JP2022522802A - Ｔ細胞受容体の選択 - Google Patents

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Abstract

末梢血単核球の開始集団に由来する抗原結合性Ｔ細胞および抗原活性化Ｔ細胞を個別に単離するため、ならびに重複するＴ細胞受容体クロノタイプを同定するための方法が提供される。抗原には、個人的および共有される新生抗原、ならびにがん－精巣抗原が含まれる。Ｔ細胞受容体クロノタイプは、がん処置療法を開発するのにさらに使用され得る。ある特定の実施形態は、例えば、Ｔ細胞受容体クロノタイプ（例えば、稀なＴ細胞受容体クロノタイプ、例えば頻度が、ＰＢＭＣ試料中のＴ細胞１０，０００，０００個当たり１個未満であるＴ細胞受容体クロノタイプ等）を選択するための方法を提供し得る。

Description

関連出願
本出願は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる、２０１９年３月１日出願の米国仮特許出願第６２／８１２，５７２号の利益を主張する。
配列表
本出願は、ＡＳＣＩＩフォーマットで電子的に提出され、およびこれによりその全体が参照により本明細書に組み込まれる配列表を含む。２０２０年２月２６日作成の前記ＡＳＣＩＩのコピーは、１４５６０－００１－２２８＿ＳＥＱ＿ＬＩＳＴＩＮＧ．ｔｘｔと命名され、そのサイズは１０６，０１６バイトである。
本開示は、抗原特異的Ｔ細胞受容体の同定に関する。
がんは、成長して腫瘍になるおそれのある形質転換細胞のクローンを検出および破壊する能力を有するＴ細胞を提供する免疫監視機構の不具合と関係する。研究では、がん特異抗原を認識し、有効な機能的応答を提供することができる補助的Ｔ細胞を操作する方法の開発に重点が置かれてきた。現行のアプローチには、抗原特異的で機能的に応答性のＴ細胞を培養および単離する努力が含まれるが、それからＴ細胞受容体配列が同定され、治療上有効なＴ細胞系を操作するのに使用され得る。
そのようなＴ細胞は、開始末梢血単核球（ＰＢＭＣ）試料内では通常稀である－場合によっては１／１０，０００，０００未満である。その結果、現行アプローチは、徹底した刺激（例えば、ｉｎ ｖｉｔｒｏでのプライミング）、増殖、および富化ステップを多くの場合採用するが、いずれのステップも時間、費用がかかり、成功率が低いおそれさえある。低成功率の原因として、Ｔ細胞刺激はＴ細胞受容体の発現を下方調節し、その検出をより困難にしていることが公知である。それに加えて、Ｔ細胞は、がん細胞が発現する濃度よりもかなり高いと考えられる濃度で、標的抗原によって刺激され、その結果、抗原が生理学的に適切な濃度にあっても機能することができないＴ細胞受容体が選択される。
本開示は、特に、ｉｎ ｖｉｔｒｏでのプライミングの１つまたは複数の制限を回避し、抗原が生理学的に適切な濃度にあるときに、治療上有効なＴ細胞系開発用のＴ細胞受容体候補の事前認定を可能にする、稀な抗原特異的かつ機能的Ｔ細胞を同定する方法を提供することによって、このような短所を克服する。
ある特定の実施形態は、例えば、Ｔ細胞受容体クロノタイプ（例えば、稀なＴ細胞受容体クロノタイプ、例えば頻度が、ＰＢＭＣ試料中のＴ細胞１０，０００，０００個当たり１個未満であるＴ細胞受容体クロノタイプ等）を選択するための方法を提供し得る。ある特定の実施形態では、例えば、方法は、所定の種類の抗原（例えば、個々の腫瘍細胞から選択された、共有腫瘍新生抗原または個別化新生抗原のライブラリーから選択される新生抗原）に対する抗原結合性Ｔ細胞および抗原活性化Ｔ細胞を同定するために、Ｔ細胞の混合物を分析するステップを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、方法は、抗原結合性Ｔ細胞の少なくとも１つおよび抗原活性化Ｔ細胞の少なくとも１つに共有される、少なくとも１つのＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分を同定するステップを含み得る。
Ａ．ある特定の実施形態では、例えば、分析するステップは、抗原結合性Ｔ細胞を同定するために、混合物の第１の一部分を分析すること、および抗原活性化Ｔ細胞を同定するために、混合物の第２の一部分を個別に分析することを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、混合物の第１の一部分を分析することは、Ｐ負荷主要組織適合複合体（ＭＨＣ）タンパク質に結合した１つまたは複数のＴ細胞を検出することを含み得、ここでＰは所定の種類の抗原である。ある特定の実施形態では、例えば、Ｐ負荷ＭＨＣは、磁気ビーズに結合し得る。ある特定の実施形態では、例えば、Ｐ負荷ＭＨＣタンパク質に結合した１つまたは複数のＴ細胞を検出することは、Ｐ負荷ＭＨＣタンパク質に結合した１つまたは複数のＴ細胞を磁気分離により単離することを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、Ｐ負荷ＭＨＣタンパク質は、蛍光団に結合し得る。ある特定の実施形態では、例えば、Ｐ負荷ＭＨＣタンパク質に結合した１つまたは複数のＴ細胞は、蛍光フローサイトメトリーにより検出および単離され得る。ある特定の実施形態では、例えば、Ｐ負荷ＭＨＣタンパク質に結合した１つまたは複数のＴ細胞を検出することは、Ｐ負荷ＭＨＣタンパク質に結合した１つまたは複数のＴ細胞を、蛍光フローサイトメトリーデバイスに通過させることを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、ＭＨＣタンパク質はＭＨＣクラスＩタンパク質であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、Ｐ負荷ＭＨＣタンパク質は、Ｐ負荷ＭＨＣタンパク質多量体中に存在し得る。ある特定の実施形態では、例えば、抗原活性化Ｔ細胞を同定するために混合物の第２の一部分を個別に分析することは、１つまたは複数の活性化マーカーを発現する１つまたは複数のＴ細胞を検出することを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、１つまたは複数の活性化マーカーを発現する１つまたは複数のＴ細胞を検出することは、１つまたは複数の活性化マーカーを発現する１つまたは複数のＴ細胞を、磁気分離により単離することを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、１つまたは複数の活性化マーカーを発現する１つまたは複数のＴ細胞を検出することは、１つまたは複数の活性化マーカーを発現する１つまたは複数のＴ細胞を、蛍光フローサイトメトリーデバイスに通過させることを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、方法は、ｉｎ ｖｉｔｒｏでのプライミングが除外され得る。
Ｂ．ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原はペプチドであり得る。ある特定の実施形態では、例えば、ペプチドは、アミノ酸８～１５個（例えば、８～１２個）から構成され得る。ある特定の実施形態では、例えば、ペプチドはアミノ酸１２～４０個から構成され得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、腫瘍（例えば、固形腫瘍）に由来し得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、腫瘍上に提示され得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、個別化抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、複数の対象にわたり、いくつかの腫瘍において観察された共有腫瘍抗原（例えば、共有腫瘍新生抗原）であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、共有腫瘍抗原はがん／精巣抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、共有腫瘍抗原はがん／精巣様抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、共有腫瘍抗原は、腫瘍関連のペプチド抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、特定の種類の腫瘍に特有であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、腫瘍関連のペプチド抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、ウイルス抗原（例えば、癌ウイルスタンパク質、例えばＨＰＶ Ｅ６およびＨＰＶ Ｅ７）であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原はペプチドであり得る。ある特定の実施形態では、例えば、ペプチドはアミノ酸８～１５個から構成され得る。ある特定の実施形態では、例えば、ペプチドはアミノ酸１２～４０個から構成され得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は腫瘍に由来し得る。ある特定の実施形態では、例えば、腫瘍は固形腫瘍であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は腫瘍上に提示され得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は個別化新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は共有腫瘍新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、共有腫瘍新生抗原は腫瘍関連のペプチド新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は特定の種類の腫瘍に特有であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は腫瘍関連のペプチド新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は、モデルにより同定された１つまたは複数の新生抗原から選択され得る。ある特定の実施形態では、例えば、１つまたは複数の新生抗原は、個別化新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、１つまたは複数の新生抗原は、共有新生抗原のリスト中に存在し得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は、人工知能モデルにより同定される１つまたは複数の新生抗原から選択され得る。ある特定の実施形態では、例えば、モデルは、機械学習を使用して校正され得る。ある特定の実施形態では、例えば、人工知能モデルはニューラルネットワークを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は、提示尤度（presentation likelihood）のセットから選択され得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は、援用される参考文献（INCORPORATED REFERENCES）で開示される機械学習法、ソフトウェア、および／またはシステムのうちの１つまたは複数を使用して決定可能である。
Ｃ．ある特定の実施形態では、例えば、少なくとも１つのＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分は、少なくとも１つのＴ細胞受容体クロノタイプを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、少なくとも１つのＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分は、少なくとも１つのＴ細胞受容体アルファ鎖、少なくとも１つのＴ細胞受容体ベータ鎖、または少なくとも１対のＴ細胞受容体アルファ鎖およびＴ細胞受容体ベータ鎖を含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、同定するステップは、少なくとも１つの結合性Ｔ細胞を、単一細胞レベルで配列決定することを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、同定するステップは、少なくとも１つの機能的Ｔ細胞を、単一細胞レベルで配列決定することを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、少なくとも１つのＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分は、少なくとも１つのＣＤＲ３配列を含み得る。
Ｄ．ある特定の実施形態では、例えば、抗原結合性Ｔ細胞の少なくとも１つ、および抗原活性化Ｔ細胞の少なくとも１つは、合計して、Ｔ細胞の混合物中に存在するＴ細胞１，０００，０００個当たり、Ｔ細胞１０００個未満（例えば、１００個未満、１０個未満、５個未満、３個未満または２個）であり得る。
Ｅ．ある特定の実施形態では、例えば、方法は、Ｔ細胞の混合物を調製するステップであって、ｉ）ＰＢＭＣの集団から、所定の種類の抗原に結合する少なくとも１つのＴ細胞を単離すること；およびｉｉ）単離された少なくとも１つのＴ細胞を増殖させることを含むステップをさらに含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、少なくとも２つのＴ細胞は、所定の種類の抗原に結合することができ（すなわち、少なくとも１つのＴ細胞は、少なくとも２つのＴ細胞であり得る）、その場合、増殖させることは、少なくとも２つのＴ細胞をポリクローナルに増殖させることを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、抗原結合性Ｔ細胞の少なくとも１つ、および抗原活性化Ｔ細胞の少なくとも１つは、合計して、ＰＢＭＣの集団中に存在するＴ細胞１０，０００，０００個当たり、Ｔ細胞１０００個未満（例えば、１００個未満、１０個未満、５個未満、３個未満または２個）であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、Ｔ細胞の混合物は、ｉｎ ｖｉｔｒｏでのプライミングの生成物であり得る。
ある特定の実施形態は、例えば、リンパ球内の共有される受容体配列を選択するための方法を提供し得る。ある特定の実施形態では、例えば、方法は、所定の種類の抗原に対する刺激されたリンパ球および共刺激されたリンパ球を同定するために、リンパ球の混合物を分析することを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、方法は、刺激をされたリンパ球の少なくとも１つおよび共刺激されたリンパ球の少なくとも１つに共有される、少なくとも１つの受容体配列の少なくとも一部分を同定するステップを含み得る。
Ａ．ある特定の実施形態では、例えば、刺激されたリンパ球および共刺激されたリンパ球の混合物はＴ細胞であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、刺激されたリンパ球および共刺激されたリンパ球の混合物はＢ細胞であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、刺激されたリンパ球および共刺激されたリンパ球の混合物は、ナチュラルキラー細胞であり得る。
Ｂ．ある特定の実施形態では、例えば、分析するステップは、刺激されたリンパ球を同定するために混合物の第１の一部分を分析すること、および共刺激されたリンパ球を同定するために混合物の第２の一部分を個別に分析することを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、混合物の第１の一部分を分析することは、タンパク質に結合した１つまたは複数の刺激されたリンパ球を検出することを含み得、ここでタンパク質は、所定の種類の抗原を含む（例えば、それに一体化またはそれと複合体化し得る）。ある特定の実施形態では、例えば、タンパク質は磁気ビーズに結合し得る。ある特定の実施形態では、例えば、タンパク質に結合した１つまたは複数の刺激されたリンパ球を検出することは、タンパク質に結合した１つまたは複数の刺激されたリンパ球を磁気分離により単離することを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、タンパク質は蛍光団に結合し得る。ある特定の実施形態では、例えば、タンパク質に結合した１つまたは複数の刺激されたリンパ球は、蛍光フローサイトメトリーにより検出および単離され得る。ある特定の実施形態では、例えば、タンパク質に結合した１つまたは複数の刺激されたリンパ球を検出することは、タンパク質に結合した１つまたは複数の刺激されたリンパ球を蛍光フローサイトメトリーデバイスに通過させることを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、共刺激されたリンパ球を同定するために、混合物の第２の一部分を個別に分析することは、１つまたは複数のマーカーを発現する１つまたは複数の刺激されたリンパ球を検出することを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、１つまたは複数のマーカーを発現する１つまたは複数の刺激されたリンパ球を検出することは、１つまたは複数のマーカーを発現する１つまたは複数の刺激されたリンパ球を、磁気分離により単離することを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、１つまたは複数のマーカーを発現する１つまたは複数の刺激されたリンパ球を検出することは、１つまたは複数のマーカーを発現する１つまたは複数の刺激されたリンパ球を、蛍光フローサイトメトリーデバイスに通過させることを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、方法は、プロフェッショナル抗原提示細胞を用いたプライミング（例えば、ｉｎ ｖｉｔｒｏでのプライミング）が除外され得る。
Ｃ．ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原はペプチドであり得る。ある特定の実施形態では、例えば、ペプチドは、アミノ酸８～１５個（例えば、８～１２個）から構成され得る。ある特定の実施形態では、例えば、ペプチドはアミノ酸１２～４０個から構成され得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、腫瘍（例えば、固形腫瘍）に由来し得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、腫瘍上に提示され得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、個別化抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、共有腫瘍抗原（例えば、共有腫瘍新生抗原）であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、共有腫瘍抗原はがん／精巣抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、共有腫瘍抗原はがん／精巣様抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、共有腫瘍抗原は、腫瘍関連のペプチド抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、特定の種類の腫瘍に特有であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、腫瘍関連のペプチド抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、ウイルス抗原（例えば、癌ウイルスタンパク質、例えばＨＰＶ Ｅ６およびＨＰＶ Ｅ７）であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原はペプチドであり得る。ある特定の実施形態では、例えば、ペプチドはアミノ酸８～１５個から構成され得る。ある特定の実施形態では、例えば、ペプチドはアミノ酸１２～４０個から構成され得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は腫瘍に由来し得る。ある特定の実施形態では、例えば、腫瘍は固形腫瘍であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は腫瘍上に提示され得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は個別化新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は共有腫瘍新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、共有腫瘍新生抗原は腫瘍関連のペプチド新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は特定の種類の腫瘍に特有であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は腫瘍関連のペプチド新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は、モデルにより同定された１つまたは複数の新生抗原から選択され得る。ある特定の実施形態では、例えば、１つまたは複数の新生抗原は、個別化新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、１つまたは複数の新生抗原は、共有新生抗原のリスト中に存在し得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は、人工知能モデルにより同定される１つまたは複数の新生抗原から選択され得る。ある特定の実施形態では、例えば、モデルは、機械学習を使用して校正され得る。ある特定の実施形態では、例えば、人工知能モデルは、ニューラルネットワークを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は、提示尤度のセットから選択され得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は、援用される参考文献で開示される機械学習法、ソフトウェア、および／またはシステムのうちの１つまたは複数を使用して決定可能である。
Ｄ．ある特定の実施形態では、例えば、少なくとも１つの受容体配列の少なくとも一部分は、少なくとも１つの受容体クロノタイプを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、少なくとも１つの受容体配列の少なくとも一部分は、少なくとも１つの受容体アルファ鎖、少なくとも１つの受容体ベータ鎖、または少なくとも１対の受容体アルファ鎖および受容体ベータ鎖を含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、同定するステップは、刺激されたリンパ球の少なくとも１つを、単一細胞レベルで配列決定することを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、同定するステップは、共刺激されたリンパ球の少なくとも１つを、単一細胞レベルで配列決定することを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、少なくとも１つの受容体配列の少なくとも一部分は、少なくとも１つの抗原認識配列を含み得る。
Ｅ．ある特定の実施形態では、例えば、刺激されたリンパ球の少なくとも１つ、および共刺激されたリンパ球の少なくとも１つは、合計して、リンパ球の混合物中に存在するＴ細胞１，０００，０００個当たりＴ細胞１０００個未満（例えば、１００個未満、１０個未満、５個未満、３個未満または２個）であり得る。
Ｆ．ある特定の実施形態では、例えば、方法は、リンパ球の混合物を調製するステップであって、ｉ）ＰＢＭＣの集団から、所定の種類の抗原に結合する少なくとも１つのリンパ球を単離すること、およびｉｉ）単離された少なくとも１つのリンパ球を増殖させることを含むステップをさらに含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、少なくとも２つのリンパ球が、所定の種類の抗原に結合することができ（すなわち、少なくとも１つのリンパ球は、少なくとも２つのリンパ球であり得る）、その場合、増殖させることは、少なくとも２つのリンパ球をポリクローナルに増殖させることを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、刺激されたリンパ球の少なくとも１つ、および共刺激されたリンパ球の少なくとも１つは、合計して、ＰＢＭＣの集団中に存在するリンパ球１０，０００，０００個当たり、Ｔ細胞１０００個未満（例えば、１００個未満、１０個未満、５個未満、３個未満または２個）であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、リンパ球の混合物は、プロフェッショナル抗原提示細胞を用いてプライミング（例えば、ｉｎ ｖｉｔｒｏでのプライミング）した生成物であり得る。
ある特定の実施形態は、例えば、Ｔ細胞受容体クロノタイプを選択するための方法を提供し得る。ある特定の実施形態では、例えば、方法は、所定の種類の抗原に対する抗原結合性Ｔ細胞および機能的Ｔ細胞を同定するために、ナイーブＴ細胞の混合物を分析するステップを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、方法は、抗原結合性Ｔ細胞の少なくとも１つおよび機能的Ｔ細胞の少なくとも１つに共有される、少なくとも１つのＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分を同定するステップを含み得る。
ある特定の実施形態は、例えば、Ｔ細胞受容体を選択するための方法を提供し得る。ある特定の実施形態では、例えば、方法は、少なくとも第１の抗原結合性Ｔ細胞を、少なくとも第１の所定の種類の抗原の１つに結合させるステップであって、第１の複数のＴ細胞（例えば、少なくとも第１の抗原結合性Ｔ細胞を含有する第１の複数のＴ細胞）を、第１の所定の種類の抗原の１つと接触させることを含むステップを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、方法は、少なくとも第１の機能的Ｔ細胞を活性化させるステップであって、第２の複数のＴ細胞（例えば、少なくとも第１の機能的Ｔ細胞を含有する第２の複数のＴ細胞）を、少なくとも第２の所定の種類の抗原の１つを提示する複数の細胞（例えば、生理学的に適切な濃度の所定の種類の抗原を提示する複数の細胞）と接触させることを含むステップを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、方法は、少なくとも１つの抗原結合性Ｔ細胞および少なくとも１つの機能的Ｔ細胞に共通する少なくとも１つのＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分を同定するステップを含み得る。
Ａ．ある特定の実施形態では、例えば、少なくとも第２の所定の種類の抗原の１つを提示する複数の細胞は、所定の濃度範囲（または単一の所定の濃度値）内の、複数の所定の種類の抗原を提示することができる。ある特定の実施形態では、例えば、少なくとも第２の所定の種類の抗原の１つを提示する複数の細胞は、複数の細胞を、ある量の所定の種類の抗原を用いてパルス処理することにより調製され得る（例えば、Ｐが所定の種類の抗原である、複数のＰ負荷細胞を形成するために）。ある特定の実施形態では、例えば、少なくとも第２の所定の種類の抗原の１つを提示する複数の細胞は、複数の細胞を、所定の種類の抗原を含有する溶液を用いて、所定の期間、パルス処理することにより調製され得、溶液は、０．０００００１μＭ～１００μＭの濃度、例えば０．０００００１μＭ～０．００００１μＭの濃度、例えば０．００００１μＭ～０．０００１μＭ、０．０００１μＭ～０．００１μＭ、０．００１～０．０１μＭ、０．０１～０．１μＭ、０．０００１μＭ～１００μＭ、０．００１μＭ～１００μＭ、０．０１μＭ～１０μＭ、０．１μＭ～１０μＭ、１μＭ～１００μＭ、１μＭ～５０μＭ、１μＭ～２５μＭ、５μＭ～２５μＭ、１０μＭ～１００μＭ、または１０μＭ～３０μＭの濃度で、所定の種類の抗原を含有する。ある特定の実施形態では、例えば、溶液は、１００μＭ未満の濃度、例えば７５μＭ未満、５０μＭ未満、２５μＭ未満、１０μＭ未満、または１μＭ未満の濃度で、所定の種類の抗原を含有し得る。上記実施形態のいずれかにおいて、例えば、所定の期間は、１時間～３６時間、例えば６時間～２４時間、６時間～１２時間、１２時間～２４時間であり得、または所定の期間は、９時間～１８時間であり得る。上記実施形態のいずれかにおいて、例えば、所定の期間は、少なくとも１時間、少なくとも４時間、少なくとも８時間、少なくとも１２時間、少なくとも１８時間であり得、または所定の期間は、少なくとも２４時間であり得る。上記実施形態のいずれかにおいて、例えば、所定の期間は、１６８時間未満、７２時間未満、３６時間未満、２４時間未満であり得、または所定の期間は、１２時間未満であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の濃度範囲（または所定の濃度値）は、腫瘍内の所定の種類の抗原の予測濃度に基づくことができる（例えば、腫瘍の表面上で発現される所定の種類の抗原の予測濃度）。
Ｂ．ある特定の実施形態では、例えば、結合は、少なくとも第１の結合性Ｔ細胞をＰ負荷ＭＨＣタンパク質に結合させることを含み得、ここでＰは所定の種類の抗原である。ある特定の実施形態では、例えば、ＭＨＣタンパク質はＭＨＣクラスＩタンパク質であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、Ｐ負荷ＭＨＣタンパク質は、Ｐ負荷ＭＨＣタンパク質多量体中に存在し得る。
Ｃ．ある特定の実施形態では、例えば、第１の複数のＴ細胞および第２の複数のＴ細胞は、共通するＰＢＭＣの集団に由来し得る。ある特定の実施形態では、例えば、第１の複数のＴ細胞および第２の複数のＴ細胞は、１人または複数の健常ドナーに由来し得る。ある特定の実施形態では、例えば、１人または複数の健常ドナーは、対象に対して、少なくとも部分的にヒト白血球抗原（ＨＬＡ）適合性であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、１人または複数の健常ドナーは、対象に対して、所定の種類の抗原の提示について、少なくとも部分的にＨＬＡ適合性であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、１人または複数の健常ドナーは、対象に対して、ＨＬＡ－Ａについて適合性であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、１人または複数の健常ドナーは、対象に対して、ＨＬＡ－Ｂについて適合性であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、１人または複数の健常ドナーは、対象に対して、ＨＬＡ－Ｃについて適合性であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、１人または複数の健常ドナーは、対象に対して、ＨＬＡ－ＤＰについて適合性であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、１人または複数の健常ドナーは、対象に対して、ＨＬＡ－ＤＱについて適合性であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、１人または複数の健常ドナーは、対象に対して、ＨＬＡ－ＤＲについて適合性であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、１人または複数の健常ドナーは、対象に対して、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－ＤＰ、ＨＬＡ－ＤＱ、ＨＬＡ－ＤＲ、または上記のもののうちの２つもしくはそれより多くの組合せについて適合性であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、１人または複数の健常ドナーは、対象に対して、少なくとも部分的にＨＬＡ不適合であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、１人または複数の健常ドナーは、対象に対して、完全にＨＬＡ不適合であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、１人または複数の健常ドナーは、対象に対して、選択的にＨＬＡ不適合であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、１人または複数の健常ドナーは、対象に対して、ＨＬＡ－Ｂについて不適合であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、１人または複数の健常ドナーは、対象に対して、ＨＬＡ－Ｃについて不適合であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、１人または複数の健常ドナーは、対象に対して、ＨＬＡ－ＤＰについて不適合であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、１人または複数の健常ドナーは、対象に対して、ＨＬＡ－ＤＱについて不適合であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、１人または複数の健常ドナーは、対象に対して、ＨＬＡ－ＤＲについて不適合であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、１人または複数の健常ドナーは、対象に対して、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－ＤＰ、ＨＬＡ－ＤＱ、ＨＬＡ－ＤＲ、または上記のもののうちの２つもしくはそれより多くの組合せについて不適合であり得る。
ある特定の実施形態では、例えば、１人または複数の健常ドナーは、所定の種類の抗原の提示について、予測されたＨＬＡ（例えば、機械学習モデルの１つ、および／または本明細書もしくは所定の種類の抗原を提示する援用される参考文献の１つにおいて開示される方法により、所定の種類の抗原と組み合わせて予測された、例えば所定の種類のがんについて予測されたＨＬＡ）に対して少なくとも部分的にＨＬＡ適合であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、予測されたＨＬＡは、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－ＤＰ、ＨＬＡ－ＤＱ、ＨＬＡ－ＤＲ、または上記のもののうちの２つもしくはそれより多くの組合せからなる群から選択され得る。
ある特定の実施形態では、例えば、１人または複数の健常ドナーは、所定の種類の抗原の提示について、予測されたＨＬＡ（例えば、機械学習モデルの１つ、および／または本明細書もしくは所定の種類の抗原を提示する援用される参考文献の１つにおいて開示される方法により、所定の種類の抗原と組み合わせて予測された、例えば所定の種類のがんについて予測されたＨＬＡ）に対して少なくとも部分的にＨＬＡ不適合であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、予測されたＨＬＡは、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－ＤＰ、ＨＬＡ－ＤＱ、ＨＬＡ－ＤＲ、または上記のもののうちの２つもしくはそれより多くの組合せからなる群から選択可能である。
Ｄ．ある特定の実施形態では、例えば、第１の複数のＴ細胞および第２の複数のＴ細胞は、ナイーブＣＤ８＋Ｔ細胞であり得る（またはそれを含みもしくはそれに由来し得る）。ある特定の実施形態では、例えば、第１の複数のＴ細胞および第２の複数のＴ細胞は、ナイーブＴ細胞であり得る（またはそれを含みもしくはそれに由来し得る）。ある特定の実施形態では、例えば、第１の複数のＴ細胞および第２の複数のＴ細胞は、メモリーＴ細胞であり得る（またはそれを含みもしくはそれに由来し得る）。ある特定の実施形態では、例えば、第１の複数のＴ細胞および第２の複数のＴ細胞は、ＣＤ８＋Ｔ細胞であり得る（またはそれを含みもしくはそれに由来し得る）。ある特定の実施形態では、例えば、第１の複数のＴ細胞および第２の複数のＴ細胞は、ＣＤ４＋Ｔ細胞であり得る（またはそれを含みもしくはそれに由来し得る）。ある特定の実施形態では、例えば、第１の複数のＴ細胞および第２の複数のＴ細胞は、ＣＤ４＋ＣＤ８＋Ｔ細胞であり得る（またはそれを含みもしくはそれに由来し得る）。ある特定の実施形態では、例えば、第１の複数のＴ細胞および第２の複数のＴ細胞は、ＣＤ４－ＣＤ８＋Ｔ細胞であり得る（またはそれを含みもしくはそれに由来し得る）。ある特定の実施形態では、例えば、第１の複数のＴ細胞および第２の複数のＴ細胞は、ＣＤ４＋ＣＤ８－Ｔ細胞であり得る（またはそれを含みもしくはそれに由来し得る）。
Ｅ．ある特定の実施形態では、例えば、少なくとも第２の所定の種類の抗原の１つを提示する複数の細胞は、１つまたは複数の腫瘍細胞を含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、少なくとも第２の所定の種類の抗原の１つを提示する複数の細胞は、１つまたは複数の樹状細胞を含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、少なくとも第２の所定の種類の抗原の１つを提示する複数の細胞は、１つまたは複数の抗原提示細胞（例えば、１つまたは複数のプロフェッショナル抗原提示細胞）を含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、少なくとも第２の所定の種類の抗原の１つを提示する複数の細胞は、１つまたは複数の人工的な抗原提示細胞を含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、少なくとも第２の所定の種類の抗原の１つを提示する複数の細胞は、１つまたは複数のマクロファージを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、少なくとも第２の所定の種類の抗原の１つを提示する複数の細胞は、１つまたは複数の単球を含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、少なくとも第２の所定の種類の抗原の１つを提示する複数の細胞は、１つまたは複数のＢ細胞を含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、少なくとも第２の所定の種類の抗原の１つを提示する複数の細胞は、１つまたは複数の少なくとも第２の所定の種類の抗原の１つを提示する複数の細胞を含み、所定の種類の抗原を発現し得る。
Ｆ．ある特定の実施形態では、例えば、方法は、フローサイトメトリー（例えば、蛍光フローサイトメトリー）により結合を検出するステップをさらに含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、第１の所定の種類の抗原の１つは磁気ビーズに結合し得、その場合、方法は、少なくとも第１の抗原結合性Ｔ細胞を、磁気分離により検出するステップをさらに含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、方法は、フローサイトメトリー（例えば、蛍光フローサイトメトリー）により、活性化を検出するステップをさらに含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、方法は、少なくとも第１の機能的Ｔ細胞を磁気分離により検出するステップをさらに含み得る。
Ｇ．ある特定の実施形態では、例えば、方法は、１つまたは複数のバイオマーカーを検出することを含む、活性化を検出するステップをさらに含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、１つまたは複数のバイオマーカーは、ＣＤ１３７を含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、方法は、Ｔ細胞の活性化を示唆する１つまたは複数の分子の存在を検出することを含む、活性化を検出するステップをさらに含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、１つまたは複数の分子はインターフェロンガンマを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、方法は、Ｔ細胞の増殖を検出することを含む、活性化を検出するステップをさらに含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、少なくとも第１の機能的Ｔ細胞を活性化させるステップは、第２の複数のＴ細胞中に存在するＴ細胞であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、少なくとも第１の機能的Ｔ細胞を活性化させるステップは、第２の複数のＴ細胞中に存在するＴ細胞の１つの増殖により形成されたＴ細胞であり得る。
Ｈ．ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原はペプチドであり得る。ある特定の実施形態では、例えば、ペプチドは、アミノ酸８～１５個（例えば、８～１２個）から構成され得る。ある特定の実施形態では、例えば、ペプチドはアミノ酸１２～４０個から構成され得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、腫瘍（例えば、固形腫瘍）に由来し得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、腫瘍上に提示され得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、個別化抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、共有腫瘍抗原（例えば、共有腫瘍新生抗原）であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、共有腫瘍抗原はがん／精巣抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、共有腫瘍抗原はがん／精巣様抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、共有腫瘍抗原は、腫瘍関連のペプチド抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、特定の種類の腫瘍に特有であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、腫瘍関連のペプチド抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、ウイルス抗原（例えば、癌ウイルスタンパク質、例えばＨＰＶ Ｅ６およびＨＰＶ Ｅ７）であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原はペプチドであり得る。ある特定の実施形態では、例えば、ペプチドはアミノ酸８～１５個から構成され得る。ある特定の実施形態では、例えば、ペプチドはアミノ酸１２～４０個から構成され得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は腫瘍に由来し得る。ある特定の実施形態では、例えば、腫瘍は固形腫瘍であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は腫瘍上に提示され得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は個別化新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は共有腫瘍新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、共有腫瘍新生抗原は腫瘍関連のペプチド新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は特定の種類の腫瘍に特有であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は腫瘍関連のペプチド新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は、モデルにより同定された１つまたは複数の新生抗原から選択され得る。ある特定の実施形態では、例えば、１つまたは複数の新生抗原は、個別化新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、１つまたは複数の新生抗原は、共有新生抗原のリスト中に存在し得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は、人工知能モデルにより同定される１つまたは複数の新生抗原から選択され得る。ある特定の実施形態では、例えば、モデルは、機械学習を使用して校正され得る。ある特定の実施形態では、例えば、人工知能モデルは、ニューラルネットワークを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は、提示尤度のセットから選択され得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は、援用される参考文献で開示される機械学習法、ソフトウェア、および／またはシステムのうちの１つまたは複数を使用して決定可能である。
ある特定の実施形態は、例えば、Ｔ細胞受容体を選択するための方法を提供し得る。ある特定の実施形態では、例えば、方法は、第１の複数のＴ細胞中に存在する少なくとも第１の抗原結合性Ｔ細胞を、少なくとも第１のクラスＩ Ｐ－ＭＨＣタンパク質多量体の１つに結合させるステップであって、Ｐが所定の種類の抗原であり、第１の複数のＴ細胞を、第１のクラスＩ Ｐ－ＭＨＣタンパク質多量体の１つと接触させることを含むステップを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、方法は、第２の複数のＴ細胞中に存在する少なくとも第１の機能的Ｔ細胞を活性化させるステップであって、第２の複数のＴ細胞を、少なくとも第１のクラスＩＩ Ｐ－ＭＨＣタンパク質多量体の１つを提示する複数の細胞と接触させることを含むステップを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、方法は、少なくとも１つの抗原結合性Ｔ細胞および少なくとも１つの機能的Ｔ細胞に共通する、少なくとも１つのＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分を同定するステップを含み得る。
ある特定の実施形態は、例えば、Ｔ細胞受容体を選択するための方法を提供し得る。ある特定の実施形態では、例えば、方法は、第１の複数のＴ細胞中に存在する少なくとも第１の抗原結合性Ｔ細胞を、少なくとも第１のクラスＩ Ｐ－ＭＨＣタンパク質多量体の１つに結合させるステップであって、Ｐが所定の種類の抗原であり、第１の複数のＴ細胞を、第１のクラスＩ Ｐ－ＭＨＣタンパク質多量体の１つと接触させることを含むステップを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、方法は、第２の複数のＴ細胞中に存在する少なくとも第１の機能的Ｔ細胞を活性化させるステップであって、第２の複数のＴ細胞を、少なくとも第１のクラスＩ Ｐ－ＭＨＣタンパク質を提示する複数の細胞と接触させることを含むステップを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、方法は、少なくとも１つの抗原結合性Ｔ細胞および少なくとも１つの機能的Ｔ細胞に共通する、少なくとも１つのＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分を同定するステップを含み得る。
ある特定の実施形態は、例えば、Ｔ細胞受容体を選択するための方法を提供し得る（例えば、方法は、本明細書または援用される参考文献の１つにおいて開示される、ｉｎ ｖｉｔｒｏでのプライミング法のいずれも除外される）。ある特定の実施形態では、例えば、方法は、第１のＴ細胞を複数のＴ細胞から単離するステップであって、第１のＴ細胞がＰ負荷ＭＨＣタンパク質に結合しており、Ｐが所定の種類の抗原であるステップを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、方法は、第２のＴ細胞を複数のＴ細胞からさらに単離するステップであって、第２のＴ細胞が所定の種類の抗原による活性化を示唆する少なくとも１つのバイオマーカーを発現しているステップを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、方法は、第１のＴ細胞のＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分を、第２のＴ細胞のＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分とマッチングさせるステップを含み得る。
Ａ．ある特定の実施形態では、例えば、方法は、複数のＴ細胞を、少なくとも２つのＰ負荷ＭＨＣタンパク質に個別に結合している少なくとも２つのＴ細胞から誘導するステップをさらに含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、誘導するステップは、少なくとも第１のＴ細胞および少なくとも第２のＴ細胞を増殖させることを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、増殖させることは、少なくとも第１のＴ細胞および少なくとも第２のＴ細胞をポリクローナルに増殖させることを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、少なくとも第１のＴ細胞および少なくとも第２のＴ細胞は、増殖中に混合物の状態であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、少なくとも第１のＴ細胞および少なくとも第２のＴ細胞は、増殖前は互いに分離した状態にあり得る。
Ｂ．ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原はペプチドであり得る。ある特定の実施形態では、例えば、ペプチドは、アミノ酸８～１５個（例えば、８～１２個）から構成され得る。ある特定の実施形態では、例えば、ペプチドはアミノ酸１２～４０個から構成され得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、腫瘍（例えば、固形腫瘍）に由来し得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、腫瘍上に提示され得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、個別化抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、共有腫瘍抗原（例えば、共有腫瘍新生抗原）であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、共有腫瘍抗原はがん／精巣抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、共有腫瘍抗原はがん／精巣様抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、共有腫瘍抗原は、腫瘍関連のペプチド抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、特定の種類の腫瘍に特有であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、腫瘍関連のペプチド抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、ウイルス抗原（例えば、癌ウイルスタンパク質、例えばＨＰＶ Ｅ６およびＨＰＶ Ｅ７）であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原はペプチドであり得る。ある特定の実施形態では、例えば、ペプチドはアミノ酸８～１５個から構成され得る。ある特定の実施形態では、例えば、ペプチドはアミノ酸１２～４０個から構成され得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は腫瘍に由来し得る。ある特定の実施形態では、例えば、腫瘍は固形腫瘍であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は腫瘍上に提示され得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は個別化新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は共有腫瘍新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、共有腫瘍新生抗原は腫瘍関連のペプチド新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は特定の種類の腫瘍に特有であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は腫瘍関連のペプチド新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は、モデルにより同定された１つまたは複数の新生抗原から選択され得る。ある特定の実施形態では、例えば、１つまたは複数の新生抗原は、個別化新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、１つまたは複数の新生抗原は、共有新生抗原のリスト中に存在し得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は、人工知能モデルにより同定される１つまたは複数の新生抗原から選択され得る。ある特定の実施形態では、例えば、モデルは、機械学習を使用して校正され得る。ある特定の実施形態では、例えば、人工知能モデルはニューラルネットワークを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は、提示尤度のセットから選択され得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は、援用される参考文献で開示される機械学習法、ソフトウェア、および／またはシステムのうちの１つまたは複数を使用して決定可能である。
ある特定の実施形態は、例えば、機能的Ｔ細胞受容体クロノタイプを検出するための方法を提供し得る。ある特定の実施形態では、例えば、方法は、ＰＢＭＣの集団から、所定の種類の抗原に結合する少なくとも１つのＴ細胞を単離するステップを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、方法は、複数のコグネイトＴ細胞を形成するステップであって、単離された少なくとも１つのＴ細胞を増殖させることを含むステップを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、方法は、少なくとも第１の機能的Ｔ細胞を活性化させるステップであって、複数のコグネイトＴ細胞に由来するＴ細胞を、所定の種類の抗原について免疫原性である複数の活性化剤の少なくとも１つと接触させることを含むステップを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、方法は、少なくとも第１の機能的Ｔ細胞が、Ｐ負荷ＭＨＣタンパク質に結合するように構成されていることを確認するステップであって、Ｐが所定の種類の抗原であるステップを含み得る。
Ａ．ある特定の実施形態では、例えば、形成するステップは、間接的なＴ細胞受容体架橋を含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、形成するステップは、単一のポリクローナル増殖に限定され得る。ある特定の実施形態では、例えば、形成するステップは、複数のポリクローナル増殖を含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、複数のポリクローナル増殖の少なくとも１つには、所定の種類の抗原に結合する少なくとも１つのさらなるＴ細胞を単離することが後続し得る。
Ｂ．ある特定の実施形態では、例えば、少なくとも第１の機能的Ｔ細胞は、Ｐ負荷ＭＨＣタンパク質について、５０μＭ未満の解離定数を有し得る。ある特定の実施形態では、例えば、少なくとも第１の機能的Ｔ細胞は、Ｐ負荷ＭＨＣタンパク質について、０．０１秒～１００秒（例えば、２秒～１０秒）の半減期を有し得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、腫瘍関連のペプチド抗原であり得るが、少なくとも第１の機能的Ｔ細胞は、ｉ）Ｐ負荷ＭＨＣタンパク質について５０μＭ未満の解離定数；およびｉｉ）Ｐ負荷ＭＨＣタンパク質について０．０１秒～１００秒（例えば、２秒～１０秒）の半減期を有する。
Ｃ．ある特定の実施形態では、例えば、複数の活性化剤の少なくとも１つは、所定の種類の抗原について抗原性であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、少なくとも１つのＴ細胞には、ネガティブ選択を施すことができる。
Ｄ．ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原はペプチドであり得る。ある特定の実施形態では、例えば、ペプチドは、アミノ酸８～１５個（例えば、８～１２個）から構成され得る。ある特定の実施形態では、例えば、ペプチドはアミノ酸１２～４０個から構成され得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、腫瘍（例えば、固形腫瘍）に由来し得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、腫瘍上に提示され得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、個別化抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、共有腫瘍抗原（例えば、共有腫瘍新生抗原）であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、共有腫瘍抗原はがん／精巣抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、共有腫瘍抗原はがん／精巣様抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、共有腫瘍抗原は、腫瘍関連のペプチド抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、特定の種類の腫瘍に特有であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、腫瘍関連のペプチド抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、ウイルス抗原（例えば、癌ウイルスタンパク質、例えばＨＰＶ Ｅ６およびＨＰＶ Ｅ７）であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原はペプチドであり得る。ある特定の実施形態では、例えば、ペプチドはアミノ酸８～１５個から構成され得る。ある特定の実施形態では、例えば、ペプチドはアミノ酸１２～４０個から構成され得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は腫瘍に由来し得る。ある特定の実施形態では、例えば、腫瘍は固形腫瘍であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は腫瘍上に提示され得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は個別化新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は共有腫瘍新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、共有腫瘍新生抗原は腫瘍関連のペプチド新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は特定の種類の腫瘍に特有であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は腫瘍関連のペプチド新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は、モデルにより同定された１つまたは複数の新生抗原から選択され得る。ある特定の実施形態では、例えば、１つまたは複数の新生抗原は、個別化新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、１つまたは複数の新生抗原は、共有新生抗原のリスト中に存在し得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は、人工知能モデルにより同定される１つまたは複数の新生抗原から選択され得る。ある特定の実施形態では、例えば、モデルは、機械学習を使用して校正され得る。ある特定の実施形態では、例えば、人工知能モデルはニューラルネットワークを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は、提示尤度のセットから選択され得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は、援用される参考文献で開示される機械学習法、ソフトウェア、および／またはシステムのうちの１つまたは複数を使用して決定可能である。
ある特定の実施形態は、例えば、抗原結合性Ｔ細胞を検出するための方法を提供し得る。ある特定の実施形態では、例えば、方法は、ＰＢＭＣの集団から、所定の種類の抗原に結合する少なくとも１つのＴ細胞を単離するステップを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、方法は、複数のコグネイトＴ細胞を形成するステップであって、単離された少なくとも１つのＴ細胞を増殖させることを含むステップを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、方法は、少なくとも第１の結合性Ｔ細胞を、少なくとも第１の結合剤に結合させるステップであって、複数のコグネイトＴ細胞に由来するＴ細胞を、複数の結合剤の少なくとも１つと接触させることを含み、複数の結合剤の少なくとも１つが所定の種類の抗原を含むステップを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、方法は、少なくとも第１の結合性Ｔ細胞が、所定の種類の抗原を提示する細胞によって活性化されるように構成されていることを確認するステップを含み得る。
Ａ．ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原を提示することができる細胞は、抗原提示細胞であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、抗原提示細胞は、プロフェッショナル抗原提示細胞であり得る。
Ｂ．ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原はペプチドであり得る。ある特定の実施形態では、例えば、ペプチドは、アミノ酸８～１５個（例えば、８～１２個）から構成され得る。ある特定の実施形態では、例えば、ペプチドはアミノ酸１２～４０個から構成され得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、腫瘍（例えば、固形腫瘍）に由来し得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、腫瘍上に提示され得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、個別化抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、共有腫瘍抗原（例えば、共有腫瘍新生抗原）であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、共有腫瘍抗原はがん／精巣抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、共有腫瘍抗原はがん／精巣様抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、共有腫瘍抗原は、腫瘍関連のペプチド抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、特定の種類の腫瘍に特有であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、腫瘍関連のペプチド抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、ウイルス抗原（例えば、癌ウイルスタンパク質、例えばＨＰＶ Ｅ６およびＨＰＶ Ｅ７）であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原はペプチドであり得る。ある特定の実施形態では、例えば、ペプチドはアミノ酸８～１５個から構成され得る。ある特定の実施形態では、例えば、ペプチドはアミノ酸１２～４０個から構成され得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は腫瘍に由来し得る。ある特定の実施形態では、例えば、腫瘍は固形腫瘍であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は腫瘍上に提示され得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は個別化新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は共有腫瘍新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、共有腫瘍新生抗原は腫瘍関連のペプチド新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は特定の種類の腫瘍に特有であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は腫瘍関連のペプチド新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は、モデルにより同定された１つまたは複数の新生抗原から選択され得る。ある特定の実施形態では、例えば、１つまたは複数の新生抗原は、個別化新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、１つまたは複数の新生抗原は、共有新生抗原のリスト中に存在し得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は、人工知能モデルにより同定される１つまたは複数の新生抗原から選択され得る。ある特定の実施形態では、例えば、モデルは、機械学習を使用して校正され得る。ある特定の実施形態では、例えば、人工知能モデルはニューラルネットワークを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は、提示尤度のセットから選択され得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は、援用される参考文献で開示される機械学習法、ソフトウェア、および／またはシステムのうちの１つまたは複数を使用して決定可能である。
ある特定の実施形態は、例えば、所定の種類の抗原に対して特異的なＴ細胞受容体を選択するための方法を提供し得る。ある特定の実施形態では、例えば、方法は、第１の複数のＴ細胞を単離するステップであって、第１の複数のＴ細胞の少なくとも一部分が複数のＰ負荷ＭＨＣタンパク質に結合しており、Ｐが所定の種類の抗原であるステップを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、方法は、第２の複数のＴ細胞をさらに単離するステップであって、複数の活性化剤の存在下で、第２の複数のＴ細胞の少なくとも一部分が１つまたは複数の活性化シグナル伝達分子を上方調節し（かつ／または１つもしくは複数の活性化マーカーを発現し）、、ここで、複数の活性化剤の少なくとも１つが、所定の種類の抗原について免疫原性であるステップを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、方法は、第１の複数のＴ細胞の少なくとも一部分および第２の複数のＴ細胞の少なくとも一部分の両方に共通する少なくとも１つのＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分を同定するステップを含み得る。
Ａ．ある特定の実施形態では、例えば、少なくとも１つのＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分は、第１の複数のＴ細胞の少なくとも一部分および第２の複数のＴ細胞の少なくとも一部分を組み合わせた少なくとも０．００５％の中に存在し得る。ある特定の実施形態では、例えば、複数の活性化剤の少なくとも１つは、所定の種類の抗原について抗原性であり得る。
Ｂ．ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原はペプチドであり得る。ある特定の実施形態では、例えば、ペプチドは、アミノ酸８～１５個（例えば、８～１２個）から構成され得る。ある特定の実施形態では、例えば、ペプチドはアミノ酸１２～４０個から構成され得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、腫瘍（例えば、固形腫瘍）に由来し得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、腫瘍上に提示され得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、個別化抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、共有腫瘍抗原（例えば、共有腫瘍新生抗原）であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、共有腫瘍抗原はがん／精巣抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、共有腫瘍抗原はがん／精巣様抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、共有腫瘍抗原は、腫瘍関連のペプチド抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、特定の種類の腫瘍に特有であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、腫瘍関連のペプチド抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、ウイルス抗原（例えば、癌ウイルスタンパク質、例えばＨＰＶ Ｅ６およびＨＰＶ Ｅ７）であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原はペプチドであり得る。ある特定の実施形態では、例えば、ペプチドはアミノ酸８～１５個から構成され得る。ある特定の実施形態では、例えば、ペプチドはアミノ酸１２～４０個から構成され得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は腫瘍に由来し得る。ある特定の実施形態では、例えば、腫瘍は固形腫瘍であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は腫瘍上に提示され得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は個別化新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は共有腫瘍新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、共有腫瘍新生抗原は腫瘍関連のペプチド新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は特定の種類の腫瘍に特有であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は腫瘍関連のペプチド新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は、モデルにより同定された１つまたは複数の新生抗原から選択され得る。ある特定の実施形態では、例えば、１つまたは複数の新生抗原は、個別化新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、１つまたは複数の新生抗原は、共有新生抗原のリスト中に存在し得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は、人工知能モデルにより同定される１つまたは複数の新生抗原から選択され得る。ある特定の実施形態では、例えば、モデルは、機械学習を使用して校正され得る。ある特定の実施形態では、例えば、人工知能モデルはニューラルネットワークを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は、提示尤度のセットから選択され得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は、援用される参考文献で開示される機械学習法、ソフトウェア、および／またはシステムのうちの１つまたは複数を使用して決定可能である。
ある特定の実施形態は、例えば、所定の種類の抗原に対して特異的なＴ細胞受容体を選択するための方法を提供し得る。ある特定の実施形態では、例えば、方法は、第１の複数のＴ細胞を単離するステップであって、複数の第１の活性化剤の存在下で、第１の複数のＴ細胞の少なくとも一部分が１つまたは複数の第１の活性化マーカーを発現する、ステップを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、方法は、第２の複数のＴ細胞をさらに単離するステップであって、複数の第２の活性化剤の存在下で、第２の複数のＴ細胞の少なくとも一部分が１つまたは複数の第２の活性化マーカー（および／または１つもしくは複数の活性化シグナル伝達分子）を上方調節する、ステップを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、方法は、ａ）共通する少なくとも１つのＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分；およびｂ）Ｐが所定の種類の抗原である、Ｐ負荷ＭＨＣタンパク質について閾値未満である解離定数を有する、第１の複数のＴ細胞の一部分の少なくとも１つ、および第２のＴ細胞の一部分の少なくとも１つを同定するステップを含み得る。
Ａ．ある特定の実施形態では、例えば、複数の第１の活性化剤の少なくとも１つは、所定の種類の抗原について免疫原性であり得、かつ／または複数の第２の活性化剤の少なくとも１つは、所定の種類の抗原について免疫原性であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、複数の第１の活性化剤の少なくとも１つは、所定の種類の抗原について抗原
性であり得、かつ／または複数の第２の活性化剤の少なくとも１つは、所定の種類の抗原について抗原性であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、複数の第１の活性化剤の少なくとも１つは、所定の種類の抗原を含み得、かつ／または複数の第２の活性化剤の少なくとも１つは、所定の種類の抗原を含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、複数の第１の活性化剤の少なくとも１つは、所定の種類の抗原を提示する細胞であり得、かつ／または複数の第２の活性化剤の少なくとも１つは、所定の種類の抗原を提示する細胞であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、複数の第１の活性化剤の少なくとも１つは、Ｐ負荷ＭＨＣタンパク質を含み得、かつ／または複数の第２の活性化剤の少なくとも１つは、Ｐ負荷ＭＨＣタンパク質を含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、複数の第１の活性化剤の少なくとも１つは、所定の種類の抗原を内因的に発現する細胞であり得、かつ／または複数の第２の活性化剤の少なくとも１つは、所定の種類の抗原を内因的に発現する細胞であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、複数の第１の活性化剤の少なくとも１つは、Ｐ負荷ＭＨＣタンパク質を含み得、かつ／または複数の第２の活性化剤の少なくとも１つは、所定の種類の抗原を内因的に発現する細胞であり得る。
Ｂ．ある特定の実施形態では、例えば、解離定数は、少なくとも１つのＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分とＰ負荷ＭＨＣタンパク質との間の結合に対応し得る。ある特定の実施形態では、例えば、閾値は、１０００μＭ未満（例えば、５０μＭ未満）であり得る。
Ｃ．ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原はペプチドであり得る。ある特定の実施形態では、例えば、ペプチドは、アミノ酸８～１５個（例えば、８～１２個）から構成され得る。ある特定の実施形態では、例えば、ペプチドはアミノ酸１２～４０個から構成され得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、腫瘍（例えば、固形腫瘍）に由来し得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、腫瘍上に提示され得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、個別化抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、共有腫瘍抗原（例えば、共有腫瘍新生抗原）であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、共有腫瘍抗原はがん／精巣抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、共有腫瘍抗原はがん／精巣様抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、共有腫瘍抗原は、腫瘍関連のペプチド抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、特定の種類の腫瘍に特有であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、腫瘍関連のペプチド抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、ウイルス抗原（例えば、癌ウイルスタンパク質、例えばＨＰＶ Ｅ６およびＨＰＶ Ｅ７）であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原はペプチドであり得る。ある特定の実施形態では、例えば、ペプチドはアミノ酸８～１５個から構成され得る。ある特定の実施形態では、例えば、ペプチドはアミノ酸１２～４０個から構成され得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は腫瘍に由来し得る。ある特定の実施形態では、例えば、腫瘍は固形腫瘍であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は腫瘍上に提示され得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は個別化新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は共有腫瘍新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、共有腫瘍新生抗原は腫瘍関連のペプチド新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は特定の種類の腫瘍に特有であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は腫瘍関連のペプチド新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は、モデルにより同定された１つまたは複数の新生抗原から選択され得る。ある特定の実施形態では、例えば、１つまたは複数の新生抗原は、個別化新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、１つまたは複数の新生抗原は、共有新生抗原のリスト中に存在し得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は、人工知能モデルにより同定される１つまたは複数の新生抗原から選択され得る。ある特定の実施形態では、例えば、モデルは、機械学習を使用して校正され得る。ある特定の実施形態では、例えば、人工知能モデルはニューラルネットワークを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は、提示尤度のセットから選択され得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は、援用される参考文献で開示される機械学習法、ソフトウェア、および／またはシステムのうちの１つまたは複数を使用して決定可能である。
ある特定の実施形態は、例えば、Ｔ細胞受容体クロノタイプをネガティブ選択するための方法を提供し得る。ある特定の実施形態では、例えば、方法は、所定の第１の種類の抗原に対する第１の抗原結合性Ｔ細胞および第１の抗原活性化Ｔ細胞、ならびに所定の第２の種類の抗原に対する第２の抗原活性化Ｔ細胞を同定するために、Ｔ細胞の混合物を分析するステップを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、方法は、ａ）第１の抗原結合性Ｔ細胞の少なくとも１つおよび第１の抗原活性化Ｔ細胞の少なくとも１つに共有されており；かつｂ）第２の抗原活性化Ｔ細胞のいずれとも共有されていない、少なくとも１つのＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分を同定するステップを含み得る。
Ａ．ある特定の実施形態では、例えば、所定の第１の種類の抗原および／または所定の第２の種類の抗原は、ペプチドであり得る。ある特定の実施形態では、例えば、ペプチドは、アミノ酸８～１５個（例えば、８～１２個）から構成され得る。ある特定の実施形態では、例えば、ペプチドは、アミノ酸１２～４０個から構成され得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の第１の種類の抗原および／または所定の第２の種類の抗原は、腫瘍（例えば、固形腫瘍）に由来し得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の第１の種類の抗原および／または所定の第２の種類の抗原は、腫瘍上に提示され得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の第１の種類の抗原および／または所定の第２の種類の抗原は、個別化抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の第１の種類の抗原および／または所定の第２の種類の抗原は、共有腫瘍抗原（例えば、共有腫瘍新生抗原）であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、共有腫瘍抗原は、がん／精巣抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、共有腫瘍抗原は、がん／精巣様抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、共有腫瘍抗原は、腫瘍関連のペプチド抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の第１の種類の抗原および／または所定の第２の種類の抗原は、特定の種類の腫瘍に特有であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の第１の種類の抗原および／または所定の第２の種類の抗原は、腫瘍関連のペプチド抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の第１の種類の抗原および／または所定の第２の種類の抗原は、新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原はペプチドであり得る。ある特定の実施形態では、例えば、ペプチドはアミノ酸８～１５個から構成され得る。ある特定の実施形態では、例えば、ペプチドはアミノ酸１２～４０個から構成され得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は腫瘍に由来し得る。ある特定の実施形態では、例えば、腫瘍は固形腫瘍であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は腫瘍上に提示され得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は個別化新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は共有腫瘍新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、共有腫瘍新生抗原は腫瘍関連のペプチド新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は特定の種類の腫瘍に特有であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は腫瘍関連のペプチド新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は、モデルにより同定された１つまたは複数の新生抗原から選択され得る。ある特定の実施形態では、例えば、１つまたは複数の新生抗原は、個別化新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、１つまたは複数の新生抗原は、共有新生抗原のリスト中に存在し得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は、人工知能モデルにより同定される１つまたは複数の新生抗原から選択され得る。ある特定の実施形態では、例えば、モデルは、機械学習を使用して校正され得る。ある特定の実施形態では、例えば、人工知能モデルはニューラルネットワークを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は、提示尤度のセットから選択され得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は、援用される参考文献で開示される機械学習法、ソフトウェア、および／またはシステムのうちの１つまたは複数を使用して決定可能である。ある特定の実施形態では、例えば、所定の第２の種類の抗原は、腫瘍上に提示されない可能性がある。ある特定の実施形態では、例えば、所定の第２の種類の抗原は、個別化抗原ではない可能性がある。ある特定の実施形態では、例えば、所定の第２の種類の抗原は、共有腫瘍抗原（例えば、共有腫瘍新生抗原）ではない可能性がある。ある特定の実施形態では、例えば、共有腫瘍抗原は、がん／精巣抗原ではない可能性がある。ある特定の実施形態では、例えば、所定の第２の種類の抗原は、特定の種類の腫瘍に特有ではない可能性がある。ある特定の実施形態では、例えば、所定の第２の種類の抗原は、腫瘍関連のペプチド抗原ではない可能性がある。ある特定の実施形態では、例えば、所定の第２の種類の抗原は、新生抗原ではない可能性がある。ある特定の実施形態では、例えば、所定の第１の種類の抗原は第１のペプチドであり得、および所定の第２の種類の抗原は第２のペプチドであり得る。ある特定の実施形態では、例えば、第１のペプチドは、第２のペプチドを発現する遺伝子のバリアントにより発現され得る。ある特定の実施形態では、例えば、第１のペプチドは、第２のペプチドを発現する遺伝子の対立遺伝子により発現され得る。ある特定の実施形態では、例えば、第２のペプチドは、野生型遺伝子により発現され得る。ある特定の実施形態では、例えば、第１のペプチドは新生抗原であり得、および第２のペプチドは関連する野生型遺伝子により発現され得る。ある特定の実施形態では、例えば、第１のペプチドおよび第２のペプチドは、少なくともアミノ酸１個異なる可能性があり、例えば少なくともアミノ酸２個、少なくともアミノ酸３個、少なくともアミノ酸４個、少なくともアミノ酸５個、少なくともアミノ酸６個、少なくともアミノ酸７個、少なくともアミノ酸８個、少なくともアミノ酸９個、少なくともアミノ酸１０個、少なくともアミノ酸１２個異なる可能性があり、または第１のペプチドおよび第２のペプチドは、少なくともアミノ酸１５個異なる可能性がある。ある特定の実施形態では、例えば、第１のペプチドおよび第２のペプチドは、アミノ酸１～１５個異なる可能性があり、例えばアミノ酸５～１０個異なる可能性があり、または第１のペプチドおよび第２のペプチドは、アミノ酸５～８個異なる可能性がある。ある特定の実施形態では、例えば、差異は、保存的置換を含み得る（それから構成され得る）。ある特定の実施形態では、例えば、差異は、ラジカル置換を含み得る（それから構成され得る）。ある特定の実施形態では、例えば、第１のペプチドおよび第２のペプチドは、９５％未満、例えば９０％未満、８５％未満、８０％未満、７５％未満、７０％未満、６５％未満、６０％未満の配列同一性を有し得、または第１のペプチドおよび第２のペプチドは、５５％未満の配列同一性を有し得る。ある特定の実施形態では、例えば、第１のペプチドおよび第２のペプチドは、５５％～９５％、例えば５５％～９０％、５５％～８５％、５５％～８０％、５５％～７５％の配列同一性を有し得、または第１のペプチドおよび第２のペプチドは、５５％～７０％の配列同一性を有し得る。
Ｂ．ある特定の実施形態では、例えば、第１の抗原活性化Ｔ細胞を同定するステップは、Ｔ細胞の混合物の一部分を、所定の第１の種類の抗原を内因的に提示する細胞（例えば発現により、例えば腫瘍細胞）と接触させることを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、第２の抗原活性化Ｔ細胞を同定するステップは、Ｔ細胞の混合物の一部分を、所定の第２の種類の抗原を内因的に提示する細胞（例えば発現により、例えば腫瘍細胞）と接触させることを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、第１の抗原活性化Ｔ細胞を同定するステップは、Ｔ細胞の混合物の一部分を、所定の第１の種類の抗原が負荷された細胞（例えば外因性源、例えばプロフェッショナル抗原提示細胞）と接触させることを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、第２の抗原活性化Ｔ細胞を同定するステップは、Ｔ細胞の混合物の一部分を、所定の第２の種類の抗原が負荷された細胞（例えば外因性源、例えばプロフェッショナル抗原提示細胞）と接触させることを含み得る。
ある特定の実施形態は、例えば、Ｔ細胞受容体クロノタイプをネガティブ選択するための方法を提供し得る。ある特定の実施形態では、例えば、方法は、所定の第１の種類の抗原に対する第１の抗原活性化Ｔ細胞および第１の抗原結合性Ｔ細胞、ならびに所定の第２の種類の抗原に対する第２の抗原結合性Ｔ細胞を同定するために、Ｔ細胞の混合物を分析するステップを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、方法は、ａ）第１の抗原結合性Ｔ細胞の少なくとも１つおよび第１の抗原活性化Ｔ細胞の少なくとも１つに共通し；かつｂ）第２の抗原結合性Ｔ細胞のいずれとも共有されていない、少なくとも１つのＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分を同定するステップを含み得る。
ある特定の実施形態は、例えば、Ｔ細胞活性化マーカーを同定するための方法を提供し得る。ある特定の実施形態では、例えば、方法は、第１の複数のＴ細胞を、複数のＰ提示細胞（例えば、Ｐを発現する細胞またはＰでパルス処理された細胞）（例えば、ＭＨＣクラスＩタンパク質および／またはＭＨＣクラスＩＩタンパク質により提示されたＰを含む複数のＰ提示細胞）と接触させるステップを含み得、第１の複数のＴ細胞は、Ｐが所定の種類の抗原である複数のＰ結合性Ｔ細胞を含む。ある特定の実施形態では、例えば、方法は、接触させた複数のＰ結合性Ｔ細胞の少なくとも一部分について、複数の発現率プロファイルを測定するステップを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、方法は、接触させた複数のＰ結合性Ｔ細胞の少なくとも一部分中に存在する少なくとも２つのＴ細胞において、Ｐに対する機能的応答を測定するステップを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、方法は、接触させた複数のＰ結合性Ｔ細胞の少なくとも一部分を、複数のＴ細胞クラスターに分割するステップを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、方法は、少なくとも２つのＴ細胞を含む複数のＴ細胞クラスターの１つを同定するために、発現率プロファイルを、複数のＴ細胞クラスターに対してマッピングするステップを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、方法は、少なくとも２つのＴ細胞により発現される活性化マーカー（または活性化を示唆する分泌分子）を同定するステップを含み得る。
Ａ．ある特定の実施形態では、例えば、Ｐ結合性Ｔ細胞は、接触させた複数のＰ結合性Ｔ細胞の少なくとも一部分のＴ細胞受容体配列の少なくとも複数の一部分（at least portions）を、所定のＴ細胞受容体配列の少なくとも複数の一部分と比較するバイオインフォマティクスフィルターを使用して同定され得る。
Ｂ．ある特定の実施形態では、例えば、分割するステップは、接触させた複数のＰ結合性Ｔ細胞を複数の群（groups）に分割することを含み得、複数の群のうちの少なくとも１つは、共通するＴ細胞受容体配列の少なくとも複数の一部分を有するＴ細胞からなる。ある特定の実施形態では、例えば、分割するステップは、接触させた複数のＰ結合性Ｔ細胞を複数の群に分割することを含み得、複数の群のうちの少なくとも１つは、互いに少なくとも７０％（例えば、少なくとも８０％、９０％、９５％、１００％）の配列同一性により特徴付けられるＴ細胞受容体配列の少なくとも複数の一部分を有するＴ細胞からなる。
ある特定の実施形態では、例えば、分割するステップは、接触させた複数のＰ結合性Ｔ細胞を複数の群に分割することを含み得、複数の群のうちの少なくとも１つは、相互間で多くてアミノ酸１個異なる（例えば、多くてアミノ酸１個が保存的置換された）Ｔ細胞受容体配列の少なくとも複数の一部分を有するＴ細胞からなる。ある特定の実施形態では、例えば、分割するステップは、接触させた複数のＰ結合性Ｔ細胞を複数の群に分割することを含み得、複数の群のうちの少なくとも１つは、保存的置換のみによって異なるＴ細胞受容体配列の少なくとも複数の一部分を有するＴ細胞からなる。ある特定の実施形態では、例えば、分割するステップは、パラトープホットスポットによるリンパ球相互作用のグループ化（ＧＬＩＰＨ）を含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、共通するＴ細胞受容体配列の少なくとも複数の一部分は、ＣＤＲ３領域の少なくとも複数の一部分であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、ＣＤＲ３領域の少なくとも複数の一部分は、アミノ酸６～３５個の長さを有する直鎖状アミノ酸配列を含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、ＣＤＲ３領域の少なくとも複数の一部分は、ステム領域を含まない可能性がある。ある特定の実施形態では、例えば、ＣＤＲ３領域の少なくとも複数の一部分は、ＣＤＲ３ベータ鎖部分を含み得る。
Ｃ．ある特定の実施形態では、例えば、分割するステップは、アルゴリズム（例えば、統計的アルゴリズム）を用いて実施され得る。ある特定の実施形態では、例えば、アルゴリズムは、複数の発現率プロファイルの類似性分析（a similarity analysis of the plurality of expression rate profiles）を含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、複数の発現率プロファイルは、Ｐに対する機能的応答を示唆する１つまたは複数の活性化マーカーに関する発現率を含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、１つまたは複数の活性化マーカーは、ＣＤ１３７、ＣＤ６９、ＣＤ２５、Ｋｉ６７、ＣＤ１０７、ＣＤ１２２、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ９５、ＣＤ１３４、ＫＬＲＧ１、ＣＤ３８、ＣＤ１５４、または上記活性化マーカーの２つもしくはそれより多くの組合せを含み得る（can compromise）。ある特定の実施形態では、例えば、アルゴリズムは、クラスター分析アルゴリズムであり得る。ある特定の実施形態では、例えば、アルゴリズムは、ｔ分布型確率的近傍埋め込み法を含み得る。
Ｄ．ある特定の実施形態では、例えば、測定されたＰに対する機能的応答は、１つもしくは複数の活性化マーカー、および／または１つもしくは複数の分泌分子の検出を含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、１つまたは複数の活性化マーカーは、ＣＤ１３７、ＣＤ６９、ＣＤ２５、Ｋｉ６７、ＣＤ１０７、ＣＤ１２２、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ９５、ＣＤ１３４、ＫＬＲＧ１、ＣＤ３８、ＣＤ１５４、または上記活性化マーカーの２つもしくはそれより多くの組合せを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、１つまたは複数の分泌分子は、１つまたは複数のサイトカインを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、１つまたは複数のサイトカインは、インターフェロンガンマ（ＩＦＮ－ガンマ）、腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦアルファ）、インターロイキン－２（ＩＬ－２）、または上記のもののうちの２つもしくはそれより多くの組合せであり得る。ある特定の実施形態では、例えば、１つまたは複数の分泌分子は、グランザイムを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、１つまたは複数の分泌分子は、パーフォリンを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、測定されたＰに対する機能的応答は、Ｔ細胞増殖の検出を含み得る。
Ｅ．ある特定の実施形態では、例えば、第１の複数のＴ細胞および第２の複数のＴ細胞は、ＰＢＭＣの共通開始集団に由来し得る。
Ｆ．ある特定の実施形態では、例えば、複数の発現率プロファイルは、一連の単一細胞トランスクリプトーム分析から取得され得る。ある特定の実施形態では、例えば、複数のＴ細胞クラスターの１つに含まれるＴ細胞は、第１の発現率閾値（例えば、０．０５％を上回る（例えば、０．１％より大きい、０．５％より大きい、または０．０５％～０．５％の間の）第１の発現率閾値）を上回る第２の発現率の平均において、所定の第１の活性化マーカーを発現し得る。ある特定の実施形態では、例えば、複数のＴ細胞クラスターの１つに含まれるＴ細胞は、第２の発現率閾値（例えば、０．０５％より大きい（例えば、０．１％より大きい、０．５％より大きい、または０．０５％～０．５％の間の）第２の発現率閾値）を上回る第２の発現率の平均において、第２の活性化マーカーを発現し得る。
Ｇ．ある特定の実施形態では、例えば、方法は、複数のＰ結合性Ｔ細胞のＴ細胞受容体配列を、所定のＴ細胞受容体配列にマッチングさせることにより、複数のＰ結合性Ｔ細胞を同定するステップをさらに含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定のＴ細胞受容体配列は、Ｐ負荷ＭＨＣタンパク質に結合した第２の複数のＴ細胞を配列決定することにより決定され得る。
ある特定の実施形態では、例えば、活性化マーカーは、複数のＴ細胞クラスターの別の１つの中に存在する少なくとも２つのその他のＴ細胞において発現されない可能性があるか、または下方調節される可能性があり、少なくとも２つのその他のＴ細胞は、測定したときに機能的応答を示さない。
Ｈ．ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原はペプチドであり得る。ある特定の実施形態では、例えば、ペプチドは、アミノ酸８～１５個（例えば、８～１２個）から構成され得る。ある特定の実施形態では、例えば、ペプチドはアミノ酸１２～４０個から構成され得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、腫瘍（例えば、固形腫瘍）に由来し得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、腫瘍上に提示され得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、個別化抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、共有腫瘍抗原（例えば、共有腫瘍新生抗原）であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、共有腫瘍抗原はがん／精巣抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、共有腫瘍抗原はがん／精巣様抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、共有腫瘍抗原は、腫瘍関連のペプチド抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、特定の種類の腫瘍に特有であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、腫瘍関連のペプチド抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、ウイルス抗原（例えば、癌ウイルスタンパク質、例えばＨＰＶ Ｅ６およびＨＰＶ Ｅ７）であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原はペプチドであり得る。ある特定の実施形態では、例えば、ペプチドはアミノ酸８～１５個から構成され得る。ある特定の実施形態では、例えば、ペプチドはアミノ酸１２～４０個から構成され得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は腫瘍に由来し得る。ある特定の実施形態では、例えば、腫瘍は固形腫瘍であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は腫瘍上に提示され得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は個別化新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は共有腫瘍新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、共有腫瘍新生抗原は腫瘍関連のペプチド新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は特定の種類の腫瘍に特有であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は腫瘍関連のペプチド新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は、モデルにより同定された１つまたは複数の新生抗原から選択され得る。ある特定の実施形態では、例えば、１つまたは複数の新生抗原は、個別化新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、１つまたは複数の新生抗原は、共有新生抗原のリスト中に存在し得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は、人工知能モデルにより同定される１つまたは複数の新生抗原から選択され得る。ある特定の実施形態では、例えば、モデルは、機械学習を使用して校正され得る。ある特定の実施形態では、例えば、人工知能モデルはニューラルネットワークを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は、提示尤度のセットから選択され得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は、援用される参考文献で開示される機械学習法、ソフトウェア、および／またはシステムのうちの１つまたは複数を使用して決定可能である。
ある特定の実施形態は、例えば、治療上有効な抗原結合性Ｔ細胞および抗原活性化Ｔ細胞開発用のＴ細胞受容体を事前認定するための方法を提供し得る。ある特定の実施形態では、例えば、開発は、Ｔ細胞受容体をＴ細胞系にトランスフェクトすることを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、Ｔ細胞受容体は、１つまたは複数の健康なＨＬＡ適合ドナー試料に由来するＴ細胞から同定され得る。ある特定の実施形態では、例えば、同定されるＴ細胞受容体は、上記由来Ｔ細胞（the derived T cells）１０，０００個に１個未満で存在し得る。ある特定の実施形態では、例えば、上記由来Ｔ細胞は、上記富化ステップ、および／または本明細書もしくは援用される参考文献の１つにおいて記載される増殖ステップのうちの１つまたは複数により取得され得る。ある特定の実施形態では、例えば、同定されるＴ細胞受容体は、１つまたは複数のドナー試料（the one more donor samples）中に存在するＴ細胞１０，０００，０００個に１個未満で存在し得る。ある特定の実施形態では、例えば、上記由来Ｔ細胞の少なくとも一部分が抗原活性化したことは、生理学的濃度（例えば、抗原が腫瘍細胞上に提示される濃度範囲）において、抗原を提示する細胞に曝露することにより決定され得る。
ある特定の実施形態は、例えば、Ｔ細胞受容体を選択するための方法を提供し得る。ある特定の実施形態では、例えば、方法は、一連の抗抗原Ｔ細胞を増殖させるステップを含み得る（例えば、ポリクローナル増殖により）。ある特定の実施形態では、例えば、方法は、一連の抗抗原Ｔ細胞の１つからＴ細胞を取得するステップ、その後に、得られた抗抗原Ｔ細胞を、結合剤（例えば、蛍光標識した抗原－ＭＨＣタンパク質多量体または磁気的にタグ化された抗原－ＭＨＣタンパク質多量体）と複合体化させるステップ、次の一連の抗抗原Ｔ細胞のメンバーを形成するために、複合体化した抗抗原Ｔ細胞を増殖させるステップを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、方法は、メンバーのコグネイトを、生理学的に適切な濃度で抗原を発現する細胞に曝露させるステップ、その後にコグネイトの活性化を検出するステップをさらに含み得る。ある特定の実施形態は、例えば、Ｔ細胞を投与するステップを含み、Ｔ細胞がトランスフェクトされたＴ細胞受容体を含み、Ｔ細胞受容体がコグネイトの配列決定により決定されたＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分を含む、がんに対する療法を提供し得る。
ある特定の実施形態は、例えば、抗原特異的ワクチン用の候補抗原をスクリーニングするための方法を提供し得る。ある特定の実施形態では、例えば、方法は、ＰＢＭＣの集団から、候補抗原に結合する少なくとも１つのＴ細胞を単離するステップを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、方法は、複数のコグネイトＴ細胞を形成するステップであって、単離された少なくとも１つのＴ細胞を増殖させることを含むステップを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、方法は、少なくとも第１の機能的Ｔ細胞を活性化させるステップであって、複数のコグネイトＴ細胞に由来するＴ細胞を、候補抗原について免疫原性である複数の活性化剤の少なくとも１つと接触させることを含むステップを含み得る。
Ａ．ある特定の実施形態では、例えば、候補抗原は、新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、抗原特異的ワクチンは、がんの処置用（例えば、がん性腫瘍の処置用）であり得る。
ある特定の実施形態は、例えば、免疫原性について候補新生抗原をスクリーニングするための方法を提供し得る。ある特定の実施形態では、例えば、方法は、ＰＢＭＣの集団から、候補新生抗原に結合する少なくとも１つのＴ細胞を単離するステップを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、方法は、複数のコグネイトＴ細胞を形成するステップであって、単離された少なくとも１つのＴ細胞を増殖させることを含むステップを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、方法は、少なくとも第１の機能的Ｔ細胞を活性化させるステップであって、複数のコグネイトＴ細胞に由来するＴ細胞を、候補新生抗原について免疫原性である複数の活性化剤の少なくとも１つと接触させることを含むステップを含み得る。
ある特定の実施形態は、例えば、所定の種類の抗原（例えば新生抗原、例えば個別の新生抗原または共有新生抗原）に対して選択性の人工的Ｔ細胞受容体を提供し得る。ある特定の実施形態では、例えば、方法は、ａ）所定の種類の抗原に対する抗原結合性Ｔ細胞および抗原活性化Ｔ細胞を同定するために、天然Ｔ細胞の混合物を分析するステップと、ｂ）抗原結合性Ｔ細胞の少なくとも１つおよび抗原活性化Ｔ細胞の少なくとも１つに共有される、少なくとも１つのＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分を同定するステップであって、少なくとも１つのＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分がＣＤＲ３領域の少なくとも一部分を含有するステップとにより選択されたＣＤＲ３領域の少なくとも一部分を含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、方法は、Ｔ細胞受容体断片（例えば複数の生成物、例えば複数の治療用生成物を形成するために、複数の異なるＣＤＲ３配列と組み合わせ可能な汎用骨格断片（universal backbone fragment））を含み得る。
ある特定の実施形態は、例えば、ｉ）所定の種類の抗原に対する抗原結合性Ｔ細胞および抗原活性化Ｔ細胞を同定するために、Ｔ細胞の混合物を分析するステップと、ｉｉ）抗原結合性Ｔ細胞の少なくとも１つおよび抗原活性化Ｔ細胞の少なくとも１つに共有される、少なくとも１つのＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分を同定するステップとを含む、Ｔ細胞受容体クロノタイプを選択するための方法を提供し得る。
ある特定の実施形態は、例えば、リンパ球内の共有される受容体配列を選択するための方法であって、ｉ）所定の種類の抗原に対する、刺激されたリンパ球および共刺激されたリンパ球を同定するために、リンパ球の混合物を分析するステップと、ｉｉ）刺激されたリンパ球の少なくとも１つおよび共刺激されたリンパ球の少なくとも１つに共有される、少なくとも１つの受容体配列の少なくとも一部分を同定するステップとを含む方法を提供し得る。
ある特定の実施形態は、例えば、Ｔ細胞受容体クロノタイプを選択するための方法であって、ｉ）所定の種類の抗原に対する抗原結合性Ｔ細胞および機能的Ｔ細胞を同定するために、ナイーブＴ細胞の混合物を分析するステップと、ｉｉ）抗原結合性Ｔ細胞の少なくとも１つおよび機能的Ｔ細胞の少なくとも１つに共有される、少なくとも１つのＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分を同定するステップとを含む方法を提供し得る。
ある特定の実施形態は、例えば、Ｔ細胞受容体を選択するための方法であって、ｉ）少なくとも第１の抗原結合性Ｔ細胞を、少なくとも第１の所定の種類の抗原の１つに結合させるステップであって、第１の複数のＴ細胞を、第１の所定の種類の抗原の１つと接触させることを含むステップと、ｉｉ）少なくとも第１の機能的Ｔ細胞を活性化させるステップであって、第２の複数のＴ細胞を、少なくとも第２の所定の種類の抗原の１つを提示する複数の細胞と接触させることを含むステップと、ｉｉｉ）少なくとも１つの抗原結合性Ｔ細胞および少なくとも１つの機能的Ｔ細胞に共通する、少なくとも１つのＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分を同定するステップとを含む方法を提供し得る。
ある特定の実施形態は、例えば、Ｔ細胞受容体を選択するための方法であって、ｉ）第１の複数のＴ細胞中に存在する少なくとも第１の抗原結合性Ｔ細胞を、少なくとも第１のクラスＩ Ｐ－ＭＨＣタンパク質多量体の１つに結合させるステップであって、Ｐが所定の種類の抗原であり、第１の複数のＴ細胞を、第１のクラスＩ Ｐ－ＭＨＣタンパク質多量体の１つと接触させることを含むステップと、ｉｉ）第２の複数のＴ細胞中に存在する少なくとも第１の機能的Ｔ細胞を活性化させるステップであって、第２の複数のＴ細胞を、少なくとも第１のクラスＩＩ Ｐ－ＭＨＣタンパク質多量体の１つを提示する複数の細胞と接触させることを含むステップと、ｉｉｉ）少なくとも１つの抗原結合性Ｔ細胞および少なくとも１つの機能的Ｔ細胞に共通する、少なくとも１つのＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分を同定するステップとを含む方法を提供し得る。
ある特定の実施形態は、例えば、Ｔ細胞受容体を選択するための方法であって、ｉ）第１の複数のＴ細胞中に存在する少なくとも第１の抗原結合性Ｔ細胞を、少なくとも第１のクラスＩ Ｐ－ＭＨＣタンパク質多量体の１つに結合させるステップであって、Ｐが所定の種類の抗原であり、第１の複数のＴ細胞を、第１のクラスＩ Ｐ－ＭＨＣタンパク質多量体の１つと接触させることを含むステップと、ｉｉ）第２の複数のＴ細胞中に存在する少なくとも第１の機能的Ｔ細胞を活性化させるステップであって、第２の複数のＴ細胞を、少なくとも第１のクラスＩ Ｐ－ＭＨＣタンパク質を提示する複数の細胞と接触させることを含むステップと、ｉｉｉ）少なくとも１つの抗原結合性Ｔ細胞および少なくとも１つの機能的Ｔ細胞に共通する、少なくとも１つのＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分を同定するステップとを含む方法を提供し得る。
ある特定の実施形態は、例えば、Ｔ細胞受容体を選択するための方法であって、ｉ）複数のＴ細胞から第１のＴ細胞を単離するステップであって、第１のＴ細胞がＰ負荷ＭＨＣタンパク質に結合しており、Ｐが所定の種類の抗原であるステップと、ｉｉ）複数のＴ細胞から第２のＴ細胞をさらに単離するステップであって、第２のＴ細胞が、所定の種類の抗原による活性化を示唆する少なくとも１つのバイオマーカーを発現するステップと、ｉｉｉ）第１のＴ細胞のＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分を、第２のＴ細胞のＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分とマッチングさせるステップとを含む方法を提供し得る。
ある特定の実施形態は、例えば、機能的Ｔ細胞受容体クロノタイプを検出するための方法であって、ｉ）ＰＢＭＣの集団から、所定の種類の抗原に結合する少なくとも１つのＴ細胞を単離するステップと、ｉｉ）複数のコグネイトＴ細胞を形成するステップであって、単離された少なくとも１つのＴ細胞を増殖させることを含むステップと、ｉｉｉ）少なくとも第１の機能的Ｔ細胞を活性化させるステップであって、複数のコグネイトＴ細胞に由来するＴ細胞を、所定の種類の抗原について免疫原性である複数の活性化剤の少なくとも１つと接触させることを含むステップと、ｉｖ）少なくとも第１の機能的Ｔ細胞が、Ｐ負荷ＭＨＣタンパク質に結合するように構成されていることを確認するステップであって、Ｐが所定の種類の抗原であるステップとを含む方法を提供し得る。
ある特定の実施形態は、例えば、抗原結合性Ｔ細胞を検出するための方法であって、ｉ）ＰＢＭＣの集団から、所定の種類の抗原に結合する少なくとも１つのＴ細胞を単離するステップと、ｉｉ）複数のコグネイトＴ細胞を形成するステップであって、単離された少なくとも１つのＴ細胞を増殖させることを含むステップと、ｉｉｉ）少なくとも第１の結合性Ｔ細胞を、少なくとも第１の結合剤に結合させるステップであって、複数のコグネイトＴ細胞に由来するＴ細胞を、複数の結合剤の少なくとも１つと接触させることを含み、複数の結合剤の少なくとも１つが所定の種類の抗原を含むステップと、ｉｖ）少なくとも第１の結合性Ｔ細胞が、所定の種類の抗原を提示する細胞により活性化されるように構成されていることを確認するステップとを含む方法を提供し得る。
ある特定の実施形態は、例えば、所定の種類の抗原に対して特異的なＴ細胞受容体を選択するための方法であって、ｉ）第１の複数のＴ細胞を単離するステップであって、第１の複数のＴ細胞の少なくとも一部分が複数のＰ負荷ＭＨＣタンパク質に結合しており、Ｐが所定の種類の抗原であるステップと、ｉｉ）第２の複数のＴ細胞をさらに単離するステップであって、複数の活性化剤の存在下で、第２の複数のＴ細胞の少なくとも一部分が１つまたは複数の活性化シグナル伝達分子を上方調節し（かつ／または１つもしくは複数の活性化マーカーまたは別の活性化のインジケーターを発現し）、、、複数の活性化剤の少なくとも１つが、所定の種類の抗原について免疫原性であるステップと、ｉｉｉ）第１の複数のＴ細胞の少なくとも一部分および第２の複数のＴ細胞の少なくとも一部分の両方に共通する、少なくとも１つのＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分を同定するステップとを含む方法を提供し得る。
ある特定の実施形態は、例えば、所定の種類の抗原に対して特異的なＴ細胞受容体を選択するための方法であって、ｉ）第１の複数のＴ細胞を単離するステップであって、複数の第１の活性化剤の存在下で、第１の複数のＴ細胞の少なくとも一部分が１つまたは複数の第１の活性化マーカーを発現する、ステップと、ｉｉ）第２の複数のＴ細胞をさらに単離するステップであって、複数の第２の活性化剤の存在下で、第２の複数のＴ細胞の少なくとも一部分が１つまたは複数の第２の活性化マーカー（および／または１つもしくは複数の活性化シグナル伝達分子）を上方調節する、ステップと、ｉｉｉ）ａ）共通する少なくとも１つのＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分、およびｂ）Ｐが所定の種類の抗原である、Ｐ負荷ＭＨＣタンパク質について、閾値未満である解離定数を有する、第１の複数のＴ細胞の一部分の少なくとも１つおよび第２のＴ細胞の一部分の少なくとも１つを同定するステップとを含む方法を提供し得る。
ある特定の実施形態は、例えば、Ｔ細胞受容体クロノタイプをネガティブ選択するための方法であって、ｉ）所定の第１の種類の抗原に対する第１の抗原結合性Ｔ細胞および第１の抗原活性化Ｔ細胞、ならびに所定の第２の種類の抗原に対する第２の抗原活性化Ｔ細胞を同定するために、Ｔ細胞の混合物を分析するステップと、ｉｉ）ａ）第１の抗原結合性Ｔ細胞の少なくとも１つおよび第１の抗原活性化Ｔ細胞の少なくとも１つによって共有されており、かつｂ）第２の抗原活性化Ｔ細胞のいずれとも共有されていない少なくとも１つのＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分を同定するステップとを含む方法を提供し得る。
ある特定の実施形態は、例えば、Ｔ細胞受容体クロノタイプをネガティブ選択するための方法であって、ｉ）所定の第１の種類の抗原に対する第１の抗原活性化Ｔ細胞および第１の抗原結合性Ｔ細胞、ならびに所定の第２の種類の抗原に対する第２の抗原結合性Ｔ細胞を同定するために、Ｔ細胞の混合物を分析するステップと、ｉｉ）ａ）第１の抗原結合性Ｔ細胞の少なくとも１つおよび第１の抗原活性化Ｔ細胞の少なくとも１つによって共有されており、かつｂ）第２の抗原結合性Ｔ細胞のいずれとも共有されていない少なくとも１つのＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分を同定するステップとを含む方法を提供し得る。
ある特定の実施形態は、例えば、Ｔ細胞活性化マーカーを同定するための方法であって、ｉ）第１の複数のＴ細胞を、複数のＰ提示細胞と接触させるステップであって、第１の複数のＴ細胞が複数のＰ結合性Ｔ細胞を含み、Ｐが所定の種類の抗原であるステップと、ｉｉ）接触させた複数のＰ結合性Ｔ細胞の少なくとも一部分について、複数の発現率プロファイルを測定するステップと、ｉｉｉ）接触させた複数のＰ結合性Ｔ細胞の少なくとも一部分に存在する、少なくとも２つのＴ細胞において、所定の種類の抗原に対する機能的応答を測定するステップと、ｉｖ）接触させた複数のＰ結合性Ｔ細胞の少なくとも一部分を、複数のＴ細胞クラスターに分割するステップと、ｖ）少なくとも２つのＴ細胞を含む複数のＴ細胞クラスターの１つを同定するために、複数のＴ細胞クラスターに対して発現率プロファイルをマッピングするステップと、ｖｉ）少なくとも２つのＴ細胞により発現される活性化マーカーを同定するステップとを含む方法を提供し得る。
ある特定の実施形態は、例えば、抗原特異的ワクチン用の候補抗原をスクリーニングするための方法であって、ｉ）ＰＢＭＣの集団から、候補抗原に結合する少なくとも１つのＴ細胞を単離するステップと、ｉｉ）複数のコグネイトＴ細胞を形成するステップであって、単離された少なくとも１つのＴ細胞を増殖させることを含むステップと、ｉｉｉ）少なくとも第１の機能的Ｔ細胞を活性化させるステップであって、複数のコグネイトＴ細胞に由来するＴ細胞を、候補抗原について免疫原性である複数の活性化剤の少なくとも１つと接触させることを含むステップとを含む方法を提供し得る。
ある特定の実施形態は、例えば、免疫原性について候補新生抗原をスクリーニングするための方法であって、ｉ）ＰＢＭＣの集団から、候補新生抗原に結合する少なくとも１つのＴ細胞を単離するステップと、ｉｉ）複数のコグネイトＴ細胞を形成するステップであって、単離された少なくとも１つのＴ細胞を増殖させることを含むステップと、ｉｉｉ）少なくとも第１の機能的Ｔ細胞を活性化させるステップであって、複数のコグネイトＴ細胞に由来するＴ細胞を、候補新生抗原について免疫原性である複数の活性化剤の少なくとも１つと接触させることを含むステップとを含む方法を提供し得る。
ある特定の実施形態は、例えば、ｉ）ａ）所定の種類の抗原に対する抗原結合性Ｔ細胞および抗原活性化Ｔ細胞を同定するために、天然Ｔ細胞の混合物を分析するステップと、ｂ）抗原結合性Ｔ細胞の少なくとも１つおよび抗原活性化Ｔ細胞の少なくとも１つに共有される、少なくとも１つのＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分を同定するステップであって、少なくとも１つのＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分がＣＤＲ３領域の少なくとも一部分を含有するステップとにより選択されたＣＤＲ３領域の少なくとも一部分（例えば、ＣＤＲ３ベータ鎖の少なくとも一部分）、ならびにｉｉ）Ｔ細胞受容体断片（例えば複数の生成物、例えば複数の治療用生成物を形成するために、複数の異なるＣＤＲ３配列と組み合わせ可能な汎用骨格断片）を含む、所定の種類の抗原（例えば新生抗原、例えば個別の新生抗原または共有新生抗原）に対して選択性の人工的Ｔ細胞受容体を提供し得る。
ある特定の実施形態は、例えば、１つまたは複数のウイルスエピトープを同定するための方法を提供することができ、Ｔ細胞受容体（またはＴ細胞受容体クロノタイプもしくは共有される受容体配列）の１つもしくは複数を同定および／または選択する本明細書に開示の方法を含む。
ある特定の実施形態は、例えば、臓器移植療法用の組成物を提供することができ、Ｔ細胞受容体の１つまたは複数から決定された、１つまたは複数の、少なくとも１つのＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分（またはＴ細胞受容体クロノタイプもしくは共有される受容体配列）を同定および／または選択する本明細書に開示の方法を含む。
ある特定の実施形態は、例えば、１人または複数の対象において細胞療法を行うための組成物を提供することができ、Ｔ細胞受容体の１つまたは複数から決定された、１つまたは複数の、少なくとも１つのＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分（またはＴ細胞受容体クロノタイプもしくは共有される受容体配列）を同定および／または選択する本明細書に開示の方法を含む。
ある特定の実施形態は、例えば、１人または複数の対象において免疫系を強化する組成物を提供することができ、Ｔ細胞受容体の１つまたは複数から決定された、１つまたは複数の、少なくとも１つのＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分（またはＴ細胞受容体クロノタイプもしくは共有される受容体配列）を同定および／または選択する本明細書に開示の方法を含む。
上記実施形態のいずれにおいても、所定の種類の抗原は、新生抗原（例えば、機械学習に基づくモデルを使用して同定された新生抗原）であり得る。
本明細書に記載の方法のいずれかにより取得される組成物も本明細書において提供される。
本開示は、また所定の種類の抗原に対して選択性の人工的Ｔ細胞受容体を含む組成物を提供し、所定の種類の抗原に対する抗原結合性Ｔ細胞および抗原活性化Ｔ細胞を同定するために、天然Ｔ細胞の混合物を分析するステップ；ならびに抗原結合性Ｔ細胞の少なくとも１つおよび抗原活性化Ｔ細胞の少なくとも１つに共有される、少なくとも１つのＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分を同定するステップであって、少なくとも１つのＴ細胞受容体配列がＣＤＲ３領域の少なくとも一部分を含有するステップにより選択されたＣＤＲ３領域の少なくとも一部分；およびＴ細胞受容体断片を含む。
ある特定の実施形態は、本明細書に記載の方法のいずれか一つにより取得された人工的Ｔ細胞受容体またはその断片を含むＴ細胞を提供する。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞はがんの処置で使用される。
本明細書に記載の方法のいずれかにより取得された組成物を含むキットも、本明細書において提供される。
本開示は、本明細書に提示の方法のいずれか一つで使用するためのキットも提供する。
図１は、Ｔ細胞受容体の選択のためのアプローチの概略図である。
図２は、ネガティブ選択ステップを含む、Ｔ細胞受容体の選択のためのアプローチの概略図である。
図３は、Ｔ細胞受容体活性化マーカーの同定のためのアプローチの概略図である。
図４は、実施例１におけるＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹ特異的Ｔ細胞（「ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹ」は配列番号１として開示されている）のＴ細胞受容体配列頻度：共有されるＴ細胞受容体配列を有する、ＣＤ１３７＋Ｔ細胞（Ｙ軸）対抗原結合性Ｔ細胞（Ｘ軸）が記されている。「Ａ」は、表２に記載されている参照Ａを表示する。
図５は、実施例１におけるＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹ特異的Ｔ細胞（「ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹ」は配列番号１として開示されている）のＴ細胞受容体配列頻度：共有されるＴ細胞受容体配列を有する、インターフェロンガンマ＋Ｔ細胞（Ｙ軸）対抗原結合性Ｔ細胞（Ｘ軸）が記されている。「Ａ」は、表２に記載されている参照Ａを表示する。
図６は、実施例１の２回繰り返しにおけるＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹ特異的Ｔ細胞（「ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹ」は配列番号１として開示されている）のＴ細胞受容体配列頻度：共有されるＴ細胞受容体配列を有する、ＣＤ１３７＋Ｔ細胞（Ｙ軸）対抗原結合性Ｔ細胞（Ｘ軸）が記されている。「Ｂ」は、表２に記載されている参照Ｂを表示する。
図７は、実施例１の２回繰り返しにおけるＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹ特異的Ｔ細胞（「ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹ」は配列番号１として開示されている）のＴ細胞受容体配列頻度：共有されるＴ細胞受容体配列を有する、インターフェロンガンマ＋Ｔ細胞（Ｙ軸）対抗原結合性Ｔ細胞（Ｘ軸）が記されている。「Ｂ」は、表２に記載されている参照Ｂを表示する。
図８は、３回の活性化マーカー測定のうち第１回におけるＨＳＥＶＧＬＰＶＹ特異的Ｔ細胞（「ＨＳＥＶＧＬＰＶＹ」は配列番号２として開示されている）のＴ細胞受容体配列頻度：共有されるＴ細胞受容体配列を有する、ＣＤ１３７＋Ｔ細胞（Ｙ軸）対抗原結合性Ｔ細胞（Ｘ軸）が記されている。「Ｉ」、「Ｊ」、「Ｋ」、「Ｌ」、「Ｎ」および「Ｏ」は、表３に記載されている参照Ｉ、Ｊ、Ｋ、Ｌ、ＮおよびＯをそれぞれ表示する。
図９は、３回の活性化マーカー測定のうち第２回におけるＨＳＥＶＧＬＰＶＹ特異的Ｔ細胞（「ＨＳＥＶＧＬＰＶＹ」は配列番号２として開示されている）のＴ細胞受容体配列頻度：共有されるＴ細胞受容体配列を有する、ＣＤ１３７＋Ｔ細胞（Ｙ軸）、対、抗原結合性Ｔ細胞（Ｘ軸）が記されている。「Ｊ」、「Ｌ」、「Ｍ」、「Ｎ」および「Ｏ」は、表３に記載されている参照Ｊ、Ｌ、Ｍ、ＮおよびＯをそれぞれ表示する。
本開示は、全般的には、Ｔ細胞の混合物（例えば、出発ＰＢＭＣ試料に由来するナイーブＴ細胞の混合物）を、抗原結合性および機能性について別々に検査される複数の一部分へと分割することにより、免疫療法のためのＴ細胞系の開発に適したＴ細胞受容体をより迅速に、かつステップ数を減らして同定することができるという発見に基づく。各一部分由来のＴ細胞受容体を配列決定することができ、抗原結合性および機能的Ｔ細胞の両方に基づき、重複するＴ細胞受容体が、さらなる開発のために同定される。本開示は、さらに具体的には、一部には、このアプローチが、出発試料のｉｎ ｖｉｔｒｏプライミングを必ずしも要求せず、したがって、Ｔ細胞受容体の下方調節および／または高濃度の抗原への曝露が原因の有害作用を低減し得るという発見に基づく。さらに、Ｔ細胞を、生理的濃度で抗原を提示する活性化剤（例えば、抗原提示細胞または腫瘍細胞）に曝露することにより、機能検査を行うことができ、したがって、実際に機能的Ｔ細胞系を生じるＴ細胞受容体を同定する可能性がより高い。
Ｔ細胞受容体は、アルファ（「α」）およびベータ（「β」）鎖（αβ ＴＣＲ）またはガンマデルタ（「γδ」）鎖（γδ ＴＣＲ）の組合せからなる高度に多様なヘテロ二量体である。Ｔ細胞受容体鎖は、抗原認識に重要な可変領域、および定常領域からなる。Ｔ細胞受容体αおよびδ鎖の可変領域は、いくつかの可変（Ｖ）および連結（Ｊ）遺伝子によってコードされる一方、Ｔ細胞受容体βおよびγ鎖はその上、多様性（Ｄ）遺伝子によってコードされる。各ＴＣＲ鎖は、相補性決定領域（ＣＤＲ１～３）と命名される３個の超可変ループをその構造中に含有する。ＣＤＲ１および２は、Ｖ遺伝子によってコードされ、ＭＨＣ複合体とＴＣＲとの相互作用に要求される。しかし、ＣＤＲ３は、ＶおよびＪまたはＤおよびＪ遺伝子の間の接合領域によってコードされ、したがって、高度に可変である。ＣＤＲ３は、ペプチド抗原と直接接触したＴＣＲの領域であるため、ペプチド－ＭＨＣ複合体とＴＣＲとの相互作用における必須の役割を果たす。この理由から、ＣＤＲ３は、Ｔ細胞受容体クロノタイプを決定するための目的の領域として使用されることが多いが、それは、同じクローナルに増殖されたＴ細胞に由来していない限り、２個のＴ細胞が、同じＣＤＲ３ヌクレオチド配列を発現する可能性が非常に低いためである。
したがって（According）、ある特定の実施形態は、例えば、所定の種類の抗原に対する抗原結合性および抗原活性化Ｔ細胞の少なくとも１つのＴ細胞受容体構成成分を同定するための方法、組成物、アッセイ、システム、デバイスおよび／またはキットを提供することができる。例えば、一部の実施形態では、本開示は、Ｔ細胞受容体クロノタイプを選択するための方法を提供する。
ある特定の実施形態では、Ｔ細胞受容体クロノタイプを選択するための方法は、所定の種類の抗原に対する抗原結合性Ｔ細胞および抗原活性化Ｔ細胞を同定するために、Ｔ細胞の混合物を分析するステップと、抗原結合性Ｔ細胞の少なくとも１つおよび抗原活性化Ｔ細胞の少なくとも１つに共有される、少なくとも１つのＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分を同定するステップとを含む。一部の実施形態では、Ｔ細胞受容体クロノタイプを選択するための方法は、所定の種類の抗原に対する抗原結合性Ｔ細胞および機能的Ｔ細胞を同定するために、ナイーブＴ細胞の混合物を分析するステップと、抗原結合性Ｔ細胞の少なくとも１つおよび機能的Ｔ細胞の少なくとも１つに共有される、少なくとも１つのＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分を同定するステップとを含む。
リンパ球内の共有される受容体配列を選択するための方法であって、所定の種類の抗原に対する、刺激されたリンパ球および共刺激されたリンパ球を同定するために、リンパ球の混合物を分析するステップと、刺激されたリンパ球の少なくとも１つおよび共刺激されたリンパ球の少なくとも１つに共有される、少なくとも１つの受容体配列の少なくとも一部分を同定するステップとを含む方法もまた、本明細書に提供される。
本開示はまた、Ｔ細胞受容体を選択するための方法を提供する。一部の実施形態では、Ｔ細胞受容体を選択するための方法は、少なくとも第１の抗原結合性Ｔ細胞を、少なくとも第１の所定の種類の抗原の１つに結合させるステップであって、第１の複数のＴ細胞を、第１の所定の種類の抗原の１つと接触させることを含むステップと、少なくとも第１の機能的Ｔ細胞を活性化させるステップであって、第２の複数のＴ細胞を、少なくとも第２の所定の種類の抗原の１つを提示する複数の細胞と接触させることを含むステップと、少なくとも１つの抗原結合性Ｔ細胞および少なくとも１つの機能的Ｔ細胞に共通する、少なくとも１つのＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分を同定するステップとを含む。
他の実施形態では、Ｔ細胞受容体を選択するための方法は、第１の複数のＴ細胞中に存在する少なくとも第１の抗原結合性Ｔ細胞を、少なくとも第１のクラスＩ Ｐ－ＭＨＣタンパク質多量体の１つに結合させるステップであって、Ｐが所定の種類の抗原であり、第１の複数のＴ細胞を、第１のクラスＩ Ｐ－ＭＨＣタンパク質多量体の１つと接触させることを含むステップと、第２の複数のＴ細胞中に存在する少なくとも第１の機能的Ｔ細胞を活性化させるステップであって、第２の複数のＴ細胞を、少なくとも第１のクラスＩＩ Ｐ－ＭＨＣタンパク質多量体の１つを提示する複数の細胞と接触させることを含むステップと、少なくとも１つの抗原結合性Ｔ細胞および少なくとも１つの機能的Ｔ細胞に共通する、少なくとも１つのＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分を同定するステップとを含む。さらに他の実施形態では、Ｔ細胞受容体を選択するための方法は、第１の複数のＴ細胞中に存在する少なくとも第１の抗原結合性Ｔ細胞を、少なくとも第１のクラスＩＩ Ｐ－ＭＨＣタンパク質多量体の１つに結合させるステップであって、Ｐが所定の種類の抗原であり、第１の複数のＴ細胞を、第１のクラスＩＩ Ｐ－ＭＨＣタンパク質多量体の１つと接触させることを含むステップと、第２の複数のＴ細胞中に存在する少なくとも第１の機能的Ｔ細胞を活性化させるステップであって、第２の複数のＴ細胞を、少なくとも第１のクラスＩ Ｐ－ＭＨＣタンパク質を提示する複数の細胞と接触させることを含むステップと、少なくとも１つの抗原結合性Ｔ細胞および少なくとも１つの機能的Ｔ細胞に共通する、少なくとも１つのＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分を同定するステップとを含む。
一部の実施形態では、Ｔ細胞受容体を選択するための方法は、第１の複数のＴ細胞中に存在する少なくとも第１の抗原結合性Ｔ細胞を、少なくとも第１のクラスＩ Ｐ－ＭＨＣタンパク質多量体の１つに結合させるステップであって、Ｐが所定の種類の抗原であり、第１の複数のＴ細胞を、第１のクラスＩ Ｐ－ＭＨＣタンパク質多量体の１つと接触させることを含むステップと、第２の複数のＴ細胞中に存在する少なくとも第１の機能的Ｔ細胞を活性化させるステップであって、第２の複数のＴ細胞を、少なくとも第１のクラスＩ Ｐ－ＭＨＣタンパク質を提示する複数の細胞と接触させることを含むステップと、少なくとも１つの抗原結合性Ｔ細胞および少なくとも１つの機能的Ｔ細胞に共通する、少なくとも１つのＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分を同定するステップとを含む。他の実施形態では、Ｔ細胞受容体を選択するための方法は、第１の複数のＴ細胞中に存在する少なくとも第１の抗原結合性Ｔ細胞を、少なくとも第１のクラスＩＩ Ｐ－ＭＨＣタンパク質多量体の１つに結合させるステップであって、Ｐが所定の種類の抗原であり、第１の複数のＴ細胞を、第１のクラスＩＩ Ｐ－ＭＨＣタンパク質多量体の１つと接触させることを含むステップと、第２の複数のＴ細胞中に存在する少なくとも第１の機能的Ｔ細胞を活性化させるステップであって、第２の複数のＴ細胞を、少なくとも第１のクラスＩＩ Ｐ－ＭＨＣタンパク質多量体の１つを提示する複数の細胞と接触させることを含むステップと、少なくとも１つの抗原結合性Ｔ細胞および少なくとも１つの機能的Ｔ細胞に共通する、少なくとも１つのＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分を同定するステップとを含む。
さらに別の実施形態では、Ｔ細胞受容体を選択するための方法は、複数のＴ細胞から第１のＴ細胞を単離するステップであって、第１のＴ細胞が、Ｐ負荷ＭＨＣタンパク質に結合しており、Ｐが所定の種類の抗原であるステップと、複数のＴ細胞から第２のＴ細胞をさらに単離するステップであって、第２のＴ細胞が、所定の種類の抗原による活性化を示唆する少なくとも１つのバイオマーカーを発現するステップと、第１のＴ細胞のＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分を、第２のＴ細胞のＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分とマッチングさせるステップとを含む。
抗原結合性Ｔ細胞を検出するための方法もまた、本明細書に提供される。一部の実施形態では、抗原結合性Ｔ細胞を検出するための方法は、ＰＢＭＣの集団から、所定の種類の抗原に結合する少なくとも１つのＴ細胞を単離するステップと、複数のコグネイトＴ細胞を形成するステップであって、単離された少なくとも１つのＴ細胞を増殖させることを含むステップと、少なくとも第１の結合性Ｔ細胞を、少なくとも第１の結合剤に結合させるステップであって、複数のコグネイトＴ細胞に由来するＴ細胞を、複数の結合剤の少なくとも１つと接触させることを含み、複数の結合剤の少なくとも１つが、所定の種類の抗原を含むステップと、少なくとも第１の結合性Ｔ細胞が、所定の種類の抗原を提示する細胞によって活性化されるように構成されていることを確認するステップとを含む。抗原結合性Ｔ細胞は、本明細書または援用される参考文献のうち１つに開示されている結合剤を用いたアッセイによって検出することができる。
本開示はまた、機能的Ｔ細胞受容体クロノタイプを検出するための方法であって、ＰＢＭＣの集団から、所定の種類の抗原に結合する少なくとも１つのＴ細胞を単離するステップと、複数のコグネイトＴ細胞を形成するステップであって、単離された少なくとも１つのＴ細胞を増殖させることを含むステップと、少なくとも第１の機能的Ｔ細胞を活性化させるステップであって、複数のコグネイトＴ細胞に由来するＴ細胞を、所定の種類の抗原に対して免疫原性である複数の活性化剤の少なくとも１つと接触させることを含むステップと、少なくとも第１の機能的Ｔ細胞が、Ｐ負荷ＭＨＣタンパク質に結合するように構成されていることを確認するステップであって、Ｐが所定の種類の抗原であるステップとを含む方法を提供する。
本開示はまた、上記の方法のうち１つまたは複数を組み合わせる方法を提供することが理解される。例えば、機能的Ｔ細胞受容体クロノタイプを検出するための方法は、抗原結合性Ｔ細胞を検出するための方法と組み合わせて、特異的抗原と結合し、機能的であるＴ細胞受容体の選択を容易にすることができる。したがって、一部の実施形態では、所定の種類の抗原に特異的なＴ細胞受容体を選択するための方法であって、第１の複数のＴ細胞を単離するステップであって、第１の複数のＴ細胞の少なくとも一部分が、複数のＰ負荷ＭＨＣタンパク質に結合しており、Ｐが所定の種類の抗原であるステップと、第２の複数のＴ細胞をさらに単離するステップであって、複数の活性化剤の存在下で、第２の複数のＴ細胞の少なくとも一部分が１つもしくは複数の活性化シグナル伝達分子を上方調節し、かつ／または１つもしくは複数の活性化マーカーを発現し、ここで、複数の活性化剤の少なくとも１つが、所定の種類の抗原に対して免疫原性であるステップと、第１の複数のＴ細胞の少なくとも一部分および第２の複数のＴ細胞の少なくとも一部分の両方に共通する、少なくとも１つのＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分を同定するステップとを含む方法が本明細書に提供される。
他の実施形態では、所定の種類の抗原に特異的なＴ細胞受容体を選択するための方法は、第１の複数のＴ細胞を単離するステップであって、第１の複数のＴ細胞の少なくとも一部分が、複数の第１の活性化剤の存在下で、１つまたは複数の第１の活性化マーカーを発現するステップと、第２の複数のＴ細胞をさらに単離するステップであって、複数の第２の活性化剤の存在下で、第２の複数のＴ細胞の少なくとも一部分が１つもしくは複数の第２の活性化マーカーを上方調節し、かつ／または１つもしくは複数の活性化シグナル伝達分子を発現するステップと、共通する少なくとも１つのＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分、およびＰが所定の種類の抗原である、Ｐ負荷ＭＨＣタンパク質について、閾値未満である解離定数を有する第１の複数のＴ細胞の一部分の少なくとも１つおよび第２のＴ細胞の一部分の少なくとも１つを同定するステップとを含む。
したがって、ある特定の実施形態では、例えば、少なくとも１つのＴ細胞受容体構成成分は、少なくとも１つのＴ細胞受容体構成成分を含むことができる。ある特定の実施形態では、例えば、少なくとも１つのＴ細胞受容体構成成分は、少なくとも１つのＴ細胞受容体クロノタイプを含むことができる。ある特定の実施形態では、例えば、少なくとも１つのＴ細胞受容体構成成分は、少なくとも１つのＴ細胞受容体アルファ鎖を含むことができる。ある特定の実施形態では、例えば、少なくとも１つのＴ細胞受容体構成成分は、少なくとも１つのＴ細胞受容体ベータ鎖を含むことができる。ある特定の実施形態では、例えば、少なくとも１つのＴ細胞受容体構成成分は、少なくとも一対のＴ細胞受容体アルファ鎖およびＴ細胞受容体ベータ鎖を含むことができる。ある特定の実施形態では、例えば、同定するステップは、少なくとも１つの結合性Ｔ細胞を、単一細胞レベルで配列決定することを含むことができる。ある特定の実施形態では、例えば、同定するステップは、少なくとも１つの機能的Ｔ細胞を、単一細胞レベルで配列決定することを含むことができる。ある特定の実施形態では、例えば、少なくとも１つのＴ細胞受容体構成成分は、少なくとも１つのＣＤＲ３配列を含むことができる。ある特定の実施形態では、例えば、少なくとも１つのＣＤＲ３配列は、１６～１０６個のアミノ酸からなるアミノ酸配列（例えば、直鎖状配列）を含むことができる。一部の実施形態では、少なくとも１つのＣＤＲ３配列は、６～３５個のアミノ酸からなるアミノ酸配列（例えば、直鎖状配列）を含むことができる。またさらなる実施形態では、少なくとも１つのＣＤＲ３配列は、６～１２個のアミノ酸からなるアミノ酸配列（例えば、直鎖状配列）を含むことができる。ある特定の実施形態では、例えば、少なくとも１つのＣＤＲ３配列は、ステム領域を除外することができる。ある特定の実施形態では、例えば、少なくとも１つのＣＤＲ３配列は、ＣＤＲ３ベータ鎖部分（複数）を含むことができる。
Ｔ細胞受容体の配列決定は、援用される参考文献に開示されている方法等、当技術分野で公知の方法を使用して行うことができる。例えば、例としてかつ限定することなく、配列決定は、クエリＤＮＡの制限酵素消化と、それに続くゲル電気泳動および公知Ｔ細胞受容体遺伝子のプローブを使用したサザンブロッティング；次世代配列決定（ＮＧＳ）（例えば、Ｉｌｌｕｍｉｎａ配列決定プラットフォーム、ＩｏｎＴｏｒｒｅｎｔまたはＰａｃｉｆｉｃ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）；またはＰＣＲに基づくアッセイによって行うことができる。配列決定読み取りからＣＤＲデータを抽出し、クロノタイプを決定するためのいくつかのアプローチが存在する。例えば、ＣＤＲ３配列を特徴付けるための１つの例示的な戦略は、予め設計された（predesigned）ＰＣＲプライマーを使用してＴ細胞受容体ベータ鎖ＣＤＲ３（β－ＣＤＲ３）遺伝子座からｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡを増幅し、続いてディープシーケンシングを行う、Ｔ細胞受容体プロファイリングである。別の例示的なアプローチは、ＲＮＡ配列決定（ＲＮＡ－ｓｅｑ）に基づくＴ細胞受容体プロファイリングが関与し、試料中に存在するあらゆる転写された遺伝子由来のデータを提供すると共に、ＴＣＲα、ＴＣＲβ、ＴＣＲγおよびＴＣＲδの同時分析を可能にする。しかし、上記の方法は、単に例示的であり、当技術分野で公知のいかなる配列決定方法を使用して、Ｔ細胞受容体配列を決定してもよいことが理解される。
ある特定の実施形態では、例えば、抗原結合性および抗原活性化Ｔ細胞の少なくとも１つのＴ細胞受容体構成成分を同定するステップは、抗原結合性Ｔ細胞を含有する第１の試料（そのうちいくつかは、抗原活性化であってもそうでなくてもよい）由来のＴ細胞受容体を、抗原活性化Ｔ細胞を含有する第２の試料（そのうちいくつかは、抗原結合性であってもそうでなくてもよい）由来のＴ細胞受容体と比較することを含むことができる。ある特定の実施形態では、例えば、比較することは、第１の試料由来のＴ細胞および第２の試料由来のＴ細胞の間で、前記のＴ細胞受容体構成成分のいずれかをマッチングさせることを含むことができる。
ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、ペプチドであってもよい。ある特定の実施形態では、例えば、ペプチドは、少なくとも８個のアミノ酸からなることができる。一部の実施形態では、ペプチドは、９個のアミノ酸からなる。一部の実施形態では、ペプチドは、１０個のアミノ酸からなる。一部の実施形態では、ペプチドは、１１個のアミノ酸からなる。一部の実施形態では、ペプチドは、１２個のアミノ酸からなる。一部の実施形態では、ペプチドは、１３個のアミノ酸からなる。一部の実施形態では、ペプチドは、１４個のアミノ酸からなる。一部の実施形態では、ペプチドは、１５個のアミノ酸からなる。しかし、ペプチドは、１５個を超えるアミノ酸からなることもでき、上記のペプチドの長さが単に例示的であることが理解される。
ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、８～２０個のアミノ酸であるペプチドであってもよい。例えば、一部の実施形態では、ペプチドは、８～１５個のアミノ酸からなることができる。一部の実施形態では、ペプチドは、８～１２個のアミノ酸からなることができる。ある特定の実施形態では、例えば、ペプチドは、少なくとも１２個のアミノ酸、例えば、１３個のアミノ酸、１４個のアミノ酸、１５個のアミノ酸、１６個のアミノ酸、１７個のアミノ酸、１８個のアミノ酸、１９個のアミノ酸、２０個のアミノ酸、２１個のアミノ酸、２２個のアミノ酸、２３個のアミノ酸、２４個のアミノ酸、２５個のアミノ酸、２６個のアミノ酸、２７個のアミノ酸、２８個のアミノ酸、２９個のアミノ酸、３０個のアミノ酸、３１個のアミノ酸、３２個のアミノ酸、３３個のアミノ酸、３４個のアミノ酸、３５個のアミノ酸、３６個のアミノ酸、３７個のアミノ酸、３８個のアミノ酸、３９個のアミノ酸または４０個のアミノ酸からなることができる。
ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、１２～４０個のアミノ酸であるペプチドであってもよい。特定の実施形態では、ペプチドは、１２～３０個のアミノ酸からなることができる。一部の実施形態では、ペプチドは、１２～２０個のアミノ酸からなることができる。
主要組織適合複合体（ＭＨＣ）クラスＩおよびクラスＩＩタンパク質は、Ｔ細胞による認識のために細胞表面にペプチドを提示するタスクを共有する。免疫原性ペプチド－ＭＨＣクラスＩ（ｐＭＨＣＩ）複合体は、有核細胞に提示され、細胞傷害性ＣＤ８＋Ｔ細胞によって認識される。抗原提示細胞［例えば、樹状細胞（ＤＣ）、マクロファージまたはＢ細胞］によるｐＭＨＣＩＩの提示は、他方では、ＣＤ４＋Ｔ細胞を活性化し、エフェクター細胞の調整および調節をもたらすことができる。あらゆる事例において、所与のｐＭＨＣ複合体と相互作用し、潜在的に、持続した細胞：細胞接触形成およびＴ細胞活性化をもたらすのは、クロノタイプＴ細胞受容体である。
したがって、ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原（例えば、ペプチド）は、ＭＨＣタンパク質（例えば、ＭＨＣクラスＩタンパク質またはＭＨＣクラスＩＩタンパク質）に対する結合親和性を有することができる。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、１０００μＭ未満のＭＨＣクラスＩタンパク質に対する結合親和性を有することができる。一部の実施形態では、所定の種類の抗原は、１００μＭ未満のＭＨＣクラスＩタンパク質に対する結合親和性を有することができる。一部の実施形態では、所定の種類の抗原は、５０μＭ未満のＭＨＣクラスＩタンパク質に対する結合親和性を有することができる。一部の実施形態では、所定の種類の抗原は、１０μＭ未満のＭＨＣクラスＩタンパク質に対する結合親和性を有することができる。一部の実施形態では、所定の種類の抗原は、１μＭ未満のＭＨＣクラスＩタンパク質に対する結合親和性を有することができる。一部の実施形態では、所定の種類の抗原は、０．１μＭ未満のＭＨＣクラスＩタンパク質に対する結合親和性を有することができる。
ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原は、新生抗原（例えば、対応する野生型の親抗原とは別個のものとする少なくとも１つの変更を有する抗原）であってもよい。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は、腫瘍細胞における変異による親抗原に対する変更を含むことができる。ある特定の実施形態では、例えば、変異は、フレームシフトまたは非フレームシフトインデルを含むことができる。ある特定の実施形態では、例えば、変異は、ミスセンス置換を含むことができる。ある特定の実施形態では、例えば、変異は、ナンセンス置換を含むことができる。ある特定の実施形態では、例えば、変異は、スプライス部位変更を含むことができる。ある特定の実施形態では、例えば、変異は、ゲノム再編成を含むことができる。ある特定の実施形態では、例えば、変異は、遺伝子融合を含むことができる。ある特定の実施形態では、例えば、変異は、ネオＯＲＦ（neoORF）を生じるゲノム再編成および／または発現変更を含むことができる。ある特定の実施形態では、例えば、ゲノム再編成は、１個または複数の挿入を含むことができる。ある特定の実施形態では、例えば、ゲノム再編成は、１個または複数の欠失を含むことができる。ある特定の実施形態では、例えば、変異は、スプライスバリアントを含むことができる。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は、腫瘍細胞に特異的な翻訳後修飾による親抗原に対する変更を含むことができる。ある特定の実施形態では、例えば、翻訳後修飾は、異常リン酸化を含むことができる。ある特定の実施形態では、例えば、翻訳後修飾は、プロテアソームで生成されたスプライス抗原を含むことができる。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は、腫瘍に由来することができる。ある特定の実施形態では、例えば、腫瘍は、固形腫瘍であってもよい。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は、腫瘍表面に提示され得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は、腫瘍新生抗原であってもよい。ある特定の実施形態では、例えば、腫瘍新生抗原は、対象の腫瘍細胞または組織に存在することができるが、対象の対応する正常細胞または組織には存在することができない。ある特定の実施形態では、例えば、腫瘍新生抗原は、対象の対応する正常細胞または組織における発現と比べて、対象の腫瘍細胞または組織において過剰発現され得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は個別化新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は共有腫瘍新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、共有腫瘍新生抗原は腫瘍関連のペプチド新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は特定の種類の腫瘍に特有であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は腫瘍関連のペプチド新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は、モデルにより同定された１つまたは複数の新生抗原から選択され得る。ある特定の実施形態では、例えば、１つまたは複数の新生抗原は、個別化新生抗原であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、１つまたは複数の新生抗原は、共有新生抗原のリスト中に存在し得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は、人工知能モデルにより同定される１つまたは複数の新生抗原から選択され得る。ある特定の実施形態では、例えば、モデルは、機械学習を使用して校正され得る。ある特定の実施形態では、例えば、人工知能モデルはニューラルネットワークを含み得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は、提示尤度のセットから選択され得る。ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は、援用される参考文献で開示される機械学習法、ソフトウェア、および／またはシステムのうちの１つまたは複数を使用して決定可能である。
ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は、腫瘍新生抗原であってもよい。ある特定の実施形態では、例えば、腫瘍新生抗原は、対象の腫瘍細胞または組織に存在することができるが、対象の対応する正常細胞または組織には存在することができない。ある特定の実施形態では、例えば、腫瘍新生抗原は、対象の対応する正常細胞または組織における発現と比べて、対象の腫瘍細胞または組織において過剰発現され得る。ある特定の実施形態では、例えば、腫瘍新生抗原は、援用される参考文献に開示されている機械学習方法、ソフトウェアおよび／またはシステムのうち１つまたは複数を使用して決定することができる。
ある特定の実施形態では、例えば、新生抗原は、ある種類のがんと関連することができる。ある特定の実施形態では、例えば、がんは、肺がん、膀胱がん、胃（stomach）がん、直腸がん、子宮内膜がん、甲状腺がん、腎乳頭細胞、黒色腫、乳がん、卵巣がん、前立腺がん、腎臓がん、胃（gastric）がん、結腸がん、精巣がん、頭頸部がん、膵がん、脳がん（例えば、より低悪性度の神経膠腫、神経膠芽腫）、Ｂ細胞リンパ腫、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性リンパ球性白血病およびＴ細胞リンパ球性白血病、非小細胞肺がん（例えば、扁平上皮癌（ＳＣＣ））および小細胞肺がん、ならびに前記のがんのうち２種またはそれよりも多くの組合せからなる群から選択することができる。ある特定の実施形態では、例えば、がんは、前記の群のサブグループから選択することができる。ある特定の実施形態では、例えば、がんは、上皮がんであってもよい。ある特定の実施形態では、例えば、がんは、血液がんであってもよい。
したがって、免疫原性について候補新生抗原をスクリーニングするための方法であって、ＰＢＭＣの集団から、候補新生抗原に結合する少なくとも１つのＴ細胞を単離するステップと、複数のコグネイトＴ細胞を形成するステップであって、単離された少なくとも１つのＴ細胞を増殖させることを含むステップと、少なくとも第１の機能的Ｔ細胞を活性化させるステップであって、複数のコグネイトＴ細胞に由来するＴ細胞を、候補新生抗原について免疫原性である複数の活性化剤の少なくとも１つと接触させることを含むステップとを含む方法もまた、本明細書に提供される。
本開示はまた、抗原特異的ワクチン用の候補抗原をスクリーニングするための方法を提供する。一部の実施形態では、本方法は、ＰＢＭＣの集団から、候補抗原に結合する少なくとも１つのＴ細胞を単離するステップと、複数のコグネイトＴ細胞を形成するステップであって、単離された少なくとも１つのＴ細胞を増殖させることを含むステップと、少なくとも第１の機能的Ｔ細胞を活性化させるステップであって、複数のコグネイトＴ細胞に由来するＴ細胞を、候補抗原について免疫原性である複数の活性化剤の少なくとも１つと接触させることを含むステップとを含む。
ある特定の実施形態では、所定の種類の抗原は、ＶＤＪｄｂデータベース（ｖｄｊｄｂ．ｃｄｒ３．ｎｅｔ）等、公知の抗原特異性を有する精選されたＴ細胞受容体（ＴＣＲ）配列を含有する公開されているデータベースから選択される抗原であってもよい。一部の実施形態では、所定の種類の抗原は、予測される抗原である。他の実施形態では、所定の種類の抗原は、実験的に検証された抗原である。
ある特定の実施形態では、例えば、システムおよび方法のための供給源Ｔ細胞を提供することができる。ある特定の実施形態では、例えば、供給源Ｔ細胞は、ＰＢＭＣに由来することができる。ある特定の実施形態では、例えば、供給源Ｔ細胞は、骨髄に由来することができる。ある特定の実施形態では、例えば、供給源Ｔ細胞は、胸腺に由来することができる。ある特定の実施形態では、例えば、供給源Ｔ細胞は、組織生検に由来することができる。ある特定の実施形態では、例えば、供給源Ｔ細胞は、腫瘍に由来することができる。ある特定の実施形態では、例えば、供給源Ｔ細胞は、リンパ節組織に由来することができる。ある特定の実施形態では、例えば、供給源Ｔ細胞は、腸管関連リンパ系組織に由来することができる。ある特定の実施形態では、例えば、供給源Ｔ細胞は、粘膜関連リンパ系組織に由来することができる。ある特定の実施形態では、例えば、供給源Ｔ細胞は、脾臓組織に由来することができる。ある特定の実施形態では、例えば、供給源Ｔ細胞は、リンパ系組織に由来することができる。ある特定の実施形態では、例えば、供給源Ｔ細胞は、腫瘍（例えば、本明細書に開示されている腫瘍のうち１種）に由来することができる。ある特定の実施形態では、例えば、供給源Ｔ細胞は、Ｔ細胞系から得ることができる。ある特定の実施形態では、例えば、供給源Ｔ細胞は、自家供給源から得ることができる。ある特定の実施形態では、例えば、供給源Ｔ細胞は、同種異系供給源から得ることができる。ある特定の実施形態では、例えば、供給源Ｔ細胞は、単一の個体から得ることができる。ある特定の実施形態では、例えば、単一の個体は、健康であり得る（例えば、予め選択された１つまたは複数の疾患がない）。ある特定の実施形態では、例えば、単一の個体は、１つまたは複数の予め選択された疾患（例えば、予め選択されたがん）を患う場合がある。ある特定の実施形態では、例えば、供給源Ｔ細胞は、個体の集団から得ることができる。ある特定の実施形態では、例えば、個体の集団は、健康であり得る（例えば、予め選択された１つまたは複数の疾患がない）。ある特定の実施形態では、例えば、個体の集団は、１つまたは複数の予め選択された疾患（例えば、予め選択されたがん）を患う場合がある。
ある特定の実施形態では、例えば、供給源Ｔ細胞は、個体の循環血の白血球アフェレーシスによって得られる細胞に由来することができる。ある特定の実施形態では、例えば、供給源Ｔ細胞は、個体の循環血のアフェレーシスによって得られる細胞に由来することができる。ある特定の実施形態では、例えば、得られた細胞は、リンパ球を含むことができる。ある特定の実施形態では、例えば、得られたリンパ球は、Ｔ細胞と、必要に応じて、単球、顆粒球、Ｂ細胞、他の有核白血球（while blood）細胞、赤血球細胞および血小板のうち１つまたは複数を含むことができる。
ある特定の実施形態では、例えば、得られた細胞を洗浄して、血漿を除去し、その後の処理のための適切なバッファまたは媒体中に細胞を置いて、供給源Ｔ細胞を得ることができる。ある特定の実施形態では、例えば、細胞は、リン酸緩衝食塩水（ＰＢＳ）で洗浄することができる。ある特定の実施形態では、例えば、洗浄溶液は、カルシウムカチオン、マグネシウムカチオンまたはあらゆる二価カチオンを含まなくてよい。ある特定の実施形態では、例えば、洗浄は、半自動フロースルー遠心分離機を使用することができる。ある特定の実施形態では、例えば、洗浄に続いて、液体に再懸濁することができる（the washing can be following by resuspending in a liquid）。ある特定の実施形態では、例えば、液体は、生体適合性バッファを含むことができる。ある特定の実施形態では、例えば、生体適合性バッファは、カルシウムカチオン不含およびマグネシウムカチオン不含のＰＢＳを含むことができる。ある特定の実施形態では、例えば、アフェレーシスによって得られた細胞の望ましくない構成成分を除去し、細胞を培養培地に直接再懸濁することができる。
ある特定の実施形態では、例えば、少なくとも１つのＴ細胞受容体構成成分は、１，０００，０００個の供給源Ｔ細胞につき１個未満のＴ細胞に存在することができる。例えば、一部の実施形態では、少なくとも１つのＴ細胞受容体構成成分は、２，０００，０００個の供給源Ｔ細胞につき１個未満のＴ細胞に存在することができる。一部の実施形態では、少なくとも１つのＴ細胞受容体構成成分は、５，０００，０００個の供給源Ｔ細胞につき１個未満のＴ細胞に存在することができる。一部の実施形態では、少なくとも１つのＴ細胞受容体構成成分は、１０，０００，０００個の供給源Ｔ細胞につき１個未満のＴ細胞に存在することができる。
ある特定の実施形態では、例えば、本明細書に開示されている方法は、Ｔ細胞プライミングを除外することができる。ある特定の実施形態では、例えば、本明細書に開示されている方法は、Ｔ細胞をプライミングする目的で血液試料から抗原提示細胞を単離する必要を排除することができる。ある特定の実施形態では、例えば、Ｔ細胞をプライミングする目的で血液試料から抗原提示細胞を単離する必要の排除は、Ｔ細胞プライミングを利用する方法と比較して、要求される血液の総体積を少なくとも２５％（例えば、少なくとも５０％、または３０％～７０％）低減することができる。
Ｔ細胞を単離するための様々な方法が当技術分野で公知であり、単離方法のいずれかを本発明と組み合わせて使用することができることが理解される。ある特定の実施形態では、例えば、供給源Ｔ細胞は、赤血球細胞を溶解し、ＰＥＲＣＯＬＬ（商標）勾配による遠心分離により、末梢血リンパ球から単離することができる。ある特定の実施形態では、例えば、供給源Ｔ細胞は、フィコール・パック（Ficoll-Paque）分離によって、末梢血リンパ球から単離することができる。ある特定の実施形態では、例えば、供給源Ｔ細胞は、マイクロ流体デバイスを使用して、末梢血リンパ球から単離することができる。ある特定の実施形態では、例えば、ポジティブまたはネガティブ選択を使用して、供給源Ｔ細胞からＴ細胞の混合物を得ることができる。ある特定の実施形態では、例えば、Ｔ細胞の混合物は、ＣＤ２８＋Ｔ細胞を含むことができる（またはこれが富化されていてよい）。ある特定の実施形態では、例えば、Ｔ細胞の混合物は、ナイーブＣＤ８＋Ｔ細胞を含むことができる（またはこれが富化されていてよい）。ある特定の実施形態では、例えば、Ｔ細胞の混合物は、ナイーブＴ細胞を含むことができる（またはこれが富化されていてよい）。ある特定の実施形態では、例えば、Ｔ細胞の混合物は、メモリーＴ細胞を含むことができる（またはこれが富化されていてよい）。ある特定の実施形態では、例えば、Ｔ細胞の混合物は、ＣＤ８＋Ｔ細胞を含むことができる（またはこれが富化されていてよい）。ある特定の実施形態では、例えば、Ｔ細胞の混合物は、ＣＤ４＋Ｔ細胞を含むことができる（またはこれが富化されていてよい）。ある特定の実施形態では、例えば、Ｔ細胞の混合物は、ＣＤ４＋ＣＤ８＋Ｔ細胞を含むことができる（またはこれが富化されていてよい）。ある特定の実施形態では、例えば、Ｔ細胞の混合物は、ＣＤ４－ＣＤ８＋Ｔ細胞を含むことができる（またはこれが富化されていてよい）。ある特定の実施形態では、例えば、Ｔ細胞の混合物は、ＣＤ４＋ＣＤ８－Ｔ細胞を含むことができる（またはこれが富化されていてよい）。ある特定の実施形態では、例えば、Ｔ細胞の混合物は、ＣＤ４５ＲＡ＋を含むことができる（またはこれが富化されていてよい）。ある特定の実施形態では、例えば、Ｔ細胞の混合物は、ＣＤ４５ＲＯ＋Ｔ細胞を含むことができる（またはこれが富化されていてよい）。ある特定の実施形態では、例えば、Ｔ細胞の混合物は、ＣＤ３＋／ＣＤ２８＋Ｔ細胞を含むことができる（またはこれが富化されていてよい）。
上記の通り、ポジティブ選択、ネガティブ選択または両者の組合せを使用して、供給源Ｔ細胞からＴ細胞の所望の集団を得ることができる。ある特定の実施形態では、例えば、抗マーカー剤（例えば、抗体）を磁気ビーズにコンジュゲートし、磁気分離を行うことにより、Ｔ細胞をポジティブに選択することができる。他の実施形態では、例えば、抗体を、Ｔ細胞亜集団の所望しない細胞に特有の表面マーカーにコンジュゲートすることにより、Ｔ細胞亜集団をネガティブに選択することができる。ある特定の実施形態では、例えば、ネガティブ選択は、細胞選別を含むことができる。ある特定の実施形態では、例えば、ネガティブ選択は、ネガティブ磁気免疫接着による選択を含むことができる。ある特定の実施形態では、例えば、ネガティブ選択は、ネガティブに選択される細胞に存在する細胞表面マーカーに対するモノクローナル抗体のカクテルを使用したフローサイトメトリーによる選択を含むことができる。ある特定の実施形態では、例えば、ＣＤ４＋Ｔ細胞が富化されたＴ細胞の混合物は、ＣＤ１４、ＣＤ２０、ＣＤ１１ｂ、ＣＤ１６、ＨＬＡ－ＤＲおよびＣＤ８のうち１つまたは複数（例えば、全て）に対するモノクローナル抗体（例えば、抗ビオチン磁気ビーズに結合され得るビオチン化モノクローナル抗体）に供給源Ｔ細胞を曝露し、続いて富化（例えば、磁気分離を含む）およびフローサイトメトリーによる特徴付けを行うことにより得ることができる。ある特定の実施形態では、例えば、ＣＤ８＋Ｔ細胞が富化されたＴ細胞の混合物は、ＣＤ４５ＲＯ、ＣＤ１４、ＣＤ１５、ＣＤ１６、ＣＤ１９、ＣＤ２５、ＣＤ３４、ＣＤ３６、ＣＤ５７、ＣＤ１２３、抗ＨＬＡ－ＤＲ、ＣＤ２３５ａ（グリコホリンＡ）、ＣＤ２４４およびＣＤ４のうち１つまたは複数（例えば、全て）に対するモノクローナル抗体（例えば、抗ビオチン磁気ビーズに結合され得るビオチン化モノクローナル抗体）に供給源Ｔ細胞を曝露し、続いて富化（例えば、磁気分離を含む）およびフローサイトメトリーによる特徴付けを行うことにより得ることができる。ポジティブ選択、ネガティブ選択または両者の組合せに関する上記の例は、非限定的であり、所望の細胞集団に特異的ないかなるマーカーをポジティブ選択に使用してもよい、または所望しない細胞集団に特異的ないかなるマーカーをネガティブ選択に使用してもよいことが理解される。
したがって、Ｔ細胞受容体クロノタイプをネガティブ選択するための方法もまた、本明細書に提供される。一部の実施形態では、本方法は、所定の第１の種類の抗原に対する第１の抗原結合性Ｔ細胞および第１の抗原活性化Ｔ細胞、ならびに所定の第２の種類の抗原に対する第２の抗原活性化Ｔ細胞を同定するために、Ｔ細胞の混合物を分析するステップと、第１の抗原結合性Ｔ細胞の少なくとも１つおよび第１の抗原活性化Ｔ細胞の少なくとも１つに共有されており、かつ第２の抗原活性化Ｔ細胞のいずれとも共有されていない、少なくとも１つのＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分を同定するステップとを含む。他の実施形態では、Ｔ細胞受容体クロノタイプをネガティブ選択するための方法は、所定の第１の種類の抗原に対する第１の抗原活性化Ｔ細胞および第１の抗原結合性Ｔ細胞、ならびに所定の第２の種類の抗原に対する第２の抗原結合性Ｔ細胞を同定するために、Ｔ細胞の混合物を分析するステップと、第１の抗原結合性Ｔ細胞の少なくとも１つおよび第１の抗原活性化Ｔ細胞の少なくとも１つに共有されており、かつ第２の抗原結合性Ｔ細胞のいずれとも共有されていない少なくとも１つのＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分を同定するステップとを含む。
ある特定の実施形態では、例えば、Ｔ細胞の混合物は、凍結溶液中で洗浄された（例えば、本明細書に記載されている通りに洗浄された）供給源Ｔ細胞を凍結することにより調製することができる。ある特定の実施形態では、例えば、凍結溶液は、ＰＢＳを含むことができる。ある特定の実施形態では、例えば、ＰＢＳは、ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）（例えば、２０％ＤＭＳＯ等、５～４０％ＤＭＳＯ）を含有することができる。ある特定の実施形態では、例えば、ＰＢＳは、ヒト血清アルブミン（ＨＳＡ）（例えば、８％ＨＳＡ等、１～３０％ＨＳＡ）を含有することができる。ある特定の実施形態では、例えば、凍結溶液は、他の適した細胞凍結構成成分を含有することができる。ある特定の実施形態では、例えば、凍結溶液は、希釈されていない凍結溶液であってもよい。ある特定の実施形態では、例えば、凍結溶液は、希釈することができる。ある特定の実施形態では、例えば、凍結溶液は、媒体で１：１希釈された、２０％ＤＭＳＯおよび８％ヒト血清アルブミン（ＨＳＡ）（または他の適した細胞凍結構成成分）を含有するＰＢＳを含むことができる。ある特定の実施形態では、例えば、Ｔ細胞の混合物は、－８０℃に凍結し、液体窒素貯蔵タンクの気相に貯蔵することができる。
ある特定の実施形態では、例えば、少なくとも１つのＴ細胞受容体構成成分は、Ｔ細胞混合物における１，０００個のＴ細胞につき１個未満のＴ細胞に存在することができる。例えば、一部の実施形態では、少なくとも１つのＴ細胞受容体構成成分は、Ｔ細胞混合物における１０，０００個のＴ細胞につき１個未満のＴ細胞に存在することができる。一部の実施形態では、少なくとも１つのＴ細胞受容体構成成分は、Ｔ細胞混合物における１００，０００個のＴ細胞につき１個未満のＴ細胞に存在することができる。一部の実施形態では、少なくとも１つのＴ細胞受容体構成成分は、Ｔ細胞混合物における１，０００，０００個のＴ細胞につき１個未満のＴ細胞に存在することができる。一部の実施形態では、少なくとも１つのＴ細胞受容体構成成分は、Ｔ細胞混合物における１０，０００，０００個のＴ細胞につき１個未満のＴ細胞に存在することができる。
ある特定の実施形態では、例えば、少なくとも１つのＴ細胞受容体構成成分は、Ｔ細胞混合物におけるＴ細胞の少なくとも０．０００５％に存在することができる。例えば、一部の実施形態では、少なくとも１つのＴ細胞受容体構成成分は、Ｔ細胞混合物におけるＴ細胞の少なくとも０．００５％に存在することができる。一部の実施形態では、少なくとも１つのＴ細胞受容体構成成分は、Ｔ細胞混合物におけるＴ細胞の少なくとも０．０５％に存在することができる。一部の実施形態では、少なくとも１つのＴ細胞受容体構成成分は、Ｔ細胞混合物におけるＴ細胞の少なくとも０．５％に存在することができる。一部の実施形態では、少なくとも１つのＴ細胞受容体構成成分は、Ｔ細胞混合物におけるＴ細胞の少なくとも５％に存在することができる。一部の実施形態では、少なくとも１つのＴ細胞受容体構成成分は、Ｔ細胞混合物におけるＴ細胞の少なくとも１０％に存在することができる。一部の実施形態では、少なくとも１つのＴ細胞受容体構成成分は、Ｔ細胞混合物におけるＴ細胞の少なくとも１５％に存在することができる（the at least one T cell receptor component can be present in at least one T cell receptor component can be present in at least 15% of the T cells in the T cell mixture）。
ある特定の実施形態では、例えば、少なくとも１つのＴ細胞受容体構成成分は、Ｔ細胞混合物におけるＴ細胞の５％未満に存在することができる。一部の実施形態では、少なくとも１つのＴ細胞受容体構成成分は、Ｔ細胞混合物におけるＴ細胞の０．５％未満に存在することができる。一部の実施形態では、少なくとも１つのＴ細胞受容体構成成分は、Ｔ細胞混合物におけるＴ細胞の０．００５％未満に存在することができる。一部の実施形態では、少なくとも１つのＴ細胞受容体構成成分は、Ｔ細胞混合物におけるＴ細胞の０．０００５％未満に存在することができる（the at least one T cell receptor component can be present in at least one T cell receptor component can be present in less than 0.0005% of the T cells in the T cell mixture）。
ある特定の実施形態は、例えば、Ｔ細胞の集団からＴ細胞の亜集団を富化するステップ（例えば、援用される参考文献に開示されている方法、アッセイまたはシステムのうち１つまたは複数を使用して）を含むことができる。ある特定の実施形態では、例えば、富化するステップは、所定の種類の抗原に対する抗原結合または抗原活性化を示すＴ細胞の亜集団を富化することを含むことができる。ある特定の実施形態では、例えば、富化するステップは、Ｔ細胞の集団を結合剤と接触させ、続いて結合剤に結合した亜集団のメンバーをＴ細胞の集団から分離することを含むことができる。
ある特定の実施形態では、例えば、結合剤は、所定の種類の抗原の少なくとも一部分（または抗原の一部分）を含むことができる。ある特定の実施形態では、例えば、結合剤は、ＭＨＣタンパク質の少なくとも一部分に結合した、所定の種類の抗原の少なくとも一部分を含むことができる。ある特定の実施形態では、例えば、ＭＨＣタンパク質は、ＭＨＣクラスＩタンパク質であってもよい。ある特定の実施形態では、例えば、ＭＨＣタンパク質は、ＭＨＣクラスＩＩタンパク質であってもよい。ある特定の実施形態では、例えば、結合剤は、アプタマーに結合した、所定の種類の抗原の少なくとも一部分を含むことができる。ある特定の実施形態では、例えば、結合剤は、アフィマーに結合した、所定の種類の抗原の少なくとも一部分を含むことができる。ある特定の実施形態では、例えば、結合剤は、抗体に結合した、所定の種類の抗原の少なくとも一部分を含むことができる。ある特定の実施形態では、例えば、結合剤は、多量体（例えば、ＭＨＣタンパク質の少なくとも一部分に結合した、所定の種類の抗原の少なくとも一部分を含む四量体）を含むことができる。ある特定の実施形態では、例えば、結合剤は、磁気分離を容易にするため磁気ビーズに、または蛍光フローサイトメトリーによる単離を容易にする（facility）ためフルオロフォアに連結されていてよい。
ある特定の実施形態では、例えば、メンバーは、０．０１μＭ～１０００μＭの解離定数で結合剤と結合することができる。例えば、一部の実施形態では、メンバーは、０．１μＭ～１００μＭの解離定数で結合剤と結合することができる。一部の実施形態では、メンバーは、０．５μＭ～５０μＭの解離定数で結合剤と結合することができる。一部の実施形態では、メンバーは、１μＭ～５０μＭの解離定数で結合剤と結合することができる。一部の実施形態では、メンバーは、１μＭ～２５μＭの解離定数で結合剤と結合することができる。一部の実施形態では、メンバーは、２５μＭ～７５μＭの解離定数で結合剤と結合することができる。一部の実施形態では、メンバーは、１０μＭ～５０μＭの解離定数で結合剤と結合することができる。
さらなる実施形態では、例えば、メンバーは、１０００μＭ未満の解離定数で結合剤と結合することができる。一部の実施形態では、メンバーは、１００μＭ未満の解離定数で結合剤と結合することができる。一部の実施形態では、メンバーは、７５μＭ未満の解離定数で結合剤と結合することができる。一部の実施形態では、メンバーは、５０μＭ未満の解離定数で結合剤と結合することができる。一部の実施形態では、メンバーは、４０μＭ未満の解離定数で結合剤と結合することができる。一部の実施形態では、メンバーは、３０μＭ未満の解離定数で結合剤と結合することができる。一部の実施形態では、メンバーは、２０μＭ未満の解離定数で結合剤と結合することができる。一部の実施形態では、メンバーは、１０μＭ未満の解離定数で結合剤と結合することができる。
ある特定の実施形態では、例えば、メンバーは、０．１秒間～１００秒間の半減期で結合剤と結合することができる。例えば、一部の実施形態では、メンバーは、１秒間～５０秒間の半減期で結合剤と結合することができる。一部の実施形態では、メンバーは、１秒間～２５秒間の半減期で結合剤と結合することができる。一部の実施形態では、メンバーは、１秒間～１０秒間の半減期で結合剤と結合することができる。一部の実施形態では、メンバーは、２秒間～１０秒間の半減期で結合剤と結合することができる。一部の実施形態では、メンバーは、２秒間～７秒間の半減期で結合剤と結合することができる。一部の実施形態では、メンバーは、２秒間～５秒間の半減期で結合剤と結合することができる。
ある特定の実施形態では、例えば、メンバーは、少なくとも０．１秒間の半減期で結合剤と結合することができる。例えば、一部の実施形態では、メンバーは、少なくとも０．５秒間の半減期で結合剤と結合することができる。一部の実施形態では、メンバーは、少なくとも１秒間の半減期で結合剤と結合することができる。一部の実施形態では、メンバーは、少なくとも２秒間の半減期で結合剤と結合することができる。一部の実施形態では、メンバーは、少なくとも５秒間の半減期で結合剤と結合することができる。一部の実施形態では、メンバーは、少なくとも１０秒間の半減期で結合剤と結合することができる。
ある特定の実施形態では、例えば、メンバーは、５０μＭ未満の解離定数および２秒間～１０秒間の半減期で結合剤と結合することができる。
ある特定の実施形態は、例えば、１つまたは複数のＴ細胞を増殖させるステップを含むことができる（例えば、援用される参考文献に開示されている方法、アッセイまたはシステムのうち１つまたは複数を使用して）。ある特定の実施形態では、例えば、増殖させるステップは、所定の種類の抗原に対する抗原結合または抗原活性化を示すとポジティブに選択された複数のＴ細胞を増殖させることを含むことができる。ある特定の実施形態では、例えば、増殖させるステップは、ポリクローナル増殖を含むことができる。
ある特定の実施形態は、例えば、連続的に富化することにより、所定の種類の抗原に対して抗原結合性Ｔ細胞の集団を漸進的に富化し、続いてＴ細胞の出発混合物を何回も、例えば、２回増殖させるステップを含むことができる（すなわち、富化→増殖→富化または富化→増殖→富化→増殖）。一部の実施形態では、Ｔ細胞の出発混合物は、少なくとも３回増殖させることができる。一部の実施形態では、Ｔ細胞の出発混合物は、少なくとも４回増殖させることができる。一部の実施形態では、Ｔ細胞の出発混合物は、少なくとも５回増殖させることができる。一部の実施形態では、Ｔ細胞の出発混合物は、５回を超えて増殖させることができる。ある特定の実施形態では、例えば、漸進的に富化された集団（すなわち、連続的富化の後に生じるＴ細胞の集団）の一部分は、抗原活性化についてさらに選択することができる（例えば、抗原結合性Ｔ細胞の漸進的に富化された集団を、所定の種類の抗原を提示する細胞に曝露し、１つまたは複数の活性化マーカーの存在に基づきさらに富化することにより）。
ある特定の実施形態では、例えば、抗原活性化Ｔ細胞は、Ｔ細胞を活性化剤と接触させることにより形成することができ、その結果得られる抗原活性化Ｔ細胞は、１つまたは複数の活性化マーカーおよび／または分泌分子の発現を検出することによって検出することができる。ある特定の実施形態では、例えば、抗原活性化Ｔ細胞は、Ｔ細胞を活性化剤と接触させることにより形成することができ、その結果得られる抗原活性化Ｔ細胞は、本明細書または援用される参考文献のうち１つに開示されている１つまたは複数の活性化マーカーの発現を検出することによって検出することができる。
ある特定の実施形態では、例えば、１つまたは複数の活性化マーカーは、細胞表面マーカーを含むことができる。ある特定の実施形態では、例えば、１つまたは複数の活性化マーカーは、シグナル伝達分子（例えば、Ｔ細胞活性化に応答して上方調節される分子）を含むことができる。ある特定の実施形態では、例えば、１つまたは複数の活性化マーカーおよび／または分泌分子は、ＣＤ１３７（４－１ＢＢまたはＴｎｓｆｒ９としても公知）、インターフェロンガンマ（ＩＦＮ－γ）、腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦα）、インターロイキン－２（ＩＬ－２）、ＣＤ６９、ＭＨＣクラスＩタンパク質の上方調節、ＭＨＣクラスＩＩタンパク質の上方調節、Ｋｉ６７、パーフォリン、グランザイム、ＣＤ１２２、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ９５、ＣＤ１３４、キラー細胞レクチン様受容体Ｇ１（ＫＬＲＧ１）、ＣＤ３８、ＣＤ１５４、または前記のものの２つまたはそれよりも多くの組合せを含むことができる。特定の実施形態では、活性化マーカー（maker）は、ＣＤ１３７であってもよい。他の実施形態では、活性化マーカーは、ＩＦＮ－γであってもよい。一部の実施形態では、活性化マーカーは、ＴＮＦαであってもよい。一部の実施形態では、活性化マーカーは、ＩＬ－２であってもよい。一部の実施形態では、活性化マーカーは、ＣＤ６９であってもよい。一部の実施形態では、活性化マーカーは、ＭＨＣクラスＩタンパク質の上方調節であってもよい。一部の実施形態では、活性化マーカーは、ＭＨＣクラスＩＩタンパク質の上方調節であってもよい。一部の実施形態では、活性化マーカーは、Ｋｉ６７であってもよい。一部の実施形態では、活性化マーカーは、ＣＤ１３７およびＩＦＮ－γであってもよい。一部の実施形態では、活性化マーカーは、ＣＤ１３７、ＩＦＮ－γおよびＩＬ－２であってもよい。上記の例示的な活性化マーカーは非限定的であり、当技術分野で公知のいかなるＴ細胞活性化マーカーを、本明細書に提供される開示と共に使用することもできることが理解される。
本開示はまた、Ｔ細胞活性化マーカーを同定するための方法を提供する。一部の実施形態では、本方法は、第１の複数のＴ細胞を複数のＰ提示細胞と接触させるステップであって、第１の複数のＴ細胞が複数のＰ結合性Ｔ細胞を含み、Ｐが所定の種類の抗原であるステップと、接触させた複数のＰ結合性Ｔ細胞の少なくとも一部分について、複数の発現率プロファイルを測定するステップと、接触させた複数のＰ結合性Ｔ細胞の少なくとも一部分を、複数のＴ細胞クラスターへと分割するステップと、接触させた複数のＰ結合性Ｔ細胞の少なくとも一部分に存在する少なくとも２つのＴ細胞において、Ｐに対する機能的応答を測定するステップと、少なくとも２つのＴ細胞を含む複数のＴ細胞クラスターの１つを同定するために、発現率プロファイルを複数のＴ細胞クラスターにマッピングするステップと、少なくとも２つのＴ細胞により発現される活性化マーカーを同定するステップとを含む。
ある特定の実施形態では、例えば、活性化マーカーおよび／または分泌分子の２つまたはそれよりも多くは、Ｔ細胞の別々の部分において、および同定された同じ少なくとも１つのＴ細胞構成成分を共有する２つの一部分の間の個々のＴ細胞において検出することができる。ある特定の実施形態では、例えば、活性化マーカーおよび／または分泌分子の２つまたはそれよりも多くは、Ｔ細胞の単一の一部分において一緒に検出することができる。
ある特定の実施形態では、例えば、活性化剤は、所定の種類の抗原を含むことができる。ある特定の実施形態では、例えば、活性化剤は、共刺激リガンドをさらに含むことができる。ある特定の実施形態では、例えば、共刺激リガンドは、ＣＤ２８、ＣＤ８０（Ｂ７－１）、ＣＤ８６（Ｂ７－２）、Ｂ７－Ｈ３、４－１ＢＢＬ、４－１ＢＢ、ＣＤ２７、ＣＤ３０、ＣＤ１３４（ＯＸ－４０Ｌ）、Ｂ７ｈ（Ｂ７ＲＰ－１）、ＣＤ４０、ＬＩＧＨＴに特異的に結合する抗体またはその抗原結合性断片、ＨＶＥＭに特異的に結合する抗体またはその抗原結合性断片、ＣＤ４０Ｌに特異的に結合する抗体またはその抗原結合性断片、ＯＸ４０に特異的に結合する抗体またはその抗原結合性断片、および４－１ＢＢに特異的に結合する抗体またはその抗原結合性断片からなる群から選択されるリガンドのうち１つまたは複数であり得る。ある特定の実施形態では、例えば、共刺激リガンドは、モノクローナル抗体、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆａｂ、ｓｃＦｖおよび単鎖抗体からなる群から選択することができる。ある特定の実施形態では、例えば、共刺激リガンドは、ヒト化モノクローナル抗体または断片であってもよい。ある特定の実施形態では、例えば、共刺激リガンドは、ＣＤ２８に対するヒト化マウスモノクローナル抗体または完全ヒト抗体であってもよい。ある特定の実施形態では、例えば、共刺激リガンドは、ヒト化モノクローナル抗体またはその抗原結合性断片であってもよい。ある特定の実施形態では、例えば、所定の種類の抗原（例えば、ＭＨＣタンパク質と複合体形成した所定の種類の抗原）および共刺激リガンドは、常磁性粒子の表面に共有結合する。
ある特定の実施形態では、例えば、活性化剤は、細胞の表面に、所定の種類の抗原を含むことができる。ある特定の実施形態では、例えば、活性化剤は、１つまたは複数の樹状細胞を含むことができる。ある特定の実施形態では、例えば、活性化剤は、１つまたは複数の抗原提示細胞（例えば、１つまたは複数のプロフェッショナル抗原提示細胞）を含むことができる。ある特定の実施形態では、例えば、活性化剤は、１つまたは複数の人工抗原提示細胞を含むことができる。ある特定の実施形態では、例えば、活性化剤は、１つまたは複数のマクロファージを含むことができる。ある特定の実施形態では、例えば、活性化剤は、１つまたは複数のＢ細胞を含むことができる。
ある特定の実施形態では、例えば、活性化剤は、１つまたは複数のがん細胞を含むことができる。例えば、一部の実施形態では、がん細胞は、固形腫瘍に由来する。一部の実施形態では、がん細胞は、血液学的悪性病変に由来する。またさらなる実施形態では、がん細胞は、循環する腫瘍細胞である。ある特定の実施形態では、例えば、がんは、肺がん、黒色腫、乳がん、卵巣がん、前立腺がん、腎臓がん、胃（gastric）がん、結腸がん、精巣がん、頭頸部がん、膵がん、脳がん、Ｂ細胞リンパ腫、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性リンパ球性白血病およびＴ細胞リンパ球性白血病、非小細胞肺がんおよび小細胞肺がん、ならびに前記のがんのうち２つまたはそれよりも多くの組合せからなる群から選択することができる。ある特定の実施形態では、例えば、がんは、前記の群のサブグループから選択することができる。
ある特定の実施形態では、例えば、活性化剤は、がん性腫瘍に関する１つまたは複数の細胞を含むことができる。ある特定の実施形態では、例えば、腫瘍は、肺がん、黒色腫、乳がん、卵巣がん、前立腺がん、腎臓がん、胃（gastric）がん、結腸がん、精巣がん、頭頸部がん、膵がん、脳がん、Ｂ細胞リンパ腫、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性リンパ球性白血病およびＴ細胞リンパ球性白血病、非小細胞肺がんおよび小細胞肺がん、ならびに前記のがんの２つまたはそれよりも多くの組合せに関する腫瘍からなる群から選択することができる。ある特定の実施形態では、例えば、腫瘍は、前記の群のサブグループから選択することができる。
ある特定の実施形態では、前記の活性化剤のいずれかは、ある含量の所定の種類の抗原による抗原負荷によって形成することができる。ある特定の実施形態では、例えば、抗原負荷は、活性化剤表面に、所定の濃度の所定の種類の抗原を提示するように構成することができる（例えば、活性化剤のそれぞれは、同様の濃度の所定の種類の抗原を有することができる）。ある特定の実施形態では、例えば、活性化剤は、抗原負荷を除外して形成することができる。
ある特定の実施形態では、例えば、活性化剤は、生理的に適切な濃度で、所定の種類の抗原を提示することができる。ある特定の実施形態では、例えば、活性化剤は、所定の期間、所定の種類の抗原を含有する溶液を用いて複数の細胞をパルスすることによって決定された濃度で、所定の種類の抗原を提示することができ、所定の種類の抗原を含有する溶液は、０．０００００１μＭ～１００μＭの濃度である。例えば、一部の実施形態では、所定の種類の抗原を含有する溶液は、０．０００００１μＭ～０．００００１μＭの濃度である。一部の実施形態では、所定の種類の抗原を含有する溶液は、０．００００１μＭ～０．０００１μＭの濃度である。一部の実施形態では、所定の種類の抗原を含有する溶液は、０．０００１μＭ～０．００１μＭの濃度である。一部の実施形態では、所定の種類の抗原を含有する溶液は、０．００１～０．０１μＭの濃度である。一部の実施形態では、所定の種類の抗原を含有する溶液は、０．０１～０．１μＭの濃度である。一部の実施形態では、所定の種類の抗原を含有する溶液は、０．０００１μＭ～１００μＭの濃度である。一部の実施形態では、所定の種類の抗原を含有する溶液は、０．００１μＭ～１００μＭの濃度である。一部の実施形態では、所定の種類の抗原を含有する溶液は、０．０１μＭ～１０μＭの濃度である。一部の実施形態では、所定の種類の抗原を含有する溶液は、０．１μＭ～１０μＭの濃度である。一部の実施形態では、所定の種類の抗原を含有する溶液は、１μＭ～１００μＭの濃度である。一部の実施形態では、所定の種類の抗原を含有する溶液は、１μＭ～５０μＭの濃度である。一部の実施形態では、所定の種類の抗原を含有する溶液は、１μＭ～２５μＭの濃度である。一部の実施形態では、所定の種類の抗原を含有する溶液は、５μＭ～２５μＭの濃度である。一部の実施形態では、所定の種類の抗原を含有する溶液は、１０μＭ～１００μＭの濃度である。一部の実施形態では、所定の種類の抗原を含有する溶液は、１０μＭ～３０μＭの濃度である。
ある特定の実施形態では、例えば、溶液は、１００μＭ未満の濃度で、所定の種類の抗原を含有することができる。例えば、一部の実施形態では、溶液は、７５μＭ未満の濃度で、所定の種類の抗原を含有することができる。一部の実施形態では、溶液は、５０μＭ未満で、所定の種類の抗原を含有することができる。一部の実施形態では、溶液は、２５μＭ未満で、所定の種類の抗原を含有することができる。一部の実施形態では、溶液は、１０μＭ未満で、所定の種類の抗原を含有することができる。一部の実施形態では、溶液は、１μＭ未満で、所定の種類の抗原を含有することができる。
前記の実施形態のいずれかにおいて、例えば、所定の期間は、１時間～３６時間であってもよい。例えば、一部の実施形態では、所定の期間は、６時間～２４時間であってもよい。一部の実施形態では、所定の期間は、６時間～１２時間であってもよい。一部の実施形態では、所定の期間は、１２時間～２４時間であってもよい。一部の実施形態では、所定の期間は、９時間～１８時間であってもよい。
前記の実施形態のいずれかにおいて、例えば、所定の期間は、少なくとも１時間であってもよい。一部の実施形態では、所定の期間は、少なくとも４時間であってもよい。一部の実施形態では、所定の期間は、少なくとも８時間であってもよい。一部の実施形態では、所定の期間は、少なくとも１２時間であってもよい。一部の実施形態では、所定の期間は、少なくとも１８時間であってもよい。一部の実施形態では、所定の期間は、少なくとも２４時間であってもよい。
前記の実施形態のいずれかにおいて、例えば、所定の期間は、１６８時間未満であってもよい。一部の実施形態では、所定の期間は、７２時間未満であってもよい。一部の実施形態では、所定の期間は、３６時間未満であってもよい。一部の実施形態では、所定の期間は、２４時間未満であってもよい。一部の実施形態では、所定の期間は、１２時間未満であってもよい。
前記の実施形態のいずれかにおいて、例えば、所定の期間は、１回または複数回反復することができる。例えば、一部の実施形態では、活性化剤は、本明細書に記載されている所定の期間のいずれかにわたり、所定の種類の抗原を含有する溶液を用いて複数の細胞をパルスすることにより、本明細書に記載されている濃度のいずれかで、所定の種類の抗原を提示することができ、次いで、さらにもう１回再チャレンジすることができる。一部の実施形態では、抗原は、さらにもう２回再チャレンジされる。さらなる実施形態では、抗原は、さらにもう３回再チャレンジされる。またさらなる実施形態では、抗原は、さらにもう４回再チャレンジされる。なおさらなる実施形態では、抗原は、さらにもう５回再チャレンジされる。他の実施形態では、抗原は、５回を超えて再チャレンジされる。一部の実施形態では、抗原は、１０回を超えて再チャレンジされる。
ある特定の実施形態では、例えば、ある特定のＴ細胞は、０．０１μＭ～１０００μＭの解離定数で活性化剤と結合して、活性化Ｔ細胞を形成することができる。例えば、一部の実施形態では、ある特定のＴ細胞は、０．１μＭ～１００μＭの解離定数で活性化剤と結合することができる。一部の実施形態では、ある特定のＴ細胞は、０．５μＭ～５０μＭの解離定数で活性化剤と結合することができる。一部の実施形態では、ある特定のＴ細胞は、１μＭ～５０μＭの解離定数で活性化剤と結合することができる。一部の実施形態では、ある特定のＴ細胞は、１μＭ～２５μＭの解離定数で活性化剤と結合することができる。一部の実施形態では、ある特定のＴ細胞は、２５μＭ～７５μＭの解離定数で活性化剤と結合することができる。一部の実施形態では、ある特定のＴ細胞は、１０μＭ～５０μＭの解離定数で活性化剤と結合することができる。
ある特定の実施形態では、例えば、ある特定のＴ細胞は、１０００μＭ未満の解離定数で活性化剤と結合することができる。一部の実施形態では、ある特定のＴ細胞は、１００μＭ未満の解離定数で活性化剤と結合することができる。一部の実施形態では、ある特定のＴ細胞は、７５μＭ未満の解離定数で活性化剤と結合することができる。一部の実施形態では、ある特定のＴ細胞は、５０μＭ未満の解離定数で活性化剤と結合することができる。一部の実施形態では、ある特定のＴ細胞は、４０μＭ未満の解離定数で活性化剤と結合することができる。一部の実施形態では、ある特定のＴ細胞は、３０μＭ未満の解離定数で活性化剤と結合することができる。一部の実施形態では、ある特定のＴ細胞は、２０μＭ未満の解離定数で活性化剤と結合することができる。一部の実施形態では、ある特定のＴ細胞は、１０μＭ未満の解離定数で活性化剤と結合することができる。
ある特定の実施形態では、例えば、ある特定のＴ細胞は、０．１秒間～１００秒間の半減期で活性化剤と結合して、抗原活性化Ｔ細胞を形成することができる。例えば、一部の実施形態では、ある特定のＴ細胞は、１秒間～５０秒間の半減期で活性化剤と結合することができる。一部の実施形態では、ある特定のＴ細胞は、１秒間～２５秒間の半減期で活性化剤と結合することができる。一部の実施形態では、ある特定のＴ細胞は、１秒間～１０秒間の半減期で活性化剤と結合することができる。一部の実施形態では、ある特定のＴ細胞は、２秒間～１０秒間の半減期で活性化剤と結合することができる。一部の実施形態では、ある特定のＴ細胞は、２秒間～７秒間の半減期で活性化剤と結合することができる。一部の実施形態では、ある特定のＴ細胞は、２秒間～５秒間の半減期で活性化剤と結合することができる。
ある特定の実施形態では、例えば、ある特定のＴ細胞は、少なくとも０．１秒間の半減期で活性化剤と結合することができる。例えば、一部の実施形態では、ある特定のＴ細胞は、少なくとも０．５秒間の半減期で活性化剤と結合することができる。一部の実施形態では、ある特定のＴ細胞は、少なくとも１秒間の半減期で活性化剤と結合することができる。一部の実施形態では、ある特定のＴ細胞は、少なくとも２秒間の半減期で活性化剤と結合することができる。一部の実施形態では、ある特定のＴ細胞は、少なくとも５秒間の半減期で活性化剤と結合することができる。一部の実施形態では、ある特定のＴ細胞は、少なくとも１０秒間の半減期で活性化剤と結合することができる。
ある特定の実施形態では、例えば、ある特定のＴ細胞は、５０μＭ未満の解離定数および２秒間～１０秒間の半減期で活性化剤と結合して、抗原活性化Ｔ細胞を形成することができる。
所定の種類の抗原（例えば、そのパラメーターが機械学習を使用して調整されるモデルによって選択される新生抗原を含む、個別化新生抗原または共有新生抗原等の新生抗原）に対する抗原結合性Ｔ細胞および抗原活性化Ｔ細胞によって共有される少なくとも一部分を有するＴ細胞受容体を同定するための方法の概略図を図１に示す。試料を処理して（１００）、複数の異なるＴ細胞を含有する混合物を得る。混合物は、例えば、健常ドナー由来の白血球アフェレーシス試料を処理して、ＣＤ４５ＲＯ、ＣＤ１４、ＣＤ１５、ＣＤ１６、ＣＤ１９、ＣＤ２５、ＣＤ３４、ＣＤ３６、ＣＤ５７、ＣＤ１２３、抗ＨＬＡ－ＤＲ、ＣＤ２３５ａ（グリコホリンＡ）、ＣＤ２４４およびＣＤ４のうち１つまたは複数が陽性である細胞を除去することによって得られるＰＢＭＣ等のＰＢＭＣを含むことができる。複数の異なるＴ細胞は、例えば、健常ドナー由来のナイーブＣＤ８＋Ｔ細胞を含むことができる。混合物は、Ｐ負荷ＭＨＣタンパク質（Ｐは、所定の種類の抗原である）と共にインキュベートし、続いてそれに結合したＴ細胞を単離することにより、ナイーブＣＤ８＋Ｔ細胞を富化する（１０２）。Ｐ負荷ＭＨＣタンパク質は、例えば、磁気標識された多量体（磁気分離による単離を容易にする）または蛍光標識された多量体（蛍光フローサイトメトリーによる単離を容易にする）の形態で提供することができる。単離されたＴ細胞を、例えば、ポリクローナル増殖によって増殖させ（１０４）、第１の、第２のおよび必要に応じた第３のＴ細胞集団へと分割する。第１のＴ細胞集団は、Ｐ負荷ＭＨＣタンパク質と共にインキュベートし、続いてそれに結合したＰ結合性Ｔ細胞を単離することにより、Ｐ結合性Ｔ細胞について評定する（１０６）。第２のＴ細胞集団は、所定の種類の抗原を提示する細胞に曝露し、Ｔ細胞活性化を示唆する活性化マーカーまたは分泌分子を検出し、活性化Ｔ細胞を単離することにより、Ｐ活性化Ｔ細胞について評定する（１０８）。所定の種類の抗原を提示する細胞は、例えば、生理的に適切な含量の所定の種類の抗原を提示することができる。所定の種類の抗原を提示する細胞は、例えば、プロフェッショナル抗原提示細胞であってもよい。所定の種類の抗原を提示する細胞は、例えば、対象由来の腫瘍細胞であってもよい。活性化マーカーは、例えば、ＣＤ１３７を含むことができる。Ｐ活性化Ｔ細胞は、磁気標識された抗活性化マーカー抗体と接触させ、続いて磁気分離することにより単離することができる。必要に応じた第３のＴ細胞集団は、存在するのであれば同様に、所定の種類の抗原を提示するさらに別の細胞に曝露し、Ｔ細胞活性化を示唆するさらに別の活性化マーカーまたはさらに別の分泌分子を検出し、さらに別のＰ活性化Ｔ細胞を単離することにより、Ｐ活性化Ｔ細胞について評定する（１１０）。単離されたＰ結合性Ｔ細胞およびＰ活性化Ｔ細胞由来のＴ細胞受容体を、単一細胞レベルで配列決定し（１１２、１１４、１１６）、その結果得られる配列を比較して（１１８）、Ｐ結合性Ｔ細胞、Ｐ活性化Ｔ細胞および必要に応じてさらに別のＰ活性化Ｔ細胞の間で共通する配列の少なくとも一部分を有するＴ細胞受容体を同定する。
図１は、ある特定の例示的な実施形態を説明するが、他の変種も、本開示の範囲内に入る。ある特定の実施形態では、例えば、ＰＢＭＣは、全血試料から得ることができる。ある特定の実施形態では、例えば、複数の異なるＴ細胞は、ＣＤ－４＋Ｔ細胞を含むことができ、混合物は、ＣＤ－４＋Ｔ細胞が富化されていてよい。ある特定の実施形態では、例えば、複数の異なるＴ細胞は、メモリーＴ細胞を含むことができ、混合物は、メモリーＴ細胞が富化されていてよい。ある特定の実施形態では、例えば、処理は、富化に所望されるＴ細胞組成に応じて示されるパネルとは異なるバイオマーカーパネルの除去を含むことができる。ある特定の実施形態では、例えば、増殖されたＴ細胞は、第３のおよび第４のＴ細胞集団へとさらに分割して、第２のおよび第３の活性化マーカーおよび／または分泌分子について検査することができる。ある特定の実施形態では、例えば、Ｐ活性化Ｔ細胞は、蛍光標識された抗活性化マーカー抗体と接触させて、蛍光フローサイトメーターに通過させることによって単離することができる。
所定の種類の抗原（例えば、そのパラメーターが機械学習を使用して調整されるモデルによって選択される新生抗原を含む、個別化新生抗原または共有新生抗原等の新生抗原）に対する抗原結合性Ｔ細胞および抗原活性化Ｔ細胞によって共有される少なくとも一部分を有するＴ細胞受容体を同定するためのネガティブ選択ステップを含む方法の概略図を図２に示す。試料を処理して（２００）、複数の異なるＴ細胞を含有する混合物を得る。混合物は、例えば、健常ドナー由来の白血球アフェレーシス試料を処理して、ＣＤ４５ＲＯ、ＣＤ１４、ＣＤ１５、ＣＤ１６、ＣＤ１９、ＣＤ２５、ＣＤ３４、ＣＤ３６、ＣＤ５７、ＣＤ１２３、抗ＨＬＡ－ＤＲ、ＣＤ２３５ａ（グリコホリンＡ）、ＣＤ２４４およびＣＤ４のうち１つまたは複数が陽性である細胞を除去することによって得られるＰＢＭＣ等のＰＢＭＣを含むことができる。複数の異なるＴ細胞は、例えば、健常ドナー由来のナイーブＣＤ８＋Ｔ細胞を含むことができる。混合物は、Ｐ負荷ＭＨＣタンパク質（Ｐは所定の種類の抗原である）と共にインキュベートし、続いてそれに結合したＴ細胞を単離することにより、ナイーブＣＤ８＋Ｔ細胞が富化される（２０２）。Ｐ負荷ＭＨＣタンパク質は、例えば、磁気標識された多量体（磁気分離による単離を容易にする）または蛍光標識された多量体（蛍光フローサイトメトリーによる単離を容易にする）の形態で提供することができる。単離されたＴ細胞は、例えば、ポリクローナル増殖によって増殖させ（２０４）、第１の、第２のおよび第３のＴ細胞集団へと分割する。第１のＴ細胞集団は、Ｐ負荷ＭＨＣタンパク質と共にインキュベートし、続いてそれに結合したＰ結合性Ｔ細胞を単離することにより、Ｐ結合性Ｔ細胞について評定する（２０６）。第２のＴ細胞集団は、所定の種類の抗原を提示する細胞に曝露し、Ｔ細胞活性化を示唆する活性化マーカーまたは分泌分子を検出し、活性化Ｔ細胞を単離することにより、Ｐ活性化Ｔ細胞について評定する（２０８）。所定の種類の抗原を提示する細胞は、例えば、生理的に適切な含量の所定の種類の抗原を提示することができる。所定の種類の抗原を提示する細胞は、例えば、プロフェッショナル抗原提示細胞であってもよい。所定の種類の抗原を提示する細胞は、例えば、対象由来の腫瘍細胞であってもよい。活性化マーカーは、例えば、ＣＤ１３７を含むことができる。Ｐ活性化Ｔ細胞は、磁気標識された抗活性化マーカー抗体と接触させ、続いて磁気分離することにより単離することができる。第３のＴ細胞集団は、異なる種類の抗原Ｑ（Ｑは、Ｐとは異なる）を提示するさらに別の細胞に曝露し、Ｔ細胞活性化を示唆するさらに別の活性化マーカーまたはさらに別の分泌分子を検出し、Ｑ活性化Ｔ細胞を単離することにより、Ｑ活性化Ｔ細胞について評定する（２１０）。単離されたＰ結合性Ｔ細胞、Ｐ活性化Ｔ細胞およびＱ活性化Ｔ細胞由来のＴ細胞受容体を、単一細胞レベルで配列決定し（２１２、２１４、２１６）、その結果得られる配列を比較して（２１８）、Ｐ結合性Ｔ細胞およびＰ活性化Ｔ細胞の間で共通するが、Ｑ活性化Ｔ細胞には存在しない配列の少なくとも一部分を有するＴ細胞受容体を同定する。
図２は、ある特定の例示的な実施形態を説明するが、他の変種も、本開示の範囲内に入る。ある特定の実施形態では、例えば、ＰＢＭＣは、全血試料から得ることができる。ある特定の実施形態では、例えば、複数の異なるＴ細胞は、ＣＤ－４＋Ｔ細胞を含むことができ、混合物は、ＣＤ－４＋Ｔ細胞が富化されていてよい。ある特定の実施形態では、例えば、複数の異なるＴ細胞は、メモリーＴ細胞を含むことができ、混合物は、メモリーＴ細胞が富化されていてよい。ある特定の実施形態では、例えば、処理は、富化に所望されるＴ細胞組成に応じて示されるパネルとは異なるバイオマーカーパネルの除去を含むことができる。ある特定の実施形態では、例えば、増殖されたＴ細胞は、第３のおよび第４のＴ細胞集団（またはさらに追加的なＴ細胞集団）へとさらに分割して、追加的な活性化マーカーおよび／または分泌分子を使用して、Ｐ活性化および／またはＱ活性化Ｔ細胞について評定することができる。ある特定の実施形態では、例えば、増殖されたＴ細胞は、さらに別の所定の抗原（すなわち、Ｑに加えて）によって活性化されたＴ細胞についてネガティブに選択することができる。ある特定の実施形態では、例えば、Ｔ細胞は、活性化ではなく所定の抗原への結合に基づいてネガティブに選択することができる。ある特定の実施形態では、例えば、Ｐ活性化Ｔ細胞は、蛍光標識された抗活性化マーカー抗体と接触させ、蛍光フローサイトメーターに通過させることにより単離することができる。ある特定の実施形態では、例えば、第３のＴ細胞集団は、Ｑを含まない媒体において検査して、抗原の非存在下での活性化に対する偽陽性結果を示すＴ細胞を検出および単離することができる。
所定の種類の抗原（例えば、そのパラメーターが機械学習を使用して調整されるモデルによって選択される新生抗原を含む、個別化新生抗原または共有新生抗原等の新生抗原）に対するＴ細胞受容体の活性化を示唆する活性化マーカーを同定するための方法の概略図を図３に示す。試料を処理して（３００）、複数の異なるＴ細胞を含有する混合物を得る。混合物は、例えば、健常ドナー由来の白血球アフェレーシス試料を処理して、ＣＤ４５ＲＯ、ＣＤ１４、ＣＤ１５、ＣＤ１６、ＣＤ１９、ＣＤ２５、ＣＤ３４、ＣＤ３６、ＣＤ５７、ＣＤ１２３、抗ＨＬＡ－ＤＲ、ＣＤ２３５ａ（グリコホリンＡ）、ＣＤ２４４およびＣＤ４のうち１つまたは複数が陽性である細胞を除去することによって得られるＰＢＭＣ等のＰＢＭＣを含むことができる。複数の異なるＴ細胞は、例えば、健常ドナー由来のナイーブＣＤ８＋Ｔ細胞を含むことができる。混合物は、Ｐ負荷ＭＨＣタンパク質（このＰは所定の種類の抗原である）と共にインキュベートし、続いてそれに結合したＴ細胞を単離することにより、ナイーブＣＤ８＋Ｔ細胞を富化する（３０２）。Ｐ負荷ＭＨＣタンパク質は、例えば、磁気標識された多量体（磁気分離による単離を容易にする）または蛍光標識された多量体（蛍光フローサイトメトリーによる単離を容易にする）の形態で提供することができる。単離されたＴ細胞は、例えば、ポリクローナル増殖によって増殖させ（３０４）、第１のおよび第２のＴ細胞集団へと分割する。第１のＴ細胞集団は、Ｐ負荷ＭＨＣタンパク質と共にインキュベートし、続いてそれに結合したＰ結合性Ｔ細胞を単離し、単離されたＰ結合性Ｔ細胞に対するＴ細胞受容体を単一細胞レベルで配列決定（３０８）することにより、Ｐ結合性Ｔ細胞について評定する（３０６）。第２のＴ細胞集団は、所定の種類の抗原を提示する細胞と共にインキュベートし（３１０）、少なくとも第１の活性化マーカー（例えば、ＣＤ１３７および／または本明細書に開示されているもの等の活性化を示唆する分泌分子、例えば、インターフェロンガンマ）を測定して、第２のＴ細胞集団のいずれのメンバーが活性化されるか決定し、続いて、第２のＴ細胞集団に対するＴ細胞受容体の遺伝的発現プロファイル（例えば、トランスクリプトーム分析による）および配列を単一細胞レベルで決定する（３１２）。（ａ）第２のＴ細胞集団を、複数のＴ細胞クラスターへと分割すること（比喩的に）；（ｂ）第１のＴ細胞集団に対するＰ結合性Ｔ細胞のＴ細胞受容体配列と第２のＴ細胞集団に対するＴ細胞受容体の配列を比較することにより複数のＴ細胞クラスター内のＰ結合クラスターを同定すること；および（ｃ）同定されたＰ結合クラスターのいずれが、少なくとも第１の活性化マーカーを提示する細胞の少なくとも閾値数を含有するか検出することにより、第２のＴ細胞集団を分析する（３１４）。検出されたＰ結合クラスターの遺伝的発現プロファイルを評価して（３１６）、Ｔ細胞のＰ活性化に特徴的なさらに別の活性化マーカーを同定する。
図３は、ある特定の例示的な実施形態を説明するが、他の変種も、本開示の範囲内に入る。ある特定の実施形態では、例えば、ＰＢＭＣは、全血試料から得ることができる。ある特定の実施形態では、例えば、複数の異なるＴ細胞は、ＣＤ－４＋Ｔ細胞を含むことができ、混合物は、ＣＤ－４＋Ｔ細胞が富化されていてよい。ある特定の実施形態では、例えば、複数の異なるＴ細胞は、メモリーＴ細胞を含むことができ、混合物は、メモリーＴ細胞が富化されていてよい。ある特定の実施形態では、例えば、処理は、富化に所望されるＴ細胞組成に応じて示されるパネルとは異なるバイオマーカーパネルの除去を含むことができる。ある特定の実施形態では、例えば、少なくとも第１の活性化マーカーの検出に基づきクラスターを形成するよりもむしろ、クラスターは、Ｔ細胞受容体配列の類似性に基づき形成することができる（例えば、所定の閾値を上回る配列同一性によって特徴付けされたＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分を有するＴ細胞のクラスター）。ある特定の実施形態では、例えば、選択されたクラスター化方法は、少なくとも第１の活性化マーカーに依存しなくてよく、少なくとも第１の活性化マーカーの測定は省略される。
本開示はまた、本明細書に記載されている方法の成分のうち１つまたは複数を含む組成物を提供する。例えば、一実施形態では、所定の種類の抗原に対して選択性の人工Ｔ細胞受容体と、ＣＤＲ３領域の少なくとも一部分であって、所定の種類の抗原に対する抗原結合性Ｔ細胞および抗原活性化Ｔ細胞を同定するために天然Ｔ細胞の混合物を分析すること、ならびに抗原結合性Ｔ細胞の少なくとも１つおよび抗原活性化Ｔ細胞の少なくとも１つに共有される、少なくとも１つのＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分（ＣＤＲ３領域の少なくとも一部分を含有する）を同定することによって選択されたＣＤＲ３領域の少なくとも一部分と、Ｔ細胞受容体断片とを含む組成物が本明細書に提供される。別の実施形態では、少なくとも１つの活性化マーカーを有するＰ結合性Ｔ細胞を含む組成物が本明細書に提供される。さらに別の実施形態では、本明細書に提供される方法を使用して同定されたＴ細胞受容体を含む組成物が本明細書に提供される。さらなる実施形態では、本明細書に提供される方法を使用して同定されたＴ細胞受容体クロノタイプを含む組成物が本明細書に提供される。
本明細書に記載されている方法および組成物の成分のうち１つまたは複数を含むキットもまた、本明細書に提供される。例えば、一実施形態では、キットは、所定の種類の抗原を含む。別の実施形態では、キットは、活性化マーカーを同定するためのアッセイを含む。さらなる実施形態では、キットは、所定の種類の抗原に対して選択的な人工Ｔ細胞受容体を含む。一部の実施形態では、キットは、Ｔ細胞受容体クロノタイプを含む。本明細書に開示されている方法のいずれかにおいて、本明細書に包含されるキットを使用することができることがさらに理解される。
参照による援用
限定することなく、次の文献は、これによりその全体が参照により組み込まれる：米国特許出願公開第２０１７／０２１２９８４号；同第２０１７／０１９２０１１号；同第２０１７／０００３２８８号；米国特許第１０，０５５，５４０号；同第１０，０６６，２６５号；国際特許出願公開番号ＷＯ２０１８／１７５５８５号；ＷＯ２０１８／１６５４７５号；ＷＯ２０１８／０８５４５３号；ＷＯ２０１７／０７５１４１号；ＷＯ２０１５／１０６１５１号；欧州特許番号ＥＰ２３２７７６３号；欧州特許出願番号ＥＰ２３２７７６３号；Alanio, C. et al., "Enumeration of human-antigen-specific CD8+ T cells reveals conserved precursor frequencies," Blood 115:18 (2010) 3718-3725；Moon, J. J. et al., "Naive CD4+ T cell frequencies varies for different epitopes and predicts repertoire diversity and response magnitude," Immunity 27:2 (August 2007) 203-213；Rius, C. et al., "Peptide-MHC Class I Tetramers Can Fail to Detect Relevant Functional T Cell Clonotypes and Underestimate Antigen-Reactive T Cell Populations," J. Immunology 200 (2018) 2263-2279；Aleksic, M. et al., "Different affinity windows for virus and cancer-specific T-cell receptors - implications for therapeutic strategies," European J. Immunology 42:12 (December 2012) 3174-3179；Dimopoulos, N. et al., "Combining MHC tetramer and intracellular cytokine staining for CD8+ T cells to reveal antigenic epitopes naturally presented on tumor cells," J. Immunological Methods 340 (2009) 90-94；Kao H. et al., "A New Strategy for Tumor Antigen Discovery Based on in Vitro Priming of Naive T Cells with Dendritic Cells," Clinical Cancer Research 7 (2001) 773s-780s；Glanville, J. et al. "Identifying specificity groups in the T cell receptor repertoire," Nature 547:7661 (2017) 94-98；Bulik-Sullivan, B. et al., "Deep learning using tumor HLA peptide mass spectrometry datasets improves neoantigen identification," Nature Biotechnology, AOP (December 11, 2018) 1-14；De Simone, D., "Single Cell T Cell Receptor Sequencing: Techniques and Future Challenges," Frontiers In Immunology 9 (2018) Article 1638, 7 pages；Bossi, G., et al., "Examining the presentation of tumor-associated antigens on peptide-pulsed T2 cells" Oncolmmunology 2:11 (2013) e26840-1 to e26840-6；Purbhoo, M.A., et al., "Quantifying and Imaging NY-ESO-1/LAGE-1-Derived Epitopes on Tumor Cells Using High Affinity T Cell Receptors" J Immunology 176 (2006) 7308-7316、Rosati et al., "Overview of methodologies for T-cell receptor repertoire analysis" BMC Biotechnology (2017) 17(1):61；Mahe, E. et al., "T cell clonality assessment: past, present and future" J Clin Pathol. (2018) Mar;71(3):195-200；およびBagaev DV, et al. "VDJdb in 2019: database extension, new analysis infrastructure and a T-cell receptor motif compendium," Nucleic Acids Res. 2020 Jan 8;48(D1):D1057-D1062（まとめて、「援用される参考文献」）。
（実施例１）
ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹ（配列番号１）特異的Ｔ細胞の抗原結合性および抗原活性化Ｔ細胞受容体の同定
本実施例は、例示的な抗原としてのＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹ（配列番号１）およびクラスＩ ＭＨＣ分子をコードする例示的な遺伝子としてのＨＬＡ－Ａ＊０１０１を使用して、抗原特異的かつ機能的Ｔ細胞に存在するＴ細胞受容体クロノタイプの同定および選択に成功することができたことを説明する。本明細書に提供される実施例は、例示的な抗原としてＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹ（配列番号１）を使用して説明されているが、長さが５０アミノ酸未満のいかなる抗原を使用して方法を行うこともできることが理解される。
ＨＬＡ－Ａ＊０１０１適合性である健常ドナー由来の白血球アフェレーシス試料から末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を得た。ＰＢＭＣは、ビオチン化抗体に曝露し、ストレプトアビジンコーティングされたマイクロビーズで磁気標識し、続いて磁気選別することにより、ＣＤ４５ＲＯ、ＣＤ１４、ＣＤ１５、ＣＤ１６、ＣＤ１９、ＣＤ２５、ＣＤ３４、ＣＤ３６、ＣＤ５７、ＣＤ１２３、抗ＨＬＡ－ＤＲ、ＣＤ２３５ａ（グリコホリンＡ）、ＣＤ２４４およびＣＤ４が陽性である細胞を排除した。排除済ＰＢＭＣから得たナイーブＣＤ８＋Ｔ細胞を生／死マーカーおよび系列マーカーで染色し、蛍光フローサイトメトリー細胞選別機に通過させることにより単離した。ナイーブＣＤ８＋Ｔ細胞をポリクローナルに増殖させて、Ｔ細胞試料を得た。次に、Ｔ細胞試料を、抗原結合性および抗原活性化Ｔ細胞受容体の同定のための３つの部分に分け、２回繰り返してアッセイを行った。
抗原結合性Ｔ細胞に出現したＴ細胞受容体配列を決定するために、例示的な抗原としてＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹ（配列番号１）を使用して、抗原－ＭＨＣ検査を行った（preformed）。Ｔ細胞試料の第１の一部分を、蛍光レポーター標識された抗原－ＭＨＣタンパク質四量体で染色し、蛍光フローサイトメトリー細胞選別機に通過させた。蛍光レポーターが陽性染色されたＴ細胞は、抗原結合を示唆した。
並行して、細胞のある一部分におけるＣＤ１３７発現および細胞の別の部分におけるＩＦＮ－γ分泌を別々に測定することにより、例示的な抗原ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹ（配列番号１）への曝露後のＴ細胞活性化を決定した。腫瘍壊死因子受容体（ＴＮＦＲ）ファミリーのメンバーであるＣＤ１３７は、ＣＤ４＋およびＣＤ８＋Ｔ細胞区画の両方における抗原反応性細胞の同定に成功して使用されてきた。Ｔ細胞機能的応答を示唆する例示的なサイトカインとしてＩＦＮ－γ分泌を使用した。
ＣＤ１３７発現を検出するために、１０μＭの例示的なＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹ（配列番号１）抗原を用いてパルスされた自家ＰＢＭＣでＴ細胞試料の一部分を一晩刺激し、磁気標識されたＣＤ１３７抗体で染色し、磁気分離によって単離した。ＣＤ１３７が陽性染色された細胞は、特異的抗原に応答したＴ細胞活性化を示唆した。
ＩＦＮ－γ分泌を検出するために、１０μＭの抗原を用いてパルスされた自家ＰＢＭＣでＴ細胞試料の別の部分を一晩刺激し、Ｍｉｌｔｅｎｙｉ ＩＦＮ－γ分泌アッセイを使用してアッセイして、ＩＦＮ－γを発現する細胞を単離した。ＩＦＮ－γを分泌した細胞は、特異的抗原に応答したＴ細胞活性化を示唆した。
異なるアッセイのそれぞれに続いて、陽性ヒットを配列決定して、Ｔ細胞受容体配列を決定した。１０×ゲノミクス単一細胞分割ペア免疫ＴＣＲプロファイリング（single cell resolution paired immune TCR profiling）を使用して、Ｔ細胞を単一細胞レベルで配列決定した。配列決定読み取りに、クロム細胞バーコードおよび特有の分子識別子をタグ付けし、完全Ｔ細胞受容体配列の頻度を決定した。
ＣＤ１３７＋Ｔ細胞および抗原に結合したＴ細胞のＴ細胞受容体配列の間の比較（図４）ならびにＩＦＮ－γ分泌Ｔ細胞および抗原に結合したＴ細胞のＴ細胞受容体配列の間の比較（図５）は、抗原結合およびＴ細胞活性化の両方の高頻度を示すＴ細胞のＴ細胞受容体配列を同定することができることを実証した。加えて、この結果は、ＣＤ１３７アッセイおよびＩＦＮ－γ分泌アッセイの両方を使用して、Ｔ細胞受容体配列（参照「Ａ」）を同定することができたことを示唆した（表２）。
参照「Ａ」の配列は、
Figure 2022522802000002
 のペプチド配列を有するアルファ可変領域および
Figure 2022522802000003
 のベータ可変領域を明らかにした。
ＴＣＲアルファおよびベータ鎖は、相補性決定領域（ＣＤＲ１、２および３）と命名される３個の超可変領域を保有する。ＣＤＲ３は、プロセシングされた抗原ペプチドの認識およびそれへの結合に関与し、Ｔ細胞のクローナル増殖をもたらす。Ｔ細胞受容体アルファ鎖ＶＪ領域およびＴ細胞受容体ベータ鎖ＶＪ領域の配列決定もまた、ＴＣＲアルファおよびベータ鎖それぞれのＣＤＲ３を明らかにした（下線を引いたペプチド）。具体的には、参照「Ａ」のアルファ可変領域のＣＤＲ３領域は、ＣＡＳＰＶＤＲＧＳＴＬＧＲＬＹＦ（配列番号２１）のペプチド配列を有し、参照「Ａ」のベータ可変領域のＣＤＲ３領域は、ＣＡＳＳＱＶＧＴＧＳＹＥＱＹＦ（配列番号２２）のペプチド配列を有した。
同様に、同じ例示的な抗原、ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹ（配列番号１）を使用した第２の独立した実験において、ＣＤ１３７＋Ｔ細胞および例示的な抗原に結合したＴ細胞のＴ細胞受容体配列の間の比較（図６）ならびにＩＦＮ－γ分泌Ｔ細胞および例示的な抗原に結合したＴ細胞のＴ細胞受容体配列の間の比較（図７）は、抗原結合およびＣＤ１３７発現または抗原結合およびＩＦＮ－γ分泌の両方に対して最高頻度を有するＴ細胞に対するＴ細胞受容体配列が、共通Ｔ細胞受容体配列（参照「Ｂ」）を共有したことを示唆した（表２）。
Ｔ細胞受容体配列（参照「Ｂ」）の配列決定は、
Figure 2022522802000004
 のペプチド配列を有するＴ細胞受容体アルファ鎖ＶＪ領域および
Figure 2022522802000005
Figure 2022522802000006
 のペプチド配列を有するＴ細胞受容体ベータ鎖ＶＪ領域を明らかにした。
参照「Ｂ」のアルファ可変領域のＣＤＲ３領域は、ＣＡＬＳＥＡＲＱＹＳＧＡＧＳＹＱＬＴＦ（配列番号２３）のペプチド配列を有し、参照「Ｂ」のベータ可変領域のＣＤＲ３領域は、ＣＡＳＳＬＥＷＧＰＹＥＱＹＦ（配列番号２４）のペプチド配列を有した。
総合すると、これらの結果は、抗原特異的かつ機能的Ｔ細胞に存在するＴ細胞受容体クロノタイプの選択に成功することができ、これが、生理的に適切な濃度の抗原で治療上有効であるＴ細胞系の開発に向けた新規アプローチを表すことを説明する。
（実施例２）
ＨＳＥＶＧＬＰＶＹ（配列番号２）特異的Ｔ細胞の抗原結合性および抗原活性化Ｔ細胞受容体の同定
本実施例は、例示的なＭＨＣクラスＩコード遺伝子としてのＨＬＡ－Ａ＊０１０１と組み合わせて、別の例示的な抗原としてのＨＳＥＶＧＬＰＶＹ（配列番号２）を使用して、抗原特異的かつ機能的Ｔ細胞に存在するＴ細胞受容体クロノタイプの同定および選択に成功することができたことを説明する。
Ｔ細胞試料を配分し、実施例Ｉにおける上記の通りにＣＤ１３７発現アッセイを使用して、抗原結合およびＴ細胞活性化について別々に検査した。陽性ヒットを配列決定して、Ｔ細胞受容体配列を決定した。抗原結合性Ｔ細胞および抗原活性化Ｔ細胞の両方において出現するＴ細胞受容体配列を記した（表３）。図８および図９は、それぞれＣＤ１３７検査の３回の反復のうち第１回および第２回の結果を示す。
表３に示す通り、Ｔ細胞受容体配列参照（「Ｉ」～「Ｉ」）のそれぞれについて、Ｔ細胞受容体アルファ鎖ＶＪ領域のペプチド配列（配列番号７～配列番号１３）およびＴ細胞受容体ベータ鎖ＶＪ領域のペプチド配列（配列番号１４～配列番号２０）を決定した。注目すべきことに、参照「Ｈ」、「Ｉ」、「Ｊ」および「Ｌ」は、ＣＤ１３７検査の反復の少なくとも２回において（図８および図９）、抗原結合性Ｔ細胞および抗原活性化Ｔ細胞の両方において出現するＴ細胞受容体配列の中にあった。
加えて、同定されたＴ細胞受容体配列のそれぞれのＣＤＲ３領域を決定した（太字で示し下線を引いた、表３におけるテキストを参照）。具体的には、参照「Ｉ」のアルファ可変領域のＣＤＲ３領域は、ＣＡＥＮＳＧＧＹＱＫＶＴＦ（配列番号２５）のペプチド配列を有し、参照「Ｉ」のベータ可変領域のＣＤＲ３領域は、ＣＡＳＳＶＧＤＨＴＩＹＦ（配列番号２６）のペプチド配列を有した。参照「Ｊ」のアルファ可変領域のＣＤＲ３領域は、ＣＡＭＲＥＧＹＲＤＤＫＩＩＦ（配列番号２７）のペプチド配列を有し、参照「Ｊ」のベータ可変領域のＣＤＲ３領域は、ＣＡＳＳＦＳＳＧＧＡＨＥＱＦＦ（配列番号２８）のペプチド配列を有した。参照「Ｋ」のアルファ可変領域のＣＤＲ３領域は、ＣＡＶＮＤＹＫＬＳＦ（配列番号２９）のペプチド配列を有し、参照「Ｋ」のベータ可変領域のＣＤＲ３領域は、ＣＡＳＳＩＧＷＮＹＥＱＹＦ（配列番号３０）のペプチド配列を有した。参照「Ｌ」のアルファ可変領域のＣＤＲ３領域は、ＣＩＬＰＮＡＧＮＭＬＴＦ（配列番号３１）のペプチド配列を有し、参照「Ｌ」のベータ可変領域のＣＤＲ３領域は、ＣＡＴＲＧＴＧＴＱＰＱＨＦ（配列番号３２）のペプチド配列を有した。参照「Ｍ」のアルファ可変領域のＣＤＲ３領域は、ＣＡＧＰＲＥＹＧＮＫＬＶＦ（配列番号３３）のペプチド配列を有し、参照「Ｍ」のベータ可変領域のＣＤＲ３領域は、ＣＡＳＳＶＧＧＱＧＥＶＶＱＹＦ（配列番号３４）のペプチド配列を有した。参照「Ｎ」のアルファ可変領域のＣＤＲ３領域は、ＣＡＴＤＧＫＲＶＴＧＧＧＮＫＬＴＦ（配列番号３５）のペプチド配列を有し、参照「Ｎ」のベータ可変領域のＣＤＲ３領域は、ＣＡＳＳＬＷＲＴＧＥＬＦＦ（配列番号３６）のペプチド配列を有した。参照「Ｏ」のアルファ可変領域のＣＤＲ３領域は、ＣＡＤＡＰＧＳＳＹＫＬＩＦ（配列番号３７）のペプチド配列を有し、参照「Ｏ」のベータ可変領域のＣＤＲ３領域は、ＣＡＳＳＱＶＰＨＥＱＹＦ（配列番号３８）のペプチド配列を有した。
総合すると、これらの結果は、本明細書に提供される方法を使用して、抗原特異的かつ機能的Ｔ細胞に存在するＴ細胞受容体クロノタイプの選択に成功することができることをさらに説明する。加えて、この結果は、本方法によって同定されたＴ細胞受容体配列に再現性があることを実証する。
（実施例３）
抗原結合性および抗原活性化Ｔ細胞受容体の同定
本実施例は、本明細書に提供される方法が、主要組織適合複合体（ＭＨＣ）のクラスＩＩ分子によって提示された抗原を感知することができるＴ細胞受容体を同定することもできることを実証する。
末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）は、例えば、ＨＬＡ－ＤＲＢ＊１０１：０１適合性である健常ドナー等のクラスＩＩ ＨＬＡ由来の白血球アフェレーシス試料から得ることができる。ＰＢＭＣは、ビオチン化抗体に曝露し、ストレプトアビジンコーティングされたマイクロビーズで磁気標識し、続いて磁気選別することにより、ＣＤ４５ＲＯ、ＣＤ１４、ＣＤ１５、ＣＤ１６、ＣＤ１９、ＣＤ２５、ＣＤ３４、ＣＤ３６、ＣＤ５７、ＣＤ１２３、ＣＤ２３５ａ（グリコホリンＡ）、ＣＤ２４４およびＣＤ８が陽性である細胞を排除することができる。排除済ＰＢＭＣから得たナイーブＣＤ４＋Ｔ細胞を生／死マーカーおよび系列マーカーで染色し、蛍光フローサイトメトリー細胞選別機に通過させることにより単離することができる。ナイーブＣＤ４＋Ｔ細胞をポリクローナルに増殖させて、Ｔ細胞試料を得ることができる。
Ｔ細胞試料を配分し、実施例Ｉにおける上記の通りにＣＤ１３７発現アッセイを使用して、抗原結合およびＴ細胞活性化について別々に検査することができる。陽性ヒットを配列決定して、Ｔ細胞受容体配列を決定することができる。抗原結合性Ｔ細胞および抗原活性化Ｔ細胞の両方に出現するＴ細胞受容体配列を決定することができ、Ｔ細胞受容体配列参照のそれぞれについて、Ｔ細胞受容体アルファ鎖ＶＪ領域に対する特異的ペプチド配列およびＴ細胞受容体ベータ鎖ＶＪ領域に対するペプチド配列を決定することができる。加えて、同定されたＴ細胞受容体配列のそれぞれのＣＤＲ３領域を決定することができる。
本実施例は、クラスＩＩ ＭＨＣ分子によって提示される抗原と相互作用することができるＴ細胞受容体配列を実証する。
Figure 2022522802000007
Figure 2022522802000008
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本明細書で言及されているあらゆる刊行物および特許出願は、あたかも個々の刊行物または特許出願のそれぞれが、参照により本明細書に組み込まれると具体的にかつ個々に示されるのと同じ程度まで、参照により本明細書に組み込まれる。
本発明の好まれる実施形態を本明細書に示し記載してきたが、当業者であれば、斯かる実施形態が、単なる例として提供されていることが明らかである。次の特許請求の範囲が、本発明の範囲を定義し、そのような特許請求の範囲内の方法および構造ならびにそれらの均等物が、それによって網羅されることが意図される。

Claims (241)

  1. Ｔ細胞受容体クロノタイプを選択するための方法であって、
    ｉ）所定の種類の抗原に対する抗原結合性Ｔ細胞および抗原活性化Ｔ細胞を同定するために、Ｔ細胞の混合物を分析するステップと、
    ｉｉ）前記抗原結合性Ｔ細胞の少なくとも１つおよび前記抗原活性化Ｔ細胞の少なくとも１つに共有される、少なくとも１つのＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分を同定するステップと
    を含む方法。
  2. リンパ球内の共有される受容体配列を選択するための方法であって、
    ｉ）所定の種類の抗原に対する、刺激されたリンパ球および共刺激されたリンパ球を同定するために、リンパ球の混合物を分析するステップと、
    ｉｉ）前記刺激されたリンパ球の少なくとも１つおよび前記共刺激されたリンパ球の少なくとも１つに共有される、少なくとも１つの受容体配列の少なくとも一部分を同定するステップと
    を含む方法。
  3. Ｔ細胞受容体クロノタイプを選択するための方法であって、
    ｉ）所定の種類の抗原に対する抗原結合性Ｔ細胞および機能的Ｔ細胞を同定するために、ナイーブＴ細胞の混合物を分析するステップと、
    ｉｉ）前記抗原結合性Ｔ細胞の少なくとも１つおよび前記機能的Ｔ細胞の少なくとも１つに共有される、少なくとも１つのＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分を同定するステップと
    を含む方法。
  4. Ｔ細胞受容体を選択するための方法であって、
    ｉ）少なくとも第１の抗原結合性Ｔ細胞を、少なくとも第１の所定の種類の抗原の１つに結合させるステップであって、第１の複数のＴ細胞を、前記第１の前記所定の種類の抗原の１つと接触させることを含むステップと、
    ｉｉ）少なくとも第１の機能的Ｔ細胞を活性化させるステップであって、第２の複数のＴ細胞を、少なくとも第２の前記所定の種類の抗原の１つを提示する複数の細胞と接触させることを含むステップと、
    ｉｉｉ）少なくとも１つの前記抗原結合性Ｔ細胞および少なくとも１つの前記機能的Ｔ細胞に共通する、少なくとも１つのＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分を同定するステップと
    を含む方法。
  5. Ｔ細胞受容体を選択するための方法であって、
    ｉ）第１の複数のＴ細胞中に存在する少なくとも第１の抗原結合性Ｔ細胞を、少なくとも第１のクラスＩ Ｐ－ＭＨＣタンパク質多量体の１つに結合させるステップであって、Ｐが所定の種類の抗原であり、前記第１の複数のＴ細胞を、前記第１の前記クラスＩ Ｐ－ＭＨＣタンパク質多量体の１つと接触させることを含むステップと、
    ｉｉ）第２の複数のＴ細胞中に存在する少なくとも第１の機能的Ｔ細胞を活性化させるステップであって、前記第２の複数のＴ細胞を、少なくとも第１のクラスＩＩ Ｐ－ＭＨＣタンパク質多量体の１つを提示する複数の細胞と接触させることを含むステップと、
    ｉｉｉ）少なくとも１つの前記抗原結合性Ｔ細胞および少なくとも１つの前記機能的Ｔ細胞に共通する、少なくとも１つのＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分を同定するステップと
    を含む方法。
  6. Ｔ細胞受容体を選択するための方法であって、
    ｉ）第１の複数のＴ細胞中に存在する少なくとも第１の抗原結合性Ｔ細胞を、少なくとも第１のクラスＩ Ｐ－ＭＨＣタンパク質多量体の１つに結合させるステップであって、Ｐが所定の種類の抗原であり、前記第１の複数のＴ細胞を、前記第１の前記クラスＩ Ｐ－ＭＨＣタンパク質多量体の１つと接触させることを含むステップと、
    ｉｉ）第２の複数のＴ細胞中に存在する少なくとも第１の機能的Ｔ細胞を活性化させるステップであって、前記第２の複数のＴ細胞を、少なくとも第１のクラスＩ Ｐ－ＭＨＣタンパク質を提示する複数の細胞と接触させることを含むステップと、
    ｉｉｉ）少なくとも１つの前記抗原結合性Ｔ細胞および少なくとも１つの前記機能的Ｔ細胞に共通する少なくとも１つのＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分を同定するステップと
    を含む方法。
  7. Ｔ細胞受容体を選択するための方法であって、
    ｉ）複数のＴ細胞から第１のＴ細胞を単離するステップであって、前記第１のＴ細胞がＰ負荷ＭＨＣタンパク質に結合しており、Ｐが所定の種類の抗原であるステップと、
    ｉｉ）前記複数のＴ細胞から第２のＴ細胞をさらに単離するステップであって、前記第２のＴ細胞が、前記所定の種類の抗原による活性化を示唆する少なくとも１つのバイオマーカーを発現するステップと、
    ｉｉｉ）前記第１のＴ細胞のＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分を、前記第２のＴ細胞のＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分とマッチングさせるステップと
    を含む方法。
  8. 機能的Ｔ細胞受容体クロノタイプを検出するための方法であって、
    ｉ）ＰＢＭＣの集団から、所定の種類の抗原に結合する少なくとも１つのＴ細胞を単離するステップと、
    ｉｉ）複数のコグネイトＴ細胞を形成するステップであって、単離された前記少なくとも１つのＴ細胞を増殖させることを含むステップと、
    ｉｉｉ）少なくとも第１の機能的Ｔ細胞を活性化させるステップであって、前記複数のコグネイトＴ細胞に由来するＴ細胞を、前記所定の種類の抗原について免疫原性である複数の活性化剤の少なくとも１つと接触させることを含むステップと、
    ｉｖ）前記少なくとも第１の機能的Ｔ細胞が、Ｐ負荷ＭＨＣタンパク質に結合するように構成されていることを確認するステップであって、Ｐが前記所定の種類の抗原であるステップと
    を含む方法。
  9. 抗原結合性Ｔ細胞を検出するための方法であって、
    ｉ）ＰＢＭＣの集団から、所定の種類の抗原に結合する少なくとも１つのＴ細胞を単離するステップと、
    ｉｉ）複数のコグネイトＴ細胞を形成するステップであって、単離された前記少なくとも１つのＴ細胞を増殖させることを含むステップと、
    ｉｉｉ）少なくとも第１の結合性Ｔ細胞を、少なくとも第１の結合剤に結合させるステップであって、前記複数のコグネイトＴ細胞に由来するＴ細胞を、複数の結合剤の少なくとも１つと接触させることを含み、前記複数の結合剤の前記少なくとも１つが、前記所定の種類の抗原を含むステップと、
    ｉｖ）前記少なくとも第１の結合性Ｔ細胞が、前記所定の種類の抗原を提示する細胞により活性化されるように構成されていることを確認するステップと
    を含む方法。
  10. 所定の種類の抗原に対して特異的なＴ細胞受容体を選択するための方法であって、
    ｉ）第１の複数のＴ細胞を単離するステップであって、、前記第１の複数のＴ細胞の少なくとも一部分が複数のＰ負荷ＭＨＣタンパク質に結合しており、Ｐが前記所定の種類の抗原であるステップと、
    ｉｉ）第２の複数のＴ細胞をさらに単離するステップであって、複数の活性化剤の存在下で、前記第２の複数のＴ細胞の少なくとも一部分が１つもしくは複数の活性化シグナル伝達分子を上方調節し、かつ／または１つもしくは複数の活性化マーカーを発現し、前記第２の複数のＴ細胞の少なくとも一部分、前記複数の活性化剤の少なくとも１つが、前記所定の種類の抗原について免疫原性であるステップと、
    ｉｉｉ）前記第１の複数のＴ細胞の前記少なくとも一部分および前記第２の複数のＴ細胞の前記少なくとも一部分の両方に共通する、少なくとも１つのＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分を同定するステップと
    を含む方法。
  11. 所定の種類の抗原に対して特異的なＴ細胞受容体を選択するための方法であって、
    ｉ）第１の複数のＴ細胞を単離するステップであって、複数の第１の活性化剤の存在下で、前記第１の複数のＴ細胞の少なくとも一部分が１つまたは複数の第１の活性化マーカーを発現する、ステップと、
    ｉｉ）第２の複数のＴ細胞をさらに単離するステップであって、複数の第２の活性化剤の存在下で、前記第２の複数のＴ細胞の少なくとも一部分が１つもしくは複数の第２の活性化マーカーを上方調節し、かつ／または１つもしくは複数の活性化シグナル伝達分子を発現する、ステップと、
    ｉｉｉ）
    ａ）共通する少なくとも１つのＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分、および
    ｂ）Ｐが前記所定の種類の抗原である、Ｐ負荷ＭＨＣタンパク質について、閾値未満である解離定数
    を有する前記第１の複数のＴ細胞の前記一部分の少なくとも１つおよび前記第２のＴ細胞の前記一部分の少なくとも１つを同定するステップと
    を含む方法。
  12. Ｔ細胞受容体クロノタイプをネガティブ選択するための方法であって、
    ｉ）所定の第１の種類の抗原に対する第１の抗原結合性Ｔ細胞および第１の抗原活性化Ｔ細胞、ならびに所定の第２の種類の抗原に対する第２の抗原活性化Ｔ細胞を同定するために、Ｔ細胞の混合物を分析するステップと、
    ｉｉ）
    ａ）前記第１の抗原結合性Ｔ細胞の少なくとも１つおよび前記第１の抗原活性化Ｔ細胞の少なくとも１つに共有されており、かつ
    ｂ）前記第２の抗原活性化Ｔ細胞のいずれとも共有されていない
    少なくとも１つのＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分を同定するステップと
    を含む方法。
  13. Ｔ細胞受容体クロノタイプをネガティブ選択するための方法であって、
    ｉ）所定の第１の種類の抗原に対する第１の抗原活性化Ｔ細胞および第１の抗原結合性Ｔ細胞、ならびに所定の第２の種類の抗原に対する第２の抗原結合性Ｔ細胞を同定するために、Ｔ細胞の混合物を分析するステップと、
    ｉｉ）
    ａ）前記第１の抗原結合性Ｔ細胞の少なくとも１つおよび前記第１の抗原活性化Ｔ細胞の少なくとも１つに共有されており、かつ
    ｂ）前記第２の抗原結合性Ｔ細胞のいずれとも共有されていない
    少なくとも１つのＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分を同定するステップと
    を含む方法。
  14. Ｔ細胞活性化マーカーを同定するための方法であって、
    ｉ）第１の複数のＴ細胞を、複数のＰ提示細胞と接触させるステップであって、前記第１の複数のＴ細胞が複数のＰ結合性Ｔ細胞を含み、Ｐが所定の種類の抗原であるステップと、
    ｉｉ）接触させた前記複数のＰ結合性Ｔ細胞の少なくとも一部分について、複数の発現率プロファイルを測定するステップと、
    ｉｉｉ）接触させた前記複数のＰ結合性Ｔ細胞の前記少なくとも一部分を、複数のＴ細胞クラスターに分割するステップと
    ｉｖ）接触させた前記複数のＰ結合性Ｔ細胞の前記少なくとも一部分に存在する、少なくとも２つのＴ細胞において、Ｐに対する機能的応答を測定するステップと、
    ｖ）前記少なくとも２つのＴ細胞を含む前記複数のＴ細胞クラスターの１つを同定するために、前記複数のＴ細胞クラスターに対して前記発現率プロファイルをマッピングするステップと、
    ｖｉ）前記少なくとも２つのＴ細胞により発現される活性化マーカーを同定するステップと
    を含む方法。
  15. 抗原特異的ワクチン用の候補抗原をスクリーニングするための方法であって、
    ｉ）ＰＢＭＣの集団から、前記候補抗原に結合する少なくとも１つのＴ細胞を単離するステップと、
    ｉｉ）複数のコグネイトＴ細胞を形成するステップであって、単離された前記少なくとも１つのＴ細胞を増殖させることを含むステップと、
    ｉｉｉ）少なくとも第１の機能的Ｔ細胞を活性化させるステップであって、前記複数のコグネイトＴ細胞に由来するＴ細胞を、前記候補抗原について免疫原性である複数の活性化剤の少なくとも１つと接触させることを含むステップと
    を含む方法。
  16. 免疫原性について候補新生抗原をスクリーニングするための方法であって、
    ｉ）ＰＢＭＣの集団から、前記候補新生抗原に結合する少なくとも１つのＴ細胞を単離するステップと、
    ｉｉ）複数のコグネイトＴ細胞を形成するステップであって、単離された前記少なくとも１つのＴ細胞を増殖させることを含むステップと、
    ｉｉｉ）少なくとも第１の機能的Ｔ細胞を活性化させるステップであって、前記複数のコグネイトＴ細胞に由来するＴ細胞を、前記候補新生抗原について免疫原性である複数の活性化剤の少なくとも１つと接触させることを含むステップと
    を含む方法。
  17. 前記分析するステップが、前記抗原結合性Ｔ細胞を同定するために、前記混合物の第１の一部分を分析すること、および前記抗原活性化Ｔ細胞を同定するために、前記混合物の第２の一部分を個別に分析することを含む、請求項１～１６のいずれか一項に記載の方法。
  18. 前記混合物の第１の一部分を前記分析することが、Ｐ負荷ＭＨＣタンパク質に結合した１つまたは複数のＴ細胞を検出することを含み、Ｐが前記所定の種類の抗原である、請求項１～１７のいずれか一項に記載の方法。
  19. 前記Ｐ負荷ＭＨＣタンパク質が、磁気ビーズに結合している、請求項１～１８のいずれか一項に記載の方法。
  20. Ｐ負荷ＭＨＣタンパク質に結合した前記１つまたは複数のＴ細胞を検出することが、前記Ｐ負荷ＭＨＣタンパク質に結合した前記１つまたは複数のＴ細胞を、磁気分離により単離することを含む、請求項１～１９のいずれか一項に記載の方法。
  21. 前記Ｐ負荷ＭＨＣタンパク質が、蛍光団に結合している、請求項１～２０のいずれか一項に記載の方法。
  22. 前記Ｐ負荷ＭＨＣタンパク質に結合した前記１つまたは複数のＴ細胞が、蛍光フローサイトメトリーにより検出および単離される、請求項１～２１のいずれか一項に記載の方法。
  23. Ｐ負荷ＭＨＣタンパク質に結合した前記１つまたは複数のＴ細胞を前記検出することが、前記Ｐ負荷ＭＨＣタンパク質に結合した前記１つまたは複数のＴ細胞を、蛍光フローサイトメトリーデバイスに通過させることを含む、請求項１～２２のいずれか一項に記載の方法。
  24. 前記ＭＨＣタンパク質が、ＭＨＣクラスＩタンパク質である、請求項１～２３のいずれか一項に記載の方法。
  25. 前記Ｐ負荷ＭＨＣタンパク質が、Ｐ負荷ＭＨＣタンパク質多量体中に存在する、請求項１～２４のいずれか一項に記載の方法。
  26. 前記抗原活性化Ｔ細胞を同定するために、前記混合物の第２の一部分を前記個別に分析することが、１つまたは複数の活性化マーカーを発現する１つまたは複数のＴ細胞を検出することを含む、請求項１～２５のいずれか一項に記載の方法。
  27. １つまたは複数の活性化マーカーを発現する前記１つまたは複数のＴ細胞を前記検出することが、前記１つまたは複数の活性化マーカーを発現する前記１つまたは複数のＴ細胞を、磁気分離により単離することを含む、請求項１～２６のいずれか一項に記載の方法。
  28. １つまたは複数の活性化マーカーを発現する前記１つまたは複数のＴ細胞を前記検出することが、前記１つまたは複数の活性化マーカーを発現する前記１つまたは複数のＴ細胞を、蛍光フローサイトメトリーデバイスに通過させることを含む、請求項１～２７のいずれか一項に記載の方法。
  29. ｉｎ ｖｉｔｒｏでのプライミングが除外される、請求項１～２８のいずれか一項に記載の方法。
  30. 前記所定の種類の抗原が、ペプチドである、請求項１～２９のいずれか一項に記載の方法。
  31. 前記ペプチドが、アミノ酸８～１５個から構成される、請求項１～３０のいずれか一項に記載の方法。
  32. 前記ペプチドが、アミノ酸１２～４０個から構成される、請求項１～３１のいずれか一項に記載の方法。
  33. 前記所定の種類の抗原が、腫瘍（例えば、固形腫瘍）に由来する、請求項１～３２のいずれか一項に記載の方法。
  34. 前記所定の種類の抗原が、腫瘍上に提示される、請求項１～３３のいずれか一項に記載の方法。
  35. 前記所定の種類の抗原が、腫瘍に由来する新生抗原である、請求項１～３４のいずれか一項に記載の方法。
  36. 前記所定の種類の抗原が、個別化抗原である、請求項１～３５のいずれか一項に記載の方法。
  37. 前記所定の種類の抗原が、共有腫瘍抗原である、請求項１～３６のいずれか一項に記載の方法。
  38. 前記共有腫瘍抗原が、がん／精巣抗原である、請求項１～３７のいずれか一項に記載の方法。
  39. 前記共有腫瘍抗原が、がん／精巣様抗原である、請求項１～３８のいずれか一項に記載の方法。
  40. 前記共有腫瘍抗原が、腫瘍関連のペプチド抗原である、請求項１～３９のいずれか一項に記載の方法。
  41. 前記所定の種類の抗原が、特定の種類の腫瘍に特有である、請求項１～４０のいずれか一項に記載の方法。
  42. 前記所定の種類の抗原が、腫瘍関連のペプチド抗原である、請求項１～４１のいずれか一項に記載の方法。
  43. 少なくとも１つのＴ細胞受容体配列の前記少なくとも一部分が、少なくとも１つのＴ細胞受容体クロノタイプを含む、請求項１～４２のいずれか一項に記載の方法。
  44. 少なくとも１つのＴ細胞受容体配列の前記少なくとも一部分が、少なくとも１つのＴ細胞受容体アルファ鎖、少なくとも１つのＴ細胞受容体ベータ鎖、または少なくとも１対のＴ細胞受容体アルファ鎖およびＴ細胞受容体ベータ鎖を含む、請求項１～４３のいずれか一項に記載の方法。
  45. 前記同定するステップが、前記少なくとも１つの結合性Ｔ細胞を、単一細胞レベルで配列決定することを含む、請求項１～４４のいずれか一項に記載の方法。
  46. 前記同定するステップが、前記少なくとも１つの機能的Ｔ細胞を、単一細胞レベルで配列決定することを含む、請求項１～４５のいずれか一項に記載の方法。
  47. 少なくとも１つのＴ細胞受容体配列の前記少なくとも一部分が、少なくとも１つのＣＤＲ３配列を含む、請求項１～４６のいずれか一項に記載の方法。
  48. 前記抗原結合性Ｔ細胞の前記少なくとも１つ、および前記抗原活性化Ｔ細胞の前記少なくとも１つが、合計して、前記Ｔ細胞の混合物中に存在するＴ細胞１，０００，０００個当たりＴ細胞１０００個未満である、請求項１～４７のいずれか一項に記載の方法。
  49. 前記Ｔ細胞の混合物を調製するステップであって、
    ｉ）ＰＢＭＣの集団から、前記所定の種類の抗原に結合する少なくとも１つのＴ細胞を単離することと、
    ｉｉ）単離された前記少なくとも１つのＴ細胞を増殖させることと
    を含むステップを
    をさらに含む、請求項１～４８のいずれか一項に記載の方法。
  50. 前記少なくとも１つのＴ細胞が、少なくとも２つのＴ細胞であり、前記増殖させることが、前記少なくとも２つのＴ細胞をポリクローナルに増殖させることを含む、請求項１～４９のいずれか一項に記載の方法。
  51. 前記抗原結合性Ｔ細胞の少なくとも１つ、および前記抗原活性化Ｔ細胞の少なくとも１つが、合計して、ＰＢＭＣの前記集団中に存在するＴ細胞１０，０００，０００個当たりＴ細胞１０００個未満である、請求項１～５０のいずれか一項に記載の方法。
  52. 刺激されたリンパ球および共刺激されたリンパ球の前記混合物が、Ｔ細胞である、請求項１～５１のいずれか一項に記載の方法。
  53. 刺激されたリンパ球および共刺激されたリンパ球の前記混合物が、Ｂ細胞である、請求項１～５２のいずれか一項に記載の方法。
  54. 刺激されたリンパ球および共刺激されたリンパ球の前記混合物が、ナチュラルキラー細胞である、請求項１～５３のいずれか一項に記載の方法。
  55. 前記分析するステップが、前記刺激されたリンパ球を同定するために前記混合物の第１の一部分を分析すること、および前記共刺激されたリンパ球を同定するために前記混合物の第２の一部分を個別に分析することを含む、請求項１～５４のいずれか一項に記載の方法。
  56. 前記混合物の前記第１の一部分を前記分析することが、タンパク質に結合した１つまたは複数の刺激されたリンパ球を検出することを含み、前記タンパク質が前記所定の種類の抗原を含む、請求項１～５５のいずれか一項に記載の方法。
  57. 前記タンパク質が、磁気ビーズに結合している、請求項１～５６のいずれか一項に記載の方法。
  58. 前記タンパク質に結合した前記１つまたは複数の刺激されたリンパ球を前記検出することが、前記タンパク質に結合した前記１つまたは複数の刺激されたリンパ球を、磁気分離により単離することを含む、請求項１～５７のいずれか一項に記載の方法。
  59. 前記タンパク質が、蛍光団に結合している、請求項１～５８のいずれか一項に記載の方法。
  60. 前記タンパク質に結合した前記１つまたは複数の刺激されたリンパ球が、蛍光フローサイトメトリーにより検出および単離される、請求項１～５９のいずれか一項に記載の方法。
  61. 前記タンパク質に結合した前記１つまたは複数の刺激されたリンパ球を前記検出することが、前記タンパク質に結合した１つまたは複数の刺激されたリンパ球を、蛍光フローサイトメトリーデバイスに通過させることを含む、請求項１～６０のいずれか一項に記載の方法。
  62. 前記共刺激されたリンパ球を同定するために前記混合物の第２の一部分を前記個別に分析することが、１つまたは複数のマーカーを発現する１つまたは複数の刺激されたリンパ球を検出することを含む、請求項１～６１のいずれか一項に記載の方法。
  63. １つまたは複数のマーカーを発現する前記１つまたは複数の刺激されたリンパ球を前記検出することが、前記１つまたは複数のマーカーを発現する前記１つまたは複数の刺激されたリンパ球を、磁気分離により単離することを含む、請求項１～６２のいずれか一項に記載の方法。
  64. １つまたは複数のマーカーを発現する前記１つまたは複数の刺激されたリンパ球を前記検出することが、前記１つまたは複数のマーカーを発現する前記１つまたは複数の刺激されたリンパ球を、蛍光フローサイトメトリーデバイスに通過させることを含む、請求項１～６３のいずれか一項に記載の方法。
  65. プロフェッショナル抗原提示細胞を用いたプライミングが除外される、請求項１～６４のいずれか一項に記載の方法。
  66. 前記所定の種類の抗原が、ペプチドである、請求項１～６５のいずれか一項に記載の方法。
  67. 前記ペプチドが、アミノ酸８～１５個から構成される、請求項１～６６のいずれか一項に記載の方法。
  68. 前記ペプチドが、アミノ酸１２～４０個から構成される、請求項１～６７のいずれか一項に記載の方法。
  69. 前記所定の種類の抗原が、腫瘍に由来する、請求項１～６８のいずれか一項に記載の方法。
  70. 前記所定の種類の抗原が、腫瘍上に提示される、請求項１～６９のいずれか一項に記載の方法。
  71. 前記所定の種類の抗原が、腫瘍に由来する新生抗原である、請求項１～７０のいずれか一項に記載の方法。
  72. 前記所定の種類の抗原が、個別化抗原である、請求項１～７１のいずれか一項に記載の方法。
  73. 前記個別化抗原が、モデルに基づき選択された、個別化新生抗原である、請求項１～７２のいずれか一項に記載の方法。
  74. 前記所定の種類の抗原が、共有腫瘍抗原である、請求項１～７３のいずれか一項に記載の方法。
  75. 前記共有腫瘍抗原が、がん／精巣抗原である、請求項１～７４のいずれか一項に記載の方法。
  76. 前記共有腫瘍抗原が、がん／精巣様抗原である、請求項１～７５のいずれか一項に記載の方法。
  77. 前記共有腫瘍抗原が、腫瘍関連のペプチド抗原である、請求項１～７６のいずれか一項に記載の方法。
  78. 前記所定の種類の抗原が、特定の種類の腫瘍に特有である、請求項１～７７のいずれか一項に記載の方法。
  79. 前記所定の種類の抗原が、腫瘍関連のペプチド抗原である、請求項１～７８のいずれか一項に記載の方法。
  80. 少なくとも１つの受容体配列の前記少なくとも一部分が、少なくとも１つの受容体クロノタイプを含む、請求項１～７９のいずれか一項に記載の方法。
  81. 少なくとも１つの受容体配列の前記少なくとも一部分が、少なくとも１つの受容体アルファ鎖、少なくとも１つの受容体ベータ鎖、または少なくとも１対の受容体アルファ鎖および受容体ベータ鎖を含む、請求項１～８０のいずれか一項に記載の方法。
  82. 前記同定するステップが、前記刺激されたリンパ球の前記少なくとも１つを、単一細胞レベルで配列決定することを含む、請求項１～８１のいずれか一項に記載の方法。
  83. 前記同定するステップが、前記共刺激されたリンパ球の前記少なくとも１つを、単一細胞レベルで配列決定することを含む、請求項１～８２のいずれか一項に記載の方法。
  84. 少なくとも１つの受容体配列の前記少なくとも一部分が、少なくとも１つの抗原認識配列を含む、請求項１～８３のいずれか一項に記載の方法。
  85. 前記刺激されたリンパ球の前記少なくとも１つおよび前記共刺激されたリンパ球の前記少なくとも１つが、合計して、リンパ球の前記混合物中に存在するＴ細胞１，０００，０００個当たりＴ細胞１０００個未満である、請求項１～８４のいずれか一項に記載の方法。
  86. リンパ球の前記混合物を調製するステップであって、
    ｉ）ＰＢＭＣの集団から、前記所定の種類の抗原に結合する少なくとも１つのリンパ球を単離することと、
    ｉｉ）単離された前記少なくとも１つのリンパ球を増殖させることと
    を含むステップ
    をさらに含む、請求項１～８５のいずれか一項に記載の方法。
  87. 前記少なくとも２つのリンパ球が、前記所定の種類の抗原に結合し、前記増殖させることが、前記少なくとも２つのリンパ球をポリクローナルに増殖させることを含む、請求項１～８６のいずれか一項に記載の方法。
  88. 前記刺激されたリンパ球の前記少なくとも１つおよび前記共刺激されたリンパ球の前記少なくとも１つが、合計して、ＰＢＭＣの前記集団中に存在するリンパ球１０，０００，０００個当たりＴ細胞１０００個未満である、請求項１～８７のいずれか一項に記載の方法。
  89. リンパ球の前記混合物が、プロフェッショナル抗原提示細胞を用いてプライミングした生成物である、請求項１～８８のいずれか一項に記載の方法。
  90. 少なくとも前記第２の前記所定の種類の抗原の１つを提示する前記複数の細胞が、複数の前記所定の種類の抗原を、所定の濃度範囲内で提示する、請求項１～８９のいずれか一項に記載の方法。
  91. 少なくとも前記第２の前記所定の種類の抗原の１つを提示する前記複数の細胞が、前記複数の細胞を、ある量の前記所定の種類の抗原を用いてパルスすることにより調製される、請求項１～９０のいずれか一項に記載の方法。
  92. 前記所定の濃度範囲が、腫瘍内の前記所定の種類の抗原の予測濃度に基づく、請求項１～９１のいずれか一項に記載の方法。
  93. 前記結合させるステップが、前記少なくとも第１の結合性Ｔ細胞をＰ負荷ＭＨＣタンパク質に結合させることを含み、Ｐが前記所定の種類の抗原である、請求項１～９２のいずれか一項に記載の方法。
  94. 前記ＭＨＣタンパク質が、ＭＨＣクラスＩタンパク質である、請求項１～９３のいずれか一項に記載の方法。
  95. 前記Ｐ負荷ＭＨＣタンパク質が、Ｐ負荷ＭＨＣタンパク質多量体中に存在する、請求項１～９４のいずれか一項に記載の方法。
  96. 前記第１の複数のＴ細胞および前記第２の複数のＴ細胞が、ＰＢＭＣの共通集団に由来する、請求項１～９５のいずれか一項に記載の方法。
  97. 前記第１の複数のＴ細胞および前記第２の複数のＴ細胞が、１人または複数の健常ドナーに由来する、請求項１～９６のいずれか一項に記載の方法。
  98. 前記１人または複数の健常ドナーが、対象に対して、少なくとも部分的にヒト白血球抗原（ＨＬＡ）適合性である、請求項１～９７のいずれか一項に記載の方法。
  99. 前記１人または複数の健常ドナーが、対象に対して、前記所定の種類の抗原の提示について、少なくとも部分的にＨＬＡ適合性である、請求項１～９８のいずれか一項に記載の方法。
  100. 前記１人または複数の健常ドナーが、対象に対して、完全にＨＬＡ適合性である、請求項１～９９のいずれか一項に記載の方法。
  101. 前記１人または複数の健常ドナーが、対象に対して、選択的にＨＬＡ適合性である、請求項１～１００のいずれか一項に記載の方法。
  102. 前記１人または複数の健常ドナーが、対象に対して、ＨＬＡ－Ａについて適合性である、請求項１～１０１のいずれか一項に記載の方法。
  103. 前記１人または複数の健常ドナーが、対象に対して、ＨＬＡ－Ｂについて適合性である、請求項１～１０２のいずれか一項に記載の方法。
  104. 前記１人または複数の健常ドナーが、対象に対して、ＨＬＡ－Ｃについて適合性である、請求項１～１０３のいずれか一項に記載の方法。
  105. 前記１人または複数の健常ドナーが、対象に対して、ＨＬＡ－ＤＰについて適合性である、請求項１～１０４のいずれか一項に記載の方法。
  106. 前記１人または複数の健常ドナーが、対象に対して、ＨＬＡ－ＤＱについて適合性である、請求項１～１０５のいずれか一項に記載の方法。
  107. 前記１人または複数の健常ドナーが、対象に対して、ＨＬＡ－ＤＲについて適合性である、請求項１～１０６のいずれか一項に記載の方法。
  108. 前記１人または複数の健常ドナーが、対象に対して、少なくとも部分的にＨＬＡ不適合である、請求項１～１０７のいずれか一項に記載の方法。
  109. 前記１人または複数の健常ドナーが、対象に対して、完全にＨＬＡ不適合である、請求項１～１０８のいずれか一項に記載の方法。
  110. 前記１人または複数の健常ドナーが、対象に対して、選択的にＨＬＡ不適合である、請求項１～１０９のいずれか一項に記載の方法。
  111. 前記１人または複数の健常ドナーが、対象に対して、ＨＬＡ－Ａについて不適合である、請求項１～１１０のいずれか一項に記載の方法。
  112. 前記１人または複数の健常ドナーが、対象に対して、ＨＬＡ－Ｂについて不適合である、請求項１～１１１のいずれか一項に記載の方法。
  113. 前記１人または複数の健常ドナーが、対象に対して、ＨＬＡ－Ｃについて不適合である、請求項１～１１２のいずれか一項に記載の方法。
  114. 前記１人または複数の健常ドナーが、対象に対して、ＨＬＡ－ＤＰについて不適合である、請求項１～１１３のいずれか一項に記載の方法。
  115. 前記１人または複数の健常ドナーが、対象に対して、ＨＬＡ－ＤＱについて不適合である、請求項１～１１４のいずれか一項に記載の方法。
  116. 前記１人または複数の健常ドナーが、対象に対して、ＨＬＡ－ＤＲについて不適合である、請求項１～１１５のいずれか一項に記載の方法。
  117. 前記１人または複数の健常ドナーが、対象に対して、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－ＤＰ、ＨＬＡ－ＤＱ、ＨＬＡ－ＤＲ、または前記のもののうちの２つもしくはそれより多くの組合せについて不適合である、請求項１～１１６のいずれか一項に記載の方法。
  118. 前記第１の複数のＴ細胞および前記第２の複数のＴ細胞が、ナイーブＣＤ８＋Ｔ細胞を含む、請求項１～１１７のいずれか一項に記載の方法。
  119. 前記第１の複数のＴ細胞および前記第２の複数のＴ細胞が、ナイーブＴ細胞を含む、請求項１～１１８のいずれか一項に記載の方法。
  120. 前記第１の複数のＴ細胞および前記第２の複数のＴ細胞が、メモリーＴ細胞を含む、請求項１～１１９のいずれか一項に記載の方法。
  121. 前記第１の複数のＴ細胞および前記第２の複数のＴ細胞が、ＣＤ８＋Ｔ細胞を含む、請求項１～１２０のいずれか一項に記載の方法。
  122. 前記第１の複数のＴ細胞および前記第２の複数のＴ細胞が、ＣＤ４＋Ｔ細胞を含む、請求項１～１２１のいずれか一項に記載の方法。
  123. 前記第１の複数のＴ細胞および前記第２の複数のＴ細胞が、ＣＤ４＋ＣＤ８＋Ｔ細胞を含む、請求項１～１２２のいずれか一項に記載の方法。
  124. 前記第１の複数のＴ細胞および前記第２の複数のＴ細胞が、ＣＤ４－ＣＤ８＋Ｔ細胞を含む、請求項１～１２３のいずれか一項に記載の方法。
  125. 前記第１の複数のＴ細胞および前記第２の複数のＴ細胞が、ＣＤ４＋ＣＤ８－Ｔ細胞を含む、請求項１～１２４のいずれか一項に記載の方法。
  126. 少なくとも前記第２の前記所定の種類の抗原の１つを提示する前記複数の細胞が、１つまたは複数の腫瘍細胞を含む、請求項１～１２５のいずれか一項に記載の方法。
  127. 少なくとも前記第２の前記所定の種類の抗原の１つを提示する前記複数の細胞が、１つまたは複数の樹状細胞を含む、請求項１～１２６のいずれか一項に記載の方法。
  128. 少なくとも前記第２の前記所定の種類の抗原の１つを提示する前記複数の細胞が、１つまたは複数のマクロファージを含む、請求項１～１２７のいずれか一項に記載の方法。
  129. 少なくとも前記第２の前記所定の種類の抗原の１つを提示する前記複数の細胞が、１つまたは複数の単球を含む、請求項１～１２８のいずれか一項に記載の方法。
  130. 少なくとも前記第２の前記所定の種類の抗原の１つを提示する前記複数の細胞が、１つまたは複数のＢ細胞を含む、請求項１～１２９のいずれか一項に記載の方法。
  131. 少なくとも前記第２の前記所定の種類の抗原の１つを提示する前記複数の細胞が、１つまたは複数の少なくとも前記第２の前記所定の種類の抗原の１つを提示する複数の細胞を含み、前記所定の種類の抗原を発現する、請求項１～１３０のいずれか一項に記載の方法。
  132. フローサイトメトリーにより、前記結合を検出するステップをさらに含む、請求項１～１３１のいずれか一項に記載の方法。
  133. 前記第１の前記所定の種類の抗原の１つが、磁気ビーズに結合しており、前記方法が、前記少なくとも第１の抗原結合性Ｔ細胞を磁気分離により検出するステップをさらに含む、請求項１～１３２のいずれか一項に記載の方法。
  134. フローサイトメトリーにより、前記活性化を検出するステップをさらに含む、請求項１～１３３のいずれか一項に記載の方法。
  135. 前記少なくとも第１の機能的Ｔ細胞を、磁気分離により検出するステップをさらに含む、請求項１～１３４のいずれか一項に記載の方法。
  136. １つまたは複数のバイオマーカーを検出することを含む、前記活性化を検出するステップをさらに含む、請求項１～１３５のいずれか一項に記載の方法。
  137. 前記１つまたは複数のバイオマーカーが、ＣＤ１３７を含む、請求項１～１３６のいずれか一項に記載の方法。
  138. Ｔ細胞の活性化を示唆する１つまたは複数の分子の存在を検出することを含む、前記活性化を検出するステップをさらに含む、請求項１～１３７のいずれか一項に記載の方法。
  139. 前記１つまたは複数の分子が、インターフェロンガンマを含む、請求項１～１３８のいずれか一項に記載の方法。
  140. Ｔ細胞の増殖を検出することを含む、前記活性化を検出するステップをさらに含む、請求項１～１３９のいずれか一項に記載の方法。
  141. 少なくとも２つのＰ負荷ＭＨＣタンパク質に個々に結合している少なくとも２つのＴ細胞から、前記複数のＴ細胞を誘導するステップをさらに含む、請求項１～１４０のいずれか一項に記載の方法。
  142. 前記誘導するステップが、前記少なくとも第１のＴ細胞および前記少なくとも第２のＴ細胞を増殖させることを含む、請求項１～１４１のいずれか一項に記載の方法。
  143. 前記増殖させるステップが、前記少なくとも第１のＴ細胞および前記少なくとも第２のＴ細胞をポリクローナルに増殖させることを含む、請求項１～１４２のいずれか一項に記載の方法。
  144. 前記少なくとも第１のＴ細胞および前記少なくとも第２のＴ細胞が、前記増殖させる間に混合物になる、請求項１～１４３のいずれか一項に記載の方法。
  145. 前記少なくとも第１のＴ細胞および前記少なくとも第２のＴ細胞が、前記増殖させる前に、互いに分離している、請求項１～１４４のいずれか一項に記載の方法。
  146. 前記形成するステップが、間接的なＴ細胞受容体架橋を含む、請求項１～１４５のいずれか一項に記載の方法。
  147. 前記形成するステップが、単一のポリクローナル増殖に限定される、請求項１～１４６のいずれか一項に記載の方法。
  148. 前記形成するステップが、複数のポリクローナル増殖を含む、請求項１～１４７のいずれか一項に記載の方法。
  149. 前記複数のポリクローナル増殖の少なくとも１つに、前記所定の種類の抗原に結合する少なくとも１つのさらなるＴ細胞を単離することが後続する、請求項１～１４８のいずれか一項に記載の方法。
  150. 前記少なくとも第１の機能的Ｔ細胞が、前記Ｐ負荷ＭＨＣタンパク質について、５０μＭ未満の解離定数を有する、請求項１～１４９のいずれか一項に記載の方法。
  151. 前記少なくとも第１の機能的Ｔ細胞が、前記Ｐ負荷ＭＨＣタンパク質について、２秒～１０秒の半減期を有する、請求項１～１５０のいずれか一項に記載の方法。
  152. 前記所定の種類の抗原が、腫瘍関連のペプチド抗原であり、前記少なくとも第１の機能的Ｔ細胞が、ｉ）前記Ｐ負荷ＭＨＣタンパク質について５０μＭ未満の解離定数；およびｉｉ）前記Ｐ負荷ＭＨＣタンパク質について２～１０秒の範囲の半減期を有する、請求項１～１５１のいずれか一項に記載の方法。
  153. 前記複数の活性化剤の前記少なくとも１つが、前記所定の種類の抗原について抗原性である、請求項１～１５２のいずれか一項に記載の方法。
  154. 前記所定の種類の抗原を提示する前記細胞が、抗原提示細胞である、請求項１～１５３のいずれか一項に記載の方法。
  155. 前記抗原提示細胞が、プロフェッショナル抗原提示細胞である、請求項１～１５４のいずれか一項に記載の方法。
  156. 前記少なくとも１つのＴ細胞受容体配列の前記少なくとも一部分が、前記第１の複数のＴ細胞の少なくとも一部分および前記第２の複数のＴ細胞の少なくとも一部分を組み合わせた少なくとも０．００５％の中に存在する、請求項１～１５５のいずれか一項に記載の方法。
  157. 前記複数の活性化剤の前記少なくとも１つが、前記所定の種類の抗原について抗原性である、請求項１～１５６のいずれか一項に記載の方法。
  158. 前記複数の第１の活性化剤の少なくとも１つが、前記所定の種類の抗原について免疫原性であり、かつ／または前記複数の第２の活性化剤の少なくとも１つが、前記所定の種類の抗原について免疫原性である、請求項１～１５７のいずれか一項に記載の方法。
  159. 前記複数の第１の活性化剤の少なくとも１つが、前記所定の種類の抗原について抗原性であり、かつ／または前記複数の第２の活性化剤の少なくとも１つが、前記所定の種類の抗原について抗原性である、請求項１～１５８のいずれか一項に記載の方法。
  160. 前記複数の第１の活性化剤の少なくとも１つが、前記所定の種類の抗原を含み、かつ／または前記複数の第２の活性化剤の少なくとも１つが、前記所定の種類の抗原を含む、請求項１～１５９のいずれか一項に記載の方法。
  161. 前記複数の第１の活性化剤の少なくとも１つが、前記所定の種類の抗原を提示する細胞であり、かつ／または前記複数の第２の活性化剤の少なくとも１つが、前記所定の種類の抗原を提示する細胞である、請求項１～１６０のいずれか一項に記載の方法。
  162. 前記複数の第１の活性化剤の少なくとも１つが、Ｐ負荷ＭＨＣタンパク質を含み、かつ／または前記複数の第２の活性化剤の少なくとも１つが、Ｐ負荷ＭＨＣタンパク質を含む、請求項１～１６１のいずれか一項に記載の方法。
  163. 前記複数の第１の活性化剤の少なくとも１つが、前記所定の種類の抗原を内因的に発現する細胞であり、かつ／または前記複数の第２の活性化剤の少なくとも１つが、前記所定の種類の抗原を内因的に発現する細胞である、請求項１～１６２のいずれか一項に記載の方法。
  164. 前記複数の第１の活性化剤の少なくとも１つが、Ｐ負荷ＭＨＣタンパク質を含み、かつ／または前記複数の第２の活性化剤の少なくとも１つが、前記所定の種類の抗原を内因的に発現する細胞である、請求項１～１６３のいずれか一項に記載の方法。
  165. 前記解離定数が、少なくとも１つのＴ細胞受容体配列の前記少なくとも一部分と前記Ｐ負荷ＭＨＣタンパク質との間の結合に対応する、請求項１～１６４のいずれか一項に記載の方法。
  166. 前記閾値が、１０００μＭ未満である、請求項１～１６５のいずれか一項に記載の方法。
  167. 前記所定の第１の種類の抗原が、第１のペプチドであり、かつ前記所定の第２の種類の抗原が、第２のペプチドである、請求項１～１６６のいずれか一項に記載の方法。
  168. 前記第１のペプチドが、前記第２のペプチドを発現する遺伝子のバリアントにより発現される、請求項１～１６７のいずれか一項に記載の方法。
  169. 前記第１のペプチドが、前記第２のペプチドを発現する遺伝子の対立遺伝子により発現される、請求項１～１６８のいずれか一項に記載の方法。
  170. 前記第２のペプチドが、野生型遺伝子により発現される、請求項１～１６９のいずれか一項に記載の方法。
  171. 前記第１のペプチドが新生抗原であり、かつ前記第２のペプチドが、関連する野生型遺伝子により発現される、請求項１～１７０のいずれか一項に記載の方法。
  172. 前記第１のペプチドおよび前記第２のペプチドが、少なくともアミノ酸５個異なる、請求項１～１７１のいずれか一項に記載の方法。
  173. 前記第１のペプチドおよび前記第２のペプチドが、アミノ酸５～１５個異なる、請求項１～１７２のいずれか一項に記載の方法。
  174. 前記第１のペプチドおよび前記第２のペプチドが、７５％未満の配列同一性を有する、請求項１～１７３のいずれか一項に記載の方法。
  175. 前記第１のペプチドおよび前記第２のペプチドが、５５％～８０％の配列同一性を有する、請求項１～１７４のいずれか一項に記載の方法。
  176. 前記第１の抗原活性化Ｔ細胞を同定するステップが、前記Ｔ細胞の混合物の一部分を、前記所定の第１の種類の抗原を内因的に提示する細胞と接触させることを含む、請求項１～１７５のいずれか一項に記載の方法。
  177. 前記第２の抗原活性化Ｔ細胞を同定するステップが、前記Ｔ細胞の混合物の一部分を、前記所定の第２の種類の抗原を内因的に提示する細胞と接触させることを含む、請求項１～１７６のいずれか一項に記載の方法。
  178. 前記第１の抗原活性化Ｔ細胞を同定するステップが、前記Ｔ細胞の混合物の一部分を、前記所定の第１の種類の抗原が負荷された細胞と接触させることを含む、請求項１～１７７のいずれか一項に記載の方法。
  179. 前記第２の抗原活性化Ｔ細胞を同定するステップが、前記Ｔ細胞の混合物の一部分を、前記所定の第２の種類の抗原が負荷された細胞と接触させることを含む、請求項１～１７８のいずれか一項に記載の方法。
  180. 前記Ｐ結合性Ｔ細胞が、接触させた前記複数のＰ結合性Ｔ細胞の少なくとも一部分のＴ細胞受容体配列の少なくとも複数の一部分を、所定のＴ細胞受容体配列の少なくとも複数の一部分と比較するバイオインフォマティクスフィルターを使用して同定される、請求項１～１７９のいずれか一項に記載の方法。
  181. 前記分割するステップが、接触させた前記複数のＰ結合性Ｔ細胞を複数の群に分割することを含み、前記群のうちの少なくとも１つが、共通するＴ細胞受容体配列の少なくとも複数の一部分を有するＴ細胞からなる、請求項１～１８０のいずれか一項に記載の方法。
  182. 前記分割するステップが、接触させた前記複数のＰ結合性Ｔ細胞を複数の群に分割することを含み、前記群のうちの少なくとも１つが、互いに少なくとも７０％の配列同一性によって特徴付けられるＴ細胞受容体配列の少なくとも複数の一部分を有するＴ細胞からなる、請求項１～１８１のいずれか一項に記載の方法。
  183. 前記分割するステップが、接触させた前記複数のＰ結合性Ｔ細胞を複数の群に分割することを含み、前記群のうちの少なくとも１つが、互いの間で多くて１個のアミノ酸が異なる１個のアミノ酸が異なるＴ細胞受容体配列の少なくとも複数の一部分を有するＴ細胞からなる、請求項１～１８２のいずれか一項に記載の方法。
  184. 前記分割するステップが、接触させた前記複数のＰ結合性Ｔ細胞を複数の群に分割することを含み、前記群のうちの少なくとも１つが、保存的置換によってのみ異なるＴ細胞受容体配列の少なくとも複数の一部分を有するＴ細胞からなる、請求項１～１８３のいずれか一項に記載の方法。
  185. 前記分割するステップが、パラトープホットスポットによるリンパ球相互作用のグループ化（ＧＬＩＰＨ）を含む、請求項１～１８４のいずれか一項に記載の方法。
  186. 共通するＴ細胞受容体配列の前記少なくとも複数の一部分が、ＣＤＲ３領域の少なくとも複数の一部分である、請求項１～１８５のいずれか一項に記載の方法。
  187. 前記ＣＤＲ３領域の前記少なくとも複数の一部分が、アミノ酸６～３５個の長さを有する直鎖状アミノ酸配列を含む、請求項１～１８６のいずれか一項に記載の方法。
  188. 前記ＣＤＲ３領域の前記少なくとも複数の一部分が、ステム領域を含まない、請求項１～１８７のいずれか一項に記載の方法。
  189. 前記ＣＤＲ３領域の前記少なくとも複数の一部分が、ＣＤＲ３ベータ鎖部分を含む、請求項１～１８８のいずれか一項に記載の方法。
  190. 前記分割するステップが、アルゴリズムを使用して実施される、請求項１～１８９のいずれか一項に記載の方法。
  191. 前記アルゴリズムが、前記複数の発現率プロファイルの類似性分析を含む、請求項１～１９０のいずれか一項に記載の方法。
  192. 前記複数の発現率プロファイルが、Ｐに対する機能的応答を示唆する１つまたは複数の活性化マーカーに関する発現率を含む、請求項１～１９１のいずれか一項に記載の方法。
  193. 前記１つまたは複数の活性化マーカーが、ＣＤ１３７、ＣＤ６９、ＣＤ２５、Ｋｉ６７、ＣＤ１０７、ＣＤ１２２、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ９５、ＣＤ１３４、キラー細胞レクチン様の受容体Ｇ１（ＫＬＲＧ１）、ＣＤ３８、またはＣＤ１５４を含む、請求項１～１９２のいずれか一項に記載の方法。
  194. 前記１つまたは複数の活性化マーカーが、ＣＤ１３７、ＣＤ６９、ＣＤ２５、Ｋｉ６７、およびＣＤ１０７、またはその組合せからなる群から選択される、請求項１～１９３のいずれか一項に記載の方法。
  195. 前記アルゴリズムが、クラスター分析アルゴリズムである、請求項１～１９４のいずれか一項に記載の方法。
  196. 前記アルゴリズムが、ｔ分布型確率的近傍埋め込み法を含む、請求項１～１９５のいずれか一項に記載の方法。
  197. 測定された前記Ｐに対する機能的応答が、１つもしくは複数の活性化マーカー、および／または１つもしくは複数の分泌分子の検出を含む、請求項１～１９６のいずれか一項に記載の方法。
  198. 前記１つまたは複数の活性化マーカーが、ＣＤ１３７、ＣＤ６９、ＣＤ２５、Ｋｉ６７、ＣＤ１０７、ＣＤ１２２、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ９５、ＣＤ１３４、キラー細胞レクチン様受容体Ｇ１（ＫＬＲＧ１）、ＣＤ３８、またはＣＤ１５４を含む、請求項１～１９７のいずれか一項に記載の方法。
  199. 前記１つまたは複数の活性化マーカーが、ＣＤ１３７、ＣＤ６９、ＣＤ２５、Ｋｉ６７、およびＣＤ１０７、またはその組合せからなる群から選択される、請求項１～１９８のいずれか一項に記載の方法。
  200. 前記１つまたは複数の分泌分子が、１つまたは複数のサイトカインを含む、請求項１～１９９のいずれか一項に記載の方法。
  201. 前記１つまたは複数のサイトカインが、インターフェロンガンマ（ＩＦＮ－ガンマ）、腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦアルファ）、インターロイキン－２（ＩＬ－２）、または前記のもののうちの２つもしくはそれより多くの組合せである、請求項１～２００のいずれか一項に記載の方法。
  202. 前記１つまたは複数の分泌分子が、グランザイムを含む、請求項１～２０１のいずれか一項に記載の方法。
  203. 前記１つまたは複数の分泌分子が、パーフォリンを含む、請求項１～２０２のいずれか一項に記載の方法。
  204. 測定された前記Ｐに対する機能的応答が、Ｔ細胞増殖の検出を含む、請求項１～２０３のいずれか一項に記載の方法。
  205. 前記第１の複数のＴ細胞および前記第２の複数のＴ細胞が、ＰＢＭＣの共通開始集団に由来する、請求項１～２０４のいずれか一項に記載の方法。
  206. 前記複数の発現率プロファイルが、一連の単一細胞トランスクリプトーム分析から得られる、請求項１～２０５のいずれか一項に記載の方法。
  207. 前記複数のＴ細胞クラスターの前記１つに含まれるＴ細胞が、第１の発現率閾値を上回る第２の発現率の平均において、所定の前記第１の活性化マーカーを発現する、請求項１～２０６のいずれか一項に記載の方法。
  208. 前記複数のＴ細胞クラスターの前記１つに含まれるＴ細胞が、第２の発現率閾値を上回る第２の発現率の平均において、前記第２の活性化マーカーを発現する、請求項１～２０７のいずれか一項に記載の方法。
  209. 前記複数のＰ結合性Ｔ細胞のＴ細胞受容体配列を、所定のＴ細胞受容体配列にマッチングさせることにより、前記複数のＰ結合性Ｔ細胞を同定するステップをさらに含む、請求項１～２０８のいずれか一項に記載の方法。
  210. 前記所定のＴ細胞受容体配列が、Ｐ負荷ＭＨＣタンパク質に結合した第２の複数のＴ細胞を配列決定することにより決定される、請求項１～２０９のいずれか一項に記載の方法。
  211. 前記活性化マーカーが、前記複数のＴ細胞クラスターの別の１つの中に存在する少なくとも２つのその他のＴ細胞において発現されていないか、または下方調節されており、前記少なくとも２つのその他のＴ細胞が、測定したときに機能的応答を示さない、請求項１～２１０のいずれか一項に記載の方法。
  212. 前記候補抗原が、新生抗原である、請求項１～２１１のいずれか一項に記載の方法。
  213. 前記抗原特異的ワクチンが、がんの処置用である、請求項１～２１２のいずれか一項に記載の方法。
  214. 前記所定の種類の抗原が、新生抗原である、請求項１～２１３のいずれか一項に記載の方法。
  215. 前記新生抗原が、ペプチドである、請求項１～２１４のいずれか一項に記載の方法。
  216. 前記ペプチドが、アミノ酸８～１５個から構成される、請求項１～２１５のいずれか一項に記載の方法。
  217. 前記ペプチドが、アミノ酸１２～４０個から構成される、請求項１～２１６のいずれか一項に記載の方法。
  218. 前記新生抗原が、腫瘍に由来する、請求項１～２１７のいずれか一項に記載の方法。
  219. 前記腫瘍が、固形腫瘍である、請求項１～２１８のいずれか一項に記載の方法。
  220. 前記新生抗原が、腫瘍上に提示される、請求項１～２１９のいずれか一項に記載の方法。
  221. 前記新生抗原が、個別化新生抗原である、請求項１～２２０のいずれか一項に記載の方法。
  222. 前記新生抗原が、共有腫瘍新生抗原である請求項１～２２１のいずれか一項に記載の方法。
  223. 前記共有腫瘍新生抗原が、腫瘍関連のペプチド新生抗原である、請求項１～２２２のいずれか一項に記載の方法。
  224. 前記新生抗原が、特定の種類の腫瘍に特有である、請求項１～２２３のいずれか一項に記載の方法。
  225. 前記新生抗原が、腫瘍関連のペプチド新生抗原である、請求項１～２２４のいずれか一項に記載の方法。
  226. 前記新生抗原が、モデルにより同定された１つまたは複数の新生抗原から選択される、請求項１～２２５のいずれか一項に記載の方法。
  227. 前記モデルが、機械学習により校正される、請求項１～２２６のいずれか一項に記載の方法。
  228. 前記１つまたは複数の新生抗原が、個別化新生抗原である、請求項１～２２７のいずれか一項に記載の方法。
  229. 前記１つまたは複数の新生抗原が、共有新生抗原のリスト中に存在する、請求項１～２２８のいずれか一項に記載の方法。
  230. 前記新生抗原が、人工知能モデルにより同定された１つまたは複数の新生抗原から選択される、請求項１～２２９のいずれか一項に記載の方法。
  231. 前記人工知能モデルが、ニューラルネットワークを含む、請求項１～２３０のいずれか一項に記載の方法。
  232. 前記新生抗原が、提示尤度のセットから選択される、請求項１～２３１のいずれか一項に記載の方法。
  233. 前記個別化新生抗原が、援用される参考文献で開示される機械学習法、ソフトウェア、および／またはシステムのうちの１つまたは複数に基づき選択される、請求項１～２３２のいずれか一項に記載の方法。
  234. 前記所定の種類の抗原が、ウイルス抗原である、請求項１～２３３のいずれか一項に記載の方法。
  235. ｉｎ ｖｉｔｒｏでのプライミングが除外される、請求項１～２３４のいずれか一項に記載の方法。
  236. 請求項１～２３５に記載の方法のいずれか１つにより取得された組成物。
  237. 所定の種類の抗原に対して選択性の人工的Ｔ細胞受容体を含む組成物であって、
    ｉ）
    ａ）前記所定の種類の抗原に対する抗原結合性Ｔ細胞および抗原活性化Ｔ細胞を同定するために、天然Ｔ細胞の混合物を分析するステップと、
    ｂ）前記抗原結合性Ｔ細胞の少なくとも１つおよび前記抗原活性化Ｔ細胞の少なくとも１つに共有される、少なくとも１つのＴ細胞受容体配列の少なくとも一部分を同定するステップであって、少なくとも１つのＴ細胞受容体配列の前記少なくとも一部分が、ＣＤＲ３領域の前記少なくとも一部分を含有するステップと、
    により選択された前記ＣＤＲ３領域の少なくとも一部分と、
    ｉｉ）Ｔ細胞受容体断片と
    を含む組成物。
  238. 請求項１～２３５に記載の方法のいずれか１つにより取得された人工的Ｔ細胞受容体またはその断片を含むＴ細胞。
  239. がんの処置において使用するための、請求項２３８に記載のＴ細胞。
  240. 請求項２３６または２３７に記載の組成物を含むキット。
  241. 請求項１～２３５に記載の方法のいずれか１つで使用するためのキット。
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