JP2022524304A - 肝細胞がん早期スクリーニング用キット、その製造方法、及びその使用 - Google Patents
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Abstract
Description
従来、遺伝子変化又はタンパク質マーカーは、それぞれ単独でがん早期スクリーニングに用いられてきた。遺伝子変化とタンパク質マーカーの組み合わせによるがん早期スクリーニングも試みられたことがある。遊離した細胞DNA(cfDNA)とタンパク質を組み合わせた液体生検は、多くの組織型のがんの早期検査に潜在力を示してきた。しかしながら、これらの研究の多くは、以前にがんと診断された個体を症例とし、健常個体を対照とした後ろ向きのものである。一方、ごく少数の前向き研究であっても、肝細胞がんについては、従来技術で採用されているマーカーの予測効果は低い。そこで、本発明は、肝細胞がんスクリーニング(HCCスクリーニング)と呼ばれる液体生検測定法を開発し、特定の遺伝子マーカーとタンパク質マーカーを組み合わせ、多拠点コミュニティ集団において慢性HBV感染の早期HCC検査への応用価値を確認した。検証の結果、この方法はHCC個体と非HCC個体を確実に区別し、85%の感度と93%の特異性を有することを示している。発明者らはさらに、この測定法を肝臓超音波検査と血清AFPレベルが正常な331名の個体に適用し、前向き研究を行った。24例の陽性症例を識別し、6~8ヶ月の臨床フォローアップにより、4例がHCCに進展したことを確認した。同じ時期のフォローアップでは、307人のテスト陰性個体はHCC症例を診断できなかった。この測定法は検証セットで100%の感度、94%の特異性、17%の陽性予測値を示した。その陽性予測値(PPV)である17%は、従来のAFPレベルのみによるスクリーニング結果(Chun S, Rhie SY, Ki CS, Kim JE, & Park HD (2015) Evaluation of alpha-fetoprotein as a screening marker for hepatocellular carcinoma in hepatitis prevalent areas. Annals of hepatology 14(6):882-888.)よりも著しく高く、本発明の特定の遺伝子マーカー及び特定のタンパク質マーカーをそれぞれ用いて単独で得られた結果よりも高い。
(1)遺伝子マーカー検出剤及びタンパク質マーカー検出剤を用いて被検者の遺伝子マーカー及びタンパク質マーカーを検出するステップと、(2)前記遺伝子マーカー及びタンパク質マーカーの検出結果を用いて肝細胞がんスクリーニングスコアを算出し、閾値と比較するステップとを含む、肝細胞がん早期スクリーニング方法を提供する。
複数の肝がん患者及び複数の肝がんハイリスク者からなる訓練セットを構築するステップと、
訓練セットの遺伝子マーカー及びタンパク質マーカーを特徴とし、検出結果を特徴スコア値に変換し、罰則付きロジスティック回帰アルゴリズムを用いて、肝がん予測モデルを構築し、肝細胞がんスクリーニングスコアを算出するステップと、
肝細胞がんスクリーニングスコアとサンプルグループ情報とに従って、罰則付きロジスティック回帰モデルの感度と特異性のROC曲線を取得し、ROC曲線に従って、肝がん患者と肝がんハイリスク者とを区別するための閾値となるカットオフ値を決定するステップとを含む。
A1)被験者が肝がん患者であるか否かを予測すること、
A2)被験者が肝がん患者であるか否かを予測するためのキットを製造すること、
A3)肝がんを予測すること、
A4)肝がんを予測するためのキットを製造すること。
A1)被験者が肝がん患者であるか否かを予測すること、
A2)被験者が肝がん患者であるか否かを予測するためのキットを製造すること、
A3)肝がんを予測すること、
A4)肝がんを予測するためのキットを製造すること。
A1)被験者が肝がん患者であるか否かを予測すること、
A2)被験者が肝がん患者であるか否かを予測するためのキットを製造すること、
A3)肝がんを予測すること、
A4)肝がんを予測するためのキットを製造すること。
1、被験血液サンプルcfDNAを抽出する。
2、前記被験血液サンプルcfDNAを取り、KAPA Hyper Prepキットを用いてライブラリーを構築し、被験血液サンプルのcfDNAライブラリーを得る。
3、前記被験血液サンプルのcfDNAライブラリーを取り、sureselect XT標的キャプチャキットを用いて目的領域のハイブリダイゼーションキャプチャを行い、その後、Illuminaプラットフォームでシークエンシングを行う。被験血液サンプルcfDNA中の肝がん突然変異遺伝子の検出結果(突然変異遺伝子及び突然変異頻度を含む)を得る。
4、遺伝子突然変異結果の注釈及び採点
cfDNA中の肝がん突然変異遺伝子の検出結果を、突然変異readsサポート頻度の注釈スコアで注釈する。
5、被験血液サンプルのcfDNAライブラリーを取り、低深度全ゲノムシークエンシングを行い、その後、シークエンシングデータをCNV検出とcfDNA断片長検出を行う。
6、遺伝子コピー数変異の検出結果の特徴抽出
CNV検出結果について次の処理を行う。各染色体腕レベルのCNVシグナル(性染色体は性別がCNVシグナルに与える影響を排除するために削除された)に対して主成分分析(PCA)次元削減処理を行い、累積割合(cumulative proportion)≧95%を閾値として、前の6つの主成分(即ち、CNV次元削減特徴1、CNV次元削減特徴2、CNV次元削減特徴3、CNV次元削減特徴4、CNV次元削減特徴5、CNV次元削減特徴6)をCNV関連の特徴として選択し、CNV次元削減特徴1、CNV次元削減特徴2、CNV次元削減特徴3、CNV次元削減特徴4、CNV次元削減特徴5、CNV次元削減特徴6)をCNV特徴とし後続の計算を行い、各CNV特徴に対応する主成分のスコア値は当該特徴の特徴スコア値となる。
7、cfDNA断片長の検出
低深度全ゲノムシークエンシングデータは、それぞれ、遊離DNA断片長が90bp未満の区間のパーセンテージ、遊離DNA断片が90~140bpの区間のパーセンテージ、遊離DNA断片が141~200bpの区間のパーセンテージ、遊離DNA断片が200bpより大きい区間のパーセンテージという実施例の4つの特徴の分析に用いることができる。
(1)各標本のHBV組み込み変異の特徴スコア値を検出し、検出した各組み込み変異に対して、readsサポート信頼度によってA、B、及びCの3つの等級(組み込みreads数≧10:A等級、10>組み込みreads数>6:B等級、残りはC等級、表7中の第3列を参照)に分け、対応するスコアはそれぞれ1、0.8、及び0.3点であり、その後合計すると、HBV組み込み変異の特徴スコア値が得られる。
(2)各標本HBVとTERT組み込み変異の特徴のスコア値を検出し、TERT組み込みが発生した場合、TERT組み込み変異の特徴スコア値は1であり(readsサポート信頼度の格付けを考慮する必要はない)、TERT組み込みが発生していない場合、TERT組み込み変異の特徴スコア値は0である。
AFPの実測値を閾値(13、20、200、400)の昇順で5つの値の等級:0、5、8、20、30に分け、DCPの実測値を閾値(40、60)の昇順で3つの値の等級:0、2、5に分け、2つのタンパク質マーカーの特徴スコア値とする。
(1)被検者の遺伝子マーカー及びタンパク質マーカーを検出するステップと、
(2)前記遺伝子マーカー及びタンパク質マーカーの検出結果を用いて肝細胞がんスクリーニングスコアを算出し、閾値と比較するステップとを含む、肝細胞がん早期スクリーニング方法を提供する。
(1)被検者の遺伝子マーカー及びタンパク質マーカーを検出するステップと、
(2)前記遺伝子マーカー及びタンパク質マーカーの検出結果を用いて肝細胞がんスクリーニングスコアを算出し、閾値と比較するステップと、
(3)肝細胞がんスクリーニングスコアが閾値よりも高い場合、一定期間後に前記被検者に対して(1)及び(2)ステップを1回又は複数回繰り返すステップとを含む、肝細胞がん早期スクリーニング方法を提供する。
以下の実施例に用いる試験材料は、特に断らない限り、通常の生化学試薬販売店から購入したものである。
以下の実施例における定量試験は、いずれも3回の反復実験を設定し、結果として平均値と取る。
下記の実施例では、各肝がん患者、各肝がんハイリスク者、及び健常ボランティア全員が本研究の内容についてインフォームドコンセントをしている。
MagMAXTMCell-Free DNA Isolation KitはThermo Fisher社の製品である。KAPA Hyper PrepキットはKAPA社の製品である。sureselect XT標的キャプチャキットはAgilent社の製品である。
コミュニティ集団が行った早期HCCスクリーニングプロジェクトに基づき、発明者は2017年に肝がんのハイリスク集団に対してコミュニティに基づくコホート研究(CCOP-LCコホート;中国臨床登録、ChiCTR-EOC-17012835)を立ち上げた。この研究案(NCC201709011)は、国家がんセンター/国家腫瘍臨床医学研究センター/中国医学科学院腫瘍病院の機構審査委員会によって承認された。
早期HCCスクリーニングは、衛生部疾病予防制御センターの中国がん早期検査・早期治療専門家委員会が発表した「がん早期診断・早期治療技術案」に基づいて行われる(Shia YC, Beever JE,Lewin HA,& Schook LB (1991) Restriction fragment length polymorphisms at the porcine t complex polypeptide 1 (TCP1) locus. Anim Genet 22(2):194.)。全てのスクリーニングセンターに、集団に基づくがん登録所と人口動態統計部門が設置されている(Chen W, et al. (2018) Cancer incidence and mortality in China, 2014. Chinese journal of cancer research = Chung-kuo yen cheng yen chiu30(1):1-12.)。簡単に言えば、HBsAg陽性の35~69歳の「健常」個体は、早期HCCスクリーニングに参加してもらう。全ての参加者は、血清AFP濃度測定と超音波検査(US;Aloka ProSound SSD-4000;中国上海)、及びその他の標準的な生化学検査(表2)を受けた。血清AFPレベルと肝結節検査に基づいて、個体をAFP/US陽性、擬似又は陰性とした。「AFP/US陽性」個体は以下のいずれかを有する。1)超音波で測定した結節を考慮せず、血清AFPレベル>400ng/mLである。2)血清AFP濃度を考慮せず、超音波で測定した結節は≧2cmである。3)超音波で測定した結節は≧1cmであり、血清AFPは≧200ng/mlである。「AFP/US擬似」個体は、以下のいずれかを有する。1)超音波で測定した肝結節を考慮せず、血清AFPレベル≧20ng/mlである。2)超音波で測定した結節は≧1cmである。「AFP/US陰性」個体は、血清AFPレベルが<20ng/mLであり、超音波検査で肝臓結節が検出されていないものと定義される。AFP/US陽性の個体は、上級病院(中国三級病院)に紹介され、動的CTや動的MRIで肝がん患者と確診された場合、臨床実践指針に基づく関連治療を受ける(図1)(Omata M,et al. (2017) Asia-Pacific clinical practice guidelines on the management of hepatocellular carcinoma:a 2017 update.Hepatol Int 11(4):317-370.)。確診されなかった個体は、2ヶ月以内に戻って動的CT/MRI検査を受けるようになる。AFP/US擬似個体は、2~3ヶ月以内に2回目の血清AFP定量検査と超音波検査を受けることが推奨されている。
現在の研究の参加者は、中国の江蘇省と安徽省の4つのスクリーニングセンターで個体を評価するCCOP-LCコホートから得られた(図1)。AFP/USスクリーニング期間中(ベースラインを考慮して、2017年10月7日~2018年1月31日の間に実施)に、発明者は末梢血(EDTAを塗布したチューブ内、5mL)を採取し、採取後2時間内に4000gを10分間遠心分離して、血漿・血球を分離した。全ての標本は-80℃で保管した。ほとんどの場合、タンパク質マーカーの測定には0.5mLの血漿が使用され、cfDNA抽出には2mLの血漿が使用される。
製造者の取扱書(Abbott Laboratories;Chicago,IL,USA)によると、市販キットを使用してAbbott ARCHITECT i2000SR化学発光免疫分析装置(CLIA)で血清DCPレベルを測定した。
本発明者は試験を設計してcfDNAのシーケンシングを行い、1)TP53、CTNNB1、AXIN1のコード領域とTERTのプロモーター領域(表3);2)HBV組み込みに対して、スペクトル解析を行った。簡単に言えば、まず、cfDNA断片をランダムなDNAバーコードを有するアダプタ(adaptor)に接続する(図3)。接続された構築物を10回の反応サイクルで増幅して、各元のcfDNA断片を識別する固有のDNAバーコードを有する数百の冗長構築物を含む全ゲノムライブラリーを生成する。増幅されたライブラリーは、5~10回の独立したシークエンシング解析を行うのに十分である。標的領域は、標的特異的プライマー(TSプライマー1)と接合体配列を一致させるプライマー(Perera BP & Kim J (2016) Next-generation sequencing-based 5' rapid amplification of cDNA ends for alternative promoters. Analytical biochemistry 494:82-84;Zheng Z, et al. (2014) Anchored multiplex PCR for targeted next-generation sequencing. Nature medicine 20(12):1479-1484.)(図3)を用いたPCRの9サイクル中にDNAバーコードとともに増幅される。アダプタと標的領域を一致させる一対のネストプライマー(TSプライマー2)を用いて、15サイクルのPCRを再度行い、標的領域をさらに濃縮し、Illuminaシークエンシングアダプタを追加する(図3)。PCRに基づくこの測定法では、有効な濃縮が観察され、>80%のreadsが<10Kbの小標的領域にマッピングされた。該測定法により、本発明は100,000回を超える標的領域、3Gbシークエンシングデータをカバーすることができ、元のcfDNA 5,000コピーの20×冗長シークエンシングが可能となる。DNAバーコードが元のcfDNA分子に接続されている場合、元のcfDNA分子からの冗長readsを追跡して、PCR増幅及び並列変異シーケンシングに固有の呼び出しエラー(calling error)を最小化することができる(Kinde I, Wu J, Papadopoulos N, Kinzler KW, & Vogelstein B (2011) Detection and quantification of rare mutations with massively parallel sequencing. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 108(23):9530-9535;Chaudhuri AA, et al.(2017) Early Detection of Molecular Residual Disease in Localized Lung Cancer by Circulating Tumor DNA Profiling. Cancer discovery 7(12):1394-1403.)。本発明は、今回の測定法で検出された11個の突然変異をデジタルPCRで調べて、全ての突然変異を0.03~0.16%の突然変異スコアで検証した。
シーケンシングreadsは、処理によってタグを抽出し、シーケンスアダプタを除去する。次に、Trimmomatic(v0.36)を使用して、残ったアダプタと低質量領域を除去する。デフォルトパラメータを有する‘bwa(v0.7.10)mem’(Li H & Durbin R (2010) Fast and accurate long-read alignment with Burrows-Wheeler transform. Bioinformatics26(5):589-595.)を使用して、清浄なreadsをhg19及びHBVゲノムにマッピングする。samtools mpileup(Li H, et al. (2009) The Sequence Alignment/Map format and SAMtools. Bioinformatics 25(16):2078-2079.)を用いて、関心のある標的領域においてSNPとINDELからなる候補体突然変異を同定する。正確性を確保するために、同じタグ及び開始座標と終了座標を持つreadsは、一意識別子(Unique Identifier)ファミリー(UIDファミリー)にグループ化される。少なくとも2つのreadsを含有し、その少なくとも80%のreadsが同じタイプであるUIDファミリーは、有効一意識別子(Effective Unique Identifier)ファミリー(EUIDファミリー)として定義される。各突然変異の頻度は、代替EUIDファミリーの数を代替と参照の合計で除算することによって算出される。IGVにおいてさらに手動で突然変異を検査する。Ensembl Variant Effect Predictor(VEP)で候補バリアントを注釈し(Wang J, et al. (2011) CREST maps somatic structural variation in cancer genomes with base-pair resolution. Nat Methods 8(8):652-654)。Crestを用いてHBV組み合わせを同定し(McLaren W, et al. (2016) The Ensembl Variant Effect Predictor. Genome biology 17(1):122.)、また、少なくとも4つのソフトトランケーションシーケンスのサポート(soft-clip reads supports)を必要とする。
1.特徴マッピング及びデータ前処理
1)突然変異注釈及びスコア:
突然変異の頻度(候補突然変異をサポートするreadsのスコア)は、血液中に循環する腫瘍DNAの総量及び腫瘍の大きさに高度に比例する。したがって、本発明は、入力突然変異の全てを、そのreadsサポート頻度で注釈を付ける。
2)突然変異の分解
突然変異を遺伝子レベル又は焦点領域に分解することにより、複数の遺伝子特徴を抽出する。ROIスコアは、関心のある領域(ROI)ごとに算出される。
ここで、nはROIと重複する突然変異の数であり、adj_scoreは突然変異のreadsサポート頻度である。
3)タンパク質及び実験マーカー
DCPとAFPの2つのタンパク質マーカーは、これまでの研究でHCC診断の非常に強力な指標であることが確認された(Chen H, et al. (2018) Direct comparison of five serum biomarkers in early diagnosis of hepatocellular carcinoma. Cancer management and research10:1947-1958.)ため、本発明のモデルに使用されている。これらの値は、複数の数値分類にランク付けされる。cfDNA濃度も本発明のモデルの特徴リストに含まれる。
4)特徴としての臨床情報
HCC診断の可能性が個体の年齢及び性別にある程度関連していることが証明されているので、患者の年齢及び性別も本発明の予測器の一部を構成する。
RandomForestは、候補特徴から有用な変数をスクリーニングすることに使用される。発明者は、バイアスのないアウトオブバッグ誤差推定(unbiasedout-of-bag error estimation)を最小化することにより、逆変数減算(backward variables subtraction)を適用し、実行するごとに1つの特徴を削除する。その後、タンパク質、遺伝子マーカー及び臨床情報を最適化して、二元分類器の最終的な特徴を構築する。HCCを健常個体と比較する訓練では、ctDNA SNP/indel突然変異とタンパク質マーカーのみを使用する。健常群ではHBV感染がないため、HBV-TERT融合又は他のHBV組み込みは含まれない。
罰則付きロジスティック回帰モデルは、65個のHCCと70個の非HCCを含む135個の標本の訓練セットから構築される。モデルの性能は、曲線下面積(AUC)統計によって、訓練データセットと検証データセットの両方について評価される。モデルの感度と特異性は、最適化されたカットオフ値0.4を用いても決定される。このカットオフ値の最適化にはYoudenインデックスが使用される。遺伝子、タンパク質、CNVレベルをそれぞれクラスタリング分析するために、罰則付きロジスティック回帰を用いた特徴ごとの交差検証係数も与える。このモデルはRパッケージ‘glmnet’(Rバージョン3.5.1)で起動され、ペナルティパラメータαは訓練データセット内で10倍交差検証により最適化され、最適化された値は0である。
本発明は、ctDNA突然変異、タンパク質バイオマーカーレベル、及び臨床的特徴を変数とする罰則付きロジスティック回帰モデルを使用する。発明者は、AFP/US陽性及びAFP/US擬似個体において、動的CT/MRI及び/又は組織学的HCC症例及び非HCC症例を定義した(図1)。HCCスクリーニング測定法の感度と特異性は、65例のHCCと70例の非HCCの訓練データセットに対して100回の反復のLOOCV(Leave-One-Out Cross Validation、一個抜き交差検証)を行って算出した。
4つのスクリーニングセンターにおいて、血液B型肝炎ウイルス表面抗原(HBsAg)試験によりコミュニティ個体(n=72720)をスクリーニングし、その後アンケート調査を行った。HBsAg陽性個体(n=3793)にAFP/USスクリーニングに参加してもらった。これらのHBsAg陽性個体のうち、176位に関連するAFP/US結果(AFP/US陽性/擬似群と命名)があり、残りのHBsAg陽性患者はAFP/US陰性群(n=3617)を構成した(図1と表3)。彼らのHCC状態を決定するために、全てのAFP/US陽性/擬似個体は、最初のスクリーニングから2ヶ月以内に動的CT/MRI検査を行うことが推奨された。HCC状態が確実に診断された患者を本研究の訓練セットに入れて、これらの個体から得られたベースラインAFP/US血液サンプルに対してHCCスクリーニング試験を行った(図1)。
本発明は、1)HCCにおいて非常に一般的であり、cfDNAで検出可能な遺伝子改変;及び2)血清タンパク質マーカーであるαフェトプロテイン(AFP)及び脱-γ-カルボキシプロトロンビン(DCP)という2種類のバイオマーカーを用いてHCCスクリーニング測定法を開発した。以前のがんゲノム研究では、HBV関連HCCの多くは、TP53、CTNNB1、AXIN1又はTERTプロモータの遺伝子/位置の突然変異を少なくとも有する(Totoki Y, et al. (2014) Trans-ancestry mutational landscape of hepatocellular carcinoma genomes. Nature genetics 46(12):1267-1273;Zhang W, et al. (2017) Genetic Features of Aflatoxin-associated Hepatocellular Carcinomas. Gastroenterology.)。本発明はまた、HCCの潜在的なバイオマーカーとしてHBV組み込みブレークポイントを考慮する。HBV組み込み部位は各体細胞において一意であるべきであるため、血漿(2~3ml)から複数のコピー(>2)が検出された特定の組み込み部位は、HBV組み込みを有する個々の細胞のクローン増幅を示すことができる。この場合にのみ、そこからできた腫瘍が同じゲノムDNAの複数のコピーを血液中に放出する。本発明は、並列スペクトル解析(profile)可能な遺伝子変化の測定法を設計した。抽出されたcfDNAは、DNAバーコードを有するカスタマイズされたアダプタに接続され、その後、増幅されて全ゲノムライブラリーが生成される。発明者は、TP53、CTNNB1及びAXIN1のコード領域、TERTのプロモーター領域、及びHBV配列をカバーする複数のプライマーを用いて、cDNA末端の迅速増幅(RACE)と同様の方法で、点突然変異及びHBV組み込みを有する標的を濃縮させる(図3)(Chaudhuri AA, et al.(2017) Early Detection of Molecular Residual Disease in Localized Lung Cancer by Circulating Tumor DNA Profiling. Cancer discovery 7(12):1394-1403;Waltari E, et al. (2018) 5' Rapid Amplification of cDNA Ends and Illumina MiSeq Reveals B Cell Receptor Features in Healthy Adults, Adults With Chronic HIV-1 Infection, Cord Blood, and Humanized Mice. Frontiers in immunology 9:628.)。第二世代シークエンシングのreadsは、DNAバーコードによって元のcfDNA分子を追跡することができるため、シークエンシング/増幅エラーから偽陽性一塩基変異(SNV)をフィルタリングすることができる(Kinde I, Wu J, Papadopoulos N, Kinzler KW, & Vogelstein B (2011) Detection and quantification of rare mutations with massively parallel sequencing. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 108(23):9530-9535.)。
HCC検査におけるその有用性を決定するために、本発明は、HCCと診断されたか、又は排除された(非HCC)個体においてHCCスクリーニングを行った。AFP/US陽性/擬似個体から65例のHCCと70例の非HCCを得た。このHCC陽性又はHCC陰性の状態は、動的CT/MRI画像及び組織学に基づいて確認された。この135例の症例を訓練セットとして使用し、HCCスクリーニング結果を臨床診断と比較した。測定法において、異なるタイプのバイオマーカーを組み込んだ分類器を確立するために、本発明は、まず、異なるタイプのcfDNA突然変異を、各遺伝子又は遺伝子座について関心領域(region of interest、ROI)スコアに分解(collapse)する。ROIスコアは、ROI内の各点突然変異の破壊効果及び頻度の加重和である。本発明は、遺伝子におけるSNV/indel突然変異のROIスコアに加えて、HCC状態を予測するための診断分類器を構築するための最終的な特徴として、2つの構造的バリアント特徴(TERTプロモーター領域におけるHBV組み込み及び他のHBV組み込み)、1つの実験的特徴(cfDNA濃度)、2つのタンパク質マーカー(AFP及びDCP)、及び2つの臨床的特徴(年齢及び性別)を追加する(表2)。これらのマーカーを用いて罰則付きロジスティック回帰アルゴリズムを用いると、HCCスクリーニングモデルはHCC症例と非HCC症例をよく区別する(図4のA)。65例のHCCと70例の非HCCの訓練データセットに対して100回の繰り返した一個抜き交差検証(leave-one-out cross validation)を行ったところ、該測定法は、HCC診断において85%の感度と93%の特異性(曲線下面積=0.928)を有することがわかった(図4のB及び図4のC)。HCCスクリーニングスコアのカットオフ値は最高Youdenインデックスのスコアに対して0.4であった(図5のB及び表4)。cfDNAとタンパク質マーカーの両方はHCCの識別に顕著な貢献をした(図4のC及び表5)。
本発明はさらに、AFP/US陰性で臨床症状を示さないHBsAg陽性個体からHCCスクリーニングがHCCを検出できるか否かを試験した。331人のAFP/US陰性個体をHCCスクリーニングで試験し、訓練セットから得られたアルゴリズムに基づいて24例の陽性症例(HCCスクリーニング陽性と呼ばれる)を識別した(図4のD)。
HCCスクリーニング測定法はハイリスク集団で強いHCC識別能力を示した。以前の研究によれば、そのようなハイリスク集団では、HBV感染又は他のリスク因子を持たない健常者とのがん患者の比較よりも感度と特異性が低くなると予測されていた。この仮説をテストするために、本発明は、HBV感染のない70人の健常個体(HBsAg陰性)にHCCスクリーニングを行い、訓練セットのHBsAg陽性の非HCC症例70例の代わりにこれらのデータを使用した。HCCスクリーニング測定法は、cfDNAとタンパク質マーカーの解析により、健常個体からHCC症例を効率的に識別し、感度が98%、特異性が100%であった(図5のA)。しかし、この訓練セット(HCC及び健常個体)から得られたアルゴリズムは、HBsAg陽性の非HCC症例ではパフォーマンスが良くなかった。このアルゴリズムによれば、非HCC症例のほとんどが陽性に分類される一方、HCCと非HCCの症例は高く重複している(図5のB)。さらに、検証セットに対してパフォーマンスが良くなかった。試験では、4つのHCC症例が全て陽性であったが、HBsAg(+)個体の多くは陽性と分類され、生成した特異性と陽性予測値はそれぞれ58%と2.8%にとどまった(図5のB)。一方、HBsAg陽性の検証セットにおけるそのパフォーマンスを除いて、HCCと非HCC症例から得られたアルゴリズムは、全ての健常個体(100%)を正しく陰性に分類した(図5のB)。
一、血液サンプルの取得
肝がん患者の血液サンプルは、臨床的に肝がんと同定された65人の肝がん患者から提供された。
肝がんハイリスク者の血液サンプルは、文献(Omata,M.,et al.,Asia-Pacific clinical practice guidelines on the management of hepatocellular carcinoma:a 2017 update.Hepatol Int,2017.11(4):p.317-370.)に記載されている方法を用いて、肝がんハイリスクと同定された70人の肝がんハイリスク者から提供された。
健常者の血液サンプルは100人の健常ボランティアから提供された。
被験血液サンプルは、65人の肝がん患者の血液サンプル、70人の肝がんハイリスク者の血液サンプル、及び100名の健常者の血液サンプルである。
(1)前記被験血液サンプルのcfDNAを採取し、KAPA Hyper Prepキットを用いてライブラリーを構築し、被験血液サンプルのcfDNAライブラリーを得た。
(2)ステップ(1)を完了した後、前記被験血液サンプルのcfDNAライブラリーによって、sureselect XT標的キャプチャキットを用いて標的領域のハイブリダイゼーションキャプチャを行い、その後、Illuminaプラットフォームで20000×の深さでシークエンシングを行った。検出された遺伝子又はウイルスのバージョン、染色体、開始位置、終了位置及びカバー領域の詳細は表6に示される。
被験血液サンプルは、65人の肝がん患者の血液サンプル、70人の肝がんハイリスク者の血液サンプル、100名の健常者の血液サンプルである。
2、ステップ1を完了した後、前記血漿を採取し、米国アボット社のIMx分析装置を用いてAFPの含有量を検出した。
一部の血液サンプル血漿中のAFP含有量の検出結果は表8の第2列に示される。
被験血液サンプルは65人の肝がん患者の血液サンプル、70人の肝がんハイリスク者の血液サンプル、及び100名の健常者の血液サンプルである。
1、被験血液サンプルを採取し、採血管の上下を逆にして10回混ぜ、4℃、2000gで10min遠心分離した後、上層血漿を遠心分離管(規格1.5mL)に移し、4℃、16000gで10min遠心分離し、上清(即ち血漿)を収集した。
2、ステップ1を完了した後、前記血漿を取り、米国アボット社のARCHITECT i2000SR化学発光免疫分析装置を用いてDCPの含有量を検出した。
一部の被験血液サンプルの血漿中のDCP含有量の検出結果は表8の第3列に示される。
1、遺伝子突然変異結果の注釈及び採点
ステップ二のcfDNA中の肝がん突然変異遺伝子の検出結果に対して、突然変異readsサポート頻度の注釈スコアで注釈を行った。突然変異readsサポートは、組織内の変異細胞の割合を大きく反映しているため、表現型に関連する重要な因子である。
各遺伝子突然変異について、突然変異readsサポート頻度に従って注釈スコアを与え、その後、突然変異部位スコア値を異なるROI(Region Of Interest)区間に累積した(即ち、特徴スコア値が得られる)。この区間は4つの遺伝子(TP53、CTNNB1、TERT及びAXIN1)と1つのTP53 R249Sホットスポット突然変異位置領域を含む。計算式は以下のとおりである。
(1)各標本のHBVとTERT組み込み変異特徴のスコアを検出し、TERT組み込みが発生した場合、TERT組み込み変異の特徴スコア値は1であり、TERT組み込みが発生しない場合、TERT組み込み変異の特徴スコア値は0である。
(2)各標本のHBV組み込み変異の特徴スコア値を検出し、検出した各組み込み変異に対して、readsサポート信頼度によってA、B、及びCの3つの等級(組み込みreads数≧10:A等級;10>組み込みreads数>6:B等級;残りはC等級、表7中の第3列を参照)に分け、対応するスコアはそれぞれ1、0.8、及び0.3点であり、その後合計すると、HBV組み込み変異の特徴スコア値を得た。
ステップ二のCNV検出結果を以下のように処理した。各腕レベルでの計44個のCNVシグナル(性染色体は性別がCNVシグナルに与える影響を排除するために削除された)のスコアに対してPCA次元削減処理を行い、R2値により前の6つの主成分(即ち、CNV次元削減特徴1、CNV次元削減特徴2、CNV次元削減特徴3、CNV次元削減特徴4、CNV次元削減特徴5、CNV次元削減特徴6)をCNV関連の特徴として選択し、CNV次元削減特徴1、CNV次元削減特徴2、CNV次元削減特徴3、CNV次元削減特徴4、CNV次元削減特徴5、CNV次元削減特徴6のR2値は特性スコアとなる。
本発明の発明者は、cfDNA断片長が4つの区間(<90bp、90~140bp、141~200bp、及び>200bp)に占めるパーセンテージを算出し、これらの特徴を予測変数とし、4つの区間に占めるcfDNA断片長のパーセンテージを特徴スコア値とした。
AFPの実測値を閾値(13、20、200、400)の昇順で5つの数値ランク:0、5、8、20、30に、DCPの実測値を閾値(40、60)の昇順で3つの数値ランク:0、2、5に分け、2つのタンパク質マーカーの特徴スコア値とした。
臨床的特徴は患者の年齢、性別を含み、cfDNA濃度(cfDNA含有量/血漿体積)も病例の表現型と一定の相関性を呈し、モデルに組み入れられた。そのうち、cfDNA濃度値はlog2変換後の数値を特徴スコア値とした。年齢の特徴スコア値はサンプルの実際の年齢数値であり、性別が男の場合、特徴スコア値は1、性別が女の場合、特徴スコア値は0であった。
1、ステップ一~五の方法に従って、被験者の22個の特徴の特徴スコア値を得た。
2、ステップ1で得られた特徴スコア値をパラメータとして、罰則付きロジスティック回帰アルゴリズムを用いて65個のHCCと70個の肝がんハイリスク者を含む135個の標本からなる訓練セットデータに対してモデル構築を行い、HCCscreenスコア値を算出した。遺伝子、タンパク質、及びCNVレベルをそれぞれクラスタリング分析するために、罰則付きロジスティック回帰を用いた特徴ごとの交差検証係数も与えられた。このモデルはRパッケージ‘glmnet’(Rバージョン3.5.1)で起動され、ペナルティパラメータαは訓練データセット内で10倍の交差検証により最適化され、最適化された値は0である。その後、HCCScreenスコア値及びサンプルグループ(がん又は非がん)情報によりROC曲線(receiver operating characteristic curve)をプロットした。ヨーデン指数(Youden’s index)が最大のときに対応するHCCScreenスコアの値を閾値とした。このモデルでは、モデルの最適なcut-off値として0.4を選択した。
HCCScreen>0.4の場合は肝がんと判定し、そうでない場合は非肝がんと判定した。
それぞれ肝がん群(65人の肝がん患者からなる)、肝がんハイリスク群(70人の肝がんハイリスク者からなる)、及び健常群(100名の健常ボランティアからなる)をサンプルとして、ステップ七の肝がん予測モデルの予後方法の有効性を検証した。
結果を図7に示す。その結果、肝がん予測モデルは、被験者が肝がん患者であるか否かを予測できることが明らかになった。
Claims (19)
- 遺伝子マーカー検出剤及び/又はタンパク質マーカー検出剤を含む肝細胞がん早期スクリーニング用キット。
- 遺伝子マーカー検出剤及びDCP検出剤を含むAFP陰性被検者の肝細胞がん早期スクリーニング用キット。
- 遺伝子マーカー及び/又はタンパク質マーカーの情報を前記被験者の肝細胞がんスクリーニングスコアに変換し、前記被験者の肝細胞がんスクリーニングスコアから被験者が肝がん患者であるか否かを予測するデータ処理システムをさらに含む、ことを特徴とする請求項1又は2に記載のキット。
- 肝細胞がん早期スクリーニング方法であって、
(1)遺伝子マーカー検出剤及びタンパク質マーカー検出剤を用いて被検者の遺伝子マーカー及びタンパク質マーカーを検出するステップと、
(2)前記遺伝子マーカー及びタンパク質マーカーの検出結果を用いて肝細胞がんスクリーニングスコアを算出し、閾値と比較するステップとを含む、方法。 - 前記肝細胞がんスクリーニングスコア及び閾値は、肝がん予測モデルにより得られ、
前記肝がん予測モデルの構築方法は、
複数の肝がん患者及び複数の肝がんハイリスク者からなる訓練セットを構築するステップと、
訓練セットの遺伝子マーカー及びタンパク質マーカーを特徴とし、検出結果を特徴スコア値に変換し、罰則付きロジスティック回帰アルゴリズムを用いて、肝がん予測モデルを構築し、肝細胞がんスクリーニングスコアを算出するステップと、
肝細胞がんスクリーニングスコアとサンプルグループ情報とに従って、罰則付きロジスティック回帰モデルの感度と特異性のROC曲線を取得し、ROC曲線に従って、肝がん患者と肝がんハイリスク者とを区別するための閾値となるカットオフ値を決定するステップとを含む、ことを特徴とする請求項4に記載の方法。 - 遺伝子マーカー検出剤及びタンパク質マーカー検出剤の、肝細胞がん早期スクリーニングにおける使用。
- 肝細胞がん早期スクリーニング用キットの製造における、遺伝子マーカー検出剤及びタンパク質マーカー検出剤の使用。
- 前記遺伝子マーカー検出剤は、TP53検出剤、CTNNB1検出剤、AXIN1検出剤及びTERT検出剤から選ばれる1種又は複数種、好ましくは3種又は4種を含む、請求項1~7のいずれか1項に記載のキット、方法又は使用。
- 前記タンパク質マーカー検出剤は、AFP検出剤及びDCP検出剤から選ばれる1種又は複数種を含む、請求項1~8のいずれか1項に記載のキット、方法又は使用。
- 前記遺伝子マーカー検出剤は、HBV組み込み検出剤をさらに含む、請求項1~9のいずれか1項に記載のキット、方法又は使用。
- 前記遺伝子マーカー検出剤は、CNV検出剤をさらに含む、請求項1~10のいずれか1項に記載のキット、方法又は使用。
- 前記遺伝子マーカー検出剤は、HBVが遺伝子に組み込まれているか否かの検出試薬をさらに含む、請求項1~11のいずれか1項に記載のキット、方法又は使用。
- 前記遺伝子マーカー検出剤は、cfDNA濃度及び/又はcfDNA長さ検出剤をさらに含む、請求項1~12のいずれか1項に記載のキット、方法又は使用。
- 肝がん突然変異遺伝子の検出試薬、DCP検出試薬、及びAFP検出試薬を含む、肝がん早期スクリーニング用キット。
- HBVが遺伝子に組み込まれているか否かの検出試薬及び/又はcfDNA検出試薬をさらに含む、ことを特徴とする請求項14に記載のキット。
- 被験者の肝がん遺伝子変異情報、DCP含有量、AFP含有量、HBVが遺伝子に組み込まれているか否か、cfDNA情報及び臨床情報を前記被験者の肝細胞がんスクリーニングスコアに変換し、前記被験者の肝細胞がんスクリーニングスコアから被験者が肝がん患者であるか否かを予測するデータ処理システムをさらに含む、ことを特徴とする請求項1、2、3、8、9、10、11、12、13、14又は15に記載のキット。
- 肝がん突然変異遺伝子の検出試薬、DCP検出試薬、AFP検出試薬、HBVが遺伝子に組み込まれているか否かの検出試薬及びcfDNA検出試薬の使用であって、
A1)被験者が肝がん患者であるか否かを予測すること、
A2)被験者が肝がん患者であるか否かを予測するためのキットを製造すること、
A3)肝がんを予測すること、
A4)肝がんを予測するためのキットを製造すること、の少なくとも1つである、使用。 - 被験者の年齢、被験者の性別、被験者の血漿中のDCP含有量、被験者の血漿中のAFP含有量及び「被験者のcfDNA中の肝がん突然変異遺伝子の突然変異タイプ、突然変異reads、遺伝子コピー数変異、HBVが遺伝子に組み込まれているか否か、cfDNA濃度、異なる挿入断片長のcfDNA含有量が占めるパーセンテージ」の、マーカーとしての使用であって、
A1)被験者が肝がん患者であるか否かを予測すること、
A2)被験者が肝がん患者であるか否かを予測するためのキットを製造こと、
A3)肝がんを予測すること、
A4)肝がんを予測するためのキットを製造すること、の少なくとも1つである、使用。 - 肝がん予測方法であって、
被験者の血漿中のDCP含有量とAFP含有量を検出するステップと、
被験者のcfDNA中の肝がん突然変異遺伝子の突然変異タイプ、突然変異reads、遺伝子コピー数変異、HBVが遺伝子に組み込まれているか否か、cfDNA濃度、及び異なる挿入断片長のcfDNA含有量が占めるパーセンテージを検出するステップと、
被験者の年齢と性別を記録するステップと、
前記被験者の情報を肝細胞がんスクリーニングスコアに変換し、肝細胞がんスクリーニングスコアから被験者が肝がん患者であるか否かを予測するステップとを含む、肝がん予測方法。
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