JP2022537581A - Ｐｐｍ１阻害剤およびその使用方法 - Google Patents

Ｐｐｍ１阻害剤およびその使用方法 Download PDF

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Abstract

ＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド配列を含む、ＰＰＭ１Ａの阻害剤、ならびにＴＢＫ１の活性または発現減少と関連する神経学的疾患、例えば筋萎縮性側索硬化症および前頭側頭型認知症等を処置するための方法が、本明細書に開示される。神経学的疾患を処置するのに、および開示されるＰＰＭ１Ａ阻害剤、例えばＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチドを含有する医薬を製造するのに有用な、ＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチドを含むＰＰＭ１Ａ阻害剤を含有する医薬組成物（神経学的疾患を処置する際に使用される）も開示される。【選択図】図１１

Description

関連出願の相互参照
本出願は、２０１９年６月２１日出願の米国仮特許出願第６２／８６４、９８８号；および２０１９年７月８日出願の米国仮特許出願第６２／８７１、３５６号の利益および優先権を主張し、そのそれぞれの全開示は、目的の如何を問わず、本明細書により参考としてそのまま組み込まれる。
配列リスト
本出願は、ＡＳＣＩＩフォーマットで電子的に提出され、そして本明細書により参考としてそのまま組み込まれている配列リストを含有する。２０２０年６月１７作成の前記ＡＳＣＩＩのコピーは、ＱＲＬ－００１ＷＯ＿Ｌ．ｔｘｔと命名され、そのサイズは８２１，９３２バイトである。
運動ニューロン疾患は、運動ニューロン（脳による筋肉の随意運動を司るニューロン）の変性および死を引き起こす神経学的疾患の１クラスである。運動ニューロン疾患は、散発性または遺伝性であり得るが、また上位運動ニューロンおよび／または下位運動ニューロンに影響を及ぼすおそれがある。運動ニューロン疾患として、筋萎縮性側索硬化症、進行性球麻痺、仮性球麻痺、原発性側索硬化症、進行性筋萎縮症、脊髄性筋萎縮症、およびポストポリオ症候群が挙げられる。
筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）は、アメリカ合衆国において約１５、０００人が罹患している運動ニューロン疾患の１群である。ＡＬＳは、上位および下位運動ニューロンの変性および死により特徴づけられ、随意筋のコントロール喪失を引き起こす。運動ニューロン死は筋の攣縮および萎縮を伴う。ＡＬＳの初期症状として、有痛性筋攣縮、筋痙縮、筋力低下（例えば、腕、脚、頸部、または横隔膜に影響を及ぼす）、不明瞭な鼻声、および咀嚼または嚥下困難が挙げられる。発話、摂食、および呼吸に必要な運動上の強度およびコントロールの喪失が最終的に生ずる。疾患進行には、体重減少、栄養不良、不安、鬱病が付随する可能性があり、肺炎、有痛性筋攣縮、ニューロパシー、およびおそらくは認知症のリスクが高まる。ＡＬＳと診断されたほとんどの個体は、症状が最初に現れたときから５年以内に呼吸不全により死亡する。現在のところ、ＡＬＳに対する有効な処置法は存在しない。
ＡＬＳはあらゆる年齢の個体において生ずるが、しかし５５～７５歳の個体において最も一般的であり、男性の発病率の方が若干高い。ＡＬＳは、散発性または家族性として特徴づけることができる。散発性ＡＬＳは、ランダムに生ずるようにみえ、またＡＬＳの全発病の９０％超を占める。家族性ＡＬＳは、ＡＬＳの全発病の５～１０％を占める。十数を超える多くの遺伝子に認められる遺伝子突然変異が家族性ＡＬＳと関連しており、それには９番染色体オープンリーディングフレーム７２（「Ｃ９ＯＲＦ７２」）における突然変異（家族性ＡＬＳ症例の２５～４０％を占める）や、銅－亜鉛スーパーオキシドジスムターゼ１（「ＳＯＤ１」）（家族性ＡＬＳ症例の１２～２０％を占める）における突然変異が含まれる。
興味深いことに、いくつかのＡＬＳ関連遺伝子、例えばＴＢＫ１、ＴＡＲＤＢＰ、ＳＱＳＴＭ１、ＶＣＰ、ＦＵＳ、ＣＨＣＨＤ１０、およびＣ９ＯＲＦ７２等における突然変異は、前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）およびＦＴＤを伴うＡＬＳにも関連する。ＦＴＤとは、脳の前頭葉および側頭葉においてニューロンが失われることにより引き起こされる進行性神経変性疾患のスペクトルを指す。ＦＴＤは、行動および人格の変化、ならびに言語機能障害により特徴づけられる。ＦＴＤの形態として、行動障害型ＦＴＤ（ｂｖＦＴＤ）、意味型原発性進行性失語症（ｓｖＰＰＡ）、および非流暢型原発性進行性失語症（ｎｆｖＰＰＡ）が挙げられる。ＦＴＤを伴うＡＬＳは、ＡＬＳの症状、例えば筋力低下、萎縮、線維束性収縮、痙縮、唖（構音障害）、および嚥下困難（嚥下障害）等と共に、ＦＴＤと関連する症状により特徴づけられる。個体はＦＴＤにより５～１０年以内に通常死亡する一方、ＦＴＤを伴うＡＬＳは、疾患症状が最初に現れてから２～３年以内に多くの場合死を引き起こす。
ＡＬＳと同様に、ＦＴＤまたはＦＴＤを伴うＡＬＳに対する治療法は知られておらず、疾患の進行を予防しまたは遅延させる処置法も知られていない。
したがって、神経学的疾患、例えば筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）、ＦＴＤを伴うＡＬＳ、アルツハイマー病（ＡＤ）、パーキンソン病（ＰＤ）、ハンチントン病、腕神経叢損傷、末梢神経損傷、進行性核上性麻痺（ＰＳＰ）、頭部外傷、脊髄損傷、皮質基底核変性症（ＣＢＤ）等、および／またはニューロパシー、例えば化学療法誘発性のニューロパシー等、脊髄小脳失調症（ＳＣＡ）、ニーマン・ピック病Ｃ型（ＮＰＣ）、シャルコー・マリー・トゥース病（ＣＭＴ）、ムコ多糖症ＩＩ型（ＭＰＳＩＩＡ）、ムコリピドーシスＩＶ、ＧＭ１ガングリオシド蓄積症、孤発性封入体筋炎（ｓＩＢＭ）、へノッホ・シェーンライン紫斑病（ＨＳＰ）、およびゴーシェ病を、予防、改善、および処置することができる化合物を特定する、という喫緊の必要性が存在する。
プロテインホスファターゼ１Ａ（ＰＰＭ１Ａ）阻害剤が本明細書に記載される。本出願は、本明細書に記載されるＰＰＭ１Ａ阻害剤は、運動ニューロン疾患を含む神経学的疾患の処置において使用可能であるという驚くべき発見に一部基づく。例えば、本明細書に記載されるＰＰＭ１Ａ阻害剤は、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）、ＦＴＤを伴うＡＬＳ、アルツハイマー病（ＡＤ）、パーキンソン病（ＰＤ）、ハンチントン病、腕神経叢損傷、末梢神経損傷、進行性核上性麻痺（ＰＳＰ）、頭部外傷、脊髄損傷、皮質基底核変性症（ＣＢＤ）、および／またはニューロパシー、例えば化学療法誘発性ニューロパシー等、脊髄小脳失調症（ＳＣＡ）、ニーマン・ピック病Ｃ型（ＮＰＣ）、シャルコー・マリー・トゥース病（ＣＭＴ）、ムコ多糖症ＩＩ型（ＭＰＳＩＩＡ）、ムコリピドーシスＩＶ、ＧＭ１ガングリオシド蓄積症、孤発性封入体筋炎（ｓＩＢＭ）、ヘノッホ・シェーンライン紫斑病（ＨＳＰ）、およびゴーシェ病のいずれについても、それを処置するのに使用可能である。本明細書に記載されるＰＰＭ１Ａ阻害剤は、ＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチドおよびその他のＰＰＭ１Ａアンチセンス治療薬を含む。
配列番号１の少なくともヌクレオチド４１，９３２～ヌクレオチド４２，７８７から、およびヌクレオチド４４，８７４～ヌクレオチド４４，９９０から転写される転写物の等長部分に対して、少なくとも９０％相補的である核酸塩基の配列を有する結合型ヌクレオシドを含むオリゴヌクレオチドを含む化合物であって、結合型ヌクレオシドの少なくとも１つのヌクレオシド結合が非天然結合である、化合物が本明細書に開示される。配列番号１の少なくともヌクレオチド４１，９３２～ヌクレオチド４２，７８７から、およびヌクレオチド４４，８７４～ヌクレオチド４４，９９０から転写される転写物の等長部分に対して、少なくとも９０％相補的である核酸塩基の配列を有する結合型ヌクレオシドを含むオリゴヌクレオチドであって、結合型ヌクレオシドの少なくとも１つのヌクレオシド結合が非天然結合である、オリゴヌクレオチドが本明細書でさらに開示される。様々な実施形態では、配列番号１のヌクレオチド４１，９３２～ヌクレオチド４２，７８７、およびヌクレオチド４４，８７４～ヌクレオチド４４，９９０から転写される転写物は、配列番号２８６４、配列番号２８６５、または配列番号２８６６のうちのいずれかの配列を含む。
配列番号２８６４、配列番号２８６５、もしくは配列番号２８６６、または配列番号２８６４、配列番号２８６５、もしくは配列番号２８６６の連続１５～５０個の核酸塩基の部分に対して、少なくとも９０％の同一性を共有する転写物の等長部分に対して、少なくとも９０％相補的である核酸塩基の配列を有する結合型ヌクレオシドを含むオリゴヌクレオチドを含む化合物であって、結合型ヌクレオシドの少なくとも１つのヌクレオシド結合が非天然結合である、化合物が本明細書でさらに開示される。配列番号２８６４、配列番号２８６５、もしくは配列番号２８６６、または配列番号２８６４、配列番号２８６５、もしくは配列番号２８６６の連続１５～５０個の核酸塩基の部分に対して、少なくとも９０％の同一性を共有する転写物の等長部分に対して、少なくとも９０％相補的である核酸塩基の配列を有する結合型ヌクレオシドを含むオリゴヌクレオチドであって、結合型ヌクレオシドの少なくとも１つのヌクレオシド結合が非天然結合である、オリゴヌクレオチドが本明細書でさらに開示される。
様々な実施形態では、核酸塩基の配列は、配列番号２～９５５、配列番号１９１０～２８６３、配列番号２８６８～２９１３、および配列番号２９１４～２９５９のいずれか１つの等長部分と少なくとも９０％の同一性を共有する、少なくとも１０個の連続核酸塩基の一部分を含む。様々な実施形態では、核酸塩基の配列は、配列番号２～９５５、配列番号１９１０～２８６３、配列番号２８６８～２９１３、および配列番号２９１４～２９５９のいずれか１つの等長部分と少なくとも９０％の同一性を共有する、少なくとも１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９個、または２０個の連続核酸塩基の一部分を含む。様々な実施形態では、核酸塩基の配列は、配列番号２８６８～２９１３および配列番号２９１４～２９５９のいずれか１つの等長部分と少なくとも９０％の同一性を共有する、少なくとも１０個の連続核酸塩基の一部分を含む。様々な実施形態では、核酸塩基の配列は、配列番号２８６８～２９１３および配列番号２９１４～２９５９のいずれか１つの等長部分と少なくとも９０％の同一性を共有する、少なくとも１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９個、または２０個の連続核酸塩基の一部分を含む。
様々な実施形態では、核酸塩基の配列は、配列番号２８６４の位置４５７～１４１０の任意の１つに含まれる核酸塩基の等長部分に対して少なくとも９０％相補的である、少なくとも１０個の連続核酸塩基の一部分を含む。様々な実施形態では、核酸塩基の配列は、配列番号２８６４の位置４５７～１４１０の任意の１つに含まれる核酸塩基の等長部分に対して少なくとも９０％相補的である、少なくとも１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９個、または２０個の連続核酸塩基の一部分を含む。様々な実施形態では、核酸塩基の配列は、配列番号２８６４の位置５４２～８１４、８９５～１００６、１０２５～１１１７、または１３６１～１４０７のうちの任意の１つに含まれる核酸塩基の等長部分に対して少なくとも９０％相補的である、少なくとも１０個の連続核酸塩基の一部分を含む。様々な実施形態では、核酸塩基の配列は、配列番号２８６４の位置５４２～８１４、８９５～１００６、１０２５～１１１７、または１３６１～１４０７のうちの任意の１つに含まれる核酸塩基の等長部分に対して少なくとも９０％相補的である、少なくとも１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９個、または２０個の連続核酸塩基の一部分を含む。
様々な実施形態では、核酸塩基の配列は、配列番号２８６４の位置５４２～５６１、５５５～５７４、５５９～５７８、５９９～６１８、６０２～６２１、６０３～６２２、６０４～６２３、６０５～６２４、６０６～６２５、６０７～６２６、６０８～６２７、６０９～６２８、６２５～６４４、６４２～６６１、６４４～６６３、６４６～６６５、６４８～６６７、６５０～６６９、６５２～６７１、６５５～６７４、６５６～６７５、７０８～７２７、７０９～７２８、７９４～８１３、７９５～８１４、８９５～９１４、９００～９１９、９０５～９２４、９１０～９２９、９１５～９３４、９６２～９８１、９６７～９８６、９７２～９９１、９７７～９９６、９８７～１００６、１０２５～１０４４、１０３０～１０４９、１０３４～１０５３、１０４０～１０５９、１０４５～１０６４、１０９８～１１１７、１３６１～１３８０、１３６６～１３８５、１３７１～１３９０、１３７８～１３９７、および１３８６～１４０５のうちの任意の１つに含まれる核酸塩基の等長部分に対して少なくとも９０％相補的である、少なくとも１０個の連続核酸塩基の一部分を含む。
様々な実施形態では、核酸塩基の配列は、配列番号２８６４の位置５４２～５６１、５５５～５７４、５５９～５７８、５９９～６１８、６０２～６２１、６０３～６２２、６０４～６２３、６０５～６２４、６０６～６２５、６０７～６２６、６０８～６２７、６０９～６２８、６２５～６４４、６４２～６６１、６４４～６６３、６４６～６６５、６４８～６６７、６５０～６６９、６５２～６７１、６５５～６７４、６５６～６７５、７０８～７２７、７０９～７２８、７９４～８１３、７９５～８１４、８９５～９１４、９００～９１９、９０５～９２４、９１０～９２９、９１５～９３４、９６２～９８１、９６７～９８６、９７２～９９１、９７７～９９６、９８７～１００６、１０２５～１０４４、１０３０～１０４９、１０３４～１０５３、１０４０～１０５９、１０４５～１０６４、１０９８～１１１７、１３６１～１３８０、１３６６～１３８５、１３７１～１３９０、１３７８～１３９７、および１３８６～１４０５のうちの任意の１つに含まれる核酸塩基の等長部分に対して少なくとも９０％相補的である、少なくとも１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個の連続核酸塩基の一部分を含む。
様々な実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、アルキルホスフェート結合、アルキルホスホネート結合、３－メトキシプロピルホスホネート結合、ホスホロジチオエート結合、ホスホトリエステル結合、メチルホスホネート結合、アミノアルキルホスホトリエステル結合、アルキレンホスホネート結合、ホスフィネート結合、ホスホルアミデート結合、ホスホルアミドチエート結合、ホスホロジアミデート（例えば、ホスホロジアミデートモルホリノ（ＰＭＯ）、３’アミノリボース、または５’アミノリボースを含む）結合、アミノアルキルホスホルアミデート結合、チオホスホルアミデート結合、チオノアルキルホスホネート結合、チオノアルキルホスホトリエステル結合、チオホスフェート結合、セレノホスフェート結合、およびボラノホスフェート結合、または任意のその組合せ（複数可）からなる群から選択される少なくとも１つのヌクレオシド結合を含む。
様々な実施形態では、ヌクレオチド配列の少なくとも１つのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合である。様々な実施形態では、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合は、ＲｐコンフィギュレーションまたはＳｐコンフィギュレーションのうちの１つである。様々な実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１つまたは複数のキラル中心および／または二重結合を含む。様々な実施形態では、オリゴヌクレオチドは、幾何異性体、エナンチオマー、およびジアステレオマーから選択される立体異性体として存在する。様々な実施形態では、ヌクレオチド配列のすべてのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合である。
様々な実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの改変型核酸塩基を含む。様々な実施形態では、少なくとも１つの改変型核酸塩基は、５－メチルシトシン、プソイドウリジン、または５－メトキシウリジンである。
様々な実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの改変型糖部分を有するヌクレオシドを含む。様々な実施形態では、改変型糖部分は、２’－ＯＭｅ改変型糖部分、二環式糖部分、２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）（２’ＭＯＥ）、２’－デオキシ－２’－フルオロヌクレオシド、２’－フルオロ－β－Ｄ－アラビノヌクレオシド、ロックド核酸（ＬＮＡ）、拘束エチル２’－４’－架橋型核酸（ｃＥｔ）、Ｓ－ｃＥｔ、ヘキシトール核酸（ＨＮＡ）、および三環系アナログ（例えば、ｔｃＤＮＡ）のうちの１つである。様々な実施形態では、オリゴヌクレオチドは、改変型糖部分を有する、２、３、４、５、６、７、８、９個、または１０個のヌクレオシドを含む。様々な実施形態では、改変型糖部分は、独立して、２’－ＯＭｅ改変型糖部分、二環式糖部分、２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）（２’ＭＯＥ）、２’－デオキシ－２’－フルオロヌクレオシド、２’－フルオロ－β－Ｄ－アラビノヌクレオシド、ロックド核酸（ＬＮＡ）、拘束エチル２’－４’架橋型核酸（ｃＥｔ）、Ｓ－ｃＥｔ、ヘキシトール核酸（ＨＮＡ）、および三環系アナログ（例えば、ｔｃＤＮＡ）のうちの任意の１つである。
様々な実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１０個の２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）（２’ＭＯＥ）ヌクレオシドを含む。様々な実施形態では、２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）（２’ＭＯＥ）ヌクレオシドのうちの５個は、オリゴヌクレオチドの３’末端に位置し、かつ２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）（２’ＭＯＥ）ヌクレオシドのうちの５個は、オリゴヌクレオチドの５’末端に位置する。様々な実施形態では、改変型糖部分を有する少なくとも１つのヌクレオシド、または改変型糖部分を有する複数のヌクレオシドは、リボヌクレオシドである。様々な実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１つのデオキシリボヌクレオシドを含む。様々な実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２、３、４、５、６、７、８、９個、または１０個のデオキシリボヌクレオシドを含む。
様々な実施形態では、オリゴヌクレオチドは、
ａ．結合型デオキシリボヌクレオシド、２’－フルオロアラビノ核酸（ＦＡＮＡ）、およびフルオロシクロヘキセニル核酸（Ｆ－ＣｅＮＡ）のうちの１つまたは複数を含むギャップセグメント、
ｂ．結合型ヌクレオシドを含む５’ウィング領域、および
ｃ．結合型ヌクレオシドを含む３’ウィング領域、
を含み、
ｄ．センター領域は、５’ウィングセグメントと３’ウィングセグメントとの間に位置する配列番号２～９５５、配列番号１９１０～２８６３、または配列番号２８６８～２９５９のうちの任意の１つの等長部分に対して少なくとも８０％の同一性を有する、少なくとも８個の連続核酸塩基の領域を含み、５’ウィング領域および３’ウィング領域のそれぞれは、少なくとも２個の結合型ヌクレオシドを含み、および各ウィング領域の少なくとも１つのヌクレオシドは改変型糖を含む。
様々な実施形態では、５’ウィング領域の少なくとも２つの結合型ヌクレオシドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を通じて結合しており、および／または３’ウィング領域の少なくとも２つの結合型ヌクレオシドは、独立して、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を通じて結合している。様々な実施形態では、５’ウィング領域のヌクレオシド間結合のいずれも、および／または３’ウィング領域のヌクレオシド間結合のいずれも、独立してホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。様々な実施形態では、５’ウィング領域は、少なくとも１つのホスホジエステルヌクレオシド間結合をさらに含む。様々な実施形態では、３’ウィング領域は、少なくとも１つのホスホジエステルヌクレオシド間結合をさらに含む。
様々な実施形態では、５’ウィング領域の少なくとも２つの結合型ヌクレオシドは、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を通じて結合しており、および／または３’ウィング領域の少なくとも２つの結合型ヌクレオシドは、独立してホスホジエステルヌクレオシド間結合を通じて結合している。様々な実施形態では、センター領域のヌクレオシド間結合の少なくとも１つは、ホスホジエステル結合である。様々な実施形態では、センター領域のヌクレオシド間結合の少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、または少なくとも９個は、ホスホジエステル結合である。
様々な実施形態では、センター領域のヌクレオシド間結合の少なくとも１つは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。様々な実施形態では、センター領域のヌクレオシド間結合の少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、または少なくとも９個は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。様々な実施形態では、オリゴヌクレオチドのすべてのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。様々な実施形態では、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合の任意の１つまたはすべては、Ｒｐコンフィギュレーション、Ｓｐコンフィギュレーション、またはＲｐコンフィギュレーションおよびＳｐコンフィギュレーションの任意の組合せである。
様々な実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの改変型糖部分を含む。様々な実施形態では、５’ウィング領域または３’ウィング領域は、少なくとも１つの改変型糖部分を含む。様々な実施形態では、センター領域は、少なくとも１つの改変型糖部分を含む。様々な実施形態では、少なくとも１つの改変型糖部分は、２’－ＯＭｅ改変型糖部分、二環式糖部分、２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）（２’ＭＯＥ）、２’－デオキシ－２’－フルオロヌクレオシド、２’－フルオロ－β－Ｄ－アラビノヌクレオシド、ロックド核酸（ＬＮＡ）、拘束エチル２’－４’架橋型核酸（ｃＥｔ）、Ｓ－ｃＥｔ、ｔｃＤＮＡ、ヘキシトール核酸（ＨＮＡ）、および三環系アナログ（例えば、ｔｃＤＮＡ）のうちの任意の１つである。
様々な実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１つまたは複数の２’－ＭＯＥヌクレオシドを含む。様々な実施形態では、５’ウィング領域または３’ウィング領域は、１つまたは複数の２’－ＭＯＥヌクレオシドを含む。様々な実施形態では、５’ウィング領域または３’ウィング領域は、２、３、４個、または５個の２’－ＭＯＥヌクレオシドを含む。様々な実施形態では、５’ウィング領域または３’ウィング領域のヌクレオシドのいずれも、２’－ＭＯＥヌクレオシドである。
様々な実施形態では、センター領域は、１つまたは複数の２’－ＭＯＥヌクレオシドを含む。様々な実施形態では、センター領域は、２、３、４、５、６、７、８、９個、または１０個の２’－ＭＯＥヌクレオシドを含む。様々な実施形態では、センター領域のヌクレオシドのいずれも、２’－ＭＯＥヌクレオシドである。様々な実施形態では、１つまたは複数の２’－ＭＯＥヌクレオシドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を通じて結合している。
様々な実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ｅ＝２’－ＭＯＥヌクレオシドおよびｄ＝デオキシリボリボヌクレオシドである、下記の任意のパターン：ｅｅｅｅｅ－ｄ１０－ｅｅｅｅｅ、ｅｅｅ－ｄ８－ｅｅｅ、ｅｅｅ－ｄ１０－ｅｅｅ、ｅｅｅｅ－ｄ１０－ｅｅｅｅ、およびｅｅｅｅ－ｄ８－ｅｅｅｅで、糖改変部を含む。様々な実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ｓ＝ホスホロチオエート結合およびｏ＝ホスホジエステル結合である、下記の任意のパターン：ｓｓｓｓｓｏｏｏｏｏｏｏｏｏｓｓｓｓｓ；ｏｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｏｏ；ｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｓｓｓｓｓ；ｓｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓ；ｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓ；ｓｓｓｓｓｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏ；ｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓ；ｓｓｓｏｏｏｏｏｏｏｓｓｓ；ｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏ；ｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓ；ｓｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｓ；ｓｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓ；ｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｓ；ｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏ；ｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓ；ｓｓｓｏｏｏｏｏｏｏｏｏｓｓｓ；ｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏ；ｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓ；ｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏ；ｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓ；ｓｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｓ；ｓｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓ；ｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｓ；ｓｓｓｓｏｏｏｏｏｏｏｏｏｓｓｓｓ；ｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｏ；ｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓ；ｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｏ；ｓｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓ；ｓｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓ；ｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓ；ｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓ；ｓｓｓｓｏｏｏｏｏｏｏｓｓｓｓ；ｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｏ；ｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｏ；ｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓ；ｓｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓ；ｓｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓ；ｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓ；またはｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓで、ヌクレオシド間結合を含む。
様々な実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ｅ＝２’－ＭＯＥヌクレオシドおよびｄ＝デオキシリボリボヌクレオシド、ならびにｓ＝ホスホロチオエート結合およびｏ＝ホスホジエステル結合である下記の任意のパターン：ｓｓｓｓｏｏｏｏｏｏｏｏｏｓｓｓｓ
ａ） ｅｅｅｅｅ－ｄ１０－ｅｅｅｅｅかつｓｓｓｓｓｏｏｏｏｏｏｏｏｏｓｓｓｓｓ；
ｂ） ｅｅｅｅｅ－ｄ１０－ｅｅｅｅｅかつｏｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｏｏ；
ｃ） ｅｅｅｅｅ－ｄ１０－ｅｅｅｅｅかつｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓ；
ｄ） ｅｅｅ－ｄ８－ｅｅｅかつｓｓｓｏｏｏｏｏｏｏｓｓｓ；
ｅ） ｅｅｅ－ｄ８－ｅｅｅかつｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏ
ｆ） ｅｅｅ－ｄ８－ｅｅｅかつｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓ；
ｇ） ｅｅｅ－ｄ１０－ｅｅｅかつｓｓｓｏｏｏｏｏｏｏｏｏｓｓｓ；
ｈ） ｅｅｅ－ｄ１０－ｅｅｅかつｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏ；
ｉ） ｅｅｅ－ｄ１０－ｅｅｅかつｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓ；
ｊ） ｅｅｅｅ－ｄ１０－ｅｅｅｅかつｓｓｓｓｏｏｏｏｏｏｏｏｏｓｓｓｓ；
ｋ） ｅｅｅｅ－ｄ１０－ｅｅｅｅかつｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｏ；
ｌ） ｅｅｅｅ－ｄ１０－ｅｅｅｅかつｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓ；
ｍ） ｅｅｅｅ－ｄ８－ｅｅｅｅかつｓｓｓｓｏｏｏｏｏｏｏｓｓｓｓ、
ｎ） ｅｅｅｅ－ｄ８－ｅｅｅｅかつｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｏ、
ｏ） ｅｅｅｅ－ｄ８－ｅｅｅｅかつｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓ
で、糖改変部とヌクレオシド間結合との組合せをそれぞれ含む。
様々な実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの改変型核酸塩基を含む。様々な実施形態では、５’ウィング領域または３’ウィング領域は、少なくとも１つの改変型核酸塩基を含む。様々な実施形態では、センター領域は、少なくとも１つの改変型核酸塩基を含む。様々な実施形態では、少なくとも１つの改変型核酸塩基は、５’－メチルシトシン、プソイドウリジン、または５－メトキシウリジンである。様々な実施形態では、５’ウィング領域または３’ウィング領域内のシトシンのいずれも、５’－メチルシトシンである。様々な実施形態では、センター領域内のシトシンのいずれも、５’－メチルシトシンである。
様々な実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ｅ＝２’－ＭＯＥヌクレオシドおよびｄ＝デオキシリボリボヌクレオシド、ならびにｓ＝ホスホロチオエート結合であり、２’ＭＯＥヌクレオシドの各シトシンが５－メチルシトシンであるｅｅｅｅｅ－ｄ１０－ｅｅｅｅｅかつｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓからなる糖改変部とヌクレオシド間結合との組合せを含む。
様々な実施形態では、オリゴヌクレオチドはコンジュゲート部分をさらに含む。様々な実施形態では、コンジュゲート部分は、オリゴヌクレオチドの３’末端に位置するコレステロールコンジュゲートである。
上記で開示したオリゴヌクレオチドのうちのいずれか１つ、または薬学的に許容されるその塩、および薬学的に許容される賦形剤を含む医薬組成物が、本明細書でさらに開示される。
それを必要としている患者における神経学的疾患を処置する方法であって、上記で開示したオリゴヌクレオチドのうちのいずれか１つのオリゴヌクレオチドもしくは薬学的に許容されるその塩、または上記で開示した医薬組成物を患者に投与するステップを含む方法が、本明細書でさらに開示される。
様々な実施形態では、神経学的疾患は、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）、ＦＴＤを伴うＡＬＳ、アルツハイマー病（ＡＤ）、パーキンソン病（ＰＤ）、ハンチントン病、腕神経叢損傷、末梢神経損傷、進行性核上性麻痺（ＰＳＰ）、頭部外傷、脊髄損傷、皮質基底核変性症（ＣＢＤ）、および／またはニューロパシー、例えば化学療法誘発性のニューロパシー等、脊髄小脳失調症（ＳＣＡ）、ニーマン・ピック病Ｃ型（ＮＰＣ）、シャルコー・マリー・トゥース病（ＣＭＴ）、ムコ多糖症ＩＩ型（ＭＰＳＩＩＡ）、ムコリピドーシスＩＶ、ＧＭ１ガングリオシド蓄積症、孤発性封入体筋炎（ｓＩＢＭ）、へノッホ・シェーンライン紫斑病（ＨＳＰ）、およびゴーシェ病からなる群から選択される。
細胞における自食作用を増加させる方法であって、細胞をＰＰＭ１Ａ阻害剤に曝露するステップを含む方法が、本明細書でさらに開示される。細胞におけるＴＢＫ１ ｓｅｒ１７２のリン酸化を増加させる方法であって、細胞をＰＰＭ１Ａ阻害剤に曝露するステップを含む方法が、本明細書でさらに開示される。細胞におけるＴＢＫ１機能を増加させる方法であって、細胞をＰＰＭ１Ａ阻害剤に曝露するステップを含む方法が、本明細書でさらに開示される。細胞におけるＰＰＭ１Ａを阻害する方法であって、細胞をＰＰＭ１Ａ阻害剤に曝露するステップを含む方法が、本明細書でさらに開示される。細胞におけるＲＩＰＫ１活性を阻害する方法であって、細胞をＰＰＭ１Ａ阻害剤に曝露するステップを含む方法が、本明細書でさらに開示される。
様々な実施形態では、細胞は、神経学的疾患の処置を必要としている患者の細胞である。様々な実施形態では、神経学的疾患は、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）、ＦＴＤを伴うＡＬＳ、アルツハイマー病（ＡＤ）、パーキンソン病（ＰＤ）、ハンチントン病、腕神経叢損傷、末梢神経損傷、進行性核上性麻痺（ＰＳＰ）、頭部外傷、脊髄損傷、皮質基底核変性症（ＣＢＤ）、ニューロパシー、例えば化学療法誘発性のニューロパシー等、脊髄小脳失調症（ＳＣＡ）、ニーマン・ピック病Ｃ型（ＮＰＣ）、シャルコー・マリー・トゥース病（ＣＭＴ）、ムコ多糖症ＩＩ型（ＭＰＳＩＩＡ）、ムコリピドーシスＩＶ、ＧＭ１ガングリオシド蓄積症、孤発性封入体筋炎（ｓＩＢＭ）、へノッホ・シェーンライン紫斑病（ＨＳＰ）、およびゴーシェ病からなる群から選択される。様々な実施形態では、曝露するステップは、ｉｎ ｖｉｖｏ またはｅｘ ｖｉｖｏで実施される。様々な実施形態では、曝露するステップは、ＰＰＭ１Ａ阻害剤を、それを必要としている患者に投与することを含む。
様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ阻害剤は、局所、非経口、髄腔内、大槽内、経口、直腸内、頬側、舌下、膣腔内、肺内、気管内、鼻腔内、経皮、または十二指腸内投与される。様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ阻害剤は、髄腔内投与される。様々な実施形態では、治療有効量のＰＰＭ１Ａ阻害剤が、投与される。様々な実施形態では、患者はヒトである。
様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ阻害剤は、上記で開示したオリゴヌクレオチドのいずれか１つのＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、薬学的に許容されるその塩、または上記で開示した医薬組成物を含む。様々な実施形態では、医薬組成物は、局所、髄腔内、非経口、経口、肺内、気管内、鼻腔内、経皮、直腸内、頬側、舌下、膣腔内、大槽内、または十二指腸内投与に適する。
神経学的疾患またはニューロパシーを処置するための医薬の製造における、ＰＰＭ１Ａ阻害剤の使用が、本明細書でさらに開示される。様々な実施形態では、神経学的疾患は、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）、ＦＴＤを伴うＡＬＳ、アルツハイマー病（ＡＤ）、パーキンソン病（ＰＤ）、ハンチントン病、腕神経叢損傷、末梢神経損傷、進行性核上性麻痺（ＰＳＰ）、頭部外傷、脊髄損傷、皮質基底核変性症（ＣＢＤ）、および／またはニューロパシー、例えば化学療法誘発性のニューロパシー等、脊髄小脳失調症（ＳＣＡ）、ニーマン・ピック病Ｃ型（ＮＰＣ）、シャルコー・マリー・トゥース病（ＣＭＴ）、ムコ多糖症ＩＩ型（ＭＰＳＩＩＡ）、ムコリピドーシスＩＶ、ＧＭ１ガングリオシド蓄積症、孤発性封入体筋炎（ｓＩＢＭ）、へノッホ・シェーンライン紫斑病（ＨＳＰ）、およびゴーシェ病からなる群から選択される。様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ阻害剤は、上記で開示したオリゴヌクレオチドのいずれか１つのＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチドである。
それを必要としている患者における神経学的疾患またはニューロパシーを処置する方法であって、治療有効量のＰＰＭ１Ａ阻害剤を含む医薬組成物、および薬学的に許容される賦形剤を、それを必要としている患者に投与するステップを含む方法が、本明細書でさらに開示される。様々な実施形態では、神経学的疾患は、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）、ＦＴＤを伴うＡＬＳ、アルツハイマー病（ＡＤ）、パーキンソン病（ＰＤ）、ハンチントン病、腕神経叢損傷、末梢神経損傷、進行性核上性麻痺（ＰＳＰ）、頭部外傷、脊髄損傷、皮質基底核変性症（ＣＢＤ）、および／またはニューロパシー、例えば化学療法誘発性のニューロパシー等、脊髄小脳失調症（ＳＣＡ）、ニーマン・ピック病Ｃ型（ＮＰＣ）、シャルコー・マリー・トゥース病（ＣＭＴ）、ムコ多糖症ＩＩ型（ＭＰＳＩＩＡ）、ムコリピドーシスＩＶ、ＧＭ１ガングリオシド蓄積症、孤発性封入体筋炎（ｓＩＢＭ）、へノッホ・シェーンライン紫斑病（ＨＳＰ）、およびゴーシェ病からなる群から選択される。様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ阻害剤は、上記で開示したオリゴヌクレオチドのいずれか１つのＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、薬学的に許容されるその塩、または上記で開示した医薬組成物である。
様々な実施形態では、医薬組成物は、局所、非経口、経口、肺内、直腸内、頬側、舌下、膣腔内、気管内、鼻腔内、髄腔内、大槽内、経皮、または十二指腸内投与される。様々な実施形態では、医薬組成物は、髄腔内投与される。様々な実施形態では、患者はヒトである。
医薬として使用するための、上記で開示したいずれか１つのオリゴヌクレオチドのＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチドまたは薬学的に許容されるその塩が、本明細書でさらに開示される。神経学的疾患の処置で使用するための、上記で開示したオリゴヌクレオチドのいずれか１つのＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチドまたは薬学的に許容されるその塩が、本明細書でさらに開示される。様々な実施形態では、神経学的疾患は、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）、ＦＴＤを伴うＡＬＳ、アルツハイマー病（ＡＤ）、パーキンソン病（ＰＤ）、ハンチントン病、腕神経叢損傷、末梢神経損傷、進行性核上性麻痺（ＰＳＰ）、頭部外傷、脊髄損傷、皮質基底核変性症（ＣＢＤ）、および／またはニューロパシー、例えば化学療法誘発性のニューロパシー等、脊髄小脳失調症（ＳＣＡ）、ニーマン・ピック病Ｃ型（ＮＰＣ）、シャルコー・マリー・トゥース病（ＣＭＴ）、ムコ多糖症ＩＩ型（ＭＰＳＩＩＡ）、ムコリピドーシスＩＶ、ＧＭ１ガングリオシド蓄積症、孤発性封入体筋炎（ｓＩＢＭ）、へノッホ・シェーンライン紫斑病（ＨＳＰ）、およびゴーシェ病からなる群から選択される。
配列番号２～９５５、配列番号１９１０～２８６３、配列番号２８６８～２９１３、および配列番号２９１４～２９５９のうちの任意の１つのヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチドまたは薬学的に許容されるその塩からなる群から選択されるプロテインホスファターゼ１Ａ（ＰＰＭ１Ａ）アンチセンスオリゴヌクレオチドであって、ヌクレオチド配列の少なくとも１つのヌクレオシド結合が、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、アルキルホスフェート結合、アルキルホスホネート結合、３－メトキシプロピルホスホネート結合、ホスホロジチオエート結合、ホスホトリエステル結合、メチルホスホネート結合、アミノアルキルホスホトリエステル結合、アルキレンホスホネート結合、ホスフィネート結合、ホスホルアミデート結合、ホスホルアミドチオエート結合、ホスホロジアミデート（例えば、ホスホロジアミデートモルホリノ（ＰＭＯ）、３’アミノリボース、または５’アミノリボースを含む）結合、アミノアルキルホスホルアミデート結合、チオホスホルアミデート結合、チオノアルキルホスホネート結合、チオノアルキルホスホトリエステル結合、チオホスフェート結合、セレノホスフェート結合、およびボラノホスフェート結合からなる群から選択され；ならびに／または結合型ヌクレオシドの少なくとも１つのヌクレオシドが、２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）（２’－ＭＯＥ）ヌクレオシド、２’－Ｏ－メチルヌクレオシド、２’－デオキシ－２’－フルオロヌクレオシド、２’－フルオロ－β－Ｄ－アラビノヌクレオシド、ロックド核酸（ＬＮＡ）、拘束メトキシエチル（ｃＭＯＥ）、拘束エチル（ｃＥＴ）、およびペプチド核酸（ＰＮＡ）からなる群から選択されるコンポーネントにより置換されている、ＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチドが本明細書でさらに開示される。
様々な実施形態では、ヌクレオチド配列の少なくとも１つのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合である。様々な実施形態では、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合は、ＲｐコンフィギュレーションまたはＳｐコンフィギュレーションの一方である。様々な実施形態では、ヌクレオチド配列のすべてのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合である。
上記で開示したオリゴヌクレオチドのいずれか１つのアンチセンスオリゴヌクレオチドまたは薬学的に許容されるその塩、および薬学的に許容される賦形剤を含む医薬組成物が、本明細書でさらに開示される。様々な実施形態では、処置の対象となる患者は、患者の血漿、脊髄液、脳脊髄液、細胞外小胞（例えば、ＣＳＦエキソソーム）、血液、尿、リンパ液、糞便、または組織において、ニューロフィラメント軽鎖（ＮＥＦＬ）、ニューロフィラメント重鎖（ＮＥＦＨ）、リン酸化されたニューロフィラメント重鎖（ｐＮＦＨ）、ＴＤＰ－４３、またはｐ７５ＥＣＤの存在またはその発現レベルを測定することにより特定される。様々な実施形態では、処置の対象となる患者は、脳脊髄液（ＣＳＦ）中のリン酸化されたニューロフィラメント重鎖（ｐＮＦＨ）を測定することにより特定される。様々な実施形態では、患者のＣＳＦ中のｐＮＦＨは、初回投与後および／または継続中の処置の間に、Ｃ９ＯＲＦ７２関連筋萎縮性側索硬化症（ｃ９ＡＬＳ）患者における疾患状態および生存率を予測するのに使用される。
それを必要としている患者における神経学的疾患および／またはニューロパシーを処置する方法であって、治療有効量の、上記で開示したオリゴヌクレオチドのいずれか１つのオリゴヌクレオチドもしくは薬学的に許容されるその塩、または上記で開示した医薬組成物を、それを必要としている患者に対して、リルゾール（Ｒｉｌｕｔｅｋ）、トロリルゾール、エダラボン（Ｒａｄｉｃａｖａ）、リバスチグミン、ドネペジル、ガランタミン、選択的セロトニン再取込み阻害薬、抗精神病薬、コリンエステラーゼ阻害剤、メマンチン、ベンゾジアゼピン抗不安薬、ＡＭＸ００３５（ＥＬＹＢＲＩＯ（登録商標））、ＺＩＬＵＣＯＰＬＡＮ（ＲＡ１０１４９５）、デュアルＡＯＮ髄腔内投与剤（例えば、ＢＩＩＢ０６７、ＢＩＩＢ０７８）、ＢＩＩＢ１００、レボドパ／カルビドパ、ドーパミン作動薬（例えば、ロピニロール、プラミペキソール、ロチゴチン）、メドロキシプロゲステロン、ＫＣＮＱ２／ＫＣＮＱ３オープナー、プリドピジン、ＰｒｉｍｅＣ（シプロフロキサシンおよびセレブレックス（Celebrex）の組合せ）、リチウム、抗痙攣薬、および精神刺激剤、ブリージングケア、物理療法、作業療法、発話療法、および栄養支援を含む群から選択される第２の治療剤と組み合わせて投与するステップを含む方法が、本明細書でさらに開示される。様々な実施形態では、神経学的疾患は、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）、またはＦＴＤを伴うＡＬＳのうちの任意の１つである。
それを必要としている患者における神経学的疾患および／またはニューロパシーを処置する方法であって、治療有効量の、上記で開示したオリゴヌクレオチドのいずれか１つのオリゴヌクレオチドもしくは薬学的に許容されるその塩、または上記で開示した医薬組成物を、それを必要としている患者に対して、メマンチン、リバスチグミン、ガランタミン、ドネペジル、Ａｒｉｃｅｐｔ（登録商標）、Ｅｘｅｌｏｎ（登録商標）（リバスチグミン）、Ｒａｚａｄｙｎｅ（登録商標）、アデュカヌマブ、ＢＡＮ２４０１、ＢＩＩＢ０９１（ゴスラネマブ）、ＢＩＩＢ０７６、ＢＩＩＢ０８０（ＩＯＮＩＳ－ＭＡＰＴＲｘ）、エライタ（Elayta）（ＣＴ１８１２）、ＭＫ１９４２、異質遺伝子的ｈＭＳＣ、ニロチニブ、ＡＢＴ－９５７、アシトレチン、ＡＢＴ－３５４、ＧＶ１００１、リルゾール、ＣＡＤ１０６、ＣＮＰ５２０、ＡＤ－３５、リラプラジブ、ＤＨＰ１４０１、Ｔ－８１７ＭＡ、ＴＣ－５６１９、ＴＰＩ－２８７、ＲＶＴ－１０１、ＬＹ４５０１３９、ＪＮＪ－５４８６１９１１、ダパグリフロジン、ＧＳＫ２３９５１２、ＰＦ－０４３６０３６５、ＡＳＰ０７７７、ＳＢ－７４２４５７（５－ＨＴ６受容体アンタゴニスト）、ＰＦ－０３６５４７４６（Ｈ３受容体アンタゴニスト）、ＧＳＫ９３３７７６（Ｆｃ不活性化抗βアミロイド（Ａβ）モノクローナル抗体（ｍＡｂ））、ポシフェン（Posiphen）（（＋）－フェンセリン酒石酸塩）、ＡＭＸ００３５（ＥＬＹＢＲＩＯ（登録商標））、コエンザイムＱ１０、または任意のこれらの組合せを含む群から選択される第２の治療剤と組み合わせて投与するステップを含む方法がさらに開示される。
様々な実施形態では、神経学的疾患は、アルツハイマー病である。
それを必要としている患者における神経学的疾患および／またはニューロパシーを処置する方法であって、治療有効量の、上記で開示したオリゴヌクレオチドのいずれか１つのオリゴヌクレオチドもしくは薬学的に許容されるその塩、または上記で開示した医薬組成物を、それを必要としている患者に対して、レボドパ、カルビドパ－レビドパ（levidopa）、プラミペキソール、ロピニロール、ロチゴチン、アポモルヒネ、セレギリン、ラサギリン、エンタカポン、トルカポン、アマンタジン、トリヘキシフェニジル、ＢＩＩＢ０５４（シネパネマブ（cinepanemab））、ＢＩＩＢ０９４、ＢＩＩＢ１１８、ＡＢＢＶ－０８０５、ゾニサミド、脳深部刺激療法、脳由来神経栄養因子、幹細胞移植療法、ナイアシン、脳幹刺激療法、ニコチン、ナビロン、ＰＦ－０６６４９７５１、ＤＮＬ２０１、ＬＲＲＫ２阻害剤、ＣＫ１阻害剤、イスラジピン、ＣＬＲ４００１、ＩＲＸ４２０４、ヨヒンビン、コエンザイムＱ１０、ＯＸＢ－１０２、デュロキセチン、ピオグリタゾン、プレラデナント、または任意のこれらの組合せを含む群から選択される第２の治療剤と組み合わせて投与するステップを含む方法がさらに開示される。様々な実施形態では、神経学的疾患はパーキンソン病である。
それを必要としている患者における神経学的疾患および／またはニューロパシーを処置する方法であって、治療有効量の、上記で開示したオリゴヌクレオチドのいずれか１つのオリゴヌクレオチドもしくは薬学的に許容されるその塩、または上記で開示した医薬組成物を、それを必要としている患者に対して、ＵＣＢ０１０７、ＡＢＢＶ－８Ｅ１２、Ｆ－１８ ＡＶ１４５１、ＢＩＩＢ０９２、Ｃ２Ｎ－８Ｅ１２、チデグルシブ、経頭蓋深部磁気刺激療法、リポ酸、トルフェナム酸、リチウム、ＡＺＰ２００６、グリア細胞株由来神経栄養因子、ＮＢＭＩ、スボルキサント（suvorxant）、ゾルピデム、ＴＰＩ２８７、ダブネチド、ピマバンセリン、レボドパ、カルビドパ－レビドパ、プラミペキソール、ロピニロール、ロチゴチン、アポモルヒネ、セレギリン、ラサギリン、エンタカポン、トルカポン、アマンタジン、トリヘキシフェニジル、ＢＩＩＢ０５４（シネパネマブ）、ＢＩＩＢ０９４、ＢＩＩＢ１１８、ＡＢＢＶ－０８０５、ゾニサミド、脳深部刺激療法、脳由来神経栄養因子、幹細胞移植療法、ナイアシン、脳幹刺激療法、ニコチン、ナビロン、ＰＦ－０６６４９７５１、ＤＮＬ２０１、ＬＲＲＫ２阻害剤、ＣＫ１阻害剤、イスラジピン、ＣＬＲ４００１、ＩＲＸ４２０４、ヨヒンビン、コエンザイムＱ１０、ＯＸＢ－１０２、デュロキセチン、ピオグリタゾン、プレラデナント、または任意のこれらの組合せを含む群から選択される第２の治療剤と組み合わせて投与するステップを含む方法がさらに開示される。様々な実施形態では、神経学的疾患は進行性核上性麻痺（ＰＳＰ）である。
それを必要としている患者における神経学的疾患および／またはニューロパシーを処置する方法であって、治療有効量の、上記で開示したオリゴヌクレオチドのいずれか１つのオリゴヌクレオチドもしくは薬学的に許容されるその塩、または上記で開示した医薬組成物を、それを必要としている患者に対して、テトラベナジン、デューテトラベナジン、物理療法、リスペリドン、ハロペリドール、クロルプロマジン、クロナゼパム、ジアゼパム、ベンゾジアゼピン類、選択的セロトニン再取込み阻害薬、クエチアピン、カルバトロール、バルプロエート、ラモトリギン、プリドピジン、δ－９－テトラヒドロカンナビノール、カンナビジオール、幹細胞療法、ＩＳＩＳ－４４３１３９、ニロチニブ、レスベラトロール、ネフラマピモド（neflamapimod）、フェノフィブラート、クレアチン、ＲＯ７２３４２９２、ＳＡＧＥ－７１８、ＷＶＥ－１２０１０２、ＷＶＥ－１２０１０１、ディメボン、ミノサイクリン、脳深部刺激療法、ウルソジオール、コエンザイムＱ１０、ＯＭＳ６４３７６２、ＶＸ１５／２５０３、ＰＦ－０２５４５９２０、ＢＮ８２４５１Ｂ、ＳＥＮ００１４１９６、オランザピン、チアプリダル（tiapridal）（チアプリド）、または任意のこれらの組合せを含む群から選択される第２の治療剤と組み合わせて投与するステップを含む方法がさらに開示される。様々な実施形態では、神経学的疾患はハンチントン病である。
それを必要としている患者における神経学的疾患および／またはニューロパシーを処置する方法であって、治療有効量の、上記で開示したオリゴヌクレオチドのいずれか１つのオリゴヌクレオチドもしくは薬学的に許容されるその塩、または上記で開示した医薬組成物を、それを必要としている患者に対して、抗凝固剤、抗うつ薬、骨格筋弛緩薬、刺激剤、抗痙攣薬、抗不安薬、エリスロポエチン、高気圧酸素処置法、リハビリテーション療法（例えば、身体、作業、発話、心理学、または業務上のカウンセリング）、または任意のこれらの組合せを含む群から選択される第２の治療剤と組み合わせて投与するステップを含む方法がさらに開示される。様々な実施形態では、神経学的疾患は頭部外傷である。
それを必要としている患者における神経学的疾患および／またはニューロパシーを処置する方法であって、治療有効量の、上記で開示したオリゴヌクレオチドのいずれか１つのオリゴヌクレオチドもしくは薬学的に許容されるその塩、または上記で開示した医薬組成物を、それを必要としている患者に対して、ＡＸＥＲ－２０４、グリブリド、５－ヒドロキシトリプトファン（５－ＨＴＰ）、Ｌ－３，４－ジヒドロキシフェニルアラニン（Ｌ－ＤＯＰＡ）、またはリハビリテーション療法（例えば、物理療法、作業療法、レクリエーション療法、支援デバイスの使用、身体運動および健康な食事制限のための改善した戦略）、または任意のこれらの組合せを含む群から選択される第２の治療剤と組み合わせて投与するステップを含む方法がさらに開示される。様々な実施形態では、神経学的疾患は脊髄損傷である。
それを必要としている患者における神経学的疾患および／またはニューロパシーを処置する方法であって、治療有効量の、上記で開示したオリゴヌクレオチドのいずれか１つのオリゴヌクレオチドもしくは薬学的に許容されるその塩、または上記で開示した医薬組成物を、それを必要としている患者に対して、追加の療法として選択され得る、ＴＰＩ－２８７、リチウム、作業療法、物理療法、および発話療法、または任意のこれらの組合せを含む群から選択される第２の治療剤と組み合わせて投与するステップを含む方法がさらに開示される。様々な実施形態では、神経学的疾患は皮質基底核変性症である。
それを必要としている患者における神経学的疾患および／またはニューロパシーを処置する方法であって、治療有効量の、上記で開示したオリゴヌクレオチドのいずれか１つのオリゴヌクレオチドもしくは薬学的に許容されるその塩、または上記で開示した医薬組成物を、それを必要としている患者に対して、ガバペンチン、プレガバリン、ラモトリギン、カルバマゼピン、デュロキセチン、ガバペンチノイド、三環系抗うつ薬、セロトニン－ノルエピネフリン再取込み阻害剤、オピオイド、神経毒、デキストロメトルファン、ニコチンアミドリボシド、ニューロン抗原を標的とする自己抗体（ＴＳ－ＨＤＳおよびＦＧＦＲ３）、または任意のこれらの組合せを含む群から選択される第２の治療剤と組み合わせて投与するステップを含む方法がさらに開示される。様々な実施形態では、ニューロパシーは化学療法誘発性ニューロパシーである。
それを必要としている患者における神経学的疾患および／またはニューロパシーを処置する方法であって、治療有効量の、上記で開示したオリゴヌクレオチドのいずれか１つのオリゴヌクレオチドもしくは薬学的に許容されるその塩、または上記で開示した医薬組成物を、それを必要としている患者に対して、トロリルゾール、ＢＨＶ－４１５７、またはその組合せを含む群から選択される第２の治療剤と組み合わせて投与するステップを含む方法がさらに開示される。様々な実施形態では、神経学的疾患は脊髄小脳失調症である。
それを必要としている患者における神経学的疾患および／またはニューロパシーを処置する方法であって、治療有効量の、上記で開示したオリゴヌクレオチドのいずれか１つのオリゴヌクレオチドもしくは薬学的に許容されるその塩、または上記で開示した医薬組成物を、それを必要としている患者に対して、抗痙攣薬、発話療法、物理療法、作業療法、アドラベタデックス（Adrabetadex）、アリモクロモール（Arimoclomol）、Ｎ－アセチル－Ｌ－ロイシン、または任意のこれらの組合せを含む群から選択される第２の治療剤と組み合わせて投与するステップを含む方法がさらに開示される。様々な実施形態では、神経学的疾患はニーマン・ピック病Ｃ型である。
それを必要としている患者における神経学的疾患および／またはニューロパシーを処置する方法であって、治療有効量の、上記で開示したオリゴヌクレオチドのいずれか１つのオリゴヌクレオチドもしくは薬学的に許容されるその塩、または上記で開示した医薬組成物を、それを必要としている患者に対して、物理および作業療法、整形手術、整形外科デバイス、ＰＸＴ３００３、または任意のこれらの組合せを含む群から選択される第２の治療剤と組み合わせて投与するステップを含む方法がさらに開示される。様々な実施形態では、神経学的疾患はシャルコー・マリー・トゥース病（ＣＭＴ）である。
それを必要としている患者における神経学的疾患および／またはニューロパシーを処置する方法であって、治療有効量の、上記で開示したオリゴヌクレオチドのいずれか１つのオリゴヌクレオチドもしくは薬学的に許容されるその塩、または上記で開示した医薬組成物を、それを必要としている患者に対して、酵素補充療法：イデュルスルファーゼ（エラプラーゼ）、外科的介入（扁桃摘出術および／またはアデノイド切除術）、ＲＧＸ－１２１遺伝子療法、アダリムマブ、ＭＴ２０１３－３１、または任意のこれらの組合せを含む群から選択される第２の治療剤と組み合わせて投与するステップを含む方法がさらに開示される。様々な実施形態では、神経学的疾患はムコ多糖症ＩＩ型（ＭＰＳＩＩＡ）である。
それを必要としている患者における神経学的疾患および／またはニューロパシーを処置する方法であって、治療有効量の、上記で開示したオリゴヌクレオチドのいずれか１つのオリゴヌクレオチドもしくは薬学的に許容されるその塩、または上記で開示した医薬組成物を、それを必要としている患者に対して、物理療法、作業療法、および発話療法、コンタクトレンズ、および人工涙液、遺伝上のカウンセリング、または任意のこれらの組合せを含む群から選択される第２の治療剤と組み合わせて投与するステップを含む方法がさらに開示される。様々な実施形態では、神経学的疾患はムコリピドーシスＩＶである。
それを必要としている患者における神経学的疾患および／またはニューロパシーを処置する方法であって、治療有効量の、上記で開示したオリゴヌクレオチドのいずれか１つのオリゴヌクレオチドもしくは薬学的に許容されるその塩、または上記で開示した医薬組成物を、それを必要としている患者に対して、抗痙攣薬、物理および作業療法、ガラクトシダーゼ、ガラクトシダーゼの遺伝子送達、ＬＹＳ－ＧＭ１０１遺伝子療法、または任意のこれらの組合せを含む群から選択される第２の治療剤と組み合わせて投与するステップを含む方法がさらに開示される。様々な実施形態では、神経学的疾患はＧＭ１ガングリオシド蓄積症である。
それを必要としている患者における神経学的疾患および／またはニューロパシーを処置する方法であって、治療有効量の、上記で開示したオリゴヌクレオチドのいずれか１つのオリゴヌクレオチドもしくは薬学的に許容されるその塩、または上記で開示した医薬組成物を、それを必要としている患者に対して、物理および作業療法、デバイス、例えば杖、歩行器、車椅子等の使用、免疫抑制剤、ＢＹＭ３３８、または任意のこれらの組合せを含む群から選択される第２の治療剤と組み合わせて投与するステップを含む方法がさらに開示される。様々な実施形態では、神経学的疾患は孤発性封入体筋炎（ｓＩＢＭ）である。
それを必要としている患者における神経学的疾患および／またはニューロパシーを処置する方法であって、治療有効量の、上記で開示したオリゴヌクレオチドのいずれか１つのオリゴヌクレオチドもしくは薬学的に許容されるその塩、または上記で開示した医薬組成物を、それを必要としている患者に対して、コルチコステロイド、コルヒチン、ダプソーン、アザチオプリン、または任意のこれらの組合せを含む群から選択される第２の治療剤と組み合わせて投与するステップを含む方法がさらに開示される。様々な実施形態では、神経学的疾患はヘノッホ・シェーンライン紫斑病（ＨＳＰ）である。
それを必要としている患者における神経学的疾患および／またはニューロパシーを処置する方法であって、治療有効量の、上記で開示したオリゴヌクレオチドのいずれか１つのオリゴヌクレオチドもしくは薬学的に許容されるその塩、または上記で開示した医薬組成物を、それを必要としている患者に対して、酵素補充療法、基質合成抑制療法、Ｎ－アセチルシステイン、ＧＺ／ＳＡＲ４０２６７１、セレザイム、または任意のこれらの組合せを含む群から選択される第２の治療剤と組み合わせて投与するステップを含む方法がさらに開示される。様々な実施形態では、神経学的疾患はゴーシェ病である。
様々な実施形態では、転写物は、配列番号２８６４の配列を含み、ならびに配列番号１のヌクレオチド８，４７０～８，９２６、４４，９９１～４５，９９０、４９，０５５～４９，１６４、５０，６４７～５０，７０４、および５１，７０３～５８，３３６からさらに転写される。様々な実施形態では、転写物は、配列番号２８６５の配列を含み、ならびに配列番号１のヌクレオチド８，４７０～８，９２６、９，６２９～９，７３０、および４４，９１１～４７，８０４からさらに転写される。様々な実施形態では、転写物は、配列番号２８６６の配列を含み、ならびに配列番号１のヌクレオチド４，９９９～５，２９５、４９，０５５～４９，１６４、５０，６４７～５０，７０４、および５１，７０３～５８，３３６からさらに転写される。
患者における神経学的疾患を処置する方法であって、前記方法が、上記で開示したオリゴヌクレオチドのいずれか１つのオリゴヌクレオチドもしくは薬学的に許容されるその塩、または上記で開示した医薬組成物を用いた処置の対象となる患者を選択するステップを含み、処置の対象となる前記患者が、前記患者の血漿、脊髄液、脳脊髄液、細胞外小胞（例えば、ＣＳＦエキソソーム）、血液、尿、リンパ液、糞便、または組織において、ニューロフィラメント軽鎖（ＮＥＦＬ）、ニューロフィラメント重鎖（ＮＥＦＨ）、リン酸化されたニューロフィラメント重鎖（ｐＮＦＨ）、ＴＤＰ－４３、またはｐ７５ＥＣＤの存在またはその発現レベルを測定するステップを含む方法により選択される、方法が本明細書でさらに開示される。様々な実施形態では、処置の対象となる患者は、脳脊髄液（ＣＳＦ）中のリン酸化されたニューロフィラメント重鎖（ｐＮＦＨ）を測定することにより特定される。様々な実施形態では、患者のＣＳＦ中のｐＮＦＨは、初回投与後および／または継続中の処置の間に、Ｃ９ＯＲＦ７２関連筋萎縮性側索硬化症（ｃ９ＡＬＳ）患者における疾患状態および生存率を予測するのに使用される。
患者における神経学的疾患を処置する方法であって、前記方法が、上記で開示したオリゴヌクレオチドのいずれか１つのオリゴヌクレオチドもしくは薬学的に許容されるその塩、または上記で開示した医薬組成物を用いた処置の対象となる患者を選択するステップを含み、前記患者が、ＴＢＫ１、ＴＡＲＤＢＰ、ＳＱＳＴＭ１、ＶＣＰ、Ｃ９ｏｒｆ７２、ＦＵＳ、およびＣＨＣＨＤ１０を含む群から選択される１つまたは複数のＡＬＳ関連遺伝子内に突然変異を有するか否かを判定するステップと、前記判定に基づき、前記患者を、処置の対象となる患者候補として特定するステップと、任意選択で、上記で開示したオリゴヌクレオチドのいずれか１つのオリゴヌクレオチドもしくは薬学的に許容されるその塩、または上記で開示した医薬組成物を、前記患者候補に投与するステップとを含む、方法がさらに開示される。
患者における神経学的疾患を処置する方法であって、前記方法が、上記で開示したオリゴヌクレオチドのいずれか１つのオリゴヌクレオチドもしくは薬学的に許容されるその塩、または上記で開示した医薬組成物を、前記患者に対して投与するステップを含み、処置の対象となる前記患者が、前記患者の血漿、脊髄液、脳脊髄液、細胞外小胞（例えば、ＣＳＦエキソソーム）、血液、尿、リンパ液、糞便、または組織において、ニューロフィラメント軽鎖（ＮＥＦＬ）、ニューロフィラメント重鎖（ＮＥＦＨ）、リン酸化されたニューロフィラメント重鎖（ｐＮＦＨ）、ＴＤＰ－４３、またはｐ７５ＥＣＤの存在またはその発現レベルを測定するステップを含む方法により選択される、方法がさらに開示される。様々な実施形態では、処置の対象となる患者は、脳脊髄液（ＣＳＦ）中のリン酸化されたニューロフィラメント重鎖（ｐＮＦＨ）を測定することにより特定される。様々な実施形態では、患者のＣＳＦ中のｐＮＦＨは、初回投与後および／または継続中の処置の間に、Ｃ９ＯＲＦ７２関連筋萎縮性側索硬化症（ｃ９ＡＬＳ）患者における疾患状態および生存率を予測するのに使用される。
患者における神経学的疾患を処置する方法であって、前記方法が、上記で開示したオリゴヌクレオチドのいずれか１つのオリゴヌクレオチドもしくは薬学的に許容されるその塩、または上記で開示した医薬組成物を患者に対して投与するステップを含み、前記患者が、ＴＢＫ１、ＴＡＲＤＢＰ、ＳＱＳＴＭ１、ＶＣＰ、Ｃ９ｏｒｆ７２、ＦＵＳ、およびＣＨＣＨＤ１０を含む群から選択される１つまたは複数のＡＬＳ関連遺伝子内に突然変異を有するか否か判定するステップと、前記判定に基づき、前記患者を、処置の対象となる患候補者として特定するステップをと含む方法により処置の対象として選択される、方法がさらに開示される。
トランスフェクション試薬単独（「リポフェクタミン３０００単独」）で処置された、または種々の濃度（５ｎＭ、２０ｎＭ、５０ｎＭ、２００ｎＭ、または５００ｎＭ）のＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ候補（ＱＰＡ－９０５、ＱＰＡ－９７２、ＱＰＡ－１０３４、ＱＰＡ－１０４５、およびＱＰＡ－１３７１）で７２時間トランスフェクトされたＢＰ６０７４細胞において、ＰＰＭ１ＡレベルのＲＴ－ｑＰＣＲ分析を行った結果を表す棒グラフを示す図である。すべての実験を三重で実施した（ｎ＝３）。 ＲＴ－ｑＰＣＲにより評価したときのＰＰＭ１Ａの量を表す棒グラフを示す図である。ＳＹ５Ｙ細胞を、未処置のまま放置し、トランスフェクション試薬単独（「リポフェクタミン３０００単独」）で処置し、または様々な濃度（５ｎＭ、２０ｎＭ、５０ｎＭ、２００ｎＭ、もしくは５００ｎＭ）のＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ ＱＰＡ－１３７１、ｓｉＲＮＡ対照（「ｓｉ対照」、５０ｎＭ）、もしくはＰＰＭ１Ａ ｓｉＲＮＡ（「ｓｉＰＰＭ１Ａ、」５０ｎＭ）でトランスフェクトした。ＲＴ－ｑＰＣＲを、トランスフェクションから４８時間後に実施した。 ＲＴ－ｑＰＣＲにより評価したときのＰＰＭ１Ａの量を表す棒グラフを示す図である。ＳＹ５Ｙ細胞を、未処置のまま放置し、トランスフェクション試薬単独（「エンドポーター単独」）で処置し、または様々な濃度（５ｎＭ、２０ｎＭ、５０ｎＭ、２００ｎＭ、もしくは５００ｎＭ）のＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ候補（ＱＰＡ－９０５、ＱＰＡ－９７２、ＱＰＡ－１０３４、ＱＰＡ－１０４５、ＱＰＡ－１３７１、またはＱＰＡ－８９５）、ｓｉＲＮＡ対照（「ｓｉ対照」、５０ｎＭ）、もしくはＰＰＭ１Ａ ｓｉＲＮＡ（「ｓｉＰＰＭ１Ａ」、５０ｎＭ）でトランスフェクトした。ＲＴ－ｑＰＣＲをトランスフェクションから４８時間後に実施した。 ウェスタンブロットにより評価したときの、総ＴＢＫ１に対するリン酸化されたＴＢＫ１の比（「ｐＴＢＫ１／ＴＢＫ１」）を、健常対照細胞における比に占める割合（％）として表す棒グラフを示す図である。ＢＰ６０７４細胞を、ＲＮＡｉＭａｘトランスフェクション試薬単独で処置し（「患者細胞」）、または５μＭのＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ候補ＱＰＡ－１０４５またはＱＰＡ－１３７１でトランスフェクトした。細胞培地をトランスフェクション後の２４時間において変更し、そして４８時間後にタンパク質を収集した（ｎ＝３；＊はｐ＜０．０５；＊＊はｐ＜０．０１）。ＧＡＰＤＨタンパク質レベルを使用して、ｐＴＢＫ１およびＴＢＫ１タンパク質レベルを標準化した。 ウェスタンブロットにより評価したときの、ＰＰＭ１Ａの量を表す棒グラフを示す図である。ＢＰ６０７４細胞を、ＲＮＡｉＭａｘトランスフェクション試薬単独で処置し（「患者細胞」）、または５μＭのＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ候補、ＱＰＡ－１０４５またはＱＰＡ－１３７１でトランスフェクトした。細胞培地を、トランスフェクション後の２４時間において変更し、そしてタンパク質を４８時間後に収集した（ｎ＝３；＊＊はｐ＜０．０１）。 様々なアンチセンスオリゴヌクレオチド候補のＲＮＡノックダウン能力の折れ線グラフを示す図であり、ＡＯＮ濃度の増加に伴うＰＰＭ１Ａ ＲＮＡの減少をＳＹ５Ｙ細胞において定量する。図４Ａは、配列番号２８９８（ＱＰＡ－９６２）のＲＮＡノックダウン能力を表し；図４Ｂは、配列番号２８９９（ＱＰＡ－９６７）のＲＮＡノックダウン能力を表し；図４Ｃは、配列番号２９００（ＱＰＡ－９７２）のＲＮＡノックダウン能力を表し；図４Ｄは、配列番号２９０１（ＱＰＡ－９７７）のＲＮＡノックダウン能力を表し；図４Ｅは、配列番号２９０２（ＱＰＡ－９８７）のＲＮＡノックダウン能力を表し；図４Ｆは、配列番号２９０３（ＱＰＡ－１０２５）のＲＮＡノックダウン能力を表し；図４Ｇは、配列番号２９０４（ＱＰＡ－１０３０）のＲＮＡノックダウン能力を表し；図４Ｈは、配列番号２９０５（ＱＰＡ－１０３４）のＲＮＡノックダウン能力を表し；図４Ｉは、配列番号２９０６（ＱＰＡ－１０４０）のＲＮＡノックダウン能力を表し；図４Ｊは、配列番号２９０７（ＱＰＡ－１０４５）のＲＮＡノックダウン能力を表し；図４Ｋは、配列番号２９０９（ＱＰＡ－１３６１）のＲＮＡノックダウン能力を表し；図４Ｌは、配列番号２９１０（ＱＰＡ－１３６６）のＲＮＡノックダウン能力を表し；図４Ｍは、配列番号２９１１（ＱＰＡ－１３７１）のＲＮＡノックダウン能力を表し；図４Ｎは、配列番号２９１２（ＱＰＡ－１３７８）のＲＮＡノックダウン能力を表し；図４Ｏは、配列番号２９１３（ＱＰＡ－１３８６）のＲＮＡノックダウン能力を表し；図４Ｐは、配列番号２８６８（ＱＰＡ－５４２）のＲＮＡノックダウン能力を表し；図４Ｑは、配列番号２８６９（ＱＰＡ－５５５）のＲＮＡノックダウン能力を表し；図４Ｒは、配列番号２８８３（ＱＰＡ－６４６）のＲＮＡノックダウン能力を表し；図４Ｓは、配列番号２８７０（ＱＰＡ－５５９）のＲＮＡノックダウン能力を表し；図４Ｔは、配列番号２９０８（ＱＰＡ－１０９８）のＲＮＡノックダウン能力を表し；図４Ｕは、配列番号２８９３（ＱＰＡ－８９５）のＲＮＡノックダウン能力を表し；図４Ｖは、配列番号２８９４（ＱＰＡ－９００）のＲＮＡノックダウン能力を表し；図４Ｗは、配列番号２８９５（ＱＰＡ－９０５）のＲＮＡノックダウン能力を表し；図４Ｘは、配列番号２８９６（ＱＰＡ－９１０）のＲＮＡノックダウン能力を表し；および図４Ｙは、配列番号２８９７（ＱＰＡ－９１５）のＲＮＡノックダウン能力を表す。 図４－１の続きである。 図４－１の続きである。 図４－１の続きである。 図４－１の続きである。 図４－１の続きである。 図４－１の続きである。 図４－１の続きである。 図４－１の続きである。 図４－１の続きである。 図４－１の続きである。 図４－１の続きである。 図４－１の続きである。 様々なアンチセンスオリゴヌクレオチド候補のＲＮＡノックダウン能力の折れ線グラフを示す図であり、ＡＯＮ濃度の増加に伴うＰＰＭ１Ａ ＲＮＡの減少を、ヒト運動ニューロンにおいて定量する。図５Ａは、配列番号２８８３（ＱＰＡ－６４６）のＲＮＡノックダウン能力を表し；図５Ｂは、配列番号２８９３（ＱＰＡ－８９５）のＲＮＡノックダウン能力を表し；図５Ｃは、配列番号２８９５（ＱＰＡ－９０５）のＲＮＡノックダウン能力を表し；図５Ｄは、配列番号２９１１（ＱＰＡ－１３７１）のＲＮＡノックダウン能力を表し；図５Ｅは、配列番号２８９６（ＱＰＡ－９１０）のＲＮＡノックダウン能力を表し；図５Ｆは、配列番号２８９７（ＱＰＡ－９１５）のＲＮＡノックダウン能力を表し；図５Ｇは、配列番号２９００（ＱＰＡ－９７２）のＲＮＡノックダウン能力を表し；図５Ｈは、配列番号２９０５（ＱＰＡ－１０３４）のＲＮＡノックダウン能力を表し；図５Ｉは、配列番号２９０６（ＱＰＡ－１０４０）のＲＮＡノックダウン能力を表し；図５Ｊは、配列番号２９０７（ＱＰＡ－１０４５）のＲＮＡノックダウン能力を表し；図５Ｋは、配列番号２８７１（ＱＰＡ－５９９）のＲＮＡノックダウン能力を表し；図５Ｌは、配列番号２８７６（ＱＰＡ－６０６）のＲＮＡノックダウン能力を表し；図５Ｍは、配列番号２８８０（ＱＰＡ－６２５）のＲＮＡノックダウン能力を表し；図５Ｎは、配列番号２８８１（ＱＰＡ－６４２）のＲＮＡノックダウン能力を表し；図５Ｏは、配列番号２８８２（ＱＰＡ－６４４）のＲＮＡノックダウン能力を表し；図５Ｐは、配列番号２８８４（ＱＰＡ－６４８）のＲＮＡノックダウン能力を表し；図５Ｑは、配列番号２８８５（ＱＰＡ－６５０）のＲＮＡノックダウン能力を表し；図５Ｒは、配列番号２８８６（ＱＰＡ－６５２）のＲＮＡノックダウン能力を表し；図５Ｓは、配列番号２８８７（ＱＰＡ－６５５）のＲＮＡノックダウン能力を表し；図５Ｔは、配列番号２８８８（ＱＰＡ－６５６）のＲＮＡノックダウン能力を表し；図６Ａは、配列番号２８７２（ＱＰＡ－６０２）のＲＮＡノックダウン能力を表し；図６Ｂは、配列番号２８７３（ＱＰＡ－６０３）のＲＮＡノックダウン能力を表し；図６Ｃは、配列番号２８７４（ＱＰＡ－６０４）のＲＮＡノックダウン能力を表し；図６Ｄは、配列番号２８７５（ＱＰＡ－６０５）のＲＮＡノックダウン能力を表し；図６Ｅは、配列番号２８７７（ＱＰＡ－６０７）のＲＮＡノックダウン能力を表し；図６Ｆは、配列番号２８７８（ＱＰＡ－６０８）のＲＮＡノックダウン能力を表し；図６Ｇは、配列番号２８７９（ＱＰＡ－６０９）のＲＮＡノックダウン能力を表し；図６Ｈは、配列番号２８８９（ＱＰＡ－７０８）のＲＮＡノックダウン能力を表し；図６Ｉは、配列番号２８９０（ＱＰＡ－７０９）のＲＮＡノックダウン能力を表し；図６Ｊは、配列番号２８９１（ＱＰＡ－７９４）のＲＮＡノックダウン能力を表し；および図６Ｋは、配列番号２８９２（ＱＰＡ－７９５）のＲＮＡノックダウン能力を表す。 図５－１の続きである。 図５－１の続きである。 図５－１の続きである。 図５－１の続きである。 図５－１の続きである。 図５－１の続きである。 図５－１の続きである。 図５－１の続きである。 図５－１の続きである。 図５－１の続きである。 図５－１の続きである。 図５－１の続きである。 図５－１の続きである。 図５－１の続きである。 図５－１の続きである。 ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ（ＱＰＡ－８９５、ＱＰＡ－９０５、ＱＰＡ－９１５、ＱＰＡ－１０４５、ＱＰＡ－１３７１、およびＱＰＡ－６４６）を使用して処置した後の、２つのＡＬＳ ｉＰＳＣ系統（ＴＢＫ１およびＣ９ｏｒｆ７２）におけるＰＰＭ１Ａ発現の低下を示す図である。 図７－１の続きである。 コレステロールコンジュゲート基を有するＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ（ＱＰＡ－６０６－Ｃ、ＱＰＡ－６４２－Ｃ、ＱＰＡ－６４４－Ｃ）を使用した処置に応答する、ヒト運動ニューロンにおけるＰＰＭ１Ａ相対量の減少を示す図である。 ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ（ＱＰＡ－６４６およびＱＰＡ－９１５）を使用した処置に応答する、ＰＰＭ１Ａタンパク質の低下を示す図である。 ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ（ＱＰＡ－６４２、ＱＰＡ－６４６、ＱＰＡ－１３７１、ＱＰＡ－９０５、およびＱＰＡ－９１５）を使用した処置に応答する、野生型ｉＰＳＣ由来の運動ニューロンにおけるＰＰＭ１Ａタンパク質レベルの減少を示す図である。 ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ（ＱＰＡ－６４６およびＱＰＡ－９０５）を使用して処置したヒト運動ニューロンにおける、ウェスタンブロット分析の定性的および定量的結果を示す図である。 ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ（ＱＰＡ－６４６）を使用して処置した野生型ｉＰＳＣ由来のヒト運動ニューロンにおける、ウェスタンブロット分析の定性的および定量的結果を示す図である。 図１２－１の続きである。 ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ（ＱＰＡ－９０５、ＱＰＡ－１０４５、およびＱＰＡ－８９５）を使用した処置に応答する、タンパク質毒性ストレス神経変性モデルにおける細胞生存のレスキューの割合（％）を示す図である。
本開示の特性およびその他の詳細事項が、ここでより具体的に記載される。本発明についてさらに説明する前に、本明細書、実施例、および添付の特許請求の範囲において採用された所与の用語をここにまとめる。これらの定義は、本開示の残りの部分も考慮して読み取られ、また当業者により理解される通りであるべきである。別途定義されない限り、本明細書で使用されるすべての技術的および科学的用語は、当業者により一般的に理解される意味と同一の意味を有する。
定義
用語「～を処置する」、「処置」、「～を処置すること」等は、所望の薬理学的および／または生理学的効果を取得することを一般的に意味するのに、本明細書において使用される。効果は、疾患および／または疾患に帰属される副作用の部分的または完全な治癒に関して治療的であり得る。用語「処置」は、本明細書で使用される場合、哺乳動物、特にヒトにおける疾患のあらゆる処置をカバーし、そして（ａ）疾患を阻害すること、例えば疾患の重症度もしくは範囲が増加するのを防止すること；（ｂ）疾患を軽減すること、例えば疾患の一部もしくは全部について改善を引き起こすこと；または（ｃ）疾患の再発を防止すること、例えば疾患の症状の処置または疾患の処置についてこれまでに奏功した後、疾患が活動状態に逆戻りすることを防止することが含まれる。
「～を予防すること」には、臨床症状、合併症、または態状、障害、疾患、または状態に罹患している、または罹患しやすいと考えられるが、しかし態状、障害、疾患、または状態の臨床的または亜臨床的症状をいまだ経験していない、または呈さない対象において発現する態状、障害、疾患、または状態の生化学的兆候の発生を遅延させることが含まれる。「～を予防すること」には、臨床症状、合併症、または対象におけるもしくは対象において発現する態状、障害、疾患、もしくは状態の生化学的兆候を予防的に処置することを含む、対象におけるまたは対象において発現する態状、障害、疾患、または状態を予防的に処置することが含まれる。
用語「薬学的に許容される担体」または「薬学的に許容される賦形剤」とは、本明細書で使用される場合、薬学的投与に適合するあらゆるすべての溶媒、分散媒体、コーティング、等張剤および吸収遅延剤等を交換可能に指す。薬学的に活性な物質のためのそのような媒体および薬剤の使用は、当技術分野において周知されている。組成物は、補足的、付加的、または増強的な治療機能を提供するその他の活性化合物も含み得る。
用語「薬学的組成物」とは、１つまたは複数の薬学的に許容される賦形剤と共に製剤化される、本明細書で使用されるような、少なくとも１つの生物学的に活性な化合物、例えば本明細書に開示されるようなＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＯＮ）を含む組成物を指す。
「個体」、「患者」、または「対象」は、交換可能に使用され、そして哺乳動物、好ましくはマウス、ラット、その他の齧歯類、ウサギ、イヌ、ネコ、ブタ、ウシ、ヒツジ、ウマ、またはヒト以外の霊長類、最も好ましくはヒトを含む、任意の動物を含む。本発明の化合物は、哺乳動物、例えばヒト等に投与可能であるが、しかしその他の哺乳動物、例えば獣医学的処置を必要とする動物等、例えば飼育動物（例えばイヌ、ネコ等）、家畜（例えばウシ、ヒツジ、ブタ、ウマ等）、および実験動物（例えばラット、マウス、モルモット、ヒト以外の霊長類等にも投与可能である。一部の実施形態では、本発明の方法において処置される哺乳動物は、望ましくは、ＰＰＭ１Ａの発現および／または活性の調節が望まれる哺乳動物である。
ＡＬＳ、ＦＴＤ、ＦＴＤを伴うＡＬＳ、または別の神経学的疾患もしくは運動ニューロン疾患に罹患した患者は、疾患を有すると診断された患者、または疾患の症状を呈する患者であり得る。ＡＬＳ、ＦＴＤ、ＦＴＤを伴うＡＬＳ、または別の神経学的疾患もしくは運動ニューロン疾患に罹患している患者は、これまでに疾患に罹患し、疾患および／または疾患症状から回復し、あるいは完全または部分的な改善を経験した後、疾患または疾患症状の完全または部分的な再発を経験する患者であり得る。ＡＬＳ、ＦＴＤ、ＦＴＤを伴うＡＬＳ、あるいは別の神経学的疾患または運動ニューロン疾患もしくは状態に罹患している患者は、疾患または状態の徴候と関連する遺伝子突然変異を内包する患者であり得る。例えば、ＡＬＳに罹患している患者は、ＳＯＤ１、Ｃ９ｏｒｆ７２、アタキシン２（ＡＴＸＮ２）、荷電多小胞体タンパク質２Ｂ（ＣＨＭＰ２Ｂ）、ダイナクチン１（ＤＣＴＮ１）、ヒト上皮増殖因子受容体４（ＥＲＢＢ４）、ＦＩＧ４ホスホイノシチド５－ホスファターゼ（ＦＩＧ４）、ＮＩＭＡ関連キナーゼ１（ＮＥＫ１）、ヘテロ核リボヌクレオタンパク質Ａ１（ＨＮＲＮＰＡ１）、神経フィラメント重鎖（ＮＥＦＨ）、ペリフェリン（ＰＲＰＨ）、ＴＡＲ ＤＮＡ結合タンパク質４３（ＴＤＰ４３またはＴＡＲＤＰ）、フューズド・イン・サルコーマ（Fused in Sarcoma）（ＦＵＳ）、ユビキリン－２（ＵＢＱＬＮ２）、キネシンファミリーメンバー５Ａ（ＫＩＦ５Ａ）、バロシン含有タンパク質（ＶＣＰ）、アルシン（ＡＬＳ２）、セナタキシン（ＳＥＴＸ）、シグマ非オピオイド細胞内受容体１（ＳＩＧＭＡＲ１）、サバイバル・オブ・モーターニューロン１／テロメア（ＳＭＮ１）、痙性対麻痺１１／常染色体劣性（ＳＰＧ１１）、一過性受容器電位カチオンチャンネルサブファミリーＭメンバー７（ＴＲＰＭ７）、小胞関連膜タンパク質関連タンパク質Ｂ／Ｃ（ＶＡＰＢ）、アンジオゲニン（ＡＮＧ）、プロフィリン－１（ＰＦＮ１）、マトリン－３（ＭＡＴＲ３）、コイルドコイル－へリックス－コイルドコイル－へリックスドメイン含有１０（ＣＨＣＨＤ１０）、チューブリン、アルファ４Ａ（ＴＵＢＡ４Ａ）、ＴＢＫ１、Ｃ２１ｏｒｆ２、セクエストソーム－１（ＳＱＳＴＭ１、ユビキチン結合タンパク質ｐ６２としても知られている）、および／またはオプチニューリン（ＯＰＴＮ）のいずれかにおいて、遺伝子突然変異を内包する患者であり得るが、特に、突然変異は、ＡＬＳまたはＡＬＳの高発症リスクと関連する。
ＡＬＳ、ＦＴＤ、ＦＴＤを伴うＡＬＳ、または別の神経学的疾患または運動ニューロン疾患のリスクに晒されている患者には、疾患の家族歴もしくは疾患に対する遺伝的素因を有する患者（例えば、高疾患リスクと関連する遺伝子突然変異を内包する患者）、または疾患リスクを増加させる環境因子に曝露された患者が含まれ得る。例えば、患者が、ＳＯＤ１、Ｃ９ｏｒｆ７２、ＡＴＸＮ２、ＣＨＭＰ２Ｂ、ＤＣＴＮ１、ＥＲＢＢ４、ＦＩＧ４、ＨＮＲＮＰＡ１、ＮＥＦＨ、ＰＲＰＨ、ＮＥＫ１、ＴＤＰ４３、ＦＵＳ、ＵＢＱＬＮ２、ＫＩＦ５Ａ、ＶＣＰ、ＡＬＳ２、ＳＥＴＸ、ＳＩＧＭＡＲ１、ＳＭＮ１、ＳＰＧ１１、ＴＲＰＭ７、ＶＡＰＢ、ＡＮＧ、ＰＦＮ１、ＭＡＴＲ３、ＣＨＣＨＤ１０、ＴＵＢＡ４Ａ、ＴＢＫ１、ＳＱＳＴＭ１、Ｃ２１ｏｒｆ２、および／またはＯＰＴＮのいずれかにおいて突然変異を内包する場合、特に、突然変異がＡＬＳまたは高ＡＬＳ発症リスクと関連する場合に、患者はＡＬＳのリスクに晒されている可能性がある。リスクに晒されている患者には、ＡＬＳ、ＦＴＤ、ＦＴＤを伴うＡＬＳ、または別の神経学的疾患もしくは運動ニューロン疾患との同時罹患率が高い疾患または状態を有すると診断された患者も含まれ得る（例えば、ＡＬＳ、ＦＴＤ、および延髄発現型ＡＬＳの家族歴において、そのより高いオッズと有意に関連する認知症に罹患している患者（Trojsi, F., et al. (2017) “Comorbidity of dementia with amyotrophic lateral sclerosis (ALS): insights from a large multicenter Italian cohort” J Neurol 264: 2224-31)を参照）。
本明細書で使用される場合、「ＰＰＭ１Ａ」（プロテインホスファターゼ、Ｍｇ２＋／Ｍｎ２＋依存性１Ａ、プロテインホスファターゼ１Ａ（以前は２Ｃ）、マグネシウム依存性、アルファアイソフォーム、プロテインホスファターゼ１Ａ、ＥＣ３．１．３．１６、プロテインホスファターゼ２Ｃアイソフォームアルファ、プロテインホスファターゼＩＡ、ホスファターゼ２Ｃアルファ、ＰＰ２Ｃ－アルファ、ＰＰＰＭ１Ａ、およびＰＰ２ＣＡとしても知られている）とは、Ｅｎｔｒｅｚ遺伝子番号５４９４により特定される遺伝子または遺伝子産物（例えば、遺伝子によりコードされるタンパク質またはｍＲＮＡ転写物（プレｍＲＮＡを含む））、およびその対立遺伝子バリアント、ならびにヒト以外の種（例えば、ヒト以外の霊長類またはマウス）に見出されるオルソログを指す。
本明細書で使用される場合、「ＴＢＫ１」（セリン／トレオニンプロテインキナーゼＴＢＫ１、ＮＦ－κ－Ｂ活性化キナーゼ、Ｔ２Ｋ、ＮＡＫ、ＥＣ２．７．１１、ＦＴＤＡＬＳ４３、ＩＩＡＥ８、およびＴＡＮＫ結合キナーゼ１としても知られている）とは、Ｅｎｔｒｅｚ遺伝子番号２９１１０により特定される遺伝子または遺伝子産物（例えば、遺伝子によりコードされるタンパク質またはｍＲＮＡ転写物（プレｍＲＮＡを含む））、およびその対立遺伝子バリアント、ならびにヒト以外の種（例えば、ヒト以外の霊長類またはマウス）に見出されるオルソログを指す。
本明細書では、用語「治療有効量」とは、研究者、獣医師、医師、またはその他の臨床医による探求対象とされている組織、システム、動物、またはヒトの生物学的または医学的応答を誘発する、対象ＰＰＭ１Ａ阻害剤の量を意味する。本発明のＰＰＭ１Ａ阻害剤は、疾患、状態、障害、または態状、例えば、ＡＬＳ、ＦＴＤ、ＦＴＤを伴うＡＬＳ、あるいは別の運動ニューロン疾患または神経学的疾患もしくは状態を処置および／または予防するために、治療有効量で投与される。代替的に、ＰＰＭ１Ａ阻害剤の治療有効量とは、所望の治療上および／または予防上の効果を実現するのに必要とされる量、例えばＴＢＫ１阻害、ＴＢＫ１活性の減少、または望ましくないもしくは有害なＰＰＭ１Ａ活性と関連する疾患と関連する症状の予防または減少を引き起こす量等である。
用語「ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ」または「ＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド」とは、ＰＰＭ１Ａ遺伝子産物、例えばＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡ転写物等の一部分に対して相補的であるアンチセンスオリゴヌクレオチドを指す。ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮの例として、配列番号２～９５５もしくは配列番号１９１０～２８６３のいずれか１つの配列を有するＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ、または配列番号２８６８～２９５９のいずれか１つの配列を有するＰＰＭ１Ａギャップマー（Gapmer）ＡＯＮが挙げられる。「ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ」には、ＰＰＭ１ＡギャップマーＡＯＮがさらに含まれる。
用語「ＰＰＭ１ＡギャップマーＡＯＮ」とは、「５→３」方向で、５’ウィング領域、センター領域、および３’ウィング領域を含む、少なくとも３つの異なる構造的領域を有するＰＰＭ１Ａ ＡＯＮを指す。センター領域は、ＲＮＡｓｅＨの導入および活性化を可能にするヌクレオシドのストレッチを含む。例えば、センター領域は、結合型ＤＮＡヌクレオシド、２’－フルオロアラビノ核酸（ＦＡＮＡ）、7およびフルオロシクロヘキセニル核酸（Ｆ－ＣｅＮＡ）を含む。
用語「薬学的に許容される塩（複数可）」とは、本明細書で使用される場合、本組成物において使用される、ＰＰＭ１Ａ阻害剤内に存在し得る酸性基または塩基性基の塩を指す。本組成物内に含まれるＰＰＭ１Ａ阻害剤は本質的に塩基性であり、様々な無機酸および有機酸と共に、多種多様な塩を形成することができる。そのような塩基性化合物の薬学的に許容される酸付加塩を調製するのに使用され得る酸は、無毒性の酸付加塩、例えばリンゴ酸塩、シュウ酸塩、塩化物、臭化物、ヨウ化物、硝酸塩、硫酸塩、硫酸水素塩、リン酸塩、酸性リン酸塩、イソニコチン酸塩、酢酸塩、乳酸塩、サリチル酸塩、クエン酸塩、酒石酸塩、オレイン酸塩、タンニン酸塩、パントテン酸塩、酒石酸水素塩、アスコルビン酸塩、コハク酸塩、マレイン酸塩、ゲンチシネート（gentisinate）、フマル酸塩、グルコン酸塩、グルクロン酸、サッカリン酸塩、ギ酸塩、安息香酸塩、グルタミン酸塩、メタンスルホン酸塩、エタンスルホン酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、ｐ－トルエンスルホン酸塩、およびパモ酸塩（例えば、１，１’－メチレン－ビス－（２－ヒドロキシ－３－ナフトエ酸））の各塩を含む、ただしこれらに限定されない、薬理学的に許容される陰イオンを含有する塩を形成する酸である。本組成物に含まれるＰＰＭ１Ａ阻害剤はアミノ部分を含み、同部分は上記した酸に加えて、様々なアミノ酸と薬学的に許容される塩を形成し得る。本質的に酸性である本組成物に含まれる化合物は、様々な薬理学的に許容されるカチオンとベース塩を形成することができる。そのような塩の例として、アルカリ金属またはアルカリ土類金属の塩、特に、カルシウム、マグネシウム、ナトリウム、リチウム、亜鉛、カリウム、および鉄の塩が挙げられる。本開示の薬学的に許容される塩は、例えば、配列番号２～９５５、配列番号１９１０～２８６３、配列番号２８６８～２９１３、および配列番号２９１４～２９５９のいずれかのヌクレオチドの配列を含む、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮの薬学的に許容される塩を含む。
本開示のＰＰＭ１Ａ阻害剤は、１つまたは複数のキラル中心、基、結合、および／または二重結合を含有する可能性があり、したがって立体異性体、例えば幾何異性体、エナンチオマー、またはジアステレオマー等として存在する。用語「立体異性体」は、本明細書で使用されるとき、あらゆる幾何異性体、エナンチオマー、またはジアステレオマーから構成される。これらの化合物は、ステレオジェニック原子、例えばステレオジェニックな炭素、リン、またはイオウ原子を取り囲む置換基のコンフィギュレーションに依存して、記号「Ｒ」または「Ｓ」（または「Ｒｐ」もしくは「Ｓｐ」）と命名され得る。一部の実施形態では、化合物の１つまたは複数の結合は、ＲｐまたはＳｐコンフィギュレーションを有し得る（例えば、１つまたは複数のホスホロチオエート結合はＲｐまたはＳｐコンフィギュレーションを有する）。各ホスホロチオエート結合のコンフィギュレーションは、他方のホスホロチオエート結合と独立であり得る（例えば、１つのホスホロチオエート結合がＲｐコンフィギュレーションを有し、また第２のホスホロチオエート結合はＳｐコンフィギュレーションを有する）。本発明は、これらの化合物およびその混合物について、様々な立体異性体を包含する。立体異性体には、エナンチオマーおよびジアステレオマーが含まれる。エナンチオマーまたはジアステレオマーの混合物は、命名法において「（±）」と表される場合もあるものの、当業者は、構造はキラル中心を暗黙的に示唆し得るものと認識する。本発明のＰＰＭ１Ａ阻害剤の個々の立体異性体は、不斉中心もしくはステレオジェニックセンターを含有する市販の出発物質から合成により、またはラセミ混合物の調製と、それに続く当業者にとって周知の分割法により調製され得る。このような分割方法は、（１）エナンチオマーの混合物を不斉補助剤に連結させ、再結晶化もしくはクロマトグラフィーにより、得られたジアステレオマーの混合物を分離し、そして光学的に純粋な生成物を補助剤から遊離させること、（２）光学的に活性な分割剤を利用する造塩、または（３）キラルクロマトグラフ用カラム上で光学エナンチオマーの混合物を直接分離することにより例示される。立体異性混合物は、周知の方法、例えばキラル相ガスクロマトグラフィー、キラル相超臨界流体クロマトグラフィー、キラル相擬似移動床式クロマトグラフィー、キラル相高性能液体クロマトグラフィー、キラル塩複合体として化合物を結晶化させること、またはキラル溶媒中で化合物を結晶化させること等により、その立体異性体コンポーネントに分割可能である。立体異性体は、周知の不斉合成法により、立体異性的に（stereomerically）純粋な中間体、試薬、および触媒から得ることも可能である。
本発明のＰＰＭ１Ａ阻害剤の個々の立体異性体は、非対称中心または不斉中心を含有する市販の出発物質から合成により、またはラセミ混合物の調製と、それに続く当業者にとって周知の分割法により調製可能である。このような分割方法は、（１）エナンチオマーの混合物を不斉補助剤に連結させ、再結晶化もしくはクロマトグラフィーにより、得られたジアステレオマーの混合物を分離し、そして光学的に純粋な生成物を補助剤から遊離させること、（２）光学的に活性な分割剤を利用する造塩、または（３）キラルクロマトグラフ用カラム上で光学エナンチオマーの混合物を直接分離することにより例示される。立体異性混合物は、周知の方法、例えばキラル相超臨界流体クロマトグラフィー、キラル相擬似移動床式クロマトグラフィー、キラル相ガスクロマトグラフィー、キラル相高性能液体クロマトグラフィー、キラル塩複合体として化合物を結晶化させること、またはキラル溶媒中で化合物を結晶化させること等により、その立体異性体コンポーネントに分割可能である。立体異性体は、周知の非対称合成法により、立体異性的に（stereomerically）純粋な中間体、試薬、および触媒から得ることも可能である。
本明細書で開示される、ＰＰＭ１Ａ阻害剤は、薬学的に許容される溶媒、例えば水、エタノール等と共に溶媒和形態ならびに非溶媒和形態で存在することができ、また本発明は、溶媒和形態および非溶媒和形態の両方を包含するように意図されている。
本発明は、１つまたは複数の原子が、天然において最も豊富に見出される原子質量または質量数とは異なる原子質量または質量数を有する原子に置き換わっている点を除き、本明細書において引用されたものと同一である、同位体標識された本発明の化合物（例えば、同位体標識された、ＰＰＭ１Ａ阻害剤）も包含する。本発明の化合物に組込み可能である同位体の例として、水素、炭素、窒素、酸素、リン、フッ素、および塩素の同位体、例えば２Ｈ、３Ｈ、１１Ｃ、１３Ｃ、１４Ｃ、１５Ｎ、１８Ｏ、１７Ｏ、３１Ｐ、３２Ｐ、３５Ｓ、１８Ｆ、および３６Ｃｌ等がそれぞれ挙げられる。
ある特定の同位体標識された本開示の化合物（例えば、３Ｈおよび１４Ｃを用いて標識された化合物）は、化合物および／または基質の組織分布アッセイにおいて有用である。トリチウム標識（すなわち３Ｈ）および炭素１４（すなわち１４Ｃ）同位体は、調製および検出可能性においてそれらが容易であることから特に好ましい。さらに、より重い同位体、例えば重水素（すなわち２Ｈ）等を用いて置換すれば、代謝安定性の増大（例えば、ｉｎ ｖｉｖｏでの半減期の延長または投薬要求量の低減）に起因する、しかるべき治療上の長所をもたらすことができ、したがっていくつかの状況において好ましいと考えられる。
本明細書で使用される場合、「２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）」（２’－ＭＯＥおよび２’－Ｏ（ＣＨ２）２ＯＣＨ３、およびＭＯＥも同様に）とは、フラノース環の２’位置におけるＯ－メトキシエチル改変を指す。２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）で改変された糖は、改変型糖である。
本明細書で使用される場合、「２’－ＭＯＥヌクレオシド」（２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）ヌクレオシドも同様）とは、２’－ＭＯＥ改変型糖部分を含むヌクレオシドを意味する。
本明細書で使用される場合、「２’－置換型ヌクレオシド」とは、フラノース環の２’位において、ＨまたはＯＨを除く置換基を含むヌクレオシドを意味する。ある特定の実施形態では、２’置換型ヌクレオシドは、二環式糖修飾を有するヌクレオシドを含む。
本明細書で使用される場合、「二環式糖」とは、２つの原子の架橋により改変されたフラノース環を意味する。二環式糖は改変型の糖である。
本明細書で使用される場合、「二環式ヌクレオシド」（ＢＮＡも同様に）とは、架橋（糖環の２つの炭素原子を結びつけ、これにより二環式環系を形成する）を含む糖部分を有するヌクレオシドを意味する。ある特定の実施形態では、架橋は、糖環の４’－炭素と２’－炭素とを結びつける。
本明細書で使用される場合、「ｃＥｔ」または「拘束エチル」とは、４’－炭素と２’－炭素とを結びつける架橋（式：４’－ＣＨ（ＣＨ３）－Ｏ－２’を有する）を含む糖部分を有する二環式ヌクレオシドを意味する。
本明細書で使用される場合、「拘束エチルヌクレオシド」（ｃＥｔヌクレオシドも同様に）とは、４’－ＣＨ（ＣＨ３）－Ｏ－２’架橋を含む二環式糖部分を含むヌクレオシドを意味する。一部の実施形態では、ｃＥｔが改変され得る。一部の実施形態では、ｃＥｔはＳ－ｃＥｔであり得る。一部のその他の実施形態では、ｃＥｔはＲ－ｃＥｔであり得る。
本明細書で使用される場合、「ヌクレオシド間結合」とは、糖の３’および５’位置または糖模倣体の対応する位置に結合している原子または基を指す。一部の実施形態では、本明細書で使用される場合、「非天然結合」とは、「改変されたヌクレオシド間結合」を指す。
本明細書で使用される場合、オリゴヌクレオチドの文脈において「連続」とは、相互に直に隣接したヌクレオシド、核酸塩基、糖部分、またはヌクレオシド間結合を指す。例えば、「連続核酸塩基」とは、配列において相互に直に隣接した核酸塩基を意味する。
本明細書で使用される場合、「改変型核酸塩基」とは、アデニン、シトシン、グアニン、チミン、またはウラシル以外の任意の核酸塩基を意味する。改変型核酸塩基の例として、５－メチルシトシン、プソイドウリジン、または５－メトキシウリジンが挙げられる。「非改変型核酸塩基」とは、プリン塩基のアデニン（Ａ）およびグアニン（Ｇ）、ならびにピリミジン塩基のチミン（Ｔ）、シトシン（Ｃ）、およびウラシル（Ｕ）を意味する。
本明細書で使用される場合、「５－メチルシトシン」とは、５位に連結したメチル基で改変されたシトシンを意味する。５－メチルシトシンは改変型核酸塩基である。
本明細書で使用される場合、「改変型ヌクレオシド」とは、改変型糖部分および／または改変型核酸塩基を独立して有するヌクレオシドを意味する。ユニバーサル塩基は、５種類の非改変型核酸塩基のいずれとも対形成することができる改変型核酸塩基である。改変型ヌクレオシドには、核酸塩基を欠く無塩基ヌクレオシドが含まれる。
本明細書で使用される場合、「結合型ヌクレオシド」は、連続した配列で結びついているヌクレオシドである（すなわち、結合しているヌクレオシドの間に、追加のヌクレオシドが存在しない）。
本明細書で使用される場合、「ハイブリダイゼーション」とは、相補的オリゴヌクレオチドおよび／または核酸のペアリングまたはアニーリングを意味する。特定の機構に限定されるわけではないものの、ハイブリダイゼーションの最も一般的な機構は、水素結合（相補的核酸塩基間のワトソン・クリック型、フーグスティーン型または逆フーグスティーン型の水素結合であり得る）と関係する。
本明細書で使用される場合、「活性の量を増加させる」とは、未処置試料または対照試料における転写発現または活性と比較して、活性が増加していることを指す。
本明細書で使用される場合、「ミスマッチ」または「非相補的核酸塩基」とは、第１の核酸の核酸塩基が、第２の核酸または標的核酸の対応する核酸塩基と対形成することができない場合を指す。
本明細書で使用される場合、「改変されたヌクレオシド間結合」とは、天然に存在するヌクレオシド間結合の置換またはそれからの任意の変化を指す（例えば、ホスホジエステルヌクレオシド間結合）。「ホスホロチオエート結合」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合の非架橋酸素原子の１つがイオウ原子と置換している改変されたヌクレオシド間結合である。
本明細書で使用される場合、「改変型オリゴヌクレオチド」とは、少なくとも１つの改変型ヌクレオシド間結合、改変型糖、および／または改変型核酸塩基を含むオリゴヌクレオチドを意味する。
本明細書で使用される場合、「改変型糖」または「改変型糖部分」とは、改変型フラノシル糖部分、または核酸塩基を、別の基、例えばオリゴヌクレオチド内のヌクレオシド間結合、コンジュゲート基、または末端基等に結合させることができる、フラノシル部分以外の部分を有する改変型糖部分を意味する。
本明細書で使用される場合、「モノマー」とは、オリゴマーの単一ユニットを意味する。モノマーとして、非限定的に、ヌクレオシドおよびヌクレオチドが挙げられるが、ただし天然に存在するか、または改変型であるかを問わない。
本明細書で使用される場合、「モチーフ」とは、アンチセンス化合物内の非改変型および改変型ヌクレオシドのパターンを意味する。
本明細書で使用される場合、「天然の糖部分」とは、ＤＮＡ（２’－Ｈ）またはＲＮＡ（２’－ＯＨ）に見出される糖部分を意味する。
本明細書で使用される場合、「天然に存在するヌクレオシド間結合」とは、３’と５’とのホスホジエステル結合を意味する。
本明細書で使用される場合、「核酸塩基」とは、別の核酸の塩基と対形成することができる複素環部分を意味する。
本明細書で使用される場合、「核酸塩基相補性」とは、別の核酸塩基と塩基対形成することができる核酸塩基を指す。例えば、ＤＮＡでは、アデニン（Ａ）は、チミン（Ｔ）に対して相補的である。例えば、ＲＮＡでは、アデニン（Ａ）は、ウラシル（Ｕ）に対して相補的である。ある特定の実施形態では、相補的核酸塩基とは、その標的核酸の核酸塩基と塩基対形成することができるアンチセンス化合物の核酸塩基を指す。例えば、アンチセンス化合物のある特定位置にある核酸塩基が、標的核酸のある特定位置にある核酸塩基と水素結合することができる場合、オリゴヌクレオチドと標的核酸との間の水素結合の位置は、当該核酸塩基対において相補的と考えられる。
本明細書で使用される場合、「核酸塩基の配列」とは、連続する核酸塩基の順番を意味し、糖、結合、および／または核酸塩基修飾のいずれにも無関係である。
本明細書で使用される場合、「ヌクレオシド」とは、糖と結合した核酸塩基を意味する。用語「ヌクレオシド」には、改変型糖部分および／または改変型核酸塩基を独立して有する「改変型ヌクレオシド」も含まれる。
本明細書で使用される場合、「ヌクレオシド模倣体」は、糖または糖および塩基を置換するのに使用される構造を含み、オリゴマー化合物の１つまたは複数の位置における結合を必ずしも含むものではなく、例えばヌクレオシド模倣体は、モルホリノ、シクロヘキセニル、シクロヘキシル、テトラヒドロピラニル、ビシクロ、またはトリシクロ糖模倣体、例えば非フラノース糖単位を有する。ヌクレオチド模倣体には、ヌクレオシドを置換するのに使用される構造、およびオリゴマー化合物、例えばペプチド核酸等の１つまたは複数の位置における結合、またはモルホリノ類（－Ｎ（Ｈ）－Ｃ（＝Ｏ）－Ｏ－によって結合したモルホリノ類またはその他の非ホスホジエステル結合）等が含まれる。糖代替物は、わずかにより広い用語であるヌクレオシド模倣体と重複するが、しかし糖単位（フラノース環）のみの置換を表すように意図されている。本明細書に提示されるテトラヒドロピラニル環は、フラノース糖基がテトラヒドロピラニル環系と置き換わっている糖代替物の１例を例証する。「模倣体」とは、糖、核酸塩基、および／またはヌクレオシド間結合について置換されている基を指す。一般的に、模倣体は、糖または糖－ヌクレオシド間結合の組合せの代わりに使用され、そして核酸塩基は、選択された標的に対するハイブリダイゼーションのために維持されている。
本明細書で使用される場合、「ヌクレオチド」とは、ヌクレオシドの糖部分と共有結合したリン酸基を有するヌクレオシドを意味する。
本明細書で使用される場合、「オリゴマー化合物」または「オリゴマー」とは、核酸分子の少なくともある１つの領域に対してハイブリダイズすることができる結合型単量体サブユニットのポリマーを意味する。
本明細書で使用される場合、「オリゴヌクレオチド」とは、結合型ヌクレオシドのポリマーを意味し、そのそれぞれは、相互に独立して改変型または非改変型であり得る。
本開示は、患者における神経学的疾患、例えば、非限定的に、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）、ＦＴＤを伴うＡＬＳ、アルツハイマー病（ＡＤ）、パーキンソン病（ＰＤ）、ハンチントン病、腕神経叢損傷、末梢神経損傷、進行性核上性麻痺（ＰＳＰ）、頭部外傷、脊髄損傷、皮質基底核変性症（ＣＢＤ）および／またはニューロパシー、例えば化学療法誘発性ニューロパシー等、脊髄小脳失調症（ＳＣＡ）、ニーマン・ピック病Ｃ型（ＮＰＣ）、シャルコー・マリー・トゥース病（ＣＭＴ）、ムコ多糖症ＩＩ型（ＭＰＳＩＩＡ）、ムコリピドーシスＩＶ、ＧＭ１ガングリオシド蓄積症、孤発性封入体筋炎（ｓＩＢＭ）、ヘノッホ・シェーンライン紫斑病（ＨＳＰ）、およびゴーシェ病等を処置、改善、または予防するための方法であって、ＰＰＭ１Ａの活性および／または発現を阻害し、ならびに／あるいはＴＢＫ１の発現、リン酸化、および／または活性を増加させるのに有効なＰＰＭ１Ａ阻害剤を患者に対して投与するステップを含み、ただし組成物が治療有効量のＰＰＭ１Ａ阻害剤および薬学的に許容される賦形剤を含む、方法を提示する。神経学的疾患、例えば、非限定的に、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）、ＦＴＤを伴うＡＬＳ、アルツハイマー病（ＡＤ）、パーキンソン病（ＰＤ）、ハンチントン病、腕神経叢損傷、末梢神経損傷、進行性核上性麻痺（ＰＳＰ）、頭部外傷、脊髄損傷、皮質基底核変性症（ＣＢＤ）および／またはニューロパシー、例えば化学療法誘発性ニューロパシー等、脊髄小脳失調症（ＳＣＡ）、ニーマン・ピック病Ｃ型（ＮＰＣ）、シャルコー・マリー・トゥース病（ＣＭＴ）、ムコ多糖症ＩＩ型（ＭＰＳＩＩＡ）、ムコリピドーシスＩＶ、ＧＭ１ガングリオシド蓄積症、孤発性封入体筋炎（ｓＩＢＭ）、ヘノッホ・シェーンライン紫斑病（ＨＳＰ）、またはゴーシェ病等について、神経学的疾患、例えば、非限定的に、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）、ＦＴＤを伴うＡＬＳ、アルツハイマー病（ＡＤ）、パーキンソン病（ＰＤ）、ハンチントン病、腕神経叢損傷、末梢神経損傷、進行性核上性麻痺（ＰＳＰ）、頭部外傷、脊髄損傷、皮質基底核変性症（ＣＢＤ）および／またはニューロパシー、例えば化学療法誘発性ニューロパシー等、脊髄小脳失調症（ＳＣＡ）、ニーマン・ピック病Ｃ型（ＮＰＣ）、シャルコー・マリー・トゥース病（ＣＭＴ）、ムコ多糖症ＩＩ型（ＭＰＳＩＩＡ）、ムコリピドーシスＩＶ、ＧＭ１ガングリオシド蓄積症、孤発性封入体筋炎（ｓＩＢＭ）、ヘノッホ・シェーンライン紫斑病（ＨＳＰ）、またはゴーシェ病等と関連する症状により特徴づけられる状態または障害について、それらを処置、改善、または予防する方法であって、ＰＰＭ１Ａの活性および／または発現を阻害し、ならびに／あるいはＴＢＫ１の発現、リン酸化、および／または活性を増加させるのに有効な組成物を患者に対して投与するステップを含み、ただし該組成物が、治療有効量のＰＰＭ１Ａ阻害剤、例えばＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ、および薬学的に許容される賦形剤方法を含む、方法も本明細書において提示される。
例えば、一部の実施形態では、神経学的疾患、例えば、非限定的に、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）、ＦＴＤを伴うＡＬＳ、アルツハイマー病（ＡＤ）、パーキンソン病（ＰＤ）、ハンチントン病、腕神経叢損傷、末梢神経損傷、進行性核上性麻痺（ＰＳＰ）、頭部外傷、脊髄損傷、皮質基底核変性症（ＣＢＤ）および／またはニューロパシー、例えば化学療法誘発性ニューロパシー等、脊髄小脳失調症（ＳＣＡ）、ニーマン・ピック病Ｃ型（ＮＰＣ）、シャルコー・マリー・トゥース病（ＣＭＴ）、ムコ多糖症ＩＩ型（ＭＰＳＩＩＡ）、ムコリピドーシスＩＶ、ＧＭ１ガングリオシド蓄積症、孤発性封入体筋炎（ｓＩＢＭ）、ヘノッホ・シェーンライン紫斑病（ＨＳＰ）、またはゴーシェ病等を処置、改善、または予防し、あるいは神経学的疾患、例えば、非限定的に、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）、ＦＴＤを伴うＡＬＳ、アルツハイマー病（ＡＤ）、パーキンソン病（ＰＤ）、ハンチントン病、腕神経叢損傷、末梢神経損傷、進行性核上性麻痺（ＰＳＰ）、頭部外傷、脊髄損傷、皮質基底核変性症（ＣＢＤ）および／またはニューロパシー、例えば化学療法誘発性ニューロパシー等、脊髄小脳失調症（ＳＣＡ）、ニーマン・ピック病Ｃ型（ＮＰＣ）、シャルコー・マリー・トゥース病（ＣＭＴ）、ムコ多糖症ＩＩ型（ＭＰＳＩＩＡ）、ムコリピドーシスＩＶ、ＧＭ１ガングリオシド蓄積症、孤発性封入体筋炎（ｓＩＢＭ）、ヘノッホ・シェーンライン紫斑病（ＨＳＰ）、またはゴーシェ病等と関連する症状により特徴づけられる状態または障害を処置、改善、または予防するための方法は、薬学的に許容される組成物、例えば、１つまたは複数のＰＰＭ１Ａ阻害剤を含む薬学的に許容される製剤を患者に対して投与する方法を含む。ＰＰＭ１Ａ阻害剤は、ＰＰＭ１Ａ活性、例えばＰＰＭ１Ａホスファターゼ活性、および／またはＰＰＭ１Ａ発現、例えばＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡおよび／またはタンパク質の発現レベルを阻害し得る。理論に拘泥するものではないが、ＰＰＭ１Ａ阻害剤は、ＰＰＭ１Ａの活性および／または発現を阻害することができ、ならびに活性なＰＰＭ１Ａの量を減少させ、総ＴＢＫ１のより多くの割合がリン酸化された形態を保持するのを可能にすることにより、ＴＢＫ１の発現、リン酸化、および／または活性を増加させることができる。
本開示は、１つまたは複数の薬学的にまたは化粧学的に許容される賦形剤と共に製剤化された、本明細書に開示されるようなＰＰＭ１Ａ阻害剤を含む医薬組成物も提示する。このような製剤として、経口、舌下、気管内、鼻腔内、膣腔内、直腸内、局所、経皮、肺内、髄腔内、大槽内、頬側、および非経口（例えば、皮下、筋肉内、皮内、十二指腸内、または静脈内）投与に適する製剤、あるいは、例えば皮膚および／または粘膜に対して局所的に適用するのに適する組成物、例えばゲル、ペースト、ワックス、クリーム、スプレー、液体、フォーム、ローション、軟膏、局所用溶液、経皮パッチ、粉末、蒸気、またはチンキ剤の形態にある組成物の一部として、局所に使用するのに適する製剤が挙げられる。ただし、所与のケースのいずれかを問わず、投与するのに最適な形態は、処置される状態の程度や重症度、および使用される具体的なＰＰＭ１Ａ阻害剤の性質に依存する。
本発明は、ＰＰＭ１Ａ阻害剤または薬学的に許容されるその塩（例えば、配列番号２～９５５、配列番号１９１０～２８６３、配列番号２８６８～２９１３、および配列番号２９１４～２９５９のいずれかのヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ）を含む医薬組成物も提供する。
本開示は、１つまたは複数の薬学的に許容される賦形剤と共に製剤化された、本明細書に開示されるようなＰＰＭ１Ａ阻害剤（例えば、配列番号２～９５５、配列番号１９１０～２８６３、配列番号２８６８～２９１３、および配列番号２９１４～２９５９の任意の１つのＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ）を含む医薬組成物の使用を含む方法も提供する。本明細書に提示する代表的な組成物として、上記したようなＰＰＭ１Ａ阻害剤、および１つまたは複数の薬学的に許容される賦形剤を実質的に含む組成物が挙げられる。製剤として、経口、舌下、気管内、鼻腔内、直腸内、膣腔内、局所、経皮、肺内、髄腔内、大槽内、頬側、および非経口（例えば、皮下、筋肉内、皮内、十二指腸内、または静脈内）投与に適する製剤、または局所使用に適する製剤が挙げられる。所与のケースのいずれかを問わず、最も適する投与の形態は、臨床症状、合併症、または対象において予防しようと試みられている態状、障害、疾患、もしくは状態の生化学的兆候；ならびに／あるいは使用される具体的な化合物および／または組成物の性質に依存する。
ＰＰＭ１Ａ阻害剤
特定の実施形態では、ＰＰＭ１Ａレベル（例えば、ＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡまたはタンパク質レベル）および／または活性（例えば生物学的活性、例えばＰＰＭ１Ａホスファターゼ活性）は、ＰＰＭ１Ａ遺伝子またはＰＰＭ１Ａ遺伝子産物（例えば、ＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡ）を標的とする化合物または組成物を使用することで減少し得る。同様に、リン酸化されたＴＢＫ１（ｐＴＢＫ１）レベル（例えば、ｐＴＢＫ１タンパク質レベル）および／または活性（例えばＴＢＫ１の生物学的活性、例えばキナーゼ活性）は、ＰＰＭ１Ａ遺伝子またはＰＰＭ１Ａ遺伝子産物（例えば、ＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡまたはＰＰＭ１ＡプレｍＲＮＡ）を標的とする化合物または組成物を使用することで増加し得る。様々な実施形態では、そのようなＰＰＭ１Ａ阻害剤は、ＰＰＭ１Ａ遺伝子またはＰＰＭ１Ａ遺伝子産物（例えば、ＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡ）を標的とするＰＰＭ１Ａアンチセンス治療薬、例えばアンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＯＮ）である。
ＰＰＭ１Ａ阻害剤は、化合物、例えばＰＰＭ１Ａ抗体および抗体断片（例えば、ＰＰＭ１Ａモノクローナル抗体、ＰＰＭ１Ａ Ｆａｂ断片（例えば、Ｆ（ａｂ’）２およびＦａｂ’）、ＰＰＭ１可変断片（例えば、ＰＰＭ１Ａ単鎖可変断片、二量体単鎖可変断片、および単一ドメイン抗体）、およびＰＰＭ１Ａ二重特異性モノクローナル抗体）、ＰＰＭ１Ａの小分子阻害剤、ＰＰＭ１Ａのヌクレオチドベースの阻害剤（例えば、ＰＰＭ１Ａ ｓｈＲＮＡ、ＰＰＭ１Ａ ｓｉＲＮＡ、ＰＰＭ１Ａ ＰＮＡ、ＰＰＭ１Ａ ＬＮＡ、またはＰＰＭ１Ａモルホリノオリゴマー）等、またはそのような化合物を含む組成物であり得るが、ただしこれらに限定されない。
ＰＰＭ１Ａ抗体として、例えば抗ＰＰＭ１Ａ抗体ｐ６ｃ７（カタログ番号ａｂ１４８２４；Ａｂｃａｍ社、Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ、ＭＡ、米国）、抗ＰＰＭ１Ａ、クローン７Ｆ１２抗体（カタログ番号ＭＡＢ Ｓ４１５；Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ社、Ｂｕｒｌｉｎｇｔｏｎ、ＭＡ、米国）、および抗ＰＰＭ１Ａクローン４Ｅ１１（カタログ番号ＳＡＢ１４０２３１８、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ社、Ｂｕｒｌｉｎｇｔｏｎ、ＭＡ、米国）が挙げられる。
ＰＰＭ１Ａ小分子阻害剤として、植物アルカロイドのサンギナリン（Aburai et al. (2010) “Sanguinarine as a potent and specific inhibitor of protein phosphatase 2C in vitro and induces apoptosis via phosphorylation of p38 in HL60 cells” Biosci Biotechnol Biochem. 74(3):548-52を参照）が挙げられる。追加のＰＰＭ１Ａ小分子阻害剤として、タンパク質分解誘導キメラ分子（ＰＲＯＴＡＣＳ）、例えばＰＰＭ１Ａタンパク質のタンパク質分解を誘発するＰＲＯＴＡＣＳ等が挙げられる。
ＰＰＭ１Ａアンチセンス治療薬
アンチセンス治療薬は、遺伝子発現を阻害するのに使用可能である核酸ベースの化合物の1クラスである。アンチセンス治療薬は、単鎖または二本鎖デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）ベースの化合物、リボ核酸（ＲＮＡ）ベースの化合物、またはＤＮＡ／ＲＮＡの化学的類似化合物であり得る。一般的に、アンチセンス治療薬は、アンチセンス治療薬とプレｍＲＮＡまたはｍＲＮＡとの間の結合を促進するために、所与の遺伝子から転写されたｍＲＮＡまたはプレｍＲＮＡ配列に対して相補的である、またはほぼ相補的であるヌクレオチド配列を含むように設計される。理論に拘泥するものではないが、ほとんどの事例において、アンチセンス治療薬は、ｍＲＮＡまたはプレｍＲＮＡに結合し、これによりタンパク質翻訳を阻害し、プレｍＲＮＡの成熟したｍＲＮＡへのスプライシングを変化させ、および／またはｍＲＮＡの破壊を引き起こすことにより作用すると考えられている。大半の事例では、アンチセンス治療薬のヌクレオチド配列は、被標的遺伝子またはｍＲＮＡのセンス配列の一部分に対して相補的である。本明細書に記載されるＰＰＭ１Ａアンチセンス治療薬は、ＰＰＭ１Ａ遺伝子センス配列、ＰＰＭ１ＡプレｍＲＮＡセンス配列、および／またはＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡセンス配列、またはその一部分に対して相補的なオリゴヌクレオチド配列を含むオリゴヌクレオチドベースの化合物である。本明細書に記載されるＰＰＭ１Ａアンチセンス治療薬は、ＰＰＭ１Ａ遺伝子センス配列、ＰＰＭ１ＡプレｍＲＮＡセンス配列、および／またはＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡセンス配列、またはその一部分と結合する能力を有するヌクレオチド化学的アナログベースの化合物でもあり得る。ＰＰＭ１Ａアンチセンス治療薬は、ＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、ＰＰＭ１Ａ ｓｈＲＮＡ、ＰＰＭ１Ａ ｓｉＲＮＡ、ＰＰＭ１Ａ ＰＮＡ、ＰＰＭ１Ａ ＬＮＡ、およびＰＰＭ１Ａモルホリノオリゴマーを含む。
アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＯＮ）は、標的ＲＮＡ配列に対して相補的なオリゴヌクレオチド配列を含む、短鎖のオリゴヌクレオチドベース配列である。ＡＯＮは、一般的に長さ８～５０ヌクレオチド、例えば長さ２０ヌクレオチドある。ＡＯＮは、化学的に改変されたヌクレオシド（例えば、２’－Ｏ－メチル化ヌクレオシドまたは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）ヌクレオシド）、ならびに改変型ヌクレオシド間結合（例えば、ホスホロチオエート結合）を含み得る。本明細書に記載されるＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、ＰＰＭ１Ａ ＲＮＡ配列、例えばＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡ転写物等に対して相補的であるオリゴヌクレオチド配列を含む。本明細書に記載されるＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、化学的に改変されたヌクレオシドおよび改変型ヌクレオシド間結合（例えば、ホスホロチオエート結合）を含み得る。
ペプチド核酸（ＰＮＡ）は、ＤＮＡまたはＲＮＡを模倣する構造を備える、人工的に合成された短鎖ポリマーである。ＰＮＡは、ペプチド結合により結合したＮ－（２－アミノエチル）－グリシンユニットの繰返しから構成される骨格を含む。本明細書に記載されるＰＰＭ１Ａ ＰＮＡは、高い特異性でＰＰＭ１Ａ ＲＮＡ配列と結合し、ＰＰＭ１Ａ遺伝子発現を阻害するアンチセンス治療薬として使用可能である。
ロックド核酸（ＬＮＡ）は、１つまたは複数の改変型ＲＮＡヌクレオチド（リボース部分が２’酸素および４’炭素を結びつけるエキストラ架橋により改変されている）を含むオリゴヌクレオチド配列である。ＬＮＡは、類似のオリゴヌクレオチド配列よりも高いＴｍを有すると考えられている。本明細書に記載されるＰＰＭ１Ａ ＬＮＡは、ＰＰＭ１Ａ ＲＮＡ配列と高い特異性で結合し、ＰＰＭ１Ａ 遺伝子発現を阻害するアンチセンス治療薬として使用可能である。
モルホリノオリゴマーは、ホスホロジアミデート基を通じて結合しているメチレンモルホリン環の骨格に連結したＤＮＡ塩基を含むオリゴヌクレオチド化合物である。本発明のモルホリノオリゴマーは、目的とする特定のＰＰＭ１Ａ ＲＮＡ配列（例えば、目的とするＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡまたはＰＰＭ１ＡプレｍＲＮＡ配列）と結合し、これにより遺伝子発現を阻止するように設計され得る。本明細書に記載されるＰＰＭ１Ａモルホリノオリゴマーは、ＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡ配列と高い特異性で結合し、ＰＰＭ１Ａ遺伝子発現を阻害するアンチセンス治療薬として使用可能である。本明細書に記載されるＰＰＭ１Ａモルホリノオリゴマーは、ＰＰＭ１ＡプレｍＲＮＡ配列に結合し、ＰＰＭ１ＡプレｍＲＮＡのスプライシングおよびＰＰＭ１Ａ遺伝子発現を変化させるのにも使用可能である。
小ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）は、一般的に遺伝子発現を停止させるのに使用可能であるヘアピン様構造を有するＲＮＡ分子である。ｓｈＲＮＡは、ｓｈＲＮＡ配列をコードするプラスミドから一般的に発現され、そしてレンチウイルス、アデノウイルス、またはアデノ関連ウイルス発現が可能となるように、ウイルスベクターから発現可能である。理論に拘泥するものではないが、ｓｈＲＮＡは、ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）プロセスという利点を有し、それによって遺伝子発現を阻害するものと考えられている。要するに、ｓｈＲＮＡ転写物はＤｒｏｓｈａおよびＤｉｃｅｒによりプロセシングされ、次にそれがＲＮＡ誘導サイレンシング複合体（ＲＩＳＣ）にロードされ、特定のｍＲＮＡを標的とすること、およびｍＲＮＡの分解またはタンパク質翻訳の抑制を可能にする。本明細書に記載されるＰＰＭ１Ａ ｓｈＲＮＡは、ＰＰＭ１Ａの遺伝子発現を阻害し得る。
低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）は、ｍＲＮＡに結合し、それを標的として分解するＲＮＡｉ機構（例えば、ＤｒｏｓｈａおよびＲＩＳＣ）という利点を有する、長さおよそ２０～２５塩基対の二本鎖ＲＮＡ分子である。ｓｉＲＮＡは、発現においてプラスミドまたはベクター依存性ではなく、そして例えば、トランスフェクションにより、標的細胞に対して直接送達可能であるのが一般的である。ＰＰＭ１Ａ ｓｉＲＮＡは、ＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡ配列に対して相補的なＲＮＡ配列を含む二本鎖ＲＮＡ配列であり、そしてそれはＰＰＭ１Ａタンパク質翻訳を阻止する。
ＰＰＭ１Ａアンチセンス治療薬、例えば本明細書に記載されるＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチドに含まれるヌクレオチドの数は変化し得る。例えば、一部の実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、長さ１２～１５ヌクレオチドである。一部の実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、長さ１５～２０ヌクレオチドである。一部の実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、長さ２０～４０ヌクレオチドである。一部の実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、長さ２０～２２ヌクレオチドである。一部の実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、長さ２２～４０ヌクレオチドである。一部の実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、長さ２０～３０、２５～３５、または３０～４０ヌクレオチドである。
ＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド
本明細書に記載されるＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＯＮ）は、ＰＰＭ１Ａ遺伝子産物、例えばＰＰＭ１Ａ転写物（例えば、ＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡ転写物）等の一部分に対して相補的な短鎖合成オリゴヌクレオチド配列である。
様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、ＰＰＭ１Ａ遺伝子産物、例えばＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡ配列等の一部分に対して、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％相補的である核酸塩基の配列を有する結合型ヌクレオシドを含む。一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、非二重鎖オリゴヌクレオチドを含み得る。一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、第１のオリゴヌクレオチドがＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡ配列に対して完全にまたはほぼ完全に相補的であるヌクレオチド配列を含み、かつ第２のオリゴヌクレオチドが第１のオリゴヌクレオチドのヌクレオチド配列に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む、２本のオリゴヌクレオチドからなる二本鎖を含み得る。ＡＯＮ結合特異性は、パラメーター、例えば解離定数、融解温度（Ｔｍ）等、またはその他の基準、例えばタンパク質もしくはＲＮＡ発現レベルの変化等の測定、あるいはＰＰＭ１Ａ活性または発現を測定するその他のアッセイを介して評価可能である。
本明細書で開示されるようなＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、長さ５～１００ヌクレオチド、例えば長さ１０～４０ヌクレオチド、例えば長さ１４～４０ヌクレオチド、長さ１０～３０ヌクレオチド、例えば長さ１４～３０ヌクレオチド、例えば長さ１４～２５ヌクレオチド、長さ１５～２２ヌクレオチド、長さ１８～２１ヌクレオチド、または長さ１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、もしくは２５ヌクレオチドのオリゴヌクレオチド配列であり得る。
本明細書に記載されるＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、下記の表１にリスト化されているオリゴヌクレオチド配列を含むアンチセンスオリゴヌクレオチドも含む。表１の「開始位置」のカラムは、ＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡ転写物（配列番号２８６４）内の、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ配列がそれに対して相補的である最初の位置を表す。例として、４５７の「開始位置」を有するオリゴヌクレオチド配列は、配列番号２８６４の位置４５７にある最初のヌクレオチドに対して相補的である。
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下記の表２は、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ配列を特定する。
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本明細書に記載される具体的なＰＰＭ１Ａ ＡＯＮまたは薬学的に許容されるその塩の例として：
●配列番号８７（５’ＧＣＴＧＣＴＴＡＧＣＣＣＡＴＡＴＣＧＣＡ３’（ＱＰＡ－５４２））のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、または薬学的に許容されるその塩；
●配列番号１００（５’ＧＣＣＡＧＣＣＴＴＧＣＡＴＧＣＴＧＣＴＴ３’（ＱＰＡ－５５５））のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、または薬学的に許容されるその塩；
●配列番号１０４（５’ＡＣＡＣＧＣＣＡＧＣＣＴＴＧＣＡＴＧＣＴ３’（ＱＰＡ－５５９））のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、または薬学的に許容されるその塩；
●配列番号１４４（５’ＴＧＧＣＡＡＡＣＣＧＡＴＣＡＣＡＧＣＣＧ３’（ＱＰＡ－５９９））のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、または薬学的に許容されるその塩；
●配列番号１４７（５’ＡＣＴＴＧＧＣＡＡＡＣＣＧＡＴＣＡＣＡＧ３’（ＱＰＡ－６０２））のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、または薬学的に許容されるその塩；
●配列番号１４８（５’ＣＡＣＴＴＧＧＣＡＡＡＣＣＧＡＴＣＡＣＡ３’（ＱＰＡ－６０３））のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、または薬学的に許容されるその塩；
●配列番号１４９（５’ＣＣＡＣＴＴＧＧＣＡＡＡＣＣＧＡＴＣＡＣ３’（ＱＰＡ－６０４））のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、または薬学的に許容されるその塩；
●配列番号１５０（５’ＴＣＣＡＣＴＴＧＧＣＡＡＡＣＣＧＡＴＣＡ３’（ＱＰＡ－６０５））のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、または薬学的に許容されるその塩；
●配列番号１５１（５’ＧＴＣＣＡＣＴＴＧＧＣＡＡＡＣＣＧＡＴＣ３’（ＱＰＡ－６０６））のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、または薬学的に許容されるその塩；
●配列番号１５２（５’ＡＧＴＣＣＡＣＴＴＧＧＣＡＡＡＣＣＧＡＴ３’（ＱＰＡ－６０７））のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、または薬学的に許容されるその塩；
●配列番号１５３（５’ＡＡＧＴＣＣＡＣＴＴＧＧＣＡＡＡＣＣＧＡ３’（ＱＰＡ－６０８））のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、または薬学的に許容されるその塩；
●配列番号１５４（５’ＣＡＡＧＴＣＣＡＣＴＴＧＧＣＡＡＡＣＣＧ３’（ＱＰＡ－６０９））のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、または薬学的に許容されるその塩；
●配列番号１７０（５’ＡＡＧＡＡＴＧＡＣＣＡＣＧＡＴＴＣＡＡＧ３’（ＱＰＡ－６２５））のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、または薬学的に許容されるその塩；
●配列番号１８７（５’ＧＣＣＣＡＴＣＡＴＡＣＡＣＡＧＣＡＡＡＧ３’（ＱＰＡ－６４２））のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、または薬学的に許容されるその塩；
●配列番号１８９（５’ＡＴＧＣＣＣＡＴＣＡＴＡＣＡＣＡＧＣＡＡ３’（ＱＰＡ－６４４））のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、または薬学的に許容されるその塩；
●配列番号１９１（５’ＧＣＡＴＧＣＣＣＡＴＣＡＴＡＣＡＣＡＧＣ３’（ＱＰＡ－６４６））のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、または薬学的に許容されるその塩；
●配列番号１９３（５’ＣＡＧＣＡＴＧＣＣＣＡＴＣＡＴＡＣＡＣＡ３’（ＱＰＡ－６４８））のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、または薬学的に許容されるその塩；
●配列番号１９５（５’ＡＣＣＡＧＣＡＴＧＣＣＣＡＴＣＡＴＡＣＡ３’（ＱＰＡ－６５０））のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、または薬学的に許容されるその塩；
●配列番号１９７（５’ＧＡＡＣＣＡＧＣＡＴＧＣＣＣＡＴＣＡＴＡ３’（ＱＰＡ－６５２））のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、または薬学的に許容されるその塩；
●配列番号２００（５’ＴＧＡＧＡＡＣＣＡＧＣＡＴＧＣＣＣＡＴＣ３’（ＱＰＡ－６５５））のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、または薬学的に許容されるその塩；
●配列番号２０１（５’ＣＴＧＡＧＡＡＣＣＡＧＣＡＴＧＣＣＣＡＴ３’（ＱＰＡ－６５６））のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、または薬学的に許容されるその塩；
●配列番号２５３（５’ＣＣＴＧＧＴＴＡＴＴＧＧＴＧＡＴＧＴＧＡ３’（ＱＰＡ－７０８））のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、または薬学的に許容されるその塩；
●配列番号２５４（５’ＴＣＣＴＧＧＴＴＡＴＴＧＧＴＧＡＴＧＴＧ３’（ＱＰＡ－７０９））のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、または薬学的に許容されるその塩；
●配列番号３３９（５’ＣＡＴＧＴＧＴＴＣＡＴＣＡＡＴＣＴＣＣＡ３’（ＱＰＡ－７９４））のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、または薬学的に許容されるその塩；
●配列番号３４０（５’ＴＣＡＴＧＴＧＴＴＣＡＴＣＡＡＴＣＴＣＣ３’（ＱＰＡ－７９５））のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、または薬学的に許容されるその塩；
●配列番号４４０（５’ＴＣＴＣＣＡＣＡＧＴＴＡＡＴＧＡＡＡＴＡ３’（ＱＰＡ－８９５））のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、または薬学的に許容されるその塩；
●配列番号４４５（５’ＴＴＧＡＧＴＣＴＣＣＡＣＡＧＴＴＡＡＴＧ３’（ＱＰＡ－９００））のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、または薬学的に許容されるその塩；
●配列番号４５０（５’ＡＣＣＴＣＴＴＧＡＧＴＣＴＣＣＡＣＡＧＴ３’（ＱＰＡ－９０５））のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、または薬学的に許容されるその塩；
●配列番号４５５（５’ＡＧＴＡＡＡＣＣＴＣＴＴＧＡＧＴＣＴＣＣ３’（ＱＰＡ－９１０））のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、または薬学的に許容されるその塩；
●配列番号４６０（５’ＴＡＣＡＡＡＧＴＡＡＡＣＣＴＣＴＴＧＡＧ３’（ＱＰＡ－９１５））のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、または薬学的に許容されるその塩；
●配列番号５０７（５’ＡＴＴＡＣＴＴＧＧＴＴＴＧＴＧＡＴＣＴＴ３’（ＱＰＡ－９６２））のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、または薬学的に許容されるその塩；
●配列番号５１２（５’ＡＧＣＧＧＡＴＴＡＣＴＴＧＧＴＴＴＧＴＧ３’（ＱＰＡ－９６７））のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、または薬学的に許容されるその塩；
●配列番号５１７（５’ＴＣＴＣＣＡＧＣＧＧＡＴＴＡＣＴＴＧＧＴ３’（ＱＰＡ－９７２））のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、または薬学的に許容されるその塩；
●配列番号５２２（５’ＴＴＣＴＴＴＣＴＣＣＡＧＣＧＧＡＴＴＡＣ３’（ＱＰＡ－９７７））のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、または薬学的に許容されるその塩；
●配列番号５３２（５’ＴＣＴＧＡＡＴＴＣＧＴＴＣＴＴＴＣＴＣＣ３’（ＱＰＡ－９８７））のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、または薬学的に許容されるその塩；
●配列番号５７０（５’ＧＣＣＡＴＴＣＡＣＡＣＧＣＴＧＡＡＴＣＡ３’（ＱＰＡ－１０２５））のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、または薬学的に許容されるその塩；
●配列番号５７５（５’ＡＧＡＧＡＧＣＣＡＴＴＣＡＣＡＣＧＣＴＧ３’（ＱＰＡ－１０３０））のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、または薬学的に許容されるその塩；
●配列番号５７９（５’ＡＧＣＣＡＧＡＧＡＧＣＣＡＴＴＣＡＣＡＣ３’（ＱＰＡ－１０３４）のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、または薬学的に許容されるその塩；
●配列番号５８５（５’ＣＧＡＴＡＣＡＧＣＣＡＧＡＧＡＧＣＣＡＴ３’（ＱＰＡ－１０４０））のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、または薬学的に許容されるその塩；
●配列番号５９０（５’ＧＣＣＣＴＣＧＡＴＡＣＡＧＣＣＡＧＡＧＡ３’（ＱＰＡ－１０４５））のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、または薬学的に許容されるその塩；
●配列番号６４３（５’ＧＣＴＧＣＴＣＡＧＴＡＧＧＡＣＣＴＴＴＴ３’（ＱＰＡ－１０９８））のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、または薬学的に許容されるその塩；
●配列番号９０６（５’ＴＧＣＴＴＣＴＧＧＣＧＡＴＡＣＴＴＴＧＧ３’（ＱＰＡ－１３６１））のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、または薬学的に許容されるその塩；
●配列番号９１１（５’ＴＴＣＡＣＴＧＣＴＴＣＴＧＧＣＧＡＴＡＣ３’（ＱＰＡ－１３６６））のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、または薬学的に許容されるその塩；
●配列番号９１６（５’ＣＣＴＴＣＴＴＣＡＣＴＧＣＴＴＣＴＧＧＣ３’（ＱＰＡ－１３７１））のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、または薬学的に許容されるその塩；
●配列番号９２３（５’ＴＣＴＧＣＣＴＣＣＴＴＣＴＴＣＡＣＴＧＣ３’（ＱＰＡ－１３７８））のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、または薬学的に許容されるその塩；および
●配列番号９３１（５’ＴＧＴＣＣＡＡＣＴＣＴＧＣＣＴＣＣＴＴＣ３’（ＱＰＡ－１３８６））のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、または薬学的に許容されるその塩．
様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、表１または表２に示すＡＯＮ配列（例えば、配列番号２～９５５または配列番号１９１０～２８６３）のいずれか１つの等長部分と１００％の同一性を共有する少なくとも１０個の連続核酸塩基の一部分を有する核酸塩基の配列を備える結合型ヌクレオシドを含む。様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、表１または表２に示すＡＯＮ配列（例えば、配列番号２～９５５または配列番号１９１０～２８６３）のいずれか１つの等長部分と１００％の同一性を共有する、少なくとも１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９個、または２０個の連続核酸塩基の一部分を有する核酸塩基の配列を備える結合型ヌクレオシドを含む。
本明細書に記載されるＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ配列と１００％未満の配列同一性を共有するＰＰＭ１Ａ ＡＯＮも本明細書に記載される。様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、表１または表２に示すＡＯＮ配列（例えば、配列番号２～９５５または配列番号１９１０～２８６３）のいずれか１つの等長部分と、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％の同一性を共有する、少なくとも１０個の連続核酸塩基の一部分を有する核酸塩基の配列を備える結合型ヌクレオシドを含む。様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、表１または表２に示すＡＯＮ配列（例えば、配列番号２～９５５または配列番号１９１０～２８６３）のいずれか１つの等長部分と１００％の同一性を共有する、少なくとも１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９個、または２０個の連続核酸塩基の一部分を有する核酸塩基の配列を備える結合型ヌクレオシドを含む。
ＰＰＭ１ＡギャップマーＡＯＮ
一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、本明細書において単に「ギャップマー」としても呼ばれる、ギャップマーデザインまたは構造を有する。ギャップマー構造において、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、「５→３」方向で５’ウィング領域、センター領域、および３’ウィング領域を含む少なくとも３つの異なる構造領域を含む。
様々な実施形態では、５’ウィング領域は、１、２、３、４、５、６、７、８、９個、または１０個の結合型ヌクレオシドを含む。様々な実施形態では、３’ウィング領域は、１、２、３、４、５、６、７、８、９個、または１０個の結合型ヌクレオシドを含む。５’および３’ウィング領域（隣接領域とも呼ばれる）は、連続ヌクレオシドのストレッチを含む、センター領域に隣接する少なくとも１つのヌクレオシドを含む。５’および３’ウィング領域は、それらが含むヌクレオシドの数に関して対称的または非対称的であり得る。
様々な実施形態では、５’ウィング領域は、１つまたは複数のＲＮＡヌクレオシド（例えば、リボヌクレオシド）を含む。様々な実施形態では、５’ウィング領域は、１つまたは複数のＤＮＡヌクレオシド（例えば、デオキシリボヌクレオシド）を含む。様々な実施形態では、５’ウィング領域は、ＲＮＡヌクレオシドおよびＤＮＡヌクレオシドの両方を含む。様々な実施形態では、３’ウィング領域は、１つまたは複数のＲＮＡヌクレオシドを含む。様々な実施形態では、３’ウィング領域は、１つまたは複数のＤＮＡヌクレオシドを含む。様々な実施形態では、３’ウィング領域は、ＲＮＡヌクレオシドおよびＤＮＡヌクレオシドの両方を含む。
様々な実施形態では、センター領域は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９個、または２０個の連続ヌクレオシドを含む。一部の実施形態では、センター領域は、ＲＮＡｓｅＨの導入および活性化を可能にするヌクレオシドのストレッチを含む。一部の実施形態では、センター領域は、結合型ＤＮＡヌクレオシド、２’－フルオロアラビノ核酸（ＦＡＮＡ）、およびフルオロシクロヘキセニル核酸（Ｆ－ＣｅＮＡ）のうちの１つまたは複数を含む。一部の実施形態では、センター領域のすべてのヌクレオシドは、ＤＮＡヌクレオシドである。一部の実施形態では、センター領域は、５～１６個のＤＮＡヌクレオシドからなる連続ストレッチを含む。一部の実施形態では、センター領域は、６～１５、７～１４、８～１３、または９～１１個のＤＮＡヌクレオシドからなる連続ストレッチを含む。様々な実施形態では、センター領域は、ＤＮＡヌクレオシドおよびＲＮＡヌクレオシドの混合物を含む。
一部の実施形態では、センター領域のヌクレオシドのいずれも、ＤＮＡヌクレオシドである。さらなる実施形態では、センター領域は、ＤＮＡヌクレオシド、およびＲＮａｓｅ Ｈ切断を媒介する能力を有するその他のヌクレオシド（２’－フルオロアラビノ核酸（ＦＡＮＡ）およびフルオロシクロヘキセニル核酸（Ｆ－ＣｅＮＡ））の混合物から構成され得る。一部の実施形態では、センター領域のヌクレオシドのうちの少なくとも５０％がＤＮＡヌクレオシドであり、例えば少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または１００％等がＤＮＡヌクレオシドである。
特別な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、５－１０－５ギャップマーとも呼ばれる、結合型ヌクレオシド５個の５’ウィング領域、結合型ヌクレオシド１０個のセンター領域、および結合型ヌクレオシド５個の３’ウィング領域を含む。特別な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、３－８－３ギャップマーとも呼ばれる、結合型ヌクレオシド３個の５’ウィング領域、結合型ヌクレオシド８個のセンター領域、および結合型ヌクレオシド３個の３’ウィング領域を含む。特別な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、３－１０－３ギャップマーとも呼ばれる、結合型ヌクレオシド３個の５’ウィング領域、結合型ヌクレオシド１０個のセンター領域、および結合型ヌクレオシド３個の３’ウィング領域を含む。特別な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、４－１０－４ギャップマーとも呼ばれる、結合型ヌクレオシド４個の５’ウィング領域、結合型ヌクレオシド１０個のセンター領域、および結合型ヌクレオシド４個の３’ウィング領域を含む。特別な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、４－８－４ギャップマーとも呼ばれる、結合型ヌクレオシド４個の５’ウィング領域、結合型ヌクレオシド８個のセンター領域、および結合型ヌクレオシド４個の３’ウィング領域を含む。
本明細書に記載されるＰＰＭ１ＡギャップマーＡＯＮの例として、下記の表３で特定されるものが挙げられる：
Figure 2022537581000037
Figure 2022537581000038
Figure 2022537581000039
Figure 2022537581000040
本明細書に記載される追加の代表的ＰＰＭ１ＡギャップマーＡＯＮは、下記のものを含む：
●配列番号２８６８（５’ＷＹＺＷＹＴＴＡＧＣＣＣＡＴＡＺＹＷＹＸ３’）のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａ ＡＯＮまたは薬学的に許容されるその塩、ただしＷは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）グアノシンであり、Ｘは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）アデノシンであり、Ｙは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）－５－メチルシトシンであり、およびＺは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）チミジンである；
●配列番号２８６９（５’ＷＹＹＸＷＣＣＴＴＧＣＡＴＧＣＺＷＹＺＺ３’）のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａ ＡＯＮまたは薬学的に許容されるその塩、ただしＷは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）グアノシンであり、Ｘは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）アデノシンであり、Ｙは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）－５－メチルシトシンであり、およびＺは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）チミジンである；
●配列番号２８７０（５’ＸＹＸＹＷＣＣＡＧＣＣＴＴＧＣＸＺＷＹＺ３’）のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａ ＡＯＮまたは薬学的に許容されるその塩、ただしＷは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）グアノシンであり、Ｘは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）アデノシンであり、Ｙは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）－５－メチルシトシンであり、およびＺは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）チミジンである；
●配列番号２８７１（５’ＺＷＷＹＸＡＡＣＣＧＡＴＣＡＣＸＷＹＹＷ３’）のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａ ＡＯＮまたは薬学的に許容されるその塩、ただしＷは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）グアノシンであり、Ｘは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）アデノシンであり、Ｙは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）－５－メチルシトシンであり、およびＺは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）チミジンである；
●配列番号２８７２（５’ＸＹＺＺＷＧＣＡＡＡＣＣＧＡＴＹＸＹＸＷ３’）のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａ ＡＯＮまたは薬学的に許容されるその塩、ただしＷは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）グアノシンであり、Ｘは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）アデノシンであり、Ｙは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）－５－メチルシトシンであり、およびＺは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）チミジンである；
●配列番号２８７３（５’ＹＸＹＺＺＧＧＣＡＡＡＣＣＧＡＺＹＸＹＸ３’）のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａ ＡＯＮまたは薬学的に許容されるその塩、ただしＷは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）グアノシンであり、Ｘは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）アデノシンであり、Ｙは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）－５－メチルシトシンであり、およびＺは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）チミジンである；
●配列番号２８７４（５’ＹＹＸＹＺＴＧＧＣＡＡＡＣＣＧＸＺＹＸＹ３’）のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａ ＡＯＮまたは薬学的に許容されるその塩、ただしＷは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）グアノシンであり、Ｘは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）アデノシンであり、Ｙは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）－５－メチルシトシンであり、およびＺは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）チミジンである；
●配列番号２８７５（５’ＺＹＹＸＹＴＴＧＧＣＡＡＡＣＣＷＸＺＹＸ３’）のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａ ＡＯＮまたは薬学的に許容されるその塩、ただしＷは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）グアノシンであり、Ｘは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）アデノシンであり、Ｙは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）－５－メチルシトシンであり、およびＺは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）チミジンである；
●配列番号２８７６（５’ＷＺＹＹＸＣＴＴＧＧＣＡＡＡＣＹＷＸＺＹ３’）のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａ ＡＯＮまたは薬学的に許容されるその塩、ただしＷは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）グアノシンであり、Ｘは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）アデノシンであり、Ｙは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）－５－メチルシトシンであり、およびＺは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）チミジンである；
●配列番号２８７７（５’ＸＷＺＹＹＡＣＴＴＧＧＣＡＡＡＹＹＷＸＺ３’）のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａ ＡＯＮまたは薬学的に許容されるその塩、ただしＷは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）グアノシンであり、Ｘは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）アデノシンであり、Ｙは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）－５－メチルシトシンであり、およびＺは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）チミジンである；
●配列番号２８７８（５’ＸＸＷＺＹＣＡＣＴＴＧＧＣＡＡＸＹＹＷＸ３’）のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａ ＡＯＮまたは薬学的に許容されるその塩、ただしＷは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）グアノシンであり、Ｘは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）アデノシンであり、Ｙは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）－５－メチルシトシンであり、およびＺは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）チミジンである；
●配列番号２８７９（５’ＹＸＸＷＺＣＣＡＣＴＴＧＧＣＡＸＸＹＹＷ３’）のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａ ＡＯＮまたは薬学的に許容されるその塩、ただしＷは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）グアノシンであり、Ｘは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）アデノシンであり、Ｙは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）－５－メチルシトシンであり、およびＺは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）チミジンである；
●配列番号２８８０（５’ＸＸＷＸＸＴＧＡＣＣＡＣＧＡＴＺＹＸＸＷ３’）のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａ ＡＯＮまたは薬学的に許容されるその塩、ただしＷは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）グアノシンであり、Ｘは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）アデノシンであり、Ｙは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）－５－メチルシトシンであり、およびＺは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）チミジンである；
●配列番号２８８１（５’ＷＹＹＹＸＴＣＡＴＡＣＡＣＡＧＹＸＸＸＷ３’）のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａ ＡＯＮまたは薬学的に許容されるその塩、ただしＷは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）グアノシンであり、Ｘは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）アデノシンであり、Ｙは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）－５－メチルシトシンであり、およびＺは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）チミジンである；
●配列番号２８８２（５’ＸＺＷＹＹＣＡＴＣＡＴＡＣＡＣＸＷＹＸＸ３’）のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａ ＡＯＮまたは薬学的に許容されるその塩、ただしＷは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）グアノシンであり、Ｘは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）アデノシンであり、Ｙは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）－５－メチルシトシンであり、およびＺは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）チミジンである；
●配列番号２８８３（５’ＷＹＸＺＷＣＣＣＡＴＣＡＴＡＣＸＹＸＷＹ３’）のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａ ＡＯＮまたは薬学的に許容されるその塩、ただしＷは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）グアノシンであり、Ｘは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）アデノシンであり、Ｙは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）－５－メチルシトシンであり、およびＺは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）チミジンである；
●配列番号２８８４（５’ＹＸＷＹＸＴＧＣＣＣＡＴＣＡＴＸＹＸＹＸ３’）のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａ ＡＯＮまたは薬学的に許容されるその塩、ただしＷは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）グアノシンであり、Ｘは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）アデノシンであり、Ｙは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）－５－メチルシトシンであり、およびＺは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）チミジンである；
●配列番号２８８５（５’ＸＹＹＸＷＣＡＴＧＣＣＣＡＴＣＸＺＸＹＸ３’）のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａ ＡＯＮまたは薬学的に許容されるその塩、ただしＷは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）グアノシンであり、Ｘは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）アデノシンであり、Ｙは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）－５－メチルシトシンであり、およびＺは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）チミジンである；
●配列番号２８８６（５’ＷＸＸＹＹＡＧＣＡＴＧＣＣＣＡＺＹＸＺＸ３’）のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａ ＡＯＮまたは薬学的に許容されるその塩、ただしＷは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）グアノシンであり、Ｘは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）アデノシンであり、Ｙは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）－５－メチルシトシンであり、およびＺは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）チミジンである；
●配列番号２８８７（５’ＺＷＸＷＸＡＣＣＡＧＣＡＴＧＣＹＹＸＺＹ３’）のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａ ＡＯＮまたは薬学的に許容されるその塩、ただしＷは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）グアノシンであり、Ｘは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）アデノシンであり、Ｙは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）－５－メチルシトシンであり、およびＺは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）チミジンである；
●配列番号２８８８（５’ＹＺＷＸＷＡＡＣＣＡＧＣＡＴＧＹＹＹＸＺ３’）のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａ ＡＯＮまたは薬学的に許容されるその塩、ただしＷは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）グアノシンであり、Ｘは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）アデノシンであり、Ｙは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）－５－メチルシトシンであり、およびＺは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）チミジンである；
●配列番号２８８９（５’ＹＹＺＷＷＴＴＡＴＴＧＧＴＧＡＺＷＺＷＸ３’）のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａ ＡＯＮまたは薬学的に許容されるその塩、ただしＷは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）グアノシンであり、Ｘは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）アデノシンであり、Ｙは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）－５－メチルシトシンであり、およびＺは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）チミジンである；
●配列番号２８９０（５’ＺＹＹＺＷＧＴＴＡＴＴＧＧＴＧＸＺＷＺＷ３’）のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａ ＡＯＮまたは薬学的に許容されるその塩、ただしＷは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）グアノシンであり、Ｘは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）アデノシンであり、Ｙは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）－５－メチルシトシンであり、およびＺは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）チミジンである；
●配列番号２８９１（５’ＹＸＺＷＺＧＴＴＣＡＴＣＡＡＴＹＺＹＹＸ３’）のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａ ＡＯＮまたは薬学的に許容されるその塩、ただしＷは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）グアノシンであり、Ｘは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）アデノシンであり、Ｙは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）－５－メチルシトシンであり、およびＺは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）チミジンである；
●配列番号２８９２（５’ＺＹＸＺＷＴＧＴＴＣＡＴＣＡＡＺＹＺＹＹ３’）のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａ ＡＯＮまたは薬学的に許容されるその塩、ただしＷは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）グアノシンであり、Ｘは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）アデノシンであり、Ｙは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）－５－メチルシトシンであり、およびＺは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）チミジンである；
●配列番号２８９３（５’ＺＹＺＹＹＡＣＡＧＴＴＡＡＴＧＸＸＸＺＸ３’）のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａ ＡＯＮまたは薬学的に許容されるその塩、ただしＷは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）グアノシンであり、Ｘは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）アデノシンであり、Ｙは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）－５－メチルシトシンであり、およびＺは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）チミジンである；
●配列番号２８９４（５’ＺＺＷＸＷＴＣＴＣＣＡＣＡＧＴＺＸＸＺＷ３’）のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａ ＡＯＮまたは薬学的に許容されるその塩、ただしＷは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）グアノシンであり、Ｘは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）アデノシンであり、Ｙは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）－５－メチルシトシンであり、およびＺは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）チミジンである；
●配列番号２８９５（５’ＸＹＹＺＹＴＴＧＡＧＴＣＴＣＣＸＹＸＷＺ３’）のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａ ＡＯＮまたは薬学的に許容されるその塩、ただしＷは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）グアノシンであり、Ｘは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）アデノシンであり、Ｙは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）－５－メチルシトシンであり、およびＺは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）チミジンである；
●配列番号２８９６（５’ＸＷＺＸＸＡＣＣＴＣＴＴＧＡＧＺＹＺＹＹ３’）のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａ ＡＯＮまたは薬学的に許容されるその塩、ただしＷは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）グアノシンであり、Ｘは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）アデノシンであり、Ｙは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）－５－メチルシトシンであり、およびＺは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）チミジンである；
●配列番号２８９７（５’ＺＸＹＸＸＡＧＴＡＡＡＣＣＴＣＺＺＷＸＷ３’）のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａ ＡＯＮまたは薬学的に許容されるその塩、ただしＷは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）グアノシンであり、Ｘは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）アデノシンであり、Ｙは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）－５－メチルシトシンであり、およびＺは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）チミジンである；
●配列番号２８９８（５’ＸＺＺＸＹＴＴＧＧＴＴＴＧＴＧＸＺＹＺＺ３’）のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａ ＡＯＮまたは薬学的に許容されるその塩、ただしＷは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）グアノシンであり、Ｘは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）アデノシンであり、Ｙは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）－５－メチルシトシンであり、およびＺは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）チミジンである；
●配列番号２８９９（５’ＸＷＹＷＷＡＴＴＡＣＴＴＧＧＴＺＺＷＺＷ３’）のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａ ＡＯＮまたは薬学的に許容されるその塩、ただしＷは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）グアノシンであり、Ｘは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）アデノシンであり、Ｙは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）－５－メチルシトシンであり、およびＺは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）チミジンである；
●配列番号２９００（５’ＺＹＺＹＹＡＧＣＧＧＡＴＴＡＣＺＺＷＷＺ３’）のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａ ＡＯＮまたは薬学的に許容されるその塩、ただしＷは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）グアノシンであり、Ｘは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）アデノシンであり、Ｙは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）－５－メチルシトシンであり、およびＺは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）チミジンである；
●配列番号２９０１（５’ＺＺＹＺＺＴＣＴＣＣＡＧＣＧＧＸＺＺＸＹ３’）のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａ ＡＯＮまたは薬学的に許容されるその塩、ただしＷは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）グアノシンであり、Ｘは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）アデノシンであり、Ｙは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）－５－メチルシトシンであり、およびＺは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）チミジンである；
●配列番号２９０２（５’ＺＹＺＷＸＡＴＴＣＧＴＴＣＴＴＺＹＺＹＹ３’）のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａ ＡＯＮまたは薬学的に許容されるその塩、ただしＷは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）グアノシンであり、Ｘは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）アデノシンであり、Ｙは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）－５－メチルシトシンであり、およびＺは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）チミジンである；
●配列番号２９０３（５’ＷＹＹＸＺＴＣＡＣＡＣＧＣＴＧＸＸＺＹＸ３’）のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａ ＡＯＮまたは薬学的に許容されるその塩、ただしＷは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）グアノシンであり、Ｘは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）アデノシンであり、Ｙは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）－５－メチルシトシンであり、およびＺは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）チミジンである；
●配列番号２９０４（５’ＸＷＸＷＸＧＣＣＡＴＴＣＡＣＡＹＷＹＺＷ３’）のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａ ＡＯＮまたは薬学的に許容されるその塩、ただしＷは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）グアノシンであり、Ｘは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）アデノシンであり、Ｙは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）－５－メチルシトシンであり、およびＺは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）チミジンである；
●配列番号２９０５（５’ＸＷＹＹＸＧＡＧＡＧＣＣＡＴＴＹＸＹＸＹ３’）のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１ＡアンチセンスＡＯＮまたは薬学的に許容されるその塩、ただしＷは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）グアノシンであり、Ｘは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）アデノシンであり、Ｙは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）－５－メチルシトシンであり、およびＺは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）チミジンである；
●配列番号２９０６（５’ＹＷＸＺＸＣＡＧＣＣＡＧＡＧＡＷＹＹＸＺ３’）のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａ ＡＯＮまたは薬学的に許容されるその塩、ただしＷは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）グアノシンであり、Ｘは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）アデノシンであり、Ｙは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）－５－メチルシトシンであり、およびＺは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）チミジンである；
●配列番号２９０７（５’ＷＹＹＹＺＣＧＡＴＡＣＡＧＣＣＸＷＸＷＸ３’）のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａ ＡＯＮまたは薬学的に許容されるその塩、ただしＷは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）グアノシンであり、Ｘは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）アデノシンであり、Ｙは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）－５－メチルシトシンであり、およびＺは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）チミジンである；
●配列番号２９０８（５’ＷＹＺＷＹＴＣＡＧＴＡＧＧＡＣＹＺＺＺＺ３’）のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａ ＡＯＮまたは薬学的に許容されるその塩、ただしＷは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）グアノシンであり、Ｘは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）アデノシンであり、Ｙは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）－５－メチルシトシンであり、およびＺは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）チミジンである；
●配列番号２９０９（５’ＺＷＹＺＺＣＴＧＧＣＧＡＴＡＣＺＺＺＷＷ３’）のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａ ＡＯＮまたは薬学的に許容されるその塩、ただしＷは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）グアノシンであり、Ｘは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）アデノシンであり、Ｙは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）－５－メチルシトシンであり、およびＺは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）チミジンである；ならびに
●配列番号２９１０（５’ＺＺＹＸＹＴＧＣＴＴＣＴＧＧＣＷＸＺＸＹ３’）のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａ ＡＯＮまたは薬学的に許容されるその塩、ただしＷは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）グアノシンであり、Ｘは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）アデノシンであり、Ｙは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）－５－メチルシトシンであり、およびＺは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）チミジンである；。
●配列番号２９１１（５’ＹＹＺＺＹＴＴＣＡＣＴＧＣＴＴＹＺＷＷＹ３’）のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａ ＡＯＮまたは薬学的に許容されるその塩、ただしＷは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）グアノシンであり、Ｘは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）アデノシンであり、Ｙは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）－５－メチルシトシンであり、およびＺは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）チミジンである；
●配列番号２９１２（５’ＺＹＺＷＹＣＴＣＣＴＴＣＴＴＣＸＹＺＷＹ３’）のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａ ＡＯＮまたは薬学的に許容されるその塩、ただしＷは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）グアノシンであり、Ｘは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）アデノシンであり、Ｙは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）－５－メチルシトシンであり、およびＺは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）チミジンである；
●配列番号２９１３（５’ＺＷＺＹＹＡＡＣＴＣＴＧＣＣＴＹＹＺＺＹ３’）のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａ ＡＯＮまたは薬学的に許容されるその塩、ただしＷは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）グアノシンであり、Ｘは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）アデノシンであり、Ｙは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）－５－メチルシトシンであり、およびＺは２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）チミジンである。
様々な実施形態では、代表的なＰＰＭ１ＡギャップマーＡＯＮは、１つまたは複数の改変型ヌクレオシド間結合を有する。例えば、様々な実施形態では、上記ＰＰＭ１ＡギャップマーＡＯＮ（例えば、配列番号２８６８～２９１３）内のヌクレオシド間結合は、いずれもホスホロチオエート結合である。
ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮに対する化学的改変
本明細書に記載されるように、配列番号２～９５５もしくは配列番号１９１０～２８６３のいずれか１つの配列を有するＰＰＭ１Ａ ＡＯＮまたは配列番号２８６８～２９５９のいずれか１つの配列を有するＰＰＭ１Ａ Ｇａｐｍｅｒ ＡＯＮ等のＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、１つまたは複数のヌクレオシドに対するかつ／または１つまたは複数のヌクレオシド間結合に対する１つまたは複数の化学的改変を含み得る。ヌクレオシドは、塩基－糖の組合せである。ヌクレオシドの核酸塩基（塩基としても知られている）部分は、通常は複素環塩基部分である。ヌクレオチドは、ヌクレオシドの糖部分と共有結合したリン酸基をさらに含むヌクレオシドである。ペントフラノシル糖を含むヌクレオシドの場合、リン酸基は、糖の２’、３’、または５’ヒドロキシル部分と結合することができる。オリゴヌクレオチドは、隣接するヌクレオシドが相互に共有結合して、直鎖状のポリマーオリゴヌクレオチドを形成することを通じて形成される。オリゴヌクレオチド構造において、リン酸基は、オリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合を形成するものとして一般的に引用される。
ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮに対する改変は、ヌクレオシド間結合および／またはヌクレオシド（例えば、ヌクレオシドの糖部分または核酸塩基）に対する置換または変更を包含する。改変型ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、望ましい特性、例えば、細胞内取込みの増強、核酸標的に対する親和性の増強、ヌクレアーゼ存在下での安定性向上、または阻害活性の増加等の理由から、天然型よりも好ましいと考えられる。化学的に改変されたヌクレオシド、核酸塩基、およびヌクレオシド間結合は、Drug Discovery Series No. 68, Advances in Nucleic Acid Therapeutics, 1-21 (Agrawal and Gait eds., 2019)の中のAgrawal and Gait, History and Development of Nucleotide Analogues in Nucleic Acids Drugs、において記載されており、その内容は参照により本明細書に組み込まれる。
改変型ヌクレオシド間結合
様々な実施形態において、配列番号２～９５５もしくは配列番号１９１０～２８６３のいずれか１つの配列を有するＰＰＭ１Ａ ＡＯＮまたは配列番号２８６８～２９５９のいずれか１つの配列を有するＰＰＭ１Ａ Ｇａｐｍｅｒ ＡＯＮ等のＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、１つまたは複数の改変型ヌクレオシド間結合を含む。ＲＮＡおよびＤＮＡの天然に存在するヌクレオシド間結合は、３’と５’とのホスホジエステル結合である。１つまたは複数の改変された、すなわち天然に存在しないヌクレオシド間結合を有するＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、望ましい特性、例えば、細胞内取込みの増強、核酸標的に対する親和性の増強、またはヌクレアーゼ存在下での安定性向上等の理由から、天然に存在するヌクレオシド間結合を有するアンチセンス化合物よりも選択され得る。
様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、個々のヌクレオシドを連結させる１つまたは複数の改変型ヌクレオシド間結合を有する結合型ヌクレオシドを含む。様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、または１９個の改変型ヌクレオシド間結合を含む。改変型ヌクレオシド間結合の例として、ホスホロチオエート結合、アルキルホスフェート結合、アルキルホスホネート結合、３－メトキシプロピルホスホネート結合、ホスホロジチオエート結合、ホスホトリエステル結合、メチルホスホネート結合、アミノアルキルホスホトリエステル結合、アルキレンホスホネート結合、ホスフィネート結合、ホスホルアミデート結合、ホスホルアミドチオエート結合、ホスホロジアミデート（例えば、ホスホロジアミデートモルフォリノ（ＰＭＯ）、３’アミノリボース、または５’アミノリボースを含む）結合、アミノアルキルホスホルアミデート結合、チオホスホルアミデート結合、チオノアルキルホスホネート結合、チオノアルキルホスホトリエステル結合、チオホスフェート結合、セレノホスフェート結合、およびボラノホスフェート結合のいずれか１つが挙げられる。
様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮの各改変型ヌクレオシド間結合は、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮのその他の改変型ヌクレオシド間結合から独立して設計され得る。言い換えると、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮの改変型ヌクレオシド間結合は、すべてが同じタイプの改変型ヌクレオシド間結合である必要はない。様々な実施形態では、改変型ヌクレオシド間結合は、アンチセンス化合物全体にわたり点在する。
様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、少なくとも１つのホスホロチオエート結合を含む。様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、または少なくとも１９個のホスホロチオエート結合を含む。特定の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、１３、１５、１７、または１９個のホスホロチオエート結合を含む。特定の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮのすべてのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合である。
様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、改変型ヌクレオシド間結合と天然に存在するホスホジエステル結合との混合物を含む。例えば、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、少なくとも１つのホスホジエステル結合および少なくとも１つのホスホロチオエート結合を含む。様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、６～１０個、６～９個、６～８個、７～１０個、７～９個の、または６、７、もしくは８個のホスホロチオエート結合を含む。一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、６、７、８、９、または１０個のホスホロチオエート結合を含む。一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、６～１０個、６～９個、６～８個、７～１０個、７～９個の、または６、７、もしくは８個のホスホジエステル結合を含む。一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、６、７、８、９、または１０個のホスホジエステル結合を含む。
特定の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、１０個のホスホロチオエート結合および９個のホスホジエステル結合を含む。特定の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、６個のホスホロチオエート結合および７個のホスホジエステル結合を含む。特定の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、６個のホスホロチオエート結合および９個のホスホジエステル結合を含む。特定の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、８個のホスホロチオエート結合および９個のホスホジエステル結合を含む。特定の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、８個のホスホロチオエート結合および７個のホスホジエステル結合を含む。
一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮのギャップマー設計に従って設計されているヌクレオシド間結合を含む。一部の実施形態では、５’ウィング領域は、（例えば、３’と５’とのホスホジエステル結合の天然に存在するヌクレオシド間結合から改変された）少なくとも１つの改変型ヌクレオシド間結合を含む。一部の実施形態では、５’ウィング領域は、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、または少なくとも１０個の改変型ヌクレオシド間結合を含む。一部の実施形態では、３’ウィング領域は、少なくとも１つの改変型ヌクレオシド間結合を含む。一部の実施形態では、３’ウィング領域は、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、または少なくとも１０個の改変型ヌクレオシド間結合を含む。一部の実施形態では、センター領域は、少なくとも１つの改変型ヌクレオシド間結合を含む。一部の実施形態では、センター領域は、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、または少なくとも１０個の改変型ヌクレオシド間結合を含む。
特定の実施形態では、５’ウィング領域のすべてのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合等の改変型ヌクレオシド間結合である。特定の実施形態では、３’ウィング領域のすべてのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合等の改変型ヌクレオシド間結合である。特定の実施形態では、センター領域のすべてのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合等の改変型ヌクレオシド間結合である。特定の実施形態では、５’ウィング領域、３’ウィング領域、およびセンター領域のそれぞれのすべてのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合等の改変型ヌクレオシド間結合である。
一部の実施形態では、５’ウィング領域、３’ウィング領域、またはセンター領域内の１つまたは複数の改変型ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。一部の実施形態では、ホスホロチオエート結合は、立体化学的に純粋なホスホロチオエート結合である。一部の実施形態では、ホスホロチオエート結合は、Ｓｐホスホロチオエート結合である。他の実施形態では、ホスホロチオエート結合は、Ｒｐホスホロチオエート結合である。
一部の実施形態では、５’ウィング領域、３’ウィング領域、またはセンター領域内の１つまたは複数の改変型ヌクレオシド間結合は、アルキルホスフェート結合、アルキルホスホネート結合、３－メトキシプロピルホスホネート結合、ホスホロジチオエート結合、ホスホトリエステル結合、メチルホスホネート結合、アミノアルキルホスホトリエステル結合、アルキレンホスホネート結合、ホスフィネート結合、ホスホルアミデート結合、ホスホルアミドチオエート結合、（例えば、ホスホロジアミデートモルフォリノ（ＰＭＯ）、３’アミノリボース、または５’アミノリボースを含む）ホスホロジアミデート結合、アミノアルキルホスホルアミデート結合、チオホスホルアミデート結合、チオノアルキルホスホネート結合、チオノアルキルホスホトリエステル結合、チオホスフェート結合、セレノホスフェート結合、およびボラノホスフェート結合のうちのいずれかであり得る。様々な実施形態では、５’ウィング領域、３’ウィング領域、またはセンター領域の各改変型ヌクレオシド間結合は、その他の改変型ヌクレオシド間結合から独立して設計され得る。言い換えると、５’ウィング領域、３’ウィング領域、およびセンター領域の改変型ヌクレオシド間結合は、すべてが同じタイプの改変型ヌクレオシド間結合である必要はない。様々な実施形態では、改変型ヌクレオシド間結合は、アンチセンス化合物全体にわたり点在する。
様々な実施形態では、５’ウィング領域、３’ウィング領域、またはセンター領域の１つまたは複数のヌクレオシド間結合は、天然に存在する結合（例えば、ホスホジエステル結合）である。様々な実施形態では、センター領域のすべてのヌクレオシド間結合は、非改変型ヌクレオシド間結合（例えば、ホスホジエステル結合）である。
様々な実施形態では、ある領域（例えば、５’ウィング領域、３’ウィング領域、またはセンター領域）のヌクレオシド間結合は、別の領域のヌクレオシド間結合とは異なってもよい。特定の実施形態では、５’ウィング領域は、少なくとも１つの改変型ヌクレオシド間結合を含み、３’ウィング領域は少なくとも１つの改変型ヌクレオシド間結合を含み、センター領域のすべてのヌクレオシド間結合は、非改変型ヌクレオシド間結合（例えば、ホスホジエステル結合）である。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドのセンター領域は、ホスホジエステル結合を含み、５’ウィング領域および３’ウィング領域はそれぞれ、１つまたは複数のホスホロチオエート結合を含む。特定の実施形態では、５’ウィング領域のすべてのヌクレオシド間結合は改変型ヌクレオシド間結合であり、３’ウィング領域のすべてのヌクレオシド間結合は改変型ヌクレオシド間結合であり、センター領域のすべてのヌクレオシド間結合は非改変型ヌクレオシド間結合（例えば、ホスホジエステル結合）である。
特定の実施形態では、ＰＰＭ１ＡギャップマーＡＯＮは、５－１０－５ギャップマーであり、ＰＰＭ１ＡギャップマーＡＯＮのヌクレオシド間結合は：ｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓ（ただし「ｓ」はホスホロチオエート結合を指す）として表され、ただし、すべてのホスホロチオエート結合は５’ウィング領域または３’ウィング領域内にあり、すべてのホスホジエステル結合はＰＰＭ１Ａ ＡＯＮのセンター領域内にある。
特定の実施形態では、ＰＰＭ１ＡギャップマーＡＯＮは、５－１０－５ギャップマーであり、ＰＰＭ１ＡギャップマーＡＯＮのヌクレオシド間結合は：ｓｓｓｓｓｏｏｏｏｏｏｏｏｏｓｓｓｓｓ、ｏｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｏｏ、ｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｓｓｓｓｓ、ｓｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓ、ｓｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓ、ｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓ、およびｓｓｓｓｓｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏ（ただし「ｓ」はホスホロチオエート結合を指し、「ｏ」はホスホジエステル結合を指す）のうちのいずれかとして表され、ただし、すべてのホスホロチオエート結合は５’ウィング領域または３’ウィング領域内にあり、すべてのホスホジエステル結合はＰＰＭ１Ａ ＡＯＮのセンター領域内にある。特定の実施形態では、ＰＰＭ１ＡギャップマーＡＯＮは、３－８－３ギャップマーであり、ＰＰＭ１ＡギャップマーＡＯＮのヌクレオシド間結合は：ｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓ（ただし「ｓ」はホスホロチオエート結合を指す）として表され、ただし、すべてのホスホロチオエート結合は５’ウィング領域または３’ウィング領域内にあり、すべてのホスホジエステル結合はＰＰＭ１Ａ ＡＯＮのセンター領域内にある。
特定の実施形態では、ＰＰＭ１ＡギャップマーＡＯＮは、３－８－３ギャップマーであり、ＰＰＭ１ＡギャップマーＡＯＮのヌクレオシド間結合は：ｓｓｓｏｏｏｏｏｏｏｓｓｓ、ｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏ、ｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏ、ｓｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｓ、ｓｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓ、ｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｓ、およびｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓ（ただし「ｓ」はホスホロチオエート結合を指し、「ｏ」はホスホジエステル結合を指す）のうちのいずれかとして表され、ただし、すべてのホスホロチオエート結合は５’ウィング領域または３’ウィング領域内にあり、すべてのホスホジエステル結合はＰＰＭ１Ａ ＡＯＮのセンター領域内にある。特定の実施形態では、ＰＰＭ１ＡギャップマーＡＯＮは、３－１０－３ギャップマーであり、ＰＰＭ１ＡギャップマーＡＯＮのヌクレオシド間結合は：ｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓ（ただし「ｓ」はホスホロチオエート結合を指す）として表され、ただし、すべてのホスホロチオエート結合は５’ウィング領域または３’ウィング領域内にあり、すべてのホスホジエステル結合はＰＰＭ１Ａ ＡＯＮのセンター領域内にある。
特定の実施形態では、ＰＰＭ１ＡギャップマーＡＯＮは、３－１０－３ギャップマーであり、ＰＰＭ１ＡギャップマーＡＯＮのヌクレオシド間結合は：ｓｓｓｏｏｏｏｏｏｏｏｏｓｓｓ、ｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏ、ｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏ、ｓｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｓ、ｓｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓ、ｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｓ、およびｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓ（ただし「ｓ」はホスホロチオエート結合を指し、「ｏ」はホスホジエステル結合を指す）のうちのいずれかとして表され、ただし、すべてのホスホロチオエート結合は５’ウィング領域または３’ウィング領域内にあり、すべてのホスホジエステル結合はＰＰＭ１Ａ ＡＯＮのセンター領域内にある。特定の実施形態では、ＰＰＭ１ＡギャップマーＡＯＮは、４－１０－４ギャップマーであり、ＰＰＭ１ＡギャップマーＡＯＮのヌクレオシド間結合は：ｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓ（ただし「ｓ」はホスホロチオエート結合を指す）として表され、ただし、すべてのホスホロチオエート結合は、５’ウィング領域または３’ウィング領域内にあり、すべてのホスホジエステル結合は、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮのセンター領域内にある。
特定の実施形態では、ＰＰＭ１ＡギャップマーＡＯＮは、４－１０－４ギャップマーであり、ＰＰＭ１ＡギャップマーＡＯＮのヌクレオシド間結合は：ｓｓｓｓｏｏｏｏｏｏｏｏｏｓｓｓｓ、ｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｏ、ｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｏ、ｓｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓ、ｓｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓ、ｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓ、およびｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓ（ただし「ｓ」はホスホロチオエート結合を指し、「ｏ」はホスホジエステル結合を指す）のうちのいずれかとして表され、ただし、すべてのホスホロチオエート結合は５’ウィング領域または３’ウィング領域内にあり、すべてのホスホジエステル結合はＰＰＭ１Ａ ＡＯＮのセンター領域内にある。特定の実施形態では、ＰＰＭ１ＡギャップマーＡＯＮは、４－８－４ギャップマーであり、ＰＰＭ１ＡギャップマーＡＯＮのヌクレオシド間結合は：ｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓ（ただし「ｓ」はホスホロチオエート結合を指す）として表され、ただし、すべてのホスホロチオエート結合は５’ウィング領域または３’ウィング領域内にあり、すべてのホスホジエステル結合はＰＰＭ１Ａ ＡＯＮのセンター領域内にある。
特定の実施形態では、ＰＰＭ１ＡギャップマーＡＯＮは、４－８－４ギャップマーであり、ＰＰＭ１ＡギャップマーＡＯＮのヌクレオシド間結合は：ｓｓｓｓｏｏｏｏｏｏｏｓｓｓｓ、ｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｏ、ｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｏ、ｓｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓ、ｓｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓ、ｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓ、およびｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓ（ただし「ｓ」はホスホロチオエート結合を指し、「ｏ」はホスホジエステル結合を指す）のうちのいずれかとして表記され、ただし、すべてのホスホロチオエート結合は５’ウィング領域または３’ウィング領域内にあり、すべてのホスホジエステル結合はＰＰＭ１Ａ ＡＯＮのセンター領域内にある。
改変型糖部分
配列番号２～９５５もしくは配列番号１９１０～２８６３のうちのいずれか１つの配列を有するＰＰＭ１Ａ ＡＯＮまたは配列番号２８６８～２９５９のうちのいずれか１つの配列を有するＰＰＭ１Ａ Ｇａｐｍｅｒ ＡＯＮ等のＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、糖基が改変されている１つまたは複数のヌクレオシドを含有し得る。そのような糖改変型ヌクレオシドは、アンチセンス化合物に対して、ヌクレアーゼ安定性の増強、結合親和性の増強、またはいくつかのその他の有益な生物学的特性を付与し得る。
様々な実施形態では、改変型糖部分を有するヌクレオシドは、２’－ＯＨ基が、ＯＲ、Ｒ、Ｒ’ＯＲ、ＳＨ、ＳＲ、ＮＨ２、ＮＲ２、Ｎ３、ＣＮ、Ｆ、Ｃｌ、Ｂｒ、およびＩ（ただし、Ｒはアルキルまたはアリールであり、Ｒ’はアルキレンである）からなる群から選択される任意の１つと置換し得るリボース、２’－Ｏ－メチル（２’－ＯＭｅ）ヌクレオシド、２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）（２’ＭＯＥ）ヌクレオシド、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、二環式核酸（ＢＮＡ）、２’－デオキシ－２’－フルオロヌクレオシド、２’－フルオロ－β－Ｄ－アラビノヌクレオシド、ロックド核酸（ＬＮＡ）、拘束エチル２’－４’－架橋型核酸（ｃＥｔ）、Ｓ－ｃＥｔ、モルフォリノオリゴマー、ｔｃＤＮＡ、２’－Ｏ，４’－Ｃ－エチレン結合型核酸（ＥＮＡ）、ヘキシトール核酸（ＨＮＡ）、および三環系アナログ（例えば、ｔｃＤＮＡ）を含む。
ある特定の実施形態では、ヌクレオシドは、化学的に改変されたリボフラノース環部分を含む。化学的に改変されたリボフラノース環の例は、非限定的に、置換基（５’および２’置換基を含む）の付加、二環式核酸（ＢＮＡ）形成するための非ジェミナル環原子の架橋、リボシル環酸素原子とＳ、Ｎ（Ｒ）、またはＣ（Ｒ１）（Ｒ２）との置換（Ｒ、Ｒ１、およびＲ２は、それぞれ独立してＨ、Ｃ１～Ｃ１２アルキル、または保護基である）、およびその組合せを含む。化学的に改変された糖の例として、２’－Ｆ－５’－メチル置換型ヌクレオシド（その他の開示された５’，２’－ビス置換型ヌクレオシドについては、２００８年８月２１日に公開されたＰＣＴ国際出願第２００８／１０１１５７号パンフレットを参照）、または２’位においてさらなる置換を有するリボシル環酸素原子とＳもしくはＣＦ２との置換（２００５年６月１６日に公開された米国特許出願公開第２００５－０１３０９２３号を参照）、または代替的に、ＢＮＡの５’置換（２００７年１１月２２日に公開されたＰＣＴ国際出願第２００７／１３４１８１号パンフレット（ＬＮＡが、例えば５’－メチルまたは５’－ビニル基と置換されている）を参照）が挙げられる。
改変型糖部分を有するヌクレオシドの例には、非限定的に、５’－ビニル、５’－メチル（Ｒまたは５）、４’－Ｓ、２’－Ｆ、２’－ＯＣＨ３、２’－ＯＣＨ２ＣＨ３、２’－ＯＣＨ２ＣＨ２Ｆ、および２’－Ｏ（ＣＨ２）２ＯＣＨ３置換基を含むヌクレオシドが含まれる。２’位における置換基は、アリル、アミノ、アジド、チオ、Ｏ－アリル、Ｏ－Ｃ１～Ｃ１０アルキル、ＯＣＦ３、ＯＣＨ２Ｆ、Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２－Ｏ－Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）、Ｏ－ＣＨ２－Ｃ（＝Ｏ）－Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）、およびＯ－ＣＨ２－Ｃ（＝Ｏ）－Ｎ（Ｒ１）－（ＣＨ２）２－Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）－（ただし、Ｒｌ、Ｒｍ、およびＲｎのそれぞれは、独立してＨ、または置換型もしくは非置換型Ｃ１～Ｃ１０アルキルである）からも選択される可能性がある。
改変型糖部分の追加の例として、２’－ＯＭｅ改変型糖部分、二環式糖部分、２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）（２’ＭＯＥ）、２’－デオキシ－２’－フルオロヌクレオシド、２’－フルオロ－β－Ｄ－アラビノヌクレオシド、ロックド核酸（ＬＮＡ）、拘束エチル２’－４’－架橋型核酸（ｃＥｔ）（４’－ＣＨ（ＣＨ３）－Ｏ－２’）、Ｓ－拘束エチル（Ｓ－ｃＥｔ）２’－４’－架橋型核酸、４’－ＣＨ２－Ｏ－ＣＨ２－２’、４’－ＣＨ２－Ｎ（Ｒ）－２’、４’－ＣＨ（ＣＨ２ＯＣＨ３）－Ｏ－２’（「拘束ＭＯＥ」または「ｃＭＯＥ」）、ヘキシトール核酸（ＨＮＡ）、および三環系アナログ（例えば、ｔｃＤＮＡ）が挙げられる。
一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、２’－Ｏ－メチルヌクレオシド（２’ＯＭｅ）（例えば、１つまたは複数の２’ＯＭｅ改変型糖を含むＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ）、２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）（２’－ＭＯＥ）（例えば、１つまたは複数の２’ＭＯＥ改変型糖（例えば、２’－ＭＯＥ）を含むＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ）、ペプチド核酸（ＰＮＡ）（例えば、糖－リン酸骨格に代わる反復単位としてアミド結合により結合している１つまたは複数のＮ－（２－アミノエチル）－グリシンユニットまたはカルボニルメチレン結合を含むＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ）、ロックド核酸（ＬＮＡ）（例えば、１つまたは複数のロックドリボースを含み、および２’－デオキシヌクレオチドまたは２’ＯＭｅヌクレオチドの混合物であり得るＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ）、拘束エチル２’－４’－架橋型核酸（ｃ－ＥＴ）（例えば、１つまたは複数のｃＥＴ糖を含むＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ）、ｃＭＯＥ（例えば、１つまたは複数のｃＭＯＥ糖を含むＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ）、モルフォリノオリゴマー（例えば、１つまたは複数のＰＭＯを含む骨格を含むＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ）、デオキシ－２’－フルオロヌクレオシド（例えば、１つまたは複数の２’－フルオロ－β－Ｄ－アラビノヌクレオシドを含むＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ）、２’－Ｏ，４’－Ｃ－エチレン結合型核酸（ＥＮＡ）（例えば、１つまたは複数のＥＮＡ改変型糖を含むＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ）、ヘキシトール核酸（ＨＮＡ）（例えば、１つまたは複数のＨＮＡ改変型糖を含むＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ）、または三環系アナログ（ｔｃＤＮＡ）（例えば、１つまたは複数のｔｃＤＮＡ改変型糖を含むＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ）を含む。
本明細書で使用される場合、「二環式ヌクレオシド」とは、二環式糖部分を含む改変型ヌクレオシドを指す。二環式ヌクレオシドの例として、非限定的に、４’および２’リボシル環原子の間に架橋を含むヌクレオシドが挙げられる。ある特定の実施形態では、本明細書に提示されるアンチセンス化合物には、４’と２’との架橋を含む１つまたは複数の二環式ヌクレオシドが含まれる。そのような４’と２’との架橋型二環式ヌクレオシドの例として、式：４’－（ＣＨ２）－Ｏ－２’（ＬＮＡ）；４’－（ＣＨ２）－Ｓ－２’；４’－（ＣＨ２）２－Ｏ－２’（ＥＮＡ）；４’－ＣＨ（ＣＨ３）－Ｏ－２’、および４’－ＣＨ（ＣＨ２ＯＣＨ３）－Ｏ－２’（およびそのアナログ、２００８年７月１５日発行の米国特許第７、３９９、８４５号を参照）；４’－Ｃ（ＣＨ３）（ＣＨ３）－Ｏ－２’（およびそのアナログ、２００９年１月８日公開の国際出願公開第２００９／００６４７８号パンフレットを参照）；４’－ＣＨ２－Ｎ（ＯＣＨ３）－２’（およびそのアナログ、２００８年１２月１１日公開の国際出願公開第２００８／１５０７２９号パンフレットを参照）；４’－ＣＨ２－Ｏ－Ｎ（ＣＨ３）－２’（２００４年９月２日公開の米国特許出願公開第２００４－０１７１５７０号を参照）；４’－ＣＨ２－Ｎ（Ｒ）－Ｏ－２’（ただしＲはＨ、Ｃ１～Ｃ１２アルキル、または保護基である）（２００８年９月２３日発行の米国特許第７、４２７、６７２号を参照）；４’－ＣＨ２－Ｃ（Ｈ）（ＣＨ３）－２’（Chattopadhyaya et al., J. Org. Chem., 2009, 74, 118-134を参照）；および４’－ＣＨ２－Ｃ－（＝ＣＨ２）－２’（およびそのアナログ、２００８年１２月８日公開の国際出願公開第２００８／１５４４０１号パンフレットを参照）のうちの１つが挙げられるが、ただしこれらに限定されない。
二環式ヌクレオシドと関連するさらなる報告は、公表文献にも見出すことができる（例えば、Singh et al., Chem. Commun., 1998, 4, 455-456; Koshkin et al., Tetrahedron, 1998, 54, 3607-3630; Wahlestedt et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 2000, 97, 5633-5638; Kumar et al., Bioorg. Med. Chem. Lett., 1998, 8, 2219-2222; Singh et al., J. Org. Chem., 1998, 63, 10035-10039; Srivastava et al., J. Am. Chem. Soc., 2007, 129(26) 8362-8379; Elayadi et al., Curr. Opinion Invest. Drugs, 2001, 2, 558-561; Braasch et al., Chem. Biol., 2001, 8, 1-7; and Orum et al., Curr. Opinion Mol. Ther., 2001, 3, 239-243；米国特許第６，２６８，４９０号；同第６，５２５，１９１号；同第６，６７０，４６１号；同第６，７７０，７４８号；同第６，７９４，４９９号；同第７，０３４，１３３号；同第７，０５３，２０７号；同第７，３９９，８４５号；同第７，５４７，６８４号；および同第７，６９６，３４５号；米国特許公開第２００８－００３９６１８号；同第２００９－００１２２８１号；米国特許シリアル番号第６０／９８９，５７４号；同第６１／０２６，９９５号；同第６１／０２６，９９８号；同第６１／０５６，５６４号；同第６１／０８６，２３１号；同第６１／０９７，７８７号；および同第６１／０９９，８４４号；ＰＣＴ国際出願公開ＷＯ第１９９４／０１４２２６号；ＷＯ第２００４／１０６３５６号；ＷＯ第２００５／０２１５７０号；ＷＯ第２００７／１３４１８１号；ＷＯ第２００８／１５０７２９号；ＷＯ第２００８／１５４４０１；およびＷＯ第２００９／００６４７８を参照）。上記二環式ヌクレオシドのそれぞれは、例えば、α－Ｌ－リボフラノースおよびβ－Ｄ－リボフラノースを含む、１つまたは複数の立体化学的糖コンフィギュレーションを有するように調製され得る（ＷＯ９９／１４２２６として１９９９年３月２５日に公開されたＰＣＴ国際出願ＰＣＴ／ＤＫ第９８／００３９３号を参照）。
ある特定の実施形態では、ＢＮＡヌクレオシドの二環式糖部分には、非限定的にペントフラノシル糖部分の４’位と２’位の間に少なくとも１つの架橋を有する化合物が含まれるが、ただしそのような架橋は、－［Ｃ（Ｒａ）（Ｒｂ）］ｎ－、－Ｃ（Ｒａ）＝Ｃ（Ｒｂ）－、－Ｃ（Ｒａ）＝Ｎ－、－Ｃ（＝Ｏ）－、－Ｃ（＝ＮＲａ）－、－Ｃ（＝Ｓ）－、－Ｏ－、－Ｓｉ（Ｒａ）２－、－Ｓ（＝Ｏ）ｘ－、および－Ｎ（Ｒａ）－から独立して選択される１個または２～４個の結合型基を独立して含み；
ただし：
ｘは０、１、または２であり；
ｎは１、２、３、または４であり；
ＲａおよびＲｂのそれぞれは、独立して、Ｈ、保護基、ヒドロキシル、Ｃ１～Ｃ１２アルキル、置換されたＣ１～Ｃ１２アルキル、Ｃ２～Ｃ１２アルケニル、置換されたＣ２～Ｃ１２アルケニル、Ｃ２～Ｃ１２アルキニル、置換されたＣ２～Ｃ１２アルキニル、Ｃ５～Ｃ２０アリール、置換されたＣ５～Ｃ２０アリール、複素環状ラジカル、置換された複素環状ラジカル、ヘテロアリール、置換されたヘテロアリール、Ｃ５～Ｃ７脂環式ラジカル、置換されたＣ５～Ｃ７脂環式ラジカル、ハロゲン、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＣＯＯＪ１、アシル（Ｃ（＝Ｏ）－Ｈ）、置換されたアシル、ＣＮ、スルホニル（Ｓ（＝Ｏ）２－Ｊ１）、またはスルホキシル（Ｓ（＝Ｏ）－Ｊ１）であり；ならびに
Ｊ１およびＪ２のそれぞれは、独立して、Ｈ、Ｃ１～Ｃ１２アルキル、置換されたＣ１～Ｃ１２アルキル、Ｃ２～Ｃ１２アルケニル、置換されたＣ２～Ｃ１２アルケニル、Ｃ２～Ｃ１２アルキニル、置換されたＣ２～Ｃ１２アルキニル、Ｃ５～Ｃ２０アリール、置換されたＣ５～Ｃ２０アリール、アシル（Ｃ（＝Ｏ）－Ｈ）、置換されたアシル、複素環状ラジカル、置換された複素環状ラジカル、Ｃ１～Ｃ１２アミノアルキル、置換されたＣ１～Ｃ１２アミノアルキル、または保護基である。
ある特定の実施形態では、二環式糖部分の架橋は、－［Ｃ（Ｒａ）（Ｒｂ）］ｎ－、－［－［Ｃ（Ｒａ）（Ｒｂ）］ｎ－Ｏ－、－Ｃ（ＲａＲｂ）－Ｎ（Ｒ）－Ｏ－、または－Ｃ（ＲａＲｂ）－Ｏ－Ｎ（Ｒ）－である。ある特定の実施形態では、架橋は、４’－ＣＨ２－２’、４’－（ＣＨ２）２－２’、４’－（ＣＨ２）３－２’、４’－ＣＨ２－Ｏ－２’、４’－（ＣＨ２）２－Ｏ－２’、４’－ＣＨ２－Ｏ－Ｎ（Ｒ）－２’、および４’－ＣＨ２－Ｎ（Ｒ）－Ｏ－２’であり、ただし各Ｒは、独立的に、Ｈ、保護基またはＣ１～Ｃ１２アルキルであり、各ＲａおよびＲｂは、独立的に、Ｈ、保護基、ヒドロキシル、Ｃ１～Ｃ１２アルキル、置換されたＣ１～Ｃ１２アルキル、Ｃ２～Ｃ１２アルケニル、置換されたＣ２～Ｃ１２アルケニル、Ｃ２～Ｃ１２アルキニル、置換されたＣ２～Ｃ１２アルキニル、Ｃ５～Ｃ２０アリール、置換されたＣ５～Ｃ２０アリール、複素環状ラジカル、置換された複素環状ラジカル、ヘテロアリール、置換されたヘテロアリール、Ｃ５～Ｃ７脂環式ラジカル、置換されたＣ５～Ｃ７脂環式ラジカル、ハロゲン、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＣＯＯＪ１、アシル（Ｃ（＝Ｏ）－Ｈ）、置換されたアシル、ＣＮ、スルホニル（Ｓ（＝Ｏ）２－Ｊ１）、またはスルホキシル（Ｓ（＝Ｏ）－Ｊ１）である。
ある特定の実施形態では、二環式ヌクレオシドは、異性体コンフィギュレーションによりさらに定義される。例えば、４’－２’メチレン－オキシ架橋を含むヌクレオシドは、α－Ｌコンフィギュレーションまたはβ－Ｄコンフィギュレーションであり得る。これまでに、α－Ｌ－メチレンオキシ（４’－ＣＨ２－Ｏ－２’）ＢＮＡが、アンチセンス活性を示したアンチセンスオリゴヌクレオチドに組み込まれている（Frieden et al., Nucleic Acids Research, 2003, 21, 6365-6372）。
ある特定の実施形態では、二環式ヌクレオシドとして、α－Ｌ－メチレンオキシ（４’－ＣＨ２－Ｏ－２’）ＢＮＡ、β－Ｄ－メチレンオキシ（４’－ＣＨ２－Ｏ－２’）ＢＮＡ、エチレンオキシ（４’－（ＣＨ２）２－Ｏ－２）ＢＮＡ、アミノオキシ（４’－ＣＨ２－Ｏ－Ｎ（Ｒ）－２’）ＢＮＡ、オキシアミノ（４’－ＣＨ２－Ｎ（Ｒ）－Ｏ－２’）ＢＮＡ、メチル（メチレンオキシ）（４’－ＣＨ（ＣＨ３）－Ｏ－２’）ＢＮＡ、メチレン－チオ（４’－ＣＨ２－Ｓ－２’）ＢＮＡ、メチレン－アミノ（４’－ＣＨ２－Ｎ（Ｒ）－２’）ＢＮＡ、メチル炭素環式（４’－ＣＨ２－ＣＨ（ＣＨ３）－２’）ＢＮＡ、およびプロピレン炭素環式（４’－（ＣＨ２）３－２’）ＢＮＡが挙げられるが、ただしこれらに限定されない。
本明細書で使用される場合、「ロックド核酸」または「ＬＮＡ」または「ＬＮＡヌクレオシド」とは、ヌクレオシド糖単位の４’位と２’位との間で２つの炭素原子を結びつけ、これにより二環式糖を形成する架橋（例えば、メチレン、エチレン、アミノオキシ、またはオキシイミノ架橋）を有する改変型ヌクレオシドを指す。そのような二環式糖の例として、（Ａ）α－Ｌ－メチレンオキシ（４’－ＣＨ２－Ｏ－２’）ＬＮＡ、（Ｂ）β－Ｄ－メチレンオキシ（４’－ＣＨ２－Ｏ－２’）ＬＮＡ、（Ｃ）エチレンオキシ（４’－（ＣＨ２）２－Ｏ－２’）ＬＮＡ、（Ｄ）アミノオキシ（４’－ＣＨ２－Ｏ－Ｎ（Ｒ）－２’）ＬＮＡ、および（Ｅ）オキシアミノ（４’－ＣＨ２－Ｎ（Ｒ）－Ｏ－２’）ＬＮＡ（ただしＲはＨ）、Ｃ１～Ｃ１２アルキル、または保護基（２００８年９月２３日に発行された米国特許第７、４２７、６７２号を参照）が挙げられるが、ただしこれらに限定されない。
本明細書で使用される場合、ＬＮＡヌクレオシドとして、糖の４’位と２’位との間に少なくとも１つの架橋を有するヌクレオシドであって、架橋のそれぞれが、－［Ｃ（Ｒ１）（Ｒ２）］ｎ－、－Ｃ（Ｒ１）＝Ｃ（Ｒ２）－、－Ｃ（Ｒ１）＝Ｎ－、－Ｃ（＝ＮＲ１）－、－Ｃ（＝Ｏ）－、－Ｃ（＝Ｓ）－、－Ｏ－、－Ｓｉ（Ｒ１）２－、－Ｓ（＝Ｏ）ｘ－、および－Ｎ（Ｒ１）－から独立に選択される、１つまたは２～４個のリンク型の基を独立して含み；ただし、ｘは０、１、または２であり；ｎは１、２、３、または４であり；Ｒ１およびＲ２のそれぞれは、独立して、Ｈ、保護基、ヒドロキシル、Ｃ１～Ｃ１２アルキル、置換されたＣ１～Ｃ１２アルキル、Ｃ２～Ｃ１２アルケニル、置換されたＣ２～Ｃ１２アルケニル、Ｃ２～Ｃ１２アルキニル、置換されたＣ２～Ｃ１２アルキニル、Ｃ５～Ｃ２０アリール、置換されたＣ５～Ｃ２０アリール、複素環状ラジカル、置換された複素環状ラジカル、ヘテロアリール、置換されたヘテロアリール、Ｃ５～Ｃ７脂環式ラジカル、置換されたＣ５～Ｃ７脂環式ラジカル、ハロゲン、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＣＯＯＪ１、アシル（Ｃ（＝Ｏ）－Ｈ）、置換されたアシル、ＣＮ、スルホニル（Ｓ（＝Ｏ）２－Ｊ１）、またはスルホキシル（Ｓ（＝Ｏ）－Ｊ１）であり；ならびにＪ１およびＪ２のそれぞれは、独立して、Ｈ、Ｃ１～Ｃ１２アルキル、置換されたＣ１～Ｃ１２アルキル、Ｃ２～Ｃ１２アルケニル、置換されたＣ２～Ｃ１２アルケニル、Ｃ２～Ｃ１２アルキニル、置換されたＣ２～Ｃ１２アルキニル、Ｃ５～Ｃ２０アリール、置換されたＣ５～Ｃ２０アリール、アシル（Ｃ（＝Ｏ）－Ｈ）、置換されたアシル、複素環状ラジカル、置換された複素環状ラジカル、Ｃ１～Ｃ１２アミノアルキル、置換されたＣ１～Ｃ１２アミノアルキル、または保護基である、化合物が挙げられるが、ただしこれらに限定されない。
ＬＮＡの定義に含まれる４’－２’架橋基の例として、式：－［Ｃ（Ｒ１）（Ｒ２）］ｎ－、－［Ｃ（Ｒ１）（Ｒ２）］ｎ－Ｏ－、－Ｃ（Ｒ１Ｒ２）－Ｎ（Ｒ１）－Ｏ－または－Ｃ（Ｒ１Ｒ２）－Ｏ－Ｎ（Ｒ１）－のうちの１つが挙げられるが、ただしこれらに限定されない。さらに、ＬＮＡの定義に含まれるその他の架橋基は、４’－ＣＨ２－２’、４’－（ＣＨ２）２－２’、４’－（ＣＨ２）３－２’、４’－ＣＨ２－Ｏ－２’、４’－（ＣＨ２）２－Ｏ－２’、４’－ＣＨ２－Ｏ－Ｎ（Ｒ１）－２’、および４’－ＣＨ２－Ｎ（Ｒ１）－Ｏ－２’－架橋であるが、ただしＲ１およびＲ２のそれぞれは、独立的に、Ｈ、保護基、またはＣ１～Ｃ１２アルキルである。
本発明によるＬＮＡの定義に含まれるものとして、リボシル糖環の２’－ヒドロキシル基が、糖環の４’炭素原子と接続し、これにより架橋が形成されて二環式糖部分を形成するＬＮＡが挙げられる。架橋は、２’酸素原子と４’炭素原子とを結びつけるメチレン（－ＣＨ２－）基（メチレンオキシ（４’－ＣＨ２－Ｏ－２’）ＬＮＡという用語が使用される）であってよい。さらに、この位置にエチレン架橋基を有する二環式糖部分の場合、エチレンオキシ（４’－ＣＨ２ＣＨ２－Ｏ－２’）ＬＮＡという用語が使用される。メチレンオキシ（４’－ＣＨ２－Ｏ－２’）ＬＮＡの異性体であるα－Ｌ－メチレンオキシ（４’－ＣＨ２－Ｏ－２’）も、本明細書で使用されるように、ＬＮＡの定義に該当する。
一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、ＰＰＭ１ＡギャップマーＡＯＮのギャップマー設計に従って設計されている改変型糖部分を含む。様々な実施形態では、ＰＰＭ１ＡギャップマーＡＯＮは、１つまたは複数の改変型糖部分を含む。様々な実施形態では、５’ウィング領域は、少なくとも１つの改変型糖部分を含む。様々な実施形態では、３’ウィング領域は、少なくとも１つの改変型糖部分を含む。様々な実施形態では、５’ウィング領域は、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、または少なくとも１０個の改変型糖部分を含む。様々な実施形態では、３’ウィング領域は、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、または少なくとも１０個の改変型糖部分を含む。一部の実施形態では、５’ウィング領域および／または３’ウィング領域のそれぞれは、２～６個の改変型糖部分、２～５個の改変型糖部分、２～４個の改変型糖部分、または１～３個の改変型糖部分等の１～７個の改変型糖部分を含む。特定の実施形態では、５’ウィング領域は、３個の改変型糖部分を含み、３’ウィング領域は、３個の改変型糖部分を含む。特定の実施形態では、５’ウィング領域は、４個の改変型糖部分を含み、３’ウィング領域は、４個の改変型糖部分を含む。特定の実施形態では、５’ウィング領域は、５個の改変型糖部分を含み、３’ウィング領域は、５個の改変型糖部分を含む。
様々な実施形態では、５’および３’ウィング領域内の改変型糖部分を有するヌクレオシドは、２’－ＯＨ基が、ＯＲ、Ｒ、Ｒ’ＯＲ、ＳＨ、ＳＲ、ＮＨ２、ＮＲ２、Ｎ３、ＣＮ、Ｆ、Ｃｌ、Ｂｒ、およびＩ（ただし、Ｒはアルキルまたはアリールであり、Ｒ’はアルキレンである）からなる群から選択される任意の１つと置換し得るリボース、２’－Ｏ－メチル（２’－ＯＭｅ）ヌクレオシド、２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）（２’ＭＯＥ）ヌクレオシド、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、二環式核酸（ＢＮＡ）、２’－デオキシ－２’－フルオロヌクレオシド、２’－フルオロ－β－Ｄ－アラビノヌクレオシド、ロックド核酸（ＬＮＡ）、拘束エチル２’－４’－架橋型核酸（ｃＥｔ）、Ｓ－ｃＥｔ、モルフォリノオリゴマー、ｔｃＤＮＡ、２’－Ｏ，４’－Ｃ－エチレン結合型核酸（ＥＮＡ）、ヘキシトール核酸（ＨＮＡ）、および三環系アナログ（例えば、ｔｃＤＮＡ）のいずれか１つである。
一部の実施形態では、５’ウィング領域および／または３’ウィング領域は、少なくとも１つの２’－ＭＯＥヌクレオシドを含む。一部の実施形態では、５’および３’ウィング領域はいずれも、少なくとも１つの２’－ＭＯＥヌクレオシドを含む。一部の実施形態では、５’ウィング領域および３’ウィング領域のそれぞれは、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の２’－ＭＯＥヌクレオシドを含む。一部の実施形態では、５’ウィング領域および３’ウィング領域のそれぞれにおけるすべてのヌクレオシドは、２’－ＭＯＥヌクレオシドである。
他の実施形態では、ウィング領域は、２’－ＭＯＥヌクレオシドと、ＤＮＡヌクレオシドならびに／または二環式ヌクレオシド（ＢＮＡ）（例えば、ロックド核酸（ＬＮＡ）ヌクレオシドまたは拘束エチル２’－４’－架橋型核酸（ｃＥｔ）ヌクレオシド）、２’－Ｏ－メチルヌクレオシド、トリシクロＤＮＡ、Ｓ－ｃＥｔ、モルフォリノ、もしくはその他の２’置換型ヌクレオシド等の非ＭＯＥ改変型ヌクレオシド等のその他のヌクレオシドとを両方含み得る（混合型ウィング）。
一部の実施形態では、５’ウィング領域または３’ウィング領域は、少なくとも１つのＢＮＡ（例えば、少なくとも１つのＬＮＡヌクレオシドまたはｃＥＴヌクレオシド）を含む。一部の実施形態では、５’および３’ウィング領域のそれぞれは、１つのＢＮＡを含む。一部の実施形態では５’および３’ウィング領域内のすべてのヌクレオシドは、ＢＮＡである。さらなる実施形態では、５’および／または３’ウィング領域内のＢＮＡは、ベータ－Ｄもしくはアルファ－Ｌコンフィギュレーションまたはその組合せのいずれかの、オキシ－ＬＮＡ、チオ－ＬＮＡ、アミノ－ＬＮＡ、ｃＥＴ、および／またはＥＮＡを含む基から独立して選択される。
一部の実施形態では、５’および／または３’ウィングは、少なくとも１つの２’－Ｏ－メチルヌクレオシドを含む。一部の実施形態では、５’ウィングは、少なくとも１つの２’－Ｏ－メチルヌクレオシドを含む。一部の実施形態では、５’および３’ウィング領域はいずれも、２’－Ｏ－メチルヌクレオシドを含む。一部の実施形態では、ウィング領域内のすべてのヌクレオシドは、２’－Ｏ－メチルヌクレオシドである。
改変型核酸塩基
様々な実施形態では、配列番号２～９５５もしくは配列番号１９１０～２８６３のうちのいずれか１つの配列を有するＰＰＭ１Ａ ＡＯＮまたは配列番号２８６８～２９５９のうちのいずれか１つの配列を有するＰＰＭ１Ａ Ｇａｐｍｅｒ ＡＯＮ等のＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、１つまたは複数の改変型核酸塩基を含む。改変型核酸塩基の例として、５－メチルピリミジン、例えば、５－メチルシトシンもしくは５－メトキシウリジン、５－メチルプリン、例えば、５－メチルグアニン、またはプソイドウリジンが挙げられる。
様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、少なくとも１つの改変型核酸塩基を含む。様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の改変型核酸塩基を含む。様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、少なくとも１つの５－メチルシトシン核酸塩基を含む。様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の５－メチルシトシン核酸塩基を含む。
様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、改変型および非改変型核酸塩基の両方を含む。例えば、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、シトシンおよび５－メチルシトシンの両方を含み得る。一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個のシトシンを含み、さらに１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の５－メチルシトシン含み得る。
様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ内の核酸塩基の特定のタイプはそれぞれ、対応する改変型核酸塩基と置換している。例えば、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮのグアニンのいずれも、５－メチルグアニンと置換している。別の例として、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮのシトシンのいずれも、５－メチルシトシンと置換している。
一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、ＰＰＭ１ＡギャップマーＡＯＮのギャップマー設計に従って設計されている改変型核酸塩基を含む。様々な実施形態では、５’ウィング領域の結合型ヌクレオシド、３’ウィング領域の結合型ヌクレオシド、またはセンター領域の結合型ヌクレオシドは、１つまたは複数の改変型核酸塩基を含む。一部の実施形態では、５’ウィング領域および／または３’ウィング領域は、２～８個の改変型核酸塩基、３～６個の改変型核酸塩基、または４～５個の改変型核酸塩基等の１～１０個の改変型核酸塩基を含む。一部の実施形態では、５’ウィング領域および／または３’ウィング領域は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の改変型核酸塩基を含む。一部の実施形態では、センター領域は、２～８個の改変型核酸塩基、３～６個の改変型核酸塩基、または４～５個の改変型核酸塩基等の１～１０個の改変型核酸塩基を含む。一部の実施形態では、センター領域は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の改変型核酸塩基を含む。改変型核酸塩基の例として、５－メチルピリミジン、例えば、５－メチルシトシンもしくは５－メトキシウリジン、５－メチルプリン、例えば、５－メチルグアニン、またはプソイドウリジンが挙げられる。
様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮの５’ウィング領域および／または３’ウィング領域内の少なくとも１つのシトシンは、５－メチルシトシン等の改変型核酸塩基と置換している。様々な実施形態では、５’ウィング領域内の少なくとも１つのシトシンは、５－メチルシトシン等の改変型核酸塩基と置換している。様々な実施形態では、３’ウィング領域内の少なくとも１つのシトシンは、５－メチルシトシン等の改変型核酸塩基と置換している。様々な実施形態では、センター領域内の少なくとも１つのシトシンは、５－メチルシトシン等の改変型核酸塩基と置換している。様々な実施形態では、５’ウィング領域内のすべてのシトシンは、５－メチルシトシン等の改変型核酸塩基と置換している。様々な実施形態では、３’ウィング領域内のすべてのシトシンは、５－メチルシトシン等の改変型核酸塩基と置換している。様々な実施形態では、センター領域内のすべてのシトシンは、５－メチルシトシン等の改変型核酸塩基と置換している。
特定の実施形態では、５’ウィング領域内のすべてのシトシン、３’ウィング領域内のすべてのシトシン、およびセンター領域内のすべてのシトシンは、５－メチルシトシン等の改変型核酸塩基と置換している。特定の実施形態では、５’ウィング領域内のすべてのシトシン、３’ウィング領域内のすべてのシトシンは、５－メチルシトシン等の改変型核酸塩基と置換している；ただし、センター領域内のすべてのシトシンは、非改変型核酸塩基である。
改変型オリゴヌクレオチド
上記の改変型ヌクレオシド間結合および／または改変型ヌクレオシド（例えば、改変型糖部分および／または改変型核酸塩基）のうちのいずれかを含み得る改変型オリゴヌクレオチドの追加の実施形態について、本明細書に記載される。
一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ、または薬学的に許容されるその塩は、配列番号２～９５５、配列番号１９１０～２８６３、配列番号２８６８～２９１３、および配列番号２９１４～２９５９のうちのいずれか１つのヌクレオチド配列を含み、ただし、ヌクレオシド配列の少なくとも１つのヌクレオシドは、２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）ヌクレオシド、２’－Ｏ－メチルヌクレオシド、２’－デオキシ－２’－フルオロヌクレオシド、２’－フルオロ－β－Ｄ－アラビノヌクレオシド、二環式核酸、架橋型核酸、ロックド核酸（ＬＮＡ）、拘束エチル（ｃＥＴ）核酸、トリシクロ－ＤＮＡ（ｔｃＤＮＡ）、２’－Ｏ，４’－Ｃ－エチレン結合型核酸（ＥＮＡ）、またはペプチド核酸（ＰＮＡ）と置換している。特定の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮの少なくとも１つのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合である。一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮのすべてのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合である。上記アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは薬学的に許容されるその塩のいずれかおよび薬学的に許容される賦形剤を含む医薬組成物についても、本明細書に記載される。
本明細書に記載されるＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、改変型リボヌクレオシドおよび改変型デオキシリボヌクレオシドを含む、化学的に改変されたヌクレオシドを含み得る。化学的に改変されたヌクレオシドは、糖環の２’位は－Ｈまたは－ＯＨ以外の部分（例えば、－ＦまたはＯ－アルキル基）を含む２’－置換型ヌクレオシドを含む。例えば、化学的に改変されたヌクレオシドとして、２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）改変体、例えば、２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）グアノシン、２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）アデノシン、２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）シトシン、および２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）チミジンが挙げられるが、ただしこれらに限定されない。
一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、化学的に改変されたヌクレオシド、例えば、２’Ｏ－メチルリボヌクレオシド、例えば、２’Ｏ－メチルシチジン、２’Ｏ－メチルグアノシン、２’Ｏ－メチルウリジン、および／または２’Ｏ－メチルアデノシンを含み得る。本明細書に記載されるＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、５－メチルピリミジン、例えば、５－メチルシトシン、および／または５－メチルプリン、例えば、５－メチルグアニンを含む、１つまたは複数の化学的に改変された塩基も含み得る。本明細書に記載されるＰＰＭ１Ａ ＡＯＮはまた、下記の化学的に改変されたヌクレオシド：５－メチル－２’－Ｏ－メチルシチジン、５－メチル－２’－Ｏ－メチルチミジン、５－メチルシチジン、５－メチルウリジン、および／または５－メチル２’－デオキシシチジンのうちのいずれかも含み得る。
一部の実施形態では、開示されるＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、例えば５’末端または３’末端の一方のみもしくは５’末端および３’末端の両方において、またはオリゴヌクレオチド配列に沿って配置される、少なくとも１つの改変型核酸塩基、例えば、５－メチルシトシン、および／または少なくとも１つのメチルホスホネートヌクレオチドを任意選択で有し得るものと考えられる。
ある特定の実施形態では、本開示は、改変型ヌクレオシドの組合せ、例えば、ＰＰＭ１Ａペプチド核酸（ＰＮＡ）とＰＰＭ１Ａロックド核酸（ＬＮＡ）との組合せを有する、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮの混合モダリティを提供する。化学的に改変されたヌクレオシドには、ロックド核酸（ＬＮＡ）、２’－Ｏ－メチル、２’－フルオロ、および２’－フルオロ－β－Ｄ－アラビノヌクレオチド（ＦＡＮＡ）改変体も含まれるが、ただしこれらに限定されない。本明細書に記載されるＰＰＭ１Ａ ＡＯＮに含まれる得る化学的に改変されたヌクレオシドは、ＪｏｈａｎｎｅｓおよびＬｕｃｃｈｉｎｏ（２０１８）の“Current Challenges in Delivery and Cytosolic Translocation of Therapeutic RNAs” Nucleic Acid Ther. 28(3): 178-93；ＲｅｔｔｉｇおよびＢｅｈｌｋｅ（２０１２）の“Progress toward in vivo use of siRNAs-II”Mol Ther 20:483-512；ならびにＫｈｖｏｒｏｖａおよびＷａｔｔｓ（２０１７）の“The chemical evolution of oligonucleotide therapies of clinical utility” Nat Biotechnol., 35(3):238-48に記載されており、そのそれぞれの内容は本明細書において参考として援用する。
本明細書に記載されるＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、オリゴヌクレオチド末端部の５’リン酸、および５’リン酸のホスファターゼ耐性アナログの安定化を促進する化学的改変を含み得る。オリゴヌクレオチド末端部５’リン酸の安定化を促進し、または５’リン酸のホスファターゼ耐性アナログである化学的改変として、５’－メチルホスホネート、５’－メチレンホスホネート、５’－メチレンホスホネートアナログ、５’－Ｅ－ビニルホスホネート（５’－Ｅ－ＶＰ）、５’－ホスホロチオエート、および５’－Ｃ－メチルアナログが挙げられるが、ただしこれらに限定されない。ＡＯＮ末端部５’リン酸および５’リン酸のホスファターゼ耐性アナログの安定化を促進する化学的改変は、ＫｈｖｏｒｏｖａおよびＷａｔｔｓ（２０１７）の“The chemical evolution of oligonucleotide therapies of clinical utility” Nat Biotechnol., 35(3):238-48に記載されており、その内容を本明細書において参考として援用する。
本明細書に記載される一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ、または薬学的に許容されるその塩は、配列番号２～９５５、配列番号１９１０～２８６３、配列番号２８６８～２９１３、および配列番号２９１４～２９５９のうちのいずれか１つのヌクレオチド配列を含む改変型オリゴヌクレオチドであり、ただし、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、少なくとも１つのヌクレオシドもしくは少なくとも１つのヌクレオシド間結合の改変を含む。例えば、一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ、または薬学的に許容されるその塩は、配列番号２～９５５、配列番号１９１０～２８６３、配列番号２８６８～２９１３、および配列番号２９１４～２９５９のうちのいずれか１つのヌクレオチド配列を含み、ヌクレオチド配列の少なくとも１つのヌクレオシド結合は、ホスホロチオエート結合、アルキルホスフェート結合、アルキルホスホネート結合、３－メトキシプロピルホスホネート結合、ホスホロジチオエート結合、ホスホトリエステル結合、メチルホスホネート結合、アミノアルキルホスホトリエステル結合、アルキレンホスホネート結合、ホスフィネート結合、ホスホルアミデート結合、ホスホルアミドチオエート結合、（例えば、ホスホロジアミデートモルフォリノ（ＰＭＯ）、３’アミノリボース、または５’アミノリボースを含む）ホスホロジアミデート結合、アミノアルキルホスホルアミデート結合、チオホスホルアミデート結合、チオノアルキルホスホネート結合、チオノアルキルホスホトリエステル結合、チオホスフェート結合、セレノホスフェート結合、およびボラノホスフェート結合である。
本明細書に記載されるＰＰＭ１Ａ ＡＯＮの一部の実施形態では、ヌクレオチドの配列の少なくとも１つのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合である。例えば、本明細書に記載されるＰＰＭ１Ａ ＡＯＮの一部の実施形態では、ヌクレオチドの配列の１、２、３個、またはそれを上回る数のヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合である。本明細書に記載されるＰＰＭ１Ａ ＡＯＮの好ましい実施形態では、ヌクレオチドの配列のすべてのヌクレオシド間結合はホスホロチオエート結合である。したがって、一部の実施形態では、配列番号２～９５５、配列番号１９１０～２８６３、配列番号２８６８～２９１３、および配列番号２９１４～２９５９のいずれかのＰＰＭ１Ａ ＡＯＮにおいて、そのヌクレオチド結合のすべてがホスホロチオエート結合である。一部の実施形態では、配列番号２～９５５、配列番号１９１０～２８６３、配列番号２８６８～２９１３、および配列番号２９１４～２９５９のいずれかのＰＰＭ１Ａ ＡＯＮにおいて、そのヌクレオシド結合の１つまたは複数は、ホスホロチオエート結合である。
検討されるＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、少なくとも１つの改変型糖を任意選択で含み得る。例えば、オリゴヌクレオチドを構成する少なくとも１つのヌクレオチドの糖部分は、２’－ＯＨ基が、ＯＲ、Ｒ、Ｒ’ＯＲ、ＳＨ、ＳＲ、ＮＨ２、ＮＲ２、Ｎ３、ＣＮ、Ｆ、Ｃｌ、Ｂｒ、およびＩ（ただし、Ｒはアルキルまたはアリールであり、またＲ’はアルキレンである）からなる群から選択される任意の１つと置換し得るリボースである。
特定の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、ｅｅｅｅｅ－ｄ１０－ｅｅｅｅｅ（ただし「ｅ」は２’－Ｏ－ＭＯＥ改変型ヌクレオシドを表し、「ｄ１０」は連続する１０個のＤＮＡ核酸塩基配列を表す）のヌクレオシド配列を有する。この実施形態では、５’ウィング領域は５個の２’－Ｏ－ＭＯＥ改変型ヌクレオシドを含み、ギャップ領域は１０個の連続ＤＮＡ核酸塩基を含み、３’ウィング領域は５個の２’－Ｏ－ＭＯＥ改変型ヌクレオシドを含む。ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮのヌクレオシド間結合は、ｓｓｓｓｓｏｏｏｏｏｏｏｏｏｓｓｓｓｓ（ただし「ｓ」はホスホロチオエート結合を指し、「ｏ」はホスホジエステル結合を指す）の配列を有し得るが、ただし、すべてのホスホロチオエート結合は５’ウィング領域または３’ウィング領域内にあり、すべてのホスホジエステル結合はＰＰＭ１Ａ ＡＯＮのセンター領域内にある。様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、非改変型シトシンを含む。様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、改変型シトシン（例えば、５－メチルシトシン）を含む。様々な実施形態では、５’ウィング領域および３’ウィング領域のすべてのシトシンは、改変型シトシン（例えば、５－メチルシトシン）である。
特定の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、ｅｅｅｅｅ－ｄ１０－ｅｅｅｅｅ（ただし「ｅ」は２’－Ｏ－ＭＯＥ改変型ヌクレオシドを表し、「ｄ１０」は連続する１０個のＤＮＡ核酸塩基配列を表す）のヌクレオシド配列を有する。この実施形態では、５’ウィング領域は５個の２’－Ｏ－ＭＯＥ改変型ヌクレオシドを含み、ギャップ領域は１０個の連続ＤＮＡ核酸塩基を含み、３’ウィング領域は５個の２’－Ｏ－ＭＯＥ改変型ヌクレオシドを含む。ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮのヌクレオシド間結合は、ｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓ（ただし「ｓ」はホスホロチオエート結合を指す）の配列を有し得るが、ただし、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮのすべてのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合である。様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、非改変型シトシンを含む。様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、改変型シトシン（例えば、５－メチルシトシン）を含む。様々な実施形態では、５’ウィング領域および３’ウィング領域のすべてのシトシンは、改変型シトシン（例えば、５－メチルシトシン）である。
特定の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、ｅｅｅ－ｄ８－ｅｅｅ（ただし「ｅ」は２’－Ｏ－ＭＯＥ改変型ヌクレオシドを表し、「ｄ８」は、連続する８個のＤＮＡ核酸塩基配列を表す）のヌクレオシド配列を有する。この実施形態では、５’ウィング領域は３個の２’－Ｏ－ＭＯＥ改変型ヌクレオシドを含み、ギャップ領域は８個の連続ＤＮＡ核酸塩基を含み、３’ウィング領域は３個の２’－Ｏ－ＭＯＥ改変型ヌクレオシドを含む。ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮのヌクレオシド間結合は、ｓｓｓｏｏｏｏｏｏｏｓｓｓ（ただし「ｓ」はホスホロチオエート結合を指し、「ｏ」はホスホジエステル結合を指す）の配列を有し得るが、ただし、すべてのホスホロチオエート結合は５’ウィング領域または３’ウィング領域内にあり、すべてのホスホジエステル結合はＰＰＭ１Ａ ＡＯＮのセンター領域内にある。様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、非改変型シトシンを含む。様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、改変型シトシン（例えば、５－メチルシトシン）を含む。様々な実施形態では、５’ウィング領域および３’ウィング領域のすべてのシトシンは、改変型シトシン（例えば、５－メチルシトシン）である。
特定の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、ｅｅｅ－ｄ８－ｅｅｅ（ただし「ｅ」は２’－Ｏ－ＭＯＥ改変型ヌクレオシドを表し、「ｄ８」は連続する８個のＤＮＡ核酸塩基配列を表す）のヌクレオシド配列を有する。この実施形態では、５’ウィング領域は３個の２’－Ｏ－ＭＯＥ改変型ヌクレオシドを含み、ギャップ領域は８個の連続ＤＮＡ核酸塩基を含み、３’ウィング領域は３個の２’－Ｏ－ＭＯＥ改変型ヌクレオシドを含む。ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮのヌクレオシド間結合は、ｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓ（ただし「ｓ」はホスホロチオエート結合を指す）の配列を有し得るが、ただし、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮのすべてのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合である。様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、非改変型シトシンを含む。様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、改変型シトシン（例えば、５－メチルシトシン）を含む。様々な実施形態では、５’ウィング領域および３’ウィング領域のすべてのシトシンは、改変型シトシン（例えば、５－メチルシトシン）である。
特定の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、ｅｅｅ－ｄ１０－ｅｅｅ（ただし「ｅ」は２’－Ｏ－ＭＯＥ改変型ヌクレオシドを表し、「ｄ１０」は連続する１０個のＤＮＡ核酸塩基配列を表す）のヌクレオシド配列を有する。この実施形態では、５’ウィング領域は３個の２’－Ｏ－ＭＯＥ改変型ヌクレオシドを含み、ギャップ領域は１０個の連続ＤＮＡ核酸塩基を含み、３’ウィング領域は３個の２’－Ｏ－ＭＯＥ改変型ヌクレオシドを含む。ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮのヌクレオシド間結合は、ｓｓｓｏｏｏｏｏｏｏｏｏｓｓｓの配列を有し得（ただし「ｓ」はホスホロチオエート結合を指し、「ｏ」はホスホジエステル結合を指す）ただし、すべてのホスホロチオエート結合は５’ウィング領域または３’ウィング領域内にあり、すべてのホスホジエステル結合はＰＰＭ１Ａ ＡＯＮのセンター領域内にある。様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、非改変型シトシンを含む。様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、改変型シトシン（例えば、５－メチルシトシン）を含む。様々な実施形態では、５’ウィング領域および３’ウィング領域のすべてのシトシンは、改変型シトシン（例えば、５－メチルシトシン）である。
特定の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、ｅｅｅ－ｄ１０－ｅｅｅ（ただし「ｅ」は２’－Ｏ－ＭＯＥ改変型ヌクレオシドを表し、「ｄ１０」は連続する１０個のＤＮＡ核酸塩基配列を表す）のヌクレオシド配列を有する。この実施形態では、５’ウィング領域は３個の２’－Ｏ－ＭＯＥ改変型ヌクレオシドを含み、ギャップ領域は１０個の連続ＤＮＡ核酸塩基を含み、３’ウィング領域は３個の２’－Ｏ－ＭＯＥ改変型ヌクレオシドを含む。ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮのヌクレオシド間結合は、ｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓ（ただし「ｓ」はホスホロチオエート結合を指す）の配列を有し得るが、ただし、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮのすべてのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合である。様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、非改変型シトシンを含む。様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、改変型シトシン（例えば、５－メチルシトシン）を含む。様々な実施形態では、５’ウィング領域および３’ウィング領域のすべてのシトシンは、改変型シトシン（例えば、５－メチルシトシン）である。
特定の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、ｅｅｅｅ－ｄ１０－ｅｅｅｅ（ただし「ｅ」は２’－Ｏ－ＭＯＥ改変型ヌクレオシドを表し、「ｄ１０」は連続する１０個のＤＮＡ核酸塩基配列を表す）のヌクレオシド配列を有する。この実施形態では、５’ウィング領域は４個の２’－Ｏ－ＭＯＥ改変型ヌクレオシドを含み、ギャップ領域は１０個の連続ＤＮＡ核酸塩基を含み、３’ウィング領域は４個の２’－Ｏ－ＭＯＥ改変型ヌクレオシドを含む。ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮのヌクレオシド間結合は、ｓｓｓｓｏｏｏｏｏｏｏｏｏｓｓｓｓ（ただし「ｓ」はホスホロチオエート結合を指し、「ｏ」はホスホジエステル結合を指す）の配列を有し得るが、ただし、すべてのホスホロチオエート結合は５’ウィング領域または３’ウィング領域内にあり、すべてのホスホジエステル結合はＰＰＭ１Ａ ＡＯＮのセンター領域内にある。様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、非改変型シトシンを含む。様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、改変型シトシン（例えば、５－メチルシトシン）を含む。様々な実施形態では、５’ウィング領域および３’ウィング領域のすべてのシトシンは、改変型シトシン（例えば、５－メチルシトシン）である。
特定の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、ｅｅｅｅ－ｄ１０－ｅｅｅｅ（ただし「ｅ」は２’－Ｏ－ＭＯＥ改変型ヌクレオシドを表し、「ｄ１０」は連続する１０個のＤＮＡ核酸塩基配列を表す）のヌクレオシド配列を有する。この実施形態では、５’ウィング領域は４個の２’－Ｏ－ＭＯＥ改変型ヌクレオシドを含み、ギャップ領域は１０個の連続ＤＮＡ核酸塩基を含み、３’ウィング領域は４個の２’－Ｏ－ＭＯＥ改変型ヌクレオシドを含む。ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮのヌクレオシド間結合は、ｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓ（ただし「ｓ」はホスホロチオエート結合を指す）の配列を有し得るが、ただし、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮのすべてのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合である。様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、非改変型シトシンを含む。様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、改変型シトシン（例えば、５－メチルシトシン）を含む。様々な実施形態では、５’ウィング領域および３’ウィング領域のすべてのシトシンは、改変型シトシン（例えば、５－メチルシトシン）である。
特定の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、ｅｅｅｅ－ｄ８－ｅｅｅｅ（ただし「ｅ」は２’－Ｏ－ＭＯＥ改変型ヌクレオシドを表し、「ｄ８」は連続する８個のＤＮＡ核酸塩基配列を表す）のヌクレオシド配列を有する。この実施形態では、５’ウィング領域は４個の２’－Ｏ－ＭＯＥ改変型ヌクレオシドを含み、ギャップ領域は８個の連続ＤＮＡ核酸塩基を含み、３’ウィング領域は４個の２’－Ｏ－ＭＯＥ改変型ヌクレオシドを含む。ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮのヌクレオシド間結合は、ｓｓｓｓｏｏｏｏｏｏｏｓｓｓｓ（ただし「ｓ」はホスホロチオエート結合を指し、「ｏ」はホスホジエステル結合を指す）の配列を有し得るが、ただし、すべてのホスホロチオエート結合は、５’ウィング領域または３’ウィング領域内にあり、すべてのホスホジエステル結合は、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮのセンター領域内にある。様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、非改変型シトシンを含む。様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、改変型シトシン（例えば、５－メチルシトシン）を含む。様々な実施形態では、５’ウィング領域および３’ウィング領域のすべてのシトシンは、改変型シトシン（例えば、５－メチルシトシン）である。
特定の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、ｅｅｅｅ－ｄ８－ｅｅｅｅ（ただし「ｅ」は２’－Ｏ－ＭＯＥ改変型ヌクレオシドを表し、「ｄ８」は連続する８個のＤＮＡ核酸塩基配列を表す）のヌクレオシド配列を有する。この実施形態では、５’ウィング領域は４個の２’－Ｏ－ＭＯＥ改変型ヌクレオシドを含み、ギャップ領域は８個の連続ＤＮＡ核酸塩基を含み、３’ウィング領域は４個の２’－Ｏ－ＭＯＥ改変型ヌクレオシドを含む。ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮのヌクレオシド間結合は、ｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓ（ただし「ｓ」はホスホロチオエート結合を指す）の配列を有し得るが、ただし、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮのすべてのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合である。様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、非改変型シトシンを含む。様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、改変型シトシン（例えば、５－メチルシトシン）を含む。様々な実施形態では、５’ウィング領域および３’ウィング領域のすべてのシトシンは、改変型シトシン（例えば、５－メチルシトシン）である。
ＰＰＭ１Ａ遺伝子産物
一般的に、本明細書で開示されるＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、ＰＰＭ１Ａ遺伝子産物の一部分に対して少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％相補的である核酸塩基の配列を有する結合型ヌクレオシドを含む。本明細書に記載される本発明の複数の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ阻害剤は、１つまたは複数の種のＰＰＭ１Ａ遺伝子のＰＰＭ１Ａ遺伝子産物を標的とすることができる。例えば、ＰＰＭ１Ａ阻害剤は、哺乳動物ＰＰＭ１Ａ遺伝子、例えばヒト（すなわち、ホモサピエンス（Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ））ＰＰＭ１Ａ遺伝子、齧歯類ＰＰＭ１Ａ遺伝子（例えば、マウス（Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ）ＰＰＭ１Ａ遺伝子）、および／または霊長類ＰＰＭ１Ａ遺伝子（例えば、カニクイザル（Ｍａｃａｃａ Ｆａｓｃｉｃｕｌａｒｉｓ）のＰＰＭ１Ａ遺伝子またはアカゲザル（Ｍａｃａｃａ ｍｕｌａｔｔａ）のＰＰＭ１Ａ遺伝子）のＰＰＭ１Ａ遺伝子産物を標的とすることができる。特別な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ阻害剤は、ヒトＰＰＭ１Ａ遺伝子産物を標的とする。ＡＰＰＭ１Ａ遺伝子産物は、例えばＲＮＡ遺伝子産物、例えばＰＰＭ１Ａ遺伝子のｍＲＮＡ遺伝子産物またはタンパク質生成物であり得る。一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ阻害剤は、ＰＰＭ１Ａ遺伝子またはＰＰＭ１Ａ ＲＮＡ、例えばＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡ、またはその一部分のヌクレオチド配列に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ阻害剤は、複数種のＰＰＭ１Ａ遺伝子またはＰＰＭ１Ａ ＲＮＡ（例えば、ＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡ）の間で共通するヌクレオチド配列の一部分に対して相補的である核酸塩基の配列を含む。例えば、一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ阻害剤は、ＰＰＭ１Ａアンチセンス治療薬、例えばヒト、マウス、および／または霊長類のＰＰＭ１Ａ遺伝子またはＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡにより共有されるヌクレオチド配列に対して相補的であるＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチドである。
本開示の一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ遺伝子産物は、ＰＰＭ１Ａ遺伝子配列（例えば、ＮＣＢＩ参照配列ＮＧ＿０２９６９８．１（配列番号１）またはＰＰＭ１Ａコーディング配列のＰＰＭ１Ａ遺伝子配列）のヌクレオチド４１、９３２～ヌクレオチド４２、７８７およびヌクレオチド４４、８７４～ヌクレオチド４４、９９０、またはその一部分から転写されたＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡである。本開示の一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ遺伝子産物は、ＰＰＭ１Ａ遺伝子配列（例えば、ＮＣＢＩ参照配列ＮＧ＿０２９６９８．１（配列番号１）またはＰＰＭ１Ａコーディング配列のＰＰＭ１Ａ遺伝子配列）のヌクレオチド４１，９３２～ヌクレオチド４２，７８７、およびヌクレオチド４４，８７４～ヌクレオチド４４，９９０、またはその一部分から転写されたＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡと、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の同一性を共有するヌクレオチド配列である。
本開示の一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ遺伝子産物は、ＰＰＭ１Ａ遺伝子配列（例えば、ＮＣＢＩ参照配列ＮＧ＿０２９６９８．１（配列番号１）のＰＰＭ１Ａ遺伝子配列）のヌクレオチド８４７０～８９２６、４１９３３～４２７８７、４４８７４～４５９９０、４９０５５～４９１６４、５０６４７～５０７０４、および５１７０３～５８３３６のいずれか１つから転写されたＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡである。本開示の一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ遺伝子産物は、ＰＰＭ１Ａ遺伝子配列のコード領域、例えばＰＰＭ１Ａ遺伝子配列（例えばＮＣＢＩ参照配列ＮＧ＿０２９６９８．１（配列番号１）のＰＰＭ１Ａ遺伝子配列）のヌクレオチド８４７０～８９２６、４１９３３～４２７８７、４４８７４～４５９９０、４９０５５～４９１６４、５０６４７～５０７０４、および５１７０３～５８３３６を含むコード領域等から転写されたＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡである。様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡは、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０２１００３．５（配列番号２８６４）に対応するＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡ転写物バリアント１である。
本開示の一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ遺伝子産物は、ＰＰＭ１Ａ遺伝子配列（例えば、ＮＣＢＩ参照配列ＮＧ＿０２９６９８．１（配列番号１）のＰＰＭ１Ａ遺伝子配列）のヌクレオチド８４７０～８９２６、９６２９～９７３０、４１９３３～４２７８７、および４４８７４～４７８０４のいずれか１つから転写されたＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡである。本開示の一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ遺伝子産物は、ＰＰＭ１Ａ遺伝子配列のコード領域、例えばＰＰＭ１Ａ遺伝子配列（例えば、ＮＣＢＩ参照配列ＮＧ＿０２９６９８．１（配列番号１）のＰＰＭ１Ａ遺伝子配列）のヌクレオチド８４７０～８９２６、９６２９～９７３０、４１９３３～４２７８７、および４４８７４～４７８０４を含むコード領域等から転写されたＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡである。様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡは、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿１７７９５１．２（配列番号２８６５）に対応するＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡ転写物バリアント２である。
本開示の一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ遺伝子産物は、ＰＰＭ１Ａ遺伝子配列（例えば、ＮＣＢＩ参照配列ＮＧ＿０２９６９８．１（配列番号１）のＰＰＭ１Ａ遺伝子配列）のヌクレオチド４９９９～５２９５、４１９３３～４２７８７、４４８７４～４４９９０、４９０５５～４９１６４、５０６４７～５０７０４、５１７０３～５８３３６のいずれか１つから転写されたＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡである。本開示の一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ遺伝子産物は、ＰＰＭ１Ａ遺伝子配列のコード領域、例えばＰＰＭ１Ａ遺伝子配列（例えば、ＮＣＢＩ参照配列ＮＧ＿０２９６９８．１（配列番号１）のＰＰＭ１Ａ遺伝子配列）のヌクレオチド４９９９～５２９５、４１９３３～４２７８７、４４８７４～４４９９０、４９０５５～４９１６４、５０６４７～５０７０４、５１７０３～５８３３６を含むコード領域等から転写されたＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡである。様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡは、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿１７７９５２．２（配列番号２８６６）に対応するＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡ転写物バリアント３である。
本開示の一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ遺伝子産物は、ＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡ転写物バリアント１のヌクレオチド４５７～１４２９（すなわち、例えばＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０２１００３．５に対応する、ＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡ転写物バリアント１のヌクレオチド４５７～１４２９）、またはその一部分を含むヌクレオチド配列である。本開示の一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ遺伝子産物は、ＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡ転写物バリアント１のヌクレオチド４５７～１４２９（すなわち、例えば、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０２１００３．５に対応するＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡ転写物バリアント１のヌクレオチド４５７～１４２９）、またはその一部分と、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の同一性を共有するヌクレオチド配列である。
本明細書に記載される一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ遺伝子産物は、ＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡアイソフォーム転写物（例えば、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０２１００３．５（配列番号２８６４）に対応するＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡ転写物バリアント１）またはその一部分である。本明細書に記載される一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ遺伝子産物は、ＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡアイソフォーム転写物（例えば、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０２１００３．５（配列番号２８６４）に対応するＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡ転写物バリアント１）、またはその一部分と、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の同一性を共有するヌクレオチド配列である。
ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０２１００３．５（配列番号２８６４）に対応するＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡ転写物バリアント１
Figure 2022537581000041
Figure 2022537581000042
Figure 2022537581000043
Figure 2022537581000044
Figure 2022537581000045
本明細書に記載される一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ遺伝子産物は、ＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡアイソフォーム転写物（例えば、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿１７７９５１．２（配列番号２８６５）に対応するＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡ転写物バリアント２）、またはその一部分である。本明細書に記載される一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ遺伝子産物は、ＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡアイソフォーム転写物（例えば、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿１７７９５１．２（配列番号２８６５）に対応するＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡ転写物バリアント２）、またはその一部分と、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の同一性を共有するヌクレオチド配列である。
本明細書に記載される一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ遺伝子産物は、ＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡアイソフォーム転写物（例えば、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿１７７９５２．２（配列番号２８６６）に対応するＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡ転写物バリアント３）、またはその一部分である。本明細書に記載される一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ遺伝子産物は、ＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡアイソフォーム転写物（例えば、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿１７７９５２．２（配列番号２８６６）に対応するＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡ転写物バリアント３）、またはその一部分と、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の同一性を共有するヌクレオチド配列である。
本明細書に記載される一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ遺伝子産物は、マウス（Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ）ＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡアイソフォーム転写物（例えば、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００８９１０．３（配列番号２８６７）に対応するマウス（Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ）ＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡアルファアイソフォーム転写物）、またはその一部分である。本明細書に記載される一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ遺伝子産物は、ＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡアイソフォーム転写物（例えば、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００８９１０．３（配列番号２８６７）に対応するマウス（Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ）ＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡアルファアイソフォーム転写物）、またはその一部分と、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％の同一性、または１００％の同一性を共有するヌクレオチド配列である。
本開示の一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ遺伝子産物は、上記ＰＰＭ１Ａ転写物以外のＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡ転写物バリアント（例えば、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０２１００３．５（配列番号２８６４）に対応するＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡ転写物バリアント１、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿１７７９５１．２（配列番号２８６５）に対応するＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡ転写物バリアント２、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿１７７９５２．２（配列番号２８６６）に対応するＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡ転写物バリアント３、またはＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００８９１０．３（配列番号２８６７）に対応するマウス（Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ）ＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡアルファアイソフォーム転写物））である。一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ遺伝子産物は、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０２１００３．５（配列番号２８６４）に対応するＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡ転写物バリアント１、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿１７７９５１．２（配列番号２８６５）に対応するＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡ転写物バリアント２、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿１７７９５２．２（配列番号２８６６）に対応するＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡ転写物バリアント３、またはＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００８９１０．３（配列番号２８６７）に対応するマウス（Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ）ＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡアルファアイソフォーム転写物のヌクレオチドと相同であるヌクレオチドと、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％の同一性、または１００％の同一性を共有するヌクレオチド配列である。一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ遺伝子産物は、ＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡ転写物バリアント１のヌクレオチド４５７～１４２９（すなわち、配列番号２８６４のヌクレオチド４５７～１４２９）、またはその一部分と相同であるヌクレオチドと、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の同一性を共有するヌクレオチド配列である。
ＰＰＭ１Ａ遺伝子産物を標的とするＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ
様々な実施形態では、本明細書で開示されるＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ、例えば配列番号２～９５５もしくは配列番号１９１０～２８６３のいずれか１つの配列を有するＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ、または配列番号２８６８～２９５９のいずれか１つの配列を有するＰＰＭ１ＡギャップマーＡＯＮ等は、ＰＰＭ１Ａ遺伝子産物、例えばＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡ転写物（例えば、配列番号２８６４、配列番号２８６５、配列番号２８６６、または配列番号２８６７の任意の１つ）等の特定部分を標的とする。一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、ＰＰＭ１Ａ遺伝子産物の一部分に対して、またはＰＰＭ１Ａ遺伝子配列に対して、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％相補的なオリゴヌクレオチド配列であり得る。本明細書に記載される一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、ＰＰＭ１Ａ遺伝子産物、例えばＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡ転写物等の特定部分を標的とする。ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮにより標的とされるＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡ転写物の異なる実施形態が、以下でさらに詳細に記載される。例えば、本明細書に記載されるように、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、ＰＰＭ１Ａ遺伝子産物、例えばＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡ転写物に対して、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％相補的である核酸塩基の配列を含む結合型ヌクレオシドを含む。一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、ＰＰＭ１Ａ遺伝子産物、例えばＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡ転写物に対して１００％相補的である核酸塩基の配列を含む結合型ヌクレオシドを含む。一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、ＰＰＭ１Ａ遺伝子配列またはＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡ配列のエクソンのヌクレオチド配列に対して、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％相補的である核酸塩基の配列を含む結合型ヌクレオシドを含む。一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、ＰＰＭ１Ａ遺伝子配列またはＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡ配列のエクソンのヌクレオチド配列に対して１００％相補的である核酸塩基の配列を含む結合型ヌクレオシドを含む。一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、ＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡ配列の非翻訳領域（ＵＴＲ）、例えばＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡ配列の５’ＵＴＲまたは３’ＵＴＲのヌクレオチド配列に対して、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％相補的である核酸塩基の配列を含む結合型ヌクレオシドを含む。一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、ＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡ配列の非翻訳領域（ＵＴＲ）、例えばＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡ配列の５’ＵＴＲまたは３’ＵＴＲのヌクレオチド配列に対して１００％相補的である核酸塩基の配列を含む結合型ヌクレオシドを含む。
一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、ＰＰＭ１Ａ遺伝子産物の特定部分を標的とし、該ＰＰＭ１Ａ遺伝子産物の特定部分は核酸塩基１０個の長さを有する。一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、ＰＰＭ１Ａ遺伝子産物の特定部分を標的とし、該ＰＰＭ１Ａ遺伝子産物の特定部分は、核酸塩基１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４個、または２５個の長さを有する。
一部の実施形態では、本明細書で開示されるＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、ＰＰＭ１Ａ遺伝子産物、例えばＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡ転写物（例えば、配列番号２８６４、配列番号２８６５、配列番号２８６６、または配列番号２８６７の任意の１つ）等の連続核酸塩基の部分を標的とする。様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、ＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡ転写物（例えば、配列番号２８６４、配列番号２８６５、配列番号２８６６、または配列番号２８６７の任意の１つ）の、連続１５～５０個の核酸塩基の部分に対して少なくとも９０％相補的である。様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、ＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡ転写物（例えば、配列番号２８６４、配列番号２８６５、配列番号２８６６、または配列番号２８６７の任意の１つ）の、連続１５～５０個の核酸塩基の部分に対して、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％相補的である。様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、ＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡ転写物（例えば、配列番号２８６４、配列番号２８６５、配列番号２８６６、または配列番号２８６７の任意の１つ）の、連続１６～４５個の核酸塩基の部分、１７～３５個の核酸塩基の部分、１８～３０個の核酸塩基の部分、１９～２８個の核酸塩基の部分、または２０～２５個の核酸塩基の部分に対して、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％相補的である。
一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、ＰＰＭ１Ａ遺伝子産物の特定部分を標的とし、該ＰＰＭ１Ａ遺伝子産物の特定部分は、ＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡ転写物バリアント１（配列番号２８６４）のヌクレオチド４５７～１４２９を含む。一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、ＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡ転写物バリアント１（配列番号２８６４）のヌクレオチド４５７～１４２９の特定部分を標的とする。１つの実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、ＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡ転写物バリアント１（配列番号２８６４）のヌクレオチド４５７～１４２９内の核酸塩基の等長部分に対して少なくとも９０％相補的である、少なくとも１０個の連続核酸塩基の一部分を有する核酸塩基の配列を備える結合型ヌクレオシドを含む。１つの実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、ＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡ転写物バリアント１（配列番号２８６４）のヌクレオチド４５７～１４２９内の核酸塩基の等長部分に対して、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％相補的である、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、または少なくとも１９個の連続核酸塩基の一部分を有する核酸塩基の配列を備える結合型ヌクレオシドを含む。
様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、配列番号２８６４の位置５４２～８１４、８９５～１００６、１０２５～１１１７、または１３６１～１４０７の任意の１つを標的とする。１つの実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、配列番号２８６４の位置５４２～８１４、８９５～１００６、１０２５～１１１７、または１３６１～１４０７内の核酸塩基の等長部分に対して少なくとも９０％相補的である、少なくとも１０個の連続核酸塩基の一部分を有する核酸塩基の配列を備える結合型ヌクレオシドを含む。１つの実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、配列番号２８６４の位置５４２～８１４、８９５～１００６、１０２５～１１１７、または１３６１～１４０７内の核酸塩基の等長部分に対して、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％相補的である、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、または少なくとも１９個の連続核酸塩基の一部分を有する核酸塩基の配列を備える結合型ヌクレオシドを含む。
様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、配列番号２８６４の位置５４２～５６１、５５５～５７４、５５９～５７８、５９９～６１８、６０２～６２１、６０３～６２２、６０４～６２３、６０５～６２４、６０６～６２５、６０７～６２６、６０８～６２７、６０９～６２８、６２５～６４４、６４２～６６１、６４４～６６３、６４６～６６５、６４８～６６７、６５０～６６９、６５２～６７１、６５５～６７４、６５６～６７５、７０８～７２７、７０９～７２８、７９４～８１３、７９５～８１４、８９５～９１４、９００～９１９、９０５～９２４、９１０～９２９、９１５～９３４、９６２～９８１、９６７～９８６、９７２～９９１、９７７～９９６、９８７～１００６、１０２５～１０４４、１０３０～１０４９、１０３４～１０５３、１０４０～１０５９、１０４５～１０６４、１０９８～１１１７、１３６１～１３８０、１３６６～１３８５、１３７１～１３９０、１３７８～１３９７、および１３８６～１４０５の任意の１つを標的とする。１つの実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、配列番号２８６４の位置５４２～５６１、５５５～５７４、５５９～５７８、５９９～６１８、６０２～６２１、６０３～６２２、６０４～６２３、６０５～６２４、６０６～６２５、６０７～６２６、６０８～６２７、６０９～６２８、６２５～６４４、６４２～６６１、６４４～６６３、６４６～６６５、６４８～６６７、６５０～６６９、６５２～６７１、６５５～６７４、６５６～６７５、７０８～７２７、７０９～７２８、７９４～８１３、７９５～８１４、８９５～９１４、９００～９１９、９０５～９２４、９１０～９２９、９１５～９３４、９６２～９８１、９６７～９８６、９７２～９９１、９７７～９９６、９８７～１００６、１０２５～１０４４、１０３０～１０４９、１０３４～１０５３、１０４０～１０５９、１０４５～１０６４、１０９８～１１１７、１３６１～１３８０、１３６６～１３８５、１３７１～１３９０、１３７８～１３９７、および１３８６～１４０５内の核酸塩基の等長部分に対して少なくとも９０％相補的である、少なくとも１０個の連続核酸塩基の一部分を有する核酸塩基の配列を備える結合型ヌクレオシドを含む。１つの実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、配列番号２８６４の位置５４２～５６１、５５５～５７４、５５９～５７８、５９９～６１８、６０２～６２１、６０３～６２２、６０４～６２３、６０５～６２４、６０６～６２５、６０７～６２６、６０８～６２７、６０９～６２８、６２５～６４４、６４２～６６１、６４４～６６３、６４６～６６５、６４８～６６７、６５０～６６９、６５２～６７１、６５５～６７４、６５６～６７５、７０８～７２７、７０９～７２８、７９４～８１３、７９５～８１４、８９５～９１４、９００～９１９、９０５～９２４、９１０～９２９、９１５～９３４、９６２～９８１、９６７～９８６、９７２～９９１、９７７～９９６、９８７～１００６、１０２５～１０４４、１０３０～１０４９、１０３４～１０５３、１０４０～１０５９、１０４５～１０６４、１０９８～１１１７、１３６１～１３８０、１３６６～１３８５、１３７１～１３９０、１３７８～１３９７、および１３８６～１４０５内の核酸塩基の等長部分に対して、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％相補的である、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、または少なくとも１９個の連続核酸塩基の一部分を有する核酸塩基の配列を備える結合型ヌクレオシドを含む。
ヌクレアーゼ媒介ＰＰＭ１Ａ阻害
１つの態様では、本開示は、ＰＰＭ１Ａ発現を低減するためのヌクレアーゼを提供する。一部の実施形態では、ヌクレアーゼは、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（Zinc Finger nuclease：ＺＦＮ）、メガヌクレアーゼ、転写アクチベーター様エフェクターヌクレアーゼ（transcription activator-like effector nuclease：ＴＡＬＥＮ）、またはＣＲＩＳＰＲ（clustered regularly interspaced short palindromic repeats）関連タンパク質であり得る。
ある特定の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ阻害は、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）を使用して達成される。合成ＺＦＮは、例えばＦｏｋＩ ＤＮＡ切断ドメインと融合したジンクフィンガー結合ドメインからなる。ＺＦＮは、広範な生物における、非限定的に遺伝子発現のノックアウトまたはノックインを含む、細胞のゲノム編集のために設計／操作することができる。メガヌクレアーゼ、ＴＡＬＥＮ、またはＣＲＩＳＰＲ関連タンパク質は、ニューロン、例えば、運動ニューロンおよび他の神経系細胞を含む、神経学的疾患に罹患したまたはそのリスクに晒されている患者の細胞のゲノム操作に使用することができる。説明される試薬は、プロモーター、タンパク質コード領域（エクソン）、イントロン、５’および３’ＵＴＲその他色々を標的とするのに使用することができる。
ＣＲＩＳＰＲゲノム編集は、典型的に、２種の別個の成分：（１）ガイドＲＮＡおよび（２）エンドヌクレアーゼ、具体的には、ＣＲＩＳＰＲ関連（Ｃａｓ）ヌクレアーゼ（例えば、Ｃａｓ９）を含む。ガイドＲＮＡは、内因性細菌ｃｒＲＮＡとｔｒａｃｒＲＮＡとを組み合わせて、単一のキメラガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）転写物にしたものである。理論に束縛されるものではないが、ｇＲＮＡおよびＣａｓを細胞内で発現させた場合、ゲノム標的配列は、改変されるかまたは永久に破壊され得ると考えられている。
ｇＲＮＡ／Ｃａｓ複合体は、ｇＲＮＡ配列とＰＰＭ１Ａ遺伝子の標的ＤＮＡ配列の相補体との間の塩基対形成により、標的配列、例えば、ＰＰＭ１Ａ遺伝子に動員され得る。適切なゲノム標的配列は、標的配列の直後にプロトスペーサー隣接モチーフ（Protospacer Adjacent Motif：ＰＡＭ）配列を含有する。ｇＲＮＡ／Ｃａｓ複合体の結合は、ＣａｓをＰＰＭ１Ａ標的配列に限局化し、野生型ＣａｓがＤＮＡの両方の鎖を切断することを可能にし、二本鎖切断をもたらす。二本鎖切断は、２つの一般修復経路：（１）非相同末端結合ＤＮＡ修復経路または（２）相同組換え修復経路のうちの１つにより修復される。非相同修復経路は、二本鎖切断において挿入／欠失をもたらすことがあり、それは、フレームシフトおよび／または未成熟停止コドンをもたらし、標的遺伝子のオープンリーディングフレームを有効に破壊し得る。相同組換え修復経路は、二本鎖切断を修正するために使用される修復鋳型の存在を必要とする。
ある特定の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ発現は、ＣＲＩＳＰＲゲノム編集を使用して低減される。一部の実施形態では、ｇＲＮＡ対を使用して、ＰＰＭ１Ａ遺伝子を標的とし、ＰＰＭ１Ａの発現を低減および／または除去する。ある特定の実施形態では、１種のｇＲＮＡ対を使用して、ＰＰＭ１Ａの発現を低減させる。ある特定の他の実施形態では、多数種のｇＲＮＡ対を使用して、ＰＰＭ１Ａの発現を低減させる。ｇＲＮＡ対は、公知の技法を使用して、かつＰＰＭ１Ａ遺伝子配列に基づいて設計され得る。ある特定の実施形態では、ｇＲＮＡ配列は、改変、例えば、２’Ｏ－メチルアナログ、ならびにｇＲＮＡの５’および３’末端両方の末端の３個のヌクレオチドの３’ホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含み得る。
神経学的疾患
本明細書で説明される方法は、非限定的に、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）、ＦＴＤを伴うＡＬＳ、アルツハイマー病（ＡＤ）、パーキンソン病（ＰＤ）、ハンチントン病、腕神経叢損傷、末梢神経損傷、進行性核上性麻痺（ＰＳＰ）、頭部外傷、脊髄損傷、皮質基底核変性症（ＣＢＤ）および／またはニューロパシー、例えば化学療法誘発性ニューロパシー等、脊髄小脳失調症（ＳＣＡ）、ニーマン・ピック病Ｃ型（ＮＰＣ）、シャルコー・マリー・トゥース病（ＣＭＴ）、ムコ多糖症ＩＩ型（ＭＰＳＩＩＡ）、ムコリピドーシスＩＶ、ＧＭ１ガングリオシド蓄積症、孤発性封入体筋炎（ｓＩＢＭ）、ヘノッホ・シェーンライン紫斑病（ＨＳＰ）、およびゴーシェ病を含む神経学的疾患を処置するのに使用され得る。
運動ニューロン疾患は、脳による筋肉の随意運動を同調させる運動ニューロンの機能の喪失により特徴づけられる疾患の群である。運動ニューロン疾患は、上位および／または下位運動ニューロンに影響することがあり、弧発性または家族性の起源を有し得る。運動ニューロン疾患は、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳまたはルーゲーリッグ病）、進行性球麻痺、仮性球麻痺、進行性筋萎縮症、原発性側索硬化症、脊髄性筋萎縮症、ポストポリオ症候群、および前頭側頭型認知症を伴うＡＬＳを含む。
運動ニューロン疾患の症状は、筋肉の崩壊または衰弱、筋肉疼痛、攣縮、不明瞭な発話、嚥下困難、筋肉制御の喪失、関節痛、四肢の硬直、呼吸困難、流涎、および筋肉制御の完全な喪失を含み、筋肉制御の完全な喪失は呼吸、嚥下、摂食、発話、および四肢運動等の基本機能にかけてのものを含む。これらの症状にはまた、うつ病、記憶の喪失、計画の困難、言語欠損、行動変化、ならびに空間的関係性の評価の困難および／または人格の変化が付随することがある。
運動ニューロン疾患は、様々なツールおよび試験を使用して、技術を有する臨床医、例えば、神経科医により評価および診断され得る。例えば、運動ニューロン疾患の存在またはそれを発症するリスクは、血液および尿試験（例えば、クレアチニンキナーゼの存在をアッセイする試験）、磁気共鳴イメージング（ＭＲＩ）、筋電図検査（ＥＭＧ）、神経伝導研究（ＮＣＳ）、脊椎穿刺、腰椎穿刺、ならびに／または筋肉生検を使用して評価または診断され得る。運動ニューロン疾患は、運動および知覚能力、神経機能、聴覚および発話、視覚、協調および平衡、精神状態、ならびに気分または行動の変化を評価するための身体検査および／または神経学的検査の補助により診断され得る。
筋萎縮性側索硬化症
ＡＬＳは、すべての随意筋肉に対するシグナルを妨害する進行性の運動ニューロン疾患である。ＡＬＳは、上位および下位の両方の運動ニューロンの萎縮を結果としてもたらす。ＡＬＳの症状は、延髄筋の衰弱および消耗、強度の全般性および両側性の喪失、痙縮、筋攣縮、筋痙攣、線維束性攣縮、不明瞭な発話、ならびに呼吸困難または呼吸能力の喪失を含む。ＡＬＳを有する一部の個体はまた認知低下を患う。分子レベルにおいて、ＡＬＳは、ＲＮＡ結合性タンパク質ＴＤＰ４３の凝集物を含む、運動ニューロンの細胞質中のタンパク質およびＲＮＡ凝集物により特徴づけられる。
ＡＬＳは、４０歳より上の男性において最も一般的であるが、女性および子供においても起こり得る。ＡＬＳのリスクはまた、喫煙する、鉛等の化学物質に曝露される、または従軍していた個体において高くなる。ＡＬＳのほとんどの事例は弧発性であり、症例の約１０％のみが家族性である。ＡＬＳの原因は、弧発性または遺伝性の遺伝子突然変異、高レベルのグルタメート（glutamate）、タンパク質のミスハンドリングを含む。ＡＬＳと関連付けられる遺伝子突然変異は、遺伝子ＳＯＤ１、Ｃ９ｏｒｆ７２、ＴＡＲＤＰ、ＦＵＳ、ＡＮＧ、ＡＴＸＮ２、ＣＨＣＨＤ１０、ＣＨＭＰ２Ｂ、ＤＣＴＮ１、ＥｒｂＢ４、ＦＩＧ４、ＨＮＲＰＡ１、ＭＡＴＲ３、ＮＥＦＨ、ＯＰＴＮ、ＰＦＮ１、ＰＲＰＨ、ＳＥＴＸ、ＳＩＧＭＡＲ１、ＳＭＮ１、ＳＰＧ１１、ＳＱＳＴＭ１、ＴＢＫ１、ＴＲＰＭ７、ＴＵＢＡ４Ａ、ＵＢＱＬＮ２、ＶＡＰＢ、およびＶＣＰにおける突然変異を含む。
前頭側頭型認知症
前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）は、脳の前頭葉および側頭葉に影響する認知症の形態である。それは、アルツハイマー病よりも早い開始の平均年齢、４０歳を有する。ＦＴＤの症状は、行動および人格における極度の変化、発話および言語の問題、ならびに運動関連症状、例えば振戦、硬直、筋攣縮、虚弱、および嚥下困難を含む。ＦＴＤのサブタイプは、人格および行動の変化により特徴づけられる行動障害型前頭側頭型認知症（behavior variant frontotemporal dementia；ｂｖＦＴＤ）、ならびに言語能力、発話、書字、および理解に影響する原発性進行性失語症（ＰＰＡ）を含む。ＦＴＤは、タウタンパク質の蓄積（ピック体）および変更されたＴＤＰ４３機能の機能と関連付けられる。ＦＴＤの症例の約３０％は家族性であり、疾患の家族歴以外の他のリスク因子は知られていない。ＦＴＤと関連付けられる遺伝子突然変異は、遺伝子Ｃ９ｏｒｆ７２、プログラニュリン（ＧＲＮ）、微小管関連タンパク質タウ（ＭＡＰＴ）、ＵＢＱＬＮ２、ＶＰＣ、ＣＨＭＰ２Ｂ、ＴＡＲＤＰ、ＦＵＳ、ＩＴＭ２Ｂ、ＣＨＣＨＤ１０、ＳＱＳＴＭ１、ＰＳＥＮ１、ＰＳＥＮ２、ＣＴＳＦ、ＣＹＰ２７Ａ１、ＴＢＫ１およびＴＢＰにおける突然変異を含む。
前頭側頭型認知症を伴う筋萎縮性側索硬化症（ＦＴＤを伴うＡＬＳ）は、ＦＴＤおよびＡＬＳが同じ個体において起こる臨床症候群である。興味深いことに、Ｃ９ｏｒｆ７２における突然変異は、ＡＬＳおよびＦＴＤの家族性形態の最も一般的な原因である。追加的に、ＴＢＫ１、ＶＣＰ、ＳＱＳＴＭＩ、ＵＢＱＬＮ２およびＣＨＭＰ２Ｂにおける突然変異もまた、ＦＴＤを伴うＡＬＳと関連付けられる。ＦＴＤを伴うＡＬＳの症状は、人格の劇的な変化の他に、筋力低下、筋萎縮、線維束性攣縮、痙縮、構音障害、嚥下障害、ならびに脊髄、運動ニューロン、および脳の前頭葉および側頭葉の変性を含む。分子レベルにおいて、ＦＴＤを伴うＡＬＳは、ＴＤＰ－４３および／またはＦＵＳタンパク質の蓄積により特徴づけられる。ＴＢＫ１突然変異は、ＡＬＳ、ＦＴＤ、およびＦＴＤを伴うＡＬＳと関連付けられる。
ＴＢＫ１およびＲＩＰＫ１機能
１つの態様では、本明細書で説明される方法は、細胞をＰＰＭ１Ａ阻害剤に曝露して、遺伝子または遺伝子産物、例えば、ｍＲＮＡもしくはタンパク質の活性、機能、または他の特徴を改変するステップを含む。例えば、本明細書で説明される方法は、遺伝子または遺伝子産物の活性、機能、または他の特徴を増加もしくは減少または阻害する方法を含む。例えば、ＴＡＮＫ結合キナーゼ１（セリン／トレオニンタンパク質キナーゼＴＢＫ１としても公知；「ＴＢＫ１」）の残基のリン酸化を増加させる方法が、本明細書で説明されている。例えば、細胞においてＴＢＫ１セリン残基１７２（ｓｅｒ１７２）リン酸化を増加させる方法であって、細胞をＰＰＭ１Ａ阻害剤に曝露するステップを含む方法が、本明細書で説明されている。一部の実施形態では、ＴＢＫ１ ｓｅｒ１７２リン酸化は、ＡＬＳ、ＦＴＤ、またはＦＴＤを伴うＡＬＳに罹患した患者の細胞において増加される。一部の実施形態では、ＴＢＫ１ ｓｅｒ１７２リン酸化を増加させる方法は、細胞を、配列番号２～９５５、配列番号１９１０～２８６３、配列番号２８６８～２９１３、および配列番号２９１４～２９５９のいずれか１つのＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチドに曝露するステップを含む。
また、細胞においてＴＢＫ１機能を増加させる方法であって、細胞をＰＰＭ１Ａ阻害剤に曝露するステップを含む方法が、本明細書で説明されている。例えば、細胞においてＴＢＫ１機能を増加させる方法であって、細胞をＰＰＭ１Ａ阻害剤に曝露するステップを含む方法が、本明細書で説明されている。一部の実施形態では、ＴＢＫ１機能は、ＡＬＳ、ＦＴＤ、またはＦＴＤを伴うＡＬＳに罹患した患者の細胞において増加される。一部の実施形態では、ＴＢＫ１機能を増加させる方法は、細胞を、配列番号２～９５５、配列番号１９１０～２８６３、配列番号２８６８～２９１３、および配列番号２９１４～２９５９のいずれか１つのＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチドに曝露するステップを含む。
Ｔａｎｋ結合キナーゼ（Tank-binding kinase 1：ＴＢＫ１）は、１型インターフェロン活性を誘導し、自食作用アダプターのリン酸化において主要な役割を果たすＩＫＫファミリーのキナーゼである。ＴＢＫ１における突然変異は、自食作用不全をもたらし、タンパク質凝集物の蓄積およびＡＬＳ病理に寄与すると考えられている。ＡＬＳ、ＦＴＤ、またはＦＴＤを伴うＡＬＳを有する患者において、ＴＢＫ１における少なくとも９２個の突然変異が特定されている（Oakes et al., (2017) “TBK1: a new player in ALS linking autophagy and neuroinflammation” Molecular Brain 10:5, pg. 1-10を参照されたい）。さらに、Ｃ９ｏｒｆ７２、ＯＰＴＮ、ＳＱＳＴＭ１／ｐ６２、ＵＢＱＬＮ２、およびＴＤＰ４３における突然変異と共に、ＴＢＫ１における突然変異は、ＡＬＳおよびＦＴＤ患者の約１５％の原因である。さらに、機能喪失突然変異と関連付けられるＴＢＫ１ハプロ不全は、家族性ＡＬＳの主動子として特定されている（Freischmidt et al., (2015) “Haploinsufficiency of TBK1 causes familial ALS and fronto-temporal dementia” Nature Neuroscience, 18(5):631-6を参照されたい）。
自食作用は、ユビキチン化タンパク質および損傷した細胞小器官が分解および再生利用されるプロセスである。異常なタンパク質凝集物は、ＡＬＳ病理の特徴であり、自食作用の調節に関与するいくつかの遺伝子の突然変異が、ＡＬＳと関連付けられている（例えば、ＳＱＳＴＭ１、ＳＯＤ１、ＯＰＴＮ、ＶＣＰ、ＵＢＱＬＮ２、およびＴＢＫ１）。したがって、自食作用の破壊は、ＡＬＳ病理に寄与するように見える。
ＴＢＫ１の残基Ｓｅｒ１７２のリン酸化は、ＴＢＫ１のコンフォメーション変化をもたらし、それは、タンパク質のキナーゼドメインによる基質結合を可能にする。ＴＢＫ１は、いくつかの自食作用アダプターをリン酸化し、ＡＬＳ患者において特定された、いくつかのＴＢＫ１突然変異は、ＴＢＫ１の、これらのアダプターをリン酸化する能力を阻害する。他のＴＢＫ１突然変異は、ｍＲＮＡおよびタンパク質レベルの減少をもたらす。加えて、また、ＴＢＫ１における突然変異を有する個体は、様々な脳領域においてＴＤＰ４３陽性凝集物を呈する。したがって、ＴＢＫ１突然変異は、運動ニューロンにおける自食作用の減少およびタンパク質凝集物の蓄積をもたらし得る。
ＰＰＭ１Ａは、Ｓｅｒ／ＴｈｒプロテインホスファターゼのＰＰ２Ｃファミリーのメンバーである。ＰＰ２Ｃファミリーメンバーは、細胞ストレス応答経路の負のレギュレーターであり、細胞周期およびＮＦ－κＢ経路の調節に関与している。また、ＰＰＭ１Ａは、ＴＢＫ１を脱リン酸化および不活性化する。特に、ＰＰＭ１Ａは、ＴＢＫ１のＳｅｒ１７２を脱リン酸化する。活性化ＴＢＫ１は、ＲＩＰＫ１が非活性化されるような様式で、ＲＩＰＫ１をリン酸化し得る。したがって、ＰＰＭ１Ａは、ＲＩＰＫ１を間接的に不活性化する。
本開示は、一部には、ＴＢＫ１活性を増加させること、例えば、ＴＢＫ１ハプロ不全に罹患した個体または個体の細胞においてＴＢＫ１活性を増加させることは、神経学的疾患、例えば、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）、ＦＴＤを伴うＡＬＳ、アルツハイマー病（ＡＤ）、パーキンソン病（ＰＤ）、ハンチントン病、腕神経叢損傷、末梢神経損傷、進行性核上性麻痺（ＰＳＰ）、頭部外傷、脊髄損傷、皮質基底核変性症（ＣＢＤ）および／またはニューロパシー、例えば化学療法誘発性ニューロパシー等、脊髄小脳失調症（ＳＣＡ）、ニーマン・ピック病Ｃ型（ＮＰＣ）、シャルコー・マリー・トゥース病（ＣＭＴ）、ムコ多糖症ＩＩ型（ＭＰＳＩＩＡ）、ムコリピドーシスＩＶ、ＧＭ１ガングリオシド蓄積症、孤発性封入体筋炎（ｓＩＢＭ）、ヘノッホ・シェーンライン紫斑病（ＨＳＰ）、またはゴーシェ病を処置するための機構として使用することができるという発見に基づく。
また、本開示は、一部には、ＴＢＫ１活性を増加させること、例えば、ＴＢＫ１ハプロ不全に罹患した個体および／または個体の細胞において残留のＴＢＫ１活性を増加させることは、リン酸化ＴＢＫ１の量を増加させることにより、例えば、例えばＴＢＫ１ハプロ不全に罹患した個体および／または個体の細胞において、リン酸化Ｓｅｒ１７２ ＴＢＫ１の量を増加させることにより達成することができるという発見に基づく。また、本開示は、一部には、ＴＢＫ１活性を増加させること、例えば、ＴＢＫ１ハプロ不全に罹患した個体および／または個体の細胞において残留のＴＢＫ１活性を増加させることは、リン酸化ＴＢＫ１の全ＴＢＫ１に対する比を増加させること、例えば、例えばＴＢＫ１ハプロ不全に罹患した個体および／または個体の細胞において、リン酸化Ｓｅｒ１７２ ＴＢＫ１の非リン酸化Ｓｅｒ１７２ ＴＢＫ１に対する比を増加させることにより達成することができるという発見に基づく。
本開示は、一部には、ＴＢＫ１活性を増加させること（例えば、ＴＢＫ１ハプロ不全に罹患した個体および／または個体の細胞において残留のＴＢＫ１活性を増加させること）、リン酸化ＴＢＫ１の量を増加させること（例えば、例えばＴＢＫ１ハプロ不全に罹患した個体および／または個体の細胞において、リン酸化Ｓｅｒ１７２ ＴＢＫ１の量を増加させること）、および／またはリン酸化ＴＢＫ１の非リン酸化ＴＢＫ１に対する比を増加させること（例えば、例えばＴＢＫ１ハプロ不全に罹患した個体および／または個体の細胞において、リン酸化Ｓｅｒ１７２ ＴＢＫ１の非リン酸化Ｓｅｒ１７２ ＴＢＫ１に対する比を増加させること）は、例えばＴＢＫ１ハプロ不全に罹患した個体および／または個体の細胞において、ＰＰＭ１Ａ活性を阻害することおよび／またはＰＰＭ１Ａタンパク質レベルを減少させることにより達成することができるという発見にさらに基づく。理論に束縛されるものではないが、ＰＰＭ１Ａ活性を阻害することおよび／またはＰＰＭ１Ａタンパク質レベルを減少させることは、患者または患者の細胞に、ＰＰＭ１Ａ阻害剤、例えば、本明細書で説明されるＰＰＭ１Ａ阻害剤を投与することにより達成することができると考えられている。特定の実施形態では、本開示は、患者または患者の細胞（例えば、神経学的疾患、例えば、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）、ＦＴＤを伴うＡＬＳ、アルツハイマー病（ＡＤ）、パーキンソン病（ＰＤ）、ハンチントン病、腕神経叢損傷、末梢神経損傷、進行性核上性麻痺（ＰＳＰ）、頭部外傷、脊髄損傷、皮質基底核変性症（ＣＢＤ）および／もしくはニューロパシー、例えば化学療法誘発性ニューロパシー等、脊髄小脳失調症（ＳＣＡ）、ニーマン・ピック病Ｃ型（ＮＰＣ）、シャルコー・マリー・トゥース病（ＣＭＴ）、ムコ多糖症ＩＩ型（ＭＰＳＩＩＡ）、ムコリピドーシスＩＶ、ＧＭ１ガングリオシド蓄積症、孤発性封入体筋炎（ｓＩＢＭ）、ヘノッホ・シェーンライン紫斑病（ＨＳＰ）、もしくはゴーシェ病に罹患した患者、または神経学的疾患に罹患した患者の細胞）に、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ、例えば、配列番号２～９５５、配列番号１９１０～２８６３、配列番号２８６８～２９１３、および配列番号２９１４～２９５９のいずれか１つのヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａ ＡＯＮを投与することにより、ＰＰＭ１Ａ活性を阻害する方法および／またはＰＰＭ１Ａタンパク質量を減少させる方法を提供する。
加えて、受容体共役セリン／トレオニンキナーゼ１（「ＲＩＰＫ１（Receptor Interacting Serine/Threonine Kinase 1）」としても公知）の活性をモジュレートする方法が、本明細書で開示される。例えば、細胞においてＲＩＰＫ１活性をモジュレートする方法であって、細胞をＰＰＭ１Ａ阻害剤に曝露するステップを含む方法が、本明細書で説明されている。様々な実施形態では、ＲＩＰＫ１の活性をモジュレートすることは、急性神経細胞損傷、多発性硬化症、ＡＬＳ、アルツハイマー病、リソソーム蓄積症、パーキンソン病、および他のヒト中枢神経系疾患を含む、様々な疾患を処置するのに有用であり得る。一部の実施形態では、ＲＩＰＫ１活性は、ＡＬＳ、ＦＴＤ、またはＦＴＤを伴うＡＬＳに罹患した患者の細胞においてモジュレートされる。一部の実施形態では、ＲＩＰＫ１活性をモジュレートする方法は、細胞を、配列番号２～９５５、配列番号１９１０～２８６３、配列番号２８６８～２９１３、および配列番号２９１４～２９５９のいずれか１つのＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチドに曝露するステップを含む。
ＴＢＫ１は、Ｔｈｒ１８９を含む多数の部位の直接的なリン酸化を通してＲＩＰＫ１を調節して、その基質との相互作用を遮断することによりＲＩＰＫ１キナーゼ活性を抑制する。Degterev, A. et al, Targeting RIPK1 for the Treatment of Human Diseases, PNAS (2019), 116(20) 9714-9722。それゆえ、ＴＡＮＫ結合キナーゼ１の残基のリン酸化を増加させることによりＴＢＫ１機能を増加させることは、ＲＩＰＫ１活性の抑制をもたらし得る。
処置の方法
本開示は、それを必要とする患者における神経学的疾患（例えば、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）、ＦＴＤを伴うＡＬＳ、アルツハイマー病（ＡＤ）、パーキンソン病（ＰＤ）、ハンチントン病、腕神経叢損傷、末梢神経損傷、進行性核上性麻痺（ＰＳＰ）、頭部外傷、脊髄損傷、皮質基底核変性症（ＣＢＤ）および／またはニューロパシー、例えば化学療法誘発性のニューロパシー等、脊髄小脳失調症（ＳＣＡ）、ニーマン・ピック病Ｃ型（ＮＰＣ）、シャルコー・マリー・トゥース病（ＣＭＴ）、ムコ多糖症ＩＩ型（ＭＰＳＩＩＡ）、ムコリピドーシスＩＶ、ＧＭ１ガングリオシド蓄積症、孤発性封入体筋炎（ｓＩＢＭ）、へノッホ・シェーンライン紫斑病（ＨＳＰ）、またはゴーシェ病を処置することであって、開示されるＰＰＭ１Ａ阻害剤、例えば、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮを投与することを含む、処置することを部分的に想定する。一部の実施形態では、それを必要とする患者における神経学的疾患の処置方法であって、開示されるＰＰＭ１Ａ阻害剤を投与することを含む方法が本明細書において提供される。本開示の一部の実施形態では、有効量の開示されるＰＰＭ１Ａ阻害剤は、神経学的疾患を処置するために、例えば、神経学的疾患に罹患した患者の細胞において自食作用を回復させるため、および／またはＰＰＭ１Ａを低減もしくは阻害するために、それを必要とする患者に投与され得る。本開示の一部の実施形態では、有効量の開示されるＰＰＭ１Ａ阻害剤は、細胞においてＴＢＫ１リン酸化（例えば、ＴＢＫ１ ｓｅｒ１７２リン酸化）を増加させるため、および／または細胞においてＴＢＫ１機能（例えば、ＴＢＫ１キナーゼ機能）を増加させるために、それを必要とする患者に投与され得る。
一部の実施形態では、それを必要とする患者において、自食作用不全および／またはタンパク質凝集（例えば、例えば運動ニューロンにおける、ＴＤＰ－４３タンパク質凝集）と関連付けられる神経学的疾患を処置する方法であって、開示される化合物を投与するステップを含む方法が、提供される。一部の実施形態では、神経学的疾患を処置することは、神経学的疾患と関連付けられる１つの症状を少なくとも改善し、または低減させること（例えば、ＡＬＳを有する患者において筋力低下を低減させること）を含む。神経学的疾患（例えば、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）、ＦＴＤを伴うＡＬＳ、アルツハイマー病（ＡＤ）、パーキンソン病（ＰＤ）、ハンチントン病、腕神経叢損傷、末梢神経損傷、進行性核上性麻痺（ＰＳＰ）、頭部外傷、脊髄損傷、皮質基底核変性症（ＣＢＤ）および／またはニューロパシー、例えば化学療法誘発性ニューロパシー等、脊髄小脳失調症（ＳＣＡ）、ニーマン・ピック病Ｃ型（ＮＰＣ）、シャルコー・マリー・トゥース病（ＣＭＴ）、ムコ多糖症ＩＩ型（ＭＰＳＩＩＡ）、ムコリピドーシスＩＶ、ＧＭ１ガングリオシド蓄積症、孤発性封入体筋炎（ｓＩＢＭ）、ヘノッホ・シェーンライン紫斑病（ＨＳＰ）、またはゴーシェ病）に罹患した患者において神経学的疾患を処置する方法であって、開示されるＰＰＭ１Ａ阻害剤、例えば、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮを投与するステップを含む方法が、提供される。一部の実施形態では、神経学的疾患、例えば、運動ニューロン疾患の進行を緩慢化させる方法が提供される。
それを必要とする対象において神経学的疾患を処置し、それを発症するリスクを低減させ、またはその開始を遅延させる方法であって、開示されるＰＰＭ１Ａ阻害剤、例えば、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮを投与することを含む方法が本明細書において提供される。方法は、例えば、神経学的疾患を発症するリスクがある対象を処置すること；例えば、対象に有効量の開示されるＰＰＭ１Ａ ＡＯＮを投与することを含む。この様式で処置され得る神経学的疾患は、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）、ＦＴＤを伴うＡＬＳ、アルツハイマー病（ＡＤ）、パーキンソン病（ＰＤ）、ハンチントン病、腕神経叢損傷、末梢神経損傷、進行性核上性麻痺（ＰＳＰ）、頭部外傷、脊髄損傷、皮質基底核変性症（ＣＢＤ）および／またはニューロパシー、例えば化学療法誘発性ニューロパシー等、脊髄小脳失調症（ＳＣＡ）、ニーマン・ピック病Ｃ型（ＮＰＣ）、シャルコー・マリー・トゥース病（ＣＭＴ）、ムコ多糖症ＩＩ型（ＭＰＳＩＩＡ）、ムコリピドーシスＩＶ、ＧＭ１ガングリオシド蓄積症、孤発性封入体筋炎（ｓＩＢＭ）、ヘノッホ・シェーンライン紫斑病（ＨＳＰ）、またはゴーシェ病を含む。
神経学的疾患（例えば、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）、ＦＴＤを伴うＡＬＳ、アルツハイマー病（ＡＤ）、パーキンソン病（ＰＤ）、ハンチントン病、腕神経叢損傷、末梢神経損傷、進行性核上性麻痺（ＰＳＰ）、頭部外傷、脊髄損傷、皮質基底核変性症（ＣＢＤ）および／またはニューロパシー、例えば化学療法誘発性ニューロパシー等、脊髄小脳失調症（ＳＣＡ）、ニーマン・ピック病Ｃ型（ＮＰＣ）、シャルコー・マリー・トゥース病（ＣＭＴ）、ムコ多糖症ＩＩ型（ＭＰＳＩＩＡ）、ムコリピドーシスＩＶ、ＧＭ１ガングリオシド蓄積症、孤発性封入体筋炎（ｓＩＢＭ）、ヘノッホ・シェーンライン紫斑病（ＨＳＰ）、またはゴーシェ病）を予防または処置する方法は、本開示の部分を形成する。そのような方法は、それを必要とする患者またはリスクがある患者に、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ、例えば本明細書に開示されるＰＰＭ１Ａ ＡＯＮを含む薬学的調製物を投与することを含んでもよい。例えば、神経学的疾患を予防または処置する方法であって、それを必要とする患者に本明細書に開示されるＰＰＭ１Ａ ＡＯＮを投与することを含む方法が提供される。
上記の方法を使用して処置される患者は、ＰＰＭ１Ａ阻害剤の投与後、例えば、１日、２日、１週間、２週間、３週間、４週間、５週間、６週間、７週間、８週間、１ヶ月、２ヶ月、３ヶ月、４ヶ月、５ヶ月、もしくは６ヶ月後、またはそれよりも後に、標的細胞（例えば、運動ニューロン）においてＰＰＭ１Ａの量の少なくとも約５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、またはさらには９５％の低減を経験し得る。そのようなＰＰＭ１Ａ阻害剤を投与することは、例えば、少なくとも１日毎を基準にして為されてもよい。ＰＰＭ１Ａ阻害剤は経口投与されてもよい。一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ阻害剤は髄腔内または大槽内投与される。例えば、本明細書に記載の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ阻害剤は、約３ヶ月毎に髄腔内または大槽内投与される。本明細書に開示されるＰＰＭ１Ａ阻害剤の投与の帰結としての患者における神経学的疾患の臨床的発現の遅延または増悪は、ＰＰＭ１Ａ阻害剤、例えば本明細書に開示されるＰＰＭ１Ａ阻害剤を投与されない患者と比較して少なくとも例えば、６ヶ月、１年、１８ヶ月もしくはさらには２年またはより長くであってもよい。
別の態様では、本開示は、神経学的疾患、例えば、運動ニューロン疾患を予防、改善、および／または処置する方法を提供する。例えば、ＡＬＳ、ＦＴＤ、およびＦＴＤを伴うＡＬＳを予防、改善、および／または処置する方法が、本明細書で説明されている。一部の実施形態では、本開示は、患者、例えば、神経学的疾患の処置を必要とする患者において神経学的疾患を処置する方法であって、患者にＰＰＭ１Ａ阻害剤を投与するステップを含む方法を提供する。一部の実施形態では、神経学的疾患は、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）、ＦＴＤを伴うＡＬＳ、アルツハイマー病（ＡＤ）、パーキンソン病（ＰＤ）、ハンチントン病、腕神経叢損傷、末梢神経損傷、進行性核上性麻痺（ＰＳＰ）、頭部外傷、脊髄損傷、皮質基底核変性症（ＣＢＤ）および／またはニューロパシー、例えば化学療法誘発性ニューロパシー等、脊髄小脳失調症（ＳＣＡ）、ニーマン・ピック病Ｃ型（ＮＰＣ）、シャルコー・マリー・トゥース病（ＣＭＴ）、ムコ多糖症ＩＩ型（ＭＰＳＩＩＡ）、ムコリピドーシスＩＶ、ＧＭ１ガングリオシド蓄積症、孤発性封入体筋炎（ｓＩＢＭ）、ヘノッホ・シェーンライン紫斑病（ＨＳＰ）、およびゴーシェ病からなる群から選択される。
一部の実施形態では、患者は、哺乳動物、例えば、ヒト、霊長類、イヌ、ネコ、ウマ、ウシ、ヤギ、ヒツジ、マウス、またはラットである。特定の実施形態では、患者は、ヒト患者、例えば、神経学的疾患、例えば、ＡＬＳ、ＦＴＤ、またはＦＴＤを伴うＡＬＳの処置を必要とするヒト患者である。一部の実施形態では、患者は、神経学的疾患、例えば、ＡＬＳ、ＦＴＤ、またはＦＴＤを伴うＡＬＳを発症するリスクに晒されている患者である。一部の実施形態では、患者は、神経学的疾患、例えば、ＡＬＳ、ＦＴＤ、またはＦＴＤを伴うＡＬＳに罹患した患者である。一部の実施形態では、患者は、神経学的疾患、例えば、ＡＬＳ、ＦＴＤ、またはＦＴＤを伴うＡＬＳと関連付けられる症状を呈する患者である。
別の態様では、細胞機能または活性、例えば、運動ニューロンの細胞機能または活性を改変または回復させる方法が、本明細書で説明されている。例えば、神経学的疾患、例えば、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）、ＦＴＤを伴うＡＬＳ、アルツハイマー病（ＡＤ）、パーキンソン病（ＰＤ）、ハンチントン病、腕神経叢損傷、末梢神経損傷、進行性核上性麻痺（ＰＳＰ）、頭部外傷、脊髄損傷、皮質基底核変性症（ＣＢＤ）および／またはニューロパシー、例えば化学療法誘発性ニューロパシー等、脊髄小脳失調症（ＳＣＡ）、ニーマン・ピック病Ｃ型（ＮＰＣ）、シャルコー・マリー・トゥース病（ＣＭＴ）、ムコ多糖症ＩＩ型（ＭＰＳＩＩＡ）、ムコリピドーシスＩＶ、ＧＭ１ガングリオシド蓄積症、孤発性封入体筋炎（ｓＩＢＭ）、ヘノッホ・シェーンライン紫斑病（ＨＳＰ）、およびゴーシェ病のリスクに晒されているかまたはそれに罹患した患者の運動ニューロンの細胞機能または活性を改変または回復させる方法が、本明細書で説明されている。一部の実施形態では、本方法は、細胞をＰＰＭ１Ａ阻害剤、例えば、ＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチドに曝露するステップを含む。一部の実施形態では、本方法は、ｉｎ ｖｉｖｏまたはｅｘ ｖｉｖｏで細胞をＰＰＭ１Ａ阻害剤に曝露するステップを含む。
本明細書で説明される一実施形態では、本開示は、細胞において自食作用を増加または回復させる方法であって、細胞をＰＰＭ１Ａ阻害剤に曝露するステップ、または細胞をＰＰＭ１Ａ阻害剤と接触させるステップを含む方法を提供する。一部の実施形態では、細胞は、神経学的疾患の処置を必要とする患者の細胞である。一部の実施形態では、神経学的疾患は、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）、ＦＴＤを伴うＡＬＳ、アルツハイマー病（ＡＤ）、パーキンソン病（ＰＤ）、ハンチントン病、腕神経叢損傷、末梢神経損傷、進行性核上性麻痺（ＰＳＰ）、頭部外傷、脊髄損傷、皮質基底核変性症（ＣＢＤ）および／またはニューロパシー、例えば化学療法誘発性ニューロパシー等、脊髄小脳失調症（ＳＣＡ）、ニーマン・ピック病Ｃ型（ＮＰＣ）、シャルコー・マリー・トゥース病（ＣＭＴ）、ムコ多糖症ＩＩ型（ＭＰＳＩＩＡ）、ムコリピドーシスＩＶ、ＧＭ１ガングリオシド蓄積症、孤発性封入体筋炎（ｓＩＢＭ）、ヘノッホ・シェーンライン紫斑病（ＨＳＰ）、およびゴーシェ病のいずれか１つである。一部の実施形態では、曝露するステップまたは接触させるステップは、ｉｎ ｖｉｖｏまたはｅｘ ｖｉｖｏで行われる。例えば、本明細書で説明される一実施形態では、ＡＬＳ、ＦＴＤ、またはＦＴＤを伴うＡＬＳに罹患した患者の細胞は、ＰＰＭ１Ａ阻害剤、例えば、ＰＰＭ１Ａアンチセンス治療薬、例えば、配列番号２～９５５、配列番号１９１０～２８６３、配列番号２８６８～２９１３、および配列番号２９１４～２９５９のいずれか１つのＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチドに曝露されるかまたはそれと接触させられる。
本発明のＰＰＭ１Ａ阻害剤、例えば、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、単独で、または少なくとも２種の本発明のＰＰＭ１Ａ阻害剤が単一の組成物中でもしくは処置レジメンの部分として共に使用される互いの組合せで使用することができる。また、本発明のＰＰＭ１Ａ阻害剤は、神経学的疾患または状態を処置するための他の薬物との組合せで使用され得る。
様々な実施形態では、神経学的疾患を処置する方法は、本明細書で開示されるＰＰＭ１Ａ阻害剤を使用する処置の対象となる患者を選択するステップを含む。処置の対象となる患者を選択するステップは、神経学的疾患のある特定のマーカーの存在または発現レベルを測定することを含み得る。マーカーの例には、ニューロフィラメント軽鎖（ＮＥＦＬ）、ニューロフィラメント重鎖（ＮＥＦＨ）、リン酸化されたニューロフィラメント重鎖（ｐＮＦＨ）、ＴＤＰ－４３、またはｐ７５ＥＣＤが含まれる。そのようなマーカーは、患者の血漿、脊髄液、脳脊髄液、細胞外小胞（例えば、ＣＳＦエキソソーム）、血液、尿、リンパ液、糞便、または組織から測定することができる。
特定の実施形態では、処置の対象となる患者は、脳脊髄液（ＣＳＦ）中のリン酸化されたニューロフィラメント重鎖（ｐＮＦＨ）を測定することにより選択される。特定の実施形態では、患者のＣＳＦ中のｐＮＦＨは、初回投与後および／または継続中の処置の間に、Ｃ９ＯＲＦ７２関連筋萎縮性側索硬化症（ｃ９ＡＬＳ）患者における疾患状態および生存率を予測するのに使用される。
一部の実施形態では、処置の対象となる患者を選択するステップは、患者が、疾患関連遺伝子の突然変異を発現するかどうかを決定することを含み得る。例えば、疾患関連遺伝子は、ＴＢＫ１、ＴＡＲＤＢＰ、ＳＱＳＴＭ１、ＶＣＰ、Ｃ９ｏｒｆ７２、ＦＵＳ、およびＣＨＣＨＤ１０のいずれかから選択されるＡＬＳ関連遺伝子であり得る。例えば、患者は、患者が疾患関連遺伝子の１つまたは複数の突然変異を含むという決定により、処置の対象となる患者候補として特定され得る。
様々な実施形態では、処置に選択された患者は、本明細書で開示されるＰＰＭ１Ａ阻害剤および／またはその医薬組成物を投与され得る。
処置および評価
別の態様では、本明細書で説明される方法は、細胞をＰＰＭ１Ａ阻害剤に曝露して、遺伝子または遺伝子産物、例えば、ｍＲＮＡもしくはタンパク質の活性または機能を阻害または減少させるステップを含む。例えば、細胞においてＰＰＭ１Ａ発現、活性、および／または機能を阻害する方法が、本明細書で説明されている。例えば、細胞においてＰＰＭ１Ａを阻害する方法であって、細胞をＰＰＭ１Ａ阻害剤に曝露するステップを含む方法が、本明細書で説明されている。一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ発現、活性、および／または機能は、ＡＬＳ、ＦＴＤ、またはＦＴＤを伴うＡＬＳに罹患した患者の細胞において阻害される。一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａを阻害する方法は、細胞を、配列番号２～９５５、配列番号１９１０～２８６３、配列番号２８６８～２９１３、および配列番号２９１４～２９５９のいずれか１つのＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチドに曝露するステップを含む。
本明細書で説明される方法において、細胞をＰＰＭ１Ａ阻害剤に曝露するステップは、ＰＰＭ１Ａ阻害剤、またはＰＰＭ１Ａ阻害剤を含む医薬組成物を、患者、例えば、神経学的疾患、例えば、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）、ＦＴＤを伴うＡＬＳ、アルツハイマー病（ＡＤ）、パーキンソン病（ＰＤ）、ハンチントン病、腕神経叢損傷、末梢神経損傷、進行性核上性麻痺（ＰＳＰ）、頭部外傷、脊髄損傷、皮質基底核変性症（ＣＢＤ）および／またはニューロパシー、例えば化学療法誘発性ニューロパシー等、脊髄小脳失調症（ＳＣＡ）、ニーマン・ピック病Ｃ型（ＮＰＣ）、シャルコー・マリー・トゥース病（ＣＭＴ）、ムコ多糖症ＩＩ型（ＭＰＳＩＩＡ）、ムコリピドーシスＩＶ、ＧＭ１ガングリオシド蓄積症、孤発性封入体筋炎（ｓＩＢＭ）、ヘノッホ・シェーンライン紫斑病（ＨＳＰ）、およびゴーシェ病に罹患したまたはそれを発症するリスクに晒されている患者に投与することを含み得る。したがって、本明細書で説明される実施形態は、ＰＰＭ１Ａ阻害剤、またはＰＰＭ１Ａ阻害剤を含む医薬組成物を、処置を必要とする患者、例えば、神経学的疾患、例えば、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）、ＦＴＤを伴うＡＬＳ、アルツハイマー病（ＡＤ）、パーキンソン病（ＰＤ）、ハンチントン病、腕神経叢損傷、末梢神経損傷、進行性核上性麻痺（ＰＳＰ）、頭部外傷、脊髄損傷、皮質基底核変性症（ＣＢＤ）および／またはニューロパシー、例えば化学療法誘発性ニューロパシー等、脊髄小脳失調症（ＳＣＡ）、ニーマン・ピック病Ｃ型（ＮＰＣ）、シャルコー・マリー・トゥース病（ＣＭＴ）、ムコ多糖症ＩＩ型（ＭＰＳＩＩＡ）、ムコリピドーシスＩＶ、ＧＭ１ガングリオシド蓄積症、孤発性封入体筋炎（ｓＩＢＭ）、ヘノッホ・シェーンライン紫斑病（ＨＳＰ）、およびゴーシェ病に罹患したまたはそれを発症するリスクに晒されている患者に投与することを含み得る。本明細書で説明される方法は、治療有効量のＰＰＭ１Ａ阻害剤の患者への、例えば、患者の細胞へのおよび／または患者の処置の対象となる部位への投与を可能にする、ＰＰＭ１Ａ阻害剤を投与する方法を包含する。例えば、本明細書で説明される方法は、ＰＰＭ１Ａ阻害剤、またはＰＰＭ１Ａ阻害剤を含む医薬組成物が、局所的、非経口的、口腔内、頬側的、舌下、肺内、髄腔内、大槽内、気管内、鼻腔内、経皮的、直腸内、膣腔内、または十二指腸内に投与される方法を含むが、これらに限定されない。特定の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ阻害剤は、口腔内に投与される。一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ阻害剤は、髄腔内または大槽内に投与される。本明細書で説明される実施形態では、本方法は、治療有効量のＰＰＭ１Ａ阻害剤、例えば、治療有効量のＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチドを投与するステップを含む。
本明細書で説明される方法は、患者にＰＰＭ１Ａ阻害剤を投与する方法および／または細胞をＰＰＭ１Ａ阻害剤に曝露する方法であって、ＰＰＭ１Ａ阻害剤が、ＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、例えば、配列番号２～９５５、配列番号１９１０～２８６３、配列番号２８６８～２９１３、および配列番号２９１４～２９５９のいずれか１つのＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、または薬学的に許容されるその塩を含む、方法を含む。一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ阻害剤は、ＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、例えば、配列番号２～９５５、配列番号１９１０～２８６３、配列番号２８６８～２９１３、および配列番号２９１４～２９５９のいずれか１つのＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、または薬学的に許容されるその塩を含む医薬製剤として製剤化される。
また、本明細書で説明される方法は、患者にＰＰＭ１Ａ阻害剤を投与する方法および／または細胞をＰＰＭ１Ａ阻害剤に曝露する方法であって、ＰＰＭ１Ａ阻害剤が、ＰＰＭ１Ａ低分子ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）、ＰＰＭ１Ａ低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、ＰＰＭ１Ａペプチド核酸（ＰＮＡ）、ＰＰＭ１Ａロックド核酸（ＬＮＡ）、およびＰＰＭ１Ａモルホリノオリゴマーからなる群から選択される、方法を含む。一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ阻害剤は、ＰＰＭ１Ａ ｓｈＲＮＡ、ＰＰＭ１Ａ ｓｉＲＮＡ、ＰＰＭ１Ａ ＰＮＡ、ＰＰＭ１Ａ ＬＮＡ、もしくはＰＰＭ１Ａモルホリノオリゴマー、またはＰＰＭ１Ａ ｓｈＲＮＡ、ＰＰＭ１Ａ ｓｉＲＮＡ、ＰＰＭ１Ａ ＰＮＡ、ＰＰＭ１Ａ ＬＮＡ、もしくはＰＰＭ１Ａモルホリノオリゴマーのいずれかの薬学的に許容できる塩を含む医薬製剤として製剤化される。
さらなる態様では、神経学的疾患の処置のための医薬の製造におけるＰＰＭ１Ａ阻害剤の使用が、本明細書で説明されている。例えば、ＡＬＳ、ＦＴＤ、またはＦＴＤを伴うＡＬＳの処置のための医薬の製造におけるＰＰＭ１Ａ阻害剤の使用が、本明細書で説明されている。一部の実施形態では、処置のための医薬の製造における使用のためのＰＰＭ１Ａ阻害剤は、ＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチドまたは薬学的に許容されるその塩、例えば、配列番号２～９５５、配列番号１９１０～２８６３、配列番号２８６８～２９１３、および配列番号２９１４～２９５９のいずれか１つのＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチドまたは薬学的に許容されるその塩である。
さらなる態様では、それを必要とする患者において神経学的疾患を処置する方法であって、それを必要とする患者に、治療有効量のＰＰＭ１Ａ阻害剤および薬学的に許容できる賦形剤を含む医薬組成物を投与するステップを含む方法が、本明細書で説明されている。一部の実施形態では、神経学的疾患は、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）、ＦＴＤを伴うＡＬＳ、アルツハイマー病（ＡＤ）、パーキンソン病（ＰＤ）、ハンチントン病、腕神経叢損傷、末梢神経損傷、進行性核上性麻痺（ＰＳＰ）、頭部外傷、脊髄損傷、皮質基底核変性症（ＣＢＤ）および／またはニューロパシー、例えば化学療法誘発性ニューロパシー等、脊髄小脳失調症（ＳＣＡ）、ニーマン・ピック病Ｃ型（ＮＰＣ）、シャルコー・マリー・トゥース病（ＣＭＴ）、ムコ多糖症ＩＩ型（ＭＰＳＩＩＡ）、ムコリピドーシスＩＶ、ＧＭ１ガングリオシド蓄積症、孤発性封入体筋炎（ｓＩＢＭ）、ヘノッホ・シェーンライン紫斑病（ＨＳＰ）、およびゴーシェ病である。一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ阻害剤は、ＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチドまたは薬学的に許容されるその塩、例えば、配列番号２～９５５、配列番号１９１０～２８６３、配列番号２８６８～２９１３、および配列番号２９１４～２９５９のいずれか１つのＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチドまたは薬学的に許容されるその塩である。一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ阻害剤は、ＰＰＭ１Ａ ｓｈＲＮＡ、ＰＰＭ１Ａ ｓｉＲＮＡ、ＰＰＭ１Ａ ＰＮＡ、ＰＰＭ１Ａ ＬＮＡ、またはＰＰＭ１Ａモルホリノオリゴマーである。一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ阻害剤は、ＰＰＭ１Ａ ｓｈＲＮＡ、ＰＰＭ１Ａ ｓｉＲＮＡ、ＰＰＭ１Ａ ＰＮＡ、ＰＰＭ１Ａ ＬＮＡ、またはＰＰＭ１Ａモルホリノオリゴマーのいずれかの薬学的に許容できる塩である。
本明細書で説明される実施形態では、治療有効量のＰＰＭ１Ａ阻害剤および薬学的に許容できる賦形剤を含む医薬組成物は、それを必要とする患者の細胞へのおよび／またはそれを必要とする患者の処置の対象となる部位への治療的送達を達成する、任意の数の方法で投与され得る。例えば、本明細書で説明される実施形態では、治療有効量のＰＰＭ１Ａ阻害剤および薬学的に許容できる賦形剤を含む医薬組成物は、局所的、非経口的、髄腔内、口腔内、肺内、気管内、鼻腔内、経皮的、頬側的、舌下、直腸内、膣腔内、または十二指腸内に投与され得る。特定の実施形態では、医薬組成物は、口腔内に投与される。一部の実施形態では、医薬組成物は、髄腔内または大槽内に投与される。本明細書で説明される実施形態では、患者は、哺乳動物、例えば、ヒト患者である。
一部の実施形態では、本明細書で説明されるＰＰＭ１Ａ阻害剤は、医薬としての使用の対象となる。例えば、医薬としての使用のための、配列番号２～９５５、配列番号１９１０～２８６３、配列番号２８６８～２９１３、および配列番号２９１４～２９５９のいずれか１つのＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチドまたは薬学的に許容されるその塩が、本明細書で説明されている。
一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ阻害剤、例えば、本明細書で説明されるＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチドは、神経学的疾患の処置における使用の対象となる。例えば、神経学的疾患の処置における使用のための、配列番号２～９５５、配列番号１９１０～２８６３、配列番号２８６８～２９１３、および配列番号２９１４～２９５９のいずれか１つのＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチドまたは薬学的に許容されるその塩が、本明細書で説明されている。一部の実施形態では、神経学的疾患は、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）、ＦＴＤを伴うＡＬＳ、アルツハイマー病（ＡＤ）、パーキンソン病（ＰＤ）、ハンチントン病、腕神経叢損傷、末梢神経損傷、進行性核上性麻痺（ＰＳＰ）、頭部外傷、脊髄損傷、皮質基底核変性症（ＣＢＤ）および／またはニューロパシー、例えば化学療法誘発性ニューロパシー等、脊髄小脳失調症（ＳＣＡ）、ニーマン・ピック病Ｃ型（ＮＰＣ）、シャルコー・マリー・トゥース病（ＣＭＴ）、ムコ多糖症ＩＩ型（ＭＰＳＩＩＡ）、ムコリピドーシスＩＶ、ＧＭ１ガングリオシド蓄積症、孤発性封入体筋炎（ｓＩＢＭ）、ヘノッホ・シェーンライン紫斑病（ＨＳＰ）、およびゴーシェ病からなる群から選択される。
本明細書に記載されるような患者は、神経学的疾患のリスクがある、それを患うまたはそれを有すると診断された任意の動物を指し、該動物は、哺乳動物、霊長動物、およびヒトを含むがこれらに限定されない。ある特定の実施形態では、患者は、非ヒト哺乳動物、例えば、ネコ、イヌ、またはウマ等であってもよい。患者は、神経学的疾患、例えば、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）、ＦＴＤを伴うＡＬＳ、アルツハイマー病（ＡＤ）、パーキンソン病（ＰＤ）、ハンチントン病、腕神経叢損傷、末梢神経損傷、進行性核上性麻痺（ＰＳＰ）、頭部外傷、脊髄損傷、皮質基底核変性症（ＣＢＤ）および／またはニューロパシー、例えば化学療法誘発性ニューロパシー等、脊髄小脳失調症（ＳＣＡ）、ニーマン・ピック病Ｃ型（ＮＰＣ）、シャルコー・マリー・トゥース病（ＣＭＴ）、ムコ多糖症ＩＩ型（ＭＰＳＩＩＡ）、ムコリピドーシスＩＶ、ＧＭ１ガングリオシド蓄積症、孤発性封入体筋炎（ｓＩＢＭ）、ヘノッホ・シェーンライン紫斑病（ＨＳＰ）、またはゴーシェ病を発症する高リスクを有すると診断された個体、神経学的疾患を有すると診断された人、神経学的疾患に以前に罹患した人、または神経学的疾患の症状もしくは徴候、例えば、ＴＢＫ１発現シグナルもしくは活性の減少、自食作用不全、ＴＤＰ４３凝集、または神経学的疾患と関連付けられる徴候もしくは症状のいずれかについて評価された個体であり得る。
「必要とする患者」は、本明細書において使用される場合、神経学的疾患の任意の症状もしくは発現を患う患者、神経学的疾患の任意の症状もしくは発現を患い得る患者、または神経学的疾患を処置するために本開示の方法から利益を受ける可能性がある任意の患者を指す。必要とする患者は、神経学的疾患を発症するリスクを有すると診断された患者、過去に神経学的疾患を患っていた患者、または神経学的疾患について以前に処置された患者を含んでもよい。ＴＢＫ１発現もしくは活性の不全、または有害なＰＰＭ１Ａ発現もしくは活性と関連付けられる神経学的疾患に罹患した個体が、特に関連する。
「有効量」は、本明細書において使用される場合、患者に投与された場合に状態を少なくとも部分的に処置するために十分な剤の量を指す。治療有効量は、状態の重症度、成分の投与の経路、および処置されている患者の年齢、体重等に依存して変動する。よって、開示されるＰＰＭ１Ａ阻害剤の有効量は、患者における神経学的疾患を処置するためにＰＰＭ１Ａ阻害剤の量であって、剤の投与が、神経学的疾患が対象において起こることを予防し、神経学的疾患の進行を予防し（例えば、神経学的疾患の症状、例えば筋力低下、攣縮、もしくは線維束性攣縮の開始もしくは重症度の増加を予防し）、または神経学的疾患のすべての関連付けられる症状を緩和しもしくは完全に改善し、例えば、疾患の退縮を引き起こすような量である。
処置の有効性は、神経学的疾患と関連付けられる肉眼的症状の評価の手段、組織構造の分析、生化学的アッセイ、イメージング方法、例えば、磁気共鳴イメージング等、または他の公知の方法により評価されてもよい。例えば、処置の有効性は、神経学的疾患を患う患者への開示されるＰＰＭ１Ａ阻害剤の投与後の疾患の肉眼的症状、例えば筋肉の強度および制御または神経学的疾患と関連付けられる肉眼的病理の他の態様における変化を分析することにより評価されてもよい。
また、処置の有効性は、組織または細胞レベルで、例えば、組織生検（例えば、脳、脊髄、筋肉、または運動ニューロン組織生検）を得、組織全体もしくは細胞形態を評価するかまたは特性を染色する手段により、または生体液（例えば、脳脊髄液、エキソソーム、血漿、または尿）を得、タンパク質もしくはＲＮＡ発現を調査する生化学アッセイを使用して流体中のＰＰＭ１Ａ発現を調査することにより、評価され得る。そのような生化学アッセイは、ｄｄＰＣＲ、ｑＲＴ－ＰＣＲ、ウェスタンブロット、ＥＬＩＳＡ、および／またはＳＩＭＯＡを含み得る。例えば、免疫細胞化学、免疫組織化学、ウェスタンブロッティング、もしくはノーザンブロッティング法、またはＲＮＡレベルを評価するために有用な方法、例えば定量的もしくは半定量的ポリメラーゼ連鎖（例えば、デジタルＰＣＲ（ＤｉｇｉｔａｌＰＣＲ、ｄＰＣＲ、もしくはｄｅＰＣＲ）、ｑＰＣＲ等）反応を介して解離細胞または非解離組織中で、疾患または神経学的疾患の指標となるタンパク質（例えば、ＴＢＫ１または別のタンパク質のレベルまたは遺伝子産物）のレベルを評価してもよい。また、脊髄液、脳脊髄液、血漿、細胞外小胞（例えば、エキソソーム様脳脊髄液細胞外小胞（exosome-like cerebrospinal fluid extracellular vesicles；「ＣＳＦエキソソーム」）、例えばWelton et al., (2017) “Cerebrospinal fluid extracellular vesicle enrichment for protein biomarker discovery in neurological disease; multiple sclerosis” J Extracell Vesicles., 6(1):1-10；およびStreet et al., (2012) “Identification and proteomic profiling of exosomes in human cerebrospinal fluid” J Transl. Med., 10:5),に記載されるもの、尿、糞便物、リンパ液、血液、血漿、または血清中に見出される有用なバイオマーカー（例えば、ニューロフィラメント軽鎖（ＮＥＦＬ）、ニューロフィラメント重鎖（ＮＥＦＨ）、ＴＤＰ－４３またはｐ７５細胞外ドメイン（ｐ７５ＥＣＤ））の存在または発現のレベルを評価して、疾患状態および処置の有効性を評価してもよい。有効性の追加の測定は、強度持続時間定数（strength duration time constant：ＳＤＴＣ）、短間隔皮質内抑制（short interval cortical inhibition：ＳＩＣＩ）、筋力測定、四肢等尺性筋力の正確な試験（accurate test of limb isometric strength：ＡＴＬＩＳ）、複合筋活動電位（compound muscle action potential：ＣＭＡＰ）、およびＡＬＳＦＲＳ－Ｒを含んでもよい。ある特定の実施形態では、泌尿器ニューロトロフィン受容体ｐ７５細胞外ドメイン（ｐ７５ＥＣＤ）は、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）における疾患進行および予後バイオマーカーである。脳脊髄液（ＣＳＦ）中のリン酸化ニューロフィラメント重鎖（ｐＮＦＨ）は、Ｃ９ＯＲＦ７２関連筋萎縮性側索硬化症（ｃ９ＡＬＳ）患者における疾患状態および生存率を予測する。ＣＳＦ ｐＮＦＨは、臨床試験用の予後バイオマーカーとして使用することができ、このことはｃ９ＡＬＳの処置を成功裏に開発する可能性を増加させる。
一部の実施形態では、アルツハイマー病に対する処置の有効性を評価することにおいて、ミニメンタルステート検査（Mini-Mental State Examination：ＭＭＳＥ）の場合のように知的能力（mental performance）を、有効性を測定するために使用することができる。有効性を測定するために、ＦＡＳＴ（Functional Assessment Staging Test）、ＭＯＴ（Motor Screening Task）、対連合学習（Paired Associates Learning）、空間的ワーキングメモリー（Spatial Working Memory）、反応時間、視覚情報の高速処理、遅延見本合わせ、パターン認識記憶を使用してもよい。
一部の実施形態では、パーキンソン病に対する処置の有効性を評価することにおいて、パーキンソン病統一スケール（Unified Parkinson's Disease Rating Scale：ＵＰＤＲＳ）を、能力測定として実行することができる。ＵＰＤＲＳにより測定されない機能的能力の側面を定量するための他の測定には、バーグバランススケール（Berg Balance Scale：ＢＢＳ）、前方ファンクショナルリーチテスト（Forward Functional Reach Test：ＦＦＲ）、後方ファンクショナルリーチテスト（Backward Functional Reach Test：ＢＦＲ）、ＴＵＧテスト（Timed “Up & Go” Test）、および歩行速度が含まれ得る。
処置の有効性の評価において、有効な評価を確実にするために好適な対照が選択されてもよい。例えば、開示されるＰＰＭ１Ａ阻害剤の投与後に神経学的疾患を有する患者において評価された症状を、処置前もしくは処置の過程中のより早い時点の同じ患者における、または神経学的疾患を有すると診断されていない別の患者におけるそれらの症状に対して比較することができる。代替的に、開示されるＰＰＭ１Ａ阻害剤の投与後の組織の生化学的または組織学的分析の結果を、同じ患者からまたは神経学的疾患を有すると診断されていない個体からまたはＰＰＭ１Ａ阻害剤の投与前の同じ患者からの組織の該結果と比較してもよい。追加的に、ＰＰＭ１Ａ阻害剤の投与後の血液、血漿、血清、細胞、尿、リンパ液、脊髄液、脳脊髄液、または糞便試料を、神経学的疾患を有すると診断されていない個体からまたはＰＰＭ１Ａ阻害剤の投与前の同じ患者からの同等の試料と比較してもよい。一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ阻害剤の投与後の細胞外小胞（例えばＣＳＦエキソソーム）を、神経学的疾患を有すると診断されていない個体からまたはＰＰＭ１Ａ阻害剤の投与前の同じ患者からの細胞外小胞と比較してもよい。
ＰＰＭ１Ａ阻害の検証は、ＰＰＭ１Ａの発現レベルまたは活性の直接的または間接的な評価により決定されてもよい。例えば、ＰＰＭ１Ａタンパク質またはＲＮＡ発現を測定する生化学的アッセイを使用して、ＰＰＭ１Ａの全体的な阻害を評価してもよい。例えば、ウェスタンブロットにより細胞または組織中のＰＰＭ１Ａタンパク質レベルを測定して全体的なＰＰＭ１Ａレベルを評価してもよい。また、ノーザンブロットまたは定量的ポリメラーゼ連鎖反応の手段によりＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡレベルを測定して、ＰＰＭ１Ａの全体的な阻害を決定してもよい。また、免疫細胞化学的または免疫組織化学的方法を介して解離細胞、非解離組織、細胞外小胞（例えば、ＣＳＦエキソソーム）、血液、血清、または糞便物中のＰＰＭ１Ａタンパク質レベルまたはＰＰＭ１Ａシグナル伝達活性の指標となる別のタンパク質のレベルを評価してもよい。
また、ＰＰＭ１Ａ阻害は、パラメーター、例えば、自食作用；エンドサイトーシス；タンパク質凝集；ＴＢＫ１発現；ＴＢＫ１キナーゼ活性；患者の体力の変化；筋緊張；筋痙攣の存在；発話、歩行、呼吸、もしくは記憶の向上；またはＴＢＫ１標的リン酸化およびＴＢＫ１のシグナル伝達活性化の他のインジケーターを含むＰＰＭ１Ａ活性の変化と相関する他のパラメーターを測定することにより間接的に評価され得る。例えば、開示されるＰＰＭ１Ａ阻害剤で処置された患者の細胞における、活性ＴＢＫ１リン酸化のレベル、または活性（リン酸化）ＴＢＫ１の不活性ＴＢＫ１に対する比を、前記細胞におけるＰＰＭ１Ａ活性の指標として測定してもよい。また、ＰＰＭ１Ａ阻害の有効性を評価するために、有用なバイオマーカー（例えば、血漿、脊髄液、脳脊髄液、細胞外小胞（例えば、ＣＳＦエキソソーム）、血液、尿、リンパ液、糞便、または組織において見出されるニューロフィラメント軽鎖（ＮＥＦＬ）、ニューロフィラメント重鎖（ＮＥＦＨ）、ＴＤＰ－４３、またはＰ７５ＥＣＤ）の存在または発現レベルを評価してもよい。追加の測定は、強度持続時間定数（ＳＤＴＣ）、短間隔皮質内抑制（ＳＩＣＩ）、筋力測定、四肢等尺性筋力の正確な試験（ＡＴＬＩＳ）、複合筋活動電位、およびＡＬＳＦＲＳ－Ｒを含んでもよい。ある特定の実施形態では、泌尿器ニューロトロフィン受容体ｐ７５細胞外ドメイン（ｐ７５ＥＣＤ）は筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）における疾患進行および予後バイオマーカーである。脳脊髄液（ＣＳＦ）中のリン酸化ニューロフィラメント重鎖（ｐＮＦＨ）はｃ９ＡＬＳ患者における疾患状態および生存を予測する。ＣＳＦ ｐＮＦＨは、ｃ９ＡＬＳの処置を成功裏に開発する可能性を増加させる臨床試験用の予後バイオマーカーとして供され得る。
本明細書で開示される処置方法は、細胞において自食作用を増加または回復させる方法を含む。「自食作用」とは、不要なまたは機能が損なわれた成分を解体し、秩序正しく分解し、細胞成分の再生利用を可能にする、細胞の天然の調節機構を指す。自食作用は、一般的に、比較的長命の細胞質タンパク質、可溶性および不溶性ミスフォールドタンパク質、ならびにまた細胞小器官全体の分解の原因である。自食作用機構の不全は、運動ニューロンにおける毒性タンパク質凝集物の形成に寄与すると考えられている（Ramesh and Pandley, (2017) “Autophagy Dysregulation in ALS: When Protein Aggregates Get Out of Hand” Front Mol Neurosci. 10 (Article 263)を参照されたい）。自食作用の調節不全ならびにタンパク質凝集および誤った局在化は、ＡＬＳを含む神経学的疾患において関係付けられている。自食作用を増加または回復させる方法は、神経学的疾患に罹患した患者においてＰＰＭ１Ａの発現レベルを低減させる方法を含む。また、自食作用を増加または回復させる方法は、神経学的疾患に罹患した患者の細胞においてＴＢＫ１活性もしくは発現またはＴＢＫ１リン酸化（例えば、ＴＢＫ１ ｓｅｒ１７２リン酸化）を増加させる方法を含む。
また、本開示は、神経学的疾患に罹患した患者の細胞においてＰＰＭ１Ａを阻害する方法を提供する。ＰＰＭ１Ａは、神経系（中枢神経系、末梢神経系、運動ニューロン、脳、脳幹、前頭葉、側頭葉、脊髄を含む）、筋骨格系、脊髄液、および脳脊髄液の細胞を含む、ＰＰＭ１Ａ発現または活性が起こる任意の細胞において阻害され得る。筋骨格系の細胞は骨格筋細胞（例えば、筋細胞）を含む。運動ニューロンは上位運動ニューロンおよび下位運動ニューロンを含む。
医薬組成物および投与の経路
本開示はまた、開示されるＰＰＭ１Ａ阻害剤を含む医薬組成物の投与を介して神経学的疾患を処置する方法を提供する。別の態様では、本開示は、神経学的疾患の処置における使用のための医薬組成物を提供する。医薬組成物は、ＰＰＭ１Ａを標的化する開示されるアンチセンスオリゴヌクレオチド、および薬学的に許容される担体を含んでもよい。本明細書において使用される場合、「医薬組成物」という用語は、例えば、神経学的疾患を処置するために、哺乳動物、例えば、ヒトに投与される薬学的に許容される担体中に指定される量の治療用化合物、例えば、治療有効量の治療用化合物を含有する混合物を意味する。一部の実施形態では、開示されるＰＰＭ１Ａ阻害剤、および薬学的に許容される担体を含む医薬組成物が本明細書において想定される。別の態様では、本開示は、神経学的疾患を処置するための医薬の製造における、開示されるＰＰＭ１Ａ阻害剤の使用を提供する。「医薬」は、本明細書において使用される場合、「医薬組成物」という用語と本質的に同じ意味を有する。
本明細書において使用される場合、「薬学的に許容される担体」は、合理的なベネフィット／リスク比に見合う過度の毒性、刺激、アレルギー性応答、または他の問題もしくは合併症なしで人間および動物の組織との接触における使用のために好適な緩衝剤、担体、および賦形剤を意味する。担体は、製剤の他の成分と適合性であり、かつレシピエントに対して有害でないという意味において「許容される」ものであるべきである。薬学的に許容される担体は、薬学的投与と適合性の、緩衝剤、溶媒、分散媒体、コーティング、等張剤および吸収遅延剤等を含む。薬学的に活性の物質のためのそのような媒体および剤の使用は当該技術分野において公知である。１つの実施形態では、医薬組成物は経口投与され、消化器系または腸内での被包された物質の吸収の部位を調節するために好適な腸溶性コーティングを含む。例えば、腸溶性コーティングはエチルアクリル酸－メタクリル酸コポリマーを含むことができる。
一部の実施形態では、本開示のＰＰＭ１Ａ阻害剤、例えば、ＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチドは、薬学的に許容できる塩の形態で存在する。本質的に酸性である本明細書で説明されるＰＰＭ１Ａ阻害剤は、様々な薬理学的に許容できるカチオンと塩基塩を形成することができる。そのような塩の例には、アルカリ金属またはアルカリ土類金属塩、特に、カルシウム、マグネシウム、ナトリウム、リチウム、亜鉛、カリウム、および鉄塩が含まれる。本開示の薬学的に許容できる塩には、例えば、配列番号２～９５５、配列番号１９１０～２８６３、配列番号２８６８～２９１３、および配列番号２９１４～２９５９のいずれかのＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチドの薬学的に許容できる塩が含まれる。
また、ＰＰＭ１Ａ阻害剤および薬学的に許容できる賦形剤を含む医薬組成物が、本明細書で説明されている。例えば、本明細書で説明される医薬組成物は、ＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、例えば、配列番号２～９５５、配列番号１９１０～２８６３、配列番号２８６８～２９１３、および配列番号２９１４～２９５９のいずれか１つのＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、ならびに薬学的に許容できる賦形剤を含み得る。
一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ阻害剤、例えば、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、ナノ粒子コーティング中に被包され得る。ナノ粒子被包は、ＡＯＮ分解を防ぎ、細胞取込みを向上すると考えられている。例えば、一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ阻害剤は、カチオン性ポリマー、例えば、合成ポリマー（例えば、ポリ－Ｌ－リジン、ポリアミドアミン、ポリ（β－アミノエステル）、およびポリエチレンイミン）または天然ポリマー（例えば、キトサンおよびプロタミン）のコーティング中に被包される。一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ阻害剤は、脂質もしくは脂質様物質、例えば、カチオン性脂質、カチオン性脂質様物質、または酸性ｐＨでのみ正に荷電するイオン化可能脂質中に被包される。例えば、一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ阻害剤は、疎水性部分、例えば、コレステロールおよび／またはポリエチレングリコール（ＰＥＧ）脂質を含む脂質ナノ粒子中に被包される。
一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ阻害剤、例えば、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、生理活性リガンドにコンジュゲートされる。例えば、本明細書で説明される一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ阻害剤、例えば、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、ペプチド、脂質、Ｎ－アセチルガラクトサミン（ＧａｌＮＡｃ）、コレステロール、ビタミンＥ、抗体、または細胞貫通ペプチド（例えば、転写のトランスアクチベーター（transactivator of transcription：ＴＡＴ）およびペネトラチン（penetratine））にコンジュゲートされる。
開示されるＰＰＭ１Ａ阻害剤、例えば、本明細書で開示されるＰＰＭ１Ａ阻害剤を含有する医薬組成物は、投与単位形態で提示してもよく、任意の好適な方法により調製してもよい。医薬組成物は、投与の意図される経路と適合性であるように製剤化されるべきである。有用な製剤は、薬学分野において周知の方法により調製され得る。例えば、Remington's Pharmaceutical Sciences, 18th ed. (Mack Publishing Company, 1990)を参照。
例えば、医薬製剤は、無菌である。滅菌は、例えば、無菌濾過膜を通じた濾過により達成され得る。組成物が凍結乾燥される場合、濾過滅菌は凍結乾燥および復元の前または後に実行され得る。
１つの実施形態では、開示されるＰＰＭ１Ａ阻害剤およびその任意の医薬組成物は、１またはいくつかの経路により投与されてもよく、該経路は、局所、髄腔内、非経口、経口、直腸内、頬側、舌下、膣腔内、肺内、気管内、大槽内、鼻腔内、経皮、または十二指腸内への経路を含んでもよい。非経口という用語は、本明細書において使用される場合、皮下注射、膵内投与、静脈内、髄腔内、大槽内、筋肉内、腹腔内、胸骨内注射または注入技術を含む。例えば、開示されるＰＰＭ１Ａ阻害剤は対象の皮下に投与されてもよい。別の例では、開示されるＰＰＭ１Ａ阻害剤は対象に経口投与されてもよい。別の例では、開示されるＰＰＭ１Ａ阻害剤は、非経口投与を介して神経系、または神経系の特有の領域もしくは細胞（例えば、脳、脳幹、下位運動ニューロン、脊髄、上位運動ニューロン）に直接的に投与されてもよく、例えば、開示されるＰＰＭ１Ａ阻害剤は髄腔内または大槽内投与されてもよい。
本明細書で説明される方法において、神経学的疾患を有するかまたはそのリスクに晒されている患者に投与されるＰＰＭ１Ａ阻害剤、例えば、ＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチドは、様々な投与経路により投与され得ることが理解される。様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ阻害剤は、口腔内（例えば、吸入スプレーによる）、局所的、膣腔内、直腸内、髄腔内、大槽内、頬側的、舌下、非経口的、例えば、皮下注射による経路を含む１つまたはいくつかの経路により投与することができる。非経口という用語は、本明細書で使用される場合、皮下注射、膵内投与、ならびに静脈内、髄腔内、大槽内、筋内、腹腔内、および胸骨内注射または点滴技法を含む。
非経口投与
本開示の医薬組成物は、非経口投与のために製剤化され得る、例えば、静脈内、大槽内、筋肉内、皮下、髄腔内、病変内、または腹腔内経路を介する注射のために製剤化され得る。開示されるＰＰＭ１Ａ阻害剤を含有する水性組成物、例えば水性医薬組成物の調製は、本開示に照らして当業者に公知である。典型的に、そのような組成物は、注射剤として、液体溶液または懸濁液のいずれかとして調製してもよく；また、注射前に液体の添加に際して溶液または懸濁液を調製するための使用に好適な固形物を調製してもよく；また、調製物は乳化してもよい。
注射的な使用のために好適な薬学的形態は、無菌水性溶液または分散体；ゴマ油、ピーナッツ油または水性プロピレングリコールを含む製剤；および無菌注射溶液または分散体の即席調製用の無菌粉末を含む。すべての場合において形態は無菌でなければならず、容易な注射針通過性が存在する程度まで流体でなければならない。それは、製造および貯蔵の条件下で安定でなければならず、微生物、例えば細菌および真菌の夾雑作用から保護されなければならない。
遊離塩基または薬理学的に許容される塩としての活性化合物の溶液は、界面活性剤、例えばヒドロキシプロピルセルロースと好適に混合されて水中で調製され得る。分散体はまた、グリセロール、液体ポリエチレングリコール、およびこれらの混合物中ならびに油中で調製され得る。追加的に、無菌の固定油が溶媒または懸濁媒体として用いられてもよい。この目的のために合成モノまたはジグリセリドを含む任意のブランド固定油が用いられ得る。追加的に、脂肪酸、例えばオレイン酸が注射剤の調製において使用され得る。無菌注射用調製物はまた、非毒性の非経口的に許容される希釈剤または溶媒中の、例えば、１，３－ブタンジオール中の溶液としての、無菌注射用溶液、懸濁液、またはエマルションであってもよい。用いられてもよい許容されるビヒクルおよび溶媒の中には、水、リンゲル溶液、Ｕ．Ｓ．Ｐ．、および等張性塩化ナトリウム溶液がある。１つの実施形態では、開示されるＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチドは、１％（ｗ／ｖ）のカルボキシメチルセルロースナトリウムおよび０．１％（ｖ／ｖ）のＴＷＥＥＮ（商標） ８０を含む担体流体中に懸濁されてもよい。貯蔵および使用の通常の条件下で、これらの調製物は、微生物の増殖を予防するために防腐剤を含有する。
注射用調製物、例えば、無菌注射用水性または油性懸濁液は、好適な分散または湿潤剤および懸濁化剤を使用して公知技術に従って製剤化されてもよい。一般に、分散体は、様々な滅菌された活性成分を、上記に列記されるものからの基本的な分散媒体および要求される他の成分を含有する無菌媒体に組み込むことにより調製される。本開示の無菌注射用溶液は、開示されるＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチドを、要求される量の適切な溶媒中に、要求に応じて上記に列記される様々な他の成分と共に組み込み、続いて濾過滅菌を行うことにより調製されてもよい。無菌注射用溶液の調製用の無菌粉末の場合、調製の好ましい方法は真空乾燥およびフリーズドライ技術であり、これは、以前に無菌濾過されたその溶液から活性成分および任意の追加の所望の成分の粉末をもたらす。注射用製剤は、例えば、細菌保持フィルターを通じた濾過により滅菌され得る。
筋肉内注射用のよりまたは高度に濃縮された溶液の調製もまた想定される。これに関して、溶媒としてのＤＭＳＯの使用は好ましく、それは、これは極めて迅速な透過を結果としてもたらし、高濃度の、開示されるＰＰＭ１Ａ阻害剤を小さい区画に送達するからである。
そのような溶液における使用のための好適な防腐剤は、塩化ベンザルコニウム、塩化ベンゼトニウム、クロロブタノール、およびチメロサール等を含む。好適な緩衝剤は、約ｐＨ ６～ｐＨ ８、例えば、約ｐＨ ７～ｐＨ ７．５にｐＨを維持するために十分な量で、ホウ酸、重炭酸ナトリウムおよびカリウム、ホウ酸ナトリウムおよびカリウム、炭酸ナトリウムおよびカリウム、酢酸ナトリウム、ならびに重リン酸ナトリウム等を含む。好適な張度剤は、デキストラン４０、デキストラン７０、デキストロース、グリセリン、塩化カリウム、プロピレングリコール、および塩化ナトリウム等であり、溶液の塩化ナトリウム当量は、０．９プラスまたはマイナス０．２％の範囲内である。好適な抗酸化剤および安定化剤は、重亜硫酸ナトリウム、メタ重亜硫酸ナトリウム、チオ亜硫酸ナトリウム、およびチオ尿素等を含む。好適な湿潤および清澄化剤は、ポリソルベート８０、ポリソルベート２０、ポロキサマー２８２およびチロキサポールを含む。好適な粘度増加剤は、デキストラン４０、デキストラン７０、ゼラチン、グリセリン、ヒドロキシエチルセルロース、ヒドロキシメチルプロピルセルロース、ラノリン、メチルセルロース、ワセリン、ポリエチレングリコール、ポリビニルアルコール、ポリビニルピロリドン、およびカルボキシメチルセルロース等を含む。
髄腔内投与
一部の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ阻害剤、またはＰＰＭ１Ａ阻害剤を含む本開示の医薬組成物は、髄腔内投与を通してＣＮＳに送達され、それにより、処置を必要とする患者の脳脊髄液（ＣＳＦ）への送達を確実にする。様々な実施形態では、髄腔内投与（髄腔内注射とも呼ばれる）は、脊柱管（脊髄の周囲の髄腔内空間）への注射を指す。非限定的に、穿頭孔を通した側脳室注射、または大槽もしくは腰椎穿刺その他を含む、様々な技法を使用することができる。一部の実施形態では、本発明による「髄腔内投与」または「髄腔内送達」とは、腰椎区域または領域を介したＩＴ投与または送達、例えば、腰椎ＩＴ投与または送達を指す。本明細書で使用される場合、「腰椎領域」または「腰椎区域」という用語は、第３腰（腰部）椎と第４腰椎との間の区域、より包括的には、脊柱のＬ２～Ｓ１領域を指す。
様々な実施形態では、開示されるＰＰＭ１Ａ阻害剤を含む組成物は、髄腔内送達に好適であり得る。例えば、髄腔内送達に好適な組成物は、ＰＰＭ１Ａ阻害剤、および脳脊髄液、人工脳脊髄液、リン酸緩衝食塩水（ＰＢＳ）、または塩緩衝液のいずれかを含み得る。
経口投与
一部の実施形態では、開示されるＰＰＭ１Ａ阻害剤の経口送達のために好適な組成物、例えば、ＰＰＭ１Ａ阻害剤を、例えば、患者の胃腸管に送達し得るような、腸溶性コーティング、例えば、胃耐性コーティングを含む錠剤が本明細書において想定される。
例えば、開示されるＰＰＭ１Ａ阻害剤、例えば、ＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、例えば、配列番号２～９５５、配列番号１９１０～２８６３、配列番号２８６８～２９１３、および配列番号２９１４～２９５９のいずれかにより表されるＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、および薬学的に許容される賦形剤を含む顆粒を含む（例えば、顆粒から少なくとも部分的に形成される）経口投与用の錠剤が提供される。そのような錠剤は、腸溶性コーティングでコーティングされていてもよい。想定される錠剤は、薬学的に許容される賦形剤、例えば充填剤、結合剤、崩壊剤、および／または滑沢剤の他に、着色剤、放出剤、コーティング剤、甘味剤、香味剤、例えばウィンターグリーン、オレンジ、キシリトール、ソルビトール、フルクトース、およびマルトデキストリン、ならびに芳香剤、防腐剤および／または抗酸化剤を含んでもよい。
一部の実施形態では、想定される薬学的製剤は、開示されるＰＰＭ１Ａ阻害剤、例えば、ＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、例えば、配列番号２～９５５、配列番号１９１０～２８６３、配列番号２８６８～２９１３、および配列番号２９１４～２９５９のいずれかにより表されるＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、および薬学的に許容される塩、例えば、ＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、例えば、配列番号２～９５５、配列番号１９１０～２８６３、配列番号２８６８～２９１３、および配列番号２９１４～２９５９のいずれかにより表されるアンチセンスオリゴヌクレオチド、および薬学的に許容される充填剤を含む顆粒内相を含む。例えば、開示されるＰＰＭ１Ａ阻害剤および充填剤は、任意選択で他の賦形剤と共に、ブレンドされ、顆粒に成形されてもよい。一部の実施形態では、顆粒内相は、湿式造粒を使用して形成されてもよく、例えば、液体（例えば、水）が、ブレンドされた、ＰＰＭ１Ａ阻害剤化合物および充填剤に加えられ、次に組合せが乾燥、製粉および／または篩分けされて顆粒が製造される。顆粒内相を達成するために他の製法が使用されてもよいことを当業者は理解する。
一部の実施形態では、想定される製剤は顆粒外相を含み、顆粒外相は、１つまたは複数の薬学的に許容される賦形剤を含み、かつ開示される製剤を形成させるために顆粒内相とブレンドされてもよい。
開示される製剤は、充填剤を含む顆粒内相を含んでもよい。例示的な充填剤は、セルロース、ゼラチン、リン酸カルシウム、ラクトース、スクロース、グルコース、マンニトール、ソルビトール、微結晶セルロース、ペクチン、ポリアクリレート（polyacrylates）、デキストロース、酢酸セルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、部分アルファ化デンプン、炭酸カルシウム、およびこれらの組合せを含むその他のものを含むがこれらに限定されない。
一部の実施形態では、開示される製剤は、顆粒内相、および／または、薬学的製剤の成分を一緒に保持するように一般に機能し得る結合剤を含む顆粒外相を含んでもよい。本開示の例示的な結合剤は、以下：デンプン、糖、セルロースまたは修飾セルロース、例えばヒドロキシプロピルセルロース、ラクトース、アルファ化トウモロコシデンプン、ポリビニルピロリドン、ヒドロキシプロピルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、低置換ヒドロキシプロピルセルロース、カルボキシメチルセルロースナトリウム、メチルセルロース、エチルセルロース、糖アルコールおよびこれらの組合せを含むその他のものを含み得るがこれらに限定されない。
例えば、顆粒内相および／または顆粒外相を含む、想定される製剤は、崩壊剤、以下に限定されないが例えば、デンプン、セルロース、架橋ポリビニルピロリドン、デンプングリコール酸ナトリウム、カルボキシメチルセルロースナトリウム、アルギネート（alginates）、コーンスターチ、クロスカルメロースナトリウム（crosmellose sodium）、架橋カルボキシメチルセルロース、低置換ヒドロキシプロピルセルロース、アカシア、およびこれらの組合せを含むその他のものを含んでもよい。例えば、顆粒内相および／または顆粒外相は崩壊剤を含んでもよい。
一部の実施形態では、想定される製剤は、開示されるＰＰＭ１Ａ阻害剤およびマンニトール、微結晶セルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、およびデンプングリコール酸ナトリウムまたはこれらの組合せから選択される賦形剤を含む顆粒内相、ならびに微結晶セルロース、デンプングリコール酸ナトリウム、およびステアリン酸マグネシウムまたはこれらの混合物の１つまたは複数を含む顆粒外相を含む。
一部の実施形態では、想定される製剤は滑沢剤を含んでもよく、例えば、顆粒外相は滑沢剤を含有してもよい。滑沢剤は、タルク、シリカ、脂肪、ステアリン、ステアリン酸マグネシウム、リン酸カルシウム、二酸化シリコーン、ケイ酸カルシウム、リン酸カルシウム、コロイド状二酸化ケイ素、ステアリン酸金属塩、水添植物油、コーンスターチ、安息香酸ナトリウム、ポリエチレングリコール、酢酸ナトリウム、ステアリン酸カルシウム、ラウリル硫酸ナトリウム、塩化ナトリウム、ラウリル硫酸マグネシウム、タルク、およびステアリン酸を含むがこれらに限定されない。
一部の実施形態では、薬学的製剤は腸溶性コーティングを含む。一般に、腸溶性コーティングは、薬物が消化管に沿って吸収される位置を制御する経口医薬品のためのバリアを作り出す。腸溶性コーティングは、ｐＨに従って異なる速度で崩壊するポリマーを含んでもよい。腸溶性コーティングは、例えば、酢酸フタル酸セルロース、アクリル酸メチル－メタクリル酸コポリマー、酢酸コハク酸セルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロースフタレート、メタクリル酸メチル－メタクリル酸コポリマー、アクリル酸エチル－メタクリル酸コポリマー、メタクリル酸コポリマーＣ型、ポリ酢酸ビニル－フタレート、および酢酸フタル酸セルロースを含んでもよい。
例示的な腸溶性コーティングは、Ｏｐａｄｒｙ（登録商標） ＡＭＢ、Ａｃｒｙｌ－ＥＺＥ（登録商標）、Ｅｕｄｒａｇｉｔ（登録商標）グレードを含む。一部の実施形態では、腸溶性コーティングは、重量で想定される錠剤の約５％～約１０％、約５％～約２０％、８～約１５％、約８％～約２０％、約１０％～約２０％、または約１２～約２０％、または約１８％を構成してもよい。例えば、腸溶性コーティングはアクリル酸エチル－メタクリル酸コポリマーを含んでもよい。
例えば、想定される実施形態では、重量で約０．５％～約７０％、例えば、約０．５％～約１０％、または約１％～約２０％の開示されるＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチドまたはその薬学的に許容される塩を含むまたはから本質的になる錠剤が提供される。そのような錠剤は、例えば、重量で約０．５％～約６０％のマンニトール、例えば、重量で約３０％～約５０％のマンニトール、例えば、重量で約４０％のマンニトール；および／または重量で約２０％～約４０％の微結晶セルロース、または重量で約１０％～約３０％の微結晶セルロースを含んでもよい。例えば、開示される錠剤は、重量で約３０％～約６０％、例えば、約４５％～約６５％、または代替的に、重量で約５～約１０％の開示されるＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、約３０％～約５０％、または代替的に、重量で約５％～約１５％のマンニトール、約５％～約１５％の微結晶セルロース、約０％～約４％、または約１％～約７％のヒドロキシプロピルメチルセルロース、および重量で約０％～約４％、例えば、約２％～約４％のデンプングリコール酸ナトリウムを含む顆粒内相を含んでもよい。
別の想定される実施形態では、開示されるＰＰＭ１Ａ阻害剤の経口投与用の薬学的錠剤製剤は顆粒内相を含み、顆粒内相は、開示されるＰＰＭ１Ａ ＡＯＮまたはその薬学的に許容される塩（例えばナトリウム塩）、および薬学的に許容される充填剤を含み、かつ該薬学的錠剤製剤はまた顆粒外相を含んでもよく、顆粒外相は、薬学的に許容される賦形剤、例えば崩壊剤を含んでもよい。顆粒外相は、微結晶セルロース、ステアリン酸マグネシウム、およびこれらの混合物から選択される成分を含んでもよい。医薬組成物はまた、錠剤の重量で約１２％～２０％の腸溶性コーティングを含んでもよい。例えば、経口的使用のための薬学的に許容される錠剤は、重量で０．５％～１０％の開示されるＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ、例えば、開示されるＰＰＭ１Ａ ＡＯＮまたはその薬学的に許容される塩、重量で約３０％～５０％のマンニトール、重量で約１０％～３０％の微結晶セルロース、およびアクリル酸エチル－メタクリル酸コポリマーを含む腸溶性コーティングを含んでもよい。
別の例では、経口的使用のための薬学的に許容される錠剤は、重量で約５～約１０％の開示されるＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ、例えば、開示されるＰＰＭ１Ａ ＡＯＮまたはその薬学的に許容される塩、重量で約４０％のマンニトール、重量で約８％の微結晶セルロース、重量で約５％のヒドロキシプロピルメチルセルロース、および重量で約２％のデンプングリコール酸ナトリウムを含む顆粒内相；重量で約１７％の微結晶セルロース、重量で約２％のデンプングリコール酸ナトリウム、重量で約０．４％のステアリン酸マグネシウム；およびアクリル酸エチル－メタクリル酸コポリマーを含む錠剤上の腸溶性コーティングを含む顆粒外相を含んでもよい。
一部の実施形態では、医薬組成物は、重量で約１３％または約１５％、１６％、１７％または１８％を構成する腸溶性コーティング、例えば、ＡｃｙｒｌＥＺＥ（登録商標）（例えば、参照により全体が本明細書に組み込まれるＰＣＴ国際公開第２０１０／０５４８２６号パンフレットを参照）を含有してもよい。
コーティングが溶解し、活性成分が放出される速度はその溶解速度である。実施形態では、想定される錠剤は、例えば、７．２のｐＨを有するリン酸緩衝液中１００ｒｐｍおよび３７℃でＵＳＰ／ＥＰ Ｔｙｐｅ ２装置（パドル）において試験された場合に、ＰＰＭ１Ａ阻害剤の約５０％～約１００％を約１２０分～約２４０分後、例えば１８０分後に放出する溶解プロファイルを有してもよい。別の実施形態では、想定される錠剤は、例えば、１．０のｐＨを有する希ＨＣｌ中１００ｒｐｍおよび３７℃でＵＳＰ／ＥＰ Ｔｙｐｅ ２装置（パドル）において試験された場合に、ＰＰＭ１Ａ転写物の阻害剤が１２０分後に実質的に放出されない溶解プロファイルを有してもよい。想定される錠剤は、別の実施形態では、例えば、６．６のｐＨを有するリン酸緩衝液中１００ｒｐｍおよび３７℃でＵＳＰ／ＥＰ Ｔｙｐｅ ２装置（パドル）において試験された場合に、ＰＰＭ１Ａ阻害剤の約１０％～約３０％、または約５０％以下を３０分後に放出する溶解プロファイルを有してもよい。
一部の実施形態では、本明細書において提供される方法は、本明細書に開示される疾患および障害の処置を目的とする少なくとも１つの他の剤を投与することをさらに含んでもよい。１つの実施形態では、想定される他の剤が（例えば、逐次的または同時に）併用投与されてもよい。
投薬量および投与の頻度
例示的な製剤には、約３５ｍｇ～約５００ｍｇの開示されるＰＰＭ１Ａ阻害剤、例えば、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮを含むかまたは本質的にそれからなる剤形が含まれる。例えば、約３５ｍｇ、４０ｍｇ、５０ｍｇ、６０ｍｇ、７０ｍｇ、８０ｍｇ、９０ｍｇ、１００ｍｇ、１１０ｍｇ、１２０ｍｇ、１３０ｍｇ、１４０ｍｇ、１５０ｍｇ、１６０ｍｇ、１７０ｍｇ、１８０ｍｇ、１９０ｍｇ、２００ｍｇ、２５０ｍｇ、３００ｍｇ、３５０ｍｇ、４００ｍｇ、４５０ｍｇ、５００ｍｇ、６００ｍｇ、７００ｍｇ、８００ｍｇ、９００ｍｇ、１ｇ、１．５ｇ、２．０ｇ、２．５ｇ、３．０ｇ、３．５ｇ、４．０ｇ、４．５ｇ、または５．０ｇの開示されるＰＰＭ１Ａ阻害剤を含む製剤が、本明細書で企図される。１つの実施形態では、製剤は、約４０ｍｇ、８０ｍｇ、または１６０ｍｇの、開示されるＰＰＭ１Ａ阻害剤を含んでもよい。一部の実施形態では、製剤は、少なくとも１００μｇの、開示されるＰＰＭ１Ａ阻害剤を含んでもよい。例えば、製剤は、約０．１ｍｇ、０．２ｍｇ、０．３ｍｇ、０．４ｍｇ、０．５ｍｇ、１ｍｇ、５ｍｇ、１０ｍｇ、１５ｍｇ、２０ｍｇ、２５ｍｇ、または３０ｍｇの、開示されるＰＰＭ１Ａ阻害剤を含んでもよい。
一部の実施形態では、本明細書で説明される方法は、少なくとも１μｇ、少なくとも５μｇ、少なくとも１０μｇ、少なくとも２０μｇ、少なくとも３０μｇ、少なくとも４０μｇ、少なくとも５０μｇ、少なくとも６０μｇ、少なくとも７０μｇ、少なくとも８０μｇ、少なくとも９０μｇ、または少なくとも１００μｇのＰＰＭ１Ａ阻害剤、例えば、ＰＰＭ１Ａ阻害剤を投与するステップを含む。一部の実施形態では、本発明の方法は、３５ｍｇ～５００ｍｇ、１ｍｇ～１０ｍｇ、１０ｍｇ～２０ｍｇ、２０ｍｇ～３０ｍｇ、３０ｍｇ～４０ｍｇ、４０ｍｇ～５０ｍｇ、５０ｍｇ～６０ｍｇ、６０ｍｇ～７０ｍｇ、７０ｍｇ～８０ｍｇ、８０ｍｇ～９０ｍｇ、９０ｍｇ～１００ｍｇ、１００ｍｇ～１５０ｍｇ、１５０ｍｇ～２００ｍｇ、２００ｍｇ～２５０ｍｇ、２５０ｍｇ～３００ｍｇ、３００ｍｇ～３５０ｍｇ、３５０ｍｇ～４００ｍｇ、４００ｍｇ～４５０ｍｇ、４５０ｍｇ～５００ｍｇ、５００ｍｇ～６００ｍｇ、６００ｍｇ～７００ｍｇ、７００ｍｇ～８００ｍｇ、８００ｍｇ～９００ｍｇ、９００ｍｇ～１ｇ、１ｍｇ～５０ｍｇ、２０ｍｇ～４０ｍｇ、または１ｍｇ～５００ｍｇのＰＰＭ１Ａ阻害剤を投与するステップを含む。
投与される量は、変量、例えば処置されるべき疾患または兆候の種類および程度、患者の全体的な健康状態およびサイズ、ＰＰＭ１Ａ阻害剤のｉｎ ｖｉｖｏ効力、薬学的製剤、ならびに投与の経路に依存する。初期投薬量は、所望の血中レベルまたは組織レベルを迅速に達成するために上限レベルを上回って増加させることができる。代替的に、初期投薬量は、最適条件よりも少ないものであることができ、処置の過程の間に投薬量を漸進的に増加させてもよい。ヒトの投薬量は、例えば、従来のフェーズＩ用量漸増研究において、最適化され得る。投薬頻度は、要因、例えば投与の経路、投薬量および処置されている疾患に依存して変動することができる。例示的な投薬頻度は、１日１回、週１回および２週毎に１回である。一部の実施形態では、投薬は１日１回で７日間である。一部の実施形態では、投薬は、１ヶ月に１回である。一部の実施形態では、投薬は３ヶ月毎に１回である。
併用療法
様々な実施形態では、本明細書に開示されるようなＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、１つまたは複数の追加の療法と組み合わせて投与され得る。開示されるオリゴヌクレオチドおよび１つまたは複数の追加の療法の併用療法は、一部の実施形態では、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）、ＦＴＤを伴うＡＬＳ、アルツハイマー病（ＡＤ）、パーキンソン病（ＰＤ）、ハンチントン病、腕神経叢損傷、末梢神経損傷、進行性核上性麻痺（ＰＳＰ）、頭部外傷、脊髄損傷、皮質基底核変性症（ＣＢＤ）および／またはニューロパシー、例えば化学療法誘発性のニューロパシー等、脊髄小脳失調症（ＳＣＡ）、ニーマン・ピック病Ｃ型（ＮＰＣ）、シャルコー・マリー・トゥース病（ＣＭＴ）、ムコ多糖症ＩＩ型（ＭＰＳＩＩＡ）、ムコリピドーシスＩＶ、ＧＭ１ガングリオシド蓄積症、孤発性封入体筋炎（ｓＩＢＭ）、へノッホ・シェーンライン紫斑病（ＨＳＰ）、およびゴーシェ病のいずれかの処置において相乗的であることができる。
筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）、またはＦＴＤを伴うＡＬＳを処置するための例示的追加の治療には、リルゾール（Ｒｉｌｕｔｅｋ）、トロリルゾール、エダラボン（Ｒａｄｉｃａｖａ）、リバスチグミン、ドネペジル、ガランタミン、選択的セロトニン再取込み阻害薬、抗精神病薬、コリンエステラーゼ阻害剤、メマンチン、ベンゾジアゼピン抗不安薬、ＡＭＸ００３５（ＥＬＹＢＲＩＯ（登録商標））、ＺＩＬＵＣＯＰＬＡＮ（ＲＡ１０１４９５）、デュアルＡＯＮ髄腔内投与剤（例えば、ＢＩＩＢ０６７、ＢＩＩＢ０７８）、ＢＩＩＢ１００、レボドパ／カルビドパ、ドーパミン作動薬（例えば、ロピニロール、プラミペキソール、ロチゴチン）、メドロキシプロゲステロン、ＫＣＮＱ２／ＫＣＮＱ３オープナー、プリドピジン、ＰｒｉｍｅＣ（シプロフロキサシンおよびセレブレックス（Celebrex）の組合せ）、リチウム、または抗痙攣薬、および精神刺激剤のいずれかが含まれる。追加の療法は、ブリージングケア、物理療法、作業療法、言語障害療法、および栄養支援をさらに含むことができる。様々な実施形態では、追加の療法は第２のアンチセンスオリゴヌクレオチドであることができる。一例として、第２のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＰＰＭ１Ａ転写物を標的とする第２のＰＰＭ１Ａ ＡＯＮであり得る。
組合せ治療（例えば、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮとの組合せ）は、処置されるべき疾患により選択され得る。例えば、アルツハイマー病を処置するために、メマンチン、リバスチグミン、ガランタミン、ドネペジル、Ａｒｉｃｅｐｔ（登録商標）、Ｅｘｅｌｏｎ（登録商標）（リバスチグミン）、Ｒａｚａｄｙｎｅ（登録商標）、アデュカヌマブ、ＢＡＮ２４０１、ＢＩＩＢ０９１（ゴスラネマブ）、ＢＩＩＢ０７６、ＢＩＩＢ０８０（ＩＯＮＩＳ－ＭＡＰＴＲｘ）、エライタ（Elayta）（ＣＴ１８１２）、ＭＫ１９４２、異質遺伝子的ｈＭＳＣ、ニロチニブ、ＡＢＴ－９５７、アシトレチン、ＡＢＴ－３５４、ＧＶ１００１、リルゾール、ＣＡＤ１０６、ＣＮＰ５２０、ＡＤ－３５、リラプラジブ、ＤＨＰ１４０１、Ｔ－８１７ＭＡ、ＴＣ－５６１９、ＴＰＩ－２８７、ＲＶＴ－１０１、ＬＹ４５０１３９、ＪＮＪ－５４８６１９１１、ダパグリフロジン、ＧＳＫ２３９５１２、ＰＦ－０４３６０３６５、ＡＳＰ０７７７、ＳＢ－７４２４５７（５－ＨＴ６受容体アンタゴニスト）、ＰＦ－０３６５４７４６（Ｈ３受容体アンタゴニスト）、ＧＳＫ９３３７７６（Ｆｃ不活性化抗βアミロイド（Ａβ）モノクローナル抗体（ｍＡｂ））、ポシフェン（Posiphen）（（＋）－フェンセリン酒石酸塩）、ＡＭＸ００３５（ＥＬＹＢＲＩＯ（登録商標））、コエンザイムＱ１０、または任意のこれらの組合せのいずれかが、追加の治療として選択され得る。
例えば、パーキンソン病を処置するために、レボドパ、カルビドパ－レビドパ（levidopa）、プラミペキソール、ロピニロール、ロチゴチン、アポモルヒネ、セレギリン、ラサギリン、エンタカポン、トルカポン、アマンタジン、トリヘキシフェニジル、ＢＩＩＢ０５４（シネパネマブ（cinepanemab））、ＢＩＩＢ０９４、ＢＩＩＢ１１８、ＡＢＢＶ－０８０５、ゾニサミド、脳深部刺激療法、脳由来神経栄養因子、幹細胞移植療法、ナイアシン、脳幹刺激療法、ニコチン、ナビロン、ＰＦ－０６６４９７５１、ＤＮＬ２０１、ＬＲＲＫ２阻害剤、ＣＫ１阻害剤、イスラジピン、ＣＬＲ４００１、ＩＲＸ４２０４、ヨヒンビン、コエンザイムＱ１０、ＯＸＢ－１０２、デュロキセチン、ピオグリタゾン、プレラデナント、または任意のこれらの組合せのいずれかが、追加の治療として選択され得る。
例えば、進行性核上性麻痺（ＰＳＰ）を処置するために、ＵＣＢ０１０７、ＡＢＢＶ－８Ｅ１２、Ｆ－１８ ＡＶ１４５１、ＢＩＩＢ０９２、Ｃ２Ｎ－８Ｅ１２、チデグルシブ、経頭蓋深部磁気刺激療法、リポ酸、トルフェナム酸（tolfenamica acid）、リチウム、ＡＺＰ２００６、グリア細胞株由来神経栄養因子、ＮＢＭＩ、スボルキサント（suvorxant）、ゾルピデム、ＴＰＩ２８７、ダブネチド（davunetide）、ピマバンセリン、レボドパ、カルビドパ－レビドパ、プラミペキソール、ロピニロール、ロチゴチン、アポモルヒネ、セレギリン、ラサギリン、エンタカポン、トルカポン、アマンタジン、トリヘキシフェニジル、ＢＩＩＢ０５４（シネパネマブ）、ＢＩＩＢ０９４、ＢＩＩＢ１１８、ＡＢＢＶ－０８０５、ゾニサミド、脳深部刺激療法、脳由来神経栄養因子、幹細胞移植療法、ナイアシン、脳幹刺激療法、ニコチン、ナビロン、ＰＦ－０６６４９７５１、ＤＮＬ２０１、ＬＲＲＫ２阻害剤、ＣＫ１阻害剤、イスラジピン、ＣＬＲ４００１、ＩＲＸ４２０４、ヨヒンビン、コエンザイムＱ１０、ＯＸＢ－１０２、デュロキセチン、ピオグリタゾン、プレラデナント、または任意のこれらの組合せのいずれかが、追加の治療として選択され得る。
例えば、ハンチントン病を処置するために、テトラベナジン、デューテトラベナジン、物理療法、リスペリドン、ハロペリドール、クロルプロマジン、クロナゼパム、ジアゼパム、ベンゾジアゼピン類、選択的セロトニン再取込み阻害薬、クエチアピン、カルバトロール、バルプロエート、ラモトリギン、プリドピジン、デルタ－９－テトラヒドロカンナビノール、カンナビジオール、幹細胞療法、ＩＳＩＳ－４４３１３９、ニロチニブ、レスベラトロール、ネフラマピモド（neflamapimod）、フェノフィブラート、クレアチン、ＲＯ７２３４２９２、ＳＡＧＥ－７１８、ＷＶＥ－１２０１０２、ＷＶＥ－１２０１０１、ディメボン、ミノサイクリン、脳深部刺激療法、ウルソジオール、コエンザイムＱ１０、ＯＭＳ６４３７６２、ＶＸ１５／２５０３、ＰＦ－０２５４５９２０、ＢＮ８２４５１Ｂ、ＳＥＮ００１４１９６、オランザピン、チアプリダル（tiapridal）（チアプリド）、または任意のこれらの組合せのいずれかが、追加の治療として選択され得る。
例えば、頭部外傷を処置するために、抗凝固剤、抗うつ薬、骨格筋弛緩薬、刺激剤、抗痙攣薬、抗不安薬、エリスロポエチン、高気圧酸素処置法、リハビリテーション療法（例えば、身体、作業、発話、心理学、または業務上のカウンセリング）、または任意のこれらの組合せのいずれかが、追加の治療として選択され得る。
例えば、脊髄損傷を処置するために、ＡＸＥＲ－２０４、グリブリド、５－ヒドロキシトリプトファン（５－ＨＴＰ）、Ｌ－３，４－ジヒドロキシフェニルアラニン（Ｌ－ＤＯＰＡ）、もしくはリハビリテーション療法（例えば、物理療法、作業療法、レクリエーション療法、支援デバイスの使用、身体運動および健康な食事制限のための改善した戦略）、または任意のこれらの組合せのいずれかが、追加の治療として選択され得る。
例えば、皮質基底核変性症を処置するために、ＴＰＩ－２８７、リチウム、作業療法、物理療法、および発話療法、または任意のこれらの組合せのいずれかが、追加の治療として選択され得る。
例えば、ニューロパシー、例えば化学療法誘発性ニューロパシーを処置するために、ガバペンチン、プレガバリン、ラモトリギン、カルバマゼピン、デュロキセチン、ガバペンチノイド、三環系抗うつ薬、セロトニン－ノルエピネフリン再取込み阻害剤、オピオイド、神経毒、デキストロメトルファン、ニコチンアミドリボシド、ニューロン抗原を標的とする自己抗体（ＴＳ－ＨＤＳおよびＦＧＦＲ３）、または任意のこれらの組合せのいずれかが、追加の治療として選択され得る。
例えば、脊髄小脳失調症を処置するために、トロリルゾール、ＢＨＶ－４１５７、またはこれらの組合せのいずれかが、追加の治療として選択され得る。
例えば、ニーマン・ピック病Ｃ型を処置するために、抗痙攣薬、発話療法、物理療法、作業療法、アドラベタデックス（Adrabetadex）、アリモクロモール（Arimoclomol）、Ｎ－アセチル－Ｌ－ロイシン、または任意のこれらの組合せのいずれかが、追加の治療として選択され得る。
例えば、シャルコー・マリー・トゥース病（ＣＭＴ）を処置するために、物理および作業療法、整形手術、整形外科デバイス、ＰＸＴ３００３、または任意のこれらの組合せのいずれかが、追加の治療として選択され得る。
例えば、ムコ多糖症ＩＩ型（ＭＰＳＩＩＡ）を処置するために、酵素補充療法：イデュルスルファーゼ（エラプラーゼ）、外科的介入（扁桃摘出術および／またはアデノイド切除術）、ＲＧＸ－１２１遺伝子療法、アダリムマブ、ＭＴ２０１３－３１、または任意のこれらの組合せのいずれかが、追加の治療として選択され得る。
例えば、ムコリピドーシスＩＶを処置するために、物理療法、作業療法、および発話療法、コンタクトレンズ、および人工涙液、遺伝上のカウンセリング、または任意のこれらの組合せのいずれかが、追加の治療として選択され得る。
例えば、ＧＭ１ガングリオシド蓄積症を処置するために、抗痙攣薬、物理および作業療法、ガラクトシダーゼ、ガラクトシダーゼの遺伝子送達、ＬＹＳ－ＧＭ１０１遺伝子療法、または任意のこれらの組合せのいずれかが、追加の治療として選択され得る。
例えば、孤発性封入体筋炎（ｓＩＢＭ）を処置するために、物理および作業療法、デバイス、例えば杖、歩行器、車椅子等の使用、免疫抑制剤、ＢＹＭ３３８、または任意のこれらの組合せのいずれかが、追加の治療として選択され得る。
例えば、ヘノッホ・シェーンライン紫斑病（ＨＳＰ）を処置するために、コルチコステロイド、コルヒチン、ダプソーン、アザチオプリン、または任意のこれらの組合せのいずれかが、追加の治療として選択され得る。
例えば、ゴーシェ病を処置するために、酵素補充療法、基質合成抑制療法、Ｎ－アセチルシステイン、ＧＺ／ＳＡＲ４０２６７１、セレザイム、または任意のこれらの組合せのいずれかが、追加の治療として選択され得る。
様々な実施形態では、開示されるオリゴヌクレオチドおよび１つまたは複数の追加の療法は、互いにコンジュゲートされ、コンジュゲートされた形態において提供され得る。開示されるオリゴヌクレオチドを伴うコンジュゲートに関するさらなる説明は以下に記載される。組合せ治療をそのような投与を必要とする患者に投与する場合、組合せの治療剤、または治療剤を含む医薬組成物もしくは組成物は、いかなる順序でも、例えば、逐次的に、同時発生的に、共に、同時に等、投与することができる。様々な実施形態では、開示されるオリゴヌクレオチドおよび１つまたは複数の追加の療法は並行して提供される。様々な実施形態では、開示されるオリゴヌクレオチドおよび１つまたは複数の追加の療法は同時に提供される。様々な実施形態では、開示されるオリゴヌクレオチドおよび１つまたは複数の追加の療法は逐次的に提供される。
コンジュゲート
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチド（例えば、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ）ならびに任意選択で１つまたは複数のコンジュゲート基および／または末端基を含むオリゴマー化合物が本明細書において提供される。コンジュゲート基は、１つまたは複数のコンジュゲート部分、およびコンジュゲート部分をオリゴヌクレオチドに連結するコンジュゲートリンカーを含む。コンジュゲート基は、オリゴヌクレオチドのいずれかもしくは両方の末端におよび／または任意の内部位置において取り付けられてもよい。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、修飾されるオリゴヌクレオチドのヌクレオシドの２’位に取り付けられる。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドのいずれかまたは両方の末端に取り付けられるコンジュゲート基は末端基である。ある特定のそのような実施形態では、コンジュゲート基または末端基はオリゴヌクレオチドの３’および／または５’末端において取り付けられる。ある特定のそのような実施形態では、コンジュゲート基（または末端基）はオリゴヌクレオチドの３’末端において取り付けられる。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基はオリゴヌクレオチドの３’末端の近くにおいて取り付けられる。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基（または末端基）はオリゴヌクレオチドの５’末端において取り付けられる。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基はオリゴヌクレオチドの５’末端の近くにおいて取り付けられる。
末端基の例は、コンジュゲート基、キャッピング基、リン酸部分、保護基、修飾または非修飾ヌクレオシド、および独立して修飾されたまたは非修飾の２つまたはそれより多くのヌクレオシドを含むがこれらに限定されない。
コンジュゲート基
ある特定の実施形態では、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、１つまたは複数のコンジュゲート基に共有結合的に取り付けられる。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、取り付けられるオリゴヌクレオチドの１つまたは複数の特性を改変し、該特性は、薬力学、薬物動態、安定性、結合、吸収、組織分布、細胞内分布、細胞内取込み、電荷およびクリアランスを含むがこれらに限定されない。特定の実施形態では、コンジュゲート基は、血流中でのオリゴヌクレオチドの循環時間を改変し（例えば、増加させ）、その結果、増加した濃度のオリゴヌクレオチドが脳に送達される。特定の実施形態では、コンジュゲート基は、標的臓器（例えば、脳）中でのオリゴヌクレオチドの滞留時間を改変し（例えば、滞留時間を増加させ）、その結果、オリゴヌクレオチドの増加した滞留時間はそれらの性能（例えば、有効性）を向上させる。特定の実施形態では、コンジュゲート基は、（例えば、受容体媒介性トランスサイトーシスを通じて）血液脳関門および／または脳実質を通じた脳へのオリゴヌクレオチドの送達を増加させる。特定の実施形態では、コンジュゲート基は、オリゴヌクレオチドが特有の臓器（例えば、脳）を標的化することを可能にする。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、取り付けられるオリゴヌクレオチドに新たな特性を付与し、これは例えば、オリゴヌクレオチドの検出を可能にするフルオロフォアまたはレポーター基である。ある特定のコンジュゲート基およびコンジュゲート部分が以前に記載されており、例えば、コレステロール部分（Letsinger et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1989, 86, 6553-6556）、コール酸（Manoharan et al., Bioorg. Med. Chem. Lett., 1994, 4, 1053-1060）、チオエーテル、例えば、ヘキシル－Ｓ－トリチルチオール（Manoharan et al., Ann. NY. Acad. Sci., 1992, 660, 306-309; Manoharan et al., Bioorg. Med. Chem. Lett., 1993, 3, 2765-2770）、チオコレステロール（Oberhauser et al., Nucl. Acids Res., 1992, 20, 533-538）、脂肪族鎖、例えば、ドデカン－ジオールもしくはウンデシル残基（Saison-Behmoaras et al., EMBO J, 1991, 10, 1111-1118; Kabanov et al., FEBS Lett., 1990, 259, 327-330; Svinarchuk et al., Biochimie, 1993, 75, 49-54）、リン脂質、例えば、ジ－ヘキサデシル－ｒａｃ－グリセロールもしくはトリエチル－アンモニウムｌ，２－ジ－Ｏ－ヘキサデシル－ｒａｃ－グリセロ－３－Ｈ－ホスホネート（Manoharan et al., Tetrahedron Lett., 1995, 36, 3651-3654; Shea et al., Nucl. Acids Res., 1990, 18, 3777-3783）、ポリアミンもしくはポリエチレングリコール鎖（Manoharan et al., Nucleosides & Nucleotides, 1995, 14, 969-973）、またはアダマンタン酢酸パルミチル部分（Mishra et al., Biochim. Biophys. Acta, 1995, 1264, 229-237）、オクタデシルアミンもしくはヘキシルアミノ－カルボニル－オキシコレステロール部分（Crooke et al., J. Pharmacol. Exp. Ther., 1996, 277, 923-937）、トコフェロール基（Nishina et al., Molecular Therapy Nucleic Acids, 2015, 4, e220; and Nishina et al., Molecular Therapy, 2008, 16, 734-740）、またはＧａｌＮＡｃクラスター（例えば、国際公開第２０１４／１７９６２０号パンフレット）がある。
コンジュゲート部分
コンジュゲート部分は、非限定的に、インターカレーター、レポーター分子、ポリアミン、ポリアミド、ペプチド、炭水化物、ビタミン部分、ポリエチレングリコール、チオエーテル、ポリエーテル、コレステロール、チオコレステロール、コール酸部分、フォレート（folate）、脂質、リン脂質、ビオチン、フェナジン、フェナントリジン、アントラキノン、アダマンタン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、クマリン、フルオロフォア、および色素を含む。特定の実施形態では、コンジュゲート部分は、ペプチド、脂質、Ｎ－アセチルガラクトサミン（ＧａｌＮＡｃ）、コレステロール、ビタミンＥ、リポ酸、パントテン酸、ポリエチレングリコール、抗体（例えば、血液脳関門を通過するための抗体、例えば抗トランスフェリン受容体抗体）、または細胞透過性ペプチド（例えば、転写トランスアクチベーター（ＴＡＴ）およびペネトラチン）から選択される。
ある特定の実施形態では、コンジュゲート部分は、活性薬物物質、例えば、アスピリン、ワルファリン、フェニルブタゾン、イブプロフェン、スプロフェン、フェンブフェン、ケトプロフェン、（Ｓ）－（＋）－プラノプロフェン、カルプロフェン、ダンシルサルコシン、２，３，５－トリヨード安息香酸、フィンゴリモド、フルフェナム酸、フォリン酸、ベンゾチアジアジド（benzothiadiazide）、クロロチアジド、ジアゼピン、インドメタシン、バルビツレート（barbiturate）、セファロスポリン、サルファ薬、抗糖尿病剤、抗菌剤または抗生物質を含む。
コンジュゲートリンカー
コンジュゲート部分は、コンジュゲートリンカーを通じてＰＰＭ１Ａ ＡＯＮに取り付けられる。ある特定のオリゴマー化合物では、コンジュゲートリンカーは単一の化学結合である（例えば、コンジュゲート部分は単結合を通じてオリゴヌクレオチドに直接的に取り付けられる）。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、鎖構造、繰返し単位、例えばエチレングリコール、ヌクレオシド、またはアミノ酸単位のオリゴマーを含む。
ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、アルキル、アミノ、オキソ、アミド、ジスルフィド、ポリエチレングリコール、エーテル、チオエーテル、およびヒドロキシルアミノから選択される１つまたは複数の基を含む。ある特定のそのような実施形態では、コンジュゲートリンカーは、アルキル、アミノ、オキソ、アミドおよびエーテル基から選択される基を含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、アルキルおよびアミド基から選択される基を含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、アルキルおよびエーテル基から選択される基を含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは少なくとも１つのリン部分を含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは少なくとも１つのリン酸基を含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは少なくとも１つの中性連結基を含む。
ある特定の実施形態では、上記のコンジュゲートリンカーを含む、コンジュゲートリンカーは二官能性連結部分、例えば、コンジュゲート基を親化合物、例えば本明細書において提供されるオリゴヌクレオチドに取り付けるために有用であることが当該技術分野において公知のものである。一般に、二官能性連結部分は少なくとも２つの官能基を含む。官能基の１つは、親化合物上の特定の部位に結合するように選択され、かつ他方は、コンジュゲート基に結合するように選択される。二官能性連結部分において使用される官能基の例は、求核基と反応するための求電子剤および求電子基と反応するための求核剤を含むがこれらに限定されない。ある特定の実施形態では、二官能性連結部分は、アミノ、ヒドロキシル、カルボン酸、チオール、アルキル、アルケニル、およびアルキニルから選択される１つまたは複数の基を含む。
コンジュゲートリンカーの例は、ピロリジン、８－アミノ－３，６－ジオキサオクタン酸（ＡＤＯ）、スクシンイミジル４－（Ｎ－マレイミドメチル）シクロヘキサン－ｌ－カルボキシレート（ＳＭＣＣ）および６－アミノヘキサン酸（ＡＨＥＸまたはＡＨＡ）を含むがこれらに限定されない。他のコンジュゲートリンカーは、置換もしくは非置換Ｃ１～Ｃ１０アルキル、置換もしくは非置換Ｃ２～Ｃ１０アルケニルまたは置換もしくは非置換Ｃ２～Ｃ１０アルキニルを含むがこれらに限定されず、好ましい置換基の非限定的なリストは、ヒドロキシル、アミノ、アルコキシ、カルボキシ、ベンジル、フェニル、ニトロ、チオール、チオアルコキシ、ハロゲン、アルキル、アリール、アルケニルおよびアルキニルを含む。
ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、１～１０個のリンカーヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは２～５個のリンカーヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは３個のリンカーヌクレオシドを含む。
ある特定の実施形態では、そのようなリンカーヌクレオシドは修飾ヌクレオシドである。ある特定の実施形態では、そのようなリンカーヌクレオシドは修飾糖部分を含む。ある特定の実施形態では、リンカーヌクレオシドは非修飾である。ある特定の実施形態では、リンカーヌクレオシドは、プリン、置換プリン、ピリミジンまたは置換ピリミジンから選択される、任意選択で保護された複素環式塩基を含む。ある特定の実施形態では、切断可能な部分は、ウラシル、チミン、シトシン、４－Ｎ－ベンゾイルシトシン、５－メチルシトシン、４－Ｎ－ベンゾイル－５－メチルシトシン、アデニン、６－Ｎ－ベンゾイルアデニン、グアニンおよび２－Ｎ－イソブチリルグアニンから選択されるヌクレオシドである。オリゴマー化合物が標的組織に達した後にリンカーヌクレオシドがオリゴマー化合物から切断されることが典型的には望ましい。よって、リンカーヌクレオシドは、典型的には、切断可能な結合を通じて互いにおよびオリゴマー化合物の残余に連結される。ある特定の実施形態では、そのような切断可能な結合はホスホジエステル結合である。
本明細書において、リンカーヌクレオシドはオリゴヌクレオチドの部分であるとは考えられない。よって、オリゴマー化合物が、指定される数もしくは範囲の連結されたヌクレオシドからなるオリゴヌクレオチドおよび／または参照核酸に対して指定される相補性パーセントを含み、かつオリゴマー化合物がまた、リンカーヌクレオシドを含むコンジュゲートリンカーを含むコンジュゲート基を含む、実施形態では、それらのリンカーヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドの長さにカウントされず、また参照核酸についてのオリゴヌクレオチドの相補性パーセントの決定において使用されない。
ある特定の実施形態では、コンジュゲート基がＰＰＭ１Ａ ＡＯＮから切断されることが望ましい。例えば、ある特定の状況では、特定のコンジュゲート部分を含むオリゴマー化合物は特定の細胞種によってより良好に取り込まれるが、オリゴマー化合物が一旦取り込まれると、コンジュゲート基が切断されて、コンジュゲートしていないまたは親オリゴヌクレオチドを放出することが望ましい。そのため、ある特定のコンジュゲートリンカーは１つまたは複数の切断可能な部分を含んでもよい。ある特定の実施形態では、切断可能な部分は切断可能な結合である。ある特定の実施形態では、切断可能な部分は、少なくとも１つの切断可能な結合を含む原子の群である。ある特定の実施形態では、切断可能な部分は、１、２、３、４、または４つより多くの切断可能な結合を有する原子の群を含む。ある特定の実施形態では、切断可能な部分は、細胞または細胞内コンパートメント、例えばリソソームの内部において選択的に切断される。ある特定の実施形態では、切断可能な部分は、内因性酵素、例えばヌクレアーゼにより選択的に切断される。
ある特定の実施形態では、切断可能な結合は、アミド、エステル、エーテル、ホスホジエステルの１つもしくは両方のエステル、ホスフェートエステル、カルバメート（carbamate）、またはジスルフィドの中から選択される。ある特定の実施形態では、切断可能な結合は、ホスホジエステルのエステルの１つまたは両方である。ある特定の実施形態では、切断可能な部分はホスフェートまたはホスホジエステルを含む。ある特定の実施形態では、切断可能な部分は、オリゴヌクレオチドおよびコンジュゲート部分またはコンジュゲート基の間のホスフェート結合である。
ある特定の実施形態では、切断可能な部分は１つまたは複数のリンカーヌクレオシドを含むまたはからなる。ある特定のそのような実施形態では、１つまたは複数のリンカーヌクレオシドは、切断可能な結合を通じて互いにおよび／またはオリゴマー化合物の残余に連結される。ある特定の実施形態では、そのような切断可能な結合は非修飾ホスホジエステル結合である。ある特定の実施形態では、切断可能な部分は、ホスフェートヌクレオシド間結合によりオリゴヌクレオチドの３’または５’のいずれかの末端ヌクレオシドに取り付けられ、かつホスフェートまたはホスホロチオエート結合によりコンジュゲートリンカーまたはコンジュゲート部分の残余に共有結合的に取り付けられる２’－デオキシヌクレオシドである。ある特定のそのような実施形態では、切断可能な部分は２’－デオキシアデノシンである。
末端基
ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は１つまたは複数の末端基を含む。ある特定のそのような実施形態では、オリゴマー化合物は、安定化された５’－ホスフェートを含む。安定化された５’－ホスフェートは５’－ホスホネートを含むがこれに限定されず、５’－ホスホネートは５’－ビニルホスホネートを含むがこれに限定されない。ある特定の実施形態では、末端基は、１つまたは複数の脱塩基ヌクレオシドおよび／または逆位ヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、末端基は１つまたは複数の２’結合型ヌクレオシドを含む。ある特定のそのような実施形態では、２’結合型ヌクレオシドは脱塩基ヌクレオシドである。
診断方法
本開示はまた、神経学的疾患を有する患者を診断する方法であって、患者の１つまたは複数の生物学的試料中のＰＰＭ１Ａ発現シグナルのレベルを検出することに依拠する方法を提供する。本明細書において使用される場合、「ＰＰＭ１Ａ発現シグナル」という用語は、ＰＰＭ１Ａ遺伝子の発現、または遺伝子もしくは遺伝子産物の活性の任意の兆候を指すことができる。ＰＰＭ１Ａ遺伝子産物は、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）、ペプチド、およびタンパク質を含む。評価され得るＰＰＭ１Ａ遺伝子発現の指数は、ＰＰＭ１Ａ遺伝子もしくはクロマチンの状態、遺伝子発現を調節する細胞成分とのＰＰＭ１Ａ遺伝子の相互作用、ＰＰＭ１Ａ遺伝子産物の発現レベル（例えば、ＰＰＭ１Ａ ＲＮＡ発現レベル、ＰＰＭ１Ａタンパク質発現レベル）、またはＰＰＭ１Ａ ＲＮＡもしくはタンパク質の、転写、翻訳、もしくは翻訳後プロセシング機構との相互作用を含むがこれらに限定されない。ＰＰＭ１Ａ遺伝子産物活性の指標は、ＰＰＭ１Ａシグナル伝達活性の査定（例えば、ＴＢＫ１活性化またはリン酸化の査定）を含むが、これらに限定されない。
ＰＰＭ１Ａ発現シグナルの検出は、ｉｎ ｖｉｖｏ、ｉｎ ｖｉｔｒｏ、またはｅｘ ｖｉｖｏの方法を通じて達成されてもよい。好ましい実施形態では、本開示の方法はｉｎ ｖｉｔｒｏで実行されてもよい。検出方法は、患者の血液、血清、糞便物、組織、脳脊髄液、脊髄液、細胞外小胞（例えば、ＣＳＦエキソソーム）、または細胞中での検出を伴ってもよい。検出は、組織全体、組織外植片、細胞培養物、解離細胞、細胞抽出物、細胞外小胞（例えば、ＣＳＦエキソソーム）、または体液中でのＰＰＭ１Ａの発現シグナルを測定することにより達成されてもよく、体液は、血液、脊髄液、脳脊髄液、尿、リンパ液、または血清を含む。また、タンパク質またはＲＮＡ発現を調査する生化学アッセイを、検出のために使用してもよい。例えば、免疫細胞化学的方法、免疫組織化学的方法、ウェスタンブロット法、もしくはノザンブロット法、またはＲＮＡレベルを評価するのに有用な方法、例えば、定量的もしくは半定量的ポリメラーゼ連鎖反応（例えば、デジタルＰＣＲ（ＤｉｇｉｔａｌＰＣＲ、ｄＰＣＲ、またはｄｅＰＣＲ）、ｑＰＣＲ等））により、解離細胞または非解離組織において、神経学的疾患を示すタンパク質のレベル（例えば、ＴＢＫ１、または別のタンパク質もしくは遺伝子産物のレベル）を評価してもよい。
また、疾患状態を評価するために、脊髄液、脳脊髄液、血漿、細胞外小胞（例えば、エキソソーム様脳脊髄液細胞外小胞（「ＣＳＦエキソソーム」）、例えば、Welton et al., (2017) “Cerebrospinal fluid extracellular vesicle enrichment for protein biomarker discovery in neurological disease; multiple sclerosis” J Extracell Vesicles., 6(1):1-10；およびStreet et al., (2012) “Identification and proteomic profiling of exosomes in human cerebrospinal fluid” J Transl. Med., 10:5で説明されるＣＳＦエキソソーム）、尿、糞便、リンパ液、血液、血漿、または血清で見出される有用なバイオマーカー（例えば、ニューロフィラメント軽鎖（ＮＥＦＬ）、ニューロフィラメント重鎖（ＮＥＦＨ）、ＴＤＰ－４３、またはｐ７５細胞外ドメイン（ｐ７５ＥＣＤ））の存在または発現レベルを評価してもよい。追加の測定は、強度持続時間定数（ＳＤＴＣ）、短間隔皮質内抑制（ＳＩＣＩ）、筋力測定、四肢等尺性筋力の正確な試験（ＡＴＬＩＳ）、複合筋活動電位（ｂｉｏ）、およびＡＬＳＦＲＳ－Ｒを含んでもよい。ある特定の実施形態では、泌尿器ニューロトロフィン受容体ｐ７５細胞外ドメイン（ｐ７５ＥＣＤ）は、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）における疾患進行および予後バイオマーカーである。脳脊髄液（ＣＳＦ）中のリン酸化ニューロフィラメント重鎖（ｐＮＦＨ）は、Ｃ９ＯＲＦ７２関連筋萎縮性側索硬化症（ｃ９ＡＬＳ）患者における疾患状態および生存率を予測する。ＣＳＦ ｐＮＦＨは、臨床試験用の予後バイオマーカーとして使用することができ、このことはｃ９ＡＬＳの処置を成功裏に開発する可能性を増加させる。
一部の実施形態では、神経学的疾患、例えば、アルツハイマー病を有する患者を診断することは、患者の知的能力を評価することを含み得る。知的能力の評価は、ミニメンタルステート検査（ＭＭＳＥ）を含み得る。知的能力を測定するための追加の例には、ＦＡＳＴ（Functional Assessment Staging Test）、ＭＯＴ（Motor Screening Task）、対連合学習、空間的ワーキングメモリー、反応時間、視覚情報の高速処理、遅延見本合わせ、およびパターン認識記憶が含まれる。一部の実施形態では、神経学的疾患、例えば、パーキンソン病を有する患者を診断することは、パーキンソン病統一スケール（ＵＰＤＲＳ）を、能力測定として実行することを含む。ＵＰＤＲＳにより測定されない機能的能力の側面を定量するための他の測定には、バーグバランススケール（ＢＢＳ）、前方ファンクショナルリーチテスト（ＦＦＲ）、後方ファンクショナルリーチテスト（ＢＦＲ）、ＴＵＧテスト（Timed “Up & Go”Test）、および歩行速度が含まれ得る。
追加の実施形態
プロテインホスファターゼ１Ａ（ＰＰＭ１Ａ）遺伝子配列（配列番号１）のヌクレオチド４１，９３２～ヌクレオチド４２，７８７、およびヌクレオチド４４，８７１～ヌクレオチド４４，９９０のヌクレオチド配列またはその一部に相補的なヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチドが、本明細書で開示される。さらに、配列番号２８９５（５’ＸＹＹＺＹＴＴＧＡＧＴＣＴＣＣＸＹＸＷＺ３’）のヌクレオチド配列を含むプロテインホスファターゼ１Ａ（ＰＰＭ１Ａ）アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは薬学的に許容されるその塩が、本明細書で開示され、配列中、Ｗは、２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）グアノシンであり、Ｘは、２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）アデノシンであり、Ｙは、２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）シトシンであり、Ｚは、２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）チミジンである。さらに、配列番号２９００（５’ＺＹＺＹＹＡＧＣＧＧＡＴＴＡＣＺＺＷＷＺ３’）のヌクレオチド配列を含むプロテインホスファターゼ１Ａ（ＰＰＭ１Ａ）アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは薬学的に許容されるその塩が、本明細書で開示され、配列中、Ｗは、２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）グアノシンであり、Ｙは、２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）シトシンであり、Ｚは、２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）チミジンである。さらに、配列番号２９０５（５’ＸＷＹＹＸＧＡＧＡＧＣＣＡＴＴＹＸＹＸＹ３’）のヌクレオチド配列を含むプロテインホスファターゼ１Ａ（ＰＰＭ１Ａ）アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは薬学的に許容されるその塩が、本明細書で開示され、配列中、Ｗは、２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）グアノシンであり、Ｘは、２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）アデノシンであり、Ｙは、２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）シトシンである。さらに、配列番号２９０７（５’ＷＹＹＹＺＣＧＡＴＡＣＡＧＣＣＸＷＸＷＸ３’）のヌクレオチド配列を含むプロテインホスファターゼ１Ａ（ＰＰＭ１Ａ）アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは薬学的に許容されるその塩が、本明細書で開示され、配列中、Ｗは、２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）グアノシンであり、Ｘは、２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）アデノシンであり、Ｙは、２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）シトシンであり、Ｚは、２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）チミジンである。さらに、配列番号２９１１（５’ＹＹＺＺＹＴＴＣＡＣＴＧＣＴＴＹＺＷＷＹ３’）のヌクレオチド配列を含むプロテインホスファターゼ１Ａ（ＰＰＭ１Ａ）アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは薬学的に許容されるその塩が、本明細書で開示され、配列中、Ｗは、２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）グアノシンであり、Ｙは、２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）シトシンであり、Ｚは、２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）チミジンである。さらに、配列番号２８９３（５’ＺＹＺＹＹＡＣＡＧＴＴＡＡＴＧＸＸＸＺＸ３’）のヌクレオチド配列を含むプロテインホスファターゼ１Ａ（ＰＰＭ１Ａ）アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは薬学的に許容されるその塩が、本明細書で開示され、配列中、Ｙは、２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）シトシンであり、Ｘは、２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）アデノシンであり、Ｚは、２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）チミジンである。
一部の実施形態では、ヌクレオチド配列の少なくとも１つのヌクレオシド結合は、ホスホロチオエート結合、ホスホロジチオエート結合、ホスホトリエステル結合、アルキルホスホネート結合、アミノアルキルホスホトリエステル結合、アルキレンホスホネート結合、ホスフィネート結合、ホスホルアミデート結合、アミノアルキルホスホルアミデート結合、チオホスホルアミデート結合、チオノアルキルホスホネート結合、チオノアルキルホスホトリエステル結合、チオホスフェート結合、セレノホスフェート結合、およびボラノホスフェート結合からなる群から選択される。一部の実施形態では、ヌクレオチド配列の少なくとも１つのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合である。一部の実施形態では、ヌクレオチド配列のすべてのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合である。
加えて、上記に説明されるアンチセンスオリゴヌクレオチドまたは薬学的に許容されるその塩、および薬学的に許容できる賦形剤を含む医薬組成物が、本明細書で開示される。
加えて、それを必要とする患者において神経学的疾患を処置する方法であって、患者にＰＰＭ１Ａ阻害剤を投与するステップを含む方法が、本明細書で開示される。様々な実施形態では、神経学的疾患は、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）、アルツハイマー病（ＡＤ）、パーキンソン病（ＰＤ）、ハンチントン病、進行性核上性麻痺（ＰＳＰ）、頭部外傷、脊髄損傷、および皮質基底核変性症（ＣＢＤ）からなる群から選択される。
加えて、細胞において自食作用を回復させる方法であって、細胞をＰＰＭ１Ａ阻害剤に曝露するステップを含む方法が、本明細書で開示される。加えて、細胞においてＴＢＫ１ ｓｅｒ１７２リン酸化を増加させる方法であって、細胞をＰＰＭ１Ａ阻害剤に曝露するステップを含む方法が、本明細書で開示される。加えて、細胞においてＴＢＫ１機能を増加させる方法であって、細胞をＰＰＭ１Ａ阻害剤に曝露するステップを含む方法が、本明細書で開示される。加えて、細胞においてＰＰＭ１Ａを阻害する方法であって、細胞をＰＰＭ１Ａ阻害剤に曝露するステップを含む方法が、本明細書で開示される。
様々な実施形態では、細胞は、神経学的疾患の処置を必要とする患者の細胞である。様々な実施形態では、神経学的疾患は、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）、アルツハイマー病（ＡＤ）、パーキンソン病（ＰＤ）、ハンチントン病、進行性核上性麻痺（ＰＳＰ）、頭部外傷、脊髄損傷、および皮質基底核変性症（ＣＢＤ）からなる群から選択される。
様々な実施形態では、曝露するステップは、ｉｎ ｖｉｖｏまたはｅｘ ｖｉｖｏで行われる。様々な実施形態では、曝露するステップは、ＰＰＭ１Ａ阻害剤を、それを必要とする患者に投与することを含む。様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ阻害剤は、局所的、非経口的、髄腔内、大槽内、口腔内、直腸内、頬側的、舌下、膣腔内、肺内、気管内、鼻腔内、経皮的、または十二指腸内に投与される。様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ阻害剤は、口腔内に投与される。
様々な実施形態では、治療有効量のＰＰＭ１Ａ阻害剤が、投与される。様々な実施形態では、患者は、ヒトである。様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ阻害剤は、上記に説明されるＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチドまたは薬学的に許容されるその塩を含む。
様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ阻害剤は、ＰＰＭ１Ａ低分子ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）、ＰＰＭ１Ａ低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、ＰＰＭ１Ａペプチド核酸（ＰＮＡ）、ＰＰＭ１Ａロックド核酸（ＬＮＡ）、およびＰＰＭ１Ａモルホリノオリゴマーからなる群から選択される。様々な実施形態では、医薬組成物は、局所的、髄腔内、非経口的、口腔内、肺内、気管内、鼻腔内、経皮的、直腸内、頬側的、舌下、膣腔内、または十二指腸内投与に好適である。
加えて、神経学的疾患の処置のための医薬の製造におけるＰＰＭ１Ａ阻害剤の使用が、本明細書で開示される。様々な実施形態では、神経学的疾患は、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）、アルツハイマー病（ＡＤ）、パーキンソン病（ＰＤ）、ハンチントン病、進行性核上性麻痺（ＰＳＰ）、頭部外傷、脊髄損傷、および皮質基底核変性症（ＣＢＤ）からなる群から選択される。様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ阻害剤は、上記に説明されるＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチドである。
加えて、それを必要とする患者において神経学的疾患を処置する方法であって、それを必要とする患者に、ＰＰＭ１Ａ阻害剤および薬学的に許容できる賦形剤を含む、治療有効量の医薬組成物を投与するステップを含む方法が、本明細書で開示される。様々な実施形態では、神経学的疾患は、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）、アルツハイマー病（ＡＤ）、パーキンソン病（ＰＤ）、ハンチントン病、進行性核上性麻痺（ＰＳＰ）、頭部外傷、脊髄損傷、および皮質基底核変性症（ＣＢＤ）からなる群から選択される。様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ阻害剤は、請求項１～１０のいずれか一項に記載のＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチドまたは薬学的に許容されるその塩である。様々な実施形態では、ＰＰＭ１Ａ阻害剤は、ＰＰＭ１Ａ低分子ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）、ＰＰＭ１Ａ低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、ＰＰＭ１Ａペプチド核酸（ＰＮＡ）、ＰＰＭ１Ａロックド核酸（ＬＮＡ）、およびＰＰＭ１Ａモルホリノオリゴマーからなる群から選択される。
様々な実施形態では、医薬組成物は、局所的、非経口的、口腔内、肺内、直腸内、頬側的、舌下、膣腔内、気管内、鼻腔内、髄腔内、大槽内、経皮的、または十二指腸内に投与される。様々な実施形態では、医薬組成物は、口腔内に投与される。様々な実施形態では、患者は、ヒトである。
加えて、医薬としての使用のための、上記に説明されるＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチドまたは薬学的に許容されるその塩が、本明細書で開示される。加えて、神経学的疾患の処置における使用のための、上記に説明されるＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチドまたは薬学的に許容されるその塩が、本明細書で開示される。様々な実施形態では、前記神経学的疾患は、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）、アルツハイマー病（ＡＤ）、パーキンソン病（ＰＤ）、ハンチントン病、進行性核上性麻痺（ＰＳＰ）、頭部外傷、脊髄損傷、および皮質基底核変性症（ＣＢＤ）からなる群から選択される。
加えて、配列番号４５０（５’ＡＣＣＴＣＴＴＧＡＧＴＣＴＣＣＡＣＡＧＴ３’）のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、配列番号５１７（５’ＴＣＴＣＣＡＧＣＧＧＡＴＴＡＣＴＴＧＧＴ３’）のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、配列番号５７９（５’ＡＧＣＣＡＧＡＧＡＧＣＣＡＴＴＣＡＣＡＣ３’）のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、配列番号５９０（５’ＧＣＣＣＴＣＧＡＴＡＣＡＧＣＣＡＧＡＧＡ３’）のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、配列番号９１６（５’ＣＣＴＴＣＴＴＣＡＣＴＧＣＴＴＣＴＧＧＣ３’）のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、またはそれらの薬学的に許容できる塩；および配列番号４４０（５’ＴＣＴＣＣＡＣＡＧＴＴＡＡＴＧＡＡＡＴＡ３’）のヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、または薬学的に許容されるその塩からなる群から選択されるプロテインホスファターゼ１Ａ（ＰＰＭ１Ａ）アンチセンスオリゴヌクレオチドであって；ヌクレオチド配列の少なくとも１つのヌクレオシド結合が、ホスホロチオエート結合、ホスホロジチオエート結合、ホスホトリエステル結合、アルキルホスホネート結合、メチルホスホネート結合、ジメチルホスホネート結合、アミノアルキルホスホトリエステル結合、アルキレンホスホネート結合、ホスフィネート結合、ホスホルアミデート結合、ホスホロジアミデート結合、アミノアルキルホスホルアミデート結合、チオホスホルアミデート結合、チオノアルキルホスホネート結合、チオノアルキルホスホトリエステル結合、チオホスフェート結合、セレノホスフェート結合、およびボラノホスフェート結合からなる群から選択され；ならびに／または少なくとも１つのヌクレオシドが、２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）ヌクレオシド、２’－Ｏ－メチルヌクレオシド、２’－デオキシ－２’－フルオロヌクレオシド、２’－フルオロ－β－Ｄ－アラビノヌクレオシド、ロックド核酸（ＬＮＡ）、およびペプチド核酸（ＰＮＡ）からなる群から選択されるコンポーネントにより置換されている、ＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチドが、本明細書で開示される。
様々な実施形態では、ヌクレオチド配列の少なくとも１つのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合である。様々な実施形態では、ヌクレオチド配列のすべてのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合である。
加えて、上記に説明されるアンチセンスオリゴヌクレオチドまたは薬学的に許容されるその塩、および薬学的に許容できる賦形剤を含む医薬組成物が、本明細書で開示される。加えて、配列番号２～９５５または配列番号１９１０～２８６３の連続１０個の核酸塩基配列と少なくとも９０％の同一性を共有する核酸配列を含むプロテインホスファターゼ１Ａ（ＰＰＭ１Ａ）アンチセンスオリゴヌクレオチドが、本明細書で開示される。様々な実施形態では、核酸配列は、配列番号２～９５５または配列番号１９１０～２８６３の連続１１、１２、１３、１４、１５、１６、または１７個の核酸塩基配列と少なくとも９０％の同一性を共有する。
加えて、配列番号２～９５５または配列番号１９１０～２８６３のいずれか１つのＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチドが、本明細書で開示される。加えて、配列番号２～９５５または配列番号１９１０～２８６３のいずれか１つのＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチドおよび薬学的に許容できる賦形剤を含む医薬組成物が、本明細書で開示される。
様々な実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチド配列の少なくとも１つのヌクレオシド結合は、ホスホロチオエート結合、ホスホロジチオエート結合、ホスホトリエステル結合、アルキルホスホネート結合、メチルホスホネート結合、ジメチルホスホネート結合、アミノアルキルホスホトリエステル結合、アルキレンホスホネート結合、ホスフィネート結合、ホスホルアミデート結合、ホスホロジアミデート結合、アミノアルキルホスホルアミデート結合、チオホスホルアミデート結合、チオノアルキルホスホネート結合、チオノアルキルホスホトリエステル結合、チオホスフェート結合、セレノホスフェート結合、およびボラノホスフェート結合からなる群から選択され；ならびに／または少なくとも１つのヌクレオシドは、２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）ヌクレオシド、２’－Ｏ－メチルヌクレオシド、２’－デオキシ－２’－フルオロヌクレオシド、２’－フルオロ－β－Ｄ－アラビノヌクレオシド、ロックド核酸（ＬＮＡ）、およびペプチド核酸（ＰＮＡ）からなる群から選択されるコンポーネントにより置換されている。様々な実施形態では、ヌクレオチド配列の少なくとも１つのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合である。様々な実施形態では、ヌクレオチド配列のすべてのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合である。
加えて、神経学的疾患の処置における使用のためのＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチドまたは医薬組成物が、本明細書で開示される。様々な実施形態では、前記神経学的疾患は、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）、アルツハイマー病（ＡＤ）、パーキンソン病（ＰＤ）、ハンチントン病、進行性核上性麻痺（ＰＳＰ）、頭部外傷、脊髄損傷、および皮質基底核変性症（ＣＢＤ）からなる群から選択される。
本開示を以下の実施例によりさらに説明する。実施例は実例的な目的のためにのみ提供され、いかなる意味でも本開示の範囲または内容を限定するものとして解釈されるべきではない。
[実施例１]
ＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチドの設計および選択
ヒトＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡ配列（ＮＣＢＩ基準配列：ＮＭ＿０２１００３．５；配列番号２８６４）の解析により、７，７７６個の潜在的なＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ候補配列が明らかになった。しかしながら、候補の大部分は、様々なＰＰＭ１Ａスプライスバリアントの５’ＵＴＲおよび３’ＵＴＲ配列における変動性のために候補フィルタリング閾値に適合しなかった。ＮＭ＿０２１００３．５のヌクレオチド４５７～１４１０に及ぶ領域は、すべての公知のＰＰＭ１Ａスプライスバリアントに共通であると特定された。上記に挙げるフィルタリング基準に適合し、かつこの領域を標的とするＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ候補が特定された。
後続の実施例、説明、および対応する図面で使用される場合、各ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、「レガシー番号」を使用して特定される。ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮのレガシー番号は、「ＱＰＡ－」の表記、およびそれに付属した、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮが相補的なＰＰＭ１Ａ転写物（具体的には、配列番号２８６４のＰＰＭ１Ａ転写物）の開始位置を含む。例えば、配列番号２８６８（５’ＷＹＺＷＹＴＴＡＧＣＣＣＡＴＡＺＹＷＹＸ３’）のＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、配列番号２８６４のＰＰＭ１Ａ転写物の５４２～５６１位に相補的であり、５４２位は、開始位置である。したがって、配列番号２８６８のＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、以下で、ＱＰＡ－５４２と呼ばれる。
以下の表５は、設計され、続いてＰＰＭ１Ａ発現をノックダウンする能力について評価されたＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ候補を記載する。追加の開発は、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮの３’末端に位置するコレステロールコンジュゲート基を有するＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ候補を生成することを含んだ。コレステロールコンジュゲート基を有するＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ候補を、以下の表６に示す。
Figure 2022537581000046
Figure 2022537581000047
Figure 2022537581000048
[実施例２]
ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮノックダウン有効性の解析
上記の表５および６に示されるＰＰＭ１Ａ ＡＯＮのサブセット（具体的には、ＱＰＡ－９０５、ＱＰＡ－９７２、ＱＰＡ－１０３４、ＱＰＡ－１０４５、およびＱＰＡ－１３７１）を、逆転写定量的ポリメラーゼ連鎖反応（reverse transcription quantitative polymerase chain reaction：ＲＴ－ｑＰＣＲ）解析を使用してＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡノックダウンについてスクリーニングすることにより評価した。ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮのノックダウン有効性を解析するために、リンパ芽球様細胞株ＢＰ６０７４からの細胞に、リポフェクタミン３０００トランスフェクション試薬（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、Ｗａｌｔｈａｍ、ＭＡ、ＵＳＡ）単独を、またはリポフェクタミン３０００および様々な量（５ｎＭ、２０ｎＭ、５０ｎＭ、２００ｎＭ、または５００ｎＭ）の、表５もしくは６に列挙されるＰＰＭ１Ａ ＡＯＮのうちの１種をトランスフェクトした。ＢＰ６０７４細胞株は、４８歳の男性ＡＬＳ患者に由来し、フレームシフトおよびＴＢＫ１タンパク質発現の減少をもたらすＴＢＫ１タンパク質切断突然変異（Ｃ９９２＋１ Ｇ＞Ａ）を有する（van der Zee et al. (2017) “TBK1 Mutation Spectrum in an Extended European Patient Cohort with Frontotemporal Dementia and Amyotrophic Lateral Sclerosis” Hum Mutat. 38(3): 297-309を参照されたい）。細胞にトランスフェクション試薬単独をトランスフェクトまたは曝露し、７２時間後にＰＰＭ１Ａ発現レベルをｑＰＣＲにより評価した。すべての実験は、三重で行った（図１）。図１で示される通り、すべての候補ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、とりわけ、試験した、より高い濃度において、ＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡ転写物発現レベルをノックダウンすることにおける有効性を示した。これらの結果は、ＱＰＡ－９０５、ＱＰＡ－９７２、ＱＰＡ－１０３４、ＱＰＡ－１０４５、およびＱＰＡ－１３７１は、各々、トランスフェクション７２時間後にＡＬＳ患者細胞株において、対照レベルと比較してＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡレベルをノックダウンすることができたことを実証する。ＰＰＭ１Ａ ｍＲＮＡ転写物発現のノックダウンの結果は、表７に示される。
Figure 2022537581000049
また、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ候補のノックダウン有効性を、ヒト神経芽細胞腫細胞株ＳＹ５Ｙにおいて評価した。ＳＹ５Ｙ細胞を、９６ウェルプレートに細胞５，０００個／ウェルの濃度で播種し、イーグル最小必須培地（カタログ番号Ｍ２２７９、Ｓｉｇｍａ、Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ、ＭＯ、ＵＳＡ）、栄養素混合物Ｆ－１２ Ｈａｍ（カタログ番号Ｎ４８８８、Ｓｉｇｍａ、Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ、ＭＯ、ＵＳＡ）、１００％ウシ胎児血清（カタログ番号１６１４００７１、Ｌｉｆｅ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ、ＵＳＡ）、Ｇｌｕｔａｍａｘ １００ｘ（カタログ番号３５０５０－０６１、Ｇｉｂｃｏ）、ＮＥＡＡ（カタログ番号１１１４０－０５０、Ｇｉｂｃｏ）、およびペニシリン－ストレプトマイシン（カタログ番号３０－００１－Ｃｌ、Ｃｏｒｎｉｎｇ）を含有する培地中で増殖させた。細胞を、非処理のまま置くか、リポフェクタミン３０００単独で処理するか、または細胞にリポフェクタミン３０００を使用して様々な濃度（５ｎＭ、２０ｎＭ、５０ｎＭ、２００ｎＭ、または５００ｎＭ）のＰＰＭ１Ａ ＡＯＮをトランスフェクトした。細胞に、５０ｎＭ対照ｓｉＲＮＡ（ｓｉ対照、ＯＮ－ＴＡＲＧＥＴｐｌｕｓ非ターゲティングプール、ヒト、Ｄｈａｒｍａｃｏｎ Ｄ－００１８１０－１０）またはＰＰＭ１Ａ ｓｉＲＮＡ（ｓｉＰＰＭ１Ａ、ＯＮ－ＴＡＲＧＥＴｐｌｕｓ ＰＰＭ１Ａ、Ｄｈａｒｍａｃｏｎ Ｌ－００９５７４－００－０００５）を別々にトランスフェクトして、それぞれ、追加の陰性対照および陽性対照を得た。トランスフェクション４８時間後、ＲＮＡを単離し、ｃＤＮＡを生成し、マルチプレックスＲＴ－ｑＰＣＲアッセイを、ＰＰＭ１Ａ（Ｈｓ０６６３７１２３＿ｇ１、Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ ４３５１３７０）および基準ＧＡＰＤＨ（Ｈｓ０３９２９０９７＿ｇ１、Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ ４４４８４９０）定量のためのｔａｑｍａｎプローブにより行った。
ＰＰＭ１Ａシグナル（Ｃｔ）を、ＧＡＰＤＨ（ｄｅｌｔａＣｔ）について正規化した。定量的変化（例えば、ＰＰＭ１Ａ転写物の減少％）を可視化するため、正規化ＰＰＭ１Ａシグナルを、媒体（トランスフェクション試薬単独で処理した、ｄｅｌｔａｄｅｌｔａＣｔ）についてさらに正規化した。転写物レベルの相対量を式ＲＱ＝２－ｄｅｌｔａｄｅｌｔａＣｔを使用して算出し、それを使用して正常な健常レベル（１．０）に対する処理条件の比較を記載する。
ＳＹ５Ｙ細胞のＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ ＱＰＡ－１３７１によるトランスフェクションは、ＰＰＭ１Ａ発現における用量依存的減少をもたらし、ＰＰＭ１Ａ発現は、増加する量のトランスフェクトされたＰＰＭ１Ａ ＡＯＮにより逆に変化した（図２Ａ、表８）。
Figure 2022537581000050
同様に、第２の実験において、ＳＹ５Ｙ細胞のＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ ＱＰＡ－９０５、ＱＰＡ－１３７１、ＱＰＡ－９７２、ＱＰＡ－１０３４、ＱＰＡ－１０４５、またはＱＰＡ－８９５によるトランスフェクション（トランスフェクション試薬としてＥｎｄｏ－Ｐｏｒｔｅｒ送達試薬、Ｇｅｎｅ Ｔｏｏｌｓ， Ｉｎｃ．、Ｏｒｅｇｏｎ、ＵＳＡを使用した）は、ＰＰＭ１Ａ発現における用量依存的減少をもたらし、ＰＰＭ１Ａ発現は、増加する量のトランスフェクトされたＰＰＭ１Ａ ＡＯＮにより逆に変化した（図２Ｂ、表９）。アステリスクは、一元配置分散分析におけるｅｎｄｏｐｏｒｔｅｒ単独に対するｐ＜０．０５を示す。二重アステリスクは、ｔ検定におけるｓｉ対照に対するｐ＜０．０５を示す。これらの結果は、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、多数の細胞株においてＰＰＭ１Ａ転写物発現を阻害することができたことを実証する。
Figure 2022537581000051
ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ候補のＰＰＭ１Ａ発現を阻害する能力をさらに評価するために、ウェスタンブロッティング実験を行った。具体的には、２種のＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ候補、ＱＰＡ－１０４５およびＱＰＡ－１３７１を選択して、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮトランスフェクションの、ＰＰＭ１Ａタンパク質レベルおよび活性ＴＢＫ１の全ＴＢＫ１に対する比への効果を評価した。健康な個体からのリンパ芽球様細胞（「健康な細胞」）またはＴＢＫ１突然変異を有するＡＬＳ患者からのリンパ芽球様細胞（「患者細胞」）に、ＲＮＡｉＭａｘトランスフェクション試薬（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、Ｗａｌｔｈａｍ、ＭＡ、ＵＳＡ）単独、またはＲＮＡｉＭａｘトランスフェクション試薬を使用して５μＭのＰＰＭ１Ａ ＡＯＮをトランスフェクトした。トランスフェクション２４時間後、トランスフェクション試薬を除去するために細胞培地を交換した。その後、細胞をさらなる４８時間インキュベートし、その後、分析のために細胞からタンパク質を抽出した。タンパク質抽出物を、ＧＡＰＤＨ（カタログ番号ａｂ１８１６０２；Ａｂｃａｍ、Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ、ＭＡ、ＵＳＡ）、全ＴＢＫ１（カタログ番号ａｂ４０６７６；Ａｂｃａｍ、Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ、ＭＡ、ＵＳＡ）、リン酸化ＴＢＫ１（カタログ番号５４８３ｓ；Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、Ｄａｎｖｅｒｓ、ＭＡ、ＵＳＡ）、およびＰＰＭ１Ａ（カタログ番号ａｂ１４８２４；Ａｂｃａｍ、Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ、ＭＡ、ＵＳＡ）を検出することができる抗体を使用したウェスタンブロット分析により検査した。使用した二次抗体は、抗ウサギＩｇＧ、ＨＲＰ結合（カタログ番号７０７４；Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、Ｄａｎｖｅｒｓ、ＭＡ、ＵＳＡ）および抗マウスＩｇＧ、ＨＲＰ結合（カタログ番号７０７６；Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、Ｄａｎｖｅｒｓ、ＭＡ、ＵＳＡ）を含んだ。すべての実験は、三重で行った。
リン酸化ＴＢＫ１の全ＴＢＫ１に対する比を、リン酸化ＴＢＫ１および全ＴＢＫ１のレベルを正規化するための対照としてＧＡＰＤＨを使用して、評価した。ＢＰ６０７４細胞株のＴＢＫ１タンパク質切断突然変異を有さないリンパ芽球様細胞（「健康な細胞」）と比較して、ＢＰ６０７４細胞（「患者細胞」）は、リン酸化ＴＢＫ１の全ＴＢＫ１に対する有意により低い比を示した（図３Ａ、健康な細胞対患者細胞、ｐ＜０．０５）。さらに、ＢＰ６０７４細胞のＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ ＱＰＡ－１０４５およびＱＰＡ－１３７１によるトランスフェクションは、健康な細胞のリン酸化ＴＢＫ１の全ＴＢＫ１に対する比の増加さえも超える、リン酸化ＴＢＫ１の全ＴＢＫ１に対する比における有意な増加をもたらした（図３Ａ、健康な細胞対患者細胞＋ＱＰＡ－１０４５、健康な細胞対患者細胞＋ＱＰＡ－１３７１、ｐ＜０．０１；トランスフェクトしていない患者細胞に対して約８．５倍増加）。結果を、以下の表１０に示す。
Figure 2022537581000052
加えて、上記に説明される同じトランスフェクションプロトコールを使用して、トランスフェクション試薬単独に曝露したか、またはＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ ＱＰＡ－１０４５およびＱＰＡ－１３７１をトランスフェクトしたＢＰ６０７４細胞において、ＰＰＭ１Ａレベルを評価した。ＰＰＭ１Ａレベルを、ＧＡＰＤＨタンパク質レベルに対して正規化した。トランスフェクション試薬単独に曝露したＢＰ６０７４細胞と比較して、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ ＱＰＡ－１０４５またはＱＰＡ－１３７１をトランスフェクトしたＢＰ６０７４細胞は、約１０～２５％のＰＰＭ１Ａタンパク質レベルの減少を示した。ＱＰＡ－１３７１によるトランスフェクションは、ＰＰＭ１Ａレベルの統計的に有意な減少を示した（図３Ｂ、患者細胞対患者細胞＋ＱＰＡ－１３７１、ｐ＜０．０１）。
これらの結果は、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、ＡＬＳ患者細胞株においてＰＰＭ１Ａレベルを減少させることができたことを実証する。また、これらの結果は、ＡＬＳ患者細胞株におけるＰＰＭ１Ａ ＡＯＮのトランスフェクションは、患者細胞株における活性（リン酸化）ＴＢＫ１の全ＴＢＫ１に対する比を有意に増加させ、さらには健康な細胞において見出される活性（リン酸化）ＴＢＫ１の全ＴＢＫ１に対する比を超えたことを実証する。したがって、これらの結果は、本明細書で特定されるＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、ＡＬＳ患者細胞においてＰＰＭ１Ａ発現を阻害し、活性ＴＢＫ１の比を増加させることができたことを実証する。
ｅｎｄｏｐｏｒｔｅｒを用いてトランスフェクトし、４８時間においてノックダウンについて試験したいくつかの例示的なＰＰＭ１Ａ ＡＯＮによるＲＮＡノックダウン能力を、ＳＹ５Ｙ細胞において評価した。図４Ａ～図４Ｙは、増加するＡＯＮ濃度によるＰＰＭ１Ａ ＲＮＡの減少を定量する、様々なアンチセンスオリゴヌクレオチド候補のＲＮＡノックダウン能力の線グラフである。Ｇｒａｐｈｐａｄ Ｐｒｉｓｍソフトウェア（Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ）を使用し、曲線の基部を０に固定して、非線形回帰４パラメーター曲線をフィットおよびプロットした。図４Ａは、配列番号２８９８（ＱＰＡ－９６２）のＲＮＡノックダウン能力を表す；図４Ｂは、配列番号２８９９（ＱＰＡ－９６７）のＲＮＡノックダウン能力を表す；図４Ｃは、配列番号２９００（ＱＰＡ－９７２）のＲＮＡノックダウン能力を表す；図４Ｄは、配列番号２９０１（ＱＰＡ－９７７）のＲＮＡノックダウン能力を表す；図４Ｅは、配列番号２９０２（ＱＰＡ－９８７）のＲＮＡノックダウン能力を表す；図４Ｆは、配列番号２９０３（ＱＰＡ－１０２５）のＲＮＡノックダウン能力を表す；図４Ｇは、配列番号２９０４（ＱＰＡ－１０３０）のＲＮＡノックダウン能力を表す；図４Ｈは、配列番号２９０５（ＱＰＡ－１０３４）のＲＮＡノックダウン能力を表す；図４Ｉは、配列番号２９０６（ＱＰＡ－１０４０）のＲＮＡノックダウン能力を表す；図４Ｊは、配列番号２９０７（ＱＰＡ－１０４５）のＲＮＡノックダウン能力を表す；図４Ｋは、配列番号２９０９（ＱＰＡ－１３６１）のＲＮＡノックダウン能力を表す；図４Ｌは、配列番号２９１０（ＱＰＡ－１３６６）のＲＮＡノックダウン能力を表す；図４Ｍは、配列番号２９１１（ＱＰＡ－１３７１）のＲＮＡノックダウン能力を表す；図４Ｎは、配列番号２９１２（ＱＰＡ－１３７８）のＲＮＡノックダウン能力を表す；図４Ｏは、配列番号２９１３（ＱＰＡ－１３８６）のＲＮＡノックダウン能力を表す；図４Ｐは、配列番号２８６８（ＱＰＡ－５４２）のＲＮＡノックダウン能力を表す；図４Ｑは、配列番号２８６９（ＱＰＡ－５５５）のＲＮＡノックダウン能力を表す；図４Ｒは、配列番号２８８３（ＱＰＡ－６４６）のＲＮＡノックダウン能力を表す；図４Ｓは、配列番号２８７０（ＱＰＡ－５５９）のＲＮＡノックダウン能力を表す；図４Ｔは、配列番号２９０８（ＱＰＡ－１０９８）のＲＮＡノックダウン能力を表す；図４Ｕは、配列番号２８９３（ＱＰＡ－８９５）のＲＮＡノックダウン能力を表す；図４Ｖは、配列番号２８９４（ＱＰＡ－９００）のＲＮＡノックダウン能力を表す；図４Ｗは、配列番号２８９５（ＱＰＡ－９０５）のＲＮＡノックダウン能力を表す；図４Ｘは、配列番号２８９６（ＱＰＡ－９１０）のＲＮＡノックダウン能力を表す；図４Ｙは、配列番号２８９７（ＱＰＡ－９１５）のＲＮＡノックダウン能力を表す。フィットさせた非線形回帰曲線から計算したＩＣ５０を、表１１に列挙する。
Figure 2022537581000053
また、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮを、ヒト運動ニューロンにおけるＰＰＭ１Ａ転写物を低減させる能力について試験した。ｉＣＥＬＬ ＭＮ（Ｃｅｌｌｕｌａｒ Ｄｙｎａｍｉｃｓ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎ Ｆｕｊｉｆｉｌｍ Ｃ１０５０）を、９６ウェルプレート（０．３２ｃｍ２／ウェル）に細胞１０，０００個／ウェルの密度で播種した。いくつかの改変を伴ってＣＤＩガイド使用説明書に従い、細胞を維持した。細胞を融解し、１０μＭのＹ－２７６３２ジヒドロクロリド（Ｔｏｃｒｉｓ １２５４）を補充した完全ｉＣＥＬＬニューロン培地（ＣＤＩ Ｒ１０５１）に播種し、一晩置いた。その翌日に、細胞の全培地交換を行った。播種３日後、細胞の、５０％ｉＣＥＬＬ ＭＮニューロン培地および５０％完全ニューロン成熟培地（Ｎｅｕｒｏｂａｓａｌ－Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ ２１１０３０４９、１ｘＧｌｕｔａｍａｘ－Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ ３５０５００６１、１ｘＮＥＡＡ－Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ １１１４００５０、１ｘＢ－２７ ｐｌｕｓ ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔ－Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ Ａ３５８２８０１、１ｘＮ２ ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔ－Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ １７５０２０４８、０．２μｇ／ｍＬ アスコルビン酸－Ｓｉｇｍａ Ａ４４０３；増殖因子ＢＤＮＦ、ＣＮＴＦ、およびＧＤＮＦ（１０ｎｇ／ｍＬ ＢＤＮＦ－Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ ２４８－ＢＤＢ、１０ｎｇ／ｍＬ ＣＮＴＦ Ｒ＆Ｄ ２５７－Ｎ、および１０ｎｇ／ｍＬ ＧＤＮＦ－Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ ２１２－ＧＤ）を補充した）からなる培地交換を行った。完全ニューロン成熟培地への播種５日後に、細胞へのトランスフェクションを行った。ＡＯＮのトランスフェクションは、６μＭ Ｅｎｄｏｐｏｒｔｅｒ（Ｇｅｎｅ Ｔｏｏｌ Ｅｎｄｏ－Ｐｏｒｔｅｒ－ＰＥＧ－１ｍＬ）を使用して行った。対照条件についてのトランスフェクションは、リポフェクタミン ＲＮＡｉＭＡＸ（Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ １３７７８１５０）を使用した。陰性対照（ｓｉ対照）は、５０ｎＭのＯＮ－ＴＡＲＧＥＴｐｌｕｓ非ターゲティングプール、ヒト（Ｄｈａｒｍａｃｏｎ Ｄ－００１８１０－１０）からなり、陽性対照（ｓｉＰＰＭ１Ａ）は、５０ｎＭのＯＮ－ＴＡＲＧＥＴｐｌｕｓ ＰＰＭ１Ａ（Ｄｈａｒｍａｃｏｎ Ｌ－００９５７４－００－０００５）からなった。トランスフェクション４８時間後、ｓｉＲＮＡを伴う細胞を洗い流して、ＲＮＡｉｍａｘを除去した。トランスフェクション７２時間後、すべての処理条件からＲＮＡを単離し、ｃＤＮＡを生成し、マルチプレックスＲＴ－ｑＰＣＲアッセイを、ＰＰＭ１Ａ（Ｈｓ０６６３７１２３＿ｇ１、Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ ４３５１３７０）および基準ＧＡＰＤＨ（Ｈｓ０３９２９０９７＿ｇ１、Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ ４４４８４９０）についてのｔａｑｍａｎプローブにより行った。ＲＴ－ｑＰＣＲを、ＴａｑＭａｎ Ｆａｓｔ Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｃｅｌｌｓ－ｔｏ－ＣＴキット（Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ Ａ３５３７８）およびＴａｑＭａｎ Ｆａｓｔ Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘ（Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ ４４４４５５７）を使用して、製造業者のプロトコールに従って行い、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ ＱｕａｎｔＳｔｕｄｉｏ ６ｐｒｏ／７ｐｒｏリアルタイムＰＣＲシステムに供した。１サイクルの逆転写を５０℃の温度で５分間行った。１サイクルのＲＴ不活性化／初回変性を９５℃の温度で２０秒間行った。４０サイクルの増幅を９５℃の温度で１秒間、続いて６０℃で２０秒間行った。相対量を、ＳＹ５Ｙについて説明される通りに計算した。
例示的ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮのノックダウン能力を、図５Ａ～５Ｔおよび図６Ａ～６Ｋに示し、これらは、増加するＡＯＮ濃度によるＰＰＭ１Ａ ＲＮＡの減少を定量する、様々なアンチセンスオリゴヌクレオチド候補のＲＮＡノックダウン能力の線グラフである。Ｇｒａｐｈｐａｄ Ｐｒｉｓｍソフトウェア（Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ）を使用し、曲線の基部を０に固定して、非線形回帰４パラメーター曲線をフィットおよびプロットした。図５Ａは、配列番号２８８３（ＱＰＡ－６４６）のＲＮＡノックダウン能力を表す；図５Ｂは、配列番号２８９３（ＱＰＡ－８９５）のＲＮＡノックダウン能力を表す；図５Ｃは、配列番号２８９５（ＱＰＡ－９０５）のＲＮＡノックダウン能力を表す；図５Ｄは、配列番号２９１１（ＱＰＡ－１３７１）のＲＮＡノックダウン能力を表す；図５Ｅは、配列番号２８９６（ＱＰＡ－９１０）のＲＮＡノックダウン能力を表す；図５Ｆは、配列番号２８９７（ＱＰＡ－９１５）のＲＮＡノックダウン能力を表す；図５Ｇは、配列番号２９００（ＱＰＡ－９７２）のＲＮＡノックダウン能力を表す；図５Ｈは、配列番号２９０５（ＱＰＡ－１０３４）のＲＮＡノックダウン能力を表す；図５Ｉは、配列番号２９０６（ＱＰＡ－１０４０）のＲＮＡノックダウン能力を表す；図５Ｊは、配列番号２９０７（ＱＰＡ－１０４５）のＲＮＡノックダウン能力を表す；図５Ｋは、配列番号２８７１（ＱＰＡ－５９９）のＲＮＡノックダウン能力を表す；図５Ｌは、配列番号２８７６（ＱＰＡ－６０６）のＲＮＡノックダウン能力を表す；図５Ｍは、配列番号２８８０（ＱＰＡ－６２５）のＲＮＡノックダウン能力を表す；図５Ｎは、配列番号２８８１（ＱＰＡ－６４２）のＲＮＡノックダウン能力を表す；図５Ｏは、配列番号２８８２（ＱＰＡ－６４４）のＲＮＡノックダウン能力を表す；図５Ｐは、配列番号２８８４（ＱＰＡ－６４８）のＲＮＡノックダウン能力を表す；図５Ｑは、配列番号２８８５（ＱＰＡ－６５０）のＲＮＡノックダウン能力を表す；図５Ｒは、配列番号２８８６（ＱＰＡ－６５２）のＲＮＡノックダウン能力を表す；図５Ｓは、配列番号２８８７（ＱＰＡ－６５５）のＲＮＡノックダウン能力を表す；図５Ｔは、配列番号２８８８（ＱＰＡ－６５６）のＲＮＡノックダウン能力を表す；図６Ａは、配列番号２８７２（ＱＰＡ－６０２）のＲＮＡノックダウン能力を表す；図６Ｂは、配列番号２８７３（ＱＰＡ－６０３）のＲＮＡノックダウン能力を表す；図６Ｃは、配列番号２８７４（ＱＰＡ－６０４）のＲＮＡノックダウン能力を表す；図６Ｄは、配列番号２８７５（ＱＰＡ－６０５）のＲＮＡノックダウン能力を表す；図６Ｅは、配列番号２８７７（ＱＰＡ－６０７）のＲＮＡノックダウン能力を表す；図６Ｆは、配列番号２８７８（ＱＰＡ－６０８）のＲＮＡノックダウン能力を表す；図６Ｇは、配列番号２８７９（ＱＰＡ－６０９）のＲＮＡノックダウン能力を表す；図６Ｈは、配列番号２８８９（ＱＰＡ－７０８）のＲＮＡノックダウン能力を表す；図６Ｉは、配列番号２８９０（ＱＰＡ－７０９）のＲＮＡノックダウン能力を表す；図６Ｊは、配列番号２８９１（ＱＰＡ－７９４）のＲＮＡノックダウン能力を表す；図６Ｋは、配列番号２８９２（ＱＰＡ－７９５）のＲＮＡノックダウン能力を表す。フィットさせた非線形回帰曲線から計算したＩＣ５０を、表１２に列挙する。
Figure 2022537581000054
ＡＯＮはＡＬＳ運動ニューロンにおいてＰＰＭ１Ａ発現を減少させるということを確立するために、５種のＰＰＭ１Ａ ＡＯＮを、２種のＡＬＳ ｉＰＳＣ株に由来するヒト運動ニューロンにおいて４用量点について試験した。１種の株は、ＴＢＫ１遺伝子における突然変異、ｃ．９９２＋１ Ｇ＞Ａを有し、第２の株は、Ｃ９ｏｒｆ７２におけるヘキサヌクレオチド反復を有する。脊髄運動ニューロンを生成するために使用したプロトコールは、Du et al. Generation and expansion of highly pure motor neuron progenitors from human pluripotent stem cells, Nat. Commun 6, 6626 (2015)の公開されたプロトコールの改変バージョンである。ｉＰＳＣを、単細胞に分離し、Ｍａｔｒｉｇｅｌ（Ｃｏｒｎｉｎｇ カタログ番号３５４２７７、ロット番号９２８０００４および９２７３００９についての供給業者の仕様書に従って希釈を行った）でコーティングしたプレートに播種した。２４時間後、神経誘導培地（１：１ ＤＭＥＭ／Ｆ１２－Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ １１３３００５７およびＮｅｕｒｏｂａｓａｌ－Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ ２１１０３０４９、１ｘＧｌｕｔａｍａｘ－Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ ３５０５００６１、１ｘＮＥＡＡ－Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ １１１４００５０、１ｘペニシリン－ストレプトマイシン－Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ １５１４０１２２、０．１ｍＭベータ－メルカプトエタノール－Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ ２１９８５０２３、１ｘＢ－２７ ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔ－Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ Ａ３５８２８－０１、１ｘＮ２ ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔ－Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ １７５０２０４８、０．２μｇ／ｍＬアスコルビン酸－ＳＩＧＭＡ Ａ４４０３）を添加し、二重ＳＭＡＤ阻害剤ＳＢ４３１５４２（１～１２日目１０μＭ、Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ １６１４）およびＬＤＮ１９３１８９（１～１２日目１００ｎＭ、ＲＥＰＲＯＣＥＬＬ ０４００７４０２）に加えて、ＧＳＫ３Ｂ阻害剤ＣＨＩＲ９９０２１（１日目～６日目３μＭ、その後７～１２日目１μＭ、Ｒ＆Ｄ ｓｙｓｔｅｍｓ ４４２３）を補充し、これによりｉＰＳＣを神経上皮前駆細胞（neuroepithelial progenitor：ＮＥＰ）へと駆動した。これらのＮＥＰを、レチノイン酸（７～２１日目１μＭ、Ｓｉｇｍａ Ｒ２６２５）および平滑化アゴニストＳＡＧ（７～２１日目１μＭ、Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ ５６６６６０）を添加することにより運動ニューロン前駆細胞へと分化させた。これらの小分子は、それぞれ、前後軸および腹側同一性を駆動する。分化の最後の６日間中のガンマセクレターゼ阻害剤ＤＡＰＴ（１６～２１日目１０μＭ、Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ ２６３４）の添加は、有糸分裂後運動ニューロンの特異化を補助し、ＩＳＬ１陽性細胞の発現を増加させる。培養中の脊髄運動ニューロンを、増殖因子ＢＤＮＦ、ＣＮＴＦ、およびＧＤＮＦ（１０ｎｇ／ｍＬ ＢＤＮＦ－Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ ２４８－ＢＤＢ、１０ｎｇ／ｍＬ ＣＮＴＦ Ｒ＆Ｄ ２５７－Ｎ、および１０ｎｇ／ｍＬ ＧＤＮＦ－Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ ２１２－ＧＤ）を含有するニューロン成熟培地（Ｎｅｕｒｏｂａｓａｌ－Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ ２１１０３０４９、１ｘＧｌｕｔａｍａｘ－Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ ３５０５００６１、１ｘＮＥＡＡ－Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ １１１４００５０、１ｘＢ－２７ ｐｌｕｓ ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔ－Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ Ａ３５８２８０１、１ｘＮ２ ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔ－Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ １７５０２０４８、０．２μｇ／ｍＬアスコルビン酸－ＳＩＧＭＡ Ａ４４０３）中で維持した。
患者ｉＰＳＣ由来運動ニューロンを、９６ウェルプレート（０．３２ｃｍ２／ウェル）に細胞１０，０００個／ウェルの密度で播種した。運動ニューロンを、ニューロン成熟培地で維持した。患者運動ニューロンに、６μＭ ｅｎｄｏｐｏｒｔｅｒ送達を用いて４用量点（５、２０、５０、２００ｎＭ）の例示的ＡＯＮをトランスフェクトすることにより、ＰＰＭ１Ａノックダウンを確立した。トランスフェクション対照のために、細胞を６μＭのｅｎｄｏｐｏｒｔｅｒ単独により処理した。ｓｉ対照およびｓｉＰＰＭ１Ａを、陰性対照および陽性対照としてＲＮＡｉＭａｘにおいてトランスフェクトした。処理条件は、三重ウェルで行った。トランスフェクション４８時間後に、ｓｉＲＮＡを洗い流した。トランスフェクション７２時間後、すべての処理条件を、上記に説明されるｑＲＴ－ＰＣＲアッセイにより、ＰＰＭ１Ａ ＲＮＡレベルについて定量した。ｅｎｄｏｐｏｒｔｅｒ単独と比較した相対量を、各ＡＯＮについて計算した（ＲＱ＝１．０）。
図７Ａおよび７Ｂは、２種のＡＬＳ ｉＰＳＣ株（ＴＢＫ１およびＣ９ｏｒｆ７２）における、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ（ＱＰＡ－８９５、ＱＰＡ－９０５、ＱＰＡ－９１５、ＱＰＡ－１０４５、ＱＰＡ－１３７１、およびＱＰＡ－６４６）を使用した処理後の、ＰＰＭ１Ａ発現の低減を示す。ＴＢＫ１患者運動ニューロンにおいて、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、用量依存的様式でＰＰＭ１Ａ ＲＮＡを減少させた（図７Ａ、表１３）。２００ｎＭ ＱＰＡ－８９５（配列番号２８９３）は、ＰＰＭ１Ａ ＲＮＡを０．１２まで低減させ、２００ｎＭ ＱＰＡ－９０５（配列番号２８９５）は、ＰＰＭ１Ａ ＲＮＡを０．０３８まで低減させ、２００ｎＭ ＱＰＡ－９１５（配列番号２８９７）は、ＰＰＭ１Ａ ＲＮＡを０．０４８まで低減させ、２００ｎＭ ＱＰＡ－１０４５（配列番号２９０７）は、ＰＰＭ１Ａ ＲＮＡを０．０４５まで低減させ、２００ｎＭ ＱＰＡ－１３７１（配列番号２９１１）は、ＰＰＭ１Ａ ＲＮＡを０．０５７まで低減させ、２００ｎＭ ＱＰＡ－６４６（配列番号２８８３）は、ＰＰＭ１Ａ ＲＮＡを０．０２２まで低減させた。
Figure 2022537581000055
Ｃ９ｏｒｆ７２患者運動ニューロンにおいて、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、用量依存的様式でＰＰＭ１Ａ ＲＮＡを減少させた（図７Ｂ、表１４）。２００ｎＭ ＱＰＡ－８９５（配列番号２８９３）は、ＰＰＭ１Ａ ＲＮＡを０．１８まで低減させ、２００ｎＭ ＱＰＡ－９０５（配列番号２８９５）は、ＰＰＭ１Ａ ＲＮＡを０．１２まで低減させ、２００ｎＭ ＱＰＡ－９１５（配列番号２８９７）は、ＰＰＭ１Ａ ＲＮＡを０．１５まで低減させ、２００ｎＭ ＱＰＡ－１０４５（配列番号２９０７）は、ＰＰＭ１Ａ ＲＮＡを０．１１まで低減させ、２００ｎＭ ＱＰＡ－１３７１（配列番号２９１１）は、ＰＰＭ１Ａ ＲＮＡを０．１２まで低減させ、２００ｎＭ ＱＰＡ－６４６（配列番号２８８３）は、ＰＰＭ１Ａ ＲＮＡを０．０６３まで低減させた。これらの結果は、ＡＬＳ患者運動ニューロンにおいてＰＰＭ１Ａ転写物を低減させる例示的ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ機能を示す。
Figure 2022537581000056
３種のＰＰＭ１Ａ ＡＯＮを、３’末端にコンジュゲートしたコレステロールを伴って合成し、ｉＣｅｌｌヒト運動ニューロンを使用するＰＰＭ１Ａ ｑＲＴ－ＰＣＲアッセイにおいて三重ウェルで機能について試験した。コレステロールコンジュゲート基を伴う３種のＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、上記表６に示される。トランスフェクション７２時間後、ＰＰＭ１ＡおよびＧＡＰＤＨ ＲＮＡレベルを、ｑＲＴ－ＰＣＲにより定量した。図８は、コレステロールコンジュゲート基を伴うＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ（ＱＰＡ－６０６－Ｃ、ＱＰＡ－６４２－Ｃ、ＱＰＡ－６４４－Ｃ）を使用した処理に応答した、ヒト運動ニューロンにおけるＰＰＭ１Ａ相対量の減少を示す。結果を、表１５にさらに示す。ｅｎｄｏｐｏｒｔｅｒ単独（ＲＱ＝１．０）と比較して、５００ｎＭ ＱＰＡ－６０６－Ｃ（配列番号２８７６）は、ＰＰＭ１Ａ ＲＮＡを０．１６まで低減させ、５００ｎＭ ＱＰＡ－６４２－Ｃ（配列番号２８８１）は、ＰＰＭ１Ａ ＲＮＡを０．１５まで低減させ、５００ｎＭ ＱＰＡ－６４４－Ｃ（配列番号２８８２）は、ＰＰＭ１Ａ ＲＮＡを０．１２まで低減させた。それゆえ、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ配列のコレステロールコンジュゲートは、ＰＰＭ１Ａ ＲＮＡを有意に減少させた。
Figure 2022537581000057
ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮを、ＰＰＭ１Ａ発現を阻害する能力についてさらに試験するために、ＰＰＭ１Ａおよび下流の標的タンパク質レベルを、ヒト運動ニューロンのＡＯＮトランスフェクション後に定量した（図９～１２）。タンパク質レベルを、ウェスタンブロットにより、および以下のような方法を使用して定量した。野生型由来運動ニューロンまたは疾患型ｉＰＳＣ由来運動ニューロンを、６ウェルプレート（９．６ｃｍ２）または１２ウェルプレート（３．５ｃｍ２）に、それぞれ、細胞７５０，０００個／ウェルおよび細胞４００，０００個／ウェルの密度で播種した。運動ニューロンを、ニューロン成熟培地（Ｎｅｕｒｏｂａｓａｌ－Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ ２１１０３０４９、１ｘＧｌｕｔａｍａｘ－Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ ３５０５００６１、１ｘＮＥＡＡ－Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ １１１４００５０、１ｘＢ－２７ ｐｌｕｓ ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔ－Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ Ａ３５８２８０１、１ｘＮ２ ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔ－Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ １７５０２０４８、０．２μｇ／ｍＬアスコルビン酸－Ｓｉｇｍａ Ａ４４０３；増殖因子ＢＤＮＦ、ＣＮＴＦ、およびＧＤＮＦ（１０ｎｇ／ｍＬ ＢＤＮＦ－Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ ２４８－ＢＤＢ、１０ｎｇ／ｍＬ ＣＮＴＦ Ｒ＆Ｄ ２５７－Ｎ、および１０ｎｇ／ｍＬ ＧＤＮＦ－Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ ２１２－ＧＤ）を補充した）で維持した。
完全ニューロン成熟培地中で播種５日後に運動ニューロンへのトランスフェクションを行った。ＡＯＮのトランスフェクションは、６μＭの最終濃度のＥｎｄｏｐｏｒｔｅｒを使用して行われた。細胞を、７２時間インキュベートし、その後、ウェスタンブロッティングのために収集した。細胞溶解緩衝液２％ＳＤＳ（５０ｍＭトリスｐＨ７、１０％グリセロール、２％ＳＤＳ）に、１ｘＨａｌｔプロテアーゼ阻害剤カクテル（Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ ７８４２５）および１ｘＨａｌｔホスファターゼ阻害剤カクテル（Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ ７８４２８）を補充した。２％ＳＤＳを使用して収集した試料を、収集直後に９５℃の熱ブロックに１０分間置き、続いて短時間スピンして、蓋に蓄積した任意の蒸発分を集めた。Ｐｉｅｒｃｅ ＢＣＡタンパク質アッセイキット（Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ ２３２２７）を使用して製造業者の使用説明書に従って、タンパク質定量を行った。Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ＤｅｖｉｃｅｓのＳｐｅｃｔｒａＭａｘ ｉ３ｘを使用してプレート読取りを行い、ＳｏｆｔＭａｘ ｐｒｏを使用してデータを収集した。４～２０％Ｃｒｉｔｅｒｉｏｎ（商標）ＴＧＸ Ｓｔａｉｎ－Ｆｒｅｅ（商標）タンパク質ゲル（Ｂｉｏｒａｄ）を使用したゲルで泳動させた。ゲル泳動後、Ｉｂｌｏｔ２転写システムを使用して膜に転写した。膜を、５％ＢＳＡ（リン酸化タンパク質について）または５％乳のいずれか中で４０分間ブロッキングした。膜を一次抗体と４℃で一晩インキュベートした。以下の抗体を使用した：ＬＣ３Ｂ（Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ ＣＳＴ２７７５）；ＰＰＭ１Ａ（Ａｂｃａｍ ａｂ１４８２４）；ＮＡＫ／ＴＢＫ１（Ａｂｃａｍ ａｂ４０６７６）；ホスホ－ＴＢＫ１／ＮＡＫ（Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ ５４８３）；ＧＡＰＤＨ（Ｐｒｏｔｅｉｎｔｅｃｈ ６０００４およびＡｂｃａｍ ａｂ１８１６０２）。以下の二次抗体を使用した（抗ｒｂウサギＩｇＧ、ＨＲＰ結合（Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ ７０７４）および抗ｍｓ ＩｇＧ、ＨＲＰ結合（Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ ７０７６））。Ｌｉ－Ｃｏｒ Ｆｃ画像化システムを使用して画像を取得し、定量に使用したソフトウェアは、Ｉｍａｇｅ Ｓｔｕｄｉｏ Ｌｉｔｅであった。
第１に、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮを、ＴＢＫ１突然変異ＡＬＳ患者ｉＰＳＣ由来運動ニューロンにおいてＰＰＭ１Ａタンパク質レベルを減少させる能力について調査した。ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮを、ｅｎｄｏｐｏｒｔｅｒを用いて５００ｎＭでトランスフェクトし、対照ウェルをｅｎｄｏｐｏｒｔｅｒ単独で処理した。加えて、ｓｉ対照（ｓｉＣｔｒｏｌ）およびｓｉＰＰＭ１Ａを、ＲＮＡｉＭａｘによりトランスフェクトし、４８時間後に洗い流した。トランスフェクション７２時間後、ＰＰＭ１Ａタンパク質レベルのウェスタンブロット分析のためにすべての処理群を収集した。ＰＰＭ１Ａバンド強度を定量し、ＧＡＰＤＨに対して正規化した。ＰＰＭ１Ａの発現の割合（％）を、ＰＰＭ１Ａ／ＧＡＰＤＨ値を対照で割り、１００倍することにより計算した（ＳｉＰＰＭ１Ａ対ｓｉＣｔｒｏｌ；ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ対ｅｎｄｏｐｏｒｔｅｒ）。
図９および表１６は、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ（ＱＰＡ－６４６およびＱＰＡ－９１５）を使用した処理に応答した、ＰＰＭ１Ａタンパク質の低減を示す。５００ｎＭ ＱＰＡ－６４６（配列番号２８８３）は、ＰＰＭ１Ａタンパク質を通常の４０％まで低減させ、ＱＰＡ－９１５（配列番号２８９７）は、ＰＰＭ１Ａタンパク質を通常の４８％まで低減させた。したがって、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、ＰＰＭ１Ａ転写物を減少させ、タンパク質発現の低減をもたらす。
Figure 2022537581000058
次に、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮを、野生型ｉＰＳＣ由来運動ニューロンにおいてＰＰＭ１Ａタンパク質レベルを減少させる能力について調査した。以下のＰＰＭ１Ａ ＡＯＮを評価した：ＱＰＡ－６４２（配列番号２８８１）、ＱＰＡ－６４６（配列番号２８８３）、ＱＰＡ－１３７１（配列番号２９１１）、ＱＰＡ－９０５（配列番号２８９５）、およびＱＰＡ－９１５（配列番号２８９７）。ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮを、ｅｎｄｏｐｏｒｔｅｒを用いて５０、２５０、および５００ｎＭでトランスフェクトし、対照ウェルをｅｎｄｏｐｏｒｔｅｒ単独で処理した。トランスフェクション７２時間後、ＰＰＭ１Ａタンパク質レベルのウェスタンブロット分析のためにすべての処理群を収集した。ＰＰＭ１Ａバンド強度を定量し、ＧＡＰＤＨに対して正規化した。ＰＰＭ１Ａの発現の割合（％）を、ＰＰＭ１Ａ／ＧＡＰＤＨ値を対照で割り、１００倍することにより計算した（ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ対ｅｎｄｏｐｏｒｔｅｒ対照）。
図１０は、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ（ＱＰＡ－６４２、ＱＰＡ－６４６、ＱＰＡ－１３７１、ＱＰＡ－９０５、およびＱＰＡ－９１５）を使用した処理に応答した、野生型ｉＰＳＣ由来運動ニューロンにおけるＰＰＭ１Ａタンパク質レベルの減少を示す。すべてのＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、７２時間までにＰＰＭ１Ａタンパク質を通常の４０～９４％のレベルまで減少させた（表１７）。したがって、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、ＰＰＭ１Ａ転写物を減少させ、タンパク質発現の低減をもたらす。
Figure 2022537581000059
ＰＰＭ１Ａは、ホスファターゼとして機能し、それが脱リン酸化する標的のうちの１つは、タンパク質ＴＢＫ１である。それゆえ、私たちは、ＰＰＭ１Ａ転写物およびタンパク質の低減が、ＴＢＫ１リン酸化を増加させる下流機能効果を有するかどうかを調査した。ＴＢＫ１はセリン１７２においてリン酸化され、脱リン酸化はＰＰＭ１Ａ活性により制御されることが公知である（Xiang et al, PPM1A silences cytosolic RNA sensing and antiviral defense through direct dephosphorylation of MAVS and TBK1, Science Advances, 2(7), July 1, 2016）。ウェスタンブロットアッセイについて上記に説明される方法に従って、野生型ｉＰＳＣ由来ヒト運動ニューロンに、５０ｎＭ ＱＰＡ－６４６（配列番号２８８３）、５０ｎＭ ＱＰＡ－９０５（配列番号２８９５）をｅｎｄｏｐｏｒｔｅｒによりトランスフェクトするか、またはｅｎｄｏｐｏｒｔｅｒ単独で処理した（対照）。７２時間後、ＡＯＮおよびｅｎｄｏｐｏｒｔｅｒを除去し、ニューロンを新鮮な培地に交換した。トランスフェクション７日後に、運動ニューロンを、ＡＯＮおよびｅｎｄｏｐｏｒｔｅｒ、またはｅｎｄｏｐｏｒｔｅｒ単独で再度処理した。１４日目に、運動ニューロンを溶解し、ＰＰＭ１Ａ、リン酸化ＴＢＫ１（ｐＴＢＫ１、セリン１７２）、ＴＢＫ１、およびＧＡＰＤＨについてウェスタンブロットによりタンパク質レベルを分析した。図１１Ａ～１１Ｃおよび表１７は、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ（ＱＰＡ－６４６およびＱＰＡ－９０５）を使用して処理したヒト運動ニューロンにおける、ウェスタンブロット分析の定性的および定量的結果を示す。ＱＰＡ－６４６（配列番号２８８３）は、ＰＰＭ１Ａタンパク質を対照の１７％まで減少させ、ＱＰＡ－９０５（配列番号２８９５）は、ＰＰＭ１Ａタンパク質を対照の１４％まで減少させた。ＱＰＡ－６４６（配列番号２８８３）は、ＴＢＫ１に対するｐＴＢＫ１を対照の２２３％まで増加させ、ＱＰＡ－９０５（配列番号２８９５）は、ＴＢＫ１に対するｐＴＢＫ１を対照の５５５％まで増加させた。両方のＡＯＮは、２週間のＡＯＮ処理後にタンパク質レベルにおけるＰＰＭ１Ａノックダウンの持続を示し、下流エフェクターｐＴＢＫ１の増加をもたらした。
Figure 2022537581000060
ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮが、さらなる下流経路に影響を及ぼし得るかどうかを決定するために、ＬＣ３Ｂを通した自食作用の誘導を調査した。ウェスタンブロットアッセイについて上記に説明される方法に従って、野生型ｉＰＳＣ由来ヒト運動ニューロンに、５００ｎＭ ＱＰＡ－６４６（配列番号２８８３）をｅｎｄｏｐｏｒｔｅｒによりトランスフェクトするか、またはｅｎｄｏｐｏｒｔｅｒ単独で処理した（対照）。トランスフェクション７２時間後、細胞を溶解し、タンパク質レベルのウェスタンブロット検出のためにプロセスした。図１２Ａ～１２Ｄおよび表１８は、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ（ＱＰＡ－６４６）を使用して処理した野生型ｉＰＳＣ由来ヒト運動ニューロンにおける、ウェスタンブロット分析の定性的および定量的結果を示す。ＱＰＡ－６４６（配列番号２８８３）は、ＰＰＭ１Ａタンパク質を減少させ（０．５０ ｅｎｄｏｐｏｒｔｅｒ対０．３７ ＱＰＡ－６４６）、ＴＢＫ１に対するｐＴＢＫ１を増加させ（０．００１１ ｅｎｄｏｐｏｒｔｅｒ対０．００４３ ＱＰＡ－６４６）、ＬＣ３Ｂ Ｉに対するＬＣ３Ｂ ＩＩを増加させた（０．２３ ｅｎｄｏｐｏｒｔｅｒ対０．８８ ＱＰＡ－６４６）。脂質付加ＬＣ３Ｂ（ＩＩ）を含有するより多くのオートファゴソームが形成されるので、ＬＣ３Ｂ ＩＩのＩに対する比は、自食作用誘導と共に増加する。それゆえ、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮは、下流経路活性を増加させ、ｐＴＢＫ１および自食作用の増加をもたらす。
Figure 2022537581000061
プロテアソームの阻害は、タンパク質毒性ストレスを引き起こし、細胞死をもたらす。タンパク質ストレスおよび神経変性のモデルとして、私たちは、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮが、ＭＧ１３２によるプロテアソーム阻害後の細胞生存率をレスキューするかどうかを調査した。ＳＹ５Ｙ細胞を、３８４ウェルプレートに細胞５，０００個／ウェルの密度で播種し、２４時間培養した。その後、ＳＹ５Ｙ細胞に、２００ｎＭのＡＯＮ、ＱＰＡ－９０５（配列番号２８９５）、ＱＰＡ－１０４５（配列番号２９０７）、ＱＰＡ－８９５（配列番号２８９３）をトランスフェクトし、７２時間置いた。細胞を新鮮な培地で２４時間洗い流した。０．４μＭ ＭＧ１３２（カタログ番号１７４８、Ｔｏｃｒｉｓ）を、ＡＯＮで処理したウェル、およびまた対照ウェルに添加した。１６時間後に、ＣｅｌｌＴｉｔｅｒ－Ｇｌｏ ２．０細胞生存能アッセイ（Ｐｒｏｍｅｇａ、Ｍａｄｉｓｏｎ、ＷＩ）により製造業者の使用説明書に従って、細胞生存率を測定した。細胞溶解物を、ＧｌｏＭａｘ Ｌｕｍｉｎｏｍｅｔｅｒ（Ｐｒｏｍｅｇａ、Ｍａｄｉｓｏｎ、ＷＩ）において発光について定量した。すべての処理条件は、７反復ウェルで行った。非処理条件が１００％応答に等しく、ＭＧ１３２処理が０％応答に等しくなるように、発光データを正規化した。細胞生存率のレスキューの割合（％）を、ＡＯＮおよびＭＧ１３２組合せ処理について計算した。
図１３および表１９は、ＰＰＭ１Ａ ＡＯＮ（ＱＰＡ－９０５、ＱＰＡ－１０４５、およびＱＰＡ－８９５）を使用した処理に応答した、タンパク質毒性ストレス神経変性モデルにおける細胞生存率のレスキューの割合（％）を示す。ＱＰＡ－９０５（配列番号２８９５）は、細胞生存率を６９％レスキューし、ＱＰＡ－１０４５（配列番号２９０７）は、細胞生存率を５６％レスキューし、ＱＰＡ－８９５（配列番号２８９３）は、細胞生存率を５８％レスキューした。ＱＰＡ－９０５（配列番号２８９５）、ＱＰＡ－１０４５（配列番号２９０７）、およびＱＰＡ－８９５（配列番号２８９３）は、すべて、細胞生存率を有意に増加させる（＊＊＊ｐ＜０．０００１、ＭＧ１３２単独に対する、テューキー多重比較検定を伴う一元配置分散分析）。それゆえ、ＰＰＭ１Ａを減少させるＡＯＮは、細胞を神経変性から保護するように機能する自食作用能力の増加をもたらす。
Figure 2022537581000062
参照による組込み
本明細書において参照される特許文献および科学論文のそれぞれの開示の全体は、参照によりすべての目的のために組み込まれる。
均等論
本開示は、その必須の特徴から離れることなく他の特有の形態において具現化され得る。したがって、以上の実施形態は、本明細書に記載の開示に対する限定ではなく実例的なものとして考えられるべきである。本開示の範囲は、以上の記載によってではなく添付の請求項により指し示され、請求項の均等の意味および範囲内に入るすべての変更は本発明に包含されることが意図される。

Claims (153)

  1. 配列番号１の少なくともヌクレオチド４１，９３２～ヌクレオチド４２，７８７、およびヌクレオチド４４，８７４～ヌクレオチド４４，９９０から転写される転写物の等長部分に対して、少なくとも９０％相補的である核酸塩基の配列を有する結合型ヌクレオシドを含むオリゴヌクレオチドを含む化合物であって、前記結合型ヌクレオシドの少なくとも１つのヌクレオシド結合が非天然結合である、化合物。
  2. 配列番号１の少なくともヌクレオチド４１，９３２～ヌクレオチド４２，７８７、およびヌクレオチド４４，８７４～ヌクレオチド４４，９９０から転写される転写物の等長部分に対して、少なくとも９０％相補的である核酸塩基の配列を有する結合型ヌクレオシドを含むオリゴヌクレオチドであって、前記結合型ヌクレオシドの少なくとも１つのヌクレオシド結合が非天然結合である、オリゴヌクレオチド。
  3. 配列番号１のヌクレオチド４１，９３２～ヌクレオチド４２、７８７、およびヌクレオチド４４，８７４～ヌクレオチド４４，９９０から転写される前記転写物が、配列番号２８６４、配列番号２８６５、または配列番号２８６６のうちのいずれかの配列を含む、請求項１または２に記載のオリゴヌクレオチド。
  4. 配列番号２８６４、配列番号２８６５、もしくは配列番号２８６６、または配列番号２８６４、配列番号２８６５、もしくは配列番号２８６６の連続１５～５０個の核酸塩基部分に対して、少なくとも９０％の同一性を共有する転写物の等長部分に対して、少なくとも９０％相補的である核酸塩基の配列を有する結合型ヌクレオシドを含むオリゴヌクレオチドを含む化合物であって、前記結合型ヌクレオシドの少なくとも１つのヌクレオシド結合が非天然結合である、化合物。
  5. 配列番号２８６４、配列番号２８６５、もしくは配列番号２８６６、または配列番号２８６４、配列番号２８６５、もしくは配列番号２８６６の連続１５～５０個の核酸塩基部分に対して、少なくとも９０％の同一性を共有する転写物の等長部分に対して、少なくとも９０％相補的である核酸塩基の配列を有する結合型ヌクレオシドを含むオリゴヌクレオチドであって、前記結合型ヌクレオシドの少なくとも１つのヌクレオシド結合が非天然結合である、オリゴヌクレオチド。
  6. 前記核酸塩基の配列が、配列番号２～９５５、配列番号１９１０～２８６３、配列番号２８６８～２９１３、および配列番号２９１４～２９５９のいずれか１つの等長部分と少なくとも９０％の同一性を共有する、少なくとも１０個の連続核酸塩基の一部分を含む、請求項４または５に記載のオリゴヌクレオチド。
  7. 前記核酸塩基の配列が、配列番号２～９５５、配列番号１９１０～２８６３、配列番号２８６８～２９１３、および配列番号２９１４～２９５９のいずれか１つの等長部分と少なくとも９０％の同一性を共有する、少なくとも１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個の連続核酸塩基の一部分を含む、請求項４～６のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  8. 前記核酸塩基の配列が、配列番号２８６８～２９１３および配列番号２９１４～２９５９のいずれか１つに含まれる等長部分と少なくとも９０％の同一性を共有する、少なくとも１０個の連続核酸塩基の一部分を含む、請求項４～６のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  9. 前記核酸塩基の配列が、配列番号２８６８～２９１３および配列番号２９１４～２９５９のいずれか１つに含まれる等長部分と少なくとも９０％の同一性を共有する、少なくとも１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個の連続核酸塩基の一部分を含む、請求項４～６のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  10. 前記核酸塩基の配列が、配列番号２８６４の位置４５７～１４１０のいずれか１つに含まれる等長部分に対して少なくとも９０％相補的である、少なくとも１０個の連続核酸塩基の一部分を含む、請求項４または５に記載のオリゴヌクレオチド。
  11. 前記核酸塩基の配列が、配列番号２８６４の位置４５７～１４１０の任意の１つに含まれる核酸塩基の等長部分に対して少なくとも９０％相補的である、少なくとも１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個の連続核酸塩基の一部分を含む、請求項４～５または１０のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  12. 前記核酸塩基の配列が、配列番号２８６４の位置５４２～８１４、８９５～１００６、１０２５～１１１７、または１３６１～１４０７のうちの任意の１つに含まれる核酸塩基の等長部分に対して少なくとも９０％相補的である、少なくとも１０個の連続核酸塩基の一部分を含む、請求項４～５または１０のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  13. 前記核酸塩基の配列が、配列番号２８６４の位置５４２～８１４、８９５～１００６、１０２５～１１１７、または１３６１～１４０７のうちの任意の１つに含まれる核酸塩基の等長部分に対して少なくとも９０％相補的である、少なくとも１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個の連続核酸塩基の一部分を含む、請求項１０～１２のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  14. 前記核酸塩基の配列が、配列番号２８６４の位置５４２～５６１、５５５～５７４、５５９～５７８、５９９～６１８、６０２～６２１、６０３～６２２、６０４～６２３、６０５～６２４、６０６～６２５、６０７～６２６、６０８～６２７、６０９～６２８、６２５～６４４、６４２～６６１、６４４～６６３、６４６～６６５、６４８～６６７、６５０～６６９、６５２～６７１、６５５～６７４、６５６～６７５、７０８～７２７、７０９～７２８、７９４～８１３、７９５～８１４、８９５～９１４、９００～９１９、９０５～９２４、９１０～９２９、９１５～９３４、９６２～９８１、９６７～９８６、９７２～９９１、９７７～９９６、９８７～１００６、１０２５～１０４４、１０３０～１０４９、１０３４～１０５３、１０４０～１０５９、１０４５～１０６４、１０９８～１１１７、１３６１～１３８０、１３６６～１３８５、１３７１～１３９０、１３７８～１３９７、および１３８６～１４０５のうちの任意の１つに含まれる核酸塩基の等長部分に対して少なくとも９０％相補的である、少なくとも１０個の連続核酸塩基の一部分を含む、請求項１０または１２に記載のオリゴヌクレオチド。
  15. 前記核酸塩基の配列が、配列番号２８６４の位置５４２～５６１、５５５～５７４、５５９～５７８、５９９～６１８、６０２～６２１、６０３～６２２、６０４～６２３、６０５～６２４、６０６～６２５、６０７～６２６、６０８～６２７、６０９～６２８、６２５～６４４、６４２～６６１、６４４～６６３、６４６～６６５、６４８～６６７、６５０～６６９、６５２～６７１、６５５～６７４、６５６～６７５、７０８～７２７、７０９～７２８、７９４～８１３、７９５～８１４、８９５～９１４、９００～９１９、９０５～９２４、９１０～９２９、９１５～９３４、９６２～９８１、９６７～９８６、９７２～９９１、９７７～９９６、９８７～１００６、１０２５～１０４４、１０３０～１０４９、１０３４～１０５３、１０４０～１０５９、１０４５～１０６４、１０９８～１１１７、１３６１～１３８０、１３６６～１３８５、１３７１～１３９０、１３７８～１３９７、および１３８６～１４０５のうちの任意の１つに含まれる核酸塩基の等長部分に対して少なくとも９０％相補的である、少なくとも１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個の連続核酸塩基の一部分を含む、請求項１０～１４のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  16. ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、アルキルホスフェート結合、アルキルホスホネート結合、３－メトキシプロピルホスホネート結合、ホスホロジチオエート結合、ホスホトリエステル結合、メチルホスホネート結合、アミノアルキルホスホトリエステル結合、アルキレンホスホネート結合、ホスフィネート結合、ホスホルアミデート結合、ホスホルアミドチエート結合、ホスホロジアミデート（例えば、ホスホロジアミデートモルホリノ（ＰＭＯ）、３’アミノリボース、または５’アミノリボースを含む）結合、アミノアルキルホスホルアミデート結合、チオホスホルアミデート結合、チオノアルキルホスホネート結合、チオノアルキルホスホトリエステル結合、チオホスフェート結合、セレノホスフェート結合、およびボラノホスフェート結合、またはその任意の組合せ（複数可）からなる群から選択される少なくとも１つのヌクレオシド結合を含む、請求項１～１５のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  17. ヌクレオチド配列の少なくとも１つのヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエート結合である、請求項１～１６のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  18. 前記ホスホロチオエートヌクレオシド間結合が、ＲｐコンフィギュレーションまたはＳｐコンフィギュレーションの一方である、請求項１７に記載のオリゴヌクレオチド。
  19. １つまたは複数のキラル中心および／または二重結合を含む、請求項１～１８のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  20. 幾何異性体、エナンチオマー、およびジアステレオマーから選択される立体異性体として存在する、請求項１９に記載のオリゴヌクレオチド。
  21. 前記ヌクレオチド配列のすべてのヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエート結合である、請求項１～２０のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  22. 少なくとも１つの改変型核酸塩基を含む、請求項１～２１のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  23. 前記少なくとも１つの改変型核酸塩基が、５－メチルシトシン、プソイドウリジン、または５－メトキシウリジンである、請求項２２に記載のオリゴヌクレオチド。
  24. 改変型糖部分を有する少なくとも１つのヌクレオシドを含む、請求項１～２３のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  25. 前記改変型糖部分が、２’－ＯＭｅ改変型糖部分、二環式糖部分、２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）（２’ＭＯＥ）、２’－デオキシ－２’－フルオロヌクレオシド、２’－フルオロ－β－Ｄ－アラビノヌクレオシド、ロックド核酸（ＬＮＡ）、拘束エチル２’－４’－架橋型核酸（ｃＥｔ）、Ｓ－ｃＥｔ、ヘキシトール核酸（ＨＮＡ）、および三環系アナログ（例えば、ｔｃＤＮＡ）のうちの１つである、請求項２４に記載のオリゴヌクレオチド。
  26. 改変型糖部分を有する２、３、４、５、６、７、８、９個、または１０個のヌクレオシドを含む、請求項１～２５のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  27. 前記改変型糖部分が、独立して、２’－ＯＭｅ改変型糖部分、二環式糖部分、２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）（２’ＭＯＥ）、２’－デオキシ－２’－フルオロヌクレオシド、２’－フルオロ－β－Ｄ－アラビノヌクレオシド、ロックド核酸（ＬＮＡ）、拘束エチル２’－４’－架橋型核酸（ｃＥｔ）、Ｓ－ｃＥｔ、ヘキシトール核酸（ＨＮＡ）、および三環系アナログ（例えば、ｔｃＤＮＡ）のうちの任意の１つである、請求項２６に記載のオリゴヌクレオチド。
  28. １０個の２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）（２’ＭＯＥ）ヌクレオシドを含む、請求項１～２７のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  29. ２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）（２’ＭＯＥ）ヌクレオシドのうちの５個が、前記オリゴヌクレオチドの３’末端に位置し、かつ２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）（２’ＭＯＥ）ヌクレオシドのうちの５個が、前記オリゴヌクレオチドの５’末端に位置する、請求項２８に記載のオリゴヌクレオチド。
  30. 前記改変型糖部分を有する前記少なくとも１つのヌクレオシド、または改変型糖部分を有する複数のヌクレオシドが、リボヌクレオシドである、請求項２４～２９のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  31. 少なくとも１つのデオキシリボヌクレオシドを含む、請求項１～３０のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  32. ２、３、４、５、６、７、８、９個、または１０個のデオキシリボヌクレオシドを含む、請求項１～３１のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  33. ｅ．結合型デオキシリボヌクレオシド、２’－フルオロアラビノ核酸（ＦＡＮＡ）、およびフルオロシクロヘキセニル核酸（Ｆ－ＣｅＮＡ）のうちの１つまたは複数を含むギャップセグメント
    ｆ．結合型ヌクレオシドを含む５’ウィング領域、ならびに
    ｇ．結合型ヌクレオシドを含む３’ウィング領域、
    を含み、
    ｈ．センター領域が、５’ウィングセグメントと３’ウィングセグメントとの間に位置する配列番号２～９５５、配列番号１９１０～２８６３、または配列番号２８６８～２９５９のうちの任意の１つの等長部分に対して少なくとも８０％の同一性を有する、少なくとも８個の連続核酸塩基の領域を含み、５’ウィング領域と３’ウィング領域のそれぞれが、少なくとも２つの結合型ヌクレオシドを含み、および各ウィング領域の少なくとも１つのヌクレオシドが改変型糖を含む、
    請求項１～１７のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  34. 前記５’ウィング領域の前記少なくとも２つの結合型ヌクレオシドが、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を通じて結合しており、および／または前記３’ウィング領域の前記少なくとも２つの結合型ヌクレオシドが、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を通じて独立に結合している、請求項３３に記載のオリゴヌクレオチド。
  35. 前記５’ウィング領域のヌクレオシド間結合のいずれも、および／または前記３’ウィング領域のヌクレオシド間結合のいずれも、独立してホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、請求項３３または３４に記載のオリゴヌクレオチド。
  36. 前記５’ウィング領域が、少なくとも１つのホスホジエステルヌクレオシド間結合をさらに含む、請求項３３または３４に記載のオリゴヌクレオチド。
  37. 前記３’ウィング領域が、少なくとも１つのホスホジエステルヌクレオシド間結合をさらに含む、請求項３３または３４に記載のオリゴヌクレオチド。
  38. 前記５’ウィング領域の前記少なくとも２つの結合型ヌクレオシドが、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を通じて結合しており、および／または前記３’ウィング領域の前記少なくとも２つの結合型ヌクレオシドが、独立してホスホジエステルヌクレオシド間結合を通じて結合している、請求項３３に記載のオリゴヌクレオチド。
  39. 前記センター領域のヌクレオシド間結合の少なくとも１つが、ホスホジエステル結合である、請求項３３～３８のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  40. 前記センター領域のヌクレオシド間結合の少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、または少なくとも９個が、ホスホジエステル結合である、請求項３９に記載のオリゴヌクレオチド。
  41. 前記センター領域のヌクレオシド間結合の少なくとも１つが、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、請求項３３～３８のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  42. 前記センター領域のヌクレオシド間結合の少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、または少なくとも９個が、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、請求項４１に記載のオリゴヌクレオチド。
  43. 前記オリゴヌクレオチドのすべてのヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、請求項３３～３４または４１～４２のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  44. ホスホロチオエートヌクレオシド間結合の任意の１つまたはすべてが、Ｒｐコンフィギュレーション、Ｓｐコンフィギュレーション、またはＲｐおよびＳｐコンフィギュレーションの任意の組合せである、請求項３３～４３のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  45. 少なくとも１つの改変型糖部分を含む、請求項３３～４４のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  46. 前記５’ウィング領域または前記３’ウィング領域が、少なくとも１つの改変型糖部分を含む、請求項４５に記載のオリゴヌクレオチド。
  47. 前記センター領域が、少なくとも１つの改変型糖部分を含む、請求項４５に記載のオリゴヌクレオチド。
  48. 前記少なくとも１つの改変型糖部分が、２’－ＯＭｅ改変型糖部分、二環式糖部分、２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）（２’ＭＯＥ）、２’－デオキシ－２’－フルオロヌクレオシド、２’－フルオロ－β－Ｄ－アラビノヌクレオシド、ロックド核酸（ＬＮＡ）、拘束エチル２’－４’－架橋型核酸（ｃＥｔ）、Ｓ－ｃＥｔ、ｔｃＤＮＡ、ヘキシトール核酸（ＨＮＡ）、および三環系アナログ（例えば、ｔｃＤＮＡ）のうちの任意の１つである、請求項４５～４７のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  49. １つまたは複数の２’－ＭＯＥヌクレオシドを含む、請求項４５～４８のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  50. 前記５’ウィング領域または前記３’ウィング領域が、１つまたは複数の２’－ＭＯＥヌクレオシドを含む、請求項４９に記載のオリゴヌクレオチド。
  51. 前記５’ウィング領域または前記３’ウィング領域が、２、３、４、または５個の２’－ＭＯＥヌクレオシドを含む、請求項４９または５０に記載のオリゴヌクレオチド。
  52. 前記５’ウィング領域のいずれも、または前記３’ウィング領域のヌクレオシドのいずれも、２’－ＭＯＥヌクレオシドである、請求項５１に記載のオリゴヌクレオチド。
  53. 前記センター領域が、１つまたは複数の２’－ＭＯＥヌクレオシドを含む、請求項４９に記載のオリゴヌクレオチド。
  54. 前記センター領域が、２、３、４、５、６、７、８、９個、または１０個の２’－ＭＯＥヌクレオシドを含む、請求項５３に記載のオリゴヌクレオチド。
  55. 前記センター領域のヌクレオシドのいずれも、２’－ＭＯＥヌクレオシドである、請求項５４に記載のオリゴヌクレオチド。
  56. 前記１つまたは複数の２’－ＭＯＥヌクレオシドが、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を通じて結合している、請求項４９～５５のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  57. ｅ＝２’－ＭＯＥヌクレオシドおよびｄ＝デオキシリボヌクレオシドである、下記の任意のパターン：ｅｅｅｅｅ－ｄ１０－ｅｅｅｅｅ、ｅｅｅ－ｄ８－ｅｅｅ、ｅｅｅ－ｄ１０－ｅｅｅ、ｅｅｅｅ－ｄ１０－ｅｅｅｅ、およびｅｅｅｅ－ｄ８－ｅｅｅｅで、糖改変部を含む、請求項３３に記載のオリゴヌクレオチド。
  58. ｓ＝ホスホロチオエート結合、およびｏ＝ホスホジエステル結合である、下記の任意のパターン：ｓｓｓｓｓｏｏｏｏｏｏｏｏｏｓｓｓｓｓ；ｏｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｏｏ；ｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｓｓｓｓｓ；ｓｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓ；ｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓ；ｓｓｓｓｓｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏ；ｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓ；ｓｓｓｏｏｏｏｏｏｏｓｓｓ；ｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏ；ｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓ；ｓｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｓ；ｓｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓ；ｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｓ；ｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏ；ｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓ；ｓｓｓｏｏｏｏｏｏｏｏｏｓｓｓ；ｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏ；ｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓ；ｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏ；ｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓ；ｓｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｓ；ｓｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓ；ｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｓ；ｓｓｓｓｏｏｏｏｏｏｏｏｏｓｓｓｓ；ｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｏ；ｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓ；ｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｏ；ｓｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓ；ｓｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓ；ｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓ；ｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓ；ｓｓｓｓｏｏｏｏｏｏｏｓｓｓｓ；ｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｏ；ｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｏ；ｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓ；ｓｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓ；ｓｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓ；ｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓ；またはｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓで、ヌクレオシド間結合を含む、請求項５７に記載のオリゴヌクレオチド。
  59. ｅ＝２’－ＭＯＥヌクレオシドおよびｄ＝デオキシリボヌクレオシド、ならびにｓ＝ホスホロチオエート結合およびｏ＝ホスホジエステル結合である下記の任意のパターン：ｓｓｓｓｏｏｏｏｏｏｏｏｏｓｓｓｓ
    ａ）ｅｅｅｅｅ－ｄ１０－ｅｅｅｅｅかつｓｓｓｓｓｏｏｏｏｏｏｏｏｏｓｓｓｓｓ；
    ｂ）ｅｅｅｅｅ－ｄ１０－ｅｅｅｅｅかつｏｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｏｏ；
    ｃ）ｅｅｅｅｅ－ｄ１０－ｅｅｅｅｅかつｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓ；
    ｄ）ｅｅｅ－ｄ８－ｅｅｅかつｓｓｓｏｏｏｏｏｏｏｓｓｓ；
    ｅ）ｅｅｅ－ｄ８－ｅｅｅかつｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏ
    ｆ）ｅｅｅ－ｄ８－ｅｅｅかつｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓ；
    ｇ）ｅｅｅ－ｄ１０－ｅｅｅかつｓｓｓｏｏｏｏｏｏｏｏｏｓｓｓ；
    ｈ）ｅｅｅ－ｄ１０－ｅｅｅかつｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏ；
    ｉ）ｅｅｅ－ｄ１０－ｅｅｅかつｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓ；
    ｊ）ｅｅｅｅ－ｄ１０－ｅｅｅｅかつｓｓｓｓｏｏｏｏｏｏｏｏｏｓｓｓｓ；
    ｋ）ｅｅｅｅ－ｄ１０－ｅｅｅｅかつｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｏ；
    ｌ）ｅｅｅｅ－ｄ１０－ｅｅｅｅかつｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓ；
    ｍ）ｅｅｅｅ－ｄ８－ｅｅｅｅかつｓｓｓｓｏｏｏｏｏｏｏｓｓｓｓ、
    ｎ）ｅｅｅｅ－ｄ８－ｅｅｅｅかつｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｏ、
    ｏ）ｅｅｅｅ－ｄ８－ｅｅｅｅかつｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓ
    で、糖改変部とヌクレオシド間結合との組合せをそれぞれ含む、請求項５７または５８に記載のオリゴヌクレオチド。
  60. 少なくとも１つの改変型核酸塩基を含む、請求項３３～５９のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  61. 前記５’ウィング領域または前記３’ウィング領域が、前記少なくとも１つの改変型核酸塩基を含む、請求項６０に記載のオリゴヌクレオチド。
  62. 前記センター領域が、前記少なくとも１つの改変型核酸塩基を含む、請求項６０に記載のオリゴヌクレオチド。
  63. 前記少なくとも１つの改変型核酸塩基が、５’－メチルシトシン、プソイドウリジン、または５－メトキシウリジンである、請求項６０～６２のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  64. 前記５’ウィング領域または前記３’ウィング領域内のシトシンのいずれも、５’－メチルシトシンである、請求項６０～６３のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  65. 前記センター領域内のシトシンのいずれも、５’－メチルシトシンである、請求項６０～６４のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  66. ｅ＝２’－ＭＯＥヌクレオシドおよびｄ＝デオキシリボヌクレオシド、ならびにｓ＝ホスホロチオエート結合である、ｅｅｅｅｅ－ｄ１０－ｅｅｅｅｅかつｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓの糖改変部とヌクレオシド間結合との組合せを含み、
    ２’ＭＯＥヌクレオシドの各シトシンが、５－メチルシトシンである、請求項３３に記載のオリゴヌクレオチド。
  67. コンジュゲート部分をさらに含む、請求項１～６６のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  68. 前記コンジュゲート部分が、前記オリゴヌクレオチドの３’末端に位置するコレステロールコンジュゲートである、請求項６７に記載のオリゴヌクレオチド。
  69. 請求項１～６８のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド、または薬学的に許容されるその塩、および薬学的に許容される賦形剤を含む医薬組成物。
  70. それを必要としている患者における神経学的疾患を処置する方法であって、請求項１～６８のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチドもしくは薬学的に許容されるその塩、または請求項６９に記載の医薬組成物を患者に投与するステップを含む方法。
  71. 前記神経学的疾患が、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）、ＦＴＤを伴うＡＬＳ、アルツハイマー病（ＡＤ）、パーキンソン病（ＰＤ）、ハンチントン病、腕神経叢損傷、末梢神経損傷、進行性核上性麻痺（ＰＳＰ）、頭部外傷、脊髄損傷、皮質基底核変性症（ＣＢＤ）および／またはニューロパシー、例えば化学療法誘発性ニューロパシー等、脊髄小脳失調症（ＳＣＡ）、ニーマン・ピック病Ｃ型（ＮＰＣ）、シャルコー・マリー・トゥース病（ＣＭＴ）、ムコ多糖症ＩＩ型（ＭＰＳＩＩＡ）、ムコリピドーシスＩＶ、ＧＭ１ガングリオシド蓄積症、孤発性封入体筋炎（ｓＩＢＭ）、ヘノッホ・シェーンライン紫斑病（ＨＳＰ）、またはゴーシェ病からなる群から選択される、請求項７０に記載の方法。
  72. 細胞における自食作用を増加させる方法であって、前記細胞をＰＰＭ１Ａ阻害剤に曝露するステップを含む方法。
  73. 細胞におけるＴＢＫ１ ｓｅｒ１７２リン酸化を増加させる方法であって、前記細胞をＰＰＭ１Ａ阻害剤に曝露するステップを含む方法。
  74. 細胞におけるＴＢＫ１機能を増加させる方法であって、前記細胞をＰＰＭ１Ａ阻害剤に曝露するステップを含む方法。
  75. 細胞におけるＰＰＭ１Ａを阻害する方法であって、前記細胞をＰＰＭ１Ａ阻害剤に曝露するステップを含む方法。
  76. 細胞におけるＲＩＰＫ１活性を阻害する方法であって、前記細胞をＰＰＭ１Ａ阻害剤に曝露するステップを含む方法。
  77. 前記細胞が、神経学的疾患の処置を必要としている患者の細胞である、請求項７２～７６のいずれか一項に記載の方法。
  78. 前記神経学的疾患が、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）、ＦＴＤを伴うＡＬＳ、アルツハイマー病（ＡＤ）、パーキンソン病（ＰＤ）、ハンチントン病、腕神経叢損傷、末梢神経損傷、進行性核上性麻痺（ＰＳＰ）、頭部外傷、脊髄損傷、皮質基底核変性症（ＣＢＤ）および／またはニューロパシー、例えば化学療法誘発性ニューロパシー等、脊髄小脳失調症（ＳＣＡ）、ニーマン・ピック病Ｃ型（ＮＰＣ）、シャルコー・マリー・トゥース病（ＣＭＴ）、ムコ多糖症ＩＩ型（ＭＰＳＩＩＡ）、ムコリピドーシスＩＶ、ＧＭ１ガングリオシド蓄積症、孤発性封入体筋炎（ｓＩＢＭ）、ヘノッホ・シェーンライン紫斑病（ＨＳＰ）、またはゴーシェ病からなる群から選択される、請求項７７に記載の方法。
  79. 前記曝露するステップが、ｉｎ ｖｉｖｏまたはｅｘ ｖｉｖｏで実施される、請求項７２～７５のいずれか一項に記載の方法。
  80. 前記曝露するステップが、前記ＰＰＭ１Ａ阻害剤を、それを必要とする患者に対して投与することを含む、請求項７２～７９のいずれか一項に記載の方法。
  81. 前記ＰＰＭ１Ａ阻害剤が、局所、非経口、髄腔内、大槽内、経口、直腸内、頬側、舌下、膣腔内、肺内、気管内、鼻腔内、経皮、または十二指腸内投与される、請求項７２～８０のいずれか一項に記載の方法。
  82. 前記ＰＰＭ１Ａ阻害剤が、髄腔内投与される、請求項８１に記載の方法。
  83. 治療有効量のＰＰＭ１Ａ阻害剤が投与される、請求項７２～８２のいずれか一項に記載の方法。
  84. 前記患者が、ヒトである、請求項７７～７８または８０～８３のいずれか一項に記載の方法。
  85. 前記ＰＰＭ１Ａ阻害剤が、請求項１～６８のいずれか一項に記載のＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、薬学的に許容されるその塩、または請求項６９に記載の医薬組成物を含む、請求項７２～８４のいずれか一項に記載の方法。
  86. 局所、髄腔内、非経口、経口、肺内、気管内、鼻腔内、経皮、直腸内、頬側、舌下、膣腔内、大槽内、または十二指腸内投与に適する、請求項６９に記載の医薬組成物。
  87. 神経学的疾患を処置するための医薬の製造におけるＰＰＭ１Ａ阻害剤の使用。
  88. 前記神経学的疾患が、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）、ＦＴＤを伴うＡＬＳ、アルツハイマー病（ＡＤ）、パーキンソン病（ＰＤ）、ハンチントン病、腕神経叢損傷、末梢神経損傷、進行性核上性麻痺（ＰＳＰ）、頭部外傷、脊髄損傷、皮質基底核変性症（ＣＢＤ）および／またはニューロパシー、例えば化学療法誘発性ニューロパシー等、脊髄小脳失調症（ＳＣＡ）、ニーマン・ピック病Ｃ型（ＮＰＣ）、シャルコー・マリー・トゥース病（ＣＭＴ）、ムコ多糖症ＩＩ型（ＭＰＳＩＩＡ）、ムコリピドーシスＩＶ、ＧＭ１ガングリオシド蓄積症、孤発性封入体筋炎（ｓＩＢＭ）、ヘノッホ・シェーンライン紫斑病（ＨＳＰ）、またはゴーシェ病からなる群から選択される、請求項８７に記載の使用。
  89. 前記ＰＰＭ１Ａ阻害剤が、請求項１から６８のいずれか一項に記載のＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチドである、請求項８７または８８に記載の使用。
  90. それを必要としている患者における神経学的疾患を処置する方法であって、ＰＰＭ１Ａ阻害剤および薬学的に許容される賦形剤を含む、治療有効量の医薬組成物を、それを必要としている患者に対して投与するステップを含む方法。
  91. 前記神経学的疾患が、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）、ＦＴＤを伴うＡＬＳ、アルツハイマー病（ＡＤ）、パーキンソン病（ＰＤ）、ハンチントン病、腕神経叢損傷、末梢神経損傷、進行性核上性麻痺（ＰＳＰ）、頭部外傷、脊髄損傷、皮質基底核変性症（ＣＢＤ）および／またはニューロパシー、例えば化学療法誘発性ニューロパシー等、脊髄小脳失調症（ＳＣＡ）、ニーマン・ピック病Ｃ型（ＮＰＣ）、シャルコー・マリー・トゥース病（ＣＭＴ）、ムコ多糖症ＩＩ型（ＭＰＳＩＩＡ）、ムコリピドーシスＩＶ、ＧＭ１ガングリオシド蓄積症、孤発性封入体筋炎（ｓＩＢＭ）、ヘノッホ・シェーンライン紫斑病（ＨＳＰ）、またはゴーシェ病からなる群から選択される、請求項９０に記載の方法。
  92. 前記ＰＰＭ１Ａ阻害剤が、請求項１から６８のいずれか一項に記載のＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、薬学的に許容されるその塩、または請求項６９に記載の医薬組成物である、請求項９０または９１に記載の方法。
  93. 前記医薬組成物が、局所、非経口、経口、肺内、直腸内、頬側、舌下、膣腔内、気管内、鼻腔内、髄腔内、大槽内、経皮、または十二指腸内投与される、請求項９０～９２のいずれか一項に記載の方法。
  94. 前記医薬組成物が、髄腔内投与される、請求項９０～９３のいずれか一項に記載の方法。
  95. 前記患者が、ヒトである、請求項９０～９４のいずれか一項に記載の方法。
  96. 医薬として使用するための、請求項１～６８のいずれか一項に記載のＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチドまたは薬学的に許容されるその塩。
  97. 神経学的疾患の処置において使用するための、請求項１～６８のいずれか一項に記載のＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチドまたは薬学的に許容されるその塩。
  98. 前記神経学的疾患が、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）、ＦＴＤを伴うＡＬＳ、アルツハイマー病（ＡＤ）、パーキンソン病（ＰＤ）、ハンチントン病、腕神経叢損傷、末梢神経損傷、進行性核上性麻痺（ＰＳＰ）、頭部外傷、脊髄損傷、皮質基底核変性症（ＣＢＤ）および／またはニューロパシー、例えば化学療法誘発性ニューロパシー等、脊髄小脳失調症（ＳＣＡ）、ニーマン・ピック病Ｃ型（ＮＰＣ）、シャルコー・マリー・トゥース病（ＣＭＴ）、ムコ多糖症ＩＩ型（ＭＰＳＩＩＡ）、ムコリピドーシスＩＶ、ＧＭ１ガングリオシド蓄積症、孤発性封入体筋炎（ｓＩＢＭ）、ヘノッホ・シェーンライン紫斑病（ＨＳＰ）、またはゴーシェ病からなる群から選択される、請求項９６または９７に記載の、使用するためのＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド。
  99. 配列番号２～９５５、配列番号１９１０～２８６３、配列番号２８６８～２９１３、および配列番号２９１４～２９５９のうちの任意の１つのヌクレオチド配列を含むＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド、または薬学的に許容されるその塩からなる群から選択されるプロテインホスファターゼ１Ａ（ＰＰＭ１Ａ）アンチセンスオリゴヌクレオチドであって、
    前記ヌクレオチド配列の少なくとも１つのヌクレオシド結合が、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、アルキルホスフェート結合、アルキルホスホネート結合、３－メトキシプロピルホスホネート結合、ホスホロジチオエート結合、ホスホトリエステル結合、メチルホスホネート結合、アミノアルキルホスホトリエステル結合、アルキレンホスホネート結合、ホスフィネート結合、ホスホルアミデート結合、ホスホルアミドチオエート結合、ホスホロジアミデート（例えば、ホスホロジアミデートモルホリノ（ＰＭＯ）、３’アミノリボース、または５’アミノリボースを含む）結合、アミノアルキルホスホルアミデート結合、チオホスホルアミデート結合、チオノアルキルホスホネート結合、チオノアルキルホスホトリエステル結合、チオホスフェート結合、セレノホスフェート結合、およびボラノホスフェート結合からなる群から選択され、ならびに／または
    結合型ヌクレオシドの少なくとも１つのヌクレオシドが、２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）（２’－ＭＯＥ）ヌクレオシド、２’－Ｏ－メチルヌクレオシド、２’－デオキシ－２’－フルオロヌクレオシド、２’－フルオロ－β－Ｄ－アラビノヌクレオシド、ロックド核酸（ＬＮＡ）、拘束メトキシエチル（ｃＭＯＥ）、拘束エチル（ｃＥＴ）、およびペプチド核酸（ＰＮＡ）からなる群から選択されるコンポーネントにより置換されている、
    プロテインホスファターゼ１Ａ（ＰＰＭ１Ａ）アンチセンスオリゴヌクレオチド。
  100. 前記ヌクレオチド配列の少なくとも１つのヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエート結合である、請求項９９に記載のＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド。
  101. 前記ホスホロチオエートヌクレオシド間結合が、ＲｐコンフィギュレーションまたはＳｐコンフィギュレーションの一方である、請求項１００に記載のＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド。
  102. 前記ヌクレオチド配列のすべてのヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエート結合である、請求項９９または１００に記載のＰＰＭ１Ａアンチセンスオリゴヌクレオチド
  103. 請求項９９～１０２のいずれか一項に記載のアンチセンスオリゴヌクレオチドまたは薬学的に許容されるその塩、および薬学的に許容される賦形剤を含む医薬組成物。
  104. 処置の対象となる前記患者が、前記患者の血漿、脊髄液、脳脊髄液、細胞外小胞（例えば、ＣＳＦエキソソーム）、血液、尿、リンパ液、糞便、または組織において、ニューロフィラメント軽鎖（ＮＥＦＬ）、ニューロフィラメント重鎖（ＮＥＦＨ）、リン酸化されたニューロフィラメント重鎖（ｐＮＦＨ）、ＴＤＰ－４３、またはｐ７５ＥＣＤの存在またはその発現レベルを測定することにより特定される、請求項７０～７１、７７～７８、および９０～９５のいずれか一項に記載の方法。
  105. 処置の対象となる前記患者が、脳脊髄液（ＣＳＦ）中のリン酸化されたニューロフィラメント重鎖（ｐＮＦＨ）を測定することにより特定される、請求項１０４に記載の方法。
  106. 前記患者のＣＳＦ中のｐＮＦＨが、初回投与後および／または継続中の処置の間に、Ｃ９ＯＲＦ７２関連筋萎縮性側索硬化症（ｃ９ＡＬＳ）患者における疾患状態および生存率を予測するのに使用される、請求項１０５に記載の方法。
  107. それを必要としている患者における神経学的疾患および／またはニューロパシーを処置する方法であって、治療有効量の請求項１～６８のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチドもしくは薬学的に許容されるその塩、または請求項６９に記載の医薬組成物を、それを必要としている患者に対して、リルゾール（Ｒｉｌｕｔｅｋ）、トロリルゾール、エダラボン（Ｒａｄｉｃａｖａ）、リバスチグミン、ドネペジル、ガランタミン、選択的セロトニン再取込み阻害薬、抗精神病薬、コリンエステラーゼ阻害剤、メマンチン、ベンゾジアゼピン抗不安薬、ＡＭＸ００３５（ＥＬＹＢＲＩＯ（登録商標））、ＺＩＬＵＣＯＰＬＡＮ（ＲＡ１０１４９５）、デュアルＡＯＮ髄腔内投与剤（例えば、ＢＩＩＢ０６７、ＢＩＩＢ０７８）、ＢＩＩＢ１００、レボドパ／カルビドパ、ドーパミン作動薬（例えば、ロピニロール、プラミペキソール、ロチゴチン）、メドロキシプロゲステロン、ＫＣＮＱ２／ＫＣＮＱ３オープナー、プリドピジン、ＰｒｉｍｅＣ（シプロフロキサシンおよびセレブレックス（Celebrex）の組合せ）、リチウム、抗痙攣薬、および精神刺激剤、ブリージングケア、物理療法、作業療法、発話療法、および栄養支援を含む群から選択される第２の治療剤と組み合わせて投与するステップを含む方法。
  108. 前記神経学的疾患が、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）、またはＦＴＤを伴うＡＬＳのうちの任意の疾患である、請求項１０７に記載の方法。
  109. それを必要としている患者における神経学的疾患および／またはニューロパシーを処置する方法であって、治療有効量の請求項１～６８のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチドもしくは薬学的に許容されるその塩、または請求項６９に記載の医薬組成物を、それを必要としている患者に対して、メマンチン、リバスチグミン、ガランタミン、ドネペジル、Ａｒｉｃｅｐｔ（登録商標）、Ｅｘｅｌｏｎ（登録商標）（リバスチグミン）、Ｒａｚａｄｙｎｅ（登録商標）、アデュカヌマブ、ＢＡＮ２４０１、ＢＩＩＢ０９１（ゴスラネマブ）、ＢＩＩＢ０７６、ＢＩＩＢ０８０（ＩＯＮＩＳ－ＭＡＰＴＲｘ）、エライタ（Elayta）（ＣＴ１８１２）、ＭＫ１９４２、異質遺伝子的ｈＭＳＣ、ニロチニブ、ＡＢＴ－９５７、アシトレチン、ＡＢＴ－３５４、ＧＶ１００１、リルゾール、ＣＡＤ１０６、ＣＮＰ５２０、ＡＤ－３５、リラプラジブ、ＤＨＰ１４０１、Ｔ－８１７ＭＡ、ＴＣ－５６１９、ＴＰＩ－２８７、ＲＶＴ－１０１、ＬＹ４５０１３９、ＪＮＪ－５４８６１９１１、ダパグリフロジン、ＧＳＫ２３９５１２、ＰＦ－０４３６０３６５、ＡＳＰ０７７７、ＳＢ－７４２４５７（５－ＨＴ６受容体アンタゴニスト）、ＰＦ－０３６５４７４６（Ｈ３受容体アンタゴニスト）、ＧＳＫ９３３７７６（Ｆｃ不活性化抗βアミロイド（Ａβ）モノクローナル抗体（ｍＡｂ））、ポシフェン（Posiphen）（（＋）－フェンセリン酒石酸塩）、ＡＭＸ００３５（ＥＬＹＢＲＩＯ（登録商標））、コエンザイムＱ１０、または任意のこれらの組合せを含む群から選択される第２の治療剤と組み合わせて投与するステップを含む方法。
  110. 前記神経学的疾患が、アルツハイマー病である、請求項１０９に記載の方法。
  111. それを必要としている患者における神経学的疾患および／またはニューロパシーを処置する方法であって、治療有効量の請求項１～６８のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチドもしくは薬学的に許容されるその塩、または請求項６９に記載の医薬組成物を、それを必要としている患者に対して、レボドパ、カルビドパ－レビドパ（levidopa）、プラミペキソール、ロピニロール、ロチゴチン、アポモルヒネ、セレギリン、ラサギリン、エンタカポン、トルカポン、アマンタジン、トリヘキシフェニジル、ＢＩＩＢ０５４（シネパネマブ（cinepanemab））、ＢＩＩＢ０９４、ＢＩＩＢ１１８、ＡＢＢＶ－０８０５、ゾニサミド、脳深部刺激療法、脳由来神経栄養因子、幹細胞移植療法、ナイアシン、脳幹刺激療法、ニコチン、ナビロン、ＰＦ－０６６４９７５１、ＤＮＬ２０１、ＬＲＲＫ２阻害剤、ＣＫ１阻害剤、イスラジピン、ＣＬＲ４００１、ＩＲＸ４２０４、ヨヒンビン、コエンザイムＱ１０、ＯＸＢ－１０２、デュロキセチン、ピオグリタゾン、プレラデナント、または任意のこれらの組合せを含む群から選択される第２の治療剤と組み合わせて投与するステップを含む方法。
  112. 前記神経学的疾患が、パーキンソン病である、請求項１１１に記載の方法。
  113. それを必要としている患者における神経学的疾患および／またはニューロパシーを処置する方法であって、治療有効量の請求項１～６８のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチドもしくは薬学的に許容されるその塩、または請求項６９に記載の医薬組成物を、それを必要としている患者に対して、ＵＣＢ０１０７、ＡＢＢＶ－８Ｅ１２、Ｆ－１８ ＡＶ１４５１、ＢＩＩＢ０９２、Ｃ２Ｎ－８Ｅ１２、チデグルシブ、経頭蓋深部磁気刺激療法、リポ酸、トルフェナム酸、リチウム、ＡＺＰ２００６、グリア細胞株由来神経栄養因子、ＮＢＭＩ、スボルキサント（suvorxant）、ゾルピデム、ＴＰＩ２８７、ダブネチド、ピマバンセリン、レボドパ、カルビドパ－レビドパ、プラミペキソール、ロピニロール、ロチゴチン、アポモルヒネ、セレギリン、ラサギリン、エンタカポン、トルカポン、アマンタジン、トリヘキシフェニジル、ＢＩＩＢ０５４（シネパネマブ）、ＢＩＩＢ０９４、ＢＩＩＢ１１８、ＡＢＢＶ－０８０５、ゾニサミド、脳深部刺激療法、脳由来神経栄養因子、幹細胞移植療法、ナイアシン、脳幹刺激療法、ニコチン、ナビロン、ＰＦ－０６６４９７５１、ＤＮＬ２０１、ＬＲＲＫ２阻害剤、ＣＫ１阻害剤、イスラジピン、ＣＬＲ４００１、ＩＲＸ４２０４、ヨヒンビン、コエンザイムＱ１０、ＯＸＢ－１０２、デュロキセチン、ピオグリタゾン、プレラデナント、または任意のこれらの組合せを含む群から選択される第２の治療剤と組み合わせて投与するステップを含む方法。
  114. 前記神経学的疾患が、進行性核上性麻痺（ＰＳＰ）である、請求項１１３に記載の方法。
  115. それを必要としている患者における神経学的疾患および／またはニューロパシーを処置する方法であって、治療有効量の請求項１～６８のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチドもしくは薬学的に許容されるその塩、または請求項６９に記載の医薬組成物を、それを必要としている患者に対して、テトラベナジン、デューテトラベナジン、物理療法、リスペリドン、ハロペリドール、クロルプロマジン、クロナゼパム、ジアゼパム、ベンゾジアゼピン類、選択的セロトニン再取込み阻害薬、クエチアピン、カルバトロール、バルプロエート、ラモトリギン、プリドピジン、δ－９－テトラヒドロカンナビノール、カンナビジオール、幹細胞療法、ＩＳＩＳ－４４３１３９、ニロチニブ、レスベラトロール、ネフラマピモド（neflamapimod）、フェノフィブラート、クレアチン、ＲＯ７２３４２９２、ＳＡＧＥ－７１８、ＷＶＥ－１２０１０２、ＷＶＥ－１２０１０１、ディメボン、ミノサイクリン、脳深部刺激療法、ウルソジオール、コエンザイムＱ１０、ＯＭＳ６４３７６２、ＶＸ１５／２５０３、ＰＦ－０２５４５９２０、ＢＮ８２４５１Ｂ、ＳＥＮ００１４１９６、オランザピン、チアプリダル（tiapridal）（チアプリド）、または任意のこれらの組合せを含む群から選択される第２の治療剤と組み合わせて投与するステップを含む方法。
  116. 前記神経学的疾患が、ハンチントン病である、請求項１１５に記載の方法。
  117. それを必要としている患者における神経学的疾患および／またはニューロパシーを処置する方法であって、治療有効量の請求項１～６８のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチドもしくは薬学的に許容されるその塩、または請求項６９に記載の医薬組成物を、それを必要としている患者に対して、抗凝固剤、抗うつ薬、骨格筋弛緩薬、刺激剤、抗痙攣薬、抗不安薬、エリスロポエチン、高気圧酸素処置法、リハビリテーション療法（例えば、身体、作業、発話、心理学、または業務上のカウンセリング）、または任意のこれらの組合せを含む群から選択される第２の治療剤と組み合わせて投与するステップを含む方法。
  118. 前記神経学的疾患が、頭部外傷である、請求項１１７に記載の方法。
  119. それを必要としている患者における神経学的疾患および／またはニューロパシーを処置する方法であって、治療有効量の請求項１～６８のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチドもしくは薬学的に許容されるその塩、または請求項６９に記載の医薬組成物を、それを必要としている患者に対して、ＡＸＥＲ－２０４、グリブリド、５－ヒドロキシトリプトファン（５－ＨＴＰ）、Ｌ－３，４－ジヒドロキシフェニルアラニン（Ｌ－ＤＯＰＡ）、もしくはリハビリテーション療法（例えば、物理療法、作業療法、レクリエーション療法、支援デバイスの使用、身体運動および健康な食事制限のための改善した戦略）、または任意のこれらの組合せを含む群から選択される第２の治療剤と組み合わせて投与するステップを含む方法。
  120. 前記神経学的疾患が、脊髄損傷である、請求項１１９に記載の方法。
  121. それを必要としている患者における神経学的疾患および／またはニューロパシーを処置する方法であって、治療有効量の請求項１～６８のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチドもしくは薬学的に許容されるその塩、または請求項６９に記載の医薬組成物を、それを必要としている患者に対して、追加の療法として選択され得る、ＴＰＩ－２８７、リチウム、作業療法、物理療法、および発話療法、または任意のこれらの組合せを含む群から選択される第２の治療剤と組み合わせて投与するステップを含む方法。
  122. 前記神経学的疾患が、皮質基底核変性症である、請求項１２１に記載の方法。
  123. それを必要としている患者における神経学的疾患および／またはニューロパシーを処置する方法であって、治療有効量の請求項１～６８のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチドもしくは薬学的に許容されるその塩、または請求項６９に記載の医薬組成物を、それを必要としている患者に対して、ガバペンチン、プレガバリン、ラモトリギン、カルバマゼピン、デュロキセチン、ガバペンチノイド、三環系抗うつ薬、セロトニン－ノルエピネフリン再取込み阻害剤、オピオイド、神経毒、デキストロメトルファン、ニコチンアミドリボシド、ニューロン抗原を標的とする自己抗体（ＴＳ－ＨＤＳおよびＦＧＦＲ３）、または任意のこれらの組合せを含む群から選択される第２の治療剤と組み合わせて投与するステップを含む方法。
  124. 前記ニューロパシーが、化学療法誘発性ニューロパシーである、請求項１２３に記載の方法。
  125. それを必要としている患者における神経学的疾患および／またはニューロパシーを処置する方法であって、治療有効量の請求項１～６８のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチドもしくは薬学的に許容されるその塩、または請求項６９に記載の医薬組成物を、それを必要としている患者に対して、トロリルゾール、ＢＨＶ－４１５７、またはその組合せを含む群から選択される第２の治療剤と組み合わせて投与するステップを含む方法。
  126. 前記神経学的疾患が、脊髄小脳失調症である、請求項１２５に記載の方法。
  127. それを必要としている患者における神経学的疾患および／またはニューロパシーを処置する方法であって、治療有効量の請求項１～６８のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチドもしくは薬学的に許容されるその塩、または請求項６９に記載の医薬組成物を、それを必要としている患者に対して、抗痙攣薬、発話療法、物理療法、作業療法、アドラベタデックス（Adrabetadex）、アリモクロモール（Arimoclomol）、Ｎ－アセチル－Ｌ－ロイシン、または任意のこれらの組合せを含む群から選択される第２の治療剤と組み合わせて投与するステップを含む方法。
  128. 前記神経学的疾患が、ニーマン・ピック病Ｃ型である、請求項１２７に記載の方法。
  129. それを必要としている患者における神経学的疾患および／またはニューロパシーを処置する方法であって、治療有効量の請求項１～６８のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチドもしくは薬学的に許容されるその塩、または請求項６９に記載の医薬組成物を、それを必要としている患者に対して、物理および作業療法、整形手術、整形外科デバイス、ＰＸＴ３００３、または任意のこれらの組合せを含む群から選択される第２の治療剤と組み合わせて投与するステップを含む方法。
  130. 前記神経学的疾患が、シャルコー・マリー・トゥース病（ＣＭＴ）である、請求項１２９に記載の方法。
  131. それを必要としている患者における神経学的疾患および／またはニューロパシーを処置する方法であって、治療有効量の請求項１～６８のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチドもしくは薬学的に許容されるその塩、または請求項６９に記載の医薬組成物を、それを必要としている患者に対して、酵素補充療法：イデュルスルファーゼ（エラプラーゼ）、外科的介入（扁桃摘出術および／またはアデノイド切除術）、ＲＧＸ－１２１遺伝子療法、アダリムマブ、ＭＴ２０１３－３１、または任意のこれらの組合せを含む群から選択される第２の治療剤と組み合わせて投与するステップを含む方法。
  132. 前記神経学的疾患が、ムコ多糖症ＩＩ型（ＭＰＳＩＩＡ）である、請求項１３１に記載の方法。
  133. それを必要としている患者における神経学的疾患および／またはニューロパシーを処置する方法であって、治療有効量の請求項１～６８のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチドもしくは薬学的に許容されるその塩、または請求項６９に記載の医薬組成物を、それを必要としている患者に対して、物理療法、作業療法、および発話療法、コンタクトレンズ、および人工涙液、遺伝上のカウンセリング、または任意のこれらの組合せを含む群から選択される第２の治療剤と組み合わせて投与するステップを含む方法。
  134. 前記神経学的疾患が、ムコリピドーシスＩＶである、請求項１３３に記載の方法。
  135. それを必要としている患者における神経学的疾患および／またはニューロパシーを処置する方法であって、治療有効量の請求項１～６８のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチドもしくは薬学的に許容されるその塩、または請求項６９に記載の医薬組成物を、それを必要としている患者に対して、抗痙攣薬、物理および作業療法、ガラクトシダーゼ、ガラクトシダーゼの遺伝子送達、ＬＹＳ－ＧＭ１０１遺伝子療法、または任意のこれらの組合せを含む群から選択される第２の治療剤と組み合わせて投与するステップを含む方法。
  136. 前記神経学的疾患が、ＧＭ１ガングリオシド蓄積症である、請求項１３５に記載の方法。
  137. それを必要としている患者における神経学的疾患および／またはニューロパシーを処置する方法であって、治療有効量の請求項１～６８のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチドもしくは薬学的に許容されるその塩、または請求項６９に記載の医薬組成物を、それを必要としている患者に対して、物理および作業療法、デバイス、例えば杖、歩行器、車椅子等の使用、免疫抑制剤、ＢＹＭ３３８、または任意のこれらの組合せを含む群から選択される第２の治療剤と組み合わせて投与するステップを含む方法。
  138. 前記神経学的疾患が、孤発性封入体筋炎（ｓＩＢＭ）である、請求項１３７に記載の方法。
  139. それを必要としている患者における神経学的疾患および／またはニューロパシーを処置する方法であって、治療有効量の請求項１～６８のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチドもしくは薬学的に許容されるその塩、または請求項６９に記載の医薬組成物を、それを必要としている患者に対して、コルチコステロイド、コルヒチン、ダプソーン、アザチオプリン、または任意のこれらの組合せを含む群から選択される第２の治療剤と組み合わせて投与するステップを含む方法。
  140. 前記神経学的疾患が、ヘノッホ・シェーンライン紫斑病（ＨＳＰ）である、請求項１３９に記載の方法。
  141. それを必要としている患者における神経学的疾患および／またはニューロパシーを処置する方法であって、治療有効量の請求項１～６８のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチドもしくは薬学的に許容されるその塩、または請求項６９に記載の医薬組成物を、それを必要としている患者に対して、酵素補充療法、基質合成抑制療法、Ｎ－アセチルシステイン、ＧＺ／ＳＡＲ４０２６７１、セレザイム、または任意のこれらの組合せを含む群から選択される第２の治療剤と組み合わせて投与するステップを含む方法。
  142. 前記神経学的疾患が、ゴーシェ病である、請求項１４１に記載の方法。
  143. 前記転写物が、配列番号２８６４の配列を含み、ならびに配列番号１のヌクレオチド８，４７０～８，９２６、４４，９９１～４５，９９０、４９，０５５～４９，１６４、５０，６４７～５０，７０４、および５１，７０３～５８，３３６からさらに転写される、請求項１～３のいずれか一項に記載の方法。
  144. 前記転写物が、配列番号２８６５の配列を含み、ならびに配列番号１のヌクレオチド８，４７０～８，９２６、９，６２９～９，７３０、および４４，９１１～４７，８０４からさらに転写される、請求項１～３のいずれか一項に記載の方法。
  145. 前記転写物が、配列番号２８６６の配列を含み、ならびに配列番号１のヌクレオチド４，９９９～５，２９５、４９，０５５～４９，１６４、５０，６４７～５０，７０４、および５１，７０３～５８，３３６からさらに転写される、請求項１～３のいずれか一項に記載の方法。
  146. 患者における神経学的疾患を処置する方法であって、前記方法が、請求項１～６８のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチドもしくは薬学的に許容されるその塩、または請求項６９に記載の医薬組成物を用いた処置の対象となる患者を選択するステップを含み、処置の対象となる前記患者が、前記患者の血漿、脊髄液、脳脊髄液、細胞外小胞（例えば、ＣＳＦエキソソーム）、血液、尿、リンパ液、糞便、または組織において、ニューロフィラメント軽鎖（ＮＥＦＬ）、ニューロフィラメント重鎖（ＮＥＦＨ）、リン酸化されたニューロフィラメント重鎖（ｐＮＦＨ）、ＴＤＰ－４３、またはｐ７５ＥＣＤの存在またはその発現レベルを測定するステップを含む方法により選択される、方法。
  147. 前記処置の対象となる患者が、脳脊髄液（ＣＳＦ）中のリン酸化されたニューロフィラメント重鎖（ｐＮＦＨ）を測定することにより特定される、請求項１４６に記載の方法。
  148. 前記患者のＣＳＦ中のｐＮＦＨが、初回投与後および／または継続中の処置の間に、Ｃ９ＯＲＦ７２関連筋萎縮性側索硬化症（ｃ９ＡＬＳ）患者における疾患状態および生存率を予測するのに使用される、請求項１４７に記載の方法。
  149. 患者における神経学的疾患を処置する方法であって、前記方法が、請求項１～６８のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチドもしくは薬学的に許容されるその塩、または請求項６９に記載の医薬組成物を用いた処置の対象となる患者を選択するステップを含み、前記方法が、
    前記患者が、ＴＢＫ１、ＴＡＲＤＢＰ、ＳＱＳＴＭ１、ＶＣＰ、Ｃ９ｏｒｆ７２、ＦＵＳ、およびＣＨＣＨＤ１０を含む群から選択される１つまたは複数のＡＬＳ関連遺伝子内に突然変異を有するか否かを判定するステップと、
    前記判定に基づき、前記患者を、処置の対象となる患者候補として特定するステップと、
    任意選択で、請求項１～６８のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチドもしくは薬学的に許容されるその塩、または請求項６９に記載の医薬組成物を、前記患者候補に投与するステップと
    を含む、方法。
  150. 患者における神経学的疾患を処置する方法であって、前記方法が、請求項１～６８のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチドもしくは薬学的に許容されるその塩、または請求項６９に記載の医薬組成物を、前記患者に対して投与するステップを含み、処置の対象となる前記患者が、前記患者の血漿、脊髄液、脳脊髄液、細胞外小胞（例えば、ＣＳＦエキソソーム）、血液、尿、リンパ液、糞便、または組織において、ニューロフィラメント軽鎖（ＮＥＦＬ）、ニューロフィラメント重鎖（ＮＥＦＨ）、リン酸化されたニューロフィラメント重鎖（ｐＮＦＨ）、ＴＤＰ－４３、またはｐ７５ＥＣＤの存在またはその発現レベルを測定するステップを含む方法により選択される、方法。
  151. 処置の対象となる前記患者が、脳脊髄液（ＣＳＦ）中のリン酸化されたニューロフィラメント重鎖（ｐＮＦＨ）を測定することにより特定される、請求項１４６に記載の方法。
  152. 前記患者のＣＳＦ中のｐＮＦＨが、初回投与後および／または継続中の処置の間に、Ｃ９ＯＲＦ７２関連筋萎縮性側索硬化症（ｃ９ＡＬＳ）患者における疾患状態および生存率を予測するのに使用される、請求項１４７に記載の方法。
  153. 患者における神経学的疾患を処置する方法であって、前記方法が、請求項１～６８のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチドもしくは薬学的に許容されるその塩、または請求項６９に記載の医薬組成物を前記患者に対して投与するステップを含み、前記患者が、
    ＴＢＫ１、ＴＡＲＤＢＰ、ＳＱＳＴＭ１、ＶＣＰ、Ｃ９ｏｒｆ７２、ＦＵＳ、およびＣＨＣＨＤ１０を含む群から選択される１つまたは複数のＡＬＳ関連遺伝子内に突然変異を有するか否かを判定するステップと、
    前記判定に基づき、前記患者を、処置の対象となる患者候補として特定するステップと
    を含む方法により処置の対象として選択される、方法。
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