JP2022505679A - Ｎｙ－ｅｓｏ－１ ｔ細胞受容体およびそれらの使用の方法 - Google Patents

Ｎｙ－ｅｓｏ－１ ｔ細胞受容体およびそれらの使用の方法 Download PDF

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Abstract

本発明は、ＨＬＡディスプレイニューヨーク食道扁平上皮細胞癌－１（ＮＹ－ＥＳＯ－１）ペプチドに特異的に結合する単離されたＴ細胞受容体（ＴＣＲ）、同様にそれらの単離されたＴＣＲを使用する治療および診断方法を提供する。
【選択図】なし

Description

関連出願
本出願は２０１８年１０月２３日に出願された米国仮出願第６２／７４９，１９４号に対する優先権の利益を主張し、その内容全体は参照により本明細書に組み込まれる。
配列表
本出願は、ＡＳＣＩＩ形式で電子的に出願された配列表を含み、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。２０１９年１０月２１日に作成された該ＡＳＣＩＩコピーは、１１８００３＿１０４２０＿ＳＬ．ｔｘｔと命名され、７４，５５６バイトのサイズである。
本開示は、ＨＬＡディスプレイニューヨーク食道扁平上皮細胞癌－１（ＮＹ－ＥＳＯ－１）ペプチドに特異的に結合する抗原結合タンパク質、ならびにそれらの結合タンパク質を使用する治療および診断方法に関する。
Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）は、免疫グロブリン可変（Ｖ）および定常（Ｃ）領域に類似するαおよびβ鎖を含む膜結合ヘテロ二量体である。ＴＣＲ α鎖は共有結合的に連結したＶ－αおよびＣ－α鎖を含むが、β鎖はＣ－β鎖に共有結合的に連結したＶ－β鎖を含む。Ｖ－αおよびＶ－β鎖は、主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）（ＨＬＡ複合体としてヒトにおいて知られる）の文脈において抗原に結合できるポケットまたはクレフトを形成する。（Ｄａｖｉｓ Ａｎｎ．Ｒｅｖ．ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ３：５３７（１９８５）、Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ３ｒｄ Ｅｄ．，Ｗ．Ｐａｕｌ Ｅｄ．Ｒｓｅｎ Ｐｒｅｓｓ ＬＴＤ．Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ（１９９３））。
ＴＣＲは、治療薬を開発するためのプラットフォームとして独自の利点を有する免疫系の一次エフェクターである。抗体治療薬は、血液および細胞外空間中の病原体の認識、または細胞表面上のタンパク質標的に限定される一方で、Ｔ細胞受容体は、細胞内タンパク質に由来する抗原を含む、細胞の表面上のＭＨＣ分子でディスプレイされた抗原を認識できる。ディスプレイされた抗原を認識し活性化するＴ細胞のサブタイプに応じて、ＴＣＲは、様々な免疫応答を制御することに関与できる。例えば、Ｔ細胞は、Ｂ細胞の抗体産生細胞への分化の誘導を通じた体液性免疫応答の調節に関与する。さらに、活性化したＴ細胞は、細胞媒介性免疫応答を開始するように作用する。したがって、ＴＣＲは、抗体に利用可能でない追加の標的を認識できる。加えて、ＴＣＲは、細胞殺滅を媒介し、Ｂ細胞増殖を増加させ、癌、アレルギー、ウイルス感染、および自己免疫障害を含む様々な障害の発症および重症度に影響を与えることが報告されている。
ＴＣＲの機能を鑑みて、抗原特異的ＴＣＲは、抗原を発現する腫瘍にＴ細胞をリダイレクトするそれらの能力について免疫療法における使用のために評価されている。ＴＣＲは、主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）によって標的細胞の表面上に結合する、わずか８～１２アミノ酸の長さの小さなペプチドに結合するであろう。したがって、ＴＣＲは、これらの抗原が表面ＭＨＣの文脈においてペプチドとして処理およびディスプレイされるため、癌またはウイルスタンパク質に由来する細胞内抗原を認識できる。したがって、ＴＣＲは、細胞を貫通することができない抗体または療法に利用可能でない追加の内部細胞標的を認識できる。
しかしながら、業界の課題は、ＭＨＣ上の他のペプチドまたは天然タンパク質レパートリーに見られる類似のエピトープに交差反応することなく、患者に投与される際に免疫原性を欠き、目的の特定のペプチド抗原に対して微細な特異性を有するＴＣＲを操作することである。
ＮＹ－ＥＳＯ－１またはニューヨーク食道扁平上皮細胞癌１は、多数の癌型において再発現を有する周知の癌－精巣抗原（ＣＴＡ）である。自発的体液性および細胞性免疫応答を誘発するその能力は、その制限された発現パターンと共に、それを癌免疫療法の優れた候補標的にした。
ＮＹ－ＥＳＯ－１を標的とするいくつかのワクチンが開発されているが、ほとんどの完全な体液性および細胞性免疫応答は得られていない。いくつかの患者由来のＮＹ－ＥＳＯ－１ ＴＣＲは、開発されているが、患者に投与される際に免疫原性であり、ＭＨＣ上の他のペプチドまたは天然タンパク質レパートリーに見られる類似のエピトープに交差反応することが見いだされている。加えて、ほとんどの腫瘍抗原に対する患者由来のＴＣＲは自己抗原であるため、これらの抗原を標的とするＴＣＲは、主に免疫学的寛容に起因して、しばしば欠失するか、または非最適な親和性を有するかのいずれかである。
したがって、ＮＹ－ＥＳＯ－１抗原に特異的に結合するＴ細胞受容体に基づく新しい標的化薬剤、同様に治療および診断環境においてかかる薬剤を製造および使用するための方法に対する、当該技術分野において満たされていない必要性が存在する。
Ｄａｖｉｓ Ａｎｎ．Ｒｅｖ．ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ３：５３７（１９８５） Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ３ｒｄ Ｅｄ．，Ｗ．Ｐａｕｌ Ｅｄ．Ｒｓｅｎ Ｐｒｅｓｓ ＬＴＤ．Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ（１９９３）
本発明は、ＭＨＣ（ＨＬＡ－Ａ２）の文脈においてＮＹ－ＥＳＯ－１ペプチド抗原に対して生成されたＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を提供する。特定された独自のＴＣＲ配列は、ＨＬＡ分子の溝に存在する小さなペプチドＮＹ－ＥＳＯ－１への特異的結合を示し、レポーターアッセイにおいてＴ細胞の活性化を呈した。さらに、交差反応性は、予測アルゴリズムおよび予測された交差反応性ペプチドに対してＴＣＲを試験するための後続の交差反応性（特異性）アッセイによって示されるように、他の「類似」ペプチドについて見いだされなかった。
したがって、一態様では、本発明は、ＳＬＬＭＷＩＴＱＣ（配列番号１１１）（ＮＹ－ＥＳＯ－１（１５７－１６５））のアミノ酸配列を含む、ＨＬＡ－Ａ２提示癌精巣抗原ニューヨーク食道扁平上皮細胞癌－１（ＮＹ－ＥＳＯ－１）ペプチドに特異的に結合する単離されたＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を提供し、ＴＣＲは、（ａ）発光アッセイによって決定されるように、予測されたオフターゲットペプチドを発現するが、配列番号１１１のアミノ酸配列を含むＨＬＡ－Ａ２提示ＮＹ－ＥＳＯ－１ペプチドを発現しない細胞に特異的に結合しないこと、および（ｂ）患者由来のＮＹ－ＥＳＯ－１特異的ＴＣＲよりも約２倍大きなＴ細胞応答を活性化することからなる群から選択される特性を有する。
いくつかの実施形態では、ＴＣＲは、ＴＣＲ媒介性Ｔ細胞シグナル伝達発光バイオアッセイによって決定されるように、患者由来のＮＹ－ＥＳＯ－１特異的ＴＣＲよりも約２倍大きな、または約３倍大きな、または約４倍大きなＴ細胞応答を活性化する。
ＴＣＲは、少なくとも１つのＴＣＲアルファ鎖可変ドメインおよび／または少なくとも１つのベータ鎖可変ドメインを含み得る。いくつかの実施形態では、ＴＣＲは、ＴＣＲアルファ鎖可変ドメインおよびＴＣＲベータ鎖可変ドメインを含む。
いくつかの実施形態では、アルファ鎖可変ドメインは、相補的決定領域（ＣＤＲ）１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含み、ＣＤＲ３領域は、式Ｉ（配列番号１１８）のアミノ酸配列、
Ｃｙｓ－Ｎ１－Ｎ２－Ｎ３－Ｎ４－Ｎ５－Ｎ６－Ｎ７－Ｎ８－Ｎ９－Ｎ１０－Ｎ１１－Ｎ１２－Ｎ１３－Ｎ１４－Ｎ１５－Ｐｈｅ（式Ｉ）を含み、式中、
Ｎ１は、非極性アミノ酸であり、
Ｎ２は、Ｌｅｕ、Ｔｙｒ、Ｖａｌ、またはＡｌａであり、
Ｎ３は、Ａｒｇ、Ａｓｎ、Ｔｈｒ、またはＳｅｒであり、
Ｎ４は、Ｐｒｏ、Ｓｅｒ、Ｇｌｕ、ｌｌｅ、Ｇｌｙ、Ｍｅｔ、Ｌｙｓ、またはＴｈｒであり、
Ｎ５は、存在するか、または存在しない場合があるが、Ｌｙｓであり、
Ｎ６は、Ａｓｐ、Ａｌａ、Ｇｌｙ、Ｌｅｕ、もしくはＡｓｎに存在するか、または存在しない場合があり、
Ｎ７は、Ｓｅｒ、Ａｓｎ、Ａｌａ、Ｔｙｒ、またはＴｈｒであり、
Ｎ８は、存在するか、または存在しない場合があるが、ＳｅｒまたはＧｌｙであり、
Ｎ９は、存在するか、または存在しない場合があるが、Ｇｌｙであり、
Ｎ１０は、存在するか、または存在しない場合があるが、ＧｌｙまたはＳｅｒであり、
Ｎ１１は、存在するか、または存在しない場合があるが、Ｔｒｐ、Ｇｌｙ、Ｓｅｒ、Ｇｌｎ、Ａｌａ、またはＰｒｏであり、
Ｎ１２は、Ｇｌｙ、Ｔｙｒ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ、またはＳｅｒであり、
Ｎ１３は、Ｌｙｓ、Ａｌａ、Ａｓｐ、ｌｌｅ、またはＡｓｎであり、
Ｎ１４は、非極性アミノ酸であり、
Ｎ１５は、Ｇｌｎ、Ａｓｎ、Ａｒｇ、Ｔｈｒ、Ｖａｌ、ｌｌｅ、またはＳｅｒである。
いくつかの実施形態では、Ｎ１は、Ａｌａまたはｌｌｅである。いくつかの実施形態では、Ｎ１４は、Ｐｈｅ、Ｌｅｕ、Ｍｅｔ、またはＰｒｏである。
いくつかの実施形態では、ベータ鎖可変ドメインは、相補的決定領域（ＣＤＲ）１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含み、ＣＤＲ３領域は、式ＩＩ（配列番号１１９）のアミノ酸配列、
Ｃｙｓ－Ｎ１－Ｎ２－Ｎ３－Ｎ４－Ｎ５－Ｎ６－Ｎ７－Ｎ８－Ｎ９－Ｎ１０－Ｎ１１－Ｎ１２－Ｎ１３－Ｎ１４－Ｐｈｅ（式ＩＩ）を含み、式中、
Ｎ１およびＮ２は、各々独立して、ＡｌａまたはＳｅｒであり、
Ｎ３は、Ｓｅｒ、Ｍｅｔ、またはＬｙｓであり、
Ｎ４は、Ｔｙｒ、Ｔｒｐ、Ｈｉｓ、Ｌｅｕ、Ｔｈｒ、Ｇｌｕ、またはＧｌｎであり、
Ｎ５は、Ｓｅｒ、Ａｌａ、Ｔｈｒ、Ｇｌｙ、Ｖａｌ、またはＡｒｇであり、
Ｎ６は、存在するか、または存在しない場合があるが、Ｇｌｙ、Ｈｉｓ、Ａｓｐ、Ｔｈｒ、Ｐｒｏ、Ｍｅｔ、またはＳｅｒであり、
Ｎ７は、存在するか、または存在しない場合があるが、Ｇｌｙ、Ｔｙｒ、Ａｓｎ、またはＰｒｏであり、
Ｎ８は、存在するか、または存在しない場合があるが、Ｙであり、
Ｎ９は、存在するか、または存在しない場合があるが、Ｎであり、
Ｎ１０は、存在するか、または存在しない場合があるが、極性アミノ酸であり、
Ｎ１１は、Ｐｒｏ、Ｇｌｕ、Ｇｌｙ、またはＡｓｐであり、
Ｎ１２は、存在するか、または存在しない場合があるが、Ｇｌｕであり、
Ｎ１３は、Ｌｅｕ、Ａｌａ、Ｇｌｎ、またはＴｙｒであり、
Ｎ１４は、Ｈｉｓ、Ｐｈｅ、またはＴｈｒである。
いくつかの実施形態では、Ｎ１０は、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ｇｌｎ、またはＴｙｒである。
いくつかの実施形態では、アルファ鎖可変ドメインのＣＤＲ１は、表１に定められたＣＤＲ１アミノ酸配列のうちのいずれか１つを含み、アルファ鎖可変ドメインのＣＤＲ２は、独立して、表１に定められたＣＤＲ２アミノ酸配列のうちのいずれか１つを含む。
いくつかの実施形態では、ベータ鎖可変ドメインのＣＤＲ１は、表１に定められたＣＤＲ１アミノ酸配列のうちのいずれか１つを含み、ベータ鎖可変ドメインのＣＤＲ２は、独立して、表１に定められたＣＤＲ２アミノ酸配列のうちのいずれか１つを含む。
いくつかの実施形態では、単離されたＴＣＲは、表３に列挙されたアルファ鎖可変ドメイン配列のうちのいずれか１つに含まれるアルファ鎖可変ドメインＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３と、表３に列挙されたベータ鎖可変ドメイン配列のうちのいずれか１つに含まれるベータ鎖可変ドメインＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３と、を含む。
いくつかの実施形態では、単離されたＴＣＲは、表３に列挙されたアルファ鎖可変ドメインアミノ酸配列のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのアミノ酸配列全体に対して少なくとも８５％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を有するアルファ鎖可変ドメインを含む。
いくつかの実施形態では、単離されたＴＣＲは、表３に列挙されたベータ鎖可変ドメインアミノ酸配列のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのアミノ酸配列全体に対して少なくとも８５％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を有するベータ鎖可変ドメインを含む。
いくつかの実施形態では、単離されたＴＣＲは、（ａ）表３に列挙されたアルファ鎖可変ドメインアミノ酸配列のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのアミノ酸配列全体に対して少なくとも８５％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を有するアルファ鎖可変ドメインと、（ｂ）表３に列挙されたベータ鎖可変ドメインアミノ酸配列のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのアミノ酸配列全体に対して少なくとも８５％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を有するベータ鎖可変ドメインと、を含む。
いくつかの実施形態では、単離されたＴＣＲは、
（ａ）配列番号４、１４、２４、３４、４４、５４、６４、７４、８４、９４、および１０４からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、アルファ鎖可変ドメインＣＤＲ１ドメインと、
（ｂ）配列番号５、１５、２５、３５、４５、５５、６５、７５、８５、９５、および１０５からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、アルファ鎖可変ドメインＣＤＲ２ドメインと、
（ｃ）配列番号６、１６、２６、３６、４６、５６、６６、７６、８６、９６、および１０６からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、アルファ鎖可変ドメインＣＤＲ３ドメインと、
（ｄ）配列番号１、１１、２１、３１、４１、５１、６１、７１、８１、９１、および１０１からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、ベータ鎖可変ドメインＣＤＲ１と、
（ｅ）配列番号２、１２、２２、３２、４２、５２、６２、７２、８２、９２、および１０２からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、ベータ鎖可変ドメインＣＤＲ２と、
（ｆ）配列番号３、１３、２３、３３、４３、５４、６３、７３、８３、９３、および１０３からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、ベータ鎖可変ドメインＣＤＲ３と、を含む。
いくつかの実施形態では、単離されたＴＣＲは、配列番号９／７、１９／１７、２９／２７、３９／３７、４９／４７、５９、５７、６９／６７、７９／７７、８９／８７、９９／９７、および１０９／１０７からなる群から選択されるアルファ鎖可変ドメイン／ベータ鎖可変ドメインアミノ酸配列対を含む。
本発明はまた、本明細書に開示される単離されたＴＣＲのうちのいずれかへの結合について競合する単離されたＴＣＲを提供する。
いくつかの実施形態では、本発明の単離されたＴＣＲは、検出可能な部分をさらに含む。
本発明は、本発明の単離されたＴＣＲおよび薬学的に許容される担体または希釈剤を含む薬学的組成物と、本発明のＴＣＲを提示する単離された細胞と、をさらに提供する。
いくつかの実施形態では、本発明は、本発明の単離されたＴＣＲのアルファ鎖可変ドメインをコードするポリヌクレオチド配列を含む、単離されたポリヌクレオチド分子を提供する。
別の実施形態では、本発明は、本発明の単離されたＴＣＲのベータ鎖可変ドメインをコードするポリヌクレオチド配列を含む、単離されたポリヌクレオチド分子を提供する。
本発明はまた、本発明のポリヌクレオチド分子と、本発明のベクターを発現する細胞と、を含む、ベクターを提供する。
一態様では、本発明は、ＮＹ－ＥＳＯ－１関連疾患または障害を有する対象を治療する方法であって、対象に、本発明の単離されたＴＣＲ、本発明の薬学的組成物、または本発明の複数の細胞の治療有効量を投与し、それによって対象を治療することを含む、方法を提供する。
いくつかの実施形態では、ＮＹ－ＥＳＯ－１関連疾患または障害は、脂肪肉腫、神経芽細胞腫、骨髄腫、転移性黒色腫、滑膜肉腫、膀胱癌、食道癌、肝細胞癌、頭頸部癌、非小細胞肺癌、卵巣癌、前立腺癌、乳癌、星状細胞腫瘍、多形性膠芽腫、退形成性星細胞腫、脳腫瘍、卵管癌、卵巣上皮癌、原発性腹腔癌、進行性固形腫瘍、軟組織肉腫、黒色腫、肉腫、骨髄異形成症候群、急性骨髄性白血病、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、ホジキン疾患、多発性骨髄腫、滑膜肉腫、転移性固形腫瘍、食道癌、横紋筋肉腫、進行性粘液性、円形細胞脂肪肉腫、転移性黒色腫、または再発性非小細胞肺癌などのＮＹ－ＥＳＯ－１関連癌である。いくつかの実施形態では、ＮＹ－ＥＳＯ－１関連癌は、脂肪肉腫、神経芽細胞腫、骨髄腫、転移性黒色腫、滑膜肉腫、膀胱癌、食道癌、肝細胞癌、頭頸部癌、非小細胞肺癌、卵巣癌、前立腺癌、または乳癌である。
いくつかの実施形態では、単離されたＴＣＲ、薬学的組成物、または複数の細胞は、第２の治療剤と組み合わせて対象に投与される。
いくつかの実施形態では、単離されたＴＣＲ、薬学的組成物、または複数の細胞は、対象に、皮下、静脈内、皮内、腹腔内、経口、筋肉内、または頭蓋内投与される。
一態様では、本発明は、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）をコードする単離された核酸分子を提供し、ＴＣＲは、ＳＬＬＭＷＩＴＱＣ（配列番号１１１）（ＮＹ－ＥＳＯ－１（１５７－１６５））のアミノ酸配列を含むＨＬＡ－Ａ２提示癌精巣抗原ニューヨーク食道扁平上皮細胞癌－１（ＮＹ－ＥＳＯ－１）ペプチドに特異的に結合し、ＴＣＲは、（ａ）発光アッセイによって決定されるように、予測されたオフターゲットペプチドを発現するが、配列番号１１１のアミノ酸配列を含むＨＬＡ－Ａ２提示ＮＹ－ＥＳＯ－１ペプチドを発現しない細胞に特異的に結合しないこと、および（ｂ）患者由来のＮＹ－ＥＳＯ－１特異的ＴＣＲよりも約２倍大きなＴ細胞応答を活性化することからなる群から選択される特性を有する。
いくつかの実施形態では、ＴＣＲは、ＴＣＲ媒介性Ｔ細胞シグナル伝達発光バイオアッセイによって決定されるように、患者由来のＮＹ－ＥＳＯ－１特異的ＴＣＲよりも約２倍大きな、または約３倍大きな、または約４倍大きなＴ細胞応答を活性化する。
いくつかの実施形態では、単離された核酸分子は、少なくとも１つのＴＣＲアルファ鎖可変ドメインおよび／または少なくとも１つのベータ鎖可変ドメインをコードする。
いくつかの実施形態では、ＴＣＲは、表３に列挙されたアルファ鎖可変ドメイン配列のうちのいずれか１つに含まれるアルファ鎖可変ドメイン相補的決定領域（ＣＤＲ）１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３と、表３に列挙されたベータ鎖可変ドメイン配列のうちのいずれか１つに含まれるベータ鎖可変ドメインＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３と、を含む。
いくつかの実施形態では、単離されたＴＣＲは、表３に列挙されたアルファ鎖可変ドメインアミノ酸配列のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのアミノ酸配列全体に対して少なくとも８５％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を有するアルファ鎖可変ドメインを含む。
いくつかの実施形態では、単離されたＴＣＲは、表３に列挙されたベータ鎖可変ドメインアミノ酸配列のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのアミノ酸配列全体に対して少なくとも８５％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を有するベータ鎖可変ドメインを含む。
いくつかの実施形態では、単離されたＴＣＲは、（ａ）表３に列挙されたアルファ鎖可変ドメインアミノ酸配列のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのアミノ酸配列全体に対して少なくとも８５％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を有するアルファ鎖可変ドメインと、（ｂ）表３に列挙されたベータ鎖可変ドメインアミノ酸配列のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのアミノ酸配列全体に対して少なくとも８５％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を有するベータ鎖可変ドメインと、を含む。
いくつかの実施形態では、単離された抗原結合タンパク質は、
（ａ）配列番号４、１４、２４、３４、４４、５４、６４、７４、８４、９４、および１０４からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、アルファ鎖可変ドメインＣＤＲ１と、
（ｂ）配列番号５、１５、２５、３５、４５、５５、６５、７５、８５、９５、および１０５からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、アルファ鎖可変ドメインＣＤＲ２と、
（ｃ）配列番号６、１６、２６、３６、４６、５６、６６、７６、８６、９６、および１０６からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、アルファ鎖可変ドメインＣＤＲ３と、
（ｄ）配列番号１、１１、２１、３１、４１、５１、６１、７１、８１、９１、および１０１からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、ベータ鎖可変ドメインＣＤＲ１と、
（ｅ）配列番号２、１２、２２、３２、４２、５２、６２、７２、８２、９２、および１０２からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、ベータ鎖可変ドメインＣＤＲ２と、
（ｆ）配列番号３、１３、２３、３３、４３、５４、６３、７３、８３、９３、および１０３からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、ベータ鎖可変ドメインＣＤＲ３と、を含む。
いくつかの実施形態では、単離されたＴＣＲは、配列番号９／７、１９／１７、２９／２７、３９／３７、４９／４７、５９、５７、６９／６７、７９／７７、８９／８７、９９／９７、および１０９／１０７からなる群から選択されるアルファ鎖可変ドメイン／ベータ鎖可変ドメインアミノ酸配列対を含む。
本発明はまた、本発明の単離された核酸分子を含むベクターと、本発明のベクターを含む単離された細胞と、を提供する。
一態様では、本発明は、ＮＹ－ＥＳＯ－１関連疾患または障害を有する対象を治療する方法であって、対象に、本発明のベクターを含む複数の細胞を投与し、それによって対象を治療することを含む、方法を提供する。
いくつかの実施形態では、ＮＹ－ＥＳＯ－１関連疾患または障害は、ＮＹ－ＥＳＯ関連癌である。
いくつかの実施形態では、ＮＹ－ＥＳＯ－１関連癌は、脂肪肉腫、神経芽細胞腫、骨髄腫、転移性黒色腫、滑膜肉腫、膀胱癌、食道癌、肝細胞癌、頭頸部癌、非小細胞肺癌、卵巣癌、前立腺癌、乳癌、星状細胞腫瘍、多形性膠芽腫、退形成性星細胞腫、脳腫瘍、卵管癌、卵巣上皮癌、原発性腹腔癌、進行性固形腫瘍、軟組織肉腫、黒色腫、肉腫、骨髄異形成症候群、急性骨髄性白血病、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、ホジキン疾患、多発性骨髄腫、滑膜肉腫、転移性固形腫瘍、食道癌、横紋筋肉腫、進行性粘液性、円形細胞脂肪肉腫、転移性黒色腫、または再発性非小細胞肺癌である。いくつかの実施形態では、ＮＹ－ＥＳＯ－１関連癌は、脂肪肉腫、神経芽細胞腫、骨髄腫、転移性黒色腫、滑膜肉腫、膀胱癌、食道癌、肝細胞癌、頭頸部癌、非小細胞肺癌、卵巣癌、前立腺癌、または乳癌である。
いくつかの実施形態では、複数の細胞は、第２の治療剤と組み合わせて対象に投与される。
本発明は、ＳＬＬＭＷＩＴＱＣ（配列番号１１１）（ＮＹ－ＥＳＯ－１（１５７－１６５））のアミノ酸配列を含む、ＨＬＡ－Ａ２提示癌抗原ニューヨーク食道扁平上皮細胞癌－１（ＮＹ－ＥＳＯ－１）ペプチドに特異的に結合する単離されたＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を提供し、ＴＣＲは、（ａ）発光アッセイによって決定されるように、予測されたオフターゲットペプチドを発現するが、配列番号１１１のアミノ酸配列を含むＨＬＡ－Ａ２提示ＮＹ－ＥＳＯ－１ペプチドを発現しない細胞に特異的に結合しないこと、および（ｂ）ＴＣＲ媒介性Ｔ細胞シグナル伝達発光バイオアッセイによって決定されるように、患者由来のＮＹ－ＥＳＯ－１特異的ＴＣＲ以上のシグナル対ノイズ比率を有するＴ細胞応答を活性化することからなる群から選択される特性を有する。
いくつかの実施形態では、ＴＣＲは、ＴＣＲ媒介性Ｔ細胞シグナル伝達発光バイオアッセイによって決定されるように、患者由来のＮＹ－ＥＳＯ－１特異的ＴＣＲよりも約２倍大きな、または約３倍大きな、または約４倍大きなＴ細胞応答を活性化する。いくつかの実施形態では、ＴＣＲは、少なくとも１つのＴＣＲアルファ鎖可変ドメインおよび／または少なくとも１つのベータ鎖可変ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＴＣＲは、ＴＣＲアルファ鎖可変ドメインおよびＴＣＲベータ鎖可変ドメインを含む。いくつかの実施形態では、アルファ鎖可変ドメインは、相補的決定領域（ＣＤＲ）１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含み、ＣＤＲ３領域は、式Ｉのアミノ酸配列、
Ｃｙｓ－Ｎ１－Ｎ２－Ｎ３－Ｎ４－Ｎ５－Ｎ６－Ｎ７－Ｎ８－Ｎ９－Ｎ１０－Ｎ１１－Ｎ１２－Ｎ１３－Ｎ１４－Ｎ１５－Ｐｈｅ（式Ｉ）を含み、式中、
Ｎ１は、非極性アミノ酸であり、
Ｎ２は、Ｌｅｕ、Ｔｙｒ、Ｖａｌ、またはＡｌａであり、
Ｎ３は、Ａｒｇ、Ａｓｎ、Ｔｈｒ、またはＳｅｒであり、
Ｎ４は、Ｐｒｏ、Ｓｅｒ、Ｇｌｕ、ｌｌｅ、Ｇｌｙ、Ｍｅｔ、Ｌｙｓ、またはＴｈｒであり、
Ｎ５は、存在するか、または存在しない場合があるが、Ｌｙｓであり、
Ｎ６は、Ａｓｐ、Ａｌａ、Ｇｌｙ、Ｌｅｕ、もしくはＡｓｎに存在するか、または存在しない場合があり、
Ｎ７は、Ｓｅｒ、Ａｓｎ、Ａｌａ、Ｔｙｒ、またはＴｈｒであり、
Ｎ８は、存在するか、または存在しない場合があるが、ＳｅｒまたはＧｌｙであり、
Ｎ９は、存在するか、または存在しない場合があるが、Ｇｌｙであり、
Ｎ１０は、存在するか、または存在しない場合があるが、ＧｌｙまたはＳｅｒであり、
Ｎ１１は、存在するか、または存在しない場合があるが、Ｔｒｐ、Ｇｌｙ、Ｓｅｒ、Ｇｌｎ、Ａｌａ、またはＰｒｏであり、
Ｎ１２は、Ｇｌｙ、Ｔｙｒ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ、またはＳｅｒであり、
Ｎ１３は、Ｌｙｓ、Ａｌａ、Ａｓｐ、ｌｌｅ、またはＡｓｎであり、
Ｎ１４は、非極性アミノ酸であり、
Ｎ１５は、Ｇｌｎ、Ａｓｎ、Ａｒｇ、Ｔｈｒ、Ｖａｌ、ｌｌｅ、またはＳｅｒである。
いくつかの実施形態では、Ｎ１は、Ａｌａまたはｌｌｅである。いくつかの実施形態では、Ｎ１４は、Ｐｈｅ、Ｌｅｕ、Ｍｅｔ、またはＰｒｏである。いくつかの実施形態では、ベータ鎖可変ドメインは、相補的決定領域（ＣＤＲ）１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含み、ＣＤＲ３領域は、式ＩＩのアミノ酸配列、
Ｃｙｓ－Ｎ１－Ｎ２－Ｎ３－Ｎ４－Ｎ５－Ｎ６－Ｎ７－Ｎ８－Ｎ９－Ｎ１０－Ｎ１１－Ｎ１２－Ｎ１３－Ｎ１４－Ｐｈｅ（式ＩＩ）を含み、式中、
Ｎ１およびＮ２は、各々独立して、ＡｌａまたはＳｅｒであり、
Ｎ３は、Ｓｅｒ、Ｍｅｔ、またはＬｙｓであり、
Ｎ４は、Ｔｙｒ、Ｔｒｐ、Ｈｉｓ、Ｌｅｕ、Ｔｈｒ、Ｇｌｕ、またはＧｌｎであり、
Ｎ５は、Ｓｅｒ、Ａｌａ、Ｔｈｒ、Ｇｌｙ、Ｖａｌ、またはＡｒｇであり、
Ｎ６は、存在するか、または存在しない場合があるが、Ｇｌｙ、Ｈｉｓ、Ａｓｐ、Ｔｈｒ、Ｐｒｏ、Ｍｅｔ、またはＳｅｒであり、
Ｎ７は、存在するか、または存在しない場合があるが、Ｇｌｙ、Ｔｙｒ、Ａｓｎ、またはＰｒｏであり、
Ｎ８は、存在するか、または存在しない場合があるが、Ｙであり、
Ｎ９は、存在するか、または存在しない場合があるが、Ｎであり、
Ｎ１０は、存在するか、または存在しない場合があるが、極性アミノ酸であり、
Ｎ１１は、Ｐｒｏ、Ｇｌｕ、Ｇｌｙ、またはＡｓｐであり、
Ｎ１２は、存在するか、または存在しない場合があるが、Ｇｌｕであり、
Ｎ１３は、Ｌｅｕ、Ａｌａ、Ｇｌｎ、またはＴｙｒであり、
Ｎ１４は、Ｈｉｓ、Ｐｈｅ、またはＴｈｒである。
いくつかの実施形態では、Ｎ１０は、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ｇｌｎ、またはＴｙｒである。いくつかの実施形態では、アルファ鎖可変ドメインのＣＤＲ１は、表１に定められたＣＤＲ１アミノ酸配列のうちのいずれか１つを含み、アルファ鎖可変ドメインのＣＤＲ２は、独立して、表１に定められたＣＤＲ２アミノ酸配列のうちのいずれか１つを含む。いくつかの実施形態では、ベータ鎖可変ドメインのＣＤＲ１は、表１に定められたＣＤＲ１アミノ酸配列のうちのいずれか１つを含み、ベータ鎖可変ドメインのＣＤＲ２は、独立して、表１に定められたＣＤＲ２アミノ酸配列のうちのいずれか１つを含む。いくつかの実施形態では、単離されたＴＣＲは、表３に列挙されたアルファ鎖可変ドメイン配列のうちのいずれか１つに含まれるアルファ鎖可変ドメインＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３と、表３に列挙されたベータ鎖可変ドメイン配列のうちのいずれか１つに含まれるベータ鎖可変ドメインＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３と、を含む。いくつかの実施形態では、単離されたＴＣＲは、表３に列挙されたアルファ鎖可変ドメインアミノ酸配列のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのアミノ酸配列全体に対して少なくとも８５％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を有するアルファ鎖可変ドメインを含む。いくつかの実施形態では、単離されたＴＣＲは、表３に列挙されたベータ鎖可変ドメインアミノ酸配列のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのアミノ酸配列全体に対して少なくとも８５％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を有するベータ鎖可変ドメインを含む。いくつかの実施形態では、単離されたＴＣＲは、（ａ）表３に列挙されたアルファ鎖可変ドメインアミノ酸配列のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのアミノ酸配列全体に対して少なくとも８５％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を有するアルファ鎖可変ドメインと、（ｂ）表３に列挙されたベータ鎖可変ドメインアミノ酸配列のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのアミノ酸配列全体に対して少なくとも８５％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を有するベータ鎖可変ドメインと、を含む。いくつかの実施形態では、単離されたＴＣＲは、
（ａ）配列番号４、１４、２４、３４、４４、５４、６４、７４、８４、９４、および１０４からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、アルファ鎖可変ドメインＣＤＲ１ドメインと、
（ｂ）配列番号５、１５、２５、３５、４５、５５、６５、７５、８５、９５、および１０５からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、アルファ鎖可変ドメインＣＤＲ２ドメインと、
（ｃ）配列番号６、１６、２６、３６、４６、５６、６６、７６、８６、９６、および１０６からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、アルファ鎖可変ドメインＣＤＲ３ドメインと、
（ｄ）配列番号１、１１、２１、３１、４１、５１、６１、７１、８１、９１、および１０１からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、ベータ鎖可変ドメインＣＤＲ１と、
（ｅ）配列番号２、１２、２２、３２、４２、５２、６２、７２、８２、９２、および１０２からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、ベータ鎖可変ドメインＣＤＲ２と、
（ｆ）配列番号３、１３、２３、３３、４３、５４、６３、７３、８３、９３、および１０３からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、ベータ鎖可変ドメインＣＤＲ３と、を含む。
いくつかの実施形態では、単離されたＴＣＲは、配列番号９／７、１９／１７、２９／２７、３９／３７、４９／４７、５９、５７、６９／６７、７９／７７、８９／８７、９９／９７、および１０９／１０７からなる群から選択されるアルファ鎖可変ドメイン／ベータ鎖可変ドメインアミノ酸配列対を含む。
いくつかの実施形態では、本開示は、上記の単離されたＴＣＲへの結合について競合する単離されたＴＣＲを提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、検出可能な部分をさらに含む単離されたＴＣＲを提供する。
本発明は、上記の単離されたＴＣＲと、薬学的に許容される担体または希釈剤と、を含む、薬学的組成物を提供する。本発明は、上記のＴＣＲを提示する単離された細胞を提供する。本発明は、上記のような単離されたＴＣＲのアルファ鎖可変ドメインをコードするポリヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチド分子を提供する。本発明は、上記のような単離されたＴＣＲのベータ鎖可変ドメインをコードするポリヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチド分子を提供する。本発明は、そのポリヌクレオチド分子を含むベクターを提供する。本発明は、そのベクターを発現する細胞を提供する。
本発明は、ＮＹ－ＥＳＯ－１関連疾患または障害を有する対象を治療する方法であって、対象に、上記のような単離されたＴＣＲ、薬学的組成物、または複数の細胞の治療有効量を投与し、それによって対象を治療することを含む、方法を提供する。
いくつかの実施形態では、ＮＹ－ＥＳＯ－１関連疾患または障害は、ＮＹ－ＥＳＯ－１関連癌である。いくつかの実施形態では、ＮＹ－ＥＳＯ－１関連癌は、脂肪肉腫、神経芽細胞腫、骨髄腫、転移性黒色腫、滑膜肉腫、膀胱癌、食道癌、肝細胞癌、頭頸部癌、非小細胞肺癌、卵巣癌、前立腺癌、乳癌、星状細胞腫瘍、多形性膠芽腫、退形成性星細胞腫、脳腫瘍、卵管癌、卵巣上皮癌、原発性腹腔癌、進行性固形腫瘍、軟組織肉腫、黒色腫、肉腫、骨髄異形成症候群、急性骨髄性白血病、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、ホジキン疾患、多発性骨髄腫、滑膜肉腫、転移性固形腫瘍、食道癌、横紋筋肉腫、進行性粘液性、円形細胞脂肪肉腫、転移性黒色腫、または再発性非小細胞肺癌である。いくつかの実施形態では、単離されたＴＣＲ、薬学的組成物、または複数の細胞は、第２の治療剤と組み合わせて対象に投与される。いくつかの実施形態では、単離されたＴＣＲ、薬学的組成物、または複数の細胞は、対象に、皮下、静脈内、皮内、腹腔内、経口、筋肉内、または頭蓋内投与される。
本発明は、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）をコードするポリヌクレオチド分子を提供し、ＴＣＲは、ＳＬＬＭＷＩＴＱＣ（配列番号１１１）（ＮＹ－ＥＳＯ－１（１５７－１６５））のアミノ酸配列を含むＨＬＡ－Ａ２提示癌精巣抗原ニューヨーク食道扁平上皮細胞癌－１（ＮＹ－ＥＳＯ－１）ペプチドに特異的に結合し、ＴＣＲは、（ａ）発光アッセイによって決定されるように、予測されたオフターゲットペプチドを発現するが、配列番号１１１のアミノ酸配列を含むＨＬＡ－Ａ２提示ＮＹ－ＥＳＯ－１ペプチドを発現しない細胞に特異的に結合しないこと、および（ｂ）ＴＣＲ媒介性Ｔ細胞シグナル伝達発光バイオアッセイによって決定されるように、患者由来のＮＹ－ＥＳＯ－１特異的ＴＣＲよりも約２倍大きなＴ細胞応答を活性化することからなる群から選択される特性を有する。
いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチド分子は、少なくとも１つのＴＣＲアルファ鎖可変ドメインおよび／または少なくとも１つのベータ鎖可変ドメインをコードする。いくつかの実施形態では、ＴＣＲは、表３に列挙されたアルファ鎖可変ドメイン配列のうちのいずれか１つに含まれるアルファ鎖可変ドメイン相補的決定領域（ＣＤＲ）１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３と、表３に列挙されたベータ鎖可変ドメイン配列のうちのいずれか１つに含まれるベータ鎖可変ドメインＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３と、を含む。いくつかの実施形態では、単離されたＴＣＲは、表３に列挙されたアルファ鎖可変ドメインアミノ酸配列のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのアミノ酸配列全体に対して少なくとも８５％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を有するアルファ鎖可変ドメインを含む。いくつかの実施形態では、単離されたＴＣＲは、表３に列挙されたベータ鎖可変ドメインアミノ酸配列のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのアミノ酸配列全体に対して少なくとも８５％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を有するベータ鎖可変ドメインを含む。いくつかの実施形態では、単離されたＴＣＲは、（ａ）表３に列挙されたアルファ鎖可変ドメインアミノ酸配列のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのアミノ酸配列全体に対して少なくとも８５％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を有するアルファ鎖可変ドメインと、（ｂ）表３に列挙されたベータ鎖可変ドメインアミノ酸配列のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのアミノ酸配列全体に対して少なくとも８５％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を有するベータ鎖可変ドメインと、を含む。いくつかの実施形態では、単離された抗原結合タンパク質は、
（ａ）配列番号４、１４、２４、３４、４４、５４、６４、７４、８４、９４、および１０４からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、アルファ鎖可変ドメインＣＤＲ１と、
（ｂ）配列番号５、１５、２５、３５、４５、５５、６５、７５、８５、９５、および１０５からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、アルファ鎖可変ドメインＣＤＲ２と、
（ｃ）配列番号６、１６、２６、３６、４６、５６、６６、７６、８６、９６、および１０６からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、アルファ鎖可変ドメインＣＤＲ３と、
（ｄ）配列番号１、１１、２１、３１、４１、５１、６１、７１、８１、９１、および１０１からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、ベータ鎖可変ドメインＣＤＲ１と、
（ｅ）配列番号２、１２、２２、３２、４２、５２、６２、７２、８２、９２、および１０２からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、ベータ鎖可変ドメインＣＤＲ２と、
（ｆ）配列番号３、１３、２３、３３、４３、５４、６３、７３、８３、９３、および１０３からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、ベータ鎖可変ドメインＣＤＲ３と、を含む。
いくつかの実施形態では、単離されたＴＣＲは、配列番号９／７、１９／１７、２９／２７、３９／３７、４９／４７、５９、５７、６９／６７、７９／７７、８９／８７、９９／９７、および１０９／１０７からなる群から選択されるアルファ鎖可変ドメイン／ベータ鎖可変ドメインアミノ酸配列対を含む。
本発明は、上記のようなポリヌクレオチド分子を含むベクターを提供する。本発明は、そのベクターを含む単離された細胞を提供する。本発明は、ＮＹ－ＥＳＯ－１関連疾患または障害を有する対象を治療する方法であって、対象に、複数のこれらの細胞を投与し、それによって対象を治療することを含む、方法を提供する。いくつかの実施形態では、ＮＹ－ＥＳＯ－１関連疾患または障害は、ＮＹ－ＥＳＯ関連癌である。いくつかの実施形態では、ＮＹ－ＥＳＯ関連癌は、脂肪肉腫、神経芽細胞腫、骨髄腫、転移性黒色腫、滑膜肉腫、膀胱癌、食道癌、肝細胞癌、頭頸部癌、非小細胞肺癌、卵巣癌、前立腺癌、乳癌、星状細胞腫瘍、多形性膠芽腫、退形成性星細胞腫、脳腫瘍、卵管癌、卵巣上皮癌、原発性腹腔癌、進行性固形腫瘍、軟組織肉腫、黒色腫、肉腫、骨髄異形成症候群、急性骨髄性白血病、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、ホジキン疾患、多発性骨髄腫、滑膜肉腫、転移性固形腫瘍、食道癌、横紋筋肉腫、進行性粘液性、円形細胞脂肪肉腫、転移性黒色腫、または再発性非小細胞肺癌である。いくつかの実施形態では、複数の細胞は、第２の治療剤と組み合わせて対象に投与される。
本発明は、ＳＬＬＭＷＩＴＱＣ（配列番号１１１）（ＮＹ－ＥＳＯ－１（１５７－１６５））のアミノ酸配列を含むＨＬＡ－Ａ２提示癌精巣抗原ニューヨーク食道扁平上皮細胞癌－１（ＮＹ－ＥＳＯ－１）ペプチドに特異的に結合するＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を提供し、ＴＣＲは、配列番号９、１９、２９、３９、４９、５９、６９、７９、８９、９９、および１０９のうちのいずれか１つのアルファ鎖可変ドメインに含まれる相補的決定領域３（ＣＤＲ３）を含む。
本発明は、ＳＬＬＭＷＩＴＱＣ（配列番号１１１）（ＮＹ－ＥＳＯ－１（１５７－１６５））のアミノ酸配列を含むＨＬＡ－Ａ２提示癌精巣抗原ニューヨーク食道扁平上皮細胞癌－１（ＮＹ－ＥＳＯ－１）ペプチドに特異的に結合するＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を提供し、ＴＣＲは、配列番号７、１７、２７、３７、４７、５７、６７、７７、８７、９７、および１０７のうちのいずれか１つのベータ鎖可変ドメインに含まれる相補的決定領域３（ＣＤＲ３）を含む。
いくつかの実施形態では、アルファ鎖可変ドメインは、ＣＤＲ１およびＣＤＲ２をさらに含み、ＣＤＲ１は、表１に定められたアルファ鎖可変ドメインＣＤＲ１アミノ酸配列のうちのいずれか１つを含み、ＣＤＲ２は、独立して、表１に定められたアルファ鎖可変ドメインＣＤＲ２アミノ酸配列のうちのいずれか１つを含む。いくつかの実施形態では、ベータ鎖可変ドメインは、ＣＤＲ１およびＣＤＲ２をさらに含み、ＣＤＲ１は、表１に定められたベータ鎖可変ＣＤＲ１アミノ酸配列のうちのいずれか１つを含み、ＣＤＲ２は、独立して、表１に定められたベータ鎖可変ドメインＣＤＲ２アミノ酸配列のうちのいずれか１つを含む。いくつかの実施形態では、ＴＣＲは、少なくとも１つのＴＣＲアルファ鎖可変ドメインおよび／または少なくとも１つのベータ鎖可変ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＴＣＲは、ＴＣＲアルファ鎖可変ドメインおよびＴＣＲベータ鎖可変ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＴＣＲは、表３に列挙されたアルファ鎖可変ドメインアミノ酸配列のうちのいずれか１つに含まれるアルファ鎖可変ドメインＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３と、表３に列挙されたベータ鎖可変ドメインアミノ酸配列のうちのいずれか１つに含まれるベータ鎖可変ドメインＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３と、を含む。
いくつかの実施形態では、ＴＣＲは、表３に列挙されたアルファ鎖可変ドメインアミノ酸配列のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのアミノ酸配列全体に対して少なくとも８５％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を有するアルファ鎖可変ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＴＣＲは、表３に列挙されたベータ鎖可変ドメインアミノ酸配列のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのアミノ酸配列全体に対して少なくとも８５％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を有するベータ鎖可変ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＴＣＲは、（ａ）表３に列挙されたアルファ鎖可変ドメインアミノ酸配列のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのアミノ酸配列全体に対して少なくとも８５％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を有するアルファ鎖可変ドメインと、（ｂ）表３に列挙されたベータ鎖可変ドメインアミノ酸配列のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのアミノ酸配列全体に対して少なくとも８５％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を有するベータ鎖可変ドメインと、を含む。いくつかの実施形態では、ＴＣＲは、
（ａ）配列番号４、１４、２４、３４、４４、５４、６４、７４、８４、９４、および１０４からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、アルファ鎖可変ドメインＣＤＲ１ドメインと、
（ｂ）配列番号５、１５、２５、３５、４５、５５、６５、７５、８５、９５、および１０５からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、アルファ鎖可変ドメインＣＤＲ２ドメインと、
（ｃ）配列番号６、１６、２６、３６、４６、５６、６６、７６、８６、９６、および１０６からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、アルファ鎖可変ドメインＣＤＲ３ドメインと、
（ｄ）配列番号１、１１、２１、３１、４１、５１、６１、７１、８１、９１、および１０１からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、ベータ鎖可変ドメインＣＤＲ１と、
（ｅ）配列番号２、１２、２２、３２、４２、５２、６２、７２、８２、９２、および１０２からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、ベータ鎖可変ドメインＣＤＲ２と、
（ｆ）配列番号３、１３、２３、３３、４３、５３、６３、７３、８３、９３、および１０３からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、ベータ鎖可変ドメインＣＤＲ３と、を含む。
いくつかの実施形態では、ＴＣＲは、配列番号９／７、１９／１７、２９／２７、３９／３７、４９／４７、５９／５７、６９／６７、７９／７７、８９／８７、９９／９７、および１０９／１０７からなる群から選択されるアルファ鎖可変ドメイン／ベータ鎖可変ドメインアミノ酸配列対を含む。いくつかの実施形態では、ＴＣＲは、検出可能な部分をさらに含む。
いくつかの実施形態では、ＴＣＲは、５超、１０超、１５超、２０超、５０超、１００超、２００超、３００超、４００超、５００超、６００超、７００超、８００超、９００超、または１０００超のオンターゲット結合／オフターゲット結合値を有する。いくつかの実施形態では、ＴＣＲは、１０超のオンターゲット結合／オフターゲット結合値を有する。いくつかの実施形態では、ＴＣＲは、５００超のオンターゲット結合／オフターゲット結合値を有する。
本発明は、上記のようなＴＣＲへの結合について競合するＴＣＲを提供する。
本発明は、本明細書に記載されるようなＴＣＲと、薬学的に許容される担体または希釈剤と、を含む、薬学的組成物を提供する。本発明は、本明細書に記載されるようなＴＣＲを提示する単離された細胞を提供する。本発明は、本明細書に記載されるＴＣＲのアルファ鎖可変ドメインをコードするポリヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチド分子を提供する。本発明は、本明細書に記載されるＴＣＲのベータ鎖可変ドメインをコードするポリヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチド分子を提供する。本発明は、アルファ鎖またはベータ鎖ポリヌクレオチド配列を含むベクターを提供する。本発明は、そのベクターを発現する単離された細胞を提供する。
本発明は、ＮＹ－ＥＳＯ－１関連疾患または障害を有する対象を治療する方法であって、対象に、本明細書に記載されるＴＣＲ、本明細書に記載される薬学的組成物、または本明細書に記載される単離された細胞の治療有効量を投与し、それによって対象を治療することを含む、方法を提供する。
いくつかの実施形態では、ＮＹ－ＥＳＯ－１関連疾患または障害は、ＮＹ－ＥＳＯ－１関連癌である。いくつかの実施形態では、ＮＹ－ＥＳＯ－１関連癌は、脂肪肉腫、神経芽細胞腫、骨髄腫、転移性黒色腫、滑膜肉腫、膀胱癌、食道癌、肝細胞癌、頭頸部癌、非小細胞肺癌、卵巣癌、前立腺癌、乳癌、星状細胞腫瘍、多形性膠芽腫、退形成性星細胞腫、脳腫瘍、卵管癌、卵巣上皮癌、原発性腹腔癌、進行性固形腫瘍、軟組織肉腫、黒色腫、肉腫、骨髄異形成症候群、急性骨髄性白血病、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、ホジキン疾患、多発性骨髄腫、滑膜肉腫、転移性固形腫瘍、食道癌、横紋筋肉腫、進行性粘液性、円形細胞脂肪肉腫、転移性黒色腫、または再発性非小細胞肺癌である。いくつかの実施形態では、ＴＣＲ、薬学的組成物、または細胞は、第２の治療剤と組み合わせて対象に投与される。いくつかの実施形態では、投与は、非経口である。
本発明は、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）をコードするポリヌクレオチド分子を提供し、ＴＣＲは、ＳＬＬＭＷＩＴＱＣ（配列番号１１１）（ＮＹ－ＥＳＯ－１（１５７－１６５））のアミノ酸配列を含むＨＬＡ－Ａ２提示癌精巣抗原ＮＹ－ＥＳＯ－１ペプチドに特異的に結合し、ＴＣＲは、（ａ）発光アッセイによって決定されるように、予測されたオフターゲットペプチドを発現するが、配列番号１１１のアミノ酸配列を含むＨＬＡ－Ａ２提示ＮＹ－ＥＳＯ－１ペプチドを発現しない細胞に特異的に結合しないこと、（ｂ）フローサイトメトリーアッセイによって決定されるように、予測されたオフターゲットペプチドを発現する細胞に結合しないこと、（ｃ）ＴＣＲ媒介性Ｔ細胞シグナル伝達発光バイオアッセイによって決定されるように、患者由来のＮＹ－ＥＳＯ－１特異的ＴＣＲよりも約２倍大きなＴ細胞応答を活性化すること、および（ｄ）ＴＣＲ媒介性Ｔ細胞シグナル伝達発光バイオアッセイによって決定されるように、親和性成熟した（例えば、ファージディスプレイによって）ＮＹ－ＥＳＯ－１特異的ＴＣＲよりも約２倍大きなＴ細胞応答を活性化することからなる群から選択される特性を有する。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチド分子は、少なくとも１つのＴＣＲアルファ鎖可変ドメインおよび／または少なくとも１つのベータ鎖可変ドメインをコードする。いくつかの実施形態では、ＴＣＲは、表３に列挙されたアルファ鎖可変ドメイン配列のうちのいずれか１つに含まれるアルファ鎖可変ドメイン相補的決定領域（ＣＤＲ）１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３と、表３に列挙されたベータ鎖可変ドメイン配列のうちのいずれか１つに含まれるベータ鎖可変ドメインＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３と、を含む。いくつかの実施形態では、ＴＣＲは、表３に列挙されたアルファ鎖可変ドメインアミノ酸配列のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのアミノ酸配列全体に対して少なくとも８５％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を有するアルファ鎖可変ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＴＣＲは、表３に列挙されたベータ鎖可変ドメインアミノ酸配列のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのアミノ酸配列全体に対して少なくとも８５％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を有するベータ鎖可変ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＴＣＲは、（ａ）表３に列挙されたアルファ鎖可変ドメインアミノ酸配列のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのアミノ酸配列全体に対して少なくとも８５％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を有するアルファ鎖可変ドメインと、（ｂ）表３に列挙されたベータ鎖可変ドメインアミノ酸配列のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのアミノ酸配列全体に対して少なくとも８５％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を有するベータ鎖可変ドメインと、を含む。いくつかの実施形態では、ＴＣＲは、
（ａ）配列番号４、１４、２４、３４、４４、５４、６４、７４、８４、９４、および１０４からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、アルファ鎖可変ドメインＣＤＲ１ドメインと、
（ｂ）配列番号５、１５、２５、３５、４５、５５、６５、７５、８５、９５、および１０５からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、アルファ鎖可変ドメインＣＤＲ２ドメインと、
（ｃ）配列番号６、１６、２６、３６、４６、５６、６６、７６、８６、９６、および１０６からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、アルファ鎖可変ドメインＣＤＲ３ドメインと、
（ｄ）配列番号１、１１、２１、３１、４１、５１、６１、７１、８１、９１、および１０１からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、ベータ鎖可変ドメインＣＤＲ１と、
（ｅ）配列番号２、１２、２２、３２、４２、５２、６２、７２、８２、９２、および１０２からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、ベータ鎖可変ドメインＣＤＲ２と、
（ｆ）配列番号３、１３、２３、３３、４３、５３、６３、７３、８３、９３、および１０３からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、ベータ鎖可変ドメインＣＤＲ３と、を含む。
いくつかの実施形態では、ＴＣＲは、配列番号９／７、１９／１７、２９／２７、３９／３７、４９／４７、５９／５７、６９／６７、７９／７７、８９／８７、９９／９７、および１０９／１０７からなる群から選択されるアルファ鎖可変ドメイン／ベータ鎖可変ドメインアミノ酸配列対を含む。
いくつかの実施形態では、ＴＣＲは、
（ａ）配列番号１２４、１３０、１３７、１４５、および１５６からなる群から選択される核酸配列によってコードされる、アルファ鎖可変ドメインＣＤＲ１と、
（ｂ）配列番号１２５、１３１、１３８、１４６、および１５７からなる群から選択される核酸配列によってコードされる、アルファ鎖可変ドメインＣＤＲ２と、
（ｃ）配列番号１２６、１３２、１３５、１３９、１４７、１４９、１５８、１６０、および１６１からなる群から選択される核酸配列によってコードされる、アルファ鎖可変ドメインＣＤＲ３と、
（ｄ）配列番号１２１、１２７、１３３、１４０、１４２、１５０、および１５３からなる群から選択される核酸配列によってコードされる、ベータ鎖可変ドメインＣＤＲ１と、
（ｅ）配列番号１２２、１２８、１４３、１５１、および１５４からなる群から選択される核酸配列によってコードされる、ベータ鎖可変ドメインＣＤＲ２と、
（ｆ）配列番号１２３、１２９、１３４、１３６、１４１、１４４、１４８、１５２、１５５、１５９からなる群から選択される核酸配列によってコードされる、ベータ鎖可変ドメインＣＤＲ３と、を含む。
いくつかの実施形態では、ＴＣＲは、配列番号１０／８、２０／１８、３０／２８、４０／３８、５０／４８、６０／５８、７０／６８、８０／７８、９０／８８、１００／９８、および１１０／１０８からなる群から選択されるアルファ鎖可変ドメイン／ベータ鎖可変ドメイン核酸配列対を含む。
本発明は、本明細書に記載のポリヌクレオチド分子のポリヌクレオチド配列を含む、ベクターを提供する。本発明は、そのベクターを含む単離された細胞を提供する。本発明は、ＮＹ－ＥＳＯ－１関連疾患または障害を有する対象を治療する方法であって、対象に、その細胞を投与することを含む、方法を提供する。いくつかの実施形態では、ＮＹ－ＥＳＯ－１関連疾患または障害は、ＮＹ－ＥＳＯ－１関連癌である。いくつかの実施形態では、ＮＹ－ＥＳＯ－１関連癌は、脂肪肉腫、神経芽細胞腫、骨髄腫、転移性黒色腫、滑膜肉腫、膀胱癌、食道癌、肝細胞癌、頭頸部癌、非小細胞肺癌、卵巣癌、前立腺癌、乳癌、星状細胞腫瘍、多形性膠芽腫、退形成性星細胞腫、脳腫瘍、卵管癌、卵巣上皮癌、原発性腹腔癌、進行性固形腫瘍、軟組織肉腫、黒色腫、肉腫、骨髄異形成症候群、急性骨髄性白血病、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、ホジキン疾患、多発性骨髄腫、滑膜肉腫、転移性固形腫瘍、食道癌、横紋筋肉腫、進行性粘液性、円形細胞脂肪肉腫、転移性黒色腫、または再発性非小細胞肺癌である。いくつかの実施形態では、細胞は、第２の治療剤と組み合わせて対象に投与される。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるような細胞は、初代リンパ球（例えば、初代Ｔリンパ球）などの初代細胞である。
本発明は、以下の発明を実施するための形態および図面によってさらに例示される。
発光アッセイによって決定されるような示されたＴＣＲの活性を示す。ＨＬＡ－Ａ２／ＮＹ－ＥＳＯ－１（１５７－１６５）特異的ＴＣＲを発現するレポーターＴ細胞を、ＮＹ－ＥＳＯ－１ペプチドを提示するＨＬＡ－Ａ２＋ＡＰＣと共培養した。ＶｅｌｏｃｉＴ（商標）由来のＴＣＲは、患者由来のＮＹ－ＥＳＯ特異的１Ｇ４対照ＴＣＲよりも強いＴ細胞を活性化した。 発光アッセイによって決定されるような示されたＴＣＲの特異性を示す。図２Ａは、ＥＡＲＳ２：３０６－３１３オフターゲットペプチドに関する特異性を示す。図２Ｂは、ＭＡＧＥＨ１：９０－９８オフターゲットペプチドに関する特異性を示す。図２Ｃは、ＦＢＸＬ２２：４－１２オフターゲットペプチドに関する特異性を示す。図２Ｄは、ＵＲＢ１：１８５３－１８６１オフターゲットペプチドに関する特異性を示す。図２Ｅは、ＬＶ９－５ムチンオフターゲットペプチドに関する特異性を示す。図２Ａ～２Ｅは、それぞれ配列番号１１１、１１４、１１１、１１５、１１１、１１６、１１１、１１７、１１１および１２０を、外観の順序で開示する。 同上。 同上。 同上。 同上。 初代Ｔ細胞中でＴＣＲ００１構築物を発現させるために使用されるＴＣＲ構築物設計を示す。ＨＶはヒト可変ドメインを示し、ＭＣはそれぞれのＴＣＲ鎖に対するマウス定常ドメインを表す。ＥＦ１ａプロモーターは矢印として示され、フリン切断部位は無地の黒色の四角によって表される。 ＴＲＡＣ座位およびＴＲＢＣ１／２座位を標的とするｓｇＲＮＡでのエレクトロポレーション後の内因性ＴＣＲ発現の喪失を示す。Ｔ細胞を、抗ヒトＣＤ３で染色して、細胞表面ＴＣＲ発現を評価した。 ＨＬＡ－Ａ２によって提示されたＮＹ－ＥＳＯ－１１５７－１６５ペプチドを認識する抗原特異的Ｔ細胞の検出のためのデキストラマー染色データを示す。図５Ａは、増殖選別前の９日目および選別直後のデータを示す。図５Ｂは、選別後１２日間の増殖後のデータを示す。 同上。 ＴＣＲ００１を発現するＴ細胞が、ＮＹ－ＥＳＯ－１（ＩＭ９）の内因性レベルを発現するか、またはＮＹ－ＥＳＯ－１（１５７－１６５）ペプチド（ＩＭ９＋＋）を担持する一本鎖ＨＬＡ－Ａ２を過剰発現する標的細胞を溶解することを示す、細胞傷害性データを示す。ＮＹ－ＥＳＯ－１発現を欠くＫ５６２細胞を使用して、ＴＣＲ媒介性殺滅が抗原依存的であることを確実にした。未形質導入および増殖したＴ細胞は、任意の標的細胞を殺滅することができず、ＴＣＲ００１の発現が標的細胞溶解に必要であることを示している。
本発明は、ＭＨＣ（ＨＬＡ－Ａ２）の文脈において、ＮＹ－ＥＳＯ－１ペプチド抗原に対して生成されたＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を提供する。特定された独自のＴＣＲ配列は、ＨＬＡ分子の溝に存在する小さなペプチドＮＹ－ＥＳＯ－１への特異的な結合を示し、レポーターアッセイにおいてＴ細胞の活性化を呈した。さらに、交差反応性は、予測アルゴリズムおよび予測された交差反応性ペプチドに対するＴＣＲを評価した後続の交差反応性（特異性）アッセイによって示されるように、他の「類似」ペプチドに対する見いだされなかった。
Ｉ．定義
本発明をより容易に理解できるようにするために、ある特定の用語が最初に定義される。さらに、パラメータの値または値の範囲が列挙されるときはいつでも、列挙された値の中間の値および範囲も本発明の部分であることが意図されることに留意されたい。
以下の記載では、説明の目的で、特定の番号、材料、および構成が、本発明の完全な理解を提供するために定められる。しかしながら、本発明がこれらの特定の詳細なく実施され得ることは、当業者に明らかであろう。場合によっては、本発明を曖昧にしないように、周知の特徴が省略または簡略化され得る。さらに、「一実施形態」または「実施形態」などの語句への本明細書における参照は、実施形態に関連して記載される特定の特徴、構造または特徴が、本発明の少なくとも１つの実施形態に含まれることを意味する。本明細書の様々な場所における「一実施形態では」などの語句の出現は、必ずしも全て同じ実施形態を指すわけでない。
冠詞「ａ」および「ａｎ」は、冠詞の文法的目的語の１つ以上（すなわち、少なくとも１つ）を指すために本明細書で使用される。例として、「要素」は、１つの要素または２以上の要素を意味する。
「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」または「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」という用語は、本開示に不可欠であるが、必須であるか否かにかかわらず、不特定の要素を含めることができる組成物、方法、およびそれらのそれぞれの構成要素（複数可）に関して本明細書で使用される。
「からなる」という用語は、本明細書に記載されるような組成物、方法、およびそれらのそれぞれの構成要素を指し、これらは、実施形態のその記載に列挙されない任意の要素を除外する。
本明細書で使用される場合、「Ｔ細胞受容体」（ＴＣＲ）という用語は、可変結合ドメイン、定常ドメイン、膜貫通領域、および短い細胞質尾部を有する免疫グロブリンスーパーファミリーメンバーを指す；例えば、Ｊａｎｅｗａｙ ｅｔ ａｌ．，Ｉｍｍｕｎｏｂｉｏｌｏｇｙ：Ｔｈｅ Ｉｍｍｕｎｅ Ｓｙｓｔｅｍ ｉｎ Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｄｉｓｅａｓｅ，３ｒｄ Ｅｄ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｂｉｏｌｏｇｙ Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎｓ，ｐ．４：３３，１９９７を参照されたい）、ＭＨＣ受容体に結合する抗原ペプチドに特異的に結合することができる。ＴＣＲは、細胞の表面上に見いだされ得、一般に、αおよびβ鎖（それぞれ、ＴＣＲαおよびＴＣＲβとしても知られる）、またはγおよびδ鎖（それぞれ、ＴＣＲγおよびＴＣＲδとしても知られる）を有するヘテロ二量体から構成される。免疫グロブリンと同様に、ＴＣＲ鎖の細胞外部分（例えば、α鎖、β鎖）は、細胞膜に隣接する２つの免疫グロブリン領域、可変領域（例えば、ＴＣＲ可変α領域またはＶαおよびＴＣＲ可変β領域またはＶβ、典型的には、Ｎ末端でのＫａｂａｔ番号付けに基づくアミノ酸１～１１６）、および１つの定常領域（例えば、ＴＣＲ定常ドメインαまたはＣα、および典型的には、Ｋａｂａｔに基づくアミノ酸１１７～２５９、ＴＣＲ定常ドメインβまたはＣβ、典型的には、Ｋａｂａｔに基づくアミノ酸１１７～２９５）を含む。免疫グロブリンと同様に、可変ドメインは、フレームワーク領域（ＦＲ）によって分離された相補的決定領域（ＣＤＲ）を含む。ある特定の実施形態では、ＴＣＲは、Ｔ細胞（またはＴリンパ球）の表面上に見いだされ、ＣＤ３複合体と会合する。本開示のＴＣＲの供給源は、様々な動物種、例えば、ヒト、マウス、ラット、ウサギ、または他の哺乳動物からのものであり得る。好ましい実施形態では、本発明のＴＣＲの供給源は、ヒトアルファおよびベータ鎖を含むＴＣＲを産生するように遺伝学的に操作されたマウスである（例えば、内容全体が参照により本明細書に組み込まれる、ＰＣＴ公開第ＷＯ２０１６／１６４４９２号を参照されたい）。
本明細書で使用される場合、「可変領域」（アルファ鎖の可変領域（Ｖα）、ベータ鎖の可変領域（Ｖβ））という用語は、ＴＣＲの抗原への結合に直接関与するアルファおよびベータ鎖の各々を表す。
アルファ鎖およびベータ鎖の「定常領域」は、抗原へのＴＣＲの結合に直接関与しないが、様々なエフェクター機能を呈する。
本明細書で使用される場合、「抗原」という用語は、免疫系に抗体またはそれに対する特定の細胞媒介性免疫応答を産生させる任意の物質を意味する。疾患関連抗原は、免疫系に抗体またはそれに対する特定の細胞媒介応答を産生させる任意の疾患に関連する任意の物質である。
「ＮＹ－ＥＳＯ－１」または「ニューヨーク食道扁平上皮細胞癌１」という用語は、多くの癌型において再発現される周知の癌精巣抗原（ＣＴＡ）を指す。
完全長ＮＹ－ＥＳＯ－１のヌクレオチドおよびアミノ酸配列は、ＧｅｎＢａｎｋにおいて、アクセッション番号ＮＭ＿００１３２７．２（それぞれ、配列番号１１２および１１３）として提供される。特定のＮＹ－ＥＳＯ－１ヌクレオチド塩基およびアミノ酸の番号付けは、それぞれ配列番号１１２もしくは１１３、または別のＮＹ－ＥＳＯ－１配列（例えば、配列番号１１２または１１３と整列した配列）における対応する位置に関する。本明細書で使用される場合、番号付けは、括弧内（例えば、ＮＹ－ＥＳＯ－１（１５７－１６５））、添字（例えば、ＮＹ－ＥＳＯ－１１５７－１６５）、または番号付けを示す他の形式で示され得る。「ＮＹ－ＥＳＯ－１」という用語は、組換えＮＹ－ＥＳＯ－１またはその断片を含む。用語はまた、例えば、ヒスチジンタグ、マウスもしくはヒトＦｃに結合したＮＹ－ＥＳＯ－１またはその断片、あるいはＲＯＲ１などのシグナル配列も包含する。ある特定の実施形態では、用語は、ＨＬＡ－Ａ２に連結したか、またはＨＬＡ－Ａ２によって表示されるように、ＨＬＡ－Ａ２の文脈におけるＮＹ－ＥＳＯ－１またはその断片を含む。
「ＨＬＡ」という用語は、ヒトにおける主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）タンパク質をコードする遺伝子複合体である、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）系または複合体を指す。これらの細胞表面タンパク質は、ヒトにおける免疫系の調節に関与する。ＭＨＣクラスＩ（Ａ、Ｂ、およびＣ）に対応するＨＬＡは、細胞内側からのペプチドを提示する。
「ＨＬＡ－Ａ」という用語は、ＨＬＡ－Ａ座位によってコードされるヒト白血球抗原（ＨＬＡ）の群を指す。ＨＬＡ－Ａは、ヒトＭＨＣクラスＩ細胞表面受容体の３つの主要な型のうちの１つである。受容体は、ヘテロ二量体であり、重いα鎖およびより小さなβ鎖から構成される。α鎖はバリアントＨＬＡ－Ａ遺伝子によってコードされ、β鎖（β２－マイクログロブリン）はインバリアントβ２マイクログロブリン分子である。
「ＨＬＡ－Ａ２」という用語（ＨＬＡ－Ａ＊０２０１またはＨＬＡ－Ａ＊０２：０１とも称され得る）は、ＨＬＡ－Ａ座位での１つの特定のクラスＩ主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）対立遺伝子基であり、α鎖はＨＬＡ－Ａ＊０２遺伝子によってコードされ、β鎖はβ２－マイクログロブリンまたはＢ２Ｍ座位によってコードされる。
「特異的に結合する」または「特異的に結合する」などの用語は、ＴＣＲが、生理学的条件下で比較的安定である抗原と複合体を形成することを意味する。特異的結合は、少なくとも約１×１０－６Ｍ以下、例えば、１×１０－８Ｍ以下の平衡解離定数（例えば、より小さなＫＤは、より緊密な結合を表す）によって特徴付けられ得る。２つの分子が特異的に結合するかどうかを決定するための方法は、当該技術分野で周知であり、例えば、平衡透析、表面プラズモン共鳴などを含む。本明細書に記載されるように、本発明のＴＣＲは、ＨＬＡ－Ａ２提示癌精巣抗原ニューヨーク食道扁平上皮細胞癌－１（ＮＹ－ＥＳＯ－１）ペプチド、例えば、ＮＹ－ＥＳＯ－１のアミノ酸残基１５７－１６５を含むペプチドに特異的に結合する。
「オフターゲットペプチド」という用語は、標的ペプチド（例えば、ＮＹ－ＥＳＯ－１（１５７－１６５）ペプチド）と１、２、３、４、５以上のアミノ酸が異なるペプチドを指す。ある特定の実施形態では、用語は、標的ペプチドよりも３以下のアミノ酸が異なるペプチドを含む。例えば、９量体ペプチドについて、１、２、または３アミノ酸が標的ペプチドと同一でない場合、それは、「オフターゲット」ペプチドと見なされる。ある特定の実施形態では、アミノ酸同一性は、「類似性の程度」（ＤｏＳ）に関して発現される。９量体ペプチド内の６以上のアミノ酸が同一である場合、ＤｏＳは、６である。ある特定の実施形態では、６以下のＤｏＳを有するペプチドは、「オフターゲット」ペプチドと見なされる。「オフターゲット」ペプチドという用語はまた、配列相同性に基づいて標的ペプチドに類似し、ＨＬＡ－Ａ２に結合するように予測され、かつ必須の正常組織において発現されるタンパク質中に含まれる、ペプチドを指す。したがって、いくつかの実施形態では、本開示のＴＣＲは、オフターゲットペプチドに結合するその親和性よりも少なくとも１０倍低いＫＤ値に対応する親和性で、ＨＬＡ－Ａ２提示ＮＹ－ＥＳＯ－１ペプチド（例えば、ＮＹ－ＥＳＯ－１のアミノ酸残基１５７－１６５を含むペプチド）に結合できる。
「単離された」という用語は、自然の状態から人間の手によって変更された組成物、化合物、物質、または分子を指す。例えば、天然に存在する組成物または物質は、その元の環境から変化または除去されるか、あるいはそれらの両方の場合に、単離される。例えば、生きている動物に天然に存在するポリヌクレオチドまたはポリペプチドは単離されないが、その天然状態の共存材料から分離された同じポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、用語が本明細書で用いられるように単離される。
本明細書で使用される場合、「組換え」という用語は、例えば、ＤＮＡスプライシングおよび遺伝子導入発現を含む組換えＤＮＡ技術として当該技術分野で既知の技術または方法によって作成されるか、発現されるか、単離されるか、または得られた本発明のＴＣＲを指す。用語は、非ヒト哺乳動物（遺伝子導入非ヒト哺乳動物、例えば、遺伝子導入マウスを含む）、もしくは細胞（例えば、ＣＨＯ細胞）発現系において発現されたか、または組換えコンビナトリアルヒト抗体ライブラリーから単離されたＴＣＲを指す。
本明細書で使用される場合、「ポリヌクレオチド」および「核酸分子」という用語は、任意の長さのポリマー形態を指すために互換的に使用される。ポリヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチド、リボヌクレオチド、および／またはそれらの類似体を含み得る。ヌクレオチドは、任意の三次元構造を有し得、既知または未知の任意の機能を実行し得る。「ポリヌクレオチド」という用語は、例えば、単鎖、二重鎖および三重らせん分子、遺伝子または遺伝子断片、エクソン、イントロン、ｍＲＮＡ、ｔＲＮＡ、ｒＲＮＡ、リボザイム、アンチセンス分子、ｃＤＮＡ、組換えポリヌクレオチド、分岐ポリヌクレオチド、アプタマー、プラスミド、ベクター、任意の配列の単離されたＤＮＡ、任意の配列の単離されたＲＮＡ、核酸プローブ、およびプライマーを含む。核酸分子はまた、修飾された核酸分子（例えば、修飾された塩基、糖、および／またはヌクレオチドリンカーを含む）を含み得る。
「ポリペプチド」という用語は、そのサイズに関係なく、好ましくは２０の天然アミノ酸のうちのいずれかから本質的になる任意のポリマーを指すように意味される。「タンパク質」という用語は比較的大きなタンパク質に関してしばしば使用され、「ペプチド」は小さなポリペプチドに関してしばしば使用されるが、この分野でのこれらの用語の使用はしばしば重複する。「ポリペプチド」という用語は、別段記述されない限り、一般に、タンパク質、ポリペプチド、およびペプチドを指す。一般に、本開示に従う有用なペプチドは、遠心分離またはＳＤＳ－ポリアクリルアミドゲル電気泳動などの標準的な分子サイズ決定技法によって判断される場合、一般に、約０．１～１００ｋＤａ以上、最大約１０００ｋＤａ、好ましくは、約０．１、０．２、０．５、１、２、５、１０、２０、３０～５０ｋＤａである。
「ベクター」という用語は、宿主細胞中で自律的に複製することができ、外来ＤＮＡを受け入れることができる核酸分子である。ベクターは、その独自の複製起点、外来ＤＮＡの挿入に使用され得る制限エンドヌクレアーゼに対する１つ以上の独自の認識部位、および通常、抗生物質抵抗性をコードする遺伝子などの選択可能なマーカー、およびしばしば、挿入されたＤＮＡの発現のための認識配列（例えば、プロモーター）を担持する。一般的なベクターは、プラスミドベクターおよびファージベクターを含む。
いくつかの実施形態では、本発明のＴＣＲは、リガンドなどの部分、検出可能な部分、または細胞毒素、抗癌薬などの治療用部分（「イムノコンジュゲート」）、またはＮＹ－ＥＳＯ－１関連癌などのＮＹ－ＥＳＯ－１関連疾患もしくは障害を含む疾患もしくは障害を治療するのに有用な任意の他の治療用部分にコンジュゲートされ得る。
本明細書で使用される場合、「表面プラズモン共鳴」という用語は、例えば、ＢＩＡＣＯＲＥ（商標）システム（Ｐｈａｒｍａｃｉａ Ｂｉｏｓｅｎｓｏｒ ＡＢ，Ｕｐｐｓａｌａ，Ｓｗｅｄｅｎ ａｎｄ Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ，Ｎ．Ｊ．）を使用して、バイオセンサマトリックス内のタンパク質濃度の変化の検出によるリアルタイムの生体分子相互作用の分析を可能にする光学現象を指す。
ＫＤまたはＫｄとしても知られる「ＫＤ」という用語は、特定の生体分子およびその結合パートナーの平衡解離定数を指すように意図される。ＫＤ測定は、例えば、抗原結合タンパク質－抗原相互作用におけるようなタンパク質－タンパク質相互作用を評価するために特に有用である。ＫＤの値がより小さなほど、抗原結合タンパク質と抗原（例えば、標的）との間の結合相互作用または親和性がより大きくなる（または、例えば、より強くなる）。ＫＤの値がより大きなほど、抗原結合タンパク質と抗原との間の結合相互作用または親和性がより弱くなる。
「実質的な同一性」または「実質的に同一である」という用語は、核酸またはその断片を指す際に、以下に考察されるように、別の核酸（またはその相補鎖）との適切なヌクレオチド挿入または欠失と最適に整列する際、配列同一性の任意の周知のアルゴリズムによって測定される場合、ヌクレオチド塩基の少なくとも約９０％、より好ましくは、少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％のヌクレオチド配列同一性があることを示す。参照核酸分子と実質的な同一性を有する核酸分子は、ある特定の場合では、参照核酸分子によってコードされたポリペプチドと同じまたは実質的に類似のアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードし得る。
配列同一性は、アルゴリズム、例えば、グローバルアライメントのためのＮｅｅｄｌｅｍａｎ Ｗｕｎｓｃｈアルゴリズム（Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ ａｎｄ Ｗｕｎｓｃｈ １９７０，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４８：４４３－４５３）、またはローカルアライメントのためのＳｍｉｔｈ Ｗａｔｅｒｍａｎアルゴリズム（Ｓｍｉｔｈ ａｎｄ Ｗａｔｅｒｍａｎ １９８１，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１４７：１９５－１９７）を使用して計算され得る。別の好ましいアルゴリズムは、Ｄｕｆｒｅｓｎｅ ｅｔ ａｌ ｉｎ Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ｉｎ ２００２（ｖｏｌ．２０，ｐｐ．１２６９－７１）によって記載され、ソフトウェアＧｅｎｅＰＡＳＴ（ＧＱ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｉｎｃ．Ｂｏｓｔｏｎ，ＭＡ）において使用される。
ポリペプチドへ適用される場合、「実質的な類似性」または「実質的に類似の」という用語は、２つのペプチド配列が、既定のギャップ重みを使用してプログラムＧＡＰまたはＢＥＳＴＦＩＴなどによって最適に整列する際に、少なくとも９０％の配列同一性、さらにより好ましくは、少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％または９９％の配列同一性を共有する。好ましくは、同一でない残基位置は、保存的アミノ酸置換によって異なる。「保存的アミノ酸置換」は、アミノ酸残基が、類似の化学的特性（例えば、電荷または疎水性）を有する側鎖（Ｒ基）を有する別のアミノ酸残基によって置換されるものである。一般に、保存的アミノ酸置換は、タンパク質の機能的特性を実質的に変化させないものである。２つ以上のアミノ酸配列が保存的置換によって互いに異なる場合では、類似性のパーセントまたは程度は、置換の保存的性質を補正するために上向きに調整され得る。この調整を行うための手段は、当業者に周知である。例えば、参照により本明細書に組み込まれるＰｅａｒｓｏｎ（１９９４）Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２４：３０７－３３１を参照されたい。類似の化学的特性を有する側鎖を有するアミノ酸の基の例は、１）脂肪族側鎖：グリシン、アラニン、バリン、ロイシンおよびイソロイシン、２）脂肪族－ヒドロキシル側鎖：セリンおよびトレオニン、３）アミド含有側鎖：アスパラギンおよびグルタミン、４）芳香族側鎖：フェニルアラニン、チロシン、およびトリプトファン、５）塩基性側鎖：リジン、アルギニン、およびヒスチジン、６）酸性側鎖：アスパラギン酸およびグルタミン酸、ならびに７）硫黄含有側鎖：システインおよびメチオニンを含む。好ましい保存的アミノ酸置換基は、バリン－ロイシン－イソロイシン、フェニルアラニン－チロシン、リジン－アルギニン、アラニン－バリン、グルタミン酸－アスパラギン酸、およびアスパラギン－グルタミンである。代替的には、保存的置換は、参照により本明細書に組み込まれるＧｏｎｎｅｔ ｅｔ ａｌ．（１９９２）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５６：１４４３ ４５に開示されるＰＡＭ２５０対数尤度マトリックスにおいて正値を有する任意の変化である。「適度に保存的な」置換は、ＰＡＭ２５０対数尤度マトリックスにおいて負でない値を有する任意の変化である。
ポリペプチドに対する配列類似性は、典型的には、配列分析ソフトウェアを使用して測定される。タンパク質解析ソフトウェアは、保存的アミノ酸置換を含む種々の置換、欠失および他の修飾へ割り当てられた類似の測定値を使用して類似の配列と一致させる。例えば、ＧＣＧソフトウェアは、生物の異なる種からの相同ポリペプチドなどの密接に関連するポリペプチド間の、もしくは野生型タンパク質とその変異タンパク質との間の配列相同性または配列同一性を決定するための既定のパラメータと共に使用され得るＧＡＰおよびＢＥＳＴＦＩＴなどのプログラムを含む。例えば、ＧＣＧ第６．１版を参照されたい。ポリペプチド配列はまた、ＧＣＧ第６．１版におけるプログラムである、既定パラメータまたは推奨のパラメータを有するＦＡＳＴＡを使用して比較され得る。ＦＡＳＴＡ（例えば、ＦＡＳＴＡ２およびＦＡＳＴＡ３）は、問い合わせおよび検索配列の間の最も良い重複の領域の整列および配列同一性パーセントを提供する（Ｐｅａｒｓｏｎ（２０００）上記）。配列はまた、１２のギャップオープンペナルティおよび２のギャップ伸長ペナルティ、６２のＢＬＯＳＵＭマトリックスを有するアフィンギャップ検索を使用するＳｍｉｔｈ－Ｗａｔｅｒｍａｎ相同性検索アルゴリズムを使用して比較され得る。本発明の配列を、異なる生物由来の多数の配列を含むデータベースと比較する場合の別の好ましいアルゴリズムは、既定パラメータを使用するコンピュータプログラムＢＬＡＳＴ、特にＢＬＡＳＴＰまたはＴＢＬＡＳＴＮである。例えば、その各々が参照により本明細書に組み込まれる、Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．（１９９０）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３－４１０および（１９９７）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５：３３８９－３４０２を参照されたい。
「患者由来のＴＣＲ」は、ＮＹ－ＥＳＯ－１関連癌を有する対象において腫瘍のインビボ退縮を媒介したＴリンパ球から単離されたＮＹ－ＥＳＯ－１反応性ＴＣＲのアルファおよびベータ鎖を単離することによって産生されるＴＣＲである。例示的な患者由来のＮＹ－ＥＳＯ－１ ＴＣＲは、１Ｇ４と称される（例えば、内容全体が参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第８，１４３，３７６号を参照されたい）。
「患者由来のＮＹ－ＥＳＯ－１特異的ＴＣＲよりも強いか、または等しいシグナル対ノイズ比率を有するＴ細胞応答を活性化する」という用語は、例えば、実施例２に記載されるような発光バイオアッセイによって測定される場合、増加、すなわち、約２倍以上、増幅、すなわち、約２倍、増大、すなわち、約２倍、または生理学的活性のブースト、すなわち、約２倍、すなわち、Ｔ細胞シグナル伝達を指すように意味される。より大きなＴ細胞応答、またはより強いＴ細胞応答もしくは活性化シグナルへの参照は、互換的に使用され得る。Ｔ細胞応答またはＴ細胞活性化の様々な測定およびアッセイは、当業者に周知である。
「治療有効量」という語句は、それが投与される所望の効果を生み出す量を意味する。正確な量は、治療の目的に依存し、既知の技法を使用して当業者によって確認可能であろう（例えば、Ｌｌｏｙｄ（１９９９）Ｔｈｅ Ａｒｔ，Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｃｏｍｐｏｕｎｄｉｎｇを参照されたい）。「有効量」という用語は、薬学的有効量または治療有効量などの文脈を包含するように意図される。例えば、ある特定の実施形態では、有効量は、有益な状態、有益なアウトカム、スクリーニングアッセイにおける機能的活性、または臨床状態の改善を達成することができる。
本明細書で使用される場合、「対象」という用語は、ＮＹ－ＥＳＯ－１関連癌（例えば、ＮＹ－ＥＳＯ－１陽性癌）などのＮＹ－ＥＳＯ－１関連疾患もしくは障害の改善、予防、および／または治療を必要とする動物、好ましくは、哺乳動物を指す。用語は、ＮＹ－ＥＳＯ－１関連癌などのＮＹ－ＥＳＯ－１関連疾患もしくは障害を有するか、または有するリスクがあるヒト対象を含む。
本発明で使用される場合、「抗癌薬」は、限定されないが、細胞毒素、ならびに代謝拮抗剤、アルキル化剤、アントラサイクリン、抗生物質、有糸分裂阻害剤、プロカルバジン、ヒドロキシ尿素、アスパラギナーゼ、コルチコステロイド、シクロホスファミド、ミトタン（ｍｙｔｏｔａｎｅ）（Ｏ，Ｐ’－（ＤＤＤ））、生物製剤（例えば、抗体およびインターフェロン）、および放射性薬剤などの薬剤を含む、癌を治療または改善または阻害するために有用な任意の薬剤を意味する。本発明で使用される場合、「細胞毒素または細胞傷害性剤」はまた、化学療法剤を指し、細胞に有害である任意の薬剤を意味する。例は、タキソール（登録商標）（パクリタキセル）、テモゾラミド（ｔｅｍｏｚｏｌａｍｉｄｅ）、サイトカラシンＢ、グラミシジンＤ、臭化エチジウム、エメチン、シスプラチン、マイトマイシン、エトポシド、テノポシド（ｔｅｎｏｐｏｓｉｄｅ）、ビンクリスチン、ビンビアスチン、コイチシン、ドキソルビシン、ダウノルビシン、ジヒドロキシアントラシンジオン、ミトキサントロン、ミトラマイシン、アクチノマイシンＤ、１－デヒドロテストステロン、グルココルチコイド、プロカイン、テトラカイン、リドカイン、プロプラノロール、およびピューロマイシン、ならびにそれらの類似体または相同体を含む。
「予防する」、「予防すること」、「予防」、「予防的治療」などの用語は、障害もしくは状態を有しないが、発症するリスクがあるか、または発症しやすい対象における障害または状態を発症する確率を低減することを指すように意味される。予防などは、対象が特定の疾患または障害になることを予防することを意味しない。予防は、複数回投与を必要とし得る。予防は、全ての疾患症状が排除された対象における疾患の再発の予防、または再発寛解疾患における再発の予防を含むことができる。
ＩＩ．ＮＹ－ＥＳＯ－１ Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）およびＮＹ－ＥＳＯ－１ ＴＣＲを含む組成物
Ｔ細胞は、他の免疫細胞型（多形核球、好酸球、好塩基球、肥満細胞、Ｂ細胞、ＮＫ細胞）と共に、免疫系の細胞構成要素を構成する細胞のサブグループである。生理学的条件下で、Ｔ細胞は、免疫監視および外来抗原の排除において機能する。しかしながら、病理学的条件下では、Ｔ細胞は疾患の因果関係および増殖において主要な役割を果たすという説得力のある証拠が存在する。これらの障害では、中央または末梢のいずれかのＴ細胞免疫学的寛容の破綻は、自己免疫疾患の因果関係における基本的なプロセスである。
Ｔ細胞は、主要組織適合性複合体（ＭＨＣ、マウス中）またはヒト白血球抗原（ＨＬＡ、ヒト中）複合体に関連する抗原提示細胞の表面上の小さな抗原決定基上のエピトープに結合する。Ｔ細胞は、Ｔ細胞の表面上のＴ細胞受容体（ＴＣＲ）複合体を通じてこれらのエピトープに結合する。Ｔ細胞受容体は、α（アルファ）およびβ（ベータ）鎖、またはγ（ガンマ）およびδ（デルタ）鎖の２つの型の鎖から構成されるヘテロ二量体構造である。α鎖は、δ座位全体も包含するα座位内（ヒトまたはマウス１４番染色体上）に位置する核酸配列によってコードされ、β鎖は、β座位内（マウス６番染色体またはヒト７番染色体上）に位置する核酸配列によってコードされる。Ｔ細胞の大部分はαβ ＴＣＲを有し、一方で、Ｔ細胞の少数はγδ ＴＣＲを有する。
Ｔ細胞受容体αおよびβポリペプチド（ならびに同様にγおよびδポリペプチド）は、ジスルフィド結合を介して互いに連結する。ＴＣＲを構成する２つのポリペプチドの各々は、定常および可変領域、膜貫通ドメイン、ならびに細胞質尾部を含む細胞外ドメインを含む（膜貫通ドメインおよび細胞質尾部はまた、定常領域の一部である）。ＴＣＲの可変領域は、その抗原特異性を決定し、免疫グロブリンと同様に、３つの相補的決定領域（ＣＤＲ）を含む。ＴＣＲは、体内のほとんどのＴ細胞上に発現され、ＭＨＣ制限抗原の認識に関与することが知られている。ＴＣＲ α鎖は共有結合的に連結したＶαおよびＣα領域を含むが、β鎖はＣβ領域に共有結合的に連結したＶβ領域を含む。ＶαおよびＶβ領域は、主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）（またはヒトにおけるＨＬＡ）の文脈において抗原に結合できるポケットまたはクレフトを形成する。ＴＣＲは、精巧な特異性を有する検出分子であり、抗体と同様に、莫大な多様性を呈する。
ペプチド：主要組織適合性複合体への結合を含む、ＴＣＲ分子の一般構造ならびに作製および使用する方法が開示されている。例えば、ＰＣＴ／ＵＳ９８／０４２７４、ＰＣＴ／ＵＳ９８／２０２６３、ＷＯ９９／６０１２０を参照されたい。
非ヒト動物（例えば、げっ歯類、例えば、マウスまたはラット）は、内容全体が参照により本明細書に組み込まれる、例えば、ＰＣＴ公開第ＷＯ２０１６／１６４４９２号に記載されるように、少なくとも１つのヒトＴＣＲ可変領域遺伝子セグメントによってコードされた可変ドメインを含むヒトまたはヒト化Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）を発現するように遺伝学的に操作され得る。例えば、腫瘍および／またはウイルス抗原に対する完全ヒト治療用ＴＣＲの産生を可能にする遺伝学的に修飾されたマウスであるＶｅｌｏｃｉＴ（登録商標）マウス技術（Ｒｅｇｅｎｅｒｏｎ）は、本発明のＴＣＲを産生するために使用され得る。当業者は、標準的な変異誘発技法を通じて、本明細書に記載されるアッセイと併せて、改変されたＴＣＲ配列を得、それらを特定の結合親和性および／または特異性について試験することができる。当該技術分野で既知の有用な変異誘発技法は、限定なく、デノボ遺伝子合成、オリゴヌクレオチド指向性変異誘発、領域特異的変異誘発、リンカースキャニング変異誘発、およびＰＣＲによる部位指向性変異誘発を含む（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．（１９８９）およびＡｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．（１９９９）を参照されたい）。
簡潔に述べると、いくつかの実施形態では、ＮＹ－ＥＳＯ－１（１５７－１６５）ペプチドに対してＴＣＲを生成するための方法は、ＮＹ－ＥＳＯ－１（１５７－１６５）ペプチドで、そのゲノムにおいて再編成されていないヒトＴＣＲ可変遺伝子座位を含む遺伝学的に操作された非ヒト動物などの、非ヒト動物（例えば、げっ歯類、例えば、マウスまたはラット）を免疫化することと、動物がペプチドに対する免疫応答を開始することを可能にすることと、ペプチドに反応性のＴ細胞を動物から単離することと、Ｔ細胞によって発現されたヒトＴＣＲ可変領域の核酸配列を決定することと、ヒトＴＣＲ可変領域がヒトＴＣＲ定常領域に作動可能に連結されるように、ヒトＴＣＲ定常領域の核酸配列を含むヌクレオチド構築物にヒトＴＣＲ可変領域をクローニングすることと、ＮＹ－ＥＳＯ－１（１５７－１６５）ペプチドに特異的なヒトＴ細胞受容体を構築物から発現させることと、を含み得る。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞を単離するステップ、Ｔ細胞によって発現されたヒトＴＣＲ可変領域の核酸配列を決定するステップ、ヒトＴＣＲ定常領域の核酸配列を含むヌクレオチド構築物にヒトＴＣＲ可変領域をクローニングするステップ、およびヒトＴ細胞受容体を発現させるステップは、当業者に既知の標準的な技法を使用して実行される。
いくつかの実施形態では、目的の抗原に特異的なＴ細胞受容体をコードするヌクレオチド配列は、細胞中で発現される。いくつかの実施形態では、ＴＣＲを発現する細胞は、ＣＨＯ、ＣＯＳ、２９３、ＨｅＬａ、ＰＥＲＣ．６（商標）細胞などから選択される。
バリアントＴＣＲコード配列を得る際に、当業者は、ＴＣＲ由来タンパク質が、生物学的活性の喪失または低減なく、ある特定のアミノ酸置換、付加、欠失、および翻訳後修飾によって修飾され得ることを認識するであろう。特に、保存的アミノ酸置換、すなわち、１つのアミノ酸の、類似のサイズ、電荷、極性、および立体配座の別のアミノ酸への置換が、タンパク質機能を著しく改変しそうにないことは、周知である。タンパク質の構成成分である２０の標準アミノ酸は、以下のように、保存的アミノ酸の４つの群に広く分類され得る：非極性（疎水性）基は、アラニン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、プロリン、トリプトファン、およびバリンを含み、極性（無荷電、中性）基は、アスパラギン、システイン、グルタミン、グリシン、セリン、トレオニン、およびチロシンを含み、正荷電（塩基性）基は、アルギニン、ヒスチジン、およびリジンを含み、負荷電（酸性）基は、アスパラギン酸およびグルタミン酸を含む。１つのアミノ酸のタンパク質における、同じ群内の別のものへの置換は、タンパク質の生物学的活性に悪影響を及ぼしそうにない。
いくつかの実施形態では、本開示のＴＣＲは、表６のＣＤＲ配列（例えば、Ｖα ＣＤＲ３またはＶβ ＣＤＲ３などのＣＤＲ３配列）と比較して、１つ以上の置換を有するＣＤＲ配列（例えば、Ｖα ＣＤＲ３またはＶβ ＣＤＲ３などのＣＤＲ３配列）を含むことができる。例えば、本開示のＴＣＲは、表６のＣＤＲ配列と比較して、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれ以上の置換を有するＣＤＲ配列を含むことができる。一般に、本発明のＴＣＲは、ＨＬＡ－Ａ２提示ＮＹ－ＥＳＯ－１（１５７－１６５）ペプチドに結合することによって機能する。本明細書で使用される場合、ＨＬＡ提示ペプチド（ＨＬＡ－Ａ２提示ペプチド）は、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）タンパク質、例えば、細胞の表面上に発現されたＨＬＡタンパク質に結合するペプチドを指すことができる。したがって、ＨＬＡ提示ペプチドに結合するＴＣＲは、ＨＬＡによって結合するペプチドに結合し、任意選択で、ＨＬＡ自体にも結合する。ＨＬＡとの相互作用は、特定のＨＬＡによって提示されたペプチドへの結合に対する特異性を付与できる。いくつかの実施形態では、ＴＣＲは、単離されたＨＬＡ提示ペプチドに結合する。いくつかの実施形態では、ＴＣＲは、細胞の表面上のＨＬＡ提示ペプチドに結合する。
一般に、本発明のＴＣＲは、ＨＬＡ－Ａ２提示ＮＹ－ＥＳＯ－１（１５７－１６５）ペプチドに結合することによって機能できる。
本発明は、高い特異性を有するＨＬＡ－Ａ２の文脈において、ＮＹ－ＥＳＯ－１（１５７－１６５）ペプチドに結合するＮＹ－ＥＳＯ－１ ＴＣＲを含む。いくつかの実施形態では、ＮＹ－ＥＳＯ－１ ＴＣＲはＨＬＡ－Ａ２の不在下でＮＹ－ＥＳＯ－１（１５７－１６５）ペプチドに結合しないか、またはかかる結合は最小限である。さらに、いくつかの実施形態では、ＮＹ－ＥＳＯ－１ ＴＣＲはＨＬＡ－Ａ２の文脈においてオフターゲットペプチドに結合しないか、またはかかる結合は最小限である。本明細書で使用される場合、オフターゲットペプチドは、１、２、３、４、５、またはそれ以上のアミノ酸が標的ペプチドと異なるペプチドを指すことができる。いくつかの実施形態では、結合特異性は、ａ）オンターゲット結合を測定すること（例えば、ＨＬＡ－Ａ２提示ＮＹ－ＥＳＯ－１（１５７－１６５）ペプチドへの結合）、ｂ）オフターゲット結合を測定すること、およびｃ）例えば、比率を計算することによって、２つの間の差を定量化することによって決定され得る。この比率は、例えば、ａ）およびｂ）において得られた値を除することによって計算され得る。オンターゲットおよびオフターゲット結合の測定は、例えば、ペプチド／ＨＬＡ四量体試薬（例えば、ＮＹ－ＥＳＯ－１／ＨＬＡ四量体試薬もしくはＭＡＧＥ－Ｈ１ ９０－９８／ＨＬＡ四量体試薬）への結合％を測定することによって、または当該技術分野で既知の他の技法によって達成され得る。いくつかの実施形態では、本開示のＴＣＲのオンターゲット結合／オフターゲット結合値（例えば、上記のａ）およびｂ）において得られた値を除することによって得られた値）は、５超、６超、７超、８超、９超、１０超、１１超、１２超、１３超、１４超、１５超、１６超、１７超、１８超、１９超、２０超、２１超、２２超、２３超、２４超、２５超、２６超、２７超、２８超、２９超、３０超、３５超、４０超、４５超、５０超、５５超、６０超、６５超、７０超、７５超、８０超、８５超、９０超、９５超、１００超、１１０超、１２０超、１３０超、１４０超、１５０超、１６０超、１７０超、１８０超、１９０超、２００超、２２５超、２５０超、２７５超、３００超、３２５超、３５０超、３７５超、４００超、４２５超、４５０超、４７５超、５００超、５５０超、６００超、６５０超、７００超、７５０超、８００超、８５０超、９００超、９５０超、１０００超、１１００超、１２００超、１３００超、１４００超、１５００超、１６００超、１７００超、１８００超、１９００超、または２０００超であり得る。いくつかの実施形態では、オンターゲット結合／オフターゲット結合値（例えば、上記のａ）およびｂ）において得られた値を除することによって得られた値）は、約５～約２０、約１０～約３０、約２０～約８０、約３０～約７０、約４０～約６０、約５０～約２５０、約１００～約２００、約１００～約１０００、約３００～約７００、約５００～約１５００、約８００～約１２００、約９００～約１１００、約８００～約１５００、約１０００～約１４００、または約１１００～約１３００であり得る。
いくつかの実施形態では、本発明は、ＨＬＡ－Ａ２提示ヒトＮＹ－ＥＳＯ－１（１５７－１６５）ペプチドの立体配座エピトープに特異的に結合する組換え抗原結合タンパク質（例えば、単離された抗原結合タンパク質）を提供し、抗原結合タンパク質は、（ａ）２５℃での表面プラズモン共鳴アッセイにおいて測定されるように、約２０ｎＭ未満の結合解離平衡定数（ＫＤ）を有する単量体ＨＬＡ－Ａ２：ＮＹ－ＥＳＯ－１（１５７－１６５）ペプチドに結合すること；（ｂ）２５℃での表面プラズモン共鳴アッセイにおいて測定されるように、約２５ｎＭ未満の結合解離平衡定数（ＫＤ）を有する単量体ＨＬＡ－Ａ２：ＮＹ－ＥＳＯ－１（１５７－１６５）ペプチドに結合すること；（ｃ）約６ｎＭ未満のＥＣ５０でＨＬＡ－Ａ２：ＮＹ－ＥＳＯ－１（１５７－１６５）ペプチド発現細胞に結合し、予測されたオフターゲットペプチドを発現する細胞に特異的に結合しないが、発光アッセイによって決定されるように、配列番号１１１のアミノ酸配列を含むＨＬＡ－Ａ２提示ＮＹ－ＥＳＯ－１ペプチドには結合しないこと；（ｄ）約１ｎＭ未満のＥＣ５０でＨＬＡ－Ａ２：ＮＹ－ＥＳＯ－１（１５７－１６５）ペプチド発現細胞に結合し、発光アッセイによって決定されるように、予測されたオフターゲットペプチドを発現する細胞に実質的に結合しないこと；（ｅ）フローサイトメトリーアッセイによって決定された場合、約３０ｎＭ未満のＥＣ５０でＨＬＡ－Ａ２：ＮＹ－ＥＳＯ－１（１５７－１６５）ペプチド発現細胞に結合すること；（ｆ）フローサイトメトリーアッセイによって決定された場合、約７５ｎＭ未満のＥＣ５０でＨＬＡ－Ａ２：ＮＹ－ＥＳＯ－１（１５７－１６５）ペプチド発現細胞に結合すること；および（ｇ）立体配座エピトープが配列番号１１１の１つ以上のアミノ酸を含むことからなる群から選択される特性を有する。
いくつかの実施形態では、本開示のＮＹ－ＥＳＯ－１ ＴＣＲは、インビトロアッセイによって測定される場合、ＮＹ－ＥＳＯ－１（１５７－１６５）に対する特異的活性または親和性を有する。例えば、ＨＬＡを発現する細胞（Ｔ２細胞など）は、ＮＹ－ＥＳＯ－１（１５７－１６５）ポリペプチド、またはオフターゲットポリペプチドでパルス化され得、それによってＨＬＡに結合したポリペプチドを提示するように細胞を誘導する。代替的には、または対照としてオフターゲットポリペプチドを使用することに加えて、オフターゲットＨＬＡ（目的のＴＣＲによって認識されるＨＬＡ以外のＨＬＡ）が、使用され得る。例えば、オフターゲットＨＬＡは、ＮＹ－ＥＳＯ－１ペプチドを提示して、ＨＬＡ－Ａ２提示ＮＹ－ＥＳＯ－１ １ペプチドへの結合の特異性について試験するために使用され得る。加えて、対照は、ＮＹ－ＥＳＯ－１または標的ＨＬＡ（例えば、ＨＬＡ－Ａ２）のいずれも発現しない細胞株であり得る。細胞は、目的のＴＣＲを発現するＴ細胞集団と共培養され、活性は、細胞によって産生されたサイトカイン（インターフェロンガンマなど）の量の関数として測定され得る。ある特定の実施形態では、アッセイは、１：１のエフェクター細胞：標的細胞比率（１×１０５のエフェクター細胞／９６ウェル）で１０－１０Ｍのペプチド負荷Ｔ２細胞を有するＴＣＲ発現Ｔ細胞集団のインビトロ共培養、および共培養の２４時間後のインターフェロンガンマ測定（例えば、Ｍｅｓｏ Ｓｃａｌｅ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ（ＭＳＤ（登録商標））Ｓｅｃｔｏｒ Ｉｍａｇｅｒによる）を含むことができる。ある特定の実施形態では、アッセイは、５：１のエフェクター細胞：標的細胞比率（２．５×１０５のエフェクター細胞：５×１０４の標的細胞）でのＴＣＲ発現Ｔ細胞集団およびエフェクター細胞のインビトロ共培養、ならびに共培養の２４時間後のインターフェロンガンマ測定（例えば、Ｍｅｓｏ Ｓｃａｌｅ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ（ＭＳＤ（登録商標））Ｓｅｃｔｏｒ Ｉｍａｇｅｒによる）を含むことができる。
検出されたサイトカインの増加量は、活性の指標として役立つことができる。対照（オフターゲット）ポリペプチドと比較した目的のＴＣＲの活性もしくは特異性、またはオフターゲットのＨＬＡ結合標的ペプチドと比較したそのオンターゲットのＨＬＡ結合標的ペプチドに対する目的のＴＣＲの活性もしくは特異性は、２倍以上、３倍以上、４倍以上、５倍以上、６倍以上、７倍以上、８倍以上、９倍以上、１０倍以上、１５倍以上、２０倍以上、３０倍以上、４０倍以上、５０倍以上、１００倍以上、２００倍以上、３００倍以上、４００倍以上、５００倍以上、６００倍以上、７００倍以上、８００倍以上、９００倍以上、１，０００倍以上、１，５００倍以上、２，０００倍以上、２，５００倍以上、３，０００倍以上、４，０００倍以上、５，０００倍以上、１０，０００倍以上、２０，０００倍以上、３０，０００倍以上、４０，０００倍以上、５０，０００倍以上、６０，０００倍以上、７０，０００倍以上、８０，０００倍以上、９０，０００倍以上、または１００，０００倍以上であり得る。
ある特定の実施形態では、本発明のＮＹ－ＥＳＯ－１ ＴＣＲは、腫瘍の増殖を阻害するか、またはそれを必要とする対象に予防的に投与される際に癌の進行を遅延させるのに有用であり、対象の生存を増加させ得る。例えば、本発明のＮＹ－ＥＳＯ－１ ＴＣＲの投与は、原発性腫瘍の縮小をもたらし得、転移または二次腫瘍の発症を予防し得る。ある特定の実施形態では、本発明のＮＹ－ＥＳＯ－１ ＴＣＲは、それを必要とする対象に治療的に投与される際に腫瘍の増殖を阻害するのに有用であり、対象の生存を増加させ得る。例えば、本発明のＮＹ－ＥＳＯ－１ ＴＣＲの治療有効量の対象への投与は、対象における確立された腫瘍の縮小および消失をもたらし得る。
いくつかの実施形態では、本発明は、ＨＬＡ－Ａ２提示ＮＹ－ＥＳＯ－１（１５７－１６５）ペプチドに特異的に結合する単離されたＴＣＲを提供し、抗原結合タンパク質は、以下の特徴のうちの１つ以上を呈する：（ｉ）相補的決定領域（ＣＤＲ）１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むアルファ鎖可変ドメインを含むことであって、ＣＤＲ３領域が、式Ｉ（配列番号１１８）のアミノ酸配列、
Ｃｙｓ－Ｎ１－Ｎ２－Ｎ３－Ｎ４－Ｎ５－Ｎ６－Ｎ７－Ｎ８－Ｎ９－Ｎ１０－Ｎ１１－Ｎ１２－Ｎ１３－Ｎ１４－Ｎ１５－Ｐｈｅ（式Ｉ）を含み、式中、
Ｎ１が、非極性アミノ酸であり、
Ｎ２が、Ｌｅｕ、Ｔｙｒ、Ｖａｌ、またはＡｌａであり、
Ｎ３が、Ａｒｇ、Ａｓｎ、Ｔｈｒ、またはＳｅｒであり、
Ｎ４が、Ｐｒｏ、Ｓｅｒ、Ｇｌｕ、ｌｌｅ、Ｇｌｙ、Ｍｅｔ、Ｌｙｓ、またはＴｈｒであり、
Ｎ５が、存在するか、または存在しない場合があるが、Ｌｙｓであり、
Ｎ６が、Ａｓｐ、Ａｌａ、Ｇｌｙ、Ｌｅｕ、もしくはＡｓｎに存在するか、または存在しない場合があり、
Ｎ７が、Ｓｅｒ、Ａｓｎ、Ａｌａ、Ｔｙｒ、またはＴｈｒであり、
Ｎ８が、存在するか、または存在しない場合があるが、ＳｅｒまたはＧｌｙであり、
Ｎ９が、存在するか、または存在しない場合があるが、Ｇｌｙであり、
Ｎ１０が、存在するか、または存在しない場合があるが、ＧｌｙまたはＳｅｒであり、
Ｎ１１が、存在するか、または存在しない場合があるが、Ｔｒｐ、Ｇｌｙ、Ｓｅｒ、Ｇｌｎ、Ａｌａ、またはＰｒｏであり、
Ｎ１２が、Ｇｌｙ、Ｔｙｒ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ、またはＳｅｒであり、
Ｎ１３が、Ｌｙｓ、Ａｌａ、Ａｓｐ、ｌｌｅ、またはＡｓｎであり、
Ｎ１４が、非極性アミノ酸であり、
Ｎ１５が、Ｇｌｎ、Ａｓｎ、Ａｒｇ、Ｔｈｒ、Ｖａｌ、ｌｌｅ、またはＳｅｒであり、任意選択で、Ｎ１が、Ａｌａもしくはｌｌｅであり、かつ／またはＮ１４が、Ｐｈｅ、Ｌｅｕ、Ｍｅｔ、もしくはＰｒｏである、含むこと；（ｉｉ）ベータ鎖可変ドメインを含むベータ鎖可変ドメインを含み、相補的決定領域（ＣＤＲ）１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むことであって、ＣＤＲ３領域が、式ＩＩ（配列番号１１９）のアミノ酸配列、
Ｃｙｓ－Ｎ１－Ｎ２－Ｎ３－Ｎ４－Ｎ５－Ｎ６－Ｎ７－Ｎ８－Ｎ９－Ｎ１０－Ｎ１１－Ｎ１２－Ｎ１３－Ｎ１４－Ｐｈｅ（式ＩＩ）を含み、式中、
Ｎ１およびＮ２が、各々独立して、ＡｌａまたはＳｅｒであり、
Ｎ３が、Ｓｅｒ、Ｍｅｔ、またはＬｙｓであり、
Ｎ４が、Ｔｙｒ、Ｔｒｐ、Ｈｉｓ、Ｌｅｕ、Ｔｈｒ、ＧｌｕまたはＧｌｎであり、
Ｎ５が、Ｓｅｒ、Ａｌａ、Ｔｈｒ、Ｇｌｙ、Ｖａｌ、またはＡｒｇであり、
Ｎ６が、存在するか、または存在しない場合があるが、Ｇｌｙ、Ｈｉｓ、Ａｓｐ、Ｔｈｒ、Ｐｒｏ、Ｍｅｔ、またはＳｅｒであり、
Ｎ７が、存在するか、または存在しない場合があるが、Ｇｌｙ、Ｔｙｒ、Ａｓｎ、またはＰｒｏであり、
Ｎ８が、存在するか、または存在しない場合があるが、Ｙであり、
Ｎ９が、存在するか、または存在しない場合があるが、Ｎであり、
Ｎ１０が、存在するか、または存在しない場合があるが、極性アミノ酸であり、
Ｎ１１が、Ｐｒｏ、Ｇｌｕ、Ｇｌｙ、またはＡｓｐであり、
Ｎ１２が、存在するか、または存在しない場合があるが、Ｇｌｕであり、
Ｎ１３が、Ｌｅｕ、Ａｌａ、Ｇｌｎ、またはＴｙｒであり、
Ｎ１４が、Ｈｉｓ、Ｐｈｅ、またはＴｈｒであり、任意選択で、Ｎ１０が、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ｇｌｎ、またはＴｙｒである、含むこと；（ｉｉｉ）表１に定められたＣＤＲ１アミノ酸配列のうちのいずれか１つを含むアルファ鎖可変ドメインのＣＤＲ１、または少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％もしくは少なくとも９９％の配列同一性を有するその実質的に類似の配列、および表１に定められたＣＤＲ２アミノ酸配列のうちのいずれか１つを独立して含むアルファ鎖可変ドメインのＣＤＲ２、または少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％もしくは少なくとも９９％の配列同一性を有するその実質的に類似の配列を含むこと；（ｉｖ）表１に定められたＣＤＲ１アミノ酸配列のうちのいずれか１つを含むベータ鎖可変ドメインのＣＤＲ１、または少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％もしくは少なくとも９９％の配列同一性を有するその実質的に類似の配列、および表１に定められたＣＤＲ２アミノ酸配列のうちのいずれか１つを独立して含むベータ鎖可変ドメインのＣＤＲ２、または少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％もしくは少なくとも９９％の配列同一性を有するその実質的に類似の配列を含むこと；（ｖ）表３に列挙されたアルファ鎖可変ドメイン配列のうちのいずれか１つに含まれるアルファ鎖可変ドメインＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３、または少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％もしくは少なくとも９９％の配列同一性を有するその実質的に類似の配列、ならびに表３に列挙されたベータ鎖可変ドメイン配列のうちのいずれか１つに含まれるベータ鎖可変ドメインＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３、または少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％もしくは少なくとも９９％の配列同一性を有するその実質的に類似の配列を含むこと；（ｖｉ）表３に列挙されたアルファ鎖可変ドメインアミノ酸配列のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのアミノ酸配列全体に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくは約１００％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を有するアルファ鎖可変ドメインを含むこと；（ｖｉｉ）表３に列挙されたベータ鎖可変ドメインアミノ酸配列のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのアミノ酸配列全体に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくは約１００％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を有するベータ鎖可変ドメインを含むこと；（ｖｉｉｉ）（ａ）表３に列挙されたアルファ鎖可変ドメインアミノ酸配列のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのアミノ酸配列全体に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくは約１００％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を有するアルファ鎖可変ドメイン、および（ｂ）表３に列挙されたベータ鎖可変ドメインアミノ酸配列のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのアミノ酸配列全体に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくは約１００％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を有するベータ鎖可変ドメインを含むこと；（ｉｘ）（ａ）配列番号４、１４、２４、３４、４４、５４、６４、７４、８４、９４、および１０４からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するアルファ鎖可変ドメインＣＤＲ１ドメイン、または少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、もしくは１００％の配列同一性を有するその実質的に類似の配列、（ｂ）配列番号５、１５、２５、３５、４５、５５、６５、７５、８５、９５、および１０５からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するアルファ鎖可変ドメインＣＤＲ２ドメイン、または少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、もしくは１００％の配列同一性を有するその実質的に類似の配列、（ｃ）配列番号６、１６、２６、３６、４６、５６、６６、７６、８６、９６、および１０６からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するアルファ鎖可変ドメインＣＤＲ３ドメイン、または少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、もしくは１００％の配列同一性を有するその実質的に類似の配列、（ｄ）配列番号１、１１、２１、３１、４１、５１、６１、７１、８１、９１、および１０１からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するベータ鎖可変ドメインＣＤＲ１、または少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、もしくは１００％の配列同一性を有するその実質的に類似の配列、（ｅ）配列番号２、１２、２２、３２、４２、５２、６２、７２、８２、９２、および１０２からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するベータ鎖可変ドメインＣＤＲ２、または少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、もしくは１００％の配列同一性を有するその実質的に類似の配列、ならびに（ｆ）配列番号３、１３、２３、３３、４３、５４、６３、７３、８３、９３、および１０３からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するベータ鎖可変ドメインＣＤＲ３、または少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、もしくは１００％の配列同一性を有するその実質的に類似の配列を含むこと；（ｘ）配列番号９／７、１９／１７、２９／２７、３９／３７、４９／４７、５９、５７、６９／６７、７９／７７、８９／８７、９９／９７、および１０９／１０７からなる群から選択されるアルファ鎖可変ドメイン／ベータ鎖可変ドメインアミノ酸配列対、または少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、もしくは１００％の配列同一性を有するその実質的に類似の配列を含むこと；（ｘｉ）発光アッセイによって決定されるように、予測されたオフターゲットペプチドを発現するが、配列番号１１１のアミノ酸配列を含むＨＬＡ－Ａ２提示ＮＹ－ＥＳＯ－１ペプチドを発現しない細胞に特異的に結合しないこと；かつ／あるいは（ｘｉｉ）患者由来のＮＹ－ＥＳＯ－１特異的ＴＣＲよりも約２倍大きなＴ細胞応答を活性化すること、例えば、ＴＣＲ媒介性Ｔ細胞シグナル伝達発光バイオアッセイによって決定されるように、患者由来のＮＹ－ＥＳＯ－１特異的ＴＣＲよりも約２倍大きな、または約３倍大きな、または約４倍大きなＴ細胞応答を活性化すること。
本発明のＴＣＲは、前述の生物学的特徴のうちの１つ以上、またはそれらの任意の組み合わせを有し得る。本発明の抗原結合タンパク質の他の生物学的特徴は、本明細書において機能する実施例を含む本開示の概説から当業者に明らかとなるであろう。
ある特定の実施形態では、本明細書に記載のＮＹ－ＥＳＯ－１ ＴＣＲをコードするポリヌクレオチドは、ベクターに挿入される。本明細書で使用される場合、「ベクター」という用語は、タンパク質をコードするポリヌクレオチドがそのタンパク質の発現および／またはポリヌクレオチドのクローニングをもたらすように共有結合で挿入され得るビヒクルを指す。かかるベクターはまた、「発現ベクター」と称され得る。単離されたポリヌクレオチドは、当該技術分野で既知の任意の好適な方法を使用してベクターに挿入され得、例えば、限定なく、ベクターは、適切な制限酵素を使用して消化され得、次いで、一致する制限末端を有する単離されたポリヌクレオチドとライゲーションされ得る。発現ベクターは、細胞中で転写することができる遺伝子産物の少なくとも一部をコードする異種または修飾された核酸配列を組み込み、かつ発現する能力を有する。ほとんどの場合では、ＲＮＡ分子は、次いで、タンパク質に翻訳される。発現ベクターは、特定の宿主生物における作動可能に連結されたコード配列の転写および場合によっては翻訳に必要な核酸配列を指す、多様な制御配列を含むことができる。転写および翻訳を支配する制御配列に加えて、ベクターおよび発現ベクターは、同様に他の機能を果たす核酸配列を含み得、以下に考察される。発現ベクターは、追加の要素を含み得、例えば、発現ベクターは、２つの複製系を有し得、したがって、２つの生物、例えば、発現のためのヒト細胞、ならびにクローニングおよび増幅のための原核宿主において、それが維持されることを可能にする。
発現ベクターは、そのそれぞれの宿主細胞における効率的な遺伝子転写および翻訳のために、ＣＭＶ、ＰＧＫおよびＥＦ１αプロモーターなどのプロモーター配列、リボソーム認識および結合ＴＡＴＡボックス、ならびに３’ ＵＴＲ ＡＡＵＡＡＡ転写終止配列などの必要な５’上流ならびに３’下流調節性要素を有し得る。他の好適なプロモーターは、サルウイルス４０（ＳＶ４０）初期プロモーター、マウス乳房腫瘍ウイルス（ＭＭＴＶ）、ＨＩＶ ＬＴＲプロモーター、ＭｏＭｕＬＶプロモーター、トリ白血病ウイルスプロモーター、ＥＢＶ最初期プロモーター、およびラウス肉腫ウイルスプロモーターの構成的プロモーターを含む。限定されないが、アクチンプロモーター、ミオシンプロモーター、ヘモグロビンプロモーター、およびクレアチンキナーゼプロモーターを含むヒト遺伝子プロモーターもまた、使用され得る。ある特定の実施形態では、誘導性プロモーターはまた、キメラ抗原受容体を発現するベクターの一部として企図される。これは、目的のポリヌクレオチド配列の発現をオンにするか、または発現をオフにすることができる分子スイッチを提供する。誘導性プロモーターの例は、メタロチオニン（ｍｅｔａｌｌｏｔｈｉｏｎｉｎｅ）プロモーター、グルココルチコイドプロモーター、プロゲステロンプロモーター、またはテトラサイクリンプロモーターを含むが、これらに限定されない。
発現ベクターは、発現されたＴＣＲに組み込まれる６ｘ－ヒスチジン（配列番号１６５）、ｃ－Ｍｙｃ、およびＦＬＡＧタグなどの追加の配列を有し得る。したがって、発現ベクターは、発現ベクター上に担持される目的の核酸（複数可）の効率的な転写を促進もしくは増強することができるエンハンサー配列、プロモーター領域、および／またはターミネーター配列として機能できる５’ならびに３’非翻訳調節性配列を含むように操作され得る。発現ベクターはまた、特定の細胞型、細胞位置、または組織型における複製および／または発現機能性（例えば、転写および翻訳）のために操作され得る。発現ベクターは、宿主またはレシピエント細胞中のベクターの維持のための選択可能なマーカーを含み得る。
ベクターの例は、プラスミド、自律複製配列、および転移性要素である。追加の例示的なベクターは、限定なく、プラスミド、ファージミド、コスミド、酵母人工染色体（ＹＡＣ）、細菌人工染色体（ＢＡＣ）、またはＰ１由来人工染色体（ＰＡＣ）などの人工染色体、ラムダファージまたはＭ１３ファージなどのバクテリオファージ、および動物ウイルスを含む。ベクターとして有用な動物ウイルスのカテゴリの例は、限定なく、レトロウイルス（レンチウイルスを含む）、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、ヘルペスウイルス（例えば、単純ヘルペスウイルス）、ポックスウイルス、バキュロウイルス、パピローマウイルス、およびパポバウイルス（例えば、ＳＶ４０）を含む。発現ベクターの例は、哺乳動物細胞における発現のためのＬｅｎｔｉ－Ｘ（商標）Ｂｉｃｉｓｔｒｏｎｉｃ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ｓｙｓｔｅｍ（Ｎｅｏ）ベクター（Ｃｌｏｎｔｒｃｈ）、ｐＣｌｎｅｏベクター（Ｐｒｏｍｅｇａ）、ｐＬｅｎｔｉ４／Ｖ５－ＤＥＳＴ．（商標）．、哺乳類細胞におけるレンチウイルス媒介性遺伝子導入および発現のためのｐＬｅｎｔｉ６／Ｖ５－ＤＥＳＴ．ＴＭ．、およびｐＬｅｎｔｉ６．２Ｎ５－ＧＷ／ｌａｃＺ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）である。本明細書に開示されるＴＣＲのコード配列は、哺乳動物細胞におけるキメラタンパク質の発現のために、かかる発現ベクターにライゲーションされ得る。
ある特定の実施形態では、本発明のＴＣＲをコードする核酸は、ウイルスベクターに提供される。ウイルスベクターは、レトロウイルス、レンチウイルス、または泡沫状ウイルスに由来するものであり得る。本明細書中で使用される場合、「ウイルスベクター」という用語は、ウイルス起源の少なくとも１つの要素を含み、ウイルスベクター粒子中にパッケージ化される能力を有する、核酸ベクター構築物を指す。ウイルスベクターは、非必須ウイルス遺伝子の代わりに、本明細書に記載される様々なタンパク質に対するコード配列を含むことができる。ベクターおよび／または粒子は、インビトロまたはインビボのいずれかで、ＤＮＡ、ＲＮＡまたは他の核酸を細胞に移動させる目的で利用され得る。ウイルスベクターの多くの形態が、当該技術分野で既知である。
ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるＴＣＲに対するコード配列を含むウイルスベクターは、レトロウイルスベクターまたはレンチウイルスベクターである。「レトロウイルスベクター」という用語は、主にレトロウイルスに由来する構造的および機能的遺伝子要素を含むベクターを指す。「レンチウイルスベクター」という用語は、主にレンチウイルスに由来するＬＴＲの外側に構造的および機能的遺伝子要素を含むベクターを指す。
本明細書での使用のためのレトロウイルスベクターは、任意の既知のレトロウイルス（例えば、Ｍｏｌｏｎｅｙマウス肉腫ウイルス（ＭｏＭＳＶ）、Ｈａｒｖｅｙマウス肉腫ウイルス（ＨａＭｕＳＶ）、マウス乳房腫瘍ウイルス（ＭｕＭＴＶ）、テナガザル白血病ウイルス（ＧａＬＶ）、ネコ白血病ウイルス（ＦＬＶ）、スプーマウイルス、Ｆｒｉｅｎｄ、マウス幹細胞ウイルス（ＭＳＣＶ）およびラウス肉腫ウイルス（ＲＳＶ）などのＣ型レトロウイルス）に由来し得る。本発明のレトロウイルスはまた、ヒトＴ細胞白血病ウイルス、ＨＴＬＶ－１およびＨＴＬＶ－２、ならびにヒト免疫不全ウイルス、ＨＩＶ－１、ＨＩＶ－２、サル免疫不全ウイルス（ＳＩＶ）、ネコ免疫不全ウイルス（ＦＩＶ）、ウマ免疫不全ウイルス（ＥＩＶ）などのレトロウイルスのレンチウイルスファミリー、ならびにレトロウイルスの他のクラスを含む。
本明細書における使用するためのレンチウイルスベクターは、徐々に発症する疾患を引き起こすレトロウイルスの群（または属）であるレンチウイルスに由来するベクターを指す。この群に含まれるウイルスは、ＨＩＶ（ヒト免疫不全ウイルス、ＨＩＶ １型およびＨＩＶ ２型を含む）、ビスナ－マエディ、ヤギ関節炎脳炎ウイルス、ウマ感染性貧血ウイルス、ネコ免疫不全ウイルス（ＦＩＶ）、ウシ免疫不全ウイルス（ＢＩＶ）、およびサル免疫不全ウイルス（ＳＩＶ）を含む。組換えレンチウイルスの調製は、Ｄｕｌｌ ｅｔ ａｌ．およびＺｕｆｆｅｒｅｙ ｅｔ ａｌ．に従う方法を使用して達成され得る（Ｄｕｌｌ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．，１９９８；７２：８４６３－８４７１およびＺｕｆｆｅｒｅｙ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．１９９８；７２：９８７３－９８８０）。
本発明における使用のためのレトロウイルスベクター（すなわち、レンチウイルスおよび非レンチウイルスの両方）は、本明細書に記載される順序および配向において所望のＤＮＡ配列を組み合わせることによる、標準的クローニング技術を使用して形成され得る（Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ａｕｓｕｂｅｌ，Ｆ．Ｍ．ｅｔ ａｌ．（ｅｄｓ．）Ｇｒｅｅｎｅ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ａｓｓｏｃｉａｔｅｓ，（１９８９），Ｓｅｃｔｉｏｎｓ ９．１０－９．１４および他の標準的実験室マニュアル；Ｅｇｌｉｔｉｓ，ｅｔ ａｌ．（１９８５）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２３０：１３９５－１３９８；Ｄａｎｏｓ ａｎｄ Ｍｕｌｌｉｇａｎ（１９８８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８５：６４６０－６４６４；Ｗｉｌｓｏｎ ｅｔ ａｌ．（１９８８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８５：３０１４－３０１８；Ａｒｍｅｎｔａｎｏ ｅｔ ａｌ．（１９９０）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８７：６１４１－６１４５；Ｈｕｂｅｒ ｅｔ ａｌ．（１９９１）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８８：８０３９－８０４３；Ｆｅｒｒｙ ｅｔ ａｌ．（１９９１）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８８：８３７７－８３８１；Ｃｈｏｗｄｈｕｒｙ ｅｔ ａｌ．（１９９１）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５４：１８０２－１８０５；ｖａｎ Ｂｅｕｓｅｃｈｅｍ ｅｔ ａｌ．（１９９２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８９：７６４０－７６４４；Ｋａｙ ｅｔ ａｌ．（１９９２）Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ ３：６４１－６４７；Ｄａｉ ｅｔ ａｌ．（１９９２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８９：１０８９２－１０８９５；Ｈｗｕ ｅｔ ａｌ．（１９９３）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ １５０：４１０４－４１１５；米国特許第４，８６８，１１６号；米国特許第４，９８０，２８６号；ＰＣＴ出願第ＷＯ８９／０７１３６号；ＰＣＴ出願第ＷＯ８９／０２４６８号；ＰＣＴ出願第ＷＯ８９／０５３４５号；およびＰＣＴ出願第ＷＯ９２／０７５７３号）。
ベクターの形成における使用のためのレトロウイルス（すなわち、レンチウイルスおよび非レンチウイルスの両方）配列を得るための好適な供給源は、例えば、Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＡＴＣＣ）、Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ、Ｍｄを含む市販の供給源から入手可能なゲノムＲＮＡおよびｃＤＮＡを含む。配列はまた、化学的に合成され得る。
ＮＹ－ＥＳＯ－１ ＴＣＲの発現のために、ベクターは、宿主細胞内でポリペプチドの発現を可能にするように宿主細胞に導入され得る。発現ベクターは、限定なく、プロモーター配列、転写開始配列、エンハンサー配列、選択可能なマーカー、およびシグナル配列を含む、発現を制御するための多様な要素を含み得る。これらの要素は、上記のように、当業者によって適切に選択され得る。例えば、プロモーター配列は、ベクターにおけるポリヌクレオチドの転写を促進するように選択され得る。好適なプロモーター配列は、限定なく、Ｔ７プロモーター、Ｔ３プロモーター、ＳＰ６プロモーター、ベータ－アクチンプロモーター、ＥＦ１ａプロモーター、ＣＭＶプロモーター、およびＳＶ４０プロモーターを含む。エンハンサー配列は、ポリヌクレオチドの転写を増強するために選択され得る。選択可能なマーカーは、例えば、選択可能なマーカーが抗生物質抵抗性を付与する遺伝子であり得るものでないものから、ベクターと共に挿入された宿主細胞の選択を可能にするように選択され得る。シグナル配列は、発現されたポリペプチドが宿主細胞の外側に輸送されることを可能にするように選択され得る。
ポリヌクレオチドのクローニングのために、ベクターは、ベクター自体の複製を可能にするように宿主細胞（単離された宿主細胞）に導入され得、それによってそれに含まれるポリヌクレオチドのコピーを増幅する。クローニングベクターは、配列構成要素を含み得、一般に、限定なく、複製起点、プロモーター配列、転写開始配列、エンハンサー配列、および選択可能なマーカーを含む。これらの要素は、当業者によって適切に選択され得る。例えば、複製起点は、宿主細胞中のベクターの自律複製を促進するように選択され得る。
ある特定の実施形態では、本開示は、本明細書に提供されるベクターを含む単離された宿主細胞を提供する。ベクターを含む宿主細胞は、ベクターに含まれるポリヌクレオチドの発現またはクローニングに有用であり得る。好適な宿主細胞は、限定なく、原核細胞、真菌細胞、酵母細胞、または哺乳動物細胞などの高等真核細胞を含むことができる。この目的のための好適な原核細胞は、限定なく、グラム陰性またはグラム陽性生物、例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ、例えば、Ｅ．ｃｏｌｉなどのＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｅｒｗｉｎｉａ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ、Ｐｒｏｔｅｕｓ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ、例えば、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ、Ｓｅｒｒａｔｉａ、例えば、Ｓｅｒｒａｔｉａ ｍａｒｃｅｓｃａｎｓ、ならびにＳｈｉｇｅｌｌａ、同様にＢ．ｓｕｂｔｉｌｉｓおよびＢ．ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓなどのＢａｃｉｌｌｉ、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａなどのＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、ならびにＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓなどの真正細菌を含む。
本発明のＴＣＲは、当該技術分野で既知のトランスフェクションおよび／または形質導入技法を使用して宿主細胞中に導入される。本明細書で使用される場合、「トランスフェクション」、および「形質導入」という用語は、外因性核酸配列が宿主細胞に導入されるプロセスを指す。核酸は、宿主細胞ＤＮＡに組み込まれ得るか、または染色体外で維持され得る。核酸は一過性に維持され得るか、または、安定的導入であり得る。トランスフェクションは、限定されないが、リン酸カルシウム－ＤＮＡ共沈殿、ＤＥＡＥ－デキストラン媒介性トランスフェクション、ポリブレン媒介性トランスフェクション、エレクトロポレーション、マイクロインジェクション、リポソーム融合、リポフェクション、プロトプラスト融合、レトロウイルス感染、およびバイオリスティックを含む、当該技術分野で既知の多様な手段によって達成され得る。形質導入は、トランスフェクションによるよりもむしろ、ウイルス感染の手段によってウイルスまたはレトロウイルスベクターを使用する遺伝子（複数可）の送達を指す。ある特定の実施形態では、レトロウイルスベクターは、細胞との接触前にベクターをビリオンにパッケージ化することによって形質導入される。例えば、レトロウイルスベクターによって担持される本発明のＮＹ－ＥＳＯ－１ ＴＣＲをコードする核酸は、感染およびプロウイルス組み込みを通じて細胞中に形質導入され得る。
本明細書で使用される場合、「遺伝学的に操作された」または「遺伝学的に修飾された」という用語は、細胞中の総遺伝子材料中へのＤＮＡまたはＲＮＡの形態における余分な遺伝子材料の添加を指す。「遺伝学的に修飾された細胞」、「修飾された細胞」、および「リダイレクトされた細胞」という用語は、互換的に使用される。
特に、本発明のＴＣＲは、目的の標的抗原、例えば、ＨＬＡ－Ａ２ディスプレイＮＹ－ＥＳＯ－１ペプチド、例えば、アミノ酸残基１５７－１６５にそれらの特異性をリダイレクトするように、免疫エフェクター細胞において導入および発現される。
本発明は、本明細書に記載されるようなＴＣＲを発現する免疫エフェクター細胞を作製するための方法を提供する。いくつかの実施形態では、方法は、免疫エフェクター細胞、例えば、ＮＹ－ＥＳＯ－１関連疾患または障害を有する対象などの対象から単離された免疫エフェクター細胞を、免疫エフェクター細胞が本明細書に記載されるような１つ以上のＴＣＲを発現するように、トランスフェクトまたは形質導入することを含む。ある特定の実施形態では、免疫エフェクター細胞は、個体から単離され、インビトロでさらなる操作なく遺伝学的に修飾される。次いで、かかる細胞は、個体に直接再投与され得る。さらなる実施形態では、免疫エフェクター細胞は、ＴＣＲを発現するように遺伝学的に修飾される前に、最初に活性化し、インビトロで増殖するように刺激される。この点において、免疫エフェクター細胞は、遺伝学的に修飾される（すなわち、本明細書に記載されるようなＴＣＲを発現するように形質導入またはトランスフェクトされる）前または後に培養され得る。
本明細書に記載される免疫エフェクター細胞のインビトロ操作または遺伝学的修飾の前に、細胞の供給源が、対象から得られ得る。特に、本明細書に記載されるようなＴＣＲと共に使用するための免疫エフェクター細胞は、Ｔ細胞を含む。
Ｔ細胞は、末梢血単核細胞、骨髄、リンパ節組織、臍帯血、胸腺問題、感染部位からの組織、腹水、胸水、脾臓組織、および腫瘍を含む、いくつかの供給源から得られ得る。ある特定の実施形態では、Ｔ細胞は、ＦＩＣＯＬＬ分離などの、当業者に既知の任意の数の技法を使用して、対象から回収された血液の単位から得られ得る。いくつかの実施形態では、個体の循環血液からの細胞は、アフェレーシスによって得られる。アフェレーシス産物は、典型的には、Ｔ細胞、単球、顆粒球、Ｂ細胞、他の有核白血球、赤血球、および血小板を含むリンパ球を含有する。いくつかの実施形態では、アフェレーシスによって回収された細胞は、血漿画分を除去するために、かつ後続の処理のために細胞を適切な緩衝液または培地に配置するために洗浄され得る。本発明のいくつかの実施形態では、細胞は、ＰＢＳで洗浄される。代替的な実施形態では、洗浄液は、カルシウムを欠き、マグネシウムを欠く場合があるか、または全てでないが、多くの二価カチオンを欠く場合がある。当業者によって認識されるように、洗浄ステップは、半自動フロースルー遠心分離器を使用することによるなどの、当業者に既知の方法によって達成され得る。洗浄後、細胞は、多様な生体適合性緩衝液、または緩衝液の有無にかかわらず他の生理食塩水溶液に再懸濁され得る。ある特定の実施形態では、アフェレーシス試料の望ましくない構成要素は、細胞中で除去され培養培地に直接再懸濁し得る。
ある特定の実施形態では、Ｔ細胞は、赤血球を溶解し、単球を枯渇させることによって、例えば、ＰＥＲＣＯＬＬ（商標）勾配を通じた遠心分離によって、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）から単離される。ＣＤ２８＋、ＣＤ４＋、ＣＤ８＋、ＣＤ４５ＲＡ＋、およびＣＤ４５ＲＯ＋ Ｔ細胞などのＴ細胞の特定の亜集団は、正または負の選択技法によってさらに単離され得る。例えば、負の選択によるＴ細胞集団の富化は、負に選択された細胞に固有の表面マーカーを指向する抗体の組み合わせを用いて達成され得る。本明細書での使用のための１つの方法は、負に選択された細胞上に存在する細胞表面マーカーを指向するモノクローナル抗体のカクテルを使用する負の磁気免疫付着（ｉｍｍｕｎｏａｄｈｅｒｅｎｃｅ）もしくはフローサイトメトリーを介した細胞選別および／または選択である。例えば、負の選択によってＣＤ４＋細胞を富化するために、モノクローナル抗体カクテルは、典型的には、ＣＤ１４、ＣＤ２０、ＣＤ１１ｂ、ＣＤ１６、ＨＬＡ－ＤＲ、およびＣＤ８に対する抗体を含む。フローサイトメトリーおよび細胞選別はまた、本発明における使用のために目的の細胞集団を単離するために使用され得る。
ＰＢＭＣは、本明細書に記載されるような方法を使用して、ＴＣＲでの遺伝学的修飾のために直接使用され得る。ある特定の実施形態では、ＰＢＭＣの単離後、Ｔリンパ球はさらに単離され、ある特定の実施形態では、細胞傷害性ならびにヘルパーＴリンパ球の両方は、遺伝学的修飾および／もしくは増殖の前または後のいずれかで、ナイーブ、メモリ、ならびにエフェクターＴ細胞亜集団に選別され得る。
Ｔ細胞などの免疫エフェクター細胞は既知の方法を使用する単離後に遺伝学的に修飾され得るか、または免疫エフェクター細胞は遺伝学的に修飾される前に、インビトロで活性化し増殖する（または前駆体の場合には分化する）ことができる。別の実施形態において、Ｔ細胞などの免疫エフェクター細胞は、本明細書に記載されるキメラ抗原受容体で遺伝学的に修飾され（例えば、ＴＣＲをコードする核酸を含むウイルスベクターで形質導入され）、次いで、インビトロで活性化し増殖する。Ｔ細胞を活性化および増殖させるための方法は、当該技術分野で既知であり、例えば、米国特許第６，９０５，８７４号、米国特許第６，８６７，０４１号、米国特許第６，７９７，５１４号、ＷＯ２０１２０７９０００、ＵＳ２０１６／０１７５３５８に記載されている。
本発明は、ＮＹ－ＥＳＯ－１関連疾患または障害、例えば、癌の治療のための修飾された免疫エフェクター細胞の集団を提供し、修飾された免疫エフェクター細胞は、本明細書に開示されるようなＮＹ－ＥＳＯ－１ ＴＣＲを含む。
本明細書に記載されるように調製されたＴＣＲ発現免疫エフェクター細胞は、既知の技法に従う養子免疫療法のための方法および組成物、または本開示に基づいて当業者には明らかであろうそれらの変形形態において利用され得る。例えば、Ｇｒｕｅｎｂｅｒｇ ｅｔ ａｌ．に対する米国特許出願公開第２００３／０１７０２３８号を参照され、Ｒｏｓｅｎｂｅｒｇに対する米国特許第４，６９０，９１５号もまた参照されたい。
ＩＩＩ．薬学的組成物
本発明は、本発明のＮＹ－ＥＳＯ－１ ＴＣＲを含む治療用組成物、または本発明のＮＹ－ＥＳＯ－１ ＴＣＲを含む免疫エフェクター細胞を提供する。本開示に従う治療用組成物は、好適な担体、賦形剤、および製剤に組み込まれる他の薬剤と共に投与されて、改善された移動、送達、耐性などを提供する。多くの適切な製剤は、製薬化学者全員に既知の処方集、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏｍｐａｎｙ，Ｅａｓｔｏｎ，ＰＡにおいて見いだされ得る。これらの製剤は、例えば、粉末、ペースト、軟膏、ゼリー、ワックス、油、脂質、ベシクル（ＬＩＰＯＦＥＣＴＩＮ（商標）など）を含有する脂質（カチオン性またはアニオン性）、ＤＮＡコンジュゲート、無水吸収ペースト、水中油および油中水エマルション、エマルションカーボワックス（様々な分子量のポリエチレングリコール）、半固体ゲル、ならびにカーボワックスを含有する半固体混合物を含む。Ｐｏｗｅｌｌ ｅｔ ａｌ．“Ｃｏｍｐｅｎｄｉｕｍ ｏｆ ｅｘｃｉｐｉｅｎｔｓ ｆｏｒ ｐａｒｅｎｔｅｒａｌ ｆｏｒｍｕｌａｔｉｏｎｓ”ＰＤＡ（１９９８）Ｊ Ｐｈａｒｍ Ｓｃｉ Ｔｅｃｈｎｏｌ ５２：２３８－３１１も参照されたい。
状態の重症度に応じて、治療の頻度および期間が調整され得る。
ある特定の実施形態では、初期用量の後に、初期用量のものとほぼ同じか、またはそれ未満であり得る量で、本発明のＮＹ－ＥＳＯ－１ ＴＣＲ、もしくは本発明のＮＹ－ＥＳＯ－１ ＴＣＲを含む免疫エフェクター細胞の第２または複数の後続用量の投与が続く場合がある。
ある特定の状況において、薬学的組成物は、徐放系において送達され得る。いくつかの実施形態では、ポンプが使用され得る。
注射可能な調製物は、静脈内、皮下、皮内、頭蓋内、腹腔内、および筋肉内注射、点滴注入などのための剤形を含み得る。これらの注射可能な調製物は、公的に既知の方法によって調製され得る。例えば、注射可能な調製物は、例えば、注射のために従来通り使用される滅菌水性媒体または油性媒体中に上記の抗原結合タンパク質もしくはその塩を溶解、懸濁または乳化させることによって調製され得る。注射のための水性媒体としては、例えば、生理食塩水、グルコースを含有する等張液、および他の補助剤などがあり、これらは、アルコール（例えば、エタノール）、ポリアルコール（例えば、プロピレングリコール、ポリエチレングリコール）、非イオン性界面活性剤［例えば、ポリソルベート８０、ＨＣＯ－５０（水素化ヒマシ油のポリオキシエチレン（５０ｍｏｌ）付加物）］などの適切な可溶化剤と組み合わせて使用され得る。油性媒体として、例えば、ゴマ油、ダイズ油などが用いられ、ベンジルベンゾエート、ベンジルアルコールなどの可溶化剤と組み合わせて使用され得る。このように調製された注射は、好ましくは適切なアンプルに充填される。
いくつかの実施形態では、ＴＣＲ発現免疫エフェクター細胞は、それらの培養培地から最初に採取し、次いで、治療有効量で投与に適した培地および容器系（「薬学的に許容される」担体）において細胞を洗浄および濃縮することによって製剤化される。好適な注入培地は、任意の等張培地製剤、典型的には、通常の生理食塩水、Ｎｏｒｍｏｓｏｌ Ｒ（Ａｂｂｏｔｔ）またはＰｌａｓｍａ－Ｌｙｔｅ Ａ（Ｂａｘｔｅｒ）であり得るが、水または乳酸リンゲル液中の５％のデキストロースもまた、利用され得る。注入培地は、ヒト血清アルブミンで補充され得る。
組成物中の細胞の治療有効量は、典型的には、１０２超の細胞であり、最大１０６最大であり、かつ１０８または１０９の細胞を含み、１０１０超の細胞であり得る。細胞の数は、組成物が意図される最終的な使用に依存し、その中に含まれる細胞の型も同様であろう。
細胞は、療法を受ける患者に対して相同または異種であり得る。所望される場合、治療はまた、免疫応答の誘導を増強するために本明細書に記載されるようなマイトジェン（例えば、ＰＨＡ）またはリンホカイン、サイトカイン、および／もしくはケモカイン（例えば、ＩＦＮ－γ、ＩＬ－２、ＩＬ－１２、ＴＮＦ－α、ＩＬ－１８、およびＴＮＦ－β、ＧＭ－ＣＳＦ、ＩＬ－４、ＩＬ－１３、Ｆｌｔ３－Ｌ、ＲＡＮＴＥＳ、ＭＩＰ１αなど）の投与を含み得る。
本発明のＴＣＲ発現免疫エフェクター細胞集団は、単独で、あるいは希釈剤および／またはＩＬ－２もしくは他のサイトカインもしくは細胞集団などの他の構成要素と組み合わせた薬学的組成物としてのいずれかで投与され得る。簡潔には、本発明の薬学的組成物は、本明細書に記載されるようなＴ細胞などのＴＣＲ発現免疫エフェクター細胞集団を、１つ以上の薬学的または生理学的に許容される担体、希釈剤または賦形剤と組み合わせて含み得る。かかる組成物は、中性緩衝生理食塩水、リン酸緩衝生理食塩水などの緩衝液；グルコース、マンノース、スクロースまたはデキストラン、マンニトールなどの炭水化物；タンパク質；グリシンなどのポリペプチドまたはアミノ酸；酸化防止剤；ＥＤＴＡまたはグルタチオンなどのキレート剤；アジュバント（例えば、水酸化アルミニウム）；および防腐剤を含み得る。本発明の組成物は、好ましくは、静脈内投与のために製剤化される。
ＩＶ．ＮＹ－ＥＳＯ－１ ＴＣＲまたはＮＹ－ＥＳＯ－１ ＴＣＲを含む免疫エフェクター細胞の治療的使用
本明細書に記載される方法、または当該技術分野で既知の他の方法を使用して本明細書に記載されるＴＣＲ発現Ｔ細胞を投与することによって対象において誘導された抗腫瘍免疫応答は、感染した細胞、調節性Ｔ細胞、およびヘルパーＴ細胞応答を殺滅させることができる細胞傷害性Ｔ細胞によって媒介される細胞免疫応答を含み得る。主にＢ細胞を活性化し、したがって抗体産生をもたらすヘルパーＴ細胞によって媒介される体液性免疫応答もまた、誘導され得る。多様な技法が、当該技術分野で十分に記載される本発明の組成物によって誘導される免疫応答の型を分析するために使用され得、例えば、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，Ｅｄｉｔｅｄ ｂｙ：Ｊｏｈｎ Ｅ．Ｃｏｌｉｇａｎ，Ａｄａ Ｍ．Ｋｒｕｉｓｂｅｅｋ，Ｄａｖｉｄ Ｈ．Ｍａｒｇｕｌｉｅｓ，Ｅｔｈａｎ Ｍ．Ｓｈｅｖａｃｈ，Ｗａｒｒｅｎ Ｓｔｒｏｂｅｒ（２００１）Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，ＮＹ，Ｎ．Ｙ．を参照されたい。
したがって、本発明のＮＹ－ＥＳＯ－１ ＴＣＲは、とりわけ、ＮＹ－ＥＳＯ－１に関連するか、もしくはＮＹ－ＥＳＯ－１によって媒介される任意の疾患または障害の治療、予防、および／あるいは改善に有用である。例えば、本発明は、ＮＹ－ＥＳＯ－１ ＴＣＲ（またはＮＹ－ＥＳＯ－１ ＴＣＲを含む薬学的組成物もしくはＮＹ－ＥＳＯ－１ ＴＣＲを含む複数の細胞）を、かかる治療を必要とする患者に投与することによって、ＮＹ－ＥＳＯ－１関連癌（例えば、ＮＹ－ＥＳＯ－１陽性癌）などのＮＹ－ＥＳＯ－１関連疾患または障害を治療するための方法（腫瘍増殖阻害）、およびＮＹ－ＥＳＯ－１関連癌の治療における使用のためのＮＹ－ＥＳＯ－１ ＴＣＲ（またはＮＹ－ＥＳＯ－１ ＴＣＲを含む薬学的組成物）を提供する。本発明の抗原結合タンパク質は、ＮＹ－ＥＳＯ－１関連癌などの疾患もしくは障害もしくは状態の治療、予防、および／または改善に、かつ／あるいはかかる疾患、障害または状態に関連する少なくとも１つの症状を改善することに有用である。本明細書に記載される治療の方法の文脈では、ＮＹ－ＥＳＯ－１ ＴＣＲ（または薬学的組成物もしくは複数の細胞）は、単剤療法として（すなわち、唯一の治療剤として）、または１つ以上の追加の治療剤（その例は本明細書の他の場所に記載される）と組み合わせて投与され得る。
したがって、本発明は、本明細書に記載されるようなＴＣＲ発現免疫エフェクター細胞の治療有効量を個体に投与することを含む、ＮＹ－ＥＳＯ－１関連疾患もしくは障害、例えば、ＮＹ－ＥＳＯ－１関連癌と診断された、またはそれを有する疑いがある、またはそれを発症するリスクがある個体を治療する方法を提供する。
いくつかの実施形態では、本発明は、ＮＹ－ＥＳＯ－１陽性癌と診断される対象から免疫エフェクター細胞を除去することと、本発明のＴＣＲをコードする核酸を含むベクターで該免疫エフェクター細胞を遺伝学的に修飾することと、それによって修飾された免疫エフェクター細胞の集団を産生することと、同じ対象に修飾された免疫エフェクター細胞集団を投与することと、を含む、ＮＹ－ＥＳＯ－１陽性癌と診断された対象を治療する方法を提供する。いくつかの実施形態では、免疫エフェクター細胞は、Ｔ細胞を含む。
本明細書に記載される細胞組成物を投与する方法は、対象において本発明のＴＣＲを直接発現するか、または免疫エフェクター細胞の遺伝学的に修飾された前駆体の再導入時に、対象への導入時にＴＣＲを発現する成熟免疫エフェクター細胞に分化するいずれかのエクスビボ遺伝学的に修飾された免疫エフェクター細胞の再導入をもたらすのに効果的である任意の方法を含む。１つの方法は、本発明に従う核酸構築物を用いて末梢血Ｔ細胞をエクスビボで形質導入し、形質導入細胞を対象に戻すことを含む。
本発明のいくつかの実施形態では、本明細書に記載される組成物は、限定されないが、ＮＹ－ＥＳＯ－１関連癌を含む原発性または再発性癌に罹患している対象の治療に有用であり、例えば、ＮＹ－ＥＳＯ－１関連癌は、脂肪肉腫、神経芽細胞腫、骨髄腫、転移性黒色腫、滑膜肉腫、膀胱癌、食道癌、肝細胞癌、頭頸部癌、非小細胞肺癌、卵巣癌、前立腺癌、乳癌、星状細胞腫瘍、多形性膠芽腫、退形成性星細胞腫、脳腫瘍、卵管癌、卵巣上皮癌、原発性腹腔癌、進行性固形腫瘍、軟組織肉腫、黒色腫、肉腫、骨髄異形成症候群、急性骨髄性白血病、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、ホジキン疾患、多発性骨髄腫、滑膜肉腫、転移性固形腫瘍、食道癌、横紋筋肉腫、進行性粘液性、円形細胞脂肪肉腫、転移性黒色腫、または再発性非小細胞肺癌である。いくつかの実施形態では、ＮＹ－ＥＳＯ－１関連癌は、脂肪肉腫、神経芽細胞腫、骨髄腫、転移性黒色腫、滑膜肉腫、膀胱癌、食道癌、肝細胞癌、頭頸部癌、非小細胞肺癌、卵巣癌、前立腺癌、または乳癌である。
ＴＣＲは、ＮＹ－ＥＳＯ－１関連癌の早期または後期症状を治療するために使用され得る。いくつかの実施形態では、本発明のＴＣＲは、進行性または転移性癌を治療するために使用され得る。ＴＣＲは、腫瘍増殖を低減または阻害または縮小に有用である。ある特定の実施形態では、本発明のａａ ＴＣＲでの治療は、対象における腫瘍の４０％超の退縮、５０％超の退縮、６０％超の退縮、７０％超の退縮、８０％超の退縮、または９０％超の退縮をもたらす。ある特定の実施形態では、ＴＣＲは、腫瘍の再発を予防するために使用され得る。ある特定の実施形態では、ＴＣＲは、ＮＹ－ＥＳＯ－１関連癌を有する対象における無増悪生存または全生存を延長するのに有用である。いくつかの実施形態では、ＴＣＲは、ＮＹ－ＥＳＯ－１関連癌に罹患している患者における長期生存を維持する一方で、化学療法または放射線療法による傷害性を低減するのに有用である。
本発明の１つ以上のＴＣＲは、疾患もしくは障害の症状または状態のうちの１つ以上の重症度を緩和あるいは予防あるいは減少するために投与され得る。
ＮＹ－ＥＳＯ－１関連癌などのＮＹ－ＥＳＯ－１関連疾患または障害などの疾患または障害を発症するリスクがある患者に、予防的に本発明の１つ以上のＴＣＲを使用することもまた、本明細書で企図される。
本発明のさらなる実施形態では、本ＴＣＲは、ＮＹ－ＥＳＯ－１関連癌などのＮＹ－ＥＳＯ－１関連疾患または障害に罹患している患者を治療するための薬学的組成物の調製のために使用される。本発明の別の実施形態では、本ＴＣＲは、任意の他の薬剤を用いた補助療法、またはＮＹ－ＥＳＯ－１関連癌を治療するのに有用な当業者に既知の任意の他の療法として使用される。
併用療法は、本発明のＴＣＲを含む免疫エフェクター細胞などの本発明のＮＹ－ＥＳＯ－１ ＴＣＲ、または本発明の薬学的組成物、および本発明のＴＣＲと有利に組み合わされ得る任意の追加の治療剤を含み得る。本発明のＴＣＲは、ＮＹ－ＥＳＯ－１陽性癌、例えば、脂肪肉腫、神経芽細胞腫、骨髄腫、転移性黒色腫、滑膜肉腫、膀胱癌、食道癌、肝細胞癌、頭頸部癌、非小細胞肺癌、卵巣癌、前立腺癌、乳癌、星状細胞腫瘍、多形性膠芽腫、退形成性星細胞腫、脳腫瘍、卵管癌、卵巣上皮癌、原発性腹腔癌、進行性固形腫瘍、軟組織肉腫、黒色腫、肉腫、骨髄異形成症候群、急性骨髄性白血病、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、ホジキン疾患、多発性骨髄腫、滑膜肉腫、転移性固形腫瘍、食道癌、横紋筋肉腫、進行性粘液性、円形細胞脂肪肉腫、転移性黒色腫、もしくは再発性非小細胞肺癌などのＮＹ－ＥＳＯ－１関連疾患もしくは障害を治療または阻害するために使用される１つ以上の抗癌薬または療法と相乗的に組み合わされ得る。
腫瘍増殖を阻害し、かつ／もしくは癌患者の生存を増強するための免疫刺激および／または免疫支持療法と組み合わせて本発明のＴＣＲを使用することが、本明細書で企図される。免疫刺激療法は、抑制された免疫細胞上で「ブレーキを解放する」か、または免疫応答を活性化するために「アクセルを踏む」かのいずれかによって免疫細胞活性を増大するための直接的な免疫刺激療法を含む。例は、他のチェックポイント受容体、ワクチン接種およびアジュバントを標的とすることを含む。免疫支持モダリティは、免疫原性細胞死、炎症を促進することによって腫瘍の抗原性を増加させ得るか、または抗腫瘍免疫応答を促進する他の間接的効果を有し得る。例は、放射線、化学療法、抗血管新生剤、および手術を含む。
様々な実施形態では、本発明の１つ以上のＴＣＲは、ＰＤ－１阻害剤（例えば、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、ピディリズマブ（ｐｉｄｉｌｉｚｕｍａｂ）、ＢＧＢ－Ａ３１７またはＲＥＧＮ２８１０などの抗ＰＤ－１抗体）、ＰＤ－Ｌ１阻害剤（例えば、アベルマブ、アテゾリズマブ、デュルバルマブ、ＭＤＸ－１１０５、またはＲＥＧＮ３５０４などの抗ＰＤ－Ｌ１抗体）、ＣＴＬＡ－４阻害剤（例えば、イピリムマブ）、ＴＩＭ３阻害剤、ＢＴＬＡ阻害剤、ＴＩＧＩＴ阻害剤、ＣＤ４７阻害剤、ＧＩＴＲ阻害剤、別のＴ細胞共阻害剤またはリガンドのアンタゴニスト（例えば、ＣＤ－２８、２Ｂ４、ＬＹ１０８、ＬＡＩＲ１、ＩＣＯＳ、ＣＤ１６０またはＶＩＳＴＡに対する抗体）、インドールアミン－２，３－ジオキシゲナーゼ（ＩＤＯ）阻害剤、血管内皮増殖因子（ＶＥＧＦ）アンタゴニスト［例えば、ＵＳ７，０８７，４１１に定められるようなアフリベルセプトもしくは他のＶＥＧＦ阻害融合タンパク質などの「ＶＥＧＦ－Ｔｒａｐ」、または抗ＶＥＧＦ抗体もしくはその抗原結合断片（例えば、ベバシズマブまたはラニビズマブ）もしくはＶＥＧＦ受容体の低分子キナーゼ阻害剤（例えば、スニチニブ、ソラフェニブ、またはパゾパニブ）］、Ａｎｇ２阻害剤（例えば、ネスバクマブ（ｎｅｓｖａｃｕｍａｂ））、形質転換増殖因子ベータ（ＴＧＦβ）阻害剤、上皮増殖因子受容体（ＥＧＦＲ）阻害剤（例えば、エルロチニブ、セツキシマブ）、ＣＤ２０阻害剤（例えば、リツキシマブなどの抗ＣＤ２０抗体）、腫瘍特異的抗原に対する抗体［例えば、ＣＡ９、ＣＡ１２５、メラノーマ関連抗原３（ＭＡＧＥ３）、癌胎児抗原（ＣＥＡ）、ビメンチン、腫瘍－Ｍ２－ＰＫ、前立腺特異的抗原（ＰＳＡ）、ムチン－１、ＭＡＲＴ－１、およびＣＡ１９－９］、ワクチン（例えば、Ｂａｃｉｌｌｕｓ Ｃａｌｍｅｔｔｅ－Ｇｕｅｒｉｎ、癌ワクチン）、抗原提示を増加させるためのアジュバント（例えば、顆粒球－マクロファージコロニー刺激因子）、二重特異性抗体（例えば、ＣＤ３×ＣＤ２０二重特異性抗体、またはＰＳＭＡ×ＣＤ３二重特異性抗体）、細胞毒素、化学療法剤（例えば、ダカルバジン、テモゾロミド、シクロホスファミド、ドセタキセル、ドキソルビシン、ダウノルビシン、シスプラチン、カルボプラチン、ゲムシタビン、メトトレキサート、ミトキサントロン、オキサリプラチン、パクリタキセル、およびビンクリスチン）、シクロホスファミド、放射線療法、手術、ＩＬ－６Ｒ阻害剤（例えば、サリルマブ）、ＩＬ－４Ｒ阻害剤（例えば、デュピルマブ）、ＩＬ－１０阻害剤、ＩＬ－２、ＩＬ－７、ＩＬ－２１、およびＩＬ－１５などのサイトカイン、抗体－薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）（例えば、抗ＣＤ１９－ＤＭ４ ＡＤＣ、および抗ＤＳ６－ＤＭ４ ＡＤＣ）、抗炎症薬（例えば、コルチコステロイド、および非ステロイド性抗炎症薬）、抗酸化剤などの補助食品、または癌を治療するための任意の他の療法ケアと組み合わせて使用され得る。ある特定の実施形態では、本発明のＴＣＲは、抗腫瘍応答を増大するために、樹状細胞ワクチン、腫瘍溶解性ウイルス、腫瘍細胞ワクチンなどを含む癌ワクチンと組み合わせて使用され得る。
本発明のＴＣＲと組み合わせて使用され得る癌ワクチンの例は、黒色腫および膀胱癌に対するＭＡＧＥ３ワクチン、乳癌に対するＭＵＣ１ワクチン、脳癌（多形性膠芽腫を含む）に対するＥＧＦＲｖ３（例えば、Ｒｉｎｄｏｐｅｐｉｍｕｔ）、またはＡＬＶＡＣ－ＣＥＡ（ＣＥＡ＋癌に対する）を含む。
ある特定の実施形態では、本発明のＮＹ－ＥＳＯ－１ ＴＣＲは、長期持続性の抗腫瘍応答を生成し、かつ／または癌を有する患者の生存を増強するための方法において、放射線療法と組み合わせて投与され得る。いくつかの実施形態では、本発明のＮＹ－ＥＳＯ－１ ＴＣＲは、癌患者に放射線療法を投与する前に、同時に、または後に投与され得る。例えば、放射線療法は、腫瘍病変に１つ以上の用量で投与され、その後に本発明のＮＹ－ＥＳＯ－１ ＴＣＲの１つ以上の用量の投与が続く場合がある。いくつかの実施形態では、放射線療法は、患者の腫瘍の局所免疫原性を増強し（アジュバント作用性（ａｄｊｕｖｉｎａｔｉｎｇ）放射線）、かつ／または腫瘍細胞を殺滅する（切除性放射線）ために腫瘍病変に局所投与され、その後に本発明のＮＹ－ＥＳＯ－１ ＴＣＲの全身投与が続く場合がある。
追加の治療活性剤（複数可）／構成要素（複数可）は、本発明のＮＹ－ＥＳＯ－１ ＴＣＲの投与の前に、同時に、または後に投与され得る。本開示の目的のために、かかる投与レジメンは、第２の治療活性構成要素と「組み合わせた」ＮＹ－ＥＳＯ－１ ＴＣＲの投与と見なされる。
追加の治療活性構成要素（複数可）は、本発明のＮＹ－ＥＳＯ－１ ＴＣＲの投与の前に対象に投与され得る。他の実施形態では、追加の治療活性構成要素（複数可）は、本発明のＮＹ－ＥＳＯ－１ ＴＣＲの投与後に対象に投与され得る。さらなる他の実施形態では、追加の治療活性構成要素（複数可）は、本発明のＮＹ－ＥＳＯ－１ ＴＣＲの投与と同時に対象に投与され得る。「同時」投与は、本発明の目的のために、例えば、単一剤形（例えば、同時製剤化された）において、または互いに約３０分以内に対象に投与された別個の剤形において、対象にＮＹ－ＥＳＯ－１ ＴＣＲおよび追加の治療活性構成要素を投与することを含む。別個の剤形において投与される場合、各剤形は、同じ経路を介して投与され得、代替的には、各剤形は、異なる経路を介して投与され得る。いずれにしても、単一剤形において、同じ経路による別個の剤形において、または異なる経路による別個の剤形において構成要素を投与することは、本開示の目的のために、全て「同時投与」と見なされる。本開示の目的のために、追加の治療活性構成要素の投与の「前の」、「同時の」、または「後の」（これらの用語は本明細書のうえで定義される通り）ＮＹ－ＥＳＯ－１ ＴＣＲの投与は、追加の治療活性構成要素と「組み合わせた」ＮＹ－ＥＳＯ－１ ＴＣＲの投与と見なされる）。
本発明は、以下の実施例によりさらに例示されるが、決して限定されるように意図されるものではない。本出願を通して引用された全ての参考文献、特許、および公開特許出願の内容全体、同様に図は、参照により本明細書に組み込まれる。
実施例１．ＮＹ－ＥＳＯ－１特異的Ｔ細胞受容体の単離
細胞免疫系構成要素についてヒト化したマウス、ＶｅｌｏｃｉＴ（商標）マウス（例えば、内容全体が参照により本明細書に組み込まれるＰＣＴ公開第ＷＯ２０１６／１６４４９２号を参照されたい）を、ヒトＨＬＡ－Ａ２によって特異的に提示されたＮＹ－ＥＳＯ－１（１５７－１６５）ペプチド（ＳＬＬＭＷＩＴＱＣ、配列番号１１１）で免疫化し、ＰＢＳ中で希釈し、アジュバント、例えば、完全フロイントアジュバント（ＣＦＡ、Ｃｈｏｎｄｒｅｘ，Ｉｎｃ．）と等体積で混合した。免疫化マウスから脾臓懸濁液を、得て、解離した。赤血球をＡＣＫ溶解緩衝液（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）に溶解し、脾細胞をＲＰＭＩ完全培地に懸濁した。単離された脾細胞を選別し、ＭＨＣの文脈においてＮＹ－ＥＳＯ－１（１５７－１６５）ペプチドに結合する単一のＴ細胞を蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）によって単離した。単離されたＴ細胞を、単一ウェルプレーティングし、ＴＣＲアルファおよびベータ可変領域特異的ＰＣＲプライマーと混合した。各単一のＴ細胞に対するｃＤＮＡを、逆転写酵素（ＲＴ）反応を介して合成した。次いで、各得られたＲＴ産物を、分割し、後続のＴＣＲベータおよびアルファＰＣＲのための２つの対応するウェルに移した。得られたＲＴ産物の１つのセットを、ＴＣＲベータ可変領域リーダー配列に特異的な５’変性プライマー、またはＴＣＲアルファ鎖可変領域リーダー配列に特異的な５’変性プライマー、およびＴＣＲ定常領域に特異的な３’プライマーを使用するＰＣＲによって最初に増幅して、アンプリコンを形成した。次いで、アンプリコンを、ＴＣＲベータ可変領域フレームワーク１に特異的な５’変性プライマー、またはＴＣＲアルファ鎖可変領域フレームワーク１に特異的な５’変性プライマー、およびＴＣＲ定常領域に特異的な３’プライマーを使用するＰＣＲによって再び増幅して、クローニングのためのアンプリコンを生成した。ＴＣＲベータおよびアルファ由来ＰＣＲ産物を、それぞれ、ベータ定常領域およびアルファ定常領域を含む発現ベクターにクローニングした。完全長ベータおよびアルファ鎖対を発現する発現ベクターを、ＣＨＯ細胞にクローニングし、市販のＮＹ－ＥＳＯ－１／ＨＬＡ四量体試薬（ＨＬＡ－Ａ０２：０１ ＮＹ－ＥＳＯ－１四量体、ＭＢＬ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）に対する結合特異性について試験した。
表１は、単離されたＴＣＲのアルファおよびベータ鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３アミノ酸配列の詳細なリストを提供し、表２は、対応するポリ核酸配列を提供し、表３は、単離されたＴＣＲのアルファおよびベータ鎖可変領域のアミノ酸およびヌクレオチド配列を提供する。
ＶｅｌｏｃｉＴ（商標） ＴＣＲをＣＤ８陽性ＶｅｌｏｃｉＴ（商標）マウスＴ細胞からクローニングしたが、ＴＣＲは、任意のＣＤ８の不在下でＣＨＯ細胞中で発現し、依然としてＮＹ－ＥＳＯペプチド四量体に結合することを実証した。いかなる理論にも拘束されることなく、ＶｅｌｏｃｉＴ（商標）由来のＴＣＲは、ＣＤ８、例えば、二重陰性（ＣＤ４－ＣＤ８－）Ｔ細胞の不在下でＴ細胞に結合し得る。
Figure 2022505679000001
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実施例２．Ｔ細胞受容体特異的活性を測定および評価するためのレポーターＴ細胞／ＡＰＣルシフェラーゼアッセイ
Ｔ細胞の活性化は、抗原提示細胞（ＡＰＣ）上の主要組織適合性複合体クラスＩまたはＩＩタンパク質によって提示された特定のペプチドを認識するＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を刺激することによって達成される。活性化したＴＣＲは、アクチベータータンパク質１（ＡＰ－１）、活性化したＴ細胞の核因子（ＮＦＡＴ）、または活性化したＢ細胞の核因子カッパ軽鎖エンハンサー（ＮＦκｂ）などの転写因子によって駆動されるレポーター遺伝子によって監視され得るシグナル伝達事象のカスケードを順に開始する。
バイオアッセイを、ＷＴヒトＨＬＡ－Ａ２／ＮＹ－ＥＳＯ－１（１５７－１６５）特異的ＴＣＲと、ＮＹ－ＥＳＯ－１ペプチドを提示するＨＬＡ－Ａ２＋ ＡＰＣとの間の相互作用によって誘導されるＴＣＲ媒介性Ｔ細胞シグナル伝達を測定するために開発した。独自の内因性ＴＣＲを欠くＪｕｒｋａｔクローンＪ．ＲＴ３．Ｔ３．５（ＡＴＣＣ ＃ＴＩＢ－１５３）を、ヒトＣＤ８Ａ／Ｂ遺伝子をコードするレンチウイルス、Ｃｉｇｎａｌ Ｌｅｎｔｉ ＡＰ－１ルシフェラーゼレポーター（Ｑｉａｇｅｎ－ＳＡｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、＃ＣＬＳ－０１１Ｌ）、およびＶｅｌｏｃｉＴ（商標）マウスの免疫化（ＷＯ２０１６／１６４４９２）または公開された対照物ＮＹ－ＥＳＯ－１ ＴＣＲ（１Ｇ４およびクローン１１３：Ｌｉ，Ｙ．ｅｔ ａｌ．Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ ２００５；２３：３４９－３５４）のいずれかに由来するＮＹ－ＥＳＯ－１特異的ＴＣＲによって形質導入した。
ルシフェラーゼベースのバイオアッセイでは、１０％のＦＢＳおよびペニシリン／ストレプトマイシン／グルタミンで補充されたＲＰＭＩ１６４０を、アッセイ培地として使用して、細胞懸濁液および希釈液を調製した。ＨＬＡ－Ａ２＋ ２９３Ｔ細胞の連続希釈を、丸底９６ウェルプレートにおいて行い、２倍希釈で３．０×１０５の細胞で開始した。次いで、ＡＰＣを、４０μＬで９６ウェル平底白色プレート（Ｎｕｎｃ ＃１３６１０２）に移し、１００μＭのＮＹ－ＥＳＯ－１ペプチドで２時間パルスした。レポーターＴ細胞を１．２５×１０６細胞／ｍＬの懸濁液中で調製し、ウェルあたり４０μＬ（５×１０４細胞／ウェル）を添加した。共培養物を含有するプレートを、３７℃／５％ ＣＯ２で５時間インキュベートした。次いで、ルシフェラーゼ活性をＯＮＥ－Ｇｌｏ（商標）（Ｐｒｏｍｅｇａ、＃Ｅ６１１０）試薬の添加後に検出し、相対光単位（ＲＬＵ）をＳｐｅｃｔｒａＭａｘ Ｍ５マイクロプレートリーダー上で測定した。
無関係なＶｅｌｏｃｉＴ（商標）由来ＴＣＲ＃２２９はＮＹ－ＥＳＯ－１ペプチドに対する活性を有しなかったが、４つ全てのＨＬＡ－Ａ２／ＮＹ－ＥＳＯ－１制限ＴＣＲは、ＡＰ－１ルシフェラーゼ活性によって測定されるような濃度依存的様式で標的細胞と反応した（図１）。これらのＴＣＲの特異的活性を、ＲＬＵ対非パルスＡＰＣによって除したＲＬＵ対ペプチドパルスＡＰＣの比率として定義した。これらの４つのＶｅｌｏｃｉＴ（商標）由来のＴＣＲの特異的活性は、患者由来の１Ｇ４対照物ＴＣＲ、同様にそのインビトロ成熟誘導体、１１３よりもかなり高かった。（表４）．
Figure 2022505679000011
実施例３．潜在的なオフターゲットペプチドの予測
標的９量体ペプチド－ＨＬＡ－Ａ２複合体を考慮して、関連する潜在的オフターゲットペプチドを、２つの基準に基づいて定義した：Ａ）ペプチドは、９量体であり、ＨＬＡ－Ａ２に結合するように予測され、Ｂ）ペプチドは、配列相同性に基づく標的ペプチドに類似している。したがって、ＳＬＬＭＷＩＴＱＣ（ＮＹ－ＥＳＯ－１、配列番号１１１）に関連する潜在的オフターゲットペプチドを予測するために、以下の方法論を、使用した。
第１のステップとして、カノニカルヒトタンパク質配列をＵｎｉｐｒｏｔＫＢデータベース（２０１４年９月版）（Ｍａｇｒａｅ，Ｍｉｃｈｅｌｅ，ａｎｄ ＵｎｉＰｒｏｔ Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ．Ｄａｔａｂａｓｅ ２０１１（２０１１）：ｂａｒ００９）からダウンロードし、全ての９量体を抽出した。このことにより、２０，０１４のタンパク質配列から１１，１１８，０７６のペプチドが得られた。
次に、ＨＬＡ－Ａ２を有するペプチドの結合親和性を、ＮｅｔＭＨＣｓｔａｂウェブサーバ（１．０版）を使用して計算した（Ｊｏｒｇｅｎｓｅｎ，Ｋａｓｐｅｒ Ｗ．，ｅｔ ａｌ．（２０１４）Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ １４１（１）：１８－２６）。５００ｎＭ未満の親和性値を有するペプチドをＨＬＡ－Ａ２に結合するように予測し、残りを廃棄して残る３３８，４５２のペプチドが得られた。
次に、ペプチド配列を、標的ペプチドとの配列相同性について評価した。各ペプチドについて、その類似度（ＤｏＳ）を、標的ペプチドに対して計算した。ＤｏＳ値は、２つのペプチド間の同一の位置での同一のアミノ酸の数を表す。ＤｏＳ≧５であるペプチドを、潜在的オフターゲットと見なした。このことにより、ＤｏＳ＝６である１つのオフターゲットペプチド、およびＤｏＳ＝５である２５のオフターゲットペプチドが得られた。
ＤｏＳ＝６であるペプチド、ＤｏＳ＝５であるペプチドからの３つのランダムに選択されたペプチド、および文献からの証拠に基づくペプチドは、実験的検証のために選択され、以下の表５に列挙される。
Figure 2022505679000012
Figure 2022505679000013
ＨＬＡ－Ａ２／ＮＹ－ＥＳＯ－１に対するＴＣＲの標的特異性についてアッセイするために、ＮＹ－ＥＳＯ－１（１５７－１６５）に類似する潜在的オフターゲットペプチドをＨＬＡ－Ａ２＋ ２９３Ｔ細胞上にパルスし、オフターゲット反応性もまた上の実施例２に記載されるＴ細胞レポーターアッセイにおいて測定した。無関係なペプチド、ＬＶ９－５、ムチンペプチドもまた、陰性対照としてこのアッセイに含めた。
図２Ａ～２Ｅに示されるように、患者由来の対照物１Ｇ４および２つのＶｅｌｏｃｉＴ（商標）由来のＴＣＲは、オフターゲット活性を有しなかった。対照的に、インビトロ成熟したＴＣＲ対照物クローン１１３は、ＨＬＡ－Ａ２＋ ２９３Ｔ細胞と非特異的に反応し、この親和性成熟したＴＣＲが、ＨＬＡ－Ａ２／ＮＹ－ＥＳＯ－１複合体に対する高い結合親和性を有する（２６ｐＭ、Ｚｈａｏ ｅｔ ａｌ，Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ．２００７ Ｎｏｖｅｍｂｅｒ １；１７９（９）：５８４５－５８５４によって報告された通り）一方で、ＨＬＡ－Ａ２に結合した他のペプチドによっても非特異的に活性化されたことを示している。組換えＴＣＲによるヒトＴ細胞の非特異的活性化は、ヒトにおける療法として投与される場合、毒性をもたらし得た。
実施例４．細胞傷害性活性
Ｔ細胞受容体を、上記のように、ＶｅｌｏｃｉＴプラットフォームを使用してＨＬＡ－Ａ２に負荷されたＮＹ－ＥＳＯ－１１５７－１６５ペプチド（ＳＬＬＭＷＩＴＣ（配列番号１６４））に対して生成した。細胞傷害性活性についてアッセイするために、ＴＣＲ００１を複合ＴＣＲ構造に再形成し、ＴＣＲαまたはＴＣＲβ鎖のヒト定常ドメインをマウス対応物で置換して、アッセイに対するＴＣＲ安定性を増加させた。ヒト可変ドメインは、無傷のままであった。ＴＣＲβ鎖に対して、マウスＴＲＢＣ１遺伝子を、使用した。ＶＳＶシュードタイプレンチウイルスを産生する前に、ＴＣＲを、ＥＦ１ａプロモーターを有するｐＬＶＸレンチウイルスベクター、および単一のＯＲＦにおける２Ａペプチドリンカーによって連結されたＴＣＲ鎖を使用して、バイシストロン性構築物にクローニングした（図３）。２Ａ配列の３’末端でのｍＲＮＡの翻訳中のペプチド結合スキップは、２つのタンパク質、ＴＣＲα鎖－２Ａ融合およびＴＣＲβ鎖を産生した。２Ａタンパク質配列をタンパク質分解的に除去するために、図３において黒色の四角として表されるフリン切断部位をコードする配列が、２Ａ要素に先行した。
外因性および内因性ＴＣＲ鎖の間の潜在的不対合を回避するために、内因性ＴＲＡＣおよびＴＲＢＣ１／２を、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９を使用してそれらの発現を予防するように遺伝子編集した。ＴＲＡＣ遺伝子および両方のＴＲＢＣ１／２遺伝子の第１のエクソンの５’末端付近に結合するＴｒｕｅＧｕｉｄｅ修飾合成ガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ）は、設計され、以下の表６に示される。ＳｇＲＮＡ配列のうちのいずれも、ＴＣＲ００１の配列に結合するように予測されなかった。
Figure 2022505679000014
初代ヒトＴ細胞を、正常な健常ドナーＰＢＭＣから単離し、ＣＴＳ ＯｐｔＭｉｚｅｒ（商標）培地中で４８時間ＣＤ３／ＣＤ２８マイクロビーズに加え１００ＩＵ／ｍＬの組換えヒトＩＬ－２で刺激した。初期活性化期間後、３×１０６のＴ細胞を、３：１のモル比率でｓｇＲＮＡおよびＴｒｕｅＣｕｔ Ｃａｓ９ｖ２タンパク質（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ）で補充されたＰ２エレクトロポレーション緩衝液（Ｌｏｎｚａ）中の１×１０６細胞／ｍＬで再懸濁した。エレクトロポレーションを、Ｌｏｎｚａ Ｓｈｕｔｔｌｅ ＮｕｃｌｅｏｆｅｃｔｏｒおよびプログラムＥＨ１００Ｐ３を使用して実行した。エレクトロポレーション後、Ｔ細胞のアリコートを、内因性ＴＣＲ発現の喪失が細胞表面ＣＤ３発現の減少を評価することによって特徴付けられた際に、ＩＬ－２（１００Ｕ／ｍＬ）で７２時間培養した（図４）。Ｔ細胞の第２のアリコートを、ｃＲＰＭＩ培地に直ちに再懸濁し、ＨＬＡ－Ａ２によって担持される際にＮＹ－ＥＳＯ－１（１５７－１６５）に特異的であるＴＣＲ００１をコードするレンチウイルス（ＭＯＩ＝５）でスピンフェクトした（ｓｐｉｎｆｅｃｔｅｄ）。形質導入したＴ細胞を、ＣＤ３／ＣＤ２８マイクロビーズおよび組換えヒトＩＬ－２（１００ＩＵ／ｍＬ）で９日間増殖した。次いで、外因性ＴＣＲ００１発現をデキストラマー染色によって評価し、複合ＴＣＲを発現するＣＤ８＋ Ｔ細胞を９９％超の純度に選別することによって高度に富化した（図５Ａ）。次いで、選別された細胞を、２名の正常な健常ドナーから単離され１：１の比率で混合された、照射されたＨＬＡミスマッチＰＢＭＣ、ならびにＨＬＡミスマッチＢ－ＬＣＬ細胞株と共培養した。ＨＬＡ－ミスマッチおよび照射されたＰＢＭＣならびにＢ－ＬＣＬ刺激細胞を、それぞれ、５：１の比率で組み合わせた。培養物を、抗ＣＤ３（クローンＯＫＴ３）およびヒトＩＬ－２（５０ＩＵ／ｍＬ）で補充され、選別後最短１２日間、１０％のヒトＡｂ血清で補充されたｃＲＰＭＩ培地中で増殖した。ヒトＩＬ－２を、３６～４８時間毎に補充した。増殖後、外因性複合ＴＣＲ００１を発現するＣＤ８＋ Ｔ細胞は、高度に富化されたままであった（図５Ｂ）。対照デキストラマーを使用して、背景染色を定義し、非特異的対照ペプチドを担持した。
選別後増殖の１０日後、増殖するＴ細胞のアリコートを、採取し、洗浄し、ｃＲＰＭＩ培地に再懸濁した。２つの標的細胞株を使用して、ＴＣＲ００１による抗原依存的細胞溶解を測定した：内因性ＮＹ－ＥＳＯ－１タンパク質を発現するＩＭ９標的細胞株、およびＮＹ－ＥＳＯ－１（１５７－１６５）ペプチド（ＩＭ９＋＋と命名された）を提示する一本鎖ＨＬＡ－Ａ２を過剰発現するように操作されたＩＭ９細胞株。抗原密度を最大化したＩＭ９＋＋標的細胞株を、ＩＭ９細胞上にＮＹ－ＥＳＯ－１（１５７－１６５）を負荷されたＨＬＡ－Ａ２の内在レベルがＴＣＲ媒介性細胞溶解活性を誘発するのに不十分である可能性に対する予防として含めた。２つの陰性対照を確立して、抗原特異的ＴＣＲ媒介性殺滅を調査した：ＮＹ－ＥＳＯ－１タンパク質を発現しないＫ５６２細胞株、および１００ＩＵ／ｍＬのヒトＩＬ－２の存在下で抗ＣＤ３／ＣＤ２８ビーズで増殖し、かつエフェクターＴ細胞として使用される未形質導入Ｔ細胞。各標的および対照細胞株を、採取し、カルセイン－ＡＭ色素で充填した。カルセイン標識後、標的細胞を２回洗浄して、残留カルセインを除去した。その後、Ｔ細胞および標的細胞を、様々な比率で９６ウェル丸底プレート上で共培養し、培養上清を採取する際に３７℃で２．５時間培養した。カルセインが標的細胞株から自発的に放出されるかどうかを決定するために、各細胞株を、エフェクターＴ細胞の不在下で培養した。カルセインの最大の可能な放出を決定するために、標的細胞株を、培養し、１％のＴｒｉｔｏｎ（商標）Ｘ－１１４洗剤を含有するように補充されたｃＲＰＭＩ培地を使用して溶解した。上清内で、相対カルセインレベルを、Ｖｉｋｔｏｒ Ｘ４プレートリーダーを使用して測定し、細胞傷害性パーセントを、（（カルセインシグナル－自発的カルセイン放出）／（カルセイン最大放出－自発的カルセイン放出））＊１００として計算した。
図６ならびに表７および８に示されるように、ＴＣＲ００１を発現する富化および増殖したＴ細胞は、ＩＭ９細胞（灰色開放円）およびＩＭ９＋＋細胞（開放黒色円）の両方の頑健な細胞溶解を誘導したが、ＮＹ－ＥＳＯ－１発現を欠くＫ５６２細胞（塗りつぶされた黒色円）ではそうでなかった。同様に、同じ正常な健常ドナーからの複合ＴＣＲ００１発現を欠く未形質導入および増殖したＴ細胞は、ＩＭ９（黒色正方形）、ＩＭ９＋＋（暗灰色正方形）、およびＫ５６２（明灰色正方形）標的細胞を殺滅できず、ＩＭ９およびＩＭ９＋＋標的細胞の細胞溶解がＴＣＲ００１に依存的であることを明らかにした。ＩＭ９細胞（ＩＭ９＋＋細胞で観察される通り）におけるＨＬＡ－Ａ２／ＮＹ－ＥＳＯ－１（１５７－１６５）の過剰発現は、ＩＭ９細胞と比較して細胞傷害性の最大レベルを増強しなかった一方で、細胞溶解の増加は、Ｔ細胞数がより低いＴ細胞対標的細胞比率で限定するようになるにつれて観察された。まとめると、これらのデータは、ＨＬＡ－Ａ２提示ＮＹ－ＥＳＯ－１に対するＴＣＲ機能性および特異性を実証する。
Figure 2022505679000015
Figure 2022505679000016
同等物
当業者は、本明細書に記載される本発明の特定の実施形態に対する多くの同等物を認識するか、または日常的な実験のみを使用して確認することができるであろう。かかる同等物は、以下の特許請求の範囲によって包含されるように意図される。本出願を通して引用された全ての参考文献、特許、および公開特許出願の内容は、参照により本明細書に組み込まれる。

Claims (91)

  1. ＳＬＬＭＷＩＴＱＣ（配列番号１１１）（ＮＹ－ＥＳＯ－１（１５７－１６５））のアミノ酸配列を含むＨＬＡ－Ａ２提示癌精巣抗原ニューヨーク食道扁平上皮細胞癌－１（ＮＹ－ＥＳＯ－１）ペプチドに特異的に結合する、単離されたＴ細胞受容体（ＴＣＲ）であって、前記ＴＣＲが、
    （ａ）発光アッセイによって決定されるように、予測されたオフターゲットペプチドを発現するが、配列番号１１１の前記アミノ酸配列を含むＨＬＡ－Ａ２提示ＮＹ－ＥＳＯ－１ペプチドを発現しない細胞に特異的に結合しないこと、および
    （ｂ）ＴＣＲ媒介性Ｔ細胞シグナル伝達発光バイオアッセイによって決定されるように、患者由来のＮＹ－ＥＳＯ－１特異的ＴＣＲ以上のシグナル対ノイズ比率を有するＴ細胞応答を活性化することからなる群から選択される特性を有する、単離されたＴ細胞受容体。
  2. 前記ＴＣＲが、ＴＣＲ媒介性Ｔ細胞シグナル伝達発光バイオアッセイによって決定されるように、患者由来のＮＹ－ＥＳＯ－１特異的ＴＣＲよりも約２倍大きな、または約３倍大きな、または約４倍大きなＴ細胞応答を活性化する、請求項１に記載の単離されたＴＣＲ。
  3. 前記ＴＣＲが、少なくとも１つのＴＣＲアルファ鎖可変ドメインおよび／または少なくとも１つのベータ鎖可変ドメインを含む、請求項１または２に記載の単離されたＴＣＲ。
  4. 前記ＴＣＲが、ＴＣＲアルファ鎖可変ドメインおよびＴＣＲベータ鎖可変ドメインを含む、請求項３に記載の単離されたＴＣＲ。
  5. 前記アルファ鎖可変ドメインが、相補的決定領域（ＣＤＲ）１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含み、前記ＣＤＲ３領域が、式Ｉ（配列番号１１８）のアミノ酸配列：
    Ｃｙｓ－Ｎ１－Ｎ２－Ｎ３－Ｎ４－Ｎ５－Ｎ６－Ｎ７－Ｎ８－Ｎ９－Ｎ１０－Ｎ１１－Ｎ１２－Ｎ１３－Ｎ１４－Ｎ１５－Ｐｈｅ（式Ｉ）を含み、式中、
    Ｎ１が、非極性アミノ酸であり、
    Ｎ２が、Ｌｅｕ、Ｔｙｒ、Ｖａｌ、またはＡｌａであり、
    Ｎ３が、Ａｒｇ、Ａｓｎ、Ｔｈｒ、またはＳｅｒであり、
    Ｎ４が、Ｐｒｏ、Ｓｅｒ、Ｇｌｕ、ｌｌｅ、Ｇｌｙ、Ｍｅｔ、Ｌｙｓ、またはＴｈｒであり、
    Ｎ５が、存在するか、または存在しない場合があるが、Ｌｙｓであり、
    Ｎ６が、Ａｓｐ、Ａｌａ、Ｇｌｙ、Ｌｅｕ、もしくはＡｓｎに存在するか、または存在しない場合があり、
    Ｎ７が、Ｓｅｒ、Ａｓｎ、Ａｌａ、Ｔｙｒ、またはＴｈｒであり、
    Ｎ８が、存在するか、または存在しない場合があるが、ＳｅｒまたはＧｌｙであり、
    Ｎ９が、存在するか、または存在しない場合があるが、Ｇｌｙであり、
    Ｎ１０が、存在するか、または存在しない場合があるが、ＧｌｙまたはＳｅｒであり、
    Ｎ１１が、存在するか、または存在しない場合があるが、Ｔｒｐ、Ｇｌｙ、Ｓｅｒ、Ｇｌｎ、Ａｌａ、またはＰｒｏであり、
    Ｎ１２が、Ｇｌｙ、Ｔｙｒ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ、またはＳｅｒであり、
    Ｎ１３が、Ｌｙｓ、Ａｌａ、Ａｓｐ、ｌｌｅ、またはＡｓｎであり、
    Ｎ１４が、非極性アミノ酸であり、
    Ｎ１５が、Ｇｌｎ、Ａｓｎ、Ａｒｇ、Ｔｈｒ、Ｖａｌ、ｌｌｅ、またはＳｅｒである、請求項３または４に記載の単離されたＴＣＲ。
  6. Ｎ１が、Ａｌａまたはｌｌｅである、請求項５に記載の単離されたＴＣＲ。
  7. Ｎ１４が、Ｐｈｅ、Ｌｅｕ、Ｍｅｔ、またはＰｒｏである、請求項５に記載の単離されたＴＣＲ。
  8. 前記ベータ鎖可変ドメインが、相補的決定領域（ＣＤＲ）１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含み、前記ＣＤＲ３領域が、式ＩＩ（配列番号１１９）のアミノ酸配列：
    Ｃｙｓ－Ｎ１－Ｎ２－Ｎ３－Ｎ４－Ｎ５－Ｎ６－Ｎ７－Ｎ８－Ｎ９－Ｎ１０－Ｎ１１－Ｎ１２－Ｎ１３－Ｎ１４－Ｐｈｅ（式ＩＩ）を含み、式中、
    Ｎ１およびＮ２が、各々独立して、ＡｌａまたはＳｅｒであり、
    Ｎ３が、Ｓｅｒ、Ｍｅｔ、またはＬｙｓであり、
    Ｎ４が、Ｔｙｒ、Ｔｒｐ、Ｈｉｓ、Ｌｅｕ、Ｔｈｒ、ＧｌｕまたはＧｌｎであり、
    Ｎ５が、Ｓｅｒ、Ａｌａ、Ｔｈｒ、Ｇｌｙ、Ｖａｌ、またはＡｒｇであり、
    Ｎ６が、存在するか、または存在しない場合があるが、Ｇｌｙ、Ｈｉｓ、Ａｓｐ、Ｔｈｒ、Ｐｒｏ、Ｍｅｔ、またはＳｅｒであり、
    Ｎ７が、存在するか、または存在しない場合があるが、Ｇｌｙ、Ｔｙｒ、Ａｓｎ、またはＰｒｏであり、
    Ｎ８が、存在するか、または存在しない場合があるが、Ｙであり、
    Ｎ９が、存在するか、または存在しない場合があるが、Ｎであり、
    Ｎ１０が、存在するか、または存在しない場合があるが、極性アミノ酸であり、
    Ｎ１１が、Ｐｒｏ、Ｇｌｕ、Ｇｌｙ、またはＡｓｐであり、
    Ｎ１２が、存在するか、または存在しない場合があるが、Ｇｌｕであり、
    Ｎ１３が、Ｌｅｕ、Ａｌａ、Ｇｌｎ、またはＴｙｒであり、
    Ｎ１４が、Ｈｉｓ、Ｐｈｅ、またはＴｈｒである、請求項３～７のいずれか一項に記載の単離されたＴＣＲ。
  9. Ｎ１０が、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ｇｌｎ、またはＴｙｒである、請求項８に記載の単離されたＴＣＲ。
  10. 前記アルファ鎖可変ドメインの前記ＣＤＲ１が、表１に定められたＣＤＲ１アミノ酸配列のうちのいずれか１つを含み、前記アルファ鎖可変ドメインの前記ＣＤＲ２が、独立して、表１に定められたＣＤＲ２アミノ酸配列のうちのいずれか１つを含む、請求項５～９のいずれか一項に記載の単離されたＴＣＲ。
  11. 前記ベータ鎖可変ドメインの前記ＣＤＲ１が、表１に定められたＣＤＲ１アミノ酸配列のうちのいずれか１つを含み、前記ベータ鎖可変ドメインの前記ＣＤＲ２が、独立して、表１に定められたＣＤＲ２アミノ酸配列のうちのいずれか１つを含む、請求項５～１０のいずれか一項に記載の単離されたＴＣＲ。
  12. 表３に列挙されたアルファ鎖可変ドメイン配列のうちのいずれか１つに含まれるアルファ鎖可変ドメインＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３と、表３に列挙されたベータ鎖可変ドメイン配列のうちのいずれか１つに含まれるベータ鎖可変ドメインＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３と、を含む、請求項５～１１のいずれか一項に記載の単離されたＴＣＲ。
  13. 表３に列挙されたアルファ鎖可変ドメインアミノ酸配列のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのアミノ酸配列全体に対して少なくとも８５％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を有するアルファ鎖可変ドメインを含む、請求項３～１２のいずれか一項に記載の単離されたＴＣＲ。
  14. 表３に列挙されたベータ鎖可変ドメインアミノ酸配列のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのアミノ酸配列全体に対して少なくとも８５％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を有するベータ鎖可変ドメインを含む、請求項３～１３のいずれか一項に記載の単離されたＴＣＲ。
  15. （ａ）表３に列挙されたアルファ鎖可変ドメインアミノ酸配列のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのアミノ酸配列全体に対して少なくとも８５％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を有するアルファ鎖可変ドメインと、（ｂ）表３に列挙されたベータ鎖可変ドメインアミノ酸配列のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのアミノ酸配列全体に対して少なくとも８５％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を有するベータ鎖可変ドメインと、を含む、請求項３～１４のいずれか一項に記載の単離されたＴＣＲ。
  16. （ａ）配列番号４、１４、２４、３４、４４、５４、６４、７４、８４、９４、および１０４からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、アルファ鎖可変ドメインＣＤＲ１ドメインと、
    （ｂ）配列番号５、１５、２５、３５、４５、５５、６５、７５、８５、９５、および１０５からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、アルファ鎖可変ドメインＣＤＲ２ドメインと、
    （ｃ）配列番号６、１６、２６、３６、４６、５６、６６、７６、８６、９６、および１０６からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、アルファ鎖可変ドメインＣＤＲ３ドメインと、
    （ｄ）配列番号１、１１、２１、３１、４１、５１、６１、７１、８１、９１、および１０１からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、ベータ鎖可変ドメインＣＤＲ１と、
    （ｅ）配列番号２、１２、２２、３２、４２、５２、６２、７２、８２、９２、および１０２からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するベータ鎖可変ドメインＣＤＲ２と、
    （ｆ）配列番号３、１３、２３、３３、４３、５４、６３、７３、８３、９３、および１０３からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、ベータ鎖可変ドメインＣＤＲ３と、を含む、請求項５～１５のいずれか一項に記載の単離されたＴＣＲ。
  17. 配列番号９／７、１９／１７、２９／２７、３９／３７、４９／４７、５９、５７、６９／６７、７９／７７、８９／８７、９９／９７、および１０９／１０７からなる群から選択されるアルファ鎖可変ドメイン／ベータ鎖可変ドメインアミノ酸配列対を含む、請求項１６に記載の単離されたＴＣＲ。
  18. 請求項１～１７のいずれか一項に記載の単離されたＴＣＲへの結合について競合する、単離されたＴＣＲ。
  19. 検出可能な部分をさらに含む、請求項１～１８のいずれか一項に記載の単離されたＴＣＲ。
  20. 請求項１～１９のいずれか一項に記載の単離されたＴＣＲと、薬学的に許容される担体または希釈剤と、を含む、薬学的組成物。
  21. 請求項１～１９のいずれか一項に記載のＴＣＲを提示する、単離された細胞。
  22. 請求項１～１９のいずれか一項に定められた単離されたＴＣＲのアルファ鎖可変ドメインをコードするポリヌクレオチド配列を含む、ポリヌクレオチド分子。
  23. 請求項１～１９のいずれか一項に定められた単離されたＴＣＲのベータ鎖可変ドメインをコードするポリヌクレオチド配列を含む、ポリヌクレオチド分子。
  24. 請求項２２または２３に記載のポリヌクレオチド分子を含む、ベクター。
  25. 請求項２４に記載のベクターを発現する、細胞。
  26. ＮＹ－ＥＳＯ－１関連疾患または障害を有する対象を治療する方法であって、前記対象に、請求項１～１９のいずれか一項に定められた単離されたＴＣＲ、請求項２０に記載の薬学的組成物、または請求項２１に記載の複数の細胞の治療有効量を投与し、それによって前記対象を治療することを含む、方法。
  27. 前記ＮＹ－ＥＳＯ－１関連疾患または障害が、ＮＹ－ＥＳＯ－１関連癌である、請求項２６に記載の方法。
  28. 前記ＮＹ－ＥＳＯ－１関連癌が、脂肪肉腫、神経芽細胞腫、骨髄腫、転移性黒色腫、滑膜肉腫、膀胱癌、食道癌、肝細胞癌、頭頸部癌、非小細胞肺癌、卵巣癌、前立腺癌、乳癌、星状細胞腫瘍、多形性膠芽腫、退形成性星細胞腫、脳腫瘍、卵管癌、卵巣上皮癌、原発性腹腔癌、進行性固形腫瘍、軟組織肉腫、黒色腫、肉腫、骨髄異形成症候群、急性骨髄性白血病、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、ホジキン疾患、多発性骨髄腫、滑膜肉腫、転移性固形腫瘍、食道癌、横紋筋肉腫、進行性粘液性、円形細胞脂肪肉腫、転移性黒色腫、または再発性非小細胞肺癌である、請求項２７に記載の方法。
  29. 前記単離されたＴＣＲ、前記薬学的組成物、または前記複数の細胞が、第２の治療剤と組み合わせて前記対象に投与される、請求項２６～２８のいずれか一項に記載の方法。
  30. 前記単離されたＴＣＲ、前記薬学的組成物、または前記複数の細胞が、前記対象に、皮下、静脈内、皮内、腹腔内、経口、筋肉内、または頭蓋内投与される、請求項２６～２９のいずれか一項に記載の方法。
  31. Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）をコードするポリヌクレオチド分子であって、前記ＴＣＲが、ＳＬＬＭＷＩＴＱＣ（配列番号１１１）（ＮＹ－ＥＳＯ－１（１５７－１６５））のアミノ酸配列を含むＨＬＡ－Ａ２提示癌精巣抗原ニューヨーク食道扁平上皮細胞癌－１（ＮＹ－ＥＳＯ－１）ペプチドに特異的に結合し、前記ＴＣＲが、（ａ）発光アッセイによって決定されるように、予測されたオフターゲットペプチドを発現するが、配列番号１１１の前記アミノ酸配列を含むＨＬＡ－Ａ２提示ＮＹ－ＥＳＯ－１ペプチドを発現しない細胞に特異的に結合しないこと、および（ｂ）ＴＣＲ媒介性Ｔ細胞シグナル伝達発光バイオアッセイによって決定されるように、患者由来のＮＹ－ＥＳＯ－１特異的ＴＣＲよりも約２倍大きなＴ細胞応答を活性化することからなる群から選択される特性を有する、ポリヌクレオチド分子。
  32. 少なくとも１つのＴＣＲアルファ鎖可変ドメインおよび／または少なくとも１つのベータ鎖可変ドメインをコードする、請求項３１に記載のポリヌクレオチド分子。
  33. 前記ＴＣＲが、表３に列挙されたアルファ鎖可変ドメイン配列のうちのいずれか１つに含まれるアルファ鎖可変ドメイン相補的決定領域（ＣＤＲ）１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３と、表３に列挙されたベータ鎖可変ドメイン配列のうちのいずれか１つに含まれるベータ鎖可変ドメインＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３と、を含む、請求項３２に記載のポリヌクレオチド分子。
  34. 前記単離されたＴＣＲが、表３に列挙されたアルファ鎖可変ドメインアミノ酸配列のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのアミノ酸配列全体に対して少なくとも８５％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を有するアルファ鎖可変ドメインを含む、請求項３２または３３に記載のポリヌクレオチド分子。
  35. 前記単離されたＴＣＲが、表３に列挙されたベータ鎖可変ドメインアミノ酸配列のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのアミノ酸配列全体に対して少なくとも８５％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を有するベータ鎖可変ドメインを含む、請求項３１～３４のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド分子。
  36. 前記単離されたＴＣＲが、（ａ）表３に列挙されたアルファ鎖可変ドメインアミノ酸配列のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのアミノ酸配列全体に対して少なくとも８５％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を有するアルファ鎖可変ドメインと、（ｂ）表３に列挙されたベータ鎖可変ドメインアミノ酸配列のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのアミノ酸配列全体に対して少なくとも８５％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を有するベータ鎖可変ドメインと、を含む、請求項３１～３５のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド分子。
  37. 前記単離された抗原結合タンパク質が、
    （ａ）配列番号４、１４、２４、３４、４４、５４、６４、７４、８４、９４、および１０４からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、アルファ鎖可変ドメインＣＤＲ１と、
    （ｂ）配列番号５、１５、２５、３５、４５、５５、６５、７５、８５、９５、および１０５からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、アルファ鎖可変ドメインＣＤＲ２と、
    （ｃ）配列番号６、１６、２６、３６、４６、５６、６６、７６、８６、９６、および１０６からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、アルファ鎖可変ドメインＣＤＲ３と、
    （ｄ）配列番号１、１１、２１、３１、４１、５１、６１、７１、８１、９１、および１０１からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、ベータ鎖可変ドメインＣＤＲ１と、
    （ｅ）配列番号２、１２、２２、３２、４２、５２、６２、７２、８２、９２、および１０２からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、ベータ鎖可変ドメインＣＤＲ２と、
    （ｆ）配列番号３、１３、２３、３３、４３、５４、６３、７３、８３、９３、および１０３からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、ベータ鎖可変ドメインＣＤＲ３と、を含む、請求項３１～３６のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド分子。
  38. 前記単離されたＴＣＲが、配列番号９／７、１９／１７、２９／２７、３９／３７、４９／４７、５９、５７、６９／６７、７９／７７、８９／８７、９９／９７、および１０９／１０７からなる群から選択されるアルファ鎖可変ドメイン／ベータ鎖可変ドメインアミノ酸配列対を含む、請求項３７に記載のポリヌクレオチド分子。
  39. 請求項３１～３８のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド分子を含む、ベクター。
  40. 請求項３９に記載のベクターを含む、単離された細胞。
  41. ＮＹ－ＥＳＯ－１関連疾患または障害を有する対象を治療する方法であって、前記対象に、請求項４０に記載の複数の細胞を投与し、それによって前記対象を治療することを含む、方法。
  42. 前記ＮＹ－ＥＳＯ－１関連疾患または障害が、ＮＹ－ＥＳＯ関連癌である、請求項４１に記載の方法。
  43. 前記ＮＹ－ＥＳＯ関連癌が、脂肪肉腫、神経芽細胞腫、骨髄腫、転移性黒色腫、滑膜肉腫、膀胱癌、食道癌、肝細胞癌、頭頸部癌、非小細胞肺癌、卵巣癌、前立腺癌、乳癌、星状細胞腫瘍、多形性膠芽腫、退形成性星細胞腫、脳腫瘍、卵管癌、卵巣上皮癌、原発性腹腔癌、進行性固形腫瘍、軟組織肉腫、黒色腫、肉腫、骨髄異形成症候群、急性骨髄性白血病、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、ホジキン疾患、多発性骨髄腫、滑膜肉腫、転移性固形腫瘍、食道癌、横紋筋肉腫、進行性粘液性、円形細胞脂肪肉腫、転移性黒色腫、または再発性非小細胞肺癌である、請求項４２に記載の方法。
  44. 前記複数の細胞が、第２の治療剤と組み合わせて前記対象に投与される、請求項４１～４３のいずれか一項に記載の方法。
  45. ＳＬＬＭＷＩＴＱＣ（配列番号１１１）（ＮＹ－ＥＳＯ－１（１５７－１６５））のアミノ酸配列を含むＨＬＡ－Ａ２提示癌精巣抗原ニューヨーク食道扁平上皮細胞癌－１（ＮＹ－ＥＳＯ－１）ペプチドに特異的に結合するＴ細胞受容体（ＴＣＲ）であって、前記ＴＣＲが、配列番号９、１９、２９、３９、４９、５９、６９、７９、８９、９９、および１０９のうちのいずれか１つのアルファ鎖可変ドメインに含まれる相補的決定領域３（ＣＤＲ３）を含む、Ｔ細胞受容体。
  46. ＳＬＬＭＷＩＴＱＣ（配列番号１１１）（ＮＹ－ＥＳＯ－１（１５７－１６５））のアミノ酸配列を含むＨＬＡ－Ａ２提示癌精巣抗原ニューヨーク食道扁平上皮細胞癌－１（ＮＹ－ＥＳＯ－１）ペプチドに特異的に結合するＴ細胞受容体（ＴＣＲ）であって、前記ＴＣＲが、配列番号７、１７、２７、３７、４７、５７、６７、７７、８７、９７、および１０７のうちのいずれか１つのベータ鎖可変ドメインに含まれる相補的決定領域３（ＣＤＲ３）を含む、Ｔ細胞受容体。
  47. 前記アルファ鎖可変ドメインが、ＣＤＲ１およびＣＤＲ２をさらに含み、前記ＣＤＲ１が、表１に定められたアルファ鎖可変ドメインＣＤＲ１アミノ酸配列のうちのいずれか１つを含み、前記ＣＤＲ２が、独立して、表１に定められたアルファ鎖可変ドメインＣＤＲ２アミノ酸配列のうちのいずれか１つを含む、請求項４５に記載のＴＣＲ。
  48. 前記ベータ鎖可変ドメインが、ＣＤＲ１およびＣＤＲ２をさらに含み、前記ＣＤＲ１が、表１に定められたベータ鎖可変ＣＤＲ１アミノ酸配列のうちのいずれか１つを含み、前記ＣＤＲ２が、独立して、表１に定められたベータ鎖可変ドメインＣＤＲ２アミノ酸配列のうちのいずれか１つを含む、請求項４６に記載のＴＣＲ。
  49. 前記ＴＣＲが、少なくとも１つのＴＣＲアルファ鎖可変ドメインおよび／または少なくとも１つのベータ鎖可変ドメインを含む、請求項４５～４８のいずれか一項に記載のＴＣＲ。
  50. 前記ＴＣＲが、ＴＣＲアルファ鎖可変ドメインおよびＴＣＲベータ鎖可変ドメインを含む、請求項４９に記載のＴＣＲ。
  51. 表３に列挙されたアルファ鎖可変ドメインアミノ酸配列のうちのいずれか１つに含まれるアルファ鎖可変ドメインＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３と、表３に列挙されたベータ鎖可変ドメインアミノ酸配列のうちのいずれか１つに含まれるベータ鎖可変ドメインＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３と、を含む、請求項４６～５０のいずれか一項に記載のＴＣＲ。
  52. 表３に列挙されたアルファ鎖可変ドメインアミノ酸配列のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのアミノ酸配列全体に対して少なくとも８５％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を有するアルファ鎖可変ドメインを含む、請求項４５～５１のいずれか一項に記載のＴＣＲ。
  53. 表３に列挙されたベータ鎖可変ドメインアミノ酸配列のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのアミノ酸配列全体に対して少なくとも８５％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を有するベータ鎖可変ドメインを含む、請求項４５～５２のいずれか一項に記載のＴＣＲ。
  54. （ａ）表３に列挙されたアルファ鎖可変ドメインアミノ酸配列のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのアミノ酸配列全体に対して少なくとも８５％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を有するアルファ鎖可変ドメインと、（ｂ）表３に列挙されたベータ鎖可変ドメインアミノ酸配列のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのアミノ酸配列全体に対して少なくとも８５％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を有するベータ鎖可変ドメインと、を含む、請求項４５～５３のいずれか一項に記載のＴＣＲ。
  55. （ａ）配列番号４、１４、２４、３４、４４、５４、６４、７４、８４、９４、および１０４からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、アルファ鎖可変ドメインＣＤＲ１ドメインと、
    （ｂ）配列番号５、１５、２５、３５、４５、５５、６５、７５、８５、９５、および１０５からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、アルファ鎖可変ドメインＣＤＲ２ドメインと、
    （ｃ）配列番号６、１６、２６、３６、４６、５６、６６、７６、８６、９６、および１０６からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、アルファ鎖可変ドメインＣＤＲ３ドメインと、
    （ｄ）配列番号１、１１、２１、３１、４１、５１、６１、７１、８１、９１、および１０１からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、ベータ鎖可変ドメインＣＤＲ１と、
    （ｅ）配列番号２、１２、２２、３２、４２、５２、６２、７２、８２、９２、および１０２からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、ベータ鎖可変ドメインＣＤＲ２と、
    （ｆ）配列番号３、１３、２３、３３、４３、５３、６３、７３、８３、９３、および１０３からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、ベータ鎖可変ドメインＣＤＲ３と、を含む、請求項４６～５４のいずれか一項に記載のＴＣＲ。
  56. 配列番号９／７、１９／１７、２９／２７、３９／３７、４９／４７、５９／５７、６９／６７、７９／７７、８９／８７、９９／９７、および１０９／１０７からなる群から選択されるアルファ鎖可変ドメイン／ベータ鎖可変ドメインアミノ酸配列対を含む、請求項５５に記載のＴＣＲ。
  57. 検出可能な部分をさらに含む、請求項４６～５６のいずれか一項に記載のＴＣＲ。
  58. 前記単離されたＴＣＲが、５超、１０超、１５超、２０超、５０超、１００超、２００超、３００超、４００超、５００超、６００超、７００超、８００超、９００超、または１０００超のオンターゲット結合／オフターゲット結合値を有する、請求項４５～５７のいずれか一項に記載のＴＣＲ。
  59. 前記単離されたＴＣＲが、１０超のオンターゲット結合／オフターゲット結合値を有する、請求項５８に記載のＴＣＲ。
  60. 前記単離されたＴＣＲが、５００超のオンターゲット結合／オフターゲット結合値を有する、請求項５９に記載のＴＣＲ。
  61. 請求項４５～６０のいずれか一項に記載の単離されたＴＣＲへの結合について競合する、ＴＣＲ。
  62. 請求項４５～６０のいずれか一項に記載のＴＣＲと、薬学的に許容される担体または希釈剤と、を含む、薬学的組成物。
  63. 請求項４５～６０のいずれか一項に記載のＴＣＲを提示する、単離された細胞。
  64. 請求項４５、４７、および４９～６１のいずれか一項に定められたＴＣＲのアルファ鎖可変ドメインをコードするポリヌクレオチド配列を含む、ポリヌクレオチド分子。
  65. 請求項４６、４８、および４９～６１のいずれか一項に定められたＴＣＲのベータ鎖可変ドメインをコードするポリヌクレオチド配列を含む、ポリヌクレオチド分子。
  66. 請求項６４または６５に記載のポリヌクレオチド配列を含む、ベクター。
  67. 請求項６６に記載のベクターを発現する、単離された細胞。
  68. ＮＹ－ＥＳＯ－１関連疾患または障害を有する対象を治療する方法であって、前記対象に、請求項４５～６１のいずれか一項に記載のＴＣＲ、請求項６２に記載の薬学的組成物、または請求項６３に記載の単離された細胞の治療有効量を投与し、それによって前記対象を治療することを含む、方法。
  69. 前記ＮＹ－ＥＳＯ－１関連疾患または障害が、ＮＹ－ＥＳＯ－１関連癌である、請求項６８に記載の方法。
  70. 前記ＮＹ－ＥＳＯ－１関連癌が、脂肪肉腫、神経芽細胞腫、骨髄腫、転移性黒色腫、滑膜肉腫、膀胱癌、食道癌、肝細胞癌、頭頸部癌、非小細胞肺癌、卵巣癌、前立腺癌、乳癌、星状細胞腫瘍、多形性膠芽腫、退形成性星細胞腫、脳腫瘍、卵管癌、卵巣上皮癌、原発性腹腔癌、進行性固形腫瘍、軟組織肉腫、黒色腫、肉腫、骨髄異形成症候群、急性骨髄性白血病、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、ホジキン疾患、多発性骨髄腫、滑膜肉腫、転移性固形腫瘍、食道癌、横紋筋肉腫、進行性粘液性、円形細胞脂肪肉腫、転移性黒色腫、または再発性非小細胞肺癌である、請求項６９に記載の方法。
  71. 前記ＴＣＲ、前記薬学的組成物、または前記細胞が、第２の治療剤と組み合わせて前記対象に投与される、請求項６８～７０のいずれか一項に記載の方法。
  72. 前記投与が、非経口である、請求項６８～７０のいずれか一項に記載の方法。
  73. Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）をコードするポリヌクレオチド分子であって、前記ＴＣＲが、ＳＬＬＭＷＩＴＱＣ（配列番号１１１）（ＮＹ－ＥＳＯ－１（１５７－１６５））のアミノ酸配列を含むＨＬＡ－Ａ２提示癌精巣抗原ＮＹ－ＥＳＯ－１ペプチドに特異的に結合し、前記ＴＣＲが、（ａ）発光アッセイによって決定されるように、予測されたオフターゲットペプチドを発現するが、配列番号１１１の前記アミノ酸配列を含むＨＬＡ－Ａ２提示ＮＹ－ＥＳＯ－１ペプチドを発現しない細胞に特異的に結合しないこと、（ｂ）フローサイトメトリーアッセイによって決定されるように、予測されたオフターゲットペプチドを発現する細胞に結合しないこと、（ｃ）ＴＣＲ媒介性Ｔ細胞シグナル伝達発光バイオアッセイによって決定されるように、患者由来のＮＹ－ＥＳＯ－１特異的ＴＣＲよりも約２倍大きなＴ細胞応答を活性化すること、および（ｄ）ＴＣＲ媒介性Ｔ細胞シグナル伝達発光バイオアッセイによって決定されるように、親和性成熟した（例えば、ファージディスプレイによって）ＮＹ－ＥＳＯ－１特異的ＴＣＲよりも約２倍大きなＴ細胞応答を活性化することからなる群から選択される特性を有する、ポリヌクレオチド分子。
  74. 少なくとも１つのＴＣＲアルファ鎖可変ドメインおよび／または少なくとも１つのベータ鎖可変ドメインをコードする、請求項７３に記載のポリヌクレオチド分子。
  75. 前記ＴＣＲが、表３に列挙されたアルファ鎖可変ドメイン配列のうちのいずれか１つに含まれるアルファ鎖可変ドメイン相補的決定領域（ＣＤＲ）１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３と、表３に列挙されたベータ鎖可変ドメイン配列のうちのいずれか１つに含まれるベータ鎖可変ドメインＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３と、を含む、請求項７３に記載のポリヌクレオチド分子。
  76. 前記ＴＣＲが、表３に列挙されたアルファ鎖可変ドメインアミノ酸配列のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのアミノ酸配列全体に対して少なくとも８５％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を有するアルファ鎖可変ドメインを含む、請求項７４または７５に記載のポリヌクレオチド分子。
  77. 前記ＴＣＲが、表３に列挙されたベータ鎖可変ドメインアミノ酸配列のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのアミノ酸配列全体に対して少なくとも８５％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を有するベータ鎖可変ドメインを含む、請求項７３～７６のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド分子。
  78. 前記ＴＣＲが、（ａ）表３に列挙されたアルファ鎖可変ドメインアミノ酸配列のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのアミノ酸配列全体に対して少なくとも８５％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を有するアルファ鎖可変ドメインと、（ｂ）表３に列挙されたベータ鎖可変ドメインアミノ酸配列のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのアミノ酸配列全体に対して少なくとも８５％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を有するベータ鎖可変ドメインと、を含む、請求項７３～７７のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド分子。
  79. 前記ＴＣＲが、
    （ａ）配列番号４、１４、２４、３４、４４、５４、６４、７４、８４、９４、および１０４からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、アルファ鎖可変ドメインＣＤＲ１ドメインと、
    （ｂ）配列番号５、１５、２５、３５、４５、５５、６５、７５、８５、９５、および１０５からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、アルファ鎖可変ドメインＣＤＲ２ドメインと、
    （ｃ）配列番号６、１６、２６、３６、４６、５６、６６、７６、８６、９６、および１０６からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、アルファ鎖可変ドメインＣＤＲ３ドメインと、
    （ｄ）配列番号１、１１、２１、３１、４１、５１、６１、７１、８１、９１、および１０１からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、ベータ鎖可変ドメインＣＤＲ１と、
    （ｅ）配列番号２、１２、２２、３２、４２、５２、６２、７２、８２、９２、および１０２からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、ベータ鎖可変ドメインＣＤＲ２と、
    （ｆ）配列番号３、１３、２３、３３、４３、５３、６３、７３、８３、９３、および１０３からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、ベータ鎖可変ドメインＣＤＲ３と、を含む、請求項７３～７８のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド分子。
  80. 前記ＴＣＲが、配列番号９／７、１９／１７、２９／２７、３９／３７、４９／４７、５９／５７、６９／６７、７９／７７、８９／８７、９９／９７、および１０９／１０７からなる群から選択されるアルファ鎖可変ドメイン／ベータ鎖可変ドメインアミノ酸配列対を含む、請求項７９に記載のポリヌクレオチド分子。
  81. 前記ＴＣＲが、
    （ａ）配列番号１２４、１３０、１３７、１４５、および１５６からなる群から選択される核酸配列によってコードされる、アルファ鎖可変ドメインＣＤＲ１と、
    （ｂ）配列番号１２５、１３１、１３８、１４６、および１５７からなる群から選択される核酸配列によってコードされる、アルファ鎖可変ドメインＣＤＲ２と、
    （ｃ）配列番号１２６、１３２、１３５、１３９、１４７、１４９、１５８、１６０、および１６１からなる群から選択される核酸配列によってコードされる、アルファ鎖可変ドメインＣＤＲ３と、
    （ｄ）配列番号１２１、１２７、１３３、１４０、１４２、１５０、および１５３からなる群から選択される核酸配列によってコードされる、ベータ鎖可変ドメインＣＤＲ１と、
    （ｅ）配列番号１２２、１２８、１４３、１５１、および１５４からなる群から選択される核酸配列によってコードされる、ベータ鎖可変ドメインＣＤＲ２と、
    （ｆ）配列番号１２３、１２９、１３４、１３６、１４１、１４４、１４８、１５２、１５５、１５９からなる群から選択される核酸配列によってコードされる、ベータ鎖可変ドメインＣＤＲ３と、を含む、請求項３１に記載のポリヌクレオチド分子。
  82. 前記ＴＣＲが、配列番号１０／８、２０／１８、３０／２８、４０／３８、５０／４８、６０／５８、７０／６８、８０／７８、９０／８８、１００／９８、および１１０／１０８からなる群から選択されるアルファ鎖可変ドメイン／ベータ鎖可変ドメイン核酸配列対を含む、請求項８１に記載のポリヌクレオチド分子。
  83. 請求項７３～８２のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド分子のポリヌクレオチド配列を含む、ベクター。
  84. 請求項８３に記載のベクターを含む、単離された細胞。
  85. ＮＹ－ＥＳＯ－１関連疾患または障害を有する対象を治療する方法であって、前記対象に、請求項８４に記載の細胞を投与し、それによって前記対象を治療することを含む、方法。
  86. 前記ＮＹ－ＥＳＯ－１関連疾患または障害が、ＮＹ－ＥＳＯ－１関連癌である、請求項８５に記載の方法。
  87. 前記ＮＹ－ＥＳＯ－１関連癌が、脂肪肉腫、神経芽細胞腫、骨髄腫、転移性黒色腫、滑膜肉腫、膀胱癌、食道癌、肝細胞癌、頭頸部癌、非小細胞肺癌、卵巣癌、前立腺癌、乳癌、星状細胞腫瘍、多形性膠芽腫、退形成性星細胞腫、脳腫瘍、卵管癌、卵巣上皮癌、原発性腹腔癌、進行性固形腫瘍、軟組織肉腫、黒色腫、肉腫、骨髄異形成症候群、急性骨髄性白血病、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、ホジキン疾患、多発性骨髄腫、滑膜肉腫、転移性固形腫瘍、食道癌、横紋筋肉腫、進行性粘液性、円形細胞脂肪肉腫、転移性黒色腫、または再発性非小細胞肺癌である、請求項８６に記載の方法。
  88. 前記細胞が、第２の治療剤と組み合わせて前記対象に投与される、請求項８５～８７のいずれか一項に記載の方法。
  89. 前記細胞が、初代細胞である、請求項２１、２５、４０、６７、および８４のいずれか一項に記載の細胞。
  90. 前記初代細胞が、初代リンパ球である、請求項８９に記載の細胞。
  91. 前記初代リンパ球が、初代Ｔリンパ球である、請求項９０に記載の細胞。
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