JP2022144656A - Sart-1変異を有する低アミロース形質イネ - Google Patents
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Abstract
Description
[1]SART-1タンパク質に以下の(a)及び(b)の変異のうち少なくとも1つの変異をホモ接合性又はヘテロ接合性で有することを特徴とするイネ植物又はその植物部分。
(a)配列番号5に示されるアミノ酸配列の562位に相当する位置におけるプロリンの、セリン、スレオニン、アスパラギン、システイン、グルタミン及びチロシンからなる群より選択される1つのアミノ酸への置換、
(b)配列番号5に示されるアミノ酸配列の696位に相当する位置におけるプロリンの、セリン、スレオニン、アスパラギン、システイン、グルタミン及びチロシンからなる群より選択される1つのアミノ酸への置換。
[2]配列番号5に示されるアミノ酸配列の562位に相当する位置におけるプロリンのセリンへの置換を有する、[1]に記載のイネ植物又はその植物部分。
[3]配列番号5に示されるアミノ酸配列の696位に相当する位置におけるプロリンのセリンへの置換を有する、[1]に記載のイネ植物又はその植物部分。
[4]以下の(c)及び(d)の変異:
(c)配列番号6に示される塩基配列の1684番に相当する位置におけるシトシン(C)からチミン(T)への変異、
(d)配列番号6に示される塩基配列の2086番に相当する位置におけるシトシン(C)からチミン(T)への変異
のうち少なくとも1つの変異をホモ接合性又はヘテロ接合性で有する、[1]~[3]のいずれかに記載のイネ植物又はその植物部分。
[5]イネ植物が、うるち米品種のイネである、[1]~[4]のいずれかに記載のイネ植物又はその植物部分。
[6]うるち米品種のイネが、コシヒカリ、ひとめぼれ、ヒノヒカリ、あきたこまち、ななつぼし、はえぬき、まっしぐら、キヌヒカリ、あさひの夢、ゆめぴりか、きぬむすめ、こしいぶき、つや姫、夢つくし、ふさこがね、つがるロマン、あいちのかおり、彩のかがやき、天のつぶ、及びきらら397からなる群より選択される少なくとも1つのうるち米品種のイネである、[5]に記載のイネ植物又はその植物部分。
[7]植物部分が、イネ植物の苗、根、種子、及び植物部分の加工物からなる群より選択される少なくとも1つである、[1]~[6]のいずれかに記載のイネ植物又はその植物部分。
イネ植物においてSART-1タンパク質をコードする遺伝子に以下の(a)及び(b):
(a)配列番号5に示されるアミノ酸配列の562位に相当する位置におけるプロリンの、セリン、スレオニン、アスパラギン、システイン、グルタミン及びチロシンからなる群より選択される1つのアミノ酸への置換、
(b)配列番号5に示されるアミノ酸配列の696位に相当する位置におけるプロリンの、セリン、スレオニン、アスパラギン、システイン、グルタミン及びチロシンからなる群より選択される1つのアミノ酸への置換
の少なくとも1つの変異を導入するステップと、
得られたイネ植物の種子におけるアミロース含有率又はアミロース含有量を測定するステップと
を含む方法。
[9]SART-1タンパク質をコードする遺伝子に以下の(c)及び(d):
(c)配列番号6に示される塩基配列の1684番に相当する位置におけるシトシン(C)からチミン(T)への変異、
(d)配列番号6に示される塩基配列の2086番に相当する位置におけるシトシン(C)からチミン(T)への変異
の少なくとも1つの変異を導入する、[8]に記載の方法。
[10]イネ植物が、うるち米品種のイネである、[8]又は[9]に記載の方法。
[11]うるち米品種のイネが、コシヒカリ、ひとめぼれ、ヒノヒカリ、あきたこまち、ななつぼし、はえぬき、まっしぐら、キヌヒカリ、あさひの夢、ゆめぴりか、きぬむすめ、こしいぶき、つや姫、夢つくし、ふさこがね、つがるロマン、あいちのかおり、彩のかがやき、天のつぶ、及びきらら397からなる群より選択される少なくとも1つのうるち米品種のイネである、[10]に記載の方法。
対象のイネが、変異型SART-1タンパク質をコードする遺伝子を有するか否かを検出するステップを含み、
前記変異型SART-1タンパク質が、以下:
(a)配列番号5に示されるアミノ酸配列の562位に相当する位置におけるプロリンの、セリン、スレオニン、アスパラギン、システイン、グルタミン及びチロシンからなる群より選択される1つのアミノ酸への置換、並びに
(b)配列番号5に示されるアミノ酸配列の696位に相当する位置におけるプロリンの、セリン、スレオニン、アスパラギン、システイン、グルタミン及びチロシンからなる群より選択される1つのアミノ酸への置換
からなる群より選択される少なくとも1つの変異を含むものである、方法。
[13]前記変異型SART-1タンパク質が、以下の(c)及び(d)の変異:
(c)配列番号6に示される塩基配列の1684番に相当する位置におけるシトシン(C)からチミン(T)への変異、
(d)配列番号6に示される塩基配列の2086番に相当する位置におけるシトシン(C)からチミン(T)への変異
のうち少なくとも1つの変異を含む遺伝子によってコードされる、[12]に記載の方法。
[14]前記変異型SART-1タンパク質をコードする遺伝子の検出が、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)、ハイブリダイゼーション、又は配列決定法を用いて行われる、[12]又は[13]に記載の方法。
[15]前記変異型SART-1タンパク質をコードする遺伝子の検出が、以下のプライマーセット:
(i)配列番号4の1番から3549番の塩基配列若しくはその相補配列のうち連続する少なくとも10塩基からなるGC含量30%以上かつアニーリング温度(Tm値)50℃以上のプライマー、及び配列番号4の3551番から5501番の塩基配列若しくはその相補配列のうち連続する少なくとも10塩基からなるGC含量30%以上かつアニーリング温度(Tm値)50℃以上のプライマーを含むプライマーセット、あるいは
(ii)配列番号4の1番から4195番の塩基配列若しくはその相補配列のうち連続する少なくとも10塩基からなるGC含量30%以上かつアニーリング温度(Tm値)50℃以上のプライマー、及び配列番号4の4197番から5501番の塩基配列若しくはその相補配列のうち連続する少なくとも10塩基からなるGC含量30%以上かつアニーリング温度(Tm値)50℃以上のプライマーを含むプライマーセット
を使用したPCRにより行われる、[14]に記載の方法。
[16]前記変異型SART-1タンパク質をコードする遺伝子の検出が、配列番号1又は3に示される塩基配列を有するプライマー及び配列番号2に示される塩基配列を有するプライマーを含むプライマーセットを使用したPCRにより行われる、[14]に記載の方法。
(i)配列番号4の1番から3549番の塩基配列若しくはその相補配列のうち連続する少なくとも10塩基からなるGC含量30%以上かつアニーリング温度(Tm値)50℃以上のプライマー、及び配列番号4の3551番から5501番の塩基配列若しくはその相補配列のうち連続する少なくとも10塩基からなるGC含量30%以上かつアニーリング温度(Tm値)50℃以上のプライマーを含むプライマーセット、あるいは
(ii)配列番号4の1番から4195番の塩基配列若しくはその相補配列のうち連続する少なくとも10塩基からなるGC含量30%以上かつアニーリング温度(Tm値)50℃以上のプライマー、及び配列番号4の4197番から5501番の塩基配列若しくはその相補配列のうち連続する少なくとも10塩基からなるGC含量30%以上かつアニーリング温度(Tm値)50℃以上のプライマーを含むプライマーセット。
[18-2]配列番号1に示される塩基配列を有するプライマー、配列番号2に示される塩基配列を有するプライマー、及び配列番号3に示される塩基配列を有するプライマーを含むことを特徴とする低アミロース形質のイネの判定又は選別用キット。
本発明は、イネの種子中のアミロース含有率に関与するタンパク質(SART-1)について、低アミロース形質に関与するSART-1タンパク質中の新たな変異を同定したことに基づく。SART-1は、アミロースを合成するデンプン粒結合型デンプン合成酵素(GBSSI)がDNAからRNAに転写する際に必要となるスプライセオソームの構成成分の1つである。SART-1は既報の低アミロース性遺伝子(GBSSIの機能低下型アリルなど)と比較して、そのアミロース低減効果が緩やかであり、約1~2%程度である。そのため、この低アミロース形質に関わる変異型は炊飯米物性を大きく損ねることなく水稲品種の食味を向上できる可能性がある。また、近年栽培環境の高温化により、アミロース含有率が低下して品質及び食味の低下が懸念されているが、SART-1は登熟気温によるアミロース含有率の変動が小さい効果を持つ。特に、低温条件下において強い遺伝子効果を示し、アミロース含有率を低下させやすい機能を持つ(例えば、実施例1)。このような特徴を示すタンパク質及び遺伝子は、今後の良食味品種育成のための有効な遺伝子資源となりうる。
本発明は、イネの低アミロース形質に関与する変異型SART-1タンパク質及びこれをコードする遺伝子に関する。本発明に係る変異型SART-1タンパク質は、野生型SART-1タンパク質のアミノ酸配列(配列番号5)を基準とした場合に、以下の変異のうちの少なくとも1つを含む:
(a)配列番号5に示されるアミノ酸配列の562位に相当する位置におけるプロリンの、セリン、スレオニン、アスパラギン、システイン、グルタミン及びチロシンからなる群より選択される1つのアミノ酸、特にセリンへの置換、
(b)配列番号5に示されるアミノ酸配列の696位に相当する位置におけるプロリンの、セリン、スレオニン、アスパラギン、システイン、グルタミン及びチロシンからなる群より選択される1つのアミノ酸、特にセリンへの置換。
(c)配列番号6に示されるSART-1遺伝子の1684番に相当する位置におけるシトシン(C)からチミン(T)への変異(又は、配列番号4に示される塩基配列の3550番に相当する位置におけるCからTへの変異)、
(d)配列番号6に示されるSART-1遺伝子の2086番に相当する位置におけるシトシン(C)からチミン(T)への変異(又は、配列番号4に示される塩基配列の4196番に相当する位置におけるCからTへの変異)。
上述した変異型SART-1タンパク質又は変異型SART-1遺伝子は、イネの種子における低アミロース形質に関与するものである。したがって、上述した変異型SART-1タンパク質又は変異型SART-1遺伝子の少なくとも1つの変異をイネ植物に導入することによって、低アミロース形質のイネ植物を作出することができる。
イネ植物においてSART-1タンパク質をコードする遺伝子に以下の(a)及び(b):
(a)配列番号5に示されるアミノ酸配列の562位に相当する位置におけるプロリンの、セリン、スレオニン、アスパラギン、システイン、グルタミン及びチロシンからなる群より選択される1つのアミノ酸への置換、
(b)配列番号5に示されるアミノ酸配列の696位に相当する位置におけるプロリンの、セリン、スレオニン、アスパラギン、システイン、グルタミン及びチロシンからなる群より選択される1つのアミノ酸への置換
の少なくとも1つの変異を導入するステップと、
得られたイネ植物の種子におけるアミロース含有率又はアミロース含有量を測定するステップと
を含む方法に関する。
(c)配列番号6に示される塩基配列の1684番に相当する位置におけるシトシン(C)からチミン(T)への変異、
(d)配列番号6に示される塩基配列の2086番に相当する位置におけるシトシン(C)からチミン(T)への変異。
(a)配列番号5に示されるアミノ酸配列の562位に相当する位置におけるプロリンの、セリン、スレオニン、アスパラギン、システイン、グルタミン及びチロシンからなる群より選択される1つのアミノ酸、特にセリンへの置換、
(b)配列番号5に示されるアミノ酸配列の696位に相当する位置におけるプロリンの、セリン、スレオニン、アスパラギン、システイン、グルタミン及びチロシンからなる群より選択される1つのアミノ酸、特にセリンへの置換
のうち少なくとも1つの変異をホモ接合性又はヘテロ接合性で有することを特徴とするイネ植物又はその植物部分に関する。
(c)配列番号6に示される塩基配列の1684番に相当する位置におけるシトシン(C)からチミン(T)への変異、
(d)配列番号6に示される塩基配列の2086番に相当する位置におけるシトシン(C)からチミン(T)への変異
のうち少なくとも1つの変異をホモ接合性又はヘテロ接合性で有する。
上述した変異型SART-1タンパク質又はそれをコードする遺伝子(変異型SART-1遺伝子)の変異を有するイネは、種子中のアミロース含有量が低下していると考えられることから、この変異を検出することにより、低アミロース形質のイネを判定又は選抜することができる。
対象のイネが、変異型SART-1タンパク質をコードする遺伝子を有するか否かを検出するステップを含み、
前記変異型SART-1タンパク質が、以下:
(a)配列番号5に示されるアミノ酸配列の562位に相当する位置におけるプロリンの、セリン、スレオニン、アスパラギン、システイン、グルタミン及びチロシンからなる群より選択される1つのアミノ酸への置換、並びに
(b)配列番号5に示されるアミノ酸配列の696位に相当する位置におけるプロリンの、セリン、スレオニン、アスパラギン、システイン、グルタミン及びチロシンからなる群より選択される1つのアミノ酸への置換
からなる群より選択される少なくとも1つの変異を含むものである、方法に関する。
(c)配列番号6に示されるSART-1遺伝子の1684番に相当する位置におけるシトシン(C)からチミン(T)への変異、
(d)配列番号6に示されるSART-1遺伝子の2086番に相当する位置におけるシトシン(C)からチミン(T)への変異。
本発明においては、例えばポリメラーゼ連鎖反応(PCR)を利用して変異型SART-1遺伝子を簡便かつ高精度に検出することができる。
(i)配列番号4の1番から3549番(例えば、2897~2916番、3411~3430番)の塩基配列若しくはその相補配列のうち連続する少なくとも10塩基からなるGC含量30%以上かつアニーリング温度(Tm値)50℃以上のプライマー、及び配列番号4の3551番から5501番(例えば、4436~4455番)の塩基配列若しくはその相補配列のうち連続する少なくとも10塩基からなるGC含量30%以上かつアニーリング温度(Tm値)50℃以上のプライマー(変異(a)又は変異(c)を検出するため)、あるいは
(ii)配列番号4の1番から4195番(例えば、2897~2916番、3411~3430番)の塩基配列若しくはその相補配列のうち連続する少なくとも10塩基からなるGC含量30%以上かつアニーリング温度(Tm値)50℃以上のプライマー、及び配列番号4の4197番から5501番(例えば、4436~4455番)の塩基配列若しくはその相補配列のうち連続する少なくとも10塩基からなるGC含量30%以上かつアニーリング温度(Tm値)50℃以上のプライマー(変異(b)又は変異(d)を検出するため)。
変異型SART-1遺伝子の変異は、ハイブリダイゼーション法を利用して検出することもできる。ハイブリダイゼーション法は、対象のイネ由来のゲノムDNA又はmRNA若しくはcDNAが、それに対し相補的なDNA分子(例えばオリゴヌクレオチドプローブ)とハイブリダイズする能力に基づいて、変異を有するか否かを決定する方法である。ハイブリダイゼーション及び検出のための種々の技術を利用してこのハイブリダイゼーション法を行うことができる。
変異型SART-1遺伝子は、ゲノムDNA又はmRNA若しくはcDNAを用いて直接配列決定法により検出することができる。直接配列決定法においては、最初に、対象のイネからゲノムDNA又はmRNA若しくはcDNAを調製し、検出対象となる変異型SART-1遺伝子の少なくとも1つの変異を含む領域をベクターにクローニングし、宿主細胞(例えば細菌)において増幅させる。あるいは、検出対象のSART-1遺伝子の少なくとも1つの変異を含む領域内のDNAをPCRにより増幅することも可能である。増幅後、検出対象領域内のDNAを配列決定する。配列決定法としては、限定されるものではないが、手動式配列決定法又は自動配列決定法が挙げられる。自動配列決定法としては、ダイターミネーターを使用する方法、次世代シークエンシング(NGS)などが挙げられる。配列決定の結果に基づいて、対象のイネが変異型SART-1遺伝子を有するか否かを判定する。
上述した低アミロース形質のイネを判定又は選抜する方法は、キットを用いることによりさらに簡便に実施することができる。本キットは、上述したような変異型SART-1タンパク質又は変異型SART-1遺伝子を検出することができる手段、具体的にはプライマー又はプローブを少なくとも含むものである。
(i)配列番号4の1番から3549番の塩基配列若しくはその相補配列のうち連続する少なくとも10塩基からなるGC含量30%以上かつアニーリング温度(Tm値)50℃以上のプライマー、及び配列番号4の3551番から5501番の塩基配列若しくはその相補配列のうち連続する少なくとも10塩基からなるGC含量30%以上かつアニーリング温度(Tm値)50℃以上のプライマーを含むプライマーセット、あるいは
(ii)配列番号4の1番から4195番の塩基配列若しくはその相補配列のうち連続する少なくとも10塩基からなるGC含量30%以上かつアニーリング温度(Tm値)50℃以上のプライマー、及び配列番号4の4197番から5501番の塩基配列若しくはその相補配列のうち連続する少なくとも10塩基からなるGC含量30%以上かつアニーリング温度(Tm値)50℃以上のプライマーを含むプライマーセット
を含むことを特徴とする低アミロース形質のイネの判定又は選別用キットに関する。
受精卵法によりENU(エチルニトロソウレア)で処理した水稲品種「コシヒカリ」のM1世代(3,072個体)の全ゲノムDNAをテンプレートとして、PrimeSTAR GXL(タカラバイオ社)により低アミロース形質の原因遺伝子SART-1(Os02g0511500及びLOC_Os02g30730)を含む領域を、プライマーDOT2L-p3-F1(5’- CGCAGCAAAGATGTCATCAG-3’:配列番号1)及びプライマーDOT2L-p3-R1(5’- AAGGCCTTGGAAGACATCAA-3’:配列番号2)を用いたPCR法により増幅した。PrimeSTAR GXL DNA Polymerase(Takara社)、プライマー、テンプレートを混合した反応液を、98℃1分間の後、98℃10秒間、60℃15秒間、72℃90秒間のサイクルを35回反復させ、最後に72℃5分間のPCR反応を行った。98℃により増幅産物の二本鎖DNAを乖離させたのち、再会合させ、セロリより抽出したCel-Iヌクレアーゼを添加して42℃で処理した。3%アガロースゲル電気泳動により、ミスマッチ部位で切断されたPCR産物を検出した。
図2に示すように、実施例1で得られた2系統(P696S及びP562S)の戻し勾配を行った。具体的には、実施例1で得られた2系統を原品種「コシヒカリ」に3回又は2回の連続戻し交配を行い、そのBC2F2世代又はBC1F2世代の後代個体の中から、SART-1タンパク質の低アミロース形質に関与する変異をホモ接合体型に持つ系統を作出した。また、1系統を「北陸193号」に2回の連続戻し交配を行い、そのBC1F2世代の後代個体の中から、SART-1タンパク質の低アミロース形質に関与する変異をホモ接合体型に持つ系統を作出した。
Claims (18)
- SART-1タンパク質に以下の(a)及び(b)の変異のうち少なくとも1つの変異をホモ接合性又はヘテロ接合性で有することを特徴とするイネ植物又はその植物部分。
(a)配列番号5に示されるアミノ酸配列の562位に相当する位置におけるプロリンの、セリン、スレオニン、アスパラギン、システイン、グルタミン及びチロシンからなる群より選択される1つのアミノ酸への置換、
(b)配列番号5に示されるアミノ酸配列の696位に相当する位置におけるプロリンの、セリン、スレオニン、アスパラギン、システイン、グルタミン及びチロシンからなる群より選択される1つのアミノ酸への置換。 - 配列番号5に示されるアミノ酸配列の562位に相当する位置におけるプロリンのセリンへの置換を有する、請求項1に記載のイネ植物又はその植物部分。
- 配列番号5に示されるアミノ酸配列の696位に相当する位置におけるプロリンのセリンへの置換を有する、請求項1に記載のイネ植物又はその植物部分。
- 以下の(c)及び(d)の変異:
(c)配列番号6に示される塩基配列の1684番に相当する位置におけるシトシン(C)からチミン(T)への変異、
(d)配列番号6に示される塩基配列の2086番に相当する位置におけるシトシン(C)からチミン(T)への変異
のうち少なくとも1つの変異をホモ接合性又はヘテロ接合性で有する、請求項1~3のいずれか1項に記載のイネ植物又はその植物部分。 - イネ植物が、うるち米品種のイネである、請求項1~4のいずれか1項に記載のイネ植物又はその植物部分。
- うるち米品種のイネが、コシヒカリ、ひとめぼれ、ヒノヒカリ、あきたこまち、ななつぼし、はえぬき、まっしぐら、キヌヒカリ、あさひの夢、ゆめぴりか、きぬむすめ、こしいぶき、つや姫、夢つくし、ふさこがね、つがるロマン、あいちのかおり、彩のかがやき、天のつぶ、及びきらら397からなる群より選択される少なくとも1つのうるち米品種のイネである、請求項5に記載のイネ植物又はその植物部分。
- 植物部分が、イネ植物の苗、根、種子、及び植物部分の加工物からなる群より選択される少なくとも1つである、請求項1~6のいずれか1項に記載のイネ植物又はその植物部分。
- 低アミロース形質のイネ植物を作出する方法であって、
イネ植物においてSART-1タンパク質をコードする遺伝子に以下の(a)及び(b):
(a)配列番号5に示されるアミノ酸配列の562位に相当する位置におけるプロリンの、セリン、スレオニン、アスパラギン、システイン、グルタミン及びチロシンからなる群より選択される1つのアミノ酸への置換、
(b)配列番号5に示されるアミノ酸配列の696位に相当する位置におけるプロリンの、セリン、スレオニン、アスパラギン、システイン、グルタミン及びチロシンからなる群より選択される1つのアミノ酸への置換
の少なくとも1つの変異を導入するステップと、
得られたイネ植物の種子におけるアミロース含有率又はアミロース含有量を測定するステップと
を含む方法。 - SART-1タンパク質をコードする遺伝子に以下の(c)及び(d):
(c)配列番号6に示される塩基配列の1684番に相当する位置におけるシトシン(C)からチミン(T)への変異、
(d)配列番号6に示される塩基配列の2086番に相当する位置におけるシトシン(C)からチミン(T)への変異
の少なくとも1つの変異を導入する、請求項8に記載の方法。 - イネ植物が、うるち米品種のイネである、請求項8又は9に記載の方法。
- うるち米品種のイネが、コシヒカリ、ひとめぼれ、ヒノヒカリ、あきたこまち、ななつぼし、はえぬき、まっしぐら、キヌヒカリ、あさひの夢、ゆめぴりか、きぬむすめ、こしいぶき、つや姫、夢つくし、ふさこがね、つがるロマン、あいちのかおり、彩のかがやき、天のつぶ、及びきらら397からなる群より選択される少なくとも1つのうるち米品種のイネである、請求項10に記載の方法。
- 低アミロース形質のイネを判定又は選抜する方法であって、
対象のイネが、変異型SART-1タンパク質をコードする遺伝子を有するか否かを検出するステップを含み、
前記変異型SART-1タンパク質が、以下:
(a)配列番号5に示されるアミノ酸配列の562位に相当する位置におけるプロリンの、セリン、スレオニン、アスパラギン、システイン、グルタミン及びチロシンからなる群より選択される1つのアミノ酸への置換、並びに
(b)配列番号5に示されるアミノ酸配列の696位に相当する位置におけるプロリンの、セリン、スレオニン、アスパラギン、システイン、グルタミン及びチロシンからなる群より選択される1つのアミノ酸への置換
からなる群より選択される少なくとも1つの変異を含むものである、方法。 - 前記変異型SART-1タンパク質が、以下の(c)及び(d)の変異:
(c)配列番号6に示される塩基配列の1684番に相当する位置におけるシトシン(C)からチミン(T)への変異、
(d)配列番号6に示される塩基配列の2086番に相当する位置におけるシトシン(C)からチミン(T)への変異
のうち少なくとも1つの変異を含む遺伝子によってコードされる、請求項12に記載の方法。 - 前記変異型SART-1タンパク質をコードする遺伝子の検出が、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)、ハイブリダイゼーション、又は配列決定法を用いて行われる、請求項12又は13に記載の方法。
- 前記変異型SART-1タンパク質をコードする遺伝子の検出が、以下のプライマーセット:
(i)配列番号4の1番から3549番の塩基配列若しくはその相補配列のうち連続する少なくとも10塩基からなるGC含量30%以上かつアニーリング温度(Tm値)50℃以上のプライマー、及び配列番号4の3551番から5501番の塩基配列若しくはその相補配列のうち連続する少なくとも10塩基からなるGC含量30%以上かつアニーリング温度(Tm値)50℃以上のプライマーを含むプライマーセット、あるいは
(ii)配列番号4の1番から4195番の塩基配列若しくはその相補配列のうち連続する少なくとも10塩基からなるGC含量30%以上かつアニーリング温度(Tm値)50℃以上のプライマー、及び配列番号4の4197番から5501番の塩基配列若しくはその相補配列のうち連続する少なくとも10塩基からなるGC含量30%以上かつアニーリング温度(Tm値)50℃以上のプライマーを含むプライマーセット
を使用したPCRにより行われる、請求項14に記載の方法。 - 前記変異型SART-1タンパク質をコードする遺伝子の検出が、配列番号1又は3に示される塩基配列を有するプライマー及び配列番号2に示される塩基配列を有するプライマーを含むプライマーセットを使用したPCRにより行われる、請求項14に記載の方法。
- 以下のプライマーセットを含むことを特徴とする低アミロース形質のイネの判定又は選別用キット。
(i)配列番号4の1番から3549番の塩基配列若しくはその相補配列のうち連続する少なくとも10塩基からなるGC含量30%以上かつアニーリング温度(Tm値)50℃以上のプライマー、及び配列番号4の3551番から5501番の塩基配列若しくはその相補配列のうち連続する少なくとも10塩基からなるGC含量30%以上かつアニーリング温度(Tm値)50℃以上のプライマーを含むプライマーセット、あるいは
(ii)配列番号4の1番から4195番の塩基配列若しくはその相補配列のうち連続する少なくとも10塩基からなるGC含量30%以上かつアニーリング温度(Tm値)50℃以上のプライマー、及び配列番号4の4197番から5501番の塩基配列若しくはその相補配列のうち連続する少なくとも10塩基からなるGC含量30%以上かつアニーリング温度(Tm値)50℃以上のプライマーを含むプライマーセット。 - 配列番号1又は3に示される塩基配列を有するプライマー及び配列番号2に示される塩基配列を有するプライマーを含むことを特徴とする低アミロース形質のイネの判定又は選別用キット。
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