패밀리 유전자(c-myc, l-myc, 및 n-myc), p53, 및 EZH2에 의해 암호화되거나 출원의 다른 곳에 기재된 임의의 RNA 유전자 생성물에 대해 제조될 수 있다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 프라이머가 분자 생물학 당업계의 통상의 기술을 사용하여 용이하게 설계될 수 있어, 주어진 RNA 유전자 생성물에 특이적인 프라이머를 얻을 수 있다. 일부 구현예에서, 올리고뉴클레오티드 프라이머는, 약 10-100 개의 뉴클레오티드, 예를 들어, 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 70, 80, 90, 100 개 이상의 뉴클레오티드 길이를 가지며, 프라이머의 서열이 용이하게 조정되어 원하는 용융 온도("Tm(melting temperature)"; 예를 들어, 약 45-72 ℃, 예를 들어, 약 45, 50, 55, 60, 65, 70, 72 ℃ 이상) 및 특이성에 도달할 수 있다. 당업자는 인자, 예컨대 2차 구조, 프라이머 2량체, 염 농도, 핵산 농도 등을 용이하게 설명할 것이다. 여기 제공된 올리고뉴클레오티드 프라이머는 자연 발생 디옥시리보뉴클레오티드로 구성(또는 실질적으로 구성)될 수 있거나, 선택적으로 변형, 예컨대 비-천연 뉴클레오티드, 인공 백본(예컨대 PNA) 및 검출 가능한 표지, 예컨대 형광 표지를 포함할 수 있다. 특정 구현예에서, 형광 표지는 올리고뉴클레오티드 프라이머에 부착, 예를 들어 공유적으로 부착된다.
특정 구현예에서, 2 개 이상의 유전자 발현이 동시에 측정 또는 평가된다. 특정 구현예에서, 멀티플렉스 PCR, 예를 들어 멀티플렉스 rt-PCR 평가 또는 멀티플렉스 정량화 PCR(qPCR)은 2 개 이상의 유전자 생성물의 수준, 양 또는 농도를 측정, 결정 및/또는 정량화하기 위한 것이다. 일부 구현예에서, 마이크로어레이(예를 들어, AFFYMETRIX®, AGILENT® 및 ILLUMINA®-양식 어레이)가 2 개 이상의 유전자 생성물의 수준, 양 또는 농도를 평가, 측정, 결정 및/또는 정량화하는 데 사용된다. 일부 구현예에서, 마이크로어레이가 RNA 유전자 생성물에서 유래된 cDNA 폴리뉴클레오티드의 수준, 양 또는 농도를 평가, 측정, 결정 및/또는 정량화하는 데 사용된다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 유전자 생성물, 예를 들어 폴리뉴클레오티드 유전자 생성물의 발현이, 유전자 생성물의 시퀀싱 및/또는 유전자 생성물에서 유래된 cDNA 폴리뉴클레오티드의 시퀀싱에 의해 결정된다. 일부 구현예에서, 시퀀싱이 비-생거 시퀀싱 방법(non-Sanger sequencing method) 및/또는 차세대 시퀀싱(next generation sequencing, NGS) 기술에 의해 수행된다. 차세대 시퀀싱 기술의 예는, MPSS(Massively Parallel Signature Sequencing), 폴로니 시퀀싱, 파이로시퀀싱, 가역적인 염료-터미네이터 시퀀싱, SOLiD 시퀀싱, 이온 반도체 시퀀싱, DNA 나노볼 시퀀싱, 헬리오스코프 단일 분자 시퀀싱, 단일 분자 실시간(Single molecule real time, SMRT) 시퀀싱, 단일 분자 실시간(RNAP) 시퀀싱 및 나노포어 DNA 시퀀싱을 포함하나 이에 국한되지 않는다.
일부 구현예에서, NGS 기술은 RNA 시퀀싱(RNA-Seq)이다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 폴리뉴클레오티드 유전자 생성물의 발현이 RNA-Seq에 의해 측정, 결정 및/또는 정량화된다. 전체 전사체 샷건 시퀀싱으로도 명명되는 RNA-Seq이 샘플 내 RNA의 존재 및 수량을 결정한다. RNA 시퀀싱 방법이 가장 일반적인 DNA 시퀀싱 플랫폼 [HiSeq 시스템(Illumina), 454 게놈 시퀀서 FLX 시스템(Roche), 응용 바이오 시스템 SOLiD(Life Technologies), IonTorrent(Life Technologies)]에 대해 조정되었다. 상기 플랫폼은 cDNA로 RNA의 초기 역전사가 필요하다. 반대로, 단일 분자 시퀀서 헬리오스코프(Helicos BioSciences)는 시퀀싱을 위한 주형으로 RNA를 사용할 수 있다. PacBio RS 플랫폼 상에서 직접적인 RNA 시퀀싱을 위한 원리의 증명이 또한 실증되었다(Pacific Bioscience). 일부 구현예에서, 하나 이상의 RNA 유전자 생성물이 RNA-seq에 의해 평가, 측정, 결정 및/또는 정량화된다.
일부 구현예에서, RNA-seq은 태그 기반 RNA-seq이다. 태그 기반 방법에서, 각 전사물은 고유한 태그로 표시된다. 초기에, 태그 기반 접근법은, 태그의 수(카운트)가 mRNA 분자의 존재도에 직접 상당한다는 가정 하에 전사물의 존재도를 측정하고 차별적으로 발현된 유전자를 식별하기 위한 서열 기반 방법으로 개발되었다. 정의된 영역을 시퀀싱함으로써 수득된 샘플의 복잡성의 감소는 생거 기반 방법을 알맞게 하는 데 필수적이었다. NGS 기술이 이용 가능해졌을 때, 생성될 수 있는 많은 수의 판독이 차별적인 유전자 발현 분석을 촉진했다. 예컨대 샷건 방법에서 관찰된 유전자 발현 수준의 정량화에서 전사체 길이 편향이 태그 기반 방법에서는 발견되지 않았다. 모든 태그 기반 방법은 정의상 가닥 특이적이다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 RNA 유전자 생성물이 태그 기반 RNA-seq에 의해 평가, 측정, 결정 및/또는 정량화된다.
일부 구현예에서, RNA-seq은 샷건(shotgun) RNA-seq이다. 수많은 프로토콜이 샷건 RNA-seq에 대해 설명되었으나, 이들은 많은 단계: 단편화(RNA 수준 또는 cDNA 수준, cDNA로 RNA의 전환(올리고 dT 또는 무작위 프라이머에 의해 수행됨) 시 발생할 수 있음), 제2 가닥 합성, (RNA 또는 DNA 수준에서) 3' 및 5' 말단에서 어댑터 서열의 결찰 및 최종 증폭을 공통적으로 갖는다. 일부 구현예에서, RNA-seq은, 폴리(A)+ RNA가 단편화 전에 선택된 경우 폴리아데닐화된 RNA 분자(주로 mRNA이나 또한 일부 lncRNAs, snoRNAs, 가성유전자 및 히스톤) 상에만 집중할 수 있거나 선택이 수행되지 않는 경우 비-폴리아데닐화된 RNA도 포함할 수 있다. 후자의 경우, 리보솜 RNA(전체 RNA 풀의 80% 이상)가 단편화 전에 제거될 필요가 있다. 따라서, 전사체 중 mRNA 부분의 포획의 차이가 검출된 전사물 유형 내 부분적인 중복으로 이어지는 것이 명백하다. 또한, 상이한 프로토콜은 시퀀싱된 판독의 존재도 및 분포에 영향을 미칠 수 있다. 이는 상이한 실험실 제조 프로토콜로 실험한 결과와 비교하는 것을 어렵게 만든다.
일부 구현예에서, 각 샘플, 예컨대 각 림프절 생검 샘플 유래 RNA가 수득, 단편화되고 상보적인 DNA(cDNA) 샘플, 예컨대 시퀀싱을 위한 cDNA 라이브러리를 생성하는 데 사용된다. 판독이 프로세싱되고 인간 게놈에 대해 정렬될 수 있으며, 유전자/동형 단백질 당 예상된 맵핑 수가 추정되고 판독 카운트를 결정하는 데 사용된다. 일부 구현예에서, 판독 카운트가 유전자/동형 단백질의 길이 및 라이브러리 내 판독 수에 의해 정규화되어 예를 들어 유전자/동형 단백질의 길이 및 라이브러리 내 판독 수에 의해 정규화된 FPKM을 산출하고, 유전자 길이 및 총 맵핑된 판독에 따라 백만 개의 맵핑된 판독 당 엑손의 킬로베이스 당 단편(FPKM)을 산출한다. 일부 측면에서, 샘플 간 정규화는 75번째 분위수 정규화와 같은 정규화에 의해 달성되며, 여기서 각 샘플은, 예를 들어 분위수-정규화된 FPKM(FPKQ) 값을 산출하기 위해 모든 샘플로부터 75번째 분위수의 중앙값에 의해 스케일링된다. FPKQ 값은 로그 변환(log2)될 수 있다.
일부 구현예에서, 뉴클레오티드 압타머를 포함하는 기술 및 방법을 사용하여 폴리뉴클레오티드 유전자 생성물의 수준, 양 또는 농도를 측정, 평가, 정량화 및/또는 결정한다. 적합한 뉴클레오티드 압타머가 공지되어 있고, 문헌[Cox and Ellington, Bioorganic & Medicinal Chemistry. (2001) 9 (10): 2525-2531; Cox et al., Combinatorial Chemistry & High Throughput Screening. (2002) 5 (4): 289-29; Cox et al., Nucleic Acids Research. (2002) 30(20): e108]에 기재된 것을 포함한다.
일부 구현예에서, RNA-seq가 수행되어 총 RNA, 예를 들어 샘플 중 총 RNA를 시퀀싱한다. 특정 구현예에서, RNA-seq가 수행되어 mRNA, tRNA, 리보솜 RNA, 작은 핵 RNA, 작은 핵인 RNA, 안티센스 RNA, 긴 비-코딩 RNA, 마이크로RNA, Piwi-상호 작용 RNA, 작은 간섭 RNA, 및/또는 짧은 헤어핀 RNA 중 하나 이상을 시퀀싱한다. 특정 구현예에서, RNA-seq가 수행되어 mRNA, tRNA, 리보솜 RNA, 작은 핵 RNA, 작은 핵인 RNA, 안티센스 RNA, 긴 비-코딩 RNA, 마이크로RNA, Piwi-상호 작용 RNA, 작은 간섭 RNA, 및/또는 짧은 헤어핀 RNA만을 시퀀싱한다. 특정 구현예에서, RNA-seq가 수행되어 mRNA 유전자 생성물을 시퀀싱한다.
일부 구현예에서, 유전자 생성물은 유전자에 의해 암호화되고/거나 발현되는 단백질, 즉, 폴리펩티드이거나 이를 포함한다. 특정 구현예에서, 유전자 생성물은 세포의 표면 상에 국소화되고/거나 노출되는 단백질을 암호화한다. 일부 구현예에서, 단백질은 가용성 단백질이다. 특정 구현예에서, 단백질은 세포에 의해 분비된다.
특정 구현예에서, 유전자 발현은, 유전자에 의해 암호화된 단백질의 양, 수준 및/또는 농도이다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 단백질 유전자 생성물이 당업계에 공지된 임의의 적합한 수단에 의해 측정된다. 하나 이상의 단백질 유전자 생성물의 수준, 양 또는 농도를 평가, 측정, 결정 및/또는 정량화하는 적합한 방법은, 면역 분석, 핵산 기반 또는 단백질 기반 압타머 기술, HPLC(high precision liquid chromatography), 펩티드 시퀀싱(예컨대 에드만 분해 시퀀싱 또는 질량 분석법(예컨대 선택적으로 HPLC에 결합된 MS/MS) 및 (핵산, 항체 또는 단백질-단백질(즉, 비-항체) 어레이를 포함한) 상기 중 어느 하나의 마이크로어레이 적응을 이용한 검출을 포함하나 이에 국한되지 않는다. 일부 구현예에서, 면역 분석은, 예를 들어 유전자 생성물에 대한 항체 또는 항원 결합 항체 단편의 결합을 검출함으로써 면역학적 반응에 근거하여 단백질을 검출하는 방법 또는 분석이거나 이를 포함한다. 면역 분석은, 정량적 면역 세포 화학 또는 면역 조직 화학, ELISA(직접, 간접, 샌드위치, 경쟁적, 다중 및 휴대용 ELISA 포함(예를 들어, 문헌[미국 특허 번호 7,510,687] 참조)), 웨스턴 블롯팅(선택적으로 펩티드 시퀀싱을 포함한 1, 2 차원 이상의 블롯팅 또는 기타 크로마토그래피 방법을 포함), 효소 면역 분석(EIA), RIA(radioimmunoassay) 및 SPR(surface plasmon resonance)을 포함하나 이에 국한되지 않는다.
일부 구현예에서, 유전자 발현 생성물은 단백질이다. 특정 구현예에서, 유전자 발현 생성물은, 단백질, 예를 들어 하나 이상의 친생존 유전자(즉, 항-세포자멸사 효과를 부여하는 유전자), 예컨대 myc 패밀리 유전자(c-myc, l-myc, 및 n-myc), p53, 및 EZH2에 의해 암호화된 단백질의 부분, 일부, 변이체, 버전 및/또는 동형 단백질이다. 특정 구현예에서, 단백질의 부분, 일부, 변이체, 버전 및/또는 동형 단백질은 가용성이다. 일부 구현예에서, 단백질의 부분, 일부, 변이체, 버전 및/또는 동형 단백질은 막관통 도메인이 없다. 특정 구현예에서, 단백질의 부분, 일부, 변이체, 버전 및/또는 동형 단백질은 세포의 표면 상 또는 내에서 발현되지 않는다. 일부 구현예에서, 단백질의 부분, 일부, 변이체, 버전 및/또는 동형 단백질은 세포의 표면에서 절단되었다.
여기 제공된 방법, 키트 및 조성물의 실시는 기존의 생물학적 방법, 소프트웨어 및 시스템을 또한 이용할 수 있다. 예를 들어, 하나 이상의 친생존 유전자(즉, 항-세포자멸사 효과를 부여하는 유전자), 예컨대 myc 패밀리 유전자(c-myc, l-myc, 및 n-myc), p53, 및 EZH2의 전사물 또는 부분 전사물의 발현 수준을 측정하기 위한 방법; 요법과 연관된 및/또는 이의 투여 후에 확률 및/또는 가능성(예컨대 임상 결과, 예를 들어 CR, PR 또는 PD)의 분류와 발현 수준의 상관 관계에 대한 방법; 및 확률 및/또는 가능성을 산출하기 위한 방법;은 여기 기재된 바와 같은 또는 달리 공지된 바와 같은 기존의 생물학적 방법, 소프트웨어 및 시스템을 이용할 수 있다. 제공된 방법, 조성물 및 키트와 함께 사용하기 위한 컴퓨터 소프트웨어 생성물은 전형적으로 발명의 방법의 로직 단계를 수행하기 위한 컴퓨터 실행 가능한 지침를 갖는 컴퓨터 판독 가능한 매체를 포함한다. 적당한 컴퓨터 판독 가능한 매체는, 플로피 디스크, CD-ROM/DVD/DVD- ROM, 하드 디스크 드라이브, 플래시 메모리, ROM/RAM, 자성 테이프 등을 포함한다. 컴퓨터 실행 가능한 지침은 적당한 컴퓨터 언어 또는 몇몇 언어의 조합으로 기록될 수 있다. 기본적인 컴퓨터 생물학 방법은, 예를 들어 문헌[Setubal and Meidanis et al., Introduction to Computational Biology Methods (PWS Publishing Company, Boston, 1997); Salzberg, Searles, Kasif, (Ed.), Computational Methods in Molecular Biology, (Elsevier, Amsterdam, 1998); Rashidi and Buehler, Bioinformatics Basics: Application in Biological Science and Medicine (CRC Press, London, 2000) and Ouelette and Bzevanis Bioinformatics: A Practical Guide for Analysis of Gene and Proteins (Wiley & Sons, Inc., 2.sup.nd ed., 2001)]에 기재되어 있다. 미국 특허 번호 제6,420,108호를 참조한다.
일부 구현예에서, 여기 제공된 방법은, 샘플 내 대응하는 하나 이상의 유전자 생성물의 양을 평가, 측정, 결정 및/또는 정량화함으로써 샘플 내 하나 이상의 유전자를 평가하는 단계를 포함한다. 특정 구현예에서, 임상 결과, 예를 들어 CR, PR, 또는 PD와 역으로 상관 관계가 있고/거나 역으로 연관된 샘플 내 하나 이상의 유전자의 발현이, 샘플 내 대응하는 하나 이상의 유전자 생성물의 양 또는 수준을 결정함으로서 측정된다. 특정 구현예에서, 샘플 내 유전자 발현은 유전자에 의해 암호화된 유전자 생성물의 수준, 양 또는 농도이다.
특정 구현예에서, 임상 결과, 예를 들어 CR, PR, 또는 PD와 역으로 상관 관계가 있고/거나 역으로 연관된 샘플 내 하나 이상의 유전자의 발현이 샘플에서 측정된다. 일부 구현예에서, 임상 결과와 역으로 상관 관계가 있고/거나 역으로 연관된 샘플 내 하나 이상의 유전자의 발현이, 유전자에 의해 암호화된, 생성된 및/또는 발현된 생성물의 양 또는 수준을 결정함으로서 평가, 측정, 결정 및/또는 정량화된다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 유전자 생성물은, 하나 이상의 친생존 유전자(즉, 항-세포자멸사 효과를 부여하는 유전자), 예컨대 myc 패밀리 유전자(c-myc, l-myc, 및 n-myc), p53, 및 EZH2에 의해 암호화, 생성 및/또는 발현된다. 특정 구현예에서, 유전자 생성물은 유전자에 의해 암호화된 2 개 이상의 동형 단백질 중 하나이다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 유전자 생성물은, 하나 이상의 친생존 유전자(즉, 항-세포자멸사 효과를 부여하는 유전자), 예컨대 myc 패밀리 유전자(c-myc, l-myc, 및 n-myc), p53, 및 EZH2 또는 이의 일부의 생성물이다.
특정 구현예에서, 임상 결과, 예를 들어 PD와 역으로 상관 관계가 있고/거나 역으로 연관된 하나 이상의 유전자의 발현이, 하나 이상의 유전자에 의해 암호화된, 생성된 및/또는 발현된 RNA 생성물의 양 또는 수준을 결정함으로서 평가, 측정, 결정 및/또는 정량화된다. 특정 구현예에서, 유전자 생성물은 mRNA이다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 유전자 생성물은, 하나 이상의 친생존 유전자(즉, 항-세포자멸사 효과를 부여하는 유전자), 예컨대 myc 패밀리 유전자(c-myc, l-myc, 및 n-myc), p53, 및 EZH2에 의해 생성 또는 암호화된 mRNA이다.
특정 구현예에서, 임상 결과, 예를 들어 PD와 역으로 상관 관계가 있고/거나 역으로 연관된 하나 이상의 유전자의 발현이, 하나 이상의 유전자에 의해 암호화된 또는 발현된 단백질의 양 또는 수준을 결정함으로서 평가, 측정, 결정 및/또는 정량화된다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 유전자 생성물은, 하나 이상의 친생존 유전자(즉, 항-세포자멸사 효과를 부여하는 유전자), 예컨대 myc 패밀리 유전자(c-myc, l-myc, 및 n-myc), p53, 및 EZH2에 의해 암호화, 생성 및/또는 발현된 단백질 또는 이의 일부 또는 변이체이다.
특정 구현예에서, 임상 결과, 예를 들어 CR 또는 PR과 역으로 상관 관계가 있고/거나 역으로 연관된 하나 이상의 유전자의 발현이 샘플에서 측정된다. 일부 구현예에서, 독성과 양으로 상관 관계가 있고/거나 양으로 연관된 하나 이상의 유전자의 발현이, 유전자에 의해 암호화된, 생성된 및/또는 발현된 생성물의 양 또는 수준을 결정함으로서 평가, 측정, 결정 및/또는 정량화된다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 유전자 생성물은, 하나 이상의 친생존 유전자(즉, 항-세포자멸사 효과를 부여하는 유전자), 예컨대 myc 패밀리 유전자(c-myc, l-myc, 및 n-myc), p53, 및 EZH2에 의해 암호화, 생성 및/또는 발현된다. 특정 구현예에서, 유전자 생성물은 유전자에 의해 암호화된 2 개 이상의 동형 단백질 중 하나이다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 유전자 생성물은, 하나 이상의 친생존 유전자(즉, 항-세포자멸사 효과를 부여하는 유전자), 예컨대 myc 패밀리 유전자(c-myc, l-myc, 및 n-myc), p53, 및 EZH2의 생성물이다.
특정 구현예에서, 임상 결과, 예를 들어 CR 또는 PR과 양의 상관 관계가 있고/거나 양으로 연관된 하나 이상의 유전자의 발현이, 하나 이상의 유전자에 의해 암호화된, 생성된 및/또는 발현된 RNA 생성물의 양 또는 수준을 결정함으로서 평가, 측정, 결정 및/또는 정량화된다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 유전자 생성물은, 하나 이상의 친생존 유전자(즉, 항-세포자멸사 효과를 부여하는 유전자), 예컨대 myc 패밀리 유전자(c-myc, l-myc, 및 n-myc), p53, 및 EZH2의 mRNA 또는 이의 일부 또는 부분 전사물 중 하나 이상이다.
특정 구현예에서, 임상 결과, 예를 들어 CR 또는 PR과 양의 상관 관계가 있고/거나 양으로 연관된 하나 이상의 유전자의 발현이, 유전자에 의해 암호화 또는 발현된 단백질의 양 또는 수준을 결정함으로써 평가, 측정, 결정 및/또는 정량화된다. 일부 구현예에서, 유전자 생성물은, 하나 이상의 친생존 유전자(즉, 항-세포자멸사 효과를 부여하는 유전자), 예컨대 myc 패밀리 유전자(c-myc, l-myc, 및 n-myc), p53, 및 EZH2에 의해 암호화, 생성 및/또는 발현된 단백질이다.
일부 구현예에서, 샘플 내 하나 이상의 유전자 생성물의 측정, 평가, 결정 및/또는 정량화는, 샘플이 대상체에서 수집된 시기의 임상 결과(예를 들어, CR, PR, 또는 PD)를 예상하지 못하고/거나 이와 연관되거나 또는 상관 관계가 없다. 일부 구현예에서, 샘플이 요법, 예를 들어 CAR-T 세포를 함유하는 세포 요법으로 대상체가 치료를 받는 중 또는 후에 수집된 경우, 하나 이상의 친생존 유전자(즉, 항-세포자멸사 효과를 부여하는 유전자), 예컨대 myc 패밀리 유전자(c-myc, l-myc, 및 n-myc), p53, 및 EZH2 중 어느 하나의 유전자 발현 프로필이, 임상 결과(예를 들어, CR, PR, 또는 PD)를 예상, 이와 상관 관계 및/또는 이와 연관되지 않는다.
1. 대조군 값으로의 정규화
일부 구현예에서, 샘플의 유전자 생성물, 예를 들어, RNA 또는 단백질 유전자 생성물의 평가, 결정, 측정 및/또는 정량화가 대조군 값으로 정규화된다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 대조군 값으로의 정규화가 수행되어 유전자 생성물의 양 또는 수준이, 유전자의 발현이 증가 또는 감소되고/거나 많은지 또는 적은지를 나타내는지 여부를 분석, 평가 또는 결정할 수 있다. 특정 구현예에서, 대조군 값으로의 정규화가 사용되어 유전자 샘플의 유전자 발현을 상이한 샘플의 유전자 발현과 비교할 수 있다.
특정 구현예에서, 대조군 값은 상이한 유전자 생성물의 측정 또는 측정 값이다. 일부 구현예에서, 상이한 유전자 생성물은 하우스키핑 유전자의 유전자 생성물이다. 특정 구현예에서, 하우스키핑 유전자는 구성적으로 활성인 유전자, 예를 들어 기본적인 세포 기능의 유지에 필요한 유전자이다. 적합한 하우스키핑 유전자의 예가 당업계에 공지되어 있고, ACTB(베타-액틴), B2M(Beta-2-microglobulin), GAPDH(Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase), RPLP0(60S 산성 리보솜 단백질 P0), GUSB(베타-글루쿠로니다제), HMBS(Hydroxymethyl-bilane synthase), HPRT1(Hypoxanthine phosphoribosyl-transferase 1), RPL13A(Ribosomal protein L13a), SDHA(succinate dehydrogenase complex subunit A), TBP(TATA box binding protein), TFRC(transferring receptor 1), 및 UBC(Ubiquitin C)를 암호화하는 유전자를 포함하나 이에 국한되지 않는다. 일부 구현예에서, 대조군 값이 유전자 생성물과 동일한 샘플에서 측정된다.
특정 구현예에서, 유전자 생성물이, 동일한 유전자 유래 유전자 생성물의 측정 또는 측정 값인 대조군 값과 비교 및/또는 정규화된다. 일부 구현예에서, 대조군 값은, 하나 이상의 대조군 샘플에서 수득된 측정 또는 측정 값이다. 특정 구현예에서, 유전자 생성물 및 대조군 값이 상이한 샘플에서 측정된다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 대조군 샘플은 샘플과 동일, 같거나 유사한 조직 조성물 및/또는 세포 조성물을 갖는다. 일부 구현예에서, 샘플 및 대조군 샘플은 동일한 대상체 유래 동일, 유사 및/또는 같은 조직 유래 상이한 샘플이다. 특정 구현예에서, 샘플 및 대조군 샘플은 상이한 대상체의 동일한 조직 유래 상이한 샘플이다. 특정 구현예에서, 샘플 및 대조군 샘플은 상이한 대상체 유래 동일, 유사 및/또는 같은 조직 유래 상이한 샘플이다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 샘플이 림프절 생검 샘플이고, 하나 이상의 대조군 샘플이 림프절 생검 샘플이다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 샘플이 혈액 샘플, 예를 들어 말초 혈액 샘플이고, 하나 이상의 대조군 샘플이 혈액 샘플이다.
특정 구현예에서, 대조군 샘플이 병태 및/또는 암을 앓지 않는 대상체에서 수득된다. 일부 구현예에서, 대조군 샘플은 하나 이상의 종양 세포를 갖지 않거나 갖지 않는 것으로 의심된다. 특정 구현예에서, 샘플 및 대조군 샘플은 상이한 대상체 유래 동일, 유사 및/또는 같은 조직 유래 상이한 샘플이다. 특정 구현예에서, 대조군 샘플이 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제로 치료된 대상체에서 수득된다. 특정 구현예에서, 대조군 샘플이 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제로 치료되지 않은 대상체에서 수득된다.
특정 구현예에서, 대조군 샘플이 요법, 예를 들어 세포 요법 또는 면역 요법으로 치료 후 진행성 질병(PD)을 나타내는 대상체에서 수득된다. 일부 구현예에서, 대조군 샘플이, 요법의 투여 후 최소한 1 개월, 2 개월, 3 개월, 4 개월, 5 개월, 6 개월, 7 개월, 8 개월, 9 개월 이상 PD를 나타내는 대상체에서 수득된다. 특정 구현예에서, 대조군 샘플이 요법, 예를 들어 면역 요법 또는 세포 요법으로 치료 후 부분 반응(PR) 또는 완전 반응(CR)을 나타내는 대상체에서 수득된다. 일부 구현예에서, 대조군 샘플이, 요법의 투여 후 최소한 1 개월, 2 개월, 3 개월, 4 개월, 5 개월, 6 개월, 7 개월, 8 개월, 9 개월 이상 PR 또는 CR을 나타내는 대상체에서 수득된다.
특정 구현예에서, 샘플의 유전자 생성물, 예를 들어, RNA 또는 단백질 유전자 생성물의 평가, 결정, 측정 및/또는 정량화가 2 개 이상의 대조군 값으로 정규화되고/거나 비교된다. 일부 구현예에서, 2 개 이상의 대조군 값은, 동일한 유전자 생성물의 측정 또는 이의 측정 값인 대조군 값 및 상이한 유전자 생성물의 측정 또는 측정 값인 대조군 값을 포함한다.
일부 구현예에서, 대조군 값이 사전에 결정되었다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 대조군 값이 샘플 내 하나 이상의 유전자 생성물의 평가, 측정, 결정 및/또는 정량화와 동시에 측정 또는 수득된다.
특정 구현예에서, 대조군 값은, 복수의 대조군 샘플에서 수득된 하나 이상의 유전자 생성물 발현의 평균(예를 들어, 산술 평균) 또는 중간 양 또는 수준이다. 일부 구현예에서, 복수의 대조군 샘플이 개별 대조군 대상체에서 수득된다. 특정 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 병태 또는 질병을 앓지 않고/거나 앓지 않는 것으로 의심되는 대상체이다. 일부 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 암을 앓지 않고/거나 앓지 않는 것으로 의심되는 대상체이다. 일부 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 NHL을 앓지 않고/거나 앓지 않는 것으로 의심되는 대상체이다. 특정 구현예에서, NHL의 하위 유형은 NHL 중 여포성 림프종(FL) 하위 유형이다. 특정 구현예에서, NHL의 하위 유형은 NHL 중 미만성 거대 B 세포 림프종(DLBCL) 하위 유형이다. 특정 구현예에서, NHL의 하위 유형은 NHL 중 작은 림프구성 림프종(SLL) 하위 유형이다. 일부 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 백혈병을 앓지 않고/거나 앓지 않는 것으로 의심되는 대상체이다. 특정 구현예에서, 백혈병의 하위 유형은 만성 림프구성 백혈병(CLL)이다.
특정 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 암을 앓고/거나 앓는 것으로 의심되는 복수의 대상체이다. 일부 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 비호지킨 림프종(NHL)을 앓고/거나 앓는 것으로 의심되는 대상체이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 특정 하위 유형의 NHL을 앓고/거나 앓는 것으로 의심되는 대상체이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 특정 하위 유형의 NHL이 아닌 NHL을 앓고/거나 앓는 것으로 의심되는 대상체이거나 이를 포함한다. 특정 구현예에서, NHL의 하위 유형은 ALL 중 DLBCL 하위 유형이다. 일부 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 DLBCL 대상체이거나 이를 포함한다. 특정 구현예에서, NHL의 하위 유형은 ALL 중 FL 하위 유형이다. 일부 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 FL 대상체이거나 이를 포함한다. 특정 구현예에서, NHL의 하위 유형은 SLL이다. 일부 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 SLL 대상체이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 백혈병을 앓고/거나 앓는 것으로 의심되는 대상체이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 특정 유형의 백혈병을 앓고/거나 앓는 것으로 의심되는 대상체이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 만성 림프구성 백혈병(CLL)을 앓고/거나 앓는 것으로 의심되는 대상체이거나 이를 포함한다. 특정 구현예에서, 백혈병의 유형은 CLL이다.
특정 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 암을 앓고/거나 앓는 것으로 의심되는 복수의 대상체이다. 일부 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 미만성 거대 B 세포 림프종(DLBCL)을 앓고/거나 앓는 것으로 의심되는 대상체이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 특정 하위 유형의 DLBCL을 앓고/거나 앓는 것으로 의심되는 대상체이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 특정 하위 유형의 DLBCL이 아닌 DLBCL을 앓고/거나 앓는 것으로 의심되는 대상체이거나 이를 포함한다. 특정 구현예에서, DLBCL의 하위 유형은 DLBCL 중 배중심 B 세포(germinal center B-cell, GCB) 하위 유형이다. 일부 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 GCB DLBCL 대상체이거나 이를 포함한다. 특정 구현예에서, DLBCL의 하위 유형은 DLBCL 중 활성화된 B 세포(activated B-cell, ABC) 하위 유형이다. 일부 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 ABC DLBCL 대상체이거나 이를 포함한다.
일부 구현예에서, 대조군 값은 복수의 대조군 샘플에서 수득된다. 특정 구현예에서, 복수의 대조군 샘플은, 2 개 이상, 3 개 이상, 5 개 이상, 10 개 이상, 15 개 이상, 20 개 이상, 25 개 이상, 30 개 이상, 40 개 이상, 50 개 이상, 100 개 이상, 200 개 이상, 300 개 이상, 400 개 이상, 또는 500 개 이상의 대조군 샘플을 함유한다.
특정 구현예에서, 유전자 발현, 예를 들어 하나 이상의 유전자 생성물의 양 또는 수준의 평가, 측정, 결정 또는 정량화가 당업계의 임의의 방법에 의해 분석될 수 있다. 일부 구현예에서, 분석 전에, 미가공 유전자 발현 데이터, 예를 들어, 유전자 생성물의 측정 및/또는 정량화된 수준, 양 또는 농도의 값이, 발현 비, 백분위 등급 및/또는 정량적 스케일로 표현된 정규화 또는 변환, 예를 들어, 로그 정규화될 수 있다. 일부 구현예에서, 유전자 발현 데이터는 임의의 비파라미터 데이터 스케일링 접근법에 의해 더 변환될 수 있다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 유전자 생성물 발현의 측정 또는 평가의 변환이 대조군으로의 임의의 정규화 전에 발생한다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 유전자 생성물 발현의 측정 또는 평가의 변환이 대조군 값으로의 정규화 후에 발생한다. 일부 구현예에서, 변환은 대수 변환, 멱 변환(power transformation) 또는 로지트 변환이다. 일부 구현예에서, 대수 변환은 일반적인 로그(log10(x)), 자연 로그(ln(x)) 또는 이진 로그(log2(x))이다.
발현 패턴은, 일반 선형 모델(general linear model, GLM), ANOVA, 회귀(로지스틱 회귀 포함), SVM(support vector machines), 선형 판별 분석(linear discriminant analysis, LDA), 주요 성분 분석(principal component analysis, PCA), kNN(k-nearest neighbor), 신경망(neural network, NN), NM(nearest mean/centroid) 및 BCP(Bayesian covariate predictor)와 같은 다양한 수단에 의해 평가 및 분류될 수 있다. SVM과 같은 모델이, 발명의 교시에 근거하여 여기 기재된 유전자의 임의의 서브세트 및 조합을 사용하여 개발될 수 있다.　보다 특정 구현예에서, 발현 패턴이 유전자의 로그 정규화된 발현 수준 방법으로 평가된다.
일부 구현예에서, 양의 상관 관계가 있는 하나 이상의 유전자 및 음의 상관 관계가 있는 하나 이상의 유전자의 조합이 측정되어 임상 결과(예를 들어, CR, PR, 또는 PD)의 가능성 및/또는 확률이 결정된다. 특정 구현예에서, 발현 프로필 및/또는 유전자 발현 프로필이, 2 개 이상의 유전자의 발현을 평가, 측정, 결정 및/또는 정량화하거나 이로써 나타낸다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 샘플의 유전자 발현 프로필의 평가 또는 결정은, 임상 결과, 예를 들어 CR, PR, 또는 PD와 연관되고/거나 이와 상관 관계가 있는 2 개 이상의 유전자를 평가, 측정, 결정 및/또는 정량화하는 것을 포함할 수 있다. 특정 구현예에서, 유전자 발현 프로필이, 2 개 이상의 유전자 발현을 측정, 결정 및/또는 정량화함으로써, 예를 들어 임상 결과, 예를 들어 CR, PR, 또는 PD를 나타낼 가능성 및/또는 확률과 양의 상관 관계가 있는 2 개 이상의 유전자의 유전자 생성물을 측정, 결정 및/또는 정량화함으로써 수득된다.
C. 유전자 기준 값
일부 구현예에서, 하나 이상의 유전자 생성물의 측정과 하나 이상의 유전자 생성물의 기준 값의 비교는, 요법의 투여 및/또는 이와 연관된 투여 후에 임상 결과(예를 들어, CR, PR, 또는 PD)의 확률 및/또는 가능성의 평가, 측정 및/또는 결정을 가능하게 한다. 일부 구현예에서, 샘플 내 유전자 생성물의 발현이 기준 값, 예를 들어 유전자 기준 값과 비교된다. 일부 구현예에서, 유전자 기준 값은 유전자 생성물의 수준, 양 또는 농도의 값 및/또는 이의 변환이다. 일부 구현예에서, 유전자 기준 값은 RNA 유전자 생성물 또는 단백질 유전자 생성물의 양 또는 수준이거나 이로부터 유래된다. 특정 구현예에서, 유전자 기준 값은, 요법의 투여 후 임상 결과(예를 들어, CR, PR, 또는 PD)의 가능성 및/또는 임상 결과(예를 들어, CR, PR, 또는 PD)의 증가, 상승 또는 높은 확률을 나타내는 유전자 생성물의 양 또는 수준 또는 이의 변환 값과 요법의 투여 후 임상 결과(예를 들어, CR, PR, 또는 PD)의 부재 또는 낮은 가능성 및/또는 감소, 하락 또는 낮은 확률을 나타내는 유전자 발현의 값 또는 측정치를 분리하는 역치 값 또는 이 사이 경계인 유전자 생성물의 양 또는 수준 또는 이의 변환 값이다. 일부 구현예에서, 유전자 기준 값은, 하나 이상의 임상 반응의 다수가 발생하거나 이전에 발생했던 유전자 생성물의 양 또는 수준과 하나 이상의 임상 반응의 소수가 발생하거나 이전에 발생했던 유전자 생성물의 양 또는 수준 사이 경계, 분할 및/또는 역치 값이다.
특정 구현예에서, 유전자 기준 값은, 특정 유형의 임상 반응과 연관된 유전자 생성물의 양 또는 수준 또는 이의 변환 값과 하나 이상의 다른 유형의 임상 반응과 연관된 양 또는 수준을 분리하는 역치 값 또는 그 사이 경계인 유전자 생성물의 양 또는 수준 또는 이의 변환 값이다. 특정 구현예에서, 유전자 기준 값은, CR 및/또는 PR과 연관된 유전자 생성물의 양 또는 수준 또는 이의 변환 값과 다른 임상 반응, 예를 들어 CRU, NR/SD, SD, 및/또는 PD와 연관된 양 또는 수준을 분리하는 역치 값 또는 그 사이 경계인 유전자 생성물의 양 또는 수준 또는 이의 변환 값이다. 특정 구현예에서, 유전자 기준 값은, PD와 연관된 유전자 생성물의 양 또는 수준 또는 이의 변환 값과 다른 임상 반응, 예를 들어 CRU, PR, NR/SD, SD, 및/또는 CR과 연관된 양 또는 수준을 분리하는 역치 값 또는 그 사이 경계인 유전자 생성물의 양 또는 수준 또는 이의 변환 값이다.
일부 구현예에서, 유전자 생성물의 발현이 기준 값 및/또는 유전자 기준 값과 비교되고, 특정 임상 반응(예를 들어, CR, PR, 또는 PD)의 상승, 증가 및/또는 높은 확률 및/또는 가능성을 나타낸다. 특정 구현예에서, 유전자 생성물의 발현이 유전자 기준 값과 비교되고, 특정 임상 반응의 하락, 감소 및/또는 낮은 확률 및/또는 가능성을 나타낸다. 특정 구현예에서, 대조군으로 정규화된 유전자 생성물의 발현이 기준 값 및/또는 유전자 기준 값과 비교되고, 특정 임상 반응의 상승, 증가 및/또는 높은 확률 및/또는 가능성을 나타낸다. 특정 구현예에서, 대조군으로 정규화된 유전자 생성물의 발현이 유전자 기준 값과 비교되고, 특정 임상 반응의 하락, 감소 및/또는 낮은 가능성 및/또는 확률을 나타낸다. 특정 구현예에서, 정규화되거나 변환된 유전자 생성물의 발현 값이 기준 값 및/또는 유전자 기준 값과 비교되고, 특정 임상 반응의 상승, 증가 및/또는 높은 확률 및/또는 가능성을 나타낸다. 특정 구현예에서, 정규화되거나 변환된 유전자 생성물의 발현 값이 유전자 기준 값과 비교되고, 특정 임상 반응의 하락, 감소 및/또는 낮은 확률 및/또는 가능성을 나타낸다. 일부 구현예에서, 특정 임상 반응이 CR, CRU, PR, NR/SD, SD, 및/또는 PD 중에서 선택된다.
일부 구현예에서, 임상 반응(예를 들어, CR, PR, 또는 PD)과 음의 상관 관계 및/또는 이와 음으로 연관된 유전자 생성물의 발현이 유전자 기준 값과 비교된다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 친생존 유전자(즉, 상기 유전자는 항-세포자멸사 효과를 갖는다), 예컨대 myc 패밀리 유전자(c-myc, l-myc, 및 n-myc), p53, 및 EZH2의 발현이 유전자 기준 값을 초과, 상회 및/또는 이상인 경우, PR 또는 CR의 감소, 하락 및/또는 낮은 확률 및/또는 가능성을 나타낸다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 친생존 유전자(즉, 상기 유전자는 항-세포자멸사 효과를 갖는다), 예컨대 myc 패밀리 유전자(c-myc, l-myc, 및 n-myc), p53, 및 EZH2의 발현이 유전자 기준 값 미만, 하위 및/또는 이하인 경우, PR 또는 CR의 상승, 증가 및/또는 높은 확률 및/또는 가능성을 나타낸다.
특정 구현예에서, 특정 임상 반응(예를 들어, CR 또는 PD)과 양의 상관 관계 및/또는 이와 양으로 연관된 유전자 생성물의 발현이 유전자 기준 값과 비교된다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 친생존 유전자(즉, 상기 유전자는 항-세포자멸사 효과를 갖는다), 예컨대 myc 패밀리 유전자(c-myc, l-myc, 및 n-myc), p53, 및 EZH2의 발현이 유전자 기준 값을 초과, 상회 및/또는 이상인 경우, PD의 증가, 상승 및/또는 높은 확률 및/또는 가능성을 나타낸다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 친생존 유전자(즉, 상기 유전자는 항-세포자멸사 효과를 갖는다), 예컨대 myc 패밀리 유전자(c-myc, l-myc, 및 n-myc), p53, 및 EZH2의 발현이 유전자 기준 값의 미만, 하위 및/또는 이하인 경우, PD의 감소, 하락 및/또는 낮은 확률 및/또는 가능성을 나타낸다.
일부 구현예에서, 유전자 기준 값은 미리 결정된 값이다. 특정 구현예에서, 유전자 기준 값이 연구 데이터에서 계산 및/또는 유래되었다. 일부 구현예에서, 연구는 임상 연구이다. 특정 구현예에서, 임상 연구는 완료된 임상 연구이다. 특정 구현예에서, 연구 데이터는 연구 내 대상체에서 채취 또는 수득된 샘플의 유전자 발현, 예를 들어 유전자 생성물의 발현을 포함했다. 특정 구현예에서, 연구 데이터는 연구 중 대상체에 의해 경험된 임상 반응의 수 및 유형을 포함한다. 특정 구현예에서, 임상 연구 내 대상체는 임상 반응, 예컨대 CR, CRU, PR, NR/SD, SD, 및/또는 PD를 갖는다. 일부 구현예에서, 임상 반응은 CR이다. 일부 구현예에서, 임상 반응은 CR이 아니다. 특정 구현예에서, 연구 데이터는 질병 또는 병태, 예컨대 암(예를 들어, NHL)의 수 및 유형을 포함한다. 특정 구현예에서, 연구 데이터는 연구 중 대상체에 의해 경험된 치료의 수 및 유형을 포함한다. 특정 구현예에서, 대상체는 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제로 치료되거나 치료되었다. 특정 구현예에서, 대상체는 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제로 치료되지 않거나 치료되지 않았다.
일부 구현예에서, 유전자 기준 값은 미리 결정된 값이다. 특정 구현예에서, 유전자 기준 값이 연구 데이터에서 계산 및/또는 유래되었다. 일부 구현예에서, 연구는 임상 연구이다. 특정 구현예에서, 임상 연구는 완료된 임상 연구이다. 특정 구현예에서, 연구 데이터는 연구 내 대상체에서 채취 또는 수득된 샘플의 유전자 발현, 예를 들어 유전자 생성물의 발현을 포함했다. 특정 구현예에서, 연구 데이터는 연구 중 대상체에 의해 경험된 요법의 수 및 유형을 포함한다. 특정 구현예에서, 임상 연구 내 대상체는 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제로 치료되거나 치료되었다. 일부 구현예에서, 임상 연구 내 대상체는 친생존 BCL2 패밀리 억제제로 치료되지 않거나 치료되지 않았다. 특정 구현예에서, 연구 데이터는 질병 또는 병태, 예컨대 암(예를 들어, NHL)의 수 및 유형을 포함한다. 특정 구현예에서, 연구 데이터는 연구 중 대상체에 의해 경험된 임상 반응, 예컨대 CR, CRU, PR, NR/SD, SD, 및/또는 PD의 수 및 유형을 포함한다.
일부 구현예에서, 기준 값은 유전자 발현의 최소 검출 가능한 수준, 값 또는 양, 예를 들어 양성 또는 음성 발현의 경계로 작용하는 값이거나 이를 반영한다. 특정 구현예에서, 유전자 생성물의 발현 측정치가 유전자 발현, 예를 들어 유전자 생성물 발현의 최소한의 검출 가능한 수준, 값 또는 양이거나 이를 반영하는 기준 값과 비교되고, 측정치가 기준 값 이상의 값인 경우 유전자는 양성으로 발현되는 것으로 결정되고, 측정치가 기준 값 이하의 값인 경우 유전자는 음성으로 발현되는 것으로 결정된다.
특정 구현예에서, 대상체에서 채취 또는 수득된 샘플 내 유전자 생성물의 발현이, 대상체와 동일한 질병 또는 병태를 앓는 대상체를 포함하는 연구로부터 계산 및/또는 유래된 유전자 기준 값과 비교된다. 특정 구현예에서, 동일한 질병 또는 병태는 암이다. 특정 구현예에서, 동일한 질병 또는 병태는 NHL이다. 특정 구현예에서, 대상체에서 채취 또는 수득된 샘플 내 유전자 생성물의 발현이, 대상체와 동일한 질병 또는 병태의 상이한 하위 유형이나 대상체와 동일한 질병 또는 병태를 앓는 대상체를 포함하는 연구로부터 계산 및/또는 유래된 유전자 기준 값과 비교된다. 특정 구현예에서, 동일한 질병 또는 병태는 암이다. 특정 구현예에서, 동일한 질병 또는 병태는 NHL이다. 특정 구현예에서, NHL의 DLBCL 하위 유형을 앓는 대상체에서 채취 또는 수득된 샘플 내 유전자 생성물의 발현이, NHL의 FL 하위 유형을 앓는 대상체를 포함하는 연구로부터 계산 및/또는 유래된 유전자 기준 값과 비교된다. 특정 구현예에서, NHL의 FL 하위 유형을 앓는 대상체에서 채취 또는 수득된 샘플 내 유전자 생성물의 발현이, NHL의 DLBCL 하위 유형을 앓는 대상체를 포함하는 연구로부터 계산 및/또는 유래된 유전자 기준 값과 비교된다.
특정 구현예에서, 대상체에서 채취 또는 수득된 샘플 내 유전자 생성물의 발현이, 대상체와 동일한 임상 반응을 갖는 대상체를 포함하는 연구로부터 계산 및/또는 유래된 유전자 기준 값과 비교된다. 특정 구현예에서, 동일한 임상 반응은 CR 및/또는 PR이다. 특정 구현예에서, 동일한 임상 반응은 PD이다. 특정 구현예에서, CR 및/또는 PR을 갖는 대상체에서 채취 또는 수득된 샘플 내 유전자 생성물의 발현이, PD를 갖는 대상체를 포함하는 연구로부터 계산 및/또는 유래된 유전자 기준 값과 비교된다. 특정 구현예에서, PD를 갖는 대상체에서 채취 또는 수득된 샘플 내 유전자 생성물의 발현이, CR 및/또는 PR을 갖는 대상체를 포함하는 연구로부터 계산 및/또는 유래된 유전자 기준 값과 비교된다.
특정 구현예에서, 대상체에서 채취 또는 수득된 샘플 내 유전자 생성물의 발현이, 대상체와 동일한 동일한 치료를 받은 대상체를 포함하는 연구로부터 계산 및/또는 유래된 유전자 기준 값과 비교된다. 특정 구현예에서, 동일한 치료는 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제의 사용 또는 이를 이용한 치료이다. 특정 구현예에서, 동일한 치료는 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제를 사용하지 않거나 또는 이를 이용한 치료가 아니다. 특정 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제로 치료된 대상체에서 채취 또는 수득된 샘플 내 유전자 생성물의 발현이, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제로 치료되지 않은 대상체를 포함하는 연구로부터 계산 및/또는 유래된 유전자 기준 값과 비교된다. 특정 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제로 치료되지 않은 대상체에서 채취 또는 수득된 샘플 내 유전자 생성물의 발현이, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제로 치료된 대상체를 포함하는 연구로부터 계산 및/또는 유래된 유전자 기준 값과 비교된다.
일부 구현예에서, 유전자 기준 값은, 대조군 샘플 또는 복수의 대조군 샘플에서 발현의 수준, 농도 또는 양에 대해 알고리즘의 적용에 의해 결정된다. 일부 구현예에서, 대조군 샘플 또는 복수의 대조군 샘플이, 완료된 연구, 예를 들어 완료된 임상 시험의 대상체 또는 대상체 그룹에서 수득되고, 상기 대상체는 임상 반응에 대해 모니터링되었다. 특정 구현예에서, 샘플 또는 복수의 샘플이 요법을 받은 대상체보다 앞서 수집되었다. 일부 구현예에서, 대상체 또는 대상체 그룹은 요법이 투여된 후에 임상 반응을 계속 나타냈다. 일부 구현예에서, 대상체 또는 대상체 그룹은, 요법의 투여 개시로부터 1 개월 이내, 2 개월 이내, 3 개월 이내, 4 개월 이내, 5 개월 이내, 6 개월 이내, 7 개월 이내, 8 개월 이내, 9 개월 이상 이내에 임상 반응을 계속 나타냈다. 특정 구현예에서, 대상체 또는 대상체 그룹은 CR, CRU, PR, NR/SD, SD, 또는 PD의 임상 반응이 발달 및/또는 이를 경험했다. 일부 구현예에서, 대상체 또는 대상체 그룹은 CR의 임상 반응이 발달 및/또는 이를 경험했다. 특정 구현예에서, 대상체 또는 대상체 그룹은 CRU의 반응이 발달 및/또는 이를 경험했다. 특정 구현예에서, 대상체 또는 대상체 그룹은 PR의 반응이 발달 및/또는 이를 경험했다. 특정 구현예에서, 대상체 또는 대상체 그룹은 NR/SD의 반응이 발달 및/또는 이를 경험했다. 특정 구현예에서, 대상체 또는 대상체 그룹은 SD의 반응이 발달 및/또는 이를 경험했다. 특정 구현예에서, 대상체 또는 대상체 그룹은 PD의 반응이 발달 및/또는 이를 경험했다. 일부 구현예에서, 유전자 기준 값은, 2 개 이상의 대조군 샘플 또는 2 명 이상의 상이한 대상체 또는 상이한 대상체 그룹에서 수득된 복수에 대해 알고리즘의 적용에 의해 결정된다.
일부 구현예에서, 유전자 기준 값은, 대조군 샘플 또는 복수의 대조군 샘플에서 발현의 수준, 농도 또는 양에 대해 알고리즘의 적용에 의해 결정된다. 일부 구현예에서, 대조군 샘플 또는 복수의 대조군 샘플이, 완료된 연구, 예를 들어 완료된 임상 시험의 대상체 또는 대상체 그룹에서 수득되고, 상기 대상체는 치료의 유형, 예를 들어 친생존 BCL2 패밀리 억제제의 이용 또는 이를 이용한 치료에 대해 모니터링되었다. 특정 구현예에서, 샘플 또는 복수의 샘플이 치료를 받은 대상체에 앞서 수집되었다. 특정 구현예에서, 샘플 또는 복수의 샘플이, 대상체가 치료를 받은 후에 수집되었다. 일부 구현예에서, 유전자 기준 값은, 2 개 이상의 대조군 샘플 또는 2 명 이상의 상이한 대상체 또는 상이한 대상체 그룹에서 수득된 복수에 대해 알고리즘의 적용에 의해 결정된다.
특정 구현예에서, 예시적인 알고리즘은, 변수의 수를 줄이는 방법, 예컨대 주요 구성 요소 분석 알고리즘, 부분 최소 제곱 방법 및 독립적인 구성 요소 분석 알고리즘을 포함하나 이에 국한되지 않는다. 예시적인 알고리즘은 많은 수의 변수를 직접 처리하는 방법, 예컨대 통계적 방법 및 기계 학습 기술에 근거한 방법을 더 포함하나 이에 국한되지 않는다. 통계적 방법은, 벌점화 로지스틱 회귀 분석, 마이크로어레이의 예측 분석(prediction analysis of microarrays, PAM), 축소된 중심에 기반한 방법, 지원 벡터 기계 분석 및 정규화 선형 판별 분석을 포함한다. 기계 학습 기술은 배깅 절차, 부스팅 절차, 무작위 포레스트 알고리즘 및 이의 조합을 포함한다. 본 발명의 일부 구현예에서, 지원 벡터 기계(support vector machine, SVM) 알고리즘, 무작위 포레스트 알고리즘 또는 이의 조합이 마이크로어레이 데이터 또는 RNA-seq 데이터의 분류에 사용된다. 일부 구현예에서, 샘플 또는 하위 유형을 구별하는 식별 마커가 통계적인 유의성에 근거하여 선택된다. 일부 경우에, 통계적 유의성 선택이 허위 발견율(false discovery rate, FDR)에 대한 Benjamini Hochberg 보정을 적용한 후에 수행된다. 특정 구현예에서, 알고리즘 기술이, 샘플 내 하나 이상의 유전자 생성물, 예컨대 하나 이상의 친생존 유전자(즉, 상기 유전자는 항-세포자멸사 효과를 갖는다), 예컨대 myc 패밀리 유전자(c-myc, l-myc, 및 n-myc), p53, 및 EZH2의 발현 프로필에 적용될 수 있다.
일부 구현예에서, 알고리즘이, 문헌[Fishel and Kaufman et al. 2007 Bioinformatics 23(13): 1599-606]에 기재된 바와 같은 메타 분석 접근법으로 보충될 수 있다. 또한, 분류기 알고리즘이 반복성 분석과 같은 메타 분석 접근법으로 보충될 수 있다. 일부 경우에, 반복성 분석은 하나 이상의 예상 발현 생성물 마커 세트에 나타나는 마커를 선택한다.
일부 구현예에서, 유전자 기준 값은, 유전자 생성물의 양 또는 수준 또는 이의 변환 값 - 여기서 모든 또는 다수의 임상 반응이 발생하거나 이전에 발생했음 - 과 유전자 생성물의 양 또는 수준 또는 이의 변환 값 - 여기서 소수의 임상 반응이 발생하거나 이전에 발생했음 - 을 분리하는 역치 값 또는 그 사이 경계인 유전자 생성물의 양 또는 수준 또는 이의 변환 값이다. 특정 구현예에서, 유전자 기준 값은, 연구에서 발생한 임상 반응, 예를 들어 CR, PR, 또는 PD 경우의 절반 이상 및/또는 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95% 초과 또는 (약) 100%와 연관된 유전자 발현 값 또는 측정치를 분할 또는 분리한다. 일부 구현예에서, 임상 반응은 CR, CRU, PR, NR/SD, SD, 또는 PD이다. 일부 구현예에서, 임상 반응은 CR이다. 일부 구현예에서, 임상 반응은 PR이다. 일부 구현예에서, 임상 반응은 PD이다. 일부 구현예에서, 임상 반응은 CR 또는 PR이 아니다. 일부 구현예에서, 유전자 기준 값은, 임상 반응, 예컨대 CR, CRU, PR, NR/SD, SD, 또는 PD의 빈도 25% 이상, 30% 이상, 40% 이상, 45% 이상, 50% 이상, 55% 이상, 60% 이상, 65% 이상, 70% 이상, 75% 이상, 80% 이상, 85% 이상, 90% 이상, 95% 이상 또는 (약) 100%와 연관된 유전자 발현의 값 또는 측정치를 분할 또는 분리한다.
일부 구현예에서, 유전자 기준 값은, 유전자 생성물의 양 또는 수준 또는 이의 변환 값 - 여기서 모든 또는 다수의 치료 유형이 발생하거나 이전에 발생했음 - 과 유전자 생성물의 양 또는 수준 또는 이의 변환 값 - 여기서 소수의 치료 유형이 발생하거나 이전에 발생했음 - 을 분리하는 역치 값 또는 그 사이 경계인 유전자 생성물의 양 또는 수준 또는 이의 변환 값이다. 특정 구현예에서, 유전자 기준 값은, 연구에서 발생한 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제의 사용 또는 이를 이용한 치료 경우의 절반 이상 및/또는 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95% 초과 또는 (약) 100%와 연관된 유전자 발현의 값 또는 측정치를 분할 또는 분리한다. 일부 구현예에서, 유전자 기준 값은, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제의 사용 또는 이를 이용한 치료의 빈도 25% 이상, 30% 이상, 40% 이상, 45% 이상, 50% 이상, 55% 이상, 60% 이상, 65% 이상, 70% 이상, 75% 이상, 80% 이상, 85% 이상, 90% 이상, 95% 이상 또는 (약) 100%와 연관된 유전자 발현의 값 또는 측정치를 분할 또는 분리한다.
특정 구현예에서, 유전자 기준 값은 대조군 샘플 내 유전자 발현의 25% 이내, 20% 이내, 15% 이내, 10% 이내 또는 5% 이내이다. 일부 구현예에서, 유전자 기준 값은 복수의 대조군 샘플 내 유전자 발현의 25% 이내, 20% 이내, 15% 이내, 10% 이내 또는 5% 이내 평균 또는 중간값 수준, 농도 또는 양이다. 특정 구현예에서, 유전자 기준 값은 복수의 대조군 샘플 내 유전자 발현의 평균 또는 중간값 수준, 농도 또는 양의 2, 1.5, 1.25, 1, 0.75, 0.5, 0.25, 또는 0.1 표준 편차 이내이고, 여기서 그룹의 대상체 각각은 동일한 질병 또는 병태를 치료하기 위한 세포 독성 요법을 받은 후에 임상 반응, 예를 들어 CR, PR, 또는 PD를 계속 나타냈다.
일부 구현예에서, 기준 값은 요법의 투여 전에 대상체에서 수득된 대조군 샘플에서 수득되고/거나 이로부터 유래하며, 상기 그룹의 대상체는 PD를 계속 나타냈다. 일부 구현예에서, 유전자 기준 값은, 요법, 예를 들어, 면역 요법 또는 세포 요법, 예컨대 하나 이상의 친생존 유전자(즉, 상기 유전자는 항-세포자멸사 효과를 갖는다), 예컨대 myc 패밀리 유전자(c-myc, l-myc, 및 n-myc), p53, 및 EZH2의 투여 및/또는 이와 연관된 투여 후 PD와 양의 상관 관계 및/또는 이와 양으로 연관된 유전자의 유전자 생성물의 값이다.
특정 구현예에서, 유전자 기준 값은, 복수의 대조군 샘플 내 유전자 생성물의 평균 수준, 농도 또는 양의 2 배 이내, 1.5 배 이내, 1.0 배 이내, 100% 이내, 50% 이내, 40% 이내, 30% 이내, 25% 이내, 20% 이내, 15% 이내, 10% 이내, 또는 5% 이내 이상이고/거나 복수의 대조군 샘플 내 유전자 생성물의 평균 수준, 농도 또는 양의 2.0, 1.5, 1.25, 1.0, 0.75, 0.5, 또는 0.25 표준 편차 이내 이상이다. 특정 구현예에서, 유전자 기준 값은, 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 유전자 생성물의 가장 높은 수준, 농도 또는 양 이상이다. 특정 구현예에서, 유전자 기준 값은, 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 유전자 생성물의 가장 높은 수준, 농도 또는 양의 100%, 75%, 50%, 40%, 30%, 25%, 20%, 10%, 또는 5% 이내 이상이다. 일부 구현예에서, 기준 값은 복수의 대조군 샘플 중 50% 이상, 60% 이상, 70% 이상, 75% 이상, 80% 이상, 85% 이상, 90% 이상, 또는 95% 이상, 또는 98% 이상에서 관찰된 수준, 농도 또는 양 이상이다.
일부 구현예에서, 유전자 기준 값은, 요법의 투여 및/또는 이와 연관된 투여 후 PD와 음의 상관 관계 및/또는 음으로 연관된 유전자의 유전자 생성물의 값이고, 복수의 대조군 샘플이 요법을 받기 전 대상체의 그룹에서 수득되며, 여기서 그룹의 대상체 각각은 PD를 계속 나타내지 않았다. 일부 구현예에서, 대상체는 CR을 계속 나타냈다. 일부 구현예에서, 값은, 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 하나 이상의 유전자 생성물의 가장 낮은 수준, 농도 또는 양 이하이다. 특정 구현예에서, 기준 값은, PD를 계속 나타내지 않은 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 유전자 생성물의 가장 낮은 수준, 농도 또는 양 이하이다. 일부 구현예에서, 기준 값은, PD를 계속 나타내지 않은 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 유전자 생성물의 가장 낮은 수준, 농도 또는 양의 50% 이내, 40% 이내, 30% 이내, 25% 이내, 20% 이내, 15% 이내, 10% 이내, 또는 5% 이내 이하이다. 일부 구현예에서, 기준 값은 PD를 계속 나타내지 않은 세포 요법을 받기 전 대상체의 그룹에서 수득된 복수의 대조군 샘플 중 75% 이상, 80% 이상, 85% 이상, 90% 이상, 또는 95% 이상, 또는 98% 이상의 샘플에서 관찰된 수준, 농도 또는 양 이하이다.
일부 구현예에서, 유전자 기준 값은 요법의 투여 전에 대상체에서 수득된 대조군 샘플에서 수득되고/거나 이로부터 유래하며, 상기 그룹의 대상체는 CR을 계속 나타냈다. 일부 구현예에서, 유전자 기준 값은, 요법, 예를 들어, 면역 요법 또는 세포 요법, 예컨대 하나 이상의 친생존 유전자(즉, 상기 유전자는 항-세포자멸사 효과를 갖는다), 예컨대 myc 패밀리 유전자(c-myc, l-myc, 및 n-myc), p53, 및 EZH2의 투여 및/또는 이와 연관된 투여 후 CR과 음의 상관 관계 및/또는 이와 음으로 연관된 유전자의 유전자 생성물의 값이다. 특정 구현예에서, 유전자 기준 값은, 복수의 대조군 샘플 내 유전자 생성물의 평균 수준, 농도 또는 양의 2 배 이내, 1.5 배 이내, 1.0 배 이내, 100% 이내, 50% 이내, 40% 이내, 30% 이내, 25% 이내, 20% 이내, 15% 이내, 10% 이내, 또는 5% 이내 이상이고/거나 복수의 대조군 샘플 내 유전자 생성물의 평균 수준, 농도 또는 양의 2.0, 1.5, 1.25, 1.0, 0.75, 0.5, 또는 0.25 표준 편차 이내 이상이다. 특정 구현예에서, 유전자 기준 값은, 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 유전자 생성물의 가장 높은 수준, 농도 또는 양 이상이다. 특정 구현예에서, 유전자 기준 값은, 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 유전자 생성물의 가장 높은 수준, 농도 또는 양의 100%, 75%, 50%, 40%, 30%, 25%, 20%, 10%, 또는 5% 이내 이상이다. 일부 구현예에서, 기준 값은 복수의 대조군 샘플 중 50% 이상, 60% 이상, 70% 이상, 75% 이상, 80% 이상, 85% 이상, 90% 이상, 또는 95% 이상, 또는 98% 이상에서 관찰된 수준, 농도 또는 양 이상이다.
일부 구현예에서, 유전자 기준 값은, 요법의 투여 및/또는 이와 연관된 투여 후 CR과 음의 상관 관계 및/또는 음으로 연관된 유전자의 유전자 생성물의 값이고, 복수의 대조군 샘플이 요법을 받기 전 대상체의 그룹에서 수득되며, 여기서 그룹의 대상체 각각은 CR을 계속 나타내지 않았다. 일부 구현예에서, 대상체는 PD를 계속 나타냈다. 일부 구현예에서, 값은, 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 하나 이상의 유전자 생성물의 가장 낮은 수준, 농도 또는 양 이하이다. 특정 구현예에서, 기준 값은, CR을 계속 나타내지 않은 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 유전자 생성물의 가장 낮은 수준, 농도 또는 양 이하이다. 일부 구현예에서, 기준 값은, CR을 계속 나타내지 않은 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 유전자 생성물의 가장 낮은 수준, 농도 또는 양의 50% 이내, 40% 이내, 30% 이내, 25% 이내, 20% 이내, 15% 이내, 10% 이내, 또는 5% 이내 이하이다. 일부 구현예에서, 기준 값은, CR을 계속 나타내지 않은 세포 요법을 받기 전 대상체의 그룹에서 수득된 복수의 대조군 샘플 중 75% 이상, 80% 이상, 85% 이상, 90% 이상, 또는 95% 이상, 또는 98% 이상의 샘플에서 관찰된 수준, 농도 또는 양 이하이다.
일부 구현예에서, 유전자 기준 값은, 요법의 투여 및/또는 이와 연관된 투여 후 임상 반응과 음의 상관 관계 및/또는 음으로 연관된 유전자의 유전자 생성물의 값이고, 복수의 대조군 샘플이 요법을 받기 전 대상체의 그룹에서 수득되며, 여기서 그룹의 대상체 각각은 PD를 발달시키지 않았거나 계속 발달시키지 않았다. 일부 구현예에서, 대상체는 요법을 받은 후 CR을 나타내거나 계속 나타냈다. 일부 구현예에서, 값은, 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 하나 이상의 유전자 생성물의 가장 낮은 수준, 농도 또는 양 이하이다. 특정 구현예에서, 기준 값은, 중증 신경 독성을 경험하지 않은 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 유전자 생성물의 가장 낮은 수준, 농도 또는 양 이하이다. 일부 구현예에서, 기준 값은, PD를 나타내지 않은 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 유전자 생성물의 가장 낮은 수준, 농도 또는 양의 50% 이내, 40% 이내, 30% 이내, 25% 이내, 20% 이내, 15% 이내, 10% 이내, 또는 5% 이내 이하이다. 일부 구현예에서, 기준 값은, PD를 나타내거나 계속 나타내지 않은 세포 요법을 받기 전 대상체의 그룹에서 수득된 복수의 대조군 샘플 중 75% 이상, 80% 이상, 85% 이상, 90% 이상, 또는 95% 이상, 또는 98% 이상의 샘플에서 관찰된 수준, 농도 또는 양 이하이다.
특정 구현예에서, 기준 값은 요법의 투여 전에 대상체에서 수득된 대조군 샘플에서 수득되고/거나 이로부터 유래하며, 상기 그룹의 대상체는 PD를 계속 나타냈다. 일부 구현예에서, 유전자 기준 값은, 요법, 예를 들어, 면역 요법 또는 세포 요법, 예컨대 하나 이상의 친생존 유전자(즉, 상기 유전자는 항-세포자멸사 효과를 갖는다), 예컨대 myc 패밀리 유전자(c-myc, l-myc, 및 n-myc), p53, 및 EZH2의 투여 및/또는 이와 연관된 투여 후 PD와 양의 상관 관계 및/또는 이와 양으로 연관된 유전자의 유전자 생성물의 값이다. 특정 구현예에서, 유전자 기준 값은, 복수의 대조군 샘플 내 유전자 생성물의 평균 수준, 농도 또는 양의 2 배 이내, 1.5 배 이내, 1.0 배 이내, 100% 이내, 50% 이내, 40% 이내, 30% 이내, 25% 이내, 20% 이내, 15% 이내, 10% 이내, 또는 5% 이내 이하이고/거나 복수의 대조군 샘플 내 유전자 생성물의 평균 수준, 농도 또는 양의 2.0, 1.5, 1.25, 1.0, 0.75, 0.5, 또는 0.25 표준 편차 이내 이하이다. 특정 구현예에서, 유전자 기준 값은, 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 유전자 생성물의 가장 낮은 수준, 농도 또는 양 이하이다. 특정 구현예에서, 유전자 기준 값은, 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 유전자 생성물의 가장 낮은 수준, 농도 또는 양의 100%, 75%, 50%, 40%, 30%, 25%, 20%, 10%, 또는 5% 이내 이하이다. 일부 구현예에서, 기준 값은, 복수의 대조군 샘플 중 50% 이상, 60% 이상, 70% 이상, 75% 이상, 80% 이상, 85% 이상, 90% 이상, 또는 95% 이상, 또는 98% 이상의 샘플에서 관찰된 수준, 농도 또는 양 이하이다.
일부 구현예에서, 유전자 기준 값은, 요법의 투여 및/또는 이와 연관된 투여 후 임상 반응과 음의 상관 관계 및/또는 음으로 연관된 유전자의 유전자 생성물의 값이고, 복수의 대조군 샘플이 재조합 수용체로 유전자 조작된 세포를 함유하는 세포 요법을 받기 전 대상체의 그룹에서 수득되며, 여기서 그룹의 대상체 각각은 CR을 계속 나타냈다. 일부 구현예에서, 값은, 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 하나 이상의 유전자 생성물의 가장 낮은 수준, 농도 또는 양 이하이다. 특정 구현예에서, 값은, 복수의 대조군 샘플 중 샘플에서 관찰된 하나 이상의 유전자 생성물의 가장 낮은 수준, 농도 또는 양의 100% 이내, 75% 이내, 50% 이내, 40% 이내, 30% 이내, 25% 이내, 20% 이내, 10% 이내, 또는 5% 이내 이하이다. 일부 구현예에서, 기준 값은, PD를 계속 나타내지 않은 요법을 받기 전 대상체의 그룹에서 수득된 복수의 대조군 샘플 중 75% 이상, 80% 이상, 85% 이상, 90% 이상, 또는 95% 이상, 또는 98% 이상의 샘플에서 관찰된 수준, 농도 또는 양 이상이다.
일부 구현예에서, 대상체에서 수득된 샘플 내 1 이상, 2 이상, 3 이상, 4 이상, 5 이상, 6 이상, 7 이상, 8 이상, 9 이상, 10 이상, 11 이상, 12 이상, 13 이상, 14 이상, 15 이상, 16 이상, 17 이상, 18 이상, 20 이상, 21 이상, 22 이상, 23 이상, 24 이상, 25 이상, 26 이상, 27 이상, 28 이상, 29 이상, 30 이상, 35 이상, 40 이상, 50 이상, 60 이상, 70 이상, 80 이상, 90 이상, 100 이상 또는 120 개 이상의 유전자 생성물의 발현이 대응하는 유전자 기준 값, 예를 들어 동일한 유전자에 대한 유전자 기준 값과 비교되어 대상체가 임상 결과(예를 들어, CR, PR, 또는 PD)를 나타낼 확률, 위험 또는 가능성을 결정한다. 일부 구현예에서, 대응하는 유전자 기준 값을 갖는 1 이상, 2 이상, 3 이상, 4 이상, 5 이상, 6 이상, 7 이상, 8 이상, 9 이상, 10 이상, 11 이상, 12 이상, 13 이상, 14 이상, 15 이상, 16 이상, 17 이상, 18 이상, 20 이상, 21 이상, 22 이상, 23 이상, 24 이상, 25 이상, 26 이상, 27 이상, 28 이상, 29 이상, 30 이상, 35 이상, 40 이상, 50 이상, 60 이상, 70 이상, 80 이상, 90 이상, 100 이상 또는 120 개 이상의 유전자 생성물의 발현 비교가, 상기 발현이 상승된, 증가된 및/또는 높은 위험의 임상 결과(예를 들어, CR, PR, 또는 PD)와 연관된 것을 나타낼 경우, 대상체는 상승된, 증가된 및/또는 높은 위험의 임상 결과(예를 들어, CR, PR, 또는 PD)의 대상체이다.
일부 구현예에서, 임상 결과(예를 들어, CR, PR, 또는 PD)와 양의 상관 관계 및/또는 이와 양으로 연관된 하나 이상의 유전자 생성물의 발현 및 임상 결과(예를 들어, CR, PR, 또는 PD)와 음의 상관 관계 및/또는 이와 음으로 연관된 하나 이상의 유전자 생성물의 발현이 대응하는 기준 값과 비교되어 대상체가 임상 결과(예를 들어, CR, PR, 또는 PD)를 경험할 확률, 위험 또는 가능성을 결정한다.
특정 구현예에서, 결과, 반응 및/또는 하위 유형과 음의 상관 관계가 있고/거나 음으로 연관된 하나 이상의 유전자 생성물의 발현이 기준 값 이하인 경우, 대상체는 높은, 상승된 및/또는 증가된 위험의 임상 결과(예를 들어, CR, PR, 또는 PD)를 가질 수 있고/거나 갖는 것으로 간주된다. 특정 구현예에서, 임상 결과와 음의 상관 관계가 있고/거나 음으로 연관된 1 이상, 2 이상, 3 이상, 4 이상, 5 이상, 6 이상, 7 이상, 8 이상, 9 이상, 10 이상, 11 이상, 12 이상, 13 이상, 14 이상, 15 이상, 16 이상, 17 이상, 18 이상, 19 이상, 20 이상, 25 이상, 50 이상, 100 이상 또는 120 개 이상의 유전자 생성물의 발현이 기준 값 이하인 경우, 대상체는 임상 결과(예를 들어, CR, PR, 또는 PD)를 발달시킬 높은, 상승된 및/또는 증가된 위험을 가질 수 있고/거나 갖는 것으로 간주된다.
일부 구현예에서, 임상 결과와 양의 상관 관계가 있고/거나 양으로 연관된 하나 이상의 유전자 생성물의 발현이 기준 값 이상인 경우, 대상체는 임상 결과(예를 들어, CR, PR, 또는 PD)를 발달시킬 높은, 상승된 및/또는 증가된 위험을 가질 수 있고/거나 갖는 것으로 간주된다. 특정 구현예에서, 임상 결과와 양의 상관 관계가 있고/거나 양으로 연관된 1 이상, 2 이상, 3 이상, 4 이상, 5 이상, 6 이상, 7 이상, 8 이상, 9 이상, 10 이상, 11 이상, 12 이상, 13 이상, 14 이상, 15 이상, 16 이상, 17 이상, 18 이상, 19 이상, 20 이상, 25 이상, 50 이상, 100 이상 또는 120 개 이상의 유전자 생성물의 발현이 기준 값 이상인 경우, 대상체는 임상 결과(예를 들어, CR, PR, 또는 PD)를 발달시킬 높은, 상승된 및/또는 증가된 위험을 가질 수 있고/거나 갖는 것으로 간주된다.
특정 구현예에서, 임상 결과와 음의 상관 관계가 있고/거나 음으로 연관된 하나 이상의 유전자 생성물의 발현이 기준 값 이상인 경우, 대상체는 낮은, 감소한 및/또는 하락한 위험의 임상 결과(예를 들어, CR, PR, 또는 PD)를 가질 수 있고/거나 갖는 것으로 간주된다. 특정 구현예에서, 임상 결과와 음의 상관 관계가 있고/거나 음으로 연관된 1 이상, 2 이상, 3 이상, 4 이상, 5 이상, 6 이상, 7 이상, 8 이상, 9 이상, 10 이상, 11 이상, 12 이상, 13 이상, 14 이상, 15 이상, 16 이상, 17 이상, 18 이상, 19 이상, 20 이상, 25 이상, 50 이상, 100 이상 또는 120 개 이상의 유전자 생성물의 발현이 기준 값 이상인 경우, 대상체는 임상 결과(예를 들어, CR, PR, 또는 PD)를 발달시킬 낮은, 감소한 및/또는 하락한 위험을 가질 수 있고/거나 갖는 것으로 간주된다.
일부 구현예에서, 유전자 생성물은, 세포 요법의 투여 전 또는 후에 대상체에서 수득된 단백질, 예를 들어 혈장 샘플에서 측정된 단백질이고, 유전자 기준 값은 혈청 내 단백질의 농도이다. 특정 구현예에서, 단백질은 PR 및/또는 CR과 음의 상관 관계 및/또는 이와 음으로 연관된 유전자 생성물이다. 특정 구현예에서, 단백질은 PR 및/또는 CR과 양의 상관 관계 및/또는 이와 양으로 연관된 유전자 생성물이다. 특정 구현예에서, 혈장 샘플이 세포 요법의 투여 전, 예컨대 1 일 전에 대상체에서 수득된다. 특정 구현예에서, 혈장 샘플이 세포 요법의 투여 후, 예컨대 세포 요법의 투여 후 2 일, 4 일 또는 7 일에 대상체에서 수득된다.
특정 구현예에서, 혈장 샘플이 세포 요법의 투여 전에 대상체에서 수득된다. 특정 구현예에서, 단백질은, 하나 이상의 친생존 유전자(즉, 상기 유전자는 항-세포자멸사 효과를 부여한다), 예컨대 myc 패밀리 유전자(c-myc, l-myc, 및 n-myc), p53, 및 EZH2의 단백질 또는 이의 일부이다. 일부 구현예에서, 유전자 기준 값은 혈청 내 유전자 생성물, 예를 들어 단백질 또는 이의 일부의 농도이다.
D. 대상체의 선택
일부 구현예에서, 세포 독성 요법(예를 들어, 세포 요법, 예컨대 CAR-T 세포 요법)의 투여 후 부분 반응(PR) 또는 완전 반응(CR)을 나타내거나 계속 나타낼 가능성이 높은, 상승된 및/또는 증가된 대상체에 진행성 질병(PD)을 치료, 예방, 지연 또는 약화시키기 위해 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제를 투여하지 않는다. 일부 구현예에서, 세포 독성 요법(예를 들어, 세포 요법, 예컨대 CAR-T 세포 요법)의 투여 후 진행성 질병(PD)을 나타내거나 계속 나타낼 위험이 높은, 상승된 및/또는 증가된 대상체에 PD를 치료, 예방, 지연 또는 약화시키기 위해 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제를 투여한다. 따라서, 일부 구현예에서, 진행성 질병(PD)의 발달 또는 이를 발달시킬 위험을 치료, 예방, 지연 또는 약화시키기 위해 세포 독성 요법 및 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제의 투여를 포함한 병용 요법이 여기 제공된다. 하나 이상의 제제를 포함한 조성물 및 제형, 예를 들어 약학 제형이 또한 제공된다.
일부 구현예에서, 여기 제공된 방법은, 세포 독성 요법의 투여 후 진행성 질병(PD)을 발달 또는 경험할 가능성 및/또는 증가된 위험, 확률 또는 가능성이 있는 대상체를 식별함으로써 세포 독성 요법의 투여 후 진행성 질병(PD)을 발달 또는 발달시킬 위험을 치료, 예방, 지연, 감소 또는 약화시키기 위해 병용 요법, 예를 들어 세포 독성 요법 및 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제의 투여를 위한 대상체의 선택을 가능하게 한다. 일부 구현예에서, 억제제가, 대상체에 면역 요법 또는 세포 요법의 투여 개시 (i) 전, (ii) 이의 1, 2 또는 3 일 이내 (iii) 이와 동시에 및/또는 (iv) 후속적으로 투여된다.
일부 구현예에서, 대상체에 세포 독성 요법의 투여 전에 진행성 질병(PD)을 발달 또는 발달시킬 위험을 치료, 예방, 지연, 감소 또는 약화시킬 수 있는 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제가 투여되거나 제공되지 않는다. 일부 구현예에서, 대상체에 세포 독성 요법의 투여 개시 전 기간 동안 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제가 투여되거나 제공되지 않는다. 일부 구현예에서, 기간은 세포 독성 요법의 투여 전 (약) 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 또는 15 일 및/또는 (약) 1, 2, 3, 4, 5, 6 주 또는 6 주 이상이다. 일부 구현예에서, 대상체가 진행성 질병(PD)의 증상 또는 징후를 나타내기 전 또는 이를 나타내지 않는 경우 세포 독성 요법의 투여 전 친생존 BCL2 패밀리 억제제가 대상체에 투여되거나 제공되지 않는다.
일부 구현예에서, 대상체에 면역 요법 또는 세포 요법의 투여 전에 진행성 질병(PD)을 발달 또는 발달시킬 위험을 치료, 예방, 지연, 감소 또는 약화시킬 수 있는 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제가 투여되거나 제공된다. 일부 구현예에서, 대상체는 PD에 대한 높은, 증가된 또는 상승된 위험을 갖는 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, 세포 독성 요법의 투여 개시 전, 예컨대 세포 독성 요법의 투여 전 (약) 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 또는 15 일 이내 및/또는 (약) 1, 2, 3, 4, 5, 6 주 또는 6 주 이상 이내의 기간 이내에 대상체에 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제가 투여되거나 제공된다. 일부 구현예에서, 대상체에 PD의 첫 번째 징후 또는 증상 시에 억제제가 투여되거나 제공된다.
일부 구현예에서, 대상체는, 대상체 내 유전자 전사 또는 단백질 발현의 양 또는 수준에 근거하여 세포 독성 요법의 투여 후 진행성 질병(PD)을 발달 또는 경험할 가능성 및/또는 증가된 확률 또는 가능성을 갖는 것으로 확인된다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 친생존 유전자(즉 상기 유전자는 항-세포자멸사 효과를 부여한다)의 유전자 전사 또는 단백질 발현의 양 또는 수준이, 요법의 투여 후 진행성 질병(PD)을 발달 또는 경험할 가능성 및/또는 증가된 확률 또는 가능성을 갖는 것으로 대상체를 식별한다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 친생존 유전자의 유전자 전사 또는 단백질 발현의 양 또는 수준이, 상기 양 또는 수준이 대조군 값과 비교하여 증가하거나 더 높은 경우 요법의 투여 후 진행성 질병(PD)을 발달 또는 경험할 가능성 및/또는 증가된 확률 또는 가능성을 갖는 것으로 대상체를 식별한다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 친생존 유전자의 유전자 전사 또는 단백질 발현의 양 또는 수준이, 상기 양 또는 수준이 대조군 값과 비교하여 감소하거나 더 낮은 경우 면역 요법 또는 세포 요법의 투여 후 진행성 질병(PD)을 발달 또는 경험할 가능성 및/또는 증가된 확률 또는 가능성을 갖지 않는 것으로 대상체를 식별한다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 친생존 유전자는 myc 패밀리 유전자(c-myc, l-myc, n-myc), p53, 및 EZH2를 포함한다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 친생존 유전자는 myc 패밀리 유전자(c-myc, l-myc, n-myc), p53, 및 EZH2와 연관된 유전자를 포함한다.
일부 구현예에서, 샘플의 유전자 생성물, 예를 들어, RNA 또는 단백질 유전자 생성물의 평가, 결정, 측정 및/또는 정량화가 대조군 값으로 정규화된다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 대조군 값으로의 정규화가 수행되어 유전자 생성물의 양 또는 수준이, 유전자의 발현이 증가 또는 감소되고/거나 많은지 또는 적은지를 나타내는지 여부를 분석, 평가 또는 결정할 수 있다. 특정 구현예에서, 대조군 값으로의 정규화가 사용되어 유전자 샘플의 유전자 발현을 상이한 샘플의 유전자 발현과 비교할 수 있다.
특정 구현예에서, 대조군 값은 상이한 유전자 생성물의 측정 또는 측정 값이다. 일부 구현예에서, 상이한 유전자 생성물은 하우스키핑 유전자의 유전자 생성물이다. 특정 구현예에서, 하우스키핑 유전자는 구성적으로 활성인 유전자, 예를 들어 기본적인 세포 기능의 유지에 필요한 유전자이다. 적합한 하우스키핑 유전자의 예가 당업계에 공지되어 있고, ACTB(베타-액틴), B2M(Beta-2-microglobulin), GAPDH(Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase), RPLP0(60S 산성 리보솜 단백질 P0), GUSB(베타-글루쿠로니다제), HMBS(Hydroxymethyl-bilane synthase), HPRT1(Hypoxanthine phosphoribosyl-transferase 1), RPL13A(Ribosomal protein L13a), SDHA(succinate dehydrogenase complex subunit A), TBP(TATA box binding protein), TFRC(transferring receptor 1), 및 UBC(Ubiquitin C)를 암호화하는 유전자를 포함하나 이에 국한되지 않는다. 일부 구현예에서, 대조군 값이 유전자 생성물과 동일한 샘플에서 측정된다.
특정 구현예에서, 유전자 생성물이, 동일한 유전자 유래 유전자 생성물의 측정 또는 측정 값인 대조군 값과 비교 및/또는 정규화된다. 일부 구현예에서, 대조군 값은, 하나 이상의 대조군 샘플에서 수득된 측정 또는 측정 값이다. 특정 구현예에서, 유전자 생성물 및 대조군 값이 상이한 샘플에서 측정된다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 대조군 샘플은 샘플과 동일, 같거나 유사한 조직 조성물 및/또는 세포 조성물을 갖는다. 일부 구현예에서, 샘플 및 대조군 샘플은 동일한 대상체 유래 동일, 유사 및/또는 같은 조직 유래 상이한 샘플이다. 특정 구현예에서, 샘플 및 대조군 샘플은 상이한 대상체의 동일한 조직 유래 상이한 샘플이다. 특정 구현예에서, 샘플 및 대조군 샘플은 상이한 대상체 유래 동일, 유사 및/또는 같은 조직 유래 상이한 샘플이다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 샘플이 림프절 생검 샘플이고, 하나 이상의 대조군 샘플이 림프절 생검 샘플이다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 샘플이 혈액 샘플, 예를 들어 말초 혈액 샘플이고, 하나 이상의 대조군 샘플이 혈액 샘플이다.
특정 구현예에서, 대조군 샘플이 병태 및/또는 암을 앓지 않는 대상체에서 수득된다. 특정 구현예에서, 대조군 샘플이 NHL, 예컨대 FL 또는 DLBCL을 앓지 않는 대상체에서 수득된다. 일부 구현예에서, 대조군 샘플은 하나 이상의 종양 세포를 갖지 않거나 갖지 않는 것으로 의심된다. 특정 구현예에서, 샘플 및 대조군 샘플은 상이한 대상체 유래 동일, 유사 및/또는 같은 조직 유래 상이한 샘플이다. 특정 구현예에서, 대조군 샘플이 EZH2 억제제로 치료된 대상체에서 수득된다. 특정 구현예에서, 대조군 샘플이 EZH2 억제제로 치료되지 않은 대상체에서 수득된다. 특정 구현예에서, 대조군 샘플이 요법, 예를 들어 세포 요법 또는 면역 요법으로 치료 후 완전 반응(CR)을 나타내지 않는 대상체에서 수득된다. 특정 구현예에서, 대조군 샘플이 요법, 예를 들어 면역 요법 또는 세포 요법으로 치료 후 진행성 질병(PD)을 나타내지 않는 대상체에서 수득된다. 특정 구현예에서, 대조군 샘플이 요법, 예를 들어 면역 요법 또는 세포 요법으로 치료 후 종양 미세 환경(tumor microenvironment, TME) 내로 T 세포 침투를 나타내지 않는 대상체에서 수득된다. 특정 구현예에서, 대조군 샘플이 요법, 예를 들어 면역 요법 또는 세포 요법으로 치료 후 종양 미세 환경(TME) 내로 T 세포 침투를 나타낸 대상체에서 수득된다.
특정 구현예에서, 샘플의 유전자 생성물, 예를 들어, RNA 또는 단백질 유전자 생성물의 평가, 결정, 측정 및/또는 정량화가 2 개 이상의 대조군 값으로 정규화되고/거나 비교된다. 일부 구현예에서, 2 개 이상의 대조군 값은, 동일한 유전자 생성물의 측정 또는 이의 측정 값인 대조군 값 및 상이한 유전자 생성물의 측정 또는 측정 값인 대조군 값을 포함한다.
일부 구현예에서, 대조군 값이 사전에 결정되었다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 대조군 값이 샘플 내 하나 이상의 유전자 생성물의 평가, 측정, 결정 및/또는 정량화와 동시에 측정 또는 수득된다.
특정 구현예에서, 대조군 값은, 복수의 대조군 샘플에서 수득된 하나 이상의 유전자 생성물 발현의 평균(예를 들어, 산술 평균) 또는 중간 양 또는 수준이다. 일부 구현예에서, 복수의 대조군 샘플이 개별 대조군 대상체에서 수득된다. 특정 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 병태 또는 질병을 앓지 않고/거나 앓지 않는 것으로 의심되는 대상체이다. 일부 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 암을 앓지 않고/거나 앓지 않는 것으로 의심되는 대상체이다. 일부 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 NHL을 앓지 않고/거나 앓지 않는 것으로 의심되는 대상체이다. 일부 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 특정 하위 유형의 NHL, 예컨대 FL 또는 DLBCL을 앓지 않고/거나 앓지 않을 것으로 의심되는 대상체이다. 일부 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 특정 하위 유형의 NHL, 예컨대 SLL을 앓지 않고/거나 앓지 않을 것으로 의심되는 대상체이다. 특정 구현예에서, NHL의 하위 유형은 NHL 중 여포성 림프종(FL) 하위 유형이다. 특정 구현예에서, NHL의 하위 유형은 NHL 중 미만성 거대 B 세포 림프종(DLBCL) 하위 유형이다. 특정 구현예에서, NHL의 하위 유형은 NHL 중 작은 림프구성 림프종(SLL) 하위 유형이다. 일부 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 NHL을 앓지 않고/거나 앓지 않는 것으로 의심되는 대상체이다. 일부 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 특정 하위 유형의 백혈병, 예컨대 CLL을 앓지 않고/거나 앓지 않을 것으로 의심되는 대상체이다. 일부 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 CLL을 앓지 않고/거나 앓지 않는 것으로 의심되는 대상체이다.
특정 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 암을 앓고/거나 앓는 것으로 의심되는 복수의 대상체이다. 일부 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 비호지킨 림프종(NHL)을 앓고/거나 앓는 것으로 의심되는 대상체이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 특정 하위 유형의 NHL을 앓고/거나 앓는 것으로 의심되는 대상체이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 특정 하위 유형의 NHL이 아닌 NHL을 앓고/거나 앓는 것으로 의심되는 대상체이거나 이를 포함한다. 특정 구현예에서, NHL의 하위 유형은 ALL 중 DLBCL 하위 유형이다. 일부 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 DLBCL 대상체이거나 이를 포함한다. 특정 구현예에서, NHL의 하위 유형은 ALL 중 FL 하위 유형이다. 특정 구현예에서, NHL의 하위 유형은 SLL의 FL 하위 유형이다. 일부 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 FL 대상체이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 백혈병을 앓고/거나 앓는 것으로 의심되는 대상체이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 백혈병은 만성 림프구성 백혈병(CLL)이다.
특정 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 암을 앓고/거나 앓는 것으로 의심되는 복수의 대상체이다. 일부 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 미만성 거대 B 세포 림프종(DLBCL)을 앓고/거나 앓는 것으로 의심되는 대상체이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 특정 하위 유형의 DLBCL을 앓고/거나 앓는 것으로 의심되는 대상체이거나 이를 포함한다. 일부 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 특정 하위 유형의 DLBCL이 아닌 DLBCL을 앓고/거나 앓는 것으로 의심되는 대상체이거나 이를 포함한다. 특정 구현예에서, DLBCL의 하위 유형은 DLBCL 중 배중심 B 세포(germinal center B-cell, GCB) 하위 유형이다. 일부 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 GCB DLBCL 대상체이거나 이를 포함한다. 특정 구현예에서, DLBCL의 하위 유형은 DLBCL 중 활성화된 B 세포(activated B-cell, ABC) 하위 유형이다. 일부 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 ABC DLBCL 대상체이거나 이를 포함한다.
일부 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 EZH2 억제제로 치료되지 않은 또는 치료되지 않았던 대상체이다. 일부 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 EZH2 억제제로 치료된 또는 치료되었던 대상체이다. 일부 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 요법, 예를 들어 면역 요법 또는 세포 요법으로 치료 후 CR을 나타내지 않거나 나타내지 않았던 대상체이다. 일부 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 요법, 예를 들어 면역 요법 또는 세포 요법으로 치료 후 PD를 나타내지 않거나 나타내지 않았던 대상체이다. 일부 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 요법, 예를 들어 면역 요법 또는 세포 요법으로 치료 후 T 세포 반응, 예를 들어 종양 미세 환경 내로 T 세포 침투를 나타내지 않거나 나타내지 않았던 대상체이다. 일부 구현예에서, 복수의 개별 대조군 대상체는 요법, 예를 들어 면역 요법 또는 세포 요법으로 치료 후 T 세포 반응, 예를 들어 종양 미세 환경 내로 T 세포 침투를 나타내거나 나타냈던 대상체이다.
일부 구현예에서, 대조군 값은 복수의 대조군 샘플에서 수득된다. 특정 구현예에서, 복수의 대조군 샘플은, 2 개 이상, 3 개 이상, 5 개 이상, 10 개 이상, 15 개 이상, 20 개 이상, 25 개 이상, 30 개 이상, 40 개 이상, 50 개 이상, 100 개 이상, 200 개 이상, 300 개 이상, 400 개 이상, 또는 500 개 이상의 대조군 샘플을 함유한다.
특정 구현예에서, 유전자 발현, 예를 들어 하나 이상의 유전자 생성물의 양 또는 수준의 평가, 측정, 결정 또는 정량화가 당업계의 임의의 방법에 의해 분석될 수 있다. 일부 구현예에서, 분석 전에, 미가공 유전자 발현 데이터, 예를 들어, 유전자 생성물의 측정 및/또는 정량화된 수준, 양 또는 농도의 값이, 발현 비, 백분위 등급 및/또는 정량적 스케일로 표현된 정규화 또는 변환, 예를 들어, 로그 정규화될 수 있다. 일부 구현예에서, 유전자 발현 데이터는 임의의 비파라미터 데이터 스케일링 접근법에 의해 더 변환될 수 있다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 유전자 생성물 발현의 측정 또는 평가의 변환이 대조군으로의 임의의 정규화 전에 발생한다. 특정 구현예에서, 하나 이상의 유전자 생성물 발현의 측정 또는 평가의 변환이 대조군 값으로의 정규화 후에 발생한다. 일부 구현예에서, 변환은 대수 변환, 멱 변환(power transformation) 또는 로지트 변환이다. 일부 구현예에서, 대수 변환은 일반적인 로그(log10(x)), 자연 로그(ln(x)) 또는 이진 로그(log2(x))이다.
발현 패턴은, 일반 선형 모델(general linear model, GLM), ANOVA, 회귀(로지스틱 회귀 포함), SVM(support vector machines), 선형 판별 분석(linear discriminant analysis, LDA), 주요 성분 분석(principal component analysis, PCA), kNN(k-nearest neighbor), 신경망(neural network, NN), NM(nearest mean/centroid) 및 BCP(Bayesian covariate predictor)와 같은 다양한 수단에 의해 평가 및 분류될 수 있다. SVM과 같은 모델이, 발명의 교시에 근거하여 여기 기재된 유전자의 임의의 서브세트 및 조합을 사용하여 개발될 수 있다.　보다 특정 구현예에서, 발현 패턴이 유전자의 로그 정규화된 발현 수준 방법으로 평가된다.
예시적인 치료 결과 및 이를 평가하기 위한 방법
여기 제공된 방법, 병용물, 용도, 키트 및 제조 물품의 일부 구현예에서, 제공된 병용 요법은 하기 기재된 바와 같이 요법 또는 치료와 관련된 하나 이상의 임의의 파라미터와 관련된 특징과 같은 하나 이상의 치료 결과를 초래한다. 일부 구현예에서, 방법은, 암세포에 대한 T 세포, 예를 들어, T 세포 기반 요법을 위해 투여된 T 세포의 세포 독성의 평가를 포함한다. 일부 구현예에서, 방법은 T 세포, 예를 들어, T 세포 기반 요법을 위해 투여된 T 세포의 노출, 지속성 및 증식의 평가를 포함한다. 일부 구현예에서, 여기에 제공된 방법에서 세포, 예를 들어 면역 요법을 위해 투여된 세포, 예를 들어 T 세포 요법의 기능적 활성 또는 세포 표현형에 있어서의 변화 및/또는 세포의 노출 또는 장기 증폭 및/또는 지속성은 시험관 내 또는 생체 외에서 T 세포의 특성을 평가하여 측정할 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 평가가 사용되어 여기 제공된 병용 요법의 투여 전, 중 또는 후에 T 세포, 예를 들어 T 세포 요법의 기능을 결정하거나 확인할 수 있다.
일부 구현예에서, 병용 요법은 병용 요법 및/또는 지속적인 병용 요법으로 치료를 위한 대상체 확인을 위한 하나 이상의 스크리닝 단계 및/또는 치료 결과의 평가 및/또는 치료 결과의 모니터링을 위한 단계를 더 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 치료 결과의 평가를 위한 단계는 치료를 평가 및/또는 모니터링 및/또는 요법의 추가 또는 잔여 단계의 투여 및/또는 반복 요법을 위해 대상체를 확인하기 위한 단계를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 치료 결과의 평가 및/또는 스크리닝 단계는 여기 제공된 병용 요법의 단위 용량, 빈도, 지속 기간, 타이밍 및/또는 순서를 결정하는데 사용될 수 있다.
일부 구현예에서, 여기 기재된 치료 결과의 평가 및/또는 임의의 스크리닝 단계가, 제공된 병용 요법, 예를 들어 T 세포 요법(예를 들어, CAR 발현 T 세포) 및/또는 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예컨대 BCL2 억제제, 예를 들어 베네토클락스 투여의 하나 이상의 단계의 투여 전, 중, 투여 과정 중 또는 투여 후에 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, 여기 제공된 방법 중 어느 하나를 수행하기 전, 중, 수행 과정 중 또는 수행 후에 평가가 이루어진다. 일부 구현예에서, 평가는 여기 제공된 방법을 수행하기 전에 이루어진다. 일부 구현예에서, 평가는 여기 제공된 방법의 하나 이상의 단계를 수행한 후에 이루어진다. 일부 구현예에서, 평가는 예를 들어, 병용 요법을 받기에 적합하고/거나 민감한 환자를 스크리닝 및 확인하기 위해 제공된 병용 요법의 하나 이상의 단계의 투여 전에 수행된다. 일부 구현예에서, 예를 들어, 중간 또는 최종 치료 결과를 평가하기 위해, 예를 들어, 치료의 효능을 결정하고/거나 치료를 계속하거나 반복할지 여부를 결정하고/거나 병용 요법의 나머지 단계를 투여할지 여부를 결정하기 위해, 제공된 병용 요법의 하나 이상의 단계의 투여 중, 투여 과정 중 또는 투여 후에 평가가 수행된다.
일부 구현예에서, 치료 결과는 면역 기능, 예를 들어 세포 기반 요법을 위해 투여된 T 세포 및/또는 체내 내인성 T 세포의 면역 기능의 개선을 포함한다. 일부 구현예에서, 예시적인 치료 결과는, 대상체에 투여된 조작된 T 세포, 예를 들어 CAR-T 세포와 관련된 특징과 같은 향상된 T 세포 증식, 향상된 T 세포 기능 활성, 면역 세포 표현형 마커 발현의 변화를 포함하나 이에 국한되지 않는다. 일부 구현예에서, 예시적인 치료 결과는 감소된 질병 부담, 예를 들어, 종양 부담, 개선된 임상 결과 및/또는 치료 효능의 향상을 포함한다.
일부 구현예에서, 치료 결과의 평가 및/또는 스크리닝 단계는 세포 기반 요법을 위해 투여된 T 세포의 생존 및/또는 기능을 평가하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 치료 결과의 평가 및/또는 스크리닝 단계는 사이토카인 또는 성장 인자의 수준을 평가하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 치료 결과의 평가 및/또는 스크리닝 단계는 질병 부담 및/또는 개선을 평가하는 것, 예를 들어 종양 부담 및/또는 임상 결과를 평가하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 치료 결과의 평가 및/또는 스크리닝 단계 중 어느 하나는 임의의 평가 방법 및/또는 여기 기재되고/거나 당업계에 공지된 평가를 포함할 수 있고, 예를 들어 병용 요법의 하나 이상의 단계의 투여 전, 중, 투여 과정 중 또는 투여 후에 1회 이상 수행될 수 있다. 여기 제공된 방법의 일부 구현예에서 평가될 수 있는 치료 결과와 관련된 파라미터의 예시적인 세트는 말초 혈액 면역 세포 집단 프로파일 및/또는 종양 부담을 포함한다.
일부 구현예에서, 방법은 대상체에서 세포 요법의 효능에 영향을 미친다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제, 예컨대 BCL2 억제제, 예를 들어 베네토클락스와 함께 방법 중 세포 용량의 투여 후 대상체 내 재조합 수용체 발현, 예를 들어 CAR 발현 세포의 세포 독성이, 억제제, 예를 들어 베네토클락스를 투여하지 않는 방법을 통해 달성된 것에 비해 더 크다. 일부 구현예에서, 하위 치료적 유효량의 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제, 예컨대 BCL2 억제제, 예를 들어 베네토클락스와 함께 방법 중 세포 용량의 투여 후 대상체 내 재조합 수용체 발현, 예를 들어 CAR 발현 세포의 세포 독성이, 억제제, 예를 들어 베네토클락스를 투여하지 않는 방법을 통해 달성된 것에 비해 더 크다. 일부 구현예에서, 투여된 T 세포 요법, 예를 들어 CAR 발현 T 세포의 대상체 내 세포 독성이, T 세포 요법이 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 부재 하에 대상체에 투여된 방법과 비교하여 평가된다. 일부 구현예에서, 방법은, T 세포 요법이 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 부재하에 대상체에 투여되는 방법과 비교하여 대상체에서 증가 또는 연장된 세포 독성을 나타내는 투여된 T 세포를 초래한다.
일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여는, 재조합 수용체를 발현하는 세포 용량이 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 부재하에 대상체에 투여되는 방법과 비교하여, 대상체에서 질병 부담, 예를 들어, 종양 부담을 감소시킨다. 일부 구현예에서, 하위 치료적 유효량의 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여는, 재조합 수용체를 발현하는 세포 용량이 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 부재하에 대상체에 투여되는 방법과 비교하여, 대상체에서 질병 부담, 예를 들어, 종양 부담을 감소시킨다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여는, 재조합 수용체를 발현하는 세포 용량이 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 부재하에 대상체에 투여되는 방법과 비교하여, 대상체에서 배아 골수를 감소시킨다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여는, 재조합 수용체를 발현하는 세포 용량이 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 부재하에 대상체에 투여되는 방법과 비교하여, 임상 결과, 예를 들어 객관적인 반응율(objective response rate, ORR), 무진행 생존(progression-free survival, PFS) 및 전반적인 생존(OS)의 개선을 초래한다.
일부 구현예에서, 대상체는 병용 요법의 하나 이상의 단계의 투여 전에 스크리닝될 수 있다. 예를 들어, 대상체는 병용 요법의 투여 전에, 질병의 특성 및/또는 질병 부담, 예를 들어, 종양 부담에 대해 스크리닝되어 병용 요법의 투여에 대한 적합성, 반응성 및/또는 민감도를 결정할 수 있다. 예를 들어, 대상체는 병용 요법의 투여 전에, 질병의 특성, 예를 들어 친생존 또는 전세포자멸사 BCL2 패밀리 단백질의 과발현 또는 이상 발현에 대해 스크리닝되어 병용 요법의 투여에 대한 적합성, 반응성 및/또는 민감도를 결정할 수 있다. 일부 구현예에서, 치료 결과의 평가 및/또는 스크리닝 단계는 여기 제공된 병용 요법의 단위 용량, 빈도, 지속 기간, 타이밍 및/또는 순서를 결정하는데 사용될 수 있다.
일부 구현예에서, 대상체는 병용 요법의 나머지 단계를 받을 대상체를 결정 및 식별하고/거나 요법의 효능을 모니터링하기 위해 병용 요법의 단계 중 하나의 투여 후에 스크리닝될 수 있다. 일부 구현예에서, 투여된 T 세포의 수, 수준 또는 양 및/또는 투여된 T 세포의 증식 및/또는 활성이, 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제, 예컨대 BCL2 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여 전 및/또는 투여 후에 평가된다.
일부 구현예에서, 상이한 평가 시점, 상이한 조건, 기준 점 및/또는 상이한 대상체에서의 동일한 파라미터 또는 결과의 수준, 수치 또는 측정치에 비해 파라미터 또는 결과의 수준, 수치 또는 측정치에 있어서 변화 및/또는 변경, 예를 들어 증가, 상승, 감소 또는 삭감이 결정되거나 평가된다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 예를 들어 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예컨대 BCL2 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여 전에, 상이한 조건의 동일한 파라미터와 비교하여 특정 파라미터, 예를 들어, BCL2 패밀리 단백질의 발현의 배수 변화, 예를 들어, 증가 또는 감소가 결정될 수 있다. 일부 구현예에서, 2 이상의 파라미터의 수준, 수치 또는 측정치가 결정되고 상대적 수준이 비교된다. 일부 구현예에서, 파라미터의 결정된 수준, 수치 또는 측정치는 대조군 샘플 또는 처리되지 않은 샘플로부터의 수준, 수치 또는 측정치와 비교된다. 일부 구현예에서, 파라미터의 결정된 수준, 수치 또는 측정치는 동일한 대상체이나 상이한 시점에서의 샘플의 수준과 비교된다. 개별 파라미터의 정량화에서 수득된 수치는, 예를 들어 다중 파라미터 분석을 사용하여 파라미터의 수준, 수치 또는 측정치에 산술적 또는 논리적 연산을 형성함으로써 질병 평가의 목적을 위해 조합될 수 있다. 일부 구현예에서, 2 이상의 특정 파라미터의 비율을 계산할 수 있다.
T 세포 건강, 기능, 활성 및/또는 결과, 예컨대 반응, 효능 및/또는 독성 결과와 연관된 파라미터의 평가 및 결정이 다양한 시점에 평가될 수 있다. 일부 측면에서, 평가가 복수 회, 예를 들어, 세포 요법의 투여 전, 세포의 제조 전, 중 또는 후 및/또는 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여 개시 시, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스 계속된, 재개된 및/또는 추가 투여 중, 세포 요법의 투여 개시 시 및/또는 세포 요법의 투여 개시 전, 중 또는 후에 수행될 수 있다.
일부 구현예에서, 투여된 세포 및/또는 세포 조성물의 기능적 특성은, 세포의 약동학(PK) 파라미터, 증폭 및 지속성, 세포 기능성 평가(예를 들어, 여기 기재된 임의의 것, 예컨대 세포 독성 평가, 사이토카인 분비 평가 및 생체 내 평가), 고차원 T 세포 신호 전달 평가 및 T 세포의 소진 표현형 및/또는 특징의 평가를 포함한다. 일부 측면에서, 평가 또는 모니터링될 수 있는 다른 특성은 최소 잔여 질병(MRD)의 모니터링 및 평가를 포함한다. 일부 측면에서, 평가 또는 모니터링될 수 있는 다른 특성은 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 약력학적 파라미터를 포함한다.
A. 반응, 효능 및 생존
일부 구현예에서, 스크리닝 단계 및/또는 치료 결과의 평가 및/또는 치료 결과의 모니터링을 위해 평가될 수 있는 파라미터를 포함한, 요법 또는 치료 결과와 관련된 파라미터는 종양 또는 질병 부담을 포함한다. 면역 요법 또는 세포 요법, 예컨대 T 세포 요법(예를 들어, CAR 발현 T 세포) 및/또는 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예컨대 BCL2 억제제, 예를 들어 베네토클락스인 요법의 투여는 대상체의 질병 또는 병태의 확대 또는 부담을 감소 또는 방지할 수 있다. 예를 들어, 질병 또는 병태가 종양인 경우, 방법은 일반적으로 골수 또는 분자적으로 검출 가능한 B 세포 악성 종양에서 종양 크기, 규모, 전이, 아형의 비율을 감소시키고/거나 예후 또는 생존 또는 종양 부담과 연관된 다른 증상을 개선한다.
일부 측면에서, 제공된 방법 및/또는 제공된 제조 물품 또는 조성물에 부합하는 투여는 일반적으로 대상체에서 질병 또는 병태의 확대 또는 부담을 감소시키거나 방지한다. 예를 들어, 질병 또는 병태가 종양인 경우, 방법은 일반적으로 골수 또는 분자적으로 검출 가능한 B 세포 악성 종양에서 종양 크기, 규모, 전이, 아형의 비율을 감소시키고/거나 예후 또는 생존 또는 종양 부담과 연관된 다른 증상을 개선한다.
일부 구현예에서, 제공된 방법은, T 세포 요법(예를 들어, CAR 발현 T 세포)과 같은 요법이 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제, 예컨대 BCL2 억제제, 예를 들어, 베네토클락스의 투여없이 제공된 대안적인 방법과 비교하여 치료된 대상체에서 종양 부담의 감소를 초래한다. 일부 구현예에서, 제공된 방법은, 면역 요법, 예컨대 T 세포 요법(예를 들어, CAR 발현 T 세포)이 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제, 예컨대 BCL2 억제제, 예를 들어, 베네토클락스의 투여없이 제공된 대안적인 방법과 비교하여 하위 치료적 유효량의 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제로 치료된 대상체에서 종양 부담의 감소를 초래한다. 실제로 병용 요법을 받는 모든 대상체에서 종양 부담이 감소될 필요는 없으나, 예컨대 상기 병용 요법으로 치료받은 대상체의 대다수가 종양 부담의 감소를 나타내고, 예컨대 병용 요법으로 치료받은 대상체의 적어도 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95% 이상이 종양 부담의 감소를 나타내는 임상 데이터에 근거하여, 치료받은 대상체에서 종양 부담은 평균적으로 감소된다.
일부 구현예에서, 제공된 방법은, 요법, 예컨대 T 세포 요법(예를 들어, CAR 발현 T 세포)이 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예컨대 BCL2 억제제, 예를 들어, 베네토클락스의 투여없이 제공된 대안적인 방법과 비교하여 세포 독성 요법의 세포 독성 활성의 증가를 초래한다. 일부 구현예에서, 제공된 방법은, 면역 요법, 예컨대 T 세포 요법(예를 들어, CAR 발현 T 세포)이 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예컨대 BCL2 억제제, 예를 들어, 베네토클락스의 투여없이 제공된 대안적인 방법과 비교하여 하위 치료적 유효량의 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제로 치료된 대상체에서 세포 독성의 증가를 초래한다. 일부 경우에, 제공된 방법은, 면역 요법, 예컨대 T 세포 요법(예를 들어, CAR 발현 T 세포)이 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예컨대 BCL2 억제제, 예를 들어, 베네토클락스의 투여없이 제공된 대안적인 방법과 비교하여 선택적으로 하나 이상의 암 세포의 페르포린- 및/또는 그랜자임-매개 세포 자멸사를 통해 세포 독성 요법의 세포 독성 활성의 증가를 초래한다. 세포 독성이 실제로 병용 요법을 받는 모든 대상체에서 증가할 필요는 없으나, 예컨대 상기 병용 요법으로 치료받은 대상체의 대다수가 종양 부담의 감소를 나타내고, 예컨대 병용 요법으로 치료받은 대상체의 적어도 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95% 이상이 종양 부담의 감소를 나타내는 임상 데이터에 근거하여, 치료받은 대상체에서 세포 독성이 평균적으로 증가한다.
질병 부담은 종양 또는 예를 들어, 전이를 나타내는 다른 위치의 기관 또는 조직과 같은 대상체 또는 대상체의 기관, 조직 또는 체액에서 질병의 총 세포 수를 포함할 수 있다. 예를 들어, 종양 세포는 특정 혈액학적 악성 종양의 맥락에서 혈액, 림프 또는 골수에서 검출 및/또는 정량화될 수 있다. 일부 구현예에서, 질병 부담은 종양의 질량, 전이의 수 또는 범위 및/또는 골수에 존재하는 아세포의 백분율을 포함할 수 있다.
일부 구현예에서, 대상체는 골수종, 림프종 또는 백혈병을 앓는다. 질병 부담의 정도가 혈액 또는 골수에서 잔류 백혈병의 평가에 의해 결정될 수 있다. 일부 구현예에서, 대상체는 비호지킨 림프종(NHL), 급성 림프아구성 백혈병(ALL), 만성 림프구성 백혈병(CLL), 작은 림프구성 림프종(SLL), 미만성 거대 B 세포 림프종(DLBCL) 또는 골수종, 예를 들어 다발성 골수종(MM)을 앓는다. 일부 구현예에서, 대상체는 백혈병 또는 림프종을 앓는다. 일부 구현예에서, 대상체는 백혈병을 앓는다. 일부 경우에, 백혈병은 CLL이다. 일부 구현예에서, 대상체는 림프종을 앓는다. 일부 경우에, 대상체는 DBCBL을 포함한 NHL을 앓는다. 일부 경우에, 림프종은 SLL이다.
일부 측면에서, NHL을 앓는 대상체와 같은 대상체의 반응 속도는 루가노 기준(Lugano criteria)에 근거한다(Cheson et al., (2014) JCO., 32(27):3059-3067; Johnson et al., (2015) Radiology 2:323-338; Cheson, B.D. (2015) Chin. Clin. Oncol. 4(1):5). 일부 측면에서, 반응 평가는 임상적, 혈액학적 및/또는 분자적 방법 중 어느 하나를 활용한다. 일부 측면에서, 루가노 기준을 사용하여 평가된 반응은 적절한 것으로 양전자 방출 단층 촬영(positron emission tomography, PET)-컴퓨터 단층 촬영(computed tomography, CT) 및/또는 CT의 사용을 수반한다. PET-CT 평가는 FDG-친화성 림프종(FDG-avid lymphoma)에 대한 플루오로데옥시글루코스(fluorodeoxyglucose, FDG)의 사용을 더 포함할 수 있다. 일부 측면에서, PET-CT가 FDG-친화성 조직 구조에서 반응을 평가하는데 사용될 경우, 5점 척도를 사용할 수 있다. 어떤 면에서, 5점 척도는 하기 기준을 포함한다: 1, 바탕 위 흡수 없음; 2, 흡수 ≤ 종경막; 3, 흡수 > 종경막이나 ≤ 간; 4, 적당히 흡수 > 간; 5, 간 및/또는 새로운 병변에서보다 현저히 많은 흡수; X, 림프종과 관련이 있을 것 같지 않은 새로운 영역 흡수.
일부 측면에서, 루가노 기준을 사용하여 기재된 바와 같은 완전한 반응은 다양한 측정 가능한 부위에서의 완전한 대사 반응 및 완전한 방사선 반응을 포함한다. 일부 측면에서, 상기 부위는 림프절 및 림프 외 부위를 포함하며, 여기서 CR은 PET-CT가 사용될 경우 5점 척도에서 잔류 질량을 갖거나 갖지 않는 1, 2 또는 3의 점수로 기재된다. 일부 측면에서, 생리학적 흡수가 많거나 비장 또는 골수 내 활성화(예를 들어, 화학 요법 또는 골수성 콜로니 자극 인자 사용)가 있는 왈데이어 고리(Waldeyer's ring) 또는 결절 외 부위에서, 흡수가 정상 종격막 및/또는 간에서보다 더 많을 수 있다. 상기 상황에서, 조직이 많은 생리적 흡수를 하더라도 초기 관여 부위에서의 흡수가 주변 정상 조직보다 더 많지 않으면 완전한 대사 반응이 유추될 수 있다. 일부 측면에서, 반응은 CT를 사용하여 림프절에서 평가되며, 여기서 CR은 질병 및 표적 결절/결절의 집합체의 림프 외 부위가 병변의 가장 긴 횡방향 직경(LDi)에서 ≤ 1.5 cm까지 퇴화해서는 안되는 것으로 설명된다. 추가 평가 부위는 골수를 포함하며, 여기서 PET-CT 기반 평가는 골수에서 FDG-친화성 질병의 증거가 부족함을 나타내야 하고, CT 기반 평가는 정상적인 형태를 나타내야 하며, 불명확한 경우 IHC 음성이어야 한다. 추가 부위는 정상으로 회귀해야 하는 기관 확대의 평가를 포함할 수 있다. 일부 측면에서, CR의 경우 없어야 하는 비측정 병변 및 새로운 병변이 평가된다(Cheson et al., (2014) JCO., 32(27):3059-3067; Johnson et al., (2015) Radiology 2:323-338; Cheson, B.D. (2015) Chin. Clin. Oncol. 4(1):5).
일부 측면에서, 루가노 기준을 사용하여 기재된 바와 같은 부분 반응(PR)은 다양한 측정 가능한 부위에서의 부분적인 대사 반응 및/또는 방사선 반응을 포함한다. 일부 측면에서, 상기 부위는 림프절 및 림프 외 부위를 포함하며, 여기서 PR은 PET-CT가 사용될 경우 기준선 및 잔류 질량(들)의 임의의 크기와 비교하여 섭취가 감소된 4 또는 5의 점수로 기재된다. 잠정적으로, 상기 발견은 반응하는 질병을 나타낼 수 있다. 치료 말기에, 상기 발견은 잔류 질병을 나타낼 수 있다. 일부 측면에서, 반응은 CT를 사용하여 림프절에서 평가되며, 여기서 PR은 최대 6개의 측정 가능한 표적 결절 및 결절 외 부위의 SPD에서 ≥ 50% 감소로 설명된다. 병변이 CT에서 측정하기에 너무 작은 경우, 5 mm ?m가 기본 값으로 할당되고; 병변이 더 이상 보이지 않는 경우, 상기 값은 0 mm ?m이며; 결절이 >5 mm ?m이나 정상보다 더 작은 경우, 실제 측정치가 계산에 사용된다. 추가 평가 부위는 골수를 포함하며, 여기서 PET-CT 기반 평가는 기준선(허용된 화학 요법으로부터의 반응 변화와 양립 가능한 확산 흡수)과 비교하여 감소되나 정상 골수에서의 흡수보다 더 많은 잔류 흡수를 나타내야 한다. 일부 측면에서, 결절 반응의 맥락에서 골수에서 지속적인 병소의 변화가 있는 경우, MRI 또는 생검법 또는 간격 검사로 추가 평가를 하는 것이 고려되어야 한다. 일부 측면에서, 추가 부위는 기관 확대의 평가를 포함할 수 있으며, 비장은 길이에 있어 정상 이상으로 >50%까지 퇴화되었어야 한다. 일부 측면에서, 비측정 병변 및 새로운 병변이 평가되고, PR의 경우 부재/정상, 퇴화되어야 하나 증가해서는 안된다. 어떠한 반응/안정적인 질병(SD) 또는 진행성 질병(PD)도 PET-CT 및/또는 CT 기반 평가를 사용하여 또한 측정될 수 없다(Cheson et al., (2014) JCO., 32(27):3059-3067; Johnson et al., (2015) Radiology 2:323-338; Cheson, B.D. (2015) Chin. Clin. Oncol., 4(1):5).
일부 관점에서, 무진행 생존(progression-free survival, PFS)은 B 세포 악성 종양과 같은 질병의 치료 중 및 치료 후에 대상체가 질병을 갖고 사나 더 악화되지 않는 시간의 길이로 설명된다. 일부 측면에서, 객관적인 반응(objective response, OR)은 측정 가능한 반응으로 설명된다. 일부 측면에서, 객관적인 반응율(objective response rate, ORR)은 CR 또는 PR을 달성한 환자의 비율로 설명된다. 일부 측면에서, 전반적인 생존(overall survival, OS)은, 질병을 진단받은 대상체가 여전히 살아 있는, 질병, 예컨대 B 세포 악성 종양에 대한 진단일 또는 치료 시작 중 하나로부터의 시간 길이로 설명된다. 일부 측면에서, 이벤트 없는 생존(event-free survival, EFS)은, 치료가 방해 또는 지연되도록 의도된 특정 합병증 또는 이벤트 없는 채로 대상체가 남아있는, B 세포 악성 종양에 대한 치료가 종료된 후 시간의 길이로 설명된다. 상기 이벤트는, 뼈까지 확대되는 B 세포 악성 종양으로부터의 뼈 통증과 같은 특정 증상의 개시 또는 B 세포 악성 종양의 재발 또는 사망을 포함할 수 있다.
일부 구현예에서, 반응 기간(duration of response, DOR)의 측정은 종양 반응의 문서화에서 질병 진행까지의 시간을 포함한다. 일부 구현예에서, 반응을 평가하기 위한 파라미터에는 지속적인 반응, 예를 들어, 요법 개시로부터 기간 후에 지속되는 반응이 포함될 수 있다. 일부 구현예에서, 지속적인 반응은 요법 개시 후 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 18 또는 24개월에서의 반응율로 표시된다. 일부 구현예에서, 반응은 3개월 또는 6개월보다 더 오랫동안 지속된다.
일부 측면에서, RECIST 기준이 사용되어 객관적인 종양 반응을 결정한다(Eisenhauer et al., European Journal of Cancer 45 (2009) 228-247). 일부 측면에서, RECIST 기준이 사용되어 표적 병변에 대한 객관적인 종양 반응을 결정한다. 일부 측면에서, RECIST 기준을 사용하여 결정된 바와 같은 완전한 반응은 모든 표적 병변의 소멸로 설명되고, 임의의 병리적 림프절(표적이건 비표적이건)이 단축에서 <10 mm까지 축소되어야 한다. 다른 측면에서, RECIST 기준을 사용하여 결정된 바와 같은 부분 반응은 기준선 합계 직경을 기준으로 하여, 표적 병변의 직경의 합계에서 30% 이상의 감소로 설명된다. 다른 측면에서, 진행성 질병(PD)은 연구 중 가장 작은 합계를 기준으로 하여(이는 상기 값이 연구 중 가장 작은 경우 기준선 합계를 포함함) 표적 병변의 직경의 합계에서 20% 이상의 증가로 설명된다. 20%의 상대적 증가 외에, 합계는 5mm 이상의 절대적인 증가를 또한 입증해야 한다(일부 측면에서, 하나 이상의 새로운 병변의 출현도 진행성으로 간주된다). 다른 측면에서, 안정된 질병(stable disease, SD)은 연구 중인 가장 작은 합계 직경을 기준으로 하여, PR에 적격인 충분한 축소도 없고, PD에 적격인 충분한 증가도 없는 것으로 설명된다.
MM의 경우, 질병 부담의 정도를 평가하는 예시적인 파라미터는, 클론성 혈장 세포의 수(예를 들어, 골수 생검에서 >10% 또는 다른 조직; 형질세포종으로부터의 생검에서 임의의 양), 혈청 또는 소변 중 하나에서 단클론성 단백질(파라단백질)의 존재, 혈장 세포 장애와 관련된 것으로 여겨지는 말단 기관 손상의 증거(예를 들어, 고칼슘혈증(교정 칼슘 >2.75 mmol/l); 골수종에 기인하는 신장의 기능 부전; 빈혈(헤모글로빈 <10 g/dl); 및/또는 뼈 병변(압박 골절을 동반한 용해성 병변 또는 골다공증))과 같은 파라미터를 포함한다.
DLBCL의 경우, 질병 부담의 정도를 평가하는 예시적인 파라미터는 세포 형태(예를 들어, 중심아세포, 면역아세포 및 역형성 세포), 유전자 발현, miRNA 발현 및 단백질 발현(예를 들어, BCL2, BCL6, MUM1, LMO2, MYC 및 p21의 발현)과 같은 파라미터를 포함한다.
일부 측면에서, CLL을 갖는 대상체와 같은 대상체에서의 반응율은 만성 림프구성 백혈병 반응 기준에 대한 국제 워크숍(International Workshop on Chronic Lymphocytic Leukemia, IWCLL)에 근거한다(Hallek, et al., Blood 2008, Jun 15; 111(12): 5446-5456). 일부 측면에서, 상기 기준은, 일부 측면에서 면역 표현형에 의한 말초 혈액 클론성 림프구의 부재, 림프샘 장애(lymphadenopathy)의 부재, 간 비대 또는 비장 비대의 부재, 체질상의 증상 및 충분한 혈액 수의 부재를 요구하는, 완전한 진정(complete remission, CR); 일부 측면에서 정상적인 혈액 수를 갖지 않는, 상기 CR로 기술되는 불완전한 골수 회복을 갖는 완전한 진정(complete remission with incomplete marrow recovery, CRi); 일부 측면에서 말초 혈액 수에서의 개선과 함께, 림프구 수에서 ≥ 50%에 속하고, 림프샘 장애에서 ≥ 50% 감소 또는 간 또는 비장에서 ≥ 50%의 감소로 기술되는, 부분적인 진정(partial remission, PR); 일부 측면에서 림프구 수에 있어서 > 5 x109/L까지의 ≥ 50% 상승, 림프샘 장애에 있어서 ≥ 50% 증가, 간 또는 비장 크기에 있어서 ≥ 50% 증가, 리히터의 형질전환(Richter's transformation) 또는 CLL로 인한 새로운 혈구 감소증(cytopenia)으로 기술되는 진행성 질병(PD); 일부 측면에서 CR, CRi, PR 또는 PD에 대한 기준을 충족하지 않는 것으로 기술되는 안정적인 질병;으로 기술된다.
일부 구현예에서, 대상체는, 세포 용량의 투여에서 1개월 이내에, 대상체의 림프절 크기가 (약) 20mm 미만, (약) 10mm 미만의 크기이거나 (약) 10mm 미만인 경우 CR 또는 OR을 나타낸다.
일부 구현예에서, CLL의 지표 클론은 대상체의 골수(또는 방법에 따라 치료된 대상체의 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 이상을 초과한 골수)에서 검출되지 않는다. 일부 구현예에서, CLL의 지표 클론은 IgH 심층 시퀀싱에 의해 평가된다. 일부 구현예에서, 지표 클론은 세포의 투여 후 (약) 1, 2, 3, 4, 5, 6, 12, 18 또는 24 개월 (이상)의 시기에 검출되지 않는다.
일부 구현예에서, 대상체는, 예를 들어 광학 현미경에 의해 검출된 바와 같이, 골수에서 5% 이상의 아세포, 예컨대 골수에서 10% 이상의 아세포, 골수에서 20% 이상의 아세포, 골수에서 30% 이상의 아세포, 골수에서 40% 이상의 아세포 또는 골수에서 50% 이상의 아세포가 존재할 경우 형태학적 질병을 나타낸다. 일부 구현예에서, 골수에 5% 미만의 아세포가 존재하는 경우, 대상체는 완전한 또는 임상적 진정을 나타낸다.
일부 구현예에서, 대상체는 완전한 진정을 나타낼 수 있으나, 형태학적으로 검출 불가능한(광학 현미경 기술에 의함) 작은 비율의 잔류 백혈병 세포가 존재한다. 대상체가 골수에서 5% 미만의 아세포를 나타내고 분자적으로 검출 가능한 B 세포 악성 종양을 나타내는 경우 대상체는 최소 잔류 질병(MRD)을 나타낸다고 한다. 일부 구현예에서, 분자적으로 검출 가능한 B 세포 악성 종양은 소수의 세포의 민감한 검출을 허용하는 다양한 임의의 분자 기술을 사용하여 평가될 수 있다. 일부 측면에서, 상기 기술은 염색체 전좌에 의해 생성된 유일한 Ig/T 세포 수용체 유전자 재배열 또는 융합 전사물을 결정할 수 있는 PCR 평가를 포함한다. 일부 구현예에서, 유동 세포 분석을 이용하여 백혈병 특이적 면역 표현형에 근거한 B 세포 악성 종양 세포를 식별할 수 있다. 일부 구현예에서, B 세포 악성 종양의 분자 검출은 100,000개의 정상 세포에서 1개만큼의 적은 백혈병 세포를 검출할 수 있다. 일부 구현예에서, 대상체는, 예컨대 PCR 또는 유동 세포 분석에 의해 100,000개의 세포에서 1 개 이상 또는 1 개 초과 백혈병 세포가 검출될 경우 분자적으로 검출 가능한 MRD를 나타낸다. 일부 구현예에서, 대상체의 질병 부담이 분자적으로 검출 가능하지 않거나 MRD-여서, 일부 경우에 PCR 또는 유세포 분석 기술을 사용하여 대상체에서 어떤 백혈병 세포도 검출되지 않을 수 있다.
백혈병의 경우, 질병 부담의 정도는 혈액 또는 골수에 있는 잔류 백혈병의 평가에 의해 결정될 수 있다. 일부 구현예에서, 대상체는 예를 들어, 광학 현미경 검사법에 의해 검출된 바와 같이, 골수에 5% 이상의 아세포가 존재할 경우, 형태학적 질병을 나타낸다. 일부 구현예에서, 골수에 5% 미만의 아세포가 존재하는 경우, 대상체는 완전한 또는 임상적 진정을 나타낸다.
일부 구현예에서, 백혈병의 경우, 대상체는 완전한 진정을 나타낼 수 있으나, (광학 현미경 기술에 의해) 형태학적으로 검출할 수 없는 소량의 잔류 백혈병 세포가 존재한다. 대상체가 골수에서 5% 미만의 아세포를 나타내고 분자적으로 검출 가능한 B 세포 악성 종양을 나타내는 경우 대상체는 최소 잔류 질병(MRD)을 나타낸다고 한다. 일부 구현예에서, 분자적으로 검출 가능한 B 세포 악성 종양은 소수의 세포의 민감한 검출을 허용하는 다양한 임의의 분자 기술을 사용하여 평가될 수 있다. 일부 측면에서, 상기 기술은 염색체 전좌에 의해 생성된 유일한 Ig/T 세포 수용체 유전자 재배열 또는 융합 전사물을 결정할 수 있는 PCR 평가를 포함한다. 일부 구현예에서, 유동 세포 분석을 이용하여 백혈병 특이적 면역 표현형에 근거한 B 세포 악성 종양 세포를 식별할 수 있다. 일부 구현예에서, B 세포 악성 종양의 분자 검출은 100,000개의 정상 세포에서 1개만큼의 적은 백혈병 세포를 검출할 수 있다. 일부 구현예에서, 대상체는, 예컨대 PCR 또는 유동 세포 분석에 의해 100,000개의 세포에서 1 개 이상 또는 1 개 초과 백혈병 세포가 검출될 경우 분자적으로 검출 가능한 MRD를 나타낸다. 일부 구현예에서, 대상체의 질병 부담이 분자적으로 검출 가능하지 않거나 MRD-여서, 일부 경우에 PCR 또는 유세포 분석 기술을 사용하여 대상체에서 어떤 백혈병 세포도 검출되지 않을 수 있다.
일부 구현예에서, 세포 요법, 예컨대 T 세포 요법(예를 들어, CAR 발현 T 세포) 및/또는 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예컨대 BCL2 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여 및/또는 방법은, 면역요법 예를 들어, T 세포 요법 및/또는 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여 직전 시기의 질병 부담과 비교하여 질병 부담을 감소시킨다.
일부 측면에서, 면역 요법, 예를 들어 T 세포 요법 및/또는 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어 베네토클락스의 투여가 질병 부담의 증가를 방지할 수 있고, 이는 질병 부담의 변화가 없는 것으로 입증될 수 있다.
일부 구현예에서, 방법은, 대안적인 방법, 예컨대 대상체가 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어, 베네토클락스 투여의 부재 하에 면역 요법, 예를 들어 T 세포 요법 단독을 받는 요법을 이용한 비교 가능한 방법에서 관찰될 감소와 비교하여 질병 또는 병태의 부담, 예를 들어, 종양 세포의 수, 종양의 크기, 보다 많은 정도로 및/또는 보다 긴 기간 동안 환자의 생존 또는 비이벤트 생존의 지속 기간을 감소시킨다. 일부 구현예에서, 질병 부담이, 각각의 제제 단독 투여, 예를 들어, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어, 베네토클락스를 면역 요법, 예를 들어 T 세포 요법을 받지 않은 대상체에 투여하거나; 또는 면역 요법, 예를 들어 T 세포 요법을 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어, 베네토클락스를 받지 않은 대상체에 투여함으로써 달성될 감소와 비교하여 면역 요법, 예를 들어 T 세포 요법 및 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어, 베네토클락스 투여의 병용 요법 후 보다 많은 정도 또는 보다 긴 기간 동안 감소된다.
일부 구현예에서, 대상체의 질병 또는 병태의 부담이 검출, 평가 또는 측정된다. 일부 측면에서, 질병 부담이, 대상체 또는 대상체의 기관, 조직 또는 체액, 예컨대 혈액 또는 혈청에서 질병 또는 질병 관련 세포, 예를 들어 종양 세포의 총수를 검출함으로써 검출될 수 있다. 일부 구현예에서, 질병 부담, 예를 들어 종양 부담이 전이의 수 또는 정도를 측정함으로써 평가된다. 일부 측면에서, 대상체의 생존, 특정 기간 내 생존, 생존 정도, 이벤트가 없거나 증상이 없는 생존의 존재 또는 지속 기간 또는 재발이 없는 생존이 평가된다. 일부 구현예에서, 질병 또는 병태의 임의의 증상이 평가된다. 일부 구현예에서, 질병 또는 병태 부담의 측정값이 명시된다. 일부 구현예에서, 결정을 위한 예시적인 파라미터는 질병 또는 병태, 예를 들어 종양의 개선 또는 향상을 나타내는 특정 임상 결과를 포함한다. 상기 파라미터는, 완전 반응(CR), 부분 반응(PR) 또는 안정적인 질병(SD)(예를 들어, RECIST(Response Evaluation Criteria In Solid Tumors) 가이드라인 참조), 객관적인 반응률(ORR), 무진행 생존(PFS) 및 전반적인 생존(OS)을 포함한 질병 제어의 기간을 포함한다. 파라미터에 대한 구체적인 기준치가 설정되어 여기 제공된 병용 요법 방법의 효능이 결정될 수 있다.
일부 측면에서, 질병 부담이, 면역 요법, 예를 들어 T 세포 요법의 투여 전, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어, 베네토클락스의 투여 전이나 면역 요법, 예를 들어 T 세포 요법의 투여 후 및/또는 면역 요법, 예를 들어 T 세포 요법 및 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어, 베네토클락스 둘 다의 투여 후에 측정 또는 검출된다. 병용 요법의 하나 이상의 단계의 다중 투여의 상황에서, 일부 구현예에서, 질병 부담이 투여의 단계, 용량 및/또는 주기 중 어느 하나의 투여 전 또는 후, 또는 투여의 단계, 용량 및/또는 주기 중 어느 하나의 투여 사이 시기에 측정될 수 있다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어, 베네토클락스의 투여가 2회 이상의 주기(예를 들어, 28 일 주기)로 수행되고, 질병 부담이 각 주기 전, 중 및/또는 후에 측정 또는 검출된다.
일부 구현예에서, 부담이, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어, 베네토클락스 및 면역 요법, 예를 들어 T 세포 요법의 투여 직전과 비교하여 제공된 방법에 의해 (약) 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90% (이상) 또는 100%까지 감소된다. 일부 구현예에서, 질병 부담, 종양 크기, 종양 부피, 종양 질량 및/또는 종양 부하 또는 규모가, 면역 요법, 예를 들어 T 세포 요법 및/또는 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어, 베네토클락스의 투여 직전과 비교하여 면역 요법, 예를 들어 T 세포 요법 및/또는 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제, 예를 들어, 베네토클락스의 투여 후에 (약) 적어도 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90 % 이상까지 감소된다.
일부 구현예에서, 방법에 의한 질병 부담의 감소는, 예를 들어, 병용 요법의 투여, 예를 들어 이의 개시 후 1 개월, 2 개월, 3 개월, 4 개월, 5 개월, 6 개월, 또는 6 개월 이상에 평가된 바와 같이 형태상의 완전한 완화의 유도를 포함한다.
일부 측면에서, 예를 들어, 다중 파라미터 유세포 분석에 의해 측정된 바와 같은 최소 잔여 질병에 대한 평가가 음성이거나 최소 잔여 질병의 수준이 약 0.3% 미만, 약 0.2% 미만, 약 0.1% 미만, 또는 약 0.05% 미만이다.
일부 구현예에서, 대상체의 비이벤트 생존률 또는 전반적인 생존률이 다른 방법에 비해 본 방법에 의해 개선된다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 여기 제공된 병용 요법의 방법 후 6 개월에 방법으로 치료된 대상체의 비이벤트 생존률 또는 확률이, 약 40% 초과, 약 50% 초과, 약 60% 초과, 약 70% 초과, 약 80% 초과, 약 90% 초과, 또는 약 95% 초과이다. 일부 측면에서, 전반적인 생존률이 약 40% 초과, 약 50% 초과, 약 60% 초과, 약 70% 초과, 약 80% 초과, 약 90% 초과, 또는 약 95% 초과이다. 일부 구현예에서, 방법으로 치료된 대상체는, 비이벤트 생존, 비재발 생존 또는 6 개월 이상 또는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10 년 이상까지 생존을 나타낸다. 일부 구현예에서, 진행 시간이 개선, 예컨대 진행 시간이 (약) 6 개월 초과 또는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10 년 이상이다.
일부 구현예에서, 방법에 의한 치료 후, 재발 확률이 다른 방법에 비해 감소된다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 병용 요법의 방법 후 6 개월에 재발 확률이, 약 80% 미만, 약 70% 미만, 약 60% 미만, 약 50% 미만, 약 40% 미만, 약 30% 미만, 약 20% 미만, 또는 약 10% 미만이다.
일부 경우에, 투여된 세포, 예를 들어 입양적으로 전달된 세포의 약동학이 결정되어 투여된 세포의 유용성, 예를 들어 생체 이용률을 평가한다. 입양적으로 전달된 세포의 약동학 결정을 위한 방법은, 조작된 세포가 투여된 대상체에서 말초 혈액을 뽑아내는 것 및 말초 혈액에서 조작된 세포의 수 또는 비율을 결정하는 것을 포함한다. 세포를 선택 및/또는 단리하기 위한 접근법은, 키메라 항원 수용체(CAR) 특이적 항체(예를 들어, Brentjens et al., Sci. Transl. Med. 2013 Mar; 5(177): 177ra38) Protein L (Zheng et al., J. Transl. Med. 2012 Feb; 10:29), CAR의 특정 부위 내로 직접 도입된 에피토프 태그, 예컨대 Strep-태그 서열의 사용을 포함할 수 있고, 이로써 Strep-태그 서열에 대한 결합 시약을 사용하여 CAR(Liu et al. (2016) Nature Biotechnology, 34:430; 국제 특허 출원 공개 번호 WO2015095895) 및 CAR 폴리펩티드에 특이적으로 결합하는 단클론 항체(국제 특허 출원 공개 번호 WO2014190273 참조)를 직접 평가한다. 외인성 마커 유전자는 일부 경우에, 세포의 검출 또는 선택을 허용하고, 일부 경우에 세포의 자살을 또한 촉진하도록 조작된 세포 요법과 관련하여 사용될 수 있다. 일부 경우에, 절단된 표피 성장 인자 수용체(truncated epidermal growth factor receptor, EGFRt)가 형질 도입된 세포에서 관심 전이 유전자(예를 들어, CAR)와 함께 공발현될 수 있다(예를 들어, 미국 특허 번호 8,802,374 참조). EGFRt는 항체 세툭시맙(Erbitux®) 또는 다른 치료용 항-EGFR 항체 또는 결합 분자에 의해 인식되는 에피토프를 함유할 수 있으며, 이는 EGFRt 작제물 및 또 다른 재조합 수용체, 예컨대 키메라 항원 수용체(CAR)로 조작된 세포를 식별 또는 선택하기 위해 및/또는 수용체를 발현하는 세포를 제거 또는 분리하기 위해 사용될 수 있다. 문헌[미국 특허 번호 8,802,374 및 Liu et al., Nature Biotech. 2016 April; 34(4): 430-434]을 참조한다.
일부 구현예에서, 환자에서 수득된 생물학적 샘플, 예를 들어 혈액 내 CAR+ T 세포의 수가 예를 들어, 세포의 약동학을 결정하기 위해 세포 요법의 투여 후 기간에 결정될 수 있다. 일부 구현예에서, 방법에 의해 치료된 대상체의 다수 또는 대상체의 혈액에서 검출 가능한 CAR+ T 세포, 선택적으로 CAR+ CD8+ T 세포 및/또는 CAR+ CD4+ T 세포의 수는, 1 개의 세포/μL 초과, 5 개의 세포/μL 초과 또는 10 개의 세포/μL 초과이다.
제조 물품 및 키트
친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제, 예컨대 BCL2 억제제, 예를 들어, 베네토클락스 및 면역 요법 또는 세포 요법, 예를 들어 항체 또는 이의 항원 결합 단편 또는 T 세포 요법, 예를 들어 조작된 세포 및/또는 이의 조성물에 대한 성분을 함유하는 제조 물품이 또한 제공된다. 제조 물품은 컨테이너 및 컨테이너 상에 또는 컨테이너와 관련된 라벨 또는 패키지 삽입물을 포함할 수 있다. 적합한 컨테이너는, 예를 들어 병, 바이알, 주사기, IV 용액 백 등을 포함한다. 컨테이너는 유리 또는 플라스틱과 같은 다양한 물질로 형성될 수 있다. 일부 구현예에서, 컨테이너는 병태를 치료, 예방 및/또는 진단하는 데 효과적인 그 자체 또는 또 다른 조성물과 조합된 조성물을 보유한다. 일부 구현예에서, 컨테이너는 멸균 접근 포트를 갖는다. 예시적인 컨테이너는 정맥내 용액 백, 바이알을 포함하고, 주사용 바늘에 의해 천공될 수 있는 마개가 있는 것 또는 경구 투여 제제를 위한 병 또는 바이알을 포함한다. 라벨 또는 패키지 삽입물은 조성물이 질병 또는 병태를 치료하는 데 사용되는 것을 나타낼 수 있다.
제조의 물품은, (a) 그 안에 함유된 조성물을 가진 제1 컨테이너(여기서 상기 조성물은 면역 요법, 예를 들어 T 세포 요법에 사용되는 조작된 세포를 포함함); 및 (b) 그 안에 함유된 조성물을 가진 제2 컨테이너(여기서 상기 조성물은 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제, 예컨대 BCL2 억제제, 예를 들어, 베네토클락스를 포함함)를 포함할 수 있다.
일부 구현예에서, 제1 컨테이너는 제1 조성물 및 제2 조성물을 포함하며, 여기서 제1 조성물은 면역 요법, 예를 들어 CD4+ T 세포 요법에 사용되는 조작된 세포의 제1 집단을 포함하고, 제2 조성물은 조작된 세포의 제2 집단을 포함하며, 여기서 제2 집단은 제1 집단, 예를 들어 CD8+ T 세포 요법과 별개로 조작될 수 있다. 일부 구현예에서, 제1 및 제2 세포 조성물은 조작된 세포, 예를 들어, CD4+ 및 CD8+ 세포의 정의된 비율(예를 들어 CD4+:CD8+ CAR+ T 세포의 1:1 비율)을 함유한다.
제조 물품은, 조성물이 특정 병태를 치료하는 데 사용될 수 있음을 나타내는 포장 삽입물을 더 포함할 수 있다. 대안적으로 또는 추가적으로, 제조 물품은 약학적으로 허용 가능한 완충제를 포함하는 또 다른 또는 동일한 컨테이너를 더 포함할 수 있다. 이는 다른 완충제, 희석액, 필터, 바늘 및/또는 주사기와 같은 다른 물질을 더 포함할 수 있다.
정의
달리 정의되지 않는 한, 여기에 사용된 모든 기술 용어, 표기법 및 다른 기술 및 과학 용어 또는 전문 용어는 청구된 주제가 속하는 기술 분야의 당업자에 의해 통상적으로 이해되는 것과 동일한 의미를 갖는 것으로 의도된다. 일부 경우에, 통상적으로 이해되는 의미를 갖는 용어가 명확성 및/또는 용이한 참조를 위해 여기에 정의되며, 여기에 상기 정의의 포함이 당업계에서 일반적으로 이해되는 것에 비해 실질적인 차이를 나타내는 것으로 반드시 이해되어서는 안된다.
용어 "폴리펩티드(polypeptide)" 및 "단백질(protein)"은 아미노산 잔기의 중합체를 지칭하기 위해 상호 교환적으로 사용되며, 최소 길이로 제한되지 않는다. 제공된 수용체 및 다른 폴리펩티드, 예를 들어 링커 또는 펩티드를 포함하는 폴리펩티드는, 천연 및/또는 비천연 아미노산 잔기를 포함하는 아미노산 잔기를 포함할 수 있다. 용어는 폴리펩티드의 발현 후 변형, 예를 들어 글리코실화, 시알릴화, 아세틸화 및 인산화를 또한 포함한다. 일부 측면에서, 폴리펩타이드는 단백질이 원하는 활성을 유지하는 한 천연 또는 천연 서열에 대한 변형을 함유할 수 있다. 상기 변형은 부위-지정 돌연변이 유발을 통한 것과 같이 고의적일 수 있거나, 단백질을 생성하는 숙주의 돌연변이 또는 PCR 증폭으로 인한 오류를 통한 것과 같이 우발적일 수 있다.
여기에 사용된 바와 같이, "대상체(subject)"는 인간 또는 다른 동물과 같은 포유류이며, 전형적으로 인간이다. 일부 구현예에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제, 예컨대 BCL2 억제제, 예를 들어, 베네토클락스, 조작된 세포 또는 조성물이 투여되는 대상체, 예를 들어, 환자는 포유동물, 전형적으로 인간과 같은 영장류이다. 일부 구현예에서, 영장류는 원숭이 또는 유인원(ape)이다. 상기 대상체는 수컷 또는 암컷일 수 있으며, 유아, 소아, 청소년, 성인 및 노인 대상체를 포함한 임의의 적합한 연령일 수 있다. 일부 구현예에서, 대상체는 설치류와 같은 비영장류 포유 동물이다.
여기에 사용된 바와 같은 "치료(treatment)"(및 "치료(treat)" 또는 "치료(treating)"와 같은 이의 문법적 변형)는 질병 또는 병태 또는 장애 또는 이와 관련된 증상, 불리한 효과 또는 결과 또는 표현형의 완전한 또는 부분적인 개선 또는 감소를 지칭한다. 치료의 바람직한 효과는 질병의 발생 또는 재발의 예방, 증상의 완화, 질병의 직접적 또는 간접적인 병리적 결과 중 어느 하나의 감소, 전이 방지, 질병 진행의 속도 감소, 질병 상태의 개선 또는 완화 및 진정 또는 향상된 예후를 포함하나 이에 국한되지 않는다. 상기 용어는 질병의 완전한 치료 또는 모든 증상이나 결과에 있어 임의의 증상이나 결과(들)의 완전한 제거를 내포하지 않는다.
여기에 사용된 바와 같은 "질병의 발달 지연(delaying development of a disease)"은 질병(예컨대 암)의 발달을 미룸, 방해, 늦춤, 지연, 안정화, 억제 및/또는 연기하는 것을 의미한다. 상기 지연은 치료 중인 개인 및/또는 질병의 이력에 따라 다양한 시간의 길이일 수 있다. 일부 구현예에서, 충분하거나 유의미한 지연은, 개인이 질병을 발달시키지 않는다는 점에서 사실상 예방을 포함할 수 있다. 예를 들면, 전이의 발달과 같은 말기 암이 지연될 수 있다.
여기에 사용된 바와 같은 "예방(preventing)"은 질병에 걸릴 성향을 가질 수 있으나 아직 질병으로 진단되지 않은 대상체에서 질병의 발생 또는 재발에 관하여 예방을 제공하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 제공된 세포 및 조성물은 질병의 발달을 지연시키거나 질병의 진행을 늦추는 데 사용된다.
여기 사용된 바와 같은 기능 또는 활성을 "억제(suppress)"하는 것은 다른 조건과 비교하여 또는 대안적으로 관심 조건 또는 파라미터를 제외하고 달리 동일한 조건과 비교할 때 기능 또는 활성을 감소시키는 것이다. 예를 들어, 종양 성장을 억제하는 세포는, 세포의 부재 시의 종양의 성장 속도에 비해 종양의 성장 속도를 감소시킨다.
투여의 상황에서, 제제, 예를 들어 조작된 세포 또는 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제, 또는 이의 약학 제형 또는 조성물의 "유효량(effective amount)"은, 치료 또는 예방 결과와 같은 원하는 결과를 달성하기 위해, 투여량/양 및 필요한 기간 동안 효과적인 양을 지칭한다.
제제, 예를 들어 조작된 세포 또는 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제, 또는 이의 약학 제형 또는 조성물의 "치료적 유효량(therapeutically effective amount)"은, 예컨대 질병, 병태 또는 장애의 치료를 위해 원하는 치료적 결과 및/또는 치료의 약동학 또는 약력학적 효과를 달성하기 위해, 투여량 및 필요한 기간 동안 효과적인 양을 지칭한다. 치료적 유효량은 대상체의 질병 상태, 연령, 성별 및 체중 및 투여된 세포 집단과 같은 인자에 따라 달라질 수있다. 일부 구현예에서, 제공된 방법은 세포 및/또는 조성물을 유효량, 예를 들어 치료적 유효량으로 투여하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 제공된 방법은, 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제, 예컨대 BCL2 억제제, 예를 들어 베네토클락스, 조작된 세포(예를 들어, 세포 요법) 또는 조성물을 유효량, 예를 들어 치료적 유효량으로 투여하는 것을 포함한다. "예방적 유효량(prophylactically effective amount)"은 원하는 예방적 결과를 달성하기 위해 투여량 및 필요한 기간 동안 효과적인 양을 지칭한다. 반드시는 아니나 전형적으로, 예방 용량이 질병 이전 또는 초기 단계의 대상체에서 사용되기 때문에, 예방적 유효량은 치료적 유효량보다 적을 것이다. 보다 낮은 종양 부담의 상황에서, 예방적 유효량은, 일부 측면에서, 치료적 유효량보다 더 많을 것이다.
"약학적으로 허용 가능한 담체(pharmaceutically acceptable carrier)"는, 대상체에 무독성인 활성 성분이 아닌 약학 제형 내 성분을 지칭한다. 약학적으로 허용 가능한 담체는 완충제, 부형제, 안정화제 또는 방부제를 포함하나 이에 국한되지 않는다.
여기에 사용된 바와 같은 용어 "약(about)"은 본 기술 분야의 당업자에게 용이하게 알려진 각각의 수치에 대한 일반적인 오차 범위를 지칭한다. 여기서 "약(about)"의 수치 또는 파라미터에 대한 언급은 상기 수치 또는 파라미터 자체에 관한 구현예를 포함(설명)한다.
여기에 사용된 바와 같이, 단수 형태 "a", "an" 및 "the"는 문맥상 명백하게 다르게 지시하지 않는 한 복수의 지시 대상을 포함한다. 예를 들어, "a" 또는 "an"은 "적어도 하나(at least one)" 또는 "하나 이상(one or more)"을 의미한다. 여기에 기재된 측면 및 변형이 측면 및 변형을 "구성하는(consisting)" 및/또는 "본질적으로 구성하는(consisting essentially of)"을 포함하는 것으로 이해된다.
본 개시 전체에, 청구된 주제의 다양한 측면이 범위 형식으로 제시된다. 범위 형식의 기재는 단지 편의 및 간결성을 위한 것으로 이해되어야 하며, 청구된 주제의 범위에 대한 융통성 없는 제한으로 이해되어서는 안된다. 따라서, 범위의 기재는 모든 가능한 하위 범위뿐만 아니라 상기 범위 내의 개별 수치를 구체적으로 개시한 것으로 간주되어야 한다. 예를 들어, 수치의 범위가 제공된 경우, 상기 범위의 상한 내지 하한 사이 각각의 사이에 오는 수치와 상기 언급된 범위 내 임의의 다른 언급되거나 사이에 오는 수치가 청구된 주제 내에 포함되는 것으로 이해된다. 상기 더 작은 범위의 상한 및 하한은 독립적으로 보다 더 작은 범위에 포함될 수 있고, 언급된 범위에서 임의의 구체적으로 배제된 한도를 조건으로 청구된 주제 내에 또한 포함된다. 언급된 범위가 한계 중 하나 또는 둘 다를 포함하는 경우, 상기 포함된 한계 중 하나 또는 둘 다를 제외한 범위도 청구된 주제에 포함된다. 이는 범위의 폭에 관계없이 적용된다.
여기에 사용된 바와 같이, 조성물은 세포를 포함하여 2 개 이상의 생성물, 물질 또는 화합물의 임의의 혼합물을 지칭한다. 이는 용액, 현탁액, 액체, 분말, 페이스트, 수성, 비-수성 또는 이의 임의의 조합물일 수 있다.
하나 이상의 특정 세포 유형 또는 세포 집단을 지칭할 경우, 여기 사용된 바와 같은 "농축(enriching)"은, 예컨대 집단 또는 세포에 의해 발현된 마커에 근거한 양성 선택 또는 감소될 세포 집단 또는 세포 상에 존재하지 않는 마커에 근거한 음성 선택에 의해, 예를 들어 조성물 내 세포의 총수 또는 부피와 비교하여 또는 다른 세포 유형에 비례하여 세포 유형 또는 집단의 수 또는 백분율을 증가시키는 것을 지칭한다. 상기 용어는 조성물로부터 다른 세포, 세포 유형 또는 집단의 완전한 제거를 요구하지 않고, 그렇게 농축된 세포가 농축된 조성물에서 100% 또는 심지어 거의 100%로 존재할 것을 요구하지 않는다.
여기에 사용된 바와 같이, 세포 또는 세포 집단이 특정 마커에 대해 "양성(positive)"이라는 진술은 특정 마커, 전형적으로 표면 마커가 세포 상에 또는 세포 내에 검출 가능하게 존재함을 지칭한다. 표면 마커를 언급할 경우, 용어는, 예를 들어 마커에 특이적으로 결합하는 항체로 염색하고 상기 항체를 검출함으로써, 유세포 분석에 의해 검출된 바와 같은 표면 발현의 존재를 지칭하며, 여기에서 상기 염색은 달리 동일한 조건 하에서 아이소타이프-매칭된 대조군 또는 FMO(fluorescence minus one) 게이팅 대조군으로 동일한 절차를 수행하여 검출된 염색보다 실질적으로 상위 수준에서 및/또는 마커에 대해 양성인 것으로 공지된 세포에 대한 것과 실질적으로 유사한 수준에서 및/또는 마커에 대해 음성인 것으로 공지된 세포에 대한 것보다 실질적으로 더 높은 수준에서 유세포 분석에 의해 검출 가능하다.
여기에 사용된 바와 같이, 세포 또는 세포 집단이 특정 마커에 대해 "음성(negative)"이라는 진술은 특정 마커, 전형적으로 표면 마커가 세포 상에 또는 세포 내에 실질적으로 검출 가능하게 존재하지 않음을 지칭한다. 표면 마커를 언급할 때, 용어는, 예를 들어 마커에 특이적으로 결합하는 항체로 염색하고 상기 항체를 검출함으로써, 유세포 분석에 의해 검출된 바와 같은 표면 발현의 부재를 지칭하며, 여기에서 상기 염색은, 달리 동일한 조건 하에서 아이소타이프-매칭된 대조군 또는 FMO(fluorescence minus one) 게이팅 대조군으로 동일한 절차를 수행하여 검출된 염색보다 실질적으로 상위 수준에서 및/또는 마커에 대해 양성인 것으로 공지된 세포에 대한 것보다 실질적으로 더 낮은 수준에서 및/또는 마커에 대해 음성인 것으로 공지된 세포에 대한 것과 비교하여 실질적으로 유사한 수준에서 유세포 분석에 의해 검출되지 않는다.
여기에 사용된 바와 같은 용어 "벡터(vector)"는 이에 연결된 또 다른 핵산을 번식시킬 수 있는 핵산 분자를 지칭한다. 용어는 자가 복제 핵산 구조로서의 벡터뿐만 아니라 상기가 도입된 숙주 세포의 게놈 내로 편입된 벡터를 포함한다. 특정 벡터는 이들이 작동 가능하게 연결된 핵산의 발현을 지시할 수 있다. 상기 벡터가 여기서 "발현 벡터(expression vector)"로 지칭된다.
여기 사용된 바와 같은 조성물은, 세포를 포함한 2 개 이상의 생성물, 물질 또는 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제, 예컨대 BCL2 억제제, 예를 들어, 베네토클락스의 임의의 혼합물을 지칭한다. 이는 용액, 현탁액, 액체, 분말, 페이스트, 수성, 비-수성 또는 이의 임의의 조합물일 수 있다.
여기에 사용된 바와 같이, "대상체(subject)"는 인간 또는 다른 동물과 같은 포유류이며, 전형적으로 인간이다.
예시적인 구현예
제공된 구현예 중에 하기가 있다:
1. 암을 치료하는 방법으로서, 상기 방법은:
(1) 암을 앓는 대상체에 세포 독성 요법을 투여하는 단계 - 여기서 상기 세포 독성 요법은 면역 요법 또는 세포 요법이고, 암 세포와 연관된, 암세포에 의해 발현되는 또는 암세포의 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합함 - ; 및
(2) 세포 독성 요법의 투여 개시 후 (약) 1 일 내지 (약) 14 일 사이의 시기 및/또는 세포 독성 요법의 정점 수준이 세포 독성 요법의 투여 후 대상체의 혈액에서 검출 가능하기 전 시기에 억제제의 정상 상태 농도(steady state concentration, Css)를 달성하기 충분한 투약 방식으로 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제를 대상체에 투여하는 단계;를 포함한다.
2. 암을 치료하는 방법으로서, 상기 방법은 암을 앓는 대상체에 세포 독성 요법의 투여 개시 후 (약) 1 일 내지 (약) 14 일 사이의 시기 및/또는 세포 독성 요법의 정점 수준이 세포 독성 요법의 투여 후 대상체의 혈액에서 검출 가능하기 전 시기에 억제제의 정상 상태 농도(Css)를 달성하기 충분한 투약 방식으로 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제를 투여하는 것을 포함하며, 여기서 상기 세포 독성 요법은 면역 요법 또는 세포 요법이고, 암 세포와 연관된, 암세포에 의해 발현되는 또는 암세포의 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합한다.
3. 암을 치료하는 방법으로서, 상기 방법은:
(1) 암을 앓는 대상체에 세포 독성 요법을 투여하는 단계 - 여기서 상기 세포 독성 요법은 면역 요법 또는 세포 요법이고, 암 세포와 연관된, 암세포에 의해 발현되는 또는 암세포의 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합함 - ; 및
(2) 세포 독성 요법의 투여 개시 전 (약) 7 일 내지 세포 독성 요법의 투여 개시 후 (약) 14 일 사이의 시기에 억제제의 투여 개시를 포함한 투약 방식으로 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제를 대상체에 투여하는 단계;를 포함한다.
4. 암을 치료하는 방법으로서, 상기 방법은 암을 앓는 대상체에 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제를 투여하는 것을 포함하고, 여기서 상기 억제제는 세포 독성 요법의 투여 개시 전 (약) 7 일 내지 세포 독성 요법의 투여 개시 후 (약) 14 일 사이의 시기에 억제제의 투여 개시를 포함한 투약 방식으로 투여되며, 여기서 상기 세포 독성 요법은 면역 요법 또는 세포 요법이고, 암 세포와 연관된, 암세포에 의해 발현되는 또는 암세포의 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합한다.
5. 대상체의 암을 치료하는 방법으로서, 상기 방법은 암을 앓는 대상체에 세포 독성 요법을 투여하는 것을 포함하고, 여기서 상기 세포 독성 요법은 면역 요법 또는 세포 요법이고, 암 세포와 연관된, 암세포에 의해 발현되는 또는 암세포의 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합하며, 여기서 상기 대상체에 세포 독성 요법의 투여 개시 전 (약) 7 일 내지 세포 독성 요법의 투여 개시 후 (약) 14 일 사이의 시기에 억제제의 투여 개시를 포함한 투약 방식으로 일정 기간 동안 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제가 투여되거나 투여될 예정이다.
6. 구현예 1 또는 구현예 2의 방법에서, 상기 억제제의 투약 방식은, 세포 독성 요법의 투여 개시 전 (약) 7 일 내지 세포 독성 요법의 투여 개시 후 (약) 14 일 사이의 시기에 상기 억제제의 투여 개시를 포함한다.
7. 구현예 1-6 중 어느 하나의 방법에서, 상기 억제제의 투약 방식은, 세포 독성 요법의 투여 개시 전 (약) 3 일 내지 세포 독성 요법의 투여 개시 후 (약) 14 일 사이의 시기에 상기 억제제의 투여 개시를 포함한다.
8. 구현예 1-7 중 어느 하나의 방법에서, 상기 억제제의 투약 방식은, 세포 독성 요법의 투여 개시 전 (약) 1 일 내지 세포 독성 요법의 투여 개시 후 (약) 8 일 사이의 시기에 상기 억제제의 투여 개시를 포함한다.
9. 구현예 1-8 중 어느 하나의 방법에서, 투약 방식에서 하나 이상의 용량의 억제제가 세포 독성 요법과 동시에 및/또는 세포 독성 요법과 동일한 날에 투여된다.
10. 구현예 3-9 중 어느 하나의 방법에서, 억제제의 투약 방식은, 세포 독성 요법의 투여 개시 후 (약) 1 일 내지 (약) 14 일 사이의 시기 및/또는 세포 독성 요법의 정점 수준이 세포 독성 요법의 투여 후 대상체의 혈액에서 검출 가능하기 전 시기에 억제제의 정상 상태 농도(Css)를 달성하기에 충분하다.
11. 구현예 1-10 중 어느 하나의 방법에서, 대상체에 세포 독성 요법의 투여 개시 전 7 일 이내에 리툭시맙 및/또는 이브루티닙이 투여되지 않거나 투여되지 않았다.
12. 구현예 1-11 중 어느 하나의 방법에서, 세포 독성 요법은 하나 이상의 암 세포의 세포 매개 세포 독성을 초래할 수 있거나 초래한다.
13. 구현예 1-11 중 어느 하나의 방법에서, 세포 독성 요법은 하나 이상의 암 세포의 페르포린- 및/또는 그랜자임-매개 세포 자멸사를 매개할 수 있거나 매개한다.
14. 구현예 1-13 중 어느 하나의 방법에서, 세포 독성 요법은 면역 요법이다.
15. 구현예 1-14 중 어느 하나의 방법에서, 면역 요법은 T 세포의 활성을 증가시키는 T 세포 관여 요법이다.
16. 구현예 1-15 중 어느 하나의 방법에서, 세포 독성 요법은 이중 특이적 T 세포 관여자(bispecific T cell engager, BiTE) 요법이다.
17. 구현예 1-14 중 어느 하나의 방법에서, 세포 독성 요법은 세포 요법이다.
18. 구현예 1-17 중 어느 하나의 방법에서, 세포 요법은 대상체의 자기 유래 세포를 포함한다.
19. 구현예 1-18 중 어느 하나의 방법에서, 세포 요법은, 종양 침윤성 림프구(tumor infiltrating lymphocytic, TIL) 요법, 내인성 T 세포 요법, 자연 살해(natural kill, NK) 세포 요법, 전이 유전자 TCR 요법 및 선택적으로 키메라 항원 수용체(CAR) 발현 세포 요법인 재조합 수용체 발현 세포 요법으로 구성된 군에서 선택된다.
20. 구현예 1-19 중 어느 하나의 방법에서, 세포 요법은 항원에 특이적으로 결합하는 재조합 수용체를 발현하는 세포의 용량을 포함한다.
21. 구현예 1-20 중 어느 하나의 방법에서, 세포 요법의 투여는, 세포 요법, 재조합 수용체 발현 세포, 총 T 세포 또는 총 말초 혈액 단핵 세포(PBMC) 중 (약) 1 x 105 내지 5 x 108개의 총 세포; 세포 요법, 재조합 수용체 발현 세포, 총 T 세포 또는 총 말초 혈액 단핵 세포(PBMC) 중 (약) 1 x 105 내지 2 x 108 개의 총 세포; 세포 요법, 재조합 수용체 발현 세포, 총 T 세포 또는 총 말초 혈액 단핵 세포(PBMC) 중 (약) 1 x 106 내지 1 x 108 개의 총 세포; 또는 세포 요법, 재조합 수용체 발현 세포, 총 T 세포 또는 총 말초 혈액 단핵 세포(PBMC) 중 (약) 1 x 106 내지 5 x 107 개의 총 세포;의 투여를 포함한다.
22. 구현예 1-21 중 어느 하나의 방법에서, 세포 요법은 T 세포를 포함하거나 이로 농축된다.
23. 구현예 1-22 중 어느 하나의 방법에서, 세포 요법은 CD3+, CD4+, CD8+, 또는 CD4+ 및 CD8+ T 세포를 포함하거나 이로 농축된다.
24. 구현예 1-23 중 어느 하나의 방법에서, 세포 요법은 CD4+ 및 CD8+ T 세포를 포함하거나 이로 농축된다.
25. 구현예 24의 방법에서, 세포 요법의 CD4+ 및 CD8+ T 세포는, CD4+ CAR 발현 T 세포 대 CD8+ CAR 발현 T 세포의 정의된 비율 및/또는 (약) 1:1 또는 약 1:3 내지 약 3:1의 CD4+ CAR 발현 T 세포 대 CD8+ CAR 발현 T 세포를 포함한다.
26. 구현예 1-25 중 어느 하나의 방법에서, 세포 요법은 CD4+ 및 CD8+ T 세포의 투여를 포함하고, 여기서 각 용량의 T 세포는 항원에 특이적으로 결합하는 수용체, 선택적으로 CAR을 포함하며, 여기서 상기 투여는 복수의 별개의 조성물을 투여하는 것을 포함하며, 상기 복수의 별개의 조성물은 CD8+ T 세포를 포함하거나 이로 농축된 제1 조성물 및 CD4+ T 세포를 포함하거나 이로 농축된 제2 조성물을 포함한다.
27. 구현예 26의 방법에서, 여기서:
제1 및 제2 조성물 중 하나에서 수용체를 포함하는 CD4+ T 세포 및 제1 및 제2 조성물 중 나머지 다른 하나에서 수용체를 포함하는 CD8+ T 세포가 (약) 1:1 또는 약 1:3 내지 약 3:1의 정해진 비율로 존재하고/거나;
제1 및 제2 조성물로 투여된 수용체를 포함하는 CD4+ T 세포 및 이로 투여된 수용체를 포함하는 CD8+ T 세포는 정해진 비율로 존재하고, 이의 비율은 (약) 1:1 또는 약 1:3 내지 약 3:1이다.
28. 구현예 1-27 중 어느 하나의 방법에서, 세포 요법은 자연 살해(natural killer, NK) 세포를 포함하거나 이로 농축된다.
29. 구현예 1-28 중 어느 하나의 방법에서, 세포 요법은 iPS 유래 세포를 포함하거나 이로 농축된다.
30. 구현예 20-29 중 어느 하나의 방법에서, 재조합 수용체는 T 세포 수용체(T cell receptor, TCR)이거나 기능성 비-T 세포 수용체이다.
31. 구현예 20-30 중 어느 하나의 방법에서, 재조합 수용체는 키메라 항원 수용체(chimeric antigen receptor, CAR)이다.
32. 구현예 1-31 중 어느 하나의 방법에서, 세포 요법은, (약) 1 x 105 내지 5 x 108 개의 총 CAR 발현 T 세포, 1 x 106 내지 2.5 x 108 개의 총 CAR 발현 T 세포, 5 x 106 내지 1 x 108 개의 총 CAR 발현 T 세포, 1 x 107 내지 2.5 x 108 개의 총 CAR 발현 T 세포, 5 x 107 내지 1 x 108 개의 총 CAR 발현 T 세포(각각의 수치 포함)의 투여를 포함한다.
33. 구현예 1-32 중 어느 하나의 방법에서, 세포 요법은, (약) 1 x 105 개 이상의 CAR 발현 세포, (약) 2.5 x 105 개 이상의 CAR 발현 세포, (약) 5 x 105 개 이상의 CAR 발현 세포, (약) 1 x 106 개 이상의 CAR 발현 세포, (약) 2.5 x 106 개 이상의 CAR 발현 세포, (약) 5 x 106 개 이상의 CAR 발현 세포, (약) 1 x 107 개 이상의 CAR 발현 세포, (약) 2.5 x 107 개 이상의 CAR 발현 세포, (약) 5 x 107 개 이상의 CAR 발현 세포, (약) 1 x 108 개 이상의 CAR 발현 세포, (약) 2.5 x 108 개 이상의 CAR 발현 세포, 또는 (약) 5 x 108 개 이상의 CAR 발현 세포의 투여를 포함한다.
34. 구현예 1-33 중 어느 하나의 방법에서, 세포 요법은, (약) 5 x 107 개의 총 CAR 발현 T 세포의 투여를 포함한다.
35. 구현예 1-34 중 어느 하나의 방법에서, 세포 요법은, (약) 1 x 108 개의 CAR 발현 세포의 투여를 포함한다.
36. 구현예 1-35 중 어느 하나의 방법에서, 세포 요법은, 항원에 특이적으로 결합하는 세포 외 항원 인식 도메인 및 ITAM을 포함하는 세포 내 신호 전달 도메인을 포함하는 키메라 항원 수용체(CAR)를 발현하는 세포를 포함한다.
37. 구현예 36의 방법에서, 항원은 종양 항원이거나 암 세포 상에 발현된다.
38. 구현예 1-37 중 어느 하나의 방법에서, 항원은, αvβ6 인테그린(avb6 인테그린), B세포 성숙 항원(BCMA), B7-H3, B7-H6, 탄산 탈수 효소 9(CA9, 또한 CAIX 또는 G250으로 공지), 암 고환 항원, 암/고환 항원 1B(CTAG, 또한 NY-ESO-1 및 LAGE-2로 공지), 암배아 항원(CEA), 사이클린, 사이클린 A2, C-C 모티프 케모카인 리간드 1(CCL-1), CD19, CD20, CD22, CD23, CD24, CD30, CD33, CD38, CD44, CD44v6, CD44v7/8, CD123, CD133, CD138, CD171, 콘드로이틴 황산염 프로테오글리칸 4(CSPG4), 표피 성장 인자 단백질(EGFR), 유형 III 표피 성장 인자 수용체 돌연변이(EGFR vIII), 표피 당단백질 2(EPG-2), 표피 당단백질 40(EPG-40), 에프린B2, 에프린 수용체 A2(EPHa2), 에스트로겐 수용체, Fc 수용체 유사 5(FCRL5; 또한 FC 수용체 상동물 5 또는 FCRH5로 공지), 태아 아세틸콜린 수용체(태아 AchR), 엽산 결합 단백질(FBP), 엽산 수용체 알파, 강글리오사이드 GD2, O-아세틸화 GD2(OGD2), 강글리오사이드 GD3, 당단백질 100(gp100), 글리피칸-3(GPC3), G 단백질 결합 수용체 5D(GPRC5D), Her2/neu(수용체 티로신 키나제 erb-B2), Her3(erb-B3), Her4(erb-B4), erbB 2량체, 인간 고분자량 흑색종 관련 항원(HMW-MAA), B형 간염 표면 항원, 인간 백혈구 항원 A1(HLA-A1), 인간 백혈구 항원 A2(HLA-A2), IL-22 수용체 알파(IL-22Rα), IL-13 수용체 알파 2(IL-13Rα2), 키나제 삽입 도메인 수용체(kdr), 카파 경쇄, L1 세포 부착 분자(L1-CAM), L1-CAM의 CE7 에피토프, 8 패밀리 멤버 A를 함유하는 루신 리치 반복(LRRC8A), 루이스 Y, 흑색종 관련 항원(MAGE)-A1, MAGE-A3, MAGE-A6, MAGE-A10, 메소텔린(MSLN), c-Met, 뮤린 시토메갈로 바이러스(CMV), 뮤신 1(MUC1), MUC16, 천연 킬러 2 군 D 멤버(NKG2D) 리간드, 멜란 A(MART-1), 신경 세포 부착 분자(NCAM), 종양태아성 항원, 흑색종 우선 발현 항원(PRAME), 프로게스트론 수용체, 전립선 특이적 항원, 전립선 줄기 세포 항원(PSCA), 전립선 특이적 막 항원(PSMA), 수용체 티로신 키나제 유사 고아 수용체 1(ROR1), 서바이빈(survivin), 영양막 당단백질(TPBG, 또한 5T4로 공지), 종양 관련 당단백질 72(TAG72), 티로시나제 관련 단백질 1(TRP1, 또한 TYRP1 또는 gp75로 공지), 티로시나제 관련 단백질 2(TRP2, 또한 도파크롬 타우토머라제, 도파크롬 델타 이성화 효소 또는 DCT로 공지), 혈관 내피 성장 인자 수용체(VEGFR), 혈관 내피 성장 인자 수용체 2(VEGFR2), 빌름스 종양 1(WT-1) 중에서 선택된다.
39. 구현예 1-38 중 어느 하나의 방법에서, 항원은 CD19이다.
40. 구현예 36-39 중 어느 하나의 방법에서, 세포 내 신호 전달 도메인은 CD3-제타(CD3ζ) 사슬의 세포 내 도메인을 포함한다.
41. 구현예 36-40 중 어느 하나의 방법에서, 세포 내 신호 전달 영역은 공자극 신호 전달 영역을 더 포함한다.
42. 구현예 41의 방법에서, 공자극 신호 전달 영역은 CD28 또는 4-1BB, 선택적으로 인간 CD28 또는 인간 4-1BB의 신호 전달 도메인을 포함한다.
43. 구현예 42의 방법에서, 공자극 도메인은 CD28의 신호 전달 도메인이거나 이를 포함한다.
44. 구현예 1-43 중 어느 하나의 방법에서, 세포 요법은 대상체 유래 자가 조직 세포를 포함한다.
45. 구현예 44의 방법에서, 상기 방법은 억제제의 투여 개시 전에 자가 조직 세포를 포함하는 대상체 유래 생물학적 샘플을 수집하는 것을 포함한다.
46. 구현예 45의 방법에서, 대상체 유래 생물학적 샘플은, 전체 혈액 샘플, 연막(buffy coat) 샘플, 말초 혈액 단핵세포(peripheral blood mononuclear cell, PBMC) 샘플, 비분획화 T 세포 샘플, 림프구 샘플, 백혈구 샘플, 성분 채집술(apheresis) 생성물 또는 백혈구 성분 채집술(leukapheresis) 생성물이거나 이를 포함한다.
47. 구현예 1-46 중 어느 하나의 방법에서, 상기 방법은, 세포 독성 요법의 투여 전에 림프구 고갈 제제 또는 요법을 대상체에 투여하는 것을 포함한다.
48. 구현예 1-47 중 어느 하나의 방법에서, 대상체는 친생존 Bcl-2 패밀리 단백질의 억제제로 사전 치료되었고, 선택적으로 여기서 상기 대상체는 베네토클락스로 사전 치료되었다.
49. 구현예 48의 방법에서, 억제제로의 사전 치료는 자가 조직 세포의 수집과 림프구 고갈 요법 전 사이의 시기에 투여된다.
50. 구현예 49의 방법에서, 억제제로의 사전 치료는, 림프구 고갈 요법의 투여 전 (약) 3 일 이상 동안 또는 (약) 4 일 이상 동안 및/또는 대상체의 혈류 내 억제제의 농도가 약 3 반감기 또는 약 4 반감기로 감소될 때까지 최소한의 시간 동안 및/또는 억제제가 대상체의 혈류에서 제거될 때까지 최소한의 시간 동안 중단된다.
51. 구현예 47-50 중 어느 하나의 방법에서, 림프구 고갈 요법은 세포 독성 요법의 투여 개시 전 2 내지 7 일에 완료된다.
52. 구현예 47-51 중 어느 하나의 방법에서, 림프구 고갈 요법은 플루다라빈 및/또는 사이클로포스파미드의 투여를 포함한다.
53. 구현예 47-52 중 어느 하나의 방법에서, 림프구 고갈 요법은 2-4 일 동안, 선택적으로 3 일 동안 매일, 약 200-400 mg/m2(수치 포함), 선택적으로 (약) 300 mg/m2의 사이클로포스파미드 및/또는 약 20-40 mg/m2, 선택적으로 30 mg/m2의 플루다라빈을 투여하는 것을 포함하거나, 상기 림프구 고갈 요법은 약 500 mg/m2의 사이클로포스파미드의 투여를 포함한다.
54. 구현예 47-53 중 어느 하나의 방법에서, 여기서:
림프구 고갈 요법은 (약) 300 mg/m2의 사이클로포스파미드 및 약 30 mg/m2의 플루다라빈을 3 일 동안 매일 투여하는 것을 포함하고/거나;
림프구 고갈 요법은 (약) 500 mg/m2의 사이클로포스파미드 및 약 30 mg/m2의 플루다라빈을 3 일 동안 매일 투여하는 것을 포함한다.
55. 구현예 1-54 중 어느 하나의 방법에서, 억제제의 투여 개시는, 세포 독성 요법의 투여 개시 전 (약) 3 일 이내이다.
56. 구현예 1-55 중 어느 하나의 방법에서, 억제제의 투여 개시는, 세포 독성 요법의 투여 개시 전 (약) 2 일 이내이다.
57. 구현예 1-56 중 어느 하나의 방법에서, 억제제의 투여 개시는, 세포 독성 요법의 투여 개시 전 (약) 1 일 이내이다.
58. 구현예 1-57 중 어느 하나의 방법에서, 억제제의 투여 개시는, 억제제의 투여 개시와 동시 또는 동일한 날이다.
59. 구현예 1-54 중 어느 하나의 방법에서, 억제제의 투여 개시는 세포 독성 요법의 투여 개시 후 2 일 이내이고, 선택적으로 여기서 상기 억제제의 투여 개시는 세포 독성 요법의 투여 개시 후 1 일 이내이다.
60. 구현예 1-59 중 어느 하나의 방법에서, 여기서:
억제제의 투약 방식은 하위 치료량의 억제제를 포함하며;
억제제의 투약 방식은, 세포 독성 요법과 병용 투여 부재 시 단일 요법으로 투여될 경우 대상체의 종양 부담을 감소시키기에 충분하지 않거나 10% 미만으로 종양 부담을 감소시키고/거나;
억제제의 투약 방식은, 세포 독성 요법과 병용 투여 부재 시 단일 요법으로 투여될 경우 유사하게 치료된 대상체 그룹에서 완전 또는 부분 반응을 초래하지 않거나 상기 대상체의 10% 이내로 상기 반응을 초래한다.
61. 구현예 1-60 중 어느 하나의 방법에서, 억제제의 투약 방식은 매일 1회 투약을 포함한다.
62. 구현예 1-61 중 어느 하나의 방법에서, 매일 1회 용량은, (약) 20 mg 내지 (약) 800 mg, (약) 20 mg 내지 400 mg, (약) 20 mg 내지 (약) 350 mg, (약) 20 mg 내지 (약) 300 mg, (약) 20 mg 내지 (약) 250 mg, (약) 20 mg 내지 (약) 200 mg, (약) 20 mg 내지 (약) 150 mg, (약) 20 mg 내지 (약) 100 mg, (약) 20 mg 내지 (약) 50 mg, (약) 20 mg 내지 (약) 40 mg, (약) 40 mg 내지 (약) 800 mg, (약) 40 mg 내지 at 또는 400 mg, (약) 40 mg 내지 (약) 350 mg, (약) 40 mg 내지 (약) 300 mg, (약) 40 mg 내지 (약) 250 mg, (약) 40 mg 내지 (약) 200 mg, (약) 40 mg 내지 (약) 150 mg, (약) 40 mg 내지 (약) 100 mg, (약) 40 mg 내지 (약) 50 mg, (약) 50 mg 내지 (약) 800 mg, (약) 50 mg 내지 (약) 400 mg, (약) 50 mg 내지 (약) 350 mg, (약) 50 mg 내지 (약) 300 mg, (약) 50 mg 내지 (약) 250 mg, (약) 50 mg 내지 (약) 200 mg, (약) 50 mg 내지 (약) 150 mg, (약) 50 mg 내지 (약) 100 mg, (약) 100 mg 내지 (약) 800 mg, (약) 100 mg 내지 (약) 400 mg, (약) 100 mg 내지 (약) 350 mg, (약) 100 mg 내지 (약) 300 mg, (약) 100 mg 내지 (약) 250 mg, (약) 100 mg 내지 (약) 200 mg, (약) 100 mg 내지 (약) 150 mg, (약) 150 mg 내지 (약) 800 mg, (약) 150 mg 내지 (약) 400 mg, (약) 150 mg 내지 (약) 350 mg, (약) 150 mg 내지 (약) 300 mg, (약) 150 mg 내지 (약) 250 mg, (약) 150 mg 내지 (약) 200 mg, (약) 200 mg 내지 (약) 800 mg, (약) 200 mg 내지 (약) 400 mg, (약) 200 mg 내지 (약) 350 mg, (약) 200 mg 내지 (약) 300 mg, (약) 200 mg 내지 (약) 250 mg, (약) 250 mg 내지 (약) 300 mg, (약) 300 mg 내지 (약) 350 mg, (약) 300 mg 내지 (약) 400 mg, (약) 300 mg 내지 (약) 800 mg, (약) 350 mg 내지 (약) 400 mg, 및 (약) 350 mg 내지 (약) 800 mg(각각의 수치 포함)의 억제제의 양이다.
63. 구현예 1-62 중 어느 하나의 방법에서, 매일 1회 용량은 (약) 20 mg 내지 (약) 100 mg(수치 포함)의 억제제의 양이다.
64. 구현예 1-63 중 어느 하나의 방법에서, 매일 1회 용량은 (약) 40 mg 내지 (약) 100 mg(수치 포함)의 억제제의 양이다.
65. 구현예 1-64 중 어느 하나의 방법에서, 매일 1회 용량은 (약) 50 mg 내지 (약) 100 mg(수치 포함)의 억제제의 양이다.
66. 구현예 1-65 중 어느 하나의 방법에서, 매일 1회 용량은 (약) 20 mg의 억제제의 양이다.
67. 구현예 1-65 중 어느 하나의 방법에서, 매일 1회 용량은 (약) 40 mg의 억제제의 양이다.
68. 구현예 1-65 중 어느 하나의 방법에서, 매일 1회 용량은 (약) 50 mg의 억제제의 양이다.
69. 구현예 1-65 중 어느 하나의 방법에서, 매일 1회 용량은 (약) 100 mg의 억제제의 양이다.
70. 구현예 1-57 중 어느 하나의 방법에서, 억제제가 억제제의 투약 방식 투여 전에 용량 증량 일정으로 투여되고, 선택적으로 여기서 상기 용량 증량 일정은 최대 매일 1회 용량의 양까지 억제제의 양을 증가시키는 투여를 포함한다.
71. 구현예 1-70 중 어느 하나의 방법에서, 억제제는, BCL2, BCLXL, BCLW, BCLB, BFL1, MCL1 및 이의 조합물들로 구성된 군 중에서 선택된 하나 이상의 친생존 BCL2 패밀리 단백질을 억제한다.
72. 구현예 1-71 중 어느 하나의 방법에서, 하나 이상의 친생존 BCL2 패밀리 단백질은 BCL2, BCLXL 및/또는 BCLW이다.
73. 구현예 1-72 중 어느 하나의 방법에서, 억제제는 (약) 1000 nM, 900 nM, 800 nM, 600 nM, 500 nM, 400 nM, 300 nM, 200 nM, 100 nM, 50 nM 미만 또는 (약) 10 nM 미만의 반-최대 억제 농도(IC50)로 하나 이상의 친생존 BCL2 패밀리 단백질을 억제한다.
74. 구현예 1-73 중 어느 하나의 방법에서, 억제제는 베네토클락스, 나비토클락스, ABT737, 마리토클락스, 오바토클락스 및 클리토신으로 구성된 군 중에서 선택된다.
75. 구현예 1-74 중 어느 하나의 방법에서, 억제제는 나비토클락스이다.
76. 구현예 1-74 중 어느 하나의 방법에서, 억제제는 베네토클락스이다.
77. 구현예 1-74 중 어느 하나의 방법에서, 암은 혈액암이다.
78. 구현예 1-77 중 어느 하나의 방법에서, 암은 B 세포 악성 종양이다.
79. 구현예 1-78 중 어느 하나의 방법에서, 암은 골수종, 백혈병 또는 림프종이다.
80. 구현예 1-79 중 어느 하나의 방법에서, 암은 급성 림프아구성 백혈병(acute lymphoblastic leukemia, ALL), 성인 ALL, 만성 림프아구성 백혈병(chronic lymphoblastic leukemia, CLL), 작은 림프구성 림프종(small lymphocytic lymphoma, SLL), 비호지킨 림프종(non-Hodgkin lymphoma, NHL), 거대 B 세포 림프종이다.
81. 구현예 1-80 중 어느 하나의 방법에서, 암은 만성 림프구성 백혈병(chronic lymphocytic leukemia, CLL)이다.
82. 구현예 1-80 중 어느 하나의 방법에서, 암은 비호지킨 림프종(NHL)이다.
83. 구현예 82의 방법에서, NHL은 미만성 거대 B 세포 림프종(DLBCL)이다.
84. 구현예 1-80 중 어느 하나의 방법에서, 암은 1차 종격동 B 세포 림프종(primary mediastinal B-cell lymphoma, PMBCL) 또는 여포성 림프종(follicular lymphoma, FL), 선택적으로 여포성 림프종 등급 3B(follicular lymphoma grade 3B, FL3B)이다.
85. 구현예 1-84 중 어느 하나의 방법에서, 대상체는 암을 치료하기 위한 하나 이상의 선행 요법을 이용한 치료로 치료 후 완화 후에 재발했거나, 이에 대해 난치성이 되었거나, 이에 대해 실패했고/거나 이에 대한 과민증이 있었다.
86. 구현예 1-85 중 어느 하나의 방법에서, 암은 세포 독성 요법 단독으로의 치료에 대한 내성이 있다.
87. 구현예 1-86 중 어느 하나의 방법에서, 암은 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 과발현 또는 비정상적인 발현을 나타낸다.
88. 구현예 1-87 중 어느 하나의 방법에서, 억제제의 투약 방식은, 세포 독성 요법의 투여 개시 후 선택적으로 최대 6 개월 동안 매일 1회 억제제의 투여를 포함한다.
89. 구현예 1-88 중 어느 하나의 방법에서, 억제제의 투약 방식은, 세포 독성 요법의 투여 개시 후 선택적으로 최대 3 개월 동안 매일 1회 억제제의 투여를 포함한다.
90. 구현예 1-89 중 어느 하나의 방법에서, 투약 방식 중 억제제의 투여는, 대상체가 임상적 완화를 나타낼 경우 중단된다.
91. 구현예 1-90 중 어느 하나의 방법에서, 여기서:
상기 방법은 억제제의 투여를 수반하지 않는 방법과 비교하여 세포 독성 요법의 세포 독성 활성을 증가시키고/거나;
상기 방법은, 억제제의 투여를 수반하지 않는 방법과 비교하여 선택적으로 페르포린- 및/또는 그랜자임-매개 세포 자멸사를 통해 하나 이상의 암세포의 세포 용해 사멸을 증가시킨다.
92. 구현예 1-91 중 어느 하나의 방법에서, 여기서:
상기 방법에 따라 치료된 35% 이상, 40% 이상 또는 50% 이상의 대상체가 6 개월 또는 6 개월 초과 또는 9 개월 또는 9 개월 초과 동안 지속하거나 또는 CR을 달성한 대상체 중 60, 70, 80, 90, 또는 95 % 이상에서 지속하는 완전 반응(complete response, CR)을 달성하고/거나;
여기서 6 개월까지 CR을 달성한 대상체 중 60, 70, 80, 90, 또는 95 % 이상이 3 개월 또는 3 개월 초과 및/또는 6 개월 또는 6 개월 초과 및/또는 9 개월 초과 동안 반응에 머무르거나 CR에 머무르고/거나 생존 또는 무진행 생존하고/거나;
상기 방법에 따라 치료된 50% 이상, 60% 이상 또는 70% 이상의 대상체가 객관적인 반응(objective response, OR)을 달성하고, 선택적으로 여기서 OR은 6 개월 또는 6 개월 초과 또는 9 개월 또는 9 개월 초과 동안 지속하거나, OR을 달성한 대상체 중 60, 70, 80, 90, 또는 95 % 이상에서 지속하고/거나;
여기서 6 개월까지 OR을 달성한 대상체 중 60, 70, 80, 90, 또는 95 % 이상이 3 개월 또는 3 개월 초과 및/또는 6 개월 또는 6 개월 초과 동안 반응에 머무르거나 생존을 유지한다.
93. 구현예 1-92 중 어느 하나의 방법에서, 상기 대상체는 인간이다.
94. 세포 독성 요법으로 치료하는 방법으로서, 상기 방법은:
(a) 암을 앓거나 앓는 것으로 의심되는 대상체 유래 생물학적 샘플 내 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양을 평가하는 단계;
(b) 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양이 유전자 기준 값 이하인 경우 세포 독성 요법으로 치료를 위해 대상체를 선택하는 단계; 및
(c) 암 세포와 연관된, 암세포에 의해 발현되는 또는 암세포의 상에 존재하는 항원에 결합하는 세포 독성 요법을 선택된 환자에 투여하는 단계;
를 포함한다.
95. 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제를 투여하기 위해 암을 앓는 대상체를 선택하는 방법으로서, 상기 방법은:
(a) 대상체 유래 생물학적 샘플 내 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양을 평가하는 단계 - 여기서 상기 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양이 상기 하나 이상의 친생존 유전자에 의해 암호화된 단백질 및/또는 폴리뉴클레오티드의 수준 또는 양이고, 여기서 상기 대상체는, 암 세포와 연관된, 암세포에 의해 발현되는 또는 암세포의 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합하는 면역 요법 또는 세포 요법인 세포 독성 요법의 투여를 받을 수 있으며, 여기서 상기 생물학적 샘플이 세포 독성 요법의 투여 전에 대상체에서 수득됨 - ; 및
(b) 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양이 유전자 기준 값 이상인 경우 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제로 치료하기 위해 암을 앓는 대상체를 선택하는 단계;
를 포함한다.
96. 구현예 95의 방법에서, 세포 독성 요법과 병용으로 억제제를 선택된 대상체에 투여하는 것을 더 포함한다.
97. 구현예 95의 방법에서, 대상체가 억제제로 치료하기 위해 선택되지 않는 경우, 대상체에 세포 독성 요법만을 투여한다.
세포 독성 요법으로의 치료에 대해 내성이 있을 것으로 예상되는 암을 앓는 대상체를 식별하는 방법으로서, 상기 방법은:
(a) 대상체 유래 생물학적 샘플 내 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양을 평가하는 단계 - 여기서 상기 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양이 하나 이상의 친생존 유전자에 의해 암호화된 단백질 및/또는 폴리뉴클레오티드의 수준 또는 양이고, 여기서 상기 대상체는 세포 독성 요법의 용량의 투여를 위한 후보이며, 여기서 상기 세포 독성 요법은, 암 세포와 연관된, 암세포에 의해 발현되는 또는 암세포의 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합하는 면역 요법 또는 세포 요법이고, 여기서 상기 생물학적 샘플이 세포 독성 요법의 투여 전에 대상체에서 수득됨 - ; 및
(b) 상기 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양이 유전자 기준 값 이상인 경우 세포 독성 요법으로의 치료에 대해 내성이 있을 것으로 예상되는 암을 앓는 것으로 대상체를 식별하는 단계;
를 포함한다.
99. 구현예 98의 방법에서, 대상체가 세포 독성 요법으로 치료에 대해 내성일 것으로 예상되는 암을 앓는 것으로 식별된 경우, 식별된 대상체에 대해 대안적인 치료를 투여하는 것을 더 포함하고, 여기서 상기 대안적인 치료는: 세포 독성 요법 및 세포 독성 요법의 활성을 조절 또는 증가시키는 추가 제제를 포함하는 병용 치료; 세포 독성 요법의 증가된 용량; 및/또는 화학 치료제; 중에서 선택된다.
100. 구현예 99의 방법에서, 상기 대안적인 치료는 세포 독성 요법 및 T 세포 요법의 활성을 조절 또는 증가시키는 추가 제제를 포함하는 병용 치료이고, 선택적으로 여기서 상기 추가 제제는, 면역 체크포인트 억제제, 대사 경로의 조절제, 아데노신 수용체 길항제, 키나제 억제제, 항-TGFb 항체 또는 항-TGFbR 항체, 사이토카인 및/또는 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제이다.
101. 구현예 99 또는 구현예 100의 방법에서, 상기 대안적인 치료는 세포 독성 요법 및 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제를 포함하는 병용 치료이다.
102. 구현예 99의 방법에서, 상기 대안적인 치료는, 세포 독성 요법으로의 치료에 대해 내성이 있을 것으로 예상되지 않는 암을 앓는 것으로 식별된 대상체에 주어진 세포 독성 요법의 용량과 비교하여 세포 독성 요법의 용량이 증가되며, 선택적으로 여기서 상기 세포 독성 요법은 암 세포와 연관된, 이에 의해 발현된 또는 이의 상에 존재하는 항원에 결합하는 재조합 수용체를 발현하는 세포를 포함한다.
103. 구현예 102의 방법에서, 증가된 용량의 세포 독성 요법은, 세포 독성 요법으로의 치료에 대해 내성이 있을 것으로 예상되지 않는 암을 앓는 것으로 식별된 대상체에 주어진 세포 독성 요법의 용량과 비교하여 증가된 세포 수의 세포 독성 요법을 포함한다.
104. 구현예 99의 방법에서, 상기 대안적인 치료는 화학 치료제이고, 선택적으로 여기서 상기 화학 치료제는 사이클로포스파미드, 독소루비신, 프레드니손, 빈크리스틴, 플루다라빈, 벤다무스틴 및/또는 리툭시맙이다.
105. 구현예 98의 방법에서, 대상체가 세포 독성 요법으로의 치료에 대해 내성이 있을 것을 예상되지 않는 암을 앓는 것으로 식별된 경우, 대상체에 세포 독성 요법의 용량만을 투여한다.
106. 구현예 98-100 중 어느 하나의 방법에서, 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제를 상기 식별된 대상체에 투여하는 것을 더 포함한다.
107. 구현예 94-106 중 어느 하나의 방법에서, 유전자 기준 값은, (a) 암을 앓지 않는 대상체 집단 또는 (b) 암을 앓고 요법이 투여되었으며 요법의 투여 후에 부분 반응(PR) 또는 완전 반응(CR)을 계속 나타내는 대상체 집단에서 하나 이상의 유전자의 평균 수준 또는 양의 25% 이내, 20% 이내, 15% 이내, 10% 이내 또는 5% 이내이다.
108. 구현예 107의 방법에서, 암을 앓는 대상체 집단은, 요법의 투여 후에 최소한 1 개월, 2 개월, 3 개월, 4 개월, 5 개월, 6 개월, 7 개월, 8 개월, 9 개월 이상 PR 또는 CR을 계속 나타냈다.
109. 구현예 94-108 중 어느 하나의 방법에서, 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양이, 림프구 고갈 요법이 대상체에 투여되기 전, 선택적으로 림프구 고갈 요법이 대상체에 투여되기 7 일 전, 6 일 전, 5 일 전, 4 일 전, 3 일 전, 2 일 전, 1 일 전, 16 시간 전, 12 시간 전, 6 시간 전, 2 시간 전 또는 1 시간 전 이내에 생물학적 샘플에서 평가된다.
110. 암을 앓는 대상체의 세포 독성 요법에 대한 반응성을 결정하는 방법으로서, 상기 방법은:
(a) 대상체 유래 생물학적 샘플 내 하나 이상의 친생존 유전자의 발현 수준 또는 양을 평가하는 단계 - 여기서 상기 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양은 하나 이상의 친생존 유전자에 의해 암호화된 단백질 및/또는 폴리뉴클레오티드의 수준 또는 양이고, 여기서 상기 생물학적 샘플은, 세포 독성 요법이 대상체에 투여되기 전 처음으로 대상체에서 수득되며, 상기 대상체는 세포 독성 요법으로 치료를 받을 수 있음 - ;
(b) 대상체에 세포 독성 요법의 투여 후 두번째로 대상체 유래 생물학적 샘플에서 하나 이상의 친생존 유전자의 발현 수준 또는 양을 평가하는 단계 - 여기서 상기 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양은 하나 이상의 친생존 유전자에 의해 암호화된 단백질 및/또는 폴리뉴클레오티드의 수준 또는 양이고, 여기서 생물학적 샘플은, 세포 독성 요법이 대상체에 투여된 후 두번째로 수득되며, 상기 대상체에 (b) 단계의 평가 전에 세포 독성 요법이 투여되었음 - ; 및
(c) 두번째 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양이 처음 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양보다 더 적은 경우 대상체가 요법에 대해 반응성인 것으로 결정하는 단계;
를 포함한다.
111. 구현예 110의 방법에서, (b) 단계 평가 전에 세포 독성 요법을 대상체에 투여하는 것을 더 포함한다.
112. 구현예 110 또는 구현예 111의 방법에서, 생물학적 샘플은, 림프구 고갈 요법이 대상체에 투여되기 전 시기에, 선택적으로 림프구 고갈 요법이 대상체에 투여되기 7 일 전, 6 일 전, 5 일 전, 4 일 전, 3 일 전, 2 일 전, 1 일 전, 16 시간 전, 12 시간 전, 6 시간 전, 2 시간 전 또는 1 시간 전 이내에 대상체에서 수득된다.
113. 구현예 94-112 중 어느 하나의 방법에서, 상기 하나 이상의 친생존 유전자는: myc 패밀리 유전자, p53 및 EZH2(zeste homolog 2)의 인핸서 중에서 선택된다.
114. 구현예 113의 방법에서, 상기 하나 이상의 친생존 유전자는 myc 패밀리 유전자이다.
115. 구현예 114의 방법에서, myc 패밀리 유전자는 c-myc, l-myc, 및 n-myc 중 하나 이상을 포함한다.
116. 구현예 113-115 중 어느 하나의 방법에서, 상기 하나 이상의 친생존 유전자는 p53이다.
117. 구현예 113-116 중 어느 하나의 방법에서, 상기 하나 이상의 친생존 유전자는 EZH2이다.
118. 구현예 94-117 중 어느 하나의 방법에서, 상기 세포 독성 요법은 세포 요법이다.
119. 구현예 94-118 중 어느 하나의 방법에서, 상기 세포 독성 요법은 대상체에 대해 자가 조직인 세포를 포함한다.
120. 구현예 94-119 중 어느 하나의 방법에서, 세포 독성 요법은, 종양 침윤성 림프구(TIL) 요법, 내인성 T 세포 요법, 자연 살해(NK) 세포 요법, 전이 유전자 TCR 요법 및 선택적으로 키메라 항원 수용체(CAR) 발현 세포 요법인 재조합 수용체 발현 세포 요법으로 구성된 군에서 선택된다.
121. 구현예 94-120 중 어느 하나의 방법에서, 세포 독성 요법은 항원에 특이적으로 결합하는 재조합 수용체를 발현하는 세포의 용량을 포함한다.
122. 구현예 94-121 중 어느 하나의 방법에서, 상기 대상체가 상기 세포 독성 요법을 투여받은 경우, 상기 세포 독성 요법의 투여는, 세포 요법, 재조합 수용체 발현 세포, 총 T 세포 또는 총 말초 혈액 단핵 세포(PBMC) 중 (약) 1 x 105 내지 5 x 108개의 총 세포; 세포 요법, 재조합 수용체 발현 세포, 총 T 세포 또는 총 말초 혈액 단핵 세포(PBMC) 중 (약) 1 x 105 내지 2 x 108 개의 총 세포; 세포 요법, 재조합 수용체 발현 세포, 총 T 세포 또는 총 말초 혈액 단핵 세포(PBMC) 중 (약) 1 x 106 내지 1 x 108 개의 총 세포; 또는 세포 요법, 재조합 수용체 발현 세포, 총 T 세포 또는 총 말초 혈액 단핵 세포(PBMC) 중 (약) 1 x 106 내지 5 x 107 개의 총 세포;의 투여를 포함한다.
123. 구현예 94-122 중 어느 하나의 방법에서, 상기 세포 독성 요법은 T 세포를 포함하거나 이로 농축된다.
124. 구현예 94-123 중 어느 하나의 방법에서, 상기 세포 요법은 CD3+, CD4+, CD8+, 또는 CD4+ 및 CD8+ T 세포를 포함하거나 이로 농축된다.
125. 구현예 94-124 중 어느 하나의 방법에서, 상기 세포 요법은 CD4+ 및 CD8+ T 세포를 포함하거나 이로 농축된다.
126. 구현예 125의 방법에서, 상기 세포 독성 요법의 CD4+ 및 CD8+ T 세포는, CD4+ CAR 발현 T 세포 대 CD8+ CAR 발현 T 세포의 정의된 비율 및/또는 (약) 1:1 또는 약 1:3 내지 약 3:1의 CD4+ CAR 발현 T 세포 대 CD8+ CAR 발현 T 세포를 포함한다.
127. 구현예 94-126 중 어느 하나의 방법에서, 상기 세포 독성 요법은 CD4+ 및 CD8+ T 세포의 투여를 포함하고, 여기서 각 용량의 T 세포는 항원에 특이적으로 결합하는 수용체, 선택적으로 CAR을 포함하며, 여기서 상기 투여는 복수의 별개의 조성물을 투여하는 것을 포함하며, 상기 복수의 별개의 조성물은 CD8+ T 세포를 포함하거나 이로 농축된 제1 조성물 및 CD4+ T 세포를 포함하거나 이로 농축된 제2 조성물을 포함한다.
128. 구현예 127의 방법에서, 여기서:
제1 및 제2 조성물 중 하나에서 수용체를 포함하는 CD4+ T 세포 및 제1 및 제2 조성물 중 나머지 다른 하나에서 수용체를 포함하는 CD8+ T 세포가 (약) 1:1 또는 약 1:3 내지 약 3:1의 정해진 비율로 존재하고/거나;
제1 및 제2 조성물로 투여된 수용체를 포함하는 CD4+ T 세포 및 이로 투여된 수용체를 포함하는 CD8+ T 세포는 정해진 비율로 존재하고, 이의 비율은 (약) 1:1 또는 약 1:3 내지 약 3:1이다.
129. 구현예 94-128 중 어느 하나의 방법에서, 상기 세포 독성 요법은 자연 살해(NK) 세포를 포함하거나 이로 농축된다.
130. 구현예 94-129 중 어느 하나의 방법에서, 상기 세포 독성 요법은 iPS 유래 세포를 포함하거나 이로 농축된다.
131. 구현예 120-130 중 어느 하나의 방법에서, 상기 재조합 수용체는 T 세포 수용체(TCR)이거나 기능성 비-T 세포 수용체이다.
132. 구현예 120-130 중 어느 하나의 방법에서, 상기 재조합 수용체는 키메라 항원 수용체(CAR)이다.
133. 구현예 94-132 중 어느 하나의 방법에서, 상기 세포 독성 요법은, (약) 1 x 105 내지 5 x 108 개의 총 CAR 발현 T 세포, 1 x 106 내지 2.5 x 108 개의 총 CAR 발현 T 세포, 5 x 106 내지 1 x 108 개의 총 CAR 발현 T 세포, 1 x 107 내지 2.5 x 108 개의 총 CAR 발현 T 세포, 5 x 107 내지 1 x 108 개의 총 CAR 발현 T 세포(각각의 수치 포함)의 투여를 포함한다.
134. 구현예 94-133 중 어느 하나의 방법에서, 상기 세포 독성 요법은, (약) 1 x 105 개 이상의 CAR 발현 세포, (약) 2.5 x 105 개 이상의 CAR 발현 세포, (약) 5 x 105 개 이상의 CAR 발현 세포, (약) 1 x 106 개 이상의 CAR 발현 세포, (약) 2.5 x 106 개 이상의 CAR 발현 세포, (약) 5 x 106 개 이상의 CAR 발현 세포, (약) 1 x 107 개 이상의 CAR 발현 세포, (약) 2.5 x 107 개 이상의 CAR 발현 세포, (약) 5 x 107 개 이상의 CAR 발현 세포, (약) 1 x 108 개 이상의 CAR 발현 세포, (약) 2.5 x 108 개 이상의 CAR 발현 세포, 또는 (약) 5 x 108 개 이상의 CAR 발현 세포의 투여를 포함한다.
135. 구현예 94-134 중 어느 하나의 방법에서, 상기 세포 독성 요법은, (약) 5 x 107 개의 총 CAR 발현 T 세포의 투여를 포함한다.
136. 구현예 94-135 중 어느 하나의 방법에서, 상기 세포 독성 요법은, (약) 1 x 108 개의 CAR 발현 세포의 투여를 포함한다.
137. 구현예 94-136 중 어느 하나의 방법에서, 상기 세포 독성 요법은, 항원에 특이적으로 결합하는 세포 외 항원 인식 도메인 및 ITAM을 포함하는 세포 내 신호 전달 도메인을 포함하는 키메라 항원 수용체(CAR)를 발현하는 세포를 포함한다.
138. 구현예 94-137 중 어느 하나의 방법에서, 상기 항원은, αvβ6 인테그린(avb6 인테그린), B세포 성숙 항원(BCMA), B7-H3, B7-H6, 탄산 탈수 효소 9(CA9, 또한 CAIX 또는 G250으로 공지), 암 고환 항원, 암/고환 항원 1B(CTAG, 또한 NY-ESO-1 및 LAGE-2로 공지), 암배아 항원(CEA), 사이클린, 사이클린 A2, C-C 모티프 케모카인 리간드 1(CCL-1), CD19, CD20, CD22, CD23, CD24, CD30, CD33, CD38, CD44, CD44v6, CD44v7/8, CD123, CD133, CD138, CD171, 콘드로이틴 황산염 프로테오글리칸 4(CSPG4), 표피 성장 인자 단백질(EGFR), 유형 III 표피 성장 인자 수용체 돌연변이(EGFR vIII), 표피 당단백질 2(EPG-2), 표피 당단백질 40(EPG-40), 에프린B2, 에프린 수용체 A2(EPHa2), 에스트로겐 수용체, Fc 수용체 유사 5(FCRL5; 또한 FC 수용체 상동물 5 또는 FCRH5로 공지), 태아 아세틸콜린 수용체(태아 AchR), 엽산 결합 단백질(FBP), 엽산 수용체 알파, 강글리오사이드 GD2, O-아세틸화 GD2(OGD2), 강글리오사이드 GD3, 당단백질 100(gp100), 글리피칸-3(GPC3), G 단백질 결합 수용체 5D(GPRC5D), Her2/neu(수용체 티로신 키나제 erb-B2), Her3(erb-B3), Her4(erb-B4), erbB 2량체, 인간 고분자량 흑색종 관련 항원(HMW-MAA), B형 간염 표면 항원, 인간 백혈구 항원 A1(HLA-A1), 인간 백혈구 항원 A2(HLA-A2), IL-22 수용체 알파(IL-22Rα), IL-13 수용체 알파 2(IL-13Rα2), 키나제 삽입 도메인 수용체(kdr), 카파 경쇄, L1 세포 부착 분자(L1-CAM), L1-CAM의 CE7 에피토프, 8 패밀리 멤버 A를 함유하는 루신 리치 반복(LRRC8A), 루이스 Y, 흑색종 관련 항원(MAGE)-A1, MAGE-A3, MAGE-A6, MAGE-A10, 메소텔린(MSLN), c-Met, 뮤린 시토메갈로 바이러스(CMV), 뮤신 1(MUC1), MUC16, 천연 킬러 2 군 D 멤버(NKG2D) 리간드, 멜란 A(MART-1), 신경 세포 부착 분자(NCAM), 종양태아성 항원, 흑색종 우선 발현 항원(PRAME), 프로게스트론 수용체, 전립선 특이적 항원, 전립선 줄기 세포 항원(PSCA), 전립선 특이적 막 항원(PSMA), 수용체 티로신 키나제 유사 고아 수용체 1(ROR1), 서바이빈(survivin), 영양막 당단백질(TPBG, 또한 5T4로 공지), 종양 관련 당단백질 72(TAG72), 티로시나제 관련 단백질 1(TRP1, 또한 TYRP1 또는 gp75로 공지), 티로시나제 관련 단백질 2(TRP2, 또한 도파크롬 타우토머라제, 도파크롬 델타 이성화 효소 또는 DCT로 공지), 혈관 내피 성장 인자 수용체(VEGFR), 혈관 내피 성장 인자 수용체 2(VEGFR2), 빌름스 종양 1(WT-1) 중에서 선택된다.
139. 구현예 94-138 중 어느 하나의 방법에서, 상기 항원은 CD19이다.
140. 구현예 137-139 중 어느 하나의 방법에서, 상기 세포 내 신호 전달 도메인은 CD3-제타(CD3ζ) 사슬의 세포 내 도메인을 포함한다.
141. 구현예 137-140 중 어느 하나의 방법에서, 상기 세포 내 신호 전달 영역은 공자극 신호 전달 영역을 더 포함한다.
142. 구현예 141의 방법에서, 상기 공자극 신호 전달 영역은 CD28 또는 4-1BB, 선택적으로 인간 CD28 또는 인간 4-1BB의 신호 전달 도메인을 포함한다.
143. 구현예 142의 방법에서, 상기 공자극 도메인은 CD28의 신호 전달 도메인이거나 이를 포함한다.
144. 구현예 94-143 중 어느 하나의 방법에서, 상기 세포 독성 요법은 대상체 유래 자가 조직 세포를 포함한다.
145. 구현예 144의 방법에서, 상기 대상체에 친생존 BCL2 패밀리 단백질이 투여되는 경우, 상기 방법은 억제제의 투여 개시 전에 자가 조직 세포를 포함하는 대상체 유래 생물학적 샘플을 수집하는 것을 포함한다.
146. 구현예 145의 방법에서, 대상체 유래 생물학적 샘플은, 전체 혈액 샘플, 연막(buffy coat) 샘플, 말초 혈액 단핵세포(PBMC) 샘플, 비분획화 T 세포 샘플, 림프구 샘플, 백혈구 샘플, 성분 채집술(apheresis) 생성물 또는 백혈구 성분 채집술(leukapheresis) 생성물이거나 이를 포함한다.
147. 구현예 94-146 중 어느 하나의 방법에서, 상기 대상체에 친생존 BCL2 패밀리 단백질이 투여되는 경우, 상기 방법은 세포 독성 요법의 투여 전에 대상체에 림프구 고갈 제제 또는 요법을 투여하는 것을 더 포함한다.
148. 148. 구현예 94-147 중 어느 하나의 방법에서, 상기 대상체는 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제로 사전에 치료되었고, 선택적으로 여기서 상기 대상체는 베네토클락스로 사전에 치료되었다.
149. 구현예 148의 방법에서, 억제제로의 사전 치료는 자가 조직 세포의 수집과 림프구 고갈 요법 전 사이의 시기에 투여된다.
150. 구현예 149의 방법에서, 억제제로의 사전 치료는, 림프구 고갈 요법의 투여 전 (약) 3 일 이상 동안 또는 (약) 4 일 이상 동안 및/또는 대상체의 혈류 내 억제제의 농도가 약 3 반감기 또는 약 4 반감기로 감소될 때까지 최소한의 시간 동안 및/또는 억제제가 대상체의 혈류에서 제거될 때까지 최소한의 시간 동안 중단된다.
151. 구현예 147-150 중 어느 하나의 방법에서, 림프구 고갈 요법은 세포 독성 요법의 투여 개시 전 2 내지 7 일에 완료된다.
152. 구현예 147-151 중 어느 하나의 방법에서, 림프구 고갈 요법은 플루다라빈 및/또는 사이클로포스파미드의 투여를 포함한다.
153. 구현예 147-152 중 어느 하나의 방법에서, 림프구 고갈 요법은 2-4 일 동안, 선택적으로 3 일 동안 매일, 약 200-400 mg/m2(수치 포함), 선택적으로 (약) 300 mg/m2의 사이클로포스파미드 및/또는 약 20-40 mg/m2, 선택적으로 30 mg/m2의 플루다라빈을 투여하는 것을 포함하거나, 상기 림프구 고갈 요법은 약 500 mg/m2의 사이클로포스파미드의 투여를 포함한다.
154. 구현예 147-153 중 어느 하나의 방법에서, 여기서:
상기 림프구 고갈 요법은 (약) 300 mg/m2의 사이클로포스파미드 및 약 30 mg/m2의 플루다라빈을 3 일 동안 매일 투여하는 것을 포함하고/거나;
상기 림프구 고갈 요법은 (약) 500 mg/m2의 사이클로포스파미드 및 약 30 mg/m2의 플루다라빈을 3 일 동안 매일 투여하는 것을 포함한다.
155. 구현예 94-154 중 어느 하나의 방법에서, 상기 대상체에 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제가 투여되는 경우, 억제제의 투여 개시는, 세포 독성 요법의 투여 개시 전 (약) 3 일 이내이다.
156. 구현예 95-155 중 어느 하나의 방법에서, 상기 대상체에 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제가 투여되는 경우, 억제제의 투여 개시는, 세포 독성 요법의 투여 개시 전 (약) 2 일 이내이다.
157. 구현예 95-156 중 어느 하나의 방법에서, 상기 대상체에 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제가 투여되는 경우, 억제제의 투여 개시는, 세포 독성 요법의 투여 개시 전 (약) 1 일 이내이다.
158. 구현예 95-157 중 어느 하나의 방법에서, 상기 대상체에 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제가 투여되는 경우, 억제제의 투여 개시는 억제제의 투여 개시와 동시 또는 동일한 날이다.
159. 구현예 95-154 중 어느 하나의 방법에서, 상기 대상체에 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제가 투여되는 경우, 억제제의 투여 개시는 세포 독성 요법의 투여 개시 후 2 일 이내이고, 선택적으로 여기서 상기 억제제의 투여 개시는 세포 독성 요법의 투여 개시 후 1 일 이내이다.
160. 구현예 95-159 중 어느 하나의 방법에서, 여기서 상기 대상체에 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제가 투여된 경우:
억제제의 투약 방식은 하위 치료량의 억제제를 포함하고/거나;
억제제의 투약 방식은, 세포 독성 요법과 병용 투여 부재 시 단일 요법으로 투여된 경우 대상체의 종양 부담을 감소시키기에 충분하지 않거나 10% 미만으로 종양 부담을 감소시키고/거나;
억제제의 투약 방식은, 세포 독성 요법과 병용 투여 부재 시 단일 요법으로 투여된 경우 유사하게 치료된 대상체 그룹에서 완전 또는 부분 반응을 초래하지 않거나 상기 대상체의 10% 이내로 상기 반응을 초래한다.
161. 구현예 95-160 중 어느 하나의 방법에서, 상기 대상체에 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제가 투여되는 경우, 억제제의 투약 방식은 매일 1회 투약을 포함한다.
162. 구현예 95-161 중 어느 하나의 방법에서, 상기 대상체에 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제가 투여되는 경우, 상기 매일 1회 용량은, (약) 20 mg 내지 (약) 800 mg, (약) 20 mg 내지 400 mg, (약) 20 mg 내지 (약) 350 mg, (약) 20 mg 내지 (약) 300 mg, (약) 20 mg 내지 (약) 250 mg, (약) 20 mg 내지 (약) 200 mg, (약) 20 mg 내지 (약) 150 mg, (약) 20 mg 내지 (약) 100 mg, (약) 20 mg 내지 (약) 50 mg, (약) 20 mg 내지 (약) 40 mg, (약) 40 mg 내지 (약) 800 mg, (약) 40 mg 내지 at 또는 400 mg, (약) 40 mg 내지 (약) 350 mg, (약) 40 mg 내지 (약) 300 mg, (약) 40 mg 내지 (약) 250 mg, (약) 40 mg 내지 (약) 200 mg, (약) 40 mg 내지 (약) 150 mg, (약) 40 mg 내지 (약) 100 mg, (약) 40 mg 내지 (약) 50 mg, (약) 50 mg 내지 (약) 800 mg, (약) 50 mg 내지 (약) 400 mg, (약) 50 mg 내지 (약) 350 mg, (약) 50 mg 내지 (약) 300 mg, (약) 50 mg 내지 (약) 250 mg, (약) 50 mg 내지 (약) 200 mg, (약) 50 mg 내지 (약) 150 mg, (약) 50 mg 내지 (약) 100 mg, (약) 100 mg 내지 (약) 800 mg, (약) 100 mg 내지 (약) 400 mg, (약) 100 mg 내지 (약) 350 mg, (약) 100 mg 내지 (약) 300 mg, (약) 100 mg 내지 (약) 250 mg, (약) 100 mg 내지 (약) 200 mg, (약) 100 mg 내지 (약) 150 mg, (약) 150 mg 내지 (약) 800 mg, (약) 150 mg 내지 (약) 400 mg, (약) 150 mg 내지 (약) 350 mg, (약) 150 mg 내지 (약) 300 mg, (약) 150 mg 내지 (약) 250 mg, (약) 150 mg 내지 (약) 200 mg, (약) 200 mg 내지 (약) 800 mg, (약) 200 mg 내지 (약) 400 mg, (약) 200 mg 내지 (약) 350 mg, (약) 200 mg 내지 (약) 300 mg, (약) 200 mg 내지 (약) 250 mg, (약) 250 mg 내지 (약) 300 mg, (약) 300 mg 내지 (약) 350 mg, (약) 300 mg 내지 (약) 400 mg, (약) 300 mg 내지 (약) 800 mg, (약) 350 mg 내지 (약) 400 mg, 및 (약) 350 mg 내지 (약) 800 mg(각각의 수치 포함)의 억제제의 양이다.
163. 구현예 95-162 중 어느 하나의 방법에서, 상기 대상체에 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제가 투여되는 경우, 상기 매일 1회 용량은 (약) 20 mg 내지 (약) 100 mg(수치 포함)의 억제제의 양이다.
164. 구현예 95-163 중 어느 하나의 방법에서, 상기 대상체에 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제가 투여되는 경우, 상기 매일 1회 용량은 (약) 40 mg 내지 (약) 100 mg(수치 포함)의 억제제의 양이다.
165. 구현예 95-164 중 어느 하나의 방법에서, 상기 대상체에 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제가 투여되는 경우, 상기 매일 1회 용량은 (약) 50 mg 내지 (약) 100 mg(수치 포함)의 억제제의 양이다.
166. 구현예 94-165 중 어느 하나의 방법에서, 상기 대상체에 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제가 투여되는 경우, 상기 매일 1회 용량은 (약) 20 mg의 억제제의 양이다.
167. 구현예 94-165 중 어느 하나의 방법에서, 상기 대상체에 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제가 투여되는 경우, 상기 매일 1회 용량은 (약) 40 mg의 억제제의 양이다.
168. 구현예 94-165 중 어느 하나의 방법에서, 상기 대상체에 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제가 투여되는 경우, 상기 매일 1회 용량은 (약) 50 mg의 억제제의 양이다.
169. 구현예 95-165 중 어느 하나의 방법에서, 상기 대상체에 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제가 투여되는 경우, 상기 매일 1회 용량은 (약) 100 mg의 억제제의 양이다.
170. 구현예 95-157 중 어느 하나의 방법에서, 상기 대상체에 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제가 투여되는 경우, 상기 억제제가 억제제의 투약 방식 투여 전에 용량 증량 일정으로 투여되고, 선택적으로 여기서 상기 용량 증량 일정은 최대 매일 1회 용량의 양까지 억제제의 양을 증가시키는 투여를 포함한다.
171. 구현예 95-170 중 어느 하나의 방법에서, 상기 대상체에 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제가 투여되는 경우, 상기 억제제는 BCL2, BCLXL, BCLW, BCLB, MCL1 및 이의 조합물들로 구성된 군 중에서 선택된 하나 이상의 친생존 BCL2 패밀리 단백질을 억제한다.
172. 구현예 171의 방법에서, 상기 하나 이상의 친생존 BCL2 패밀리 단백질은 BCL2, BCLXL 및/또는 BCLW이다.
173. 구현예 95-172 중 어느 하나의 방법에서, 상기 억제제는 (약) 1000 nM, 900 nM, 800 nM, 600 nM, 500 nM, 400 nM, 300 nM, 200 nM, 100 nM, 50 nM 미만 또는 (약) 10 nM 미만의 반-최대 억제 농도(IC50)로 하나 이상의 친생존 BCL2 패밀리 단백질을 억제한다.
174. 구현예 95-173 중 어느 하나의 방법에서, 상기 억제제는 베네토클락스, 나비토클락스, ABT737, 마리토클락스, 오바토클락스 및 클리토신으로 구성된 군 중에서 선택된다.
175. 구현예 94-174 중 어느 하나의 방법에서, 상기 억제제는 나비토클락스이다.
176. 구현예 95-174 중 어느 하나의 방법에서, 상기 억제제는 베네토클락스이다.
177. 구현예 95-174 중 어느 하나의 방법에서, 상기 암은 혈액암이다.
178. 구현예 94-177 중 어느 하나의 방법에서, 상기 암은 B 세포 악성 종양이다.
179. 구현예 94-178 중 어느 하나의 방법에서, 암은 골수종, 백혈병 또는 림프종이다.
180. 구현예 94-179 중 어느 하나의 방법에서, 암은 급성 림프아구성 백혈병(ALL), 성인 ALL, 만성 림프아구성 백혈병(CLL), 작은 림프구성 림프종(SLL), 비호지킨 림프종(NHL), 거대 B 세포 림프종이다.
181. 구현예 94-810 중 어느 하나의 방법에서, 암은 만성 림프구성 백혈병(CLL)이다.
182. 구현예 94-180 중 어느 하나의 방법에서, 상기 암은 비호지킨 림프종(NHL)이다.
183. 구현예 182의 방법에서, NHL은 미만성 거대 B 세포 림프종(DLBCL)이다.
184. 구현예 94-180 중 어느 하나의 방법에서, 상기 암은 1차 종격동 B 세포 림프종(PMBCL) 또는 여포성 림프종(FL), 선택적으로 여포성 림프종 등급 3B(FL3B)이다.
185. 구현예 94-184 중 어느 하나의 방법에서, 대상체는 암을 치료하기 위한 하나 이상의 선행 요법을 이용한 치료로 치료 후 완화 후에 재발했거나, 이에 대해 난치성이 되었거나, 이에 대해 실패했고/거나 이에 대한 과민증이 있었다.
186. 구현예 94-185 중 어느 하나의 방법에서, 암은 세포 독성 요법 단독으로의 치료에 대한 내성이 있다.
187. 구현예 96-186 중 어느 하나의 방법에서, 암은 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 과발현 또는 비정상적인 발현을 나타낸다.
188. 구현예 95-187 중 어느 하나의 방법에서, 상기 대상체에 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제가 투여되는 경우, 억제제의 투약 방식은, 세포 독성 요법의 투여 개시 후 선택적으로 최대 6 개월 동안 매일 1회 억제제의 투여를 포함한다.
189. 구현예 95-188 중 어느 하나의 방법에서, 상기 대상체에 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제가 투여되는 경우, 억제제의 투약 방식은, 세포 독성 요법의 투여 개시 후 선택적으로 최대 3 개월 동안 매일 1회 억제제의 투여를 포함한다.
190. 구현예 95-189 중 어느 하나의 방법에서, 상기 대상체에 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제가 투여되는 경우, 투약 방식에서 억제제의 투여는, 대상체가 임상적 완화를 나타내는 경우 중단된다.
191. 구현예 95-190 중 어느 하나의 방법에서, 여기서 상기 대상체에 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제가 투여되는 경우:
상기 방법은 억제제의 투여를 수반하지 않는 방법과 비교하여 세포 독성 요법의 세포 독성 활성을 증가시키고/거나;
상기 방법은, 억제제의 투여를 수반하지 않는 방법과 비교하여 선택적으로 페르포린- 및/또는 그랜자임-매개 세포 자멸사를 통해 하나 이상의 암세포의 세포 용해 사멸을 증가시킨다.
192. 구현예 94-191 중 어느 하나의 방법에서, 여기서:
상기 방법에 따라 치료된 35% 이상, 40% 이상 또는 50% 이상의 대상체가 6 개월 또는 6 개월 초과 또는 9 개월 또는 9 개월 초과 동안 지속하거나 또는 CR을 달성한 대상체 중 60, 70, 80, 90, 또는 95 % 이상에서 지속하는 완전 반응(CR)을 달성하고/거나;
여기서 6 개월까지 CR을 달성한 대상체 중 60, 70, 80, 90, 또는 95 % 이상이 3 개월 또는 3 개월 초과 및/또는 6 개월 또는 6 개월 초과 및/또는 9 개월 초과 동안 반응에 머무르거나 CR에 머무르고/거나 생존 또는 무진행 생존하고/거나;
상기 방법에 따라 치료된 50% 이상, 60% 이상 또는 70% 이상의 대상체가 객관적인 반응(OR)을 달성하고, 선택적으로 여기서 OR은 6 개월 또는 6 개월 초과 또는 9 개월 또는 9 개월 초과 동안 지속하거나, OR을 달성한 대상체 중 60, 70, 80, 90, 또는 95 % 이상에서 지속하고/거나;
여기서 6 개월까지 OR을 달성한 대상체 중 60, 70, 80, 90, 또는 95 % 이상이 3 개월 또는 3 개월 초과 및/또는 6 개월 또는 6 개월 초과 동안 반응에 머무르거나 생존을 유지한다.
193. 구현예 94-192 중 어느 하나의 방법에서, 상기 생물학적 샘플은 종양 생검, 선택적으로 림프절 생검이다.
194. 구현예 94-193 중 어느 하나의 방법에서, 상기 대상체는 인간이다.
실시예
하기 실시예는 예시적인 목적으로만 포함되며 본 발명의 범위를 제한하려는 의도는 아니다.
실시예 1: 종양 세포의 CAR T 매개 사멸의 평가
항-CD19 CAR 발현 T 세포를 함유하는 T 세포 조성물이 샘플에서 T 세포(CD4+ 및 CD8+ 세포를 포함)의 면역 친화도 기반 선택을 포함한 프로세스로 2 명의 성인 인간 도너 유래 백혈구 성분 채집술 샘플에서 생성되어, 각각 CD8+ 및 CD4+ 세포로 농축된 2 개의 조성물을 초래했다. 농축된 CD4+ 및 CD8+ 조성물의 세포는 항-CD3/항-CD28 비드로 별도로 활성화되었고, 항-CD19 CAR을 암호화하는 벡터로 렌티바이러스 형질 도입의 대상이 되었다. 항-CD19 CAR은 뮤린 항체(FMC63에서 유래된 가변 영역)에서 유래된 항-CD19 scFv, 면역글로불린 유래 스페이서, CD28에서 유래된 막관통 도메인, 4-1BB에서 유래된 공자극 영역 및 CD3-제타 세포 내 신호 전달 도메인을 함유했다. 바이러스 벡터의 발현 작제물은 CAR 발현에 대한 대리 마커로 작용하고, T2A 리보솜 건너뛰기 서열에 의해 CAR 서열과 분리된 절단된 수용체를 암호화하는 서열을 더 함유했다. 이어서 형질 도입된 집단은 세포 증폭을 위한 자극 시약의 존재 하에 별도로 인큐베이션되었다. 증폭된 CD8+ 및 CD4+ 세포는 제형화되었고 별도로 동결 보존 및 보관되었다.
각각의 도너로부터 동결 보존된 CD4+ 및 CD8+ 항-CD19 CAR 발현 세포를 해동하였고, 약 1:1 CAR+ CD4+:CD8+ 비율로 사용 전에 조합했다.
항-CD19 CAR T 세포 조성물이, CD19를 발현하도록 형질 도입된 K562 세포(K562.CD19) 및 CD19 발현 림프종 세포 주 DOHH2, WSU-FSCLL, 및 RL를 포함한 CD19 발현 표적 세포와 배양되었다. 대조군으로 항-CD19 CAR T 세포 조성물이 CD19를 발현하지 않는 K562 세포와 공배양되었다(K562 패널). CAR을 발현하지 않는 T 세포와의 공배양(모의)이 또한 대조군으로 사용되었다. CAR+ T 세포 조성물과 세포주가, 0:1 내지 10:1(0:1, 0.3:1, 1:1, 3:1, 및 10:1)의 이펙터 세포 대 표적 세포 비율(E:T)로 24 시간 동안 공배양되었다. 표적 세포가 CTV(CellTrace Violet)로 표지되었다. 배양 후, 표적 세포가 수확되었고, LIVE/DEAD Fixable Near-IR Dead Cell Stain으로 염색되었으며 유세포 분석에 의해 분석되었다. 생존 가능한 표적 세포가 CTV 양성, LIVE/DEAD 음성으로 식별되었다. 도 1a에 도시된 바와 같이, CD19 발현 DOHH2, WSU-FSCLL 및 K562.CD19 표적 세포주와 항-CD19 CAR T 세포의 공배양에서 E:T 비율의 증가로 생존 가능한 표적 세포의 백분율이 감소했다. 대조적으로, RL 세포는 양쪽 도너에서 생성된 항-CD19 CAR T 세포에 의한 세포 용해 사멸에 더 내성이 있었다.
별도로, RL 회전 타원체가 72 시간 동안 배양 플레이트에서 NucLight Red를 발현하도록 렌티바이러스 시약으로 조작된 CD19 발현 RL 세포를 배양함으로써 생성되었다. 항-CD19 CAR 발현 T 세포 조성물이 실질적으로 상기 기재된 바와 같이 성인 인간 도너에서 생성되었다. 항-CD19 CAR T 세포가 0.25:1, 0.5:1, 및 1:1의 E:T 비율로 최대 196 시간 동안 RL 회전 타원체와 공배양되었다. 회전 타원체 크기가 시간의 흐름에 따라 적색 물체 총 영역(μm2/이미지)에 의해 측정되었다. 시간의 흐름에 따라 항-CD19 CAR T 세포와 공배양된 회전 타원체의 크기가 도 1b에 도시된다.
2 개의 추가 CD19 발현 림프종 표적 세포주, SUDHL6 및 WSU-DLCL2에 대한 항-CD19 CAR T 세포의 세포 용해 활성이 평가되었고, K562.CD19 표적 세포에 대한 세포 용해 활성과 비교되었다. 표적 세포가 NLR(NucLight Red)을 발현하도록 렌티바이러스 시약으로 조작되어 현미경 검사법에 의한 표적 세포의 추적이 가능했다. 항-CD19 CAR 발현 T 세포 조성물이 실질적으로 상기 기재된 바와 같이 2 명의 성인 인간 도너에서 생성되었다. 표적 세포가 최대 120 시간 동안 2.5:1의 E:T 비율로 도너 유래 CAR T 세포 조성물과 공배양되었다. 적색 표적 세포 카운트가 살아있는 세포 영상화에 의해 시간의 흐름에 따라 추적되었고, 카운트가 기준선에서 적색 표적 세포의 수로 정규화되어 시간의 흐름에 따른 표적 세포의 배수 변화를 결정했다. 도 2에 도시된 바와 같이, 항-CD19 CAR T 세포는 K562.CD19 및 SUDHL6 림프종 표적 세포에 대해 실질적인 세포 용해 활성을 나타냈다. 그러나, WSU-DLCL2 림프종 표적 세포의 세포 카운트에서 배수 변화가 평가 과정에 걸쳐 증가했고, 이는 이들 세포가 항-CD19 CAR T 세포에 의한 사멸에 보다 덜 취약함을 나타낸다. 상기 결과는 특정 CD19 발현 세포가 CD19 유도된 CAR 매개 세포 사멸에 내성이 있음을 나타내고, 일부 CD19 발현 종양이 CD19 유도된 CAR 매개 세포 사멸에 대해 보다 덜 민감할 수 있다는 가설을 지지한다.
: 항-CD19 CAR T 세포에 대한 BH3 패밀리 멤버(BCL-2) 억제제의 영향
항-CD19 CAR 발현 T 세포 조성물이 실질적으로 실시예 1에 기재된 바와 같이 3 명의 성인 인간 도너에서 생성되었다. 항-CD19 CAR T 세포가 디메틸설폭사이드(dimethylsulfoxide, DMSO)로 가용화된 예시적인 BCL2 억제제 베네토클락스의 존재 하에 항-이디오타입 항체와 96 시간 동안 자극되었다. 대조군 항-CD19 CAR T 세포가 동량의 DMSO 존재 하에 항-특발성 항체와 96 시간 동안 자극되었다. 구체적으로, 항-CD19 CAR 발현 세포가, 30 μg/ml의 농도로 실시예 1에 기재된 항-CD19 CAR 발현 T 세포의 scFv에 특이적인 항-이디오타입 항체로 사전 코팅된 96웰 플레이트의 웰에 첨가되었다. 세포가 5% 인간 혈청의 존재 하에 37℃ 및 5% CO2에서 배양되었다. 96 시간 후에, 세포가 용해되었고, 생존 가능한 세포 유래 ATP가 루시페린 리포터 분석을 통해 검출되었고, 상대적인 발광 단위로 보고되었다. 베네토클락스 처리된 CAR T 세포 카운트가 분석되었고, DMSO 대조군 CAR T 세포 카운트로 정규화되었다.
도 3에 도시된 바와 같이, 베네토클락스의 용량 증가로 생존 가능한 항-CD 19 CAR 발현 T 세포의 백분율이 감소했다. 3 명의 도너 중, 베네토클락스의 평균 IC50이 7.9 μM이었고, 베네토클락스의 평균 IC10이 0.88 μM이었다. 일부 경우에, 매일 베네토클락스의 400 밀리그람 용량이 2.4 ± 1.3 μM의 최대 혈청 농도(Cmax)를 산출하는 것이 임상 관찰로 밝혀졌다. 상기 결과는, 항-CD19 CAR-T 세포 활성의 강화 작용이 특정 조건 하에서 CAR T 세포 생존 능력에 대해 해로운 영향을 줄 수 있는 것보다 더 낮은 농도에서 나타날 수 있다는 관찰과 일치한다.
실시예 2: CD19 지시된 종양 세포 내성에 대한 BH3 패밀리 멤버(BCL-2) 억제제의 영향
항-CD19 CAR 발현 T 세포 조성물이 실시예 1에 기재된 바와 같이 생성되었고, 2.5:1의 E:T 비율로 CD19 발현 림프종 표적 세포주, SUDHL6, WSU-DLCL2 또는 Granta-519와 배양되었다. 20 nM 또는 200 nM의 예시적인 BCL2 억제제, 베네토클락스의 존재 하에 공배양이 수행되었다. 대조군으로, 표적 종양 세포주가 오직 억제제 또는 항-CD19 CAR T 세포의 존재하에서 인큐베이션되었다. 표적 세포가 NLR(NucLight Red)로 표지되어 현미경 검사법에 의해 표적 세포의 추적이 가능했고, 표적 세포 사멸이 실시예 1에 실질적으로 기재된 바와 같이 시간의 흐름에 따른 형광 신호의 상실로 모니터링되었다.
도 4a에 도시된 바와 같이, 항-CD19 CAR T 세포는 SUDHL6 세포에 대해 세포 용해 활성을 나타내었으나, WSU-DLCL2 및 Granta-519 세포주는 CD19 유도된 CAR T 세포 사멸에 대해 보다 내성이 있었다. 20 nM 또는 200 nM의 베네토클락스 단독의 존재는 내성이 있는 종양 세포주에 대한 상기 분석에서 종양 세포 사멸에 실질적으로 영향을 주지 않았으나, 민감한 종양 세포주 SUDHL6의 사멸은 200 nM 베네토클락스와 인큐베이션된 배양에서 달성되었다. 종양 내성 세포주의 CD19 유도된 CAR T 세포 사멸이 20 또는 200 nM의 베네토클락스와 인큐베이션된 공배양에서 향상되었다. 상기 결과는, 낮은 용량의 베네토클락스, 예를 들어 20 nM도 그렇지 않으면 내성이 있는 CD19 유도된 CAR T 세포 매개 세포 독성에 대해 종양 세포를 민감하게 만들 수 있음을 시사한다.
추가 실험에서, 상기 기재된 바와 같이 생성된 항-CD19 CAR 발현 T 세포 조성물이 Granta-519 CD19 발현 림프종 표적 세포주와 배양되었다. Granta-519 세포가 NLR(NucLight Red)을 발현하도록 렌티바이러스 시약으로 조작되어 현미경 검사법에 의한 표적 세포의 추적이 가능했다. 상기 기재된 바와 같이, Granta-519 세포주가 CD19 유도된 CAR T 세포 매개 세포 독성에 상대적으로 내성이 있는 것으로 결정되어 1:1의 E:T 비율로 CAR T 세포와 표적 세포의 공배양은 CAR T 세포의 차선의 용량을 나타냈다. 항-CD19 CAR T 세포가 차선의 용량으로 공배양물에 제공되었고, 공배양이 0, 0.01, 0.1, 또는 1 μM의 예시적인 BCL2 억제제 베네토클락스의 존재 하에 수행되었다. 비교를 위해, 표적 종양 세포주가 단지 0, 0.01, 0.1, 또는 1 μM의 억제제 존재 하에 인큐베이션되었다. 적색 표적 세포 카운트가 살아있는 세포 영상화에 의해 계수되었고, 시간의 흐름에 따라 추적되었다.
도 4b에 도시된 바와 같이, 베네토클락스 부재 하에 항-CD19 CAR T 세포와 공배양 후 표적 세포 수의 보통의 감소로 나타난 바와 같이, 림프종 표적 세포는 CAR T 세포의 차선 용량에서 CD19 유도된 CAR T 세포 사멸에 상대적으로 내성이 있었다. 0.01 μM로 베네토클락스의 단독 존재는 상기 분석에서 표적 세포 수에 실질적으로 영향을 주지 않았으나, 0.1 μM 및 1.0 μM로 베네토클락스의 단독 존재는 표적 세포 수에 적당한 영향을 주었다. 그러나, 0.01 μM의 베네토클락스의 존재 하에서 조차 표적 림프종 세포 및 항-CD19 CAR T 세포를 함유하는 공배양물은, 0.01 μM의 억제제로만 처리된 표적 세포와 비교하여 표적 세포 수의 감소를 실증했고, 이는 조합물의 잠재적인 상승 효과와 일치한다. 0.1 μM 및 1.0 μM 베네토클락스의 존재 하에 표적 림프종 세포 및 항-CD19 CAR T 세포를 함유하는 공배양물은 훨씬 더 많은 CD19 유도된 CAR T 세포 사멸을 실증했다.
상기 결과는, 낮은 용량의 베네토클락스가 차선 용량의 항-CD19 CAR T 세포에 대해 그렇지 않으면 상대적으로 내성이 있는 세포를 민감하게 만들 수 있다는 관찰과 일치한다.
실시예 3: CD19 표적화 CAR T 세포에 대한 RL 세포 내성에 대한 BH3 패밀리 멤버(BCL-2) 억제제의 영향
실시예 1에 기재된 바와 같이 생성된 항-CD19 CAR 발현 T 세포 조성물이 CD19 발현 림프종 표적 세포주 RL과 배양되었다. 표적 세포가 NLR(NucLight Red)을 발현하도록 렌티바이러스 시약으로 조작되어 현미경 검사법에 의한 세포의 추적이 가능했다. RL 세포주가 CD19 유도된 CAR T 세포 매개 세포 독성에 상대적으로 내성이 있는 것으로 결정되어 1:1의 E:T 비율로 CAR T 세포와 표적 세포의 공배양은 CAR T 세포의 차선의 용량을 나타냈다. 항-CD19 CAR T 세포가 1:1의 E:T 비율로 표적 RL 세포와 공배양되었고, 상기 공배양은 0.1 μM의 예시적인 BCL2 억제제 베네토클락스의 존재 하에 수행되었다. 비교를 위해, 표적 세포가 오직 CAR T 세포 또는 0.1 μM의 억제제의 존재 하에 인큐베이션되었다.
도 5a에 도시된 바와 같이, RL 세포는 CD19 유도된 CAR T 세포 단독에 상대적으로 내성이 있었으나, 0.1 μM의 베네토클락스 존재 하에 CD19 유도된 CAR T 세포 사멸에 대해 민감하게 되었다.
CD19 유도된 CAR T 세포에 대한 RL 세포주의 내성이 3D 종양 모델에서 더 분석되었다. 항-CD19 CAR 발현 T 세포 조성물이 실시예 1에 실질적으로 기재된 바와 같이 성인 인간 도너에서 생성되었다. NLR을 발현하도록 조작된 RL 종양 세포가 72 시간 동안 회전 타원체를 형성하도록 허용되었고, 이어서 1:1의 E:T 비율로 항-CD19 CAR T 세포와 9 일 동안 공배양되었다. 하위 치료량 농도의 예시적인 BCL2 억제제 베네토클락스(0.1 μM)가 공배양 초기에 첨가되었고, 종양 부피가 시간의 흐름에 따라 측정되었다(도 5b). 초기 종양 부피가 항-CD19 CAR T 세포 단독의 존재 하에 감소되지 않았으나, 0.1 μM 베네토클락스의 첨가로 종양 부피의 감소가 초래되었다.
관련 실험에서, 회전 타원체가 기재된 바와 같이 CD19 발현 RL 세포에서 생성되었고, 항-CD19 CAR T 세포 및 증가하는 농도의 베네토클락스(0.01 μM, 0.1 μM, 또는 1.0 μM)와 함께 또는 단지 대응하는 농도의 베테토클락스와 함께 9 일 동안 공배양되었다. 도 5c에 도시된 바와 같이, 공배양 9 일에, 보다 많은 농도의 베네토클락스가 종양 크기의 보다 많은 감소를 초래했다. 그러나, 항-CD19 CAR T 세포 및 베네토클락스 둘 다와 함께 배양된 RL 회전 타원체의 크기는 단지 베테토클락스와 배양된 RL 회전 타원체의 크기와 비교하여 실질적으로 더 많이 감소했다.
RL 회전 타원체 둘 다의 실험에서, 베네토클락스 및 항-CD19 CAR T 세포의 조합물이 종양 세포의 세포 자멸사를 유도하는 것으로 관찰되었으나(데이터는 도시되지 않음), 상기 효과는 CAR T 세포 단독의 존재 하에 관찰되지 않았다. 상기 결과는, 베네토클락스가 항-CD19 CAR T 세포 매개 세포 죽음에 대해 종양 세포를 민감하게 만들 수 있어서 상기 조합물이 베네토클락스 또는 항-CD19 CAR T 세포 단독보다 더 강력한 항종양 활성을 나타냄을 시사했다.
실시예 4: CD19 유도된 종양 세포 내성에 대해 만성적으로 자극된 항-CD19 CAR T 세포에 대한 BCL-2 억제제의 영향
상기 기재된 바와 같이 건강한 도너에서 생성된 항-CD19 CAR 발현 T 세포가, CAR에 대해 발생된 항-이디오타입(항-ID) 항체로 코팅된 비드와 함께 8 일 동안 인큐베이션함으로써 T 세포 활성이 고갈되는 조건 하에서 만성적으로 자극되었다. 8 일의 만성 자극 후에, 항-CD19 CAR 발현 T 세포가 수확되었고, 후속적으로 NLR을 발현하도록 조작된 RL 세포와 함께 1:1의 E:T 비율로 8 일 동안 공배양되었다. 대조군으로, RL 세포가 항-CD19 CAR T 세포의 부재 하에 배양되었다. 하위 치료 농도의 예시적인 BCL2 억제제 베네토클락스(0.01 μM 또는 0.1 μM)가 배양물에 첨가되었고, 세포의 수가 시간의 흐름에 따라 분석되었다(도 6a).
또 다른 실험에서, 회전 타원체가 앞서 기재된 바와 같이 CD19 발현 RL 세포에서 생성되었고, 1:1의 E:T 비율로 항-CD19 CAR T 세포 및 증가하는 농도의 베네토클락스(0.01 μM, 0.1 μM, 또는 1.0 μM)와 함께 또는 단지 대응하는 농도의 베테토클락스와 함께 8 일 동안 공배양되었다. 앞서와 같이, 항-CD19 CAR T 세포가, RL 회전 타원체와 공배양하기 전에 항-ID 항체 코팅된 비드로 만성적으로 자극되었다. 도 6b에 도시된 바와 같이, 표적 세포가 CD19 표적화 CAR T 세포의 부재 하에 배양되었을 때 종양 크기의 감소는 1 μM 베네토클락스로만 관찰되었다. 그에 비해, 표적 세포가 CD19 표적화 CAR T 세포의 존재 하에 배양되었을 때 종양 크기의 보다 큰 감소가 증가하는 농도의 베네토클락스로 보여졌다. 전반적으로, 항-CD19 CAR T 세포 및 베네토클락스 둘 다와 함께 배양된 RL 회전 타원체의 크기는, 단지 베테토클락스와 배양된 RL 회전 타원체의 크기와 비교하여 더 적은 농도의 베네토클락스로 및 더 많이 감소했다.
상기 데이터는, BCL2 억제제로의 치료가 만성적으로 자극된 항-CD19 CAR T 세포의 유효성을 향상시켰음을 나타낸다. 이론에 구속되길 바라지 않으면서, 상기 결과는, BCL2 억제제의 첨가가, 말단 분화된 CAR T 세포 및/또는 높은 질병 부담을 갖는 환자에서 발견될 수 있는 것과 같이 고갈 또는 만성적으로 자극된 상태의 CAR T 세포를 회복 또는 역전시킬 수 있음을 나타낸다.
실시예 5: 미만성 거대 B 세포 림프종을 앓는 대상체의 유전자 발현 데이터
CD19에 특이적인 키메라 항원 수용체(CAR)를 발현하는 자가 T 세포를 함유하는 치료적 CAR T 세포 조성물이 B 세포 악성 종양을 앓는 대상체에 투여되었고, CAR T 세포 조성물이 투여된 대상체의 반응과 상관 관계가 있는 전처리 종양 생검의 유전자 발현이 하위 세트의 대상체에서 결정되었다.
구체적으로, 자가 항-CD19 유도된 치료 T 세포 조성물이, 2 가지 방식의 요법 실패 후 드 노보 또는 무통성 림프종에서 형질 전환(NOS)된 미만성 거대 B 세포 림프종(DLBCL), DLBCL 조직학(이중/삼중 히트)을 갖는 MYC 및 BCL2 및/또는 BCL6 재배열을 갖는 고급 B 세포 림프종, 만성 림프구성 백혈병(CLL) 또는 변연부 림프종(MZL)에서 형질 전환된 DLBCL, 1차 종격동 거대 b 세포 림프종(PMBCL) 및 여포성 림프종 3b 등급(FLG3B)을 포함한 재발 또는 난치성(R/R) 공격적인 비호지킨 림프종(NHL)을 앓는 성인 인간 대상체에서 생성되었고 이를 치료하기 위해 사용되었다. 치료된 대상체 중에는 0 내지 2의 ECOG(Eastern Cooperative Oncology Group) 점수를 갖는 대상체들이 있었다(중간값 3.2 개월 후속 조치). 어떠한 대상체도 사전 동종 이계 줄기 세포 이식(stem cell transplantation, SCT), 2차 중추 신경계(central nervous system, CNS) 개입 또는 2의 ECOG 점수에 근거하여 배제되지 않았고, 필요한 성분 채집술을 위한 최소한의 절대적인 림프구 수(absolute lymphocyte count, ALC)가 없었다.
투여된 치료 T 세포 조성물이, 치료될 개별 대상체 유래 백혈구 성분 채집술 샘플에서 CD4+ 및 CD8+ 세포의 면역 친화도 기반(예를 들어, 면역 자성 선택) 농축을 포함한 프로세스에 의해 생성되었다. 단리된 CD4+ 및 CD8+ T 세포가 별개로 활성화되었고, 항-CD19 CAR을 암호화하는 바이러스 벡터(예를 들어, 렌티바이러스 벡터)로 독립적으로 형질 도입된 후, 조작된 세포 집단을 별개 증폭 및 동결 보존하였다. CAR은 뮤린 항체(FMC63에서 유래된 가변 영역, VL-링커-VH 방향)에서 유래된 항-CD19 scFv, 면역글로불린 유래 스페이서, CD28에서 유래된 막관통 도메인, 4-1BB에서 유래된 공자극 영역 및 CD3-제타 세포 내 신호 전달 도메인을 함유했다. 바이러스 벡터는, CAR 발현에 대한 대리 마커로 작용하고 T2A 리보솜 건너뛰기 서열에 의해 CAR 서열과 분리된 절단된 수용체를 암호화하는 서열을 더 함유했다.
동결 보존된 세포 조성물을 정맥 내 투여 전에 해동하였다. 치료적 T 세포 용량이, 약 1:1의 표적 비율로 투여된 제형화된 CD4+ CAR+ 세포 집단 및 제형화된 CD8+ CAR+ 집단을 투여함으로써 정의된 세포 조성물로 투여되었다. 5 x 107 개의 총 CAR 발현 T 세포를 함유하는 용량 수준 1(dose level 1, DL1)의 단일 용량, 각 용량이 약 14 일 간격으로 투여(1 일 및 14 일에 투여)된 DL1의 이중 용량 또는 1 x 108 개의 총 CAR 발현 T 세포를 함유하는 용량 수준 2(dose level 2, DL-2)의 단일 용량과 같이, 단일 또는 이중 용량의 CAR 발현 T 세포(각각 CD4+ CAR 발현 T 세포 및 CD8+ CAR 발현 T 세포의 별도 주입을 통한 각각 단일 용량)가 대상체에 투여되었다. 투여된 조성물에 대한 표적 용량 수준 및 T 세포 하위 세트의 수가 표 E1에 제시된다.
[표 E1]
Figure pct00009
CAR+ T 세포 주입 전 초기에, 대상체는 플루다라빈(flu, 30 mg/m2) 및 사이클로포스파미드(Cy, 300 mg/m2)로 3 일 동안 림프구 고갈 화학 요법을 받았다. 대상체는 림프구 고갈 후 2-7 일에 CAR 발현 T 세포를 받았다.
투여 후 3 개월을 포함한 CAR T 세포 조성물의 투여 후, 대상체는 임상 반응에 대해 모니터링되었고, CAR T 세포 조성물에 대한 반응을 대상체가 진행성 질병(PD), 부분 반응(PR) 또는 완전 반응(CR)을 갖는지 여부를 평가함으로써 결정했다.
하위 세트의 환자(n=36) 유래 종양 생검이 CAR T 세포의 투여 전에 수집되었고, 종양 생검에서 단리된 RNA에서 제조된 상보성 DNA(cDNA) 샘플에서 유전자 발현에 대해 RNA 시퀀싱(RNA-seq)으로 분석되었다. 주성분 분석(Principal component analysis, PCA)이 RNA-seq 데이터 세트에 대해 수행되었고, DESeq2 정규화된 카운트에서 생성되었다. 전처리 종양 생검으로부터 RNA-Seq에 의한 유전자 발현은 치료적 자가 조직 CAR-T 세포 조성물의 투여 후 반응과 사후 연관성이 있었다.
도 7의 결과는 임상 시험 진행 중인 대상체의 하위 세트 중에서 분석된 36 개의 종양 생검 샘플에 대해 도시된다. CD19 유도된 CAR T 세포 조성물의 투여 후 3 개월에 30%(11/36)의 대상체가 CAR-T 세포 치료에 반응하지 않을 것이고, 70%(25/36)의 대상체가 반응할 수 있을 것으로 추정한 가정 역치값이 설정되었고; 실제 반응 결과가 도시된다. 결과는, 치료에 반응하지 않은 대상체(진행성 질병(PD)을 나타낸 대상체; 내성 종양으로 표시)와 치료에 보다 반응적인 대상체(민감한 종양으로 표시) 사이에 유전자 발현의 분리를 나타낸다. 내성 종양을 가진 대상체 유래 샘플 중에, 세포 주기 및 세포 분화 경로의 조절 장애와 연관된 유전자 발현의 증가가 관찰되었다. 예를 들어, Myc 표적, p53 신호 전달 및 EZH2 상향 조절된 유전자와 관련된 유전자의 많은 발현이 관찰되었다. 상기 결과는, 종양 세포에서 생존 기구의 상향 조절, 예컨대 항-세포자멸사 인자가 종양 내성 및 종양 표적화된 면역 요법에 대한 불량한 반응을 초래할 수 있다는 발견과 일치한다.
실시예 6: 표적 세포와 공배양된 항-CD19 CAR T 세포에 대한 만성 BCL2 억제의 효과
항-CD19 CAR 발현 T 세포 조성물이 실질적으로 실시예 1에 기재된 바와 같이 3 명의 건강한 인간 도너에서 생성되었다. CAR T 세포에 의한 BCL2의 발현이 유세포 분석에 의해 확인되었고, 도 8a(평균 형광 강도; MFI)에 도시된 바와 같이 FMO(fluorescence minor one) 대조군과 비교되었다.
건강한 도너 유래 항-CD19 CAR 발현 T 세포 조성물이, 증가하는 농도의 베네토클락스(0.01 μM, 0.1 μM, 1 μM, 또는 10 μM)의 존재 하에 48 시간 동안 37 ℃에서 항-ID 항체 코팅된 비드와 인큐베이션되었다. 대조군으로, CAR T 세포가 동일한 조건 하이나 베네토클락스없이 인큐베이션되었다. CAR T 세포의 카스파제 3 발현, 생존 능력 및 증폭 동역학이 후속적으로 분석되었다. 도 8b(각각의 점은 개별 도너를 나타냄)에 도시된 바와 같이, 자극 후 48 시간에 증가하는 농도의 베네토클락스는, 세포의 죽음을 나타내는 카스파제 3을 발현하는 CAR+ T 세포의 보다 높은 백분율을 초래했다.
항-ID 비드 및 선택적으로 베네토클락스와의 배양 후, 베네토클락스 처리 또는 용량과는 상관없이 CAR+ T 세포의 유사한 증폭 프로필이 관찰되었다(도 8c 및 8d). 또한, 1.0 μM 베네토클락스의 존재 하에 100 시간 동안 JeKo-1 표적 세포와 공배양했을 경우 항-CD19 CAR T 세포의 세포 용해 활성은 영향을 받지 않았다. 도 9에 도시된 바와 같이, JeKo-1 표적 세포의 수는 베네토클락스 단독 처리에 의해 감소하지 않았으나, 베네토클락스의 존재 또는 부재 하에 CD19 표적화 CAR T 세포와 공배양했을 경우 실질적으로 감소했다. 이론에 구속되길 바라지 않으면서, 데이터는 베네토클락스가 항-CD19 CAR T 세포의 세포 생존 능력에 영향을 미칠 수 있으나, 생존 가능한 CAR T 세포의 생존 능력, 증폭 동역학 및 세포 용해 활성은 영향을 받지 않음을 나타낸다.
베네토클락스는 인간 혈장 단백질에 결합할 수 있다. 따라서, 혈청 농도가 CAR T 세포에 대한 베네토클락스의 효과를 조절할 수 있는지 여부를 결정하기 위해, 항-CD19 CAR T 세포가 5%, 10%, 또는 20% 혈청의 존재 하에 배양되었고, 증가하는 농도의 베네토클락스로 처리되었다. 항-CD19 CAR T 세포에 대한 베네토클락스의 IC50이 혈청 농도의 증가와 함께 증가하는 것으로 나타났고(도 10), 이는 CAR T 세포 생존 능력에 대한 베네토클락스의 효과가 혈청 농도에 의존할 수 있음을 나타낸다.
실시예 7: 맨틀 세포 림프종의 뮤린 모델에서 항-CD19 CAR T 세포에 대한 BCL-2 억제제의 영향
NOD scid 감마(NSG) 마우스에 2 x 106 개의 JeKo-1 맨틀 세포 림프종 세포로 정맥 내 주사하였고(7 일), 21 일 동안(0 일부터 21 일까지) 12.5, 25, 50, 또는 100 mg/kg의 예시적인 BCL2 억제제 베네토클락스로 매일 치료했다. 종양 부담(도 11a) 및 체중(도 11b)이 치료 과정에 걸쳐 평가되었다.
실시예 7의 결과와 일치하게, JeKo-1 림프종 세포주는 용량 수준과는 관계없이 베네토클락스 단독 치료에 대해 내성이 있는 것으로 관찰되었다(도 11a는 생물 발광 영상화; BLI에 의해 평가된 바와 같은 종양 부담을 나타냄).
MCL의 베네토클락스 내성 뮤린 모델에서 항-CD19 CAR T 세포에 대한 베네토클락스의 영향을 결정하기 위해, NSG 마우스에 7 일에 2 x 106 개의 JeKo-1 세포가 정맥 내로 주사되었고, 이어서 1 일 및 0 일에 앞의 실시예에 기재된 바와 같이 실질적으로 생성된 1 x 106 개의 항-CD19 CAR T 세포의 정맥 내 주입으로 치료되었다. 베네토클락스가 6.25, 25, 또는 100 mg/kg으로 21 일 동안(0 일부터 21 일까지) 매일 투여되었다. 대조군으로, 하위 세트의 마우스가 베네토클락스로만 치료되었다. 종양 부담(도 12a), 생존(도 12b 및 12c) 및 CAR T 세포 수(도 13)가 평가되었다.
종양 부담이 치료되지 않은 마우스 및 베네토클락스 단독으로 치료된 마우스에서 유사하게 증가했다. 그러나, 단독 또는 베네토클락스와 병용으로 CD19 표적화 CAR T 세포로의 치료는, 치료하지 않고 베네토클락스로만 치료한 마우스와 비교하여 측정된 모든 시점에서 종양 부피의 감소를 초래했다(도 12a). 도 12b 및 12c에 도시된 바와 같이, 생존에 대한 유사한 영향이 관찰되었다.
CD4+ 및 CD8+ CAR T 세포의 수가, 7, 13, 및 19 일에 단독 또는 베네토클락스와 병용으로 CD19 표적화 CAR T 세포로 치료된 마우스에서 분석되었다. CD4+ 및 CD8+ CAR T 세포 하위 세트 둘 다에서 용량식 감소가 증가하는 농도의 베네토클락스로 관찰되었다(도 13).
상기 데이터와 종합하면, D19 표적화 CAR T의 세포 용해 능력이, 보다 높은 용량의 억제제로 관찰된 CAR T 세포 생존 능력의 상실에도 불구하고 예시적인 BCL2 억제제 베네토클락스의 존재에 의해 손상될 수 없음을 나타낸다.
실시예 8: 항-CD19 CAR T 세포로 치료 후 BCL2 억제제의 지연 투여
RL 표적 세포가, 실시예 1에 기재된 바와 같이 실질적으로 생성된 CD19 표적화 CAR T 세포와 예시적인 BCL2 억제제 베네토클락스(0.01 μM, 0.1 μM, 또는 1.0 μM)의 부재 또는 존재 하에 6 일 동안 공배양되었다. 베네토클락스가 공배양과 동시에 또는 공배양 시작 후 24, 48, 또는 72 시간에 첨가되었다. 대조군으로, RL 표적 세포가 베네토클락스가 존재하나 CAR T 세포없이 배양되었다.
공배양 6 일 후에, CD3+ CAR T 세포 및 표적 세포의 수가 분석되었다. 도 14a에 도시된 바와 같이, 0.1 μM 또는 1.0 μM 베네토클락스가 공배양과 동시에 또는 24 시간 후에 첨가되었을 때 CAR T 세포의 수가 감소했다. 그에 비해, 베네토클락스의 농도와는 관계없이 공배양 후 48 또는 72 시간에 베네토클락스가 첨가되었을 경우 CD3+ CAR T 세포의 감소가 관찰되지 않았다. 분석된 모든 시점에 대해, 0.01 μM의 베네토클락스는 CD3+ CAR T 세포 수를 감소시키지 않는 것으로 관찰되었다. 도 14b에 도시된 바와 같이, 베네토클락스의 존재하에서만 배양된 표적 세포를 제외하고, 표적 세포 수의 유사한 감소가 모든 조건에서 관찰되었다.
상기 결과는 BCL2 억제제로 지연 치료는 CAR T 세포 생존 능력에 대한 억제제의 효과를 감소시킬 수 있으나, CAR T 세포의 세포 용해 활성은 보존됨을 나타낸다.
실시예 9: CD19 표적화 CAR T 세포 및 베네토클락스로 만성 림프구성 백혈병 및 작은 리프구성 림프종의 치료
CD19에 특이적인 키메라 항원 수용체(CAR)를 발현하는 자가 T 세포를 함유하는 치료 CAR T 세포 조성물 및 베네토클락스가 병용 요법으로 B 세포 악성 종양을 앓는 대상체에 투여된다.
구체적으로, 자가 항-CD19 유도된 치료 T 세포 조성물이, 2 가지 이상의 선행 방식의 요법에 실패한 만성 림프구성 백혈병(CLL) 및 작은 리프구성 림프종(SLL)을 앓는 성인 인간 대상체에서 생성되고 이를 치료하기 위해 사용된다. 치료된 대상체는 BTK의 억제제(예를 들어, 이브루티닙)으로 사전 치료되었고, 베네토클락스(베네토클락스 나이브)로 사전 치료되지 않았거나 베네토클락스로 사전 치료되었다. 베네토클락스로 사전 치료된 대상체의 경우, 대상체는 앞서 6 개월 이내에 베네토클락스로 치료받으면서 베네토클락스 과민증이 없고, 진행성 질병(PD)을 나타내지 않았다. 적합한 대상체는 측정 가능한 질병(보다 긴 횡경; GTD에서 림프절 >1.5 cm) 또는 말초 혈액(PB), 골수(BM), 간 또는 비장에서 평가 가능하거나 측정 가능한 질병을 나타내야하고, 10-4 이상의 PB에서 최소 잔류 질병(MRD)을 가져야 한다. 대상체는 BCL-2 패밀리 단백질의 발현에 대한 기준선에서 스크리닝되고, 베네토클락스로 사전 치료된 대상체는 BCL2 돌연변이에 대해 추가적으로 스크리닝된다. 대상체는 BCL2 돌연변이 상태에 근거하여 배제되지 않는다.
치료될 개별 대상체의 백혈구 성분 채집술 샘플 유래 CD4+ 및/또는 CD8+ 세포로 농축된 T 세포 조성물이 대상체에 투여된다. CD4+ 및/또는 CD8+ T 세포로 농축된 조성물이 활성화되었고, 항-CD19 CAR을 암호화하는 바이러스 벡터(예를 들어, 렌티바이러스 벡터)로 형질 도입된 후, 조작된 세포 집단을 증폭 및 동결 보존하였다. CAR은, 항-CD19 scFv(예를 들어, 뮤린 항체 FMC63에서 유래된 가변 영역을 함유), 항원 결합 도메인을 막관통 도메인에 연결하는 스페이서, 막관통 도메인(예를 들어, CD28에서 유래), 공자극 영역(예를 들어, 4-1BB에서 유래) 및 CD3-제타 세포 내 신호 전달 도메인을 함유한다.
동결 보존된 세포 조성물을 정맥 내 투여 전에 해동한다. 대상체에 1 x 108 개의 총 CAR 발현 T 세포의 용량이 (예를 들어, 선택적으로 1:1의 CD4+ 대 CD8+ 세포의 비율로 제공된 CD4+ CAR 발현 T 세포 및CD8+ CAR 발현 T 세포의 별도 주입을 통해) 투여된다.
CAR+ T 세포 주입 전에 백혈구 성분 채집술 샘플이 대상체에서 수득된다. 이어서 대상체에 림프구 고갈 요법 전 3 주 동안 베네토클락스 가교 요법이 투여된다. 가교 요법으로, 대상체에 제1 주 동안 매일 20 밀리그램(mg)의 베네토클락스, 제2 주 동안 매일 50 mg의 베네토클락스 및 제3 주 동안 매일 100 mg의 베네토클락스가 투여된다. 베네토클락스 유실 후(예를 들어, 1-7 일), 대상체는 플루다라빈(flu, 30 mg/m2) 및 사이클로포스파미드(Cy, 300 mg/m2)로 3 일 동안 림프구 고갈 화학 요법을 받는다. 대상체는, 0 일에 림프구 고갈 후 2-7 일에 CAR 발현 T 세포의 용량(예를 들어, 1 x 108 개의 총 CAR 발현 T 세포)을 받는다. 7 일에 베네토클락스의 투여가 개시된다. 베네토클락스가 CAR+ T 세포의 투여 개시 후 약 3 개월까지 매일 200 mg으로 투약된다, 예를 들어, 베네토클락스가 7 일에 시작해서 억제제 치료의 총 11 주 동안 매일 1회 투여된다.
대상체가 임상 반응에 대해 모니터링되고, 치료에 대한 반응이, 대상체가 진행성 질병(PD), 부분 반응(PR) 또는 완전 반응(CR)을 나타내는지 여부를 평가함으로써 결정된다. 최소 잔류 질병(MRD)을 갖는 대상체(PB에서 ≥ 10-4) 또는 치료 종료까지, 예를 들어 84 일까지 완전 반응(CR)을 나타내지 않는 대상체는, 예컨대 12 또는 24 개월의 총 치료 기간 동안 치료 절차 기준에 따라 베네토클락스로 치료가 계속될 수 있다.
본 발명은, 예를 들어 발명의 다양한 측면을 설명하기 위해 제공된 개시된 특정 구현예로 범위를 한정하려는 의도가 아니다. 기재된 조성물 및 방법에 대한 다양한 변형이 여기의 기재 및 교시에서 명백해질 것이다. 상기 변형은 본 개시의 진정한 의미와 범위를 벗어나지 않고 실행될 수 있으며, 본 발명의 범위 내에 속하도록 의도된다.
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SEQUENCE LISTING <110> Juno Therapeutics, Inc. <120> COMBINATION THERAPY OF A CELL-MEDIATED CYTOTOXIC THERAPY AND AN INHIBITOR OF A PROSURVIVAL BCL2 FAMILY PROTEIN <130> 735042021340 <140> Not yet assigned <141> Concurrently herewith <150> 62/860,748 <151> 2019-06-12 <150> 62/890,594 <151> 2019-08-22 <160> 59 <170> FastSEQ for Windows Version 4.0 <210> 1 <211> 12 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <223> spacer (IgG4hinge) <400> 1 Glu Ser Lys Tyr Gly Pro Pro Cys Pro Pro Cys Pro 1 5 10 <210> 2 <211> 36 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <223> spacer (IgG4hinge) <400> 2 gaatctaagt acggaccgcc ctgcccccct tgccct 36 <210> 3 <211> 119 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <223> Hinge-CH3 spacer <400> 3 Glu Ser Lys Tyr Gly Pro Pro Cys Pro Pro Cys Pro Gly Gln Pro Arg 1 5 10 15 Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Gln Glu Glu Met Thr Lys 20 25 30 Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp 35 40 45 Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys 50 55 60 Thr 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Ser Pro Glu Gly Cys Trp Gly Pro Glu Pro Arg Asp Cys Val Ser 180 185 190 Cys Arg Asn Val Ser Arg Gly Arg Glu Cys Val Asp Lys Cys Asn Leu 195 200 205 Leu Glu Gly Glu Pro Arg Glu Phe Val Glu Asn Ser Glu Cys Ile Gln 210 215 220 Cys His Pro Glu Cys Leu Pro Gln Ala Met Asn Ile Thr Cys Thr Gly 225 230 235 240 Arg Gly Pro Asp Asn Cys Ile Gln Cys Ala His Tyr Ile Asp Gly Pro 245 250 255 His Cys Val Lys Thr Cys Pro Ala Gly Val Met Gly Glu Asn Asn Thr 260 265 270 Leu Val Trp Lys Tyr Ala Asp Ala Gly His Val Cys His Leu Cys His 275 280 285 Pro Asn Cys Thr Tyr Gly Cys Thr Gly Pro Gly Leu Glu Gly Cys Pro 290 295 300 Thr Asn Gly Pro Lys Ile Pro Ser Ile Ala Thr Gly Met Val Gly Ala 305 310 315 320 Leu Leu Leu Leu Leu Val Val Ala Leu Gly Ile Gly Leu Phe Met 325 330 335 <210> 17 <211> 18 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> T2A <400> 17 Glu Gly Arg Gly Ser Leu Leu Thr Cys Gly Asp Val Glu Glu Asn Pro 1 5 10 15 Gly Pro <210> 18 <211> 22 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> P2A <400> 18 Gly Ser Gly Ala Thr Asn Phe Ser Leu Leu Lys Gln Ala Gly Asp Val 1 5 10 15 Glu Glu Asn Pro Gly Pro 20 <210> 19 <211> 19 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> P2A <400> 19 Ala Thr Asn Phe Ser Leu Leu Lys Gln Ala Gly Asp Val Glu Glu Asn 1 5 10 15 Pro Gly Pro <210> 20 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> E2A <400> 20 Gln Cys Thr Asn Tyr Ala Leu Leu Lys Leu Ala Gly Asp Val Glu Ser 1 5 10 15 Asn Pro Gly Pro 20 <210> 21 <211> 22 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> F2A <400> 21 Val Lys Gln Thr Leu Asn Phe Asp Leu Leu Lys Leu Ala Gly Asp Val 1 5 10 15 Glu Ser Asn Pro Gly Pro 20 <210> 22 <211> 10 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Linker <220> <221> REPEAT <222> (5)...(9) <223> SGGGG is repeated 5 time <400> 22 Pro Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Pro 1 5 10 <210> 23 <211> 17 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Linker <400> 23 Gly Ser Ala Asp Asp Ala Lys Lys Asp Ala Ala Lys Lys Asp Gly Lys 1 5 10 15 Ser <210> 24 <211> 66 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> GMCSFR alpha chain signal sequence <400> 24 atgcttctcc tggtgacaag ccttctgctc tgtgagttac cacacccagc attcctcctg 60 atccca 66 <210> 25 <211> 22 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> GMCSFR alpha chain signal sequence <400> 25 Met Leu Leu Leu Val Thr Ser Leu Leu Leu Cys Glu Leu Pro His Pro 1 5 10 15 Ala Phe Leu Leu Ile Pro 20 <210> 26 <211> 18 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> CD8 alpha signal peptide <400> 26 Met Ala Leu Pro Val Thr Ala Leu Leu Leu Pro Leu Ala Leu Leu Leu 1 5 10 15 His Ala <210> 27 <211> 15 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Hinge <400> 27 Glu Pro Lys Ser Cys Asp Lys Thr His Thr Cys Pro Pro Cys Pro 1 5 10 15 <210> 28 <211> 12 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Hinge <400> 28 Glu Arg Lys Cys Cys Val Glu Cys Pro Pro Cys Pro 1 5 10 <210> 29 <211> 61 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Hinge <400> 29 Glu Leu Lys Thr Pro Leu Gly Asp Thr His Thr Cys Pro Arg Cys Pro 1 5 10 15 Glu 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<210> 36 <211> 7 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> CDR L2 <400> 36 Ser Arg Leu His Ser Gly Val 1 5 <210> 37 <211> 9 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> CDR L3 <400> 37 Gly Asn Thr Leu Pro Tyr Thr Phe Gly 1 5 <210> 38 <211> 5 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> CDR H1 <400> 38 Asp Tyr Gly Val Ser 1 5 <210> 39 <211> 16 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> CDR H2 <400> 39 Val Ile Trp Gly Ser Glu Thr Thr Tyr Tyr Asn Ser Ala Leu Lys Ser 1 5 10 15 <210> 40 <211> 7 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> CDR H3 <400> 40 Tyr Ala Met Asp Tyr Trp Gly 1 5 <210> 41 <211> 120 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> VH <400> 41 Glu Val Lys Leu Gln Glu Ser Gly Pro Gly Leu Val Ala Pro Ser Gln 1 5 10 15 Ser Leu Ser Val Thr Cys Thr Val Ser Gly Val Ser Leu Pro Asp Tyr 20 25 30 Gly Val Ser Trp Ile Arg Gln Pro Pro Arg Lys Gly Leu Glu Trp Leu 35 40 45 Gly Val Ile Trp Gly Ser Glu Thr Thr Tyr Tyr Asn Ser Ala Leu Lys 50 55 60 Ser Arg Leu Thr Ile Ile Lys Asp Asn Ser Lys Ser Gln Val Phe Leu 65 70 75 80 Lys Met Asn Ser Leu Gln Thr Asp Asp Thr Ala Ile Tyr Tyr Cys Ala 85 90 95 Lys His Tyr Tyr Tyr Gly Gly Ser Tyr Ala Met Asp Tyr Trp Gly Gln 100 105 110 Gly Thr Ser Val Thr Val Ser Ser 115 120 <210> 42 <211> 107 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> VL <400> 42 Asp Ile Gln Met Thr Gln Thr Thr Ser Ser Leu Ser Ala Ser Leu Gly 1 5 10 15 Asp Arg Val Thr Ile Ser Cys Arg Ala Ser Gln Asp Ile Ser Lys Tyr 20 25 30 Leu Asn Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Asp Gly Thr Val Lys Leu Leu Ile 35 40 45 Tyr His Thr Ser Arg Leu His Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly 50 55 60 Ser Gly Ser Gly Thr Asp Tyr Ser Leu Thr Ile Ser Asn Leu Glu Gln 65 70 75 80 Glu Asp Ile Ala Thr Tyr Phe Cys Gln Gln Gly Asn Thr Leu Pro Tyr 85 90 95 Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys Leu Glu Ile Thr 100 105 <210> 43 <211> 245 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> scFv <400> 43 Asp Ile Gln Met Thr Gln Thr Thr Ser Ser Leu Ser Ala Ser Leu Gly 1 5 10 15 Asp Arg Val Thr Ile Ser Cys Arg Ala Ser Gln Asp Ile Ser Lys Tyr 20 25 30 Leu Asn Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Asp Gly Thr Val Lys Leu Leu Ile 35 40 45 Tyr His Thr Ser Arg Leu His Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly 50 55 60 Ser Gly Ser Gly Thr Asp Tyr Ser Leu Thr Ile Ser Asn Leu Glu Gln 65 70 75 80 Glu Asp Ile Ala Thr Tyr Phe Cys Gln Gln Gly Asn Thr Leu Pro Tyr 85 90 95 Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys Leu Glu Ile Thr Gly Ser Thr Ser Gly 100 105 110 Ser Gly Lys Pro Gly Ser Gly Glu Gly Ser Thr Lys Gly Glu Val Lys 115 120 125 Leu Gln Glu Ser Gly Pro Gly Leu Val Ala Pro Ser Gln Ser Leu Ser 130 135 140 Val Thr Cys Thr Val Ser Gly Val Ser Leu Pro Asp Tyr Gly Val Ser 145 150 155 160 Trp Ile Arg Gln Pro Pro Arg Lys Gly Leu Glu Trp Leu Gly Val Ile 165 170 175 Trp Gly Ser Glu Thr Thr Tyr Tyr Asn Ser Ala Leu Lys Ser Arg Leu 180 185 190 Thr Ile Ile Lys Asp Asn Ser Lys Ser Gln Val Phe Leu Lys Met Asn 195 200 205 Ser Leu Gln Thr Asp Asp Thr Ala Ile Tyr Tyr Cys Ala Lys His Tyr 210 215 220 Tyr Tyr Gly Gly Ser Tyr Ala Met Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Ser 225 230 235 240 Val Thr Val Ser Ser 245 <210> 44 <211> 11 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> CDR L1 <400> 44 Lys Ala Ser Gln Asn Val Gly Thr Asn Val Ala 1 5 10 <210> 45 <211> 7 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> CDR L2 <400> 45 Ser Ala Thr Tyr Arg Asn Ser 1 5 <210> 46 <211> 9 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> CDR L3 <400> 46 Gln Gln Tyr Asn Arg Tyr Pro Tyr Thr 1 5 <210> 47 <211> 5 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> CDR H1 <400> 47 Ser Tyr Trp Met Asn 1 5 <210> 48 <211> 17 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> CDR H2 <400> 48 Gln Ile Tyr Pro Gly Asp Gly Asp Thr Asn Tyr Asn Gly Lys Phe Lys 1 5 10 15 Gly <210> 49 <211> 13 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> CDR H3 <400> 49 Lys Thr Ile Ser Ser Val Val Asp Phe Tyr Phe Asp Tyr 1 5 10 <210> 50 <211> 122 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> VH <400> 50 Glu Val Lys Leu Gln Gln Ser Gly Ala Glu Leu Val Arg Pro Gly Ser 1 5 10 15 Ser Val Lys Ile Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Ala Phe Ser Ser Tyr 20 25 30 Trp Met Asn Trp Val Lys Gln Arg Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Ile 35 40 45 Gly Gln Ile Tyr Pro Gly Asp Gly Asp Thr Asn Tyr Asn Gly Lys Phe 50 55 60 Lys Gly Gln Ala Thr Leu Thr Ala Asp Lys Ser Ser Ser Thr Ala Tyr 65 70 75 80 Met Gln Leu Ser Gly Leu Thr Ser Glu Asp Ser Ala Val Tyr Phe Cys 85 90 95 Ala Arg Lys Thr Ile Ser Ser Val Val Asp Phe Tyr Phe Asp Tyr Trp 100 105 110 Gly Gln Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser 115 120 <210> 51 <211> 108 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> VL <400> 51 Asp Ile Glu Leu Thr Gln Ser Pro Lys Phe Met Ser Thr Ser Val Gly 1 5 10 15 Asp Arg Val Ser Val Thr Cys Lys Ala Ser Gln Asn Val Gly Thr Asn 20 25 30 Val Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ser Pro Lys Pro Leu Ile 35 40 45 Tyr Ser Ala Thr Tyr Arg Asn Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Thr Gly 50 55 60 Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Thr Asn Val Gln Ser 65 70 75 80 Lys Asp Leu Ala Asp Tyr Phe Cys Gln Gln Tyr Asn Arg Tyr Pro Tyr 85 90 95 Thr Ser Gly Gly Gly Thr Lys Leu Glu Ile Lys Arg 100 105 <210> 52 <211> 15 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Linker <400> 52 Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser 1 5 10 15 <210> 53 <211> 245 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> scFv <400> 53 Glu Val Lys Leu Gln Gln Ser Gly Ala Glu Leu Val Arg Pro Gly Ser 1 5 10 15 Ser Val Lys Ile Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Ala Phe Ser Ser Tyr 20 25 30 Trp Met Asn Trp Val Lys Gln Arg Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Ile 35 40 45 Gly Gln Ile Tyr Pro Gly Asp Gly Asp Thr Asn Tyr Asn Gly Lys Phe 50 55 60 Lys Gly Gln Ala Thr Leu Thr Ala Asp Lys Ser Ser Ser Thr Ala Tyr 65 70 75 80 Met Gln Leu Ser Gly Leu Thr Ser Glu Asp Ser Ala Val Tyr Phe Cys 85 90 95 Ala Arg Lys Thr Ile Ser Ser Val Val Asp Phe Tyr Phe Asp Tyr Trp 100 105 110 Gly Gln Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly 115 120 125 Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Asp Ile Glu Leu Thr Gln Ser 130 135 140 Pro Lys Phe Met Ser Thr Ser Val Gly Asp Arg Val Ser Val Thr Cys 145 150 155 160 Lys Ala Ser Gln Asn Val Gly Thr Asn Val Ala Trp Tyr Gln Gln Lys 165 170 175 Pro Gly Gln Ser Pro Lys Pro Leu Ile Tyr Ser Ala Thr Tyr Arg Asn 180 185 190 Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Thr Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe 195 200 205 Thr Leu Thr Ile Thr Asn Val Gln Ser Lys Asp Leu Ala Asp Tyr Phe 210 215 220 Cys Gln Gln Tyr Asn Arg Tyr Pro Tyr Thr Ser Gly Gly Gly Thr Lys 225 230 235 240 Leu Glu Ile Lys Arg 245 <210> 54 <211> 12 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> HC-CDR3 <400> 54 His Tyr Tyr Tyr Gly Gly Ser Tyr Ala Met Asp Tyr 1 5 10 <210> 55 <211> 7 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> LC-CDR2 <400> 55 His Thr Ser Arg Leu His Ser 1 5 <210> 56 <211> 9 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> LC-CDR3 <400> 56 Gln Gln Gly Asn Thr Leu Pro Tyr Thr 1 5 <210> 57 <211> 735 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Sequence encoding scFv <400> 57 gacatccaga tgacccagac cacctccagc ctgagcgcca gcctgggcga ccgggtgacc 60 atcagctgcc gggccagcca ggacatcagc aagtacctga actggtatca gcagaagccc 120 gacggcaccg tcaagctgct gatctaccac accagccggc tgcacagcgg cgtgcccagc 180 cggtttagcg gcagcggctc cggcaccgac tacagcctga ccatctccaa cctggaacag 240 gaagatatcg ccacctactt ttgccagcag ggcaacacac tgccctacac ctttggcggc 300 ggaacaaagc tggaaatcac cggcagcacc tccggcagcg gcaagcctgg cagcggcgag 360 ggcagcacca agggcgaggt gaagctgcag gaaagcggcc ctggcctggt ggcccccagc 420 cagagcctga gcgtgacctg caccgtgagc ggcgtgagcc tgcccgacta cggcgtgagc 480 tggatccggc agccccccag gaagggcctg gaatggctgg gcgtgatctg gggcagcgag 540 accacctact acaacagcgc cctgaagagc cggctgacca tcatcaagga caacagcaag 600 agccaggtgt tcctgaagat gaacagcctg cagaccgacg acaccgccat ctactactgc 660 gccaagcact actactacgg cggcagctac gccatggact actggggcca gggcaccagc 720 gtgaccgtga gcagc 735 <210> 58 <211> 5 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Hinge <220> <221> VARIANT <222> (1)...(1) <223> Xaa is glycine, cysteine or arginine <220> <221> VARIANT <222> (4)...(4) <223> Xaa is cysteine or threonine <400> 58 Xaa Pro Pro Xaa Pro 1 5 <210> 59 <211> 18 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Linker <400> 59 Gly Ser Thr Ser Gly Ser Gly Lys Pro Gly Ser Gly Glu Gly Ser Thr 1 5 10 15 Lys Gly

Claims (119)

  1. 암을 치료하는 방법으로서,
    상기 방법은:
    (1) 암을 앓는 대상체에 세포 독성 요법을 투여하는 단계 - 여기서 상기 세포 독성 요법은 T 세포를 포함하거나 이로 농축된 T 세포 요법이고, 상기 암 세포와 연관된, 상기 암세포에 의해 발현되는 또는 상기 암세포 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합함 - ; 및
    (2) 상기 세포 독성 요법의 투여 개시 시 또는 투여 개시 전 약 1 일 내지 상기 세포 독성 요법의 투여 개시 시 또는 투여 개시 후 약 8 일 사이의 시기에, 억제제의 투여 개시를 포함한 투약 방식(dosing regimen)으로 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제(inhibitor of a prosurvival BCL2 family protein)를 상기 대상체에 투여하는 단계;
    를 포함하는 것인, 방법.
  2. 암을 치료하는 방법으로서,
    상기 방법은 암을 앓는 대상체에 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제를 투여하는 것을 포함하고,
    여기서 상기 억제제는 세포 독성 요법의 투여 개시 시 또는 투여 개시 전 약 1 일 내지 세포 독성 요법의 투여 개시 시 또는 투여 개시 후 약 8 일 사이의 시기에 상기 억제제의 투여 개시를 포함한 투약 방식으로 투여되며,
    여기서 상기 세포 독성 요법은 T 세포를 포함하거나 이로 농축된 T 세포 요법이고, 상기 암 세포와 연관된, 상기 암세포에 의해 발현되는 또는 상기 암세포 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합하는 것인, 방법.
  3. 대상체의 암을 치료하는 방법으로서,
    상기 방법은 암을 앓는 대상체에 세포 독성 요법을 투여하는 것을 포함하고,
    여기서 상기 세포 독성 요법은 T 세포를 포함하거나 이로 농축된 T 세포 요법이고, 상기 암 세포와 연관된, 상기 암세포에 의해 발현되는 또는 상기 암세포의 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합하며,
    여기서 상기 대상체에 상기 세포 독성 요법의 투여 개시 시 또는 투여 개시 전 약 1 일 내지 상기 세포 독성 요법의 투여 개시 시 또는 투여 개시 후 약 8 일 사이의 시기에 억제제의 투여 개시를 포함한 투약 방식으로 일정 기간 동안 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제가 투여되거나 투여될 예정인 것인, 방법.
  4. 제 1 항 내지 제 3 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 억제제의 상기 투약 방식은 상기 세포 독성 요법의 투여 후 상기 억제제의 투여 개시를 포함하는 것인, 방법.
  5. 제 1 항 내지 제 4 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 억제제의 상기 투약 방식은 상기 세포 독성 요법의 투여 개시 후 7 일 이내에 상기 억제제의 투여 개시를 포함하는 것인, 방법.
  6. 제 1 항 내지 제 4 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 억제제의 상기 투약 방식은 상기 세포 독성 요법의 투여 개시 후 3 일 이내에 상기 억제제의 투여 개시를 포함하는 것인, 방법.
  7. 제 1 항 내지 제 6 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 억제제의 투여 개시는 상기 세포 독성 요법의 투여 개시 후 2 일 이내이고, 선택적으로 여기서 상기 억제제의 투여 개시는 상기 세포 독성 요법의 투여 개시 후 1 일 이내인 것인, 방법.
  8. 제 1 항 내지 제 7 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 억제제의 상기 투약 방식은, 상기 세포 요법의 투여 개시 후 상기 세포 요법의 세포의 활성화 유도 세포 죽음(activation-induced cell death, AICD)이 정점에 도달했거나 또는 정점에 도달한 후에 상기 억제제의 투여 개시를 포함하는 것인, 방법.
  9. 제 1 항 내지 제 3 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 투약 방식에서 하나 이상의 용량의 상기 억제제가 상기 세포 독성 요법과 동시에 및/또는 상기 세포 독성 요법과 동일한 날에 투여되는 것인, 방법.
  10. 제 1 항 내지 제 9 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 대상체에, 상기 세포 독성 요법의 투여 개시 전 7 일 이내에 리툭시맙(rituximab) 및/또는 이브루티닙(ibrutinib)이 투여되지 않거나 투여된 적이 없는 것인, 방법.
  11. 제 1 항 내지 제 10 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 세포 독성 요법은 하나 이상의 상기 암 세포의 세포 매개 세포 독성을 초래할 수 있거나 초래하는 것인, 방법.
  12. 제 1 항 내지 제 11 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 세포 독성 요법은 하나 이상의 상기 암 세포의 페르포린- 및/또는 그랜자임-매개 세포 자멸사를 매개할 수 있거나 매개하는 것인, 방법.
  13. 제 1 항 내지 제 12 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 세포 요법은 상기 대상체에 대해 자가 조직인 세포를 포함하는 것인, 방법.
  14. 제 1 항 내지 제 13 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 세포 요법은, 종양 침윤성 림프구(tumor infiltrating lymphocytic, TIL) 요법, 전이 유전자 TCR 요법 및 키메라 항원 수용체(chimeric antigen receptor, CAR)-발현 세포 요법으로 구성된 군에서 선택되는 것인, 방법.
  15. 제 1 항 내지 제 14 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 세포 요법은 상기 항원에 특이적으로 결합하는 재조합 수용체를 발현하는 세포의 용량을 포함하는 것인, 방법.
  16. 제 1 항 내지 제 15 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 세포 독성 요법의 투여는, (약) 1 x 105 내지 (약) 5 x 108 개의 총 재조합 수용체 발현 T 세포 또는 총 T 세포, (약) 1 x 105 내지 (약) 1 x 108 개의 총 재조합 수용체 발현 T 세포 또는 총 T 세포, (약) 5 x 105 내지 (약) 1 x 107 개의 총 재조합 수용체 발현 T 세포 또는 총 T 세포, 또는 (약) 1 x 106 내지 (약) 1 x 107 개의 총 재조합 수용체 발현 T 세포 또는 총 T 세포의 투여(각각의 수치 포함)를 포함하는 것인, 방법.
  17. 제 1 항 내지 제 16 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 세포 요법은 CD3+, CD4+, CD8+, 또는 CD4+ 및 CD8+ T 세포를 포함하거나 이로 농축된 것인, 방법.
  18. 제 1 항 내지 제 17 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 세포 요법은 CD4+ 및 CD8+ T 세포를 포함하거나 이로 농축된 것인, 방법.
  19. 제 19 항에 있어서,
    상기 세포 요법의 상기 CD4+ 및 CD8+ T 세포는, (약) 1:1 또는 약 1:3 내지 약 3:1의 CD4+ 재조합 수용체 발현 T 세포 대 CD8+ 재조합 수용체 발현 T 세포의 정해진 비율을 포함하는 것인, 방법.
  20. 제 1 항 내지 제 19 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 세포 요법은 CD4+ 및 CD8+ T 세포의 투여를 포함하고,
    여기서 각 용량의 T 세포는 상기 항원에 특이적으로 결합하는 재조합 수용체, 선택적으로 CAR을 포함하며,
    여기서 상기 투여는 복수의 별개의 조성물을 투여하는 것을 포함하며, 상기 복수의 별개의 조성물은 CD8+ T 세포를 포함하거나 이로 농축된 제1 조성물 및 CD4+ T 세포를 포함하거나 이로 농축된 제2 조성물을 포함하는 것인, 방법.
  21. 제 20 항에 있어서,
    여기서:
    상기 제1 및 제2 조성물 중 하나에서 상기 재조합 수용체를 포함하는 CD4+ T 세포 및 상기 제1 및 제2 조성물 중 나머지 다른 하나에서 상기 재조합 수용체를 포함하는 CD8+ T 세포가 (약) 1:1 또는 약 1:3 내지 약 3:1의 정해진 비율로 존재하고/거나;
    상기 제1 및 제2 조성물로 투여된, 상기 재조합 수용체를 포함하는 CD4+ T 세포 및 상기 재조합 수용체를 포함하는 CD8+ T 세포는 정해진 비율로 존재하고, 이의 비율은 (약) 1:1 또는 약 1:3 내지 약 3:1인 것인, 방법.
  22. 제 15 항 내지 제 21 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 재조합 수용체는 T 세포 수용체(T cell receptor, TCR)이거나 기능성 비-T 세포 수용체인 것인, 방법.
  23. 제 15 항 내지 제 22 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 재조합 수용체는 키메라 항원 수용체(CAR)인 것인, 방법.
  24. 제 23 항에 있어서,
    상기 세포 요법은, (약) 1 x 105 내지 5 x 108 개의 총 CAR 발현 T 세포, 1 x 106 내지 2.5 x 108 개의 총 CAR 발현 T 세포, 5 x 106 내지 1 x 108 개의 총 CAR 발현 T 세포, 1 x 107 내지 2.5 x 108 개의 총 CAR 발현 T 세포, 5 x 107 내지 1 x 108 개의 총 CAR 발현 T 세포의 투여(각각의 수치 포함)를 포함하는 것인, 방법.
  25. 제 23 항 또는 제 24 항에 있어서,
    상기 세포 요법은 (약) 1 x 108 개의 CAR 발현 세포의 투여를 포함하는 것인, 방법.
  26. 제 1 항 내지 제 25 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 항원은 종양 항원인 것인, 방법.
  27. 제 1 항 내지 제 26 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 항원은, αvβ6 인테그린(avb6 인테그린), B세포 성숙 항원(B cell maturation antigen, BCMA), B7-H3, B7-H6, 탄산 탈수 효소 9(CA9, 또한 CAIX 또는 G250으로 공지), 암 고환 항원, 암/고환 항원 1B(CTAG, 또한 NY-ESO-1 및 LAGE-2로 공지), 암배아 항원(carcinoembryonic antigen, CEA), 사이클린(cyclin), 사이클린 A2, C-C 모티프 케모카인 리간드 1(CCL-1), CD19, CD20, CD22, CD23, CD24, CD30, CD33, CD38, CD44, CD44v6, CD44v7/8, CD123, CD133, CD138, CD171, 콘드로이틴 황산염 프로테오글리칸 4(chondroitin sulfate proteoglycan 4, CSPG4), 표피 성장 인자 단백질(EGFR), 유형 III 표피 성장 인자 수용체 돌연변이(EGFR vIII), 표피 당단백질 2(EPG-2), 표피 당단백질 40(EPG-40), 에프린B2, 에프린 수용체 A2(EPHa2), 에스트로겐 수용체, Fc 수용체 유사 5(FCRL5; 또한 FC 수용체 상동물 5 또는 FCRH5로 공지), 태아 아세틸콜린 수용체(태아 AchR), 엽산 결합 단백질(folate binding protein, FBP), 엽산 수용체 알파, 강글리오사이드 GD2, O-아세틸화 GD2(OGD2), 강글리오사이드 GD3, 당단백질 100(gp100), 글리피칸-3(GPC3), G 단백질 결합 수용체 5D(GPRC5D), Her2/neu(수용체 티로신 키나제 erb-B2), Her3(erb-B3), Her4(erb-B4), erbB 2량체, 인간 고분자량 흑색종 관련 항원(Human high molecular weight-melanoma-associated antigen, HMW-MAA), B형 간염 표면 항원, 인간 백혈구 항원 A1(HLA-A1), 인간 백혈구 항원 A2(HLA-A2), IL-22 수용체 알파(IL-22Rα), IL-13 수용체 알파 2(IL-13Rα2), 키나제 삽입 도메인 수용체(kinase insert domain receptor, kdr), 카파 경쇄, L1 세포 부착 분자(L1-CAM), L1-CAM의 CE7 에피토프, 8 패밀리 멤버 A를 함유하는 루신 리치 반복(LRRC8A), 루이스 Y, 흑색종 관련 항원(MAGE)-A1, MAGE-A3, MAGE-A6, MAGE-A10, 메소텔린(MSLN), c-Met, 뮤린 시토메갈로 바이러스(CMV), 뮤신 1(MUC1), MUC16, 천연 킬러 2 군 D 멤버(NKG2D) 리간드, 멜란 A(MART-1), 신경 세포 부착 분자(neural cell adhesion molecule, NCAM), 종양태아성 항원, 흑색종 우선 발현 항원(PRAME), 프로게스트론 수용체, 전립선 특이적 항원, 전립선 줄기 세포 항원(prostate stem cell antigen, PSCA), 전립선 특이적 막 항원(prostate specific membrane antigen, PSMA), 수용체 티로신 키나제 유사 고아 수용체 1(ROR1), 서바이빈(survivin), 영양막 당단백질(TPBG, 또한 5T4로 공지), 종양 관련 당단백질 72(TAG72), 티로시나제 관련 단백질 1(TRP1, 또한 TYRP1 또는 gp75로 공지), 티로시나제 관련 단백질 2(TRP2, 또한 도파크롬 타우토머라제, 도파크롬 델타 이성화 효소 또는 DCT로 공지), 혈관 내피 성장 인자 수용체(vascular endothelial growth factor receptor, VEGFR), 혈관 내피 성장 인자 수용체 2(VEGFR2), 빌름스 종양 1(Wilms Tumor 1, WT-1) 중에서 선택되는 것인, 방법.
  28. 제 1 항 내지 제 26 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 항원은 B 세포 악성 종양과 연관되고,
    선택적으로 여기서 상기 항원은 인간 B 세포 상에 발현되며,
    선택적으로 여기서 상기 항원은 CD20, CD19, CD22, ROR1, CD45, CD21, CD5, CD33, Ig카파, Ig람다, CD79a, CD79b 또는 CD30인 것인, 방법.
  29. 제 1 항 내지 제 29 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 항원은 CD19인 것인, 방법.
  30. 제 23 항 내지 제 29 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 CAR은, 상기 항원에 결합하는 세포 외 항원 결합 도메인, 막관통 도메인 및 CD3-제타(CD3ζ) 사슬의 세포 내 신호 전달 도메인 및 공자극 신호 전달 도메인을 포함하는 세포 내 신호 전달 영역을 포함하는 것인, 방법.
  31. 제 30 항에 있어서,
    상기 공자극 신호 전달 영역은 4-1BB의 신호 전달 도메인을 포함하는 것인, 방법.
  32. 제 31 항에 있어서,
    상기 공자극 신호 전달 영역은 CD28의 신호 전달 도메인을 포함하는 것인, 방법.
  33. 제 1 항 내지 제 32 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 방법은, 상기 세포 독성 요법의 투여 전에 림프구 고갈 제제 또는 요법을 상기 대상체에 투여하는 것을 포함하는 것인, 방법.
  34. 제 33 항에 있어서,
    상기 림프구 고갈 요법은 상기 세포 독성 요법의 투여 개시 전 2 내지 7 일에 완료되는 것인, 방법.
  35. 제 33 항 또는 제 34 항에 있어서,
    상기 림프구 고갈 요법은 플루다라빈 및/또는 사이클로포스파미드의 투여를 포함하는 것인, 방법.
  36. 제 33 항 내지 제 35 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 림프구 고갈 요법은 2-4 일 동안, 선택적으로 3 일 동안 매일, 약 200-400 mg/m2(수치 포함), 선택적으로 (약) 300 mg/m2의 사이클로포스파미드 및/또는 약 20-40 mg/m2, 선택적으로 30 mg/m2의 플루다라빈을 투여하는 것을 포함하거나; 또는 상기 림프구 고갈 요법은 약 500 mg/m2의 사이클로포스파미드의 투여를 포함하는 것인, 방법.
  37. 제 32 항 내지 제 36 항 중 어느 한 항에 있어서,
    여기서:
    상기 림프구 고갈 요법은 (약) 300 mg/m2의 사이클로포스파미드 및 약 30 mg/m2의 플루다라빈을 3 일 동안 매일 투여하는 것을 포함하고/거나;
    상기 림프구 고갈 요법은 (약) 500 mg/m2의 사이클로포스파미드 및 약 30 mg/m2의 플루다라빈을 3 일 동안 매일 투여하는 것을 포함하는 것인, 방법.
  38. 제 1 항 내지 제 37 항 중 어느 한 항에 있어서,
    여기서:
    상기 억제제의 상기 투약 방식은 상기 억제제의 하위 치료량을 포함하고/거나;
    상기 억제제의 상기 투약 방식은, 상기 세포 독성 요법과 병용 투여 부재 시 단일 요법으로 투여될 경우 상기 대상체의 종양 부담을 감소시키기에 충분하지 않거나 10% 미만으로 종양 부담을 감소시키고/거나;
    상기 억제제의 상기 투약 방식은, 상기 세포 독성 요법과 병용 투여 부재 시 단일 요법으로 투여될 경우 유사하게 치료된 대상체 군에서 완전 또는 부분 반응을 초래하지 않거나 상기 대상체의 10% 이내로 상기 반응을 초래하는 것인, 방법.
  39. 제 1 항 내지 제 38 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 억제제의 상기 투약 방식은 매일 1회 투약을 포함하는 것인, 방법.
  40. 제 39 항에 있어서,
    상기 매일 1회 용량은 (약) 20 mg 내지 400 mg(수치 포함)인 것인, 방법.
  41. 제 39 항 또는 제 40 항에 있어서,
    상기 매일 1회 용량은 (약) 20 mg 내지 (약) 200 mg(수치 포함)인 것인, 방법.
  42. 제 39 항 내지 제 41 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 매일 1회 용량은 (약) 50 mg 내지 (약) 100 mg(수치 포함)의 억제제의 양인 것인, 방법.
  43. 제 39 항 내지 제 42 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 매일 1회 용량은 (약) 50 mg인 것인, 방법.
  44. 제 39 항 내지 제 43 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 매일 1회 용량은 (약) 100 mg인 것인, 방법.
  45. 제 39 항 내지 제 41 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 매일 1회 용량은 (약) 200 mg인 것인, 방법.
  46. 제 39 항 또는 제 45 항에 있어서,
    상기 매일 1회 용량은 (약) 400 mg인 것인, 방법.
  47. 제 1 항 내지 제 46 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 억제제의 상기 투약 방식의 투여 전에, 상기 대상체는 친생존 Bcl-2 패밀리 단백질의 억제제로 이전에 치료된 적이 있고,
    선택적으로 여기서 상기 대상체는 베네토클락스로 이전에 치료된 적이 있는 것인, 방법.
  48. 제 47 항에 있어서,
    상기 억제제로의 상기 사전 치료는, 상기 대상체 유래 자가 조직 세포의 수집과 상기 세포 독성 요법의 투여 전 가교 요법으로 상기 대상체에 림프구 고갈 요법을 투여하기 전 사이의 시기에 투여되며,
    선택적으로 여기서 상기 수집은 성분 채집술(apheresis) 또는 백혈구 성분 채집술(leukapheresis)에 의한 것인, 방법.
  49. 제 48 항에 있어서,
    상기 억제제로의 상기 사전 치료는 용량 증량 일정(dose-ramp up schedule)으로 투여되고,
    여기서 상기 용량 증량 일정은 점증하는 용량의 상기 억제제의 투여를 포함하는 것인, 방법.
  50. 제 48 항 또는 제 49 항에 있어서,
    상기 억제제가, 매일 100 mg의 최대 용량에 도달할 때까지 점증하는 용량으로 상기 대상체에 투여되는 것인, 방법.
  51. 제 48 항 내지 제 50 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 점증하는 용량은 하루에 약 20 mg의 제1 용량, 하루에 약 50 mg의 제2 용량 및 하루에 약 100 mg의 제3 용량을 포함하는 것인, 방법.
  52. 제 48 항 내지 제 51 항 중 어느 한 항에 있어서,
    각각의 점증 용량은 1 주일 동안 매일 1 회 투여되고/거나, 마지막 점증 용량은 상기 가교 요법의 종료까지 또는 1 주일 동안 매일 1 회 투여되는 것인, 방법.
  53. 제 48 항 내지 제 52 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 억제제로의 상기 사전 치료는 상기 림프구 고갈 요법의 투여 전 1 일 이상에 중단되는 것인, 방법.
  54. 제 48 항 내지 제 53 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 억제제로의 상기 사전 치료는:
    상기 림프구 고갈 요법의 투여 전 (약) 3 일 이상 동안 또는 (약) 4 일 이상 동안;
    상기 대상체의 혈류 내 상기 억제제의 농도가 약 3 반감기 또는 약 4 반감기로 감소될 때까지 최소한의 시간 동안; 또는
    상기 억제제가 상기 대상체의 혈류에서 제거될 때까지 최소한의 시간 동안;
    중단되는 것인, 방법.
  55. 제 1 항 내지 제 54 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 억제제는, BCL2, BCLXL, BCLW, BCLB, MCL1 및 이의 조합물들로 구성된 군 중에서 선택된 하나 이상의 친생존 BCL2 패밀리 단백질을 억제하는 것인, 방법.
  56. 제 1 항 내지 제 55 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 하나 이상의 친생존 BCL2 패밀리 단백질은 BCL2, BCLXL 및/또는 BCLW인 것인, 방법.
  57. 제 1 항 내지 제 56 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 억제제는 베네토클락스(venetoclax), 나비토클락스(navitoclax), ABT737, 마리토클락스(maritoclax), 오바토클락스(obatoclax) 및 클리토신(clitocine)으로 구성된 군 중에서 선택되는 것인, 방법.
  58. 제 1 항 내지 제 56 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 억제제는 베네토클락스인 것인, 방법.
  59. 제 1 항 내지 제 58 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 암은 혈액암인 것인, 방법.
  60. 제 1 항 내지 제 59 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 암은 B 세포 악성 종양인 것인, 방법.
  61. 제 1 항 내지 제 60 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 암은 골수종, 백혈병 또는 림프종인 것인, 방법.
  62. 제 1 항 내지 제 61 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 암은 급성 림프아구성 백혈병(acute lymphoblastic leukemia, ALL), 성인 ALL, 만성 림프아구성 백혈병(chronic lymphoblastic leukemia, CLL), 작은 림프구성 림프종(small lymphocytic lymphoma, SLL), 비호지킨 림프종(non-Hodgkin lymphoma, NHL), 거대 B 세포 림프종인 것인, 방법.
  63. 제 1 항 내지 제 62 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 암은 만성 림프구성 백혈병(chronic lymphocytic leukemia, CLL)인 것인, 방법.
  64. 제 1 항 내지 제 62 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 암은 작은 림프구성 림프종(SLL)인 것인, 방법.
  65. 제 1 항 내지 제 62 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 암은 비호지킨 림프종(NHL)이고,
    선택적으로 여기서 상기 NHL은 미만성 거대 B 세포 림프종인 것인, 방법.
  66. 제 1 항 내제 제 65 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 대상체는 암을 치료하기 위한 하나 이상의 선행 요법을 이용한 치료로 치료 후 완화 후에 재발했거나, 이에 대해 난치성이 되었거나, 이에 대해 실패했고/거나 이에 대한 과민증이 있었던 것인, 방법.
  67. 제 1 항 내지 제 66 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 암은, 상기 억제제에 의해 표적화되는 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 과발현을 나타내는 것인, 방법.
  68. 제 1 항 내지 제 67 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 억제제의 상기 투약 방식은, 상기 세포 독성 요법의 투여 개시 후 선택적으로 3 개월 이상의 기간 동안 매일 1회 상기 억제제의 투여를 포함하는 것인, 방법.
  69. 제 68 항에 있어서,
    상기 방법은, 상기 기간의 종료 시, 선택적으로 (약) 3 개월에, 상기 대상체가 임상적 완화를 나타내지 않을 경우, 상기 억제제의 상기 투약 방식의 지속적인 투여를 더 포함하며, 선택적으로 여기서 상기 대상체는 부분 반응(partial response, PR) 또는 안정적인 질병(stable disease, SD)을 나타내거나 또는 10-4 이상의 최소 잔류 질병(minimal residual disease, MRD)을 갖는 것인, 방법.
  70. 제 68 항에 있어서,
    상기 투약 방식 중 상기 억제제의 투여가, 상기 대상체가 임상적 완화를 나타낼 경우 상기 기간의 종료 시, 선택적으로 (약) 3 개월에 중단되는 것인, 방법.
  71. 제 1 항 내지 제 70 항 중 어느 한 항에 있어서,
    여기서:
    상기 방법은 상기 억제제의 투여를 수반하지 않는 방법과 비교하여 상기 세포 독성 요법의 세포 독성 활성을 증가시키고/거나;
    상기 방법은, 상기 억제제의 투여를 수반하지 않는 방법과 비교하여 선택적으로 페르포린- 및/또는 그랜자임-매개 세포 자멸사를 통해 하나 이상의 상기 암세포의 세포 용해 사멸을 증가시키는 것인, 방법.
  72. 제 1 항 내지 제 71 항 중 어느 한 항에 있어서,
    여기서:
    상기 방법에 따라 치료된 35% 이상, 40% 이상 또는 50% 이상의 상기 대상체가 6 개월 또는 6 개월 초과 또는 9 개월 또는 9 개월 초과 동안 지속되거나 또는 CR을 달성한 대상체 중 60, 70, 80, 90, 또는 95 % 이상에서 지속되는 완전 반응(complete response, CR)을 달성하고/거나;
    여기서 6 개월까지 CR을 달성한 대상체 중 60, 70, 80, 90, 또는 95 % 이상이, 3 개월 또는 3 개월 초과 및/또는 6 개월 또는 6 개월 초과 및/또는 9 개월 초과 동안 반응에 머무르거나 CR에 머무르고/거나 생존 또는 무진행 생존하고/거나;
    상기 방법에 따라 치료된 50% 이상, 60% 이상 또는 70% 이상의 상기 대상체가 객관적인 반응(objective response, OR)을 달성하고, 선택적으로 여기서 OR은 6 개월 또는 6 개월 초과 또는 9 개월 또는 9 개월 초과 동안 지속되거나, OR을 달성한 대상체 중 60, 70, 80, 90, 또는 95 % 이상에서 지속되고/거나;
    여기서 6 개월까지 OR을 달성한 대상체 중 60, 70, 80, 90, 또는 95 % 이상이 3 개월 또는 3 개월 초과 및/또는 6 개월 또는 6 개월 초과 동안 반응에 머무르거나 생존을 유지하는 것인, 방법.
  73. 제 1 항 내지 제 72 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 대상체는 인간인 것인, 방법.
  74. 세포 독성 요법으로 치료하는 방법으로서,
    상기 방법은:
    (a) 암을 앓거나 앓는 것으로 의심되는 대상체 유래 생물학적 샘플 내 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양을 평가하는 단계 - 여기서 상기 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양은 상기 하나 이상의 친생존 유전자에 의해 암호화된 단백질 또는 폴리뉴클레오티드의 수준 또는 양임 - ;
    (b) 상기 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양이 유전자 기준 값 미만인 경우 세포 독성 요법으로 치료하기 위해 상기 대상체를 선택하는 단계 - 여기서 상기 세포 독성 요법은 T 세포를 포함하거나 이로 농축된 T 세포 요법이고, 상기 암 세포와 연관된, 이에 의해 발현된 또는 이의 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합함 - ; 및
    (c) 상기 세포 독성 요법을 상기 선택된 환자에 투여하는 단계;
    를 포함하는, 방법.
  75. 제 74 항에 있어서,
    상기 친생존 유전자의 억제제가 상기 세포 독성 요법의 투여 개시 또는 후에 상기 대상체에 투여되지 않고, 선택적으로 상기 세포 독성 요법의 투여 후 7 일, 14 일 또는 28 일 이내에 투여되지 않는 것인, 방법.
  76. 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제를 투여하기 위해 암을 앓는 대상체를 선택하는 방법으로서,
    상기 방법은:
    (a) 암을 앓거나 앓는 것으로 의심되는 대상체 유래 생물학적 샘플 내 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양을 평가하는 단계 - 여기서 상기 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양이 상기 하나 이상의 친생존 유전자에 의해 암호화된 단백질 또는 폴리뉴클레오티드의 수준 또는 양이고, 여기서 상기 대상체가, T 세포를 포함하거나 이로 농축된 T 세포 요법이고 상기 암 세포와 연관된, 상기 암세포에 의해 발현되는 또는 상기 암세포의 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합하는, 세포 독성 요법의 투여를 받을 수 있으며, 여기서 상기 생물학적 샘플이 상기 세포 독성 요법의 투여 전에 상기 대상체에서 수득됨 - ; 및
    (b) 상기 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양이 유전자 기준 값 이상인 경우 친생존 BCL2 패밀리 단백질의 억제제로 치료하기 위해 상기 대상체를 선택하는 단계;
    를 포함하는, 방법.
  77. 제 76 항에 있어서,
    상기 세포 독성 요법과 병용으로 상기 억제제를 상기 선택된 대상체에 투여하는 것을 더 포함하는, 방법.
  78. 세포 독성 요법으로의 치료에 대해 내성이 있을 것으로 예상되는 암을 앓는 대상체를 식별하는 방법으로서,
    상기 방법은:
    (a) 상기 대상체 유래 생물학적 샘플 내 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양을 평가하는 단계 - 여기서 상기 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양이 상기 하나 이상의 친생존 유전자에 의해 암호화된 단백질 및 폴리뉴클레오티드의 수준 또는 양이고, 여기서 상기 대상체는 세포 독성 요법 용량의 투여를 위한 후보이며, 여기서 상기 세포 독성 요법은 T 세포를 포함하거나 이로 농축된 T 세포 요법이고, 상기 암 세포와 연관된, 상기 암세포에 의해 발현되는 또는 상기 암세포의 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합하며, 여기서 상기 생물학적 샘플이 상기 세포 독성 요법의 투여 전에 상기 대상체에서 수득됨 - ; 및
    (b) 상기 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양이 유전자 기준 값 이상인 경우 상기 세포 독성 요법으로의 치료에 대해 내성이 있을 것으로 예상되는 암을 앓는 것으로 상기 대상체를 식별하는 단계;
    를 포함하는, 방법.
  79. 제 78 항에 있어서,
    상기 대상체가 상기 세포 독성 요법으로의 치료에 대해 내성이 있을 것으로 예상되는 암을 앓는 것으로 식별된 경우, 상기 식별된 대상체에 대해 대안적인 치료를 투여하는 것을 더 포함하고,
    여기서 상기 대안적인 치료는: 상기 세포 독성 요법 및 상기 세포 독성 요법의 활성을 조절 또는 증가시키는 추가 제제를 포함하는 병용 치료; 증가된 용량의 상기 세포 독성 요법; 및/또는 화학 치료제; 중에서 선택되는 것인, 방법.
  80. 제 79 항에 있어서,
    상기 대안적인 치료는 상기 세포 독성 요법 및 상기 T 세포 요법의 활성을 조절 또는 증가시키는 추가 제제를 포함하는 병용 치료이고,
    선택적으로 여기서 상기 추가 제제는, 면역 체크포인트 억제제, 대사 경로의 조절제, 아데노신 수용체 길항제, 키나제 억제제, 항-TGFβ 항체 또는 항-TGFβR 항체, 사이토카인 또는 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제인 것인, 방법.
  81. 제 79 항 또는 제 80 항에 있어서,
    상기 대안적인 치료는 상기 세포 독성 요법 및 친생존 BCL2 패밀리 단백질 억제제를 포함하는 병용 치료인 것인, 방법.
  82. 제 81 항에 있어서,
    상기 세포 독성 요법과 병용으로 상기 억제제를 상기 선택된 대상체에 투여하는 것을 더 포함하는 것인, 방법.
  83. 제 74 항 내지 제 82 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 유전자 기준 값은, (a) 상기 암을 앓지 않는 대상체 집단 또는 (b) 상기 암을 앓고 상기 세포 독성 요법의 투여를 받은 대상체 집단 - 상기 요법의 투여 후에 부분 반응(PR) 또는 완전 반응(CR)을 계속 나타냄 - 에서 상기 하나 이상의 친생존 유전자의 평균 수준 또는 양의 25% 이내, 20% 이내, 15% 이내, 10% 이내 또는 5% 이내인 것인, 방법.
  84. 제 83 항에 있어서,
    상기 암을 앓는 상기 대상체 집단은, 상기 세포 독성 요법의 투여 후에 최소한 1 개월, 2 개월, 3 개월, 4 개월, 5 개월, 6 개월, 7 개월, 8 개월, 9 개월 이상 PR 또는 CR을 계속 나타냈던 것인, 방법.
  85. 제 74 항 내지 제 84 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양이, 림프구 고갈 요법이 상기 대상체에 투여되기 전, 선택적으로 상기 림프구 고갈 요법이 상기 대상체에 투여되기 7 일 전, 6 일 전, 5 일 전, 4 일 전, 3 일 전, 2 일 전, 1 일 전, 16 시간 전, 12 시간 전, 6 시간 전, 2 시간 전 또는 1 시간 전 이내에 상기 생물학적 샘플에서 평가되는 것인, 방법.
  86. 세포 독성 요법에 대해 암을 앓는 대상체의 반응성을 결정하는 방법으로서,
    여기서 상기 세포 독성 요법은 T 세포를 포함하거나 이로 농축된 T 세포 요법이고, 상기 암 세포와 연관된, 상기 암세포에 의해 발현되는 또는 상기 암세포의 상에 존재하는 항원에 특이적으로 결합하며, 상기 방법은:
    (a) 상기 대상체 유래 생물학적 샘플 내 하나 이상의 친생존 유전자의 발현 수준 또는 양을 평가하는 단계 - 여기서 상기 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양이 상기 하나 이상의 친생존 유전자에 의해 암호화된 단백질 또는 폴리뉴클레오티드의 수준 또는 양이고, 여기서 상기 생물학적 샘플은, 상기 세포 독성 요법이 상기 대상체에 투여되기 전 첫번째로 상기 대상체에서 수득되며, 여기서 상기 대상체는 상기 세포 독성 요법으로 치료받을 예정임 - ;
    (b) 상기 대상체에 상기 세포 독성 요법의 투여 후 두번째로 상기 대상체 유래 생물학적 샘플에서 상기 하나 이상의 친생존 유전자의 발현 수준 또는 양을 평가하는 단계 - 여기서 상기 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양이 상기 하나 이상의 친생존 유전자에 의해 암호화된 단백질 및/또는 폴리뉴클레오티드의 수준 또는 양이고, 여기서 상기 생물학적 샘플은 상기 세포 독성 요법이 상기 대상체에 투여된 후 두번째로 수득되며, 여기서 상기 대상체에 (b) 단계의 평가 전에 상기 세포 독성 요법이 투여되었음 - ; 및
    (c) 두번째의 상기 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양이 첫번째의 상기 하나 이상의 친생존 유전자의 수준 또는 양보다 더 적은 경우 상기 대상체가 상기 요법에 대해 반응성인 것으로 결정하는 단계;를
    포함하는 것인, 방법.
  87. 제 86 항에 있어서,
    (b) 단계 평가 전에 상기 세포 독성 요법을 상기 대상체에 투여하는 것을 더 포함하는 것인, 방법.
  88. 제 86 항 또는 제 87 항에 있어서,
    상기 생물학적 샘플은, 림프구 고갈 요법이 상기 대상체에 투여되기 전 시기에, 선택적으로 상기 림프구 고갈 요법이 상기 대상체에 투여되기 7 일 전, 6 일 전, 5 일 전, 4 일 전, 3 일 전, 2 일 전, 1 일 전, 16 시간 전, 12 시간 전, 6 시간 전, 2 시간 전 또는 1 시간 전 이내에 상기 대상체에서 수득되는 것인, 방법.
  89. 제 74 항 내지 제 88 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 하나 이상의 친생존 유전자는: myc 패밀리 유전자, p53 및 EZH2(zeste homolog 2)의 인핸서 중에서 선택되는 것인, 방법.
  90. 제 89 항에 있어서,
    상기 하나 이상의 친생존 유전자는 myc 패밀리 유전자이거나 이를 포함하는 것인, 방법.
  91. 제 90 항에 있어서,
    상기 myc 패밀리 유전자는 c-myc, l-myc, 및 n-myc 중 하나 이상을 포함하는 것인, 방법.
  92. 제 89 항에 있어서,
    상기 하나 이상의 친생존 유전자는 p53이거나 이를 포함하는 것인, 방법.
  93. 제 89 항에 있어서,
    상기 하나 이상의 친생존 유전자는 EZH2이거나 이를 포함하는 것인, 방법.
  94. 제 74 항 내지 제 93 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 세포 독성 요법은 상기 대상체에 대해 자가 조직인 세포를 포함하는 것인, 방법.
  95. 제 74 항 내지 제 94 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 세포 독성 요법은, 종양 침윤성 림프구(TIL) 요법, 전이 유전자 TCR 요법 및 키메라 항원 수용체(CAR)-발현 세포 요법으로 구성된 군에서 선택되는 것인, 방법.
  96. 제 74 항 내지 제 95 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 세포 독성 요법은 상기 항원에 특이적으로 결합하는 재조합 수용체를 발현하는 세포의 용량을 포함하는 것인, 방법.
  97. 제 74 항 내지 제 96 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 세포 독성 요법은 CD3+, CD4+, CD8+, 또는 CD4+ 및 CD8+ T 세포를 포함하거나 이로 농축된 것인, 방법.
  98. 제 74 항 내지 제 97 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 세포 독성 요법은 CD4+ 및 CD8+ T 세포를 포함하거나 이로 농축된 것인, 방법.
  99. 제 98 항에 있어서,
    상기 세포 독성 요법의 상기 CD4+ 및 CD8+ T 세포는, (약) 1:1 또는 약 1:3 내지 약 3:1의, CD4+ 재조합 수용체 발현 T 세포 대 CD8+ CAR 발현 T 세포의 정의된 비율 및/또는 CD4+ 재조합 발현 T 세포 대 CD8+ CAR 발현 T 세포의 정의된 비율을 포함하는 것인, 방법.
  100. 제 96 항 내지 제 99 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 재조합 수용체는 T 세포 수용체(TCR)이거나 기능성 비-T 세포 수용체인 것인, 방법.
  101. 제 96 항 내지 제 100 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 재조합 수용체는 키메라 항원 수용체(CAR)인 것인, 방법.
  102. 제 101 항에 있어서,
    상기 CAR은, 상기 항원에 결합하는 세포 외 항원 결합 도메인, 막관통 도메인 및 CD3-제타(CD3ζ) 사슬의 세포 내 신호 전달 도메인 및 공자극 신호 전달 도메인을 포함하는 세포 내 신호 전달 영역을 포함하는 것인, 방법.
  103. 제 102 항에 있어서,
    상기 공자극 신호 전달 영역은 4-1BB의 신호 전달 도메인을 포함하는 것인, 방법.
  104. 제 103 항에 있어서,
    상기 공자극 영역은 CD28의 신호 전달 도메인을 포함하는 것인, 방법.
  105. 제 77 항, 제 82 항 내지 제 85 항 및 제 89 항 내지 제 104 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 억제제가 제 1 항 내지 제 73 항 중 어느 한 항의 방법과 부합되게 상기 세포 독성 요법과 병용으로 투여되는 것인, 방법.
  106. 제 75 항 내지 제 105 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 친생존 유전자의 억제제는 BCL2 패밀리 단백질 억제제이고,
    여기서 상기 억제제는 BCL2, BCLXL, BCLW, BCLB, MCL1 및 이의 조합물들로 구성된 군 중에서 선택된 하나 이상의 친생존 BCL2 패밀리 단백질을 억제하는 것인, 방법.
  107. 제 106 항에 있어서,
    상기 하나 이상의 친생존 BCL2 패밀리 단백질은 BCL2, BCLXL 및/또는 BCLW인 것인, 방법.
  108. 제 106 항 또는 제 107 항에 있어서,
    상기 억제제는 베네토클락스(venetoclax), 나비토클락스(navitoclax), ABT737, 마리토클락스(maritoclax), 오바토클락스(obatoclax) 및 클리토신(clitocine)으로 구성된 군 중에서 선택되는 것인, 방법.
  109. 제 75 항 내지 제 108 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 억제제는 베네토클락스인 것인, 방법.
  110. 제 74 항 내지 제 109 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 암은 혈액암인 것인, 방법.
  111. 제 74 항 내지 제 110 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 암은 B 세포 악성 종양인 것인, 방법.
  112. 제 74 항 내지 제 111 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 암은 골수종, 백혈병 또는 림프종인 것인, 방법.
  113. 제 74 항 내지 제 112 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 암은 급성 림프아구성 백혈병(ALL), 성인 ALL, 만성 림프아구성 백혈병(CLL), 작은 림프구성 림프종(SLL), 비호지킨 림프종(NHL), 거대 B 세포 림프종인 것인, 방법.
  114. 제 74 항 내지 제 113 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 암은 만성 림프구성 백혈병(CLL)인 것인, 방법.
  115. 제 74 항 내지 제 113 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 암은 작은 림프구성 림프종(SLL)인 것인, 방법.
  116. 제 74 항 내지 제 113 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 암은 비호지킨 림프종(NHL)이고,
    선택적으로 여기서 상기 NHL은 미만성 거대 B 세포 림프종(diffuse large B-cell lymphoma, DLBCL)인 것인, 방법.
  117. 제 74 항 내제 제 116 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 대상체는 상기 암을 치료하기 위한 하나 이상의 선행 요법을 이용한 치료로 치료 후 완화 후에 재발했거나, 이에 대해 난치성이 되었거나, 이에 대해 실패했고/거나 이에 대한 과민증이 있었던 것인, 방법.
  118. 제 74 항 내지 제 117 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 생물학적 샘플은 종양 생검, 선택적으로 림프절 생검인 것인, 방법.
  119. 제 74 항 내지 제 118 항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 대상체는 인간인 것인, 방법.
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